Tasas evolutivas

@misc{dobzhansky1950evolution1,
    author = "Dobzhansky, T",
    title = "Evolución en los Trópicos",
    year = "1950",
    howpublished = "American Scientist, v. 38, p. 208-221",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Dobzhansky, T., 1950, Evolución en los Trópicos: American Scientist, v. 38, p. 208-221.}"
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@incollection{doi101016b9781483227344500176,
    author = "Zuckerkandl, Emile y Pauling, Linus",
    title = "Divergencia y convergencia evolutiva en proteínas",
    year = "1965",
    booktitle = "Elsevier eBooks",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-1-4832-2734-4.50017-6",
    doi = "10.1016/b978-1-4832-2734-4.50017-6",
    openalex = "W1534406401",
    references = "doi1043249781315081083"
}

@misc{kimura1968evolutionary2,
    author = "Kimura, M",
    title = "Tasa evolutiva a nivel molecular",
    year = "1968",
    howpublished = "Nature, v. 217, p. 624-626",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Kimura, M., 1968, Tasa evolutiva a nivel molecular: Nature, v. 217, p. 624-626.}"
}

El contenido de este artículo fue presentado como la Dirección Presidencial a la Sociedad para el Estudio de la Evolución, el 30 de diciembre de 1969, en Boston, Massachusetts. Se llama la atención sobre los estudios evolutivos en los trópicos que parecen estar avanzando significativamente la materia. Luego, se presta atención detallada a las posibles bases evolutivas de la característica biológica más llamativa de los trópicos: la extraordinaria diversidad florística y faunística de los ecosistemas tropicales. Dado que la mayoría de las contribuciones a la discusión de este tema han provenido de zoólogos, aquí se pone el énfasis en los aspectos botánicos. Se concluye que cada una de varias explicaciones potenciales para la diversidad puede ser válida y que una gran necesidad para el futuro es la síntesis en lugar del arbitraje entre teorías. HAY MUCHAS razones por las que, al llegar al final de la década de 1960, deberíamos prestar atención a lo que está sucediendo en el estudio de la evolución en los trópicos. Después de muchos años de negligencia, los trópicos están recibiendo más estudio por parte de ecólogos y donde los ecólogos encuentran su estimulación y su información también hay material para los evolucionistas, siempre que sigamos interesados, como ellos, en la adaptación. A pesar de las recientes afirmaciones de biólogos moleculares (por ejemplo, King y Jukes 1969, Wilson y Sarich 1969) sobre una evolución bioquímica no selectiva, creo que la adaptación, mantenida por la selección natural, sigue siendo la piedra angular del edificio evolutivo y los trópicos ofrecen oportunidades excelentes para estudiar numerosos ejemplos de adaptación en acción. Hace muy poco tiempo ha habido avances importantes, con significación evolutiva, en varias áreas de la biología tropical, y me gustaría llamar la atención sobre algunos de ellos. Por ejemplo, uno de los desarrollos más emocionantes en la fisiología vegetal en los últimos años ha sido la demostración de que hay al menos dos vías bioquímicas a lo largo de las cuales la fotosíntesis en las plantas con flores puede proceder. La vía convencional o de Calvin (Calvin y Bassham 1962) implica compuestos químicos fosforilados con tres átomos de carbono, mientras que la vía más recientemente descubierta (Hatch y Slack 1966) implica ácidos dicarboxílicos de cuatro carbonos como productos tempranos de la fotosíntesis. Las plantas que utilizan la vía de cuatro carbonos pueden fijar dióxido de carbono a tasas hasta el doble de las de las que utilizan el mecanismo convencional, al menos en parte porque no desperdician nada en la fotorespiración. Correspondientemente, sus puntos de compensación de dióxido de carbono (el nivel de CO2 en la atmósfera en el que la respiración equilibra justo la fotosíntesis) son extremadamente bajos. Además, tienen peculiaridades en las vainas de haces de las hojas (Laetsch 1968) por las cuales pueden ser reconocidas, así como estructuras foliares que reducen el intercambio gaseoso. La acumulación de dióxido de carbono se facilita bajo ciertas circunstancias oscuras y, como la fotosíntesis C4 no se inhibe por la acumulación de oxígeno durante la iluminación (Olle Bjorkman, pers. comm.), sus tasas fotosintéticas continúan aumentando a medida que se alcanzan las intensidades de luz hasta el máximo experimentado durante el día. La fotosíntesis también continúa incluso cuando las concentraciones de dióxido de carbono disuelto en las células se reducen a niveles bajos

@article{doi1023072989767,
    author = "Baker, Herbert G.",
    title = "Evolución en los Trópicos",
    year = "1970",
    journal = "Biotropica",
    abstract = "La sustancia de este artículo fue presentada como la Dirección Presidencial a la Sociedad para el Estudio de la Evolución, el 30 de diciembre de 1969, en Boston, Massachusetts. Se llama la atención sobre estudios evolutivos en los trópicos que parecen avanzar significativamente la materia. Luego, se presta atención detallada a las posibles bases evolutivas de la característica biológica más llamativa de los trópicos: la extraordinaria diversidad florística y faunística de los ecosistemas tropicales. Dado que la mayoría de las contribuciones a la discusión de este tema han provisto de zoólogos, aquí se pone énfasis en los aspectos botánicos. Se concluye que cada una de varias explicaciones potenciales para la diversidad puede ser válida y que una gran necesidad para el futuro es la síntesis en lugar del arbitraje entre teorías. HAY MUCHAS razones por las cuales, a medida que llegamos al final de la década de 1960, deberíamos prestar atención a lo que está sucediendo en el estudio de la evolución en los trópicos. Después de muchos años de negligencia, los trópicos están recibiendo más estudio por parte de ecólogos - y donde los ecólogos encuentran su estimulación y su información, allí también hay material para los evolucionistas, siempre que sigamos interesados, como ellos, en la adaptación. A pesar de las recientes afirmaciones de biólogos moleculares (por ejemplo, King y Jukes 1969, Wilson y Sarich 1969) sobre la evolución bioquímica no selectiva, creo que la adaptación, mantenida por la selección natural, sigue siendo la piedra angular del edificio evolutivo - y los trópicos proporcionan oportunidades excelentes para estudiar ejemplos multifacéticos de adaptación en acción. Hace muy poco ha habido avances importantes, con significación evolutiva, en varias áreas de la biología tropical, y me gustaría llamar la atención sobre algunos de ellos. Por ejemplo, uno de los desarrollos más emocionantes en la fisiología vegetal en los últimos años ha sido la demostración de que hay al menos dos vías bioquímicas a lo largo de las cuales la fotosíntesis por plantas con flores puede proceder. La vía convencional o de Calvin (Calvin y Bassham 1962) implica compuestos químicos fosforilados con tres átomos de carbono mientras que la vía más recientemente descubierta (Hatch y Slack 1966) implica ácidos dicarboxílicos de cuatro carbonos como productos tempranos de la fotosíntesis. Las plantas que utilizan la vía de cuatro carbonos pueden fijar dióxido de carbono a tasas hasta el doble de las de aquellas que utilizan el mecanismo convencional, al menos en parte porque no desperdician nada en la fotorespiración. Correspondientemente, sus puntos de compensación de dióxido de carbono (el nivel de CO2 en la atmósfera en el que la respiración apenas equilibra la fotosíntesis) son extremadamente bajos. Además, tienen peculiaridades en las vainas de haces de las hojas (Laetsch 1968) por las cuales pueden ser reconocidas, así como estructuras de hojas que reducen el intercambio gaseoso. La acumulación de dióxido de carbono se facilita bajo ciertas circunstancias oscuras y, porque la fotosíntesis C4 no se inhibe por el oxígeno acumulante durante la iluminación (Olle Bjorkman, pers. comm.), sus tasas fotosintéticas continúan aumentando a medida que se alcanzan intensidades de luz hasta el máximo experimentado en la luz del día. La fotosíntesis también continúa incluso cuando las concentraciones de dióxido de carbono disuelto en las células se reducen a niveles bajos",
    url = "https://doi.org/10.2307/2989767",
    doi = "10.2307/2989767",
    openalex = "W2321539134"
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@article{doi101126science1090005,
    author = "King, Mary‐Claire y Wilson, Allan C.",
    title = "Evolución en dos niveles en humanos y chimpancés",
    year = "1975",
    journal = "Science",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1090005",
    doi = "10.1126/science.1090005",
    openalex = "W2128969076",
    references = "doi101007bf00485780, doi101016002228367190324x, doi101016s002192581861823x, doi1010179781316276259010, doi101038224149a0, doi101073pnas581142, doi101073pnas6341088, doi101073pnas7183028, doi101093genetics701113, doi101126science15838051200, doi1023073001850, doi1043249781315081083, sarich1967immunological"
}

Se sugiere que la evolución en las plantas puede estar asociada con el surgimiento de tres estrategias primarias, cada una de las cuales puede identificarse haciendo referencia a un número de características, incluidas las características morfológicas, la asignación de recursos, la fenología y la respuesta al estrés. La estrategia competitiva prevalece en la vegetación productiva y relativamente no perturbada, la estrategia tolerante al estrés se asocia con condiciones continuamente no productivas y la estrategia ruderal es característica de hábitats severamente perturbados pero potencialmente productivos. Un modelo triangular basado en las tres estrategias puede conciliarse con la teoría de la selección r- y K, proporciona una visión de los procesos de sucesión y dominancia de la vegetación y parece ser capaz de extenderse a los hongos y a los animales.

@article{doi101086283244,
    author = "Grime, J. P.",
    title = "Evidencia de la existencia de tres estrategias primarias en plantas y su relevancia para la teoría ecológica y evolutiva",
    year = "1977",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "Se sugiere que la evolución en las plantas puede estar asociada con el surgimiento de tres estrategias primarias, cada una de las cuales puede identificarse haciendo referencia a un número de características, incluidas las características morfológicas, la asignación de recursos, la fenología y la respuesta al estrés. La estrategia competitiva prevalece en la vegetación productiva y relativamente no perturbada, la estrategia tolerante al estrés se asocia con condiciones continuamente no productivas y la estrategia ruderal es característica de hábitats severamente perturbados pero potencialmente productivos. Un modelo triangular basado en las tres estrategias puede conciliarse con la teoría de la selección r- y K, proporciona una visión de los procesos de sucesión y dominancia de la vegetación y parece ser capaz de extenderse a los hongos y a los animales.",
    url = "https://doi.org/10.1086/283244",
    doi = "10.1086/283244",
    openalex = "W2055424972",
    references = "doi101038242344a0, doi101038250026a0, doi101086282454, doi101086282455, doi1015159781400881376, doi102307213332, doi1023072258728, doi10230725528056, doi1023073241344, doi105962bhltitle59991"
}

@article{doi101038scientificamerican117998,
    author = "Kimura, Motoo",
    title = "La teoría neutral de la evolución molecular",
    year = "1979",
    journal = "Scientific American",
    url = "https://doi.org/10.1038/scientificamerican1179-98",
    doi = "10.1038/scientificamerican1179-98",
    openalex = "W2045391589"
}

@article{doi101007bf01734359,
    author = "Felsenstein, Joseph",
    title = "Árboles evolutivos a partir de secuencias de ADN: Un enfoque de máxima verosimilitud",
    year = "1981",
    journal = "Journal of Molecular Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf01734359",
    doi = "10.1007/bf01734359",
    openalex = "W2102424972",
    references = "doi101007bf01659159, doi101007bf01797451, doi101093sysbio223240, doi101093sysbio274401, doi101111j155856461965tb01722x, doi101111j251761611977tb01600x, doi101126science1553760279, doi101159000152448, doi1023072412810, doi1023072412923, openalexw2341059552, openalexw3141390961"
}

Los modelos de distribución de especies (SDMs) son herramientas numéricas que combinan observaciones de la ocurrencia o abundancia de especies con estimaciones ambientales. Se utilizan para obtener conocimientos ecológicos y evolutivos y predecir distribuciones a través de paisajes,...Leer más

@article{doi101146annureves18110187000323,
    author = "Hillis, David M.",
    title = "ENFOQUES MOLECULARES VERSUS MORFOLÓGICOS EN SISTEMÁTICA",
    year = "1987",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "Los modelos de distribución de especies (SDMs) son herramientas numéricas que combinan observaciones de la ocurrencia o abundancia de especies con estimaciones ambientales. Se utilizan para obtener conocimientos ecológicos y evolutivos y predecir distribuciones a través de paisajes,...Leer más",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.es.18.110187.000323",
    doi = "10.1146/annurev.es.18.110187.000323",
    openalex = "W2100983857",
    references = "doi101017s0094837300005224, doi101038325031a0, doi101073pnas581142, doi101073pnas7641967, doi101093genetics762379, doi101093genetics893583, doi101093sysbio234536, doi101093sysbio33183, doi101111j155856461982tb05453x, doi1023072412685, doi1023072413259, doi1023072528001, doi1023072529912, doi104159harvard9780674865327, openalexw2032279931, openalexw3135630760"
}

Las secuencias de ADN ribosómico (ADNr) se han alineado y comparado en numerosos organismos vivos, y este enfoque ha proporcionado una gran cantidad de información sobre las relaciones filogenéticas. Los estudios de secuencias de ADNr se han utilizado para inferir la historia filogenética a través de un espectro muy amplio, desde estudios entre las linajes basales de la vida hasta las relaciones entre especies y poblaciones estrechamente relacionadas. Las razones de la versatilidad sistemática del ADNr incluyen las numerosas tasas de evolución entre diferentes regiones del ADNr (tanto entre como dentro de genes), la presencia de muchas copias de la mayoría de las secuencias de ADNr por genoma, y el patrón de evolución concertada que ocurre entre copias repetidas. Estas características facilitan el análisis del ADNr mediante secuenciación directa de ARN, secuenciación de ADN (ya sea por clonación o amplificación) y metodologías de enzimas de restricción. Las restricciones impuestas por la estructura secundaria del ARNr y la evolución concertada deben tenerse en cuenta en los análisis filogenéticos, pero estas restricciones no parecen obstaculizar seriamente la utilidad del ADNr. Un análisis de secuencias alineadas de los cuatro genes nucleares y dos mitocondriales de ARNr identificó regiones de estos genes que probablemente sean útiles para abordar problemas filogenéticos en un amplio rango de niveles de divergencia. En general, las secuencias nucleares de subunidad pequeña parecen ser las mejores para elucidar las divergencias precámbricas, las secuencias nucleares de subunidad grande para las divergencias paleozoicas y mesozoicas, y las secuencias organelares de ambas subunidades para las divergencias cenozoicas. Se diseñaron secuencias de cebadores para su uso en la amplificación de todo el arreglo nuclear de ADNr en 15 secciones mediante la reacción en cadena de la polimerasa; estos cebadores "universales" complementan los cebadores previamente descritos para los genes de ARNr mitocondriales. Pueden seleccionarse pares de cebadores en conjunto con el análisis de la divergencia de los genes de ARNr para abordar problemas sistemáticos a lo largo de la jerarquía de la vida.

