Allométrie

@article{openalexw3215057009,
    author = "Owen, Robert P.",
    title = "Rapport sur les reptiles fossiles britanniques, partie II",
    year = "1842",
    journal = "Entomologie médicale et Zoologie",
    openalex = "W3215057009"
}

@article{a1868earliest,
    author = "A., A.",
    title = "Premier oiseau",
    year = "1868",
    journal = "Notes and Queries",
    url = "https://doi.org/10.1093/nq/s4-ii.29.68c",
    doi = "10.1093/nq/s4-ii.29.68c",
    number = "29",
    openalex = "W4229783656",
    pages = "68-68",
    volume = "s4-II"
}

@article{b1868earliest,
    author = "B., R.",
    title = "Premier oiseau",
    year = "1868",
    journal = "Notes and Queries",
    url = "https://doi.org/10.1093/nq/s4-ii.34.183b",
    doi = "10.1093/nq/s4-ii.34.183b",
    number = "34",
    openalex = "W4248347112",
    pages = "183-183",
    volume = "s4-II"
}

@article{bede1868earliest,
    author = "Bede, Cuthbert",
    title = "Premier oiseau",
    year = "1868",
    journal = "Notes and Queries",
    url = "https://doi.org/10.1093/nq/s4-ii.31.110b",
    doi = "10.1093/nq/s4-ii.31.110b",
    number = "31",
    openalex = "W4236970864",
    pages = "110-110",
    volume = "s4-II"
}

@article{groom1868earliest,
    author = "Groom",
    title = "Earliest bird",
    year = "1868",
    journal = "Notes and Queries",
    url = "https://doi.org/10.1093/nq/s4-ii.29.68d",
    doi = "10.1093/nq/s4-ii.29.68d",
    number = "29",
    openalex = "W4249154005",
    pages = "68-68",
    volume = "s4-II"
}

@article{h1868earliest,
    author = "H., F. C.",
    title = "Premier oiseau",
    year = "1868",
    journal = "Notes and Queries",
    url = "https://doi.org/10.1093/nq/s4-ii.34.183c",
    doi = "10.1093/nq/s4-ii.34.183c",
    number = "34",
    openalex = "W4242882925",
    pages = "183-183",
    volume = "s4-II"
}

@article{j1868earliest,
    author = "J.",
    title = "Earliest bird",
    year = "1868",
    journal = "Notes and Queries",
    url = "https://doi.org/10.1093/nq/s4-ii.31.110c",
    doi = "10.1093/nq/s4-ii.31.110c",
    number = "31",
    openalex = "W4247240032",
    pages = "110-111",
    volume = "s4-II"
}

@article{redmond1868earliest,
    author = "Redmond, S.",
    title = "Premier oiseau",
    year = "1868",
    journal = "Notes and Queries",
    url = "https://doi.org/10.1093/nq/s4-ii.31.111c",
    doi = "10.1093/nq/s4-ii.31.111c",
    number = "31",
    openalex = "W4232194284",
    pages = "111-111",
    volume = "s4-II"
}

@article{w1868earliest,
    author = "W., R. C. S.",
    title = "Premier oiseau",
    year = "1868",
    journal = "Notes and Queries",
    url = "https://doi.org/10.1093/nq/s4-ii.31.111a",
    doi = "10.1093/nq/s4-ii.31.111a",
    number = "31",
    openalex = "W4230816097",
    pages = "111-111",
    volume = "s4-II"
}

@article{doi101111j155856461949tb00010x,
    author = "Newell, Norman D.",
    title = "AUGMENTATION DE TAILLE PHYLÉTIQUE, UNE TENDANCE IMPORTANTE ILLUSTRÉE PAR DES INVERTÉBRÉS FOSSILES",
    year = "1949",
    journal = "Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1949.tb00010.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1949.tb00010.x",
    openalex = "W2315834462",
    references = "doi101007bf01990575, doi101093aesa254757, doi101111j109636421922tb00464x, doi101111j155856461948tb02742x, doi101130spe26p1, doi1023072532815, doi105962bhltitle6427, openalexw1525434908, openalexw3172537700, openalexw607583049"
}

@article{doi101002jmor1051080103,
    author = "Peabody, Frank E.",
    title = "Annual growth zones in living and fossil vertebrates",
    year = "1961",
    journal = "Journal of Morphology",
    url = "https://doi.org/10.1002/jmor.1051080103",
    doi = "10.1002/jmor.1051080103",
    openalex = "W2088853807",
    references = "doi101038087212b0, doi101038169972b0, doi1010970000044119420800000028, doi101111j146363951947tb00024x, doi101126science1122907309a, doi1023071292457, doi1023071436750, doi1023071439432, doi1023071494, doi1023072420858"
}

@article{doi101111j1469185x1966tb01624x,
    author = "Gould, Stephen Jay",
    title = "ALLométrie ET TAILLE EN ONTOGÉNIE ET PHYLOGÉNIE",
    year = "1966",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews de la Société philosophique de Cambridge",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1469-185x.1966.tb01624.x",
    doi = "10.1111/j.1469-185x.1966.tb01624.x",
    openalex = "W2082598566",
    references = "colbert1948evolution, doi101001jama196203050110085031, doi101007bf02982279, doi101038114895a0, doi101038137780b0, doi101038164820b0, doi101086280573, doi101093biomet371230, doi101111j155856461949tb00010x, doi101152physrev1947274511, doi1015159780691183978018, doi1023071538742, doi1023072405671, doi1023072527939, doi1023072532815, doi107312rens91062, doi107312simp93764, kermack1954a"
}

@misc{wolpoff1975allometry2,
    author = "Wolpoff, M. H. et Brace, C. L",
    title = "Allométrie et premiers hominidés",
    year = "1975",
    howpublished = "Science, v. 189, p. 61-63",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Wolpoff, M. H., et Brace, C. L., 1975, Allométrie et premiers hominidés : Science, v. 189, p. 61-63.}"
}

Article de journal ANALYSE GÉNÉTIQUE QUANTITATIVE DE L'ÉVOLUTION MULTIVARIÉE, APPLIQUÉE À L'ALLOMÉTRIE CERVEAU:TAILLE CORPORELLE Accéder Russell Lande Russell Lande Laboratoire de génétique Université du Wisconsin Madison Rechercher d'autres travaux de cet auteur sur : Oxford Academic Google Scholar Évolution, Volume 33, Numéro 1Part2, 1er mars 1979, Pages 402–416, https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1979.tb04694.x Publié : 1er mars 1979 Historique de l'article Reçu : 28 novembre 1977 Révision reçue : 4 août 1978 Publié : 1er mars 1979

@article{doi101111j155856461979tb04694x,
    author = "Lande, Russell",
    title = "ANALYSE GÉNÉTIQUE QUANTITATIVE DE L'ÉVOLUTION MULTIVARIÉE, APPLIQUÉE À L'ALLOMÉTRIE CERVEAU:TAILLE CORPORELLE",
    year = "1979",
    journal = "Évolution",
    abstract = "Article de journal ANALYSE GÉNÉTIQUE QUANTITATIVE DE L'ÉVOLUTION MULTIVARIÉE, APPLIQUÉE À L'ALLOMÉTRIE CERVEAU:TAILLE CORPORELLE Accéder Russell Lande Russell Lande Laboratoire de génétique Université du Wisconsin Madison Rechercher d'autres travaux de cet auteur sur : Oxford Academic Google Scholar Évolution, Volume 33, Numéro 1Part2, 1er mars 1979, Pages 402–416, https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1979.tb04694.x Publié : 1er mars 1979 Historique de l'article Reçu : 28 novembre 1977 Révision reçue : 4 août 1978 Publié : 1er mars 1979",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1979.tb04694.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1979.tb04694.x",
    openalex = "W2335268614",
    references = "doi101017s0016672300016037, doi101017s0094837300005224, doi101073pnas722646, doi101086404940, doi101093biomet371230, doi101111j146918091949tb02451x, doi101111j1469185x1966tb01624x, doi101111j155856461976tb00911x, doi101126science1864167892, doi1023072226151, doi1023072344782, doi1023072405671, doi1023072407154, doi1023072529912, doi1023072532815, doi107312rens91062, doi107312simp93764, openalexw2506868775"
}

Pat Shipman expose les méthodes taphonomiques d'analyse de la manière dont les restes animaux sont agis et altérés, tant par des phénomènes biologiques que géographiques, lors de leur passage de la biosphère des os et carcasses vers la lithosphère des fossiles. Elle explique le rôle des maladies, de la prédation, des accidents, de la destruction post-mortem et du transport dans l'histoire de vie d'un fossile, et fournit une introduction aux concepts géologiques pertinents et à l'analyse faunique.

@article{doi1023072802289,
    author = "Greene, David Lee et Shipman, Pat",
    title = "Life History of a Fossil: An Introduction to Taphonomy and Paleoecology.",
    year = "1984",
    journal = "Man",
    abstract = "Pat Shipman expose les méthodes taphonomiques d'analyse de la manière dont les restes animaux sont agis et altérés, tant par des phénomènes biologiques que géographiques, lors de leur passage de la biosphère des os et carcasses vers la lithosphère des fossiles. Elle explique le rôle des maladies, de la prédation, des accidents, de la destruction post-mortem et du transport dans l'histoire de vie d'un fossile, et fournit une introduction aux concepts géologiques pertinents et à l'analyse faunique.",
    url = "https://doi.org/10.2307/2802289",
    doi = "10.2307/2802289",
    openalex = "W1505470578"
}

@incollection{doi101016b978012249408650011x,
    author = "Olson, Storrs L.",
    title = "LE REGISTRE FOSSILE DES OISEAUX",
    year = "1985",
    booktitle = "Elsevier eBooks",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-0-12-249408-6.50011-x",
    doi = "10.1016/b978-0-12-249408-6.50011-x",
    openalex = "W47485082",
    references = "crossref1994evolution, doi101002jmor1050880104, doi101038292051a0, doi10108002724634198110011900, doi101093auk1002390, doi101093auk984681, doi101111j1474919x1974tb07648x, doi101146annureves12110181001211, doi1023074080603, doi105281zenodo16026198, doi1058782flmnhjhup8438, doi105962p208144, openalexw1523686958"
}

Résumé - Plusieurs cladistes éminents ont remis en question l'importance des fossiles dans l'inférence phylogénétique, et il devient de plus en plus populaire de simplement intégrer les formes éteintes, si elles sont prises en compte du tout, à un cladogramme de taxons récents. L'étude de la phylogénie des amniotes menée par Gardiner (1982) et Løvtrup (1985) illustre ce traitement différentiel, et nous avons focalisé notre attention sur ce groupe d'organismes pour tester la proposition que les fossiles ne peuvent pas renverser une théorie des relations basée uniquement sur la biote récente. Notre analyse de parcimonie de la phylogénie des amniotes, évitant scrupuleusement les connaissances spéciales apportées par les fossiles, a conduit à la classification suivante qui s'ajuste le mieux, laquelle est similaire à l'hypothèse nouvelle publiée par Gardiner : (lépidosauriens (tortues (mammifères (oiseaux, crocodiles)))). Cependant, l'ajout de fossiles a abouti à un cladogramme le plus parcimonieux des taxons actuels nettement différent : (mammifères (tortues (lépidosauriens (oiseaux, crocodiles)))). Cette classification ressemble à l'hypothèse traditionnelle, et elle offre un meilleur ajustement au registre stratigraphique. Pour isoler les taxons éteints responsables de cette dernière classification, les données ont été successivement partitionnées avec chaque analyse phylogénétique, et nous avons conclu que : (1) les fossiles du groupe interne, et non du groupe externe, étaient importants ; (2) les fossiles synapsides, et non reptiliens, étaient déterminants ; (3) certains fossiles synapsides, ni les plus anciens ni les plus récents, étaient responsables. La nature critique des fossiles synapsides semblait résider dans la combinaison particulière de caractères primitifs et dérivés qu'ils présentaient. Classifier ces fossiles, ainsi que les mammifères, comme groupe frère de la lignée constituée par les oiseaux et les crocodiles a conduit à un ajustement relativement médiocre aux données ; impliquant une augmentation de 2 à 4 fois des révolutions évolutives ! Ainsi, l'importance des fossiles critiques, collectivement ou individuellement, semble résider dans leur relative primitivité, et l'explication la plus simple pour leur nature plus conservatrice est qu'ils ont eu moins de temps pour évoluer. Bien que les fossiles puissent être importants dans l'inférence phylogénétique seulement sous certaines conditions, il n'y a aucune raison convaincante de préjuger de leur contribution. Nous exhortons les systématiciens à évaluer équitablement toutes les preuves disponibles.

