Diversificación

Los estudios comparativos de la relación entre dos fenotipos, o entre un fenotipo y un entorno, se realizan frecuentemente mediante métodos estadísticos inválidos. La mayoría de los métodos de regresión, correlación y tablas de contingencia, incluidos los métodos no paramétricos, asumen que los puntos se extraen de forma independiente de una distribución común. Cuando las especies se toman de una filogenia ramificada, son manifiestamente no independientes. El uso de un método estadístico que asume independencia causará una sobreestimación de la significancia en las pruebas de hipótesis. Se han dado algunos ejemplos ilustrativos de estos fenómenos y se han discutido las limitaciones de las propuestas anteriores de formas de corregir la no independencia. Se ha propuesto un método para corregir la filogenia. Requiere que conozcamos tanto la topología del árbol como las longitudes de las ramas, y que estemos dispuestos a permitir que los caracteres se modelen mediante movimiento browniano en una escala lineal. Dadas estas condiciones, la filogenia especifica un conjunto de contrastes entre especies, contrastes que son estadísticamente independientes y pueden utilizarse en estudios de regresión o correlación. Se han discutido las considerables barreras para hacer un uso práctico de esta técnica.

@article{doi101086284325,
    author = "Felsenstein, Joseph",
    title = "Filogenias y el método comparativo",
    year = "1985",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "Los estudios comparativos de la relación entre dos fenotipos, o entre un fenotipo y un entorno, se realizan frecuentemente mediante métodos estadísticos inválidos. La mayoría de los métodos de regresión, correlación y tablas de contingencia, incluidos los métodos no paramétricos, asumen que los puntos se extraen de forma independiente de una distribución común. Cuando las especies se toman de una filogenia ramificada, son manifiestamente no independientes. El uso de un método estadístico que asume independencia causará una sobreestimación de la significancia en las pruebas de hipótesis. Se han dado algunos ejemplos ilustrativos de estos fenómenos y se han discutido las limitaciones de las propuestas anteriores de formas de corregir la no independencia. Se ha propuesto un método para corregir la filogenia. Requiere que conozcamos tanto la topología del árbol como las longitudes de las ramas, y que estemos dispuestos a permitir que los caracteres se modelen mediante movimiento browniano en una escala lineal. Dadas estas condiciones, la filogenia especifica un conjunto de contrastes entre especies, contrastes que son estadísticamente independientes y pueden utilizarse en estudios de regresión o correlación. Se han discutido las considerables barreras para hacer un uso práctico de esta técnica.",
    url = "https://doi.org/10.1086/284325",
    doi = "10.1086/284325",
    openalex = "W2013410948",
    references = "doi101007bf01734359, doi101038290699a0, doi101038293057a0, doi101093sysbio274401, doi101111j155856461981tb04991x, doi101126science1864167892, doi101126science6407108, doi101146annureves14110183001525, openalexw191281502, openalexw3045142570"
}

Comparamos dos grandes diversificaciones a largo plazo de familias de animales marinos que comenzaron durante períodos de baja diversidad pero produjeron números sorprendentemente diferentes de filos, clases y órdenes. La primera es la diversificación paleozoica temprana (vendiense tardío-ordovícico; duración de 182 MY) y la otra la fase mesozoica de la diversificación postpaleozoica (duración de 183 MY). La diversificación anterior estuvo asociada con una gran explosión de invención morfológica que produjo muchos filos, clases y órdenes y mostró altas tasas de origen de familia por taxón. La diversificación posterior careció de morfologías novedosas reconocidas como filos y clases, produjo menos órdenes y mostró tasas más bajas de aparición de familia por taxón. La principal diferencia entre las diversificaciones parece ser que la primera procedió de porciones relativamente estrechas del espacio adaptativo, mientras que la segunda procedió de especies ampliamente dispersas entre zonas adaptativas y que representan una variedad de planes corporales. Se cree que esta diferencia explica las principales diferencias en los productos de estas grandes radiaciones. Nuestros datos apoyan aquellos modelos que sostienen que la oportunidad evolutiva es un factor importante en el resultado de los procesos evolutivos.

@article{doi101111j155856461987tb02459x,
    author = "Erwin, Douglas H. y Valentine, James W. y Sepkoski, J. John",
    title = "A COMPARATIVE STUDY OF DIVERSIFICATION EVENTS: THE EARLY PALEOZOIC VERSUS THE MESOZOIC",
    year = "1987",
    journal = "Evolution",
    abstract = "Comparamos dos grandes diversificaciones a largo plazo de familias de animales marinos que comenzaron durante períodos de baja diversidad pero produjeron números sorprendentemente diferentes de filos, clases y órdenes. La primera es la diversificación paleozoica temprana (vendiense tardío-ordovícico; duración de 182 MY) y la otra la fase mesozoica de la diversificación postpaleozoica (duración de 183 MY). La diversificación anterior estuvo asociada con una gran explosión de invención morfológica que produjo muchos filos, clases y órdenes y mostró altas tasas de origen de familia por taxón. La diversificación posterior careció de morfologías novedosas reconocidas como filos y clases, produjo menos órdenes y mostró tasas más bajas de aparición de familia por taxón. La principal diferencia entre las diversificaciones parece ser que la primera procedió de porciones relativamente estrechas del espacio adaptativo, mientras que la segunda procedió de especies ampliamente dispersas entre zonas adaptativas y que representan una variedad de planes corporales. Se cree que esta diferencia explica las principales diferencias en los productos de estas grandes radiaciones. Nuestros datos apoyan aquellos modelos que sostienen que la oportunidad evolutiva es un factor importante en el resultado de los procesos evolutivos.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1987.tb02459.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1987.tb02459.x",
    openalex = "W1964116332",
    references = "doi10100703064746897, doi101017s0094837300003778, doi101017s0094837300004930, doi101017s0094837300008186, doi101073pnas722646, doi101086628623, doi101093aesa383396, doi101126science2064415217, doi101126science21545391501, doi107312simp93764, openalexw2989049194, openalexw587905045, valentine1978a"
}

Douglas H. Erwin, James W. Valentine, J. John Sepkoski, Jr., A Comparative Study of Diversification Events: The Early Paleozoic Versus the Mesozoic, Evolución, Vol. 41, No. 6 (Nov., 1987), pp. 1177-1186

@article{doi1023072409086,
    author = "Erwin, Douglas H. y Valentine, James W. y Sepkoski, J. John",
    title = "A Comparative Study of Diversification Events: The Early Paleozoic Versus the Mesozoic",
    year = "1987",
    journal = "Evolución",
    abstract = "Douglas H. Erwin, James W. Valentine, J. John Sepkoski, Jr., A Comparative Study of Diversification Events: The Early Paleozoic Versus the Mesozoic, Evolución, Vol. 41, No. 6 (Nov., 1987), pp. 1177-1186",
    url = "https://doi.org/10.2307/2409086",
    doi = "10.2307/2409086",
    openalex = "W4232440558"
}

@misc{erwin1987a1,
    author = "Erwin, D. H. y Valentine, J. W. y Sepkoski, J. J",
    title = "Un estudio comparativo de eventos de diversificación",
    year = "1987",
    howpublished = "El Paleozoico temprano frente al Mesozoico: Evolución, v. 141, p. 1177-1186",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Erwin, D. H., Valentine, J. W., y Sepkoski, J. J., 1987, Un estudio comparativo de eventos de diversificación: El Paleozoico temprano frente al Mesozoico: Evolución, v. 141, p. 1177-1186.}"
}

La postulación de Simpson de que la rápida diversificación sigue a la entrada en una nueva "zona adaptativa" se invoca frecuentemente a posteriori para grupos de diversidad inusual. La postulación puede ser probada más rigurosamente definiendo una zona adaptativa según criterios ecológicos, independientes de grupos particulares de organismos. La hipótesis de la zona adaptativa predice que si múltiples linajes han invadido una nueva zona adaptativa, deberían ser consistentemente más diversos que sus grupos hermanos (igualmente antiguos), cuando estos últimos retienen el modo de vida más primitivo. La alimentación de plantas superiores entre los insectos es una zona adaptativa definida independientemente e invadida repetidamente, a la cual se ha atribuido una aceleración profunda de la tasa de diversificación. Hemos cuantificado la evidencia de esta hipótesis comparando la diversidad de grupos hermanos y especies de tantos grupos de insectos fitófagos como permita la evidencia taxonómica actual. Una prueba de signo mostró una asociación significativa entre la tasa de diversificación y la adopción de la fitofagia. Se discuten y provisionalmente se rechazan las bases artificiales posibles para esta tendencia. Discutimos varias explicaciones biológicas posibles para la asociación, incluyendo modelos de filogénesis dependientes o independientes del rol ecológico.

@article{doi101086284840,
    author = "Mitter, Charles y Farrell, Brian D. y Wiegmann, Brian M.",
    title = "El estudio filogenético de las zonas adaptativas: ¿Ha promovido la fitofagia la diversificación de los insectos?",
    year = "1988",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = {La postulación de Simpson de que la rápida diversificación sigue a la entrada en una nueva "zona adaptativa" se invoca frecuentemente a posteriori para grupos de diversidad inusual. La postulación puede ser probada más rigurosamente definiendo una zona adaptativa según criterios ecológicos, independientes de grupos particulares de organismos. La hipótesis de la zona adaptativa predice que si múltiples linajes han invadido una nueva zona adaptativa, deberían ser consistentemente más diversos que sus grupos hermanos (igualmente antiguos), cuando estos últimos retienen el modo de vida más primitivo. La alimentación de plantas superiores entre los insectos es una zona adaptativa definida independientemente e invadida repetidamente, a la cual se ha atribuido una aceleración profunda de la tasa de diversificación. Hemos cuantificado la evidencia de esta hipótesis comparando la diversidad de grupos hermanos y especies de tantos grupos de insectos fitófagos como permita la evidencia taxonómica actual. Una prueba de signo mostró una asociación significativa entre la tasa de diversificación y la adopción de la fitofagia. Se discuten y provisionalmente se rechazan las bases artificiales posibles para esta tendencia. Discutimos varias explicaciones biológicas posibles para la asociación, incluyendo modelos de filogénesis dependientes o independientes del rol ecológico.},
    url = "https://doi.org/10.1086/284840",
    doi = "10.1086/284840",
    openalex = "W2142973105",
    references = "doi1010160305197885900559, doi101017cbo9780511623387, doi101017s0094837300003572, doi101017s009483730000508x, doi101017s0094837300005972, doi101038nature11631, doi101073pnas722646, doi101086284840, doi101086285258, doi101086627905, doi101093bioinformaticsbtm538, doi101093sysbio204406, doi101093sysbio233305, doi101093sysbiosyu070, doi101093sysbiosyu131, doi101093sysbiosyw022, doi101111j155856461964tb01674x, doi101111j2041210x201100169x, doi101146annureven26010181001031, doi101146annureves19110188001231, doi101371journalpone0089543, doi1023072405671, doi1023072412606, doi1023072806339, doi107312simp92414"
}

Resumen Desde Darwin en adelante, ha sido segunda naturaleza para los biólogos evolutivos pensar de manera comparativa porque las comparaciones establecen la generalidad de los fenómenos evolutivos. ¿Frenan los genomas grandes el desarrollo? ¿Qué estilos de vida seleccionan cerebros grandes? ¿Están las tasas de extinción relacionadas con el tamaño corporal? Todas estas son preguntas para el método comparativo, y este libro trata sobre cómo se pueden responder tales preguntas. El primer capítulo profundiza en las preguntas adecuadas para el enfoque comparativo y muestra cómo complementa otros enfoques para la resolución de problemas en la evolución. El segundo capítulo identifica las causas biológicas de la similitud entre especies estrechamente relacionadas para casi cualquier carácter observado. El tercer capítulo discute métodos para reconstruir árboles filogenéticos y estados de caracteres ancestrales. El cuarto capítulo se propone desarrollar pruebas estadísticas que determinen si diferentes caracteres que existen en estados discretos muestran evidencia de evolución correlacionada. El capítulo 5 se centra en análisis comparativos de caracteres que varían continuamente. El capítulo 6 examina la alometría para ejemplificar los temas y métodos discutidos anteriormente, mientras que el último capítulo mira hacia el desarrollo futuro del enfoque comparativo tanto en biología molecular como en biología orgánica.

@book{doi101093oso97801985464120010001,
    author = "Harvey, Paul y Pagel, Mark",
    title = "The Comparative Method in Evolutionary Biology",
    year = "1991",
    abstract = "Resumen Desde Darwin en adelante, ha sido segunda naturaleza para los biólogos evolutivos pensar de manera comparativa porque las comparaciones establecen la generalidad de los fenómenos evolutivos. ¿Frenan los genomas grandes el desarrollo? ¿Qué estilos de vida seleccionan cerebros grandes? ¿Están las tasas de extinción relacionadas con el tamaño corporal? Todas estas son preguntas para el método comparativo, y este libro trata sobre cómo se pueden responder tales preguntas. El primer capítulo profundiza en las preguntas adecuadas para el enfoque comparativo y muestra cómo complementa otros enfoques para la resolución de problemas en la evolución. El segundo capítulo identifica las causas biológicas de la similitud entre especies estrechamente relacionadas para casi cualquier carácter observado. El tercer capítulo discute métodos para reconstruir árboles filogenéticos y estados de caracteres ancestrales. El cuarto capítulo se propone desarrollar pruebas estadísticas que determinen si diferentes caracteres que existen en estados discretos muestran evidencia de evolución correlacionada. El capítulo 5 se centra en análisis comparativos de caracteres que varían continuamente. El capítulo 6 examina la alometría para ejemplificar los temas y métodos discutidos anteriormente, mientras que el último capítulo mira hacia el desarrollo futuro del enfoque comparativo tanto en biología molecular como en biología orgánica.",
    url = "https://doi.org/10.1093/oso/9780198546412.001.0001",
    doi = "10.1093/oso/9780198546412.001.0001",
    openalex = "W4388245928"
}

El método comparativo para estudiar la adaptación ¿por qué preocuparse por la filogenia? reconstrucción de árboles filogenéticos y estados de caracteres ancestrales análisis comparativo de datos discretos análisis comparativo de variables continuas determinación de la forma de las relaciones comparativas.

@article{doi105860choice295104,
    title = "El método comparativo en biología evolutiva",
    year = "1992",
    journal = "Choice Reviews Online",
    abstract = "El método comparativo para estudiar la adaptación ¿por qué preocuparse por la filogenia? reconstrucción de árboles filogenéticos y estados de caracteres ancestrales análisis comparativo de datos discretos análisis comparativo de variables continuas determinación de la forma de las relaciones comparativas.",
    url = "https://doi.org/10.5860/choice.29-5104",
    doi = "10.5860/choice.29-5104",
    openalex = "W1488393970"
}

El estudio paleoecológico de faunas de invertebrados de tres mares sucesivos del Triásico Temprano revela que la recuperación biótica tras el evento de extinción masiva del final del Pérmico fue lenta, y que la recuperación completa no ocurrió hasta después del Triásico Temprano. Los generalistas cosmopolitas, oportunistas y de baja diversidad y baja complejidad, así como las paleocomunidades de baja diversidad y baja complejidad, fueron características de todo el Triásico Temprano en el oeste de EE. UU. Se observó un aumento en la diversidad de gremios y taxonómica con la adición de varios nuevos taxones superiores en el Triásico Temprano tardío (Spathiano) a las faunas casi exclusivamente moluscas del Triásico Temprano anterior (Nammalian). Los potenciales "formadores de desastre" (el braquiópodo inarticulado, Lingula, y el pecten de papel, Claraia) dominaron las faunas más tempranas del Triásico Temprano (Griesbachiano) e incluso ocurrieron en el Triásico Temprano tardío (estromatolitos marinos normales). La comparación con datos sobre faunas del Pérmico y Triásico sugiere que incluso las faunas más diversas del Triásico Temprano (en el Spathiano) tenían una diversidad de gremios y riqueza de especies bastante bajas. Estas características de géneros y paleocomunidades en el Triásico Temprano pueden ser típicas de las consecuencias de las extinciones masivas.

@article{doi101016003101829400093n,
    author = "Schubert, Jennifer K. and Bottjer, David J.",
    title = "Aftermath of the Permian-Triassic mass extinction event: Paleoecology of Lower Triassic carbonates in the western USA",
    year = "1995",
    journal = "Palaeogeography Palaeoclimatology Palaeoecology",
    abstract = "Paleoecologic study of invertebrate faunas from three successive Early Triassic seaways reveals that biotic recovery from the end-Permian mass extinction event was slow, and that full recovery did not occur until after the Early Triassic. Simple, cosmopolitan, opportunistic generalists, and low-diversity, low-complexity paleocommunities were characteristic of the entire Early Triassic in the Western USA. An increase in guild and taxonomic diversity was observed with the addition of several new higher taxa in the late Early Triassic (Spathian) to the almost exclusively molluscan faunas of the earlier Early Triassic (Nammalian). Potential “disaster forms” (the inarticulate brachiopod, Lingula, and the paper pecten, Claraia) dominated the earliest Early Triassic faunas (Griesbachian) and even occurred in the late Early Triassic (normal marine stromatolites). Comparison with data on faunas from the Permian and Triassic suggests that even the most diverse Early Triassic faunas (in the Spathian) were rather low in guild diversity and species richness. These characteristics of genera and paleocommunities in the Early Triassic may be typical of mass extinction aftermaths.",
    url = "https://doi.org/10.1016/0031-0182(94)00093-n",
    doi = "10.1016/0031-0182(94)00093-n",
    openalex = "W2061526312",
    references = "doi1010079781475707403, doi101007978364270831215, doi1010079783642758294, doi101007bfb0011152, doi1010160031018281900924, doi101017cbo9780511735769004, doi101017s0094837300011787, doi101038367231a0, doi101126science2164542173, doi101306212f89c22b2411d78648000102c1865d, doi1023071483846, doi1023072406301, doi1023072409086, doi105860choice295709, doi105860choice312127, openalexw1549886310, openalexw1590447055, openalexw2989049194"
}

El análisis del registro fósil de microbios, algas, hongos, protistas, plantas y animales muestra que la diversidad tanto de la vida marina como continental aumentó exponencialmente desde el final del Precámbrico. Esta diversificación fue interrumpida por extinciones masivas, siendo las más grandes las que ocurrieron en el Cámbrico Temprano, Ordovícico Tardío, Devónico Tardío, Pérmico Tardío, Triásico Temprano, Triásico Tardío y el Cretácico final. La mayoría de estas extinciones afectaron tanto a organismos marinos como continentales. En cuanto a la periodicidad de las extinciones masivas, no se encontró apoyo: siete picos de extinción masiva en los últimos 250 millones de años están espaciados entre 20 y 60 millones de años.

