Rayonnement adaptatif

@misc{walls1942the4,
    author = "Walls, G. L",
    title = "The Vertebrate Eye and its Adaptive Radiation",
    year = "1942",
    howpublished = "Bloomfield Hills, Michigan, The Cranbrook Institute of Science",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Walls, G. L., 1942, The Vertebrate Eye and its Adaptive Radiation: Bloomfield Hills, Michigan, The Cranbrook Institute of Science.}"
}

Ce livre est le dix-neuvième bulletin de l'Institut de science de Cranbrook, un ouvrage massif illustré de nombreuses images. Le matériel traite des différentes phases de l'œil des vertébrés. La première partie est intitulée « fondamentale ». Elle aborde la lumière et ses propriétés, en particulier en ce qui concerne la perception par un œil. L'œil lui-même, l'œil humain, est ensuite discuté et disséqué sous tous les aspects, en commençant par l'embryologie, en passant par l'anatomie macroscopique et microscopique, et en terminant par la physiologie de la vision. Cette partie est bien écrite dans un langage simple. La deuxième partie est écologique ; dans celle-ci sont discutées les adaptations nécessaires que l'appareil visuel a subies et subit encore afin que l'organisme parent puisse survivre dans diverses conditions. Pour l'ophtalmologiste clinique, une grande partie de cette section sera entièrement nouvelle et il sera surpris de voir à quel point cela s'applique à sa routine quotidienne. La troisième

@article{doi101001jama194302840160064031,
    author = "WALLS, Gordon Lynn",
    title = "The Vertebrate Eye and Its Adaptive Radiation",
    year = "1943",
    journal = "Journal of the American Medical Association",
    abstract = {This book is the nineteenth bulletin of the Cranbrook Institute of Science, a massive tome with illustrations galore. The material deals with the various phases of the vertebrate eye. The first part is labeled "basic." It treats of light and its properties with especial reference to perception by an eye. The eye itself, the human eye, is then discussed and dissected from all points, starting with embryology, passing through the gross and microscopic anatomy, and finishing with the physiology of vision. This part is well written in plain language. The second part is the ecologic; in this are discussed the necessary adaptations that the visual apparatus has undergone and is still undergoing so that the parent organism may survive under various conditions. To the clinical ophthalmologist, much of this section will be entirely new and he will be surprised how much of this applies to his daily routine. The third},
    url = "https://doi.org/10.1001/jama.1943.02840160064031",
    doi = "10.1001/jama.1943.02840160064031",
    openalex = "W2024935827"
}

@article{doi1023071437897,
    author = "Merriman, Daniel et Walls, Gordon L.",
    title = "L'œil des vertébrés et sa radiation adaptative",
    year = "1943",
    journal = "Copeia",
    url = "https://doi.org/10.2307/1437897",
    doi = "10.2307/1437897",
    openalex = "W2318517747"
}

@inproceedings{cole1958sketches2,
    author = "Cole, L. C",
    title = "Sketches of general and comparative demography",
    year = "1958",
    booktitle = "Cold Spring Harbor Symposium on Quantitative Biology, v. 22, p. 1-15",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Cole, L. C., 1958, Sketches of general and comparative demography: Cold Spring Harbor Symposium on Quantitative Biology, v. 22, p. 1-15.}"
}

@book{bowman1961morphological1,
    author = "Bowman, R. L",
    title = "Différenciation morphologique et adaptation chez les pinsons des Galápagos",
    year = "1961",
    publisher = "Publications de l'Université de Californie en Zoologie, v. 58, p. 326 pp. ; University of California Press, Berkeley",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Bowman, R. L., 1961, Morphological differentiation and adaptation in the Galpagos finches: University of California Publications in Zoology, v. 58, p. 326 pp.; University of California Press, Berkeley.}"
}

Le tibia droit d'un dinosaure ornithopode a été trouvé dans des couches supposées de Willow Creek dans la vallée de Two Medicine, au sud-est de Browning, au Montana. Il s'agit du premier rapport d'ossements de dinosaures provenant de la formation située du côté est du synclinal de l'Alberta. L'échantillon est attribué à Thescelosaurus? sp., mais il existe certaines indications en faveur du genre plus ancien Camptosaurus.

@article{russell1968a,
    author = "Russell, Loris S.",
    title = "A dinosaur bone from Willow Creek beds in Montana",
    year = "1968",
    journal = "Canadian Journal of Earth Sciences",
    abstract = "The right tibia of an ornithopod dinosaur has been found in supposed Willow Creek beds in the Two Medicine valley southeast of Browning, Montana. This is the first report of dinosaur bones from the formation on the east side of the Alberta syncline. The specimen is referred to Thescelosaurus? sp., but there is some suggestion of the earlier genus Camptosaurus.",
    url = "https://doi.org/10.1139/e68-034",
    doi = "10.1139/e68-034",
    number = "2",
    pages = "327-329",
    volume = "5"
}

@article{brazzell1981comparative,
    author = "Brazzell, Jan F. et Gillespie, Mary K.",
    title = "Comparative Demography",
    year = "1981",
    journal = "Comparative Sociology",
    url = "https://doi.org/10.1163/156854281x00091",
    doi = "10.1163/156854281x00091",
    number = "3",
    openalex = "W4205299391",
    pages = "141-168",
    volume = "22"
}

@incollection{brazzell1982comparative,
    author = "Brazzell, Jan F. et Gillespie, Mary K.",
    title = "Comparative Demography",
    year = "1982",
    booktitle = "Comparative Sociological Research in the 1960s and the 1970s",
    url = "https://doi.org/10.1163/9789004473942\_010",
    doi = "10.1163/9789004473942\_010",
    openalex = "W4298855657",
    pages = "141-168"
}

@incollection{ricklefs1983comparative,
    author = "Ricklefs, Robert E.",
    title = "Comparative Avian Demography",
    year = "1983",
    booktitle = "Current Ornithology",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-1-4615-6781-3\_1",
    doi = "10.1007/978-1-4615-6781-3\_1",
    openalex = "W6573412",
    pages = "1-32",
    references = "doi1010160022519366901846, doi101086282461, doi101086282697, doi101086409052, doi101111j1474919x1947tb04155x, doi1015159781400881376, doi1023072828, doi1023072874"
}

L'extinction des dinosaures en Montana, en Alberta et au Wyoming a été un processus graduel qui a commencé 7 millions d'années avant la fin du Crétacé et s'est accéléré rapidement durant les derniers 0,3 million d'années du Crétacé, pendant l'intervalle de compétition apparente avec des ongulés immigrés évoluant rapidement. Cet intervalle implique une réduction rapide de la diversité et de la densité de population des dinosaures. Les derniers dinosaures connus proviennent d'un chenal contenant des dents de mammifères mantouans, sept espèces de dinosaures et du pollen du Paléocène. Le sommet de ce chenal se situe à 1,3 mètre au-dessus de la position probable de l'anomalie d'iridium, la limite Crétacé/Tertiaire.

@article{sloan1986gradual,
    author = "Sloan, Robert E. et Rigby, J. Keith et Van Valen, Leigh M. et Gabriel, Diane",
    title = "Extinction graduelle des dinosaures et radiation simultanée des ongulés dans la formation de Hell Creek",
    year = "1986",
    journal = "Science",
    abstract = "L'extinction des dinosaures en Montana, en Alberta et au Wyoming a été un processus graduel qui a commencé 7 millions d'années avant la fin du Crétacé et s'est accéléré rapidement durant les derniers 0,3 million d'années du Crétacé, pendant l'intervalle de compétition apparente avec des ongulés immigrés évoluant rapidement. Cet intervalle implique une réduction rapide de la diversité et de la densité de population des dinosaures. Les derniers dinosaures connus proviennent d'un chenal contenant des dents de mammifères mantouans, sept espèces de dinosaures et du pollen du Paléocène. Le sommet de ce chenal se situe à 1,3 mètre au-dessus de la position probable de l'anomalie d'iridium, la limite Crétacé/Tertiaire.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.232.4750.629",
    doi = "10.1126/science.232.4750.629",
    number = "4750",
    pages = "629-633",
    volume = "232"
}

@misc{sloan1986gradual3,
    author = "Sloan, R. E. et al",
    title = "Extinction graduelle des dinosaures et radiation simultanée des ongulés dans la Formation de Hell Creek",
    year = "1986",
    howpublished = "Science, v. 232, p. 629-633",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Sloan, R. E. et al., 1986, Extinction graduelle des dinosaures et radiation simultanée des ongulés dans la Formation de Hell Creek: Science, v. 232, p. 629-633.}"
}

Les mesures de la variation génétique quantitative sont-elles utiles pour prédire l'évolution adaptative à long terme ? Pour répondre à cette question, je me concentre sur g max, la direction multivariée de la variance génétique additive la plus grande au sein des populations. Des données originales sur les éperlan trépoint, ainsi que des mesures génétiques publiées d'autres vertébrés, montrent que la différenciation morphologique entre espèces a été biaisée dans la direction de g max depuis au moins quatre millions d'années, malgré des preuves que la sélection naturelle est la cause de la différenciation. Ce biais vers la direction de l'évolution tend à s'atténuer avec le temps. Le taux de divergence morphologique entre espèces est inversement proportionnel à θ, l'angle entre la direction de divergence et la direction de la variation génétique la plus grande. La direction de la variance phénotypique la plus grande n'est pas identique à g max, mais pour ces données, elle est presque aussi efficace pour prédire la direction de la divergence des espèces. J'interprète ces résultats comme signifiant que les variances et covariances génétiques contraignent le changement adaptatif des traits quantitatifs pendant des périodes de temps raisonnablement longues. Cependant, une hypothèse alternative ne peut être écartée : la différenciation morphologique est biaisée dans la direction g max parce que la divergence et g max sont toutes deux façonnées par les mêmes pressions de sélection naturelle. Dans les deux cas, les résultats révèlent que la différenciation adaptative se produit principalement le long de « lignes génétiques de moindre résistance ».

@article{doi101111j155856461996tb03563x,
    author = "Schluter, Dolph",
    title = "RADIATION ADAPTIVE LE LONG DES LIGNES GÉNÉTIQUES DE MOINDRE RÉSISTANCE",
    year = "1996",
    journal = "Évolution",
    abstract = {Les mesures de la variation génétique quantitative sont-elles utiles pour prédire l'évolution adaptative à long terme ? Pour répondre à cette question, je me concentre sur g max, la direction multivariée de la variance génétique additive la plus grande au sein des populations. Des données originales sur les éperlan trépoint, ainsi que des mesures génétiques publiées d'autres vertébrés, montrent que la différenciation morphologique entre espèces a été biaisée dans la direction de g max depuis au moins quatre millions d'années, malgré des preuves que la sélection naturelle est la cause de la différenciation. Ce biais vers la direction de l'évolution tend à s'atténuer avec le temps. Le taux de divergence morphologique entre espèces est inversement proportionnel à θ, l'angle entre la direction de divergence et la direction de la variation génétique la plus grande. La direction de la variance phénotypique la plus grande n'est pas identique à g max, mais pour ces données, elle est presque aussi efficace pour prédire la direction de la divergence des espèces. J'interprète ces résultats comme signifiant que les variances et covariances génétiques contraignent le changement adaptatif des traits quantitatifs pendant des périodes de temps raisonnablement longues. Cependant, une hypothèse alternative ne peut être écartée : la différenciation morphologique est biaisée dans la direction g max parce que la divergence et g max sont toutes deux façonnées par les mêmes pressions de sélection naturelle. Dans les deux cas, les résultats révèlent que la différenciation adaptative se produit principalement le long de « lignes génétiques de moindre résistance ».},
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1996.tb03563.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1996.tb03563.x",
    openalex = "W1963703713",
    references = "doi1010160169534787900280, doi101086285404, doi1023074785"
}

La thérapie de radiation adaptative est un processus de traitement par radiation en boucle fermée où le plan de traitement peut être modifié grâce à un retour systématique de mesures. La thérapie de radiation adaptative vise à améliorer le traitement par radiation en surveillant systématiquement les variations de traitement et en les intégrant pour réoptimiser le plan de traitement dès le début du cours du traitement. Dans ce processus, la marge de champ et la dose de traitement peuvent être régulièrement personnalisées pour chaque patient individuel afin d'atteindre une escalade de dose sûre.

