15. Zetsche, Bernd, Gootenberg, Jonathan S., Abudayyeh, Omar O., Slaymaker, Ian M., Makarova, Kira S., Essletzbichler, Patrick, Volz, Sara E., Joung, J. Keith, van der Oost, John, Regev, Aviv, Koonin, Eugene V., y Zhang, Feng, 2015, {Cpf1} es una endonucleasa guiada por {RNA} de un sistema de clase 2 {CRISPR}-{Cas}, Cell: v. 163: no. 3: p. 759--771.
DOI: 10.1016/j.cell.2015.09.038
BibTeX
@article{zetsche2015cpf1,
author = "Zetsche, Bernd and Gootenberg, Jonathan S. and Abudayyeh, Omar O. and Slaymaker, Ian M. and Makarova, Kira S. and Essletzbichler, Patrick and Volz, Sara E. and Joung, J. Keith and van der Oost, John and Regev, Aviv and Koonin, Eugene V. and Zhang, Feng",
title = "{14. Wang, Tim, Wei, Jenny J., Sabatini, David M., y Lander, Eric S., 2014, Tamizajes genéticos en células humanas utilizando el sistema {CRISPR}-{Cas9}, Science: v. 343: no. 6166: p. 80--84.
BibTeX
@article{wang2014genetic,
author = "Wang, Tim and Wei, Jenny J. and Sabatini, David M. and Lander, Eric S.",
title = "Genetic screens in human cells using the {CRISPR}-{Cas9} system",
year = "2014",
journal = "Science",
url = "https://doi.org/10.1126/science.1246981",
doi = "10.1126/science.1246981",
number = "6166",
pages = "80--84",
volume = "343",
x-summary = "Foundational CRISPR-Cas9 screening platform paper in human cells."
}
13. Shalem, Ophir, Sanjana, Neville E., Hartenian, Ella, Shi, Xi, Scott, David A., Mikkelson, Tarjei, Heckl, Dirk, Ebert, Benjamin L., Root, David E., Doench, John G., y Zhang, Feng, 2014, Tamizado a escala genómica de knockout con {CRISPR}-{Cas9} en células humanas, Science: v. 343: no. 6166: p. 84--87.
BibTeX
@article{shalem2014genome,
author = "Shalem, Ophir and Sanjana, Neville E. and Hartenian, Ella and Shi, Xi and Scott, David A. and Mikkelson, Tarjei and Heckl, Dirk and Ebert, Benjamin L. and Root, David E. and Doench, John G. and Zhang, Feng",
title = "Genome-scale {CRISPR}-{Cas9} knockout screening in human cells",
year = "2014",
journal = "Science",
url = "https://doi.org/10.1126/science.1247005",
doi = "10.1126/science.1247005",
number = "6166",
pages = "84--87",
volume = "343",
x-summary = "Foundational genome-scale CRISPR knockout screening study."
}
12. Doudna, Jennifer A. y Charpentier, Emmanuelle, 2014, El nuevo horizonte de la ingeniería genómica con {CRISPR}-{Cas9}, Science: v. 346: no. 6213: p. 1258096.
BibTeX
@article{doudna2014new,
author = "Doudna, Jennifer A. and Charpentier, Emmanuelle",
title = "The new frontier of genome engineering with {CRISPR}-{Cas9}",
year = "2014",
journal = "Science",
url = "https://doi.org/10.1126/science.1258096",
doi = "10.1126/science.1258096",
number = "6213",
pages = "1258096",
volume = "346",
x-summary = "Review of CRISPR-Cas9 genome engineering by key developers of the technology."
}
11. Zhou, Yuexin, Zhu, Shiyou, Cai, Changzu, Yuan, Pengfei, Li, Chunmei, Huang, Yanyi, y Wei, Wensheng, 2014, Tamizado de alto rendimiento de una biblioteca CRISPR/Cas9 para genómica funcional en células humanas, Nature: v. 509: no. 7501: p. 487-491.
BibTeX
@article{doi101038nature13166,
author = "Zhou, Yuexin and Zhu, Shiyou and Cai, Changzu and Yuan, Pengfei and Li, Chunmei and Huang, Yanyi and Wei, Wensheng",
title = "High-throughput screening of a CRISPR/Cas9 library for functional genomics in human cells",
year = "2014",
journal = "Nature",
url = "https://doi.org/10.1038/nature13166",
doi = "10.1038/nature13166",
note = "discovered\_from = {doi101186s1305901405508}",
number = "7501",
pages = "487-491",
volume = "509"
}
10. Hsu, Patrick D., Lander, Eric S., y Zhang, Feng, 2014, Desarrollo y aplicaciones de CRISPR-Cas9 para la ingeniería genómica, Cell: v. 157: no. 6: p. 1262-1278.
