Variedad

@misc{hanson1961animal2,
    author = "Hanson, E. D",
    title = "Diversidad Animal",
    year = "1961",
    howpublished = "Englewood Cliffs, Nueva Jersey, Prentice- Hall, 116 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Hanson, E. D., 1961, Diversidad Animal: Englewood Cliffs, Nueva Jersey, Prentice- Hall, 116 p.}"
}

@techreport{brown1964the1,
    author = "Brown, J. L",
    title = "La evolución de la diversidad en los sistemas territoriales de aves",
    year = "1964",
    howpublished = "Wilson Bulletin, v. 76, p. 160-169",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Brown, J. L., 1964, La evolución de la diversidad en los sistemas territoriales de aves: Wilson Bulletin, v. 76, p. 160-169.}"
}

@inproceedings{whittaker1969evolution6,
    author = "Whittaker, R. H",
    title = "Evolución de la diversidad en comunidades vegetales",
    year = "1969",
    booktitle = "Brookhaven Symposium on Biology, v. 22, p. 178-196",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Whittaker, R. H., 1969, Evolución de la diversidad en comunidades vegetales: Brookhaven Symposium on Biology, v. 22, p. 178-196.}"
}

Resumen Dado un gradiente de recursos (por ejemplo, intensidad de la luz, tamaño de la presa) en una comunidad, las especies evolucionan para utilizar diferentes partes de este gradiente; por lo tanto, se reduce la competencia entre ellas. Las relaciones entre especies en la comunidad pueden concebirse en términos de un sistema de coordenadas multidimensional, cuyos ejes son los diversos gradientes de recursos (y otros aspectos de las relaciones de las especies con el espacio, el tiempo y entre sí en la comunidad). Este sistema de coordenadas define un hipere espacio, y el rango del espacio que ocupa una especie dada es su hipervolumen de nicho, como una caracterización abstracta de su posición intra‐comunitaria, o nicho. Las especies evolucionan hacia la diferencia en el nicho, y consecuentemente hacia la diferencia en la ubicación de sus hipervolumenes en el hipere espacio de nicho. A través del tiempo evolutivo, especies adicionales pueden encajar en la comunidad en hipervolumenes de nicho diferentes a los de otras especies, y el hipere espacio de nicho puede volverse cada vez más complejo. Su complejidad se relaciona con la riqueza de especies de la comunidad, su diversidad alfa. Las especies difieren en las proporciones del hipere espacio de nicho que pueden ocupar y en la parte de los recursos de la comunidad que utilizan. La parte de los recursos utilizados se expresa en las productividades de las especies, y cuando las especies se clasifican por productividad relativa (o alguna otra medida) de más a menos importantes, se forman curvas de importancia‐valor o de dominancia‐diversidad. Tres tipos de curvas pueden representar las maneras en que los recursos se dividen entre especies: (a) pre‐ocupación del nicho con fuerte dominancia, expresada en una serie geométrica, (b) límites aleatorios entre nichos, expresados en la distribución de MacArthur, y (c) determinación de la importancia relativa por muchos factores, de modo que las especies forman una distribución de frecuencia sobre una base logarítmica de valores de importancia, una distribución lognormal. Las formas de las curvas de importancia‐valor no permiten inferencias fuertes sobre la división de recursos, pero son de interés por su expresión de las relaciones entre especies y su aporte a la medición de la diversidad.

@article{doi1023071218190,
    author = "Whittaker, R. H.",
    title = "EVOLUCIÓN Y MEDIDA DE LA DIVERSIDAD DE ESPECIES",
    year = "1972",
    journal = "Taxon",
    abstract = "Resumen Dado un gradiente de recursos (por ejemplo, intensidad de la luz, tamaño de la presa) en una comunidad, las especies evolucionan para utilizar diferentes partes de este gradiente; por lo tanto, se reduce la competencia entre ellas. Las relaciones entre especies en la comunidad pueden concebirse en términos de un sistema de coordenadas multidimensional, cuyos ejes son los diversos gradientes de recursos (y otros aspectos de las relaciones de las especies con el espacio, el tiempo y entre sí en la comunidad). Este sistema de coordenadas define un hipere espacio, y el rango del espacio que ocupa una especie dada es su hipervolumen de nicho, como una caracterización abstracta de su posición intra‐comunitaria, o nicho. Las especies evolucionan hacia la diferencia en el nicho, y consecuentemente hacia la diferencia en la ubicación de sus hipervolumenes en el hipere espacio de nicho. A través del tiempo evolutivo, especies adicionales pueden encajar en la comunidad en hipervolumenes de nicho diferentes a los de otras especies, y el hipere espacio de nicho puede volverse cada vez más complejo. Su complejidad se relaciona con la riqueza de especies de la comunidad, su diversidad alfa. Las especies difieren en las proporciones del hipere espacio de nicho que pueden ocupar y en la parte de los recursos de la comunidad que utilizan. La parte de los recursos utilizados se expresa en las productividades de las especies, y cuando las especies se clasifican por productividad relativa (o alguna otra medida) de más a menos importantes, se forman curvas de importancia‐valor o de dominancia‐diversidad. Tres tipos de curvas pueden representar las maneras en que los recursos se dividen entre especies: (a) pre‐ocupación del nicho con fuerte dominancia, expresada en una serie geométrica, (b) límites aleatorios entre nichos, expresados en la distribución de MacArthur, y (c) determinación de la importancia relativa por muchos factores, de modo que las especies forman una distribución de frecuencia sobre una base logarítmica de valores de importancia, una distribución lognormal. Las formas de las curvas de importancia‐valor no permiten inferencias fuertes sobre la división de recursos, pero son de interés por su expresión de las relaciones entre especies y su aporte a la medición de la diversidad.",
    url = "https://doi.org/10.2307/1218190",
    doi = "10.2307/1218190",
    openalex = "W2006690660",
    references = "doi1010160022519366900130, doi101038163688a0, doi101086282070, doi101086282106, doi101086282171, doi101086282286, doi101086282398, doi101086282400, doi101086282505, doi101086282687, doi101086282738, doi101111j1469185x1965tb00815x, doi101111j155856461960tb03057x, doi101111j155856461963tb03295x, doi101111j155856461964tb01674x, doi101111j155856461970tb01782x, doi101126science14235991575, doi101126science1473655250, doi101126science1643877262, doi1015159780691209418, doi1015159781400881376, doi1023071931976, doi1023071932254, doi1023071942268, doi1023071943577, doi1023072406825, doi1023072628, doi1023072989767, doi102307jctvx5wbbh, doi105962bhltitle4489, openalexw2418669733"
}

@article{raup1973stochastic4,
    author = "Raup, D. M. y Gould, S. J. y Schopf, T. J. M. y Simberloff, D. S",
    title = "Modelos estocásticos de filogenia y la evolución de la diversidad",
    year = "1973",
    journal = "Journal of Geology, v. 81, no. 5, p. 525-542",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Raup, D. M., Gould, S. J., Schopf, T. J. M., y Simberloff, D. S., 1973, Modelos estocásticos de filogenia y la evolución de la diversidad: Journal of Geology, v. 81, no. 5, p. 525-542.}"
}

@misc{sepkoski1981phanerozoic5,
    author = "Sepkoski, J. J. y Bambach, R. K. y Raup, D. M. y Valentine, J. W",
    title = "Diversidad marina fanerozoica y el registro fósil",
    year = "1981",
    howpublished = "Nature, v. 293, p. 435",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Sepkoski, J. J., Bambach, R. K., Raup, D. M., y Valentine, J. W., 1981, Diversidad marina fanerozoica y el registro fósil: Nature, v. 293, p. 435.}"
}

@book{mayr1982the3,
    author = "Mayr, E",
    title = "El crecimiento del pensamiento biológico; diversidad, evolución y herencia",
    year = "1982",
    publisher = "Cambridge, Mass., Belknap Press de Harvard University Press, 974 p",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Mayr, E., 1982, El crecimiento del pensamiento biológico; diversidad, evolución y herencia: Cambridge, Mass., Belknap Press de Harvard University Press, 974 p.}"
}

