"Irreführend" ist, wie AFDave meinen TalkOrigins-Artikel in seinen Kommentaren im Richard Dawkins Forum und in einem Beitrag vom 28. Mai 2007 auf seiner eigenen Website [Dr. Edward Max über Vitamin C und Plagiat] charakterisiert hat. Darüber hinaus macht er zwei Beobachtungen zu meinem Artikel, die er als einen "fundamentalen Fehler in der Logik" darstellt. Er bringt sehr wenig Beweise für seine Behauptungen vor, stützt sich aber auf umfangreiche Zitate von Daniel Criswell, der ein PhD in Molekularbiologie hat und Professor an der Graduate School des Institute for Creation Research ist.

Ich möchte kurz auf AFDave antworten.

Mein TalkOrigins-Artikel diskutiert, wie Ähnlichkeiten in nicht-funktionalen DNA-Sequenzen zwischen verschiedenen modernen Arten (z. B. Mensch und Schimpanse) stark darauf hindeuten, dass diese Sequenzen von einem gemeinsamen Vorfahren der beiden modernen Arten kopiert wurden. Kreationisten argumentieren, dass der Schöpfer Schimpansen und Menschen so entworfen hat, dass sie sich ähnlich aussehen und funktionieren, sodass Ähnlichkeiten in der DNA, die Körperstruktur und Funktion steuert, erwartet werden müssten. Aber wenn wir Mensch/Schimpanse-Ähnlichkeiten in DNA-Merkmalen finden, die nicht-funktionale molekulare Zufälle widerspiegeln, ist es schwierig, eine „intelligent designer"-Erklärung herbeizuführen, sodass Vererbung von einem gemeinsamen Vorfahren wahrscheinlicher erscheint.

Als ein Beispiel behandelt mein Essay die DNA-Sequenz, die das letzte Enzym im biochemischen Weg zur Synthese von Vitamin C (Ascorbinsäure) kodiert. Die meisten Säugetiere produzieren dieses Enzym (abgekürzt GLO oder GULO) und können daher ihre eigene Ascorbinsäure synthetisieren, sodass sie ohne Vitamin C in ihrer Ernährung auskommen. Die meisten Primaten produzieren kein GLO und müssen daher Vitamin C zu sich nehmen. Wenn Wissenschaftler die Position des menschlichen Genoms untersucht haben, die der Lage des funktionsfähigen GLO-Gens von Nagetieren entspricht, stellen sie fest, dass das menschliche Genom eine erkennbare GLO-Sequenz enthält, die durch mehrere Mutationen beeinträchtigt wurde. Solche beeinträchtigten Sequenzen, die kein funktionelles Protein kodieren können, werden als Pseudogene bezeichnet. Da Kreationisten keine Erklärung dafür haben, warum ein intelligenter Schöpfer ein nicht funktionierendes Pseudogen genau an die Position in der menschlichen DNA eingefügt hätte, an der sich bei anderen Arten ein funktionelles Gen befindet, ist dieses Pseudogen höchstwahrscheinlich ein Relikt eines früheren funktionsfähigen GLO-Gens, das verschiedenen Mutationen ausgesetzt war, die es inaktivierten. Darüber hinaus teilen sich Pseudogene, die an derselben Position in der DNA von Schimpansen, Makaken und Orang-Utans liegen, mit der menschlichen Sequenz eine gemeinsame beeinträchtigende Mutation; dies ist mit der Idee vereinbar, dass diese Mutation in einem gemeinsamen Vorfahren der Primaten aufgetreten ist, der Mensch und diese drei Arten angehören.

