ATP

@article{doi101016s0016003243913729,
    author = "Oppermann, R.H.",
    title = "Proteínas, aminoácidos y péptidos",
    year = "1943",
    journal = "Journal of the Franklin Institute",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0016-0032(43)91372-9",
    doi = "10.1016/s0016-0032(43)91372-9",
    openalex = "W2320600355"
}

La cicloheximida y la acetoxicicloheximida inhiben específicamente la síntesis de proteínas en células L que crecen en cultivo en suspensión. En extractos de hígado de rata, los fármacos inhiben la transferencia de aminoácidos del ARN soluble al polipéptido. A diferencia de la puromicina, estos fármacos no aceleran la liberación de cadenas nascentes de polipéptidos. Los fármacos no tienen efecto sobre la síntesis de proteínas en extractos de Escherichia coli.

@article{doi101126science14636501474,
    author = "Ennis, Herbert L. y Lubin, Martin",
    title = "Cicloheximida: Aspectos de la inhibición de la síntesis de proteínas en células mamíferas",
    year = "1964",
    journal = "Science",
    abstract = "La cicloheximida y la acetoxicicloheximida inhiben específicamente la síntesis de proteínas en células L que crecen en cultivo en suspensión. En extractos de hígado de rata, los fármacos inhiben la transferencia de aminoácidos del ARN soluble al polipéptido. A diferencia de la puromicina, estos fármacos no aceleran la liberación de cadenas nascentes de polipéptidos. Los fármacos no tienen efecto sobre la síntesis de proteínas en extractos de Escherichia coli.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.146.3650.1474",
    doi = "10.1126/science.146.3650.1474",
    openalex = "W1980224338"
}

@article{crossref1969synthesis,
    title = "Síntesis de péptidos y aminoácidos",
    year = "1969",
    journal = "Ultrasonics",
    url = "https://doi.org/10.1016/0041-624x(69)90649-0",
    doi = "10.1016/0041-624x(69)90649-0",
    number = "3",
    openalex = "W4250036181",
    pages = "155",
    volume = "7"
}

Resumen Hemos examinado la relación funcional in vivo entre el tamaño del pool de trifosfato de ribonucleósido purínico y la tasa de acumulación de ARN. Nuestros hallazgos son los siguientes. La imposición de estricticidad conduce a una caída aproximada del 40% en el pool de GTP que ocurre muy rápidamente; está completa en menos de 10 min, y ocurre simultáneamente con, o justo antes, el apagado de la acumulación de ARN. También se observó una caída algo más lenta del 30% en el pool de ATP. En un mutante relajado, hay una contracción momentánea de ambos pools, pero rápidamente vuelven a la normalidad y luego se expanden. La contracción de los pools de ATP y GTP durante la estricticidad no puede explicarse como una respuesta de retroalimentación al bloqueo de la acumulación de ARN; cuando la acumulación de ARN se bloquea directamente por inanición de uracilo, los pools de ATP y GTP se expanden en lugar de contraerse. La contracción de los pools de trifosfato de ribonucleósido purínico puede ser suficiente para explicar la tasa reducida de acumulación de ARN durante la estricticidad. Cuando la síntesis de ATP y GTP se bloquea directamente por inanición de purina, la tasa de acumulación de ARN cae drásticamente con solo una contracción de aproximadamente un 40% de los dos pools. Por lo tanto, la síntesis neta de ARN in vivo es mucho más sensible a la concentración de trifosfato de ribonucleósido purínico que la actividad de la ARN polimerasa in vitro. La contracción del pool de GTP por sí sola puede ser suficiente para explicar la respuesta de la acumulación de ARN a la estricticidad. Cuando la síntesis de GTP se bloquea directamente por inanición de guanina o guanósina, una disminución moderada en el pool de GTP resulta en una reducción desproporcionada de la síntesis neta de ARN. A pesar de la inhibición virtualmente completa de la síntesis neta de ARN durante la inanición de guanósina, la síntesis de proteínas procede a aproximadamente el 25% de la tasa normal. Esto sugiere que la síntesis y el recambio de ARN mensajero son mucho menos afectados por una disminución moderada de GTP que la acumulación de formas estables de ARN.

@article{doi101016s0021925818931054,
    author = "Gallant, Jonathan y Harada, B.",
    title = "El Control de la Síntesis de Ribonucleico Ácido en Escherichia coli",
    year = "1969",
    journal = "Journal of Biological Chemistry",
    abstract = "Resumen Hemos examinado la relación funcional in vivo entre el tamaño del pool de trifosfato de ribonucleósido purínico y la tasa de acumulación de ARN. Nuestros hallazgos son los siguientes. La imposición de estricticidad conduce a una caída aproximada del 40% en el pool de GTP que ocurre muy rápidamente; está completa en menos de 10 min, y ocurre simultáneamente con, o justo antes, el apagado de la acumulación de ARN. También se observó una caída algo más lenta del 30% en el pool de ATP. En un mutante relajado, hay una contracción momentánea de ambos pools, pero rápidamente vuelven a la normalidad y luego se expanden. La contracción de los pools de ATP y GTP durante la estricticidad no puede explicarse como una respuesta de retroalimentación al bloqueo de la acumulación de ARN; cuando la acumulación de ARN se bloquea directamente por inanición de uracilo, los pools de ATP y GTP se expanden en lugar de contraerse. La contracción de los pools de trifosfato de ribonucleósido purínico puede ser suficiente para explicar la tasa reducida de acumulación de ARN durante la estricticidad. Cuando la síntesis de ATP y GTP se bloquea directamente por inanición de purina, la tasa de acumulación de ARN cae drásticamente con solo una contracción de aproximadamente un 40% de los dos pools. Por lo tanto, la síntesis neta de ARN in vivo es mucho más sensible a la concentración de trifosfato de ribonucleósido purínico que la actividad de la ARN polimerasa in vitro. La contracción del pool de GTP por sí sola puede ser suficiente para explicar la respuesta de la acumulación de ARN a la estricticidad. Cuando la síntesis de GTP se bloquea directamente por inanición de guanina o guanósina, una disminución moderada en el pool de GTP resulta en una reducción desproporcionada de la síntesis neta de ARN. A pesar de la inhibición virtualmente completa de la síntesis neta de ARN durante la inanición de guanósina, la síntesis de proteínas procede a aproximadamente el 25% de la tasa normal. Esto sugiere que la síntesis y el recambio de ARN mensajero son mucho menos afectados por una disminución moderada de GTP que la acumulación de formas estables de ARN.",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0021-9258(18)93105-4",
    doi = "10.1016/s0021-9258(18)93105-4",
    openalex = "W1592201898"
}

Se han medido las solubilidades de aminoácidos, diglicina y triglicina en agua y etanol acuoso, así como en soluciones de dioxano. Las energías libres de transferencia de las cadenas laterales de aminoácidos y unidades peptídicas del esqueleto desde el agua hacia soluciones de etanol y dioxano se han calculado a partir de estos datos. Los resultados muestran la similitud entre los efectos del etanol y el dioxano sobre la estabilidad de dichas cadenas laterales y unidades peptídicas. En particular, las energías libres de transferencia de cadenas laterales hidrofóbicas al 100% de etanol y dioxano son esencialmente idénticas y se han utilizado para establecer una escala de hidrofobicidad para las cadenas laterales hidrofóbicas.

