Botánica

Introducción Cuando a bordo del H.M.S. 'Beagle,' como naturalista, me impresionaron mucho ciertos hechos en la distribución de los habitantes de Sudamérica, y en las relaciones geológicas del presente con los habitantes pasados de ese continente. Estos hechos parecían a mí...

@book{doi105962bhltitle59991,
    author = "Darwin, Charles y Darwin, Charles y Remnants, Edmonds \\&",
    title = "Sobre el origen de las especies por medio de la selección natural, o, La preservación de las razas favorecidas en la lucha por la vida /",
    year = "1859",
    booktitle = "John Murray eBooks",
    abstract = "Introducción Cuando a bordo del H.M.S. 'Beagle,' como naturalista, me impresionaron mucho ciertos hechos en la distribución de los habitantes de Sudamérica, y en las relaciones geológicas del presente con los habitantes pasados de ese continente. Estos hechos parecían a mí...",
    url = "https://doi.org/10.5962/bhl.title.59991",
    doi = "10.5962/bhl.title.59991",
    openalex = "W2883512297"
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@book{doi105962bhltitle82303,
    author = "Darwin, Charles y Murray, John y Clowes, William y Sons y Evans., Bradbury \\&",
    title = "Sobre el origen de las especies por medio de la selección natural, o, La preservación de las razas favorecidas en la lucha por la vida",
    year = "1859",
    url = "https://doi.org/10.5962/bhl.title.82303",
    doi = "10.5962/bhl.title.82303",
    openalex = "W4299541734"
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@article{crossref1870botany,
    title = "Botánica",
    year = "1870",
    journal = "The American Naturalist",
    url = "https://doi.org/10.1086/270557",
    doi = "10.1086/270557",
    number = "3",
    pages = "183-188",
    volume = "4"
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@article{crossref1874botany,
    title = "Botánica",
    year = "1874",
    journal = "The American Naturalist",
    url = "https://doi.org/10.1086/271273",
    doi = "10.1086/271273",
    number = "2",
    pages = "116-120",
    volume = "8"
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@article{crossref1879botany,
    title = "Botánica",
    year = "1879",
    journal = "The American Naturalist",
    url = "https://doi.org/10.1086/272411",
    doi = "10.1086/272411",
    number = "9",
    pages = "580-582",
    volume = "13"
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@article{crossref1880botany,
    title = "BOTANY",
    year = "1880",
    journal = "Science",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.os-1.26.306",
    doi = "10.1126/science.os-1.26.306",
    number = "26",
    pages = "306-306",
    volume = "os-1"
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@article{crossref1889botany,
    title = "Botánica",
    year = "1889",
    journal = "The American Naturalist",
    url = "https://doi.org/10.1086/274993",
    doi = "10.1086/274993",
    number = "272",
    pages = "723-725",
    volume = "23"
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@article{crossref1890botany,
    title = "Botánica",
    year = "1890",
    journal = "The American Naturalist",
    url = "https://doi.org/10.1086/275129",
    doi = "10.1086/275129",
    number = "281",
    pages = "473-476",
    volume = "24"
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@misc{clements1920plant9,
    author = "Clements, F. E",
    title = "Sucesión vegetal",
    year = "1920",
    howpublished = "Análisis del desarrollo de la vegetación: Washington, D.C., Instituto Carnegie, 388 p.; Publicación No. 290",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Clements, F. E., 1920, Sucesión vegetal: Análisis del desarrollo de la vegetación: Washington, D.C., Instituto Carnegie, 388 p.; Publicación No. 290.}"
}

@misc{braunblanquet1932plant5,
    author = "Braun-Blanquet, J",
    title = "Plant Sociology",
    year = "1932",
    howpublished = "The study of plant communities: New York, McGraw-Hill, 439 p.; [Translated and edited by G.D. Fuller and H.C. Conrad]",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Braun-Blanquet, J., 1932, Plant Sociology: The study of plant communities: New York, McGraw-Hill, 439 p.; [Translated and edited by G.D. Fuller and H.C. Conrad].}"
}

@misc{copeland1936yellowstone11,
    author = "Copeland, J. J",
    title = "Myxofíceas térmicas de Yellowstone",
    year = "1936",
    howpublished = "Annals of the New York Academy of Sciences, v. 36, p. 1-232",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Copeland, J. J., 1936, Myxofíceas térmicas de Yellowstone: Annals of the New York Academy of Sciences, v. 36, p. 1-232.}"
}

@misc{doctersvanleeuwen1936krakatau15,
    author = "Docters van Leeuwen, W. M",
    title = "Krakatau, 1833 a 1933",
    year = "1936",
    howpublished = "Ann. Jard. Botan. Buitenzorg, v. 56-57, p. 1-506",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Docters van Leeuwen, W. M., 1936, Krakatau, 1833 a 1933: Ann. Jard. Botan. Buitenzorg, v. 56-57, p. 1-506.}"
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@misc{seward1938the29,
    author = "Seward, A. C",
    title = "The story of the maidenhair tree",
    year = "1938",
    howpublished = "Science Programs, v. 32, p. 420-440",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Seward, A. C., 1938, The story of the maidenhair tree: Science Programs, v. 32, p. 420-440.}"
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@misc{elias1942tertiary17,
    author = "Elias, M. K",
    title = "Pastos de pradera terciarios y otras hierbas de las Altas Llanuras, 41 de la Sociedad Geológica de América, Documento Especial",
    year = "1942",
    howpublished = "p. 1-176",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Elias, M. K., 1942, Pastos de pradera terciarios y otras hierbas de las Altas Llanuras, 41 de la Sociedad Geológica de América, Documento Especial: p. 1-176.}"
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@article{brown1943some6,
    author = "Brown, R. W",
    title = "Some prehistoric trees of the United States",
    year = "1943",
    journal = "Journal of Forestry, v. 41, p. 861-868",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Brown, R. W., 1943, Some prehistoric trees of the United States: Journal of Forestry, v. 41, p. 861-868.}"
}

@misc{arnold1947introduction2,
    author = "Arnold, C. A",
    title = "Introducción a la Paleobotánica",
    year = "1947",
    howpublished = "New York, McGraw-Hill, 433 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Arnold, C. A., 1947, Introducción a la Paleobotánica: New York, McGraw-Hill, 433 p.}"
}

@book{daubenmire1947plants12,
    author = "Daubenmire, R. F",
    title = "Plants and Environment",
    year = "1947",
    publisher = "New York, Wiley, 424 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Daubenmire, R. F., 1947, Plants and Environment: New York, Wiley, 424 p.}"
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@misc{cheney1948metasequoia8,
    author = "Cheney, R. W",
    title = "Descubrimiento de Metasequoia",
    year = "1948",
    howpublished = "American Scientist, v. 36, p. 490- 494",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Cheney, R. W., 1948, Descubrimiento de Metasequoia: American Scientist, v. 36, p. 490- 494.}"
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@misc{clements1949dynamics10,
    author = "Clements, F. E",
    title = "Dinámica de la Vegetación",
    year = "1949",
    howpublished = "New York, Hafner, 296 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Clements, F. E., 1949, Dinámica de la Vegetación: New York, Hafner, 296 p.}"
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@book{stebbins1949rates30,
    author = "Stebbins, G. L. and Jr",
    title = "Tasas de evolución en plantas, en Jepsen, G. L., Simpson, G. G., y Mayr, E., eds., Genética, Paleontología y Evolución",
    year = "1949",
    publisher = "Princeton, Princeton University Press, p. 229-242; 474 p",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Stebbins, G. L., Jr., 1949, Rates of evolution in plants, in Jepsen, G. L., Simpson, G. G., and Mayr, E., eds., Genetics, Paleontology and Evolution: Princeton, Princeton University Press, p. 229-242; 474 p.}"
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@article{cain1950lifeforms7,
    author = "Cain, S. A",
    title = "Life-forms and phytoclimate",
    year = "1950",
    journal = "Botanical Review, v. 16, p. 1- 32",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Cain, S. A., 1950, Life-forms and phytoclimate: Botanical Review, v. 16, p. 1- 32.}"
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@misc{florin1951evolution19,
    author = "Florin, R",
    title = "Evolución en cordiales y coníferas",
    year = "1951",
    howpublished = "Acta Horticulture Bergiani, v. 15, p. 285-388",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Florin, R., 1951, Evolución en cordiales y coníferas: Acta Horticulture Bergiani, v. 15, p. 285-388.}"
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@misc{daubenmire1956climate13,
    author = "Daubenmire, R. F",
    title = "El clima como determinante de la distribución de la vegetación en el este de Washington y el norte de Idaho",
    year = "1956",
    howpublished = "Ecological Monographs, v. 26, p. 131-154",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Daubenmire, R. F., 1956, El clima como determinante de la distribución de la vegetación en el este de Washington y el norte de Idaho: Ecological Monographs, v. 26, p. 131-154.}"
}

@book{andrews1961studies1,
    author = "Andrews, H. N. y Jr",
    title = "Estudios en Paleobotánica",
    year = "1961",
    publisher = "Nueva York, Wiley",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Andrews, H. N., Jr., 1961, Estudios en Paleobotánica: Nueva York, Wiley.}"
}

@misc{erhlich1964butterflies18,
    author = "Erhlich, P. R. y Raven, P. H",
    title = "Mariposas y plantas",
    year = "1964",
    howpublished = "un estudio sobre coevolución: Evolution, v. 18, p. 586-608",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Erhlich, P. R., y Raven, P. H., 1964, Mariposas y plantas: un estudio sobre coevolución: Evolution, v. 18, p. 586-608.}"
}

La mayoría de las comunidades vegetales están formadas por varias o muchas especies que compiten por luz, agua y nutrientes. Las especies de una comunidad dada pueden clasificarse según su éxito relativo en la competencia; la productividad parece ser la mejor medida de su éxito o importancia en la comunidad. Las curvas de productividad decreciente conectan a las pocas especies más importantes (los dominantes) con un mayor número de especies de importancia intermedia (cuyo número determina principalmente la diversidad o riqueza en especies de la comunidad) y un menor número de especies raras. Estas curvas tienen formas variadas y se cree que expresan diferentes patrones de competencia y diferenciación de nicho en las comunidades. Probablemente es cierto para las plantas, como para los animales, que ninguna dos especies en una comunidad estable ocupan el mismo nicho. La evolución de la diferenciación de nicho hace posible la coexistencia de muchas especies vegetales que son competidores parciales, en lugar de directos. Las especies tienden a evolucionar también hacia la diferenciación de hábitat, hacia la dispersión de sus centros de máxima densidad poblacional en relación con los gradientes ambientales, de modo que pocas especies compiten entre sí en sus centros poblacionales. La evolución tanto de la diferenciación de nicho como de la de hábitat permite que muchas especies existan juntas en las comunidades como competidores parciales, con distribuciones que se superponen ampliamente y continuamente, formando las muchas comunidades intergraduales del paisaje.

@article{doi101126science1473655250,
    author = "Whittaker, R. H.",
    title = "Dominancia y diversidad en comunidades de plantas terrestres",
    year = "1965",
    journal = "Science",
    abstract = "La mayoría de las comunidades vegetales están formadas por varias o muchas especies que compiten por luz, agua y nutrientes. Las especies de una comunidad dada pueden clasificarse según su éxito relativo en la competencia; la productividad parece ser la mejor medida de su éxito o importancia en la comunidad. Las curvas de productividad decreciente conectan a las pocas especies más importantes (los dominantes) con un mayor número de especies de importancia intermedia (cuyo número determina principalmente la diversidad o riqueza en especies de la comunidad) y un menor número de especies raras. Estas curvas tienen formas variadas y se cree que expresan diferentes patrones de competencia y diferenciación de nicho en las comunidades. Probablemente es cierto para las plantas, como para los animales, que ninguna dos especies en una comunidad estable ocupan el mismo nicho. La evolución de la diferenciación de nicho hace posible la coexistencia de muchas especies vegetales que son competidores parciales, en lugar de directos. Las especies tienden a evolucionar también hacia la diferenciación de hábitat, hacia la dispersión de sus centros de máxima densidad poblacional en relación con los gradientes ambientales, de modo que pocas especies compiten entre sí en sus centros poblacionales. La evolución tanto de la diferenciación de nicho como de la de hábitat permite que muchas especies existan juntas en las comunidades como competidores parciales, con distribuciones que se superponen ampliamente y continuamente, formando las muchas comunidades intergraduales del paisaje.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.147.3655.250",
    doi = "10.1126/science.147.3655.250",
    openalex = "W2035166278",
    references = "beauchamp1932competitive, doi101038163688a0, doi101086282070, doi101086282106, doi101086282286, doi101093biomet3812196, doi101126science13134091292, doi1023071411, doi1023071931600, doi1023071931976, doi1023071932254, doi1023071942268, doi1023071943563, doi1023072407089, doi1023072411924, doi104159harvard9780674865327, doi105962bhltitle4489, openalexw3035987306"
}

@misc{scagel1965an28,
    author = "Scagel, R. F. et al",
    title = "An Evolutionary Survey of the Plant Kingdom",
    year = "1965",
    howpublished = "Belmont, Wadsworth, 658 p",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Scagel, R. F. et al., 1965, An Evolutionary Survey of the Plant Kingdom: Belmont, Wadsworth, 658 p.}"
}

@misc{daubenmire1968plant14,
    author = "Daubenmire, R. F",
    title = "Plant Communities",
    year = "1968",
    howpublished = "New York, Harper \& Row, 300 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Daubenmire, R. F., 1968, Plant Communities: New York, Harper \& Row, 300 p.}"
}

@misc{mcneilly1968evolutionary27,
    author = "McNeilly, T. y Bradshaw, A. D",
    title = "Procesos evolutivos en poblaciones de Agrostis tenuis Sibth. tolerantes al cobre",
    year = "1968",
    howpublished = "Evolution, v. 22, p. 108-118",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {McNeilly, T., y Bradshaw, A. D., 1968, Procesos evolutivos en poblaciones de Agrostis tenuis Sibth. tolerantes al cobre: Evolution, v. 22, p. 108-118.}"
}

@article{crossref1969botany,
    title = "Botánica: Botánica de la Carretera",
    year = "1969",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/2211090a0",
    doi = "10.1038/2211090a0",
    number = "5186",
    pages = "1090-1090",
    volume = "221"
}

@inproceedings{whittaker1969evolution31,
    author = "Whittaker, R. H",
    title = "Evolución de la diversidad en comunidades vegetales",
    year = "1969",
    booktitle = "Brookhaven Symposium on Biology, v. 22, p. 178-196",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Whittaker, R. H., 1969, Evolución de la diversidad en comunidades vegetales: Brookhaven Symposium on Biology, v. 22, p. 178-196.}"
}

@book{joravsky1970the25,
    author = "Joravsky, D",
    title = "El caso Lysenko",
    year = "1970",
    publisher = "Cambridge, Mass., Harvard University Press",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Joravsky, D., 1970, El caso Lysenko: Cambridge, Mass., Harvard University Press.}"
}

@article{gottlieb1973genetic24,
    author = "Gottlieb, L. D",
    title = "Diferenciación genética, especiación simpátrica y el origen de una especie diploide de Stephanomeria",
    year = "1973",
    journal = "American Journal of Botany, v. 60, p. 545-553",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Gottlieb, L. D., 1973, Diferenciación genética, especiación simpátrica y el origen de una especie diploide de Stephanomeria: American Journal of Botany, v. 60, p. 545-553.}"
}

@article{crossref1974botany,
    title = "Botany",
    year = "1974",
    journal = "Science News",
    url = "https://doi.org/10.2307/3959424",
    doi = "10.2307/3959424",
    number = "16",
    pages = "252",
    volume = "106"
}

@techreport{mcandrews1976fossil26,
    author = "McAndrews, J. H",
    title = "Historia fósil del impacto del hombre sobre la flora canadiense",
    year = "1976",
    howpublished = "un ejemplo del sur de Ontario: Canadian Botanical Association Bulletin, v. 9, p. 1-6",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {McAndrews, J. H., 1976, Historia fósil del impacto del hombre sobre la flora canadiense: un ejemplo del sur de Ontario: Canadian Botanical Association Bulletin, v. 9, p. 1-6.}"
}

Se sugiere que la evolución en las plantas puede estar asociada con el surgimiento de tres estrategias primarias, cada una de las cuales puede identificarse haciendo referencia a un número de características, incluidas las características morfológicas, la asignación de recursos, la fenología y la respuesta al estrés. La estrategia competitiva prevalece en la vegetación productiva y relativamente no perturbada, la estrategia tolerante al estrés está asociada con condiciones continuamente no productivas y la estrategia ruderal es característica de hábitats severamente perturbados pero potencialmente productivos. Un modelo triangular basado en las tres estrategias puede conciliarse con la teoría de la selección r- y K, proporciona una visión de los procesos de sucesión y dominación de la vegetación y parece ser capaz de extenderse a los hongos y a los animales.

@article{doi101086283244,
    author = "Grime, J. P.",
    title = "Evidencia de la existencia de tres estrategias primarias en plantas y su relevancia para la teoría ecológica y evolutiva",
    year = "1977",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "Se sugiere que la evolución en las plantas puede estar asociada con el surgimiento de tres estrategias primarias, cada una de las cuales puede identificarse haciendo referencia a un número de características, incluidas las características morfológicas, la asignación de recursos, la fenología y la respuesta al estrés. La estrategia competitiva prevalece en la vegetación productiva y relativamente no perturbada, la estrategia tolerante al estrés está asociada con condiciones continuamente no productivas y la estrategia ruderal es característica de hábitats severamente perturbados pero potencialmente productivos. Un modelo triangular basado en las tres estrategias puede conciliarse con la teoría de la selección r- y K, proporciona una visión de los procesos de sucesión y dominación de la vegetación y parece ser capaz de extenderse a los hongos y a los animales.",
    url = "https://doi.org/10.1086/283244",
    doi = "10.1086/283244",
    openalex = "W2055424972",
    references = "doi101038242344a0, doi101038250026a0, doi101086282454, doi101086282455, doi1015159781400881376, doi102307213332, doi1023072258728, doi10230725528056, doi1023073241344, doi105962bhltitle59991"
}

@misc{franks1979plants20,
    author = "Franks, J",
    title = "Plants, in Steel, R., and Harvey, A., eds., The Encyclopedia of Prehistoric Life",
    year = "1979",
    howpublished = "New York, McGraw-Hill, p. 163",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Franks, J., 1979, Plants, in Steel, R., and Harvey, A., eds., The Encyclopedia of Prehistoric Life: New York, McGraw-Hill, p. 163.}"
}

@misc{galston1979the22,
    author = "Galston, A. W. y Slayman, C. L",
    title = "THe Not-So-Secret Life of Plants",
    year = "1979",
    howpublished = "American Scientist, v. 67, p. 337-344",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Galston, A. W., y Slayman, C. L., 1979, THe Not-So-Secret Life of Plants: American Scientist, v. 67, p. 337-344.}"
}

@book{edwards1980early16,
    author = "Edwards, D",
    title = "Early Land Floras, in Panchen, A. L., ed., The Terrestrial Environment and the Origin of Land Vertebrates",
    year = "1980",
    publisher = "London, Academic Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Edwards, D., 1980, Early Land Floras, in Panchen, A. L., ed., The Terrestrial Environment and the Origin of Land Vertebrates: London, Academic Press.}"
}

@misc{baltscheffsky1981stepwise3,
    author = "Baltscheffsky, H",
    title = "Evolución molecular escalonada de la conversión de energía fotosintética bacteriana",
    year = "1981",
    howpublished = "BioSystems, v. 14, p. 49-56",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Baltscheffsky, H., 1981, Evolución molecular escalonada de la conversión de energía fotosintética bacteriana: BioSystems, v. 14, p. 49-56.}"
}

@misc{bisacre1984the4,
    author = "Bisacre, M. y Carlisle, R. y Robertson, D. y Ruck, J",
    title = "The Illustrated Encyclopedia of Plants",
    year = "1984",
    howpublished = "New York, Exeter Books",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Bisacre, M., Carlisle, R., Robertson, D., y Ruck, J., 1984, The Illustrated Encyclopedia of Plants: New York, Exeter Books.}"
}

@article{schmid1986origin,
    author = "Schmid, Rudolf y Hara, H.",
    title = "Origen y Evolución de la Diversidad en Plantas y Comunidades Vegetales",
    year = "1986",
    journal = "Taxon",
    url = "https://doi.org/10.2307/1221326",
    doi = "10.2307/1221326",
    number = "2",
    openalex = "W2325499884",
    pages = "446",
    volume = "35"
}

@misc{goldberg1988plants23,
    author = "Goldberg, R. B",
    title = "Plants",
    year = "1988",
    howpublished = "Novel Developmental Processes: Science, v. 240, p. 1460-1467",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Goldberg, R. B., 1988, Plants: Novel Developmental Processes: Science, v. 240, p. 1460-1467.}"
}

@misc{freidman1990double21,
    author = "Freidman, W. E",
    title = "Doble fertilización en Ephedra, una planta no florífera; su relevancia para el origen de las angiospermas",
    year = "1990",
    howpublished = "Science, v. 247, p. 951",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Freidman, W. E., 1990, Doble fertilización en Ephedra, una planta no florífera; su relevancia para el origen de las angiospermas: Science, v. 247, p. 951.}"
}

@article{doi1023073243920,
    author = "Schuster, R. M. y Stewart, Wilson N. y Rothwell, Gar W.",
    title = "Paleobotánica y la Evolución de las Plantas",
    year = "1994",
    journal = "The Bryologist",
    url = "https://doi.org/10.2307/3243920",
    doi = "10.2307/3243920",
    openalex = "W1977838623"
}

Resumen. Existe mucha confusión en la literatura en inglés sobre las invasiones de plantas respecto a los términos 'naturalizada' e 'invasiva' y sus conceptos asociados. Varios autores han utilizado estos términos al proponer esquemas para conceptualizar la secuencia de eventos desde la introducción hasta la invasión, pero a menudo de manera imprecisa, errónea o contradictoria. Esto complica enormemente la formulación de generalizaciones robustas en la ecología de invasiones. Basándonos en una extensa y crítica revisión de la literatura, definimos un conjunto mínimo de términos clave relacionados con un esquema gráfico que conceptualiza el proceso de naturalización/invasión. Introducción significa que la planta (o su propagulo) ha sido transportada por humanos a través de una barrera geográfica mayor. La naturalización comienza cuando se superan las barreras abióticas y bióticas a la supervivencia y cuando se superan diversas barreras a la reproducción regular. La invasión requiere además que las plantas introducidas produzcan descendencia reproductiva en áreas distantes de los sitios de introducción (escalas aproximadas: > 100 m sobre 6 m/3 años para taxones que se propagan por raíces, rizomas, estolones o tallos rastreros). Los taxones que pueden hacer frente al ambiente abiótico y la biota en la zona general pueden invadir comunidades seminaturales perturbadas. La invasión de comunidades maduras sucesionalmente, no perturbadas, generalmente requiere que el taxón exótico supere una categoría diferente de barreras. Proponemos que el término 'invasiva' se utilice sin ninguna inferencia sobre el impacto ambiental o económico. Términos como 'plagas' y 'malezas' son etiquetas adecuadas para el 50–80% de los invasores que tienen efectos perjudiciales. Aproximadamente el 10% de las plantas invasoras que cambian el carácter, condición, forma o naturaleza de los ecosistemas en áreas sustanciales pueden denominarse 'transformadores'.