1 Introducción: Cómo escribir la historia de la biología Subjetividad y sesgo ¿Por qué estudiar la historia de la biología? 2 El lugar de la biología en las ciencias y su estructura conceptual La naturaleza de la ciencia Método en la ciencia La posición de la biología dentro de las ciencias ¿Cómo y por qué es diferente la biología? Características especiales de los organismos vivos Reducción y biología Emergencia La estructura conceptual de la biología Una nueva filosofía de la biología 3 El cambiante entorno intelectual de la biología Antigüedad La visión cristiana del mundo El Renacimiento El descubrimiento de la diversidad La biología en la Ilustración El surgimiento de la ciencia desde el siglo XVII hasta el XIX Desarrollo divisivo en el siglo XIX La biología en el siglo XX Períodos principales en la historia de la biología Biología y filosofía La biología hoy PARTE I DIVERSIDAD DE LA VIDA 4 Macrotaxonomía, la ciencia de clasificar Aristóteles La clasificación de las plantas por los antiguos y los herbalistas Clasificación descendente por división lógica Zoólogos prelinneanos Carl Linneo Buffon Un nuevo comienzo en la clasificación animal Caracteres taxonómicos Clasificación ascendente por agrupamiento empírico Período de transición (1758-1859) Clasificaciones jerárquicas 5 Agrupamiento según ascendencia común El declive de la investigación macrotaxonómica Fenética numérica Cladística Metodología tradicional o evolutiva Nuevos caracteres taxonómicos Facilitación de la recuperación de información El estudio de la diversidad 6 Microtaxonomía, la ciencia de las especies Primeros conceptos de especie El concepto esencialista de especie El concepto nominalista de especie El concepto de especie de Darwin El surgimiento del concepto de especie biológica Aplicación del concepto de especie biológica a taxones de especies multidimensionales La importancia de las especies en la biología PARTE II EVOLUCIÓN 7 Orígenes sin evolución El advenimiento del evolucionismo La Ilustración francesa 8 Evolución antes de Darwin Lamarck Cuvier Inglaterra Lyell y el uniformitarismo Alemania 9 Charles Darwin Darwin y la evolución Alfred Russel Wallace La publicación del Origen 10 La evidencia de Darwin para la evolución y la descendencia común Descendencia común y el sistema natural Descendencia común y distribución geográfica Morfología como evidencia para la evolución y la descendencia común Embriología como evidencia para la evolución y la descendencia común 11 La causa de la evolución: selección natural Los componentes principales de la teoría de la selección natural El origen del concepto de selección natural El impacto de la revolución darwiniana La resistencia a la selección natural Teorías evolutivas alternativas 12 Diversidad y síntesis del pensamiento evolutivo La creciente división entre los evolucionistas Avances en genética evolutiva Avances en sistemática evolutiva La síntesis evolutiva 13 Desarrollo post-sintético Biología molecular Selección natural Problemas no resueltos en la selección natural Modos de especiación Macroevolución La evolución del hombre La evolución en el pensamiento moderno PARTE III VARIACIÓN Y SU HERENCIA 14 Teorías tempranas y experimentos de cría Teorías de herencia entre los antiguos Precursores de Mendel 15 Células germinales, vehículos de la herencia La teoría celular de Schwann-Schleiden El significado del sexo y la fecundación Cromosomas y su papel 16 La naturaleza de la herencia Darwin y la variación August Weismann Hugo de Vries Gregor Mendel 17 El florecimiento de la genética mendeliana Los redescubridores de Mendel El período clásico de la genética mendeliana El origen de la nueva variación (mutación) El surgimiento de la genética moderna La teoría cromosómica de Sutton-Boveri Determinación del sexo Morgan y el laboratorio de moscas Meiosis Morgan y la teoría cromosómica 18 Teorías del gen Teorías competidoras de herencia La explicación mendeliana de la variación continua 19 La base química de la herencia El descubrimiento de la doble hélice La genética en el pensamiento moderno 20 Epílogo: Hacia una ciencia de la ciencia Científicos y el entorno científico La maduración de teorías y conceptos Obstáculos para la maduración de teorías y conceptos Las ciencias y el entorno externo Progreso en la ciencia Notas Referencias Glosario Índice

@book{openalexw1550375751,
    author = "Mayr, Ernst",
    title = "El crecimiento del pensamiento biológico: diversidad, evolución y herencia",
    year = "1982",
    abstract = "1 Introducción: Cómo escribir la historia de la biología Subjetividad y sesgo ¿Por qué estudiar la historia de la biología? 2 El lugar de la biología en las ciencias y su estructura conceptual La naturaleza de la ciencia Método en la ciencia La posición de la biología dentro de las ciencias ¿Cómo y por qué es diferente la biología? Características especiales de los organismos vivos Reducción y biología Emergencia La estructura conceptual de la biología Una nueva filosofía de la biología 3 El cambiante entorno intelectual de la biología Antigüedad La visión cristiana del mundo El Renacimiento El descubrimiento de la diversidad La biología en la Ilustración El surgimiento de la ciencia del siglo XVII al XIX Desarrollos divisivos en el siglo XIX La biología en el siglo XX Períodos principales en la historia de la biología Biología y filosofía La biología hoy PARTE I DIVERSIDAD DE LA VIDA 4 Macrotaxonomía, la ciencia de la clasificación Aristóteles La clasificación de las plantas por los antiguos y los herbolaristas Clasificación descendente por división lógica Zoólogos prelinneanos Carl Linneo Buffon Un nuevo comienzo en la clasificación animal Caracteres taxonómicos Clasificación ascendente por agrupamiento empírico Período de transición (1758-1859) Clasificaciones jerárquicas 5 Agrupamiento según ascendencia común El declive de la investigación macrotaxonómica Fenética numérica Cladística Metodología tradicional o evolutiva Nuevos caracteres taxonómicos Facilitación de la recuperación de información El estudio de la diversidad 6 Microtaxonomía, la ciencia de las especies Primeras concepciones de especie La concepción esencialista de especie La concepción nominalista de especie La concepción de especie de Darwin El surgimiento de la concepción de especie biológica Aplicación de la concepción de especie biológica a taxones de especies multidimensionales La importancia de las especies en la biología PARTE II EVOLUCIÓN 7 Orígenes sin evolución El advenimiento del evolucionismo La Ilustración francesa 8 Evolución antes de Darwin Lamarck Cuvier Inglaterra Lyell y el uniformitarismo Alemania 9 Charles Darwin Darwin y la evolución Alfred Russel Wallace La publicación del Origen 10 La evidencia de Darwin para la evolución y la descendencia común Descendencia común y el sistema natural Descendencia común y distribución geográfica Morfología como evidencia para la evolución y la descendencia común Embriología como evidencia para la evolución y la descendencia común 11 La causa de la evolución: selección natural Los componentes principales de la teoría de la selección natural El origen del concepto de selección natural El impacto de la revolución darwiniana La resistencia a la selección natural Teorías evolutivas alternativas 12 Diversidad y síntesis del pensamiento evolutivo La creciente división entre los evolucionistas Avances en genética evolutiva Avances en sistemática evolutiva La síntesis evolutiva 13 Desarrollo post-sintético Biología molecular Selección natural Problemas no resueltos en la selección natural Modos de especiación Macroevolución La evolución del hombre La evolución en el pensamiento moderno PARTE III VARIACIÓN Y SU HERENCIA 14 Teorías tempranas y experimentos de cría Teorías de herencia entre los antiguos Precursores de Mendel 15 Células germinales, vehículos de la herencia La teoría celular de Schwann-Schleiden El significado del sexo y la fertilización Cromosomas y su función 16 La naturaleza de la herencia Darwin y la variación August Weismann Hugo de Vries Gregor Mendel 17 El florecimiento de la genética mendeliana Los redescubridores de Mendel El período clásico de la genética mendeliana El origen de la nueva variación (mutación) El surgimiento de la genética moderna La teoría cromosómica de Sutton-Boveri Determinación del sexo Morgan y el laboratorio de moscas Meiosis Morgan y la teoría cromosómica 18 Teorías del gen Teorías competidoras de herencia La explicación mendeliana de la variación continua 19 La base química de la herencia El descubrimiento de la doble hélice Genética en el pensamiento moderno 20 Epílogo: Hacia una ciencia de la ciencia Científicos y el entorno científico La maduración de teorías y conceptos Obstáculos para la maduración de teorías y conceptos Las ciencias y el entorno externo Progreso en la ciencia Notas Referencias Glosario Índice",
    url = "https://openalex.org/W1550375751",
    openalex = "W1550375751"
}

@article{doi101093auk1002507,
    author = "Farner, Donald S.",
    title = "El crecimiento del pensamiento biológico. Diversidad, evolución y herencia",
    year = "1983",
    journal = "The Auk",
    url = "https://doi.org/10.1093/auk/100.2.507",
    doi = "10.1093/auk/100.2.507",
    openalex = "W2978851794"
}

Prólogo 1. El camino por delante 2. Patrones en el espacio 3. Patrones temporales 4. Patrones adimensionales 5. Especiación 6. Extinción 7. Evolución de la relación entre la diversidad de hábitat y la diversidad de especies 8. Curvas de especies-área en tiempo ecológico 9. Curvas de especies-área en tiempo evolutivo 10. Patrones paleobiológicos 11. Otros patrones con raíces dinámicas 12. Flujo de energía y diversidad 13. Un rompecabezas dinámico jerárquico Referencias Índice.

