Felinos

@techreport{matthew1910the1,
    author = "Matthew, W. D",
    title = "La filogenia de los Felidae",
    year = "1910",
    howpublished = "American Museum of Natural History Bulletin, v. 28, p. 289-316",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Matthew, W. D., 1910, La filogenia de los Felidae: American Museum of Natural History Bulletin, v. 28, p. 289-316.}"
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Artículo de Revista La Filogenia de los Perros Obtener acceso W. D. Matthew W. D. Matthew Buscar otras obras de este autor en: Oxford Academic Google Scholar Journal of Mammalogy, Volumen 11, Número 2, 9 de mayo de 1930, Páginas 117–138, https://doi.org/10.2307/1374061 Publicado: 09 de mayo de 1930

@article{doi1023071374061,
    author = "Matthew, W. D.",
    title = "The Phylogeny of Dogs",
    year = "1930",
    journal = "Journal of Mammalogy",
    abstract = "Journal Article The Phylogeny of Dogs Get access W. D. Matthew W. D. Matthew Search for other works by this author on: Oxford Academic Google Scholar Journal of Mammalogy, Volume 11, Issue 2, 9 May 1930, Pages 117–138, https://doi.org/10.2307/1374061 Published: 09 May 1930",
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    doi = "10.2307/1374061",
    openalex = "W2043325306"
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Se describe en detalle la región auditiva de los Felidae fósiles de Norteamérica. En los Felidae del Oligoceno, los caracteres de esta región, especialmente los forámenes asociados a las venas y arterias de la cabeza, son similares a los de los Canidae modernos en lugar de los Felidae. Por el contrario, todos los géneros del Mioceno medio (post-John Day) y posteriores tienen caracteres típicos felinos en esta parte del cráneo. Esto tiene una profunda importancia para la filogenia y la taxonomía mayor de la familia. Si alguna de las especies de felinos del Oligoceno es ancestral a las formas modernas, debe haber ocurrido una evolución tanto del sistema venoso y arterial de la cabeza como de la bula auditiva. Esto es bastante posible, ya que no solo hay apoyo teórico para ello en la ontogenia de los géneros modernos, sino que existen especies que tienen caracteres que vinculan a los Paleofelidos con los Neofelidos. No obstante, postular tal evolución es un paso radical ya que pone en duda la validez de la clasificación actual de superfamilia de los Carnívoros. Este arreglo se basa principalmente en la homología de la bula bicameral y en la presencia o ausencia del foramen postglenoideo. Si, como este artículo intenta demostrar, estas estructuras no son homólogas, sino que han evolucionado independientemente en los Vivéridos y Felinos (y en otras familias), las categorías Aeluroidea y Arctoidea de Flower (Feloidea y Canoidea de Simpson) no tienen significado filogenético, pero son a lo sumo divisiones convenientes aplicables solo a géneros modernos.

@article{doi103133pp243g,
    author = "Hough, Jean",
    title = "Región auditiva en Felidae fósiles de Norteamérica; su importancia en la filogenia",
    year = "1953",
    journal = "documento profesional del USGS",
    abstract = "Se describe en detalle la región auditiva de los Felidae fósiles de Norteamérica. En los Felidae del Oligoceno, los caracteres de esta región, especialmente los forámenes asociados a las venas y arterias de la cabeza, son similares a los de los Canidae modernos en lugar de los Felidae. Por el contrario, todos los géneros del Mioceno medio (post-John Day) y posteriores tienen caracteres típicos felinos en esta parte del cráneo. Esto tiene una profunda importancia para la filogenia y la taxonomía mayor de la familia. Si alguna de las especies de felinos del Oligoceno es ancestral a las formas modernas, debe haber ocurrido una evolución tanto del sistema venoso y arterial de la cabeza como de la bula auditiva. Esto es bastante posible, ya que no solo hay apoyo teórico para ello en la ontogenia de los géneros modernos, sino que existen especies que tienen caracteres que vinculan a los Paleofelidos con los Neofelidos. No obstante, postular tal evolución es un paso radical ya que pone en duda la validez de la clasificación actual de superfamilia de los Carnívoros. Este arreglo se basa principalmente en la homología de la bula bicameral y en la presencia o ausencia del foramen postglenoideo. Si, como este artículo intenta demostrar, estas estructuras no son homólogas, sino que han evolucionado independientemente en los Vivéridos y Felinos (y en otras familias), las categorías Aeluroidea y Arctoidea de Flower (Feloidea y Canoidea de Simpson) no tienen significado filogenético, pero son a lo sumo divisiones convenientes aplicables solo a géneros modernos.",
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    doi = "10.3133/pp243g",
    openalex = "W1520885139",
    references = "doi1010970000505319400100000088, doi101111j146979981869tb07286x, doi1023071374061, doi1023072405524, openalexw2596252908, openalexw2809958608, openalexw609226402"
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@article{doi101111j1469185x1966tb01624x,
    author = "Gould, Stephen Jay",
    title = "ALLOMETRY AND SIZE IN ONTOGENY AND PHYLOGENY",
    year = "1966",
    journal = "Biological reviews/Revisión biológica de la Sociedad Filosófica de Cambridge",
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* *1. Prospecto * Parte I: Recapitulación *2. La Tradición Analogista desde Anaximandro hasta Bonnet * ¿Las Semillas de la Recapitulación en la Ciencia Griega? * Ontogenia y Filogenia en el Conflicto de la Epigénesis: El Idilio de Charles Bonnet * Apéndice: La Revolución en *3. Orígenes Transcendentales, 1793--1860 * Naturphilosophie: Una Expresión del Desarrollismo * Dos Destacados Recapitulacionistas entre los Naturphilosophen: Oken y Meckel * La Clasificación de Animales de Oken: Adiciones Lineales de Órganos * La Solemne Declaración de los Mismos Principios por J. F. Meckel * Serres y los Transcendentales Franceses * Recapitulación y la Teoría de las Paradas del Desarrollo * La Crítica de la Recapitulación por Von Baer * La Dirección del Desarrollo y la Clasificación de Animales * Von Baer y la Naturphilosophie: ¿Cuál es la Dirección Universal del Desarrollo? * Louis Agassiz y el Triple Paralelismo *4. Triunfo Evolutivo, 1859--1900 * Teoría Evolutiva y Práctica Zoológica * Darwin y la Evolución de las Leyes de Von Baer * Evolución y la Mecánica de la Recapitulación * Ernst Haeckel: Filogenia como Causa Mecánica de la Ontogenia * El Mecanismo de la Recapitulación * Los Neolamarckianos Americanos: La Ley de Aceleración como Motor de la Evolución * Evolución Progresiva por Aceleración * El Alcance del Paralelismo * ¿Por Qué la Recapitulación Domina la Historia de la Vida? * Alpheus Hyatt y la Aceleración Universal * Lamarckismo y la Analogía de la Memoria * Recapitulación y Darwinismo * Apéndice: La Traducción Evolutiva de las Leyes de Von Baer *5. Influencia Pervasiva * Antropología Criminal * Racismo * Desarrollo Infantil * Educación Primaria * Psicoanálisis Freudiano * Epílogo *6. Declive, Caída y Generalización * Un Argumento Astuto * Una Crítica Empírica * Órganos o Antepasados: La Transformación de la Heterocronía de Haeckel * Interpolaciones en las Etapas Juveniles * Introducción de Características Juveniles en los Adultos de los Descendientes * ¿Qué Se Había Convertido en la Crítica de Von Baer? * Negligencia Benigna: Recapitulación y el Auge de la Embriología Experimental * Los Supuestos Previos de la Recapitulación * Wilhelm His y su Embriología Fisiológica: Un Enfrentamiento Preliminar * La Entwicklungsmechanik de Roux y la Ley Biogénica * Recapitulación y Cuestiones Sustantivas en la Embriología Experimental: El Nuevo Preformismo * La Resurrección de Mendel, la Caída de Haeckel y la Generalización de la Recapitulación * Parte II: Heterocronía y Paedomorfosis *7. Heterocronía y el Paralelo entre Ontogenia y Filogenia * Aceleración y Retardación * Confusión en y después del Legado de Haeckel * Pautas para una Resolución * La Reducción de las Categorías de Heterocronía de de Beer a Aceleración y Retardación * Una Paradoja Histórica: La Presunta Dominancia de la Recapitulación * Disociabilidad y Heterocronía * Correlación y Disociabilidad * Disociación de los Tres Procesos * Una Métrica para la Disociación * El Desplazamiento Temporal como Mecanismo de Disociación * Un Modelo de Reloj de la Heterocronía * Apéndice: Una Nota sobre la Representación Multivariante de la Disociación *8. La Significación Ecológica y Evolutiva de la Heterocronía * El Argumento de la Frecuencia * La Importancia de la Recapitulación * La Importancia del Cambio Heterocrónico: Casos Seleccionados * Frecuencia de la Paedomorfosis en el Origen de los Taxones Superiores * Una Crítica de la Significación Clásica de la Heterocronía * Los Argumentos Clásicos * Significación Retrospectiva e Inmediata * Heterocronía, Ecología y Estrategias de Historia de Vida * La Posible Facilidad y Rapidez del Cambio Heterocrónico * El Control de la Metamorfosis en los Insectos * Paedomorfosis Anfibia y la Glándula Tiroides *9. Progénesis y Neotenia Progénesis Insectil * Protesis y Metatesis * Paedogénesis (Progénesis Partenogenética) en Mosquitos de la Gallina y Escarabajos * Progénesis en Áfidos Alados Partenogenéticos * Casos Adicionales de Progénesis con una Base Ecológica Similar * Locustas Solitarias Neoténicas: ¿Son una Excepción a la Regla? * Neotenia Anfibia * Los Determinantes Ecológicos de la Progénesis * Entornos Inestables * Colonización * Parásitos * Dispersión Masculina * La Progénesis como Respuesta Adaptativa a las Presiones por el Tamaño Pequeño * El Papel de la Heterocronía en la Macroevolución: Flexibilidades Contrastantes para la Progénesis y la Neotenia * Progénesis * Neotenia * Los Correlatos Sociales de la Neotenia en los Vertebrados Superiores *10. Retardación y Neotenia en la Evolución Humana * Las Semillas de la Neotenia * La Teoría de la Fetalización de Louis Bolk * Los Datos de Bolk * La Interpretación de Bolk * La Teoría Evolutiva de Bolk * Una Tradición de Argumentación * Retardación en la Evolución Humana * Morfología en la Matriz de la Retardación * Sobre la Enumeración * Sobre los Prototipos * Sobre la Correlación * La Significación Adaptativa del Desarrollo Retardado *11. Epílogo * Notas * Bibliografía * Glosario * Índice

@book{openalexw2506868775,
    author = "Gould, Stephen Jay",
    title = "Ontogenia y Filogenia",
    year = "1977",
    abstract = "* *1. Prospecto * Parte I: Recapitulación *2. La Tradición Analogista desde Anaximandro hasta Bonnet * ¿Las Semillas de la Recapitulación en la Ciencia Griega? * Ontogenia y Filogenia en el Conflicto de la Epigénesis: El Idilio de Charles Bonnet * Apéndice: La Revolución en *3. Orígenes Transcendentales, 1793--1860 * Naturphilosophie: Una Expresión del Desarrollismo * Dos Líderes Recapitulacionistas entre los Naturphilosophen: Oken y Meckel * La Clasificación de los Animales de Oken: Adiciones Lineales de Órganos * La Enunciación Sobria de los Mismos Principios por J. F. Meckel * Serres y los Transcendentalistas Franceses * Recapitulación y la Teoría de las Paradas del Desarrollo * La Crítica de la Recapitulación por Von Baer * La Dirección del Desarrollo y la Clasificación de los Animales * Von Baer y la Naturphilosophie: ¿Cuál es la Dirección Universal del Desarrollo? * Louis Agassiz y el Trifurcado Paralelismo *4. Triunfo Evolutivo, 1859--1900 * Teoría Evolutiva y Práctica Zoológica * Darwin y la Evolución de las Leyes de Von Baer * Evolución y la Mecánica de la Recapitulación * Ernst Haeckel: La Filogenia como Causa Mecánica de la Ontogenia * El Mecanismo de la Recapitulación * Los Neolamarckianos Americanos: La Ley de Aceleración como Motor de la Evolución * Evolución Progresiva por Aceleración * El Alcance del Paralelismo * ¿Por Qué la Recapitulación Domina la Historia de la Vida? * Alpheus Hyatt y la Aceleración Universal * Lamarckismo y la Analogía de la Memoria * Recapitulación y Darwinismo * Apéndice: La Traducción Evolutiva de las Leyes de Von Baer *5. Influencia Pervasiva * Antropología Criminal * Racismo * Desarrollo Infantil * Educación Primaria * Psicoanálisis Freudiano * Epílogo *6. Declive, Caída y Generalización * Un Argumento Astuto * Una Crítica Empírica * Órganos o Antepasados: La Transformación de la Heterocronía de Haeckel * Interpolaciones en las Etapas Juveniles * Introducción de Características Juveniles en los Adultos de los Descendientes * ¿Qué Se Había Convertido en la Crítica de Von Baer? * Negligencia Benigna: Recapitulación y el Auge de la Embriología Experimental * Los Supuestos Previos de la Recapitulación * Wilhelm His y su Embriología Fisiológica: Un Enfrentamiento Preliminar * La Entwicklungsmechanik de Roux y la Ley Biogénica * Recapitulación y Cuestiones Sustantivas en la Embriología Experimental: El Nuevo Preformismo * La Resurrección de Mendel, la Caída de Haeckel y la Generalización de la Recapitulación * Parte II: Heterocronía y Paedomorfosis *7. Heterocronía y el Paralelo entre Ontogenia y Filogenia * Aceleración y Retardación * Confusión en y después del Legado de Haeckel * Directrices para una Resolución * La Reducción de las Categorías de Heterocronía de de Beer a Aceleración y Retardación * Una Paradoja Histórica: La Presunta Dominancia de la Recapitulación * Disociabilidad y Heterocronía * Correlación y Disociabilidad * Disociación de los Tres Procesos * Una Métrica para la Disociación * El Desplazamiento Temporal como Mecanismo de Disociación * Un Modelo de Reloj de la Heterocronía * Apéndice: Una Nota sobre la Representación Multivariante de la Disociación *8. La Significación Ecológica y Evolutiva de la Heterocronía * El Argumento de la Frecuencia * La Importancia de la Recapitulación * La Importancia del Cambio Heterocrónico: Casos Seleccionados * Frecuencia de la Paedomorfosis en el Origen de los Taxones Superiores * Una Crítica de la Significación Clásica de la Heterocronía * Los Argumentos Clásicos * Significación Retrospectiva e Inmediata * Heterocronía, Ecología y Estrategias de Historia de Vida * La Potencial Facilidad y Rapidez del Cambio Heterocrónico * El Control de la Metamorfosis en los Insectos * Paedomorfosis Anfibia y la Glándula Tiroides *9. Progénesis y Neotenia Progénesis Insectil * Protesis y Metatesis * Paedogénesis (Progénesis Partenogénica) en Mosquitos de la Gallina y Escarabajos * Progénesis en Áfidos Alados Partenogénicos * Casos Adicionales de Progénesis con una Base Ecológica Similar * Locustas Solitarias Neoténicas: ¿Son una Excepción a la Regla? * Neotenia Anfibia * Los Determinantes Ecológicos de la Progénesis * Entornos Inestables * Colonización * Parásitos * Dispersión Masculina * La Progénesis como Respuesta Adaptativa a las Presiones por el Tamaño Pequeño * El Papel de la Heterocronía en la Macroevolución: Flexibilidades Contrastantes para la Progénesis y la Neotenia * Progénesis * Neotenia * Los Correlatos Sociales de la Neotenia en los Vertebrados Superiores *10. Retardación y Neotenia en la Evolución Humana * Las Semillas de la Neotenia * La Teoría de la Fetalización de Louis Bolk * Los Datos de Bolk * La Interpretación de Bolk * La Teoría Evolutiva de Bolk * Una Tradición de Argumentación * Retardación en la Evolución Humana * Morfología en la Matriz de la Retardación * Sobre la Enumeración * Sobre los Prototipos * Sobre la Correlación * La Significación Adaptativa del Desarrollo Retardado *11. Epílogo * Notas * Bibliografía * Glosario * Índice",
    openalex = "W2506868775",
    references = "doi101086409052, doi101146annureves08110177001045"
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Los estudios comparativos de la relación entre dos fenotipos, o entre un fenotipo y un entorno, se realizan frecuentemente mediante métodos estadísticos inválidos. La mayoría de los métodos de regresión, correlación y tablas de contingencia, incluidos los métodos no paramétricos, asumen que los puntos se extraen de forma independiente de una distribución común. Cuando las especies se toman de una filogenia ramificada, manifiestamente no son independientes. El uso de un método estadístico que asume independencia causará una sobreestimación de la significancia en las pruebas de hipótesis. Se han dado algunos ejemplos ilustrativos de estos fenómenos y se han discutido las limitaciones de las propuestas anteriores de formas de corregir la no independencia. Se ha propuesto un método para corregir la filogenia. Requiere que conozcamos tanto la topología del árbol como las longitudes de las ramas, y que estemos dispuestos a permitir que los caracteres se modelen mediante movimiento browniano en una escala lineal. Dadas estas condiciones, la filogenia especifica un conjunto de contrastes entre especies, contrastes que son estadísticamente independientes y pueden utilizarse en estudios de regresión o correlación. Se han discutido las considerables barreras para hacer un uso práctico de esta técnica.

