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Artículo de revista THE ALLOPATRIC MODEL AND PHYLOGENY IN PALEOZOIC INVERTEBRATES Obtener acceso Niles Eldredge Niles Eldredge The American Museum of Natural History Central Park West at 79th New York New York 10024 Buscar otras obras de este autor en: Oxford Academic Google Scholar Evolución, Volumen 25, Número 1, 1 de marzo de 1971, Páginas 156–167, https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1971.tb01868.x Publicado: 01 de marzo de 1971 Historial del artículo Recibido: 10 de junio de 1970 Publicado: 01 de marzo de 1971

@article{doi101111j155856461971tb01868x,
    author = "Eldredge, Niles",
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Los taxónomos que trabajan con faunas del Cenozoico tardío tienden a ver a las especies vivas como puntos de partida para la evaluación de las cronoespecies (es decir, segmentos de linajes evolutivos designados subjetivamente como especies) que se extienden hacia atrás en el tiempo desde el Reciente. Esta práctica hace posible construir una curva de supervivencia para las cronoespecies del Cenozoico tardío evaluando todos los linajes fósiles que se cree han sobrevivido hasta el día de hoy. Una curva de supervivencia se produce al graficar la fracción de estos linajes existentes en cualquier momento que no han sufrido suficiente evolución filética para que sus representantes actuales sean asignados a nuevas especies. Este tipo de curva de supervivencia ha sido graficada para las cronoespecies de mamíferos utilizando el inicio del Würm, en lugar del Reciente, como punto final para evitar los efectos de la extinción masiva del Würm y post-Würm. La curva de supervivencia revela que todas, excepto una pequeña fracción, de las cronoespecies establecidas tienen duraciones largas relativas a los intervalos de tiempo durante los cuales han surgido taxones superiores distintivos. El turnover filético de especies ha sido notablemente lento. La mayor parte del cambio evolutivo neto debe haber estado asociado con la especiación saltacional. Incluso la gran mayoría de los géneros debe haber surgido rápidamente mediante uno o más eventos de especiación divergente. Las estimaciones de las tasas de extinción sugieren que el efecto de cuello de botella, en el que la constricción de un linaje es seguida por una re-expansión como una especie distinta, no puede ser una fuente importante de cambio evolutivo. Estas conclusiones, basadas en la evaluación de la filogenia de los mamíferos, parecen aplicarse también a otros taxones de animales, apoyando el modelo puntuacional de la evolución. Las largas duraciones de las especies homínidas implican que la evolución de los humanos, al igual que la de otros mamíferos, se ajusta a este modelo.

@article{doi101017s0094837300005662,
    author = "Stanley, Steven M.",
    title = "Longevidades de las cronoespecies, el origen de los géneros y el modelo puntuacional de la evolución",
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Los taxónomos que trabajan con faunas del Cenozoico tardío tienden a ver a las especies vivas como puntos de partida para la evaluación de las cronospecies (es decir, segmentos de linajes evolutivos designados subjetivamente como especies) que se extienden hacia atrás en el tiempo desde el Reciente. Esta práctica hace posible construir una curva de supervivencia para las cronospecies del Cenozoico tardío evaluando todos los linajes fósiles que se cree han sobrevivido hasta el día de hoy. Una curva de supervivencia se produce al graficar la fracción de estos linajes existentes en cualquier momento que no han sufrido suficiente evolución filética para que sus representantes actuales sean asignados a nuevas especies. Este tipo de curva de supervivencia ha sido graficada para las cronospecies de mamíferos utilizando el inicio del Würm, en lugar del Reciente, como punto final para evitar los efectos de la extinción masiva del Würm y post-Würm. La curva de supervivencia revela que todas, excepto una pequeña fracción, de las cronospecies establecidas tienen duraciones largas relativas a los intervalos de tiempo durante los cuales han surgido taxones superiores distintivos. El turnover filético de especies ha sido notablemente lento. La mayor parte del cambio evolutivo neto debe haber estado asociado con la especiación saltacional. Incluso la gran mayoría de los géneros deben haber surgido rápidamente mediante uno o más eventos de especiación divergente. Las estimaciones de las tasas de extinción sugieren que el efecto de cuello de botella, en el que la constricción de un linaje es seguida por una re-expansión como una especie distinta, no puede ser una fuente importante de cambio evolutivo. Estas conclusiones, basadas en la evaluación de la filogenia de los mamíferos, parecen aplicarse también a otros taxones de animales, apoyando el modelo puntuacional de la evolución. Las largas duraciones de las especies homínidas implican que la evolución de los humanos, al igual que la de otros mamíferos, se ajusta a este modelo.

@article{stanley1978chronospecies,
    author = "Stanley, Steven M.",
    title = "Longevidades de las 'cronospecies', el origen de los géneros y el modelo puntuacional de la evolución",
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@misc{stanley1978chronospecies1,
    author = "Stanley, S. M",
    title = "Longevidades de las «cronospecies», el origen de los géneros y el modelo puntuacional de la evolución",
    year = "1978",
    howpublished = "Paleobiología, v. 4, p. 26-40",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Stanley, S. M., 1978, Longevidades de las «cronospecies», el origen de los géneros y el modelo puntuacional de la evolución: Paleobiología, v. 4, p. 26-40.}"
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@article{stanley1989the,
    author = "Stanley, Steven M",
    title = "El caso empírico a favor del modelo puntuacional de la evolución",
    year = "1989",
    journal = "Journal of Social and Biological Structures",
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    number = "2-3",
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    references = "doi101017s0094837300005224, doi101038325031a0, doi101086282975, doi101093genetics16297, doi101093genetics9441011, doi101111j155856461969tb03508x, doi1023072482053, doi104159harvard9780674865327, doi107312steb94536, openalexw2971318137"
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Se introduce un modelo simple y robusto de la evolución biológica de una ecología de especies interactuantes. El modelo se autoorganiza en un estado estacionario crítico con avalanchas de coevolución intermitentes de todos los tamaños; es decir, exhibe un comportamiento de ``equilibrio puntuado''. Esta evolución colaborativa es mucho más rápida que los escenarios no cooperativos ya que no están involucradas mutaciones grandes y coordinadas, y por lo tanto prohibitivamente improbables.

