Cordeados

@article{bateson1886the,
    author = "Bateson, William",
    title = "The Ancestry of the Chordata",
    year = "1886",
    journal = "Journal of Cell Science",
    url = "https://doi.org/10.1242/jcs.s2-26.104.535",
    doi = "10.1242/jcs.s2-26.104.535",
    number = "104",
    openalex = "W2572595438",
    pages = "535-572",
    volume = "S2-26"
}

@article{bateson1886the3,
    author = "Bateson, W",
    title = "The ancestry of the Chordata",
    year = "1886",
    journal = "Quarterly Journal of Microscopical Science, v. 26, p. 535-571",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Bateson, W., 1886, The ancestry of the Chordata: Quarterly Journal of Microscopical Science, v. 26, p. 535-571.}"
}

@misc{garstang1894preliminary6,
    author = "Garstang, W",
    title = "Nota preliminar sobre una nueva teoría de la filogenia de los Chordata",
    year = "1894",
    howpublished = "Zoologischer Anzeiger, v. 17, p. 122-125",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Garstang, W., 1894, Nota preliminar sobre una nueva teoría de la filogenia de los Chordata: Zoologischer Anzeiger, v. 17, p. 122-125.}"
}

@misc{gaskell1908the8,
    author = "Gaskell, W. H",
    title = "El Origen de los Vertebrados",
    year = "1908",
    howpublished = "Londres, Longman",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Gaskell, W. H., 1908, El Origen de los Vertebrados: Londres, Longman.}"
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@article{garstang1928the7,
    author = "Garstang, W",
    title = "La morfología de los Tunicata y sus implicaciones para la filogenia de los Chordata",
    year = "1928",
    journal = "Quarterly Journal of Microscopical Science, v. 72, p. 51-187",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Garstang, W., 1928, La morfología de los Tunicata y sus implicaciones para la filogenia de los Chordata: Quarterly Journal of Microscopical Science, v. 72, p. 51-187.}"
}

@article{barrington1938the1,
    author = "Barrington, E. J. W",
    title = "El sistema digestivo de Amphioxus ( Branchiostoma) lanceolatus",
    year = "1938",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society, London B, v. 228, p. 269-311",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Barrington, E. J. W., 1938, El sistema digestivo de Amphioxus ( Branchiostoma) lanceolatus: Philosophical Transactions of the Royal Society, London B, v. 228, p. 269-311.}"
}

@article{barrington1940observations2,
    author = "Barrington, E. J. W",
    title = "Observaciones sobre alimentación y digestión en Glossobalanus minutus",
    year = "1940",
    journal = "Quarterly Journal of Microscopical Science, v. 82, p. 227-260",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Barrington, E. J. W., 1940, Observaciones sobre alimentación y digestión en Glossobalanus minutus: Quarterly Journal of Microscopical Science, v. 82, p. 227-260.}"
}

@article{crossref1951the,
    title = "Los Cordados",
    year = "1951",
    journal = "Gastroenterología",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0016-5085(51)80057-x",
    doi = "10.1016/s0016-5085(51)80057-x",
    number = "1",
    openalex = "W4252394996",
    pages = "150",
    volume = "18"
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Con la llegada de clasificaciones relativamente objetivas, como las clasificaciones fenéticas producidas por las técnicas operativas de la taxonomía numérica (Sokal y Sneath, 1963), era inevitable que los biólogos se preguntaran qué conclusiones filogenéticas se podían extraer de ellas y con qué fiabilidad. Si estas taxonomías fenéticas no reflejaban todos los elementos de la filética (Sokal y Camin, 1965), ¿podrían diseñarse técnicas para deducir estos últimos? Por ejemplo, ¿podrían diseñarse métodos operativos para deducir las relaciones cladísticas entre los taxones, de modo que, dada la misma información inicial, diferentes investigadores obtendrían los mismos resultados? Por relaciones cladísticas entendemos las secuencias evolutivas de ramificación entre unidades taxonómicas sin tener en cuenta las similitudes fenéticas entre ellas ni una escala de tiempo absoluta. No cabe duda de que las filogenias probablemente podrían reconstruirse sin error para cualquier grupo taxonómico si estuvieran disponibles secuencias fósiles completas para ese grupo. Sin embargo, ¿pueden llevarse a cabo las reconstrucciones cladísticas con algún grado de 1 Este artículo se presentó el 29 de diciembre de 1964 en un simposio titulado "Interacciones entre taxonomías numéricas y ortodoxas" en Knoxville, Tennessee, ante la Sociedad de Zoología Sistemática.2 Contribución No.

@article{doi101111j155856461965tb01722x,
    author = "Camin, Joseph H. y Sokal, Robert R.",
    title = "UN MÉTODO PARA DEDUCIR SECUENCIAS DE RAMIFICACIÓN EN LA FILOGENIA",
    year = "1965",
    journal = "Evolution",
    abstract = {Con la llegada de clasificaciones relativamente objetivas, como las clasificaciones fenéticas producidas por las técnicas operativas de la taxonomía numérica (Sokal y Sneath, 1963), era inevitable que los biólogos se preguntaran qué conclusiones filogenéticas se podían extraer de ellas y con qué fiabilidad. Si estas taxonomías fenéticas no reflejaban todos los elementos de la filética (Sokal y Camin, 1965), ¿podrían diseñarse técnicas para deducir estos últimos? Por ejemplo, ¿podrían diseñarse métodos operativos para deducir las relaciones cladísticas entre los taxones, de modo que, dada la misma información inicial, diferentes investigadores obtendrían los mismos resultados? Por relaciones cladísticas entendemos las secuencias evolutivas de ramificación entre unidades taxonómicas sin tener en cuenta las similitudes fenéticas entre ellas ni una escala de tiempo absoluta. No cabe duda de que las filogenias probablemente podrían reconstruirse sin error para cualquier grupo taxonómico si estuvieran disponibles secuencias fósiles completas para ese grupo. Sin embargo, ¿pueden llevarse a cabo las reconstrucciones cladísticas con algún grado de 1 Este artículo se presentó el 29 de diciembre de 1964 en un simposio titulado "Interacciones entre taxonomías numéricas y ortodoxas" en Knoxville, Tennessee, ante la Sociedad de Zoología Sistemática.2 Contribución No.},
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1965.tb01722.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1965.tb01722.x",
    openalex = "W2120653759",
    references = "doi101038202147a0, doi1015159783112551080005, doi1023071377831, doi1023072411550, doi1023072411730, doi104324978020376680411, doi105962bhltitle84425, openalexw1541749163, openalexw3201999275"
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@article{doi101111j155856461965tb01734x,
    author = "Dillon, L.",
    title = "EL HIDROCOELO Y EL ANCESTRATO DE LOS CORDADOS",
    year = "1965",
    journal = "Evolución",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1965.tb01734.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1965.tb01734.x",
    is_oa = "true",
    number = "3",
    pages = "436-446",
    semanticscholar_citation_count = "6",
    semanticscholar_id = "d372bec96512a803a7bf29e0d2a6dc93a163a468",
    volume = "19"
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@article{crossref1973palaeozoology,
    title = "Paleozoología: Antecedentes de los cordados",
    year = "1973",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/245123c0",
    doi = "10.1038/245123c0",
    number = "5421",
    pages = "123-124",
    volume = "245"
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Lagynocystis pyramidalis (Barrande) del Ordovícico Inferior marino de Bohemia (Formación Šárka (Llanvirn)), posee características que sugieren que es ancestral, o casi lo es, para los cefalocordados vivos como el amfioxo (Branchiostoma). L. pyramidalis pertenece a un extraño grupo de fósiles clasificados por algunos investigadores como equinodermos 'carpoideos' (filo Echinodermata, subfilo Homalozoa, clase Stylophora). Sin embargo, se ven mejor como cordados primitivos con afinidades equinodermas (filo Chordata, subfilo Calcichordata Jefferies, 1967, clase Stylophora). La característica más destacada de los calcicordados que recuerda a los equinodermos es su esqueleto de calcita, donde cada placa es un único cristal de calcita. Sus caracteres cordados incluyen: (1) hendiduras branquiales; (2) una cola (tronco) postanal con bloques musculares, notocorda, cordón nervioso dorsal y ganglios segmentarios; (3) un cerebro y sistema nervioso craneal similares a los de un pez; y (4) diversas asimetrías como las de los cordados primitivos recientes. Los calcicordados se dividen en un orden más primitivo, Cornuta, y un orden más avanzado, Mitrata, que evolucionó a partir de Cornuta. L. pyramidalis es un miembro especializado del orden Mitrata. Las formas hasta ahora asociadas con él en la suborden Lagynocystida de los Mitrata se separan mejor de él para formar una nueva suborden Peltocystida (Kirkocystidae más Peltocystidae). Las características que unen a L. pyramidalis con el amfioxo son las siguientes: (1) un atrio ventral medio que se abre mediante un atrioporo ventral medio; (2) un coelomo posterior probablemente excretor que podría dar origen a los nefridios del amfioxo mediante el crecimiento ascendente de las hendiduras branquiales; (3) evidencia de que el ano se abría externamente a la izquierda; (4) evidencia de que la boca y la cavidad bucal estaban inervadas más fuertemente desde la izquierda que desde la derecha; (5) evidencia que sugiere que, si nadaba, L. pyramidalis rotaría sobre su eje longitudinal, en sentido horario visto desde atrás, como el amfioxo larval tardío y los tunicados larvales. Las características similares al amfioxo de L. pyramidalis se imponen sobre el patrón de un mitrato muy primitivo. Existió así: (1) un cerebro bien desarrollado y los nervios craneales eran más del patrón vertebrado que los del amfioxo; (2) aberturas branquiales izquierda y derecha además del atrioporo medio; y (3) la cola o tronco tenía ganglios segmentarios apareados. El ancestro común más reciente de los vertebrados y el amfioxo sería un mitrato primitivo. Por lo tanto, dado que Lagynocystis tenía un esqueleto de calcita, tal esqueleto se ha perdido al menos dos veces en la evolución de los cordados.

@article{doi101098rstb19730032,
    author = "Jefferies, R.",
    title = "The Ordovician Fossil Lagynocystis pyramidalis (Barrande) and the Ancestry of Amphioxus",
    year = "1973",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B",
    abstract = "Lagynocystis pyramidalis (Barrande) from the marine Lower Ordovician of Bohemia (Šárka Formation (Llanvirn)), has features which suggest that it is ancestral, or nearly so, to living cephalochordates such as amphioxus (Branchiostoma). L. pyramidalis belongs to a strange group of fossils classified by some workers as ‘carpoid’ echinoderms (phylum Echinodermata, subphylum Homalozoa, class Stylophora). They are better seen, however, as primitive chordates with echinoderm affinities (phylum Chordata, subphylum Calcichordata Jefferies, 1967, class Stylophora). The most striking echinoderm-like feature of the calcichordates is their calcite skeleton with each plate a single crystal of calcite. Their chordate characters include: (1) branchial slits; (2) a postanal tail (stem) with muscle blocks, notochord, dorsal nerve cord and segmental ganglia; (3) a brain and cranial nervous system like those of a fish; and (4) various asymmetries like those of recent primitive chordates. The calcichordates are divided into a more primitive order, Cornuta, and a more advanced order Mitrata, which evolved from Cornuta. L. pyramidalis is a specialized member of the order Mitrata. Forms up till now associated with it in the suborder Lagynocystida of the Mitrata are better separated from it to form a new suborder Peltocystida (Kirkocystidae plus Peltocystidae). The features which ally L. pyramidalis to amphioxus are as follows: (1) a median ventral atrium opening by a median ventral atriopore; (2) a probably excretory posterior coelom which could give rise to the nephridia of amphioxus by upward growth of the gill slits; (3) evidence that the anus opened externally on the left; (4) evidence that the mouth and buccal cavity was innervated more strongly from the left than from the right; (5) evidence suggesting that, if it swam, L. pyramidalis would rotate about its long axis, clockwise as seen from behind, like late larval amphioxus and larval tunicates. The amphioxus-like features of L. pyramidalis are imposed on the pattern of a very primitive mitrate. There existed thus: (1) a well-developed brain and the cranial nerves were more of the vertebrate pattern than those of amphioxus; (2) left and right branchial openings in addition to the median atriopore; and (3) the tail or stem had paired segmental ganglia. The latest common ancestor of vertebrates and amphioxus would be a primitive mitrate. It follows, since Lagynocystis had a calcite skeleton, that such a skeleton has been lost at least twice in the evolution of the chordates.",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/ca5b8f2f3a69f4cfcceb8adb101609f40eb57b2e",
    doi = "10.1098/RSTB.1973.0032",
    is_oa = "true",
    number = "871",
    pages = "409-469",
    semanticscholar_citation_count = "50",
    semanticscholar_id = "ca5b8f2f3a69f4cfcceb8adb101609f40eb57b2e",
    volume = "265"
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Lagynocystis pyramidalis (Barrande) del Ordovícico Inferior marino de Bohemia (Formación Šárka (Llanvirn)), posee características que sugieren que es ancestral, o casi lo es, para los cefalocordados vivos como el amfioxo (Branchiostoma). L. pyramidalis pertenece a un extraño grupo de fósiles clasificados por algunos investigadores como equinodermos 'carpoideos' (filo Echinodermata, subfilo Homalozoa, clase Stylophora). Sin embargo, se ven mejor como cordados primitivos con afinidades equinodermas (filo Chordata, subfilo Calcichordata Jefferies, 1967, clase Stylophora). La característica más destacada de los calcicordados que recuerda a los equinodermos es su esqueleto de calcita, donde cada placa es un único cristal de calcita. Sus caracteres cordados incluyen: (1) hendiduras branquiales; (2) una cola postanal (tronco) con bloques musculares, notocorda, cordón nervioso dorsal y ganglios segmentarios; (3) un cerebro y sistema nervioso craneal similares a los de un pez; y (4) diversas asimetrías similares a las de los cordados primitivos recientes. Los calcicordados se dividen en un orden más primitivo, Cornuta, y un orden más avanzado, Mitrata, que evolucionó a partir de Cornuta. L. pyramidalis es un miembro especializado del orden Mitrata. Las formas hasta ahora asociadas con él en la suborden Lagynocystida de los Mitrata deben separarse mejor de él para formar una nueva suborden Peltocystida (Kirkocystidae más Peltocystidae). Las características que unen a L. pyramidalis con el amfioxo son las siguientes: (1) un atrio ventral medio que se abre mediante un poro atrial ventral medio; (2) un coelomo posterior probablemente excretor que podría dar origen a los nefridios del amfioxo mediante el crecimiento ascendente de las hendiduras branquiales; (3) evidencia de que el ano se abría externamente a la izquierda; (4) evidencia de que la boca y la cavidad bucal estaban más inervadas desde la izquierda que desde la derecha; (5) evidencia que sugiere que, si nadaba, L. pyramidalis rotaría sobre su eje longitudinal, en sentido horario visto desde atrás, como el amfioxo larval tardío y los tunicados larvarios. Las características similares al amfioxo de L. pyramidalis se imponen sobre el patrón de un mitrato muy primitivo. Existió así: (1) un cerebro bien desarrollado y los nervios craneales eran más del patrón vertebrado que los del amfioxo; (2) aberturas branquiales izquierda y derecha además del poro atrial medio; y (3) la cola o tronco tenía ganglios segmentarios pares. El último ancestro común de los vertebrados y el amfioxo sería un mitrato primitivo. Por lo tanto, dado que Lagynocystis tenía un esqueleto de calcita, tal esqueleto se ha perdido al menos dos veces en la evolución de los cordados.

@article{jefferies1973the,
    author = "Jefferies, R. P. S.",
    title = "The Ordovician fossil Lagynocystis pyramidalis (Barrande) and the ancestry of amphioxus",
    year = "1973",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society of London. B, Biological Sciences",
    abstract = "Lagynocystis pyramidalis (Barrande) from the marine Lower Ordovician of Bohemia (Šárka Formation (Llanvirn)), has features which suggest that it is ancestral, or nearly so, to living cephalochordates such as amphioxus (Branchiostoma). L. pyramidalis belongs to a strange group of fossils classified by some workers as ‘carpoid’ echinoderms (phylum Echinodermata, subphylum Homalozoa, class Stylophora). They are better seen, however, as primitive chordates with echinoderm affinities (phylum Chordata, subphylum Calcichordata Jefferies, 1967, class Stylophora). The most striking echinoderm-like feature of the calcichordates is their calcite skeleton with each plate a single crystal of calcite. Their chordate characters include: (1) branchial slits; (2) a postanal tail (stem) with muscle blocks, notochord, dorsal nerve cord and segmental ganglia; (3) a brain and cranial nervous system like those of a fish; and (4) various asymmetries like those of recent primitive chordates. The calcichordates are divided into a more primitive order, Cornuta, and a more advanced order Mitrata, which evolved from Cornuta. L. pyramidalis is a specialized member of the order Mitrata. Forms up till now associated with it in the suborder Lagynocystida of the Mitrata are better separated from it to form a new suborder Peltocystida (Kirkocystidae plus Peltocystidae). The features which ally L. pyramidalis to amphioxus are as follows: (1) a median ventral atrium opening by a median ventral atriopore; (2) a probably excretory posterior coelom which could give rise to the nephridia of amphioxus by upward growth of the gill slits; (3) evidence that the anus opened externally on the left; (4) evidence that the mouth and buccal cavity was innervated more strongly from the left than from the right; (5) evidence suggesting that, if it swam, L. pyramidalis would rotate about its long axis, clockwise as seen from behind, like late larval amphioxus and larval tunicates. The amphioxus-like features of L. pyramidalis are imposed on the pattern of a very primitive mitrate. There existed thus: (1) a well-developed brain and the cranial nerves were more of the vertebrate pattern than those of amphioxus; (2) left and right branchial openings in addition to the median atriopore; and (3) the tail or stem had paired segmental ganglia. The latest common ancestor of vertebrates and amphioxus would be a primitive mitrate. It follows, since Lagynocystis had a calcite skeleton, that such a skeleton has been lost at least twice in the evolution of the chordates.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.1973.0032",
    doi = "10.1098/rstb.1973.0032",
    number = "871",
    pages = "409-469",
    volume = "265"
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@article{jefferies1973the10,
    author = "Jefferies, R. P. S",
    title = "The Ordovician fossil Lagynocystis pyramidalis (Barrande) y el origen de los anfioxos",
    year = "1973",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society, London B, v. 265, p. 409-469",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Jefferies, R. P. S., 1973, The Ordovician fossil Lagynocystis pyramidalis (Barrande) y el origen de los anfioxos: Philosophical Transactions of the Royal Society, London B, v. 265, p. 409-469.}"
}

@book{godeaux1974primitive9,
    author = "Godeaux, J. E. A",
    title = "Primitive Deuterostomians, in Florkin, M., and Scheer, B. T., eds., Chemical Zoology",
    year = "1974",
    publisher = "London, Academic Press, v. VIII, p. 4-60",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Godeaux, J. E. A., 1974, Primitive Deuterostomians, in Florkin, M., and Scheer, B. T., eds., Chemical Zoology: London, Academic Press, v. VIII, p. 4-60.}"
}

@incollection{berrill1975chordata4,
    author = "Berrill, N. J",
    editor = "Giese, A. C. and Pearse, J. S.",
    title = "Chordata: Tunicata",
    year = "1975",
    booktitle = "Reproducción de Invertebrados Marinos II. Ectoproctos y Coelomatos Menores",
    publisher = "New York, Academic Press, p. 241-282",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Berrill, N. J., 1975, Chordata: Tunicata, in Giese, A. C., and Pearse, J. S., eds., Reproducción de Invertebrados Marinos II. Ectoproctos y Coelomatos Menores: New York, Academic Press, p. 241-282.}"
}

@inproceedings{jefferies1975fossil11,
    author = "Jefferies, R. P. S",
    title = "Evidencia fósil concerniente al origen de los cordados",
    year = "1975",
    booktitle = "Symposium de la Sociedad Zoológica, Londres, v. 36, p. 253-318",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Jefferies, R. P. S., 1975, Evidencia fósil concerniente al origen de los cordados: Symposium de la Sociedad Zoológica, Londres, v. 36, p. 253-318.}"
}

@inproceedings{watts1975evolution12,
    author = "Watts, D. C",
    title = "Evolución de las quinasas de fosfagenos en la línea de los cordados",
    year = "1975",
    booktitle = "Simposio de la Sociedad Zoológica, Londres, v. 36, p. 105-127",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Watts, D. C., 1975, Evolución de las quinasas de fosfagenos en la línea de los cordados: Simposio de la Sociedad Zoológica, Londres, v. 36, p. 105-127.}"
}

@incollection{wickstead1975chordata13,
    author = "Wickstead, J. H",
    editor = "Giese, A. C. and Pearse, J. S.",
    title = "Chordata: Acrania (Cephalochordata)",
    year = "1975",
    booktitle = "Reproducción de Invertebrados Marinos II, Entoproctos y Coelomatos Menores",
    publisher = "New York, Academic Press, p. 283-319",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Wickstead, J. H., 1975, Chordata: Acrania (Cephalochordata), en Giese, A. C., y Pearse, J. S., eds., Reproducción de Invertebrados Marinos II, Entoproctos y Coelomatos Menores: New York, Academic Press, p. 283-319.}"
}