@article{doi101111j109600311988tb00514x,
    author = "Gauthier, Jacques and Kluge, Arnold G. and Rowe, Timothy",
    title = "AMNIOTE PHYLOGENY AND THE IMPORTANCE OF FOSSILS",
    year = "1988",
    journal = "Cladistics",
    abstract = "Résumé - Plusieurs cladistes éminents ont remis en question l'importance des fossiles dans l'inférence phylogénétique, et il devient de plus en plus populaire de simplement intégrer les formes éteintes, si elles sont prises en compte du tout, à un cladogramme de taxons récents. L'étude de la phylogénie des amniotes menée par Gardiner (1982) et Løvtrup (1985) illustre ce traitement différentiel, et nous avons focalisé notre attention sur ce groupe d'organismes pour tester la proposition que les fossiles ne peuvent pas renverser une théorie des relations basée uniquement sur la biote récente. Notre analyse de parcimonie de la phylogénie des amniotes, évitant scrupuleusement les connaissances spéciales apportées par les fossiles, a conduit à la classification suivante qui s'ajuste le mieux, laquelle est similaire à l'hypothèse nouvelle publiée par Gardiner : (lépidosauriens (tortues (mammifères (oiseaux, crocodiles)))). Cependant, l'ajout de fossiles a abouti à un cladogramme le plus parcimonieux des taxons actuels nettement différent : (mammifères (tortues (lépidosauriens (oiseaux, crocodiles)))). Cette classification ressemble à l'hypothèse traditionnelle, et elle offre un meilleur ajustement au registre stratigraphique. Pour isoler les taxons éteints responsables de cette dernière classification, les données ont été successivement partitionnées avec chaque analyse phylogénétique, et nous avons conclu que : (1) les fossiles du groupe interne, et non du groupe externe, étaient importants ; (2) les fossiles synapsides, et non reptiliens, étaient déterminants ; (3) certains fossiles synapsides, ni les plus anciens ni les plus récents, étaient responsables. La nature critique des fossiles synapsides semblait résider dans la combinaison particulière de caractères primitifs et dérivés qu'ils présentaient. Classifier ces fossiles, ainsi que les mammifères, comme groupe frère de la lignée constituée par les oiseaux et les crocodiles a conduit à un ajustement relativement médiocre aux données ; impliquant une augmentation de 2 à 4 fois des révolutions évolutives ! Ainsi, l'importance des fossiles critiques, collectivement ou individuellement, semble résider dans leur relative primitivité, et l'explication la plus simple pour leur nature plus conservatrice est qu'ils ont eu moins de temps pour évoluer. Bien que les fossiles puissent être importants dans l'inférence phylogénétique seulement sous certaines conditions, il n'y a aucune raison convaincante de préjuger de leur contribution. Nous exhortons les systématiciens à évaluer équitablement toutes les preuves disponibles.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-0031.1988.tb00514.x",
    doi = "10.1111/j.1096-0031.1988.tb00514.x",
    openalex = "W1978557909",
    references = "crossref1943the, currie1985cranial, doi101001jama194302840160064031, doi1010079781468488517, doi101007978146848851721, doi101016002555648290027x, doi1010160169534789901626, doi101016b9781483198279500198, doi101016b9781483231426500124, doi101017cbo9780511693281002, doi101038142004a0, doi10108002724634198810011708, doi101086628623, doi101093sysbio1811, doi101093sysbio33183, doi1010970000505319311100000026, doi101098rstb19830079, doi101111j109636421977tb01031x, doi101111j109636421985tb01796x, doi101146annureven10010165000525, doi1023071005355, doi1023071220820, doi1023071292217, doi1023071441916, doi1023072412407, doi1023072412685, doi1023072413134, doi1023072413259, doi1023072413454, doi1023072485224, doi105281zenodo16171435, doi10560219780801847806, doi105962bhltitle6408, doi105962bhltitle82144, openalexw1534787790, openalexw1534857865, openalexw2954279587, openalexw2983381470, openalexw3146596760, openalexw3184837389, openalexw575222456, roaf1943the"
}

La technique de l'allométrie examine les effets de la taille sur des variables telles que l'apport alimentaire, les besoins énergétiques, les taux de croissance et l'âge de la première reproduction. Ce livre rassemble une grande partie de ce qui est connu sur les conséquences de la taille et fournit un nouveau cadre mathématiquement rigoureux au sein duquel de nombreuses prédictions quantitatives sont formulées et testées à l'aide de données publiées et non publiées. Des explications sont proposées pour de nombreux phénomènes précédemment inexpliqués, tels que le fait que chez certaines espèces, les femelles sont des milliers de fois plus lourdes que les mâles, alors que chez aucune espèce, les mâles ne sont plus d'environ huit fois plus lourds que les femelles. Les modèles présentés offrent une synthèse des effets de la taille et ouvrent des voies pour d'autres investigations théoriques et tests expérimentaux. Des efforts ont été faits pour présenter verbalement toutes les conclusions mathématiques afin d'assurer que le texte soit largement intelligible.

@book{doi101017cbo9780511608483,
    author = "Reiß, Michael",
    title = "The Allometry of Growth and Reproduction",
    year = "1989",
    booktitle = "Cambridge University Press eBooks",
    abstract = "The technique of allometry investigates the effects of size on such variables as food intake, energy requirements, growth rates and age at first reproduction. This book brings together much of what is known about the consequences of size and provides a new and mathematically rigorous framework within which many quantitative predictions are made and tested using published and unpublished data. Explanations are proposed for many previously unexplained phenomena such as why in some species females are thousands of times heavier than males, whereas in no species are males more than about eight times heavier than females. The models presented afford a synthesis of the effects of size and open up pathways for further theoretical investigation and experimental testing. Care has been taken to give verbal presentations of all the mathematical conclusions to ensure that the text is widely intelligible.",
    url = "https://doi.org/10.1017/cbo9780511608483",
    doi = "10.1017/cbo9780511608483",
    openalex = "W1965248659"
}

Archaeopteryx est presque universellement considéré comme un oiseau primitif. Cependant, des débats persistent concernant l'assignation taxonomique des six fossiles squelettiques. La mise à l'échelle allométrique des données ostéologiques montre que tous les spécimens sont cohérents avec une seule série de croissance. L'absence de certaines fusions osseuses suggère qu'aucun spécimen n'est à pleine croissance. Les modèles allométriques, comparés aux gradients de croissance d'autres dinosaures, d'ectothermes existants et d'endothermes existants, suggèrent qu'Archaeopteryx était probablement un endotherme homéotherme à croissance rapide et possédait des capacités précoces pour la course et le vol. Les modèles allométriques multivariés offrent un potentiel significatif pour interpréter les modèles ontogénétiques et les tendances phylogénétiques dans le registre fossile.

@article{houck1990allometric,
    author = "Houck, Marilyn A. and Gauthier, Jacques A. and Strauss, Richard E.",
    title = "Allometric Scaling in the Earliest Fossil Bird, Archaeopteryx lithographica",
    year = "1990",
    journal = "Science",
    abstract = "Archaeopteryx is almost universally considered a primitive bird. Debate persists, however, about the taxonomic assignment of the six skeletal fossils. Allometric scaling of osteological data shows that all specimens are consistent with a single growth series. The absence of certain bone fusions suggests that no specimen is full-grown. Allometric patterns, as compared to growth gradients of other dinosaurs, extant ectotherms, and extant endotherms, suggest that Archaeopteryx was likely a homeothermic endotherm with rapid growth and precocial abilities for running and flying. Multivariate allometric models offer a significant potential for interpreting ontogenetic patterns and phylogenetic trends in the fossil record.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.247.4939.195",
    doi = "10.1126/science.247.4939.195",
    number = "4939",
    openalex = "W2037364246",
    pages = "195-198",
    volume = "247",
    references = "doi101086282710, doi101086283367, doi101093sysbio24137, doi101111j109583121976tb00244x, doi101111j109600311988tb00514x, doi101111j146979981975tb01405x, doi101126science1864167892, doi1023072527939, doi1023072992387, doi1023073243026"
}

@misc{houck1990allometric1,
    author = "Houck, M. A. et Gauthier, J. A. et Strauss, R. E",
    title = "Mise à l'échelle allométrique chez le premier oiseau fossile, Archeopteryx lithographica",
    year = "1990",
    howpublished = "Science, v. 247, p. 195",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Houck, M. A., Gauthier, J. A., et Strauss, R. E., 1990, Mise à l'échelle allométrique chez le premier oiseau fossile, Archeopteryx lithographica: Science, v. 247, p. 195.}"
}

L'allométrie, l'étude du taux de croissance des parties d'un organisme par rapport à l'ensemble, a produit divers résultats dans la recherche sur les animaux. Ce texte applique l'allométrie aux études de l'évolution, de la morphologie, de la physiologie et de la reproduction des plantes. L'auteur couvre un large spectre de la vie végétale, des algues unicellulaires aux arbres géants, y compris les taxons fossiles et actuels. Il examine la relation entre la taille organique et les variations de la forme des plantes, du métabolisme, de la reproduction et de l'évolution, et s'appuie sur la littérature zoologique pour développer des techniques allométriques pour les problèmes particuliers de la hauteur des plantes, de la relation entre la masse corporelle et la longueur corporelle, et des variations de taille corrélées aux taux de croissance. Pour les lecteurs non familiers avec les bases de l'allométrie, un appendice explique les méthodes statistiques de base. Ce texte devrait être une lecture utile pour les botanistes intéressés par une approche originale et quantitative de l'évolution et de la fonction des plantes, et pour les zoologistes qui souhaitent en savoir plus sur la valeur des techniques allométriques pour étudier l'évolution.

