Echini

@misc{agassiz1872revision,
    author = "Agassiz, Alexander",
    title = "Revisión de los Echini / por Alexander Agassiz",
    year = "1872",
    url = "https://doi.org/10.5962/bhl.title.40080",
    doi = "10.5962/bhl.title.40080",
    openalex = "W2479287064"
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@article{crossref1873revision,
    title = "Revisión de los Echini Catálogo ilustrado del Museo de Zoología Comparada del Harvard College. No. Vii. Revisión de los Echini. Alexander Agassiz",
    year = "1873",
    journal = "The American Naturalist",
    url = "https://doi.org/10.1086/271121",
    doi = "10.1086/271121",
    number = "4",
    openalex = "W4236833109",
    pages = "224-226",
    volume = "7"
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@article{crossref1874revision,
    title = "Revisión de los Echini. Alexander Agassiz",
    year = "1874",
    journal = "The American Naturalist",
    url = "https://doi.org/10.1086/271299",
    doi = "10.1086/271299",
    number = "4",
    openalex = "W4236861180",
    pages = "215-215",
    volume = "8"
}

Este modesto volumen es la obra científica más influyente del siglo XIX. La primera publicación de Darwin sobre su teoría de la evolución fue escrita para no especialistas y atrajo un interés generalizado e inmediato. Darwin fue un eminente científico; sus hallazgos fueron tomados en serio y la evidencia que presentó generó discusión científica, filosófica y religiosa. Dentro de dos décadas hubo un acuerdo científico general de que la evolución, con un patrón ramificado de descendencia común, había ocurrido, pero los científicos fueron lentos en otorgar a la selección natural la importancia que Darwin consideraba apropiada. Con el desarrollo de la síntesis evolutiva moderna en las décadas de 1930 y 1940, el concepto de Darwin sobre la adaptación evolutiva a través de la selección natural se convirtió en central para la teoría evolutiva moderna, y ahora se ha convertido en el concepto unificador de las ciencias de la vida.

@article{doi101093nqs9viii207495b,
    title = "El Origen de las Especies por Medio de la Selección Natural",
    year = "1901",
    journal = "Notas y Consultas",
    abstract = "Este modesto volumen es la obra científica más influyente del siglo XIX. La primera publicación de Darwin sobre su teoría de la evolución fue escrita para no especialistas y atrajo un interés generalizado e inmediato. Darwin fue un eminente científico; sus hallazgos fueron tomados en serio y la evidencia que presentó generó discusión científica, filosófica y religiosa. Dentro de dos décadas hubo un acuerdo científico general de que la evolución, con un patrón ramificado de descendencia común, había ocurrido, pero los científicos fueron lentos en otorgar a la selección natural la importancia que Darwin consideraba apropiada. Con el desarrollo de la síntesis evolutiva moderna en las décadas de 1930 y 1940, el concepto de Darwin sobre la adaptación evolutiva a través de la selección natural se convirtió en central para la teoría evolutiva moderna, y ahora se ha convertido en el concepto unificador de las ciencias de la vida.",
    url = "https://doi.org/10.1093/nq/s9-viii.207.495b",
    doi = "10.1093/nq/s9-viii.207.495b",
    openalex = "W4243601689"
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@book{doi105962bhltitle4630,
    author = "Jackson, Robert T.",
    title = "Filogenia de los equinodermos, con una revisión de especies paleozoicas",
    year = "1912",
    journal = "Memorias leídas ante la Sociedad de Historia Natural de Boston",
    url = "https://doi.org/10.5962/bhl.title.4630",
    doi = "10.5962/bhl.title.4630",
    openalex = "W658384462"
}

@misc{jackson1912phylogeny,
    author = "Jackson, Robert Tracy",
    title = "Filogenia de los Echini, con una revisión de las especies Paleozoicas",
    year = "1912",
    url = "https://doi.org/10.5962/bhl.title.28491",
    doi = "10.5962/bhl.title.28491",
    openalex = "W4206354819"
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@misc{jackson1912phylogeny1,
    author = "Jackson, R. T",
    title = "Filogenia de los equinodermos, con una revisión de las especies paleozoicas",
    year = "1912",
    howpublished = "Sociedad de Historia Natural de Boston, Memorias, v. 7, p. 1-491",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Jackson, R. T., 1912, Filogenia de los equinodermos, con una revisión de las especies paleozoicas: Sociedad de Historia Natural de Boston, Memorias, v. 7, p. 1-491.}"
}

Los crinoides son invertebrados marinos de una variedad de formas y complejidad de organización esquelética sin igual. Se extienden desde el tiempo Ordovícico Temprano hasta la actualidad, pero su desarrollo en especies y números culminó durante el Paleozoico.

@incollection{doi101130spe46p1,
    author = "Moore, Raymond C. y Laudon, L. R.",
    title = "Evolución y Clasificación de los Crinoides Paleozoicos",
    year = "1943",
    booktitle = "Geological Society of America Special Papers",
    abstract = "Los crinoides son invertebrados marinos de una variedad de formas y complejidad de organización esquelética sin igual. Se extienden desde el tiempo Ordovícico Temprano hasta la actualidad, pero su desarrollo en especies y números culminó durante el Paleozoico.",
    url = "https://doi.org/10.1130/spe46-p1",
    doi = "10.1130/spe46-p1",
    openalex = "W2339692250"
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@misc{sando1965revision,
    author = "Sando, W.J.",
    title = "Revisión de algunas especies de coral del Paleozoico de los Estados Unidos Occidentales",
    year = "1965",
    booktitle = "Professional Paper",
    url = "https://doi.org/10.3133/pp503e",
    doi = "10.3133/pp503e",
    openalex = "W950288184"
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@article{doi101007bf01796042,
    author = "Fitch, Walter M. y Farris, James S.",
    title = "Árboles evolutivos con sustituciones mínimas de nucleótidos a partir de secuencias de aminoácidos",
    year = "1974",
    journal = "Journal of Molecular Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf01796042",
    doi = "10.1007/bf01796042",
    openalex = "W2024977466"
}

Se describen muchas tendencias evolutivas en los equinodermos postpaleozoicos y se discuten sus ventajas funcionales. En los ambulacros, la placa compuesta apareció por primera vez en el Triásico tardío, volviéndose más pronunciada durante el Mesozoico y alcanzando su cenit en el Cenozoico. La compuestos permitió que el equinodermo tuviera más pies ambulacrales, fortaleció el test y aumentó el tamaño de los tubérculos y espinas ambulacrales. Estas espinas más grandes proporcionaron mayor protección contra los depredadores y una locomoción más rápida. Los pétalos aparecieron por primera vez en el Jurásico medio y se desarrollaron para una respiración más eficiente. Los primeros pétalos deprimidos ocurrieron en el Jurásico tardío, y para el Cretácico tardío muchos equinodermos tenían pétalos deprimidos culminando en pétalos profundos en el Cenozoico. Estas depresiones canalizaron el agua sobre los pies ambulacrales respiratorios, aumentaron el ancho de los ambulacros y sus pies ambulacrales, y permitieron que estos pies ambulacrales estuvieran protegidos de los depredadores por la curvatura de las espinas sobre ellos. Una hendidura anterior se desarrolló ligeramente en el Jurásico medio, fue distinta en el Cretácico y más profunda en el Cenozoico. Esta hendidura proporcionó un paso para la comida y refugio para los grandes pies ambulacrales penicilados. Los filodes aparecen por primera vez en el Jurásico inferior tanto en los equinodermos regulares como irregulares. Durante el Mesozoico, el número de poros en los filodes de los equinodermos irregulares se redujo, y en la mayoría de las especies se eliminó un poro de un par de poros. Los filodes proporcionaron un gran número de pies ambulacrales de alimentación cerca del peristoma. En el sistema apical de los equinodermos irregulares, el periprocto se rompió durante el Jurásico inferior. Su movimiento posterior sirvió para separar las excretas del equinodermo de sus áreas de alimentación y respiración. El número de placas genitales se redujo a una sola placa en los cassiduloides para el Cretácico tardío, pero esta reducción ocurrió más tarde en los holasteroides y spatangoides; muchas especies que viven hoy tienen más de una placa genital. Los equinodermos del Triásico y el Jurásico temprano eran pequeños; pero durante la segunda parte del Jurásico, ocurren especies más grandes, particularmente entre los irregulares y los equinothurioideos. Todos los equinodermos del Triásico excepto uno eran circulares en el contorno marginal, pero durante el Jurásico el test en muchos irregulares se volvió elongado, permitiendo que el equinodermo desarrollara movimiento unidireccional. El aplanamiento del test permitió que el equinodermo cubriera su test más fácilmente, haciendo que el animal fuera menos conspicuo, menos afectado por el movimiento de las olas y colocando más de los pies ambulacrales de recolección de comida en contacto con el fondo marino. La linterna del Triásico tenía dientes surcados y un foramen poco profundo, pero para el Jurásico inferior algunas linternas tenían un foramen magnum más profundo. Para el Jurásico medio están presentes los dientes carenados, y para el Cretácico tardío algunas linternas tienen epífisis unidas. Estos cambios permitieron que la linterna fuera más móvil y fortalecieron los dientes y las epífisis. Los soportes de la linterna en todos los equinodermos del Triásico son crecimientos de placas interambulacrales, pero en el Jurásico inferior muchas especies tienen soportes ambulacrales. Para el Jurásico medio estos soportes se unen en algunas especies para formar un arco. Estos cambios también aumentaron la movilidad y el poder de movimiento de la linterna. Las hendiduras branquiales aparecieron por primera vez en el Jurásico inferior (Hettangiense) y estaban bien desarrolladas para el Toarciense. Los tubérculos y sus espinas eran grandes en el Triásico y gradualmente disminuyeron de tamaño en algunas especies a través del Mesozoico. Esta reducción permitió que estos equinodermos con espinas más pequeñas cubrieran sus tests con sedimento. La tasa de introducción de nuevas placas fue baja en el Triásico, aumentando durante el Jurásico. Este aumento fue principalmente en los ambulacros y sirvió para aumentar el número de pies ambulacrales. Entre los holasteroides-spatangoides, algunas de las placas interambulacrales ventrales aumentaron de tamaño en relación con las placas adyacentes durante el Mesozoico y el Cenozoico formando el labro y el plastrón. Estos cambios permitieron el desarrollo del test "en forma de corazón" y un desplazamiento anterior del peristoma. La diversidad de equinodermos aumentó desde el Triásico con el desarrollo de diferentes tipos de equinodermos capaces de habitar muchos hábitats variados. Todos los equinodermos del Triásico vivían encima del sustrato, pero en el Jurásico los equinodermos irregulares comenzaron a excavar en el sedimento. Aumentaron en número de especies durante el Mesozoico y ahora son más numerosos en especies que los equinodermos regulares. La diferencia entre las especies del Jurásico y el Triásico no es tan abrupta como se pensaba anteriormente, y todos los equinodermos del Jurásico se consideran que tuvieron un ancestro cidaroideo.

@article{doi101017s0022336000061321,
    author = "Kier, Porter M.",
    title = "Tendencias evolutivas y su importancia funcional en los equinodermos post-paleozoicos",
    year = "1974",
    journal = "Journal of Paleontology",
    abstract = "Se describen muchas tendencias evolutivas en los equinodermos post-paleozoicos y se discuten sus ventajas funcionales. En los ambulacros, la placa compuesta apareció por primera vez en el Triásico tardío, volviéndose más pronunciada durante el Mesozoico y alcanzando su cenit en el Cenozoico. La compresión permitió que el equinodermo tuviera más pies tubulares, fortaleció la prueba y aumentó el tamaño de los tubérculos y espinas ambulacrales. Estas espinas más grandes proporcionaron mayor protección contra los depredadores y una locomoción más rápida. Los pétalos aparecieron por primera vez en el Jurásico medio y se desarrollaron para una respiración más eficiente. Los primeros pétalos deprimidos ocurrieron en el Jurásico tardío, y para el Cretácico tardío muchos equinodermos tenían pétalos deprimidos culminando en pétalos profundos en el Cenozoico. Estas depresiones canalizaron el agua sobre los pies tubulares respiratorios, aumentaron el ancho de los ambulacros y sus pies tubulares, y permitieron que estos pies tubulares estuvieran protegidos de los depredadores por la curvatura de las espinas sobre ellos. Una hendidura anterior se desarrolló ligeramente en el Jurásico medio, fue distinta en el Cretácico y más profunda en el Cenozoico. Esta hendidura proporcionó un paso para la comida y refugio para los grandes pies tubulares penicilados. Los filodes aparecen por primera vez en el Jurásico inferior tanto en los equinodermos regulares como irregulares. Durante el Mesozoico, el número de poros en los filodes de los equinodermos irregulares se redujo, y en la mayoría de las especies un poro fue eliminado de un par de poros. Los filodes proporcionaron un gran número de pies tubulares de alimentación cerca del peristoma. En el sistema apical de los equinodermos irregulares, el periprocto se rompió durante el Jurásico inferior. Su movimiento posterior sirvió para separar las heces del equinodermo de sus áreas de alimentación y respiración. El número de placas genitales se redujo a una sola placa en los cassiduloides para el Cretácico tardío, pero esta reducción ocurrió más tarde en los holasteroides y spatangoides; muchas especies que viven hoy tienen más de una placa genital. Los equinodermos del Triásico y el Jurásico temprano eran pequeños; pero durante la segunda parte del Jurásico, ocurren especies más grandes, particularmente entre los irregulares y los equinothurioides. Todos los equinodermos del Triásico excepto uno eran circulares en el contorno marginal, pero durante el Jurásico la prueba en muchos irregulares se alargó, permitiendo que el equinodermo desarrollara un movimiento unidireccional. El aplanamiento de la prueba permitió que el equinodermo cubriera su prueba más fácilmente, haciendo que el animal fuera menos conspicuo, menos afectado por el movimiento de las olas y colocando más de los pies tubulares de recolección de comida en contacto con el fondo marino. La linterna del Triásico tenía dientes surcados y un foramen poco profundo, pero para el Jurásico inferior algunas linternas tenían un foramen magno más profundo. Para el Jurásico medio están presentes los dientes carenados, y para el Cretácico tardío algunas linternas tienen epífisis unidas. Estos cambios permitieron que la linterna fuera más móvil y fortalecieron los dientes y las epífisis. Los soportes de la linterna en todos los equinodermos del Triásico son crecimientos de placas interambulacrales, pero en el Jurásico inferior muchas especies tienen soportes ambulacrales. Para el Jurásico medio estos soportes se unen en algunas especies para formar un arco. Estos cambios también aumentaron la movilidad y el poder de movimiento de la linterna. Las hendiduras branquiales aparecieron por primera vez en el Jurásico inferior (Hettangiense) y estaban bien desarrolladas para el Toarciense. Los tubérculos y sus espinas eran grandes en el Triásico y gradualmente disminuyeron de tamaño en algunas especies a través del Mesozoico. Esta reducción permitió que estos equinodermos con espinas más pequeñas cubrieran sus pruebas con sedimento. La tasa de introducción de nuevas placas fue baja en el Triásico, aumentando durante el Jurásico. Este aumento fue principalmente en los ambulacros y sirvió para aumentar el número de pies tubulares. Entre los holasteroides-spatangoides, algunas de las placas interambulacrales ventrales aumentaron de tamaño en relación con las placas adyacentes durante el Mesozoico y el Cenozoico formando el labio y el plastrón. Estos cambios permitieron el desarrollo de la prueba en forma de "corazón" y un desplazamiento anterior del peristoma. La diversidad de equinodermos aumentó desde el Triásico con el desarrollo de diferentes tipos de equinodermos capaces de habitar muchos hábitats variados. Todos los equinodermos del Triásico vivían encima del sustrato, pero en el Jurásico los equinodermos irregulares comenzaron a excavar en el sedimento. Aumentaron en número de especies durante el Mesozoico y ahora son más numerosos en especies que los equinodermos regulares. La diferencia entre las especies del Jurásico y el Triásico no es tan abrupta como se pensaba anteriormente, y todos los equinodermos del Jurásico se consideran que tuvieron un ancestro cidaroide.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0022336000061321",
    doi = "10.1017/s0022336000061321",
    openalex = "W2947356994",
    references = "doi101017s0025315400017574, doi101098rstb19590007, doi101126science17740541065, doi105962bhltitle11376, doi105962bhltitle30642, doi105962bhltitle4630, doi105962bhltitle54256, openalexw137635259, openalexw1522518756, openalexw2603113571"
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Resumen 1. Los equinodermos vivos se caracterizan por un extenso sistema vascular acuático desarrollado a partir del hidrocoelo larval izquierdo, un endoesqueleto complejo y multiplacado con estructura de estereoma, y pentamería. La evidencia fósil muestra que el estereoma evolucionó antes que la pentamería, pero ambos fueron adquiridos durante el Cámbrico Inferior. 2. El análisis cladístico de géneros del Cámbrico Inferior revela muy pocos caracteres en común entre los carpoides y los equinodermos verdaderos, y que la separación entre ellos fue la primera dicotomía evolutiva fundamental dentro de los Dexiothetica. 3. Los helicoplacoides son equinodermos del grupo tallo con placas espirales y tres ambulacros dispuestos radialmente alrededor de una boca lateral. Son los equinodermos más primitivos y los primeros en mostrar una disposición radial de los sistemas vascular acuático y ambulacral. A diferencia de los equinodermos posteriores, su esqueleto no muestra diferenciación dorsal/ventral (aboral/oral). Probablemente eran filtradores sésiles. 4. Camptostroma es el equinodermo pentaradiado más primitivo conocido y, en nuestra opinión, posiblemente un ancestro común de todos los grupos vivos. Tenía una superficie dorsal (aboral) cónica corta con placas imbricadas, una pared lateral con crestas y una superficie ventral (oral) ligeramente abovedada con cinco ambulacros curvos en una disposición 2-1-2 heredada del patrón triradiado de los helicoplacoides. Las áreas interambulacrales llevaban epispires y el interambulacro CD contenía el ano, el poro hidropórico y/o el gonoporo. Todas las partes de la teca tenían placas en al menos dos capas. 5. Todos los demás equinodermos pertenecen a uno de dos subfilos monofiléticos, los Pelmatozoa y los Eleutherozoa. 6. Stromatocystites es el eleutherozoano más antiguo conocido y difiere de Camptostroma en tener una prueba con solo una capa de placas y haber perdido la elongación dorsal. En Stromatocystites la superficie dorsal es plana y la placentación es teselada. Stromatocystites era un filtrador sésil de bajo nivel. 7. Los lepidocistoides son los pelmatozoos más antiguos conocidos. Difieren de Camptostroma en tener un pedúnculo dorsal adherente que conservó la placentación imbricada primitiva, y por desarrollar estructuras eréctiles de alimentación a lo largo de los ambulacros. En Kinzercystis, los ambulacros están confinados a la superficie teical y los braquiolos biserials eréctiles surgen alternativamente en ambos lados. Lepidocystis tiene una disposición similar, excepto que la parte distal de cada ambulacro se extiende más allá del borde de la teca como un brazo libre. 8. Los pelmatozoos divergieron más o menos inmediatamente en crinoideos, con múltiples brazos libres compuestos por placas uniserials, y cistoides sensu lato, que conservaron los braquiolos. Gogia (Cámbrico Inferior a Medio) es el cistoides más primitivo conocido y difiere de Kinzercystis principalmente en tener toda la placentación teselada, mientras que Echmatocrinus (Cámbrico Medio) es el crinoide más primitivo conocido y difiere de Lepidocystis en carecer de braquiolos y en tener más de cinco brazos libres con placas uniserials. 9. La diferenciación de los grupos pelmatozoos posterior al Cámbrico Inferior procedió rápidamente, explotando el modo de vida de filtración sésil primitivo. La máxima diversidad morfológica se alcanzó en el Ordovícico, pero a partir de entonces los crinoideos desplazaron progresivamente a los grupos de cistoides y alcanzaron su máxima diversidad durante el Carbonífero. Los eleutherozoos fueron más lentos en diversificarse, pero hacia el Arenig los primeros «estrellas de mar» (en realidad, miembros avanzados del grupo tallo de los eleutherozoos) habían revertido su orientación de vida y habían comenzado a explotar un modo de vida de alimentación por depósitos. Estos a su vez dieron lugar a los ofiúridos, equinodermos y holotúridos. 10. El ambulacro básico de los equinodermos ya estaba presente en los helicoplacoides. Tenía placas de suelo biserials alternas y hojas de placas de cubierta complejas en ambos lados. El vaso radial de agua yacía en el suelo del ambulacro, externo a la cavidad corporal, y daba origen ventralmente a ramas cortas laterales (precursores de los pies tubulares) que se usaban para abrir las hojas de placas de cubierta, y dorsalmente estaba conectado a bolsas de compensación internas que actuaban como reservorios de fluido (y estaban preadaptadas para un papel en el intercambio gaseoso). La placentación en las hojas de placas de cubierta estaba organizada y reflejaba las posiciones de las ramas laterales del vaso radial de agua. En Camptostroma, las hojas de placas de cubierta tenían filas biserialmente alineadas de placas de cubierta asociadas con las ramas laterales. 11. Los braquiolos surgieron por extensión de las ramas laterales del vaso radial de agua y las placas de cubierta alineadas seriamente encontradas en Camptostroma. Llevan una sola serie alternada de placas de cubierta. En Lepidocystis los ambulacros se extendieron más allá del borde de la superficie oral como brazos verdaderos. Las placas braquiales de los brazos son homólogas de las placas de suelo ambulacrales primarias, y los brazos llevan múltiples series de placas de cubierta. La placentación ambulacral uniserial es una condición derivada y evolucionó independientemente en los crinoideos, paracrinoideos y edrioasteroideos isorofidos. Las pinulas en los crinoideos surgieron independientemente en inadunatos y cameratos mediante una ramificación progresivamente más desigual de los brazos. Por lo tanto, todas las partes del sistema subvectivo en los crinoideos son homólogas internamente, mientras que en los cistoides, los braquiolos y los brazos (o ambulacros) no son estructuras homólogas. 12. La posición del poro hidropórico es el mejor punto de referencia para orientar los equinodermos. El sistema de Carpenter para identificar los ambulacros mediante letras, dispuestas en sentido horario en vista oral con el ambulacro A opuesto al poro hidropórico, es consistente en todas las clases de equinodermos. En todos los equinodermos pentaradiados del Cámbrico Inferior, el ano, el gonoporo y el poro hidropórico se encuentran en el interambulacro CD y esto se acepta como la disposición primitiva. En los helicoplacoides sugerimos tentativamente que el ambulacro A se enroscaba hacia abajo desde la boca mientras que los dos ambulacros que se enroscaban hacia arriba representan los ambulacros B + C y D + E combinados. 13. El tallo pelmatozoo surgió de un pedúnculo poliplacado, a través de un tallo merico a una columna verdadera con columnales holoméricos (pieza única). Esto ocurrió independientemente en los crinoideos y los cistoides. 14. Nuestro análisis de la filogenia de los equinodermos nos lleva a recomendar los siguientes cambios en la clasificación de nivel superior de los equinodermos: El filo Echinodermata incluye solo aquellos grupos con simetría radial superpuesta sobre una asimetría larvaria fundamental. Tiene un grupo troncal que contiene a los helicoplacoides trirradiados y un grupo corona al que pertenecen todos los demás equinodermos (pentarradiados). El grupo corona contiene dos subfilos monofiléticos, los Pelmatozoa y los Eleutherozoa, y los Pelmatozoa contienen dos superclases, los Crinoidea que son extantes y los Cystoidea, que son extintos.

@article{doi101111j1469185x1984tb00411x,
    author = "Paul, C. R. C. and Smith, A. B.",
    title = "THE EARLY RADIATION AND PHYLOGENY OF ECHINODERMS",
    year = "1984",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society",
    abstract = "Summary 1. Living echinoderms are characterized by an extensive water vascular system developed from the larval left hydrocoel, a complex, multi‐plated endoskeleton with stereom structure, and pentamery. Fossil evidence shows that stereom evolved before pentamery, but both were acquired during the Lower Cambrian. 2. Cladistic analysis of Lower Cambrian genera reveals very few characters in common between carpoids and true echinoderms, and that the split between them was the first fundamental evolutionary dichotomy within the Dexiothetica. 3. Helicoplacoids are stem group echinoderms with spiral plating and three ambulacra arranged radially around a lateral mouth. They are the most primitive echinoderms and the first to show a radial arrangement of the water vascular and ambulacral systems. Unlike later echinoderms, their skeleton shows no dorsal/ventral (aboral/oral) differentiation. They were probably sedentary suspension feeders. 4. Camptostroma is the most primitive known pentaradiate echinoderm and, in our view, possibly a common ancestor of all living groups. It had a short conical dorsal (aboral) surface with imbricate plating, a ridged lateral wall and a slightly domed ventral (oral) surface with five curved ambulacra in a 2‐1‐2 arrangement inherited from the triradiate pattern of the helicoplacoids. Interambulacral areas bore epispires and the CD interambulacrum contained the anus, hydropore and/or gonopore. All parts of the theca had plates in at least two layers. 5. All other echinoderms belong to one of two monophyletic subphyla, the Pelmatozoa and the Eleutherozoa. 6. Stromatocystites is the earliest known eleutherozoan and differs from Camptostroma in having a test with only one layer of plates and having lost the dorsal elongation. In Stromatocystites the dorsal surface is flat and the plating tesselate. Stromatocystites was an unattached, low‐level suspension feeder. 7. The lepidocystoids are the earliest known pelmatozoans. They differ from Camptostroma in having an attached dorsal stalk which retained the primitive imbricate plating, and by developing erect feeding structures along the ambulacra. In Kinzercystis, the ambulacra are confined to the thecal surface and erect, biserial brachioles arise alternately on either side. Lepidocystis has a similar arrangement except that, the distal part of each ambulacrum extends beyond the edge of the theca as a free arm. 8. Pelmatozoans diverged more or less immediately into crinoids, with multiple free arms composed of uniserial plates, and cystoids sensu lato, which retained brachioles. Gogia (Lower to Middle Cambrian) is the most primitive known cystoid and differs from Kinzercystis principally in having all plating tesselate, while Echmatocrinus (Middle Cambrian) is the most primitive known crinoid and differs from Lepidocystis in lacking brachioles and in having more than five free arms with uniserial plates. 9. Post Lower Cambrian differentiation of pelmatozoan groups proceeded rapidly, exploiting the primitive suspension‐feeding mode of life. Maximum morphological diversity was reached in the Ordovician, but thereafter crinoids progressively displaced cystoid groups and reached their peak diversity during the Carboniferous. The eleutherozoans were slower to diversify, but by the Arenig the earliest ‘sea‐stars’ (in reality, advanced members of the eleutherozoan stem group) had reversed their living orientation and had begun to exploit a deposit‐feeding mode of life. These in turn led to the ophiuroids, echinoids and holothuroids. 10. The basic echinoderm ambulacrum was already present in the helicoplacoids. It had biserial, alternate flooring plates and complexly plated sheets of cover plates on either side. The radial water vessel lay in the floor of the ambulacrum, external to the body cavity, and gave rise ventrally to short, lateral branches (fore‐runners of tube feet) that were used to open the cover plate sheets, and dorsally was connected to internal compensation sacs which acted as fluid reservoirs (and were preadapted for a role in gaseous exchange). Plating on the cover plate sheets was organized and reflected the positions of the lateral branches from the radial water vessel. In Camptostroma, the cover plate sheets had biserially aligned rows of cover plates associated with the lateral branches. 11. Brachioles arose by extension of the lateral branches of the radial water vessel and associated serially aligned cover plates found in Camptostroma. They bear a single alternate series of cover plates. In Lepidocystis the ambulacra extended beyond the edge of the oral surface as true arms. Brachial plates of arms are homologues of primary ambulacral flooring plates, and arms bear multiple series of cover plates. Uniserial ambulacral plating is a derived condition and evolved independently in crinoids, paracrinoids and isorophid edrioasteroids. Pinnules in crinoids arose independently in inadunates and camerates by a progressively more unequal branching of the arms. Thus all parts of the subvective system in crinoids are internally homologous, whereas in cystoids, brachioles and arms (or ambulacra) are not homologous structures. 12. The position of the hydropore is the best reference point in orientating echinoderms. Carpenter's system of identifying ambulacra by letters, arranged clock‐wise in oral view with the A ambulacrum opposite the hydropore, is consistent in all echinoderm classes. In all Lower Cambrian pentaradiate echinoderms the anus, gonopore and hydropore lie in the CD interambulacrum and this is accepted as the primitive arrangement. In helicoplacoids we tentatively suggest that the A ambulacrum spiralled down from the mouth while the two ambulacra that spiralled up represent the B + C and D + E ambulacra combined. 13. The pelmatozoan stem arose from a polyplated stalk, via a meric stem to a true column with holomeric (single piece) columnals. This happened independently in the crinoids and the cystoids. 14. Our analysis of echinoderm phylogeny leads us to recommend the following changes to the higher level classification of echinoderms: The phylum Echinodermata includes only those groups with radial symmetry superimposed upon a fundamental larval asymmetry. It has a stem group that contains the triradiate helicoplacoids and a crown group to which all other (pentaradiate) echinoderms belong. The crown group contains two monophyletic subphyla, the Pelmatozoa and the Eleutherozoa, and the Pelmatozoa contains two superclasses, the Crinoidea which are extant and the Cystoidea, which are extinct.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1469-185x.1984.tb00411.x",
    doi = "10.1111/j.1469-185x.1984.tb00411.x",
    openalex = "W2111237039",
    references = "doi101007bf03160383, doi101007bf03190413, doi1010160012825280900641, doi101098rstb19630010, doi101111j1469185x1979tb00845x, doi101126science1403568820, doi101146annurevea03050175000455, doi103133ofr81743, doi105281zenodo16118842, doi105962bhltitle66379, openalexw3034464084, openalexw3157064287"
}

Los estudios comparativos de la relación entre dos fenotipos, o entre un fenotipo y un entorno, se realizan frecuentemente mediante métodos estadísticos inválidos. La mayoría de los métodos de regresión, correlación y tablas de contingencia, incluidos los métodos no paramétricos, asumen que los puntos se extraen de forma independiente de una distribución común. Cuando las especies se toman de una filogenia ramificada, manifiestamente no son independientes. El uso de un método estadístico que asume independencia causará una sobreestimación de la significancia en las pruebas de hipótesis. Se han dado algunos ejemplos ilustrativos de estos fenómenos y se han discutido las limitaciones de las propuestas anteriores de formas de corregir la no independencia. Se ha propuesto un método para corregir la filogenia. Requiere que conozcamos tanto la topología del árbol como las longitudes de las ramas, y que estemos dispuestos a permitir que los caracteres se modelen mediante movimiento browniano en una escala lineal. Dadas estas condiciones, la filogenia especifica un conjunto de contrastes entre especies, contrastes que son estadísticamente independientes y pueden utilizarse en estudios de regresión o correlación. Se han discutido las considerables barreras para hacer un uso práctico de esta técnica.

