Tiempo evolutivo

@article{doi101007bf00137351,
    author = "Gould, Stephen Jay",
    title = "Dollo sobre la ley de Dollo: Irreversibilidad y el estado de las leyes evolutivas",
    year = "1970",
    journal = "Journal of the History of Biology",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf00137351",
    doi = "10.1007/bf00137351",
    openalex = "W1971035778"
}

@article{openalexw2145250129,
    author = "Valen, Leigh Van",
    title = "UNA NUEVA LEY DE LA EVOLUCIÓN.",
    year = "1973",
    journal = "Entomología Médica y Zoología",
    openalex = "W2145250129"
}

El análisis de rarefacción de las extinciones en el Pérmico tardío indica que hasta un 96 por ciento de todas las especies marinas pudieron haber desaparecido, obligando así a la biosfera marina a pasar por un pequeño cuello de botella. Con tal severidad de extinción, la eliminación por azar de ciertos grupos biológicos habría sido probable. Algunos de los cambios en la composición biológica observados en la frontera permo-triásica pueden explicarse como un efecto fundador evolutivo que siguió al cuello de botella.

@article{doi101126science2064415217,
    author = "Raup, David M.",
    title = "Tamaño del cuello de botella permo-triásico y sus implicaciones evolutivas",
    year = "1979",
    journal = "Science",
    abstract = "El análisis de rarefacción de las extinciones en el Pérmico tardío indica que hasta un 96 por ciento de todas las especies marinas pudieron haber desaparecido, obligando así a la biosfera marina a pasar por un pequeño cuello de botella. Con tal severidad de extinción, la eliminación por azar de ciertos grupos biológicos habría sido probable. Algunos de los cambios en la composición biológica observados en la frontera permo-triásica pueden explicarse como un efecto fundador evolutivo que siguió al cuello de botella.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.206.4415.217",
    doi = "10.1126/science.206.4415.217",
    openalex = "W2067885793",
    references = "doi101017s0094837300002633, doi101017s0094837300004917, doi101017s0094837300005972, doi101017s0094837300006539, doi101086282541, doi101086282781, doi101098rstb19250002, doi101126science17740541065, doi101126science2034379458, doi1023071934145, doi105281zenodo16226412, valentine1978a"
}

@article{doi101007bf01734359,
    author = "Felsenstein, Joseph",
    title = "Árboles evolutivos a partir de secuencias de ADN: Un enfoque de máxima verosimilitud",
    year = "1981",
    journal = "Journal of Molecular Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf01734359",
    doi = "10.1007/bf01734359",
    openalex = "W2102424972",
    references = "doi101007bf01659159, doi101007bf01797451, doi101093sysbio223240, doi101093sysbio274401, doi101111j155856461965tb01722x, doi101111j251761611977tb01600x, doi101126science1553760279, doi101159000152448, doi1023072412810, doi1023072412923, openalexw2341059552, openalexw3141390961"
}

@article{doi1023074581,
    author = "Ormond, Rupert y Krebs, J. R. y Davies, Nigel",
    title = "Ecología del comportamiento: un enfoque evolutivo",
    year = "1983",
    journal = "Journal of Animal Ecology",
    url = "https://doi.org/10.2307/4581",
    doi = "10.2307/4581",
    openalex = "W2315288864"
}

@article{crossref1987asymmetry,
    title = "Asimetría de linajes y la dirección del tiempo evolutivo",
    year = "1987",
    journal = "Deep Sea Research Part B. Oceanographic Literature Review",
    url = "https://doi.org/10.1016/0198-0254(87)96146-2",
    doi = "10.1016/0198-0254(87)96146-2",
    number = "12",
    openalex = "W4233080495",
    pages = "1077",
    volume = "34"
}

El tiempo evolutivo tiene una dirección característica, como lo demuestra la asimetría de los diagramas de diversidad de clados en muestras estadísticas grandes. Los grupos evolutivos generalmente concentran la diversidad durante sus historias tempranas, produciendo una preponderancia de clados con base pesada entre aquellos que surgen temprano en la historia de un grupo más grande. Este patrón se mantiene a través de los niveles taxonómicos y a través de diferencias en anatomía y ecología (invertebrados marinos, mamíferos terrestres). El estudio cuantitativo de la direccionalidad en la historia de la vida (sustituyendo nociones vagas, no comprobables y culturalmente cargadas de "progreso") debería recibir más atención de los paleobiólogos.

@article{doi101126science23648071437,
    author = "Gould, S J y Gilinsky, N L y German, R Z",
    title = "Asimetría de linajes y la dirección del tiempo evolutivo.",
    year = "1987",
    journal = "Science (New York, N.Y.)",
    abstract = {El tiempo evolutivo tiene una dirección característica, como lo demuestra la asimetría de los diagramas de diversidad de clados en muestras estadísticas grandes. Los grupos evolutivos generalmente concentran la diversidad durante sus historias tempranas, produciendo una preponderancia de clados con base pesada entre aquellos que surgen temprano en la historia de un grupo más grande. Este patrón se mantiene a través de los niveles taxonómicos y a través de diferencias en anatomía y ecología (invertebrados marinos, mamíferos terrestres). El estudio cuantitativo de la direccionalidad en la historia de la vida (sustituyendo nociones vagas, no comprobables y culturalmente cargadas de "progreso") debería recibir más atención de los paleobiólogos.},
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/17793231/",
    doi = "10.1126/science.236.4807.1437",
    openalex = "W1986740993",
    pmid = "17793231",
    references = "doi101017s009483730000508x, doi101017s0094837300008186, doi101038293435a0, doi101086627905, doi101093sysbio233305, doi101126science2064415217, doi1023072412538, doi1023072694382, openalexw2754161204, openalexw659460302"
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El tiempo evolutivo tiene una dirección característica, como lo demuestra la asimetría de los diagramas de diversidad de clados en muestras estadísticas grandes. Los grupos evolutivos generalmente concentran la diversidad durante sus historias tempranas, produciendo una preponderancia de clados con base pesada entre aquellos que surgen temprano en la historia de un grupo más grande. Este patrón se mantiene a través de los niveles taxonómicos y a través de las diferencias en anatomía y ecología (invertebrados marinos, mamíferos terrestres). El estudio cuantitativo de la direccionalidad en la historia de la vida (sustituyendo nociones vagas, no comprobables y culturalmente cargadas de "progreso") debería recibir más atención de los paleobiólogos.

@article{gould1987asymmetry,
    author = "Gould, Stephen Jay y Gilinsky, Norman L. y German, Rebecca Z.",
    title = "Asimetría de linajes y la dirección del tiempo evolutivo",
    year = "1987",
    journal = "Science",
    abstract = {El tiempo evolutivo tiene una dirección característica, como lo demuestra la asimetría de los diagramas de diversidad de clados en muestras estadísticas grandes. Los grupos evolutivos generalmente concentran la diversidad durante sus historias tempranas, produciendo una preponderancia de clados con base pesada entre aquellos que surgen temprano en la historia de un grupo más grande. Este patrón se mantiene a través de los niveles taxonómicos y a través de las diferencias en anatomía y ecología (invertebrados marinos, mamíferos terrestres). El estudio cuantitativo de la direccionalidad en la historia de la vida (sustituyendo nociones vagas, no comprobables y culturalmente cargadas de "progreso") debería recibir más atención de los paleobiólogos.},
    url = "https://doi.org/10.1126/science.236.4807.1437",
    doi = "10.1126/science.236.4807.1437",
    number = "4807",
    openalex = "W1986740993",
    pages = "1437-1441",
    volume = "236",
    references = "doi101017s009483730000508x, doi101017s0094837300008022, doi101017s0094837300008186, doi101038293435a0, doi101086627905, doi101093sysbio233305, doi101126science2064415217, doi1023072412538, doi1023072694382, openalexw2754161204, openalexw659460302"
}

@misc{gould1987asymmetry1,
    author = "Gould, S. J. y Gilinsky, N. L. y German, R. Z",
    title = "Asimetría de linajes y las direcciones del tiempo evolutivo",
    year = "1987",
    howpublished = "Science, v. 236, p. 1437-1441",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Gould, S. J., Gilinsky, N. L., y German, R. Z., 1987, Asimetría de linajes y las direcciones del tiempo evolutivo: Science, v. 236, p. 1437-1441.}"
}

Parte 1 Selección natural e historias de vida: modelos evolutivos en ecología del comportamiento evolución de las historias de vida ecología del comportamiento humano. Parte 2 Explotación de recursos: toma de decisiones competencia por recursos interacciones entre depredadores y presas. Parte 3 Selección sexual y estrategias reproductivas: selección sexual inversión parental sistemas de apareamiento. Parte 4 Cooperación y conflicto: crianza cooperativa en aves y mamíferos conflicto y cooperación en insectos comunicación.

@article{doi1023075530,
    author = "Adams, Jonathan y Krebs, J. R. y Davies, N. B.",
    title = "Ecología del comportamiento: un enfoque evolutivo",
    year = "1992",
    journal = "Journal of Animal Ecology",
    abstract = "Parte 1 Selección natural e historias de vida: modelos evolutivos en ecología del comportamiento evolución de las historias de vida ecología del comportamiento humano. Parte 2 Explotación de recursos: toma de decisiones competencia por recursos interacciones entre depredadores y presas. Parte 3 Selección sexual y estrategias reproductivas: selección sexual inversión parental sistemas de apareamiento. Parte 4 Cooperación y conflicto: crianza cooperativa en aves y mamíferos conflicto y cooperación en insectos comunicación.",
    url = "https://doi.org/10.2307/5530",
    doi = "10.2307/5530",
    openalex = "W2136284908"
}

La disparidad es una medida del rango o la importancia de la morfología en una muestra dada de organismos, a diferencia de la diversidad, que se expresa en términos del número (y a veces el ranking) de taxones. En la actualidad no existe una definición acordada de la disparidad, ni mucho menos un consenso sobre cómo medirla. Aquí se consideran dos posibles categorías de métricas, una independiente de cualquier hipótesis de relación (fenética) y la otra restringida dentro de un marco evolutivo (cladística). La radiación cámbrica temprana fue claramente un período de diversificación morfológica y taxonómica significativa. Sin embargo, cuestionamos la interpretación de sus primeros productos generacionales como numerosos planes corporales en el nivel más alto. Se han utilizado cuatro medidas fenéticas y dos cladísticas para comparar la disparidad entre los artrópodos cámbricos y la fauna viva. Los métodos fenéticos que evalúan la variabilidad de los estados de carácter y la cantidad de espacio de atributos morfológicos ocupados producen resultados similares para los artrópodos cámbricos y recientes. Las evaluaciones de la disparidad dentro de un marco taxonómico dependen de la identificación de caracteres particulares que delimitan planes corporales de nivel superior. Esto requiere una interpretación filogenética, una investigación cladística de la estructura jerárquica en los datos. Ambos conjuntos de artrópodos pertenecen a los mismos clados mayores, y dentro de este marco cladístico la cantidad de evolución de estados de carácter en los dos grupos es comparable. Ninguno de estos métodos identifica una disparidad marcadamente mayor entre los cámbricos en comparación con los taxones recientes. Aunque las medidas de disparidad se aplican aquí a una consideración de la radiación cámbrica, las métricas claramente tienen un potencial mucho más amplio para estimar tendencias macroevolutivas de forma independiente de los marcos taxonómicos existentes. La morfometría geométrica es ideal para medir la variedad morfológica en niveles taxonómicos inferiores, pero requiere el reconocimiento de hitos homólogos en todas las formas bajo comparación, o la identificación de estructuras homólogas enteras. La fenética convencional tiene una aplicación mucho más amplia ya que puede operar sobre datos codificados como estados de carácter homólogos discretos (esta facilidad también es un requisito de la cladística), que son una base más apropiada para comparar la disparidad en formas marcadamente disímiles.

@article{doi101017s009483730001263x,
    author = "Wills, Matthew A. y Briggs, Derek E. G. y Fortey, Richard A.",
    title = "La disparidad como índice evolutivo: una comparación de artrópodos cámbricos y recientes",
    year = "1994",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "La disparidad es una medida del rango o la importancia de la morfología en una muestra dada de organismos, a diferencia de la diversidad, que se expresa en términos del número (y a veces el ranking) de taxones. En la actualidad no existe una definición acordada de la disparidad, ni mucho menos un consenso sobre cómo medirla. Aquí se consideran dos posibles categorías de métricas, una independiente de cualquier hipótesis de relación (fenética) y la otra restringida dentro de un marco evolutivo (cladística). La radiación cámbrica temprana fue claramente un período de diversificación morfológica y taxonómica significativa. Sin embargo, cuestionamos la interpretación de sus primeros productos generacionales como numerosos planes corporales en el nivel más alto. Se han utilizado cuatro medidas fenéticas y dos cladísticas para comparar la disparidad entre los artrópodos cámbricos y la fauna viva. Los métodos fenéticos que evalúan la variabilidad de los estados de carácter y la cantidad de espacio de atributos morfológicos ocupados producen resultados similares para los artrópodos cámbricos y recientes. Las evaluaciones de la disparidad dentro de un marco taxonómico dependen de la identificación de caracteres particulares que delimitan planes corporales de nivel superior. Esto requiere una interpretación filogenética, una investigación cladística de la estructura jerárquica en los datos. Ambos conjuntos de artrópodos pertenecen a los mismos clados mayores, y dentro de este marco cladístico la cantidad de evolución de estados de carácter en los dos grupos es comparable. Ninguno de estos métodos identifica una disparidad marcadamente mayor entre los cámbricos en comparación con los taxones recientes. Aunque las medidas de disparidad se aplican aquí a una consideración de la radiación cámbrica, las métricas claramente tienen un potencial mucho más amplio para estimar tendencias macroevolutivas de forma independiente de los marcos taxonómicos existentes. La morfometría geométrica es ideal para medir la variedad morfológica en niveles taxonómicos inferiores, pero requiere el reconocimiento de hitos homólogos en todas las formas bajo comparación, o la identificación de estructuras homólogas enteras. La fenética convencional tiene una aplicación mucho más amplia ya que puede operar sobre datos codificados como estados de carácter homólogos discretos (esta facilidad también es un requisito de la cladística), que son una base más apropiada para comparar la disparidad en formas marcadamente disímiles.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s009483730001263x",
    doi = "10.1017/s009483730001263x",
    openalex = "W2131955742",
    references = "crossref1977chapter, doi101007bf02289565, doi101007bf02289630, doi101007bf02289694, doi101017s0094837300015864, doi101093biomet5334325, doi101098rstb19810007, doi101098rstb19830020, doi101098rstb19850005, doi101111j155856461982tb05453x, doi10113719781611970319, doi101144gsjgs14940631, doi1023072288218, doi1023072346439, doi103133ofr81743, doi105281zenodo16435756, doi105860choice273873, openalexw2754161204, openalexw2944885317"
}

Las filogenias reconstruidas a partir de taxones contemporáneos no contienen información sobre linajes que han desaparecido. Derivamos modelos de probabilidad para tales filogenias, permitiendo comparar datos reales con modelos nulos especificados de evolución, y estimar las tasas de nacimiento y muerte de linajes.