@article{doi101086284325,
    author = "Felsenstein, Joseph",
    title = "Filogenias y el método comparativo",
    year = "1985",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "Los estudios comparativos de la relación entre dos fenotipos, o entre un fenotipo y un entorno, se realizan frecuentemente mediante métodos estadísticos inválidos. La mayoría de los métodos de regresión, correlación y tablas de contingencia, incluidos los métodos no paramétricos, asumen que los puntos se extraen de forma independiente de una distribución común. Cuando las especies se toman de una filogenia ramificada, manifiestamente no son independientes. El uso de un método estadístico que asume independencia causará una sobreestimación de la significancia en las pruebas de hipótesis. Se han dado algunos ejemplos ilustrativos de estos fenómenos y se han discutido las limitaciones de las propuestas anteriores de formas de corregir la no independencia. Se ha propuesto un método para corregir la filogenia. Requiere que conozcamos tanto la topología del árbol como las longitudes de las ramas, y que estemos dispuestos a permitir que los caracteres se modelen mediante movimiento browniano en una escala lineal. Dadas estas condiciones, la filogenia especifica un conjunto de contrastes entre especies, contrastes que son estadísticamente independientes y pueden utilizarse en estudios de regresión o correlación. Se han discutido las considerables barreras para hacer un uso práctico de esta técnica.",
    url = "https://doi.org/10.1086/284325",
    doi = "10.1086/284325",
    openalex = "W2013410948",
    references = "doi101007bf01734359, doi101038290699a0, doi101038293057a0, doi101093sysbio274401, doi101111j155856461981tb04991x, doi101126science1864167892, doi101126science6407108, doi101146annureves14110183001525, openalexw191281502, openalexw3045142570"
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Resumen- Varios cladistas prominentes han cuestionado la importancia de los fósiles en la inferencia filogenética, y cada vez es más popular simplemente ajustar las formas extintas, si se las considera en absoluto, a un cladograma de taxones recientes. El estudio de la filogenia de amniotas de Gardiner (1982) y Løvtrup (1985) ejemplifica este tratamiento diferencial, y nos enfocamos en ese grupo de organismos para probar la proposición de que los fósiles no pueden derrocar una teoría de relaciones basada únicamente en la biota reciente. Nuestro análisis de parsimonia de la filogenia de amniotas, evitando cuidadosamente el conocimiento especial aportado por los fósiles, condujo a la siguiente clasificación mejor ajustada, que es similar a la hipótesis novedosa publicada por Gardiner: (lepidosaurios (tortugas (mamíferos (aves, cocodrilos)))). Sin embargo, añadir fósiles resultó en un cladograma más parsimonioso de los taxones existentes marcadamente diferente: (mamíferos (tortugas (lepidosaurios (aves, cocodrilos)))). Esa clasificación es similar a la hipótesis tradicional, y proporciona un mejor ajuste al registro estratigráfico. Para aislar los taxones extintos responsables de dicha clasificación, los datos se dividieron sucesivamente en cada análisis filogenético, y concluímos que: (1) los fósiles del grupo interno, no los del grupo externo, fueron importantes; (2) los fósiles sinápsidos, no reptilianos, fueron fundamentales; (3) ciertos fósiles sinápsidos, no los más tempranos o tardíos, fueron responsables. La naturaleza crítica de los fósiles sinápsidos parece residir en la combinación particular de listas de caracteres primitivos y derivados que exhibieron. Clasificar esos fósiles, junto con los mamíferos, como el grupo hermano de la línea que consiste en aves y cocodrilos resultó en un ajuste relativamente pobre a los datos; uno que involucró un aumento de 2 a 4 veces en las reversales evolutivas. Por lo tanto, la importancia de los fósiles críticos, colectiva o individualmente, parece residir en su relativa primitividad, y la explicación más simple para su naturaleza más conservadora es que han tenido menos tiempo para evolucionar. Aunque los fósiles pueden ser importantes en la inferencia filogenética solo bajo ciertas condiciones, no hay razón convincente para prejuzgar su contribución. Instamos a los sistemáticos a evaluar con equidad toda la evidencia disponible.

@article{doi101111j109600311988tb00514x,
    author = "Gauthier, Jacques and Kluge, Arnold G. and Rowe, Timothy",
    title = "AMNIOTE PHYLOGENY AND THE IMPORTANCE OF FOSSILS",
    year = "1988",
    journal = "Cladistics",
    abstract = "Resumen- Varios cladistas prominentes han cuestionado la importancia de los fósiles en la inferencia filogenética, y cada vez es más popular simplemente ajustar las formas extintas, si se las considera en absoluto, a un cladograma de taxones recientes. El estudio de la filogenia de amniotas de Gardiner (1982) y Løvtrup (1985) ejemplifica este tratamiento diferencial, y nos enfocamos en ese grupo de organismos para probar la proposición de que los fósiles no pueden derrocar una teoría de relaciones basada únicamente en la biota reciente. Nuestro análisis de parsimonia de la filogenia de amniotas, evitando cuidadosamente el conocimiento especial aportado por los fósiles, condujo a la siguiente clasificación mejor ajustada, que es similar a la hipótesis novedosa publicada por Gardiner: (lepidosaurios (tortugas (mamíferos (aves, cocodrilos)))). Sin embargo, añadir fósiles resultó en un cladograma más parsimonioso de los taxones existentes marcadamente diferente: (mamíferos (tortugas (lepidosaurios (aves, cocodrilos)))). Esa clasificación es similar a la hipótesis tradicional, y proporciona un mejor ajuste al registro estratigráfico. Para aislar los taxones extintos responsables de dicha clasificación, los datos se dividieron sucesivamente en cada análisis filogenético, y concluímos que: (1) los fósiles del grupo interno, no los del grupo externo, fueron importantes; (2) los fósiles sinápsidos, no reptilianos, fueron fundamentales; (3) ciertos fósiles sinápsidos, no los más tempranos o tardíos, fueron responsables. La naturaleza crítica de los fósiles sinápsidos parece residir en la combinación particular de listas de caracteres primitivos y derivados que exhibieron. Clasificar esos fósiles, junto con los mamíferos, como el grupo hermano de la línea que consiste en aves y cocodrilos resultó en un ajuste relativamente pobre a los datos; uno que involucró un aumento de 2 a 4 veces en las reversales evolutivas. Por lo tanto, la importancia de los fósiles críticos, colectiva o individualmente, parece residir en su relativa primitividad, y la explicación más simple para su naturaleza más conservadora es que han tenido menos tiempo para evolucionar. Aunque los fósiles pueden ser importantes en la inferencia filogenética solo bajo ciertas condiciones, no hay razón convincente para prejuzgar su contribución. Instamos a los sistemáticos a evaluar con equidad toda la evidencia disponible.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-0031.1988.tb00514.x",
    doi = "10.1111/j.1096-0031.1988.tb00514.x",
    openalex = "W1978557909",
    references = "crossref1943the, currie1985cranial, doi101001jama194302840160064031, doi1010079781468488517, doi101007978146848851721, doi101016002555648290027x, doi1010160169534789901626, doi101016b9781483198279500198, doi101016b9781483231426500124, doi101017cbo9780511693281002, doi101038142004a0, doi10108002724634198810011708, doi101086628623, doi101093sysbio1811, doi101093sysbio33183, doi1010970000505319311100000026, doi101098rstb19830079, doi101111j109636421977tb01031x, doi101111j109636421985tb01796x, doi101146annureven10010165000525, doi1023071005355, doi1023071220820, doi1023071292217, doi1023071441916, doi1023072412407, doi1023072412685, doi1023072413134, doi1023072413259, doi1023072413454, doi1023072485224, doi105281zenodo16171435, doi10560219780801847806, doi105962bhltitle6408, doi105962bhltitle82144, openalexw1534787790, openalexw1534857865, openalexw2954279587, openalexw2983381470, openalexw3146596760, openalexw3184837389, openalexw575222456, roaf1943the"
}

Los sistematistas y los genetistas evolutivos no suelen hablar entre sí, y rutinariamente desprecian el trabajo del otro como de poca relevancia para la evolución. Los sistematistas a veces invocan el argumento de los evolucionistas puntuados de que la mayoría del cambio evolutivo no ocurre por selección individual y, por lo tanto, los fenómenos dentro de la población son en gran parte irrelevantes para la evolución. A veces hacen la afirmación de los cladistas de patrones de que los procesos evolutivos no pueden inferirse de ninguna observación sobre el patrón, ni tampoco el conocimiento de los procesos evolutivos puede informar las inferencias sobre el patrón. Más frecuentemente, los sistematistas sienten, con considerable justificación, que los genetistas evolutivos simplemente han fallado en ocuparse de los caracteres morfológicos y los datos sobre las diferencias entre especies. Los genetistas evolutivos, a su vez, descartan la idea de que los estudios que comparan especies antiguamente divergentes, utilizando caracteres morfológicos muy alejados del nivel del gen y utilizando métodos no cuantitativos, puedan ser sólidos en sus inferencias de patrón o puedan arrojar mucha luz sobre los procesos evolutivos. Los cambios en los métodos de recopilación y análisis de datos están invalidando algunas de estas opiniones. Los datos moleculares, como las secuencias de ácidos nucleicos, nos proporcionan observaciones a nivel genético que son comparables en muchas especies, y la consideración de estos datos ha llevado a los genetistas de poblaciones a cruzar la barrera de las especies. La disponibilidad de microordenadores y digitalizadores está llevando a una mayor cuantificación de los datos morfológicos por parte de los sistematistas, y el campo de

@article{doi101146annureves19110188002305,
    author = "Felsenstein, Joseph",
    title = "FILogenias y caracteres cuantitativos",
    year = "1988",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "Los sistematistas y los genetistas evolutivos no suelen hablar entre sí, y rutinariamente desprecian el trabajo del otro como de poca relevancia para la evolución. Los sistematistas a veces invocan el argumento de los evolucionistas puntuados de que la mayoría del cambio evolutivo no ocurre por selección individual y, por lo tanto, los fenómenos dentro de la población son en gran parte irrelevantes para la evolución. A veces hacen la afirmación de los cladistas de patrones de que los procesos evolutivos no pueden inferirse de ninguna observación sobre el patrón, ni tampoco el conocimiento de los procesos evolutivos puede informar las inferencias sobre el patrón. Más frecuentemente, los sistematistas sienten, con considerable justificación, que los genetistas evolutivos simplemente han fallado en ocuparse de los caracteres morfológicos y los datos sobre las diferencias entre especies. Los genetistas evolutivos, a su vez, descartan la idea de que los estudios que comparan especies antiguamente divergentes, utilizando caracteres morfológicos muy alejados del nivel del gen y utilizando métodos no cuantitativos, puedan ser sólidos en sus inferencias de patrón o puedan arrojar mucha luz sobre los procesos evolutivos. Los cambios en los métodos de recopilación y análisis de datos están invalidando algunas de estas opiniones. Los datos moleculares, como las secuencias de ácidos nucleicos, nos proporcionan observaciones a nivel genético que son comparables en muchas especies, y la consideración de estos datos ha llevado a los genetistas de poblaciones a cruzar la barrera de las especies. La disponibilidad de microordenadores y digitalizadores está llevando a una mayor cuantificación de los datos morfológicos por parte de los sistematistas, y el campo de",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.es.19.110188.002305",
    doi = "10.1146/annurev.es.19.110188.002305",
    openalex = "W2110224102"
}

@incollection{doi101007978146130855319,
    author = "Wozencraft, W. Chris",
    title = "La filogenia de los carnívoros recientes",
    year = "1989",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-1-4613-0855-3\_19",
    doi = "10.1007/978-1-4613-0855-3\_19",
    openalex = "W4211065429",
    references = "andgray1843list, doi101002jmor1051430103, doi10100797814684216682, doi1010160011747173900107, doi10108011035898309454564, doi101146annureven10010165000525, doi1023071441916, doi1023072992297, doi1023073280934, doi103133pp243g, doi105281zenodo18028696, openalexw1988829823"
}

@incollection{doi101007978147574716419,
    author = "Wozencraft, W. Chris",
    title = "La filogenia de los carnívoros recientes",
    year = "1989",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-1-4757-4716-4\_19",
    doi = "10.1007/978-1-4757-4716-4\_19",
    openalex = "W1485845513",
    references = "doi103133pp243g"
}

@article{openalexw3199943451,
    author = "Felsenstein, Joe",
    title = "PHYLIP-Phylogeny inference package (Version 3.2)",
    year = "1989",
    journal = "Cladistics",
    openalex = "W3199943451"
}

@article{doi101098rspb19940006,
    title = "Detecting correlated evolution on phylogenies: a general method for the comparative analysis of discrete characters",
    year = "1994",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.1994.0006",
    doi = "10.1098/rspb.1994.0006",
    openalex = "W2134871125",
    references = "doi101098rstb19890106"
}

Las secuencias moleculares variables muestreadas de una población pueden utilizarse para inferir su historia dinámica. Se desarrollan y aplican métodos gráficos a datos reales, ilustrando formas de navegar por el espacio de hipótesis con dos puntos de referencia: tamaño poblacional constante y tamaño poblacional en crecimiento exponencial.

@article{doi101098rstb19950087,
    author = "Nee, Sean y Holmes, Eddie C. y Rambaut, Andrew y Harvey, Paul",
    title = "Inferir la historia poblacional a partir de filogenias moleculares",
    year = "1995",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Las secuencias moleculares variables muestreadas de una población pueden utilizarse para inferir su historia dinámica. Se desarrollan y aplican métodos gráficos a datos reales, ilustrando formas de navegar por el espacio de hipótesis con dos puntos de referencia: tamaño poblacional constante y tamaño poblacional en crecimiento exponencial.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.1995.0087",
    doi = "10.1098/rstb.1995.0087",
    openalex = "W1978546114"
}

Bruce G. Baldwin, Michael J. Sanderson, J. Mark Porter, Martin F. Wojciechowski, Christopher S. Campbell, Michael J. Donoghue, The its Region of Nuclear Ribosomal DNA: A Valuable Source of Evidence on Angiosperm Phylogeny, Annals of the Missouri Botanical Garden, Vol. 82, No. 2 (1995), pp. 247-277

@article{doi1023072399880,
    author = "Baldwin, Bruce G. y Sanderson, Michael J. y Porter, J. Mark y Wojciechowski, Martin F. y Campbell, Christopher S. y Donoghue, Michael J.",
    title = "The its Region of Nuclear Ribosomal DNA: A Valuable Source of Evidence on Angiosperm Phylogeny",
    year = "1995",
    journal = "Annals of the Missouri Botanical Garden",
    abstract = "Bruce G. Baldwin, Michael J. Sanderson, J. Mark Porter, Martin F. Wojciechowski, Christopher S. Campbell, Michael J. Donoghue, The its Region of Nuclear Ribosomal DNA: A Valuable Source of Evidence on Angiosperm Phylogeny, Annals of the Missouri Botanical Garden, Vol. 82, No. 2 (1995), pp. 247-277",
    url = "https://doi.org/10.2307/2399880",
    doi = "10.2307/2399880",
    openalex = "W2315674852",
    references = "doi101073pnas86239355, doi101093sysbio3817, doi1023072399846, doi1023072419070, doi105860choice392183"
}

@article{doi101006mpev19960085,
    author = "Masuda, Ryuichi y Lopez, Jose V. y Slattery, Jill Pecon y Yuhki, Naoya y O’Brien, Stephen J.",
    title = "Filogenia molecular de las secuencias de citocromo b mitocondrial y ARNr 12S en Felidae: Linajes de ocelote y gato doméstico",
    year = "1996",
    journal = "Molecular Phylogenetics and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1006/mpev.1996.0085",
    doi = "10.1006/mpev.1996.0085",
    openalex = "W2066181980",
    references = "doi1010079781461523819, doi101007bf01731581, doi101038290457a0, doi101073pnas74125463, doi101073pnas86166196, doi101093oxfordjournalsmolbeva040454, doi10113719781611970319, doi1023072992540, openalexw2144634347, openalexw3199943451"
}

SEAVIEW y PHYLO_WIN son dos herramientas gráficas para ordenadores X Windows-Unix dedicadas al alineamiento de secuencias y la filogenética molecular. SEAVIEW es un editor de alineamiento de secuencias que permite el alineamiento manual o automático a través de una interfaz con el programa CLUSTALW. El alineamiento de secuencias grandes con extensas diferencias de longitud se facilita mediante una rutina basada en gráficos de puntos. El programa PHYLO_WIN permite la construcción de árboles filogenéticos según los métodos más usuales (unión vecinal con numerosas estimaciones de distancia, máxima parsimonia, máxima verosimilitud), y un análisis de bootstrap con cualquiera de ellos. Los árboles reconstruidos pueden dibujarse, editarse, imprimirse, almacenarse y evaluarse según numerosos criterios. Los grupos taxonómicos de especies y conjuntos de regiones conservadas pueden definirse con el ratón y almacenarse en archivos de secuencias, evitando así múltiples archivos de datos. Ambas herramientas son completamente controladas por el ratón. La ayuda en línea las hace fáciles de usar. Están disponibles gratuitamente por ftp anónimo en biom3.univ-lyon1.fr/pub/ mol_phylogeny o http:@acnuc.univ-lyon1.fr/, o por correo electrónico a galtier@biomserv.univ-lyon1.fr.

@article{doi101093bioinformatics126543,
    author = "Galtier, Nicolas y Gouy, Manolo y Gautier, Christian",
    title = "SEAVIEW y PHYLO\_WIN: dos herramientas gráficas para alineamiento de secuencias y filogenia molecular",
    year = "1996",
    journal = "Aplicaciones informáticas en las ciencias biológicas",
    abstract = "SEAVIEW y PHYLO\_WIN son dos herramientas gráficas para ordenadores X Windows-Unix dedicadas al alineamiento de secuencias y la filogenética molecular. SEAVIEW es un editor de alineamiento de secuencias que permite el alineamiento manual o automático a través de una interfaz con el programa CLUSTALW. El alineamiento de secuencias grandes con extensas diferencias de longitud se facilita mediante una rutina basada en gráficos de puntos. El programa PHYLO\_WIN permite la construcción de árboles filogenéticos según los métodos más usuales (unión vecinal con numerosas estimaciones de distancia, máxima parsimonia, máxima verosimilitud), y un análisis de bootstrap con cualquiera de ellos. Los árboles reconstruidos pueden dibujarse, editarse, imprimirse, almacenarse y evaluarse según numerosos criterios. Los grupos taxonómicos de especies y conjuntos de regiones conservadas pueden definirse con el ratón y almacenarse en archivos de secuencias, evitando así múltiples archivos de datos. Ambas herramientas son completamente controladas por el ratón. La ayuda en línea las hace fáciles de usar. Están disponibles gratuitamente por ftp anónimo en biom3.univ-lyon1.fr/pub/ mol\_phylogeny o http:@acnuc.univ-lyon1.fr/, o por correo electrónico a galtier@biomserv.univ-lyon1.fr.",
    url = "https://doi.org/10.1093/bioinformatics/12.6.543",
    doi = "10.1093/bioinformatics/12.6.543",
    openalex = "W2149160071",
    references = "doi101007978140206754912413, doi101007bf02407308, doi101093oxfordjournalsmolbeva040343"
}

Este artículo considera los problemas estadísticos relevantes para el método comparativo en biología evolutiva. Se presenta un modelo lineal generalizado (GLM) para el análisis de datos comparativos, que puede utilizarse para abordar preguntas sobre la relación entre rasgos o entre rasgos y entornos, la tasa de evolución fenotípica, el grado de efecto filogenético y el estado ancestral de un carácter. Nuestro enfoque destaca así la similitud entre las preguntas evolutivas planteadas en estudios comparativos. A continuación, discutimos formas de especificar las fuentes de error involucradas en un estudio comparativo (por ejemplo, error de medición, error debido a la evolución a lo largo de una filogenia, error debido a la incorrecta especificación de una filogenia) y mostramos cómo tener en cuenta el impacto de estas fuentes de error en un análisis comparativo. A diferencia de la mayoría de los métodos comparativos filogenéticos existentes, nuestro procedimiento ofrece una flexibilidad sustancial en la elección de las suposiciones microevolutivas que subyacen al análisis estadístico, permitiendo a los investigadores elegir las suposiciones más apropiadas para su conjunto particular de datos y pregunta evolutiva. En el desarrollo del enfoque, también proponemos formas novedosas de incorporar la variación intraespecífica y/o el error de medición en los análisis filogenéticos, de estimar los estados ancestrales y de considerar tanto caracteres continuos (cuantitativos) como categóricos (cualitativos o "estado") en el mismo análisis.