DOI: 10.1016/j.cell.2014.05.010
BibTeX
@article{doi101016jcell201405010,
author = "Hsu, Patrick D. and Lander, Eric S. and Zhang, Feng",
title = "Development and Applications of CRISPR-Cas9 for Genome Engineering",
year = "2014",
journal = "Cell",
url = "https://doi.org/10.1016/j.cell.2014.05.010",
doi = "10.1016/j.cell.2014.05.010",
note = "discovered\_from = {doi101038s4157601901587}",
number = "6",
pages = "1262-1278",
volume = "157"
}
9. Mali, Prashant, Yang, Luhan, Esvelt, Kevin M., Aach, John, Guell, Marc, DiCarlo, James E., Norville, Julie E., y Church, George M., 2013, Ingeniería del genoma humano guiada por {RNA} mediante {Cas9}, Science: v. 339: no. 6121: p. 823--826.
BibTeX
@article{mali2013rna,
author = "Mali, Prashant and Yang, Luhan and Esvelt, Kevin M. and Aach, John and Guell, Marc and DiCarlo, James E. and Norville, Julie E. and Church, George M.",
title = "{RNA}-guided human genome engineering via {Cas9}",
year = "2013",
journal = "Science",
url = "https://doi.org/10.1126/science.1232033",
doi = "10.1126/science.1232033",
number = "6121",
pages = "823--826",
volume = "339",
x-summary = "Early demonstration of RNA-guided Cas9 engineering in human cells."
}
8. Hwang, Woong Y., Fu, Yanfang, Reyon, Deepak, Maeder, Morgan L., Tsai, Shengdar Q., Sander, Jeffry D., Peterson, Randall T., Yeh, Joung K., y Joung, J. Keith, 2013, Edición eficiente del genoma en pez cebra utilizando un sistema {CRISPR}-{Cas}, Nature Biotechnology: v. 31: no. 3: p. 227--229.
BibTeX
@article{hwang2013efficient,
author = "Hwang, Woong Y. and Fu, Yanfang and Reyon, Deepak and Maeder, Morgan L. and Tsai, Shengdar Q. and Sander, Jeffry D. and Peterson, Randall T. and Yeh, Joung K. and Joung, J. Keith",
title = "Efficient genome editing in zebrafish using a {CRISPR}-{Cas} system",
year = "2013",
journal = "Nature Biotechnology",
url = "https://doi.org/10.1038/nbt.2501",
doi = "10.1038/nbt.2501",
number = "3",
pages = "227--229",
volume = "31",
x-summary = "Early demonstration of CRISPR-Cas genome editing in a vertebrate model organism."
}
24. Myhrvold, Cameron, Freije, Catherine A., Gootenberg, Jonathan S., Abudayyeh, Omar O., Metsky, Hayden C., Durbin, Ann F., Kellner, Max J., Tan, Amanda L., Paul, Lauren M., Parham, Leda A., Garcia, Kimberly F., Barnes, Kayla G., Chak, Bridget, Mondini, Adriano, Nogueira, Mauricio L., Isern, Sharon, Michael, Scott F., Lorenzana, Ivette, Yozwiak, Nathan L., MacInnis, Bronwyn L., Bosch, Irene, Gehrke, Lee, Zhang, Feng, y Sabeti, Pardis C., 2018, Field-deployable viral diagnostics using CRISPR-Cas13, Science: v. 360: no. 6387: p. 444-448.
Abstract
Taking CRISPR technology further CRISPR techniques are allowing the development of technologies for nucleic acid detection (see the Perspective by Chertow). Taking advantages of the distinctive enzymatic properties of CRISPR enzymes, Gootenberg et al. developed an improved nucleic acid detection technology for multiplexed quantitative and highly sensitive detection, combined with lateral flow for visual readout. Myhrvold et al. added a sample preparation protocol to create a field-deployable viral diagnostic platform for rapid detection of specific strains of pathogens in clinical samples. Cas12a (also known as Cpf1), a type V CRISPR protein, cleaves double-stranded DNA and has been adapted for genome editing. Chen et al. discovered that Cas12a also processes single-stranded DNA threading activity. A technology platform based on this activity detected human papillomavirus in patient samples with high sensitivity. Science, this issue p. 439, p. 444, p. 436; see also p. 381
BibTeX
@article{doi101126scienceaas8836,
author = "Myhrvold, Cameron and Freije, Catherine A. and Gootenberg, Jonathan S. and Abudayy23. Zhu, Haibao, Zhang, Linlin, Tong, Sheng, Lee, Ciaran M., Deshmukh, Harshavardhan, y Bao, Gang, 2018, Spatial control of in vivo CRISPR–Cas9 genome editing via nanomagnets, Nature Biomedical Engineering: v. 3: no. 2: p. 126-136.