@article{doi101098rstb19940068,
    author = "Nee, Sean y May, Robert M. y Harvey, Paul",
    title = "El proceso evolutivo reconstruido",
    year = "1994",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Las filogenias reconstruidas a partir de taxones contemporáneos no contienen información sobre linajes que han desaparecido. Derivamos modelos de probabilidad para tales filogenias, permitiendo comparar datos reales con modelos nulos especificados de evolución, y estimar las tasas de nacimiento y muerte de linajes.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.1994.0068",
    doi = "10.1098/rstb.1994.0068",
    openalex = "W2154552181",
    references = "doi101086627905"
}

Las tendencias evolutivas a gran escala pueden resultar de fuerzas impulsoras o de una difusión pasiva en espacios acotados. Dichas tendencias son cambios direccionales persistentes en taxones superiores que abarcan periodos significativos de tiempo geológico; ejemplos incluyen las tendencias a largo plazo frecuentemente citadas en tamaño, complejidad y aptitud en la vida en su conjunto, así como tendencias en taxones supraspecíficos menores y tendencias en el espacio. En una tendencia impulsada, la media de la distribución aumenta debido a una fuerza (que puede manifestarse como un sesgo en la dirección del cambio) que actúa sobre las linajes a lo largo del espacio en el que ocurre la diversificación. En un sistema pasivo, no existe ninguna fuerza o sesgo generalizado, pero la media aumenta porque el cambio en una dirección está bloqueado por un límite u otra inhomogeneidad en alguna región limitada del espacio. Se han utilizado dos pruebas para distinguir estos mecanismos de tendencia: (1) la prueba basada en el comportamiento del mínimo; y (2) la prueba de ancestro-descendiente, basada en comparaciones en una muestra aleatoria de pares de ancestro-descendiente que se encuentran lejos de cualquier límite inferior posible. Para distribuciones sesgadas, se introduce aquí una tercera prueba: (3) la prueba de subclado, basada en la media de la asimetría de una muestra de subclados extraídos de la cola de una distribución terminal. Con ciertas restricciones, un sistema es impulsado si el mínimo aumenta, si los aumentos superan significativamente a las disminuciones entre pares de ancestro-descendiente, y si la media de la asimetría de los subclados es significativamente positiva. Un mecanismo pasivo es más difícil de demostrar, pero es el mecanismo más probable si las disminuciones superan a los aumentos y si la media de la asimetría de los subclados es negativa. A diferencia de las otras pruebas, la prueba de subclado no requiere una filogenia detallada ni una serie de tiempo paleontológica, sino solo distribuciones terminales (por ejemplo, modernas). Se utilizan simulaciones de Monte Carlo de la diversificación de un clado para mostrar cómo funciona la prueba de subclado. En los casos empíricos examinados, las tres pruebas dieron resultados concordantes, sugiriendo primero, que funcionan, y segundo, que los mecanismos pasivos e impulsados pueden corresponder a categorías naturales de causas de tendencias a gran escala.

@article{doi101111j155856461994tb02211x,
    author = "McShea, Daniel W.",
    title = "MECANISMOS DE TENDENCIAS EVOLUTIVAS A GRAN ESCALA",
    year = "1994",
    journal = "Evolución",
    abstract = "Las tendencias evolutivas a gran escala pueden resultar de fuerzas impulsoras o de una difusión pasiva en espacios acotados. Dichas tendencias son cambios direccionales persistentes en taxones superiores que abarcan periodos significativos de tiempo geológico; ejemplos incluyen las tendencias a largo plazo frecuentemente citadas en tamaño, complejidad y aptitud en la vida en su conjunto, así como tendencias en taxones supraspecíficos menores y tendencias en el espacio. En una tendencia impulsada, la media de la distribución aumenta debido a una fuerza (que puede manifestarse como un sesgo en la dirección del cambio) que actúa sobre las linajes a lo largo del espacio en el que ocurre la diversificación. En un sistema pasivo, no existe ninguna fuerza o sesgo generalizado, pero la media aumenta porque el cambio en una dirección está bloqueado por un límite u otra inhomogeneidad en alguna región limitada del espacio. Se han utilizado dos pruebas para distinguir estos mecanismos de tendencia: (1) la prueba basada en el comportamiento del mínimo; y (2) la prueba de ancestro-descendiente, basada en comparaciones en una muestra aleatoria de pares de ancestro-descendiente que se encuentran lejos de cualquier límite inferior posible. Para distribuciones sesgadas, se introduce aquí una tercera prueba: (3) la prueba de subclado, basada en la media de la asimetría de una muestra de subclados extraídos de la cola de una distribución terminal. Con ciertas restricciones, un sistema es impulsado si el mínimo aumenta, si los aumentos superan significativamente a las disminuciones entre pares de ancestro-descendiente, y si la media de la asimetría de los subclados es significativamente positiva. Un mecanismo pasivo es más difícil de demostrar, pero es el mecanismo más probable si las disminuciones superan a los aumentos y si la media de la asimetría de los subclados es negativa. A diferencia de las otras pruebas, la prueba de subclado no requiere una filogenia detallada ni una serie de tiempo paleontológica, sino solo distribuciones terminales (por ejemplo, modernas). Se utilizan simulaciones de Monte Carlo de la diversificación de un clado para mostrar cómo funciona la prueba de subclado. En los casos empíricos examinados, las tres pruebas dieron resultados concordantes, sugiriendo primero, que funcionan, y segundo, que los mecanismos pasivos e impulsados pueden corresponder a categorías naturales de causas de tendencias a gran escala.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1994.tb02211.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1994.tb02211.x",
    openalex = "W1992960291",
    references = "doi101007bf00132234, doi101017s0022336000059126, doi101038365748a0, doi101111j109583121992tb00630x, doi1023072412538, doi1023073514444"
}

La hipótesis de la escalada establece que los enemigos—competidores, depredadores y presas peligrosas—son los agentes más importantes de la selección natural entre organismos individuales, y que las adaptaciones y respuestas relacionadas con los enemigos provocaron tendencias evolutivas a largo plazo en la morfología, el comportamiento y la distribución de los organismos a lo largo del Fanerozoico. En contraste con esta visión de arriba hacia abajo sobre el papel de los organismos en la determinación de las direcciones de la evolución, la hipótesis de la coevolución sostiene que dos especies interactuantes o grupos de especies cambian en respuesta mutuamente. Reviso y evalúo estas hipótesis a la luz de las críticas sobre la existencia de tendencias evolutivas y el papel de las interacciones de especies en la evolución. Los modelos que describen los efectos evolutivos que los organismos tienen entre sí se han basado principalmente en la dinámica de poblaciones y en análisis de costos-beneficios del resultado neto de las interacciones entre especies. Sin embargo, las hipótesis de la escalada y la coevolución son afirmaciones sobre la naturaleza, frecuencia, causas y papel de la selección. Aunque estos modelos han proporcionado valiosas perspectivas y han forzado algunas modificaciones en las hipótesis de la escalada, los estudios que buscan distinguir entre la escalada y la coevolución requerirán observaciones empíricas y evaluaciones de costos-beneficios de los eventos discretos de interacción que constituyen colectivamente la selección causada por los organismos.

@article{doi101146annureves25110194001251,
    author = "Vermeij, Geerat J.",
    title = "LA INTERACCIÓN EVOLUTIVA ENTRE ESPECIES: Selección, Escalada y Coevolución",
    year = "1994",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "La hipótesis de la escalada establece que los enemigos—competidores, depredadores y presas peligrosas—son los agentes más importantes de la selección natural entre organismos individuales, y que las adaptaciones y respuestas relacionadas con los enemigos provocaron tendencias evolutivas a largo plazo en la morfología, el comportamiento y la distribución de los organismos a lo largo del Fanerozoico. En contraste con esta visión de arriba hacia abajo sobre el papel de los organismos en la determinación de las direcciones de la evolución, la hipótesis de la coevolución sostiene que dos especies interactuantes o grupos de especies cambian en respuesta mutuamente. Reviso y evalúo estas hipótesis a la luz de las críticas sobre la existencia de tendencias evolutivas y el papel de las interacciones de especies en la evolución. Los modelos que describen los efectos evolutivos que los organismos tienen entre sí se han basado principalmente en la dinámica de poblaciones y en análisis de costos-beneficios del resultado neto de las interacciones entre especies. Sin embargo, las hipótesis de la escalada y la coevolución son afirmaciones sobre la naturaleza, frecuencia, causas y papel de la selección. Aunque estos modelos han proporcionado valiosas perspectivas y han forzado algunas modificaciones en las hipótesis de la escalada, los estudios que buscan distinguir entre la escalada y la coevolución requerirán observaciones empíricas y evaluaciones de costos-beneficios de los eventos discretos de interacción que constituyen colectivamente la selección causada por los organismos.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.es.25.110194.001251",
    doi = "10.1146/annurev.es.25.110194.001251",
    openalex = "W2112937332",
    references = "doi101017s0022336000059126, doi101017s0094837300011350, doi101017s0094837300012793, doi101017s0094837300013920, doi101111j155856461959tb03005x"
}

@article{doi101038374227a0,
    author = "Szathmáry, Eörs y Smith, John Maynard",
    title = "Las transiciones evolutivas principales",
    year = "1995",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/374227a0",
    doi = "10.1038/374227a0",
    openalex = "W2058598267",
    references = "doi10100797836427811004, doi101007bf00450633, doi101007bf00623322, doi1010160022519364900384, doi101016s0022519389801699, doi101017s0140525x00081061, doi101038371215a0, doi101111j155856461995tb04464x, doi101128mr5244524841988, doi1015159781400820108, doi1015159781400858712, doi1023072063069, doi1023072576242, doi107312rens91062, openalexw2624262714"
}

Las inferencias sobre los procesos macroevolutivos han dependido tradicionalmente únicamente del registro fósil, pero tales inferencias pueden fortalecerse también considerando las formas de los árboles filogenéticos que vinculan los taxones existentes. La constatación de que las filogenias reflejan procesos macroevolutivos ha llevado a una creciente literatura de estudios teóricos y comparativos sobre la forma del árbol. Dos aspectos de la forma del árbol son particularmente importantes: el equilibrio del árbol y la distribución de las longitudes de las ramas. Examinamos y evaluamos los desarrollos recientes y las conexiones entre estos dos aspectos, y sugerimos direcciones para futuras investigaciones. Los estudios sobre la forma del árbol prometen pruebas útiles y poderosas de las hipótesis macroevolutivas. Con una investigación adicional apropiada, la forma del árbol puede ayudarnos a detectar extinciones masivas y radiaciones adaptativas, medir la variación continua en las tasas de especiación y extinción, y asociar cambios en estas tasas con causas ecológicas o biogeográficas. La utilidad de la forma del árbol se extiende mucho más allá del estudio de la macroevolución. Discutimos aplicaciones a otras áreas de la biología, incluyendo la coevolución, la inferencia filogenética, la biología de poblaciones y la biología del desarrollo.

@article{doi101086419657,
    author = "Mooers, Arne Ø. y Heard, Stephen B.",
    title = "Inferir el proceso evolutivo a partir de la forma del árbol filogenético",
    year = "1997",
    journal = "The Quarterly Review of Biology",
    abstract = "Las inferencias sobre los procesos macroevolutivos han dependido tradicionalmente únicamente del registro fósil, pero tales inferencias pueden fortalecerse también considerando las formas de los árboles filogenéticos que vinculan los taxones existentes. La constatación de que las filogenias reflejan procesos macroevolutivos ha llevado a una creciente literatura de estudios teóricos y comparativos sobre la forma del árbol. Dos aspectos de la forma del árbol son particularmente importantes: el equilibrio del árbol y la distribución de las longitudes de las ramas. Examinamos y evaluamos los desarrollos recientes y las conexiones entre estos dos aspectos, y sugerimos direcciones para futuras investigaciones. Los estudios sobre la forma del árbol prometen pruebas útiles y poderosas de las hipótesis macroevolutivas. Con una investigación adicional apropiada, la forma del árbol puede ayudarnos a detectar extinciones masivas y radiaciones adaptativas, medir la variación continua en las tasas de especiación y extinción, y asociar cambios en estas tasas con causas ecológicas o biogeográficas. La utilidad de la forma del árbol se extiende mucho más allá del estudio de la macroevolución. Discutimos aplicaciones a otras áreas de la biología, incluyendo la coevolución, la inferencia filogenética, la biología de poblaciones y la biología del desarrollo.",
    url = "https://doi.org/10.1086/419657",
    doi = "10.1086/419657",
    openalex = "W2117055771",
    references = "doi101017s009483730000508x, doi10108010292389509380518, doi101098rspb19960088, doi101126science22246281123, doi10129879780300237856, doi1023072412808"
}

Se propone un nuevo método para estimar tiempos de divergencia cuando las tasas evolutivas son variables a través de las linajes. El método, llamado suavizado de tasas no paramétrico (NPRS), se basa en la minimización de cambios locales de tasas entre ancestros y descendientes y está motivado por la probabilidad de que las tasas evolutivas estén autocorrelacionadas en el tiempo. La información fósil relativa a las edades mínimas y/o máximas de los nodos en una filogenia se incorpora en los algoritmos mediante técnicas de optimización restringida. La precisión del NPRS se examinó mediante comparación con un método de máxima verosimilitud basado en reloj en simulaciones por computadora. El NPRS proporciona estimaciones más precisas de los tiempos de divergencia cuando (1) las longitudes de las secuencias son suficientemente largas, (2) las tasas son realmente no reloj, y (3) las tasas están moderada o altamente autocorrelacionadas en el tiempo. Los algoritmos se aplicaron para estimar tiempos de divergencia en plantas con semillas basándose en datos del gen rbcL del cloroplasto. Tanto los métodos NPRS restringidos como no restringidos tendieron a producir estimaciones de tiempos de divergencia más consistentes con la evidencia paleobotánica que las estimaciones basadas en reloj.

@article{doi101093oxfordjournalsmolbeva025731,
    author = "Sanderson, Michael J.",
    title = "Un Enfoque No Paramétrico para Estimar Tiempos de Divergencia en la Ausencia de Constancia de Tasas",
    year = "1997",
    journal = "Biología Molecular y Evolución",
    abstract = "Se propone un nuevo método para estimar tiempos de divergencia cuando las tasas evolutivas son variables a través de las linajes. El método, llamado suavizado de tasas no paramétrico (NPRS), se basa en la minimización de cambios locales de tasas entre ancestros y descendientes y está motivado por la probabilidad de que las tasas evolutivas estén autocorrelacionadas en el tiempo. La información fósil relativa a las edades mínimas y/o máximas de los nodos en una filogenia se incorpora en los algoritmos mediante técnicas de optimización restringida. La precisión del NPRS se examinó mediante comparación con un método de máxima verosimilitud basado en reloj en simulaciones por computadora. El NPRS proporciona estimaciones más precisas de los tiempos de divergencia cuando (1) las longitudes de las secuencias son suficientemente largas, (2) las tasas son realmente no reloj, y (3) las tasas están moderada o altamente autocorrelacionadas en el tiempo. Los algoritmos se aplicaron para estimar tiempos de divergencia en plantas con semillas basándose en datos del gen rbcL del cloroplasto. Tanto los métodos NPRS restringidos como no restringidos tendieron a producir estimaciones de tiempos de divergencia más consistentes con la evidencia paleobotánica que las estimaciones basadas en reloj.",
    url = "https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a025731",
    doi = "10.1093/oxfordjournals.molbev.a025731",
    openalex = "W1964575260",
    references = "doi101007bf01797451, doi101126science2715248470, doi10113000917613198311503tdonag20co2"
}

@article{doi105860choice344488,
    title = "Paleobiología evolutiva",
    year = "1997",
    journal = "Choice Reviews Online",
    url = "https://doi.org/10.5860/choice.34-4488",
    doi = "10.5860/choice.34-4488",
    openalex = "W4249025931"
}

Las filogenias reconstruidas a partir de secuencias génicas pueden utilizarse para investigar el ritmo y el modo de la diversificación de las especies. Aquí desarrollamos y utilizamos nuevos métodos estadísticos para inferir patrones pasados de especiación y extinción a partir de filogenias moleculares. Específicamente, probamos la hipótesis nula de que las tasas de especiación y extinción por linaje han permanecido constantes a lo largo del tiempo. El rechazo de esta hipótesis puede proporcionar evidencia de eventos evolutivos como radiaciones adaptativas o adaptaciones clave. En contraste con los enfoques anteriores, nuestros métodos son robustos ante la muestra incompleta de taxones y conservadores con respecto a la extinción. Mediante simulación investigamos, primero, los efectos adversos de no tener en cuenta la muestra incompleta y, segundo, la potencia y fiabilidad de nuestras pruebas. Cuando se aplican a filogenias publicadas, nuestras pruebas sugieren que, en algunos casos, las tasas de especiación han disminuido a lo largo del tiempo.