@article{doi101086417338,
    author = "Hillis, David M. y Dixon, Michael T.",
    title = "ADN ribosómico: Evolución molecular e inferencia filogenética",
    year = "1991",
    journal = "The Quarterly Review of Biology",
    abstract = {Las secuencias de ADN ribosómico (ADNr) se han alineado y comparado en numerosos organismos vivos, y este enfoque ha proporcionado una gran cantidad de información sobre las relaciones filogenéticas. Los estudios de secuencias de ADNr se han utilizado para inferir la historia filogenética a través de un espectro muy amplio, desde estudios entre las linajes basales de la vida hasta las relaciones entre especies y poblaciones estrechamente relacionadas. Las razones de la versatilidad sistemática del ADNr incluyen las numerosas tasas de evolución entre diferentes regiones del ADNr (tanto entre como dentro de genes), la presencia de muchas copias de la mayoría de las secuencias de ADNr por genoma, y el patrón de evolución concertada que ocurre entre copias repetidas. Estas características facilitan el análisis del ADNr mediante secuenciación directa de ARN, secuenciación de ADN (ya sea por clonación o amplificación) y metodologías de enzimas de restricción. Las restricciones impuestas por la estructura secundaria del ARNr y la evolución concertada deben tenerse en cuenta en los análisis filogenéticos, pero estas restricciones no parecen obstaculizar seriamente la utilidad del ADNr. Un análisis de secuencias alineadas de los cuatro genes nucleares y dos mitocondriales de ARNr identificó regiones de estos genes que probablemente sean útiles para abordar problemas filogenéticos en un amplio rango de niveles de divergencia. En general, las secuencias nucleares de subunidad pequeña parecen ser las mejores para elucidar las divergencias precámbricas, las secuencias nucleares de subunidad grande para las divergencias paleozoicas y mesozoicas, y las secuencias organelares de ambas subunidades para las divergencias cenozoicas. Se diseñaron secuencias de cebadores para su uso en la amplificación de todo el arreglo nuclear de ADNr en 15 secciones mediante la reacción en cadena de la polimerasa; estos cebadores "universales" complementan los cebadores previamente descritos para los genes de ARNr mitocondriales. Pueden seleccionarse pares de cebadores en conjunto con el análisis de la divergencia de los genes de ARNr para abordar problemas sistemáticos a lo largo de la jerarquía de la vida.},
    url = "https://doi.org/10.1086/417338",
    doi = "10.1086/417338",
    openalex = "W1969194381",
    references = "doi101073pnas74115088, doi101093nar20suppl2075, doi101126science202030, doi101126science2911720, doi101126science3277277, doi101146annureves18110187000323"
}

Resumen Desde Darwin en adelante, ha sido segunda naturaleza para los biólogos evolutivos pensar de manera comparativa porque las comparaciones establecen la generalidad de los fenómenos evolutivos. ¿Frenan los genomas grandes el desarrollo? ¿Qué estilos de vida seleccionan cerebros grandes? ¿Están las tasas de extinción relacionadas con el tamaño corporal? Todas estas son preguntas para el método comparativo, y este libro trata sobre cómo se pueden responder tales preguntas. El primer capítulo profundiza en las preguntas adecuadas para el enfoque comparativo y muestra cómo complementa otros enfoques para la resolución de problemas en la evolución. El segundo capítulo identifica las causas biológicas de la similitud entre especies estrechamente relacionadas para casi cualquier carácter observado. El tercer capítulo discute los métodos para reconstruir árboles filogenéticos y estados de carácter ancestrales. El cuarto capítulo se propone desarrollar pruebas estadísticas que determinarán si diferentes caracteres que existen en estados discretos muestran evidencia de evolución correlacionada. El capítulo 5 se centra en los análisis comparativos de caracteres que varían continuamente. El capítulo 6 examina la alometría para ejemplificar los temas y métodos discutidos anteriormente, mientras que el último capítulo mira hacia el futuro desarrollo del enfoque comparativo tanto en la biología molecular como en la biología orgánica.

@book{doi101093oso97801985464120010001,
    author = "Harvey, Paul y Pagel, Mark",
    title = "The Comparative Method in Evolutionary Biology",
    year = "1991",
    abstract = "Resumen Desde Darwin en adelante, ha sido segunda naturaleza para los biólogos evolutivos pensar de manera comparativa porque las comparaciones establecen la generalidad de los fenómenos evolutivos. ¿Frenan los genomas grandes el desarrollo? ¿Qué estilos de vida seleccionan cerebros grandes? ¿Están las tasas de extinción relacionadas con el tamaño corporal? Todas estas son preguntas para el método comparativo, y este libro trata sobre cómo se pueden responder tales preguntas. El primer capítulo profundiza en las preguntas adecuadas para el enfoque comparativo y muestra cómo complementa otros enfoques para la resolución de problemas en la evolución. El segundo capítulo identifica las causas biológicas de la similitud entre especies estrechamente relacionadas para casi cualquier carácter observado. El tercer capítulo discute los métodos para reconstruir árboles filogenéticos y estados de carácter ancestrales. El cuarto capítulo se propone desarrollar pruebas estadísticas que determinarán si diferentes caracteres que existen en estados discretos muestran evidencia de evolución correlacionada. El capítulo 5 se centra en los análisis comparativos de caracteres que varían continuamente. El capítulo 6 examina la alometría para ejemplificar los temas y métodos discutidos anteriormente, mientras que el último capítulo mira hacia el futuro desarrollo del enfoque comparativo tanto en la biología molecular como en la biología orgánica.",
    url = "https://doi.org/10.1093/oso/9780198546412.001.0001",
    doi = "10.1093/oso/9780198546412.001.0001",
    openalex = "W4388245928"
}

Las secuencias de ADN y otros datos moleculares comparados entre organismos pueden contener señal filogenética, o pueden estar aleatorizados con respecto a la historia filogenética. Se necesita algún método para distinguir la señal filogenética del ruido aleatorio para evitar el análisis de datos que han sido aleatorizados con respecto a las relaciones históricas de los taxones que se comparan. Analizamos 8.000 matrices de datos aleatorios compuestas de 10-500 caracteres binarios o de cuatro estados y 5-25 taxones para estudiar varias opciones para detectar señal en bases de datos sistemáticas. El análisis de datos aleatorios a menudo produce un único árbol más parcimonioso, especialmente si el número de caracteres examinados es grande y el número de taxones examinados es pequeño (ambos a menudo verdaderos en estudios moleculares). El árbol más parcimonioso inferido a partir de datos aleatorios también puede ser considerablemente más corto que la segunda mejor alternativa. La distribución de las longitudes de los árboles de todas las topologías de árbol (o una muestra aleatoria de las mismas) proporciona una medida sensible de la señal filogenética: las matrices de datos con señal filogenética producen distribuciones de longitud de árbol fuertemente sesgadas a la izquierda, mientras que las compuestas de ruido aleatorio están más cerca de ser simétricas. En simulaciones de filogenia con tasas variables de mutación (hasta niveles que producen variación aleatoria entre taxones), el sesgo de las distribuciones de longitud de árbol está estrechamente relacionado con el éxito de la parcimonía en encontrar la verdadera filogenia. Se proporcionan tablas de valores críticos de un estadístico de prueba de sesgo, g1, para caracteres binarios y de cuatro estados para 10-500 caracteres y 5-25 taxones. Estas tablas pueden utilizarse en una prueba rápida y eficiente para la estructura significativa en matrices de datos para análisis filogenético.

@article{doi101093oxfordjournalsjhereda111190,
    author = "Hillis, David M. y Huelsenbeck, John P.",
    title = "Señal, Ruido y Fiabilidad en Análisis Filogenéticos Moleculares",
    year = "1992",
    journal = "Journal of Heredity",
    abstract = "Las secuencias de ADN y otros datos moleculares comparados entre organismos pueden contener señal filogenética, o pueden estar aleatorizados con respecto a la historia filogenética. Se necesita algún método para distinguir la señal filogenética del ruido aleatorio para evitar el análisis de datos que han sido aleatorizados con respecto a las relaciones históricas de los taxones que se comparan. Analizamos 8.000 matrices de datos aleatorios compuestas de 10-500 caracteres binarios o de cuatro estados y 5-25 taxones para estudiar varias opciones para detectar señal en bases de datos sistemáticas. El análisis de datos aleatorios a menudo produce un único árbol más parcimonioso, especialmente si el número de caracteres examinados es grande y el número de taxones examinados es pequeño (ambos a menudo verdaderos en estudios moleculares). El árbol más parcimonioso inferido a partir de datos aleatorios también puede ser considerablemente más corto que la segunda mejor alternativa. La distribución de las longitudes de los árboles de todas las topologías de árbol (o una muestra aleatoria de las mismas) proporciona una medida sensible de la señal filogenética: las matrices de datos con señal filogenética producen distribuciones de longitud de árbol fuertemente sesgadas a la izquierda, mientras que las compuestas de ruido aleatorio están más cerca de ser simétricas. En simulaciones de filogenia con tasas variables de mutación (hasta niveles que producen variación aleatoria entre taxones), el sesgo de las distribuciones de longitud de árbol está estrechamente relacionado con el éxito de la parcimonía en encontrar la verdadera filogenia. Se proporcionan tablas de valores críticos de un estadístico de prueba de sesgo, g1, para caracteres binarios y de cuatro estados para 10-500 caracteres y 5-25 taxones. Estas tablas pueden utilizarse en una prueba rápida y eficiente para la estructura significativa en matrices de datos para análisis filogenético.",
    url = "https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.jhered.a111190",
    doi = "10.1093/oxfordjournals.jhered.a111190",
    openalex = "W2270430976",
    references = "doi101146annureves18110187000323"
}

La reconstrucción de filogenias a partir de datos moleculares se ha convertido en un enfoque importante y cada vez más común en la sistemática. El producto de tales estudios es un árbol de genes, hipotetizando relaciones entre genes o genomas. Este árbol de genes puede ser fundamentalmente incongruente con la verdadera filogenia de las especies, debido a diversos fenómenos biológicos como la introgresión, el ordenamiento de linajes o la ortología errónea. En tales circunstancias, todos los caracteres del árbol de genes que definen las relaciones de los taxones moleculares (haplotipos) pueden estar necesariamente correlacionados, y el gen o genoma puede comportarse como un único carácter del árbol de especies. En estas circunstancias, la robustez de la hipótesis del gen es insignificante como medida de confianza en la hipótesis filogenética de las especies. La incongruencia entre una hipótesis filogenética basada en numerosos caracteres, presumiblemente independientes, no moleculares y un único árbol de genes no debe asumirse que se deba al ruido en los datos no moleculares. Al igual que con otros caracteres, una filogenia de caracteres, en este caso un árbol de genes, puede probarse mejor mediante un análisis de parsimonia en el que se incluyan otros caracteres. Si se asume la independencia de los caracteres moleculares, entonces cada uno es una hipótesis filogenética equivalente, al igual que cada carácter no molecular, lo que lleva a la sugerencia de que la combinación directa es apropiada. El ahogamiento se convierte en un problema cuando un conjunto de datos moleculares grande puede comportarse como un único carácter. Para aliviar este problema, un árbol de genes puede tratarse como un único carácter multiestado, ordenado o no ordenado, e incluirse con datos no moleculares para obtener un resultado globalmente parsimonioso. Se da un ejemplo utilizando datos moleculares y no moleculares publicados de las Asteráceas.