@article{doi101046j14724642200000083x,
    author = "Richardson, David M. y Pyšek, Petr y Rejmánek, Marcel y Barbour, Michael G. y Panetta, F. D. y West, Carol J.",
    title = "Naturalización e invasión de plantas exóticas: conceptos y definiciones",
    year = "2000",
    journal = "Diversity and Distributions",
    abstract = "Resumen. Existe mucha confusión en la literatura en inglés sobre las invasiones de plantas respecto a los términos 'naturalizada' e 'invasiva' y sus conceptos asociados. Varios autores han utilizado estos términos al proponer esquemas para conceptualizar la secuencia de eventos desde la introducción hasta la invasión, pero a menudo de manera imprecisa, errónea o contradictoria. Esto complica enormemente la formulación de generalizaciones robustas en la ecología de invasiones. Basándonos en una extensa y crítica revisión de la literatura, definimos un conjunto mínimo de términos clave relacionados con un esquema gráfico que conceptualiza el proceso de naturalización/invasión. Introducción significa que la planta (o su propagulo) ha sido transportada por humanos a través de una barrera geográfica mayor. La naturalización comienza cuando se superan las barreras abióticas y bióticas a la supervivencia y cuando se superan diversas barreras a la reproducción regular. La invasión requiere además que las plantas introducidas produzcan descendencia reproductiva en áreas distantes de los sitios de introducción (escalas aproximadas: > 100 m sobre 6 m/3 años para taxones que se propagan por raíces, rizomas, estolones o tallos rastreros). Los taxones que pueden hacer frente al ambiente abiótico y la biota en la zona general pueden invadir comunidades seminaturales perturbadas. La invasión de comunidades maduras sucesionalmente, no perturbadas, generalmente requiere que el taxón exótico supere una categoría diferente de barreras. Proponemos que el término 'invasiva' se utilice sin ninguna inferencia sobre el impacto ambiental o económico. Términos como 'plagas' y 'malezas' son etiquetas adecuadas para el 50–80% de los invasores que tienen efectos perjudiciales. Aproximadamente el 10% de las plantas invasoras que cambian el carácter, condición, forma o naturaleza de los ecosistemas en áreas sustanciales pueden denominarse 'transformadores'.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1472-4642.2000.00083.x",
    doi = "10.1046/j.1472-4642.2000.00083.x",
    openalex = "W2163826476",
    references = "doi1010079781489972149, doi1010079789400958517, doi101046j13652745200000473x, doi101093auk1002507, doi1018900012965819990801522gpopia20co2, doi1023072257385, doi105281zenodo18199125, doi105962bhltitle59991, doi105962bhltitle82303, openalexw1550375751, openalexw2101875448, openalexw2990282461"
}

Resumen El concepto de tipo funcional de planta propone que las especies pueden agruparse según respuestas comunes al medio ambiente y/o efectos comunes sobre los procesos del ecosistema. Sin embargo, el conocimiento de las relaciones entre los rasgos asociados con la respuesta de las plantas a factores ambientales como los recursos y las perturbaciones (rasgos de respuesta), y los rasgos que determinan los efectos de las plantas sobre las funciones del ecosistema (rasgos de efecto), como el ciclo biogeoquímico o la propensión a las perturbaciones, sigue siendo rudimentario. Presentamos un marco utilizando conceptos y resultados de la ecología de comunidades, la ecología de ecosistemas y la biología evolutiva para proporcionar este vínculo. El funcionamiento del ecosistema es el resultado final de la operación de múltiples filtros ambientales en una jerarquía de escalas que, al seleccionar individuos con respuestas apropiadas, dan lugar a ensamblajes con una composición de rasgos variable. Los vínculos funcionales y las compensaciones entre rasgos, cada uno de los cuales se relaciona con uno o varios procesos, determinan si el filtrado por diferentes factores da una coincidencia y si los efectos del ecosistema pueden deducirse fácilmente del conocimiento de los filtros. Para ilustrar este marco analizamos un conjunto de factores ambientales clave y procesos del ecosistema. Mientras que los rasgos asociados con la respuesta a los gradientes de nutrientes se solapan fuertemente con los que determinan la producción primaria neta, se encontró poca superposición directa entre la respuesta al fuego y la inflamabilidad. Hipotetizamos que estos patrones reflejan tendencias generales. Las respuestas a la disponibilidad de recursos estarían determinadas por rasgos que también están involucrados en el ciclo biogeoquímico, porque tanto estas respuestas como los efectos son impulsados por la compensación entre la adquisición y la conservación. Por otro lado, los rasgos de regeneración y demográficos asociados con la respuesta a las perturbaciones, que se sabe que tienen poca conexión con los rasgos adultos involucrados en la ecofisiología de las plantas, tendrían poca relevancia para los procesos del ecosistema. Este marco es probable que sea ampliamente aplicable, aunque se debe tener precaución para utilizar los vínculos de rasgos y las compensaciones apropiados a la escala, las condiciones ambientales y el contexto evolutivo. Puede dirigir la selección de tipos funcionales de plantas para los modelos de vegetación en una gama de escalas y ayudar en el diseño de estudios experimentales de las relaciones entre la diversidad de plantas y las propiedades del ecosistema.

@article{doi101046j13652435200200664x,
    author = "Lavorel, Sandra and Garnier, Éric",
    title = "Predicción de cambios en la composición de la comunidad y el funcionamiento del ecosistema a partir de rasgos de las plantas: revisitando el Santo Grial",
    year = "2002",
    journal = "Functional Ecology",
    abstract = "Resumen El concepto de tipo funcional de planta propone que las especies pueden agruparse según respuestas comunes al medio ambiente y/o efectos comunes sobre los procesos del ecosistema. Sin embargo, el conocimiento de las relaciones entre los rasgos asociados con la respuesta de las plantas a factores ambientales como los recursos y las perturbaciones (rasgos de respuesta), y los rasgos que determinan los efectos de las plantas sobre las funciones del ecosistema (rasgos de efecto), como el ciclo biogeoquímico o la propensión a las perturbaciones, sigue siendo rudimentario. Presentamos un marco utilizando conceptos y resultados de la ecología de comunidades, la ecología de ecosistemas y la biología evolutiva para proporcionar este vínculo. El funcionamiento del ecosistema es el resultado final de la operación de múltiples filtros ambientales en una jerarquía de escalas que, al seleccionar individuos con respuestas apropiadas, dan lugar a ensamblajes con una composición de rasgos variable. Los vínculos funcionales y las compensaciones entre rasgos, cada uno de los cuales se relaciona con uno o varios procesos, determinan si el filtrado por diferentes factores da una coincidencia y si los efectos del ecosistema pueden deducirse fácilmente del conocimiento de los filtros. Para ilustrar este marco analizamos un conjunto de factores ambientales clave y procesos del ecosistema. Mientras que los rasgos asociados con la respuesta a los gradientes de nutrientes se solapan fuertemente con los que determinan la producción primaria neta, se encontró poca superposición directa entre la respuesta al fuego y la inflamabilidad. Hipotetizamos que estos patrones reflejan tendencias generales. Las respuestas a la disponibilidad de recursos estarían determinadas por rasgos que también están involucrados en el ciclo biogeoquímico, porque tanto estas respuestas como los efectos son impulsados por la compensación entre la adquisición y la conservación. Por otro lado, los rasgos de regeneración y demográficos asociados con la respuesta a las perturbaciones, que se sabe que tienen poca conexión con los rasgos adultos involucrados en la ecofisiología de las plantas, tendrían poca relevancia para los procesos del ecosistema. Este marco es probable que sea ampliamente aplicable, aunque se debe tener precaución para utilizar los vínculos de rasgos y las compensaciones apropiados a la escala, las condiciones ambientales y el contexto evolutivo. Puede dirigir la selección de tipos funcionales de plantas para los modelos de vegetación en una gama de escalas y ayudar en el diseño de estudios experimentales de las relaciones entre la diversidad de plantas y las propiedades del ecosistema.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1365-2435.2002.00664.x",
    doi = "10.1046/j.1365-2435.2002.00664.x",
    openalex = "W2168173042",
    references = "doi1010079783642809132, doi101007bf00002772, doi101023a1004327224729, openalexw2097450069, openalexw2169917233"
}

Cuatro linajes de plantas vasculares, las helechos, esfenopsidas, progimnospermas y plantas con semillas, evolucionaron hojas laminadas en el Paleozoico. Un análisis de coordenadas principales de 641 especies de hojas de floras de América del Norte y Europa que abarcan desde el Devónico Medio hasta el final del Pérmico muestra que los clados siguieron trayectorias paralelas de evolución: cada clado exhibe una rápida radiación de morfologías de hojas desde formas simples (y similares) en el Devónico Tardío/Carbonífero Temprano hasta formas de hojas diversas y diferenciadas, con una fuerte restricción sobre la diversificación adicional comenzando en el Carbonífero Medio. Trayectorias de espacio morfológico similares han sido documentadas en estudios de evolución morfológica en animales; sin embargo, los fósiles de plantas presentan oportunidades únicas para comprender los procesos de desarrollo que subyacen a tales patrones. Una comparación detallada de la venación en hojas del Paleozoico con la de hojas modernas para las cuales se conocen los mecanismos de desarrollo sugiere interpretaciones de desarrollo para el origen y la evolución temprana de las hojas. La evolución paralela de un meristema marginal mediante la modificación de los mecanismos de desarrollo disponibles en el ancestro común de todos los grupos resultó en el patrón de evolución de hojas repetido por cada clado. Los primeros pasos de la evolución de las hojas fueron seguidos por una restricción sobre la diversificación adicional a medida que se agotaron las posibles elaboraciones del crecimiento marginal. Las hipótesis de desarrollo en hojas del Paleozoico pueden ser probadas mediante el estudio de plantas vivas con morfologías de hojas análogas.

@article{doi1016660094837320020280070eodpat20co2,
    author = "Boyce, C. Kevin y Knoll, Andrew H.",
    title = "Evolución del potencial de desarrollo y los múltiples orígenes independientes de hojas en plantas vasculares del Paleozoico",
    year = "2002",
    journal = "Paleobiología",
    abstract = "Cuatro linajes de plantas vasculares, las helechos, esfenopsidas, progimnospermas y plantas con semillas, evolucionaron hojas laminadas en el Paleozoico. Un análisis de coordenadas principales de 641 especies de hojas de floras de América del Norte y Europa que abarcan desde el Devónico Medio hasta el final del Pérmico muestra que los clados siguieron trayectorias paralelas de evolución: cada clado exhibe una rápida radiación de morfologías de hojas desde formas simples (y similares) en el Devónico Tardío/Carbonífero Temprano hasta formas de hojas diversas y diferenciadas, con una fuerte restricción sobre la diversificación adicional comenzando en el Carbonífero Medio. Trayectorias de espacio morfológico similares han sido documentadas en estudios de evolución morfológica en animales; sin embargo, los fósiles de plantas presentan oportunidades únicas para comprender los procesos de desarrollo que subyacen a tales patrones. Una comparación detallada de la venación en hojas del Paleozoico con la de hojas modernas para las cuales se conocen los mecanismos de desarrollo sugiere interpretaciones de desarrollo para el origen y la evolución temprana de las hojas. La evolución paralela de un meristema marginal mediante la modificación de los mecanismos de desarrollo disponibles en el ancestro común de todos los grupos resultó en el patrón de evolución de hojas repetido por cada clado. Los primeros pasos de la evolución de las hojas fueron seguidos por una restricción sobre la diversificación adicional a medida que se agotaron las posibles elaboraciones del crecimiento marginal. Las hipótesis de desarrollo en hojas del Paleozoico pueden ser probadas mediante el estudio de plantas vivas con morfologías de hojas análogas.",
    url = "https://doi.org/10.1666/0094-8373(2002)028<0070:eodpat>2.0.co;2",
    doi = "10.1666/0094-8373(2002)028<0070:eodpat>2.0.co;2",
    openalex = "W2138585600",
    references = "doi101002j153721971959tb07030x, doi101002j153721971989tb11359x"
}

@article{doi101046j109583392003t01100158x,
    author = "GROUP*, LA FILOGENIA DE LAS ANGIOSPERMAS",
    title = "Una actualización de la clasificación del Grupo de Filogenia de Angiospermas para los órdenes y familias de plantas con flores: APG II",
    year = "2003",
    journal = "Botanical Journal of the Linnean Society",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1095-8339.2003.t01-1-00158.x",
    doi = "10.1046/j.1095-8339.2003.t01-1-00158.x",
    openalex = "W2980373194",
    references = "doi1023072399846"
}

Los datos moleculares han tenido un impacto profundo en el campo de la sistemática vegetal, y la aplicación de datos de secuencias de ADN a problemas filogenéticos se ha vuelto rutinaria. La mayoría de los datos utilizados en estudios de filogenia molecular de plantas provienen del ADN cloroplástico y del rDNA nuclear, mientras que el uso de genes nucleares de baja copia no ha sido ampliamente adoptado. Esto se debe, al menos en parte, a la mayor dificultad de aislar y caracterizar genes nucleares de baja copia en comparación con las secuencias de ADN cloroplástico y rDNA que se amplifican fácilmente con cebadores universales. Sin embargo, el mayor nivel de variación de secuencia característico de los genes nucleares de baja copia a menudo compensa el esfuerzo experimental requerido para obtenerlos. En esta revisión, discutimos brevemente las fortalezas y limitaciones de las secuencias de ADN cloroplástico y rDNA, y luego nos centramos en el uso de secuencias nucleares de baja copia. Las ventajas de las secuencias nucleares de baja copia incluyen una tasa de evolución más alta que la de las secuencias organelares, la posibilidad de acumular conjuntos de datos de múltiples loci no enlazados y la herencia biparental. Los desafíos intrínsecos al uso de secuencias nucleares de baja copia incluyen distinguir loci ortólogos de loci paralogos divergentes en la misma familia génica, tener en cuenta las complicaciones derivadas de la evolución concertada o la recombinación entre secuencias paralogas, y la presencia de polimorfismo intraespecífico, intrapoblacional e intraindividual. Finalmente, proporcionamos un protocolo detallado para el aislamiento, caracterización y uso de secuencias nucleares de baja copia para estudios filogenéticos.

@article{doi101071sb03015,
    author = "Small, Randall L. y Cronn, Richard y Wendel, Jonathan F.",
    title = "Uso de genes nucleares para la reconstrucción de filogenias en plantas",
    year = "2004",
    journal = "Australian Systematic Botany",
    abstract = "Los datos moleculares han tenido un impacto profundo en el campo de la sistemática vegetal, y la aplicación de datos de secuencias de ADN a problemas filogenéticos se ha vuelto rutinaria. La mayoría de los datos utilizados en estudios de filogenia molecular de plantas provienen del ADN cloroplástico y del rDNA nuclear, mientras que el uso de genes nucleares de baja copia no ha sido ampliamente adoptado. Esto se debe, al menos en parte, a la mayor dificultad de aislar y caracterizar genes nucleares de baja copia en comparación con las secuencias de ADN cloroplástico y rDNA que se amplifican fácilmente con cebadores universales. Sin embargo, el mayor nivel de variación de secuencia característico de los genes nucleares de baja copia a menudo compensa el esfuerzo experimental requerido para obtenerlos. En esta revisión, discutimos brevemente las fortalezas y limitaciones de las secuencias de ADN cloroplástico y rDNA, y luego nos centramos en el uso de secuencias nucleares de baja copia. Las ventajas de las secuencias nucleares de baja copia incluyen una tasa de evolución más alta que la de las secuencias organelares, la posibilidad de acumular conjuntos de datos de múltiples loci no enlazados y la herencia biparental. Los desafíos intrínsecos al uso de secuencias nucleares de baja copia incluyen distinguir loci ortólogos de loci paralogos divergentes en la misma familia génica, tener en cuenta las complicaciones derivadas de la evolución concertada o la recombinación entre secuencias paralogas, y la presencia de polimorfismo intraespecífico, intrapoblacional e intraindividual. Finalmente, proporcionamos un protocolo detallado para el aislamiento, caracterización y uso de secuencias nucleares de baja copia para estudios filogenéticos.",
    url = "https://doi.org/10.1071/sb03015",
    doi = "10.1071/sb03015",
    openalex = "W1929440565"
}

En las últimas dos décadas, los datos filogenéticos moleculares han permitido evaluar hipótesis sobre la evolución de las algas verdes basadas en caracteres morfológicos y ultraestructurales vegetativos. Los taxones superiores ahora se reconocen generalmente en función de caracteres ultraestructurales. Los análisis moleculares han empleado principalmente datos de rDNA de subunidad pequeña nuclear (18S) y rbcL de plastidios, así como datos sobre ganancia de intrones, secuenciación completa del genoma y secuencias mitocondriales. Se han producido revisiones basadas en moléculas de la clasificación en casi todos los niveles, desde la disgregación de géneros y familias bien establecidos en múltiples clases, hasta la delimitación de dos linajes principales dentro de las algas verdes. Un linaje, las algas clorofíceas o Chlorophyta sensu stricto, comprende la mayoría de lo que comúnmente se llama algas verdes e incluye la mayoría de los miembros del grado de flagelados escamosos presumiblemente ancestrales en Prasinophyceae, además de miembros de Ulvophyceae, Trebouxiophyceae y Chlorophyceae. El otro linaje (algas carofíceas y plantas terrestres embriófitas) comprende al menos cinco grupos monofiléticos de algas verdes, además de embriófitas. Un análisis multigénico reciente corrobora una estrecha relación entre Mesostigma (anteriormente en Prasinophyceae) y las algas carofíceas, aunque los datos de secuencia del análisis del genoma mitocondrial de Mesostigma sitúan al género como hermano de las algas carofíceas y clorofíceas. Estos estudios también apoyan a Charales como hermano de las plantas terrestres. Se espera que la reorganización de taxones estimulada por los análisis moleculares continúe a medida que se acumulen más datos y se muestreen nuevos taxones y hábitats.

@article{doi103732ajb91101535,
    author = "Lewis, Louise A. and McCourt, Richard M.",
    title = "Green algae and the origin of land plants",
    year = "2004",
    journal = "American Journal of Botany",
    abstract = "En las últimas dos décadas, los datos filogenéticos moleculares han permitido evaluar hipótesis sobre la evolución de las algas verdes basadas en caracteres morfológicos y ultraestructurales vegetativos. Los taxones superiores ahora se reconocen generalmente en función de caracteres ultraestructurales. Los análisis moleculares han empleado principalmente datos de rDNA de subunidad pequeña nuclear (18S) y rbcL de plastidios, así como datos sobre ganancia de intrones, secuenciación completa del genoma y secuencias mitocondriales. Se han producido revisiones basadas en moléculas de la clasificación en casi todos los niveles, desde la disgregación de géneros y familias bien establecidos en múltiples clases, hasta la delimitación de dos linajes principales dentro de las algas verdes. Un linaje, las algas clorofíceas o Chlorophyta sensu stricto, comprende la mayoría de lo que comúnmente se llama algas verdes e incluye la mayoría de los miembros del grado de flagelados escamosos presumiblemente ancestrales en Prasinophyceae, además de miembros de Ulvophyceae, Trebouxiophyceae y Chlorophyceae. El otro linaje (algas carofíceas y plantas terrestres embriófitas) comprende al menos cinco grupos monofiléticos de algas verdes, además de embriófitas. Un análisis multigénico reciente corrobora una estrecha relación entre Mesostigma (anteriormente en Prasinophyceae) y las algas carofíceas, aunque los datos de secuencia del análisis del genoma mitocondrial de Mesostigma sitúan al género como hermano de las algas carofíceas y clorofíceas. Estos estudios también apoyan a Charales como hermano de las plantas terrestres. Se espera que la reorganización de taxones estimulada por los análisis moleculares continúe a medida que se acumulen más datos y se muestreen nuevos taxones y hábitats.",
    url = "https://doi.org/10.3732/ajb.91.10.1535",
    doi = "10.3732/ajb.91.10.1535",
    openalex = "W2121480880",
    references = "doi101007bf01403990"
}

@article{doi101016jcell200602008,
    author = "Chisholm, Stephen T. y Coaker, Gitta y Day, Brad y Staskawicz, Brian J.",
    title = "Interacciones Huésped-Microbio: Moldeando la Evolución de la Respuesta Inmune de las Plantas",
    year = "2006",
    journal = "Cell",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.cell.2006.02.008",
    doi = "10.1016/j.cell.2006.02.008",
    openalex = "W2040210770"
}

Informamos sobre la secuencia de genoma a granel del musgo modelo Physcomitrella patens y comparamos sus características con las de las plantas con flores, de las cuales se separa por más de 400 millones de años, y con las algas acuáticas unicelulares. Esta comparación revela cambios genómicos concomitantes con el movimiento evolutivo hacia la tierra, incluyendo un aumento general en la complejidad de las familias de genes; pérdida de genes asociados con ambientes acuáticos (por ejemplo, brazos flagelares); adquisición de genes para tolerar estrés terrestre (por ejemplo, variación en temperatura y disponibilidad de agua); y el desarrollo de las vías de señalización de auxina y ácido abscísico para coordinar el crecimiento multicelular y la respuesta a la deshidratación. El genoma de Physcomitrella proporciona un recurso para inferencias filogenéticas sobre la función génica y para el análisis experimental de procesos vegetales a través de la única capacidad de esta planta para la genética inversa.

