Enzimas

@inproceedings{hartley1979evolution1,
    author = "Hartley, B. S",
    title = "Evolución de la estructura de enzimas",
    year = "1979",
    booktitle = "Proceedings of the Royal Society, v. B205, p. 443-452",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Hartley, B. S., 1979, Evolución de la estructura de enzimas: Proceedings of the Royal Society, v. B205, p. 443-452.}"
}

@article{doi101002j146020751988tb03124x,
    author = "Mantei, Ned y Villa, Marco y Enzler, Thomas y Wacker, Hans y Boll, Werner y James, Anthony P. y Hunziker, Walter y Semenza, Giorgio",
    title = "Estructura primaria completa de la lactasa-floirizina hidrolasa humana y de conejo: implicaciones para la biosíntesis, anclaje en la membrana y evolución de la enzima.",
    year = "1988",
    journal = "The EMBO Journal",
    url = "https://doi.org/10.1002/j.1460-2075.1988.tb03124.x",
    doi = "10.1002/j.1460-2075.1988.tb03124.x",
    openalex = "W2110389243",
    references = "doi1010160003269783904189, doi1010160022283670900574, doi1010160022283685900464, doi1010160378111983900409, doi1010160378111983902305, doi101038263211a0, doi101073pnas612636, doi101073pnas74125463, doi101093nar121part1387, doi101093nar14114683"
}

Las glutatión transferasas son reconocidas como catalizadores importantes en la biotransformación de xenobióticos, incluyendo fármacos así como contaminantes ambientales. Existen múltiples formas, y numerosas transferasas de tejidos mamíferos, insectos y plantas han sido aisladas y caracterizadas. Las propiedades enzimáticas, las reacciones con anticuerpos y las características estructurales se han utilizado para la clasificación de las glutatión transferasas. Las enzimas mamíferas citosólicas podrían agruparse en tres clases distintas: Alfa, Mu y Pi; la glutatión transferasa microsomal difiere greatly de todas las enzimas citosólicas. Se han identificado miembros de cada clase de enzima en tejidos humanos, de rata y de ratón. La comparación de las estructuras primarias conocidas de representantes de cada clase sugiere una evolución divergente de las proteínas enzimáticas a partir de un precursor común. Los productos del metabolismo oxidativo como los hidroperóxidos orgánicos, epóxidos, quinonas y alquenos activados son posibles sustratos "naturales" para las glutatión transferasas. Particularmente dignos de mención son los 4-hidroxi-alquenales, que están entre los mejores sustratos encontrados. Las series homólogas de sustratos proporcionan información sobre las propiedades del sitio de unión correspondiente. El mecanismo catalítico y la topología del sitio activo también se han explorado mediante el uso de sustratos quirales. La cinética en estado estacionario ha proporcionado evidencia de un mecanismo "secuencial".

@article{doi10310910409238809088226,
    author = "Mannervik, Bengt y Danielson, U. Helena y Ketterer, B",
    title = "Glutatión Transferasas—Estructura y Actividad Catalítica",
    year = "1988",
    journal = "Critical Reviews in Biochemistry",
    abstract = {Las glutatión transferasas son reconocidas como catalizadores importantes en la biotransformación de xenobióticos, incluyendo fármacos así como contaminantes ambientales. Existen múltiples formas, y numerosas transferasas de tejidos mamíferos, insectos y plantas han sido aisladas y caracterizadas. Las propiedades enzimáticas, las reacciones con anticuerpos y las características estructurales se han utilizado para la clasificación de las glutatión transferasas. Las enzimas mamíferas citosólicas podrían agruparse en tres clases distintas: Alfa, Mu y Pi; la glutatión transferasa microsomal difiere greatly de todas las enzimas citosólicas. Se han identificado miembros de cada clase de enzima en tejidos humanos, de rata y de ratón. La comparación de las estructuras primarias conocidas de representantes de cada clase sugiere una evolución divergente de las proteínas enzimáticas a partir de un precursor común. Los productos del metabolismo oxidativo como los hidroperóxidos orgánicos, epóxidos, quinonas y alquenos activados son posibles sustratos "naturales" para las glutatión transferasas. Particularmente dignos de mención son los 4-hidroxi-alquenales, que están entre los mejores sustratos encontrados. Las series homólogas de sustratos proporcionan información sobre las propiedades del sitio de unión correspondiente. El mecanismo catalítico y la topología del sitio activo también se han explorado mediante el uso de sustratos quirales. La cinética en estado estacionario ha proporcionado evidencia de un mecanismo "secuencial".},
    url = "https://doi.org/10.3109/10409238809088226",
    doi = "10.3109/10409238809088226",
    openalex = "W1969419384",
    references = "doi10100797894017102682, doi1010160160932778900819, doi101016s0021925819420838, doi101016s0021925820818420, doi101016s0065230x08608489, doi101016s0076687981770460, doi101073pnas82217202, doi101126science6351251, doi105962bhltitle7320, openalexw1589769838"
}

Se aislaron clones genómicos superpuestos que contienen la secuencia completa del gen humano de la enzima convertidora de angiotensina I (ACE) de una biblioteca de ADN humano de un fago lambda. Este gen abarca 21 kilobases (kb) y comprende 26 exones, con tamaños que van desde 88 hasta 481 pares de bases. Se secuenciaron los límites intrón-exón y se mapearon las posiciones relativas de los exones. Los dos diferentes ARNm transcritos desde el gen ACE se asignaron a sus respectivos exones. El gran ARNm de tipo endotelial de ACE (de 4,3 kb de largo) se transcribe desde el exón 1 hasta el exón 26, excluyendo el exón 13. El ARNm de tipo testicular de ACE de 3 kb de largo se transcribe desde el exón 13 hasta el exón 26. El exón 13 codifica para los 67 aminoácidos de la región NH2-terminal del ACE testicular, mientras que los exones aguas abajo codifican una secuencia común a ambas isoenzimas. La duplicación del gen sugerida por la homología interna del ARNm de ACE endotelial ahora se confirma por la presencia de dos conjuntos homólogos de ocho exones (exones 4-11 y exones 17-24) que tienen tamaños similares y fases de codón en los límites exón-intrón. La presencia de dos promotores alternos se investigó mediante ensayos de protección con ribonucleasa. Los diferentes extremos 5' de los dos transcritos de ACE revelaron un promotor para el ARNm de ACE endotelial en la región 5'-flanking del primer exón y un promotor para el ARNm de ACE testicular situado en el intrón 12.