@article{doi101126science7701342,
    author = "Benton, Michael J.",
    title = "Diversificación y extinción en la historia de la vida",
    year = "1995",
    journal = "Science",
    abstract = "El análisis del registro fósil de microbios, algas, hongos, protistas, plantas y animales muestra que la diversidad tanto de la vida marina como continental aumentó exponencialmente desde el final del Precámbrico. Esta diversificación fue interrumpida por extinciones masivas, siendo las más grandes las que ocurrieron en el Cámbrico Temprano, Ordovícico Tardío, Devónico Tardío, Pérmico Tardío, Triásico Temprano, Triásico Tardío y el Cretácico final. La mayoría de estas extinciones afectaron tanto a organismos marinos como continentales. En cuanto a la periodicidad de las extinciones masivas, no se encontró apoyo: siete picos de extinción masiva en los últimos 250 millones de años están espaciados entre 20 y 60 millones de años.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.7701342",
    doi = "10.1126/science.7701342",
    openalex = "W2010154591",
    references = "doi1010029781444313918, doi101017s0094837300005972, doi101017s0094837300006539, doi101017s0094837300008186, doi101038293435a0, doi101038303614a0, doi101073pnas813801, doi101111j109600311988tb00514x, doi101111j155856461987tb02459x, doi101126science11536548, doi101126science13334591105, doi101126science17740541065, doi101126science21545391501, doi101126science2605108640, doi1023072409086, doi105860choice284524, openalexw1599677799, openalexw2989049194"
}

Los estudios comparativos tienden a diferir de los estudios de optimalidad y funcionalidad en cómo tratan la adaptación. Mientras que el enfoque comparativo se centra en el origen y el cambio de rasgos, los estudios de optimalidad asumen que las adaptaciones se mantienen en un óptimo mediante la selección estabilizadora. Este artículo presenta un modelo de evolución adaptativa a escala macroevolutiva que incluye el mantenimiento de rasgos en óptimos adaptativos mediante la selección estabilizadora como la fuerza evolutiva dominante. La variación interespecífica se trata como variación en la posición de los óptimos adaptativos. El modelo ilustra cómo las restricciones filogenéticas no solo conducen a correlaciones entre especies filogenéticamente relacionadas, sino también a adaptaciones imperfectas. A partir de este modelo, se deriva un método comparativo estadístico que puede utilizarse para estimar el efecto de un factor selectivo sobre los óptimos adaptativos de una manera que sea coherente con un estudio de optimalidad de la adaptación a este factor. El método se ilustra con un análisis de la evolución dental en caballos fósiles. También se discute el uso de métodos comparativos para estudiar tendencias evolutivas.

@article{doi101111j155856461997tb01457x,
    author = "Hansen, Thomas F.",
    title = "SELECCIÓN ESTABILIZADORA Y EL ANÁLISIS COMPARATIVO DE LA ADAPTACIÓN",
    year = "1997",
    journal = "Evolución",
    abstract = "Los estudios comparativos tienden a diferir de los estudios de optimalidad y funcionalidad en cómo tratan la adaptación. Mientras que el enfoque comparativo se centra en el origen y el cambio de rasgos, los estudios de optimalidad asumen que las adaptaciones se mantienen en un óptimo mediante la selección estabilizadora. Este artículo presenta un modelo de evolución adaptativa a escala macroevolutiva que incluye el mantenimiento de rasgos en óptimos adaptativos mediante la selección estabilizadora como la fuerza evolutiva dominante. La variación interespecífica se trata como variación en la posición de los óptimos adaptativos. El modelo ilustra cómo las restricciones filogenéticas no solo conducen a correlaciones entre especies filogenéticamente relacionadas, sino también a adaptaciones imperfectas. A partir de este modelo, se deriva un método comparativo estadístico que puede utilizarse para estimar el efecto de un factor selectivo sobre los óptimos adaptativos de una manera que sea coherente con un estudio de optimalidad de la adaptación a este factor. El método se ilustra con un análisis de la evolución dental en caballos fósiles. También se discute el uso de métodos comparativos para estudiar tendencias evolutivas.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1997.tb01457.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1997.tb01457.x",
    openalex = "W2328578724",
    references = "doi10100703064746897, doi101017s009483730001157x, doi101086286013, doi101093aesa383396, doi101111j1469185x1988tb00630x, doi101111j155856461979tb04694x, doi1023071446122, doi105860choice304997"
}

El modelado comparativo predice la estructura tridimensional de una secuencia de proteínas dada (objetivo) basándose principalmente en su alineación con una o más proteínas de estructura conocida (plantillas). El proceso de predicción consiste en la asignación de pliegue, alineación objetivo-plantilla, construcción del modelo y evaluación del modelo. El número de secuencias de proteínas que pueden modelarse y la precisión de las predicciones están aumentando constantemente debido al crecimiento en el número de estructuras de proteínas conocidas y debido a las mejoras en el software de modelado. Se requieren avances adicionales en el reconocimiento de similitudes débiles entre secuencia y estructura, alineación de secuencias con estructuras, modelado de desplazamientos de cuerpo rígido, distorsiones, bucles y cadenas laterales, así como en la detección de errores en un modelo. A pesar de estos problemas, actualmente es posible modelar con precisión útil partes significativas de aproximadamente un tercio de todas las secuencias de proteínas conocidas. El uso de modelos comparativos individuales en biología ya es rentable y cada vez más extendido. Un nuevo desafío mayor para el modelado comparativo es la integración de este con las torrentes de datos de los proyectos de secuenciación de genomas, así como de la genómica funcional y estructural. En particular, existe la necesidad de desarrollar un pipeline de modelado comparativo automatizado, rápido, robusto, sensible y preciso aplicable a genomas completos. Tal modelado a gran escala probablemente fomentará nuevos tipos de aplicaciones para los muchos modelos resultantes, basadas en su gran número y completitud a nivel de familia, organismo o red funcional.

@article{doi101146annurevbiophys291291,
    author = "Martı́-Renom, Marc A. y Stuart, Ashley C. y Fiser, András y Sánchez, Roberto y Melo, Francisco y Săli, Andrej",
    title = "Modelado de la estructura de proteínas comparativo de genes y genomas",
    year = "2000",
    journal = "Annual Review of Biophysics and Biomolecular Structure",
    abstract = "El modelado comparativo predice la estructura tridimensional de una secuencia de proteínas dada (objetivo) basándose principalmente en su alineación con una o más proteínas de estructura conocida (plantillas). El proceso de predicción consiste en la asignación de pliegue, alineación objetivo-plantilla, construcción del modelo y evaluación del modelo. El número de secuencias de proteínas que pueden modelarse y la precisión de las predicciones están aumentando constantemente debido al crecimiento en el número de estructuras de proteínas conocidas y debido a las mejoras en el software de modelado. Se requieren avances adicionales en el reconocimiento de similitudes débiles entre secuencia y estructura, alineación de secuencias con estructuras, modelado de desplazamientos de cuerpo rígido, distorsiones, bucles y cadenas laterales, así como en la detección de errores en un modelo. A pesar de estos problemas, actualmente es posible modelar con precisión útil partes significativas de aproximadamente un tercio de todas las secuencias de proteínas conocidas. El uso de modelos comparativos individuales en biología ya es rentable y cada vez más extendido. Un nuevo desafío mayor para el modelado comparativo es la integración de este con las torrentes de datos de los proyectos de secuenciación de genomas, así como de la genómica funcional y estructural. En particular, existe la necesidad de desarrollar un pipeline de modelado comparativo automatizado, rápido, robusto, sensible y preciso aplicable a genomas completos. Tal modelado a gran escala probablemente fomentará nuevos tipos de aplicaciones para los muchos modelos resultantes, basadas en su gran número y completitud a nivel de familia, organismo o red funcional.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.biophys.29.1.291",
    doi = "10.1146/annurev.biophys.29.1.291",
    openalex = "W2114520383",
    references = "doi1023072408678"
}

Resumen Antes de la Síntesis Evolutiva, la 'inercia filogenética' se asociaba con teorías de ortogénesis, que afirmaban que los organismos poseían un principio perfeccionador endógeno. El concepto en la literatura moderna data de Simpson (1944), quien utilizó 'inercia evolutiva' como una descripción de patrón en el registro fósil. Wilson (1975) utilizó 'inercia filogenética' para describir propiedades a nivel de población o de organismo que pueden afectar el curso de la evolución en respuesta a la selección. Muchos autores actuales ahora consideran la inercia filogenética como una hipótesis alternativa a la adaptación por selección natural al intentar explicar la variación interespecífica, la covariación o la falta de ella en rasgos fenotípicos. Algunos métodos comparativos filogenéticos han sido reclamados como permitiendo la cuantificación y prueba de la inercia filogenética. Aunque algunos métodos existentes sí permiten pruebas válidas de si las especies emparentadas tienden a parecerse entre sí, lo que denominamos 'señal filogenética', esto es simplemente reconocimiento de patrones y no implica ningún proceso subyacente. Además, los conjuntos de datos comparativos generalmente no incluyen información que permitiría inferencias rigurosas sobre los procesos causales subyacentes a tales patrones. El concepto de inercia filogenética necesita ser definido y estudiado con tanto cuidado como la 'adaptación'.

@article{doi101046j14209101200200472x,
    author = "Blomberg, Simon P. y Garland, Theodore",
    title = "Tempo y modo en la evolución: inercia filogenética, adaptación y métodos comparativos",
    year = "2002",
    journal = "Journal of Evolutionary Biology",
    abstract = "Resumen Antes de la Síntesis Evolutiva, la 'inercia filogenética' se asociaba con teorías de ortogénesis, que afirmaban que los organismos poseían un principio perfeccionador endógeno. El concepto en la literatura moderna data de Simpson (1944), quien utilizó 'inercia evolutiva' como una descripción de patrón en el registro fósil. Wilson (1975) utilizó 'inercia filogenética' para describir propiedades a nivel de población o de organismo que pueden afectar el curso de la evolución en respuesta a la selección. Muchos autores actuales ahora consideran la inercia filogenética como una hipótesis alternativa a la adaptación por selección natural al intentar explicar la variación interespecífica, la covariación o la falta de ella en rasgos fenotípicos. Algunos métodos comparativos filogenéticos han sido reclamados como permitiendo la cuantificación y prueba de la inercia filogenética. Aunque algunos métodos existentes sí permiten pruebas válidas de si las especies emparentadas tienden a parecerse entre sí, lo que denominamos 'señal filogenética', esto es simplemente reconocimiento de patrones y no implica ningún proceso subyacente. Además, los conjuntos de datos comparativos generalmente no incluyen información que permitiría inferencias rigurosas sobre los procesos causales subyacentes a tales patrones. El concepto de inercia filogenética necesita ser definido y estudiado con tanto cuidado como la 'adaptación'.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1420-9101.2002.00472.x",
    doi = "10.1046/j.1420-9101.2002.00472.x",
    openalex = "W2152910720",
    references = "doi101086303327, doi101086physzool67430163866, doi101093aesa383396, doi101111j001438202001tb00731x, doi107312simp92414"
}

Suele plantearse la pregunta de si es estadísticamente necesario controlar las asociaciones filogenéticas en estudios comparativos. Para investigar esta cuestión, exploramos el uso de una medida de correlación filogenética, lambda, introducida por Pagel (1999), que normalmente varía entre 0 (independencia filogenética) y 1 (las características de las especies covarían en proporción directa a su historia evolutiva compartida). Las simulaciones muestran que lambda es un índice estadísticamente potente para medir si los datos exhiben dependencia filogenética o no y si tiene bajas tasas de error Tipo I. Además, lambda es robusta a la información filogenética incompleta, lo que demuestra que incluso la información parcial sobre la filogenia mejorará la precisión de los análisis filogenéticos. Para evaluar si las características muestran generalmente asociaciones filogenéticas, presentamos una revisión cuantitativa de 26 conjuntos de datos comparativos filogenéticos publicados. Los conjuntos de datos incluyen 103 características y fueron seleccionados de la literatura ecológica en la que el debate sobre la necesidad de corrección filogenética ha sido más agudo. El ochenta y ocho por ciento de los conjuntos de datos contenía al menos un carácter que mostraba dependencia filogenética significativa, y el 60% de las características en general (agregadas a través de estudios) mostraron evidencia significativa de asociación filogenética. En el 16% de las pruebas, la correlación filogenética no podía ni apoyarse ni rechazarse. Sin embargo, la mayoría de estos resultados ambiguos se encontraron en filogenias pequeñas y probablemente reflejan una falta de potencia. Sugerimos que el parámetro lambda se estime rutinariamente al analizar datos comparativos, ya que también puede usarse simultáneamente para ajustar la corrección filogenética de una manera óptima para el conjunto de datos, y presentamos un ejemplo de cómo puede hacerse esto.

@article{doi101086343873,
    author = "Freckleton, Robert P. y Harvey, Paul y Pagel, Mark",
    title = "Análisis filogenético y datos comparativos: Una prueba y revisión de la evidencia",
    year = "2002",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "Suele plantearse la pregunta de si es estadísticamente necesario controlar las asociaciones filogenéticas en estudios comparativos. Para investigar esta cuestión, exploramos el uso de una medida de correlación filogenética, lambda, introducida por Pagel (1999), que normalmente varía entre 0 (independencia filogenética) y 1 (las características de las especies covarían en proporción directa a su historia evolutiva compartida). Las simulaciones muestran que lambda es un índice estadísticamente potente para medir si los datos exhiben dependencia filogenética o no y si tiene bajas tasas de error Tipo I. Además, lambda es robusta a la información filogenética incompleta, lo que demuestra que incluso la información parcial sobre la filogenia mejorará la precisión de los análisis filogenéticos. Para evaluar si las características muestran generalmente asociaciones filogenéticas, presentamos una revisión cuantitativa de 26 conjuntos de datos comparativos filogenéticos publicados. Los conjuntos de datos incluyen 103 características y fueron seleccionados de la literatura ecológica en la que el debate sobre la necesidad de corrección filogenética ha sido más agudo. El ochenta y ocho por ciento de los conjuntos de datos contenía al menos un carácter que mostraba dependencia filogenética significativa, y el 60% de las características en general (agregadas a través de estudios) mostraron evidencia significativa de asociación filogenética. En el 16% de las pruebas, la correlación filogenética no podía ni apoyarse ni rechazarse. Sin embargo, la mayoría de estos resultados ambiguos se encontraron en filogenias pequeñas y probablemente reflejan una falta de potencia. Sugerimos que el parámetro lambda se estime rutinariamente al analizar datos comparativos, ya que también puede usarse simultáneamente para ajustar la corrección filogenética de una manera óptima para el conjunto de datos, y presentamos un ejemplo de cómo puede hacerse esto.",
    url = "https://doi.org/10.1086/343873",
    doi = "10.1086/343873",
    openalex = "W2180478016",
    references = "doi10103844766, doi101086284325, doi101086286013, doi101093oso97801985052350010001, doi101098rstb19890106, doi101111j001438202000tb00026x, doi101111j146364091997tb00423x, doi101111j155856461997tb01457x, doi1023071523704, doi1023072005713, doi105860choice295104, openalexw2506868775"
}

Las radiaciones de especies proporcionan conocimientos únicos sobre los procesos evolutivos subyacentes a la diversificación de especies y los patrones de biodiversidad. Para comparar la diversificación de plantas durante un período de tiempo similar a las recientes radiaciones de peces cíclidos, que son un orden de magnitud más rápidas que las radiaciones documentadas de aves, artrópodos y plantas, nos centramos en la flora de alta montaña de los Andes, que es la más rica en especies de cualquier montaña tropical. Debido al reciente levantamiento de los Andes septentrionales, los entornos de tierras altas donde se encuentra gran parte de esta rica flora endémica solo han estado disponibles para la colonización desde el Plioceno tardío o el Pleistoceno, hace 2-4 millones de años (Ma). Utilizando datos de secuencias de ADN, identificamos un grupo monofilético dentro del género Lupinus que representa 81 especies endémicas de los Andes. La edad de este clado se estima en 1,18-1,76 Ma, lo que implica una tasa de diversificación de 2,49-3,72 especies por Ma. Esto supera las estimaciones anteriores para las plantas, proporcionando el ejemplo más espectacular de diversificación explosiva de especies de plantas documentado hasta la fecha. Además, sugiere que las altas tasas de diversificación de cíclidos no son únicas. La falta de innovaciones clave asociadas con el clado de Lupinus andino sugiere que la diversificación fue impulsada por las oportunidades ecológicas ofrecidas por la aparición de hábitats similares a islas tras el levantamiento de los Andes. Los datos de otros géneros indican que los lupinos son uno de un conjunto de radiaciones de plantas andinas igualmente rápidas, continentales en escala e insulares en estímulo, lo que sugiere que la flora de alta montaña de los Andes proporciona un sistema que rivaliza con otros grupos, incluidos los cíclidos, para comprender la rápida diversificación de especies.