@article{doi101126science1150646,
    author = "Rensing, Stefan A. y Lang, Daniel y Zimmer, Andreas y Terry, Astrid y Salamov, Asaf y Shapiro, Harris y Nishiyama, Tomoaki y Perroud, Pierre‐François y Lindquist, Erika y Kamisugi, Yasuko y Tanahashi, Takako y Sakakibara, Keiko y Fujita, Tomomichi y Oishi, Kazuko y Shin‐I, Tadasu y Kuroki, Yoko y Toyoda, Atsushi y Suzuki, Yutaka y Hashimoto, Shinichi y Yamaguchi, Kazuo y Sugano, Sumio y Kohara, Yuji y Fujiyama, Asao y Anterola, Aldwin M. y Aoki, Setsuyuki y Ashton, Neil W. y Barbazuk, W. Brad y Barker, Elizabeth I. y Bennetzen, Jeffrey L. y Blankenship, Robert E. y Cho, Sung Hyun y Dutcher, Susan K. y Estelle, Mark y Fawcett, Jeffrey A. y Gundlach, Heidrun y Hanada, Kousuke y Heyl, Alexander y Hicks, Karen A. y Hughes, Jon y Lohr, Martin y Mayer, Klaus y Melkozernov, Alexander N. y Murata, Takashi y Nelson, David R. y Pils, Birgit y Prigge, Michael J. y Reiss, Bernd y Renner, Tanya y Rombauts, Stéphane y Rushton, Paul J. y Sanderfoot, Anton A. y Schween, Gabriele y Shiu, Shin‐Han y Stueber, Kurt y Theodoulou, Frederica L. y Tu, Hank y de Peer, Yves Van y Verrier, Paul y Waters, Elizabeth R. y Wood, Andrew J. y Yang, Lixing y Cove, David J. y Cuming, Andrew C. y Hasebe, Mitsuyasu y Lucas, Susan y Mishler, Brent D. y Reski, Ralf y Grigoriev, Igor V. y Quatrano, Ralph S. y Boore, Jeffrey L.",
    title = "El Genoma de Physcomitrella Revela Perspectivas Evolutivas sobre la Conquista de la Tierra por las Plantas",
    year = "2007",
    journal = "Science",
    abstract = "Informamos sobre la secuencia de genoma a granel del musgo modelo Physcomitrella patens y comparamos sus características con las de las plantas con flores, de las cuales se separa por más de 400 millones de años, y con las algas acuáticas unicelulares. Esta comparación revela cambios genómicos concomitantes con el movimiento evolutivo hacia la tierra, incluyendo un aumento general en la complejidad de las familias de genes; pérdida de genes asociados con ambientes acuáticos (por ejemplo, brazos flagelares); adquisición de genes para tolerar estrés terrestre (por ejemplo, variación en temperatura y disponibilidad de agua); y el desarrollo de las vías de señalización de auxina y ácido abscísico para coordinar el crecimiento multicelular y la respuesta a la deshidratación. El genoma de Physcomitrella proporciona un recurso para inferencias filogenéticas sobre la función génica y para el análisis experimental de procesos vegetales a través de la única capacidad de esta planta para la genética inversa.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1150646",
    doi = "10.1126/science.1150646",
    openalex = "W2153488363",
    references = "doi10103837918, doi101126science1128691, doi101126science29054941151"
}

Se proporciona una clasificación revisada y actualizada para las familias de plantas con flores. Muchos estudios recientes han proporcionado evidencia cada vez más detallada sobre las posiciones de familias anteriormente sin clasificar, lo que ha resultado en la adopción de varios nuevos órdenes, incluyendo Amborellales, Berberidopsidales, Bruniales, Buxales, Chloranthales, Escalloniales, Huerteales, Nymphaeales, Paracryphiales, Petrosaviales, Picramniales, Trochodendrales, Vitales y Zygophyllales. Se incluyen aquí varios géneros y familias anteriormente sin clasificar en órdenes, reduciendo considerablemente el número de taxones sin clasificar; estos incluyen Hydatellaceae (Nymphaeales), Haptanthaceae (Buxales), Peridiscaceae (Saxifragales), Huaceae (Oxalidales), Centroplacaceae y Rafflesiaceae (ambas Malpighiales), Aphloiaceae, Geissolomataceae y Strasburgeriaceae (todas Crossosomatales), Picramniaceae (Picramniales), Dipentodontaceae y Gerrardinaceae (ambas Huerteales), Cytinaceae (Malvales), Balanophoraceae (Santalales), Mitrastemonaceae (Ericales) y Boraginaceae (ahora al menos conocida como miembro del clado lamiid). Las familias recién segregadas para géneros anteriormente entendidos como pertenecientes a otras familias reconocidas por APG incluyen Petermanniaceae (Liliales), Calophyllaceae (Malpighiales), Capparaceae y Cleomaceae (ambas Brassicales), Schoepfiaceae (Santalales), Anacampserotaceae, Limeaceae, Lophiocarpaceae, Montiaceae y Talinaceae (todas Caryophyllales) y Linderniaceae y Thomandersiaceae (ambas Lamiales). El uso de familias entre corchetes se abandona debido a su impopularidad, y en la mayoría de los casos se mantienen las circunscripciones más amplias; estas incluyen Amaryllidaceae, Asparagaceace y Xanthorrheaceae (todas Asparagales), Passifloraceae (Malpighiales), Primulaceae (Ericales) y varias otras familias más pequeñas. Artículos separados en este mismo volumen tratan sobre un nuevo orden lineal para APG, nombres subfamiliares que pueden usarse para una comunicación más precisa en Amaryllidaceae s.l., Asparagaceace s.l. y Xanthorrheaceae s.l. (todas Asparagales) y una clasificación supraordinal formal para las plantas con flores.

@article{doi101111j10958339200900996x,
    author = "GROUP, THE ANGIOSPERM PHYLOGENY",
    title = "An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG III",
    year = "2009",
    journal = "Botanical Journal of the Linnean Society",
    abstract = "A revised and updated classification for the families of flowering plants is provided. Many recent studies have yielded increasingly detailed evidence for the positions of formerly unplaced families, resulting in a number of newly adopted orders, including Amborellales, Berberidopsidales, Bruniales, Buxales, Chloranthales, Escalloniales, Huerteales, Nymphaeales, Paracryphiales, Petrosaviales, Picramniales, Trochodendrales, Vitales and Zygophyllales. A number of previously unplaced genera and families are included here in orders, greatly reducing the number of unplaced taxa; these include Hydatellaceae (Nymphaeales), Haptanthaceae (Buxales), Peridiscaceae (Saxifragales), Huaceae (Oxalidales), Centroplacaceae and Rafflesiaceae (both Malpighiales), Aphloiaceae, Geissolomataceae and Strasburgeriaceae (all Crossosomatales), Picramniaceae (Picramniales), Dipentodontaceae and Gerrardinaceae (both Huerteales), Cytinaceae (Malvales), Balanophoraceae (Santalales), Mitrastemonaceae (Ericales) and Boraginaceae (now at least known to be a member of lamiid clade). Newly segregated families for genera previously understood to be in other APG-recognized families include Petermanniaceae (Liliales), Calophyllaceae (Malpighiales), Capparaceae and Cleomaceae (both Brassicales), Schoepfiaceae (Santalales), Anacampserotaceae, Limeaceae, Lophiocarpaceae, Montiaceae and Talinaceae (all Caryophyllales) and Linderniaceae and Thomandersiaceae (both Lamiales). Use of bracketed families is abandoned because of its unpopularity, and in most cases the broader circumscriptions are retained; these include Amaryllidaceae, Asparagaceace and Xanthorrheaceae (all Asparagales), Passifloraceae (Malpighiales), Primulaceae (Ericales) and several other smaller families. Separate papers in this same volume deal with a new linear order for APG, subfamilial names that can be used for more accurate communication in Amaryllidaceae s.l., Asparagaceace s.l. and Xanthorrheaceae s.l. (all Asparagales) and a formal supraordinal classification for the flowering plants.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1095-8339.2009.00996.x",
    doi = "10.1111/j.1095-8339.2009.00996.x",
    openalex = "W4245471709",
    references = "doi101046j109583392003t01100158x, doi101073pnas0708072104, doi101073pnas0709121104, doi101073pnas0813376106, doi101111j175348871981tb06752x, doi1023072484473, doi1023072992015, doi103732ajb0800047, doi103732ajb891132, doi105860choice453190, openalexw2961549061"
}

@article{openalexw3148514506,
    author = "Apg",
    title = "Actualización de la clasificación del Grupo de Filogenia de Angiospermas para los órdenes y familias de plantas con flores: APG III",
    year = "2009",
    journal = "Botanical Journal of the Linnean Society",
    openalex = "W3148514506"
}

@article{doi101038nature09916,
    author = "Jiao, Yuannian y Wickett, Norman J. y Ayyampalayam, Saravanaraj y Chanderbali, André S. y Landherr, Lena y Ralph, Paula E. y Tomsho, Lynn P. y Hu, Yi y Liang, Haiying y Soltis, Pamela S. y Soltis, Pamela S. y Clifton, Sandra W. y Schlarbaum, Scott E. y Schuster, Stephan C. y Mā, Hong y Leebens‐Mack, Jim y dePamphilis, Claude W.",
    title = "Poliploidía ancestral en plantas con semillas y angiospermas",
    year = "2011",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature09916",
    doi = "10.1038/nature09916",
    openalex = "W2001374342",
    references = "doi1010020471250953bi0203s00, doi1010079783642866593, doi10103837918, doi10103875556, doi101038nature06148, doi101073pnas0900906106, doi101093bioinformatics179847, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093bioinformaticsbtp348, doi101093nargkh340, doi101093nargkl315, doi101093sysbio274401, doi101126science1128691, doi101196annals1438005, doi1023072412923"
}

Resumen Las características de las plantas – las características morfológicas, anatómicas, fisiológicas, bioquímicas y fenológicas de las plantas y sus órganos – determinan cómo los productores primarios responden a los factores ambientales, afectan a otros niveles tróficos, influyen en los procesos y servicios de los ecosistemas y proporcionan un vínculo entre la riqueza de especies y la diversidad funcional de los ecosistemas. Los datos de características representan así la materia prima para una amplia gama de investigaciones, desde la biología evolutiva, la ecología comunitaria y funcional hasta la biogeografía. Aquí presentamos la iniciativa de base de datos global denominada TRY, que ha unido a una amplia gama de la comunidad de investigación de características de plantas en todo el mundo y ha obtenido una adhesión sin precedentes a los datos de características: hasta ahora se han aportado 93 bases de datos de características. El repositorio de datos actualmente contiene casi tres millones de entradas de características para 69 000 de las 300 000 especies de plantas del mundo, con un enfoque en 52 grupos de características que caracterizan las etapas vegetativa y de regeneración del ciclo de vida de la planta, incluyendo crecimiento, dispersión, establecimiento y persistencia. Un primer análisis de datos muestra que la mayoría de las características de las plantas están distribuidas aproximadamente de forma log-normal, con rangos de variación muy diferentes entre características. La mayoría de la variación de características es entre especies (interespecífica), pero también se documenta una variación intraspecífica significativa, hasta el 40% de la variación total. Los tipos funcionales de plantas (PFT), como se usan comúnmente en los modelos de vegetación, capturan una fracción sustancial de la variación observada – pero para varias características la mayoría de la variación ocurre dentro de los PFT, hasta el 75% de la variación total. En el contexto de los modelos de vegetación, estas características deberían representarse mejor por variables de estado que por valores fijos de parámetros. Se espera que la mayor disponibilidad de datos de características de plantas en la base de datos global unificada apoye un cambio de paradigma desde la ecología basada en especies hacia la ecología basada en características, ofrezca nuevas oportunidades para la investigación sintética de características de plantas y permita una representación más realista y empíricamente fundamentada de la vegetación terrestre en los modelos de sistemas terrestres.

@article{doi101111j13652486201102451x,
    author = "Kattge, Jens and Dı́az, Soledad y Lavorel, Sandra y Prentice, I. Colin y Leadley, Paul y Bönisch, Gerhard y Garnier, Éric y Westoby, Mark y Reich, Peter B. y Wright, Ian J. y Cornelissen, J. H. C. y Violle, Cyrille y Harrison, Sandy P. y van Bodegom, Peter M. y Reichstein, Markus y Enquist, Brian J. y Soudzilovskaia, Nadejda A. y Ackerly, David D. y Anand, M. y Atkin, Owen K. y Bahn, Michael y Baker, Timothy R. y Baldocchi, Dennis y Bekker, R.M. y Blanco, C. y Blonder, Benjamin y Bond, William J. y Bradstock, Ross A. y Bunker, Dan y Casanoves, Fernando y Cavender‐Bares, Jeannine y Chambers, Jeffrey Q. y Chapin, F. Stuart y Chave, Jérôme y Coomes, David A. y Cornwell, William K. y Craine, Joseph M. y Dobrin, Barbara y Duarte, Leandro y Durka, Walter y Elser, James J. y Esser, G. y Estiarte, Marc y Fagan, William F. y Fang, Jinwei y Fernández‐Méndez, Fernando y Fidélis, Alessandra y Finegan, Bryan y Flores, Olivier y FORD, HENRY y Frank, Dorothea y Freschet, Grégoire T. y Fyllas, Nikolaos M. y Gallagher, Rachael V. y GREEN, W. A. y Gutiérrez, Álvaro G. y Hickler, Thomas y Higgins, Steven I. y Hodgson, J. G. y Jalili, Amir y Jansen, Steven y Joly, Carlos Alfredo y Kerkhoff, Andrew J. y Kirkup, Donald W. y Kitajima, Kaoru y Kleyer, Michael y Klotz, Stefan y Knops, Johannes M. H. y Krämer, K. y Kühn, Ingolf y Kurokawa, H. y Laughlin, Daniel C. y Lee, Tali D. y Leishman, Michelle R. y Lens, Frederic y Lenz, Tanja I. y Lewis, Simon L. y Lloyd, Jon y Llusià, Joan y Louault, Frédérique y Ma, Sai y Mahecha, Miguel D. y Manning, Peter y Massad, Tara Joy y Medlyn, Belinda E. y Messier, J. y Moles, Angela T. y Müller, Sandra Cristina y Nadrowski, Karin y NAEEM, S. y Niinemets, Ülo y Nöllert, Stephanie y Nuske, Alison y Ogaya, Romà y Oleksyn, Jacek y Onipchenko, V. G. y Onoda, Yusuke y Ordóñez, Jenny y Overbeck, Gerhard E. y Ozinga, W.A.",
    title = "TRY – una base de datos global de rasgos de las plantas",
    year = "2011",
    journal = "Global Change Biology",
    abstract = "Resumen Los rasgos de las plantas – las características morfológicas, anatómicas, fisiológicas, bioquímicas y fenológicas de las plantas y sus órganos – determinan cómo los productores primarios responden a los factores ambientales, afectan a otros niveles tróficos, influyen en los procesos y servicios de los ecosistemas y proporcionan un vínculo entre la riqueza de especies y la diversidad funcional de los ecosistemas. Los datos de rasgos representan por tanto la materia prima para una amplia gama de investigaciones, desde la biología evolutiva, la ecología comunitaria y funcional hasta la biogeografía. Aquí presentamos la iniciativa de base de datos global denominada TRY, que ha unido una amplia gama de la comunidad de investigación de rasgos de las plantas en todo el mundo y ha obtenido una adhesión sin precedentes a los datos de rasgos: hasta la fecha se han aportado 93 bases de datos de rasgos. El repositorio de datos contiene actualmente casi tres millones de entradas de rasgos para 69 000 de las 300 000 especies de plantas del mundo, con un enfoque en 52 grupos de rasgos que caracterizan las etapas vegetativa y de regeneración del ciclo de vida de la planta, incluyendo el crecimiento, la dispersión, el establecimiento y la persistencia. Un primer análisis de los datos muestra que la mayoría de los rasgos de las plantas se distribuyen aproximadamente de forma log‐normal, con rangos de variación muy diferentes entre rasgos. La mayoría de la variación de rasgos es entre especies (interespecífica), pero también se documenta una variación intraspecífica significativa, hasta el 40% de la variación total. Los tipos funcionales de plantas (PFT), como se utilizan comúnmente en los modelos de vegetación, capturan una fracción sustancial de la variación observada – pero para varios rasgos la mayoría de la variación ocurre dentro de los PFT, hasta el 75% de la variación total. En el contexto de los modelos de vegetación, estos rasgos deberían representarse mejor mediante variables de estado que mediante valores fijos de parámetros. Se espera que la mayor disponibilidad de datos de rasgos de las plantas en la base de datos global unificada apoye un cambio de paradigma de la ecología basada en especies a la ecología basada en rasgos, ofrezca nuevas oportunidades para la investigación sintética de rasgos de las plantas y permita una representación más realista y empíricamente fundamentada de la vegetación terrestre en los modelos de sistemas terrestres.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1365-2486.2011.02451.x",
    doi = "10.1111/j.1365-2486.2011.02451.x",
    openalex = "W2162584119",
    references = "doi101007bf00386231, doi1010160165176580900245, doi101016jtree200602002, doi101023a1004327224729, doi101038nature02403, doi101046j13652435200200664x, doi101046j13652486200300569x, doi101071bt02124, doi101086283244, doi101111j00301299200715559x, doi101111j14610248200600924x, doi101111j14610248200801219x, doi101146annurevecolsys33010802150452, doi1011552009421425"
}

Reconstruir el origen y la evolución de las plantas terrestres y sus parientes algales es un problema fundamental en la filogenia de las plantas, y es esencial para comprender cómo surgieron adaptaciones críticas, incluido el embrión, el tejido vascular, las semillas y las flores. A pesar de los avances en la sistemática molecular, algunas hipótesis de relaciones permanecen poco resueltas. Inferir filogenias profundas con episodios de rápida diversificación puede ser problemático; sin embargo, los datos a escala genómica deberían aumentar significativamente el número de caracteres informativos para los análisis. Las reconstrucciones filogenómicas recientes centradas en las divergencias principales de las plantas han dado lugar a resultados prometedores pero inconsistentes. Una limitación es la escasa muestra de taxones, probablemente resultante de la dificultad y el costo de la generación de datos. Para abordar esta limitación, se generaron y analizaron datos de transcriptoma para 92 taxones de estreptófitos junto con 11 secuencias de genomas de plantas publicadas. Las reconstrucciones filogenéticas se realizaron utilizando hasta 852 genes nucleares y 1.701.170 sitios alineados. Se realizaron 69 análisis para probar la robustez de las inferencias filogenéticas ante permutaciones de la matriz de datos o ante el método filogenético, incluidos los enfoques de supermatriz, supárbol y basados en coalescencia, métodos de máxima verosimilitud y bayesianos, análisis particionados y no particionados, y alineamientos de aminoácidos versus ADN. Entre otros resultados, encontramos un apoyo robusto para una relación de grupo hermano entre las plantas terrestres y un grupo de algas verdes estreptófitas, las Zygnematophyceae. El fuerte y robusto apoyo para un clado que comprende hepáticas y musgos es inconsistente con una visión ampliamente aceptada de la evolución temprana de las plantas terrestres, y sugiere que las hipótesis filogenéticas utilizadas para comprender la evolución de los rasgos fundamentales de las plantas deben ser reevaluadas.

@article{doi101073pnas1323926111,
    author = "Wickett, Norman J. y Mirarab, Siavash y Nguyen, Nam y Warnow, Tandy y Carpenter, Eric y Matasci, Naim y Ayyampalayam, Saravanaraj y Barker, Michael S. y Burleigh, J. Gordon y Gitzendanner, Matthew A. y Ruhfel, Brad R. y Wafula, Eric y Der, Joshua P. y Graham, Sean W. y Mathews, Sarah y Melkonian, Michael y Soltis, Pamela S. y Soltis, Pamela S. y Miles, Nicholas W. y Rothfels, Carl J. y Pokorny, Lisa y Shaw, A. Jonathan y DeGironimo, Lisa y Stevenson, Dennis y Surek, Barbara y Villarreal, Juan Carlos y Roure, Béatrice y Philippe, Hervé y dePamphilis, Claude W. y Chen, Tao y Deyholos, Michael K. y Baucom, Regina S. y Kutchan, Toni M. y Augustin, Megan M. y Wang, Jun y Zhang, Yong y Tian, Zhijian y Yan, Zhixiang y Wu, Xiaolei y Sun, Xiao y Wong, Gane Ka‐Shu y Leebens-Mack, James",
    title = "Análisis filotranscriptómico del origen y la temprana diversificación de las plantas terrestres",
    year = "2014",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Reconstruir el origen y la evolución de las plantas terrestres y sus parientes algales es un problema fundamental en la filogenia de las plantas, y es esencial para comprender cómo surgieron adaptaciones críticas, incluido el embrión, el tejido vascular, las semillas y las flores. A pesar de los avances en la sistemática molecular, algunas hipótesis de relaciones permanecen poco resueltas. Inferir filogenias profundas con episodios de rápida diversificación puede ser problemático; sin embargo, los datos a escala genómica deberían aumentar significativamente el número de caracteres informativos para los análisis. Las reconstrucciones filogenómicas recientes centradas en las divergencias principales de las plantas han dado lugar a resultados prometedores pero inconsistentes. Una limitación es la escasa muestra de taxones, probablemente resultante de la dificultad y el costo de la generación de datos. Para abordar esta limitación, se generaron y analizaron datos de transcriptoma para 92 taxones de estreptófitos junto con 11 secuencias de genomas de plantas publicadas. Las reconstrucciones filogenéticas se realizaron utilizando hasta 852 genes nucleares y 1.701.170 sitios alineados. Se realizaron 69 análisis para probar la robustez de las inferencias filogenéticas ante permutaciones de la matriz de datos o ante el método filogenético, incluidos los enfoques de supermatriz, supárbol y basados en coalescencia, métodos de máxima verosimilitud y bayesianos, análisis particionados y no particionados, y alineamientos de aminoácidos versus ADN. Entre otros resultados, encontramos un apoyo robusto para una relación de grupo hermano entre las plantas terrestres y un grupo de algas verdes estreptófitas, las Zygnematophyceae. El fuerte y robusto apoyo para un clado que comprende hepáticas y musgos es inconsistente con una visión ampliamente aceptada de la evolución temprana de las plantas terrestres, y sugiere que las hipótesis filogenéticas utilizadas para comprender la evolución de los rasgos fundamentales de las plantas deben ser reevaluadas.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1323926111",
    doi = "10.1073/pnas.1323926111",
    openalex = "W2013277649",
    references = "doi101016jtree200901009, doi101016s0022283605803602, doi10103837918, doi101046j109583392003t01100158x, doi101093bioinformatics83275, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093sysbio463523, doi101093sysbiosyt022, doi101111boj12385, doi101111j10958339200900996x, doi101111j10960031200800217x, doi1011861471214811104, doi101371journalpcbi1002195, doi1023072346830, openalexw3148514506"
}

Resumen El espectro de la economía de las hojas (LES) proporciona un marco útil para examinar las estrategias de las especies moldeadas por su historia evolutiva. Sin embargo, ese espectro, tal como se describió originalmente, involucraba solo dos recursos clave (carbono y nutrientes) y uno de tres órganos vegetales económicamente importantes. En este trabajo, evalúo si la idea del espectro económico puede ampliarse de manera general al agua –el tercer recurso clave–, tallos, raíces y plantas enteras, y a escalas individuales, de comunidad y de ecosistema. Mi hipótesis general es que la fuerte selección a lo largo de los ejes de compensación de rasgos, junto con las restricciones biofísicas, resulta en la convergencia para cualquier taxón en una estrategia uniformemente rápida, media o lenta (es decir, tasas de adquisición y procesamiento de recursos) para todos los órganos y todos los recursos. Existe evidencia de espectros de rasgos económicos para tallos y raíces, así como para hojas, y para rasgos relacionados con el agua, así como con el carbono y los nutrientes. Estos se aplican generalmente dentro y entre escalas (dentro y entre comunidades, zonas climáticas, biomas y linajes). Existen vínculos entre órganos y acoplamiento entre recursos, dando lugar a un espectro de economía de planta entera integrado. Las especies capaces de mover agua rápidamente tienen baja densidad de tejido, corta vida útil del tejido y altas tasas de adquisición y flujo de recursos a escala de órgano e individual. Lo contrario es cierto para las especies con la estrategia lenta. Diferentes rasgos pueden ser importantes en diferentes condiciones, pero dado que ser rápido en un aspecto generalmente requiere ser rápido en otros, ser rápido o lento es una característica general de las especies. Los rasgos económicos influyen en el rendimiento y la aptitud de manera consistente con la teoría basada en rasgos sobre los mecanismos adaptativos subyacentes. Los rasgos ayudan a explicar las diferencias en crecimiento y supervivencia a lo largo de gradientes de recursos y, por lo tanto, ayudan a explicar la distribución de las especies y el ensamblaje de comunidades a lo largo de gradientes de luz, agua y nutrientes. Los rasgos se escalan hacia arriba: los rasgos rápidos se asocian con tasas más rápidas de procesos ecosistémicos como la descomposición o la productividad primaria, y los rasgos lentos con tasas de proceso lentas. Síntesis. Los rasgos importan. Un único espectro de economía de plantas 'rápido–lento' que integra hojas, tallos y raíces es una característica clave del universo vegetal y ayuda a explicar las estrategias ecológicas individuales, los procesos de ensamblaje de comunidades y el funcionamiento de los ecosistemas.