@article{doi105860choice332720,
    author = "Rosenzweig, Michael L.",
    title = "Diversidad de especies en el espacio y el tiempo",
    year = "1996",
    journal = "Choice Reviews Online",
    abstract = "Prólogo 1. El camino por delante 2. Patrones en el espacio 3. Patrones temporales 4. Patrones adimensionales 5. Especiación 6. Extinción 7. Evolución de la relación entre la diversidad de hábitat y la diversidad de especies 8. Curvas de especies-área en tiempo ecológico 9. Curvas de especies-área en tiempo evolutivo 10. Patrones paleobiológicos 11. Otros patrones con raíces dinámicas 12. Flujo de energía y diversidad 13. Un rompecabezas dinámico jerárquico Referencias Índice.",
    url = "https://doi.org/10.5860/choice.33-2720",
    doi = "10.5860/choice.33-2720",
    openalex = "W2018204894"
}

Más de tres décadas de estudios filogenéticos moleculares, los investigadores han compilado un mapa cada vez más robusto de la diversificación evolutiva que muestra que la diversidad principal de la vida es microbiana, distribuida entre tres grupos principales de parentesco o dominios: Archaea, Bacteria y Eucarya. Las propiedades generales de los representantes de los tres dominios indican que la vida más temprana se basaba en la nutrición inorgánica y que la fotosíntesis y el uso de compuestos orgánicos para el metabolismo del carbono y la energía surgieron relativamente más tarde. La aplicación de métodos filogenéticos moleculares para estudiar ecosistemas microbianos naturales sin el requisito tradicional de cultivo ha resultado en el descubrimiento de muchas líneas evolutivas inesperadas; los miembros de algunas de estas líneas están solo remotamente relacionados con organismos conocidos pero son lo suficientemente abundantes como para tener un impacto en la química de la biosfera.

@article{doi101126science2765313734,
    author = "Pace, Norman R.",
    title = "A Molecular View of Microbial Diversity and the Biosphere",
    year = "1997",
    journal = "Science",
    abstract = "Over three decades of molecular-phylogenetic studies, researchers have compiled an increasingly robust map of evolutionary diversification showing that the main diversity of life is microbial, distributed among three primary relatedness groups or domains: Archaea, Bacteria, and Eucarya. The general properties of representatives of the three domains indicate that the earliest life was based on inorganic nutrition and that photosynthesis and use of organic compounds for carbon and energy metabolism came comparatively later. The application of molecular-phylogenetic methods to study natural microbial ecosystems without the traditional requirement for cultivation has resulted in the discovery of many unexpected evolutionary lineages; members of some of these lineages are only distantly related to known organisms but are sufficiently abundant that they are likely to have impact on the chemistry of the biosphere.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.276.5313.734",
    doi = "10.1126/science.276.5313.734",
    openalex = "W2068687524",
    references = "doi101073pnas74115088, doi101073pnas87124576, doi101073pnas89125685, doi101126science202030, doi101128mr5122212711987"
}

La evolución de los microbios marinos a lo largo de miles de millones de años predice que la composición de las comunidades microbianas debería ser mucho mayor que las estimaciones publicadas de unos pocos miles de tipos distintos de microbios por litro de agua de mar. Al adoptar una estrategia de secuenciación de etiquetas masivamente paralela, demostramos que las comunidades bacterianas de las masas de agua profunda del Atlántico Norte y las fuentes hidrotermales de flujo difuso son de uno a dos órdenes de magnitud más complejas que las previamente reportadas para cualquier ambiente microbiano. Un número relativamente pequeño de poblaciones distintas domina todas las muestras, pero miles de poblaciones de baja abundancia representan la mayor parte de la diversidad filogenética observada. Esta "biosfera rara" es muy antigua y puede representar una fuente casi inagotable de innovación genómica. Los miembros de la biosfera rara son altamente divergentes entre sí y, en diferentes momentos de la historia de la Tierra, pudieron tener un impacto profundo en la configuración de los procesos planetarios.

@article{doi101073pnas0605127103,
    author = "Sogin, Mitchell L. y Morrison, Hilary G. y Huber, Julie A. y Welch, David B. Mark y Huse, Susan M. y Neal, Phillip R. y Arrieta, Jesús M. y Herndl, Gerhard J.",
    title = "Diversidad microbiana en el océano profundo y la subexplorada "biosfera rara"",
    year = "2006",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = {La evolución de los microbios marinos a lo largo de miles de millones de años predice que la composición de las comunidades microbianas debería ser mucho mayor que las estimaciones publicadas de unos pocos miles de tipos distintos de microbios por litro de agua de mar. Al adoptar una estrategia de secuenciación de etiquetas masivamente paralela, demostramos que las comunidades bacterianas de las masas de agua profunda del Atlántico Norte y las fuentes hidrotermales de flujo difuso son de uno a dos órdenes de magnitud más complejas que las previamente reportadas para cualquier ambiente microbiano. Un número relativamente pequeño de poblaciones distintas domina todas las muestras, pero miles de poblaciones de baja abundancia representan la mayor parte de la diversidad filogenética observada. Esta "biosfera rara" es muy antigua y puede representar una fuente casi inagotable de innovación genómica. Los miembros de la biosfera rara son altamente divergentes entre sí y, en diferentes momentos de la historia de la Tierra, pudieron tener un impacto profundo en la configuración de los procesos planetarios.},
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0605127103",
    doi = "10.1073/pnas.0605127103",
    openalex = "W2087671769",
    references = "doi101016s0168952500020242, doi101038nature03959, doi101073pnas89125685, doi101093nar25173389, doi101093nargkh073, doi101093nargkh293, doi101093nargkm864, doi101098rspb20022218, doi101128aem7112822882352005, doi101186147121055113, doi104319lo19802550943"
}

Un gradiente latitudinal en la biodiversidad ha existido desde antes de la época de los dinosaurios, sin embargo, cómo y por qué surgió este gradiente sigue sin resolverse. Aquí revisamos dos hipótesis principales sobre el origen del gradiente de diversidad latitudinal. La hipótesis del tiempo y el área sostiene que los climas tropicales son más antiguos y históricamente más grandes, lo que permite más oportunidades para la diversificación. Esta hipótesis es apoyada por observaciones de que los taxones templados a menudo son más jóvenes que, y están anidados dentro de, los taxones tropicales, y que la diversidad está positivamente correlacionada con la edad y el área de las regiones geográficas. La hipótesis de la tasa de diversificación sostiene que las regiones tropicales se diversifican más rápido debido a tasas más altas de especiación (causadas por oportunidades aumentadas para la evolución del aislamiento reproductivo, o una evolución molecular más rápida, o la mayor importancia de las interacciones bióticas), o debido a tasas de extinción más bajas. Hay evidencia filogenética de tasas más altas de diversificación en clados tropicales, y datos paleontológicos demuestran tasas más altas de origen para taxones tropicales, pero evidencia mixta sobre diferencias latitudinales en las tasas de extinción. Los estudios sobre la variación latitudinal en la especiación incipiente también sugieren una especiación más rápida en los trópicos. Distinguir los roles de la historia, la especiación y la extinción en el origen del gradiente latitudinal representa un desafío mayor para la investigación futura.

@article{doi101111j14610248200701020x,
    author = "Mittelbach, Gary G. y Schemske, Douglas W. y Cornell, Howard V. y Allen, Andrew P. y Brown, J. Mark y Bush, Mark B. y Harrison, Susan y Hurlbert, Allen H. y Knowlton, Nancy y Lessios, H. A. y McCain, Christy M. y McCune, Amy R. y McDade, Lucinda A. y McPeek, Mark A. y Near, Thomas J. y Price, Trevor D. y Ricklefs, Robert E. y Roy, Kaustuv y Sax, Dov F. y Schluter, Dolph y Sobel, James M. y Turelli, Michael",
    title = "Evolución y el gradiente de diversidad latitudinal: especiación, extinción y biogeografía",
    year = "2007",
    journal = "Ecology Letters",
    abstract = "Un gradiente latitudinal en la biodiversidad ha existido desde antes de la época de los dinosaurios, sin embargo, cómo y por qué surgió este gradiente sigue sin resolverse. Aquí revisamos dos hipótesis principales sobre el origen del gradiente de diversidad latitudinal. La hipótesis del tiempo y el área sostiene que los climas tropicales son más antiguos y históricamente más grandes, lo que permite más oportunidades para la diversificación. Esta hipótesis es apoyada por observaciones de que los taxones templados a menudo son más jóvenes que, y están anidados dentro de, los taxones tropicales, y que la diversidad está positivamente correlacionada con la edad y el área de las regiones geográficas. La hipótesis de la tasa de diversificación sostiene que las regiones tropicales se diversifican más rápido debido a tasas más altas de especiación (causadas por oportunidades aumentadas para la evolución del aislamiento reproductivo, o una evolución molecular más rápida, o la mayor importancia de las interacciones bióticas), o debido a tasas de extinción más bajas. Hay evidencia filogenética de tasas más altas de diversificación en clados tropicales, y datos paleontológicos demuestran tasas más altas de origen para taxones tropicales, pero evidencia mixta sobre diferencias latitudinales en las tasas de extinción. Los estudios sobre la variación latitudinal en la especiación incipiente también sugieren una especiación más rápida en los trópicos. Distinguir los roles de la historia, la especiación y la extinción en el origen del gradiente latitudinal representa un desafío mayor para la investigación futura.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1461-0248.2007.01020.x",
    doi = "10.1111/j.1461-0248.2007.01020.x",
    openalex = "W2142834673",
    references = "doi101038217624a0, doi101086381004, doi101093aibsbulletin2214b, doi101093oso97801985052350010001, doi101098rstb20031393, doi101111j001438202006tb01143x, doi101111j155856461960tb03057x, doi101111j20060906759004272x, doi101126science1059412, doi101126science1130880, doi101126science2354785167, doi101146annurevecolsys34012103144032, doi101722611310, doi1023071435536, doi1023072485224, doi105860choice332720, doi105860choice435875, doi105962bhltitle46292, doi105962bhltitle59991, openalexw1840956397, openalexw2145250129, openalexw2989964553"
}