@article{doi10108800319155421008,
    author = "Yan, Di et Vicini, Frank A. et Wong, John W. et Martínez, Álvaro",
    title = "Thérapie de radiation adaptative",
    year = "1997",
    journal = "Physics in Medicine and Biology",
    abstract = "La thérapie de radiation adaptative est un processus de traitement par radiation en boucle fermée où le plan de traitement peut être modifié grâce à un retour systématique de mesures. La thérapie de radiation adaptative vise à améliorer le traitement par radiation en surveillant systématiquement les variations de traitement et en les intégrant pour réoptimiser le plan de traitement dès le début du cours du traitement. Dans ce processus, la marge de champ et la dose de traitement peuvent être régulièrement personnalisées pour chaque patient individuel afin d'atteindre une escalade de dose sûre.",
    url = "https://doi.org/10.1088/0031-9155/42/1/008",
    doi = "10.1088/0031-9155/42/1/008",
    openalex = "W1967172105",
    references = "doi1010160167814093902557, doi1010160360301685903669, doi1010160360301687902665, doi1010160360301689909723, doi101016036030169190172z, doi10108009553009214552071, doi10108800319155386001, doi10310902841868409136037, doi10310902841868709104364, openalexw2346397638"
}

Les études comparatives tendent à différer des études d'optimalité et de fonctionnalité dans la manière dont elles traitent l'adaptation. Alors que l'approche comparative se concentre sur l'origine et le changement des traits, les études d'optimalité supposent que les adaptations sont maintenues à un optimum par la sélection stabilisatrice. Cet article présente un modèle d'évolution adaptative à l'échelle du temps macroévolutif qui inclut le maintien des traits aux optima adaptatifs par la sélection stabilisatrice en tant que force évolutive dominante. La variation interspécifique est traitée comme une variation dans la position des optima adaptatifs. Le modèle illustre comment les contraintes phylogénétiques ne conduisent pas seulement à des corrélations entre les espèces phylogénétiquement apparentées, mais aussi à des adaptations imparfaites. À partir de ce modèle, une méthode comparative statistique est dérivée qui peut être utilisée pour estimer l'effet d'un facteur sélectif sur les optima adaptatifs d'une manière qui serait cohérente avec une étude d'optimalité de l'adaptation à ce facteur. La méthode est illustrée par une analyse de l'évolution dentaire chez les chevaux fossiles. L'utilisation de méthodes comparatives pour étudier les tendances évolutives est également discutée.

@article{doi101111j155856461997tb01457x,
    author = "Hansen, Thomas F.",
    title = "SÉLECTION STABILISATRICE ET ANALYSE COMPARATIVE DE L'ADAPTATION",
    year = "1997",
    journal = "Évolution",
    abstract = "Les études comparatives tendent à différer des études d'optimalité et de fonctionnalité dans la manière dont elles traitent l'adaptation. Alors que l'approche comparative se concentre sur l'origine et le changement des traits, les études d'optimalité supposent que les adaptations sont maintenues à un optimum par la sélection stabilisatrice. Cet article présente un modèle d'évolution adaptative à l'échelle du temps macroévolutif qui inclut le maintien des traits aux optima adaptatifs par la sélection stabilisatrice en tant que force évolutive dominante. La variation interspécifique est traitée comme une variation dans la position des optima adaptatifs. Le modèle illustre comment les contraintes phylogénétiques ne conduisent pas seulement à des corrélations entre les espèces phylogénétiquement apparentées, mais aussi à des adaptations imparfaites. À partir de ce modèle, une méthode comparative statistique est dérivée qui peut être utilisée pour estimer l'effet d'un facteur sélectif sur les optima adaptatifs d'une manière qui serait cohérente avec une étude d'optimalité de l'adaptation à ce facteur. La méthode est illustrée par une analyse de l'évolution dentaire chez les chevaux fossiles. L'utilisation de méthodes comparatives pour étudier les tendances évolutives est également discutée.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1997.tb01457.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1997.tb01457.x",
    openalex = "W2328578724",
    references = "doi10100703064746897, doi101017s009483730001157x, doi101086286013, doi101093aesa383396, doi101111j1469185x1988tb00630x, doi101111j155856461979tb04694x, doi1023071446122, doi105860choice304997"
}

@article{doi10103827900,
    author = "Rainey, Paul B. et Travisano, Michael",
    title = "Radiation adaptative dans un environnement hétérogène",
    year = "1998",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/27900",
    doi = "10.1038/27900",
    openalex = "W1583030352",
    references = "doi1010160169534787900280, doi101017cbo9780511623387, doi101038scientificamerican0779122, doi101073pnas91156808, doi101086285289, doi101111j155856461982tb05068x, doi101126science7701342, doi1023071933500, doi1023072409350, doi1023072409372, doi1023074785, doi105860choice273873, doi105860choice332720, openalexw1493831303"
}

Les caprices de l'histoire conduisent à prédire que des instances répétées de diversification évolutive mèneront à des résultats disparates, même si les conditions initiales sont similaires. Nous avons testé cette proposition en examinant la radiation évolutive des lézards Anolis sur les quatre îles des Grandes Antilles. Les analyses morphométriques indiquent que le même ensemble de spécialistes d'habitat, appelés écomorphes, se retrouve sur les quatre îles. Bien que ces assemblages similaires puissent résulter d'une origine évolutive unique pour chaque écomorphe, suivie de dispersion ou de vicariance, l'analyse phylogénétique indique que les écomorphes sont apparus indépendamment sur chaque île. Ainsi, la radiation adaptative dans des environnements similaires peut surmonter les contingences historiques pour produire des résultats évolutifs remarquablement similaires.

@article{doi101126science27953592115,
    author = "Losos, Jonathan B. et Jackman, Todd R. et Larson, Allan et de Queiroz, Kevin et Rodrı́guez-Schettino, Lourdes",
    title = "Contingence et déterminisme dans les radiations adaptatives réplicées de lézards insulaires",
    year = "1998",
    journal = "Science",
    abstract = "Les caprices de l'histoire conduisent à prédire que des instances répétées de diversification évolutive mèneront à des résultats disparates, même si les conditions initiales sont similaires. Nous avons testé cette proposition en examinant la radiation évolutive des lézards Anolis sur les quatre îles des Grandes Antilles. Les analyses morphométriques indiquent que le même ensemble de spécialistes d'habitat, appelés écomorphes, se retrouve sur les quatre îles. Bien que ces assemblages similaires puissent résulter d'une origine évolutive unique pour chaque écomorphe, suivie de dispersion ou de vicariance, l'analyse phylogénétique indique que les écomorphes sont apparus indépendamment sur chaque île. Ainsi, la radiation adaptative dans des environnements similaires peut surmonter les contingences historiques pour produire des résultats évolutifs remarquablement similaires.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.279.5359.2115",
    doi = "10.1126/science.279.5359.2115",
    openalex = "W2103549209",
    references = "doi101007bf02100115, doi101017cbo9780511608568, doi101017s0094837300011350, doi101093oso97801985464120010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva025706, doi101111j155856461983tb05533x, doi1023071943062, doi1023072408332, doi105860choice273873, doi105860choice295104, openalexw2273605253"
}

Préface Liste des contributeurs Partie I. Introduction : 1. Radiation adaptative et évolution moléculaire : concepts et questions de recherche Thomas J. Givnish 2. Homoplasie dans les données moléculaires vs. morphologiques : la vraisemblance d'une inférence phylogénétique correcte Thomas J. Givnish et Kenneth J. Sytsma Partie II. Études intégratives : 3. Radiation adaptative de l'alliance des silverswords hawaïennes : concordance et conflit des preuves phylogénétiques issues d'investigations moléculaires et non moléculaires Bruce G. Baldwin 4. Le chronique de l'évolution des marsupiaux Mark S. Springer, John A. W. Kirsch et Judd A. Chase 5. Origines évolutives de la diversité phénotypique chez Daphnia John K. Colbourne, Paul D. N. Hebert et Derek J. Taylor 6. Tendances évolutives dans l'écologie des singes du Nouveau Monde déduites d'une analyse phylogénétique combinée de données nucléaires, mitochondriales et morphologiques Ines Horovitz et Axel Meye 7. Radiation adaptative dans la famille des plantes aquatiques Pontederiaceae : aperçus issus d'une analyse phylogénétique Spencer C. H. Barrett et Sean W. Graham 8. Évolution moléculaire et radiation adaptative chez Brocchinia (Bromeliaceae : Pitcairnioideae) sur les tepuis du bouclier de la Guayane Thomas J. Givnish, Kenneth J. Sytsma, James F. Smith, William J. Hahn, David H. Benzing et Elizabeth M. Burkhardt Partie III. Convergence : 9. Vous n'êtes pas toujours ce que vous mangez : évolution de l'alimentation par nectar chez les chauves-souris frugivores d'Outre-Mer (Megachiroptera : Pteropodidae) John A. W. Kirsch et Francois-Joseph Lapointe 10. Sites de restriction de l'ADN chloroplastique et caractères floraux versus non floraux chez les épiphytes obligatoires sur brindilles de la sous-tribu Oncidiinae (Orchidaceae) Mark W. Chase et Jeffrey D. Palmer 11. Adaptation, cladogenèse et évolution de l'association au habitat chez les coléoptères tigre d'Amérique du Nord : une perspective phylogénétique Alfried P. Vogler Partie IV. Radiations rapides : 12. Tests phylogénétiques moléculaires des modèles de spéciation sympatrique chez les poissons cichlidés du lac Malawi Peter N. Reinthal et Axel Mey 13. Une radiation adaptative rapide due à une innovation clé chez Aquilegia Scott Hodges 14. Origine et évolution d'Argyranthemum (Asteraceae : Anthemideae) dans les Macaronésie Javier Francisco-Ortega, Daniel J. Crawford, Arnoldo Santos-Guerra et Robert K. Jansen Partie V. Stratégies reproductives : 15. Diversification florale, biologie de la pollinisation et évolution moléculaire chez Platanthera (Orchidaceae) Jeffrey R. Hapeman et Kenneth Inoue 16. Perspectives phylogénétiques sur l'évolution de la dioécie : radiation adaptative chez les genres endémiques hawaïens Schiedea et Alsinodendron (Caryophyllaceae : Alsinoideae) Ann K. Sakai, Stephen G. Weller, Warren L. Wagner et Pamela S. Soltis 17. Changements écologiques et reproductifs dans la diversification des Drosophila hawaïens endémiques Michael P. Kambysellis et Elysse M. Craddock Partie VI. Divergence des caractères et assemblage des communautés : 18. Histoire de la sélection écologique chez les éperlanons - unification des approches expérimentales et phylogénétiques Eric B. Taylor, James D. McPhail et Dalph Schluter 19. Études phylogénétiques des radiations adaptatives convergentes chez les lézards Anolis des Caraïbes Todd Jackman, Jonathan B. Losos, Allan Larson et Kevin de Queiros Partie VII. Patterns macroévolutifs : 20. Évolution moléculaire et morphologique durant la diversification post-paléozoïque des échinodermes Andrew B. Smith et D. T. J. Littlewood 21. À quelle vitesse se produit la spéciation : preuves moléculaires, géologiques et phylogénétiques issues des radiations adaptatives de poissons Amy R. McCune Index.

