Radiación adaptativa

@misc{walls1942the4,
    author = "Walls, G. L",
    title = "El ojo de los vertebrados y su radiación adaptativa",
    year = "1942",
    howpublished = "Bloomfield Hills, Michigan, The Cranbrook Institute of Science",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Walls, G. L., 1942, El ojo de los vertebrados y su radiación adaptativa: Bloomfield Hills, Michigan, The Cranbrook Institute of Science.}"
}

Este libro es el decimonoveno boletín del Instituto de Ciencia Cranbrook, un volumen masivo lleno de ilustraciones. El material trata de las diversas fases del ojo de los vertebrados. La primera parte está etiquetada como "básica". Trata de la luz y sus propiedades con especial referencia a la percepción por un ojo. Luego se discute y disecciona el ojo en sí, el ojo humano, desde todos los puntos, comenzando con la embriología, pasando por la anatomía macroscópica y microscópica, y terminando con la fisiología de la visión. Esta parte está bien escrita en un lenguaje sencillo. La segunda parte es la ecológica; en ella se discuten las adaptaciones necesarias que ha sufrido y sigue sufriendo el aparato visual para que el organismo progenitor pueda sobrevivir bajo diversas condiciones. Para el oftalmólogo clínico, gran parte de esta sección será completamente nueva y se sorprenderá de cuánto de esto se aplica a su rutina diaria. La tercera

@article{doi101001jama194302840160064031,
    author = "WALLS, Gordon Lynn",
    title = "El Ojo de los Vertebrados y su Radiación Adaptativa",
    year = "1943",
    journal = "Journal of the American Medical Association",
    abstract = {Este libro es el decimonoveno boletín del Instituto de Ciencia Cranbrook, un volumen masivo lleno de ilustraciones. El material trata de las diversas fases del ojo de los vertebrados. La primera parte está etiquetada como "básica". Trata de la luz y sus propiedades con especial referencia a la percepción por un ojo. Luego se discute y disecciona el ojo en sí, el ojo humano, desde todos los puntos, comenzando con la embriología, pasando por la anatomía macroscópica y microscópica, y terminando con la fisiología de la visión. Esta parte está bien escrita en un lenguaje sencillo. La segunda parte es la ecológica; en ella se discuten las adaptaciones necesarias que ha sufrido y sigue sufriendo el aparato visual para que el organismo progenitor pueda sobrevivir bajo diversas condiciones. Para el oftalmólogo clínico, gran parte de esta sección será completamente nueva y se sorprenderá de cuánto de esto se aplica a su rutina diaria. La tercera},
    url = "https://doi.org/10.1001/jama.1943.02840160064031",
    doi = "10.1001/jama.1943.02840160064031",
    openalex = "W2024935827"
}

@article{doi1023071437897,
    author = "Merriman, Daniel y Walls, Gordon L.",
    title = "El ojo de los vertebrados y su radiación adaptativa",
    year = "1943",
    journal = "Copeia",
    url = "https://doi.org/10.2307/1437897",
    doi = "10.2307/1437897",
    openalex = "W2318517747"
}

@inproceedings{cole1958sketches2,
    author = "Cole, L. C",
    title = "Sketches of general and comparative demography",
    year = "1958",
    booktitle = "Cold Spring Harbor Symposium on Quantitative Biology, v. 22, p. 1-15",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Cole, L. C., 1958, Sketches of general and comparative demography: Cold Spring Harbor Symposium on Quantitative Biology, v. 22, p. 1-15.}"
}

@book{bowman1961morphological1,
    author = "Bowman, R. L",
    title = "Diferenciación morfológica y adaptación en los pinzones de las Galápagos",
    year = "1961",
    publisher = "Publicaciones de la Universidad de California en Zoología, v. 58, p. 326 pp.; Prensa de la Universidad de California, Berkeley",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Bowman, R. L., 1961, Diferenciación morfológica y adaptación en los pinzones de las Galápagos: Publicaciones de la Universidad de California en Zoología, v. 58, p. 326 pp.; Prensa de la Universidad de California, Berkeley.}"
}

Se ha encontrado la tibia derecha de un dinosaurio ornitópodo en las supuestas formaciones Willow Creek en el valle Two Medicine, al sureste de Browning, Montana. Este es el primer informe de huesos de dinosaurio de la formación en el lado este del sinclinal de Alberta. El espécimen se refiere a Thescelosaurus? sp., pero hay alguna sugerencia del género anterior Camptosaurus.

@article{russell1968a,
    author = "Russell, Loris S.",
    title = "Un hueso de dinosaurio de las formaciones Willow Creek en Montana",
    year = "1968",
    journal = "Canadian Journal of Earth Sciences",
    abstract = "Se ha encontrado la tibia derecha de un dinosaurio ornitópodo en las supuestas formaciones Willow Creek en el valle Two Medicine, al sureste de Browning, Montana. Este es el primer informe de huesos de dinosaurio de la formación en el lado este del sinclinal de Alberta. El espécimen se refiere a Thescelosaurus? sp., pero hay alguna sugerencia del género anterior Camptosaurus.",
    url = "https://doi.org/10.1139/e68-034",
    doi = "10.1139/e68-034",
    number = "2",
    pages = "327-329",
    volume = "5"
}

@article{brazzell1981comparative,
    author = "Brazzell, Jan F. y Gillespie, Mary K.",
    title = "Demografía Comparada",
    year = "1981",
    journal = "Sociología Comparada",
    url = "https://doi.org/10.1163/156854281x00091",
    doi = "10.1163/156854281x00091",
    number = "3",
    openalex = "W4205299391",
    pages = "141-168",
    volume = "22"
}

@incollection{brazzell1982comparative,
    author = "Brazzell, Jan F. y Gillespie, Mary K.",
    title = "Demografía Comparada",
    year = "1982",
    booktitle = "Investigación Sociológica Comparada en los años 1960 y 1970",
    url = "https://doi.org/10.1163/9789004473942\_010",
    doi = "10.1163/9789004473942\_010",
    openalex = "W4298855657",
    pages = "141-168"
}

@incollection{ricklefs1983comparative,
    author = "Ricklefs, Robert E.",
    title = "Demografía Aviar Comparativa",
    year = "1983",
    booktitle = "Current Ornithology",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-1-4615-6781-3\_1",
    doi = "10.1007/978-1-4615-6781-3\_1",
    openalex = "W6573412",
    pages = "1-32",
    references = "doi1010160022519366901846, doi101086282461, doi101086282697, doi101086409052, doi101111j1474919x1947tb04155x, doi1015159781400881376, doi1023072828, doi1023072874"
}

La extinción de dinosaurios en Montana, Alberta y Wyoming fue un proceso gradual que comenzó 7 millones de años antes del final del Cretácico y se aceleró rápidamente en los últimos 0,3 millones de años del Cretácico, durante el intervalo de aparente competencia de ungulados inmigrantes en rápida evolución. Este intervalo implica una reducción rápida tanto en la diversidad como en la densidad poblacional de dinosaurios. Los últimos dinosaurios conocidos provienen de un canal que contiene dientes de mamíferos mantuanos, siete especies de dinosaurios y polen paleoceno. La parte superior de este canal está 1,3 metros por encima de la posición probable de la anomalía de iridio, la frontera Cretácico/Terciario.

@article{sloan1986gradual,
    author = "Sloan, Robert E. y Rigby, J. Keith y Van Valen, Leigh M. y Gabriel, Diane",
    title = "Extinción gradual de dinosaurios y radiación simultánea de ungulados en la Formación Hell Creek",
    year = "1986",
    journal = "Science",
    abstract = "La extinción de dinosaurios en Montana, Alberta y Wyoming fue un proceso gradual que comenzó 7 millones de años antes del final del Cretácico y se aceleró rápidamente en los últimos 0,3 millones de años del Cretácico, durante el intervalo de aparente competencia de ungulados inmigrantes en rápida evolución. Este intervalo implica una reducción rápida tanto en la diversidad como en la densidad poblacional de dinosaurios. Los últimos dinosaurios conocidos provienen de un canal que contiene dientes de mamíferos mantuanos, siete especies de dinosaurios y polen paleoceno. La parte superior de este canal está 1,3 metros por encima de la posición probable de la anomalía de iridio, la frontera Cretácico/Terciario.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.232.4750.629",
    doi = "10.1126/science.232.4750.629",
    number = "4750",
    pages = "629-633",
    volume = "232"
}

@misc{sloan1986gradual3,
    author = "Sloan, R. E. et al",
    title = "Extinción gradual de dinosaurios y radiación simultánea de ungulados en la Formación Hell Creek",
    year = "1986",
    howpublished = "Science, v. 232, p. 629-633",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Sloan, R. E. et al., 1986, Extinción gradual de dinosaurios y radiación simultánea de ungulados en la Formación Hell Creek: Science, v. 232, p. 629-633.}"
}

¿Son útiles las mediciones de la variación genética cuantitativa para predecir la evolución adaptativa a largo plazo? Para responder a esta pregunta, me centro en g max, la dirección multivariada de mayor varianza genética aditiva dentro de las poblaciones. Los datos originales sobre espinosos de tres espinas, junto con mediciones genéticas publicadas de otros vertebrados, muestran que la diferenciación morfológica entre especies ha estado sesgada en la dirección de g max durante al menos cuatro millones de años, a pesar de la evidencia de que la selección natural es la causa de la diferenciación. Este sesgo hacia la dirección de la evolución tiende a decaer con el tiempo. La tasa de divergencia morfológica entre especies es inversamente proporcional a θ, el ángulo entre la dirección de divergencia y la dirección de mayor variación genética. La dirección de mayor varianza fenotípica no es idéntica a g max, pero para estos datos es casi tan exitosa predecir la dirección de la divergencia de especies. Interpreto los hallazgos como que las varianzas y covarianzas genéticas restringen el cambio adaptativo en rasgos cuantitativos durante períodos de tiempo razonablemente largos. Sin embargo, no se puede descartar una hipótesis alternativa: que la diferenciación morfológica esté sesgada en la dirección de g max porque tanto la divergencia como g max están moldeadas por las mismas presiones de selección natural. De cualquier manera, los resultados revelan que la diferenciación adaptativa ocurre principalmente a lo largo de "líneas genéticas de menor resistencia".

@article{doi101111j155856461996tb03563x,
    author = "Schluter, Dolph",
    title = "RADIACIÓN ADAPTATIVA A LO LARGO DE LÍNEAS GENÉTICAS DE MENOR RESISTENCIA",
    year = "1996",
    journal = "Evolución",
    abstract = {¿Son útiles las mediciones de la variación genética cuantitativa para predecir la evolución adaptativa a largo plazo? Para responder a esta pregunta, me centro en g max, la dirección multivariada de mayor varianza genética aditiva dentro de las poblaciones. Los datos originales sobre espinosos de tres espinas, junto con mediciones genéticas publicadas de otros vertebrados, muestran que la diferenciación morfológica entre especies ha estado sesgada en la dirección de g max durante al menos cuatro millones de años, a pesar de la evidencia de que la selección natural es la causa de la diferenciación. Este sesgo hacia la dirección de la evolución tiende a decaer con el tiempo. La tasa de divergencia morfológica entre especies es inversamente proporcional a θ, el ángulo entre la dirección de divergencia y la dirección de mayor variación genética. La dirección de mayor varianza fenotípica no es idéntica a g max, pero para estos datos es casi tan exitosa predecir la dirección de la divergencia de especies. Interpreto los hallazgos como que las varianzas y covarianzas genéticas restringen el cambio adaptativo en rasgos cuantitativos durante períodos de tiempo razonablemente largos. Sin embargo, no se puede descartar una hipótesis alternativa: que la diferenciación morfológica esté sesgada en la dirección de g max porque tanto la divergencia como g max están moldeadas por las mismas presiones de selección natural. De cualquier manera, los resultados revelan que la diferenciación adaptativa ocurre principalmente a lo largo de "líneas genéticas de menor resistencia."},
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1996.tb03563.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1996.tb03563.x",
    openalex = "W1963703713",
    references = "doi1010160169534787900280, doi101086285404, doi1023074785"
}

La radioterapia adaptativa es un proceso de tratamiento por radiación de circuito cerrado donde el plan de tratamiento puede modificarse utilizando un retroalimentación sistemática de mediciones. La radioterapia adaptativa tiene como objetivo mejorar el tratamiento por radiación mediante el monitoreo sistemático de las variaciones del tratamiento e incorporándolas para reoptimizar el plan de tratamiento tempranamente durante el curso del tratamiento. En este proceso, el margen del campo y la dosis de tratamiento pueden personalizarse rutinariamente para cada paciente individual para lograr una escalada de dosis segura.

