Aislamiento geográfico

@book{simpson1980splendid1,
    author = "Simpson, G. G",
    title = "Splendid Isolation",
    year = "1980",
    publisher = "The Curious History of South American Mammals: New Haven, Connecticut, Yale University Press",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Simpson, G. G., 1980, Splendid Isolation: The Curious History of South American Mammals: New Haven, Connecticut, Yale University Press.}"
}

Se demuestra que para datos de frecuencia alélica, una medida útil del grado de flujo génico entre un par de poblaciones es M∘=(1/FST-1)/4, que es el nivel estimado de flujo génico en un modelo de isla en equilibrio. Para datos de secuencias de ADN, la misma fórmula puede utilizarse si FST se reemplaza por NST. En una población con dispersión restringida, la teoría analítica muestra que existe una relación simple entre M̂ y la distancia geográfica tanto en poblaciones en equilibrio como en no equilibrio, y que esta relación es aproximadamente independiente de la tasa de mutación cuando la tasa de mutación es pequeña. Los resultados de simulación muestran que con tamaños de muestra razonables, el aislamiento por distancia puede detectarse de hecho y que, al menos en algunos casos, los patrones de no equilibrio pueden distinguirse. Este enfoque para analizar el aislamiento por distancia se utiliza para dos conjuntos de datos de aloenzimas, uno de gaviotas y otro de topillos de bolsillo.

@article{doi101111j155856461993tb01215x,
    author = "Slatkin, Montgomery",
    title = "AISLAMIENTO POR DISTANCIA EN POBLACIONES EN EQUILIBRIO Y NO EN EQUILIBRIO",
    year = "1993",
    journal = "Evolución",
    abstract = "Se demuestra que para datos de frecuencia alélica, una medida útil del grado de flujo génico entre un par de poblaciones es M∘=(1/FST-1)/4, que es el nivel estimado de flujo génico en un modelo de isla en equilibrio. Para datos de secuencias de ADN, la misma fórmula puede utilizarse si FST se reemplaza por NST. En una población con dispersión restringida, la teoría analítica muestra que existe una relación simple entre M̂ y la distancia geográfica tanto en poblaciones en equilibrio como en no equilibrio, y que esta relación es aproximadamente independiente de la tasa de mutación cuando la tasa de mutación es pequeña. Los resultados de simulación muestran que con tamaños de muestra razonables, el aislamiento por distancia puede detectarse de hecho y que, al menos en algunos casos, los patrones de no equilibrio pueden distinguirse. Este enfoque para analizar el aislamiento por distancia se utiliza para dos conjuntos de datos de aloenzimas, uno de gaviotas y otro de topillos de bolsillo.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1993.tb01215.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1993.tb01215.x",
    openalex = "W1974744321",
    references = "doi101086282771, doi101093genetics1053767"
}

Formalizamos el uso de la frecuencia alélica y la información geográfica para la construcción de árboles genéticos a nivel intraspecífico y extendemos el concepto de parsimonia evolutiva a la parsimonia de la varianza molecular. El principio central es considerar un árbol genético particular como una variable a optimizar en la estimación de un estadístico de población dado. Proponemos tres estadísticos de población relacionados con los componentes de varianza y que son funciones explícitas de la información filogenética. La metodología se aplica en el contexto de los árboles de expansión mínima (TEM) y los datos de restricción del ADN mitocondrial humano, pero podría extenderse para acomodar otros procedimientos de construcción de árboles, así como otros tipos de datos. Buscamos árboles óptimos mediante optimización heurística sobre un espacio de búsqueda de más de 1.29 mil millones de TEM. Este número muy grande de árboles igualmente parsimoniosos subraya la falta de resolución de los procedimientos convencionales de parsimonia. Esta falta de resolución se destaca por la observación de que los árboles igualmente parsimoniosos producen estimaciones muy diferentes de la diversidad genética de la población y la estructura genética, como se muestra mediante las distribuciones nulas de los estadísticos de población, obtenidas mediante la evaluación de 10.000 TEM aleatorios. Proponemos una prueba no paramétrica para la similitud entre cualquier par de árboles, basada en la distribución de una correlación coevolutiva ponderada. La capacidad de probar la parentela de los árboles conduce a la definición de una clase de soluciones en lugar de una única solución. Los miembros de la clase comparten virtualmente toda la estructura interna crítica del árbol, pero difieren en la colocación de las puntas de las ramas solitarias.

