Amphibiens

@article{owen1841description5,
    author = "Owen, R",
    title = "Description of the Lepidosiren annectens",
    year = "1841",
    journal = "Transactions of the Linnean Society of London, v. 18, p. 327-361",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Owen, R., 1841, Description of the Lepidosiren annectens: Transactions of the Linnean Society of London, v. 18, p. 327-361.}"
}

@misc{noble1931biology4,
    author = "Noble, G. K",
    title = "Biology of the Amphibia",
    year = "1931",
    howpublished = "New York, McGraw-Hill",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Noble, G. K., 1931, Biology of the Amphibia: New York, McGraw-Hill.}"
}

@misc{stebbins1954amphibians7,
    author = "Stebbins, R. C",
    title = "Amphibians and Reptiles of Western North America",
    year = "1954",
    howpublished = "New York, McGraw-Hill",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Stebbins, R. C., 1954, Amphibians and Reptiles of Western North America: New York, McGraw-Hill.}"
}

@book{moore1964physiology3,
    author = "Moore, J. A",
    title = "Physiology of the Amphibia",
    year = "1964",
    publisher = "Londres, Academic Press, v. 1 ; [Volumes 2 \& 3 édités par B. Lofts]",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Moore, J. A., 1964, Physiology of the Amphibia : Londres, Academic Press, v. 1 ; [Volumes 2 \& 3 édités par B. Lofts].}"
}

@misc{bentley1966adaptations1,
    author = "Bentley, P. J",
    title = "Adaptations des amphibiens aux environnements arides",
    year = "1966",
    howpublished = "Science, v. 152, p. 619-623",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Bentley, P. J., 1966, Adaptations des amphibiens aux environnements arides: Science, v. 152, p. 619-623.}"
}

@misc{porter1972herpetology6,
    author = "Porter, K. R",
    title = "Herpetology",
    year = "1972",
    howpublished = "London, W.B. Saunders",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Porter, K. R., 1972, Herpetology: London, W.B. Saunders.}"
}

@misc{langston1974nonmammalian2,
    author = "Langston, W. et Jr",
    title = "Tétrapodes non mammaliens du Comanchien",
    year = "1974",
    howpublished = "Geoscience and Man, v. 8, p. 39-55",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Langston, W., Jr., 1974, Tétrapodes non mammaliens du Comanchien : Geoscience and Man, v. 8, p. 39-55.}"
}

@misc{tyler1976frogs8,
    author = "Tyler, J. M",
    title = "Grenouilles",
    year = "1976",
    howpublished = "Sydney, Collins",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Tyler, J. M., 1976, Grenouilles: Sydney, Collins.}"
}

@article{doi101016000334727790118x,
    author = "Wells, Kentwood D.",
    title = "The social behaviour of anuran amphibians",
    year = "1977",
    journal = "Animal Behaviour",
    url = "https://doi.org/10.1016/0003-3472(77)90118-x",
    doi = "10.1016/0003-3472(77)90118-x",
    openalex = "W1995269674",
    references = "openalexw2000871817"
}

Précédemment considéré comme une salamandre (Prosirenidae), Albanerpeton (Jurassique à Miocène) ne possède aucune caractéristique connue autrement restreinte aux salamandres. Ses caractéristiques rappelant celles des salamandres ne sont que celles partagées avec les petits amphibiens à membres et non sauteurs en général. Dans d'autres aspects (y compris l'appareil alimentaire, les os dermiques du crâne et les vertèbres cervicales antérieures), Albanerpeton apparaît unique. Déjà bien isolé des salamandres, Albanerpeton ne semble pas plus proche phylogénétiquement d'aucun autre amphibien connu, du Dévonien à l'époque actuelle. Les relations d'Albanerpeton sont le plus constamment indiquées par une classification dans sa propre famille (Albanerpetontidae, nouvelle) et ordre (Allocaudata, nouvelle), peut-être réferrable aux Lissamphibia.

@article{doi101139e82009,
    author = "Fox, Richard C. and Naylor, Bruce G.",
    title = "A reconsideration of the relationships of the fossil amphibian Albanerpeton",
    year = "1982",
    journal = "Canadian Journal of Earth Sciences",
    abstract = "Previously thought to be a salamander (Prosirenidae), Albanerpeton Estes and Hoffstetter (Jurassic to Miocene) possesses no known features otherwise restricted to salamanders. Its salamander-like features are only those held in common with small, limbed, non-saltatorial amphibians in general. In still other aspects (including feeding apparatus, dermal bones of the skull, and anterior cervical vertebrae), Albanerpeton appears unique. Already well isolated from salamanders, Albanerpeton seems no nearer phyletically to any other known amphibians, from Devonian to Recent. The relationships of Albanerpeton are most consistently indicated by classification in its own family (Albanerpetontidae, new) and order (Allocaudata, new), perhaps referrable to the Lissamphibia.",
    url = "https://doi.org/10.1139/e82-009",
    doi = "10.1139/e82-009",
    openalex = "W2053733547",
    references = "doi105281zenodo3382461"
}

@article{crossref1987amphibians,
    title = "amphibiens",
    year = "1987",
    journal = "International Zoo Yearbook",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1748-1090.1987.tb01553.x",
    doi = "10.1111/j.1748-1090.1987.tb01553.x",
    number = "1",
    pages = "345-346",
    volume = "27"
}

@article{doi1010160041010187902650,
    author = "Daly, John W. et Myers, Charles W. et Whittaker, Noel F.",
    title = "Classification supplémentaire des alcaloïdes cutanés des grenouilles venimeuses néotropicales (dendrobatidae), avec une étude générale des substances toxiques/dangereuses chez les amphibiens",
    year = "1987",
    journal = "Toxicon",
    url = "https://doi.org/10.1016/0041-0101(87)90265-0",
    doi = "10.1016/0041-0101(87)90265-0",
    openalex = "W1969355693"
}

@article{crossref1989amphibians,
    title = "Amphibians",
    year = "1989",
    journal = "International Zoo Yearbook",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1748-1090.1989.tb03305.x",
    doi = "10.1111/j.1748-1090.1989.tb03305.x",
    number = "1",
    pages = "391-391",
    volume = "28"
}

@article{doi101016000334728990081x,
    author = "Arak, Anthony",
    title = "The evolution of the amphibian auditory system",
    year = "1989",
    journal = "Animal Behaviour",
    url = "https://doi.org/10.1016/0003-3472(89)90081-x",
    doi = "10.1016/0003-3472(89)90081-x",
    openalex = "W2914409230"
}

Che les amphibiens anoures, le comportement migratoire est contraint par les exigences de l'équilibre hydrique et de la thermorégulation. Par conséquent, l'étendue migratoire des anoures ne dépasse pas 15 km. Les anoures adultes effectuent des migrations lorsque des ressources d'habitat importantes (par exemple, les sites de reproduction, de nutrition et d'hibernation) sont spatialement séparées. La fidélité au site de ces unités spatiales est une caractéristique commune chez la plupart des anoures. Ces considérations générales sont illustrées par le crapaud commun européen Bufo bufo. Les mouvements dirigés, tels que les migrations vers un site de reproduction ou un site d'accueil, nécessitent des mécanismes d'orientation. L'étendue spatiale de la capacité d'orientation coïncide largement avec l'étendue migratoire naturelle de chaque espèce. De nombreux systèmes sensoriels sont impliqués dans la perception des stimuli d'orientation : le système auditif, olfactif et visuel, ainsi que le système de magnétoperception encore non identifié. La vocalisation des congénères, les odeurs des étangs, les repères, les positions du soleil, de la lune et des étoiles, les motifs de polarisation du ciel et le champ magnétique terrestre peuvent servir de repères d'orientation. L'orientation initiale suivant un déplacement repose sur le traitement d'informations sensorielles différentes dans un ordre hiérarchique qui dépend de la disponibilité relative des repères potentiels dans l'habitat de chaque espèce. Le fait que l'orientation initiale nécessite au moins deux repères indépendants suggère que le concept de carte-boussole d'orientation est applicable aux anoures. Néanmoins, il existe des preuves de redondance dans ce système multisensoriel : les repères olfactifs et certains repères visuels sont probablement liés à la carte, les repères magnétiques et célestes à l'orientation boussole, et les repères acoustiques et les repères visuels fixes peuvent être utilisés pour la pilotage.

@article{doi1010800892701419909525494,
    author = "Sinsch, Ulrich",
    title = "Migration and orientation in anuran amphibians",
    year = "1990",
    journal = "Ethology Ecology \& Evolution",
    abstract = "In anuran amphibians migratory behaviour is constrained by the demands of water balance and thermoregulation. Therefore, the migratory range of anurans amounts to 15 km at most. Adult anurans perform migrations, if important habitat resources (e.g. sites for reproduction, nutrition and hibernation) are spatially separated. Site fidelity to these spatial units is a common feature of most anurans. These general considerations are exemplified in the common European toad Bufo bufo. Directed movements such as migrations towards a breeding or home site require mechanisms of orientation. The spatial range of the homing ability coincides widely with the natural migratory range of each species. Many sensory systems are involved in the perception of orientation stimuli: the auditory, the olfactory and the visual system as well as the still unidentified system of magneto-perception. Vocalization of conspecifics, odours of ponds, landmarks, the positions of sun, moon and stars, polarization patterns of the sky and the earth's magnetic field may serve as orientation cues. Initial orientation following displacement is based on the processing of different sensory information in a hierarchial order which depends on the relative availability of the potential cues in the habitat of each species. The fact that initial orientation requires at least two independent cues suggests that the map-compass concept of orientation is applicable to anurans. Nevertheless, there is evidence for redundancy in this multisensory system: olfactory and some visual cues are probably related to the map, magnetic and celestial cues to the compass orientation, and acoustic cues and fixed visual landmarks can be used for piloting.",
    url = "https://doi.org/10.1080/08927014.1990.9525494",
    doi = "10.1080/08927014.1990.9525494",
    openalex = "W1975801372"
}

Les rapports concernant le déclin des populations d'amphibiens dans de nombreuses régions du monde sont nombreux, mais les données de recensement à long terme les étayant sont généralement indisponibles. Les données de recensement de 1979 à 1990 pour trois espèces de salamandres et une espèce de grenouille dans un étang de reproduction en Caroline du Sud ont montré des fluctuations de magnitude substantielle à la fois dans la taille des populations reproductrices et dans le recrutement des juvéniles. Les tailles des populations reproductrices n'ont montré aucune tendance globale chez les trois espèces et ont augmenté chez la quatrième. Les récentes sécheresses expliquent de manière satisfaisante une augmentation des échecs de recrutement. Ces données illustrent que pour distinguer entre les fluctuations naturelles des populations et les déclins aux causes anthropiques, il peut être nécessaire de mener des études à long terme.

@article{doi101126science2535022892,
    author = "Pechmann, Joseph H. K. et Scott, David E. et Semlitsch, Raymond D. et Caldwell, Janalee P. et Vitt, Laurie J. et Gibbons, J. Whitfield",
    title = "Declining Amphibian Populations: The Problem of Separating Human Impacts from Natural Fluctuations",
    year = "1991",
    journal = "Science",
    abstract = "Les rapports concernant le déclin des populations d'amphibiens dans de nombreuses régions du monde sont nombreux, mais les données de recensement à long terme les étayant sont généralement indisponibles. Les données de recensement de 1979 à 1990 pour trois espèces de salamandres et une espèce de grenouille dans un étang de reproduction en Caroline du Sud ont montré des fluctuations de magnitude substantielle à la fois dans la taille des populations reproductrices et dans le recrutement des juvéniles. Les tailles des populations reproductrices n'ont montré aucune tendance globale chez les trois espèces et ont augmenté chez la quatrième. Les récentes sécheresses expliquent de manière satisfaisante une augmentation des échecs de recrutement. Ces données illustrent que pour distinguer entre les fluctuations naturelles des populations et les déclins aux causes anthropiques, il peut être nécessaire de mener des études à long terme.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.253.5022.892",
    doi = "10.1126/science.253.5022.892",
    openalex = "W1964157041",
    references = "doi101007bf00177885, doi1010160169534790901292, doi101111j109583121991tb00548x, doi101126science18241191305, doi101126science1864164645, doi101146annureves11110180000435, doi1023071935707, doi1023071938295, doi1023071939227, doi1023071942491, doi1023071943173"
}

Les extinctions sont des phénomènes biologiques normaux. Les extinctions de masse à l'échelle géologique et les extinctions locales à l'échelle écologique sont bien documentées, mais les taux d'extinction ont augmenté ces dernières années — en particulier chez les vertébrés, y compris les amphibiens — comme l'illustrent les rapports récents sur le déclin de leurs populations et la réduction de leur aire de répartition. Nous suggérons que des données à long terme sur les populations sont nécessaires pour évaluer rigoureusement l'importance du déclin des amphibiens. En raison des contraintes physiologiques, de la mobilité relativement faible et de la fidélité au site des amphibiens, nous suggérons que de nombreuses populations d'amphibiens peuvent être incapables de recoloniser des zones après une extinction locale.

@article{doi101046j15231739199408010060x,
    author = "Blaustein, Andrew R. et Wake, David B. et Sousa, Wayne P.",
    title = "Amphibian Declines: Judging Stability, Persistence, and Susceptibility of Populations to Local and Global Extinctions",
    year = "1994",
    journal = "Conservation Biology",
    abstract = "Les extinctions sont des phénomènes biologiques normaux. Les extinctions de masse à l'échelle géologique et les extinctions locales à l'échelle écologique sont bien documentées, mais les taux d'extinction ont augmenté ces dernières années — en particulier chez les vertébrés, y compris les amphibiens — comme l'illustrent les rapports récents sur le déclin de leurs populations et la réduction de leur aire de répartition. Nous suggérons que des données à long terme sur les populations sont nécessaires pour évaluer rigoureusement l'importance du déclin des amphibiens. En raison des contraintes physiologiques, de la mobilité relativement faible et de la fidélité au site des amphibiens, nous suggérons que de nombreuses populations d'amphibiens peuvent être incapables de recoloniser des zones après une extinction locale.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1523-1739.1994.08010060.x",
    doi = "10.1046/j.1523-1739.1994.08010060.x",
    openalex = "W2111287983",
    references = "doi101016000334727790118x, doi101086283547, doi101086284105, doi101093besa153237, doi101111j109583121991tb00548x, doi101111j109583121991tb00554x, doi101146annureves04110173000245, doi101146annureves11110180000435, doi1023071936969, doi1023073564801, doi10560219780801847806, openalexw1489366593, openalexw1500291103"
}

La grenouille dorée endémique (Bufo periglenes) était abondante dans la réserve de forêt nuageuse de Monteverde au Costa Rica en avril–mai 1987, mais a ensuite disparu, de même que les populations locales de la grenouille harlequin (Atelopus varius). Nous examinons la relation possible entre ces déclins soudains et les conditions exceptionnellement chaudes et sèches de 1987. Pour nos analyses des schémas météorologiques locaux, nous définissons un cycle humidité-température amphibien de 12 mois (juillet–juin) composé de quatre périodes : (1) fin de la saison humide ; (2) transition vers la saison sèche ; (3) saison sèche ; et (4) post-saison sèche (début de la saison humide) de récupération. Le cycle 1986–1987 était le seul enregistré (sur 20 analysés) avec des précipitations anormalement faibles dans les quatre périodes, et les anomalies de température en 1987 ont atteint des records. Le débit des rivières locales alimentées par des aquifères pendant la saison sèche et la période de récupération post-saison sèche a atteint un niveau record bas. Cette perturbation climatique, associée à l'El Niño /Oscillation australe de 1986–1987, a été plus sévère qu'un événement similaire associé à l'El Niño de 1982–1983, bien que cette oscillation antérieure ait été la plus forte du siècle dernier. Les données démographiques pour une population de grenouille harlequin, recueillies lors de ces deux événements climatiques, soutiennent l'hypothèse qu'en 1987, peu avant l'effondrement de la population, les grenouilles ont subi un changement sans précédent de répartition au sein de l'habitat en réponse à des conditions desséchantes. La juxtaposition de ces événements démographiques rares suggère qu'ils étaient liés causalement, mais ne jette pas beaucoup de lumière sur les mécanismes sous-jacents au déclin soudain. Bien que la dessiccation ou les effets directs de la température aient pu être des facteurs menant à une mortalité élevée des adultes, les conditions d'humidité-température ont pu interagir avec un autre agent non identifié. Nous discutons de deux hypothèses concernant des effets synergiques possibles : Dans l'hypothèse de l'épidémie liée au climat, les microparasites sont l'agent supplémentaire. Dans l'hypothèse de l'impulsion de contaminants liée au climat, les contaminants atmosphériques récupérés par le brouillard et l'eau de nuage dans les zones montagneuses atteignent des concentrations critiques lorsque les conditions sont exceptionnellement chaudes et sèches.

@article{doi101046j15231739199408010072x,
    author = "Pounds, J. Alan and Crump, Martha L.",
    title = "Amphibian Declines and Climate Disturbance: The Case of the Golden Toad and the Harlequin Frog",
    year = "1994",
    journal = "Conservation Biology",
    abstract = "The endemic golden toad (Bufo periglenes) was abundant in Costa Rica's Monteverde Cloud Forest Preserve in April–May 1987 but afterwards disappeared, along with local populations of the harlequin frog (Atelopus varius). We examine the possible relationship between these sudden declines and unusually warm, dry conditions in 1987. For our analyses of local weather patterns, we define a 12‐month (July–June) amphibian moisture‐temperature cycle consisting of four periods: (1) late wet season; (2) transition into dry season; (3) dry season; and (4) post‐dry‐season (early‐wet‐season) recovery. The 1986–1987 cycle was the only one on record (of 20 analyzed) with abnormally low rainfall in all four periods, and temperature anomalies in 1987 reached record highs. Flow in local aquifer‐fed streams during the dry season and post‐dry‐season recovery period reached a record low. This climate disturbance, associated with the 1986–1987 El Niño /Southern Oscillation, was more severe than a similar event associated with the 1982–1983 El Niño, though this earlier oscillation was the strongest of the past century. Demographic data for one harlequin frog population, gathered during these two climatic events, support the hypothesis that in 1987, shortly before the population collapsed, the frogs underwent an unprecedented shift in distribution within the habitat in response to desiccating conditions. The juxtaposition of these rare demographic events suggests they were causally linked yet sheds little light on mechanisms underlying the sudden decline. While desiccation or direct temperature effects may have been factors leading to high adult mortality, moisture‐temperature conditions may have interacted with some other, unidentifted agent. We discuss two hypotheses concerning possible synergistic effects: In the climate‐linked epidemic hypothesis, microparasites are the additional agent. In the climate‐linked contaminant pulse hypothesis, atmospheric contaminants scavenged by mist and cloud water in montane areas reach critical concentrations when conditions are abnormally warm and dry.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1523-1739.1994.08010072.x",
    doi = "10.1046/j.1523-1739.1994.08010072.x",
    openalex = "W2020680740"
}

Introduction aux amphibiens - le monde des amphibiens, aperçu historique, perspectives pour l'avenir. Partie 1 Histoire de vie : stratégies reproductives - cycles reproductifs, modes reproductifs, aspects quantitatifs, soins parentaux, évolution des stratégies reproductives, accouplement et reproduction - localisation du site de reproduction, caractères sexuels secondaires, comportement d'accouplement, fécondation et ponte, sélection sexuelle, évolution des systèmes d'accouplement, vocalisation - système de communication anuran, mécanismes de production et de réception du son, types de vocalisations et leurs fonctions, facteurs abiotiques affectant la vocalisation, signification interspécifique de la vocalisation, implications phylogénétiques de la vocalisation, œufs et développement - spermatozoïdes et fécondation, structure de l'œuf, développement de l'œuf, éclosion et naissance, développement et diversité des amphibiens, larves - morphologie des larves, types adaptatifs de larves, physiologie et écologie, comportement social, signification évolutive des larves, métamorphose - contrôle endocrinien, autres changements biochimiques, changements morphologiques, néoténie, signification écologique et évolutive de la métamorphose. Partie 2 Écologie : relations avec l'environnement - économie hydrique, température, échanges gazeux, métabolisme énergétique et budgets énergétiques, synthèse écologique, nourriture et alimentation - sélection de la proie, localisation de la proie, capture de la proie, évolution des mécanismes et stratégies de capture de proies, ennemis et défense - maladies, parasites, prédateurs, mécanismes anti-prédateurs, évolution des mécanismes de défense, biologie des populations - caractéristiques des individus, mouvements et territorialité, démographie, facteurs régulant les populations, écologie communautaire et diversité des espèces - structure communautaire, diversité des espèces, évolution des communautés d'amphibiens. Partie 3 Morphologie : système musculo-squelettique - crâne et hyobranchium, système axial, système appendiculaire, intégration des unités fonctionnelles, systèmes tégumentaires, sensoriels et viscéraux - tégument, systèmes de récepteurs sensoriels, système nerveux, systèmes circulatoire et respiratoire, système urogénital, système digestif, glandes endocrines, considérations évolutives. Partie 4 Évolution : origine et évolution précoce - nature d'un tétrapode, tétrapodes primitifs, affinités des tétrapodes (poissons pulmonés ou poissons à nageoires lobées ?), diversité et évolution des tétrapodes précoces, statut des lissamphibiens, évolution cytogénétique, moléculaire et génomique - cytogénétique, évolution moléculaire, évolution génomique, phylogénie - caudata, gymnophiona, anura, biogéographie - principes biogéographiques, contexte historique, lissamphibiens, caudata, gymnophiona, anura, classification.

@book{doi10560219780801847806,
    author = "Duellman, William E.",
    title = "Biology of Amphibians",
    year = "1994",
    booktitle = "Johns Hopkins University Press eBooks",
    abstract = "Introduction to amphibia - the world of amphibians, historical resume, prospects for the future. Part 1 Life History: reproductive strategies - reproductive cycles, reproductive mode, quantitative aspects, parental care, evolution of reproductive strategies courtship and mating - location of breeding site, secondary sexual characters, courtship behaviour, fertilization and oviposition, sexual selection, evolution of mating systems vocalization - anuran communication system, mechanisms of sound production and reception, kinds of vocalizations and their functions, abiotic factors affecting vocalization, interspecific significance of vocalization, phylogenetic implications of vocalization eggs and development - spermatozoa and fertilization, egg structure, egg development, hatching and birth, development and amphibian diversity larvae - morphology of larvae, adaptive types of larvae, physiology and ecology, social behaviour, evolutionary significance of larvae metamorphosis - endocrine control, other biochemical changes, morphological changes, neoteny, ecological and evolutionary significance of metamorphosis. Part 2 Ecology: relationships with the environment - water economy, temperature, gas exchange, energy metabolism and energy budgets, ecological synthesis food and feeding - prey selection, location of prey, capture of prey, evolution of prey-capturing mechanisms and strategies enemies and defence - diseases, parasites, predators, anti-predator mechanisms, evolution of defence mechanisms population biology - characteristics of individuals, movements and territoriality, demography, factors regulating populations community ecology and species diversity - community structure, species diversity, evolution of amphibian communities. Part 3 Morphology: musculoskeletal system - skull and hyobranchium, axial system, appendicular system, integration of functional units integumentary, sensory and visceral systems - integument, sensory receptor systems, nervous system, circulatory and respiratory systems, urogenital system, digestive system, endocrine glands, evolutionary considerations. Part 4 Evolution: origin and early evolution - nature of a tetrapod, primitive tetrapods, tetrapod affinities (lungfishes or lobe-fins?), diversity and evolution of early tetrapods, status of the lissamphibia cytogenetic, molecular and genomic evolution - cytogenetics, molecular evolution, genomic evolution phylogeny - caudata, gymnophiona, anura biogeography - biogeographic principles, historical setting, lissamphibia, caudata, gymnophiona, anura classification.",
    url = "https://doi.org/10.56021/9780801847806",
    doi = "10.56021/9780801847806",
    openalex = "W1486210610"
}

@article{crossref1995amphibians,
    title = "amphibians",
    year = "1995",
    journal = "International Zoo Yearbook",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1748-1090.1995.tb00691.x",
    doi = "10.1111/j.1748-1090.1995.tb00691.x",
    number = "1",
    pages = "355-356",
    volume = "34"
}

@article{doi101016000632079400102v,
    author = "Fahrig, Lenore et Pedlar, John et Pope, Shealagh E. et Taylor, Philip et Wegner, John",
    title = "Effet du trafic routier sur la densité des amphibiens",
    year = "1995",
    journal = "Biological Conservation",
    url = "https://doi.org/10.1016/0006-3207(94)00102-v",
    doi = "10.1016/0006-3207(94)00102-v",
    openalex = "W2157813798",
    references = "doi101046j15231739199408010060x"
}

@article{crossref1997amphibians,
    title = "Amphibians",
    year = "1997",
    journal = "International Zoo Yearbook",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1748-1090.1997.tb01238.x",
    doi = "10.1111/j.1748-1090.1997.tb01238.x",
    number = "1",
    pages = "467-467",
    volume = "35"
}

Des modifications épidermiques causées par un champignon chytridiomycète (Chytridiomycota ; Chytridiales) ont été observées chez des adultes d'anoures malades et morts collectés dans des forêts tropicales pluvieuses de montagne au Queensland (Australie) et au Panama lors d'événements de mortalité massive associés à des déclins de population significatifs. Nous avons également observé cette nouvelle maladie associée à la morbidité et à la mortalité chez des anoures sauvages et captifs provenant d'autres localités en Australie et en Amérique centrale. Il s'agit du premier rapport de parasitisme d'un vertébré par un membre du phylum Chytridiomycota. Des données expérimentales soutiennent la conclusion que la chytridiose cutanée est une maladie mortelle des anoures, et nous hypothesons qu'elle est la cause proximale de ces déclins récents d'amphibiens.

@article{doi101073pnas95159031,
    author = "Berger, Lee et Speare, Rick et Daszak, Peter et Green, D. Earl et Cunningham, Andrew A. et Goggin, C. Louise et Slocombe, R. F. et Ragan, Mark A. et Hyatt, Alex D. et McDonald, Keith et Hines, Harry B. et Lips, Karen R. et Marantelli, Gerry et Parkes, Helen",
    title = "La chytridiose provoque la mortalité des amphibiens associée à des déclins de population dans les forêts tropicales pluvieuses d'Australie et d'Amérique centrale",
    year = "1998",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Des modifications épidermiques causées par un champignon chytridiomycète (Chytridiomycota ; Chytridiales) ont été observées chez des adultes d'anoures malades et morts collectés dans des forêts tropicales pluvieuses de montagne au Queensland (Australie) et au Panama lors d'événements de mortalité massive associés à des déclins de population significatifs. Nous avons également observé cette nouvelle maladie associée à la morbidité et à la mortalité chez des anoures sauvages et captifs provenant d'autres localités en Australie et en Amérique centrale. Il s'agit du premier rapport de parasitisme d'un vertébré par un membre du phylum Chytridiomycota. Des données expérimentales soutiennent la conclusion que la chytridiose cutanée est une maladie mortelle des anoures, et nous hypothesons qu'elle est la cause proximale de ces déclins récents d'amphibiens.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.95.15.9031",
    doi = "10.1073/pnas.95.15.9031",
    openalex = "W2162530050"
}

@article{doi1023071565490,
    author = "McGowan, Gerard",
    title = "Le Développement et la Fonction de l'Articulation Atlanto-Axiale chez les Amphibiens Albanerpetontidés",
    year = "1998",
    journal = "Journal of Herpetology",
    url = "https://doi.org/10.2307/1565490",
    doi = "10.2307/1565490",
    openalex = "W2313115824"
}

@article{doi101016s0145305x99000282,
    author = "Carey, Cynthia et Cohen, Nicholas et Rollins‐Smith, Louise A.",
    title = "Amphibian declines: an immunological perspective",
    year = "1999",
    journal = "Developmental \& Comparative Immunology",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0145-305x(99)00028-2",
    doi = "10.1016/s0145-305x(99)00028-2",
    openalex = "W2127543579"
}

@article{doi1011111475498300083,
    author = "Gardner, James D.",
    title = "l'amphibien albanerpeton arthridion et la biogéographie aptien-albien des albanerpetontidés",
    year = "1999",
    journal = "Palaeontology",
    url = "https://doi.org/10.1111/1475-4983.00083",
    doi = "10.1111/1475-4983.00083",
    openalex = "W2023015018"
}

▪ Résumé Les déclins et les pertes de populations d'amphibiens constituent un problème mondial aux causes locales complexes. Ceux-ci peuvent inclure les rayonnements ultraviolets, la prédation, la modification de l'habitat, l'acidité environnementale et les toxiques, les maladies, les changements de climat ou de schémas météorologiques, et les interactions entre ces facteurs. Comprendre l'ampleur du problème et sa nature nécessite de comprendre comment les facteurs locaux affectent la dynamique des populations locales. Les hypothèses concernant le comportement des populations doivent être testées contre des hypothèses nulle appropriées. Nous avons généré des hypothèses nulles pour le comportement des populations d'amphibiens à l'aide d'un modèle, et nous les avons utilisées pour tester des hypothèses concernant le comportement de 85 séries chronologiques issues de la littérature. Nos résultats suggèrent que la plupart des populations d'amphibiens devraient diminuer plus souvent qu'elles ne croissent, en raison d'un recrutement très variable et d'une mortalité adulte moins variable. Pendant la période couverte par nos données (1951–1997), plus de populations d'amphibiens ont diminué que notre modèle ne le prévoyait. Cependant, il n'y a aucune indication que la proportion de populations en déclin ait changé au fil du temps. De plus, notre revue de la littérature suggère que de nombreux amphibiens, voire la plupart, existent sous forme de métapopulations. La compréhension de la dynamique des populations d'amphibiens nécessitera une intégration des études sur et au sein des populations locales et au niveau de la métapopulation.