@incollection{crossref1976chordates,
    title = "Cordados",
    year = "1976",
    booktitle = "Animal Biochromes and Structural Colours",
    url = "https://doi.org/10.1525/9780520339422-020",
    doi = "10.1525/9780520339422-020",
    openalex = "W4246051787",
    pages = "138-181"
}

* *1. Prospecto * Parte I: Recapitulación *2. La Tradición Analogista desde Anaximandro hasta Bonnet * ¿Las Semillas de la Recapitulación en la Ciencia Griega? * Ontogenia y Filogenia en el Conflicto de la Epigénesis: El Idilio de Charles Bonnet * Apéndice: La Revolución en *3. Orígenes Transcendentales, 1793--1860 * Naturphilosophie: Una Expresión del Desarrollismo * Dos Destacados Recapitulacionistas entre los Naturphilosophen: Oken y Meckel * La Clasificación de Animales de Oken: Adiciones Lineales de Órganos * La Solemne Declaración de los Mismos Principios por J. F. Meckel * Serres y los Transcendentales Franceses * Recapitulación y la Teoría de las Paradas del Desarrollo * La Crítica de la Recapitulación por Von Baer * La Dirección del Desarrollo y la Clasificación de Animales * Von Baer y la Naturphilosophie: ¿Cuál es la Dirección Universal del Desarrollo? * Louis Agassiz y el Triple Paralelismo *4. Triunfo Evolutivo, 1859--1900 * Teoría Evolutiva y Práctica Zoológica * Darwin y la Evolución de las Leyes de Von Baer * Evolución y la Mecánica de la Recapitulación * Ernst Haeckel: Filogenia como Causa Mecánica de la Ontogenia * El Mecanismo de la Recapitulación * Los Neolamarckianos Americanos: La Ley de Aceleración como Motor de la Evolución * Evolución Progresiva por Aceleración * El Alcance del Paralelismo * ¿Por Qué la Recapitulación Domina la Historia de la Vida? * Alpheus Hyatt y la Aceleración Universal * Lamarckismo y la Analogía de la Memoria * Recapitulación y Darwinismo * Apéndice: La Traducción Evolutiva de las Leyes de Von Baer *5. Influencia Pervasiva * Antropología Criminal * Racismo * Desarrollo Infantil * Educación Primaria * Psicoanálisis Freudiano * Epílogo *6. Declive, Caída y Generalización * Un Argumento Astuto * Una Crítica Empírica * Órganos o Antepasados: La Transformación de la Heterocronía de Haeckel * Interpolaciones en las Etapas Juveniles * Introducción de Características Juveniles en los Adultos de los Descendientes * ¿Qué Se Había Convertido en la Crítica de Von Baer? * Negligencia Benigna: Recapitulación y el Auge de la Embriología Experimental * Los Supuestos Previos de la Recapitulación * Wilhelm His y su Embriología Fisiológica: Un Enfrentamiento Preliminar * La Entwicklungsmechanik de Roux y la Ley Biogénica * Recapitulación y Cuestiones Sustantivas en la Embriología Experimental: El Nuevo Preformismo * La Resurrección de Mendel, la Caída de Haeckel y la Generalización de la Recapitulación * Parte II: Heterocronía y Paedomorfosis *7. Heterocronía y el Paralelo entre Ontogenia y Filogenia * Aceleración y Retardación * Confusión en y después del Legado de Haeckel * Directrices para una Resolución * La Reducción de las Categorías de Heterocronía de de Beer a Aceleración y Retardación * Una Paradoja Histórica: La Presunta Dominancia de la Recapitulación * Disociabilidad y Heterocronía * Correlación y Disociabilidad * Disociación de los Tres Procesos * Una Métrica para la Disociación * El Desplazamiento Temporal como Mecanismo de Disociación * Un Modelo de Reloj de la Heterocronía * Apéndice: Una Nota sobre la Representación Multivariante de la Disociación *8. La Significación Ecológica y Evolutiva de la Heterocronía * El Argumento de la Frecuencia * La Importancia de la Recapitulación * La Importancia del Cambio Heterocrónico: Casos Seleccionados * Frecuencia de la Paedomorfosis en el Origen de los Taxones Superiores * Una Crítica de la Significación Clásica de la Heterocronía * Los Argumentos Clásicos * Significación Retrospectiva e Inmediata * Heterocronía, Ecología y Estrategias de Historia de Vida * La Posible Facilidad y Rapidez del Cambio Heterocrónico * El Control de la Metamorfosis en los Insectos * Paedomorfosis Anfibia y la Glándula Tiroides *9. Progénesis y Neotenia Progénesis de Insectos * Protetelia y Metatetelia * Paedogénesis (Progénesis Partenogénica) en Mosquitos de la Gallina y Escarabajos * Progénesis en Áfidos Alados Partenogénicos * Casos Adicionales de Progénesis con una Base Ecológica Similar * Locustas Solitarias Neoténicas: ¿Son una Excepción a la Regla? * Neotenia Anfibia * Los Determinantes Ecológicos de la Progénesis * Entornos Inestables * Colonización * Parásitos * Dispersión Masculina * La Progénesis como Respuesta Adaptativa a las Presiones por Tamaño Pequeño * El Papel de la Heterocronía en la Macroevolución: Flexibilidades Contrastantes para la Progénesis y la Neotenia * Progénesis * Neotenia * Los Correlatos Sociales de la Neotenia en los Vertebrados Superiores *10. Retardación y Neotenia en la Evolución Humana * Las Semillas de la Neotenia * La Teoría de la Fetalización de Louis Bolk * Los Datos de Bolk * La Interpretación de Bolk * La Teoría Evolutiva de Bolk * Una Tradición de Argumentación * Retardación en la Evolución Humana * Morfología en la Matriz de la Retardación * Sobre la Enumeración * Sobre los Prototipos * Sobre la Correlación * La Significación Adaptativa del Desarrollo Retardado *11. Epílogo * Notas * Bibliografía * Glosario * Índice

@book{openalexw2506868775,
    author = "Gould, Stephen Jay",
    title = "Ontogenia y Filogenia",
    year = "1977",
    abstract = "* *1. Prospecto * Parte I: Recapitulación *2. La Tradición Analogista desde Anaximandro hasta Bonnet * ¿Las Semillas de la Recapitulación en la Ciencia Griega? * Ontogenia y Filogenia en el Conflicto de la Epigénesis: El Idilio de Charles Bonnet * Apéndice: La Revolución en *3. Orígenes Transcendentales, 1793--1860 * Naturphilosophie: Una Expresión del Desarrollismo * Dos Líderes Recapitulacionistas entre los Naturphilosophen: Oken y Meckel * La Clasificación de los Animales de Oken: Adiciones Lineales de Órganos * La Declaración Sobria de los Mismos Principios por J. F. Meckel * Serres y los Transcendentalistas Franceses * Recapitulación y la Teoría de las Paradas del Desarrollo * La Crítica de la Recapitulación por Von Baer * La Dirección del Desarrollo y la Clasificación de los Animales * Von Baer y la Naturphilosophie: ¿Cuál es la Dirección Universal del Desarrollo? * Louis Agassiz y el Tríplice Paralelismo *4. Triunfo Evolutivo, 1859--1900 * Teoría Evolutiva y Práctica Zoológica * Darwin y la Evolución de las Leyes de Von Baer * Evolución y la Mecánica de la Recapitulación * Ernst Haeckel: La Filogenia como Causa Mecánica de la Ontogenia * El Mecanismo de la Recapitulación * Los Neolamarckianos Americanos: La Ley de la Aceleración como Motor de la Evolución * Evolución Progresiva por Aceleración * El Alcance del Paralelismo * ¿Por Qué la Recapitulación Domina la Historia de la Vida? * Alpheus Hyatt y la Aceleración Universal * Lamarckismo y la Analogía de la Memoria * Recapitulación y Darwinismo * Apéndice: La Traducción Evolutiva de las Leyes de Von Baer *5. Influencia Pervasiva * Antropología Criminal * Racismo * Desarrollo Infantil * Educación Primaria * Psicoanálisis Freudiano * Epílogo *6. Declive, Caída y Generalización * Un Argumento Astuto * Una Crítica Empírica * Órganos o Ancestros: La Transformación de la Heterocronía de Haeckel * Interpolaciones en las Etapas Juveniles * Introducción de Características Juveniles en los Adultos de los Descendientes * ¿Qué Se Había Convertido en la Crítica de Von Baer? * Negligencia Benigna: Recapitulación y el Auge de la Embriología Experimental * Las Suposiciones Previas de la Recapitulación * Wilhelm His y su Embriología Fisiológica: Un Enfrentamiento Preliminar * La Entwicklungsmechanik de Roux y la Ley Biogénica * Recapitulación y Cuestiones Sustantivas en la Embriología Experimental: El Nuevo Preformismo * La Resurrección de Mendel, la Caída de Haeckel y la Generalización de la Recapitulación * Parte II: Heterocronía y Paedomorfosis *7. Heterocronía y el Paralelo entre Ontogenia y Filogenia * Aceleración y Retardación * Confusión en y después del Legado de Haeckel * Pautas para una Resolución * La Reducción de las Categorías de Heterocronía de de Beer a Aceleración y Retardación * Una Paradoja Histórica: La Supuesta Dominancia de la Recapitulación * Disociabilidad y Heterocronía * Correlación y Disociabilidad * Disociación de los Tres Procesos * Una Métrica para la Disociación * El Desplazamiento Temporal como Mecanismo de Disociación * Un Modelo de Reloj de la Heterocronía * Apéndice: Una Nota sobre la Representación Multivariante de la Disociación *8. La Significación Ecológica y Evolutiva de la Heterocronía * El Argumento de la Frecuencia * La Importancia de la Recapitulación * La Importancia del Cambio Heterocrónico: Casos Seleccionados * Frecuencia de la Paedomorfosis en el Origen de los Taxones Superiores * Una Crítica de la Significación Clásica de la Heterocronía * Los Argumentos Clásicos * Significación Retrospectiva e Inmediata * Heterocronía, Ecología y Estrategias de Historia de Vida * La Potencial Facilidad y Rapidez del Cambio Heterocrónico * El Control de la Metamorfosis en los Insectos * Paedomorfosis Anfibia y la Glándula Tiroides *9. Progénesis y Neotenia Progénesis de Insectos * Protesis y Metatesis * Paedogénesis (Progénesis Partenogénica) en Mosquitos de la Gallina y Escarabajos * Progénesis en Áfidos Alados, Partenogénicos y Sin Alas * Casos Adicionales de Progénesis con una Base Ecológica Similar * Locustas Solitarias Neoténicas: ¿Son una Excepción a la Regla? * Neotenia Anfibia * Los Determinantes Ecológicos de la Progénesis * Entornos Inestables * Colonización * Parásitos * Dispersión Masculina * La Progénesis como Respuesta Adaptativa a las Presiones para un Tamaño Pequeño * El Papel de la Heterocronía en la Macroevolución: Flexibilidades Contrastantes para la Progénesis y la Neotenia * Progénesis * Neotenia * Los Correlatos Sociales de la Neotenia en los Vertebrados Superiores *10. Retardación y Neotenia en la Evolución Humana * Las Semillas de la Neotenia * La Teoría de la Fetalización de Louis Bolk * Los Datos de Bolk * La Interpretación de Bolk * La Teoría Evolutiva de Bolk * Una Tradición de Argumentación * Retardación en la Evolución Humana * Morfología en la Matriz de la Retardación * Sobre la Enumeración * Sobre los Prototipos * Sobre la Correlación * La Significación Adaptativa del Desarrollo Retardado *11. Epílogo * Notas * Bibliografía * Glosario * Índice",
    openalex = "W2506868775",
    references = "doi101086409052, doi101146annureves08110177001045"
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Placocystites forbesianus de Koninck, procedente del Limestone de Dudley del Silúrico, cerca de Dudley, West Midlands, se interpreta aquí como un cordado primitivo con un esqueleto de calcita de tipo equinodermo. Esto coincide con trabajos anteriores del autor principal y discrepa con el trabajo de Ubaghs (1968 etc.). Aplicando la terminología de Hennig, Placocystites probablemente pertenece al grupo troncal de los vertebrados y, por lo tanto, arroja luz sobre la anatomía de los vertebrados primitivos. También pertenece al grupo Calcichordata, establecido por uno de nosotros como un subfilo (Jefferies 1967). Sin embargo, los Calcichordata no son comparables en posición filogenética con los subfilos de cordados vivos, por lo que la palabra calcicordado se usará de ahora en adelante solo de manera informal, para cualquier cordado con un esqueleto de tipo equinodermo. Ubaghs, quien ha desarrollado una interpretación totalmente diferente, asigna Placocystites al subfilo Homalozoa del filo Echinodermata. Al asignarlo a ese filo, el trabajo de Ubaghs es más tradicional que el nuestro. Dentro de los calcicordados, Placocystites forbesianus pertenece al grupo más avanzado conocido como mitratos. Estos se distinguen de los calcicordados más primitivos (cornutos) por tener branquias laterales a la derecha además de las de la izquierda. Dentro de los mitratos es posible sugerir los grupos troncales, en el sentido hennigiano, de acranios, tunicados y vertebrados. Se propone el término vertebrado estándar para denotar vertebrados en el sentido usual, en contraste con aquellos vertebrados troncales incluidos en los mitratos. Las dos partes obvias de un calcicordado, anteriormente llamadas teca y tronco, o cuerpo y cola, deben llamarse mejor cabeza y cola por homología con los vertebrados estándar. Los mitratos corresponden al protovertebrado tipo renacuajo de tunicado de los morfólogos 'antisegmentaristas' como Froriep, Starck y Romer. El protovertebrado uniformemente segmentado de los morfólogos 'segmentaristas' como Goodrich representaría una etapa real pero posterior en la ascendencia de los vertebrados estándar, descendientes de un mitrato. Los somitas de los vertebrados estándar y acranios pueden identificarse plausiblemente dentro de los calcicordados. Los somitas premandibulares y mandibulares estarían ubicados en la cabeza, junto con la cavidad bucal, la faringe, las hendiduras branquiales y las vísceras. Los somitas mandibulares izquierdo y derecho probablemente estaban representados en los mitratos por los celomas anteriores izquierdo y derecho. Los somitas premandibulares pares estarían representados por un cuerpo en forma de cresta situado en la parte posterior de la cabeza, justo delante del cerebro. Los somitas hioideos serían el par más anterior de somitas de la cola, totalmente separados de las hendiduras branquiales y las barras branquiales. Somitas más posteriores también estarían en la cola, detrás de los somitas hioideos. Los homólogos de los ojos pares de los vertebrados estándar también pueden reconocerse como habiendo existido en los mitratos (ojos cisfaríngeos). Los supuestos somitas premandibulares, mandibulares y hioideos estaban agrupados alrededor de ellos en una disposición que podría dar lugar a los músculos oculares extrínsecos de los vertebrados estándar. Las orejas de los mitratos estaban laterales a los somitas hioideos como lo están en los embriones de vertebrados vivos. El sistema nervioso de Placocystites y sus parientes es comparable con el de un pez. El cerebro estaba dividido en dos partes que corresponden ampliamente al prosencéfalo y el rombencéfalo de un vertebrado estándar temprano (aunque el rombencéfalo de los vertebrados también incluye derivados de la cola del mitrato). Se deduce que los nervios craneales incluían complejos olfatorios, quizás terminalis, ópticos, trigéminos y acusticolaterales. El complejo trigémino incluía ramas opthalmicus superficialis y opthalmicus profundus y un solo par de ganglios. Contrario a la teoría clásica, no estaba dividido en subcomplejos profundus y 'verdadero' trigémino. La faringe de Placocystites y los mitratos relacionados era como la de un tunicado, particularmente en ciertas asimetrías. Los detalles del esqueleto indican fuertemente que la faringe en vida habría contenido una trampa mucosa endostilar de tipo tunicado o ammocoete, como prediría la teoría clásica. La glándula neural ('hipófisis') parece haber tenido las mismas relaciones que en un renacuajo de tunicado completamente formado, pero probablemente era de origen endodérmico, homóloga con la bolsa de Seessel de un vertebrado. La anatomía de la cabeza del calcicordado primitivo Cothurnocystis, que era un cornuto y, como otros cornutos y el anfioxo larval, solo tenía hendiduras branquiales a la izquierda, se reconstruye trabajando hacia atrás desde los mitratos y por evidencia directa de su esqueleto. Se deduce el ancestro común más reciente hipotético de lampreas y gnatosostomos. Las partes derivadas de la cabeza del mitrato pueden distinguirse de aquellas derivadas de la cola del mitrato. El animal probablemente poseía una región de cabeza notocordal y un tronco. Estos se habrían formado cuando las hendiduras branquiales y las vísceras migraron hacia atrás ventralmente a la parte anterior de la cola del mitrato. El pericardio se habría originado por el crecimiento ventral de los somitas de la cola del mitrato a lo largo de las barras branquiales y su fusión ventralmente para formar una cavidad. El celoma visceral se originó por el crecimiento ventral de los somitas de la cola del mitrato alrededor de las vísceras, acompañado del desarrollo y fusión de cavidades en las partes ventrales de estos somitas. Los nervios branquiales de los vertebrados estándar son una mezcla de elementos placodales, probablemente derivados de la cabeza del mitrato, y elementos de la cresta neural, probablemente derivados de la cola del mitrato. Este animal hipotético probablemente evolucionó de los mitratos cuando uno de ellos adoptó el nado habitual hacia adelante. Placocystites probablemente se arrastraba hacia atrás a través del sedimento justo debajo del fondo del mar, tirado por la cola. Un par de espinas cerca de la boca servirían para cortar en el sedimento, probablemente asistido por agua expulsada a lo largo de ellas desde la cavidad bucal.

@article{doi101098rstb19780013,
    author = "Jefferies, R. and Lewis, D. N.",
    title = "The English Silurian fossil Placocystites forbesianus and the ancestry of the vertebrates",
    year = "1978",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B",
    abstract = "Placocystites forbesianus de Koninck, from the Silurian Dudley Limestone, near Dudley, West Midlands, is here interpreted as a primitive chordate with a calcite skeleton of echinoderm type. This agrees with earlier papers by the senior author and disagrees with the work of Ubaghs (1968 etc.). Applying Hennig’s terminology, Placocystites probably belongs to the stem group of the vertebrates and therefore throws light on primitive vertebrate anatomy. It also belongs to the group Calcichordata, set up by one of us as a subphylum (Jefferies 1967). The Calcichordata, however, are not comparable in phylogenetic position with the living chordate subphyla, so the word calcichordate will henceforth be used only informally, for any chordate with a skeleton of echinoderm type. Ubaghs, who has developed a totally different interpretation, assigns Placocystites to the subphylum Homalozoa of the phylum Echinodermata. In assigning it to that phylum, Ubaghs’s work is more traditional than ours. Within the calcichordates, Placocystites forbesianus belongs to the more advanced group known as mitrates. These are distinguished from more primitive calcichordates (cornutes) by having right gill slits in addition to left ones. Within the mitrates it is possible to suggest the stem groups, in the Hennigian sense, of acraniates, tunicates and vertebrates. The term standard vertebrate is proposed to denote vertebrates in the usual sense, as contrasted with those stem vertebrates included in the mitrates. The two obvious parts of a calcichordate, formerly called theca and stem, or body and tail, are best called head and tail by homology with standard vertebrates. Mitrates correspond to the tunicate-tadpole-like protovertebrate of ‘antisegmentationist’ morphologists such as Froriep, Starck and Romer. The uniformly segmented protovertebrate of 'segmentationist’ morphologists such as Goodrich would represent a real but later stage in the ancestry of standard vertebrates, descended from a mitrate. The somites of standard vertebrates and acraniates can be plausibly identified inside calcichordates. The premandibular and mandibular somites would be located in the head, along with the buccal cavity, pharynx, gill slits and viscera. The left and right mandibular somites were probably represented in mitrates by the left and right anterior coeloms. The paired premandibular somites would be represented by a crescentic body situated in the posterior part of the head just in front of the brain. The hyoidean somites would be the most anterior pair of somites of the tail, totally separated from gill slits and gill bars. More posterior somites would also be in the tail, behind the hyoidean somites. The homologues of the paired eyes of standard vertebrates can also be recognized as having existed in mitrates (cispharyngeal eyes). The presumed premandibular, mandibular and hyoidean somites were grouped round them in an arrangement which could give rise to the extrinsic eye muscles of standard vertebrates. The ears of mitrates were lateral to the hyoidean somites as they are in living vertebrate embryos. The nervous system of Placocystites and its relatives is comparable with that of a fish. The brain was divided into two parts broadly corresponding to the prosencephalon and rhombencephalon of an early standard vertebrate (though the rhombencephalon of vertebrates also includes derivatives of the mitrate tail). The cranial nerves are deduced to have included olfactory, perhaps terminalis, optic, trigeminal and acusticolateralis complexes. The trigeminal complex included opthalmicus superficialis and ophthalmicus profundus branches and a single pair of ganglia. Contrary to classical theory, it was not divided into profundus and ‘true’ trigeminal subcomplexes. The pharynx of Placocystites and related mitrates was like that of a tunicate, particularly in certain asymmetries. Details of the skeleton strongly indicate that the pharynx in life would have contained an endostylar mucous trap of tunicate or ammocoete type, as classical theory would predict. The neural gland (‘hypophysis’) seems to have had the same relations as in a fully formed tunicate tadpole, but was probably endodermal in origin, homologous with Seessel’s pouch of a vertebrate. The anatomy of the head of the primitive calcichordate Cothurnocystis, which was a cornute, and like other cornutes and larval amphioxus had left gill slits only, is reconstructed by working backwards from mitrates and by direct evidence from its skeleton. The hypothetical latest common ancestor of lampreys and gnathostomes is deduced. The parts derived from the mitrate head can be distinguished from those derived from the mitrate tail. The animal probably possessed a notochordal head region and a trunk. These would have formed when gill slits and viscera migrated backwards ventral to the anterior part of the mitrate tail. The pericardium would have arisen by ventral growth of mitrate tail somites down the gill bars and their fusion ventrally to form a cavity. The visceral coelom arose by the ventral growth of mitrate tail somites round the viscera, accompanied by the development and fusion of cavities in the ventral parts of these somites. The branchial nerves of standard vertebrates are a mixture of placodal elements, probably derived from the mitrate head, and neural crest elements, probably derived from the mitrate tail. This hypothetical animal probably evolved from the mitrates when one of them took to habitual forwards swimming. Placocystites probably crept backwards through the sediment just below the sea bottom, pulled by the tail. A pair of spines near the mouth would serve to cut into the sediment, probably assisted by water squirted along them from the buccal cavity.",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/16b6f461c900ef5cd7480fbcd4ca74bc161ac131",
    doi = "10.1098/RSTB.1978.0013",
    is_oa = "true",
    number = "990",
    pages = "205-323",
    semanticscholar_citation_count = "86",
    semanticscholar_id = "16b6f461c900ef5cd7480fbcd4ca74bc161ac131",
    volume = "282"
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@misc{bone1979the5,
    author = "Bone, Q",
    title = "El Origen de los Cordados [2ª ed.]",
    year = "1979",
    howpublished = "Burlington, N.C., Carolina Biological Supply",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Bone, Q., 1979, El Origen de los Cordados [2ª ed.]: Burlington, N.C., Carolina Biological Supply.}"
}

Presentamos un método cuantitativo para describir cómo los cambios heterocrónicos en la ontogenia se relacionan con las tendencias filéticas. Esto es un paso hacia la creación de una visión unificada de la biología del desarrollo y la ecología evolutiva en el estudio de la evolución morfológica. Utilizando esta representación, obtenemos un esquema de clasificación mucho más simplificado y lógico. Creemos que este esquema será particularmente útil en el estudio de los datos de la paleontología y la morfología comparada y en el análisis de los procesos que conducen a la radiación adaptativa. Ilustramos este esquema con ejemplos extraídos de la literatura y nuestro propio trabajo.