@article{doi101103physrevlett714083,
    author = "Bak, Per y Sneppen, Kim",
    title = "Equilibrio puntuado y criticidad en un modelo simple de evolución",
    year = "1993",
    journal = "Physical Review Letters",
    abstract = "Se introduce un modelo simple y robusto de la evolución biológica de una ecología de especies interactuantes. El modelo se autoorganiza en un estado estacionario crítico con avalanchas de coevolución intermitentes de todos los tamaños; es decir, exhibe un comportamiento de ``equilibrio puntuado''. Esta evolución colaborativa es mucho más rápida que los escenarios no cooperativos ya que no están involucradas mutaciones grandes y coordinadas, y por lo tanto prohibitivamente improbables.",
    url = "https://doi.org/10.1103/physrevlett.71.4083",
    doi = "10.1103/physrevlett.71.4083",
    openalex = "W1966151890",
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@incollection{clube1996evolution,
    author = "Clube, S. V. M.",
    title = "Evolución, Crisis Puntuadas y la Amenaza a la Civilización",
    year = "1996",
    booktitle = "Mundos en Interacción: Pequeños Cuerpos y Planetas del Sistema Solar",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-94-009-0209-1\_54",
    doi = "10.1007/978-94-009-0209-1\_54",
    openalex = "W2078463644",
    pages = "433-440",
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Presentamos un modelo de ecología evolutiva que consiste en una red de individuos interactuantes, un modelo de naturaleza enredada. La tasa de reproducción de los individuos caracterizados por su genoma depende de la composición de la población en el espacio de genotipos. Características ecológicas como la taxonomía y el modo macroevolutivo de la dinámica son propiedades emergentes. La macrodinámica exhibe un conmutación intermitente de dos modos con una tasa de extinción gradualmente decreciente. Las ecologías generadas se vuelven gradualmente mejor adaptadas y más complejas en un sentido colectivo. La forma de la curva de abundancia de especies se compara bien con las formas funcionales observadas. El umbral de error del modelo puede entenderse en términos de las características de los dos modos dinámicos del sistema.

@article{doi101103physreve66011904,
    author = "Hall, Matt y Christensen, Kim y di Collobiano, Simone A. y Jensen, Henrik Jeldtoft",
    title = "Tasa de extinción dependiente del tiempo y abundancia de especies en un modelo de naturaleza enredada de la evolución biológica",
    year = "2002",
    journal = "Physical review. E, Física estadística, plasmas, fluidos y temas interdisciplinarios relacionados",
    abstract = "Presentamos un modelo de ecología evolutiva que consiste en una red de individuos interactuantes, un modelo de naturaleza enredada. La tasa de reproducción de los individuos caracterizados por su genoma depende de la composición de la población en el espacio de genotipos. Características ecológicas como la taxonomía y el modo macroevolutivo de la dinámica son propiedades emergentes. La macrodinámica exhibe un conmutación intermitente de dos modos con una tasa de extinción gradualmente decreciente. Las ecologías generadas se vuelven gradualmente mejor adaptadas y más complejas en un sentido colectivo. La forma de la curva de abundancia de especies se compara bien con las formas funcionales observadas. El umbral de error del modelo puede entenderse en términos de las características de los dos modos dinámicos del sistema.",
    url = "https://doi.org/10.1103/physreve.66.011904",
    doi = "10.1103/physreve.66.011904",
    openalex = "W1968938483",
    references = "doi101111j155856461971tb01868x"
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@article{doi101016jtree200310013,
    author = "Johnson, Jerald B. y Omland, Kristian Shawn",
    title = "Selección de modelos en ecología y evolución",
    year = "2003",
    journal = "Trends in Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.tree.2003.10.013",
    doi = "10.1016/j.tree.2003.10.013",
    openalex = "W2146081698",
    references = "doi101007978146121694015, doi10108000063659909477239, doi101080106351501753462876, doi101093genetics1551431, doi101126science1065889, doi101126science1483671754, doi101146annurevge22120188002513, doi1023072937171, doi1023073802723, doi1023073803199, doi105860choice351501, doi105860choice375647, openalexw1546962148, openalexw3041231242"
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@article{crossref2006gradual,
    title = "Gradual Versus Punctuational Evolution",
    year = "2006",
    journal = "Science",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.314.5796.13g",
    doi = "10.1126/science.314.5796.13g",
    number = "5796",
    openalex = "W4210646514",
    pages = "13g-13g",
    volume = "314"
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Un debate de larga data en biología evolutiva se centra en si las especies divergen gradualmente a lo largo del tiempo o mediante episodios puntuados en el momento de la especiación. Encontramos que aproximadamente el 22% de los cambios sustitutivos a nivel de ADN pueden atribuirse a la evolución puntuada, y el resto se acumula a partir de la divergencia gradual de fondo. Los efectos puntuados ocurren a más del doble de la tasa en plantas y hongos que en animales, pero la proporción de la divergencia total atribuible al cambio puntuado no varía entre estos grupos. Los cambios puntuados causan desviaciones de un ritmo de evolución tipo reloj, lo que sugiere que deben tenerse en cuenta al derivar fechas de las filogenias. Los episodios puntuados de evolución pueden desempeñar un papel más importante en promover la divergencia evolutiva de lo que se ha apreciado anteriormente.