@article{doi101146annurevecolsys301133,
    author = "Alford, Ross A. and Richards, Stephen J.",
    title = "Global Amphibian Declines: A Problem in Applied Ecology",
    year = "1999",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "▪ Résumé Les déclins et les pertes de populations d'amphibiens constituent un problème mondial aux causes locales complexes. Ceux-ci peuvent inclure les rayonnements ultraviolets, la prédation, la modification de l'habitat, l'acidité environnementale et les toxiques, les maladies, les changements de climat ou de schémas météorologiques, et les interactions entre ces facteurs. Comprendre l'ampleur du problème et sa nature nécessite de comprendre comment les facteurs locaux affectent la dynamique des populations locales. Les hypothèses concernant le comportement des populations doivent être testées contre des hypothèses nulle appropriées. Nous avons généré des hypothèses nulles pour le comportement des populations d'amphibiens à l'aide d'un modèle, et nous les avons utilisées pour tester des hypothèses concernant le comportement de 85 séries chronologiques issues de la littérature. Nos résultats suggèrent que la plupart des populations d'amphibiens devraient diminuer plus souvent qu'elles ne croissent, en raison d'un recrutement très variable et d'une mortalité adulte moins variable. Pendant la période couverte par nos données (1951–1997), plus de populations d'amphibiens ont diminué que notre modèle ne le prévoyait. Cependant, il n'y a aucune indication que la proportion de populations en déclin ait changé au fil du temps. De plus, notre revue de la littérature suggère que de nombreux amphibiens, voire la plupart, existent sous forme de métapopulations. La compréhension de la dynamique des populations d'amphibiens nécessitera une intégration des études sur et au sein des populations locales et au niveau de la métapopulation.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.30.1.133",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.30.1.133",
    openalex = "W2110933697",
    references = "doi101046j15231739199408010060x, doi101126science2535022892, doi101146annurevecolsys271477, doi10560219780801847806"
}

Des grenouilles captives et sauvages d'Amérique du Nord et centrale et d'Australie sont récemment mortes avec des infections épidermiques par des champignons chytridiomycètes. Nous avons isolé un chytridiomycète en culture pure à partir d'une grenouille à flèche bleue captive morte au National Zoological Park de Washington, D.C. En utilisant cet isolat, nous avons photographié les stades de développement sur gélose nutritive, examiné les zoospores par microscopie électronique à transmission et inoculé des grenouilles de test. Ce chytride inoperculé se développe soit de manière monocentrique, soit coloniale et possède des rhizoïdes filamenteux qui naissent d'une ou plusieurs zones sur le zoosporangium en développement. Les caractères taxonomiquement importants de la région kinétosomale de la zoospore indiquent que ce chytride est un membre des Chytridiales mais diffère des autres chytrides étudiés par microscopie électronique à transmission. Sa racine de microtubule, qui commence aux triplets kinétosomaux 9–1 et s'étend parallèlement au kinétosome jusqu'à l'agrégation des ribosomes, est distinctive. L'examen histologique des grenouilles de test a révélé que la culture pure infectait la peau des grenouilles de test, tandis que la peau des grenouilles de contrôle restait exempte d'infection. Le champignon est décrit comme Batrachochytrium, dendrobatidis gen. et sp. nov.

@article{doi1023073761366,
    author = "Longcore, Joyce E. et Pessier, Allan P. et Nichols, Donald K.",
    title = "Batrachochytrium Dendrobatidis gen. et sp. nov., un Chytride pathogène pour les amphibiens",
    year = "1999",
    journal = "Mycologia",
    abstract = "Des grenouilles captives et sauvages d'Amérique du Nord et centrale et d'Australie sont récemment mortes avec des infections épidermiques par des champignons chytridiomycètes. Nous avons isolé un chytridiomycète en culture pure à partir d'une grenouille à flèche bleue captive morte au National Zoological Park de Washington, D.C. En utilisant cet isolat, nous avons photographié les stades de développement sur gélose nutritive, examiné les zoospores par microscopie électronique à transmission et inoculé des grenouilles de test. Ce chytride inoperculé se développe soit de manière monocentrique, soit coloniale et possède des rhizoïdes filamenteux qui naissent d'une ou plusieurs zones sur le zoosporangium en développement. Les caractères taxonomiquement importants de la région kinétosomale de la zoospore indiquent que ce chytride est un membre des Chytridiales mais diffère des autres chytrides étudiés par microscopie électronique à transmission. Sa racine de microtubule, qui commence aux triplets kinétosomaux 9–1 et s'étend parallèlement au kinétosome jusqu'à l'agrégation des ribosomes, est distinctive. L'examen histologique des grenouilles de test a révélé que la culture pure infectait la peau des grenouilles de test, tandis que la peau des grenouilles de contrôle restait exempte d'infection. Le champignon est décrit comme Batrachochytrium, dendrobatidis gen. et sp. nov.",
    url = "https://doi.org/10.2307/3761366",
    doi = "10.2307/3761366",
    openalex = "W2301971903"
}

Nous passons en revue les recherches récentes sur la pathologie, l'écologie et la biogéographie de deux maladies infectieuses émergentes chez la faune sauvage, la chytridiomycose et la maladie ranavirale, dans le contexte de la biologie des populations hôte-parasite. Nous examinons le rôle de ces maladies dans le déclin mondial des populations d'amphibiens et proposons des hypothèses sur les origines et l'impact de ces panzooties. Enfin, nous discutons des maladies infectieuses émergentes en tant que menace mondiale pour les populations de faune sauvage.

@article{doi103201eid0506990601,
    author = "Daszak, Peter et Berger, Lee et Cunningham, Andrew A. et Hyatt, Alex D. et Green, D. Earl et Speare, Rick",
    title = "Maladies infectieuses émergentes et déclins des populations d'amphibiens",
    year = "1999",
    journal = "Maladies infectieuses émergentes",
    abstract = "Nous passons en revue les recherches récentes sur la pathologie, l'écologie et la biogéographie de deux maladies infectieuses émergentes chez la faune sauvage, la chytridiomycose et la maladie ranavirale, dans le contexte de la biologie des populations hôte-parasite. Nous examinons le rôle de ces maladies dans le déclin mondial des populations d'amphibiens et proposons des hypothèses sur les origines et l'impact de ces panzooties. Enfin, nous discutons des maladies infectieuses émergentes en tant que menace mondiale pour les populations de faune sauvage.",
    url = "https://doi.org/10.3201/eid0506.990601",
    doi = "10.3201/eid0506.990601",
    openalex = "W2008397302"
}

@article{doi10103835008052,
    author = "Houlahan, Jeff E. et Findlay, C. Scott et Schmidt, Benedikt R. et Meyer, Andrea H. et Kuzmin, Sergius L.",
    title = "Preuves quantitatives du déclin des populations d'amphibiens à l'échelle mondiale",
    year = "2000",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/35008052",
    doi = "10.1038/35008052",
    openalex = "W1595231589",
    references = "doi101046j15231739199408010060x, doi101126science2535022892"
}

Les espèces de reptiles déclinent à l'échelle mondiale. Six menaces majeures pèsent sur les populations de reptiles : la perte et la dégradation des habitats, les espèces envahissantes introduites, la pollution environnementale, les maladies, l'exploitation insoutenable et les changements climatiques mondiaux.

@article{doi1016410006356820000500653tgdord20co2,
    author = "GIBBON, J. WHITFIELD et Scott, David E. et Ryan, Travis J. et Buhlmann, Kurt A. et Tuberville, Tracey D. et Metts, Brian S. et Greene, Judith L. et Mills, Tony M. et Leiden, Yale A et Poppy, Sean M. et Winne, Christopher T.",
    title = "The Global Decline of Reptiles, Déjà Vu Amphibians",
    year = "2000",
    journal = "BioScience",
    abstract = "Les espèces de reptiles déclinent à l'échelle mondiale. Six menaces majeures pèsent sur les populations de reptiles : la perte et la dégradation des habitats, les espèces envahissantes introduites, la pollution environnementale, les maladies, l'exploitation insoutenable et les changements climatiques mondiaux.",
    url = "https://doi.org/10.1641/0006-3568(2000)050[0653:tgdord]2.0.co;2",
    doi = "10.1641/0006-3568(2000)050[0653:tgdord]2.0.co;2",
    openalex = "W2102670626",
    references = "doi101046j15231739199408010060x, doi101126science2535022892"
}

@article{doi10103835070552,
    author = "Kiesecker, Joseph M. et Blaustein, Andrew R. et Belden, Lisa K.",
    title = "Causes complexes du déclin des populations d'amphibiens",
    year = "2001",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/35070552",
    doi = "10.1038/35070552",
    openalex = "W1655609833"
}

Les Albanerpetontidae sont des amphibiens du Jurassique moyen au Miocène qui ont été considérés de diverses manières comme des caudates (salamandres), un clade distinct des caudates, ou des lissamphibiens d'incertae sedis. Ici, je teste la monophylie des Albanerpetontidae et examine les affinités du groupe, dans le cadre d'un Temnospondyli plus inclusif, en effectuant une analyse cladistique utilisant 59 caractères informatifs notés pour quatre genres de temnospondyles non lissamphibiens, les caudates de la tige et du clade couronne, les salientians (grenouilles), les gymnophionans (amphibiens aveugles), et les deux genres albanerpetontidés reconnus, Albanerpeton et Celtedens. La monophylie des Albanerpetontidae est corroborée. J'interprète les synapomorphies des dents marginales (non pédicellées ; couronnes en forme de ciseau, comprimées labiolingualement, avec trois cuspules alignées mésiodistalement) chez les albanerpetontidés comme étant associées à une morsure de cisaillement. D'autres synapomorphies ont visiblement renforcé et augmenté la mobilité du crâne, de la mandibule et de la région cervicale pour le creusement, l'alimentation, ou les deux. Des ensembles imbriqués de synapomorphies placent les Albanerpetontidae au sein des Lissamphibia, en tant que taxon sœur des Caudata plus Salientia. Aucun des 17 caractères précédemment avancés comme synapomorphies albanerpetontidés-caudates ne place convaincantement les Albanerpetontidae au sein des Caudata ou n'allie les deux groupes comme taxons sœurs. Les albanerpetontidés sont mieux interprétés non pas comme des caudates aberrantes, mais comme un clade distinct de lissamphibiens dans lequel de nombreuses apomorphies sont superposées à un plan corporel lissamphibien autrement primitif.

@article{doi101111j109636422001tb02240x,
    author = "Gardner, James D.",
    title = "Monophylie et affinités des amphibiens albanerpetontidés (Temnospondyli; Lissamphibia)",
    year = "2001",
    journal = "Zoological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "Les Albanerpetontidae sont des amphibiens du Jurassique moyen au Miocène qui ont été considérés de diverses manières comme des caudates (salamandres), un clade distinct des caudates, ou des lissamphibiens d'incertae sedis. Ici, je teste la monophylie des Albanerpetontidae et examine les affinités du groupe, dans le cadre d'un Temnospondyli plus inclusif, en effectuant une analyse cladistique utilisant 59 caractères informatifs notés pour quatre genres de temnospondyles non lissamphibiens, les caudates de la tige et du clade couronne, les salientians (grenouilles), les gymnophionans (amphibiens aveugles), et les deux genres albanerpetontidés reconnus, Albanerpeton et Celtedens. La monophylie des Albanerpetontidae est corroborée. J'interprète les synapomorphies des dents marginales (non pédicellées ; couronnes en forme de ciseau, comprimées labiolingualement, avec trois cuspules alignées mésiodistalement) chez les albanerpetontidés comme étant associées à une morsure de cisaillement. D'autres synapomorphies ont visiblement renforcé et augmenté la mobilité du crâne, de la mandibule et de la région cervicale pour le creusement, l'alimentation, ou les deux. Des ensembles imbriqués de synapomorphies placent les Albanerpetontidae au sein des Lissamphibia, en tant que taxon sœur des Caudata plus Salientia. Aucun des 17 caractères précédemment avancés comme synapomorphies albanerpetontidés-caudates ne place convaincantement les Albanerpetontidae au sein des Caudata ou n'allie les deux groupes comme taxons sœurs. Les albanerpetontidés sont mieux interprétés non pas comme des caudates aberrantes, mais comme un clade distinct de lissamphibiens dans lequel de nombreuses apomorphies sont superposées à un plan corporel lissamphibien autrement primitif.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-3642.2001.tb02240.x",
    doi = "10.1111/j.1096-3642.2001.tb02240.x",
    openalex = "W2025048561"
}

Résumé : À bien des égards, la dynamique spatiale des amphibiens ressemble aux modèles classiques de métapopulation, dans lesquels les sous-populations dans les étangs de reproduction apparaissent et disparaissent, et les taux d'extinction et de colonisation sont des fonctions de l'agencement spatial des étangs. Cette vision des « étangs comme parcelles » de la dynamique spatiale des amphibiens est utile à plusieurs égards. Premièrement, elle met en évidence l'importance des processus régionaux et paysagers dans la détermination des modèles locaux d'abondance. Deuxièmement, elle offre une approche simple, basée sur les étangs, pour surveiller et gérer les populations d'amphibiens. Pour de nombreuses espèces, cependant, la vision des « étangs comme parcelles » peut être une simplification excessive et la structure de métapopulation peut être plus apparente que réelle. Les changements de distribution peuvent être causés par des processus autres que l'extinction et la recolonisation, et la plupart des extinctions résultent probablement de facteurs déterministes, et non de processus stochastiques. De plus, les effets de l'isolement des étangs semblent importants principalement dans les environnements perturbés, et dans de nombreux cas, ces effets d'isolement peuvent être mieux expliqués par la distribution des habitats terrestres que par la distribution des étangs de reproduction. Ces complications ont des implications importantes pour les chercheurs et les gestionnaires. Pour les chercheurs, les efforts futurs doivent déterminer les mécanismes sous-jacents aux modèles d'abondance et de changement de distribution et aux modèles dans les populations d'amphibiens. Pour les gestionnaires, les stratégies de conservation efficaces doivent réussir à équilibrer les considérations de métapopulation avec une attention minutieuse à la qualité des habitats locaux. De plus, les translocations et la gestion active peuvent être des outils indispensables pour conserver les amphibiens dans des paysages contenant plusieurs étangs de reproduction.

@article{doi101111j15231739200100129x,
    author = "Marsh, David M. and Trenham, Peter C.",
    title = "Metapopulation Dynamics and Amphibian Conservation",
    year = "2001",
    journal = "Conservation Biology",
    abstract = "Résumé : À bien des égards, la dynamique spatiale des amphibiens ressemble aux modèles classiques de métapopulation, dans lesquels les sous-populations dans les étangs de reproduction apparaissent et disparaissent, et les taux d'extinction et de colonisation sont des fonctions de l'agencement spatial des étangs. Cette vision des « étangs comme parcelles » de la dynamique spatiale des amphibiens est utile à plusieurs égards. Premièrement, elle met en évidence l'importance des processus régionaux et paysagers dans la détermination des modèles locaux d'abondance. Deuxièmement, elle offre une approche simple, basée sur les étangs, pour surveiller et gérer les populations d'amphibiens. Pour de nombreuses espèces, cependant, la vision des « étangs comme parcelles » peut être une simplification excessive et la structure de métapopulation peut être plus apparente que réelle. Les changements de distribution peuvent être causés par des processus autres que l'extinction et la recolonisation, et la plupart des extinctions résultent probablement de facteurs déterministes, et non de processus stochastiques. De plus, les effets de l'isolement des étangs semblent importants principalement dans les environnements perturbés, et dans de nombreux cas, ces effets d'isolement peuvent être mieux expliqués par la distribution des habitats terrestres que par la distribution des étangs de reproduction. Ces complications ont des implications importantes pour les chercheurs et les gestionnaires. Pour les chercheurs, les efforts futurs doivent déterminer les mécanismes sous-jacents aux modèles d'abondance et de changement de distribution et aux modèles dans les populations d'amphibiens. Pour les gestionnaires, les stratégies de conservation efficaces doivent réussir à équilibrer les considérations de métapopulation avec une attention minutieuse à la qualité des habitats locaux. De plus, les translocations et la gestion active peuvent être des outils indispensables pour conserver les amphibiens dans des paysages contenant plusieurs étangs de reproduction.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1523-1739.2001.00129.x",
    doi = "10.1111/j.1523-1739.2001.00129.x",
    openalex = "W2148534663",
    references = "doi101046j15231739199408010060x"
}

Comme partie d'une crise globale de la « biodiversité », de nombreuses populations d'amphibiens déclinent dans le monde entier. De nombreuses causes ont été invoquées pour expliquer ces déclins. Elles incluent la destruction des habitats, le changement climatique, des niveaux croissants de rayonnement ultraviolet, la contamination environnementale, les maladies et l'introduction d'espèces non indigènes. Dans cet article, nous soutenons que les déclins des populations d'amphibiens sont causés par différents facteurs abiotiques et biotiques agissant ensemble de manière dépendante du contexte. De plus, différentes espèces et différentes populations de la même espèce peuvent réagir de manières différentes à la même insulte environnementale. Ainsi, les causes des déclins des populations d'amphibiens varieront spatialement et temporellement. Bien que certaines généralisations (par exemple, celles concernant le stress environnemental et les épidémies de maladies) puissent être faites sur les déclins des populations d'amphibiens, nous suggérons que ces généralisations prennent en compte la dynamique dépendante du contexte des systèmes écologiques.

@article{doi101046j14610248200200352x,
    author = "Blaustein, Andrew R. et Kiesecker, Joseph M.",
    title = "Complexité en conservation : leçons tirées du déclin mondial des populations d'amphibiens",
    year = "2002",
    journal = "Ecology Letters",
    abstract = "Comme partie d'une crise globale de la « biodiversité », de nombreuses populations d'amphibiens déclinent dans le monde entier. De nombreuses causes ont été invoquées pour expliquer ces déclins. Elles incluent la destruction des habitats, le changement climatique, des niveaux croissants de rayonnement ultraviolet, la contamination environnementale, les maladies et l'introduction d'espèces non indigènes. Dans cet article, nous soutenons que les déclins des populations d'amphibiens sont causés par différents facteurs abiotiques et biotiques agissant ensemble de manière dépendante du contexte. De plus, différentes espèces et différentes populations de la même espèce peuvent réagir de manières différentes à la même insulte environnementale. Ainsi, les causes des déclins des populations d'amphibiens varieront spatialement et temporellement. Bien que certaines généralisations (par exemple, celles concernant le stress environnemental et les épidémies de maladies) puissent être faites sur les déclins des populations d'amphibiens, nous suggérons que ces généralisations prennent en compte la dynamique dépendante du contexte des systèmes écologiques.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1461-0248.2002.00352.x",
    doi = "10.1046/j.1461-0248.2002.00352.x",
    openalex = "W2115499819",
    references = "doi101046j15231739199408010060x"
}

La chytridiomycose est une maladie fongique récemment identifiée associée aux déclins mondiaux des populations de grenouilles. Bien que le champignon, Batrachochytrium dendrobatidis, soit considéré comme un pathogène émergent, peu de choses sont connues sur sa génétique des populations, y compris l'origine de l'épidémie actuelle et la manière dont cela se rapporte à la capacité de dispersion du champignon. Dans cette étude, nous utilisons le typage de séquences multilocus pour examiner la diversité génétique et les relations entre 35 souches fongiques provenant d'Amérique du Nord, d'Afrique et d'Australie. Seules cinq positions nucléotidiques variables ont été détectées parmi 10 loci (5918 pb). Ce faible niveau de variation génétique est cohérent avec la description de B. dendrobatidis comme un agent pathogène récemment apparu. Des fréquences fixes (c'est-à-dire 100 %) ou presque fixes de génotypes hétérozygotes à deux loci suggèrent que B. dendrobatidis est diploïde et se reproduit principalement de manière clonale. Contrairement à l'absence de polymorphisme nucléotidique, la caractérisation karyotypique par électrophorèse de plusieurs souches a démontré un certain nombre de polymorphismes de longueur de chromosome.

@article{doi101046j1365294x200301732x,
    author = "Morehouse, Erica A. et James, Timothy Y. et Ganley, Austen R. D. et Vilgalys, Rytas et Berger, Lee et Murphy, Peter et Longcore, Joyce E.",
    title = "Le typage de séquences multilocus suggère que le pathogène chytridien des amphibiens est un clone récemment apparu",
    year = "2003",
    journal = "Molecular Ecology",
    abstract = "La chytridiomycose est une maladie fongique récemment identifiée associée aux déclins mondiaux des populations de grenouilles. Bien que le champignon, Batrachochytrium dendrobatidis, soit considéré comme un pathogène émergent, peu de choses sont connues sur sa génétique des populations, y compris l'origine de l'épidémie actuelle et la manière dont cela se rapporte à la capacité de dispersion du champignon. Dans cette étude, nous utilisons le typage de séquences multilocus pour examiner la diversité génétique et les relations entre 35 souches fongiques provenant d'Amérique du Nord, d'Afrique et d'Australie. Seules cinq positions nucléotidiques variables ont été détectées parmi 10 loci (5918 pb). Ce faible niveau de variation génétique est cohérent avec la description de B. dendrobatidis comme un agent pathogène récemment apparu. Des fréquences fixes (c'est-à-dire 100 %) ou presque fixes de génotypes hétérozygotes à deux loci suggèrent que B. dendrobatidis est diploïde et se reproduit principalement de manière clonale. Contrairement à l'absence de polymorphisme nucléotidique, la caractérisation karyotypique par électrophorèse de plusieurs souches a démontré un certain nombre de polymorphismes de longueur de chromosome.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1365-294x.2003.01732.x",
    doi = "10.1046/j.1365-294x.2003.01732.x",
    openalex = "W2127223602"
}

Résumé. Les rapports sur les amphibiens malformés et les déclins mondiaux des amphibiens ont suscité des inquiétudes publiques, en particulier parce que les amphibiens sont considérés comme des espèces indicatrices de la santé environnementale globale. Le sujet attire également l'attention scientifique car il n'y a pas de réponse évidente et simple à la question de ce qui cause les déclins des amphibiens ? Des interactions complexes de plusieurs facteurs anthropiques sont probablement en jeu, et la compréhension des déclins des amphibiens peut ainsi servir de modèle pour comprendre les déclins d'espèces en général. Bien que nous ayons moins de réponses que nous le souhaiterions, il existe six hypothèses principales que nous classons en deux catégories. Pour les hypothèses de classe I, espèces exotiques, surexploitation et changement d'utilisation des terres, nous avons une bonne compréhension des mécanismes écologiques sous-jacents aux déclins ; ces causes ont affecté négativement les populations d'amphibiens depuis plus d'un siècle. Cependant, la question demeure de savoir si l'ampleur de ces effets négatifs a augmenté dans les années 1980, alors que les scientifiques ont commencé à remarquer un déclin mondial des amphibiens. De plus, les remèdes pour ces problèmes ne sont pas simples. Pour les hypothèses de classe II, changement global (y compris les rayons UV et le changement climatique mondial), contaminants et maladies infectieuses émergentes, nous avons une compréhension pauvre, mais en amélioration, de la manière dont chacun pourrait causer des déclins. Les facteurs de classe II impliquent des fondements mécanistiques complexes et subtils, avec des interactions probables entre plusieurs variables écologiques et évolutives. Ils peuvent également interagir avec les hypothèses de classe I. Les mécanismes soupçonnés associés aux hypothèses de classe II sont relativement récents, datant d'au moins la moitié du XXe siècle. Ces causes ont-elles agi indépendamment ou en concert avec les forces négatives préexistantes des hypothèses de classe I pour augmenter le taux de déclins des amphibiens à un niveau qui a attiré l'attention mondiale ? Nous avons besoin de plus d'études qui relient les mécanismes soupçonnés sous-jacents aux deux classes d'hypothèses aux changements quantitatifs dans les tailles de populations d'amphibiens et le nombre d'espèces. Une étape importante dans cette tâche est de clarifier les hypothèses et les conditions sous lesquelles les diverses causes opèrent seules ou ensemble.

@article{doi101046j14724642200300012x,
    author = "Collins, James P. et Storfer, Andrew",
    title = "Global amphibian declines: sorting the hypotheses",
    year = "2003",
    journal = "Diversity and Distributions",
    abstract = "Résumé. Les rapports sur les amphibiens malformés et les déclins mondiaux des amphibiens ont suscité des inquiétudes publiques, en particulier parce que les amphibiens sont considérés comme des espèces indicatrices de la santé environnementale globale. Le sujet attire également l'attention scientifique car il n'y a pas de réponse évidente et simple à la question de ce qui cause les déclins des amphibiens ? Des interactions complexes de plusieurs facteurs anthropiques sont probablement en jeu, et la compréhension des déclins des amphibiens peut ainsi servir de modèle pour comprendre les déclins d'espèces en général. Bien que nous ayons moins de réponses que nous le souhaiterions, il existe six hypothèses principales que nous classons en deux catégories. Pour les hypothèses de classe I, espèces exotiques, surexploitation et changement d'utilisation des terres, nous avons une bonne compréhension des mécanismes écologiques sous-jacents aux déclins ; ces causes ont affecté négativement les populations d'amphibiens depuis plus d'un siècle. Cependant, la question demeure de savoir si l'ampleur de ces effets négatifs a augmenté dans les années 1980, alors que les scientifiques ont commencé à remarquer un déclin mondial des amphibiens. De plus, les remèdes pour ces problèmes ne sont pas simples. Pour les hypothèses de classe II, changement global (y compris les rayons UV et le changement climatique mondial), contaminants et maladies infectieuses émergentes, nous avons une compréhension pauvre, mais en amélioration, de la manière dont chacun pourrait causer des déclins. Les facteurs de classe II impliquent des fondements mécanistiques complexes et subtils, avec des interactions probables entre plusieurs variables écologiques et évolutives. Ils peuvent également interagir avec les hypothèses de classe I. Les mécanismes soupçonnés associés aux hypothèses de classe II sont relativement récents, datant d'au moins la moitié du XXe siècle. Ces causes ont-elles agi indépendamment ou en concert avec les forces négatives préexistantes des hypothèses de classe I pour augmenter le taux de déclins des amphibiens à un niveau qui a attiré l'attention mondiale ? Nous avons besoin de plus d'études qui relient les mécanismes soupçonnés sous-jacents aux deux classes d'hypothèses aux changements quantitatifs dans les tailles de populations d'amphibiens et le nombre d'espèces. Une étape importante dans cette tâche est de clarifier les hypothèses et les conditions sous lesquelles les diverses causes opèrent seules ou ensemble.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1472-4642.2003.00012.x",
    doi = "10.1046/j.1472-4642.2003.00012.x",
    openalex = "W2127218107",
    references = "doi101046j14724642200300016x, doi101126science2535022892"
}

Résumé. Une série de récents articles ont impliqué des pathogènes et des parasites dans les déclins des populations d'amphibiens. Ici, nous examinons les preuves du lien entre les maladies infectieuses et les déclins des populations d'amphibiens. Nous concluons que les données disponibles fournissent le lien le plus clair pour la maladie fongique des amphibiens, la chytridiomycose, bien que d'autres pathogènes soient également impliqués. Nous suggérons des données expérimentales et observationnelles supplémentaires qui doivent être collectées pour fournir un soutien supplémentaire que ces autres pathogènes sont associés aux déclins. Nous suggérons que, comme de nombreuses maladies infectieuses émergentes (MIE) chez l'humain, les animaux domestiques et d'autres espèces sauvages, l'émergence de la chytridiomycose peut être entraînée par une introduction anthropique (pollution par les pathogènes). Enfin, nous examinons un certain nombre de récents progrès dans l'écologie hôte-parasite de la chytridiomycose qui aident à expliquer son émergence et son impact.