Wer meine „fundamentale logische Fehler" vorbringt, hebt AFDave (ebenfalls unterstützt von Criswell) den Punkt hervor, dass wir keinen Beweis dafür haben, dass Pseudogene keine Funktion haben; Pseudogene könnten eine Funktion haben, die wir noch nicht entdeckt haben. Falls dies der Fall ist, könnten sie unabhängig in allen vier Arten entworfen worden sein, um diese unbekannte Funktion zu erfüllen. Leser des Beitrags von AFDave könnten zu dem Schluss gekommen sein, dass mein Aufsatz diese Möglichkeit übersehen habe, oder dass ich absichtlich darauf verzichtet habe, sie zu besprechen, um meine Leser zu „irreführen". Tatsächlich bespreche ich ausführlich die Möglichkeit einer Funktion bei Pseudogenen (und anderen vermeintlich nicht-funktionalen Besonderheiten in der DNA) in Abschnitt 5 meines Aufsatzes, den ich einlade, dass Leser zu prüfen. Ich erkläre mehrere Gründe, warum Wissenschaftler glauben, dass die meisten dieser Sequenzen als nicht-funktional angenommen werden können, einschließlich der Tatsache, dass sie durch zufällige Ereignisse in Laborversuchen entstehen können, ohne eine offensichtliche übernatürliche Erklärung und ohne eine offensichtliche Funktion zu verleihen, und dass sie aus dem Genom entfernt werden können, ohne offensichtlichen Schaden für Individuen zu verursachen, die sie nicht besitzen. Und in meinem Aufsatz gebe ich mich übertrieben anstrengend, um fair zu sein, indem ich einige Beispiele erwähne, bei denen für bestimmte ungewöhnliche Pseudogene eine Funktion vorgeschlagen wurde. AFDave ignoriert alle Argumente, die ich für die Nicht-Funktion der meisten Pseudogene vorgelegt habe, so dass er sich nicht verteidigen muss.

Criswell schlägt vor, dass „vielleicht haben wir [die Funktion des menschlichen GLO-Gens] verloren, aber als Folge des 'Sündenfalls'". Dasselbe Argument wurde von anderen Kreationisten vorgebracht, und ich habe es in Abschnitt 5.7 meines Essays behandelt:

Diese Interpretation scheint plausibel und – wenn wir den Teil über den „Fall" ignorieren – nicht sehr unterschiedlich von der evolutionären Idee, dass Pseudogene durch zufällige genetische Zufälle entstehen. Diese Interpretation ignoriert jedoch vollständig die Tatsache, dass viele Pseudogene zwischen Menschenaffen und Menschen geteilt werden, an denselben Positionen liegen und dieselben genetischen Defekte aufweisen, was offensichtlich das Ergebnis desselben genetischen Zufalls oder einer „degenerativen Veränderung" in einem gemeinsamen Vorfahren ist. (Wenn diese geteilten Pseudogene, wie von [Criswell] vorgeschlagen, nach dem „Fall" entstanden sein sollen, fand der „Fall" vielleicht vor der Aufspaltung des Menschen von den Menschenaffen statt?)

Criswell erwähnt verschiedene Organe, die zuvor fälschlicherweise als funktionlose evolutionäre Relikte eingeschätzt wurden, bis spätere Studien entdeckten, dass sie doch Funktionen besitzen. Criswell schreibt über Pseudogene: „Nur weil Wissenschaftler derzeit nicht die Funktion eines Teils der DNA kennen, bedeutet das nicht, dass sie keine Funktion haben und daher ein evolutionäres Überbleibsel ist." Ich habe diesen Punkt auch in meinem Essay (Abschnitt 5.2) behandelt:

Stellen Sie sich einen Angeklagten vor, der sich in einem Mordprozess verteidigt – gegen überwältigende belastende Beweise – mit dem parallelen Argument: Da einige verurteilte Kriminelle später freigesprochen wurden, sollte er (der aktuelle Angeklagte) daher jetzt freigesprochen werden, weil in der Zukunft möglicherweise Beweise gefunden werden, die ihn entlasten! Diese Verteidigung wäre genauso lächerlich wie das Argument von Dr. [Criswell]. Wissenschaftler (und Geschworene) müssen ihre Schlüsse auf der besten verfügbaren Beweislage zum Zeitpunkt der Entscheidung basieren. Es ist wahr, dass spätere Beweise einen verurteilten Kriminellen freisprechen oder eine wissenschaftliche Theorie aufheben können. Diese Möglichkeit sollte Bescheidenheit fördern und uns davor warnen, dogmatische Schlüsse zu ziehen (und vielleicht auch vor der Todesstrafe); aber sie sollte uns nicht davon abhalten, die vernünftigsten Schlüsse aus den vorliegenden Daten zu ziehen.