@article{doi101093genetics1361343,
    author = "Excoffier, Laurent y Smouse, Peter E.",
    title = "Using allele frequencies and geographic subdivision to reconstruct gene trees within a species: molecular variance parsimony.",
    year = "1994",
    journal = "Genetics",
    abstract = "Formalizamos el uso de la frecuencia alélica y la información geográfica para la construcción de árboles genéticos a nivel intraspecífico y extendemos el concepto de parsimonia evolutiva a la parsimonia de la varianza molecular. El principio central es considerar un árbol genético particular como una variable a optimizar en la estimación de un estadístico de población dado. Proponemos tres estadísticos de población relacionados con los componentes de varianza y que son funciones explícitas de la información filogenética. La metodología se aplica en el contexto de los árboles de expansión mínima (TEM) y los datos de restricción del ADN mitocondrial humano, pero podría extenderse para acomodar otros procedimientos de construcción de árboles, así como otros tipos de datos. Buscamos árboles óptimos mediante optimización heurística sobre un espacio de búsqueda de más de 1.29 mil millones de TEM. Este número muy grande de árboles igualmente parsimoniosos subraya la falta de resolución de los procedimientos convencionales de parsimonia. Esta falta de resolución se destaca por la observación de que los árboles igualmente parsimoniosos producen estimaciones muy diferentes de la diversidad genética de la población y la estructura genética, como se muestra mediante las distribuciones nulas de los estadísticos de población, obtenidas mediante la evaluación de 10.000 TEM aleatorios. Proponemos una prueba no paramétrica para la similitud entre cualquier par de árboles, basada en la distribución de una correlación coevolutiva ponderada. La capacidad de probar la parentela de los árboles conduce a la definición de una clase de soluciones en lugar de una única solución. Los miembros de la clase comparten virtualmente toda la estructura interna crítica del árbol, pero difieren en la colocación de las puntas de las ramas solitarias.",
    url = "https://doi.org/10.1093/genetics/136.1.343",
    doi = "10.1093/genetics/136.1.343",
    openalex = "W2287087292"
}

Las densidades poblacionales de animales terrestres tienden a ser más altas y menos variables cerca del centro en comparación con el borde del rango geográfico de una especie. Si las extinciones están vinculadas a la dinámica poblacional local, los rangos geográficos de las especies en peligro de extinción deberían colapsar hacia adentro, con poblaciones remanentes que persisten cerca del centro del rango histórico de una especie. Sin embargo, el análisis de Sistemas de Información Geográfica sobre el colapso del rango en mamíferos terrestres no voladores revela que las poblaciones existentes de 23 de 31 especies se ubicaban a lo largo del borde, no del centro, de su rango histórico. Además, el colapso del rango parece ser independiente del área del fragmento y tiene un sesgo direccional de este a oeste. La persistencia de las poblaciones en peligro de extinción también parece ser mayor en las islas que en los continentes. Estos resultados contradicen el conocimiento convencional en biogeografía y macroecología y tienen importantes implicaciones para la conservación de la biodiversidad. Debido a su relativo aislamiento de las poblaciones centrales y de una serie de perturbaciones antropogénicas, las islas y otros sitios a lo largo del borde del rango histórico de una especie representan refugios críticos para muchas especies en peligro de extinción.

@article{doi1023071382345,
    author = "Lomolino, Mark V. y Channell, Rob",
    title = "Splendid Isolation: Patrones de colapso del rango geográfico en mamíferos en peligro de extinción",
    year = "1995",
    journal = "Journal of Mammalogy",
    abstract = "Las densidades poblacionales de animales terrestres tienden a ser más altas y menos variables cerca del centro en comparación con el borde del rango geográfico de una especie. Si las extinciones están vinculadas a la dinámica poblacional local, los rangos geográficos de las especies en peligro de extinción deberían colapsar hacia adentro, con poblaciones remanentes que persisten cerca del centro del rango histórico de una especie. Sin embargo, el análisis de Sistemas de Información Geográfica sobre el colapso del rango en mamíferos terrestres no voladores revela que las poblaciones existentes de 23 de 31 especies se ubicaban a lo largo del borde, no del centro, de su rango histórico. Además, el colapso del rango parece ser independiente del área del fragmento y tiene un sesgo direccional de este a oeste. La persistencia de las poblaciones en peligro de extinción también parece ser mayor en las islas que en los continentes. Estos resultados contradicen el conocimiento convencional en biogeografía y macroecología y tienen importantes implicaciones para la conservación de la biodiversidad. Debido a su relativo aislamiento de las poblaciones centrales y de una serie de perturbaciones antropogénicas, las islas y otros sitios a lo largo del borde del rango histórico de una especie representan refugios críticos para muchas especies en peligro de extinción.",
    url = "https://doi.org/10.2307/1382345",
    doi = "10.2307/1382345",
    openalex = "W2043208989",
    references = "doi101016000632078690025x, doi101016000632079291047v, doi1010160169534794902488, doi101126science21545381351, doi101126science2454917477, doi1015159781400881376, doi1023071935620, doi1023072259626, doi105860choice290892, doi105962bhltitle44956"
}

@article{lomolino1995splendid,
    author = "Lomolino, M. V. y Channell, R.",
    title = "Splendid Isolation: Patrones de colapso del rango geográfico en mamíferos en peligro de extinción",
    year = "1995",
    journal = "Journal of Mammalogy",
    url = "https://doi.org/10.2307/1382345",
    doi = "10.2307/1382345",
    number = "2",
    pages = "335-347",
    volume = "76"
}