@article{doi1023072419070,
    author = "Doyle, Jeff J.",
    title = "Árboles de genes y árboles de especies: Sistemática molecular como taxonomía de un carácter",
    year = "1992",
    journal = "Systematic Botany",
    abstract = "La reconstrucción de filogenias a partir de datos moleculares se ha convertido en un enfoque importante y cada vez más común en la sistemática. El producto de tales estudios es un árbol de genes, hipotetizando relaciones entre genes o genomas. Este árbol de genes puede ser fundamentalmente incongruente con la verdadera filogenia de las especies, debido a diversos fenómenos biológicos como la introgresión, el ordenamiento de linajes o la ortología errónea. En tales circunstancias, todos los caracteres del árbol de genes que definen las relaciones de los taxones moleculares (haplotipos) pueden estar necesariamente correlacionados, y el gen o genoma puede comportarse como un único carácter del árbol de especies. En estas circunstancias, la robustez de la hipótesis del gen es insignificante como medida de confianza en la hipótesis filogenética de las especies. La incongruencia entre una hipótesis filogenética basada en numerosos caracteres, presumiblemente independientes, no moleculares y un único árbol de genes no debe asumirse que se deba al ruido en los datos no moleculares. Al igual que con otros caracteres, una filogenia de caracteres, en este caso un árbol de genes, puede probarse mejor mediante un análisis de parsimonia en el que se incluyan otros caracteres. Si se asume la independencia de los caracteres moleculares, entonces cada uno es una hipótesis filogenética equivalente, al igual que cada carácter no molecular, lo que lleva a la sugerencia de que la combinación directa es apropiada. El ahogamiento se convierte en un problema cuando un conjunto de datos moleculares grande puede comportarse como un único carácter. Para aliviar este problema, un árbol de genes puede tratarse como un único carácter multiestado, ordenado o no ordenado, e incluirse con datos no moleculares para obtener un resultado globalmente parsimonioso. Se da un ejemplo utilizando datos moleculares y no moleculares publicados de las Asteráceas.",
    url = "https://doi.org/10.2307/2419070",
    doi = "10.2307/2419070",
    openalex = "W2007270568",
    references = "doi101016b9780123987600500262, doi101093oxfordjournalsmolbeva040517, doi101093sysbio274401, doi1010970000505319941100000014, doi101111j155856461983tb05533x, doi101146annureves18110187000323, doi101146annureves18110187002421, doi1023072412448, doi1023072413039, doi107312nei92038"
}

El método comparativo para estudiar la adaptación ¿por qué preocuparse por la filogenia? reconstrucción de árboles filogenéticos y estados de caracteres ancestrales análisis comparativo de datos discretos análisis comparativo de variables continuas determinación de la forma de las relaciones comparativas.

@article{doi105860choice295104,
    title = "El método comparativo en biología evolutiva",
    year = "1992",
    journal = "Choice Reviews Online",
    abstract = "El método comparativo para estudiar la adaptación ¿por qué preocuparse por la filogenia? reconstrucción de árboles filogenéticos y estados de caracteres ancestrales análisis comparativo de datos discretos análisis comparativo de variables continuas determinación de la forma de las relaciones comparativas.",
    url = "https://doi.org/10.5860/choice.29-5104",
    doi = "10.5860/choice.29-5104",
    openalex = "W1488393970"
}

Las filogenias reconstruidas a partir de taxones contemporáneos no contienen información sobre linajes que se han extinguido. Derivamos modelos de probabilidad para tales filogenias, permitiendo que los datos reales se comparen con modelos nulos especificados de evolución, y estimando las tasas de nacimiento y muerte de linajes.

@article{doi101098rstb19940068,
    author = "Nee, Sean y May, Robert M. y Harvey, Paul",
    title = "El proceso evolutivo reconstruido",
    year = "1994",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Las filogenias reconstruidas a partir de taxones contemporáneos no contienen información sobre linajes que se han extinguido. Derivamos modelos de probabilidad para tales filogenias, permitiendo que los datos reales se comparen con modelos nulos especificados de evolución, y estimando las tasas de nacimiento y muerte de linajes.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.1994.0068",
    doi = "10.1098/rstb.1994.0068",
    openalex = "W2154552181",
    references = "doi101086627905"
}

Las secuencias moleculares variables muestreadas de una población pueden utilizarse para inferir su historia dinámica. Se desarrollan y aplican métodos gráficos a datos reales, ilustrando formas de navegar por el espacio de hipótesis con dos hitos de referencia: tamaño poblacional constante y tamaño poblacional en crecimiento exponencial.

@article{doi101098rstb19950087,
    author = "Nee, Sean y Holmes, Eddie C. y Rambaut, Andrew y Harvey, Paul",
    title = "Inferir la historia poblacional a partir de filogenias moleculares",
    year = "1995",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Las secuencias moleculares variables muestreadas de una población pueden utilizarse para inferir su historia dinámica. Se desarrollan y aplican métodos gráficos a datos reales, ilustrando formas de navegar por el espacio de hipótesis con dos hitos de referencia: tamaño poblacional constante y tamaño poblacional en crecimiento exponencial.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.1995.0087",
    doi = "10.1098/rstb.1995.0087",
    openalex = "W1978546114"
}

@article{doi101007bf02338839,
    author = "Rannala, Bruce y Yang, Ziheng",
    title = "Distribución de probabilidad de árboles evolutivos moleculares: Un nuevo método de inferencia filogenética",
    year = "1996",
    journal = "Journal of Molecular Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf02338839",
    doi = "10.1007/bf02338839",
    openalex = "W2150783480",
    references = "doi101093oxfordjournalsmolbeva040259, doi101093sysbio422182, doi1023072992540"
}

▪ Resumen El estudio de poblaciones vegetales naturales ha proporcionado algunos de los casos más fuertes y convincentes de la operación de la selección natural conocidos actualmente, en parte debido a la facilidad para realizar experimentos de trasplante recíproco, trabajo en jardín común y manipulación a largo plazo in situ. Se ha documentado y se revisa aquí la diferenciación genética entre poblaciones vegetales a pequeña escala (unos pocos cm a unos cientos de cm), en anuales y perennes herbáceas, perennes leñosas, acuáticas, terrestres, endémicas de distribución restringida y especies ampliamente distribuidas. Se ha documentado la diferenciación de caracteres para la mayoría de las características importantes de la estructura y función de las plantas. Se conocen ejemplos para caracteres de semillas, rasgos foliares, fenología, actividades fisiológicas y bioquímicas, tolerancia a metales pesados, resistencia a herbicidas, resistencia a parásitos, capacidad competitiva, caracteres organelares, sistemas de cría e historia de vida. Entre las fuerzas que han moldeado estos patrones de diferenciación se encuentran suelos tóxicos, fertilizantes, siega y pastoreo, humedad del suelo, temperatura, intensidad de la luz, vectores de polinización, parasitismo, flujo génico y dinámicas naturales. La amplitud y profundidad de la evidencia revisada aquí apoyan fuertemente la idea de que la selección natural es la fuerza principal que moldea la arquitectura genética en poblaciones vegetales naturales; esa visión necesita ser más ampliamente apreciada de lo que es actualmente.

@article{doi101146annurevecolsys271237,
    author = "Linhart, Yan B. and Grant, Michael C.",
    title = "SIGNIFICADO EVOLUCIONISTA DE LA DIFERENCIACIÓN GENÉTICA LOCAL EN LAS PLANTAS",
    year = "1996",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "▪ Resumen El estudio de poblaciones vegetales naturales ha proporcionado algunos de los casos más fuertes y convincentes de la operación de la selección natural conocidos actualmente, en parte debido a la facilidad para realizar experimentos de trasplante recíproco, trabajo en jardín común y manipulación a largo plazo in situ. Se ha documentado y se revisa aquí la diferenciación genética entre poblaciones vegetales a pequeña escala (unos pocos cm a unos cientos de cm), en anuales y perennes herbáceas, perennes leñosas, acuáticas, terrestres, endémicas de distribución restringida y especies ampliamente distribuidas. Se ha documentado la diferenciación de caracteres para la mayoría de las características importantes de la estructura y función de las plantas. Se conocen ejemplos para caracteres de semillas, rasgos foliares, fenología, actividades fisiológicas y bioquímicas, tolerancia a metales pesados, resistencia a herbicidas, resistencia a parásitos, capacidad competitiva, caracteres organelares, sistemas de cría e historia de vida. Entre las fuerzas que han moldeado estos patrones de diferenciación se encuentran suelos tóxicos, fertilizantes, siega y pastoreo, humedad del suelo, temperatura, intensidad de la luz, vectores de polinización, parasitismo, flujo génico y dinámicas naturales. La amplitud y profundidad de la evidencia revisada aquí apoyan fuertemente la idea de que la selección natural es la fuerza principal que moldea la arquitectura genética en poblaciones vegetales naturales; esa visión necesita ser más ampliamente apreciada de lo que es actualmente.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.27.1.237",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.27.1.237",
    openalex = "W2130703487",
    references = "doi101002j153721971987tb08586x, doi10100797814615694425, doi1010079781489930439, doi101016037811199090073z, doi101038scientificamerican117998, doi101111j155856461993tb01215x, doi101126science15739260, doi101146annureves06110175002011, doi101146annureves10110179001133, doi101146annureves15110184000433, doi101146annureves18110187000323, doi101146annureves19110188000551, doi101146annurevge25120191000245, doi1015159781400820108, doi1023072444338, doi104159harvard9780674865327, openalexw2080618944, openalexw2146778590"
}

Se propone un nuevo método para estimar tiempos de divergencia cuando las tasas evolutivas son variables a lo largo de las linajes. El método, llamado suavizado de tasas no paramétrico (NPRS), se basa en la minimización de cambios locales de tasas entre ancestros y descendientes y está motivado por la probabilidad de que las tasas evolutivas estén autocorrelacionadas en el tiempo. La información fósil relativa a las edades mínimas y/o máximas de los nodos en una filogenia se incorpora en los algoritmos mediante técnicas de optimización restringida. La precisión del NPRS se examinó mediante comparación con un método de máxima verosimilitud basado en reloj en simulaciones por ordenador. El NPRS proporciona estimaciones más precisas de los tiempos de divergencia cuando (1) las longitudes de las secuencias son suficientemente largas, (2) las tasas son realmente no reloj, y (3) las tasas están moderadamente a altamente autocorrelacionadas en el tiempo. Los algoritmos se aplicaron para estimar tiempos de divergencia en plantas con semillas basándose en datos del gen rbcL del cloroplasto. Tanto los métodos NPRS restringidos como no restringidos tendieron a producir estimaciones de tiempos de divergencia más consistentes con la evidencia paleobotánica que las estimaciones basadas en reloj.

@article{doi101093oxfordjournalsmolbeva025731,
    author = "Sanderson, Michael J.",
    title = "A Nonparametric Approach to Estimating Divergence Times in the Absence of Rate Constancy",
    year = "1997",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "A new method for estimating divergence times when evolutionary rates are variable across lineages is proposed. The method, called nonparametric rate smoothing (NPRS), relies on minimization of ancestor-descendant local rate changes and is motivated by the likelihood that evolutionary rates are autocorrelated in time. Fossil information pertaining to minimum and/or maximum ages of nodes in a phylogeny is incorporated into the algorithms by constrained optimization techniques. The accuracy of NPRS was examined by comparison to a clock-based maximum-likelihood method in computer simulations. NPRS provides more accurate estimates of divergence times when (1) sequence lengths are sufficiently long, (2) rates are truly nonclocklike, and (3) rates are moderately to highly autocorrelated in time. The algorithms were applied to estimate divergence times in seed plants based on data from the chloroplast rbcL gene. Both constrained and unconstrained NPRS methods tended to produce divergence time estimates more consistent with paleobotanical evidence than did clock-based estimates.",
    url = "https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a025731",
    doi = "10.1093/oxfordjournals.molbev.a025731",
    openalex = "W1964575260",
    references = "doi101007bf01797451, doi101126science2715248470, doi10113000917613198311503tdonag20co2"
}

Las filogenias reconstruidas a partir de secuencias génicas pueden utilizarse para investigar el ritmo y el modo de la diversificación de las especies. Aquí desarrollamos y utilizamos nuevos métodos estadísticos para inferir patrones pasados de especiación y extinción a partir de filogenias moleculares. Específicamente, probamos la hipótesis nula de que las tasas de especiación y extinción por linaje han permanecido constantes a lo largo del tiempo. El rechazo de esta hipótesis puede proporcionar evidencia de eventos evolutivos como radiaciones adaptativas o adaptaciones clave. En contraste con los enfoques anteriores, nuestros métodos son robustos ante la muestra incompleta de taxones y conservadores con respecto a la extinción. Mediante simulación investigamos, primero, los efectos adversos de no tener en cuenta la muestra incompleta y, segundo, la potencia y fiabilidad de nuestras pruebas. Cuando se aplican a filogenias publicadas, nuestras pruebas sugieren que, en algunos casos, las tasas de especiación han disminuido a lo largo del tiempo.

@article{doi101098rspb20001278,
    author = "Pybus, Oliver G. y Harvey, Paul",
    title = "Pruebas de modelos macroevolutivos utilizando filogenias moleculares incompletas",
    year = "2000",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Las filogenias reconstruidas a partir de secuencias génicas pueden utilizarse para investigar el ritmo y el modo de la diversificación de las especies. Aquí desarrollamos y utilizamos nuevos métodos estadísticos para inferir patrones pasados de especiación y extinción a partir de filogenias moleculares. Específicamente, probamos la hipótesis nula de que las tasas de especiación y extinción por linaje han permanecido constantes a lo largo del tiempo. El rechazo de esta hipótesis puede proporcionar evidencia de eventos evolutivos como radiaciones adaptativas o adaptaciones clave. En contraste con los enfoques anteriores, nuestros métodos son robustos ante la muestra incompleta de taxones y conservadores con respecto a la extinción. Mediante simulación investigamos, primero, los efectos adversos de no tener en cuenta la muestra incompleta y, segundo, la potencia y fiabilidad de nuestras pruebas. Cuando se aplican a filogenias publicadas, nuestras pruebas sugieren que, en algunos casos, las tasas de especiación han disminuido a lo largo del tiempo.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2000.1278",
    doi = "10.1098/rspb.2000.1278",
    openalex = "W2118610143",
    references = "doi101086627905"
}

La identificación de propiedades generales de las radiaciones evolutivas ha sido obstaculizada por la falta de un enfoque estadístico y filogenético general aplicable a través de diversos taxones. Presentamos un marco analítico comparativo para examinar los patrones filogenéticos de diversificación y disparidad morfológica con datos de cuatro taxones de lagartos iguanios que exhiben patrones sustancialmente diferentes de evolución. Los taxones cuya diversificación ocurrió desproporcionadamente temprano en su historia evolutiva particionan más de su disparidad morfológica entre, en lugar de dentro, subclados. Esta relación inversa entre el momento de la diversificación y la disparidad morfológica dentro de los subclados puede ser una característica general que trasciende las propiedades históricamente contingentes de diferentes radiaciones evolutivas.