Angesichts der in meinem Aufsatz zitierten Beweise ist die derzeit vernünftigste Schlussfolgerung, dass die meisten Pseudogene keine Funktion haben.

Criswell fährt fort zu sagen: „Es wurde berichtet, dass Pseudogene eine regulatorische Rolle in Hefe für die funktionellen Gene spielen, mit denen sie Sequenzhomologie teilen (Hirotsune et al., 2003)." Dies ist eine der wenigen Zitierungen von Beweismaterial, die von AFDave und Criswell bereitgestellt werden, und Leser könnten daran interessiert sein, es zu prüfen, um das Niveau der kreationistischen Wissenschaft zu beurteilen und zu entscheiden, ob die kreationistische Behandlung von Beweisen gültig oder irreführend ist. Prüfen Sie die von Criswell zitierte Arbeit (Hirotsune et al. Nature 423:91, 2003):

1. Diese Arbeit berichtet nicht über die Funktion von „Genen" (Plural); sie berichtet über die Funktion eines einzelnen Pseudogens, Mkrn1-p1, nämlich dass die von dieser Sequenz exprimierten RNA die Expression des funktionellen Mkrn1-Gens reguliert.
2. Das diskutierte Pseudogen befindet sich bei Mäusen, nicht bei Hefe.
3. Die Schlussfolgerungen der Hirotsune-Publikation wurden durch eine neuere Veröffentlichung vollständig widerlegt: „Das vermeintlich funktionelle Pseudogen Mkrn1-p1 wird weder exprimiert noch ist es imprintiert, und es reguliert sein Quellgen nicht trans" Gray et al. PNAS 103:12039, 2006. Ich habe diese Publikation in meinem Aufsatz nicht erwähnt, da sie 2003 nicht veröffentlicht wurde, als ich meinen Aufsatz zuletzt überarbeitete (ich hoffe, dass ich ihn in diesem Jahr aktualisieren kann). Aber angesichts der Tatsache, dass AFDave und Criswell 2007 geschrieben haben, muss man sich fragen, ob sie die Erwähnung dieser 2006er-Publikation aus Unwissenheit oder um ihre Leser zu täuschen, unterlassen haben. Auf jeden Fall spiegelt diese Unterlassung die kreationistische Wissenschaft nicht gut wider. Die Hirotsune-Publikation wurde von vielen Kreationisten zitiert, die die Idee herausforderten, dass geteilte Pseudogene einen gemeinsamen Vorfahren implizieren, und die Widerlegung dieser Publikation untergräbt die bereits dürftige Unterstützung für ihre Ansicht.

Apart from AFDave's invocation of possible function for pseudogenes, he makes a second argument about my essay, alleging another "fundamental error in logic." My essay suggests that similar non-functional DNA "errors" (e.g. pseudogenes) shared between living species are analogous to textbook errors shared between different textbooks. Identical errors imply copying of some sort (plagiarism in the case of the textbook) as distinguished from independent origin. AFDave criticizes this analogy, saying:

DER "FEHLERTEXT" IM GLO-GEN IST NICHT IDENTISCH, WÄHREND ER IM FALL DES LEHRBUCHES IDENTISCH IST.