@article{doi101126science1129647,
    author = "Pagel, Mark y Venditti, Chris y Meade, Andrew",
    title = "Gran contribución puntuada de la especiación a la divergencia evolutiva a nivel molecular",
    year = "2006",
    journal = "Science",
    abstract = "Un debate de larga data en biología evolutiva se centra en si las especies divergen gradualmente a lo largo del tiempo o mediante episodios puntuados en el momento de la especiación. Encontramos que aproximadamente el 22% de los cambios sustitutivos a nivel de ADN pueden atribuirse a la evolución puntuada, y el resto se acumula a partir de la divergencia gradual de fondo. Los efectos puntuados ocurren a más del doble de la tasa en plantas y hongos que en animales, pero la proporción de la divergencia total atribuible al cambio puntuado no varía entre estos grupos. Los cambios puntuados causan desviaciones de un ritmo de evolución tipo reloj, lo que sugiere que deben tenerse en cuenta al derivar fechas de las filogenias. Los episodios puntuados de evolución pueden desempeñar un papel más importante en promover la divergencia evolutiva de lo que se ha apreciado anteriormente.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1129647",
    doi = "10.1126/science.1129647",
    openalex = "W2084825432",
    references = "doi101111j155856461971tb01868x"
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Comprender la velocidad a la que se forman nuevas especies es una pregunta clave en el estudio de la evolución de la vida en la Tierra. Aquí revisamos nuestra comprensión actual de las tasas de especiación, centrándonos en estudios basados en el registro fósil, filogenias y modelos matemáticos. Encontramos que las tasas de especiación estimadas a partir de estos estudios diferentes pueden ser dramáticamente distintas: algunos estudios encuentran que las nuevas especies se forman rápidamente y con frecuencia, mientras que otros encuentran que las nuevas especies se forman mucho menos frecuentemente. Sugerimos que, en lugar de ser contradictorias, las diferencias en las tasas de especiación a través de diferentes escalas pueden reconciliarse mediante un modelo común. Bajo el "modelo de especiación efímero", la especiación es muy común y muy rápida, pero las nuevas especies producidas casi nunca persisten. Por lo tanto, los estudios evolutivos deberían centrarse no solo en la formación sino también en la persistencia de las nuevas especies.

@article{doi101007s116920129171x,
    author = "Rosenblum, Erica Bree y Sarver, Brice A. J. y Brown, Joseph W. y Roches, Simone Des y Hardwick, Kayla M. y Hether, Tyler y Eastman, Jonathan M. y Pennell, Matthew W. y Harmon, Luke J.",
    title = "Goldilocks se encuentra con Santa Rosalia: Un modelo de especiación efímero explica los patrones de diversificación a través de escalas de tiempo",
    year = "2012",
    journal = "Biología Evolutiva",
    abstract = {Comprender la velocidad a la que se forman nuevas especies es una pregunta clave en el estudio de la evolución de la vida en la Tierra. Aquí revisamos nuestra comprensión actual de las tasas de especiación, centrándonos en estudios basados en el registro fósil, filogenias y modelos matemáticos. Encontramos que las tasas de especiación estimadas a partir de estos estudios diferentes pueden ser dramáticamente distintas: algunos estudios encuentran que las nuevas especies se forman rápidamente y con frecuencia, mientras que otros encuentran que las nuevas especies se forman mucho menos frecuentemente. Sugerimos que, en lugar de ser contradictorias, las diferencias en las tasas de especiación a través de diferentes escalas pueden reconciliarse mediante un modelo común. Bajo el "modelo de especiación efímero", la especiación es muy común y muy rápida, pero las nuevas especies producidas casi nunca persisten. Por lo tanto, los estudios evolutivos deberían centrarse no solo en la formación sino también en la persistencia de las nuevas especies.},
    url = "https://doi.org/10.1007/s11692-012-9171-x",
    doi = "10.1007/s11692-012-9171-x",
    openalex = "W1997489023",
    references = "doi101016jtree200611004, doi101017s0094837300005662, doi10108010635150600852011, doi101086282070, doi101093aesa383396, doi101093oso97801985052350010001, doi1023073071998, doi102307jctv1nzfgj7, doi104159harvard9780674865327, doi105860choice375647, openalexw2764433274, stanley1978chronospecies"
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A pesar de la introducción de métodos basados en verosimilitud para estimar árboles filogenéticos a partir de datos fenotípicos, la parsimonia sigue siendo el criterio de optimalidad más ampliamente utilizado para construir árboles a partir de datos morfológicos discretos. Sin embargo, se sabe desde hace décadas que existen regiones del espacio de soluciones en las que la parsimonia es un estimador pobre de la topología del árbol. Existen numerosas implementaciones de software de modelos basados en verosimilitud para la estimación de la filogenia a partir de datos morfológicos discretos, especialmente para el modelo Mk de evolución de caracteres discretos. Aquí exploramos la eficacia de la estimación bayesiana de la filogenia, utilizando el modelo Mk, bajo condiciones que se encuentran comúnmente en estudios paleontológicos. Utilizando datos simulados, describimos el rendimiento relativo de la parsimonia y el modelo Mk bajo una gama de condiciones realistas que incluyen escenarios comunes de datos faltantes y heterogeneidad de tasas.