@article{doi101073pnas0601928103,
    author = "Hughes, Colin E. y Eastwood, Ruth J.",
    title = "Radiación insular a escala continental: Tasas excepcionales de diversificación de plantas tras el levantamiento de los Andes",
    year = "2006",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Las radiaciones de especies proporcionan conocimientos únicos sobre los procesos evolutivos subyacentes a la diversificación de especies y los patrones de biodiversidad. Para comparar la diversificación de plantas durante un período de tiempo similar a las recientes radiaciones de peces cíclidos, que son un orden de magnitud más rápidas que las radiaciones documentadas de aves, artrópodos y plantas, nos centramos en la flora de alta montaña de los Andes, que es la más rica en especies de cualquier montaña tropical. Debido al reciente levantamiento de los Andes septentrionales, los entornos de tierras altas donde se encuentra gran parte de esta rica flora endémica solo han estado disponibles para la colonización desde el Plioceno tardío o el Pleistoceno, hace 2-4 millones de años (Ma). Utilizando datos de secuencias de ADN, identificamos un grupo monofilético dentro del género Lupinus que representa 81 especies endémicas de los Andes. La edad de este clado se estima en 1,18-1,76 Ma, lo que implica una tasa de diversificación de 2,49-3,72 especies por Ma. Esto supera las estimaciones anteriores para las plantas, proporcionando el ejemplo más espectacular de diversificación explosiva de especies de plantas documentado hasta la fecha. Además, sugiere que las altas tasas de diversificación de cíclidos no son únicas. La falta de innovaciones clave asociadas con el clado de Lupinus andino sugiere que la diversificación fue impulsada por las oportunidades ecológicas ofrecidas por la aparición de hábitats similares a islas tras el levantamiento de los Andes. Los datos de otros géneros indican que los lupinos son uno de un conjunto de radiaciones de plantas andinas igualmente rápidas, continentales en escala e insulares en estímulo, lo que sugiere que la flora de alta montaña de los Andes proporciona un sistema que rivaliza con otros grupos, incluidos los cíclidos, para comprender la rápida diversificación de especies.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0601928103",
    doi = "10.1073/pnas.0601928103",
    openalex = "W2045366837",
    references = "doi101038nrg1316, doi101073pnas0506330102, doi101073pnas89178322, doi1011300016760620001121091uhotca23co2, doi1023072419593"
}

La evidencia tanto de filogenias moleculares como del registro fósil sugiere que las tasas de diversificación de especies a menudo disminuyen con el tiempo durante las radiaciones evolutivas. Una explicación propuesta para este patrón es la oportunidad ecológica, mediante la cual una abundancia inicial de recursos y la falta de competidores potenciales facilitan una diversificación rápida. Este modelo predice disminuciones dependientes de la densidad en las tasas de diversificación, pero no se ha probado formalmente en ninguna radiación a nivel de especie. Aquí desarrollamos un nuevo marco conceptual que distingue la dependencia de la densidad de procesos alternativos que también producen una diversificación temporalmente decreciente, y demostramos este enfoque utilizando una nueva filogenia de los petirrojos de madera Dendroica de América del Norte. Mostramos que la acumulación explosiva de linajes al principio de la historia de esta radiación aviar se explica mejor por un proceso de diversificación dependiente de la densidad. Nuestros resultados sugieren que el ritmo de diversificación de los petirrojos de madera fue mediado por interacciones ecológicas entre especies y que la diversificación de linajes y ecológica en este grupo están acopladas, como se predice bajo el modelo de oportunidad ecológica.

@article{doi101098rspb20080630,
    author = "Rabosky, Daniel L. y Lovette, Irby J.",
    title = "Diversificación dependiente de la densidad en los petirrojos de madera de América del Norte",
    year = "2008",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "La evidencia tanto de filogenias moleculares como del registro fósil sugiere que las tasas de diversificación de especies a menudo disminuyen con el tiempo durante las radiaciones evolutivas. Una explicación propuesta para este patrón es la oportunidad ecológica, mediante la cual una abundancia inicial de recursos y la falta de competidores potenciales facilitan una diversificación rápida. Este modelo predice disminuciones dependientes de la densidad en las tasas de diversificación, pero no se ha probado formalmente en ninguna radiación a nivel de especie. Aquí desarrollamos un nuevo marco conceptual que distingue la dependencia de la densidad de procesos alternativos que también producen una diversificación temporalmente decreciente, y demostramos este enfoque utilizando una nueva filogenia de los petirrojos de madera Dendroica de América del Norte. Mostramos que la acumulación explosiva de linajes al principio de la historia de esta radiación aviar se explica mejor por un proceso de diversificación dependiente de la densidad. Nuestros resultados sugieren que el ritmo de diversificación de los petirrojos de madera fue mediado por interacciones ecológicas entre especies y que la diversificación de linajes y ecológica en este grupo están acopladas, como se predice bajo el modelo de oportunidad ecológica.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2008.0630",
    doi = "10.1098/rspb.2008.0630",
    openalex = "W1999179318",
    references = "doi101017cbo9780511623387, doi101093bioinformaticsbtm538, doi101093oso97801985052350010001, doi101111j155856461987tb02459x, doi101186147121487214, doi101371journalpbio0040088, doi1023071931600, doi1023072405671, doi1023073071998, doi105860choice332720, doi107312simp93764"
}

George Gaylord Simpson postuló famosamente que gran parte de la diversidad de la vida se originó como radiaciones adaptativas, es decir, divergencias más o menos simultáneas de numerosas líneas a partir de un tipo ancestral adaptativo único. Sin embargo, identificar radiaciones adaptativas se ha demostrado difícil debido a la falta de conjuntos de datos comparativos a gran escala. Aquí, utilizamos datos comparativos filogenéticos sobre el tamaño y la forma corporal en una diversidad de clados animales para probar un modelo clave de radiación adaptativa, en el que la evolución morfológica inicialmente rápida es seguida por estasis relativa. Comparamos el ajuste de este modelo tanto con modelos de pico selectivo único como de paseo aleatorio. Encontramos poco apoyo para el modelo de explosión temprana de la radiación adaptativa, mientras que ambos otros modelos, particularmente el de picos selectivos, fueron comúnmente apoyados. Además, encontramos que la tasa neta de evolución morfológica varió inversamente con la edad del clado. Los clados más jóvenes parecen evolucionar más rápidamente porque el cambio a largo plazo típicamente no alcanza la cantidad de divergencia predicha a partir de las tasas medidas a lo largo de escalas de tiempo cortas. A lo largo de nuestro análisis completo, el patrón dominante fue el de restricciones que moldean la evolución continuamente a lo largo del tiempo en lugar de una evolución rápida seguida de estasis. Sugerimos que el modelo clásico de radiación adaptativa, donde la evolución morfológica es inicialmente rápida y se ralentiza con el tiempo, puede ser raro en los datos comparativos.

@article{doi101111j15585646201001025x,
    author = "Harmon, Luke J. y Losos, Jonathan B. y Davies, T. Jonathan y Gillespie, Rosemary G. y Gittleman, John L. y Jennings, W. Bryan y Kozak, Kenneth H. y McPeek, Mark A. y Moreno-Roark, Franck y Near, Thomas J. y Purvis, Andy y Ricklefs, Robert E. y Schluter, Dolph y Schulte, James A. y Seehausen, Ole y Sidlauskas, Brian L. y Torres‐Carvajal, Omar y Weir, Jason T. y Mooers, Arne Ø.",
    title = "LAS EXPLOSIONES TEMPRANAS DE LA EVOLUCIÓN DEL TAMAÑO Y LA FORMA CORPORAL SON RARAS EN DATOS COMPARATIVAS",
    year = "2010",
    journal = "Evolution",
    abstract = "George Gaylord Simpson postuló famosamente que gran parte de la diversidad de la vida se originó como radiaciones adaptativas, es decir, divergencias más o menos simultáneas de numerosas líneas a partir de un tipo ancestral adaptativo único. Sin embargo, identificar radiaciones adaptativas se ha demostrado difícil debido a la falta de conjuntos de datos comparativos a gran escala. Aquí, utilizamos datos comparativos filogenéticos sobre el tamaño y la forma corporal en una diversidad de clados animales para probar un modelo clave de radiación adaptativa, en el que la evolución morfológica inicialmente rápida es seguida por estasis relativa. Comparamos el ajuste de este modelo tanto con modelos de pico selectivo único como de paseo aleatorio. Encontramos poco apoyo para el modelo de explosión temprana de la radiación adaptativa, mientras que ambos otros modelos, particularmente el de picos selectivos, fueron comúnmente apoyados. Además, encontramos que la tasa neta de evolución morfológica varió inversamente con la edad del clado. Los clados más jóvenes parecen evolucionar más rápidamente porque el cambio a largo plazo típicamente no alcanza la cantidad de divergencia predicha a partir de las tasas medidas a lo largo de escalas de tiempo cortas. A lo largo de nuestro análisis completo, el patrón dominante fue el de restricciones que moldean la evolución continuamente a lo largo del tiempo en lugar de una evolución rápida seguida de estasis. Sugerimos que el modelo clásico de radiación adaptativa, donde la evolución morfológica es inicialmente rápida y se ralentiza con el tiempo, puede ser raro en los datos comparativos.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.2010.01025.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.2010.01025.x",
    openalex = "W2151541130",
    references = "doi101007978940100585210, doi101017s009483730001280x, doi101023a1013311015886, doi101073pnas89178322, doi101086510633, doi101098rspb19990641, doi101098rspb20080630, doi101126science2224620159, doi1023072419593, doi102307jctvjsf433, doi105860choice455580, openalexw1973833797"
}

El ritmo de la diversificación fenotípica durante la radiación adaptativa debería disminuir a medida que disminuye la oportunidad ecológica. Probamos esta predicción utilizando análisis comparativos filogenéticos de una amplia gama de rasgos morfológicos en los lagartos Anolis de las Grandes Antillas. Encontramos que la tasa de diversificación a lo largo de dos ejes importantes de la radiación de Anolis—tamaño corporal y dimensiones de las extremidades—disminuyó a medida que la oportunidad declinaba, con la oportunidad cuantificada ya sea como el tiempo transcurrido en la radiación o como la diversidad de linajes competidores de anolis inferidos a haber estado presentes en una isla en diferentes momentos del pasado. La mayoría de los estudios anteriores sobre la hipótesis de la oportunidad ecológica se han centrado en la tasa de diversificación de especies; nuestros resultados proporcionan una perspectiva complementaria, indicando que la tasa de diversificación fenotípica disminuye con la disminución de la oportunidad en una radiación adaptativa.

@article{doi101111j15585646201001026x,
    author = "Mahler, D. Luke y Revell, Liam J. y Glor, Richard E. y Losos, Jonathan B.",
    title = "OPORTUNIDAD ECOLÓGICA Y LA TASA DE EVOLUCIÓN MORFOLÓGICA EN LA DIVERSIFICACIÓN DE LOS ANOLIS DE LAS GRANDES ANTILLAS",
    year = "2010",
    journal = "Evolution",
    abstract = "El ritmo de la diversificación fenotípica durante la radiación adaptativa debería disminuir a medida que disminuye la oportunidad ecológica. Probamos esta predicción utilizando análisis comparativos filogenéticos de una amplia gama de rasgos morfológicos en los lagartos Anolis de las Grandes Antillas. Encontramos que la tasa de diversificación a lo largo de dos ejes importantes de la radiación de Anolis—tamaño corporal y dimensiones de las extremidades—disminuyó a medida que la oportunidad declinaba, con la oportunidad cuantificada ya sea como el tiempo transcurrido en la radiación o como la diversidad de linajes competidores de anolis inferidos a haber estado presentes en una isla en diferentes momentos del pasado. La mayoría de los estudios anteriores sobre la hipótesis de la oportunidad ecológica se han centrado en la tasa de diversificación de especies; nuestros resultados proporcionan una perspectiva complementaria, indicando que la tasa de diversificación fenotípica disminuye con la disminución de la oportunidad en una radiación adaptativa.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.2010.01026.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.2010.01026.x",
    openalex = "W1538212908",
    references = "doi101017cbo9780511608551, doi101017s009483730001280x, doi101038nature07893, doi101086282070, doi101086284325, doi101093biomet762297, doi101093oso97801985052350010001, doi101109tac19741100705, doi101111j14209101201002029x, doi101111j155856461987tb02459x, doi101126science1157966, doi10118614712105788, doi101186147121487214, doi1023073802723, doi105860choice273873, openalexw1558456135"
}

Resumen 1. Aquí presento un nuevo paquete multifuncional de filogenética, phytools, para el entorno de computación estadística R. 2. El enfoque del paquete está en los métodos para biología comparativa filogenética; sin embargo, también incluye herramientas para inferencia de árboles, entrada/salida de filogenias, gráficos, manipulación y varias otras tareas. 3. Describo y tabulo los métodos principales implementados en phytools, y además proporciono una demostración de su uso en forma de dos ejemplos ilustrativos. 4. Finalmente, concluyo describiendo brevemente un blog activo que utilizo para documentar los desarrollos actuales y futuros para phytools. También señalo otros recursos web para filogenética en el entorno computacional R.

@article{doi101111j2041210x201100169x,
    author = "Revell, Liam J.",
    title = "phytools: un paquete de R para biología comparativa filogenética (y otras cosas)",
    year = "2011",
    journal = "Methods in Ecology and Evolution",
    abstract = "Resumen 1. Aquí presento un nuevo paquete multifuncional de filogenética, phytools, para el entorno de computación estadística R. 2. El enfoque del paquete está en los métodos para biología comparativa filogenética; sin embargo, también incluye herramientas para inferencia de árboles, entrada/salida de filogenias, gráficos, manipulación y varias otras tareas. 3. Describo y tabulo los métodos principales implementados en phytools, y además proporciono una demostración de su uso en forma de dos ejemplos ilustrativos. 4. Finalmente, concluyo describiendo brevemente un blog activo que utilizo para documentar los desarrollos actuales y futuros para phytools. También señalo otros recursos web para filogenética en el entorno computacional R.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.2041-210x.2011.00169.x",
    doi = "10.1111/j.2041-210x.2011.00169.x",
    openalex = "W1605984840",
    references = "doi1010179781316276259010, doi10103844766, doi10108010635150802302427, doi101086284325, doi101086343873, doi101086383584, doi101086660020, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101093bioinformaticsbtq706, doi101093oso97801985464120010001, doi101111j001438202003tb00285x, doi101111j15585646201001026x, doi10118614712105788, doi105860choice295104, openalexw1549853756, openalexw229097380"
}

Los análisis anteriores de las relaciones, los tiempos de divergencia y los patrones de diversificación entre las familias de mamíferos existentes han dependido de métodos de supertrees y relojes moleculares locales. Construimos una supermatriz molecular para las familias de mamíferos y analizamos estos datos con métodos basados en verosimilitud y relojes moleculares relajados. Los análisis filogenéticos resultaron en una filogenia robusta con una mejor resolución que las filogenias derivadas de los métodos de supertrees. Los análisis de relojes relajados apoyan el modelo de fusión larga de la diversificación y destacan la importancia de incluir múltiples calibraciones fósiles distribuidas a lo largo del árbol. Los árboles temporales moleculares y los análisis de diversificación sugieren roles importantes para la Revolución Terrestre del Cretácico y la extinción masiva del Cretácico-Paleógeno (KPg) en la apertura de ecospacio que promovió la diversificación interordinal e intraordinal, respectivamente. Por el contrario, los análisis de diversificación no proporcionan apoyo para la hipótesis concerniente al retraso en el ascenso de los mamíferos actuales durante el Periodo Eoceno.

@article{doi101126science1211028,
    author = "Meredith, Robert W. y Janečka, Jan E. y Gatesy, John y Ryder, Oliver A. y Fisher, Colleen A. y Teeling, Emma C. y Goodbla, Alisha y Eizirik, Eduardo y Simão, Taiz L. L. y Stadler, Tanja y Rabosky, Daniel L. y Honeycutt, Rodney L. y Flynn, John J. y Ingram, Colleen M. y Steiner, Cynthia y Williams, Tiffani L. y Robinson, Terence J. y Burk-Herrick, Angela y Westerman, Michael y Ayoub, Nadia A. y Springer, Mark S. y Murphy, William J.",
    title = "Impactos de la Revolución Terrestre del Cretácico y la Extinción KPg en la Diversificación de los Mamíferos",
    year = "2011",
    journal = "Science",
    abstract = "Los análisis anteriores de las relaciones, los tiempos de divergencia y los patrones de diversificación entre las familias de mamíferos existentes han dependido de métodos de supertrees y relojes moleculares locales. Construimos una supermatriz molecular para las familias de mamíferos y analizamos estos datos con métodos basados en verosimilitud y relojes moleculares relajados. Los análisis filogenéticos resultaron en una filogenia robusta con una mejor resolución que las filogenias derivadas de los métodos de supertrees. Los análisis de relojes relajados apoyan el modelo de fusión larga de la diversificación y destacan la importancia de incluir múltiples calibraciones fósiles distribuidas a lo largo del árbol. Los árboles temporales moleculares y los análisis de diversificación sugieren roles importantes para la Revolución Terrestre del Cretácico y la extinción masiva del Cretácico-Paleógeno (KPg) en la apertura de ecospacio que promovió la diversificación interordinal e intraordinal, respectivamente. Por el contrario, los análisis de diversificación no proporcionan apoyo para la hipótesis concerniente al retraso en el ascenso de los mamíferos actuales durante el Periodo Eoceno.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1211028",
    doi = "10.1126/science.1211028",
    openalex = "W2140803428",
    references = "doi101016jtree200610002, doi101023a1011317930838, doi101038381226a0, doi101038nature05634, doi101038nature09705, doi101038nature10291, doi101073pnas0334222100, doi101073pnas1016876108, doi101093sysbiosyp031, doi101101gr5918807, doi101126science1067179, doi101353book59141"
}

FONDO: El desarrollo de métodos filogenéticos que no dependen de fósiles para el estudio de los procesos evolutivos a lo largo del tiempo ha revolucionado el campo de la biología evolutiva y ha resultado en una expansión sin precedentes de nuestro conocimiento sobre el árbol de la vida. Estos métodos han ayudado a arrojar luz sobre la macroevolución de muchos grupos taxonómicos, como los placentarios (Mammalia). Sin embargo, a pesar del aumento de estudios que abordan los patrones de diversificación de los organismos, ninguna síntesis ha abordado el caso del clado mamífero más diverso: los Rodentia. RESULTADOS: Aquí presentamos una filogenia de máxima verosimilitud de roedores inferida a partir de una supermatriz molecular. Se basa en 11 genes mitocondriales y nucleares que abarcan 1.265 especies, es decir, respectivamente el 56% y el 81% de la diversidad específica y genérica de roedores conocida. La topología inferida recuperó todos los clados de Rodentia propuestos por trabajos moleculares recientes. Un enfoque de datación con reloj molecular relajado proporcionó un marco temporal para los eventos de especiación. Encontramos que el clado Myomorpha muestra un mayor grado de variación en las tasas de diversificación que Sciuroidea, Caviomorpha, Castorimorpha y Anomaluromorpha. Identificamos una serie de cambios en las tasas de diversificación dentro de los clados principales: dos en Castorimorpha, tres en Ctenohystrica, 6 dentro del clado relacionado con ardillas y 24 en el clado Myomorpha. La mayoría de estos cambios ocurrieron dentro de las radiaciones familiares de roedores más recientes: los clados Cricetidae y Muridae. Utilizando los desequilibrios topológicos y la línea temporal, discutimos el papel potencial de diferentes factores de diversificación que podrían haber moldeado la radiación de roedores. CONCLUSIONES: La presente visión general del patrón de diversificación de roedores puede utilizarse para futuras meta-análisis comparativos. Los linajes muroides tienen un mayor grado de variación en sus tasas de diversificación que cualquier otro grupo de roedores. Diferentes firmas topológicas sugieren procesos de diversificación distintos entre los linajes de roedores. En particular, Muroidea y Sciuroidea muestran una distribución amplia y han experimentado radiación evolutiva y adaptativa en la mayoría de los continentes. Nuestros resultados muestran que los roedores experimentaron cambios en la tasa de diversificación regularmente a lo largo del Terciario, pero en diferentes periodos para cada clado. Una comparación entre el registro fósil de roedores y nuestros resultados sugiere que la extinción llevó a la pérdida de la señal de diversificación para la mayoría de los nodos del Paleógeno.