@article{doi101016s002192581977210x,
    author = "Nozaki, Yasuhiko y Tanford, Charles",
    title = "La Solubilidad de los Aminoácidos y Dos Péptidos de Glicina en Soluciones Acuosas de Etanol y Dioxano",
    year = "1971",
    journal = "Journal of Biological Chemistry",
    abstract = "Se han medido las solubilidades de aminoácidos, diglicina y triglicina en agua y etanol acuoso, así como en soluciones de dioxano. Las energías libres de transferencia de las cadenas laterales de aminoácidos y unidades peptídicas del esqueleto desde el agua hacia soluciones de etanol y dioxano se han calculado a partir de estos datos. Los resultados muestran la similitud entre los efectos del etanol y el dioxano sobre la estabilidad de dichas cadenas laterales y unidades peptídicas. En particular, las energías libres de transferencia de cadenas laterales hidrofóbicas al 100% de etanol y dioxano son esencialmente idénticas y se han utilizado para establecer una escala de hidrofobicidad para las cadenas laterales hidrofóbicas.",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0021-9258(19)77210-x",
    doi = "10.1016/s0021-9258(19)77210-x",
    openalex = "W1588000118"
}

@article{doi1010160005278772904807,
    author = "van Venrooij, W.J.W. y Henshaw, Edgar C. y Hirsch, Carl A.",
    title = "Efectos de la privación de glucosa o de aminoácidos individuales sobre la distribución de polirribosomas y la tasa de síntesis de proteínas en células mamíferas cultivadas",
    year = "1972",
    journal = "Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Ácidos nucleicos y síntesis de proteínas",
    url = "https://doi.org/10.1016/0005-2787(72)90480-7",
    doi = "10.1016/0005-2787(72)90480-7",
    openalex = "W2028193958",
    references = "doi1010160022283669903209, doi1010160022283670900914, doi101016s0015626466805734, doi101016s0021925818625098, doi101016s0021925818649889, doi101016s0021925818931054, doi101038226607a0, doi101038227913a0, doi101042bj0620315, openalexw1785914557"
}

@phdthesis{junck1973synthesis1,
    author = "Junck, J. R. y Fox, S. W",
    title = "Síntesis de oligonucleótidos por microesferas proteoidas actuando sobre ATP",
    year = "1973",
    publisher = "Naturwissenschaften, v. 60, p. 425-427",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Junck, J. R., y Fox, S. W., 1973, Síntesis de oligonucleótidos por microesferas proteoidas actuando sobre ATP: Naturwissenschaften, v. 60, p. 425-427.}"
}

Una fórmula para la diferencia entre aminoácidos combina propiedades que mejor se correlacionan con las frecuencias de sustitución de residuos de proteínas: composición, polaridad y volumen molecular. Las frecuencias de sustitución concuerdan mucho mejor con la diferencia química general entre los residuos que se intercambian que con los cambios mínimos de bases entre sus codones. Los coeficientes de correlación muestran que la fijación de mutaciones entre aminoácidos disímiles es generalmente rara.

@article{doi101126science1854154862,
    author = "Grantham, Richard",
    title = "Fórmula de Diferencia de Aminoácidos para Ayudar a Explicar la Evolución de las Proteínas",
    year = "1974",
    journal = "Science",
    abstract = "Una fórmula para la diferencia entre aminoácidos combina propiedades que mejor se correlacionan con las frecuencias de sustitución de residuos de proteínas: composición, polaridad y volumen molecular. Las frecuencias de sustitución concuerdan mucho mejor con la diferencia química general entre los residuos que se intercambian que con los cambios mínimos de bases entre sus codones. Los coeficientes de correlación muestran que la fijación de mutaciones entre aminoácidos disímiles es generalmente rara.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.185.4154.862",
    doi = "10.1126/science.185.4154.862",
    openalex = "W2044573154"
}

@incollection{doi101016b9780080177083500100,
    author = "Munro, Hamish N. and Hübert, Christine and Baliga, B S",
    title = "Regulación de la Síntesis de Proteínas en Relación al Suministro de Aminoácidos—Una Revisión**Los experimentos no publicados reportados aquí por nosotros fueron apoyados por las subvenciones del Servicio de Salud Pública de los EE. UU. CA 08893–05 y AM 15364–02.",
    year = "1975",
    booktitle = "Elsevier eBooks",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-0-08-017708-3.50010-0",
    doi = "10.1016/b978-0-08-017708-3.50010-0",
    openalex = "W9410359",
    references = "doi1010160005278772904807"
}

@article{nakashima1980synthesis,
    author = "Nakashima, T. y Fox, S. W.",
    title = "Síntesis de péptidos a partir de aminoácidos y ATP con proteinoid rico en lisina",
    year = "1980",
    journal = "Journal of Molecular Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf01733146",
    doi = "10.1007/bf01733146",
    number = "4",
    openalex = "W4230509606",
    pages = "363-363",
    volume = "15"
}

@phdthesis{nakashima1980synthesis2,
    author = "Nakashima, T. y Fox, S. W",
    title = "Síntesis de péptidos a partir de aminoácidos y ATP con protenoid rico en lisina",
    year = "1980",
    publisher = "Journal of Molecular Evolution, v. 15, p. 161-168",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Nakashima, T., y Fox, S. W., 1980, Síntesis de péptidos a partir de aminoácidos y ATP con protenoid rico en lisina: Journal of Molecular Evolution, v. 15, p. 161-168.}"
}

@article{nakashima1981formation,
    author = "Nakashima, Tadayoshi y Fox, Sidney W.",
    title = "Formación de péptidos a partir de aminoácidos mediante adiciones únicas o múltiples de ATP a suspensiones de micropartículas nucleoproteoideas",
    year = "1981",
    journal = "Biosistemas",
    url = "https://doi.org/10.1016/0303-2647(81)90064-2",
    doi = "10.1016/0303-2647(81)90064-2",
    number = "2",
    openalex = "W1965193662",
    pages = "151-161",
    volume = "14",
    references = "doi101007bf00405480, doi101007bf00927027, doi101007bf01734482, doi1010160303264780900131, doi101016c20090031365, doi101016s0047248478800529, doi101021ja01499a069, doi101038282189a0, openalexw2282054059, openalexw3038835020"
}

@misc{nakashima1981formulation3,
    author = "Nakashima, T. y Fox, S. W",
    title = "Formulación de péptidos mediante adiciones únicas o múltiples de ATP a suspensiones de micropartículas nucleoproteoideas",
    year = "1981",
    howpublished = "BioSystems, v. 14, p. 151- 161",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Nakashima, T., y Fox, S. W., 1981, Formulación de péptidos mediante adiciones únicas o múltiples de ATP a suspensiones de micropartículas nucleoproteoideas: BioSystems, v. 14, p. 151- 161.}"
}

Hemos reportado recientemente que el control traduccional de la síntesis de proteínas por glucosa 6-fosfato en lisado de reticulocitos de conejo filtrado por gel se ejerce sobre la actividad del factor de iniciación eucariota (eIF)-2B, el factor que cataliza el intercambio de GTP por GDP unido a eIF-2, mediante un mecanismo que es independiente de la fosforilación de eIF-2 (subunidad alfa). Ahora demostramos que dos otras condiciones regulan la actividad de eIF-2B en lisado de reticulocitos de conejo: poliaminas (spermidina y espermina) y deficiencia de aminoácidos. En ausencia de poliaminas añadidas, la síntesis de proteínas en el lisado filtrado por gel se reduce a aproximadamente el 70% y la actividad de eIF-2B a aproximadamente el 35% del óptimo. Lo primero probablemente es resultado de lo segundo, ya que encontramos que el lisado de reticulocitos tiene aproximadamente el doble de eIF-2B necesario para reciclar el eIF-2.GDP generado bajo condiciones de síntesis de proteínas óptima. En contraste, la reducción en la actividad de eIF-2B (a aproximadamente el 50% del óptimo) que ocurre en ausencia de aminoácidos añadidos en lisado no fraccionado o filtrado por gel es insuficiente, por sí sola, para ralentizar la tasa de síntesis de proteínas, y la inhibición de la síntesis de proteínas que sí ocurre con deficiencia de aminoácidos se ejerce sobre la elongación de la cadena de polipéptidos, no sobre la iniciación. La reducción en la actividad de eIF-2B que ocurre con deficiencia de aminoácidos no puede revertirse añadiendo más glucosa 6-fosfato o poliaminas, ni la actividad reducida de eIF-2B observada con deficiencia de poliaminas puede superarse aumentando la glucosa 6-fosfato, sugiriendo que estos tres componentes regulan la actividad de eIF-2B mediante mecanismos diferentes.