@article{doi10108800319155421008,
    author = "Yan, Di y Vicini, Frank A. y Wong, John W. y Martínez, Álvaro",
    title = "Radioterapia adaptativa",
    year = "1997",
    journal = "Física en Medicina y Biología",
    abstract = "La radioterapia adaptativa es un proceso de tratamiento por radiación de circuito cerrado donde el plan de tratamiento puede modificarse utilizando un retroalimentación sistemática de mediciones. La radioterapia adaptativa tiene como objetivo mejorar el tratamiento por radiación mediante el monitoreo sistemático de las variaciones del tratamiento e incorporándolas para reoptimizar el plan de tratamiento tempranamente durante el curso del tratamiento. En este proceso, el margen del campo y la dosis de tratamiento pueden personalizarse rutinariamente para cada paciente individual para lograr una escalada de dosis segura.",
    url = "https://doi.org/10.1088/0031-9155/42/1/008",
    doi = "10.1088/0031-9155/42/1/008",
    openalex = "W1967172105",
    references = "doi1010160167814093902557, doi1010160360301685903669, doi1010160360301687902665, doi1010160360301689909723, doi101016036030169190172z, doi10108009553009214552071, doi10108800319155386001, doi10310902841868409136037, doi10310902841868709104364, openalexw2346397638"
}

Los estudios comparativos tienden a diferir de los estudios de optimalidad y funcionalidad en cuanto a cómo tratan la adaptación. Mientras que el enfoque comparativo se centra en el origen y el cambio de rasgos, los estudios de optimalidad asumen que las adaptaciones se mantienen en un óptimo mediante la selección estabilizadora. Este artículo presenta un modelo de evolución adaptativa a escala macroevolutiva que incluye el mantenimiento de rasgos en óptimos adaptativos mediante la selección estabilizadora como la fuerza evolutiva dominante. La variación interespecífica se trata como variación en la posición de los óptimos adaptativos. El modelo ilustra cómo las restricciones filogenéticas no solo conducen a correlaciones entre especies filogenéticamente relacionadas, sino también a adaptaciones imperfectas. A partir de este modelo, se deriva un método comparativo estadístico que puede utilizarse para estimar el efecto de un factor selectivo sobre los óptimos adaptativos de una manera que sea coherente con un estudio de optimalidad de la adaptación a este factor. El método se ilustra con un análisis de la evolución dental en caballos fósiles. También se discute el uso de métodos comparativos para estudiar tendencias evolutivas.

@article{doi101111j155856461997tb01457x,
    author = "Hansen, Thomas F.",
    title = "SELECCIÓN ESTABILIZADORA Y EL ANÁLISIS COMPARATIVO DE LA ADAPTACIÓN",
    year = "1997",
    journal = "Evolución",
    abstract = "Los estudios comparativos tienden a diferir de los estudios de optimalidad y funcionalidad en cuanto a cómo tratan la adaptación. Mientras que el enfoque comparativo se centra en el origen y el cambio de rasgos, los estudios de optimalidad asumen que las adaptaciones se mantienen en un óptimo mediante la selección estabilizadora. Este artículo presenta un modelo de evolución adaptativa a escala macroevolutiva que incluye el mantenimiento de rasgos en óptimos adaptativos mediante la selección estabilizadora como la fuerza evolutiva dominante. La variación interespecífica se trata como variación en la posición de los óptimos adaptativos. El modelo ilustra cómo las restricciones filogenéticas no solo conducen a correlaciones entre especies filogenéticamente relacionadas, sino también a adaptaciones imperfectas. A partir de este modelo, se deriva un método comparativo estadístico que puede utilizarse para estimar el efecto de un factor selectivo sobre los óptimos adaptativos de una manera que sea coherente con un estudio de optimalidad de la adaptación a este factor. El método se ilustra con un análisis de la evolución dental en caballos fósiles. También se discute el uso de métodos comparativos para estudiar tendencias evolutivas.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1997.tb01457.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1997.tb01457.x",
    openalex = "W2328578724",
    references = "doi10100703064746897, doi101017s009483730001157x, doi101086286013, doi101093aesa383396, doi101111j1469185x1988tb00630x, doi101111j155856461979tb04694x, doi1023071446122, doi105860choice304997"
}

@article{doi10103827900,
    author = "Rainey, Paul B. y Travisano, Michael",
    title = "Radiación adaptativa en un ambiente heterogéneo",
    year = "1998",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/27900",
    doi = "10.1038/27900",
    openalex = "W1583030352",
    references = "doi1010160169534787900280, doi101017cbo9780511623387, doi101038scientificamerican0779122, doi101073pnas91156808, doi101086285289, doi101111j155856461982tb05068x, doi101126science7701342, doi1023071933500, doi1023072409350, doi1023072409372, doi1023074785, doi105860choice273873, doi105860choice332720, openalexw1493831303"
}

Las vicisitudes de la historia llevan a la predicción de que los casos repetidos de diversificación evolutiva conducirán a resultados dispares incluso si las condiciones iniciales son similares. Probamos esta proposición examinando la radiación evolutiva de lagartijas Anolis en las cuatro islas de las Antillas Mayores. Los análisis morfométricos indican que el mismo conjunto de especialistas de hábitat, denominados ecomorfos, ocurre en las cuatro islas. Aunque estos ensamblajes similares podrían resultar de un único origen evolutivo de cada ecomorfo, seguido de dispersión o vicarianza, el análisis filogenético indica que los ecomorfos se originaron independientemente en cada isla. Por lo tanto, la radiación adaptativa en ambientes similares puede superar las contingencias históricas para producir resultados evolutivos sorprendentemente similares.

@article{doi101126science27953592115,
    author = "Losos, Jonathan B. y Jackman, Todd R. y Larson, Allan y de Queiroz, Kevin y Rodrı́guez-Schettino, Lourdes",
    title = "Contingencia y determinismo en radiaciones adaptativas replicadas de lagartijas de isla",
    year = "1998",
    journal = "Science",
    abstract = "Las vicisitudes de la historia llevan a la predicción de que los casos repetidos de diversificación evolutiva conducirán a resultados dispares incluso si las condiciones iniciales son similares. Probamos esta proposición examinando la radiación evolutiva de lagartijas Anolis en las cuatro islas de las Antillas Mayores. Los análisis morfométricos indican que el mismo conjunto de especialistas de hábitat, denominados ecomorfos, ocurre en las cuatro islas. Aunque estos ensamblajes similares podrían resultar de un único origen evolutivo de cada ecomorfo, seguido de dispersión o vicarianza, el análisis filogenético indica que los ecomorfos se originaron independientemente en cada isla. Por lo tanto, la radiación adaptativa en ambientes similares puede superar las contingencias históricas para producir resultados evolutivos sorprendentemente similares.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.279.5359.2115",
    doi = "10.1126/science.279.5359.2115",
    openalex = "W2103549209",
    references = "doi101007bf02100115, doi101017cbo9780511608568, doi101017s0094837300011350, doi101093oso97801985464120010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva025706, doi101111j155856461983tb05533x, doi1023071943062, doi1023072408332, doi105860choice273873, doi105860choice295104, openalexw2273605253"
}

Prólogo Lista de contribuyentes Parte I. Introducción: 1. Radiación adaptativa y evolución molecular: conceptos y problemas de investigación Thomas J. Givnish 2. Homoplasia en datos moleculares vs. morfológicos: la probabilidad de inferencia filogenética correcta Thomas J. Givnish y Kenneth J. Sytsma Parte II. Estudios integradores: 3. Radiación adaptativa de la alianza de espadas de plata de Hawái: congruencia y conflicto de la evidencia filogenética de investigaciones moleculares y no moleculares Bruce G. Baldwin 4. El cronograma de la evolución de los marsupiales Mark S. Springer, John A. W. Kirsch y Judd A. Chase 5. Orígenes evolutivos de la diversidad fenotípica en Daphnia John K. Colbourne, Paul D. N. Hebert y Derek J. Taylor 6. Tendencias evolutivas en la ecología de los monos del Nuevo Mundo inferidas de un análisis filogenético combinado de datos nucleares, mitocondriales y morfológicos Ines Horovitz y Axel Meye 7. Radiación adaptativa en la familia de plantas acuáticas Pontederiaceae: perspectivas del análisis filogenético Spencer C. H. Barrett y Sean W. Graham 8. Evolución molecular y radiación adaptativa en Brocchinia (Bromeliaceae: Pitcairnioideae) en las tepuyes del Escudo de Guayana Thomas J. Givnish, Kenneth J. Sytsma, James F. Smith, William J. Hahn, David H. Benzing y Elizabeth M. Burkhardt Parte III. Convergencia: 9. No siempre eres lo que comes: evolución de la alimentación con néctar entre los murciélagos frugívoros del Viejo Mundo (Megachiroptera: Pteropodidae) John A. W. Kirsch y Francois-Joseph Lapointe 10. Sitios de restricción del ADN de cloroplasto y caracteres florales versus no florales en los epífitas obligadas de ramas en la subtribu Oncidiinae (Orchidaceae) Mark W. Chase y Jeffrey D. Palmer 11. Adaptación, cladogénesis y evolución de la asociación de hábitat en los escarabajos tigre de América del Norte: una perspectiva filogenética Alfried P. Vogler Parte IV. Radiaciones rápidas: 12. Pruebas filogenéticas moleculares de modelos de especiación simpátrica en peces cíclidos del lago Malawi Peter N. Reinthal y Axel Mey 13. Una radiación adaptativa rápida debido a una innovación clave en Aquilegia Scott Hodges 14. Origen y evolución de Argyranthemum (Asteraceae: Anthemideae) en Macaronesia Javier Francisco-Ortega, Daniel J. Crawford, Arnoldo Santos-Guerra y Robert K. Jansen Parte V. Estrategias reproductivas: 15. Diversificación floral, biología de la polinización y evolución molecular en Platanthera (Orchidaceae) Jeffrey R. Hapeman y Kenneth Inoue 16. Perspectivas filogenéticas sobre la evolución de la dioecia: radiación adaptativa en los géneros endémicos de Hawái Schiedea y Alsinodendron (Caryophyllaceae: Alsinoideae) Ann K. Sakai, Stephen G. Weller, Warren L. Wagner y Pamela S. Soltis 17. Cambios ecológicos y reproductivos en la diversificación de las Drosophila endémicas de Hawái Michael P. Kambysellis y Elysse M. Craddock Parte VI. Divergencia de caracteres y ensamblaje de comunidades: 18. Historia de la selección ecológica en los espinosos - uniendo enfoques experimentales y filogenéticos Eric B. Taylor, James D. McPhail y Dalph Schluter 19. Estudios filogenéticos de radiaciones adaptativas convergentes en los lagartos Anolis del Caribe Todd Jackman, Jonathan B. Losos, Allan Larson y Kevin de Queiros Parte VII. Patrones macroevolutivos: 20. Evolución molecular y morfológica durante la diversificación post-paleozoica de los equinodermos Andrew B. Smith y D. T. J. Littlewood 21. ¿Qué tan rápida es la especiación: evidencias moleculares, geológicas y filogenéticas de las radiaciones adaptativas de peces Amy R. McCune Índice.