@article{doi101186147121481288,
    author = "Fabre, Pierre‐Henri and Hautier, Lionel and Dimitrov, Dimitar and Douzery, Emmanuel",
    title = "A glimpse on the pattern of rodent diversification: a phylogenetic approach",
    year = "2012",
    journal = "BMC Evolutionary Biology",
    abstract = "FONDO: El desarrollo de métodos filogenéticos que no dependen de fósiles para el estudio de los procesos evolutivos a lo largo del tiempo ha revolucionado el campo de la biología evolutiva y ha resultado en una expansión sin precedentes de nuestro conocimiento sobre el árbol de la vida. Estos métodos han ayudado a arrojar luz sobre la macroevolución de muchos grupos taxonómicos, como los placentarios (Mammalia). Sin embargo, a pesar del aumento de estudios que abordan los patrones de diversificación de los organismos, ninguna síntesis ha abordado el caso del clado mamífero más diverso: los Rodentia. RESULTADOS: Aquí presentamos una filogenia de máxima verosimilitud de roedores inferida a partir de una supermatriz molecular. Se basa en 11 genes mitocondriales y nucleares que abarcan 1.265 especies, es decir, respectivamente el 56% y el 81% de la diversidad específica y genérica de roedores conocida. La topología inferida recuperó todos los clados de Rodentia propuestos por trabajos moleculares recientes. Un enfoque de datación con reloj molecular relajado proporcionó un marco temporal para los eventos de especiación. Encontramos que el clado Myomorpha muestra un mayor grado de variación en las tasas de diversificación que Sciuroidea, Caviomorpha, Castorimorpha y Anomaluromorpha. Identificamos una serie de cambios en las tasas de diversificación dentro de los clados principales: dos en Castorimorpha, tres en Ctenohystrica, 6 dentro del clado relacionado con ardillas y 24 en el clado Myomorpha. La mayoría de estos cambios ocurrieron dentro de las radiaciones familiares de roedores más recientes: los clados Cricetidae y Muridae. Utilizando los desequilibrios topológicos y la línea temporal, discutimos el papel potencial de diferentes factores de diversificación que podrían haber moldeado la radiación de roedores. CONCLUSIONES: La presente visión general del patrón de diversificación de roedores puede utilizarse para futuras meta-análisis comparativos. Los linajes muroides tienen un mayor grado de variación en sus tasas de diversificación que cualquier otro grupo de roedores. Diferentes firmas topológicas sugieren procesos de diversificación distintos entre los linajes de roedores. En particular, Muroidea y Sciuroidea muestran una distribución amplia y han experimentado radiación evolutiva y adaptativa en la mayoría de los continentes. Nuestros resultados muestran que los roedores experimentaron cambios en la tasa de diversificación regularmente a lo largo del Terciario, pero en diferentes periodos para cada clado. Una comparación entre el registro fósil de roedores y nuestros resultados sugiere que la extinción llevó a la pérdida de la señal de diversificación para la mayoría de los nodos del Paleógeno.",
    url = "https://doi.org/10.1186/1471-2148-12-88",
    doi = "10.1186/1471-2148-12-88",
    openalex = "W2044886350",
    references = "doi101007bf01734359, doi101016jympev200910033, doi101016s0022283605803602, doi101093bioinformatics149817, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093nargkh340, doi101093oxfordjournalsmolbeva026334, doi101093oxfordjournalsmolbeva040023, doi101111j155856461985tb00420x, doi101126science1156963, doi101186147121487214, doi1023072408678"
}

Por qué algunos clados son más ricos en especies que otros es una pregunta central en la macroevolución. La mayoría de las hipótesis que explican clados excepcionalmente diversos implican el surgimiento de una oportunidad ecológica causada por una transición biogeográfica mayor o la evolución de una innovación clave. La radiación de roedores muroides es un modelo ideal para probar teorías sobre las tasas de diversificación en relación con la biogeografía y la oportunidad ecológica porque el grupo es excepcionalmente rico en especies (comprende casi un tercio de todas las especies de mamíferos), es ecológicamente diverso y ha colonizado cada masa continental importante excepto Nueva Zelanda y la Antártida, proporcionando así múltiples radiaciones replicadas. Presentamos una extensión del modelo convencional de oportunidad ecológica que incluye un efecto de incumbencia geográfica, desarrollamos la filogenia de muroides más grande hasta la fecha y utilizamos esta filogenia para probar el nuevo modelo. La filogenia de casi 300 especies basada en cuatro genes nucleares está robustamente resuelta en su totalidad. Coherente con el registro fósil, identificamos a Eurasia como el origen más probable del grupo y reconstruimos entre cinco y siete colonizaciones de África, cinco de América del Norte, cuatro de Sudeste Asiático, dos de América del Sur, dos de Sahul, una de Madagascar y entre ocho y diez recolonizaciones de Eurasia. Consideramos la muestra incompleta de taxones utilizando múltiples métodos estadísticos e identificamos tres regiones corroboradas del árbol con cambios significativos en las tasas de diversificación. En varios casos, las tasas más altas se asociaron con la primera colonización de un área continental, pero la mayoría de las colonizaciones no fueron seguidas por brotes de especiación. Encontramos evidencia fuerte de diversificación coherente con el modelo de oportunidad ecológica (brote inicial seguido de desaceleración dependiente de la densidad) en la primera colonización de América del Sur y apoyo parcial para este modelo en la primera colonización de Sahul. Los colonizadores primarios parecen inhibir la diversidad final de los colonizadores secundarios, un patrón de incumbencia que es coherente con la oportunidad ecológica, pero no inhibieron las tasas iniciales de diversificación de los colonizadores secundarios. Estos resultados indican que la oportunidad ecológica puede ser un proceso general pero débil en los muroides y uno que requiere circunstancias específicas para llevar a una radiación adaptativa. El área terrestre total, la duración del tiempo entre colonizaciones y el rango de las colonizaciones no influyeron en las tasas de diversificación de los colonizadores primarios. Los modelos actualmente empleados para probar la oportunidad ecológica hacen un trabajo pobre explicando la diversidad de muroides. Además, las diversas métricas de cambio de tasa identificaron clados diferentes, sugiriendo que se debe tener precaución cuando solo se aplica una, y discutimos qué métodos son más apropiados para abordar diferentes preguntas sobre la diversificación.

@article{doi101093sysbiosyt050,
    author = "Schenk, John J. and Rowe, Kevin C. and Steppan, Scott J.",
    title = "Oportunidad Ecológica y Ocupancia en la Diversificación de Colonizaciones Continentales Repetidas por Roedores Muroides",
    year = "2013",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Por qué algunos clados tienen más especies que otros es una pregunta central en la evolución macroevolutiva. La mayoría de las hipótesis que explican clados excepcionalmente diversos implican el surgimiento de una oportunidad ecológica causada por una transición biogeográfica importante o la evolución de una innovación clave. La radiación de roedores muroides es un modelo ideal para probar teorías sobre las tasas de diversificación en relación con la biogeografía y la oportunidad ecológica porque el grupo es excepcionalmente rico en especies (comprende casi un tercio de todas las especies de mamíferos), es ecológicamente diverso y ha colonizado cada masa continental importante excepto Nueva Zelanda y la Antártida, proporcionando así múltiples radiaciones replicadas. Presentamos una extensión del modelo convencional de oportunidad ecológica que incluye un efecto de incumbencia geográfica, desarrollamos la filogenia muroida más grande hasta la fecha y utilizamos esta filogenia para probar el nuevo modelo. La filogenia de casi 300 especies basada en cuatro genes nucleares está robustamente resuelta en todo su conjunto. De acuerdo con el registro fósil, identificamos Eurasia como el origen más probable del grupo y reconstruimos entre cinco y siete colonizaciones de África, cinco de América del Norte, cuatro de Sudeste Asiático, dos de América del Sur, dos de Sahul, una de Madagascar y entre ocho y diez recolonizaciones de Eurasia. Consideramos la muestra incompleta de taxones utilizando múltiples métodos estadísticos e identificamos tres regiones corroboradas del árbol con cambios significativos en las tasas de diversificación. En varios casos, las tasas más altas se asociaron con la primera colonización de un área continental, pero la mayoría de las colonizaciones no fueron seguidas por brotes de especiación. Encontramos evidencia fuerte de diversificación consistente con el modelo de oportunidad ecológica (brote inicial seguido de desaceleración dependiente de la densidad) en la primera colonización de América del Sur y apoyo parcial para este modelo en la primera colonización de Sahul. Los colonizadores primarios parecen inhibir la diversidad final de los colonizadores secundarios, un patrón de incumbencia que es consistente con la oportunidad ecológica, pero no inhibieron las tasas iniciales de diversificación de los colonizadores secundarios. Estos resultados indican que la oportunidad ecológica puede ser un proceso general pero débil en los muroides y uno que requiere circunstancias específicas para llevar a una radiación adaptativa. El área total de tierra, la duración del tiempo entre colonizaciones y el rango de colonizaciones no influyeron en las tasas de diversificación de los colonizadores primarios. Los modelos actualmente empleados para probar la oportunidad ecológica hacen un trabajo pobre explicando la diversidad muroida. Además, las diversas métricas de cambio de tasa identificaron clados diferentes, sugiriendo que se debe usar precaución cuando solo se aplica una, y discutimos qué métodos son más apropiados para abordar diferentes preguntas sobre la diversificación.",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/syt050",
    doi = "10.1093/sysbio/syt050",
    openalex = "W2101475581",
    references = "doi101007bf01734359, doi10108001621459199510476572, doi101093bioinformatics149817, doi101093bioinformatics178754, doi101093bioinformaticsbtg180, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101109gce20105676129, doi101109tac19741100705, doi101111j155856461947tb01340x, doi101186147121481288, doi101186147121487214"
}

Reconstruir el origen y la evolución de las plantas terrestres y sus parientes algales es un problema fundamental en la filogenia de las plantas, y es esencial para comprender cómo surgieron adaptaciones críticas, incluyendo el embrión, el tejido vascular, las semillas y las flores. A pesar de los avances en la sistemática molecular, algunas hipótesis de relaciones permanecen poco resueltas. Inferir filogenias profundas con episodios de rápida diversificación puede ser problemático; sin embargo, los datos a escala genómica deberían aumentar significativamente el número de caracteres informativos para los análisis. Las reconstrucciones filogenómicas recientes centradas en las divergencias principales de las plantas han dado resultados prometedores pero inconsistentes. Una limitación es la escasa muestra de taxones, probablemente resultante de la dificultad y el costo de la generación de datos. Para abordar esta limitación, se generaron y analizaron datos de transcriptoma para 92 taxones de estreptófitos junto con 11 secuencias de genomas de plantas publicadas. Las reconstrucciones filogenéticas se realizaron utilizando hasta 852 genes nucleares y 1.701.170 sitios alineados. Se realizaron 69 análisis para probar la robustez de las inferencias filogenéticas ante permutaciones de la matriz de datos o al método filogenético, incluyendo enfoques de supermatriz, supárbol y basados en coalescencia, métodos de máxima verosimilitud y bayesianos, análisis particionados y no particionados, y alineamientos de aminoácidos versus ADN. Entre otros resultados, encontramos un apoyo robusto para una relación de grupo hermano entre las plantas terrestres y un grupo de algas verdes estreptófitas, las Zygnematophyceae. El fuerte y robusto apoyo para un clado que comprende hepáticas y musgos es inconsistente con una visión ampliamente aceptada de la evolución temprana de las plantas terrestres, y sugiere que las hipótesis filogenéticas utilizadas para comprender la evolución de los rasgos fundamentales de las plantas deben ser reevaluadas.

@article{doi101073pnas1323926111,
    author = "Wickett, Norman J. y Mirarab, Siavash y Nguyen, Nam y Warnow, Tandy y Carpenter, Eric y Matasci, Naim y Ayyampalayam, Saravanaraj y Barker, Michael S. y Burleigh, J. Gordon y Gitzendanner, Matthew A. y Ruhfel, Brad R. y Wafula, Eric y Der, Joshua P. y Graham, Sean W. y Mathews, Sarah y Melkonian, Michael y Soltis, Pamela S. y Soltis, Pamela S. y Miles, Nicholas W. y Rothfels, Carl J. y Pokorny, Lisa y Shaw, A. Jonathan y DeGironimo, Lisa y Stevenson, Dennis y Surek, Barbara y Villarreal, Juan Carlos y Roure, Béatrice y Philippe, Hervé y dePamphilis, Claude W. y Chen, Tao y Deyholos, Michael K. y Baucom, Regina S. y Kutchan, Toni M. y Augustin, Megan M. y Wang, Jun y Zhang, Yong y Tian, Zhijian y Yan, Zhixiang y Wu, Xiaolei y Sun, Xiao y Wong, Gane Ka‐Shu y Leebens-Mack, James",
    title = "Análisis filotranscriptómico del origen y la temprana diversificación de las plantas terrestres",
    year = "2014",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Reconstruir el origen y la evolución de las plantas terrestres y sus parientes algales es un problema fundamental en la filogenia de las plantas, y es esencial para comprender cómo surgieron adaptaciones críticas, incluyendo el embrión, el tejido vascular, las semillas y las flores. A pesar de los avances en la sistemática molecular, algunas hipótesis de relaciones permanecen poco resueltas. Inferir filogenias profundas con episodios de rápida diversificación puede ser problemático; sin embargo, los datos a escala genómica deberían aumentar significativamente el número de caracteres informativos para los análisis. Las reconstrucciones filogenómicas recientes centradas en las divergencias principales de las plantas han dado resultados prometedores pero inconsistentes. Una limitación es la escasa muestra de taxones, probablemente resultante de la dificultad y el costo de la generación de datos. Para abordar esta limitación, se generaron y analizaron datos de transcriptoma para 92 taxones de estreptófitos junto con 11 secuencias de genomas de plantas publicadas. Las reconstrucciones filogenéticas se realizaron utilizando hasta 852 genes nucleares y 1.701.170 sitios alineados. Se realizaron 69 análisis para probar la robustez de las inferencias filogenéticas ante permutaciones de la matriz de datos o al método filogenético, incluyendo enfoques de supermatriz, supárbol y basados en coalescencia, métodos de máxima verosimilitud y bayesianos, análisis particionados y no particionados, y alineamientos de aminoácidos versus ADN. Entre otros resultados, encontramos un apoyo robusto para una relación de grupo hermano entre las plantas terrestres y un grupo de algas verdes estreptófitas, las Zygnematophyceae. El fuerte y robusto apoyo para un clado que comprende hepáticas y musgos es inconsistente con una visión ampliamente aceptada de la evolución temprana de las plantas terrestres, y sugiere que las hipótesis filogenéticas utilizadas para comprender la evolución de los rasgos fundamentales de las plantas deben ser reevaluadas.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1323926111",
    doi = "10.1073/pnas.1323926111",
    openalex = "W2013277649",
    references = "doi101016jtree200901009, doi101016s0022283605803602, doi10103837918, doi101046j109583392003t01100158x, doi101093bioinformatics83275, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093sysbio463523, doi101093sysbiosyt022, doi101111boj12385, doi101111j10958339200900996x, doi101111j10960031200800217x, doi1011861471214811104, doi101371journalpcbi1002195, doi1023072346830, openalexw3148514506"
}

Estimar las tasas de especiación y extinción, y comprender cómo y por qué varían a lo largo del tiempo evolutivo, el espacio geográfico y los grupos de especies, es clave para entender cómo los procesos ecológicos y evolutivos generan la diversidad biológica. Tales inferencias se beneficiarán cada vez más de los enfoques filogenéticos debido a las tasas cada vez más aceleradas de secuenciación genética. En los últimos años, los modelos diseñados para comprender la diversificación a partir de datos filogenéticos han avanzado significativamente. Aquí, reviso estos enfoques y lo que han revelado sobre la diversificación en el mundo natural. Me centro en las distinciones clave entre diferentes modelos y aclaro las conclusiones que se pueden extraer de cada uno. Identifico áreas prometedoras para futuras investigaciones. Un gran desafío por delante es desarrollar modelos que tengan en cuenta de manera más explícita la ecología, en particular la interacción de las especies entre sí y con su entorno. Esto no solo mejorará nuestra comprensión de la diversificación; también presentará una nueva perspectiva sobre el uso de filogenias en la ecología de comunidades, la ciencia de las redes de interacción y la biología de la conservación, y podría desplazar el enfoque actual en ecología sobre las teorías de biodiversidad de equilibrio hacia teorías de no equilibrio que reconozcan el papel crucial de la historia.