@article{doi105860choice324498,
    title = "Plant allometry: the scaling of form and process",
    year = "1995",
    journal = "Choice Reviews Online",
    abstract = "Allometry, the study of the growth rate of an organism's parts in relation to the whole, has produced various results in research on animals. This text applies allometry to studies of the evolution, morphology, physiology and reproduction of plants. The author covers a broad spectrum of plant life, from unicellular algae to towering trees, including fossil as well as extant taxa. He examines the relation between organic size and variations in plant form, metabolism, reproduction and evolution, and draws on the zoological literature to develop allometric techniques for the peculiar problems of plant height, the relation between body mass and body length, and size-correlated variations in rates of growth. For readers unfamiliar with the basics of allometry, an appendix explains basic statistical methods. This text should be useful reading for botanists interested in an original, quantitative approach to plant evolution and function, and for zoologists who want to learn more about the value of allometric techniques for studying evolution.",
    url = "https://doi.org/10.5860/choice.32-4498",
    doi = "10.5860/choice.32-4498",
    openalex = "W1564170918"
}

RÉSUMÉ La fermeture des sutures neurocentrales dans la colonne vertébrale des crocodiliens suit une séquence distincte de caudale à crânienne au cours de l'ontogenèse. Les sutures de la plupart des vertèbres caudales sont entièrement fermées à l'éclosion, mais la fermeture des sutures restantes se produit plus tard dans l'ontogenèse. La fermeture des sutures cervicales est un indicateur constant de la maturité morphologique chez Alligator mississippiensis, Alligator sinensis, Osteolaemus tetraspis et Crocodylus acutus ; la transformation finale est la fermeture de la suture neurocentrale axiale, qui se produit après la fermeture de la suture axis-odontoïde. Étant donné que ces transformations se produisent près de la fin de l'ontogenèse chez les trois taxons, indépendamment de la taille maximale, la fermeture de ces sutures est un critère de maturité indépendant de la taille ; cependant, il n'est pas certain si la fermeture des sutures indique l'arrêt de la croissance. Ces transformations sont facilement identifiables dans les fossiles, permettant la caractérisation objective de la maturité chez les crocodiliens fossiles et peut-être chez au moins certains de leurs parents éteints plus proches.

@article{doi10108002724634199610011283,
    author = "Brochu, Christopher A.",
    title = "Fermeture des sutures neurocentrales au cours de l'ontogenèse des crocodiliens : Implications pour l'évaluation de la maturité chez les archosaures fossiles",
    year = "1996",
    journal = "Journal of Vertebrate Paleontology",
    abstract = "RÉSUMÉ La fermeture des sutures neurocentrales dans la colonne vertébrale des crocodiliens suit une séquence distincte de caudale à crânienne au cours de l'ontogenèse. Les sutures de la plupart des vertèbres caudales sont entièrement fermées à l'éclosion, mais la fermeture des sutures restantes se produit plus tard dans l'ontogenèse. La fermeture des sutures cervicales est un indicateur constant de la maturité morphologique chez Alligator mississippiensis, Alligator sinensis, Osteolaemus tetraspis et Crocodylus acutus ; la transformation finale est la fermeture de la suture neurocentrale axiale, qui se produit après la fermeture de la suture axis-odontoïde. Étant donné que ces transformations se produisent près de la fin de l'ontogenèse chez les trois taxons, indépendamment de la taille maximale, la fermeture de ces sutures est un critère de maturité indépendant de la taille ; cependant, il n'est pas certain si la fermeture des sutures indique l'arrêt de la croissance. Ces transformations sont facilement identifiables dans les fossiles, permettant la caractérisation objective de la maturité chez les crocodiliens fossiles et peut-être chez au moins certains de leurs parents éteints plus proches.",
    url = "https://doi.org/10.1080/02724634.1996.10011283",
    doi = "10.1080/02724634.1996.10011283",
    openalex = "W2024771330",
    references = "doi101002jmor1051080103, doi101017s0094837300012331, doi101086273307, doi101111j109636421993tb02537x, doi101111j146979981975tb01405x, doi101111j146979981993tb01933x, doi1023071444994, doi1023072403875, doi105962bhltitle54967, doi105962bhltitle82144, houck1990allometric"
}

Les oiseaux ont évolué à partir de dinosaures théropodes et sont reconnus phylogénétiquement comme des membres de ces derniers ; leur premier membre connu est l'Archaeopteryx du Jurassique supérieur, représenté aujourd'hui par sept squelettes et une plume, et leurs parents non-avians les plus proches connus sont les théropodes droméosauridés tels que Deinonychus. Le vol des oiseaux est largement considéré comme ayant évolué des arbres vers le bas, mais l'Archaeopteryx et ses groupes sœurs ne montrent aucun caractère arboricole ou grimpeur évident, et la forme de leur aile et leur charge alaire ne ressemblent pas à celles des planeurs. Les ancêtres des oiseaux étaient bipèdes, terrestres, agiles, cursoriaux et carnivores ou omnivores. À part un pied de perchoir et certaines fusions squelettiques, un grand nombre de caractères qui sont généralement considérés comme ' aviens ' (par exemple, la furcula, l'avant-bras allongé, le poignet qui s'incline latéralement et les plumes apparentes) ont évolué chez les théropodes non-avians pour des raisons sans rapport avec les oiseaux ou le vol. Peu après l'Archaeopteryx, des caractéristiques aviaires telles que le pygostyle, la fusion du carpometacarpe, et les griffes pédales allongées et courbées avec un hallux inversé, complètement descendu et opposable, indiquent une capacité de vol améliorée et des habitudes arboricoles. Dans l'évolution ultérieure des oiseaux, les caractères liés à l'appareil de vol ont phylogénétiquement précédé ceux liés au reste du squelette et du crâne. Les oiseaux du Mésozoïque sont plus diversifiés et nombreux qu'on ne le pensait auparavant, et le groupe de oiseaux du Crétacé le plus diversifié connu, les Enantiornithes, n'a même été reconnu qu'en 1981. La grande majorité des groupes d'oiseaux du Mésozoïque n'ont pas de records tertiaires : les Enantiornithes, les Hesperornithiformes, les Ichthyornithiformes et plusieurs autres lignées ont disparu à la fin du Crétacé. À cette époque, quelques ' Ordres ' linéens d'oiseaux actuels avaient apparu, mais aucun de ces taxons n'appartient aux ' familles ' actuelles, et ce n'est qu'au Paléocène ou (dans la plupart des cas) à l'Éocène que la majorité des ' Ordres ' d'oiseaux actuels sont connus dans le registre fossile. Il n'y a aucune preuve d'une extinction majeure ou massive d'oiseaux à la fin du Crétacé, ni d'un goulot d'étranglement soudain de diversité qui aurait favorisé l'origine des ' Ordres ' d'oiseaux vivants au début du Tertiaire.

@article{doi101017s0006323197005100,
    author = "PADIAN, KEVIN et Chiappe, Luis M.",
    title = "L'origine et l'évolution précoce des oiseaux",
    year = "1998",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews de la Cambridge Philosophical Society",
    abstract = "Les oiseaux ont évolué à partir de dinosaures théropodes et sont reconnus phylogénétiquement comme des membres de ces derniers ; leur premier membre connu est l'Archaeopteryx du Jurassique supérieur, représenté aujourd'hui par sept squelettes et une plume, et leurs parents non-avians les plus proches connus sont les théropodes droméosauridés tels que Deinonychus. Le vol des oiseaux est largement considéré comme ayant évolué des arbres vers le bas, mais l'Archaeopteryx et ses groupes sœurs ne montrent aucun caractère arboricole ou grimpeur évident, et la forme de leur aile et leur charge alaire ne ressemblent pas à celles des planeurs. Les ancêtres des oiseaux étaient bipèdes, terrestres, agiles, cursoriaux et carnivores ou omnivores. À part un pied de perchoir et certaines fusions squelettiques, un grand nombre de caractères qui sont généralement considérés comme ' aviens ' (par exemple, la furcula, l'avant-bras allongé, le poignet qui s'incline latéralement et les plumes apparentes) ont évolué chez les théropodes non-avians pour des raisons sans rapport avec les oiseaux ou le vol. Peu après l'Archaeopteryx, des caractéristiques aviaires telles que le pygostyle, la fusion du carpometacarpe, et les griffes pédales allongées et courbées avec un hallux inversé, complètement descendu et opposable, indiquent une capacité de vol améliorée et des habitudes arboricoles. Dans l'évolution ultérieure des oiseaux, les caractères liés à l'appareil de vol ont phylogénétiquement précédé ceux liés au reste du squelette et du crâne. Les oiseaux du Mésozoïque sont plus diversifiés et nombreux qu'on ne le pensait auparavant, et le groupe de oiseaux du Crétacé le plus diversifié connu, les Enantiornithes, n'a même été reconnu qu'en 1981. La grande majorité des groupes d'oiseaux du Mésozoïque n'ont pas de records tertiaires : les Enantiornithes, les Hesperornithiformes, les Ichthyornithiformes et plusieurs autres lignées ont disparu à la fin du Crétacé. À cette époque, quelques ' Ordres ' linéens d'oiseaux actuels avaient apparu, mais aucun de ces taxons n'appartient aux ' familles ' actuelles, et ce n'est qu'au Paléocène ou (dans la plupart des cas) à l'Éocène que la majorité des ' Ordres ' d'oiseaux actuels sont connus dans le registre fossile. Il n'y a aucune preuve d'une extinction majeure ou massive d'oiseaux à la fin du Crétacé, ni d'un goulot d'étranglement soudain de diversité qui aurait favorisé l'origine des ' Ordres ' d'oiseaux vivants au début du Tertiaire.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0006323197005100",
    doi = "10.1017/s0006323197005100",
    openalex = "W4237590069",
    references = "crossref1976allosaurus, doi1010160169534791900818, doi101016s0016699588800664, doi101016s0047248477800158, doi101038292051a0, doi101038331433a0, doi101038362623a0, doi101038381226a0, doi101086407902, doi101098rstb19910056, doi101098rstb19920051, doi101111j109583121976tb00244x, doi101126science2555046845, doi101126science27553031109, doi1023071441916, doi1023072992353, doi102307jctvqc6gzx, doi105860choice343307, doi105860choice353642, openalexw2991310333"
}

RÉSUMÉ Les oiseaux ont évolué à partir des dinosaures théropodes et sont reconnus phylogénétiquement comme des membres de ce groupe ; leur premier membre connu est l'Archaeopteryx du Jurassique supérieur, aujourd'hui représenté par sept squelettes et une plume, et leurs parents non aviens les plus proches connus sont les théropodes droméosauridés tels que Deinonychus. Le vol des oiseaux est largement considéré comme ayant évolué « des arbres vers le bas », mais l'Archaeopteryx et ses groupes sœurs ne présentent aucun caractère arboricole ou grimpeur évident, et la forme de leur aile ainsi que leur charge alaire ne ressemblent pas à celles des planeurs. Les ancêtres des oiseaux étaient bipèdes, terrestres, agiles, cursoriaux et carnivores ou omnivores. À l'exception d'un pied de perchoir et de certaines fusions squelettiques, un grand nombre de caractères généralement considérés comme « aviens » (par exemple la furcula, l'avant-bras allongé, le poignet fléchissant latéralement et les plumes apparentes) ont évolué chez les théropodes non aviens pour des raisons sans rapport avec les oiseaux ou le vol. Peu après l'Archaeopteryx, des caractéristiques aviaires telles que le pygostyle, la fusion du carpométacarpe et les griffes pédales allongées et courbées avec un hallux inversé, entièrement descendu et opposable, indiquent une capacité de vol améliorée et des habitudes arboricoles. Dans l'évolution ultérieure des oiseaux, les caractères liés à l'appareil de vol ont précédé phylogénétiquement ceux liés au reste du squelette et du crâne. Les oiseaux du Mésozoïque sont plus diversifiés et nombreux qu'on ne le pensait auparavant, et le groupe de oiseaux du Crétacé le plus diversifié connu, les Enantiornithes, n'a même été reconnu qu'en 1981. La grande majorité des groupes d'oiseaux du Mésozoïque n'ont pas de registres tertiaires : les Enantiornithes, les Hesperornithiformes, les Ichthyornithiformes et plusieurs autres lignées ont disparu à la fin du Crétacé. À cette époque, quelques « Ordres » linéens d'oiseaux actuels étaient apparus, mais aucun de ces taxons n'appartient aux « familles » actuelles, et ce n'est qu'au Paléocène ou (dans la plupart des cas) à l'Éocène que la majorité des « Ordres » d'oiseaux actuels sont connus dans le registre fossile. Il n'y a aucune preuve d'une extinction majeure ou massive d'oiseaux à la fin du Crétacé, ni d'un « goulot d'étranglement » soudain de la diversité qui aurait favorisé l'origine des « Ordres » d'oiseaux vivants au début du Tertiaire.