@article{doi101016s0021925820882660,
    author = "Gross, Martin y Rubino, Mark",
    title = "Regulación de la actividad del factor de iniciación eucariota-2B por poliaminas y privación de aminoácidos en lisado de reticulocitos de conejo",
    year = "1989",
    journal = "Journal of Biological Chemistry",
    abstract = "Hemos reportado recientemente que el control traduccional de la síntesis de proteínas por glucosa 6-fosfato en lisado de reticulocitos de conejo filtrado por gel se ejerce sobre la actividad del factor de iniciación eucariota (eIF)-2B, el factor que cataliza el intercambio de GTP por GDP unido a eIF-2, mediante un mecanismo que es independiente de la fosforilación de eIF-2 (subunidad alfa). Ahora demostramos que dos otras condiciones regulan la actividad de eIF-2B en lisado de reticulocitos de conejo: poliaminas (spermidina y espermina) y deficiencia de aminoácidos. En ausencia de poliaminas añadidas, la síntesis de proteínas en el lisado filtrado por gel se reduce a aproximadamente el 70\% y la actividad de eIF-2B a aproximadamente el 35\% del óptimo. Lo primero probablemente es resultado de lo segundo, ya que encontramos que el lisado de reticulocitos tiene aproximadamente el doble de eIF-2B necesario para reciclar el eIF-2.GDP generado bajo condiciones de síntesis de proteínas óptima. En contraste, la reducción en la actividad de eIF-2B (a aproximadamente el 50\% del óptimo) que ocurre en ausencia de aminoácidos añadidos en lisado no fraccionado o filtrado por gel es insuficiente, por sí sola, para ralentizar la tasa de síntesis de proteínas, y la inhibición de la síntesis de proteínas que sí ocurre con deficiencia de aminoácidos se ejerce sobre la elongación de la cadena de polipéptidos, no sobre la iniciación. La reducción en la actividad de eIF-2B que ocurre con deficiencia de aminoácidos no puede revertirse añadiendo más glucosa 6-fosfato o poliaminas, ni la actividad reducida de eIF-2B observada con deficiencia de poliaminas puede superarse aumentando la glucosa 6-fosfato, sugiriendo que estos tres componentes regulan la actividad de eIF-2B mediante mecanismos diferentes.",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0021-9258(20)88266-0",
    doi = "10.1016/s0021-9258(20)88266-0",
    openalex = "W1511858736",
    references = "doi1010160005278772904807"
}

Se ha desarrollado un método para correlacionar los espectros de masas en tándem no interpretados de péptidos producidos bajo condiciones de colisión de baja energía (10-50 eV) con secuencias de aminoácidos en la base de datos Genpept. En este método, la base de datos de proteínas se busca para identificar secuencias lineales de aminoácidos dentro de una tolerancia de masa de ±1 u del peso molecular del ion precursor. Luego, una función de autocorrelación cruzada se utiliza para proporcionar una medida de similitud entre las relaciones masa-carga de los iones fragmento predichos a partir de secuencias de aminoácidos obtenidas de la base de datos y los iones fragmento observados en el espectro de masas en tándem. En general, una diferencia mayor a 0.1 entre las funciones de autocorrelación cruzada normalizadas de los resultados de búsqueda de primer y segundo rango indica un acierto exitoso entre la secuencia y el espectro. Las búsquedas en bases de datos de proteínas específicas de especies con espectros de masas en tándem adquiridos a partir de péptidos obtenidos de las proteínas totales digeridas enzimáticamente de células de E. coli y S. cerevisiae permitieron igualar los espectros con secuencias de aminoácidos dentro de proteínas de estos organismos. El enfoque descrito en este manuscrito proporciona un método conveniente para interpretar espectros de masas en tándem con secuencias conocidas en una base de datos de proteínas.

@article{doi1010161044030594800162,
    author = "Eng, Jimmy K. y McCormack, Ashley L. y Yates, John R.",
    title = "Un enfoque para correlacionar datos de espectrometría de masas en tándem de péptidos con secuencias de aminoácidos en una base de datos de proteínas",
    year = "1994",
    journal = "Journal of the American Society for Mass Spectrometry",
    abstract = "Se ha desarrollado un método para correlacionar los espectros de masas en tándem no interpretados de péptidos producidos bajo condiciones de colisión de baja energía (10-50 eV) con secuencias de aminoácidos en la base de datos Genpept. En este método, la base de datos de proteínas se busca para identificar secuencias lineales de aminoácidos dentro de una tolerancia de masa de ±1 u del peso molecular del ion precursor. Luego, una función de autocorrelación cruzada se utiliza para proporcionar una medida de similitud entre las relaciones masa-carga de los iones fragmento predichos a partir de secuencias de aminoácidos obtenidas de la base de datos y los iones fragmento observados en el espectro de masas en tándem. En general, una diferencia mayor a 0.1 entre las funciones de autocorrelación cruzada normalizadas de los resultados de búsqueda de primer y segundo rango indica un acierto exitoso entre la secuencia y el espectro. Las búsquedas en bases de datos de proteínas específicas de especies con espectros de masas en tándem adquiridos a partir de péptidos obtenidos de las proteínas totales digeridas enzimáticamente de células de E. coli y S. cerevisiae permitieron igualar los espectros con secuencias de aminoácidos dentro de proteínas de estos organismos. El enfoque descrito en este manuscrito proporciona un método conveniente para interpretar espectros de masas en tándem con secuencias conocidas en una base de datos de proteínas.",
    url = "https://doi.org/10.1016/1044-0305(94)80016-2",
    doi = "10.1016/1044-0305(94)80016-2",
    openalex = "W2026465178",
    references = "doi101126science2675315, openalexw2282054059"
}

En experimentos que modelan entornos volcánicos o hidrotermales, los aminoácidos se convirtieron en sus péptidos mediante el uso de (Ni,Fe)S y CO coprecipitados junto con H2S (o CH3SH) como catalizador y agente de condensación a 100 gradosC y pH 7 a 10 bajo condiciones anaeróbicas y acuosas. Estos resultados demuestran que los aminoácidos pueden activarse bajo condiciones geoquímicamente relevantes. Apoyan un origen termófilo de la vida y una aparición temprana de péptidos en la evolución de un metabolismo primigenio.

@article{doi101126science2815377670,
    author = "Huber, Claudia and Wächtershäuser, Günter",
    title = "Peptides by Activation of Amino Acids with CO on (Ni,Fe)S Surfaces: Implications for the Origin of Life",
    year = "1998",
    journal = "Science",
    abstract = "In experiments modeling volcanic or hydrothermal settings amino acids were converted into their peptides by use of coprecipitated (Ni,Fe)S and CO in conjunction with H2S (or CH3SH) as a catalyst and condensation agent at 100 degreesC and pH 7 to 10 under anaerobic, aqueous conditions. These results demonstrate that amino acids can be activated under geochemically relevant conditions. They support a thermophilic origin of life and an early appearance of peptides in the evolution of a primordial metabolism.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.281.5377.670",
    doi = "10.1126/science.281.5377.670",
    openalex = "W2166068250",
    references = "doi101016s0047248478800529"
}

