Organismos existentes

Un sistema de clasificación amplia que reconocía un reino vegetal de cuatro divisiones y un reino animal de diez a quince filos fue estable y estandarizado durante muchos años. Han ocurrido cambios significativos, o se proponen ahora. Entre estos, se discuten tres líneas principales de desarrollo: a. La clasificación de las algas ha sido fundamentalmente revisada; se distinguen siete o más series algales principalmente por características celulares. El concepto de filo, establecido a largo plazo en la clasificación zoológica, ha sido introducido en la clasificación botánica en los sistemas de Pascher (1931) y Tippo (1942), en los cuales las series algales principales, las Briofitas y las Tricofitas, se consideran filos. b. Muchos autores han abogado por el reconocimiento de un reino de organismos inferiores, para abordar la dificultad de dividir estos entre los reinos vegetal y animal. Dos posibilidades principales para tal tercer reino son los Protistas de Haeckel (1866, 1894), esencialmente identificados con los organismos unicelulares, y los Proctoctistas de Hogg (1860) y Copeland (1947, 1956), que comprenden los organismos nucleados, "acelulares", incluyendo protozoos, algas y hongos. c. El estudio de los hongos ha llevado a la visión de que estos probablemente se derivan de flagelados incolores como una línea de evolución independiente de las plantas verdaderas. Las bacterias se consideran mejor como un complejo antiguo de muchos tipos nutritivos, que como un grupo derivado de las algas verde-azules. En las comunidades naturales, las bacterias y los hongos juntos forman un grupo funcional principal (reductores) distinto de las plantas verdes (productores) y los animales (consumidores). En consecuencia, es apropiado concebir las relaciones amplias del mundo vivo en términos de tres modos de nutrición y direcciones de evolución en lugar de dos: la fotosintética de las plantas verdes, la ingestiva de los animales y la absorbente de las bacterias y los hongos. Estas tres direcciones de evolución aparecen en tres niveles principales de organización: los Monera, o bacterias y algas verde-azules, que carecen de membranas nucleares; los Eunucleata, o organismos unicelulares con membranas nucleares; y las plantas, animales y hongos superiores multicelulares y multinucleados. Sobre esta base, aquí se proponen cuatro reinos: los Protista, o organismos unicelulares; las Plantae, o plantas multicelulares; los Fungi; y los Animalia o animales multicelulares. Entre los Protista se distinguen los subreinos Monera y Eunucleata. Entre los organismos superiores, las líneas de evolución menos exitosas hacia las condiciones multicelulares y multinucleadas se reconocen como los subreinos Rhodophyta y Phaeophyta entre las plantas, Myxomycota entre los hongos, y Parazoa y Mesozoa entre los animales. Se discuten otras alternativas al sistema tradicional de dos reinos. A pesar de la aceptación general del sistema de dos reinos, estas alternativas tienen valor en expresar la comprensión actual de las relaciones amplias entre los organismos. Deben ser juzgadas en comparación con el sistema de dos reinos y entre sí por su éxito relativo en encarnar estas relaciones en una clasificación "natural".

