Ascidias

@article{orton1913the11,
    author = "Orton, J. H",
    title = "Los mecanismos cilíares en las branquias y el modo de alimentación en Amphioxus, Ascidians y Solenomyo togato",
    year = "1913",
    journal = "Journal of the Marine Biological Association of the United Kingdom, v. 10, p. 19-49",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Orton, J. H., 1913, Los mecanismos cilíares en las branquias y el modo de alimentación en Amphioxus, Ascidians y Solenomyo togato: Journal of the Marine Biological Association of the United Kingdom, v. 10, p. 19-49.}"
}

@article{berrill1947metamorphosis,
    author = "Berrill, N. J.",
    title = "Metamorfosis en ascidias",
    year = "1947",
    journal = "Journal of Morphology",
    url = "https://doi.org/10.1002/jmor.1050810207",
    doi = "10.1002/jmor.1050810207",
    number = "2",
    pages = "249-267",
    volume = "81"
}

@misc{florey1951reizphysiologie6,
    author = "Florey, E",
    title = "Reizphysiologie Untersuchungen an der Ascidie Ciona intestinatis",
    year = "1951",
    howpublished = "Biologisches Zentralblatt, v. 70, p. 523-530",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Florey, E., 1951, Reizphysiologie Untersuchungen an der Ascidie Ciona intestinatis: Biologisches Zentralblatt, v. 70, p. 523-530.}"
}

@misc{millar1953ciona10,
    author = "Millar, R. H",
    title = "Ciona",
    year = "1953",
    howpublished = "Liverpool Marine Biological Committee Memoirs on Typical British Marine Plants and Animals, v. 35; 122 pp",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Millar, R. H., 1953, Ciona: Liverpool Marine Biological Committee Memoirs on Typical British Marine Plants and Animals, v. 35; 122 pp.}"
}

@incollection{abbott1957ascidians,
    author = "Abbott, D. P.",
    title = "Ascidias",
    year = "1957",
    booktitle = "Memorias de la Sociedad Geológica de América",
    url = "https://doi.org/10.1130/mem67v1-p1197",
    doi = "10.1130/mem67v1-p1197",
    pages = "1197-1200"
}

@misc{dodd1966an3,
    author = "Dodd, J. M. y Dodd, M. H. I",
    title = "Una Investigación Experimental de las Aparentes Afinidades Hipofisarias del Complejo Neural de Ascidias, en Barnes, H., ed., Algunos Estudios Contemporáneos en Ciencias Marinas",
    year = "1966",
    howpublished = "Londres, Allen and Unwin",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Dodd, J. M., y Dodd, M. H. I., 1966, Una Investigación Experimental de las Aparentes Afinidades Hipofisarias del Complejo Neural de Ascidias, en Barnes, H., ed., Algunos Estudios Contemporáneos en Ciencias Marinas: Londres, Allen and Unwin.}"
}

@inproceedings{carlisle1968vanadium1,
    author = "Carlisle, D. B",
    title = "Vanadium y otros metales en ascidias",
    year = "1968",
    booktitle = "Proceedings of the Royal Society, London B, v. 71, p. 31-42",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Carlisle, D. B., 1968, Vanadium y otros metales en ascidias: Proceedings of the Royal Society, London B, v. 71, p. 31-42.}"
}

@misc{eakin1971ultrastructure4,
    author = "Eakin, R. M. y Kuda, A",
    title = "Ultraestructura de los receptores sensoriales en larvas de ascidias",
    year = "1971",
    howpublished = "Zeitschrift für Zellforschung und Mikroskopische Anatomie, v. 112, p. 287-312",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Eakin, R. M., y Kuda, A., 1971, Ultraestructura de los receptores sensoriales en larvas de ascidias: Zeitschrift für Zellforschung und Mikroskopische Anatomie, v. 112, p. 287-312.}"
}

@misc{goodbody1974the7,
    author = "Goodbody, I",
    title = "La fisiología de los acsidios",
    year = "1974",
    howpublished = "Advances in Marine Biology, v. 12, p. 1-149",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Goodbody, I., 1974, La fisiología de los acsidios: Advances in Marine Biology, v. 12, p. 1-149.}"
}

@article{mackie1974behavior8,
    author = "Mackie, G. O",
    title = "Comportamiento de un ascidio compuesto",
    year = "1974",
    journal = "Canadian Journal of Zoology, v. 52, p. 23-27",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Mackie, G. O., 1974, Comportamiento de un ascidio compuesto: Canadian Journal of Zoology, v. 52, p. 23-27.}"
}

@inproceedings{mackie1974branchial9,
    author = "Mackie, G. O. y Paul, D. H. y Singla, C. M. y Sleigh, M. A. y Williams, D. E",
    title = "Inervación branquial y control ciliar en el ascidio Corella",
    year = "1974",
    booktitle = "Proceedings of the Royal Society, London B, v. 187, p. 1-35",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Mackie, G. O., Paul, D. H., Singla, C. M., Sleigh, M. A., y Williams, D. E., 1974, Inervación branquial y control ciliar en el ascidio Corella: Proceedings of the Royal Society, London B, v. 187, p. 1-35.}"
}

@incollection{cloney1978ascidian2,
    author = "Cloney, R. A",
    editor = "Chia, F. S. and Rice, M. E.",
    title = "Metamorfosis de ascidias: revisión y análisis",
    year = "1978",
    booktitle = "Asentamiento y Metamorfosis de Larvas de Invertebrados Marinos",
    publisher = "New York, Elsevier, p. 255-282",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Cloney, R. A., 1978, Metamorfosis de ascidias: revisión y análisis, en Chia, F. S., y Rice, M. E., eds., Asentamiento y Metamorfosis de Larvas de Invertebrados Marinos: New York, Elsevier, p. 255-282.}"
}

@misc{flood1978filter5,
    author = "Flood, P. R",
    title = "Características de filtrado de las redes de captura de alimento de los appendicularians",
    year = "1978",
    howpublished = "Experientia, v. 34, p. 173-175",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Flood, P. R., 1978, Características de filtrado de las redes de captura de alimento de los appendicularians: Experientia, v. 34, p. 173-175.}"
}

La retención de partículas en Ascidiella aspersa, Molgula manhattensis, Clavelina lepadiformis y Ciona intestinalis se determinó mediante comparaciones de distribuciones de tamaño de partículas en el agua inhalada y exhalada. Las partículas de hasta 2-3 jun se retuvieron completamente y la eficiencia de retención de partículas más pequeñas disminuyó a aproximadamente 70 "/o para partículas de 1 ~u n. No hubo indicación de que las ascidias pudieran ajustar su eficiencia de retención. Las tasas de filtración (F, m1 min-l) en función del peso seco total (W,,,,,, g) se pudieron expresar como F = 54.4 W,0,,,'-05 en A. aspersa y F = 46.4 Wr0r,P-84 en C. intestinalis. Se concluye que las ascidias sin perturbación filtran el agua continuamente a tasas constantes.

@article{doi103354meps001055,
    author = "Randløv, Anders y Riisgård, Hans Ulrik",
    title = "Eficiencia de la retención de partículas y tasa de filtración en cuatro especies de ascidias",
    year = "1979",
    journal = "Marine Ecology Progress Series",
    abstract = {La retención de partículas en Ascidiella aspersa, Molgula manhattensis, Clavelina lepadiformis y Ciona intestinalis se determinó mediante comparaciones de distribuciones de tamaño de partículas en el agua inhalada y exhalada. Las partículas de hasta 2-3 jun se retuvieron completamente y la eficiencia de retención de partículas más pequeñas disminuyó a aproximadamente 70 "/o para partículas de 1 \textasciitilde u n. No hubo indicación de que las ascidias pudieran ajustar su eficiencia de retención. Las tasas de filtración (F, m1 min-l) en función del peso seco total (W,,,,,, g) se pudieron expresar como F = 54.4 W,0,,,'-05 en A. aspersa y F = 46.4 Wr0r,P-84 en C. intestinalis. Se concluye que las ascidias sin perturbación filtran el agua continuamente a tasas constantes.},
    url = "https://doi.org/10.3354/meps001055",
    doi = "10.3354/meps001055",
    openalex = "W2055314763"
}

Se han determinado y comparado las características de filtración en alimentadores por filtración mediante cilios y redes de moco. Los alimentadores por cilios incluyen el poliqueto Sabella penicillus, el briozoario Terebratulina retuso, los bivalvos marinos Monia squama, Cardiurn glaucum y Petricola pholadiformis, y los bivalvos de agua dulce Dreissena polymorpha, Unio pictamrn y Anodonta cygnea. Los alimentadores por redes de moco son el poliqueto Chaetopterus variopedatus, el gasterópodo Crepidula fomicata y los ascidios Sfyela clava, Ciona intestinalis, Ascidia virginia, Ascidia obliqua y Ascidia mentula. La eficiencia de retención de partículas en función del tamaño de partícula se determinó contando partículas en muestras de agua inhalante y exhalante. El umbral inferior para la retención eficiente de partículas varió de aproximadamente 6 p m en T. retuso a aproximadamente 1 p n en D. polyrnorpha. Las redes de moco retuvieron eficientemente partículas hasta 1 a 2 pm. La alimentación por filtración se caracteriza por el procesamiento de agua a bajas presiones (5 l mm H,O). Se comparan los mecanismos de procesamiento de agua y retención de partículas en briozoarios y bivalvos. Se concluye que el flujo laminar de corrientes de paso y corrientes superficiales en briozoarios es consistente con la hipótesis de captura de partículas suspendidas mediante fuerzas viscosas que actúan sobre las partículas en la zona de contacto entre los 2 sistemas de flujo.

@article{doi103354meps015283,
    author = "Jørgensen, CB y Kørboe, T y Møhlenberg, F y Riisgård, Hans Ulrik",
    title = "Alimentación por filtración mediante cilios y redes de moco, con referencia especial a las características mecánicas de los fluidos",
    year = "1984",
    journal = "Serie de Ecología Marina en Progreso",
    abstract = "Se han determinado y comparado las características de filtración en alimentadores por filtración mediante cilios y redes de moco. Los alimentadores por cilios incluyen el poliqueto Sabella penicillus, el briozoario Terebratulina retuso, los bivalvos marinos Monia squama, Cardiurn glaucum y Petricola pholadiformis, y los bivalvos de agua dulce Dreissena polymorpha, Unio pictamrn y Anodonta cygnea. Los alimentadores por redes de moco son el poliqueto Chaetopterus variopedatus, el gasterópodo Crepidula fomicata y los ascidios Sfyela clava, Ciona intestinalis, Ascidia virginia, Ascidia obliqua y Ascidia mentula. La eficiencia de retención de partículas en función del tamaño de partícula se determinó contando partículas en muestras de agua inhalante y exhalante. El umbral inferior para la retención eficiente de partículas varió de aproximadamente 6 p m en T. retuso a aproximadamente 1 p n en D. polyrnorpha. Las redes de moco retuvieron eficientemente partículas hasta 1 a 2 pm. La alimentación por filtración se caracteriza por el procesamiento de agua a bajas presiones (5 l mm H,O). Se comparan los mecanismos de procesamiento de agua y retención de partículas en briozoarios y bivalvos. Se concluye que el flujo laminar de corrientes de paso y corrientes superficiales en briozoarios es consistente con la hipótesis de captura de partículas suspendidas mediante fuerzas viscosas que actúan sobre las partículas en la zona de contacto entre los 2 sistemas de flujo.",
    url = "https://doi.org/10.3354/meps015283",
    doi = "10.3354/meps015283",
    openalex = "W1971107871",
    references = "doi101007bf00386593, doi1010160022098171900542, doi101016s0003936580800091, doi10108000785326197810425487, doi101111j109636421962tb01626x, doi101111j146363951981tb00616x, doi101128aem335122512281977, doi103354meps001055, doi103354meps005291, doi103354meps011089, doi104319lo19812661062, openalexw1549886310"
}

@article{doi1010160040816687900103,
    author = "Martinucci, G. y Dallai, R. y Burighel, P.",
    title = "Estudio comparativo de las diferenciaciones cilíares en los estigmas branquiales de ascidias.",
    year = "1987",
    journal = "Tissue \& cell",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/db7e027afd2ca819aa2061de188d28c8c0b934f5",
    doi = "10.1016/0040-8166(87)90010-3",
    is_oa = "true",
    number = "2",
    pages = "251-263",
    semanticscholar_citation_count = "15",
    semanticscholar_id = "db7e027afd2ca819aa2061de188d28c8c0b934f5",
    volume = "19"
}

Presentamos evidencia de que el embrión del ascidio, Ciona intestinalis, es un sistema fácilmente manipulable para investigar el establecimiento de tejidos y órganos básicos de los cordados. Ciona tiene un genoma pequeño y linajes embrionarios simples y bien definidos. Aquí, examinamos los mecanismos regulatorios subyacentes a la diferenciación del notocordio. Esfazos particulares se centran en la regulación de un gen específico del notocordio de Ciona Brachyury (Ci-Bra). Se diseñó un método de electroporación para la incorporación eficiente de ADN transgénico en embriones de Ciona. Este método permitió la identificación de un potenciador mínimo de 434 pb de la región promotora de Ci-Bra que media la expresión restringida al notocordio tanto de los genes reporteros GFP como lacZ. Este potenciador contiene una región de control negativo que excluye la expresión de Ci-Bra de linajes embrionarios inapropiados, incluyendo el mesénquima del tronco y los músculos de la cola. Se presenta evidencia de que el potenciador es activado por un elemento regulatorio estrechamente relacionado con la secuencia de reconocimiento del factor de transcripción Supresor de Hairless, planteando así la posibilidad de que la vía de señalización Notch desempeñe un papel en la diferenciación del notocordio. Discutimos las implicaciones de este análisis en relación con la conservación evolutiva de los potenciadores integradores y la subdivisión del mesodermo axial y paraxial en vertebrados.

@article{doi101242dev1243589,
    author = "Corbo, Joseph C. y Levine, Michael y Zeller, Robert W.",
    title = "Caracterización de un potenciador específico del notocordio procedente de la región promotora de Brachyury en el ascidio, Ciona intestinalis",
    year = "1997",
    journal = "Development",
    abstract = "Presentamos evidencia de que el embrión del ascidio, Ciona intestinalis, es un sistema fácilmente manipulable para investigar el establecimiento de tejidos y órganos básicos de los cordados. Ciona tiene un genoma pequeño y linajes embrionarios simples y bien definidos. Aquí, examinamos los mecanismos regulatorios subyacentes a la diferenciación del notocordio. Esfazos particulares se centran en la regulación de un gen específico del notocordio de Ciona Brachyury (Ci-Bra). Se diseñó un método de electroporación para la incorporación eficiente de ADN transgénico en embriones de Ciona. Este método permitió la identificación de un potenciador mínimo de 434 pb de la región promotora de Ci-Bra que media la expresión restringida al notocordio tanto de los genes reporteros GFP como lacZ. Este potenciador contiene una región de control negativo que excluye la expresión de Ci-Bra de linajes embrionarios inapropiados, incluyendo el mesénquima del tronco y los músculos de la cola. Se presenta evidencia de que el potenciador es activado por un elemento regulatorio estrechamente relacionado con la secuencia de reconocimiento del factor de transcripción Supresor de Hairless, planteando así la posibilidad de que la vía de señalización Notch desempeñe un papel en la diferenciación del notocordio. Discutimos las implicaciones de este análisis en relación con la conservación evolutiva de los potenciadores integradores y la subdivisión del mesodermo axial y paraxial en vertebrados.",
    url = "https://doi.org/10.1242/dev.124.3.589",
    doi = "10.1242/dev.124.3.589",
    openalex = "W2181933303",
    references = "doi101242jcss27228551, openalexw1567612426, openalexw654005152"
}

@incollection{crossref2008ascidians,
    title = "Ascidias",
    year = "2008",
    booktitle = "Encyclopedia of Genetics, Genomics, Proteomics and Informatics",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-1-4020-6754-9\_1200",
    doi = "10.1007/978-1-4020-6754-9\_1200",
    pages = "148-148"
}

Los espermatozoides experimentan cambios fisiológicos dramáticos durante la fecundación. En la ascidia Ciona intestinalis, una sustancia derivada del óvulo denominada SAAF induce tanto la activación espermática como la quimiotaxis hacia el óvulo. Para elucidar el mecanismo molecular subyacente a estos fenómenos, se analizaron las proteínas espermáticas completas antes y después del tratamiento con SAAF mediante electroforesis en gel bidimensional. Mediante la comparación de los patrones de manchas antes y después de la activación, encontramos doce proteínas que cambiaron los puntos isoeléctricos. Siete proteínas se demostraron ser proteínas axonémicas y otras se sugirieron ser componentes no axonémicos. El análisis de estas proteínas mediante un sistema proteómico basado en MS reveló que los componentes de varias subestructuras de los axonemas experimentaron cambios en el punto isoeléctrico durante la activación espermática, incluyendo las cadenas intermedias de repetición WD de los dineínas de brazo externo e interno y una proteína de spoke radial LRR37, así como nuevas proteínas axonémicas con repeticiones de armadillo o dominio SMC. Las moléculas de señalización celular como las proteínas 14-3-3, Skp1 y VCP/p97 también mostraron cambios isoeléctricos durante la activación espermática. Estos resultados muestran una característica comprehensiva del mecanismo de señalización de la activación de los espermatozoides durante la fecundación y también arrojan nueva luz sobre la regulación de los movimientos cilíarios y flagelares.