▪ Abstract Los estudios biogeográficos comparativos y cuantitativos están revelando patrones empíricos de variación interespecífica en los tamaños, formas, límites y estructuras internas de los rangos geográficos; estos patrones prometen contribuir a la comprensión de los procesos históricos y ecológicos que influyen en las distribuciones de las especies. Esta revisión se centra en las características de los rangos que parecen reflejar las influencias de los factores limitantes ambientales y la dispersión. Entre los organismos en su conjunto, el tamaño del rango varía más de 12 órdenes de magnitud. Dentro de géneros, familias, órdenes y clases de plantas y animales, el tamaño del rango a menudo varía varios órdenes de magnitud, y esta variación está asociada con la variación en el tamaño corporal, la densidad poblacional, el modo de dispersión, la latitud, la elevación y la profundidad (en sistemas marinos). Las formas de los rangos y los cambios dinámicos en los límites del rango reflejan las influencias interactuantes de las condiciones ambientales limitantes (variables de nicho) y la dinámica de dispersión/extinción. Estos procesos también presumiblemente explican la mayor parte de la estructura interna de los rangos: los patrones espaciales y los órdenes de magnitud de la variación en la abundancia de especies entre sitios dentro de sus rangos. Los resultados de este tipo de "biogeografía ecológica" necesitan ser integrados con los resultados de los enfoques filogenéticos y paleoambientales de la "biogeografía histórica" para que podamos comprender mejor los procesos que han determinado las distribuciones geográficas de los organismos.

@article{doi101146annurevecolsys271597,
    author = "Brown, James H. and Stevens, George C. and Kaufman, Dawn M.",
    title = "THE GEOGRAPHIC RANGE: Size, Shape, Boundaries, and Internal Structure",
    year = "1996",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "▪ Abstract Los estudios biogeográficos comparativos y cuantitativos están revelando patrones empíricos de variación interespecífica en los tamaños, formas, límites y estructuras internas de los rangos geográficos; estos patrones prometen contribuir a la comprensión de los procesos históricos y ecológicos que influyen en las distribuciones de las especies. Esta revisión se centra en las características de los rangos que parecen reflejar las influencias de los factores limitantes ambientales y la dispersión. Entre los organismos en su conjunto, el tamaño del rango varía más de 12 órdenes de magnitud. Dentro de géneros, familias, órdenes y clases de plantas y animales, el tamaño del rango a menudo varía varios órdenes de magnitud, y esta variación está asociada con la variación en el tamaño corporal, la densidad poblacional, el modo de dispersión, la latitud, la elevación y la profundidad (en sistemas marinos). Las formas de los rangos y los cambios dinámicos en los límites del rango reflejan las influencias interactuantes de las condiciones ambientales limitantes (variables de nicho) y la dinámica de dispersión/extinción. Estos procesos también presumiblemente explican la mayor parte de la estructura interna de los rangos: los patrones espaciales y los órdenes de magnitud de la variación en la abundancia de especies entre sitios dentro de sus rangos. Los resultados de este tipo de "biogeografía ecológica" necesitan ser integrados con los resultados de los enfoques filogenéticos y paleoambientales de la "biogeografía histórica" para que podamos comprender mejor los procesos que han determinado las distribuciones geográficas de los organismos.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.27.1.597",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.27.1.597",
    openalex = "W2170505236",
    references = "doi10103823876, doi10106312995555, doi101086284267, doi101086284880, doi101086284913, doi101093aesa492190, doi101111j1469185x1983tb00380x, doi101126science24348951145, doi1023071382345, doi1023071933500, doi1023071940431, doi1023072259626, doi1023073544021, doi1023073669094, jablonski1983larval, lomolino1995splendid, openalexw1500291103, openalexw1989371375"
}

Resumen Ninguna especie ocurre en todas partes. De hecho, la mayoría están ausentes de la mayoría de los lugares, y donde sí ocurren, suelen ser bastante raras. Gaston discute la estructura de estas distribuciones - la estructura de los rangos geográficos de las especies. Gaston está particularmente preocupado por los factores que determinan los límites del rango geográfico de una especie, cómo varían los tamaños de esos rangos y los patrones en esa variación. También se consideran la distribución de individuos entre aquellos sitios donde una especie sí ocurre y qué determina esa distribución, así como algunas de las implicaciones prácticas de todo esto. Tanto en un contexto puro como aplicado, los ecólogos necesitan una perspectiva más amplia sobre su materia que la que históricamente ha prevalecido. Este libro proporciona una de esas perspectivas. Un libro indispensable para cualquier investigador y estudiante de posgrado que estudie macroecología, biogeografía y biología de la conservación.

@book{doi101093oso97801985264070010001,
    author = "Gaston, Kevin J.",
    title = "The Structure and Dynamics of Geographic Ranges",
    year = "2003",
    abstract = "Resumen Ninguna especie ocurre en todas partes. De hecho, la mayoría están ausentes de la mayoría de los lugares, y donde sí ocurren, suelen ser bastante raras. Gaston discute la estructura de estas distribuciones - la estructura de los rangos geográficos de las especies. Gaston está particularmente preocupado por los factores que determinan los límites del rango geográfico de una especie, cómo varían los tamaños de esos rangos y los patrones en esa variación. También se consideran la distribución de individuos entre aquellos sitios donde una especie sí ocurre y qué determina esa distribución, así como algunas de las implicaciones prácticas de todo esto. Tanto en un contexto puro como aplicado, los ecólogos necesitan una perspectiva más amplia sobre su materia que la que históricamente ha prevalecido. Este libro proporciona una de esas perspectivas. Un libro indispensable para cualquier investigador y estudiante de posgrado que estudie macroecología, biogeografía y biología de la conservación.",
    url = "https://doi.org/10.1093/oso/9780198526407.001.0001",
    doi = "10.1093/oso/9780198526407.001.0001",
    openalex = "W1593262638"
}