@article{doi101111ele12251,
    author = "Morlon, Hélène",
    title = "Enfoques filogenéticos para estudiar la diversificación",
    year = "2014",
    journal = "Ecology Letters",
    abstract = "Estimar las tasas de especiación y extinción, y comprender cómo y por qué varían a lo largo del tiempo evolutivo, el espacio geográfico y los grupos de especies, es clave para entender cómo los procesos ecológicos y evolutivos generan la diversidad biológica. Tales inferencias se beneficiarán cada vez más de los enfoques filogenéticos debido a las tasas cada vez más aceleradas de secuenciación genética. En los últimos años, los modelos diseñados para comprender la diversificación a partir de datos filogenéticos han avanzado significativamente. Aquí, reviso estos enfoques y lo que han revelado sobre la diversificación en el mundo natural. Me centro en las distinciones clave entre diferentes modelos y aclaro las conclusiones que se pueden extraer de cada uno. Identifico áreas prometedoras para futuras investigaciones. Un gran desafío por delante es desarrollar modelos que tengan en cuenta de manera más explícita la ecología, en particular la interacción de las especies entre sí y con su entorno. Esto no solo mejorará nuestra comprensión de la diversificación; también presentará una nueva perspectiva sobre el uso de filogenias en la ecología de comunidades, la ciencia de las redes de interacción y la biología de la conservación, y podría desplazar el enfoque actual en ecología sobre las teorías de biodiversidad de equilibrio hacia teorías de no equilibrio que reconozcan el papel crucial de la historia.",
    url = "https://doi.org/10.1111/ele.12251",
    doi = "10.1111/ele.12251",
    openalex = "W2098713714",
    references = "doi101086660020, doi101371journalpbio1001775"
}

Los datos genómicos están resolviendo rápidamente el árbol de las especies vivas calibrado en el tiempo, el reloj de la vida, lo que proporcionará un marco para la investigación en diversos campos de la ciencia. Los análisis anteriores de relojes de tiempo restringidos taxonómicamente han encontrado una disminución en la tasa de diversificación en muchos grupos de organismos, a menudo atribuida a las interacciones ecológicas entre especies. Aquí, hemos sintetizado un reloj de tiempo global de la vida a partir de 2.274 estudios que representan 50.632 especies y hemos examinado el patrón y la tasa de diversificación, así como el momento de la especiación. Hemos encontrado que la diversidad de especies ha estado expandiéndose en su mayoría en general y en muchos grupos más pequeños de especies, y que la tasa de diversificación en eucariotas ha sido en su mayoría constante. También identificamos y evitamos posibles sesgos que podrían haber influido en los análisis anteriores de la diversificación, incluidos bajos niveles de muestreo de taxones, tamaño pequeño de clado y la inclusión de ramas de tallo en los análisis de clados. Hemos encontrado consistencia en el tiempo hasta la especiación entre plantas y animales, ∼2 My, medido por intervalos de tiempos de especies de corona y de tallo. Juntos, este cambio de tipo reloj en diferentes niveles sugiere que la especiación y la diversificación son procesos dominados por eventos aleatorios y que el cambio adaptativo es en gran medida un proceso separado.

@article{doi101093molbevmsv037,
    author = "Hedges, S. Blair y Marin, Julie y Suleski, Michael y Paymer, Madeline y Kumar, Sudhir",
    title = "El árbol de la vida revela especiación y diversificación de tipo reloj",
    year = "2015",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "Los datos genómicos están resolviendo rápidamente el árbol de las especies vivas calibrado en el tiempo, el reloj de la vida, lo que proporcionará un marco para la investigación en diversos campos de la ciencia. Los análisis anteriores de relojes de tiempo restringidos taxonómicamente han encontrado una disminución en la tasa de diversificación en muchos grupos de organismos, a menudo atribuida a las interacciones ecológicas entre especies. Aquí, hemos sintetizado un reloj de tiempo global de la vida a partir de 2.274 estudios que representan 50.632 especies y hemos examinado el patrón y la tasa de diversificación, así como el momento de la especiación. Hemos encontrado que la diversidad de especies ha estado expandiéndose en su mayoría en general y en muchos grupos más pequeños de especies, y que la tasa de diversificación en eucariotas ha sido en su mayoría constante. También identificamos y evitamos posibles sesgos que podrían haber influido en los análisis anteriores de la diversificación, incluidos bajos niveles de muestreo de taxones, tamaño pequeño de clado y la inclusión de ramas de tallo en los análisis de clados. Hemos encontrado consistencia en el tiempo hasta la especiación entre plantas y animales, ∼2 My, medido por intervalos de tiempos de especies de corona y de tallo. Juntos, este cambio de tipo reloj en diferentes niveles sugiere que la especiación y la diversificación son procesos dominados por eventos aleatorios y que el cambio adaptativo es en gran medida un proceso separado.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msv037",
    doi = "10.1093/molbev/msv037",
    openalex = "W2117260150",
    references = "doi101007s116920129171x, doi101016b9781483227344500176, doi101017s0094837300008186, doi101038217624a0, doi101038nature05634, doi101038nature11631, doi101073pnas1213199109, doi101093oso97801951358480010001, doi101093oso97801995350330010001, doi101111j1365294x201105239x, doi101126science1194442, doi101126science1211028, doi101126science2785338692, doi101130001676061952631117haaoet20co2, doi101146annurevecolsys110512135800, doi101159000452856, doi101371journalpone0089543"
}

Las relaciones filogenéticas en Rosaceae han sido problemáticas durante mucho tiempo debido a la frecuente hibridación, apomixis y radiación rápida presumida, y su diversificación histórica no se ha aclarado. Con 87 géneros que representan todas las subfamilias y tribus de Rosaceae y seis de las otras ocho familias de Rosales (grupos externos), analizamos 130 plastomas secuenciados recientemente junto con 12 de GenBank en un intento de reconstruir relaciones profundas y revelar la diversificación temporal de esta familia. Nuestros resultados destacan la importancia de mejorar el alineamiento de secuencias y el uso de modelos de sustitución apropiados en la filogenómica de plastidios. Tres subfamilias y 16 tribus (como se delimitó previamente) fueron fuertemente apoyadas como monofiléticas, y sus relaciones se resolvieron completamente y fueron fuertemente apoyadas en la mayoría de los nodos. Se estimó que Rosaceae se originaron durante el Cretácico Tardío con evidencia de eventos de diversificación rápida durante varios periodos geológicos. Los linajes principales se diversificaron rápidamente en hábitats cálidos y húmedos durante el Cretácico Tardío, y la rápida diversificación de géneros desde el Oligoceno temprano en adelante ocurrió en ambientes más fríos y secos. La filogenómica de plastidios ofrece nuevas e importantes perspectivas sobre las relaciones filogenéticas profundas y la historia de diversificación de Rosaceae. El robusto esqueleto filogenético y las estimaciones de tiempo que proporcionamos establecen un marco para futuros estudios comparativos sobre la evolución rosácea.

@article{doi101111nph14461,
    author = "Zhang, Shudong y Jin, Jian‐Jun y Chen, Siyun y Chase, Mark W. y Soltis, Pamela S. y Li, Hongtao y Yang, Jun‐Bo y D, Li y Yi, Ting‐Shuang",
    title = "Diversificación de Rosaceae desde el Cretácico Tardío basada en filogenómica de plastidios",
    year = "2017",
    journal = "New Phytologist",
    abstract = "Las relaciones filogenéticas en Rosaceae han sido problemáticas durante mucho tiempo debido a la frecuente hibridación, apomixis y radiación rápida presumida, y su diversificación histórica no se ha aclarado. Con 87 géneros que representan todas las subfamilias y tribus de Rosaceae y seis de las otras ocho familias de Rosales (grupos externos), analizamos 130 plastomas secuenciados recientemente junto con 12 de GenBank en un intento de reconstruir relaciones profundas y revelar la diversificación temporal de esta familia. Nuestros resultados destacan la importancia de mejorar el alineamiento de secuencias y el uso de modelos de sustitución apropiados en la filogenómica de plastidios. Tres subfamilias y 16 tribus (como se delimitó previamente) fueron fuertemente apoyadas como monofiléticas, y sus relaciones se resolvieron completamente y fueron fuertemente apoyadas en la mayoría de los nodos. Se estimó que Rosaceae se originaron durante el Cretácico Tardío con evidencia de eventos de diversificación rápida durante varios periodos geológicos. Los linajes principales se diversificaron rápidamente en hábitats cálidos y húmedos durante el Cretácico Tardío, y la rápida diversificación de géneros desde el Oligoceno temprano en adelante ocurrió en ambientes más fríos y secos. La filogenómica de plastidios ofrece nuevas e importantes perspectivas sobre las relaciones filogenéticas profundas y la historia de diversificación de Rosaceae. El robusto esqueleto filogenético y las estimaciones de tiempo que proporcionamos establecen un marco para futuros estudios comparativos sobre la evolución rosácea.",
    url = "https://doi.org/10.1111/nph.14461",
    doi = "10.1111/nph.14461",
    openalex = "W2586653158",
    references = "doi10108010635150490522304, doi10108010635150701472164, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093bioinformaticsbts199, doi101093nargki198, doi101093oxfordjournalsmolbeva026334, doi101111boj12385, doi101126science1059412, doi101371journalpcbi1003537"
}

Combinamos nuevos datos de secuencias de más de 300 especies de roedores murinos con nuestras secuencias previamente publicadas para hasta cinco genes nucleares y uno mitocondrial para generar la hipótesis de relaciones evolutivas más ampliamente y densamente muestreada a través de Muroidea. Se implementó un procedimiento de cribado exhaustivo para secuencias disponibles públicamente para evitar la propagación de errores taxonómicos que son comunes en los estudios de supermatrices. El conjunto de datos combinado de secuencias cuidadosamente cribadas derivadas de todas las secuencias disponibles en GenBank junto con nuestros nuevos datos resultó en una filogenia de máxima verosimilitud robusta para 900 de los aproximadamente 1.620 murinos. Varios regiones que fueron resueltas de manera ambigua en estudios anteriores ahora están resueltas de manera más decisiva, y estimamos un cronograma utilizando 28 calibraciones fósiles para las estimaciones de edad y topológicas más integradas hasta la fecha. Los resultados se utilizaron para actualizar la clasificación de murinos y destacar preguntas que requieren datos adicionales. También comparamos los resultados de estudios de supermatrices multigénicos como este con los supertrees principales publicados y concluimos que estos últimos son poco fiables para cualquier estudio comparativo en murinos. Además, exploramos los patrones de diversificación como una explicación de por qué los roedores murinos representan uno de los grupos más ricos en especies de mamíferos al detectar evidencia de tasas netas de diversificación crecientes a lo largo del tiempo a través del árbol murino. Sugerimos que la observación de tasas crecientes pueda deberse a una combinación de aumentos paralelos de la tasa a través de clados y altas tasas promedio de extinción. Se inferieron cinco aumentos en las tasas de cambio de diversificación, sugiriendo que múltiples, aunque quizás no independientes, eventos han llevado a la notable diversidad de especies en la superfamilia. Nuestros resultados proporcionan un marco filogenético para estudios comparativos que no depende altamente de la señal de cualquier gen individual.

@article{doi101371journalpone0183070,
    author = "Steppan, Scott J. y Schenk, John J.",
    title = "Filogenia de roedores murinos: el árbol de 900 especies revela tasas de diversificación crecientes",
    year = "2017",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "Combinamos nuevos datos de secuencias de más de 300 especies de roedores murinos con nuestras secuencias previamente publicadas para hasta cinco genes nucleares y uno mitocondrial para generar la hipótesis de relaciones evolutivas más ampliamente y densamente muestreada a través de Muroidea. Se implementó un procedimiento de cribado exhaustivo para secuencias disponibles públicamente para evitar la propagación de errores taxonómicos que son comunes en los estudios de supermatrices. El conjunto de datos combinado de secuencias cuidadosamente cribadas derivadas de todas las secuencias disponibles en GenBank junto con nuestros nuevos datos resultó en una filogenia de máxima verosimilitud robusta para 900 de los aproximadamente 1.620 murinos. Varios regiones que fueron resueltas de manera ambigua en estudios anteriores ahora están resueltas de manera más decisiva, y estimamos un cronograma utilizando 28 calibraciones fósiles para las estimaciones de edad y topológicas más integradas hasta la fecha. Los resultados se utilizaron para actualizar la clasificación de murinos y destacar preguntas que requieren datos adicionales. También comparamos los resultados de estudios de supermatrices multigénicos como este con los supertrees principales publicados y concluimos que estos últimos son poco fiables para cualquier estudio comparativo en murinos. Además, exploramos los patrones de diversificación como una explicación de por qué los roedores murinos representan uno de los grupos más ricos en especies de mamíferos al detectar evidencia de tasas netas de diversificación crecientes a lo largo del tiempo a través del árbol murino. Sugerimos que la observación de tasas crecientes pueda deberse a una combinación de aumentos paralelos de la tasa a través de clados y altas tasas promedio de extinción. Se inferieron cinco aumentos en las tasas de cambio de diversificación, sugiriendo que múltiples, aunque quizás no independientes, eventos han llevado a la notable diversidad de especies en la superfamilia. Nuestros resultados proporcionan un marco filogenético para estudios comparativos que no depende altamente de la señal de cualquier gen individual.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0183070",
    doi = "10.1371/journal.pone.0183070",
    openalex = "W2749303980",
    references = "doi101038nature05634, doi101093bioinformatics149817, doi101093bioinformaticsbtg180, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093sysbiosyt050, doi101109gce20105676129, doi101109tac19741100705, doi101111evo12681, doi101111jeb12937, doi101159000452856, doi101186147121481288, doi101186147121487214, doi105860choice441281"
}

Resumen Objetivo Determinar las dinámicas históricas de la colonización y si el momento relativo de la colonización predice la tasa de diversificación en las comunidades de roedores murinos ricas en especies de Indo‐Australia. Ubicación Arquipélago Indo‐australiano, incluyendo la plataforma de Sunda del continente asiático, la plataforma de Sahul del continente australiano, Filipinas y Wallacea de Indonesia. Taxón Orden Rodentia, Familia Muridae. Métodos Utilizamos una filogenia molecular calibrada con fósiles y modelado biogeográfico bayesiano para inferir la frecuencia y secuencia temporal de transiciones biogeográficas entre Sunda, Sahul, Filipinas y Wallacea. Estimamos las tasas de diversificación para cada linaje colonizador utilizando un estimador de momentos de la tasa neta de diversificación y estimaciones de cambios en la tasa de diversificación mediante modelos de mezcla bayesianos. Resultados Identificamos 17 transiciones biogeográficas, incluyendo nueve originadas de Sunda, siete originadas de Sulawesi y Wallacea más amplia, y una originada de Sahul. Wallacea fue colonizada ocho veces, Filipinas cinco veces, Sunda dos veces y Sahul dos veces. Las tasas de diversificación neta variaron de 0,2 a 2,12 especies/linaje/My, siendo más altas en colonizadores secundarios y posteriores que en los primarios. Las tasas más altas se observaron en el género Rattus y sus parientes más cercanos, independientemente de la historia de colonización. Conclusiones principales Nuestras inferencias sobre los murinos demuestran una vez más el papel sustancial de las islas como fuentes de diversidad de especies en los vertebrados terrestres del IAA, con la mayoría de los eventos de especiación ocurriendo en islas. Sulawesi y Wallacea más amplia han sido una fuente principal de colonizadores tanto para sistemas insulares como continentales. Los cruces de la Línea de Wallace fueron más comunes que las transiciones posteriores a través de la Línea de Lydekker hacia el este. Si bien la especiación tras la colonización de arquipélagos oceánicos e islas grandes es consistente con la teoría de la radiación adaptativa y las ideas sobre la oportunidad ecológica, no observamos una señal fuerte de efectos de incumbencia. Por el contrario, los colonizadores posteriores de las masas terrestres se radiaron sin obstáculos por las radiaciones anteriores.