@article{doi101016s0021925818986266,
    author = "Hübert, C. y Houot, Anne-Marie y Corvol, Pierre y Soubrier, F",
    title = "Estructura del gen de la enzima convertidora de angiotensina I. Dos promotores alternos corresponden a pasos evolutivos de un gen duplicado",
    year = "1991",
    journal = "Journal of Biological Chemistry",
    abstract = "Se aislaron clones genómicos superpuestos que contienen la secuencia completa del gen humano de la enzima convertidora de angiotensina I (ACE) de una biblioteca de ADN humano de un fago lambda. Este gen abarca 21 kilobases (kb) y comprende 26 exones, con tamaños que van desde 88 hasta 481 pares de bases. Se secuenciaron los límites intrón-exón y se mapearon las posiciones relativas de los exones. Los dos diferentes ARNm transcritos desde el gen ACE se asignaron a sus respectivos exones. El gran ARNm de tipo endotelial de ACE (de 4,3 kb de largo) se transcribe desde el exón 1 hasta el exón 26, excluyendo el exón 13. El ARNm de tipo testicular de ACE de 3 kb de largo se transcribe desde el exón 13 hasta el exón 26. El exón 13 codifica para los 67 aminoácidos de la región NH2-terminal del ACE testicular, mientras que los exones aguas abajo codifican una secuencia común a ambas isoenzimas. La duplicación del gen sugerida por la homología interna del ARNm de ACE endotelial ahora se confirma por la presencia de dos conjuntos homólogos de ocho exones (exones 4-11 y exones 17-24) que tienen tamaños similares y fases de codón en los límites exón-intrón. La presencia de dos promotores alternos se investigó mediante ensayos de protección con ribonucleasa. Los diferentes extremos 5' de los dos transcritos de ACE revelaron un promotor para el ARNm de ACE endotelial en la región 5'-flanking del primer exón y un promotor para el ARNm de ACE testicular situado en el intrón 12.",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0021-9258(18)98626-6",
    doi = "10.1016/s0021-9258(18)98626-6",
    openalex = "W2148571591",
    references = "doi101002j146020751988tb03124x"
}

Las enzimas dependientes de piridoxal-5'-fosfato catalizan reacciones múltiples en el metabolismo de aminoácidos. Una comparación exhaustiva de secuencias de aminoácidos ha demostrado que la mayoría de estas enzimas pueden asignarse a una de tres familias diferentes de proteínas homólogas. Las secuencias de las enzimas de cada familia se alinearon y su homología se confirmó mediante análisis de perfil. El escrutinio de las reacciones catalizadas por las enzimas mostró que su afiliación con una de las tres familias estructuralmente definidas se correlaciona en la mayoría de los casos con su regio-especificidad. En la familia más grande, los cambios de covalencia del sustrato ocurren en el mismo átomo de carbono que lleva el grupo amino formando el enlace imínico con la coenzima. Por lo tanto, esta familia se nombró familia alfa. Comprende hidroximetiltransferasa de glicina, C-acetiltransferasa de glicina, 5-aminolevulinato sintasa, 8-amino-7-oxononanoato sintasa, todas las aminotransferasas (con la posible excepción del subgrupo III), un número de otras enzimas relativamente estrechamente relacionadas con las aminotransferasas y muy probablemente un cierto grupo de descarboxilasas de aminoácidos, así como triptofanasa y tirosina fenol-lixasa, que, sin embargo, catalizan reacciones de beta-eliminación. La familia beta incluye deshidratasa de L- y D-serina, deshidratasa de treonina, la subunidad beta de la sintasa de triptófano, sintasa de treonina y sintasa de cisteína. Estas enzimas catalizan reacciones de beta-sustitución o beta-eliminación. La familia gamma incorpora O-succinilhomoserina (tio-lixasa, O-acetilhomoserina (tio)-lixasa y cistationina gamma-lixasa, que catalizan reacciones de gamma-sustitución o gamma-eliminación, así como cistationina beta-lixasa. La familia alfa y gamma podrían estar distantly relacionadas entre sí, pero claramente no son homólogas con la familia beta. Aparentemente, las enzimas primordiales dependientes de piridoxal-5'-fosfato fueron catalizadores regio-específicos, que primero se especializaron en especificidad de reacción y luego en especificidad de sustrato. Las siguientes enzimas dependientes de piridoxal-5'-fosfato parecen estar no relacionadas con la familia alfa, beta o gamma según el criterio de análisis de perfil: racemasa de alanina, sintasa de selenocisteína y muchas descarboxilasas de aminoácidos. Estas enzimas pueden representar otras familias de enzimas B6.

@article{doi101111j143210331994tb18577x,
    author = "ALEXANDER, Frederick W. y Sandmeier, Erika y Mehta, Perdeep K. y Christen, Philipp",
    title = "Relaciones evolutivas entre enzimas dependientes de piridoxal‐5′‐fosfato",
    year = "1994",
    journal = "European Journal of Biochemistry",
    abstract = "Las enzimas dependientes de piridoxal-5'-fosfato catalizan reacciones múltiples en el metabolismo de aminoácidos. Una comparación exhaustiva de secuencias de aminoácidos ha demostrado que la mayoría de estas enzimas pueden asignarse a una de tres familias diferentes de proteínas homólogas. Las secuencias de las enzimas de cada familia se alinearon y su homología se confirmó mediante análisis de perfil. El escrutinio de las reacciones catalizadas por las enzimas mostró que su afiliación con una de las tres familias estructuralmente definidas se correlaciona en la mayoría de los casos con su regio-especificidad. En la familia más grande, los cambios de covalencia del sustrato ocurren en el mismo átomo de carbono que lleva el grupo amino formando el enlace imínico con la coenzima. Por lo tanto, esta familia se nombró familia alfa. Comprende hidroximetiltransferasa de glicina, C-acetiltransferasa de glicina, 5-aminolevulinato sintasa, 8-amino-7-oxononanoato sintasa, todas las aminotransferasas (con la posible excepción del subgrupo III), un número de otras enzimas relativamente estrechamente relacionadas con las aminotransferasas y muy probablemente un cierto grupo de descarboxilasas de aminoácidos, así como triptofanasa y tirosina fenol-lixasa, que, sin embargo, catalizan reacciones de beta-eliminación. La familia beta incluye deshidratasa de L- y D-serina, deshidratasa de treonina, la subunidad beta de la sintasa de triptófano, sintasa de treonina y sintasa de cisteína. Estas enzimas catalizan reacciones de beta-sustitución o beta-eliminación. La familia gamma incorpora O-succinilhomoserina (tio-lixasa, O-acetilhomoserina (tio)-lixasa y cistationina gamma-lixasa, que catalizan reacciones de gamma-sustitución o gamma-eliminación, así como cistationina beta-lixasa. La familia alfa y gamma podrían estar distantly relacionadas entre sí, pero claramente no son homólogas con la familia beta. Aparentemente, las enzimas primordiales dependientes de piridoxal-5'-fosfato fueron catalizadores regio-específicos, que primero se especializaron en especificidad de reacción y luego en especificidad de sustrato. Las siguientes enzimas dependientes de piridoxal-5'-fosfato parecen estar no relacionadas con la familia alfa, beta o gamma según el criterio de análisis de perfil: racemasa de alanina, sintasa de selenocisteína y muchas descarboxilasas de aminoácidos. Estas enzimas pueden representar otras familias de enzimas B6.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1432-1033.1994.tb18577.x",
    doi = "10.1111/j.1432-1033.1994.tb18577.x",
    openalex = "W1861199552"
}