El virus de la rabia existe en perros en Sri Lanka como una sola línea filogenética con mínima divergencia, solo remotamente relacionada con otras líneas filogenéticas del virus de la rabia en Asia. Las poblaciones de virus estables y geográficamente aisladas son susceptibles a la extinción local. Una campaña de control de la rabia plenamente implementada podría hacer de Sri Lanka el primer país asiático en más de 30 años en quedar libre del virus de la rabia.

@article{doi103201eid0903020545,
    author = "Nanayakkara, Susilakanthi and Smith, Jean S and Rupprecht, Charles E",
    title = "Rabies in Sri Lanka: splendid isolation.",
    year = "2003",
    journal = "Emerging infectious diseases",
    abstract = "Rabies virus exists in dogs on Sri Lanka as a single, minimally divergent lineage only distantly related to other rabies virus lineages in Asia. Stable, geographically isolated virus populations are susceptible to local extinction. A fully implemented rabies-control campaign could make Sri Lanka the first Asian country in >30 years to become free of rabies virus.",
    url = "https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2958551/",
    doi = "10.3201/eid0903.020545",
    openalex = "W2013489903",
    pmcid = "PMC2958551",
    pmid = "12643834",
    references = "doi101006viro19951285, doi101056nejm199101243240401, doi101093infdis1662296, doi101093nar1462671, doi101128jvi7517809681042001, doi103201eid0803010330, doi10758900903558362231, openalexw19217140, openalexw4302065358"
}

En un trabajo anterior En su estudio, Greenberg et al. utilizaron la sustitución génica dirigida para construir líneas con diferentes alelos del locus desaturase-2 (desat2), un gen involucrado en la síntesis de hidrocarburos cuticulares. Descubrieron que diferentes alelos tenían diferentes efectos en las respuestas de las moscas al estrés por frío y por inanición: los portadores del alelo africano y caribeño (ds2 Z) consistentemente tenían menor resistencia al frío y mayor resistencia a la inanición que los portadores del alelo cosmopolita (ds2 M). Debido a que existía evidencia previa de aislamiento sexual entre portadores de diferentes alelos desat2 (las hembras africanas homocigotas para ds2 Z discriminan contra los machos no africanos homocigotos para ds2 M; Fang et al. 2002), posiblemente porque diferentes hidrocarburos cuticulares actúan como señales de apareamiento,

@article{doi101111j001438202006tb01143x,
    author = "Coyne, Jerry A. y Elwyn, Susannah",
    title = "DESATURASE‐2, ADAPTACIÓN AMBIENTAL Y AISLAMIENTO SEXUAL EN DROSOPHILA MELANOGASTER",
    year = "2006",
    journal = "Evolución",
    abstract = "En un trabajo anterior En su estudio, Greenberg et al. utilizaron la sustitución génica dirigida para construir líneas con diferentes alelos del locus desaturase-2 (desat2), un gen involucrado en la síntesis de hidrocarburos cuticulares. Descubrieron que diferentes alelos tenían diferentes efectos en las respuestas de las moscas al estrés por frío y por inanición: los portadores del alelo africano y caribeño (ds2 Z) consistentemente tenían menor resistencia al frío y mayor resistencia a la inanición que los portadores del alelo cosmopolita (ds2 M). Debido a que existía evidencia previa de aislamiento sexual entre portadores de diferentes alelos desat2 (las hembras africanas homocigotas para ds2 Z discriminan contra los machos no africanos homocigotos para ds2 M; Fang et al. 2002), posiblemente porque diferentes hidrocarburos cuticulares actúan como señales de apareamiento,",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.0014-3820.2006.tb01143.x",
    doi = "10.1111/j.0014-3820.2006.tb01143.x",
    openalex = "W4236671098",
    references = "doi101086428388, doi101093genetics1622781, doi101111j001438202006tb01106x, doi101111j001438202006tb01142x, doi101126science1090432"
}