@article{doi101086284325,
    author = "Felsenstein, Joseph",
    title = "Phylogenies and the Comparative Method",
    year = "1985",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "Los estudios comparativos de la relación entre dos fenotipos, o entre un fenotipo y un entorno, se realizan frecuentemente mediante métodos estadísticos inválidos. La mayoría de los métodos de regresión, correlación y tablas de contingencia, incluidos los métodos no paramétricos, asumen que los puntos se extraen de forma independiente de una distribución común. Cuando las especies se toman de una filogenia ramificada, manifiestamente no son independientes. El uso de un método estadístico que asume independencia causará una sobreestimación de la significancia en las pruebas de hipótesis. Se han dado algunos ejemplos ilustrativos de estos fenómenos y se han discutido las limitaciones de las propuestas anteriores de formas de corregir la no independencia. Se ha propuesto un método para corregir la filogenia. Requiere que conozcamos tanto la topología del árbol como las longitudes de las ramas, y que estemos dispuestos a permitir que los caracteres se modelen mediante movimiento browniano en una escala lineal. Dadas estas condiciones, la filogenia especifica un conjunto de contrastes entre especies, contrastes que son estadísticamente independientes y pueden utilizarse en estudios de regresión o correlación. Se han discutido las considerables barreras para hacer un uso práctico de esta técnica.",
    url = "https://doi.org/10.1086/284325",
    doi = "10.1086/284325",
    openalex = "W2013410948",
    references = "doi101007bf01734359, doi101038290699a0, doi101038293057a0, doi101093sysbio274401, doi101111j155856461981tb04991x, doi101126science1864167892, doi101126science6407108, doi101146annureves14110183001525, openalexw191281502, openalexw3045142570"
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Se presenta una clasificación y filogenia revisada a nivel de familia y superior para estrellas de mar post-paleozoicas. La monofilia del grupo se establece mediante un conjunto de caracteres tomado de la columna ambulacral que hasta ahora solo se ha reconocido en un género paleozoico. En comparación con estudios anteriores, la selección de caracteres aquí otorgó una mayor énfasis relativo a la morfología y el arreglo de los ossículos y los sistemas ossiculares. Se revisan las implicaciones funcionales de muchas características. Se reconocen treinta y cuatro familias, tres extintas, y se suprimen varios conceptos familiares antiguos; se propone la extinta Trichasteropsidae. Se reconocen superfamilias para las Valvatida. Se reconocen ocho órdenes, incluido el nuevo y extinto Trichasteropsida, y tres superórdenes. Ninguna estrella de mar viva es primitiva en el sentido de estar cerca de las estrellas de mar ancestrales y otros grupos de equinodermos; los Paxillosida, que comúnmente se han considerado primitivos, aquí se consideran especializados.

@article{doi10108000222938700771141,
    author = "Blake, Daniel B.",
    title = "A classification and phylogeny of post-Palaeozoic sea stars (Asteroidea: Echinodermata)",
    year = "1987",
    journal = "Journal of Natural History",
    abstract = "A revised classification and phylogeny at the family level and above are presented for post-Palaeozoic sea stars. Monophyly of the group is established by a character suite taken from the ambulacral column that thus far has been recognized in only one Palaeozoic genus. Compared to earlier studies, character selection here placed relatively greater emphasis on morphology and arrangement of ossicles and ossicular systems. Functional implications of many features are surveyed. Thirty-four families, three extinct, are recognized and a number of older familial concepts are suppressed; the extinct Trichasteropsidae is proposed. Superfamilies are recognized for the Valvatida. Eight orders, including the new, extinct Trichasteropsida, and three superorders are recognized. No living sea star is primitive in the sense of being close to ancestral sea stars and other echinoderm groups; the Paxillosida, which commonly has been considered primitive, is here considered specialized.",
    url = "https://doi.org/10.1080/00222938700771141",
    doi = "10.1080/00222938700771141",
    openalex = "W2038881251",
    references = "doi1010160031018268900989, doi103998mpub9690664"
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Resumen - Varios cladistas prominentes han cuestionado la importancia de los fósiles en la inferencia filogenética, y cada vez es más popular simplemente ajustar las formas extintas, si se las considera en absoluto, a un cladograma de taxones recientes. El estudio de la filogenia de amniotas de Gardiner (1982) y Løvtrup (1985) ejemplifica este tratamiento diferencial, y nos centramos en ese grupo de organismos para probar la proposición de que los fósiles no pueden derrocar una teoría de relaciones basada únicamente en la biota reciente. Nuestro análisis de parsimonia de la filogenia de amniotas, evitando cuidadosamente el conocimiento especial aportado por los fósiles, llevó a la siguiente clasificación de mejor ajuste, que es similar a la hipótesis novedosa publicada por Gardiner: (lepidosaurios (tortugas (mamíferos (aves, cocodrilos)))). Sin embargo, añadir fósiles resultó en un cladograma de parsimonia máxima de los taxones extantes marcadamente diferente: (mamíferos (tortugas (lepidosaurios (aves, cocodrilos)))). Esa clasificación es similar a la hipótesis tradicional, y proporciona un mejor ajuste al registro estratigráfico. Para aislar los taxones extintos responsables de dicha clasificación, los datos se dividieron sucesivamente en cada análisis filogenético, y concluimos que: (1) los fósiles del grupo interno, no los del grupo externo, fueron importantes; (2) los fósiles sinápsidos, no los reptilianos, fueron decisivos; (3) ciertos fósiles sinápsidos, no los más tempranos o tardíos, fueron responsables. La naturaleza crítica de los fósiles sinápsidos parece residir en la combinación particular de conjuntos de caracteres primitivos y derivados que exhibieron. Clasificar esos fósiles, junto con los mamíferos, como el grupo hermano de la línea que consiste en aves y cocodrilos resultó en un ajuste relativamente pobre a los datos; uno que involucró un aumento de 2 a 4 veces en las reversales evolutivas. Por lo tanto, la importancia de los fósiles críticos, colectiva o individualmente, parece residir en su relativa primitividad, y la explicación más simple para su naturaleza más conservadora es que han tenido menos tiempo para evolucionar. Aunque los fósiles pueden ser importantes en la inferencia filogenética solo bajo ciertas condiciones, no hay razón convincente para prejuzgar su contribución. Instamos a los sistemáticos a evaluar con equidad toda la evidencia disponible.

@article{doi101111j109600311988tb00514x,
    author = "Gauthier, Jacques and Kluge, Arnold G. and Rowe, Timothy",
    title = "AMNIOTE PHYLOGENY AND THE IMPORTANCE OF FOSSILS",
    year = "1988",
    journal = "Cladistics",
    abstract = "Resumen - Varios cladistas prominentes han cuestionado la importancia de los fósiles en la inferencia filogenética, y cada vez es más popular simplemente ajustar las formas extintas, si se las considera en absoluto, a un cladograma de taxones recientes. El estudio de la filogenia de amniotas de Gardiner (1982) y Løvtrup (1985) ejemplifica este tratamiento diferencial, y nos centramos en ese grupo de organismos para probar la proposición de que los fósiles no pueden derrocar una teoría de relaciones basada únicamente en la biota reciente. Nuestro análisis de parsimonia de la filogenia de amniotas, evitando cuidadosamente el conocimiento especial aportado por los fósiles, llevó a la siguiente clasificación de mejor ajuste, que es similar a la hipótesis novedosa publicada por Gardiner: (lepidosaurios (tortugas (mamíferos (aves, cocodrilos)))). Sin embargo, añadir fósiles resultó en un cladograma de parsimonia máxima de los taxones extantes marcadamente diferente: (mamíferos (tortugas (lepidosaurios (aves, cocodrilos)))). Esa clasificación es similar a la hipótesis tradicional, y proporciona un mejor ajuste al registro estratigráfico. Para aislar los taxones extintos responsables de dicha clasificación, los datos se dividieron sucesivamente en cada análisis filogenético, y concluimos que: (1) los fósiles del grupo interno, no los del grupo externo, fueron importantes; (2) los fósiles sinápsidos, no los reptilianos, fueron decisivos; (3) ciertos fósiles sinápsidos, no los más tempranos o tardíos, fueron responsables. La naturaleza crítica de los fósiles sinápsidos parece residir en la combinación particular de conjuntos de caracteres primitivos y derivados que exhibieron. Clasificar esos fósiles, junto con los mamíferos, como el grupo hermano de la línea que consiste en aves y cocodrilos resultó en un ajuste relativamente pobre a los datos; uno que involucró un aumento de 2 a 4 veces en las reversales evolutivas. Por lo tanto, la importancia de los fósiles críticos, colectiva o individualmente, parece residir en su relativa primitividad, y la explicación más simple para su naturaleza más conservadora es que han tenido menos tiempo para evolucionar. Aunque los fósiles pueden ser importantes en la inferencia filogenética solo bajo ciertas condiciones, no hay razón convincente para prejuzgar su contribución. Instamos a los sistemáticos a evaluar con equidad toda la evidencia disponible.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-0031.1988.tb00514.x",
    doi = "10.1111/j.1096-0031.1988.tb00514.x",
    openalex = "W1978557909",
    references = "crossref1943the, currie1985cranial, doi101001jama194302840160064031, doi1010079781468488517, doi101007978146848851721, doi101016002555648290027x, doi1010160169534789901626, doi101016b9781483198279500198, doi101016b9781483231426500124, doi101017cbo9780511693281002, doi101038142004a0, doi10108002724634198810011708, doi101086628623, doi101093sysbio1811, doi101093sysbio33183, doi1010970000505319311100000026, doi101098rstb19830079, doi101111j109636421977tb01031x, doi101111j109636421985tb01796x, doi101146annureven10010165000525, doi1023071005355, doi1023071220820, doi1023071292217, doi1023071441916, doi1023072412407, doi1023072412685, doi1023072413134, doi1023072413259, doi1023072413454, doi1023072485224, doi105281zenodo16171435, doi10560219780801847806, doi105962bhltitle6408, doi105962bhltitle82144, openalexw1534787790, openalexw1534857865, openalexw2954279587, openalexw2983381470, openalexw3146596760, openalexw3184837389, openalexw575222456, roaf1943the"
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Parte 1 Características del filo: cómo caracterizar los equinodermos - algunas implicaciones de la relación de grupo hermano entre equinodermos y cordados, el significado de la asimetría del desarrollo para la evolución de los equinodermos - una nueva interpretación. Parte 2 Relaciones de clase: análisis molecular de relaciones filogenéticas distantes en equinodermos, bioquímica del colágeno y la filogenia de los larvas de equinodermos, filogenia y la ley de von Baer, la relación filogenética de los holoturias - un análisis cladístico de las clases de equinodermos existentes, evidencia fósil para la relación de las clases de equinodermos existentes y sus tiempos de divergencia. Parte 3 Moléculas y relaciones: evolución del ADN y sistemática de equinodermos, hibridación ADN-ADN, el registro fósil, reconstrucción filogenética y la evolución de los equinoideos clypeasteroides, implicaciones filogenéticas de la reorganización genómica y la evolución de secuencias en el ADN mitocondrial de equinodermos, qué nos dice la biología molecular sobre el programa genómico para el desarrollo. Parte 4 Ontogenia y filogenia: heterocronía y la evolución de los equinoideos, roles de la alometría y la ecología en la evolución de los equinoideos, un enfoque biomecánico de la ontogenia y filogenia de los equinoideos, embriología experimental como herramienta para estudiar la evolución de los ciclos de vida de los equinodermos. Parte 5 Fósiles y evolución: la filogenia de los cistoides, la paleoecología evolutiva de los Blaistoidea, la evolución temprana de los Crinoidea, ontogenia y filogenia de los crinoides disparidos, la evolución de las estructuras de alimentación en los crinoides paleozoicos, la filogenia de los crinoides postpaleozoicos. Parte 6 Biología evolutiva: la ultraestructura de las células epidérmicas y secreciones del pie tubular - su relación con la hipótesis duoglandular y la filogenia de las clases de equinodermos, los ejes cristalográficos de las placas genitales de los equinoideos reflejan la forma larvaria - algunas implicaciones filogenéticas, tejidos colágenos mutables y su importancia para la paleontología y filogenia de los equinodermos, orígenes de la fauna hoasteroides de aguas profundas, estrategias de alimentación y respiración en los stylophora.

@book{openalexw635257420,
    author = "Paul, C. R. C. y Smith, Andrew B.",
    title = "Filogenia de equinodermos y biología evolutiva",
    year = "1988",
    abstract = "Parte 1 Características del filo: cómo caracterizar los equinodermos - algunas implicaciones de la relación de grupo hermano entre equinodermos y cordados, el significado de la asimetría del desarrollo para la evolución de los equinodermos - una nueva interpretación. Parte 2 Relaciones de clase: análisis molecular de relaciones filogenéticas distantes en equinodermos, bioquímica del colágeno y la filogenia de los larvas de equinodermos, filogenia y la ley de von Baer, la relación filogenética de los holoturias - un análisis cladístico de las clases de equinodermos existentes, evidencia fósil para la relación de las clases de equinodermos existentes y sus tiempos de divergencia. Parte 3 Moléculas y relaciones: evolución del ADN y sistemática de equinodermos, hibridación ADN-ADN, el registro fósil, reconstrucción filogenética y la evolución de los equinoideos clypeasteroides, implicaciones filogenéticas de la reorganización genómica y la evolución de secuencias en el ADN mitocondrial de equinodermos, qué nos dice la biología molecular sobre el programa genómico para el desarrollo. Parte 4 Ontogenia y filogenia: heterocronía y la evolución de los equinoideos, roles de la alometría y la ecología en la evolución de los equinoideos, un enfoque biomecánico de la ontogenia y filogenia de los equinoideos, embriología experimental como herramienta para estudiar la evolución de los ciclos de vida de los equinodermos. Parte 5 Fósiles y evolución: la filogenia de los cistoides, la paleoecología evolutiva de los Blaistoidea, la evolución temprana de los Crinoidea, ontogenia y filogenia de los crinoides disparidos, la evolución de las estructuras de alimentación en los crinoides paleozoicos, la filogenia de los crinoides postpaleozoicos. Parte 6 Biología evolutiva: la ultraestructura de las células epidérmicas y secreciones del pie tubular - su relación con la hipótesis duoglandular y la filogenia de las clases de equinodermos, los ejes cristalográficos de las placas genitales de los equinoideos reflejan la forma larvaria - algunas implicaciones filogenéticas, tejidos colágenos mutables y su importancia para la paleontología y filogenia de los equinodermos, orígenes de la fauna hoasteroides de aguas profundas, estrategias de alimentación y respiración en los stylophora.",
    openalex = "W635257420"
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Los Platycrinites y Eucladocrinus de la época Osageana tardía a Merameciana procedentes de Illinois, Iowa y Missouri se han redescrito y redefinido a partir del estudio del material tipo. Tres de las especies más antiguas fueron incorrectamente sinonimizadas con P. sarae, y esta corrección conduce a un realineamiento de la sistemática de especies dentro de Platycrinites. En consecuencia, se consideran válidas seis especies de Platycrinites y una especie de Eucladocrinus en la Caliza de Keokuk hasta la Caliza de St. Louis del área estratotipo. Las especies válidas incluyen Platycrinites saffordi (Hall), P. sarae (Hall), P. georgii (Hall), P. pumilus (Hall), P. brevinodus (Hall), P. niotensis (Meek y Worthen), y Eucladocrinus millebrachiatus Wahsmuth y Springer. Los cambios nomenclatorales incluyen lo siguiente: 1) P. sarae se ha redescrito y se han eliminado todos los sinónimos juniors; 2) P. georgii es un sinónimo senior válido de P. bonoensis (White), P. aeternalis (Miller), P. boonvillensis (Miller) y P. cauducus; 3) P. pentagonus (Miller) es un sinónimo junior de P. niotensis; 4) P. pumilus es un sinónimo senior válido de P. prattenanus (Meek y Worthen) y P. monroensis (Worthen); 5) P. bloomfieldensis (Miller) se designa como nomen dubium; y 6) Eucladocrinus millebrachiatus immaturus es un sinónimo junior de E. millebrachiatus. La evolución de nuevas especies en Platycrinites fue mediante una combinación de cladogénesis y posiblemente anagénesis. Platycrinites sarae evolucionó de P. saffordi posiblemente a través de anagénesis, P. pumilus evolucionó de P. niotensis a través de cladogénesis, y P. hemisphaericus evolucionó a través de cladogénesis de P. brevinodus, aunque P. hemisphaericus no ocurre en el área geográfica de este estudio.

@article{doi101017s0022336000018977,
    author = "Ausich, William I. y Kammer, Thomas",
    title = "Sistemática y filogenia de los crinoides Platycrinites y Eucladocrinus de la época Osageana tardía y Merameciana del área estratotipo Mississippiana",
    year = "1990",
    journal = "Journal of Paleontology",
    abstract = "Los Platycrinites y Eucladocrinus de la época Osageana tardía a Merameciana procedentes de Illinois, Iowa y Missouri se han redescrito y redefinido a partir del estudio del material tipo. Tres de las especies más antiguas fueron incorrectamente sinonimizadas con P. sarae, y esta corrección conduce a un realineamiento de la sistemática de especies dentro de Platycrinites. En consecuencia, se consideran válidas seis especies de Platycrinites y una especie de Eucladocrinus en la Caliza de Keokuk hasta la Caliza de St. Louis del área estratotipo. Las especies válidas incluyen Platycrinites saffordi (Hall), P. sarae (Hall), P. georgii (Hall), P. pumilus (Hall), P. brevinodus (Hall), P. niotensis (Meek y Worthen), y Eucladocrinus millebrachiatus Wahsmuth y Springer. Los cambios nomenclatorales incluyen lo siguiente: 1) P. sarae se ha redescrito y se han eliminado todos los sinónimos juniors; 2) P. georgii es un sinónimo senior válido de P. bonoensis (White), P. aeternalis (Miller), P. boonvillensis (Miller) y P. cauducus; 3) P. pentagonus (Miller) es un sinónimo junior de P. niotensis; 4) P. pumilus es un sinónimo senior válido de P. prattenanus (Meek y Worthen) y P. monroensis (Worthen); 5) P. bloomfieldensis (Miller) se designa como nomen dubium; y 6) Eucladocrinus millebrachiatus immaturus es un sinónimo junior de E. millebrachiatus. La evolución de nuevas especies en Platycrinites fue mediante una combinación de cladogénesis y posiblemente anagénesis. Platycrinites sarae evolucionó de P. saffordi posiblemente a través de anagénesis, P. pumilus evolucionó de P. niotensis a través de cladogénesis, y P. hemisphaericus evolucionó a través de cladogénesis de P. brevinodus, aunque P. hemisphaericus no ocurre en el área geográfica de este estudio.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0022336000018977",
    doi = "10.1017/s0022336000018977",
    openalex = "W2383024533",
    references = "doi101130spe46p1"
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Artículo de Revista Filogenia como un Principio Central en la Taxonomía: Definiciones Filogenéticas de Nombres de Taxones Obtener acceso Kevin de Queiroz, Kevin de Queiroz Departamento de Herpetología, Academia de Ciencias de CaliforniaGolden Gate Park, San Francisco, California 94118 Buscar otras obras de este autor en: Oxford Academic PubMed Google Scholar Jacques Gauthier Jacques Gauthier Departamento de Herpetología, Academia de Ciencias de CaliforniaGolden Gate Park, San Francisco, California 94118 Buscar otras obras de este autor en: Oxford Academic PubMed Google Scholar Systematic Biology, Volumen 39, Número 4, Diciembre 1990, Páginas 307–322, https://doi.org/10.2307/2992353 Publicado: 01 Diciembre 1990 Historial del artículo Recibido: 13 Febrero 1990 Aceptado: 25 Junio 1990 Publicado: 01 Diciembre 1990

@article{doi1023072992353,
    author = "de Queiroz, Kevin y Gauthier, Jacques",
    title = "Filogenia como un Principio Central en la Taxonomía: Definiciones Filogenéticas de Nombres de Taxones",
    year = "1990",
    journal = "Zoología Sistemática",
    abstract = "Artículo de Revista Filogenia como un Principio Central en la Taxonomía: Definiciones Filogenéticas de Nombres de Taxones Obtener acceso Kevin de Queiroz, Kevin de Queiroz Departamento de Herpetología, Academia de Ciencias de CaliforniaGolden Gate Park, San Francisco, California 94118 Buscar otras obras de este autor en: Oxford Academic PubMed Google Scholar Jacques Gauthier Jacques Gauthier Departamento de Herpetología, Academia de Ciencias de CaliforniaGolden Gate Park, San Francisco, California 94118 Buscar otras obras de este autor en: Oxford Academic PubMed Google Scholar Systematic Biology, Volumen 39, Número 4, Diciembre 1990, Páginas 307–322, https://doi.org/10.2307/2992353 Publicado: 01 Diciembre 1990 Historial del artículo Recibido: 13 Febrero 1990 Aceptado: 25 Junio 1990 Publicado: 01 Diciembre 1990",
    url = "https://doi.org/10.2307/2992353",
    doi = "10.2307/2992353",
    openalex = "W2004477458",
    references = "doi10108002724634198810011708, doi101086288811, doi1023071793007, doi1023072412685, doi1023072412744, doi1023072806339, doi1023072992272, doi1023073243026, doi105281zenodo16171435, openalexw2065464699, openalexw78510971"
}

Se utilizan varios métricas, incluida la diferencia promedio entre especies, el rango del espacio morfológico ocupado y el número de combinaciones de estados de caracteres, para investigar la diversificación morfológica en los crinoides paleozoicos. A pesar de varias fases de diversificación taxonómica, el nivel máximo de disparidad alcanzado en el Ordovícico permaneció esencialmente insuperado. Aunque se ocuparon nuevas regiones en el espacio morfológico después del Devónico, estas no fueron tan extensas como las que habían sido evacuadas antes del Carbonífero. Esta discordancia entre el cambio morfológico total extenso y el cambio neto limitado respalda aún más los argumentos anteriores sobre la importancia de las restricciones morfológicas en la evolución de los crinoides. Los cambios mayores en la ocupación del espacio morfológico corresponden con cambios en la diversidad taxonómica dentro de ciertos taxones superiores. El grado en que los cladidos avanzados (Poteriocrinina) parecen expandirse hacia nuevos espacios morfológicos se exagera por el gran número de especies muy similares en este grupo. Si se muestrean menos especies, considerando solo aquellas formas que difieren entre sí por al menos cierta cantidad prescrita, los poteriocritos parecen ser menos extremos morfológicamente. Por el contrario, otros grupos que parecen ocupar regiones únicas en el espacio morfológico continúan haciéndolo incluso si se muestrean menos de ellos. Los principales clados de crinoides—Camerata y Cladida+Flexibilia—no muestran el mismo patrón evolutivo que Crinoidea, sino que exhiben una diversificación morfológica más gradual. Esta observación proporciona apoyo adicional para la existencia de diferencias cualitativas entre taxones de diferentes rangos.

@article{doi101017s0094837300013300,
    author = "Foote, Mike",
    title = "Diversificación morfológica de los crinoides paleozoicos",
    year = "1995",
    journal = "Paleobiología",
    abstract = "Se utilizan varios métricas, incluida la diferencia promedio entre especies, el rango del espacio morfológico ocupado y el número de combinaciones de estados de caracteres, para investigar la diversificación morfológica en los crinoides paleozoicos. A pesar de varias fases de diversificación taxonómica, el nivel máximo de disparidad alcanzado en el Ordovícico permaneció esencialmente insuperado. Aunque se ocuparon nuevas regiones en el espacio morfológico después del Devónico, estas no fueron tan extensas como las que habían sido evacuadas antes del Carbonífero. Esta discordancia entre el cambio morfológico total extenso y el cambio neto limitado respalda aún más los argumentos anteriores sobre la importancia de las restricciones morfológicas en la evolución de los crinoides. Los cambios mayores en la ocupación del espacio morfológico corresponden con cambios en la diversidad taxonómica dentro de ciertos taxones superiores. El grado en que los cladidos avanzados (Poteriocrinina) parecen expandirse hacia nuevos espacios morfológicos se exagera por el gran número de especies muy similares en este grupo. Si se muestrean menos especies, considerando solo aquellas formas que difieren entre sí por al menos cierta cantidad prescrita, los poteriocritos parecen ser menos extremos morfológicamente. Por el contrario, otros grupos que parecen ocupar regiones únicas en el espacio morfológico continúan haciéndolo incluso si se muestrean menos de ellos. Los principales clados de crinoides—Camerata y Cladida+Flexibilia—no muestran el mismo patrón evolutivo que Crinoidea, sino que exhiben una diversificación morfológica más gradual. Esta observación proporciona apoyo adicional para la existencia de diferencias cualitativas entre taxones de diferentes rangos.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0094837300013300",
    doi = "10.1017/s0094837300013300",
    openalex = "W1934468248",
    references = "doi101130spe46p1"
}

Las relaciones filogenéticas de los taxones superiores de equinoides han sido investigadas utilizando una base de datos morfológica de 163 caracteres y secuencias moleculares de genes de ARN ribosómico (ARNr) de subunidades grandes y pequeñas (LSU y SSU). Se ha secuenciado el gen completo de ARNr SSU para 21 taxones, con representantes de nueve de las 14 órdenes existentes de Echinoidea. También se secuenciaron secuencias parciales de LSU, que representan los primeros 400 pares de bases (p.b.) desde el extremo 5', para tres taxones para complementar una base de datos existente de diez taxones. Las dos secuencias moleculares proporcionaron un total de 371 sitios variables, de los cuales 143 fueron informativos filogenéticamente (comparados con 145 sitios informativos filogenéticamente de datos morfológicos). Los datos morfológicos, LSU y SSU se han analizado por separado y juntos. Los datos morfológicos y de secuencia SSU generan topologías que no están en conflicto significativo (bajo la prueba de Templeton), pero la fuerte señal que empareja a los arbaciidos con los clypeasteroides en el árbol derivado de LSU marca los datos de secuencia de LSU como anómalos para este taxón. Un enfoque de 'evidencia total' derivó un árbol muy similar en topología al derivado de los datos morfológicos. Enraizado en el taxón fósil del tallo Archaeocidaris, nuestro árbol de evidencia total sugirió las relaciones de los taxones superiores de la siguiente manera: Cidaroida (Phormosomatidae (Echinothuriidae (Diadematidae ((Spatangoida (Clypeasteroida, Cassiduloida)) ((Calycina, Arbacioida) (Stomopneustidae (Glyphocidaridae (Temnopleuridae (Echinometridae (Echinidae, Stronglyocentridae)))))))))). Los análisis filogenéticos ejecutados tanto con como sin taxones fósiles clave produjeron topologías ligeramente diferentes. Es importante incluir taxones fósiles en un análisis filogenético donde haya ramas largas del grupo del tallo o donde el grupo corona sea altamente derivado.