@article{doi101017s0094837300006588,
    author = "Alberch, Pere y Gould, Stephen Jay y Oster, George y Wake, David B.",
    title = "Tamaño y forma en ontogenia y filogenia",
    year = "1979",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Presentamos un método cuantitativo para describir cómo los cambios heterocrónicos en la ontogenia se relacionan con las tendencias filéticas. Esto es un paso hacia la creación de una visión unificada de la biología del desarrollo y la ecología evolutiva en el estudio de la evolución morfológica. Utilizando esta representación, obtenemos un esquema de clasificación mucho más simplificado y lógico. Creemos que este esquema será particularmente útil en el estudio de los datos de la paleontología y la morfología comparada y en el análisis de los procesos que conducen a la radiación adaptativa. Ilustramos este esquema con ejemplos extraídos de la literatura y nuestro propio trabajo.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0094837300006588",
    doi = "10.1017/s0094837300006588",
    openalex = "W1860355084",
    references = "doi101086404940, doi101086409052, doi101111j1469185x1966tb01624x, doi101111j155856461949tb00010x, doi101111j155856461976tb00911x, doi101146annurevbi46070177003041, doi101146annureves08110177001045, doi1023072412825, doi1043249781315765471, doi105962bhltitle146947, openalexw1525434908, openalexw2506868775"
}

Los estudios comparativos de la relación entre dos fenotipos, o entre un fenotipo y un entorno, se realizan frecuentemente mediante métodos estadísticos inválidos. La mayoría de los métodos de regresión, correlación y tablas de contingencia, incluidos los métodos no paramétricos, asumen que los puntos se extraen de forma independiente de una distribución común. Cuando las especies se toman de una filogenia ramificada, son manifiestamente no independientes. El uso de un método estadístico que asume independencia causará una sobreestimación de la significancia en las pruebas de hipótesis. Se han dado algunos ejemplos ilustrativos de estos fenómenos y se han discutido las limitaciones de las propuestas anteriores sobre cómo corregir la no independencia. Se ha propuesto un método para corregir la filogenia. Requiere que conozcamos tanto la topología del árbol como las longitudes de las ramas, y que estemos dispuestos a permitir que los caracteres se modelen mediante movimiento browniano en una escala lineal. Dadas estas condiciones, la filogenia especifica un conjunto de contrastes entre especies, contrastes que son estadísticamente independientes y pueden utilizarse en estudios de regresión o correlación. Se han discutido las considerables barreras para hacer un uso práctico de esta técnica.

@article{doi101086284325,
    author = "Felsenstein, Joseph",
    title = "Filogenias y el método comparativo",
    year = "1985",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "Los estudios comparativos de la relación entre dos fenotipos, o entre un fenotipo y un entorno, se realizan frecuentemente mediante métodos estadísticos inválidos. La mayoría de los métodos de regresión, correlación y tablas de contingencia, incluidos los métodos no paramétricos, asumen que los puntos se extraen de forma independiente de una distribución común. Cuando las especies se toman de una filogenia ramificada, son manifiestamente no independientes. El uso de un método estadístico que asume independencia causará una sobreestimación de la significancia en las pruebas de hipótesis. Se han dado algunos ejemplos ilustrativos de estos fenómenos y se han discutido las limitaciones de las propuestas anteriores sobre cómo corregir la no independencia. Se ha propuesto un método para corregir la filogenia. Requiere que conozcamos tanto la topología del árbol como las longitudes de las ramas, y que estemos dispuestos a permitir que los caracteres se modelen mediante movimiento browniano en una escala lineal. Dadas estas condiciones, la filogenia especifica un conjunto de contrastes entre especies, contrastes que son estadísticamente independientes y pueden utilizarse en estudios de regresión o correlación. Se han discutido las considerables barreras para hacer un uso práctico de esta técnica.",
    url = "https://doi.org/10.1086/284325",
    doi = "10.1086/284325",
    openalex = "W2013410948",
    references = "doi101007bf01734359, doi101038290699a0, doi101038293057a0, doi101093sysbio274401, doi101111j155856461981tb04991x, doi101126science1864167892, doi101126science6407108, doi101146annureves14110183001525, openalexw191281502, openalexw3045142570"
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El método estadístico recientemente desarrollado conocido como "bootstrap" puede utilizarse para colocar intervalos de confianza en las filogenias. Implica re-muestrear puntos de los propios datos, con reemplazo, para crear una serie de muestras bootstrap del mismo tamaño que los datos originales. Cada una de estas se analiza, y la variación entre las estimaciones resultantes se toma como indicativa del tamaño del error involucrado en hacer estimaciones a partir de los datos originales. En el caso de las filogenias, se argumenta que el método apropiado de re-muestreo es mantener todas las especies originales mientras se muestrean caracteres con reemplazo, bajo la suposición de que los caracteres han sido extraídos independientemente por el sistemático y han evolucionado independientemente. Los árboles de consenso por regla de mayoría pueden utilizarse para construir una filogenia que muestre todos los grupos monofiléticos inferidos que ocurrieron en la mayoría de las muestras bootstrap. Si un grupo aparece el 95% del tiempo o más, la evidencia a su favor se considera estadísticamente significativa. Los programas informáticos existentes pueden utilizarse para analizar diferentes muestras bootstrap utilizando pesos en los caracteres, siendo el peso de un carácter la cantidad de veces que fue extraído en el muestreo bootstrap. Cuando todos los caracteres son perfectamente compatibles, como se imaginó Hennig, el muestreo bootstrap se vuelve innecesario; el método bootstrap mostraría evidencia significativa para un grupo si está definido por tres o más caracteres.

@article{doi101111j155856461985tb00420x,
    author = "Felsenstein, Joseph",
    title = "LÍMITES DE CONFIANZA EN LA FILOGENIA: UN ENFOQUE UTILIZANDO EL BOOTSTRAP",
    year = "1985",
    journal = "Evolución",
    abstract = {El método estadístico recientemente desarrollado conocido como "bootstrap" puede utilizarse para colocar intervalos de confianza en las filogenias. Implica re-muestrear puntos de los propios datos, con reemplazo, para crear una serie de muestras bootstrap del mismo tamaño que los datos originales. Cada una de estas se analiza, y la variación entre las estimaciones resultantes se toma como indicativa del tamaño del error involucrado en hacer estimaciones a partir de los datos originales. En el caso de las filogenias, se argumenta que el método apropiado de re-muestreo es mantener todas las especies originales mientras se muestrean caracteres con reemplazo, bajo la suposición de que los caracteres han sido extraídos independientemente por el sistemático y han evolucionado independientemente. Los árboles de consenso por regla de mayoría pueden utilizarse para construir una filogenia que muestre todos los grupos monofiléticos inferidos que ocurrieron en la mayoría de las muestras bootstrap. Si un grupo aparece el 95% del tiempo o más, la evidencia a su favor se considera estadísticamente significativa. Los programas informáticos existentes pueden utilizarse para analizar diferentes muestras bootstrap utilizando pesos en los caracteres, siendo el peso de un carácter la cantidad de veces que fue extraído en el muestreo bootstrap. Cuando todos los caracteres son perfectamente compatibles, como se imaginó Hennig, el muestreo bootstrap se vuelve innecesario; el método bootstrap mostraría evidencia significativa para un grupo si está definido por tres o más caracteres.},
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1985.tb00420.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1985.tb00420.x",
    openalex = "W2030966943",
    references = "doi1010160025556478900895, doi101038scientificamerican0583116, doi10108000031305198310483087, doi101111j155856461965tb01722x, doi101111j155856461983tb05533x, doi10113719781611970319, doi101214aos1176344552, doi1023072413323, doi1023072685844, doi102307sysbio342152"
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@article{doi1023072408678,
    author = "Felsenstein, Joseph",
    title = "Límites de confianza en la filogenia: un enfoque usando el bootstrap",
    year = "1985",
    journal = "Evolution",
    url = "https://doi.org/10.2307/2408678",
    doi = "10.2307/2408678",
    openalex = "W4254275792"
}

Un método de secuenciación rápida para ARN ribosómico se aplicó para resolver las relaciones evolutivas entre los Metazoa. Se utilizaron representantes de 22 clases en 10 filos animales para inferir relaciones filogenéticas, basadas en distancias evolutivas determinadas a partir de comparaciones por pares de las secuencias de ARN ribosómico 18S. Los Eumetazoa clásicos se dividen en dos grupos. Los Cnidarios surgieron de un ancestro protista diferente al del segundo grupo, los Bilateria. Dentro de los Bilateria, una división temprana dio lugar a los Platyhelminthes (gusanos planos) y la línea coelomática. Los coelomatos son, por tanto, monofiléticos, y se radiaron rápidamente en cuatro grupos: cordados, equinodermos, artrópodos y protostomados eucoelomáticos.

@article{doi101126science3277277,
    author = "Field, Katharine G. y Olsen, Gary J. y Lane, David y Giovannoni, Stephen J. y Ghiselin, Michael T. y Raff, Elizabeth C. y Pace, Norman R. y Raff, Rudolf A.",
    title = "Filogenia molecular del reino animal",
    year = "1988",
    journal = "Science",
    abstract = "Un método de secuenciación rápida para ARN ribosómico se aplicó para resolver las relaciones evolutivas entre los Metazoa. Se utilizaron representantes de 22 clases en 10 filos animales para inferir relaciones filogenéticas, basadas en distancias evolutivas determinadas a partir de comparaciones por pares de las secuencias de ARN ribosómico 18S. Los Eumetazoa clásicos se dividen en dos grupos. Los Cnidarios surgieron de un ancestro protista diferente al del segundo grupo, los Bilateria. Dentro de los Bilateria, una división temprana dio lugar a los Platyhelminthes (gusanos planos) y la línea coelomática. Los coelomatos son, por tanto, monofiléticos, y se radiaron rápidamente en cuatro grupos: cordados, equinodermos, artrópodos y protostomados eucoelomáticos.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.3277277",
    doi = "10.1126/science.3277277",
    openalex = "W2002638704",
    references = "cloud1976beginnings, crossref1977patterns, doi101007bf01653945, doi101016c20130056265, doi101017s009483730000498x, doi101073pnas74125463, doi101073pnas82206955, doi101073pnas8351383, doi101093oxfordjournalsmolbeva040362, doi101126science1553760279, doi101126science202030, doi101126science3082006, doi101128mr5122212711987"
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@article{doi1010160092867489909471,
    author = "Patel, Nipam H. y Martı́n-Blanco, Enrique y Coleman, Kevin y Poole, Stephen J. y Ellis, Michael C. y Kornberg, Thomas B. y Goodman, Corey S.",
    title = "Expresión de proteínas engrailed en artrópodos, anélidos y cordados",
    year = "1989",
    journal = "Cell",
    url = "https://doi.org/10.1016/0092-8674(89)90947-1",
    doi = "10.1016/0092-8674(89)90947-1",
    openalex = "W2012092107",
    references = "doi101002jmor1050880104, doi1010160003269783904189, doi1010160022283686903852, doi1010160769262581900374, doi101016s0168952500891295, doi101038256495a0, doi101038287795a0, doi101038335025a0, doi101073pnas74125463, doi101126science3277277, doi1023071439568, doi1023072412988"
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@incollection{crossref1990primitive,
    title = "Vertebrados primitivos",
    year = "1990",
    booktitle = "Animales",
    url = "https://doi.org/10.1017/cbo9780511565267.013",
    doi = "10.1017/cbo9780511565267.013",
    openalex = "W209725464",
    pages = "295-322"
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Artículo de revista Filogenia como principio central en la taxonomía: definiciones filogenéticas de nombres de taxones Obtener acceso Kevin de Queiroz, Kevin de Queiroz Departamento de Herpetología, Academia de Ciencias de CaliforniaGolden Gate Park, San Francisco, California 94118 Buscar otras obras de este autor en: Oxford Academic PubMed Google Scholar Jacques Gauthier Jacques Gauthier Departamento de Herpetología, Academia de Ciencias de CaliforniaGolden Gate Park, San Francisco, California 94118 Buscar otras obras de este autor en: Oxford Academic PubMed Google Scholar Systematic Biology, Volumen 39, Número 4, diciembre 1990, Páginas 307–322, https://doi.org/10.2307/2992353 Publicado: 01 diciembre 1990 Historial del artículo Recibido: 13 febrero 1990 Aceptado: 25 junio 1990 Publicado: 01 diciembre 1990

@article{doi1023072992353,
    author = "de Queiroz, Kevin y Gauthier, Jacques",
    title = "Filogenia como principio central en la taxonomía: definiciones filogenéticas de nombres de taxones",
    year = "1990",
    journal = "Zoología Sistemática",
    abstract = "Artículo de revista Filogenia como principio central en la taxonomía: definiciones filogenéticas de nombres de taxones Obtener acceso Kevin de Queiroz, Kevin de Queiroz Departamento de Herpetología, Academia de Ciencias de CaliforniaGolden Gate Park, San Francisco, California 94118 Buscar otras obras de este autor en: Oxford Academic PubMed Google Scholar Jacques Gauthier Jacques Gauthier Departamento de Herpetología, Academia de Ciencias de CaliforniaGolden Gate Park, San Francisco, California 94118 Buscar otras obras de este autor en: Oxford Academic PubMed Google Scholar Systematic Biology, Volumen 39, Número 4, diciembre 1990, Páginas 307–322, https://doi.org/10.2307/2992353 Publicado: 01 diciembre 1990 Historial del artículo Recibido: 13 febrero 1990 Aceptado: 25 junio 1990 Publicado: 01 diciembre 1990",
    url = "https://doi.org/10.2307/2992353",
    doi = "10.2307/2992353",
    openalex = "W2004477458",
    references = "doi10108002724634198810011708, doi101086288811, doi1023071793007, doi1023072412685, doi1023072412744, doi1023072806339, doi1023072992272, doi1023073243026, doi105281zenodo16171435, openalexw2065464699, openalexw78510971"
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@article{doi101038376479a0,
    author = "Carroll, Sean B.",
    title = "Genes homóticos y la evolución de artrópodos y cordados",
    year = "1995",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/376479a0",
    doi = "10.1038/376479a0",
    openalex = "W2008004759",
    references = "doi1010079783642866593, doi101016009286749290471n, doi1010160092867494902909, doi101038095550b0, doi101038276565a0, doi101038308428a0, doi101038361219a0, doi101038370563a0, doi101126science860134, doi101242dev1212333, doi101242dev1994supplement125, doi1023071437764, doi1023073514548, openalexw2506868775"
}

La asimetría izquierda-derecha en Dexiothetica (= equinodermos + cordados) se debe principalmente al dexiofetismo: un episodio en su linaje cuando un animal similar al pterobranquio reciente Cephalodiscus yacía boca abajo sobre el fondo marino. Castericystis sprinklei pertenece al grupo troncal dexiofeto. Se reconstruye la historia del grupo troncal de los equinodermos. La simetría bilateral de los cordados evolucionó mediante seis pasos sucesivos. La superposición cola-cabeza ocurrió independientemente en craniados y acraniados. La cresta neural habría existido en el ancestro común más reciente de los cordados existentes, o incluso antes. Las asimetrías macroscópicas ocurren en los cordados existentes en órganos derivados de la cabeza calcicordata, pero no en aquellos derivados de la cola calcicordata. El límite anterior de la expresión del gen hox en los vertebrados corresponde al extremo anterior de la cola calcicordata. El apareamiento de órganos izquierda-derecha (un paso importante en el origen de la simetría bilateral de los cordados) pudo haber involucrado la interacción de un morfógeno simetrizante, producido desde el extremo anterior de la cola, con un morfógeno lateral (el morfógeno de Wilhelmi), producido en el ontogénesis primero desde la izquierda y luego desde la derecha. Este mecanismo podría seguir actuando en la metamorfosis de la amfioxo y en la imagen especular en gemelos vertebrados. El morfógeno de Wilhelmi podría estar relacionado con uno o más miembros de la cascada dorsal de Drosophila.