En la biogeografía histórica, los métodos de inferencia basados en modelos para reconstruir la evolución de rangos geográficos en árboles filogenéticos están poco desarrollados en comparación con la diversidad de métodos análogos disponibles para inferir la evolución de caracteres. Intentamos corregir esta deficiencia construyendo un modelo de dispersión-extinción-cladogénesis (DEC) para la evolución de rangos geográficos que especifica tasas de transición instantánea entre estados discretos (rangos) a lo largo de las ramas filogenéticas y aplicándolo para estimar las verosimilitudes de los estados ancestrales (escenarios de herencia de rangos) en eventos de cladogénesis. A diferencia de una versión anterior de este enfoque, el modelo actual permite una solución analítica para las probabilidades de transición de rangos como función del tiempo, lo que habilita la estimación mediante máxima verosimilitud de los parámetros libres del modelo, las tasas de dispersión y la extinción local. Los resultados de las simulaciones indican que obtener estimaciones precisas de los parámetros puede ser difícil en la práctica, pero también muestran que los escenarios de herencia de rangos ancestrales pueden recuperarse correctamente con alto éxito si las tasas de evolución de rangos son bajas en relación con la tasa de cladogénesis. Aplicamos el modelo DEC a un estudio de caso ejemplar previamente publicado de biogeografía de islas que involucra angiospermas endémicas de Hawái en Psychotria (Rubiaceae), mostrando cómo el modelo DEC puede refinarse iterativamente al inspeccionar inferencias de evolución de rangos y también cómo las restricciones geológicas que involucran los tiempos de origen de las islas pueden imponerse a la función de verosimilitud. El modelo DEC es lo suficientemente similar a los modelos de caracteres que podría servir como puerta de entrada a través de la cual muchos métodos comparativos existentes para caracteres podrían importarse al ámbito de la biogeografía histórica; además, también podría inspirar la expansión conceptual de los modelos de caracteres hacia la inclusión del cambio evolutivo como directamente coincidente, ya sea como causa o consecuencia, con los eventos de cladogénesis. El modelo DEC es, por tanto, un avance incremental que destaca el considerable potencial en el campo incipiente de la inferencia biogeográfica histórica basada en modelos.

@article{doi10108010635150701883881,
    author = "Ree, Richard H. y Smith, Stephen A.",
    title = "Inferencia de máxima verosimilitud de la evolución de rangos geográficos por dispersión, extinción local y cladogénesis",
    year = "2008",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "En la biogeografía histórica, los métodos de inferencia basados en modelos para reconstruir la evolución de rangos geográficos en árboles filogenéticos están poco desarrollados en comparación con la diversidad de métodos análogos disponibles para inferir la evolución de caracteres. Intentamos corregir esta deficiencia construyendo un modelo de dispersión-extinción-cladogénesis (DEC) para la evolución de rangos geográficos que especifica tasas de transición instantánea entre estados discretos (rangos) a lo largo de las ramas filogenéticas y aplicándolo para estimar las verosimilitudes de los estados ancestrales (escenarios de herencia de rangos) en eventos de cladogénesis. A diferencia de una versión anterior de este enfoque, el modelo actual permite una solución analítica para las probabilidades de transición de rangos como función del tiempo, lo que habilita la estimación mediante máxima verosimilitud de los parámetros libres del modelo, las tasas de dispersión y la extinción local. Los resultados de las simulaciones indican que obtener estimaciones precisas de los parámetros puede ser difícil en la práctica, pero también muestran que los escenarios de herencia de rangos ancestrales pueden recuperarse correctamente con alto éxito si las tasas de evolución de rangos son bajas en relación con la tasa de cladogénesis. Aplicamos el modelo DEC a un estudio de caso ejemplar previamente publicado de biogeografía de islas que involucra angiospermas endémicas de Hawái en Psychotria (Rubiaceae), mostrando cómo el modelo DEC puede refinarse iterativamente al inspeccionar inferencias de evolución de rangos y también cómo las restricciones geológicas que involucran los tiempos de origen de las islas pueden imponerse a la función de verosimilitud. El modelo DEC es lo suficientemente similar a los modelos de caracteres que podría servir como puerta de entrada a través de la cual muchos métodos comparativos existentes para caracteres podrían importarse al ámbito de la biogeografía histórica; además, también podría inspirar la expansión conceptual de los modelos de caracteres hacia la inclusión del cambio evolutivo como directamente coincidente, ya sea como causa o consecuencia, con los eventos de cladogénesis. El modelo DEC es, por tanto, un avance incremental que destaca el considerable potencial en el campo incipiente de la inferencia biogeográfica histórica basada en modelos.",
    url = "https://doi.org/10.1080/10635150701883881",
    doi = "10.1080/10635150701883881",
    openalex = "W2101095863",
    references = "doi101007bf01734359, doi10108010635150390192780, doi10108010635150490522232, doi10108010635150701607033, doi101080106351599260184, doi101086503444, doi101093sysbio461195, doi101098rspb19940006, doi101111j001438202005tb00940x, doi101111j155856461997tb05095x"
}

Se investigó la estructura filogeográfica del petirrojo espléndido australiano Malurus splendens, ampliamente distribuido en zonas áridas y semiáridas, utilizando la variación en caracteres de la plumaje y el ADN mitocondrial (ADNmt). Examinamos secuencias del gen ND2 del ADNmt y utilizamos espectrofotometría para cuantificar la variación cromática en la plumaje con el fin de probar la taxonomía intraspecífica basada en la morfología actual de M. splendens y discriminar entre hipótesis que invocan procesos alopátricos y parapátricos en el origen de la diversidad en el complejo. La diversidad genética de M. splendens se dividió en tres clados divergentes estructurados geográficamente. Uno representa poblaciones atribuidas a la subespecie occidental M. s. splendens, el otro poblaciones centrales de M. s. musgravi y el tercero todas las poblaciones orientales actualmente atribuidas a M. s. emmottorum y M. s. melanotus. Los patrones de plumaje diferencian claramente a M. s. splendens y M. s. musgravi, y la espectrofotometría identificó una transición escalonada en los espectros entre M. s. melanotus y M. s. emmottorum. La congruencia de los patrones de variación fenotípica y genética entre poblaciones occidentales, centrales y orientales de M. splendens sugiere fuertemente que estas poblaciones han divergido en alopatria a ambos lados de barreras biogeográficas históricas en esta región. Los patrones desacoplados de diversidad fenotípica y genética sugieren que la divergencia de M. s. melanotus y M. s. emmottorum pudo haber ocurrido sin períodos de aislamiento, quizás en respuesta a diferencias en las condiciones ambientales locales, o alternativamente, el ADNmt y la plumaje pueden tener diferentes tasas de evolución. Críticamente, encontramos problemas con la colocación de la raíz del complejo M. splendens. La raíz se colocó dentro de la subespecie M. s. splendens, separando sus poblaciones norteñas y sur, y haciendo que la subespecie sea parafilética.