@article{doi101111j1469185x1997tb00024x,
    author = "Padian, Kevin and Chiappe, Luis M.",
    title = "The origin and early evolution of birds",
    year = "1998",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society",
    abstract = "RÉSUMÉ Les oiseaux ont évolué à partir des dinosaures théropodes et sont reconnus phylogénétiquement comme des membres de ce groupe ; leur premier membre connu est l'Archaeopteryx du Jurassique supérieur, aujourd'hui représenté par sept squelettes et une plume, et leurs parents non aviens les plus proches connus sont les théropodes droméosauridés tels que Deinonychus. Le vol des oiseaux est largement considéré comme ayant évolué « des arbres vers le bas », mais l'Archaeopteryx et ses groupes sœurs ne présentent aucun caractère arboricole ou grimpeur évident, et la forme de leur aile ainsi que leur charge alaire ne ressemblent pas à celles des planeurs. Les ancêtres des oiseaux étaient bipèdes, terrestres, agiles, cursoriaux et carnivores ou omnivores. À l'exception d'un pied de perchoir et de certaines fusions squelettiques, un grand nombre de caractères généralement considérés comme « aviens » (par exemple la furcula, l'avant-bras allongé, le poignet fléchissant latéralement et les plumes apparentes) ont évolué chez les théropodes non aviens pour des raisons sans rapport avec les oiseaux ou le vol. Peu après l'Archaeopteryx, des caractéristiques aviaires telles que le pygostyle, la fusion du carpométacarpe et les griffes pédales allongées et courbées avec un hallux inversé, entièrement descendu et opposable, indiquent une capacité de vol améliorée et des habitudes arboricoles. Dans l'évolution ultérieure des oiseaux, les caractères liés à l'appareil de vol ont précédé phylogénétiquement ceux liés au reste du squelette et du crâne. Les oiseaux du Mésozoïque sont plus diversifiés et nombreux qu'on ne le pensait auparavant, et le groupe de oiseaux du Crétacé le plus diversifié connu, les Enantiornithes, n'a même été reconnu qu'en 1981. La grande majorité des groupes d'oiseaux du Mésozoïque n'ont pas de registres tertiaires : les Enantiornithes, les Hesperornithiformes, les Ichthyornithiformes et plusieurs autres lignées ont disparu à la fin du Crétacé. À cette époque, quelques « Ordres » linéens d'oiseaux actuels étaient apparus, mais aucun de ces taxons n'appartient aux « familles » actuelles, et ce n'est qu'au Paléocène ou (dans la plupart des cas) à l'Éocène que la majorité des « Ordres » d'oiseaux actuels sont connus dans le registre fossile. Il n'y a aucune preuve d'une extinction majeure ou massive d'oiseaux à la fin du Crétacé, ni d'un « goulot d'étranglement » soudain de la diversité qui aurait favorisé l'origine des « Ordres » d'oiseaux vivants au début du Tertiaire.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1469-185x.1997.tb00024.x",
    doi = "10.1111/j.1469-185x.1997.tb00024.x",
    openalex = "W2127438693",
    references = "doi101016b978012249408650011x, doi101016s0016699588800664, doi101016s0047248477800158, doi101038292051a0, doi101038331433a0, doi101038362623a0, doi101038378774a0, doi101038387390a0, doi101038nature01420, doi101038nature02706, doi101086407902, doi101098rstb19910056, doi101098rstb19920051, doi101111j109583121976tb00244x, doi101111j155856461996tb04496x, doi101126science1078237, doi101126science2555046845, doi101126science2665186779, doi101146annurevea03050175000415, doi1023071441916, doi1023073514548, doi102307jctt1xp3v3r, doi105281zenodo16171435, doi105860choice300927, doi105860choice343307, doi105860choice353642, houck1990allometric, openalexw1879660213, openalexw2991310333, openalexw3146596760, ostrom2019osteology"
}

@article{doi10103823251,
    author = "West, Geoffrey B. et Brown, James H. et Enquist, Brian J.",
    title = "A general model for the structure and allometry of plant vascular systems",
    year = "1999",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/23251",
    doi = "10.1038/23251",
    openalex = "W2139755242",
    references = "doi1010079783662049310, doi1010079783662226278, doi101017cbo9781139167826, doi10103825977, doi101038314731a0, doi101111j146981371991tb00035x, doi101126science2765309122, doi1018960seitai14397, doi105860choice324498"
}

Des différences substantielles dans l'ostéologie pelvienne et les tissus mous séparent les crocodiliens du groupe couronne (Crocodylia) et les oiseaux (Neornithes). Une perspective phylogénétique incluant les fossiles révèle que ces disparités sont apparues selon un schéma progressif le long de la lignée menant aux oiseaux actuels, avec des changements majeurs survenant à la fois au sein et en dehors des Aves. Certains états caractéristiques qui ont précédé l'origine des Neornithes ne sont observables ou déductibles que chez les taxons éteints. Ces états transitionnels sont importants pour reconnaître les traits dérivés des néornithines. Les données paléontologiques et néontologiques sont vitales pour reconstruire la séquence des changements pelviens le long de la lignée menant aux Neornithes. La corrélation des tissus mous avec les structures ostéologiques permet de tracer les changements dans l'anatomie des tissus mous le long d'un cadre phylogénétique et ajoute une signification anatomique aux caractères systématiques issus de l'ostéologie. L'explicitation des homologies des surfaces osseuses révèle de nombreuses subtilités dans l'évolution pelvienne qui étaient auparavant inaperçues ou implicites. Je soutiens que de nombreuses caractéristiques anatomiques souvent traitées comme des caractères indépendants devraient être interprétées comme différents états caractéristiques du même caractère. Relativement peu d'états caractéristiques pelviens sont uniques aux Neornithes. En effet, de nombreuses caractéristiques ont évolué très tôt le long de la lignée menant aux Neornithes, brouillant la distinction entre l'anatomie « aviaire » et « non-aviaire ».

@article{doi101111j109636422001tb01313x,
    author = "Hutchinson, John R.",
    title = "The evolution of pelvic osteology and soft tissues on the line to extant birds (Neornithes)",
    year = "2001",
    journal = "Zoological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "Substantial differences in pelvic osteology and soft tissues separate crown group crocodylians (Crocodylia) and birds (Neornithes). A phylogenetic perspective including fossils reveals that these disparities arose in a stepwise pattern along the line to extant birds, with major changes occurring both within and outside Aves. Some character states that preceded the origin of Neornithes are only observable or inferable in extinct taxa. These transitional states are important for recognizing the derived traits of neornithines. Palaeontological and neontological data are vital for reconstructing the sequence of pelvic changes along the line to Neornithes. Soft tissue correlation with osteological structures allows changes in soft tissue anatomy to be traced along a phylogenetic framework, and adds anatomical significance to systematic characters from osteology. Explicitly addressing homologies of bone surfaces reveals many subtleties in pelvic evolution that were previously unrecognized or implicit. I advocate that many anatomical features often treated as independent characters should be interpreted as different character states of the same character. Relatively few pelvic character states are unique to Neornithes. Indeed, many features evolved quite early along the line to Neornithes, blurring the distinction between ‘avian’ and ‘non-avian’ anatomy.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-3642.2001.tb01313.x",
    doi = "10.1111/j.1096-3642.2001.tb01313.x",
    openalex = "W4211258340",
    references = "doi101007bf02985709, doi101016b9781483231426500124, doi101017cbo9780511608377010, doi101017s0094837300009866, doi10108002724634199310011511, doi101098rstb19830079, doi101098rstb19850092, doi101098rstb19920117, doi101111j109583121976tb00244x, doi101111j109600311988tb00514x, doi101111j109600311991tb00045x, doi101126science27853411267, doi101126science28454232137, doi101139e72031, doi1023072413134, doi1023072413454, doi10230730135049, doi104095101672, doi105281zenodo16171435, doi105281zenodo16492064, doi105860choice300927, doi105860choice321516, doi105860choice326223, doi105860choice392183, madsen1976a, openalexw646636017"
}

@article{doi1010781433831900083,
    author = "Weiner, Jacob",
    title = "Allocation, plasticité et allométrie chez les plantes",
    year = "2004",
    journal = "Perspectives en écologie, évolution et systématique végétales",
    url = "https://doi.org/10.1078/1433-8319-00083",
    doi = "10.1078/1433-8319-00083",
    openalex = "W2126855816",
    references = "doi101007bf00056241, doi101016s0065266008600486, doi101071pp99173co, doi1010781433831900083, doi101093oso97801951223430010001, doi101146annureves11110180001313, doi101146annureves16110185002051, doi1023072402622, doi1023075403, doi107208chicago97802264249720010001, openalexw2077454220"
}

@article{doi101007s004420050100x,
    author = "Chave, Jérôme et Andalo, Christophe et Brown, Sandra et Cairns, Michael A. et Chambers, Jeffrey Q. et Eamus, Derek et Fölster, H. et Fromard, François et Higuchi, Níro et Kira, Tatuo et Lescure, J. P. et Nelson, Bruce et Ogawa, Husato et Puig, Henri et Riéra, Bernard et Yamakura, Takuo",
    title = "Allométrie des arbres et estimation améliorée des stocks et de l'équilibre du carbone dans les forêts tropicales",
    year = "2005",
    journal = "Oecologia",
    url = "https://doi.org/10.1007/s00442-005-0100-x",
    doi = "10.1007/s00442-005-0100-x",
    openalex = "W2113521108",
    references = "doi1010079783662036648, doi101016jtree200310013, doi10103823251, doi10108001621459197910481038, doi10108001621459198310478017, doi101093forestscience354881, doi101139x72009, doi1023073802723, doi1023073803117, openalexw1573494572"
}

