Modifications par rapport à la version 1 : la discussion sur la métaphysique a été rendue indépendante dans une FAQ séparée ; une citation de Lysenko et des commentaires sur la science ont été ajoutés ; une nouvelle section traitant de la contingence et des conditions initiales et limites a été ajoutée ; et Loren Haarsma a écrit une perspective chrétienne et ajouté des références.
Modifications depuis la version 1 : séparation de la FAQ sur le hasard, discussion étendue de certaines affirmations philosophiques selon lesquelles le darwinisme est une métaphysique ou une vision du monde, nouvelles références.