@article{doi101046j14724642200300016x,
    author = "Daszak, Peter et Cunningham, Andrew A. et Hyatt, Alex D.",
    title = "Maladies infectieuses et déclins des populations d'amphibiens",
    year = "2003",
    journal = "Diversité et distributions",
    abstract = "Résumé. Une série de récents articles ont impliqué des pathogènes et des parasites dans les déclins des populations d'amphibiens. Ici, nous examinons les preuves du lien entre les maladies infectieuses et les déclins des populations d'amphibiens. Nous concluons que les données disponibles fournissent le lien le plus clair pour la maladie fongique des amphibiens, la chytridiomycose, bien que d'autres pathogènes soient également impliqués. Nous suggérons des données expérimentales et observationnelles supplémentaires qui doivent être collectées pour fournir un soutien supplémentaire que ces autres pathogènes sont associés aux déclins. Nous suggérons que, comme de nombreuses maladies infectieuses émergentes (MIE) chez l'humain, les animaux domestiques et d'autres espèces sauvages, l'émergence de la chytridiomycose peut être entraînée par une introduction anthropique (pollution par les pathogènes). Enfin, nous examinons un certain nombre de récents progrès dans l'écologie hôte-parasite de la chytridiomycose qui aident à expliquer son émergence et son impact.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1472-4642.2003.00016.x",
    doi = "10.1046/j.1472-4642.2003.00016.x",
    openalex = "W2153850059",
    references = "doi101016s0001706x00001790, doi10103819297, doi10103835070552, doi101073pnas95159031, doi101126science2535022892, doi101126science2875452443, doi101146annurevecolsys301133, doi1023073761366, doi103201eid0506990601, openalexw1486246338"
}

Résumé : Les populations d'amphibiens sont en déclin sur tous les continents où elles se trouvent, mais toutes les espèces n'ont pas été affectées de la même manière. Les populations de certaines espèces sont éradiquées, d'autres ont décliné mais survivent, certaines n'ont pas manifestement décliné, et d'autres sont en augmentation. Si les populations d'amphibiens à plusieurs sites étaient affectées par les mêmes facteurs, alors les espèces survivantes devraient partager des traits qui favorisent la persistance, tandis que les espèces en déclin devraient partager des traits qui favorisent la susceptibilité. L'identification de ces traits peut aider à diagnostiquer les causes potentielles et ainsi aider à orienter les actions de conservation. En utilisant une régression logistique, nous avons quantifié la vulnérabilité des populations d'amphibiens dans quatre zones d'Amérique centrale. Nous avons analysé une base de données spécifique aux espèces concernant l'identité taxonomique, la répartition géographique et altitudinale, la distribution altitudinale, l'habitat des adultes et des larves, la période d'activité et la taille corporelle maximale des adultes. Nous avons trouvé que (1) les quatre sites présentaient le même schéma de déclin (il n'y avait pas d'interactions entre le site et les autres variables) ; (2) les populations en déclin partageaient des habitats aquatiques, des répartition altitudinales restreintes et de grandes tailles corporelles ; et (3) il y avait une interaction entre la taille corporelle et la répartition altitudinale. La variable la plus significative dans le modèle était l'indice aquatique de vie entière, un facteur non lié à la vulnérabilité démographique et qui pourrait donc indiquer l'agent(s) causal(s) potentiel(s). Nos résultats fournissent un modèle prédictif pour évaluer les causes potentielles des déclins de population dans d'autres zones, et nous avons généré une liste de 52 espèces prédites pour décliner à un site actuellement non affecté au Panama central.

@article{doi101046j15231739200301623x,
    author = "Lips, Karen R. and Reeve, John D. and Witters, Lani R.",
    title = "Ecological Traits Predicting Amphibian Population Declines in Central America",
    year = "2003",
    journal = "Conservation Biology",
    abstract = "Résumé : Les populations d'amphibiens sont en déclin sur tous les continents où elles se trouvent, mais toutes les espèces n'ont pas été affectées de la même manière. Les populations de certaines espèces sont éradiquées, d'autres ont décliné mais survivent, certaines n'ont pas manifestement décliné, et d'autres sont en augmentation. Si les populations d'amphibiens à plusieurs sites étaient affectées par les mêmes facteurs, alors les espèces survivantes devraient partager des traits qui favorisent la persistance, tandis que les espèces en déclin devraient partager des traits qui favorisent la susceptibilité. L'identification de ces traits peut aider à diagnostiquer les causes potentielles et ainsi aider à orienter les actions de conservation. En utilisant une régression logistique, nous avons quantifié la vulnérabilité des populations d'amphibiens dans quatre zones d'Amérique centrale. Nous avons analysé une base de données spécifique aux espèces concernant l'identité taxonomique, la répartition géographique et altitudinale, la distribution altitudinale, l'habitat des adultes et des larves, la période d'activité et la taille corporelle maximale des adultes. Nous avons trouvé que (1) les quatre sites présentaient le même schéma de déclin (il n'y avait pas d'interactions entre le site et les autres variables) ; (2) les populations en déclin partageaient des habitats aquatiques, des répartition altitudinales restreintes et de grandes tailles corporelles ; et (3) il y avait une interaction entre la taille corporelle et la répartition altitudinale. La variable la plus significative dans le modèle était l'indice aquatique de vie entière, un facteur non lié à la vulnérabilité démographique et qui pourrait donc indiquer l'agent(s) causal(s) potentiel(s). Nos résultats fournissent un modèle prédictif pour évaluer les causes potentielles des déclins de population dans d'autres zones, et nous avons généré une liste de 52 espèces prédites pour décliner à un site actuellement non affecté au Panama central.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1523-1739.2003.01623.x",
    doi = "10.1046/j.1523-1739.2003.01623.x",
    openalex = "W2086206658",
    references = "doi101016s0012825297834848, doi101098rstb19940045"
}

Résumé : Les rapports généralisés de malformations chez les amphibiens suscitent une préoccupation croissante en matière de conservation. Bien que les comptes rendus de malformations massives (>5 %) dans les populations d'amphibiens d'Amérique du Nord remontent aux années 1940, ils sont souvent mal documentés et rarement expliqués. Nous avons examiné les informations disponibles pour neuf comptes rendus historiques provenant de la Californie, du Colorado, de l'Idaho, du Mississippi, du Montana, de l'Ohio et du Texas, signalés entre 1946 et 1988. Nous avons ensuite posé les questions suivantes : (1) Quels de ces cas étaient associés à une infection par Ribeiroia (Trematoda : Digenea) ? (2) Les malformations se produisent-elles toujours sur ces sites ? Et (3) si oui, la fréquence ou les types d'anomalies ont-ils changé ? Chaque site a été resurveyé entre 1999 et 2002, et les échantillons de référence originaux ont été redécrits et examinés pour une infection par des trematodes. L'identification directe et la classification par analyse de la fonction discriminante ont indiqué que les malformations historiques sur six des huit sites étaient associées à une infection par Ribeiroia, remontant aussi loin que 1946. Les malformations enregistrées historiquement sur ces sites étaient cohérentes avec les effets documentés de l'infection par Ribeiroia, y compris les membres supplémentaires, la fusion cutanée et les triangles osseux. Parmi les six sites qui soutenaient encore des amphibiens lors du resurvey, trois continuaient à soutenir des malformations sévères des membres à des fréquences de 7–50 % chez une ou plusieurs espèces. Bien qu'aucun pesticide n'ait été détecté, les amphibiens de chacun de ces sites étaient infectés par des métacercariae de Ribeiroia. Ensemble, ces résultats suggèrent que l'infection par Ribeiroia a historiquement été une cause importante de malformations massives chez les amphibiens. Nous concluons que bien que les malformations induites par des parasites ne soient pas un phénomène nouveau, il existe des preuves qualitatives suggérant que leur prévalence a augmenté récemment, et nous soulignons la nécessité de recherches à long terme pour évaluer les impacts des malformations sur la viabilité des populations d'amphibiens.

@article{doi101111j15231739200300217x,
    author = "Johnson, Pieter T. J. et Lunde, Kevin B. et Zelmer, Derek A. et Werner, J. Kent",
    title = "Déformations des membres comme maladie parasitaire émergente chez les amphibiens : Preuves à partir d'échantillons de musée et de données de resurveys",
    year = "2003",
    journal = "Conservation Biology",
    abstract = "Résumé : Les rapports généralisés de malformations chez les amphibiens suscitent une préoccupation croissante en matière de conservation. Bien que les comptes rendus de malformations massives (>5 %) dans les populations d'amphibiens d'Amérique du Nord remontent aux années 1940, ils sont souvent mal documentés et rarement expliqués. Nous avons examiné les informations disponibles pour neuf comptes rendus historiques provenant de la Californie, du Colorado, de l'Idaho, du Mississippi, du Montana, de l'Ohio et du Texas, signalés entre 1946 et 1988. Nous avons ensuite posé les questions suivantes : (1) Quels de ces cas étaient associés à une infection par Ribeiroia (Trematoda : Digenea) ? (2) Les malformations se produisent-elles toujours sur ces sites ? Et (3) si oui, la fréquence ou les types d'anomalies ont-ils changé ? Chaque site a été resurveyé entre 1999 et 2002, et les échantillons de référence originaux ont été redécrits et examinés pour une infection par des trematodes. L'identification directe et la classification par analyse de la fonction discriminante ont indiqué que les malformations historiques sur six des huit sites étaient associées à une infection par Ribeiroia, remontant aussi loin que 1946. Les malformations enregistrées historiquement sur ces sites étaient cohérentes avec les effets documentés de l'infection par Ribeiroia, y compris les membres supplémentaires, la fusion cutanée et les triangles osseux. Parmi les six sites qui soutenaient encore des amphibiens lors du resurvey, trois continuaient à soutenir des malformations sévères des membres à des fréquences de 7–50 % chez une ou plusieurs espèces. Bien qu'aucun pesticide n'ait été détecté, les amphibiens de chacun de ces sites étaient infectés par des métacercariae de Ribeiroia. Ensemble, ces résultats suggèrent que l'infection par Ribeiroia a historiquement été une cause importante de malformations massives chez les amphibiens. Nous concluons que bien que les malformations induites par des parasites ne soient pas un phénomène nouveau, il existe des preuves qualitatives suggérant que leur prévalence a augmenté récemment, et nous soulignons la nécessité de recherches à long terme pour évaluer les impacts des malformations sur la viabilité des populations d'amphibiens.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1523-1739.2003.00217.x",
    doi = "10.1111/j.1523-1739.2003.00217.x",
    openalex = "W2034273505"
}

De nombreuses populations d'amphibiens ont disparu ou sont en déclin à travers le monde. De plus, plus de 60 espèces différentes d'amphibiens présentant des anomalies graves ont été trouvées aux États-Unis et dans plusieurs autres pays. Ces phénomènes complexes, peut-être interreliés, sont associés à des défis actuels importants en biologie de la conservation. Bien qu'une recherche intense, débutant au début des années 1990, ait conduit à une meilleure compréhension des raisons du déclin des populations d'amphibiens, il existe toujours un manque fondamental de connaissances sur les causes et les implications des déformations des amphibiens.

@article{doi1018901540929520030010087tcoda20co2,
    author = "Blaustein, Andrew R. et Johnson, Pieter T. J.",
    title = "La complexité des amphibiens déformés",
    year = "2003",
    journal = "Frontiers in Ecology and the Environment",
    abstract = "De nombreuses populations d'amphibiens ont disparu ou sont en déclin à travers le monde. De plus, plus de 60 espèces différentes d'amphibiens présentant des anomalies graves ont été trouvées aux États-Unis et dans plusieurs autres pays. Ces phénomènes complexes, peut-être interreliés, sont associés à des défis actuels importants en biologie de la conservation. Bien qu'une recherche intense, débutant au début des années 1990, ait conduit à une meilleure compréhension des raisons du déclin des populations d'amphibiens, il existe toujours un manque fondamental de connaissances sur les causes et les implications des déformations des amphibiens.",
    url = "https://doi.org/10.1890/1540-9295(2003)001[0087:tcoda]2.0.co;2",
    doi = "10.1890/1540-9295(2003)001[0087:tcoda]2.0.co;2",
    openalex = "W2141914837"
}

La chytridiomycose est une maladie émergente responsable d'une série de déclins et d'extinctions mondiales d'amphibiens. Nous rapportons l'agent causal, Batrachochytrium dendrobatidis, chez les crapauds américains du Nord (Rana catesbeiana) élevés pour le commerce international de la restauration. Nos résultats suggèrent que le commerce international peut jouer un rôle clé dans la dissémination mondiale de cette maladie et d'autres maladies infectieuses émergentes chez la faune sauvage.

@article{doi103201eid0908030030,
    author = "Mazzoni, Rolando et Cunningham, Andrew A. et Daszak, Peter et Apolo, Ada et Perdomo, Eugenio et Speranza, Gustavo",
    title = "Pathogène émergent chez les amphibiens sauvages chez les grenouilles (Rana catesbeiana) élevées pour le commerce international",
    year = "2003",
    journal = "Maladies infectieuses émergentes",
    abstract = "La chytridiomycose est une maladie émergente responsable d'une série de déclins et d'extinctions mondiales d'amphibiens. Nous rapportons l'agent causal, Batrachochytrium dendrobatidis, chez les crapauds américains du Nord (Rana catesbeiana) élevés pour le commerce international de la restauration. Nos résultats suggèrent que le commerce international peut jouer un rôle clé dans la dissémination mondiale de cette maladie et d'autres maladies infectieuses émergentes chez la faune sauvage.",
    url = "https://doi.org/10.3201/eid0908.030030",
    doi = "10.3201/eid0908.030030",
    openalex = "W2134354771"
}

La première évaluation mondiale des amphibiens fournit un nouveau contexte pour le phénomène bien médiatisé du déclin des amphibiens. Les amphibiens sont plus menacés et déclinent plus rapidement que les oiseaux ou les mammifères. Bien que de nombreux déclins soient dus à la perte d'habitat et à la surexploitation, d'autres processus non identifiés menacent 48 % des espèces en déclin rapide et conduisent les espèces le plus rapidement à l'extinction. Les déclins ne sont pas aléatoires en ce qui concerne les préférences écologiques des espèces, leurs aires géographiques et leurs associations taxonomiques, et sont les plus répandus parmi les espèces montanées néotropicales associées aux cours d'eau. L'absence de mesures de conservation pour ces déclins mal compris signifie que des centaines d'espèces d'amphibiens font maintenant face à l'extinction.

@article{doi101126science1103538,
    author = "Stuart, Simon N. et Chanson, Janice et Cox, Neil A. et Young, Bruce E. et Rodrigues, Ana S. L. et Fischman, Debra L. et Waller, Robert W.",
    title = "Status and Trends of Amphibian Declines and Extinctions Worldwide",
    year = "2004",
    journal = "Science",
    abstract = "La première évaluation mondiale des amphibiens fournit un nouveau contexte pour le phénomène bien médiatisé du déclin des amphibiens. Les amphibiens sont plus menacés et déclinent plus rapidement que les oiseaux ou les mammifères. Bien que de nombreux déclins soient dus à la perte d'habitat et à la surexploitation, d'autres processus non identifiés menacent 48\% des espèces en déclin rapide et conduisent les espèces le plus rapidement à l'extinction. Les déclins ne sont pas aléatoires en ce qui concerne les préférences écologiques des espèces, leurs aires géographiques et leurs associations taxonomiques, et sont les plus répandus parmi les espèces montanées néotropicales associées aux cours d'eau. L'absence de mesures de conservation pour ces déclins mal compris signifie que des centaines d'espèces d'amphibiens font maintenant face à l'extinction.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1103538",
    doi = "10.1126/science.1103538",
    openalex = "W2160571481",
    references = "doi101016s0006320700001324, doi10103835002708, doi10103835008052, doi101038nature02121, doi101046j14724642200300016x, doi101046j15231739199408010072x, doi101046j15231739200301623x, doi101073pnas95159031, doi101126science2695222347, doi105860choice496872"
}

L'apparition soudaine de la chytridiomycose, cause de la mortalité des amphibiens et du déclin des populations sur plusieurs continents, suggère que son agent étiologique, le champignon chytride des amphibiens Batrachochytrium dendrobatidis, a été introduit dans les régions touchées. Cependant, l'origine de ce pathogène virulent est inconnue. Une enquête a été menée sur 697 spécimens archivés de 3 espèces de Xenopus collectés entre 1879 et 1999 en Afrique australe, dans lesquels les caractéristiques histologiques de la membrane interdigitale ont été analysées. Le premier cas de chytridiomycose trouvé concernait un crapaud Xenopus laevis en 1938, et la prévalence globale était de 2,7 %. La prévalence ne présentait aucune différence significative entre les espèces, les régions, la saison ou la période temporelle. La chytridiomycose était une infection endémique stable en Afrique australe pendant 23 ans avant que tout spécimen positif ne soit trouvé en dehors de l'Afrique. Nous proposons que l'Afrique soit l'origine du champignon chytride des amphibiens et que le commerce international de X. laevis, commencé au milieu des années 1930, ait été le moyen de dissémination.

@article{doi103201eid1012030804,
    author = "Weldon, Ché et du Preez, Louis H. et Hyatt, Alex D. et Müller, Reinhold et Speare, Rick",
    title = "Origine du champignon chytride des amphibiens",
    year = "2004",
    journal = "Maladies infectieuses émergentes",
    abstract = "L'apparition soudaine de la chytridiomycose, cause de la mortalité des amphibiens et du déclin des populations sur plusieurs continents, suggère que son agent étiologique, le champignon chytride des amphibiens Batrachochytrium dendrobatidis, a été introduit dans les régions touchées. Cependant, l'origine de ce pathogène virulent est inconnue. Une enquête a été menée sur 697 spécimens archivés de 3 espèces de Xenopus collectés entre 1879 et 1999 en Afrique australe, dans lesquels les caractéristiques histologiques de la membrane interdigitale ont été analysées. Le premier cas de chytridiomycose trouvé concernait un crapaud Xenopus laevis en 1938, et la prévalence globale était de 2,7 %. La prévalence ne présentait aucune différence significative entre les espèces, les régions, la saison ou la période temporelle. La chytridiomycose était une infection endémique stable en Afrique australe pendant 23 ans avant que tout spécimen positif ne soit trouvé en dehors de l'Afrique. Nous proposons que l'Afrique soit l'origine du champignon chytride des amphibiens et que le commerce international de X. laevis, commencé au milieu des années 1930, ait été le moyen de dissémination.",
    url = "https://doi.org/10.3201/eid1012.030804",
    doi = "10.3201/eid1012.030804",
    openalex = "W2148875031",
    references = "doi101016s0006320700001324, doi101016s0145305x99000282, doi101046j1365294x200301732x, doi101046j15231739199997185x, doi101073pnas95159031, doi101111j15231739200500108x, doi103201eid0101950102, doi103201eid0506990601, doi103201eid0908030030, doi103201eid0908030145"
}

Batrachochytrium dendrobatidis est un pathogène majeur des grenouilles dans le monde, associé à des déclins des populations d'amphibiens. Le diagnostic de la chytridiomycose jusqu'à présent a largement reposé sur l'examen histologique et immunohistochimique de lambeaux de pattes. Cette technique est invasive et peu sensible, en particulier aux stades précoces de l'infection lorsque le traitement peut être possible. Nous avons développé un essai PCR Taqman en temps réel capable de détecter et de quantifier avec précision une zoospore dans un échantillon diagnostique. Cet essai facilitera la détection précoce de B. dendrobatidis dans les populations à la fois captives et sauvages, avec un haut degré de sensibilité et de spécificité, facilitant ainsi le traitement et la protection des populations menacées, la surveillance des environnements vierges et la prévention d'une propagation mondiale supplémentaire via le commerce d'amphibiens.

@article{doi103354dao060141,
    author = "Boyle, DG et Boyle, DB et Olsen, V et Morgan, JAT et Hyatt, AD",
    title = "Détection quantitative rapide de la chytridiomycose (Batrachochytrium dendrobatidis) dans les échantillons d'amphibiens à l'aide d'un essai PCR Taqman en temps réel",
    year = "2004",
    journal = "Diseases of Aquatic Organisms",
    abstract = "Batrachochytrium dendrobatidis est un pathogène majeur des grenouilles dans le monde, associé à des déclins des populations d'amphibiens. Le diagnostic de la chytridiomycose jusqu'à présent a largement reposé sur l'examen histologique et immunohistochimique de lambeaux de pattes. Cette technique est invasive et peu sensible, en particulier aux stades précoces de l'infection lorsque le traitement peut être possible. Nous avons développé un essai PCR Taqman en temps réel capable de détecter et de quantifier avec précision une zoospore dans un échantillon diagnostique. Cet essai facilitera la détection précoce de B. dendrobatidis dans les populations à la fois captives et sauvages, avec un haut degré de sensibilité et de spécificité, facilitant ainsi le traitement et la protection des populations menacées, la surveillance des environnements vierges et la prévention d'une propagation mondiale supplémentaire via le commerce d'amphibiens.",
    url = "https://doi.org/10.3354/dao060141",
    doi = "10.3354/dao060141",
    openalex = "W2102956415",
    references = "doi101046j14724642200300016x"
}

@article{doi101016jbiocon200504009,
    author = "Beebee, Trevor J. C. et Griffiths, Richard A.",
    title = "The amphibian decline crisis: A watershed for conservation biology?",
    year = "2005",
    journal = "Biological Conservation",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.biocon.2005.04.009",
    doi = "10.1016/j.biocon.2005.04.009",
    openalex = "W2139117306",
    references = "doi101046j14724642200300016x, doi101046j15231739199408010060x, doi101093genetics14442001, doi101126science2535022892"
}

L'origine et la divergence des trois ordres d'amphibiens vivants (Anura, Caudata, Gymnophiona) et de leurs principaux lignages constituent l'un des sujets les plus controversés de l'évolution des vertébrés. Ici, nous présentons une phylogénie moléculaire robuste basée sur le gène nucléaire RAG1, ainsi que des résultats issus de diverses calibrations indépendantes de l'horloge moléculaire. Nos analyses suggèrent que l'origine et la divergence précoce des trois ordres d'amphibiens vivants remontent au Paléozoïque ou au Mésozoïque inférieur, avant la rupture de la Pangée et peu après la divergence des poissons à nageoires lobées. Le nouveau scénario biogéographique résultant, l'estimation de l'âge et la divergence rapide inférée des trois ordres de lissamphibiens pourraient expliquer l'absence de fossiles représentant des ancêtres plausibles ou des taxons sœurs immédiats de tous les trois ordres, ainsi que la distribution jusqu'alors paradoxale de certains taxons fossiles d'amphibiens. De plus, la radiation ancienne et rapide des trois ordres de lissamphibiens explique probablement pourquoi les longueurs de branches reliant leurs nœuds précoces sont particulièrement courtes, rendant ainsi l'inférence phylogénétique des relations impliquées particulièrement difficile.

@article{doi101086429523,
    author = "Mauro, Diego San et Vences, Miguel et Alcobendas, M. et Zardoya, Rafael et Meyer, Axel",
    title = "La première diversification des amphibiens vivants a précédé la rupture de la Pangée",
    year = "2005",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "L'origine et la divergence des trois ordres d'amphibiens vivants (Anura, Caudata, Gymnophiona) et de leurs principaux lignages constituent l'un des sujets les plus controversés de l'évolution des vertébrés. Ici, nous présentons une phylogénie moléculaire robuste basée sur le gène nucléaire RAG1, ainsi que des résultats issus de diverses calibrations indépendantes de l'horloge moléculaire. Nos analyses suggèrent que l'origine et la divergence précoce des trois ordres d'amphibiens vivants remontent au Paléozoïque ou au Mésozoïque inférieur, avant la rupture de la Pangée et peu après la divergence des poissons à nageoires lobées. Le nouveau scénario biogéographique résultant, l'estimation de l'âge et la divergence rapide inférée des trois ordres de lissamphibiens pourraient expliquer l'absence de fossiles représentant des ancêtres plausibles ou des taxons sœurs immédiats de tous les trois ordres, ainsi que la distribution jusqu'alors paradoxale de certains taxons fossiles d'amphibiens. De plus, la radiation ancienne et rapide des trois ordres de lissamphibiens explique probablement pourquoi les longueurs de branches reliant leurs nœuds précoces sont particulièrement courtes, rendant ainsi l'inférence phylogénétique des relations impliquées particulièrement difficile.",
    url = "https://doi.org/10.1086/429523",
    doi = "10.1086/429523",
    openalex = "W2218076246"
}

Les amphibiens déclinent à l'échelle mondiale, mais une quantité considérable de diversité reste encore inconnue, ce qui appelle à une accélération de l'exploration taxonomique. Ce processus sera grandement facilité par un système de codage-barcode ADN ; cependant, la structure populationnelle mitochondriale de nombreuses espèces d'amphibiens présente de nombreux défis pour une telle approche standardisée à locus unique. Ici, nous analysons les motifs de variation mitochondriale intra- et interspécifiques chez deux groupes d'amphibiens éloignés phylogénétiquement, les grenouilles mantellidés et les salamandres, afin d'évaluer le potentiel du codage-barcode ADN avec des séquences de cytochrome oxydase sous-unité I (cox1) chez ce taxon. De fortes divergences intraspécifiques de cox1 de 7 à 14 % ont été observées (18 % dans un cas) dans l'ensemble des séquences d'amphibiens analysées. Ces valeurs élevées ne sont pas causées par des taux de substitution particulièrement élevés de ce gène, mais par des divergences mitochondriales généralement profondes au sein et entre les espèces d'amphibiens. Malgré ces fortes divergences, les séquences de cox1 ont été capables d'identifier correctement les espèces, y compris des variants géographiques disparates. Les principaux problèmes du codage-barcode des amphibiens par cox1 sont (i) la forte variabilité des sites d'amorçage qui entrave l'application d'amorçeurs universels à toutes les espèces et (ii) le chevauchement distinct observé entre les valeurs de divergence intraspécifique et interspécifique, ce qui implique des difficultés dans la définition de valeurs seuil pour identifier les espèces candidates. Les discordances communes entre les signatures géographiques des marqueurs mitochondriaux et nucléaires chez les amphibiens indiquent qu'une approche à locus unique peut être problématique lorsqu'une haute précision du codage-barcode ADN est requise. Nous suggérons qu'un certain nombre de gènes mitochondriaux et nucléaires peuvent être utilisés comme marqueurs de codage-barcode ADN pour compléter cox1.

@article{doi101098rstb20051717,
    author = "Vences, Miguel et Thomas, Meike et Bonett, Ronald M. et Vieites, David R.",
    title = "Décrypter la diversité des amphibiens par le codage-barcode ADN : opportunités et défis",
    year = "2005",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Les amphibiens déclinent à l'échelle mondiale, mais une quantité considérable de diversité reste encore inconnue, ce qui appelle à une accélération de l'exploration taxonomique. Ce processus sera grandement facilité par un système de codage-barcode ADN ; cependant, la structure populationnelle mitochondriale de nombreuses espèces d'amphibiens présente de nombreux défis pour une telle approche standardisée à locus unique. Ici, nous analysons les motifs de variation mitochondriale intra- et interspécifiques chez deux groupes d'amphibiens éloignés phylogénétiquement, les grenouilles mantellidés et les salamandres, afin d'évaluer le potentiel du codage-barcode ADN avec des séquences de cytochrome oxydase sous-unité I (cox1) chez ce taxon. De fortes divergences intraspécifiques de cox1 de 7 à 14 % ont été observées (18 % dans un cas) dans l'ensemble des séquences d'amphibiens analysées. Ces valeurs élevées ne sont pas causées par des taux de substitution particulièrement élevés de ce gène, mais par des divergences mitochondriales généralement profondes au sein et entre les espèces d'amphibiens. Malgré ces fortes divergences, les séquences de cox1 ont été capables d'identifier correctement les espèces, y compris des variants géographiques disparates. Les principaux problèmes du codage-barcode des amphibiens par cox1 sont (i) la forte variabilité des sites d'amorçage qui entrave l'application d'amorçeurs universels à toutes les espèces et (ii) le chevauchement distinct observé entre les valeurs de divergence intraspécifique et interspécifique, ce qui implique des difficultés dans la définition de valeurs seuil pour identifier les espèces candidates. Les discordances communes entre les signatures géographiques des marqueurs mitochondriaux et nucléaires chez les amphibiens indiquent qu'une approche à locus unique peut être problématique lorsqu'une haute précision du codage-barcode ADN est requise. Nous suggérons qu'un certain nombre de gènes mitochondriaux et nucléaires peuvent être utilisés comme marqueurs de codage-barcode ADN pour compléter cox1.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.2005.1717",
    doi = "10.1098/rstb.2005.1717",
    openalex = "W2097709171",
    references = "doi101007bf01731581, doi101016s0022283605803602, doi101073pnas0406166101, doi101098rspb20022218, doi101126science1103538, doi101146annurevecolsys34011802132421, doi1011861742999425, doi101371journalpbio0020312, doi1016441545154220010820960atotgs20co2, doi102307jctv1nzfgj7, doi105860choice375647, openalexw3217097258"
}

Les amphibiens sont fréquemment caractérisés par des capacités de dispersion limitées, une forte fidélité au site et un habitat de reproduction spatialement disjunct. En conséquence, les espèces pondicoles sont souvent accusées de former des métapopulations. Les espèces d'amphibiens dans le monde semblent subir des déclins au niveau des populations, causés, au moins en partie, par la dégradation et la fragmentation de l'habitat et des zones intermédiaires entre les patches d'habitat. Si la simplification des amphibiens occupant des métapopulations est exacte, alors une stratégie de conservation basée sur une région, informée par la théorie des métapopulations, est un outil puissant pour estimer l'isolement et le risque d'extinction des étangs ou des populations. Cependant, à ce jour, aucune tentative n'a été faite pour évaluer la généralisation à l'échelle de la classe des populations d'amphibiens en tant que métapopulations. Nous avons examiné la littérature sur les amphibiens en tant que métapopulations (53 articles de journaux ou thèses) et la dispersion des amphibiens (166 articles de journaux ou thèses pour 53 espèces d'anoures et 37 espèces de salamandres) pour évaluer si les conditions de structure de métapopulation avaient été testées, si l'isolement des étangs était basé uniquement sur l'hypothèse d'une dispersion limitée, et si la dispersion des amphibiens était uniformément limitée. Nous avons trouvé que dans la majorité des cas (74 %), les hypothèses du paradigme des métapopulations n'ont pas été testées. L'isolement des patches de reproduction via une dispersion limitée et/ou une forte fidélité au site était la condition de métapopulation la plus fréquemment impliquée ou testée, cependant nous avons trouvé des preuves solides que la dispersion des amphibiens n'est pas aussi uniformément limitée qu'on le pense souvent. La distribution de fréquence des mouvements maximaux pour les anoures et les salamandres était bien décrite par une loi de puissance inverse. Cette relation prédit que les distances inférieures à 11–13 et 8–9 km, respectivement, sont dans une plage où elles peuvent recevoir un individu émigrant. Les populations isolées par des distances approchant cette plage sont peut-être plus susceptibles d'exhiber une structure de métapopulation que les populations moins isolées. Les études qui couvraient de plus grandes zones ont également tendance à rapporter des distances de mouvement maximal plus longues – un schéma avec des implications pour la conception des études de marquage-recapture. Il faut faire preuve de prudence dans l'application de l'approche des métapopulations à la conservation des populations d'amphibiens. Certaines populations d'amphibiens sont structurées en métapopulations – mais pas toutes.