@article{doi101126science1084786,
    author = "Harmon, Luke J. y Schulte, James A. y Larson, Allan y Losos, Jonathan B.",
    title = "Tempo y Modo de la Radiación Evolutiva en Lagartos Iguanios",
    year = "2003",
    journal = "Science",
    abstract = "La identificación de propiedades generales de las radiaciones evolutivas ha sido obstaculizada por la falta de un enfoque estadístico y filogenético general aplicable a través de diversos taxones. Presentamos un marco analítico comparativo para examinar los patrones filogenéticos de diversificación y disparidad morfológica con datos de cuatro taxones de lagartos iguanios que exhiben patrones sustancialmente diferentes de evolución. Los taxones cuya diversificación ocurrió desproporcionadamente temprano en su historia evolutiva particionan más de su disparidad morfológica entre, en lugar de dentro, subclados. Esta relación inversa entre el momento de la diversificación y la disparidad morfológica dentro de los subclados puede ser una característica general que trasciende las propiedades históricamente contingentes de diferentes radiaciones evolutivas.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1084786",
    doi = "10.1126/science.1084786",
    openalex = "W2002820714",
    references = "doi101017s0094837300015864, doi101111j109583121996tb01693x, doi101146annurevecolsys281129"
}

▪ Resumen El cruzamiento mixto, en el que las especies de plantas hermafroditas se reproducen mediante autofecundación y cruzamiento, presenta un problema desafiante para los biólogos evolutivos. La teoría sugiere que la depresión por endogamia, el principal factor selectivo que se opone a la evolución de la autofecundación, puede ser eliminada mediante la autofecundación, un proceso que se espera que produzca estrategias puras de cruzamiento o autofecundación. Aquí presentamos evidencia actualizada que sugiere que los sistemas de cruzamiento mixto son frecuentes en las plantas con semillas. Esbozamos los mecanismos florales y de polinización que pueden conducir a un cruzamiento intermedio, revisamos los modelos teóricos que abordan la estabilidad del cruzamiento intermedio y examinamos la evidencia empírica relevante. Un análisis comparativo de los coeficientes de endogamia estimados y las tasas de cruzamiento sugiere que el cruzamiento mixto a menudo evoluciona a pesar de una fuerte depresión por endogamia. La importancia adaptativa del cruzamiento mixto aún no se ha explicado completamente para ninguna especie. El trabajo teórico y empírico reciente sugiere que el progreso futuro vendrá de una mejor integración de los estudios de los mecanismos florales, la genética y la ecología, y del reconocimiento de cómo varían las presiones selectivas en el espacio y el tiempo.

@article{doi101146annurevecolsys36091704175539,
    author = "Goodwillie, Carol y Kalisz, Susan y Eckert, Christopher G.",
    title = "El Enigma Evolutivo de los Sistemas de Cruzamiento Mixto en Plantas: Ocurrencia, Explicaciones Teóricas y Evidencia Empírica",
    year = "2005",
    journal = "Annual Review of Ecology Evolution and Systematics",
    abstract = "▪ Resumen El cruzamiento mixto, en el que las especies de plantas hermafroditas se reproducen mediante autofecundación y cruzamiento, presenta un problema desafiante para los biólogos evolutivos. La teoría sugiere que la depresión por endogamia, el principal factor selectivo que se opone a la evolución de la autofecundación, puede ser eliminada mediante la autofecundación, un proceso que se espera que produzca estrategias puras de cruzamiento o autofecundación. Aquí presentamos evidencia actualizada que sugiere que los sistemas de cruzamiento mixto son frecuentes en las plantas con semillas. Esbozamos los mecanismos florales y de polinización que pueden conducir a un cruzamiento intermedio, revisamos los modelos teóricos que abordan la estabilidad del cruzamiento intermedio y examinamos la evidencia empírica relevante. Un análisis comparativo de los coeficientes de endogamia estimados y las tasas de cruzamiento sugiere que el cruzamiento mixto a menudo evoluciona a pesar de una fuerte depresión por endogamia. La importancia adaptativa del cruzamiento mixto aún no se ha explicado completamente para ninguna especie. El trabajo teórico y empírico reciente sugiere que el progreso futuro vendrá de una mejor integración de los estudios de los mecanismos florales, la genética y la ecología, y del reconocimiento de cómo varían las presiones selectivas en el espacio y el tiempo.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.36.091704.175539",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.36.091704.175539",
    openalex = "W2127588110",
    references = "doi10100797814615694425, doi101111j109583122000tb01221x, doi101146annureves15110184000433, doi105860choice355054, doi105962bhltitle110800, openalexw2491318968"
}

Phylemon es una plataforma en línea para análisis filogenéticos y evolutivos de datos de secuencias moleculares. Se ha desarrollado como un servidor web que integra un conjunto de diferentes herramientas seleccionadas entre los programas independientes más populares en análisis filogenético y evolutivo. Se ha concebido como una respuesta natural a la creciente demanda de análisis de datos de muchos científicos experimentales que desean añadir una perspectiva de evolución molecular y filogenética a su investigación. Las herramientas incluidas en Phylemon abarcan un amplio pero seleccionado rango de programas: desde los más básicos para el alineamiento de múltiples secuencias hasta métodos estadísticos elaborados de reconstrucción filogenética, incluyendo métodos para análisis de tasas evolutivas y adaptación molecular. Phylemon tiene varias características que lo diferencian de otros recursos: (i) Ofrece un entorno integrado que permite la concatenación directa de análisis evolutivos, el almacenamiento de resultados y gestiona las conversiones de formato de datos requeridas, (ii) Una vez que se produce un archivo de salida, Phylemon sugiere los análisis posibles siguientes, guiando así al usuario y facilitando la integración de análisis de varios pasos, y (iii) los usuarios pueden definir y guardar pipelines completos para análisis filogenéticos específicos para ser utilizados automáticamente en muchos genes en sesiones posteriores o múltiples genes en una sola sesión (filogenómica). El servidor web Phylemon está disponible en http://phylemon.bioinfo.cipf.es.

@article{doi101093nargkm224,
    author = "Tárraga, Joaquín y Medina, Ignacio y Arbiza, Leonardo y Huerta‐Cepas, Jaime y Gabaldón, Toni y Dopazo, Joaquı́n y Dopazo, Hernán",
    title = "Phylemon: un conjunto de herramientas web para la evolución molecular, la filogenética y la filogenómica",
    year = "2007",
    journal = "Nucleic Acids Research",
    abstract = "Phylemon es una plataforma en línea para análisis filogenéticos y evolutivos de datos de secuencias moleculares. Se ha desarrollado como un servidor web que integra un conjunto de diferentes herramientas seleccionadas entre los programas independientes más populares en análisis filogenético y evolutivo. Se ha concebido como una respuesta natural a la creciente demanda de análisis de datos de muchos científicos experimentales que desean añadir una perspectiva de evolución molecular y filogenética a su investigación. Las herramientas incluidas en Phylemon abarcan un amplio pero seleccionado rango de programas: desde los más básicos para el alineamiento de múltiples secuencias hasta métodos estadísticos elaborados de reconstrucción filogenética, incluyendo métodos para análisis de tasas evolutivas y adaptación molecular. Phylemon tiene varias características que lo diferencian de otros recursos: (i) Ofrece un entorno integrado que permite la concatenación directa de análisis evolutivos, el almacenamiento de resultados y gestiona las conversiones de formato de datos requeridas, (ii) Una vez que se produce un archivo de salida, Phylemon sugiere los análisis posibles siguientes, guiando así al usuario y facilitando la integración de análisis de varios pasos, y (iii) los usuarios pueden definir y guardar pipelines completos para análisis filogenéticos específicos para ser utilizados automáticamente en muchos genes en sesiones posteriores o múltiples genes en una sola sesión (filogenómica). El servidor web Phylemon está disponible en http://phylemon.bioinfo.cipf.es.",
    url = "https://doi.org/10.1093/nar/gkm224",
    doi = "10.1093/nar/gkm224",
    openalex = "W2095319152"
}

BEAST es un paquete de análisis evolutivo potente y flexible para la variación de secuencias moleculares. También proporciona un recurso para el desarrollo ulterior de nuevos modelos y métodos estadísticos de análisis evolutivo.

@article{doi101186147121487214,
    author = "Drummond, Alexei J. y Rambaut, Andrew",
    title = "BEAST: Análisis evolutivo bayesiano mediante muestreo de árboles",
    year = "2007",
    journal = "BMC Evolutionary Biology",
    abstract = "BEAST es un paquete de análisis evolutivo potente y flexible para la variación de secuencias moleculares. También proporciona un recurso para el desarrollo ulterior de nuevos modelos y métodos estadísticos de análisis evolutivo.",
    url = "https://doi.org/10.1186/1471-2148-7-214",
    doi = "10.1186/1471-2148-7-214",
    openalex = "W2110835349",
    references = "doi101007bf00160154, doi101007bf02101694, doi101007bf02101990, doi101016b9781483227344500176, doi101016s0169534703002167, doi10106311699114, doi101073pnas6341088, doi10108010635150290102456, doi101093bioinformatics178754, doi101093biomet57197, doi101093molbevmsi103, doi101093oxfordjournalsmolbeva003974, doi101093oxfordjournalsmolbeva025892, doi101093oxfordjournalsmolbeva040153, doi101126science1101074, doi101371journalpbio0040088, rambaut1998estimating"
}

@article{doi101038nrg2323,
    author = "Duffy, Siobain y Shackelton, Laura A. y Holmes, Edward C.",
    title = "Tasas de cambio evolutivo en virus: patrones y determinantes",
    year = "2008",
    journal = "Nature Reviews Genetics",
    url = "https://doi.org/10.1038/nrg2323",
    doi = "10.1038/nrg2323",
    openalex = "W2020939898",
    references = "doi1010021521187820001222121057aidbies330co2w, doi101016s0169534703002167, doi101038nrg2146, doi101371journalpbio0040088"
}

El advenimiento y maduración de algoritmos para estimar árboles de especies-árboles filogenéticos que permiten la heterogeneidad de los árboles de genes y cuyas puntas representan linajes, poblaciones y especies, en lugar de genes-representan una confluencia emocionante de la filogenia, la filogeografía y la genética de poblaciones, e inauguran una nueva generación de conceptos y desafíos para el sistemático molecular. En este ensayo argumento que para tratar mejor con los grandes conjuntos de datos multilocus provocados por la filogenómica, y para alinear mejor los campos de la filogeografía y la filogenia, deberíamos abrazar la primacía de los árboles de especies, no solo como una nueva y útil herramienta práctica para la sistemática, sino también como un objetivo conceptual de larga data de la sistemática que, debido en gran parte a la falta de herramientas computacionales apropiadas, ha sido eclipsado en las últimas décadas. Sugeriré que las filogenias como árboles de genes son un "óptimo local" para la sistemática, y revisaré los avances recientes que nos llevarán al óptimo más amplio inherente en los árboles de especies. Además de adoptar nuevos métodos de análisis filogenético (y, idealmente, reservar el término "filogenia" para árboles de especies en lugar de árboles de genes), el nuevo paradigma sugiere cambios en una serie de prácticas, como la toma de muestras de datos para maximizar no solo el número de sitios acumulados sino también el número de genes segregando independientemente; el uso rutinario de modelos de coalescencia u otros en simulaciones por computadora para permitir la heterogeneidad de los árboles de genes; y una mejor comprensión del papel de la concatenación en la influencia de las topologías y la confianza en las filogenias. Al construir sobre la base sentada por los conceptos de árboles de genes y la teoría de la coalescencia, y tomando pistas de las tendencias recientes en la filogeografía multilocus, la sistemática molecular está llamada a enriquecerse. Muchos de los desafíos y lecciones aprendidas para estimar árboles de genes se trasladarán al desafío de estimar árboles de especies, aunque adoptar el paradigma del árbol de especies aclarará muchos problemas (como la naturaleza de las poltomías y la paradoja del árbol estrella), planteará nuevos desafíos conceptuales o proporcionará nuevas respuestas a viejas preguntas.