@article{doi1023072419593,
    author = "Gottlieb, L. D. and Givnish, Thomas J. and Sytsma, Kenneth J.",
    title = "Evolución Molecular y Radiación Adaptativa.",
    year = "1998",
    journal = "Systematic Botany",
    abstract = "Prefacio Lista de Contribuyentes Parte I. Introducción: 1. Radiación adaptativa y evolución molecular: conceptos y problemas de investigación Thomas J. Givnish 2. Homoplasia en datos moleculares vs. morfológicos: la probabilidad de inferencia filogenética correcta Thomas J. Givnish, y Kenneth J. Sytsma Parte II. Estudios Integrativos: 3. Radiación adaptativa de la alianza de espadas de plata de Hawái: congruencia y conflicto de evidencia filogenética de investigaciones moleculares y no moleculares Bruce G. Baldwin 4. El cronograma de la evolución de los marsupiales Mark S. Springer, John A. W. Kirsch, y Judd A. Chase 5. Orígenes evolutivos de la diversidad fenotípica en Daphnia John K. Colbourne, Paul D. N. Hebert, y Derek J. Taylor 6. Tendencias evolutivas en la ecología de los monos del Nuevo Mundo inferidas de un análisis filogenético combinado de datos nucleares, mitocondriales y morfológicos Ines Horovitz, y Axel Meye 7. Radiación adaptativa en la familia de plantas acuáticas Pontederiaceae: perspectivas del análisis filogenético Spencer C. H. Barrett, y Sean W. Graham 8. Evolución molecular y radiación adaptativa en Brocchinia (Bromeliaceae: Pitcairnioideae) en las tepuyes del Escudo de Guayana Thomas J. Givnish, Kenneth J. Sytsma, James F. Smith, William J. Hahn, David H. Benzing, y Elizabeth M. Burkhardt Parte III. Convergencia: 9. No siempre eres lo que comes: evolución de la alimentación con néctar entre los murciélagos frugívoros del Viejo Mundo (Megachiroptera: Pteropodidae) John A. W. Kirsch, y Francois-Joseph Lapointe 10. Sitios de restricción de ADN de cloroplasto y caracteres florales versus no florales en los epífitas obligadas de ramas en la subtribu Oncidiinae (Orchidaceae) Mark W. Chase, y Jeffrey D. Palmer 11. Adaptación, cladogénesis, y evolución de la asociación de hábitat en los escarabajos tigre de América del Norte: una perspectiva filogenética Alfried P. Vogler Parte IV. Radiaciones Rápidas: 12. Pruebas filogenéticas moleculares de modelos de especiación simpátrica en peces cíclidos del Lago Malawi Peter N. Reinthal, y Axel Mey 13. Una rápida radiación adaptativa debido a una innovación clave en Aquilegia Scott Hodges 14. Origen y evolución de Argyranthemum (Asteraceae: Anthemideae) en Macaronesia Javier Francisco-Ortega, Daniel J. Crawford, Arnoldo Santos-Guerra, y Robert K. Jansen Parte V. Estrategias Reproductivas: 15. Diversificación floral, biología de la polinización, y evolución molecular en Platanthera (Orchidaceae) Jeffrey R. Hapeman, y Kenneth Inoue 16. Perspectivas filogenéticas sobre la evolución de la dioecia: radiación adaptativa en los géneros endémicos de Hawái Schiedea y Alsinodendron (Caryophyllaceae: Alsinoideae) Ann K. Sakai, Stephen G. Weller, Warren L. Wagner, y Pamela S. Soltis 17. Cambios ecológicos y reproductivos en la diversificación de las Drosophila endémicas de Hawái Michael P. Kambysellis, y Elysse M. Craddock Parte VI. Divergencia de Caracteres y Ensamblaje de Comunidades: 18. Historia de la selección ecológica en los espinosos - uniendo enfoques experimentales y filogenéticos Eric B. Taylor, James D. McPhail, y Dalph Schluter 19. Estudios filogenéticos de radiaciones adaptativas convergentes en los lagartos Anolis del Caribe Todd Jackman, Jonathan B. Losos, Allan Larson, y Kevin de Queiros Parte VII. Patrones Macroevolutivos: 20. Evolución molecular y morfológica durante la diversificación post-Paleozoica de los equinodermos Andrew B. Smith, y D. T. J. Littlewood 21. ¿Qué tan rápida es la especiación: evidencias moleculares, geológicas y filogenéticas de radiaciones adaptativas de peces Amy R. McCune Índice.",
    url = "https://doi.org/10.2307/2419593",
    doi = "10.2307/2419593",
    openalex = "W2052217453"
}

Resumen La radiación adaptativa es una característica espectacular de la evolución. También es muy extendida, mucho más de lo que sugeriría la lista de casos familiares, incluidas las pinzones de las Galápagos, los peces cíclidos de los lagos del este de África y la alianza de silversword de Hawái. Gran parte de la diversidad de la vida, quizás incluso la mayor parte, ha surgido durante episodios similares de especiación y divergencia fenotípica y ecológica. Mi objetivo principal en este libro es evaluar hasta qué punto hemos avanzado en la comprensión de las causas de este proceso notable. Antes de comenzar el libro, tenía la noción ingenua de que mis años de estudio sobre los pinzones de las Galápagos, donde comenzó mi fascinación por la radiación adaptativa, sobre pinzones africanos y americanos, y más recientemente sobre peces de lagos postglaciales, me habían enseñado lo suficiente sobre la radiación adaptativa como para que mi tarea implicara poco más que escribir todo lo que sabía antes de olvidarlo. A medida que el libro avanzaba, los límites de mi conocimiento se hicieron alarmantemente evidentes, y ahora siento que aprendí la mayor parte de su contenido a lo largo del camino. Aquí pretendo reunir los resultados de muchos estudios para preguntar si concuerdan o contradicen la teoría dominante de la radiación adaptativa 'ecológica' que se formuló en la primera mitad del siglo pasado.

@book{doi101093oso97801985052350010001,
    author = "Schluter, Dolph",
    title = "The Ecology of Adaptive Radiation",
    year = "2000",
    abstract = "Resumen La radiación adaptativa es una característica espectacular de la evolución. También es muy extendida, mucho más de lo que sugeriría la lista de casos familiares, incluidas las pinzones de las Galápagos, los peces cíclidos de los lagos del este de África y la alianza de silversword de Hawái. Gran parte de la diversidad de la vida, quizás incluso la mayor parte, ha surgido durante episodios similares de especiación y divergencia fenotípica y ecológica. Mi objetivo principal en este libro es evaluar hasta qué punto hemos avanzado en la comprensión de las causas de este proceso notable. Antes de comenzar el libro, tenía la noción ingenua de que mis años de estudio sobre los pinzones de las Galápagos, donde comenzó mi fascinación por la radiación adaptativa, sobre pinzones africanos y americanos, y más recientemente sobre peces de lagos postglaciales, me habían enseñado lo suficiente sobre la radiación adaptativa como para que mi tarea implicara poco más que escribir todo lo que sabía antes de olvidarlo. A medida que el libro avanzaba, los límites de mi conocimiento se hicieron alarmantemente evidentes, y ahora siento que aprendí la mayor parte de su contenido a lo largo del camino. Aquí pretendo reunir los resultados de muchos estudios para preguntar si concuerdan o contradicen la teoría dominante de la radiación adaptativa 'ecológica' que se formuló en la primera mitad del siglo pasado.",
    url = "https://doi.org/10.1093/oso/9780198505235.001.0001",
    doi = "10.1093/oso/9780198505235.001.0001",
    openalex = "W1603923763"
}

Resumen Antes de la Síntesis Evolutiva, la 'inercia filogenética' se asociaba con teorías de ortogénesis, que afirmaban que los organismos poseían un principio perfeccionador endógeno. El concepto en la literatura moderna data de Simpson (1944), quien utilizó 'inercia evolutiva' como una descripción de los patrones en el registro fósil. Wilson (1975) utilizó 'inercia filogenética' para describir propiedades a nivel de población o de organismo que pueden afectar el curso de la evolución en respuesta a la selección. Muchos autores actuales ahora consideran la inercia filogenética como una hipótesis alternativa a la adaptación por selección natural al intentar explicar la variación interespecífica, la covariación o la falta de esta en rasgos fenotípicos. Algunos métodos comparativos filogenéticos han sido reclamados como permitiendo la cuantificación y prueba de la inercia filogenética. Aunque algunos métodos existentes sí permiten pruebas válidas de si las especies emparentadas tienden a parecerse entre sí, lo que denominamos 'señal filogenética', esto es simplemente reconocimiento de patrones y no implica ningún proceso subyacente. Además, los conjuntos de datos comparativos generalmente no incluyen información que permitiría inferencias rigurosas sobre los procesos causales subyacentes a tales patrones. El concepto de inercia filogenética necesita ser definido y estudiado con la misma precaución que la 'adaptación'.

@article{doi101046j14209101200200472x,
    author = "Blomberg, Simon P. y Garland, Theodore",
    title = "Tempo y modo en la evolución: inercia filogenética, adaptación y métodos comparativos",
    year = "2002",
    journal = "Journal of Evolutionary Biology",
    abstract = "Resumen Antes de la Síntesis Evolutiva, la 'inercia filogenética' se asociaba con teorías de ortogénesis, que afirmaban que los organismos poseían un principio perfeccionador endógeno. El concepto en la literatura moderna data de Simpson (1944), quien utilizó 'inercia evolutiva' como una descripción de los patrones en el registro fósil. Wilson (1975) utilizó 'inercia filogenética' para describir propiedades a nivel de población o de organismo que pueden afectar el curso de la evolución en respuesta a la selección. Muchos autores actuales ahora consideran la inercia filogenética como una hipótesis alternativa a la adaptación por selección natural al intentar explicar la variación interespecífica, la covariación o la falta de esta en rasgos fenotípicos. Algunos métodos comparativos filogenéticos han sido reclamados como permitiendo la cuantificación y prueba de la inercia filogenética. Aunque algunos métodos existentes sí permiten pruebas válidas de si las especies emparentadas tienden a parecerse entre sí, lo que denominamos 'señal filogenética', esto es simplemente reconocimiento de patrones y no implica ningún proceso subyacente. Además, los conjuntos de datos comparativos generalmente no incluyen información que permitiría inferencias rigurosas sobre los procesos causales subyacentes a tales patrones. El concepto de inercia filogenética necesita ser definido y estudiado con la misma precaución que la 'adaptación'.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1420-9101.2002.00472.x",
    doi = "10.1046/j.1420-9101.2002.00472.x",
    openalex = "W2152910720",
    references = "doi101086303327, doi101086physzool67430163866, doi101093aesa383396, doi101111j001438202001tb00731x, doi107312simp92414"
}