@article{doi101002cm20258,
    author = "Hozumi, Akiko y Padma, P. Naga y Toda, Tosifusa e Ide, Hiroyuki e Inaba, Kazuo",
    title = "Caracterización molecular de proteínas axonémicas y moléculas de señalización responsables de la activación espermática inducida por quioatrayente en Ciona intestinalis",
    year = "2008",
    journal = "Motilidad celular y el citoesqueleto",
    abstract = "Los espermatozoides experimentan cambios fisiológicos dramáticos durante la fecundación. En la ascidia Ciona intestinalis, una sustancia derivada del óvulo denominada SAAF induce tanto la activación espermática como la quimiotaxis hacia el óvulo. Para elucidar el mecanismo molecular subyacente a estos fenómenos, se analizaron las proteínas espermáticas completas antes y después del tratamiento con SAAF mediante electroforesis en gel bidimensional. Mediante la comparación de los patrones de manchas antes y después de la activación, encontramos doce proteínas que cambiaron los puntos isoeléctricos. Siete proteínas se demostraron ser proteínas axonémicas y otras se sugirieron ser componentes no axonémicos. El análisis de estas proteínas mediante un sistema proteómico basado en MS reveló que los componentes de varias subestructuras de los axonemas experimentaron cambios en el punto isoeléctrico durante la activación espermática, incluyendo las cadenas intermedias de repetición WD de los dineínas de brazo externo e interno y una proteína de spoke radial LRR37, así como nuevas proteínas axonémicas con repeticiones de armadillo o dominio SMC. Las moléculas de señalización celular como las proteínas 14-3-3, Skp1 y VCP/p97 también mostraron cambios isoeléctricos durante la activación espermática. Estos resultados muestran una característica comprehensiva del mecanismo de señalización de la activación de los espermatozoides durante la fecundación y también arrojan nueva luz sobre la regulación de los movimientos cilíarios y flagelares.",
    url = "https://doi.org/10.1002/cm.20258",
    doi = "10.1002/cm.20258",
    openalex = "W2066973908",
    references = "doi101006abio19769999, doi1010160003269776905273, doi101016s0014579301032884, doi101038227680a0, doi101038nature04541, doi101038nrm1471, doi101074jbcm202325200, doi101083jcb200504008, doi101083jcb913107s, doi101126science1080049"
}

@article{doi101016jydbio200810038,
    author = "Nomura, Mamoru y Nakajima, Ayako e Inaba, Kazuo",
    title = "Perfiles proteómicos del desarrollo embrionario en la ascidia Ciona intestinalis",
    year = "2008",
    journal = "Desarrollo Biológico",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ydbio.2008.10.038",
    doi = "10.1016/j.ydbio.2008.10.038",
    openalex = "W2030393321",
    references = "doi101002cm20258"
}

La pequeña proteína G ciliar Arl13b es necesaria para la biogénesis del cilio y la señalización de sonic hedgehog y se muta en pacientes con síndrome de Joubert (JS). En este estudio, utilizando sistemas de cultivo celular de Caenorhabditis elegans y mamíferos, investigamos la base ciliar y molecular poco comprendida de la función de Arl13b. Primero, mostramos que la localización de Arl13b/ARL-13 se restringe frecuentemente a un compartimento ciliar proximal, donde se asocia con las membranas ciliales mediante motivos de modificación de palmitoilación. A continuación, encontramos que los mutantes arl-13 de C. elegans con pérdida de función poseen defectos en la morfología y ultraestructura del cilio, así como defectos en la localización y transporte de proteínas ciliares; las proteínas transmembrana ciliares se acumulan anormalmente, la abundancia ciliar de PKD-2 se eleva y el transporte intraflagelar anterógrado (IFT) se desestabiliza. Finalmente, mostramos que arl-13 interactúa genéticamente con otros genes ciliogénicos y asociados al transporte ciliar en el mantenimiento de la estructura/morfología del cilio y la estabilidad del IFT anterógrado. Juntos, estos datos implican un papel para Arl13b asociado a JS en las membranas ciliales, donde regula las localizaciones de proteínas transmembrana ciliares y la estabilidad del ensamblaje del IFT anterógrado.

@article{doi101083jcb200908133,
    author = "Cevik, Sebiha y Hori, Yuji y Kaplan, Oktay I. y Kida, Katarzyna y Toivenon, Tiina y Foley-Fisher, Christian y Cottell, David C. y Katada, Toshiaki y Kontani, Kenji y Blacque, Oliver E.",
    title = "Síndrome de Joubert Arl13b funciona en las membranas ciliales y estabiliza el transporte de proteínas en Caenorhabditis elegans",
    year = "2010",
    journal = "The Journal of Cell Biology",
    abstract = "La pequeña proteína G ciliar Arl13b es necesaria para la biogénesis del cilio y la señalización de sonic hedgehog y se muta en pacientes con síndrome de Joubert (JS). En este estudio, utilizando sistemas de cultivo celular de Caenorhabditis elegans y mamíferos, investigamos la base ciliar y molecular poco comprendida de la función de Arl13b. Primero, mostramos que la localización de Arl13b/ARL-13 se restringe frecuentemente a un compartimento ciliar proximal, donde se asocia con las membranas ciliales mediante motivos de modificación de palmitoilación. A continuación, encontramos que los mutantes arl-13 de C. elegans con pérdida de función poseen defectos en la morfología y ultraestructura del cilio, así como defectos en la localización y transporte de proteínas ciliares; las proteínas transmembrana ciliares se acumulan anormalmente, la abundancia ciliar de PKD-2 se eleva y el transporte intraflagelar anterógrado (IFT) se desestabiliza. Finalmente, mostramos que arl-13 interactúa genéticamente con otros genes ciliogénicos y asociados al transporte ciliar en el mantenimiento de la estructura/morfología del cilio y la estabilidad del IFT anterógrado. Juntos, estos datos implican un papel para Arl13b asociado a JS en las membranas ciliales, donde regula las localizaciones de proteínas transmembrana ciliares y la estabilidad del ensamblaje del IFT anterógrado.",
    url = "https://doi.org/10.1083/jcb.200908133",
    doi = "10.1083/jcb.200908133",
    openalex = "W2062938087"
}

@incollection{ali2012marine,
    author = "Ali, H y Tamilselvi, M",
    title = "Ascidias marinas",
    year = "2012",
    booktitle = "Farmacognosia marina",
    url = "https://doi.org/10.1201/b13868-16",
    doi = "10.1201/b13868-16",
    pages = "173-190"
}

Las ascidias pertenecen a los tunicados, el grupo hermano de los vertebrados, y son reconocidas como organismos modelo en el campo del desarrollo embrionario, la regeneración y las células madre. ANISEED es el principal sistema de información en el campo de la biología del desarrollo de las ascidias. Este artículo reporta el desarrollo del sistema desde su publicación inicial en 2010. Durante los últimos cinco años, reestructuramos el sistema desde un esquema personalizado inicial a una versión extendida del esquema Chado y rediseñamos todas las interfaces de usuario y de backend. Esta nueva arquitectura se utilizó para mejorar y enriquecer la descripción del desarrollo embrionario de Ciona intestinalis, basada en un conjunto mejorado de ensamblaje genómico y modelos de genes, anotación funcional de genes refinada, ontologías anatómicas y una nueva colección de cDNAs de ORF completos. Los genomas de nueve especies de ascidias han sido secuenciados desde la publicación del genoma de C. intestinalis. En ANISEED 2015, todas las nueve nuevas especies de ascidias pueden explorarse mediante navegadores de genoma dedicados y buscarse mediante Blast. Además, ANISEED proporciona anotación funcional completa de genes, ontologías anatómicas y algunos datos de expresión génica para las seis especies con genomas de mayor calidad. ANISEED está disponible públicamente en: http://www.aniseed.cnrs.fr.

@article{doi101093nargkv966,
    author = "Brozovic, Matija y Martin, Cyril y Dantec, Christelle Le y Dauga, Delphine y Mendez, Mickaël y Simion, Paul y Percher, Madeline y Laporte, Baptiste y Scornavacca, Céline y Gregorio, Anna Di y Fujiwara, Shigeki y Gineste, Mathieu y Lowe, Elijah K. y Piette, Jacques y Racioppi, Claudia y Ristoratore, Filomena y Sasakura, Yasunori y Takatori, Naohito y Brown, Titus y Delsuc, Frédéric y Douzery, Emmanuel y Gissi, Carmela y McDougall, Alex y Nishida, Hiroki y Sawada, Hitoshi y Swalla, Billie J. y Yasuo, Hitoyoshi y Lemaire, Patrick",
    title = "ANISEED 2015: un marco digital para la biología del desarrollo comparada de ascidias",
    year = "2015",
    journal = "Nucleic Acids Research",
    abstract = "Las ascidias pertenecen a los tunicados, el grupo hermano de los vertebrados, y son reconocidas como organismos modelo en el campo del desarrollo embrionario, la regeneración y las células madre. ANISEED es el principal sistema de información en el campo de la biología del desarrollo de las ascidias. Este artículo reporta el desarrollo del sistema desde su publicación inicial en 2010. Durante los últimos cinco años, reestructuramos el sistema desde un esquema personalizado inicial a una versión extendida del esquema Chado y rediseñamos todas las interfaces de usuario y de backend. Esta nueva arquitectura se utilizó para mejorar y enriquecer la descripción del desarrollo embrionario de Ciona intestinalis, basada en un conjunto mejorado de ensamblaje genómico y modelos de genes, anotación funcional de genes refinada, ontologías anatómicas y una nueva colección de cDNAs de ORF completos. Los genomas de nueve especies de ascidias han sido secuenciados desde la publicación del genoma de C. intestinalis. En ANISEED 2015, todas las nueve nuevas especies de ascidias pueden explorarse mediante navegadores de genoma dedicados y buscarse mediante Blast. Además, ANISEED proporciona anotación funcional completa de genes, ontologías anatómicas y algunos datos de expresión génica para las seis especies con genomas de mayor calidad. ANISEED está disponible públicamente en: http://www.aniseed.cnrs.fr.",
    url = "https://doi.org/10.1093/nar/gkv966",
    doi = "10.1093/nar/gkv966",
    openalex = "W1900418691",
    references = "doi101002dvdy24317"
}

La motilidad de los cilios y flagelos eucariotas se modula en respuesta a varios estímulos extracelulares. El Ca(2+) es el factor intracelular más crítico para estos cambios en la motilidad, actuando directamente sobre los axonemas y alterando la asimetría flagelar. Calaxina es una proteína sensora neuronal de calcio específica de opistocontos, descrita por primera vez en el esperma del ascidio Ciona intestinalis. Se une a una cadena pesada del dineína del brazo externo de dos cabezas de manera dependiente de Ca(2+) y regula la propagación de ondas 'asimétricas' a altas concentraciones de Ca(2+). Una subunidad de unión de Ca(2+) del dineína del brazo externo en Chlamydomonas reinhardtii, la cadena ligera 4 (LC4), que es un sensor de calcio filogenéticamente diferente a la calaxina, muestra unión dependiente de Ca(2+) a una cadena pesada del dineína del brazo externo de tres cabezas. Sin embargo, la LC4 parece participar en la propagación de ondas 'simétricas' a altas concentraciones de Ca(2+). La cadena ligera de dineína de tipo LC4 está presente en bikontos, excepto en algunas subclases de los Excavata. Por lo tanto, la conversión de asimetría-simetría flagelar en respuesta a la concentración de Ca(2+) representa una relación de 'imagen espejo' entre Ciona y Chlamydomonas. Los análisis filogenéticos indican la duplicación, divergencia y pérdida de la cadena pesada y sensores de Ca(2+) del dineína del brazo externo entre especies excavatas. Estas características implican un punto de divergencia con respecto a la regulación dependiente de Ca(2+) del dineína del brazo externo en cilios y flagelos durante la evolución de los supergrupos eucariotas.

@article{doi101186s136300150015z,
    author = "Inaba, Kazuo",
    title = "Calcium sensors of ciliary outer arm dynein: functions and phylogenetic considerations for eukaryotic evolution.",
    year = "2015",
    journal = "Cilia",
    abstract = "The motility of eukaryotic cilia and flagella is modulated in response to several extracellular stimuli. Ca(2+) is the most critical intracellular factor for these changes in motility, directly acting on the axonemes and altering flagellar asymmetry. Calaxin is an opisthokont-specific neuronal calcium sensor protein first described in the sperm of the ascidian Ciona intestinalis. It binds to a heavy chain of two-headed outer arm dynein in a Ca(2+)-dependent manner and regulates 'asymmetric' wave propagation at high concentrations of Ca(2+). A Ca(2+)-binding subunit of outer arm dynein in Chlamydomonas reinhardtii, the light chain 4 (LC4), which is a Ca(2+)-sensor phylogenetically different from calaxin, shows Ca(2+)-dependent binding to a heavy chain of three-headed outer arm dynein. However, LC4 appears to participate in 'symmetric' wave propagation at high concentrations of Ca(2+). LC4-type dynein light chain is present in bikonts, except for some subclasses of the Excavata. Thus, flagellar asymmetry-symmetry conversion in response to Ca(2+) concentration represents a 'mirror image' relationship between Ciona and Chlamydomonas. Phylogenetic analyses indicate the duplication, divergence, and loss of heavy chain and Ca(2+)-sensors of outer arm dynein among excavate species. These features imply a divergence point with respect to Ca(2+)-dependent regulation of outer arm dynein in cilia and flagella during the evolution of eukaryotic supergroups.",
    url = "https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4415241/",
    doi = "10.1186/s13630-015-0015-z",
    openalex = "W2123428823",
    pmcid = "PMC4415241",
    pmid = "25932323",
    references = "doi1010079783642164835778, doi1010079783642866593, doi101007bf00336662, doi101016jcub201302007, doi101016s002192581944043x, doi101073pnas0807880106, doi101083jcb913107s, doi101093humupddmn029, doi101093nargkn750, doi10109900207713522297, openalexw2772099086"
}

Las ascidias son cordados invertebrados marinos. Sus larvas de renacuajo contienen un sistema nervioso tubular dorsal, resultado del enrollamiento de una placa neural. A lo largo del eje anteroposterior (A-P), el sistema nervioso central (SNC) se organiza en una vesícula sensorial, cuello, ganglio del tronco y cordón nervioso de la cola, y consta de aproximadamente solo 330 células, de las cuales se cree que alrededor de 100 son neuronas. Se ha descrito la organización de tipos celulares neuronales distintos y la expresión génica de neurotransmisores dentro del SNC. El modo de desarrollo único de las ascidias, con un pequeño número de células y un patrón fijo de división celular, permite rastrear células individuales a lo largo del desarrollo. Esta característica ha llevado a la documentación completa de las líneas celulares de ciertos tipos celulares en el SNC. Por lo tanto, comprender paso a paso el desarrollo del sistema nervioso desde las etapas iniciales de inducción neural hasta la neurogénesis de neuronas individuales es un objetivo factible. El control genético de la inducción del destino neural y el patrón temprano de la placa neural ahora se comprenden bien. Los mecanismos moleculares que especifican las neuronas colinérgicas del ganglio del tronco, así como las células pigmentarias de los órganos sensoriales, también están bien elucidados. Además, se han iniciado estudios sobre los procesos morfogenéticos de la neurulación. Los desafíos pendientes incluyen la construcción de un atlas embrionario que integre patrones de expresión génica, línea celular y tipos celulares neuronales, así como el desarrollo de las redes reguladoras génicas de la especificación del destino celular e integrarlas con el control genético de la morfogénesis. WIREs Dev Biol 2016, 5:538-561. doi: 10.1002/wdev.239 Para más recursos relacionados con este artículo, visite el sitio web de WIREs.

@article{doi101002wdev239,
    author = "Hudson, C. S.",
    title = "El sistema nervioso central de las larvas de ascidias",
    year = "2016",
    journal = "Wiley Interdisciplinary Reviews Developmental Biology",
    abstract = "Las ascidias son cordados invertebrados marinos. Sus larvas de renacuajo contienen un sistema nervioso tubular dorsal, resultado del enrollamiento de una placa neural. A lo largo del eje anteroposterior (A-P), el sistema nervioso central (SNC) se organiza en una vesícula sensorial, cuello, ganglio del tronco y cordón nervioso de la cola, y consta de aproximadamente solo 330 células, de las cuales se cree que alrededor de 100 son neuronas. Se ha descrito la organización de tipos celulares neuronales distintos y la expresión génica de neurotransmisores dentro del SNC. El modo de desarrollo único de las ascidias, con un pequeño número de células y un patrón fijo de división celular, permite rastrear células individuales a lo largo del desarrollo. Esta característica ha llevado a la documentación completa de las líneas celulares de ciertos tipos celulares en el SNC. Por lo tanto, comprender paso a paso el desarrollo del sistema nervioso desde las etapas iniciales de inducción neural hasta la neurogénesis de neuronas individuales es un objetivo factible. El control genético de la inducción del destino neural y el patrón temprano de la placa neural ahora se comprenden bien. Los mecanismos moleculares que especifican las neuronas colinérgicas del ganglio del tronco, así como las células pigmentarias de los órganos sensoriales, también están bien elucidados. Además, se han iniciado estudios sobre los procesos morfogenéticos de la neurulación. Los desafíos pendientes incluyen la construcción de un atlas embrionario que integre patrones de expresión génica, línea celular y tipos celulares neuronales, así como el desarrollo de las redes reguladoras génicas de la especificación del destino celular e integrarlas con el control genético de la morfogénesis. WIREs Dev Biol 2016, 5:538-561. doi: 10.1002/wdev.239 Para más recursos relacionados con este artículo, visite el sitio web de WIREs.",
    url = "https://doi.org/10.1002/wdev.239",
    doi = "10.1002/wdev.239",
    openalex = "W2475024994",
    references = "doi101002dvdy24317, doi101242jcss310363393"
}

La larva de Ciona intestinalis tiene dos órganos fotorreceptores distintos, un ocelo pigmentado convencional y un ocelo no pigmentado, que se sitúan de forma asimétrica en el cerebro. Las células fotorreceptoras cilíares de estos ocelos se asemejan a las células visuales de la retina vertebrada. La elucidación precisa de la linaje de las células fotorreceptoras será clave para comprender los mecanismos de desarrollo de estas células, así como las relaciones evolutivas entre los órganos fotorreceptores de los ascidios y los vertebrados. Se ha pensado que las células fotorreceptoras del ocelo pigmentado se desarrollan a partir de blastómeros animales anteriores (a-lineage), mientras que el origen de desarrollo del ocelo no pigmentado no se ha determinado. Aquí, mostramos que las células fotorreceptoras de ambos ocelos se desarrollan a partir del hemisferio vegetal anterior derecho: las del ocelo pigmentado desde la célula A9.14 derecha y las del ocelo no pigmentado desde la célula A9.16 derecha. El ocelo pigmentado se forma por la combinación de dos linajes de células con orígenes embrionarios distintos: las células fotorreceptoras se originan en una porción medial de la placa neural del linaje A, mientras que la célula pigmentaria se origina en el borde lateral de la placa neural del linaje a. A la luz de la estrecha relación evolutiva recientemente propuesta entre la célula pigmentaria del ocelo de los ascidios y la cresta neural cefálica de los vertebrados, el ocelo de los ascidios podría representar una contribución prototípica de la cresta neural a un órgano sensorial craneal.