@article{doi101086402733,
    author = "Whittaker, R. H.",
    title = "Sobre la Clasificación Amplia de los Organismos",
    year = "1959",
    journal = "The Quarterly Review of Biology",
    abstract = {Un sistema de clasificación amplia que reconocía un reino vegetal de cuatro divisiones y un reino animal de diez a quince filos fue estable y estandarizado durante muchos años. Han ocurrido cambios significativos, o se proponen ahora. Entre estos, se discuten tres líneas principales de desarrollo: a. La clasificación de las algas ha sido fundamentalmente revisada; se distinguen siete o más series algales principalmente por características celulares. El concepto de filo, establecido a largo plazo en la clasificación zoológica, ha sido introducido en la clasificación botánica en los sistemas de Pascher (1931) y Tippo (1942), en los cuales las series algales principales, las Briofitas y las Tricofitas, se consideran filos. b. Muchos autores han abogado por el reconocimiento de un reino de organismos inferiores, para resolver la dificultad de dividirlos entre los reinos vegetal y animal. Dos posibilidades principales para tal tercer reino son los Protistas de Haeckel (1866, 1894), esencialmente identificados con los organismos unicelulares, y los Proctoctistas de Hogg (1860) y Copeland (1947, 1956), que comprenden los organismos nucleados, "acelulares", incluyendo protozoos, algas y hongos. c. El estudio de los hongos ha llevado a la visión de que estos probablemente se derivan de flagelados incoloros como una línea de evolución independiente de las plantas verdaderas. Las bacterias se consideran mejor como un antiguo complejo de muchos tipos nutritivos, que como un grupo derivado de las algas verde-azules. En las comunidades naturales, las bacterias y los hongos juntos forman un grupo funcional principal (reductores) distinto de las plantas verdes (productores) y los animales (consumidores). En consecuencia, es apropiado concebir las relaciones amplias del mundo vivo en términos de tres modos de nutrición y direcciones de evolución en lugar de dos: la fotosintética de las plantas verdes, la ingestiva de los animales y la absorptiva de las bacterias y los hongos. Estas tres direcciones de evolución aparecen en tres niveles principales de organización: los Monera, o bacterias y algas verde-azules, que carecen de membranas nucleares; los Eunucleata, o organismos unicelulares con membranas nucleares; y las plantas, animales y hongos superiores multicelulares y multinucleados. Sobre esta base, aquí se proponen cuatro reinos: los Protista, o organismos unicelulares; las Plantae, o plantas multicelulares; los Fungi; y los Animalia o animales multicelulares. Entre los Protista se distinguen los subreinos Monera y Eunucleata. Entre los organismos superiores, las líneas de evolución menos exitosas hacia las condiciones multicelulares y multinucleadas se reconocen como los subreinos Rhodophyta y Phaeophyta entre las plantas, Myxomycota entre los hongos, y Parazoa y Mesozoa entre los animales. Se discuten otras alternativas al sistema tradicional de dos reinos. A pesar de la aceptación general del sistema de dos reinos, estas alternativas tienen valor en expresar la comprensión actual de las relaciones amplias entre los organismos. Deben ser juzgadas en comparación con el sistema de dos reinos y entre sí por su éxito relativo en encarnar estas relaciones en una clasificación "natural".},
    url = "https://doi.org/10.1086/402733",
    doi = "10.1086/402733",
    openalex = "W2060112742"
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@article{crossref1966mcgrawhill,
    title = "Enciclopedia McGraw-Hill",
    year = "1966",
    journal = "Physics Today",
    url = "https://doi.org/10.1063/1.3048233",
    doi = "10.1063/1.3048233",
    number = "5",
    openalex = "W4214489217",
    pages = "113-113",
    volume = "19"
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@techreport{greenwood1966phyletic1,
    author = "Greenwood, P. H. y Miles, R. S. y Patterson, C. y Rosen, D. E. y Weitzman, S. H. y Myers, G. S",
    title = "Estudios filéticos de peces teleósteos, con una clasificación provisional de las formas vivientes",
    year = "1966",
    howpublished = "Bulletin of the American Museum of Natural History, v. 131, no. Art. 4, p. 339-456",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Greenwood, P. H., Miles, R. S., Patterson, C., Rosen, D. E., Weitzman, S. H., y Myers, G. S., 1966, Estudios filéticos de peces teleósteos, con una clasificación provisional de las formas vivientes: Bulletin of the American Museum of Natural History, v. 131, no. Art. 4, p. 339-456.}"
}

p. 341-455, [3] p. de láminas: il.; 27 cm.

@article{openalexw1845290859,
    author = "Greenwood, Peter Humphry y Rosen, Donn Eric y Weitzman, Stanley H. y Myers, George S.",
    title = "Estudios filéticos de peces teleósteos, con una clasificación provisional de las formas vivas. Boletín de la AMNH; v. 131, artículo 4",
    year = "1966",
    journal = "Biodiversity Heritage Library (Institución Smithsonian)",
    abstract = "p. 341-455, [3] p. de láminas: il.; 27 cm.",
    openalex = "W1845290859"
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@article{applegate1967phyletic,
    author = "Applegate, Shelton P. y Greenwood, P. Humphrey y Rosen, Donn E. y Weitzman, Stanley H. y Myers, George S.",
    title = "Estudios filéticos de peces teleósteos, con una clasificación provisional de las formas vivientes",
    year = "1967",
    journal = "Copeia",
    url = "https://doi.org/10.2307/1442263",
    doi = "10.2307/1442263",
    number = "3",
    pages = "693",
    volume = "1967"
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Este libro es una importante adición a un creciente cuerpo de literatura sobre morfología funcional—el estudio de la forma y la estructura en animales en relación con las funciones de las diversas partes del cuerpo. El autor está particularmente preocupado por aclarar las interrelaciones entre los cambios evolutivos en la morfología y la clasificación de este gran grupo de peces. Parte de la premisa de que la clasificación debe resumir las relaciones evolutivas y que los pasos mayores en la evolución se expresan en modificaciones de sistemas funcionales. En la opinión del autor, los cambios en la capacidad de los peces para maniobrar en el agua, para obtener alimento y para forzar agua sobre las branquias—cambios que se reflejan en la morfología, particularmente de los elementos esqueléticos—son entre los avances más importantes que se han realizado dentro del grupo de peces teleósteos. Con gran habilidad e insight, el Dr. Gosline desarrolla estos conceptos difíciles en la primera sección del libro. Al trabajar su sistema de clasificación de teleósteos, presentado en la segunda sección, el mayor esfuerzo del autor se colocó en aclarar los problemas zoológicos subyacentes: ve el sistema principalmente como un vehículo para discutir información zoológica que sugiere relaciones entre grupos de peces teleósteos. Cualquier estudiante de zoología—no solo ictiólogos—bienvendrá este enfoque original y reflexivo a los problemas de clasificación animal.