@article{doi101086286013,
    author = "Martins, Emı́lia P. y Hansen, Thomas F.",
    title = "Filogenias y el método comparativo: un enfoque general para incorporar información filogenética en el análisis de datos interespecíficos",
    year = "1997",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = {Este artículo considera los problemas estadísticos relevantes para el método comparativo en biología evolutiva. Se presenta un modelo lineal generalizado (GLM) para el análisis de datos comparativos, que puede utilizarse para abordar preguntas sobre la relación entre rasgos o entre rasgos y entornos, la tasa de evolución fenotípica, el grado de efecto filogenético y el estado ancestral de un carácter. Nuestro enfoque destaca así la similitud entre las preguntas evolutivas planteadas en estudios comparativos. A continuación, discutimos formas de especificar las fuentes de error involucradas en un estudio comparativo (por ejemplo, error de medición, error debido a la evolución a lo largo de una filogenia, error debido a la incorrecta especificación de una filogenia) y mostramos cómo tener en cuenta el impacto de estas fuentes de error en un análisis comparativo. A diferencia de la mayoría de los métodos comparativos filogenéticos existentes, nuestro procedimiento ofrece una flexibilidad sustancial en la elección de las suposiciones microevolutivas que subyacen al análisis estadístico, permitiendo a los investigadores elegir las suposiciones más apropiadas para su conjunto particular de datos y pregunta evolutiva. En el desarrollo del enfoque, también proponemos formas novedosas de incorporar la variación intraespecífica y/o el error de medición en los análisis filogenéticos, de estimar los estados ancestrales y de considerar tanto caracteres continuos (cuantitativos) como categóricos (cualitativos o "estado") en el mismo análisis.},
    url = "https://doi.org/10.1086/286013",
    doi = "10.1086/286013",
    openalex = "W1963617394",
    references = "doi10100703872725509, doi101086284325, doi101093sysbio41118, doi101098rstb19890106, doi101111j155856461949tb00004x, doi101111j155856461976tb00911x, doi101111j155856461985tb05699x, doi101111j155856461996tb03914x, doi1023072290548, doi1023072992183, doi105860choice295104, openalexw63174745"
}

@article{doi101023a1001761008817,
    author = "Kurtzman, Cletus P. y Robnett, Christie J.",
    title = "Identificación y filogenia de levaduras ascomicetos mediante el análisis de secuencias parciales de ADN ribosomal nuclear de gran subunidad (26S)",
    year = "1998",
    journal = "Antonie van Leeuwenhoek",
    url = "https://doi.org/10.1023/a:1001761008817",
    doi = "10.1023/a:1001761008817",
    openalex = "W1868830645",
    references = "doi101007978140206754912413, doi101093sysbio422182, doi1023072992540"
}

El campo de la morfometría geométrica es relativamente nuevo (véase Bookstein, 1991; Rohlf y Marcus, 1993) y ha mostrado un progreso muy rápido en los últimos años. Como se podría esperar durante un período de rápido desarrollo, pueden existir problemas técnicos en algunos de los estudios pioneros mientras los biólogos intentan aplicar las nuevas herramientas. Solo ahora se está aclarando cómo deben combinarse las nuevas técnicas para llevar a cabo análisis exhaustivos de conjuntos de datos reales. Bookstein (1996b) dio una lista de recomendaciones para tales aplicaciones, y Bookstein (1996a) dio varios ejemplos exhaustivos de análisis morfométricos. Sin embargo, estos relatos no abordan algunos de los tipos de aplicaciones que son de particular interés en la biología sistemática. Bookstein (1994) señaló problemas con el uso de métodos de morfometría geométrica en los estudios cladísticos basados en caracteres habituales. Enfatizó que la morfometría no puede proporcionar caracteres de forma homólogos. El propósito de esta nota es comentar sobre algunas aplicaciones recientes de métodos morfométricos en biología sistemática. Esta nota se preocupa particularmente de los métodos morfométricos utilizados por Zelditch et al. (1992, 1993, 1995), Swiderski (1993), Fink y Zelditch (1995), y Zelditch y Fink (1995). Estos métodos también fueron utilizados por Burke et al. (1996). Por conveniencia, estos estudios se referirán usando el acrónimo Z&F. En estos estudios, los autores investigaron el uso de deformaciones parciales (Bookstein, 1991) como variables en estudios ontogenéticos y taxonómicos. Quedaron impresionados por su observación de que las diferencias en las puntuaciones de deformaciones parciales (Rohlf, 1993b) correspondían a diferencias de forma

@article{doi101080106351598261094,
    author = "Rohlf, F. James",
    title = "Sobre las aplicaciones de la morfometría geométrica a los estudios de ontogenia y filogenia",
    year = "1998",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "El campo de la morfometría geométrica es relativamente nuevo (véase Bookstein, 1991; Rohlf y Marcus, 1993) y ha mostrado un progreso muy rápido en los últimos años. Como se podría esperar durante un período de rápido desarrollo, pueden existir problemas técnicos en algunos de los estudios pioneros mientras los biólogos intentan aplicar las nuevas herramientas. Solo ahora se está aclarando cómo deben combinarse las nuevas técnicas para llevar a cabo análisis exhaustivos de conjuntos de datos reales. Bookstein (1996b) dio una lista de recomendaciones para tales aplicaciones, y Bookstein (1996a) dio varios ejemplos exhaustivos de análisis morfométricos. Sin embargo, estos relatos no abordan algunos de los tipos de aplicaciones que son de particular interés en la biología sistemática. Bookstein (1994) señaló problemas con el uso de métodos de morfometría geométrica en los estudios cladísticos basados en caracteres habituales. Enfatizó que la morfometría no puede proporcionar caracteres de forma homólogos. El propósito de esta nota es comentar sobre algunas aplicaciones recientes de métodos morfométricos en biología sistemática. Esta nota se preocupa particularmente de los métodos morfométricos utilizados por Zelditch et al. (1992, 1993, 1995), Swiderski (1993), Fink y Zelditch (1995), y Zelditch y Fink (1995). Estos métodos también fueron utilizados por Burke et al. (1996). Por conveniencia, estos estudios se referirán usando el acrónimo Z&F. En estos estudios, los autores investigaron el uso de deformaciones parciales (Bookstein, 1991) como variables en estudios ontogenéticos y taxonómicos. Quedaron impresionados por su observación de que las diferencias en las puntuaciones de deformaciones parciales (Rohlf, 1993b) correspondían a diferencias de forma",
    url = "https://doi.org/10.1080/106351598261094",
    doi = "10.1080/106351598261094",
    openalex = "W2155970995",
    references = "doi101017cbo9780511529870"
}

Las filogenias reconstruidas a partir de secuencias génicas pueden utilizarse para investigar el ritmo y el modo de la diversificación de las especies. Aquí desarrollamos y utilizamos nuevos métodos estadísticos para inferir patrones pasados de especiación y extinción a partir de filogenias moleculares. Específicamente, probamos la hipótesis nula de que las tasas de especiación y extinción por linaje han permanecido constantes a lo largo del tiempo. El rechazo de esta hipótesis puede proporcionar evidencia de eventos evolutivos como radiaciones adaptativas o adaptaciones clave. En contraste con los enfoques anteriores, nuestros métodos son robustos ante la muestra incompleta de taxones y conservadores con respecto a la extinción. Mediante simulación investigamos, primero, los efectos adversos de no tener en cuenta la muestra incompleta y, segundo, la potencia y fiabilidad de nuestras pruebas. Cuando se aplican a filogenias publicadas, nuestras pruebas sugieren que, en algunos casos, las tasas de especiación han disminuido a lo largo del tiempo.

@article{doi101098rspb20001278,
    author = "Pybus, Oliver G. y Harvey, Paul",
    title = "Pruebas de modelos macroevolutivos utilizando filogenias moleculares incompletas",
    year = "2000",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Las filogenias reconstruidas a partir de secuencias génicas pueden utilizarse para investigar el ritmo y el modo de la diversificación de las especies. Aquí desarrollamos y utilizamos nuevos métodos estadísticos para inferir patrones pasados de especiación y extinción a partir de filogenias moleculares. Específicamente, probamos la hipótesis nula de que las tasas de especiación y extinción por linaje han permanecido constantes a lo largo del tiempo. El rechazo de esta hipótesis puede proporcionar evidencia de eventos evolutivos como radiaciones adaptativas o adaptaciones clave. En contraste con los enfoques anteriores, nuestros métodos son robustos ante la muestra incompleta de taxones y conservadores con respecto a la extinción. Mediante simulación investigamos, primero, los efectos adversos de no tener en cuenta la muestra incompleta y, segundo, la potencia y fiabilidad de nuestras pruebas. Cuando se aplican a filogenias publicadas, nuestras pruebas sugieren que, en algunos casos, las tasas de especiación han disminuido a lo largo del tiempo.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2000.1278",
    doi = "10.1098/rspb.2000.1278",
    openalex = "W2118610143",
    references = "doi101086627905"
}

La filogenia de los Felidae se reconstruye utilizando un enfoque de evidencia total que combina secuencias de los genes 12S rRNA, 16S rRNA, NADH-5 y citocromo b con caracteres morfológicos y cariológicos. El conjunto de datos de 1504 caracteres generó dos árboles igualmente parsimoniosos (CI = 0.413, 1795 pasos), de los cuales un consenso estricto reveló una politomía en la colocación del grupo de los gatos bay. El árbol respalda varios agrupamientos tradicionales, como los géneros Panthera y Lynx y el grupo de ocelotes de pequeños felinos sudamericanos, y proporciona una resolución adicional de las relaciones dentro y entre las principales líneas de felinos. La combinación de datos filogenéticos, de distribución y ecológicos indica que la especiación vicariante ha desempeñado un papel relativamente menor en la diversificación de los felinos (aproximadamente el 26% de los eventos), mientras que la especiación simpátrica ha sido más importante de lo que se esperaba teóricamente (aproximadamente el 51.8% de los eventos), aunque la dispersión postspeciación puede haber difuminado los límites entre los modos simpátricos, parapátricos y de aislamiento periférico. Un examen de los cambios ecológicos en el árbol de los felinos muestra patrones repetidos de partición de recursos en el tiempo (patrones de actividad), el espacio (tipo de hábitat preferido) y la alimentación (medido por el tamaño corporal) entre especies estrechamente relacionadas. Por lo tanto, la rápida diversificación de los gatos parece haber estado asociada más con la separación ecológica que con la geológica.

@article{doi101111j109600312000tb00354x,
    author = "Mattern, Michelle y McLennan, Deborah A.",
    title = "Filogenia y Especiación de los Felinos",
    year = "2000",
    journal = "Cladistics",
    abstract = "La filogenia de los Felidae se reconstruye utilizando un enfoque de evidencia total que combina secuencias de los genes 12S rRNA, 16S rRNA, NADH-5 y citocromo b con caracteres morfológicos y cariológicos. El conjunto de datos de 1504 caracteres generó dos árboles igualmente parsimoniosos (CI = 0.413, 1795 pasos), de los cuales un consenso estricto reveló una politomía en la colocación del grupo de los gatos bay. El árbol respalda varios agrupamientos tradicionales, como los géneros Panthera y Lynx y el grupo de ocelotes de pequeños felinos sudamericanos, y proporciona una resolución adicional de las relaciones dentro y entre las principales líneas de felinos. La combinación de datos filogenéticos, de distribución y ecológicos indica que la especiación vicariante ha desempeñado un papel relativamente menor en la diversificación de los felinos (aproximadamente el 26% de los eventos), mientras que la especiación simpátrica ha sido más importante de lo que se esperaba teóricamente (aproximadamente el 51.8% de los eventos), aunque la dispersión postspeciación puede haber difuminado los límites entre los modos simpátricos, parapátricos y de aislamiento periférico. Un examen de los cambios ecológicos en el árbol de los felinos muestra patrones repetidos de partición de recursos en el tiempo (patrones de actividad), el espacio (tipo de hábitat preferido) y la alimentación (medido por el tamaño corporal) entre especies estrechamente relacionadas. Por lo tanto, la rápida diversificación de los gatos parece haber estado asociada más con la separación ecológica que con la geológica.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-0031.2000.tb00354.x",
    doi = "10.1111/j.1096-0031.2000.tb00354.x",
    openalex = "W2088764137",
    references = "doi101007978140206754912413, doi101038260204c0, doi101086282070, doi101086282505, doi101126science185414527, doi101146annureven10010165000525, doi101353book59141, doi1023072485224, doi104159harvard9780674865327, doi105860choice392183"
}

MacClade es un programa informático, con un manual acompañante, que proporciona teoría y herramientas para el análisis gráfico e interactivo de datos moleculares y morfológicos, filogenia y evolución de caracteres. Los sistemáticos y otros biólogos evolutivos pueden utilizar sus herramientas flexibles para analizar la filogenia y la evolución de caracteres, sin embargo, su facilidad de uso permite a los estudiantes principiantes comprender los principios filogenéticos en un entorno interactivo.

@article{doi105860choice392183,
    title = "MacClade 4.0: análisis de filogenia y evolución de caracteres",
    year = "2001",
    journal = "Choice Reviews Online",
    abstract = "MacClade es un programa informático, con un manual acompañante, que proporciona teoría y herramientas para el análisis gráfico e interactivo de datos moleculares y morfológicos, filogenia y evolución de caracteres. Los sistemáticos y otros biólogos evolutivos pueden utilizar sus herramientas flexibles para analizar la filogenia y la evolución de caracteres, sin embargo, su facilidad de uso permite a los estudiantes principiantes comprender los principios filogenéticos en un entorno interactivo.",
    url = "https://doi.org/10.5860/choice.39-2183",
    doi = "10.5860/choice.39-2183",
    openalex = "W1522592213"
}

▪ Resumen A medida que se disponen mejores hipótesis filogenéticas para muchos grupos de organismos, los estudios en ecología de comunidades pueden informarse mediante el conocimiento de las relaciones evolutivas entre las especies coexistentes. Señalamos tres enfoques principales para integrar la información filogenética en los estudios de organización de comunidades: 1. examinar la estructura filogenética de los ensamblajes de comunidades, 2. explorar la base filogenética de la estructura de nicho de la comunidad, y 3. añadir un contexto de comunidad a los estudios de evolución de rasgos y biogeografía. Reconocemos un patrón común de conservadurismo filogenético en el carácter ecológico y destacamos los desafíos de utilizar filogenias de linajes parciales. También revisamos los enfoques filogenéticos para tres propiedades emergentes de las comunidades: diversidad de especies, distribuciones de abundancia relativa y tamaños de rango. Los avances metodológicos en la construcción de supérbores filogenéticos, reconstrucción de caracteres, modelos nulos para el ensamblaje de comunidades y evolución de caracteres, y métricas de estructura filogenética de comunidades subyacen al reciente progreso en estas áreas. Destacamos el potencial para que los ecólogos de comunidades se beneficien del conocimiento filogenético y sugerimos varias vías para futuras investigaciones.

@article{doi101146annurevecolsys33010802150448,
    author = "Webb, Campbell O. y Ackerly, David D. y McPeek, Mark A. y Donoghue, Michael J.",
    title = "Filogenias y Ecología de Comunidades",
    year = "2002",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "▪ Resumen A medida que se disponen mejores hipótesis filogenéticas para muchos grupos de organismos, los estudios en ecología de comunidades pueden informarse mediante el conocimiento de las relaciones evolutivas entre las especies coexistentes. Señalamos tres enfoques principales para integrar la información filogenética en los estudios de organización de comunidades: 1. examinar la estructura filogenética de los ensamblajes de comunidades, 2. explorar la base filogenética de la estructura de nicho de la comunidad, y 3. añadir un contexto de comunidad a los estudios de evolución de rasgos y biogeografía. Reconocemos un patrón común de conservadurismo filogenético en el carácter ecológico y destacamos los desafíos de utilizar filogenias de linajes parciales. También revisamos los enfoques filogenéticos para tres propiedades emergentes de las comunidades: diversidad de especies, distribuciones de abundancia relativa y tamaños de rango. Los avances metodológicos en la construcción de supérbores filogenéticos, reconstrucción de caracteres, modelos nulos para el ensamblaje de comunidades y evolución de caracteres, y métricas de estructura filogenética de comunidades subyacen al reciente progreso en estas áreas. Destacamos el potencial para que los ecólogos de comunidades se beneficien del conocimiento filogenético y sugerimos varias vías para futuras investigaciones.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.33.010802.150448",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.33.010802.150448",
    openalex = "W2109628725",
    references = "doi10100797814615696881, doi101007978303487527124, doi101007bf02806171, doi101016s0169534701021619, doi101038363342a0, doi10108010292389509380518, doi101086282106, doi101086282505, doi101086284325, doi101086285258, doi101086285357, doi101086627905, doi101093oso97801985052350010001, doi101093oso97801985464120010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva003974, doi101093oxfordjournalsmolbeva025892, doi101098rstb19950125, doi101111j001438202001tb00826x, doi101111j109583122001tb01368x, doi101126science20343871299, doi101126science2354785167, doi101126science2785338692, doi101126science27953592115, doi101126science28554311265, doi101146annurevecolsys311343, doi1015159781400881376, doi1023071446122, doi1023071939377, doi1023072412182, doi1023072413039, doi1023072485224, doi1023073071998, doi1023073544421, doi1023075503, doi102307jctv1nzfgj7, doi105860choice295104, doi105860choice375647, doi105860choice392183, openalexw2273605253, openalexw3035987306"
}

@article{doi101038nature02053,
    author = "Rokas, Antonis y Williams, Barry L. y King, Nicole y Carroll, Sean B.",
    title = "Enfoques a escala de genoma para resolver incongruencias en filogenias moleculares",
    year = "2003",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature02053",
    doi = "10.1038/nature02053",
    openalex = "W2068225247",
    references = "doi10103835054550, doi101038387489a0, doi101093sysbio463523, doi101126science28454232129, doi1014601phytopatholmediterr14998u129"
}

Los roedores muroides son la superfamilia más grande de mamíferos, que contiene casi un tercio de todas las especies de mamíferos. Informamos sobre un estudio filogenético que abarca 53 géneros secuenciados para cuatro genes nucleares, GHR, BRCA1, RAG1 y c-myc, con un total de hasta 6400 nucleótidos. La mayoría de las relaciones entre las subfamilias están resueltas. Los cuatro genes producen filogenias casi idénticas, que difieren solo en cinco regiones clave, cuatro de las cuales pueden representar radiaciones particularmente rápidas. El apoyo es muy fuerte para una división fundamental de las ratas ciegas de las subfamilias Spalacinae y Rhizomyinae de todos los demás muroides. Entre los demás muroides "centrales", una radiación rápida dio lugar a al menos cuatro linajes distintos: Calomyscus asiático, un clado africano de al menos cuatro subfamilias endémicas, incluidas las diversas Nesomyinae de Madagascar, un clado de ratones con la máxima diversidad en el Nuevo Mundo, y un clado del Viejo Mundo que incluye gerbos y los diversos ratones y ratas del Viejo Mundo (Murinae). Los Deomyinae, recientemente separados de los Murinae, están bien apoyados como grupo hermano de los gerbos (Gerbillinae). Cuatro regiones clave parecen representar radiaciones rápidas y, a pesar de una gran cantidad de datos de secuencia, permanecen mal resueltas: la base de los muroides "centrales", entre las cinco subfamilias cricétidas (ratones), dentro de un gran clado de Sigmodontinae endémico de Sudamérica, y entre los principales linajes geográficos de los Murinae del Viejo Mundo. Debido a la detallada muestra de taxones dentro de los Murinae, podemos refinar la calibración fósil de un reloj molecular suavizado por tasa y aplicar este reloj para fechar eventos clave en la evolución de los muroides. Calculamos las diferencias de tasa entre las regiones génicas y relacionamos esas diferencias con la contribución relativa de cada gen al apoyo de varios nodos. La varianza entre genes en el apoyo es mayor para las ramas más cortas. Presentamos una clasificación revisada para esta superfamilia de mamíferos más grande pero más incierta.