@article{doi101016jydbio201610014,
    author = "Oonuma, Kouhei y Tanaka, Moeko y Nishitsuji, Koki y Kato, Yumiko y Shimai, Kotaro y Kusakabe, Takehiro G",
    title = "Revised lineage of larval photoreceptor cells in Ciona reveals archetypal collaboration between neural tube and neural crest in sensory organ formation.",
    year = "2016",
    journal = "Developmental biology",
    abstract = "La larva de Ciona intestinalis tiene dos órganos fotorreceptores distintos, un ocelo pigmentado convencional y un ocelo no pigmentado, que se sitúan de forma asimétrica en el cerebro. Las células fotorreceptoras cilíares de estos ocelos se asemejan a las células visuales de la retina vertebrada. La elucidación precisa de la linaje de las células fotorreceptoras será clave para comprender los mecanismos de desarrollo de estas células, así como las relaciones evolutivas entre los órganos fotorreceptores de los ascidios y los vertebrados. Se ha pensado que las células fotorreceptoras del ocelo pigmentado se desarrollan a partir de blastómeros animales anteriores (a-lineage), mientras que el origen de desarrollo del ocelo no pigmentado no se ha determinado. Aquí, mostramos que las células fotorreceptoras de ambos ocelos se desarrollan a partir del hemisferio vegetal anterior derecho: las del ocelo pigmentado desde la célula A9.14 derecha y las del ocelo no pigmentado desde la célula A9.16 derecha. El ocelo pigmentado se forma por la combinación de dos linajes de células con orígenes embrionarios distintos: las células fotorreceptoras se originan en una porción medial de la placa neural del linaje A, mientras que la célula pigmentaria se origina en el borde lateral de la placa neural del linaje a. A la luz de la estrecha relación evolutiva recientemente propuesta entre la célula pigmentaria del ocelo de los ascidios y la cresta neural cefálica de los vertebrados, el ocelo de los ascidios podría representar una contribución prototípica de la cresta neural a un órgano sensorial craneal.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27789227/",
    doi = "10.1016/j.ydbio.2016.10.014",
    openalex = "W2537046125",
    pmid = "27789227",
    references = "doi1010160012160685901010, doi101016jcub200912006, doi101016s0021925818823195, doi10103714088000, doi10103835093002, doi101073pnas202320599, doi101074jbcm009030200, doi101242dev01270, doi105962bhltitle4801, doi105962bhltitle68064"
}

Las asimetrías izquierda-derecha en los cerebros suelen ser menores o ocultas. Informamos sobre asimetrías cerebrales en el pequeño sistema nervioso tubular dorsal de la larva de renacuajo de ascidia Ciona intestinalis. Cordado en su plan corporal y desarrollo, la larva proporciona un ejemplo sobresaliente de asimetría cerebral. Aunque el desarrollo neural temprano está bien estudiado, la organización celular detallada del SNC de la larva nadadora sigue sin reportarse. Utilizando EM de secciones seriadas, documentamos el conectoma sináptico de las 177 neuronas del SNC de la larva. Estas formaron 6618 sinapsis, incluidas 1772 uniones neuromusculares, aumentadas por 1206 uniones de hendidura. Las neuronas son unipolares con como máximo un solo dendrito y pocas sinapsis. Algunas sinapsis son no polarizadas, otras forman motivos recíprocos o en serie; 922 fueron poládicas. Predominan las sinapsis axo-axonales. La mayoría de las neuronas tienen orgánulos ciliares, y muchas características carecen de especialización estructural. A pesar de tener igual número de células en ambos lados, las identidades neuronales y las vías difieren izquierda/derecha. Las asimetrías de vesículas cerebrales incluyen un ocelo derecho y células coronet izquierda.

@article{doi107554elife16962,
    author = "Ryan, Kerrianne y Lu, Zhiyuan y Meinertzhagen, Ian A.",
    title = "El conectoma del SNC de una larva de renacuajo de Ciona intestinalis (L.) resalta la lateralidad en el cerebro de un hermano cordado",
    year = "2016",
    journal = "eLife",
    abstract = "Las asimetrías izquierda-derecha en los cerebros suelen ser menores o ocultas. Informamos sobre asimetrías cerebrales en el pequeño sistema nervioso tubular dorsal de la larva de renacuajo de ascidia Ciona intestinalis. Cordado en su plan corporal y desarrollo, la larva proporciona un ejemplo sobresaliente de asimetría cerebral. Aunque el desarrollo neural temprano está bien estudiado, la organización celular detallada del SNC de la larva nadadora sigue sin reportarse. Utilizando EM de secciones seriadas, documentamos el conectoma sináptico de las 177 neuronas del SNC de la larva. Estas formaron 6618 sinapsis, incluidas 1772 uniones neuromusculares, aumentadas por 1206 uniones de hendidura. Las neuronas son unipolares con como máximo un solo dendrito y pocas sinapsis. Algunas sinapsis son no polarizadas, otras forman motivos recíprocos o en serie; 922 fueron poládicas. Predominan las sinapsis axo-axonales. La mayoría de las neuronas tienen orgánulos ciliares, y muchas características carecen de especialización estructural. A pesar de tener igual número de células en ambos lados, las identidades neuronales y las vías difieren izquierda/derecha. Las asimetrías de vesículas cerebrales incluyen un ocelo derecho y células coronet izquierda.",
    url = "https://doi.org/10.7554/elife.16962",
    doi = "10.7554/elife.16962",
    openalex = "W2559748052",
    references = "doi1010079783642182624, doi101007bf02584045, doi101016jpreteyeres201306001, doi101016jydbio201610014, doi101017cbo9780511546372, doi101038383407a0, doi101046j14697580200119910063x, doi101098rspb19660086, doi101098rstb19860056, doi101111j13652818200501466x, doi101126science1080049, doi101126science341314, doi101242jcss27228551, doi101242jcss310363393, doi101371journalpcbi1001066, openalexw1618384257"
}

La característica representativa de las ascidias es su forma de renacuajo similar a la de los vertebrados en la etapa larvaria. Las ascidias pierden la forma de renacuajo a través de la metamorfosis para convertirse en adultos con un cuerpo no motil, sésil y una forma generalmente considerada distinta a la de los vertebrados. Las ascidias solitarias, incluidas las especies de Ciona, son ampliamente estudiadas para comprender los mecanismos de desarrollo de las ascidias y comparar estos mecanismos con sus contrapartes en los vertebrados. En estas especies de ascidias, los sistemas digestivo y circulatorio no están bien desarrollados en el tronco larvario y las larvas no se alimentan. Esto contrasta con las condiciones internas de los renacuajos de vertebrados, que tienen órganos funcionales comparables a los de los adultos. Los órganos y tejidos adultos de estas ascidias se vuelven funcionales durante la metamorfosis, que se completa rápidamente, lo que sugiere que las larvas de ascidias de especies solitarias son una etapa transitoria del desarrollo. Aquí discutimos cómo las células y tejidos en el cuerpo larvario de las ascidias se convierten en los de los adultos. Los corazones de las ascidias y los vertebrados utilizan mecanismos celulares y molecularmente estrechamente relacionados que sugieren su origen compartido. Los genes Hox de las ascidias son esenciales para la formación de estructuras endodérmicas adultas. Para comprender completamente el desarrollo y la evolución de los cordados, será necesaria una elucidación completa de los mecanismos subyacentes a la formación de tejidos/órganos adultos en las ascidias. WIREs Dev Biol 2018, 7:e304. doi: 10.1002/wdev.304 Este artículo se clasifica bajo: Desarrollo Comparativo y Evolución > Evolución del Plan Corporal Desarrollo Embriológico Temprano > Desarrollo hacia el Plan Corporal Básico.

@article{doi101002wdev304,
    author = "Sasakura, Yasunori y Hozumi, Akiko",
    title = "Formación de órganos adultos a través de la metamorfosis en ascidias",
    year = "2017",
    journal = "Wiley Interdisciplinary Reviews Developmental Biology",
    abstract = "La característica representativa de las ascidias es su forma de renacuajo similar a la de los vertebrados en la etapa larvaria. Las ascidias pierden la forma de renacuajo a través de la metamorfosis para convertirse en adultos con un cuerpo no motil, sésil y una forma generalmente considerada distinta a la de los vertebrados. Las ascidias solitarias, incluidas las especies de Ciona, son ampliamente estudiadas para comprender los mecanismos de desarrollo de las ascidias y comparar estos mecanismos con sus contrapartes en los vertebrados. En estas especies de ascidias, los sistemas digestivo y circulatorio no están bien desarrollados en el tronco larvario y las larvas no se alimentan. Esto contrasta con las condiciones internas de los renacuajos de vertebrados, que tienen órganos funcionales comparables a los de los adultos. Los órganos y tejidos adultos de estas ascidias se vuelven funcionales durante la metamorfosis, que se completa rápidamente, lo que sugiere que las larvas de ascidias de especies solitarias son una etapa transitoria del desarrollo. Aquí discutimos cómo las células y tejidos en el cuerpo larvario de las ascidias se convierten en los de los adultos. Los corazones de las ascidias y los vertebrados utilizan mecanismos celulares y molecularmente estrechamente relacionados que sugieren su origen compartido. Los genes Hox de las ascidias son esenciales para la formación de estructuras endodérmicas adultas. Para comprender completamente el desarrollo y la evolución de los cordados, será necesaria una elucidación completa de los mecanismos subyacentes a la formación de tejidos/órganos adultos en las ascidias. WIREs Dev Biol 2018, 7:e304. doi: 10.1002/wdev.304 Este artículo se clasifica bajo: Desarrollo Comparativo y Evolución > Evolución del Plan Corporal Desarrollo Embriológico Temprano > Desarrollo hacia el Plan Corporal Básico.",
    url = "https://doi.org/10.1002/wdev.304",
    doi = "10.1002/wdev.304",
    openalex = "W2766825054",
    references = "doi101002dvdy24317"
}

El sistema nervioso de las ascidias es un excelente sistema modelo para proporcionar perspectivas sobre el proceso evolutivo del sistema nervioso de los cordados debido a su posición filogenética como grupo hermano de los vertebrados. Sin embargo, el sistema nervioso completo de las ascidias adultas aún no ha sido investigado funcional y anatómicamente. En este estudio, hemos revelado el sistema nervioso dorsal completo y del sifón de la ascidia adulta transgénica de Ciona intestinalis Tipo A (Ciona robusta) en la que un gen reportero Kaede se expresa de manera pan-neuronal. La señal fluorescente de Kaede reveló los patrones de inervación y la distribución de neuronas en el sistema nervioso de Ciona. La observación microscópica precisa demostró la clara inervación de los nervios principales anterior y posterior a ocho y seis lóbulos de los sifones oral y atrial, respectivamente. Además, los nervios viscerales, previamente identificados como nervios no apareados, se encontraron apareados; un nervio se derivó del extremo posterior del ganglio cerebral y el otro del nervio posterior derecho. Este estudio reveló además la trayectoria completa del plexo de la banda dorsal y los nervios viscerales apareados a ambos lados desde el ganglio cerebral hasta el ovario, y la inervación precisa entre el ganglio cerebral y los órganos periféricos, incluyendo el conducto gonadal, el órgano cupular, el recto y el ovario. Los patrones de inervación diferenciales de los nervios viscerales y el plexo de la banda dorsal indican que los órganos periféricos, incluido el ovario, experimentan diversas regulaciones neuronales. En conjunto, el presente análisis anatómico reveló la inervación principal de los sistemas nerviosos dorsal y del sifón de las Ciona adultas.

@article{doi101371journalpone0180227,
    author = "Osugi, Tomohiro and Sasakura, Yasunori and Satake, Honoo",
    title = "El sistema nervioso del adulto de la ascidia Ciona intestinalis Tipo A (Ciona robusta): Perspectivas desde modelos animales transgénicos",
    year = "2017",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "El sistema nervioso de las ascidias es un excelente sistema modelo para proporcionar perspectivas sobre el proceso evolutivo del sistema nervioso de los cordados debido a su posición filogenética como grupo hermano de los vertebrados. Sin embargo, el sistema nervioso completo de las ascidias adultas aún no ha sido investigado funcional y anatómicamente. En este estudio, hemos revelado el sistema nervioso dorsal completo y del sifón de la ascidia adulta transgénica de Ciona intestinalis Tipo A (Ciona robusta) en la que un gen reportero Kaede se expresa de manera pan-neuronal. La señal fluorescente de Kaede reveló los patrones de inervación y la distribución de neuronas en el sistema nervioso de Ciona. La observación microscópica precisa demostró la clara inervación de los nervios principales anterior y posterior a ocho y seis lóbulos de los sifones oral y atrial, respectivamente. Además, los nervios viscerales, previamente identificados como nervios no apareados, se encontraron apareados; un nervio se derivó del extremo posterior del ganglio cerebral y el otro del nervio posterior derecho. Este estudio reveló además la trayectoria completa del plexo de la banda dorsal y los nervios viscerales apareados a ambos lados desde el ganglio cerebral hasta el ovario, y la inervación precisa entre el ganglio cerebral y los órganos periféricos, incluyendo el conducto gonadal, el órgano cupular, el recto y el ovario. Los patrones de inervación diferenciales de los nervios viscerales y el plexo de la banda dorsal indican que los órganos periféricos, incluido el ovario, experimentan diversas regulaciones neuronales. En conjunto, el presente análisis anatómico reveló la inervación principal de los sistemas nerviosos dorsal y del sifón de las Ciona adultas.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0180227",
    doi = "10.1371/journal.pone.0180227",
    openalex = "W2661387851",
    references = "doi101002dvdy24317"
}

@book{crossref2018transgenic,
    title = "Ascidios transgénicos",
    year = "2018",
    booktitle = "Avances en medicina experimental y biología",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-981-10-7545-2",
    doi = "10.1007/978-981-10-7545-2"
}

Las larvas de renacuajo de la ascidia, Halocynthia roretzi, muestran asimetría izquierda-derecha morfológica en las estructuras cerebrales y la orientación de la flexión de la cola dentro de la membrana vitelina. Los embriones de neurula rotan a lo largo del eje anteroposterior en sentido antihorario, y luego esta rotación se detiene cuando el lado izquierdo del embrión está orientado hacia abajo. El contacto del epitelio del lado izquierdo con la membrana vitelina promueve la expresión del gen nodal en el epitelio del lado izquierdo. Este es un mecanismo novedoso en el que la rotación de embriones enteros proporciona la señal inicial para romper la simetría izquierda-derecha. Aquí mostramos que los monocilios epidérmicos, que aparecen en la etapa de rotación de la neurula, generan la fuerza impulsora de la rotación. Se utilizó una proteína cilial, Arl13b, fusionada con Venus YFP para la imagen en vivo de los movimientos ciliales. Aunque la sobreexpresión de la proteína de fusión Arl13b de tipo salvaje resultó en movimientos aberrantes de los cilios y la abrogación de la rotación de la neurula, la proteína de fusión Arl13b mutante, en la que se eliminaron los dominios GTPasa y hélice alfa, no afectó los movimientos ciliales normales ni la rotación de la neurula. Los cilios epidérmicos se movieron de manera ondulada y serpentina como los flagelos espermáticos, pero no de manera rotatoria o de latido con golpe efectivo y golpe de recuperación. Se movieron muy lentamente, a 1/7 Hz, consistente con la baja velocidad angular de la rotación de la neurula (aprox. 43°/min). Las puntas de la mayoría de los cilios apuntaban en la dirección opuesta a la rotación embrionaria. Una motilidad similar también se observó en embriones de Ciona robusta. Cuando los embriones se trataron con un inhibidor de dineína, Ciliobrevina D, tanto los movimientos ciliales como la rotación de la neurula se abrogaron, mostrando que los movimientos ciliales impulsan la rotación de la neurula en Halocynthia. El fármaco también inhibió la rotación de la neurula de Ciona. Nuestras observaciones sugieren que la fuerza impulsora de la rotación se genera utilizando la membrana vitelina como sustrato, pero no creando una corriente de agua alrededor del embrión. Es de interés evolutivo que las ascidias utilicen movimientos ciliales para romper la simetría izquierda-derecha embrionaria, como en muchos vertebrados. Mientras tanto, los embriones de ascidia rotan como un todo, similar a los embriones de deuterostomios no vertebrados, como equinodermos, hemicordados y amfioxos, mientras nadan.