@article{doi1011111365274512211,
    author = "Reich, Peter B.",
    title = "The world‐wide 'fast–slow' plant economics spectrum: a traits manifesto",
    year = "2014",
    journal = "Journal of Ecology",
    abstract = "Resumen El espectro de la economía de las hojas (LES) proporciona un marco útil para examinar las estrategias de las especies moldeadas por su historia evolutiva. Sin embargo, ese espectro, tal como se describió originalmente, involucraba solo dos recursos clave (carbono y nutrientes) y uno de tres órganos vegetales económicamente importantes. En este trabajo, evalúo si la idea del espectro económico puede ampliarse de manera general al agua –el tercer recurso clave–, tallos, raíces y plantas enteras, y a escalas individuales, de comunidad y de ecosistema. Mi hipótesis general es que la fuerte selección a lo largo de los ejes de compensación de rasgos, junto con las restricciones biofísicas, resulta en la convergencia para cualquier taxón en una estrategia uniformemente rápida, media o lenta (es decir, tasas de adquisición y procesamiento de recursos) para todos los órganos y todos los recursos. Existe evidencia de espectros de rasgos económicos para tallos y raíces, así como para hojas, y para rasgos relacionados con el agua, así como con el carbono y los nutrientes. Estos se aplican generalmente dentro y entre escalas (dentro y entre comunidades, zonas climáticas, biomas y linajes). Existen vínculos entre órganos y acoplamiento entre recursos, dando lugar a un espectro de economía de planta entera integrado. Las especies capaces de mover agua rápidamente tienen baja densidad de tejido, corta vida útil del tejido y altas tasas de adquisición y flujo de recursos a escala de órgano e individual. Lo contrario es cierto para las especies con la estrategia lenta. Diferentes rasgos pueden ser importantes en diferentes condiciones, pero dado que ser rápido en un aspecto generalmente requiere ser rápido en otros, ser rápido o lento es una característica general de las especies. Los rasgos económicos influyen en el rendimiento y la aptitud de manera consistente con la teoría basada en rasgos sobre los mecanismos adaptativos subyacentes. Los rasgos ayudan a explicar las diferencias en crecimiento y supervivencia a lo largo de gradientes de recursos y, por lo tanto, ayudan a explicar la distribución de las especies y el ensamblaje de comunidades a lo largo de gradientes de luz, agua y nutrientes. Los rasgos se escalan hacia arriba: los rasgos rápidos se asocian con tasas más rápidas de procesos ecosistémicos como la descomposición o la productividad primaria, y los rasgos lentos con tasas de proceso lentas. Síntesis. Los rasgos importan. Un único espectro de economía de plantas 'rápido–lento' que integra hojas, tallos y raíces es una característica clave del universo vegetal y ayuda a explicar las estrategias ecológicas individuales, los procesos de ensamblaje de comunidades y el funcionamiento de los ecosistemas.",
    url = "https://doi.org/10.1111/1365-2745.12211",
    doi = "10.1111/1365-2745.12211",
    openalex = "W2127928904",
    references = "doi101023a1004327224729, doi101038nature02403, doi101046j13652435200200664x, doi101046j13652745199800306x, doi101086283244, doi101098rspb20081919, doi101104pp107101352, doi101111j00301299200715559x, doi101111j109583121989tb00492x, doi101111j13652486201102451x, doi101111j14610248200801219x, doi101111j14610248200901285x, doi101111j14610248200901314x, doi101111j14610248200901410x, doi101146annureves11110180001313, doi1018900012965819970781958cafasa20co2, doi1023072259756, doi1023074549, doi1034172009143, openalexw1564371012, openalexw2097450069, openalexw2169917233"
}

Reconstruir las relaciones filogenéticas que unen a todas las líneas (el árbol de la vida) es un gran desafío. La escasez de datos de caracteres homólogos a través de líneas evolutivamente dispares actualmente hace que la inferencia filogenética directa sea inviable. Para reconstruir un árbol de la vida integral, sintetizamos por lo tanto filogenias publicadas, junto con clasificaciones taxonómicas para taxones nunca incorporados en una filogenia. Presentamos un árbol preliminar que contiene 2,3 millones de puntas: el Open Tree of Life. La realización de este árbol requirió el ensamblaje de dos recursos comunitarios adicionales: (i) una taxonomía de referencia global integral y (ii) una base de datos de árboles filogenéticos publicados mapeados a esta taxonomía. Nuestro marco de código abierto facilita el comentario y la contribución comunitarios, permitiendo que el árbol se actualice continuamente cuando nuevos datos filogenéticos y taxonómicos estén disponibles digitalmente. Aunque la cobertura de datos y el conflicto filogenético a través del Open Tree of Life iluminan las lagunas tanto en los datos subyacentes disponibles para la reconstrucción filogenética como en la publicación de árboles como objetos digitales, el árbol proporciona un punto de partida convincente para la contribución comunitaria. Este árbol integral impulsará la investigación fundamental sobre la naturaleza de la diversidad biológica, proporcionando finalmente filogenias actualizadas para aplicaciones posteriores en biología comparada, ecología, biología de la conservación, cambio climático, agricultura y genómica.

@article{doi101073pnas1423041112,
    author = "Hinchliff, Cody E. y Smith, Stephen A. y Allman, James F. y Burleigh, J. Gordon y Chaudhary, Ruchi y Coghill, Lyndon M. y Crandall, Keith A. y Deng, Jiabin y Drew, Bryan T. y Gazis, Romina y Gude, Karl y Hibbett, David S. y Katz, Laura A. y Laughinghouse, Haywood Dail y McTavish, Emily Jane y Midford, Peter y Owen, Christopher L. y Ree, Richard H. y Rees, Jonathan y Soltis, Pamela S. y Williams, Tiffani L. y Cranston, Karen",
    title = "Síntesis de filogenia y taxonomía en un árbol de la vida integral",
    year = "2015",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Reconstruir las relaciones filogenéticas que unen a todas las líneas (el árbol de la vida) es un gran desafío. La escasez de datos de caracteres homólogos a través de líneas evolutivamente dispares actualmente hace que la inferencia filogenética directa sea inviable. Para reconstruir un árbol de la vida integral, sintetizamos por lo tanto filogenias publicadas, junto con clasificaciones taxonómicas para taxones nunca incorporados en una filogenia. Presentamos un árbol preliminar que contiene 2,3 millones de puntas: el Open Tree of Life. La realización de este árbol requirió el ensamblaje de dos recursos comunitarios adicionales: (i) una taxonomía de referencia global integral y (ii) una base de datos de árboles filogenéticos publicados mapeados a esta taxonomía. Nuestro marco de código abierto facilita el comentario y la contribución comunitarios, permitiendo que el árbol se actualice continuamente cuando nuevos datos filogenéticos y taxonómicos estén disponibles digitalmente. Aunque la cobertura de datos y el conflicto filogenético a través del Open Tree of Life iluminan las lagunas tanto en los datos subyacentes disponibles para la reconstrucción filogenética como en la publicación de árboles como objetos digitales, el árbol proporciona un punto de partida convincente para la contribución comunitaria. Este árbol integral impulsará la investigación fundamental sobre la naturaleza de la diversidad biológica, proporcionando finalmente filogenias actualizadas para aplicaciones posteriores en biología comparada, ecología, biología de la conservación, cambio climático, agricultura y genómica.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1423041112",
    doi = "10.1073/pnas.1423041112",
    openalex = "W2951002538",
    references = "doi101073pnas1110633108, doi105962bhltitle46292, doi105962bhltitle68064"
}

Todas las plantas están habitadas internamente por diversas comunidades microbianas que comprenden taxones bacterianos, arqueales, fúngicos y protistas. Estos microorganismos que muestran estilos de vida endofíticos desempeñan roles cruciales en el desarrollo, crecimiento, aptitud y diversificación de las plantas. El creciente conocimiento e información sobre los endófitos proporciona información sobre la complejidad del microbioma de las plantas. La naturaleza de las interacciones planta-endófito varía desde el mutualismo hasta la patogenicidad. Esto depende de un conjunto de factores abióticos y bióticos, incluidos los genotipos de plantas y microbios, las condiciones ambientales y la red dinámica de interacciones dentro del bioma de la planta. En esta revisión, abordamos el concepto de endofitismo, considerando los últimos conocimientos sobre evolución, funcionamiento de los ecosistemas de plantas e interacciones multipartitas.

@article{doi101128mmbr0005014,
    author = "Hardoim, Pablo R. and van Overbeek, Leonard S. and Berg, Gabriele and Pirttilä, Anna Maria and Compant, Stéphane and Campisano, Andrea and Döring, Matthias and Sessitsch, Angela",
    title = "The Hidden World within Plants: Ecological and Evolutionary Considerations for Defining Functioning of Microbial Endophytes",
    year = "2015",
    journal = "Microbiology and Molecular Biology Reviews",
    abstract = "All plants are inhabited internally by diverse microbial communities comprising bacterial, archaeal, fungal, and protistic taxa. These microorganisms showing endophytic lifestyles play crucial roles in plant development, growth, fitness, and diversification. The increasing awareness of and information on endophytes provide insight into the complexity of the plant microbiome. The nature of plant-endophyte interactions ranges from mutualism to pathogenicity. This depends on a set of abiotic and biotic factors, including the genotypes of plants and microbes, environmental conditions, and the dynamic network of interactions within the plant biome. In this review, we address the concept of endophytism, considering the latest insights into evolution, plant ecosystem functioning, and multipartite interactions.",
    url = "https://doi.org/10.1128/mmbr.00050-14",
    doi = "10.1128/mmbr.00050-14",
    openalex = "W2172598864",
    references = "doi101016b9780123705266x50016, doi101016jtplants201204001, doi101038nrmicro3109, doi101146annurevarplant050312120106, doi101146annurevcellbio21012704131001, openalexw1486903121"
}

© 2016 The Linnean Society of London. Se presenta una actualización de la clasificación del Grupo de Filogenia de Angiospermas (APG) de los órdenes y familias de angiospermas. Se reconocen varios nuevos órdenes: Boraginales, Dilleniales, Icacinales, Metteniusiales y Vahliales. Esto eleva el número total de órdenes y familias reconocidas en el sistema APG a 64 y 416, respectivamente. Proponemos dos clados mayores informales adicionales, superrosids y superasterids, que cada uno comprende los órdenes adicionales incluidos en los clados mayores dominados por los rosids y asterids. Las familias que formaban potencialmente órdenes monofamiliales, Dasypogonaceae y Sabiaceae, se refieren ahora a Arecales y Proteales, respectivamente. Dos familias parásitas que anteriormente tenían posiciones inciertas ahora se colocan: Cynomoriaceae en Saxifragales y Apodanthaceae en Cucurbitales. Aunque existe evidencia de que algunas familias reconocidas en APG III no son monofiléticas, no realizamos cambios en Dioscoreales y Santalales en relación con APG III y dejamos algunos géneros en Lamiales sin colocar (por ejemplo, Peltanthera). Estos cambios en la circunscripción y reconocimiento de familias han resultado todos de nuevos resultados publicados desde APG III, excepto por algunos cambios simplemente debido a cuestiones nomenclatoriales, que incluyen sustituir Asphodelaceae por Xanthorrhoeaceae (Asparagales) y Francoaceae por Melianthaceae (Geraniales); sin embargo, en Francoaceae también incluimos Bersamaceae, Ledocarpaceae, Rhynchothecaceae y Vivianiaceae. Otros cambios a los límites de familia no son drásticos ni numerosos y se centran principalmente en algunos miembros de los lamiids, especialmente la antigua Icacinaceae que ha sido problemática durante mucho tiempo con varios géneros trasladados a la anteriormente monogénerica Metteniusaceae, pero los cambios menores en la circunscripción incluyen Aristolochiaceae (ahora incluyendo Lactoridaceae y Hydnoraceae; Aristolochiales), Maundiaceae (eliminada de Juncaginaceae; Alismatales), Restionaceae (ahora re-incluyendo Anarthriaceae y Centrolepidaceae; Poales), Buxaceae (ahora incluyendo Haptanthaceae; Buxales), Peraceae (dividida de Euphorbiaceae; Malpighiales), reconocimiento de Petenaeaceae (Huerteales), Kewaceae, Limeaceae, Macarthuriaceae y Microteaceae (todos Caryophyllales), Petiveriaceae dividida de Phytolaccaceae (Caryophyllales), cambios en la composición genérica de Ixonanthaceae e Irvingiaceae (con transferencia de Allantospermum de la primera a la segunda; Malpighiales), transferencia de Pakaraimaea (anteriormente Dipterocarpaceae) a Cistaceae (Malvales), transferencia de Borthwickia, Forchhammeria, Stixis y Tirania (anteriormente todas Capparaceae) a Resedaceae (Brassicales), Nyssaceae dividida de Cornaceae (Cornales), Pteleocarpa trasladada a Gelsemiaceae (Gentianales), cambios en la composición genérica de Gesneriaceae (Sanango trasladado de Loganiaceae) y Orobanchaceae (ahora incluyendo Lindenbergiaceae y Rehmanniaceae) y reconocimiento de Mazaceae distinta de Phrymaceae (todos Lamiales).

@article{doi101111boj12385,
    author = "Group, The Angiosperm Phylogeny",
    title = "Una actualización de la clasificación del Grupo de Filogenia de Angiospermas para los órdenes y familias de plantas con flores: APG IV",
    year = "2016",
    journal = "Botanical Journal of the Linnean Society",
    abstract = "© 2016 The Linnean Society of London. Se presenta una actualización de la clasificación del Grupo de Filogenia de Angiospermas (APG) de los órdenes y familias de angiospermas. Se reconocen varios nuevos órdenes: Boraginales, Dilleniales, Icacinales, Metteniusiales y Vahliales. Esto lleva el número total de órdenes y familias reconocidas en el sistema APG a 64 y 416, respectivamente. Proponemos dos clados mayores informales adicionales, superrosids y superasterids, que cada uno comprende los órdenes adicionales incluidos en los clados mayores dominados por los rosids y asterids. Las familias que formaban potencialmente órdenes monofamiliales, Dasypogonaceae y Sabiaceae, se refieren ahora a Arecales y Proteales, respectivamente. Dos familias parásitas que anteriormente tenían posiciones inciertas ahora se colocan: Cynomoriaceae en Saxifragales y Apodanthaceae en Cucurbitales. Aunque hay evidencia de que algunas familias reconocidas en APG III no son monofiléticas, no realizamos cambios en Dioscoreales y Santalales en relación con APG III y dejamos algunos géneros en Lamiales sin colocar (por ejemplo, Peltanthera). Estos cambios en la circunscripción y reconocimiento de familias han resultado todos de nuevos resultados publicados desde APG III, excepto por algunos cambios simplemente debido a cuestiones nomenclaturales, que incluyen sustituir Asphodelaceae por Xanthorrhoeaceae (Asparagales) y Francoaceae por Melianthaceae (Geraniales); sin embargo, en Francoaceae también incluimos Bersamaceae, Ledocarpaceae, Rhynchothecaceae y Vivianiaceae. Otros cambios a los límites de familia no son drásticos ni numerosos y se centran principalmente en algunos miembros de los lamiids, especialmente la antigua Icacinaceae que ha sido problemática durante mucho tiempo con varios géneros trasladados a la antiguamente monogénerica Metteniusaceae, pero los cambios menores en la circunscripción incluyen Aristolochiaceae (ahora incluyendo Lactoridaceae y Hydnoraceae; Aristolochiales), Maundiaceae (eliminada de Juncaginaceae; Alismatales), Restionaceae (ahora re-incluyendo Anarthriaceae y Centrolepidaceae; Poales), Buxaceae (ahora incluyendo Haptanthaceae; Buxales), Peraceae (dividida de Euphorbiaceae; Malpighiales), reconocimiento de Petenaeaceae (Huerteales), Kewaceae, Limeaceae, Macarthuriaceae y Microteaceae (todos Caryophyllales), Petiveriaceae dividida de Phytolaccaceae (Caryophyllales), cambios en la composición genérica de Ixonanthaceae e Irvingiaceae (con transferencia de Allantospermum de la primera a la segunda; Malpighiales), transferencia de Pakaraimaea (antiguamente Dipterocarpaceae) a Cistaceae (Malvales), transferencia de Borthwickia, Forchhammeria, Stixis y Tirania (antiguamente todas Capparaceae) a Resedaceae (Brassicales), Nyssaceae dividida de Cornaceae (Cornales), Pteleocarpa trasladada a Gelsemiaceae (Gentianales), cambios en la composición genérica de Gesneriaceae (Sanango trasladado desde Loganiaceae) y Orobanchaceae (ahora incluyendo Lindenbergiaceae y Rehmanniaceae) y reconocimiento de Mazaceae distinta de Phrymaceae (todos Lamiales).",
    url = "https://doi.org/10.1111/boj.12385",
    doi = "10.1111/boj.12385",
    openalex = "W2166152751",
    references = "doi1010079783642143977, doi101046j109583392003t01100158x, doi101073pnas1323926111, doi101111j10958339200900996x, doi101111j109600311996tb00196x, doi101111j155856461985tb00420x, doi1023071222465, doi1023072399846, doi10230725065646, doi103732ajb0800047, openalexw3148514506, openalexw70084438"
}

Resumen La filogenia ha informado durante mucho tiempo la clasificación de pteridofitas. A medida que ha mejorado nuestra capacidad para inferir árboles evolutivos, las clasificaciones destinadas a reconocer grupos naturales se han vuelto cada vez más predictivas y estables. Aquí, proporcionamos una clasificación moderna y completa para licofitas y helechos, hasta el nivel de género, utilizando un enfoque basado en la comunidad. Utilizamos la monofilia como criterio principal para el reconocimiento de taxones, pero también buscamos preservar taxones y circunscripciones existentes que sean ampliamente aceptados y coherentes con nuestra comprensión de la filogenia de las pteridofitas. En total, esta clasificación trata un estimado de 11 916 especies en 337 géneros, 51 familias, 14 órdenes y dos clases. Esta clasificación no está destinada a ser la última palabra sobre la taxonomía de licofitas y helechos, sino más bien una declaración resumida de las hipótesis actuales, derivadas de los mejores datos disponibles y moldeadas por aquellos más familiarizados con las plantas en cuestión. Esperamos que sirva como recurso para aquellos que buscan referencias a la literatura reciente sobre la filogenia y clasificación de pteridofitas, un marco para guiar investigaciones futuras y un estímulo para un discurso adicional.

@article{doi101111jse12229,
    author = "I, PPG",
    title = "Una clasificación derivada de la comunidad para licofitas y helechos existentes",
    year = "2016",
    journal = "Journal of Systematics and Evolution",
    abstract = "Resumen La filogenia ha informado durante mucho tiempo la clasificación de pteridofitas. A medida que ha mejorado nuestra capacidad para inferir árboles evolutivos, las clasificaciones destinadas a reconocer grupos naturales se han vuelto cada vez más predictivas y estables. Aquí, proporcionamos una clasificación moderna y completa para licofitas y helechos, hasta el nivel de género, utilizando un enfoque basado en la comunidad. Utilizamos la monofilia como criterio principal para el reconocimiento de taxones, pero también buscamos preservar taxones y circunscripciones existentes que sean ampliamente aceptados y coherentes con nuestra comprensión de la filogenia de las pteridofitas. En total, esta clasificación trata un estimado de 11 916 especies en 337 géneros, 51 familias, 14 órdenes y dos clases. Esta clasificación no está destinada a ser la última palabra sobre la taxonomía de licofitas y helechos, sino más bien una declaración resumida de las hipótesis actuales, derivadas de los mejores datos disponibles y moldeadas por aquellos más familiarizados con las plantas en cuestión. Esperamos que sirva como recurso para aquellos que buscan referencias a la literatura reciente sobre la filogenia y clasificación de pteridofitas, un marco para guiar investigaciones futuras y un estímulo para un discurso adicional.",
    url = "https://doi.org/10.1111/jse.12229",
    doi = "10.1111/jse.12229",
    openalex = "W2552168024",
    references = "doi101073pnas1323926111, doi101111boj12385, doi101111j10958339200900996x"
}

@article{doi101016jcell201709030,
    author = "Bowman, John L. y Kohchi, Takayuki y Yamato, Katsuyuki T. y Jenkins, Jerry y Shu, Shengqiang y Ishizaki, Kimitsune y Yamaoka, Shohei y Nishihama, Ryuichi y Nakamura, Yasukazu y Berger, Frédéric y Adam, Catherine y Aki, Shiori S. y Althoff, Felix y Araki, Takashi y Arteaga‐Vázquez, Mario A. y Balasubrmanian, Sureshkumar y Barry, Kerrie y Bauer, Diane y Boehm, Christian R. y Briginshaw, Liam N. y Caballero-Pérez, Juan y Catarino, Bruno y Chen, Feng y Chiyoda, Shota y Chovatia, Mansi y Davies, Kevin M. y Delmans, Mihails y Demura, Taku y Dierschke, Tom y Dolan, Liam y Dorantes-Acosta, Ana E. y Eklund, D. Magnus y Florent, Stevie N. y Flores‐Sandoval, Eduardo y Fujiyama, Asao y Fukuzawa, Hideya y Galik, Bence y Grimanelli, Daniel y Grimwood, Jane y Grossniklaus, Ueli y Hamada, Takahiro y Haseloff, Jim y Hetherington, Alexander J. y Higo, Asuka y Hirakawa, Yuki y Hundley, Hope N. y Ikeda, Yoko y Inoue, Keisuke y Inoue, Shin‐ichiro y Ishida, Sakiko y Jia, Qidong y Kakita, Mitsuru y Kanazawa, Takehiko y Kawai, Yosuke y Kawashima, Tomokazu y Kennedy, Megan y Kinose, Keita y Kinoshita, Toshinori y Kohara, Yuji y Koide, Eri y Komatsu, Kenji y Kopischke, Sarah y Kubo, Minoru y Kyozuka, Junko y Lagercrantz, Ulf y Lin, Shih‐Shun y Lindquist, Erika y Lipzen, Anna y Lu, Chia-Wei y Luna, Efraín De y Martienssen, Robert A. y Minamino, Naoki y Mizutani, Masaharu y Mizutani, Miya y Mochizuki, Nobuyoshi y Monte, Isabel y Mosher, Rebecca A. y Nagasaki, Hideki y Nakagami, Hirofumi y Naramoto, Satoshi y Nishitani, Kazuhiko y Ohtani, Misato y Okamoto, Takashi y Okumura, Masaki y Phillips, Jeremy y Pollak, Bernardo y Reinders, Anke y Rövekamp, Moritz y Sano, Ryosuke y Sawa, Shinichiro y Schmid, Marc W. y Shirakawa, Makoto y Solano, Roberto y Spunde, Alex y Suetsugu, Noriyuki y Sugano, Sumio y Sugiyama, Akifumi y Sun, Rui y Suzuki, Yutaka y Takenaka, Mizuki",
    title = "Insights into Land Plant Evolution Garnered from the Marchantia polymorpha Genome",
    year = "2017",
    journal = "Cell",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.cell.2017.09.030",
    doi = "10.1016/j.cell.2017.09.030",
    openalex = "W2763628303",
    references = "doi101038nrg201726, doi101073pnas1323926111, doi101111nph12643"
}

Este estudio demuestra un método para combinar los recursos disponibles para construir una filogenia datada de plantas. Sin embargo, este enfoque es un paso inicial y se necesitan más desarrollos para añadir datos, incorporando mejor la incertidumbre subyacente y mejorar la resolución. Los métodos discutidos aquí también pueden aplicarse a otros clados principales en el árbol de la vida.