La justificación principal para el uso de métodos estadísticos basados en filogenia es que la señal filogenética, la tendencia de las especies relacionadas a parecerse entre sí, es ubicua. Si esta afirmación es cierta para un rasgo dado en una línea evolutiva dada es una cuestión empírica, pero las herramientas generales para detectar y cuantificar la señal filogenética están insuficientemente desarrolladas. Presentamos nuevos métodos para caracteres de valor continuo que pueden implementarse con contrastes filogenéticamente independientes o modelos de mínimos cuadrados generalizados. Primero, un procedimiento de aleatorización simple permite probar la hipótesis nula de que no hay patrón de similitud entre parientes. La prueba demuestra una tasa de error Tipo I correcta en una alfa nominal = 0.05 y buena potencia (0.8) para conjuntos de datos simulados con 20 o más especies. Segundo, derivamos un estadístico descriptivo, K, que permite comparaciones válidas de la cantidad de señal filogenética entre rasgos y árboles. Tercero, proporcionamos dos transformaciones de longitud de rama motivadas biológicamente, una basada en el modelo de selección estabilizadora de Ornstein-Uhlenbeck (OU), y la otra basada en un nuevo modelo en el que la evolución de los caracteres puede acelerar o desacelerar (ACDC) en velocidad (por ejemplo, como puede ocurrir durante o después de una radiación adaptativa). La estimación de máxima verosimilitud de los parámetros OU (d) y ACDC (g) puede servir como pruebas de señal filogenética porque una estimación de d o g cercana a cero implica que una filogenia con poca estructura jerárquica (una estrella) ofrece un buen ajuste a los datos. Las transformaciones que mejoran el ajuste de un árbol a los datos comparativos aumentarán la potencia para detectar señal filogenética y también pueden ser preferibles para análisis comparativos adicionales, como el de la evolución de caracteres correlacionados. La aplicación de los métodos a datos de la literatura reveló que, para árboles con 20 o más especies, el 92% de los rasgos exhibieron señal filogenética significativa (prueba de aleatorización), incluyendo rasgos conductuales y ecológicos que se cree que son relativamente maleables evolutivamente (por ejemplo, altamente adaptativos) y/o sujetos a efectos ambientales relativamente fuertes (no genéticos) o altos niveles de error de medición. Independientemente del tamaño de la muestra, la mayoría de los rasgos (pero no el tamaño corporal, en promedio) mostraron menos señal de la esperada dada la topología, las longitudes de rama y un modelo de movimiento browniano de evolución (es decir, K fue menor que uno), lo cual puede atribuirse a la adaptación y/o error de medición en el sentido amplio (incluyendo errores en las estimaciones de fenotipos, longitudes de rama y topología). El análisis de varianza de log K para todos los 121 rasgos (de 35 árboles) indicó que los rasgos conductuales exhiben menor señal que el tamaño corporal, rasgos morfológicos, de historia de vida o fisiológicos. Además, los rasgos fisiológicos (corregidos por tamaño corporal) mostraron menos señal que el tamaño corporal en sí mismo. Para árboles con 20 o más especies, el parámetro de transformación estimado OU (25% de los rasgos) y/o ACDC (40%) difirió significativamente tanto de cero como de la unidad, indicando que un árbol jerárquico con menos (o ocasionalmente más) estructura que el original se ajustaba mejor a los datos y, por lo tanto, podría ser preferido para análisis comparativos.

@article{doi101111j001438202003tb00285x,
    author = "Blomberg, Simon P. y Garland, Theodore e Ives, Anthony R.",
    title = "PRUEBA DE LA SEÑAL FILOGENÉTICA EN DATOS COMPARATIVOS: LOS TRAITOS DE COMPORTAMIENTO SON MÁS LÁBILES",
    year = "2003",
    journal = "Evolución",
    abstract = "La justificación principal para el uso de métodos estadísticos basados en filogenia es que la señal filogenética, la tendencia de las especies relacionadas a parecerse entre sí, es ubicua. Si esta afirmación es cierta para un rasgo dado en una línea evolutiva dada es una pregunta empírica, pero las herramientas generales para detectar y cuantificar la señal filogenética están insuficientemente desarrolladas. Presentamos nuevos métodos para caracteres de valor continuo que pueden implementarse con contrastes filogenéticamente independientes o modelos de mínimos cuadrados generalizados. Primero, un procedimiento de aleatorización simple permite probar la hipótesis nula de no patrón de similitud entre parientes. La prueba demuestra una tasa de error Tipo I correcta en un alfa nominal = 0.05 y buena potencia (0.8) para conjuntos de datos simulados con 20 o más especies. Segundo, derivamos un estadístico descriptivo, K, que permite comparaciones válidas de la cantidad de señal filogenética entre rasgos y árboles. Tercero, proporcionamos dos transformaciones de longitud de rama motivadas biológicamente, una basada en el modelo de selección estabilizadora de Ornstein-Uhlenbeck (OU), y la otra basada en un nuevo modelo en el que la evolución de caracteres puede acelerar o desacelerar (ACDC) en velocidad (por ejemplo, como puede ocurrir durante o después de una radiación adaptativa). La estimación de máxima verosimilitud de los parámetros OU (d) y ACDC (g) puede servir como pruebas de señal filogenética porque una estimación de d o g cercana a cero implica que una filogenia con poca estructura jerárquica (una estrella) ofrece un buen ajuste a los datos. Las transformaciones que mejoran el ajuste de un árbol a datos comparativos aumentarán la potencia para detectar señal filogenética y también pueden ser preferibles para análisis comparativos adicionales, como el de la evolución de caracteres correlacionados. La aplicación de los métodos a datos de la literatura reveló que, para árboles con 20 o más especies, el 92% de los rasgos exhibieron señal filogenética significativa (prueba de aleatorización), incluyendo rasgos de comportamiento y ecológicos que se cree son relativamente maleables evolutivamente (por ejemplo, altamente adaptativos) y/o sujetos a efectos ambientales relativamente fuertes (no genéticos) o altos niveles de error de medición. Independientemente del tamaño de la muestra, la mayoría de los rasgos (pero no el tamaño corporal, en promedio) mostraron menos señal de la esperada dada la topología, las longitudes de rama y un modelo de movimiento browniano de evolución (es decir, K fue menor que uno), lo cual puede atribuirse a adaptación y/o error de medición en el sentido amplio (incluyendo errores en las estimaciones de fenotipos, longitudes de rama y topología). El análisis de varianza de log K para todos los 121 rasgos (de 35 árboles) indicó que los rasgos de comportamiento exhiben menor señal que el tamaño corporal, rasgos morfológicos, de historia de vida o fisiológicos. Además, los rasgos fisiológicos (corregidos por tamaño corporal) mostraron menos señal que el tamaño corporal en sí. Para árboles con 20 o más especies, el parámetro de transformación estimado OU (25% de los rasgos) y/o ACDC (40%) difirió significativamente tanto de cero como de la unidad, indicando que un árbol jerárquico con menos (o ocasionalmente más) estructura que el original se ajustaba mejor a los datos y, por lo tanto, podría ser preferido para análisis comparativos.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.0014-3820.2003.tb00285.x",
    doi = "10.1111/j.0014-3820.2003.tb00285.x",
    openalex = "W1990221500",
    references = "doi1010079781489945419, doi1010160164070486900273, doi10103844766, doi101086284325, doi101086286013, doi101086303327, doi101086343873, doi101086physzool67430163866, doi101093auk1002507, doi101093oso97801985464120010001, doi101093sysbio41118, doi101098rstb19890106, doi101111j001438202000tb00026x, doi101111j001438202001tb00731x, doi1023072412182, doi102307jctt1xp3v3r, doi104159harvard9780674865327, doi105860choice295104, doi105860choice304983, openalexw1550375751, openalexw1558456135"
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@article{doi101016jtree200401003,
    author = "Seehausen, Ole",
    title = "Hibridación y radiación adaptativa",
    year = "2004",
    journal = "Trends in Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.tree.2004.01.003",
    doi = "10.1016/j.tree.2004.01.003",
    openalex = "W2055997230",
    references = "doi101016s0169534700020267, doi101038347550a0, doi101038sjhdy6886170, doi101046j1365294x200101216x, doi101093oso97801950997440010001, doi101093oso97801985052350010001, doi101098rspb19990641, doi101111j155856461981tb04864x, doi101126science27753331808, doi101126science27953592115, doi101146annurevecolsys281359, doi101146annureves16110185000553, doi101579004474472912, doi104159harvard9780674865327, doi105860choice350883"
}

Las radiaciones de peces cíclidos africanos son las radiaciones animales existentes más diversas y proporcionan un sistema único para probar las predicciones de la teoría de la especiación y la radiación adaptativa. En los últimos años se han producido avances importantes en la filogenia, la biogeografía evolutiva y la ecología de los peces cíclidos. La mayor parte de este trabajo se ha centrado en las radiaciones más diversas. Desafortunadamente, se han pasado por alto un gran número de pequeñas radiaciones y 'no-radiaciones', lo que potencialmente limita la contribución del sistema cíclido a nuestra comprensión de la especiación y la radiación adaptativa. He revisado la literatura para identificar 33 radiaciones intralacustres y 76 radiaciones fallidas. Para la mayor cantidad posible, he recopilado información sobre el tamaño del lago, la edad y las relaciones filogenéticas. Utilizo estos datos para abordar dos preguntas: (i) si la tasa de especiación y la riqueza resultante de especies están relacionadas con la variación temporal y espacial de la oportunidad ecológica y (ii) si la probabilidad de experimentar una radiación adaptativa es similar para diferentes linajes de cíclidos africanos. La primera es una predicción clave de la teoría ecológica de la radiación adaptativa que se ha presumido verdadera pero que sigue sin estar probada para las radiaciones cíclidas. La segunda se basa en la hipótesis de que la propensión de los cíclidos a radiarse se debe a una innovación evolutiva clave compartida por todos los cíclidos africanos. La evidencia sugiere que la tasa de especiación disminuye con el tiempo a medida que se van llenando los nichos durante la radiación adaptativa: las radiaciones jóvenes y las etapas iniciales de las radiaciones antiguas se caracterizan por altas tasas de especiación, mientras que al menos 0,5 millones de años después de una radiación, la especiación se vuelve mucho menos frecuente. El número de especies en las radiaciones cíclidas aumenta con el tamaño del lago, apoyando la predicción de que la diversidad de especies aumenta con la heterogeneidad del hábitat, pero también con la oportunidad de aislamiento por distancia. Finalmente, los datos sugieren que la propensión a radiarse dentro de los lagos es una propiedad derivada que evolucionó durante la historia evolutiva de algunos cíclidos africanos, y la aparición de la cual no coincide con la aparición de las innovaciones clave propuestas en morfología e historia de vida.