@article{doi101016jydbio201807023,
    author = "Yamada, Shiori y Tanaka, Yuka e Imai, Kaoru S y Saigou, Motohiko y Onuma, Takeshi A y Nishida, Hiroki",
    title = "Movimientos ondulados de monocilios epidérmicos impulsan la rotación de la neurula que determina la asimetría izquierda-derecha en embriones de ascidias.",
    year = "2019",
    journal = "Biología del desarrollo",
    abstract = "Las larvas de renacuajo de la ascidia, Halocynthia roretzi, muestran asimetría izquierda-derecha morfológica en las estructuras cerebrales y la orientación de la flexión de la cola dentro de la membrana vitelina. Los embriones de neurula rotan a lo largo del eje anteroposterior en sentido antihorario, y luego esta rotación se detiene cuando el lado izquierdo del embrión está orientado hacia abajo. El contacto del epitelio del lado izquierdo con la membrana vitelina promueve la expresión del gen nodal en el epitelio del lado izquierdo. Este es un mecanismo novedoso en el que la rotación de embriones enteros proporciona la señal inicial para romper la simetría izquierda-derecha. Aquí mostramos que los monocilios epidérmicos, que aparecen en la etapa de rotación de la neurula, generan la fuerza impulsora de la rotación. Se utilizó una proteína cilial, Arl13b, fusionada con Venus YFP para la imagen en vivo de los movimientos ciliales. Aunque la sobreexpresión de la proteína de fusión Arl13b de tipo salvaje resultó en movimientos aberrantes de los cilios y la abrogación de la rotación de la neurula, la proteína de fusión Arl13b mutante, en la que se eliminaron los dominios GTPasa y hélice alfa, no afectó los movimientos ciliales normales ni la rotación de la neurula. Los cilios epidérmicos se movieron de manera ondulada y serpentina como los flagelos espermáticos, pero no de manera rotatoria o de latido con golpe efectivo y golpe de recuperación. Se movieron muy lentamente, a 1/7 Hz, consistente con la baja velocidad angular de la rotación de la neurula (aprox. 43°/min). Las puntas de la mayoría de los cilios apuntaban en la dirección opuesta a la rotación embrionaria. Una motilidad similar también se observó en embriones de Ciona robusta. Cuando los embriones se trataron con un inhibidor de dineína, Ciliobrevina D, tanto los movimientos ciliales como la rotación de la neurula se abrogaron, mostrando que los movimientos ciliales impulsan la rotación de la neurula en Halocynthia. El fármaco también inhibió la rotación de la neurula de Ciona. Nuestras observaciones sugieren que la fuerza impulsora de la rotación se genera utilizando la membrana vitelina como sustrato, pero no creando una corriente de agua alrededor del embrión. Es de interés evolutivo que las ascidias utilicen movimientos ciliales para romper la simetría izquierda-derecha embrionaria, como en muchos vertebrados. Mientras tanto, los embriones de ascidia rotan como un todo, similar a los embriones de deuterostomios no vertebrados, como equinodermos, hemicordados y amfioxos, mientras nadan.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30059669/",
    doi = "10.1016/j.ydbio.2018.07.023",
    openalex = "W2884515397",
    pmid = "30059669",
    references = "doi101016jcell200504008, doi101016jcub200610067, doi101016jydbio201303021, doi101016s0092867400817055, doi101038nature00849, doi101038nature10936, doi101083jcb200908133, doi101242dev01772, doi101242dev100560, doi101242jcs02818"
}

@misc{arumugam2020ascidians,
    author = "Arumugam, Velusamy y Venkatesan, Manigandan y Ramachandran, Karthik y Sundaresan, Umamaheswari y Ramachandran, Saravanan",
    title = "Ascidias",
    year = "2020",
    booktitle = "Enciclopedia de Biotecnología Marina",
    url = "https://doi.org/10.1002/9781119143802.ch113",
    doi = "10.1002/9781119143802.ch113",
    pages = "2487-2508"
}

Ciona robusta (tipo A de Ciona intestinalis), un organismo modelo para estudios biológicos, pertenece a los ascidios, la clase principal de tunicados, que son los parientes más cercanos de los vertebrados. En Ciona, un proyecto sobre la ontología tanto del desarrollo como de la anatomía está en curso desde hace varios años. Su objetivo es estandarizar un recurso que relacione cada estructura anatómica con las etapas del desarrollo. Hoy, la ontología está codificada hasta la etapa de larva eclosionada. Aquí, presentamos su extensión a través de las etapas de larva nadadora, la metamorfosis, hasta las etapas juveniles. Para estandarizar la ontología del desarrollo, adquirimos diferentes películas de tiempo real, imágenes de microscopía confocal e imágenes de secciones seriadas histológicas para cada evento de desarrollo desde la etapa de larva eclosionada (17,5 horas post fecundación) hasta la etapa juvenil (7 días post fecundación). Combinando estos datos, definimos 12 nuevas etapas de desarrollo distintas (desde la Etapa 26 hasta la Etapa 37), además de las 26 etapas previamente definidas, referidas al desarrollo embrionario. Las nuevas etapas se agruparon en cuatro Periodos denominados: Adhesión, Absorción de la Cola, Rotación del Eje Corporal y Juvenil. Para construir la ontología anatómica, se identificaron 203 entidades anatómicas, definidas según la literatura y anotadas, aprovechando la alta resolución y la información complementaria obtenida de la microscopía confocal y la histología. La ontología describe las entidades anatómicas en niveles jerárquicos, desde el nivel celular (línea celular) hasta el nivel de tejido/órgano. Comparando el número de entidades durante el desarrollo, encontramos dos rondas de aumento de entidades: además de la que ocurre después de la fecundación, hay una segunda durante el Periodo de Rotación del Eje Corporal, cuando aparecen las estructuras juveniles. Por el contrario, un tercio de las entidades anatómicas asociadas con la vida embrionaria/larval se redujeron significativamente al inicio de la metamorfosis. Los datos finalmente se integraron dentro del recurso basado en la web "TunicAnatO", que incluye un número de imágenes anatómicas y un diccionario con sinónimos. Esta ontología permitirá la estandarización de datos que sustentan una anotación precisa de la expresión génica y la comprensión de los mecanismos de diferenciación. Ayudará a entender la emergencia de estructuras elaboradas durante tanto la embriogénesis como la metamorfosis, aclarando la degeneración y diferenciación de tejidos que ocurren en la metamorfosis.

@article{doi101038s41598020735449,
    author = "Hotta, K. and Dauga, Delphine and Manni, L.",
    title = "The ontology of the anatomy and development of the solitary ascidian Ciona: the swimming larva and its metamorphosis",
    year = "2020",
    journal = "Scientific Reports",
    abstract = {Ciona robusta (Ciona intestinalis type A), a model organism for biological studies, belongs to ascidians, the main class of tunicates, which are the closest relatives of vertebrates. In Ciona, a project on the ontology of both development and anatomy is ongoing for several years. Its goal is to standardize a resource relating each anatomical structure to developmental stages. Today, the ontology is codified until the hatching larva stage. Here, we present its extension throughout the swimming larva stages, the metamorphosis, until the juvenile stages. For standardizing the developmental ontology, we acquired different time-lapse movies, confocal microscope images and histological serial section images for each developmental event from the hatching larva stage (17.5 h post fertilization) to the juvenile stage (7 days post fertilization). Combining these data, we defined 12 new distinct developmental stages (from Stage 26 to Stage 37), in addition to the previously defined 26 stages, referred to embryonic development. The new stages were grouped into four Periods named: Adhesion, Tail Absorption, Body Axis Rotation, and Juvenile. To build the anatomical ontology, 203 anatomical entities were identified, defined according to the literature, and annotated, taking advantage from the high resolution and the complementary information obtained from confocal microscopy and histology. The ontology describes the anatomical entities in hierarchical levels, from the cell level (cell lineage) to the tissue/organ level. Comparing the number of entities during development, we found two rounds on entity increase: in addition to the one occurring after fertilization, there is a second one during the Body Axis Rotation Period, when juvenile structures appear. Vice versa, one-third of anatomical entities associated with the embryo/larval life were significantly reduced at the beginning of metamorphosis. Data was finally integrated within the web-based resource "TunicAnatO", which includes a number of anatomical images and a dictionary with synonyms. This ontology will allow the standardization of data underpinning an accurate annotation of gene expression and the comprehension of mechanisms of differentiation. It will help in understanding the emergence of elaborated structures during both embryogenesis and metamorphosis, shedding light on tissue degeneration and differentiation occurring at metamorphosis.},
    url = "https://www.nature.com/articles/s41598-020-73544-9.pdf",
    doi = "10.1038/s41598-020-73544-9",
    is_oa = "true",
    number = "1",
    semanticscholar_citation_count = "44",
    semanticscholar_id = "5d4626a8cfef73e4d3673532c431a1c0fedf2c31",
    volume = "10",
    references = "doi101007s004270050011, doi101093icb224817"
}

El movimiento cilial es un proceso fundamental para sostener la vida animal, y el patrón de movimiento puede alterarse en respuesta a estímulos externos bajo el control de los sistemas nerviosos. Los ascidios juveniles y adultos tienen arreglos ciliales alrededor de sus hendiduras branquiales faríngeas (estigmas), y el latido continuo se interrumpe durante segundos por estímulos mecánicos en otras partes del cuerpo. Aunque se ha sugerido que la transmisión neural para evocar la parada cilial es colinérgica, su base molecular aún no se ha elucidado en detalle. Aquí, intentamos aclarar los mecanismos moleculares subyacentes a esta transmisión neurocilial en el ascidio modelo Ciona. La tinción histoquímica de acetilcolinesterasa mostró señales fuertes en las células ciliales laterodistales de los estigmas, aquí denominadas células trapeciales. La administración directa de acetilcolina (ACh) y otros agonistas de receptores nicotínicos de ACh (nAChRs) sobre las células ciliales provocó de manera fiable la parada cilial que persistió durante segundos de manera dependiente de la dosis. Aunque el genoma de Ciona codifica diez nAChRs, solo uno de estos, llamado nAChR-A7/8-1, un pariente de los nAChRs α7 de vertebrados, se encontró que era expresado por las células trapeciales. El nAChR-A7/8-1 expresado exógenamente en oocitos de Xenopus respondió a la ACh y otros agonistas con características farmacológicas consistentes con las observadas in vivo. Esfuerzos adicionales para examinar la señalización aguas abajo de este receptor revelaron que un inhibidor de la fosfolipasa C (PLC) dificultó la parada cilial inducida por ACh. Proponemos que el nAChR-A7/8-1 homomérico relacionado con α7 media la transmisión neurocilial en los estigmas de Ciona para provocar la parada cilial persistente reclutando la señalización intracelular de Ca2+.

@article{doi101242jeb209320,
    author = "Jokura, Kei y Nishino, Junko M y Ogasawara, Michio y Nishino, Atsuo",
    title = "Un receptor nicotínico de acetilcolina relacionado con α7 media la respuesta de parada cilial en las hendiduras branquiales faríngeas de Ciona.",
    year = "2020",
    journal = "The Journal of experimental biology",
    abstract = "El movimiento cilial es un proceso fundamental para sostener la vida animal, y el patrón de movimiento puede alterarse en respuesta a estímulos externos bajo el control de los sistemas nerviosos. Los ascidios juveniles y adultos tienen arreglos ciliales alrededor de sus hendiduras branquiales faríngeas (estigmas), y el latido continuo se interrumpe durante segundos por estímulos mecánicos en otras partes del cuerpo. Aunque se ha sugerido que la transmisión neural para evocar la parada cilial es colinérgica, su base molecular aún no se ha elucidado en detalle. Aquí, intentamos aclarar los mecanismos moleculares subyacentes a esta transmisión neurocilial en el ascidio modelo Ciona. La tinción histoquímica de acetilcolinesterasa mostró señales fuertes en las células ciliales laterodistales de los estigmas, aquí denominadas células trapeciales. La administración directa de acetilcolina (ACh) y otros agonistas de receptores nicotínicos de ACh (nAChRs) sobre las células ciliales provocó de manera fiable la parada cilial que persistió durante segundos de manera dependiente de la dosis. Aunque el genoma de Ciona codifica diez nAChRs, solo uno de estos, llamado nAChR-A7/8-1, un pariente de los nAChRs α7 de vertebrados, se encontró que era expresado por las células trapeciales. El nAChR-A7/8-1 expresado exógenamente en oocitos de Xenopus respondió a la ACh y otros agonistas con características farmacológicas consistentes con las observadas in vivo. Esfuerzos adicionales para examinar la señalización aguas abajo de este receptor revelaron que un inhibidor de la fosfolipasa C (PLC) dificultó la parada cilial inducida por ACh. Proponemos que el nAChR-A7/8-1 homomérico relacionado con α7 media la transmisión neurocilial en los estigmas de Ciona para provocar la parada cilial persistente reclutando la señalización intracelular de Ca2+.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32220975/",
    doi = "10.1242/jeb.209320",
    openalex = "W3013390895",
    pmid = "32220975",
    references = "doi101007s00441019030355, doi101016089662739090344f, doi101016jceca200308006, doi101016s0021925818543623, doi101016s0022356525130346, doi101016s0022356525229676, doi101073pnas90156971, doi101113jphysiol1987sp016883, doi101126science1080049, doi101177123219, doi101523jneurosci1302005961993"
}

Un órgano secretor de moco en las ascidias, el endostilo, consiste en varias zonas epiteliales con diferentes longitudes, densidades y dirección de latido de los cilios. Aquí encontramos mediante microscopía electrónica de transmisión que los cilios largos en la zona 1 del endostilo mostraron estructuras axonemales 9 + 2 pero carecían completamente de la dineína de brazo externo. Por el contrario, los cilios en otras zonas portaban tanto brazos de dineína externos como internos. La inmunoblotting y la microscopía de inmunofluorescencia revelaron además que la zona 1 parecía carecer no solo de la dineína de brazo externo sino también de la dineína de brazo interno de dos cabezas. Estos resultados sugieren un mecanismo para una supresión génica específica de región que causa la pérdida limitada de dineínas axonemales de dos cabezas en el epitelio del endostilo. La pérdida de estas dineínas en la zona 1 se considera que contribuye a la generación del movimiento ciliar ondulante que es esencial para un circuito único de flujo de moco en el endostilo.

@article{doi102108zs200095,
    author = "Konno, Alu and Inaba, Kazuo",
    title = "Region-Specific Loss of Two-Headed Ciliary Dyneins in Ascidian Endostyle.",
    year = "2020",
    journal = "Zoological science",
    abstract = "A mucous secreting organ in ascidians, the endostyle, consists of several epithelial zones with different ciliary length, density, and beating direction. Here we found by transmission electron microscopy that long cilia in endostyle zone 1 showed 9 + 2 axonemal structures but completely lacked the outer arm dynein. In contrast, cilia in other zones bore both outer and inner dynein arms. Western blotting and immunofluorescence microscopy further revealed that zone 1 appeared to lack not only outer arm dynein but also two-headed inner arm dynein. These results suggest a mechanism for a region-specific gene suppression that causes the limited loss of two-headed axonemal dyneins in the endostyle epithelium. The loss of these dyneins in zone 1 is considered to contribute to the generation of undulating ciliary movement that is essential for a unique circuit of mucus flow in the endostyle.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33269866/",
    doi = "10.2108/zs200095",
    openalex = "W3096892882",
    pmid = "33269866",
    references = "doi101002cm970080110, doi101016jcub200607012, doi101038227680a0, doi101038nature07471, doi101038ng1106, doi101038ng2707, doi101083jcb1515f37, doi101083jcb913107s, doi101093molehrgar034, doi101126science1084576"
}

La expresión espacio-temporal de los genes zigóticos está regulada por factores de transcripción, que median la decisión del destino celular y la morfogénesis. El estudio de los patrones de expresión y sus relaciones de regulación transcripcional es crucial para comprender el desarrollo embrionario. El RNA-seq secuencial de la ascidia Halocynthia roretzi ha mostrado previamente que nueve genes que codifican factores de transcripción se expresan de manera transitoria en la etapa de blastula, que es la etapa en la que se especifican los destinos celulares y comienza la diferenciación. Seis de estos factores de transcripción ya se han encontrado que desempeñan roles importantes durante el desarrollo temprano. Sin embargo, las funciones de los otros factores de transcripción (FoxJ-r, SoxF y SP8/9) siguen siendo desconocidas. El estudio de los patrones de expresión espacial y temporal mostró que los tres genes se expresaron en el hemisferio animal tan pronto como en la etapa de 16 células. Esto probablemente se debe a genes de factores de transcripción que se expresan en el hemisferio vegetal, los cuales han sido extensamente y exhaustivamente analizados en estudios previos de ascidias. Los análisis funcionales utilizando morfantes de FoxJ-r mostraron que resultaron en la alteración de la lateralidad y la ausencia de monocilios epidérmicos, sugiriendo que FoxJ-r funciona en la formación de cilios y, en consecuencia, en la generación de la asimetría izquierda-derecha, como se observa en los vertebrados. El silenciamiento de SoxF resultó en una epibolia incompleta por el ectodermo durante la gastrulación, mientras que el silenciamiento de SP8/9 no mostró fenotipo hasta la etapa de brote de la cola en el presente estudio, aunque se expresó durante las etapas de blastula. Nuestros resultados indican que los genes de factores de transcripción expresados en las etapas de segmentación desempeñan roles en funciones diversas y no se limitan a la especificación del destino celular.