@article{doi101002ajb21019,
    author = "Smith, Stephen A. y Brown, Joseph W.",
    title = "Construyendo una filogenia de plantas con semillas ampliamente inclusiva",
    year = "2018",
    journal = "American Journal of Botany",
    abstract = "Este estudio demuestra un método para combinar los recursos disponibles para construir una filogenia datada de plantas. Sin embargo, este enfoque es un paso inicial y se necesitan más desarrollos para añadir datos, incorporando mejor la incertidumbre subyacente y mejorar la resolución. Los métodos discutidos aquí también pueden aplicarse a otros clados principales en el árbol de la vida.",
    url = "https://doi.org/10.1002/ajb2.1019",
    doi = "10.1002/ajb2.1019",
    openalex = "W2792688220",
    references = "doi101038nature11631, doi101038nature12872, doi101038ncomms16047, doi101038ncomms2958, doi101073pnas1323926111, doi101093oxfordjournalsmolbeva003974, doi101111nph13264, doi101111syen12037"
}

de fijación de nitrógeno con cianobacterias, y demostramos un patrón claro de cospeciación entre ambos socios. Además, el genoma de Azolla carece de genes comunes a las simbiosis de micorrizas arbusculares y nódulos radiculares, e identificamos varios genes transportadores putativos específicos de la simbiosis Azolla-cianobacterias. Estos recursos genómicos ayudarán a explorar el potencial biotecnológico de Azolla y abordar preguntas fundamentales en la evolución de la vida vegetal.

@article{doi101038s4147701801888,
    author = "Li, Fay‐Wei y Brouwer, Paul y Carretero‐Paulet, Lorenzo y Cheng, Shifeng y de Vries, Jan y Delaux, Pierre‐Marc y Eily, Ariana Noel y Koppers, Nils y Kuo, Li‐Yaung y Li, Zheng y Simenc, Mathew y Small, Ian y Wafula, Eric y Angarita, Stephany y Barker, Michael S. y Bräutigam, Andrea y dePamphilis, Claude W. y Gould, Sven B. y Hosmani, Prashant S. y Huang, Yao-Moan y Hüettel, Bruno y Kato, Yoichiro y Liu, Xin y Maere, Steven y McDowell, Rose y Mueller, Lukas A. y Nierop, Klaas G.J. y Rensing, Stefan A. y Robison, Tanner A. y Rothfels, Carl J. y Sigel, Erin M. y Song, Yue y Timilsena, Prakash Raj y de Peer, Yves Van y Wang, Hongli y Wilhelmsson, Per K.I. y Wolf, Paul G. y Xu, Xun y Der, Joshua P. y Schluepmann, Henriette y Wong, Gane Ka‐Shu y Pryer, Kathleen M.",
    title = "Genomas de helechos elucidan la evolución de las plantas terrestres y las simbiosis con cianobacterias",
    year = "2018",
    journal = "Nature Plants",
    abstract = "de fijación de nitrógeno con cianobacterias, y demostramos un patrón claro de cospeciación entre ambos socios. Además, el genoma de Azolla carece de genes comunes a las simbiosis de micorrizas arbusculares y nódulos radiculares, e identificamos varios genes transportadores putativos específicos de la simbiosis Azolla-cianobacterias. Estos recursos genómicos ayudarán a explorar el potencial biotecnológico de Azolla y abordar preguntas fundamentales en la evolución de la vida vegetal.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41477-018-0188-8",
    doi = "10.1038/s41477-018-0188-8",
    openalex = "W2809850047",
    references = "doi101093nargkt371, doi101186s128590182129y, doi103732apps1600016"
}

Establecer la escala de tiempo de la evolución de las plantas terrestres tempranas es esencial para probar hipótesis sobre la coevolución de las plantas terrestres y el Sistema de la Tierra. La escasez de megafósiles de plantas terrestres tempranas y los controles estratigráficos sobre su distribución hacen que el registro fósil sea una guía poco fiable, dejando solo el reloj molecular. Sin embargo, la aplicación de la metodología del reloj molecular se ve desafiada por el actual estancamiento en los intentos de resolver las relaciones evolutivas entre los briofitos y tracheofitos vivos. Aquí, establecemos una escala de tiempo para la evolución de las plantas terrestres tempranas que integra la incertidumbre topológica explorando el impacto de hipótesis competidoras sobre las relaciones briofito-tracheofito, entre otras variables, en la estimación del tiempo de divergencia. Codificamos 37 calibraciones fósiles para Viridiplantae siguiendo las mejores prácticas. Aplicamos estas calibraciones en un análisis de reloj molecular relajado bayesiano de un conjunto de datos filogenómico que abarca la diversidad de Embryophyta y sus parientes dentro de Viridiplantae. La topología y el tamaño del conjunto de datos tienen poco impacto en las estimaciones de edad, con mayores diferencias entre modelos de reloj alternativos y estrategias de calibración. Para todos los análisis, se recupera un origen cámbrico de Embryophyta con la mayor probabilidad. Las edades estimadas para los tracheofitos corona van desde el Ordovícico tardío hasta el Silúrico tardío. Esta escala de tiempo implica un establecimiento temprano de ecosistemas terrestres por parte de las plantas terrestres que está en estrecha concordancia con las estimaciones recientes sobre el origen de las líneas animales terrestres. Los modelos biogeoquímicos que están restringidos por el registro fósil de plantas terrestres tempranas, o que intentan explicar su impacto, deben considerar las implicaciones de un origen mucho más temprano, del Cámbrico medio-Ordovícico temprano.

@article{doi101073pnas1719588115,
    author = "Morris, Jennifer L. y Puttick, Mark N. y Clark, James y Edwards, Dianne y Kenrick, Paul y Pressel, Silvia y Wellman, Charles H. y Yang, Ziheng y Schneider, Harald y Donoghue, Philip C. J.",
    title = "La escala de tiempo de la evolución de las plantas terrestres tempranas",
    year = "2018",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Establecer la escala de tiempo de la evolución de las plantas terrestres tempranas es esencial para probar hipótesis sobre la coevolución de las plantas terrestres y el Sistema de la Tierra. La escasez de megafósiles de plantas terrestres tempranas y los controles estratigráficos sobre su distribución hacen que el registro fósil sea una guía poco fiable, dejando solo el reloj molecular. Sin embargo, la aplicación de la metodología del reloj molecular se ve desafiada por el actual estancamiento en los intentos de resolver las relaciones evolutivas entre los briofitos y tracheofitos vivos. Aquí, establecemos una escala de tiempo para la evolución de las plantas terrestres tempranas que integra la incertidumbre topológica explorando el impacto de hipótesis competidoras sobre las relaciones briofito-tracheofito, entre otras variables, en la estimación del tiempo de divergencia. Codificamos 37 calibraciones fósiles para Viridiplantae siguiendo las mejores prácticas. Aplicamos estas calibraciones en un análisis de reloj molecular relajado bayesiano de un conjunto de datos filogenómico que abarca la diversidad de Embryophyta y sus parientes dentro de Viridiplantae. La topología y el tamaño del conjunto de datos tienen poco impacto en las estimaciones de edad, con mayores diferencias entre modelos de reloj alternativos y estrategias de calibración. Para todos los análisis, se recupera un origen cámbrico de Embryophyta con la mayor probabilidad. Las edades estimadas para los tracheofitos corona van desde el Ordovícico tardío hasta el Silúrico tardío. Esta escala de tiempo implica un establecimiento temprano de ecosistemas terrestres por parte de las plantas terrestres que está en estrecha concordancia con las estimaciones recientes sobre el origen de las líneas animales terrestres. Los modelos biogeoquímicos que están restringidos por el registro fósil de plantas terrestres tempranas, o que intentan explicar su impacto, deben considerar las implicaciones de un origen mucho más temprano, del Cámbrico medio-Ordovícico temprano.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1719588115",
    doi = "10.1073/pnas.1719588115",
    openalex = "W2789151108",
    references = "doi101016jgca200511032, doi101073pnas1001225107, doi101073pnas1323926111, doi101093molbevmsm193, doi101093sysbiosyr107, doi101098rstb19980195, doi101098rstb20110271, doi101111j14698137201103794x, doi102475ajs3012182"
}

Desde la colonización de la tierra por linajes vegetales ancestrales hace 450 millones de años, las plantas y sus microbios asociados han estado interactuando entre sí, formando un ensamblaje de especies que a menudo se denomina "holobionte". La presión selectiva actuando sobre los componentes del holobionte probablemente ha moldeado las comunidades microbianas asociadas a las plantas y ha seleccionado microorganismos adaptados al hospedador que impactan la aptitud de la planta. Sin embargo, las altas densidades microbianas detectadas en los tejidos vegetales, junto con el rápido tiempo de generación de los microbios y su origen más antiguo en comparación con su hospedador, sugieren que las interacciones microbio-microbio también son fuerzas selectivas importantes que esculpen ensamblajes microbianos complejos en los compartimentos de la filósfera, rizósfera y endósfera vegetal. Los enfoques reduccionistas realizados bajo condiciones de laboratorio han sido críticos para descifrar las estrategias utilizadas por microbios específicos para cooperar y competir dentro o fuera de los tejidos vegetales. No obstante, nuestro entendimiento de estas interacciones microbianas en la formación de comunidades microbianas asociadas a plantas más complejas, junto con su relevancia para la salud del hospedador en un contexto más natural, sigue siendo escaso. Utilizando ejemplos obtenidos de enfoques reduccionistas y a nivel de comunidad, discutimos el papel fundamental de las interacciones microbio-microbio (procariotas y micro-eucariotas) para la estructura de la comunidad microbiana y la salud de la planta. Proporcionamos un marco conceptual que ilustra que las interacciones entre los miembros de la microbiota son críticas para el establecimiento y el mantenimiento de la homeostasis hospedador-microbiana.

@article{doi101186s4016801804450,
    author = "Hassani, M. Amine y Durán, Paloma y Hacquard, Stéphane",
    title = "Interacciones microbianas dentro del holobionte vegetal",
    year = "2018",
    journal = "Microbiome",
    abstract = {Desde la colonización de la tierra por linajes vegetales ancestrales hace 450 millones de años, las plantas y sus microbios asociados han estado interactuando entre sí, formando un ensamblaje de especies que a menudo se denomina "holobionte". La presión selectiva actuando sobre los componentes del holobionte probablemente ha moldeado las comunidades microbianas asociadas a las plantas y ha seleccionado microorganismos adaptados al hospedador que impactan la aptitud de la planta. Sin embargo, las altas densidades microbianas detectadas en los tejidos vegetales, junto con el rápido tiempo de generación de los microbios y su origen más antiguo en comparación con su hospedador, sugieren que las interacciones microbio-microbio también son fuerzas selectivas importantes que esculpen ensamblajes microbianos complejos en los compartimentos de la filósfera, rizósfera y endósfera vegetal. Los enfoques reduccionistas realizados bajo condiciones de laboratorio han sido críticos para descifrar las estrategias utilizadas por microbios específicos para cooperar y competir dentro o fuera de los tejidos vegetales. No obstante, nuestro entendimiento de estas interacciones microbianas en la formación de comunidades microbianas asociadas a plantas más complejas, junto con su relevancia para la salud del hospedador en un contexto más natural, sigue siendo escaso. Utilizando ejemplos obtenidos de enfoques reduccionistas y a nivel de comunidad, discutimos el papel fundamental de las interacciones microbio-microbio (procariotas y micro-eucariotas) para la estructura de la comunidad microbiana y la salud de la planta. Proporcionamos un marco conceptual que ilustra que las interacciones entre los miembros de la microbiota son críticas para el establecimiento y el mantenimiento de la homeostasis hospedador-microbiana.},
    url = "https://doi.org/10.1186/s40168-018-0445-0",
    doi = "10.1186/s40168-018-0445-0",
    openalex = "W2795321853",
    references = "doi101126science1256688, doi101371journalpbio1002226, doi101371journalpbio1002352"
}

Las plantas verdes (Viridiplantae) incluyen alrededor de 450.000-500.000 especies 1,2 de gran diversidad y tienen roles importantes en los ecosistemas terrestres y acuáticos. Aquí, como parte de la Initiative, One Thousand Plant Transcriptomes, secuenciamos los transcriptomas vegetativos de 1.124 especies que abarcan la diversidad de las plantas en un sentido amplio (Archaeplastida), incluidas las plantas verdes (Viridiplantae), los glaucófitos (Glaucophyta) y las algas rojas (Rhodophyta). Nuestro análisis proporciona un marco filogenómico robusto para examinar la evolución de las plantas verdes. La mayoría de las relaciones inferidas entre especies están bien apoyadas en múltiples análisis de árboles de especies y supermatrices, pero la discordancia entre los árboles genéticos de plastidios y nucleares en algunos nodos importantes destaca la complejidad de la evolución del genoma de las plantas, incluyendo la poliploidía, periodos de rápida especiación y extinción. La clasificación incompleta de la variación ancestral, la poliploidización y las masivas expansiones de familias génicas marcan la historia evolutiva de las plantas verdes. Notablemente, encontramos que las grandes expansiones de familias génicas precedieron a los orígenes de las plantas verdes, las plantas terrestres y las plantas vasculares, mientras que las duplicaciones del genoma completo se infieren que ocurrieron repetidamente a lo largo de la evolución de las plantas con flores y los helechos. La creciente disponibilidad de secuencias de genomas de plantas de alta calidad y los avances en la genómica funcional están habilitando la investigación sobre la evolución del genoma a través del árbol verde de la vida.

@article{doi101038s4158601916932,
    author = "Initiative, One Thousand Plant Transcriptomes",
    title = "One thousand plant transcriptomes and the phylogenomics of green plants",
    year = "2019",
    journal = "Nature",
    abstract = "Las plantas verdes (Viridiplantae) incluyen alrededor de 450.000-500.000 especies 1,2 de gran diversidad y tienen roles importantes en los ecosistemas terrestres y acuáticos. Aquí, como parte de la Initiative, One Thousand Plant Transcriptomes, secuenciamos los transcriptomas vegetativos de 1.124 especies que abarcan la diversidad de las plantas en un sentido amplio (Archaeplastida), incluidas las plantas verdes (Viridiplantae), los glaucófitos (Glaucophyta) y las algas rojas (Rhodophyta). Nuestro análisis proporciona un marco filogenómico robusto para examinar la evolución de las plantas verdes. La mayoría de las relaciones inferidas entre especies están bien apoyadas en múltiples análisis de árboles de especies y supermatrices, pero la discordancia entre los árboles genéticos de plastidios y nucleares en algunos nodos importantes destaca la complejidad de la evolución del genoma de las plantas, incluyendo la poliploidía, periodos de rápida especiación y extinción. La clasificación incompleta de la variación ancestral, la poliploidización y las masivas expansiones de familias génicas marcan la historia evolutiva de las plantas verdes. Notablemente, encontramos que las grandes expansiones de familias génicas precedieron a los orígenes de las plantas verdes, las plantas terrestres y las plantas vasculares, mientras que las duplicaciones del genoma completo se infieren que ocurrieron repetidamente a lo largo de la evolución de las plantas con flores y los helechos. La creciente disponibilidad de secuencias de genomas de plantas de alta calidad y los avances en la genómica funcional están habilitando la investigación sobre la evolución del genoma a través del árbol verde de la vida.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41586-019-1693-2",
    doi = "10.1038/s41586-019-1693-2",
    openalex = "W2981543307",
    references = "doi101016jtree200901009, doi101038nature09916, doi101073pnas1323926111, doi10108014786440109462720, doi101093aobmcp044, doi101093bioinformaticsbtu033, doi101093bioinformaticsbtv351, doi101093genetics15141531, doi101093molbevmsm088, doi101093molbevmsx116, doi101093nargkf436, doi101093nargkh340, doi101093nargkr944, doi101371journalpcbi1002195, doi101371journalpone0009490, doi1023072346830"
}

@incollection{birks2020expedition,
    author = "Birks, John",
    title = "Expedition Botany/Hobby Botany",
    year = "2020",
    booktitle = "Curious about Nature",
    url = "https://doi.org/10.1017/9781108552172.014",
    doi = "10.1017/9781108552172.014",
    pages = "151-155"
}

Las hepáticas (hornworts) constituyen una línea de briofitas que se separó de otras plantas terrestres extantes hace más de 400 millones de años y presenta características biológicas únicas, incluida una arquitectura de esporofito distintiva, simbiosis con cianobacterias y un mecanismo de concentración de carbono basado en pirenoide (CCM). Aquí, proporcionamos tres genomas de alta calidad de hepáticas Anthoceros. Los análisis filogenómicos sitúan a las hepáticas como un clado hermano de las hepáticas del hígado más los musgos con alto apoyo. Los genomas de Anthoceros carecen de centrómeros densos en repeticiones y de duplicación del genoma completo, y contienen un repertorio limitado de factores de transcripción. Varios genes involucrados en la función del meristemo y estomático en angiospermas están conservados en Anthoceros y se sobreexpresan durante el desarrollo del esporofito, sugiriendo posibles homologías a nivel genético. Identificamos genes candidatos involucrados en la simbiosis con cianobacterias y encontramos que LCIB, un gen CCM de Chlamydomonas, está presente en las hepáticas pero ausente en otras líneas de plantas, implicando un posible papel conservado en la función CCM. Anticipamos que estos genomas de hepáticas servirán como referencias esenciales para futuras investigaciones sobre hepáticas y estudios comparativos a través de las plantas terrestres.

@article{doi101038s4147702006182,
    author = "Li, Fay‐Wei y Nishiyama, Tomoaki y Waller, Manuel y Frangedakis, Eftychios y Keller, Jean y Li, Zheng y Fernández‐Pozo, Noé y Barker, Michael S. y Bennett, Tom y Blázquez, Miguel Á. y Cheng, Shifeng y Cuming, Andrew C. y de Vries, Jan y de Vries, Sophie y Delaux, Pierre‐Marc y Diop, Issa y Harrison, C. J. O. y Hauser, Duncan y Hernández‐García, Jorge y Kirbis, Alexander y Meeks, John C. y Monte, Isabel y Mutte, Sumanth y Neubauer, Anna y Quandt, Dietmar y Robison, Tanner A. y Shimamura, Masaki y Rensing, Stefan A. y Villarreal, Juan Carlos y Weijers, Dolf y Wicke, Susann y Wong, Gane Ka‐Shu y Sakakibara, Keiko y Szövényi, Péter",
    title = "Genomas de Anthoceros iluminan el origen de las plantas terrestres y la biología única de las hepáticas",
    year = "2020",
    journal = "Nature Plants",
    abstract = "Las hepáticas (hornworts) constituyen una línea de briofitas que se separó de otras plantas terrestres extantes hace más de 400 millones de años y presenta características biológicas únicas, incluida una arquitectura de esporofito distintiva, simbiosis con cianobacterias y un mecanismo de concentración de carbono basado en pirenoide (CCM). Aquí, proporcionamos tres genomas de alta calidad de hepáticas Anthoceros. Los análisis filogenómicos sitúan a las hepáticas como un clado hermano de las hepáticas del hígado más los musgos con alto apoyo. Los genomas de Anthoceros carecen de centrómeros densos en repeticiones y de duplicación del genoma completo, y contienen un repertorio limitado de factores de transcripción. Varios genes involucrados en la función del meristemo y estomático en angiospermas están conservados en Anthoceros y se sobreexpresan durante el desarrollo del esporofito, sugiriendo posibles homologías a nivel genético. Identificamos genes candidatos involucrados en la simbiosis con cianobacterias y encontramos que LCIB, un gen CCM de Chlamydomonas, está presente en las hepáticas pero ausente en otras líneas de plantas, implicando un posible papel conservado en la función CCM. Anticipamos que estos genomas de hepáticas servirán como referencias esenciales para futuras investigaciones sobre hepáticas y estudios comparativos a través de las plantas terrestres.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41477-020-0618-2",
    doi = "10.1038/s41477-020-0618-2",
    openalex = "W3011850984",
    references = "doi101038s4158601916932"
}

La revelación del árbol de la vida de las angiospermas (plantas con flores) en las últimas tres décadas ha sido una de las grandes historias de éxito de la biología vegetal moderna. Las plantas con flores sustentan la mayoría de los biomas terrestres: fijan vastas cantidades de carbono terrestre, produciendo a su vez una fracción sustancial del oxígeno planetario, y impulsan los principales ciclos biogeoquímicos. La mayor parte de las calorías humanas se obtienen directamente (cultivos) o indirectamente (forraje) de las angiospermas, al igual que muchos medicamentos, combustibles, tintes, bebidas, madera, fibras y otros materiales. Innumerables artículos indispensables y cotidianos que impactan la existencia humana tienen su origen en las plantas con flores, y sin ellas, la vida sería decididamente más gris—imagina un mundo sin hierbas, especias o flores de jardín, por ejemplo. En este contexto, la importancia de una comprensión integral del árbol de la vida de las angiospermas no puede ser exagerada. El árbol de la vida es el mapa biológico fundamental para la evolución y las propiedades de las plantas (por ejemplo, Wong et al., 2020). Para los biólogos evolutivos, las filogenias nos permiten comprender mejor el espectacular ascenso de las plantas con flores a la dominancia en los últimos 140 millones de años aproximadamente (por ejemplo, Lutzoni et al., 2018; Ramírez-Barahona et al., 2020). La información sobre las relaciones filogenéticas de las angiospermas también sustentan la clasificación moderna de las angiospermas (por ejemplo, APG IV, 2016) y nos ayuda a comprender mejor los orígenes y límites de las especies (por ejemplo, Fazekas et al., 2009). Hoy en día, la investigación del árbol de la vida está experimentando un renacimiento debido al desarrollo de potentes y nuevos métodos filogenómicos (Dodsworth et al., 2019). En este número especial de la American Journal of Botany, junto con un número complementario de Applications in Plant Sciences, reunimos un conjunto de artículos que se centran en una nueva herramienta filogenómica común, el conjunto de sondas Angiosperms353 (Johnson et al., 2019), e ilustramos su potencial para la síntesis evolutiva fomentando la colaboración abierta en nuestra comunidad.