@article{doi101021tx960072x,
    author = "Armstrong, Richard N.",
    title = "Estructura, mecanismo catalítico y evolución de las glutatión transferasas",
    year = "1997",
    journal = "Investigación Química en Toxicología",
    url = "https://doi.org/10.1021/tx960072x",
    doi = "10.1021/tx960072x",
    openalex = "W2074461690",
    references = "doi101002med2610030204, doi101016s0021925818667481, doi101016s0021925819502198, doi101042bj0790516, doi101042bj2720281, doi101042bj2820305, doi101107s0021889891004399, doi101111j143210331994tb18666x, doi101146annurevbi58070189003523, doi105860choice352146"
}

@article{doi101016s0959440x98800961,
    author = "Jansonius, Johan N.",
    title = "Estructura, evolución y acción de enzimas dependientes de la vitamina B6",
    year = "1998",
    journal = "Current Opinion in Structural Biology",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0959-440x(98)80096-1",
    doi = "10.1016/s0959-440x(98)80096-1",
    openalex = "W2013414388",
    references = "doi101002pro5560040705, doi101016016748389500025p, doi1010160307441278900432, doi101016s0021925819779137, doi101021bi9700429, doi101021bi970630m, doi101073pnas554712, doi101111j143210331993tb17953x, doi101111j143210331994tb18577x, doi101111j143210331994tb18816x"
}

El empalme de precursores de ARN de transferencia es similar en Eucarya y Archaea. En ambos reinos, una endonucleasa reconoce los sitios de empalme y libera el intrón, pero el mecanismo de reconocimiento de los sitios de empalme es diferente en cada reino. Se determinó la estructura cristalina de la endonucleasa del arqueón Methanococcus jannaschii a una resolución de 2,3 angstroms. La estructura indica que la reacción de clivaje es similar a la de la ribonucleasa A y la disposición de los sitios activos se conserva entre las enzimas arqueales y eucariotas. Estos resultados sugieren una vía evolutiva para el reconocimiento de los sitios de empalme.

@article{doi101126science2805361279,
    author = "Li, Hong y Trotta, Christopher R. y Abelson, John",
    title = "Estructura cristalina y evolución de una enzima de empalme de ARN de transferencia",
    year = "1998",
    journal = "Science",
    abstract = "El empalme de precursores de ARN de transferencia es similar en Eucarya y Archaea. En ambos reinos, una endonucleasa reconoce los sitios de empalme y libera el intrón, pero el mecanismo de reconocimiento de los sitios de empalme es diferente en cada reino. Se determinó la estructura cristalina de la endonucleasa del arqueón Methanococcus jannaschii a una resolución de 2,3 angstroms. La estructura indica que la reacción de clivaje es similar a la de la ribonucleasa A y la disposición de los sitios activos se conserva entre las enzimas arqueales y eucariotas. Estos resultados sugieren una vía evolutiva para el reconocimiento de los sitios de empalme.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.280.5361.279",
    doi = "10.1126/science.280.5361.279",
    openalex = "W2051698639",
    references = "doi101016002228367190324x, doi101016s0092867400802706, doi101038351371a0, doi101038356083a0, doi101093nar24203974, doi101107s0021889888007903, doi101107s0021889892009944, doi101107s0108767390010224, doi101107s0108767391001071, doi101107s0907444994003112"
}

Las enzimas P450 (oxidasas de función mixta, monooxigenasas citocromo P450), una clase diversa de enzimas encontradas en prácticamente todos los tejidos de insectos, cumplen muchas tareas importantes, desde la síntesis y degradación de ecdisteroides y hormonas juveniles hasta el metabolismo de químicos extraños de origen natural o sintético. Esta diversidad funcional se logra mediante una diversidad estructural, ya que los genomas de insectos probablemente portan alrededor de 100 genes P450, a veces organizados en cúmulos, y cada uno codifica para una enzima P450 diferente. Tanto las P450 microsómicas como mitocondriales están presentes en insectos y se estudian mejor mediante la expresión heteróloga de su ADNc y la reconstitución de enzimas purificadas. Los genes P450 están bajo una regulación compleja, con la inducción desempeñando un papel central en la adaptación a químicos vegetales y las mutaciones regulatorias desempeñando un papel central en la resistencia a insecticidas. Los polimorfismos en la inducción o la expresión constitutiva permiten a los insectos escanear su repertorio de genes P450 para la respuesta apropiada a insultos químicos, y estas presiones evolutivas a su vez mantienen la diversidad P450.

@article{doi101146annurevento441507,
    author = "Feyereisen, René",
    title = "ENZIMAS P450 DE INSECTOS",
    year = "1999",
    journal = "Annual Review of Entomology",
    abstract = "Las enzimas P450 (oxidasas de función mixta, monooxigenasas citocromo P450), una clase diversa de enzimas encontradas en prácticamente todos los tejidos de insectos, cumplen muchas tareas importantes, desde la síntesis y degradación de ecdisteroides y hormonas juveniles hasta el metabolismo de químicos extraños de origen natural o sintético. Esta diversidad funcional se logra mediante una diversidad estructural, ya que los genomas de insectos probablemente portan alrededor de 100 genes P450, a veces organizados en cúmulos, y cada uno codifica para una enzima P450 diferente. Tanto las P450 microsómicas como mitocondriales están presentes en insectos y se estudian mejor mediante la expresión heteróloga de su ADNc y la reconstitución de enzimas purificadas. Los genes P450 están bajo una regulación compleja, con la inducción desempeñando un papel central en la adaptación a químicos vegetales y las mutaciones regulatorias desempeñando un papel central en la resistencia a insecticidas. Los polimorfismos en la inducción o la expresión constitutiva permiten a los insectos escanear su repertorio de genes P450 para la respuesta apropiada a insultos químicos, y estas presiones evolutivas a su vez mantienen la diversidad P450.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ento.44.1.507",
    doi = "10.1146/annurev.ento.44.1.507",
    openalex = "W2080895359"
}

Las glutatión transferasas (GSTs; también conocidas como glutatión S-transferasas) son enzimas de desintoxicación de fase II principales encontradas principalmente en el citosol. Además de su papel en la catálisis de la conjugación de sustratos electrófilos a glutatión (GSH), estas enzimas también realizan una serie de otras funciones. Tienen actividades peroxidasa e isomerasa, pueden inhibir la quinasa Jun N-terminal (protegiendo así a las células contra la muerte celular inducida por H(2)O(2)) y son capaces de unir de forma no catalítica una amplia gama de ligandos endógenos y exógenos. Las GSTs citosólicas de los mamíferos han sido particularmente bien caracterizadas y se clasificaron originalmente en las clases Alpha, Mu, Pi y Theta en función de una combinación de criterios como la especificidad de sustrato/inhibidor, similitudes en la estructura primaria y terciaria e identidad inmunológica. Las GSTs no mamíferas han sido mucho menos bien caracterizadas, pero han proporcionado un número desproporcionadamente grande de estructuras tridimensionales, extendiendo así nuestro conocimiento de la relación estructura-función de la superfamilia en su conjunto. Además, varias clases novedosas identificadas en especies no mamíferas se han identificado posteriormente en mamíferos, a veces realizando funciones que anteriormente no se asociaban con las GSTs. Estos estudios han revelado que las GSTs constituyen una superfamilia amplia y altamente versátil que muestra similitudes con proteínas relacionadas con el estrés no GSTs. Se han surgido sistemas de clasificación independientes para grupos de organismos como plantas e insectos. Esta revisión examina la clasificación de las GSTs en fuentes no mamíferas, como bacterias, hongos, plantas, insectos y helmintos, e intenta relacionarlas con el sistema de clasificación más convencional para enzimas mamíferas. Se discuten las implicaciones de esta clasificación con respecto a la evolución de las GSTs.