@article{doi101038nature03150,
    author = "Clarke, Julia A. et Tambussi, Claudia P. et Noriega, Jorge I. et Erickson, Gregory M. et Ketcham, Richard A.",
    title = "Preuves fossiles définitives de la radiation avienne actuelle au Crétacé",
    year = "2005",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature03150",
    doi = "10.1038/nature03150",
    openalex = "W2073925386",
    references = "doi101006mpev19980603, doi101016s0098300400001163, doi101017s0025315400028575, doi101038122881a0, doi10103835086500, doi101038381226a0, doi101098rspb20001368, doi101098rspb20011877, doi101111j109600312003tb00387x, doi101126science27553031109, doi1012060003008220023870001tmappo20co2, doi1016660022336020030770822mbatho20co2, doi105860choice405235"
}

Ajuster une ligne à un ensemble de données bivariées peut être un problème trompeusement complexe, et il y a eu beaucoup de débats sur cette question dans la littérature. Dans cette revue, nous décrivons pour le praticien les caractéristiques essentielles des méthodes d'ajustement de ligne pour estimer la relation entre deux variables : quelles méthodes sont couramment utilisées, quelle méthode doit être utilisée quand, et comment faire des inférences à partir de ces lignes pour répondre aux questions de recherche courantes. Un point particulièrement important pour l'ajustement de ligne en allométrie est que, généralement, deux sources d'erreur sont présentes (que nous appelons erreur de mesure et erreur d'équation), et ces dernières ont des implications assez différentes pour le choix de la méthode d'ajustement de ligne. En conséquence, l'approche dans cette revue et les méthodes présentées ont des différences subtiles mais importantes par rapport aux revues précédentes dans la littérature biologique. La régression linéaire, l'axe majeur et l'axe majeur standardisé sont des méthodes alternatives qui peuvent être appropriées lorsqu'il n'y a pas d'erreur de mesure. Lorsqu'il y a une erreur de mesure, celle-ci doit souvent être estimée et utilisée pour ajuster les termes de variance dans les formules d'ajustement de ligne. Nous examinons également les méthodes d'ajustement de ligne pour les analyses phylogénétiques. Des méthodes d'inférence sont décrites pour les techniques d'ajustement de ligne discutées dans cet article. Les types d'inférence considérés ici sont le test de la pente ou de l'élévation égale à une valeur donnée, la construction d'intervalles de confiance pour la pente ou l'élévation, la comparaison de plusieurs pentes ou élévations, et le test de décalage le long de l'axe parmi plusieurs groupes. Dans certains cas, plusieurs méthodes ont été proposées dans la littérature. Elles sont discutées et comparées. Dans d'autres cas, il y a peu ou pas de précédent disponible dans la littérature. Des simulations ont été menées pour vérifier si les méthodes d'inférence proposées ont la probabilité de couverture prévue ou l'erreur de type I. Nous avons identifié les méthodes d'inférence qui se comportent bien et recommandons les techniques qui devraient être adoptées dans les travaux futurs.

@article{doi101017s1464793106007007,
    author = "Warton, David I. et Wright, Ian J. et Falster, Daniel S. et Westoby, Mark",
    title = "Méthodes d'ajustement de ligne bivariée pour l'allométrie",
    year = "2006",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews de la Cambridge Philosophical Society",
    abstract = "Ajuster une ligne à un ensemble de données bivariées peut être un problème trompeusement complexe, et il y a eu beaucoup de débats sur cette question dans la littérature. Dans cette revue, nous décrivons pour le praticien les caractéristiques essentielles des méthodes d'ajustement de ligne pour estimer la relation entre deux variables : quelles méthodes sont couramment utilisées, quelle méthode doit être utilisée quand, et comment faire des inférences à partir de ces lignes pour répondre aux questions de recherche courantes. Un point particulièrement important pour l'ajustement de ligne en allométrie est que, généralement, deux sources d'erreur sont présentes (que nous appelons erreur de mesure et erreur d'équation), et ces dernières ont des implications assez différentes pour le choix de la méthode d'ajustement de ligne. En conséquence, l'approche dans cette revue et les méthodes présentées ont des différences subtiles mais importantes par rapport aux revues précédentes dans la littérature biologique. La régression linéaire, l'axe majeur et l'axe majeur standardisé sont des méthodes alternatives qui peuvent être appropriées lorsqu'il n'y a pas d'erreur de mesure. Lorsqu'il y a une erreur de mesure, celle-ci doit souvent être estimée et utilisée pour ajuster les termes de variance dans les formules d'ajustement de ligne. Nous examinons également les méthodes d'ajustement de ligne pour les analyses phylogénétiques. Des méthodes d'inférence sont décrites pour les techniques d'ajustement de ligne discutées dans cet article. Les types d'inférence considérés ici sont le test de la pente ou de l'élévation égale à une valeur donnée, la construction d'intervalles de confiance pour la pente ou l'élévation, la comparaison de plusieurs pentes ou élévations, et le test de décalage le long de l'axe parmi plusieurs groupes. Dans certains cas, plusieurs méthodes ont été proposées dans la littérature. Elles sont discutées et comparées. Dans d'autres cas, il y a peu ou pas de précédent disponible dans la littérature. Des simulations ont été menées pour vérifier si les méthodes d'inférence proposées ont la probabilité de couverture prévue ou l'erreur de type I. Nous avons identifié les méthodes d'inférence qui se comportent bien et recommandons les techniques qui devraient être adoptées dans les travaux futurs.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s1464793106007007",
    doi = "10.1017/s1464793106007007",
    openalex = "W2056581871",
    references = "doi1010029780470316436, doi101016s0140673686908378, doi101017cbo9780511608483, doi101017cbo9780511806384, doi101038nature02403, doi101086284325, doi101093biomet371230, doi101093sysbio41118, doi101098rstb19890106, doi101198tech2005s303, doi1023071391399, doi1023072344782, doi1023072529087, doi1023072841583, doi105860choice324498, openalexw1546962148"
}

Tester les modèles de macroévolution, et en particulier la suffisance des processus microévolutifs, nécessite une bonne collaboration entre biologistes moléculaires et paléontologues. Nous rapportons un tel test pour les événements autour du Crétacé supérieur en décrivant les premiers fossiles de pingouins, en analysant des génomes mitochondriaux complets d'un albatros, d'un pétrel et d'un plongeon, et en décrivant le déclin progressif des ptérosaures au même moment où les oiseaux modernes se radiation. Les fossiles de pingouins comprennent quatre squelettes naturellement associés du Greensand de Waipara en Nouvelle-Zélande, une formation du Paléocène (Tertiaire précoce) juste au-dessus d'un site de frontière Crétacé/Tertiaire bien connu. Les fossiles, dans un nouveau genre (Waimanu), fournissent une estimation inférieure de 61-62 Ma pour la divergence entre les pingouins et les autres oiseaux et établissent ainsi un point de calibration fiable pour l'évolution aviaire. En combinant les points de calibration fossiles, les séquences d'ADN, la vraisemblance maximale et l'analyse bayésienne, les calibrations de pingouins impliquent une radiation d'oiseaux modernes (groupe couronne) au Crétacé supérieur. Cela inclut une estimation conservatrice que les lignées marines et côtières modernes se sont divergées au plus tard au Crétacé supérieur vers 74 +/- 3 Ma (Campanien). Il est clair que les oiseaux modernes depuis au moins le Crétacé supérieur tardif vivaient au même moment que les oiseaux archaïques incluant Hesperornis, Ichthyornis et les divers Enantiornithiformes. Les ptérosaures, qui coexistaient également avec les premiers oiseaux couronne, montrent des changements notables tout au long du Crétacé supérieur. Il y a eu une diminution de la diversité taxonomique, et les espèces de petite à moyenne taille ont disparu bien avant la fin du Crétacé. Une lecture simple du registre fossile pourrait suggérer des interactions compétitives avec les oiseaux, mais beaucoup plus doit être compris sur les histoires de vie des ptérosaures. Des fossiles supplémentaires et des données moléculaires sont toujours nécessaires pour aider à comprendre le rôle des interactions biotiques dans l'évolution des oiseaux du Crétacé supérieur et ainsi tester que les mécanismes de microévolution sont suffisants pour expliquer la macroévolution.

@article{doi101093molbevmsj124,
    author = "Slack, Kerryn E. et Jones, Craig M. et Ando, Tatsuro et Harrison, G. L. Abby et Fordyce, R. Éwan et Árnason, Úlfur et Penny, David",
    title = "Fossiles de pingouins précoces, plus génomes mitochondriaux, calibrent l'évolution aviaire",
    year = "2006",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "Tester les modèles de macroévolution, et en particulier la suffisance des processus microévolutifs, nécessite une bonne collaboration entre biologistes moléculaires et paléontologues. Nous rapportons un tel test pour les événements autour du Crétacé supérieur en décrivant les premiers fossiles de pingouins, en analysant des génomes mitochondriaux complets d'un albatros, d'un pétrel et d'un plongeon, et en décrivant le déclin progressif des ptérosaures au même moment où les oiseaux modernes se radiation. Les fossiles de pingouins comprennent quatre squelettes naturellement associés du Greensand de Waipara en Nouvelle-Zélande, une formation du Paléocène (Tertiaire précoce) juste au-dessus d'un site de frontière Crétacé/Tertiaire bien connu. Les fossiles, dans un nouveau genre (Waimanu), fournissent une estimation inférieure de 61-62 Ma pour la divergence entre les pingouins et les autres oiseaux et établissent ainsi un point de calibration fiable pour l'évolution aviaire. En combinant les points de calibration fossiles, les séquences d'ADN, la vraisemblance maximale et l'analyse bayésienne, les calibrations de pingouins impliquent une radiation d'oiseaux modernes (groupe couronne) au Crétacé supérieur. Cela inclut une estimation conservatrice que les lignées marines et côtières modernes se sont divergées au plus tard au Crétacé supérieur vers 74 +/- 3 Ma (Campanien). Il est clair que les oiseaux modernes depuis au moins le Crétacé supérieur tardif vivaient au même moment que les oiseaux archaïques incluant Hesperornis, Ichthyornis et les divers Enantiornithiformes. Les ptérosaures, qui coexistaient également avec les premiers oiseaux couronne, montrent des changements notables tout au long du Crétacé supérieur. Il y a eu une diminution de la diversité taxonomique, et les espèces de petite à moyenne taille ont disparu bien avant la fin du Crétacé. Une lecture simple du registre fossile pourrait suggérer des interactions compétitives avec les oiseaux, mais beaucoup plus doit être compris sur les histoires de vie des ptérosaures. Des fossiles supplémentaires et des données moléculaires sont toujours nécessaires pour aider à comprendre le rôle des interactions biotiques dans l'évolution des oiseaux du Crétacé supérieur et ainsi tester que les mécanismes de microévolution sont suffisants pour expliquer la macroévolution.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msj124",
    doi = "10.1093/molbev/msj124",
    openalex = "W2162762023",
    references = "doi101111j109600312003tb00387x, doi101126science1064706, doi101144gslsp20032170111, doi1012060003008220023870001tmappo20co2, doi1012060003009020042860001mptaso20co2, doi105860choice405235"
}