@article{doi1023072419593,
    author = "Gottlieb, L. D. and Givnish, Thomas J. and Sytsma, Kenneth J.",
    title = "Évolution moléculaire et radiation adaptative.",
    year = "1998",
    journal = "Systematic Botany",
    abstract = "Préface Liste des contributeurs Partie I. Introduction : 1. Radiation adaptative et évolution moléculaire : concepts et questions de recherche Thomas J. Givnish 2. Homoplasie dans les données moléculaires vs. morphologiques : la probabilité d'une inférence phylogénétique correcte Thomas J. Givnish et Kenneth J. Sytsma Partie II. Études intégratives : 3. Radiation adaptative de l'alliance des silverswords hawaïens : concordance et conflit des preuves phylogénétiques issues d'investigations moléculaires et non moléculaires Bruce G. Baldwin 4. Le chronique de l'évolution des marsupiaux Mark S. Springer, John A. W. Kirsch et Judd A. Chase 5. Origines évolutives de la diversité phénotypique chez Daphnia John K. Colbourne, Paul D. N. Hebert et Derek J. Taylor 6. Tendances évolutives dans l'écologie des singes du Nouveau Monde déduites d'une analyse phylogénétique combinée de données nucléaires, mitochondriales et morphologiques Ines Horovitz et Axel Meye 7. Radiation adaptative dans la famille des plantes aquatiques Pontederiaceae : aperçus issus d'une analyse phylogénétique Spencer C. H. Barrett et Sean W. Graham 8. Évolution moléculaire et radiation adaptative chez Brocchinia (Bromeliaceae : Pitcairnioideae) sur les tepuis du bouclier de la Guayane Thomas J. Givnish, Kenneth J. Sytsma, James F. Smith, William J. Hahn, David H. Benzing et Elizabeth M. Burkhardt Partie III. Convergence : 9. Vous n'êtes pas toujours ce que vous mangez : évolution de l'alimentation par le nectar chez les chauves-souris frugivores d'Asie (Megachiroptera : Pteropodidae) John A. W. Kirsch et Francois-Joseph Lapointe 10. Sites de restriction de l'ADN chloroplastique et caractères floraux versus non floraux chez les épiphytes obligatoires sur les rameaux de la sous-tribu Oncidiinae (Orchidaceae) Mark W. Chase et Jeffrey D. Palmer 11. Adaptation, cladogenèse et évolution de l'association au habitat chez les coléoptères tigre d'Amérique du Nord : une perspective phylogénétique Alfried P. Vogler Partie IV. Radiations rapides : 12. Tests phylogénétiques moléculaires des modèles de spéciation sympatrique chez les poissons cichlidés du lac Malawi Peter N. Reinthal et Axel Mey 13. Une radiation adaptative rapide due à une innovation clé chez Aquilegia Scott Hodges 14. Origine et évolution d'Argyranthemum (Asteraceae : Anthemideae) dans les Macaronésie Javier Francisco-Ortega, Daniel J. Crawford, Arnoldo Santos-Guerra et Robert K. Jansen Partie V. Stratégies reproductives : 15. Diversification florale, biologie de la pollinisation et évolution moléculaire chez Platanthera (Orchidaceae) Jeffrey R. Hapeman et Kenneth Inoue 16. Perspectives phylogénétiques sur l'évolution de la dioécie : radiation adaptative chez les genres endémiques hawaïens Schiedea et Alsinodendron (Caryophyllaceae : Alsinoideae) Ann K. Sakai, Stephen G. Weller, Warren L. Wagner et Pamela S. Soltis 17. Déplacements écologiques et reproductifs dans la diversification des Drosophila hawaïens endémiques Michael P. Kambysellis et Elysse M. Craddock Partie VI. Divergence des caractères et assemblage des communautés : 18. Histoire de la sélection écologique chez les éperlanons - unification des approches expérimentales et phylogénétiques Eric B. Taylor, James D. McPhail et Dalph Schluter 19. Études phylogénétiques des radiations adaptatives convergentes chez les lézards Anolis des Caraïbes Todd Jackman, Jonathan B. Losos, Allan Larson et Kevin de Queiros Partie VII. Patterns macroévolutifs : 20. Évolution moléculaire et morphologique durant la diversification post-paléozoïque des échinodermes Andrew B. Smith et D. T. J. Littlewood 21. À quelle vitesse se produit la spéciation : preuves moléculaires, géologiques et phylogénétiques issues des radiations adaptatives de poissons Amy R. McCune Index.",
    url = "https://doi.org/10.2307/2419593",
    doi = "10.2307/2419593",
    openalex = "W2052217453"
}

Résumé La radiation adaptative est une caractéristique spectaculaire de l'évolution. Elle est également très répandue, bien plus que ne le suggérerait la liste des cas familiers, incluant les pinsons des Galápagos, les poissons cichlidés des lacs d'Afrique de l'Est et l'alliance des silverswords hawaïens. Une grande partie de la diversité de la vie, peut-être même la majorité, est apparue lors d'épisodes similaires de spéciation et de divergence phénotypique et écologique. Mon objectif principal dans ce livre est d'évaluer dans quelle mesure nous avons progressé dans la compréhension des causes de ce processus remarquable. Avant de commencer ce livre, j'avais la notion naïve que mes années d'étude sur les pinsons des Galápagos, où mon fascination pour la radiation adaptative a commencé, sur les pinsons africains et américains, et plus récemment sur les poissons des lacs post-glaciaires, m'avaient appris suffisamment sur la radiation adaptative pour que ma tâche ne consiste qu'à écrire tout ce que je savais avant de l'oublier. Alors que le livre prenait son envol, les limites de mes connaissances sont devenues tristement apparentes, et je sens maintenant que j'ai appris la majeure partie de son contenu en cours de route. Ici, je vise à rassembler les résultats de nombreuses études pour demander s'ils sont conformes ou contredisent la théorie dominante de la radiation adaptative « écologique » qui a été formulée dans la première moitié du siècle dernier.

@book{doi101093oso97801985052350010001,
    author = "Schluter, Dolph",
    title = "The Ecology of Adaptive Radiation",
    year = "2000",
    abstract = "Résumé La radiation adaptative est une caractéristique spectaculaire de l'évolution. Elle est également très répandue, bien plus que ne le suggérerait la liste des cas familiers, incluant les pinsons des Galápagos, les poissons cichlidés des lacs d'Afrique de l'Est et l'alliance des silverswords hawaïens. Une grande partie de la diversité de la vie, peut-être même la majorité, est apparue lors d'épisodes similaires de spéciation et de divergence phénotypique et écologique. Mon objectif principal dans ce livre est d'évaluer dans quelle mesure nous avons progressé dans la compréhension des causes de ce processus remarquable. Avant de commencer ce livre, j'avais la notion naïve que mes années d'étude sur les pinsons des Galápagos, où mon fascination pour la radiation adaptative a commencé, sur les pinsons africains et américains, et plus récemment sur les poissons des lacs post-glaciaires, m'avaient appris suffisamment sur la radiation adaptative pour que ma tâche ne consiste qu'à écrire tout ce que je savais avant de l'oublier. Alors que le livre prenait son envol, les limites de mes connaissances sont devenues tristement apparentes, et je sens maintenant que j'ai appris la majeure partie de son contenu en cours de route. Ici, je vise à rassembler les résultats de nombreuses études pour demander s'ils sont conformes ou contredisent la théorie dominante de la radiation adaptative « écologique » qui a été formulée dans la première moitié du siècle dernier.",
    url = "https://doi.org/10.1093/oso/9780198505235.001.0001",
    doi = "10.1093/oso/9780198505235.001.0001",
    openalex = "W1603923763"
}

Résumé Avant la Synthèse évolutionniste, l'« inertie phylogénétique » était associée aux théories de l'orthogenèse, qui affirmaient que les organismes possédaient un principe perfecteur endogène. Le concept dans la littérature moderne remonte à Simpson (1944), qui a utilisé l'« inertie évolutive » comme description du motif dans le registre fossile. Wilson (1975) a utilisé l'« inertie phylogénétique » pour décrire les propriétés au niveau des populations ou des organismes qui peuvent affecter le cours de l'évolution en réponse à la sélection. De nombreux auteurs actuels considèrent désormais l'inertie phylogénétique comme une hypothèse alternative à l'adaptation par sélection naturelle lorsqu'ils tentent d'expliquer la variation interspécifique, la covariation ou l'absence de celle-ci dans les traits phénotypiques. Certaines méthodes comparatives phylogénétiques ont été présentées comme permettant la quantification et le test de l'inertie phylogénétique. Bien que certaines méthodes existantes permettent des tests valides pour déterminer si les espèces apparentées ont tendance à se ressembler, ce que nous nommons le « signal phylogénétique », il s'agit simplement de reconnaissance de motifs et n'implique aucun processus sous-jacent. De plus, les ensembles de données comparatives ne contiennent généralement pas d'informations permettant des inférences rigoureuses concernant les processus causaux sous-jacents à de tels motifs. Le concept d'inertie phylogénétique doit être défini et étudié avec autant de soin que l'« adaptation ».

@article{doi101046j14209101200200472x,
    author = "Blomberg, Simon P. et Garland, Theodore",
    title = "Tempo and mode in evolution: phylogenetic inertia, adaptation and comparative methods",
    year = "2002",
    journal = "Journal of Evolutionary Biology",
    abstract = "Résumé Avant la Synthèse évolutionniste, l'« inertie phylogénétique » était associée aux théories de l'orthogenèse, qui affirmaient que les organismes possédaient un principe perfecteur endogène. Le concept dans la littérature moderne remonte à Simpson (1944), qui a utilisé l'« inertie évolutive » comme description du motif dans le registre fossile. Wilson (1975) a utilisé l'« inertie phylogénétique » pour décrire les propriétés au niveau des populations ou des organismes qui peuvent affecter le cours de l'évolution en réponse à la sélection. De nombreux auteurs actuels considèrent désormais l'inertie phylogénétique comme une hypothèse alternative à l'adaptation par sélection naturelle lorsqu'ils tentent d'expliquer la variation interspécifique, la covariation ou l'absence de celle-ci dans les traits phénotypiques. Certaines méthodes comparatives phylogénétiques ont été présentées comme permettant la quantification et le test de l'inertie phylogénétique. Bien que certaines méthodes existantes permettent des tests valides pour déterminer si les espèces apparentées ont tendance à se ressembler, ce que nous nommons le « signal phylogénétique », il s'agit simplement de reconnaissance de motifs et n'implique aucun processus sous-jacent. De plus, les ensembles de données comparatives ne contiennent généralement pas d'informations permettant des inférences rigoureuses concernant les processus causaux sous-jacents à de tels motifs. Le concept d'inertie phylogénétique doit être défini et étudié avec autant de soin que l'« adaptation ».",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1420-9101.2002.00472.x",
    doi = "10.1046/j.1420-9101.2002.00472.x",
    openalex = "W2152910720",
    references = "doi101086303327, doi101086physzool67430163866, doi101093aesa383396, doi101111j001438202001tb00731x, doi107312simp92414"
}

La raison principale pour l'utilisation de méthodes statistiques basées sur la phylogénie est que le signal phylogénétique, la tendance des espèces apparentées à se ressembler, est ubiquitaire. Si cette affirmation est vraie pour un trait donné dans une lignée donnée est une question empirique, mais que les outils généraux pour détecter et quantifier le signal phylogénétique sont insuffisamment développés. Nous présentons de nouvelles méthodes pour les caractères à valeurs continues qui peuvent être mises en œuvre avec des contrastes phylogénétiquement indépendants ou des modèles de moindres carrés généralisés. Premièrement, une procédure de randomisation simple permet de tester l'hypothèse nulle d'absence de motif de similarité parmi les apparentés. Le test démontre un taux d'erreur de type I correct à un alpha nominal = 0,05 et une bonne puissance (0,8) pour des ensembles de données simulés avec 20 espèces ou plus. Deuxièmement, nous dérivons une statistique descriptive, K, qui permet des comparaisons valides de la quantité de signal phylogénétique entre traits et arbres. Troisièmement, nous proposons deux transformations de longueur de branche motivées biologiquement, l'une basée sur le modèle d'Ornstein-Uhlenbeck (OU) de sélection stabilisatrice, l'autre basée sur un nouveau modèle dans lequel l'évolution des caractères peut accélérer ou ralentir (ACDC) en taux (par exemple, comme cela peut se produire pendant ou après une radiation adaptative). L'estimation du maximum de vraisemblance des paramètres OU (d) et ACDC (g) peut servir de tests pour le signal phylogénétique car une estimation de d ou g proche de zéro implique qu'une phylogénie avec peu de structure hiérarchique (une étoile) offre un bon ajustement aux données. Les transformations qui améliorent l'ajustement d'un arbre aux données comparatives augmenteront la puissance pour détecter le signal phylogénétique et peuvent également être préférables pour d'autres analyses comparatives, telles que l'évolution de caractères corrélés. L'application des méthodes aux données de la littérature a révélé que, pour les arbres avec 20 espèces ou plus, 92 % des traits ont présenté un signal phylogénétique significatif (test de randomisation), y compris des traits comportementaux et écologiques qui sont considérés comme relativement malléables sur le plan évolutif (par exemple, hautement adaptatifs) et/ou soumis à des effets environnementaux (non génétiques) relativement forts ou à des niveaux élevés d'erreur de mesure. Indépendamment de la taille de l'échantillon, la plupart des traits (mais pas la taille du corps, en moyenne) ont montré moins de signal que prévu compte tenu de la topologie, des longueurs de branche et d'un modèle de mouvement brownien de l'évolution (c'est-à-dire que K était inférieur à un), ce qui peut être attribué à l'adaptation et/ou à l'erreur de mesure au sens large (y compris les erreurs dans les estimations des phénotypes, des longueurs de branche et de la topologie). L'analyse de variance du log K pour tous les 121 traits (de 35 arbres) a indiqué que les traits comportementaux présentent un signal inférieur à la taille du corps, aux traits morphologiques, de l'histoire de vie ou physiologiques. En outre, les traits physiologiques (corrigés pour la taille du corps) ont montré moins de signal que la taille du corps elle-même. Pour les arbres avec 20 espèces ou plus, le paramètre de transformation estimé OU (25 % des traits) et/ou ACDC (40 %) a différé significativement à la fois de zéro et de l'unité, indiquant qu'un arbre hiérarchique avec moins (ou occasionnellement plus) de structure que l'original s'ajustait mieux aux données et pourrait donc être préféré pour les analyses comparatives.