@article{doi101042026460213600001,
    author = "Sheehan, David and MEADE, Gerardene and Foley, Vivienne and DOWD, Catriona A.",
    title = "Estructura, función y evolución de las glutatión transferasas: implicaciones para la clasificación de miembros no mamíferos de una superfamilia de enzimas antigua",
    year = "2001",
    journal = "Biochemical Journal",
    abstract = "Las glutatión transferasas (GSTs; también conocidas como glutatión S-transferasas) son enzimas de desintoxicación de fase II principales encontradas principalmente en el citosol. Además de su papel en la catálisis de la conjugación de sustratos electrófilos a glutatión (GSH), estas enzimas también realizan una serie de otras funciones. Tienen actividades peroxidasa e isomerasa, pueden inhibir la quinasa Jun N-terminal (protegiendo así a las células contra la muerte celular inducida por H(2)O(2)) y son capaces de unir de forma no catalítica una amplia gama de ligandos endógenos y exógenos. Las GSTs citosólicas de los mamíferos han sido particularmente bien caracterizadas y se clasificaron originalmente en las clases Alpha, Mu, Pi y Theta en función de una combinación de criterios como la especificidad de sustrato/inhibidor, similitudes en la estructura primaria y terciaria e identidad inmunológica. Las GSTs no mamíferas han sido mucho menos bien caracterizadas, pero han proporcionado un número desproporcionadamente grande de estructuras tridimensionales, extendiendo así nuestro conocimiento de la relación estructura-función de la superfamilia en su conjunto. Además, varias clases novedosas identificadas en especies no mamíferas se han identificado posteriormente en mamíferos, a veces realizando funciones que anteriormente no se asociaban con las GSTs. Estos estudios han revelado que las GSTs constituyen una superfamilia amplia y altamente versátil que muestra similitudes con proteínas relacionadas con el estrés no GSTs. Se han surgido sistemas de clasificación independientes para grupos de organismos como plantas e insectos. Esta revisión examina la clasificación de las GSTs en fuentes no mamíferas, como bacterias, hongos, plantas, insectos y helmintos, e intenta relacionarlas con el sistema de clasificación más convencional para enzimas mamíferas. Se discuten las implicaciones de esta clasificación con respecto a la evolución de las GSTs.",
    url = "https://doi.org/10.1042/0264-6021:3600001",
    doi = "10.1042/0264-6021:3600001",
    openalex = "W2097224528",
    references = "doi101021tx960072x, doi10103837918, doi101042bj3000271, doi10108010715769900300851, doi101093emboj1851321, doi101146annurevarplant471127, doi101146annurevbi62070193002125, doi101146annurevento451371, doi10310910409238809088226, doi10310910409239509083491"
}

Las glutatión transferasas (GSTs; también conocidas como glutatión S-transferasas) son enzimas de desintoxicación de fase II principales encontradas principalmente en el citosol. Además de su papel en la catálisis de la conjugación de sustratos electrófilos con glutatión (GSH), estas enzimas también realizan una serie de otras funciones. Tienen actividades peroxidasa e isomerasa, pueden inhibir la quinasa Jun N-terminal (protegiendo así a las células contra la muerte celular inducida por H2O2) y son capaces de unir de forma no catalítica una amplia gama de ligandos endógenos y exógenos. Las GSTs citosólicas de los mamíferos han sido particularmente bien caracterizadas y se clasificaron originalmente en las clases Alpha, Mu, Pi y Theta en función de una combinación de criterios como la especificidad de sustrato/inhibidor, similitudes en la estructura primaria y terciaria e identidad inmunológica. Las GSTs no mamíferas han sido mucho menos bien caracterizadas, pero han proporcionado un número desproporcionadamente grande de estructuras tridimensionales, extendiendo así nuestro conocimiento estructura-función de la superfamilia en su conjunto. Además, varias clases novedosas identificadas en especies no mamíferas han sido posteriormente identificadas en mamíferos, a veces realizando funciones que anteriormente no se asociaban con las GSTs. Estos estudios han revelado que las GSTs constituyen una superfamilia amplia y altamente versátil que muestra similitudes con proteínas relacionadas con el estrés no GSTs. Se han desarrollado sistemas de clasificación independientes para grupos de organismos como plantas e insectos. Esta revisión examina la clasificación de las GSTs en fuentes no mamíferas, como bacterias, hongos, plantas, insectos y helmintos, e intenta relacionarlas con el sistema de clasificación más convencional para enzimas mamíferas. Se discuten las implicaciones de esta clasificación con respecto a la evolución de las GSTs.

@article{doi101042bj3600001,
    author = "Sheehan, David y MEADE, Gerardene y Foley, Vivienne y DOWD, Catriona A.",
    title = "Estructura, función y evolución de las glutatión transferasas: implicaciones para la clasificación de miembros no mamíferos de una superfamilia de enzimas antigua",
    year = "2001",
    journal = "Biochemical Journal",
    abstract = "Las glutatión transferasas (GSTs; también conocidas como glutatión S-transferasas) son enzimas de desintoxicación de fase II principales encontradas principalmente en el citosol. Además de su papel en la catálisis de la conjugación de sustratos electrófilos con glutatión (GSH), estas enzimas también realizan una serie de otras funciones. Tienen actividades peroxidasa e isomerasa, pueden inhibir la quinasa Jun N-terminal (protegiendo así a las células contra la muerte celular inducida por H2O2) y son capaces de unir de forma no catalítica una amplia gama de ligandos endógenos y exógenos. Las GSTs citosólicas de los mamíferos han sido particularmente bien caracterizadas y se clasificaron originalmente en las clases Alpha, Mu, Pi y Theta en función de una combinación de criterios como la especificidad de sustrato/inhibidor, similitudes en la estructura primaria y terciaria e identidad inmunológica. Las GSTs no mamíferas han sido mucho menos bien caracterizadas, pero han proporcionado un número desproporcionadamente grande de estructuras tridimensionales, extendiendo así nuestro conocimiento estructura-función de la superfamilia en su conjunto. Además, varias clases novedosas identificadas en especies no mamíferas han sido posteriormente identificadas en mamíferos, a veces realizando funciones que anteriormente no se asociaban con las GSTs. Estos estudios han revelado que las GSTs constituyen una superfamilia amplia y altamente versátil que muestra similitudes con proteínas relacionadas con el estrés no GSTs. Se han desarrollado sistemas de clasificación independientes para grupos de organismos como plantas e insectos. Esta revisión examina la clasificación de las GSTs en fuentes no mamíferas, como bacterias, hongos, plantas, insectos y helmintos, e intenta relacionarlas con el sistema de clasificación más convencional para enzimas mamíferas. Se discuten las implicaciones de esta clasificación con respecto a la evolución de las GSTs.",
    url = "https://doi.org/10.1042/bj3600001",
    doi = "10.1042/bj3600001",
    openalex = "W4231680606"
}