@book{doi1015159780824885311,
    author = "Gosline, William A.",
    title = "Morfología funcional y clasificación de peces teleósteos",
    year = "1971",
    booktitle = "University of Hawaii Press eBooks",
    abstract = "Este libro es una importante adición a un creciente cuerpo de literatura sobre morfología funcional—el estudio de la forma y la estructura en animales en relación con las funciones de las diversas partes del cuerpo. El autor está particularmente preocupado por aclarar las interrelaciones entre los cambios evolutivos en la morfología y la clasificación de este gran grupo de peces. Parte de la premisa de que la clasificación debe resumir las relaciones evolutivas y que los pasos mayores en la evolución se expresan en modificaciones de sistemas funcionales. En la opinión del autor, los cambios en la capacidad de los peces para maniobrar en el agua, para obtener alimento y para forzar agua sobre las branquias—cambios que se reflejan en la morfología, particularmente de los elementos esqueléticos—son entre los avances más importantes que se han realizado dentro del grupo de peces teleósteos. Con gran habilidad e insight, el Dr. Gosline desarrolla estos conceptos difíciles en la primera sección del libro. Al trabajar su sistema de clasificación de teleósteos, presentado en la segunda sección, el mayor esfuerzo del autor se colocó en aclarar los problemas zoológicos subyacentes: ve el sistema principalmente como un vehículo para discutir información zoológica que sugiere relaciones entre grupos de peces teleósteos. Cualquier estudiante de zoología—no solo ictiólogos—bienvendrá este enfoque original y reflexivo a los problemas de clasificación animal.",
    url = "https://doi.org/10.1515/9780824885311",
    doi = "10.1515/9780824885311",
    openalex = "W1517274358"
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Los organismos son capaces de formar una amplia variedad de minerales, algunos de los cuales no pueden formarse de manera inorgánica en la biosfera. Los precipitados iniciales pueden diferir de la forma en la que finalmente se estabilizan, o durante el desarrollo del organismo un mineral puede sustituir a otro. Los minerales biogénicos comúnmente tienen atributos que los distinguen de sus contrapartes inorgánicas. Cumplen funciones biológicas importantes. Se han formado en cantidades cada vez mayores durante los últimos 600 millones de años y han alterado radicalmente el carácter de la biosfera.

@article{doi101126science7008198,
    author = "Lowenstam, Heinz A.",
    title = "Minerals Formed by Organisms",
    year = "1981",
    journal = "Science",
    abstract = "Los organismos son capaces de formar una amplia variedad de minerales, algunos de los cuales no pueden formarse de manera inorgánica en la biosfera. Los precipitados iniciales pueden diferir de la forma en la que finalmente se estabilizan, o durante el desarrollo del organismo un mineral puede sustituir a otro. Los minerales biogénicos comúnmente tienen atributos que los distinguen de sus contrapartes inorgánicas. Cumplen funciones biológicas importantes. Se han formado en cantidades cada vez mayores durante los últimos 600 millones de años y han alterado radicalmente el carácter de la biosfera.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.7008198",
    doi = "10.1126/science.7008198",
    openalex = "W2031846886",
    references = "doi1010160021979767902664, doi1010160025322770900010, doi101029jc077i003p00463, doi101038208365a0, doi101038273199a0, doi101126science170679, doi101126science20143601026, doi101126science20343871355, doi101128jb14027207291979, doi10113000167606196273435midcir20co2"
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@misc{parker1982mcgrawhill2,
    author = "Parker, S. P",
    title = "McGraw-Hill Synopsis and Classification of Living Organisms",
    year = "1982",
    howpublished = "New York, McGraw-Hill; 2 Volumes",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Parker, S. P., 1982, McGraw-Hill Synopsis and Classification of Living Organisms: New York, McGraw-Hill; 2 Volumes.}"
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@article{saccone1995molecular,
    author = "Saccone, C. y Gissi, C. y Lanave, C. y Pesole, G.",
    title = "Clasificación molecular de los organismos vivos",
    year = "1995",
    journal = "Journal of Molecular Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf00163232",
    doi = "10.1007/bf00163232",
    number = "3",
    openalex = "W1993800856",
    pages = "273-279",
    volume = "40",
    references = "doi101007bf02101990, doi101073pnas86176661, doi101073pnas86239355, doi101073pnas87124576, doi101093nar20suppl2075, doi101093nar21133021, doi101126science2605108640, doi101128mmbr5122212711987, doi101128mr5122212711987, doi1023072412074"
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@incollection{crossref20034432,
    title = "(4432) McGraw-Hill",
    year = "2003",
    booktitle = "Diccionario de Nombres de Pequeños Planetas",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-540-29925-7\_4381",
    doi = "10.1007/978-3-540-29925-7\_4381",
    openalex = "W4235887303",
    pages = "381-381"
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@incollection{crossref2012mcgrawhill,
    title = "Mcgraw-Hill",
    year = "2012",
    booktitle = "El último diplomático estadounidense",
    url = "https://doi.org/10.5040/9780755624034.ch-016",
    doi = "10.5040/9780755624034.ch-016",
    openalex = "W4243801099"
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Los peces de aletas rayadas constituyen la mitad de todas las especies de vertebrados vivientes. Casi todos los peces de aletas rayadas son teleósteos, que incluyen la mayoría de las especies de peces comercialmente importantes, varios organismos modelo para la genómica y la biología del desarrollo, y el componente dominante de las faunas de vertebrados marinos y de agua dulce. A pesar de la importancia económica y científica de los peces de aletas rayadas, la falta de una única filogenia integral con estimaciones de tiempo de divergencia correspondientes ha limitado nuestra comprensión de la evolución y la diversificación de esta radiación. Nuestros análisis, que utilizan múltiples secuencias de genes nucleares junto con 36 restricciones de edad fósil, resultan en una filogenia bien soportada de todas las principales líneas de peces de aletas rayadas y estimaciones de edad molecular que son generalmente consistentes con el registro fósil. Esta filogenia informa tres problemas de larga data: identificar específicamente a los elomorfos (anguilas y tarpones) como la línea hermana de todos los demás teleósteos, proporcionar una hipótesis única sobre la radiación de los euteleósteos tempranos y ofrecer una estrategia prometedora para la resolución de la "maleza en la parte superior del árbol" que incluye a los percomorfos y otros teleósteos de aletas espinosas. Al contrastar nuestras estimaciones de tiempo de divergencia con estudios que utilizan un solo gen nuclear o genomas mitocondriales completos, encontramos que los primeros subestiman las edades de las divergencias más antiguas de peces de aletas rayadas, pero los últimos sobrestiman dramáticamente las edades de las líneas de teleósteos derivados. Nuestra filogenia calibrada en el tiempo revela que gran parte de la diversificación que condujo a los grupos existentes de teleósteos ocurrió entre el Mesozoico tardío y el Cenozoico temprano, identificando este período como la "Segunda Era de los Peces."