La evaluación de la diversidad y distribución microbianas es una preocupación principal en la microbiología ambiental. Existen dos enfoques generales para medir la diversidad de la comunidad: medidas cuantitativas, que utilizan la abundancia de cada taxón, y medidas cualitativas, que utilizan solo la presencia/ausencia de datos. Las medidas cuantitativas son ideales para revelar diferencias en la comunidad debidas a cambios en la abundancia relativa de los taxones (por ejemplo, cuando un conjunto particular de taxones prospera porque una fuente de nutrientes limitante se vuelve abundante). Las medidas cualitativas son más informativas cuando las comunidades difieren principalmente por lo que puede vivir en ellas (por ejemplo, a altas temperaturas), en parte porque la información de abundancia puede oscurecer patrones significativos de variación en qué taxones están presentes. Ilustramos estos principios utilizando dos encuestas basadas en 16S rRNA de poblaciones microbianas y dos medidas filogenéticas de la diversidad beta de la comunidad: UniFrac no ponderado, una medida cualitativa, y UniFrac ponderado, una nueva medida cuantitativa, que hemos añadido al sitio web de UniFrac (http://bmf.colorado.edu/unifrac). Estos estudios consideraron las influencias relativas de la química mineral, la temperatura y la geografía sobre la composición de la comunidad microbiana en fuentes termales ácidas en el Parque Nacional Yellowstone y las influencias de la obesidad y la parentela sobre la composición de la comunidad microbiana en el intestino del ratón. Mostramos que aplicar medidas cualitativas y cuantitativas al mismo conjunto de datos puede conducir a conclusiones dramáticamente diferentes sobre los principales factores que estructuran la diversidad microbiana y puede proporcionar conocimientos sobre la naturaleza de las diferencias en la comunidad. También demostramos que tanto las medidas UniFrac ponderadas como no ponderadas son robustas a los métodos utilizados para construir la filogenia subyacente.

@article{doi101128aem0199606,
    author = "Lozupone, Catherine y Hamady, Micah y Kelley, Scott T. y Knight, Rob",
    title = "Medidas cuantitativas y cualitativas de la diversidad β conducen a diferentes conocimientos sobre los factores que estructuran las comunidades microbianas",
    year = "2007",
    journal = "Applied and Environmental Microbiology",
    abstract = "La evaluación de la diversidad y distribución microbianas es una preocupación principal en la microbiología ambiental. Existen dos enfoques generales para medir la diversidad de la comunidad: medidas cuantitativas, que utilizan la abundancia de cada taxón, y medidas cualitativas, que utilizan solo la presencia/ausencia de datos. Las medidas cuantitativas son ideales para revelar diferencias en la comunidad debidas a cambios en la abundancia relativa de los taxones (por ejemplo, cuando un conjunto particular de taxones prospera porque una fuente de nutrientes limitante se vuelve abundante). Las medidas cualitativas son más informativas cuando las comunidades difieren principalmente por lo que puede vivir en ellas (por ejemplo, a altas temperaturas), en parte porque la información de abundancia puede oscurecer patrones significativos de variación en qué taxones están presentes. Ilustramos estos principios utilizando dos encuestas basadas en 16S rRNA de poblaciones microbianas y dos medidas filogenéticas de la diversidad beta de la comunidad: UniFrac no ponderado, una medida cualitativa, y UniFrac ponderado, una nueva medida cuantitativa, que hemos añadido al sitio web de UniFrac (http://bmf.colorado.edu/unifrac). Estos estudios consideraron las influencias relativas de la química mineral, la temperatura y la geografía sobre la composición de la comunidad microbiana en fuentes termales ácidas en el Parque Nacional Yellowstone y las influencias de la obesidad y la parentela sobre la composición de la comunidad microbiana en el intestino del ratón. Mostramos que aplicar medidas cualitativas y cuantitativas al mismo conjunto de datos puede conducir a conclusiones dramáticamente diferentes sobre los principales factores que estructuran la diversidad microbiana y puede proporcionar conocimientos sobre la naturaleza de las diferencias en la comunidad. También demostramos que tanto las medidas UniFrac ponderadas como no ponderadas son robustas a los métodos utilizados para construir la filogenia subyacente.",
    url = "https://doi.org/10.1128/aem.01996-06",
    doi = "10.1128/aem.01996-06",
    openalex = "W2145664556",
    references = "doi101038260204c0, doi101086321317, doi101093bioinformaticsbtg180, doi101146annurevecolsys33010802150448, doi1023071218190, doi105860choice421547, openalexw2032279931"
}

A pesar de su limitada diversidad metabólica, los arqueos metanogénicos o metanógenos poseen una gran diversidad filogenética y ecológica. Solo se conocen tres tipos de vías metanogénicas: reducción de CO(2), reducción de grupos metilo y la reacción acetoclástica. Los metanógenos cultivados se agrupan en cinco órdenes basándose en su filogenia y propiedades fenotípicas. Además, los metanógenos no cultivados que podrían representar nuevos órdenes están presentes en muchos entornos. La ecología de los metanógenos destaca sus complejas interacciones con otros anaerobios y los factores físicos y químicos que controlan su función.

@article{doi101196annals1419019,
    author = "Liu, Yuchen y Whitman, William B.",
    title = "Diversidad metabólica, filogenética y ecológica de los arqueos metanogénicos",
    year = "2008",
    journal = "Annals of the New York Academy of Sciences",
    abstract = "A pesar de su limitada diversidad metabólica, los arqueos metanogénicos o metanógenos poseen una gran diversidad filogenética y ecológica. Solo se conocen tres tipos de vías metanogénicas: reducción de CO(2), reducción de grupos metilo y la reacción acetoclástica. Los metanógenos cultivados se agrupan en cinco órdenes basándose en su filogenia y propiedades fenotípicas. Además, los metanógenos no cultivados que podrían representar nuevos órdenes están presentes en muchos entornos. La ecología de los metanógenos destaca sus complejas interacciones con otros anaerobios y los factores físicos y químicos que controlan su función.",
    url = "https://doi.org/10.1196/annals.1419.019",
    doi = "10.1196/annals.1419.019",
    openalex = "W2014254156",
    references = "doi101016s0009254199000923, doi1073260003481911154487"
}

La importancia relativa de los procesos ecológicos locales y de procesos históricos a gran escala en la causa de las diferencias en la riqueza de especies a nivel global sigue siendo objeto de intenso debate. Para obtener información sobre estas preguntas, investigamos el ensamblaje de la diversidad vegetal en el Cerrado en Sudamérica, la sabana tropical más rica en especies del mundo. Las filogenias calibradas en el tiempo sugieren que las linajes del Cerrado comenzaron a diversificarse hace menos de 10 millones de años, con la mayoría de los linajes diversificándose hace 4 millones de años o menos, coincidiendo con el ascenso a la dominancia de las gramíneas C4 inflamables y la expansión del bioma de sabana en todo el mundo. Estas filogenias vegetales muestran que los linajes del Cerrado están fuertemente asociados con adaptaciones al fuego y tienen grupos hermanos en bosques húmedos cercanos mayormente libres de fuego, bosques estacionalmente secos, praderas subtropicales o vegetación de humedales. Estos hallazgos implican que el Cerrado se formó in situ mediante cambios adaptativos recientes y frecuentes para resistir el fuego, en lugar de mediante la dispersión de linajes ya adaptados al fuego. La ubicación del Cerrado rodeada por una diversa gama de biomas ricos en especies, y la barrera adaptativa aparentemente modesta planteada por el fuego, probablemente hayan contribuido a su notable riqueza de especies. Estos hallazgos suman a la creciente evidencia de que los orígenes y el ensamblaje histórico de biomas ricos en especies han sido idiosincrásicos, impulsados en gran parte por características únicas de la geohistoria a escala regional y continental, y que diferentes procesos históricos pueden conducir a niveles similares de riqueza de especies moderna.