@article{doi101038nsmb767,
    author = "Harel, Michal y Aharoni, Amir y Gaidukov, Leonid y Brumshtein, Boris y Khersonsky, Olga y Meged, Ran y Dvir, Hay y Ravelli, Raimond B. G. y McCarthy, Andrew A. y Toker, Lilly y Silman, Israel y Sussman, Joel L. y Tawfik, Dan S.",
    title = "Estructura y evolución de la familia de enzimas detoxificantes y antiateroscleróticas paraoxonasa sérica",
    year = "2004",
    journal = "Nature Structural \& Molecular Biology",
    url = "https://doi.org/10.1038/nsmb767",
    doi = "10.1038/nsmb767",
    openalex = "W2161414810",
    references = "doi101007s0021000308331, doi1010160014579391809623, doi101016002228367190324x, doi101016s0968000400016261, doi101016s1388198100001530, doi10103828406, doi10103835025203, doi101073pnas942312291, doi101074jbc27563957, doi10116101atv18101617"
}

Las enzimas dependientes de fosfato de piridoxal (PLP) son inigualables en la diversidad de reacciones que catalizan. Los nuevos datos estructurales han allanado el camino para la mutagénesis dirigida y los estudios mecanísticos y han proporcionado un marco para la interpretación de esos resultados. Juntos, estos enfoques complementarios ofrecen nuevas perspectivas sobre la función, particularmente en la comprensión de los orígenes de la especificidad del sustrato y del tipo de reacción. La combinación de nuevas secuencias y estructuras permite una mejor reconstrucción de su herencia evolutiva e ilumina similitudes no reconocidas dentro de este diverso grupo de enzimas. Los importantes roles metabólicos de muchas enzimas dependientes de PLP impulsan los esfuerzos para diseñar inhibidores específicos, que ahora se guían por la disponibilidad de bases de datos estructurales y funcionales exhaustivas. Una mejor comprensión de la función de este importante grupo de enzimas es crucial no solo para el diseño de inhibidores, sino también para el diseño de catalizadores basados en proteínas mejorados.

@article{doi101146annurevbiochem73011303074021,
    author = "Eliot, Andrew C. y Kirsch, Jack F.",
    title = "Enzimas de fosfato de piridoxal: Consideraciones mecanísticas, estructurales y evolutivas",
    year = "2004",
    journal = "Annual Review of Biochemistry",
    abstract = "Las enzimas dependientes de fosfato de piridoxal (PLP) son inigualables en la diversidad de reacciones que catalizan. Los nuevos datos estructurales han allanado el camino para la mutagénesis dirigida y los estudios mecanísticos y han proporcionado un marco para la interpretación de esos resultados. Juntos, estos enfoques complementarios ofrecen nuevas perspectivas sobre la función, particularmente en la comprensión de los orígenes de la especificidad del sustrato y del tipo de reacción. La combinación de nuevas secuencias y estructuras permite una mejor reconstrucción de su herencia evolutiva e ilumina similitudes no reconocidas dentro de este diverso grupo de enzimas. Los importantes roles metabólicos de muchas enzimas dependientes de PLP impulsan los esfuerzos para diseñar inhibidores específicos, que ahora se guían por la disponibilidad de bases de datos estructurales y funcionales exhaustivas. Una mejor comprensión de la función de este importante grupo de enzimas es crucial no solo para el diseño de inhibidores, sino también para el diseño de catalizadores basados en proteínas mejorados.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.biochem.73.011303.074021",
    doi = "10.1146/annurev.biochem.73.011303.074021",
    openalex = "W2110094991",
    references = "doi101016s0959440x98800961"
}

FONDO: La mayoría de los estudios de evolución molecular se centran en genes y proteínas individuales. Sin embargo, comprender los principios de diseño y las propiedades evolutivas de las redes moleculares requiere una perspectiva a nivel de sistema. En el presente trabajo conectamos la evolución molecular a nivel génico con las propiedades de un sistema de una red metabólica celular. A diferencia de las redes de interacción de proteínas, donde varios estudios anteriores investigaron la evolución molecular de las proteínas, las redes metabólicas tienen una función global relativamente bien definida. La capacidad de considerar los flujos en una red metabólica nos permite relacionar el papel funcional de cada enzima en una red con su tasa de evolución. RESULTADOS: Nuestros resultados, basados en la red metabólica de levadura, demuestran que procesos evolutivos importantes, como la fijación de mutaciones de nucleótido único, duplicaciones génicas y deleciones génicas, están influenciados por la estructura y función de la red. Específicamente, las enzimas centrales y altamente conectadas evolucionan más lentamente que las enzimas menos conectadas. Además, las enzimas que transportan altos flujos metabólicos bajo condiciones biológicas naturales experimentan mayores restricciones evolutivas. Los genes que codifican enzimas con alta conectividad y alto flujo metabólico tienen mayores probabilidades de retener duplicados en la evolución. A diferencia de las redes de interacción de proteínas, las enzimas altamente conectadas no son más propensas a ser esenciales en comparación con las enzimas menos conectadas. CONCLUSIÓN: El análisis presentado de las restricciones evolutivas, la duplicación génica y la esencialidad demuestra que la estructura y función de una red metabólica moldea la evolución de sus enzimas. Nuestros resultados subrayan la necesidad de enfoques basados en sistemas en los estudios de evolución molecular.