DOI: 10.1038/s41551-018-0318-7
BibTeX
@article{doi101038s4155101803187,
author = "Zhu, Haibao and Zhang, Linlin and Tong, Sheng and Lee, Ciaran M. and Deshmukh, Harshavardhan and Bao, Gang",
title = "Spatial control of in vivo CRISPR–Cas9 genome editing via nanomagnets",
year = "2018",
journal = "Nature Biomedical Engineering",
url = "https://doi.org/10.1038/s41551-018-0318-7",
doi = "10.1038/s41551-018-0318-7",
note = "discovered\_from = {doi101038s4157801901486}",
number = "2",
pages = "126-136",
volume = "3"
}
22. Listgarten, Jennifer, Weinstein, Michael, Kleinstiver, Benjamin P., Sousa, Alexander A., Joung, J. Keith, Crawford, Jake, Gao, Kevin, Hoang, Luong, Elibol, Melih, Doench, John G., y Fusi, Nicolo, 2018, Prediction of off-target activities for the end-to-end design of CRISPR guide RNAs, Nature Biomedical Engineering: v. 2: no. 1: p. 38-47.
DOI: 10.1038/s41551-017-0178-6
BibTeX
@article{doi101038s4155101701786,
author = "Listgarten, Jennifer and Weinstein, Michael and Kleinstiver, Benjamin P. and Sousa, Alexander A. and Joung, J. Keith and Crawford, Jake and Gao, Kevin and Hoang, Luong and Elibol, Melih and Doench, John G. and Fusi, Nicolo",
title = "Prediction of off-target activities for the end-to-end design of CRISPR guide RNAs",
year = "2018",
journal = "Nature Biomedical Engineering",
url = "https://doi.org/10.1038/s41551-017-0178-6",
doi = "10.1038/s41551-017-0178-6",
note = "discovered\_from = {doi101038s4159101803007}",
number = "1",
pages = "38-47",
volume = "2"
}
21. Kim, Hui Kwon, Min, Seonwoo, Song, Myungjae, Jung, Soobin, Choi, Jae Woo, Kim, Younggwang, Lee, Sangeun, Yoon, Sungroh, y Kim, Hyongbum (Henry), 2018, Deep learning improves prediction of CRISPR–Cpf1 guide RNA activity, Nature Biotechnology: v. 36: no. 3: p. 239-241.
BibTeX
@article{doi101038nbt4061,
author = "Kim, Hui Kwon and Min, Seonwoo and Song, Myungjae and Jung, Soobin and Choi, Jae Woo and Kim, Younggwang and Lee, Sangeun and Yoon, Sungroh and Kim, Hyongbum (Henry)",
title = "Deep learning improves prediction of CRISPR–Cpf1 guide RNA activity",
year = "2018",
journal = "Nature Biotechnology",
url = "https://doi.org/10.1038/nbt.4061",
doi = "10.1038/nbt.4061",
note = "discovered\_from = {doi101038s4159101803007}",
number = "3",
pages = "239-241",
volume = "36"
}
20. Gootenberg, Jonathan S., Abudayyeh, Omar O., Lee, Jeong Wook, Essletzbichler, Patrick, Dy, Amy J., Joung, Julia, Verdine, Vanessa, Donghia, Nina, Daringer, Nichole M., Freije, Catherine A., Myhrvold, Cameron, Bhattacharyya, Rumi P., Livny, Jonathan, Regev, Aviv, Koonin, Eugene V., Hung, Deborah T., Sabeti, Pardis C., Collins, James J., y Zhang, Feng, 2017, Nucleic acid detection with {CRISPR}-{Cas13a}/{C2c2}, Science: v. 356: no. 6336: p. 438--442.
BibTeX
@article{gootenberg2017nucleic,
author = "Gootenberg, Jonathan S. and Abudayyeh, Omar O. and Lee, Jeong Wook and Essletzbichler, Patrick and Dy, Amy J. and Joung, Julia and Verdine, Vanessa and Donghia, Nina and Daringer, Nichole M. and Freije, Catherine A. and Myhrvold, Cameron and Bhattacharyya, Rumi P. and Livny, Jonathan and Regev, Aviv and Koonin, Eugene V. and Hung, Deborah T. and Sabeti, Pardis C. and Collins, James J. and Zhang, Feng",
title = "Nucleic acid detection with {CRISPR}-{Cas13a}/{C2c2}",
year = "2017",
journal = "Science",
url = "https://doi.org/10.1126/science.aam9321",
doi = "10.1126/science.aam9321",
number = "6336",
pages = "438--442",
volume = "356",
x-summary = "Introduces SHERLOCK-style CRISPR-Cas13 nucleic acid detection."
}
19. Gaudelli, Nicole M., Komor, Alexis C., Rees, Holly A., Packer, Michael S., Badran, Ahmed H., Bryson, David I., y Liu, David R., 2017, Programmable base editing of {A}•{T} to {G}•{C} in genomic {DNA} without {DNA} cleavage, Nature: v. 551: no. 7681: p. 464--471.
BibTeX
@article{gaudelli2017programmable,
author = "Gaudelli, Nicole M. and Komor, Alexis C. and Rees, Holly A. and Packer, Michael S. and Badran, Ahmed H. and Bryson, David I. and Liu, David R.",
title = "Programmable base editing of {A}•{T} to {G}•{C} in genomic {DNA} without {DNA} cleavage",
year = "2017",
journal = "Nature",
url = "https://doi.org/10.1038/nature24644",
doi = "10.1038/nature24644",
number = "7681",
pages = "464--471",
volume = "551",
x-summary = "Introduces adenine base editing."