@article{doi101073pnas0903410106,
    author = "Simon, Marcelo Fragomeni and Grether, Rosaura and de Queiroz, Luciano Paganucci and Skema, Cynthia and Pennington, R. Toby and Hughes, Colin E.",
    title = "Recent assembly of the Cerrado, a neotropical plant diversity hotspot, by in situ evolution of adaptations to fire",
    year = "2009",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "La importancia relativa de los procesos ecológicos locales y de procesos históricos a gran escala en la causa de las diferencias en la riqueza de especies a nivel global sigue siendo objeto de intenso debate. Para obtener información sobre estas preguntas, investigamos el ensamblaje de la diversidad vegetal en el Cerrado en Sudamérica, la sabana tropical más rica en especies del mundo. Las filogenias calibradas en el tiempo sugieren que los linajes del Cerrado comenzaron a diversificarse hace menos de 10 millones de años, con la mayoría de los linajes diversificándose hace 4 millones de años o menos, coincidiendo con el ascenso a la dominancia de las gramíneas C4 inflamables y la expansión del bioma de sabana en todo el mundo. Estas filogenias vegetales muestran que los linajes del Cerrado están fuertemente asociados con adaptaciones al fuego y tienen grupos hermanos en bosques húmedos cercanos mayormente libres de fuego, bosques estacionalmente secos, praderas subtropicales o vegetación de humedales. Estos hallazgos implican que el Cerrado se formó in situ mediante cambios adaptativos recientes y frecuentes para resistir el fuego, en lugar de mediante la dispersión de linajes ya adaptados al fuego. La ubicación del Cerrado rodeada por una diversa gama de biomas ricos en especies, y la barrera adaptativa aparentemente modesta planteada por el fuego, probablemente hayan contribuido a su notable riqueza de especies. Estos hallazgos suman a la creciente evidencia de que los orígenes y el ensamblaje histórico de biomas ricos en especies han sido idiosincrásicos, impulsados en gran parte por características únicas de la geohistoria a escala regional y continental, y que diferentes procesos históricos pueden conducir a niveles similares de riqueza de especies moderna.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0903410106",
    doi = "10.1073/pnas.0903410106",
    openalex = "W2151396518",
    references = "doi101073pnas0608361104, doi101146annurevecolsys110308120327, openalexw2611511275"
}

Esta revisión sugiere que la ecología y la distribución global fragmentada del bosque tropical estacionalmente seco (SDTF) han estructurado distintivamente la historia evolutiva y la biogeografía de grupos de plantas leñosas que están confinados a él. Los SDTF tienen pocas especies de plantas leñosas de amplia distribución, lo que causa una alta β-diversidad entre áreas separadas de bosques. Estas áreas separadas contienen clados monofiléticos de especies de plantas endémicas que a menudo tienen variación genética intraspecífica estructurada geográficamente. Estos patrones de diversidad, endemismo y filogenia indican un sistema de SDTF estable y limitado por la dispersión. Las especies de SDTF tienden a pertenecer a clados más grandes confinados a esta vegetación, ejemplificando el conservadurismo del nicho filogenético, y argumentamos que esto es evidencia de que el SDTF es una metacomunidad (bioma) para clados de plantas leñosas. El hecho de que los patrones filogenéticos, de genética de poblaciones, biogeográficos y ecológicos de comunidades difieran en plantas leñosas de los bosques tropicales de lluvia y sabanas sugiere una hipótesis de que los contextos ecológicos amplios influyen fuertemente en la diversificación de plantas en los trópicos.

@article{doi101146annurevecolsys110308120327,
    author = "Pennington, R. Toby y Lavin, Matt y de Oliveira‐Filho, Ary Teixeira",
    title = "Diversidad, Evolución y Ecología de Plantas Leñosas en los Trópicos: Perspectivas desde Bosques Tropicales Estacionalmente Secos",
    year = "2009",
    journal = "Annual Review of Ecology Evolution and Systematics",
    abstract = "Esta revisión sugiere que la ecología y la distribución global fragmentada del bosque tropical estacionalmente seco (SDTF) han estructurado distintivamente la historia evolutiva y la biogeografía de grupos de plantas leñosas que están confinados a él. Los SDTF tienen pocas especies de plantas leñosas de amplia distribución, lo que causa una alta β-diversidad entre áreas separadas de bosques. Estas áreas separadas contienen clados monofiléticos de especies de plantas endémicas que a menudo tienen variación genética intraspecífica estructurada geográficamente. Estos patrones de diversidad, endemismo y filogenia indican un sistema de SDTF estable y limitado por la dispersión. Las especies de SDTF tienden a pertenecer a clados más grandes confinados a esta vegetación, ejemplificando el conservadurismo del nicho filogenético, y argumentamos que esto es evidencia de que el SDTF es una metacomunidad (bioma) para clados de plantas leñosas. El hecho de que los patrones filogenéticos, de genética de poblaciones, biogeográficos y ecológicos de comunidades difieran en plantas leñosas de los bosques tropicales de lluvia y sabanas sugiere una hipótesis de que los contextos ecológicos amplios influyen fuertemente en la diversificación de plantas en los trópicos.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.110308.120327",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.110308.120327",
    openalex = "W2108333212",
    references = "doi101007978146121694015, doi101093oso97801985464120010001, doi101146annurevecolsys33010802150448, doi101146annurevecolsys37091305110035, doi1016410006356820010510933teotwa20co2, doi1018637jssv022i07, doi1018900012965820020831771tuntob20co2, doi1023073071998, doi1023073802723, doi1023073803199, doi105860choice295104"
}

Los genes para complejos de toxina-antitoxina (TA) están ampliamente distribuidos en genomas procariotas, y las especies frecuentemente poseen decenas de loci de TA plasmídicos y cromosómicos. Los complejos se categorizan en tres tipos basados en la organización genética y el modo de acción. Las toxinas universalmente son proteínas dirigidas contra objetivos intracelulares específicos, mientras que los antitoxinas son o proteínas o ARNs pequeños que neutralizan la toxina o inhiben la síntesis de toxina. Dentro de los tres tipos de complejo, ha habido una extensa reorganización evolutiva de los genes de toxina y antitoxina que conduce a una considerable diversidad en las combinaciones de TA. Los objetivos intracelulares de las toxinas proteicas también son variados. Numerosas toxinas, muchas de las cuales son endoribonucleasas específicas de secuencia, reducen los niveles de síntesis de proteínas en respuesta a una variedad de estímulos de estrés y nutricionales. Los recursos clave se conservan como resultado, asegurando la supervivencia de células individuales y, por lo tanto, de la población bacteriana. Los efectos de las toxinas generalmente son transitorios y reversibles, permitiendo un conjunto de respuestas dinámicas y ajustables que reflejan las condiciones ambientales. Además, al albergar múltiples toxinas que intervienen en la síntesis de proteínas en respuesta a diferentes señales fisiológicas, las bacterias potencialmente perciben una variedad de perturbaciones metabólicas que se canalizan a través de diferentes complejos TA. Otras toxinas interfieren con la acción de topoisomerasas, el ensamblaje de la pared celular o las estructuras del citoesqueleto. Los TA también desempeñan roles importantes en la persistencia bacteriana, la formación de biopelículas y la tolerancia a múltiples fármacos, y tienen un considerable potencial tanto como nuevos componentes de la caja de herramientas genética como objetivos para nuevos antibióticos.

@article{doi103109104092382011600437,
    author = "Hayes, Finbarr y Melderen, Laurence Van",
    title = "Toxinas-antitoxinas: diversidad, evolución y función",
    year = "2011",
    journal = "Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology",
    abstract = "Los genes para complejos de toxina-antitoxina (TA) están ampliamente distribuidos en genomas procariotas, y las especies frecuentemente poseen decenas de loci de TA plasmídicos y cromosómicos. Los complejos se categorizan en tres tipos basados en la organización genética y el modo de acción. Las toxinas universalmente son proteínas dirigidas contra objetivos intracelulares específicos, mientras que los antitoxinas son o proteínas o ARNs pequeños que neutralizan la toxina o inhiben la síntesis de toxina. Dentro de los tres tipos de complejo, ha habido una extensa reorganización evolutiva de los genes de toxina y antitoxina que conduce a una considerable diversidad en las combinaciones de TA. Los objetivos intracelulares de las toxinas proteicas también son variados. Numerosas toxinas, muchas de las cuales son endoribonucleasas específicas de secuencia, reducen los niveles de síntesis de proteínas en respuesta a una variedad de estímulos de estrés y nutricionales. Los recursos clave se conservan como resultado, asegurando la supervivencia de células individuales y, por lo tanto, de la población bacteriana. Los efectos de las toxinas generalmente son transitorios y reversibles, permitiendo un conjunto de respuestas dinámicas y ajustables que reflejan las condiciones ambientales. Además, al albergar múltiples toxinas que intervienen en la síntesis de proteínas en respuesta a diferentes señales fisiológicas, las bacterias potencialmente perciben una variedad de perturbaciones metabólicas que se canalizan a través de diferentes complejos TA. Otras toxinas interfieren con la acción de topoisomerasas, el ensamblaje de la pared celular o las estructuras del citoesqueleto. Los TA también desempeñan roles importantes en la persistencia bacteriana, la formación de biopelículas y la tolerancia a múltiples fármacos, y tienen un considerable potencial tanto como nuevos componentes de la caja de herramientas genética como objetivos para nuevos antibióticos.",
    url = "https://doi.org/10.3109/10409238.2011.600437",
    doi = "10.3109/10409238.2011.600437",
    openalex = "W2163406805",
    references = "doi101038nrmicro1147, doi101073pnas252529799, doi101073pnas83103116, doi101073pnas93126059, doi101093nargki201, doi101128jb15527687751983, doi101128jb18624817281802004, doi101128mmbr0002110, doi101146annurevmicro112408134306, doi101371journalpbio1000317"
}