@article{doi101111j09067590200504042x,
    author = "Smith, M. Alex and Green, David M.",
    title = "Dispersal and the metapopulation paradigm in amphibian ecology and conservation: are all amphibian populations metapopulations?",
    year = "2005",
    journal = "Ecography",
    abstract = "Les amphibiens sont fréquemment caractérisés par des capacités de dispersion limitées, une forte fidélité au site et un habitat de reproduction spatialement disjunct. En conséquence, les espèces pondicoles sont souvent accusées de former des métapopulations. Les espèces d'amphibiens dans le monde semblent subir des déclins au niveau des populations, causés, au moins en partie, par la dégradation et la fragmentation de l'habitat et des zones intermédiaires entre les patches d'habitat. Si la simplification des amphibiens occupant des métapopulations est exacte, alors une stratégie de conservation basée sur une région, informée par la théorie des métapopulations, est un outil puissant pour estimer l'isolement et le risque d'extinction des étangs ou des populations. Cependant, à ce jour, aucune tentative n'a été faite pour évaluer la généralisation à l'échelle de la classe des populations d'amphibiens en tant que métapopulations. Nous avons examiné la littérature sur les amphibiens en tant que métapopulations (53 articles de journaux ou thèses) et la dispersion des amphibiens (166 articles de journaux ou thèses pour 53 espèces d'anoures et 37 espèces de salamandres) pour évaluer si les conditions de structure de métapopulation avaient été testées, si l'isolement des étangs était basé uniquement sur l'hypothèse d'une dispersion limitée, et si la dispersion des amphibiens était uniformément limitée. Nous avons trouvé que dans la majorité des cas (74 %) les hypothèses du paradigme des métapopulations n'ont pas été testées. L'isolement des patches de reproduction via une dispersion limitée et/ou une forte fidélité au site était la condition de métapopulation la plus fréquemment impliquée ou testée, cependant nous avons trouvé des preuves solides que la dispersion des amphibiens n'est pas aussi uniformément limitée qu'on le pense souvent. La distribution de fréquence des mouvements maximaux pour les anoures et les salamandres était bien décrite par une loi de puissance inverse. Cette relation prédit que les distances inférieures à 11–13 et 8–9 km, respectivement, sont dans une plage où elles peuvent recevoir un individu émigrant. Les populations isolées par des distances approchant cette plage sont peut-être plus susceptibles d'exhiber une structure de métapopulation que les populations moins isolées. Les études qui couvraient de plus grandes zones ont également tendance à rapporter des distances de mouvement maximal plus longues – un schéma avec des implications pour la conception des études de marquage-recapture. Il faut faire preuve de prudence dans l'application de l'approche des métapopulations à la conservation des populations d'amphibiens. Certaines populations d'amphibiens sont structurées en métapopulations – mais pas toutes.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.0906-7590.2005.04042.x",
    doi = "10.1111/j.0906-7590.2005.04042.x",
    openalex = "W2077386988",
    references = "doi101046j15231739199408010060x, doi101111j109583121991tb00552x, doi10560219780801847806"
}

Résumé : Les maladies infectieuses émergentes pourraient contribuer au déclin mondial des populations d'amphibiens. En particulier, la chytridiomycose, une infection fongique cutanée des amphibiens causée par le chytride Batrachochytrium dendrobatidis, a attiré l'attention dans les années 1990 en tant qu'agent pathogène apparemment nouveau. Ce champignon a été impliqué comme agent causal de mortalités généralisées chez les amphibiens sauvages dans des parties géographiquement disparates du monde. Pour étudier la distribution mondiale, l'occurrence historique et l'infectiosité de ce pathogène, nous avons examiné 3371 amphibiens postmétamorphiques et adultes collectés entre 1895 et 2001 dans 25 pays pour la présence de champignons chytrides dans l'épiderme. Une infection cutanée par des chytrides a été diagnostiquée chez 383 des 2931 (13,1 %) spécimens de 12 espèces d'amphibiens courants provenant de cinq provinces canadiennes et sept États américains, dont 30 des 69 emplacements examinés dans la vallée du fleuve Saint-Laurent au Québec. Des chytrides ont été observés chez 7,0 % (46/655) des adultes collectés dans les années 1960, les premiers cas étant deux grenouilles vertes (Rana clamitans) collectées en 1961 à Saint‐Pierre‐de‐Wakefield, Québec. Dans des études récentes, aucune morbidité ni mortalité attribuable à la chytridiomycose n'a été observée chez les amphibiens infectés du Québec, malgré une prévalence d'infection par des chytrides de 17,8 % (302/1698) durant la période 1990–2001. La prévalence de l'infection durant cette dernière période n'était pas statistiquement différente lorsqu'elle était comparée à la période 1960–1969. Aucune infection épidermique par des chytrides n'a été observée chez 440 amphibiens examinés dans 23 autres pays. Compte tenu du fait que l'infection par B. dendrobatidis est largement distribuée et apparemment enzootique chez des amphibiens apparemment sains d'Amérique du Nord orientale, les épidémies létales de chytridiomycose chez les populations d'amphibiens semblent avoir des causes complexes et peuvent être le résultat de facteurs prédisposants sous-jacents.

@article{doi101111j15231739200500108x,
    author = "Ouellet, Martin et Mikaelian, Igor et Pauli, Bruce D. et Rodrigue, Jean‐Paul et Green, David M.",
    title = "Preuves historiques d'une infection généralisée par des chytrides chez les amphibiens d'Amérique du Nord",
    year = "2005",
    journal = "Conservation Biology",
    abstract = "Résumé : Les maladies infectieuses émergentes pourraient contribuer au déclin mondial des populations d'amphibiens. En particulier, la chytridiomycose, une infection fongique cutanée des amphibiens causée par le chytride Batrachochytrium dendrobatidis, a attiré l'attention dans les années 1990 en tant qu'agent pathogène apparemment nouveau. Ce champignon a été impliqué comme agent causal de mortalités généralisées chez les amphibiens sauvages dans des parties géographiquement disparates du monde. Pour étudier la distribution mondiale, l'occurrence historique et l'infectiosité de ce pathogène, nous avons examiné 3371 amphibiens postmétamorphiques et adultes collectés entre 1895 et 2001 dans 25 pays pour la présence de champignons chytrides dans l'épiderme. Une infection cutanée par des chytrides a été diagnostiquée chez 383 des 2931 (13,1 %) spécimens de 12 espèces d'amphibiens courants provenant de cinq provinces canadiennes et sept États américains, dont 30 des 69 emplacements examinés dans la vallée du fleuve Saint-Laurent au Québec. Des chytrides ont été observés chez 7,0 % (46/655) des adultes collectés dans les années 1960, les premiers cas étant deux grenouilles vertes (Rana clamitans) collectées en 1961 à Saint‐Pierre‐de‐Wakefield, Québec. Dans des études récentes, aucune morbidité ni mortalité attribuable à la chytridiomycose n'a été observée chez les amphibiens infectés du Québec, malgré une prévalence d'infection par des chytrides de 17,8 % (302/1698) durant la période 1990–2001. La prévalence de l'infection durant cette dernière période n'était pas statistiquement différente lorsqu'elle était comparée à la période 1960–1969. Aucune infection épidermique par des chytrides n'a été observée chez 440 amphibiens examinés dans 23 autres pays. Compte tenu du fait que l'infection par B. dendrobatidis est largement distribuée et apparemment enzootique chez des amphibiens apparemment sains d'Amérique du Nord orientale, les épidémies létales de chytridiomycose chez les populations d'amphibiens semblent avoir des causes complexes et peuvent être le résultat de facteurs prédisposants sous-jacents.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1523-1739.2005.00108.x",
    doi = "10.1111/j.1523-1739.2005.00108.x",
    openalex = "W2097847544"
}

CONTEXTE : L'identification des espèces d'organismes par de courtes séquences d'ADN est au cœur de discussions en cours sous les termes de codage-barcode de l'ADN ou de taxonomie de l'ADN. Un fragment C-terminal du gène mitochondrial de l'oxydase cytochrome sous-unité I (COI) a été proposé comme marqueur universel à cette fin chez les animaux. RÉSULTATS : Nous présentons ici des preuves expérimentales que le gène mitochondrial 16S rRNA remplit les exigences d'un marqueur de codage-barcode de l'ADN universel chez les amphibiens. En termes de universalité des sites d'amorçage et d'identification des grands clades de vertébrés, le fragment 16S étudié est supérieur au COI. Le taux de succès d'amplification était de 100 % pour le 16S dans un sous-ensemble d'échantillons de grenouilles de Madagascar frais et bien conservés, tandis que diverses combinaisons d'amorces COI avaient des taux de succès inférieurs. Les sites d'amorçage COI ont montré une grande variabilité parmi les amphibiens tant au niveau des groupes que des espèces étroitement apparentées, tandis que les sites d'amorçage 16S étaient hautement conservés chez les vertébrés. Les divergences 16S paires interspécifiques dans un groupe de test de grenouilles de Madagascar étaient à un niveau approprié pour l'attribution des stades larvaires aux espèces (1-17 %), avec des degrés faibles de divergence haplotype paire au sein des populations (0-1 %). CONCLUSION : Nous plaçons fortement pour l'utilisation du 16S rRNA comme marqueur standard de codage-barcode de l'ADN pour les vertébrés pour compléter le COI, en particulier si les échantillons a priori pourraient appartenir à divers taxons phylogénétiquement distants et si les faux négatifs constitueraient un problème majeur.

@article{doi1011861742999425,
    author = "Vences, Miguel et Thomas, Meike et van der Meijden, Arie et Chiari, Ylenia et Vieites, David R.",
    title = "Performance comparative du gène 16S rRNA dans le codage-barcode de l'ADN des amphibiens",
    year = "2005",
    journal = "Frontiers in Zoology",
    abstract = "CONTEXTE : L'identification des espèces d'organismes par de courtes séquences d'ADN est au cœur de discussions en cours sous les termes de codage-barcode de l'ADN ou de taxonomie de l'ADN. Un fragment C-terminal du gène mitochondrial de l'oxydase cytochrome sous-unité I (COI) a été proposé comme marqueur universel à cette fin chez les animaux. RÉSULTATS : Nous présentons ici des preuves expérimentales que le gène mitochondrial 16S rRNA remplit les exigences d'un marqueur de codage-barcode de l'ADN universel chez les amphibiens. En termes de universalité des sites d'amorçage et d'identification des grands clades de vertébrés, le fragment 16S étudié est supérieur au COI. Le taux de succès d'amplification était de 100\% pour le 16S dans un sous-ensemble d'échantillons de grenouilles de Madagascar frais et bien conservés, tandis que diverses combinaisons d'amorces COI avaient des taux de succès inférieurs. Les sites d'amorçage COI ont montré une grande variabilité parmi les amphibiens tant au niveau des groupes que des espèces étroitement apparentées, tandis que les sites d'amorçage 16S étaient hautement conservés chez les vertébrés. Les divergences 16S paires interspécifiques dans un groupe de test de grenouilles de Madagascar étaient à un niveau approprié pour l'attribution des stades larvaires aux espèces (1-17\%), avec des degrés faibles de divergence haplotype paire au sein des populations (0-1\%). CONCLUSION : Nous plaçons fortement pour l'utilisation du 16S rRNA comme marqueur standard de codage-barcode de l'ADN pour les vertébrés pour compléter le COI, en particulier si les échantillons a priori pourraient appartenir à divers taxons phylogénétiquement distants et si les faux négatifs constitueraient un problème majeur.",
    url = "https://doi.org/10.1186/1742-9994-2-5",
    doi = "10.1186/1742-9994-2-5",
    openalex = "W2109560743",
    references = "doi101016s0022283605803602, doi101016s0022534701635407, doi101073pnas0406166101, doi101093bioinformaticsbtg359, doi101098rsbl20030025, doi101098rspb20022218, doi101126science1093857, doi101128aem666254125472000, doi101146annurevecolsys34011802132421, doi101371journalpbio0020312"
}

@incollection{clayton2006amphibians,
    author = "Clayton, Mark M. et Wombey, John C. et Mason, Ian J. et Chesser, R. Terry et Wells, Alice",
    title = "Amphibiens",
    year = "2006",
    booktitle = "Liste des vertébrés australiens du CSIRO",
    url = "https://doi.org/10.1071/978064309303402.9.16.2006.2",
    doi = "10.1071/978064309303402.9.16.2006.2"
}

@article{doi101038nature04246,
    author = "Pounds, J. Alan et Bustamante, Martín R. et Coloma, Luis A. et Consuegra, Jamie A. et Fogden, Michael P. L. et Foster, Pru N. et Marca, Enrique La et Masters, Karen L. et Merino‐Viteri, Andrés et Puschendorf, Robert et Ron, Santiago R. et Sánchez‐Azofeifa, Arturo et Still, Christopher J. et Young, Bruce E.",
    title = "Widespread amphibian extinctions from epidemic disease driven by global warming",
    year = "2006",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature04246",
    doi = "10.1038/nature04246",
    openalex = "W2014225118",
    references = "doi10100797836620308372, doi101007bf01025401, doi10103819297, doi101038nature01286, doi101038nature01333, doi101038nature02121, doi101046j14724642200300016x, doi101073pnas95159031, doi101126science1063699, doi101126science1103538, doi10230720033020"
}

Les pathogènes causent rarement des extinctions d'espèces hôtes, et il existe peu d'exemples d'un pathogène modifiant la richesse et la diversité des espèces d'une communauté écologique en provoquant des extinctions locales à travers un large éventail d'espèces. Nous rapportons le lien entre l'apparition rapide d'un champignon chytride pathogène, Batrachochytrium dendrobatidis, dans une communauté d'amphibiens à El Copé, Panama, et la mortalité massive et la perte de la biodiversité des amphibiens à travers huit familles de grenouilles et de salamandres. Nous décrivons une épidémie de chytridiomycose au Panama et soutenons que cette maladie infectieuse a joué un rôle important dans le déclin des populations d'amphibiens. La haute virulence et le grand nombre d'hôtes potentiels de cette maladie infectieuse émergente menacent la diversité mondiale des amphibiens.

@article{doi101073pnas0506889103,
    author = "Lips, Karen R. et Brem, Forrest et Brenes, Roberto et Reeve, John D. et Alford, Ross A. et Voyles, Jamie et Carey, Cynthia et Livo, Lauren J. et Pessier, Allan P. et Collins, James P.",
    title = "Maladie infectieuse émergente et perte de la biodiversité dans une communauté d'amphibiens néotropicaux",
    year = "2006",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Les pathogènes causent rarement des extinctions d'espèces hôtes, et il existe peu d'exemples d'un pathogène modifiant la richesse et la diversité des espèces d'une communauté écologique en provoquant des extinctions locales à travers un large éventail d'espèces. Nous rapportons le lien entre l'apparition rapide d'un champignon chytride pathogène, Batrachochytrium dendrobatidis, dans une communauté d'amphibiens à El Copé, Panama, et la mortalité massive et la perte de la biodiversité des amphibiens à travers huit familles de grenouilles et de salamandres. Nous décrivons une épidémie de chytridiomycose au Panama et soutenons que cette maladie infectieuse a joué un rôle important dans le déclin des populations d'amphibiens. La haute virulence et le grand nombre d'hôtes potentiels de cette maladie infectieuse émergente menacent la diversité mondiale des amphibiens.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0506889103",
    doi = "10.1073/pnas.0506889103",
    openalex = "W2109538719",
    references = "doi101046j14724642200300016x, doi101126science2535022892, doi103201eid1012030804"
}

Résumé Objectif Nous explorons la relation entre les distributions actuelles des espèces d'amphibiens et de reptiles en Europe et le climat observé, et nous projetons les distributions potentielles des espèces vers le futur. Les impacts potentiels du réchauffement climatique sont évalués en quantifiant l'ampleur et la direction des changements de distribution modélisés pour chaque espèce. En particulier, nous nous demandons, premièrement, quelle proportion d'espèces d'amphibiens et de reptiles sont projetées pour perdre et gagner de l'espace climatique adéquat dans le futur ? Deuxièmement, les projections des espèces varient-elles selon les propriétés taxonomiques, spatiales ou environnementales ? Et troisièmement, quels facteurs climatiques pourraient conduire aux projections de perte ou de gain d'environnements adaptés pour les espèces ? Localisation Europe. Méthodes Les distributions des espèces sont modélisées avec quatre techniques d'enveloppe espèce-climat (réseaux de neurones artificiels, modèles linéaires généralisés, modèles additifs généralisés et analyses d'arbres de classification) et les distributions sont projetées vers le futur en utilisant cinq scénarios de changement climatique pour 2050. Les projections futures sont réalisées en considérant deux hypothèses extrêmes : les espèces ont une capacité de dispersion illimitée et les espèces n'ont aucune capacité de dispersion. Une approche hybride novatrice pour combiner des ensembles de prévisions est ensuite utilisée pour regrouper les projections covariantes linéairement en clusters avec une variabilité inter-modèle réduite. Résultats Nous montrons qu'une grande proportion d'espèces d'amphibiens et de reptiles sont projetées pour étendre leurs distributions si la dispersion est illimitée. C'est parce que le réchauffement dans les zones plus froides du nord des espèces crée de nouvelles opportunités de colonisation. Si les espèces ne sont pas capables de se disperser, alors la plupart des espèces sont projetées pour perdre leur aire de répartition. La perte d'espace climatique adéquat pour les espèces est projetée pour se produire principalement dans le sud-ouest de l'Europe, y compris la péninsule ibérique, tandis que les espèces dans le sud-est sont projetées pour gagner un climat adéquat. C'est parce que les conditions sèches dans le sud-ouest sont projetées pour augmenter, approchant les niveaux trouvés en Afrique du Nord, où peu d'espèces d'amphibiens sont capables de persister. Conclusions principales L'impact de l'augmentation des températures sur les espèces d'amphibiens et de reptiles pourrait être moins délétère que précédemment postulé ; en effet, le refroidissement climatique serait plus délétère pour la persistance des espèces d'amphibiens et de reptiles que le réchauffement. La capacité des espèces à faire face au réchauffement climatique pourrait cependant être compensée par les diminutions projetées de la disponibilité de l'eau. Cela devrait être particulièrement vrai pour les amphibiens. Une capacité de dispersion limitée pourrait encore augmenter la vulnérabilité des amphibiens et des reptiles aux changements climatiques.

@article{doi101111j13652699200601482x,
    author = "Araújo, Miguel B. and Thuiller, Wilfried and Pearson, Richard G.",
    title = "Climate warming and the decline of amphibians and reptiles in Europe",
    year = "2006",
    journal = "Journal of Biogeography",
    abstract = "Résumé Objectif Nous explorons la relation entre les distributions actuelles des espèces d'amphibiens et de reptiles en Europe et le climat observé, et nous projetons les distributions potentielles des espèces vers le futur. Les impacts potentiels du réchauffement climatique sont évalués en quantifiant l'ampleur et la direction des changements de distribution modélisés pour chaque espèce. En particulier, nous nous demandons, premièrement, quelle proportion d'espèces d'amphibiens et de reptiles sont projetées pour perdre et gagner de l'espace climatique adéquat dans le futur ? Deuxièmement, les projections des espèces varient-elles selon les propriétés taxonomiques, spatiales ou environnementales ? Et troisièmement, quels facteurs climatiques pourraient conduire aux projections de perte ou de gain d'environnements adaptés pour les espèces ? Localisation Europe. Méthodes Les distributions des espèces sont modélisées avec quatre techniques d'enveloppe espèce-climat (réseaux de neurones artificiels, modèles linéaires généralisés, modèles additifs généralisés et analyses d'arbres de classification) et les distributions sont projetées vers le futur en utilisant cinq scénarios de changement climatique pour 2050. Les projections futures sont réalisées en considérant deux hypothèses extrêmes : les espèces ont une capacité de dispersion illimitée et les espèces n'ont aucune capacité de dispersion. Une approche hybride novatrice pour combiner des ensembles de prévisions est ensuite utilisée pour regrouper les projections covariantes linéairement en clusters avec une variabilité inter-modèle réduite. Résultats Nous montrons qu'une grande proportion d'espèces d'amphibiens et de reptiles sont projetées pour étendre leurs distributions si la dispersion est illimitée. C'est parce que le réchauffement dans les zones plus froides du nord des espèces crée de nouvelles opportunités de colonisation. Si les espèces ne sont pas capables de se disperser, alors la plupart des espèces sont projetées pour perdre leur aire de répartition. La perte d'espace climatique adéquat pour les espèces est projetée pour se produire principalement dans le sud-ouest de l'Europe, y compris la péninsule ibérique, tandis que les espèces dans le sud-est sont projetées pour gagner un climat adéquat. C'est parce que les conditions sèches dans le sud-ouest sont projetées pour augmenter, approchant les niveaux trouvés en Afrique du Nord, où peu d'espèces d'amphibiens sont capables de persister. Conclusions principales L'impact de l'augmentation des températures sur les espèces d'amphibiens et de reptiles pourrait être moins délétère que précédemment postulé ; en effet, le refroidissement climatique serait plus délétère pour la persistance des espèces d'amphibiens et de reptiles que le réchauffement. La capacité des espèces à faire face au réchauffement climatique pourrait cependant être compensée par les diminutions projetées de la disponibilité de l'eau. Cela devrait être particulièrement vrai pour les amphibiens. Une capacité de dispersion limitée pourrait encore augmenter la vulnérabilité des amphibiens et des reptiles aux changements climatiques.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1365-2699.2006.01482.x",
    doi = "10.1111/j.1365-2699.2006.01482.x",
    openalex = "W2105635509",
    references = "doi101046j14724642200300016x, doi101046j15231739199408010060x, doi101111j13669516200500143x"
}

Résumé La base probante de la classification actuellement acceptée des amphibiens vivants est examinée et il est démontré qu'elle ne justifie pas le degré d'autorité qui lui est conféré par l'usage et la tradition. Une nouvelle taxinomie des amphibiens vivants est proposée pour corriger les lacunes de l'ancienne. Cette nouvelle taxinomie repose sur la plus grande analyse phylogénétique des Amphibia vivants réalisée à ce jour. Nous avons combiné les preuves des caractères anatomiques comparatifs de Haas (2003) avec des séquences d'ADN provenant de l'unité de transcription mitochondriale H1 (gènes d'ARN ribosomique 12S et 16S et tRNAValine, ≈ 2 400 pb de séquences mitochondriales) et des gènes nucléaires histone H3, rhodopsine, tyrosinase et seven in absentia, ainsi que de la grande sous-unité ribosomique 28S (≈ 2 300 pb de séquences nucléaires ; ca. 1,8 million de paires de bases ; x̄ = 3,7 kb/terminale). L'ensemble de données comprend 532 terminaux échantillonnés à partir de 522 espèces représentatives de la diversité mondiale des amphibiens, ainsi que sept des plus proches parents vivants des amphibiens pour les comparaisons avec le groupe externe. Le but principal de notre stratégie d'échantillonnage des taxons était de fournir des tests solides de la monophylie de tous les taxons « du groupe familial ». Tous les familles et sous-familles nominales actuellement reconnues ont été échantillonnées, à l'exception de Protohynobiinae (Hynobiidae). De nombreux genres actuellement reconnus ont également été échantillonnés. Bien que nous discutions de la monophylie des genres et fournissions des remèdes à la non-monophylie lorsque possible, nous formulons également des recommandations pour les recherches futures. Une analyse de parcimonie a été effectuée sous Direct Optimization, qui optimise simultanément l'homologie des nucléotides (alignement) et les coûts de l'arbre, en utilisant le même ensemble d'hypothèses tout au long de l'analyse. Plusieurs algorithmes de recherche ont été exécutés dans le programme POY sur une période de sept mois de temps de calcul sur le cluster de calcul parallèle de l'AMNH. Les résultats démontrent que les principaux groupes taxinomiques suivants, tels qu'ils sont actuellement reconnus, sont non monophylétiques : Ichthyophiidae (paraphylétique par rapport à Uraeotyphlidae), Caeciliidae (paraphylétique par rapport à Typhlonectidae et Scolecomorphidae), Salamandroidea (paraphylétique par rapport à Sirenidae), Leiopelmatanura (paraphylétique par rapport à Ascaphidae), Discoglossanura (paraphylétique par rapport à Bombinatoridae), Mesobatrachia (paraphylétique par rapport à Neobatrachia), Pipanura (paraphylétique par rapport à Bombinatoridae et Discoglossidae/Alytidae), Hyloidea (au sens de contenant Heleophrynidae ; paraphylétique par rapport à Ranoidea), Leptodactylidae (polyphylétique, avec Batrachophrynidae formant le taxon frère de Myobatrachidae + Limnodynastidae, et largement paraphylétique par rapport à Hemiphractinae, Rhinodermatidae, Hylidae, Allophrynidae, Centrolenidae, Brachycephalidae, Dendrobatidae et Bufonidae), Microhylidae (polyphylétique, avec Brevicipitinae étant le taxon frère de Hemisotidae), Microhylinae (poly/paraphylétique par rapport aux microhylidés non brevicipitines restants), Hyperoliidae (para/polyphylétique, avec Leptopelinae formant le taxon frère de Arthroleptidae + Astylosternidae), Astylosternidae (paraphylétique par rapport à Arthroleptinae), Ranidae (paraphylétique par rapport à Rhacophoridae et Mantellidae). En outre, de nombreux taxons secondaires sont démontrés comme étant non monophylétiques, tels que (1) Eleutherodactylus par rapport à Brachycephalus ; (2) Rana (sensu Dubois, 1992), qui est polyphylétique, avec divers éléments s'éloignant considérablement les uns des autres sur l'arbre ; et (3) Bufo, par rapport à plusieurs genres bufonidés nominaux. Une nouvelle taxinomie des amphibiens vivants est proposée, et les preuves à l'appui de celle-ci sont présentées pour promouvoir des investigations et l'acquisition de données concernant l'histoire évolutive des amphibiens. La taxinomie fournie est conforme au Code international de nomenclature zoologique (ICZN, 1999). Les caractéristiques saillantes de la nouvelle taxinomie sont (1) les trois grands groupes d'amphibiens vivants, les caeciliens/Gymnophiona, les salamandres/Caudata et les grenouilles/Anura, forment un groupe monophylétique, auquel nous restreignons le nom Amphibia ; (2) Gymnophiona forme le taxon frère de Batrachia (salamandres + grenouilles) et est composé de deux groupes, Rhinatrematidae et Stegokrotaphia ; (3) Stegokrotaphia est composé de deux familles, Ichthyophiidae (incluant Uraeotyphlidae) et Caeciliidae (incluant Scolecomorphidae et Typhlonectidae, qui sont considérées comme des sous-familles) ; (4) Batrachia est un groupe monophylétique fortement corroboré, composé de deux taxons, Caudata (salamandres) et Anura (grenouilles) ; (5) Caudata est composé de deux taxons, Cryptobranchoidei (Cryptobranchidae et Hynobiidae) et Diadectosalamandroidei nouveau taxon (toutes les autres salamandres) ; (6) Diadectosalamandroidei est composé de deux taxons, Hydatinosalamandroidei nouveau taxon (composé de Perennibranchia et Treptobranchia nouveau taxon) et Plethosalamandroidei nouveau taxon ; (7) Perennibranchia est composé de Proteidae et Sirenidae ; (8) Treptobranchia nouveau taxon est composé de deux taxons, Ambystomatidae (incluant Dicamptodontidae) et Salamandridae ; (9) Plethosalamandroidei nouveau taxon est composé de Rhyacotritonidae et Xenosalamandroidei nouveau taxon ; (10) Xenosalamandroidei est composé de Plethodontidae et Amphiumidae ; (11) Anura est monophylétique et composé de deux clades, Leiopelmatidae (incluant Ascaphidae) et Lalagobatrachia nouveau taxon (toutes les autres grenouilles) ; (12) Lalagobatrachia est composé de deux clades, Xenoanura (Pipidae et Rhinophrynidae) et Sokolanura nouveau taxon (tous les autres lalagobatrachiens) ; (13) Bombinatoridae et Alytidae (ancienne Discoglossidae) sont les plus proches parents l'un de l'autre et forment un clade appelé Costata, qui, en excluant Leiopelmatidae et Xenoanura, forme le taxon frère de toutes les autres grenouilles, Acosmanura ; (14) Acosmanura est composé de deux clades, Anomocoela (= Pelobatoidea d'autres auteurs) et Neobatrachia ; (15) Anomocoela contient Pelobatoidea (Pelobatidae et Megophryidae) et Pelodytoidea (Pelodytidae et Scaphiopodidae), et forme le taxon frère de Neobatrachia, ensemble formant Acosmanura ; (16) Neobatrachia est composé de deux clades, Heleophrynidae, et tous les autres neobatrachiens, Phthanobatrachia nouveau taxon ; (17) Phthanobatrachia est composé de deux unités majeures, Hyloides et Ranoides ; (18) Hyloides comprend Sooglossidae (incluant Nasikabatrachidae) et Notogaeanura nouveau taxon (les hyloïdes restants) ; (19) Notogaeanura contient deux taxons, Australobatrachia nouveau taxon et Nobleobatrachia nouveau taxon ; (20) Australobatrachia est un clade composé de Batrachophrynidae et de son taxon frère, Myobatrachoidea (Myobatrachidae et Limnodynastidae), qui forme le taxon frère de tous les autres hyloïdes, en excluant les sooglossidés ; (21) Nobleobatrachia nouveau taxon est dominé à sa base par des grenouilles d'un morphotype de grenouille-arbore, plusieurs avec des cartilages phalangeaux intercalaires—Hemiphractus (Hemiphractidae) forme le taxon frère des membres restants de ce groupe, ici nommé Meridianura nouveau taxon ; (22) Meridianura comprend Brachycephalidae (ancienne Eleutherodactylinae + Brachycephalus) et Cladophrynia nouveau taxon ; (23) Cladophrynia est composé de deux groupes, Cryptobatrachidae (composé de Cryptobatrachus et Stefania, précédemment un fragment de la polyphylétique Hemiphractinae) et Tinctanura nouveau taxon ; (24) Tinctanura est composé de Amphignathodontidae (Gastrotheca et Flectonotus, un autre fragment de la polyphylétique Hemiphractinae) et Athesphatanura nouveau taxon ; (25) Athesphatanura est composé de Hylidae (Hylinae, Pelodryadinae et Phyllomedusinae, et en excluant l'ancienne Hemiphractinae, dont l'inclusion aurait rendu ce taxon polyphylétique) et Leptodactyliformes nouveau taxon ; (26) Leptodactyliformes est composé de Diphyabatrachia nouveau taxon (composé de Centrolenidae [incluant Allophryne] et Leptodactylidae, sensu stricto, incluant Leptodactylus et apparentés) et Chthonobatrachia nouveau taxon ; (27) Chthonobatrachia est composé d'un Ceratophryidae reformulé (qui exclut des genres tels que Odontophrynus et Proceratophrys et inclut d'autres taxons, tels que Telmatobius) et Hesticobatrachia nouveau taxon ; (28) Hesticobatrachia est composé d'un Cycloramphidae reformulé (qui inclut Rhinoderma) et Agastorophrynia nouveau taxon ; (29) Agastorophrynia est composé de Bufonidae (qui est partiellement révisé) et Dendrobatoidea (Dendrobatidae et Thoropidae) ; (30) Ranoides nouveau taxon forme le taxon frère de Hyloides et est composé de deux composants monophylétiques majeurs, Allodapanura nouveau taxon (microhylidés, hyperoliidés et alliés) et Natatanura nouveau taxon (ranidés et alliés) ; (31) Allodapanura est composé de Microhylidae (qui est partiellement révisé) et Afrobatrachia nouveau taxon ; (32) Afrobatrachia est composé de Xenosyneunitanura nouveau taxon (les « mauvais lits » Brevicipitidae [anciennement dans Microhylidae] et Hemisotidae) et d'un groupe de grenouilles plus normalement apparence, Laurentobatrachia nouveau taxon (Hyperoliidae et Arthroleptidae, qui inclut Leptopelinae et l'ancienne Astylosternidae) ; (33) Natatanura nouveau taxon est composé de deux taxons, la Ptychadenidae africaine et la Victoranura nouveau taxon mondiale ; (34) Victoranura est composé de Ceratobatrachidae et Telmatobatrachia nouveau taxon ; (35) Telmatobatrachia est composé de Micrixalidae et d'un groupe mondial de ranoidés, Ametrobatrachia nouveau taxon ; (36) Ametrobatrachia est composé de Africanura nouveau taxon et Saukrobatrachia nouveau taxon ; (37) Africanura est composé de deux taxons : Phrynobatrachidae (Phrynobatrachus, incluant Dimorphognathus et Phrynodon comme synonymes) et Pyxicephaloidea ; (38) Pyxicephaloidea est composé de Petropedetidae (Conraua, Indirana, Arthroleptides et Petropedetes), et Pyxicephalidae (incluant un certain nombre de genres africains, e.g. Amietia [incluant Afrana], Arthroleptella, Pyxicephalus, Strongylopus et Tomopterna) ; et (39) Saukrobatrachia nouveau taxon est le taxon frère de Africanura et est composé de Dicroglossidae et Aglaioanura nouveau taxon, qui, à son tour, est composé de Rhacophoroidea (Mantellidae et Rhacophoridae) et Ranoidea (Nyctibatrachidae et Ranidae, sensu stricto). De nombreuses révisions de genre sont effectuées soit pour rendre un monophyle