@article{doi101111j1600048x200804383x,
    author = "Kearns, Anna M. and Joseph, Leo and Edwards, Scott V. and Double, Michael C.",
    title = "Inferring the phylogeography and evolutionary history of the splendid fairy‐wren Malurus splendens from mitochondrial DNA and spectrophotometry",
    year = "2008",
    journal = "Journal of Avian Biology",
    abstract = "The phylogeographic structure of the widely distributed arid and semi‐arid Australian splendid fairy‐wren Malurus splendens was investigated by using variation in plumage characters and mitochondrial DNA (mtDNA). We examined sequences of the mtDNA ND2 gene and used spectrophotometry to quantify chromatic variation in plumage in order to test the current morphology‐based intraspecific taxonomy of M. splendens and to discriminate between hypotheses invoking allopatric and parapatric processes in the origin of diversity in the complex. Genetic diversity of M. splendens fell into three divergent geographically structured clades. One represents populations ascribed to the western subspecies M. s. splendens, the other populations of central M. s. musgravi and the third all eastern populations currently ascribed to M. s. emmottorum and M. s. melanotus. Plumage patterns clearly differentiate M. s. splendens and M. s. musgravi, and spectrophotometry identified a step‐wise transition in spectra between M. s. melanotus and M. s. emmottorum. Congruence of patterns of phenotypic and genetic variation among western, central and eastern populations of M. splendens strongly suggests that these populations have diverged in allopatry on either side of historical biogeographic barriers in this region. Decoupled patterns of phenotypic and genetic diversity suggest that the divergence of M. s. melanotus and M. s. emmottorum may have occurred without periods of isolation perhaps in response to differences in local environmental conditions, or alternatively, mtDNA and plumage may have different rates of evolution. Critically, we encountered issues with the placement of the root of the M. splendens complex. The root was placed within the subspecies M. s. splendens separating its northern and southern populations and rendering the subspecies paraphyletic.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1600-048x.2008.04383.x",
    doi = "10.1111/j.1600-048x.2008.04383.x",
    openalex = "W2079869095",
    references = "doi101046j1365294x200001020x, doi101093bioinformatics149817, doi101093bioinformatics178754, doi101093bioinformaticsbtg359, doi101093genetics1233585, doi101093genetics1472915, doi101093oxfordjournalsmolbeva026201, doi1013851592591922365, doi105860choice392183, openalexw2994240441"
}

La comprensión de los determinantes de los límites geográficos del rango de las especies sigue siendo poco integrada. En parte, esto se debe a la diversidad de perspectivas sobre el tema y porque los estudios empíricos han quedado considerablemente rezagados respecto a los desarrollos teóricos. Aquí, proporciono una visión general amplia, reuniendo muchos de los hilos dispares, considerando, a su vez, cómo las influencias en los términos de una ecuación simple de una sola población pueden determinar los límites del rango. Existe evidencia teórica y empírica de cambios sistemáticos hacia los límites del rango bajo ciertas circunstancias en cada uno de los parámetros demográficos. Sin embargo, bajo otras circunstancias, no pueden producirse tales cambios en parámetros particulares, o pueden ocurrir en una dirección diferente, con limitación que aún ocurre. Esto sugiere que (i) poco sobre la limitación del rango puede inferirse categóricamente de muchos estudios empíricos, que documentan cambios en solo un parámetro demográfico, (ii) existe la necesidad de estudios que documenten la variación en todos los parámetros, y (iii) de acuerdo con la evidencia teórica de que los límites del rango pueden formarse en presencia o ausencia de límites duros, gradientes ambientales o interacciones bióticas, puede haber pocos patrones generales sobre los determinantes de estos límites, con la mayoría de las generalidades reclamadas teniendo al menos muchas excepciones.