@article{doi101371journalpone0109210,
    author = "Wright, April y Hillis, David M.",
    title = "Análisis Bayesiano Utilizando un Modelo de Verosimilitud Simple Supera la Parsimonia para la Estimación de la Filogenia a partir de Datos Morfológicos Discretos",
    year = "2014",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "A pesar de la introducción de métodos basados en verosimilitud para estimar árboles filogenéticos a partir de datos fenotípicos, la parsimonia sigue siendo el criterio de optimalidad más ampliamente utilizado para construir árboles a partir de datos morfológicos discretos. Sin embargo, se sabe desde hace décadas que existen regiones del espacio de soluciones en las que la parsimonia es un estimador pobre de la topología del árbol. Existen numerosas implementaciones de software de modelos basados en verosimilitud para la estimación de la filogenia a partir de datos morfológicos discretos, especialmente para el modelo Mk de evolución de caracteres discretos. Aquí exploramos la eficacia de la estimación bayesiana de la filogenia, utilizando el modelo Mk, bajo condiciones que se encuentran comúnmente en estudios paleontológicos. Utilizando datos simulados, describimos el rendimiento relativo de la parsimonia y el modelo Mk bajo una gama de condiciones realistas que incluyen escenarios comunes de datos faltantes y heterogeneidad de tasas.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0109210",
    doi = "10.1371/journal.pone.0109210",
    openalex = "W2067046632",
    references = "doi10108010635150802022231, doi101111j10963642200600293x, doi101111j15585646201201723x"
}

Los análisis anteriores de los patrones evolutivos, o modos, en linajes fósiles se han centrado abrumadoramente en tres modelos simples: estasis, caminatas aleatorias y evolución direccional. Aquí utilizamos métodos de verosimilitud para ajustar un conjunto ampliado de modelos evolutivos a una gran compilación de series de ancestro-descendiente de poblaciones del registro fósil. Además de los tres modelos estándar, evaluamos modelos más complejos con puntuaciones y cambios de un modo evolutivo a otro. Como en estudios anteriores, encontramos que la estasis es común en el registro fósil, al igual que una versión estricta de la estasis que no implica cambios evolutivos reales. La incidencia de la evolución direccional es relativamente baja (13%), pero más alta que en estudios anteriores porque nuestro enfoque analítico puede detectar con mayor sensibilidad tendencias ruidosas. Los modelos evolutivos complejos a menudo son favorecidos, abrumadoramente para secuencias que comprenden muchas muestras. Este hallazgo es consistente con dinámicas evolutivas que, en realidad, son más complejas que cualquiera de los modelos que consideramos. Además, el momento de los cambios en las dinámicas evolutivas varía entre los rasgos medidos de la misma serie. Finalmente, utilizamos nuestra colección empírica de secuencias evolutivas y un proxy largo y altamente resuelto para el clima global para informar simulaciones en las que los rasgos rastrean adaptativamente los cambios de temperatura a lo largo del tiempo. Cuando se calibra de manera realista, encontramos que este modelo simple puede reproducir aspectos importantes de nuestros resultados paleontológicos. Concluimos que los patrones paleontológicos observados, incluida la prevalencia de la estasis, no necesariamente son inconsistentes con la evolución adaptativa, incluso frente a entornos físicos inestables.

@article{doi101073pnas1403662111,
    author = "Hunt, Gene y Hopkins, Melanie J. y Lidgard, Scott",
    title = "Modelos simples versus complejos de la evolución de rasgos y la estasis como respuesta al cambio ambiental",
    year = "2015",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Los análisis anteriores de los patrones evolutivos, o modos, en linajes fósiles se han centrado abrumadoramente en tres modelos simples: estasis, caminatas aleatorias y evolución direccional. Aquí utilizamos métodos de verosimilitud para ajustar un conjunto ampliado de modelos evolutivos a una gran compilación de series de ancestro-descendiente de poblaciones del registro fósil. Además de los tres modelos estándar, evaluamos modelos más complejos con puntuaciones y cambios de un modo evolutivo a otro. Como en estudios anteriores, encontramos que la estasis es común en el registro fósil, al igual que una versión estricta de la estasis que no implica cambios evolutivos reales. La incidencia de la evolución direccional es relativamente baja (13%), pero más alta que en estudios anteriores porque nuestro enfoque analítico puede detectar con mayor sensibilidad tendencias ruidosas. Los modelos evolutivos complejos a menudo son favorecidos, abrumadoramente para secuencias que comprenden muchas muestras. Este hallazgo es consistente con dinámicas evolutivas que, en realidad, son más complejas que cualquiera de los modelos que consideramos. Además, el momento de los cambios en las dinámicas evolutivas varía entre los rasgos medidos de la misma serie. Finalmente, utilizamos nuestra colección empírica de secuencias evolutivas y un proxy largo y altamente resuelto para el clima global para informar simulaciones en las que los rasgos rastrean adaptativamente los cambios de temperatura a lo largo del tiempo. Cuando se calibra de manera realista, encontramos que este modelo simple puede reproducir aspectos importantes de nuestros resultados paleontológicos. Concluimos que los patrones paleontológicos observados, incluida la prevalencia de la estasis, no necesariamente son inconsistentes con la evolución adaptativa, incluso frente a entornos físicos inestables.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1403662111",
    doi = "10.1073/pnas.1403662111",
    openalex = "W2157019229",
    references = "doi101002bimj200810425, doi10100703064746897, doi101017s0094837300005224, doi1010292004pa001071, doi101046j14724642199900046x, doi101086303400, doi101093aesa383396, doi1023072485224, doi105860choice396411, openalexw3135630760, stanley1989the"
}