@article{doi101073pnas1206625109,
    author = "Near, Thomas J. y Eytan, Ron I. y Dornburg, Alex y Kuhn, Kristen L. y Moore, Jon A. y Davis, Matthew P. y Wainwright, Peter C. y Friedman, Matt y Smith, W. Leo",
    title = "Resolución de la filogenia de peces de aletas rayadas y cronología de la diversificación",
    year = "2012",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = {Los peces de aletas rayadas constituyen la mitad de todas las especies de vertebrados vivientes. Casi todos los peces de aletas rayadas son teleósteos, que incluyen la mayoría de las especies de peces comercialmente importantes, varios organismos modelo para la genómica y la biología del desarrollo, y el componente dominante de las faunas de vertebrados marinos y de agua dulce. A pesar de la importancia económica y científica de los peces de aletas rayadas, la falta de una única filogenia integral con estimaciones de tiempo de divergencia correspondientes ha limitado nuestra comprensión de la evolución y la diversificación de esta radiación. Nuestros análisis, que utilizan múltiples secuencias de genes nucleares junto con 36 restricciones de edad fósil, resultan en una filogenia bien soportada de todas las principales líneas de peces de aletas rayadas y estimaciones de edad molecular que son generalmente consistentes con el registro fósil. Esta filogenia informa tres problemas de larga data: identificar específicamente a los elomorfos (anguilas y tarpones) como la línea hermana de todos los demás teleósteos, proporcionar una hipótesis única sobre la radiación de los euteleósteos tempranos y ofrecer una estrategia prometedora para la resolución de la "maleza en la parte superior del árbol" que incluye a los percomorfos y otros teleósteos de aletas espinosas. Al contrastar nuestras estimaciones de tiempo de divergencia con estudios que utilizan un solo gen nuclear o genomas mitocondriales completos, encontramos que los primeros subestiman las edades de las divergencias más antiguas de peces de aletas rayadas, pero los últimos sobrestiman dramáticamente las edades de las líneas de teleósteos derivados. Nuestra filogenia calibrada en el tiempo revela que gran parte de la diversificación que condujo a los grupos existentes de teleósteos ocurrió entre el Mesozoico tardío y el Cenozoico temprano, identificando este período como la "Segunda Era de los Peces."},
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1206625109",
    doi = "10.1073/pnas.1206625109",
    openalex = "W2081778808",
    references = "doi101016b9780126709506500138, doi101016s1055790302003329, doi101073pnas0811087106, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093bioinformaticsbtq228, doi101093oso97801985404720010001, doi101111j14754983201201165x, doi101126science1157704, doi101126science1211028, doi101186147121487214, doi101371journalpbio0040088, doi1023072412685, openalexw653978695"
}