@article{doi1012060003009020062970001tatol20co2,
    author = "Frost, Darrel R. and Grant, Taran and Faivovich, Julián and Bain, Raoul H. and Haas, Alexander and Haddad, Célio F. B. and de Sá, Rafael O. and Channing, Alan and Wilkinson, Mark and Donnellan, Stephen C. and Raxworthy, Christopher J. and Campbell, Jonathan A. and Blotto, Boris L. and Moler, Paul E. and Drewes, Robert C. and Nussbaum, Ronald A. and Lynch, John D. and Green, David M. and Wheeler, Ward C.",
    title = "THE AMPHIBIAN TREE OF LIFE",
    year = "2006",
    journal = "Bulletin of the American Museum of Natural History",
    abstract = "Abstract The evidentiary basis of the currently accepted classification of living amphibians is discussed and shown not to warrant the degree of authority conferred on it by use and tradition. A new taxonomy of living amphibians is proposed to correct the deficiencies of the old one. This new taxonomy is based on the largest phylogenetic analysis of living Amphibia so far accomplished. We combined the comparative anatomical character evidence of Haas (2003) with DNA sequences from the mitochondrial transcription unit H1 (12S and 16S ribosomal RNA and tRNAValine genes, ≈ 2,400 bp of mitochondrial sequences) and the nuclear genes histone H3, rhodopsin, tyrosinase, and seven in absentia, and the large ribosomal subunit 28S (≈ 2,300 bp of nuclear sequences; ca. 1.8 million base pairs; x̄ = 3.7 kb/terminal). The dataset includes 532 terminals sampled from 522 species representative of the global diversity of amphibians as well as seven of the closest living relatives of amphibians for outgroup comparisons. The primary purpose of our taxon sampling strategy was to provide strong tests of the monophyly of all “family-group” taxa. All currently recognized nominal families and subfamilies were sampled, with the exception of Protohynobiinae (Hynobiidae). Many of the currently recognized genera were also sampled. Although we discuss the monophyly of genera, and provide remedies for nonmonophyly where possible, we also make recommendations for future research. A parsimony analysis was performed under Direct Optimization, which simultaneously optimizes nucleotide homology (alignment) and tree costs, using the same set of assumptions throughout the analysis. Multiple search algorithms were run in the program POY over a period of seven months of computing time on the AMNH Parallel Computing Cluster. Results demonstrate that the following major taxonomic groups, as currently recognized, are nonmonophyletic: Ichthyophiidae (paraphyletic with respect to Uraeotyphlidae), Caeciliidae (paraphyletic with respect to Typhlonectidae and Scolecomorphidae), Salamandroidea (paraphyletic with respect to Sirenidae), Leiopelmatanura (paraphyletic with respect to Ascaphidae), Discoglossanura (paraphyletic with respect to Bombinatoridae), Mesobatrachia (paraphyletic with respect to Neobatrachia), Pipanura (paraphyletic with respect to Bombinatoridae and Discoglossidae/Alytidae), Hyloidea (in the sense of containing Heleophrynidae; paraphyletic with respect to Ranoidea), Leptodactylidae (polyphyletic, with Batrachophrynidae forming the sister taxon of Myobatrachidae + Limnodynastidae, and broadly paraphyletic with respect to Hemiphractinae, Rhinodermatidae, Hylidae, Allophrynidae, Centrolenidae, Brachycephalidae, Dendrobatidae, and Bufonidae), Microhylidae (polyphyletic, with Brevicipitinae being the sister taxon of Hemisotidae), Microhylinae (poly/paraphyletic with respect to the remaining non-brevicipitine microhylids), Hyperoliidae (para/polyphyletic, with Leptopelinae forming the sister taxon of Arthroleptidae + Astylosternidae), Astylosternidae (paraphyletic with respect to Arthroleptinae), Ranidae (paraphyletic with respect to Rhacophoridae and Mantellidae). In addition, many subsidiary taxa are demonstrated to be nonmonophyletic, such as (1) Eleutherodactylus with respect to Brachycephalus; (2) Rana (sensu Dubois, 1992), which is polyphyletic, with various elements falling far from each other on the tree; and (3) Bufo, with respect to several nominal bufonid genera. A new taxonomy of living amphibians is proposed, and the evidence for this is presented to promote further investigation and data acquisition bearing on the evolutionary history of amphibians. The taxonomy provided is consistent with the International Code of Zoological Nomenclature (ICZN, 1999). Salient features of the new taxonomy are (1) the three major groups of living amphibians, caecilians/Gymnophiona, salamanders/Caudata, and frogs/Anura, form a monophyletic group, to which we restrict the name Amphibia; (2) Gymnophiona forms the sister taxon of Batrachia (salamanders + frogs) and is composed of two groups, Rhinatrematidae and Stegokrotaphia; (3) Stegokrotaphia is composed of two families, Ichthyophiidae (including Uraeotyphlidae) and Caeciliidae (including Scolecomorphidae and Typhlonectidae, which are regarded as subfamilies); (4) Batrachia is a highly corroborated monophyletic group, composed of two taxa, Caudata (salamanders) and Anura (frogs); (5) Caudata is composed of two taxa, Cryptobranchoidei (Cryptobranchidae and Hynobiidae) and Diadectosalamandroidei new taxon (all other salamanders); (6) Diadectosalamandroidei is composed of two taxa, Hydatinosalamandroidei new taxon (composed of Perennibranchia and Treptobranchia new taxon) and Plethosalamandroidei new taxon; (7) Perennibranchia is composed of Proteidae and Sirenidae; (8) Treptobranchia new taxon is composed of two taxa, Ambystomatidae (including Dicamptodontidae) and Salamandridae; (9) Plethosalamandroidei new taxon is composed of Rhyacotritonidae and Xenosalamandroidei new taxon; (10) Xenosalamandroidei is composed of Plethodontidae and Amphiumidae; (11) Anura is monophyletic and composed of two clades, Leiopelmatidae (including Ascaphidae) and Lalagobatrachia new taxon (all other frogs); (12) Lalagobatrachia is composed of two clades, Xenoanura (Pipidae and Rhinophrynidae) and Sokolanura new taxon (all other lalagobatrachians); (13) Bombinatoridae and Alytidae (former Discoglossidae) are each others' closest relatives and in a clade called Costata, which, excluding Leiopelmatidae and Xenoanura, forms the sister taxon of all other frogs, Acosmanura; (14) Acosmanura is composed of two clades, Anomocoela (= Pelobatoidea of other authors) and Neobatrachia; (15) Anomocoela contains Pelobatoidea (Pelobatidae and Megophryidae) and Pelodytoidea (Pelodytidae and Scaphiopodidae), and forms the sister taxon of Neobatrachia, together forming Acosmanura; (16) Neobatrachia is composed of two clades, Heleophrynidae, and all other neobatrachians, Phthanobatrachia new taxon; (17) Phthanobatrachia is composed of two major units, Hyloides and Ranoides; (18) Hyloides comprises Sooglossidae (including Nasikabatrachidae) and Notogaeanura new taxon (the remaining hyloids); (19) Notogaeanura contains two taxa, Australobatrachia new taxon and Nobleobatrachia new taxon; (20) Australobatrachia is a clade composed of Batrachophrynidae and its sister taxon, Myobatrachoidea (Myobatrachidae and Limnodynastidae), which forms the sister taxon of all other hyloids, excluding sooglossids; (21) Nobleobatrachia new taxon, is dominated at its base by frogs of a treefrog morphotype, several with intercalary phalangeal cartilages—Hemiphractus (Hemiphractidae) forms the sister taxon of the remaining members of this group, here termed Meridianura new taxon; (22) Meridianura comprises Brachycephalidae (former Eleutherodactylinae + Brachycephalus) and Cladophrynia new taxon; (23) Cladophrynia is composed of two groups, Cryptobatrachidae (composed of Cryptobatrachus and Stefania, previously a fragment of the polyphyletic Hemiphractinae) and Tinctanura new taxon; (24) Tinctanura is composed of Amphignathodontidae (Gastrotheca and Flectonotus, another fragment of the polyphyletic Hemiphractinae) and Athesphatanura new taxon; (25) Athesphatanura is composed of Hylidae (Hylinae, Pelodryadinae, and Phyllomedusinae, and excluding former Hemiphractinae, whose inclusion would have rendered this taxon polyphyletic) and Leptodactyliformes new taxon; (26) Leptodactyliformes is composed of Diphyabatrachia new taxon (composed of Centrolenidae [including Allophryne] and Leptodactylidae, sensu stricto, including Leptodactylus and relatives) and Chthonobatrachia new taxon; (27) Chthonobatrachia is composed of a reformulated Ceratophryidae (which excludes such genera as Odontophrynus and Proceratophrys and includes other taxa, such as Telmatobius) and Hesticobatrachia new taxon; (28) Hesticobatrachia is composed of a reformulated Cycloramphidae (which includes Rhinoderma) and Agastorophrynia new taxon; (29) Agastorophrynia is composed of Bufonidae (which is partially revised) and Dendrobatoidea (Dendrobatidae and Thoropidae); (30) Ranoides new taxon forms the sister taxon of Hyloides and is composed of two major monophyletic components, Allodapanura new taxon (microhylids, hyperoliids, and allies) and Natatanura new taxon (ranids and allies); (31) Allodapanura is composed of Microhylidae (which is partially revised) and Afrobatrachia new taxon; (32) Afrobatrachia is composed of Xenosyneunitanura new taxon (the “strange-bedfellows” Brevicipitidae [formerly in Microhylidae] and Hemisotidae) and a more normal-looking group of frogs, Laurentobatrachia new taxon (Hyperoliidae and Arthroleptidae, which includes Leptopelinae and former Astylosternidae); (33) Natatanura new taxon is composed of two taxa, the African Ptychadenidae and the worldwide Victoranura new taxon; (34) Victoranura is composed of Ceratobatrachidae and Telmatobatrachia new taxon; (35) Telmatobatrachia is composed of Micrixalidae and a worldwide group of ranoids, Ametrobatrachia new taxon; (36) Ametrobatrachia is composed of Africanura new taxon and Saukrobatrachia new taxon; (37) Africanura is composed of two taxa: Phrynobatrachidae (Phrynobatrachus, including Dimorphognathus and Phrynodon as synonyms) and Pyxicephaloidea; (38) Pyxicephaloidea is composed of Petropedetidae (Conraua, Indirana, Arthroleptides, and Petropedetes), and Pyxicephalidae (including a number of African genera, e.g. Amietia [including Afrana], Arthroleptella, Pyxicephalus, Strongylopus, and Tomopterna); and (39) Saukrobatrachia new taxon is the sister taxon of Africanura and is composed of Dicroglossidae and Aglaioanura new taxon, which is, in turn, composed of Rhacophoroidea (Mantellidae and Rhacophoridae) and Ranoidea (Nyctibatrachidae and Ranidae, sensu stricto). Many generic revisions are made either to render a monophyle",
    url = "https://doi.org/10.1206/0003-0090(2006)297[0001:tatol]2.0.co;2",
    doi = "10.1206/0003-0090(2006)297[0001:tatol]2.0.co;2",
    openalex = "W2162229689",
    references = "doi101002jmor1050970203, doi101017s1464793102006103, doi101086417338, doi101093bioinformatics149817, doi101093nar22224673, doi101093nar25244876, doi101093sysbio1811, doi101093sysbio492369, doi101111j109600311988tb00514x, doi101111j109600311994tb00179x, doi101111j109600311999tb00277x, doi101111j109600312002tb00157x, doi101126science1103538, doi1012060003009020052940001srotff20co2, doi1023071466954, doi1023071466987, doi1023072412407, doi1023073243026, doi105281zenodo16435343"
}

Résumé La diversité connue des espèces de grenouilles à venin de dard est passée de 70 dans les années 1960 à 247 actuellement, sans signe que la découverte de nouvelles espèces ralentira dans un avenir prévisible. Bien que cette croissance des connaissances sur la diversité de ce groupe ait été accompagnée d'investigations détaillées de nombreux aspects de la biologie des dendrobatidés, leurs relations phylogénétiques restent mal comprises. Cette étude a été conçue pour tester les hypothèses de diversification des dendrobatidés en combinant de nouvelles preuves et preuves phénotypiques antérieures dans une analyse de preuves totales. Des séquences d'ADN ont été échantillonnées pour cinq loci mitochondriaux et six loci nucléaires (environ 6 100 paires de bases [pb] ; x¯ = 3 740 pb par terminal ; l'ensemble de données total composé d'environ 1,55 million de pb), et 174 caractères phénotypiques ont été notés à partir de la morphologie adulte et larvaire, des profils d'alcaloïdes et du comportement. Ces données ont été combinées avec des séquences d'ADN publiées pertinentes. L'échantillonnage du groupe interne visait plusieurs espèces précédemment non échantillonnées, notamment Aromobates nocturnus, qui était précédemment supposé être la sœur de tous les autres dendrobatidés. Des espèces non décrites et problématiques ont été échantillonnées à partir de plusieurs localités lorsque cela était possible. L'ensemble de données final comprenait 414 terminaux : 367 terminaux du groupe interne de 156 espèces et 47 terminaux du groupe externe de 46 espèces. L'analyse de parcimonie par optimisation directe des preuves pondérées de manière égale a donné 25 872 arbres optimaux. Quarante nœuds s'effondrent dans le consensus strict, avec tout conflit restreint aux terminaux conspécifiques. Les dendrobatidés ont été récupérés comme monophylétiques, et leur groupe sœur consistait en Crossodactylus, Hylodes et Megaelosia, reconnus ici comme Hylodidae. Parmi les taxons du groupe externe, Centrolenidae s'est avéré être le groupe sœur de tous les athésphatanurans sauf Hylidae, Leptodactyidae était polyphylétique, Thoropa était inclus dans Cycloramphidae, et Ceratophryinae était paraphylétique par rapport à Telmatobiinae. Parmi les dendrobatidés, la monophylie et le contenu de Mannophryne et Phyllobates ont été corroborés. Aromobates nocturnus et Colostethus saltuensis ont été trouvés inclus dans Nephelobates, et Minyobates était paraphylétique et inclus dans Dendrobates. Colostethus s'est avéré être radicalement non monophylétique, la plupart des espèces tombant dans deux clades non apparentés cis- et trans-Andins. Un clade morphologiquement et comportementalement diversifié d'espèces possédant un processus lingual médian a été découvert. À la lumière de ces résultats et de la croissance des connaissances sur la diversité de ce grand clade au cours des 40 dernières années, nous proposons une nouvelle taxonomie monophylétique pour les dendrobatidés, reconnaissant le clade inclusif comme une superfamille (Dendrobatoidea) composée de deux familles (dont une est nouvelle), six sous-familles (trois nouvelles) et 16 genres (quatre nouveaux). Bien que les grenouilles venimeuses n'aient pas formé un groupe monophylétique, les trois lignées venimeuses sont toutes confinées à la famille révisée Dendrobatidae, conformément à l'application traditionnelle de ce nom. Nous proposons également des modifications pour atteindre une taxonomie de niveau supérieur monophylétique pour les taxons du groupe externe athésphatanurans. L'analyse de l'évolution des caractères a révélé des origines multiples de la reproduction dans les phytotelmes, de l'approvisionnement parental d'ovocytes nutritifs pour la consommation larvaire (ovophagie larvaire) et de l'endotrophie. Les preuves disponibles indiquent que le transport des têtards sur le dos des grenouilles nourricières parentales — une synapomorphie des dendrobatidés — est effectué primitivement par les grenouilles nourricières mâles, avec trois origines indépendantes du transport par les femelles et cinq origines indépendantes du transport biparental. L'amplexus reproducteur est le mieux expliqué comme ayant été perdu chez le dernier ancêtre commun de Dendrobatoidea, avec l'amplexus céphalique apparaissant indépendamment trois fois.

@article{doi1012060003009020062991psodfa20co2,
    author = "Grant, Taran and Frost, Darrel R. and Caldwell, Janalee P. and Gagliardo, Ron and Haddad, Célio F. B. and Kok, Philippe J. R. and Means, D. Bruce et al.",
    title = "SYSTÉMATIQUE PHYLOGÉNÉTIQUE DES GRENOUILLES VENIMEUSES À DART ET DE LEURS PARENTS (AMPHIBIA: ATHESPHATANURA: DENDROBATIDAE)",
    year = "2006",
    journal = "Bulletin of the American Museum of Natural History",
    abstract = "Résumé La diversité connue des espèces de grenouilles venimeuses à dart est passée de 70 dans les années 1960 à 247 actuellement, sans signe que la découverte de nouvelles espèces ralentira dans un avenir prévisible. Bien que cette croissance des connaissances sur la diversité de ce groupe ait été accompagnée d'enquêtes détaillées sur de nombreux aspects de la biologie des dendrobatidés, leurs relations phylogénétiques restent mal comprises. Cette étude a été conçue pour tester des hypothèses de diversification des dendrobatidés en combinant de nouvelles preuves et des preuves phénotypiques et génotypiques antérieures dans une analyse de preuves totales. Des séquences d'ADN ont été échantillonnées pour cinq locus mitochondriaux et six locus nucléaires (environ 6 100 paires de bases [pb] ; x¯ = 3 740 pb par terminal ; l'ensemble de données total composé d'environ 1,55 million de pb), et 174 caractères phénotypiques ont été notés à partir de la morphologie des adultes et des larves, des profils d'alcaloïdes et du comportement. Ces données ont été combinées avec des séquences d'ADN publiées pertinentes. L'échantillonnage du groupe interne visait plusieurs espèces précédemment non échantillonnées, notamment Aromobates nocturnus, qui était précédemment supposé être la sœur de tous les autres dendrobatidés. Des espèces non décrites et problématiques ont été échantillonnées à partir de plusieurs localités lorsque cela était possible. L'ensemble de données final comprenait 414 terminaux : 367 terminaux du groupe interne de 156 espèces et 47 terminaux du groupe externe de 46 espèces. L'analyse de parcimonie par optimisation directe des preuves pondérées de manière égale a donné lieu à 25 872 arbres optimaux. Quarante nœuds s'effondrent dans le consensus strict, avec tout conflit restreint aux terminaux conspécifiques. Les dendrobatidés ont été récupérés comme monophylétiques, et leur groupe sœur consistait en Crossodactylus, Hylodes et Megaelosia, reconnus ici comme Hylodidae. Parmi les taxons du groupe externe, Centrolenidae s'est avéré être le groupe sœur de tous les athesphatanures sauf Hylidae, Leptodactyidae était polyphylétique, Thoropa était inclus dans Cycloramphidae, et Ceratophryinae était paraphylétique par rapport à Telmatobiinae. Parmi les dendrobatidés, la monophylie et le contenu de Mannophryne et Phyllobates ont été corroborés. Aromobates nocturnus et Colostethus saltuensis ont été trouvés inclus dans Nephelobates, et Minyobates était paraphylétique et inclus dans Dendrobates. Colostethus s'est avéré être radicalement non monophylétique, la plupart des espèces tombant dans deux clades cis- et trans-Andins non apparentés. Un clade morphologiquement et comportementalement diversifié d'espèces possédant un processus lingual médian a été découvert. À la lumière de ces résultats et de la croissance des connaissances sur la diversité de ce grand clade au cours des 40 dernières années, nous proposons une nouvelle taxinomie monophylétique pour les dendrobatidés, reconnaissant le clade inclusif comme une superfamille (Dendrobatoidea) composée de deux familles (dont une est nouvelle), six sous-familles (trois nouvelles) et 16 genres (quatre nouveaux). Bien que les grenouilles venimeuses n'aient pas formé un groupe monophylétique, les trois lignées venimeuses sont toutes confinées à la famille révisée Dendrobatidae, conformément à l'application traditionnelle de ce nom. Nous proposons également des modifications pour atteindre une taxinomie de niveau supérieur monophylétique pour les taxons du groupe externe athesphatanure. L'analyse de l'évolution des caractères a révélé des origines multiples de la reproduction dans les phytotelmes, de l'approvisionnement parental en ovocytes nutritifs pour la consommation larvaire (ovophagie larvaire) et de l'endotrophie. Les preuves disponibles indiquent que le transport des têtards sur le dos des grenouilles nourrices parentales — une synapomorphie des dendrobatidés — est effectué primitivement par les grenouilles nourrices mâles, avec trois origines indépendantes du transport par les femelles et cinq origines indépendantes du transport biparental. L'amplexus reproducteur est le mieux expliqué comme ayant été perdu chez le dernier ancêtre commun de Dendrobatoidea, avec l'amplexus céphalique apparaissant indépendamment trois fois.",
    url = "https://doi.org/10.1206/0003-0090(2006)299[1:psodfa]2.0.co;2",
    doi = "10.1206/0003-0090(2006)299[1:psodfa]2.0.co;2",
    openalex = "W2175103997",
    references = "doi101016jwatres2020115687, doi101073pnas86166196, doi101086273307, doi101086417338, doi101093nar22224673, doi101093nar25244876, doi101111j109600311989tb00573x, doi101111j109600311994tb00179x, doi1012060003009020052940001srotff20co2, doi1012060003009020062970001tatol20co2, doi1014601phytopatholmediterr14998u129, doi1023071466954, doi1023071466987, doi1023072412407, dunlap1960the"
}

Les populations d'amphibiens déclinent à l'échelle mondiale à un rythme alarmant. Les pesticides figurent parmi les nombreuses causes proposées de ces déclins. Bien qu'une base de données importante examinant les effets des pesticides sur les amphibiens existe, la grande majorité de ces études se concentrent sur les effets toxicologiques (léthalité, malformations externes, etc.) à des doses relativement élevées (parties par million). Très peu d'études se concentrent sur des effets tels que la perturbation endocrinienne à de faibles concentrations. De plus, la plupart des études examinent uniquement les expositions à des produits chimiques uniques. La présente étude a examiné neuf pesticides (quatre herbicides, deux fongicides et trois insecticides) utilisés sur les champs de maïs dans le Midwest des États-Unis. Les effets de chaque pesticide seul (0,1 ppb) ou en combinaison ont été examinés. De plus, nous avons également examiné l'atrazine et le S-métolachlor combinés (0,1 ou 10 ppb chacun) et la formulation commerciale Bicep II Magnum, qui contient ces deux herbicides. Ces deux pesticides ont été examinés en combinaison car ils persistent tout au long de l'année dans la nature. Nous avons examiné la croissance et le développement larvaires, la différenciation sexuelle et la fonction immunitaire chez les crapauds léopards (Rana pipiens). Dans une étude de suivi, nous avons également examiné les effets du mélange à neuf composés sur les niveaux de corticostérone plasmatique chez les mâles de crapauds africains à pattes palmées (Xenopus laevis). Bien que certains pesticides individuellement aient inhibé la croissance et le développement larvaires, les mélanges de pesticides ont eu des effets beaucoup plus importants. La croissance et le développement larvaires ont été retardés, mais le plus significativement, les mélanges de pesticides ont annulé ou inversé la corrélation généralement positive entre le temps de métamorphose et la taille à la métamorphose observée chez les témoins : les larves exposées qui ont mis plus de temps à se métamorphoser étaient plus petites que leurs homologues qui se sont métamorphosées plus tôt. Le mélange à neuf pesticides a également induit des dommages au thymus, entraînant une immunosuppression et une contraction de la méningite flavobactérienne. L'étude sur X. laevis a révélé que ces effets néfastes pourraient être dus à une augmentation des niveaux plasmatiques de l'hormone de stress corticostérone. Bien qu'il ne puisse être déterminé si tous les pesticides du mélange contribuent à ces effets néfastes ou si certains pesticides sont des effecteurs, d'autres des enhanceurs et d'autres neutres, la présente étude a révélé que l'estimation du risque écologique et de l'impact des pesticides sur les amphibiens en utilisant des études qui examinent uniquement des pesticides uniques à des concentrations élevées peut conduire à des sous-estimations grossières du rôle des pesticides dans le déclin des amphibiens.