@article{doi102108zs200128,
    author = "Shih, Yu y Wang, Kai y Kumano, Gaku y Nishida, Hiroki",
    title = "Análisis de la expresión y función de los factores de transcripción ectodérmicos FoxJ-r, SoxF y SP8/9 en embriones tempranos de la ascidia Halocynthia roretzi",
    year = "2020",
    journal = "ZOOLOGICAL SCIENCE",
    abstract = "La expresión espacio-temporal de los genes zigóticos está regulada por factores de transcripción, que median la decisión del destino celular y la morfogénesis. El estudio de los patrones de expresión y sus relaciones de regulación transcripcional es crucial para comprender el desarrollo embrionario. El RNA-seq secuencial de la ascidia Halocynthia roretzi ha mostrado previamente que nueve genes que codifican factores de transcripción se expresan de manera transitoria en la etapa de blastula, que es la etapa en la que se especifican los destinos celulares y comienza la diferenciación. Seis de estos factores de transcripción ya se han encontrado que desempeñan roles importantes durante el desarrollo temprano. Sin embargo, las funciones de los otros factores de transcripción (FoxJ-r, SoxF y SP8/9) siguen siendo desconocidas. El estudio de los patrones de expresión espacial y temporal mostró que los tres genes se expresaron en el hemisferio animal tan pronto como en la etapa de 16 células. Esto probablemente se debe a genes de factores de transcripción que se expresan en el hemisferio vegetal, los cuales han sido extensamente y exhaustivamente analizados en estudios previos de ascidias. Los análisis funcionales utilizando morfantes de FoxJ-r mostraron que resultaron en la alteración de la lateralidad y la ausencia de monocilios epidérmicos, sugiriendo que FoxJ-r funciona en la formación de cilios y, en consecuencia, en la generación de la asimetría izquierda-derecha, como se observa en los vertebrados. El silenciamiento de SoxF resultó en una epibolia incompleta por el ectodermo durante la gastrulación, mientras que el silenciamiento de SP8/9 no mostró fenotipo hasta la etapa de brote de la cola en el presente estudio, aunque se expresó durante las etapas de blastula. Nuestros resultados indican que los genes de factores de transcripción expresados en las etapas de segmentación desempeñan roles en funciones diversas y no se limitan a la especificación del destino celular.",
    url = "https://doi.org/10.2108/zs200128",
    doi = "10.2108/zs200128",
    openalex = "W3113189041",
    references = "doi101016jydbio201807023"
}

@article{doi101016jfsi202110022,
    author = "Longo, Valeria y Parrinello, Daniela y Longo, Alessandra y Parisi, Maria Giovanna y Parrinello, Nicolò y Colombo, Paolo y Cammarata, Matteo",
    title = "La conservación y diversidad de células y moléculas de ascidias involucradas en la reacción inflamatoria: El modelo Ciona robusta",
    year = "2021",
    journal = "Fish \& Shellfish Immunology",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.fsi.2021.10.022",
    doi = "10.1016/j.fsi.2021.10.022",
    openalex = "W3205664997",
    references = "doi1010160022175977900552"
}

Cionin es un homólogo de la colecistoquinina/gastrina de vertebrados que se ha identificado en el ascidio Ciona intestinalis tipo A. La posición filogenética de los ascidios como los parientes vivos más cercanos de los vertebrados sugiere que cionin puede proporcionar pistas sobre la evolución de los sistemas endocrinos/neuroendocrinos a lo largo de los cordados. Aquí, mostramos el papel biológico de cionin en la regulación de la ovulación. La hibridación in situ demostró que el ARNm del receptor de cionin, Cior2, se expresaba específicamente en las células foliculares internas de los folículos pre-ovulatorios en el ovario de Ciona. Se encontró que cionin estimula significativamente la ovulación después de 24 horas de incubación. Los análisis de transcriptoma y posterior PCR en tiempo real confirmaron que los niveles de expresión de genes de señalización de receptores tirosina quinasa (RTK) y un gen de metaloproteína de matriz (MMP) se elevaban significativamente en los folículos tratados con cionin. De particular interés es que un inhibidor de RTK y un inhibidor de MMP suprimieron notablemente el efecto estimulador de cionin sobre la ovulación. Además, la inhibición de la señalización de RTK redujo la expresión del gen de MMP en los folículos tratados con cionin. Estos resultados proporcionan evidencia de que cionin induce la ovulación estimulando la expresión del gen de MMP a través de la vía de señalización de RTK. Este es el primer informe sobre los roles endógenos de cionin y la inducción de la ovulación por péptidos de la familia de la colecistoquinina/gastrina en un organismo.

@article{doi101038s41598021902953,
    author = "Osugi, Tomohiro and Miyasaka, Natsuko and Shiraishi, A. and Matsubara, Shin and Satake, H.",
    title = "Cionin, a vertebrate cholecystokinin/gastrin homolog, induces ovulation in the ascidian Ciona intestinalis type A",
    year = "2021",
    journal = "Scientific Reports",
    abstract = "Cionin es un homólogo de la colecistoquinina/gastrina de vertebrados que se ha identificado en el ascidio Ciona intestinalis tipo A. La posición filogenética de los ascidios como los parientes vivos más cercanos de los vertebrados sugiere que cionin puede proporcionar pistas sobre la evolución de los sistemas endocrinos/neuroendocrinos a lo largo de los cordados. Aquí, mostramos el papel biológico de cionin en la regulación de la ovulación. La hibridación in situ demostró que el ARNm del receptor de cionin, Cior2, se expresaba específicamente en las células foliculares internas de los folículos pre-ovulatorios en el ovario de Ciona. Se encontró que cionin estimula significativamente la ovulación después de 24 horas de incubación. Los análisis de transcriptoma y posterior PCR en tiempo real confirmaron que los niveles de expresión de genes de señalización de receptores tirosina quinasa (RTK) y un gen de metaloproteína de matriz (MMP) se elevaban significativamente en los folículos tratados con cionin. De particular interés es que un inhibidor de RTK y un inhibidor de MMP suprimieron notablemente el efecto estimulador de cionin sobre la ovulación. Además, la inhibición de la señalización de RTK redujo la expresión del gen de MMP en los folículos tratados con cionin. Estos resultados proporcionan evidencia de que cionin induce la ovulación estimulando la expresión del gen de MMP a través de la vía de señalización de RTK. Este es el primer informe sobre los roles endógenos de cionin y la inducción de la ovulación por péptidos de la familia de la colecistoquinina/gastrina en un organismo.",
    url = "https://www.nature.com/articles/s41598-021-90295-3.pdf",
    doi = "10.1038/s41598-021-90295-3",
    is_oa = "true",
    number = "1",
    semanticscholar_citation_count = "10",
    semanticscholar_id = "aa3678451ba997b1e9606a005be4f2989934bfcd",
    volume = "11"
}

RESUMEN Antecedentes Las asimetrías izquierda-derecha son una característica común de los sistemas nerviosos de los metazoos. Esto es particularmente pronunciado en el sistema nervioso central (SNC) larvario comparativamente simple del tunicado Ciona, cuya larva renacuaz nadadora muestra un plan de suelo claro de cordados. Si bien se encuentran elementos de vías comunes para especificar el eje izquierda-derecha en los cordados, particularmente un requisito para la señalización Nodal, Ciona difiere de sus primos vertebrados al especificar su eje en la etapa de neurula, en lugar de en la de gástrula. Además, Ciona y otros ascidios tienen un requisito de una membrana coriónica intacta para una correcta especificación izquierda/derecha. Resultados Presentamos aquí resultados que muestran que las alteraciones de la asimetría izquierda-derecha causadas por la eliminación del corion (decorionación) son altamente variables y presentes en todo el sistema nervioso larvario de Ciona. Si bien estudios previos han documentado alteraciones en los sistemas sensoriales conspicuamente asimétricos en la vesícula cerebral anterior, documentamos asimetrías en estructuras aparentemente simétricas como la vesícula cerebral posterior y el ganglio motor. Además, los defectos causados por la decorionación incluyen clases de neuronas mal colocadas o ausentes, pérdida de expresión génica asimétrica, conectividad sináptica aberrante y comportamientos anormales. En el ganglio motor, una estructura cerebral que se ha equiparado con el encéfalo posterior vertebrado, encontramos que a pesar de la distribución aparente simétrica izquierda/derecha de las interneuronas y las neuronas motoras, los receptores AMPA se expresan exclusivamente en el lado izquierdo, lo que equivale a comportamientos de nado asimétricos. También encontramos que dentro de una población de larvas decorionadas, existe un pequeño porcentaje con una especificación izquierda-derecha aparentemente normal, y una población aproximadamente igual con asimetría invertida (imagen especular). Presentamos un método basado en un ensayo de comportamiento para aislar estas larvas. Cuando estas dos clases de larvas (normales e invertidas) se evalúan en un ensayo de oscurecimiento de luz, muestran comportamientos de imagen especular, con las larvas normales respondiendo con nadadas antihorarias, mientras que las larvas invertidas responden con nadadas horarias. Conclusiones Nuestros hallazgos resaltan la importancia de las vías de especificación izquierda-derecha no solo para la correcta anatomía del SNC, sino también para la correcta conectividad sináptica y el comportamiento.

@misc{doi10110120210303433807,
    author = "Kourakis, Matthew J. y Bostwick, Michaela y Zabriskie, Amanda y Smith, William C.",
    title = "Alteraciones de la asimetría izquierda/derecha y reversales de imagen especular en el comportamiento y la anatomía cerebral en Ciona",
    year = "2021",
    booktitle = "bioRxiv (Laboratorio Cold Spring Harbor)",
    abstract = "RESUMEN Antecedentes Las asimetrías izquierda-derecha son una característica común de los sistemas nerviosos de los metazoos. Esto es particularmente pronunciado en el sistema nervioso central (SNC) larvario comparativamente simple del tunicado Ciona, cuya larva renacuaz nadadora muestra un plan de suelo claro de cordados. Si bien se encuentran elementos de vías comunes para especificar el eje izquierda-derecha en los cordados, particularmente un requisito para la señalización Nodal, Ciona difiere de sus primos vertebrados al especificar su eje en la etapa de neurula, en lugar de en la de gástrula. Además, Ciona y otros ascidios tienen un requisito de una membrana coriónica intacta para una correcta especificación izquierda/derecha. Resultados Presentamos aquí resultados que muestran que las alteraciones de la asimetría izquierda-derecha causadas por la eliminación del corion (decorionación) son altamente variables y presentes en todo el sistema nervioso larvario de Ciona. Si bien estudios previos han documentado alteraciones en los sistemas sensoriales conspicuamente asimétricos en la vesícula cerebral anterior, documentamos asimetrías en estructuras aparentemente simétricas como la vesícula cerebral posterior y el ganglio motor. Además, los defectos causados por la decorionación incluyen clases de neuronas mal colocadas o ausentes, pérdida de expresión génica asimétrica, conectividad sináptica aberrante y comportamientos anormales. En el ganglio motor, una estructura cerebral que se ha equiparado con el encéfalo posterior vertebrado, encontramos que a pesar de la distribución aparente simétrica izquierda/derecha de las interneuronas y las neuronas motoras, los receptores AMPA se expresan exclusivamente en el lado izquierdo, lo que equivale a comportamientos de nado asimétricos. También encontramos que dentro de una población de larvas decorionadas, existe un pequeño porcentaje con una especificación izquierda-derecha aparentemente normal, y una población aproximadamente igual con asimetría invertida (imagen especular). Presentamos un método basado en un ensayo de comportamiento para aislar estas larvas. Cuando estas dos clases de larvas (normales e invertidas) se evalúan en un ensayo de oscurecimiento de luz, muestran comportamientos de imagen especular, con las larvas normales respondiendo con nadadas antihorarias, mientras que las larvas invertidas responden con nadadas horarias. Conclusiones Nuestros hallazgos resaltan la importancia de las vías de especificación izquierda-derecha no solo para la correcta anatomía del SNC, sino también para la correcta conectividad sináptica y el comportamiento.",
    url = "https://doi.org/10.1101/2021.03.03.433807",
    doi = "10.1101/2021.03.03.433807",
    openalex = "W3135056905",
    references = "doi101016jydbio201807023"
}

RESUMEN La locomoción por natación en vertebrados acuáticos, como peces y renacuajos, se expresa mediante operaciones orquestadas de generadores de patrones centrales. Estos circuitos neuronales paralelos están distribuidos ubicuamente y acoplados mutuamente a lo largo de la médula espinal para expresar patrones de ondulación acomodados a entradas eferentes y aferentes. Aunque tales conjuntos de esquemas se han demostrado en vertebrados, el origen evolutivo de dichos mecanismos a lo largo de la filogenia de los cordados permanece unclear. Los ascidios, que representan un grupo hermano de los vertebrados, dan lugar a larvas tipo renacuajo que nadan libremente en agua de mar. En este estudio, intentamos localizar el generador de patrones de natación en las larvas del ascidio Ciona examinando la capacidad locomotora de fragmentos corporales segmentados. Nuestros experimentos demostraron la actividad necesaria y suficiente del generador de patrones en una región corta (∼10% de la longitud corporal como la estimación más larga) que incluye la unión tronco-cola pero excluye la mayor parte del tronco y la cola con los principales aparatos sensoriales en ellos. Además, encontramos que estos fragmentos corporales de "pieza media" expresan ráfagas periódicas de latidos de cola con intervalos de ∼20 s sin ningún estímulo exógeno. Las comparaciones entre los patrones temporales de ráfagas de latidos de cola expresados por los fragmentos de pieza media y por larvas enteras colocadas bajo diferentes condiciones sensoriales sugirieron que la presencia de partes además de la crítica pieza media tuvo efectos para acortar los intervalos de ráfagas de natación, especialmente en la oscuridad, y también para expandir la varianza en las duraciones de las ráfagas. Proponemos que las larvas de Ciona realizan la natación como representaciones modificadas de impulsos de generadores de patrones autónomos y periódicos, que operan localmente en la región de la unión tronco-cola. Declaración de resumen Los fragmentos de pieza media de las larvas tipo renacuajo del ascidio Ciona, que carecen de la mayor parte del tronco anterior y la cola posterior, expresan autónoma y periódicamente ráfagas de latidos de cola.

@misc{doi10110120210412439438,
    author = "Hara, T y Hasegawa, Shuya e Iwatani, Yasushi y Nishino, Atsuo",
    title = "Un ciclo autónomo de latidos de cola expresado por un generador de patrones de natación específico de región en la larva de Ciona",
    year = "2021",
    booktitle = "bioRxiv (Laboratorio Cold Spring Harbor)",
    abstract = "RESUMEN La locomoción por natación en vertebrados acuáticos, como peces y renacuajos, se expresa mediante operaciones orquestadas de generadores de patrones centrales. Estos circuitos neuronales paralelos están distribuidos ubicuamente y acoplados mutuamente a lo largo de la médula espinal para expresar patrones de ondulación acomodados a entradas eferentes y aferentes. Aunque tales conjuntos de esquemas se han demostrado en vertebrados, el origen evolutivo de dichos mecanismos a lo largo de la filogenia de los cordados permanece unclear. Los ascidios, que representan un grupo hermano de los vertebrados, dan lugar a larvas tipo renacuajo que nadan libremente en agua de mar. En este estudio, intentamos localizar el generador de patrones de natación en las larvas del ascidio Ciona examinando la capacidad locomotora de fragmentos corporales segmentados. Nuestros experimentos demostraron la actividad necesaria y suficiente del generador de patrones en una región corta (∼10% de la longitud corporal como la estimación más larga) que incluye la unión tronco-cola pero excluye la mayor parte del tronco y la cola con los principales aparatos sensoriales en ellos. Además, encontramos que estos fragmentos corporales de "pieza media" expresan ráfagas periódicas de latidos de cola con intervalos de ∼20 s sin ningún estímulo exógeno. Las comparaciones entre los patrones temporales de ráfagas de latidos de cola expresados por los fragmentos de pieza media y por larvas enteras colocadas bajo diferentes condiciones sensoriales sugirieron que la presencia de partes además de la crítica pieza media tuvo efectos para acortar los intervalos de ráfagas de natación, especialmente en la oscuridad, y también para expandir la varianza en las duraciones de las ráfagas. Proponemos que las larvas de Ciona realizan la natación como representaciones modificadas de impulsos de generadores de patrones autónomos y periódicos, que operan localmente en la región de la unión tronco-cola. Declaración de resumen Los fragmentos de pieza media de las larvas tipo renacuajo del ascidio Ciona, que carecen de la mayor parte del tronco anterior y la cola posterior, expresan autónoma y periódicamente ráfagas de latidos de cola.",
    url = "https://doi.org/10.1101/2021.04.12.439438",
    doi = "10.1101/2021.04.12.439438",
    openalex = "W3156475079",
    references = "doi101242jeb209320"
}

Basándonos en la expresión de factores de transcripción, ubicación y origen del desarrollo, concluimos que los fotorreceptores larvarios de erizos de mar constituyen un tipo celular que probablemente es homólogo a los fotorreceptores ciliares presentes en los cordados.

@article{doi101186s1291502101194y,
    author = "Valencia, Jonathan E. y Feuda, Roberto y Mellott, Dan O y Burke, Robert D. y Peter, Isabelle S.",
    title = "Fotorreceptores ciliares en larvas de erizos de mar indican conservación del tipo celular pan-deuterostomo",
    year = "2021",
    journal = "BMC Biology",
    abstract = "Basándonos en la expresión de factores de transcripción, ubicación y origen del desarrollo, concluimos que los fotorreceptores larvarios de erizos de mar constituyen un tipo celular que probablemente es homólogo a los fotorreceptores ciliares presentes en los cordados.",
    url = "https://doi.org/10.1186/s12915-021-01194-y",
    doi = "10.1186/s12915-021-01194-y",
    openalex = "W4225759254",
    references = "doi101016jydbio201610014"
}

Durante la evolución, nuevos caracteres se diseñan modificando estructuras preexistentes ya presentes en organismos antiguos. Desde esta perspectiva, el Sistema Nervioso Central (SNC) de la larva de ascidia ofrece una buena oportunidad para analizar un fenómeno complejo con un enfoque simplificado. Como grupo hermano de los vertebrados, la larva de renacuajo de ascidia exhibe un SNC dorsal, compuesto por solo unas 330 células distribuidas en la vesícula cerebral sensorial anterior (BV), conectada al ganglio motor (MG) y a un cordón nervioso caudal (CNC) en la cola. Sin embargo, un bajo número de células no significa baja complejidad. El cerebro larvario contiene 177 neuronas, para las cuales ahora está disponible un conectoma sináptico documentado, y dos órganos pigmentados, el otolito y el ocelo, que controlan el comportamiento de natación larvario. El otolito está involucrado en la percepción de la gravedad y el ocelo en la percepción de la luz. Aquí, revisamos específicamente los estudios centrados en el desarrollo de los componentes básicos de los órganos sensoriales pigmentados de las ascidias, es decir, células pigmentarias y células fotorreceptoras. Nos centramos en lo que se conoce hasta ahora sobre las bases moleculares de la especificación y diferenciación de ambas linajes, sobre la función de estos órganos después de la eclosión larvaria durante el período preasentamiento, y sobre las tecnologías más avanzadas, como el secuenciación de ARN de célula única y la edición genómica CRISPR/CAS9, que, adaptadas y aplicadas a embriones de Ciona, están mejorando cada vez más la manejabilidad de Ciona para estudios de desarrollo, incluida la formación de órganos pigmentados.