Resumen Presentamos mv morph, un paquete de métodos comparativos filogenéticos multivariados para el entorno estadístico R. mv morph está disponible gratuitamente en el repositorio de paquetes cran (http://cran.r-project.org/web/packages/mvMORPH/). mv morph permite ajustar una gama de modelos evolutivos multivariados bajo un criterio de máxima verosimilitud. Inicialmente desarrollado en el contexto del análisis filogenético de múltiples rasgos morfométricos, su uso puede extenderse a cualquier conjunto de datos biológicos con uno o múltiples rasgos continuos covariantes. Todos los modelos de ajuste incluyen la posibilidad de utilizar mapeo similar a simmap, lo cual puede ser útil para ajustar cambios a lo largo de linajes en un punto dado en el tiempo. Todos los modelos proporcionan métricas diagnósticas para la convergencia y la fiabilidad de las estimaciones, así como la posibilidad de incluir errores de medición de rasgos en las estimaciones del modelo. Las nuevas características proporcionadas por el paquete mv morph incluyen la posibilidad de ajustar modelos con cambios en el modo de evolución a lo largo de la filogenia, lo cual será particularmente significativo en análisis comparativos que incluyen taxones extintos, por ejemplo, al probar cambios en el modo de evolución asociados con eventos bióticos/abióticos globales. Breve descripción de los modelos ya incluidos en mv morph y提供一些演示该包的使用的两个模拟工作示例。

@article{doi1011112041210x12420,
    author = "Clavel, Julien and Escarguel, Gilles and Merceron, Gildas",
    title = "mv morph: an r package for fitting multivariate evolutionary models to morphometric data",
    year = "2015",
    journal = "Methods in Ecology and Evolution",
    abstract = "Resumen Presentamos mv morph, un paquete de métodos comparativos filogenéticos multivariados para el entorno estadístico R. mv morph está disponible gratuitamente en el repositorio de paquetes cran (http://cran.r-project.org/web/packages/mvMORPH/). mv morph permite ajustar una gama de modelos evolutivos multivariados bajo un criterio de máxima verosimilitud. Inicialmente desarrollado en el contexto del análisis filogenético de múltiples rasgos morfométricos, su uso puede extenderse a cualquier conjunto de datos biológicos con uno o múltiples rasgos continuos covariantes. Todos los modelos de ajuste incluyen la posibilidad de utilizar mapeo similar a simmap, lo cual puede ser útil para ajustar cambios a lo largo de linajes en un punto dado en el tiempo. Todos los modelos proporcionan métricas diagnósticas para la convergencia y la fiabilidad de las estimaciones, así como la posibilidad de incluir errores de medición de rasgos en las estimaciones del modelo. Las nuevas características proporcionadas por el paquete mv morph incluyen la posibilidad de ajustar modelos con cambios en el modo de evolución a lo largo de la filogenia, lo cual será particularmente significativo en análisis comparativos que incluyen taxones extintos, por ejemplo, al probar cambios en el modo de evolución asociados con eventos bióticos/abióticos globales. Breve descripción de los modelos ya incluidos en mv morph y提供一些演示该包的使用的两个模拟工作示例。",
    url = "https://doi.org/10.1111/2041-210x.12420",
    doi = "10.1111/2041-210x.12420",
    openalex = "W1527504944",
    references = "doi1010079783662024522, doi1010079783662053898, doi10103844766, doi101086284325, doi101086383584, doi1011112041210x12035, doi101111j001438202003tb00285x, doi101111j155856461979tb04694x, doi101111j155856461983tb00236x, doi101111j15585646201201723x, doi101111j2041210x201100169x, doi10118614712105788, doi1023073802723"
}

El estudio de las islas como sistemas modelo ha desempeñado un papel importante en el desarrollo de la teoría evolutiva y ecológica. El 50.º aniversario del artículo de MacArthur y Wilson (diciembre de 1963), 'An equilibrium theory of insular zoogeography', fue un hito reciente para este tema. Desde 1963, los sistemas insulares han proporcionado nuevos conocimientos sobre la formación de comunidades ecológicas. Aquí, basándonos en tales desarrollos, destacamos las perspectivas de la investigación sobre islas para mejorar nuestra comprensión de la ecología y la evolución de las comunidades en general. En todo momento, enfatizamos cómo los atributos de las islas se combinan para proporcionar oportunidades de investigación inusuales, cuyas implicaciones se extienden mucho más allá de las islas. Las herramientas moleculares y la creciente adquisición de datos ahora permiten una reevaluación de algunas cuestiones fundamentales que interesaron a MacArthur y Wilson. Estas incluyen la formación de redes ecológicas, distribuciones de abundancia de especies y la contribución de la evolución al ensamblaje de comunidades. También extendemos nuestras perspectivas a otros campos de la ecología y la evolución - comprender el funcionamiento de los ecosistemas, la especiación y la diversificación - empleando frecuentemente los activos de las islas oceánicas para inferir el área geográfica dentro de la cual ha ocurrido la evolución, y las posibles barreras al flujo génico. Aunque la teoría basada en islas se enriquece continuamente, incorporar dinámicas no de equilibrio se identifica como un gran desafío para el futuro.