@article{doi101289ehp8051,
    author = "Hayes, Tyrone B. et Case, Paola et Chui, Sarah et Chung, Duc et Haeffele, Cathryn et Haston, Kelly et Lee, Melissa et Phoung, Vien et Marjuoa, Youssra et Parker, John M. et Tsui, Mable",
    title = "Mélanges de pesticides, perturbation endocrinienne et déclins des amphibiens : Sous-estimons-nous l'impact ?",
    year = "2006",
    journal = "Environmental Health Perspectives",
    abstract = "Les populations d'amphibiens déclinent à l'échelle mondiale à un rythme alarmant. Les pesticides figurent parmi les nombreuses causes proposées de ces déclins. Bien qu'une base de données importante examinant les effets des pesticides sur les amphibiens existe, la grande majorité de ces études se concentrent sur les effets toxicologiques (léthalité, malformations externes, etc.) à des doses relativement élevées (parties par million). Très peu d'études se concentrent sur des effets tels que la perturbation endocrinienne à de faibles concentrations. De plus, la plupart des études examinent uniquement les expositions à des produits chimiques uniques. La présente étude a examiné neuf pesticides (quatre herbicides, deux fongicides et trois insecticides) utilisés sur les champs de maïs dans le Midwest des États-Unis. Les effets de chaque pesticide seul (0,1 ppb) ou en combinaison ont été examinés. De plus, nous avons également examiné l'atrazine et le S-métolachlor combinés (0,1 ou 10 ppb chacun) et la formulation commerciale Bicep II Magnum, qui contient ces deux herbicides. Ces deux pesticides ont été examinés en combinaison car ils persistent tout au long de l'année dans la nature. Nous avons examiné la croissance et le développement larvaires, la différenciation sexuelle et la fonction immunitaire chez les crapauds léopards (Rana pipiens). Dans une étude de suivi, nous avons également examiné les effets du mélange à neuf composés sur les niveaux de corticostérone plasmatique chez les mâles de crapauds africains à pattes palmées (Xenopus laevis). Bien que certains pesticides individuellement aient inhibé la croissance et le développement larvaires, les mélanges de pesticides ont eu des effets beaucoup plus importants. La croissance et le développement larvaires ont été retardés, mais le plus significativement, les mélanges de pesticides ont annulé ou inversé la corrélation généralement positive entre le temps de métamorphose et la taille à la métamorphose observée chez les témoins : les larves exposées qui ont mis plus de temps à se métamorphoser étaient plus petites que leurs homologues qui se sont métamorphosées plus tôt. Le mélange à neuf pesticides a également induit des dommages au thymus, entraînant une immunosuppression et une contraction de la méningite flavobactérienne. L'étude sur X. laevis a révélé que ces effets néfastes pourraient être dus à une augmentation des niveaux plasmatiques de l'hormone de stress corticostérone. Bien qu'il ne puisse être déterminé si tous les pesticides du mélange contribuent à ces effets néfastes ou si certains pesticides sont des effecteurs, d'autres des enhanceurs et d'autres neutres, la présente étude a révélé que l'estimation du risque écologique et de l'impact des pesticides sur les amphibiens en utilisant des études qui examinent uniquement des pesticides uniques à des concentrations élevées peut conduire à des sous-estimations grossières du rôle des pesticides dans le déclin des amphibiens.",
    url = "https://doi.org/10.1289/ehp.8051",
    doi = "10.1289/ehp.8051",
    openalex = "W2063737179",
    references = "doi103201eid1012030804"
}

Des études récentes suggèrent que l'incidence des anomalies morphologiques a augmenté dans de nombreuses populations d'amphibiens, dépassant souvent la fréquence de déformation de fond estimée de 0–5 %. De nombreux contaminants chimiques, y compris les agrochimiques, peuvent provoquer des anomalies chez les amphibiens, mais les données sur la survenue d'anomalies morphologiques chez les populations d'amphibiens sauvages en Europe sont, au mieux, anecdotiques. Dans une étude à grande échelle couvrant 264 ha et 26 populations de reproduction de grenouilles communes (Rana temporaria) dans des terres agricoles du sud de la Finlande, nous avons examiné si l'incidence des anomalies morphologiques chez les métamorphes différait du niveau de fond de 0–5 % et entre les populations le long d'un gradient d'agrochimiques. Les anomalies se sont produites à une faible fréquence (1 % des individus étudiés ; 40/4115), la fréquence spécifique à la population la plus élevée étant de 4 %. Nous n'avons trouvé aucune preuve d'une augmentation des fréquences d'anomalies dans les habitats les plus exposés aux agrochimiques. Par conséquent, les données suggèrent que les pratiques finlandaises actuelles en matière d'agrochimiques ne provoquent pas d'augmentation des incidences d'anomalies morphologiques chez les populations de grenouilles communes se reproduisant dans les zones agricoles.

@article{doi1016430045851120066810maiaia20co2,
    author = "Piha, Henna et Pekkonen, Minna et Merilä, Juha",
    title = "Anomalies morphologiques chez les amphibiens dans des habitats agricoles : Étude de cas sur la grenouille commune Rana temporaria",
    year = "2006",
    journal = "Copeia",
    abstract = "Des études récentes suggèrent que l'incidence des anomalies morphologiques a augmenté dans de nombreuses populations d'amphibiens, dépassant souvent la fréquence de déformation de fond estimée de 0–5 %. De nombreux contaminants chimiques, y compris les agrochimiques, peuvent provoquer des anomalies chez les amphibiens, mais les données sur la survenue d'anomalies morphologiques chez les populations d'amphibiens sauvages en Europe sont, au mieux, anecdotiques. Dans une étude à grande échelle couvrant 264 ha et 26 populations de reproduction de grenouilles communes (Rana temporaria) dans des terres agricoles du sud de la Finlande, nous avons examiné si l'incidence des anomalies morphologiques chez les métamorphes différait du niveau de fond de 0–5 % et entre les populations le long d'un gradient d'agrochimiques. Les anomalies se sont produites à une faible fréquence (1 % des individus étudiés ; 40/4115), la fréquence spécifique à la population la plus élevée étant de 4 %. Nous n'avons trouvé aucune preuve d'une augmentation des fréquences d'anomalies dans les habitats les plus exposés aux agrochimiques. Par conséquent, les données suggèrent que les pratiques finlandaises actuelles en matière d'agrochimiques ne provoquent pas d'augmentation des incidences d'anomalies morphologiques chez les populations de grenouilles communes se reproduisant dans les zones agricoles.",
    url = "https://doi.org/10.1643/0045-8511(2006)6[810:maiaia]2.0.co;2",
    doi = "10.1643/0045-8511(2006)6[810:maiaia]2.0.co;2",
    openalex = "W2041886386"
}

@article{doi101007s1075000790322,
    author = "Vences, Miguel et Köhler, Jörn",
    title = "Diversité mondiale des amphibiens (Amphibia) en eau douce",
    year = "2007",
    journal = "Hydrobiologia",
    url = "https://doi.org/10.1007/s10750-007-9032-2",
    doi = "10.1007/s10750-007-9032-2",
    openalex = "W2148137316",
    references = "doi101038nature04246, doi101046j14724642200300016x, doi101046j15231739199408010060x, doi101126science1103538, doi1011861742999425, doi1012060003009020052940001srotff20co2, doi1012060003009020062970001tatol20co2, doi102307jctv1nzfgj7, doi10560219780801847806, doi105860choice375647"
}

Le registre fossile des amphibiens modernes (grenouilles, salamandres et cécilies) ne fournit aucune preuve d'épisodes majeurs d'extinction ou de radiation au cours de la majeure partie du Mésozoïque et du Tertiaire inférieur. Cependant, une diversification graduelle à long terme est difficile à concilier avec la sensibilité des faunes d'amphibiens actuelles aux changements écologiques rapides et la survenue de perturbations environnementales similaires dans le passé, associées à des taux de turnover élevés chez d'autres vertébrés terrestres. Pour fournir une vue d'ensemble complète de l'histoire de la diversification des amphibiens, nous avons construit un arbre chronologique phylogénétique basé sur un ensemble de données multigènes de 3,75 kb pour 171 espèces. Nos analyses révèlent plusieurs épisodes de diversification accélérée des amphibiens, qui ne correspondent pas aux modèles d'accumulation graduelle des lignées. Les points de bascule globaux dans la diversification phylogénétique et écologique se sont produits après l'extinction de masse du Permien supérieur et au Crétacé supérieur. Les fluctuations de la diversification des amphibiens montrent une corrélation temporelle forte avec les taux de turnover chez les amniotes et l'émergence des forêts dominées par les angiospermes. Environ 86 % des espèces de grenouilles modernes et >81 % des espèces de salamandres descendent de seulement cinq lignées ancestrales qui ont produit des radiations majeures au Crétacé supérieur et au Tertiaire inférieur. Cette accumulation tardive proportionnelle de la diversité des lignées actuelles contraste avec la longue histoire évolutive des amphibiens, mais est en accord avec l'augmentation de l'abondance fossile au Tertiaire vers le présent.

@article{doi101073pnas0608378104,
    author = "Roelants, Kim et Gower, David J. et Wilkinson, Mark et Loader, Simon P. et Biju, S. D. et Guillaume, Karen et Moriau, Linde et Bossuyt, Franky",
    title = "Patterns globaux de diversification dans l'histoire des amphibiens modernes",
    year = "2007",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Le registre fossile des amphibiens modernes (grenouilles, salamandres et cécilies) ne fournit aucune preuve d'épisodes majeurs d'extinction ou de radiation au cours de la majeure partie du Mésozoïque et du Tertiaire inférieur. Cependant, une diversification graduelle à long terme est difficile à concilier avec la sensibilité des faunes d'amphibiens actuelles aux changements écologiques rapides et la survenue de perturbations environnementales similaires dans le passé, associées à des taux de turnover élevés chez d'autres vertébrés terrestres. Pour fournir une vue d'ensemble complète de l'histoire de la diversification des amphibiens, nous avons construit un arbre chronologique phylogénétique basé sur un ensemble de données multigènes de 3,75 kb pour 171 espèces. Nos analyses révèlent plusieurs épisodes de diversification accélérée des amphibiens, qui ne correspondent pas aux modèles d'accumulation graduelle des lignées. Les points de bascule globaux dans la diversification phylogénétique et écologique se sont produits après l'extinction de masse du Permien supérieur et au Crétacé supérieur. Les fluctuations de la diversification des amphibiens montrent une corrélation temporelle forte avec les taux de turnover chez les amniotes et l'émergence des forêts dominées par les angiospermes. Environ 86 % des espèces de grenouilles modernes et >81 % des espèces de salamandres descendent de seulement cinq lignées ancestrales qui ont produit des radiations majeures au Crétacé supérieur et au Tertiaire inférieur. Cette accumulation tardive proportionnelle de la diversité des lignées actuelles contraste avec la longue histoire évolutive des amphibiens, mais est en accord avec l'augmentation de l'abondance fossile au Tertiaire vers le présent.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0608378104",
    doi = "10.1073/pnas.0608378104",
    openalex = "W2114910448",
    references = "doi101023a1011317930838, doi101073pnas0401892101, doi1012060003009020062970001tatol20co2, doi104095215638, doi10560219780801847806, doi105860choice331556"
}

@misc{crossref2008amphibianstoads,
    title = "Amphibiens—Grenouilles, crapauds, salamandres et tritons (Classe : Amphibia)",
    year = "2008",
    booktitle = "Toxicologie médicale des substances naturelles",
    url = "https://doi.org/10.1002/9780470330319.ch174",
    doi = "10.1002/9780470330319.ch174",
    openalex = "W1508227859",
    pages = "996-1007",
    references = "doi101002jps2600561202, doi1010160040816679900296, doi1010160041010187902650, doi1010160041010194900817, doi1010160378874194900515, doi101016s0031699725071583, doi101016s0041010102001150, doi101073pnas200346897, doi101081txr100103081, doi101136heart894e14"
}

@incollection{doi101007978140208259754,
    author = "Vences, Miguel et Köhler, Jörn",
    title = "Diversité mondiale des amphibiens (Amphibia) en eau douce",
    year = "2008",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-1-4020-8259-7\_54",
    doi = "10.1007/978-1-4020-8259-7\_54",
    openalex = "W4206543438",
    references = "doi101038nature04246, doi101046j14724642200300016x, doi101046j15231739199408010060x, doi101098rstb20051717, doi101126science1103538, doi1011861742999425, doi1012060003009020052940001srotff20co2, doi1012060003009020062970001tatol20co2, doi102307jctv1nzfgj7, doi103201eid1012030804"
}

@article{doi101016jcvex200803006,
    author = "Allender, Matthew C. et Fry, Michael M.",
    title = "Amphibian Hematology",
    year = "2008",
    journal = "Veterinary Clinics of North America Exotic Animal Practice",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.cvex.2008.03.006",
    doi = "10.1016/j.cvex.2008.03.006",
    openalex = "W4254693788"
}

De nombreux scientifiques soutiennent que nous sommes soit sur le point d'entrer dans, soit au milieu de la sixième grande extinction de masse. La pression humaine intense, à la fois directe et indirecte, a des effets profonds sur les environnements naturels. Les amphibiens – grenouilles, salamandres et cécilies – pourraient être le seul grand groupe actuellement menacé à l'échelle mondiale. Une évaluation détaillée à l'échelle mondiale et les mises à jour ultérieures montrent qu'un tiers ou plus des 6 300 espèces sont menacées d'extinction. Cette tendance risque de s'accélérer car la plupart des amphibiens vivent dans les tropiques et ont de petits domaines géographiques qui les rendent vulnérables à l'extinction. La pression croissante due à la destruction des habitats et au changement climatique risque d'avoir des impacts majeurs sur les espèces à adaptation étroite et à distribution limitée. Nous montrons que les salamandres des montagnes tropicales sont particulièrement menacées. Une nouvelle et significative menace pour les amphibiens est une maladie infectieuse émergente virulente, la chytridiomycose, qui semble être distribuée à l'échelle mondiale, et ses effets peuvent être exacerbés par le réchauffement climatique. Cette maladie, causée par un pathogène fongique et impliquée dans des déclins et des extinctions graves de plus de 200 espèces d'amphibiens, représente la plus grande menace pour la biodiversité de toute maladie connue. Nos données sur les grenouilles de la Sierra Nevada en Californie montrent que le champignon a un impact dévastateur sur les espèces indigènes, déjà affaiblies par les effets de la pollution et des prédateurs introduits. Un message général des amphibiens est que nous avons peut-être peu de temps pour éviter une extinction de masse potentielle.

@article{doi101073pnas0801921105,
    author = "Wake, David B. et Vredenburg, Vance T.",
    title = "Sommes-nous au milieu de la sixième extinction de masse ? Un point de vue du monde des amphibiens",
    year = "2008",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "De nombreux scientifiques soutiennent que nous sommes soit sur le point d'entrer dans, soit au milieu de la sixième grande extinction de masse. La pression humaine intense, à la fois directe et indirecte, a des effets profonds sur les environnements naturels. Les amphibiens – grenouilles, salamandres et cécilies – pourraient être le seul grand groupe actuellement menacé à l'échelle mondiale. Une évaluation détaillée à l'échelle mondiale et les mises à jour ultérieures montrent qu'un tiers ou plus des 6 300 espèces sont menacées d'extinction. Cette tendance risque de s'accélérer car la plupart des amphibiens vivent dans les tropiques et ont de petits domaines géographiques qui les rendent vulnérables à l'extinction. La pression croissante due à la destruction des habitats et au changement climatique risque d'avoir des impacts majeurs sur les espèces à adaptation étroite et à distribution limitée. Nous montrons que les salamandres des montagnes tropicales sont particulièrement menacées. Une nouvelle et significative menace pour les amphibiens est une maladie infectieuse émergente virulente, la chytridiomycose, qui semble être distribuée à l'échelle mondiale, et ses effets peuvent être exacerbés par le réchauffement climatique. Cette maladie, causée par un pathogène fongique et impliquée dans des déclins et des extinctions graves de plus de 200 espèces d'amphibiens, représente la plus grande menace pour la biodiversité de toute maladie connue. Nos données sur les grenouilles de la Sierra Nevada en Californie montrent que le champignon a un impact dévastateur sur les espèces indigènes, déjà affaiblies par les effets de la pollution et des prédateurs introduits. Un message général des amphibiens est que nous avons peut-être peu de temps pour éviter une extinction de masse potentielle.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0801921105",
    doi = "10.1073/pnas.0801921105",
    openalex = "W2049085830",
    references = "doi101038nature04246, doi101046j14724642200300016x, doi10108010635150701397635, doi101126science1103538"
}

@article{doi1011606issn23169079v7i2p149150,
    author = "MacCulloch, Ross D.",
    title = "Amphibiens menacés du monde",
    year = "2008",
    journal = "Phyllomedusa Journal of Herpetology",
    url = "https://doi.org/10.11606/issn.2316-9079.v7i2p149-150",
    doi = "10.11606/issn.2316-9079.v7i2p149-150",
    openalex = "W1977745099",
    references = "doi1012060003009020052940001srotff20co2, doi1012060003009020062991psodfa20co2"
}

Nous examinons les preuves du rôle du changement climatique dans le déclenchement d'épidémies de chytridiomycose, une maladie infectieuse émergente des amphibiens. Les anomalies climatiques et les extinctions liées aux maladies sont des phénomènes récents, et leurs effets sont particulièrement visibles à haute altitude dans les zones tropicales, ce qui rend difficile la détermination de savoir s'ils agissent séparément ou de manière synergique. Nous avons compilé des rapports sur les déclins des amphibiens en Amérique centrale inférieure et en Amérique du Sud andine pour créer des cartes et des modèles statistiques afin de tester notre hypothèse de propagation spatio-temporelle du pathogène Batrachochytrium dendrobatidis (Bd), et de mettre à jour les modèles altitudinaux de déclin chez les grenouilles du genre Atelopus. Nous avons évalué les affirmations selon lesquelles le changement climatique influence la propagation du Bd en incluant une erreur dans les estimations de la relation entre la température de l'air et celle observée l'année précédente. Les données disponibles soutiennent l'hypothèse de multiples introductions de ce pathogène invasif en Amérique du Sud et de sa propagation ultérieure le long des cordillères andines principales. Des analyses supplémentaires n'ont trouvé aucune preuve pour soutenir l'hypothèse selon laquelle le changement climatique a conduit aux épidémies de chytridiomycose des amphibiens, comme posé dans l'hypothèse d'épidémie liée au climat. Les études futures devraient augmenter les enquêtes rétrospectives sur les spécimens de musée provenant de l'ensemble des Andes et devraient étudier la génétique du paysage du Bd pour cartographier les modèles à fine échelle de la propagation géographique afin d'identifier les voies et processus de transmission.

@article{doi101371journalpbio0060072,
    author = "Lips, Karen R. et Diffendorfer, Jay E. et Mendelson, Joseph R. et Sears, Michael W.",
    title = "Riding the Wave : Réconcilier les rôles de la maladie et du changement climatique dans les déclins des amphibiens",
    year = "2008",
    journal = "PLoS Biology",
    abstract = "Nous examinons les preuves du rôle du changement climatique dans le déclenchement d'épidémies de chytridiomycose, une maladie infectieuse émergente des amphibiens. Les anomalies climatiques et les extinctions liées aux maladies sont des phénomènes récents, et leurs effets sont particulièrement visibles à haute altitude dans les zones tropicales, ce qui rend difficile la détermination de savoir s'ils agissent séparément ou de manière synergique. Nous avons compilé des rapports sur les déclins des amphibiens en Amérique centrale inférieure et en Amérique du Sud andine pour créer des cartes et des modèles statistiques afin de tester notre hypothèse de propagation spatio-temporelle du pathogène Batrachochytrium dendrobatidis (Bd), et de mettre à jour les modèles altitudinaux de déclin chez les grenouilles du genre Atelopus. Nous avons évalué les affirmations selon lesquelles le changement climatique influence la propagation du Bd en incluant une erreur dans les estimations de la relation entre la température de l'air et celle observée l'année précédente. Les données disponibles soutiennent l'hypothèse de multiples introductions de ce pathogène invasif en Amérique du Sud et de sa propagation ultérieure le long des cordillères andines principales. Des analyses supplémentaires n'ont trouvé aucune preuve pour soutenir l'hypothèse selon laquelle le changement climatique a conduit aux épidémies de chytridiomycose des amphibiens, comme posé dans l'hypothèse d'épidémie liée au climat. Les études futures devraient augmenter les enquêtes rétrospectives sur les spécimens de musée provenant de l'ensemble des Andes et devraient étudier la génétique du paysage du Bd pour cartographier les modèles à fine échelle de la propagation géographique afin d'identifier les voies et processus de transmission.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0060072",
    doi = "10.1371/journal.pbio.0060072",
    openalex = "W1995540767",
    references = "doi1023071942256, doi103201eid1012030804"
}

Les amphibiens sont en déclin dans le monde entier. Cependant, leurs modèles de diversité, en particulier dans les tropiques, ne sont pas bien compris, principalement en raison d'informations incomplètes sur la taxonomie et la répartition. Nous évaluons la variation morphologique, bioacoustique et génétique des amphibiens de Madagascar, l'un des premiers échantillonnages taxonomiques presque complets d'un hotspot de biodiversité. Sur la base de séquences d'ADN de 2 850 spécimens prélevés dans plus de 170 localités, nos analyses révèlent une proportion extrême de la diversité des amphibiens, projetant une augmentation presque deux fois supérieure du nombre d'espèces, passant des 244 espèces actuellement décrites à un minimum de 373 et jusqu'à 465. Cette diversité est répandue géographiquement et à travers la plupart des lignées phylogénétiques majeures, sauf dans quelques genres déjà bien étudiés, et n'est pas limitée aux clades cryptiques morphologiquement. Nous classons les lignées généalogiques en espèces candidates confirmées et non confirmées ou en lignées conspécifiques profondément divergentes en fonction de la concordance des divergences génétiques avec d'autres caractères. Cette approche intégrative peut être largement applicable pour améliorer les estimations de la diversité des organismes. Nos résultats suggèrent qu'à Madagascar, le modèle spatial de la richesse et de l'endémisme des amphibiens doit être réexaminé, et la destruction actuelle des habitats pourrait affecter plus d'espèces qu'on ne le pensait, chez les amphibiens comme chez d'autres groupes animaux. Cette étude de cas suggère que la diversité mondiale des amphibiens tropicaux est probablement sous-estimée à un niveau sans précédent et souligne la nécessité d'enquêtes taxonomiques intégrées comme base pour prioriser les efforts de conservation au sein des hotspots de biodiversité.

@article{doi101073pnas0810821106,
    author = "Vieites, David R. et Valero, Katharina C. Wollenberg et Andreone, Franco et Köhler, Jörn et Glaw, Frank et Vences, Miguel",
    title = "Sous-estimation massive de la biodiversité de Madagascar démontrée par un inventaire intégratif des amphibiens",
    year = "2009",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Les amphibiens sont en déclin dans le monde entier. Cependant, leurs modèles de diversité, en particulier dans les tropiques, ne sont pas bien compris, principalement en raison d'informations incomplètes sur la taxonomie et la répartition. Nous évaluons la variation morphologique, bioacoustique et génétique des amphibiens de Madagascar, l'un des premiers échantillonnages taxonomiques presque complets d'un hotspot de biodiversité. Sur la base de séquences d'ADN de 2 850 spécimens prélevés dans plus de 170 localités, nos analyses révèlent une proportion extrême de la diversité des amphibiens, projetant une augmentation presque deux fois supérieure du nombre d'espèces, passant des 244 espèces actuellement décrites à un minimum de 373 et jusqu'à 465. Cette diversité est répandue géographiquement et à travers la plupart des lignées phylogénétiques majeures, sauf dans quelques genres déjà bien étudiés, et n'est pas limitée aux clades cryptiques morphologiquement. Nous classons les lignées généalogiques en espèces candidates confirmées et non confirmées ou en lignées conspécifiques profondément divergentes en fonction de la concordance des divergences génétiques avec d'autres caractères. Cette approche intégrative peut être largement applicable pour améliorer les estimations de la diversité des organismes. Nos résultats suggèrent qu'à Madagascar, le modèle spatial de la richesse et de l'endémisme des amphibiens doit être réexaminé, et la destruction actuelle des habitats pourrait affecter plus d'espèces qu'on ne le pensait, chez les amphibiens comme chez d'autres groupes animaux. Cette étude de cas suggère que la diversité mondiale des amphibiens tropicaux est probablement sous-estimée à un niveau sans précédent et souligne la nécessité d'enquêtes taxonomiques intégrées comme base pour prioriser les efforts de conservation au sein des hotspots de biodiversité.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0810821106",
    doi = "10.1073/pnas.0810821106",
    openalex = "W2046002090",
    references = "doi101098rstb20051717, doi1012060003009020052940001srotff20co2"
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Le pathogène Batrachochytrium dendrobatidis (Bd), qui provoque la maladie de la peau chytridiomycose, est l'un des rares champignons hautement virulents chez les vertébrés et a été impliqué dans les déclins mondiaux des amphibiens. Cependant, le mécanisme par lequel le Bd provoque la mort n'a pas été déterminé. Nous montrons que l'infection par le Bd est associée à des changements pathophysiologiques qui entraînent la mortalité chez les grenouilles arboricoles vertes (Litoria caerulea). Chez les individus malades, le transport des électrolytes à travers l'épiderme a été inhibé de plus de 50 %, les concentrations plasmatiques de sodium et de potassium ont respectivement diminué d'environ 20 % et d'environ 50 %, et l'arrêt cardiaque asystolique a entraîné la mort. Étant donné que la peau est essentielle au maintien de l'homéostasie des amphibiens, la perturbation de la fonction cutanée pourrait être le mécanisme par lequel le Bd produit morbidité et mortalité chez une large gamme de taxons d'amphibiens phylogénétiquement éloignés.

@article{doi101126science1176765,
    author = "Voyles, Jamie et Young, Sam et Berger, Lee et Campbell, Craig et Voyles, Wyatt F. et Dinudom, Anuwat et Cook, David et Webb, Rebecca J. et Alford, Ross A. et Skerratt, Lee F. et Speare, Rick",
    title = "Pathogenesis of Chytridiomycosis, a Cause of Catastrophic Amphibian Declines",
    year = "2009",
    journal = "Science",
    abstract = "Le pathogène Batrachochytrium dendrobatidis (Bd), qui provoque la maladie de la peau chytridiomycose, est l'un des rares champignons hautement virulents chez les vertébrés et a été impliqué dans les déclins mondiaux des amphibiens. Cependant, le mécanisme par lequel le Bd provoque la mort n'a pas été déterminé. Nous montrons que l'infection par le Bd est associée à des changements pathophysiologiques qui entraînent la mortalité chez les grenouilles arboricoles vertes (Litoria caerulea). Chez les individus malades, le transport des électrolytes à travers l'épiderme a été inhibé de plus de 50 %, les concentrations plasmatiques de sodium et de potassium ont respectivement diminué d'environ 20 % et d'environ 50 %, et l'arrêt cardiaque asystolique a entraîné la mort. Étant donné que la peau est essentielle au maintien de l'homéostasie des amphibiens, la perturbation de la fonction cutanée pourrait être le mécanisme par lequel le Bd produit morbidité et mortalité chez une large gamme de taxons d'amphibiens phylogénétiquement éloignés.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1176765",
    doi = "10.1126/science.1176765",
    openalex = "W1979009666"
}

De nombreux amphibiens modernes ont des cycles de vie biphasés avec des larves aquatiques et des adultes terrestres. Les questions centrales sont la manière et le moment où cette ontogenèse compliquée a été établie, et ce qui est connu sur la vie des amphibiens au Paléozoïque. Les preuves fossiles s'accumulent et éclairent les histoires de vie des premiers amphibiens, l'origine de la métamorphose et la transition vers une existence pleinement terrestre. La majorité des premiers amphibiens étaient aquatiques ou amphibies et ne subissaient que des changements ontogénétiques progressifs. La plasticité développementale a joué un rôle majeur chez certains taxons mais était limitée à de légères modifications de l'ontogenèse. Chez les dissorophoïdes permocarbonifères, une condensation des étapes ontogénétiques cruciales en une phase courte (métamorphose) est observée. Il est probable que l'origine de la métamorphose et de la néoténie se situe dans ces taxons. Les preuves fossiles révèlent également la séquence des changements évolutifs : apparemment, le changement ontogénétique dans l'alimentation, et non la transition vers une existence terrestre en soi, a rendu une métamorphose drastique nécessaire.