@article{doi101016jaquabot200712006,
    author = "Komiyama, Akira et Ong, Jin Eong et Poungparn, Sasitorn",
    title = "Allométrie, biomasse et productivité des forêts de mangroves : Une revue",
    year = "2008",
    journal = "Aquatic Botany",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.aquabot.2007.12.006",
    doi = "10.1016/j.aquabot.2007.12.006",
    openalex = "W2040698592",
    references = "doi1010079783642809132, doi101007s004420050100x, doi101007s004420050201, doi101016b9780124250505x50018, doi101016jaquabot200712005, doi101016jaquabot200712007, doi101016jaquabot200802009, doi101017cbo9781139946575, doi101146annureves05110174000351, doi1018960seitai14397, doi1023072403413"
}

Les plus anciens enregistrements sans équivoque de Dinosauria ont été découverts dans des roches du Trias supérieur (environ 230 Ma) accumulées dans des bassins de rift extensionnels dans le sud-ouest de Pangea. Les plus connus de ces derniers sont Herrerasaurus ischigualastensis, Pisanosaurus mertii, Eoraptor lunensis et Panphagia protos de la Formation d'Ischigualasto, en Argentine, et Staurikosaurus pricei et Saturnalia tupiniquim de la Formation de Santa Maria, au Brésil. Aucun fossile corporel de dinosaure non controversé n'est connu des strates plus anciennes, mais l'origine du lignage au Trias moyen peut être déduite à la fois du registre des traces de pas et de sa relation de groupe sœur avec les dinosauremorfes basaux du Ladinien. Ceux-ci incluent le Marasuchus lilloensis typique, des formes plus basales telles que Lagerpeton et Dromomeron, ainsi que les silesauridés : un groupe possiblement monophylétique composé de formes du Trias moyen-supérieur qui pourraient représenter des taxons sœurs immédiats des dinosaures. La première définition phylogénétique correspondant à la compréhension actuelle de Dinosauria comme un taxon basé sur un nœud composé exclusivement de Saurischia et Ornithischia mutuellement exclusifs a été donnée comme « tous les descendants du dernier ancêtre commun des oiseaux et du Tricératops ». Les analyses cladistiques récentes des dinosaures précoces s'accordent à dire que Pisanosaurus mertii est un ornithischien basal ; que Herrerasaurus ischigualastensis et Staurikosaurus pricei appartiennent à une Herrerasauridae monophylétique ; que les herréassauridés, Eoraptor lunensis et Guaibasaurus candelariensis sont des saurischiens ; que les Saurischia comprennent deux groupes principaux, les Sauropodomorpha et les Theropoda ; et que Saturnalia tupiniquim est un membre basal de la lignée sauropodomorphe. Au contraire, plusieurs aspects de la phylogénie des dinosaures basaux restent controversés, notamment la position des herréassauridés, de E. lunensis et de G. candelariensis en tant que theropodes basaux ou saurischiens basaux, ainsi que l'affinité et/ou la validité de taxons plus fragmentaires tels qu'Agnosphitys cromhallensis, Alwalkeria maleriensis, Chindesaurus bryansmalli, Saltopus elginensis et Spondylosoma absconditum. L'identification des apomorphies des dinosaures est compromise par l'incomplétude des restes squelettiques attribués à la plupart des dinosauremorfes basaux, dont les crânes et les membres antérieurs sont particulièrement mal connus. Néanmoins, Dinosauria peut être diagnostiqué par un ensemble de traits dérivés, dont la plupart sont liés à l'anatomie du bassin et des membres. Certains de ces traits sont liés à l'acquisition d'une marche bipède entièrement dressée, ce qui a traditionnellement été suggéré comme représentant une adaptation clé qui a permis, voire favorisé, la radiation des dinosaures au Trias supérieur. Pourtant, contrairement aux modèles classiques de « compétition », les dinosaures n'ont pas progressivement remplacé d'autres tétrapodes terrestres au cours du Trias supérieur. En fait, la radiation du groupe comprend au moins trois moments marquants, séparés par des événements d'extinction controversés (Carnien-Norien, Trias-Jurassique). Ceux-ci sont principalement caractérisés par une diversification précoce au Carnien, une augmentation de la diversité et (surtout) de l'abondance au Norien, et l'occupation de nouvelles niches dès le Jurassique inférieur. Les dinosaures sont apparus à partir d'ancêtres entièrement bipèdes, dont le régime alimentaire pouvait être carnivore ou omnivore. Alors que les dinosaures les plus anciens étaient géographiquement restreints au sud de Pangea, incluant des ornithischiens rares et des membres basaux plus abondants de la lignée saurischiene, le groupe a atteint une distribution presque mondiale à la fin du Trias, en particulier avec la radiation de groupes saurischiens tels que les « prosauropodes » et les coélyphoïdes.

@article{doi101111j1469185x200900094x,
    author = "Langer, Max C. et Ezcurra, Martín D. et Bittencourt, Jonathas S. et Novas, Fernando E.",
    title = "L'origine et l'évolution précoce des dinosaures",
    year = "2009",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society",
    abstract = {Les enregistrements les plus anciens et incontestables de Dinosauria ont été découverts dans des roches du Trias supérieur (environ 230 Ma) accumulées dans des bassins de rift extensionnels dans le sud-ouest de Pangea. Les mieux connus parmi ceux-ci sont Herrerasaurus ischigualastensis, Pisanosaurus mertii, Eoraptor lunensis et Panphagia protos de la Formation d'Ischigualasto, en Argentine, ainsi que Staurikosaurus pricei et Saturnalia tupiniquim de la Formation de Santa Maria, au Brésil. Aucun fossile corporel de dinosaure non controversé n'est connu des strates plus anciennes, mais l'origine du lignage au Trias moyen peut être déduite à la fois du registre des traces de pas et de sa relation de groupe sœur avec les dinosauremorfes basaux du Ladinien. Ceux-ci incluent le Marasuchus lilloensis typique, des formes plus basales telles que Lagerpeton et Dromomeron, ainsi que les silesauridés : un groupe possiblement monophylétique composé de formes du Trias moyen-supérieur qui pourraient représenter des taxons sœurs immédiats des dinosaures. La première définition phylogénétique correspondant à la compréhension actuelle de Dinosauria comme un taxon basé sur un nœud composé exclusivement de Saurischia et Ornithischia mutuellement exclusifs a été donnée comme « tous les descendants du dernier ancêtre commun des oiseaux et du Tricératops ». Les analyses cladistiques récentes des dinosaures précoces s'accordent à dire que Pisanosaurus mertii est un ornithischien basal ; que Herrerasaurus ischigualastensis et Staurikosaurus pricei appartiennent à une famille monophylétique, les Herrerasauridae ; que les herrerasauridés, Eoraptor lunensis et Guaibasaurus candelariensis sont des saurischiens ; que les Saurischia comprennent deux groupes principaux, les Sauropodomorpha et les Theropoda ; et que Saturnalia tupiniquim est un membre basal du lignage sauropodomorphe. Au contraire, plusieurs aspects de la phylogénie des dinosaures basaux restent controversés, notamment la position des herrerasauridés, E. lunensis et G. candelariensis en tant que theropodes basaux ou saurischiens basaux, ainsi que l'affinité et/ou la validité de taxons plus fragmentaires tels qu'Agnosphitys cromhallensis, Alwalkeria maleriensis, Chindesaurus bryansmalli, Saltopus elginensis et Spondylosoma absconditum. L'identification des apomorphies des dinosaures est compromise par l'incomplétude des restes squelettiques attribués à la plupart des dinosauremorfes basaux, dont les crânes et les membres antérieurs sont particulièrement mal connus. Néanmoins, Dinosauria peut être diagnostiqué par un ensemble de traits dérivés, dont la plupart sont liés à l'anatomie de la ceinture pelvienne et des membres. Certains de ces traits sont liés à l'acquisition d'une marche bipède entièrement érigée, ce qui a traditionnellement été suggéré comme représentant une adaptation clé qui a permis, voire favorisé, la radiation des dinosaures au cours du Trias supérieur. Pourtant, contrairement aux modèles classiques « compétitifs », les dinosaures n'ont pas progressivement remplacé d'autres tétrapodes terrestres au cours du Trias supérieur. En fait, la radiation du groupe comprend au moins trois moments marquants, séparés par des événements d'extinction controversés (Carnien-Norien, Trias-Jurassique). Ceux-ci sont principalement caractérisés par une diversification précoce au Carnien, une augmentation de la diversité et (surtout) de l'abondance au Norien, et l'occupation de nouvelles niches dès le Jurassique inférieur. Les dinosaures sont apparus à partir d'ancêtres entièrement bipèdes, dont le régime alimentaire pouvait être carnivore ou omnivore. Alors que les dinosaures les plus anciens étaient géographiquement restreints au sud de Pangea, incluant des ornithischiens rares et des membres basaux plus abondants du lignage saurischien, le groupe a atteint une distribution presque mondiale à la fin du Trias, en particulier avec la radiation de groupes saurischiens tels que les « prosauropodes » et les coélyphoïdes.},
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1469-185x.2009.00094.x",
    doi = "10.1111/j.1469-185x.2009.00094.x",
    openalex = "W2121596487",
    references = "chatterjee2013a, crossref1998encyclopedia, currie2009stratigraphy, doi1010160031018281900924, doi1010160031018295000178, doi101016c20090644421, doi101016jjsames200504002, doi101016jpalaeo200606041, doi101016s0012825203000825, doi101016s0016699580800386, doi101016s0016699583800205, doi101016s0031018298001175, doi101017cbo9780511628948, doi101017s0094837300010575, doi101017s1477201906001970, doi101017s1477201907002040, doi101017s1477201907002246, doi101017s1477201907002271, doi101017s247526300000091x, doi10103820167, doi10106313060577, doi101073pnas0606028103, doi10108002724634199410011538, doi10108002724634199510011271, doi10108002724634199810011115, doi10108002724634199910011124, doi101098rspb20042692, doi101098rspb20080715, doi101098rspl18870117, doi101098rstb19990489, doi101111j109636421985tb01796x, doi101111j10963642200400130x, doi101126science1143325, doi101126science21545391501, doi101126science2645160828, doi101126science2845414616, doi101126science3616622, doi101127njgpa210199841, doi101144gsjgs14720321, doi1012060003009020073021taoeoa20co2, doi101525california97805202420980010001, doi1015468gbdyof, doi1016710272463420020220510toomka20co2, doi1016710272463420072773tclagn20co2, doi101671a1097, doi1023071292217, doi1023071441916, doi1023073889325, doi102475ajss319111253, doi102475ajss32313381, doi104202app20080415, doi10432497802030907329, doi105281zenodo16120887, doi105281zenodo16171435, doi105281zenodo16246150, doi105860choice325663, doi105860choice393984, doi105860choice465038, doi107146moggeosciv32i140904, doi10718895fylantbak30809522, openalexw114509570, openalexw1496509561, openalexw1535663436, openalexw205674743, openalexw2242116350, openalexw2788234611, openalexw2991310333, openalexw3208547338, openalexw3215057009, padian1989presence, rowe1989a, walker1964triassic"
}

Peu de choses sont connues sur les capacités olfactives des oiseaux basaux (non-neornithines) éteints ou sur les changements évolutifs de l'olfaction survenus des theropodes non aviens aux oiseaux modernes. Bien que les oiseaux modernes soient connus pour avoir des capacités olfactives diverses, l'olfaction est généralement considérée comme ayant décliné au cours de l'évolution aviaire alors que des améliorations sensorielles visuelles et vestibulaires se sont produites en association avec le vol. Pour tester l'hypothèse que l'olfaction a diminué au cours de l'évolution aviaire, nous avons évalué la taille relative du bulbe olfactif, utilisée ici comme proxy neuroanatomique des capacités olfactives, chez 157 espèces de theropodes non aviens, d'oiseaux fossiles et d'oiseaux vivants. Nous montrons que la taille relative du bulbe olfactif a augmenté au cours de l'évolution des maniraptoriformes non aviens, est restée stable à travers la transition theropode/oiseau non avien, et a augmenté au cours de l'évolution des oiseaux basaux et des neornithines précoces. Des neornithines précoces à travers une grande partie de l'évolution des neornithines, la taille relative des bulbes olfactifs est restée stable avant de diminuer dans les clades neoavians dérivés. Nos résultats montrent que, plutôt que de diminuer, l'importance de l'olfaction a en réalité augmenté au cours de l'évolution précoce des oiseaux, représentant une amélioration sensorielle précédemment non reconnue. Les bulbes olfactifs relativement plus grands des neornithines les plus anciennes, par rapport à ceux des oiseaux basaux, ont peut-être doté les neornithines d'une olfaction améliorée pour des compétences de recherche de nourriture ou de navigation plus efficaces, ce qui à son tour a pu être un facteur leur permettant de survivre à l'extinction de masse du Crétacé terminal.