@article{doi101098rspb20001278,
    author = "Pybus, Oliver G. y Harvey, Paul",
    title = "Pruebas de modelos macroevolutivos utilizando filogenias moleculares incompletas",
    year = "2000",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Las filogenias reconstruidas a partir de secuencias génicas pueden utilizarse para investigar el ritmo y el modo de la diversificación de las especies. Aquí desarrollamos y utilizamos nuevos métodos estadísticos para inferir patrones pasados de especiación y extinción a partir de filogenias moleculares. Específicamente, probamos la hipótesis nula de que las tasas de especiación y extinción por linaje han permanecido constantes a lo largo del tiempo. El rechazo de esta hipótesis puede proporcionar evidencia de eventos evolutivos como radiaciones adaptativas o adaptaciones clave. En contraste con los enfoques anteriores, nuestros métodos son robustos ante la muestra incompleta de taxones y conservadores con respecto a la extinción. Mediante simulación investigamos, primero, los efectos adversos de no tener en cuenta la muestra incompleta y, segundo, la potencia y fiabilidad de nuestras pruebas. Cuando se aplican a filogenias publicadas, nuestras pruebas sugieren que, en algunos casos, las tasas de especiación han disminuido a lo largo del tiempo.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2000.1278",
    doi = "10.1098/rspb.2000.1278",
    openalex = "W2118610143",
    references = "doi101086627905"
}

La duplicación génica generalmente se ha considerado una fuente necesaria de material para el origen de novedades evolutivas, pero no está claro con qué frecuencia surgen los genes duplicados y qué tan a menudo evolucionan nuevas funciones. Las observaciones de las bases de datos genómicas de varias especies eucariotas sugieren que los genes duplicados surgen a una tasa muy alta, en promedio 0.01 por gen por millón de años. La mayoría de los genes duplicados experimentan un breve período de selección relajada al principio de su historia, con una fracción moderada de ellos evolucionando de manera efectivamente neutra durante este período. Sin embargo, la gran mayoría de los genes duplicados se silencian dentro de unos pocos millones de años, y los pocos supervivientes experimentan posteriormente una fuerte selección purificadora. Aunque los genes duplicados pueden evolucionar nuevas funciones solo raramente, el silenciamiento estocástico de tales genes puede desempeñar un papel significativo en el origen pasivo de nuevas especies.

@article{doi101126science29054941151,
    author = "Lynch, Michael y Conery, John S.",
    title = "El Destino Evolutivo y las Consecuencias de los Genes Duplicados",
    year = "2000",
    journal = "Science",
    abstract = "La duplicación génica generalmente se ha considerado una fuente necesaria de material para el origen de novedades evolutivas, pero no está claro con qué frecuencia surgen los genes duplicados y qué tan a menudo evolucionan nuevas funciones. Las observaciones de las bases de datos genómicas de varias especies eucariotas sugieren que los genes duplicados surgen a una tasa muy alta, en promedio 0.01 por gen por millón de años. La mayoría de los genes duplicados experimentan un breve período de selección relajada al principio de su historia, con una fracción moderada de ellos evolucionando de manera efectivamente neutra durante este período. Sin embargo, la gran mayoría de los genes duplicados se silencian dentro de unos pocos millones de años, y los pocos supervivientes experimentan posteriormente una fuerte selección purificadora. Aunque los genes duplicados pueden evolucionar nuevas funciones solo raramente, el silenciamiento estocástico de tales genes puede desempeñar un papel significativo en el origen pasivo de nuevas especies.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.290.5494.1151",
    doi = "10.1126/science.290.5494.1151",
    openalex = "W2019591778",
    references = "doi101023a1006392424384, doi101038387489a0, doi101046j14390388200200356x, doi101093genetics15141531, doi101093genetics1541459, doi101093nar25173389, doi101098rspb19940058, doi101126science28253941711, doi101126science28754612204, doi101242dev1994supplement125, doi1023072412932"
}

@book{doi102307jctvjsf433,
    author = "Gould, Stephen Jay",
    title = "The Structure of Evolutionary Theory",
    year = "2002",
    booktitle = "Harvard University Press eBooks",
    url = "https://doi.org/10.2307/j.ctvjsf433",
    doi = "10.2307/j.ctvjsf433",
    openalex = "W4300925890"
}

* *1. Definiendo y Revisando la Estructura de la Teoría de la Evolución * Parte I: La Historia de la Lógica Darwiniana y el Debate *2. La Esencia del Darwinismo y la Base de la Ortodoxia Moderna: Una Exégesis del Origen de las Especies *3. Semillas de Jerarquía *4. Internalismo y Leyes de la Forma: Alternativas Pre-Darwinianas al Funcionalismo *5. Las Facetas Fructíferas del Poliedro de Galton: Canales y Saltaciones en el Formalismo Post-Darwiniano *6. Patrón y Progreso en el Escenario Geológico *7. La Síntesis Moderna como un Consenso Limitado * Parte II: Hacia una Teoría Evolutiva Revisada y Ampliada *8. Especies como Individuos en la Teoría Jerárquica de la Selección *9. Equilibrio Puntuado y la Validación de la Teoría Macroevolutiva *10. La Integración de la Restricción y la Adaptación (Estructura y Función) en la Ontogenia y la Filogenia: Restricciones Históricas y la Evolución del Desarrollo *11. La Integración de la Restricción y la Adaptación (Estructura y Función) en la Ontogenia y la Filogenia: Restricciones Estructurales, Arcoíris y la Centralidad de la Exaptación en la Macroevolución *12. Niveles de Tiempo y Pruebas del Extrapolacionismo, Con un Epílogo sobre la Interacción de la Teoría General e Historia Contingente * Bibliografía * Índice

@article{doi105860choice396411,
    author = "Gould, Stephen Jay",
    title = "The structure of evolutionary theory",
    year = "2002",
    journal = "Choice Reviews Online",
    abstract = "* *1. Definiendo y Revisando la Estructura de la Teoría de la Evolución * Parte I: La Historia de la Lógica Darwiniana y el Debate *2. La Esencia del Darwinismo y la Base de la Ortodoxia Moderna: Una Exégesis del Origen de las Especies *3. Semillas de Jerarquía *4. Internalismo y Leyes de la Forma: Alternativas Pre-Darwinianas al Funcionalismo *5. Las Facetas Fructíferas del Poliedro de Galton: Canales y Saltaciones en el Formalismo Post-Darwiniano *6. Patrón y Progreso en el Escenario Geológico *7. La Síntesis Moderna como un Consenso Limitado * Parte II: Hacia una Teoría Evolutiva Revisada y Ampliada *8. Especies como Individuos en la Teoría Jerárquica de la Selección *9. Equilibrio Puntuado y la Validación de la Teoría Macroevolutiva *10. La Integración de la Restricción y la Adaptación (Estructura y Función) en la Ontogenia y la Filogenia: Restricciones Históricas y la Evolución del Desarrollo *11. La Integración de la Restricción y la Adaptación (Estructura y Función) en la Ontogenia y la Filogenia: Restricciones Estructurales, Arcoíris y la Centralidad de la Exaptación en la Macroevolución *12. Niveles de Tiempo y Pruebas del Extrapolacionismo, Con un Epílogo sobre la Interacción de la Teoría General e Historia Contingente * Bibliografía * Índice",
    url = "https://doi.org/10.5860/choice.39-6411",
    doi = "10.5860/choice.39-6411",
    openalex = "W1539968307"
}

La identificación de propiedades generales de las radiaciones evolutivas ha sido obstaculizada por la falta de un enfoque estadístico y filogenético general aplicable a través de diversos taxones. Presentamos un marco analítico comparativo para examinar los patrones filogenéticos de diversificación y disparidad morfológica con datos de cuatro taxones de lagartos iguanios que exhiben patrones sustancialmente diferentes de evolución. Los taxones cuya diversificación ocurrió desproporcionadamente temprano en su historia evolutiva particionan más de su disparidad morfológica entre, en lugar de dentro, subclados. Esta relación inversa entre el momento de la diversificación y la disparidad morfológica dentro de los subclados puede ser una característica general que trasciende las propiedades históricamente contingentes de diferentes radiaciones evolutivas.

@article{doi101126science1084786,
    author = "Harmon, Luke J. y Schulte, James A. y Larson, Allan y Losos, Jonathan B.",
    title = "Tempo y Modo de la Radiación Evolutiva en Lagartos Iguanios",
    year = "2003",
    journal = "Science",
    abstract = "La identificación de propiedades generales de las radiaciones evolutivas ha sido obstaculizada por la falta de un enfoque estadístico y filogenético general aplicable a través de diversos taxones. Presentamos un marco analítico comparativo para examinar los patrones filogenéticos de diversificación y disparidad morfológica con datos de cuatro taxones de lagartos iguanios que exhiben patrones sustancialmente diferentes de evolución. Los taxones cuya diversificación ocurrió desproporcionadamente temprano en su historia evolutiva particionan más de su disparidad morfológica entre, en lugar de dentro, subclados. Esta relación inversa entre el momento de la diversificación y la disparidad morfológica dentro de los subclados puede ser una característica general que trasciende las propiedades históricamente contingentes de diferentes radiaciones evolutivas.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1084786",
    doi = "10.1126/science.1084786",
    openalex = "W2002820714",
    references = "doi101017s0094837300015864, doi101111j109583121996tb01693x, doi101146annurevecolsys281129"
}

@incollection{doi101007978366206278418,
    author = "Bown, Paul R. y Lees, Jackie A. y Young, J. R.",
    title = "Evolución y diversidad del nanoplancton calcáreo a través del tiempo",
    year = "2004",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-662-06278-4\_18",
    doi = "10.1007/978-3-662-06278-4\_18",
    openalex = "W138655657",
    references = "doi1010079789401149020, doi1010160011747167900654, doi1010160012825273900925, doi1010160031018291900753, doi101016s0012825200000374, doi101017cbo9780511628948, doi101017s0094837300013178, doi1010292001pa000623, doi101093oso97801985491780010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva026092, doi101126science1059412, doi101126science23547931156, doi101126science23648071437, doi101130spe332, doi101144gsjgs15420265, doi102110pec95040129, doi1023073515466, doi102687999013, gould1987asymmetry"
}

@article{doi101016jphysrep200704004,
    author = "Szabó, György y Fáth, Gábor",
    title = "Juegos evolutivos en grafos",
    year = "2007",
    journal = "Physics Reports",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.physrep.2007.04.004",
    doi = "10.1016/j.physrep.2007.04.004",
    openalex = "W1992195122",
    references = "doi1010160022519364900384, doi1010160022519364900396, doi101017cbo9780511806292, doi101038246015a0, doi10103830918, doi101038366223a0, doi101038nature00823, doi101038nature03607, doi101090mbk12132, doi101098rspa19270118, doi101103revmodphys65851, doi101103revmodphys7447, doi10111911934457, doi10111911986710, doi101126science16238591243, doi101126science2865439509, doi101126science7466396, doi1011370129022, doi101137s003614450342480, doi1015159780691213255, doi1015159780691213255004, doi1023072256497, doi1023072341823, doi102307257983, doi102307jctvjghw98, doi105962bhltitle27468, openalexw2040525210, openalexw2624262714"
}

@article{doi101016jtree200702010,
    author = "Després, Laurence y David, Jean‐Philippe y Gallet, Christiane",
    title = "La ecología evolutiva de la resistencia de los insectos a los químicos de las plantas",
    year = "2007",
    journal = "Trends in Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.tree.2007.02.010",
    doi = "10.1016/j.tree.2007.02.010",
    openalex = "W2029436323",
    references = "doi101016s0378111900005333, doi101111j13652583200400529x, doi101146annurevento47091201145121"
}

@article{doi101016jtree200707009,
    author = "Rankin, Daniel J. y Bargum, Katja y Kokko, Hanna",
    title = "La tragedia de los comunes en biología evolutiva",
    year = "2007",
    journal = "Trends in Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.tree.2007.07.009",
    doi = "10.1016/j.tree.2007.07.009",
    openalex = "W2116738092",
    references = "doi101093acprofoso97801992679720010001"
}

Este software de código abierto está escrito completamente en el lenguaje R y está disponible gratuitamente a través de la Comprehensive R Archive Network (CRAN) en http://cran.r-project.org/.

@article{doi101093bioinformaticsbtm538,
    author = "Harmon, Luke J. y Weir, Jason T. y Brock, Chad D. y Glor, Richard E. y Challenger, Wendell",
    title = "GEIGER: investigando radiaciones evolutivas",
    year = "2007",
    journal = "Bioinformatics",
    abstract = "Este software de código abierto está escrito completamente en el lenguaje R y está disponible gratuitamente a través de la Comprehensive R Archive Network (CRAN) en http://cran.r-project.org/.",
    url = "https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm538",
    doi = "10.1093/bioinformatics/btm538",
    openalex = "W2117368100",
    references = "doi10103844766, doi101093oso97801985052350010001, doi101111j001438202001tb00826x"
}

La cosecha selectiva por tamaño, donde los individuos grandes de una especie determinada son preferentemente capturados, es común tanto en hábitats marinos como terrestres. Se ha demostrado que la eliminación preferencial de individuos más grandes de una especie tiene un efecto negativo en su demografía, historia de vida y ecología, y los estudios empíricos documentan cada vez más tales impactos. Pero determinar si los cambios observados representan una respuesta evolutiva o plasticidad fenotípica sigue siendo un desafío. Además, el problema no es reconocido en la mayoría de los planes de gestión para peces e invertebrados marinos que aún exigen una restricción de tamaño mínimo. Utilizamos ejemplos de hábitats acuáticos y terrestres para ilustrar algunas de las consecuencias biológicas de la cosecha selectiva por tamaño y discutimos posibles direcciones futuras de investigación, así como los cambios en la política de gestión necesarios para mitigar sus impactos biológicos negativos.

@article{doi101111j1365294x200703522x,
    author = "Fenberg, Phillip B. y Roy, Kaustuv",
    title = "Consecuencias ecológicas y evolutivas de la cosecha selectiva por tamaño: ¿cuánto sabemos?",
    year = "2007",
    journal = "Molecular Ecology",
    abstract = "La cosecha selectiva por tamaño, donde los individuos grandes de una especie determinada son preferentemente capturados, es común tanto en hábitats marinos como terrestres. Se ha demostrado que la eliminación preferencial de individuos más grandes de una especie tiene un efecto negativo en su demografía, historia de vida y ecología, y los estudios empíricos documentan cada vez más tales impactos. Pero determinar si los cambios observados representan una respuesta evolutiva o plasticidad fenotípica sigue siendo un desafío. Además, el problema no es reconocido en la mayoría de los planes de gestión para peces e invertebrados marinos que aún exigen una restricción de tamaño mínimo. Utilizamos ejemplos de hábitats acuáticos y terrestres para ilustrar algunas de las consecuencias biológicas de la cosecha selectiva por tamaño y discutimos posibles direcciones futuras de investigación, así como los cambios en la política de gestión necesarios para mitigar sus impactos biológicos negativos.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1365-294x.2007.03522.x",
    doi = "10.1111/j.1365-294x.2007.03522.x",
    openalex = "W2139419519",
    references = "doi101017s0022336000059126"
}

@article{doi101111j15585646200700129x,
    author = "Hunt, G.",
    title = "DIVERGENCIA EVOLUTIVA EN DIRECCIONES DE ALTA VARIANZA FENOTÍPICA EN EL GÉNERO DE OSTRÁCODES POSEIDONAMICUS",
    year = "2007",
    journal = "Evolution; revista internacional de evolución orgánica",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/c8853205cef50626a90157a4927cf06a4364dc04",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.2007.00129.x",
    is_oa = "true",
    number = "7",
    pages = "1560-1576",
    semanticscholar_citation_count = "120",
    semanticscholar_id = "c8853205cef50626a90157a4927cf06a4364dc04",
    volume = "61"
}

La evolución puede estar dominada por factores bióticos, como en el modelo de la Reina Roja, o por factores abióticos, como en el modelo del Payaso de la Corte, o por una mezcla de ambos. Los dos modelos parecen operar predominantemente a diferentes escalas geográficas y temporales: la competencia, la depredación y otros factores bióticos moldean los ecosistemas a nivel local y en periodos de tiempo cortos, pero los factores extrínsecos como el clima y los eventos oceanográficos y tectónicos moldean patrones a gran escala a nivel regional y global, y a lo largo de miles y millones de años. Los estudios paleobiológicos sugieren que la diversidad de especies es impulsada en gran medida por factores abióticos como el clima, el paisaje o el suministro de alimentos, y los enfoques filogenéticos comparativos ofrecen nuevas perspectivas sobre la dinámica de los clados.