@article{doi101098rstb19950023,
    author = "Littlewood, D. Timothy J. y Smith, Andrew",
    title = "Una filogenia combinada morfológica y molecular para los erizos de mar (Echinoidea: Echinodermata)",
    year = "1995",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Las relaciones filogenéticas de los taxones superiores de equinoides han sido investigadas utilizando una base de datos morfológica de 163 caracteres y secuencias moleculares de genes de ARN ribosómico (ARNr) de subunidades grandes y pequeñas (LSU y SSU). Se ha secuenciado el gen completo de ARNr SSU para 21 taxones, con representantes de nueve de las 14 órdenes existentes de Echinoidea. También se secuenciaron secuencias parciales de LSU, que representan los primeros 400 pares de bases (p.b.) desde el extremo 5', para tres taxones para complementar una base de datos existente de diez taxones. Las dos secuencias moleculares proporcionaron un total de 371 sitios variables, de los cuales 143 fueron informativos filogenéticamente (comparados con 145 sitios informativos filogenéticamente de datos morfológicos). Los datos morfológicos, LSU y SSU se han analizado por separado y juntos. Los datos morfológicos y de secuencia SSU generan topologías que no están en conflicto significativo (bajo la prueba de Templeton), pero la fuerte señal que empareja a los arbaciidos con los clypeasteroides en el árbol derivado de LSU marca los datos de secuencia de LSU como anómalos para este taxón. Un enfoque de 'evidencia total' derivó un árbol muy similar en topología al derivado de los datos morfológicos. Enraizado en el taxón fósil del tallo Archaeocidaris, nuestro árbol de evidencia total sugirió las relaciones de los taxones superiores de la siguiente manera: Cidaroida (Phormosomatidae (Echinothuriidae (Diadematidae ((Spatangoida (Clypeasteroida, Cassiduloida)) ((Calycina, Arbacioida) (Stomopneustidae (Glyphocidaridae (Temnopleuridae (Echinometridae (Echinidae, Stronglyocentridae)))))))))). Los análisis filogenéticos ejecutados tanto con como sin taxones fósiles clave produjeron topologías ligeramente diferentes. Es importante incluir taxones fósiles en un análisis filogenético donde haya ramas largas del grupo del tallo o donde el grupo corona sea altamente derivado.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.1995.0023",
    doi = "10.1098/rstb.1995.0023",
    openalex = "W2037668986",
    references = "doi105281zenodo16046014"
}

Este artículo presenta una estimación de la filogenia de las 203 especies de primates. El árbol compuesto se deriva aplicando un algoritmo de parsimonia a más de cien estimaciones previas, y está bien resuelto, conteniendo 160 nodos. Las edades de más de la mitad de los clados en el árbol han sido estimadas a partir de información en la literatura. Se ha utilizado el remuestreo por bootstrap para indicar el grado de certeza asociado con cada clado. El árbol será un marco útil para los biólogos comparativos y muestra qué áreas de la filogenia de los primates aún solo se conocen de manera esquemática.

@article{doi101098rstb19950078,
    author = "Purvis, Andy",
    title = "Una estimación compuesta de la filogenia de los primates",
    year = "1995",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Este artículo presenta una estimación de la filogenia de las 203 especies de primates. El árbol compuesto se deriva aplicando un algoritmo de parsimonia a más de cien estimaciones previas, y está bien resuelto, conteniendo 160 nodos. Las edades de más de la mitad de los clados en el árbol han sido estimadas a partir de información en la literatura. Se ha utilizado el remuestreo por bootstrap para indicar el grado de certeza asociado con cada clado. El árbol será un marco útil para los biólogos comparativos y muestra qué áreas de la filogenia de los primates aún solo se conocen de manera esquemática.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.1995.0078",
    doi = "10.1098/rstb.1995.0078",
    openalex = "W2081030047",
    references = "doi101016002555648290027x, openalexw638862129"
}

@article{doi101007bf00987959,
    author = "Oxelman, Bengt y Lidén, Magnus y Berglund, Daniel",
    title = "Filogenia del intrón de cloroplastos16 del tribu Sileneae (Caryophyllaceae)",
    year = "1997",
    journal = "Plant Systematics and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf00987959",
    doi = "10.1007/bf00987959",
    openalex = "W30417703",
    references = "doi101111j109600311989tb00573x, openalexw638862129"
}

Se emplea un enfoque paso a paso para determinar la filogenia de la radiación inicial de los crinoides durante las series de Arenig y Llanvirn del Ordovícico. Primero se completa el análisis de caracteres basado en parsimonia para los crinoides de Arenig y luego para los crinoides de Arenig y Llanvirn combinados. La topología de los árboles bien resueltos de esta temprana radiación de crinoides indica que los Crinoidea deberían subdividirse en seis subclases. Se propone una nueva subclase y un nuevo orden, Aethocrinea y Aethocrinida, respectivamente, para los crinoides con cuatro anillos de placas en el cupo aboral: dinteles, infrabasales, basales y radiales. Esta construcción del cupo aboral se muestra mejor en Aethocrinus, uno de los crinoides más antiguos conocidos (?Tremadoc-Arenig). Sin embargo, esta construcción primitiva del cupo aboral también está presente en dos crinoides de Llanvirn, Perittocrinus y Tetracionocrinus. La Aethocrinea fue una pequeña y de corta duración radiación de crinoides con este diseño que difería de los de otros crinoides. Dos familias en la Aethocrinida son la Aethocrinidae, que incluye a Aethocrinus, y la Perittocrinidae, que incluye a Perittocrinus y Tetracionocrinus. Además de la Aethocrinea, las siguientes subclases de crinoides se reconocen basándose en análisis de caracteres de estos primeros crinoides: Cladida, Camerata, Disparida, Flexibilia y Articulata.

@article{doi101017s0022336000024276,
    author = "Ausich, William I.",
    title = "Early phylogeny and subclass division of the Crinoidea (Phylum Echinodermata)",
    year = "1998",
    journal = "Journal of Paleontology",
    abstract = "A stepwise approach is employed to determine the phylogeny of the initial crinoid radiation during the Arenig and Llanvirn series of the Ordovician. Parsimony-based character analysis is completed first on Arenig crinoids and then for Arenig and Llanvirn crinoids combined. The topology from well-resolved trees of this early crinoid radiation indicates that the Crinoidea should be subdivided into six subclasses. A new subclass and new order, Aethocrinea and Aethocrinida, respectively, are proposed for crinoids with four circlets of plates in the aboral cup: lintels, infrabasals, basals, and radials. This aboral cup construction is best displayed by Aethocrinus, one of the oldest known crinoids (?Tremadoc-Arenig). However, this primitive aboral cup construction is also present in two Llanvirn crinoids, Perittocrinus and Tetracionocrinus. The Aethocrinea was a small, short-lived radiation of crinoids with this design that was different from those of other crinoids. Two families in the Aethocrinida are the Aethocrinidae, which includes Aethocrinus, and the Perittocrinidae, which includes Perittocrinus and Tetracionocrinus. In addition to the Aethocrinea, the following crinoid subclasses are recognized based on character analyses of these earliest crinoids: Cladida, Camerata, Disparida, Flexibilia, and Articulata.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0022336000024276",
    doi = "10.1017/s0022336000024276",
    openalex = "W2367231388",
    references = "doi101130spe46p1"
}

@article{doi101023a1001761008817,
    author = "Kurtzman, Cletus P. y Robnett, Christie J.",
    title = "Identificación y filogenia de levaduras ascomicetos mediante el análisis de secuencias parciales de ADN ribosomal nuclear de gran subunidad (26S)",
    year = "1998",
    journal = "Antonie van Leeuwenhoek",
    url = "https://doi.org/10.1023/a:1001761008817",
    doi = "10.1023/a:1001761008817",
    openalex = "W1868830645",
    references = "doi101007978140206754912413, doi101093sysbio422182, doi1023072992540"
}

▪ Resumen La radiación primaria de biotas terrestres del Silúrico-Devónico es el equivalente terrestre de la controvertida «explosión» cámbrica de faunas marinas. Ambas muestran las características de radiaciones de novedad (la diversidad fenotípica aumenta mucho más rápidamente que la diversidad de especies a través de un paisaje ecológicamente insaturado y, por tanto, de baja competencia), y ambas finalizaron con la formación de marcos evolutivos y ecológicos análogos a los de los ecosistemas modernos. Los profundos avances en la comprensión de la evolución temprana de las plantas terrestres reflejan recientes liberaciones de varias restricciones de investigación: las técnicas cladísticas junto con datos de secuencias de ADN de parientes existentes han provocado reinterpretaciones revolucionarias de la filogenia de las plantas terrestres, y por tanto de la sistemática y los patrones de adquisición de estados de carácter. Las técnicas experimentales biomecánicas y fisiológicas desarrolladas para plantas existentes se han extrapolado a especies fósiles, con interpretaciones tanto ayudadas como complicadas por el reciente conocimiento de que las posiciones de las masas terrestres globales, las corrientes, los climas y las composiciones atmosféricas han sido profundamente variables (y por tanto no uniformitaristas) a lo largo del Fanerozoico. La combinación de datos filogenéticos y paleoecológicos ofrece posibles perspectivas sobre la identidad y función de las innovaciones clave, aunque la evidencia actual sugiere la importancia de acumular dentro de las linajes una masa crítica de caracteres fenotípicos. Los desafíos para el progreso futuro incluyen la falta de datos de secuencias y la escasez de características fenotípicas entre los clados de plantas terrestres tempranas, y un registro fósil aún insuficiente para fechar con precisión ciertos eventos evolutivos y ecológicos cruciales.

@article{doi101146annurevecolsys291263,
    author = "Bateman, Richard M. y Crane, Peter R. y DiMichele, William A. y Kenrick, Paul y Rowe, Nick y Speck, Thomas y Stein, William E.",
    title = "EVOLUCIÓN TEMPRANA DE LAS PLANTAS TERRESTRES: Filogenia, fisiología y ecología de la radiación terrestre primaria",
    year = "1998",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "▪ Resumen La radiación primaria de biotas terrestres del Silúrico-Devónico es el equivalente terrestre de la controvertida «explosión» cámbrica de faunas marinas. Ambas muestran las características de radiaciones de novedad (la diversidad fenotípica aumenta mucho más rápidamente que la diversidad de especies a través de un paisaje ecológicamente insaturado y, por tanto, de baja competencia), y ambas finalizaron con la formación de marcos evolutivos y ecológicos análogos a los de los ecosistemas modernos. Los profundos avances en la comprensión de la evolución temprana de las plantas terrestres reflejan recientes liberaciones de varias restricciones de investigación: las técnicas cladísticas junto con datos de secuencias de ADN de parientes existentes han provocado reinterpretaciones revolucionarias de la filogenia de las plantas terrestres, y por tanto de la sistemática y los patrones de adquisición de estados de carácter. Las técnicas experimentales biomecánicas y fisiológicas desarrolladas para plantas existentes se han extrapolado a especies fósiles, con interpretaciones tanto ayudadas como complicadas por el reciente conocimiento de que las posiciones de las masas terrestres globales, las corrientes, los climas y las composiciones atmosféricas han sido profundamente variables (y por tanto no uniformitaristas) a lo largo del Fanerozoico. La combinación de datos filogenéticos y paleoecológicos ofrece posibles perspectivas sobre la identidad y función de las innovaciones clave, aunque la evidencia actual sugiere la importancia de acumular dentro de las linajes una masa crítica de caracteres fenotípicos. Los desafíos para el progreso futuro incluyen la falta de datos de secuencias y la escasez de características fenotípicas entre los clados de plantas terrestres tempranas, y un registro fósil aún insuficiente para fechar con precisión ciertos eventos evolutivos y ecológicos cruciales.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.29.1.263",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.29.1.263",
    openalex = "W2167760809",
    references = "doi101017s0031819100009189, doi101017s009483730001280x, doi1023073515409"
}

Resumen Se analiza el patrón de longevidades diferenciales entre especies de cinco clados de crinoides osageanos–meramecianos en función de su significado evolutivo. Las diferencias en la longevidad media de las especies entre clados pueden haber resultado de un ordenamiento de especies basado en la euritopía (amplitud de nicho). Para probar la relación entre longevidad y euritopía, primero fue necesario reconocer objetivamente a los generalistas (euritópos) frente a los especialistas (stenótopos). Se utilizaron tres enfoques diferentes: (1) el «Índice de Euritopía» (EI), que es una medida del número medio de facies por especie; (2) análisis de la morfología funcional de los crinoides; y (3) uso de análisis discriminante canónico para analizar las distribuciones de especies entre facies con el fin de separar generalistas de especialistas. La longevidad media de especies de cada clado se evaluó mediante cuatro enfoques diferentes: (1) se utilizó la rarefacción para controlar las diferencias en el tamaño de la muestra, incluyendo tanto la riqueza de especies como el número de ocurrencias, entre clados; (2) el control potencial de facies de la longevidad de especies se evaluó mediante un bootstrap que comparó los datos observados con un modelo nulo donde la longevidad de especies estaba limitada únicamente por las ocurrencias reales de cada especie conocida a través del tiempo en las facies; (3) la uniformidad de la riqueza de especies de los clados a través del tiempo se evaluó mediante el «Índice de Uniformidad para la Riqueza de Especies» basado en la desviación estándar de la riqueza de especies de los clados a través de los intervalos de tiempo; y (4) las posibles truncaciones del rango de especies se evaluaron mediante un análisis de brechas bioestratigráficas basado en la distribución binomial. El orden general de aumento de longevidad y euritopía es (de menor a mayor): flexibles, cladidos avanzados, cameratas, disparidos y cladidos primitivos. En general, los crinoides pinnulados (cladidos avanzados y cameratas) fueron especialistas con menor longevidad media de especies, y los crinoides no pinnulados (disparidos y cladidos primitivos) fueron generalistas con mayor longevidad media de especies. Los crinoides pinnulados estaban especializados para alimentarse en corrientes de alta energía y, por lo tanto, estaban limitados en su distribución de facies y presumiblemente más propensos a la extinción. Los no pinnulados podían alimentarse tanto en corrientes de baja como de alta energía y, por lo tanto, estaban menos limitados en su distribución de facies y presumiblemente menos propensos a la extinción. Los flexibles fueron la excepción en el sentido de que eran no pinnulados pero tenían la menor longevidad media de especies, aparentemente porque estaban especializados para ambientes clásticos de aguas profundas. En promedio, los clados generalistas tienen longevidades medias de especies que, como mínimo, son hasta un 45% (≈1.0 ± 0.7 m.y.) más largas que los clados especialistas. Sin embargo, una mayor longevidad media de especies no necesariamente confería ventajas a largo plazo a un clado. Los cladidos avanzados especialistas se convirtieron en el clado de crinoides dominante del Paleozoico tardío y dieron origen a los crinoides articulados del post-Paleozoico. Esto puede haber resultado de un cambio más rápido de especies de los stenótopos creando novedades evolutivas adaptativas para su clado. Alternativamente, podría ser simplemente el resultado de procesos estocásticos. La subdivisión más fina del espacio de nicho por parte de los especialistas ha llevado a los trabajadores anteriores a predecir que los clados especialistas deberían tener una mayor riqueza de especies que los clados generalistas. El presente estudio apoya esta predicción.

@article{doi1016660094837319980240155esodsl23co2,
    author = "Kammer, Thomas and Baumiller, Tomasz K. and Ausich, William I.",
    title = "Significado evolutivo de la longevidad diferencial de especies en clados de crinoides Osagean–Meramecian (Mississipianos)",
    year = "1998",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Abstract Se analiza el patrón de longevidades diferenciales de especies entre cinco clados de crinoides Osagean–Meramecian en cuanto a su significado evolutivo. Las diferencias en la longevidad media de especies entre clados pueden haber resultado de la clasificación de especies basada en euriptopía (amplitud de nicho). Para probar la relación entre longevidad y euriptopía, primero fue necesario reconocer objetivamente a los generalistas (euriptopos) frente a los especialistas (stenotopos). Se utilizaron tres enfoques diferentes: (1) el "Índice de Euriptopía" (EI), que es una medida del número medio de facies por especie; (2) análisis de la morfología funcional de los crinoides; y (3) uso de análisis discriminante canónico para analizar las distribuciones de especies entre facies con el fin de separar generalistas de especialistas. La longevidad media de especies para cada clado se evaluó mediante cuatro enfoques diferentes: (1) se utilizó rarefacción para controlar diferencias en el tamaño de la muestra, incluyendo tanto la riqueza de especies como el número de ocurrencias, entre clados; (2) el control potencial de facies de la longevidad de especies se evaluó mediante un bootstrap que comparó los datos observados con un modelo nulo donde la longevidad de especies estaba limitada solo por las ocurrencias reales de cada especie conocida a través del tiempo en las facies; (3) la uniformidad de la riqueza de especies de clados a través del tiempo se evaluó mediante el "Índice de Uniformidad para la Riqueza de Especies" basado en la desviación estándar de la riqueza de especies de clados a través de los intervalos de tiempo; y (4) las posibles truncaciones del rango de especies se evaluaron mediante un análisis de brechas bioestratigráficas basado en la distribución binomial. El orden general de creciente longevidad y euriptopía es (de menor a mayor): flexibles, cladidos avanzados, cameratas, disparidos y cladidos primitivos. En general, los crinoides pinnulados (cladidos avanzados y cameratas) fueron especialistas con menor longevidad media de especies, y los crinoides no pinnulados (disparidos y cladidos primitivos) fueron generalistas con mayor longevidad media de especies. Los crinoides pinnulados estaban especializados para alimentarse en corrientes de alta energía y, por lo tanto, estaban limitados en su distribución de facies y presumiblemente más propensos a la extinción. Los no pinnulados podían alimentarse tanto en corrientes de baja como de alta energía y, por lo tanto, estaban menos limitados en su distribución de facies y presumiblemente menos propensos a la extinción. Los flexibles fueron la excepción en que eran no pinnulados pero tenían la menor longevidad media de especies, aparentemente porque estaban especializados para ambientes clásticos de aguas profundas. En promedio, los clados generalistas tienen longevidades medias de especies que, como mínimo, son hasta un 45\% (≈1.0 ± 0.7 m.y.) más largas que los clados especialistas. Sin embargo, una mayor longevidad media de especies no necesariamente confería ventajas a largo plazo a un clado. Los cladidos avanzados especialistas se convirtieron en el clado dominante de crinoides del Paleozoico tardío y dieron origen a los crinoides articulados del post-Paleozoico. Esto puede haber resultado de la renovación de especies más rápida de los stenotopos creando novedades evolutivas adaptativas para su clado. Alternativamente, podría ser simplemente el resultado de procesos estocásticos. La subdivisión más fina del espacio de nicho por parte de los especialistas ha llevado a los trabajadores anteriores a predecir que los clados especialistas deberían tener mayor riqueza de especies que los clados generalistas. El presente estudio apoya esta predicción.",
    url = "https://doi.org/10.1666/0094-8373(1998)024[0155:esodsl]2.3.co;2",
    doi = "10.1666/0094-8373(1998)024[0155:esodsl]2.3.co;2",
    openalex = "W2167883380",
    references = "doi101130spe46p1"
}

Las radiaciones de crinoides paleozoicas y postpaleozoicas presentan una oportunidad para explorar explicaciones genómicas y ecológicas para los patrones de diversificación morfológica. El análisis de datos de caracteres discretos que abarcan las características principales del esqueleto de los crinoides muestra que tanto los aumentos paleozoicos como los postpaleozoicos en la disparidad morfológica fueron abruptos; esto es consistente con la rápida explotación de oportunidades ecológicas abiertas en ambos casos. Para el período postpaleozoico, este resultado es sensible a algunos aspectos del análisis de datos y la muestra, por lo que no puede considerarse inequívoco. La desaceleración en la diversificación morfológica dentro de cada radiación es consistente con una disminución observada en las tasas de origen taxonómico, así como con el logro de límites funcionales o estructurales. A pesar de estas similitudes en las dos radiaciones, los crinoides paleozoicos explotaron un rango más amplio de diseños morfológicos que sus sucesores postpaleozoicos. Los crinoides postpaleozoicos explotaron un amplio rango de estrategias ecológicas a pesar de estar estereotipados en muchos aspectos de la forma. Esta diferencia entre las radiaciones es consistente con un aumento en la rigidez de los sistemas genéticos y de desarrollo. El rango de diseños postpaleozoicos no es en esencia un subconjunto del espectro paleozoico. Las dos radiaciones resultaron en distribuciones morfológicas que son en gran parte no superpuestas, lo que quizás refleja un rango diferente de estrategias ecológicas.

@article{doi101017s0094837300020236,
    author = "Foote, Mike",
    title = "Diversidad morfológica en la radiación evolutiva de los crinoides paleozoicos y postpaleozoicos",
    year = "1999",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Las radiaciones de crinoides paleozoicas y postpaleozoicas presentan una oportunidad para explorar explicaciones genómicas y ecológicas para los patrones de diversificación morfológica. El análisis de datos de caracteres discretos que abarcan las características principales del esqueleto de los crinoides muestra que tanto los aumentos paleozoicos como los postpaleozoicos en la disparidad morfológica fueron abruptos; esto es consistente con la rápida explotación de oportunidades ecológicas abiertas en ambos casos. Para el período postpaleozoico, este resultado es sensible a algunos aspectos del análisis de datos y la muestra, por lo que no puede considerarse inequívoco. La desaceleración en la diversificación morfológica dentro de cada radiación es consistente con una disminución observada en las tasas de origen taxonómico, así como con el logro de límites funcionales o estructurales. A pesar de estas similitudes en las dos radiaciones, los crinoides paleozoicos explotaron un rango más amplio de diseños morfológicos que sus sucesores postpaleozoicos. Los crinoides postpaleozoicos explotaron un amplio rango de estrategias ecológicas a pesar de estar estereotipados en muchos aspectos de la forma. Esta diferencia entre las radiaciones es consistente con un aumento en la rigidez de los sistemas genéticos y de desarrollo. El rango de diseños postpaleozoicos no es en esencia un subconjunto del espectro paleozoico. Las dos radiaciones resultaron en distribuciones morfológicas que son en gran parte no superpuestas, lo que quizás refleja un rango diferente de estrategias ecológicas.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0094837300020236",
    doi = "10.1017/s0094837300020236",
    openalex = "W4249583477",
    references = "doi101111j150239311977tb00628x"
}

Una filogenia describe el patrón jerárquico de descendencia de algún grupo de especies a partir de un ancestro común. Si está disponible información sobre los estados de carácter de las especies contemporáneas, se plantea la posibilidad de utilizar esa información en combinación con la filogenia para reconstruir los eventos históricos de la evolución. Estas reconstrucciones pueden utilizarse para obtener una imagen del mundo a medida que las especies evolucionaron a lo largo de lo que se convertirían en las ramas de la filogenia. Esto, a su vez, proporciona una forma de probar hipótesis sobre la evolución y la adaptación. Los métodos basados en el principio de parsimonia reconstruyen los estados de carácter ancestrales para minimizar el número de cambios de carácter históricos necesarios para producir la diversidad observada entre las especies contemporáneas (véase Maddison et al., 1984, para una descripción general). Una alternativa a los enfoques de parsimonia hace uso del principio de máxima verosimilitud. Las soluciones de máxima verosimilitud hacen que los datos observados sean más probables dado algún modelo del proceso bajo investigación (véase Edwards, 1972). En un contexto filogenético esto significa reconstruir los estados de carácter ancestrales para hacer que los estados de carácter observados entre las especies contemporáneas sean más probables, dado algún modelo estadístico de la manera en que procede la evolución. Las soluciones de máxima verosimilitud pueden o no ser la solución más parsimoniosa. Me limito aquí a utilizar modelos de máxima verosimilitud para inferir estados de carácter ancestrales para caracteres binarios discretos, es decir, para caracteres que solo pueden adoptar dos estados, aunque la generalización a más de dos estados no requiere nuevos conceptos. Mi enfoque para reconstruir estados ancestrales hace uso de un modelo de Markov de la evolución de caracteres binarios en filogenias (Pagel, 1994). Sanderson (1993) describe un modelo relacionado para investigar las tasas de ganancias y pérdidas de caracteres para los cuales se asume que los estados ancestrales son conocidos. Schluter (1995), Yang et al. (1995) y Koshi y Goldstein (1996) derivan métodos que son similares a los procedimientos que describiré aquí. Sin embargo, Yang et al. (1995) y Koshi y Goldstein (1996) utilizan lo que llamaré métodos «globales» para estimar caracteres ancestrales; yo argumento a favor de un enfoque «local» por razones de que el método global no produce una estimación de máxima verosimilitud de la hipótesis de interés. Schluter (1995) reportó estimadores globales y locales en su investigación de ribonucleasas de artiodáctilos, y Schluter et al. (1997) reportó estimadores globales. En varios artículos recientes, Schluter (1995; Schluter et al., 1997) llamó la atención sobre la utilidad de reconstruir estados de carácter ancestrales para probar ideas sobre la adaptación y la evolución, y gran parte de lo que digo aquí debe su inspiración a estas investigaciones. Mooers y Schluter (1999) ahora proporcionan importantes ejemplos adicionales de cómo los métodos de máxima verosimilitud pueden devolver tanto más información sobre estados de carácter ancestrales que los enfoques de parsimonia, como también información que entra en conflicto con las reconstrucciones de parsimonia. Tengo la intención de que este artículo actúe como un manual introductorio para aquellos que están interesados en utilizar métodos de máxima verosimilitud pero que pueden no estar familiarizados con la matemática del enfoque. En consecuencia, comienzo con el caso más simple de estimar el estado ancestral de dos especies.