@article{doi101002ajb21703,
    author = "Baker, William J. y Dodsworth, Steven y Forest, Félix y Graham, Sean W. y Johnson, Matthew G. y McDonnell, Angela y Pokorny, Lisa y Tate, Jennifer A. y Wicke, Susann y Wickett, Norman J.",
    title = "Exploring Angiosperms353: Una herramienta abierta de la comunidad para la investigación filogenómica colaborativa sobre plantas con flores",
    year = "2021",
    journal = "American Journal of Botany",
    abstract = "La revelación del árbol de la vida de las angiospermas (plantas con flores) en las últimas tres décadas ha sido una de las grandes historias de éxito de la biología vegetal moderna. Las plantas con flores sustentan la mayoría de los biomas terrestres: fijan vastas cantidades de carbono terrestre, produciendo a su vez una fracción sustancial del oxígeno planetario, y impulsan los principales ciclos biogeoquímicos. La mayor parte de las calorías humanas se obtienen directamente (cultivos) o indirectamente (forraje) de las angiospermas, al igual que muchos medicamentos, combustibles, tintes, bebidas, madera, fibras y otros materiales. Innumerables artículos indispensables y cotidianos que impactan la existencia humana tienen su origen en las plantas con flores, y sin ellas, la vida sería decididamente más gris—imagina un mundo sin hierbas, especias o flores de jardín, por ejemplo. En este contexto, la importancia de una comprensión integral del árbol de la vida de las angiospermas no puede ser exagerada. El árbol de la vida es el mapa biológico fundamental para la evolución y las propiedades de las plantas (por ejemplo, Wong et al., 2020). Para los biólogos evolutivos, las filogenias nos permiten comprender mejor el espectacular ascenso de las plantas con flores a la dominancia en los últimos 140 millones de años aproximadamente (por ejemplo, Lutzoni et al., 2018; Ramírez-Barahona et al., 2020). La información sobre las relaciones filogenéticas de las angiospermas también sustentan la clasificación moderna de las angiospermas (por ejemplo, APG IV, 2016) y nos ayuda a comprender mejor los orígenes y límites de las especies (por ejemplo, Fazekas et al., 2009). Hoy en día, la investigación del árbol de la vida está experimentando un renacimiento debido al desarrollo de potentes y nuevos métodos filogenómicos (Dodsworth et al., 2019). En este número especial de la American Journal of Botany, junto con un número complementario de Applications in Plant Sciences, reunimos un conjunto de artículos que se centran en una nueva herramienta filogenómica común, el conjunto de sondas Angiosperms353 (Johnson et al., 2019), e ilustramos su potencial para la síntesis evolutiva fomentando la colaboración abierta en nuestra comunidad.",
    url = "https://doi.org/10.1002/ajb2.1703",
    doi = "10.1002/ajb2.1703",
    openalex = "W3184323062",
    references = "doi101038s4158601916932, doi101073pnas0905845106, doi101073pnas1323926111, doi101073pnas1720115115, doi101073pnas84249054, doi101093sysbio463523, doi101111boj12385, doi101186s128590182129y, doi1023072399846, doi103732apps1600016"
}

El enriquecimiento por objetivos representa un método útil y rentable para los investigadores que trabajan en la filogenómica de organismos no modelo (por ejemplo, Cronn et al., 2012; Hale et al., 2020). La capacidad de secuenciar un subconjunto genómico predefinido y personalizable para varias decenas o incluso cientos de taxones permite análisis profundos y la prueba de hipótesis filogenéticas de maneras que anteriormente no eran posibles (revisado en McKain et al., 2018). Los métodos más populares para la secuenciación dirigida de loci genómicos en la filogenómica incluyen la secuenciación de (larga) amplicones (Rothfels et al., 2017) y la captura por hibridación (Mandel et al., 2014; Weitemier et al., 2014). La secuenciación de amplicones dirigida se basa en la amplificación por PCR de fragmentos individuales o mediante el uso de métodos de multiplexación, como la amplificación basada en PCR microfluídica de múltiples regiones genómicas pre-seleccionadas (por ejemplo, Zhang y Ozdemir, 2009; Ho et al., 2014), que luego pueden combinarse y secuenciarse. La secuenciación de amplicones masivamente paralela se utilizó por primera vez en diagnósticos médicos (Turner et al., 2009) y posteriormente se aplicó a la filogenética de metazoos (Bybee et al., 2011; O'Neill et al., 2013). La PCR microfluídica y la secuenciación de amplicones largos se aplicaron posteriormente en la sistemática vegetal (Uribe-Convers et al., 2014, 2016; Gostel et al., 2015). Los métodos basados en amplicones pueden ser lentos, ya que requieren una optimización y validación cuidadosas de los cebadores. Estos métodos también son susceptibles a muchos de los problemas comunes en la PCR (como productos inespecíficos, incapacidad de amplificar loci grandes en su totalidad o simplemente la ausencia de productos). Recientemente, los enfoques basados en amplicones han sido en gran medida reemplazados por el enriquecimiento dirigido basado en hibridación, que permite un diseño de sonda relativamente rápido con referencia a unos pocos transcriptomas o genomas relacionados, y permite la recuperación simultánea y eficiente de cientos de genes. El enriquecimiento por objetivos mediante captura de secuencias basada en hibridación puede utilizar sondas personalizadas o universales (fragmentos de nucleótidos cortos entre 80 y 120 pb de longitud, también llamadas cebos). Este enfoque versátil y poderoso depende de las sondas para capturar conjuntos complementarios de objetivos genómicos a partir de muestras de ADN genómico completo o cDNA utilizando hibridación en fase sólida o en solución (Gnirke et al., 2009; Mamanova et al., 2010; Cronn et al., 2012). Para tener en cuenta los eventos frecuentes (antiguos) de duplicación genómica completa, los sistemáticos vegetales pueden identificar conjuntos de marcadores consistentemente de baja a copia única que equilibren dos problemas comunes: asegurar la recuperación en un amplio rango de taxones, mientras contienen suficiente informatividad filogenética. Las regiones objetivo pueden personalizarse para abordar preguntas de investigación específicas, incluyendo la orientación de genes comunes a una vía metabólica (Gardner et al., 2016; Folk et al., 2021) o genes de interés agronómico (Witek et al., 2016; Soto Gomez et al., 2019). Los objetivos suelen ser genes completos o secuencias exónicas, pero también puede enriquecerse el ADN no codificante, como intrones o regiones no traducidas. La captura en solución de los objetivos de la sonda depende de la termodinámica de la hibridación. Este proceso está gobernado, en parte, por la complejidad del ADN del cebo y la longitud de la sonda. Las sondas más largas toleran más desajustes, haciéndolas más adecuadas para la captura a través de diferentes especies. Una mayor densidad de teselado (el grado en que se superponen las sondas, por ejemplo, 75%) puede compensar los fallos de sondas específicas para hibridar o para material de entrada de baja calidad, como los que provienen de especímenes históricos de herbario, los llamados enfoques herbariomicos (Brewer et al., 2019). Si bien las sondas superpuestas aumentan la probabilidad de capturar el objetivo de interés a través de sondas vecinas, existe una compensación, ya que una mayor densidad de teselado tiende a reducir el número de loci que pueden examinarse por kit de captura. El enriquecimiento dirigido de genes nucleares también supera varios inconvenientes potenciales de estimar filogenias solo a partir de datos organelares. El comportamiento de locus único de los ADN organelares significa que solo se proporciona un único historial: se espera que el genoma plastidial completo funcione como un único grupo de ligamiento (Birky, 2001; pero véase Zhang et al., 2020). Los datos organelares también son propensos a altas tasas de deriva genética en tamaños de población pequeños, lo que podría llevar a una estimación menos precisa de la diferenciación de linajes, en comparación con grandes conjuntos de genes nucleares (revisado en Wicke y Schneeweiss, 2015). Aunque los datos de captura de objetivos proporcionan muchos más historiales de genes, el análisis de estos datos requiere enfoques bioinformáticos específicos, incluyendo el ensamblaje de secuencias de genes sin referencias genómicas y la detección de eventos de duplicación génica local que violan los supuestos de ortología. En este sentido, la comunidad de sistemática vegetal ha sido innovadora al abordar los desafíos computacionales relacionados, lo que ha resultado en la amplia adopción de la secuenciación dirigida para la sistemática vegetal en los últimos años. Angiosperms353 es una herramienta para permitir el análisis a nivel filogenómico de cualquier grupo de angiospermas a cualquier escala; los genes dirigidos y las sondas asociadas (Johnson et al., 2019) se desarrollaron a partir de un conjunto de genes nucleares de baja copia utilizados para inferir la filogenia de todas las plantas verdes (One Thousand Plant Transcriptomes Initiative et al., 2019) para facilitar la recopilación de datos filogenómicos de una manera relativamente rentable y repetible. Al considerar Angiosperms353, es importante distinguir entre los genes ortólogos de baja copia encontrados en todas las angiospermas y las secuencias de cebos de 120 pb utilizadas para enriquecer las bibliotecas genómicas. Los genes fueron seleccionados basándose en el número de copias (idealmente, genes que son de copia única en más de 1400 transcriptomas vegetales disponibles) y contienen señal filogenética útil a escalas de tiempo profundas y recientes. Las secuencias de cebos se diseñaron a partir de ~600 transcriptomas y genomas de angiospermas, y se seleccionaron para maximizar la similitud de secuencia con otras angiospermas, mientras se minimiza el número de secuencias utilizadas para el diseño de cebos. Distinguir los genes de las sondas es importante al considerar las ventajas, limitaciones y direcciones futuras para Angiosperms353 en la sistemática filogenética, como se discute a continuación. Aunque los informes iniciales sobre la utilidad de los genes y sondas Angiosperms353 han sido prometedores (Dodsworth et al., 2019), quedan algunas preguntas clave: (1) ¿Pueden las sondas Angiosperms353 utilizarse realmente para recuperar de manera fiable genes ortólogos en todos los grupos de plantas con flores?; (2) ¿Es un diseño de sonda a nivel de angiospermas el más eficiente para todos los proyectos de secuenciación dirigidos?; (3) ¿Qué nuevas herramientas de bioinformática son necesarias para aplicar los genes Angiosperms353 a preguntas de investigación previamente intratables?; y (4) ¿Son los genes Angiosperms353 lo suficientemente variables dentro de las especies para extender la utilidad de las sondas a estudios de genética de poblaciones? En este número especial y su número compañero en el American Journal of Botany (Baker et al., 2021b), los artículos recopilados abordan estas preguntas y demuestran una serie de formas en las que la investigación que emplea Angiosperms353 beneficiará a los futuros estudios filogenómicos de angiospermas. Este número de Applications in Plant Sciences se centra en una variedad de cuestiones metodológicas, incluidas comparaciones entre el conjunto de sondas Angiosperms353 y conjuntos de sondas específicos de taxones, el desarrollo de nuevas herramientas para linajes específicos, una nueva técnica de laboratorio para enriquecer bibliotecas utilizando simultáneamente Angiosperms353 y conjuntos de sondas específicos de taxones, y enfoques bioinformáticos para facilitar el ensamblaje y análisis cuidadosos de los datos obtenidos utilizando el kit Angiosperms353. Los marcadores nucleares de baja a copia única han sido una herramienta importante en los estudios evolutivos de angiospermas (por ejemplo, Small et al., 2004; Wu et al., 2006; Duarte et al., 2010). La identificación de un conjunto de cientos de marcadores nucleares compartidos entre angiospermas ha facilitado el diseño de sondas para enriquecimiento dirigido y la secuenciación de alto rendimiento posterior (Johnson et al., 2019). En este número, tres artículos abordan la aplicación y expansión de los loci Angiosperms353. Estos artículos se basan en recursos existentes para diseñar nuevas sondas específicas de linaje que contengan los loci Angiosperms353 (Eserman et al., 2021; Ufimov et al., 2021), generar comparaciones cuidadosas del rendimiento de un conjunto de sondas específico de linaje existente con el conjunto de sondas Angiosperms353 (Siniscalchi et al., 2021) e investigar la eficacia del enriquecimiento simultáneo de bibliotecas utilizando sondas universales y específicas de linaje en una sola reacción de hibridación (Hendriks et al., 2021). Eserman et al. (2021) describen el desarrollo de Orchidaceae963, un nuevo conjunto de cebadores que incorpora 254 de los loci Angiosperms353, los cuales probaron en miembros de tres subfamilias de Orchidaceae. Este recurso facilitará el trabajo sistemático en la familia y también se espera que sea útil en estudios genómicos de población y conservación. La incorporación de los loci Angiosperms353 junto con genes marcadores personalizados se está volviendo más común (Yardeni et al., 2019; Jantzen et al., 2020; Christe et al., 2021; Ogutcen et al., 2021) y permitirá la colaboración entre equipos de investigación y el intercambio de datos entre estudios. Seguirán naturalmente análisis comparativos de los conjuntos personalizados y el conjunto Angiosperms353 (por ejemplo, véase Larridon et al., 2020; Shah et al., 2021). Por ejemplo, Ufimov et al. (2021) encontraron una cantidad similar de sitios informativos de parsimonia utilizando el conjunto de sondas Angiosperms353 y un conjunto de sondas personalizado en su estudio de la subtribu Malinae de Rosaceae. También demostraron que las sondas personalizadas permitieron tasas mejoradas de recuperación de loci entre muestras y niveles más bajos de discordancia en los árboles de genes (pero véase Yardeni et al., 2019). Siniscalchi et al. (2021) compararon sus sondas específicas de linaje Compositae1061 con las sondas Angiosperms353 en ocho miembros de la familia de las asteráceas. Aunque pudieron recuperar más loci en promedio con las sondas específicas de linaje, encontraron niveles más bajos de paralogía en los árboles de genes basados en los loci Angiosperms353, lo que podría simplificar los análisis posteriores de estos últimos frente a los primeros. Hendriks et al. (2021) realizaron un caso de prueba para combinar tanto sondas específicas de linaje (es decir, Brassicaceae) como sondas universales en una sola reacción de hibridación para enriquecer simultáneamente bibliotecas para ambos conjuntos de loci. Encontraron altos niveles de enriquecimiento y recuperación de loci para ambos conjuntos de objetivos en 26 muestras de Brassicaceae que incluían 16 muestras de una sola tribu y 10 muestras que reflejaban una muestra más amplia a través de la familia. Su estudio muestra que es posible generar datos para múltiples conjuntos de sondas con poco costo o trabajo adicional por muestra. En conjunto, estos artículos destacan que los investigadores tienen varias opciones al elegir loci para la captura de objetivos en plantas con flores. Los genes Angiosperms353 proporcionan un conjunto listo de loci que son de baja copia y se recuperan de manera fiable utilizando las sondas universales Angiosperms353, o mediante el uso de sondas personalizadas diseñadas con ortólogos de los genes Angiosperms353 de los taxones objetivo. La viabilidad de combinar conjuntos de sondas durante la hibridación sugiere flexibilidad adicional. Existe una compensación, ya que los diseños de sondas personalizados tendrán costos por muestra más altos y requerirán datos de secuencia existentes en el grupo focal. Sin embargo, se necesitarán muchas menos sondas para los genes Angiosperms353 en un diseño personalizado, lo que permite loci adicionales para un número dado de sondas. Sea cual sea la elección que se haga, al incluir Angiosperms353 en un proyecto de captura de objetivos, los investigadores beneficiarán a toda la comunidad de filogenética al permitir un metaanálisis que paralelice la amplia adopción de marcadores de un solo gen en las últimas décadas. El desarrollo de Angiosperms353 como una herramienta común para la filogenética molecular y la genética de poblaciones ha sido paralelo a la necesidad de nuevos flujos de trabajo analíticos. Una de las áreas más activas de desarrollo de herramientas es el uso de extensiones a herramientas existentes para facilitar el análisis de datos Angiosperms353. En este número, tres herramientas se vinculan específicamente con HybPiper (Johnson et al., 2016), una herramienta popular para el ensamblaje y recuperación de genes y regiones flanqueantes a partir de lecturas de secuenciación de captura de objetivos. Un problema común identificado con AngiospeLos datos rms353 ensamblados utilizando HybPiper presentan una recuperación de secuencias relativamente baja (por ejemplo, Gaynor et al., 2020), pero a menudo es poco claro si el problema radica en las herramientas moleculares (es decir, una hibridación deficiente entre las sondas y el ADN diana) o en las herramientas bioinformáticas (es decir, una recuperación deficiente en HybPiper u otras herramientas). Para probar esto, McLay et al. (2021) desarrollaron nuevos archivos diana para mejorar la frecuencia de mapeo de lecturas a los genes diana Angiosperms353, un resultado confirmado independientemente por Slimp et al. (2021) y Lee et al. (2021). McLay et al. (2021) también proporcionan un flujo de trabajo que utiliza un modelo de Markov oculto para seleccionar secuencias diana específicas de clado a partir de una base de datos de secuencias potenciales Angiosperms353. Sus resultados indican que la divergencia de secuencias entre las secuencias de sonda Angiosperms353 y el ADN diana de angiospermas durante la hibridación de ácidos nucleicos y la secuenciación subsiguiente es más tolerante que el efecto de la misma divergencia sobre la recuperación de genes durante el análisis bioinformático. Para los investigadores que luchan con una baja eficiencia de enriquecimiento de diana utilizando Angiosperms353, McLay et al. ofrecen una solución bioinformática potencial que podría reducir la necesidad de re-enriquecer las bibliotecas. Su enfoque es mejorar el archivo diana utilizado para recuperar genes en HybPiper seleccionando ortólogos más apropiados de los genes Angiosperms353. Nauheimer et al. (2021) describen HybPhaser, un método para detectar taxones híbridos utilizando ensamblajes de HybPiper. Utilizando un conjunto de datos Angiosperms353 recopilado para Nepenthes, emplean una innovadora estrategia de dos pasos en la que una filogenia inicial se utiliza primero para identificar representantes de diferentes clados que tienen baja heterocigosidad (y por lo tanto presumiblemente no son híbridos). En el segundo paso, las lecturas de los híbridos putativos se mapean a estos representantes de clado seleccionados. La información de mapeo diferencial se utiliza luego para fasear las secuencias híbridas, que luego pueden colocarse en un árbol con múltiples etiquetas para identificar los orígenes híbridos. El método HybPhaser también tiene promesa para abordar un problema común en la filogenética de captura de diana: la identificación de genes paralogos. Esto se basa en trabajos anteriores que utilizaban referencias de clado para identificar parálogos (Gardner et al., 2021), pero el desarrollo de un flujo de trabajo más generalizable en HybPhaser será de utilidad para muchos investigadores que no están seguros de si los genes capturados por diana son de copia única en sus datos. Slimp et al. (2021) también describen nuevos métodos para el análisis posterior de la salida de HybPiper, para su uso en estudios genómicos de poblaciones y el cálculo de parámetros demográficos dentro de la especie. Su método adapta flujos de trabajo previamente descritos (Kates et al., 2018) para utilizar los "supercontig" de HybPiper (regiones codificantes dirigidas y regiones no codificantes flanqueantes) como secuencias de referencia dentro de la especie. Las variantes dentro de la especie pueden entonces evaluarse conjuntamente y utilizarse con programas estándar de genómica de poblaciones (véase también Beck et al., 2021 y Wenzell et al., 2021). Slimp et al. demuestran además que los loci Angiosperms353 son variables dentro de poblaciones de varias especies, lo que sugiere que la estimación a escala genómica de parámetros de población es ahora factible sin la necesidad de desarrollar métodos específicos de taxón. Desde su publicación inicial, ha habido una adopción rápida y sustancial de Angiosperms353 para abordar preguntas de sistemática. Los artículos en este número y su número compañero en el American Journal of Botany ilustran además que la utilidad de los datos generados a través del enriquecimiento de diana se extiende más allá de la filogenómica, con aplicaciones prometedoras en genómica de poblaciones y conservación. Por supuesto, con la adaptabilidad de los datos viene la necesidad de métodos flexibles e innovadores para procesar y analizar estos datos. Mientras que nuevos métodos y aplicaciones novedosas ya están emergiendo, reconocemos que hay algunos desafíos y mejoras por delante. La necesidad de evaluar la eficiencia de la recuperación de los loci dirigidos, tanto in vitro como in silico, se refleja en varios artículos de este número, destacando la distinción entre los genes Angiosperms353 dirigidos y las sondas utilizadas para recuperarlos. Los artículos presentados aquí y en el número compañero construyen evidencia adicional de que los genes Angiosperms353 pueden recuperarse de manera fiable a través de la diversidad de especies de plantas con flores, con una fuerte señal filogenética a escalas que van desde tiempos profundos hasta el nivel de población. Varios artículos en este número describen innovaciones en cómo se recuperan estos genes diana. Los conjuntos de sondas personalizados aún pueden proporcionar una resolución filogenética adicional dentro de los taxones focales capturando más genes con el mismo número de sondas, pero la inclusión de loci Angiosperms353 junto con conjuntos de sondas personalizados permitirá a los meta-análisis comparar especies entre plantas con flores. In silico, el uso de archivos diana mejorados ofrece mejoras potenciales para el ensamblaje de bibliotecas de secuencias enriquecidas e ilustra que los datos genómicos recién disponibles pueden utilizarse para complementar el archivo diana original Angiosperms353 y el conjunto de sondas. En este sentido, la disponibilidad de un número cada vez mayor de secuencias genómicas y transcriptómicas completas de plantas con flores (por ejemplo, One Thousand Plant Transcriptomes Initiative et al., 2019), y el aumento masivo de datos de secuencia disponibles facilitado por Angiosperms353, deberían permitir un refinamiento futuro de las sondas y la elección de secuencias diana para representar mejor la diversidad de angiospermas y maximizar la longitud de las secuencias recuperadas a través de un conjunto más amplio de taxones, incluidos aquellos con estilos de vida extremadamente alterados que afectan la tasa de evolución de secuencias, como en taxones heterotróficos (por ejemplo, Lam et al., 2018). Por supuesto, la utilidad de los datos Angiosperms353, o cualquier otro conjunto de datos de enriquecimiento de diana, depende de la accesibilidad de estos recursos genómicos. Actualmente, no existe un repositorio central de datos específicamente diseñado para acceder a datos de enriquecimiento de diana de una manera que no sea específica de taxón. El Kew Tree of Life Explorer (https://treeoflife.kew.org/) fue recientemente lanzado (Baker et al., 2021a) para hacer libredisponibles previamente y después de la publicación para miles de taxones. El desarrollo continuo de herramientas accesibles para almacenar y distribuir estos datos acelerará el progreso que se ha logrado hasta ahora. Por ejemplo, la capacidad de descargar un conjunto específico de genes para un conjunto específico de taxones desde un repositorio central, en lugar de tener que descargar y luego filtrar múltiples conjuntos de datos desde repositorios específicos de publicaciones, mejoraría significativamente la capacidad de incorporar datos existentes para abordar nuevas preguntas de investigación. De manera similar, un repositorio centralizado para subir datos de enriquecimiento de objetivos ensamblados y anotados generados para cualquier taxón a lo largo de todo el árbol de la vida facilita la estandarización y la accesibilidad. Un conjunto de herramientas simplificado para identificar homólogos de Angiosperms353 para construir conjuntos de sondas personalizados también aumentaría la eficiencia de la recopilación de datos, de manera similar a cómo MarkerMiner (Chamala et al., 2015) proporciona una forma de identificar ortólogos a partir de un conjunto de datos inicial. La adopción de Angiosperms353 y el enriquecimiento de objetivos en general en la sistemática de angiospermas debería fomentar un mayor crecimiento en datos y en métodos, como hemos visto en este número especial. A medida que más personas utilicen estos datos y métodos, las oportunidades para desarrollos positivos solo aumentarán más, y las mejoras a los conjuntos de sondas existentes, el desarrollo de nuevos conjuntos de sondas, las oportunidades para crear soluciones a desafíos como la resolución de parálogos, y el establecimiento de bases de datos complementarias, todas ellas probablemente serán abordadas de frente y adoptadas por la comunidad de sistemática de angiospermas. Agradecemos a todos los autores y revisores por sus valiosas contribuciones a este número especial de Applications in Plant Sciences. También reconocemos el trabajo incansable del equipo de publicaciones de APPS, especialmente a la Editora Jefa Beth Parada y a la Editora en Jefe Theresa Culley.