@article{doi101111j15585646200800549x,
    author = "Edwards, Scott V.",
    title = "¿ESTÁ EMERGENDO UNA NUEVA Y GENERAL TEORÍA DE LA SISTEMÁTICA MOLECULAR?",
    year = "2008",
    journal = "Evolution",
    abstract = {El advenimiento y maduración de algoritmos para estimar árboles de especies-árboles filogenéticos que permiten la heterogeneidad de los árboles de genes y cuyas puntas representan linajes, poblaciones y especies, en lugar de genes-representan una confluencia emocionante de la filogenia, la filogeografía y la genética de poblaciones, e inauguran una nueva generación de conceptos y desafíos para el sistemático molecular. En este ensayo argumento que para tratar mejor con los grandes conjuntos de datos multilocus provocados por la filogenómica, y para alinear mejor los campos de la filogeografía y la filogenia, deberíamos abrazar la primacía de los árboles de especies, no solo como una nueva y útil herramienta práctica para la sistemática, sino también como un objetivo conceptual de larga data de la sistemática que, debido en gran parte a la falta de herramientas computacionales apropiadas, ha sido eclipsado en las últimas décadas. Sugeriré que las filogenias como árboles de genes son un "óptimo local" para la sistemática, y revisaré los avances recientes que nos llevarán al óptimo más amplio inherente en los árboles de especies. Además de adoptar nuevos métodos de análisis filogenético (y, idealmente, reservar el término "filogenia" para árboles de especies en lugar de árboles de genes), el nuevo paradigma sugiere cambios en una serie de prácticas, como la toma de muestras de datos para maximizar no solo el número de sitios acumulados sino también el número de genes segregando independientemente; el uso rutinario de modelos de coalescencia u otros en simulaciones por computadora para permitir la heterogeneidad de los árboles de genes; y una mejor comprensión del papel de la concatenación en la influencia de las topologías y la confianza en las filogenias. Al construir sobre la base sentada por los conceptos de árboles de genes y la teoría de la coalescencia, y tomando pistas de las tendencias recientes en la filogeografía multilocus, la sistemática molecular está llamada a enriquecerse. Muchos de los desafíos y lecciones aprendidas para estimar árboles de genes se trasladarán al desafío de estimar árboles de especies, aunque adoptar el paradigma del árbol de especies aclarará muchos problemas (como la naturaleza de las poltomías y la paradoja del árbol estrella), planteará nuevos desafíos conceptuales o proporcionará nuevas respuestas a viejas preguntas.},
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.2008.00549.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.2008.00549.x",
    openalex = "W2037654474",
    references = "doi101038nature04336, doi101038nature04789, doi101038nature06614, doi101073pnas0502030102, doi101073pnas0610699104, doi101086510633, doi101093sysbio3817, doi101111j155856461982tb05068x, doi101146annureves18110187000323, doi1023072419070, openalexw2611511275"
}

@article{doi101038ncomms2958,
    author = "Rabosky, Daniel L. y Santini, Francesco y Eastman, Jonathan M. y Smith, Stephen A. y Sidlauskas, Brian L. y Chang, Jonathan y Alfaro, Michael E.",
    title = "Las tasas de especiación y evolución morfológica están correlacionadas a través de la mayor radiación de vertebrados",
    year = "2013",
    journal = "Nature Communications",
    url = "https://doi.org/10.1038/ncomms2958",
    doi = "10.1038/ncomms2958",
    openalex = "W2054715003",
    references = "doi10100797894010058529, doi101016jtree201204012, doi101017s009483730001280x, doi101023a1013311015886, doi10103714088000, doi101038248107a0, doi101038nature07893, doi101038nature10516, doi101038nrg2278, doi101073pnas0704088104, doi101086303327, doi101093bibbbn013, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093biomet824711, doi101093oxfordjournalsmolbeva003974, doi101093oxfordjournalsmolbeva025811, doi101111j155856461971tb01868x, doi101111j15585646201001026x, doi101146annurevecolsys281129, doi101146annurevecolsys291293, doi101186147121055113, doi1011861471214811275, doi1023072405671, doi105962bhltitle82303, doi107312simp93764"
}

Presentamos una nueva plataforma de software de código abierto, extensible y flexible para análisis evolutivo bayesiano llamada BEAST 2. Esta plataforma de software es un rediseño de la popular plataforma BEAST 1 para corregir deficiencias estructurales que se hicieron evidentes a medida que evolucionaba el software BEAST 1. Entre esas deficiencias, la clave fue la falta de extensibilidad post-despliegue. BEAST 2 ahora cuenta con un sistema de gestión de paquetes completamente desarrollado que permite a los desarrolladores de terceros escribir funcionalidad adicional que puede instalarse directamente en la plataforma de análisis BEAST 2 a través de un gestor de paquetes sin requerir una nueva versión de software de la plataforma. Esta arquitectura de paquetes se muestra con una serie de nuevos modelos recientemente publicados que abarcan priores de árboles de nacimiento-muerte-muestreo, filodinámica y promediado de modelos para modelos de sustitución y partición de sitios. Una segunda mejora importante es la capacidad de leer/escribir todo el estado de la cadena MCMC desde/hacia el disco, lo que permite compartirlo fácilmente entre múltiples instancias del software BEAST. Esto facilita el guardado de puntos de control y un mejor soporte para extensiones de procesamiento multi-usuario y computación de alto rendimiento. Finalmente, la funcionalidad en los nuevos paquetes puede agregarse fácilmente a la interfaz de usuario (BEAUti 2) mediante un mecanismo simple basado en plantillas XML, ya que BEAST 2 ha sido rediseñado para proporcionar una mayor integración entre el motor de análisis y la interfaz de usuario, de modo que, por ejemplo, BEAST y BEAUti utilizan exactamente el mismo formato de archivo XML.

@article{doi101371journalpcbi1003537,
    author = "Bouckaert, Remco y Heled, Joseph y Kühnert, Denise y Vaughan, Tim y Wu, Chieh‐Hsi y Xie, Dong y Suchard, Marc A. y Rambaut, Andrew y Drummond, Alexei J.",
    title = "BEAST 2: Una plataforma de software para análisis evolutivo bayesiano",
    year = "2014",
    journal = "PLoS Computational Biology",
    abstract = "Presentamos una nueva plataforma de software de código abierto, extensible y flexible para análisis evolutivo bayesiano llamada BEAST 2. Esta plataforma de software es un rediseño de la popular plataforma BEAST 1 para corregir deficiencias estructurales que se hicieron evidentes a medida que evolucionaba el software BEAST 1. Entre esas deficiencias, la clave fue la falta de extensibilidad post-despliegue. BEAST 2 ahora cuenta con un sistema de gestión de paquetes completamente desarrollado que permite a los desarrolladores de terceros escribir funcionalidad adicional que puede instalarse directamente en la plataforma de análisis BEAST 2 a través de un gestor de paquetes sin requerir una nueva versión de software de la plataforma. Esta arquitectura de paquetes se muestra con una serie de nuevos modelos recientemente publicados que abarcan priores de árboles de nacimiento-muerte-muestreo, filodinámica y promediado de modelos para modelos de sustitución y partición de sitios. Una segunda mejora importante es la capacidad de leer/escribir todo el estado de la cadena MCMC desde/hacia el disco, lo que permite compartirlo fácilmente entre múltiples instancias del software BEAST. Esto facilita el guardado de puntos de control y un mejor soporte para extensiones de procesamiento multi-usuario y computación de alto rendimiento. Finalmente, la funcionalidad en los nuevos paquetes puede agregarse fácilmente a la interfaz de usuario (BEAUti 2) mediante un mecanismo simple basado en plantillas XML, ya que BEAST 2 ha sido rediseñado para proporcionar una mayor integración entre el motor de análisis y la interfaz de usuario, de modo que, por ejemplo, BEAST y BEAUti utilizan exactamente el mismo formato de archivo XML.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003537",
    doi = "10.1371/journal.pcbi.1003537",
    openalex = "W2026062398",
    references = "doi101007bf01731581, doi101007bf01734359, doi101007bf02101694, doi101093molbevmsi103, doi101093molbevmsp274, doi101093molbevmss075, doi101093oxfordjournalsmolbeva040023, doi101186147121487214, doi101371journalpbio0040088, openalexw1593676244"
}

El grado de conservación evolutiva de un aminoácido en una proteína o de un ácido nucleico en ADN/ARN refleja un equilibrio entre su tendencia natural a mutar y la necesidad general de mantener la integridad estructural y la función de la macromolécula. El servidor web ConSurf (http://consurf.tau.ac.il), establecido hace más de 15 años, analiza el patrón evolutivo de los amino/ácidos nucleicos de la macromolécula para revelar regiones que son importantes para la estructura y/o la función. A partir de una secuencia o estructura de consulta, el servidor recopila automáticamente homólogos, infiere su alineación múltiple de secuencias y reconstruye un árbol filogenético que refleja sus relaciones evolutivas. Estos datos se utilizan luego, dentro de un marco probabilístico, para estimar las tasas evolutivas de cada posición de la secuencia. Aquí presentamos varias nuevas características en ConSurf, incluyendo la selección automática del mejor modelo evolutivo utilizado para inferir las tasas, la capacidad de modelar por homología proteínas de consulta, la predicción de la estructura secundaria de moléculas de ARN de consulta a partir de la secuencia, la capacidad de visualizar el ensamblaje biológico de una consulta (además de la cadena simple), el mapeo de los grados de conservación sobre modelos 2D de ARN y una vista avanzada del árbol filogenético que permite volver a ejecutar ConSurf interactivamente con los taxones de un subárbol.

@article{doi101093nargkw408,
    author = "Ashkenazy, Haim y Abadi, Shiran y Martz, Eric y Chay, Ofer y Mayrose, Itay y Pupko, Tal y Ben‐Tal, Nir",
    title = "ConSurf 2016: un método mejorado para estimar y visualizar la conservación evolutiva en macromoléculas",
    year = "2016",
    journal = "Nucleic Acids Research",
    abstract = "El grado de conservación evolutiva de un aminoácido en una proteína o de un ácido nucleico en ADN/ARN refleja un equilibrio entre su tendencia natural a mutar y la necesidad general de mantener la integridad estructural y la función de la macromolécula. El servidor web ConSurf (http://consurf.tau.ac.il), establecido hace más de 15 años, analiza el patrón evolutivo de los amino/ácidos nucleicos de la macromolécula para revelar regiones que son importantes para la estructura y/o la función. A partir de una secuencia o estructura de consulta, el servidor recopila automáticamente homólogos, infiere su alineación múltiple de secuencias y reconstruye un árbol filogenético que refleja sus relaciones evolutivas. Estos datos se utilizan luego, dentro de un marco probabilístico, para estimar las tasas evolutivas de cada posición de la secuencia. Aquí presentamos varias nuevas características en ConSurf, incluyendo la selección automática del mejor modelo evolutivo utilizado para inferir las tasas, la capacidad de modelar por homología proteínas de consulta, la predicción de la estructura secundaria de moléculas de ARN de consulta a partir de la secuencia, la capacidad de visualizar el ensamblaje biológico de una consulta (además de la cadena simple), el mapeo de los grados de conservación sobre modelos 2D de ARN y una vista avanzada del árbol filogenético que permite volver a ejecutar ConSurf interactivamente con los taxones de un subárbol.",
    url = "https://doi.org/10.1093/nar/gkw408",
    doi = "10.1093/nar/gkw408",
    openalex = "W2376573086",
    references = "doi101006jmbi19909999, doi101006jmbi19931626, doi101007bf02498640, doi101016s0022283605803602, doi101038nmeth2109, doi101093bioinformaticsbtl158, doi101093bioinformaticsbts565, doi101093molbevmsn067, doi101093molbevmsr121, doi101093molbevmst010, doi101093nar281235, doi101093oxfordjournalsmolbeva040752, doi101109tac19741100705"
}

Los estudios de secuenciación de alto rendimiento generan grandes cantidades de datos taxonómicos. Las hipótesis ecológicas evolutivas de los taxones recuperados y las Hipótesis de Especies son difíciles de probar debido a problemas con las alineaciones y la falta de un esqueleto filogenético. Proponemos una clasificación de hongos actualizada a nivel de filo y clase que tenga en cuenta la monofilia y el tiempo de divergencia para que los rangos taxonómicos principales sean más informativos. Basándonos en filogenias y estimaciones de tiempo de divergencia, adoptamos el rango de filo para Aphelidiomycota, Basidiobolomycota, Calcarisporiellomycota, Glomeromycota, Entomophthoromycota, Entorrhizomycota, Kickxellomycota, Monoblepharomycota, Mortierellomycota y Olpidiomycota. Aceptamos nueve subreinados para acomodar estos 18 filos. Consideramos el reino Nucleariae (filos Nuclearida y Fonticulida) como un grupo hermano de los Hongos. También introducimos un script en perl y un esqueleto de clasificación en formato newick para asignar Hipótesis de Especies a un marco taxonómico jerárquico, utilizando este o cualquier otro sistema de clasificación. Proporcionamos un ejemplo de prueba de hipótesis ecológicas evolutivas basadas en un conjunto de datos de hongos de suelo global.

@article{doi101007s1322501804010,
    author = "Tedersoo, Leho y Sánchez‐Ramírez, Santiago y Kõljalg, Urmas y Bahram, Mohammad y Döring, Markus y Schigel, Dmitry y May, Tom W. y Ryberg, Martin y Abarenkov, Kessy",
    title = "Clasificación de alto nivel de los Hongos y una herramienta para análisis ecológicos evolutivos",
    year = "2018",
    journal = "Fungal Diversity",
    abstract = "Los estudios de secuenciación de alto rendimiento generan grandes cantidades de datos taxonómicos. Las hipótesis ecológicas evolutivas de los taxones recuperados y las Hipótesis de Especies son difíciles de probar debido a problemas con las alineaciones y la falta de un esqueleto filogenético. Proponemos una clasificación de hongos actualizada a nivel de filo y clase que tenga en cuenta la monofilia y el tiempo de divergencia para que los rangos taxonómicos principales sean más informativos. Basándonos en filogenias y estimaciones de tiempo de divergencia, adoptamos el rango de filo para Aphelidiomycota, Basidiobolomycota, Calcarisporiellomycota, Glomeromycota, Entomophthoromycota, Entorrhizomycota, Kickxellomycota, Monoblepharomycota, Mortierellomycota y Olpidiomycota. Aceptamos nueve subreinados para acomodar estos 18 filos. Consideramos el reino Nucleariae (filos Nuclearida y Fonticulida) como un grupo hermano de los Hongos. También introducimos un script en perl y un esqueleto de clasificación en formato newick para asignar Hipótesis de Especies a un marco taxonómico jerárquico, utilizando este o cualquier otro sistema de clasificación. Proporcionamos un ejemplo de prueba de hipótesis ecológicas evolutivas basadas en un conjunto de datos de hongos de suelo global.",
    url = "https://doi.org/10.1007/s13225-018-0401-0",
    doi = "10.1007/s13225-018-0401-0",
    openalex = "W2803566787",
    references = "doi101073pnas1110633108, doi101146annurevmicro030117020324, doi101186s1286201708906"
}

ape se distribuye a través de la Comprehensive R Archive Network: http://cran.r-project.org/package=ape. Más información puede encontrarse en http://ape-package.ird.fr/.