El árbol de la vida de los peces se encuentra en un estado de cambio porque aún nos falta una filogenia completa que incluya todos los grupos principales. La situación es más crítica para un gran clado de peces de aletas espinosas, tradicionalmente denominado percomorfos, cuyas relaciones inciertas han atormentado a los ictiólogos durante más de un siglo. La mayoría de lo que sabemos sobre las relaciones de alto nivel entre las líneas de peces se ha basado en la morfología, pero el rápido afluente de estudios moleculares está cambiando muchos conceptos sistemáticos establecidos. Informamos sobre una filogenia molecular completa para los peces óseos que incluye representantes de todas las líneas principales. Se recopilaron datos de secuencias de ADN para 21 marcadores moleculares (una mitocondrial y 20 genes nucleares) para 1410 taxones de peces óseos, más cuatro especies de tetrápodos y dos grupos externos de condricthyanos (un total de 1416 terminales). La diversidad de peces óseos está representada por 1093 géneros, 369 familias y todos los órdenes tradicionalmente reconocidos. El árbol de máxima verosimilitud proporciona una resolución sin precedentes y un alto soporte de bootstrap para la mayoría de los nodos del esqueleto, definiendo por primera vez una filogenia global de los peces. La estructura general del árbol está de acuerdo con las expectativas de estudios morfológicos y moleculares anteriores, pero surgen clados nuevos significativos. Lo más interesante es que el alto grado de incertidumbre entre los percomorfos ahora se resuelve en nueve grupos supraordinales bien soportados. El orden Perciformes, considerado por muchos como una basura taxonómica polifilética, se define por primera vez como un grupo monofilético en la filogenia global. Se propone una nueva clasificación que refleja nuestra hipótesis filogenética para facilitar la comunicación sobre la nueva estructura encontrada del árbol de la vida de los peces. Finalmente, la filogenia molecular se calibra utilizando 60 restricciones fósiles para producir un árbol de tiempo completo. La nueva filogenia calibrada en tiempo proporcionará la base y estimulará nuevos estudios comparativos para comprender mejor la evolución de la asombrosa diversidad de peces.