@article{doi10108010635150490468701,
    author = "Steppan, Scott J. y Adkins, Ronald M. y Anderson, Joel",
    title = "Filogenia y estimaciones de fechas de divergencia de radiaciones rápidas en roedores muroides basadas en múltiples genes nucleares",
    year = "2004",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = {Los roedores muroides son la superfamilia más grande de mamíferos, que contiene casi un tercio de todas las especies de mamíferos. Informamos sobre un estudio filogenético que abarca 53 géneros secuenciados para cuatro genes nucleares, GHR, BRCA1, RAG1 y c-myc, con un total de hasta 6400 nucleótidos. La mayoría de las relaciones entre las subfamilias están resueltas. Los cuatro genes producen filogenias casi idénticas, que difieren solo en cinco regiones clave, cuatro de las cuales pueden representar radiaciones particularmente rápidas. El apoyo es muy fuerte para una división fundamental de las ratas ciegas de las subfamilias Spalacinae y Rhizomyinae de todos los demás muroides. Entre los demás muroides "centrales", una radiación rápida dio lugar a al menos cuatro linajes distintos: Calomyscus asiático, un clado africano de al menos cuatro subfamilias endémicas, incluidas las diversas Nesomyinae de Madagascar, un clado de ratones con la máxima diversidad en el Nuevo Mundo, y un clado del Viejo Mundo que incluye gerbos y los diversos ratones y ratas del Viejo Mundo (Murinae). Los Deomyinae, recientemente separados de los Murinae, están bien apoyados como grupo hermano de los gerbos (Gerbillinae). Cuatro regiones clave parecen representar radiaciones rápidas y, a pesar de una gran cantidad de datos de secuencia, permanecen mal resueltas: la base de los muroides "centrales", entre las cinco subfamilias cricétidas (ratones), dentro de un gran clado de Sigmodontinae endémico de Sudamérica, y entre los principales linajes geográficos de los Murinae del Viejo Mundo. Debido a la detallada muestra de taxones dentro de los Murinae, podemos refinar la calibración fósil de un reloj molecular suavizado por tasa y aplicar este reloj para fechar eventos clave en la evolución de los muroides. Calculamos las diferencias de tasa entre las regiones génicas y relacionamos esas diferencias con la contribución relativa de cada gen al apoyo de varios nodos. La varianza entre genes en el apoyo es mayor para las ramas más cortas. Presentamos una clasificación revisada para esta superfamilia de mamíferos más grande pero más incierta.},
    url = "https://doi.org/10.1080/10635150490468701",
    doi = "10.1080/10635150490468701",
    openalex = "W2164341121"
}

Los biólogos frecuentemente intentan inferir los estados de carácter en nodos ancestrales de una filogenia a partir de la distribución de rasgos observados en organismos contemporáneos. Dado que las filogenias son normalmente inferencias a partir de datos, es deseable tener en cuenta la incertidumbre en las estimaciones del árbol y sus longitudes de rama al realizar inferencias sobre estados ancestrales u otros parámetros comparativos. Aquí presentamos un enfoque bayesiano general para probar hipótesis comparativas a través de muestras estadísticamente justificadas de filogenias, centrándonos en el problema específico de reconstruir estados ancestrales. El método utiliza técnicas de Monte Carlo mediante cadenas de Markov para muestrear árboles filogenéticos y para investigar los parámetros de un modelo estadístico de evolución de rasgos. Describimos cómo combinar información sobre la incertidumbre de la filogenia con la incertidumbre en la estimación del estado ancestral. Nuestro enfoque no restringe la muestra de árboles solo a aquellos que contienen el nodo ancestral o los nodos de interés, y mostramos cómo reconstruir estados ancestrales de nodos inciertos utilizando un enfoque de ancestro común más reciente. Ilustramos los métodos con datos sobre la evolución de ribonucleasa en los Artiodactyla. El software que implementa los métodos (BayesMultiState) está disponible de los autores.

@article{doi10108010635150490522232,
    author = "Pagel, Mark y Meade, Andrew y Barker, Daniel",
    title = "Estimación Bayesiana de Estados de Caracter Ancestrales en Filogenias",
    year = "2004",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Los biólogos frecuentemente intentan inferir los estados de carácter en nodos ancestrales de una filogenia a partir de la distribución de rasgos observados en organismos contemporáneos. Dado que las filogenias son normalmente inferencias a partir de datos, es deseable tener en cuenta la incertidumbre en las estimaciones del árbol y sus longitudes de rama al realizar inferencias sobre estados ancestrales u otros parámetros comparativos. Aquí presentamos un enfoque bayesiano general para probar hipótesis comparativas a través de muestras estadísticamente justificadas de filogenias, centrándonos en el problema específico de reconstruir estados ancestrales. El método utiliza técnicas de Monte Carlo mediante cadenas de Markov para muestrear árboles filogenéticos y para investigar los parámetros de un modelo estadístico de evolución de rasgos. Describimos cómo combinar información sobre la incertidumbre de la filogenia con la incertidumbre en la estimación del estado ancestral. Nuestro enfoque no restringe la muestra de árboles solo a aquellos que contienen el nodo ancestral o los nodos de interés, y mostramos cómo reconstruir estados ancestrales de nodos inciertos utilizando un enfoque de ancestro común más reciente. Ilustramos los métodos con datos sobre la evolución de ribonucleasa en los Artiodactyla. El software que implementa los métodos (BayesMultiState) está disponible de los autores.",
    url = "https://doi.org/10.1080/10635150490522232",
    doi = "10.1080/10635150490522232",
    openalex = "W2096484952",
    references = "doi10103844766, doi101080106351501753462876, doi101111j146364091997tb00423x"
}

La familia de gatos Felidae se utilizó como árbol de especies para evaluar el rendimiento filogenético de los genes y sus elementos SINE incrustados dentro de la región no recombinante del cromosoma Y (NRY). Se amplificaron segmentos genómicos de homólogos X-Y de copia única SMCY, UBE1Y y ZFY (3.604 pb) en 36 especies de gato. Estos genes se encuentran dentro de la región X-degenerada del NRY y se cree que son "fósiles" moleculares que dejaron de recombinarse convencionalmente con el cromosoma X temprano en la evolución de los mamíferos placentarios. El patrón y el ritmo de la evolución en estos tres genes son significativos a la luz de la evolución reciente y rápida de la familia durante aproximadamente 12 Myr y proporcionan un apoyo excepcional para cada una de las ocho linajes felinos reconocidos, así como sustituciones diagnósticas claras que identifican casi todas las especies. El apoyo de Bootstrap y las probabilidades posteriores Bayesianas son uniformemente altos para definir cada uno de los ocho linajes monofiléticos. Además, el uso preferencial de motivos de sitio diana específicos que facilitan la inserción de SINEs está empíricamente respaldado por análisis de secuencias de SINEs incrustados dentro de los tres genes. Se cree que la inserción en el sitio diana explica la contradicción entre la filogenia de intrones y los resultados de la filogenia de SINEs de SMCY que une especies distantly relacionadas. En general, nuestros datos sugieren que los genes X-degenerados dentro del NRY son marcadores singularmente poderosos y ofrecen una valiosa perspectiva patrilineal en la evolución de las especies.

@article{doi101093molbevmsh241,
    author = "Pecon‐Slattery, Jill y Wilkerson, Alison J. Pearks y Murphy, William J. y O'Brien, Stephen J.",
    title = "Evaluación filogenética de intrones y SINEs dentro del cromosoma Y utilizando la familia de gatos Felidae como árbol de especies",
    year = "2004",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = {La familia de gatos Felidae se utilizó como árbol de especies para evaluar el rendimiento filogenético de los genes y sus elementos SINE incrustados dentro de la región no recombinante del cromosoma Y (NRY). Se amplificaron segmentos genómicos de homólogos X-Y de copia única SMCY, UBE1Y y ZFY (3.604 pb) en 36 especies de gato. Estos genes se encuentran dentro de la región X-degenerada del NRY y se cree que son "fósiles" moleculares que dejaron de recombinarse convencionalmente con el cromosoma X temprano en la evolución de los mamíferos placentarios. El patrón y el ritmo de la evolución en estos tres genes son significativos a la luz de la evolución reciente y rápida de la familia durante aproximadamente 12 Myr y proporcionan un apoyo excepcional para cada una de las ocho linajes felinos reconocidos, así como sustituciones diagnósticas claras que identifican casi todas las especies. El apoyo de Bootstrap y las probabilidades posteriores Bayesianas son uniformemente altos para definir cada uno de los ocho linajes monofiléticos. Además, el uso preferencial de motivos de sitio diana específicos que facilitan la inserción de SINEs está empíricamente respaldado por análisis de secuencias de SINEs incrustados dentro de los tres genes. Se cree que la inserción en el sitio diana explica la contradicción entre la filogenia de intrones y los resultados de la filogenia de SINEs de SMCY que une especies distantly relacionadas. En general, nuestros datos sugieren que los genes X-degenerados dentro del NRY son marcadores singularmente poderosos y ofrecen una valiosa perspectiva patrilineal en la evolución de las especies.},
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msh241",
    doi = "10.1093/molbev/msh241",
    openalex = "W2148153874",
    references = "doi101038nature01722, doi101073pnas0334222100, doi10108010635150290069913, doi101093bioinformatics149817, doi101093bioinformatics178754, doi101093nar25244876, doi101126science1998119, doi101126science2785338675, doi101126science2865441964, openalexw3217097258"
}

Los murciélagos constituyen más del 20% de los mamíferos existentes, sin embargo, su historia evolutiva es en gran parte desconocida debido a un registro fósil limitado y filogenias conflictivas o incompletas. Aquí, presentamos una filogenia molecular altamente resuelta para todas las familias de murciélagos existentes. Nuestros resultados apoyan la hipótesis de que los megabatos están anidados entre cuatro linajes principales de microbatos, que originaron en el Eoceno temprano [de 52 a 50 millones de años atrás (Mya)], coincidiendo con un aumento global significativo en la temperatura, un aumento en la diversidad y abundancia de plantas, y el cenit de la diversidad de insectos del Terciario. Nuestros datos sugieren que los murciélagos originaron en Laurasia, posiblemente en América del Norte, y que tres de los linajes principales de microbatos son de origen Laurásico, mientras que el cuarto es de origen Gondwaniano. Combinando principios del análisis de linajes fantasma con fechas de divergencia molecular, estimamos que el registro fósil de murciélagos subestima (longitud de rama basal no representada, UBBL) las primeras ocurrencias en un promedio del 73% y que la suma de la historia fósil faltante es del 61%.

@article{doi101126science1105113,
    author = "Teeling, Emma C. y Springer, Mark S. y Madsen, Ole y Bates, Paul J. J. y O'Brien, Stephen J. y Murphy, William J.",
    title = "Una Filogenia Molecular para Murciélagos Ilumina la Biogeografía y el Registro Fósil",
    year = "2005",
    journal = "Science",
    abstract = "Los murciélagos constituyen más del 20% de los mamíferos existentes, sin embargo, su historia evolutiva es en gran parte desconocida debido a un registro fósil limitado y filogenias conflictivas o incompletas. Aquí, presentamos una filogenia molecular altamente resuelta para todas las familias de murciélagos existentes. Nuestros resultados apoyan la hipótesis de que los megabatos están anidados entre cuatro linajes principales de microbatos, que originaron en el Eoceno temprano [de 52 a 50 millones de años atrás (Mya)], coincidiendo con un aumento global significativo en la temperatura, un aumento en la diversidad y abundancia de plantas, y el cenit de la diversidad de insectos del Terciario. Nuestros datos sugieren que los murciélagos originaron en Laurasia, posiblemente en América del Norte, y que tres de los linajes principales de microbatos son de origen Laurásico, mientras que el cuarto es de origen Gondwaniano. Combinando principios del análisis de linajes fantasma con fechas de divergencia molecular, estimamos que el registro fósil de murciélagos subestima (longitud de rama basal no representada, UBBL) las primeras ocurrencias en un promedio del 73% y que la suma de la historia fósil faltante es del 61%.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1105113",
    doi = "10.1126/science.1105113",
    openalex = "W1997655974",
    references = "doi101007bf01454359, doi101017cbo9780511529924, doi10103835003188, doi10103835055536, doi101073pnas0334222100, doi101073pnas111551998, doi101126science1067179, doi101126science11536548, doi101126science15437541333, doi101126science28454232153, doi1023071223169"
}

Se necesita una revisión taxonómica mediante filogenia molecular para categorizar los miembros del género Echinococcus (Cestoda: Taeniidae). Hemos reconstruido las relaciones filogenéticas de E. oligarthrus, E. vogeli, E. multilocularis, E. shiquicus, E. equinus, E. ortleppi, E. granulosus sensu stricto y 3 genotipos de E. granulosus sensu lato (G6, G7 y G8) a partir de sus genomas mitocondriales completos. Los análisis de máxima verosimilitud y bayesianos particionados utilizando conjuntos de datos concatenados de secuencias de nucleótidos y aminoácidos representaron árboles filogenéticos con la misma topología. Los 3 genotipos de E. granulosus correspondientes a las cepas de camello, cerdo y cérvido fueron monofiléticos, y su alto nivel de similitud genética apoyó la unificación taxonómica de estas especies en E. canadensis. Las relaciones de especies hermanas se confirmaron entre E. ortleppi y E. canadensis, y entre E. multilocularis y E. shiquicus, independientemente del enfoque analítico empleado. Las posiciones basales del árbol filogenético fueron ocupadas por las especies endémicas neotropicales, E. oligarthrus y E. vogeli, cuyos huéspedes definitivos se derivan de carnívoros que inmigraron desde América del Norte después de la formación del puente terrestre panameño. Las comparaciones de coevolución huésped-parásito sugieren que la tierra natal ancestral de Echinococcus fue América del Norte o Asia, dependiendo de si los huéspedes definitivos ancestrales eran cánidos o felinos.

@article{doi101017s0031182006001934,
    author = "Nakao, Miki y McManus, Donald P. y Schantz, Peter M. y Craig, Philip S. y Ito, Akira",
    title = "Una filogenia molecular del género Echinococcus inferida a partir de genomas mitocondriales completos",
    year = "2006",
    journal = "Parasitología",
    abstract = "Se necesita una revisión taxonómica mediante filogenia molecular para categorizar los miembros del género Echinococcus (Cestoda: Taeniidae). Hemos reconstruido las relaciones filogenéticas de E. oligarthrus, E. vogeli, E. multilocularis, E. shiquicus, E. equinus, E. ortleppi, E. granulosus sensu stricto y 3 genotipos de E. granulosus sensu lato (G6, G7 y G8) a partir de sus genomas mitocondriales completos. Los análisis de máxima verosimilitud y bayesianos particionados utilizando conjuntos de datos concatenados de secuencias de nucleótidos y aminoácidos representaron árboles filogenéticos con la misma topología. Los 3 genotipos de E. granulosus correspondientes a las cepas de camello, cerdo y cérvido fueron monofiléticos, y su alto nivel de similitud genética apoyó la unificación taxonómica de estas especies en E. canadensis. Las relaciones de especies hermanas se confirmaron entre E. ortleppi y E. canadensis, y entre E. multilocularis y E. shiquicus, independientemente del enfoque analítico empleado. Las posiciones basales del árbol filogenético fueron ocupadas por las especies endémicas neotropicales, E. oligarthrus y E. vogeli, cuyos huéspedes definitivos se derivan de carnívoros que inmigraron desde América del Norte después de la formación del puente terrestre panameño. Las comparaciones de coevolución huésped-parásito sugieren que la tierra natal ancestral de Echinococcus fue América del Norte o Asia, dependiendo de si los huéspedes definitivos ancestrales eran cánidos o felinos.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0031182006001934",
    doi = "10.1017/s0031182006001934",
    openalex = "W2160073440",
    references = "doi101073pnas972111359, doi101126science1122277"
}

Es ahora bien conocido que la clasificación incompleta de linajes puede causar dificultades serias para la inferencia filogenética, pero se ha prestado poca atención a los métodos que intentan superar estas dificultades considerando explícitamente los procesos que las producen. Aquí exploramos enfoques para la inferencia filogenética diseñados para considerar la retención y clasificación de la polimorfismo ancestral. Examinamos cómo la reconstruibilidad de una filogenia de especies (o población) se ve afectada por (a) el número de loci utilizados para estimar la filogenia y (b) el número de individuos muestreados por especie. Incluso en casos difíciles con considerable clasificación incompleta de linajes (tiempos entre divergencias menores a 1 N(e) generaciones), encontramos que los árboles de especies reconstruidos coincidieron con los árboles de especies "verdaderos" en al menos tres de cinco particiones, siempre que se muestre un número razonable de individuos por especie. También estudiamos la compensación entre muestrear más loci versus más individuos. Aunque aumentar el número de loci da árboles más precisos para un esfuerzo de muestreo dado con árboles de especies más profundos (por ejemplo, profundidad total de 10 N(e) generaciones), muestrear más individuos a menudo da mejores resultados que muestrear más loci con árboles de especies más superficiales (por ejemplo, profundidad = 1 N(e)). En conjunto, estos resultados demuestran que las secuencias de genes retienen suficiente señal para lograr una estimación precisa de la filogenia a pesar de la clasificación incompleta de linajes generalizada. La mejora continua en nuestros métodos para reconstruir la filogenia cerca del nivel de especie requerirá un cambio a un modelo compuesto que considere no solo las sustituciones de nucleótidos o estados de carácter, sino también los procesos de genética de poblaciones de clasificación de linajes. [Coalescencia; divergencia; población; especiación.].