Los sistemas de secreción de proteínas son nanomáquinas moleculares utilizadas por bacterias Gram-negativas para prosperar en su entorno. Se utilizan para liberar enzimas que hidrolizan fuentes de carbono complejas en compuestos utilizables, o para liberar proteínas que captan iones esenciales como el hierro. También se utilizan para colonizar y sobrevivir dentro de huéspedes eucariotas, causando infecciones agudas o crónicas, subvirtiendo la respuesta de la célula huésped y escapando del sistema inmunológico. En este artículo, el patógeno humano oportunista Pseudomonas aeruginosa se utiliza como modelo para repasar la diversidad de sistemas de secreción que las bacterias han evolucionado para lograr estos objetivos. Esta diversidad puede resultar de una transformación progresiva de los complejos de la envoltura celular que inicialmente no estaban dedicados a la secreción. Las sorprendentes similitudes entre los sistemas de secreción y los pili tipo IV, flagelos, cola de bacteriófagos o bombas de eflujo son una buena ilustración de esta evolución. También son necesarias diferencias ya que varias configuraciones de secreción requieren diversidad. Por ejemplo, algunas proteínas se liberan en el medio extracelular mientras que otras se inyectan directamente en el citosol de células eucariotas. Algunas proteínas se pliegan antes de ser liberadas y transitan al periplasma. Otras proteínas cruzan toda la envoltura celular a la vez en un estado desplegado. Sin embargo, el sistema de secreción requiere elementos o características básicas conservadas. Por ejemplo, se necesita una fuente de energía o un canal de membrana externa. La estructura de esta revisión es por lo tanto bastante inusual. En lugar de listar los tipos de secreción uno tras otro, presenta una mezcla de conceptos que indican que los tipos de secreción están en constante evolución y utilizan principios básicos. En otras palabras, el surgimiento de nuevos sistemas de secreción podría predecirse de la manera en que Mendeleïev anticipó las características de elementos aún desconocidos.

@article{doi103389fmicb201100155,
    author = "Filloux, Alain",
    title = "Protein Secretion Systems in Pseudomonas aeruginosa: An Essay on Diversity, Evolution, and Function",
    year = "2011",
    journal = "Frontiers in Microbiology",
    abstract = "Los sistemas de secreción de proteínas son nanomáquinas moleculares utilizadas por bacterias Gram-negativas para prosperar en su entorno. Se utilizan para liberar enzimas que hidrolizan fuentes de carbono complejas en compuestos utilizables, o para liberar proteínas que captan iones esenciales como el hierro. También se utilizan para colonizar y sobrevivir dentro de huéspedes eucariotas, causando infecciones agudas o crónicas, subvirtiendo la respuesta de la célula huésped y escapando del sistema inmunológico. En este artículo, el patógeno humano oportunista Pseudomonas aeruginosa se utiliza como modelo para repasar la diversidad de sistemas de secreción que las bacterias han evolucionado para lograr estos objetivos. Esta diversidad puede resultar de una transformación progresiva de los complejos de la envoltura celular que inicialmente no estaban dedicados a la secreción. Las sorprendentes similitudes entre los sistemas de secreción y los pili tipo IV, flagelos, cola de bacteriófagos o bombas de eflujo son una buena ilustración de esta evolución. También son necesarias diferencias ya que varias configuraciones de secreción requieren diversidad. Por ejemplo, algunas proteínas se liberan en el medio extracelular mientras que otras se inyectan directamente en el citosol de células eucariotas. Algunas proteínas se pliegan antes de ser liberadas y transitan al periplasma. Otras proteínas cruzan toda la envoltura celular a la vez en un estado desplegado. Sin embargo, el sistema de secreción requiere elementos o características básicas conservadas. Por ejemplo, se necesita una fuente de energía o un canal de membrana externa. La estructura de esta revisión es por lo tanto bastante inusual. En lugar de listar los tipos de secreción uno tras otro, presenta una mezcla de conceptos que indican que los tipos de secreción están en constante evolución y utilizan principios básicos. En otras palabras, el surgimiento de nuevos sistemas de secreción podría predecirse de la manera en que Mendeleïev anticipó las características de elementos aún desconocidos.",
    url = "https://doi.org/10.3389/fmicb.2011.00155",
    doi = "10.3389/fmicb.2011.00155",
    openalex = "W2166412853",
    references = "doi1010160022283685900464, doi10103835016007, doi10103835023079, doi101038358727a0, doi101038nprot20092, doi101038nrmicro1526, doi101073pnas0510322103, doi101126science1128393, doi101146annurevmicro56012302160938, doi101146annurevmicro58030603123811"
}

Aquí presentamos un análisis comparativo del genoma de diez cepas dentro del grupo Pseudomonas fluorescens, que incluye siete secuencias genómicas nuevas. Estas cepas exhiben un espectro diverso de rasgos involucrados en el control biológico y otras interacciones multitróficas con plantas, microbios e insectos. El análisis de secuencias multilocus ubicó a las cepas en tres subclados, lo cual fue reforzado por altos niveles de sinergia, tamaño de los genomas nucleares y la relación de genes ortólogos entre cepas dentro de un subclado. La heterogeneidad del grupo P. fluorescens se reflejó en el gran tamaño de su pan-genoma, que constituye aproximadamente el 54% del pan-genoma del género en su conjunto, y un genoma nuclear que representa solo el 45-52% del genoma de cualquier cepa individual. Descubrimos genes para rasgos que no se conocían previamente en las cepas, incluyendo genes para la biosíntesis de los sideróforos achromobactina y pseudomonina y el antibiótico 2-hexil-5-propil-alkylresorcinol; bacteriocinas novedosas; sistemas de secreción tipo II, III y VI; y toxinas para insectos. Ciertos grupos de genes, como los de dos sistemas de secreción tipo III, están presentes solo en subclados específicos, sugiriendo herencia vertical. Casi todos los genes asociados con interacciones multitróficas se mapean en regiones genómicas presentes solo en un subconjunto de las cepas o únicas para una cepa específica. Para explorar el origen evolutivo de estos genes, mapeamos sus distribuciones en relación con las ubicaciones de elementos genéticos móviles y elementos palindrómicos extragenéticos repetitivos (REP) en cada genoma. Los elementos genéticos móviles y muchos genes específicos de cepa caen en regiones carentes de elementos REP (es decir, desiertos REP) y regiones que muestran una composición de trinucleótidos atípica, lo que posiblemente indica una adquisición relativamente reciente de estos loci. En conjunto, los resultados de este estudio destacan la enorme heterogeneidad del grupo P. fluorescens y la importancia del genoma variable en la adaptación de cepas individuales a sus estilos de vida específicos y repertorio funcional.

@article{doi101371journalpgen1002784,
    author = "Loper, Joyce E. and Hassan, Karl A. and Mavrodi, Dmitri V. and Davis, Edward W. and Lim, Chee Kent and Shaffer, Brenda T. and Elbourne, Liam D. H. and Stockwell, Virginia O. and Hartney, Sierra L. and Breakwell, Katy and Henkels, Marcella D. and Tetu, Sasha G. and Rangel, Lorena I. and Kidarsa, Teresa A. and Wilson, N. L. and van de Mortel, Judith E. and Song, Chunxu and Blumhagen, Rachel Z. and Radune, Diana and Hostetler, Jessica B. and Brinkac, Lauren and Durkin, A. Scott and Kluepfel, Daniel A. and Wechter, W. Patrick and Anderson, Anne J. and Kim, Young Cheol and Pierson, Leland S. and Pierson, Elizabeth A. and Lindow, Steven E. and Kobayashi, Donald Y. and Raaijmakers, Jos M. and Weller, David M. and Thomashow, Linda S. and Allen, Andrew E. and Paulsen, Ian T.",
    title = "Genómica Comparativa de Pseudomonas spp. Asociadas a Plantas: Perspectivas sobre la Diversidad y Herencia de Rasgos Involucrados en Interacciones Multitróficas",
    year = "2012",
    journal = "PLoS Genetics",
    abstract = "Aquí presentamos un análisis comparativo del genoma de diez cepas dentro del grupo Pseudomonas fluorescens, que incluye siete secuencias genómicas nuevas. Estas cepas exhiben un espectro diverso de rasgos involucrados en el control biológico y otras interacciones multitróficas con plantas, microbios e insectos. El análisis de secuencias multilocus ubicó a las cepas en tres subclados, lo cual fue reforzado por altos niveles de sinergia, tamaño de los genomas nucleares y la relación de genes ortólogos entre cepas dentro de un subclado. La heterogeneidad del grupo P. fluorescens se reflejó en el gran tamaño de su pan-genoma, que constituye aproximadamente el 54% del pan-genoma del género en su conjunto, y un genoma nuclear que representa solo el 45-52% del genoma de cualquier cepa individual. Descubrimos genes para rasgos que no se conocían previamente en las cepas, incluyendo genes para la biosíntesis de los sideróforos achromobactina y pseudomonina y el antibiótico 2-hexil-5-propil-alkylresorcinol; bacteriocinas novedosas; sistemas de secreción tipo II, III y VI; y toxinas para insectos. Ciertos grupos de genes, como los de dos sistemas de secreción tipo III, están presentes solo en subclados específicos, sugiriendo herencia vertical. Casi todos los genes asociados con interacciones multitróficas se mapean en regiones genómicas presentes solo en un subconjunto de las cepas o únicas para una cepa específica. Para explorar el origen evolutivo de estos genes, mapeamos sus distribuciones en relación con las ubicaciones de elementos genéticos móviles y elementos palindrómicos extragenéticos repetitivos (REP) en cada genoma. Los elementos genéticos móviles y muchos genes específicos de cepa caen en regiones carentes de elementos REP (es decir, desiertos REP) y regiones que muestran una composición de trinucleótidos atípica, lo que posiblemente indica una adquisición relativamente reciente de estos loci. En conjunto, los resultados de este estudio destacan la enorme heterogeneidad del grupo P. fluorescens y la importancia del genoma variable en la adaptación de cepas individuales a sus estilos de vida específicos y repertorio funcional.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1002784",
    doi = "10.1371/journal.pgen.1002784",
    openalex = "W2055455922",
    references = "doi103389fmicb201100155"
}