@article{doi101098rspb20081480,
    author = "Gaston, Kevin J.",
    title = "Geographic range limits: achieving synthesis",
    year = "2009",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Understanding of the determinants of species' geographic range limits remains poorly integrated. In part, this is because of the diversity of perspectives on the issue, and because empirical studies have lagged substantially behind developments in theory. Here, I provide a broad overview, drawing together many of the disparate threads, considering, in turn, how influences on the terms of a simple single-population equation can determine range limits. There is theoretical and empirical evidence for systematic changes towards range limits under some circumstances in each of the demographic parameters. However, under other circumstances, no such changes may take place in particular parameters, or they may occur in a different direction, with limitation still occurring. This suggests that (i) little about range limitation can categorically be inferred from many empirical studies, which document change in only one demographic parameter, (ii) there is a need for studies that document variation in all of the parameters, and (iii) in agreement with theoretical evidence that range limits can be formed in the presence or absence of hard boundaries, environmental gradients or biotic interactions, there may be few general patterns as to the determinants of these limits, with most claimed generalities at least having many exceptions.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2008.1480",
    doi = "10.1098/rspb.2008.1480",
    openalex = "W2147134797",
    references = "doi101046j14610248200200297x, openalexw2151235472"
}

El alfonsino espléndido Beryx splendens es una especie comercial en varios países, pero no se explota actualmente en Nueva Caledonia. La información sobre la biología y la genética de las especies puede influir en el desarrollo de la pesca y ayudar en su gestión, pero la estructuración genética y la diversidad de las poblaciones de B. splendens permanecen en gran parte desconocidas. Para mejorar el conocimiento de los parámetros genéticos, utilizamos secuencias de ADN mitocondrial para realizar un estudio comparativo de poblaciones de todo el mundo. Se secuenciaron fragmentos de 815 pb del gen citocromo b y se utilizaron para interpretar la historia de la especie. Analizamos 204 individuos que representan 14 poblaciones geográficas en todo el mundo. Se puso un enfoque especial en las poblaciones de Nueva Caledonia. El análisis de la variación entre secuencias, basado en estadísticas F por pares y AMOVA, demostró una subdivisión de poblaciones entre los Océanos Atlántico e Indo-Pacífico (Fst = 0,11-0,32; P < 0,05). El análisis de red de mínima expansión reveló un patrón principalmente en forma de estrella, con dos linajes que pueden representar la expansión de poblaciones tras un evento de cuello de botella/fundador y/o sugerir colonización por eventos migratorios a grandes distancias. Nuestras observaciones demostraron que la especie parece seguir las corrientes oceánicas. El análisis de las secuencias de nucleótidos reveló 122 sitios variables, que definieron numerosos haplotipos, algunos asociados con regiones geográficas particulares. Estos datos sugieren una diversidad genética intraespecífica extremadamente alta, incluso a pequeñas escalas. Centrando el análisis en el área de Nueva Caledonia, el análisis estadístico no reveló subestructuración entre las muestras, sugiriendo nuevamente que al menos una fracción de los individuos migran. No se observó un patrón significativo de aislamiento por distancia en esta especie (R = -0,22; P = 0,79) entre las poblaciones de montes submarinos en la ZEE.

@article{doi101007s107090129628y,
    author = "Lévy-Hartmann, Lauriana y Roussel, Valérie y Letourneur, Yves y Sellos, Daniel Y",
    title = "Patrones globales y de Nueva Caledonia de la variación genética de poblaciones en el alfonsino espléndido de aguas profundas, Beryx splendens, inferidos a partir de ADNmt.",
    year = "2011",
    journal = "Genética",
    abstract = "El alfonsino espléndido Beryx splendens es una especie comercial en varios países, pero no se explota actualmente en Nueva Caledonia. La información sobre la biología y la genética de las especies puede influir en el desarrollo de la pesca y ayudar en su gestión, pero la estructuración genética y la diversidad de las poblaciones de B. splendens permanecen en gran parte desconocidas. Para mejorar el conocimiento de los parámetros genéticos, utilizamos secuencias de ADN mitocondrial para realizar un estudio comparativo de poblaciones de todo el mundo. Se secuenciaron fragmentos de 815 pb del gen citocromo b y se utilizaron para interpretar la historia de la especie. Analizamos 204 individuos que representan 14 poblaciones geográficas en todo el mundo. Se puso un enfoque especial en las poblaciones de Nueva Caledonia. El análisis de la variación entre secuencias, basado en estadísticas F por pares y AMOVA, demostró una subdivisión de poblaciones entre los Océanos Atlántico e Indo-Pacífico (Fst = 0,11-0,32; P < 0,05). El análisis de red de mínima expansión reveló un patrón principalmente en forma de estrella, con dos linajes que pueden representar la expansión de poblaciones tras un evento de cuello de botella/fundador y/o sugerir colonización por eventos migratorios a grandes distancias. Nuestras observaciones demostraron que la especie parece seguir las corrientes oceánicas. El análisis de las secuencias de nucleótidos reveló 122 sitios variables, que definieron numerosos haplotipos, algunos asociados con regiones geográficas particulares. Estos datos sugieren una diversidad genética intraespecífica extremadamente alta, incluso a pequeñas escalas. Centrando el análisis en el área de Nueva Caledonia, el análisis estadístico no reveló subestructuración entre las muestras, sugiriendo nuevamente que al menos una fracción de los individuos migran. No se observó un patrón significativo de aislamiento por distancia en esta especie (R = -0,22; P = 0,79) entre las poblaciones de montes submarinos en la ZEE.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22527688/",
    doi = "10.1007/s10709-012-9628-y",
    openalex = "W2002501489",
    pmid = "22527688",
    references = "doi101093bioinformatics124357, doi101093genetics1233585, doi101093genetics1312479, doi101093genetics1472915, doi101093molbevmsm092, doi101093oxfordjournalsmolbeva026036, doi101111jbi14281, doi107312nei92038, openalexw2119799171, openalexw3199943451"
}