@article{doi101126science1157719,
    author = "Benton, Michael J.",
    title = "La Reina Roja y el Payaso de la Corte: la diversidad de especies y el papel de los factores bióticos y abióticos a lo largo del tiempo",
    year = "2009",
    journal = "Science",
    abstract = "La evolución puede estar dominada por factores bióticos, como en el modelo de la Reina Roja, o por factores abióticos, como en el modelo del Payaso de la Corte, o por una mezcla de ambos. Los dos modelos parecen operar predominantemente a diferentes escalas geográficas y temporales: la competencia, la depredación y otros factores bióticos moldean los ecosistemas a nivel local y en periodos de tiempo cortos, pero los factores extrínsecos como el clima y los eventos oceanográficos y tectónicos moldean patrones a gran escala a nivel regional y global, y a lo largo de miles y millones de años. Los estudios paleobiológicos sugieren que la diversidad de especies es impulsada en gran medida por factores abióticos como el clima, el paisaje o el suministro de alimentos, y los enfoques filogenéticos comparativos ofrecen nuevas perspectivas sobre la dinámica de los clados.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1157719",
    doi = "10.1126/science.1157719",
    openalex = "W2092302011",
    references = "doi101017s0094837300008186, doi101073pnas092150999, doi101098rspb20080715, doi101111j14754983200600611x, doi101111j14754983200600612x, doi101111j15585646200800317x, doi101126science1130880, doi101126science1156963, doi101126science1161833, doi101126science7701342, doi1016710272463420010210172dteotr20co2"
}

Los organismos estrechamente relacionados suelen ocupar nichos ecológicos similares, lo que lleva a una competencia intensa e incluso a la extinción. Tal competencia también puede promover una evolución fenotípica rápida y una divergencia ecológica. Este proceso puede terminar con la ocupación estable de nichos distintos o, alternativamente, puede implicar episodios repetidos de evolución. Aquí examinamos dos linajes de Escherichia coli, llamados L y S, que coexistieron por más de 30.000 generaciones después de divergir de un ancestro común. Ambos linajes experimentaron una evolución fenotípica sostenida basada en perfiles de transcripción global y utilización de recursos, con L pareciendo invadir con el tiempo el perfil catabólico de S. Experimentos de invasión recíproca con clones de L y S de la misma o diferentes generaciones revelaron cambios evolutivos en su interacción, incluyendo una asimetría que confirmó la invasión de L en el nicho del linaje S. En general, los clones de L y S de la misma generación mostraron efectos dependientes de la frecuencia negativos, consistentes con una coexistencia estable. Sin embargo, los clones de L podían invadir clones de S de generaciones anteriores y posteriores, mientras que los clones de S solo podían invadir clones de L de generaciones anteriores. En este sistema, la coexistencia a largo plazo de linajes competidores evidentemente dependió de rondas sucesivas de evolución, en lugar de una divergencia inicial seguida de un equilibrio estático.

@article{doi101073pnas1207091109,
    author = "Gac, Mickael Le y Plucain, Jessica y Hindré, T. y Lenski, R. y Schneider, D.",
    title = "Dinámicas ecológicas y evolutivas de linajes coexistentes durante un experimento a largo plazo con Escherichia coli",
    year = "2012",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Los organismos estrechamente relacionados suelen ocupar nichos ecológicos similares, lo que lleva a una competencia intensa e incluso a la extinción. Tal competencia también puede promover una evolución fenotípica rápida y una divergencia ecológica. Este proceso puede terminar con la ocupación estable de nichos distintos o, alternativamente, puede implicar episodios repetidos de evolución. Aquí examinamos dos linajes de Escherichia coli, llamados L y S, que coexistieron por más de 30.000 generaciones después de divergir de un ancestro común. Ambos linajes experimentaron una evolución fenotípica sostenida basada en perfiles de transcripción global y utilización de recursos, con L pareciendo invadir con el tiempo el perfil catabólico de S. Experimentos de invasión recíproca con clones de L y S de la misma o diferentes generaciones revelaron cambios evolutivos en su interacción, incluyendo una asimetría que confirmó la invasión de L en el nicho del linaje S. En general, los clones de L y S de la misma generación mostraron efectos dependientes de la frecuencia negativos, consistentes con una coexistencia estable. Sin embargo, los clones de L podían invadir clones de S de generaciones anteriores y posteriores, mientras que los clones de S solo podían invadir clones de L de generaciones anteriores. En este sistema, la coexistencia a largo plazo de linajes competidores evidentemente dependió de rondas sucesivas de evolución, en lugar de una divergencia inicial seguida de un equilibrio estático.",
    url = "https://www.pnas.org/content/pnas/109/24/9487.full.pdf",
    doi = "10.1073/pnas.1207091109",
    is_oa = "true",
    number = "24",
    pages = "9487-9492",
    semanticscholar_citation_count = "122",
    semanticscholar_id = "68d9f3e134c3433c12e2a64df3ee190fa3543955",
    volume = "109"
}

El impresionante cuerpo de trabajo sobre las transiciones evolutivas mayores en los últimos 20 años llama a una reconstrucción de la teoría, aunque permanece una cuenta de 2D (evolución de sistemas informativos y transiciones en la individualidad). Los avances significativos incluyen el concepto de transiciones fraternales y egales (unidades de nivel inferior similares y diferentes, respectivamente). La selección multinivel, primero sin, luego con, los colectivos en el foco es un mecanismo explicativo importante. Las transiciones se descomponen en fases de origen, mantenimiento y transformación (es decir, evolución adicional) de las unidades de nivel superior, lo que ayuda a reducir el número de transiciones en la lista revisada en dos para que sea menos pesada en la parte superior. Después de la transición, las unidades muestran una cooperación fuerte y un conflicto realizado muy limitado. Los orígenes de las células, el surgimiento del código genético y la traducción, la evolución de la célula eucariota, la multicelularidad y el origen de grupos humanos con lenguaje son reconsiderados en cierto detalle a la luz de nuevos datos y consideraciones. Se dan argumentos de por qué el sexo no está en la lista revisada como una transición separada. Algunas de las transiciones pueden ser recursivas (por ejemplo, plástidos, multicelularidad) o limitadas (transiciones que comparten las características usuales de las transiciones mayores sin un impacto filogenético masivo, como los micro- y macronúcleos en los ciliados). Durante las transiciones, surgen nuevas unidades de reproducción, y el establecimiento de tales unidades requiere una alta fidelidad de reproducción (en oposición a la mera replicación).

@article{doi101073pnas1421398112,
    author = "Szathmáry, Eörs",
    title = "Hacia la teoría 2.0 de las transiciones evolutivas mayores",
    year = "2015",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "El impresionante cuerpo de trabajo sobre las transiciones evolutivas mayores en los últimos 20 años llama a una reconstrucción de la teoría, aunque permanece una cuenta de 2D (evolución de sistemas informativos y transiciones en la individualidad). Los avances significativos incluyen el concepto de transiciones fraternales y egales (unidades de nivel inferior similares y diferentes, respectivamente). La selección multinivel, primero sin, luego con, los colectivos en el foco es un mecanismo explicativo importante. Las transiciones se descomponen en fases de origen, mantenimiento y transformación (es decir, evolución adicional) de las unidades de nivel superior, lo que ayuda a reducir el número de transiciones en la lista revisada en dos para que sea menos pesada en la parte superior. Después de la transición, las unidades muestran una cooperación fuerte y un conflicto realizado muy limitado. Los orígenes de las células, el surgimiento del código genético y la traducción, la evolución de la célula eucariota, la multicelularidad y el origen de grupos humanos con lenguaje son reconsiderados en cierto detalle a la luz de nuevos datos y consideraciones. Se dan argumentos de por qué el sexo no está en la lista revisada como una transición separada. Algunas de las transiciones pueden ser recursivas (por ejemplo, plástidos, multicelularidad) o limitadas (transiciones que comparten las características usuales de las transiciones mayores sin un impacto filogenético masivo, como los micro- y macronúcleos en los ciliados). Durante las transiciones, surgen nuevas unidades de reproducción, y el establecimiento de tales unidades requiere una alta fidelidad de reproducción (en oposición a la mera replicación).",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1421398112",
    doi = "10.1073/pnas.1421398112",
    openalex = "W2158225543",
    references = "doi101002anie201204968, doi101002sici1520660219981127aidinbi430co26, doi101038280445a0, doi101093acprofosobl97801995520470010001, doi101098rstb20090095, doi1011861745615071, nunney1985group"
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La evolución de la vida en la Tierra ha sido impulsada por un pequeño número de transiciones evolutivas mayores. Estas transiciones se han caracterizado por individuos que anteriormente podían replicarse de forma independiente, cooperando para formar una nueva forma de vida más compleja. Por ejemplo, los arqueas y los eubacterias formaron células eucariotas, y las células formaron organismos multicelulares. Sin embargo, no todos los grupos cooperativos están en camino de transiciones mayores. ¿Cómo podemos explicar por qué las transiciones evolutivas mayores han o no han tenido lugar en diferentes ramas del árbol de la vida? Desglosamos las transiciones mayores en dos pasos: la formación de un grupo cooperativo y la transformación de ese grupo en una entidad integrada. Mostramos cómo estos pasos requieren cooperación, división del trabajo, comunicación, interdependencia mutua y conflicto dentro del grupo despreciable. Encontramos que ciertas condiciones ecológicas y las formas en que se forman los grupos han desempeñado roles recurrentes en la impulsación de múltiples transiciones. En contraste, encontramos que otros factores han desempeñado roles relativamente menores en muchos puntos clave, como la discriminación de parientes dentro del grupo y mecanismos para reprimir activamente la competencia. De manera más general, al identificar el pequeño número de factores que han impulsado transiciones mayores, proporcionamos una descripción más simple y unificada de cómo ha evolucionado la vida en la Tierra.

@article{doi101073pnas1421402112,
    author = "West, Stuart A. y Fisher, Roberta M. y Gardner, Andy y Kiers, E. Toby",
    title = "Transiciones evolutivas mayores en la individualidad",
    year = "2015",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "La evolución de la vida en la Tierra ha sido impulsada por un pequeño número de transiciones evolutivas mayores. Estas transiciones se han caracterizado por individuos que anteriormente podían replicarse de forma independiente, cooperando para formar una nueva forma de vida más compleja. Por ejemplo, los arqueas y los eubacterias formaron células eucariotas, y las células formaron organismos multicelulares. Sin embargo, no todos los grupos cooperativos están en camino de transiciones mayores. ¿Cómo podemos explicar por qué las transiciones evolutivas mayores han o no han tenido lugar en diferentes ramas del árbol de la vida? Desglosamos las transiciones mayores en dos pasos: la formación de un grupo cooperativo y la transformación de ese grupo en una entidad integrada. Mostramos cómo estos pasos requieren cooperación, división del trabajo, comunicación, interdependencia mutua y conflicto dentro del grupo despreciable. Encontramos que ciertas condiciones ecológicas y las formas en que se forman los grupos han desempeñado roles recurrentes en la impulsación de múltiples transiciones. En contraste, encontramos que otros factores han desempeñado roles relativamente menores en muchos puntos clave, como la discriminación de parientes dentro del grupo y mecanismos para reprimir activamente la competencia. De manera más general, al identificar el pequeño número de factores que han impulsado transiciones mayores, proporcionamos una descripción más simple y unificada de cómo ha evolucionado la vida en la Tierra.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1421402112",
    doi = "10.1073/pnas.1421402112",
    openalex = "W2160332754",
    references = "doi101098rstb20090095, doi101111j14209101200801681x, doi101146annurevecolsys36102403114735"
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La evolución de la eusocialidad es una de las transiciones mayores en la evolución, pero los cambios genómicos subyacentes son desconocidos. Comparamos los genomas de 10 especies de abejas que varían en complejidad social, representando múltiples transiciones independientes en la evolución social, e informamos sobre tres hallazgos principales. Primero, muchos genes importantes muestran evidencia de evolución neutral como consecuencia de la selección relajada con el aumento de la complejidad social. Segundo, no existe un único mapa de ruta hacia la eusocialidad; las transiciones evolutivas independientes en la socialidad tienen fundamentos genéticos independientes. Tercero, aunque claramente independientes en los detalles, estas transiciones sí tienen características generales similares, incluyendo un aumento en la evolución de proteínas restringida acompañado de aumentos en el potencial de regulación génica y disminuciones en la diversidad y abundancia de elementos transponibles. La eusocialidad puede surgir a través de diferentes mecanismos cada vez, pero probablemente siempre implicaría un aumento en la complejidad de las redes génicas.