@article{doi101371currentstol53ba26640df0ccaee75bb165c8c26288,
    author = "Betancur‐R, Ricardo and Broughton, Richard E. and Wiley, E. O. and Carpenter, Kent E. and López, J. Andrés y Li, Chenhong y Holcroft, Nancy I. y Arcila, Dahiana y Sanciangco, Millicent D. Alexandrov y Cureton, James C. y Zhang, Feifei y Buser, Thaddaeus John y Campbell, Matthew A. y Ballesteros, Jesús A. y Roa‐Varón, Adela y Willis, Stuart C. y Borden, W. Calvin y Rowley, Thaine y Reneau, Paulette C. y Hough, Daniel J. y Lu, Guoqing y Grande, Terry y Arratia, Gloria y Ortı́, Guillermo",
    title = "The Tree of Life and a New Classification of Bony Fishes",
    year = "2013",
    journal = "PLoS Currents",
    abstract = "El árbol de la vida de los peces se encuentra en un estado de cambio porque aún nos falta una filogenia completa que incluya todos los grupos principales. La situación es más crítica para un gran clado de peces de aletas espinosas, tradicionalmente denominado percomorfos, cuyas relaciones inciertas han atormentado a los ictiólogos durante más de un siglo. La mayoría de lo que sabemos sobre las relaciones de alto nivel entre las líneas de peces se ha basado en la morfología, pero el rápido afluente de estudios moleculares está cambiando muchos conceptos sistemáticos establecidos. Informamos sobre una filogenia molecular completa para los peces óseos que incluye representantes de todas las líneas principales. Se recopilaron datos de secuencias de ADN para 21 marcadores moleculares (una mitocondrial y 20 genes nucleares) para 1410 taxones de peces óseos, más cuatro especies de tetrápodos y dos grupos externos de condricthyanos (un total de 1416 terminales). La diversidad de peces óseos está representada por 1093 géneros, 369 familias y todos los órdenes tradicionalmente reconocidos. El árbol de máxima verosimilitud proporciona una resolución sin precedentes y un alto soporte de bootstrap para la mayoría de los nodos del esqueleto, definiendo por primera vez una filogenia global de los peces. La estructura general del árbol está de acuerdo con las expectativas de estudios morfológicos y moleculares anteriores, pero surgen clados nuevos significativos. Lo más interesante es que el alto grado de incertidumbre entre los percomorfos ahora se resuelve en nueve grupos supraordinales bien soportados. El orden Perciformes, considerado por muchos como una basura taxonómica polifilética, se define por primera vez como un grupo monofilético en la filogenia global. Se propone una nueva clasificación que refleja nuestra hipótesis filogenética para facilitar la comunicación sobre la nueva estructura encontrada del árbol de la vida de los peces. Finalmente, la filogenia molecular se calibra utilizando 60 restricciones fósiles para producir un árbol de tiempo completo. La nueva filogenia calibrada en tiempo proporcionará la base y estimulará nuevos estudios comparativos para comprender mejor la evolución de la asombrosa diversidad de peces.",
    url = "https://doi.org/10.1371/currents.tol.53ba26640df0ccaee75bb165c8c26288",
    doi = "10.1371/currents.tol.53ba26640df0ccaee75bb165c8c26288",
    openalex = "W1998591654",
    references = "applegate1967phyletic, doi101016b9780126709506500138, doi101016s1055790302003329, doi101038s4155901806241, doi101073pnas1206625109, doi10108010635150802429642, doi101086417338, doi101093bioinformatics192301, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093molbevmss020, doi101093molbevmst010, doi101093nargkq291, doi101093oxfordjournalsmolbeva003741, doi101093sysbio463523, doi101093sysbiosyr107, doi101098rspb20152917, doi101111j10960031201000329x, doi101111j109636421981tb01575x, doi101111j1469185x1990tb01427x, doi101111j14754983201201165x, doi1011646zootaxa388211, doi101186147121487214, gardiner1989interrelationships, openalexw3206657856"
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FONDO: Las clasificaciones de peces, al igual que las de la mayoría de otros grupos taxonómicos, están siendo transformadas drásticamente a medida que nuevas filogenias moleculares proporcionan apoyo para grupos naturales que no fueron anticipados por estudios anteriores. Sin embargo, una breve revisión de los principales criterios utilizados por los ictiólogos para definir sus clasificaciones durante los últimos 50 años revela un progreso lento hacia el uso de un marco filogenético explícito. En su lugar, la tendencia ha sido depender, en diversos grados, de conceptos anatómicos arraigados y la autoridad, mezclando a menudo taxones con apoyo filogenético explícito con agrupaciones arbitrarias. Dos fuentes principales en ictiología frecuentemente utilizadas para clasificaciones de peces (los volúmenes de Fishes of the World de JS Nelson y el Catalog of Fishes de W. Eschmeyer) fallan en adoptar un marco filogenético global a pesar de los importantes progresos recientes realizados hacia la resolución del Árbol de la Vida de los peces. La primera clasificación filogenética explícita de peces óseos fue publicada en 2013, basada en una filogenia molecular exhaustiva (www.deepfin.org). Aquí actualizamos la primera versión de esa clasificación incorporando los resultados filogenéticos más recientes. RESULTADOS: La clasificación actualizada presentada aquí se basa en filogenias inferidas utilizando datos moleculares y genómicos para casi 2000 peces. Se reconocen un total de 72 órdenes (y 79 subórdenes) en esta versión, en comparación con 66 órdenes en la versión 1. La filogenia resuelve la colocación de 410 familias, o ~80% del total de 514 familias de peces óseos actualmente reconocidas. Sin embargo, el estatus ordinal de 30 familias de percomorfos incluidas en este estudio permanece incierto (incertae sedis en las series Carangaria, Ovalentaria o Eupercaria). Se presentan comentarios para apoyar decisiones taxonómicas y comparaciones con grupos taxonómicos conflictivos propuestos por otros. También destacamos casos donde existe apoyo morfológico para los grupos que se están clasificando. CONCLUSIONES: Esta versión de la clasificación filogenética de peces óseos está sustancialmente mejorada, proporcionando resolución para más taxones que las versiones anteriores, basada en árboles filogenéticos más densamente muestreados. La clasificación presentada en este estudio representa, a diferencia de cualquier otra, la hipótesis más actualizada del Árbol de la Vida de los peces.