@article{doi101093bioinformaticsbty633,
    author = "Paradis, Emmanuel y Schliep, Klaus",
    title = "ape 5.0: un entorno para la filogenia y los análisis evolutivos modernos en R",
    year = "2018",
    journal = "Bioinformática",
    abstract = "ape se distribuye a través de la Comprehensive R Archive Network: http://cran.r-project.org/package=ape. Más información puede encontrarse en http://ape-package.ird.fr/.",
    url = "https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty633",
    doi = "10.1093/bioinformatics/bty633",
    openalex = "W2883251903",
    references = "doi1010079781461468684, doi101016jxcrm2020100098, doi101038nmeth3252, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101093gigasciencegiaa060, doi10110120200210942748, doi101186147121059532, doi101186s12862020016316, doi1032614rmanuals, doi103389fmed202000161"
}

ModelTest-NG es una reimplementación desde cero de jModelTest y ProtTest, dos herramientas populares para seleccionar los mejores modelos de sustitución de nucleótidos y aminoácidos, respectivamente. ModelTest-NG es de uno a dos órdenes de magnitud más rápido que jModelTest y ProtTest, pero igualmente preciso e introduce varias nuevas características, como la corrección de sesgo de ascertainment, modelos de mezcla y de tasa libre, o el procesamiento automático de particiones individuales. ModelTest-NG está disponible bajo una licencia GNU GPL3 en https://github.com/ddarriba/modeltest, última consulta el 2 de septiembre de 2019.

@article{doi101093molbevmsz189,
    author = "Darriba, Diego y Posada, David y Kozlov, Alexey M. y Stamatakis, Alexandros y Morel, Benoît y Flouri, Tomáš",
    title = "ModelTest-NG: Una nueva herramienta escalable para la selección de modelos evolutivos de ADN y proteínas",
    year = "2019",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "ModelTest-NG es una reimplementación desde cero de jModelTest y ProtTest, dos herramientas populares para seleccionar los mejores modelos de sustitución de nucleótidos y aminoácidos, respectivamente. ModelTest-NG es de uno a dos órdenes de magnitud más rápido que jModelTest y ProtTest, pero igualmente preciso e introduce varias nuevas características, como la corrección de sesgo de ascertainment, modelos de mezcla y de tasa libre, o el procesamiento automático de particiones individuales. ModelTest-NG está disponible bajo una licencia GNU GPL3 en https://github.com/ddarriba/modeltest, última consulta el 2 de septiembre de 2019.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msz189",
    doi = "10.1093/molbev/msz189",
    openalex = "W2969866109",
    references = "doi101038nmeth4285, doi101093molbevmsn083, doi101093sysbiosys029"
}

La prueba de hipótesis utilizando filogenias (HyPhy) es un paquete de código abierto y scriptable para ajustar una amplia gama de modelos evolutivos a alineamientos de múltiples secuencias, y para realizar la estimación de parámetros y pruebas de hipótesis subsiguientes, principalmente en el marco estadístico de máxima verosimilitud. Se ha convertido en una opción popular para caracterizar varios aspectos del proceso evolutivo: selección natural, tasas evolutivas, recombinación y coevolución. La versión 2.5 (disponible en www.hyphy.org) incluye un núcleo computacional y una biblioteca de análisis completamente reingenierizados que introducen nuevas clases de modelos evolutivos y pruebas estadísticas, ofrecen mejoras sustanciales en rendimiento y estabilidad, mejoran la usabilidad, simplifican los flujos de trabajo de análisis de extremo a extremo, facilitan el desarrollo de análisis personalizados y son mayoritariamente compatibles hacia atrás con las versiones anteriores de HyPhy.

@article{doi101093molbevmsz197,
    author = "Pond, Sergei L. Kosakovsky y Poon, Art F. Y. y Velazquez, Ryan y Weaver, Steven y Hepler, N. Lance y Murrell, Ben y Shank, Stephen D. y Magalis, Brittany Rife y Bouvier, Dave y Nekrutenko, Anton y Wisotsky, Sadie R y Spielman, Stephanie J. y Frost, Simon D. W. y Muse, Spencer V.",
    title = "HyPhy 2.5—Una plataforma personalizable para la prueba de hipótesis evolutivas utilizando filogenias",
    year = "2019",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "La prueba de hipótesis utilizando filogenias (HyPhy) es un paquete de código abierto y scriptable para ajustar una amplia gama de modelos evolutivos a alineamientos de múltiples secuencias, y para realizar la estimación de parámetros y pruebas de hipótesis subsiguientes, principalmente en el marco estadístico de máxima verosimilitud. Se ha convertido en una opción popular para caracterizar varios aspectos del proceso evolutivo: selección natural, tasas evolutivas, recombinación y coevolución. La versión 2.5 (disponible en www.hyphy.org) incluye un núcleo computacional y una biblioteca de análisis completamente reingenierizados que introducen nuevas clases de modelos evolutivos y pruebas estadísticas, ofrecen mejoras sustanciales en rendimiento y estabilidad, mejoran la usabilidad, simplifican los flujos de trabajo de análisis de extremo a extremo, facilitan el desarrollo de análisis personalizados y son mayoritariamente compatibles hacia atrás con las versiones anteriores de HyPhy.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msz197",
    doi = "10.1093/molbev/msz197",
    openalex = "W2970147901",
    references = "doi101371journalpcbi1006650"
}

Los conjuntos de datos multigénicos y genómicos se han vuelto comunes en el campo de la filogenia, pero muchas herramientas existentes no están diseñadas para tales conjuntos de datos, lo que a menudo hace que el análisis sea lento y tedioso. Aquí, presentamos PhyloSuite, una plataforma de escritorio de flujo de trabajo (interfaz gráfica de usuario Python de código abierto, independiente de la plataforma y autónoma) fácil de usar dedicada a simplificar la gestión de datos de secuencias moleculares y los estudios de filogenética evolutiva. Utiliza un sistema basado en plugins que integra varias herramientas filogenéticas y bioinformáticas, simplificando así todo el procedimiento, desde la adquisición de datos hasta la anotación del árbol filogenético (en combinación con iTOL). Sus características son: (a) interfaz gráfica de usuario de hacer clic y arrastrar y soltar; (b) un espacio de trabajo para gestionar y organizar datos de secuencias moleculares y resultados de análisis; (c) extracción de entradas de GenBank y estadísticas comparativas; y (d) un flujo de trabajo filogenético con capacidad de procesamiento por lotes, que incluye alineación de secuencias (mafft y macse), optimización de alineación (trimAl, HmmCleaner y Gblocks), concatenación de conjuntos de datos, selección del mejor esquema de particionamiento y del mejor modelo evolutivo (PartitionFinder y modelfinder), e inferencia filogenética (MrBayes y iq-tree). PhyloSuite está diseñado tanto para principiantes como para investigadores experimentados, permitiendo a los primeros iniciar rápidamente su camino en el análisis filogenético, y a los segundos realizar, almacenar y gestionar su trabajo de manera simplificada, y dedicar más tiempo a investigar preguntas científicas en lugar de perderlo transfiriendo archivos de un programa de software a otro.

@article{doi1011111755099813096,
    author = "Zhang, Dong y Gao, Fangluan y Jakovlić, Ivan y Zou, Hong y Zhang, Jin y Li, Wen X. y Wang, Gui T.",
    title = "PhyloSuite: Una plataforma de escritorio integrada y escalable para la gestión simplificada de datos de secuencias moleculares y estudios de filogenética evolutiva",
    year = "2019",
    journal = "Molecular Ecology Resources",
    abstract = "Los conjuntos de datos multigénicos y genómicos se han vuelto comunes en el campo de la filogenia, pero muchas herramientas existentes no están diseñadas para tales conjuntos de datos, lo que a menudo hace que el análisis sea lento y tedioso. Aquí, presentamos PhyloSuite, una plataforma de escritorio de flujo de trabajo (interfaz gráfica de usuario Python de código abierto, independiente de la plataforma y autónoma) fácil de usar dedicada a simplificar la gestión de datos de secuencias moleculares y los estudios de filogenética evolutiva. Utiliza un sistema basado en plugins que integra varias herramientas filogenéticas y bioinformáticas, simplificando así todo el procedimiento, desde la adquisición de datos hasta la anotación del árbol filogenético (en combinación con iTOL). Sus características son: (a) interfaz gráfica de usuario de hacer clic y arrastrar y soltar; (b) un espacio de trabajo para gestionar y organizar datos de secuencias moleculares y resultados de análisis; (c) extracción de entradas de GenBank y estadísticas comparativas; y (d) un flujo de trabajo filogenético con capacidad de procesamiento por lotes, que incluye alineación de secuencias (mafft y macse), optimización de alineación (trimAl, HmmCleaner y Gblocks), concatenación de conjuntos de datos, selección del mejor esquema de particionamiento y del mejor modelo evolutivo (PartitionFinder y modelfinder), e inferencia filogenética (MrBayes y iq-tree). PhyloSuite está diseñado tanto para principiantes como para investigadores experimentados, permitiendo a los primeros iniciar rápidamente su camino en el análisis filogenético, y a los segundos realizar, almacenar y gestionar su trabajo de manera simplificada, y dedicar más tiempo a investigar preguntas científicas en lugar de perderlo transfiriendo archivos de un programa de software a otro.",
    url = "https://doi.org/10.1111/1755-0998.13096",
    doi = "10.1111/1755-0998.13096",
    openalex = "W2979811825",
    references = "doi101016jtree200901009, doi101038nmeth4285, doi10108010635150701472164, doi101093bioinformaticsbtp348, doi101093bioinformaticsbts199, doi101093molbevmst010, doi101093sysbiosys029"
}

La elaboración de métodos de inferencia filogenética bayesiana ha continuado a un ritmo acelerado en los últimos años, con avances importantes en casi todos los aspectos del modelado conjunto de datos evolutivos. Se aprecia cada vez más que algunas preguntas evolutivas solo pueden responderse adecuadamente combinando evidencias de múltiples fuentes independientes de datos, incluyendo secuencias genómicas, fechas de muestreo, datos fenotípicos, fechas de radiocarbono, ocurrencias fósiles e información de rango biogeográfico, entre otros. Incluir todos los datos relevantes en un único modelo conjunto es muy desafiante tanto conceptual como computacionalmente. Los paquetes de software computacional avanzado que permiten el desarrollo robusto de modelos compatibles (sub-)modelos que pueden componerse en una jerarquía de modelos completa han jugado un papel clave en estos desarrollos. El desarrollo de tales marcos de software es cada vez más una actividad científica importante en sí misma y conlleva desafíos específicos, desde desafíos prácticos de diseño, desarrollo e ingeniería de software hasta desafíos de modelado estadístico y conceptual. BEAST 2 es una de estas plataformas de software computacional, y fue anunciada por primera vez hace más de 4 años. Aquí describimos una serie de nuevos desarrollos importantes en la plataforma central y la jerarquía de modelos de BEAST 2 que han ocurrido desde el primer lanzamiento del software, culminando en el reciente lanzamiento 2.5.