@article{doi101111j146363951996tb01256x,
    author = "Jefferies, R. y Brown, N. A. y Daley, Paul E. J.",
    title = "La filogenia temprana de los cordados y equinodermos y el origen de la asimetría izquierda-derecha y la simetría bilateral de los cordados",
    year = "1996",
    journal = "Acta Zoologica",
    abstract = "La asimetría izquierda-derecha en Dexiothetica (= equinodermos + cordados) se debe principalmente al dexiofetismo: un episodio en su linaje cuando un animal similar al pterobranquio reciente Cephalodiscus yacía boca abajo sobre el fondo marino. Castericystis sprinklei pertenece al grupo troncal dexiofeto. Se reconstruye la historia del grupo troncal de los equinodermos. La simetría bilateral de los cordados evolucionó mediante seis pasos sucesivos. La superposición cola-cabeza ocurrió independientemente en craniados y acraniados. La cresta neural habría existido en el ancestro común más reciente de los cordados existentes, o incluso antes. Las asimetrías macroscópicas ocurren en los cordados existentes en órganos derivados de la cabeza calcicordata, pero no en aquellos derivados de la cola calcicordata. El límite anterior de la expresión del gen hox en los vertebrados corresponde al extremo anterior de la cola calcicordata. El apareamiento de órganos izquierda-derecha (un paso importante en el origen de la simetría bilateral de los cordados) pudo haber involucrado la interacción de un morfógeno simetrizante, producido desde el extremo anterior de la cola, con un morfógeno lateral (el morfógeno de Wilhelmi), producido en el ontogénesis primero desde la izquierda y luego desde la derecha. Este mecanismo podría seguir actuando en la metamorfosis de la amfioxo y en la imagen especular en gemelos vertebrados. El morfógeno de Wilhelmi podría estar relacionado con uno o más miembros de la cascada dorsal de Drosophila.",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/ed43e37abb0502fb22eb83089d464f5feeaab118",
    doi = "10.1111/J.1463-6395.1996.TB01256.X",
    is_oa = "true",
    number = "2",
    pages = "101-122",
    semanticscholar_citation_count = "92",
    semanticscholar_id = "ed43e37abb0502fb22eb83089d464f5feeaab118",
    volume = "77",
    references = "doi101126science1403568820, doi101242jcss231123445, doi101242jcss232126183"
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@article{doi10103841710,
    author = "Shubin, Neil y Tabin, Cliff y Carroll, Sean B.",
    title = "Fósiles, genes y la evolución de las extremidades animales",
    year = "1997",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/41710",
    doi = "10.1038/41710",
    openalex = "W1601043516",
    references = "doi101002jez1401080304, doi1010160092867493906262, doi1010160092867493906273, doi1010160092867493906284, doi101016s0092867400811149, doi101017s0263593300006787, doi101038368208a0, doi101038376479a0, doi10108011035899509546213, doi101093aesa283408, doi101111j109636421995tb00110x, doi101111j109636421995tb00119x, doi101111j150239311996tb01839x, doi101126science2504981658, doi10182618200376605199601, doi1023072992562, doi1023073223017, doi105281zenodo16171435, doi107208chicago97802262565730010001"
}

Se revisan críticamente los caracteres morfológicos (incluyendo los ultraestructurales) y del desarrollo utilizados en la literatura reciente como base para reevaluar las relaciones filogenéticas de los gasterópodos. El propósito de este artículo es proporcionar un marco de caracteres para estudios futuros y una hipótesis filogenética comprobable. Esta es una de las primeras intentos de utilizar tales caracteres para evaluar las relaciones de todos los clados principales utilizando métodos de parsimonia. El análisis utiliza 117 caracteres e incluye 40 taxones, predominantemente 'prosobranchs'. Se incluyen cinco taxones de grupo externo, representando cuatro grupos conchíferos y Poly-placophora. De los 117 caracteres revisados e incluidos en los análisis, nueve son caracteres de concha (cuatro de estos son de estructura de concha), dos operculares, dos musculares, cuatro ctenidiales, 12 renopericardiales y 24 reproductivos (incluyendo 17 basados en espermatozoides y espermatogénesis), 27 del sistema digestivo, 32 del sistema nervioso y órganos sensoriales; el resto son del desarrollo (3) y del pie y glándula hipobranchial. En el análisis inicial, el conjunto de datos incluía una mezcla de caracteres binarios y multiestado con todos los caracteres desordenados. Estos datos también se analizaron después de escalarlos para que cada carácter tuviera el mismo peso. Se construyó un tercer conjunto de datos en el que todos los caracteres se codificaron como caracteres binarios. Estos análisis resultaron en algunas transformaciones de caracteres implausibles, principalmente involucrando la recuperación de estructuras paliales perdidas. Se ejecutaron análisis adicionales en los tres conjuntos de datos después de eliminar cinco caracteres que mostraban las transformaciones más improbables. Estos análisis resultaron en topologías generalmente similares. La robustez de los clados se probó utilizando el decaimiento de clados. La radiación adaptativa de los gasterópodos y sus rasgos de historia de vida se describen y discuten brevemente y se refina la terminología para la hermafroditismo simultáneo. Se propone un escenario para la evolución de la torsión equiparado con el registro fósil y se discuten los efectos de la torsión y el enrollamiento en los gasterópodos junto con la asimetría impuesta por formas corporales en forma de patela. Se sugiere que los primeros gasterópodos eran ultradextrales. Se desarrolla y discute la idea de que la heterocronía ha jugado un papel importante en la evolución de los gasterópodos, particularmente la marca paedomórfica impuesta a los apogasterópodos. Los larvas velígeros de caenogasterópodos y heterobranquios se contrastan y se encuentra que difieren en muchos aspectos. Se discute la evolución de la planctotrofía dentro de los gasterópodos. Las hipótesis filogenéticas recientes para los gasterópodos basadas en datos moleculares están generalmente en amplio acuerdo con los resultados presentes. En base a nuestros análisis, discutimos los principales grupos monofiléticos dentro de los gasterópodos. Los gasterópodos parecen ser un clado monofilético y se dividen en dos grupos principales, los Eogasterópodos (incorporando los patelogasterópodos y sus (probablemente sinistralmente enrollados) ancestros y los Orthogasterópodos - el resto de los gasterópodos. Los Orthogasterópodos comprenden varios clados bien definidos. El clado vetigasterópodo abarca la mayoría de los grupos previamente incluidos en el parafilético Archaeogasterópodos (fissurellidos, trocoideos, scissurelloideos, halioroideos pleurotomarioideos) así como lepto-driloideos y lepeteloideos patelas y seguenzidos. La ubicación de los taxones de chimeneas calientes Peltospiridae y Neomphalidae varía con cada análisis, probablemente porque hay una falta de datos ultraestructurales para estos taxones y paralelismo en muchos caracteres. O bien forman un grupo parafilético o monofilético en o cerca de la base de los vetigasterópodos o un clado con los neritopsinos y cocculinoideos. Los neritopsinos (Neritoidea etc.) consistentemente forman un clado con las patelas cocculinoideas, pero su posición en el árbol también difiere dependiendo del conjunto de datos utilizado y (en el caso de los datos escalados) si se utiliza o no el conjunto completo de caracteres. Son o bien la hermana del resto de los orthogasterópodos o de los apogasterópodos. Los caenogasterópodos [Mesogasterópodos (+ grupos architaenioglossan) + Neogasterópodos] son consistentemente monofiléticos al igual que los heterobranquios ('Heterostropha'+ Opistobranquios + Pulmonados). Los caenogasterópodos y heterobranquios también forman un clado en todos los análisis y el nombre Apogasterópodos se redefine para abarcar este grupo. Se proponen nuevos taxones, Sorbeoconcha para los caenogasterópodos exclusivos de los taxones architaenioglossan, y Hypsogasterópodos para los 'caenogasterópodos superiores' – los Sorbeoconcha exclusivos de los Cerithioidea y Campaniloidea.

@article{doi101111j109636421997tb00137x,
    author = "Ponder, Winston F. and Lindberg, David R.",
    title = "Hacia una filogenia de los moluscos gasterópodos: un análisis utilizando caracteres morfológicos",
    year = "1997",
    journal = "Zoological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "Se revisan críticamente los caracteres morfológicos (incluidos los ultraestructurales) y de desarrollo utilizados en la literatura reciente como base para reevaluar las relaciones filogenéticas de los gasterópodos. El propósito de este artículo es proporcionar un marco de caracteres para estudios futuros y una hipótesis filogenética comprobable. Esta es una de las primeras intentos de utilizar tales caracteres para evaluar las relaciones de todos los clados principales utilizando métodos de parsimonia. El análisis utiliza 117 caracteres e incluye 40 taxones, predominantemente 'prosobranchs'. Se incluyen cinco taxones de grupo externo, representando cuatro grupos conchíferos y Poly-placophora. De los 117 caracteres revisados e incluidos en los análisis, nueve son caracteres de concha (cuatro de estos son de estructura de concha), dos operculares, dos musculares, cuatro ctenidiales, 12 renopericárdicos y 24 reproductivos (incluyendo 17 basados en espermatozoides y espermatogénesis), 27 del sistema digestivo, 32 del sistema nervioso y órganos sensoriales; el resto son de desarrollo (3) y del pie y glándula hipobranchial. En el análisis inicial, el conjunto de datos incluía una mezcla de caracteres binarios y multiestado con todos los caracteres desordenados. Estos datos también se analizaron después de escalar para que cada carácter tuviera el mismo peso. Se construyó un tercer conjunto de datos en el que todos los caracteres se codificaron como caracteres binarios. Estos análisis resultaron en algunas transformaciones de caracteres implausibles, principalmente involucrando la recuperación de estructuras paliales perdidas. Se ejecutaron análisis adicionales en los tres conjuntos de datos después de eliminar cinco caracteres que mostraban las transformaciones más improbables. Estos análisis resultaron en topologías generalmente similares. La robustez de los clados se probó utilizando la decadencia del clado. La radiación adaptativa de los gasterópodos y sus rasgos de historia de vida se describen y discuten brevemente y se refinó la terminología para la hermafroditismo simultáneo. Se propone un escenario para la evolución de la torsión equiparado con el registro fósil y se discuten los efectos de la torsión y el enrollamiento en los gasterópodos junto con la asimetría impuesta por formas corporales en forma de patela. Se sugiere que los primeros gasterópodos eran ultradextrales. Se desarrolla y discute la idea de que la heterocronía ha jugado un papel importante en la evolución de los gasterópodos, particularmente el sello paedomórfico impuesto a los apogasterópodos. Se contrastan y se encuentra que difieren en muchos aspectos las larvas velígeras de caenogasterópodos y heterobranquios. Se discute la evolución de la planctotrofía dentro de los gasterópodos. Las hipótesis filogenéticas recientes para los gasterópodos basadas en datos moleculares están generalmente en amplio acuerdo con los resultados actuales. En base a nuestros análisis, discutimos los principales grupos monofiléticos dentro de los gasterópodos. Los gasterópodos parecen ser un clado monofilético y se dividen en dos grupos principales, los Eogasterópodos (incorporando los patelogasterópodos y sus (probablemente enrollados sinistralmente) ancestros y los Orthogasterópodos - el resto de los gasterópodos. Los Orthogasterópodos comprenden varios clados bien definidos. El clado vetigasterópodo abarca la mayoría de los grupos previamente incluidos en el parafilético Archaeogasterópodo (fissurellids, trochoideans, scissurelloideans, halioroideans pleurotomarioideans) así como lepto-driloidean y lepetelloidean patelas y seguenzids. La ubicación de los taxones de chimeneas calientes Peltospiridae y Neomphalidae varía con cada análisis, probablemente porque hay una falta de datos ultraestructurales para estos taxones y paralelismo en muchos caracteres. O bien forman un grupo parafilético o monofilético en o cerca de la base de los vetigasterópodos o un clado con los neritopsinos y cocculinoideans. Los neritopsinos (Neritoidea etc.) consistentemente forman un clado con las patelas cocculinoideans, pero su posición en el árbol también difiere dependiendo del conjunto de datos utilizado y (en el caso de los datos escalados) si se utiliza o no el conjunto completo de caracteres. Son o bien la hermana del resto de los orthogasterópodos o de los apogasterópodos. Los caenogasterópodos [Mesogasterópodos (+ grupos architaenioglossan) + Neogasterópodos] son consistentemente monofiléticos al igual que los heterobranquios ('Heterostropha'+ Opisthobranchia + Pulmo-nata). Los caenogasterópodos y heterobranquios también forman un clado en todos los análisis y el nombre Apogasterópodos se redefine para abarcar este grupo. Se proponen nuevos taxones, Sorbeoconcha para los caenogasterópodos exclusivos de los taxones architaenioglossan, y Hypsogasterópodos para los 'caenogasterópodos superiores' – los Sorbeoconcha exclusivos de los Cerithioidea y Campaniloidea.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-3642.1997.tb00137.x",
    doi = "10.1111/j.1096-3642.1997.tb00137.x",
    openalex = "W1971435248",
    references = "doi1010079781489957405, doi101007bf02537225, doi1010160012825272900724, doi1010160016003258902862, doi1010160305197885900559, doi101016b9780122825057500129, doi101017s0022336000021454, doi101017s0094837300006588, doi101017s0094837300012793, doi10110809504120610655222, doi101111j146363951995tb00988x, doi101111j1469185x1950tb00585x, doi101126science3277277, doi1023071292581, doi1023072412182, doi1023072992272, doi1023073225209, openalexw2264583994, openalexw2506868775, openalexw638862129, openalexw659399033"
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Resumen. La interpretación de la evolución temprana de los deuterostomios y sus relaciones ha sido obstaculizada por la falta de preservación de partes blandas en la mayoría de los grupos. Además, la orientación de vida invertida recientemente revelada de los vertebrados (los únicos notoneuralianos reales) en comparación con otros animales bilaterales ha sido malinterpretada como evidencia de un diseño corporal único en todos los deuterostomios, desviando cualquier búsqueda de parientes. Respecto a los equinodermos, la variedad de planes corporales es confusa. La interpretación de algunos fósiles con esqueletos de calcita de tipo equinodermo como ancestros «calcichordate» de los cordados, sin embargo, implica una reconstrucción hipotética de un plan corporal inusual y una larga serie de transiciones hipotéticas. El número de pasos necesarios es mucho menor si los cefalocordados (amfioxo o lancelet) se derivan directamente de los enteropneustos hemi-cordados. Las «interpretaciones sensacionalistas» de fósiles (Yunnanozoon, Cathaymyrus) de depósitos de tipo Burgess Shale han añadido más confusión. La preservación de partes blandas de animales conodontos, con miomeros en forma de V y un notocordio, muestra que eran cordados segmentados, mientras que los probables ojos y dientes sugieren que ya estaban del lado de los vertebrados. doi: 10.1002/mmng.19980010106

@article{doi101002mmng19980010106,
    author = "Bergström, J. and Naumann, W. and Viehweg, J. and Martí-Mus, M.",
    title = "Conodontos, Calcicordados y el Origen de los Vertebrados",
    year = "1998",
    journal = "Registro Fósil",
    abstract = "Resumen. La interpretación de la evolución temprana de los deuterostomios y sus relaciones ha sido obstaculizada por la falta de preservación de partes blandas en la mayoría de los grupos. Además, la orientación de vida invertida recientemente revelada de los vertebrados (los únicos notoneurales reales) en comparación con otros animales bilaterales ha sido malinterpretada como evidencia de un diseño corporal único en todos los deuterostomios, desviando cualquier búsqueda de parientes. Respecto a los equinodermos, la variedad de planes corporales es confusa. La interpretación de algunos fósiles con esqueletos de calcita de tipo equinodermo como ancestros "calcicordados" de los cordados, sin embargo, implica una reconstrucción hipotética de un plan corporal inusual y una larga serie de transiciones hipotéticas. El número de pasos necesarios es mucho menor si los cefalocordados (amfioxo o lancetado) se derivan directamente de los enteropneustos hemicordados. Las "interpretaciones sensacionalistas" de fósiles (Yunnanozoon, Cathaymyrus) de depósitos de tipo Burgess Shale han añadido más confusión. La preservación de partes blandas de animales conodontos, con miomeros en forma de V y un notocordio, muestra que eran cordados segmentados, mientras que los probables ojos y dientes sugieren que ya estaban del lado de los vertebrados. Die Interpretation fruher Deuterostomia hinsichtlich ihrer Evolution und verwandtschaftlichen Beziehungen ist in den meisten Gruppen durch den Mangel an Weichkorpererhaltung sehr erschwert. Die kurzlich entdeckte Tatsache, das Vertebraten, d. h. die einzigen echten Notoneuralia, im Gegensatz zu anderen bilateral symmetrischen Organismen eine mit ihrer ursprunglichen Oberseite nach unten gerichtete Lebensstellung einnehmen, hat zu der irrtumlichen Ansicht gefuhrt, das alle Deuostomia uber einen im Tierreich einzigartigen Bauplan verfugen. Diese Interpretation brachte naturgemas jede Suche nach Verwandtschaftsverhaltnissen auf Abwege. Hinsichtlich der Echinodermata ist die bauplanmasige Variation in der Tat verwirrend. Die Interpretation einiger Fossilien mit Echinodermen-ahnlichen Kalzitskeletten als "calcichordate" Vorfahren der Chordata setzt jedoch die hypothetische Rekonstruktion eines ungewohnlichen Bauplans sowie eine lange Serie hypothetischer Ubergange voraus. Die Anzahl der notwendigen Schritte ist sehr viel geringer. wenn Cephalochordaten (Amphioxus oder das Lanzettfischchen) von hemichordaten Enteropneusta abgeleitet werden. Zusatzliche Verwirrung hat es durch sensationelle Interpretationen von Fossilien, Wie Yunnanozoon und Cathaymyrus aus Burgess-Schiefer-artigen Ablagerungen gegeben. Weichkorpererhaltung von Conodontentieren, die V-formige Myomere sowie einen Notochord besitzen, zeigen, das es sich um segmentierte Chordata handelte, wahrend sie die Prasenz moglicher Augenstrukturen und Zahne bereits auf die Seite der Vertebraten stellt. doi: 10.1002/mmng.19980010106",
    url = "https://fr.copernicus.org/articles/1/81/1998/fr-1-81-1998.pdf",
    doi = "10.1002/MMNG.19980010106",
    is_oa = "true",
    number = "1",
    pages = "81-91",
    semanticscholar_citation_count = "20",
    semanticscholar_id = "f366bb142ee9180100c34ce2b6934f0ff4dc6d40",
    volume = "1"
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Se ha asumido durante mucho tiempo que los filos bilaterianos existentes generalmente tienen su origen en la explosión cámbrica, cuando aparecen en una forma esencialmente moderna. Ambas estas suposiciones son cuestionables. Una aplicación estricta de los conceptos de grupo tallo y corona a los filos muestra que, aunque los puntos de ramificación de muchos clados pueden haber ocurrido en el Cámbrico temprano o antes, la aparición de los planes corporales modernos fue en la mayoría de los casos más tarde: muy pocos filos bilaterianos sensu stricto tienen representantes demostrables en el Cámbrico más temprano. Dado que los puntos de ramificación tempranos de los clados principales son un resultado inevitable de la geometría de la diversi®cación de clados, el supuesto fenómeno de que los filos aparecen temprano y permanecen morfológicamente estáticos se ve como que no requiere una explicación particular. La confusión en la de®nición de un filo ha llevado así a intentos de explicar (especialmente desde una perspectiva del desarrollo) una característica que es en parte inevitable, en parte ilusoria. Discutimos críticamente los modelos para la diversi®cación proterozoica basados en el pequeño tamaño corporal, capacidad de desarrollo limitada y mala preservación y hábitos crípticos, y mostramos que la perspectiva de que la diversi®cación de linajes ocurra temprano en el Proterozoico puede verse como improbable por razones tanto de parsimonia como de morfología funcional. De hecho, la combinación del registro fósil corporal y de rastro demuestra una diversi®cación progresiva a través del final del Proterozoico bien en el Cámbrico y más allá, una imagen consistente con los planes corporales siendo ensamblados durante este tiempo. Los caracteres del plan corporal probablemente se hayan adquirido monofíleticamente en la historia de los bilaterianos, y se presenta un modelo que explica la diversidad en solo uno de ellos, el celoma. Este análisis apunta a la necesidad de una aplicación cuidadosa de la metodología sistemática antes de buscar explicaciones para los supuestos patrones de restricción y ¯fexibilidad.

@article{doi101017s000632310000548x,
    author = "Budd, Graham E. y Jensen, Sören",
    title = "Una reevaluación crítica del registro fósil de los filos bilaterianos",
    year = "2000",
    journal = "Biological reviews/Revisión biológica de la Sociedad Filosófica de Cambridge",
    abstract = "Se ha asumido durante mucho tiempo que los filos bilaterianos existentes generalmente tienen su origen en la explosión cámbrica, cuando aparecen en una forma esencialmente moderna. Ambas estas suposiciones son cuestionables. Una aplicación estricta de los conceptos de grupo tallo y corona a los filos muestra que, aunque los puntos de ramificación de muchos clados pueden haber ocurrido en el Cámbrico temprano o antes, la aparición de los planes corporales modernos fue en la mayoría de los casos más tarde: muy pocos filos bilaterianos sensu stricto tienen representantes demostrables en el Cámbrico más temprano. Dado que los puntos de ramificación tempranos de los clados principales son un resultado inevitable de la geometría de la diversi®cación de clados, el supuesto fenómeno de que los filos aparecen temprano y permanecen morfológicamente estáticos se ve como que no requiere una explicación particular. La confusión en la de®nición de un filo ha llevado así a intentos de explicar (especialmente desde una perspectiva del desarrollo) una característica que es en parte inevitable, en parte ilusoria. Discutimos críticamente los modelos para la diversi®cación proterozoica basados en el pequeño tamaño corporal, capacidad de desarrollo limitada y mala preservación y hábitos crípticos, y mostramos que la perspectiva de que la diversi®cación de linajes ocurra temprano en el Proterozoico puede verse como improbable por razones tanto de parsimonia como de morfología funcional. De hecho, la combinación del registro fósil corporal y de rastro demuestra una diversi®cación progresiva a través del final del Proterozoico bien en el Cámbrico y más allá, una imagen consistente con los planes corporales siendo ensamblados durante este tiempo. Los caracteres del plan corporal probablemente se hayan adquirido monofíleticamente en la historia de los bilaterianos, y se presenta un modelo que explica la diversidad en solo uno de ellos, el celoma. Este análisis apunta a la necesidad de una aplicación cuidadosa de la metodología sistemática antes de buscar explicaciones para los supuestos patrones de restricción y ¯fexibilidad.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s000632310000548x",
    doi = "10.1017/s000632310000548x",
    openalex = "W2148377177",
    references = "doi101002aja1002030302, doi101002jmor1050540103, doi101017s0022336000024963, doi101017s0094837300012793, doi101017s009483730001681x, doi10103835318, doi101038361490a0, doi101038377720a0, doi101038382127a0, doi101038387489a0, doi10103846965, doi101098rstb19780005, doi101098rstb19790006, doi101098rstb19950029, doi101111j109583121996tb01693x, doi101111j109600311991tb00045x, doi101111j146363951991tb00312x, doi101111j146363951995tb00988x, doi101111j146364091991tb00303x, doi101111j1469185x1988tb00631x, doi101111j150239311975tb01311x, doi101111j150239311990tb01373x, doi101111j150239311998tb00509x, doi101126science28354091919, doi101126science28454232129, doi101126science7886451, doi101139e87124, doi101508300037918, doi101826182003741571989, doi101826182003769311997, doi1023073515360, doi1023073515362, doi1023073515363, doi105281zenodo16238847, dzik1988the, openalexw2055967869, openalexw2598873191, openalexw2754161204"
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El análisis de secuencias de ADN dicta una nueva interpretación de los árboles filogenéticos. Los taxones que antes se pensaba que representaban grados sucesivos de complejidad en la base del árbol metazoario están siendo desplazados a posiciones mucho más altas dentro del árbol. Esto no deja "intermediarios" evolutivos y nos obliga a repensar el origen de la complejidad bilateriana.