Se han desarrollado varios métodos para inferir tasas diferenciales de diversificación de especies a lo largo del tiempo y entre clados utilizando árboles filogenéticos calibrados en el tiempo. Sin embargo, carecemos de un marco general que pueda delinear y cuantificar mezclas heterogéneas de procesos dinámicos dentro de filogenias individuales. Desarrollé un método que puede identificar un número arbitrario de procesos de diversificación variables en el tiempo en filogenias sin especificar sus ubicaciones con antelación. El método utiliza Markov Chain Monte Carlo de salto reversible para moverse entre subespacios de modelo que varían en el número de regímenes de diversificación distintos. El modelo asume que los cambios en los regímenes evolutivos ocurren a través de las ramas de los árboles filogenéticos bajo un proceso de Poisson compuesto y tiene en cuenta explícitamente la variación de tasas a lo largo del tiempo y entre linajes. Utilizando conjuntos de datos simulados, demuestro que el método puede utilizarse para cuantificar mezclas complejas de procesos de diversificación dependientes del tiempo, dependientes de la diversidad y de tasa constante. Comparé el rendimiento del método con el modelo MEDUSA de variación de tasas entre linajes. Como ejemplo empírico, analicé la historia de especiación y extinción durante la radiación de las ballenas modernas. El método descrito aquí facilitará enormemente la exploración de la dinámica macroevolutiva a través de grandes árboles filogenéticos, que pueden haber sido moldeados por mezclas heterogéneas de procesos evolutivos distintos.

@article{doi101371journalpone0089543,
    author = "Rabosky, Daniel L.",
    title = "Detección automática de innovaciones clave, cambios de tasa y dependencia de la diversidad en árboles filogenéticos",
    year = "2014",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "Se han desarrollado varios métodos para inferir tasas diferenciales de diversificación de especies a lo largo del tiempo y entre clados utilizando árboles filogenéticos calibrados en el tiempo. Sin embargo, carecemos de un marco general que pueda delinear y cuantificar mezclas heterogéneas de procesos dinámicos dentro de filogenias individuales. Desarrollé un método que puede identificar un número arbitrario de procesos de diversificación variables en el tiempo en filogenias sin especificar sus ubicaciones con antelación. El método utiliza Markov Chain Monte Carlo de salto reversible para moverse entre subespacios de modelo que varían en el número de regímenes de diversificación distintos. El modelo asume que los cambios en los regímenes evolutivos ocurren a través de las ramas de los árboles filogenéticos bajo un proceso de Poisson compuesto y tiene en cuenta explícitamente la variación de tasas a lo largo del tiempo y entre linajes. Utilizando conjuntos de datos simulados, demuestro que el método puede utilizarse para cuantificar mezclas complejas de procesos de diversificación dependientes del tiempo, dependientes de la diversidad y de tasa constante. Comparé el rendimiento del método con el modelo MEDUSA de variación de tasas entre linajes. Como ejemplo empírico, analicé la historia de especiación y extinción durante la radiación de las ballenas modernas. El método descrito aquí facilitará enormemente la exploración de la dinámica macroevolutiva a través de grandes árboles filogenéticos, que pueden haber sido moldeados por mezclas heterogéneas de procesos evolutivos distintos.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0089543",
    doi = "10.1371/journal.pone.0089543",
    openalex = "W2042449834",
    references = "doi10100797814612066756, doi101017s0094837300005972, doi101038nature05634, doi101038nature11631, doi10106311699114, doi101093bioinformaticsbtm538, doi101093biomet57197, doi101093biomet824711, doi101111j14610248200701020x, doi101126science2354785167, doi101186147121481393"
}

Los péptidos antimicrobianos (AMPs) son proteínas cortas con actividad antimicrobiana. Una gran parte de los AMPs conocidos proceden de insectos, y el número y la diversidad de estas moléculas en diferentes especies varían considerablemente. Los AMPs de insectos representan una fuente potencial de antibióticos alternativos para abordar la limitación de los antibióticos actuales, causada por la aparición y propagación de patógenos multirresistentes. Para obtener más información sobre los AMPs, investigamos la diversidad y evolución de los AMPs de insectos mediante el mapeo de su distribución filogenética, lo que nos permite predecir los orígenes evolutivos de familias seleccionadas de AMPs e identificar familias evolutivamente conservadas y específicas de taxones. Además, destacamos el uso del nemátodo Caenorhabditis elegans como modelo de animal completo en métodos de cribado de alto rendimiento para identificar AMPs con eficacia contra patógenos humanos, incluyendo Acinetobacter baumanii y Staphylococcus aureus resistente a la meticilina. También discutimos las posibles aplicaciones médicas de los AMPs, incluido su uso como alternativas a los antibióticos convencionales en terapias ectópicas, su uso combinado con antibióticos para restaurar la susceptibilidad de patógenos multirresistentes y su uso como plantillas para el diseño racional de fármacos peptidomiméticos que superen las desventajas de los péptidos terapéuticos. El artículo forma parte del tema especial 'Ecología evolutiva de los péptidos antimicrobianos de artrópodos'.

@article{doi101098rstb20150290,
    author = "Mylonakis, Eleftherios y Podsiadłowski, Lars y Muhammed, Maged y Vilcinskas, Andreas",
    title = "Diversidad, evolución y aplicaciones médicas de péptidos antimicrobianos de insectos",
    year = "2016",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Los péptidos antimicrobianos (AMPs) son proteínas cortas con actividad antimicrobiana. Una gran parte de los AMPs conocidos proceden de insectos, y el número y la diversidad de estas moléculas en diferentes especies varían considerablemente. Los AMPs de insectos representan una fuente potencial de antibióticos alternativos para abordar la limitación de los antibióticos actuales, causada por la aparición y propagación de patógenos multirresistentes. Para obtener más información sobre los AMPs, investigamos la diversidad y evolución de los AMPs de insectos mediante el mapeo de su distribución filogenética, lo que nos permite predecir los orígenes evolutivos de familias seleccionadas de AMPs e identificar familias evolutivamente conservadas y específicas de taxones. Además, destacamos el uso del nemátodo Caenorhabditis elegans como modelo de animal completo en métodos de cribado de alto rendimiento para identificar AMPs con eficacia contra patógenos humanos, incluyendo Acinetobacter baumanii y Staphylococcus aureus resistente a la meticilina. También discutimos las posibles aplicaciones médicas de los AMPs, incluido su uso como alternativas a los antibióticos convencionales en terapias ectópicas, su uso combinado con antibióticos para restaurar la susceptibilidad de patógenos multirresistentes y su uso como plantillas para el diseño racional de fármacos peptidomiméticos que superen las desventajas de los péptidos terapéuticos. El artículo forma parte del tema especial 'Ecología evolutiva de los péptidos antimicrobianos de artrópodos'.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.2015.0290",
    doi = "10.1098/rstb.2015.0290",
    openalex = "W2346044263",
    references = "doi101016jdrudis200910009, doi101016s1473309913703189, doi101038292246a0, doi101038nbt1267, doi101038nrmicro1098, doi101086533452, doi101086651263, doi101111j0105289620040124x, doi101126science1257570, doi101371journalpcbi1002195"
}

Los cloroplastos desempeñan un papel crucial en el mantenimiento de la vida en la Tierra. La disponibilidad de más de 800 genomas de cloroplastos secuenciados de una variedad de plantas terrestres ha mejorado nuestra comprensión de la biología de los cloroplastos, la transferencia génica intracelular, la conservación, la diversidad y la base genética mediante la cual los transgenes de cloroplastos pueden ser diseñados para mejorar los rasgos agronómicos de las plantas o para producir productos agrícolas o biomédicos de alto valor. En esta revisión, discutimos el impacto de las secuencias del genoma de cloroplastos en la comprensión de los orígenes de las especies cultivadas económicamente importantes y los cambios que han tenido lugar durante la domesticación. También discutimos las posibles aplicaciones biotecnológicas de los genomas de cloroplastos.