@article{doi101111ele12398,
    author = "Warren, Ben H. y Simberloff, Daniel y Ricklefs, Robert E. y Aguilée, Robin y Condamine, Fabien L. y Gravel, Dominique y Morlon, Hélène y Mouquet, Nicolas y Rosindell, James y Casquet, Juliane y Conti, Elena y Cornuault, Josselin y Fernández‐Palacios, José María y Hengl, Tomislav y Norder, Sietze J. y Rijsdijk, Kenneth F. y Sanmartín, Isabel y Strasberg, Dominique y Triantis, Kostas A. y Valente, Luís y Whittaker, Robert J. y Gillespie, Rosemary G. y Emerson, Brent C. y Thébaud, Christophe",
    title = "Islas como sistemas modelo en ecología y evolución: perspectivas cincuenta años después de MacArthur‐Wilson",
    year = "2015",
    journal = "Ecology Letters",
    abstract = "El estudio de las islas como sistemas modelo ha desempeñado un papel importante en el desarrollo de la teoría evolutiva y ecológica. El 50.º aniversario del artículo de MacArthur y Wilson (diciembre de 1963), 'An equilibrium theory of insular zoogeography', fue un hito reciente para este tema. Desde 1963, los sistemas insulares han proporcionado nuevos conocimientos sobre la formación de comunidades ecológicas. Aquí, basándonos en tales desarrollos, destacamos las perspectivas de la investigación sobre islas para mejorar nuestra comprensión de la ecología y la evolución de las comunidades en general. En todo momento, enfatizamos cómo los atributos de las islas se combinan para proporcionar oportunidades de investigación inusuales, cuyas implicaciones se extienden mucho más allá de las islas. Las herramientas moleculares y la creciente adquisición de datos ahora permiten una reevaluación de algunas cuestiones fundamentales que interesaron a MacArthur y Wilson. Estas incluyen la formación de redes ecológicas, distribuciones de abundancia de especies y la contribución de la evolución al ensamblaje de comunidades. También extendemos nuestras perspectivas a otros campos de la ecología y la evolución - comprender el funcionamiento de los ecosistemas, la especiación y la diversificación - empleando frecuentemente los activos de las islas oceánicas para inferir el área geográfica dentro de la cual ha ocurrido la evolución, y las posibles barreras al flujo génico. Aunque la teoría basada en islas se enriquece continuamente, incorporar dinámicas no de equilibrio se identifica como un gran desafío para el futuro.",
    url = "https://doi.org/10.1111/ele.12398",
    doi = "10.1111/ele.12398",
    openalex = "W2156521347",
    references = "doi101038nature07893, doi101038nrg3644, doi101126science1157966, doi101126science1193954"
}

@article{doi101016jtree201811009,
    author = "Pontarp, Mikael y Bunnefeld, Lynsey y Cabral, Juliano Sarmento y Etienne, Rampal S. y Fritz, Susanne A. y Gillespie, Rosemary G. y Graham, Catherine H. y Hagen, Oskar y Härtig, Florian y Huang, Shan y Jansson, Roland y Maliet, Odile y Münkemüller, Tamara y Pellissier, Loïc y Rangel, Thiago F. y Štorch, David y Wiegand, Thorsten y Hurlbert, Allen H.",
    title = "El gradiente de diversidad latitudinal: una comprensión novedosa a través de modelos eco-evolutivos mecanísticos",
    year = "2018",
    journal = "Trends in Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.tree.2018.11.009",
    doi = "10.1016/j.tree.2018.11.009",
    openalex = "W2906409355",
    references = "doi101016jtree201309012, doi101146annurevecolsys112414054102"
}

Los procesos individuales que moldean los patrones geográficos de la biodiversidad se comprenden cada vez más, pero sus complejas interacciones a escalas espaciales y temporales amplias siguen estando fuera del alcance de los modelos analíticos y los experimentos tradicionales. Para enfrentar este desafío, construimos un modelo de simulación mecanístico explícito espacialmente que implementa la adaptación, los cambios de rango, la fragmentación, la especiación, la dispersión, la competencia y la extinción, impulsado por los climas modelados de los últimos 800.000 años en América del Sur. El alisado topográfico experimental confirmó el impacto de la heterogeneidad climática en la diversificación. Las simulaciones identificaron regiones y episodios de especiación (cunas), persistencia (museos) y extinción (tumbas). Aunque las simulaciones no tenían un patrón objetivo y no se parametrizaron con datos empíricos, los mapas emergentes de riqueza se asemejan estrechamente a los mapas contemporáneos para los principales taxones, confirmando los poderosos roles de la evolución y la diversificación impulsados por la topografía y el clima.

@article{doi101126scienceaar5452,
    author = "Rangel, Thiago F. y Edwards, Neil R. y Holden, Philip B. y Diniz‐Filho, José Alexandre Felizola y Gosling, William D. y Coelho, Marco Túlio Pacheco y Cassemiro, Fernanda A. S. y Rahbek, Carsten y Colwell, Robert K.",
    title = "Modelando la ecología y la evolución de la biodiversidad: cunas, museos y tumbas biogeográficas",
    year = "2018",
    journal = "Science",
    abstract = "Los procesos individuales que moldean los patrones geográficos de la biodiversidad se comprenden cada vez más, pero sus complejas interacciones a escalas espaciales y temporales amplias siguen estando fuera del alcance de los modelos analíticos y los experimentos tradicionales. Para enfrentar este desafío, construimos un modelo de simulación mecanístico explícito espacialmente que implementa la adaptación, los cambios de rango, la fragmentación, la especiación, la dispersión, la competencia y la extinción, impulsado por los climas modelados de los últimos 800.000 años en América del Sur. El alisado topográfico experimental confirmó el impacto de la heterogeneidad climática en la diversificación. Las simulaciones identificaron regiones y episodios de especiación (cunas), persistencia (museos) y extinción (tumbas). Aunque las simulaciones no tenían un patrón objetivo y no se parametrizaron con datos empíricos, los mapas emergentes de riqueza se asemejan estrechamente a los mapas contemporáneos para los principales taxones, confirmando los poderosos roles de la evolución y la diversificación impulsados por la topografía y el clima.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.aar5452",
    doi = "10.1126/science.aar5452",
    openalex = "W2885016372",
    references = "doi101002joc1276, doi10100797894010058529, doi101016jtree201208024, doi101016jtree201406005, doi1010292004pa001071, doi101038nature22897, doi101046j14429993200101070x, doi101093genetics1312479, doi101111j14429993200101070ppx, doi101126science13134091292, doi101126scienceaac4315, doi101146annurevecolsys110308120327, doi101146annurevecolsys33010802150448, doi101371journalpone0103958, doi1015159780691209418, doi1023072485224, doi105962bhltitle82303"
}