@article{doi101098rspb20063539,
    author = "Seehausen, Ole",
    title = "Peces cíclidos africanos: un sistema modelo en la investigación de la radiación adaptativa",
    year = "2006",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Las radiaciones de peces cíclidos africanos son las radiaciones animales existentes más diversas y proporcionan un sistema único para probar las predicciones de la teoría de la especiación y la radiación adaptativa. En los últimos años se han producido avances importantes en la filogenia, la biogeografía evolutiva y la ecología de los peces cíclidos. La mayor parte de este trabajo se ha centrado en las radiaciones más diversas. Desafortunadamente, se han pasado por alto un gran número de pequeñas radiaciones y 'no-radiaciones', lo que potencialmente limita la contribución del sistema cíclido a nuestra comprensión de la especiación y la radiación adaptativa. He revisado la literatura para identificar 33 radiaciones intralacustres y 76 radiaciones fallidas. Para la mayor cantidad posible, he recopilado información sobre el tamaño del lago, la edad y las relaciones filogenéticas. Utilizo estos datos para abordar dos preguntas: (i) si la tasa de especiación y la riqueza resultante de especies están relacionadas con la variación temporal y espacial de la oportunidad ecológica y (ii) si la probabilidad de experimentar una radiación adaptativa es similar para diferentes linajes de cíclidos africanos. La primera es una predicción clave de la teoría ecológica de la radiación adaptativa que se ha presumido verdadera pero que sigue sin estar probada para las radiaciones cíclidas. La segunda se basa en la hipótesis de que la propensión de los cíclidos a radiarse se debe a una innovación evolutiva clave compartida por todos los cíclidos africanos. La evidencia sugiere que la tasa de especiación disminuye con el tiempo a medida que se van llenando los nichos durante la radiación adaptativa: las radiaciones jóvenes y las etapas iniciales de las radiaciones antiguas se caracterizan por altas tasas de especiación, mientras que al menos 0,5 millones de años después de una radiación, la especiación se vuelve mucho menos frecuente. El número de especies en las radiaciones cíclidas aumenta con el tamaño del lago, apoyando la predicción de que la diversidad de especies aumenta con la heterogeneidad del hábitat, pero también con la oportunidad de aislamiento por distancia. Finalmente, los datos sugieren que la propensión a radiarse dentro de los lagos es una propiedad derivada que evolucionó durante la historia evolutiva de algunos cíclidos africanos, y la aparición de la cual no coincide con la aparición de las innovaciones clave propuestas en morfología e historia de vida.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2006.3539",
    doi = "10.1098/rspb.2006.3539",
    openalex = "W2097509699",
    references = "doi101038nrg1316, doi101073pnas0506330102"
}

Los biólogos han estado fascinados durante mucho tiempo por la diversidad excepcionalmente alta mostrada por algunos grupos evolutivos. La radiación adaptativa en tales clados no solo es espectacular, sino que también es un proceso extremadamente complejo influenciado por una variedad de factores ecológicos, genéticos y del desarrollo, y fuertemente dependiente de contingencias históricas. Utilizando enfoques de modelado, identificamos 10 patrones generales concernientes a las propiedades temporales, espaciales y genéticas/morfológicas de la radiación adaptativa. Algunos de estos están fuertemente respaldados por trabajo empírico, mientras que para otros, el apoyo empírico es más tentativo. En casi todos los casos, se necesitan más datos. El progreso futuro en nuestra comprensión de la radiación adaptativa será más exitoso si se integran los enfoques teóricos y empíricos, como ha ocurrido en otras áreas de la biología evolutiva.

@article{doi101126science1157966,
    author = "Gavrilets, Sergey y Losos, Jonathan B.",
    title = "Radiación adaptativa: Contraste entre teoría y datos",
    year = "2009",
    journal = "Science",
    abstract = "Los biólogos han estado fascinados durante mucho tiempo por la diversidad excepcionalmente alta mostrada por algunos grupos evolutivos. La radiación adaptativa en tales clados no solo es espectacular, sino que también es un proceso extremadamente complejo influenciado por una variedad de factores ecológicos, genéticos y del desarrollo, y fuertemente dependiente de contingencias históricas. Utilizando enfoques de modelado, identificamos 10 patrones generales concernientes a las propiedades temporales, espaciales y genéticas/morfológicas de la radiación adaptativa. Algunos de estos están fuertemente respaldados por trabajo empírico, mientras que para otros, el apoyo empírico es más tentativo. En casi todos los casos, se necesitan más datos. El progreso futuro en nuestra comprensión de la radiación adaptativa será más exitoso si se integran los enfoques teóricos y empíricos, como ha ocurrido en otras áreas de la biología evolutiva.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1157966",
    doi = "10.1126/science.1157966",
    openalex = "W1968716653",
    references = "doi101016jtree200401003, doi101038nature07285, doi101073pnas0506330102, doi101093oso97801985052350010001, doi101098rspb20080630, doi101111j15585646200800317x, doi101146annurevecolsys281129, doi101146annurevecolsys33010802150448, doi101146annurevecolsys36102803095431, doi1015159780691187051, doi1023072405671, doi1023072407738, doi104159harvard9780674865327, doi105860choice455580, doi107312simp93764"
}

La radiación adaptativa se refiere a la diversificación desde una especie ancestral que produce descendientes adaptados para utilizar una gran variedad de nichos ecológicos distintos. En esta revisión, examino dos aspectos de la radiación adaptativa: primero, que resulta de la oportunidad ecológica, y segundo, que es determinista en términos de su resultado y trayectoria evolutiva. La oportunidad ecológica suele ser un prerrequisito para la radiación adaptativa, aunque en algunos casos, la radiación puede ocurrir en ausencia de oportunidad preexistente. No obstante, muchos clados no logran radiarse, aunque aparentemente estén en presencia de oportunidad ecológica; hasta que se desarrollen métodos para identificar y cuantificar la oportunidad ecológica, el concepto tendrá poca utilidad predictiva para comprender a priori cuándo se espera que un clado radie. Aunque predichas por la teoría, las radiaciones adaptativas replicadas ocurren solo raramente, usualmente en taxones estrechamente relacionados y de mala dispersión encontrados en la misma región en islas o lagos. Las contingencias de diversos tipos pueden usualmente impedir una similitud cercana en el resultado de la diversificación evolutiva en otras situaciones. Si las radiaciones suelen desarrollarse en la misma secuencia general es unclear debido a la falta de fiabilidad de los métodos que requieren la reconstrucción filogenética de eventos ancestrales. La síntesis de avances ecológicos, filogenéticos, experimentales y genómicos promete hacer de los próximos años una edad de oro para el estudio de la radiación adaptativa; sin embargo, los datos de historia natural siempre serán cruciales para comprender las fuerzas que moldean la adaptación y la diversificación evolutiva.

@article{doi101086652433,
    author = "Losos, Jonathan B.",
    title = "Radiación adaptativa, oportunidad ecológica y determinismo evolutivo",
    year = "2010",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "La radiación adaptativa se refiere a la diversificación desde una especie ancestral que produce descendientes adaptados para utilizar una gran variedad de nichos ecológicos distintos. En esta revisión, examino dos aspectos de la radiación adaptativa: primero, que resulta de la oportunidad ecológica, y segundo, que es determinista en términos de su resultado y trayectoria evolutiva. La oportunidad ecológica suele ser un prerrequisito para la radiación adaptativa, aunque en algunos casos, la radiación puede ocurrir en ausencia de oportunidad preexistente. No obstante, muchos clados no logran radiarse, aunque aparentemente estén en presencia de oportunidad ecológica; hasta que se desarrollen métodos para identificar y cuantificar la oportunidad ecológica, el concepto tendrá poca utilidad predictiva para comprender a priori cuándo se espera que un clado radie. Aunque predichas por la teoría, las radiaciones adaptativas replicadas ocurren solo raramente, usualmente en taxones estrechamente relacionados y de mala dispersión encontrados en la misma región en islas o lagos. Las contingencias de diversos tipos pueden usualmente impedir una similitud cercana en el resultado de la diversificación evolutiva en otras situaciones. Si las radiaciones suelen desarrollarse en la misma secuencia general es unclear debido a la falta de fiabilidad de los métodos que requieren la reconstrucción filogenética de eventos ancestrales. La síntesis de avances ecológicos, filogenéticos, experimentales y genómicos promete hacer de los próximos años una edad de oro para el estudio de la radiación adaptativa; sin embargo, los datos de historia natural siempre serán cruciales para comprender las fuerzas que moldean la adaptación y la diversificación evolutiva.",
    url = "https://doi.org/10.1086/652433",
    doi = "10.1086/652433",
    openalex = "W2148362488",
    references = "doi101038nature04843, doi101038nature07893, doi101038nrg1316, doi101073pnas101092598, doi10108010292389509380518, doi101086284196, doi101098rspb20080630, doi101111j15585646200800317x, doi101111j15585646201001026x, doi101126science1098095, doi1023072412953, doi105860choice415285"
}

@incollection{crossref2013adaptive,
    title = "Demografía adaptativa",
    year = "2013",
    booktitle = "Las hormigas fuego",
    url = "https://doi.org/10.2307/j.ctv1dp0txz.34",
    doi = "10.2307/j.ctv1dp0txz.34",
    openalex = "W4239753217",
    pages = "295-303"
}

@article{kapralov2013molecular,
    author = "Kapralov, Maxim V. y Votintseva, Antonina A. y Filatov, Dmitry A.",
    title = "Adaptación molecular durante una radiación adaptativa rápida",
    year = "2013",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/mst013",
    doi = "10.1093/molbev/mst013",
    number = "5",
    openalex = "W2099176711",
    pages = "1051-1059",
    volume = "30",
    references = "doi101016s0022283605803602, doi101093bioinformatics149817, doi101093bioinformaticsbtg180, doi101093bioinformaticsbtm404, doi101093molbevmsm088, doi101093molbevmsm092, doi101093molbevmsn083, doi101111j251761611995tb02031x, doi105962bhltitle59991, doi105962bhltitle82303"
}

Debido a su historia geológica especial, el Archipiélago de Nueva Caledonia es un mosaico de tipos de suelo, y en combinación con las condiciones climáticas, esto resulta en un entorno heterogéneo a través de distancias relativamente pequeñas. Un grupo de más de 20 especies endémicas de Diospyros (Ebenaceae) ha radiado rápidamente y recientemente en el archipiélago tras un único evento de dispersión a larga distancia. La mayoría de las especies de Diospyros en el grupo radiado están bien diferenciadas morfológica y ecológicamente, pero exhiben bajos niveles de variabilidad de ADN. Para investigar los procesos que moldearon la diversificación de este grupo, empleamos secuenciación de ADN asociada a sitios de restricción (RADseq). Más de 8400 SNPs filtrados confirman generalmente las delimitaciones de especies y producen un árbol filogenético bien soportado. Nuestros análisis documentan la introgresión local, pero solo un potencial limitado para el flujo génico a distancias más largas. Las relaciones filogenéticas apuntan a un agrupamiento regional temprano entre poblaciones y especies, indicando que la especiación alopátrica con respecto al macrohábitat (es decir, condiciones climáticas) pudo haber tenido un papel en la diferenciación inicial dentro del grupo. Una radiación posterior, más rápida, involucró divergencia con respecto al microhábitat (es decir, preferencia de suelo). Varias especies hermanas en el grupo muestran una divergencia paralela en preferencia edáfica. Búsquedas de regiones genómicas que están sistemáticamente diferenciadas en esta divergencia fenotípica replicada apuntaron a loci potencialmente involucrados en la unión de iones y transporte celular. Estos loci parecen significativos en el contexto de adaptaciones a tipos de suelo que difieren en contenido de metales pesados y minerales. Cambios idénticos en nucleótidos afectaron solo dos de estos loci, indicando que la introgresión pudo haber jugado un papel limitado en su evolución. Nuestros resultados sugieren que tanto la diversificación alopátrica como la divergencia ecológica (parapatrica) moldearon rondas sucesivas de especiación en la radiación de Diospyros en Nueva Caledonia.