La depsípéptido cíclico fomalida [ciclo(Val-(E)-Aba-Hpp-Hmp-(R)-Leu); Aba = ácido 2-amino-2-butenoico, Hpp = (2S)-2-hidroxipropanoico 3-fenílico, Hmp = (2S)-2-hidroxipentanoico 4-metil] es la fitotoxina selectiva del hospedador producida por el hongo [Leptosphaeria maculans (Desm.) Ces. et de Not., etapa asexual Phoma lingam (Tode ex Fr.) Desm.] que causa la enfermedad del pie negro (una enfermedad devastadora de varias brassicas económicamente importantes). Se describen síntesis totales eficientes de la fomalida, su isómero (Z) isofomalida y los dos análogos dihidro [(R)-dihidrofomalida y (S)-dihidrofomalida]. Un acoplamiento de fragmento [2 + 3] de Cbz-Val-(Z)-Aba con Hpp-Hmp-D-Leu-OBn seguido de desprotección y ciclización dio la isofomalida, la cual fue isomerizada diastereoselectivamente a fomalida por adición conjugada de PhSeH seguida de eliminación del correspondiente selenóxido. Los análogos dihidro se prepararon de manera similar utilizando Cbz-Val-(R)-Abu o Cbz-Val-(S)-Abu (Abu = ácido 2-aminobutanoico) en lugar de Cbz-Val-(Z)-Aba. Las evaluaciones biológicas de la fomalida, la isofomalida y las dihidrofomalidas revelaron que solo la fomalida (10(-)(5) M) causó lesiones necróticas, cloróticas y rojizas en colza (Brassica napus y Brassica rapa; susceptibles al pie negro) mientras que no se observó daño en mostaza marrón (Brassica juncea; resistente al pie negro) ni en mostaza blanca (Sinapis alba; resistente al pie negro), incluso a concentraciones significativamente más altas (10(-)(4) M). Por lo tanto, tanto la presencia como la configuración del doble enlace son cruciales para la fitotoxicidad selectiva. Esta es la primera síntesis reportada de un producto natural que contiene (E)-Aba, e importante, el enfoque de isomerización (Z) --> (E) debería ser aplicable a otros objetivos (depsi)péptido, permitiendo así investigar el efecto de la configuración del doble enlace sobre diversas propiedades.

@article{doi101021jo982376p,
    author = "Ward, Dale E. and Vázquez, Alfredo Macías and Pedras, M. Soledade C.",
    title = "Explorando la fitotoxicidad selectiva del hospedador: Síntesis y actividad biológica de la fomalida, la isofomalida y la dihidrofomalida",
    year = "1999",
    journal = "The Journal of Organic Chemistry",
    abstract = "La depsípéptido cíclico fomalida [ciclo(Val-(E)-Aba-Hpp-Hmp-(R)-Leu); Aba = ácido 2-amino-2-butenoico, Hpp = (2S)-2-hidroxipropanoico 3-fenílico, Hmp = (2S)-2-hidroxipentanoico 4-metil] es la fitotoxina selectiva del hospedador producida por el hongo [Leptosphaeria maculans (Desm.) Ces. et de Not., etapa asexual Phoma lingam (Tode ex Fr.) Desm.] que causa la enfermedad del pie negro (una enfermedad devastadora de varias brassicas económicamente importantes). Se describen síntesis totales eficientes de la fomalida, su isómero (Z) isofomalida y los dos análogos dihidro [(R)-dihidrofomalida y (S)-dihidrofomalida]. Un acoplamiento de fragmento [2 + 3] de Cbz-Val-(Z)-Aba con Hpp-Hmp-D-Leu-OBn seguido de desprotección y ciclización dio la isofomalida, la cual fue isomerizada diastereoselectivamente a fomalida por adición conjugada de PhSeH seguida de eliminación del correspondiente selenóxido. Los análogos dihidro se prepararon de manera similar utilizando Cbz-Val-(R)-Abu o Cbz-Val-(S)-Abu (Abu = ácido 2-aminobutanoico) en lugar de Cbz-Val-(Z)-Aba. Las evaluaciones biológicas de la fomalida, la isofomalida y las dihidrofomalidas revelaron que solo la fomalida (10(-)(5) M) causó lesiones necróticas, cloróticas y rojizas en colza (Brassica napus y Brassica rapa; susceptibles al pie negro) mientras que no se observó daño en mostaza marrón (Brassica juncea; resistente al pie negro) ni en mostaza blanca (Sinapis alba; resistente al pie negro), incluso a concentraciones significativamente más altas (10(-)(4) M). Por lo tanto, tanto la presencia como la configuración del doble enlace son cruciales para la fitotoxicidad selectiva. Esta es la primera síntesis reportada de un producto natural que contiene (E)-Aba, e importante, el enfoque de isomerización (Z) --> (E) debería ser aplicable a otros objetivos (depsi)péptido, permitiendo así investigar el efecto de la configuración del doble enlace sobre diversas propiedades.",
    url = "https://doi.org/10.1021/jo982376p",
    doi = "10.1021/jo982376p",
    openalex = "W2027670418",
    references = "mazur1983synthesis"
}

Casi todas las discusiones sobre la química prebiótica asumen que los aminoácidos, nucleótidos y posiblemente otros monómeros se formaron primero en la Tierra o fueron traídos a ella en cometas y meteoritos, y luego se condensaron no enzimáticamente para formar productos oligoméricos. Sin embargo, los intentos de demostrar reacciones de polimerización prebióticas plausibles han tenido un éxito limitado. Mostramos que el sulfuro de carbonilo (COS), un gas volcánico simple, provoca la formación de péptidos a partir de aminoácidos en condiciones suaves en solución acuosa. Dependiendo de las condiciones de reacción y los aditivos utilizados, la exposición de aminoácidos alfa a COS genera péptidos con rendimientos de hasta el 80% en minutos u horas a temperatura ambiente.

@article{doi101126science1102722,
    author = "Leman, Luke J. y Orgel, Leslie E. y Ghadiri, M. Reza",
    title = "Formación prebiótica de péptidos mediada por sulfuro de carbonilo",
    year = "2004",
    journal = "Science",
    abstract = "Casi todas las discusiones sobre la química prebiótica asumen que los aminoácidos, nucleótidos y posiblemente otros monómeros se formaron primero en la Tierra o fueron traídos a ella en cometas y meteoritos, y luego se condensaron no enzimáticamente para formar productos oligoméricos. Sin embargo, los intentos de demostrar reacciones de polimerización prebióticas plausibles han tenido un éxito limitado. Mostramos que el sulfuro de carbonilo (COS), un gas volcánico simple, provoca la formación de péptidos a partir de aminoácidos en condiciones suaves en solución acuosa. Dependiendo de las condiciones de reacción y los aditivos utilizados, la exposición de aminoácidos alfa a COS genera péptidos con rendimientos de hasta el 80% en minutos u horas a temperatura ambiente.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1102722",
    doi = "10.1126/science.1102722",
    openalex = "W2165194928"
}

El polímero de (ácido aspártico) (PAA), siendo biodegradable, es adecuado para diversas aplicaciones industriales, médicas y agrícolas para reemplazar muchos polímeros no biodegradables en uso. El polímero de (ácido aspártico) puede sintetizarse mediante diferentes métodos, con y sin catalizador, en diferentes formas como polisuccinimida, ya sea hidrolizada a ácido o sal. El polímero de (ácido aspártico) se presenta en diferentes formas como isómeros α,β y L, D. El análisis conformacional del polímero de (ácido aspártico) se realizó mediante diversos métodos analíticos. Diferentes combinaciones de estos dos isómeros presentes en diferentes porcentajes pueden detectarse mediante diversos métodos como degradación de Hoffman, IR y análisis espectroscópico de RMN. A partir de la prueba estándar de biodegradabilidad, se demostró que el polímero es totalmente biodegradable. En esta revisión, se discute brevemente la síntesis y caracterización de derivados homopolímeros y copolímeros de PAA, junto con la aplicación y biodegradabilidad en comparación con otros polímeros en uso.