La evolución de la metástasis, la propagación del cáncer a sitios distales dentro del cuerpo, representa una etapa letal de la progresión del cáncer. Sin embargo, las dinámicas evolutivas que moldean el surgimiento de la enfermedad metastásica siguen sin resolverse. Aquí, utilizando datos de trazado de linajes de células individuales en combinación con métodos estadísticos filogenéticos, mostramos que la trayectoria evolutiva de la enfermedad metastásica está salpicada de brotes de cambios moleculares rápidos a medida que aparecen nuevas subpoblaciones celulares, un patrón conocido como evolución puntuada. A continuación, al medir la evolución puntuada a lo largo de la cascada metastásica, mostramos que los efectos puntuados se concentran en la formación de tumores secundarios en sitios metastásicos distales, sugiriendo que modos cualitativamente diferentes de evolución pueden impulsar la progresión de tumores primarios y metastásicos. Tomados en su conjunto, nuestros hallazgos proporcionan evidencia empírica de patrones distintos de evolución molecular en las etapas tempranas y tardías de la enfermedad metastásica y nuestro enfoque proporciona un marco para estudiar la evolución de la metástasis a un nivel más matizado del que ha sido posible anteriormente.

@article{butler2025punctuational,
    author = "Butler, George y Amend, Sarah R. y Venditti, Chris y Pienta, Kenneth J.",
    title = "La evolución puntuada es ubicua en la colonización metastásica de sitios distales",
    year = "2025",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences",
    abstract = "La evolución de la metástasis, la propagación del cáncer a sitios distales dentro del cuerpo, representa una etapa letal de la progresión del cáncer. Sin embargo, las dinámicas evolutivas que moldean el surgimiento de la enfermedad metastásica siguen sin resolverse. Aquí, utilizando datos de trazado de linajes de células individuales en combinación con métodos estadísticos filogenéticos, mostramos que la trayectoria evolutiva de la enfermedad metastásica está salpicada de brotes de cambios moleculares rápidos a medida que aparecen nuevas subpoblaciones celulares, un patrón conocido como evolución puntuada. A continuación, al medir la evolución puntuada a lo largo de la cascada metastásica, mostramos que los efectos puntuados se concentran en la formación de tumores secundarios en sitios metastásicos distales, sugiriendo que modos cualitativamente diferentes de evolución pueden impulsar la progresión de tumores primarios y metastásicos. Tomados en su conjunto, nuestros hallazgos proporcionan evidencia empírica de patrones distintos de evolución molecular en las etapas tempranas y tardías de la enfermedad metastásica y nuestro enfoque proporciona un marco para estudiar la evolución de la metástasis a un nivel más matizado del que ha sido posible anteriormente.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2024.2850",
    doi = "10.1098/rspb.2024.2850",
    number = "2039",
    openalex = "W4406640873",
    volume = "292",
    references = "doi101007bf00160154, doi101016jcell201303021, doi101016jcell201611037, doi101017s0094837300005224, doi10103844766, doi101038nature10762, doi101038nature14347, doi101056nejmoa1616288, doi10108010635150490522232, openalexw3135630760"
}

Resumen He diseñado dos pruebas que enfrentan el puntuacionalismo contra el gradualismo. La primera es la Prueba de la Radiación Adaptativa, que aplico a familias de mamíferos del Eoceno medio y de bivalvos del Cretácico tardío. Esta prueba muestra que las especies de ambas clases duraron mucho demasiado tiempo para que la evolución dentro de ellas (evolución filética) hubiera producido las nuevas familias que surgieron durante breves intervalos de tiempo. Esta prueba arrojaría resultados similares para muchos otros taxones. Apoya el modelo puntuacional, al igual que la Prueba de los Fósiles Vivos, que predice que los clados largos y delgados, habiendo experimentado poca especiación, deberían haber experimentado poca evolución. Limitada principalmente a la evolución filética, esto es exactamente lo que les sucedió a ellos. Varios estudios multivariados morfológicos de numerosos linajes fósiles han encontrado que la evolución gradual poco o nada ha sido la norma. Uno de estos incluyó 153 rasgos de linaje y otro, 250. Otro produjo una filogenia estratofenética rectangular, con eventos de especiación horizontal inferidos conectando linajes verticales. En conjunto, estos estudios proporcionan un apoyo abrumador para el modelo puntuacional. Muchos estudios han mostrado que los eventos de especiación rápida ocurren con frecuencia y algunos son puntuacionales. Las medusas que han aparecido recientemente en lagos de agua salada en la isla del Pacífico de Palau son ejemplos notables de especiación puntuacional, y lo mismo ocurre con la aparición repentina de la nueva familia de dólares de arena Dendrasteridae en el Mioceno de California. El modelo puntuacional muestra que el valor de la reproducción sexual debe residir en producir radiaciones adaptativas de larga duración, mientras que los clones se extinguen rápidamente.