@article{doi101093sysbiosyv076,
    author = "Paun, Ovidiu y Turner, Barbara y Trucchi, Emiliano y Munzinger, Jérôme y Chase, Mark W. y Samuel, Rosabelle",
    title = "Procesos que impulsan la radiación adaptativa de un árbol tropical (Diospyros, Ebenaceae) en Nueva Caledonia, un punto caliente de biodiversidad",
    year = "2015",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Debido a su historia geológica especial, el Archipiélago de Nueva Caledonia es un mosaico de tipos de suelo, y en combinación con las condiciones climáticas, esto resulta en un entorno heterogéneo a través de distancias relativamente pequeñas. Un grupo de más de 20 especies endémicas de Diospyros (Ebenaceae) ha radiado rápidamente y recientemente en el archipiélago tras un único evento de dispersión a larga distancia. La mayoría de las especies de Diospyros en el grupo radiado están bien diferenciadas morfológica y ecológicamente, pero exhiben bajos niveles de variabilidad de ADN. Para investigar los procesos que moldearon la diversificación de este grupo, empleamos secuenciación de ADN asociada a sitios de restricción (RADseq). Más de 8400 SNPs filtrados confirman generalmente las delimitaciones de especies y producen un árbol filogenético bien soportado. Nuestros análisis documentan la introgresión local, pero solo un potencial limitado para el flujo génico a distancias más largas. Las relaciones filogenéticas apuntan a un agrupamiento regional temprano entre poblaciones y especies, indicando que la especiación alopátrica con respecto al macrohábitat (es decir, condiciones climáticas) pudo haber tenido un papel en la diferenciación inicial dentro del grupo. Una radiación posterior, más rápida, involucró divergencia con respecto al microhábitat (es decir, preferencia de suelo). Varias especies hermanas en el grupo muestran una divergencia paralela en preferencia edáfica. Búsquedas de regiones genómicas que están sistemáticamente diferenciadas en esta divergencia fenotípica replicada apuntaron a loci potencialmente involucrados en la unión de iones y transporte celular. Estos loci parecen significativos en el contexto de adaptaciones a tipos de suelo que difieren en contenido de metales pesados y minerales. Cambios idénticos en nucleótidos afectaron solo dos de estos loci, indicando que la introgresión pudo haber jugado un papel limitado en su evolución. Nuestros resultados sugieren que tanto la diversificación alopátrica como la divergencia ecológica (parapatrica) moldearon rondas sucesivas de especiación en la radiación de Diospyros en Nueva Caledonia.",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/syv076",
    doi = "10.1093/sysbio/syv076",
    openalex = "W2179433510",
    references = "doi101007s1268601195487, doi10103835002501, doi101038nmeth2109, doi101093bioinformaticsbtu033, doi101093genetics1552945, doi101093molbevmss075, doi101109gce20105676129, doi101111j1365294x200502553x, doi101111j14718286200501155x, kapralov2013molecular, openalexw3217097258"
}

El proceso de radiación adaptativa —la proliferación de especies a partir de un ancestro único y la diversificación en muchas formas ecológicamente diferentes— ha despertado gran interés en los biólogos evolutivos desde Darwin. Desde mediados del siglo pasado, la oportunidad ecológica ha sido invocada como una posible clave para comprender cuándo y cómo ocurre la radiación adaptativa. El interés en el tema de la oportunidad ecológica ha acelerado a medida que la investigación sobre la radiación adaptativa ha experimentado un resurgimiento, impulsado en parte por avances en enfoques filogenéticos para estudiar la diversificación evolutiva. No obstante, lo que el término realmente significa, y mucho menos cómo conduce mecánicamente a la diversificación adaptativa, está actualmente en debate; si el término tiene algún valor predictivo o es una heurística útil solo para explicaciones post hoc también permanece poco claro. El reciente reconocimiento de que el cambio evolutivo puede ocurrir rápidamente y en una escala de tiempo compatible con los procesos ecológicos sugiere que es tiempo de sintetizar los enfoques ecológicos y evolutivos para el estudio de la ensamblaje de comunidades y la diversificación evolutiva.

@article{doi101146annurevecolsys121415032254,
    author = "Stroud, James T. y Losos, Jonathan B.",
    title = "Oportunidad Ecológica y Radiación Adaptativa",
    year = "2016",
    journal = "Annual Review of Ecology Evolution and Systematics",
    abstract = "El proceso de radiación adaptativa —la proliferación de especies a partir de un ancestro único y la diversificación en muchas formas ecológicamente diferentes— ha despertado gran interés en los biólogos evolutivos desde Darwin. Desde mediados del siglo pasado, la oportunidad ecológica ha sido invocada como una posible clave para comprender cuándo y cómo ocurre la radiación adaptativa. El interés en el tema de la oportunidad ecológica ha acelerado a medida que la investigación sobre la radiación adaptativa ha experimentado un resurgimiento, impulsado en parte por avances en enfoques filogenéticos para estudiar la diversificación evolutiva. No obstante, lo que el término realmente significa, y mucho menos cómo conduce mecánicamente a la diversificación adaptativa, está actualmente en debate; si el término tiene algún valor predictivo o es una heurística útil solo para explicaciones post hoc también permanece poco claro. El reciente reconocimiento de que el cambio evolutivo puede ocurrir rápidamente y en una escala de tiempo compatible con los procesos ecológicos sugiere que es tiempo de sintetizar los enfoques ecológicos y evolutivos para el estudio de la ensamblaje de comunidades y la diversificación evolutiva.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev-ecolsys-121415-032254",
    doi = "10.1146/annurev-ecolsys-121415-032254",
    openalex = "W2327977699",
    references = "doi101007978146124018114, doi101016jcub201311063, doi101016jearscirev201004001, doi101038nature13726, doi101038ncomms5087, doi101038ngeo1475, doi101073pnas1302642110, doi101086282505, doi101086284196, doi101093behecoart058, doi101093oso97801951223430010001, doi101093oso97801985052350010001, doi101093sysbiosyt050, doi101098rspb20080630, doi101111j14209101201002029x, doi101111j14698137200601864x, doi101111j155856461964tb01674x, doi101111j15585646200800317x, doi101111j15585646201001026x, doi101111nph13230, doi101126sciadv1400253, doi101126science1161833, doi101146annurevearth271463, doi101146annurevecolsys281129, doi101146annurevecolsys33010802150448, doi101146annurevecolsys39110707173447, doi101371journalpone0089543, doi1015159780691224244, doi1015159781400847266, doi1023072412953, doi1023073545850, doi104159harvard9780674865327, doi105860choice485062"
}

Los eventos de especiación a menudo ocurren en ráfagas rápidas de diversificación, pero los factores ecológicos y genéticos que promueven estas radiaciones siguen siendo muy debatidos. Utilizando transcriptomas completos de las 13 especies del clado de tomate silvestre (Solanum sect. Lycopersicon), que es ecológica y reproductivamente diverso, inferimos la filogenia de las especies y los patrones de diversidad genética en este grupo. A pesar de la discordancia filogenética generalizada debido a la clasificación de la variación ancestral, fechamos el origen de esta radiación en aproximadamente 2,5 millones de años atrás y encontramos evidencia de al menos tres fuentes de variación genética adaptativa que impulsan la diversificación. Primero, detectamos introgresión tanto históricamente entre linajes tempranos como recientemente entre poblaciones individuales, en loci específicos cuyas funciones indican beneficios adaptativos probables. Segundo, encontramos evidencia de evolución de novo específica del linaje para muchos genes, incluyendo loci involucrados en la producción de color rojo en los frutos. Finalmente, utilizando un enfoque "PhyloGWAS", detectamos la clasificación específica del ambiente de la variación ancestral entre poblaciones que provienen de diferentes especies pero comparten condiciones ambientales comunes. Estimado en todo el clado, se infiere que pequeñas pero sustanciales y aproximadamente iguales fracciones de la porción eucromática del genoma contribuyen a cada una de estas tres fuentes de variación genética adaptativa. Estos resultados indican que múltiples fuentes genéticas pueden promover la diversificación rápida y la especiación en respuesta a nuevas oportunidades ecológicas, de acuerdo con nuestra comprensión filogenómica emergente de la complejidad de tanto radiaciones de especies antiguas como recientes.

@article{doi101371journalpbio1002379,
    author = "Pease, James B. y Haak, David C. y Hahn, Matthew W. y Moyle, Leonie C.",
    title = "Filogenómica revela tres fuentes de variación adaptativa durante una radiación rápida",
    year = "2016",
    journal = "PLoS Biology",
    abstract = {Los eventos de especiación a menudo ocurren en ráfagas rápidas de diversificación, pero los factores ecológicos y genéticos que promueven estas radiaciones siguen siendo muy debatidos. Utilizando transcriptomas completos de las 13 especies del clado de tomate silvestre (Solanum sect. Lycopersicon), que es ecológica y reproductivamente diverso, inferimos la filogenia de las especies y los patrones de diversidad genética en este grupo. A pesar de la discordancia filogenética generalizada debido a la clasificación de la variación ancestral, fechamos el origen de esta radiación en aproximadamente 2,5 millones de años atrás y encontramos evidencia de al menos tres fuentes de variación genética adaptativa que impulsan la diversificación. Primero, detectamos introgresión tanto históricamente entre linajes tempranos como recientemente entre poblaciones individuales, en loci específicos cuyas funciones indican beneficios adaptativos probables. Segundo, encontramos evidencia de evolución de novo específica del linaje para muchos genes, incluyendo loci involucrados en la producción de color rojo en los frutos. Finalmente, utilizando un enfoque "PhyloGWAS", detectamos la clasificación específica del ambiente de la variación ancestral entre poblaciones que provienen de diferentes especies pero comparten condiciones ambientales comunes. Estimado en todo el clado, se infiere que pequeñas pero sustanciales y aproximadamente iguales fracciones de la porción eucromática del genoma contribuyen a cada una de estas tres fuentes de variación genética adaptativa. Estos resultados indican que múltiples fuentes genéticas pueden promover la diversificación rápida y la especiación en respuesta a nuevas oportunidades ecológicas, de acuerdo con nuestra comprensión filogenómica emergente de la complejidad de tanto radiaciones de especies antiguas como recientes.},
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1002379",
    doi = "10.1371/journal.pbio.1002379",
    openalex = "W2272393905",
    references = "doi101038nature10158, doi101038nature11119, doi101038nature13726, doi101093bioinformatics182337, doi101093bioinformaticsbtp352, doi101093bioinformaticsbts635, doi101093bioinformaticsbtu033, doi101093jxberf068, doi101093molbevmsm088, doi101093oso97801985052350010001, doi101111mec12415, doi101126science1157966, doi101126science1188021, doi101126science1194585, doi101146annurevecolsys110512135800, doi101146annurevecolsys39110707173447"
}

Comprender por qué algunas líneas evolutivas generan una diversidad de especies excepcionalmente alta es un objetivo importante en biología evolutiva. Los peces cíclidos haplocrómicos de la región del Lago Victoria en África abarcan >700 especies diversas que todas evolucionaron en los últimos 150.000 años. Cómo pudo evolucionar este 'Superenramado de la Región del Lago Victoria' en escalas de tiempo tan rápidas es una pregunta duradera. Aquí, demostramos que la hibridación entre dos linajes divergentes facilitó este proceso al proporcionar variación genética que posteriormente se recombinó y clasificó en muchas nuevas especies. Notablemente, el evento de hibridación generó una variación alélica excepcional en un gen opsin conocido por estar involucrado en la adaptación y la especiación. De manera más general, la diferenciación entre nuevas especies se acentúa alrededor de variantes que fueron diferencias fijas entre los linajes parentales y que ahora aparecen en muchas nuevas combinaciones en las especies de radiación. Concluimos que la hibridación entre linajes divergentes, cuando coincide con la oportunidad ecológica, puede facilitar una radiación adaptativa rápida y extensa.