@article{doi101146annurevearth031208100113,
    author = "Schoch, Rainer R.",
    title = "Évolution des cycles de vie chez les amphibiens précoces",
    year = "2009",
    journal = "Annual Review of Earth and Planetary Sciences",
    abstract = "De nombreux amphibiens modernes ont des cycles de vie biphasés avec des larves aquatiques et des adultes terrestres. Les questions centrales sont la manière et le moment où cette ontogenèse compliquée a été établie, et ce qui est connu sur la vie des amphibiens au Paléozoïque. Les preuves fossiles s'accumulent et éclairent les histoires de vie des premiers amphibiens, l'origine de la métamorphose et la transition vers une existence pleinement terrestre. La majorité des premiers amphibiens étaient aquatiques ou amphibies et ne subissaient que des changements ontogénétiques progressifs. La plasticité développementale a joué un rôle majeur chez certains taxons mais était limitée à de légères modifications de l'ontogenèse. Chez les dissorophoïdes permocarbonifères, une condensation des étapes ontogénétiques cruciales en une phase courte (métamorphose) est observée. Il est probable que l'origine de la métamorphose et de la néoténie se situe dans ces taxons. Les preuves fossiles révèlent également la séquence des changements évolutifs : apparemment, le changement ontogénétique dans l'alimentation, et non la transition vers une existence terrestre en soi, a rendu une métamorphose drastique nécessaire.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.earth.031208.100113",
    doi = "10.1146/annurev.earth.031208.100113",
    openalex = "W2125472918",
    references = "doi101017s0263593300002340, doi101017s1477201906002008, doi1023072421869, doi105860choice402180, doi105860choice503274"
}

Batrachochytrium dendrobatidis (Bd) est un champignon chytride qui provoque la chytridiose chez les amphibiens. Nommé seulement en 1999, Bd est un facteur déclenchant direct des déclins de la biodiversité mondiale des amphibiens. Le pathogène infecte plus de 350 espèces d'amphibiens et est présent sur tous les continents sauf en Antarctique. Cependant, les processus qui ont conduit à la distribution mondiale de Bd et à l'apparition de la chytridiose restent mal compris. Cette revue explore les preuves moléculaires, épidémiologiques et écologiques selon lesquelles Bd a évolué à partir d'une lignée ancestrale endémique pour atteindre une notoriété mondiale via une propagation médiatisée par l'activité humaine. Nous examinons ensuite les principaux facteurs liés à l'hôte et au pathogène qui ont conduit à l'apparition de la chytridiose chez les espèces, les populations et les communautés d'amphibiens.

@article{doi101146annurevmicro091208073435,
    author = "Fisher, Matthew C. and Garner, Trenton W. J. and Walker, Susan F.",
    title = "Global Emergence of Batrachochytrium dendrobatidis and Amphibian Chytridiomycosis in Space, Time, and Host",
    year = "2009",
    journal = "Annual Review of Microbiology",
    abstract = "Batrachochytrium dendrobatidis (Bd) est un champignon chytride qui provoque la chytridiose chez les amphibiens. Nommé seulement en 1999, Bd est un facteur déclenchant direct des déclins de la biodiversité mondiale des amphibiens. Le pathogène infecte plus de 350 espèces d'amphibiens et est présent sur tous les continents sauf en Antarctique. Cependant, les processus qui ont conduit à la distribution mondiale de Bd et à l'apparition de la chytridiose restent mal compris. Cette revue explore les preuves moléculaires, épidémiologiques et écologiques selon lesquelles Bd a évolué à partir d'une lignée ancestrale endémique pour atteindre une notoriété mondiale via une propagation médiatisée par l'activité humaine. Nous examinons ensuite les principaux facteurs liés à l'hôte et au pathogène qui ont conduit à l'apparition de la chytridiose chez les espèces, les populations et les communautés d'amphibiens.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.micro.091208.073435",
    doi = "10.1146/annurev.micro.091208.073435",
    openalex = "W2105291817",
    references = "doi103201eid1012030804"
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@article{doi101016jympev201106012,
    author = "Pyron, R. Alexander et Wiens, John J.",
    title = "Une phylogénie à grande échelle des Amphibiens incluant plus de 2800 espèces, et une classification révisée des grenouilles, salamandres et céciliens actuels",
    year = "2011",
    journal = "Molecular Phylogenetics and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ympev.2011.06.012",
    doi = "10.1016/j.ympev.2011.06.012",
    openalex = "W2129491952",
    references = "doi10108010635150701397635, doi101093sysbiosyr047, doi1012060003009020052940001srotff20co2, doi1012060003009020062970001tatol20co2, doi1012060003009020062991psodfa20co2, doi10560219780801847806"
}

@article{doi101038nature10650,
    author = "Hof, Christian et Araújo, Miguel B. et Jetz, Walter et Rahbek, Carsten",
    title = "Menaces additives des pathogènes, du climat et des changements d'utilisation des terres pour la diversité mondiale des amphibiens",
    year = "2011",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature10650",
    doi = "10.1038/nature10650",
    openalex = "W1969425659",
    references = "doi101046j14724642200300016x"
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La duplication du génome (menant à la polyploïdie) est largement acceptée comme une force évolutive importante chez les plantes, mais elle est moins reconnue comme un moteur de la diversification animale. Néanmoins, elle se produit chez une large gamme d'animaux ; cette revue examine pourquoi elle est particulièrement fréquente chez les poissons et les amphibiens, alors qu'elle est rare parmi les autres vertébrés. Nous passons en revue les distributions géographiques, écologiques et phylogénétiques actuelles des taxons polyploïdes se reproduisant sexuellement avant de nous concentrer plus spécifiquement sur les facteurs qui conduisent à la formation et à l'établissement de la polyploïdie. En résumé, (1) la polyploïdie est phylogénétiquement restreinte chez les amphibiens et les poissons, bien que des lignées entières de poissons, mais pas d'amphibiens, soient dérivées d'ancêtres polyploïdes. (2) Bien que des mécanismes tels que la polyspermie soient réalisables, la formation de polyploïdes semble se produire principalement par la formation de gamètes non réduits, qui peuvent être induits expérimentalement par des chocs de température ou de pression dans les deux groupes. (3) La reproduction externe et la fécondation dans des environnements d'eau douce principalement tempérés exposent potentiellement les zygotes à un stress thermique, ce qui peut favoriser une production accrue de gamètes non réduits. (4) De grands nombres de gamètes et la reproduction en groupe dans des zones relativement confinées pourraient augmenter la probabilité de combinaisons de gamètes compatibles dans les deux groupes. (5) Les poissons et les amphibiens ont tous deux une propension à former des hybrides reproductivement réussis ; bien que la fréquence relative de l'autopolyploïdie par rapport à l'allopolyploïdie soit difficile à déterminer, plusieurs origines impliquant une hybridation ont été confirmées pour de nombreuses espèces dans les deux groupes. (6) Les problèmes liés à l'établissement de lignées polyploïdes associés à l'exclusion des cytotypes minoritaires pourraient être surmontés chez les amphibiens par un accouplement assorti basé sur la reconnaissance acoustique du même niveau de ploïdie, mais moins d'attention a été accordée aux mécanismes chimiques ou acoustiques qui pourraient opérer chez les poissons. (7) Il n'existe aucune preuve forte que les poissons ou amphibiens polyploïdes actuels existent dans des environnements plus extrêmes que leurs ancêtres diploïdes ou qu'ils aient des écologies plus larges. (8) Bien que les pathogènes puissent jouer un rôle dans la fitness relative des espèces polyploïdes, particulièrement compte tenu de la duplication des gènes impliqués dans l'immunité, ce domaine reste peu étudié chez les poissons et les amphibiens. (9) Comme chez les plantes, de nombreuses copies dupliquées de gènes sont conservées pendant de longues périodes, ce qui indique un maintien sélectif des copies dupliquées, mais nous ne trouvons aucune raison physiologique ou autre qui pourrait expliquer un avantage pour la complexité allélique ou génétique. (10) Les espèces polyploïdes actuelles ne semblent pas être plus ou moins sujettes à l'extinction que les diploïdes apparentés dans l'un ou l'autre groupe. Nous concluons que, bien que les poissons et amphibiens polyploïdes partagent un certain nombre d'attributs facilitant la polyploïdie, aucun moteur clair de la duplication du génome n'émerge de la comparaison. L'absence d'une association claire entre les polyploïdes se reproduisant sexuellement et l'expansion de la gamme, les environnements rudes ou le risque d'extinction pourrait suggérer que les corrélations plus fortes observées chez les plantes sont davantage conduites par des changements dans le système d'accouplement que par la ploïdie. Cependant, des données insuffisantes existent actuellement pour fournir des tests rigoureux de ces hypothèses et nous faisons appel aux zoologistes pour également considérer la polyploïdie comme une possibilité dans les enquêtes taxonomiques continues.

@article{doi101111j14697998201100829x,
    author = "Mable, Barbara K. et Alexandrou, Markos A. et Taylor, Martin I.",
    title = "Duplication du génome chez les amphibiens et les poissons : une synthèse étendue",
    year = "2011",
    journal = "Journal of Zoology",
    abstract = "La duplication du génome entier (menant à la polyploïdie) est largement acceptée comme une force évolutive importante chez les plantes, mais elle est moins reconnue comme un moteur de la diversification animale. Néanmoins, elle se produit chez une large gamme d'animaux ; cette revue examine pourquoi elle est particulièrement fréquente chez les poissons et les amphibiens, alors qu'elle est rare chez d'autres vertébrés. Nous passons en revue les distributions géographiques, écologiques et phylogénétiques actuelles des taxons polyploïdes se reproduisant sexuellement avant de nous concentrer plus spécifiquement sur les facteurs qui conduisent à la formation et à l'établissement de la polyploïdie. En résumé, (1) la polyploïdie est phylogénétiquement restreinte chez les amphibiens et les poissons, bien que des lignées entières de poissons, mais pas d'amphibiens, soient dérivées d'ancêtres polyploïdes. (2) Bien que des mécanismes tels que la polyspermie soient possibles, la formation de polyploïdes semble se produire principalement par la formation de gamètes non réduits, qui peuvent être induits expérimentalement par un choc thermique ou de pression chez les deux groupes. (3) La reproduction externe et la fécondation dans des environnements principalement d'eau douce tempérée exposent potentiellement les zygotes à un stress thermique, ce qui peut favoriser une production accrue de gamètes non réduits. (4) De grands nombres de gamètes et la reproduction en groupe dans des zones relativement confinées pourraient augmenter la probabilité de combinaisons de gamètes compatibles chez les deux groupes. (5) Les poissons et les amphibiens ont tous deux une propension à former des hybrides reproductivement réussis ; bien que la fréquence relative de l'autopolyploïdie par rapport à l'allopolyploïdie soit difficile à déterminer, plusieurs origines impliquant l'hybridation ont été confirmées pour de nombreuses espèces dans les deux groupes. (6) Les problèmes liés à l'établissement de lignées polyploïdes associés à l'exclusion des cytotypes minoritaires pourraient être surmontés chez les amphibiens par un accouplement assorti basé sur la reconnaissance acoustique du même niveau de ploïdie, mais moins d'attention a été portée aux mécanismes chimiques ou acoustiques qui pourraient opérer chez les poissons. (7) Il n'existe aucune preuve solide que les poissons ou amphibiens polyploïdes actuels existent dans des environnements plus extrêmes que leurs ancêtres diploïdes ou qu'ils aient des écologies plus larges. (8) Bien que les pathogènes puissent jouer un rôle dans la fitness relative des espèces polyploïdes, particulièrement compte tenu de la duplication des gènes impliqués dans l'immunité, ce domaine reste peu étudié chez les poissons et les amphibiens. (9) Comme chez les plantes, de nombreuses copies dupliquées de gènes sont conservées pendant de longues périodes, ce qui indique un maintien sélectif des copies dupliquées, mais nous ne trouvons aucune raison physiologique ou autre qui pourrait expliquer un avantage pour la complexité allélique ou génétique. (10) Les espèces polyploïdes actuelles ne semblent pas être plus ou moins sujettes à l'extinction que les diploïdes apparentés dans l'un ou l'autre groupe. Nous concluons que, bien que les poissons et amphibiens polyploïdes partagent un certain nombre d'attributs facilitant la polyploïdie, les moteurs clairs de la duplication du génome n'émergent pas de la comparaison. L'absence d'une association claire entre les polyploïdes se reproduisant sexuellement et l'expansion de l'aire de répartition, les environnements rudes ou le risque d'extinction pourrait suggérer que les corrélations plus fortes chez les plantes sont entraînées par des changements dans le système d'accouplement plus que par la ploïdie. Cependant, des données insuffisantes existent actuellement pour fournir des tests rigoureux de ces hypothèses et nous faisons appel aux zoologistes pour également considérer la polyploïdie comme une possibilité dans les enquêtes taxonomiques continues.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1469-7998.2011.00829.x",
    doi = "10.1111/j.1469-7998.2011.00829.x",
    openalex = "W2120868323",
    references = "doi1010079783642866593, doi101007s1075000790322, doi1010160047248480900779, doi101016jppees201002002, doi10103842711, doi101038nature03025, doi101111j1365294x200703529x, doi101146annurevecolsys291467, doi1012060003009020062970001tatol20co2, doi1023071442619, doi10560219780801847806, doi107312steb94536, openalexw1599639077"
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Nous proposons une nouvelle classification au niveau familial des apodes, basée sur la compréhension actuelle des relations phylogénétiques et de la diversité. Les 34 genres actuellement reconnus d'apodes sont diagnostiqués et partitionnés en neuf taxons au niveau familial. Chaque famille est un monophylum hypothétique, qui, compte tenu des limites de l'échantillonnage des taxons, est bien soutenu par les analyses phylogénétiques et remonte à une origine ancienne (Mésozoïque). Chaque famille est diagnostiquée et également définie phylogénétiquement. La classification proposée offre une alternative à une dépendance exclusive à la synonymie pour résoudre le problème de longue date de la paraphylie des Caeciliidae.

@article{doi1011646zootaxa287413,
    author = "Wilkinson, Mark et Mauro, Diego San et Sherratt, Emma et Gower, David J.",
    title = "Une classification à neuf familles des apodes (Amphibia: Gymnophiona)",
    year = "2011",
    journal = "Zootaxa",
    abstract = "Nous proposons une nouvelle classification au niveau familial des apodes, basée sur la compréhension actuelle des relations phylogénétiques et de la diversité. Les 34 genres actuellement reconnus d'apodes sont diagnostiqués et partitionnés en neuf taxons au niveau familial. Chaque famille est un monophylum hypothétique, qui, compte tenu des limites de l'échantillonnage des taxons, est bien soutenu par les analyses phylogénétiques et remonte à une origine ancienne (Mésozoïque). Chaque famille est diagnostiquée et également définie phylogénétiquement. La classification proposée offre une alternative à une dépendance exclusive à la synonymie pour résoudre le problème de longue date de la paraphylie des Caeciliidae.",
    url = "https://doi.org/10.11646/zootaxa.2874.1.3",
    doi = "10.11646/zootaxa.2874.1.3",
    openalex = "W2182430900"
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@article{doi101007s1002101296027,
    author = "Whiles, Matt R. et Hall, Robert O. et Dodds, Walter K. et Verburg, Piet et Huryn, Alexander D. et Pringle, C. M. et Lips, Karen R. et Kilham, S. S. et Colón-Gaud, J. Checo et Rugenski, Amanda T. et Peterson, Sharon et Connelly, Scott",
    title = "Disease-Driven Amphibian Declines Alter Ecosystem Processes in a Tropical Stream",
    year = "2012",
    journal = "Ecosystems",
    url = "https://doi.org/10.1007/s10021-012-9602-7",
    doi = "10.1007/s10021-012-9602-7",
    openalex = "W1983354498",
    references = "doi101899081181"
}

Une nouvelle approche est proposée pour évaluer la fréquence des malformations chez les amphibiens dans les populations naturelles. Le fond et la survenue massive sont suggérés comme étant séparables par un niveau pratique de 5 % d'animaux malformés (une taille d'échantillon ?100 spécimens est recommandée). Le système contenant trois groupes de paramètres quantitatifs est considéré : a) fréquence des animaux malformés, Pas ; b) fréquence des anomalies (A), incluant partielles (Ap) et fréquence relative (Ar) ; et c) spectre des anomalies (Sa), incluant la diversité des malformations individuelles (Sai) et populationnelles (Sap) dans les populations naturelles et certains autres paramètres (μ et h de Zhivotovsky 1980). Certaines mesures de la survenue combinée des anomalies et de leur chevauchement sont également analysées (indices de Morisita et de Czekanovsky–Sorensen). Certains aspects du travail de terrain sont discutés (échantillonnage, groupes d'âge, classification des anomalies ainsi que l'expression syndromique des malformations).

@article{doi1031610trudyzin20123164324,
    author = "Borkin, Leo J. et Bezman-Moseyko, Olga S. et Litvinchuk, Spartak N.",
    title = "Évaluation de la fréquence des malformations animales dans les populations naturelles (exemple des amphibiens)",
    year = "2012",
    journal = "Proceedings of the Zoological Institute RAS",
    abstract = "Une nouvelle approche est proposée pour évaluer la fréquence des malformations chez les amphibiens dans les populations naturelles. Le fond et la survenue massive sont suggérés comme étant séparables par un niveau pratique de 5 % d'animaux malformés (une taille d'échantillon ?100 spécimens est recommandée). Le système contenant trois groupes de paramètres quantitatifs est considéré : a) fréquence des animaux malformés, Pas ; b) fréquence des anomalies (A), incluant partielles (Ap) et fréquence relative (Ar) ; et c) spectre des anomalies (Sa), incluant la diversité des malformations individuelles (Sai) et populationnelles (Sap) dans les populations naturelles et certains autres paramètres (μ et h de Zhivotovsky 1980). Certaines mesures de la survenue combinée des anomalies et de leur chevauchement sont également analysées (indices de Morisita et de Czekanovsky–Sorensen). Certains aspects du travail de terrain sont discutés (échantillonnage, groupes d'âge, classification des anomalies ainsi que l'expression syndromique des malformations).",
    url = "https://doi.org/10.31610/trudyzin/2012.316.4.324",
    doi = "10.31610/trudyzin/2012.316.4.324",
    openalex = "W4295108600",
    references = "doi101086282436, doi101111j15231739200300217x, doi101163157075403323012205, doi1015259780520942530, doi1016430045851120066810maiaia20co2, doi1018901540929520030010087tcoda20co2, doi1018960seitai1162524, doi1023071936817, doi1023074045, doi1075890090355833195, openalexw115311278"
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Les origines des amphibiens actuels (grenouilles, salamandres, cécilies) restent controversées après plus d'un siècle de débats. Trois groupes d'hypothèses persistent dans la littérature actuelle : l'hypothèse des temnospondyles (TH) qui place Lissamphibia Haeckel, 1866 (le plus petit clade composé des amphibiens actuels) au sein des temnospondyles paléozoïques, l'hypothèse des lepospondyles (LH) qui postule un Lissamphibia monophylétique niché au sein des lepospondyles paléozoïques, et l'hypothèse de la polyphylie (PH), selon laquelle les grenouilles et les salamandres sont des temnospondyles tandis que les cécilies sont des lepospondyles. La découverte des albanerpetontides du Jurassique moyen au Pliocène, qui sont très similaires aux amphibiens actuels, a compliqué plutôt que résolu cette situation. Nous présentons une revue des publications et thèses récentes dans ce domaine, plusieurs desquelles montrent un soutien plus important pour la LH que pour la TH et considérablement plus que pour la PH. De plus, nous montrons qu'il n'y a pas d'affinité particulière entre les lissamphibiens à corps long (cécilies) et les lepospondyles à corps long (tels que les lysorophiens) : lorsqu'ils sont retirés de deux matrices publiées, les réanalyses trouvent néanmoins la LH. Dans un cas, la LH est trouvée même lorsque toutes les salamandres sont retirées. Nous proposons également que le complexe de caractères appelé le mode de développement de l'autopodium des salamandres est (dans ses formes moins extrêmes) plesiomorphe pour les vertébrés à membres, de sorte que la présence apparente de ce mode de développement chez les temnospondyles ne peut soutenir la TH ou la PH. Néanmoins, un consensus ne sera pas atteint de sitôt, malgré l'augmentation de la gamme de données et de types d'analyses utilisés (phylogénétique morphologique, moléculaire et combinée, biologie du développement, datation de la divergence moléculaire, datation paléontologique par super-arbre, datation combinée, et calcul des intervalles de confiance sur les premières apparitions dans le registre fossile). Nous présentons des exemples de distributions pertinentes d'états de caractères et explorons un grand vide dans le registre fossile des petits stégocéphaliens.

@article{doi105252g2013n1a8,
    author = "Marjanović, David and Laurin, Michel",
    title = "The origin(s) of extant amphibians: a review with emphasis on the “lepospondyl hypothesis”",
    year = "2013",
    journal = "Geodiversitas",
    abstract = "Les origines des amphibiens actuels (grenouilles, salamandres, cécilies) restent controversées après plus d'un siècle de débats. Trois groupes d'hypothèses persistent dans la littérature actuelle : l'hypothèse des temnospondyles (TH) qui place Lissamphibia Haeckel, 1866 (le plus petit clade composé des amphibiens actuels) au sein des temnospondyles paléozoïques, l'hypothèse des lepospondyles (LH) qui postule un Lissamphibia monophylétique niché au sein des lepospondyles paléozoïques, et l'hypothèse de la polyphylie (PH), selon laquelle les grenouilles et les salamandres sont des temnospondyles tandis que les cécilies sont des lepospondyles. La découverte des albanerpetontides du Jurassique moyen au Pliocène, qui sont très similaires aux amphibiens actuels, a compliqué plutôt que résolu cette situation. Nous présentons une revue des publications et thèses récentes dans ce domaine, plusieurs desquelles montrent un soutien plus important pour la LH que pour la TH et considérablement plus que pour la PH. De plus, nous montrons qu'il n'y a pas d'affinité particulière entre les lissamphibiens à corps long (cécilies) et les lepospondyles à corps long (tels que les lysorophiens) : lorsqu'ils sont retirés de deux matrices publiées, les réanalyses trouvent néanmoins la LH. Dans un cas, la LH est trouvée même lorsque toutes les salamandres sont retirées. Nous proposons également que le complexe de caractères appelé le mode de développement de l'autopodium des salamandres est (dans ses formes moins extrêmes) plesiomorphe pour les vertébrés à membres, de sorte que la présence apparente de ce mode de développement chez les temnospondyles ne peut soutenir la TH ou la PH. Néanmoins, un consensus ne sera pas atteint de sitôt, malgré l'augmentation de la gamme de données et de types d'analyses utilisés (phylogénétique morphologique, moléculaire et combinée, biologie du développement, datation de la divergence moléculaire, datation paléontologique par super-arbre, datation combinée, et calcul des intervalles de confiance sur les premières apparitions dans le registre fossile). Nous présentons des exemples de distributions pertinentes d'états de caractères et explorons un grand vide dans le registre fossile des petits stégocéphaliens.",
    url = "https://doi.org/10.5252/g2013n1a8",
    doi = "10.5252/g2013n1a8",
    openalex = "W2170107220",
    references = "doi10100797814615698316, doi101016jcrvi200510001, doi101016jtig200312003, doi101016s076444690101318x, doi101073pnas0608378104, doi10108010635150490522340, doi101111j251761611995tb02031x, doi101126science2562999, doi1012060003009020062970001tatol20co2, doi1012063101, doi1012063521, doi10167102724634200626284toksst20co2"
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@article{doi101038ncomms6046,
    author = "Brown, Jason L. et Cameron, A. et Yoder, Anne D. et Vences, Miguel",
    title = "Un modèle nécessairement complexe pour expliquer la biogéographie des amphibiens et des reptiles de Madagascar",
    year = "2014",
    journal = "Nature Communications",
    url = "https://doi.org/10.1038/ncomms6046",
    doi = "10.1038/ncomms6046",
    openalex = "W2106053404",
    references = "doi1011861471214811217"
}

Les Amphibia comprennent plus de 7000 espèces actuelles réparties dans presque tous les écosystèmes de tous les continents sauf l'Antarctique. La plupart des espèces montrent également une forte spécificité pour des habitats, des biomes ou des niches climatiques particuliers, rendant apparemment la dispersion sur de longues distances peu probable. En effet, de nombreuses lignées semblent encore porter la signature de leur origine pangéenne, il y a environ 300 Ma. À ce jour, aucune étude n'a tenté une analyse biogéographique historique à grande échelle du groupe pour comprendre la distribution des lignées actuelles. Ici, j'utilise un chronogramme mis à jour contenant 3309 espèces (∼ 45 % de la diversité actuelle) pour reconstituer leurs mouvements entre 12 éco-régions mondiales. Je trouve que l'origine pangéenne et la fragmentation subséquente de la Laurasie et du Gondwana expliquent une grande proportion des motifs dans la distribution des espèces actuelles. Cependant, la dispersion au cours du Cénozoïque, probablement à travers des ponts terrestres ou de courtes distances au-dessus des océans, a également exercé une forte influence. Enfin, il existe au moins trois cas fortement soutenus de dispersion océanique sur de longues distances entre les anciennes masses terrestres du Gondwana au cours du Cénozoïque. L'extinction des zones intermédiaires semble être un facteur fort dans la formation des distributions actuelles. La dispersion et l'extinction depuis et entre les éco-régions semblent liées à l'évolution de phénotypes extraordinairement adaptatifs orientés vers l'expansion qui permettent aux lignées de coloniser facilement de nouvelles zones et de se diversifier, ou inversement, à des phénotypes extrêmement spécialisés ou à des niches climatiques fortement reliques qui entraînent une localisation géographique forte et une diversification limitée.

@article{doi101093sysbiosyu042,
    author = "Pyron, R. Alexander",
    title = "Biogeographic Analysis Reveals Ancient Continental Vicariance and Recent Oceanic Dispersal in Amphibians",
    year = "2014",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Les Amphibia comprennent plus de 7000 espèces actuelles réparties dans presque tous les écosystèmes de tous les continents sauf l'Antarctique. La plupart des espèces montrent également une forte spécificité pour des habitats, des biomes ou des niches climatiques particuliers, rendant apparemment la dispersion sur de longues distances peu probable. En effet, de nombreuses lignées semblent encore porter la signature de leur origine pangéenne, il y a environ 300 Ma. À ce jour, aucune étude n'a tenté une analyse biogéographique historique à grande échelle du groupe pour comprendre la distribution des lignées actuelles. Ici, j'utilise un chronogramme mis à jour contenant 3309 espèces (∼ 45 % de la diversité actuelle) pour reconstituer leurs mouvements entre 12 éco-régions mondiales. Je trouve que l'origine pangéenne et la fragmentation subséquente de la Laurasie et du Gondwana expliquent une grande proportion des motifs dans la distribution des espèces actuelles. Cependant, la dispersion au cours du Cénozoïque, probablement à travers des ponts terrestres ou de courtes distances au-dessus des océans, a également exercé une forte influence. Enfin, il existe au moins trois cas fortement soutenus de dispersion océanique sur de longues distances entre les anciennes masses terrestres du Gondwana au cours du Cénozoïque. L'extinction des zones intermédiaires semble être un facteur fort dans la formation des distributions actuelles. La dispersion et l'extinction depuis et entre les éco-régions semblent liées à l'évolution de phénotypes extraordinairement adaptatifs orientés vers l'expansion qui permettent aux lignées de coloniser facilement de nouvelles zones et de se diversifier, ou inversement, à des phénotypes extrêmement spécialisés ou à des niches climatiques fortement reliques qui entraînent une localisation géographique forte et une diversification limitée.",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/syu042",
    doi = "10.1093/sysbio/syu042",
    openalex = "W2133277373",
    references = "doi101038nature06865, doi101073pnas0611051104, doi10108010635150701397635, doi101093sysbiosyt040, doi101126science1181707, doi1012060003009020052940001srotff20co2, doi1012060003009020062991psodfa20co2, doi1021425f55419694"
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Les salamandres sont les seuls tétrapodes capables de régénérer entièrement leurs membres tout au long de leur vie. De nombreuses données sur les mécanismes moléculaires sous-jacents à la régénération des membres ont été collectées ces dernières années, permettant de nouvelles études comparatives entre les salamandres et d'autres tétrapodes qui ne possèdent pas ce potentiel régénératif unique. En revanche, l'évolution de la régénération animale vient tout juste de redevenir un sujet central, malgré sa haute pertinence pour les conceptions de recherche visant à élucider les facteurs permettant la régénération des membres. Nous montrons que le temnospondyle amphibien Micromelerpeton, âgé de 300 millions d'années et un lointain parent des amphibiens modernes, était déjà capable de régénérer ses membres. Un certain nombre d'exemplaires exceptionnellement bien conservés provenant de dépôts fossiles présentent un motif et une combinaison uniques d'anomalies dans leurs membres, caractéristiques d'une activité régénérative irrégulière chez les salamandres modernes et qui ne se produisent pas comme des variantes du développement normal des membres. Cela démontre que la capacité de régénérer les membres n'est pas une caractéristique dérivée des salamandres modernes, mais pourrait être une caractéristique ancienne des tétrapodes non amniotes et peut-être même partagée par tous les poissons osseux. Cette découverte fournit un nouveau cadre pour comprendre l'évolution de la capacité de régénération des appendices paires chez les vertébrés dans la recherche de mécanismes moléculaires conservés versus dérivés de la régénération des membres.