@article{doi101186gb200675r39,
    author = "Vitkup, Dennis y Kharchenko, Peter V. y Wagner, Andreas",
    title = "Influencia de la estructura y función de las redes metabólicas sobre la evolución de las enzimas",
    year = "2006",
    journal = "Genome biology",
    abstract = "FONDO: La mayoría de los estudios de evolución molecular se centran en genes y proteínas individuales. Sin embargo, comprender los principios de diseño y las propiedades evolutivas de las redes moleculares requiere una perspectiva a nivel de sistema. En el presente trabajo conectamos la evolución molecular a nivel génico con las propiedades de un sistema de una red metabólica celular. A diferencia de las redes de interacción de proteínas, donde varios estudios anteriores investigaron la evolución molecular de las proteínas, las redes metabólicas tienen una función global relativamente bien definida. La capacidad de considerar los flujos en una red metabólica nos permite relacionar el papel funcional de cada enzima en una red con su tasa de evolución. RESULTADOS: Nuestros resultados, basados en la red metabólica de levadura, demuestran que procesos evolutivos importantes, como la fijación de mutaciones de nucleótido único, duplicaciones génicas y deleciones génicas, están influenciados por la estructura y función de la red. Específicamente, las enzimas centrales y altamente conectadas evolucionan más lentamente que las enzimas menos conectadas. Además, las enzimas que transportan altos flujos metabólicos bajo condiciones biológicas naturales experimentan mayores restricciones evolutivas. Los genes que codifican enzimas con alta conectividad y alto flujo metabólico tienen mayores probabilidades de retener duplicados en la evolución. A diferencia de las redes de interacción de proteínas, las enzimas altamente conectadas no son más propensas a ser esenciales en comparación con las enzimas menos conectadas. CONCLUSIÓN: El análisis presentado de las restricciones evolutivas, la duplicación génica y la esencialidad demuestra que la estructura y función de una red metabólica moldea la evolución de sus enzimas. Nuestros resultados subrayan la necesidad de enfoques basados en sistemas en los estudios de evolución molecular.",
    url = "https://doi.org/10.1186/gb-2006-7-5-r39",
    doi = "10.1186/gb-2006-7-5-r39",
    openalex = "W2169336096",
    references = "doi1010160022283670900574, doi101016s0092867400816414, doi10103835075138, doi101038nature00935, doi101038nature01644, doi101038nature750, doi101073pnas232349399, doi101093nar25173389, doi101093oxfordjournalsmolbeva026236, doi101093oxfordjournalsmolbeva040153"
}

@article{doi101016jjmb200805038,
    author = "Griffin, Michael D. W. y Dobson, Renwick C. J. y Pearce, F. Grant y Antonio, Laurence y Whitten, Andrew E. y Liew, Chu Kong y Mackay, Joel P. y Trewhella, Jill y Jameson, Geoffrey B. y Perugini, Matthew A. y Gerrard, Juliet A.",
    title = "Evolución de la Estructura Cuaternaria en una Enzima Homotetramérica",
    year = "2008",
    journal = "Journal of Molecular Biology",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.jmb.2008.05.038",
    doi = "10.1016/j.jmb.2008.05.038",
    openalex = "W2066327917",
    references = "doi101016c20130041308, doi101016s0006349500767130, doi101038355033a0, doi101038nature02261, doi101107s0021889892001663, doi101107s0021889895007047, doi101107s0108767390010224, doi101107s0907444996012255, doi101126science28654451700, openalexw255996521"
}

La dihidrodipicolinato sintasa (DHDPS) cataliza el primer paso comprometido de la vía biosintética de la lisina. Se cree que la estructura tetramérica de la DHDPS es esencial para la actividad enzimática, ya que los mutantes dimericos aislados de la DHDPS de Escherichia coli poseen menos del 2,5% de la actividad del tetramero de tipo salvaje. Recientemente se ha propuesto que la forma dimerica carece de actividad debido a un aumento en la dinámica. La tetramerización, al reforzar dos dímeros juntos, reduce la dinámica en la unidad dimerica y explica por qué todas las enzimas bacterianas DHDPS activas hasta la fecha se han demostrado ser homotetraméricas. Sin embargo, en este estudio demostramos por primera vez que la DHDPS de Staphylococcus aureus resistente a meticilina (MRSA) existe en un equilibrio monómero-dímero en solución. Se empleó ultracentrifugación analítica detectada por fluorescencia para mostrar que la constante de disociación de dimerización de la MRSA-DHDPS es de 33 nm en ausencia de sustratos y de 29 nm en presencia de (S)-aspartato semialdehído (ASA), pero es 20 veces más fuerte en presencia del sustrato piruvato (1,6 nm). El dímero de MRSA-DHDPS exhibe un mecanismo cinético ping-pong (k(cat)=70+/-2 s(-1), K(m)(Piruvato)=0,11+/-0,01 mm, y K(m)(ASA)=0,22+/-0,02 mm) y muestra inhibición por sustrato ASA con una K(si)(ASA) de 2,7+/-0,9 mm. También demostramos que, a diferencia del tetramero de E. coli, el dímero de MRSA-DHDPS es insensible a la inhibición por lisina. La estructura cristalina de resolución casi atómica (1,45 A) confirma la estructura cuaternaria dimerica y revela que la interfaz de dimerización de la enzima MRSA es más extensa en área superficial enterrada y contactos no covalentes que la interfaz equivalente en enzimas DHDPS tetraméricas de otras especies bacterianas. Estos datos proporcionan una visión mecanística detallada de la catálisis de la DHDPS y la evolución de la estructura cuaternaria de esta importante enzima bacteriana.

@article{doi101074jbcm804231200,
    author = "Burgess, Benjamin R. y Dobson, Renwick C. J. y Bailey, Michael F. y Atkinson, Sarah C. y Griffin, Michael D. W. y Jameson, Geoffrey B. y Parker, Michael W. y Gerrard, Juliet A. y Perugini, Matthew A.",
    title = "Estructura y evolución de una enzima dimerica novedosa de un patógeno bacteriano clínicamente importante",
    year = "2008",
    journal = "Journal of Biological Chemistry",
    abstract = "La dihidrodipicolinato sintasa (DHDPS) cataliza el primer paso comprometido de la vía biosintética de la lisina. Se cree que la estructura tetramérica de la DHDPS es esencial para la actividad enzimática, ya que los mutantes dimericos aislados de la DHDPS de Escherichia coli poseen menos del 2,5% de la actividad del tetramero de tipo salvaje. Recientemente se ha propuesto que la forma dimerica carece de actividad debido a un aumento en la dinámica. La tetramerización, al reforzar dos dímeros juntos, reduce la dinámica en la unidad dimerica y explica por qué todas las enzimas bacterianas DHDPS activas hasta la fecha se han demostrado ser homotetraméricas. Sin embargo, en este estudio demostramos por primera vez que la DHDPS de Staphylococcus aureus resistente a meticilina (MRSA) existe en un equilibrio monómero-dímero en solución. Se empleó ultracentrifugación analítica detectada por fluorescencia para mostrar que la constante de disociación de dimerización de la MRSA-DHDPS es de 33 nm en ausencia de sustratos y de 29 nm en presencia de (S)-aspartato semialdehído (ASA), pero es 20 veces más fuerte en presencia del sustrato piruvato (1,6 nm). El dímero de MRSA-DHDPS exhibe un mecanismo cinético ping-pong (k(cat)=70+/-2 s(-1), K(m)(Piruvato)=0,11+/-0,01 mm, y K(m)(ASA)=0,22+/-0,02 mm) y muestra inhibición por sustrato ASA con una K(si)(ASA) de 2,7+/-0,9 mm. También demostramos que, a diferencia del tetramero de E. coli, el dímero de MRSA-DHDPS es insensible a la inhibición por lisina. La estructura cristalina de resolución casi atómica (1,45 A) confirma la estructura cuaternaria dimerica y revela que la interfaz de dimerización de la enzima MRSA es más extensa en área superficial enterrada y contactos no covalentes que la interfaz equivalente en enzimas DHDPS tetraméricas de otras especies bacterianas. Estos datos proporcionan una visión mecanística detallada de la catálisis de la DHDPS y la evolución de la estructura cuaternaria de esta importante enzima bacteriana.",
    url = "https://doi.org/10.1074/jbc.m804231200",
    doi = "10.1074/jbc.m804231200",
    openalex = "W2001904989",
    references = "doi101016jjmb200805038"
}