@article{doi101038ncomms14363,
    author = "Meier, Joana I. y Marques, David A. y Mwaiko, Salome y Wagner, Catherine E. y Excoffier, Laurent y Seehausen, Ole",
    title = "La hibridación antigua impulsa rápidas radiaciones adaptativas de peces cíclidos",
    year = "2017",
    journal = "Nature Communications",
    abstract = "Comprender por qué algunas líneas evolutivas generan una diversidad de especies excepcionalmente alta es un objetivo importante en biología evolutiva. Los peces cíclidos haplocrómicos de la región del Lago Victoria en África abarcan >700 especies diversas que todas evolucionaron en los últimos 150.000 años. Cómo pudo evolucionar este 'Superenramado de la Región del Lago Victoria' en escalas de tiempo tan rápidas es una pregunta duradera. Aquí, demostramos que la hibridación entre dos linajes divergentes facilitó este proceso al proporcionar variación genética que posteriormente se recombinó y clasificó en muchas nuevas especies. Notablemente, el evento de hibridación generó una variación alélica excepcional en un gen opsin conocido por estar involucrado en la adaptación y la especiación. De manera más general, la diferenciación entre nuevas especies se acentúa alrededor de variantes que fueron diferencias fijas entre los linajes parentales y que ahora aparecen en muchas nuevas combinaciones en las especies de radiación. Concluimos que la hibridación entre linajes divergentes, cuando coincide con la oportunidad ecológica, puede facilitar una radiación adaptativa rápida y extensa.",
    url = "https://doi.org/10.1038/ncomms14363",
    doi = "10.1038/ncomms14363",
    openalex = "W2587197905",
    references = "doi101016jtree200401003, doi101038nature05706, doi101038nature13726, doi101038nmeth1923, doi101073pnas86166196, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093bioinformaticsbtr330, doi101111j14209101201202599x, doi101111j155856461954tb01504x, doi101111j17550998201002847x, doi101111mec12354, doi101126science1188021, doi101126science29054941151, doi101371journalpcbi1003537, doi1014601phytopatholmediterr14998u129, doi101579004474472912"
}

La subtribu Espeletiinae (Asteraceae), endémica de las altas elevaciones en los Andes del Norte, exhibe una diversidad excepcional de especies, formas de crecimiento y estrategias reproductivas. Este complejo de 140 especies incluye árboles grandes, árboles dicotómicos, arbustos y las extraordinarias rosetas gigantes caulescentes, consideradas un ejemplo clásico de adaptación en ecosistemas de alta elevación tropical. La subtribu también ha sido reconocida durante mucho tiempo como un caso prominente de radiación adaptativa, pero la comprensión de su evolución ha sido obstaculizada por una falta de resolución filogenética. En este trabajo, producimos la primera filogenia totalmente resuelta de todos los grupos morfológicos de Espeletiinae, utilizando plastomas completos y aproximadamente un millón de nucleótidos nucleares obtenidos con un procedimiento de ensamblaje de novo original sin genoma de referencia, y analizados con enfoques tradicionales y basados en coalescencia que consideran el posible impacto del ordenamiento incompleto de linajes y la hibridación en la inferencia filogenética. Mostramos que la diversificación de Espeletiinae comenzó desde un ancestro de roseta hace aproximadamente 2,3 Ma, después del levantamiento final de los Andes del Norte. Esto fue seguido por dos radiaciones independientes en los Andes colombianos y venezolanos, con algunos eventos de dispersión trans-cordillerana entre linajes de árboles de baja elevación, pero ninguno entre rosetas de alta elevación. Demostramos escenarios complejos de cambio morfológico en Espeletiinae, que usualmente implican la evolución convergente de formas de crecimiento con frecuentes pérdidas/ganancias de varios rasgos. Por ejemplo, las rosetas caulescentes evolucionaron independientemente en ambos países, probablemente como adaptaciones convergentes a la vida en hábitats de alta elevación tropical. Las formas de crecimiento arbóreo evolucionaron independientemente tres veces desde la colonización repetida de elevaciones más bajas por ancestros de rosetas de alta elevación. La tasa de diversificación morfológica aumentó durante la fase temprana de la radiación, después de lo cual disminuyó constantemente hasta el presente. Por otro lado, la tasa de diversificación de especies en la radiación venezolana mejor muestreada fue en promedio muy alta (3,1 spp/My), con una variación significativa de tasas entre formas de crecimiento (mucho mayor en rosetas caulescentes polícarpicas). Nuestros resultados señalan un escenario donde tanto la evolución morfológica adaptativa como el aislamiento geográfico debido a las oscilaciones climáticas del Pleistoceno desencadenaron una radiación excepcionalmente rápida para un grupo de plantas continental.

@article{doi101093sysbiosyy022,
    author = "Pouchon, Charles and Fernández, Ángel and Nassar, Jafet M. and Boyer, Frédéric and Aubert, S. and Lavergne, Sébastien and Mavárez, Jesús",
    title = "Phylogenomic Analysis of the Explosive Adaptive Radiation of the Espeletia Complex (Asteraceae) in the Tropical Andes",
    year = "2018",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "The subtribe Espeletiinae (Asteraceae), endemic to the high-elevations in the Northern Andes, exhibits an exceptional diversity of species, growth-forms, and reproductive strategies. This complex of 140 species includes large trees, dichotomous trees, shrubs and the extraordinary giant caulescent rosettes, considered as a classic example of adaptation in tropical high-elevation ecosystems. The subtribe has also long been recognized as a prominent case of adaptive radiation, but the understanding of its evolution has been hampered by a lack of phylogenetic resolution. Herein, we produce the first fully resolved phylogeny of all morphological groups of Espeletiinae, using whole plastomes and about a million nuclear nucleotides obtained with an original de novo assembly procedure without reference genome, and analyzed with traditional and coalescent-based approaches that consider the possible impact of incomplete lineage sorting and hybridization on phylogenetic inference. We show that the diversification of Espeletiinae started from a rosette ancestor about 2.3 Ma, after the final uplift of the Northern Andes. This was followed by two independent radiations in the Colombian and Venezuelan Andes, with a few trans-cordilleran dispersal events among low-elevation tree lineages but none among high-elevation rosettes. We demonstrate complex scenarios of morphological change in Espeletiinae, usually implying the convergent evolution of growth-forms with frequent loss/gains of various traits. For instance, caulescent rosettes evolved independently in both countries, likely as convergent adaptations to life in tropical high-elevation habitats. Tree growth-forms evolved independently three times from the repeated colonization of lower elevations by high-elevation rosette ancestors. The rate of morphological diversification increased during the early phase of the radiation, after which it decreased steadily towards the present. On the other hand, the rate of species diversification in the best-sampled Venezuelan radiation was on average very high (3.1 spp/My), with significant rate variation among growth-forms (much higher in polycarpic caulescent rosettes). Our results point out a scenario where both adaptive morphological evolution and geographical isolation due to Pleistocene climatic oscillations triggered an exceptionally rapid radiation for a continental plant group.",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/syy022",
    doi = "10.1093/sysbio/syy022",
    openalex = "W2794322919",
    references = "doi101038ncomms12384"
}

La radiación adaptativa de peces cíclidos en el Lago Malawi de África Oriental abarca más de 500 especies que se cree que evolucionaron en los últimos 800.000 años a partir de una población fundadora común. Se ha propuesto que la hibridación entre linajes ancestrales puede proporcionar la materia prima genética para impulsar tasas de diversificación excepcionalmente altas, y recientemente se ha presentado evidencia de esto para el supergrupo de cíclidos de la región del Lago Victoria. Aquí, informamos que los genomas de cíclidos del Lago Malawi también muestran evidencia de hibridación entre dos linajes que se separaron hace 3-4 Ma, representados hoy por cíclidos del Lago Victoria y el río Astatotilapia sp. "ruaha blue". Las dos ancestrías en los genomas de cíclidos de Malawi están presentes en grandes bloques de varios kilobases, pero hay poca variación en este patrón entre las especies de cíclidos de Malawi, lo que sugiere que la estructura mosaica a gran escala de los genomas se estableció en gran medida antes de la radiación. No obstante, decenas de miles de variantes polimórficas aparentemente derivadas de la hibridación están dispersas en los genomas. Estos loci muestran un exceso notable de diferenciación a través de los subgrupos ecológicos en el ensamblaje de cíclidos del Lago Malawi, y los alelos parentales se clasifican diferencialmente en linajes de cíclidos de Malawi bentónicos y pelágicos, consistente con una fuerte selección diferencial en estos loci durante la divergencia de especies. Además, estos loci están enriquecidos para genes involucrados en la respuesta inmune y la visión, incluidos genes opsin previamente identificados como importantes para la especiación. Nuestros resultados refuerzan el papel de la hibridación ancestral en la diversificación explosiva al demostrar su importancia en una de las mayores radiaciones adaptativas de vertebrados recientes.

@article{doi101093molbevmsz294,
    author = "Svardal, Hannes y Quah, Fu Xiang y Malinsky, Milan y Ngatunga, Benjamin P. y Miska, Eric A. y Salzburger, Walter y Genner, Martin J. y Turner, George F. y Durbin, Richard",
    title = "Hibridación ancestral facilitó la diversificación de especies en la radiación adaptativa de peces cíclidos del Lago Malawi",
    year = "2019",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = {La radiación adaptativa de peces cíclidos en el Lago Malawi de África Oriental abarca más de 500 especies que se cree que evolucionaron en los últimos 800.000 años a partir de una población fundadora común. Se ha propuesto que la hibridación entre linajes ancestrales puede proporcionar la materia prima genética para impulsar tasas de diversificación excepcionalmente altas, y recientemente se ha presentado evidencia de esto para el supergrupo de cíclidos de la región del Lago Victoria. Aquí, informamos que los genomas de cíclidos del Lago Malawi también muestran evidencia de hibridación entre dos linajes que se separaron hace 3-4 Ma, representados hoy por cíclidos del Lago Victoria y el río Astatotilapia sp. "ruaha blue". Las dos ancestrías en los genomas de cíclidos de Malawi están presentes en grandes bloques de varios kilobases, pero hay poca variación en este patrón entre las especies de cíclidos de Malawi, lo que sugiere que la estructura mosaica a gran escala de los genomas se estableció en gran medida antes de la radiación. No obstante, decenas de miles de variantes polimórficas aparentemente derivadas de la hibridación están dispersas en los genomas. Estos loci muestran un exceso notable de diferenciación a través de los subgrupos ecológicos en el ensamblaje de cíclidos del Lago Malawi, y los alelos parentales se clasifican diferencialmente en linajes de cíclidos de Malawi bentónicos y pelágicos, consistente con una fuerte selección diferencial en estos loci durante la divergencia de especies. Además, estos loci están enriquecidos para genes involucrados en la respuesta inmune y la visión, incluidos genes opsin previamente identificados como importantes para la especiación. Nuestros resultados refuerzan el papel de la hibridación ancestral en la diversificación explosiva al demostrar su importancia en una de las mayores radiaciones adaptativas de vertebrados recientes.},
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msz294",
    doi = "10.1093/molbev/msz294",
    openalex = "W2994857231",
    references = "doi101038s415590180717x, doi101038s4157601800439"
}

Un resultado clave de la evolución por selección natural es la adaptación. Desde el inicio de la era de la genética, los biólogos evolutivos se han centrado en la evolución de los genes nucleares como la base de la adaptación. Los cambios en el genoma mitocondrial fueron durante mucho tiempo vistos como resultado de la deriva y poco importantes para la aptitud del organismo. Sin embargo, nuevas teorías y observaciones empíricas implican que los cambios en la función mitocondrial son un componente central de la adaptación relacionada con la temperatura, la presión de oxígeno y la dieta. La nueva función mitocondrial subyacente a la evolución adaptativa es producto de genes mitocondriales y nucleares interactuantes para crear cambios en el sistema de transporte de electrones, y se ha encontrado que la variación en los genotipos mitocondriales juega un papel clave en tal evolución adaptativa de los eucariotas. Aparece evidencia de que los cambios en la función mitocondrial resultantes de la coevolución mitonuclear subyacen a innovaciones evolutivas clave asociadas con radiaciones adaptativas mayores, incluyendo la transición de la locomoción terrestre al vuelo. Discuto la evidencia empírica que respalda un papel clave de la coevolución mitonuclear en la adaptación y la radiación adaptativa y las implicaciones para las ideas fundamentales en ecología y evolución.