@article{doi101371journalpcbi1006650,
    author = "Bouckaert, Remco y Vaughan, Timothy G. y Barido‐Sottani, Joëlle y Duchêne, Sebastián y Fourment, Mathieu y Gavryushkina, Alexandra y Heled, Joseph y Jones, Graham y Kühnert, Denise y Maio, Nicola De y Matschiner, Michael y Mendes, Fábio K. y Müller, Nicola F. y Ogilvie, Huw A. y du Plessis, Louis y Popinga, Alex y Rambaut, Andrew y Rasmussen, David A. y Siveroni, Igor y Suchard, Marc A. y Wu, Chieh‐Hsi y Xie, Dong y Zhang, Chi y Stadler, Tanja y Drummond, Alexei J.",
    title = "BEAST 2.5: Una plataforma de software avanzada para el análisis evolutivo bayesiano",
    year = "2019",
    journal = "PLoS Computational Biology",
    abstract = "La elaboración de métodos de inferencia filogenética bayesiana ha continuado a un ritmo acelerado en los últimos años, con avances importantes en casi todos los aspectos del modelado conjunto de datos evolutivos. Se aprecia cada vez más que algunas preguntas evolutivas solo pueden responderse adecuadamente combinando evidencias de múltiples fuentes independientes de datos, incluyendo secuencias genómicas, fechas de muestreo, datos fenotípicos, fechas de radiocarbono, ocurrencias fósiles e información de rango biogeográfico, entre otros. Incluir todos los datos relevantes en un único modelo conjunto es muy desafiante tanto conceptual como computacionalmente. Los paquetes de software computacional avanzado que permiten el desarrollo robusto de modelos compatibles (sub-)modelos que pueden componerse en una jerarquía de modelos completa han jugado un papel clave en estos desarrollos. El desarrollo de tales marcos de software es cada vez más una actividad científica importante en sí misma y conlleva desafíos específicos, desde desafíos prácticos de diseño, desarrollo e ingeniería de software hasta desafíos de modelado estadístico y conceptual. BEAST 2 es una de estas plataformas de software computacional, y fue anunciada por primera vez hace más de 4 años. Aquí describimos una serie de nuevos desarrollos importantes en la plataforma central y la jerarquía de modelos de BEAST 2 que han ocurrido desde el primer lanzamiento del software, culminando en el reciente lanzamiento 2.5.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1006650",
    doi = "10.1371/journal.pcbi.1006650",
    openalex = "W2901954177",
    references = "doi101016jtree200901009, doi101038nature10231, doi101038nature13726, doi101073pnas1319091111, doi101073pnas89178322, doi101080106351501753462876, doi101093acprofoso97801985670280010001, doi101093genetics1551431, doi101093molbevmsp274, doi101093sysbiosyq085, doi101093sysbiosyr047, doi101093sysbiosyv080, doi101093vevey016, doi101098rspa19270118, doi101186147121487214, doi101186s1286201708906, doi1012019780429258411, doi101371journalpbio0040088, doi101371journalpcbi1003537"
}

Desde Darwin y Wallace, los biólogos evolutivos han estado fascinados con los procesos que impulsan la evolución de la biodiversidad, la riqueza de especies, la ecología y la morfología. Combinar perspectivas filogenéticas, geológicas, paleontológicas, ecológicas y climáticas puede arrojar luz sobre los patrones evolutivos a escalas de tiempo profundas para responder preguntas sobre la evolución de la biodiversidad. Al mismo tiempo, observar escalas más superficiales, donde las especies se forman inicialmente y divergen, puede arrojar luz sobre los aspectos filogeográficos de la evolución. En esta tesis utilizo dos sistemas animales con edades comparables para comprender los procesos evolutivos tanto a escalas de tiempo profundas como superficiales. Las pitones (Pythonidae) son un grupo diverso de serpientes distribuidas a través de los trópicos y subtropicos del Viejo Mundo. Su moderada diversidad de especies (44 especies reconocidas actualmente) es eclipsada por su notable diversidad morfológica y ecológica. Los lagartos liolaemidos (Liolaemidae), encontrados en la porción sur de Sudamérica, también son diversos en su uso de hábitat, modo reproductivo y nicho térmico, pero son extremadamente ricos en especies, con casi 300 especies reconocidas actualmente. Tanto las pitones como los lagartos liolaemidos, basándose en atributos diferentes y comunes, han sido reconocidos como ejemplos de una radiación adaptativa. Mi investigación sobre pitones se resume en los primeros tres capítulos. En el Capítulo 1, utilizo un conjunto de datos filogenómico de más de 300 loci y genomas mitocondriales, junto con calibraciones fósiles, para reconstruir un árbol de especies calibrado en el tiempo. Los análisis de reconstrucción biogeográfica revelan que las pitones probablemente originaron en Asia y solo recientemente cruzaron la línea de Wallace hacia Australo-Papúa. Los análisis de diversificación de linajes y morfología muestran que una vez que cruzaron esta línea, las pitones exhiben un estallido repentino de diversidad de especies, ecológica y morfológica, consistente con la oportunidad ecológica que sigue a la colonización de un nuevo ambiente con nichos novedosos. En el Capítulo 2, reconstruyo trayectorias alométricas ontogenéticas para ilustrar cambios en la forma de la cabeza y el cuerpo de las pitones desde juveniles hasta adultos. Encuentro que la heterocronía (una disociación de tamaño, forma y edad) es el proceso de desarrollo inicial responsable de que las pitones diverjan en morfología. Aunque este proceso implica cambiar la tasa y el momento del desarrollo, aún requiere que la dirección del cambio a lo largo del espacio morfológico permanezca la misma. Sin embargo, también encuentro que a niveles evolutivos más profundos, la dirección del cambio de forma con el tamaño se vuelve evolucionable, permitiendo a las pitones explorar fenotipos más extremos que anteriormente estaban disponibles. El Capítulo 3 examina los patrones filogeográficos de una de las serpientes más icónicas del mundo: las pitones arborícolas verdes (complejo Morelia viridis). Utilizando un conjunto de datos similar al descrito anteriormente, pero analizado en un marco de delimitación de especies y estructura poblacional, identifiqué una profunda estructura filogeográfica dentro del grupo y reconozco dos especies, una de las cuales comprende tres subespecies. Estos taxones son altamente crípticos, y la cordillera central de Nueva Guinea probablemente jugó un papel clave en mantener el aislamiento entre los linajes, permitiendo que divergieran. El Capítulo 4 cambia el enfoque a los lagartos liolaemidos. Primero secuencié loci mitocondriales para 40 especies para las cuales no existían datos genéticos, y combiné esto con datos de estudios anteriores para construir un árbol calibrado en el tiempo con 258 taxones terminales, la inferencia filogenética más completa del grupo hasta la fecha. Probé múltiples hipótesis sobre la diversificación y la dinámica evolutiva de los liolaemidos, todas centradas en la importancia del levantamiento de las montañas de los Andes en generar biodiversidad. Encuentro que la mayoría de los linajes originaron en regiones andinas antes de dispersarse hacia los biomas circundantes. Combinado con hallazgos de que las tasas de especiación están correlacionadas con las altitudes crecientes, postulo que los Andes actuaron como una bomba de especies para el grupo de lagartos más diverso de Sudamérica. Además, utilizando datos disponibles sobre distribución, nicho térmico y modo reproductivo (oviparidad versus viviparidad), encuentro que la viviparidad fue el factor clave que permitió a los liolaemidos adaptarse a las altas montañas de los Andes. Importantly, cuando los linajes se dispersaron de nuevo hacia las tierras bajas, mis resultados para Liolaemus, el género más diverso de la familia, sugieren que deben haber ocurrido varias reversiones de vuelta a la oviparidad. Este es uno de los muy pocos casos conocidos donde esta reversión en el modo reproductivo ha tenido lugar. En el Capítulo 5 me enfoqué en el subgénero Liolaemus (sensu stricto), que está distribuido principalmente alrededor de los Andes entre Chile y Argentina. Eventos de diversificación muy rápidos han hecho que las relaciones filogenéticas dentro de este grupo sean extremadamente difíciles de resolver. Obtuve tejidos de casi 400 muestras de las 87 especies descritas y 13 especies candidatas. Secuencié datos mitocondriales utilizando secuenciación Sanger, y polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) nucleares utilizando ddRADSeq, y utilicé métodos de reconstrucción filogenética de vanguardia para resolver la historia evolutiva del grupo. Encuentro niveles muy altos de discordancia entre los datos mitocondriales y nucleares, sugiriendo una extinta introgresión pasada entre linajes, lo que resalta que los marcadores genéticos individuales y los métodos de concatenación son de poco uso para resolver las relaciones sistemáticas dentro del grupo. Esto se confirma por los extensos eventos de reticulación inferidos por las redes filogenéticas. No obstante, estos resultados proporcionan un gran paso hacia la comprensión de los patrones evolutivos de Liolaemus en el contexto de la historia geológica de los Andes, y también ayudan a mejorar una taxonomía históricamente desordenada, con la sinonimia de muchas especies y el probable estado de especie de muchos taxones no descritos. Finalmente, en el Capítulo 6, exploro los patrones evolutivos más superficiales de uno de los grupos más interesantes de Liolaemus, los lagartos leopardo (Liolaemus leopardinus). La mayoría de las especies en este clado se encuentran en las montañas de los Andes, pero una se encuentra en la aislada Costacordillera. La genealogía mitocondrial sugiere que el taxón en las montañas de Costa es hermano del resto, pero las filogenias estimadas a partir de miles de SNPs independientes sugieren en cambio que el patrón de todas las especies andinas formando un clado es un artefacto de la introgresión pasada. Mis resultados de datación molecular sugieren que este grupo divergió durante el Pleistoceno, un periodo de tiempo caracterizado por ciclos glaciares e interglaciares intermitentes. Sugiero que la introgresión pasada ocurrió durante los máximos glaciares, cuando los taxones fueron forzados hacia abajo de las montañas, permitiéndoles cruzarse en las tierras bajas, seguido de aislamiento en las cumbres montañosas durante los periodos interglaciares. Reviso su taxonomía, hundiendo una especie y describiendo otra. Mi tesis destaca la importancia de observar diferentes escalas de tiempo evolutivas, regiones geográficas y procesos geohistóricos para comprender cómo se genera la biodiversidad en todos los niveles.

@misc{esquerregheur2019old,
    author = "Esquerre Gheur, Damien",
    title = "Old World Serpents and New World Dragons: The Evolutionary Dynamics of Pythons and Liolaemid Lizards",
    year = "2019",
    publisher = "The Australian National University",
    abstract = "Since Darwin and Wallace, evolutionary biologists have been fascinated with the processes driving the evolution of biodiversity, species richness, ecology and morphology. Combining phylogenetic, geological, paleontological, ecological and climatic perspectives can shed light on evolutionary patterns at deep time scales to answer questions about the evolution of biodiversity. At the same time, looking at more shallow scales, where species are initially forming and diverging, can shed light on phylogeographic aspects of evolution. In this thesis I use two animal systems with comparable ages to understand evolutionary processes at both deep and shallow time-scales. Pythons (Pythonidae) are a diverse group of snakes distributed across the tropics and subtropics of the Old World. Their moderate species diversity (44 currently recognized species), is eclipsed by their remarkable morphological and ecological diversity. Liolaemid lizards (Liolaemidae), found in the southern portion of South America, also are diverse in their habitat use, reproductive mode and thermal niche, but are extremely species rich, with almost 300 currently recognized species. Both pythons and liolaemid lizards, based on different and common attributes, have been recognized as examples of an adaptive radiation. My research on pythons is summarized in the first three chapters. In Chapter 1, I use a phylogenomic dataset of over 300 loci and mitochondrial genomes, along with fossil calibrations, to reconstruct a time-calibrated species tree. Biogeographic reconstruction analyses reveal pythons likely originated in Asia, and only recently crossed Wallace’s line into Australo-Papua. Lineage and morphological diversification analyses show that once they crossed this line, pythons display a sudden burst of species, ecological and morphological diversity, consistent with ecological opportunity following colonization of a new environment with novel niches. In Chapter 2, I reconstruct ontogenetic allometric trajectories to illustrate changes in python head and body shape from juveniles to adults. I find that heterochrony (a dissociation of size, shape and age) is the initial developmental process responsible for pythons to diverge in morphology. Although this process involves shifting the rate and timing of development, it still requires that the direction of change along morphological space remain the same. However, I also find that at deeper evolutionary levels, the direction of shape change with size becomes evolvable, allowing pythons to explore more extreme phenotypes than previously available. Chapter 3 looks at phylogeographic patterns of one of the most iconic snakes in the world: the green tree pythons (Morelia viridis complex). Using a similar dataset as described above, but analysed in a species-delimitation and population structure framework, I identified deep phylogeographic structure within the group, and recognize two species, one of which comprises three subspecies. These taxa are highly cryptic, and the central cordillera of New Guinea likely played a key role in maintaining isolation between the lineages, allowing them to diverge. Chapter 4 switches the focus to the liolaemid lizards. I first sequenced mitochondrial loci for 40 species for which genetic data did not exist, and combined this with data from previous studies to build a time-calibrated tree with 258 terminal taxa, the most complete phylogenetic inference of the group to date. I tested multiple hypotheses on the diversification and evolutionary dynamics of liolaemids, all of which centered on the importance of the uplift of the Andes mountains in generating biodiversity. I find that most lineages originated in Andean regions before dispersing into surrounding biomes. Combined with findings that speciation rates are correlated with rising altitudes, I postulate the Andes acted as a species pump for the most diverse lizard group of South America. Moreover, using available data on distribution, thermal niche and reproductive mode (oviparity versus viviparity), I find that viviparity was the key factor in enabling liolamids to adapt to the high mountains of the Andes. Importantly, when lineages dispersed back into the lowlands, my results for Liolaemus, the most diverse genus in the family, suggest that several reversals back to oviparity must have occurred. This is one of the very few known cases where this reversal in reproductive mode has taken place. In Chapter 5 I focused on the Liolaemus (sensu stricto) subgenus, which is mostly distributed around the Andes between Chile and Argentina. Very rapid diversification events have rendered the phylogenetic relationships within this group extremely hard to resolve. I obtained tissues from almost 400 samples from the 87 described and 13 candidate species. I sequenced mitochondrial data using Sanger sequencing, and nuclear Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) using ddRADSeq, and used cutting edge phylogenetic reconstruction methods to resolve the evolutionary history of the group. I find very high levels of discordance between mitochondrial and nuclear data, suggesting extensive past introgression between lineages, highlighting single genetic markers and concatenation methods are of little use for resolving systematic relationships within the group. This is confirmed by the extensive reticulation events inferred by phylogenetic networks. Nevertheless, these results provide a huge step towards understanding the evolutionary patterns of Liolaemus in the context of the geological history of the Andes, and also help to improve a historically messy taxonomy, with the synonymy of many species and the likely species level status of many undescribed taxa. Finally, in Chapter 6, I explore the shallower evolutionary patterns of one of the most interesting groups of Liolaemus, the leopard lizards (Liolaemus leopardinus). Most species in this clade are found in the Andes mountains, but one is found in the isolated Costa cordillera. The mitochondrial genealogy suggests the taxon in the Costa mountains is sister to the rest, but the phylogenies estimated from thousands of independent SNPs instead suggest the pattern of all Andean species forming a clade is an artifact of past introgression. My molecular dating results suggest this group diverged during the Pleistocene, a period in time characterized by intermittent glacial and interglacial cycles. I suggest that past introgression occurred during glacial maxima, when taxa were forced down the mountains, enabling them to interbreed in the lowlands, followed by isolation in mountain tops during interglacial periods. I revise their taxonomy, sinking one species and describing another. My thesis highlights the importance of looking at different evolutionary timescales, geographic regions, and geohistorical processes to understand how biodiversity, is generated at all levels.",
    url = "https://openresearch-repository.anu.edu.au/handle/1885/165154",
    doi = "10.25911/5d778320337d4",
    openalex = "W2973085688"
}

El orden crustáceo Stomatopoda comprende aproximadamente 500 especies de camarones mantis. Estos depredadores marinos, comunes en aguas tropicales y subtropicales, poseen sistemas visuales sofisticados y apéndices especializados para la caza. En este estudio, inferimos las relaciones evolutivas dentro de Stomatopoda utilizando un conjunto de datos combinado de 77 caracteres morfológicos, genomas mitocondriales completos y tres marcadores nucleares. Nuestro conjunto de datos incluye representantes de las siete superfamilias de stomatopoda, incluyendo los primeros datos de secuencia de Erythrosquilloidea. Utilizando un reloj molecular relajado bayesiano con priores de calibración basados en fósiles, estimamos que los stomatopodos unipeltatan del grupo corona aparecieron ∼ 143 (intervalo de credibilidad del 95 % 199-98) millones de años atrás en el Mesozoico. Además, nuestros resultados apoyan la hipótesis de que los apéndices especializados para golpear y lanzar aparecieron temprano en la historia evolutiva de Unipeltata. No encontramos evidencia de una correlación entre las tasas de evolución morfológica y molecular a lo largo de la filogenia, pero identificamos niveles muy altos de variación en las tasas entre linajes en los caracteres morfológicos. Nuestro análisis de evidencia total recuperó señales evolutivas de ambos conjuntos de datos moleculares y morfológicos, demostrando el mérito de combinar estas fuentes de información para la inferencia filogenética y el análisis evolutivo.