@article{doi101111j001438202003tb00285x,
    author = "Blomberg, Simon P. et Garland, Theodore et Ives, Anthony R.",
    title = "TESTING FOR PHYLOGENETIC SIGNAL IN COMPARATIVE DATA: BEHAVIORAL TRAITS ARE MORE LABILE",
    year = "2003",
    journal = "Évolution",
    abstract = "La raison principale pour l'utilisation de méthodes statistiques basées sur la phylogénie est que le signal phylogénétique, la tendance des espèces apparentées à se ressembler, est ubiquitaire. Si cette affirmation est vraie pour un trait donné dans une lignée donnée est une question empirique, mais les outils généraux pour détecter et quantifier le signal phylogénétique sont insuffisamment développés. Nous présentons de nouvelles méthodes pour les caractères à valeurs continues qui peuvent être mises en œuvre avec des contrastes phylogénétiquement indépendants ou des modèles de moindres carrés généralisés. Premièrement, une procédure de randomisation simple permet de tester l'hypothèse nulle d'absence de motif de similarité parmi les apparentés. Le test démontre un taux d'erreur de type I correct à un alpha nominal = 0,05 et une bonne puissance (0,8) pour des ensembles de données simulés avec 20 espèces ou plus. Deuxièmement, nous dérivons une statistique descriptive, K, qui permet des comparaisons valides de la quantité de signal phylogénétique entre traits et arbres. Troisièmement, nous fournissons deux transformations de longueur de branche motivées biologiquement, l'une basée sur le modèle d'Ornstein-Uhlenbeck (OU) de sélection stabilisatrice, l'autre basée sur un nouveau modèle dans lequel l'évolution des caractères peut accélérer ou décélérer (ACDC) en taux (par exemple, comme cela peut se produire pendant ou après une radiation adaptative). L'estimation par maximum de vraisemblance des paramètres OU (d) et ACDC (g) peut servir de tests pour le signal phylogénétique car une estimation de d ou g proche de zéro implique qu'une phylogénie avec peu de structure hiérarchique (une étoile) offre un bon ajustement aux données. Les transformations qui améliorent l'ajustement d'un arbre aux données comparatives augmenteront la puissance pour détecter le signal phylogénétique et peuvent également être préférables pour d'autres analyses comparatives, telles que l'évolution de caractères corrélés. L'application des méthodes aux données de la littérature a révélé que, pour les arbres avec 20 espèces ou plus, 92 % des traits ont présenté un signal phylogénétique significatif (test de randomisation), y compris des traits comportementaux et écologiques qui sont considérés comme relativement malléables sur le plan évolutif (par exemple, hautement adaptatifs) et/ou soumis à des effets environnementaux relativement forts (non génétiques) ou à des niveaux élevés d'erreur de mesure. Indépendamment de la taille de l'échantillon, la plupart des traits (mais pas la taille du corps, en moyenne) ont montré moins de signal que prévu compte tenu de la topologie, des longueurs de branche et d'un modèle de mouvement brownien de l'évolution (c'est-à-dire que K était inférieur à un), ce qui peut être attribué à l'adaptation et/ou à l'erreur de mesure au sens large (y compris les erreurs dans les estimations des phénotypes, des longueurs de branche et de la topologie). L'analyse de variance de log K pour tous les 121 traits (de 35 arbres) a indiqué que les traits comportementaux présentent un signal inférieur à celui de la taille du corps, des traits morphologiques, de l'histoire de vie ou physiologiques. En outre, les traits physiologiques (corrigés pour la taille du corps) ont montré moins de signal que la taille du corps elle-même. Pour les arbres avec 20 espèces ou plus, le paramètre de transformation estimé OU (25 % des traits) et/ou ACDC (40 %) a différé significativement à la fois de zéro et de l'unité, indiquant qu'un arbre hiérarchique avec moins (ou occasionnellement plus) de structure que l'original s'ajustait mieux aux données et pourrait donc être préféré pour les analyses comparatives.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.0014-3820.2003.tb00285.x",
    doi = "10.1111/j.0014-3820.2003.tb00285.x",
    openalex = "W1990221500",
    references = "doi1010079781489945419, doi1010160164070486900273, doi10103844766, doi101086284325, doi101086286013, doi101086303327, doi101086343873, doi101086physzool67430163866, doi101093auk1002507, doi101093oso97801985464120010001, doi101093sysbio41118, doi101098rstb19890106, doi101111j001438202000tb00026x, doi101111j001438202001tb00731x, doi1023072412182, doi102307jctt1xp3v3r, doi104159harvard9780674865327, doi105860choice295104, doi105860choice304983, openalexw1550375751, openalexw1558456135"
}

@article{doi101016jtree200401003,
    author = "Seehausen, Ole",
    title = "Hybridisation et radiation adaptative",
    year = "2004",
    journal = "Trends in Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.tree.2004.01.003",
    doi = "10.1016/j.tree.2004.01.003",
    openalex = "W2055997230",
    references = "doi101016s0169534700020267, doi101038347550a0, doi101038sjhdy6886170, doi101046j1365294x200101216x, doi101093oso97801950997440010001, doi101093oso97801985052350010001, doi101098rspb19990641, doi101111j155856461981tb04864x, doi101126science27753331808, doi101126science27953592115, doi101146annurevecolsys281359, doi101146annureves16110185000553, doi101579004474472912, doi104159harvard9780674865327, doi105860choice350883"
}

Les radiations de poissons cichlidés africains constituent les radiations animales actuelles les plus diversifiées et offrent un système unique pour tester les prédictions de la théorie de la spéciation et de la radiation adaptative. Ces dernières années, des progrès majeurs ont été réalisés dans la phylogénétique, la biogéographie évolutive et l'écologie des poissons cichlidés. La plupart de ces travaux se sont concentrés sur les radiations les plus diversifiées. Malheureusement, un grand nombre de petites radiations et de « non-radiations » ont été négligées, ce qui pourrait limiter la contribution du système cichlidé à notre compréhension de la spéciation et de la radiation adaptative. J'ai examiné la littérature pour identifier 33 radiations intralacustres et 76 radiations échouées. Pour autant que possible, j'ai recueilli des informations sur la taille des lacs, leur âge et les relations phylogénétiques. J'utilise ces données pour répondre à deux questions : (i) si le taux de spéciation et la richesse spécifique résultante sont liés aux variations temporelles et spatiales de l'opportunité écologique, et (ii) si la probabilité de subir une radiation adaptative est similaire pour différents lignages de poissons cichlidés africains. La première est une prédiction clé de la théorie écologique de la radiation adaptative qui a été supposée vraie mais reste inexplorée pour les radiations de cichlidés. La seconde repose sur l'hypothèse que la propension des cichlidés à se radier est due à une innovation évolutive clé partagée par tous les poissons cichlidés africains. Les données suggèrent que le taux de spéciation diminue au fil du temps à mesure que les niches se remplissent pendant la radiation adaptative : les jeunes radiations et les premières étapes des radiations anciennes se caractérisent par des taux élevés de spéciation, tandis qu'au moins 0,5 Myr après le début d'une radiation, la spéciation devient beaucoup moins fréquente. Le nombre d'espèces dans les radiations de cichlidés augmente avec la taille du lac, ce qui soutient la prédiction selon laquelle la diversité spécifique augmente avec l'hétérogénéité de l'habitat, mais aussi avec l'opportunité d'isolement par distance. Enfin, les données suggèrent que la propension à se radier dans les lacs est une propriété dérivée qui s'est évolutive pendant l'histoire évolutive de certains poissons cichlidés africains, et dont l'apparition ne coïncide pas avec l'apparition des innovations clés proposées en morphologie et en histoire de vie.

@article{doi101098rspb20063539,
    author = "Seehausen, Ole",
    title = "African cichlid fish: a model system in adaptive radiation research",
    year = "2006",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Les radiations de poissons cichlidés africains constituent les radiations animales actuelles les plus diversifiées et offrent un système unique pour tester les prédictions de la théorie de la spéciation et de la radiation adaptative. Ces dernières années, des progrès majeurs ont été réalisés dans la phylogénétique, la biogéographie évolutive et l'écologie des poissons cichlidés. La plupart de ces travaux se sont concentrés sur les radiations les plus diversifiées. Malheureusement, un grand nombre de petites radiations et de « non-radiations » ont été négligées, ce qui pourrait limiter la contribution du système cichlidé à notre compréhension de la spéciation et de la radiation adaptative. J'ai examiné la littérature pour identifier 33 radiations intralacustres et 76 radiations échouées. Pour autant que possible, j'ai recueilli des informations sur la taille des lacs, leur âge et les relations phylogénétiques. J'utilise ces données pour répondre à deux questions : (i) si le taux de spéciation et la richesse spécifique résultante sont liés aux variations temporelles et spatiales de l'opportunité écologique, et (ii) si la probabilité de subir une radiation adaptative est similaire pour différents lignages de poissons cichlidés africains. La première est une prédiction clé de la théorie écologique de la radiation adaptative qui a été supposée vraie mais reste inexplorée pour les radiations de cichlidés. La seconde repose sur l'hypothèse que la propension des cichlidés à se radier est due à une innovation évolutive clé partagée par tous les poissons cichlidés africains. Les données suggèrent que le taux de spéciation diminue au fil du temps à mesure que les niches se remplissent pendant la radiation adaptative : les jeunes radiations et les premières étapes des radiations anciennes se caractérisent par des taux élevés de spéciation, tandis qu'au moins 0,5 Myr après le début d'une radiation, la spéciation devient beaucoup moins fréquente. Le nombre d'espèces dans les radiations de cichlidés augmente avec la taille du lac, ce qui soutient la prédiction selon laquelle la diversité spécifique augmente avec l'hétérogénéité de l'habitat, mais aussi avec l'opportunité d'isolement par distance. Enfin, les données suggèrent que la propension à se radier dans les lacs est une propriété dérivée qui s'est évolutive pendant l'histoire évolutive de certains poissons cichlidés africains, et dont l'apparition ne coïncide pas avec l'apparition des innovations clés proposées en morphologie et en histoire de vie.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2006.3539",
    doi = "10.1098/rspb.2006.3539",
    openalex = "W2097509699",
    references = "doi101038nrg1316, doi101073pnas0506330102"
}

Les biologistes ont longtemps été fascinés par la diversité exceptionnellement élevée affichée par certains groupes évolutifs. La radiation adaptative dans de tels clades n'est pas seulement spectaculaire, mais constitue également un processus extrêmement complexe influencé par une variété de facteurs écologiques, génétiques et développementaux et fortement dépendant de contingences historiques. En utilisant des approches de modélisation, nous identifions 10 schémas généraux concernant les propriétés temporelles, spatiales et génétiques/morphologiques de la radiation adaptative. Certains de ces schémas sont fortement soutenus par des travaux empiriques, tandis que pour d'autres, le soutien empirique est plus précaire. Dans presque tous les cas, plus de données sont nécessaires. Les progrès futurs dans notre compréhension de la radiation adaptative seront les plus fructueux si les approches théoriques et empiriques sont intégrées, comme cela s'est produit dans d'autres domaines de la biologie évolutive.