@article{doi101186s1286201709583,
    author = "Betancur‐R, Ricardo y Wiley, E. O. y Arratia, Gloria y P., Arturo Acero y Bailly, Nicolas y Miya, Masaki y Lecointre, Guillaume y Ortı́, Guillermo",
    title = "Clasificación filogenética de peces óseos",
    year = "2017",
    journal = "BMC Evolutionary Biology",
    abstract = "FONDO: Las clasificaciones de peces, al igual que las de la mayoría de otros grupos taxonómicos, están siendo transformadas drásticamente a medida que nuevas filogenias moleculares proporcionan apoyo para grupos naturales que no fueron anticipados por estudios anteriores. Sin embargo, una breve revisión de los principales criterios utilizados por los ictiólogos para definir sus clasificaciones durante los últimos 50 años revela un progreso lento hacia el uso de un marco filogenético explícito. En su lugar, la tendencia ha sido depender, en diversos grados, de conceptos anatómicos arraigados y la autoridad, mezclando a menudo taxones con apoyo filogenético explícito con agrupaciones arbitrarias. Dos fuentes principales en ictiología frecuentemente utilizadas para clasificaciones de peces (los volúmenes de Fishes of the World de JS Nelson y el Catalog of Fishes de W. Eschmeyer) fallan en adoptar un marco filogenético global a pesar de los importantes progresos recientes realizados hacia la resolución del Árbol de la Vida de los peces. La primera clasificación filogenética explícita de peces óseos fue publicada en 2013, basada en una filogenia molecular exhaustiva (www.deepfin.org). Aquí actualizamos la primera versión de esa clasificación incorporando los resultados filogenéticos más recientes. RESULTADOS: La clasificación actualizada presentada aquí se basa en filogenias inferidas utilizando datos moleculares y genómicos para casi 2000 peces. Se reconocen un total de 72 órdenes (y 79 subórdenes) en esta versión, en comparación con 66 órdenes en la versión 1. La filogenia resuelve la colocación de 410 familias, o \textasciitilde 80\% del total de 514 familias de peces óseos actualmente reconocidas. Sin embargo, el estatus ordinal de 30 familias de percomorfos incluidas en este estudio permanece incierto (incertae sedis en las series Carangaria, Ovalentaria o Eupercaria). Se presentan comentarios para apoyar decisiones taxonómicas y comparaciones con grupos taxonómicos conflictivos propuestos por otros. También destacamos casos donde existe apoyo morfológico para los grupos que se están clasificando. CONCLUSIONES: Esta versión de la clasificación filogenética de peces óseos está sustancialmente mejorada, proporcionando resolución para más taxones que las versiones anteriores, basada en árboles filogenéticos más densamente muestreados. La clasificación presentada en este estudio representa, a diferencia de cualquier otra, la hipótesis más actualizada del Árbol de la Vida de los peces.",
    url = "https://doi.org/10.1186/s12862-017-0958-3",
    doi = "10.1186/s12862-017-0958-3",
    openalex = "W2727370449",
    references = "applegate1967phyletic, bonde1974interrelationships, doi1010029781119174844, doi101073pnas1206625109, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101093sysbiosys004, doi101111j109600311988tb00514x, doi101111j2041210x201100169x, doi1011861471214811275, doi101186s1286201709583, doi1023071444873, doi105962bhltitle59991, forey1996interrelationships, openalexw3001739384"
}

El orden Cypriniformes es el orden más diverso de peces de agua dulce. Estudios filogenéticos recientes han llegado a un consenso sobre las relaciones filogenéticas de Cypriniformes y han propuesto una nueva clasificación filogenética de agrupaciones a nivel de familia en Cypriniformes. La falta de una referencia para la colocación de géneros entre familias ha obstaculizado la adopción más amplia de esta clasificación filogenética. Aquí presentamos una compilación actualizada de la membresía de géneros en taxones supragenericos basada en las últimas clasificaciones filogenéticas. Propone un nuevo taxón: subfamilia Esominae dentro de Danionidae, para el género Esomus.

@article{doi1011646zootaxa447614,
    author = "Tan, Milton y Armbruster, Jonathan W.",
    title = "Clasificación filogenética de los géneros actuales de peces del orden Cypriniformes (Teleostei: Ostariophysi)",
    year = "2018",
    journal = "Zootaxa",
    abstract = "El orden Cypriniformes es el orden más diverso de peces de agua dulce. Estudios filogenéticos recientes han llegado a un consenso sobre las relaciones filogenéticas de Cypriniformes y han propuesto una nueva clasificación filogenética de agrupaciones a nivel de familia en Cypriniformes. La falta de una referencia para la colocación de géneros entre familias ha obstaculizado la adopción más amplia de esta clasificación filogenética. Aquí presentamos una compilación actualizada de la membresía de géneros en taxones supragenericos basada en las últimas clasificaciones filogenéticas. Propone un nuevo taxón: subfamilia Esominae dentro de Danionidae, para el género Esomus.",
    url = "https://doi.org/10.11646/zootaxa.4476.1.4",
    doi = "10.11646/zootaxa.4476.1.4",
    openalex = "W2889922768",
    references = "doi101016jympev201501014, doi101038nature12111, doi101111j14672979200600227x, doi1011646zootaxa388211, doi10118614712148738, doi101186s1286201709583, doi105860choice436531, openalexw2751068043, openalexw2965787927, openalexw597149003"
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@misc{crossref2019a,
    title = "Una clasificación de los organismos vivos",
    year = "2019",
    booktitle = "La biología de la reproducción",
    url = "https://doi.org/10.1017/9781108758970.011",
    doi = "10.1017/9781108758970.011",
    openalex = "W3159954657",
    pages = "407-414",
    references = "doi1010079781489930439, doi101016b9780123705266x50016, doi101016s0044848602000571, doi101093acprofoso97801992679720010001, doi101371journalpbio1002533, doi1023075403, doi105840philstudies1954421, doi105962bhltitle82303, openalexw1523843460, openalexw1635425035"
}