@article{doi10108010635150500354928,
    author = "Maddison, Wayne P. y Knowles, L. Lacey",
    title = "Inferir la filogenia a pesar de la clasificación incompleta de linajes",
    year = "2006",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = {Es ahora bien conocido que la clasificación incompleta de linajes puede causar dificultades serias para la inferencia filogenética, pero se ha prestado poca atención a los métodos que intentan superar estas dificultades considerando explícitamente los procesos que las producen. Aquí exploramos enfoques para la inferencia filogenética diseñados para considerar la retención y clasificación de la polimorfismo ancestral. Examinamos cómo la reconstruibilidad de una filogenia de especies (o población) se ve afectada por (a) el número de loci utilizados para estimar la filogenia y (b) el número de individuos muestreados por especie. Incluso en casos difíciles con considerable clasificación incompleta de linajes (tiempos entre divergencias menores a 1 N(e) generaciones), encontramos que los árboles de especies reconstruidos coincidieron con los árboles de especies "verdaderos" en al menos tres de cinco particiones, siempre que se muestre un número razonable de individuos por especie. También estudiamos la compensación entre muestrear más loci versus más individuos. Aunque aumentar el número de loci da árboles más precisos para un esfuerzo de muestreo dado con árboles de especies más profundos (por ejemplo, profundidad total de 10 N(e) generaciones), muestrear más individuos a menudo da mejores resultados que muestrear más loci con árboles de especies más superficiales (por ejemplo, profundidad = 1 N(e)). En conjunto, estos resultados demuestran que las secuencias de genes retienen suficiente señal para lograr una estimación precisa de la filogenia a pesar de la clasificación incompleta de linajes generalizada. La mejora continua en nuestros métodos para reconstruir la filogenia cerca del nivel de especie requerirá un cambio a un modelo compuesto que considere no solo las sustituciones de nucleótidos o estados de carácter, sino también los procesos de genética de poblaciones de clasificación de linajes. [Coalescencia; divergencia; población; especiación.].},
    url = "https://doi.org/10.1080/10635150500354928",
    doi = "10.1080/10635150500354928",
    openalex = "W2128252278",
    references = "doi101146annureven10010165000525, doi1023072419070"
}

La importancia del aislamiento geográfico en la especiación ha sido debatida desde el siglo XIX. Desde el comienzo del siglo XX, el consenso ha sido que la mayoría de la especiación implica divergencia en alopatria. Este consenso se basó en gran parte en décadas de observaciones de naturalistas y argumentos verbales contra la especiación sin aislamiento. Intentos recientes de cuantificar la importancia de la especiación alopátrica versus simpátrica utilizando métodos comparativos llamados "correlación edad-rango" (ARC) sugieren que la especiación alopátrica es más común que la especiación simpátrica. Sin embargo, muy pocos taxones han sido estudiados y existen preocupaciones sobre la adecuación de los métodos. Proponemos mejoras metodológicas, incluidos cambios en la forma en que se cuantifica la superposición entre clados y métodos de Monte Carlo para probar la hipótesis nula de no relación entre la parentescía filogenética y la superposición de rangos geográficos. Analizamos 14 clados de mamíferos, elegidos debido a la disponibilidad de datos y al consenso entre mamalogistas de que la especiación es rutinariamente alopátrica. Aunque los datos de algunos clados indican claramente la especiación alopátrica, la divergencia con flujo génico es plausible en otros y muchos resultados son inconclusos. La relativa rareza de las correlaciones significativas entre la distancia filogenética y la superposición de rangos puede tener tres causas distintas: (1) cambios de rango posteriores a la especiación, (2) la relativa rareza de la superposición de rangos, y (3) una mezcla de modos geográficos de especiación. Nuestros resultados apoyan el escepticismo sobre el poder de la ARC para inferir la biogeografía de la especiación. Sin embargo, incluso si pocos clados proporcionan señales claras, los enfoques metaanalíticos como la ARC pueden establecer límites sobre la prevalencia de modos alternativos de especiación.

@article{doi101111j001438202006tb01140x,
    author = "Fitzpatrick, Benjamin M. and Turelli, Michael",
    title = "LA GEOGRAFÍA DE LA ESPECIACIÓN MAMÍFERA: SEÑALES MIXTAS DE LA FILOGENIA Y MAPAS DE RANGOS",
    year = "2006",
    journal = "Evolución",
    abstract = {La importancia del aislamiento geográfico en la especiación ha sido debatida desde el siglo XIX. Desde el comienzo del siglo XX, el consenso ha sido que la mayoría de la especiación implica divergencia en alopatria. Este consenso se basó en gran parte en décadas de observaciones de naturalistas y argumentos verbales contra la especiación sin aislamiento. Intentos recientes de cuantificar la importancia de la especiación alopátrica versus simpátrica utilizando métodos comparativos llamados "correlación edad-rango" (ARC) sugieren que la especiación alopátrica es más común que la especiación simpátrica. Sin embargo, muy pocos taxones han sido estudiados y existen preocupaciones sobre la adecuación de los métodos. Proponemos mejoras metodológicas, incluidos cambios en la forma en que se cuantifica la superposición entre clados y métodos de Monte Carlo para probar la hipótesis nula de no relación entre la parentescía filogenética y la superposición de rangos geográficos. Analizamos 14 clados de mamíferos, elegidos debido a la disponibilidad de datos y al consenso entre mamalogistas de que la especiación es rutinariamente alopátrica. Aunque los datos de algunos clados indican claramente la especiación alopátrica, la divergencia con flujo génico es plausible en otros y muchos resultados son inconclusos. La relativa rareza de las correlaciones significativas entre la distancia filogenética y la superposición de rangos puede tener tres causas distintas: (1) cambios de rango posteriores a la especiación, (2) la relativa rareza de la superposición de rangos, y (3) una mezcla de modos geográficos de especiación. Nuestros resultados apoyan el escepticismo sobre el poder de la ARC para inferir la biogeografía de la especiación. Sin embargo, incluso si pocos clados proporcionan señales claras, los enfoques metaanalíticos como la ARC pueden establecer límites sobre la prevalencia de modos alternativos de especiación.},
    url = "https://doi.org/10.1111/j.0014-3820.2006.tb01140.x",
    doi = "10.1111/j.0014-3820.2006.tb01140.x",
    openalex = "W2175331942",
    references = "doi101007bf00125354, doi101086282771, doi101086284325, doi101093bioinformatics149817, doi101111j109600312000tb00354x, doi1023073669094, doi102307jctvjsf433, doi104159harvard9780674865327, doi105860choice396411, doi105962bhltitle59991, openalexw1840956397, openalexw3217097258"
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Las especies felinas modernas descienden de eventos de divergencia y especiación relativamente recientes (<11 millones de años atrás) que produjeron carnívoros depredadores exitosos en todo el mundo pero que han confundido las clasificaciones taxonómicas. Una filogenia molecular altamente resuelta con fechas de divergencia para todas las especies de gatos vivas, derivada de segmentos de genes autosómicos, ligados al X, ligados al Y y mitocondriales (22.789 pares de bases) y 16 calibraciones fósiles, define ocho linajes principales producidos a través de al menos 10 migraciones intercontinentales facilitadas por fluctuaciones del nivel del mar. Un análisis de linaje fantasma indica que los fósiles felinos disponibles subestiman (es decir, longitud de rama basal no representada) la primera aparición en un promedio del 76%, revelando una baja representación de linajes felinos en los restos paleontológicos. El rendimiento filogenético de distintas clases de genes mostró que los segmentos del cromosoma Y son considerablemente más informativos que el ADN mitocondrial, los genes ligados al X o autosómicos para resolver la rápida radiación de especies de Felidae.

@article{doi101126science1122277,
    author = "Johnson, Warren E. y Eizirik, Eduardo y Pecon‐Slattery, Jill y Murphy, William J. y Antunes, Agostinho y Teeling, Emma C. y O'Brien, Stephen J.",
    title = "La Radiación del Mioceno Tardío de los Felinos Modernos: Una Evaluación Genética",
    year = "2006",
    journal = "Science",
    abstract = "Las especies felinas modernas descienden de eventos de divergencia y especiación relativamente recientes (<11 millones de años atrás) que produjeron carnívoros depredadores exitosos en todo el mundo pero que han confundido las clasificaciones taxonómicas. Una filogenia molecular altamente resuelta con fechas de divergencia para todas las especies de gatos vivas, derivada de segmentos de genes autosómicos, ligados al X, ligados al Y y mitocondriales (22.789 pares de bases) y 16 calibraciones fósiles, define ocho linajes principales producidos a través de al menos 10 migraciones intercontinentales facilitadas por fluctuaciones del nivel del mar. Un análisis de linaje fantasma indica que los fósiles felinos disponibles subestiman (es decir, longitud de rama basal no representada) la primera aparición en un promedio del 76%, revelando una baja representación de linajes felinos en los restos paleontológicos. El rendimiento filogenético de distintas clases de genes mostró que los segmentos del cromosoma Y son considerablemente más informativos que el ADN mitocondrial, los genes ligados al X o autosómicos para resolver la rápida radiación de especies de Felidae.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1122277",
    doi = "10.1126/science.1122277",
    openalex = "W2101139153",
    references = "doi1010079781475747164, doi101007bf00163806, doi101038nature02053, doi101093molbevmsg050, doi101093molbevmsh241, doi101098rstb20031394, doi101111j109600312000tb00354x, doi101126science1105113, doi101126science23547931156, doi101353book59141, doi105860choice355657, openalexw604002547"
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@article{doi101016jympev200710019,
    author = "Pagès, Marie y Calvignac‐Spencer, Sébastien y Klein, Catherine J. y Paris, Mathilde y Hughes, Sandrine y Hänni, Catherine",
    title = "Análisis combinado de catorce genes nucleares refina la filogenia de los Ursidae",
    year = "2007",
    journal = "Molecular Phylogenetics and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ympev.2007.10.019",
    doi = "10.1016/j.ympev.2007.10.019",
    openalex = "W1997402834",
    references = "doi101093molbevmsh241"
}

La generación continua de cantidades prodigiosas de datos de secuencias genómicas de innumerables vertebrados está proporcionando oportunidades sin precedentes para establecer relaciones filogenéticas definitivas entre especies. El tamaño y las complejidades de tales conjuntos de datos de secuencias comparativas no solo permiten resolver ramas más pequeñas y difíciles, sino que también presentan desafíos únicos, incluidos grandes requisitos computacionales y las consecuencias negativas de sesgos sistemáticos. Para explorar estos problemas y aclarar las relaciones filogenéticas entre mamíferos, hemos analizado un gran conjunto de datos de más de 60 megapares de bases (Mb) de secuencias genómicas de alta calidad, que generamos a partir de 41 mamíferos y 3 otros vertebrados. Todas las secuencias son ortólogas a una región de 1,9 Mb del genoma humano que abarca el gen regulador de la conductancia transmembrana de la fibrosis quística (CFTR). Para comprender las características y desafíos asociados con los análisis filogenéticos de un conjunto de datos tan grande, particionamos los datos de secuencia de varias maneras y utilizamos algoritmos de máxima verosimilitud, máxima parsimonia y Neighbor-Joining, implementados en paralelo en clústeres Linux. Estos estudios produjeron árboles filogenéticos bien apoyados, confirmando en gran medida otros análisis filogenéticos moleculares recientes. Nuestros resultados proporcionan apoyo para enraizar el árbol de mamíferos placentarios entre Atlantogenata (Xenarthra y Afrotheria) y Boreoeutheria (Euarchontoglires y Laurasiatheria), ilustran la dificultad de resolver algunas ramas incluso con grandes cantidades de datos (por ejemplo, en el caso de Laurasiatheria) y demuestran el valioso papel que pueden jugar los grandes conjuntos de datos de secuencias comparativas en refinar nuestra comprensión de las relaciones evolutivas de los vertebrados.

@article{doi101093molbevmsn104,
    author = "Prasad, Arjun y Allard, Marc W. y Program, NISC Comparative Sequencing y Green, Eric D.",
    title = "Confirming the Filogenia de los Mamíferos mediante el Uso de Grandes Conjuntos de Datos de Secuencias Comparativas",
    year = "2008",
    journal = "Biología Molecular y Evolución",
    abstract = "La generación continua de cantidades prodigiosas de datos de secuencias genómicas de innumerables vertebrados está proporcionando oportunidades sin precedentes para establecer relaciones filogenéticas definitivas entre especies. El tamaño y las complejidades de tales conjuntos de datos de secuencias comparativas no solo permiten resolver ramas más pequeñas y difíciles, sino que también presentan desafíos únicos, incluidos grandes requisitos computacionales y las consecuencias negativas de sesgos sistemáticos. Para explorar estos problemas y aclarar las relaciones filogenéticas entre mamíferos, hemos analizado un gran conjunto de datos de más de 60 megapares de bases (Mb) de secuencias genómicas de alta calidad, que generamos a partir de 41 mamíferos y 3 otros vertebrados. Todas las secuencias son ortólogas a una región de 1,9 Mb del genoma humano que abarca el gen regulador de la conductancia transmembrana de la fibrosis quística (CFTR). Para comprender las características y desafíos asociados con los análisis filogenéticos de un conjunto de datos tan grande, particionamos los datos de secuencia de varias maneras y utilizamos algoritmos de máxima verosimilitud, máxima parsimonia y Neighbor-Joining, implementados en paralelo en clústeres Linux. Estos estudios produjeron árboles filogenéticos bien apoyados, confirmando en gran medida otros análisis filogenéticos moleculares recientes. Nuestros resultados proporcionan apoyo para enraizar el árbol de mamíferos placentarios entre Atlantogenata (Xenarthra y Afrotheria) y Boreoeutheria (Euarchontoglires y Laurasiatheria), ilustran la dificultad de resolver algunas ramas incluso con grandes cantidades de datos (por ejemplo, en el caso de Laurasiatheria) y demuestran el valioso papel que pueden jugar los grandes conjuntos de datos de secuencias comparativas en refinar nuestra comprensión de las relaciones evolutivas de los vertebrados.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msn104",
    doi = "10.1093/molbev/msn104",
    openalex = "W2051254500",
    references = "doi101093molbevmsh241"
}

FONDO: La radiación adaptativa, la evolución de la diversidad ecológica y fenotípica a partir de un ancestro común, es un concepto central en la biología evolutiva y caracteriza los historiales evolutivos de muchos grupos de organismos. Uno de estos grupos es la familia Mustelidae, la familia más rica en especies dentro del orden mamífero Carnívora, que abarca 59 especies clasificadas en 22 géneros. Los mustélidos actuales muestran una extensa diversidad ecomorfológica, con diferentes linajes habiendo evolucionado hacia una variedad de zonas adaptativas, desde tejones fósiles hasta nutrias semiacuáticas. Los mustélidos también están ampliamente distribuidos, con múltiples géneros encontrados en diferentes continentes. Al igual que con otros grupos que han experimentado radiación adaptativa, resolver la historia filogenética de los mustélidos presenta una serie de desafíos porque la convergencia ecomorfológica puede potencialmente confundir las inferencias filogenéticas basadas en la morfología, y porque las radiaciones adaptativas a menudo incluyen uno o más períodos de cladogénesis rápida que requieren una gran cantidad de datos para resolver. RESULTADOS: Construimos una filogenia casi completa a nivel de género de la familia Mustelidae utilizando una matriz de datos que comprende 22 segmentos de genes (aproximadamente 12.000 pares de bases) analizados con métodos de máxima parsimonia, máxima verosimilitud e inferencia bayesiana. Mostramos que los mustélidos se resuelven consistentemente con alto soporte nodal en cuatro clados principales y tres linajes monotípicos. Utilizando técnicas de datación bayesiana, proporcionamos evidencia de que los mustélidos experimentaron dos brotes de diversificación que coinciden con cambios paleoambientales y bióticos importantes que ocurrieron durante el Neógeno y corresponden con brotes similares de cladogénesis en otros grupos de vertebrados. Los análisis biogeográficos indican que la mayor parte de la diversidad actual de los mustélidos se originó en Eurasia y que los mustélidos han colonizado África, América del Norte y América del Sur en múltiples ocasiones. CONCLUSIÓN: Combinado con información del registro fósil, nuestras análisis filogenéticos y de datación sugieren que la diversificación de los mustélidos pudo haber sido impulsada por una combinación de eventos de turnover faunístico y diversificación en niveles tróficos inferiores, causadas finalmente por cambios ambientales impulsados por el clima. Nuestros análisis biogeográficos muestran a Eurasia como el centro de origen de la diversidad de los mustélidos y que los mustélidos en África, América del Norte y América del Sur se han ensamblado con el tiempo principalmente mediante dispersión, lo que tiene importantes implicaciones para comprender la ecología de las comunidades de mustélidos.