@article{doi101002aps311443,
    author = "McDonnell, Angela and Baker, William J. and Dodsworth, Steven and Forest, Félix and Graham, Sean W. and Johnson, Matthew G. and Pokorny, Lisa and Tate, Jennifer A. and Wicke, Susann and Wickett, Norman J.",
    title = "Exploring Angiosperms353: Developing and applying a universal toolkit for flowering plant phylogenomics",
    year = "2021",
    journal = "Applications in Plant Sciences",
    abstract = "Target enrichment represents a useful, cost-effective method for researchers working on the phylogenomics of non-model organisms (e.g., Cronn et al., 2012; Hale et al., 2020). The ability to sequence a customizable predefined genomic subset for several dozens or even hundreds of taxa allows in-depth analyses and the testing of phylogenetic hypotheses in ways that were not previously possible (reviewed in McKain et al., 2018). The most popular methods for targeted sequencing of genomic loci in phylogenomics include (long-)amplicon sequencing (Rothfels et al., 2017) and hybridization capture (Mandel et al., 2014; Weitemier et al., 2014). Targeted amplicon sequencing is based on single-fragment PCR amplification or by using multiplexing methods such as a microfluidic PCR-based amplification of multiple pre-selected genomic regions (e.g., Zhang and Ozdemir, 2009; Ho et al., 2014), which can then be pooled and sequenced. Massively parallel amplicon sequencing was first used in medical diagnostics (Turner et al., 2009) and was later applied to metazoan phylogenetics (Bybee et al., 2011; O’Neill et al., 2013). Microfluidic PCR and long-amplicon sequencing were subsequently applied in plant systematics (Uribe-Convers et al., 2014, 2016; Gostel et al., 2015). Amplicon-based methods can be time consuming as they require careful optimization and validation of primers. These methods are also susceptible to many of the common problems in PCR (such as nonspecific products, inability to amplify large loci in their entirety, or simply no products). Recently, amplicon approaches have been largely supplanted by hybridization-based targeted enrichment, which allows for relatively rapid probe design with reference to a few related transcriptomes or genomes, and allows simultaneous and efficient recovery of many hundreds of genes. Target enrichment via hybridization-based sequence capture can use customized or universal probes (short nucleotide fragments between 80 and 120 bp in length, also called baits). This versatile and powerful approach relies on probes to capture complementary sets of genomic targets from whole genome DNA or cDNA samples using solid-phase or in-solution hybridization (Gnirke et al., 2009; Mamanova et al., 2010; Cronn et al., 2012). To account for frequent (ancient) whole genome duplication events, plant systematists can identify sets of consistently low-to-single-copy markers that balance two common issues: ensuring recovery across a broad range of taxa, while containing sufficient phylogenetic informativeness. Target regions can be customized to address specific research questions, including targeting genes common to a metabolic pathway (Gardner et al., 2016; Folk et al., 2021) or genes of agronomic interest (Witek et al., 2016; Soto Gomez et al., 2019). The targets are often complete genes or exonic sequences, but non-coding DNA such as introns or untranslated regions can also be enriched. In-solution capture of the probe targets depends on the thermodynamics of hybridization. This process is governed, in part, by the DNA complexity of the bait and the probe length. Longer probes tolerate more mismatches, making them more suitable for capture across different species. Higher tiling density (the degree to which probes overlap, e.g., 75\%) can compensate for failures of specific probes to hybridize or for low-quality input material, such as those stemming from historical herbarium specimens, so-called herbariomic approaches (Brewer et al., 2019). While overlapping probes increase the chance of capturing the target of interest via neighboring probes, there is a trade-off, as a higher tiling density tends to reduce the number of loci that can be examined per capture kit. Targeted enrichment of nuclear genes also overcomes several potential drawbacks of estimating phylogenies from organelle data alone. The single-locus behavior of organellar DNAs means that only a single history is provided: the entire plastid genome is expected to function as a single linkage group (Birky, 2001; but see Zhang et al., 2020). Organellar data are also prone to high rates of genetic drift in small population sizes, which could lead to a less accurate estimate of lineage differentiation, compared with large sets of nuclear genes (reviewed in Wicke and Schneeweiss, 2015). Although target capture data provide many more gene histories, analysis of these data requires specific bioinformatic approaches, including assembly of gene sequences without genomic references and detection of local gene duplication events that violate assumptions of orthology. In this regard, the plant systematics community has been innovative in addressing the related computational challenges, resulting in the wide adoption of targeted sequencing for plant systematics in recent years. Angiosperms353 is a tool for enabling phylogenomic-level analysis of any angiosperm group at any scale; the targeted genes and associated probes (Johnson et al., 2019) were developed from a set of low-copy nuclear genes used to infer the phylogeny of all green plants (One Thousand Plant Transcriptomes Initiative et al., 2019) to facilitate the collection of phylogenomic data in a relatively cost-effective and repeatable way. When considering Angiosperms353, it is important to distinguish between the low-copy orthologous genes found in all angiosperms and the 120-bp probe sequences used to enrich genomic libraries. The genes were selected based on copy number (ideally, genes that are single copy across more than 1400 available plant transcriptomes) and contain useful phylogenetic signal at deep and recent time scales. The probe sequences were designed from \textasciitilde 600 angiosperm transcriptomes and genomes, and were selected to maximize sequence similarity to other angiosperms, while minimizing the number of sequences used for probe design. Distinguishing the genes from the probes is important when considering the advantages, limitations, and future directions for Angiosperms353 in phylogenetic systematics, as discussed below. Although initial reports of the utility of Angiosperms353 genes and probes have been promising (Dodsworth et al., 2019), a few key questions remain: (1) Can Angiosperms353 probes truly be used to reliably recover orthologous genes across all groups of flowering plants?; (2) Is an angiosperm-wide probe design the most efficient for all targeted sequencing projects?; (3) What new bioinformatics tools are needed to apply Angiosperms353 genes to previously intractable research questions?; and (4) Are Angiosperms353 genes variable enough within species to extend the utility of the probes to population genetic studies? In this special issue and its companion issue in the American Journal of Botany (Baker et al., 2021b), the papers collected address these questions and demonstrate a number of ways in which research employing Angiosperms353 will benefit future angiosperm phylogenomic studies. This issue of Applications in Plant Sciences is focused on a variety of methodological issues, including comparisons between the Angiosperms353 probe set and taxon-specific probe sets, the development of new tools for specific lineages, a new lab technique to enrich libraries using Angiosperms353 and taxon-specific probe sets simultaneously, and bioinformatic approaches to facilitate careful assembly and analysis of data obtained using the Angiosperms353 kit. Low-to-single-copy nuclear markers have been an important tool in evolutionary studies of angiosperms (e.g., Small et al., 2004; Wu et al., 2006; Duarte et al., 2010). The identification of a set of hundreds of nuclear markers shared across angiosperms has facilitated the design of probes for targeted enrichment and subsequent high-throughput sequencing (Johnson et al., 2019). In this issue, three papers address the application and expansion of the Angiosperms353 loci. These papers build on existing resources to design new lineage-specific probes that contain the Angiosperms353 loci (Eserman et al., 2021; Ufimov et al., 2021), generate careful comparisons of the performance of an existing lineage-specific probe set with the Angiosperms353 probe set (Siniscalchi et al., 2021), and investigate the efficacy of simultaneous enrichment of libraries using universal and lineage-specific probes in a single hybridization reaction (Hendriks et al., 2021). Eserman et al. (2021) describe the development of Orchidaceae963, a new bait set that incorporates 254 of the Angiosperms353 loci, which they tested on members of three subfamilies of Orchidaceae. This resource will facilitate systematic work in the family and is also expected to be useful in population and conservation genomic studies. The incorporation of the Angiosperms353 loci along with custom marker genes is becoming more common (Yardeni et al., 2019; Jantzen et al., 2020; Christe et al., 2021; Ogutcen et al., 2021), and will allow collaboration between research teams and foster data sharing across studies. Comparative analyses of the custom sets and the Angiosperms353 set will naturally follow (e.g., see Larridon et al., 2020; Shah et al., 2021). For example, Ufimov et al. (2021) found a similar amount of parsimony informative sites using the Angiosperms353 probe set and a custom probe set in their study of Rosaceae subtribe Malinae. They also showed that the custom probes allowed for improved locus recovery rates across samples and lower levels of gene tree discordance (but see Yardeni et al., 2019). Siniscalchi et al. (2021) compared their lineage-specific Compositae1061 probes with the Angiosperms353 probes in eight members of the sunflower family. Although they were able to recover more loci on average with the lineage-specific probes, they found lower levels of paralogy in the gene trees based on the Angiosperms353 loci, which may simplify downstream analyses of the latter versus the former. Hendriks et al. (2021) performed a test case for combining both lineage-specific (i.e., Brassicaceae) and universal probes in a single hybridization reaction to simultaneously enrich libraries for both sets of loci. They found high levels of enrichment and locus recovery for both sets of targets across 26 Brassicaceae samples that included 16 samples from a single tribe and 10 samples reflecting broader sampling across the family. Their study shows that it is possible to generate data for multiple probe sets with little extra cost or work per sample. Taken together, these papers highlight that researchers have several options when choosing loci for target capture in flowering plants. The Angiosperms353 genes provide a ready set of loci that are low copy and reliably recovered using the universal Angiosperms353 probes, or by using custom probes designed with orthologs of the Angiosperms353 genes from the target taxa. The feasibility of combining probe sets during hybridization suggests additional flexibility. There is a trade-off, as custom probe designs will have higher per-sample costs and require existing sequence data in the focal group. However, far fewer probes will be needed for the Angiosperms353 genes in a custom design, allowing for additional loci for a given number of probes. Whichever choice is made, by including Angiosperms353 in a target capture project, researchers will benefit the entire phylogenetics community by enabling meta-analysis that parallels the broad adoption of single-gene markers in past decades. The development of Angiosperms353 into a common tool for molecular phylogenetics and population genetics has been paralleled by the need for new analytical workflows. One of the most active areas of tool development is in using extensions to existing tools to facilitate analysis of Angiosperms353 data. In this issue, three tools specifically tie in with HybPiper (Johnson et al., 2016), a popular tool for assembly and recovery of genes and flanking regions from target-capture sequencing reads. A common issue identified with Angiosperms353 data assembled using HybPiper is relatively low sequence recovery (e.g., Gaynor et al., 2020), but it is often unclear whether the issue lies with the molecular tools (i.e., poor hybridization between probes and target DNA) or bioinformatic tools (i.e., poor recovery in HybPiper or other tools). To test this, McLay et al. (2021) developed new target files to improve the mapping frequency of reads to Angiosperms353 target genes, a result independently confirmed by Slimp et al. (2021) and Lee et al. (2021). McLay et al. (2021) also provide a workflow that uses a hidden Markov model to choose clade-specific target sequences from a database of potential Angiosperms353 sequences. Their results indicate that the sequence divergence between the Angiosperms353 probe sequences and the target DNA of angiosperms during nucleic acid hybridization and subsequent sequencing is more forgiving than the effect of the same divergence on gene recovery during bioinformatic analysis. For researchers struggling with poor target enrichment efficiency using Angiosperms353, McLay et al. provide a potential bioinformatic solution that may reduce the need to re-enrich libraries. Their approach is to improve the target file used to recover genes in HybPiper by selecting more appropriate orthologs of the Angiosperms353 genes. Nauheimer et al. (2021) describe HybPhaser, a method for detecting hybrid taxa using HybPiper assemblies. Using an Angiosperms353 data set collected for Nepenthes, they employ an innovative two-step strategy in which an initial phylogeny is first used to identify representatives of different clades that have low heterozygosity (and are thus presumably not hybrids). In the second step, reads from putative hybrids are mapped to these chosen clade representatives. Differential mapping information is then used to phase hybrid sequences, which can then be placed on a multiply-labeled tree to identify hybrid origins. The HybPhaser method also has promise for addressing a common issue in target-capture phylogenetics: the identification of paralogous genes. This builds upon previous work using clade references to identify paralogs (Gardner et al., 2021), but the development of a more generalizable workflow in HybPhaser will be of use to many researchers unsure about whether target-captured genes are single copy in their data. Slimp et al. (2021) also describe new methods for downstream analysis of HybPiper output, for use in population genomic studies and the calculation of within-species demographic parameters. Their method adapts previously described workflows (Kates et al., 2018) to use HybPiper “supercontigs” (targeted coding regions and flanking non-coding regions) as reference sequences within species. Within-species variants can then be assessed jointly and used with standard population genomics programs (also see Beck et al., 2021 and Wenzell et al., 2021). Slimp et al. further demonstrate that the Angiosperms353 loci are variable within populations of several species, which suggests that genome-scale estimation of population parameters is now feasible without the need to develop taxon-specific methods. Since its initial publication, there has been a rapid and substantial uptake of Angiosperms353 to address systematics questions. The papers in this issue and its companion American Journal of Botany issue further illustrate that the utility of data generated through target enrichment extends beyond phylogenomics, with promising applications into population and conservation genomics. Of course, with the adaptability of data comes a requirement for flexible and innovative methods to process and analyze these data. While new methods and novel applications are already emerging, we recognize that there are some challenges and improvements that lie ahead. The need to evaluate the efficiency of recovering the targeted loci, both in vitro and in silico, is reflected in several papers in this issue, highlighting the distinction between targeted Angiosperms353 genes and the probes used to recover them. The papers presented here and in the companion issue build further evidence that the Angiosperms353 genes can be reliably recovered across the diversity of flowering plant species, with strong phylogenetic signal at scales ranging from deep time to the population level. Several papers in this issue describe innovations in how these target genes are recovered. Custom probe sets can still provide additional phylogenetic resolution within focal taxa by capturing more genes with the same number of probes, but the inclusion of Angiosperms353 loci along with custom probe sets will enable meta-analyses to compare species across flowering plants. In silico, the use of enhanced target files offers potential improvements for the assembly of enriched sequence libraries and illustrates that newly available genomic data can be used to complement the original Angiosperms353 target file and probe set. In this regard, the availability of an ever-increasing number of complete flowering plant genome and transcriptome sequences (e.g., One Thousand Plant Transcriptomes Initiative et al., 2019), and the massive increase in available sequence data facilitated by Angiosperms353, should allow for future refinement of the probes and choice of target sequences to better represent the diversity of angiosperms and maximize the length of sequences recovered across a broader set of taxa, including those with extremely altered lifestyles that affect the rate of sequence evolution, such as in heterotrophic taxa (e.g., Lam et al., 2018). Of course, the utility of Angiosperms353 data, or any other set of target enrichment data, relies on the accessibility of these genomic resources. Currently, there is no central data repository specifically tailored to access target enrichment data in a way that is not taxon specific. The Kew Tree of Life Explorer (https://treeoflife.kew.org/) was recently launched (Baker et al., 2021a) to make freely available pre- and post-publication Angiosperms353 data for thousands of taxa. The continued development of accessible tools to store and distribute these data will accelerate the progress that has been made thus far. For example, the ability to download a specific set of genes for a specific set of taxa from a central repository, rather than having to download and then filter multiple data sets from publication-specific repositories, would significantly improve the ability to incorporate existing data for addressing new research questions. Similarly, a centralized repository for uploading assembled and annotated target enrichment data generated for any taxon across the entire tree of life facilitates standardization and accessibility. A streamlined set of tools for identifying Angiosperms353 homologs for building custom probe sets would also increase the efficiency of data collection, much like how MarkerMiner (Chamala et al., 2015) provides a way to identify orthologs from a starting data set. The adoption of Angiosperms353 and target enrichment more generally in angiosperm systematics should cultivate further growth in data and in methods, as we have seen in this special issue. As more people use these data and methods, the opportunities for positive developments will only increase further, and improvements to existing probe sets, the development of new probe sets, opportunities to create solutions to challenges such as the resolution of paralogs, and the establishment of companion databases are all likely to be addressed head-on and embraced by the angiosperm systematics community. We thank all authors and reviewers for their valuable contributions to this special issue of Applications in Plant Sciences. We also acknowledge the tireless work of the APPS publications team, especially Managing Editor Beth Parada and Editor-in-Chief Theresa Culley.",
    url = "https://doi.org/10.1002/aps3.11443",
    doi = "10.1002/aps3.11443",
    openalex = "W3185917419",
    references = "doi101002ajb21703, doi101002aps311443, doi101038nbt1523, doi101038nbt3540, doi101038nmeth1419, doi101038s4158601916932, doi101071sb03015, doi101093sysbiosyy086, doi101146annurevgenet35102401090231, doi101186147121481061, doi103732apps1400042, doi103732apps1600016"
}

@article{doi101016jmolp202106028,
    author = "Hansen, Cecilie Cetti y Nelson, David R. y Møller, Birger Lindberg y Werck‐Reichhart, Danièle",
    title = "Plasticidad y evolución de la citocromo P450 en plantas",
    year = "2021",
    journal = "Molecular Plant",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.molp.2021.06.028",
    doi = "10.1016/j.molp.2021.06.028",
    openalex = "W3174736387",
    references = "doi101038s4158601916932, doi101146annurevarplant050213040027"
}

La interacción de las plantas con comunidades microbianas complejas es el resultado de la coevolución durante millones de años y contribuyó a la transición y adaptación de las plantas a la tierra. La capacidad de las plantas para ser una parte esencial de ecosistemas complejos y altamente dinámicos depende de su interacción con diversas comunidades microbianas. La microbiota vegetal puede apoyar e incluso permitir las diversas funciones de las plantas y es crucial para mantener la aptitud de las plantas en entornos que a menudo cambian rápidamente. La composición y diversidad de la microbiota difieren entre los compartimentos de planta y suelo. Esto indica que las comunidades microbianas en estos compartimentos no son estáticas, sino que se ajustan por el medio ambiente, así como por la comunicación intermicrobiana y planta-microbio. Las hormonas juegan un papel crucial en la contribución al ensamblaje de los microbiomas vegetales, y las plantas y los microbios a menudo emplean las mismas hormonas con intenciones completamente diferentes. Aquí se discute la función de las hormonas como intermediarios entre plantas y microbios para influir en la forma de las comunidades microbianas vegetales. La versatilidad de las hormonas derivadas de plantas y microbios contribuye esencialmente a la creación de hábitats que son el origen de la diversidad y, por lo tanto, de la multifuncionalidad de las plantas, su microbiota y, en última instancia, de los ecosistemas.

@article{doi101111tpj15135,
    author = "Eichmann, Ruth y Richards, Luke y Schäfer, Patrick",
    title = "Hormonas como intermediarios en el ensamblaje del microbioma vegetal.",
    year = "2021",
    journal = "The Plant journal: for cell and molecular biology",
    abstract = "La interacción de las plantas con comunidades microbianas complejas es el resultado de la coevolución durante millones de años y contribuyó a la transición y adaptación de las plantas a la tierra. La capacidad de las plantas para ser una parte esencial de ecosistemas complejos y altamente dinámicos depende de su interacción con diversas comunidades microbianas. La microbiota vegetal puede apoyar e incluso permitir las diversas funciones de las plantas y es crucial para mantener la aptitud de las plantas en entornos que a menudo cambian rápidamente. La composición y diversidad de la microbiota difieren entre los compartimentos de planta y suelo. Esto indica que las comunidades microbianas en estos compartimentos no son estáticas, sino que se ajustan por el medio ambiente, así como por la comunicación intermicrobiana y planta-microbio. Las hormonas juegan un papel crucial en la contribución al ensamblaje de los microbiomas vegetales, y las plantas y los microbios a menudo emplean las mismas hormonas con intenciones completamente diferentes. Aquí se discute la función de las hormonas como intermediarios entre plantas y microbios para influir en la forma de las comunidades microbianas vegetales. La versatilidad de las hormonas derivadas de plantas y microbios contribuye esencialmente a la creación de hábitats que son el origen de la diversidad y, por lo tanto, de la multifuncionalidad de las plantas, su microbiota y, en última instancia, de los ecosistemas.",
    url = "https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC8629125/",
    doi = "10.1111/tpj.15135",
    openalex = "W3110836224",
    pmcid = "PMC8629125",
    pmid = "33332645",
    references = "doi101016jtplants201204001, doi101038nature05286, doi101038nprot2007199, doi101038nrmicro3109, doi101146annurevarplant042809112122, doi101146annurevarplant050312120106, doi101146annurevcellbio092910154055, doi101146annurevphyto082712102340, doi101146annurevphyto43040204135923, doi1060642012963401"
}

Los avances acelerados por las tecnologías de secuenciación de nueva generación y de lectura larga continúan proporcionando un impulso para el estudio filogenético de las plantas. En la última década, han surgido numerosos estudios filogenéticos que adoptan cientos a miles de genes a través de una gran variedad de clados, inaugurando una nueva era para la filogenética y la evolución de las plantas. Al mismo tiempo, se avecina una hoja de ruta para los investigadores a la hora de tomar decisiones sobre diferentes enfoques para el diseño de su investigación filogenómica. Esta revisión se centra en la utilidad de los datos genómicos (desde genomas organelares hasta tanto la secuenciación de representación reducida como la secuenciación del genoma completo) en investigaciones filogenéticas y evolutivas, describe la metodología básica de los procedimientos experimentales y analíticos, y resume los recientes avances en la filogenómica de las plantas con flores a los niveles ordinales, familiares, tribales y inferiores. También discutimos los desafíos, como el impacto adverso en la inferencia de ortología y la reconstrucción filogenética provocado por errores sistemáticos, y los factores biológicos subyacentes, como la duplicación del genoma completo, la hibridación/introgresión y la clasificación incompleta de linajes, sugiriendo conjuntamente que un árbol bifurcante puede no ser el mejor modelo para el árbol de la vida. Finalmente, discutimos vías prometedoras para futuros estudios filogenómicos de plantas.