La clasificación de la tremenda diversidad de peces de aletas rayadas (Actinopterygii) comenzó con la designación de grupos taxonómicos basándose en la similitud morfológica. A partir de finales de la década de 1960, la filogenética morfológica se convirtió en la base para la clasificación de Actinopterygii, pero no logró resolver muchas relaciones, particularmente entre linajes dentro del hiperdiverso Percomorpha. La introducción de la filogenética molecular llevó a una reconfiguración dramática de la filogenia de los actinopterigios. La resolución filogenética refinada proporcionada por los estudios moleculares reveló una diversidad desigual entre los linajes de actinopterigios, lo que resultó en una proliferación de nombres de grupos redundantes en las clasificaciones de rango linneano. Aquí proporcionamos una clasificación filogenética sin rango para los peces actinopterigios basada en una filogenia resumida de 830 linajes de peces de aletas rayadas que incluye todas las familias taxonómicas de actinopterigios actualmente reconocidas y 287 taxones fósiles. Proporcionamos definiciones filogenéticas para 90 nombres de clados y revisamos siete nombres previamente definidos. Para cada uno de los 97 nombres de clado, revisamos la etimología del nombre del clado, la diversidad de especies del clado y sus linajes constituyentes, las apomorfías morfológicas diagnósticas del clado, revisamos los sinónimos y proporcionamos una discusión sobre la historia nomenclatural y sistemática del clado. La nueva clasificación está libre de nombres de grupos redundantes e incluye solo un nuevo nombre entre los 97 nombres de clado que revisamos y describimos, dando como resultado una clasificación completa que se basa explícitamente en la filogenia de los peces de aletas rayadas que ha surgido en el siglo XXI y descansa sobre los cimientos de los 200 años anteriores de investigación sobre la sistemática de los peces de aletas rayadas.

@article{doi1033740140650101,
    author = "Near, Thomas J. y Thacker, Christine E.",
    title = "Clasificación filogenética de peces de aletas rayadas vivos y fósiles (Actinopterygii)",
    year = "2024",
    journal = "Boletín del Museo Peabody de Historia Natural",
    abstract = "La clasificación de la tremenda diversidad de peces de aletas rayadas (Actinopterygii) comenzó con la designación de grupos taxonómicos basándose en la similitud morfológica. A partir de finales de la década de 1960, la filogenética morfológica se convirtió en la base para la clasificación de Actinopterygii, pero no logró resolver muchas relaciones, particularmente entre linajes dentro del hiperdiverso Percomorpha. La introducción de la filogenética molecular llevó a una reconfiguración dramática de la filogenia de los actinopterigios. La resolución filogenética refinada proporcionada por los estudios moleculares reveló una diversidad desigual entre los linajes de actinopterigios, lo que resultó en una proliferación de nombres de grupos redundantes en las clasificaciones de rango linneano. Aquí proporcionamos una clasificación filogenética sin rango para los peces actinopterigios basada en una filogenia resumida de 830 linajes de peces de aletas rayadas que incluye todas las familias taxonómicas de actinopterigios actualmente reconocidas y 287 taxones fósiles. Proporcionamos definiciones filogenéticas para 90 nombres de clados y revisamos siete nombres previamente definidos. Para cada uno de los 97 nombres de clado, revisamos la etimología del nombre del clado, la diversidad de especies del clado y sus linajes constituyentes, las apomorfías morfológicas diagnósticas del clado, revisamos los sinónimos y proporcionamos una discusión sobre la historia nomenclatural y sistemática del clado. La nueva clasificación está libre de nombres de grupos redundantes e incluye solo un nuevo nombre entre los 97 nombres de clado que revisamos y describimos, dando como resultado una clasificación completa que se basa explícitamente en la filogenia de los peces de aletas rayadas que ha surgido en el siglo XXI y descansa sobre los cimientos de los 200 años anteriores de investigación sobre la sistemática de los peces de aletas rayadas.",
    url = "https://doi.org/10.3374/014.065.0101",
    doi = "10.3374/014.065.0101",
    openalex = "W4394948439",
    references = "branson1962the, doi101007s1022801404445, doi10108000222931108692993, doi101093sysbiosyy085, doi101093zoolinneanzlx040, doi101111brv12473, doi101126scienceaav4632, doi1011646zootaxa447614, doi101643004585112002002053220co2, doi101643cg17669, doi105962bhltitle53990, forey1996interrelationships, openalexw2898156694, openalexw568207017, openalexw63312880"
}

@misc{crossrefNonectbmcgraw,
    title = "CTB/McGraw Hill",
    year = "None",
    booktitle = "Lexikon des gesamten Buchwesens Online",
    url = "https://doi.org/10.1163/9789004337862\_lgbo\_com\_030916",
    doi = "10.1163/9789004337862\_lgbo\_com\_030916",
    openalex = "W4245187714"
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