@article{doi10108010601320500189604,
    author = "Thombre, Sunita M. y Sarwade, Bhimrao D.",
    title = "Síntesis y biodegradabilidad del ácido poliaspártico: una revisión crítica",
    year = "2005",
    journal = "Journal of Macromolecular Science Part A",
    abstract = "El polímero de (ácido aspártico) (PAA), siendo biodegradable, es adecuado para diversas aplicaciones industriales, médicas y agrícolas para reemplazar muchos polímeros no biodegradables en uso. El polímero de (ácido aspártico) puede sintetizarse mediante diferentes métodos, con y sin catalizador, en diferentes formas como polisuccinimida, ya sea hidrolizada a ácido o sal. El polímero de (ácido aspártico) se presenta en diferentes formas como isómeros α,β y L, D. El análisis conformacional del polímero de (ácido aspártico) se realizó mediante diversos métodos analíticos. Diferentes combinaciones de estos dos isómeros presentes en diferentes porcentajes pueden detectarse mediante diversos métodos como degradación de Hoffman, IR y análisis espectroscópico de RMN. A partir de la prueba estándar de biodegradabilidad, se demostró que el polímero es totalmente biodegradable. En esta revisión, se discute brevemente la síntesis y caracterización de derivados homopolímeros y copolímeros de PAA, junto con la aplicación y biodegradabilidad en comparación con otros polímeros en uso.",
    url = "https://doi.org/10.1080/10601320500189604",
    doi = "10.1080/10601320500189604",
    openalex = "W2017931181",
    references = "doi101021ja01499a069, doi101021ja01544a027, doi101021ja01546a042"
}

Las aminoacil-tRNA sintetasas catalizan la unión de aminoácidos cognados a moléculas de tRNA específicas. Para prevenir posibles errores en la síntesis de proteínas causados por la activación incorrecta de aminoácidos no cognados, algunas sintetasas han evolucionado mecanismos de edición para hidrolizar aminoácidos mal activados (edición pre-transferencia) o tRNAs mal aminoacilados (edición post-transferencia). En el caso de la edición post-transferencia, las sintetasas emplean un dominio de edición separado que es distinto del sitio de activación de aminoácidos, y se cree que el mecanismo implica el transporte del extremo flexible CCA-3' del tRNA desde el sitio activo sintético hasta el sitio de hidrólisis. El mecanismo de edición pre-transferencia es menos bien comprendido y, en la mayoría de los casos, el sitio exacto de edición pre-transferencia no se ha identificado concluyentemente. Aquí, exploramos la actividad de edición pre-transferencia de prolinil-tRNA sintetasas de clase II de cinco especies que representan los tres reinos de la vida. Para localizar el sitio de edición pre-transferencia, se construyeron mutantes truncados mediante la eliminación del dominio de inserción característico de las especies de prolinil-tRNA sintetasas bacterianas, que es el sitio de edición post-transferencia, o de los dominios de extensión N- o C-terminal de las enzimas eucariotas y arqueas. Además, se exploró en detalle el mecanismo de edición pre-transferencia de la prolinil-tRNA sintetasa de Escherichia coli. Estos estudios muestran que no se requiere un dominio de edición separado para la edición pre-transferencia por prolinil-tRNA sintetasa. El sitio activo de aminoacilación juega un papel significativo en la preservación de la fidelidad de la traducción actuando como un filtro que libera selectivamente los adenilatos no cognados en solución, mientras protege el adenilato cognado de la hidrólisis.

@article{doi101074jbcm605856200,
    author = "Hati, Sanchita y Ziervogel, Brigitte y Sternjohn, Julius y Wong, Fai-Chu y Nagan, Maria C y Rosen, Abbey E y Siliciano, Paul G y Chihade, Joseph W y Musier-Forsyth, Karin",
    title = {Edición pre-transferencia por prolinil-tRNA sintetasa de clase II: papel del sitio activo de aminoacilación en el "libramiento selectivo" de aminoácidos no cognados.},
    year = "2006",
    journal = "The Journal of biological chemistry",
    abstract = "Las aminoacil-tRNA sintetasas catalizan la unión de aminoácidos cognados a moléculas de tRNA específicas. Para prevenir posibles errores en la síntesis de proteínas causados por la activación incorrecta de aminoácidos no cognados, algunas sintetasas han evolucionado mecanismos de edición para hidrolizar aminoácidos mal activados (edición pre-transferencia) o tRNAs mal aminoacilados (edición post-transferencia). En el caso de la edición post-transferencia, las sintetasas emplean un dominio de edición separado que es distinto del sitio de activación de aminoácidos, y se cree que el mecanismo implica el transporte del extremo flexible CCA-3' del tRNA desde el sitio activo sintético hasta el sitio de hidrólisis. El mecanismo de edición pre-transferencia es menos bien comprendido y, en la mayoría de los casos, el sitio exacto de edición pre-transferencia no se ha identificado concluyentemente. Aquí, exploramos la actividad de edición pre-transferencia de prolinil-tRNA sintetasas de clase II de cinco especies que representan los tres reinos de la vida. Para localizar el sitio de edición pre-transferencia, se construyeron mutantes truncados mediante la eliminación del dominio de inserción característico de las especies de prolinil-tRNA sintetasas bacterianas, que es el sitio de edición post-transferencia, o de los dominios de extensión N- o C-terminal de las enzimas eucariotas y arqueas. Además, se exploró en detalle el mecanismo de edición pre-transferencia de la prolinil-tRNA sintetasa de Escherichia coli. Estos estudios muestran que no se requiere un dominio de edición separado para la edición pre-transferencia por prolinil-tRNA sintetasa. El sitio activo de aminoacilación juega un papel significativo en la preservación de la fidelidad de la traducción actuando como un filtro que libera selectivamente los adenilatos no cognados en solución, mientras protege el adenilato cognado de la hidrólisis.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/16864571/",
    doi = "10.1074/jbc.M605856200",
    openalex = "W2063309485",
    pmid = "16864571",
    references = "doi101016s0021925818968419, doi101016s0092867400001823, doi101016s0092867400807461, doi101016s1097276503000984, doi101038347203a0, doi101073pnas494517, doi101073pnas71104135, doi101126science2805363578, doi101126science28554301074, doi101126science7530860"
}

@misc{crossref2007fungicides,
    title = "Fungicidas que actúan sobre aminoácidos y síntesis de proteínas",
    year = "2007",
    booktitle = "Compuestos modernos de protección de cultivos",
    url = "https://doi.org/10.1002/9783527619580.ch14",
    doi = "10.1002/9783527619580.ch14",
    openalex = "W2484495979",
    pages = "539-560",
    references = "doi1010160732889386900441, doi101016c20130036511, doi101016s0261219499000745, doi101094pd750287, doi101126science14636501474, doi101128mr5711381631993, doi101146annurevmi25100171002415, doi101146annurevphyto40120301093927, doi103181003797275514461, doi105860choice410673"
}

Traducir el código de 4 letras del ARN en el alfabeto de 22 letras de las proteínas es una característica central de la vida celular. La fidelidad con la que se traduce el ARNm durante la síntesis de proteínas está determinada por dos factores: la disponibilidad de aminoacyl-tRNAs compuestos por pares de aminoácido cognato:tRNA y la selección precisa de aminoacyl-tRNAs en el ribosoma. El papel de las aminoacyl-tRNA sintetasas en la traducción es definir el código genético mediante el emparejamiento preciso de tRNAs cognatos con sus aminoácidos correspondientes. Las sintetasas logran la especificidad de sustrato de aminoácido necesaria para mantener los errores de traducción a un nivel aceptable de dos maneras: unión preferencial del aminoácido cognato y edición selectiva de aminoácidos casi cognatos. La edición disminuye significativamente la frecuencia de errores y es importante para el control de calidad de la traducción, y muchos detalles de los diversos mecanismos de edición y su efecto en diferentes sistemas celulares están comenzando a emerger.