}
18. Abudayyeh, Omar O., Gootenberg, Jonathan S., Essletzbichler, Patrick, Han, Shuo, Joung, Julia, Belanto, Joseph J., Verdine, Vanessa, Cox, David B. T., Kellner, Max J., Regev, Aviv, Lander, Eric S., Voytas, Daniel F., Ting, Alice Y., y Zhang, Feng, 2017, RNA targeting with CRISPR–Cas13, Nature: v. 550: no. 7675: p. 280-284.
BibTeX
@article{doi101038nature24049,
author = "Abudayyeh, Omar O. and Gootenberg, Jonathan S. and Essletzbichler, Patrick and Han, Shuo and Joung, Julia and Belanto, Joseph J. and Verdine, Vanessa and Cox, David B. T. and Kellner, Max J. and Regev, Aviv and Lander, Eric S. and Voytas, Daniel F. and Ting, Alice Y. and Zhang, Feng",
title = "RNA targeting with CRISPR–Cas13",
year = "2017",
journal = "Nature",
url = "https://doi.org/10.1038/nature24049",
doi = "10.1038/nature24049",
note = "discovered\_from = {doi101038s4157601901587}",
number = "7675",
pages = "280-284",
volume = "550"
}
29. Santiago-Fernández, Olaya, Osorio, Fernando G., Quesada, Víctor, Rodríguez, Francisco, Basso, Sammy, Maeso, Daniel, Rolas, Loïc, Barkaway, Anna, Nourshargh, Sussan, Folgueras, Alicia R., Freije, José M. P., y López-Otín, Carlos, 2019, Desarrollo de una terapia basada en CRISPR/Cas9 para el síndrome de Hutchinson–Gilford progeria, Nature Medicine: v. 25: no. 3: p. 423-426.
DOI: 10.1038/s41591-018-0338-6
BibTeX
@article{doi101038s4159101803386,
author = "Santiago-Fernández, Olaya and Osorio, Fernando G. and Quesada, Víctor and Rodríguez, Francisco and Basso, Sammy and Maeso, Daniel and Rolas, Loïc and Barkaway, Anna and Nourshargh, Sussan and Folgueras, Alicia R. and Freije, José M. P. and López-Otín, Carlos",
title = "Development of a CRISPR/Cas9-based therapy for Hutchinson–Gilford progeria syndrome",
year = "2019",
journal = "Nature Medicine",
url = "https://doi.org/10.1038/s41591-018-0338-6",
doi = "10.1038/s41591-018-0338-6",
note = "discovered\_from = {doi101016jcell202211001}",
number = "3",
pages = "423-426",
volume = "25"
}
28. Anzalone, Andrew V., Randolph, Peyton B., Davis, Jessie R., Sousa, Alexander A., Koblan, Luke W., Levy, Jonathan M., Chen, Peter J., Wilson, Christopher, Newby, Gregory A., Raguram, Aditya, y Liu, David R., 2019, Edición de genoma de búsqueda y reemplazo sin roturas de doble cadena o donante {DNA}, Nature: v. 576: no. 7785: p. 149--157.
DOI: 10.1038/s41586-019-1711-4
BibTeX
@article{anzalone2019search,
author = "Anzalone, Andrew V. and Randolph, Peyton B. and Davis, Jessie R. and Sousa, Alexander A. and Koblan, Luke W. and Levy, Jonathan M. and Chen, Peter J. and Wilson, Christopher and Newby, Gregory A. and Raguram, Aditya and Liu, David R.",
title = "Search-and-replace genome editing without double-strand breaks or donor {DNA}",
year = "2019",
journal = "Nature",
url = "https://doi.org/10.1038/s41586-019-1711-4",
doi = "10.1038/s41586-019-1711-4",
number = "7785",
pages = "149--157",
volume = "576",
x-summary = "Introduce la edición primada."
}
27. Knott, Gavin J. y Doudna, Jennifer A., 2018, {CRISPR}-{Cas} guía el futuro de la ingeniería genética, Science: v. 361: no. 6405: p. 866--869.
BibTeX
@article{knott2018crispr,
author = "Knott, Gavin J. and Doudna, Jennifer A.",
title = "{CRISPR}-{Cas} guides the future of genetic engineering",
year = "2018",
journal = "Science",
url = "https://doi.org/10.1126/science.aat5011",
doi = "10.1126/science.aat5011",
number = "6405",
pages = "866--869",
volume = "361",
x-summary = "Reseña accesible de la tecnología y aplicaciones CRISPR-Cas."
}
26. Gootenberg, Jonathan S., Abudayyeh, Omar O., Kellner, Max J., Joung, Julia, Collins, James J., y Zhang, Feng, 2018, Plataforma portátil y multiplexada de detección de ácidos nucleicos con {Cas13}, {Cas12a} y {Csm6}, Science: v. 360: no. 6387: p. 439--444.