@article{doi101126science1157966,
    author = "Gavrilets, Sergey et Losos, Jonathan B.",
    title = "Adaptive Radiation : Contrasting Theory with Data",
    year = "2009",
    journal = "Science",
    abstract = "Les biologistes ont longtemps été fascinés par la diversité exceptionnellement élevée affichée par certains groupes évolutifs. La radiation adaptative dans de tels clades n'est pas seulement spectaculaire, mais constitue également un processus extrêmement complexe influencé par une variété de facteurs écologiques, génétiques et développementaux et fortement dépendant de contingences historiques. En utilisant des approches de modélisation, nous identifions 10 schémas généraux concernant les propriétés temporelles, spatiales et génétiques/morphologiques de la radiation adaptative. Certains de ces schémas sont fortement soutenus par des travaux empiriques, tandis que pour d'autres, le soutien empirique est plus précaire. Dans presque tous les cas, plus de données sont nécessaires. Les progrès futurs dans notre compréhension de la radiation adaptative seront les plus fructueux si les approches théoriques et empiriques sont intégrées, comme cela s'est produit dans d'autres domaines de la biologie évolutive.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1157966",
    doi = "10.1126/science.1157966",
    openalex = "W1968716653",
    references = "doi101016jtree200401003, doi101038nature07285, doi101073pnas0506330102, doi101093oso97801985052350010001, doi101098rspb20080630, doi101111j15585646200800317x, doi101146annurevecolsys281129, doi101146annurevecolsys33010802150448, doi101146annurevecolsys36102803095431, doi1015159780691187051, doi1023072405671, doi1023072407738, doi104159harvard9780674865327, doi105860choice455580, doi107312simp93764"
}

La radiation adaptative fait référence à la diversification à partir d'une espèce ancestrale qui produit des descendants adaptés à l'utilisation d'une grande variété de niches écologiques distinctes. Dans cette revue, j'examine deux aspects de la radiation adaptative : premièrement, qu'elle résulte d'une opportunité écologique, et deuxièmement, qu'elle est déterministe en termes de résultat et de trajectoire évolutive. L'opportunité écologique est généralement une condition préalable à la radiation adaptative, bien que dans certains cas, la radiation puisse se produire en l'absence d'opportunité préexistante. Néanmoins, de nombreux clades échouent à se radiationner, apparemment alors que l'opportunité écologique est présente ; tant que des méthodes ne seront pas développées pour identifier et quantifier l'opportunité écologique, le concept aura peu d'utilité prédictive pour comprendre a priori quand un clade pourrait être attendu pour se radiationner. Bien que prédites par la théorie, les radiations adaptatives réplicées n'ont lieu que rarement, généralement chez des taxons étroitement apparentés et peu dispersifs trouvés dans la même région sur des îles ou dans des lacs. Des contingences de divers types peuvent généralement empêcher une similitude étroite dans le résultat de la diversification évolutive dans d'autres situations. Il est incertain si les radiations se déroulent généralement dans la même séquence générale en raison de la fiabilité des méthodes nécessitant la reconstruction phylogénétique d'événements ancestraux. La synthèse des avancées écologiques, phylogénétiques, expérimentales et génomiques promet de faire des années à venir une ère dorée pour l'étude de la radiation adaptative ; les données d'histoire naturelle, cependant, seront toujours cruciales pour comprendre les forces façonnant l'adaptation et la diversification évolutive.

@article{doi101086652433,
    author = "Losos, Jonathan B.",
    title = "Adaptive Radiation, Ecological Opportunity, and Evolutionary Determinism",
    year = "2010",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "La radiation adaptative fait référence à la diversification à partir d'une espèce ancestrale qui produit des descendants adaptés à l'utilisation d'une grande variété de niches écologiques distinctes. Dans cette revue, j'examine deux aspects de la radiation adaptative : premièrement, qu'elle résulte d'une opportunité écologique, et deuxièmement, qu'elle est déterministe en termes de résultat et de trajectoire évolutive. L'opportunité écologique est généralement une condition préalable à la radiation adaptative, bien que dans certains cas, la radiation puisse se produire en l'absence d'opportunité préexistante. Néanmoins, de nombreux clades échouent à se radiationner, apparemment alors que l'opportunité écologique est présente ; tant que des méthodes ne seront pas développées pour identifier et quantifier l'opportunité écologique, le concept aura peu d'utilité prédictive pour comprendre a priori quand un clade pourrait être attendu pour se radiationner. Bien que prédites par la théorie, les radiations adaptatives réplicées n'ont lieu que rarement, généralement chez des taxons étroitement apparentés et peu dispersifs trouvés dans la même région sur des îles ou dans des lacs. Des contingences de divers types peuvent généralement empêcher une similitude étroite dans le résultat de la diversification évolutive dans d'autres situations. Il est incertain si les radiations se déroulent généralement dans la même séquence générale en raison de la fiabilité des méthodes nécessitant la reconstruction phylogénétique d'événements ancestraux. La synthèse des avancées écologiques, phylogénétiques, expérimentales et génomiques promet de faire des années à venir une ère dorée pour l'étude de la radiation adaptative ; les données d'histoire naturelle, cependant, seront toujours cruciales pour comprendre les forces façonnant l'adaptation et la diversification évolutive.",
    url = "https://doi.org/10.1086/652433",
    doi = "10.1086/652433",
    openalex = "W2148362488",
    references = "doi101038nature04843, doi101038nature07893, doi101038nrg1316, doi101073pnas101092598, doi10108010292389509380518, doi101086284196, doi101098rspb20080630, doi101111j15585646200800317x, doi101111j15585646201001026x, doi101126science1098095, doi1023072412953, doi105860choice415285"
}

@incollection{crossref2013adaptive,
    title = "Démographie adaptative",
    year = "2013",
    booktitle = "Les fourmis feu",
    url = "https://doi.org/10.2307/j.ctv1dp0txz.34",
    doi = "10.2307/j.ctv1dp0txz.34",
    openalex = "W4239753217",
    pages = "295-303"
}

@article{kapralov2013molecular,
    author = "Kapralov, Maxim V. et Votintseva, Antonina A. et Filatov, Dmitry A.",
    title = "Adaptation moléculaire au cours d'une radiation adaptative rapide",
    year = "2013",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/mst013",
    doi = "10.1093/molbev/mst013",
    number = "5",
    openalex = "W2099176711",
    pages = "1051-1059",
    volume = "30",
    references = "doi101016s0022283605803602, doi101093bioinformatics149817, doi101093bioinformaticsbtg180, doi101093bioinformaticsbtm404, doi101093molbevmsm088, doi101093molbevmsm092, doi101093molbevmsn083, doi101111j251761611995tb02031x, doi105962bhltitle59991, doi105962bhltitle82303"
}

Les poissons cichlidés sont célèbres pour leurs grandes radiations adaptatives diversifiées et réplicées dans les grands lacs d'Afrique de l'Est. Pour comprendre les mécanismes moléculaires sous-jacents à la diversité phénotypique des cichlidés, nous avons séquencé les génomes et les transcriptomes de cinq lignées de cichlidés africains : le tilapia du Nil (Oreochromis niloticus), une lignée ancestrale à faible diversité ; et quatre membres de la lignée d'Afrique de l'Est : Neolamprologus brichardi/pulcher (radiation ancienne, lac Tanganyika), Metriaclima zebra (radiation récente, lac Malawi), Pundamilia nyererei (radiation très récente, lac Victoria), et Astatotilapia burtoni (espèce riveraine autour du lac Tanganyika). Nous avons trouvé un excès de duplications de gènes dans la lignée d'Afrique de l'Est par rapport au tilapia et à d'autres téléostéens, une abondance de divergence des éléments non codants, une évolution accélérée des séquences codantes, une divergence d'expression associée à des insertions d'éléments transposables, et une régulation par de nouveaux microARN. En outre, nous avons analysé des données de séquence provenant de soixante individus représentant six espèces étroitement apparentées du lac Victoria, et montrons une sélection diversifiante à l'échelle du génome sur les variants codants et régulateurs, dont certains ont été recrutés à partir de polymorphismes anciens. Nous concluons que plusieurs mécanismes moléculaires ont façonné les génomes des cichlidés d'Afrique de l'Est, et que l'accumulation de variation existante pendant des périodes de sélection purificatrice relâchée a pu être importante pour faciliter la diversification évolutive ultérieure.

@article{doi101038nature13726,
    author = "Brawand, David and Wagner, Catherine E. and Li, Yang and Malinsky, Milan and Keller, Irene and Fan, Shaohua and Simakov, Oleg and Ng, Alvin Yu Jin and Lim, Zhi Wei and Bezault, Étienne et Turner-Maier, Jason et Johnson, Jeremy et Alcazar, Rosa et Noh, Hyun Ji et Russell, Pamela et Aken, Bronwen et Alföldi, Jessica et Amemiya, Chris T. et Azzouzi, Naoual et Baroiller, Jean‐François et Barloy-Hubler, Frédérique et Berlin, Aaron et Bloomquist, Ryan F. et Carleton, Karen L. et Conte, Matthew A. et D'Cotta, Hélèna et Eshel, Orly et Gaffney, Leslie et Galibert, Francis et Gante, Hugo F. et Gnerre, Sante et Greuter, Lucie et Guyon, Richard et Haddad, Natalie S. et Haerty, Wilfried et Harris, H. et Hofmann, Hans A. et Hourlier, Thibaut et Hulata, Gideon et Jaffe, David B. et Lara, Marcia et Lee, Alison et MacCallum, Iain et Mwaiko, Salome et Nikaido, Masato et Nishihara, Hidenori et Ozouf‐Costaz, Catherine et Penman, David J. et Przybylski, Dariusz et Rakotomanga, Michaëlle et Renn, Suzy C. P. et Ribeiro, Filipe J. et Ron, Micha et Salzburger, Walter et Sánchez‐Pulido, Luis et Santos, M. Emília et Searle, Steve et Sharpe, Ted et Swofford, Ross et Tan, Frederick J. et Williams, Louise et Young, Sarah et Yin, Shuangye et Okada, Norihiro et Kocher, Thomas D. et Miska, Eric A. et Lander, Eric S. et Venkatesh, Byrappa et Fernald, Russell D. et Meyer, Axel et Ponting, Chris P. et Streelman, J. Todd et Lindblad‐Toh, Kerstin et Seehausen, Ole et Palma, Federica Di",
    title = "Le substrat génomique pour la radiation adaptative chez les poissons cichlidés africains",
    year = "2014",
    journal = "Nature",
    abstract = "Les poissons cichlidés sont célèbres pour leurs grandes radiations adaptatives diversifiées et réplicées dans les grands lacs d'Afrique de l'Est. Pour comprendre les mécanismes moléculaires sous-jacents à la diversité phénotypique des cichlidés, nous avons séquencé les génomes et les transcriptomes de cinq lignées de cichlidés africains : le tilapia du Nil (Oreochromis niloticus), une lignée ancestrale à faible diversité ; et quatre membres de la lignée d'Afrique de l'Est : Neolamprologus brichardi/pulcher (radiation ancienne, lac Tanganyika), Metriaclima zebra (radiation récente, lac Malawi), Pundamilia nyererei (radiation très récente, lac Victoria), et Astatotilapia burtoni (espèce riveraine autour du lac Tanganyika). Nous avons trouvé un excès de duplications de gènes dans la lignée d'Afrique de l'Est par rapport au tilapia et à d'autres téléostéens, une abondance de divergence des éléments non codants, une évolution accélérée des séquences codantes, une divergence d'expression associée à des insertions d'éléments transposables, et une régulation par de nouveaux microARN. En outre, nous avons analysé des données de séquence provenant de soixante individus représentant six espèces étroitement apparentées du lac Victoria, et montrons une sélection diversifiante à l'échelle du génome sur les variants codants et régulateurs, dont certains ont été recrutés à partir de polymorphismes anciens. Nous concluons que plusieurs mécanismes moléculaires ont façonné les génomes des cichlidés d'Afrique de l'Est, et que l'accumulation de variation existante pendant des périodes de sélection purificatrice relâchée a pu être importante pour faciliter la diversification évolutive ultérieure.",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature13726",
    doi = "10.1038/nature13726",
    openalex = "W2165933771",
    references = "doi10100703064746897, doi101016jtree200709008, doi101038nature10842, doi101038nature10944, doi101038nrg1316, doi101038nrg3079, doi101093aesa383396, doi101111j15585646200800450x, doi101126science27352781091, doi101126science29054941151, doi1043249780203509104"
}

En raison de son histoire géologique particulière, l'archipel de Nouvelle-Calédonie est un mosaïque de types de sols, et en combinaison avec les conditions climatiques, cela résulte en un environnement hétérogène sur de relativement petites distances. Un groupe de plus de 20 espèces endémiques de Diospyros (Ebenaceae) a rapidement et récemment radié sur l'archipel après un seul événement de dispersion à longue distance. La plupart des espèces de Diospyros dans le groupe en radiation sont bien différenciées morphologiquement et écologiquement, mais elles présentent de faibles niveaux de variabilité ADN. Pour investiguer les processus qui ont façonné la diversification de ce groupe, nous avons employé le séquençage associé aux sites de restriction (RADseq). Plus de 8400 SNPs filtrés confirment généralement les délimitations des espèces et produisent un arbre phylogénétique bien soutenu. Nos analyses documentent une introgression locale, mais seulement un potentiel limité pour le flux de gènes sur de plus longues distances. Les relations phylogénétiques pointent vers un regroupement régional précoce parmi les populations et les espèces, indiquant que la spéciation allopatrique par rapport au macrohabitat (c'est-à-dire, les conditions climatiques) peut avoir joué un rôle dans la différenciation initiale au sein du groupe. Une radiation ultérieure, plus rapide, a impliqué une divergence par rapport au microhabitat (c'est-à-dire, la préférence de sol). Plusieurs espèces sœurs dans le groupe montrent une divergence parallèle dans la préférence édaphique. Les recherches pour les régions génomiques qui sont systématiquement différenciées dans cette divergence phénotypique réplicée ont pointé vers des loci potentiellement impliqués dans la liaison d'ions et le transport cellulaire. Ces loci semblent significatifs dans le contexte des adaptations aux types de sols qui diffèrent en contenu de métaux lourds et de minéraux. Les changements nucléotidiques identiques ont affecté seulement deux de ces loci, indiquant que l'introgression peut avoir joué un rôle limité dans leur évolution. Nos résultats suggèrent que tant la diversification allopatrique que la divergence écologique (parapatric) ont façonné les rounds successifs de spéciation dans la radiation de Diospyros sur Nouvelle-Calédonie.