@article{doi101111jbi13720,
    author = "Rowe, Kevin C. y Achmadi, Anang S. y Fabre, Pierre‐Henri y Schenk, John J. y Steppan, Scott J. y Esselstyn, Jacob A.",
    title = "Islas oceánicas de Wallacea como fuente para la dispersión y diversificación de roedores murinos",
    year = "2019",
    journal = "Journal of Biogeography",
    abstract = "Resumen Objetivo Determinar las dinámicas históricas de la colonización y si el momento relativo de la colonización predice la tasa de diversificación en las comunidades de roedores murinos ricas en especies de Indo‐Australia. Ubicación Arquipélago Indo‐australiano, incluyendo la plataforma de Sunda del continente asiático, la plataforma de Sahul del continente australiano, Filipinas y Wallacea de Indonesia. Taxón Orden Rodentia, Familia Muridae. Métodos Utilizamos una filogenia molecular calibrada con fósiles y modelado biogeográfico bayesiano para inferir la frecuencia y secuencia temporal de transiciones biogeográficas entre Sunda, Sahul, Filipinas y Wallacea. Estimamos las tasas de diversificación para cada linaje colonizador utilizando un estimador de momentos de la tasa neta de diversificación y estimaciones de cambios en la tasa de diversificación mediante modelos de mezcla bayesianos. Resultados Identificamos 17 transiciones biogeográficas, incluyendo nueve originadas de Sunda, siete originadas de Sulawesi y Wallacea más amplia, y una originada de Sahul. Wallacea fue colonizada ocho veces, Filipinas cinco veces, Sunda dos veces y Sahul dos veces. Las tasas de diversificación neta variaron de 0,2 a 2,12 especies/linaje/My, siendo más altas en colonizadores secundarios y posteriores que en los primarios. Las tasas más altas se observaron en el género Rattus y sus parientes más cercanos, independientemente de la historia de colonización. Conclusiones principales Nuestras inferencias sobre los murinos demuestran una vez más el papel sustancial de las islas como fuentes de diversidad de especies en los vertebrados terrestres del IAA, con la mayoría de los eventos de especiación ocurriendo en islas. Sulawesi y Wallacea más amplia han sido una fuente principal de colonizadores tanto para sistemas insulares como continentales. Los cruces de la Línea de Wallace fueron más comunes que las transiciones posteriores a través de la Línea de Lydekker hacia el este. Si bien la especiación tras la colonización de arquipélagos oceánicos e islas grandes es consistente con la teoría de la radiación adaptativa y las ideas sobre la oportunidad ecológica, no observamos una señal fuerte de efectos de incumbencia. Por el contrario, los colonizadores posteriores de las masas terrestres se radiaron sin obstáculos por las radiaciones anteriores.",
    url = "https://doi.org/10.1111/jbi.13720",
    doi = "10.1111/jbi.13720",
    openalex = "W2978697075",
    references = "doi101086665996, doi101371journalpone0183070"
}

Secuenciamos el genoma del almendro altamente heterocigoto Prunus dulcis cv. Texas combinando secuenciación de lectura corta y larga. Obtuvimos un ensamblaje de genoma que suma 227,6 Mb del tamaño estimado del genoma del almendro de 238 Mb, del cual el 91% está anclado a ocho pseudomoléculas correspondientes a su complemento haploide de cromosomas, y anotamos 27 969 genes codificantes de proteínas y 6747 transcritos no codificantes. Mediante comparación filogenómica con los genomas de 16 especies adicionales cercanas y distantes, estimamos que el almendro y el duraznero (Prunus persica) divergieron hace aproximadamente 5,88 millones de años. Estos dos genomas son altamente sinténicos y muestran un alto grado de conservación de la secuencia (20 sustituciones de nucleótidos por kb). Sin embargo, también exhiben un gran número de variantes de presencia/ausencia, muchas atribuibles al movimiento de elementos transponibles (ETs). Los elementos transponibles han generado un importante número de variantes de presencia/ausencia entre el almendro y el duraznero, y mostramos que la historia reciente del movimiento de ETs parece notablemente diferente entre ellos. Los elementos transponibles también pueden estar en el origen de diferencias fenotípicas importantes entre ambas especies, y en particular para el fenotipo de almendra dulce, un carácter agronómico y de domesticación clave para el almendro. Aquí mostramos que en cultivares de almendra dulce, las inserciones de ET altamente metiladas rodean un gen involucrado en la biosíntesis de amigdalina, cuya expresión reducida se ha correlacionado con el fenotipo de almendra dulce. En conjunto, nuestros resultados sugieren un papel clave de los ETs en la historia reciente y la diversificación del almendro y su pariente cercano, el duraznero.

@article{doi101111tpj14538,
    author = "Alioto, Tyler y Alexiou, Konstantinos G. y Bardil, Amélie y Barteri, Fabio y Castanera, Raúl y Cruz, Fernando y Dhingra, Amit y Duval, Henri y i Martí, Á. Fernández y Frías, Leonor y Galán, Beatriz y Garcı́a, José L. y Howad, Werner y Gómez‐Garrido, Jèssica y Gut, Marta y Julca, Irene y Morata, Jordi y Puigdomènech, Pere y Ribeca, Paolo y Cabetas, María José Rubio y Vlasova, Anna y Wirthensohn, M. y García-Más, Jordi y Gabaldón, Toni y Casacuberta, Josep y Arús, Pere",
    title = "Los transposones jugaron un papel importante en la diversificación entre los genomas estrechamente relacionados del almendro y el duraznero: resultados de la secuencia del genoma del almendro",
    year = "2019",
    journal = "The Plant Journal",
    abstract = "Secuenciamos el genoma del almendro altamente heterocigoto Prunus dulcis cv. Texas combinando secuenciación de lectura corta y larga. Obtuvimos un ensamblaje de genoma que suma 227,6 Mb del tamaño estimado del genoma del almendro de 238 Mb, del cual el 91% está anclado a ocho pseudomoléculas correspondientes a su complemento haploide de cromosomas, y anotamos 27 969 genes codificantes de proteínas y 6747 transcritos no codificantes. Mediante comparación filogenómica con los genomas de 16 especies adicionales cercanas y distantes, estimamos que el almendro y el duraznero (Prunus persica) divergieron hace aproximadamente 5,88 millones de años. Estos dos genomas son altamente sinténicos y muestran un alto grado de conservación de la secuencia (20 sustituciones de nucleótidos por kb). Sin embargo, también exhiben un gran número de variantes de presencia/ausencia, muchas atribuibles al movimiento de elementos transponibles (ETs). Los elementos transponibles han generado un importante número de variantes de presencia/ausencia entre el almendro y el duraznero, y mostramos que la historia reciente del movimiento de ETs parece notablemente diferente entre ellos. Los elementos transponibles también pueden estar en el origen de diferencias fenotípicas importantes entre ambas especies, y en particular para el fenotipo de almendra dulce, un carácter agronómico y de domesticación clave para el almendro. Aquí mostramos que en cultivares de almendra dulce, las inserciones de ET altamente metiladas rodean un gen involucrado en la biosíntesis de amigdalina, cuya expresión reducida se ha correlacionado con el fenotipo de almendra dulce. En conjunto, nuestros resultados sugieren un papel clave de los ETs en la historia reciente y la diversificación del almendro y su pariente cercano, el duraznero.",
    url = "https://doi.org/10.1111/tpj.14538",
    doi = "10.1111/tpj.14538",
    openalex = "W2974873635",
    references = "doi101016s0022283605803602, doi101038nbt3122, doi10108010635150390235520, doi101093bioinformaticsbtp324, doi101093bioinformaticsbtq033, doi101093bioinformaticsbts635, doi101093bioinformaticsbtu170, doi101093bioinformaticsbtv351, doi101093nargkh340, doi101093sysbiosyq010, doi101111nph14461"
}

Resumen Los alimentos consumidos por los animales reflejan sus adaptaciones y roles ecológicos, lo que hace que la dieta sea un rasgo importante para la investigación ecológica, evolutiva y paleobiológica. Los roedores son el orden de mamíferos más rico en especies y también son ecológicamente diversos, consumiendo una amplia gama de alimentos. Para relacionar la forma con la función y estudiar la diversificación en el contexto de la dieta y la alimentación, los investigadores deben seguir esquemas de clasificación que capturen la composición de la dieta. Evaluamos los conjuntos de datos de dietas existentes para mamíferos, así como los esquemas de clasificación anteriores desarrollados para roedores. Para proponer un esquema categórico adecuado, definimos divisiones dentro de los roedores herbívoros y carnívoros, con el objetivo de captar las diferencias intrínsecas en la composición de la dieta en términos de la accesibilidad, contenido de nutrientes y digestibilidad de diversos alimentos. Nuestra propuesta incluye ocho categorías (Carnívoro, Folívoro, Frugívoro, Granívoro, Omnívoro, Herbívoro Especialista, Desconocido y Vermívoro) en las que las especies pueden asignarse con información de las fichas de especies y guías de campo. Para evitar ambigüedades, proporcionamos ejemplos y criterios detallados para cada categoría de dieta. Para la investigación comparativa biológicamente viable, pedimos a los investigadores que utilicen nuestras categorías de dieta para especies de roedores. Las categorías también pueden aplicarse a otros niveles taxonómicos o a diferentes poblaciones, sexos o etapas ontogenéticas. Llamamos a un estudio adicional de la historia natural de los mamíferos pequeños y la incorporación de datos primarios en bases de datos abiertas.

@article{doi101111mam12214,
    author = "Arregoitia, Luis D. Verde and D'Elía, Guillermo",
    title = "Clasificación de las dietas de roedores para investigación comparativa",
    year = "2020",
    journal = "Mammal Review",
    abstract = "Resumen Los alimentos consumidos por los animales reflejan sus adaptaciones y roles ecológicos, lo que hace que la dieta sea un rasgo importante para la investigación ecológica, evolutiva y paleobiológica. Los roedores son el orden de mamíferos más rico en especies y también son ecológicamente diversos, consumiendo una amplia gama de alimentos. Para relacionar la forma con la función y estudiar la diversificación en el contexto de la dieta y la alimentación, los investigadores deben seguir esquemas de clasificación que capturen la composición de la dieta. Evaluamos los conjuntos de datos de dietas existentes para mamíferos, así como los esquemas de clasificación anteriores desarrollados para roedores. Para proponer un esquema categórico adecuado, definimos divisiones dentro de los roedores herbívoros y carnívoros, con el objetivo de captar las diferencias intrínsecas en la composición de la dieta en términos de la accesibilidad, contenido de nutrientes y digestibilidad de diversos alimentos. Nuestra propuesta incluye ocho categorías (Carnívoro, Folívoro, Frugívoro, Granívoro, Omnívoro, Herbívoro Especialista, Desconocido y Vermívoro) en las que las especies pueden asignarse con información de las fichas de especies y guías de campo. Para evitar ambigüedades, proporcionamos ejemplos y criterios detallados para cada categoría de dieta. Para la investigación comparativa biológicamente viable, pedimos a los investigadores que utilicen nuestras categorías de dieta para especies de roedores. Las categorías también pueden aplicarse a otros niveles taxonómicos o a diferentes poblaciones, sexos o etapas ontogenéticas. Llamamos a un estudio adicional de la historia natural de los mamíferos pequeños y la incorporación de datos primarios en bases de datos abiertas.",
    url = "https://doi.org/10.1111/mam.12214",
    doi = "10.1111/mam.12214",
    openalex = "W3080274445",
    references = "doi101016jtree201905008, doi101093jmammalgyy179, doi101111jeb12937"
}

FONDO: La información del genoma de cloroplasto (cp) facilitaría el desarrollo y la utilización de los recursos de Taxodium. Sin embargo, las características del genoma de cloroplasto de Taxodium eran poco comprendidas. RESULTADOS: Determinamos las secuencias completas del genoma de cloroplasto de T. distichum, T. mucronatum y T. ascendens. Los genomas de cloroplasto tienen una longitud de 131.947 pb a 132.613 pb, codifican 120 genes con el mismo orden y carecen de regiones de repetición invertida (IR) típicas. La IR pequeña más larga, una IR que contiene trnQ de 282 pb, estuvo involucrada en la formación de isómeros. El análisis comparativo de los 3 genomas de cloroplasto mostró que el 91,57% de las inserciones y deleciones (indels) resultaron en la variación periódica de motivos de repetición en tándem (TR) y el 72,46% de los polimorfismos de nucleótido simple (SNPs) ubicados cerca de los TRs, sugiriendo una relación entre los TRs y la dinámica mutacional. Se identificaron once regiones hipervariables como candidatos para el desarrollo de códigos de barras de ADN. El marco de lectura abierta hipotético 1 del cloroplasto (Ycf1) fue el único gen que tiene un indel en la secuencia de ADN codificante, y el indel está compuesto por un TR largo. Cuando se extiende a cupresófitas, los genes ycf1 han experimentado una inserción universal de TRs acompañada de una expansión extrema de longitud. Al mismo tiempo, ycf1 también se encuentra en los puntos finales de reordenamiento de los genomas de cloroplasto de cupresófitas. Todas estas características destacan el papel importante de las repeticiones en la evolución de los genomas de cloroplasto. CONCLUSIONES: Este estudio aportó nueva evidencia sobre el papel de las repeticiones en el mecanismo dinámico de la mutación y el reordenamiento del genoma de cloroplasto. Además, la información de los TRs y las regiones hipervariables proporcionaría recursos moleculares confiables para futuras investigaciones centradas en la identificación de taxones infragenericos, la resolución filogenética, la estructura poblacional y la biodiversidad para el género Taxodium y Cupressophytes.

@article{doi101186s1286402065321,
    author = "Duan, Hao y Guo, Jinbo y Xuan, Lei y Wang, Ziyang y Li, Mingzhi y Yin, Yunlong y Yang, Ying",
    title = "Genómica comparada del genoma de cloroplasto del género Taxodium",
    year = "2020",
    journal = "BMC Genomics",
    abstract = "FONDO: La información del genoma de cloroplasto (cp) facilitaría el desarrollo y la utilización de los recursos de Taxodium. Sin embargo, las características del genoma de cloroplasto de Taxodium eran poco comprendidas. RESULTADOS: Determinamos las secuencias completas del genoma de cloroplasto de T. distichum, T. mucronatum y T. ascendens. Los genomas de cloroplasto tienen una longitud de 131.947 pb a 132.613 pb, codifican 120 genes con el mismo orden y carecen de regiones de repetición invertida (IR) típicas. La IR pequeña más larga, una IR que contiene trnQ de 282 pb, estuvo involucrada en la formación de isómeros. El análisis comparativo de los 3 genomas de cloroplasto mostró que el 91,57% de las inserciones y deleciones (indels) resultaron en la variación periódica de motivos de repetición en tándem (TR) y el 72,46% de los polimorfismos de nucleótido simple (SNPs) ubicados cerca de los TRs, sugiriendo una relación entre los TRs y la dinámica mutacional. Se identificaron once regiones hipervariables como candidatos para el desarrollo de códigos de barras de ADN. El marco de lectura abierta hipotético 1 del cloroplasto (Ycf1) fue el único gen que tiene un indel en la secuencia de ADN codificante, y el indel está compuesto por un TR largo. Cuando se extiende a cupresófitas, los genes ycf1 han experimentado una inserción universal de TRs acompañada de una expansión extrema de longitud. Al mismo tiempo, ycf1 también se encuentra en los puntos finales de reordenamiento de los genomas de cloroplasto de cupresófitas. Todas estas características destacan el papel importante de las repeticiones en la evolución de los genomas de cloroplasto. CONCLUSIONES: Este estudio aportó nueva evidencia sobre el papel de las repeticiones en el mecanismo dinámico de la mutación y el reordenamiento del genoma de cloroplasto. Además, la información de los TRs y las regiones hipervariables proporcionaría recursos moleculares confiables para futuras investigaciones centradas en la identificación de taxones infragenericos, la resolución filogenética, la estructura poblacional y la biodiversidad para el género Taxodium y Cupressophytes.",
    url = "https://doi.org/10.1186/s12864-020-6532-1",
    doi = "10.1186/s12864-020-6532-1",
    openalex = "W3013176840",
    references = "doi101038s4143801901711"
}

Entre los árboles frutales de cultivo, el albaricoque (Prunus armeniaca) ofrece un modelo excelente para estudiar los procesos de divergencia y adaptación. Aquí, obtenemos casi 600 genomas de albaricoque Armeniaca y cuatro ensamblajes de alta calidad anclados en mapas genéticos. Los albaricoques chinos y europeos forman dos pools genéticos diferenciados con alta diversidad genética, resultantes de eventos de domesticación independientes a partir de poblaciones silvestres distintas de Asia Central, y con flujo génico posterior. Una proporción relativamente baja del genoma está afectada por la selección. Diferentes regiones genómicas muestran huellas de selección en albaricoques cultivados europeos y chinos, a pesar de rasgos fenotípicos convergentes, con funciones predichas en ambos grupos involucradas en el ciclo de vida perenne, la calidad del fruto y la resistencia a enfermedades. Las huellas de selección aparecen más abundantes en albaricoques europeos, con un punto caliente en el cromosoma 4, mientras que la admixture es más prevalente en albaricoques cultivados chinos. Nuestro estudio proporciona pistas sobre la biología de los rasgos seleccionados y objetivos para la investigación y el mejoramiento de árboles frutales.

@article{doi101038s41467021242836,
    author = "Groppi, Alexis y Liu, Shuo y Cornille, Amandine y Decroocq, Stéphane y Bui, Quynh Trang y Tricon, David y Cruaud, Corinne y Arribat, Sandrine y Belser, Caroline y Marande, William y Salse, Jérôme y Huneau, Cécile y Rodde, Nathalie y Rhalloussi, Wassim y Cauet, Stéphane y Istace, Benjamin y Denis, Erwan y Carrère, Sébastien y Audergon, Jean-Marc y Roch, Guillaume y Lambert, Patrick y Zhebentyayeva, Tetyana y Liu, Weisheng y Bouchez, Olivier y Lopez‐Roques, Céline y Serre, Rémy-Félix y Debuchy, Robert y Tran, Joseph y Wincker, Patrick y Chen, Xilong y Pétriacq, Pierre y Barré, Aurélien y Nikolski, Macha y Aury, Jean‐Marc y Abbott, Albert G. y Giraud, Tatiana y Decroocq, Véronique",
    title = "Genómica de poblaciones de albaricoques revela la historia de la domesticación y eventos adaptativos",
    year = "2021",
    journal = "Nature Communications",
    abstract = "Entre los árboles frutales de cultivo, el albaricoque (Prunus armeniaca) ofrece un modelo excelente para estudiar los procesos de divergencia y adaptación. Aquí, obtenemos casi 600 genomas de albaricoque Armeniaca y cuatro ensamblajes de alta calidad anclados en mapas genéticos. Los albaricoques chinos y europeos forman dos pools genéticos diferenciados con alta diversidad genética, resultantes de eventos de domesticación independientes a partir de poblaciones silvestres distintas de Asia Central, y con flujo génico posterior. Una proporción relativamente baja del genoma está afectada por la selección. Diferentes regiones genómicas muestran huellas de selección en albaricoques cultivados europeos y chinos, a pesar de rasgos fenotípicos convergentes, con funciones predichas en ambos grupos involucradas en el ciclo de vida perenne, la calidad del fruto y la resistencia a enfermedades. Las huellas de selección aparecen más abundantes en albaricoques europeos, con un punto caliente en el cromosoma 4, mientras que la admixture es más prevalente en albaricoques cultivados chinos. Nuestro estudio proporciona pistas sobre la biología de los rasgos seleccionados y objetivos para la investigación y el mejoramiento de árboles frutales.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41467-021-24283-6",
    doi = "10.1038/s41467-021-24283-6",
    openalex = "W3176721616",
    references = "doi101111tpj14538"
}

Resumen Las especies de Rheum tienen un alto valor medicinal, con el centro de diversidad en la Meseta Qinghai–Tibet (QTP) y regiones adyacentes. Sin embargo, las relaciones filogenéticas de Rheum siguen siendo poco claras debido a que los marcadores fragmentados proporcionan loci informativos insuficientes. Aquí, secuenciamos y anotamos los plastomas de nueve especies de Rheum, y comparamos la estructura del genoma entre las nueve especies novedosas junto con tres especies publicadas. Los análisis comparativos revelaron que los plastomas de Rheum comparten una estructura relativamente conservada. Cinco regiones altamente divergentes (accD, ccsA, matK, ndhF y ndhH) pueden utilizarse como marcadores moleculares valiosos para la delimitación de especies y estudios de genética de poblaciones. Se utilizaron veintidós accesiones que representan 17 especies para el análisis filogenético, lo que generó un árbol filogenético robusto y reveló dos clados principales dentro de Rheum. Los resultados filogenéticos mostraron que las estructuras de invernadero y los cojines de Rheum son resultados de la evolución paralela durante la adaptación a entornos similares. Se detectó una topología de árbol inconsistente entre los métodos concatenados y de coalescencia, lo que implica que la clasificación incompleta de linajes y la hibridación pueden haber ocurrido en la historia evolutiva de Rheum. La estimación del tiempo de divergencia basada en dos calibraciones fósiles y tres calibraciones secundarias reveló un origen de Rheum en el Mioceno hasta el Oligoceno medio. Nuestro estudio proporciona recursos genómicos valiosos para el género médicamente importante Rheum, mientras que obtiene conocimientos útiles sobre su sistemática y evolución.