@article{doi101146annurevmicro091208073210,
    author = "Ling, Jiqiang y Reynolds, Noah M. e Ibba, Michael",
    title = "Síntesis de aminoacyl-tRNA y control de calidad de la traducción",
    year = "2009",
    journal = "Annual Review of Microbiology",
    abstract = "Traducir el código de 4 letras del ARN en el alfabeto de 22 letras de las proteínas es una característica central de la vida celular. La fidelidad con la que se traduce el ARNm durante la síntesis de proteínas está determinada por dos factores: la disponibilidad de aminoacyl-tRNAs compuestos por pares de aminoácido cognato:tRNA y la selección precisa de aminoacyl-tRNAs en el ribosoma. El papel de las aminoacyl-tRNA sintetasas en la traducción es definir el código genético mediante el emparejamiento preciso de tRNAs cognatos con sus aminoácidos correspondientes. Las sintetasas logran la especificidad de sustrato de aminoácido necesaria para mantener los errores de traducción a un nivel aceptable de dos maneras: unión preferencial del aminoácido cognato y edición selectiva de aminoácidos casi cognatos. La edición disminuye significativamente la frecuencia de errores y es importante para el control de calidad de la traducción, y muchos detalles de los diversos mecanismos de edición y su efecto en diferentes sistemas celulares están comenzando a emerger.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.micro.091208.073210",
    doi = "10.1146/annurev.micro.091208.073210",
    openalex = "W2147488317",
    references = "doi101074jbcm605856200"
}

@misc{buchenauer2011fungicides,
    author = "Buchenauer, Heinrich y Walker, Frank y Gisi, Ulrich y Müller, Urs",
    title = "Fungicidas que actúan sobre aminoácidos y síntesis de proteínas",
    year = "2011",
    booktitle = "Compuestos modernos de protección de cultivos",
    url = "https://doi.org/10.1002/9783527644179.ch16",
    doi = "10.1002/9783527644179.ch16",
    openalex = "W1564701801",
    pages = "693-714",
    references = "doi1010160732889386900441, doi101016s0261219499000745, doi101094pd750287, doi101126science14636501474, doi101128mr5711381631993, doi101146annurevmi25100171002415, doi101146annurevphyto40120301093927, doi103181003797275514461, doi105860choice410673, openalexw2992285622"
}

La investigación sobre el origen de los ácidos nucleicos y las proteínas se ha abordado mediante síntesis de múltiples pasos o reacciones simples en un solo recipiente, pero el estudio de su química prebiótica normalmente se realiza por separado. Sin embargo, si los nucleótidos y los aminoácidos coexistieron en la Tierra primitiva, sus interacciones mutuas y reactividad deberían considerarse al explorar el surgimiento de sistemas químicos complejos que finalmente pueden evolucionar. Para explorar esta idea, nos propusimos investigar la formación de nucleótidos/nucleósidos mediante una simple reacción de deshidratación de los bloques de construcción constituyentes (azúcar, fosfato y base nitrogenada) en presencia de aminoácidos (es decir, glicina, arginina, ácido glutámico, treonina, metionina, fenilalanina y triptófano). En este trabajo, reportamos el primer ejemplo de formación simultánea de enlaces glicosídicos entre ribosa, purinas y pirimidinas en condiciones suaves sin catalizador ni reactivos activados, así como intercambio de bases nitrogenadas. Observamos no solo la formación simultánea de isómeros de nucleótidos y nucleósidos a partir de varias bases nitrogenadas, sino también la selección de la distribución de productos de glicosilación cuando estaba presente la glicina. Este trabajo muestra cómo deben considerarse las redes de reacción de nucleótidos y aminoácidos al explorar el surgimiento de redes catalíticas en el contexto de la evolución molecular.

@misc{doi1026434chemrxiv6972785,
    author = "Suárez-Marina, Irene y Turk-MacLeod, Rebecca y Abul‐Haija, Yousef M. y Gromski, Piotr S. y Cooper, Geoffrey M. y Cronin, Leroy",
    title = "Síntesis integrada de nucleótidos y nucleósidos dirigida por aminoácidos",
    year = "2018",
    booktitle = "ChemRxiv",
    abstract = "La investigación sobre el origen de los ácidos nucleicos y las proteínas se ha abordado mediante síntesis de múltiples pasos o reacciones simples en un solo recipiente, pero el estudio de su química prebiótica normalmente se realiza por separado. Sin embargo, si los nucleótidos y los aminoácidos coexistieron en la Tierra primitiva, sus interacciones mutuas y reactividad deberían considerarse al explorar el surgimiento de sistemas químicos complejos que finalmente pueden evolucionar. Para explorar esta idea, nos propusimos investigar la formación de nucleótidos/nucleósidos mediante una simple reacción de deshidratación de los bloques de construcción constituyentes (azúcar, fosfato y base nitrogenada) en presencia de aminoácidos (es decir, glicina, arginina, ácido glutámico, treonina, metionina, fenilalanina y triptófano). En este trabajo, reportamos el primer ejemplo de formación simultánea de enlaces glicosídicos entre ribosa, purinas y pirimidinas en condiciones suaves sin catalizador ni reactivos activados, así como intercambio de bases nitrogenadas. Observamos no solo la formación simultánea de isómeros de nucleótidos y nucleósidos a partir de varias bases nitrogenadas, sino también la selección de la distribución de productos de glicosilación cuando estaba presente la glicina. Este trabajo muestra cómo deben considerarse las redes de reacción de nucleótidos y aminoácidos al explorar el surgimiento de redes catalíticas en el contexto de la evolución molecular.",
    url = "https://doi.org/10.26434/chemrxiv.6972785",
    doi = "10.26434/chemrxiv.6972785",
    openalex = "W4240956472",
    references = "doi101016jcelrep201512015, doi101016jchembiol201303012, doi101021cr2004844, doi101021jo062586z, doi101038nature08013, doi101038ncomms11328, doi101038ncomms9385, doi101126science1102722, doi101126science1174577, doi101126scienceaad2808, nakashima1980synthesis"
}

La investigación sobre el origen de los ácidos nucleicos y las proteínas ha sido abordada mediante síntesis multietapa o reacciones simples en un solo recipiente, pero el estudio de su química prebiótica normalmente se realiza por separado. Sin embargo, si los nucleótidos y los aminoácidos coexistieron en la Tierra primitiva, sus interacciones mutuas y reactividad deberían considerarse al explorar el surgimiento de sistemas químicos complejos que finalmente puedan evolucionar. Para explorar esta idea, nos propusimos investigar la formación de nucleótidos/nucleósidos mediante una simple reacción de deshidratación de los bloques de construcción constituyentes (azúcar, fosfato y base nitrogenada) en presencia de aminoácidos (es decir, glicina, arginina, ácido glutámico, treonina, metionina, fenilalanina y triptófano). En este trabajo, reportamos el primer ejemplo de formación simultánea de enlaces glicosídicos entre ribosa, purinas y pirimidinas en condiciones suaves sin catalizador ni reactivos activados, así como intercambio de bases nitrogenadas. Observamos no solo la formación simultánea de isómeros de nucleótidos y nucleósidos a partir de varias bases nitrogenadas, sino también la selección de la distribución de productos de glicosilación cuando estaba presente la glicina. Este trabajo muestra cómo deben considerarse las redes de reacción de nucleótidos y aminoácidos al explorar el surgimiento de redes catalíticas en el contexto de la evolución molecular.