La base de datos de enzimas activas de carbohidratos (CAZy) es un recurso basado en conocimientos especializado en las enzimas que construyen y degradan carbohidratos complejos y glicoconjugados. A partir de septiembre de 2008, la base de datos describe el conocimiento actual sobre 113 familias de hidrolasas de glicósidos, 91 de glicosiltransferasas, 19 de lisasas de polisacáridos, 15 de esterases de carbohidratos y 52 de módulos de unión a carbohidratos. Estas familias se crean basándose en proteínas caracterizadas experimentalmente y se poblan con secuencias de bases de datos públicas con similitud significativa. La información bioquímica de las proteínas se curatorializa continuamente basándose en la literatura disponible y la información estructural. Más de 6400 proteínas tienen asignados números EC y 700 proteínas tienen una estructura PDB. La clasificación (i) refleja mejor las características estructurales de estas enzimas que su única especificidad de sustrato, (ii) ayuda a revelar las relaciones evolutivas entre estas enzimas y (iii) proporciona un marco conveniente para comprender las propiedades mecanísticas. Este recurso ha estado disponible para la comunidad científica durante más de 10 años, contribuyendo a la difusión de la información y proporcionando una nomenclatura transversal a los glicobiólogos. Más recientemente, este recurso se ha utilizado para mejorar la calidad de las predicciones funcionales de varios proyectos de genoma proporcionando anotación experta. El recurso CAZy reside en la URL: http://www.cazy.org/.

@article{doi101093nargkn663,
    author = "Cantarel, Brandi L. y Coutinho, P. M. y Rancurel, Corinne y Bernard, Thomas y Lombard, Vincent y Henrissat, Bernard",
    title = "The Carbohydrate-Active EnZymes database (CAZy): an expert resource for Glycogenomics",
    year = "2008",
    journal = "Nucleic Acids Research",
    abstract = "La base de datos de enzimas activas de carbohidratos (CAZy) es un recurso basado en conocimientos especializado en las enzimas que construyen y degradan carbohidratos complejos y glicoconjugados. A partir de septiembre de 2008, la base de datos describe el conocimiento actual sobre 113 familias de hidrolasas de glicósidos, 91 de glicosiltransferasas, 19 de lisasas de polisacáridos, 15 de esterases de carbohidratos y 52 de módulos de unión a carbohidratos. Estas familias se crean basándose en proteínas caracterizadas experimentalmente y se poblan con secuencias de bases de datos públicas con similitud significativa. La información bioquímica de las proteínas se curatorializa continuamente basándose en la literatura disponible y la información estructural. Más de 6400 proteínas tienen asignados números EC y 700 proteínas tienen una estructura PDB. La clasificación (i) refleja mejor las características estructurales de estas enzimas que su única especificidad de sustrato, (ii) ayuda a revelar las relaciones evolutivas entre estas enzimas y (iii) proporciona un marco conveniente para comprender las propiedades mecanísticas. Este recurso ha estado disponible para la comunidad científica durante más de 10 años, contribuyendo a la difusión de la información y proporcionando una nomenclatura transversal a los glicobiólogos. Más recientemente, este recurso se ha utilizado para mejorar la calidad de las predicciones funcionales de varios proyectos de genoma proporcionando anotación experta. El recurso CAZy reside en la URL: http://www.cazy.org/.",
    url = "https://doi.org/10.1093/nar/gkn663",
    doi = "10.1093/nar/gkn663",
    openalex = "W2108929776",
    references = "doi101126science1128691"
}

FONDO: La catálisis dependiente de glutatión es una adaptación metabólica a los desafíos químicos que enfrentan todas las formas de vida. En el curso de la evolución, la naturaleza optimizó numerosos mecanismos para utilizar el glutatión como el nucleófilo más versátil para la conversión de una gran variedad de sustancias electrófilas que contienen azufre, oxígeno o carbono. ALCANCE DE LA REVISIÓN: Esta revisión exhaustiva resume los principios fundamentales de la catálisis de glutatión y compara las estructuras y mecanismos de las enzimas dependientes de glutatión, incluyendo la reductasa de glutatión, las glutaredoxinas, las peroxidasas de glutatión, las peroxiredoxinas, las glicoxalosas 1 y 2, las transferasas de glutatión y MAPEG. Además, se discuten para cada familia de enzimas las preguntas mecanísticas abiertas, los aspectos evolutivos y la relevancia fisiológica de la catálisis de glutatión. PRINCIPALES CONCLUSIONES: Es sorprendente lo poco que se sabe sobre muchas enzimas dependientes de glutatión, con qué frecuencia se descuidan las geometrías de reacción y los catalizadores ácido-base, y cuántos rompecabezas mecanísticos permanecen sin resolver a pesar de casi un siglo de investigación. Por un lado, varias familias de enzimas con pliegues de proteínas no relacionados reconocen el grupo de glutatión de sus sustratos. Por otro lado, el pliegue de tioredoxina se utiliza a menudo para la catálisis de glutatión. Los cambios estructurales antiguos y recientes de este pliegue no solo alteraron significativamente el mecanismo de reacción, sino que también dieron lugar a funciones de proteína completamente diferentes. SIGNIFICADO GENERAL: Las enzimas dependientes de glutatión son excelentes objetos de estudio para las relaciones estructura-función y la evolución molecular. Notablemente, en tiempos de biología de sistemas, el resultado de los modelos sobre el metabolismo de glutatión y la regulación redox es más que cuestionable mientras que las propiedades fundamentales de las enzimas no se estudian ni comprenden. Además, varios de los mecanismos presentados podrían tener implicaciones para el desarrollo de fármacos. Este artículo forma parte de una Edición Especial titulada Funciones celulares del glutatión.