@article{doi101073pnas9794453,
    author = "Adoutte, André y Balavoine, Guillaume y Lartillot, Nicolas y Lespinet, Olivier y Prud'homme, Benjamin y de Rosa, Renaud",
    title = "La nueva filogenia animal: Fiabilidad e implicaciones",
    year = "2000",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = {El análisis de secuencias de ADN dicta una nueva interpretación de los árboles filogenéticos. Los taxones que antes se pensaba que representaban grados sucesivos de complejidad en la base del árbol metazoario están siendo desplazados a posiciones mucho más altas dentro del árbol. Esto no deja "intermediarios" evolutivos y nos obliga a repensar el origen de la complejidad bilateriana.},
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.97.9.4453",
    doi = "10.1073/pnas.97.9.4453",
    openalex = "W2162160001",
    references = "doi101111j109600311998tb00338x, doi101126science28354091919, doi101126science7886451, doi105860choice334500"
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Los Chordata son un grupo de animales caracterizados por un cordón nervioso tubular dorsal, un notocordio y hendiduras branquiales. El grupo incluye los Vertebrata (Craniata), Tunicata, Acrania y Conodonta.

@misc{bone2001chordata,
    author = "Bone, Quentin",
    title = "Chordata (Cordados)",
    year = "2001",
    booktitle = "Encyclopedia of Life Sciences",
    abstract = "Los Chordata son un grupo de animales caracterizados por un cordón nervioso tubular dorsal, un notocordio y hendiduras branquiales. El grupo incluye los Vertebrata (Craniata), Tunicata, Acrania y Conodonta.",
    url = "https://doi.org/10.1038/npg.els.0001528",
    doi = "10.1038/npg.els.0001528"
}

El conocimiento sobre el origen y la evolución temprana de los filos animales requiere comprender cómo se relacionan entre sí los grupos animales. Por lo tanto, nos propusimos explorar la filogenia animal analizando con parsimonia máxima 138 caracteres morfológicos de 40 grupos metazoos, y 304 secuencias de 18S rDNA, tanto por separado como juntas. Ambos tipos de datos concuerdan en que los artrópodos no están estrechamente relacionados con los anélidos: el primer grupo se agrupa con los nematodos y otros animales que mudan (Ecdysozoa), y el segundo grupo con los moluscos y otros taxones con cleavage espiral. Además, ni los briozoos ni los chaetognatos se agrupan con los deuterostomios; los briozoos están aliados con los moluscos y anélidos (Lophotrochozoa), mientras que los chaetognatos están aliados con los ecdisozoos. La mayor discordancia entre los dos tipos de datos concierne al enraizamiento de los bilaterios y el taxón hermano de los bilaterios. La morfología sugiere que el enraizamiento está entre los deuterostomios y los protostomios, con los ctenóforos como el grupo hermano de los bilaterios, mientras que el 18S rDNA sugiere que el enraizamiento está dentro de los Lophotrochozoa, con los gusanos planos acoelomados y los gnathostomúlidos como bilaterios basales, y con los cnidarios como el grupo hermano de los bilaterios. Sugerimos que esta posición basal de los acoelomados y gnathostomúlidos es un artefacto porque, en 1.000 análisis filogenéticos replicados con una secuencia aleatoria como grupo externo, la mayoría de los enraizamientos tienen un gusano plano acoelomado o un gnathostomúlido como la linaje basal del grupo interno. Cuando se eliminan estos taxones problemáticos de la matriz, el análisis combinado sugiere que el enraizamiento se encuentra entre los deuterostomios y los protostomios, y Ctenophora es el grupo hermano de los bilaterios. Sugerimos que, dado que los chaetognatos y los lophoforados, taxones tradicionalmente aliados con los deuterostomios, ocupan posiciones basales dentro de sus respectivos clados protostomianos, la deuterostomía probablemente representa un conjunto de caracteres plesiomórficos para los bilaterios.

@article{doi101046j1525142x2001003003170x,
    author = "Peterson, Kevin J. and Eernisse, Douglas J.",
    title = "Animal phylogeny and the ancestry of bilaterians: inferences from morphology and 18S rDNA gene sequences",
    year = "2001",
    journal = "Evolution \& Development",
    abstract = "Insight into the origin and early evolution of the animal phyla requires an understanding of how animal groups are related to one another. Thus, we set out to explore animal phylogeny by analyzing with maximum parsimony 138 morphological characters from 40 metazoan groups, and 304 18S rDNA sequences, both separately and together. Both types of data agree that arthropods are not closely related to annelids: the former group with nematodes and other molting animals (Ecdysozoa), and the latter group with molluscs and other taxa with spiral cleavage. Furthermore, neither brachiopods nor chaetognaths group with deuterostomes; brachiopods are allied with the molluscs and annelids (Lophotrochozoa), whereas chaetognaths are allied with the ecdysozoans. The major discordance between the two types of data concerns the rooting of the bilaterians, and the bilaterian sister-taxon. Morphology suggests that the root is between deuterostomes and protostomes, with ctenophores the bilaterian sister-group, whereas 18S rDNA suggests that the root is within the Lophotrochozoa with acoel flatworms and gnathostomulids as basal bilaterians, and with cnidarians the bilaterian sister-group. We suggest that this basal position of acoels and gnathostomulids is artifactal because for 1,000 replicate phylogenetic analyses with one random sequence as outgroup, the majority root with an acoel flatworm or gnathostomulid as the basal ingroup lineage. When these problematic taxa are eliminated from the matrix, the combined analysis suggests that the root lies between the deuterostomes and protostomes, and Ctenophora is the bilaterian sister-group. We suggest that because chaetognaths and lophophorates, taxa traditionally allied with deuterostomes, occupy basal positions within their respective protostomian clades, deuterostomy most likely represents a suite of characters plesiomorphic for bilaterians.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1525-142x.2001.003003170.x",
    doi = "10.1046/j.1525-142x.2001.003003170.x",
    openalex = "W2128919173",
    references = "burdonjones1952development, doi1010079789401149044, doi101016b9780122825057x50015, doi101017s0022336000059977, doi10103821631, doi101038387489a0, doi101073pnas972111359, doi101073pnas9794469, doi101093oxfordjournalsmolbeva026241, doi101093oxfordjournalsmolbeva040071, doi101098rspb20001111, doi101098rstb19940059, doi101098rstb19950029, doi101111j109600311995tb00092x, doi101111j109600311998tb00338x, doi101111j109600311999tb00277x, doi101111j109600311999tb00278x, doi101111j146363951991tb00312x, doi101111j146364091997tb00412x, doi101111j1469185x1988tb00631x, doi101111j150239311995tb01591x, doi101111j155856461985tb00420x, doi101111j155856461988tb02497x, doi101126science28354091919, doi101126science2905493972, doi101126science7886451, doi105860choice334500, doi105860choice501469, openalexw654005152, openalexw659399033"
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Los biólogos evolutivos han adoptado modelos de verosimilitud simples con el fin de estimar estados ancestrales y evaluar la independencia de caracteres en filogenias especificadas; sin embargo, con el fin de estimar filogenias utilizando datos morfológicos discretos, la máxima parcimonia sigue siendo la única opción. Este artículo explora la posibilidad de utilizar modelos de Markov estándar y bien comportados para estimar filogenias morfológicas (incluyendo longitudes de rama) bajo el criterio de verosimilitud. Una modificación importante de los modelos de Markov estándar implica hacer que la verosimilitud sea condicional a que los caracteres sean variables, porque los caracteres constantes están ausentes en los conjuntos de datos morfológicos. Sin esta modificación, las longitudes de rama a menudo se sobreestiman, lo que resulta en sesgos potencialmente graves en la selección de la topología del árbol. Un enfoque explícitamente basado en modelos para el análisis filogenético de datos morfológicos discretos abre varias nuevas vías de investigación, incluidos análisis de verosimilitud de datos combinados (morfología + datos de secuencia), pruebas de razón de verosimilitud y análisis bayesianos.

@article{doi101080106351501753462876,
    author = "Lewis, Paul O.",
    title = "A Likelihood Approach to Estimating Phylogeny from Discrete Morphological Character Data",
    year = "2001",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Evolutionary biologists have adopted simple likelihood models for purposes of estimating ancestral states and evaluating character independence on specified phylogenies; however, for purposes of estimating phylogenies by using discrete morphological data, maximum parsimony remains the only option. This paper explores the possibility of using standard, well-behaved Markov models for estimating morphological phylogenies (including branch lengths) under the likelihood criterion. An important modification of standard Markov models involves making the likelihood conditional on characters being variable, because constant characters are absent in morphological data sets. Without this modification, branch lengths are often overestimated, resulting in potentially serious biases in tree topology selection. Several new avenues of research are opened by an explicitly model-based approach to phylogenetic analysis of discrete morphological data, including combined-data likelihood analyses (morphology + sequence data), likelihood ratio tests, and Bayesian analyses.",
    url = "https://doi.org/10.1080/106351501753462876",
    doi = "10.1080/106351501753462876",
    openalex = "W2122082385",
    references = "doi101007bf00160154, doi101007bf01734359, doi101007bf02101694, doi101007bf02338839, doi101016b9781483232119500097, doi101093oxfordjournalsmolbeva025811, doi101093oxfordjournalsmolbeva026160, doi101098rspb19940006, doi1012019781003456285, openalexw2994240441"
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Como disciplina, la filogenética está siendo transformada por una avalancha de datos moleculares. Estos datos permiten plantear preguntas amplias sobre la historia de la vida, pero también presentan problemas estadísticos y computacionales difíciles. La inferencia bayesiana de la filogenia aporta una nueva perspectiva a numerosos problemas pendientes en biología evolutiva, incluido el análisis de grandes árboles filogenéticos y modelos evolutivos complejos y la detección de la huella de la selección natural en secuencias de ADN.

@article{doi101126science1065889,
    author = "Huelsenbeck, John P. y Ronquist, Fredrik y Nielsen, Rasmus y Bollback, Jonathan P.",
    title = "Inferencia Bayesiana de la Filogenia y su Impacto en la Evolución",
    year = "2001",
    journal = "Science",
    abstract = "Como disciplina, la filogenética está siendo transformada por una avalancha de datos moleculares. Estos datos permiten plantear preguntas amplias sobre la historia de la vida, pero también presentan problemas estadísticos y computacionales difíciles. La inferencia bayesiana de la filogenia aporta una nueva perspectiva a numerosos problemas pendientes en biología evolutiva, incluido el análisis de grandes árboles filogenéticos y modelos evolutivos complejos y la detección de la huella de la selección natural en secuencias de ADN.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1065889",
    doi = "10.1126/science.1065889",
    openalex = "W2141913814",
    references = "doi101093bioinformatics178754, doi101093oxfordjournalsmolbeva025892, doi1023072412923"
}

@article{doi101016s1055790302003329,
    author = "Miya, Masaki y Takeshima, Hirohiko y Endo, Hiromitsu e Ishiguro, Naoya B. e Inoue, Jun y Mukai, Takahiko y Satoh, Takashi y Yamaguchi, Motoomi y Kawaguchi, Akira y Mabuchi, Kohji y Shirai, Shigeru y Nishida, Mutsumi",
    title = "Patrones principales de filogenias de teleósteos superiores: una nueva perspectiva basada en 100 secuencias completas de ADN mitocondrial",
    year = "2002",
    journal = "Molecular Phylogenetics and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/s1055-7903(02)00332-9",
    doi = "10.1016/s1055-7903(02)00332-9",
    openalex = "W2170114989",
    references = "applegate1967phyletic, bonde1974interrelationships, doi101007bf00160154, doi101016s0016699588800664, doi101093bioinformatics149817, doi101093oxfordjournalsmolbeva003741, doi101111j109600311996tb00196x, doi101111j109600311999tb00277x, doi101111j155856461982tb05453x, doi101111j155856461983tb05533x, doi101111j155856461988tb02497x, doi101146annureven10010165000525, doi1023071375442, doi1023071437499, doi1023071444873, doi1023073514548, openalexw571605905"
}

El aumento en el número de conjuntos de datos grandes y la complejidad de los actuales modelos probabilísticos de evolución de secuencias hace necesarias métodos rápidos y fiables de reconstrucción filogenética. Describimos un nuevo enfoque, basado en el principio de máxima verosimilitud, que claramente satisface estos requisitos. El núcleo de este método es un algoritmo simple de ascenso por colinas que ajusta simultáneamente la topología del árbol y las longitudes de las ramas. Este algoritmo comienza con un árbol inicial construido por un método rápido basado en distancias y modifica este árbol para mejorar su verosimilitud en cada iteración. Debido a este ajuste simultáneo de la topología y las longitudes de las ramas, solo son necesarias pocas iteraciones para alcanzar un óptimo. Utilizamos simulaciones informáticas extensas y realistas para demostrar que la precisión topológica de este nuevo método es al menos tan alta como la de los programas existentes de máxima verosimilitud y mucho mayor que el rendimiento de los enfoques basados en distancias y parsimonia. La reducción del tiempo de cálculo es dramática en comparación con otros paquetes de máxima verosimilitud, mientras que la capacidad de maximización de la verosimilitud tiende a ser mayor. Por ejemplo, solo se requirieron 12 minutos en un ordenador personal estándar para analizar un conjunto de datos consistente en 500 secuencias de rbcL con 1.428 pares de bases de plastidios de plantas, alcanzando así una velocidad del mismo orden que algunos algoritmos populares basados en distancias y parsimonia. Este nuevo método está implementado en el programa PHYML, que está disponible gratuitamente en nuestra página web: http://www.lirmm.fr/w3ifa/MAAS/.

@article{doi10108010635150390235520,
    author = "Guindon, Stéphane y Gascuel, Olivier",
    title = "Un algoritmo simple, rápido y preciso para estimar filogenias grandes mediante máxima verosimilitud",
    year = "2003",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "El aumento en el número de conjuntos de datos grandes y la complejidad de los actuales modelos probabilísticos de evolución de secuencias hace necesarias métodos rápidos y fiables de reconstrucción filogenética. Describimos un nuevo enfoque, basado en el principio de máxima verosimilitud, que claramente satisface estos requisitos. El núcleo de este método es un algoritmo simple de ascenso por colinas que ajusta simultáneamente la topología del árbol y las longitudes de las ramas. Este algoritmo comienza con un árbol inicial construido por un método rápido basado en distancias y modifica este árbol para mejorar su verosimilitud en cada iteración. Debido a este ajuste simultáneo de la topología y las longitudes de las ramas, solo son necesarias pocas iteraciones para alcanzar un óptimo. Utilizamos simulaciones informáticas extensas y realistas para demostrar que la precisión topológica de este nuevo método es al menos tan alta como la de los programas existentes de máxima verosimilitud y mucho mayor que el rendimiento de los enfoques basados en distancias y parsimonia. La reducción del tiempo de cálculo es dramática en comparación con otros paquetes de máxima verosimilitud, mientras que la capacidad de maximización de la verosimilitud tiende a ser mayor. Por ejemplo, solo se requirieron 12 minutos en un ordenador personal estándar para analizar un conjunto de datos consistente en 500 secuencias de rbcL con 1.428 pares de bases de plastidios de plantas, alcanzando así una velocidad del mismo orden que algunos algoritmos populares basados en distancias y parsimonia. Este nuevo método está implementado en el programa PHYML, que está disponible gratuitamente en nuestra página web: http://www.lirmm.fr/w3ifa/MAAS/.",
    url = "https://doi.org/10.1080/10635150390235520",
    doi = "10.1080/10635150390235520",
    openalex = "W2103546861",
    references = "doi101007bf00160154, doi101007bf01731581, doi101007bf01734359, doi101007bf02101694, doi101016b9781483232119500097, doi101093bioinformatics178754, doi101093oxfordjournalsmolbeva025664, doi101093oxfordjournalsmolbeva040023, doi101093oxfordjournalsmolbeva040454, doi101111j155856461985tb00420x, openalexw2002446259, openalexw2170120409, openalexw2994240441, openalexw3199943451, openalexw3217097258"
}

▪ Resumen Las herramientas moleculares han reorganizado profundamente nuestra comprensión de la filogenia de los metazoos. Inicialmente basadas en el gen del subunidad ribosomal nuclear pequeña (SSU o 18S), las hipótesis recientes han sido corroboradas por varias fuentes de datos (incluyendo la subunidad ribosomal nuclear grande, genes Hox, orden de genes mitocondriales, genes mitocondriales concatenados y el gen de la cadena pesada de miosina II). A continuación, se discute la evidencia que respalda nuestra comprensión actual de base clado por clado. Los animales bilaterianos consisten en tres clados: Deuterostomia, Lophotrochozoa y Ecdysozoa. Cada clado está respaldado por datos moleculares y morfológicos. Deuterostomia es más pequeño de lo tradicionalmente reconocido, consistiendo en hemicordados, equinodermos, cordados y Xenoturbella (un animal enigmático similar a un gusano). Lophotrochozoa agrupa animales con un aparato de alimentación lófora (Brachiopoda, Bryozoa y Phoronida) y larvas trocóforas (por ejemplo, anélidos y moluscos), así como varios otros filos reconocidos (por ejemplo, platelmintos, sipunculidos y nemertinos). Ecdysozoa comprende animales que mudan (por ejemplo, artrópodos, nematodos, tardígrados y priapulidos), agrupando juntos dos organismos modelo principales (Drosophila y Caenorhabditis) en la misma línea. Los Platyhelminthes no parecen ser monofiléticos, con Acoelomorfa ocupando una posición basal en Bilateria. Antes de la aparición de los animales bilaterales, las esponjas, ctenóforos, cnidarios y placozoarios se separaron de la línea animal principal, pero el orden de divergencia es menos cierto. Muchas preguntas persisten sobre las relaciones dentro de Ecdysozoa y Lophotrochozoa, la monofilia porífera y la colocación de muchos taxones menos estudiados (por ejemplo, cinorincos, gastrotricos, gnatostomúlidos y entoproctos).

@article{doi101146annurevecolsys35112202130124,
    author = "Halanych, Kenneth M.",
    title = "The New View of Animal Phylogeny",
    year = "2004",
    journal = "Annual Review of Ecology Evolution and Systematics",
    abstract = "▪ Resumen Las herramientas moleculares han reorganizado profundamente nuestra comprensión de la filogenia de los metazoos. Inicialmente basadas en el gen del subunidad ribosomal nuclear pequeña (SSU o 18S), las hipótesis recientes han sido corroboradas por varias fuentes de datos (incluyendo la subunidad ribosomal nuclear grande, genes Hox, orden de genes mitocondriales, genes mitocondriales concatenados y el gen de la cadena pesada de miosina II). A continuación, se discute la evidencia que respalda nuestra comprensión actual de base clado por clado. Los animales bilaterianos consisten en tres clados: Deuterostomia, Lophotrochozoa y Ecdysozoa. Cada clado está respaldado por datos moleculares y morfológicos. Deuterostomia es más pequeño de lo tradicionalmente reconocido, consistiendo en hemicordados, equinodermos, cordados y Xenoturbella (un animal enigmático similar a un gusano). Lophotrochozoa agrupa animales con un aparato de alimentación lófora (Brachiopoda, Bryozoa y Phoronida) y larvas trocóforas (por ejemplo, anélidos y moluscos), así como varios otros filos reconocidos (por ejemplo, platelmintos, sipunculidos y nemertinos). Ecdysozoa comprende animales que mudan (por ejemplo, artrópodos, nematodos, tardígrados y priapulidos), agrupando juntos dos organismos modelo principales (Drosophila y Caenorhabditis) en la misma línea. Los Platyhelminthes no parecen ser monofiléticos, con Acoelomorfa ocupando una posición basal en Bilateria. Antes de la aparición de los animales bilaterales, las esponjas, ctenóforos, cnidarios y placozoarios se separaron de la línea animal principal, pero el orden de divergencia es menos cierto. Muchas preguntas persisten sobre las relaciones dentro de Ecdysozoa y Lophotrochozoa, la monofilia porífera y la colocación de muchos taxones menos estudiados (por ejemplo, cinorincos, gastrotricos, gnatostomúlidos y entoproctos).",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.35.112202.130124",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.35.112202.130124",
    openalex = "W2114395497",
    references = "doi1010079789401149044, doi101016003101829390065q, doi101016jtig200312003, doi101016s0092867403004690, doi101017s0006323198005167, doi10103835318, doi101038387489a0, doi10103846965, doi101038nature01851, doi101046j1525142x2001003003170x, doi101073pnas972111359, doi101073pnas9794469, doi101093oxfordjournalsmolbeva004134, doi101093oxfordjournalsmolbeva026241, doi101098rspb20032631, doi101098rstb19950029, doi101111j109600311998tb00338x, doi101111j146363951987tb00892x, doi101111j146364091997tb00412x, doi101126science2705236598, doi101126science28354091919, doi101126science28454232129, doi101126science3277277, doi101146annurevge22120188002513, doi105860choice501469, openalexw2076004673"
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El tubo neural ancestral de los cordados tenía una estructura tripartita, compuesta por regiones anterior, de borde mesencéfalo-metencéfalo (MHB) y posterior. La región más anterior abarca tanto el cerebro anterior como el mesencéfalo en los vertebrados. No está claro cuándo o cómo surgió en la evolución la distinción entre estas dos regiones funcional y desarrollativamente distintas. Recientemente, hemos reportado un gen homeobox de clase PRD del ratón, Dmbx1, expresado en el mesencéfalo presumido en etapas tempranas del desarrollo, y en el metencéfalo en etapas posteriores, con exclusión del MHB. Este gen proporciona una vía para investigar la evolución del desarrollo del mesencéfalo. Reportamos el clonado, la estructura genómica, la filogenia y la expresión embrionaria de los genes Dmbx del anfioxo y de Ciona, representando las dos linajes más estrechamente relacionados con los vertebrados. Nuestros análisis muestran que los genes Dmbx forman una familia de genes homeobox distinta, antigua, con una secuencia y organización genómica altamente conservadas, aunque más divergentes en Ciona. En el anfioxo, no se observa expresión de Dmbx en el tubo neural, apoyando argumentos previos de que la región equivalente al MHB ha sido modificada secundariamente en la evolución. En Ciona, el gen CiDmbx se detecta en células neurales caudales a las células positivas para Pax2/5/8 (homólogo del MHB), en la región positiva para Hox, pero, interesante, no en ninguna célula rostral a ellas. Estos resultados sugieren que falta un homólogo del mesencéfalo en Ciona, y argumentan que el desarrollo del mesencéfalo es una novedad que evolucionó específicamente en la linaje vertebrado. Discutimos la evolución del desarrollo del mesencéfalo en relación con la ascendencia del plan neural tripartito y el origen del organizador MHB.