@article{doi101080106351599260184,
    author = "Pagel, Mark",
    title = "El Enfoque de Máxima Verosimilitud para Reconstruir Estados de Caracteres Ancestrales de Caracteres Discretos en Filogenias",
    year = "1999",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Una filogenia describe el patrón jerárquico de descendencia de algún grupo de especies de un ancestro común. Si está disponible información sobre los estados de caracteres de las especies contemporáneas, se plantea la posibilidad de utilizar esa información en combinación con la filogenia para reconstruir los eventos históricos de la evolución. Estas reconstrucciones pueden utilizarse para obtener una imagen del mundo a medida que las especies evolucionaron a lo largo de lo que se convertiría en las ramas de la filogenia. Esto, a su vez, proporciona una manera de probar hipótesis sobre la evolución y la adaptación. Los métodos basados en el principio de parsimonia reconstruyen los estados de caracteres ancestrales para minimizar el número de cambios de caracteres históricos necesarios para producir la diversidad observada entre las especies contemporáneas (véase Maddison et al., 1984, para una descripción general). Una alternativa a los enfoques de parsimonia hace uso del principio de máxima verosimilitud. Las soluciones de máxima verosimilitud hacen que los datos observados sean los más probables dado algún modelo del proceso bajo investigación (véase Edwards, 1972). En un contexto filogenético esto significa reconstruir los estados de caracteres ancestrales para hacer que los estados de caracteres observados entre las especies contemporáneas sean lo más probable posible, dado algún modelo estadístico de la manera en que procede la evolución. Las soluciones de máxima verosimilitud pueden o no ser la solución más parsimoniosa. Me limito aquí a utilizar modelos de máxima verosimilitud para inferir estados de caracteres ancestrales para caracteres discretos binarios, es decir, para caracteres que solo pueden adoptar dos estados, aunque la generalización a más de dos estados no requiere nuevos conceptos. Mi enfoque para reconstruir estados ancestrales hace uso de un modelo de Markov de la evolución de caracteres binarios en filogenias (Pagel, 1994). Sanderson (1993) describe un modelo relacionado para investigar las tasas de ganancias y pérdidas de caracteres para los cuales se asume que los estados ancestrales son conocidos. Schluter (1995), Yang et al. (1995), y Koshi y Goldstein (1996) derivan métodos que son similares a los procedimientos que describiré aquí. Sin embargo, Yang et al. (1995) y Koshi y Goldstein (1996) utilizan lo que llamaré métodos "globales" para estimar caracteres ancestrales; yo argumento a favor de un enfoque "local" por razones de que el método global no produce una estimación de máxima verosimilitud de la hipótesis de interés. Schluter (1995) reportó estimadores globales y locales en su investigación de ribonucleasas de artiodáctilos, y Schluter et al. (1997) reportó estimadores globales. En varios artículos recientes, Schluter (1995; Schluter et al., 1997) llamó la atención sobre la utilidad de reconstruir estados de caracteres ancestrales para probar ideas sobre la adaptación y la evolución, y gran parte de lo que digo aquí debe su inspiración a estas investigaciones. Mooers y Schluter (1999) ahora proporcionan importantes ejemplos adicionales de cómo los métodos de máxima verosimilitud pueden devolver tanto más información sobre estados de caracteres ancestrales que los enfoques de parsimonia, como también información que va en contra de las reconstrucciones de parsimonia. Tengo la intención de que este artículo actúe como un manual introductorio para aquellos que están interesados en utilizar métodos de máxima verosimilitud pero que pueden no estar familiarizados con la matemática del enfoque. En consecuencia, comienzo con el caso más simple de estimar el estado ancestral de dos especies.",
    url = "https://doi.org/10.1080/106351599260184",
    doi = "10.1080/106351599260184",
    openalex = "W2114075279",
    references = "doi101093sysbio33183, doi101111j146364091997tb00423x, doi1023072413134"
}

Las radiaciones de crinoides paleozoicas y post-paleozoicas presentan una oportunidad para explorar explicaciones genómicas y ecológicas para los patrones de diversificación morfológica. El análisis de datos de caracteres discretos que cubren las características principales del esqueleto de los crinoides muestra que tanto los aumentos paleozoicos como los post-paleozoicos en la disparidad morfológica fueron abruptos; esto es consistente con la rápida explotación de oportunidades ecológicas abiertas en ambos casos. Para el periodo post-paleozoico, este resultado es sensible a algunos aspectos del análisis de datos y la muestra, por lo que no puede considerarse inequívoco. La desaceleración en la diversificación morfológica dentro de cada radiación es consistente con una disminución observada en las tasas de origen taxonómico, así como con el logro de límites funcionales o estructurales. A pesar de estas similitudes en las dos radiaciones, los crinoides paleozoicos explotaron un rango más amplio de diseños morfológicos que sus sucesores post-paleozoicos. Los crinoides post-paleozoicos explotaron un amplio rango de estrategias ecológicas a pesar de estar estereotipados en muchos aspectos de la forma. Esta diferencia entre las radiaciones es consistente con un aumento en la rigidez de los sistemas genéticos y de desarrollo. El rango de diseños post-paleozoicos no es en esencia un subconjunto del espectro paleozoico. Las dos radiaciones resultaron en distribuciones morfológicas que son en gran parte no superpuestas, quizás reflejando un rango diferente de estrategias ecológicas.

@article{doi101666009483731999251mditer20co2,
    author = "Foote, Mike",
    title = "Diversidad Morfológica En La Radiación Evolutiva De Crinoides Paleozoicos y Post-Paleozoicos",
    year = "1999",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Las radiaciones de crinoides paleozoicas y post-paleozoicas presentan una oportunidad para explorar explicaciones genómicas y ecológicas para los patrones de diversificación morfológica. El análisis de datos de caracteres discretos que cubren las características principales del esqueleto de los crinoides muestra que tanto los aumentos paleozoicos como los post-paleozoicos en la disparidad morfológica fueron abruptos; esto es consistente con la rápida explotación de oportunidades ecológicas abiertas en ambos casos. Para el periodo post-paleozoico, este resultado es sensible a algunos aspectos del análisis de datos y la muestra, por lo que no puede considerarse inequívoco. La desaceleración en la diversificación morfológica dentro de cada radiación es consistente con una disminución observada en las tasas de origen taxonómico, así como con el logro de límites funcionales o estructurales. A pesar de estas similitudes en las dos radiaciones, los crinoides paleozoicos explotaron un rango más amplio de diseños morfológicos que sus sucesores post-paleozoicos. Los crinoides post-paleozoicos explotaron un amplio rango de estrategias ecológicas a pesar de estar estereotipados en muchos aspectos de la forma. Esta diferencia entre las radiaciones es consistente con un aumento en la rigidez de los sistemas genéticos y de desarrollo. El rango de diseños post-paleozoicos no es en esencia un subconjunto del espectro paleozoico. Las dos radiaciones resultaron en distribuciones morfológicas que son en gran parte no superpuestas, quizás reflejando un rango diferente de estrategias ecológicas.",
    url = "https://doi.org/10.1666/0094-8373(1999)25[1:mditer]2.0.co;2",
    doi = "10.1666/0094-8373(1999)25[1:mditer]2.0.co;2",
    openalex = "W2177267176",
    references = "doi101007bf03190413, doi101017s0094837300003778, doi101017s0094837300012306, doi101017s009483730001263x, doi101038361219a0, doi101093biomet5334325, doi101126science2064415217, doi101126science21545391501, doi10113719781611970319, doi101146annurevecolsys281129, doi105962bhltitle66379"
}

Los biólogos evolutivos han adoptado modelos de verosimilitud simples con el fin de estimar estados ancestrales y evaluar la independencia de caracteres en filogenias especificadas; sin embargo, con el fin de estimar filogenias utilizando datos morfológicos discretos, la máxima parsimonia sigue siendo la única opción. Este artículo explora la posibilidad de utilizar modelos de Markov estándar y bien comportados para estimar filogenias morfológicas (incluyendo longitudes de rama) bajo el criterio de verosimilitud. Una modificación importante de los modelos de Markov estándar implica hacer que la verosimilitud sea condicional a que los caracteres sean variables, ya que los caracteres constantes están ausentes en los conjuntos de datos morfológicos. Sin esta modificación, las longitudes de rama a menudo se sobreestiman, resultando en sesgos potencialmente graves en la selección de la topología del árbol. Un enfoque explícitamente basado en modelos para el análisis filogenético de datos morfológicos discretos abre varias nuevas vías de investigación, incluidos análisis de verosimilitud de datos combinados (morfología + datos de secuencia), pruebas de razón de verosimilitud y análisis bayesianos.

@article{doi101080106351501753462876,
    author = "Lewis, Paul O.",
    title = "A Likelihood Approach to Estimating Phylogeny from Discrete Morphological Character Data",
    year = "2001",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Evolutionary biologists have adopted simple likelihood models for purposes of estimating ancestral states and evaluating character independence on specified phylogenies; however, for purposes of estimating phylogenies by using discrete morphological data, maximum parsimony remains the only option. This paper explores the possibility of using standard, well-behaved Markov models for estimating morphological phylogenies (including branch lengths) under the likelihood criterion. An important modification of standard Markov models involves making the likelihood conditional on characters being variable, because constant characters are absent in morphological data sets. Without this modification, branch lengths are often overestimated, resulting in potentially serious biases in tree topology selection. Several new avenues of research are opened by an explicitly model-based approach to phylogenetic analysis of discrete morphological data, including combined-data likelihood analyses (morphology + sequence data), likelihood ratio tests, and Bayesian analyses.",
    url = "https://doi.org/10.1080/106351501753462876",
    doi = "10.1080/106351501753462876",
    openalex = "W2122082385",
    references = "doi101007bf00160154, doi101007bf01734359, doi101007bf02101694, doi101007bf02338839, doi101016b9781483232119500097, doi101093oxfordjournalsmolbeva025811, doi101093oxfordjournalsmolbeva026160, doi101098rspb19940006, doi1012019781003456285, openalexw2994240441"
}

MacClade es un programa informático, con manual de acompañamiento, que proporciona teoría y herramientas para el análisis gráfico e interactivo de datos moleculares y morfológicos, filogenia y evolución de caracteres. Los sistemáticos y otros biólogos evolutivos pueden utilizar sus herramientas flexibles para analizar la filogenia y la evolución de caracteres, sin embargo, su facilidad de uso permite a los estudiantes principiantes comprender los principios filogenéticos en un entorno interactivo.

@article{doi105860choice392183,
    title = "MacClade 4.0: análisis de filogenia y evolución de caracteres",
    year = "2001",
    journal = "Choice Reviews Online",
    abstract = "MacClade es un programa informático, con manual de acompañamiento, que proporciona teoría y herramientas para el análisis gráfico e interactivo de datos moleculares y morfológicos, filogenia y evolución de caracteres. Los sistemáticos y otros biólogos evolutivos pueden utilizar sus herramientas flexibles para analizar la filogenia y la evolución de caracteres, sin embargo, su facilidad de uso permite a los estudiantes principiantes comprender los principios filogenéticos en un entorno interactivo.",
    url = "https://doi.org/10.5860/choice.39-2183",
    doi = "10.5860/choice.39-2183",
    openalex = "W1522592213"
}

▪ Resumen A medida que se disponen mejores hipótesis filogenéticas para muchos grupos de organismos, los estudios en ecología de comunidades pueden informarse mediante el conocimiento de las relaciones evolutivas entre especies coexistentes. Señalamos tres enfoques principales para integrar la información filogenética en los estudios de organización de comunidades: 1. examinar la estructura filogenética de ensamblajes de comunidades, 2. explorar la base filogenética de la estructura de nicho de la comunidad, y 3. añadir un contexto de comunidad a los estudios de evolución de rasgos y biogeografía. Reconocemos un patrón común de conservadurismo filogenético en el carácter ecológico y destacamos los desafíos de utilizar filogenias de linajes parciales. También revisamos los enfoques filogenéticos para tres propiedades emergentes de las comunidades: diversidad de especies, distribuciones de abundancia relativa y tamaños de rango. Los avances metodológicos en la construcción de supérbores filogenéticos, reconstrucción de caracteres, modelos nulos para el ensamblaje de comunidades y evolución de caracteres, y métricas de estructura filogenética de comunidades subyacen al reciente progreso en estas áreas. Destacamos el potencial de que los ecólogos de comunidades se beneficien del conocimiento filogenético y sugerimos varias vías para futuras investigaciones.

@article{doi101146annurevecolsys33010802150448,
    author = "Webb, Campbell O. y Ackerly, David D. y McPeek, Mark A. y Donoghue, Michael J.",
    title = "Filogenias y Ecología de Comunidades",
    year = "2002",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "▪ Resumen A medida que se disponen mejores hipótesis filogenéticas para muchos grupos de organismos, los estudios en ecología de comunidades pueden informarse mediante el conocimiento de las relaciones evolutivas entre especies coexistentes. Señalamos tres enfoques principales para integrar la información filogenética en los estudios de organización de comunidades: 1. examinar la estructura filogenética de ensamblajes de comunidades, 2. explorar la base filogenética de la estructura de nicho de la comunidad, y 3. añadir un contexto de comunidad a los estudios de evolución de rasgos y biogeografía. Reconocemos un patrón común de conservadurismo filogenético en el carácter ecológico y destacamos los desafíos de utilizar filogenias de linajes parciales. También revisamos los enfoques filogenéticos para tres propiedades emergentes de las comunidades: diversidad de especies, distribuciones de abundancia relativa y tamaños de rango. Los avances metodológicos en la construcción de supérbores filogenéticos, reconstrucción de caracteres, modelos nulos para el ensamblaje de comunidades y evolución de caracteres, y métricas de estructura filogenética de comunidades subyacen al reciente progreso en estas áreas. Destacamos el potencial de que los ecólogos de comunidades se beneficien del conocimiento filogenético y sugerimos varias vías para futuras investigaciones.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.33.010802.150448",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.33.010802.150448",
    openalex = "W2109628725",
    references = "doi10100797814615696881, doi101007978303487527124, doi101007bf02806171, doi101016s0169534701021619, doi101038363342a0, doi10108010292389509380518, doi101086282106, doi101086282505, doi101086284325, doi101086285258, doi101086285357, doi101086627905, doi101093oso97801985052350010001, doi101093oso97801985464120010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva003974, doi101093oxfordjournalsmolbeva025892, doi101098rstb19950125, doi101111j001438202001tb00826x, doi101111j109583122001tb01368x, doi101126science20343871299, doi101126science2354785167, doi101126science2785338692, doi101126science27953592115, doi101126science28554311265, doi101146annurevecolsys311343, doi1015159781400881376, doi1023071446122, doi1023071939377, doi1023072412182, doi1023072413039, doi1023072485224, doi1023073071998, doi1023073544421, doi1023075503, doi102307jctv1nzfgj7, doi105860choice295104, doi105860choice375647, doi105860choice392183, openalexw2273605253, openalexw3035987306"
}

La homología es la base de los estudios comparativos en biología en todos los niveles, desde genes hasta fenotipos. La homología es similitud debido a la descendencia y ascendencia comunes; la homoplasia es similitud alcanzada mediante evolución independiente. Sin embargo, dado que solo existe un árbol de la vida, todos los organismos y, por lo tanto, todas las características de los organismos, comparten algún grado de relación y similitud entre sí. Esa compartición puede ser similitud o incluso identidad de estructura y la compartición de un ancestro común más reciente —como en la homología de los brazos de humanos y simios— o puede reflejar algún (a menudo pequeño) grado de similitud, como el que existe entre las alas de los insectos y las alas de las aves, grupos cuyo ancestro compartido se encuentra profundamente en la historia evolutiva de los Metazoos. Puede reflejar la compartición de vías de desarrollo completas, compartición parcial o vías divergentes. Esta revisión compara las características clasificadas como homólogas con las clases de características normalmente agrupadas como homoplásicas, siendo estas últimas la convergencia, el paralelismo, las reversiones, los rudimentos, los vestigios y los atavismos. Por un lado, los mecanismos de desarrollo pueden conservarse, incluso cuando no se forma una estructura completa (rudimentos, vestigios), o cuando una estructura aparece solo en algunos individuos (atavismos). Por otro lado, diferentes mecanismos de desarrollo pueden producir características similares (homólogas). El examen conjunto de la cercanía de la relación y el grado de desarrollo compartido revela un continuo dentro de una categoría ampliada de homología, que se extiende desde homología → reversiones → rudimentos → vestigios → atavismos → paralelismo, con la convergencia como la única clase de homoplasia, una idea que resulta ser sorprendentemente antigua. Este realineamiento proporciona un destello de una manera de unir los enfoques filogenéticos y de desarrollo para la homología y la homoplasia, un puente que debería proporcionar un pilar clave para la biología evolutiva del desarrollo (evo-devo). No alterará, y en un sentido práctico no puede alterar, cómo se identifican las características homoplásicas en los análisis filogenéticos. Pero ver los rudimentos, las reversiones, los vestigios, los atavismos y el paralelismo como más cercanos a la homología que a la homoplasia debería guiarnos a buscar los elementos comunes subyacentes a la formación del fenotipo (lo que algunos han llamado la homología profunda de los mecanismos genéticos y/o celulares), en lugar de discutir las características en términos de evolución compartida o independiente.

@article{doi101017s1464793102006097,
    author = "Hall, Brian K.",
    title = "Descent with modification: the unity underlying homology and homoplasy as seen through an analysis of development and evolution",
    year = "2003",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society",
    abstract = "La homología es la base de los estudios comparativos en biología en todos los niveles, desde genes hasta fenotipos. La homología es similitud debido a la descendencia y ascendencia comunes; la homoplasia es similitud alcanzada mediante evolución independiente. Sin embargo, dado que solo existe un árbol de la vida, todos los organismos y, por lo tanto, todas las características de los organismos, comparten algún grado de relación y similitud entre sí. Esa compartición puede ser similitud o incluso identidad de estructura y la compartición de un ancestro común más reciente —como en la homología de los brazos de humanos y simios— o puede reflejar algún (a menudo pequeño) grado de similitud, como el que existe entre las alas de los insectos y las alas de las aves, grupos cuyo ancestro compartido se encuentra profundamente en la historia evolutiva de los Metazoos. Puede reflejar la compartición de vías de desarrollo completas, compartición parcial o vías divergentes. Esta revisión compara las características clasificadas como homólogas con las clases de características normalmente agrupadas como homoplásicas, siendo estas últimas la convergencia, el paralelismo, las reversiones, los rudimentos, los vestigios y los atavismos. Por un lado, los mecanismos de desarrollo pueden conservarse, incluso cuando no se forma una estructura completa (rudimentos, vestigios), o cuando una estructura aparece solo en algunos individuos (atavismos). Por otro lado, diferentes mecanismos de desarrollo pueden producir características similares (homólogas). El examen conjunto de la cercanía de la relación y el grado de desarrollo compartido revela un continuo dentro de una categoría ampliada de homología, que se extiende desde homología → reversiones → rudimentos → vestigios → atavismos → paralelismo, con la convergencia como la única clase de homoplasia, una idea que resulta ser sorprendentemente antigua. Este realineamiento proporciona un destello de una manera de unir los enfoques filogenéticos y de desarrollo para la homología y la homoplasia, un puente que debería proporcionar un pilar clave para la biología evolutiva del desarrollo (evo-devo). No alterará, y en un sentido práctico no puede alterar, cómo se identifican las características homoplásicas en los análisis filogenéticos. Pero ver los rudimentos, las reversiones, los vestigios, los atavismos y el paralelismo como más cercanos a la homología que a la homoplasia debería guiarnos a buscar los elementos comunes subyacentes a la formación del fenotipo (lo que algunos han llamado la homología profunda de los mecanismos genéticos y/o celulares), en lugar de discutir las características en términos de evolución compartida o independiente.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s1464793102006097",
    doi = "10.1017/s1464793102006097",
    openalex = "W2168524476",
    references = "doi10100797814899175155, doi1010079789401579261, doi1016680003156920000400718bgadbt20co2, doi1023071377078, doi1023072992444, openalexw1511255518, openalexw1593551567, openalexw1600651929, openalexw2163836228, openalexw635257420"
}

En este artículo exploramos el paradoja de por qué los datos morfológicos se utilizan actualmente menos que los datos de secuencias de ADN, mientras que la mayoría de lo que sabemos sobre la evolución proviene de clasificaciones fundadas en datos morfológicos. La diferencia crucial entre las dos fuentes de datos se relaciona con el número de caracteres potencialmente no ambiguos disponibles, su facilidad y velocidad de descubrimiento, y su idoneidad para el análisis utilizando modelos transformacionales. Consideramos que el aumento del uso de datos de secuencias de ADN, en relación con la morfología, para la evolución es inevitable y bien fundamentado, pero que queda un asunto crucial pendiente respecto al papel de la morfología en la reconstrucción. Presentamos la visión de que los estudios anatómicos rigurosos y críticos de un menor número de caracteres morfológicos, en el contexto de filogenias moleculares, son un enfoque más fructífero para integrar las fortalezas de los datos morfológicos con las de los datos de secuencia. Este enfoque es preferible a la compilación de matrices de datos más grandes de caracteres morfológicos cada vez más ambiguos y problemáticos. Argumentamos a continuación que una principal limitación de la inferencia filogenética basada en la morfología concierne al número limitado de caracteres no ambiguos disponibles para el análisis en un marco transformacional. Este problema de un número limitado de caracteres no ambiguos se ve agravado por obstáculos para la evaluación precisa de la homología y la codificación de caracteres, lo que reduce aún más el número de caracteres disponibles para el análisis. Discutimos y discrepamos con la visión de que se deberían utilizar más datos morfológicos en la reconstrucción. Además, consideramos que la afirmación de que la mayor fortaleza de los datos morfológicos es el aumento de la muestra de taxones es errónea. En la discusión que sigue, utilizamos reconstrucción de filogenia para referirnos a los análisis algorítmicos basados en computadora realizados rutinariamente en sistemática hoy en día.

@article{doi10108010635150390223613,
    author = "Scotland, Robert W. y Olmstead, Richard G. y Bennett, Jonathan R.",
    title = "Reconstrucción de Filogenia: El Papel de la Morfología",
    year = "2003",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "En este artículo exploramos el paradoja de por qué los datos morfológicos se utilizan actualmente menos que los datos de secuencias de ADN, mientras que la mayoría de lo que sabemos sobre la evolución proviene de clasificaciones fundadas en datos morfológicos. La diferencia crucial entre las dos fuentes de datos se relaciona con el número de caracteres potencialmente no ambiguos disponibles, su facilidad y velocidad de descubrimiento, y su idoneidad para el análisis utilizando modelos transformacionales. Consideramos que el aumento del uso de datos de secuencias de ADN, en relación con la morfología, para la evolución es inevitable y bien fundamentado, pero que queda un asunto crucial pendiente respecto al papel de la morfología en la reconstrucción. Presentamos la visión de que los estudios anatómicos rigurosos y críticos de un menor número de caracteres morfológicos, en el contexto de filogenias moleculares, son un enfoque más fructífero para integrar las fortalezas de los datos morfológicos con las de los datos de secuencia. Este enfoque es preferible a la compilación de matrices de datos más grandes de caracteres morfológicos cada vez más ambiguos y problemáticos. Argumentamos a continuación que una principal limitación de la inferencia filogenética basada en la morfología concierne al número limitado de caracteres no ambiguos disponibles para el análisis en un marco transformacional. Este problema de un número limitado de caracteres no ambiguos se ve agravado por obstáculos para la evaluación precisa de la homología y la codificación de caracteres, lo que reduce aún más el número de caracteres disponibles para el análisis. Discutimos y discrepamos con la visión de que se deberían utilizar más datos morfológicos en la reconstrucción. Además, consideramos que la afirmación de que la mayor fortaleza de los datos morfológicos es el aumento de la muestra de taxones es errónea. En la discusión que sigue, utilizamos reconstrucción de filogenia para referirnos a los análisis algorítmicos basados en computadora realizados rutinariamente en sistemática hoy en día.",
    url = "https://doi.org/10.1080/10635150390223613",
    doi = "10.1080/10635150390223613",
    openalex = "W2111931534",
    references = "crossref1995systematics, doi101111j109600311991tb00045x, doi101111j109600311995tb00092x, doi1023072992444, doi105860choice323881"
}

Fechar con precisión cuándo surgieron los primeros animales bilateralmente simétricos es crucial para nuestra comprensión de la evolución temprana de los animales. Los fósiles bilaterianos inequívocamente más antiguos tienen aproximadamente 555 millones de años. En contraste, los análisis de reloj molecular calibrados utilizando el registro fósil de vertebrados estiman que los vertebrados se separaron de los dípteros (Drosophila) aproximadamente hace 900 millones de años (Ma). No obstante, los análisis genómicos comparativos sugieren que existe una diferencia significativa en la tasa entre vertebrados y dípteros, porque la diferencia porcentual entre los genomas de mosquito y mosca es mayor que entre pez y ratón, a pesar de que la divergencia de vertebrados es casi el doble que la de dípteros. Aquí mostramos que la tasa de evolución molecular de los dípteros es similar a otros taxones invertebrados (equinodermos y moluscos bivalvos) pero no a los vertebrados, que disminuyeron significativamente su tasa de evolución molecular con respecto a los invertebrados. Utilizando un conjunto de datos consistente en la concatenación de siete secuencias de aminoácidos diferentes de 23 taxones del grupo (lo que da un total de 11 puntos de calibración invertebrados diferentes dispersos a lo largo del árbol bilateriano y a través del Fanerozoico), estimamos que el último ancestro común de los bilaterianos surgió en algún lugar entre 573 y 656 Ma, dependiendo del valor asignado al parámetro que escala la heterogeneidad de la tasa de sustitución molecular. Estos resultados están de acuerdo con el registro fósil conocido y apoyan la visión de que la explosión cámbrica refleja, en parte, la diversificación de los filos bilaterianos.

@article{doi101073pnas0401670101,
    author = "Peterson, Kevin J. y Lyons, Jessica B. y Nowak, Kristin S. y Takacs, Carter M. y Wargo, Matthew J. y McPeek, Mark A.",
    title = "Estimando los tiempos de divergencia de metazoos con un reloj molecular",
    year = "2004",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Fechar con precisión cuándo surgieron los primeros animales bilateralmente simétricos es crucial para nuestra comprensión de la evolución temprana de los animales. Los fósiles bilaterianos inequívocamente más antiguos tienen aproximadamente 555 millones de años. En contraste, los análisis de reloj molecular calibrados utilizando el registro fósil de vertebrados estiman que los vertebrados se separaron de los dípteros (Drosophila) aproximadamente hace 900 millones de años (Ma). No obstante, los análisis genómicos comparativos sugieren que existe una diferencia significativa en la tasa entre vertebrados y dípteros, porque la diferencia porcentual entre los genomas de mosquito y mosca es mayor que entre pez y ratón, a pesar de que la divergencia de vertebrados es casi el doble que la de dípteros. Aquí mostramos que la tasa de evolución molecular de los dípteros es similar a otros taxones invertebrados (equinodermos y moluscos bivalvos) pero no a los vertebrados, que disminuyeron significativamente su tasa de evolución molecular con respecto a los invertebrados. Utilizando un conjunto de datos consistente en la concatenación de siete secuencias de aminoácidos diferentes de 23 taxones del grupo (lo que da un total de 11 puntos de calibración invertebrados diferentes dispersos a lo largo del árbol bilateriano y a través del Fanerozoico), estimamos que el último ancestro común de los bilaterianos surgió en algún lugar entre 573 y 656 Ma, dependiendo del valor asignado al parámetro que escala la heterogeneidad de la tasa de sustitución molecular. Estos resultados están de acuerdo con el registro fósil conocido y apoyan la visión de que la explosión cámbrica refleja, en parte, la diversificación de los filos bilaterianos.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0401670101",
    doi = "10.1073/pnas.0401670101",
    openalex = "W2143124634",
    references = "doi101017s009483730001681x, openalexw635257420"
}

Un análisis filogenético de 36 especies proporciona una prueba para la taxonomía y la historia de los spatangoides del Cretácico Temprano. La mayoría de las unidades taxonómicas desde géneros hasta subórdenes son consistentes con el marco filogenético propuesto. Mantenemos Hemiasterina, Micrasterina, Hemiasteridae, Schizasteridae, Hemiaster, Heteraster, Mecaster y Periaster como grupos monofiléticos originales. Sin embargo, todos estos clados surgen sin las apomorfías clásicas que normalmente se les atribuyen. Sugerimos una revisión de sus diagnósticos y de las atribuciones genéricas de las especies basales. Se reconocen algunos taxones mal definidos, 'primitivos' y parafiléticos: Toxaster, Epiaster, Palhemiaster y Toxasteridae. Incluso si no tienen significado filogenético, se mantienen aquí, pendiente de una revisión más completa.