@article{doi101098rspb20110238,
    author = "Zelenitsky, Darla K. et Therrien, François et Ridgely, Ryan C. et McGee, Amanda et Witmer, Lawrence M.",
    title = "Évolution de l'olfaction chez les dinosaures theropodes non aviens et les oiseaux",
    year = "2011",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Peu de choses sont connues sur les capacités olfactives des oiseaux basaux (non-neornithines) éteints ou sur les changements évolutifs de l'olfaction survenus des theropodes non aviens aux oiseaux modernes. Bien que les oiseaux modernes soient connus pour avoir des capacités olfactives diverses, l'olfaction est généralement considérée comme ayant décliné au cours de l'évolution aviaire alors que des améliorations sensorielles visuelles et vestibulaires se sont produites en association avec le vol. Pour tester l'hypothèse que l'olfaction a diminué au cours de l'évolution aviaire, nous avons évalué la taille relative du bulbe olfactif, utilisée ici comme proxy neuroanatomique des capacités olfactives, chez 157 espèces de theropodes non aviens, d'oiseaux fossiles et d'oiseaux vivants. Nous montrons que la taille relative du bulbe olfactif a augmenté au cours de l'évolution des maniraptoriformes non aviens, est restée stable à travers la transition theropode/oiseau non avien, et a augmenté au cours de l'évolution des oiseaux basaux et des neornithines précoces. Des neornithines précoces à travers une grande partie de l'évolution des neornithines, la taille relative des bulbes olfactifs est restée stable avant de diminuer dans les clades neoavians dérivés. Nos résultats montrent que, plutôt que de diminuer, l'importance de l'olfaction a en réalité augmenté au cours de l'évolution précoce des oiseaux, représentant une amélioration sensorielle précédemment non reconnue. Les bulbes olfactifs relativement plus grands des neornithines les plus anciennes, par rapport à ceux des oiseaux basaux, ont peut-être doté les neornithines d'une olfaction améliorée pour des compétences de recherche de nourriture ou de navigation plus efficaces, ce qui à son tour a pu être un facteur leur permettant de survivre à l'extinction de masse du Crétacé terminal.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2011.0238",
    doi = "10.1098/rspb.2011.0238",
    openalex = "W2144479326",
    references = "doi101002ar20983, doi101016s0065345413600017, doi101038nature02706, doi101073pnas1006970107, doi101086284325, doi101093sysbio423265, doi101098rspb20090885, doi101111j155856461951tb02756x, doi101126science1157704, doi101126science2865440711, doi101136bjo592111c, doi1012019781420064452, doi1012060003009020042860001mptaso20co2, doi101242jeb002246, doi101371journalpone0007390, doi1023072407154, doi105860choice421568, larsson2000forebrain, openalexw2611511275, russell1969a"
}

Les relations d'échelle entre les dimensions squelettiques et la masse corporelle chez les oiseaux actuels sont souvent utilisées pour estimer la masse corporelle chez les oiseaux du groupe couronne fossiles, ainsi que chez les avialans du groupe tige. Cependant, des mesures statistiques utiles pour contraindre la précision et l'exactitude des estimations de masse fossiles sont rarement fournies, ce qui empêche la quantification d'estimations robustes de bornes supérieures et inférieures de la masse corporelle pour les fossiles. Ici, nous générons treize corrélations de masse corporelle et des mesures associées de robustesse statistique à partir d'un échantillon de 863 oiseaux volants actuels. En fournissant des régressions de masse corporelle robustes avec des intervalles de prédiction de bornes supérieures et inférieures pour les éléments squelettiques individuels, nous abordons le problème de longue date de l'estimation de la masse corporelle chez les oiseaux fossiles hautement fragmentaires. Nous démontrons que le proxy le plus précis pour estimer la masse corporelle dans l'ensemble du jeu de données, mesuré à la fois comme coefficient de détermination de la régression des moindres carrés ordinaires et erreur de prédiction en pourcentage, est le diamètre maximal de la facette d'articulation humérale du coracoïde (la glénoïde). Nous démontrons également que ce résultat est cohérent parmi la majorité des ordres aviens étudiés (10 sur 18). En conséquence, nous suggérons que, dans la majorité des cas, ce proxy peut fournir les estimations les plus précises de la masse corporelle pour les oiseaux fossiles volants. De plus, en présentant des mesures statistiques de l'erreur de prédiction de la masse corporelle pour treize régressions de masse corporelle différentes, cette étude fournit un cadre quantitatif longtemps nécessaire pour l'estimation précise de la masse corporelle et des corrélats écologiques associés chez les oiseaux fossiles. L'application de ces régressions améliorera la précision et la robustesse de nombreuses inférences basées sur la masse dans les futures études paléornithologiques.

@article{doi101371journalpone0082000,
    author = "Field, Daniel J. et Lynner, Colton et Brown, C. E. et Darroch, Simon A.F.",
    title = "Corrélat squelettiques pour l'estimation de la masse corporelle chez les oiseaux volants modernes et fossiles",
    year = "2013",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "Les relations d'échelle entre les dimensions squelettiques et la masse corporelle chez les oiseaux actuels sont souvent utilisées pour estimer la masse corporelle chez les oiseaux du groupe couronne fossiles, ainsi que chez les avialans du groupe tige. Cependant, des mesures statistiques utiles pour contraindre la précision et l'exactitude des estimations de masse fossiles sont rarement fournies, ce qui empêche la quantification d'estimations robustes de bornes supérieures et inférieures de la masse corporelle pour les fossiles. Ici, nous générons treize corrélations de masse corporelle et des mesures associées de robustesse statistique à partir d'un échantillon de 863 oiseaux volants actuels. En fournissant des régressions de masse corporelle robustes avec des intervalles de prédiction de bornes supérieures et inférieures pour les éléments squelettiques individuels, nous abordons le problème de longue date de l'estimation de la masse corporelle chez les oiseaux fossiles hautement fragmentaires. Nous démontrons que le proxy le plus précis pour estimer la masse corporelle dans l'ensemble du jeu de données, mesuré à la fois comme coefficient de détermination de la régression des moindres carrés ordinaires et erreur de prédiction en pourcentage, est le diamètre maximal de la facette d'articulation humérale du coracoïde (la glénoïde). Nous démontrons également que ce résultat est cohérent parmi la majorité des ordres aviens étudiés (10 sur 18). En conséquence, nous suggérons que, dans la majorité des cas, ce proxy peut fournir les estimations les plus précises de la masse corporelle pour les oiseaux fossiles volants. De plus, en présentant des mesures statistiques de l'erreur de prédiction de la masse corporelle pour treize régressions de masse corporelle différentes, cette étude fournit un cadre quantitatif longtemps nécessaire pour l'estimation précise de la masse corporelle et des corrélats écologiques associés chez les oiseaux fossiles. L'application de ces régressions améliorera la précision et la robustesse de nombreuses inférences basées sur la masse dans les futures études paléornithologiques.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0082000",
    doi = "10.1371/journal.pone.0082000",
    openalex = "W2047173031",
    references = "doi101016b9781483231426500124, doi101016jcretres200806007, doi101016jcub201209052, doi101017cbo9780511608551, doi101017cbo9781139167826, doi101038nature02706, doi101038nature12424, doi101098rstb19890106, doi101111j14697580200800880x, doi101111j2041210x201000044x, doi101126science1061967, doi101126science2251499, doi1012019781420064452, doi101371journalpone0007390, doi1023072407154, doi105860choice435902"
}

@book{doi101525california97805202735280010001,
    title = "Histologie osseuse des tétrapodes fossiles",
    year = "2013",
    url = "https://doi.org/10.1525/california/9780520273528.001.0001",
    doi = "10.1525/california/9780520273528.001.0001",
    openalex = "W2489708844",
    references = "doi101002jmor10406, doi101002jmor1051080103, doi101016s0753396903000053, doi101017s0952836904004844, doi10103835086650, doi101038nature03635, doi101038nature11264, doi101073pnas0708903105, doi101098rsbl20090310, doi101098rspb20042829, doi101242jeb00841, doi101371journalpone0033539, doi1016710272463420030230373oocsta20co2, köhler2012seasonal"
}

L'allométrie fait référence aux changements liés à la taille des traits morphologiques et reste un concept essentiel pour l'étude de l'évolution et du développement. Cette revue constitue la première comparaison systématique des méthodes allométriques dans le contexte de la morphométrie géométrique, en tenant compte de la structure des espaces morphologiques et de leurs implications pour la caractérisation de l'allométrie et la réalisation de corrections de taille. La distinction entre deux écoles de pensée principales est utile pour comprendre les différences et les relations entre les méthodes alternatives d'étude de l'allométrie. L'école de Gould-Mosimann définit l'allométrie comme la covariation de la forme avec la taille. Ce concept d'allométrie est implémenté en morphométrie géométrique par la régression multivariée des variables de forme sur une mesure de taille. Dans l'école de Huxley-Jolicoeur, l'allométrie est la covariation entre les caractéristiques morphologiques qui contiennent toutes des informations sur la taille. Dans ce cadre, les trajectoires allométriques sont caractérisées par le premier composant principal, qui est une droite de meilleure adaptation aux points de données. En morphométrie géométrique, ce concept est implémenté dans les analyses utilisant soit l'espace de forme de Procrustes, soit l'espace de conformation (ce dernier également connu sous le nom d'espace taille-forme). Bien que ces espaces diffèrent considérablement dans leur structure globale, il existe également des connexions étroites dans leur géométrie localisée. Pour le modèle de petite variation isotrope des positions des repères, ils sont équivalents jusqu'à l'échelle. Les méthodes diffèrent par leur emphase et offrent ainsi aux chercheurs des outils flexibles pour aborder des questions spécifiques concernant l'évolution et le développement, mais tous les cadres sont logiquement compatibles entre eux et il est donc peu probable qu'ils produisent des résultats contradictoires.