@misc{doi1026434chemrxiv6972785v1,
    author = "Suárez-Marina, Irene y Turk-MacLeod, Rebecca y Abul‐Haija, Yousef M. y Gromski, Piotr S. y Cooper, Geoffrey M. y Cronin, Leroy",
    title = "Síntesis integrada de nucleótidos y nucleósidos dirigida por aminoácidos",
    year = "2018",
    booktitle = "ChemRxiv",
    abstract = "La investigación sobre el origen de los ácidos nucleicos y las proteínas ha sido abordada mediante síntesis multietapa o reacciones simples en un solo recipiente, pero el estudio de su química prebiótica normalmente se realiza por separado. Sin embargo, si los nucleótidos y los aminoácidos coexistieron en la Tierra primitiva, sus interacciones mutuas y reactividad deberían considerarse al explorar el surgimiento de sistemas químicos complejos que finalmente puedan evolucionar. Para explorar esta idea, nos propusimos investigar la formación de nucleótidos/nucleósidos mediante una simple reacción de deshidratación de los bloques de construcción constituyentes (azúcar, fosfato y base nitrogenada) en presencia de aminoácidos (es decir, glicina, arginina, ácido glutámico, treonina, metionina, fenilalanina y triptófano). En este trabajo, reportamos el primer ejemplo de formación simultánea de enlaces glicosídicos entre ribosa, purinas y pirimidinas en condiciones suaves sin catalizador ni reactivos activados, así como intercambio de bases nitrogenadas. Observamos no solo la formación simultánea de isómeros de nucleótidos y nucleósidos a partir de varias bases nitrogenadas, sino también la selección de la distribución de productos de glicosilación cuando estaba presente la glicina. Este trabajo muestra cómo deben considerarse las redes de reacción de nucleótidos y aminoácidos al explorar el surgimiento de redes catalíticas en el contexto de la evolución molecular.",
    url = "https://doi.org/10.26434/chemrxiv.6972785.v1",
    doi = "10.26434/chemrxiv.6972785.v1",
    openalex = "W4254625127",
    references = "doi101016jcelrep201512015, doi101016jchembiol201303012, doi101021cr2004844, doi101021jo062586z, doi101038nature08013, doi101038ncomms11328, doi101038ncomms9385, doi101126science1102722, doi101126science1174577, doi101126scienceaad2808, nakashima1980synthesis"
}

@misc{crossref2019fungicides,
    title = "Fungicidas que actúan sobre aminoácidos y síntesis de proteínas",
    year = "2019",
    booktitle = "Compuestos modernos de protección de cultivos",
    url = "https://doi.org/10.1002/9783527699261.ch16",
    doi = "10.1002/9783527699261.ch16",
    openalex = "W4238007333",
    pages = "749-759",
    references = "doi101002chem200801831, doi101002ps3506, doi1010079783319233710, doi101016s0261219499000745, doi101094pdis09130970re, doi101094phyto9820205, doi101111mpp12384, doi101128aem0265512, doi103389fmicb201702361, doi105860choice410673"
}

Los roles fundamentales que desempeñan los péptidos y las proteínas en la biología actual hacen que sea casi indiscutible que los péptidos fueron actores clave en el origen de la vida. En la medida en que sea apropiado extrapolar hacia atrás desde la biología existente al mundo prebiótico, uno debe reconocer la importancia crítica que las redes moleculares interconectadas, probablemente con péptidos como componentes clave, habrían desempeñado en el origen de la vida. En esta revisión, resumimos los procesos químicos que involucran péptidos que podrían haber contribuido a la evolución química temprana, con énfasis en las interacciones moleculares entre péptidos y otras clases de moléculas orgánicas. Primero, resumimos los mecanismos mediante los cuales los aminoácidos y bloques de construcción similares podrían haber sido producidos y elaborados en proto-péptidos. A continuación, se discuten las interacciones no covalentes de los péptidos con otros péptidos, así como con ácidos nucleicos, lípidos, carbohidratos, iones metálicos y moléculas aromáticas, en relación con los posibles roles de dichas interacciones en la evolución química de la estructura y la función. Finalmente, describimos investigaciones que involucran alternativas estructurales a los péptidos y aductos covalentes entre aminoácidos/péptidos y otras clases de moléculas. Proponemos que los futuros avances abundantes en la química del origen de la vida surgirán de investigaciones de sistemas químicos interconectados en los que surjan interacciones sinérgicas entre diferentes clases de moléculas.

@article{doi101021acschemrev9b00664,
    author = "Frenkel‐Pinter, Moran y Samanta, Mousumi y Ashkenasy, Gonen y Leman, Luke J.",
    title = "Péptidos prebióticos: centros moleculares en el origen de la vida",
    year = "2020",
    journal = "Chemical Reviews",
    abstract = "Los roles fundamentales que desempeñan los péptidos y las proteínas en la biología actual hacen que sea casi indiscutible que los péptidos fueron actores clave en el origen de la vida. En la medida en que sea apropiado extrapolar hacia atrás desde la biología existente al mundo prebiótico, uno debe reconocer la importancia crítica que las redes moleculares interconectadas, probablemente con péptidos como componentes clave, habrían desempeñado en el origen de la vida. En esta revisión, resumimos los procesos químicos que involucran péptidos que podrían haber contribuido a la evolución química temprana, con énfasis en las interacciones moleculares entre péptidos y otras clases de moléculas orgánicas. Primero, resumimos los mecanismos mediante los cuales los aminoácidos y bloques de construcción similares podrían haber sido producidos y elaborados en proto-péptidos. A continuación, se discuten las interacciones no covalentes de los péptidos con otros péptidos, así como con ácidos nucleicos, lípidos, carbohidratos, iones metálicos y moléculas aromáticas, en relación con los posibles roles de dichas interacciones en la evolución química de la estructura y la función. Finalmente, describimos investigaciones que involucran alternativas estructurales a los péptidos y aductos covalentes entre aminoácidos/péptidos y otras clases de moléculas. Proponemos que los futuros avances abundantes en la química del origen de la vida surgirán de investigaciones de sistemas químicos interconectados en los que surjan interacciones sinérgicas entre diferentes clases de moléculas.",
    url = "https://doi.org/10.1021/acs.chemrev.9b00664",
    doi = "10.1021/acs.chemrev.9b00664",
    openalex = "W3008483803",
    references = "doi101002anie201208397, doi101007pl00006565, doi101021cr2004844, doi101021ja01499a069, doi101038nchem2878, doi101038s415700160012, doi101073pnas9784112, doi101098rsob130156, doi101101cshperspecta034801, doi101126science1161527, doi1011861759220832, fox1958thermal"
}

Las proteínas de choque térmico de la familia de 70 kDa (Hsp70s) son chaperonas moleculares altamente abundantes y conservadas que ayudan a preservar la proteostasis principalmente facilitando el plegamiento adecuado de proteínas. La proteína de choque térmico de la familia de 110 kDa (Hsp110s), una rama especializada de la superfamilia Hsp70/Hsp110, funciona tanto como co-chaperonas de factor de intercambio de nucleótidos (NEF) para Hsp70s como chaperonas independientes "holdase" que estabilizan polipéptidos no nativos para prevenir la agregación y facilitar el repliegue posterior por Hsp70s. Si bien la actividad NEF de Hsp110 está bien caracterizada, las consecuencias de la unión de adenosina 5'-trifosfato (ATP) para el comportamiento holdase de Hsp110 han permanecido en gran parte inexploradas. Aunque la actividad holdase se considera generalmente independiente del nucleótido, los informes de efectos dependientes de ATP han planteado preguntas sobre el mecanismo subyacente. Aquí, examinamos las propiedades bioquímicas de Multicopy Suppressor of ira1 3 (Msi3), la única Hsp110 en Candida albicans, para disecar el papel de ATP en la función holdase. Primero identificamos un efecto inhibitorio de concentraciones elevadas de Mg2+ sobre la actividad holdase de Msi3. Este efecto inhibitorio es contrarrestado por el segmento C-terminal intrínsecamente desordenado, revelando un papel de estabilización distintivo para esta región, previamente de función desconocida. Además, ATP alivia la inhibición por Mg2+ elevado, proporcionando una explicación para una aparente dependencia de ATP observada previamente. Curiosamente, aunque prescindible para la supresión de agregación, ATP modula la actividad holdase de Msi3 para la competencia de repliegue ampliando el rango de concentración sobre el cual permanece productivo. Aumentar la concentración de Msi3 mejoró la recuperación general de repliegue posterior pero ralentizó la cinética de repliegue, y ATP alivió esta restricción cinética. Los análisis de Hsp105, la principal Hsp110 humana, sugieren que estas propiedades bioquímicas están en gran parte conservadas. Juntos, estos hallazgos sugieren que ATP modula la actividad holdase de Hsp110 ajustando el equilibrio entre la secuestro de sustrato y la dinámica de compromiso, revelando una dimensión regulatoria dependiente de ATP de la función holdase de Hsp110 que es mecánicamente distinta de su actividad NEF.