@article{doi10118617417007610,
    author = "Koepfli, Klaus‐Peter and Deere, Kerry A and Slater, Graham J. and Begg, Colleen and Begg, Keith S. and Grassman, Lon I. and Lucherini, Mauro and Veron, Géraldine and Wayne, Robert K.",
    title = "Filogenia multigénica de la familia Mustelidae: Resolviendo relaciones, tempo e historia biogeográfica de una radiación adaptativa mamífera",
    year = "2008",
    journal = "BMC Biology",
    abstract = "FONDO: La radiación adaptativa, la evolución de la diversidad ecológica y fenotípica a partir de un ancestro común, es un concepto central en la biología evolutiva y caracteriza los historiales evolutivos de muchos grupos de organismos. Uno de estos grupos es la familia Mustelidae, la familia más rica en especies dentro del orden mamífero Carnívora, que abarca 59 especies clasificadas en 22 géneros. Los mustélidos actuales muestran una extensa diversidad ecomorfológica, con diferentes linajes habiendo evolucionado hacia una variedad de zonas adaptativas, desde tejones fósiles hasta nutrias semiacuáticas. Los mustélidos también están ampliamente distribuidos, con múltiples géneros encontrados en diferentes continentes. Al igual que con otros grupos que han experimentado radiación adaptativa, resolver la historia filogenética de los mustélidos presenta una serie de desafíos porque la convergencia ecomorfológica puede potencialmente confundir las inferencias filogenéticas basadas en la morfología, y porque las radiaciones adaptativas a menudo incluyen uno o más períodos de cladogénesis rápida que requieren una gran cantidad de datos para resolver. RESULTADOS: Construimos una filogenia casi completa a nivel de género de la familia Mustelidae utilizando una matriz de datos que comprende 22 segmentos de genes (aproximadamente 12.000 pares de bases) analizados con métodos de máxima parsimonia, máxima verosimilitud e inferencia bayesiana. Mostramos que los mustélidos se resuelven consistentemente con alto soporte nodal en cuatro clados principales y tres linajes monotípicos. Utilizando técnicas de datación bayesiana, proporcionamos evidencia de que los mustélidos experimentaron dos brotes de diversificación que coinciden con cambios paleoambientales y bióticos importantes que ocurrieron durante el Neógeno y corresponden con brotes similares de cladogénesis en otros grupos de vertebrados. Los análisis biogeográficos indican que la mayor parte de la diversidad actual de los mustélidos se originó en Eurasia y que los mustélidos han colonizado África, América del Norte y América del Sur en múltiples ocasiones. CONCLUSIÓN: Combinado con información del registro fósil, nuestras análisis filogenéticos y de datación sugieren que la diversificación de los mustélidos pudo haber sido impulsada por una combinación de eventos de turnover faunístico y diversificación en niveles tróficos inferiores, causadas finalmente por cambios ambientales impulsados por el clima. Nuestros análisis biogeográficos muestran a Eurasia como el centro de origen de la diversidad de los mustélidos y que los mustélidos en África, América del Norte y América del Sur se han ensamblado con el tiempo principalmente mediante dispersión, lo que tiene importantes implicaciones para comprender la ecología de las comunidades de mustélidos.",
    url = "https://doi.org/10.1186/1741-7007-6-10",
    doi = "10.1186/1741-7007-6-10",
    openalex = "W1969810115",
    references = "doi101093oso97801985771880010001, doi101126science1122277"
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@article{doi101016jympev200910033,
    author = "Agnarsson, Ingi y Kuntner, Matjaž y May‐Collado, Laura J.",
    title = "Perros, gatos y parientes: Una filogenia molecular a nivel de especie de Carnívora",
    year = "2009",
    journal = "Molecular Phylogenetics and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ympev.2009.10.033",
    doi = "10.1016/j.ympev.2009.10.033",
    openalex = "W2037909707",
    references = "doi101006mpev19960085, doi101007bf00160154, doi101016s0022519305801043, doi101017s0952836904005242, doi10108010635150490522304, doi101086284325, doi101093bioinformatics149817, doi101093bioinformatics178754, doi101093oso97801985464120010001, doi101111j109600312000tb00354x, doi105860choice295104, doi105962bhltitle59991, openalexw2611511275"
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Picante es un paquete para el lenguaje y entorno estadístico R escrito en R y C, publicado bajo una licencia de código abierto GPL v2 y disponible gratuitamente en la web (http://picante.r-forge.r-project.org) y desde CRAN (http://cran.r-project.org).

@article{doi101093bioinformaticsbtq166,
    author = "Kembel, Steven W. y Cowan, Peter D. y Helmus, Matthew R. y Cornwell, William K. y Morlon, Hélène y Ackerly, David D. y Blomberg, Simon P. y Webb, Campbell O.",
    title = "Picante: herramientas de R para integrar filogenias y ecología",
    year = "2010",
    journal = "Bioinformatics",
    abstract = "Picante es un paquete para el lenguaje y entorno estadístico R escrito en R y C, publicado bajo una licencia de código abierto GPL v2 y disponible gratuitamente en la web (http://picante.r-forge.r-project.org) y desde CRAN (http://cran.r-project.org).",
    url = "https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq166",
    doi = "10.1093/bioinformatics/btq166",
    openalex = "W2133360663",
    references = "doi1010160006320792912013, doi101046j14610248200100230x, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101111j001438202003tb00285x, doi101111j14610248200901314x, doi101146annurevecolsys33010802150448"
}

Una explicación completa de la diversidad de patrones de color en animales requiere comprender tanto los mecanismos de desarrollo que los generan como su valor adaptativo. Sin embargo, solo dos estudios anteriores, que involucran presas evolutivas generadas por computadora, han intentado establecer este vínculo. Este estudio examina la variación en los patrones de camuflaje exhibidos en los flancos de muchos félidos. Después de controlar los efectos de la ascendencia compartida utilizando una filogenia molecular completamente resuelta, este estudio muestra cómo los fenotipos provenientes de mecanismos plausibles de generación de patrones de pelaje de félidos se relacionan con la ecología. Encontramos que la probabilidad de patrones y los atributos del patrón, como la complejidad y la irregularidad, se relacionan con los hábitats de los félidos, su arborialidad y nocturnidad. Nuestro análisis también indica que la selección disruptiva es una explicación probable para la prevalencia de formas melánicas en Felidae. Además, mostramos que hay poca señal filogenética en la apariencia visual de los patrones de félidos, lo que indica que el camuflaje se adapta a la ecología en escalas de tiempo relativamente cortas. Nuestro método podría aplicarse a cualquier taxón con patrones de color que puedan razonablemente coincidir con modelos de reacción-difusión y similares, donde la cinética de la reacción entre dos o más morfógenos inicialmente dispersos aleatoriamente determina el resultado del desarrollo del patrón.

@article{doi101098rspb20101734,
    author = "Allen, William L. y Cuthill, Innes C. y Scott‐Samuel, Nicholas E. y Baddeley, Roland",
    title = "¿Por qué el leopardo tiene sus manchas: relacionando el desarrollo de patrones con la ecología en félidos",
    year = "2010",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Una explicación completa de la diversidad de patrones de color en animales requiere comprender tanto los mecanismos de desarrollo que los generan como su valor adaptativo. Sin embargo, solo dos estudios anteriores, que involucran presas evolutivas generadas por computadora, han intentado establecer este vínculo. Este estudio examina la variación en los patrones de camuflaje exhibidos en los flancos de muchos félidos. Después de controlar los efectos de la ascendencia compartida utilizando una filogenia molecular completamente resuelta, este estudio muestra cómo los fenotipos provenientes de mecanismos plausibles de generación de patrones de pelaje de félidos se relacionan con la ecología. Encontramos que la probabilidad de patrones y los atributos del patrón, como la complejidad y la irregularidad, se relacionan con los hábitats de los félidos, su arborialidad y nocturnidad. Nuestro análisis también indica que la selección disruptiva es una explicación probable para la prevalencia de formas melánicas en Felidae. Además, mostramos que hay poca señal filogenética en la apariencia visual de los patrones de félidos, lo que indica que el camuflaje se adapta a la ecología en escalas de tiempo relativamente cortas. Nuestro método podría aplicarse a cualquier taxón con patrones de color que puedan razonablemente coincidir con modelos de reacción-difusión y similares, donde la cinética de la reacción entre dos o más morfógenos inicialmente dispersos aleatoriamente determina el resultado del desarrollo del patrón.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2010.1734",
    doi = "10.1098/rspb.2010.1734",
    openalex = "W2147027233",
    references = "doi101007b98869, doi10103844766, doi101086343873, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101098rstb19890106, doi101111j143903101963tb01161x, doi101353book59141, doi1023072285423, doi1023072937121, doi105860choice392183"
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La filogenia y la taxonomía de las especies de mamíferos se basaron originalmente en características morfológicas compartidas o derivadas. Sin embargo, los análisis genéticos han desempeñado recientemente un papel cada vez más importante en la confirmación de agrupaciones y filogenias de mamíferos existentes o en el establecimiento de agrupaciones y filogenias a menudo radicalmente diferentes. Los dos loci genéticos más comúnmente utilizados en la identificación de especies son el gen de citocromo oxidasa I (COI) y el gen de citocromo b (cyt b). Por primera vez, este estudio proporciona una comparación detallada de la efectividad de estos dos loci en la reconstrucción de la filogenia de los mamíferos en diferentes niveles de la jerarquía taxonómica con el fin de proporcionar una base para estandarizar las metodologías en el futuro. Se evalúa la variación interespecífica e intraspecífica y, por primera vez, según nuestro conocimiento, se aplica confianza estadística a las comparaciones de secuencias. La comparación de las secuencias de ADN de 217 especies de mamíferos revela que cyt b reconstruye con mayor precisión su filogenia y las relaciones conocidas entre especies basadas en otros análisis moleculares y morfológicos a los niveles de Super Orden, Orden, Familia y género. Cyt b asignó correctamente el 95,85% de las especies de mamíferos a Super Orden, el 94,31% a Orden y el 98,16% a Familia, en comparación con el 78,34%, el 93,36% y el 96,93% respectivamente para COI. Cyt b también ofrece una mejor resolución al separar especies basándose en datos de secuencia. Utilizando un umbral de distancia p de Kimura 2 parámetros (x100) de 1,5-2,5, cyt b ofrece una mejor resolución para separar especies con una tasa de falsos positivos más baja y un valor predictivo positivo más alto que los de COI.

@article{doi101371journalpone0014156,
    author = "Tobe, Shanan S. y Kitchener, Andrew C. y Linacre, Adrian",
    title = "Reconstrucción de filogenias de mamíferos: Una comparación detallada de los genes mitocondriales Citocromo b y Citocromo Oxidasa Subunidad I",
    year = "2010",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "La filogenia y la taxonomía de las especies de mamíferos se basaron originalmente en características morfológicas compartidas o derivadas. Sin embargo, los análisis genéticos han desempeñado recientemente un papel cada vez más importante en la confirmación de agrupaciones y filogenias de mamíferos existentes o en el establecimiento de agrupaciones y filogenias a menudo radicalmente diferentes. Los dos loci genéticos más comúnmente utilizados en la identificación de especies son el gen de citocromo oxidasa I (COI) y el gen de citocromo b (cyt b). Por primera vez, este estudio proporciona una comparación detallada de la efectividad de estos dos loci en la reconstrucción de la filogenia de los mamíferos en diferentes niveles de la jerarquía taxonómica con el fin de proporcionar una base para estandarizar las metodologías en el futuro. Se evalúa la variación interespecífica e intraspecífica y, por primera vez, según nuestro conocimiento, se aplica confianza estadística a las comparaciones de secuencias. La comparación de las secuencias de ADN de 217 especies de mamíferos revela que cyt b reconstruye con mayor precisión su filogenia y las relaciones conocidas entre especies basadas en otros análisis moleculares y morfológicos a los niveles de Super Orden, Orden, Familia y género. Cyt b asignó correctamente el 95,85% de las especies de mamíferos a Super Orden, el 94,31% a Orden y el 98,16% a Familia, en comparación con el 78,34%, el 93,36% y el 96,93% respectivamente para COI. Cyt b también ofrece una mejor resolución al separar especies basándose en datos de secuencia. Utilizando un umbral de distancia p de Kimura 2 parámetros (x100) de 1,5-2,5, cyt b ofrece una mejor resolución para separar especies con una tasa de falsos positivos más baja y un valor predictivo positivo más alto que los de COI.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0014156",
    doi = "10.1371/journal.pone.0014156",
    openalex = "W2100621850",
    references = "doi101016jympev200910033"
}

El reloj molecular proporciona una forma poderosa de estimar los tiempos de divergencia de las especies. Si está disponible información sobre algunos tiempos de divergencia de especies a partir del registro fósil o geológico, puede utilizarse para calibrar una filogenia y estimar los tiempos de divergencia para todos los nodos del árbol. El método bayesiano proporciona un marco natural para incorporar diferentes fuentes de información sobre los tiempos de divergencia, como la información en los datos fósiles y moleculares. Los modelos actuales de evolución de secuencias son intratables en un contexto bayesiano, y se utiliza el método de Monte Carlo por cadenas de Markov (MCMC) para generar la distribución posterior de los tiempos de divergencia y las tasas evolutivas. Este método es costoso computacionalmente, ya que implica el cálculo repetido de la función de verosimilitud. Aquí, exploramos el uso de la expansión de Taylor para aproximar la verosimilitud durante la iteración MCMC. La aproximación es mucho más rápida que el cálculo convencional de verosimilitud. Sin embargo, se espera que la aproximación sea pobre cuando los parámetros propuestos están lejos del pico de verosimilitud. Exploramos el uso de transformaciones de parámetros (raíz cuadrada, logaritmo y arcseno) para mejorar la aproximación a la curva de verosimilitud. Encontramos que los nuevos métodos, particularmente la transformación basada en arcseno, proporcionaron aproximaciones muy buenas bajo modelos de reloj relajado y también bajo el modelo de reloj global cuando el reloj global no se viola seriamente. La aproximación es peor para el análisis bajo el reloj global cuando el reloj global está seriamente equivocado y, por lo tanto, no debe utilizarse. Los resultados sugieren que el método aproximado puede ser útil para el análisis de datación bayesiana utilizando grandes conjuntos de datos.

@article{doi101093molbevmsr045,
    author = "dos Reis, Mario and Yang, Zu-Xing",
    title = "Approximate Likelihood Calculation on a Phylogeny for Bayesian Estimation of Divergence Times",
    year = "2011",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "The molecular clock provides a powerful way to estimate species divergence times. If information on some species divergence times is available from the fossil or geological record, it can be used to calibrate a phylogeny and estimate divergence times for all nodes in the tree. The Bayesian method provides a natural framework to incorporate different sources of information concerning divergence times, such as information in the fossil and molecular data. Current models of sequence evolution are intractable in a Bayesian setting, and Markov chain Monte Carlo (MCMC) is used to generate the posterior distribution of divergence times and evolutionary rates. This method is computationally expensive, as it involves the repeated calculation of the likelihood function. Here, we explore the use of Taylor expansion to approximate the likelihood during MCMC iteration. The approximation is much faster than conventional likelihood calculation. However, the approximation is expected to be poor when the proposed parameters are far from the likelihood peak. We explore the use of parameter transforms (square root, logarithm, and arcsine) to improve the approximation to the likelihood curve. We found that the new methods, particularly the arcsine-based transform, provided very good approximations under relaxed clock models and also under the global clock model when the global clock is not seriously violated. The approximation is poorer for analysis under the global clock when the global clock is seriously wrong and should thus not be used. The results suggest that the approximate method may be useful for Bayesian dating analysis using large data sets.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msr045",
    doi = "10.1093/molbev/msr045",
    openalex = "W2131633033",
    references = "doi101126science1122277"
}

A pesar de su utilidad obvia, faltan filogenias detalladas a nivel de especie para muchos grupos, incluidas varias linajes mamíferos importantes como los murciélagos. Aquí proporcionamos una genealogía del gen citocromo b de más del 50% de las especies de murciélagos (648 taxones terminales). Basado en análisis previos de grupos de mamíferos relacionados, el cytb emerge como un marcador filogenético particularmente confiable, y dado que nuestros resultados son ampliamente congruentes con el conocimiento previo, la filogenia debería ser una herramienta útil para análisis comparativos. No obstante, enfatizamos que un análisis de un solo gen de un grupo tan grande y antiguo no puede interpretarse como más que una estimación grosera del árbol de especies de murciélagos. El análisis del conjunto de datos completo apoya la división tradicional de murciélagos en macro- y microquirópteros, pero no la división recientemente propuesta en Yinpterochiroptera y Yangochiroptera. Sin embargo, nuestros resultados solo rechazan débilmente el primero y apoyan fuertemente el segundo grupo, y además, un análisis calibrado en el tiempo de un conjunto de datos recortado donde la mayoría de los taxones incluidos tienen la secuencia completa de 1140pb del cytb encuentra Yinpterochiroptera monofilético. La mayoría de las familias de murciélagos y muchos grupos de nivel superior están apoyados, sin embargo, las relaciones entre familias están generalmente débilmente apoyadas, al igual que muchos de los nodos más profundos del árbol. Las excepciones son en la mayoría de los casos aparentemente debido al mal posicionamiento de especies con pocos datos disponibles, mientras que en algunos casos los resultados sugieren problemas potenciales con la clasificación actual, como la no monofilia de Mormoopidae. Proporcionamos esta hipótesis filogenética y un análisis de tiempos de divergencia como herramientas para estudios evolutivos y ecológicos que serán útiles hasta que estén disponibles estudios más inclusivos que utilicen múltiples loci.