@article{doi101007s0042701605392,
    author = "Klingenberg, Christian Peter",
    title = "Size, shape, and form: concepts of allometry in geometric morphometrics",
    year = "2016",
    journal = "Development Genes and Evolution",
    abstract = "Allometry refers to the size-related changes of morphological traits and remains an essential concept for the study of evolution and development. This review is the first systematic comparison of allometric methods in the context of geometric morphometrics that considers the structure of morphological spaces and their implications for characterizing allometry and performing size correction. The distinction of two main schools of thought is useful for understanding the differences and relationships between alternative methods for studying allometry. The Gould-Mosimann school defines allometry as the covariation of shape with size. This concept of allometry is implemented in geometric morphometrics through the multivariate regression of shape variables on a measure of size. In the Huxley-Jolicoeur school, allometry is the covariation among morphological features that all contain size information. In this framework, allometric trajectories are characterized by the first principal component, which is a line of best fit to the data points. In geometric morphometrics, this concept is implemented in analyses using either Procrustes form space or conformation space (the latter also known as size-and-shape space). Whereas these spaces differ substantially in their global structure, there are also close connections in their localized geometry. For the model of small isotropic variation of landmark positions, they are equivalent up to scaling. The methods differ in their emphasis and thus provide investigators with flexible tools to address specific questions concerning evolution and development, but all frameworks are logically compatible with each other and therefore unlikely to yield contradictory results.",
    url = "https://doi.org/10.1007/s00427-016-0539-2",
    doi = "10.1007/s00427-016-0539-2",
    openalex = "W2314385552",
    references = "doi10100797814471034794, doi1010079781475790832, doi101016016953479390024j, doi101016c20100662092, doi101017cbo9780511573064, doi101017cbo9781139167826, doi101038114895a0, doi101080106351599260526, doi10108014786440109462720, doi101086404940, doi101109tpami200586, doi101111j1469185x1966tb01624x, doi101371journalpone0085574, doi1023072527939, doi1023072531616, doi1023072532725, doi1023072992387, openalexw1558456135, openalexw2032279931"
}

L'identification du statut ontogénétique d'un organisme éteint est complexe, et pourtant cela sous-tend des domaines majeurs de recherche, de la taxonomie et de la systématique à l'écologie et à l'évolution. Dans le cas des dinosaures non avialans, au moins certains étaient reproductivement matures avant d'être matures squelettiquement, et l'absence de consensus sur la façon de définir un animal « adulte » pose problème même pour les investigations scientifiques de base. Ici, nous passons en revue les méthodes actuelles disponibles pour déterminer l'âge des dinosaures non avialans, discutons des définitions des différentes étapes ontogénétiques et résumons les implications de ces définitions disparates pour la paléontologie des dinosaures. De manière la plus critique, un corpus croissant de preuves suggère que de nombreux dinosaures qui seraient considérés comme des « adultes » dans une étude de terrain moderne sont considérés comme des « juvéniles » ou des « subadultes » dans les contextes paléontologiques.

@article{doi101098rsbl20150947,
    author = "Hone, David W. E. et Farke, Andrew A. et Wedel, Matt",
    title = "Ontogeny and the fossil record: what, if anything, is an adult dinosaur?",
    year = "2016",
    journal = "Biology Letters",
    abstract = "L'identification du statut ontogénétique d'un organisme éteint est complexe, et pourtant cela sous-tend des domaines majeurs de recherche, de la taxonomie et de la systématique à l'écologie et à l'évolution. Dans le cas des dinosaures non avialans, au moins certains étaient reproductivement matures avant d'être matures squelettiquement, et l'absence de consensus sur la façon de définir un animal « adulte » pose problème même pour les investigations scientifiques de base. Ici, nous passons en revue les méthodes actuelles disponibles pour déterminer l'âge des dinosaures non avialans, discutons des définitions des différentes étapes ontogénétiques et résumons les implications de ces définitions disparates pour la paléontologie des dinosaures. De manière la plus critique, un corpus croissant de preuves suggère que de nombreux dinosaures qui seraient considérés comme des « adultes » dans une étude de terrain moderne sont considérés comme des « juvéniles » ou des « subadultes » dans les contextes paléontologiques.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rsbl.2015.0947",
    doi = "10.1098/rsbl.2015.0947",
    openalex = "W2279103404",
    references = "carr1999craniofacial, doi101007s0001501000242, doi101017pab201519, doi10103835086558, doi101038nature04633, doi101073pnas0708903105, doi101073pnas1313334111, doi10108002724634199610011283, doi10108002724634199910011161, doi101080027246342010483632, doi101093sysbio24137, doi101098rsbl20070254, doi101111j109636421997tb00340x, doi101111j15023931201100300x, doi101146annurevearth060313054858, doi101371journalpone0021376, doi1016660094837320010270039coosea20co2, doi1016660094837320040300253chopom20co2, doi1016660094837320080340247ositlb20co2, doi1016690883135120010160482ttoaco20co2, doi1016710272463420000200115lbhoth20co2, doi10167102724634200727350asoitp20co2, doi1016710390290119, doi1023071564148, erickson2014on, martinsander2006bone"
}

Les marsupiaux et leurs parents fossiles, qui constituent collectivement les Metatheria, suscitent l'intérêt scientifique depuis des siècles, de nombreux aspects de leur évolution et de leur systématique faisant l'objet de recherches et de débats intenses. Ici, nous passons en revue les progrès réalisés au cours des 25 dernières années, qui ont inclus la description de nombreuses nouvelles espèces (modernes et fossiles), ainsi que des améliorations majeures dans la compréhension de leurs relations phylogénétiques, ainsi que de l'histoire évolutive globale et de la biogéographie des Marsupialia (clade couronne) et des Metatheria (clade total). Des avancées significatives ont inclus le déploiement d'analyses moléculaires, morphologiques et de preuves totales de plus en plus sophistiquées, qui ont résolu la plupart des relations précédemment contestées entre et au sein des ordres de marsupiaux modernes. Un consensus systématique large émerge maintenant, bien que plusieurs domaines majeurs de controverse restent, en particulier parmi les métatheriens fossiles. De nouvelles espèces modernes continuent d'être décrites à un rythme impressionnant, avec presque 50 nommées au cours des 25 dernières années, et bien d'autres attendent d'être découvertes. Il y a également eu une explosion dans la découverte et la description de marsupiaux fossiles et de métatheriens non-marsupiaux (~270 espèces), principalement d'Australasie et des Amériques, mais aussi d'Antarctique, d'Europe et d'Asie. La plupart ne sont représentées que par des spécimens dentaires, mais certaines consistent en un matériel complet et bien conservé, ce qui a conduit à des améliorations majeures dans notre compréhension de l'évolution de la morphologie crânienne et postcrânienne. Les améliorations du registre fossile et les avancées dans les méthodes pour inférer les temps de divergence ont aidé à clarifier quand et où les événements clés se sont produits dans l'évolution des métatheriens, et les modèles de diversification des sous-clades. Nous avons également une meilleure compréhension des relations biogéographiques entre les métatheriens sur différents massifs continentaux. Malgré des progrès énormes, de nombreuses incertitudes clés persistent en raison de lacunes majeures dans le registre fossile (par exemple, Antarctique, Crétacé supérieur et Paléogène ancien d'Australie) et d'un manque relatif d'études qui combinent directement les données moléculaires et fossiles. Les avancées futures dépendront largement des améliorations du registre fossile et d'études qui intègrent mieux les preuves néontologiques et paléontologiques.

@article{doi101093jmammalgyz018,
    author = "Eldridge, Mark D. B. et Beck, Robin M. D. et Croft, Darin A. et Travouillon, Kenny J. et Fox, Barry J.",
    title = "Un consensus émergent dans l'évolution, la phylogénie et la systématique des marsupiaux et de leurs parents fossiles (Metatheria)",
    year = "2019",
    journal = "Journal of Mammalogy",
    abstract = "Les marsupiaux et leurs parents fossiles, qui constituent collectivement les Metatheria, suscitent l'intérêt scientifique depuis des siècles, de nombreux aspects de leur évolution et de leur systématique faisant l'objet de recherches et de débats intenses. Ici, nous passons en revue les progrès réalisés au cours des 25 dernières années, qui ont inclus la description de nombreuses nouvelles espèces (modernes et fossiles), ainsi que des améliorations majeures dans la compréhension de leurs relations phylogénétiques, ainsi que de l'histoire évolutive globale et de la biogéographie des Marsupialia (clade couronne) et des Metatheria (clade total). Des avancées significatives ont inclus le déploiement d'analyses moléculaires, morphologiques et de preuves totales de plus en plus sophistiquées, qui ont résolu la plupart des relations précédemment contestées entre et au sein des ordres de marsupiaux modernes. Un consensus systématique large émerge maintenant, bien que plusieurs domaines majeurs de controverse restent, en particulier parmi les métatheriens fossiles. De nouvelles espèces modernes continuent d'être décrites à un rythme impressionnant, avec presque 50 nommées au cours des 25 dernières années, et bien d'autres attendent d'être découvertes. Il y a également eu une explosion dans la découverte et la description de marsupiaux fossiles et de métatheriens non-marsupiaux (\textasciitilde 270 espèces), principalement d'Australasie et des Amériques, mais aussi d'Antarctique, d'Europe et d'Asie. La plupart ne sont représentées que par des spécimens dentaires, mais certaines consistent en un matériel complet et bien conservé, ce qui a conduit à des améliorations majeures dans notre compréhension de l'évolution de la morphologie crânienne et postcrânienne. Les améliorations du registre fossile et les avancées dans les méthodes pour inférer les temps de divergence ont aidé à clarifier quand et où les événements clés se sont produits dans l'évolution des métatheriens, et les modèles de diversification des sous-clades. Nous avons également une meilleure compréhension des relations biogéographiques entre les métatheriens sur différents massifs continentaux. Malgré des progrès énormes, de nombreuses incertitudes clés persistent en raison de lacunes majeures dans le registre fossile (par exemple, Antarctique, Crétacé supérieur et Paléogène ancien d'Australie) et d'un manque relatif d'études qui combinent directement les données moléculaires et fossiles. Les avancées futures dépendront largement des améliorations du registre fossile et d'études qui intègrent mieux les preuves néontologiques et paléontologiques.",
    url = "https://doi.org/10.1093/jmammal/gyz018",
    doi = "10.1093/jmammal/gyz018",
    openalex = "W2945570396",
    references = "doi101038s415590170417y, doi101080027246342013827118"
}

@article{doi101038s41586022047706,
    author = "Wiemann, Jasmina et Menéndez, Iris et Crawford, Jason M. et Fabbri, Matteo et Gauthier, Jacques A. et Hull, Pincelli M. et Norell, Mark A. et Briggs, Derek E. G.",
    title = "Les biomolécules fossiles révèlent un métabolisme aviaire chez le dinosaure ancestral",
    year = "2022",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41586-022-04770-6",
    doi = "10.1038/s41586-022-04770-6",
    openalex = "W4281476349",
    references = "doi101093sysbiosyw033, doi101126sciadvaaw4486, doi101146annurevearth060313054858, erickson2014on"
}