@article{doi103389fcell2021701779,
    author = "Olivo, Paola y Palladino, A. y Ristoratore, F. y Spagnuolo, A.",
    title = "Órganos sensoriales del cerebro de la ascidia Ciona robusta: Estructura, función y mecanismos de desarrollo",
    year = "2021",
    journal = "Frontiers en Biología Celular y del Desarrollo",
    abstract = "Durante la evolución, nuevos caracteres se diseñan modificando estructuras preexistentes ya presentes en organismos antiguos. Desde esta perspectiva, el Sistema Nervioso Central (SNC) de la larva de ascidia ofrece una buena oportunidad para analizar un fenómeno complejo con un enfoque simplificado. Como grupo hermano de los vertebrados, la larva de renacuajo de ascidia exhibe un SNC dorsal, compuesto por solo unas 330 células distribuidas en la vesícula cerebral sensorial anterior (BV), conectada al ganglio motor (MG) y a un cordón nervioso caudal (CNC) en la cola. Sin embargo, un bajo número de células no significa baja complejidad. El cerebro larvario contiene 177 neuronas, para las cuales ahora está disponible un conectoma sináptico documentado, y dos órganos pigmentados, el otolito y el ocelo, que controlan el comportamiento de natación larvario. El otolito está involucrado en la percepción de la gravedad y el ocelo en la percepción de la luz. Aquí, revisamos específicamente los estudios centrados en el desarrollo de los componentes básicos de los órganos sensoriales pigmentados de las ascidias, es decir, células pigmentarias y células fotorreceptoras. Nos centramos en lo que se conoce hasta ahora sobre las bases moleculares de la especificación y diferenciación de ambas linajes, sobre la función de estos órganos después de la eclosión larvaria durante el período preasentamiento, y sobre las tecnologías más avanzadas, como el secuenciación de ARN de célula única y la edición genómica CRISPR/CAS9, que, adaptadas y aplicadas a embriones de Ciona, están mejorando cada vez más la manejabilidad de Ciona para estudios de desarrollo, incluida la formación de órganos pigmentados.",
    url = "https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fcell.2021.701779/pdf",
    doi = "10.3389/fcell.2021.701779",
    is_oa = "true",
    semanticscholar_citation_count = "12",
    semanticscholar_id = "a66c1a941a2e8c11d77a89364f8f4c9856b289fa",
    volume = "9"
}

El sistema locomotor es altamente bilateral a nivel macroscópico. La homociralidad de las moléculas biológicas es totalmente compatible con el cuerpo bilateral. Sin embargo, si y cómo las células de una sola mano contribuyen al sistema locomotor bilateral es oscuro. Aquí, aprovechando el pequeño número de células en la larva renacuajo nadadora de la ascidia Ciona, analizamos la morfología de la cola a escalas celulares y subcelulares. La microscopía tomográfica de rayos X de contraste de fase cuantitativa reveló una estructura de alta densidad en la línea media ventral al notocordio en la cola. Los núcleos de las células musculares en cada lado del notocordio estaban aproximadamente alineados bilateralmente. Sin embargo, la microscopía de fluorescencia detectó una asimetría izquierda-derecha de la inclinación de las miofibrillas relativa al eje longitudinal de la cola. La microscopía tomográfica de rayos X de contraste de fase Zernike reveló la presencia de hélices de mano izquierda de miofibrillas en células musculares en ambos lados. Por lo tanto, el sistema locomotor de las larvas de ascidia alberga células helicoidales de mano izquierda que rompen la simetría, mientras mantienen la alineación de células simétrica bilateralmente. Estos resultados sugieren que los animales bilaterales pueden anular la homociralidad celular para generar los sistemas locomotores bilaterales a escala supracelular.

@article{doi103389fcell2021800455,
    author = "Matsuo, Koichi y Tamura, Ryota y Hotta, Kohji y Okada, Mayu y Takeuchi, Akihisa y Wu, Yanlin y Hashimoto, Koh y Takano, Hidekazu y Momose, Atsushi y Nishino, Atsuo",
    title = "Fibras miofibrilares helicoidales asimétricas bilateralmente en larvas de renacuajo de ascidia",
    year = "2021",
    journal = "Frontiers in Cell and Developmental Biology",
    abstract = "El sistema locomotor es altamente bilateral a nivel macroscópico. La homociralidad de las moléculas biológicas es totalmente compatible con el cuerpo bilateral. Sin embargo, si y cómo las células de una sola mano contribuyen al sistema locomotor bilateral es oscuro. Aquí, aprovechando el pequeño número de células en la larva renacuajo nadadora de la ascidia Ciona, analizamos la morfología de la cola a escalas celulares y subcelulares. La microscopía tomográfica de rayos X de contraste de fase cuantitativa reveló una estructura de alta densidad en la línea media ventral al notocordio en la cola. Los núcleos de las células musculares en cada lado del notocordio estaban aproximadamente alineados bilateralmente. Sin embargo, la microscopía de fluorescencia detectó una asimetría izquierda-derecha de la inclinación de las miofibrillas relativa al eje longitudinal de la cola. La microscopía tomográfica de rayos X de contraste de fase Zernike reveló la presencia de hélices de mano izquierda de miofibrillas en células musculares en ambos lados. Por lo tanto, el sistema locomotor de las larvas de ascidia alberga células helicoidales de mano izquierda que rompen la simetría, mientras mantienen la alineación de células simétrica bilateralmente. Estos resultados sugieren que los animales bilaterales pueden anular la homociralidad celular para generar los sistemas locomotores bilaterales a escala supracelular.",
    url = "https://doi.org/10.3389/fcell.2021.800455",
    doi = "10.3389/fcell.2021.800455",
    openalex = "W4200404911",
    references = "doi101016jydbio201807023"
}

Los neuropéptidos de la superfamilia de oxitocina (OT) y vasopresina (VP) se distribuyen no solo en vertebrados sino también en diversos invertebrados. Sin embargo, nunca se ha documentado ninguna inervación VPérgica de invertebrados. En la ascidia, Ciona intestinalis Tipo A (Ciona robusta), se identificó un péptido de la superfamilia OT/VP, y la vasopresina de Ciona (CiVP) induce la maduración de oocitos y la ovulación. En el presente estudio, caracterizamos la inervación y los fenotipos de Ciona genéticamente modificada: CiVP promoter-Venus transgénico y CiVP mutantes. Ciona transgénica CiVP promoter-Venus demostró que el gen CiVP se expresaba altamente en el ganglio cerebral y varios nervios. También se detectó fluorescencia en el ovario de ascidias jóvenes transgénicas CiVP promoter-Venus, lo que sugiere que el gen CiVP también se expresa temporalmente en el ovario de ascidias jóvenes. Además, se observó una disminución marcada de folículos post-vitelogénicos (etapa III) en el ovario de CiVP mutantes, mientras que los folículos pre-vitelogénicos (etapa I) y vitelogénicos (etapa II) aumentaron en el ovario mutante, en comparación con el de Ciona salvaje. Los perfiles de expresión génica mostraron que la expresión de diversos genes, incluidos genes relacionados con el crecimiento de folículos ováricos, se alteró en el ovario de CiVP mutantes. En conjunto, estos resultados indicaron que CiVP, principalmente como neuropéptido, desempeña roles cruciales en diversas funciones biológicas, incluido el crecimiento de folículos ováricos de etapas tempranas mediante la regulación de la expresión de una amplia variedad de genes. Este es el primer informe que describe un gen de promotor de VP transgénico y un invertebrado editado con gen de VP, así como sus perfiles de expresión génica y fenotipos.

@article{doi103389fendo2021668564,
    author = "Kawada, T. y Shiraishi, A. y Matsubara, Shin y Hozumi, Akiko y Horie, T. y Sasakura, Y. y Satake, H.",
    title = "Vasopresina Promoter Transgénico y Vasopresina Gen-Editado Ascidia, Ciona intestinalis Tipo A (Ciona robusta): Inervación, Perfiles de Expresión Génica y Fenotipos",
    year = "2021",
    journal = "Frontiers in Endocrinology",
    abstract = "Los neuropéptidos de la superfamilia de oxitocina (OT) y vasopresina (VP) se distribuyen no solo en vertebrados sino también en diversos invertebrados. Sin embargo, nunca se ha documentado ninguna inervación VPérgica de invertebrados. En la ascidia, Ciona intestinalis Tipo A (Ciona robusta), se identificó un péptido de la superfamilia OT/VP, y la vasopresina de Ciona (CiVP) induce la maduración de oocitos y la ovulación. En el presente estudio, caracterizamos la inervación y los fenotipos de Ciona genéticamente modificada: CiVP promoter-Venus transgénico y CiVP mutantes. Ciona transgénica CiVP promoter-Venus demostró que el gen CiVP se expresaba altamente en el ganglio cerebral y varios nervios. También se detectó fluorescencia en el ovario de ascidias jóvenes transgénicas CiVP promoter-Venus, lo que sugiere que el gen CiVP también se expresa temporalmente en el ovario de ascidias jóvenes. Además, se observó una disminución marcada de folículos post-vitelogénicos (etapa III) en el ovario de CiVP mutantes, mientras que los folículos pre-vitelogénicos (etapa I) y vitelogénicos (etapa II) aumentaron en el ovario mutante, en comparación con el de Ciona salvaje. Los perfiles de expresión génica mostraron que la expresión de diversos genes, incluidos genes relacionados con el crecimiento de folículos ováricos, se alteró en el ovario de CiVP mutantes. En conjunto, estos resultados indicaron que CiVP, principalmente como neuropéptido, desempeña roles cruciales en diversas funciones biológicas, incluido el crecimiento de folículos ováricos de etapas tempranas mediante la regulación de la expresión de una amplia variedad de genes. Este es el primer informe que describe un gen de promotor de VP transgénico y un invertebrado editado con gen de VP, así como sus perfiles de expresión génica y fenotipos.",
    url = "https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fendo.2021.668564/pdf",
    doi = "10.3389/fendo.2021.668564",
    is_oa = "true",
    semanticscholar_citation_count = "11",
    semanticscholar_id = "568cc74ebef80e931d381d65fa6a647161cd203d",
    volume = "12"
}

Los factores de transcripción conservados denominados "selectores terminales" regulan la especificación y diferenciación de subtipos neuronales mediante la regulación transcripcional combinatoria de genes de diferenciación terminal. Las combinaciones únicas de productos de genes de diferenciación terminal, a su vez, contribuyen a las identidades funcionales de cada neurona. Un selector terminal bien caracterizado es COE (Collier/Olf/Ebf), el cual se ha demostrado que activa baterías de genes colinérgicos en neuronas motoras de C. elegans. Sin embargo, sus funciones en otros metazoos, particularmente en cordados, son menos claras. Aquí mostramos que el único ortólogo de COE en el cordado no vertebrado Ciona robusta, Ebf, controla la expresión del locus colinérgico VAChT/ChAT en un único interneurón dorsal del ganglio motor larvario, el cual se presume es homólogo a la médula espinal vertebrada. Proponemos que, si bien la función de Ebf como regulador de la identidad de neuronas colinérgicas se conserva a través de los bilaterianos, su papel exacto puede haber divergido en diferentes subtipos de neuronas colinérgicas (por ejemplo, interneuronas vs. neuronas motoras) en circuitos motores específicos de cordados.

@article{doi103389fnins2021784649,
    author = "Popsuj, Sydney y Stolfi, Alberto",
    title = "Ebf activa la expresión de un locus colinérgico en un subtipo de interneurón del ganglio motor multipolar en Ciona",
    year = "2021",
    journal = "Frontiers in Neuroscience",
    abstract = {Los factores de transcripción conservados denominados "selectores terminales" regulan la especificación y diferenciación de subtipos neuronales mediante la regulación transcripcional combinatoria de genes de diferenciación terminal. Las combinaciones únicas de productos de genes de diferenciación terminal, a su vez, contribuyen a las identidades funcionales de cada neurona. Un selector terminal bien caracterizado es COE (Collier/Olf/Ebf), el cual se ha demostrado que activa baterías de genes colinérgicos en neuronas motoras de C. elegans. Sin embargo, sus funciones en otros metazoos, particularmente en cordados, son menos claras. Aquí mostramos que el único ortólogo de COE en el cordado no vertebrado Ciona robusta, Ebf, controla la expresión del locus colinérgico VAChT/ChAT en un único interneurón dorsal del ganglio motor larvario, el cual se presume es homólogo a la médula espinal vertebrada. Proponemos que, si bien la función de Ebf como regulador de la identidad de neuronas colinérgicas se conserva a través de los bilaterianos, su papel exacto puede haber divergido en diferentes subtipos de neuronas colinérgicas (por ejemplo, interneuronas vs. neuronas motoras) en circuitos motores específicos de cordados.},
    url = "https://doi.org/10.3389/fnins.2021.784649",
    doi = "10.3389/fnins.2021.784649",
    openalex = "W4200276734",
    references = "doi101242jeb209320"
}

@incollection{krasovec2021solitary,
    author = "Krasovec, Gabriel y Biasuz, Kilian y Thomann, Lisa M. y Chambon, Jean-Philippe",
    title = "Ascidias solitarias",
    year = "2021",
    booktitle = "Manual de organismos modelo marinos en biología experimental",
    url = "https://doi.org/10.1201/9781003217503-20",
    doi = "10.1201/9781003217503-20",
    pages = "357-384"
}

@article{doi101007s0030002203100w,
    author = "Giachetti, C. y Tatián, M. y Schwindt, E.",
    title = "Diferencias en el ciclo gonadal entre dos especies de ascidias, Ascidiella aspersa y Ciona robusta, ayudan a explicar su éxito invasor en un puerto templado frío",
    year = "2022",
    journal = "Polar Biology",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/0e4722fac2bfff890ea1864e11638d132a643f79",
    doi = "10.1007/s00300-022-03100-w",
    is_oa = "true",
    number = "12",
    pages = "1689-1701",
    semanticscholar_citation_count = "6",
    semanticscholar_id = "0e4722fac2bfff890ea1864e11638d132a643f79",
    volume = "45"
}

La locomoción natación en vertebrados acuáticos, como peces y renacuajos, se expresa a través de redes neuronales en la médula espinal. Estas redes están dispuestas en paralelo, distribuidas de manera ubicua y acopladas mutuamente a lo largo de la médula espinal para expresar patrones de ondulación adaptados a diversas entradas en las redes. Si bien estos sistemas han sido ampliamente estudiados en nadadores vertebrados, su origen evolutivo a lo largo de la filogenia de los cordados sigue siendo poco claro. Los ascidios, que representan un grupo hermano de los vertebrados, dan lugar a larvas tipo renacuajo que nadan libremente en agua de mar. En el presente estudio, examinamos la capacidad locomotora de los fragmentos anteriores y posteriores del cuerpo de las larvas del ascidio Ciona que habían sido cortados en una posición arbitraria. El examen de más de 200 fragmentos reveló una región corporal necesaria y suficiente que abarcaba solo ∼10% de la longitud corporal e incluía la unión tronco-cola. Los fragmentos corporales de la 'pieza media', que incluían la región de unión tronco-cola, pero excluían la mayor parte del tronco anterior y la cola posterior, expresaron autónomamente ráfagas periódicas de latidos de cola a intervalos de ∼20 s. Comparamos las duraciones e intervalos de las ráfagas de latidos de cola expresadas por fragmentos de pieza media, y también por larvas enteras bajo diferentes condiciones sensoriales. Los resultados sugieren que las partes del cuerpo fuera de la pieza media tienen un efecto de acortamiento de los intervalos de natación, particularmente en la oscuridad, y varían la duración de la ráfaga. Proponemos que las larvas de Ciona expresan comportamientos de natación modificando impulsos locomotores autónomos y periódicos que operan localmente en la región de unión tronco-cola.

@article{doi101242jeb243828,
    author = "Hara, T y Hasegawa, Shuya e Iwatani, Yasushi y Nishino, Atsuo",
    title = "La región de unión tronco-cola en larvas de Ciona expresa autónomamente ráfagas de latidos de cola a intervalos de ∼20 segundos",
    year = "2022",
    journal = "Journal of Experimental Biology",
    abstract = "La locomoción natación en vertebrados acuáticos, como peces y renacuajos, se expresa a través de redes neuronales en la médula espinal. Estas redes están dispuestas en paralelo, distribuidas de manera ubicua y acopladas mutuamente a lo largo de la médula espinal para expresar patrones de ondulación adaptados a diversas entradas en las redes. Si bien estos sistemas han sido ampliamente estudiados en nadadores vertebrados, su origen evolutivo a lo largo de la filogenia de los cordados sigue siendo poco claro. Los ascidios, que representan un grupo hermano de los vertebrados, dan lugar a larvas tipo renacuajo que nadan libremente en agua de mar. En el presente estudio, examinamos la capacidad locomotora de los fragmentos anteriores y posteriores del cuerpo de las larvas del ascidio Ciona que habían sido cortados en una posición arbitraria. El examen de más de 200 fragmentos reveló una región corporal necesaria y suficiente que abarcaba solo ∼10% de la longitud corporal e incluía la unión tronco-cola. Los fragmentos corporales de la 'pieza media', que incluían la región de unión tronco-cola, pero excluían la mayor parte del tronco anterior y la cola posterior, expresaron autónomamente ráfagas periódicas de latidos de cola a intervalos de ∼20 s. Comparamos las duraciones e intervalos de las ráfagas de latidos de cola expresadas por fragmentos de pieza media, y también por larvas enteras bajo diferentes condiciones sensoriales. Los resultados sugieren que las partes del cuerpo fuera de la pieza media tienen un efecto de acortamiento de los intervalos de natación, particularmente en la oscuridad, y varían la duración de la ráfaga. Proponemos que las larvas de Ciona expresan comportamientos de natación modificando impulsos locomotores autónomos y periódicos que operan localmente en la región de unión tronco-cola.",
    url = "https://doi.org/10.1242/jeb.243828",
    doi = "10.1242/jeb.243828",
    openalex = "W4281609119",
    references = "doi101242jeb209320"
}

En las últimas décadas se ha observado un aumento en el aislamiento y caracterización de compuestos anticancerígenos derivados de organismos marinos, especialmente invertebrados, y su uso en ensayos clínicos. En este sentido, los ascidios, que se incluyen en el subfilo Tunicata, representan ejemplos exitosos con dos fármacos, Aplidine© y Yondelis©, que llegaron al mercado como medicamentos huérfanos contra varias malignidades. Aquí, informamos que un extracto orgánico preparado a partir de tejidos homogeneizados del ascidio mediterráneo Ciona robusta inhibió la proliferación celular en células humanas HT-29, Hep G2 y U2 OS, siendo el primero el más sensible al extracto (EC50 = 250 µg/ml). Demostramos que el extracto orgánico del ascidio no fue citotóxico en células HT-29 inducidas a diferenciarse con butirato de sodio, sugiriendo una preferencia de la mezcla por el fenotipo maligno. Finalmente, informamos que la muerte celular inducida por el extracto orgánico fue mediada por la activación de un proceso de autofagia citotóxica como resultado del aumento en la expresión del marcador LC3-II y el número de vacuolas autofágicas, que casi se duplicaron en células HT-29 tratadas. En resumen, aunque la composición química detallada del extracto de Ciona robusta sigue sin determinarse, nuestros datos sugieren la presencia en él de compuestos bioactivos que poseen actividad anticancerígena.