@article{doi101016jbbagen201209018,
    author = "Deponte, Marcel",
    title = "Glutathione catalysis and the reaction mechanisms of glutathione-dependent enzymes",
    year = "2012",
    journal = "Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects",
    abstract = "FONDO: La catálisis dependiente de glutatión es una adaptación metabólica a los desafíos químicos que enfrentan todas las formas de vida. En el curso de la evolución, la naturaleza optimizó numerosos mecanismos para utilizar el glutatión como el nucleófilo más versátil para la conversión de una gran variedad de sustancias electrófilas que contienen azufre, oxígeno o carbono. ALCANCE DE LA REVISIÓN: Esta revisión exhaustiva resume los principios fundamentales de la catálisis de glutatión y compara las estructuras y mecanismos de las enzimas dependientes de glutatión, incluyendo la reductasa de glutatión, las glutaredoxinas, las peroxidasas de glutatión, las peroxiredoxinas, las glicoxalosas 1 y 2, las transferasas de glutatión y MAPEG. Además, se discuten para cada familia de enzimas las preguntas mecanísticas abiertas, los aspectos evolutivos y la relevancia fisiológica de la catálisis de glutatión. PRINCIPALES CONCLUSIONES: Es sorprendente lo poco que se sabe sobre muchas enzimas dependientes de glutatión, con qué frecuencia se descuidan las geometrías de reacción y los catalizadores ácido-base, y cuántos rompecabezas mecanísticos permanecen sin resolver a pesar de casi un siglo de investigación. Por un lado, varias familias de enzimas con pliegues de proteínas no relacionados reconocen el grupo de glutatión de sus sustratos. Por otro lado, el pliegue de tioredoxina se utiliza a menudo para la catálisis de glutatión. Los cambios estructurales antiguos y recientes de este pliegue no solo alteraron significativamente el mecanismo de reacción, sino que también dieron lugar a funciones de proteína completamente diferentes. SIGNIFICADO GENERAL: Las enzimas dependientes de glutatión son excelentes objetos de estudio para las relaciones estructura-función y la evolución molecular. Notablemente, en tiempos de biología de sistemas, el resultado de los modelos sobre el metabolismo de glutatión y la regulación redox es más que cuestionable mientras que las propiedades fundamentales de las enzimas no se estudian ni comprenden. Además, varios de los mecanismos presentados podrían tener implicaciones para el desarrollo de fármacos. Este artículo forma parte de una Edición Especial titulada Funciones celulares del glutatión.",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.bbagen.2012.09.018",
    doi = "10.1016/j.bbagen.2012.09.018",
    openalex = "W1994025158",
    references = "doi1010160378111988900054, doi101016s0021925819420838, doi101016s0021925819778156, doi101016s0891584901004804, doi101038nature02026, doi101038nature02046, doi101042026460213600001, doi101126science1523409, doi101146annurevmicro57030502090938, doi101146annurevpharmtox45120403095857, doi101152physrev000442005, doi10310910409238809088226"
}

La O-glucosiltransferasa N-acetilglucosamina O-enlazada específica del dominio del factor de crecimiento epidérmico (EOGT), un miembro de la familia 61 de glucosiltransferasas (GT), cataliza la transferencia de N-acetilglucosamina O-enlazada (O-GlcNAc) desde uridina difosfato (UDP)-GlcNAc hacia residuos de serina o treonina dentro de los dominios EGF en el retículo endoplasmático. En este estudio, determinamos la estructura cristalina del complejo EOGT-UDP e identificamos los residuos críticos que median sus interacciones, los cuales fueron validados mediante mutagénesis dirigida a sitios y ensayos de actividad enzimática. Estos residuos se conservaron en ortólogos de EOGT a través de metazoos, y la unión de UDP ocurrió independientemente de iones metálicos divalentes y el motivo canónico Asp-X-Asp. Aunque EOGT cataliza la O-GlcNAcilación, similar a la O-glucosiltransferasa N-acetilglucosamina O-enlazada (OGT), comparte poca similitud de secuencia con OGT y pertenece a una familia GT distinta. En su lugar, EOGT está más estrechamente relacionada con la proteína O-glucosiltransferasa β1,4-N-acetilglucosaminiltransferasa 2 de manosa O-enlazada (POMGNT2). La comparación estructural con POMGNT2 reveló un tríada conservada de un residuo de asparagina y dos residuos de arginina, la constelación N-R-R. Estos elementos se conservaron a través de metazoos y plantas verdes (Viridiplantae), sugiriendo un mecanismo unificador de reconocimiento de UDP y proporcionando un marco para interpretar mutaciones de EOGT asociadas a enfermedades y evaluar la evolución de enzimas de la familia GT61 catalíticamente activas.

@article{doi101093pnasnexuspgag115,
    author = "Tashima, Yuko y Nagae, Masamichi y Jiang, Jiaoyang y Okajima, Tetsuya",
    title = "Estructura cristalina de la O-glucosiltransferasa N-acetilglucosamina O-enlazada específica del dominio del factor de crecimiento epidérmico revela una constelación N-R-R conservada para el reconocimiento de uridina difosfato en la familia GT61.",
    year = "2026",
    journal = "PNAS nexus",
    abstract = "La O-glucosiltransferasa N-acetilglucosamina O-enlazada específica del dominio del factor de crecimiento epidérmico (EOGT), un miembro de la familia 61 de glucosiltransferasas (GT), cataliza la transferencia de N-acetilglucosamina O-enlazada (O-GlcNAc) desde uridina difosfato (UDP)-GlcNAc hacia residuos de serina o treonina dentro de los dominios EGF en el retículo endoplasmático. En este estudio, determinamos la estructura cristalina del complejo EOGT-UDP e identificamos los residuos críticos que median sus interacciones, los cuales fueron validados mediante mutagénesis dirigida a sitios y ensayos de actividad enzimática. Estos residuos se conservaron en ortólogos de EOGT a través de metazoos, y la unión de UDP ocurrió independientemente de iones metálicos divalentes y el motivo canónico Asp-X-Asp. Aunque EOGT cataliza la O-GlcNAcilación, similar a la O-glucosiltransferasa N-acetilglucosamina O-enlazada (OGT), comparte poca similitud de secuencia con OGT y pertenece a una familia GT distinta. En su lugar, EOGT está más estrechamente relacionada con la proteína O-glucosiltransferasa β1,4-N-acetilglucosaminiltransferasa 2 de manosa O-enlazada (POMGNT2). La comparación estructural con POMGNT2 reveló un tríada conservada de un residuo de asparagina y dos residuos de arginina, la constelación N-R-R. Estos elementos se conservaron a través de metazoos y plantas verdes (Viridiplantae), sugiriendo un mecanismo unificador de reconocimiento de UDP y proporcionando un marco para interpretar mutaciones de EOGT asociadas a enfermedades y evaluar la evolución de enzimas de la familia GT61 catalíticamente activas.",
    url = "https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC13123520/",
    doi = "10.1093/pnasnexus/pgag115",
    openalex = "W7154503733",
    pmcid = "PMC13123520",
    pmid = "42058885",
    references = "doi101038nature08747, doi101038s41586021038192, doi101093nargkn663, doi101107s0907444904023510, doi101107s0907444904026460, doi101107s0907444909042073, doi101107s0907444909047337, doi101107s0907444910007493, doi101107s0907444913000061, doi101107s2059798319011471"
}