@article{doi101371currentsrrn1212,
    author = "Agnarsson, Ingi y Zambrana‐Torrelio, Carlos y Flores-Saldana, Nadia Paola y May‐Collado, Laura J.",
    title = "Una filogenia a nivel de especie calibrada en el tiempo de murciélagos (Chiroptera, Mammalia)",
    year = "2011",
    journal = "PLoS Currents",
    abstract = "A pesar de su utilidad obvia, faltan filogenias detalladas a nivel de especie para muchos grupos, incluidas varias linajes mamíferos importantes como los murciélagos. Aquí proporcionamos una genealogía del gen citocromo b de más del 50% de las especies de murciélagos (648 taxones terminales). Basado en análisis previos de grupos de mamíferos relacionados, el cytb emerge como un marcador filogenético particularmente confiable, y dado que nuestros resultados son ampliamente congruentes con el conocimiento previo, la filogenia debería ser una herramienta útil para análisis comparativos. No obstante, enfatizamos que un análisis de un solo gen de un grupo tan grande y antiguo no puede interpretarse como más que una estimación grosera del árbol de especies de murciélagos. El análisis del conjunto de datos completo apoya la división tradicional de murciélagos en macro- y microquirópteros, pero no la división recientemente propuesta en Yinpterochiroptera y Yangochiroptera. Sin embargo, nuestros resultados solo rechazan débilmente el primero y apoyan fuertemente el segundo grupo, y además, un análisis calibrado en el tiempo de un conjunto de datos recortado donde la mayoría de los taxones incluidos tienen la secuencia completa de 1140pb del cytb encuentra Yinpterochiroptera monofilético. La mayoría de las familias de murciélagos y muchos grupos de nivel superior están apoyados, sin embargo, las relaciones entre familias están generalmente débilmente apoyadas, al igual que muchos de los nodos más profundos del árbol. Las excepciones son en la mayoría de los casos aparentemente debido al mal posicionamiento de especies con pocos datos disponibles, mientras que en algunos casos los resultados sugieren problemas potenciales con la clasificación actual, como la no monofilia de Mormoopidae. Proporcionamos esta hipótesis filogenética y un análisis de tiempos de divergencia como herramientas para estudios evolutivos y ecológicos que serán útiles hasta que estén disponibles estudios más inclusivos que utilicen múltiples loci.",
    url = "https://doi.org/10.1371/currents.rrn1212",
    doi = "10.1371/currents.rrn1212",
    openalex = "W2073591031",
    references = "doi101016jympev200910033"
}

Los análisis genómicos comparativos de primates ofrecen un considerable potencial para definir y comprender los procesos que moldean, dan forma y transforman el genoma humano. Sin embargo, la taxonomía de primates es tanto compleja como controvertida, con un consenso unificador marginal sobre la jerarquía evolutiva de las especies de primates existentes. Aquí proporcionamos nueva secuencia genómica (~8 Mb) de 186 primates que representan 61 (~90%) de los géneros descritos, e incluimos especies de grupos externos de Dermoptera, Scandentia y Lagomorpha. La filogenia resultante es excepcionalmente robusta e ilumina eventos en la evolución de primates desde los antiguos hasta los recientes, aclarando numerosas controversias taxonómicas y proporcionando nuevos datos sobre la evolución humana. Se descubren especiación en curso, evolución reticulada, linajes reliquia antiguos, tasas desiguales de evolución y distribuciones dispares de inserciones/deleciones entre los linajes de primates reconstruidos. Nuestra resolución de la filogenia de primates proporciona un marco evolutivo esencial con aplicaciones de alcance amplio, incluyendo: selección y adaptación humana, emergencia global de enfermedades zoonóticas, genómica comparativa de mamíferos, taxonomía de primates y conservación de especies en peligro.

@article{doi101371journalpgen1001342,
    author = "Perelman, Polina L. y Johnson, Warren E. y Roos, Christian y Seuánez, Héctor N. y Horvath, Julie E. y Moreira, Miguel A. M. y Kessing, Bailey y Pontius, Joan y Roelke, Melody E. y Rumpler, Y. y Schneider, Maria Paula Cruz y Silva, Artur y O'Brien, Stephen J. y Pecon‐Slattery, Jill",
    title = "Una Filogenia Molecular de Primates Vivos",
    year = "2011",
    journal = "PLoS Genetics",
    abstract = "Los análisis genómicos comparativos de primates ofrecen un considerable potencial para definir y comprender los procesos que moldean, dan forma y transforman el genoma humano. Sin embargo, la taxonomía de primates es tanto compleja como controvertida, con un consenso unificador marginal sobre la jerarquía evolutiva de las especies de primates existentes. Aquí proporcionamos nueva secuencia genómica (\textasciitilde 8 Mb) de 186 primates que representan 61 (\textasciitilde 90\%) de los géneros descritos, e incluimos especies de grupos externos de Dermoptera, Scandentia y Lagomorpha. La filogenia resultante es excepcionalmente robusta e ilumina eventos en la evolución de primates desde los antiguos hasta los recientes, aclarando numerosas controversias taxonómicas y proporcionando nuevos datos sobre la evolución humana. Se descubren especiación en curso, evolución reticulada, linajes reliquia antiguos, tasas desiguales de evolución y distribuciones dispares de inserciones/deleciones entre los linajes de primates reconstruidos. Nuestra resolución de la filogenia de primates proporciona un marco evolutivo esencial con aplicaciones de alcance amplio, incluyendo: selección y adaptación humana, emergencia global de enfermedades zoonóticas, genómica comparativa de mamíferos, taxonomía de primates y conservación de especies en peligro.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1001342",
    doi = "10.1371/journal.pgen.1001342",
    openalex = "W2144820135",
    references = "doi10103835054550, doi10108010635150701472164, doi101093bibbbn013, doi101093molbevmsh241, doi101126science1122277, doi101353book59141"
}

La morfología ósea de los gatos (Mammalia: Felidae) está influenciada por muchos factores, incluyendo el modo locomotor, el tamaño corporal, los métodos de caza, el tamaño de la presa y la filogenia. Aquí, investigamos la forma de las epífisis humerales proximal y distal en especies existentes de felinos, basándonos en configuraciones de hitos bidimensionales. Se utilizaron técnicas de morfometría geométrica para describir las diferencias de forma en el contexto de la filogenia, alometría y locomoción. La influencia de estos factores en la forma epifisaria se evaluó utilizando Análisis de Componentes Principales, funciones de Discriminante Lineal y regresión multivariada. Se utilizó Mínimos Cuadrados Generalizados Filogenéticos para examinar la asociación entre el tamaño o la locomoción y la forma de la epífisis humeral, después de tener en cuenta un término de error filogenético. Los resultados muestran diferencias marcadas en la forma epifisaria entre las linajes de felinos, con una influencia filogenética relativamente grande. Además, se demuestran las influencias adaptativas del tamaño y la locomoción, y su influencia es independiente de la filogenia en la mayoría, pero no en todos, los casos. Varios rasgos de la forma epifisaria son comunes a los felinos terrestres más grandes, incluyendo una reducción relativa en el área superficial de la cabeza humeral y una mayor robustez de las estructuras que proporcionan inserción para los músculos estabilizadores de la articulación, incluyendo el epicóndilo medial y los tubérculos mayor y menor. Esta mayor robustez es una respuesta funcional a las fuerzas de carga aumentadas colocadas en las articulaciones debido a la gran masa corporal.

@article{doi101002jmor20084,
    author = "Walmsley, A. D. y Elton, Sarah y Louys, Julien y Bishop, Laura C. y Meloro, Carlo",
    title = "Forma de la epífisis humeral en los felinos: La influencia de la filogenia, alometría y locomoción",
    year = "2012",
    journal = "Journal of Morphology",
    abstract = "La morfología ósea de los gatos (Mammalia: Felidae) está influenciada por muchos factores, incluyendo el modo locomotor, el tamaño corporal, los métodos de caza, el tamaño de la presa y la filogenia. Aquí, investigamos la forma de las epífisis humerales proximal y distal en especies existentes de felinos, basándonos en configuraciones de hitos bidimensionales. Se utilizaron técnicas de morfometría geométrica para describir las diferencias de forma en el contexto de la filogenia, alometría y locomoción. La influencia de estos factores en la forma epifisaria se evaluó utilizando Análisis de Componentes Principales, funciones de Discriminante Lineal y regresión multivariada. Se utilizó Mínimos Cuadrados Generalizados Filogenéticos para examinar la asociación entre el tamaño o la locomoción y la forma de la epífisis humeral, después de tener en cuenta un término de error filogenético. Los resultados muestran diferencias marcadas en la forma epifisaria entre las linajes de felinos, con una influencia filogenética relativamente grande. Además, se demuestran las influencias adaptativas del tamaño y la locomoción, y su influencia es independiente de la filogenia en la mayoría, pero no en todos, los casos. Varios rasgos de la forma epifisaria son comunes a los felinos terrestres más grandes, incluyendo una reducción relativa en el área superficial de la cabeza humeral y una mayor robustez de las estructuras que proporcionan inserción para los músculos estabilizadores de la articulación, incluyendo el epicóndilo medial y los tubérculos mayor y menor. Esta mayor robustez es una respuesta funcional a las fuerzas de carga aumentadas colocadas en las articulaciones debido a la gran masa corporal.",
    url = "https://doi.org/10.1002/jmor.20084",
    doi = "10.1002/jmor.20084",
    openalex = "W2095297834",
    references = "doi1010079781475790832, doi101016c20100662092, doi101080106351599260526, doi10108011250000409356545, doi101086286013, doi101111j001438202001tb00731x, doi101126science1122277, doi1023072532725, doi1023072534038, doi105860choice483867"
}

@misc{christiansen2014phylogeny,
    author = "Christiansen, C",
    title = "Filogenia de los felinos de dientes de sable (Carnivora: Felidae: Machairodontinae) (proyecto)",
    year = "2014",
    booktitle = "conjuntos de datos de MorphoBank",
    url = "https://doi.org/10.7934/p681",
    doi = "10.7934/p681",
    openalex = "W2907140659"
}

@misc{doi107934p681,
    author = "Christiansen, C",
    title = "Filogenia de los felinos de dientes de sable (Carnivora: Felidae: Machairodontinae) (proyecto)",
    year = "2014",
    booktitle = "conjuntos de datos de MorphoBank",
    url = "https://doi.org/10.7934/p681",
    doi = "10.7934/p681",
    openalex = "W2907140659"
}

La evolución de la masa corporal es un tema fundamental en biología evolutiva, ya que está estrechamente vinculada a múltiples rasgos de historia de vida y ecológicos y es fácilmente estimable para muchos taxones extintos. En este estudio, examinamos los patrones de evolución de la masa corporal en Felidae (Placentalia, Carnivora) para evaluar los efectos de la filogenia, el modo de evolución y la relación entre la masa corporal y la elección de presas en este clado de mamíferos carismáticos. Nuestro conjunto de datos incluye 39 taxones existentes y 26 taxones extintos, con datos de masa corporal publicados complementados por estimaciones basadas en la longitud condilobasal. Estos datos se procesaron con 'SURFACE' y 'bayou' para probar patrones de evolución de la masa corporal y convergencia entre taxones. Las masas corporales de los felinos son significativamente diferentes entre los grupos de elección de presas (pequeños, mixtos y grandes). Encontramos que la evolución de la masa corporal en los gatos está fuertemente influenciada por la filogenia, pero surgieron patrones diferentes dependiendo de la inclusión de taxones extintos y las suposiciones sobre las longitudes de las ramas. Un único óptimo de Ornstein-Uhlenbeck explica mejor la distribución de las masas corporales cuando se utilizaron datos de primera aparición para los taxones fósiles. Sin embargo, cuando se utilizaron fechas de aparición media o fechas de última aparición conocida, se recuperaron dos óptimos selectivos para la masa corporal de los felinos en la mayoría de los análisis: un óptimo pequeño alrededor de 5 kg y uno grande alrededor de 100 kg. A través de los gatos vivientes y extintos, inferimos convergencias evolutivas repetidas hacia ambos de estos óptimos, pero, probablemente debido a la extinción sesgada de taxones grandes, nuestros resultados se desplazan para apoyar un modelo de movimiento browniano cuando solo se incluyen taxones existentes en los análisis.

@article{doi101111jeb12671,
    author = "Cuff, Andrew R. y Randau, Marcela y Head, Jason J. y Hutchinson, John R. y Pierce, Stephanie E. y Goswami, Anjali",
    title = "Big cat, small cat: reconstruyendo la evolución del tamaño corporal en Felidae vivientes y extintas",
    year = "2015",
    journal = "Journal of Evolutionary Biology",
    abstract = "La evolución de la masa corporal es un tema fundamental en biología evolutiva, ya que está estrechamente vinculada a múltiples rasgos de historia de vida y ecológicos y es fácilmente estimable para muchos taxones extintos. En este estudio, examinamos los patrones de evolución de la masa corporal en Felidae (Placentalia, Carnivora) para evaluar los efectos de la filogenia, el modo de evolución y la relación entre la masa corporal y la elección de presas en este clado de mamíferos carismáticos. Nuestro conjunto de datos incluye 39 taxones existentes y 26 taxones extintos, con datos de masa corporal publicados complementados por estimaciones basadas en la longitud condilobasal. Estos datos se procesaron con 'SURFACE' y 'bayou' para probar patrones de evolución de la masa corporal y convergencia entre taxones. Las masas corporales de los felinos son significativamente diferentes entre los grupos de elección de presas (pequeños, mixtos y grandes). Encontramos que la evolución de la masa corporal en los gatos está fuertemente influenciada por la filogenia, pero surgieron patrones diferentes dependiendo de la inclusión de taxones extintos y las suposiciones sobre las longitudes de las ramas. Un único óptimo de Ornstein-Uhlenbeck explica mejor la distribución de las masas corporales cuando se utilizaron datos de primera aparición para los taxones fósiles. Sin embargo, cuando se utilizaron fechas de aparición media o fechas de última aparición conocida, se recuperaron dos óptimos selectivos para la masa corporal de los felinos en la mayoría de los análisis: un óptimo pequeño alrededor de 5 kg y uno grande alrededor de 100 kg. A través de los gatos vivientes y extintos, inferimos convergencias evolutivas repetidas hacia ambos de estos óptimos, pero, probablemente debido a la extinción sesgada de taxones grandes, nuestros resultados se desplazan para apoyar un modelo de movimiento browniano cuando solo se incluyen taxones existentes en los análisis.",
    url = "https://doi.org/10.1111/jeb.12671",
    doi = "10.1111/jeb.12671",
    openalex = "W2136520319",
    references = "doi10103846266, doi101093bioinformaticsbtm538, doi101093bioinformaticsbtq166, doi101111j001438202003tb00285x, doi101111j155856461973tb05912x, doi101111j15585646201001025x, doi101126science1122277, doi101643004585112002002117020co2, doi105860choice483867, doi107208chicago97802265182370010001"
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Los carnívoros mamíferos se adhieren a dos estrategias de alimentación diferentes en relación con sus masas corporales. Los carnívoros grandes cazan animales del mismo tamaño o más grandes que ellos, mientras que los carnívoros pequeños cazan vertebrados e invertebrados más pequeños. El lince eurasiático (Lynx lynx) se encuentra entre estas dos categorías. Los linces descienden de formas más grandes que probablemente eran especialistas en presas grandes, pero durante el Pleistoceno se convirtieron en depredadores de presas pequeñas. El lince eurasiático moderno podría ser una reversión evolutiva hacia la especialización en presas grandes nuevamente. Hipotetizamos que la anatomía musculoesquelética de los linces debería mostrar rasgos para capturar presas grandes. Para probar nuestra hipótesis, diseccionamos los músculos de la extremidad anterior de seis individuos de lince eurasiático y comparamos nuestros hallazgos con resultados publicados para otros félidos. Medimos los huesos y comparamos sus dimensiones con el material publicado. Nuestro material mostró una musculatura del anillo pectoral bien desarrollada con algunas inserciones musculares excepcionalmente extensas. La musculatura del brazo superior se asemeja a la de los félidos panterinos y probablemente a los dientes de sable extintos, y también los músculos responsables de la supinación y la pronación eran similares a los de los grandes gatos. Los músculos que controlan el pollex estaban bien desarrollados. Sin embargo, los índices esqueléticos eran similares a los de los depredadores de presas pequeñas. Nuestros hallazgos muestran que los linces poseen el patrón topográfico de origen e inserción muscular como en los félidos grandes. J. Morphol. 277:753-765, 2016. © 2016 Wiley Periodicals, Inc.

@article{doi101002jmor20532,
    author = "Viranta, Suvi y Lommi, Hanna y Holmala, Katja y Laakkonen, Juha",
    title = "Anatomía musculoesquelética del lince eurasiático, Lynx lynx (Carnivora: Felidae) extremidad anterior: Adaptaciones para capturar presas grandes?",
    year = "2016",
    journal = "Journal of Morphology",
    abstract = "Los carnívoros mamíferos se adhieren a dos estrategias de alimentación diferentes en relación con sus masas corporales. Los carnívoros grandes cazan animales del mismo tamaño o más grandes que ellos, mientras que los carnívoros pequeños cazan vertebrados e invertebrados más pequeños. El lince eurasiático (Lynx lynx) se encuentra entre estas dos categorías. Los linces descienden de formas más grandes que probablemente eran especialistas en presas grandes, pero durante el Pleistoceno se convirtieron en depredadores de presas pequeñas. El lince eurasiático moderno podría ser una reversión evolutiva hacia la especialización en presas grandes nuevamente. Hipotetizamos que la anatomía musculoesquelética de los linces debería mostrar rasgos para capturar presas grandes. Para probar nuestra hipótesis, diseccionamos los músculos de la extremidad anterior de seis individuos de lince eurasiático y comparamos nuestros hallazgos con resultados publicados para otros félidos. Medimos los huesos y comparamos sus dimensiones con el material publicado. Nuestro material mostró una musculatura del anillo pectoral bien desarrollada con algunas inserciones musculares excepcionalmente extensas. La musculatura del brazo superior se asemeja a la de los félidos panterinos y probablemente a los dientes de sable extintos, y también los músculos responsables de la supinación y la pronación eran similares a los de los grandes gatos. Los músculos que controlan el pollex estaban bien desarrollados. Sin embargo, los índices esqueléticos eran similares a los de los depredadores de presas pequeñas. Nuestros hallazgos muestran que los linces poseen el patrón topográfico de origen e inserción muscular como en los félidos grandes. J. Morphol. 277:753-765, 2016. © 2016 Wiley Periodicals, Inc.",
    url = "https://doi.org/10.1002/jmor.20532",
    doi = "10.1002/jmor.20532",
    openalex = "W2301964202",
    references = "doi101002jmor20303"
}

@article{doi101007s1312701603044,
    author = "Randau, Marcela y Cuff, Andrew R. y Hutchinson, John R. y Pierce, Stephanie E. y Goswami, Anjali",
    title = "Diferenciación regional de la evolución de la columna vertebral de los felinos: un estudio de trayectorias de forma 3D",
    year = "2016",
    journal = "Organisms Diversity \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1007/s13127-016-0304-4",
    doi = "10.1007/s13127-016-0304-4",
    openalex = "W2535389874",
    references = "doi101002jmor20084, doi101007s116920099055x, doi10103846266, doi101086284325, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101093sysbio423265, doi1011112041210x12035, doi101111j1469185x1966tb01624x, doi101111zoj12403, doi101371journalpone0085574, doi104404hystrix2416283, doi105860choice431300, doi107208chicago97802265182370010001"
}

Los miembros de la familia de mamíferos Felidae (gatos existentes y extintos) son fenotípicamente muy similares, pero muestran un rango de 300 veces en tamaño corporal, desde menos de 1 kg hasta más de 300 kg. Además de las diferencias en la masa corporal, las especies de felinos muestran especializaciones dietéticas y locomotoras que se correlacionan con las mediciones osteológicas del cráneo y las extremidades, como la forma o el área transversal. Sin embargo, las correlaciones ecológicas con el esqueleto axial aún no se han probado. Aquí, construimos sobre estudios anteriores de la evolución biomecánica y morfológica del esqueleto apendicular de los felinos mediante un análisis cuantitativo de la morfología y la alometría en la columna vertebral presacral a través de los gatos existentes. Nuestros resultados demuestran que las columnas vertebrales de los felinos arbóreos, escansoriales y terrestres difieren significativamente en morfología, específicamente en la región lumbar, mientras que no se encontró distinción basada en la especialización dietética. El tamaño corporal influye significativamente en la morfología vertebral, con una clara regionalización de la alometría a lo largo de la columna vertebral, lo que sugiere que las vértebras anteriores (cervicales y torácicas) y posteriores (lumbares) pueden estar sometidas independientemente a presiones de selección distintas.