@article{doi103389fchem20241322558,
    author = "Gallo, A. and Penna, Ylenia Maria and Russo, M. and Rosapane, Marco and Tosti, E. and Russo, G.",
    title = "An organic extract from ascidian Ciona robusta induces cytotoxic autophagy in human malignant cell lines",
    year = "2023",
    journal = "Frontiers in Chemistry",
    abstract = "The last decades have seen an increase in the isolation and characterization of anticancer compounds derived from marine organisms, especially invertebrates, and their use in clinical trials. In this regard, ascidians, which are included in the subphylum Tunicata, represent successful examples with two drugs, Aplidine© and Yondelis©, that reached the market as orphan drugs against several malignancies. Here, we report that an organic extract prepared from homogenized tissues of the Mediterranean ascidian Ciona robusta inhibited cell proliferation in HT-29, Hep G2, and U2 OS human cells with the former resulting as the most sensitive to the extract (EC50 = 250 µg/ml). We demonstrated that the ascidian organic extract was not cytotoxic on HT-29 cells induced to differentiate with sodium butyrate, suggesting a preference for the mixture for the malignant phenotype. Finally, we reported that the cell death induced by the organic extract was mediated by the activation of a process of cytotoxic autophagy as a result of the increased expression of the LC3-II marker and the number of autophagic vacuoles, which almost doubled in treated HT-29 cells. In summary, although the detailed chemical composition of the Ciona robusta extract is still undetermined, our data suggest the presence in it of bioactive compounds possessing anticancer activity.",
    url = "https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fchem.2024.1322558/pdf?isPublishedV2=False",
    doi = "10.3389/fchem.2024.1322558",
    is_oa = "true",
    semanticscholar_citation_count = "2",
    semanticscholar_id = "b21b1def329a40f23807e994d7fe6ecf0970709b",
    volume = "12"
}

La endóstila es un órgano faríngeo con una hendidura de apertura y cilios en cordados invertebrados (amfioxo y ascidia) y ciclostomados (lamprea), sirviendo como tracto de alimentación por filtración y sitio de secreción de tiroides. Las pruebas emergentes sugieren su composición celular compleja y funciones potencialmente versátiles. Se ha considerado que múltiples tipos celulares en la endóstila son precursores de órganos complejos en vertebrados avanzados. Para describir el perfil de expresión y las funciones potenciales, se realizó secuenciación de ARN a granel en la endóstila de la ascidia Styela clava y se seleccionaron marcadores distintos mediante análisis comparativo multinivel. Los ensayos de datos transcripcionales y resultados verificados por qRT-PCR mostraron los patrones de expresión regional de genes Hox en el eje longitudinal. Se propusieron marcadores específicos del órgano de la endóstila comparando la expresión con los órganos principales de la ascidia. Una proyección de perfil transcripcional entre especies entre la endóstila y órganos de Danio rerio y Homo sapiens indica una relación homogénea robusta con el sistema tiroides y digestivo de la endóstila. La alta similitud entre la endóstila y el riñón de la cabeza en pez cebra/el médula ósea en humanos implica funciones únicas y profundas del órgano faríngeo en protovertebrados. Nuestro resultado reveló que el perfil transcripcional de la glándula paratiroides humana era similar a la endóstila de la ascidia, indicando el origen evolutivo de los órganos de secreción hormonal en vertebrados.

@article{doi103390biology12020245,
    author = "Jiang, An and Zhang, Wei and Wei, Jiankai and Liu, Penghui and Dong, Bo",
    title = "Transcriptional Analysis of the Endostyle Reveals Pharyngeal Organ Functions in Ascidian",
    year = "2023",
    journal = "Biology",
    abstract = "La endóstila es un órgano faríngeo con una hendidura de apertura y cilios en cordados invertebrados (amfioxo y ascidia) y ciclostomados (lamprea), sirviendo como tracto de alimentación por filtración y sitio de secreción de tiroides. Las pruebas emergentes sugieren su composición celular compleja y funciones potencialmente versátiles. Se ha considerado que múltiples tipos celulares en la endóstila son precursores de órganos complejos en vertebrados avanzados. Para describir el perfil de expresión y las funciones potenciales, se realizó secuenciación de ARN a granel en la endóstila de la ascidia Styela clava y se seleccionaron marcadores distintos mediante análisis comparativo multinivel. Los ensayos de datos transcripcionales y resultados verificados por qRT-PCR mostraron los patrones de expresión regional de genes Hox en el eje longitudinal. Se propusieron marcadores específicos del órgano de la endóstila comparando la expresión con los órganos principales de la ascidia. Una proyección de perfil transcripcional entre especies entre la endóstila y órganos de Danio rerio y Homo sapiens indica una relación homogénea robusta con el sistema tiroides y digestivo de la endóstila. La alta similitud entre la endóstila y el riñón de la cabeza en pez cebra/el médula ósea en humanos implica funciones únicas y profundas del órgano faríngeo en protovertebrados. Nuestro resultado reveló que el perfil transcripcional de la glándula paratiroides humana era similar a la endóstila de la ascidia, indicando el origen evolutivo de los órganos de secreción hormonal en vertebrados.",
    url = "https://doi.org/10.3390/biology12020245",
    doi = "10.3390/biology12020245",
    openalex = "W4319317139",
    references = "doi101186s12915022012827, doi102108zs200095"
}

Los péptidos de la familia colecistoquinina (CCK)/gastrina están implicados en la regulación de la alimentación y la digestión en los vertebrados. En la ascidia Ciona intestinalis tipo A (Ciona robusta), se ha identificado la cionina, un péptido de la familia CCK/gastrina. La cionina se expresa exclusivamente en el sistema nervioso central (SNC). Por el contrario, la expresión del receptor de cionina se ha detectado en el SNC, el tracto digestivo y el ovario. Aunque se ha informado que la cionina está implicada en la ovulación, su función fisiológica en el SNC aún debe investigarse. Para elucidar su función neural, en el presente estudio, analizamos la expresión de cionina y receptores de cionina en el SNC. La cionina se expresó principalmente en neuronas residentes en la región anterior del ganglio cerebral. Por el contrario, la expresión del gen del receptor de cionina CioR1 se detectó en la parte media del ganglio cerebral y mostró un patrón de expresión similar al de VACHT, un gen marcador de neuronas colinérgicas. Además, se encontró que CioR1 se expresa en neuronas colinérgicas. En consecuencia, estos resultados sugieren que la cionina interactúa con neuronas colinérgicas como neurotransmisor o neuromodulador a través de CioR1. Este estudio proporciona información sobre el papel biológico de un péptido de la familia CCK/gastrina en el SNC de las ascidias.

@article{doi101038s41598024559087,
    author = "Taniguchi, Shiho y Nakayama, Satoshi e Iguchi, Rin y Sasakura, Yasunori y Satake, Honoo y Wada, Shuichi y Suzuki, Nobuo y Ogasawara, Michio y Sekiguchi, Toshio",
    title = "Distribución de cionina, un péptido de la familia colecistoquinina/gastrina, y su receptor en el sistema nervioso central de Ciona intestinalis tipo A",
    year = "2024",
    journal = "Scientific Reports",
    abstract = "Los péptidos de la familia colecistoquinina (CCK)/gastrina están implicados en la regulación de la alimentación y la digestión en los vertebrados. En la ascidia Ciona intestinalis tipo A (Ciona robusta), se ha identificado la cionina, un péptido de la familia CCK/gastrina. La cionina se expresa exclusivamente en el sistema nervioso central (SNC). Por el contrario, la expresión del receptor de cionina se ha detectado en el SNC, el tracto digestivo y el ovario. Aunque se ha informado que la cionina está implicada en la ovulación, su función fisiológica en el SNC aún debe investigarse. Para elucidar su función neural, en el presente estudio, analizamos la expresión de cionina y receptores de cionina en el SNC. La cionina se expresó principalmente en neuronas residentes en la región anterior del ganglio cerebral. Por el contrario, la expresión del gen del receptor de cionina CioR1 se detectó en la parte media del ganglio cerebral y mostró un patrón de expresión similar al de VACHT, un gen marcador de neuronas colinérgicas. Además, se encontró que CioR1 se expresa en neuronas colinérgicas. En consecuencia, estos resultados sugieren que la cionina interactúa con neuronas colinérgicas como neurotransmisor o neuromodulador a través de CioR1. Este estudio proporciona información sobre el papel biológico de un péptido de la familia CCK/gastrina en el SNC de las ascidias.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41598-024-55908-7",
    doi = "10.1038/s41598-024-55908-7",
    openalex = "W4392869396",
    references = "doi101242jeb209320"
}

El corazón de los ascidios (cordados invertebrados marinos) tiene una estructura tubular, y los latidos cardíacos se propagan desde un extremo al otro. La dirección de las ondas de pulsación se invierte intermitentemente en el corazón de los ascidios y sus parientes; sin embargo, los mecanismos subyacentes permanecen poco claros. En este trabajo, realizamos una serie de experimentos para caracterizar los sistemas de marcapasos en corazones aislados y sus fragmentos, y aplicamos un modelo matemático para examinar las condiciones que conducen a la inversión del corazón. El corazón aislado de Ciona robusta genera autónomamente ondas de pulsación a ∼20 a 25 latidos min-1 con inversiones a intervalos de ∼1 a 10 min. Las biseciones experimentales de corazones aislados revelaron que los marcapasos independientes residían en cada lado y también que sus frecuencias de latido cambiaban periódicamente mientras expresaban ritmos bimodales, que comprendían un ciclo de aceleración/desaceleración de ∼1,25 a 5,5 min de una tasa de latido entre 0 y 25 latidos min-1. Solo los fragmentos que incluían regiones terminales del tubo cardíaco de 5% o menos mantuvieron ritmos de pulsación autónomos, mientras que otras regiones no. Nuestro modelo matemático, basado en las ecuaciones de FitzHugh-Nagumo aplicadas a una alineación unidimensional de células, demostró que la diferencia entre las frecuencias expresadas por los dos marcapasos terminales independientes determinó la dirección de las ondas propagadas. Los cambios en los estados de los marcapasos terminales entre los modos excitatorio y oscilatorio, así como en sus frecuencias de oscilación endógenas, fueron suficientes para provocar la inversión del corazón. Estos resultados sugieren que las direcciones de las ondas de pulsación en el corazón de Ciona se invierten de acuerdo con los ritmos cambiantes expresados independientemente por marcapasos terminales acoplados remotamente.

@article{doi101242jeb246810,
    author = "Fujikake, Yuma y Fukuda, Kéita y Matsushita, Katsuyoshi y Iwatani, Yasushi y Fujimoto, Koichi y Nishino, Atsuo",
    title = "Ondas de pulsación a lo largo del tubo cardíaco de Ciona se invierten mediante ritmos bimodales expresados por un par remoto de marcapasos",
    year = "2024",
    journal = "Journal of Experimental Biology",
    abstract = "El corazón de los ascidios (cordados invertebrados marinos) tiene una estructura tubular, y los latidos cardíacos se propagan desde un extremo al otro. La dirección de las ondas de pulsación se invierte intermitentemente en el corazón de los ascidios y sus parientes; sin embargo, los mecanismos subyacentes permanecen poco claros. En este trabajo, realizamos una serie de experimentos para caracterizar los sistemas de marcapasos en corazones aislados y sus fragmentos, y aplicamos un modelo matemático para examinar las condiciones que conducen a la inversión del corazón. El corazón aislado de Ciona robusta genera autónomamente ondas de pulsación a ∼20 a 25 latidos min-1 con inversiones a intervalos de ∼1 a 10 min. Las biseciones experimentales de corazones aislados revelaron que los marcapasos independientes residían en cada lado y también que sus frecuencias de latido cambiaban periódicamente mientras expresaban ritmos bimodales, que comprendían un ciclo de aceleración/desaceleración de ∼1,25 a 5,5 min de una tasa de latido entre 0 y 25 latidos min-1. Solo los fragmentos que incluían regiones terminales del tubo cardíaco de 5% o menos mantuvieron ritmos de pulsación autónomos, mientras que otras regiones no. Nuestro modelo matemático, basado en las ecuaciones de FitzHugh-Nagumo aplicadas a una alineación unidimensional de células, demostró que la diferencia entre las frecuencias expresadas por los dos marcapasos terminales independientes determinó la dirección de las ondas propagadas. Los cambios en los estados de los marcapasos terminales entre los modos excitatorio y oscilatorio, así como en sus frecuencias de oscilación endógenas, fueron suficientes para provocar la inversión del corazón. Estos resultados sugieren que las direcciones de las ondas de pulsación en el corazón de Ciona se invierten de acuerdo con los ritmos cambiantes expresados independientemente por marcapasos terminales acoplados remotamente.",
    url = "https://doi.org/10.1242/jeb.246810",
    doi = "10.1242/jeb.246810",
    openalex = "W4396229527",
    references = "doi101242jeb209320"
}

Las larvas de ascidia, que presentan un plan corporal basal de cordados, son asimétricas izquierda-derecha en varias estructuras, incluida la vesícula cerebral. En las larvas de ascidia, las células pigmentarias del ocelo y el otolito, que se cree que detectan la luz y la gravedad respectivamente, se encuentran en el lado derecho de la vesícula cerebral, mientras que las células coronet, que se presume que son dopaminérgicas, se encuentran en el lado izquierdo. Para estudiar cómo se determina la asimetría izquierda-derecha de la vesícula cerebral en la larva de la ascidia Halocynthia roretzi, intenté aislar un gen que se expresa en la vesícula cerebral. Como resultado, se clonó un ortólogo del gen co-regulado por Parkin de la ascidia (PACRG). La expresión de PACRG comienza débilmente en la región de la cabeza de los embriones en etapa de brote de cola tardío, y posteriormente se observa en el lado izquierdo de la vesícula cerebral de las larvas justo antes de la eclosión. Se estima que la ubicación de la expresión de PACRG se superpone con el área teñida por el anticuerpo específico de células coronet. Por lo tanto, se sugiere que PACRG podría estar involucrado en la formación de las estructuras del lado izquierdo de la vesícula cerebral, incluidas las células coronet, durante la embriogénesis de la ascidia.

@article{doi1012717dr2024284121,
    author = "Kim, Gil Jung",
    title = "PACRG se expresa en el lado izquierdo de la vesícula cerebral en la larva de la ascidia Halocynthia",
    year = "2024",
    journal = "Desarrollo \& Reproducción",
    abstract = "Las larvas de ascidia, que presentan un plan corporal basal de cordados, son asimétricas izquierda-derecha en varias estructuras, incluida la vesícula cerebral. En las larvas de ascidia, las células pigmentarias del ocelo y el otolito, que se cree que detectan la luz y la gravedad respectivamente, se encuentran en el lado derecho de la vesícula cerebral, mientras que las células coronet, que se presume que son dopaminérgicas, se encuentran en el lado izquierdo. Para estudiar cómo se determina la asimetría izquierda-derecha de la vesícula cerebral en la larva de la ascidia Halocynthia roretzi, intenté aislar un gen que se expresa en la vesícula cerebral. Como resultado, se clonó un ortólogo del gen co-regulado por Parkin de la ascidia (PACRG). La expresión de PACRG comienza débilmente en la región de la cabeza de los embriones en etapa de brote de cola tardío, y posteriormente se observa en el lado izquierdo de la vesícula cerebral de las larvas justo antes de la eclosión. Se estima que la ubicación de la expresión de PACRG se superpone con el área teñida por el anticuerpo específico de células coronet. Por lo tanto, se sugiere que PACRG podría estar involucrado en la formación de las estructuras del lado izquierdo de la vesícula cerebral, incluidas las células coronet, durante la embriogénesis de la ascidia.",
    url = "https://doi.org/10.12717/dr.2024.28.4.121",
    doi = "10.12717/dr.2024.28.4.121",
    openalex = "W4406601527",
    references = "doi101016jydbio201807023"
}

El notocordio es una estructura axial necesaria para el desarrollo de todos los embriones de cordados, desde ascidias hasta humanos. A lo largo de más de medio mil millones de años de evolución de los cordados, además de su función estructural, el notocordio ha adquirido roles de patrón cada vez más relevantes para sus tejidos circundantes. Este proceso ha implicado la cooptación de vías de señalización y la adquisición de nuevos mecanismos moleculares responsables del tiempo preciso y las modalidades de su despliegue. Para reconstruir esta ruta evolutiva, examinamos la expresión de moléculas de señalización en el notocordio de la ascidia Ciona, un cordado experimentalmente accesible e informativo. Descubrimos que varios genes que codifican componentes candidatos de diversas vías de señalización se expresan durante el desarrollo del notocordio y, en algunos casos, muestran patrones regionales y/o específicos de linaje distintivos. Identificamos y desconstructimos potenciadores del notocordio asociados con TGF-β y Ctgf, dos genes de señalización conservados evolutivamente que se expresan de forma no homogénea en el notocordio de Ciona, y arrojan luz sobre los orígenes cis-reguladores de sus patrones de expresión peculiares.