@article{doi101002pro70575,
    author = "Kidd, Justin M y Sun, Cancan y Garay, Alissa y Keplinger, Mitchell y Richter, Colin y May, Aaron E y Liu, Qinglian",
    title = "ATP modula la actividad holdase de las proteínas de choque térmico fúngicas y humanas de 110 kilodaltones para promover el plegamiento de proteínas.",
    year = "2026",
    journal = "Protein science: una publicación de la Protein Society",
    abstract = {Las proteínas de choque térmico de la familia de 70 kDa (Hsp70s) son chaperonas moleculares altamente abundantes y conservadas que ayudan a preservar la proteostasis principalmente facilitando el plegamiento adecuado de proteínas. La proteína de choque térmico de la familia de 110 kDa (Hsp110s), una rama especializada de la superfamilia Hsp70/Hsp110, funciona tanto como co-chaperonas de factor de intercambio de nucleótidos (NEF) para Hsp70s como chaperonas independientes "holdase" que estabilizan polipéptidos no nativos para prevenir la agregación y facilitar el repliegue posterior por Hsp70s. Si bien la actividad NEF de Hsp110 está bien caracterizada, las consecuencias de la unión de adenosina 5'-trifosfato (ATP) para el comportamiento holdase de Hsp110 han permanecido en gran parte inexploradas. Aunque la actividad holdase se considera generalmente independiente del nucleótido, los informes de efectos dependientes de ATP han planteado preguntas sobre el mecanismo subyacente. Aquí, examinamos las propiedades bioquímicas de Multicopy Suppressor of ira1 3 (Msi3), la única Hsp110 en Candida albicans, para disecar el papel de ATP en la función holdase. Primero identificamos un efecto inhibitorio de concentraciones elevadas de Mg2+ sobre la actividad holdase de Msi3. Este efecto inhibitorio es contrarrestado por el segmento C-terminal intrínsecamente desordenado, revelando un papel de estabilización distintivo para esta región, previamente de función desconocida. Además, ATP alivia la inhibición por Mg2+ elevado, proporcionando una explicación para una aparente dependencia de ATP observada previamente. Curiosamente, aunque prescindible para la supresión de agregación, ATP modula la actividad holdase de Msi3 para la competencia de repliegue ampliando el rango de concentración sobre el cual permanece productivo. Aumentar la concentración de Msi3 mejoró la recuperación general de repliegue posterior pero ralentizó la cinética de repliegue, y ATP alivió esta restricción cinética. Los análisis de Hsp105, la principal Hsp110 humana, sugieren que estas propiedades bioquímicas están en gran parte conservadas. Juntos, estos hallazgos sugieren que ATP modula la actividad holdase de Hsp110 ajustando el equilibrio entre la secuestro de sustrato y la dinámica de compromiso, revelando una dimensión regulatoria dependiente de ATP de la función holdase de Hsp110 que es mecánicamente distinta de su actividad NEF.},
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42043290/",
    doi = "10.1002/pro.70575",
    pmid = "42043290"
}

La quimioinmunoterapia basada en iones metálicos a menudo se ve limitada por la homeostasis metálica intracelular rígida, la acumulación insuficiente de especies reactivas de oxígeno (ROS) y un microambiente tumoral (TME) inmunosupresor. Para superar estas limitaciones, diseñamos un nanorreactor bimetallico de núcleo-cáscara sensible a ATP (Cu/ZIF@PDA, denominado CZP) que presenta un recubrimiento biomimético de polidopamina (PDA) con un grosor controlado con precisión de ~25 nm. Activado por niveles elevados de ATP tumoral, el CZP experimenta un desensamblaje inducido por coordinación y promueve la amplificación del estrés oxidativo. Específicamente, la cáscara de PDA actúa como un mimético de la superóxido dismutasa (SOD) para suministrar continuamente H2O2, alimentando reacciones tipo Fenton mediadas por Cu2+ para liberar radicales hidroxilo altamente tóxicos (•OH) mientras agota agresivamente el pool intracelular de glutatión (GSH). Este daño oxidativo irreversible, junto con la disfunción mitocondrial inducida por Zn2+, provoca una fuga profunda de ADN mitocondrial (mtDNA). Crucialmente, este ADN citosólico activa robustamente el eje de señalización cGAS-STING, impulsando un aumento masivo en la muerte celular inmunogénica (ICD) y promoviendo significativamente la maduración de células dendríticas (DC). Además, el CZP inhibió notablemente el crecimiento del tumor primario in vivo y mostró protección en un modelo de reto tumoral, acompañado de una mayor maduración de células dendríticas. Estos hallazgos respaldan el potencial de esta nanoplataforma bimetallica sensible a ATP para promover la activación inmune antitumoral.

@article{doi103390jfb17040199,
    author = "Li, You and Zhang, Wenxin and Xu, Zitao and Ma, Shixin and Xiong, Yufei and Yu, Li and Gao, Huiling and Shu, Yang and Fei, Teng",
    title = "ATP-Responsive Bimetallic Metal-Organic Frameworks Amplify Oxidative Stress in the Tumor Microenvironment for Synergistic Chemo-Immunotherapy.",
    year = "2026",
    journal = "Journal of functional biomaterials",
    abstract = "La quimioinmunoterapia basada en iones metálicos a menudo se ve limitada por la homeostasis metálica intracelular rígida, la acumulación insuficiente de especies reactivas de oxígeno (ROS) y un microambiente tumoral (TME) inmunosupresor. Para superar estas limitaciones, diseñamos un nanorreactor bimetallico de núcleo-cáscara sensible a ATP (Cu/ZIF@PDA, denominado CZP) que presenta un recubrimiento biomimético de polidopamina (PDA) con un grosor controlado con precisión de \textasciitilde 25 nm. Activado por niveles elevados de ATP tumoral, el CZP experimenta un desensamblaje inducido por coordinación y promueve la amplificación del estrés oxidativo. Específicamente, la cáscara de PDA actúa como un mimético de la superóxido dismutasa (SOD) para suministrar continuamente H2O2, alimentando reacciones tipo Fenton mediadas por Cu2+ para liberar radicales hidroxilo altamente tóxicos (•OH) mientras agota agresivamente el pool intracelular de glutatión (GSH). Este daño oxidativo irreversible, junto con la disfunción mitocondrial inducida por Zn2+, provoca una fuga profunda de ADN mitocondrial (mtDNA). Crucialmente, este ADN citosólico activa robustamente el eje de señalización cGAS-STING, impulsando un aumento masivo en la muerte celular inmunogénica (ICD) y promoviendo significativamente la maduración de células dendríticas (DC). Además, el CZP inhibió notablemente el crecimiento del tumor primario in vivo y mostró protección en un modelo de reto tumoral, acompañado de una mayor maduración de células dendríticas. Estos hallazgos respaldan el potencial de esta nanoplataforma bimetallica sensible a ATP para promover la activación inmune antitumoral.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42042305/",
    doi = "10.3390/jfb17040199",
    pmid = "42042305"
}