BibTeX
@article{gootenberg2018multiplexed,
author = "Gootenberg, Jonathan S. and Abudayyeh, Omar O. and Kellner, Max J. and Joung, Julia and Collins, James J. and Zhang, Feng",
title = "Multiplexed and portable nucleic acid detection platform with {Cas13}, {Cas12a}, and {Csm6}",
year = "2018",
journal = "Science",
url = "https://doi.org/10.1126/science.aaq0179",
doi = "10.1126/science.aaq0179",
number = "6387",
pages = "439--444",
volume = "360",
x-summary = "Extiende los diagnósticos CRISPR a la detección multiplexada y portátil."
}
25. Granados-Riveron, Javier T. y Aquino-Jarquin, Guillermo, 2018, Ingeniería de transcriptoma precisa CRISPR–Cas13 en cáncer, Cancer Research: v. 78: no. 15: p. 4107-4113.
DOI: 10.1158/0008-5472.can-18-0785
Resumen
El sistema de repeticiones palindrómicas cortas agrupadas e regularmente interespaciadas (CRISPR)/genes asociados a CRISPR (Cas) ha sido rápidamente aprovechado para realizar diversas tareas de ingeniería genómica. Recientemente, se ha demostrado que una nueva proteína efectora CRISPR dirigida a ARN, llamada Cas13, se une y corta ARN en lugar de sustratos de ADN, de manera análoga al sistema de interferencia de ARN eucariota. Los efectoros Cas13a–Cas13d conocidos son capaces de cortar eficientemente ARN monocatenarios diana complementarios, lo que representa una alternativa potencialmente más segura a la desoxirribonucleasa Cas9, ya que induce fenotipos de pérdida de función sin pérdida genómica del gen diana. Además, mediante la mejora en las funcionalidades del efector Cas13, se ha desarrollado un sistema llamado REPAIR para editar transcritos completos que contienen mutaciones patogénicas, proporcionando así una oportunidad prometedora para la edición precisa de bases. Además, la ingeniería avanzada de este efector CRISPR también permite la detección de ácidos nucleicos, lo que posibilita la identificación de mutaciones en ADN tumoral libre de células a través de una plataforma denominada Desbloqueo Enzimático de Reporte de Alta Sensibilidad Específica. Todas estas propiedades nos dan una visión del potencial del conjunto de herramientas CRISPR para la ingeniería precisa del transcriptoma, posiblemente llevando a una expansión de las tecnologías CRISPR para terapias y diagnósticos oncológicos. Aquí, examinamos aspectos previamente no abordados del enfoque basado en CRISPR dirigido a ARN como una estrategia viable para interrogar globalmente la función génica en cáncer de manera programable. Cancer Res; 78(15); 4107–13. ©2018 AACR.
BibTeX
@article{doi10115800085472can180785,
author = "Granados-Riveron, Javier T. and Aquino-Jarquin, Guillermo",
title = "CRISPR–Cas13 Precision Transcriptome Engineering in Cancer",
year = "2018",
journal = "Cancer Research",
abstract = "El sistema de repeticiones palindrómicas cortas agrupadas e regularmente interespaciadas (CRISPR)/genes asociados a CRISPR (Cas) ha sido rápidamente aprovechado para realizar diversas tareas de ingeniería genómica. Recientemente, se ha demostrado que una nueva proteína efectora CRISPR dirigida a ARN, llamada Cas13, se une y corta ARN en lugar de sustratos de ADN, de manera análoga al sistema de interferencia de ARN eucariota. Los efectoros Cas13a–Cas13d conocidos son capaces de cortar eficientemente ARN monocatenarios diana complementarios, lo que representa una alternativa potencialmente más segura a la desoxirribonucleasa Cas9, ya que induce fenotipos de pérdida de función sin pérdida genómica del gen diana. Además, mediante la mejora en las funcionalidades del efector Cas13, se ha desarrollado un sistema llamado REPAIR para editar transcritos completos que contienen mutaciones patogénicas, proporcionando así una oportunidad prometedora para la edición precisa de bases. Además, la ingeniería avanzada de este efector CRISPR también permite la detección de ácidos nucleicos, lo que posibilita la identificación de mutaciones en ADN tumoral libre de células a través de una plataforma denominada Desbloqueo Enzimático de Reporte de Alta Sensibilidad Específica. Todas estas propiedades nos dan una visión del potencial del conjunto de herramientas CRISPR para la ingeniería precisa del transcriptoma, posiblemente llevando a una expansión de las tecnologías CRISPR para terapias y diagnósticos oncológicos. Aquí, examinamos aspectos previamente no abordados del enfoque basado en CRISPR dirigido a ARN como una estrategia viable para interrogar globalmente la función génica en cáncer de manera programable. Cancer Res; 78(15); 4107–13. ©2018 AACR.",
url = "https://doi.org/10.1158/0008-5472.can-18-0785",
doi = "10.1158/0008-5472.can-18-0785",
note = "discovered\_from = {doi101038s4157601901587}",
number = "15",
pages = "4107-4113",
volume = "78"
}
33. Williams, Molly Ann, de Eyto, Elvira, Caestecker, Silke, Regan, Fiona, y Parle‐McDermott, Anne, 2023, Desarrollo y validación de campo de ensayos de ADN ambiental RPA‐CRISPR‐Cas para la detección de trucha marrón (Salmo trutta) y char real (Salvelinus alpinus), Environmental DNA: v. 5: no. 2: p. 240-250.