@article{doi101111jse12814,
    author = "Zhang, Huajie and Zhang, Xu and Landis, Jacob B. and Sun, Yanxia and Sun, Jiao and Kuang, Tianhui and Li, Lijuan and Tiamiyu, Bashir B. and Deng, Tao and Sun, Hang and Wang, Hengchang",
    title = "Phylogenomic and comparative analyses of Rheum (Polygonaceae, Polygonoideae)",
    year = "2021",
    journal = "Journal of Systematics and Evolution",
    abstract = "Resumen Las especies de Rheum tienen un alto valor medicinal, con el centro de diversidad en la Meseta Qinghai–Tibet (QTP) y regiones adyacentes. Sin embargo, las relaciones filogenéticas de Rheum siguen siendo poco claras debido a que los marcadores fragmentados proporcionan loci informativos insuficientes. Aquí, secuenciamos y anotamos los plastomas de nueve especies de Rheum, y comparamos la estructura del genoma entre las nueve especies novedosas junto con tres especies publicadas. Los análisis comparativos revelaron que los plastomas de Rheum comparten una estructura relativamente conservada. Cinco regiones altamente divergentes (accD, ccsA, matK, ndhF y ndhH) pueden utilizarse como marcadores moleculares valiosos para la delimitación de especies y estudios de genética de poblaciones. Se utilizaron veintidós accesiones que representan 17 especies para el análisis filogenético, lo que generó un árbol filogenético robusto y reveló dos clados principales dentro de Rheum. Los resultados filogenéticos mostraron que las estructuras de invernadero y los cojines de Rheum son resultados de la evolución paralela durante la adaptación a entornos similares. Se detectó una topología de árbol inconsistente entre los métodos concatenados y de coalescencia, lo que implica que la clasificación incompleta de linajes y la hibridación pueden haber ocurrido en la historia evolutiva de Rheum. La estimación del tiempo de divergencia basada en dos calibraciones fósiles y tres calibraciones secundarias reveló un origen de Rheum en el Mioceno hasta el Oligoceno medio. Nuestro estudio proporciona recursos genómicos valiosos para el género médicamente importante Rheum, mientras que obtiene conocimientos útiles sobre su sistemática y evolución.",
    url = "https://doi.org/10.1111/jse.12814",
    doi = "10.1111/jse.12814",
    openalex = "W3211885230",
    references = "doi101016jympev201812023"
}

La evidencia filogenómica de un número creciente de estudios ha demostrado que diferentes conjuntos de datos y enfoques analíticos a menudo reconstruyen relaciones fuertemente apoyadas pero conflictivas. En este estudio, se utilizaron 785 genes nucleares de copia única y 75 plastomas completos para inferir las relaciones filogenéticas y estimar la biogeografía histórica del género de manzanas Malus sensu lato, un linaje económicamente importante distribuido de forma disyunta en el Hemisferio Norte e involucrado en eventos de hibridación y poliploidía alopoloide conocidos y sospechosos. La filogenia nuclear recuperó la monofilia de Malus s.l. (incluyendo Docynia); sin embargo, el género fue apoyado como bifilético en la filogenia plastídica. Un evento antiguo de captura de cloroplastos en el Eoceno en el noroeste de América del Norte explica mejor la discordancia citonuclear. Nuestro análisis de conflictos demostró que la ILS, la hibridación y la poliploidía alopoloide podrían explicar la discordancia generalizada en los árboles filogenéticos de genes nucleares. Se detectó un evento de hibridación profundo (Malus doumeri) y un evento reciente (Malus coronaria) en Malus s.l. Además, nuestro análisis biogeográfico histórico integrando datos de organismos vivos y fósiles apoyó un origen generalizado de Malus s.l. en el este de Asia y el noroeste de América del Norte en el Eoceno, seguido de varios eventos de extinción y dispersión en el Hemisferio Norte. También proponemos un flujo de trabajo general para evaluar la discordancia filogenómica y el análisis biogeográfico utilizando conjuntos de datos de secuenciación profunda de genomas.

@article{doi101111jipb13246,
    author = "Liu, Binbin y Ren, Chen y Kwak, Myounghai y Hodel, Richard G.J. y Xu, Chao y He, Jian y Zhou, Wenbin y Huang, Chien‐Hsun y Mā, Hong y Qian, Guan‐Ze y De‐Yuan, Hong y Wen, Jun",
    title = "Análisis de conflictos filogenómicos en el género de manzanas Malus s.l. revelan una hibridación y poliploidía alopoloide generalizada impulsando la diversificación, con perspectivas sobre la compleja historia biogeográfica en el Hemisferio Norte",
    year = "2022",
    journal = "Journal of Integrative Plant Biology",
    abstract = "La evidencia filogenómica de un número creciente de estudios ha demostrado que diferentes conjuntos de datos y enfoques analíticos a menudo reconstruyen relaciones fuertemente apoyadas pero conflictivas. En este estudio, se utilizaron 785 genes nucleares de copia única y 75 plastomas completos para inferir las relaciones filogenéticas y estimar la biogeografía histórica del género de manzanas Malus sensu lato, un linaje económicamente importante distribuido de forma disyunta en el Hemisferio Norte e involucrado en eventos de hibridación y poliploidía alopoloide conocidos y sospechosos. La filogenia nuclear recuperó la monofilia de Malus s.l. (incluyendo Docynia); sin embargo, el género fue apoyado como bifilético en la filogenia plastídica. Un evento antiguo de captura de cloroplastos en el Eoceno en el noroeste de América del Norte explica mejor la discordancia citonuclear. Nuestro análisis de conflictos demostró que la ILS, la hibridación y la poliploidía alopoloide podrían explicar la discordancia generalizada en los árboles filogenéticos de genes nucleares. Se detectó un evento de hibridación profundo (Malus doumeri) y un evento reciente (Malus coronaria) en Malus s.l. Además, nuestro análisis biogeográfico histórico integrando datos de organismos vivos y fósiles apoyó un origen generalizado de Malus s.l. en el este de Asia y el noroeste de América del Norte en el Eoceno, seguido de varios eventos de extinción y dispersión en el Hemisferio Norte. También proponemos un flujo de trabajo general para evaluar la discordancia filogenómica y el análisis biogeográfico utilizando conjuntos de datos de secuenciación profunda de genomas.",
    url = "https://doi.org/10.1111/jipb.13246",
    doi = "10.1111/jipb.13246",
    openalex = "W4221042877",
    references = "doi101016jympev2020106784, doi10103835075035, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093bioinformaticsbtp348, doi101093bioinformaticsbtu033, doi101093molbevmsaa015, doi101093molbevmsw260, doi101093sysbiosyy032, doi101111nph14461, doi101126science1059412, doi101126science23547931156, doi101371journalpbio0040088"
}

FONDO: El género Peucedanum es el miembro principal de la familia Apiaceae, con muchas plantas de importancia económica y médica. Aunque los estudios anteriores sobre Peucedanum nos proporcionan una buena base de investigación, aún existen relaciones filogenéticas poco claras y muchos problemas taxonómicos en Peucedanum, y aún no se ha obtenido un marco filogenético robusto para este género, lo que obstaculiza gravemente la mejora y revisión del sistema taxonómico para este género. Los genomas plástidos que poseen caracteres más variables tienen potencial para reconstruir una filogenia robusta en plantas. RESULTADOS: En el estudio actual, secuenciamos y ensamblamos por primera vez siete genomas plástidos de Peucedanum. Junto con cinco genomas plástidos de Peucedanum publicados previamente, realizamos un análisis comparativo exhaustivo para este género. Doce plastomas de Peucedanum fueron similares en términos de estructura del genoma, sesgo de codón, sitios de edición de ARN y SSR, pero variaron en tamaño del genoma, contenido génico y disposición, y límite de SC/IR. Se identificaron quince regiones de puntos calientes de mutación entre los genomas plástidos que pueden servir como códigos de barras de ADN candidatos para la identificación de especies en Peucedanum. Nuestros análisis filogenéticos basados en genomas plástidos generaron una filogenia con altos apoyos y resoluciones para Peucedanum que apoyó robustamente la no monofilia del género Peucedanum. CONCLUSIÓN: Los genomas plástidos de Peucedanum mostraron tanto conservación como diversidad. Los datos del genoma plástido fueron eficientes y potentes para mejorar los apoyos y resoluciones de la filogenia para el complejo género Peucedanum. En resumen, nuestro estudio proporciona nuevas perspectivas sobre la evolución del genoma plástido, la taxonomía y la filogenia para las especies de Peucedanum.

@article{doi101186s1287002203488x,
    author = "Liu, Chang‐Kun y Lei, Jia-Qing y Jiang, Qiu‐Ping y Zhou, Song‐Dong y He, Xing‐Jin",
    title = "Los genomas plástidos completos de siete plantas de Peucedanum: análisis comparativos y filogenéticos para el género Peucedanum",
    year = "2022",
    journal = "BMC Plant Biology",
    abstract = "FONDO: El género Peucedanum es el miembro principal de la familia Apiaceae, con muchas plantas de importancia económica y médica. Aunque los estudios anteriores sobre Peucedanum nos proporcionan una buena base de investigación, aún existen relaciones filogenéticas poco claras y muchos problemas taxonómicos en Peucedanum, y aún no se ha obtenido un marco filogenético robusto para este género, lo que obstaculiza gravemente la mejora y revisión del sistema taxonómico para este género. Los genomas plástidos que poseen caracteres más variables tienen potencial para reconstruir una filogenia robusta en plantas. RESULTADOS: En el estudio actual, secuenciamos y ensamblamos por primera vez siete genomas plástidos de Peucedanum. Junto con cinco genomas plástidos de Peucedanum publicados previamente, realizamos un análisis comparativo exhaustivo para este género. Doce plastomas de Peucedanum fueron similares en términos de estructura del genoma, sesgo de codón, sitios de edición de ARN y SSR, pero variaron en tamaño del genoma, contenido génico y disposición, y límite de SC/IR. Se identificaron quince regiones de puntos calientes de mutación entre los genomas plástidos que pueden servir como códigos de barras de ADN candidatos para la identificación de especies en Peucedanum. Nuestros análisis filogenéticos basados en genomas plástidos generaron una filogenia con altos apoyos y resoluciones para Peucedanum que apoyó robustamente la no monofilia del género Peucedanum. CONCLUSIÓN: Los genomas plástidos de Peucedanum mostraron tanto conservación como diversidad. Los datos del genoma plástido fueron eficientes y potentes para mejorar los apoyos y resoluciones de la filogenia para el complejo género Peucedanum. En resumen, nuestro estudio proporciona nuevas perspectivas sobre la evolución del genoma plástido, la taxonomía y la filogenia para las especies de Peucedanum.",
    url = "https://doi.org/10.1186/s12870-022-03488-x",
    doi = "10.1186/s12870-022-03488-x",
    openalex = "W4220865946",
    references = "doi101016jympev2021107183"
}

, incluyendo el Óptimo Climático del Mioceno Medio (MMCO), el enfriamiento global del Mioceno tardío, así como el ascenso sucesivo de la Meseta del Qinghai-Tibet (QTP) y el fortalecimiento del clima monzónico en el este de Asia durante el Mioceno tardío y el Plioceno. Este estudio de caso sugiere que los eventos geológicos y climáticos únicos en el Neógeno del este de Asia, en particular el ascenso de la QTP y el fortalecimiento del clima monzónico, pudieron haber desempeñado un papel esencial en la formación de la distribución desigual de la diversidad vegetal en el hemisferio norte.

@article{doi101016jpld202307009,
    author = "Zhou, Nian y Miao, Ke y Liu, Chang‐Kun y Jia, Lin‐Bo y Hu, Jinjin y Huang, Yong‐Jiang y Ji, Yunheng",
    title = "Biogeografía histórica y diversificación evolutiva de Lilium (Liliaceae): Nuevas perspectivas de la filogenómica del plastoma",
    year = "2023",
    journal = "Plant Diversity",
    abstract = ", incluyendo el Óptimo Climático del Mioceno Medio (MMCO), el enfriamiento global del Mioceno tardío, así como el ascenso sucesivo de la Meseta del Qinghai-Tibet (QTP) y el fortalecimiento del clima monzónico en el este de Asia durante el Mioceno tardío y el Plioceno. Este estudio de caso sugiere que los eventos geológicos y climáticos únicos en el Neógeno del este de Asia, en particular el ascenso de la QTP y el fortalecimiento del clima monzónico, pudieron haber desempeñado un papel esencial en la formación de la distribución desigual de la diversidad vegetal en el hemisferio norte.",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.pld.2023.07.009",
    doi = "10.1016/j.pld.2023.07.009",
    openalex = "W4385545178",
    references = "doi101016jympev2021107183, doi101126sciadvabg0625"
}

Maleae es una de las tribus más extendidas de Rosaceae e incluye varios cultivos frutales importantes y plantas ornamentales. Utilizamos genes nucleares de 62 transcriptomas/genomas, incluidos 26 transcriptomas generados recientemente, para reconstruir una filogenia bien soportada y estudiar la evolución de la morfología de la fruta y la hoja y el posible efecto de la duplicación del genoma completo (DGC). Nuestra filogenia recuperó 11 clados bien soportados y apoyó la monofilia de la mayoría de los géneros (excepto Malus, Sorbus y Pourthiaea) con al menos dos especies muestreadas. Una DGC se ubicó en el ancestro común más reciente (ACMR) de Maleae y se data en c. 54 millones de años atrás (Ma) cerca del Óptimo Climático del Eoceno Temprano, apoyando que Gillenieae (x = 9) sea una línea parental de Maleae (x = 17) e incluyendo genes reguladores duplicados relacionados con el origen de la fruta pomo carnosa. Los parálogos derivados de la duplicación del genoma completo que se retienen en linajes específicos pero se pierden en otros se predice que funcionen en el desarrollo, el metabolismo y otros procesos. Un aumento en la diversificación y las innovaciones de las morfologías de la fruta y la hoja ocurrió en el ACMR de la subtribu Malinae, coincidiendo con la transición Eoceno-Oligoceno (c. 34 Ma), siguiendo un retraso desde el momento del evento de DGC. Nuestros resultados proporcionan nuevas perspectivas sobre la filogenia de Maleae, su rápida diversificación y la evolución morfológica y molecular.