@article{doi101111jipb13415,
    author = "Guo, Cen y Luo, Yang y Gao, Lian‐Ming y Yi, Ting‐Shuang y Li, Hongtao y Yang, Junbo y D, Li",
    title = "Filogenómica y el árbol de la vida de las plantas con flores",
    year = "2022",
    journal = "Journal of Integrative Plant Biology",
    abstract = "Los avances acelerados por las tecnologías de secuenciación de nueva generación y de lectura larga continúan proporcionando un impulso para el estudio filogenético de las plantas. En la última década, han surgido numerosos estudios filogenéticos que adoptan cientos a miles de genes a través de una gran variedad de clados, inaugurando una nueva era para la filogenética y la evolución de las plantas. Al mismo tiempo, se avecina una hoja de ruta para los investigadores a la hora de tomar decisiones sobre diferentes enfoques para el diseño de su investigación filogenómica. Esta revisión se centra en la utilidad de los datos genómicos (desde genomas organelares hasta tanto la secuenciación de representación reducida como la secuenciación del genoma completo) en investigaciones filogenéticas y evolutivas, describe la metodología básica de los procedimientos experimentales y analíticos, y resume los recientes avances en la filogenómica de las plantas con flores a los niveles ordinales, familiares, tribales y inferiores. También discutimos los desafíos, como el impacto adverso en la inferencia de ortología y la reconstrucción filogenética provocado por errores sistemáticos, y los factores biológicos subyacentes, como la duplicación del genoma completo, la hibridación/introgresión y la clasificación incompleta de linajes, sugiriendo conjuntamente que un árbol bifurcante puede no ser el mejor modelo para el árbol de la vida. Finalmente, discutimos vías prometedoras para futuros estudios filogenómicos de plantas.",
    url = "https://doi.org/10.1111/jipb.13415",
    doi = "10.1111/jipb.13415",
    openalex = "W4309766482",
    references = "doi101002ajb21703, doi101016jympev201812023, doi101038nbt1883, doi101038nmeth2109, doi101038nrg2484, doi101038s415980160028x, doi101073pnas1903871116, doi101093bioinformaticsbtp348, doi101093bioinformaticsbtu170, doi101093molbevmsu300, doi101093nargkf436, doi101093oxfordjournalsmolbeva026334, doi101093sysbiosyaa013, doi101093sysbiosyab035, doi101111boj12385, doi101111jipb13246, doi101186s1291502000931z, doi101186s13059020021545"
}

La hibridación ha sido reconocida durante mucho tiempo como un proceso evolutivo fundamental en las plantas, pero, hasta hace poco, nuestra comprensión de su distribución filogenética y su importancia biológica a través de escalas evolutivas profundas ha sido en gran parte oscura. Durante la última década, los conjuntos de datos genómicos y filogenómicos han revelado, quizás no sorprendentemente, que la hibridación, a menudo asociada con la poliploidía, ha sido común a lo largo de la historia evolutiva de las plantas, particularmente en varios linajes de plantas con flores. Sin embargo, los estudios filogenómicos también han destacado los desafíos de separar las señales de la hibridación antigua de otras fuentes de conflicto genómico (en particular, la clasificación incompleta de linajes). Aquí, proporcionamos una revisión crítica de la hibridación antigua en plantas vasculares, delineando casos bien documentados de hibridación antigua a través de la filogenia de las plantas, así como los desafíos únicos para documentar la hibridación antigua frente a la reciente. Proporcionamos una definición para la hibridación antigua, que, a nuestro conocimiento, no se ha intentado explícitamente antes. Documentar aún más la extensión de la reticulación profunda en las plantas debe seguir siendo un foco de investigación importante, especialmente porque los ejemplos publicados probablemente representan la punta del iceberg en términos de la extensión total de la hibridación antigua. Sin embargo, la investigación futura debería explorar cada vez más la importancia macroevolutiva de este proceso, en términos de su impacto en las trayectorias evolutivas (por ejemplo, ¿cómo influye la hibridación en la evolución de los rasgos o la generación de la biodiversidad a lo largo de escalas de tiempo largas?), así como en cómo los factores de historia de vida y ecológicos moldean, o han moldeado, la frecuencia de la hibridación a través del tiempo geológico y la filogenia de las plantas. Finalmente, consideramos las implicaciones de la hibridación antigua ubicua para cómo conceptualizamos, analizamos y clasificamos la filogenia de las plantas. Las redes, en lugar de árboles bifurcantes, representan representaciones más precisas de la historia evolutiva en muchos casos, aunque nuestra capacidad para inferir, visualizar y utilizar redes para análisis comparativos es altamente limitada. Desarrollar métodos mejorados para la generación, visualización y uso de redes representa una dirección futura crítica para la biología de las plantas. Los sistemas de clasificación actuales también no permiten generalmente el reconocimiento de linajes reticulados, y nuestras propias clasificaciones se basan en gran parte en evidencia del genoma del cloroplasto. Actualizar la clasificación de las plantas para reflejar mejor las filogenias nucleares, así como considerar si y cómo reconocer la hibridación en los sistemas de clasificación, representará un desafío importante para la comunidad de sistemática de plantas.

@article{doi101111tpj16142,
    author = "Stull, Gregory W. and Pham, Kasey and Soltis, Pamela S. and Soltis, Pamela S.",
    title = "Deep reticulation: the long legacy of hybridization in vascular plant evolution",
    year = "2023",
    journal = "The Plant Journal",
    abstract = "Hybridization has long been recognized as a fundamental evolutionary process in plants but, until recently, our understanding of its phylogenetic distribution and biological significance across deep evolutionary scales has been largely obscure. Over the past decade, genomic and phylogenomic datasets have revealed, perhaps not surprisingly, that hybridization, often associated with polyploidy, has been common throughout the evolutionary history of plants, particularly in various lineages of flowering plants. However, phylogenomic studies have also highlighted the challenges of disentangling signals of ancient hybridization from other sources of genomic conflict (in particular, incomplete lineage sorting). Here, we provide a critical review of ancient hybridization in vascular plants, outlining well-documented cases of ancient hybridization across plant phylogeny, as well as the challenges unique to documenting ancient versus recent hybridization. We provide a definition for ancient hybridization, which, to our knowledge, has not been explicitly attempted before. Further documenting the extent of deep reticulation in plants should remain an important research focus, especially because published examples likely represent the tip of the iceberg in terms of the total extent of ancient hybridization. However, future research should increasingly explore the macroevolutionary significance of this process, in terms of its impact on evolutionary trajectories (e.g. how does hybridization influence trait evolution or the generation of biodiversity over long time scales?), as well as how life history and ecological factors shape, or have shaped, the frequency of hybridization across geologic time and plant phylogeny. Finally, we consider the implications of ubiquitous ancient hybridization for how we conceptualize, analyze, and classify plant phylogeny. Networks, as opposed to bifurcating trees, represent more accurate representations of evolutionary history in many cases, although our ability to infer, visualize, and use networks for comparative analyses is highly limited. Developing improved methods for the generation, visualization, and use of networks represents a critical future direction for plant biology. Current classification systems also do not generally allow for the recognition of reticulate lineages, and our classifications themselves are largely based on evidence from the chloroplast genome. Updating plant classification to better reflect nuclear phylogenies, as well as considering whether and how to recognize hybridization in classification systems, will represent an important challenge for the plant systematics community.",
    url = "https://doi.org/10.1111/tpj.16142",
    doi = "10.1111/tpj.16142",
    openalex = "W4320494454",
    references = "doi101016jppees201002002, doi101093sysbiosyab035"
}

El triángulo de la enfermedad es un modelo estructuralmente simple pero conceptualmente rico que se utiliza en la fitopatología y otros campos de estudio para explicar la enfermedad infecciosa como resultado de la relación trilateral entre un hospedador, un patógeno y su entorno. También sirve como guía para encontrar soluciones para tratar, predecir y prevenir tales enfermedades. Con la realización basada en omics y evidencia de que la abundancia y la actividad de un patógeno son impactadas por la proximidad e interacción con una diversa multitud de otros microorganismos que colonizan el mismo hospedador, el triángulo de la enfermedad evolucionó hacia una forma de tetraedro, que presenta una dimensión cuarta adicional que representa la microbiota asociada al hospedador. Otra variante del triángulo de la enfermedad surgió del paradigma recientemente formulado del patobioma, que se desvía de la etiología clásica de "un solo patógeno" de la enfermedad infecciosa a favor de un escenario en el que la enfermedad representa un resultado condicional de interacciones complejas entre y entre un hospedador, su microbiota (incluyendo microbios con potencial patógeno) y el entorno. El resultado es una versión del triángulo de la enfermedad original donde "patógeno" se sustituye por "microbiota". Aquí, como parte de una revisión cuidadosa y concisa del origen, historia y uso del triángulo de la enfermedad, propongo un siguiente paso en su evolución, que es reemplazar la palabra "enfermedad" en el centro del tríada hospedador-microbiota-entorno con la palabra "salud". Este triángulo destaca la salud como un resultado deseable (en lugar de la enfermedad como un estado no deseado) y como una propiedad emergente de las interacciones hospedador-microbiota-entorno. Aplicado a la disciplina de la fitopatología, el triángulo de la salud ofrece un rango expandido de objetivos y enfoques para el diagnóstico, predicción, restauración y mantenimiento de resultados de salud de las plantas. Sus aplicaciones no se restringen solo a enfermedades infecciosas, y su marco subyacente es más inclusivo de todas las contribuciones microbianas al bienestar de las plantas, incluidas las de hongos micorrízicos y bacterias fijadoras de nitrógeno, para las cuales nunca hubo un lugar apropiado en el triángulo de la enfermedad de las plantas. El triángulo de la salud de las plantas también puede tener una ventaja como herramienta de educación y comunicación para transmitir y enfatizar la importancia de las plantas saludables y su microbiota asociada a un público más amplio y a los grupos de interés.

@article{doi101146annurevphyto121423042021,
    author = "Leveau, Johan H. J.",
    title = "Re-Envisioning the Plant Disease Triangle: Full Integration of the Host Microbiota and a Focal Pivot to Health Outcomes",
    year = "2024",
    journal = "Annual Review of Phytopathology",
    abstract = {El triángulo de la enfermedad es un modelo estructuralmente simple pero conceptualmente rico que se utiliza en la fitopatología y otros campos de estudio para explicar la enfermedad infecciosa como resultado de la relación trilateral entre un hospedador, un patógeno y su entorno. También sirve como guía para encontrar soluciones para tratar, predecir y prevenir tales enfermedades. Con la realización basada en omics y evidencia de que la abundancia y la actividad de un patógeno son impactadas por la proximidad e interacción con una diversa multitud de otros microorganismos que colonizan el mismo hospedador, el triángulo de la enfermedad evolucionó hacia una forma de tetraedro, que presenta una dimensión cuarta adicional que representa la microbiota asociada al hospedador. Otra variante del triángulo de la enfermedad surgió del paradigma recientemente formulado del patobioma, que se desvía de la etiología clásica de "un solo patógeno" de la enfermedad infecciosa a favor de un escenario en el que la enfermedad representa un resultado condicional de interacciones complejas entre y entre un hospedador, su microbiota (incluyendo microbios con potencial patógeno) y el entorno. El resultado es una versión del triángulo de la enfermedad original donde "patógeno" se sustituye por "microbiota". Aquí, como parte de una revisión cuidadosa y concisa del origen, historia y uso del triángulo de la enfermedad, propongo un siguiente paso en su evolución, que es reemplazar la palabra "enfermedad" en el centro del tríada hospedador-microbiota-entorno con la palabra "salud". Este triángulo destaca la salud como un resultado deseable (en lugar de la enfermedad como un estado no deseado) y como una propiedad emergente de las interacciones hospedador-microbiota-entorno. Aplicado a la disciplina de la fitopatología, el triángulo de la salud ofrece un rango expandido de objetivos y enfoques para el diagnóstico, predicción, restauración y mantenimiento de resultados de salud de las plantas. Sus aplicaciones no se restringen solo a enfermedades infecciosas, y su marco subyacente es más inclusivo de todas las contribuciones microbianas al bienestar de las plantas, incluidas las de hongos micorrízicos y bacterias fijadoras de nitrógeno, para las cuales nunca hubo un lugar apropiado en el triángulo de la enfermedad de las plantas. El triángulo de la salud de las plantas también puede tener una ventaja como herramienta de educación y comunicación para transmitir y enfatizar la importancia de las plantas saludables y su microbiota asociada a un público más amplio y a los grupos de interés.},
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev-phyto-121423-042021",
    doi = "10.1146/annurev-phyto-121423-042021",
    openalex = "W4396212608",
    references = "doi101146annurevarplant102820032704"
}

La captura de objetivos se ha convertido rápidamente en un enfoque preferido para la investigación sistemática y evolutiva de plantas, marcando un cambio significativo en la generación de datos para la inferencia filogenética. Si bien este avance ha facilitado la resolución de muchas relaciones filogenéticas, el conflicto filogenético sigue siendo reportado y a menudo se atribuye a la duplicación del genoma, la reticulación, la coalescencia profunda o la especiación rápida – procesos que son particularmente comunes en la evolución de las plantas. La proliferación de métodos diseñados para analizar datos de captura de objetivos en presencia de estos procesos puede ser abrumadora para muchos investigadores, especialmente para los estudiantes. En esta revisión, guiamos a los investigadores a través del flujo de trabajo bioinformático de captura de objetivos, con un enfoque particular en la inferencia filogenética robusta en presencia de conflicto. A través del flujo de trabajo, destacamos consideraciones clave para reducir el conflicto artefactual, sintetizamos estrategias para manejar parálogos, explicamos las causas y la medición del conflicto y resumimos los métodos actuales para investigar los procesos biológicos subyacentes al conflicto. Si bien nos basamos en ejemplos de la flora australiana, esta revisión es ampliamente relevante para cualquier investigador que trabaje con datos de captura de objetivos. Concluimos que el conflicto a menudo es inherente e inevitable en la investigación filogenética de plantas, pero cuando se gestiona adecuadamente, los datos de captura de objetivos pueden proporcionar una visión sin precedentes de las extraordinarias e historias evolutivas complejas de las plantas.

@misc{doi1032942x2wp6v,
    author = "Joyce, Elizabeth y Schmidt‐Lebuhn, Alexander N. y Orel, Harvey K. y Nge, Francis J. y Anderson, Benjamin y Hammer, Timothy y McLay, Todd G. B.",
    title = "Navigating phylogenetic conflict and evolutionary inference in plants with target capture data",
    year = "2024",
    abstract = "Target capture has quickly become a preferred approach for plant systematic and evolutionary research, marking a step-change in the generation of data for phylogenetic inference. While this advancement has facilitated the resolution of many phylogenetic relationships, phylogenetic conflict continues to be reported, and often attributed to genome duplication, reticulation, deep coalescence or rapid speciation – processes that are particularly common in plant evolution. The proliferation of methods designed to analyse target capture data in the presence of these processes can be overwhelming for many researchers, especially students. In this review, we guide researchers through the target capture bioinformatic workflow, with a particular focus on robust phylogenetic inference in the presence of conflict. Through the workflow, we highlight key considerations for reducing artefactual conflict, synthesise strategies for managing paralogs, explain the causes and measurement of conflict, and summarise current methods for investigating biological processes underlying conflict. While we draw from examples in the Australian flora, this review is broadly relevant for any researcher working with target capture data. We conclude that conflict is often inherent and inevitable in plant phylogenetic research, but when properly managed, target capture data can provide unprecedented insight into the extraordinary and complex evolutionary histories of plants.",
    url = "https://doi.org/10.32942/x2wp6v",
    doi = "10.32942/x2wp6v",
    openalex = "W4399038239",
    references = "doi103389fpls20231063174"
}

La captura de objetivos se ha convertido rápidamente en un enfoque preferido para la investigación sistemática y evolutiva de plantas, marcando un cambio significativo en la generación de datos para la inferencia filogenética. Aunque este avance ha facilitado la resolución de muchas relaciones, el conflicto filogenético sigue siendo reportado y a menudo se atribuye a la duplicación del genoma, la reticulación, la clasificación incompleta de linajes o la especiación rápida – procesos comunes en la evolución de las plantas. La proliferación de métodos para analizar datos de captura de objetivos en presencia de estos procesos puede ser abrumadora para muchos investigadores, especialmente estudiantes. En esta revisión, desglosamos las causas del conflicto y guiamos a los investigadores a través de un flujo de trabajo bioinformático de captura de objetivos, con un enfoque particular en la inferencia filogenética robusta en presencia de conflicto. A través del flujo de trabajo, destacamos consideraciones clave para reducir el conflicto artefactual, gestionar parálogos y evaluar el conflicto, y discutimos los métodos actuales para investigar las causas del conflicto. Aunque nos basamos en ejemplos de la flora australiana, esta revisión es ampliamente relevante para cualquier investigador que trabaje con datos de captura de objetivos. Concluimos que el conflicto a menudo es inherente a los conjuntos de datos filogenómicos de plantas y, aunque se necesita un desarrollo metodológico adicional, cuando el conflicto se investiga cuidadosamente, los datos de captura de objetivos pueden proporcionar una visión sin precedentes de las extraordinarias historias evolutivas de las plantas.

@article{doi101071sb24011,
    author = "Joyce, Elizabeth y Schmidt‐Lebuhn, Alexander N. y Orel, Harvey K. y Nge, Francis J. y Anderson, Brendan M. y Hammer, Timothy y McLay, Todd G. B.",
    title = "Navegando el conflicto filogenético y la inferencia evolutiva en plantas con datos de captura de objetivos",
    year = "2025",
    journal = "Australian Systematic Botany",
    abstract = "La captura de objetivos se ha convertido rápidamente en un enfoque preferido para la investigación sistemática y evolutiva de plantas, marcando un cambio significativo en la generación de datos para la inferencia filogenética. Aunque este avance ha facilitado la resolución de muchas relaciones, el conflicto filogenético sigue siendo reportado y a menudo se atribuye a la duplicación del genoma, la reticulación, la clasificación incompleta de linajes o la especiación rápida – procesos comunes en la evolución de las plantas. La proliferación de métodos para analizar datos de captura de objetivos en presencia de estos procesos puede ser abrumadora para muchos investigadores, especialmente estudiantes. En esta revisión, desglosamos las causas del conflicto y guiamos a los investigadores a través de un flujo de trabajo bioinformático de captura de objetivos, con un enfoque particular en la inferencia filogenética robusta en presencia de conflicto. A través del flujo de trabajo, destacamos consideraciones clave para reducir el conflicto artefactual, gestionar parálogos y evaluar el conflicto, y discutimos los métodos actuales para investigar las causas del conflicto. Aunque nos basamos en ejemplos de la flora australiana, esta revisión es ampliamente relevante para cualquier investigador que trabaje con datos de captura de objetivos. Concluimos que el conflicto a menudo es inherente a los conjuntos de datos filogenómicos de plantas y, aunque se necesita un desarrollo metodológico adicional, cuando el conflicto se investiga cuidadosamente, los datos de captura de objetivos pueden proporcionar una visión sin precedentes de las extraordinarias historias evolutivas de las plantas.",
    url = "https://doi.org/10.1071/sb24011",
    doi = "10.1071/sb24011",
    openalex = "W4410110220",
    references = "doi103389fpls20231063174"
}

La generación y análisis de datos a escala genómica – genómica – está impulsando un aumento rápido en el conocimiento de la biodiversidad vegetal. Sin embargo, la velocidad y complejidad del avance tecnológico en genómica presenta desafíos para el uso a gran escala de la genómica en biología evolutiva y de conservación. Presentamos y describimos una colaboración a escala nacional concebida para construir recursos y capacidad genómica para comprender la flora australiana: la Iniciativa del Marco Genomics for Australian Plants (GAP). Esbozamos (a) la historia del proyecto, incluido el marco colaborativo, socios y financiación; (b) principios GAP como rigor en el diseño, verificación de muestras y documentación, gestión de datos y accesibilidad de datos; y (c) la estructura del consorcio y las cuatro corrientes de actividad asociadas (genomas de referencia, filogenómica, genómica de conservación y formación), con la justificación y objetivos de cada una. Mostramos, a través del debate sobre éxitos y desafíos, el valor de este enfoque de consorcio multinstitucional y los habilitadores, como colecciones bien curadas e infraestructura de investigación colaborativa nacional, todos los cuales han llevado a un aumento sustancial en la capacidad y entrega de resultados de conocimiento de biodiversidad.

@article{doi101071sb24022,
    author = "Simpson, Lalita y Cantrill, David J. y Byrne, Margaret y Allnutt, Theodore R. y King, Graham J.W. y Lum, Mabel y Bkhetan, Ziad Al y Andrew, Rose L. y Baker, William J. y Barrett, Matthew D. y Batley, Jacqueline y Berry, Oliver y Binks, Rachel M. y Bragg, Jason G. y Broadhurst, Linda y Brown, Gillian K. y Bruhl, Jeremy J. y Edwards, Richard J. y Ferguson, Scott y Forest, Félix y Gustafsson, Johan y Hammer, Timothy y Holmes, Gareth D. y Jackson, Chris y James, Elizabeth A. y Jones, Ashley y Kersey, Paul y Leitch, Ilia J. y Maurin, Olivier y McLay, Todd G. B. y Murphy, Daniel J. y Nargar, Katharina y Nauheimer, Lars y Sauquet, Hervé y Schmidt‐Lebuhn, Alexander N. y Shepherd, Kelly Anne y Syme, Anna y Waycott, Michelle y Wilson, Trevor y Crayn, Darren M.",
    title = "The Genomics for Australian Plants (GAP) framework initiative – developing genomic resources for understanding the evolución y conservación de la flora australiana",
    year = "2025",
    journal = "Australian Systematic Botany",
    abstract = "La generación y análisis de datos a escala genómica – genómica – está impulsando un aumento rápido en el conocimiento de la biodiversidad vegetal. Sin embargo, la velocidad y complejidad del avance tecnológico en genómica presenta desafíos para el uso a gran escala de la genómica en biología evolutiva y de conservación. Presentamos y describimos una colaboración a escala nacional concebida para construir recursos y capacidad genómica para comprender la flora australiana: la Iniciativa del Marco Genomics for Australian Plants (GAP). Esbozamos (a) la historia del proyecto, incluido el marco colaborativo, socios y financiación; (b) principios GAP como rigor en el diseño, verificación de muestras y documentación, gestión de datos y accesibilidad de datos; y (c) la estructura del consorcio y las cuatro corrientes de actividad asociadas (genomas de referencia, filogenómica, genómica de conservación y formación), con la justificación y objetivos de cada una. Mostramos, a través del debate sobre éxitos y desafíos, el valor de este enfoque de consorcio multinstitucional y los habilitadores, como colecciones bien curadas e infraestructura de investigación colaborativa nacional, todos los cuales han llevado a un aumento sustancial en la capacidad y entrega de resultados de conocimiento de biodiversidad.",
    url = "https://doi.org/10.1071/sb24022",
    doi = "10.1071/sb24022",
    openalex = "W4410109179",
    references = "doi101111nph20263, doi103389fpls20231063174"
}