@incollection{hill2019adaptation,
    author = "Hill, Geoffrey E.",
    title = "Adaptación y radiación adaptativa",
    year = "2019",
    booktitle = "Ecología mitonuclear",
    abstract = "Un resultado clave de la evolución por selección natural es la adaptación. Desde el inicio de la era de la genética, los biólogos evolutivos se han centrado en la evolución de los genes nucleares como la base de la adaptación. Los cambios en el genoma mitocondrial fueron durante mucho tiempo vistos como resultado de la deriva y poco importantes para la aptitud del organismo. Sin embargo, nuevas teorías y observaciones empíricas implican que los cambios en la función mitocondrial son un componente central de la adaptación relacionada con la temperatura, la presión de oxígeno y la dieta. La nueva función mitocondrial subyacente a la evolución adaptativa es producto de genes mitocondriales y nucleares interactuantes para crear cambios en el sistema de transporte de electrones, y se ha encontrado que la variación en los genotipos mitocondriales juega un papel clave en tal evolución adaptativa de los eucariotas. Aparece evidencia de que los cambios en la función mitocondrial resultantes de la coevolución mitonuclear subyacen a innovaciones evolutivas clave asociadas con radiaciones adaptativas mayores, incluyendo la transición de la locomoción terrestre al vuelo. Discuto la evidencia empírica que respalda un papel clave de la coevolución mitonuclear en la adaptación y la radiación adaptativa y las implicaciones para las ideas fundamentales en ecología y evolución.",
    url = "https://doi.org/10.1093/oso/9780198818250.003.0009",
    doi = "10.1093/oso/9780198818250.003.0009",
    openalex = "W2950118603",
    pages = "199-243"
}

La radiación adaptativa es un proceso evolutivo que ha sido promovido en algunos clados como una explicación para la riqueza de especies y la disparidad en formas morfológicas a lo largo de gradientes ecológicos. Los estudios diseñados para elucidar los mecanismos y causas de la radiación adaptativa se han centrado principalmente en sistemas animales, pero los clados de plantas tienen un gran potencial para responder a preguntas elusivas sobre las radiaciones adaptativas. Los objetivos de esta revisión son (1) producir una comprensión sintética de las radiaciones adaptativas a través de estudios que han investigado sistemas de plantas, (2) reflexionar críticamente sobre estudios contemporáneos para destacar cómo los enfoques han sido exitosos así como limitantes, y (3) delinear las lagunas en nuestra comprensión de las radiaciones adaptativas mientras se enfatiza que las plantas tienen características ideales para responder a preguntas futuras. Se destacan treinta y cinco clados de radiación adaptativa, de los cuales varios están respaldados con múltiples líneas de evidencia, como las espadas de plata de Hawái, las lobeliadas de Hawái y las aquilegias. Los ejemplos de radiación adaptativa en plantas son comúnmente insulares, diversificados en el Mioceno o Plioceno, asociados con oportunidades ecológicas mediadas por dispersión, son poliploides y han experimentado hibridación. A partir de esos estudios, se propone un modelo general de radiación adaptativa insular en plantas. Se consideran las limitaciones de la actual dependencia de enfoques comparativos filogenéticos para detectar radiaciones adaptativas, y se aboga por un enfoque integrador que incluya filogenética, genómica y ecología evolutiva. La revisión concluye con un llamado a estudios adicionales que son necesarios antes de que podamos comprender plenamente las radiaciones adaptativas, y estos incluyen lo siguiente: (1) ¿cómo influyen las interacciones biológicas en las radiaciones adaptativas?, (2) ¿qué papel juega el cambio ambiental en la generación de oportunidades ecológicas?, (3) ¿cómo impulsa la evolución genética la radiación adaptativa?, (4) ¿explican adecuadamente los modelos el proceso de radiación adaptativa?, (5) ¿cuál es el papel de la hibridación, y (6) ¿por qué algunos grupos no experimentan radiación adaptativa después de la oportunidad ecológica?

@article{doi101086713445,
    author = "Schenk, John J.",
    title = "The Next Generation of Adaptive Radiation Studies in Plants",
    year = "2021",
    journal = "International Journal of Plant Sciences",
    abstract = "La radiación adaptativa es un proceso evolutivo que ha sido promovido en algunos clados como una explicación para la riqueza de especies y la disparidad en formas morfológicas a lo largo de gradientes ecológicos. Los estudios diseñados para elucidar los mecanismos y causas de la radiación adaptativa se han centrado principalmente en sistemas animales, pero los clados de plantas tienen un gran potencial para responder a preguntas elusivas sobre las radiaciones adaptativas. Los objetivos de esta revisión son (1) producir una comprensión sintética de las radiaciones adaptativas a través de estudios que han investigado sistemas de plantas, (2) reflexionar críticamente sobre estudios contemporáneos para destacar cómo los enfoques han sido exitosos así como limitantes, y (3) delinear las lagunas en nuestra comprensión de las radiaciones adaptativas mientras se enfatiza que las plantas tienen características ideales para responder a preguntas futuras. Se destacan treinta y cinco clados de radiación adaptativa, de los cuales varios están respaldados con múltiples líneas de evidencia, como las espadas de plata de Hawái, las lobeliadas de Hawái y las aquilegias. Los ejemplos de radiación adaptativa en plantas son comúnmente insulares, diversificados en el Mioceno o Plioceno, asociados con oportunidades ecológicas mediadas por dispersión, son poliploides y han experimentado hibridación. A partir de esos estudios, se propone un modelo general de radiación adaptativa insular en plantas. Se consideran las limitaciones de la actual dependencia de enfoques comparativos filogenéticos para detectar radiaciones adaptativas, y se aboga por un enfoque integrador que incluya filogenética, genómica y ecología evolutiva. La revisión concluye con un llamado a estudios adicionales que son necesarios antes de que podamos comprender plenamente las radiaciones adaptativas, y estos incluyen lo siguiente: (1) ¿cómo influyen las interacciones biológicas en las radiaciones adaptativas?, (2) ¿qué papel juega el cambio ambiental en la generación de oportunidades ecológicas?, (3) ¿cómo impulsa la evolución genética la radiación adaptativa?, (4) ¿explican adecuadamente los modelos el proceso de radiación adaptativa?, (5) ¿cuál es el papel de la hibridación, y (6) ¿por qué algunos grupos no experimentan radiación adaptativa después de la oportunidad ecológica?",
    url = "https://doi.org/10.1086/713445",
    doi = "10.1086/713445",
    openalex = "W3126856616",
    references = "doi101016jtree200401003, doi10103827900, doi10103844766, doi101038nrg3095, doi101093bioinformaticsbtm538, doi101111j001438202003tb00285x, doi101126science1086949, doi101126science1090228, doi101146annureves18110187001321, doi1023072411924, kapralov2013molecular"
}

Las radiaciones adaptativas son laboratorios ricos para explorar, probar y comprender teorías clave en evolución y ecología porque ofrecen espectaculares muestras de especiación y adaptación ecológica. Los desafíos particulares para el estudio de la radiación adaptativa incluyen altos niveles de riqueza de especies, especiación rápida y flujo génico entre especies. Durante la última década, las tecnologías de secuenciación de alto rendimiento y el acceso a datos genómicos de poblaciones han reducido estos desafíos al permitir el análisis de muestras de muchos organismos individuales a escala de genoma completo. Aquí revisamos cómo los datos genómicos de poblaciones han facilitado nuestro conocimiento sobre la radiación adaptativa en cinco áreas clave: (1) filogenética, (2) hibridación, (3) tiempo y tasas de diversificación, (4) la base genómica de la evolución de rasgos y (5) el papel de la estructura del genoma en la divergencia. Revisamos el conocimiento actual en cada área, destacamos preguntas pendientes y nos centramos en métodos que facilitan la detección de patrones complejos en la divergencia y la demografía de poblaciones a lo largo del tiempo. Está claro que los datos genómicos de poblaciones están revolucionando la capacidad de reconstruir la historia evolutiva en clados que se diversifican rápidamente. Además, los estudios están enfatizando cada vez más el papel central del flujo génico, la reutilización de la variación genética existente durante la adaptación y los elementos genómicos estructurales como facilitadores del proceso de especiación en las radiaciones adaptativas. Destacamos la hibridación y los procesos hipotéticos por los cuales esta moldea la diversificación, así como preguntas que buscan cerrar la brecha entre procesos microevolutivos y macroevolutivos como áreas ricas para futuros estudios. En general, el acceso a datos genómicos de poblaciones ha facilitado una época emocionante en la investigación de la radiación adaptativa, con implicaciones para una comprensión más profunda de los procesos evolutivos fundamentales en todo el árbol de la vida.

@article{doi101111mec17574,
    author = "Combrink, Lucia L. y Golcher‐Benavides, Jimena y Lewanski, Alexander L. y Rick, Jessica A. y Rosenthal, William C. y Wagner, Catherine E.",
    title = "Genómica de poblaciones de la radiación adaptativa",
    year = "2024",
    journal = "Molecular Ecology",
    abstract = "Las radiaciones adaptativas son laboratorios ricos para explorar, probar y comprender teorías clave en evolución y ecología porque ofrecen espectaculares muestras de especiación y adaptación ecológica. Los desafíos particulares para el estudio de la radiación adaptativa incluyen altos niveles de riqueza de especies, especiación rápida y flujo génico entre especies. Durante la última década, las tecnologías de secuenciación de alto rendimiento y el acceso a datos genómicos de poblaciones han reducido estos desafíos al permitir el análisis de muestras de muchos organismos individuales a escala de genoma completo. Aquí revisamos cómo los datos genómicos de poblaciones han facilitado nuestro conocimiento sobre la radiación adaptativa en cinco áreas clave: (1) filogenética, (2) hibridación, (3) tiempo y tasas de diversificación, (4) la base genómica de la evolución de rasgos y (5) el papel de la estructura del genoma en la divergencia. Revisamos el conocimiento actual en cada área, destacamos preguntas pendientes y nos centramos en métodos que facilitan la detección de patrones complejos en la divergencia y la demografía de poblaciones a lo largo del tiempo. Está claro que los datos genómicos de poblaciones están revolucionando la capacidad de reconstruir la historia evolutiva en clados que se diversifican rápidamente. Además, los estudios están enfatizando cada vez más el papel central del flujo génico, la reutilización de la variación genética existente durante la adaptación y los elementos genómicos estructurales como facilitadores del proceso de especiación en las radiaciones adaptativas. Destacamos la hibridación y los procesos hipotéticos por los cuales esta moldea la diversificación, así como preguntas que buscan cerrar la brecha entre procesos microevolutivos y macroevolutivos como áreas ricas para futuros estudios. En general, el acceso a datos genómicos de poblaciones ha facilitado una época emocionante en la investigación de la radiación adaptativa, con implicaciones para una comprensión más profunda de los procesos evolutivos fundamentales en todo el árbol de la vida.",
    url = "https://doi.org/10.1111/mec.17574",
    doi = "10.1111/mec.17574",
    openalex = "W4405759961",
    references = "doi101086713445"
}