@article{doi101111nph19175,
    author = "Zhang, Lin y Morales‐Briones, Diego F. y Li, Yujie y Zhang, Guojin y Zhang, Taikui y Huang, Chien‐Hsun y Guo, Peng y Zhang, Kaiming y Wang, Yihan y Wang, Hongwei y Shang, Fude y Mā, Hong",
    title = "Perspectivas filogenómicas sobre la evolución génica, la rápida diversificación de especies y la innovación morfológica de la tribu de las manzanas (Maleae, Rosaceae)",
    year = "2023",
    journal = "New Phytologist",
    abstract = "Maleae es una de las tribus más extendidas de Rosaceae e incluye varios cultivos frutales importantes y plantas ornamentales. Utilizamos genes nucleares de 62 transcriptomas/genomas, incluidos 26 transcriptomas generados recientemente, para reconstruir una filogenia bien soportada y estudiar la evolución de la morfología de la fruta y la hoja y el posible efecto de la duplicación del genoma completo (DGC). Nuestra filogenia recuperó 11 clados bien soportados y apoyó la monofilia de la mayoría de los géneros (excepto Malus, Sorbus y Pourthiaea) con al menos dos especies muestreadas. Una DGC se ubicó en el ancestro común más reciente (ACMR) de Maleae y se data en c. 54 millones de años atrás (Ma) cerca del Óptimo Climático del Eoceno Temprano, apoyando que Gillenieae (x = 9) sea una línea parental de Maleae (x = 17) e incluyendo genes reguladores duplicados relacionados con el origen de la fruta pomo carnosa. Los parálogos derivados de la duplicación del genoma completo que se retienen en linajes específicos pero se pierden en otros se predice que funcionen en el desarrollo, el metabolismo y otros procesos. Un aumento en la diversificación y las innovaciones de las morfologías de la fruta y la hoja ocurrió en el ACMR de la subtribu Malinae, coincidiendo con la transición Eoceno-Oligoceno (c. 34 Ma), siguiendo un retraso desde el momento del evento de DGC. Nuestros resultados proporcionan nuevas perspectivas sobre la filogenia de Maleae, su rápida diversificación y la evolución morfológica y molecular.",
    url = "https://doi.org/10.1111/nph.19175",
    doi = "10.1111/nph.19175",
    openalex = "W4385564326",
    references = "doi101111jipb13246"
}

FONDO: El género Ferula abarca entre 180 y 185 especies y es uno de los géneros más grandes en la familia Apiaceae, con muchas especies de Ferula que poseen un valor médico importante. Los estudios anteriores proporcionaron más información sobre Ferula, pero sus relaciones infragenericas siguen siendo confusas. Además, su base genética de su evolución adaptativa sigue siendo poco comprendida. Los genomas plastídicos con más sitios variables tienen el potencial de reconstruir una filogenia robusta en plantas e investigar la evolución adaptativa de las plantas. Aunque se han reportado genomas de cloroplastos dentro del género Ferula, pocos estudios se han realizado utilizando genomas de cloroplastos, especialmente para especies endémicas en China. RESULTADOS: Los análisis comparativos integrales de 22 plastomas secuenciados y ensamblados recientemente indicaron que estos plastomas tenían una estructura de genoma altamente conservada, número de genes, uso de codones y tipo y distribución de repeticiones, pero variaban en el tamaño de los plastomas, contenido de GC y los límites SC/IR. Se detectaron trece regiones de puntos calientes de mutación y servirían como prometedores candidatos a códigos de barras de ADN para la identificación de especies en Ferula y géneros relacionados. Los análisis filogenómicos con altos apoyos y resoluciones mostraron que Talassia transiliensis y Soranthus meyeri estaban anidados en el género Ferula, y por lo tanto deberían transferirse al género Ferula. Nuestras filogenias también indicaron la monofilia de los subgéneros Sinoferula y Narthex en el género Ferula. Se identificaron doce genes con probabilidades posteriores significativas para sitios de codón en el análisis de selección positiva, y su función puede relacionarse con el fotosistema II, subunidad de ATP y deshidrogenasa de NADH. La mayoría de ellos podrían desempeñar un papel importante para ayudar a las especies de Ferula a adaptarse a hábitats de altas temperaturas, luz intensa y sequía. CONCLUSIÓN: Los datos del plastoma son poderosos y eficientes para mejorar el apoyo y la resolución de la compleja filogenia de Ferula. Doce genes con probabilidades posteriores significativas para sitios de codón fueron útiles para que Ferula se adaptara al entorno hostil. En general, nuestro estudio proporciona una nueva perspectiva para comprender la filogenia y la evolución de Ferula.

@article{doi101186s12870022040274,
    author = "Qin, Huan-Huan y Cai, Jing y Liu, Chang‐Kun y Zhou, Ren-Xiu y Price, Megan y Zhou, Song‐Dong y He, Xing‐Jin",
    title = "El genoma plastídico de veintidós especies de Ferula, Talassia y Soranthus: análisis comparativo, implicaciones filogenéticas y evolución adaptativa",
    year = "2023",
    journal = "BMC Plant Biology",
    abstract = "FONDO: El género Ferula abarca entre 180 y 185 especies y es uno de los géneros más grandes en la familia Apiaceae, con muchas especies de Ferula que poseen un valor médico importante. Los estudios anteriores proporcionaron más información sobre Ferula, pero sus relaciones infragenericas siguen siendo confusas. Además, su base genética de su evolución adaptativa sigue siendo poco comprendida. Los genomas plastídicos con más sitios variables tienen el potencial de reconstruir una filogenia robusta en plantas e investigar la evolución adaptativa de las plantas. Aunque se han reportado genomas de cloroplastos dentro del género Ferula, pocos estudios se han realizado utilizando genomas de cloroplastos, especialmente para especies endémicas en China. RESULTADOS: Los análisis comparativos integrales de 22 plastomas secuenciados y ensamblados recientemente indicaron que estos plastomas tenían una estructura de genoma altamente conservada, número de genes, uso de codones y tipo y distribución de repeticiones, pero variaban en el tamaño de los plastomas, contenido de GC y los límites SC/IR. Se detectaron trece regiones de puntos calientes de mutación y servirían como prometedores candidatos a códigos de barras de ADN para la identificación de especies en Ferula y géneros relacionados. Los análisis filogenómicos con altos apoyos y resoluciones mostraron que Talassia transiliensis y Soranthus meyeri estaban anidados en el género Ferula, y por lo tanto deberían transferirse al género Ferula. Nuestras filogenias también indicaron la monofilia de los subgéneros Sinoferula y Narthex en el género Ferula. Se identificaron doce genes con probabilidades posteriores significativas para sitios de codón en el análisis de selección positiva, y su función puede relacionarse con el fotosistema II, subunidad de ATP y deshidrogenasa de NADH. La mayoría de ellos podrían desempeñar un papel importante para ayudar a las especies de Ferula a adaptarse a hábitats de altas temperaturas, luz intensa y sequía. CONCLUSIÓN: Los datos del plastoma son poderosos y eficientes para mejorar el apoyo y la resolución de la compleja filogenia de Ferula. Doce genes con probabilidades posteriores significativas para sitios de codón fueron útiles para que Ferula se adaptara al entorno hostil. En general, nuestro estudio proporciona una nueva perspectiva para comprender la filogenia y la evolución de Ferula.",
    url = "https://doi.org/10.1186/s12870-022-04027-4",
    doi = "10.1186/s12870-022-04027-4",
    openalex = "W4313559928",
    references = "doi101016jympev2021107183"
}

FONDO: Pueraria es una materia prima comestible y medicinal, de gran valor para las industrias farmacéutica y alimentaria. No obstante, debido a la diversidad morfológica y a la compleja historia de domesticación, la clasificación de las plantas de Pueraria es ambigua. Dado que las variedades en el mercado están mezcladas, las especies son difíciles de distinguir y sus características morfológicas son similares a las propiedades físicas y químicas. Es difícil identificarlas con precisión mediante métodos tradicionales de identificación. Los genomas de cloroplasto (cp) se utilizan ampliamente en la identificación de especies y estudios filogenéticos para lograr una identificación precisa de plantas medicinales, y también pueden proporcionar más información de referencia para los estudios filogenéticos. Basándose en la muestreación interespecífica e intraspecífica, en este estudio se examinaron los genomas de cp de ocho especies o variedades de plantas de Pueraria. RESULTADOS: El estudio reveló que el tamaño del genoma de cp varió de 151.555 a 153.668 pares de bases (pb), con un contenido total de GC que osciló entre el 35,4 y el 37,0%. Además, se determinó que el genoma de cp contenía entre 128 y 135 genes. El análisis comparativo indicó que el mayor número de Repeticiones de Secuencia Simple (SSR) se identificó en P. montana y P. alopecuroides, con una preponderancia de estos SSR ricos en nucleótidos de Adenina (A) y Timina (T). La comparación completa y el análisis de ventana deslizante del genoma de cp establecieron que la región no codificante exhibió mayores diferencias de secuencia que la región codificante, y que la región de copia simple grande (LSC) demostró niveles más altos de polimorfismo de nucleótidos. Se detectaron catorce loci altamente variables, como rpoB, ycf1, rbcL, trnF-GAA-trnL, psbC-psbD y ycf4-cemA, como marcadores moleculares potenciales para la identificación de especies de Pueraria. Además, el árbol filogenético demostró que otras especies de Pueraria tenían la relación más distante con Haymondia wallichii y Toxicopueraria peduncularis, ofreciendo así nuevas perspectivas sobre la clasificación de especies de Pueraria. Los resultados del análisis del reloj molecular indican que el tiempo de divergencia de Pueraria puede ocurrir alrededor de ∼6,46 Ma. Se especula que el clima frío puede ser la causa de la diversidad de especies de Pueraria y promover la radiación del género. CONCLUSIÓN: Esta investigación proporciona respaldo teórico y sirve como punto de referencia para la identificación y clasificación taxonómica de las especies de Pueraria. Los hallazgos serán beneficiosos en futuros estudios sobre la conservación de recursos medicinales, las relaciones filogenéticas y la ingeniería genética de plantas de Pueraria.

@article{doi101186s12870024059059,
    author = "Hai, Yonglin and Huang, Xianjun and Sun, Hanzhu and Sun, Jing and Li, Jian and Zhang, Yunta and Qian, Yan and Wu, Jingjing and Yang, Yongcheng and Xia, Conglong",
    title = "Comparative analysis of the complete chloroplast genome of Pueraria provides insights for species identification, phylogenetic relationships, and taxonomy",
    year = "2024",
    journal = "BMC Plant Biology",
    abstract = "FONDO: Pueraria es una materia prima comestible y medicinal, de gran valor para las industrias farmacéutica y alimentaria. No obstante, debido a la diversidad morfológica y a la compleja historia de domesticación, la clasificación de las plantas de Pueraria es ambigua. Dado que las variedades en el mercado están mezcladas, las especies son difíciles de distinguir y sus características morfológicas son similares a las propiedades físicas y químicas. Es difícil identificarlas con precisión mediante métodos tradicionales de identificación. Los genomas de cloroplasto (cp) se utilizan ampliamente en la identificación de especies y estudios filogenéticos para lograr una identificación precisa de plantas medicinales, y también pueden proporcionar más información de referencia para los estudios filogenéticos. Basándose en la muestreación interespecífica e intraspecífica, en este estudio se examinaron los genomas de cp de ocho especies o variedades de plantas de Pueraria. RESULTADOS: El estudio reveló que el tamaño del genoma de cp varió de 151.555 a 153.668 pares de bases (pb), con un contenido total de GC que osciló entre el 35,4 y el 37,0%. Además, se determinó que el genoma de cp contenía entre 128 y 135 genes. El análisis comparativo indicó que el mayor número de Repeticiones de Secuencia Simple (SSR) se identificó en P. montana y P. alopecuroides, con una preponderancia de estos SSR ricos en nucleótidos de Adenina (A) y Timina (T). La comparación completa y el análisis de ventana deslizante del genoma de cp establecieron que la región no codificante exhibió mayores diferencias de secuencia que la región codificante, y que la región de copia simple grande (LSC) demostró niveles más altos de polimorfismo de nucleótidos. Se detectaron catorce loci altamente variables, como rpoB, ycf1, rbcL, trnF-GAA-trnL, psbC-psbD y ycf4-cemA, como marcadores moleculares potenciales para la identificación de especies de Pueraria. Además, el árbol filogenético demostró que otras especies de Pueraria tenían la relación más distante con Haymondia wallichii y Toxicopueraria peduncularis, ofreciendo así nuevas perspectivas sobre la clasificación de especies de Pueraria. Los resultados del análisis del reloj molecular indican que el tiempo de divergencia de Pueraria puede ocurrir alrededor de ∼6,46 Ma. Se especula que el clima frío puede ser la causa de la diversidad de especies de Pueraria y promover la radiación del género. CONCLUSIÓN: Esta investigación proporciona respaldo teórico y sirve como punto de referencia para la identificación y clasificación taxonómica de las especies de Pueraria. Los hallazgos serán beneficiosos en futuros estudios sobre la conservación de recursos medicinales, las relaciones filogenéticas y la ingeniería genética de plantas de Pueraria.",
    url = "https://doi.org/10.1186/s12870-024-05905-9",
    doi = "10.1186/s12870-024-05905-9",
    openalex = "W4405597070",
    references = "doi101038s4143801901711"
}

Los métodos comparativos filogenéticos comprenden el esfuerzo general de utilizar un árbol filogenético estimado (o un conjunto de árboles) para realizar inferencias secundarias: sobre la evolución de los rasgos, las dinámicas de diversificación, la biogeografía, la ecología de comunidades y una amplia gama de otros fenómenos o procesos. Durante los últimos diez años aproximadamente, el paquete R phytools ha crecido hasta convertirse en una herramienta de investigación importante para el análisis comparativo filogenético. phytools es una biblioteca R contribuida diversa que ahora consta de cientos de funciones diferentes que cubren una variedad de métodos y propósitos en la biología filogenética. En el momento de la escritura, phytools incluía funcionalidad para ajustar modelos de evolución de rasgos, para reconstruir estados ancestrales, para estudiar la diversificación en árboles y para visualizar filogenias, datos comparativos y modelos ajustados, así como numerosas otras tareas relacionadas con la biología filogenética. Aquí, describo algunas características significativas y actualizaciones recientes de phytools, mientras también ilustró varios flujos de trabajo populares del software computacional phytools.

@article{doi107717peerj16505,
    author = "Revell, Liam J.",
    title = "phytools 2.0: un ecosistema R actualizado para métodos comparativos filogenéticos (y otras cosas)",
    year = "2024",
    journal = "PeerJ",
    abstract = "Los métodos comparativos filogenéticos comprenden el esfuerzo general de utilizar un árbol filogenético estimado (o un conjunto de árboles) para realizar inferencias secundarias: sobre la evolución de los rasgos, las dinámicas de diversificación, la biogeografía, la ecología de comunidades y una amplia gama de otros fenómenos o procesos. Durante los últimos diez años aproximadamente, el paquete R phytools ha crecido hasta convertirse en una herramienta de investigación importante para el análisis comparativo filogenético. phytools es una biblioteca R contribuida diversa que ahora consta de cientos de funciones diferentes que cubren una variedad de métodos y propósitos en la biología filogenética. En el momento de la escritura, phytools incluía funcionalidad para ajustar modelos de evolución de rasgos, para reconstruir estados ancestrales, para estudiar la diversificación en árboles y para visualizar filogenias, datos comparativos y modelos ajustados, así como numerosas otras tareas relacionadas con la biología filogenética. Aquí, describo algunas características significativas y actualizaciones recientes de phytools, mientras también ilustró varios flujos de trabajo populares del software computacional phytools.",
    url = "https://doi.org/10.7717/peerj.16505",
    doi = "10.7717/peerj.16505",
    openalex = "W4390608966",
    references = "doi1010079780387217062, doi1010079781441903181, doi10103844766, doi101038nature10516, doi10108010635150802302427, doi101086284325, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101093bioinformaticsbty633, doi101093oso97801985464120010001, doi101093sysbiosyt034, doi101093sysbiosyw022, doi1011112041210x12420, doi101111j001438202003tb00285x, doi101111j15585646201001026x, doi101111j2041210x201100169x, doi10118614712105788, doi101371journalpone0089543, doi1023073802723"
}

Los interferones (IFNs) son reguladores centrales de la inmunidad antiviral innata, actuando a través de vías de señalización conservadas para inducir un diverso repertorio de genes estimulados por interferón (ISG). Los IFNs han sido identificados en todas las linajes de vertebrados con mandíbula, mientras que las estrategias antivirales relacionadas en invertebrados dependen de sistemas diferentes. Sin embargo, se han reportado vías antivirales integradas basadas en factores secretados análogos al IFN y que utilizan módulos de señalización homólogos en Artrópodos y Moluscos. Esta revisión examina el origen evolutivo, la regulación y la diversificación funcional de los ISG, con énfasis en la investigación de peces. Los análisis comparativos entre vertebrados han revelado un conjunto central conservado de ISG heredado del último ancestro común de peces y tetrápodos, junto con extensas expansiones específicas de linaje impulsadas por carreras armamentísticas huésped-patógeno. En peces teleósteos, los eventos de duplicación del genoma completo han moldeado aún más los repertorios de ISG a través de la retención diferencial de parálogos, pérdida y neofuncionalización/subfuncionalización. Más allá de la inducción clásica dependiente de IFN, un subconjunto de ISG puede activarse directamente por infección viral, reflejando quizás restos de respuestas antivirales autónomas celulares primitivas. La redundancia funcional entre los ISG sustenta la robustez del sistema de IFN. Finalmente, la revisión destaca cómo el reconocimiento de ARN propio versus no propio—ejemplificado por mecanismos de targeting de CpG mediados por ZAP—ha moldeado tanto los genomas virales como la evolución de la secuencia de ISG. El sistema de IFN como una red altamente integrada cuyo estudio comparativo entre vertebrados ofrece perspectivas críticas sobre la defensa antiviral y la coevolución huésped-virus.

@article{doi101016jbj2026100987,
    author = "Collet, Bertrand and Boudinot, Pierre",
    title = "Evolutionary Conservation, Expansion and Diversification of Interferon stimulated genes (ISG) in Vertebrates: insights from fish.",
    year = "2026",
    journal = "Biomedical journal",
    abstract = "Interferons (IFNs) are central regulators of innate antiviral immunity, acting through conserved signalling pathways to induce a diverse repertoire of interferon-stimulated genes (ISGs). IFNs have been identified across all lineages of jawed vertebrates, while related antiviral strategies in invertebrates rely on different systems. However, antiviral integrated pathways based on secreted factors analogous to IFN, and using homologous signalling modules, have been reported in Arthropods and Molluscs. This review examines the evolutionary origin, regulation, and functional diversification of ISGs, with an emphasis on fish research. Comparative analyses across vertebrates have revealed a conserved core set of ISGs inherited from the last common ancestor of fish and tetrapods, alongside extensive lineage-specific expansions driven by host-pathogen arms races. In teleost fish, whole-genome duplication events have further shaped ISG repertoires through differential paralog retention, loss, and neo/sub-functionalization. Beyond classical IFN-dependent induction, a subset of ISGs can be activated directly by viral infection, perhaps reflecting remnants of primordial cell-autonomous antiviral responses. Functional redundancy among ISGs underpins the robustness of the IFN system. Finally, the review highlights how recognition of self versus non-self RNA-exemplified by CpG-targeting mechanisms mediated by ZAP-has shaped both viral genomes and ISG sequence evolution. The IFN system as a highly integrated network whose comparative study across vertebrates offers critical insights into antiviral defence and host-virus co-evolution.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42055280/",
    doi = "10.1016/j.bj.2026.100987",
    openalex = "W7156106042",
    pmid = "42055280",
    references = "doi1010160022283687906899, doi101016jimmuni201903025, doi101038nature09907, doi101038nature11247, doi101038nature17164, doi101038nature19840, doi101038nri1604, doi101038nri2314, doi101146annurevbiochem671227, doi101146annurevimmunol032713120231"
}