@article{doi101111zoj12403,
    author = "Randau, Marcela y Goswami, Anjali y Hutchinson, John R. y Cuff, Andrew R. y Pierce, Stephanie E.",
    title = "Complejidad oculta en la evolución vertebral de los felinos: diferenciación de forma y alometría del esqueleto axial",
    year = "2016",
    journal = "Zoological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "Los miembros de la familia de mamíferos Felidae (gatos existentes y extintos) son fenotípicamente muy similares, pero muestran un rango de 300 veces en tamaño corporal, desde menos de 1 kg hasta más de 300 kg. Además de las diferencias en la masa corporal, las especies de felinos muestran especializaciones dietéticas y locomotoras que se correlacionan con las mediciones osteológicas del cráneo y las extremidades, como la forma o el área transversal. Sin embargo, las correlaciones ecológicas con el esqueleto axial aún no se han probado. Aquí, construimos sobre estudios anteriores de la evolución biomecánica y morfológica del esqueleto apendicular de los felinos mediante un análisis cuantitativo de la morfología y la alometría en la columna vertebral presacral a través de los gatos existentes. Nuestros resultados demuestran que las columnas vertebrales de los felinos arbóreos, escansoriales y terrestres difieren significativamente en morfología, específicamente en la región lumbar, mientras que no se encontró distinción basada en la especialización dietética. El tamaño corporal influye significativamente en la morfología vertebral, con una clara regionalización de la alometría a lo largo de la columna vertebral, lo que sugiere que las vértebras anteriores (cervicales y torácicas) y posteriores (lumbares) pueden estar sometidas independientemente a presiones de selección distintas.",
    url = "https://doi.org/10.1111/zoj.12403",
    doi = "10.1111/zoj.12403",
    openalex = "W2301353392",
    references = "doi101002jmor20084, doi101086284325, doi101086286013, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101093sysbio423265, doi101093sysbiosyt053, doi101111j15585646200900804x, doi101111j2041210x201100153x, doi101111jeb12671, doi101126science2740914, doi105860choice483867, openalexw2183707334, openalexw2611511275"
}

La integración y modularidad morfológicas, que describen las relaciones entre atributos morfológicos y reflejan interacciones genéticas, de desarrollo y funcionales, se han hipotetizado como influencias principales en las respuestas de los rasgos a la selección y, por tanto, en la evolución morfológica. La columna vertebral presacro mamífera muestra poca variación en el número de vértebras y, por lo tanto, la especialización para la función ocurre principalmente a través de la modificación de la forma vertebral. Sin embargo, se ha sugerido que la forma vertebral está bajo un fuerte control de la canalización del desarrollo, aunque esto nunca se ha probado explícitamente. Aquí, evaluamos hipótesis de módulos de desarrollo en las vértebras de los felinos para determinar si las interacciones de desarrollo son una influencia principal en la modularidad vertebral. Además, analizamos las magnitudes tanto de la integración intravertebral como de la disparidad para evaluar si el nivel de integración varía a lo largo de la columna vertebral y, de ser así, si la integración y la disparidad están asociadas. Nuestros resultados confirman la hipótesis de la modularidad de desarrollo vertebral, con la mayoría de las vértebras presacras mostrando dos módulos. Las excepciones se concentran en los límites entre las regiones tradicionales y funcionales, sugiriendo que la modularidad intravertebral puede reflejar una modularidad a mayor escala de la columna vertebral felina. Demostramos además que la integración y la disparidad generales son más altas en las vértebras posteriores, proporcionando así un ejemplo empírico de cómo la integración puede promover mayores respuestas morfológicas a la selección.

@article{doi101111ede12218,
    author = "Randau, Marcela y Goswami, Anjali",
    title = "Desentrañando la integración intravertebral, la modularidad y la disparidad en Felidae (Mammalia)",
    year = "2017",
    journal = "Evolución \& Desarrollo",
    abstract = "La integración y modularidad morfológicas, que describen las relaciones entre atributos morfológicos y reflejan interacciones genéticas, de desarrollo y funcionales, se han hipotetizado como influencias principales en las respuestas de los rasgos a la selección y, por tanto, en la evolución morfológica. La columna vertebral presacro mamífera muestra poca variación en el número de vértebras y, por lo tanto, la especialización para la función ocurre principalmente a través de la modificación de la forma vertebral. Sin embargo, se ha sugerido que la forma vertebral está bajo un fuerte control de la canalización del desarrollo, aunque esto nunca se ha probado explícitamente. Aquí, evaluamos hipótesis de módulos de desarrollo en las vértebras de los felinos para determinar si las interacciones de desarrollo son una influencia principal en la modularidad vertebral. Además, analizamos las magnitudes tanto de la integración intravertebral como de la disparidad para evaluar si el nivel de integración varía a lo largo de la columna vertebral y, de ser así, si la integración y la disparidad están asociadas. Nuestros resultados confirman la hipótesis de la modularidad de desarrollo vertebral, con la mayoría de las vértebras presacras mostrando dos módulos. Las excepciones se concentran en los límites entre las regiones tradicionales y funcionales, sugiriendo que la modularidad intravertebral puede reflejar una modularidad a mayor escala de la columna vertebral felina. Demostramos además que la integración y la disparidad generales son más altas en las vértebras posteriores, proporcionando así un ejemplo empírico de cómo la integración puede promover mayores respuestas morfológicas a la selección.",
    url = "https://doi.org/10.1111/ede.12218",
    doi = "10.1111/ede.12218",
    openalex = "W2615000196",
    references = "doi101007s1312701603044, doi101111zoj12403"
}

Dentro de los carnívoros, los gatos muestran relativamente poca disparidad en la morfología general, con especies que difieren principalmente en el tamaño corporal. Sin embargo, análisis detallados de la forma de estructuras osteológicas individuales, como las extremidades o los cráneos, han demostrado que los felinos presentan diferencias morfológicas significativas que se correlacionan con sus rangos ecológicos y conductuales observados. Recientemente, estos análisis de forma se han extendido al esqueleto axial de los felinos. Los resultados demuestran una columna vertebral funcionalmente particionada, con regiones que varían enormemente en el nivel de correlación entre forma y ecología. Además, se evidencia una distinción clara entre una región cervical restringida filogenéticamente y una espina posterior sensible a la selección. Aquí, probamos si esta regionalización de la función reflejada en la forma de la columna vertebral también se traduce en niveles variables de integración fenotípica entre esta estructura y la mayoría de los demás elementos esqueléticos. Logramos esta comparación realizando pruebas de integración por pares entre unidades vertebrales y otras osteológicas, cuantificadas con datos de morfometría geométrica 3D y analizadas tanto con como sin corrección filogenética. A nuestro conocimiento, este es el primer estudio que prueba la integración a través de una muestra exhaustiva de elementos de esqueleto completo. Nuestros resultados muestran que, antes de las correcciones, existe una fuerte covariación entre las vértebras a lo largo de la columna vertebral y todos los demás elementos, con la excepción del fémur. Sin embargo, la mayoría de estas correlaciones significativas desaparecen después de corregir por filogenia, que es una influencia significativa en la morfología craneal y de las extremidades de los felinos y otros carnívoros. Nuestros resultados sugieren, por lo tanto, que la columna vertebral de los gatos muestra independencia relativa de otros elementos esqueléticos y puede representar varios módulos morfológicos evolutivos distintos.

@article{doi101007s1169201794436,
    author = "Randau, Marcela y Goswami, Anjali",
    title = "Covariación de formas (o la falta de ella) entre vértebras y otros rasgos esqueléticos en felinos: El todo no siempre es mayor que la suma de sus partes",
    year = "2018",
    journal = "Biología evolutiva",
    abstract = "Dentro de los carnívoros, los gatos muestran relativamente poca disparidad en la morfología general, con especies que difieren principalmente en el tamaño corporal. Sin embargo, análisis detallados de la forma de estructuras osteológicas individuales, como las extremidades o los cráneos, han demostrado que los felinos presentan diferencias morfológicas significativas que se correlacionan con sus rangos ecológicos y conductuales observados. Recientemente, estos análisis de forma se han extendido al esqueleto axial de los felinos. Los resultados demuestran una columna vertebral funcionalmente particionada, con regiones que varían enormemente en el nivel de correlación entre forma y ecología. Además, se evidencia una distinción clara entre una región cervical restringida filogenéticamente y una espina posterior sensible a la selección. Aquí, probamos si esta regionalización de la función reflejada en la forma de la columna vertebral también se traduce en niveles variables de integración fenotípica entre esta estructura y la mayoría de los demás elementos esqueléticos. Logramos esta comparación realizando pruebas de integración por pares entre unidades vertebrales y otras osteológicas, cuantificadas con datos de morfometría geométrica 3D y analizadas tanto con como sin corrección filogenética. A nuestro conocimiento, este es el primer estudio que prueba la integración a través de una muestra exhaustiva de elementos de esqueleto completo. Nuestros resultados muestran que, antes de las correcciones, existe una fuerte covariación entre las vértebras a lo largo de la columna vertebral y todos los demás elementos, con la excepción del fémur. Sin embargo, la mayoría de estas correlaciones significativas desaparecen después de corregir por filogenia, que es una influencia significativa en la morfología craneal y de las extremidades de los felinos y otros carnívoros. Nuestros resultados sugieren, por lo tanto, que la columna vertebral de los gatos muestra independencia relativa de otros elementos esqueléticos y puede representar varios módulos morfológicos evolutivos distintos.",
    url = "https://doi.org/10.1007/s11692-017-9443-6",
    doi = "10.1007/s11692-017-9443-6",
    openalex = "W2783273734",
    references = "doi101007s1312701603044, doi101111evo12566, doi101111jeb12671, doi101111zoj12403, doi1011861471214814129, doi101371journalpone0085574, doi10166612001"
}

Desde principios de los años 2000, el renacimiento de una relación felina para los machete-dientes barbourofelines se ha vuelto popular debido a los recientes descubrimientos de fósiles fragmentarios de África. Según esta visión, los barbourofelines rastrean a su ancestro común con los felinos a través de similitudes compartidas en la morfología dental que se remonta al Mioceno temprano de África y Europa. Sin embargo, si tal idea está representada en la morfología basicranial, un área conservadora de alta importancia en las relaciones a nivel familiar, aún por probar. Un cráneo casi completo de Oriensmilus liupanensis gen. y sp. nov. del cuenca de Tongxin del Mioceno medio del norte de China representa el barbourofelino más primitivo conocido con una región basicranial intacta, ofreciendo una oportunidad para reexaminar la relación de los felinos y los nimrávidos. También presentamos una actualización de los registros de barbourofelines en el este de Asia. El nuevo cráneo de Oriensmilus posee un conjunto de caracteres compartidos con los nimrávidos, tales como la falta de un suelo bular (entotimpánico) óseo, ausencia de un septo intrabular, falta de un proceso promontorial ventral del petroso, presencia de un entotimpánico rostral pequeño en el lado dorsal del entotimpánico caudal, y una entrada caudal distinta de la arteria carótida interna y el nervio que atraviesa el entotimpánico caudal en la unión del entotimpánico caudal óseo y no óseo. La ausencia de un suelo bular óseo en O. liupanensis y su presencia en aquellos del Mioceno medio de Sansan, Francia, por lo tanto, ayudan a delimitar la transición de este carácter, que debe haber ocurrido en la parte temprana del Mioceno medio. Las relaciones espaciales entre la construcción bular y la configuración del oído medio de la arteria carótida en Oriensmilus se asemejan fuertemente a las de los nimrávidos pero son distintamente diferentes de los felinos y otros feliformes basales. A pesar de la atractiva noción de que los primeros barbourofelines surgieron de un ancestro del Mioceno que también dio origen a los felinos, la evidencia basicranial argumenta en contra de esta visión.http://zoobank.org/urn:http://lsid:zoobank.org:pub:2DE98DBC-4D02-4E18-9788-0B0D8587E73F

@article{doi1010801477201920191691066,
    author = "Wang, Xiaoming y White, Stuart C. y Guan, Jian",
    title = "Un nuevo género y especie de machete-dientes, Oriensmilus liupanensis (Barbourofelinae, Nimravidae, Carnivora), del Mioceno medio de China sugiere que los barbourofelines son nimrávidos, no felinos",
    year = "2020",
    journal = "Journal of Systematic Palaeontology",
    abstract = "Desde principios de los años 2000, el renacimiento de una relación felina para los machete-dientes barbourofelines se ha vuelto popular debido a los recientes descubrimientos de fósiles fragmentarios de África. Según esta visión, los barbourofelines rastrean a su ancestro común con los felinos a través de similitudes compartidas en la morfología dental que se remonta al Mioceno temprano de África y Europa. Sin embargo, si tal idea está representada en la morfología basicranial, un área conservadora de alta importancia en las relaciones a nivel familiar, aún por probar. Un cráneo casi completo de Oriensmilus liupanensis gen. y sp. nov. del cuenca de Tongxin del Mioceno medio del norte de China representa el barbourofelino más primitivo conocido con una región basicranial intacta, ofreciendo una oportunidad para reexaminar la relación de los felinos y los nimrávidos. También presentamos una actualización de los registros de barbourofelines en el este de Asia. El nuevo cráneo de Oriensmilus posee un conjunto de caracteres compartidos con los nimrávidos, tales como la falta de un suelo bular (entotimpánico) óseo, ausencia de un septo intrabular, falta de un proceso promontorial ventral del petroso, presencia de un entotimpánico rostral pequeño en el lado dorsal del entotimpánico caudal, y una entrada caudal distinta de la arteria carótida interna y el nervio que atraviesa el entotimpánico caudal en la unión del entotimpánico caudal óseo y no óseo. La ausencia de un suelo bular óseo en O. liupanensis y su presencia en aquellos del Mioceno medio de Sansan, Francia, por lo tanto, ayudan a delimitar la transición de este carácter, que debe haber ocurrido en la parte temprana del Mioceno medio. Las relaciones espaciales entre la construcción bular y la configuración del oído medio de la arteria carótida en Oriensmilus se asemejan fuertemente a las de los nimrávidos pero son distintamente diferentes de los felinos y otros feliformes basales. A pesar de la atractiva noción de que los primeros barbourofelines surgieron de un ancestro del Mioceno que también dio origen a los felinos, la evidencia basicranial argumenta en contra de esta visión.http://zoobank.org/urn:http://lsid:zoobank.org:pub:2DE98DBC-4D02-4E18-9788-0B0D8587E73F",
    url = "https://doi.org/10.1080/14772019.2019.1691066",
    doi = "10.1080/14772019.2019.1691066",
    openalex = "W3000580878",
    references = "doi101111jeb12671, doi103133pp243g"
}

Resumen La puma de los pantanos Leopardus colocola ha estado sujeta a clasificaciones contradictorias a lo largo de los años. Actualmente, se reconoce una especie politépica con siete subespecies, pero nunca se ha realizado un estudio taxonómico integrador para este grupo debatido. Aquí, combinamos la cobertura morfológica más amplia de la puma de los pantanos hasta la fecha con datos moleculares y modelos de nicho ecológico para aclarar su composición de especies y probar la validez de las subespecies recientemente propuestas. Las múltiples líneas de evidencia derivadas de conjuntos de datos morfológicos, moleculares, biogeográficos y de nicho climático convergieron en el reconocimiento de cinco especies monotípicas: L. braccatus, L. colocola, L. garleppi (incluyendo thomasi, budini, steinbachi, crespoi y wolffsohni como sinónimos), L. munoai y L. pajeros (incluyendo crucina como sinónimo). Estas cinco especies son diagnósticamente distinguibles morfológicamente basándose en características de la piel y el cráneo, han evolucionado en espacios de nicho climático distintos y fueron recuperadas en la delimitación de especies molecular. Contrario a los arreglos taxonómicos anteriores, no reconocemos subespecies en las pumas de los pantanos. Para definir objetivamente las dos especies más controvertidas, designamos neotipos para L. colocola y L. pajeros. La diversificación de las pumas de los pantanos está asociada con las glaciaciones del Pleistoceno Medio, pero aún se necesitan muestras genéticas adicionales de la región de los Andes centrales para reconstruir concluyentemente su historia evolutiva.

@article{doi101093zoolinneanzlaa043,
    author = "do Nascimento, Fábio Oliveira y Cheng, Jilong y Feijó, Anderson",
    title = "Revisión taxonómica del complejo de la puma de los pantanos Leopardus colocola (Carnivora: Felidae): un enfoque integrador",
    year = "2020",
    journal = "Zoological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "Resumen La puma de los pantanos Leopardus colocola ha estado sujeta a clasificaciones contradictorias a lo largo de los años. Actualmente, se reconoce una especie politépica con siete subespecies, pero nunca se ha realizado un estudio taxonómico integrador para este grupo debatido. Aquí, combinamos la cobertura morfológica más amplia de la puma de los pantanos hasta la fecha con datos moleculares y modelos de nicho ecológico para aclarar su composición de especies y probar la validez de las subespecies recientemente propuestas. Las múltiples líneas de evidencia derivadas de conjuntos de datos morfológicos, moleculares, biogeográficos y de nicho climático convergieron en el reconocimiento de cinco especies monotípicas: L. braccatus, L. colocola, L. garleppi (incluyendo thomasi, budini, steinbachi, crespoi y wolffsohni como sinónimos), L. munoai y L. pajeros (incluyendo crucina como sinónimo). Estas cinco especies son diagnósticamente distinguibles morfológicamente basándose en características de la piel y el cráneo, han evolucionado en espacios de nicho climático distintos y fueron recuperadas en la delimitación de especies molecular. Contrario a los arreglos taxonómicos anteriores, no reconocemos subespecies en las pumas de los pantanos. Para definir objetivamente las dos especies más controvertidas, designamos neotipos para L. colocola y L. pajeros. La diversificación de las pumas de los pantanos está asociada con las glaciaciones del Pleistoceno Medio, pero aún se necesitan muestras genéticas adicionales de la región de los Andes centrales para reconstruir concluyentemente su historia evolutiva.",
    url = "https://doi.org/10.1093/zoolinnean/zlaa043",
    doi = "10.1093/zoolinnean/zlaa043",
    openalex = "W3031127939",
    references = "doi101006mpev19960085, doi101093molbevmsh241"
}