@article{doi101016jympev2025108346,
    author = "Van Der Wal, Cara y Ahyong, Shane T y Adams, Maxim W D y Lo, Nathan y Ho, Simon Y W",
    title = "Análisis filogenético de evidencia total resuelve la escala de tiempo evolutiva de los camarones mantis (Stomatopoda) y proporciona información sobre sus tasas evolutivas moleculares y morfológicas.",
    year = "2025",
    journal = "Filogenética molecular y evolución",
    abstract = "El orden crustáceo Stomatopoda comprende aproximadamente 500 especies de camarones mantis. Estos depredadores marinos, comunes en aguas tropicales y subtropicales, poseen sistemas visuales sofisticados y apéndices especializados para la caza. En este estudio, inferimos las relaciones evolutivas dentro de Stomatopoda utilizando un conjunto de datos combinado de 77 caracteres morfológicos, genomas mitocondriales completos y tres marcadores nucleares. Nuestro conjunto de datos incluye representantes de las siete superfamilias de stomatopoda, incluyendo los primeros datos de secuencia de Erythrosquilloidea. Utilizando un reloj molecular relajado bayesiano con priores de calibración basados en fósiles, estimamos que los stomatopodos unipeltatan del grupo corona aparecieron ∼ 143 (intervalo de credibilidad del 95 % 199-98) millones de años atrás en el Mesozoico. Además, nuestros resultados apoyan la hipótesis de que los apéndices especializados para golpear y lanzar aparecieron temprano en la historia evolutiva de Unipeltata. No encontramos evidencia de una correlación entre las tasas de evolución morfológica y molecular a lo largo de la filogenia, pero identificamos niveles muy altos de variación en las tasas entre linajes en los caracteres morfológicos. Nuestro análisis de evidencia total recuperó señales evolutivas de ambos conjuntos de datos moleculares y morfológicos, demostrando el mérito de combinar estas fuentes de información para la inferencia filogenética y el análisis evolutivo.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40194643/",
    doi = "10.1016/j.ympev.2025.108346",
    openalex = "W4409229529",
    pmid = "40194643",
    references = "doi101016jympev201208023, doi101080106351501753462876, doi101093molbevmsaa015, doi101093nargkh340, doi101093sysbiosys029, doi101093sysbiosyy032, doi101146annureves18110187000323, doi101186s1286201708906, doi101371journalpbio0040088, doi101371journalpcbi1006650"
}

Resumen La vasta diversidad genética y morfológica de la Tierra ha sido explicada por una variedad de modelos macroevolutivos. En los extremos opuestos del espectro se encuentran dos modelos evolutivos contrastantes: gradualismo filético y equilibrio puntuado. Bajo un marco de gradualismo filético, el cambio evolutivo se acumula a lo largo de las linajes y las especies se transforman constantemente en nuevas formas con el tiempo. Por el contrario, bajo el equilibrio puntuado, el cambio evolutivo tiende a ocurrir en ráfagas durante los eventos de especiación. Estudios anteriores de datos moleculares y morfológicos han encontrado niveles variables de apoyo para los dos modelos evolutivos. Examinamos estos modelos utilizando conjuntos de datos moleculares y morfológicos exhaustivos de 40 clados a lo largo del Árbol de la Vida. Al probar asociaciones entre la riqueza de especies y la cantidad de cambio evolutivo en clados hermanos, encontramos poca evidencia que respalde el modelo de equilibrio puntuado. Sin embargo, encontramos altos niveles de variación en las tasas entre linajes en la evolución molecular y particularmente en la evolución morfológica. Nuestra comparación de regiones genómicas codificantes y no codificantes reveló patrones contrastantes de variación en las tasas entre linajes, sin tendencias claras entre los taxones. Nuestro estudio confirma que la heterotacía es una característica dominante en la macroevolución y que la evolución molecular y morfológica no puede describirse simplemente por un modelo gradual o puntuado.

@misc{doi10110120250720665814,
    author = "Estrada, Ernesto y Asar, Yasmin y Sauquet, Hervé y Ho, Simon Y. W.",
    title = "Desvelando el ritmo de la evolución molecular y morfológica a lo largo del Árbol de la Vida",
    year = "2025",
    booktitle = "bioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory)",
    abstract = "Resumen La vasta diversidad genética y morfológica de la Tierra ha sido explicada por una variedad de modelos macroevolutivos. En los extremos opuestos del espectro se encuentran dos modelos evolutivos contrastantes: gradualismo filético y equilibrio puntuado. Bajo un marco de gradualismo filético, el cambio evolutivo se acumula a lo largo de las linajes y las especies se transforman constantemente en nuevas formas con el tiempo. Por el contrario, bajo el equilibrio puntuado, el cambio evolutivo tiende a ocurrir en ráfagas durante los eventos de especiación. Estudios anteriores de datos moleculares y morfológicos han encontrado niveles variables de apoyo para los dos modelos evolutivos. Examinamos estos modelos utilizando conjuntos de datos moleculares y morfológicos exhaustivos de 40 clados a lo largo del Árbol de la Vida. Al probar asociaciones entre la riqueza de especies y la cantidad de cambio evolutivo en clados hermanos, encontramos poca evidencia que respalde el modelo de equilibrio puntuado. Sin embargo, encontramos altos niveles de variación en las tasas entre linajes en la evolución molecular y particularmente en la evolución morfológica. Nuestra comparación de regiones genómicas codificantes y no codificantes reveló patrones contrastantes de variación en las tasas entre linajes, sin tendencias claras entre los taxones. Nuestro estudio confirma que la heterotacía es una característica dominante en la macroevolución y que la evolución molecular y morfológica no puede describirse simplemente por un modelo gradual o puntuado.",
    url = "https://doi.org/10.1101/2025.07.20.665814",
    doi = "10.1101/2025.07.20.665814",
    openalex = "W4412527719",
    references = "doi101016jympev2025108346, doi101038nature10516, doi101038ncomms2958, doi101038nmeth4285, doi101073pnas0811087106, doi101093icb204653, doi101093molbevmsaa015, doi101093sysbio41118, doi101126science1084786, doi101126science1090005, doi104159harvard9780674865327"
}

La subfamilia Microsoroideae representa la tercera subfamilia más grande dentro de Polypodiaceae. Sin embargo, debido a una muestra insuficiente, sitios informativos limitados y una considerable diversificación morfológica, la clasificación a nivel de género dentro de Microsoroideae ha sido controvertida. Además, el origen y la historia de diversificación de esta subfamilia siguen siendo poco claros. Con la muestra más extensa hasta la fecha, proporcionamos una elucidación completa y sistemática de la historia evolutiva de Microsoroideae. Nuestros hallazgos clave incluyen lo siguiente: (1) Microsoroideae puede dividirse en 5 superclados y 17 clados completamente apoyados basándose en el conjunto de datos del plastoma, mientras que el conjunto de datos de genes nucleares apoya la división de Microsoroideae en 6 superclados y 19 clados monofiléticos; (2) existe una discordancia citonuclear significativa y conflictos de árboles genéticos dentro de Microsoroideae que pueden explicarse por la ordenación incompleta de linajes, particularmente en lo que respecta a las posiciones filogenéticas conflictivas de Bosmania, y la hibridación introgresiva; (3) la datación molecular indica consistentemente que Microsoroideae se originó a principios del Eoceno y comenzó a diversificarse alrededor del Eoceno medio; (4) la reconstrucción del área ancestral apoya al continente asiático como tanto el origen como los centros de diversificación de Microsoroideae; (5) los cambios paleoambientales, los eventos geológicos y una serie de eventos de dispersión y vicarianza son los principales impulsores de la distribución actual de Microsoroideae; (6) los análisis de tasas de diversificación revelan que los cambios abruptos en la tasa de diversificación de las líneas maternas de Microsoroideae están asociados con el Óptimo Climático del Eoceno Medio; (7) los datos de genes nucleares muestran que la tasa de diversificación del clado Lecanopteris es significativamente más alta que la de otros clados, lo cual está vinculado a sus únicas características asociadas a hormigas; y (8) las tasas de diversificación de Microsoroideae inferidas a partir de datos de genes nucleares exhiben tendencias diferentes en comparación con las inferidas a partir de datos del plastoma. Esta discrepancia puede surgir de la hibridación frecuente y la poliploidización, que amortiguan las presiones ambientales. Los hallazgos no solo tienen implicaciones significativas para la clasificación de Microsoroideae, sino que también proporcionan perspectivas para la evolución adaptativa de los helechos.

@article{doi101111cla70024,
    author = "Zhao, Jing and Wang, Jia-Guan and Niu, Hong-Bin and Pan, Wei-Hao and Huang, Chuan-Jie and Liang, Zhen-Long and He, Zhao-Rong and Jiang, Li-Ju and Zhou, Xin-Mao",
    title = "Filogenia e historia evolutiva de la subfamilia Microsoroideae (Polypodiaceae): nuevas perspectivas a partir de datos del plastoma y genes nucleares.",
    year = "2026",
    journal = "Cladistics: the international journal of the Willi Hennig Society",
    abstract = "La subfamilia Microsoroideae representa la tercera subfamilia más grande dentro de Polypodiaceae. Sin embargo, debido a una muestra insuficiente, sitios informativos limitados y una considerable diversificación morfológica, la clasificación a nivel de género dentro de Microsoroideae ha sido controvertida. Además, el origen y la historia de diversificación de esta subfamilia siguen siendo poco claros. Con la muestra más extensa hasta la fecha, proporcionamos una elucidación completa y sistemática de la historia evolutiva de Microsoroideae. Nuestros hallazgos clave incluyen lo siguiente: (1) Microsoroideae puede dividirse en 5 superclados y 17 clados completamente apoyados basándose en el conjunto de datos del plastoma, mientras que el conjunto de datos de genes nucleares apoya la división de Microsoroideae en 6 superclados y 19 clados monofiléticos; (2) existe una discordancia citonuclear significativa y conflictos de árboles genéticos dentro de Microsoroideae que pueden explicarse por la ordenación incompleta de linajes, particularmente en lo que respecta a las posiciones filogenéticas conflictivas de Bosmania, y la hibridación introgresiva; (3) la datación molecular indica consistentemente que Microsoroideae se originó a principios del Eoceno y comenzó a diversificarse alrededor del Eoceno medio; (4) la reconstrucción del área ancestral apoya al continente asiático como tanto el origen como los centros de diversificación de Microsoroideae; (5) los cambios paleoambientales, los eventos geológicos y una serie de eventos de dispersión y vicarianza son los principales impulsores de la distribución actual de Microsoroideae; (6) los análisis de tasas de diversificación revelan que los cambios abruptos en la tasa de diversificación de las líneas maternas de Microsoroideae están asociados con el Óptimo Climático del Eoceno Medio; (7) los datos de genes nucleares muestran que la tasa de diversificación del clado Lecanopteris es significativamente más alta que la de otros clados, lo cual está vinculado a sus únicas características asociadas a hormigas; y (8) las tasas de diversificación de Microsoroideae inferidas a partir de datos de genes nucleares exhiben tendencias diferentes en comparación con las inferidas a partir de datos del plastoma. Esta discrepancia puede surgir de la hibridación frecuente y la poliploidización, que amortiguan las presiones ambientales. Los hallazgos no solo tienen implicaciones significativas para la clasificación de Microsoroideae, sino que también proporcionan perspectivas para la evolución adaptativa de los helechos.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41480809/",
    doi = "10.1111/cla.70024",
    openalex = "W7117959445",
    pmid = "41480809",
    references = "doi101038nbt1883, doi101038nmeth4285, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101093bioinformaticsbtp348, doi101093bioinformaticsbty191, doi101093bioinformaticsbty560, doi101093gigasciencegiab008, doi101093molbevmst010, doi101093molbevmsu300, doi101093sysbiosys029"
}