@article{doi101242dev01201,
    author = "Takahashi, Tokiharu y Holland, P.",
    title = "Los genes homeobox Dmbx de anfioxo y ascidia dan pistas sobre los orígenes vertebrales del desarrollo del mesencéfalo",
    year = "2004",
    journal = "Development",
    abstract = "El tubo neural ancestral de los cordados tenía una estructura tripartita, compuesta por regiones anterior, de borde mesencéfalo-metencéfalo (MHB) y posterior. La región más anterior abarca tanto el cerebro anterior como el mesencéfalo en los vertebrados. No está claro cuándo o cómo surgió en la evolución la distinción entre estas dos regiones funcional y desarrollativamente distintas. Recientemente, hemos reportado un gen homeobox de clase PRD del ratón, Dmbx1, expresado en el mesencéfalo presumido en etapas tempranas del desarrollo, y en el metencéfalo en etapas posteriores, con exclusión del MHB. Este gen proporciona una vía para investigar la evolución del desarrollo del mesencéfalo. Reportamos el clonado, la estructura genómica, la filogenia y la expresión embrionaria de los genes Dmbx del anfioxo y de Ciona, representando las dos linajes más estrechamente relacionados con los vertebrados. Nuestros análisis muestran que los genes Dmbx forman una familia de genes homeobox distinta, antigua, con una secuencia y organización genómica altamente conservadas, aunque más divergentes en Ciona. En el anfioxo, no se observa expresión de Dmbx en el tubo neural, apoyando argumentos previos de que la región equivalente al MHB ha sido modificada secundariamente en la evolución. En Ciona, el gen CiDmbx se detecta en células neurales caudales a las células positivas para Pax2/5/8 (homólogo del MHB), en la región positiva para Hox, pero, interesante, no en ninguna célula rostral a ellas. Estos resultados sugieren que falta un homólogo del mesencéfalo en Ciona, y argumentan que el desarrollo del mesencéfalo es una novedad que evolucionó específicamente en la linaje vertebrado. Discutimos la evolución del desarrollo del mesencéfalo en relación con la ascendencia del plan neural tripartito y el origen del organizador MHB.",
    url = "http://dev.biologists.org/content/131/14/3285.full.pdf",
    doi = "10.1242/dev.01201",
    is_oa = "true",
    number = "14",
    pages = "3285-3294",
    semanticscholar_citation_count = "78",
    semanticscholar_id = "34d71e3f355023009bea8722d4b8b13d41ae1156",
    volume = "131"
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Se necesita una revisión taxonómica mediante filogenia molecular para categorizar los miembros del género Echinococcus (Cestoda: Taeniidae). Hemos reconstruido las relaciones filogenéticas de E. oligarthrus, E. vogeli, E. multilocularis, E. shiquicus, E. equinus, E. ortleppi, E. granulosus sensu stricto y 3 genotipos de E. granulosus sensu lato (G6, G7 y G8) a partir de sus genomas mitocondriales completos. Los análisis de máxima verosimilitud y bayesianos particionados utilizando conjuntos de datos concatenados de secuencias de nucleótidos y aminoácidos representaron árboles filogenéticos con la misma topología. Los 3 genotipos de E. granulosus correspondientes a las cepas de camello, cerdo y cérvido fueron monofiléticos, y su alto nivel de similitud genética apoyó la unificación taxonómica de estas especies en E. canadensis. Las relaciones de especies hermanas se confirmaron entre E. ortleppi y E. canadensis, y entre E. multilocularis y E. shiquicus, independientemente del enfoque analítico empleado. Las posiciones basales del árbol filogenético fueron ocupadas por las especies endémicas neotropicales, E. oligarthrus y E. vogeli, cuyos huéspedes definitivos se derivan de carnívoros que inmigraron desde América del Norte después de la formación del puente terrestre panameño. Las comparaciones de coevolución huésped-parásito sugieren que la tierra natal ancestral de Echinococcus fue América del Norte o Asia, dependiendo de si los huéspedes definitivos ancestrales eran cánidos o felinos.

@article{doi101017s0031182006001934,
    author = "Nakao, Miki y McManus, Donald P. y Schantz, Peter M. y Craig, Philip S. y Ito, Akira",
    title = "Una filogenia molecular del género Echinococcus inferida a partir de genomas mitocondriales completos",
    year = "2006",
    journal = "Parasitología",
    abstract = "Se necesita una revisión taxonómica mediante filogenia molecular para categorizar los miembros del género Echinococcus (Cestoda: Taeniidae). Hemos reconstruido las relaciones filogenéticas de E. oligarthrus, E. vogeli, E. multilocularis, E. shiquicus, E. equinus, E. ortleppi, E. granulosus sensu stricto y 3 genotipos de E. granulosus sensu lato (G6, G7 y G8) a partir de sus genomas mitocondriales completos. Los análisis de máxima verosimilitud y bayesianos particionados utilizando conjuntos de datos concatenados de secuencias de nucleótidos y aminoácidos representaron árboles filogenéticos con la misma topología. Los 3 genotipos de E. granulosus correspondientes a las cepas de camello, cerdo y cérvido fueron monofiléticos, y su alto nivel de similitud genética apoyó la unificación taxonómica de estas especies en E. canadensis. Las relaciones de especies hermanas se confirmaron entre E. ortleppi y E. canadensis, y entre E. multilocularis y E. shiquicus, independientemente del enfoque analítico empleado. Las posiciones basales del árbol filogenético fueron ocupadas por las especies endémicas neotropicales, E. oligarthrus y E. vogeli, cuyos huéspedes definitivos se derivan de carnívoros que inmigraron desde América del Norte después de la formación del puente terrestre panameño. Las comparaciones de coevolución huésped-parásito sugieren que la tierra natal ancestral de Echinococcus fue América del Norte o Asia, dependiendo de si los huéspedes definitivos ancestrales eran cánidos o felinos.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0031182006001934",
    doi = "10.1017/s0031182006001934",
    openalex = "W2160073440",
    references = "doi101073pnas972111359, doi101126science1122277"
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@article{doi101038nature05241,
    author = "Bourlat, Sarah J. y Juliusdottir, Thorhildur y Lowe, Christopher J. y Freeman, Robert M. y Aronowicz, Jochanan y Kirschner, Mark y Lander, Eric S. y Thorndyke, Michael C. y Nakano, Hiroaki y Kohn, Andrea B. y Heyland, Andreas y Moroz, Leonid L. y Copley, Richard R. y Telford, Maximilian J.",
    title = "Filogenia de deuterostomados revela cordados monofiléticos y el nuevo filo Xenoturbellida",
    year = "2006",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature05241",
    doi = "10.1038/nature05241",
    openalex = "W2062955619",
    references = "doi101016s0092867403004690, doi101038nature01851, doi101038nature02975, doi101038nature04336, doi101073pnas972111359, doi10108010635150500234583, doi101093molbevmsi111, doi101093molbevmsj055, doi101093sysbio274401, doi101126science28354091919, doi101126science7886451, doi101139z04158, doi1023072412923"
}

Hemos comparado el desarrollo dorsoventral de los hemicordados y los cordados para deducir la organización de su ancestro común y, por tanto, identificar las modificaciones evolutivas del eje corporal de los cordados después de que se separaron las linajes. En el embrión de hemicordado, los genes que codifican las proteínas morfogenéticas óseas (Bmp) 2/4 y 5/8, así como varios genes para moduladores de la actividad de Bmp, se expresan en una fina franja de ectodermo en una línea media, históricamente llamada "dorsal". En la línea media opuesta, se expresan los genes que codifican Chordin y la proteína morfogenética antidorsalizante (Admp). Así, encontramos un eje de desarrollo Bmp-Chordin que precede y subyace al eje dorsoventral anatómico de los hemicordados, añadiendo a la evidencia de Drosophila y cordados de que este eje puede ser al menos tan antiguo como los primeros animales bilaterales. Numerosos genes que codifican factores de transcripción y ligandos de señalización se expresan en las tres capas germinativas de los embriones de hemicordados en dominios dorsoventrales distintos, como pox neuro, pituitary homeobox, distalless y tbx2/3 en el lado de Bmp y netrin, mnx, mox y single-minded en el lado de Chordin-Admp. Cuando exponemos el embrión a exceso de proteína Bmp, o cuando agotamos el Bmp endógeno mediante inyecciones de ARN de interferencia, estos dominios de expresión se expanden o contraen, reflejando su activación o represión por Bmp, y los embriones se desarrollan como formas límite dorsalizadas o ventralizadas. El patrón dorsoventral es independiente del patrón anterior/posterior, como en Drosophila pero no en los cordados. A diferencia de ambos cordados y Drosophila, la expresión de genes neurales en hemicordados no se reprime por niveles altos de Bmp, lo cual es consistente con su desarrollo de un sistema nervioso difuso en lugar de centralizado. Sugerimos que el ancestro común de hemicordados y cordados no utilizó su eje Bmp-Chordin para segregarse el ectodermo epidérmico y neural, sino para patrones muchos otros aspectos dorsoventrales de las capas germinativas, incluyendo los destinos celulares neurales dentro de un sistema nervioso difuso. En consecuencia, la centralización se añadió en la línea de los cordados mediante la segregación neural-epidérmica, mediada por el preexistente eje Bmp-Chordin. Finalmente, dado que los hemicordados desarrollan la boca en el lado no-Bmp, como los artrópodos pero opuesto a los cordados, la boca y el eje Bmp-Chordin pueden haberse reorganizado en la línea de los cordados, uno relativo al otro.

@article{doi101371journalpbio0040291,
    author = "Lowe, Christopher J. and Terasaki, Mark and Wu, Michael and Freeman, Robert M. and Runft, Linda L. and Kwan, Kristen M. and Haigo, Saori L. and Aronowicz, Jochanan and Lander, Eric S. and Gruber, Chris and Smith, Mark A. and Kirschner, Marc W. and Gerhart, John C.",
    title = "Dorsoventral Patterning in Hemichordates: Insights into Early Chordate Evolution",
    year = "2006",
    journal = "PLoS Biology",
    abstract = {Hemos comparado el desarrollo dorsoventral de los hemicordados y los cordados para deducir la organización de su ancestro común y, por tanto, identificar las modificaciones evolutivas del eje corporal de los cordados después de que se separaron las linajes. En el embrión de hemicordado, los genes que codifican las proteínas morfogenéticas óseas (Bmp) 2/4 y 5/8, así como varios genes para moduladores de la actividad de Bmp, se expresan en una fina franja de ectodermo en una línea media, históricamente llamada "dorsal". En la línea media opuesta, se expresan los genes que codifican Chordin y la proteína morfogenética antidorsalizante (Admp). Así, encontramos un eje de desarrollo Bmp-Chordin que precede y subyace al eje dorsoventral anatómico de los hemicordados, añadiendo a la evidencia de Drosophila y cordados de que este eje puede ser al menos tan antiguo como los primeros animales bilaterales. Numerosos genes que codifican factores de transcripción y ligandos de señalización se expresan en las tres capas germinativas de los embriones de hemicordados en dominios dorsoventrales distintos, como pox neuro, pituitary homeobox, distalless y tbx2/3 en el lado de Bmp y netrin, mnx, mox y single-minded en el lado de Chordin-Admp. Cuando exponemos el embrión a exceso de proteína Bmp, o cuando agotamos el Bmp endógeno mediante inyecciones de ARN de interferencia, estos dominios de expresión se expanden o contraen, reflejando su activación o represión por Bmp, y los embriones se desarrollan como formas límite dorsalizadas o ventralizadas. El patrón dorsoventral es independiente del patrón anterior/posterior, como en Drosophila pero no en los cordados. A diferencia de ambos cordados y Drosophila, la expresión de genes neurales en hemicordados no se reprime por niveles altos de Bmp, lo cual es consistente con su desarrollo de un sistema nervioso difuso en lugar de centralizado. Sugerimos que el ancestro común de hemicordados y cordados no utilizó su eje Bmp-Chordin para segregarse el ectodermo epidérmico y neural, sino para patrones muchos otros aspectos dorsoventrales de las capas germinativas, incluyendo los destinos celulares neurales dentro de un sistema nervioso difuso. En consecuencia, la centralización se añadió en la línea de los cordados mediante la segregación neural-epidérmica, mediada por el preexistente eje Bmp-Chordin. Finalmente, dado que los hemicordados desarrollan la boca en el lado no-Bmp, como los artrópodos pero opuesto a los cordados, la boca y el eje Bmp-Chordin pueden haberse reorganizado en la línea de los cordados, uno relativo al otro.},
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0040291",
    doi = "10.1371/journal.pbio.0040291",
    openalex = "W2129829180",
    references = "doi101007s004270050225, doi1010160092867493906273, doi1010160092867494904219, doi1010160092867494905142, doi1010160092867495902767, doi101016jgde200506004, doi101016s009286740081795x, doi101016s0092867403004690, doi10103835049541, doi101038nature01851, doi101038nature02415, doi101038nrn1175, openalexw1809736813, openalexw659399033"
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En los últimos años, la sistemática aviar se ha caracterizado por una menor dependencia de la cladística morfológica de los taxones modernos, una intensa investigación paleornitológica estimulada por nuevos descubrimientos y una inundación de análisis basados en secuencias de ADN. Desafortunadamente, a diferencia de los significativos conocimientos sobre los orígenes basales, el panorama general de la filogenia de los neornites permanece en gran parte sin resolver. Los estudios morfológicos han enfatizado caracteres de utilidad en contextos paleontológicos. Los estudios moleculares, tras el desencanto con el trabajo pionero, pero no cladístico, de Sibley y Ahlquist, han diferido notablemente entre sí y de los trabajos morfológicos tanto en métodos como en hallazgos. En consecuencia, a finales del siglo XX, los puntos de acuerdo robusto entre las escuelas sobre la filogenia de alto nivel de los neornites se han limitado a los dos grupos basales y varios grupos primarios de nivel medio. Este artículo describe un análisis filogenético (cladístico) de 150 taxones de Neornithes, incluyendo ejemplares de todas las familias no paseriformes, y representantes subordinales de Passeriformes. Treinta y cinco taxones externos que abarcan Crocodylia, predominantemente Dinosauria terópodos, y aves seleccionadas del Mesozoico se utilizaron para enraizar los árboles. Basándose en el estudio de especímenes y la literatura, se definieron 2954 caracteres morfológicos; estos caracteres han sido descritos en un trabajo complementario, aproximadamente un tercio de los cuales fueron multiestado (es decir, comprendieron al menos tres estados), y los estados dentro de más de la mitad de estos caracteres multiestado fueron ordenados para el análisis. Búsquedas heurísticas completas utilizando 10 000 réplicas de adición aleatoria recuperaron un conjunto de soluciones total de 97 árboles más parsimoniosos y bien resueltos (MPTs). El conjunto de MPTs fue confirmado por una búsqueda heurística ampliada basada en 10 000 réplicas de adición aleatoria y una exploración completa aumentada con ratchet para determinar los óptimos globales. Un árbol de consenso estricto de MPTs incluyó solo seis tricotomías, es decir, nodos que difieren topológicamente entre MPTs. Los porcentajes de bootstrap (basados en 10 000 réplicas) y los índices de soporte minimizados con ratchet (Bremer) indicaron que la mayoría de los nodos son robustos. Varios neornites fósiles (por ejemplo, Dinornithiformes, Aepyornithiformes) fueron colocados dentro del grupo interno a posteriori ya sea mediante búsquedas heurísticas sin restricciones basadas en la matriz completa aumentada por estos taxones por separado o utilizando restricciones de columna vertebral. El análisis confirmó la topología entre los terópodos externos y logró una resolución robusta en prácticamente todos los niveles de los Neornithes. Los hallazgos incluyeron la monofilia de las aves paleognatas, que comprenden los taxones hermanos Tinamiformes y ratitas, respectivamente, y los Anseriformes y Galliformes como grupos hermanos monofílicos, formando juntos el grupo hermano de otros Neornites excluyendo a los Paleognathae (Neoaves). Las inferencias notables incluyen: (i) el grupo hermano de los Neoaves restantes comprende una diversidad de aves marinas y limícolas; (ii) Podicipedidae son el grupo hermano de Gaviidae, y no están estrechamente relacionados con los Phoenicopteridae, como se sugirió recientemente; (iii) los tradicionales Pelecaniformes, incluyendo el balaeniceps (Balaeniceps rex) como taxón hermano de otros miembros, son monofílicos; (iv) los tradicionales Ciconiiformes son monofílicos; (v) Strigiformes y Falconiformes son grupos hermanos; (vi) Cathartidae es el grupo hermano de los Falconiformes restantes; (vii) Ralliformes (Rallidae y Heliornithidae) son el grupo hermano de los monofílicos Charadriiformes, con los tradicionalmente compuestos Gruiformes y Turniciformes (Turnicidae y Mesitornithidae) secuencialmente parafiléticos a todo el clade anterior; (viii) Opisthocomus hoazin es el taxón hermano de los Cuculiformes (incluyendo los Musophagidae); (ix) los tradicionales Caprimulgiformes son monofílicos y el grupo hermano de los Apodiformes; (x) Trogoniformes son el grupo hermano de Coliiformes; (xi) Coraciiformes, Piciformes y Passeriformes son mutuamente monofílicos y estrechamente relacionados; y (xii) los Galbulae se mantienen dentro de los Piciformes. Las partes sin resolver de los Neornites (nodos que tienen más de una solución más parsimoniosa) comprenden tres partes del árbol: (a) varios nodos interfamiliales dentro de los Charadriiformes; (b) una tricotomía que comprende los (i) Psittaciformes, (ii) Columbiformes y (iii) Trogonomorphae (Trogoniformes, Coliiformes) + Passerimorphae (Coraciiformes, Piciformes, Passeriformes); y (c) una tricotomía que comprende los Coraciiformes, Piciformes y Passeriformes. Las poltomías restantes fueron entre los grupos externos, aunque varios de los nodos de más alto orden solo tuvieron un soporte marginal; sin embargo, la mayoría de los nodos se resolvieron y cumplieron o superaron los estándares convencionales de soporte. Las comparaciones cuantitativas con hipótesis alternativas, el examen de caracteres altamente soportados y diagnósticos para taxones superiores, las correspondencias con estudios previos, la complementariedad y diferencias filosóficas con la filogenética paleontológica, las promesas y desafíos de la paleogeografía y la calibración de las tasas evolutivas de las aves, y las clases de evidencia prometedora y las direcciones futuras de estudio se revisan. La homología, aplicada a ejemplos aviares de aparentes homólogos, se considera en términos de la teoría reciente, y se propone una clasificación revisada y anotada de taxones de alto nivel de Neornithes y otros terópodos estrechamente relacionados. (c) 2007 The Linnean Society of London, Zoological Journal of the Linnean Society, 2007, 149, 1-95.