@article{doi101111j00310239200400364x,
    author = "Villier, Loïc y Néraudeau, Didier y Clavel, Bernard y Neumann, Christian y David, Bruno",
    title = "Filogenia de los spatangoides del Cretácico Temprano (Echinodermata: Echinoidea) e implicaciones taxonómicas",
    year = "2004",
    journal = "Palaeontology",
    abstract = "Un análisis filogenético de 36 especies proporciona una prueba para la taxonomía y la historia de los spatangoides del Cretácico Temprano. La mayoría de las unidades taxonómicas desde géneros hasta subórdenes son consistentes con el marco filogenético propuesto. Mantenemos Hemiasterina, Micrasterina, Hemiasteridae, Schizasteridae, Hemiaster, Heteraster, Mecaster y Periaster como grupos monofiléticos originales. Sin embargo, todos estos clados surgen sin las apomorfías clásicas que normalmente se les atribuyen. Sugerimos una revisión de sus diagnósticos y de las atribuciones genéricas de las especies basales. Se reconocen algunos taxones mal definidos, 'primitivos' y parafiléticos: Toxaster, Epiaster, Palhemiaster y Toxasteridae. Incluso si no tienen significado filogenético, se mantienen aquí, pendiente de una revisión más completa.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.0031-0239.2004.00364.x",
    doi = "10.1111/j.0031-0239.2004.00364.x",
    openalex = "W2170259396",
    references = "doi101007978140206754912413, doi101016002555648290027x, doi101017s0022336000061321, doi101093oso97801985771880010001, doi1012019781003077831, doi10120197810030789205, doi1016660094837320000260056cefisg20co2, doi1023071483846, doi105281zenodo16046014, openalexw635257420"
}

Las relaciones filogenéticas entre los animales deuterostomos han sido debatidas durante muchos años, y se han propuesto una diversidad de hipótesis basadas tanto en datos morfológicos como moleculares. Aquí hemos ensamblado secuencias de 217 proteínas codificadas por el núcleo para abordar preguntas específicas sobre sus relaciones y tiempos de origen. Recuperamos un apoyo significativo para los urocordados como el pariente más cercano de los vertebrados con un análisis de 59 proteínas (17.400 aminoácidos) y sugerimos que la posición basal de los urocordados encontrada en estudios moleculares anteriores pudo haber sido el resultado de sesgos de atracción de ramas largas. Nuestros resultados también apoyan a Ambulacraria, el emparejamiento de hemicordados con equinodermos (nueve proteínas; 2.382 aminoácidos), y a Cyclostomata, el emparejamiento de lampreas con lampreas de agua dulce (25 proteínas; 6.895 aminoácidos). Además, se obtuvieron 325 proteínas compartidas (102.110 aminoácidos) de los genomas completos de seis vertebrados y un urocordado para el análisis filogenético y la estimación del tiempo de divergencia. Una escala de tiempo evolutiva se estimó utilizando un método de reloj molecular local (Bayesiano). Encontramos que la mayoría de las líneas principales de deuterostomos surgieron antes de la Explosión Cámbrica de fósiles (aproximadamente 520 MYA) y que varias líneas habían originado antes de los periodos de glaciación global en el Precámbrico.

@article{doi101093molbevmsi225,
    author = "Blair, Jaime E. and Hedges, S. Blair",
    title = "Molecular Phylogeny and Divergence Times of Deuterostome Animals",
    year = "2005",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "Las relaciones filogenéticas entre los animales deuterostomos han sido debatidas durante muchos años, y se han propuesto una diversidad de hipótesis basadas tanto en datos morfológicos como moleculares. Aquí hemos ensamblado secuencias de 217 proteínas codificadas por el núcleo para abordar preguntas específicas sobre sus relaciones y tiempos de origen. Recuperamos un apoyo significativo para los urocordados como el pariente más cercano de los vertebrados con un análisis de 59 proteínas (17.400 aminoácidos) y sugerimos que la posición basal de los urocordados encontrada en estudios moleculares anteriores pudo haber sido el resultado de sesgos de atracción de ramas largas. Nuestros resultados también apoyan a Ambulacraria, el emparejamiento de hemicordados con equinodermos (nueve proteínas; 2.382 aminoácidos), y a Cyclostomata, el emparejamiento de lampreas con lampreas de agua dulce (25 proteínas; 6.895 aminoácidos). Además, se obtuvieron 325 proteínas compartidas (102.110 aminoácidos) de los genomas completos de seis vertebrados y un urocordado para el análisis filogenético y la estimación del tiempo de divergencia. Una escala de tiempo evolutiva se estimó utilizando un método de reloj molecular local (Bayesiano). Encontramos que la mayoría de las líneas principales de deuterostomos surgieron antes de la Explosión Cámbrica de fósiles (aproximadamente 520 MYA) y que varias líneas habían originado antes de los periodos de glaciación global en el Precámbrico.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msi225",
    doi = "10.1093/molbev/msi225",
    openalex = "W1975553093",
    references = "doi101007bf02101113, doi101017s0006323199005472, doi10103835057062, doi10103846965, doi101038nature01262, doi101038nature01851, doi101073pnas9794469, doi101086425183, doi101093bib52150, doi101093nar25173389, doi101093nar25244876, doi101093oxfordjournalsmolbeva004134, doi101093oxfordjournalsmolbeva025664, doi101093oxfordjournalsmolbeva025897, doi101093oxfordjournalsmolbeva026201, doi101111j109600311998tb00338x, doi101126science1058040, doi101126science28153811342, doi101126science28754612185, doi101130g205191, doi1023072413259, nieuwenhuys1998the, openalexw635257420"
}

@article{doi101038nature05110,
    author = "James, Timothy Y. y Kauff, Frank y Schoch, Conrad L. y Matheny, P. Brandon y Hofstetter, Valérie y Cox, Cymon J. y Celio, Gail J. y Gueidan, Cécile y Fraker, Emily y Miądlikowska, Jolanta y Lumbsch, H. Thorsten y Rauhut, Alexandra y Reeb, Valérie y Arnold, A. Elizabeth y Wynns, Anja Amtoft y Stajich, Jason y Hosaka, Kentaro y Sung, Gi‐Ho y Johnson, Desiree y O’Rourke, Ben y Crockett, Michael y Binder, Manfred y Curtis, Judd M. y Slot, Jason C. y Wang, Zheng y Wilson, Andrew W. y Schüßler, Arthur y Longcore, Joyce E. y O’Donnell, Kerry y Mozley-Standridge, Sharon E. y Porter, David y Letcher, Peter M. y Powell, Martha J. y Taylor, John W. y White, Merlin M. y Griffith, Gareth y Davies, D. R. y Humber, Richard A. y Morton, Joseph B. y Sugiyama, Junta y Rossman, Amy Y. y Rogers, Jack D. y Pfister, D.H. y Hewitt, David y Hansen, Karen y Hambleton, Sarah y Shoemaker, R. A. y Kohlmeyer, Jan y Volkmann‐Kohlmeyer, Brigitte y Spotts, Robert A. y Serdani, Maryna y Crous, P.W. y Hughes, Karen W. y Matsuura, Kenji y Langer, Ewald y Langer, Gitta Jutta y Untereiner, Wendy A. y Lücking, Robert y Büdel, Burkhard y Geiser, David M. y Aptroot, André y Diederich, Paul y Schmitt, Imke y Schultz, Matthias y Yahr, Rebecca y Hibbett, David S. y Lutzoni, François y McLaughlin, David J. y Spatafora, Joseph W. y Vilgalys, Rytas",
    title = "Reconstruyendo la evolución temprana de los hongos utilizando una filogenia de seis genes",
    year = "2006",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature05110",
    doi = "10.1038/nature05110",
    openalex = "W2054908644",
    references = "doi10108010635150290069913, doi101093bioinformatics183502, openalexw2611511275"
}

El catálogo del gran número de especies de insectos no descritas podría acelerarse considerablemente mediante enfoques automatizados basados en ADN, pero actualmente faltan procedimientos para el descubrimiento a gran escala de especies a partir de datos de secuencias. Aquí, utilizamos la variación del ADN mitocondrial para delimitar especies en una radiación de escarabajos poco conocida del género Rivacindela de Australia árida. Entre 468 individuos muestreados de 65 sitios y múltiples tipos morfológicamente distinguibles, la variación de secuencias en tres genes de ADNmt (citocromo oxidasa subunidad 1, citocromo b, ARN ribosomal 16S) fue fuertemente particionada entre 46 o 47 especies putativas identificadas con métodos cuantitativos de reconocimiento de especies basados en caracteres únicos fijos ("diagnósticos"). Los límites entre grupos también eran reconocibles a partir de un aumento notable en la tasa de ramificación en árboles calibrados restringidos por reloj. Los modelos de crecimiento estocástico de linajes (modelos de Yule) se combinaron con la teoría de coalescencia para desarrollar un nuevo método de verosimilitud que determina el punto de transición desde procesos evolutivos a nivel de especie (especiación y extinción) hasta procesos a nivel de población (coalescencia). Ajustar la ubicación de los cambios desde especiación hasta nodos de coalescencia en el árbol ultramétrico de Rivacindela produjo una transición en la tasa de ramificación que ocurrió hace 0,43 millones de años, lo que llevó a una estimación de 48 especies putativas (intervalo de confianza para el umbral que oscila entre 47 y 51 conglomerados dentro de 2 unidades de logL). Las entidades delimitadas de esta manera exhibieron propiedades biológicas de especies tradicionalmente definidas, mostrando coherencia de rangos geográficos, amplia congruencia con especies reconocidas morfológicamente y niveles de divergencia de secuencias típicos para especies de insectos estrechamente relacionadas. El hallazgo de agrupaciones evolutivas discontinuas que son fácilmente aparentes en los patrones de variación de secuencias permite la delimitación de especies en gran parte automatizada a partir de encuestas de ADN de comunidades locales como un andamiaje para la taxonomía en este grupo de insectos poco conocido.

@article{doi10108010635150600852011,
    author = "Pons, Joan y Barraclough, Timothy G. y Gómez‐Zurita, Jesús y Cardoso, Anabela y Duran, Daniel P. y Hazell, Steaphan P. y Kamoun, Sophien y Sumlin, W D y Vogler, Alfried P.",
    title = "Delimitación de especies basada en secuencias para la taxonomía del ADN de insectos no descritos",
    year = "2006",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = {El catálogo del gran número de especies de insectos no descritas podría acelerarse considerablemente mediante enfoques automatizados basados en ADN, pero actualmente faltan procedimientos para el descubrimiento a gran escala de especies a partir de datos de secuencias. Aquí, utilizamos la variación del ADN mitocondrial para delimitar especies en una radiación de escarabajos poco conocida del género Rivacindela de Australia árida. Entre 468 individuos muestreados de 65 sitios y múltiples tipos morfológicamente distinguibles, la variación de secuencias en tres genes de ADNmt (citocromo oxidasa subunidad 1, citocromo b, ARN ribosomal 16S) fue fuertemente particionada entre 46 o 47 especies putativas identificadas con métodos cuantitativos de reconocimiento de especies basados en caracteres únicos fijos ("diagnósticos"). Los límites entre grupos también eran reconocibles a partir de un aumento notable en la tasa de ramificación en árboles calibrados restringidos por reloj. Los modelos de crecimiento estocástico de linajes (modelos de Yule) se combinaron con la teoría de coalescencia para desarrollar un nuevo método de verosimilitud que determina el punto de transición desde procesos evolutivos a nivel de especie (especiación y extinción) hasta procesos a nivel de población (coalescencia). Ajustar la ubicación de los cambios desde especiación hasta nodos de coalescencia en el árbol ultramétrico de Rivacindela produjo una transición en la tasa de ramificación que ocurrió hace 0,43 millones de años, lo que llevó a una estimación de 48 especies putativas (intervalo de confianza para el umbral que oscila entre 47 y 51 conglomerados dentro de 2 unidades de logL). Las entidades delimitadas de esta manera exhibieron propiedades biológicas de especies tradicionalmente definidas, mostrando coherencia de rangos geográficos, amplia congruencia con especies reconocidas morfológicamente y niveles de divergencia de secuencias típicos para especies de insectos estrechamente relacionadas. El hallazgo de agrupaciones evolutivas discontinuas que son fácilmente aparentes en los patrones de variación de secuencias permite la delimitación de especies en gran parte automatizada a partir de encuestas de ADN de comunidades locales como un andamiaje para la taxonomía en este grupo de insectos poco conocido.},
    url = "https://doi.org/10.1080/10635150600852011",
    doi = "10.1080/10635150600852011",
    openalex = "W2102883209",
    references = "doi101007978140206754912413, doi10100797814615678136, doi101016s0169534701021619, doi101046j1365294x200001020x, doi101073pnas0406166101, doi101073pnas89178322, doi101073pnas91146491, doi101080106351502753475880, doi101093genetics1322619, doi101093oxfordjournalsmolbeva003974, doi101098rspb20022218, doi101111j109600311999tb00277x, doi101146annurevecolsys34011802132421, doi101146annureven10010165000525, doi101371journalpbio0020312, doi101371journalpbio0030422, doi1023072413039"
}

El análisis de parsimonia (cladística) ha sido durante mucho tiempo uno de los métodos más ampliamente utilizados para la inferencia filogenética en los campos de la biología sistemática y evolutiva. Además, posee atributos matemáticos que se prestan para su uso con conjuntos de datos complejos a escala genómica. En este libro, especialistas revisan los aspectos filosóficos, estadísticos, metodológicos y matemáticos del análisis de parsimonia, y demuestran el potencial que este potente método de resumen jerárquico de datos tiene para la investigación en genómica estructural y funcional.

@book{doi101093acprofoso97801992973060010001,
    author = "Albert, Victor A.",
    title = "Parsimonia, Filogenia, y Genómica",
    year = "2006",
    booktitle = "eBooks de la Universidad de Oxford",
    abstract = "El análisis de parsimonia (cladística) ha sido durante mucho tiempo uno de los métodos más ampliamente utilizados para la inferencia filogenética en los campos de la biología sistemática y evolutiva. Además, posee atributos matemáticos que se prestan para su uso con conjuntos de datos complejos a escala genómica. En este libro, especialistas revisan los aspectos filosóficos, estadísticos, metodológicos y matemáticos del análisis de parsimonia, y demuestran el potencial que este potente método de resumen jerárquico de datos tiene para la investigación en genómica estructural y funcional.",
    url = "https://doi.org/10.1093/acprof:oso/9780199297306.001.0001",
    doi = "10.1093/acprof:oso/9780199297306.001.0001",
    openalex = "W1527858535",
    references = "doi101016002555648290027x, doi101111j109600311995tb00092x, doi1023071220820, doi1023072412452, doi1023072992272"
}

El mapeo estocástico de caracteres, como se implementa en el software SIMMAP, permite a los usuarios abordar preguntas que requieren mapear caracteres sobre filogenias utilizando un enfoque probabilístico que no se basa en la parsimonia. Los análisis pueden realizarse utilizando un enfoque completamente bayesiano que no depende de considerar una única topología, un conjunto de parámetros del modelo de sustitución o la reconstrucción de estados ancestrales. La incertidumbre en estas cantidades se acomoda utilizando muestras MCMC de sus respectivas distribuciones posteriores.

@article{doi10118614712105788,
    author = "Bollback, Jonathan P.",
    title = "SIMMAP: Mapeo estocástico de caracteres de rasgos discretos en filogenias",
    year = "2006",
    journal = "BMC Bioinformatics",
    abstract = "El mapeo estocástico de caracteres, como se implementa en el software SIMMAP, permite a los usuarios abordar preguntas que requieren mapear caracteres sobre filogenias utilizando un enfoque probabilístico que no se basa en la parsimonia. Los análisis pueden realizarse utilizando un enfoque completamente bayesiano que no depende de considerar una única topología, un conjunto de parámetros del modelo de sustitución o la reconstrucción de estados ancestrales. La incertidumbre en estas cantidades se acomoda utilizando muestras MCMC de sus respectivas distribuciones posteriores.",
    url = "https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-88",
    doi = "10.1186/1471-2105-7-88",
    openalex = "W2118207809",
    references = "doi101007bf01734359, doi101016b9781483232119500097, doi10103844766, doi101080106351501753462876, doi101086284325, doi101093bioinformatics178754, doi101093oso97801985464120010001, doi105860choice295104, doi105860choice392183, openalexw2611511275, openalexw638862129"
}

En los últimos años, la sistemática aviar se ha caracterizado por una menor dependencia de la cladística morfológica de los taxones modernos, una intensa investigación paleornitológica estimulada por nuevos descubrimientos y una inundación de análisis basados en secuencias de ADN. Desafortunadamente, a diferencia de los importantes conocimientos sobre los orígenes basales, el panorama general de la filogenia de los neornitos permanece en gran parte sin resolver. Los estudios morfológicos han enfatizado caracteres de utilidad en contextos paleontológicos. Los estudios moleculares, tras el desencanto con el trabajo pionero, pero no cladístico, de Sibley y Ahlquist, han diferido notablemente entre sí y de los trabajos morfológicos tanto en métodos como en hallazgos. En consecuencia, a principios del milenio, los puntos de acuerdo robusto entre las escuelas sobre la filogenia de alto orden de los neornitos se han limitado a los dos grupos basales y varios grupos primarios de nivel medio. Este artículo describe un análisis filogenético (cladístico) de 150 taxones de Neornithes, incluyendo ejemplares de todas las familias no paseriformes, y representantes subordinales de los Passeriformes. Se utilizaron 35 taxones externos que abarcan a los Crocodylia, predominantemente Dinosauria terópodos, y aves seleccionadas del Mesozoico para enraizar los árboles. Basándose en el estudio de especímenes y la literatura, se definieron 2954 caracteres morfológicos; estos caracteres han sido descritos en un trabajo complementario, aproximadamente un tercio de los cuales fueron multiestado (es decir, comprendieron al menos tres estados), y los estados dentro de más de la mitad de estos caracteres multiestado fueron ordenados para el análisis. Búsquedas heurísticas completas utilizando 10 000 réplicas de adición aleatoria recuperaron un conjunto de soluciones total de 97 árboles bien resueltos y más parsimoniosos (MPTs). El conjunto de MPTs fue confirmado por una búsqueda heurística ampliada basada en 10 000 réplicas de adición aleatoria y una exploración completa con ratchet-aumentado para determinar los óptimos globales. Un árbol de consenso estricto de MPTs incluyó solo seis tricotomías, es decir, nodos que difieren topológicamente entre los MPTs. Los porcentajes de bootstrap (basados en 10 000 réplicas) y los índices de soporte minimizados con ratchet (Bremer) indicaron que la mayoría de los nodos son robustos. Varios fósiles de Neornithes (por ejemplo, Dinornithiformes, Aepyornithiformes) fueron colocados dentro del grupo interno a posteriori ya sea mediante búsquedas heurísticas sin restricciones basadas en la matriz completa aumentada por estos taxones por separado o utilizando restricciones de columna vertebral. El análisis confirmó la topología entre los terópodos externos y logró una resolución robusta en prácticamente todos los niveles de los Neornithes. Los hallazgos incluyeron la monofilia de las aves paleognatas, que comprenden los taxones hermanos Tinamiformes y ratitas, respectivamente, y los Anseriformes y Galliformes como grupos hermanos monofílicos, formando juntos el grupo hermano de otros Neornithes excluyendo a los Paleognathae (Neoaves). Las inferencias notables incluyen: (i) el grupo hermano de los Neoaves restantes comprende una diversidad de aves marinas y limícolas; (ii) los Podicipedidae son el grupo hermano de los Gaviidae, y no están estrechamente relacionados con los Phoenicopteridae, como se sugirió recientemente; (iii) los tradicionales Pelecaniformes, incluyendo al balaeniceps (Balaeniceps rex) como taxón hermano de otros miembros, son monofílicos; (iv) los tradicionales Ciconiiformes son monofílicos; (v) los Strigiformes y Falconiformes son grupos hermanos; (vi) los Cathartidae son el grupo hermano de los Falconiformes restantes; (vii) los Ralliformes (Rallidae y Heliornithidae) son el grupo hermano de los monofílicos Charadriiformes, con los tradicionalmente compuestos Gruiformes y Turniciformes (Turnicidae y Mesitornithidae) secuencialmente parafiléticos a todo el clade anterior; (viii) Opisthocomus hoazin es el taxón hermano de los Cuculiformes (incluyendo a los Musophagidae); (ix) los tradicionales Caprimulgiformes son monofílicos y el grupo hermano de los Apodiformes; (x) los Trogoniformes son el grupo hermano de los Coliiformes; (xi) los Coraciiformes, Piciformes y Passeriformes son mutuamente monofílicos y estrechamente relacionados; y (xii) los Galbulae se mantienen dentro de los Piciformes. Las partes sin resolver de los Neornithes (nodos que tienen más de una solución más parsimoniosa) comprenden tres partes del árbol: (a) varios nodos interfamiliales dentro de los Charadriiformes; (b) una tricotomía que comprende los (i) Psittaciformes, (ii) Columbiformes y (iii) Trogonomorphae (Trogoniformes, Coliiformes) + Passerimorphae (Coraciiformes, Piciformes, Passeriformes); y (c) una tricotomía que comprende los Coraciiformes, Piciformes y Passeriformes. Las poltomías restantes fueron entre los grupos externos, aunque varios de los nodos de más alto orden solo tuvieron un soporte marginal; sin embargo, la mayoría de los nodos fueron resueltos y cumplieron o superaron los estándares convencionales de soporte. Las comparaciones cuantitativas con hipótesis alternativas, el examen de caracteres altamente soportados y diagnósticos para taxones superiores, las correspondencias con estudios previos, la complementariedad y diferencias filosóficas con la filogenética paleontológica, las promesas y desafíos de la paleogeografía y la calibración de las tasas evolutivas de las aves, y las clases de evidencia prometedora y las direcciones futuras de estudio se revisan. La homología, aplicada a ejemplos aviares de aparentes homólogos, se considera en términos de la teoría reciente, y se propone una clasificación revisada y anotada de taxones de alto orden de Neornithes y otros terópodos estrechamente relacionados. (c) 2007 The Linnean Society of London, Zoological Journal of the Linnean Society, 2007, 149, 1-95.

@article{doi101111j10963642200600293x,
    author = "Livezey, Bradley C. and Zusi, Richard L.",
    title = "Higher-order phylogeny of modern birds (Theropoda, Aves: Neornithes) based on comparative anatomy. II. Analysis and discussion",
    year = "2007",
    journal = "Zoological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "In recent years, avian systematics has been characterized by a diminished reliance on morphological cladistics of modern taxa, intensive palaeornithogical research stimulated by new discoveries and an inundation by analyses based on DNA sequences. Unfortunately, in contrast to significant insights into basal origins, the broad picture of neornithine phylogeny remains largely unresolved. Morphological studies have emphasized characters of use in palaeontological contexts. Molecular studies, following disillusionment with the pioneering, but non-cladistic, work of Sibley and Ahlquist, have differed markedly from each other and from morphological works in both methods and findings. Consequently, at the turn of the millennium, points of robust agreement among schools concerning higher-order neornithine phylogeny have been limited to the two basalmost and several mid-level, primary groups. This paper describes a phylogenetic (cladistic) analysis of 150 taxa of Neornithes, including exemplars from all non-passeriform families, and subordinal representatives of Passeriformes. Thirty-five outgroup taxa encompassing Crocodylia, predominately theropod Dinosauria, and selected Mesozoic birds were used to root the trees. Based on study of specimens and the literature, 2954 morphological characters were defined; these characters have been described in a companion work, approximately one-third of which were multistate (i.e. comprised at least three states), and states within more than one-half of these multistate characters were ordered for analysis. Complete heuristic searches using 10 000 random-addition replicates recovered a total solution set of 97 well-resolved, most-parsimonious trees (MPTs). The set of MPTs was confirmed by an expanded heuristic search based on 10 000 random-addition replicates and a full ratchet-augmented exploration to ascertain global optima. A strict consensus tree of MPTs included only six trichotomies, i.e. nodes differing topologically among MPTs. Bootstrapping (based on 10 000 replicates) percentages and ratchet-minimized support (Bremer) indices indicated most nodes to be robust. Several fossil Neornithes (e.g. Dinornithiformes, Aepyornithiformes) were placed within the ingroup a posteriori either through unconstrained, heursitic searches based on the complete matrix augmented by these taxa separately or using backbone-constraints. Analysis confirmed the topology among outgroup Theropoda and achieved robust resolution at virtually all levels of the Neornithes. Findings included monophyly of the palaeognathous birds, comprising the sister taxa Tinamiformes and ratites, respectively, and the Anseriformes and Galliformes as monophyletic sister-groups, together forming the sister-group to other Neornithes exclusive of the Palaeognathae (Neoaves). Noteworthy inferences include: (i) the sister-group to remaining Neoaves comprises a diversity of marine and wading birds; (ii) Podicipedidae are the sister-group of Gaviidae, and not closely related to the Phoenicopteridae, as recently suggested; (iii) the traditional Pelecaniformes, including the shoebill (Balaeniceps rex) as sister-taxon to other members, are monophyletic; (iv) traditional Ciconiiformes are monophyletic; (v) Strigiformes and Falconiformes are sister-groups; (vi) Cathartidae is the sister-group of the remaining Falconiformes; (vii) Ralliformes (Rallidae and Heliornithidae) are the sister-group to the monophyletic Charadriiformes, with the traditionally composed Gruiformes and Turniciformes (Turnicidae and Mesitornithidae) sequentially paraphyletic to the entire foregoing clade; (viii) Opisthocomus hoazin is the sister-taxon to the Cuculiformes (including the Musophagidae); (ix) traditional Caprimulgiformes are monophyletic and the sister-group of the Apodiformes; (x) Trogoniformes are the sister-group of Coliiformes; (xi) Coraciiformes, Piciformes and Passeriformes are mutually monophyletic and closely related; and (xii) the Galbulae are retained within the Piciformes. Unresolved portions of the Neornithes (nodes having more than one most-parsimonious solution) comprised three parts of the tree: (a) several interfamilial nodes within the Charadriiformes; (b) a trichotomy comprising the (i) Psittaciformes, (ii) Columbiformes and (iii) Trogonomorphae (Trogoniformes, Coliiformes) + Passerimorphae (Coraciiformes, Piciformes, Passeriformes); and (c) a trichotomy comprising the Coraciiformes, Piciformes and Passeriformes. The remaining polytomies were among outgroups, although several of the highest-order nodes were only marginally supported; however, the majority of nodes were resolved and met or surpassed conventional standards of support. Quantitative comparisons with alternative hypotheses, examination of highly supportive and diagnostic characters for higher taxa, correspondences with prior studies, complementarity and philosophical differences with palaeontological phylogenetics, promises and challenges of palaeogeography and calibration of evolutionary rates of birds, and classes of promising evidence and future directions of study are reviewed. Homology, as applied to avian examples of apparent homologues, is considered in terms of recent theory, and a revised annotated classification of higher-order taxa of Neornithes and other closely related Theropoda is proposed. (c) 2007 The Linnean Society of London, Zoological Journal of the Linnean Society, 2007, 149, 1-95.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-3642.2006.00293.x",
    doi = "10.1111/j.1096-3642.2006.00293.x",
    openalex = "W2153165351",
    references = "crossref1995systematics, doi101002jmor10382, doi101002jmor10406, doi101002jmor1052090107, doi101007bf02101113, doi101016b978012249408650011x, doi101017s0006323197005100, doi101017s1464793102006103, doi101017s1464793105006779, doi101038nature03150, doi101073pnas0507106102, doi10108002724634199410011524, doi10108010635150500234583, doi10108010635150590950326, doi101093oso97801951223430010001, doi101093oso97801985052350010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva026092, doi101093sysbio33183, doi101093sysbio422182, doi101098rspb20001368, doi101111j109600311989tb00573x, doi101111j109600311993tb00217x, doi101111j109600312003tb00387x, doi101111j109636422001tb01313x, doi101111j109636422001tb01314x, doi101111j1469185x1997tb00024x, doi101111j146979981991tb04794x, doi101111j155856461959tb03005x, doi101111j155856461985tb00420x, doi101126science2665186779, doi1012060003008220023870001tmappo20co2, doi1012060003009020042860001mptaso20co2, doi1016660094837320050310192meam20co2, doi1023072408678, doi1023072413134, doi1023072992540, doi10230740168337, doi102992014590582006371pon20co2, doi105860choice323881, doi105860choice343307, doi105860choice392183, doi105860choice405235, doi105962bhltitle106607, gregor1988the, openalexw2506868775, openalexw3217097258"
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Los equinodermos han sido caracterizados durante mucho tiempo por la presencia de ambulacra que exhiben simetría pentaradiada y definen cinco ejes corporales primarios. En realidad, la simetría ambulacral verdaderamente pentaradiada es una condición derivada solo una vez en la historia evolutiva de los equinodermos y está restringida a los eleutherozoos, el clado que contiene la mayoría de las especies de equinodermos vivientes. En contraste, los equinodermos tempranos tienen una disposición bilateralmente simétrica 2-1-2, con tres ambulacra que irradian desde la boca. La ramificación de los dos ambulacra laterales durante la ontogenia produce los cinco rayos adultos. Durante la Explosión Cámbrica y la Radiación Ordovícica, evolucionaron unos 30 clados de equinodermos, muchos de los cuales tienen sistemas ambulacrales anómalos con uno a cuatro rayos. Desafortunadamente, no ha surgido ningún modelo subyacente que explique las homologías ambulacrales entre formas dispares. Aquí mostramos que la mayoría de los equinodermos paleozoicos se caracterizan por ambulacra identificables de manera única que se desarrollan en tres etapas postlarvarias distintas. Casi todas las morfologías «anómalas» de equinodermos pueden explicarse mediante el modelo de reducción ambulacral paedomórfica (PAR) a través de la pérdida de alguna combinación de estas etapas de crecimiento durante la ontogenia. Los patrones superficialmente similares de reducción ambulacral en clados distantes han resultado de la pérdida paralela de ambulacra homólogos durante la ontogenia. La simetría pseudo-pentagonal vista en Blastoidea y la verdadera simetría pentagonal vista en Eleutherozoa resultan de la gran reducción y la pérdida total, respectivamente, de la simetría 2–1–2 temprano en la ontogenia. Estas variaciones ambulacrales sugieren que tanto las restricciones del desarrollo como las ecológicas afectan la evolución de nuevos planes corporales de equinodermos.