@article{doi103390ijms252413631,
    author = "Negrón-Piñeiro, Lenny J. y Wu, Yushi y Mehta, Ravij y Maguire, Julie E. y Chou, Cindy y Lee, Joyce M. y Dahia, Chitra Lekha y Gregorio, Anna Di",
    title = "Expresión finamente ajustada de moléculas de señalización conservadas evolutivamente en el notocordio de Ciona",
    year = "2024",
    journal = "International Journal of Molecular Sciences",
    abstract = "El notocordio es una estructura axial necesaria para el desarrollo de todos los embriones de cordados, desde ascidias hasta humanos. A lo largo de más de medio mil millones de años de evolución de los cordados, además de su función estructural, el notocordio ha adquirido roles de patrón cada vez más relevantes para sus tejidos circundantes. Este proceso ha implicado la cooptación de vías de señalización y la adquisición de nuevos mecanismos moleculares responsables del tiempo preciso y las modalidades de su despliegue. Para reconstruir esta ruta evolutiva, examinamos la expresión de moléculas de señalización en el notocordio de la ascidia Ciona, un cordado experimentalmente accesible e informativo. Descubrimos que varios genes que codifican componentes candidatos de diversas vías de señalización se expresan durante el desarrollo del notocordio y, en algunos casos, muestran patrones regionales y/o específicos de linaje distintivos. Identificamos y desconstructimos potenciadores del notocordio asociados con TGF-β y Ctgf, dos genes de señalización conservados evolutivamente que se expresan de forma no homogénea en el notocordio de Ciona, y arrojan luz sobre los orígenes cis-reguladores de sus patrones de expresión peculiares.",
    url = "https://doi.org/10.3390/ijms252413631",
    doi = "10.3390/ijms252413631",
    openalex = "W4405649523",
    references = "doi101016jydbio201807023"
}

Se sabe que los nanoplasticos representan una amenaza para los ecosistemas marinos. Su combinación con otros contaminantes de preocupación emergente (CECs) puede amplificar los efectos ecotóxicos, con impactos desconocidos en la biodiversidad marina. Este estudio investiga los efectos, únicos y combinados, del bisfenol A (BPA)—uno de los CECs más peligrosos—y de las nanopartículas de poliestireno (PS NPs)—como proxy para los nanoplasticos, siendo uno de los desechos marinos más comúnmente encontrados—en las actividades de la colinesterasa (ChE) del ascidio Ciona robusta. La actividad de la ChE se midió primero en los sifones, la túnica y las vísceras de especímenes adultos capturados en estado salvaje y se expusieron in vitro al BPA (0.01, 0.21, 0.69 mM) y a las PS NPs (0.0096-0.096 mM; 8.096 × 10 9 -10 10 partículas, respectivamente) por separado y combinadas durante 15 minutos de incubación. El comportamiento de las PS NPs en agua milliQ y en el tampón de reacción del ensayo de ChE se caracterizó por separado, combinado con BPA, y se analizó mediante mediciones de potencial ζ a través de dispersión de luz dinámica. Los resultados revelaron que la actividad de la ChE fue predominante en las vísceras y los sifones de C. robusta; las PS NPs no afectaron la actividad de la ChE por separado ni combinadas, mientras que el BPA causó una inhibición dependiente de la concentración de la actividad de la ChE en las vísceras. No se observaron cambios en el potencial ζ para las PS NPs por separado ni combinadas con BPA en el tampón de ChE, sugiriendo que no hubo interacción. Se necesitan investigaciones adicionales para comprender las posibles consecuencias neurotóxicas para C. robusta y los escenarios de riesgo ecológico debido a la exposición al BPA y a los nanoplasticos en las aguas costeras marinas.

@article{doi103390jox14040103,
    author = "Melki, Safa y Ferrari, Emma y Ahmed, Raja Ben y Spagnuolo, Antonietta y Corsi, Ilaria",
    title = "Exposición in vitro única pero no combinada a bisfenol A y nanoplasticos afecta la función colinérgica del ascidio Ciona robusta",
    year = "2024",
    journal = "Journal of Xenobiotics",
    abstract = "Se sabe que los nanoplasticos representan una amenaza para los ecosistemas marinos. Su combinación con otros contaminantes de preocupación emergente (CECs) puede amplificar los efectos ecotóxicos, con impactos desconocidos en la biodiversidad marina. Este estudio investiga los efectos, únicos y combinados, del bisfenol A (BPA)—uno de los CECs más peligrosos—y de las nanopartículas de poliestireno (PS NPs)—como proxy para los nanoplasticos, siendo uno de los desechos marinos más comúnmente encontrados—en las actividades de la colinesterasa (ChE) del ascidio Ciona robusta. La actividad de la ChE se midió primero en los sifones, la túnica y las vísceras de especímenes adultos capturados en estado salvaje y se expusieron in vitro al BPA (0.01, 0.21, 0.69 mM) y a las PS NPs (0.0096-0.096 mM; 8.096 × 10 9 -10 10 partículas, respectivamente) por separado y combinadas durante 15 minutos de incubación. El comportamiento de las PS NPs en agua milliQ y en el tampón de reacción del ensayo de ChE se caracterizó por separado, combinado con BPA, y se analizó mediante mediciones de potencial ζ a través de dispersión de luz dinámica. Los resultados revelaron que la actividad de la ChE fue predominante en las vísceras y los sifones de C. robusta; las PS NPs no afectaron la actividad de la ChE por separado ni combinadas, mientras que el BPA causó una inhibición dependiente de la concentración de la actividad de la ChE en las vísceras. No se observaron cambios en el potencial ζ para las PS NPs por separado ni combinadas con BPA en el tampón de ChE, sugiriendo que no hubo interacción. Se necesitan investigaciones adicionales para comprender las posibles consecuencias neurotóxicas para C. robusta y los escenarios de riesgo ecológico debido a la exposición al BPA y a los nanoplasticos en las aguas costeras marinas.",
    url = "https://doi.org/10.3390/jox14040103",
    doi = "10.3390/jox14040103",
    openalex = "W4405070819",
    references = "doi101242jeb209320"
}

Aunque la diferenciación de progenitores cardíacos durante la embriogénesis ha sido caracterizada en detalle en la ascidia Ciona robusta, el desarrollo cardíaco después de la metamorfosis sigue siendo poco claro. Las regiones subterminales en ambos extremos del corazón de Ciona albergan células marcapaso, así como células indiferenciadas ubicadas dentro de la zona de crecimiento. Realizamos un análisis de RNA-Seq para identificar factores de transcripción predominantemente expresados en las regiones subterminales del corazón de Ciona. Entre los 17 factores de transcripción predominantemente expresados en una o ambas de las regiones subterminales, Hox3 mostró la expresión más fuerte en ambas. Dado que el papel de Hox3 durante el desarrollo cardíaco de Ciona permanecía desconocido, investigamos la expresión espacial y la función de Hox3. La hibridación in situ reveló la expresión de Hox3 en células indiferenciadas dentro de la zona de crecimiento en ambos extremos del tubo cardíaco. La interrupción de Hox3 en progenitores cardíacos mediada por TALEN resultó en tubos cardíacos irregularmente hinchados o acortados. Estos resultados sugieren que Hox3 juega un papel crucial en la formación del tubo cardíaco regulando la actividad de las células de la zona de crecimiento. Una expresión similar de Hox3 en las regiones terminales de corazones de ascidias y vertebrados sugiere la conservación parcial de la patrones cardíacos y la localización del marcapaso.

@article{doi101111dgd70028,
    author = "Saito, Ryota e Hyodo, Tatsuki e Kamakura, Nene e Fujikake, Yuma e Nishino, Junko M. e Sasakura, Yasunori e Nishino, Atsuo e Fujiwara, Shigeki",
    title = "Hox3 es necesario para el desarrollo cardíaco post-metamórfico en adultos de Ciona",
    year = "2025",
    journal = "Desarrollo Crecimiento \& Diferenciación",
    abstract = "Aunque la diferenciación de progenitores cardíacos durante la embriogénesis ha sido caracterizada en detalle en la ascidia Ciona robusta, el desarrollo cardíaco después de la metamorfosis sigue siendo poco claro. Las regiones subterminales en ambos extremos del corazón de Ciona albergan células marcapaso, así como células indiferenciadas ubicadas dentro de la zona de crecimiento. Realizamos un análisis de RNA-Seq para identificar factores de transcripción predominantemente expresados en las regiones subterminales del corazón de Ciona. Entre los 17 factores de transcripción predominantemente expresados en una o ambas de las regiones subterminales, Hox3 mostró la expresión más fuerte en ambas. Dado que el papel de Hox3 durante el desarrollo cardíaco de Ciona permanecía desconocido, investigamos la expresión espacial y la función de Hox3. La hibridación in situ reveló la expresión de Hox3 en células indiferenciadas dentro de la zona de crecimiento en ambos extremos del tubo cardíaco. La interrupción de Hox3 en progenitores cardíacos mediada por TALEN resultó en tubos cardíacos irregularmente hinchados o acortados. Estos resultados sugieren que Hox3 juega un papel crucial en la formación del tubo cardíaco regulando la actividad de las células de la zona de crecimiento. Una expresión similar de Hox3 en las regiones terminales de corazones de ascidias y vertebrados sugiere la conservación parcial de la patrones cardíacos y la localización del marcapaso.",
    url = "https://doi.org/10.1111/dgd.70028",
    doi = "10.1111/dgd.70028",
    openalex = "W4416223790",
    references = "doi101242jeb209320"
}

Comprender los mecanismos que determinan el éxito de la invasión requiere evaluar tanto las restricciones abióticas como las interacciones bióticas que actúan sobre las especies introducidas. En este estudio analizamos el papel del filtrado ambiental, entendido como la capacidad de los organismos para tolerar condiciones físicas como la temperatura y la disponibilidad de oxígeno, y la resistencia biótica, definida como los efectos de los consumidores nativos en limitar el establecimiento. Estos procesos se evaluaron en dos ascidias solitarias, Corella eumyota (Phlebobranchia: Corellidae) y Asterocarpa humilis (Stolidobranchia: Styelidae), recolectadas de placas de asentamiento desplegadas a una profundidad de aproximadamente 1 m en la Bahía de Coliumo (36°32'S, 72°56'O), Chile central. Ambas especies exhibieron una amplia tolerancia térmica, manteniendo la supervivencia entre 12 y 20 °C, tolerando el enfriamiento hasta 4 °C y mostrando mortalidad a 24 °C. También mostraron una alta resistencia a condiciones hipóxicas, con valores de tensión crítica de oxígeno (Pcrit) de 0,64 ± 0,35 kPa para Corella eumyota y 2,01 ± 0,74 kPa para Asterocarpa humilis, lo que indica una capacidad fisiológica para persistir en ambientes con bajo oxígeno. Los ensayos de depredación realizados con consumidores nativos observados en las placas revelaron efectos contrastantes, ya que el cangrejo Romaleon setosum consumió una alta proporción de individuos, mientras que el pez Hypsoblennius sordidus mostró un consumo limitado. Se utilizaron ascidias adultas en los experimentos, lo que permitió evaluar a los consumidores locales depredando sobre organismos asentados en lugar de etapas tempranas de vida. En general, los resultados indican que el éxito de la invasión en estas ascidias surge de la acción combinada de una amplia tolerancia fisiológica que permite la persistencia bajo amplias condiciones ambientales y una resistencia biótica dependiente del contexto que puede limitar su expansión hacia hábitats naturales adyacentes.

@article{doi101016jmarenvres2026108044,
    author = "Pinochet, Javier y Barrios-Figueroa, Rocío y Jorquera, Erika y Molina-Valdivia, Víctor y Lagos-Oróstica, Marcelo y Urbina, Mauricio A y Brante, Antonio",
    title = "Tolerancia fisiológica y resistencia mediada por depredadores como factores críticos que influyen en el éxito de la invasión en dos ascidias solitarias.",
    year = "2026",
    journal = "Investigación ambiental marina",
    abstract = "Comprender los mecanismos que determinan el éxito de la invasión requiere evaluar tanto las restricciones abióticas como las interacciones bióticas que actúan sobre las especies introducidas. En este estudio analizamos el papel del filtrado ambiental, entendido como la capacidad de los organismos para tolerar condiciones físicas como la temperatura y la disponibilidad de oxígeno, y la resistencia biótica, definida como los efectos de los consumidores nativos en limitar el establecimiento. Estos procesos se evaluaron en dos ascidias solitarias, Corella eumyota (Phlebobranchia: Corellidae) y Asterocarpa humilis (Stolidobranchia: Styelidae), recolectadas de placas de asentamiento desplegadas a una profundidad de aproximadamente 1 m en la Bahía de Coliumo (36°32'S, 72°56'O), Chile central. Ambas especies exhibieron una amplia tolerancia térmica, manteniendo la supervivencia entre 12 y 20 °C, tolerando el enfriamiento hasta 4 °C y mostrando mortalidad a 24 °C. También mostraron una alta resistencia a condiciones hipóxicas, con valores de tensión crítica de oxígeno (Pcrit) de 0,64 ± 0,35 kPa para Corella eumyota y 2,01 ± 0,74 kPa para Asterocarpa humilis, lo que indica una capacidad fisiológica para persistir en ambientes con bajo oxígeno. Los ensayos de depredación realizados con consumidores nativos observados en las placas revelaron efectos contrastantes, ya que el cangrejo Romaleon setosum consumió una alta proporción de individuos, mientras que el pez Hypsoblennius sordidus mostró un consumo limitado. Se utilizaron ascidias adultas en los experimentos, lo que permitió evaluar a los consumidores locales depredando sobre organismos asentados en lugar de etapas tempranas de vida. En general, los resultados indican que el éxito de la invasión en estas ascidias surge de la acción combinada de una amplia tolerancia fisiológica que permite la persistencia bajo amplias condiciones ambientales y una resistencia biótica dependiente del contexto que puede limitar su expansión hacia hábitats naturales adyacentes.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41955794/",
    doi = "10.1016/j.marenvres.2026.108044",
    pmid = "41955794"
}

El desarrollo del sistema nervioso central (SNC) depende de programas de expresión génica estrictamente regulados que guían la diferenciación de progenitores neurales y la especificación de subtipos neuronales. El tunicado Ciona robusta proporciona un modelo potente y simplificado para disecar el control genético del desarrollo del sistema nervioso, con un SNC larvario compuesto por poco más de 200 neuronas y células sensoriales. Aunque la mutagénesis mediada por CRISPR/Cas9 se utiliza ahora rutinariamente en Ciona, los ARN guía individuales validados (sgRNAs) aún no han sido validados para genes neurales clave. Aquí, reportamos el diseño y la validación experimental de 25 sgRNAs novedosos dirigidos a ocho genes conservados que codifican proteínas conservadas involucradas en el neurodesarrollo y la función neural, incluyendo seis factores de transcripción (Cdx, Foxb, Sox1/2/3, Dmbx, Engrailed y Mnx) y dos genes efectores neurales (Tyrosinase y Slc18a3/VAChT). Los sgRNAs candidatos fueron seleccionados utilizando CRISPOR y probados para la eficiencia de mutagénesis mediante secuenciación de amplicones del sitio diana basada en Illumina. Todos los sgRNAs indujeron inserciones o deleciones en sus loci diana, con la mayoría de los genes produciendo al menos un sgRNA con eficacia de mutagénesis superior al 30%, con la excepción de Dmbx, para el cual la eficacia máxima alcanzó el 25%. Además, comparamos las tasas de mutagénesis medidas con las puntuaciones predichas de Doench '16 y Doench Ruleset 3 (RS3), observando una correlación modesta pero mejorada con las predicciones de RS3. Basados en estos resultados, recomendamos considerar ambos algoritmos de puntuación, con RS3 potencialmente ofreciendo un valor predictivo mejorado para Ciona.

@article{doi106489820260325711585,
    author = "Popsuj, Sydney y Kalsang, Tenzin y Kim, Kwantae y Drummond, Erica y Manekar, Pooja y Munagapati, Pranavvarma V. y Oleti, Manasi y Sato, Hiroki y Vickery, Izabella y Gigante, Eduardo D. y Stolfi, Alberto",
    title = "ARN guía CRISPR/Cas9 validados dirigidos a genes de neurodesarrollo en el tunicado Ciona robusta",
    year = "2026",
    journal = "bioRxiv (Laboratorio Cold Spring Harbor)",
    abstract = "El desarrollo del sistema nervioso central (SNC) depende de programas de expresión génica estrictamente regulados que guían la diferenciación de progenitores neurales y la especificación de subtipos neuronales. El tunicado Ciona robusta proporciona un modelo potente y simplificado para disecar el control genético del desarrollo del sistema nervioso, con un SNC larvario compuesto por poco más de 200 neuronas y células sensoriales. Aunque la mutagénesis mediada por CRISPR/Cas9 se utiliza ahora rutinariamente en Ciona, los ARN guía individuales validados (sgRNAs) aún no han sido validados para genes neurales clave. Aquí, reportamos el diseño y la validación experimental de 25 sgRNAs novedosos dirigidos a ocho genes conservados que codifican proteínas conservadas involucradas en el neurodesarrollo y la función neural, incluyendo seis factores de transcripción (Cdx, Foxb, Sox1/2/3, Dmbx, Engrailed y Mnx) y dos genes efectores neurales (Tyrosinase y Slc18a3/VAChT). Los sgRNAs candidatos fueron seleccionados utilizando CRISPOR y probados para la eficiencia de mutagénesis mediante secuenciación de amplicones del sitio diana basada en Illumina. Todos los sgRNAs indujeron inserciones o deleciones en sus loci diana, con la mayoría de los genes produciendo al menos un sgRNA con eficacia de mutagénesis superior al 30%, con la excepción de Dmbx, para el cual la eficacia máxima alcanzó el 25%. Además, comparamos las tasas de mutagénesis medidas con las puntuaciones predichas de Doench '16 y Doench Ruleset 3 (RS3), observando una correlación modesta pero mejorada con las predicciones de RS3. Basados en estos resultados, recomendamos considerar ambos algoritmos de puntuación, con RS3 potencialmente ofreciendo un valor predictivo mejorado para Ciona.",
    url = "https://doi.org/10.64898/2026.03.25.711585",
    doi = "10.64898/2026.03.25.711585",
    openalex = "W7141812979",
    references = "doi101242jeb209320"
}