Comprender los procesos del paisaje que impulsan los patrones de diferenciación genética y diversidad de poblaciones ha sido un foco de larga data en la ecología y la biología evolutiva. El flujo génico puede reducirse por factores históricos, ecológicos o geográficos, resultando en patrones de aislamiento por distancia (IBD) o aislamiento por ambiente (IBE). Aunque el IBE se ha encontrado en muchos sistemas naturales, la mayoría de los estudios que investigan patrones de IBD e IBE en la naturaleza han utilizado marcadores genéticos neutros anónimos, lo que impide inferir mecanismos de selección o identificar genes potencialmente bajo selección. Utilizando la genómica del paisaje, el estudio simultáneo de los paisajes genómicos y ecológicos, investigamos los procesos que impulsan los patrones genéticos de poblaciones de piqueros de pecho blanco (Sitta carolinensis) en islas del cielo (islas de hábitat de bosque montano) del Arquipélago Madreño. Utilizando más de 4000 polimorfismos de nucleótido simple y múltiples pruebas para investigar la relación entre la diferenciación genética y la distancia geográfica o ecológica, identificamos IBE y una falta de IBD entre las poblaciones de islas del cielo de S. carolinensis. Utilizando tres pruebas para identificar la selección, encontramos 79 loci supuestamente bajo selección; de estos, siete coincidieron con regiones CDS en el pinzón de cebras. Los loci bajo selección estaban altamente asociados con extremos climáticos (temperatura máxima del mes más cálido y precipitación mínima del mes más seco). Estos resultados proporcionan evidencia de IBE -desentrelazado de IBD- en vertebrados de islas del cielo e identifican variación genética adaptativa potencial.

@article{doi101111mec13258,
    author = "Manthey, Joseph D. and Moyle, Robert G.",
    title = "Isolation by environment in White‐breasted Nuthatches (Sitta carolinensis) of the Madrean Archipelago sky islands: a landscape genomics approach",
    year = "2015",
    journal = "Molecular Ecology",
    abstract = "Comprender los procesos del paisaje que impulsan los patrones de diferenciación genética y diversidad de poblaciones ha sido un foco de larga data en la ecología y la biología evolutiva. El flujo génico puede reducirse por factores históricos, ecológicos o geográficos, resultando en patrones de aislamiento por distancia (IBD) o aislamiento por ambiente (IBE). Aunque el IBE se ha encontrado en muchos sistemas naturales, la mayoría de los estudios que investigan patrones de IBD e IBE en la naturaleza han utilizado marcadores genéticos neutros anónimos, lo que impide inferir mecanismos de selección o identificar genes potencialmente bajo selección. Utilizando la genómica del paisaje, el estudio simultáneo de los paisajes genómicos y ecológicos, investigamos los procesos que impulsan los patrones genéticos de poblaciones de piqueros de pecho blanco (Sitta carolinensis) en islas del cielo (islas de hábitat de bosque montano) del Arquipélago Madreño. Utilizando más de 4000 polimorfismos de nucleótido simple y múltiples pruebas para investigar la relación entre la diferenciación genética y la distancia geográfica o ecológica, identificamos IBE y una falta de IBD entre las poblaciones de islas del cielo de S. carolinensis. Utilizando tres pruebas para identificar la selección, encontramos 79 loci supuestamente bajo selección; de estos, siete coincidieron con regiones CDS en el pinzón de cebras. Los loci bajo selección estaban altamente asociados con extremos climáticos (temperatura máxima del mes más cálido y precipitación mínima del mes más seco). Estos resultados proporcionan evidencia de IBE -desentrelazado de IBD- en vertebrados de islas del cielo e identifican variación genética adaptativa potencial.",
    url = "https://doi.org/10.1111/mec.13258",
    doi = "10.1111/mec.13258",
    openalex = "W2139226491",
    references = "doi101111evo12107"
}

FIGURA 1. Mapa de distribución geográfica de Myrceugenia (Myrtaceae). Las colecciones datan de 1816 a 2023 (12.233 registros de herbarios de 35 herbarios).

@misc{proença2024figure,
    author = "Proença, Carolyn Elinore Barnes y Vieira, Fábio Christiano Speck y Sano, Paulo Takeo y Villarroel, Daniel",
    title = "FIGURA 1 en En espléndido aislamiento: una nueva especie de bosque nuboso expande la distribución de Myrceugenia (Myrtaceae) en Las Yungas y añade un nuevo género a la flora de Bolivia",
    year = "2024",
    publisher = "Zenodo",
    abstract = "FIGURA 1. Mapa de distribución geográfica de Myrceugenia (Myrtaceae). Las colecciones datan de 1816 a 2023 (12.233 registros de herbarios de 35 herbarios).",
    url = "https://zenodo.org/doi/10.5281/zenodo.14520890",
    doi = "10.5281/zenodo.14520890"
}