@article{doi101126scienceaaa4788,
    author = "Kapheim, Karen M. y Pan, Hailin y Li, Cai y Salzberg, Steven L. y Puiu, Daniela y Magoč, Tanja y Robertson, Hugh M. y Hudson, Matthew E. y Venkat, Aarti y Fischman, Brielle J. y Hernández, Álvaro González y Yandell, Mark y Ence, Daniel y Holt, Carson y Yocum, George D. y Kemp, William P. y Bosch, Jordi y Waterhouse, Robert M. y Zdobnov, Evgeny M. y Stolle, Eckart y Kraus, Frank Bernhard y Helbing, Sophie y Moritz, Robin F. A. y Glastad, Karl M. y Hunt, Brendan G. y Goodisman, Michael A. D. y Hauser, Frank y Grimmelikhuijzen, Cornelis J.P. y Pinheiro, Daniel Guariz y Nunes, Francis Morais Franco y Soares, Michelle Prioli Miranda y Tanaka, Erica D. y Simões, Zilá Luz Paulino y Hartfelder, Klaus y Evans, Jay D. y Barribeau, Seth M. y Johnson, Reed M. y Massey, Jonathan H. y Southey, Bruce R. y Hasselmann, Martin y Hamacher, Daniel y Biewer, Matthias y Kent, Clement F. y Zayed, Amro y Blatti, Charles y Sinha, Saurabh y Johnston, J. Spencer y Hanrahan, Shawn J. y Kocher, Sarah D. y Wang, Jun y Robinson, Gene E. y Zhang, Guojie",
    title = "Firmas genómicas de transiciones evolutivas de la vida solitaria a la vida en grupo",
    year = "2015",
    journal = "Science",
    abstract = "La evolución de la eusocialidad es una de las transiciones mayores en la evolución, pero los cambios genómicos subyacentes son desconocidos. Comparamos los genomas de 10 especies de abejas que varían en complejidad social, representando múltiples transiciones independientes en la evolución social, e informamos sobre tres hallazgos principales. Primero, muchos genes importantes muestran evidencia de evolución neutral como consecuencia de la selección relajada con el aumento de la complejidad social. Segundo, no existe un único mapa de ruta hacia la eusocialidad; las transiciones evolutivas independientes en la socialidad tienen fundamentos genéticos independientes. Tercero, aunque claramente independientes en los detalles, estas transiciones sí tienen características generales similares, incluyendo un aumento en la evolución de proteínas restringida acompañado de aumentos en el potencial de regulación génica y disminuciones en la diversidad y abundancia de elementos transponibles. La eusocialidad puede surgir a través de diferentes mecanismos cada vez, pero probablemente siempre implicaría un aumento en la complejidad de las redes génicas.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.aaa4788",
    doi = "10.1126/science.aaa4788",
    openalex = "W1592395964",
    references = "doi101016jbbapap201006012"
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@article{doi101007s1053901695422,
    author = "Doolittle, W. Ford y Booth, Austin",
    title = "It's the song, not the singer: una exploración de la holobiosis y la teoría de la evolución",
    year = "2016",
    journal = "Biology \& Philosophy",
    url = "https://doi.org/10.1007/s10539-016-9542-2",
    doi = "10.1007/s10539-016-9542-2",
    openalex = "W2530941327",
    references = "doi101093acprofosobl97801995520470010001"
}

@article{doi101007s1169201693890,
    author = "Gontier, Nathalie",
    title = "Introducción del editor invitado: Patrones evolutivos convergentes en la vida y la cultura",
    year = "2016",
    journal = "Biología evolutiva",
    url = "https://doi.org/10.1007/s11692-016-9389-0",
    doi = "10.1007/s11692-016-9389-0",
    openalex = "W2531608350",
    references = "doi10100797833191504517"
}

Las matrices de caracteres y taxones discretos se están utilizando cada vez más en un intento de comprender el patrón y el ritmo de la evolución morfológica; sin embargo, la sofisticación metodológica y las implementaciones de software a medida han quedado rezagadas. En el presente estudio, se intenta proporcionar una descripción de vanguardia de las metodologías e introducir un nuevo paquete de R (Claddis) para realizar cálculos de disparidad fundamental (diversidad morfológica) y tasa. Las simulaciones utilizando sus funciones principales muestran que: (1) de las dos métricas de distancia más comúnmente utilizadas (Distancia Euclidiana Generalizada y el Coeficiente de Gower), esta última tiende a conservar más de la señal verdadera; (2) una métrica de distancia novedosa podría mejorar aún más la retención de la señal; (3) esta retención de la señal puede venir a costa de eliminar taxones incompletos del conjunto de datos; y (4) la utilidad de los gráficos bivariados de los espacios de ordenación se ve socavada por sus varianzas frecuentemente extremadamente bajas. Por el contrario, los desafíos para estimar el ritmo morfológico se presentan de manera cualitativa, como la forma en que los árboles se escalan en el tiempo y cómo se cuentan los cambios. Tanto la disparidad como las tasas merecen mejores enfoques de series temporales que podrían desbloquear nuevos análisis macroevolutivos. Sin embargo, estos desafíos no tienen por qué ser fatales, y se sugieren varias soluciones y direcciones potenciales para el futuro.

@article{doi101111bij12746,
    author = "Lloyd, Graeme T.",
    title = "Estimando la diversidad morfológica y el ritmo con matrices de caracteres y taxones discretos: implementación, desafíos, progreso y direcciones futuras",
    year = "2016",
    journal = "Biological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "Las matrices de caracteres y taxones discretos se están utilizando cada vez más en un intento de comprender el patrón y el ritmo de la evolución morfológica; sin embargo, la sofisticación metodológica y las implementaciones de software a medida han quedado rezagadas. En el presente estudio, se intenta proporcionar una descripción de vanguardia de las metodologías e introducir un nuevo paquete de R (Claddis) para realizar cálculos de disparidad fundamental (diversidad morfológica) y tasa. Las simulaciones utilizando sus funciones principales muestran que: (1) de las dos métricas de distancia más comúnmente utilizadas (Distancia Euclidiana Generalizada y el Coeficiente de Gower), esta última tiende a conservar más de la señal verdadera; (2) una métrica de distancia novedosa podría mejorar aún más la retención de la señal; (3) esta retención de la señal puede venir a costa de eliminar taxones incompletos del conjunto de datos; y (4) la utilidad de los gráficos bivariados de los espacios de ordenación se ve socavada por sus varianzas frecuentemente extremadamente bajas. Por el contrario, los desafíos para estimar el ritmo morfológico se presentan de manera cualitativa, como la forma en que los árboles se escalan en el tiempo y cómo se cuentan los cambios. Tanto la disparidad como las tasas merecen mejores enfoques de series temporales que podrían desbloquear nuevos análisis macroevolutivos. Sin embargo, estos desafíos no tienen por qué ser fatales, y se sugieren varias soluciones y direcciones potenciales para el futuro.",
    url = "https://doi.org/10.1111/bij.12746",
    doi = "10.1111/bij.12746",
    openalex = "W2280099985",
    references = "doi101016jcub201408034, doi101073pnas1302642110, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101093biomet5234591, doi101093sysbio204406, doi101111brv12038, doi101111j10960031200800217x, doi101111j10963642200900571x, doi101111j2041210x201100169x, doi101111j2041210x201200223x, doi101111j251761611995tb02031x, doi101111pala12142, doi101126science1252243, doi101371journalpcbi1003537, doi101666009483731999251mditer20co2, doi1018637jssv022i04, doi1023072412116, doi102992014590582006371pon20co2, openalexw3217097258, openalexw586972754"
}

La asimetría craneal de los peces planos representa una de las innovaciones morfológicas más notables entre los vertebrados y ha alimentado un debate vigoroso sobre la manera y la velocidad a la que evolucionan fenotipos notablemente divergentes. Un resultado sorprendente de muchos estudios filogenéticos moleculares recientes es la falta de apoyo para la monofilia de los peces planos, donde conjuntos de datos de ADN cada vez más grandes, de hasta 23 loci, han producido un clado de peces planos débilmente apoyado o han indicado que el grupo es polifilético. La falta de resolución para las relaciones de los peces planos se ha atribuido a limitaciones analíticas para tratar procesos como la no estacionariedad de nucleótidos y la clasificación incompleta de linajes (ILS). Abordamos este problema filogenético utilizando un conjunto de datos de secuencias que comprende más de 1.000 loci de elementos de ADN ultraconservados (UCE) que cubren 45 carangimorfos, el clado más amplio que contiene peces planos y varias otras linajes especializados como los remoras, los peces espada y los peces arqueros. Presentamos una filogenia basada en loci UCE que apoya inequívocamente la monofilia de los peces planos y un origen único de la asimetría. Documentamos niveles similares de discordancia entre los loci UCE como en conjuntos de datos moleculares anteriores, más pequeños. Sin embargo, las relaciones entre peces planos y carangimorfos recuperadas de análisis concatenados multilocus y de árbol de especies de nuestros datos son robustas al marco analítico aplicado y al tamaño de la matriz de datos utilizada. Al integrar los datos UCE con un rico registro fósil, encontramos que los planes corporales más distintivos de los carangimorfos surgieron rápidamente durante el Paleógeno (66,0–23,03 Ma). Por ejemplo, la asimetría de los peces planos probablemente evolucionó durante un intervalo de no más de 2,97 millones de años. La incertidumbre de larga data en las hipótesis filogenéticas para los peces planos y sus parientes carangimorfos resalta las limitaciones de los conjuntos de datos moleculares más pequeños cuando se aplican a divergencias sucesivas y rápidas. Aquí, recuperamos un apoyo significativo para la monofilia de los peces planos y las relaciones entre los carangimorfos a través del análisis de más de 1.000 loci UCE. La filogenia resultante con calibración temporal apunta a una divergencia fenotípica temprana dentro de la historia de los carangimorfos que coincide ampliamente con las predicciones de los modelos adaptativos de diversificación de linajes.

@article{doi101186s128620160786x,
    author = "Harrington, R. y Faircloth, B. y Eytan, R. y Smith, W. y Near, T. y Alfaro, M. y Friedman, M.",
    title = "Análisis filogenómico de peces carangimorfos revela que la asimetría de los peces planos surgió en un parpadeo del ojo evolutivo",
    year = "2016",
    journal = "BMC Evolutionary Biology",
    abstract = "La asimetría craneal de los peces planos representa una de las innovaciones morfológicas más notables entre los vertebrados y ha alimentado un debate vigoroso sobre la manera y la velocidad a la que evolucionan fenotipos notablemente divergentes. Un resultado sorprendente de muchos estudios filogenéticos moleculares recientes es la falta de apoyo para la monofilia de los peces planos, donde conjuntos de datos de ADN cada vez más grandes, de hasta 23 loci, han producido un clado de peces planos débilmente apoyado o han indicado que el grupo es polifilético. La falta de resolución para las relaciones de los peces planos se ha atribuido a limitaciones analíticas para tratar procesos como la no estacionariedad de nucleótidos y la clasificación incompleta de linajes (ILS). Abordamos este problema filogenético utilizando un conjunto de datos de secuencias que comprende más de 1.000 loci de elementos de ADN ultraconservados (UCE) que cubren 45 carangimorfos, el clado más amplio que contiene peces planos y varias otras linajes especializados como los remoras, los peces espada y los peces arqueros. Presentamos una filogenia basada en loci UCE que apoya inequívocamente la monofilia de los peces planos y un origen único de la asimetría. Documentamos niveles similares de discordancia entre los loci UCE como en conjuntos de datos moleculares anteriores, más pequeños. Sin embargo, las relaciones entre peces planos y carangimorfos recuperadas de análisis concatenados multilocus y de árbol de especies de nuestros datos son robustas al marco analítico aplicado y al tamaño de la matriz de datos utilizada. Al integrar los datos UCE con un rico registro fósil, encontramos que los planes corporales más distintivos de los carangimorfos surgieron rápidamente durante el Paleógeno (66,0–23,03 Ma). Por ejemplo, la asimetría de los peces planos probablemente evolucionó durante un intervalo de no más de 2,97 millones de años. La incertidumbre de larga data en las hipótesis filogenéticas para los peces planos y sus parientes carangimorfos resalta las limitaciones de los conjuntos de datos moleculares más pequeños cuando se aplican a divergencias sucesivas y rápidas. Aquí, recuperamos un apoyo significativo para la monofilia de los peces planos y las relaciones entre los carangimorfos a través del análisis de más de 1.000 loci UCE. La filogenia resultante con calibración temporal apunta a una divergencia fenotípica temprana dentro de la historia de los carangimorfos que coincide ampliamente con las predicciones de los modelos adaptativos de diversificación de linajes.",
    url = "https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s12862-016-0786-x",
    doi = "10.1186/s12862-016-0786-x",
    is_oa = "true",
    number = "1",
    semanticscholar_citation_count = "98",
    semanticscholar_id = "fba689bc183f88acbc28c2115005a9f0f2ed9dc8",
    volume = "16"
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@article{doi101038nature21074,
    author = "Cooney, Christopher R. y Bright, Jen A. y Capp, Elliot J. R. y Chira, Angela M. y Hughes, Emma C. y Moody, Christopher J. y Nouri, L. O. y Varley, Zoë K. y Thomas, Gavin H.",
    title = "Dinámicas mega-evolutivas de la radiación adaptativa de aves",
    year = "2017",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature21074",
    doi = "10.1038/nature21074",
    openalex = "W2585565608",
    references = "doi10100703064746897, doi101016c20100662092, doi101016jcub201508003, doi101038nature10516, doi101038nature11631, doi101038nature15697, doi101073pnas1302642110, doi101093molbevmss075, doi1011112041210x12035, doi101111j2041210x201100169x, doi101126science1157704, doi101126science1160662, doi1018637jssv033i02, doi105860choice485062"
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@incollection{doi101007978331972478230,
    author = "Gontier, Nathalie",
    title = "Sobre cómo la epistemología y la ontología convergen a través de la evolución: El enfoque epistemológico evolutivo aplicado",
    year = "2018",
    booktitle = "«The» «frontiers collection»",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-319-72478-2\_30",
    doi = "10.1007/978-3-319-72478-2\_30",
    openalex = "W2789395182",
    references = "doi10100797833191504517"
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Los peces se caracterizan por su capacidad para ocupar todos los ambientes acuáticos y por su asombroso rango de tamaño y morfología. Aunque se sabe que el hábitat influyó en la dinámica de la diversidad de los clados de peces, los estudios sobre eventos de colonización ambiental a través de la historia evolutiva de los peces de aletas rayadas han arrojado resultados contradictorios respecto al origen de los clados modernos y las direcciones preferenciales de los cambios. Los efectos del hábitat sobre la evolución morfológica, como el tamaño corporal, permanecen poco conocidos en los vertebrados. Sin embargo, la evolución del tamaño corporal se aborda con más frecuencia en términos de variación a través del tiempo y numerosos estudios han demostrado que los taxones sucesivos dentro de un clado tienden a aumentar de tamaño con el tiempo (regla de Cope o regla de Depéret). Utilizamos métodos comparativos filogenéticos en un superárbol de nivel de género de actinopterigios basado en datos actuales y fósiles que cubren el intervalo Jurásico Tardío–Paleógeno. Los resultados indican un origen marino para las líneas de agua dulce y una dominancia de colonizaciones desde clados marinos hacia otros hábitats. Se exploran tendencias similares en la ocupación del ambiente entre diferentes clados de peces de aletas rayadas. Se reconocen tres tendencias principales que afectan a clados no estrechamente relacionados: (i) los invasores de agua dulce, (ii) los habitantes predominantemente marinos y (iii) los peces ambientalmente lábiles. Los efectos del hábitat sobre la evolución del tamaño corporal no están respaldados estadísticamente, pero la mayoría de los subclados actinopterigios provienen de ancestros de pequeño tamaño y tienden a aumentar de tamaño a lo largo de su historia evolutiva. Esta tendencia es clara para las líneas restringidas durante largos períodos de tiempo en los mismos ambientes, ya sean marinos o de agua dulce, pero no se observa en las líneas de peces ambientalmente lábiles.