Resumen
Los métodos moleculares están evolucionando rápidamente para permitir el diagnóstico de ácidos nucleicos fuera de un entorno de laboratorio. Tales técnicas están utilizando principalmente la amplificación isotérmica, como la Amplificación de Polimerasa Recombinasa (RPA) y la Amplificación Isotérmica Mediada por Bucle (LAMP), pero aún no se han explorado completamente para el monitoreo utilizando ADN ambiental (eDNA). Presentamos anteriormente un enfoque RPA‐CRISPR‐Cas para la detección de salmón del Atlántico en Irlanda y Canadá, y en este manuscrito presentamos una aplicación adicional de esta técnica para el monitoreo de trucha marrón y char real en la cuenca de Burrishoole, condado de Mayo, Irlanda. En el desarrollo de estos ensayos, ofrecemos un enfoque alternativo a los ensayos basados en PCR publicados anteriormente y hemos evolucionado un enfoque simplificado para el monitoreo de especies individuales utilizando RPA‐CRISPR‐Cas, reduciendo el tiempo de adquisición de fluorescencia de 2 h a 30 min. Esto demuestra la aplicabilidad de utilizar ensayos RPA‐CRISPR‐Cas para la detección basada en eDNA más allá del salmón del Atlántico, con el beneficio adicional de un tiempo de ensayo más rápido sin comprometer la sensibilidad de detección.
BibTeX
@article{doi101002edn3384,
author = "Williams, Molly Ann and de Eyto, Elvira and Caestecker, Silke and Regan, Fiona and Parle‐McDermott, Anne",
title = "Development and field validation of RPA‐CRISPR‐Cas environmental DNA assays for the detection of brown trout (Salmo trutta) and Arctic char (Salvelinus alpinus)",
year = "2023",
journal = "Environmental DNA",
abstract = "Los métodos moleculares están evolucionando rápidamente para permitir el diagnóstico de ácidos nucleicos fuera de un entorno de laboratorio. Tales técnicas están utilizando principalmente la amplificación isotérmica, como la Amplificación de Polimerasa Recombinasa (RPA) y la Amplificación Isotérmica Mediada por Bucle (LAMP), pero aún no se han explorado completamente para el monitoreo utilizando ADN ambiental (eDNA). Presentamos anteriormente un enfoque RPA‐CRISPR‐Cas para la detección de salmón del Atlántico en Irlanda y Canadá, y en este manuscrito presentamos una aplicación adicional de esta técnica para el monitoreo de trucha marrón y char real en la cuenca de Burrishoole, condado de Mayo, Irlanda. En el desarrollo de estos ensayos, ofrecemos un enfoque alternativo a los ensayos basados en PCR publicados anteriormente y hemos evolucionado un enfoque simplificado para el monitoreo de especies individuales utilizando RPA‐CRISPR‐Cas, reduciendo el tiempo de adquisición de fluorescencia de 2 h a 30 min. Esto demuestra la aplicabilidad de utilizar ensayos RPA‐CRISPR‐Cas para la detección basada en eDNA más allá del salmón del Atlántico, con el beneficio adicional de un tiempo de ensayo más rápido sin comprometer la sensibilidad de detección.",
url = "https://doi.org/10.1002/edn3.384",
doi = "10.1002/edn3.384",
note = "discovered\_from = {doi101002ece373386}",
number = "2",
pages = "240-250",
volume = "5"
}
32. Wang, Wei, Zheng, Yuxuan, Sun, Shuhui, Li, Wei, Song, Moshi, Ji, Qianzhao, Wu, Zeming, Liu, Zunpeng, Fan, Yanling, Liu, Feifei, Li, Jingyi, Esteban, Concepcion Rodriguez, Wang, Si, Zhou, Qi, Belmonte, Juan Carlos Izpisua, Zhang, Weiqi, Qu, Jing, Tang, Fuchou, y Liu, Guang-Hui, 2021, Una pantalla basada en CRISPR a nivel genómico identifica a KAT7 como un impulsor de la senescencia celular, Science Translational Medicine: v. 13: no. 575.
DOI: 10.1126/scitranslmed.abd2655
Resumen
La inactivación del gen de acetiltransferasa de histonas KAT7 prolonga la supervivencia en ratones naturalmente envejecidos y ratones progeroides que envejecen prematuramente.