@article{doi101093sysbiosyv076,
    author = "Paun, Ovidiu et Turner, Barbara et Trucchi, Emiliano et Munzinger, Jérôme et Chase, Mark W. et Samuel, Rosabelle",
    title = "Processes Driving the Adaptive Radiation of a Tropical Tree (Diospyros, Ebenaceae) in New Caledonia, a Biodiversity Hotspot",
    year = "2015",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "En raison de son histoire géologique particulière, l'archipel de Nouvelle-Calédonie est un mosaïque de types de sols, et en combinaison avec les conditions climatiques, cela résulte en un environnement hétérogène sur de relativement petites distances. Un groupe de plus de 20 espèces endémiques de Diospyros (Ebenaceae) a rapidement et récemment radié sur l'archipel après un seul événement de dispersion à longue distance. La plupart des espèces de Diospyros dans le groupe en radiation sont bien différenciées morphologiquement et écologiquement, mais elles présentent de faibles niveaux de variabilité ADN. Pour investiguer les processus qui ont façonné la diversification de ce groupe, nous avons employé le séquençage associé aux sites de restriction (RADseq). Plus de 8400 SNPs filtrés confirment généralement les délimitations des espèces et produisent un arbre phylogénétique bien soutenu. Nos analyses documentent une introgression locale, mais seulement un potentiel limité pour le flux de gènes sur de plus longues distances. Les relations phylogénétiques pointent vers un regroupement régional précoce parmi les populations et les espèces, indiquant que la spéciation allopatrique par rapport au macrohabitat (c'est-à-dire, les conditions climatiques) peut avoir joué un rôle dans la différenciation initiale au sein du groupe. Une radiation ultérieure, plus rapide, a impliqué une divergence par rapport au microhabitat (c'est-à-dire, la préférence de sol). Plusieurs espèces sœurs dans le groupe montrent une divergence parallèle dans la préférence édaphique. Les recherches pour les régions génomiques qui sont systématiquement différenciées dans cette divergence phénotypique réplicée ont pointé vers des loci potentiellement impliqués dans la liaison d'ions et le transport cellulaire. Ces loci semblent significatifs dans le contexte des adaptations aux types de sols qui diffèrent en contenu de métaux lourds et de minéraux. Les changements nucléotidiques identiques ont affecté seulement deux de ces loci, indiquant que l'introgression peut avoir joué un rôle limité dans leur évolution. Nos résultats suggèrent que tant la diversification allopatrique que la divergence écologique (parapatric) ont façonné les rounds successifs de spéciation dans la radiation de Diospyros sur Nouvelle-Calédonie.",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/syv076",
    doi = "10.1093/sysbio/syv076",
    openalex = "W2179433510",
    references = "doi101007s1268601195487, doi10103835002501, doi101038nmeth2109, doi101093bioinformaticsbtu033, doi101093genetics1552945, doi101093molbevmss075, doi101109gce20105676129, doi101111j1365294x200502553x, doi101111j14718286200501155x, kapralov2013molecular, openalexw3217097258"
}

Le processus de radiation adaptative — la prolifération d'espèces à partir d'un ancêtre unique et la diversification en de nombreuses formes écologiquement différentes — a suscité un grand intérêt chez les biologistes évolutionnistes depuis Darwin. Depuis le milieu du siècle dernier, l'opportunité écologique a été invoquée comme une clé potentielle pour comprendre quand et comment la radiation adaptative se produit. L'intérêt pour le sujet de l'opportunité écologique s'est accéléré alors que la recherche sur la radiation adaptative a connu un regain d'intérêt, alimenté en partie par les avancées des approches phylogénétiques pour étudier la diversification évolutive. Néanmoins, ce que le terme signifie réellement, et encore moins comment il conduit mécaniquement à la diversification adaptative, fait actuellement l'objet de débats ; il reste également incertain si le terme a une valeur prédictive ou s'il s'agit d'un heuristique utile uniquement pour l'explication a posteriori. La reconnaissance récente que le changement évolutif peut se produire rapidement et à une échelle de temps compatible avec les processus écologiques suggère qu'il est temps de synthétiser les approches écologiques et évolutives pour l'étude de l'assemblage des communautés et de la diversification évolutive.

@article{doi101146annurevecolsys121415032254,
    author = "Stroud, James T. et Losos, Jonathan B.",
    title = "Opportunité écologique et radiation adaptative",
    year = "2016",
    journal = "Annual Review of Ecology Evolution and Systematics",
    abstract = "Le processus de radiation adaptative — la prolifération d'espèces à partir d'un ancêtre unique et la diversification en de nombreuses formes écologiquement différentes — a suscité un grand intérêt chez les biologistes évolutionnistes depuis Darwin. Depuis le milieu du siècle dernier, l'opportunité écologique a été invoquée comme une clé potentielle pour comprendre quand et comment la radiation adaptative se produit. L'intérêt pour le sujet de l'opportunité écologique s'est accéléré alors que la recherche sur la radiation adaptative a connu un regain d'intérêt, alimenté en partie par les avancées des approches phylogénétiques pour étudier la diversification évolutive. Néanmoins, ce que le terme signifie réellement, et encore moins comment il conduit mécaniquement à la diversification adaptative, fait actuellement l'objet de débats ; il reste également incertain si le terme a une valeur prédictive ou s'il s'agit d'un heuristique utile uniquement pour l'explication a posteriori. La reconnaissance récente que le changement évolutif peut se produire rapidement et à une échelle de temps compatible avec les processus écologiques suggère qu'il est temps de synthétiser les approches écologiques et évolutives pour l'étude de l'assemblage des communautés et de la diversification évolutive.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev-ecolsys-121415-032254",
    doi = "10.1146/annurev-ecolsys-121415-032254",
    openalex = "W2327977699",
    references = "doi101007978146124018114, doi101016jcub201311063, doi101016jearscirev201004001, doi101038nature13726, doi101038ncomms5087, doi101038ngeo1475, doi101073pnas1302642110, doi101086282505, doi101086284196, doi101093behecoart058, doi101093oso97801951223430010001, doi101093oso97801985052350010001, doi101093sysbiosyt050, doi101098rspb20080630, doi101111j14209101201002029x, doi101111j14698137200601864x, doi101111j155856461964tb01674x, doi101111j15585646200800317x, doi101111j15585646201001026x, doi101111nph13230, doi101126sciadv1400253, doi101126science1161833, doi101146annurevearth271463, doi101146annurevecolsys281129, doi101146annurevecolsys33010802150448, doi101146annurevecolsys39110707173447, doi101371journalpone0089543, doi1015159780691224244, doi1015159781400847266, doi1023072412953, doi1023073545850, doi104159harvard9780674865327, doi105860choice485062"
}

Les événements de spéciation se produisent souvent lors de vives poussées de diversification, mais les facteurs écologiques et génétiques qui favorisent ces radiations font encore l'objet de nombreux débats. En utilisant des transcriptomes complets de l'ensemble des 13 espèces du clade de tomates sauvages écologiquement et reproductivement diversifié (Solanum sect. Lycopersicon), nous avons inféré la phylogénie des espèces et les modèles de diversité génétique au sein de ce groupe. Malgré une discordance phylogénétique généralisée due au tri de la variation ancestrale, nous datons l'origine de cette radiation d'environ 2,5 millions d'années et constatons la présence d'au moins trois sources de variation génétique adaptative qui alimentent la diversification. Premièrement, nous détectons une introgression à la fois historiquement entre les lignées primitives et récemment entre des populations individuelles, à des loci spécifiques dont les fonctions indiquent des avantages adaptatifs probables. Deuxièmement, nous trouvons des preuves d'évolution de novo spécifique à la lignée pour de nombreux gènes, y compris des loci impliqués dans la production de la couleur rouge des fruits. Enfin, en utilisant une approche « PhyloGWAS », nous détectons un tri spécifique à l'environnement de la variation ancestrale parmi des populations provenant d'espèces différentes mais partageant des conditions environnementales communes. Estimé sur l'ensemble du clade, de petites mais substantielles et approximativement égales fractions de la portion euchromatique du génome sont inférées pour contribuer à chacune de ces trois sources de variation génétique adaptative. Ces résultats indiquent que plusieurs sources génétiques peuvent promouvoir une diversification rapide et une spéciation en réponse à une nouvelle opportunité écologique, en accord avec notre compréhension phylogénomique émergente de la complexité des radiations d'espèces anciennes et récentes.

@article{doi101371journalpbio1002379,
    author = "Pease, James B. et Haak, David C. et Hahn, Matthew W. et Moyle, Leonie C.",
    title = "Phylogenomics Reveals Three Sources of Adaptive Variation during a Rapid Radiation",
    year = "2016",
    journal = "PLoS Biology",
    abstract = {Les événements de spéciation se produisent souvent lors de vives poussées de diversification, mais les facteurs écologiques et génétiques qui favorisent ces radiations font encore l'objet de nombreux débats. En utilisant des transcriptomes complets de l'ensemble des 13 espèces du clade de tomates sauvages écologiquement et reproductivement diversifié (Solanum sect. Lycopersicon), nous avons inféré la phylogénie des espèces et les modèles de diversité génétique au sein de ce groupe. Malgré une discordance phylogénétique généralisée due au tri de la variation ancestrale, nous datons l'origine de cette radiation d'environ 2,5 millions d'années et constatons la présence d'au moins trois sources de variation génétique adaptative qui alimentent la diversification. Premièrement, nous détectons une introgression à la fois historiquement entre les lignées primitives et récemment entre des populations individuelles, à des loci spécifiques dont les fonctions indiquent des avantages adaptatifs probables. Deuxièmement, nous trouvons des preuves d'évolution de novo spécifique à la lignée pour de nombreux gènes, y compris des loci impliqués dans la production de la couleur rouge des fruits. Enfin, en utilisant une approche « PhyloGWAS », nous détectons un tri spécifique à l'environnement de la variation ancestrale parmi des populations provenant d'espèces différentes mais partageant des conditions environnementales communes. Estimé sur l'ensemble du clade, de petites mais substantielles et approximativement égales fractions de la portion euchromatique du génome sont inférées pour contribuer à chacune de ces trois sources de variation génétique adaptative. Ces résultats indiquent que plusieurs sources génétiques peuvent promouvoir une diversification rapide et une spéciation en réponse à une nouvelle opportunité écologique, en accord avec notre compréhension phylogénomique émergente de la complexité des radiations d'espèces anciennes et récentes.},
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1002379",
    doi = "10.1371/journal.pbio.1002379",
    openalex = "W2272393905",
    references = "doi101038nature10158, doi101038nature11119, doi101038nature13726, doi101093bioinformatics182337, doi101093bioinformaticsbtp352, doi101093bioinformaticsbts635, doi101093bioinformaticsbtu033, doi101093jxberf068, doi101093molbevmsm088, doi101093oso97801985052350010001, doi101111mec12415, doi101126science1157966, doi101126science1188021, doi101126science1194585, doi101146annurevecolsys110512135800, doi101146annurevecolsys39110707173447"
}

Comprendre pourquoi certaines lignées évolutives génèrent une diversité d'espèces exceptionnellement élevée est un objectif important en biologie évolutive. Les poissons cichlidés haplochromines de la région du lac Victoria en Afrique englobent >700 espèces diverses qui ont toutes évolué au cours des 150 000 dernières années. La manière dont ce « Superflock de la région du lac Victoria » a pu évoluer sur de telles échelles de temps rapides reste une question durable. Ici, nous démontrons que l'hybridation entre deux lignées divergentes a facilité ce processus en fournissant une variation génétique qui a ensuite été recombinée et triée en de nombreuses nouvelles espèces. Notamment, l'événement d'hybridation a généré une variation allélique exceptionnelle au niveau d'un gène opsin connu pour être impliqué dans l'adaptation et la spéciation. Plus généralement, la différenciation entre les nouvelles espèces est accentuée autour des variants qui étaient des différences fixes entre les lignées parentales et qui apparaissent maintenant dans de nombreuses nouvelles combinaisons chez les espèces de la radiation. Nous concluons que l'hybridation entre lignées divergentes, lorsqu'elle coïncide avec une opportunité écologique, peut faciliter une radiation adaptative rapide et étendue.