@article{doi101111faf12275,
    author = "Guinot, G. y Cavin, L.",
    title = "Evolución del tamaño corporal y colonización de hábitats a lo largo de 100 millones de años (Jurásico Tardío–Paleoceno) de la historia evolutiva de los actinopterigios",
    year = "2018",
    journal = "Fish and Fisheries",
    abstract = "Los peces se caracterizan por su capacidad para ocupar todos los ambientes acuáticos y por su asombroso rango de tamaño y morfología. Aunque se sabe que el hábitat influyó en la dinámica de la diversidad de los clados de peces, los estudios sobre eventos de colonización ambiental a través de la historia evolutiva de los peces de aletas rayadas han arrojado resultados contradictorios respecto al origen de los clados modernos y las direcciones preferenciales de los cambios. Los efectos del hábitat sobre la evolución morfológica, como el tamaño corporal, permanecen poco conocidos en los vertebrados. Sin embargo, la evolución del tamaño corporal se aborda con más frecuencia en términos de variación a través del tiempo y numerosos estudios han demostrado que los taxones sucesivos dentro de un clado tienden a aumentar de tamaño con el tiempo (regla de Cope o regla de Depéret). Utilizamos métodos comparativos filogenéticos en un superárbol de nivel de género de actinopterigios basado en datos actuales y fósiles que cubren el intervalo Jurásico Tardío–Paleógeno. Los resultados indican un origen marino para las líneas de agua dulce y una dominancia de colonizaciones desde clados marinos hacia otros hábitats. Se exploran tendencias similares en la ocupación del ambiente entre diferentes clados de peces de aletas rayadas. Se reconocen tres tendencias principales que afectan a clados no estrechamente relacionados: (i) los invasores de agua dulce, (ii) los habitantes predominantemente marinos y (iii) los peces ambientalmente lábiles. Los efectos del hábitat sobre la evolución del tamaño corporal no están respaldados estadísticamente, pero la mayoría de los subclados actinopterigios provienen de ancestros de pequeño tamaño y tienden a aumentar de tamaño a lo largo de su historia evolutiva. Esta tendencia es clara para las líneas restringidas durante largos períodos de tiempo en los mismos ambientes, ya sean marinos o de agua dulce, pero no se observa en las líneas de peces ambientalmente lábiles.",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/005f86cb8dbee4ff06a35ddfc3afbb73f9104c5e",
    doi = "10.1111/FAF.12275",
    is_oa = "true",
    number = "4",
    pages = "577-597",
    semanticscholar_citation_count = "24",
    semanticscholar_id = "005f86cb8dbee4ff06a35ddfc3afbb73f9104c5e",
    volume = "19"
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La evolución biológica es un hecho, pero las muchas teorías contradictorias sobre la evolución siguen siendo controvertidas incluso hoy. Cuando Adaptation and Natural Selection se publicó por primera vez en 1966, propinó un golpe poderoso contra aquellos que abogaban por el concepto de selección de grupos: la idea de que la evolución actúa para seleccionar especies enteras en lugar de individuos. La famosa obra de Williams a favor del darwinismo simple sobre la selección de grupos se ha convertido en un clásico de la literatura científica, valorada por su argumento exhaustivo y convincente y por su relevancia para muchos campos fuera de la biología. Ahora con una nueva introducción de Richard Dawkins, Adaptation and Natural Selection es un texto esencial para comprender la naturaleza del debate científico.

@book{doi1015159780691185507,
    author = "Williams, George C.",
    title = "Adaptation y Selección Natural: Una Crítica de Algunos Pensamientos Evolutivos Actuales",
    year = "2018",
    abstract = "La evolución biológica es un hecho, pero las muchas teorías contradictorias sobre la evolución siguen siendo controvertidas incluso hoy. Cuando Adaptation and Natural Selection se publicó por primera vez en 1966, propinó un golpe poderoso contra aquellos que abogaban por el concepto de selección de grupos: la idea de que la evolución actúa para seleccionar especies enteras en lugar de individuos. La famosa obra de Williams a favor del darwinismo simple sobre la selección de grupos se ha convertido en un clásico de la literatura científica, valorada por su argumento exhaustivo y convincente y por su relevancia para muchos campos fuera de la biología. Ahora con una nueva introducción de Richard Dawkins, Adaptation and Natural Selection es un texto esencial para comprender la naturaleza del debate científico",
    url = "https://doi.org/10.1515/9780691185507",
    doi = "10.1515/9780691185507",
    openalex = "W1480083809"
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Las mariposas y las polillas (Lepidoptera) son una de las principales superradiaciones de insectos, comprendiendo casi 160.000 especies descritas y existentes. Como herbívoros, polinizadores y presas, los Lepidoptera desempeñan un papel fundamental en casi todos los ecosistemas terrestres. Los Lepidoptera también son indicadores de cambios ambientales y sirven como modelos para la investigación sobre el mimetismo y la genética. Han sido centrales en el desarrollo de hipótesis de coevolución, como las mariposas con plantas con flores y la carrera armamentista evolutiva de las polillas con los murciélagos ecolocalizadores. Sin embargo, estas hipótesis no han sido rigurosamente probadas, porque falta una filogenia robusta de los lepidópteros y el momento de las novedades evolutivas. Para abordar estos problemas, inferimos una filogenia completa de los Lepidoptera, utilizando el conjunto de datos más grande ensamblado para el orden (2.098 genes codificantes de proteínas ortólogos de transcriptomas de 186 especies, que representan casi todas las superfamilias), y lo datamos con fósiles basados en sinapomorfías cuidadosamente evaluados. Los miembros más antiguos del grupo corona de los Lepidoptera aparecieron en el Carbonífero Tardío (∼300 Ma) y se alimentaban de plantas terrestres no vasculares. Los Lepidoptera evolucionaron la probóscide tubular en el Triásico Medio (∼241 Ma), lo que les permitió obtener néctar de plantas con flores. Esta innovación morfológica, junto con otras características, probablemente promovió la extraordinaria diversificación de los grupos corona de superfamilia de los lepidópteros. El ancestro de las mariposas probablemente era nocturno, y nuestros resultados indican que las mariposas se convirtieron en diurnas en el Cretácico Tardío (∼98 Ma). Los órganos auditivos de las polillas surgieron múltiples veces antes de la carrera armamentista evolutiva entre las polillas y los murciélagos, quizás inicialmente detectando un amplio rango de frecuencias sonoras antes de ser cooptados para detectar específicamente el sonar de los murciélagos. Nuestro estudio proporciona un marco esencial para futuros estudios comparativos sobre la evolución de las mariposas y las polillas.

@article{doi101073pnas1907847116,
    author = "Kawahara, Akito Y. y Plotkin, David y Espeland, Marianne y Meusemann, Karen y Toussaint, Emmanuel F. A. y Donath, Alexander y Gimnich, France y Frandsen, Paul B. y Zwick, Andreas y dos Reis, Mario y Barber, Jesse R. y Peters, Ralph S. y Liu, Shanlin y Zhou, Xin y Mayer, Christoph y Podsiadłowski, Lars y Storer, Caroline y Yack, Jayne E. y Misof, Bernhard y Breinholt, Jesse W.",
    title = "Filogenómica revela el momento y el patrón evolutivo de las mariposas y las polillas",
    year = "2019",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Las mariposas y las polillas (Lepidoptera) son una de las principales superradiaciones de insectos, comprendiendo casi 160.000 especies descritas y existentes. Como herbívoros, polinizadores y presas, los Lepidoptera desempeñan un papel fundamental en casi todos los ecosistemas terrestres. Los Lepidoptera también son indicadores de cambios ambientales y sirven como modelos para la investigación sobre el mimetismo y la genética. Han sido centrales en el desarrollo de hipótesis de coevolución, como las mariposas con plantas con flores y la carrera armamentista evolutiva de las polillas con los murciélagos ecolocalizadores. Sin embargo, estas hipótesis no han sido rigurosamente probadas, porque falta una filogenia robusta de los lepidópteros y el momento de las novedades evolutivas. Para abordar estos problemas, inferimos una filogenia completa de los Lepidoptera, utilizando el conjunto de datos más grande ensamblado para el orden (2.098 genes codificantes de proteínas ortólogos de transcriptomas de 186 especies, que representan casi todas las superfamilias), y lo datamos con fósiles basados en sinapomorfías cuidadosamente evaluados. Los miembros más antiguos del grupo corona de los Lepidoptera aparecieron en el Carbonífero Tardío (∼300 Ma) y se alimentaban de plantas terrestres no vasculares. Los Lepidoptera evolucionaron la probóscide tubular en el Triásico Medio (∼241 Ma), lo que les permitió obtener néctar de plantas con flores. Esta innovación morfológica, junto con otras características, probablemente promovió la extraordinaria diversificación de los grupos corona de superfamilia de los lepidópteros. El ancestro de las mariposas probablemente era nocturno, y nuestros resultados indican que las mariposas se convirtieron en diurnas en el Cretácico Tardío (∼98 Ma). Los órganos auditivos de las polillas surgieron múltiples veces antes de la carrera armamentista evolutiva entre las polillas y los murciélagos, quizás inicialmente detectando un amplio rango de frecuencias sonoras antes de ser cooptados para detectar específicamente el sonar de los murciélagos. Nuestro estudio proporciona un marco esencial para futuros estudios comparativos sobre la evolución de las mariposas y las polillas.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1907847116",
    doi = "10.1073/pnas.1907847116",
    openalex = "W2982062771",
    references = "doi101073pnas1213621109, doi101093bioinformaticsbtu033, doi101093molbevmsm088, doi101093molbevmst010, doi101093molbevmsu300, doi101093molbevmsw260, doi101093molbevmsx281, doi101093nargkl315, doi101093sysbiosyq010, doi101098rspb20120683, doi101111evo12681, doi101111j155856461964tb01674x, doi101111j2041210x201100169x, doi101186s128590182129y"
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El método comparativo ha sido durante mucho tiempo una herramienta exploratoria fundamental en biología evolutiva, pero este venerable enfoque fue revolucionado en 1985, cuando Felsenstein publicó «Filogenias y el método comparativo» en The American Naturalist. Este artículo obligó a los biólogos comparativos a comenzar a pensar filogenéticamente al realizar análisis estadísticos de la evolución de rasgos correlacionados, en lugar de simplemente aplicar métodos estadísticos convencionales que ignoran las relaciones evolutivas. Lo hizo introduciendo un nuevo método analítico (los «contrastes independientes» filogenéticamente) que requería una topología filogenética con longitudes de rama y que asumía un modelo de movimiento browniano de la evolución de rasgos. Los contrastes independientes permitieron a los biólogos comparativos evitar el dilema estadístico de la no independencia de los valores de las especies, derivado de la ascendencia compartida, pero conllevó el costo de necesitar una filogenia detallada y de aceptar un modelo específico de cambio de caracteres. No obstante, este artículo no solo revitalizó la biología comparativa, sino que incluso fomentó estudios destinados a estimar filogenias. La declaración característicamente lúcida y concisa del problema de Felsenstein (ilustrada con gráficos potentes), junto con una creciente marea de nuevos datos moleculares y técnicas para estimar filogenias, llevó al artículo de 1985 de Felsenstein a convertirse en el segundo artículo más citado en la historia de esta revista. Aquí presentamos una revisión personal de la biología comparativa antes, durante y después del artículo de Joe. Para el contexto histórico, adjuntamos una perspectiva escrita por Joe mismo que describe cómo evolucionó su artículo, transcripciones no editadas de las revisiones de su manuscrito enviado y una guía para algunos cálculos no triviales. Estos materiales adicionales ayudan a enfatizar que el proceso de la ciencia no siempre ocurre gradualmente o de manera predecible.

@article{doi101086703055,
    author = "Huey, Raymond B. y Garland, Theodore y Turelli, Michael",
    title = "Revisando una innovación clave en biología evolutiva: «Filogenias y el método comparativo» de Felsenstein",
    year = "2019",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = {El método comparativo ha sido durante mucho tiempo una herramienta exploratoria fundamental en biología evolutiva, pero este venerable enfoque fue revolucionado en 1985, cuando Felsenstein publicó «Filogenias y el método comparativo» en The American Naturalist. Este artículo obligó a los biólogos comparativos a comenzar a pensar filogenéticamente al realizar análisis estadísticos de la evolución de rasgos correlacionados, en lugar de simplemente aplicar métodos estadísticos convencionales que ignoran las relaciones evolutivas. Lo hizo introduciendo un nuevo método analítico (los «contrastes independientes» filogenéticamente) que requería una topología filogenética con longitudes de rama y que asumía un modelo de movimiento browniano de la evolución de rasgos. Los contrastes independientes permitieron a los biólogos comparativos evitar el dilema estadístico de la no independencia de los valores de las especies, derivado de la ascendencia compartida, pero conllevó el costo de necesitar una filogenia detallada y de aceptar un modelo específico de cambio de caracteres. No obstante, este artículo no solo revitalizó la biología comparativa, sino que incluso fomentó estudios destinados a estimar filogenias. La declaración característicamente lúcida y concisa del problema de Felsenstein (ilustrada con gráficos potentes), junto con una creciente marea de nuevos datos moleculares y técnicas para estimar filogenias, llevó al artículo de 1985 de Felsenstein a convertirse en el segundo artículo más citado en la historia de esta revista. Aquí presentamos una revisión personal de la biología comparativa antes, durante y después del artículo de Joe. Para el contexto histórico, adjuntamos una perspectiva escrita por Joe mismo que describe cómo evolucionó su artículo, transcripciones no editadas de las revisiones de su manuscrito enviado y una guía para algunos cálculos no triviales. Estos materiales adicionales ayudan a enfatizar que el proceso de la ciencia no siempre ocurre gradualmente o de manera predecible.},
    url = "https://doi.org/10.1086/703055",
    doi = "10.1086/703055",
    openalex = "W2933507162",
    references = "doi101073pnas0704088104, doi101086660020, doi101086physzool67430163866, doi101093sysbiosyy031, doi101242jeb01745"
}

El proceso evolutivo continuo de SARS-CoV-2 ha generado varias variantes debido a sus mutaciones continuas, haciendo que las pandemias sean más críticas. El presente estudio ilustra la evolución de SARS-CoV-2 y sus mutaciones emergentes en cinco direcciones. Primero, se analizaron las mutaciones significativas en el genoma y la glicoproteína S en diferentes variantes. Se desarrollaron tres modelos lineales con la línea de regresión para representar la carga mutacional para la glicoproteína S, el genoma total excluyendo la glicoproteína S y el genoma completo. Segundo, se evaluó la evolución a nivel continental de SARS-CoV-2 y sus variantes junto con sus clados y divergencias. Mostró la evolución por región de las variantes de SARS-CoV-2 y su evento de agrupamiento. Se identificaron los clados principales para cada variante. Un ejemplo es el clado 21K, un clado principal de la variante Omicron. Tercero, también se ilustran la dinámica de linajes y la comparación entre linajes de SARS-CoV-2 en diferentes países, demostrando las variantes dominantes en varios países a lo largo del tiempo. Cuarto, se ilustran los patrones de mutación por gen y la variabilidad genética de las variantes de SARS-CoV-2 en varios países. Se encontraron patrones de alta mutación en los genes ORF10, ORF6, S y bajo patrón de mutación en el gen E. Finalmente, se identificaron las mutaciones puntuales emergentes de aminoácidos (T478K, L452R, N501Y, S477N, E484A, Q498R y Y505H), sus frecuencias y ocurrencia por país, y se observó el evento más alto de dos mutaciones (T478K y L452R).