BibTeX
@article{doi101126scitranslmedabd2655,
author = "Wang, Wei and Zheng, Yuxuan and Sun, Shuhui and Li, Wei and Song, Moshi and Ji, Qianzhao and Wu, Zeming and Liu, Zunpeng and Fan, Yanling and Liu, Feifei and Li, Jingyi and Esteban, Concepcion Rodriguez and Wang, Si and Zhou, Qi and Belmonte, Juan Carlos Izpisua and Zhang, Weiqi and Qu, Jing and Tang, Fuchou and Liu, Guang-Hui",
title = "A genome-wide CRISPR-based screen identifies KAT7 as a driver of cellular senescence",
year = "2021",
journal = "Science Translational Medicine",
abstract = "La inactivación del gen de acetiltransferasa de histonas KAT7 prolonga la supervivencia en ratones naturalmente envejecidos y ratones progeroides que envejecen prematuramente.",
url = "https://doi.org/10.1126/scitranslmed.abd2655",
doi = "10.1126/scitranslmed.abd2655",
note = "discovered\_from = {doi101016jcell202211001}",
number = "575",
volume = "13"
}
31. Pickar-Oliver, Adrian y Gersbach, Charles A., 2019, {CRISPR}-{Cas9} tecnología de edición genómica y aplicaciones, Nature Reviews Molecular Cell Biology: v. 20: no. 8: p. 490--507.
DOI: 10.1038/s41580-019-0131-5
BibTeX
@article{pickar2019crispr,
author = "Pickar-Oliver, Adrian and Gersbach, Charles A.",
title = "{CRISPR}-{Cas9} genome editing technology and applications",
year = "2019",
journal = "Nature Reviews Molecular Cell Biology",
url = "https://doi.org/10.1038/s41580-019-0131-5",
doi = "10.1038/s41580-019-0131-5",
number = "8",
pages = "490--507",
volume = "20",
x-summary = "Revisión amplia de la tecnología de edición genómica CRISPR-Cas9 y sus aplicaciones."
}
30. Williams, Molly‐Ann, O'Grady, Joyce, Ball, Bernard, Carlsson, Jens, de Eyto, Elvira, McGinnity, Philip, Jennings, Eleanor, Regan, Fiona, y Parle‐McDermott, Anne, 2019, La aplicación de CRISPR‐Cas para la identificación de especies individuales a partir de ADN ambiental, Molecular Ecology Resources: v. 19: no. 5: p. 1106-1114.
Resumen
Informamos sobre la primera aplicación de la tecnología CRISPR‐Cas para la detección de especies individuales a partir de ADN ambiental (eDNA). Los organismos liberan y excretan ADN en su entorno, como en células de la piel y heces, lo que se denomina ADN ambiental (eDNA). El uso de eDNA permite un monitoreo no invasivo con mayor especificidad y sensibilidad. Los métodos actuales emplean principalmente técnicas basadas en PCR para detectar una especie dada a partir de muestras de eDNA, lo que plantea un desafío logístico para el monitoreo in situ y la posible adaptación a dispositivos biosensores. Hemos desarrollado un método alternativo; acoplando la amplificación isotérmica a un sistema de detección CRISPR‐Cas12a. Esto utiliza la actividad de clivaje colateral de Cas12a, una ribonucleasa guiada por un ARN CRISPR único altamente específico. Utilizamos la especie objetivo Salmo salar como prueba de concepto para evaluar la especificidad del ensayo entre especies estrechamente relacionadas y para demostrar que el ensayo es exitoso a una única temperatura de 37°C con detección de señal a 535 nM. El ensayo específico detecta con sensibilidad attomolar y tasas de detección rápidas (
BibTeX
@article{doi1011111755099813045,
author = "Williams, Molly‐Ann and O'Grady, Joyce and Ball, Bernard and Carlsson, Jens and de Eyto, Elvira and McGinnity, Philip and Jennings, Eleanor and Regan, Fiona and Parle‐McDermott, Anne",
title = "The application of CRISPR‐Cas for single species identification from environmental DNA",
year = "2019",
journal = "Molecular Ecology Resources",
abstract = "Informamos sobre la primera aplicación de la tecnología CRISPR‐Cas para la detección de especies individuales a partir de ADN ambiental (eDNA). Los organismos liberan y excretan ADN en su entorno, como en células de la piel y heces, lo que se denomina ADN ambiental (eDNA). El uso de eDNA permite un monitoreo no invasivo con mayor especificidad y sensibilidad. Los métodos actuales emplean principalmente técnicas basadas en PCR para detectar una especie dada a partir de muestras de eDNA, lo que plantea un desafío logístico para el monitoreo in situ y la posible adaptación a dispositivos biosensores. Hemos desarrollado un método alternativo; acoplando la amplificación isotérmica a un sistema de detección CRISPR‐Cas12a. Esto utiliza la actividad de clivaje colateral de Cas12a, una ribonucleasa guiada por un ARN CRISPR único altamente específico. Utilizamos la especie objetivo Salmo salar como prueba de concepto para evaluar la especificidad del ensayo entre especies estrechamente relacionadas y para demostrar que el ensayo es exitoso a una única temperatura de 37°C con detección de señal a 535 nM. El ensayo específico detecta con sensibilidad attomolar y tasas de detección rápidas (",
url = "https://doi.org/10.1111/1755-0998.13045",
doi = "10.1111/1755-0998.13045",
note = "discovered\_from = {doi101002ece373386}",
number = "5",
pages = "1106-1114",
volume = "19"
}
34. Makarova, Kira S., Shmakov, Sergey A., Wolf, Yuri I., Mutz, Pascal, Altae-Tran, Han, Beisel, Chase L., Brouns, Stan J. J., Charpentier, Emmanuelle, Cheng, David, Doudna, Jennifer, Haft, Daniel H., Horvath, Philippe, Moineau, Sylvain, Mojica, Francisco J. M., Pausch, Patrick, Pinilla-Redondo, Rafael, Shah, Shiraz A., Siksnys, Virginijus, Terns, Michael P., Tordoff, Jesse, Venclovas, Česlovas, White, Malcolm F., Yakunin, Alexander F., Zhang, Feng, Garrett, Roger A., Backofen, Rolf, van der Oost, John, Barrangou, Rodolphe, y Koonin, Eugene V., 2025, Una clasificación evolutiva actualizada de los sistemas CRISPR–Cas que incluye variantes raras, Nature Microbiology: v. 10: no. 12: p. 3346-3361.