@article{doi101186s1305901610042,
    author = "Daniell, Henry y Lin, Choun‐Sea y Yu, Ming y Chang, Wan‐Jung",
    title = "Genomas de cloroplastos: diversidad, evolución y aplicaciones en ingeniería genética",
    year = "2016",
    journal = "Genome biology",
    abstract = "Los cloroplastos desempeñan un papel crucial en el mantenimiento de la vida en la Tierra. La disponibilidad de más de 800 genomas de cloroplastos secuenciados de una variedad de plantas terrestres ha mejorado nuestra comprensión de la biología de los cloroplastos, la transferencia génica intracelular, la conservación, la diversidad y la base genética mediante la cual los transgenes de cloroplastos pueden ser diseñados para mejorar los rasgos agronómicos de las plantas o para producir productos agrícolas o biomédicos de alto valor. En esta revisión, discutimos el impacto de las secuencias del genoma de cloroplastos en la comprensión de los orígenes de las especies cultivadas económicamente importantes y los cambios que han tenido lugar durante la domesticación. También discutimos las posibles aplicaciones biotecnológicas de los genomas de cloroplastos.",
    url = "https://doi.org/10.1186/s13059-016-1004-2",
    doi = "10.1186/s13059-016-1004-2",
    openalex = "W2475158195",
    references = "doi101002j146020751986tb04464x, doi101007bf02464880, doi101038nature06856, doi101038ng740, doi101038nmeth2474, doi101038nrg1271, doi101038nrmicro3050, doi101073pnas0709121104, doi101126science1162986, doi103732ajb921142"
}

Los Archaea ocupan una posición clave en el Árbol de la Vida y constituyen una fracción importante de la diversidad microbiana. Abundantes en suelos, sedimentos oceánicos y la columna de agua, desempeñan funciones cruciales en los procesos que median los flujos globales de carbono y nutrientes. Además, representan un componente importante del microbioma humano, donde su papel en la salud y la enfermedad sigue siendo poco claro. El desarrollo de técnicas de secuenciación independientes de la cultura ha proporcionado un acceso sin precedentes a datos genómicos de un gran número de linajes arqueales hasta ahora inaccesibles. Esto está revolucionando nuestra visión de la diversidad y el potencial metabólico de los Archaea en una amplia variedad de entornos, un paso importante hacia la comprensión de su papel ecológico. El árbol arqueal se está llenando rápidamente con nuevas ramas que constituyen filos, clases y órdenes, generando nuevos desafíos para la sistemática de alto rango y proporcionando información clave para diseccionar el origen de este dominio, las trayectorias evolutivas que han moldeado su diversidad actual y sus relaciones con Bacteria y Eukarya. La imagen actual es la de una enorme diversidad de los Archaea, que apenas estamos comenzando a explorar.

@article{doi101038ismej2017122,
    author = "Adam, Panagiotis S. y Borrel, Guillaume y Brochier‐Armanet, Céline y Gribaldo, Simonetta",
    title = "The growing tree of Archaea: new perspectives on their diversity, evolution and ecology",
    year = "2017",
    journal = "The ISME Journal",
    abstract = "Los Archaea ocupan una posición clave en el Árbol de la Vida y constituyen una fracción importante de la diversidad microbiana. Abundantes en suelos, sedimentos oceánicos y la columna de agua, desempeñan funciones cruciales en los procesos que median los flujos globales de carbono y nutrientes. Además, representan un componente importante del microbioma humano, donde su papel en la salud y la enfermedad sigue siendo poco claro. El desarrollo de técnicas de secuenciación independientes de la cultura ha proporcionado un acceso sin precedentes a datos genómicos de un gran número de linajes arqueales hasta ahora inaccesibles. Esto está revolucionando nuestra visión de la diversidad y el potencial metabólico de los Archaea en una amplia variedad de entornos, un paso importante hacia la comprensión de su papel ecológico. El árbol arqueal se está llenando rápidamente con nuevas ramas que constituyen filos, clases y órdenes, generando nuevos desafíos para la sistemática de alto rango y proporcionando información clave para diseccionar el origen de este dominio, las trayectorias evolutivas que han moldeado su diversidad actual y sus relaciones con Bacteria y Eukarya. La imagen actual es la de una enorme diversidad de los Archaea, que apenas estamos comenzando a explorar.",
    url = "https://doi.org/10.1038/ismej.2017.122",
    doi = "10.1038/ismej.2017.122",
    openalex = "W2743255823",
    references = "doi101038nature12352, doi101038nature14447, doi101038nature14486, doi101038nature21031, doi101038nmicrobiol201648, doi101038nrmicro1852, doi101038nrmicro1931, doi101038nrmicro3330, doi101073pnas87124576, doi101073pnas89125685"
}

Los debates recientes sobre el número de especies de plantas en las vastas selvas bajas de la Amazonía se han basado en gran medida en estimaciones de modelos, ignorando listas de verificación publicadas basadas en datos de voucher verificados. Aquí recopilamos listas de verificación taxonómicamente verificadas para presentar una lista de especies de plantas con semillas de las selvas bajas de la Amazonía. Nuestra lista comprende 14.003 especies, de las cuales 6.727 son árboles. Estas cifras son similares a las estimaciones derivadas de modelos ecológicos no paramétricos, pero contrastan fuertemente con las predicciones de una diversidad arbórea mucho mayor derivadas de modelos paramétricos. Basado en la proporción conocida de especies arbóreas en comunidades de selvas bajas neotropicales medida en censos de parcelas completas, y en las estimaciones generales de la diversidad de plantas con semillas en Brasil y en las neotrópicas en general, es más probable que la diversidad arbórea en la Amazonía esté más cerca de las estimaciones inferiores derivadas de modelos no paramétricos. Aún queda mucho por descubrir sobre la diversidad de plantas amazónicas, pero este conjunto de datos taxonómicamente verificado proporciona un punto de partida válido para estudios macroecológicos y evolutivos destinados a comprender el origen, la evolución y la ecología de la biodiversidad excepcional de los bosques amazónicos.

@article{doi101073pnas1706756114,
    author = "Cardoso, Domingos and Särkinen, Tiina and Alexander, Sara N. and Amorim, André M. and Bittrich, Volker and Celis, Marcela and Daly, Douglas C. and Fiaschi, Pedro and Funk, Vicki A. and Giacomin, Leandro Lacerda and Goldenberg, Renato and Heiden, Gustavo and Iganci, João Ricardo Vieira and Kelloff, Carol L. and Knapp, Sandra and de Lima, Haroldo Cavalcante and Machado, Anderson Ferreira Pinto and dos Santos, Rubens Manoel and de Mello‐Silva, Renato and Michelangeli, Fabián A. and Mitchell, John D. and Moonlight, Peter W. and de Moraes, Pedro Luís Rodrigues and Mori, Scott A. and Nunes, Teonildes Sacramento and Pennington, Terry D. and Pirani, José Rubens and Prance, Ghillean Τ. and de Queiroz, Luciano Paganucci and Rapini, Alessandro and Riina, Ricarda and Rincon, Carlos Alberto Vargas and Roque, Nádia and Shimizu, Gustavo Hiroaki and Sobral, Marcos and Stehmann, João Renato and Stevens, W. D. and Taylor, Charlotte M. and Trovó, Marcelo and van den Berg, Cássio and van der Werff, Henk and Viana, Pedro Lage and Zartman, Charles E. and Forzza, Rafaela Campostrini",
    title = "Amazon plant diversity revealed by a taxonomically verified species list",
    year = "2017",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Los debates recientes sobre el número de especies de plantas en las vastas selvas bajas de la Amazonía se han basado en gran medida en estimaciones de modelos, ignorando listas de verificación publicadas basadas en datos de voucher verificados. Aquí recopilamos listas de verificación taxonómicamente verificadas para presentar una lista de especies de plantas con semillas de las selvas bajas de la Amazonía. Nuestra lista comprende 14.003 especies, de las cuales 6.727 son árboles. Estas cifras son similares a las estimaciones derivadas de modelos ecológicos no paramétricos, pero contrastan fuertemente con las predicciones de una diversidad arbórea mucho mayor derivadas de modelos paramétricos. Basado en la proporción conocida de especies arbóreas en comunidades de selvas bajas neotropicales medida en censos de parcelas completas, y en las estimaciones generales de la diversidad de plantas con semillas en Brasil y en las neotrópicas en general, es más probable que la diversidad arbórea en la Amazonía esté más cerca de las estimaciones inferiores derivadas de modelos no paramétricos. Aún queda mucho por descubrir sobre la diversidad de plantas amazónicas, pero este conjunto de datos taxonómicamente verificado proporciona un punto de partida válido para estudios macroecológicos y evolutivos destinados a comprender el origen, la evolución y la ecología de la biodiversidad excepcional de los bosques amazónicos.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1706756114",
    doi = "10.1073/pnas.1706756114",
    openalex = "W2754397646",
    references = "doi101146annurevecolsys110308120327"
}

@article{doi101038s415640200715z,
    author = "Baker, Brett J. y Anda, Valerie De y Seitz, Kiley W. y Dombrowski, Nina y Santoro, Alyson E. y Lloyd, Karen G.",
    title = "Diversidad, ecología y evolución de Archaea",
    year = "2020",
    journal = "Nature Microbiology",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41564-020-0715-z",
    doi = "10.1038/s41564-020-0715-z",
    openalex = "W3022704487",
    references = "doi101038ismej2017122, doi101038nature03911, doi101038nature04983, doi101038nature21031, doi101038nbt4229, doi101038nmeth3103, doi101038s41467018074180, doi101073pnas74115088, doi101073pnas87124576, doi101073pnas89125685, doi101093bioinformaticsbts174, doi101111j13652958201107635x, doi101126science1093857, doi101126science2765313734"
}