@article{doi101007s1135702200619y,
    author = "Chakraborty, C. y Bhattacharya, M. y Sharma, A. R. y Dhama, K. y Lee, Sang-Soo",
    title = "Tendencias evolutivas a nivel continental de variantes emergentes de SARS-CoV-2: perfiles dinámicos desde Alpha hasta Omicron",
    year = "2022",
    journal = "GeroScience",
    abstract = "El proceso evolutivo continuo de SARS-CoV-2 ha generado varias variantes debido a sus mutaciones continuas, haciendo que las pandemias sean más críticas. El presente estudio ilustra la evolución de SARS-CoV-2 y sus mutaciones emergentes en cinco direcciones. Primero, se analizaron las mutaciones significativas en el genoma y la glicoproteína S en diferentes variantes. Se desarrollaron tres modelos lineales con la línea de regresión para representar la carga mutacional para la glicoproteína S, el genoma total excluyendo la glicoproteína S y el genoma completo. Segundo, se evaluó la evolución a nivel continental de SARS-CoV-2 y sus variantes junto con sus clados y divergencias. Mostró la evolución por región de las variantes de SARS-CoV-2 y su evento de agrupamiento. Se identificaron los clados principales para cada variante. Un ejemplo es el clado 21K, un clado principal de la variante Omicron. Tercero, también se ilustran la dinámica de linajes y la comparación entre linajes de SARS-CoV-2 en diferentes países, demostrando las variantes dominantes en varios países a lo largo del tiempo. Cuarto, se ilustran los patrones de mutación por gen y la variabilidad genética de las variantes de SARS-CoV-2 en varios países. Se encontraron patrones de alta mutación en los genes ORF10, ORF6, S y bajo patrón de mutación en el gen E. Finalmente, se identificaron las mutaciones puntuales emergentes de aminoácidos (T478K, L452R, N501Y, S477N, E484A, Q498R y Y505H), sus frecuencias y ocurrencia por país, y se observó el evento más alto de dos mutaciones (T478K y L452R).",
    url = "https://link.springer.com/content/pdf/10.1007/s11357-022-00619-y.pdf",
    doi = "10.1007/s11357-022-00619-y",
    is_oa = "true",
    number = "5",
    pages = "2371-2392",
    semanticscholar_citation_count = "20",
    semanticscholar_id = "f62bf77d9714996231c7d496e675ce974c075ed9",
    volume = "44"
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Fondo El tamaño corporal es una característica fundamental de los organismos. Sin embargo, a medida que el tamaño corporal y los contextos ecológicos cambian a lo largo del tiempo de desarrollo, la divergencia evolutiva puede causar patrones inesperados de diversidad de tamaño corporal entre las etapas de desarrollo. Esto puede ser particularmente evidente en etapas de desarrollo polifénicas especializadas para la dispersión. La larva dauer es tal etapa en los nematodos, y las especies de Caenorhabditis se dispersan viajando sobre portadores invertebrados. Aquí, describimos la morfología de una etapa larvaria resistente al estrés, similar a la dauer, del nematodo Caenorhabditis inopinata, cuyos adultos pueden crecer hasta ser casi el doble de largos que su pariente cercano, el organismo modelo C. elegans. Resultados Encontramos que una etapa larvaria resistente al estrés, similar a la dauer, en dos aislamientos de C. inopinata es en promedio un 13% más corta y un 30% más ancha que las larvas dauer de C. elegans, a pesar de su etapa adulta mucho más larga. Además, muchas larvas similares a dauer de C. inopinata estaban envueltas, una posible novedad en esta línea reminiscente de los juveniles infectivos de nematodos parásitos. También se observó variación en la frecuencia de formación de larvas similares a dauer entre veinticuatro aislamientos silvestres de C. inopinata, aunque las frecuencias fueron bajas en todos los aislamientos (< 2%), con muchos aislamientos incapaces de producir larvas similares a dauer bajo condiciones de laboratorio convencionales. Conclusión La mayoría de las especies de Caenorhabditis prosperan en plantas en descomposición y se dispersan sobre caracoles, babosas o isópodos (entre otros), mientras que C. inopinata es ecológicamente divergente y prospera en higos frescos de Ficus septica y se dispersa sobre sus avispas polinizadoras. Aunque existe algún factor desconocido del ambiente del higo que promueve un tamaño corporal alargado en los adultos de C. inopinata, el pequeño tamaño o el historial de vida único de su portador de avispas de higo podría estar impulsando la morfología divergente de sus etapas larvarias resistentes al estrés. Una caracterización más detallada del comportamiento, desarrollo y morfología de esta etapa refinará las conexiones con etapas de desarrollo homólogas en otras especies y determinará si la divergencia ecológica a través de múltiples etapas de desarrollo puede promover cambios inesperados y opuestos en las dimensiones del tamaño corporal dentro de una sola especie.

@article{doi101186s4085002200131y,
    author = "Hammerschmith, Eric W. y Woodruff, Gavin C. y Moser, K. A. y Johnson, E. y Phillips, P.",
    title = "Cambios en la forma corporal específicos de etapa en direcciones opuestas en un pariente cercano de C. elegans",
    year = "2022",
    journal = "BMC Zoología",
    abstract = "Fondo El tamaño corporal es una característica fundamental de los organismos. Sin embargo, a medida que el tamaño corporal y los contextos ecológicos cambian a lo largo del tiempo de desarrollo, la divergencia evolutiva puede causar patrones inesperados de diversidad de tamaño corporal entre las etapas de desarrollo. Esto puede ser particularmente evidente en etapas de desarrollo polifénicas especializadas para la dispersión. La larva dauer es tal etapa en los nematodos, y las especies de Caenorhabditis se dispersan viajando sobre portadores invertebrados. Aquí, describimos la morfología de una etapa larvaria resistente al estrés, similar a la dauer, del nematodo Caenorhabditis inopinata, cuyos adultos pueden crecer hasta ser casi el doble de largos que su pariente cercano, el organismo modelo C. elegans. Resultados Encontramos que una etapa larvaria resistente al estrés, similar a la dauer, en dos aislamientos de C. inopinata es en promedio un 13% más corta y un 30% más ancha que las larvas dauer de C. elegans, a pesar de su etapa adulta mucho más larga. Además, muchas larvas similares a dauer de C. inopinata estaban envueltas, una posible novedad en esta línea reminiscente de los juveniles infectivos de nematodos parásitos. También se observó variación en la frecuencia de formación de larvas similares a dauer entre veinticuatro aislamientos silvestres de C. inopinata, aunque las frecuencias fueron bajas en todos los aislamientos (< 2%), con muchos aislamientos incapaces de producir larvas similares a dauer bajo condiciones de laboratorio convencionales. Conclusión La mayoría de las especies de Caenorhabditis prosperan en plantas en descomposición y se dispersan sobre caracoles, babosas o isópodos (entre otros), mientras que C. inopinata es ecológicamente divergente y prospera en higos frescos de Ficus septica y se dispersa sobre sus avispas polinizadoras. Aunque existe algún factor desconocido del ambiente del higo que promueve un tamaño corporal alargado en los adultos de C. inopinata, el pequeño tamaño o el historial de vida único de su portador de avispas de higo podría estar impulsando la morfología divergente de sus etapas larvarias resistentes al estrés. Una caracterización más detallada del comportamiento, desarrollo y morfología de esta etapa refinará las conexiones con etapas de desarrollo homólogas en otras especies y determinará si la divergencia ecológica a través de múltiples etapas de desarrollo puede promover cambios inesperados y opuestos en las dimensiones del tamaño corporal dentro de una sola especie.",
    url = "https://bmczool.biomedcentral.com/counter/pdf/10.1186/s40850-022-00131-y",
    doi = "10.1186/s40850-022-00131-y",
    is_oa = "true",
    number = "1",
    semanticscholar_citation_count = "7",
    semanticscholar_id = "1eb76294990b2d1b0f44719510233df8e545e375",
    volume = "7"
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La poliploidización a menudo resulta en reordenamientos genómicos que pueden implicar cambios tanto en las secuencias de copia única como en la fracción repetitiva del genoma. En este estudio, realizamos un análisis comparativo exhaustivo del ADN repetitivo, con un enfoque particular en el ADN ribosómico (ADNr), en Brachypodium hybridum (2n = 4x = 30, composición del subgenoma DDSS), un aldotetraploide resultante de un cruce natural entre dos especies diploides que se asemejan al moderno B. distachyon (2n = 10; DD) y B. stacei (2n = 20; SS). Aprovechando el origen recurrente de B. hybridum, investigamos dos genotipos, Bhyb26 y ABR113, que difieren notablemente en su edad evolutiva (1,4 y 0,14 millones de años, respectivamente) y que resultaron de direcciones de cruce opuestas. Para identificar el origen de los loci de ADNr, empleamos métodos citogenéticos y moleculares (FISH, gCAPS e hibridación Southern), enfoques filogenéticos y genómicos. A diferencia del mantenimiento general de la dosis génica duplicada en B. hybridum, los genes de ARNr mostraron una notable tendencia hacia la diploidización tanto a nivel de locus como de unidad. Mientras que la eliminación parcial de unidades de ADNr 35S ocurrió en el linaje más joven ABR113, se observó la eliminación unidireccional del locus completo en el linaje más antiguo Bhyb26. Además, se amplificó una nueva familia de ADNr 5S en Bhyb26, reemplazando las unidades parentales. Las unidades de ADNr 35S y 5S fueron eliminadas preferentemente del subgenoma S- y D-, respectivamente. Por lo tanto, en el linaje más antiguo de B. hybridum, Bhyb26, los genes de ARNr 5S y 35S probablemente se expresan desde subgenomas diferentes, destacando la complejidad de las redes regulatorias poliploides. Los análisis comparativos entre dos linajes de B. hybridum de edades evolutivas distintas revelaron que, aunque el linaje reciente ABR113 exhibió un patrón aditivo de distribución de loci de ADNr, el linaje antiguo Bhyb26 demostró una pronunciada tendencia hacia la diploidización manifestada por la reducción en el número tanto de loci 35S como de 5S. En conclusión, la edad del alloploide parece ser un factor decisivo en el recambio de ADNr en B. hybridum.

@article{doi101186s12870024056585,
    author = "Trunova, Dana y Borowska-Zuchowska, Natalia y Mykhailyk, Serhii y Xia, Kai y Zhu, Yuanbin y Sancho, R. y Rojek-Jelonek, Magdalena y Garcia, Sònia y Wang, Kai y Catalán, P. y Kovařík, A. y Hasterok, R. y Kolano, B.",
    title = "¿Importa el tiempo? Diversidad intraspecífica de genes de ARN ribosómico en linajes del pasto modelo alloploide Brachypodium hybridum con diferentes edades evolutivas",
    year = "2024",
    journal = "BMC Plant Biology",
    abstract = "La poliploidización a menudo resulta en reordenamientos genómicos que pueden implicar cambios tanto en las secuencias de copia única como en la fracción repetitiva del genoma. En este estudio, realizamos un análisis comparativo exhaustivo del ADN repetitivo, con un enfoque particular en el ADN ribosómico (ADNr), en Brachypodium hybridum (2n = 4x = 30, composición del subgenoma DDSS), un aldotetraploide resultante de un cruce natural entre dos especies diploides que se asemejan al moderno B. distachyon (2n = 10; DD) y B. stacei (2n = 20; SS). Aprovechando el origen recurrente de B. hybridum, investigamos dos genotipos, Bhyb26 y ABR113, que difieren notablemente en su edad evolutiva (1,4 y 0,14 millones de años, respectivamente) y que resultaron de direcciones de cruce opuestas. Para identificar el origen de los loci de ADNr, empleamos métodos citogenéticos y moleculares (FISH, gCAPS e hibridación Southern), enfoques filogenéticos y genómicos. A diferencia del mantenimiento general de la dosis génica duplicada en B. hybridum, los genes de ARNr mostraron una notable tendencia hacia la diploidización tanto a nivel de locus como de unidad. Mientras que la eliminación parcial de unidades de ADNr 35S ocurrió en el linaje más joven ABR113, se observó la eliminación unidireccional del locus completo en el linaje más antiguo Bhyb26. Además, se amplificó una nueva familia de ADNr 5S en Bhyb26, reemplazando las unidades parentales. Las unidades de ADNr 35S y 5S fueron eliminadas preferentemente del subgenoma S- y D-, respectivamente. Por lo tanto, en el linaje más antiguo de B. hybridum, Bhyb26, los genes de ARNr 5S y 35S probablemente se expresan desde subgenomas diferentes, destacando la complejidad de las redes regulatorias poliploides. Los análisis comparativos entre dos linajes de B. hybridum de edades evolutivas distintas revelaron que, aunque el linaje reciente ABR113 exhibió un patrón aditivo de distribución de loci de ADNr, el linaje antiguo Bhyb26 demostró una pronunciada tendencia hacia la diploidización manifestada por la reducción en el número tanto de loci 35S como de 5S. En conclusión, la edad del alloploide parece ser un factor decisivo en el recambio de ADNr en B. hybridum.",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/b95986016ac0c4eb4a396a651d4e936a3475cb83",
    doi = "10.1186/s12870-024-05658-5",
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    number = "1",
    semanticscholar_citation_count = "5",
    semanticscholar_id = "b95986016ac0c4eb4a396a651d4e936a3475cb83",
    volume = "24"
}

La evolución de organismos multicelulares implica la aparición de colectivos celulares que eventualmente se convierten en unidades de selección en sí mismos. El proceso puede ser facilitado por condiciones ecológicas que imponen una varianza heredable en la aptitud a colectivos emergentes, con la persistencia a largo plazo dependiendo de la capacidad de los linajes competidores para transicionar de manera fiable entre etapas soma- y germinales de los ciclos de vida proto-vivos. Trabajos previos con poblaciones bacterianas experimentales mostraron aumentos rápidos en la aptitud a nivel colectivo, siendo la capacidad de cambiar entre fases del ciclo de vida un foco particular de la selección. Aquí reportamos experimentos en los que el linaje más exitoso del estudio anterior fue propagado adicionalmente durante 10 generaciones del ciclo de vida bajo regímenes que requerían diferentes inversiones en la fase somal. Para explorar la significancia adaptativa del cambio, se incluyó un control en el que se abolía la transición fiable entre fases del ciclo de vida. El cambio resultó central para el mantenimiento de la aptitud. Además, en un tratamiento sin cambio, donde se requerían soluciones para producir una fase somal robusta y duradera, surgió de novo la evolución del cambio dependiente de mutL. Se utilizó un pipeline computacional recientemente desarrollado (colgen) para mostrar la dinámica evolutiva minuto a minuto de los linajes, proporcionando evidencia visual rara de los roles del azar, la historia y la selección. Colgen, sustentado por un modelo bayesiano, se utilizó adicionalmente para propagar cientos de mutaciones hacia atrás a través de series genealógicas temporales, predecir linajes y puntos de tiempo correspondientes a cambios de probable significancia adaptativa, y en un caso, mediante una combinación de secuenciación dirigida, genética y análisis de las consecuencias de la aptitud, se demostró la significancia adaptativa de una única mutación. En general, nuestros resultados arrojan luz sobre los mecanismos mediante los cuales los colectivos se adaptan a nuevos desafíos selectivos y demuestran el valor de los enfoques centrados en la genealogía para investigar la dinámica de la selección a nivel de linaje.