@article{doi101111j10963642200600293x,
    author = "Livezey, Bradley C. and Zusi, Richard L.",
    title = "Higher-order phylogeny of modern birds (Theropoda, Aves: Neornithes) based on comparative anatomy. II. Analysis and discussion",
    year = "2007",
    journal = "Zoological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "In recent years, avian systematics has been characterized by a diminished reliance on morphological cladistics of modern taxa, intensive palaeornithogical research stimulated by new discoveries and an inundation by analyses based on DNA sequences. Unfortunately, in contrast to significant insights into basal origins, the broad picture of neornithine phylogeny remains largely unresolved. Morphological studies have emphasized characters of use in palaeontological contexts. Molecular studies, following disillusionment with the pioneering, but non-cladistic, work of Sibley and Ahlquist, have differed markedly from each other and from morphological works in both methods and findings. Consequently, at the turn of the millennium, points of robust agreement among schools concerning higher-order neornithine phylogeny have been limited to the two basalmost and several mid-level, primary groups. This paper describes a phylogenetic (cladistic) analysis of 150 taxa of Neornithes, including exemplars from all non-passeriform families, and subordinal representatives of Passeriformes. Thirty-five outgroup taxa encompassing Crocodylia, predominately theropod Dinosauria, and selected Mesozoic birds were used to root the trees. Based on study of specimens and the literature, 2954 morphological characters were defined; these characters have been described in a companion work, approximately one-third of which were multistate (i.e. comprised at least three states), and states within more than one-half of these multistate characters were ordered for analysis. Complete heuristic searches using 10 000 random-addition replicates recovered a total solution set of 97 well-resolved, most-parsimonious trees (MPTs). The set of MPTs was confirmed by an expanded heuristic search based on 10 000 random-addition replicates and a full ratchet-augmented exploration to ascertain global optima. A strict consensus tree of MPTs included only six trichotomies, i.e. nodes differing topologically among MPTs. Bootstrapping (based on 10 000 replicates) percentages and ratchet-minimized support (Bremer) indices indicated most nodes to be robust. Several fossil Neornithes (e.g. Dinornithiformes, Aepyornithiformes) were placed within the ingroup a posteriori either through unconstrained, heursitic searches based on the complete matrix augmented by these taxa separately or using backbone-constraints. Analysis confirmed the topology among outgroup Theropoda and achieved robust resolution at virtually all levels of the Neornithes. Findings included monophyly of the palaeognathous birds, comprising the sister taxa Tinamiformes and ratites, respectively, and the Anseriformes and Galliformes as monophyletic sister-groups, together forming the sister-group to other Neornithes exclusive of the Palaeognathae (Neoaves). Noteworthy inferences include: (i) the sister-group to remaining Neoaves comprises a diversity of marine and wading birds; (ii) Podicipedidae are the sister-group of Gaviidae, and not closely related to the Phoenicopteridae, as recently suggested; (iii) the traditional Pelecaniformes, including the shoebill (Balaeniceps rex) as sister-taxon to other members, are monophyletic; (iv) traditional Ciconiiformes are monophyletic; (v) Strigiformes and Falconiformes are sister-groups; (vi) Cathartidae is the sister-group of the remaining Falconiformes; (vii) Ralliformes (Rallidae and Heliornithidae) are the sister-group to the monophyletic Charadriiformes, with the traditionally composed Gruiformes and Turniciformes (Turnicidae and Mesitornithidae) sequentially paraphyletic to the entire foregoing clade; (viii) Opisthocomus hoazin is the sister-taxon to the Cuculiformes (including the Musophagidae); (ix) traditional Caprimulgiformes are monophyletic and the sister-group of the Apodiformes; (x) Trogoniformes are the sister-group of Coliiformes; (xi) Coraciiformes, Piciformes and Passeriformes are mutually monophyletic and closely related; and (xii) the Galbulae are retained within the Piciformes. Unresolved portions of the Neornithes (nodes having more than one most-parsimonious solution) comprised three parts of the tree: (a) several interfamilial nodes within the Charadriiformes; (b) a trichotomy comprising the (i) Psittaciformes, (ii) Columbiformes and (iii) Trogonomorphae (Trogoniformes, Coliiformes) + Passerimorphae (Coraciiformes, Piciformes, Passeriformes); and (c) a trichotomy comprising the Coraciiformes, Piciformes and Passeriformes. The remaining polytomies were among outgroups, although several of the highest-order nodes were only marginally supported; however, the majority of nodes were resolved and met or surpassed conventional standards of support. Quantitative comparisons with alternative hypotheses, examination of highly supportive and diagnostic characters for higher taxa, correspondences with prior studies, complementarity and philosophical differences with palaeontological phylogenetics, promises and challenges of palaeogeography and calibration of evolutionary rates of birds, and classes of promising evidence and future directions of study are reviewed. Homology, as applied to avian examples of apparent homologues, is considered in terms of recent theory, and a revised annotated classification of higher-order taxa of Neornithes and other closely related Theropoda is proposed. (c) 2007 The Linnean Society of London, Zoological Journal of the Linnean Society, 2007, 149, 1-95.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-3642.2006.00293.x",
    doi = "10.1111/j.1096-3642.2006.00293.x",
    openalex = "W2153165351",
    references = "crossref1995systematics, doi101002jmor10382, doi101002jmor10406, doi101002jmor1052090107, doi101007bf02101113, doi101016b978012249408650011x, doi101017s0006323197005100, doi101017s1464793102006103, doi101017s1464793105006779, doi101038nature03150, doi101073pnas0507106102, doi10108002724634199410011524, doi10108010635150500234583, doi10108010635150590950326, doi101093oso97801951223430010001, doi101093oso97801985052350010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva026092, doi101093sysbio33183, doi101093sysbio422182, doi101098rspb20001368, doi101111j109600311989tb00573x, doi101111j109600311993tb00217x, doi101111j109600312003tb00387x, doi101111j109636422001tb01313x, doi101111j109636422001tb01314x, doi101111j1469185x1997tb00024x, doi101111j146979981991tb04794x, doi101111j155856461959tb03005x, doi101111j155856461985tb00420x, doi101126science2665186779, doi1012060003008220023870001tmappo20co2, doi1012060003009020042860001mptaso20co2, doi1016660094837320050310192meam20co2, doi1023072408678, doi1023072413134, doi1023072992540, doi10230740168337, doi102992014590582006371pon20co2, doi105860choice323881, doi105860choice343307, doi105860choice392183, doi105860choice405235, doi105962bhltitle106607, gregor1988the, openalexw2506868775, openalexw3217097258"
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El modelo CAT parece ser más robusto que WAG frente a artefactos de LBA, esencialmente porque anticipa correctamente la alta probabilidad de convergencias y reversiones implicadas por el pequeño tamaño efectivo del alfabeto de aminoácidos en cada sitio de la alineación. De manera más general, nuestros resultados proporcionan evidencia sólida de que las especificidades de sitio en el proceso de sustitución deben tenerse en cuenta para obtener árboles filogenéticos más fiables.

@article{doi101186147121487s1s4,
    author = "Lartillot, Nicolas y Brinkmann, Henner y Philippe, Hervé",
    title = "Supresión de artefactos de atracción de ramas largas en la filogenia animal utilizando un modelo de sitio heterogéneo",
    year = "2007",
    journal = "BMC Evolutionary Biology",
    abstract = "El modelo CAT parece ser más robusto que WAG frente a artefactos de LBA, esencialmente porque anticipa correctamente la alta probabilidad de convergencias y reversiones implicadas por el pequeño tamaño efectivo del alfabeto de aminoácidos en cada sitio de la alineación. De manera más general, nuestros resultados proporcionan evidencia sólida de que las especificidades de sitio en el proceso de sustitución deben tenerse en cuenta para obtener árboles filogenéticos más fiables.",
    url = "https://doi.org/10.1186/1471-2148-7-s1-s4",
    doi = "10.1186/1471-2148-7-s1-s4",
    openalex = "W2131527832",
    references = "doi101093molbevmsi111"
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Los anfioxos ('amfioxos') son los supervivientes modernos de una antigua línea de cordados, con un registro fósil que se remonta al período Cámbrico. Aquí describimos la estructura y el contenido génico del genoma altamente polimórfico de aproximadamente 520 megabases del anfioxo de Florida Branchiostoma floridae, y lo analizamos en el contexto de la evolución de los cordados. Las comparaciones de genoma completo iluminan las relaciones oscuras entre los tres grupos de cordados (tunicados, anfioxos y vertebrados), y permiten no solo la reconstrucción del complemento génico del último ancestro común de los cordados, sino también la reconstrucción parcial de su organización genómica, así como la descripción de dos duplicaciones a escala de genoma y reorganizaciones subsiguientes en la línea de los vertebrados. Estos eventos a escala de genoma moldearon el genoma de los vertebrados y proporcionaron variación genética adicional para su explotación durante la evolución de los vertebrados.

@article{doi101038nature06967,
    author = "Putnam, Nicholas H. y Butts, Thomas y Ferrier, David y Furlong, Rebecca F. y Hellsten, Uffe y Kawashima, Takeshi y Robinson‐Rechavi, Marc y Shoguchi, Eiichi y Terry, Astrid y Yu, Jr‐Kai y Benito-Gutiérrez, E`lia y Dubchak, Inna y García‐Fernàndez, Jordi y Gibson-Brown, Jeremy J. y Grigoriev, Igor V. y Horton, Amy C. y de Jong, Pieter J. y Jurka, Jerzy y Kapitonov, Vladimir V. y Kohara, Yuji y Kuroki, Yoko y Lindquist, Erika y Lucas, Susan y Osoegawa, Kazutoyo y Pennacchio, L y Salamov, Asaf A. y Satou, Yutaka y Sauka‐Spengler, Tatjana y Schmutz, Jeremy y Shin‐I, Tadasu y Toyoda, Atsushi y Bronner‐Fraser, Marianne y Fujiyama, Asao y Holland, Linda Z. y Holland, Peter W. H. y Satoh, Nori y Rokhsar, Daniel S.",
    title = "El genoma de amfioxo y la evolución del cariotipo de los cordados",
    year = "2008",
    journal = "Nature",
    abstract = "Los anfioxos ('amfioxos') son los supervivientes modernos de una antigua línea de cordados, con un registro fósil que se remonta al período Cámbrico. Aquí describimos la estructura y el contenido génico del genoma altamente polimórfico de aproximadamente 520 megabases del anfioxo de Florida Branchiostoma floridae, y lo analizamos en el contexto de la evolución de los cordados. Las comparaciones de genoma completo iluminan las relaciones oscuras entre los tres grupos de cordados (tunicados, anfioxos y vertebrados), y permiten no solo la reconstrucción del complemento génico del último ancestro común de los cordados, sino también la reconstrucción parcial de su organización genómica, así como la descripción de dos duplicaciones a escala de genoma y reorganizaciones subsiguientes en la línea de los vertebrados. Estos eventos a escala de genoma moldearon el genoma de los vertebrados y proporcionaron variación genética adicional para su explotación durante la evolución de los vertebrados.",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature06967",
    doi = "10.1038/nature06967",
    openalex = "W2131871062",
    references = "doi1010079783642866593, doi101016jtree200504008, doi101016s0092867403004690, doi10103835057062, doi101038370563a0, doi101038377720a0, doi101038nature04336, doi101038nature05241, doi101038scientificamerican0779122, doi101073pnas9794469, doi10108010635150390235520, doi101093bioinformatics178754, doi101093bioinformaticsbtg180, doi101093molbevmsi225, doi101093nar22224673, doi101093nar25173389, doi101093oxfordjournalsmolbeva026334, doi101101gr073676107, doi101126science1058040, doi101126science1080049, doi101126science1128691, doi101242dev1994supplement125, doi101371journalpbio0030007, doi101371journalpbio0030314, openalexw3217097258"
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Los deuterostomados son un grupo monofilético de animales que incluye a los vertebrados, los cordados invertebrados, los ambulacrarios y los xenoturbélidos. Se han encontrado representantes fósiles de la mayoría de los grupos principales de deuterostomados, incluidos algunos grupos corona a nivel de filo, en el Cámbrico Inferior, lo que sugiere que la divergencia evolutiva ocurrió en el Precámbrico Tardío, de acuerdo con algunas estimaciones del reloj molecular. Las filogenias moleculares, la morfología larvaria y el complejo adulto corazón/ríñón apoyan a los equinodermos y los hemicordados como un agrupamiento hermano (Ambulacraria). Los xenoturbélidos son un filo relativamente recién descubierto de deuterostomados similares a gusanos que carece de registro fósil, pero la evidencia molecular sugiere que estos animales son un grupo hermano de los Ambulacraria. Dentro de los cordados, los cefalocordados comparten grandes tramos de sinenia cromosómica con los vertebrados, tienen un complejo Hox completo y son grupo hermano de los vertebrados basándose en la evidencia de genes ribosómicos y mitocondriales. Por el contrario, los tunicados tienen un plan corporal adulto altamente derivado y son grupo hermano de los vertebrados basándose en los análisis de secuencias genómicas concatenadas. Los cefalocordados y los hemicordados comparten branquias y un cartílago acelular, lo que sugiere que el deuterostomo ancestral también compartía estas características. Los datos de redes génicas sugieren que el ancestro deuterostomo tenía un eje corporal anteroposterior especificado por genes Hox y Wnt, un eje dorsoventral especificado por un gradiente BMP/chordin, y era bilateralmente simétrico con asimetría izquierda-derecha determinada por la expresión de nodal.

@article{doi101098rstb20072246,
    author = "Swalla, Billie J. y Smith, Andrew B.",
    title = "Desentrañando la filogenia de los deuterostomados: perspectivas moleculares, morfológicas y paleontológicas",
    year = "2008",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Los deuterostomados son un grupo monofilético de animales que incluye a los vertebrados, los cordados invertebrados, los ambulacrarios y los xenoturbélidos. Se han encontrado representantes fósiles de la mayoría de los grupos principales de deuterostomados, incluidos algunos grupos corona a nivel de filo, en el Cámbrico Inferior, lo que sugiere que la divergencia evolutiva ocurrió en el Precámbrico Tardío, de acuerdo con algunas estimaciones del reloj molecular. Las filogenias moleculares, la morfología larvaria y el complejo adulto corazón/ríñón apoyan a los equinodermos y los hemicordados como un agrupamiento hermano (Ambulacraria). Los xenoturbélidos son un filo relativamente recién descubierto de deuterostomados similares a gusanos que carece de registro fósil, pero la evidencia molecular sugiere que estos animales son un grupo hermano de los Ambulacraria. Dentro de los cordados, los cefalocordados comparten grandes tramos de sinenia cromosómica con los vertebrados, tienen un complejo Hox completo y son grupo hermano de los vertebrados basándose en la evidencia de genes ribosómicos y mitocondriales. Por el contrario, los tunicados tienen un plan corporal adulto altamente derivado y son grupo hermano de los vertebrados basándose en los análisis de secuencias genómicas concatenadas. Los cefalocordados y los hemicordados comparten branquias y un cartílago acelular, lo que sugiere que el deuterostomo ancestral también compartía estas características. Los datos de redes génicas sugieren que el ancestro deuterostomo tenía un eje corporal anteroposterior especificado por genes Hox y Wnt, un eje dorsoventral especificado por un gradiente BMP/chordin, y era bilateralmente simétrico con asimetría izquierda-derecha determinada por la expresión de nodal.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.2007.2246",
    doi = "10.1098/rstb.2007.2246",
    openalex = "W2102660198",
    references = "doi101038377720a0, doi101038nature01264, doi101093oxfordjournalsmolbeva025897, doi101139z04158, doi101139z04160, doi101139z04190, doi101146annureves10110179001551, doi101371journalpbio0040291, morris1979the"
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@incollection{crossref2009chordates,
    title = "Cordados",
    year = "2009",
    booktitle = "Enciclopedia de Neurociencia",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-540-29678-2\_1012",
    doi = "10.1007/978-3-540-29678-2\_1012",
    openalex = "W4249900450",
    pages = "709-709"
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@incollection{crossref2009phylogeny,
    title = "Filogenia y evolución de los cordados",
    year = "2009",
    booktitle = "Enciclopedia de Neurociencia",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-540-29678-2\_4581",
    doi = "10.1007/978-3-540-29678-2\_4581",
    pages = "3160-3160"
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@incollection{mallatt2009evolution,
    author = "Mallatt, Jon",
    title = "Evolución y Filogenia de los Cordados",
    year = "2009",
    booktitle = "Enciclopedia de Neurociencia",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-540-29678-2\_3116",
    doi = "10.1007/978-3-540-29678-2\_3116",
    pages = "1201-1208"
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@article{doi101016jympev201110008,
    author = "Park, Eunji y Hwang, Dae‐Sik y Lee, Jae‐Seong y Song, Jun‐Im y Seo, Tae‐Kun y Won, Yong‐Jin",
    title = "Estimación de los tiempos de divergencia en la evolución de los cnidarios basada en genes codificadores de proteínas mitocondriales y el registro fósil",
    year = "2011",
    journal = "Molecular Phylogenetics and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ympev.2011.10.008",
    doi = "10.1016/j.ympev.2011.10.008",
    openalex = "W2057007227",
    references = "doi101038hdy200862, doi101111j14754983200700692x, doi101371journalpone0001121"
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@article{doi101016jcub201410016,
    author = "Cannon, Johanna T. y Kocot, Kevin M. y Waits, Damien S. y Weese, David y Swalla, Billie J. y Santos, Scott R. y Halanych, Kenneth M.",
    title = "Resolución filogenómica del clado de Hemichordata y Echinodermata",
    year = "2014",
    journal = "Current Biology",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.cub.2014.10.016",
    doi = "10.1016/j.cub.2014.10.016",
    openalex = "W1986400158",
    references = "doi101016jcub200905063, doi101111j15023931201200319x, doi101139z04190"
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Resumen Motivación: Las filogenias se utilizan cada vez más en todos los campos de la investigación médica y biológica. Además, debido a la revolución de la secuenciación de nueva generación, los conjuntos de datos utilizados para realizar análisis filogenéticos crecen a un ritmo sin precedentes. RAxML (Randomized Axelerated Maximum Likelihood) es un programa popular para análisis filogenéticos de grandes conjuntos de datos bajo máxima verosimilitud. Desde el último artículo sobre RAxML en 2006, ha sido mantenido y ampliado continuamente para acomodar los conjuntos de datos de entrada cada vez más crecientes y satisfacer las necesidades de la comunidad de usuarios. Resultados: Presento algunas de las nuevas características y extensiones más notables de RAxML, como una extensión sustancial de los modelos de sustitución y los tipos de datos soportados, la introducción de intrínsecos vectoriales SSE3, AVX y AVX2, técnicas para reducir los requisitos de memoria del código y una gran variedad de operaciones para realizar análisis posteriores en conjuntos de árboles. Además, está disponible un manual de usuario de 50 páginas al día que cubre todas las nuevas opciones de RAxML. Disponibilidad e implementación: El código está disponible bajo GNU GPL en https://github.com/stamatak/standard-RAxML. Contacto: alexandros.stamatakis@h-its.org Información suplementaria: Los datos suplementarios están disponibles en Bioinformatics en línea.