Falls ich AFDaves Punkt hier richtig verstehe, schlägt er vor, dass zwar die GLO-Pseudogene des Menschen und des Schimpansen einige derselben „Fehler" (Mutationen) enthalten, die Tatsache, dass andere Teile der Pseudogene nicht exakt identisch sind, meine Analogie zu plagiierten Lehrbuchfehlern ungültig macht. Glaubt er, dass Beweise für Plagiate ungültig würden, wenn die plagiierten Absätze einige Tippfehler enthalten, die in der Originalversion nicht vorhanden sind? AFDave sagt dies nie explizit und formuliert auch nie eine alternative Erklärung für die gemeinsamen Pseudogene, die er für bevorzugt hält (im Vergleich zum Kopieren von einem gemeinsamen Vorfahren-Pseudogen) angesichts der leichten Unterschiede zwischen den Pseudogen-Sequenzen von Schimpanse und Mensch. Es ist nicht klar, ob er denkt, dass diese leichten Unterschiede den Vorhersagen der Evolution widersprechen oder ein alternatives kreationistisches Modell begünstigen. In Abwesenheit einer klaren Erklärung von AFDaves Sichtweise können wir nur spekulieren, worauf seine Kritik basiert.

Es scheint mir, dass „geteilte Fehler" (z. B. Pseudogene, die zwischen Mensch und Affe geteilt werden) auf drei Arten erklärt werden können:

1. Pseudogene sind keine echten Fehler, sondern wurden unabhängig voneinander mit einem Zweck eingefügt, den wir einfach nicht verstehen. (Diese Möglichkeit wurde oben diskutiert.)
2. Pseudogene entstanden unabhängig voneinander und zufällig, sind aber zufällig ähnlich.
3. Pseudogene spiegeln das Kopieren aus einer gemeinsamen Quelle wider.

AFDaves Kritik könnte darauf hindeuten, dass er die zweite Erklärung bevorzugt, als ob seine alternative Erklärung für nahezu identische GLO-Pseudogene darin bestehe, dass hochähnliche, aber völlig funktionlose DNA-Sequenzen, die sich über Hunderte von Basenpaaren erstrecken, zufällig und unabhängig im entsprechenden Bereich der menschlichen und der Schimpansen-DNA entstanden sein könnten. Die Wahrscheinlichkeit, dass dies rein zufällig eintritt, hängt von der Länge der DNA-Sequenz und dem Prozentsatz der übereinstimmenden Sequenz zwischen den beiden Arten ab; doch für fast alle vernünftigen Beispiele ist die Wahrscheinlichkeit verschwindend gering, sodass AFDave eine große Aufgabe hat, zu erklären, wie dies geschehen könnte. Im Gegensatz dazu ist das Vorhandensein kleiner Unterschiede zwischen Pseudogenen, die zwischen Arten geteilt werden, genau das, was vom evolutionären Modell der Kopie aus einer gemeinsamen Vorfahrenquelle vorhergesagt wird. Wenn das GLO-Gen bei einem gemeinsamen Vorfahren moderner Primaten inaktiviert wurde, dann wäre nach der Aufspaltung der Abstammungslinien auf dem Weg zur Entwicklung von Schimpansen und Menschen zu erwarten, dass das GLO-Pseudogen in jeder Linie weitere unabhängige Mutationen erfährt. Diese zusätzlichen Mutationen würden nicht durch natürliche Selektion eliminiert, da es keinen Selektionsdruck gibt, eine DNA-Sequenz zu bewahren, die bereits nicht-funktional ist. Die resultierenden GLO-Pseudogene, die jetzt bei Schimpansen und Menschen vorliegen, würden dann einige DNA-Änderungen enthalten, die einzigartig für jede einzelne Art sind, während sie die meisten Mutationen beibehalten, die im gemeinsamen Vorfahren von Schimpanse und Mensch vorhanden waren. Dieses Bild aus geteilter Sequenz plus zusätzlichen einzigartigen Mutationen ist genau das, was wir in den GLO-Pseudogenen und den meisten der Millionen anderer geteilter Pseudogene und Retroposone finden, die ich in meinem Essay bespreche.

Daher scheitern die Kritikpunkte von AFDave und Criswell, die sich auf erhoffte zukünftige Beweise oder auf keinerlei klare Logik stützen, daran, die Schlussfolgerungen meines Essays zu schwächen.

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