@article{doi101666060531,
    author = "Sumrall, Colin D. and Wray, Gregory A.",
    title = "Ontogenia en el registro fósil: diversificación de planes corporales y la evolución de la simetría «anómala» en equinodermos paleozoicos",
    year = "2007",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Los equinodermos han sido caracterizados durante mucho tiempo por la presencia de ambulacra que exhiben simetría pentaradiada y definen cinco ejes corporales primarios. En realidad, la simetría ambulacral verdaderamente pentaradiada es una condición derivada solo una vez en la historia evolutiva de los equinodermos y está restringida a los eleutherozoos, el clado que contiene la mayoría de las especies de equinodermos vivientes. En contraste, los equinodermos tempranos tienen una disposición bilateralmente simétrica 2-1-2, con tres ambulacra que irradian desde la boca. La ramificación de los dos ambulacra laterales durante la ontogenia produce los cinco rayos adultos. Durante la Explosión Cámbrica y la Radiación Ordovícica, evolucionaron unos 30 clados de equinodermos, muchos de los cuales tienen sistemas ambulacrales anómalos con uno a cuatro rayos. Desafortunadamente, no ha surgido ningún modelo subyacente que explique las homologías ambulacrales entre formas dispares. Aquí mostramos que la mayoría de los equinodermos paleozoicos se caracterizan por ambulacra identificables de manera única que se desarrollan en tres etapas postlarvarias distintas. Casi todas las morfologías «anómalas» de equinodermos pueden explicarse mediante el modelo de reducción ambulacral paedomórfica (PAR) a través de la pérdida de alguna combinación de estas etapas de crecimiento durante la ontogenia. Los patrones superficialmente similares de reducción ambulacral en clados distantes han resultado de la pérdida paralela de ambulacra homólogos durante la ontogenia. La simetría pseudo-pentagonal vista en Blastoidea y la verdadera simetría pentagonal vista en Eleutherozoa resultan de la gran reducción y la pérdida total, respectivamente, de la simetría 2–1–2 temprano en la ontogenia. Estas variaciones ambulacrales sugieren que tanto las restricciones del desarrollo como las ecológicas afectan la evolución de nuevos planes corporales de equinodermos.",
    url = "https://doi.org/10.1666/06053.1",
    doi = "10.1666/06053.1",
    openalex = "W2020391426"
}

FONDO: La radiación adaptativa, la evolución de la diversidad ecológica y fenotípica a partir de un ancestro común, es un concepto central en la biología evolutiva y caracteriza los historiales evolutivos de muchos grupos de organismos. Uno de estos grupos es la familia Mustelidae, la familia más rica en especies dentro del orden mamífero Carnívora, que abarca 59 especies clasificadas en 22 géneros. Los mustélidos actuales muestran una extensa diversidad ecomorfológica, con diferentes linajes habiendo evolucionado hacia una variedad de zonas adaptativas, desde tejones fósiles hasta nutrias semiacuáticas. Los mustélidos también están ampliamente distribuidos, con múltiples géneros encontrados en diferentes continentes. Al igual que con otros grupos que han experimentado radiación adaptativa, resolver la historia filogenética de los mustélidos presenta una serie de desafíos porque la convergencia ecomorfológica puede potencialmente confundir las inferencias filogenéticas basadas en la morfología, y porque las radiaciones adaptativas a menudo incluyen uno o más períodos de cladogénesis rápida que requieren una gran cantidad de datos para resolver. RESULTADOS: Construimos una filogenia casi completa a nivel de género de la familia Mustelidae utilizando una matriz de datos que comprende 22 segmentos de genes (aproximadamente 12.000 pares de bases) analizados con métodos de máxima parsimonia, máxima verosimilitud e inferencia bayesiana. Mostramos que los mustélidos se resuelven consistentemente con un alto soporte nodal en cuatro clados principales y tres linajes monotípicos. Utilizando técnicas de datación bayesiana, proporcionamos evidencia de que los mustélidos experimentaron dos brotes de diversificación que coinciden con cambios paleoambientales y bióticos importantes que ocurrieron durante el Neógeno y corresponden con brotes similares de cladogénesis en otros grupos de vertebrados. Los análisis biogeográficos indican que la mayor parte de la diversidad actual de los mustélidos se originó en Eurasia y que los mustélidos han colonizado África, América del Norte y América del Sur en múltiples ocasiones. CONCLUSIÓN: Combinado con información del registro fósil, nuestras análisis filogenéticos y de datación sugieren que la diversificación de los mustélidos pudo haber sido impulsada por una combinación de eventos de turnover faunístico y diversificación en niveles tróficos inferiores, causados finalmente por cambios ambientales impulsados por el clima. Nuestros análisis biogeográficos muestran a Eurasia como el centro de origen de la diversidad de los mustélidos y que los mustélidos en África, América del Norte y América del Sur se han ensamblado con el tiempo principalmente a través de la dispersión, lo que tiene importantes implicaciones para comprender la ecología de las comunidades de mustélidos.

@article{doi10118617417007610,
    author = "Koepfli, Klaus‐Peter and Deere, Kerry A and Slater, Graham J. and Begg, Colleen and Begg, Keith S. and Grassman, Lon I. and Lucherini, Mauro and Veron, Géraldine and Wayne, Robert K.",
    title = "Filogenia multigénica de la familia Mustelidae: Resolviendo relaciones, tempo e historia biogeográfica de una radiación adaptativa mamífera",
    year = "2008",
    journal = "BMC Biology",
    abstract = "FONDO: La radiación adaptativa, la evolución de la diversidad ecológica y fenotípica a partir de un ancestro común, es un concepto central en la biología evolutiva y caracteriza los historiales evolutivos de muchos grupos de organismos. Uno de estos grupos es la familia Mustelidae, la familia más rica en especies dentro del orden mamífero Carnívora, que abarca 59 especies clasificadas en 22 géneros. Los mustélidos actuales muestran una extensa diversidad ecomorfológica, con diferentes linajes habiendo evolucionado hacia una variedad de zonas adaptativas, desde tejones fósiles hasta nutrias semiacuáticas. Los mustélidos también están ampliamente distribuidos, con múltiples géneros encontrados en diferentes continentes. Al igual que con otros grupos que han experimentado radiación adaptativa, resolver la historia filogenética de los mustélidos presenta una serie de desafíos porque la convergencia ecomorfológica puede potencialmente confundir las inferencias filogenéticas basadas en la morfología, y porque las radiaciones adaptativas a menudo incluyen uno o más períodos de cladogénesis rápida que requieren una gran cantidad de datos para resolver. RESULTADOS: Construimos una filogenia casi completa a nivel de género de la familia Mustelidae utilizando una matriz de datos que comprende 22 segmentos de genes (aproximadamente 12.000 pares de bases) analizados con métodos de máxima parsimonia, máxima verosimilitud e inferencia bayesiana. Mostramos que los mustélidos se resuelven consistentemente con un alto soporte nodal en cuatro clados principales y tres linajes monotípicos. Utilizando técnicas de datación bayesiana, proporcionamos evidencia de que los mustélidos experimentaron dos brotes de diversificación que coinciden con cambios paleoambientales y bióticos importantes que ocurrieron durante el Neógeno y corresponden con brotes similares de cladogénesis en otros grupos de vertebrados. Los análisis biogeográficos indican que la mayor parte de la diversidad actual de los mustélidos se originó en Eurasia y que los mustélidos han colonizado África, América del Norte y América del Sur en múltiples ocasiones. CONCLUSIÓN: Combinado con información del registro fósil, nuestras análisis filogenéticos y de datación sugieren que la diversificación de los mustélidos pudo haber sido impulsada por una combinación de eventos de turnover faunístico y diversificación en niveles tróficos inferiores, causados finalmente por cambios ambientales impulsados por el clima. Nuestros análisis biogeográficos muestran a Eurasia como el centro de origen de la diversidad de los mustélidos y que los mustélidos en África, América del Norte y América del Sur se han ensamblado con el tiempo principalmente a través de la dispersión, lo que tiene importantes implicaciones para comprender la ecología de las comunidades de mustélidos.",
    url = "https://doi.org/10.1186/1741-7007-6-10",
    doi = "10.1186/1741-7007-6-10",
    openalex = "W1969810115",
    references = "doi101093oso97801985771880010001, doi101126science1122277"
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@article{doi101016jtree201005002,
    author = "Quental, Tiago B. y Marshall, Charles R.",
    title = "Dinámicas de la diversidad: las filogenias moleculares necesitan el registro fósil",
    year = "2010",
    journal = "Trends in Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.tree.2010.05.002",
    doi = "10.1016/j.tree.2010.05.002",
    openalex = "W2157452947",
    references = "doi101017s0094837300016134, doi101073pnas111144698, doi101111j14754983200600612x"
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Se ha argumentado que los aumentos en la depredación a lo largo del tiempo geológico deberían resultar en aumentos en las adaptaciones defensivas en los taxones de presas. Observaciones recientes in situ y en laboratorio indican que los erizos de mar cidaroides se alimentan de crinoides con pedúnculo vivos, dejando marcas de mordida distintivas en sus elementos esqueléticos. Marcas de mordida similares en crinoides fósiles de Polonia sugieren fuertemente que estos animales han estado sujetos a la depredación por equinodermos desde el Triásico. Tras su casi extinción durante la extinción del Pérmico superior, los crinoides experimentaron una radiación evolutiva mayor durante el Triásico medio-tardío que produjo novedades morfológicas y conductuales distintivas, particularmente taxones móviles que contrastaban fuertemente con las faunas de crinoides paleozoicas predominantemente sésiles. Sugerimos que la aparición y el posterior éxito evolutivo de los crinoides móviles estuvieron relacionados con la depredación bentónica por equinodermos post-paleozoicos con su aparato de alimentación más fuerte y activo, y que, en el caso de los crinoides, la revolución marina mesozoica impulsada por la depredación comenzó antes que en otros grupos, quizás poco después de la extinción del Pérmico superior.

@article{doi101073pnas0914199107,
    author = "Baumiller, Tomasz K. y Salamon, Mariusz A. y Gorzelak, Przemysław y Mooi, Rich y Messing, Charles G. y Gahn, Forest J.",
    title = "Radiación de crinoides post-paleozoica en respuesta a la depredación bentónica precedió a la revolución marina mesozoica",
    year = "2010",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Se ha argumentado que los aumentos en la depredación a lo largo del tiempo geológico deberían resultar en aumentos en las adaptaciones defensivas en los taxones de presas. Observaciones recientes in situ y en laboratorio indican que los erizos de mar cidaroides se alimentan de crinoides con pedúnculo vivos, dejando marcas de mordida distintivas en sus elementos esqueléticos. Marcas de mordida similares en crinoides fósiles de Polonia sugieren fuertemente que estos animales han estado sujetos a la depredación por equinodermos desde el Triásico. Tras su casi extinción durante la extinción del Pérmico superior, los crinoides experimentaron una radiación evolutiva mayor durante el Triásico medio-tardío que produjo novedades morfológicas y conductuales distintivas, particularmente taxones móviles que contrastaban fuertemente con las faunas de crinoides paleozoicas predominantemente sésiles. Sugerimos que la aparición y el posterior éxito evolutivo de los crinoides móviles estuvieron relacionados con la depredación bentónica por equinodermos post-paleozoicos con su aparato de alimentación más fuerte y activo, y que, en el caso de los crinoides, la revolución marina mesozoica impulsada por la depredación comenzó antes que en otros grupos, quizás poco después de la extinción del Pérmico superior.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0914199107",
    doi = "10.1073/pnas.0914199107",
    openalex = "W2064012062",
    references = "doi101017s0022336000061321, doi105281zenodo16046014, kier1974evolutionary"
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Las relaciones de los equinodermos post-paleozoicos a nivel familiar se establecen mediante un análisis filogenético de 169 taxones y 306 caracteres esqueléticos (excluyendo pedicelarias). Los análisis filogenéticos anteriores de equinodermos han examinado o bien subgrupos específicos en detalle o bien un número relativamente pequeño de taxones seleccionados a lo largo de la clase, con una muestreo escaso que potencialmente afecta adversamente la fiabilidad de los resultados. Nuestros nuevos análisis representan un compromiso entre abarcar la diversidad de formas que existe, mientras se mantiene el número de taxones a un nivel que no hace que el análisis riguroso sea imposiblemente laborioso. En la construcción de la matriz de datos taxón-carácter, hemos encontrado una sorprendente falta de datos primarios sobre el patrón de placas, la linterna y la estructura del cinturón para muchos taxones supuestamente "bien conocidos". Se obtuvo una hipótesis filogenética bien resuelta y se utiliza como base para una clasificación formal. Los caracteres generalmente tienen un índice de retención alto (>0.7) pero un índice de consistencia bajo (<0.25), lo que sugiere que, aunque los caracteres se retienen en gran medida después de evolucionar por primera vez, la mayoría también experimentan ocasionalmente reversión o convergencia. Aunque partes de los árboles resultantes solo están débilmente apoyadas (por ejemplo, el grupo hermano preciso de los Irregulares), otras partes están resueltas sin ambigüedad. No inesperadamente, los nodos profundos a menudo no están apoyados por apomorfías únicas y los taxones superiores adquieren su conjunto característico de rasgos con el tiempo. Por lo tanto, los diagnósticos basados en taxones del grupo corona a menudo fallan en abarcar adecuadamente a los miembros fósiles del grupo tallo. Establecer las relaciones de los taxones en la raíz de grandes grupos se ve obstaculizado por una resolución limitada de caracteres. La influencia de los taxones fósiles en la topología se exploró comparando las topologías de árbol obtenidas con y sin su inclusión. Mostramos que la eliminación de fósiles de los grupos tallo no hace diferencia donde su grupo corona es morfológicamente conservador, pero tiene una influencia mayor donde los grupos hermanos extantes están separados por grandes brechas morfológicas. La completitud del registro de equinodermos y su coincidencia con el registro estratigráfico de las primeras apariciones se prueba utilizando varios métricos y se encuentra que son altamente congruentes, con los equinodermos irregulares mostrando una mayor congruencia que los regulares.

@article{doi10108014772011003603556,
    author = "Kroh, Andreas and Smith, Andrew B.",
    title = "The phylogeny and classification of post-Palaeozoic echinoids",
    year = "2010",
    journal = "Journal of Systematic Palaeontology",
    abstract = {The relationships of post-Palaeozoic echinoids at family level are established through phylogenetic analysis of 169 taxa and 306 skeletal characters (excluding pedicellariae). Previous phylogenetic analyses of echinoids have either examined specific subgroups in detail or have looked at a relatively small number of taxa selected from across the class, with sparse sampling potentially affecting the reliability of results adversely. Our new analyses represent a compromise between encompassing the diversity of form that exists, while keeping the number of taxa to a level that does not make rigorous analysis impossibly time-consuming. In constructing the taxon-character data matrix we have encountered a surprising lack of primary data on plating pattern, lantern, and girdle structure for many supposedly "well-known" taxa. A well-resolved phylogenetic hypothesis was obtained and is used as the basis for a formal classification. Characters generally have a high retention index (>0.7) but low consistency index (<0.25) suggesting that, although characters are largely retained after they first evolve, most also undergo occasional reversal or convergence. Although parts of the resulting trees are only weakly supported (e.g. the precise sister group of the Irregularia), other parts are unambiguously resolved. Not unexpectedly, deep nodes are often not supported by unique apomorphies and higher taxa acquire their characteristic set of features over time. Diagnoses based on crown group taxa thus often fail to encompass fossil stem-group members adequately. Establishing the relationships of taxa at the root of large groups is hampered by limited character resolution. The influence of fossil taxa on the topology was explored by comparing the tree topologies obtained with and without their inclusion. We show that removal of fossils from stem groups makes no difference where their crown group is morphologically conservative, but has a major influence where extant sister groups are separated by large morphological gaps. Completeness of the echinoid record and its match to the stratigraphical record of first occurrences is tested using various metrics and found to be highly congruent, with irregular echinoids showing a higher congruence than regular ones.},
    url = "https://doi.org/10.1080/14772011003603556",
    doi = "10.1080/14772011003603556",
    openalex = "W2072979411",
    references = "doi1010160031018268900989, doi101017s0022336000061321, doi101017s0094837300005248, doi101038019118a0, doi101038114085a0, doi10108010635150290102339, doi101093nqs5vi146318i, doi101111j00310239200400364x, doi101111j109600311999tb00277x, doi101111j10960031200800209x, doi101111j14636409200500201x, doi101111j146979981833tb06418x, doi101126science972526482b, doi103133pp321, doi105281zenodo16046014, doi105962bhltitle126954, doi105962bhltitle156765, doi105962bhltitle542, kier1974evolutionary, openalexw2894525608, openalexw635257420"
}

@article{doi101016jympev201209018,
    author = "Rouse, Greg W. y Jermiin, Lars S. y Wilson, Nerida G. y Eeckhaut, Igor y Lanterbecq, Déborah y Oji, Tatsuo y Young, Craig M. y Browning, Teena L. y Cisternas, Paula y Helgen, Lauren E. y Stuckey, Michelle y Messing, Charles G.",
    title = "Fijo, libre y fijo: La filogenia caprichosa de los Crinoidea existentes (Echinodermata) y su origen Permiano-Triásico",
    year = "2012",
    journal = "Molecular Phylogenetics and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ympev.2012.09.018",
    doi = "10.1016/j.ympev.2012.09.018",
    openalex = "W2116958898",
    references = "doi10101600310182689009898, doi101111j1469185x1984tb00411x"
}

Las filogenias suelen datarse calibrando los nodos internos contra el registro fósil. Esto depende de métodos indirectos que, en el peor de los casos, distorsionan la información fósil. Aquí, contrastamos dicha datación de nodos con un enfoque que incluye fósiles junto con los taxones existentes en un análisis bayesiano de evidencia total. Como caso de prueba, nos centramos en la radiación temprana de los Himenópteros, documentados principalmente por fósiles de impresión mal conservados que son difíciles de ubicar filogenéticamente. Específicamente, comparamos la datación de nodos utilizando nueve puntos de calibración derivados del registro fósil con la datación de evidencia total basada en 343 caracteres morfológicos puntuados para 45 taxones fósiles (4--20 completos) y 68 taxones existentes. En ambos casos utilizamos datos moleculares de siete marcadores (∼5 kb) para los taxones existentes. Dado que es difícil modelar la especiación, la extinción, el muestreo y la preservación fósil de manera realista, desarrollamos un prior uniforme simple para árboles de reloj con fósiles, y utilizamos modelos de reloj relajado para acomodar la variación de tasas a lo largo del árbol. A pesar de la considerable incertidumbre en la ubicación de la mayoría de los fósiles, encontramos que contribuyen significativamente a la estimación de los tiempos de divergencia en el análisis de evidencia total. En particular, las distribuciones posteriores de los tiempos de divergencia son menos sensibles a las suposiciones previas y tienden a ser más precisas que en la datación de nodos. El análisis de evidencia total también muestra que cuatro de los siete puntos de calibración de Himenópteros utilizados en la datación de nodos probablemente se basan en suposiciones erróneas o dudosas sobre la ubicación fósil. Con respecto a la radiación temprana de los Himenópteros, nuestros resultados sugieren que el grupo corona se remonta al Carbonífero, ∼309 Ma (intervalo del 95%: 291--347 Ma), y se diversificó en linajes existentes mayores mucho antes de lo que se pensaba, mucho antes del Triásico. [inferencia bayesiana; datación fósil; evolución morfológica; reloj relajado; filogenética estadística.].

@article{doi101093sysbiosys058,
    author = "Ronquist, Fredrik y Klopfstein, Seraina y Vilhelmsen, Lars y Schulmeister, Susanne y Murray, Debra L. y Rasnitsyn, Alexandr P.",
    title = "Un Enfoque de Evidencia Total para la Datación con Fósiles, Aplicado a la Radiación Temprana de los Himenópteros",
    year = "2012",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Las filogenias suelen datarse calibrando los nodos internos contra el registro fósil. Esto depende de métodos indirectos que, en el peor de los casos, distorsionan la información fósil. Aquí, contrastamos dicha datación de nodos con un enfoque que incluye fósiles junto con los taxones existentes en un análisis bayesiano de evidencia total. Como caso de prueba, nos centramos en la radiación temprana de los Himenópteros, documentados principalmente por fósiles de impresión mal conservados que son difíciles de ubicar filogenéticamente. Específicamente, comparamos la datación de nodos utilizando nueve puntos de calibración derivados del registro fósil con la datación de evidencia total basada en 343 caracteres morfológicos puntuados para 45 taxones fósiles (4--20 completos) y 68 taxones existentes. En ambos casos utilizamos datos moleculares de siete marcadores (∼5 kb) para los taxones existentes. Dado que es difícil modelar la especiación, la extinción, el muestreo y la preservación fósil de manera realista, desarrollamos un prior uniforme simple para árboles de reloj con fósiles, y utilizamos modelos de reloj relajado para acomodar la variación de tasas a lo largo del árbol. A pesar de la considerable incertidumbre en la ubicación de la mayoría de los fósiles, encontramos que contribuyen significativamente a la estimación de los tiempos de divergencia en el análisis de evidencia total. En particular, las distribuciones posteriores de los tiempos de divergencia son menos sensibles a las suposiciones previas y tienden a ser más precisas que en la datación de nodos. El análisis de evidencia total también muestra que cuatro de los siete puntos de calibración de Himenópteros utilizados en la datación de nodos probablemente se basan en suposiciones erróneas o dudosas sobre la ubicación fósil. Con respecto a la radiación temprana de los Himenópteros, nuestros resultados sugieren que el grupo corona se remonta al Carbonífero, ∼309 Ma (intervalo del 95%: 291--347 Ma), y se diversificó en linajes existentes mayores mucho antes de lo que se pensaba, mucho antes del Triásico. [inferencia bayesiana; datación fósil; evolución morfológica; reloj relajado; filogenética estadística.].",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/sys058",
    doi = "10.1093/sysbio/sys058",
    openalex = "W2159597448",
    references = "doi101016jympev201104003, doi10108010635150290102456, doi101093molbevmsm193, doi101093sysbiosyq085, doi101093sysbiosyr047, doi101093sysbiosyr107, openalexw1900040508, openalexw2733548038"
}

@incollection{doi101016b9780123964915000010,
    author = "Smith, Andrew B. y Kroh, Andreas",
    title = "Filogenia de los erizos de mar",
    year = "2013",
    booktitle = "Avances en acuicultura y ciencias pesqueras",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-0-12-396491-5.00001-0",
    doi = "10.1016/b978-0-12-396491-5.00001-0",
    openalex = "W28941992",
    references = "doi101111j00310239200400364x"
}

Una medida clave del impacto global de la humanidad es en qué medida ha aumentado las tasas de extinción de especies. Las declaraciones familiares son que estas son 100-1000 veces los niveles de extinción prehumanos o de fondo. Estimar las tasas recientes es sencillo, pero establecer una tasa de fondo para la comparación no lo es. Los investigadores anteriores eligieron un punto de referencia aproximado de 1 extinción por millón de especies por año (E/MSY). Exploramos diversas líneas de evidencia que sugieren una estimación sustancialmente más baja. Los datos fósiles proporcionan estimaciones directas de las tasas de extinción, pero son temporalmente gruesos, limitados principalmente a taxones marinos con cuerpo duro, y generalmente involucran géneros en lugar de especies. Basado en estos datos, la pérdida típica de fondo es de 0.01 géneros por millón de géneros por año. Las filogenias moleculares están disponibles para más taxones y ecosistemas, pero se debate si pueden utilizarse para estimar por separado las tasas de especiación y extinción. Seleccionamos datos para abordar preocupaciones conocidas y los utilizamos para determinar estimaciones mediana de extinción a partir de distribuciones estadísticas de valores probables para plantas y animales terrestres. Luego creamos simulaciones para explorar los efectos de violar los supuestos del modelo. Finalmente, compilamos estimaciones de la diversificación, es decir, la diferencia entre las tasas de especiación y extinción para diferentes taxones. Las estimaciones medias de las tasas de extinción oscilaron entre 0.023 y 0.135 E/MSY. Los resultados de la simulación sugirieron que la sobreestimación y subestimación de la extinción a partir de filogenias individuales se cancelaron parcialmente entre sí cuando se analizaron grandes conjuntos de filogenias. No hubo evidencia de declives generales recientes y generalizados en la diversidad prehumanos. Esto implica que las tasas promedio de extinción son menores que las tasas promedio de diversificación. Las tasas medias de diversificación fueron de 0.05-0.2 nuevas especies por millón de especies por año. En base a estos resultados, concluimos que las tasas típicas de extinción de fondo pueden estar más cerca de 0.1 E/MSY. Por lo tanto, las tasas actuales de extinción son 1.000 veces más altas que las tasas naturales de fondo de extinción y las tasas futuras probablemente serán 10.000 veces más altas.

@article{doi101111cobi12380,
    author = "de Vos, Jurriaan M. y Joppa, Lucas y Gittleman, John L. y Stephens, Patrick R. y Pimm, Stuart L.",
    title = "Estimando la tasa normal de fondo de extinción de especies",
    year = "2014",
    journal = "Biología de la Conservación",
    abstract = "Una medida clave del impacto global de la humanidad es en qué medida ha aumentado las tasas de extinción de especies. Las declaraciones familiares son que estas son 100-1000 veces los niveles de extinción prehumanos o de fondo. Estimar las tasas recientes es sencillo, pero establecer una tasa de fondo para la comparación no lo es. Los investigadores anteriores eligieron un punto de referencia aproximado de 1 extinción por millón de especies por año (E/MSY). Exploramos diversas líneas de evidencia que sugieren una estimación sustancialmente más baja. Los datos fósiles proporcionan estimaciones directas de las tasas de extinción, pero son temporalmente gruesos, limitados principalmente a taxones marinos con cuerpo duro, y generalmente involucran géneros en lugar de especies. Basado en estos datos, la pérdida típica de fondo es de 0.01 géneros por millón de géneros por año. Las filogenias moleculares están disponibles para más taxones y ecosistemas, pero se debate si pueden utilizarse para estimar por separado las tasas de especiación y extinción. Seleccionamos datos para abordar preocupaciones conocidas y los utilizamos para determinar estimaciones mediana de extinción a partir de distribuciones estadísticas de valores probables para plantas y animales terrestres. Luego creamos simulaciones para explorar los efectos de violar los supuestos del modelo. Finalmente, compilamos estimaciones de la diversificación, es decir, la diferencia entre las tasas de especiación y extinción para diferentes taxones. Las estimaciones medias de las tasas de extinción oscilaron entre 0.023 y 0.135 E/MSY. Los resultados de la simulación sugirieron que la sobreestimación y subestimación de la extinción a partir de filogenias individuales se cancelaron parcialmente entre sí cuando se analizaron grandes conjuntos de filogenias. No hubo evidencia de declives generales recientes y generalizados en la diversidad prehumanos. Esto implica que las tasas promedio de extinción son menores que las tasas promedio de diversificación. Las tasas medias de diversificación fueron de 0.05-0.2 nuevas especies por millón de especies por año. En base a estos resultados, concluimos que las tasas típicas de extinción de fondo pueden estar más cerca de 0.1 E/MSY. Por lo tanto, las tasas actuales de extinción son 1.000 veces más altas que las tasas naturales de fondo de extinción y las tasas futuras probablemente serán 10.000 veces más altas.",
    url = "https://doi.org/10.1111/cobi.12380",
    doi = "10.1111/cobi.12380",
    openalex = "W2114051274",
    references = "doi101017s0094837300016134, doi101038ncomms2958, doi101098rspb20080630, doi101146annurevecolsys37091305110035, doi1016660094837320050310006poaeit20co2, doi10560219780801882210"
}

El resumen de strap (Análisis Estratigráfico de Árboles para Paleontología) es un nuevo paquete para el lenguaje de programación estadístico R de acceso gratuito diseñado para realizar tres tareas principales: (1) escalar temporalmente filogenias de taxones fósiles; (2) graficar esos árboles escalados temporalmente contra la estratigrafía; y (3) evaluar la congruencia entre filogenias y estratigrafía. La escalada temporal se realiza con la función DatePhylo, ofreciéndose tres enfoques. Es posible graficar árboles contra una elección de cinco escalas de tiempo geológico diferentes utilizando la función geoscalePhylo. Finalmente, la función StratPhyloCongruence calcula medidas de congruencia estratigráfica para una o más filogenias de entrada, sin límite de taxón. Se ofrecen las tres medidas principales de congruencia: Índice de Consistencia Estratigráfica (SCI), Medida Estratigráfica de Manhattan (MSM *) y la razón de exceso de huecos (GER; incluyendo GER t y GER *), así como la medida de pseudocongruencia, el Índice de Complejidad Relativa (RCI). Cada medida tiene una prueba de significancia acompañante que funciona comparando los árboles de entrada contra un número definido por el usuario de topologías generadas aleatoriamente con el mismo conjunto de taxones y rangos de edad. Se ofrecen opciones adicionales para generar estas topologías aleatorias que permiten al usuario fijar el grupo externo o retener la forma del árbol de entrada para hacer comparaciones más justas. Un tutorial que asume ningún conocimiento previo de R muestra las tres funciones utilizando dos conjuntos de datos de ejemplo diferentes.