@article{doi101093bioinformaticsbtu033,
    author = "Stamatakis, Alexandros",
    title = "RAxML versión 8: una herramienta para el análisis filogenético y el análisis posterior de grandes filogenias",
    year = "2014",
    journal = "Bioinformatics",
    abstract = "Resumen Motivación: Las filogenias se utilizan cada vez más en todos los campos de la investigación médica y biológica. Además, debido a la revolución de la secuenciación de nueva generación, los conjuntos de datos utilizados para realizar análisis filogenéticos crecen a un ritmo sin precedentes. RAxML (Randomized Axelerated Maximum Likelihood) es un programa popular para análisis filogenéticos de grandes conjuntos de datos bajo máxima verosimilitud. Desde el último artículo sobre RAxML en 2006, ha sido mantenido y ampliado continuamente para acomodar los conjuntos de datos de entrada cada vez más crecientes y satisfacer las necesidades de la comunidad de usuarios. Resultados: Presento algunas de las nuevas características y extensiones más notables de RAxML, como una extensión sustancial de los modelos de sustitución y los tipos de datos soportados, la introducción de intrínsecos vectoriales SSE3, AVX y AVX2, técnicas para reducir los requisitos de memoria del código y una gran variedad de operaciones para realizar análisis posteriores en conjuntos de árboles. Además, está disponible un manual de usuario de 50 páginas al día que cubre todas las nuevas opciones de RAxML. Disponibilidad e implementación: El código está disponible bajo GNU GPL en https://github.com/stamatak/standard-RAxML. Contacto: alexandros.stamatakis@h-its.org Información suplementaria: Los datos suplementarios están disponibles en Bioinformatics en línea.",
    url = "https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu033",
    doi = "10.1093/bioinformatics/btu033",
    openalex = "W2141052558",
    references = "doi101038nature12130, doi101080106351501753462876, doi10108010635150802429642, doi101089cmb20090179, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093molbevmss112, doi101093molbevmst024, doi101093sysbiosyq010, doi101093sysbiosyr010, doi101109ipdps201370"
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@article{osugi2014evolutionary,
    author = "Osugi, Tomohiro y Okamura, Tomoki y Son, You Lee y Ohkubo, Makoto y Ubuka, Takayoshi y Henmi, Yasuhisa y Tsutsui, Kazuyoshi",
    title = "Origen evolutivo de GnIH y NPFF en cordados: Perspectivas de péptidos RFamide novedosos de amfioxo",
    year = "2014",
    journal = "PLoS ONE",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0100962",
    doi = "10.1371/journal.pone.0100962",
    number = "7",
    openalex = "W2071326593",
    pages = "e100962",
    volume = "9",
    references = "doi101006bbrc20003350, doi101006jmbi19970951, doi101016jyfrne201003001, doi101016s0006899399019095, doi101038nature04336, doi101093molbevmsr121, doi101093nar14114683, doi101126science1132040, doi101210en20111110, doi101371journalpbio0050101"
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@article{doi101016jympev201510009,
    author = "Zheng, Yuchi y Wiens, John J.",
    title = "Combinando enfoques filogenómicos y de supermatriz, y una filogenia calibrada en el tiempo para reptiles escamosos (lagartos y serpientes) basada en 52 genes y 4162 especies",
    year = "2015",
    journal = "Molecular Phylogenetics and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ympev.2015.10.009",
    doi = "10.1016/j.ympev.2015.10.009",
    openalex = "W2175367716",
    references = "doi101038nature09864, doi10108010635150500234583, doi101093molbevmsu080"
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@incollection{crossref2016chordates,
    title = "Cordados",
    year = "2016",
    booktitle = "El Mundo Marino",
    url = "https://doi.org/10.1515/9780691232447-022",
    doi = "10.1515/9780691232447-022",
    openalex = "W4252901577",
    pages = "306-313"
}

@misc{s27fd27686b95842cdc75b89c9ea4da5d36ad5f61b,
    author = "Subbotin, V.",
    title = "Argumentos sobre el origen del hígado vertebrado y el divertículo hepático de Amphioxus: Una hipótesis sobre novedades evolutivas *",
    year = "2017",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/7fd27686b95842cdc75b89c9ea4da5d36ad5f61b",
    is_oa = "true",
    semanticscholar_citation_count = "5",
    semanticscholar_id = "7fd27686b95842cdc75b89c9ea4da5d36ad5f61b"
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@incollection{berman2019phylogeny,
    author = "Berman, Jules J.",
    title = "Filogenia: De los eucariotas a los cordados",
    year = "2019",
    booktitle = "Guía clínica de la evolución",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-0-12-817126-4.00005-9",
    doi = "10.1016/b978-0-12-817126-4.00005-9",
    pages = "173-205"
}

Las filogenias grandes y escaladas en tiempo son fundamentales para conectar los procesos evolutivos con los patrones modernos de biodiversidad. Sin embargo, inferir árboles filogenéticos fiables para miles de especies implica numerosos compromisos que han limitado su utilidad para los biólogos comparativos. Para establecer una escala de tiempo evolutivo robusta para todas las aproximadamente 6.000 especies vivas de mamíferos, desarrollamos conjuntos creíbles de árboles que capturan la incertidumbre de raíz a punta en la topología y los tiempos de divergencia. Nuestro enfoque "tronco y parche" para la construcción de árboles aplica una supermatriz de 31 genes recientemente ensamblada a dos niveles de inferencia bayesiana: (1) relaciones y edades del tronco entre linajes principales, utilizando datación de nodos fósiles o de punta, y (2) filogenias a nivel de especie "parche" con grupos internos no superpuestos que cada uno corresponden a un linaje representativo en el tronco. Las especies no muestreadas para ADN son excluidas ("árboles solo de ADN") o imputadas dentro de restricciones taxonómicas utilizando longitudes de rama extraídas de modelos locales de nacimiento y muerte ("árboles completados"). Unir parches escalados en tiempo a troncos resulta en árboles a nivel de especie de Mammalia extantes con todas las ramas estimadas bajo el mismo marco de modelado, facilitando así comparaciones de tasas entre linajes tan dispares como los marsupiales y los placentarios. Comparamos nuestros árboles filogenéticos con estimaciones anteriores de la filogenia y los tiempos de divergencia de los mamíferos, encontrando que (1) las edades de los nodos son ampliamente concordantes entre estudios, y (2) las tasas recientes (de nivel de punta) de especiación se estiman con mayor precisión en nuestro estudio que en enfoques anteriores de "suprerábol", en los que los nodos no resueltos llevaron a artefactos de longitud de rama. Conjuntos creíbles de la historia filogenética de los mamíferos ahora están disponibles para descargar en http://vertlife.org/phylosubsets, permitiendo investigaciones de preguntas de larga data en biología comparativa.

@article{doi101371journalpbio3000494,
    author = "Upham, Nathan S. y Esselstyn, Jacob A. y Jetz, Walter",
    title = "Inferir el árbol de los mamíferos: conjuntos a nivel de especie de filogenias para preguntas en ecología, evolución y conservación",
    year = "2019",
    journal = "PLoS Biology",
    abstract = {Las filogenias grandes y escaladas en tiempo son fundamentales para conectar los procesos evolutivos con los patrones modernos de biodiversidad. Sin embargo, inferir árboles filogenéticos fiables para miles de especies implica numerosos compromisos que han limitado su utilidad para los biólogos comparativos. Para establecer una escala de tiempo evolutivo robusta para todas las aproximadamente 6.000 especies vivas de mamíferos, desarrollamos conjuntos creíbles de árboles que capturan la incertidumbre de raíz a punta en la topología y los tiempos de divergencia. Nuestro enfoque "tronco y parche" para la construcción de árboles aplica una supermatriz de 31 genes recientemente ensamblada a dos niveles de inferencia bayesiana: (1) relaciones y edades del tronco entre linajes principales, utilizando datación de nodos fósiles o de punta, y (2) filogenias a nivel de especie "parche" con grupos internos no superpuestos que cada uno corresponden a un linaje representativo en el tronco. Las especies no muestreadas para ADN son excluidas ("árboles solo de ADN") o imputadas dentro de restricciones taxonómicas utilizando longitudes de rama extraídas de modelos locales de nacimiento y muerte ("árboles completados"). Unir parches escalados en tiempo a troncos resulta en árboles a nivel de especie de Mammalia extantes con todas las ramas estimadas bajo el mismo marco de modelado, facilitando así comparaciones de tasas entre linajes tan dispares como los marsupiales y los placentarios. Comparamos nuestros árboles filogenéticos con estimaciones anteriores de la filogenia y los tiempos de divergencia de los mamíferos, encontrando que (1) las edades de los nodos son ampliamente concordantes entre estudios, y (2) las tasas recientes (de nivel de punta) de especiación se estiman con mayor precisión en nuestro estudio que en enfoques anteriores de "suprerábol", en los que los nodos no resueltos llevaron a artefactos de longitud de rama. Conjuntos creíbles de la historia filogenética de los mamíferos ahora están disponibles para descargar en http://vertlife.org/phylosubsets, permitiendo investigaciones de preguntas de larga data en biología comparativa.},
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3000494",
    doi = "10.1371/journal.pbio.3000494",
    openalex = "W2991998196",
    references = "doi10100703064746897, doi101007s1091401693638, doi101023a1011317930838, doi101038416816a, doi101038nature05634, doi101038nature06277, doi101038nature10291, doi101038nature11631, doi101038nature22897, doi101038nature25794, doi101073pnas1319091111, doi101073pnas1519387112, doi101093acprofoso97801985670280010001, doi101093bioinformaticsbts199, doi101093jmammalgyx147, doi101093jmammalgyy179, doi101093molbevmsm193, doi101093molbevmsv037, doi101093sysbiosyr047, doi101093sysbiosyr107, doi101093sysbiosyv080, doi101098rspb20120683, doi101111evo12681, doi101126science1157704, doi101126science1211028, doi101126science1229237, doi101371journalpone0089543, doi101371journalpone0183070, doi1026879424"
}

Los deuterostomios son la división principal de la vida animal que incluye estrellas de mar, gusanos de bellota y humanos, entre una amplia variedad de taxones ecológica y morfológicamente dispares. Sin embargo, su evolución temprana está mal comprendida, debido en parte a su disparidad, lo que dificulta identificar similitudes, así como a su relativamente pobre registro fósil temprano. Aquí, revisamos los datos morfológicos, paleontológicos, de desarrollo y moleculares disponibles para establecer un marco para explorar los orígenes de este grupo importante y enigmático. Los recientes descubrimientos fósiles apoyan fuertemente un ancestro vermiforme para el grupo Hemichordata, y un nadador activo fusiforme como ancestro de los Chordata. La diversa y anatómicamente desconcertante variedad de formas entre los primeros equinodermos muestra evidencia de simetría bilateral y radial. Consideramos cuatro características más críticas para comprender la forma y función del último ancestro común de los Deuterostomia: patrones de expresión de genes Hox, morfología larvaria, la capacidad de biomineralización y la morfología de la región faríngea. Postulamos un último ancestro común deuterostomio con un sistema regulador génico antero-posterior similar al encontrado en gusanos de bellota modernos y cefalocordados, una forma larvaria planctónica simple, que luego se elaboró en la línea ambulacraria, la capacidad de secretar minerales de calcio de manera limitada, y una región respiratoria faríngea compuesta por poros simples. Este animal probablemente era móvil en forma adulta, a diferencia de los orígenes sésiles que se han sugerido históricamente. Los recientes debates sobre la monofilia deuterostomia así como la amplia gama de problematica afiliada a deuterostomios sugieren aún más la posibilidad de que esas características no solo estuvieran presentes en el último ancestro común de los Deuterostomia, sino potencialmente en el ur-bilateriano. Por lo tanto, la morfología y el desarrollo de los primeros deuterostomios sustentan algunas de las preguntas más significativas en el estudio de la evolución metazoana.

@article{doi101111brv12908,
    author = "Nanglu, Karma y Cole, Selina R. y Wright, David F. y Souto, Camilla",
    title = "Gusanos y branquias, placas y espinas: los orígenes evolutivos y la disparidad increíble de los deuterostomios revelados por fósiles, genes y desarrollo",
    year = "2022",
    journal = "Biological reviews/Revisión biológica de la Sociedad Filosófica de Cambridge",
    abstract = "Los deuterostomios son la división principal de la vida animal que incluye estrellas de mar, gusanos de bellota y humanos, entre una amplia variedad de taxones ecológica y morfológicamente dispares. Sin embargo, su evolución temprana está mal comprendida, debido en parte a su disparidad, lo que dificulta identificar similitudes, así como a su relativamente pobre registro fósil temprano. Aquí, revisamos los datos morfológicos, paleontológicos, de desarrollo y moleculares disponibles para establecer un marco para explorar los orígenes de este grupo importante y enigmático. Los recientes descubrimientos fósiles apoyan fuertemente un ancestro vermiforme para el grupo Hemichordata, y un nadador activo fusiforme como ancestro de los Chordata. La diversa y anatómicamente desconcertante variedad de formas entre los primeros equinodermos muestra evidencia de simetría bilateral y radial. Consideramos cuatro características más críticas para comprender la forma y función del último ancestro común de los Deuterostomia: patrones de expresión de genes Hox, morfología larvaria, la capacidad de biomineralización y la morfología de la región faríngea. Postulamos un último ancestro común deuterostomio con un sistema regulador génico antero-posterior similar al encontrado en gusanos de bellota modernos y cefalocordados, una forma larvaria planctónica simple, que luego se elaboró en la línea ambulacraria, la capacidad de secretar minerales de calcio de manera limitada, y una región respiratoria faríngea compuesta por poros simples. Este animal probablemente era móvil en forma adulta, a diferencia de los orígenes sésiles que se han sugerido históricamente. Los recientes debates sobre la monofilia deuterostomia así como la amplia gama de problematica afiliada a deuterostomios sugieren aún más la posibilidad de que esas características no solo estuvieran presentes en el último ancestro común de los Deuterostomia, sino potencialmente en el ur-bilateriano. Por lo tanto, la morfología y el desarrollo de los primeros deuterostomios sustentan algunas de las preguntas más significativas en el estudio de la evolución metazoana.",
    url = "https://doi.org/10.1111/brv.12908",
    doi = "10.1111/brv.12908",
    openalex = "W4306738504",
    references = "doi101016jcub202002054, doi101017jpa201720, doi101017pab201942, doi101111brv12614, doi101111j1469185x201200220x, doi101111j15023931201200319x, doi101111pala12475, doi101139z04190, doi101144jgs2015017, doi101186s1291501602714, doi101242dev066712, doi101371journalpone0009586, jefferies1973the"
}

Nuestra comprensión del origen evolutivo de Chordata, uno de los filos animales más dispares y ecológicamente significativos, se ve obstaculizada por la falta de parientes del grupo tronco sin ambigüedad. Los fósiles del Cámbrico problemáticos que han sido considerados como cordados candidatos incluyen vetulicolios,1Yunnanozoon,2 y el icónico Pikaia.3 Sin embargo, su colocación filogenética ha permanecido mal delimitada, impidiendo reconstrucciones de la evolución de caracteres a lo largo de la línea tronca de los cordados. Aquí reinterpretamos la morfología de Pikaia, proporcionando evidencia de un canal intestinal y, crucialmente, de un cordón nervioso dorsal - una sinapomorfía robusta de los cordados. La identificación de estas estructuras sienta las bases de un nuevo modelo anatómico de Pikaia que muestra que este fósil fue previamente interpretado al revés. Revelamos una configuración de miomeros intermedia entre amfioxos y vertebrados y establecemos vínculos morfológicos entre Yunnanozoon, Pikaia y los cordados no controvertidos. A la luz de esto, realizamos un nuevo análisis filogenético, utilizando un conjunto de datos de deuterostomios revisado y exhaustivo, y establecemos una línea tronca de cordados. Resolvemos a los vetulicolios como un grupo parafilético que comprende los cordados troncos más tempranos divergentes, que subtienden un grado de cordados troncos más derivados que comprenden Yunnanozoon y Pikaia. Nuestros resultados filogenéticos revelan la adquisición paso a paso de caracteres diagnósticos del grupo corona de los cordados. Además, trazan una fase en la evolución temprana de los cordados definida por la integración gradual de la región faríngea con una musculatura axial segmentada, apoyando las hipótesis evolutivo-desarrollacionales clásicas de los orígenes de los cordados4 y revelando un "capítulo perdido" en la historia del filo.

@article{doi101016jcub202405026,
    author = "Mussini, Giovanni y Smith, M. P. y Vinther, Jakob y Rahman, Imran A. y Murdock, Duncan J. E. y Harper, D. y Dunn, F. S.",
    title = "Una nueva interpretación de Pikaia revela los orígenes del plan corporal de los cordados.",
    year = "2024",
    journal = "Current biology : CB",
    abstract = {Nuestra comprensión del origen evolutivo de Chordata, uno de los filos animales más dispares y ecológicamente significativos, se ve obstaculizada por la falta de parientes del grupo tronco sin ambigüedad. Los fósiles del Cámbrico problemáticos que han sido considerados como cordados candidatos incluyen vetulicolios,1Yunnanozoon,2 y el icónico Pikaia.3 Sin embargo, su colocación filogenética ha permanecido mal delimitada, impidiendo reconstrucciones de la evolución de caracteres a lo largo de la línea tronca de los cordados. Aquí reinterpretamos la morfología de Pikaia, proporcionando evidencia de un canal intestinal y, crucialmente, de un cordón nervioso dorsal - una sinapomorfía robusta de los cordados. La identificación de estas estructuras sienta las bases de un nuevo modelo anatómico de Pikaia que muestra que este fósil fue previamente interpretado al revés. Revelamos una configuración de miomeros intermedia entre amfioxos y vertebrados y establecemos vínculos morfológicos entre Yunnanozoon, Pikaia y los cordados no controvertidos. A la luz de esto, realizamos un nuevo análisis filogenético, utilizando un conjunto de datos de deuterostomios revisado y exhaustivo, y establecemos una línea tronca de cordados. Resolvemos a los vetulicolios como un grupo parafilético que comprende los cordados troncos más tempranos divergentes, que subtienden un grado de cordados troncos más derivados que comprenden Yunnanozoon y Pikaia. Nuestros resultados filogenéticos revelan la adquisición paso a paso de caracteres diagnósticos del grupo corona de los cordados. Además, trazan una fase en la evolución temprana de los cordados definida por la integración gradual de la región faríngea con una musculatura axial segmentada, apoyando las hipótesis evolutivo-desarrollacionales clásicas de los orígenes de los cordados4 y revelando un "capítulo perdido" en la historia del filo.},
    url = "http://www.cell.com/article/S0960982224006699/pdf",
    doi = "10.1016/j.cub.2024.05.026",
    is_oa = "true",
    number = "13",
    pages = "2980-2989.e2",
    semanticscholar_citation_count = "10",
    semanticscholar_id = "b304b4ce4cef6e205468689c766d7bb9d61fbda4",
    volume = "34"
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Síntesis Los Deuterostomia son un grupo monofilético, compuesto por los Ambulacraria, con dos filos, Hemichordata y Echinodermata, y el filo Chordata, que contiene los subfilos Cephalochordata (cefalocordados o Amphioxus), Tunicata (Urochordata) y Vertebrata. Los hemicordados y los equinodermos son grupos hermanos y son críticos para comprender al ancestro deuterostomo y el origen y la evolución de los cordados dentro de los deuterostomos. Los enteropneustos, hemicordados de forma de gusano, comparten muchas características cordadas como adultos, incluyendo una cola postanal, hendiduras branquiales y un sistema nervioso central (SNC) que despliega redes regulatorias genéticas del desarrollo (GRNs) similares. Las comparaciones genómicas muestran que los cefalocordados comparten sinenia y un plan corporal vermiforme similar al de los vertebrados, pero los análisis filogenómicos sitúan a los tunicados como el grupo hermano de los vertebrados. Los tunicados tienen un intestino en forma de U y un plan corporal adulto muy diferente al del resto de los cordados, y todos los tunicados tienen genomas pequeños y muchas pérdidas de genes, aunque las GRNs subyacentes a tejidos específicos, como el notocordio y el músculo, están conservadas. Los equinodermos y los vertebrados tienen registros fósiles extensos, con menos especímenes encontrados para los tunicados y los enteropneustos, o hemicordados de forma de gusano. Los datos están acumulando que el ancestro deuterostomo era un gusano bentónico complejo, con hendiduras branquiales, un esqueleto cartilaginoso y un SNC. Dos grupos existentes, equinodermos y tunicados, han evolucionado planes corporales altamente derivados, notablemente diferentes al del ancestro deuterostomo. Revisamos los datos genómicos y GRN actuales sobre las diferentes características de los grupos de deuterostomos para reevaluar diferentes hipótesis de los orígenes de los cordados. La pérdida del notocordio en equinodermos y hemicordados es tan parsimoniosa como la ganancia del notocordio en los cordados, pero tiene implicaciones para el ancestro deuterostomo. El ancestro cordado perdió una red nerviosa ancestral, conservó el SNC y evolucionó células de la cresta neural.

@article{doi101093icbicae134,
    author = "Swalla, B.",
    title = "Deuterostome Ancestors and Chordate Origins.",
    year = "2024",
    journal = "Integrative and comparative biology",
    abstract = "Síntesis Los Deuterostomia son un grupo monofilético, compuesto por los Ambulacraria, con dos filos, Hemichordata y Echinodermata, y el filo Chordata, que contiene los subfilos Cephalochordata (cefalocordados o Amphioxus), Tunicata (Urochordata) y Vertebrata. Los hemicordados y los equinodermos son grupos hermanos y son críticos para comprender al ancestro deuterostomo y el origen y la evolución de los cordados dentro de los deuterostomos. Los enteropneustos, hemicordados de forma de gusano, comparten muchas características cordadas como adultos, incluyendo una cola postanal, hendiduras branquiales y un sistema nervioso central (SNC) que despliega redes regulatorias genéticas del desarrollo (GRNs) similares. Las comparaciones genómicas muestran que los cefalocordados comparten sinenia y un plan corporal vermiforme similar al de los vertebrados, pero los análisis filogenómicos sitúan a los tunicados como el grupo hermano de los vertebrados. Los tunicados tienen un intestino en forma de U y un plan corporal adulto muy diferente al del resto de los cordados, y todos los tunicados tienen genomas pequeños y muchas pérdidas de genes, aunque las GRNs subyacentes a tejidos específicos, como el notocordio y el músculo, están conservadas. Los equinodermos y los vertebrados tienen registros fósiles extensos, con menos especímenes encontrados para los tunicados y los enteropneustos, o hemicordados de forma de gusano. Los datos están acumulando que el ancestro deuterostomo era un gusano bentónico complejo, con hendiduras branquiales, un esqueleto cartilaginoso y un SNC. Dos grupos existentes, equinodermos y tunicados, han evolucionado planes corporales altamente derivados, notablemente diferentes al del ancestro deuterostomo. Revisamos los datos genómicos y GRN actuales sobre las diferentes características de los grupos de deuterostomos para reevaluar diferentes hipótesis de los orígenes de los cordados. La pérdida del notocordio en equinodermos y hemicordados es tan parsimoniosa como la ganancia del notocordio en los cordados, pero tiene implicaciones para el ancestro deuterostomo. El ancestro cordado perdió una red nerviosa ancestral, conservó el SNC y evolucionó células de la cresta neural.",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/93487d300190de7211de1d528192f4364b31d1ec",
    doi = "10.1093/icb/icae134",
    is_oa = "true",
    number = "5",
    pages = "1175-1181",
    semanticscholar_citation_count = "4",
    semanticscholar_id = "93487d300190de7211de1d528192f4364b31d1ec",
    volume = "64",
    references = "doi101186s12915022012827"
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@misc{crossrefNoneevolution,
    title = "Evolución de moluscos aplacóforos",
    year = "None",
    booktitle = "AccessScience",
    url = "https://doi.org/10.1036/1097-8542.yb150943",
    doi = "10.1036/1097-8542.yb150943"
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