@article{doi101017pab202510058,
    author = "Stanley, Steven M.",
    title = "Por qué el modelo puntuado de la evolución es válido",
    year = "2025",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Resumen He diseñado dos pruebas que enfrentan el puntuacionalismo contra el gradualismo. La primera es la Prueba de la Radiación Adaptativa, que aplico a familias de mamíferos del Eoceno medio y de bivalvos del Cretácico tardío. Esta prueba muestra que las especies de ambas clases duraron mucho demasiado tiempo para que la evolución dentro de ellas (evolución filética) hubiera producido las nuevas familias que surgieron durante breves intervalos de tiempo. Esta prueba arrojaría resultados similares para muchos otros taxones. Apoya el modelo puntuacional, al igual que la Prueba de los Fósiles Vivos, que predice que los clados largos y delgados, habiendo experimentado poca especiación, deberían haber experimentado poca evolución. Limitada principalmente a la evolución filética, esto es exactamente lo que les sucedió a ellos. Varios estudios multivariados morfológicos de numerosos linajes fósiles han encontrado que la evolución gradual poco o nada ha sido la norma. Uno de estos incluyó 153 rasgos de linaje y otro, 250. Otro produjo una filogenia estratofenética rectangular, con eventos de especiación horizontal inferidos conectando linajes verticales. En conjunto, estos estudios proporcionan un apoyo abrumador para el modelo puntuacional. Muchos estudios han mostrado que los eventos de especiación rápida ocurren con frecuencia y algunos son puntuacionales. Las medusas que han aparecido recientemente en lagos de agua salada en la isla del Pacífico de Palau son ejemplos notables de especiación puntuacional, y lo mismo ocurre con la aparición repentina de la nueva familia de dólares de arena Dendrasteridae en el Mioceno de California. El modelo puntuacional muestra que el valor de la reproducción sexual debe residir en producir radiaciones adaptativas de larga duración, mientras que los clones se extinguen rápidamente.",
    url = "https://doi.org/10.1017/pab.2025.10058",
    doi = "10.1017/pab.2025.10058",
    openalex = "W4416981381",
    references = "doi101007s100219900037, doi101073pnas0704088104, doi101073pnas722646, doi101111j001438202004tb01740x, doi101111j155856461971tb01868x, doi101126science28854691211, doi101579004474472912, doi101890024045, doi107312simp93764, doi107312steb94536"
}

He diseñado dos pruebas que enfrentan el puntuacionalismo contra el gradualismo. La primera es la Prueba de Radiación Adaptativa, que aplico a familias de mamíferos del Eoceno medio y de bivalvos del Cretácico tardío. Esta prueba muestra que las especies en ambas de estas clases duraron mucho demasiado tiempo para que la evolución dentro de ellas (evolución filética) haya producido las nuevas familias que surgieron durante breves intervalos de tiempo. Esta prueba arrojaría resultados similares para muchos otros taxones. Apoya el modelo puntuacional, al igual que la Prueba de Fósiles Vivos, que predice que los clados largos y delgados, habiendo experimentado poca especiación, deberían haber experimentado poca evolución. Limitada principalmente a la evolución filética, esto es exactamente lo que les sucedió a ellos. Varios estudios multivariados morfológicos de numerosos linajes fósiles han encontrado que hubo poca o ninguna evolución gradual como norma. Uno de estos incluyó 153 rasgos de linaje y otro, 250. Otro produjo una filogenia estratofenética rectangular, con eventos de especiación horizontal inferidos conectando linajes verticales. En conjunto, estos estudios proporcionan un apoyo abrumador para el modelo puntuacional. Muchos estudios han mostrado que los eventos de especiación rápida ocurren frecuentemente y algunos son puntuacionales. Las medusas que han aparecido recientemente en lagos de agua salada en la isla del Pacífico de Palau son ejemplos notables de especiación puntuacional, y lo mismo ocurre con la aparición repentina de la nueva familia de dólares de arena Dendrasteridae en el Mioceno de California. El modelo puntuacional muestra que el valor de la reproducción sexual debe estar en producir radiaciones adaptativas de larga duración, mientras que los clones se extinguen rápidamente.

@article{stanley2025why,
    author = "Stanley, Steven M.",
    title = "Por qué el modelo puntuado de la evolución es válido",
    year = "2025",
    journal = "Paleobiología",
    abstract = "He diseñado dos pruebas que enfrentan el puntuacionalismo contra el gradualismo. La primera es la Prueba de Radiación Adaptativa, que aplico a familias de mamíferos del Eoceno medio y de bivalvos del Cretácico tardío. Esta prueba muestra que las especies en ambas de estas clases duraron mucho demasiado tiempo para que la evolución dentro de ellas (evolución filética) haya producido las nuevas familias que surgieron durante breves intervalos de tiempo. Esta prueba arrojaría resultados similares para muchos otros taxones. Apoya el modelo puntuacional, al igual que la Prueba de Fósiles Vivos, que predice que los clados largos y delgados, habiendo experimentado poca especiación, deberían haber experimentado poca evolución. Limitada principalmente a la evolución filética, esto es exactamente lo que les sucedió a ellos. Varios estudios multivariados morfológicos de numerosos linajes fósiles han encontrado que hubo poca o ninguna evolución gradual como norma. Uno de estos incluyó 153 rasgos de linaje y otro, 250. Otro produjo una filogenia estratofenética rectangular, con eventos de especiación horizontal inferidos conectando linajes verticales. En conjunto, estos estudios proporcionan un apoyo abrumador para el modelo puntuacional. Muchos estudios han mostrado que los eventos de especiación rápida ocurren frecuentemente y algunos son puntuacionales. Las medusas que han aparecido recientemente en lagos de agua salada en la isla del Pacífico de Palau son ejemplos notables de especiación puntuacional, y lo mismo ocurre con la aparición repentina de la nueva familia de dólares de arena Dendrasteridae en el Mioceno de California. El modelo puntuacional muestra que el valor de la reproducción sexual debe estar en producir radiaciones adaptativas de larga duración, mientras que los clones se extinguen rápidamente.",
    url = "https://doi.org/10.1017/pab.2025.10058",
    doi = "10.1017/pab.2025.10058",
    number = "4",
    openalex = "W4416981381",
    pages = "631-644",
    volume = "51",
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