@article{doi101111pala12142,
    author = "Bell, Mark A. y Lloyd, Graeme T.",
    title = "strap: un paquete de R para graficar filogenias contra estratigrafía y evaluar su congruencia estratigráfica",
    year = "2014",
    journal = "Palaeontology",
    abstract = "El resumen de strap (Análisis Estratigráfico de Árboles para Paleontología) es un nuevo paquete para el lenguaje de programación estadístico R de acceso gratuito diseñado para realizar tres tareas principales: (1) escalar temporalmente filogenias de taxones fósiles; (2) graficar esos árboles escalados temporalmente contra la estratigrafía; y (3) evaluar la congruencia entre filogenias y estratigrafía. La escalada temporal se realiza con la función DatePhylo, ofreciéndose tres enfoques. Es posible graficar árboles contra una elección de cinco escalas de tiempo geológico diferentes utilizando la función geoscalePhylo. Finalmente, la función StratPhyloCongruence calcula medidas de congruencia estratigráfica para una o más filogenias de entrada, sin límite de taxón. Se ofrecen las tres medidas principales de congruencia: Índice de Consistencia Estratigráfica (SCI), Medida Estratigráfica de Manhattan (MSM *) y la razón de exceso de huecos (GER; incluyendo GER t y GER *), así como la medida de pseudocongruencia, el Índice de Complejidad Relativa (RCI). Cada medida tiene una prueba de significancia acompañante que funciona comparando los árboles de entrada contra un número definido por el usuario de topologías generadas aleatoriamente con el mismo conjunto de taxones y rangos de edad. Se ofrecen opciones adicionales para generar estas topologías aleatorias que permiten al usuario fijar el grupo externo o retener la forma del árbol de entrada para hacer comparaciones más justas. Un tutorial que asume ningún conocimiento previo de R muestra las tres funciones utilizando dos conjuntos de datos de ejemplo diferentes.",
    url = "https://doi.org/10.1111/pala.12142",
    doi = "10.1111/pala.12142",
    openalex = "W2058630418",
    references = "crossref1995systematics, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101093sysbio1811, doi101093sysbiosys058, doi101098rspb20080715, doi101111j10960031200800217x, doi101111j2041210x201200223x, doi101126science1161833, doi101126science1252243, doi1018814epiiugs2013v36i3002, doi1023072412407, doi1023072412810, doi105860choice323881, openalexw2611511275, openalexw2989049194, openalexw592572837"
}

Cómo se acumula la diversidad ecológica y morfológica a lo largo del tiempo geológico ha sido muy debatido por los paleobiólogos. La evidencia del registro fósil sugiere que muchos clados alcanzan la máxima diversidad temprano en su historia evolutiva, seguida de una disminución en las tasas evolutivas a medida que se llena el espacio ecológico o debido a restricciones internas. Aquí, aplicamos métodos recientemente desarrollados para estimar las tasas de evolución morfológica durante la historia post-paleozoica de un importante clado de invertebrados, los Echinoidea. Contrario a las expectativas, las tasas de evolución fueron más bajas durante la fase inicial de diversificación después de la extinción masiva del Pérmico-Triásico y aumentaron con el tiempo. Además, aunque varios subclados muestran altas tasas iniciales y disminuciones netas en las tasas de evolución, consistentes con "explosiones tempranas" de diversificación morfológica, en niveles taxonómicos más inclusivos, estas explosiones aparecen como picos episódicos. Las tasas pico coincidieron con cambios mayores en la morfología ecológica, principalmente asociados con innovaciones en estrategias de alimentación. A pesar de tener números similares de especies en los océanos de hoy, los equinodermos regulares han acumulado mucha menos diversidad morfológica que los equinodermos irregulares debido a tasas intrínsecas más bajas de evolución morfológica y menos innovación morfológica, esta última indicativa de evolución restringida o acotada. Estos resultados indican que las tasas de evolución son extremadamente heterogéneas a lo largo del tiempo y su interpretación depende de la escala temporal y taxonómica del análisis.

@article{doi101073pnas1418153112,
    author = "Hopkins, Melanie J. y Smith, Andrew B.",
    title = "Cambio evolutivo dinámico en equinodermos post-paleozoicos y la importancia de la escala al interpretar cambios en las tasas de evolución",
    year = "2015",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = {Cómo se acumula la diversidad ecológica y morfológica a lo largo del tiempo geológico ha sido muy debatido por los paleobiólogos. La evidencia del registro fósil sugiere que muchos clados alcanzan la máxima diversidad temprano en su historia evolutiva, seguida de una disminución en las tasas evolutivas a medida que se llena el espacio ecológico o debido a restricciones internas. Aquí, aplicamos métodos recientemente desarrollados para estimar las tasas de evolución morfológica durante la historia post-paleozoica de un importante clado de invertebrados, los Echinoidea. Contrario a las expectativas, las tasas de evolución fueron más bajas durante la fase inicial de diversificación después de la extinción masiva del Pérmico-Triásico y aumentaron con el tiempo. Además, aunque varios subclados muestran altas tasas iniciales y disminuciones netas en las tasas de evolución, consistentes con "explosiones tempranas" de diversificación morfológica, en niveles taxonómicos más inclusivos, estas explosiones aparecen como picos episódicos. Las tasas pico coincidieron con cambios mayores en la morfología ecológica, principalmente asociados con innovaciones en estrategias de alimentación. A pesar de tener números similares de especies en los océanos de hoy, los equinodermos regulares han acumulado mucha menos diversidad morfológica que los equinodermos irregulares debido a tasas intrínsecas más bajas de evolución morfológica y menos innovación morfológica, esta última indicativa de evolución restringida o acotada. Estos resultados indican que las tasas de evolución son extremadamente heterogéneas a lo largo del tiempo y su interpretación depende de la escala temporal y taxonómica del análisis.},
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1418153112",
    doi = "10.1073/pnas.1418153112",
    openalex = "W2068132819",
    references = "doi10108014772011003603556, doi1016660094837320000260056cefisg20co2"
}

Resumen Las relaciones filogenéticas entre los primeros crinoides se evalúan maximizando caracteres parsimoniosos-informativos que son no ordenados y no ponderados. Se analizan principalmente taxones Tremadociano–Darríwiliano (Ordovícico Temprano–Medio). Las métricas de congruencia estratigráfica apoyan la mejor hipótesis filogenética derivada utilizando métodos de parsimonia. Este estudio confirma los linajes tradicionalmente reconocidos de los crinoides Paleozoicos y proporciona nueva información sobre el orden de ramificación de los linajes en evolución. Los Camerates son crinoides basales, con grupos progresivamente más apicales (desde una perspectiva Ordovícica) siendo protocrinoides, cladidos (parafiléticos), hibocrinidos y disparidos. Los Protocrinoida deben mantenerse, pero los Aethocrinida deben colocarse dentro de los Cladida. Los resultados de este estudio identifican la estructura filogenética entre los principales linajes de crinoides tempranos y delimitan las posiciones relativas de los taxones superiores de crinoides a lo largo de un árbol. Cada taxón superior válido discutido aquí requiere un tratamiento exhaustivo para delimitar las relaciones filogenéticas dentro del linaje.

@article{doi101111pala12204,
    author = "Ausich, William I. y Kammer, Thomas y Rhenberg, Elizabeth C. y Wright, David F.",
    title = "Filogenia temprana de los crinoides dentro del clado pelmatozoico",
    year = "2015",
    journal = "Palaeontology",
    abstract = "Resumen Las relaciones filogenéticas entre los primeros crinoides se evalúan maximizando caracteres parsimoniosos-informativos que son no ordenados y no ponderados. Se analizan principalmente taxones Tremadociano–Darríwiliano (Ordovícico Temprano–Medio). Las métricas de congruencia estratigráfica apoyan la mejor hipótesis filogenética derivada utilizando métodos de parsimonia. Este estudio confirma los linajes tradicionalmente reconocidos de los crinoides Paleozoicos y proporciona nueva información sobre el orden de ramificación de los linajes en evolución. Los Camerates son crinoides basales, con grupos progresivamente más apicales (desde una perspectiva Ordovícica) siendo protocrinoides, cladidos (parafiléticos), hibocrinidos y disparidos. Los Protocrinoida deben mantenerse, pero los Aethocrinida deben colocarse dentro de los Cladida. Los resultados de este estudio identifican la estructura filogenética entre los principales linajes de crinoides tempranos y delimitan las posiciones relativas de los taxones superiores de crinoides a lo largo de un árbol. Cada taxón superior válido discutido aquí requiere un tratamiento exhaustivo para delimitar las relaciones filogenéticas dentro del linaje.",
    url = "https://doi.org/10.1111/pala.12204",
    doi = "10.1111/pala.12204",
    openalex = "W1934510031"
}

Resumen Los xifosúridos son un grupo arcaico de artrópodos quelicerados acuáticos, generalmente conocidos por el nombre coloquial erróneo de 'cangrejos herradura'. Conocidos desde entornos marinos tan atrás como el Ordovícico temprano, los cangrejos herradura son generalmente considerados 'fósiles vivientes' – descendientes de una línea braditelica que exhibe poca variación morfológica o ecológica a lo largo del tiempo geológico. Sin embargo, los xifosúridos son conocidos desde sedimentos de agua dulce en el Paleozoico y Mesozoico; además, la afirmación de que los xifosúridos muestran poca variación morfológica nunca ha sido probada empíricamente. Los intentos de probar esto se ven obstaculizados por la falta de un marco filogenético moderno con el cual explorar diferentes escenarios evolutivos. Aquí, presento un análisis filogenético de Xiphosurida y exploro patrones de ocupación de morfoclima y ambiental del grupo a lo largo del Fanerozoico. Se muestra que los xifosúridos invadieron entornos no marinos independientemente al menos cinco veces a lo largo de su historia evolutiva, dos veces resultando en la radiación de clados mayores – bellinurinos y austrolimúlidos – que ocuparon regiones novedosas de morfoclima. Estos clados muestran un patrón ecológico convergente de diferenciación, especiación y posterior extinción. Se muestra que los cangrejos herradura tienen una historia evolutiva más dinámica y compleja de lo que se supuso anteriormente, con las especies existentes representando solo una fracción de la diversidad ecológica y morfológica pasada del grupo.

@article{doi101111pala12220,
    author = "Lamsdell, James C.",
    title = "Horseshoe crab phylogeny and independent colonizations of fresh water: ecological invasion as a driver for morphological innovation",
    year = "2015",
    journal = "Palaeontology",
    abstract = "Resumen Los xifosúridos son un grupo arcaico de artrópodos quelicerados acuáticos, generalmente conocidos por el nombre coloquial erróneo de 'cangrejos herradura'. Conocidos desde entornos marinos tan atrás como el Ordovícico temprano, los cangrejos herradura son generalmente considerados 'fósiles vivientes' – descendientes de una línea braditelica que exhibe poca variación morfológica o ecológica a lo largo del tiempo geológico. Sin embargo, los xifosúridos son conocidos desde sedimentos de agua dulce en el Paleozoico y Mesozoico; además, la afirmación de que los xifosúridos muestran poca variación morfológica nunca ha sido probada empíricamente. Los intentos de probar esto se ven obstaculizados por la falta de un marco filogenético moderno con el cual explorar diferentes escenarios evolutivos. Aquí, presento un análisis filogenético de Xiphosurida y exploro patrones de ocupación de morfoclima y ambiental del grupo a lo largo del Fanerozoico. Se muestra que los xifosúridos invadieron entornos no marinos independientemente al menos cinco veces a lo largo de su historia evolutiva, dos veces resultando en la radiación de clados mayores – bellinurinos y austrolimúlidos – que ocuparon regiones novedosas de morfoclima. Estos clados muestran un patrón ecológico convergente de diferenciación, especiación y posterior extinción. Se muestra que los cangrejos herradura tienen una historia evolutiva más dinámica y compleja de lo que se supuso anteriormente, con las especies existentes representando solo una fracción de la diversidad ecológica y morfológica pasada del grupo.",
    url = "https://doi.org/10.1111/pala.12220",
    doi = "10.1111/pala.12220",
    openalex = "W2173155428",
    references = "doi101111j14754983201101103x, doi101111pala12142"
}

A pesar de sus profundas adaptaciones al medio acuático y su aparente éxito durante el Triásico y el Jurásico, los ictiosaurios se extinguieron aproximadamente 30 millones de años antes de la extinción masiva del Cretácico superior. Las hipótesis actuales sobre esta temprana desaparición involucran eventos bióticos relativamente menores, pero contradicen la comprensión reciente del registro fósil de ictiosaurios. Aquí, mostramos que los ictiosaurios mantuvieron una riqueza y disparidad altas pero decrecientes durante todo el Cretácico inferior. Los últimos ictiosaurios se caracterizan por tasas reducidas de origen y evolución fenotípica, y sus tasas de extinción elevadas se correlacionan con una mayor volatilidad ambiental. Además, encontramos que los ictiosaurios sufrieron una profunda extinción temprana del Cenomaniano que redujo su diversidad ecológica, contribuyendo probablemente a su extinción final al final del Cenomaniano. Nuestros resultados apoyan un creciente cuerpo de evidencia que revela que el cambio ambiental global resultó en un evento de recambio importante, temporalmente escalonado, que reorganizó profundamente los ecosistemas marinos durante el Cenomaniano.

@article{doi101038ncomms10825,
    author = "Fischer, Valentin y Bardet, Nathalie y Benson, Roger y Arkhangelsky, M. S. y Friedman, Matt",
    title = "Extinción de reptiles marinos en forma de pez asociada con tasas evolutivas reducidas y volatilidad ambiental global",
    year = "2016",
    journal = "Nature Communications",
    abstract = "A pesar de sus profundas adaptaciones al medio acuático y su aparente éxito durante el Triásico y el Jurásico, los ictiosaurios se extinguieron aproximadamente 30 millones de años antes de la extinción masiva del Cretácico superior. Las hipótesis actuales sobre esta temprana desaparición involucran eventos bióticos relativamente menores, pero contradicen la comprensión reciente del registro fósil de ictiosaurios. Aquí, mostramos que los ictiosaurios mantuvieron una riqueza y disparidad altas pero decrecientes durante todo el Cretácico inferior. Los últimos ictiosaurios se caracterizan por tasas reducidas de origen y evolución fenotípica, y sus tasas de extinción elevadas se correlacionan con una mayor volatilidad ambiental. Además, encontramos que los ictiosaurios sufrieron una profunda extinción temprana del Cenomaniano que redujo su diversidad ecológica, contribuyendo probablemente a su extinción final al final del Cenomaniano. Nuestros resultados apoyan un creciente cuerpo de evidencia que revela que el cambio ambiental global resultó en un evento de recambio importante, temporalmente escalonado, que reorganizó profundamente los ecosistemas marinos durante el Cenomaniano.",
    url = "https://doi.org/10.1038/ncomms10825",
    doi = "10.1038/ncomms10825",
    openalex = "W2295669701",
    references = "doi101016jcub201410064, doi101016jgloplacha201312007, doi101017cbo9780511802461005, doi101017s0016756812000994, doi1010292001pa000623, doi10108002724634199910011160, doi101080027246342011595464, doi101093bioinformaticsbtg180, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101098rspb20091845, doi101111brv12038, doi101111brv12203, doi101111j2041210x201200223x, doi101111pala12142, doi101126scienceaaa3716, doi101371journalpone0029234, doi101371journalpone0031838, doi101371journalpone0103152, doi1023071268794, doi1023073802723, druckenmiller2010a, openalexw2896296657"
}

La sistemática de los ophiúridos se encuentra actualmente en un estado de agitación, con las estimaciones moleculares recientes chocando fundamentalmente con las clasificaciones tradicionales basadas en la morfología. Aquí, intentamos una revisión tan esperada de una estimación de filogenia morfológica de los Ophiuroidea, teniendo en cuenta los últimos conocimientos sobre las características microestructurales del esqueleto de los brazos. Nuestra estimación final se basa en un total de 45 taxones del grupo, que incluyen 41 especies recientes que abarcan todo el rango de la diversidad de taxones superiores de ophiúridos existentes y 4 especies fósiles conocidas a partir de material excepcionalmente preservado, y el Aganaster gregarius del Carbonífero Inferior como grupo externo. Se puntuaron un total de 130 caracteres directamente en especímenes. El árbol resultante del análisis de inferencia bayesiana de la matriz de datos completa está razonablemente bien resuelto y bien apoyado, y refuta todas las clasificaciones anteriores, con la mayoría de las familias tradicionales desacreditadas como polifiléticas o parafiléticas. Por el contrario, nuestro árbol concuerda notablemente bien con la última estimación molecular, abriendo así el camino hacia una nueva clasificación integrada de los Ophiuroidea. Entre los caracteres que cualitativamente se encontraron que coincidían mejor con la topología de nuestro árbol, seleccionamos una lista de sinapomorfías potenciales para futuras definiciones formales de clados. Además, un análisis con 13 de los taxones del grupo reducido a los caracteres de las placas laterales de los brazos produjo un árbol que era esencialmente similar al árbol del conjunto de datos completo. Esto sugiere que las placas laterales de los brazos disociadas pueden analizarse en combinación con taxones completamente conocidos y, por lo tanto, desbloquea efectivamente el extenso registro de placas laterales de brazos fósiles para las estimaciones filogenéticas. Finalmente, la edad y la posición dentro de nuestro árbol implican que el grupo corona de los ophiúridos había comenzado a diversificarse en el Triásico Temprano.

@article{doi101371journalpone0156140,
    author = "Thuy, Ben y Stöhr, Sabine",
    title = "Una nueva filogenia morfológica de los Ophiuroidea (Echinodermata) concuerda con la evidencia molecular y hace accesibles los microfósiles para la cladística",
    year = "2016",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "La sistemática de los ophiúridos se encuentra actualmente en un estado de agitación, con las estimaciones moleculares recientes chocando fundamentalmente con las clasificaciones tradicionales basadas en la morfología. Aquí, intentamos una revisión tan esperada de una estimación de filogenia morfológica de los Ophiuroidea, teniendo en cuenta los últimos conocimientos sobre las características microestructurales del esqueleto de los brazos. Nuestra estimación final se basa en un total de 45 taxones del grupo, que incluyen 41 especies recientes que abarcan todo el rango de la diversidad de taxones superiores de ophiúridos existentes y 4 especies fósiles conocidas a partir de material excepcionalmente preservado, y el Aganaster gregarius del Carbonífero Inferior como grupo externo. Se puntuaron un total de 130 caracteres directamente en especímenes. El árbol resultante del análisis de inferencia bayesiana de la matriz de datos completa está razonablemente bien resuelto y bien apoyado, y refuta todas las clasificaciones anteriores, con la mayoría de las familias tradicionales desacreditadas como polifiléticas o parafiléticas. Por el contrario, nuestro árbol concuerda notablemente bien con la última estimación molecular, abriendo así el camino hacia una nueva clasificación integrada de los Ophiuroidea. Entre los caracteres que cualitativamente se encontraron que coincidían mejor con la topología de nuestro árbol, seleccionamos una lista de sinapomorfías potenciales para futuras definiciones formales de clados. Además, un análisis con 13 de los taxones del grupo reducido a los caracteres de las placas laterales de los brazos produjo un árbol que era esencialmente similar al árbol del conjunto de datos completo. Esto sugiere que las placas laterales de los brazos disociadas pueden analizarse en combinación con taxones completamente conocidos y, por lo tanto, desbloquea efectivamente el extenso registro de placas laterales de brazos fósiles para las estimaciones filogenéticas. Finalmente, la edad y la posición dentro de nuestro árbol implican que el grupo corona de los ophiúridos había comenzado a diversificarse en el Triásico Temprano.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0156140",
    doi = "10.1371/journal.pone.0156140",
    openalex = "W2408106615",
    references = "doi10108014772011003603556"
}

@article{doi101016jympev201702014,
    author = "Miller, Allison K. y Kerr, Alexander M. y Paulay, Gustav y Reich, Mike y Wilson, Nerida G. y Carvajal, Jose I. y Rouse, Greg W.",
    title = "Filogenia molecular de Holothuroidea extantes (Echinodermata)",
    year = "2017",
    journal = "Molecular Phylogenetics and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ympev.2017.02.014",
    doi = "10.1016/j.ympev.2017.02.014",
    openalex = "W2593325434",
    references = "doi101111j1469185x1984tb00411x"
}

Resumen La subclase Camerata (Crinoidea, Echinodermata) es un grupo importante de crinoides paleozoicos que representa una divergencia temprana en la historia evolutiva y la diversificación morfológica de la clase Crinoidea, sin embargo, las relaciones filogenéticas entre los camerates tempranos permanecen sin resolver. Este estudio realizó una serie de análisis filogenéticos cuantitativos utilizando métodos de parsimonia para inferir las relaciones de todos los géneros camerates ordovícicos bien conservados (52 taxones), establecer la secuencia de ramificación de los camerates tempranos y probar la monofilia de los taxones superiores tradicionalmente reconocidos, incluidos los órdenes Monobathrida y Diplobathrida. El primer análisis filogenético identificó un grupo externo adecuado para enraizar el árbol de los camerates ordovícicos y evaluó las afinidades de la atípica familia dicíclica Reteocrinidae. El segundo análisis inferió la filogenia de todos los géneros camerates ordovícicos bien conservados. Las filogenias inferidas confirman: (1) los géneros tremadocianos Cnemecrinus y Eknomocrinus son hermanos de los Camerata; (2) tal como se definieron históricamente, los órdenes Monobathrida y Diplobathrida no representan grupos monofiléticos; (3) con una revisión mínima, Monobathrida y Diplobathrida pueden ser re-diagnosticados para representar clados monofiléticos; (4) la familia Reteocrinidae está más estrechamente relacionada con los camerates que con otros grupos de crinoides reconocidos actualmente a nivel de subclase; y (5) varios géneros en la subclase Camerata representan taxones de tallo que no pueden clasificarse como ni monobatrídeos verdaderos ni diplobatrídeos verdaderos. El clado que contiene Monobathrida y Diplobathrida, tal como se reconoce aquí, se denomina Eucamerata para distinguir sus taxones constituyentes de los taxones posicionados más basalmente, denominados eucamerates de tallo. Los resultados de este estudio proporcionan un marco filogenético para revisar la clasificación camerata, elucidar patrones de evolución morfológica e informar la selección de grupos externos para futuros análisis filogenéticos de los camerates post-ordovícicos.

@article{doi101017jpa2016137,
    author = "Cole, Selina R.",
    title = "Filogenia y evolución morfológica de los Ordovician Camerata (Clase Crinoidea, Filo Echinodermata)",
    year = "2017",
    journal = "Journal of Paleontology",
    abstract = "Resumen La subclase Camerata (Crinoidea, Echinodermata) es un grupo importante de crinoides paleozoicos que representa una divergencia temprana en la historia evolutiva y la diversificación morfológica de la clase Crinoidea, sin embargo, las relaciones filogenéticas entre los camerates tempranos permanecen sin resolver. Este estudio realizó una serie de análisis filogenéticos cuantitativos utilizando métodos de parsimonia para inferir las relaciones de todos los géneros camerates ordovícicos bien conservados (52 taxones), establecer la secuencia de ramificación de los camerates tempranos y probar la monofilia de los taxones superiores tradicionalmente reconocidos, incluidos los órdenes Monobathrida y Diplobathrida. El primer análisis filogenético identificó un grupo externo adecuado para enraizar el árbol de los camerates ordovícicos y evaluó las afinidades de la atípica familia dicíclica Reteocrinidae. El segundo análisis inferió la filogenia de todos los géneros camerates ordovícicos bien conservados. Las filogenias inferidas confirman: (1) los géneros tremadocianos Cnemecrinus y Eknomocrinus son hermanos de los Camerata; (2) tal como se definieron históricamente, los órdenes Monobathrida y Diplobathrida no representan grupos monofiléticos; (3) con una revisión mínima, Monobathrida y Diplobathrida pueden ser re-diagnosticados para representar clados monofiléticos; (4) la familia Reteocrinidae está más estrechamente relacionada con los camerates que con otros grupos de crinoides reconocidos actualmente a nivel de subclase; y (5) varios géneros en la subclase Camerata representan taxones de tallo que no pueden clasificarse como ni monobatrídeos verdaderos ni diplobatrídeos verdaderos. El clado que contiene Monobathrida y Diplobathrida, tal como se reconoce aquí, se denomina Eucamerata para distinguir sus taxones constituyentes de los taxones posicionados más basalmente, denominados eucamerates de tallo. Los resultados de este estudio proporcionan un marco filogenético para revisar la clasificación camerata, elucidar patrones de evolución morfológica e informar la selección de grupos externos para futuros análisis filogenéticos de los camerates post-ordovícicos.",
    url = "https://doi.org/10.1017/jpa.2016.137",
    doi = "10.1017/jpa.2016.137",
    openalex = "W2586606587",
    references = "doi1010029781444313918, doi1010160031018268900989, doi101017jpa2016142, doi101017jpa201720, doi101017s009483730001280x, doi101017s0094837300016134, doi101111j109600311989tb00573x, doi101111pala12142, doi101130spe46p1, doi101666009483731999251mditer20co2, doi105860choice323881, openalexw2611511275"
}

Resumen El conocimiento de las relaciones filogenéticas entre especies es fundamental para comprender los patrones básicos en la evolución y sustenta casi todos los programas de investigación en biología y paleontología. Sin embargo, la mayoría de los métodos de inferencia filogenética típicamente utilizados por los paleontólogos no acomodan las idiosincrasias de los datos fósiles y, por lo tanto, no aprovechan plenamente la información proporcionada por el registro fósil. El advenimiento de los enfoques bayesianos de 'tip-dating' para la estimación de filogenias es especialmente prometedor para los paleosistemáticos porque los datos comparativos con marcas de tiempo pueden combinarse con modelos probabilísticos adaptados para acomodar el estudio de taxones fósiles. Bajo un marco bayesiano, el proceso de nacimiento–muerte fosilizado (FBD) recientemente desarrollado proporciona un modelo de árbol previo más realista para los datos paleontológicos que tiene en cuenta las dinámicas macroevolutivas, la preservación y el muestreo al inferir árboles filogenéticos que contienen fósiles. Además, el árbol previo FBD permite la posibilidad de muestrear morfotaxones ancestrales. Aunque los paleontólogos están adoptando cada vez más los métodos filogenéticos probabilísticos, estos desarrollos recientes no se han aplicado previamente al registro fósil de invertebrados de tiempos profundos. Aquí, examino las relaciones filogenéticas entre los crinoides del Ordovícico al Devónico utilizando un enfoque de tip-dating bayesiano. Los resultados apoyan varios clados reconocidos en análisis anteriores que solo muestreaban taxones ordovícicos, pero también revelan casos en los que las afinidades filogenéticas son más complejas y son necesarias revisiones extensas, particularmente entre los Cladida. Se propone el nombre Porocrinoidea para un clado bien soportado de cladidos 'cyathocrines' ordovícicos e hibocrinidos. Eucladida se propone como nombre de clado para el grupo hermano de los Flexibilia aquí comprendido de cladidos considerados de diversas maneras 'cyathocrines', 'dendrocrines' y/o 'poteriocrines' por otros autores.