@misc{doulcier2024evolutionary,
    author = "Doulcier, Guilhem y Remigi, Philippe y Rexin, Daniel y Rainey, Paul B.",
    title = "Dinámica evolutiva de linajes multicelulares emergentes",
    year = "2024",
    abstract = "La evolución de organismos multicelulares implica la aparición de colectivos celulares que eventualmente se convierten en unidades de selección en sí mismos. El proceso puede ser facilitado por condiciones ecológicas que imponen una varianza heredable en la aptitud a colectivos emergentes, con la persistencia a largo plazo dependiendo de la capacidad de los linajes competidores para transicionar de manera fiable entre etapas soma- y germinales de los ciclos de vida proto-vivos. Trabajos previos con poblaciones bacterianas experimentales mostraron aumentos rápidos en la aptitud a nivel colectivo, siendo la capacidad de cambiar entre fases del ciclo de vida un foco particular de la selección. Aquí reportamos experimentos en los que el linaje más exitoso del estudio anterior fue propagado adicionalmente durante 10 generaciones del ciclo de vida bajo regímenes que requerían diferentes inversiones en la fase somal. Para explorar la significancia adaptativa del cambio, se incluyó un control en el que se abolía la transición fiable entre fases del ciclo de vida. El cambio resultó central para el mantenimiento de la aptitud. Además, en un tratamiento sin cambio, donde se requerían soluciones para producir una fase somal robusta y duradera, surgió de novo la evolución del cambio dependiente de mutL. Se utilizó un pipeline computacional recientemente desarrollado (colgen) para mostrar la dinámica evolutiva minuto a minuto de los linajes, proporcionando evidencia visual rara de los roles del azar, la historia y la selección. Colgen, sustentado por un modelo bayesiano, se utilizó adicionalmente para propagar cientos de mutaciones hacia atrás a través de series genealógicas temporales, predecir linajes y puntos de tiempo correspondientes a cambios de probable significancia adaptativa, y en un caso, mediante una combinación de secuenciación dirigida, genética y análisis de las consecuencias de la aptitud, se demostró la significancia adaptativa de una única mutación. En general, nuestros resultados arrojan luz sobre los mecanismos mediante los cuales los colectivos se adaptan a nuevos desafíos selectivos y demuestran el valor de los enfoques centrados en la genealogía para investigar la dinámica de la selección a nivel de linaje.",
    url = "https://doi.org/10.1101/2024.05.10.593459",
    doi = "10.1101/2024.05.10.593459",
    openalex = "W4396894299",
    references = "doi101002sici1520660219981127aidinbi430co26, doi101007978149390554612, doi101016jtree201206001, doi101038nature01906, doi101086410450, doi101093acprofoso97801992679720010001, doi101093acprofosobl97801995520470010001, doi10110120240501592015, doi101111j251761611977tb01600x, doi101126science16238591243, doi101146annurevecolsys36102403114735"
}

La macroautofagia (en adelante referida como autofagia) requiere la acción coordinada de aproximadamente 20 genes relacionados con la autofagia (ATG). La duplicación de genes ATG ha tenido un impacto importante en la evolución de la vía de autofagia entre los principales linajes. Un punto caliente de duplicación se encuentra en los vertebrados. Sin embargo, el momento exacto de la duplicación, los patrones de divergencia evolutiva posteriores a la duplicación y su relación con las diferencias funcionales entre los parálogos no han sido investigados en detalle. Aquí, demostramos que la mayoría de los genes ATG probablemente fueron duplicados por eventos de duplicación del genoma completo cerca de la raíz de los vertebrados. Comparamos la divergencia de secuencia y expresión génica entre parálogos y categorizamos los destinos evolutivos (es decir, cómo se divide la función ancestral entre parálogos). Dentro de los pares de parálogos que evolucionaron de manera más asimétrica, a saber BECN, WIPI (WIPI1 y WIPI2) y ATG16, un parálogo probablemente retuvo la función ancestral, permitiendo que el otro evolucionara bajo menos restricción. Si bien no se observó una asimetría obvia entre ATG9A y ATG9B en vertebrados no mamíferos, ATG9B experimentó una divergencia de secuencia marcada y una reducción en el nivel de expresión en mamíferos, lo que sugiere un cambio en el equilibrio. Los patrones de expresión entre los pares ULK-1 (ULK1 y ULK2), GABARAP (GABARAP y GABARAPL1) y LC3 (LC3A y LC3B) fueron más consistentes con la hipofuncionalización/compartición de dosis, de tal manera que la función ancestral depende de ambos parálogos. También demostramos que tanto ULK1 como ULK2 pueden apoyar la autofagia, mientras que solo BECN1, pero no BECN2, tiene función autofágica y discutimos la relación entre la función autofágica y la divergencia evolutiva entre parálogos. El presente análisis detallado de la duplicación de genes ATG en vertebrados proporciona una línea de tiempo crítica para interpretar la diferenciación funcional entre homólogos.

@article{doi1010801554862720262618126,
    author = "Zhang, Sidi y Koyama-Honda, Ikuko y Hiratsuka, Daiki y Mizushima, Noboru",
    title = "Duplicación del gen ATG en vertebrados: divergencia evolutiva e implicaciones funcionales",
    year = "2025",
    journal = "Autophagy",
    abstract = "La macroautofagia (en adelante referida como autofagia) requiere la acción coordinada de aproximadamente 20 genes relacionados con la autofagia (ATG). La duplicación de genes ATG ha tenido un impacto importante en la evolución de la vía de autofagia entre los principales linajes. Un punto caliente de duplicación se encuentra en los vertebrados. Sin embargo, el momento exacto de la duplicación, los patrones de divergencia evolutiva posteriores a la duplicación y su relación con las diferencias funcionales entre los parálogos no han sido investigados en detalle. Aquí, demostramos que la mayoría de los genes ATG probablemente fueron duplicados por eventos de duplicación del genoma completo cerca de la raíz de los vertebrados. Comparamos la divergencia de secuencia y expresión génica entre parálogos y categorizamos los destinos evolutivos (es decir, cómo se divide la función ancestral entre parálogos). Dentro de los pares de parálogos que evolucionaron de manera más asimétrica, a saber BECN, WIPI (WIPI1 y WIPI2) y ATG16, un parálogo probablemente retuvo la función ancestral, permitiendo que el otro evolucionara bajo menos restricción. Si bien no se observó una asimetría obvia entre ATG9A y ATG9B en vertebrados no mamíferos, ATG9B experimentó una divergencia de secuencia marcada y una reducción en el nivel de expresión en mamíferos, lo que sugiere un cambio en el equilibrio. Los patrones de expresión entre los pares ULK-1 (ULK1 y ULK2), GABARAP (GABARAP y GABARAPL1) y LC3 (LC3A y LC3B) fueron más consistentes con la hipofuncionalización/compartición de dosis, de tal manera que la función ancestral depende de ambos parálogos. También demostramos que tanto ULK1 como ULK2 pueden apoyar la autofagia, mientras que solo BECN1, pero no BECN2, tiene función autofágica y discutimos la relación entre la función autofágica y la divergencia evolutiva entre parálogos. El presente análisis detallado de la duplicación de genes ATG en vertebrados proporciona una línea de tiempo crítica para interpretar la diferenciación funcional entre homólogos.",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/ac9b5caabcec7c3bf03c1957d27ee572d67cdaf0",
    doi = "10.1080/15548627.2026.2618126",
    is_oa = "true",
    number = "4",
    pages = "648-665",
    semanticscholar_id = "ac9b5caabcec7c3bf03c1957d27ee572d67cdaf0",
    volume = "22"
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El cambio dependiente de - emergió de novo. Se utilizó un pipeline computacional recientemente desarrollado (colgen) para mostrar la dinámica evolutiva minuto a minuto de los linajes, proporcionando evidencia visual rara de los roles del azar, la historia y la selección. Colgen, sustentado por un modelo bayesiano, se utilizó además para propagar cientos de mutaciones a través de series genealógicas temporales, predecir linajes y puntos de tiempo correspondientes a cambios de probable significancia adaptativa, y en un caso, mediante una combinación de secuenciación dirigida, genética y análisis de las consecuencias de la aptitud, se demostró el significancia adaptativa de una única mutación. En general, nuestros resultados arrojan luz sobre los mecanismos mediante los cuales los colectivos se adaptan a nuevos desafíos selectivos y demuestran el valor de los enfoques centrados en la genealogía para investigar la dinámica de la selección a nivel de linaje.

@article{doi101098rspb20241195,
    author = "Doulcier, Guilhem y Remigi, Philippe y Rexin, Daniel y Rainey, Paul B.",
    title = "Dinámica evolutiva de linajes multicelulares emergentes",
    year = "2025",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "El cambio dependiente de - emergió de novo. Se utilizó un pipeline computacional recientemente desarrollado (colgen) para mostrar la dinámica evolutiva minuto a minuto de los linajes, proporcionando evidencia visual rara de los roles del azar, la historia y la selección. Colgen, sustentado por un modelo bayesiano, se utilizó además para propagar cientos de mutaciones a través de series genealógicas temporales, predecir linajes y puntos de tiempo correspondientes a cambios de probable significancia adaptativa, y en un caso, mediante una combinación de secuenciación dirigida, genética y análisis de las consecuencias de la aptitud, se demostró el significancia adaptativa de una única mutación. En general, nuestros resultados arrojan luz sobre los mecanismos mediante los cuales los colectivos se adaptan a nuevos desafíos selectivos y demuestran el valor de los enfoques centrados en la genealogía para investigar la dinámica de la selección a nivel de linaje.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2024.1195",
    doi = "10.1098/rspb.2024.1195",
    openalex = "W4409912837",
    references = "doi101007978149390554612, doi101016jtree201206001, doi101093acprofoso97801992679720010001, doi101093acprofosobl97801995520470010001, doi101098rspb20241195, doi101111j155856461988tb02518x, doi101126science16238591243, doi101126scienceadr2756, doi101146annurevecolsys36102403114735, doi1023072410462, doulcier2024evolutionary, openalexw1511986666"
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, representativo de infecciones arcaicas y contemporáneas, para estudiar el impacto de las profundas diferencias históricas moldeadas por décadas de adaptación a presiones antibióticas y del hospedador variables. Evaluamos estos efectos comparando las respuestas inmediatas y adaptativas al antibiótico de último recurso, tigeciclina (TGC). Las cepas demostraron respuestas transcripcionales divergentes, sugiriendo que los niveles basales de transcritos pueden dictar las respuestas globales a los antibióticos. La evolución experimental en TGC reveló diferencias claras en la dinámica poblacional, con barridos duros en poblaciones fundadas por una cepa y ninguna mutación alcanzando fijación en la otra cepa. La RAM fue adquirida a través de mecanismos predecibles de aumento del eflujo y modificación del objetivo del fármaco; sin embargo, los objetivos de eflujo fueron dictados por el fondo de la cepa. La adaptación genética puede superar las diferencias históricas en las redes transcripcionales, ya que las poblaciones evolucionadas ya no muestran firmas transcriptómicas de respuesta al fármaco. Importantly, los compromisos entre aptitud y resistencia solo se observaron en linajes evolucionados a partir de la cepa arcaica, mientras que el aislado de referencia contemporáneo no sufrió defectos de aptitud. Esto sugiere que décadas de adaptación a antibióticos resultaron en mecanismos compensatorios preexistentes en el aislado más contemporáneo, un ejemplo importante de un efecto beneficioso de las contingencias históricas.

@article{doi101099mic0001570,
    author = "Rokes, Alecia B. y Santos-López, Alfonso y Cooper, Vaughn S.",
    title = "La historia moldea las respuestas regulatorias y evolutivas a la tigeciclina en dos cepas de referencia de Acinetobacter baumannii",
    year = "2025",
    journal = "Microbiology",
    abstract = ", representativo de infecciones arcaicas y contemporáneas, para estudiar el impacto de las profundas diferencias históricas moldeadas por décadas de adaptación a presiones antibióticas y del hospedador variables. Evaluamos estos efectos comparando las respuestas inmediatas y adaptativas al antibiótico de último recurso, tigeciclina (TGC). Las cepas demostraron respuestas transcripcionales divergentes, sugiriendo que los niveles basales de transcritos pueden dictar las respuestas globales a los antibióticos. La evolución experimental en TGC reveló diferencias claras en la dinámica poblacional, con barridos duros en poblaciones fundadas por una cepa y ninguna mutación alcanzando fijación en la otra cepa. La RAM fue adquirida a través de mecanismos predecibles de aumento del eflujo y modificación del objetivo del fármaco; sin embargo, los objetivos de eflujo fueron dictados por el fondo de la cepa. La adaptación genética puede superar las diferencias históricas en las redes transcripcionales, ya que las poblaciones evolucionadas ya no muestran firmas transcriptómicas de respuesta al fármaco. Importantly, los compromisos entre aptitud y resistencia solo se observaron en linajes evolucionados a partir de la cepa arcaica, mientras que el aislado de referencia contemporáneo no sufrió defectos de aptitud. Esto sugiere que décadas de adaptación a antibióticos resultaron en mecanismos compensatorios preexistentes en el aislado más contemporáneo, un ejemplo importante de un efecto beneficioso de las contingencias históricas.",
    url = "https://doi.org/10.1099/mic.0.001570",
    doi = "10.1099/mic.0.001570",
    openalex = "W4411147558",
    references = "doi101126scienceadr2756"
}

Para habitar en hábitats marinos, los peces marinos deben eliminar activamente el exceso de Na+ y Cl- que adquieren de su entorno. Estos iones son absorbidos pasivamente a través de las superficies corporales y mediante la ingestión de agua de mar (SW), lo cual es necesario para mantener el equilibrio hídrico. La secreción de sal ocurre mediante la acción de los 'ionocitos de tipo SW' ricos en mitocondrias en las branquias u otros órganos especializados en la secreción de sal. Durante casi 50 años, el modelo de ionocitos de tipo SW propuesto por Patricio Silva y sus colegas ha demostrado ser notablemente duradero. El modelo de Silva guió a los investigadores hacia la identificación de componentes moleculares clave de los ionocitos de tipo SW, como el regulador de conductancia transmembrana de la fibrosis quística 1 (Cftr1), el cotransportador 1 de Na+/K+/2Cl- (Nkcc1) y el canal de K+ rectificador hacia adentro (Kir). Sin embargo, hallazgos emergentes indican que mecanismos moleculares alternativos pueden complementar, o en algunos casos, operar en lugar de los incluidos en el modelo de Silva. En este comentario, argumentamos que es tiempo de evaluar críticamente si las estrategias basadas en ionocitos para la secreción de sal son más diversas de lo que se reconoce actualmente. Destacamos los desarrollos recientes sobre el funcionamiento de los ionocitos independientes de Cftr en lampreas, el papel emergente de la anoctamina 1 (Ano1) en lampreas y peces óseos, y diversas vías 'nuevas' para que el Cl- y el K+ entren y salgan de los ionocitos. Además, proponemos direcciones futuras de investigación para identificar mecanismos novedosos de secreción de sal en diversas linajes de peces marinos. Concluimos este comentario presentando tres hipótesis sobre la divergencia de la secreción de sal mediada por ionocitos en peces marinos y delineando un marco conceptual para considerar la homología evolutiva de los ionocitos secretoras de sal a través de los vertebrados.

@article{doi101242jeb251075,
    author = "Shaughnessy, C. y Breves, Jason P.",
    title = "Ionocitos secretoras de sal en peces marinos: nuevas dimensiones e implicaciones evolutivas de un modelo fundamental.",
    year = "2025",
    journal = "The Journal of experimental biology",
    abstract = "Para habitar en hábitats marinos, los peces marinos deben eliminar activamente el exceso de Na+ y Cl- que adquieren de su entorno. Estos iones son absorbidos pasivamente a través de las superficies corporales y mediante la ingestión de agua de mar (SW), lo cual es necesario para mantener el equilibrio hídrico. La secreción de sal ocurre mediante la acción de los 'ionocitos de tipo SW' ricos en mitocondrias en las branquias u otros órganos especializados en la secreción de sal. Durante casi 50 años, el modelo de ionocitos de tipo SW propuesto por Patricio Silva y sus colegas ha demostrado ser notablemente duradero. El modelo de Silva guió a los investigadores hacia la identificación de componentes moleculares clave de los ionocitos de tipo SW, como el regulador de conductancia transmembrana de la fibrosis quística 1 (Cftr1), el cotransportador 1 de Na+/K+/2Cl- (Nkcc1) y el canal de K+ rectificador hacia adentro (Kir). Sin embargo, hallazgos emergentes indican que mecanismos moleculares alternativos pueden complementar, o en algunos casos, operar en lugar de los incluidos en el modelo de Silva. En este comentario, argumentamos que es tiempo de evaluar críticamente si las estrategias basadas en ionocitos para la secreción de sal son más diversas de lo que se reconoce actualmente. Destacamos los desarrollos recientes sobre el funcionamiento de los ionocitos independientes de Cftr en lampreas, el papel emergente de la anoctamina 1 (Ano1) en lampreas y peces óseos, y diversas vías 'nuevas' para que el Cl- y el K+ entren y salgan de los ionocitos. Además, proponemos direcciones futuras de investigación para identificar mecanismos novedosos de secreción de sal en diversas linajes de peces marinos. Concluimos este comentario presentando tres hipótesis sobre la divergencia de la secreción de sal mediada por ionocitos en peces marinos y delineando un marco conceptual para considerar la homología evolutiva de los ionocitos secretoras de sal a través de los vertebrados.",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/5f9e689d82d3e0d9a60e4cd75793dd1f26ce3b7e",
    doi = "10.1242/jeb.251075",
    is_oa = "true",
    number = "21",
    semanticscholar_citation_count = "1",
    semanticscholar_id = "5f9e689d82d3e0d9a60e4cd75793dd1f26ce3b7e",
    volume = "228"
}