DOI: 10.1038/s41564-025-02180-8
Resumen
La diversidad conocida de los sistemas CRISPR–Cas sigue expandiéndose. Para abarcar nuevos descubrimientos, aquí presentamos una clasificación evolutiva actualizada de los sistemas CRISPR–Cas. La clasificación actualizada de CRISPR–Cas incluye 2 clases, 7 tipos y 46 subtipos, en comparación con los 6 tipos y 33 subtipos en nuestro estudio previo hace 5 años. Además, se presenta una clasificación de la vía de señalización dependiente de oligoadenilato cíclico en sistemas de tipo III. También discutimos funcionalidades alternativas de CRISPR–Cas recientemente caracterizadas, notablemente variantes de tipo IV que cortan el ADN diana y variantes de tipo V que inhiben la replicación del diana sin corte. El análisis de la abundancia de variantes de CRISPR–Cas en genomas y metagenomas muestra que los sistemas previamente definidos son relativamente comunes, mientras que las variantes caracterizadas más recientemente son comparativamente raras. Estas variantes de baja abundancia conforman la cola larga de la distribución de CRISPR–Cas en procariotas y sus virus, y aún deben ser caracterizadas experimentalmente.
BibTeX
@article{doi101038s41564025021808,
author = "Makarova, Kira S. and Shmakov, Sergey A. and Wolf, Yuri I. and Mutz, Pascal and Altae-Tran, Han and Beisel, Chase L. and Brouns, Stan J. J. and Charpentier, Emmanuelle and Cheng, David and Doudna, Jennifer and Haft, Daniel H. and Horvath, Philippe and Moineau, Sylvain and Mojica, Francisco J. M. and Pausch, Patrick and Pinilla-Redondo, Rafael and Shah, Shiraz A. and Siksnys, Virginijus and Terns, Michael P. and Tordoff, Jesse and Venclovas, Česlovas and White, Malcolm F. and Yakunin, Alexander F. and Zhang, Feng and Garrett, Roger A. and Backofen, Rolf and van der Oost, John and Barrangou, Rodolphe and Koonin, Eugene V.",
title = "Una clasificación evolutiva actualizada de los sistemas CRISPR–Cas que incluye variantes raras",
year = "2025",
journal = "Nature Microbiology",
abstract = "La diversidad conocida de los sistemas CRISPR–Cas sigue expandiéndose. Para abarcar nuevos descubrimientos, aquí presentamos una clasificación evolutiva actualizada de los sistemas CRISPR–Cas. La clasificación actualizada de CRISPR–Cas incluye 2 clases, 7 tipos y 46 subtipos, en comparación con los 6 tipos y 33 subtipos en nuestro estudio previo hace 5 años. Además, se presenta una clasificación de la vía de señalización dependiente de oligoadenilato cíclico en sistemas de tipo III. También discutimos funcionalidades alternativas de CRISPR–Cas recientemente caracterizadas, notablemente variantes de tipo IV que cortan el ADN diana y variantes de tipo V que inhiben la replicación del diana sin corte. El análisis de la abundancia de variantes de CRISPR–Cas en genomas y metagenomas muestra que los sistemas previamente definidos son relativamente comunes, mientras que las variantes caracterizadas más recientemente son comparativamente raras. Estas variantes de baja abundancia conforman la cola larga de la distribución de CRISPR–Cas en procariotas y sus virus, y aún deben ser caracterizadas experimentalmente.",
url = "https://doi.org/10.1038/s41564-025-02180-8",
doi = "10.1038/s41564-025-02180-8",
note = "discovered\_from = {doi101038s41467026710966}",
number = "12",
pages = "3346-3361",
volume = "10"
}