@article{doi101017jpa2016141,
    author = "Wright, David F.",
    title = "Estimación bayesiana de filogenias fósiles y la evolución de los crinoides del Paleozoico temprano a medio (Echinodermata)",
    year = "2017",
    journal = "Journal of Paleontology",
    abstract = "Resumen El conocimiento de las relaciones filogenéticas entre especies es fundamental para comprender los patrones básicos en la evolución y sustenta casi todos los programas de investigación en biología y paleontología. Sin embargo, la mayoría de los métodos de inferencia filogenética típicamente utilizados por los paleontólogos no acomodan las idiosincrasias de los datos fósiles y, por lo tanto, no aprovechan plenamente la información proporcionada por el registro fósil. El advenimiento de los enfoques bayesianos de 'tip-dating' para la estimación de filogenias es especialmente prometedor para los paleosistemáticos porque los datos comparativos con marcas de tiempo pueden combinarse con modelos probabilísticos adaptados para acomodar el estudio de taxones fósiles. Bajo un marco bayesiano, el proceso de nacimiento–muerte fosilizado (FBD) recientemente desarrollado proporciona un modelo de árbol previo más realista para los datos paleontológicos que tiene en cuenta las dinámicas macroevolutivas, la preservación y el muestreo al inferir árboles filogenéticos que contienen fósiles. Además, el árbol previo FBD permite la posibilidad de muestrear morfotaxones ancestrales. Aunque los paleontólogos están adoptando cada vez más los métodos filogenéticos probabilísticos, estos desarrollos recientes no se han aplicado previamente al registro fósil de invertebrados de tiempos profundos. Aquí, examino las relaciones filogenéticas entre los crinoides del Ordovícico al Devónico utilizando un enfoque de tip-dating bayesiano. Los resultados apoyan varios clados reconocidos en análisis anteriores que solo muestreaban taxones ordovícicos, pero también revelan casos en los que las afinidades filogenéticas son más complejas y son necesarias revisiones extensas, particularmente entre los Cladida. Se propone el nombre Porocrinoidea para un clado bien soportado de cladidos 'cyathocrines' ordovícicos e hibocrinidos. Eucladida se propone como nombre de clado para el grupo hermano de los Flexibilia aquí comprendido de cladidos considerados de diversas maneras 'cyathocrines', 'dendrocrines' y/o 'poteriocrines' por otros autores.",
    url = "https://doi.org/10.1017/jpa.2016.141",
    doi = "10.1017/jpa.2016.141",
    openalex = "W2586407476",
    references = "doi10100703064746897, doi1010160016003258906884, doi1010160025556481900432, doi1010160031018268900989, doi101017jpa2016137, doi101017jpa2016142, doi101017jpa201720, doi10108001621459199510476572, doi101080106351501753462876, doi101086284325, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101111pala12142, doi101130spe46p1, doi101186147121487214, doi101214ss1177011136, doi101306st6398c26, openalexw3135630760"
}

Resumen Las transiciones evolutivas hacia hábitats marinos ocurrieron con frecuencia entre los reptiles del Mesozoico. Solo un talo tal sobrevive hasta el presente: las tortugas marinas (Chelonioidea). Otras tortugas marinas se originaron durante el Mesozoico, pero las afinidades inciertas de fósiles clave han oscurecido el número de transiciones a la vida marina y el momento del origen de la adaptación marina en quelonios. Los estudios filogenéticos apoyan tanto un grupo total de quelonios altamente inclusivo que incluye talos marinos fósiles del Jurásico y Cretácico (por ejemplo, protostégidos, talasocelídios, sandonidos) como un grupo total de quelonios menos inclusivo que excluye esos talos. Bajo este paradigma, estos talos pertenecen fuera de Cryptodira y representan al menos una transición evolutiva adicional a la vida marina en tortugas. Presentamos una nueva hipótesis filogenética informada por datos de tomografía computarizada de alta resolución de taxones vivos y fósiles. Además de un Chelonioidea bien soportado, que incluye protostégidos, recuperamos un talo previamente desconocido de tortugas del grupo tallo, Angolachelonia, que incluye los talasocelídios del Jurásico Tardío y los sandonidos del Cretácico-Paleógeno. Teniendo en cuenta el Odontochelys del Triásico, nuestros resultados indican tres transiciones evolutivas independientes a la vida marina en torturas no pleurodiranas (más dos o tres adicionales en pleurodires). Entre todos los orígenes independientes de hábitos marinos, una ecología pelágica solo evolucionó una vez, entre los quelonios. Todos los grupos de tortugas que invadieron independientemente hábitats marinos en el Jurásico-Cretácico (quelonios, angolachelonios, pleurodires bothremydid) sobrevivieron al evento de extinción masiva del Cretácico-Paleógeno. Esto destaca la extensa supervivencia de tortugas marinas en comparación con otros reptiles marinos. Además, talos profundamente anidados como los quelonios se encuentran a mediados del Cretácico Temprano, sugiriendo una rápida diversificación de las tortugas del grupo corona durante el Cretácico Temprano.

@article{doi101111pala12384,
    author = "Evers, Serjoscha y Benson, Roger",
    title = "Una nueva hipótesis filogenética de tortugas con implicaciones para el momento y número de transiciones evolutivas hacia estilos de vida marinos en el grupo",
    year = "2018",
    journal = "Palaeontology",
    abstract = "Resumen Las transiciones evolutivas hacia hábitats marinos ocurrieron con frecuencia entre los reptiles del Mesozoico. Solo un talo tal sobrevive hasta el presente: las tortugas marinas (Chelonioidea). Otras tortugas marinas se originaron durante el Mesozoico, pero las afinidades inciertas de fósiles clave han oscurecido el número de transiciones a la vida marina y el momento del origen de la adaptación marina en quelonios. Los estudios filogenéticos apoyan tanto un grupo total de quelonios altamente inclusivo que incluye talos marinos fósiles del Jurásico y Cretácico (por ejemplo, protostégidos, talasocelídios, sandonidos) como un grupo total de quelonios menos inclusivo que excluye esos talos. Bajo este paradigma, estos talos pertenecen fuera de Cryptodira y representan al menos una transición evolutiva adicional a la vida marina en tortugas. Presentamos una nueva hipótesis filogenética informada por datos de tomografía computarizada de alta resolución de taxones vivos y fósiles. Además de un Chelonioidea bien soportado, que incluye protostégidos, recuperamos un talo previamente desconocido de tortugas del grupo tallo, Angolachelonia, que incluye los talasocelídios del Jurásico Tardío y los sandonidos del Cretácico-Paleógeno. Teniendo en cuenta el Odontochelys del Triásico, nuestros resultados indican tres transiciones evolutivas independientes a la vida marina en torturas no pleurodiranas (más dos o tres adicionales en pleurodires). Entre todos los orígenes independientes de hábitos marinos, una ecología pelágica solo evolucionó una vez, entre los quelonios. Todos los grupos de tortugas que invadieron independientemente hábitats marinos en el Jurásico-Cretácico (quelonios, angolachelonios, pleurodires bothremydid) sobrevivieron al evento de extinción masiva del Cretácico-Paleógeno. Esto destaca la extensa supervivencia de tortugas marinas en comparación con otros reptiles marinos. Además, talos profundamente anidados como los quelonios se encuentran a mediados del Cretácico Temprano, sugiriendo una rápida diversificación de las tortugas del grupo corona durante el Cretácico Temprano.",
    url = "https://doi.org/10.1111/pala.12384",
    doi = "10.1111/pala.12384",
    openalex = "W2883587102",
    references = "doi101007s1205200901192, doi101016jympev201705008, doi10103827421, doi101086425183, doi101098rsbl20080022, doi101111brv12038, doi101111pala12142, doi10166612149, doi1033740140580105"
}

El orden Diplobathrida es un clado importante de crinoides camerados que abarca el Ordovícico–Mississippiense, sin embargo, las relaciones filogenéticas solo se han inferido para los taxones ordovícicos. Esto ha obstaculizado los esfuerzos para construir un árbol de la vida integral para los crinoides y desarrollar un esquema de clasificación que refleje adecuadamente la historia evolutiva de los diplobatrídeos. Aquí, aplico enfoques filogenéticos de máxima parsimonia y bayesianos al registro fósil de los diplobatrídeos para inferir el árbol más grande de crinoides fósiles hasta la fecha, con más de 100 géneros incluidos. Los árboles recuperados proporcionan un marco para evaluar la clasificación actual de los diplobatrídeos. Notablemente, las divisiones de suborden anteriores no están apoyadas, y las divisiones de superfamilia requerirán modificaciones significativas. Aunque se requieren numerosas revisiones para las familias, la mayoría pueden conservarse mediante la reasignación de géneros. Además, los árboles recuperados se utilizaron para producir estimaciones basadas en la filogenia de la diversidad de linajes de diplobatrídeos. Al tener en cuenta los linajes fantasma, las estimaciones de riqueza basadas en la filogenia ofrecen una mayor comprensión de las dinámicas de diversificación y extinción que los enfoques basados únicamente en la taxonomía tradicional y proporcionan un resumen detallado de la historia evolutiva de ~150 millones de años de Diplobathrida. Este estudio constituye un paso importante hacia la producción de una filogenia de los Crinoidea y la documentación de las dinámicas de diversidad de los crinoides. Además, servirá como marco para investigaciones posteriores basadas en la filogenia de preguntas macroevolutivas.

@article{doi101111pala12401,
    author = "Cole, Selina R.",
    title = "Filogenia e historia evolutiva de los crinoides diplobatrídeos (Echinodermata)",
    year = "2018",
    journal = "Palaeontology",
    abstract = "El orden Diplobathrida es un clado importante de crinoides camerados que abarca el Ordovícico–Mississippiense, sin embargo, las relaciones filogenéticas solo se han inferido para los taxones ordovícicos. Esto ha obstaculizado los esfuerzos para construir un árbol de la vida integral para los crinoides y desarrollar un esquema de clasificación que refleje adecuadamente la historia evolutiva de los diplobatrídeos. Aquí, aplico enfoques filogenéticos de máxima parsimonia y bayesianos al registro fósil de los diplobatrídeos para inferir el árbol más grande de crinoides fósiles hasta la fecha, con más de 100 géneros incluidos. Los árboles recuperados proporcionan un marco para evaluar la clasificación actual de los diplobatrídeos. Notablemente, las divisiones de suborden anteriores no están apoyadas, y las divisiones de superfamilia requerirán modificaciones significativas. Aunque se requieren numerosas revisiones para las familias, la mayoría pueden conservarse mediante la reasignación de géneros. Además, los árboles recuperados se utilizaron para producir estimaciones basadas en la filogenia de la diversidad de linajes de diplobatrídeos. Al tener en cuenta los linajes fantasma, las estimaciones de riqueza basadas en la filogenia ofrecen una mayor comprensión de las dinámicas de diversificación y extinción que los enfoques basados únicamente en la taxonomía tradicional y proporcionan un resumen detallado de la historia evolutiva de ~150 millones de años de Diplobathrida. Este estudio constituye un paso importante hacia la producción de una filogenia de los Crinoidea y la documentación de las dinámicas de diversidad de los crinoides. Además, servirá como marco para investigaciones posteriores basadas en la filogenia de preguntas macroevolutivas.",
    url = "https://doi.org/10.1111/pala.12401",
    doi = "10.1111/pala.12401",
    openalex = "W2897788581",
    references = "doi101017jpa2016137, doi101017jpa2016142, doi101017jpa2017151, doi101017jpa201720, doi101017s0094837300003778, doi101093acprofosobl97801995871000010001, doi101093sysbiosys029, doi101111j2041210x201200223x, doi101126science1160006, doi101126science21545391501, doi101146annurevearth33092203122654, doi1012019781003077831, doi107312webb12678, openalexw2611511275"
}

Las escalas de tiempo son de importancia fundamental para la biología evolutiva, ya que facilitan las pruebas de hipótesis de los procesos evolutivos históricos. Mediante la incorporación de datos de ocurrencia de fósiles, el proceso de nacimiento–muerte fosilizado (FBD) proporciona un marco para estimar los tiempos de divergencia utilizando más datos paleontológicos de lo que han permitido los enfoques tradicionales de calibración de nodos. La inclusión de más datos puede refinar las estimaciones de la escala de tiempo evolutiva, pero para muchos grupos taxonómicos es computacionalmente inviable incluir todos los datos disponibles de ocurrencia de fósiles. Aquí, utilizamos tanto datos empíricos como un marco de simulación para identificar enfoques de muestreo subsiguiente de datos de ocurrencia de fósiles que resulten en las estimaciones más precisas de los tiempos de divergencia. Para lograr esto, evaluamos el rendimiento del modelo FBD-Skyline al implementar múltiples enfoques para incorporar datos de ocurrencia de fósiles subsampleados. Nuestros resultados demuestran que es necesario tener en cuenta todos los datos disponibles de ocurrencia de fósiles para lograr las estimaciones más precisas de la edad del clado. Mostramos que esto se puede lograr si se aplica un enfoque de Bayes empírico, que tenga en cuenta la muestreo de fósiles a lo largo del tiempo, al proceso FBD. El muestreo aleatorio de datos de ocurrencia puede llevar a estimaciones de la edad del clado que son incompatibles con la evidencia fósil si no se impone control sobre las afinidades de las ocurrencias de fósiles. Nuestros resultados ponen en duda la precisión de estudios anteriores de tiempos de divergencia que incorporan el proceso FBD y que han utilizado solo una submuestra de todos los datos disponibles de ocurrencia de fósiles.

@article{doi101093sysbiosyz037,
    author = "O’Reilly, Joseph y Donoghue, Philip C. J.",
    title = "El efecto de la muestreo de fósiles en la estimación de tiempos de divergencia con el proceso de nacimiento–muerte fosilizado",
    year = "2019",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Las escalas de tiempo son de importancia fundamental para la biología evolutiva, ya que facilitan las pruebas de hipótesis de los procesos evolutivos históricos. Mediante la incorporación de datos de ocurrencia de fósiles, el proceso de nacimiento–muerte fosilizado (FBD) proporciona un marco para estimar los tiempos de divergencia utilizando más datos paleontológicos de lo que han permitido los enfoques tradicionales de calibración de nodos. La inclusión de más datos puede refinar las estimaciones de la escala de tiempo evolutiva, pero para muchos grupos taxonómicos es computacionalmente inviable incluir todos los datos disponibles de ocurrencia de fósiles. Aquí, utilizamos tanto datos empíricos como un marco de simulación para identificar enfoques de muestreo subsiguiente de datos de ocurrencia de fósiles que resulten en las estimaciones más precisas de los tiempos de divergencia. Para lograr esto, evaluamos el rendimiento del modelo FBD-Skyline al implementar múltiples enfoques para incorporar datos de ocurrencia de fósiles subsampleados. Nuestros resultados demuestran que es necesario tener en cuenta todos los datos disponibles de ocurrencia de fósiles para lograr las estimaciones más precisas de la edad del clado. Mostramos que esto se puede lograr si se aplica un enfoque de Bayes empírico, que tenga en cuenta la muestreo de fósiles a lo largo del tiempo, al proceso FBD. El muestreo aleatorio de datos de ocurrencia puede llevar a estimaciones de la edad del clado que son incompatibles con la evidencia fósil si no se impone control sobre las afinidades de las ocurrencias de fósiles. Nuestros resultados ponen en duda la precisión de estudios anteriores de tiempos de divergencia que incorporan el proceso FBD y que han utilizado solo una submuestra de todos los datos disponibles de ocurrencia de fósiles.",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/syz037",
    doi = "10.1093/sysbio/syz037",
    openalex = "W2946805451",
    references = "doi101017jpa2016141"
}

Resumen Los miembros del orden de equinodermos Spatangoida, un clado de invertebrados marinos altamente diverso y abundante, fueron habitantes importantes del Western Interior Seaway (WIS) del Cretácico, un mar epicontinental que dividió Norteamérica en dos durante un intervalo de condiciones de invernadero entre aproximadamente 100 y 65 millones de años atrás. Se realizó un análisis filogenético de los spatangoides utilizando una matriz de caracteres de 32 caracteres de 21 especies. Se consideraron exhaustivamente las especies que ocurren en el WIS, y también se incorporaron especies de otras regiones como Sudamérica, Europa y el norte de África. Los patrones filogenéticos recuperados son en gran parte congruentes con las clasificaciones existentes a nivel de familia; sin embargo, las especies dentro de varios géneros, especialmente Hemiaster y Heteraster, necesitan ser reasignadas para que la clasificación refleje mejor la filogenia. Los géneros Washitaster y Heteraster están estrechamente relacionados, al igual que Mecaster, Palhemiaster y Proraster; Pliotoxaster, Macraster y Hemiaster; y Micraster y Diplodetus. También se consideraron los patrones biogeográficos utilizando la filogenía, e identificaron varios episodios de vicarianza y expansión de rango. Estos pudieron estar relacionados con algunos de los diversos episodios mayores de aumento y disminución del nivel del mar durante el Cretácico. En particular, las regresiones Valangiano–medio Aptiano pudieron haber causado vicarianza dentro de Heteraster y Washitaster, mientras que otras vicarianzas tempranas de spatangoides pueden estar relacionadas con regresiones durante el tardío Aptiano–temprano Cenomaniano. Además, la vicarianza causada por regresiones durante el medio Cenomaniano–Maastrichtiano pudo haber impulsado la diversificación dentro de Micraster y Diplodetus. Por último, las transgresiones durante el tardío Aptiano–temprano Cenomaniano parecen haber impulsado expansiones de rango prominentes en Mecaster y Hemiaster.

@article{doi101017jpa2020102,
    author = "Byrum, Steven y Lieberman, Bruce S.",
    title = "Filogenia y biogeografía de algunos equinodermos spatangoides del Cretácico con especial énfasis en taxones del Western Interior Seaway",
    year = "2020",
    journal = "Journal of Paleontology",
    abstract = "Resumen Los miembros del orden de equinodermos Spatangoida, un clado de invertebrados marinos altamente diverso y abundante, fueron habitantes importantes del Western Interior Seaway (WIS) del Cretácico, un mar epicontinental que dividió Norteamérica en dos durante un intervalo de condiciones de invernadero entre aproximadamente 100 y 65 millones de años atrás. Se realizó un análisis filogenético de los spatangoides utilizando una matriz de caracteres de 32 caracteres de 21 especies. Se consideraron exhaustivamente las especies que ocurren en el WIS, y también se incorporaron especies de otras regiones como Sudamérica, Europa y el norte de África. Los patrones filogenéticos recuperados son en gran parte congruentes con las clasificaciones existentes a nivel de familia; sin embargo, las especies dentro de varios géneros, especialmente Hemiaster y Heteraster, necesitan ser reasignadas para que la clasificación refleje mejor la filogenia. Los géneros Washitaster y Heteraster están estrechamente relacionados, al igual que Mecaster, Palhemiaster y Proraster; Pliotoxaster, Macraster y Hemiaster; y Micraster y Diplodetus. También se consideraron los patrones biogeográficos utilizando la filogenía, e identificaron varios episodios de vicarianza y expansión de rango. Estos pudieron estar relacionados con algunos de los diversos episodios mayores de aumento y disminución del nivel del mar durante el Cretácico. En particular, las regresiones Valangiano–medio Aptiano pudieron haber causado vicarianza dentro de Heteraster y Washitaster, mientras que otras vicarianzas tempranas de spatangoides pueden estar relacionadas con regresiones durante el tardío Aptiano–temprano Cenomaniano. Además, la vicarianza causada por regresiones durante el medio Cenomaniano–Maastrichtiano pudo haber impulsado la diversificación dentro de Micraster y Diplodetus. Por último, las transgresiones durante el tardío Aptiano–temprano Cenomaniano parecen haber impulsado expansiones de rango prominentes en Mecaster y Hemiaster.",
    url = "https://doi.org/10.1017/jpa.2020.102",
    doi = "10.1017/jpa.2020.102",
    openalex = "W3112581246",
    references = "arachchige2019taxonomy, doi101016002555648290027x, doi101016jgloplacha201312007, doi101017jpa201879, doi10108014772011003603556, doi101111j109600311994tb00179x, doi101144gslsp19880370119, doi101306m56578, doi1023073515270, doi105962bhltitle40014, openalexw3217097258, openalexw592572837"
}

Los datos filogenómicos y paleontológicos constituyen recursos complementarios para desentrañar las relaciones filogenéticas y los tiempos de divergencia de las linajes, sin embargo, pocos estudios han intentado integrarlos completamente. Varias propiedades únicas de los equinodermos (erizos de mar) los hacen especialmente útiles para tales enfoques de síntesis, incluyendo un notable registro fósil que puede incorporarse en hipótesis filogenéticas explícitas. Revisitamos la filogenia del grupo corona Echinoidea utilizando un enfoque de datación total-evidencia que combina el conjunto de datos filogenómicos más grande para el clado, una matriz morfológica a gran escala con una densa muestreo fósil, y un nuevo compendio de restricciones de edad de puntas y nodos. Para ello, desarrollamos un nuevo método para submuestrear conjuntos de datos filogenómicos que selecciona loci con alta señal filogenética, sesgos sistemáticos bajos y un comportamiento tipo reloj mejorado. Nuestros resultados demuestran que combinar diferentes fuentes de datos aumenta la precisión topológica y ayuda a resolver conflictos entre datos moleculares y morfológicos. Notablemente, presentamos una nueva hipótesis para el origen de las monedas de arena, y reestructuramos las relaciones entre los equinodermos de tallo y corona de una manera que implica un largo período de historia evolutiva no descubierta del grupo corona en el Paleozoico tardío. Nuestros esfuerzos ayudan a cerrar la brecha entre la filogenómica y la paleontología filogenética, proporcionando un ejemplo modelo de los beneficios de combinar ambas. [Echinoidea; fósiles; paleontología; filogenómica; calibración temporal; evidencia total.].

@article{doi101093sysbiosyaa069,
    author = "Koch, Nicolás Mongiardino y Thompson, Jeffrey R.",
    title = "Una Filogenia con Fecha Total-Evidencia de Echinoidea que Combina Datos Filogenómicos y Paleontológicos",
    year = "2020",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Los datos filogenómicos y paleontológicos constituyen recursos complementarios para desentrañar las relaciones filogenéticas y los tiempos de divergencia de las linajes, sin embargo, pocos estudios han intentado integrarlos completamente. Varias propiedades únicas de los equinodermos (erizos de mar) los hacen especialmente útiles para tales enfoques de síntesis, incluyendo un notable registro fósil que puede incorporarse en hipótesis filogenéticas explícitas. Revisitamos la filogenia del grupo corona Echinoidea utilizando un enfoque de datación total-evidencia que combina el conjunto de datos filogenómicos más grande para el clado, una matriz morfológica a gran escala con una densa muestreo fósil, y un nuevo compendio de restricciones de edad de puntas y nodos. Para ello, desarrollamos un nuevo método para submuestrear conjuntos de datos filogenómicos que selecciona loci con alta señal filogenética, sesgos sistemáticos bajos y un comportamiento tipo reloj mejorado. Nuestros resultados demuestran que combinar diferentes fuentes de datos aumenta la precisión topológica y ayuda a resolver conflictos entre datos moleculares y morfológicos. Notablemente, presentamos una nueva hipótesis para el origen de las monedas de arena, y reestructuramos las relaciones entre los equinodermos de tallo y corona de una manera que implica un largo período de historia evolutiva no descubierta del grupo corona en el Paleozoico tardío. Nuestros esfuerzos ayudan a cerrar la brecha entre la filogenómica y la paleontología filogenética, proporcionando un ejemplo modelo de los beneficios de combinar ambas. [Echinoidea; fósiles; paleontología; filogenómica; calibración temporal; evidencia total.].",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/syaa069",
    doi = "10.1093/sysbio/syaa069",
    openalex = "W3083369987",
    references = "doi101017s0022336000061321, doi10108014772011003603556, doi101093sysbiosyw107, doi105281zenodo16046014, kier1974evolutionary"
}

Resumen Los artrópodos bivalvos cámbricos son un grupo polifilético de artrópodos con caparazón que incluye euartrópodos troncales, mandibulados troncales y crustáceos. Aquí, describimos Pakucaris apatis gen. et sp. nov., un nuevo artrópodo bivalvo mandibulado troncal del Cámbrico medio (Etapa Wuliuan) del Burgess Shale (Marble Canyon, Parque Nacional Kootenay, Columbia Británica, Canadá). Se reconocen dos morfotipos de este pequeño artrópodo (de 11,6–26,6 mm de longitud), que difieren principalmente en su tamaño y número de segmentos, posiblemente reflejando dimorfismo sexual o diferentes etapas anamórficas. El caparazón presenta una cresta dorsal que se extiende hacia adelante formando un pequeño rostro recurvado y dos procesos anterolaterales. Alrededor del 20% de los segmentos corporales y las patas más posteriores están cubiertos por un gran escudo con espinas. La cabeza lleva un par de ojos, un posible par de proyecciones apendiculares no segmentadas y dos pares de apéndices segmentados. El tórax es multiesegmentado, homónimo, con segmentos débilmente esclerotizados que llevan patas biramosas, compuestas por un endópodo stenópodo con c. 20 podómeros y un exópodo en forma de paleta. Pakucaris se interpreta como un filtrador nektobentónico. El análisis filogenético bayesiano implica una posición dentro de Hymenocarina como mandibulado troncal. El escudo posterior se considera un pígidio y representa un caso de evolución convergente morfofuncional entre mandibulados, artiópodos y mollisoniidos. Además, Pakucaris se suma a un número creciente de artrópodos con pígidio, lo que potencialmente sugiere un patrón de desarrollo común a lo largo de la evolución temprana de los artrópodos. Este estudio no solo aumenta nuestra comprensión de la evolución temprana de los mandibulados, sino que también ilustra un caso único de convergencia evolutiva temprana durante la Explosión Cámbrica.

@article{doi101002spp21366,
    author = "Izquierdo‐López, Alejandro y Caron, Jean‐Bernard",
    title = "Un artrópodo mandibulado del Burgess Shale con un pígidio: un caso de evolución convergente",
    year = "2021",
    journal = "Papers in Palaeontology",
    abstract = "Resumen Los artrópodos bivalvos cámbricos son un grupo polifilético de artrópodos con caparazón que incluye euartrópodos troncales, mandibulados troncales y crustáceos. Aquí, describimos Pakucaris apatis gen. et sp. nov., un nuevo artrópodo bivalvo mandibulado troncal del Cámbrico medio (Etapa Wuliuan) del Burgess Shale (Marble Canyon, Parque Nacional Kootenay, Columbia Británica, Canadá). Se reconocen dos morfotipos de este pequeño artrópodo (de 11,6–26,6 mm de longitud), que difieren principalmente en su tamaño y número de segmentos, posiblemente reflejando dimorfismo sexual o diferentes etapas anamórficas. El caparazón presenta una cresta dorsal que se extiende hacia adelante formando un pequeño rostro recurvado y dos procesos anterolaterales. Alrededor del 20% de los segmentos corporales y las patas más posteriores están cubiertos por un gran escudo con espinas. La cabeza lleva un par de ojos, un posible par de proyecciones apendiculares no segmentadas y dos pares de apéndices segmentados. El tórax es multiesegmentado, homónimo, con segmentos débilmente esclerotizados que llevan patas biramosas, compuestas por un endópodo stenópodo con c. 20 podómeros y un exópodo en forma de paleta. Pakucaris se interpreta como un filtrador nektobentónico. El análisis filogenético bayesiano implica una posición dentro de Hymenocarina como mandibulado troncal. El escudo posterior se considera un pígidio y representa un caso de evolución convergente morfofuncional entre mandibulados, artiópodos y mollisoniidos. Además, Pakucaris se suma a un número creciente de artrópodos con pígidio, lo que potencialmente sugiere un patrón de desarrollo común a lo largo de la evolución temprana de los artrópodos. Este estudio no solo aumenta nuestra comprensión de la evolución temprana de los mandibulados, sino que también ilustra un caso único de convergencia evolutiva temprana durante la Explosión Cámbrica.",
    url = "https://doi.org/10.1002/spp2.1366",
    doi = "10.1002/spp2.1366",
    openalex = "W3171801394",
    references = "doi101016jcub202002054, doi101098rsos191350"
}