@article{doi101038ncomms14363,
    author = "Meier, Joana I. et Marques, David A. et Mwaiko, Salome et Wagner, Catherine E. et Excoffier, Laurent et Seehausen, Ole",
    title = "Ancienne hybridisation favorise les radiations adaptatives rapides des poissons cichlidés",
    year = "2017",
    journal = "Nature Communications",
    abstract = "Comprendre pourquoi certaines lignées évolutives génèrent une diversité d'espèces exceptionnellement élevée est un objectif important en biologie évolutive. Les poissons cichlidés haplochromines de la région du lac Victoria en Afrique englobent >700 espèces diverses qui ont toutes évolué au cours des 150 000 dernières années. La manière dont ce « Superflock de la région du lac Victoria » a pu évoluer sur de telles échelles de temps rapides reste une question durable. Ici, nous démontrons que l'hybridation entre deux lignées divergentes a facilité ce processus en fournissant une variation génétique qui a ensuite été recombinée et triée en de nombreuses nouvelles espèces. Notamment, l'événement d'hybridation a généré une variation allélique exceptionnelle au niveau d'un gène opsin connu pour être impliqué dans l'adaptation et la spéciation. Plus généralement, la différenciation entre les nouvelles espèces est accentuée autour des variants qui étaient des différences fixes entre les lignées parentales et qui apparaissent maintenant dans de nombreuses nouvelles combinaisons chez les espèces de la radiation. Nous concluons que l'hybridation entre lignées divergentes, lorsqu'elle coïncide avec une opportunité écologique, peut faciliter une radiation adaptative rapide et étendue.",
    url = "https://doi.org/10.1038/ncomms14363",
    doi = "10.1038/ncomms14363",
    openalex = "W2587197905",
    references = "doi101016jtree200401003, doi101038nature05706, doi101038nature13726, doi101038nmeth1923, doi101073pnas86166196, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093bioinformaticsbtr330, doi101111j14209101201202599x, doi101111j155856461954tb01504x, doi101111j17550998201002847x, doi101111mec12354, doi101126science1188021, doi101126science29054941151, doi101371journalpcbi1003537, doi1014601phytopatholmediterr14998u129, doi101579004474472912"
}

La sous-tribu Espeletiinae (Asteraceae), endémique des hautes altitudes des Andes septentrionales, présente une diversité exceptionnelle d'espèces, de formes de croissance et de stratégies reproductives. Ce complexe de 140 espèces comprend de grands arbres, des arbres dichotomes, des arbustes et les extraordinaires rosettes caulescentes géantes, considérées comme un exemple classique d'adaptation dans les écosystèmes tropicaux de haute altitude. La sous-tribu a également longtemps été reconnue comme un cas saillant de radiation adaptative, mais la compréhension de son évolution a été entravée par un manque de résolution phylogénétique. Dans cet article, nous produisons la première phylogénie entièrement résolue de tous les groupes morphologiques de l'Espeletiinae, en utilisant des plastomes entiers et environ un million de nucléotides nucléaires obtenus par une procédure originale d'assemblage de novo sans génome de référence, et analysés avec des approches traditionnelles et basées sur les coalescences qui prennent en compte l'impact possible du tri de lignées incomplet et de l'hybridation sur l'inférence phylogénétique. Nous montrons que la diversification de l'Espeletiinae a commencé à partir d'un ancêtre en rosette il y a environ 2,3 Ma, après le soulèvement final des Andes septentrionales. Cela a été suivi de deux radiations indépendantes dans les Andes colombiennes et vénézuéliennes, avec quelques événements de dispersion trans-cordillères parmi les lignées d'arbres à basse altitude, mais aucun parmi les rosettes de haute altitude. Nous démontrons des scénarios complexes de changement morphologique chez l'Espeletiinae, impliquant généralement l'évolution convergente des formes de croissance avec des pertes/gains fréquents de divers traits. Par exemple, les rosettes caulescentes ont évolué indépendamment dans les deux pays, probablement comme des adaptations convergentes à la vie dans les habitats tropicaux de haute altitude. Les formes de croissance arborescente ont évolué indépendamment trois fois suite à la colonisation répétée des basses altitudes par des ancêtres en rosettes de haute altitude. Le taux de diversification morphologique a augmenté pendant la phase initiale de la radiation, après quoi il a diminué régulièrement jusqu'à nos jours. D'autre part, le taux de diversification des espèces dans la radiation vénézuélienne la mieux échantillonnée était en moyenne très élevé (3,1 espèces/My), avec une variation significative du taux entre les formes de croissance (beaucoup plus élevé chez les rosettes caulescentes polycarpiques). Nos résultats mettent en évidence un scénario où à la fois l'évolution morphologique adaptative et l'isolement géographique dû aux oscillations climatiques du Pléistocène ont déclenché une radiation exceptionnellement rapide pour un groupe de plantes continental.

@article{doi101093sysbiosyy022,
    author = "Pouchon, Charles and Fernández, Ángel and Nassar, Jafet M. and Boyer, Frédéric and Aubert, S. and Lavergne, Sébastien and Mavárez, Jesús",
    title = "Phylogénomique de la radiation adaptative explosive du complexe Espeletia (Asteraceae) dans les Andes tropicales",
    year = "2018",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "La sous-tribu Espeletiinae (Asteraceae), endémique des hautes altitudes des Andes septentrionales, présente une diversité exceptionnelle d'espèces, de formes de croissance et de stratégies reproductives. Ce complexe de 140 espèces comprend de grands arbres, des arbres dichotomes, des arbustes et les extraordinaires rosettes caulescentes géantes, considérées comme un exemple classique d'adaptation dans les écosystèmes tropicaux de haute altitude. La sous-tribu a également longtemps été reconnue comme un cas saillant de radiation adaptative, mais la compréhension de son évolution a été entravée par un manque de résolution phylogénétique. Dans cet article, nous produisons la première phylogénie entièrement résolue de tous les groupes morphologiques de l'Espeletiinae, en utilisant des plastomes entiers et environ un million de nucléotides nucléaires obtenus par une procédure originale d'assemblage de novo sans génome de référence, et analysés avec des approches traditionnelles et basées sur les coalescences qui prennent en compte l'impact possible du tri de lignées incomplet et de l'hybridation sur l'inférence phylogénétique. Nous montrons que la diversification de l'Espeletiinae a commencé à partir d'un ancêtre en rosette il y a environ 2,3 Ma, après le soulèvement final des Andes septentrionales. Cela a été suivi de deux radiations indépendantes dans les Andes colombiennes et vénézuéliennes, avec quelques événements de dispersion trans-cordillères parmi les lignées d'arbres à basse altitude, mais aucun parmi les rosettes de haute altitude. Nous démontrons des scénarios complexes de changement morphologique chez l'Espeletiinae, impliquant généralement l'évolution convergente des formes de croissance avec des pertes/gains fréquents de divers traits. Par exemple, les rosettes caulescentes ont évolué indépendamment dans les deux pays, probablement comme des adaptations convergentes à la vie dans les habitats tropicaux de haute altitude. Les formes de croissance arborescente ont évolué indépendamment trois fois suite à la colonisation répétée des basses altitudes par des ancêtres en rosettes de haute altitude. Le taux de diversification morphologique a augmenté pendant la phase initiale de la radiation, après quoi il a diminué régulièrement jusqu'à nos jours. D'autre part, le taux de diversification des espèces dans la radiation vénézuélienne la mieux échantillonnée était en moyenne très élevé (3,1 espèces/My), avec une variation significative du taux entre les formes de croissance (beaucoup plus élevé chez les rosettes caulescentes polycarpiques). Nos résultats mettent en évidence un scénario où à la fois l'évolution morphologique adaptative et l'isolement géographique dû aux oscillations climatiques du Pléistocène ont déclenché une radiation exceptionnellement rapide pour un groupe de plantes continental.",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/syy022",
    doi = "10.1093/sysbio/syy022",
    openalex = "W2794322919",
    references = "doi101038ncomms12384"
}

La radiation adaptative des poissons cichlidés dans le lac Malawi d'Afrique de l'Est englobe plus de 500 espèces qui sont censées s'être évolué au cours des 800 000 dernières années à partir d'une population fondatrice commune. Il a été proposé que l'hybridation entre lignées ancestrales puisse fournir la matière première génétique pour alimenter de tels taux de diversification exceptionnellement élevés, et des preuves à cet égard ont récemment été présentées pour le supergroupe de cichlidés de la région du lac Victoria. Ici, nous rapportons que les génomes des cichlidés du lac Malawi montrent également des preuves d'hybridation entre deux lignées qui se sont séparées il y a 3-4 Ma, représentées aujourd'hui par les cichlidés du lac Victoria et le cichlidé fluviatile Astatotilapia sp. "ruaha blue." Les deux ancêtres dans les génomes des cichlidés du lac Malawi sont présents sous forme de grands blocs de plusieurs kilobases, mais il y a peu de variation dans ce motif entre les espèces de cichlidés du lac Malawi, suggérant que la structure mosaïque à grande échelle des génomes a été largement établie avant la radiation. Néanmoins, des dizaines de milliers de variants polymorphes apparemment dérivés de l'hybridation sont dispersés dans les génomes. Ces loci montrent un excès frappant de différenciation à travers les sous-groupes écologiques dans l'ensemble des cichlidés du lac Malawi, et les allèles parentaux se trient différemment dans les lignées de cichlidés du lac Malawi benthiques et pélagiques, ce qui est cohérent avec une sélection différentielle forte sur ces loci pendant la divergence des espèces. De plus, ces loci sont enrichis pour les gènes impliqués dans la réponse immunitaire et la vision, y compris les gènes opsin précédemment identifiés comme importants pour la spéciation. Nos résultats renforcent le rôle de l'hybridation ancestrale dans la diversification explosive en démontrant son importance dans l'une des plus grandes radiations adaptatives récentes des vertébrés.

@article{doi101093molbevmsz294,
    author = "Svardal, Hannes et Quah, Fu Xiang et Malinsky, Milan et Ngatunga, Benjamin P. et Miska, Eric A. et Salzburger, Walter et Genner, Martin J. et Turner, George F. et Durbin, Richard",
    title = "Hybridisation ancestrale facilitant la diversification des espèces dans la radiation adaptative des poissons cichlidés du lac Malawi",
    year = "2019",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = {La radiation adaptative des poissons cichlidés dans le lac Malawi d'Afrique de l'Est englobe plus de 500 espèces qui sont censées s'être évolué au cours des 800 000 dernières années à partir d'une population fondatrice commune. Il a été proposé que l'hybridation entre lignées ancestrales puisse fournir la matière première génétique pour alimenter de tels taux de diversification exceptionnellement élevés, et des preuves à cet égard ont récemment été présentées pour le supergroupe de cichlidés de la région du lac Victoria. Ici, nous rapportons que les génomes des cichlidés du lac Malawi montrent également des preuves d'hybridation entre deux lignées qui se sont séparées il y a 3-4 Ma, représentées aujourd'hui par les cichlidés du lac Victoria et le cichlidé fluviatile Astatotilapia sp. "ruaha blue." Les deux ancêtres dans les génomes des cichlidés du lac Malawi sont présents sous forme de grands blocs de plusieurs kilobases, mais il y a peu de variation dans ce motif entre les espèces de cichlidés du lac Malawi, suggérant que la structure mosaïque à grande échelle des génomes a été largement établie avant la radiation. Néanmoins, des dizaines de milliers de variants polymorphes apparemment dérivés de l'hybridation sont dispersés dans les génomes. Ces loci montrent un excès frappant de différenciation à travers les sous-groupes écologiques dans l'ensemble des cichlidés du lac Malawi, et les allèles parentaux se trient différemment dans les lignées de cichlidés du lac Malawi benthiques et pélagiques, ce qui est cohérent avec une sélection différentielle forte sur ces loci pendant la divergence des espèces. De plus, ces loci sont enrichis pour les gènes impliqués dans la réponse immunitaire et la vision, y compris les gènes opsin précédemment identifiés comme importants pour la spéciation. Nos résultats renforcent le rôle de l'hybridation ancestrale dans la diversification explosive en démontrant son importance dans l'une des plus grandes radiations adaptatives récentes des vertébrés.},
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msz294",
    doi = "10.1093/molbev/msz294",
    openalex = "W2994857231",
    references = "doi101038s415590180717x, doi101038s4157601800439"
}

Un résultat clé de l'évolution par sélection naturelle est l'adaptation. Depuis le début de l'ère de la génétique, les biologistes évolutionnistes se sont concentrés sur l'évolution des gènes nucléaires comme base de l'adaptation. Les modifications du génome mitochondrial ont longtemps été considérées comme le résultat de la dérive et sans importance pour la fitness de l'organisme. Cependant, de nouvelles théories et observations empiriques impliquent que les modifications de la fonction mitochondriale constituent un composant central de l'adaptation liée à la température, à la pression d'oxygène et à l'alimentation. La fonction mitochondriale nouvelle sous-jacente à l'évolution adaptative est le produit de gènes mitochondriaux et nucléaires interagissant pour créer des modifications du système de transport d'électrons, et des variations dans les génotypes mitochondriaux ont été trouvées jouer un rôle clé dans une telle évolution adaptative des eucaryotes. Des preuves émergent que les modifications de la fonction mitochondriale résultant de la coévolution mitonucleaire sous-tendent les innovations évolutives clés associées aux grandes radiations adaptatives, y compris la transition de la locomotion terrestre au vol. Je discute des preuves empiriques qui soutiennent un rôle clé de la coévolution mitonucleaire dans l'adaptation et la radiation adaptative et des implications pour les idées fondamentales en écologie et en évolution.

@incollection{hill2019adaptation,
    author = "Hill, Geoffrey E.",
    title = "Adaptation and adaptive radiation",
    year = "2019",
    booktitle = "Mitonuclear Ecology",
    abstract = "A key outcome of evolution by natural selection is adaptation. Since the beginning of the age of genetics, evolutionary biologists have focused on the evolution of nuclear genes as the basis for adaptation. Changes to the mitochondrial genome were long viewed as the result of drift and unimportant to organism fitness. New theory and empirical observations, however, are implicating changes in mitochondrial function as a central component of adaptation related to temperature, oxygen pressure, and diet. Novel mitochondrial function underlying adaptive evolution is a product of interacting mitochondrial and nuclear genes to create changes to the electron transport system, and variation in mitochondrial genotypes has been found to play a key role in such adaptive evolution of eukaryotes. Evidence is emerging that changes in mitochondrial function resulting from mitonuclear coevolution underlie key evolutionary innovations associated with major adaptive radiations including the transition from terrestrial locomotion to flight. I discuss the empirical evidence that supports a key role for mitonuclear coevolution in adaptation and adaptive radiation and the implications for fundamental ideas in ecology and evolution.",
    url = "https://doi.org/10.1093/oso/9780198818250.003.0009",
    doi = "10.1093/oso/9780198818250.003.0009",
    openalex = "W2950118603",
    pages = "199-243"
}

La radiation adaptative est un processus évolutif qui a été avancé dans certains clades comme une explication de la richesse spécifique et de la disparité des formes morphologiques à travers les gradients écologiques. Les études conçues pour élucider les mécanismes et les causes de la radiation adaptative se sont principalement concentrées sur les systèmes animaux, mais les clades végétaux ont un potentiel considérable pour répondre à des questions évasives concernant les radiations adaptatives. Les objectifs de cette revue sont de (1) produire une compréhension synthétique des radiations adaptatives à travers des études qui ont investigué les systèmes végétaux, (2) réfléchir de manière critique sur les études contemporaines pour souligner comment les approches ont été à la fois réussies et limitantes, et (3) délimiter les lacunes dans notre compréhension des radiations adaptatives tout en soulignant que les plantes possèdent des caractéristiques idéales pour répondre aux futures questions. Trente-cinq clades de radiation adaptative sont mis en évidence, dont plusieurs sont soutenus par plusieurs lignes de preuves, telles que les silverswords hawaïens, les lobeliades hawaïennes et les columbines. Les exemples de radiation adaptative végétale sont couramment insulaires, diversifiés au Miocène ou au Pliocène, associés à des opportunités écologiques médiatisées par la dispersion, sont des polyploïdes et ont connu une hybridation. À partir de ces études, un modèle général de radiation adaptative insulaire végétale est proposé. Les limites de la dépendance actuelle aux approches comparatives phylogénétiques pour détecter les radiations adaptatives sont examinées, et une approche intégrative incluant la phylogénétique, la génomique et l'écologie évolutive est préconisée. La revue se conclut par un appel à des études supplémentaires nécessaires avant que nous ne puissions pleinement comprendre les radiations adaptatives, et elles incluent les suivantes : (1) comment les interactions biologiques influencent-elles les radiations adaptatives, (2) quel rôle joue le changement environnemental dans la génération d'opportunités écologiques, (3) comment l'évolution génétique conduit-elle à la radiation adaptative, (4) les modèles expliquent-ils adéquatement le processus de radiation adaptative, (5) quel est le rôle de l'hybridation, et (6) pourquoi certains groupes ne subissent-ils pas de radiation adaptative après une opportunité écologique ?

@article{doi101086713445,
    author = "Schenk, John J.",
    title = "La prochaine génération d'études sur la radiation adaptative chez les plantes",
    year = "2021",
    journal = "International Journal of Plant Sciences",
    abstract = "La radiation adaptative est un processus évolutif qui a été avancé dans certains clades comme une explication de la richesse spécifique et de la disparité des formes morphologiques à travers les gradients écologiques. Les études conçues pour élucider les mécanismes et les causes de la radiation adaptative se sont principalement concentrées sur les systèmes animaux, mais les clades végétaux ont un potentiel considérable pour répondre à des questions évasives concernant les radiations adaptatives. Les objectifs de cette revue sont de (1) produire une compréhension synthétique des radiations adaptatives à travers des études qui ont investigué les systèmes végétaux, (2) réfléchir de manière critique sur les études contemporaines pour souligner comment les approches ont été à la fois réussies et limitantes, et (3) délimiter les lacunes dans notre compréhension des radiations adaptatives tout en soulignant que les plantes possèdent des caractéristiques idéales pour répondre aux futures questions. Trente-cinq clades de radiation adaptative sont mis en évidence, dont plusieurs sont soutenus par plusieurs lignes de preuves, telles que les silverswords hawaïens, les lobeliades hawaïennes et les columbines. Les exemples de radiation adaptative végétale sont couramment insulaires, diversifiés au Miocène ou au Pliocène, associés à des opportunités écologiques médiatisées par la dispersion, sont des polyploïdes et ont connu une hybridation. À partir de ces études, un modèle général de radiation adaptative insulaire végétale est proposé. Les limites de la dépendance actuelle aux approches comparatives phylogénétiques pour détecter les radiations adaptatives sont examinées, et une approche intégrative incluant la phylogénétique, la génomique et l'écologie évolutive est préconisée. La revue se conclut par un appel à des études supplémentaires nécessaires avant que nous ne puissions pleinement comprendre les radiations adaptatives, et elles incluent les suivantes : (1) comment les interactions biologiques influencent-elles les radiations adaptatives, (2) quel rôle joue le changement environnemental dans la génération d'opportunités écologiques, (3) comment l'évolution génétique conduit-elle à la radiation adaptative, (4) les modèles expliquent-ils adéquatement le processus de radiation adaptative, (5) quel est le rôle de l'hybridation, et (6) pourquoi certains groupes ne subissent-ils pas de radiation adaptative après une opportunité écologique ?",
    url = "https://doi.org/10.1086/713445",
    doi = "10.1086/713445",
    openalex = "W3126856616",
    references = "doi101016jtree200401003, doi10103827900, doi10103844766, doi101038nrg3095, doi101093bioinformaticsbtm538, doi101111j001438202003tb00285x, doi101126science1086949, doi101126science1090228, doi101146annureves18110187001321, doi1023072411924, kapralov2013molecular"
}

Les radiations adaptatives sont des laboratoires riches pour explorer, tester et comprendre les théories clés en évolution et en écologie, car elles offrent des spectacles spectaculaires de spéciation et d'adaptation écologique. Les défis particuliers à l'étude de la radiation adaptative incluent des niveaux élevés de richesse spécifique, une spéciation rapide et un flux génique entre espèces. Au cours de la dernière décennie, les technologies de séquençage à haut débit et l'accès aux données de génomique des populations ont atténué ces défis en permettant l'analyse d'échantillons provenant de nombreux organismes individuels à l'échelle du génome entier. Ici, nous examinons comment les données de génomique des populations ont facilité notre connaissance de la radiation adaptative dans cinq domaines clés : (1) la phylogénie, (2) l'hybridation, (3) le timing et les taux de diversification, (4) la base génomique de l'évolution des traits, et (5) le rôle de la structure du génome dans la divergence. Nous passons en revue les connaissances actuelles dans chaque domaine, soulignons les questions en suspens et nous concentrons sur les méthodes qui facilitent la détection de motifs complexes dans la divergence et la démographie des populations au fil du temps. Il est clair que les données de génomique des populations révolutionnent la capacité à reconstruire l'histoire évolutive dans les clades en rapide diversification. De plus, les études mettent de plus en plus l'accent sur le rôle central du flux génique, de la réutilisation de la variation génétique existante pendant l'adaptation et des éléments génomiques structuraux en tant que facilitateurs du processus de spéciation dans les radiations adaptatives. Nous soulignons l'hybridation et les processus hypothétiques par lesquels elle façonne la diversification, ainsi que les questions visant à combler le fossé entre les processus microévolutifs et macroévolutifs comme des domaines riches pour les études futures. Dans l'ensemble, l'accès aux données de génomique des populations a facilité une ère passionnante dans la recherche sur la radiation adaptative, avec des implications pour une compréhension plus profonde des processus évolutifs fondamentaux à travers l'arbre de la vie.

@article{doi101111mec17574,
    author = "Combrink, Lucia L. et Golcher‐Benavides, Jimena et Lewanski, Alexander L. et Rick, Jessica A. et Rosenthal, William C. et Wagner, Catherine E.",
    title = "Population Genomics of Adaptive Radiation",
    year = "2024",
    journal = "Molecular Ecology",
    abstract = "Les radiations adaptatives sont des laboratoires riches pour explorer, tester et comprendre les théories clés en évolution et en écologie, car elles offrent des spectacles spectaculaires de spéciation et d'adaptation écologique. Les défis particuliers à l'étude de la radiation adaptative incluent des niveaux élevés de richesse spécifique, une spéciation rapide et un flux génique entre espèces. Au cours de la dernière décennie, les technologies de séquençage à haut débit et l'accès aux données de génomique des populations ont atténué ces défis en permettant l'analyse d'échantillons provenant de nombreux organismes individuels à l'échelle du génome entier. Ici, nous examinons comment les données de génomique des populations ont facilité notre connaissance de la radiation adaptative dans cinq domaines clés : (1) la phylogénie, (2) l'hybridation, (3) le timing et les taux de diversification, (4) la base génomique de l'évolution des traits, et (5) le rôle de la structure du génome dans la divergence. Nous passons en revue les connaissances actuelles dans chaque domaine, soulignons les questions en suspens et nous concentrons sur les méthodes qui facilitent la détection de motifs complexes dans la divergence et la démographie des populations au fil du temps. Il est clair que les données de génomique des populations révolutionnent la capacité à reconstruire l'histoire évolutive dans les clades en rapide diversification. De plus, les études mettent de plus en plus l'accent sur le rôle central du flux génique, de la réutilisation de la variation génétique existante pendant l'adaptation et des éléments génomiques structuraux en tant que facilitateurs du processus de spéciation dans les radiations adaptatives. Nous soulignons l'hybridation et les processus hypothétiques par lesquels elle façonne la diversification, ainsi que les questions visant à combler le fossé entre les processus microévolutifs et macroévolutifs comme des domaines riches pour les études futures. Dans l'ensemble, l'accès aux données de génomique des populations a facilité une ère passionnante dans la recherche sur la radiation adaptative, avec des implications pour une compréhension plus profonde des processus évolutifs fondamentaux à travers l'arbre de la vie.",
    url = "https://doi.org/10.1111/mec.17574",
    doi = "10.1111/mec.17574",
    openalex = "W4405759961",
    references = "doi101086713445"
}