@article{doi101098rspb20141550,
    author = "Fröbisch, Nadia B. and Bickelmann, Constanze and Witzmann, Florian",
    title = "Early evolution of limb regeneration in tetrapods: evidence from a 300-million-year-old amphibian",
    year = "2014",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Salamanders are the only tetrapods capable of fully regenerating their limbs throughout their entire lives. Much data on the underlying molecular mechanisms of limb regeneration have been gathered in recent years allowing for new comparative studies between salamanders and other tetrapods that lack this unique regenerative potential. By contrast, the evolution of animal regeneration just recently shifted back into focus, despite being highly relevant for research designs aiming to unravel the factors allowing for limb regeneration. We show that the 300-million-year-old temnospondyl amphibian Micromelerpeton, a distant relative of modern amphibians, was already capable of regenerating its limbs. A number of exceptionally well-preserved specimens from fossil deposits show a unique pattern and combination of abnormalities in their limbs that is distinctive of irregular regenerative activity in modern salamanders and does not occur as variants of normal limb development. This demonstrates that the capacity to regenerate limbs is not a derived feature of modern salamanders, but may be an ancient feature of non-amniote tetrapods and possibly even shared by all bony fish. The finding provides a new framework for understanding the evolution of regenerative capacity of paired appendages in vertebrates in the search for conserved versus derived molecular mechanisms of limb regeneration.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2014.1550",
    doi = "10.1098/rspb.2014.1550",
    openalex = "W2125381676",
    references = "doi105252g2013n1a8"
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Nous présentons une enquête par barcoding de l'ADN des amphibiens malgaches, incluant 251 des 292 espèces nominales connues à ce jour, en complétant les données précédentes avec 280 nouveaux fragments de séquences de barcoding du gène mitochondrial cytochrome oxydase sous-unité I (COI). Le taux de réussite d'amplification pour les nouvelles séquences déterminées était le plus élevé (94 %) avec un ensemble de primers universels COI (dgLCO1490-dgHCO2198), tandis que d'autres ensembles de primers présentaient des taux de réussite nettement inférieurs. Dans l'ensemble, nous avons observé des distances génétiques interspécifiques moyennes relativement élevées de 25-27 % au sein des Mantellidae et Microhylidae, et des distances génétiques de 13-21 % au sein des Hyperoliidae. Des valeurs plus faibles de 6-7 % ont été observées entre certaines espèces sœurs dans toutes les familles, avec des minimums extrêmes de 0,2-0,3 % entre quelques paires d'espèces sœurs chez les microhylidés et les mantellidés pour lesquelles nous postulons une introgression mitochondriale ou une taxonomie encore non résolue. Les divergences intraspécifiques étaient relativement élevées, en particulier chez les mantellidés où elles atteignaient en moyenne 5,3 %, en raison de l'inclusion de nombreux lignages conspécifiques profonds (par définition avec de fortes divergences par rapport à d'autres spécimens) dans notre étude. Au-delà de cela, le degré de polymorphisme était difficile à établir en raison d'un échantillonnage limité par population dans notre évaluation. Par rapport à une évaluation précédente de 2009 basée sur des séquences 16S rDNA, nous identifions 14 espèces candidates supplémentaires non décrites et augmentons l'estimation maximale du nombre d'espèces dans la batrachofaune de l'île à plus de 500.

@article{doi1011631568538100002942,
    author = "Perl, R. G. Bina et Nagy, Zoltán T. et Sonet, Gontran et Glaw, Frank et Valero, Katharina C. Wollenberg et Vences, Miguel",
    title = "Barcoding de l'ADN de la faune amphibienne de Madagascar",
    year = "2014",
    journal = "Amphibia-Reptilia",
    abstract = "Nous présentons une enquête par barcoding de l'ADN des amphibiens malgaches, incluant 251 des 292 espèces nominales connues à ce jour, en complétant les données précédentes avec 280 nouveaux fragments de séquences de barcoding du gène mitochondrial cytochrome oxydase sous-unité I (COI). Le taux de réussite d'amplification pour les nouvelles séquences déterminées était le plus élevé (94 %) avec un ensemble de primers universels COI (dgLCO1490-dgHCO2198), tandis que d'autres ensembles de primers présentaient des taux de réussite nettement inférieurs. Dans l'ensemble, nous avons observé des distances génétiques interspécifiques moyennes relativement élevées de 25-27 % au sein des Mantellidae et Microhylidae, et des distances génétiques de 13-21 % au sein des Hyperoliidae. Des valeurs plus faibles de 6-7 % ont été observées entre certaines espèces sœurs dans toutes les familles, avec des minimums extrêmes de 0,2-0,3 % entre quelques paires d'espèces sœurs chez les microhylidés et les mantellidés pour lesquelles nous postulons une introgression mitochondriale ou une taxonomie encore non résolue. Les divergences intraspécifiques étaient relativement élevées, en particulier chez les mantellidés où elles atteignaient en moyenne 5,3 %, en raison de l'inclusion de nombreux lignages conspécifiques profonds (par définition avec de fortes divergences par rapport à d'autres spécimens) dans notre étude. Au-delà de cela, le degré de polymorphisme était difficile à établir en raison d'un échantillonnage limité par population dans notre évaluation. Par rapport à une évaluation précédente de 2009 basée sur des séquences 16S rDNA, nous identifions 14 espèces candidates supplémentaires non décrites et augmentons l'estimation maximale du nombre d'espèces dans la batrachofaune de l'île à plus de 500.",
    url = "https://doi.org/10.1163/15685381-00002942",
    doi = "10.1163/15685381-00002942",
    openalex = "W2066933182",
    references = "doi1011861471214811217"
}

L'Anthropocène se caractérise par une crise de la biodiversité généralisée qui rivalise avec les extinctions de masse préhistoriques. Les amphibiens constituent la classe de vertébrés la plus menacée. Outre les menaces traditionnelles telles que la conversion des terres et la pollution, le changement climatique et les maladies introduites devraient réduire davantage la biodiversité des amphibiens. La maladie fongique chytridiomycose a provoqué l'extirpation rapide de dizaines, voire peut-être de centaines d'espèces d'amphibiens. Des avancées récentes ont révélé une histoire évolutive profonde et une variation considérable de la virulence des souches du pathogène fongique, des motifs qui doivent être conciliés avec la propagation rapide de la maladie et le déclin des populations hôtes. Une priorité de conservation est la surveillance d'une nouvelle espèce de champignon chytride qui tue les salamandres européennes. La découverte accélérée de nouvelles espèces d'amphibiens met à l'épreuve les ressources de conservation existantes, mais elle offre une opportunité de combler les lacunes géographiques et d'améliorer les programmes visant à préserver la biodiversité des amphibiens.

@article{doi101146annurevenviron102014021358,
    author = "Catenazzi, Alessandro",
    title = "State of the World's Amphibians",
    year = "2015",
    journal = "Annual Review of Environment and Resources",
    abstract = "L'Anthropocène se caractérise par une crise de la biodiversité généralisée qui rivalise avec les extinctions de masse préhistoriques. Les amphibiens constituent la classe de vertébrés la plus menacée. Outre les menaces traditionnelles telles que la conversion des terres et la pollution, le changement climatique et les maladies introduites devraient réduire davantage la biodiversité des amphibiens. La maladie fongique chytridiomycose a provoqué l'extirpation rapide de dizaines, voire peut-être de centaines d'espèces d'amphibiens. Des avancées récentes ont révélé une histoire évolutive profonde et une variation considérable de la virulence des souches du pathogène fongique, des motifs qui doivent être conciliés avec la propagation rapide de la maladie et le déclin des populations hôtes. Une priorité de conservation est la surveillance d'une nouvelle espèce de champignon chytride qui tue les salamandres européennes. La découverte accélérée de nouvelles espèces d'amphibiens met à l'épreuve les ressources de conservation existantes, mais elle offre une opportunité de combler les lacunes géographiques et d'améliorer les programmes visant à préserver la biodiversité des amphibiens.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev-environ-102014-021358",
    doi = "10.1146/annurev-environ-102014-021358",
    openalex = "W2137345966",
    references = "doi101111j14724642201100862x, doi101111j15585646201201715x, doi101371journalpone0103958"
}

Nous avons comparé la morphologie des érythrocytes de cinq anoures, deux espèces de crapauds - Bufo gargarizans (Cantor, 1842) et Duttaphrynus melanostictus (Schneider, 1799) et trois espèces de grenouilles - Fejervarya limnocharis (Gravenhorst, 1829), Microhyla ornata (Duméril & Bibron, 1841), et Rana zhenhaiensis (Ye, Fei & Matsui, 1995). Nous avons ensuite reconstruit l'état ancestral de la taille des érythrocytes (ES) et de la taille du noyau (NS) chez les amphibiens sur la base d'un arbre moléculaire. Les neuf traits morphologiques des érythrocytes étaient tous significativement différents entre les cinq espèces. Les résultats de l'analyse en composantes principales ont montré que le premier composant (49,1 % de la variance expliquée) présentait une forte charge positive pour la longueur des érythrocytes, la longueur du noyau, NS et le rapport de la longueur des érythrocytes/la largeur des érythrocytes ; le second axe (28,5 % de la variance expliquée) représentait principalement la largeur des érythrocytes et ES. L'analyse des moindres carrés généralisés phylogénétiques a montré que la relation entre NS et ES n'était pas affectée par les relations phylogénétiques, bien qu'il y ait une relation linéaire significative entre ces deux variables. Ces résultats suggèrent que (1) les neuf traits morphologiques des érythrocytes chez les cinq espèces d'anoures sont spécifiques à l'espèce ; (2) chez les amphibiens, les érythrocytes plus grands ont généralement des noyaux plus grands.

@article{doi101590s198446702015000500005,
    author = "Wei, Jie et Li, Yanyan et Li, Wei et Ding, Guohua et Fan, Xiao-Li et Lin, Zhi‐Hua",
    title = "Évolution de la morphologie des érythrocytes chez les amphibiens (Amphibia: Anura)",
    year = "2015",
    journal = "Zoologia (Curitiba)",
    abstract = "Nous avons comparé la morphologie des érythrocytes de cinq anoures, deux espèces de crapauds - Bufo gargarizans (Cantor, 1842) et Duttaphrynus melanostictus (Schneider, 1799) et trois espèces de grenouilles - Fejervarya limnocharis (Gravenhorst, 1829), Microhyla ornata (Duméril \& Bibron, 1841), et Rana zhenhaiensis (Ye, Fei \& Matsui, 1995). Nous avons ensuite reconstruit l'état ancestral de la taille des érythrocytes (ES) et de la taille du noyau (NS) chez les amphibiens sur la base d'un arbre moléculaire. Les neuf traits morphologiques des érythrocytes étaient tous significativement différents entre les cinq espèces. Les résultats de l'analyse en composantes principales ont montré que le premier composant (49,1\% de la variance expliquée) présentait une forte charge positive pour la longueur des érythrocytes, la longueur du noyau, NS et le rapport de la longueur des érythrocytes/la largeur des érythrocytes ; le second axe (28,5\% de la variance expliquée) représentait principalement la largeur des érythrocytes et ES. L'analyse des moindres carrés généralisés phylogénétiques a montré que la relation entre NS et ES n'était pas affectée par les relations phylogénétiques, bien qu'il y ait une relation linéaire significative entre ces deux variables. Ces résultats suggèrent que (1) les neuf traits morphologiques des érythrocytes chez les cinq espèces d'anoures sont spécifiques à l'espèce ; (2) chez les amphibiens, les érythrocytes plus grands ont généralement des noyaux plus grands.",
    url = "https://doi.org/10.1590/s1984-46702015000500005",
    doi = "10.1590/s1984-46702015000500005",
    openalex = "W2341883296",
    references = "doi101006bcmd20010457, doi101016jaquatox200610012, doi101016jcvex200803006, doi101016jmrgentox201404009, doi101016jympev201106012, doi101111j14209101201102372x, doi101111j1469185x2000tb00059x, doi1023072409910, doi10758900903558381143, doi10758900903558394830"
}

@article{doi103409azc581101,
    author = "Ratnikov, Viatcheslav Yu.",
    title = "Morphologie comparée de l'humérus chez certains amphibiens à queue d'Eurasie (Amphibia, Urodela) pour des études paléontologiques",
    year = "2015",
    journal = "Acta Zoologica Cracoviensia",
    url = "https://doi.org/10.3409/azc.58\_1.101",
    doi = "10.3409/azc.58\_1.101",
    openalex = "W2588209834",
    references = "doi101038136087a0, doi105281zenodo16213886, doi105962bhltitle156765"
}

Résumé Objectif Notre objectif était d'étudier comment la distance à l'eau (gradients d'inondation) et les barrières fluviales (rivières Tapajós et Jamanxim) influencent les modèles de distribution des assemblages d'amphibiens et de squamates dans la région du milieu de la rivière Tapajós, sud-est de l'Amazonie. Nous avons également pris en compte les barrages hydroélectriques prévus sur les deux rivières lors de l'examen des impacts possibles de ces facteurs sur les assemblages d'amphibiens et de squamates. Emplacement Système fluvial du milieu de la rivière Tapajós, sud-est de l'Amazonie. Méthodes Nous avons mené des relevés diurnes et nocturnes combinant pièges à fosse et recherches actives le long des deux rives des rivières Tapajós et Jamanxim. Nous avons identifié les spécimens en utilisant une approche intégrée morphologique, acoustique, écologique et moléculaire et évalué l'influence des barrières fluviales et de la distance à l'eau en utilisant des ordinations univariées et multivariées, des régressions et des ANOVA. Résultats Nous avons constaté des changements dans la composition des espèces pour les deux groupes le long du gradient d'inondation et des effets différentiels des barrières fluviales. Les rivières ont restreint la distribution de 33 % des espèces d'amphibiens et de 8 % des squamates. Pour les amphibiens, la principale barrière de distribution était la rivière Tapajós, tandis que pour les squamates, les deux rivières étaient d'importance similaire. Les assemblages les plus affectés par les barrières fluviales étaient les amphibiens et les squamates non ripariens, ainsi que les amphibiens ripariens associés à de petits cours d'eau. Les groupes fonctionnels les plus affectés étaient les petits amphibiens terrestres diurnes et les squamates de petite à moyenne taille, diurnes et partiellement arboricoles. Conclusions principales La rivière Tapajós constitue une frontière de distribution pour les lignées centrées dans l'Amazonie occidentale et orientale. Le fait que de nombreux taxons se produisent des deux côtés des rives suggère que la Tapajós est une barrière récente ou semi-perméable, tandis que la Jamanxim est une barrière encore plus récente ou plus faible. Les activités anthropiques qui affectent le niveau de l'eau, les cycles d'inondation et le débit fluvial peuvent influencer ces modèles naturels et provoquer des changements à l'équilibre de l'effet des barrières fluviales. Les études cherchant à identifier ces influences devraient se concentrer sur les groupes fonctionnels les plus affectés.

@article{doi101111jbi12756,
    author = "de Lima Moraes, Leandro João Carneiro et Pavan, Dante et Barros, Maria Claudene et Ribas, Camila C.",
    title = "L'influence combinée des barrières fluviales et des gradients d'inondation sur les modèles biogéographiques pour les amphibiens et les squamates dans le sud-est de l'Amazonie",
    year = "2016",
    journal = "Journal of Biogeography",
    abstract = "Résumé Objectif Notre objectif était d'étudier comment la distance à l'eau (gradients d'inondation) et les barrières fluviales (rivières Tapajós et Jamanxim) influencent les modèles de distribution des assemblages d'amphibiens et de squamates dans la région du milieu de la rivière Tapajós, sud-est de l'Amazonie. Nous avons également pris en compte les barrages hydroélectriques prévus sur les deux rivières lors de l'examen des impacts possibles de ces facteurs sur les assemblages d'amphibiens et de squamates. Emplacement Système fluvial du milieu de la rivière Tapajós, sud-est de l'Amazonie. Méthodes Nous avons mené des relevés diurnes et nocturnes combinant pièges à fosse et recherches actives le long des deux rives des rivières Tapajós et Jamanxim. Nous avons identifié les spécimens en utilisant une approche intégrée morphologique, acoustique, écologique et moléculaire et évalué l'influence des barrières fluviales et de la distance à l'eau en utilisant des ordinations univariées et multivariées, des régressions et des ANOVA. Résultats Nous avons constaté des changements dans la composition des espèces pour les deux groupes le long du gradient d'inondation et des effets différentiels des barrières fluviales. Les rivières ont restreint la distribution de 33\% des espèces d'amphibiens et de 8\% des squamates. Pour les amphibiens, la principale barrière de distribution était la rivière Tapajós, tandis que pour les squamates, les deux rivières étaient d'importance similaire. Les assemblages les plus affectés par les barrières fluviales étaient les amphibiens et les squamates non ripariens, ainsi que les amphibiens ripariens associés à de petits cours d'eau. Les groupes fonctionnels les plus affectés étaient les petits amphibiens terrestres diurnes et les squamates de petite à moyenne taille, diurnes et partiellement arboricoles. Conclusions principales La rivière Tapajós constitue une frontière de distribution pour les lignées centrées dans l'Amazonie occidentale et orientale. Le fait que de nombreux taxons se produisent des deux côtés des rives suggère que la Tapajós est une barrière récente ou semi-perméable, tandis que la Jamanxim est une barrière encore plus récente ou plus faible. Les activités anthropiques qui affectent le niveau de l'eau, les cycles d'inondation et le débit fluvial peuvent influencer ces modèles naturels et provoquer des changements à l'équilibre de l'effet des barrières fluviales. Les études cherchant à identifier ces influences devraient se concentrer sur les groupes fonctionnels les plus affectés.",
    url = "https://doi.org/10.1111/jbi.12756",
    doi = "10.1111/jbi.12756",
    openalex = "W2475144146",
    references = "doi1011861471214811217"
}

@article{doi101007s113560179364z,
    author = "Zhelev, Zhivko et Popgeorgiev, Georgi et Иванов, Иван Юрьевич et Boyadzhiev‍, Peter",
    title = "Modifications des paramètres métriques des érythrocytes chez Pelophylax ridibundus (Amphibia: Anura: Ranidae) habitant des milieux aquatiques soumis à différents types de pollution anthropique en Bulgarie du Sud",
    year = "2017",
    journal = "Environmental Science and Pollution Research",
    url = "https://doi.org/10.1007/s11356-017-9364-z",
    doi = "10.1007/s11356-017-9364-z",
    openalex = "W2625920719",
    references = "doi101590s198446702015000500005"
}

Les microbiotes associés aux vertébrés sont des communautés diverses et complexes qui contribuent à la santé de l'hôte. En particulier, pour les amphibiens, les communautés microbiennes cutanées jouent probablement un rôle significatif dans la défense contre les pathogènes ; cependant, notre compréhension écologique de ces communautés en est encore à ses débuts. Ici, nous tirons parti de la faune d'amphibiens entièrement endémique et localement riche en espèces de Madagascar pour investiguer les facteurs structurant le microbiote cutané des amphibiens à grande échelle. En utilisant le séquençage basé sur les amplicons, nous évaluons comment les traits de plusieurs espèces hôtes et les facteurs du site affectent la diversité bactérienne de l'hôte et la structure de la communauté. Madagascar abrite plus de 400 espèces de grenouilles natives, toutes endémiques à l'île ; plus de 100 espèces différentes sont connues pour coexister en sympatrie au sein de plusieurs sites de forêt pluviale. Nous avons intensivement échantillonné les communautés bactériennes de la peau de grenouilles, à partir de plus de 800 amphibiens appartenant à 89 espèces répartis sur 30 sites à Madagascar lors de trois visites de terrain, et avons constaté que les communautés bactériennes cutanées différaient fortement de celles de l'environnement environnant. La richesse des unités taxonomiques opérationnelles (OTU) bactériennes et la diversité phylogénétique différaient entre les écomorphes hôtes, les grenouilles arboricoles présentant une richesse et une diversité inférieures à celles des grenouilles terrestres et aquatiques. L'écomorphologie de l'hôte était le facteur le plus influent sur la structure de la communauté microbienne, la phylogénie de l'hôte et les paramètres du site (latitude et altitude) expliquant des portions moins importantes mais significatives de la variation observée. Les analyses de corrélation et les analyses de congruence topologique ont révélé peu ou pas de phylosymbiose pour le microbiote cutané des amphibiens. Malgré la variation géographique observée et la faible phylosymbiose, nous avons identifié des OTU particuliers qui étaient différentiellement abondants entre certains écomorphes. Par exemple, le genre Pigmentiphaga (Alcaligenaceae) était significativement enrichi sur les grenouilles arboricoles, Methylotenera (Methylophilaceae) était enrichi sur les grenouilles aquatiques, et Agrobacterium (Rhizobiaceae) était enrichi sur les grenouilles terrestres. La présence d'OTU bactériens partagés à travers les régions géographiques pour certains genres hôtes suggère la présence de communautés microbiennes centrales qui, à Madagascar, pourraient être davantage pilotées par la préférence d'une espèce pour des microhabitats spécifiques que par les propriétés physiques, physiologiques ou biochimiques de leur peau. Ces résultats corroborent que les facteurs tant de l'hôte que de l'environnement pilotent l'assemblage des communautés microbiennes cutanées des amphibiens, et fournissent une base améliorée pour élucider leur rôle dans la résistance aux maladies.

@article{doi103389fmicb201701530,
    author = "Bletz, Molly C. and Archer, Holly and Harris, Reid N. and McKenzie, Valerie J. and Rabemananjara, Falitiana C. E. and Rakotoarison, Andolalao and Vences, Miguel",
    title = "Host Ecology Rather Than Host Phylogeny Drives Amphibian Skin Microbial Community Structure in the Biodiversity Hotspot of Madagascar",
    year = "2017",
    journal = "Frontiers in Microbiology",
    abstract = "Host-associated microbiotas of vertebrates are diverse and complex communities that contribute to host health. In particular, for amphibians, cutaneous microbial communities likely play a significant role in pathogen defense; however, our ecological understanding of these communities is still in its infancy. Here, we take advantage of the fully endemic and locally species-rich amphibian fauna of Madagascar to investigate the factors structuring amphibian skin microbiota on a large scale. Using amplicon-based sequencing, we evaluate how multiple host species traits and site factors affect host bacterial diversity and community structure. Madagascar is home to over 400 native frog species, all of which are endemic to the island; more than 100 different species are known to occur in sympatry within multiple rainforest sites. We intensively sampled frog skin bacterial communities, from over 800 amphibians from 89 species across 30 sites in Madagascar during three field visits, and found that skin bacterial communities differed strongly from those of the surrounding environment. Richness of bacterial operational taxonomic units (OTUs) and phylogenetic diversity differed among host ecomorphs, with arboreal frogs exhibiting lower richness and diversity than terrestrial and aquatic frogs. Host ecomorphology was the strongest factor influencing microbial community structure, with host phylogeny and site parameters (latitude and elevation) explaining less but significant portions of the observed variation. Correlation analysis and topological congruency analyses revealed little to no phylosymbiosis for amphibian skin microbiota. Despite the observed geographic variation and low phylosymbiosis, we found particular OTUs that were differentially abundant between particular ecomorphs. For example, the genus Pigmentiphaga (Alcaligenaceae) was significantly enriched on arboreal frogs, Methylotenera (Methylophilaceae) was enriched on aquatic frogs, and Agrobacterium (Rhizobiaceae) was enriched on terrestrial frogs. The presence of shared bacterial OTUs across geographic regions for selected host genera suggests the presence of core microbial communities which in Madagascar, might be driven more strongly by a species' preference for specific microhabitats than by the physical, physiological or biochemical properties of their skin. These results corroborate that both host and environmental factors are driving community assembly of amphibian cutaneous microbial communities, and provide an improved foundation for elucidating their role in disease resistance.",
    url = "https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.01530",
    doi = "10.3389/fmicb.2017.01530",
    openalex = "W2740203422",
    references = "doi1011861471214811217"
}

@article{andmarushchak2018morphological,
    author = "Marushchak, O. et Muravynets, O.",
    title = "Anomalies morphologiques chez les amphibiens sans queue (Amphibia, Anura) en Ukraine",
    year = "2018",
    journal = "Geo\&Bio",
    url = "https://doi.org/10.15407/gb.2018.16.076",
    doi = "10.15407/gb.2018.16.076",
    number = "16",
    openalex = "W2904825090",
    pages = "76-82",
    volume = "2018",
    references = "doi101163157075403323012205, doi1031610trudyzin20123164324"
}

@article{doi101038s4155901805155,
    author = "Jetz, Walter et Pyron, R. Alexander",
    title = "L'interaction entre la diversification passée et l'isolement évolutif avec le péril actuel à travers l'arbre de vie des amphibiens",
    year = "2018",
    journal = "Nature Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41559-018-0515-5",
    doi = "10.1038/s41559-018-0515-5",
    openalex = "W2796242207",
    references = "doi1012060003009020062970001tatol20co2, doi1012060003009020073031cfttbi20co2"
}

Le site de Voroncha est une accumulation de petits vertébrés du Holocène, à partir de laquelle de nombreux restes d'amphibiens et de reptiles ont été récupérés de manière continue au fil de nombreuses années. L'accumulation a été décrite comme représentant une tanière de blaireau ou de renard sur le versant d'un ravin. La dernière collection disponible contient environ 11 538 os d'herpétofaune aptes à une identification systématique. Cet assemblage comprend deux urodèles (Lissotriton vulgaris et Triturus cristatus), cinq anoures (Bufo bufo, Pelophylax lessonae, Pelophylax ridibundus, Rana arvalis et Rana temporaria), un lézard anguid (Anguis fragilis sl), un lézard lacertidé (Zootoca vivipara) et deux serpents (Natrix natrix et Vipera berus). Cet article décrit les caractéristiques comparatives de ces os. La quantité considérable de fossiles aide à mieux visualiser les critères d'identification pour les catégories taxonomiques supérieures. De plus, le grand nombre d'os identifiés au niveau spécifique révèle une variabilité intraspécifique considérable pour certains éléments. Cette étude complète les études précédentes en ajoutant L. vulgaris, T. cristatus, B. bufo, P. ridibundus, R. arvalis, Z. vivipara, N. natrix et V. berus au registre faunique du site. Voroncha représente le premier registre fossile pour les urodèles dans la région de la Biélorussie et le premier enregistrement pour Z. vivipara dans la plaine d'Europe de l'Est occidentale.

@article{doi1010800891296320181506777,
    author = "Ratnikov, Viatcheslav Yu. et Blain, Hugues‐Alexandre",
    title = "Amphibiens et reptiles du Holocène de Voroncha (Biélorussie) : ostéologie comparative, paléopathologie et paléobiogéographie",
    year = "2018",
    journal = "Historical Biology",
    abstract = "Le site de Voroncha est une accumulation de petits vertébrés du Holocène, à partir de laquelle de nombreux restes d'amphibiens et de reptiles ont été récupérés de manière continue au fil de nombreuses années. L'accumulation a été décrite comme représentant une tanière de blaireau ou de renard sur le versant d'un ravin. La dernière collection disponible contient environ 11 538 os d'herpétofaune aptes à une identification systématique. Cet assemblage comprend deux urodèles (Lissotriton vulgaris et Triturus cristatus), cinq anoures (Bufo bufo, Pelophylax lessonae, Pelophylax ridibundus, Rana arvalis et Rana temporaria), un lézard anguid (Anguis fragilis sl), un lézard lacertidé (Zootoca vivipara) et deux serpents (Natrix natrix et Vipera berus). Cet article décrit les caractéristiques comparatives de ces os. La quantité considérable de fossiles aide à mieux visualiser les critères d'identification pour les catégories taxonomiques supérieures. De plus, le grand nombre d'os identifiés au niveau spécifique révèle une variabilité intraspécifique considérable pour certains éléments. Cette étude complète les études précédentes en ajoutant L. vulgaris, T. cristatus, B. bufo, P. ridibundus, R. arvalis, Z. vivipara, N. natrix et V. berus au registre faunique du site. Voroncha représente le premier registre fossile pour les urodèles dans la région de la Biélorussie et le premier enregistrement pour Z. vivipara dans la plaine d'Europe de l'Est occidentale.",
    url = "https://doi.org/10.1080/08912963.2018.1506777",
    doi = "10.1080/08912963.2018.1506777",
    openalex = "W2886365323",
    references = "doi103409azc581101"
}

Les maladies infectieuses mondialisées provoquent des déclins d'espèces à l'échelle mondiale, mais leur origine reste souvent difficile à identifier. Nous avons utilisé le séquençage à génome complet pour élucider les origines spatio-temporelles du panzootie la plus dévastatrice à ce jour, causée par le champignon Batrachochytrium dendrobatidis, un facteur direct du déclin mondial des amphibiens. Nous avons retracé l'origine de B. dendrobatidis vers la péninsule coréenne, où une lignée, Bd ASIA-1, présente les marqueurs génétiques d'une population ancestrale ayant semé les graines de ce panzootie. Nous datons l'émergence de ce pathogène du début du XXe siècle, coïncidant avec l'expansion mondiale du commerce commercial d'amphibiens, et nous montrons que la transmission intercontinentale se poursuit. Nos résultats indiquent que l'Asie de l'Est est un point chaud géographique pour la biodiversité de B. dendrobatidis et la source originale de ces lignées qui parasitent désormais les amphibiens dans le monde entier.

@article{doi101126scienceaar1965,
    author = "O’Hanlon, Simon J. et Rieux, Adrien et Farrer, Rhys A. et Rosa, Gonçalo M. et Waldman, Bruce et Bataille, Arnaud et Kosch, Tiffany A. et Murray, Kris A. et Brankovics, Balázs et Fumagalli, Matteo et Martin, Michael D. et Wales, Nathan et Alvarado‐Rybak, Mario et Bates, Kieran A. et Berger, Lee et Böll, Susanne et Brookes, Lola et Clare, Frances C. et Courtois, Élodie A. et Cunningham, Andrew A. et Doherty‐Bone, Thomas M. et Ghosh, Pria N. et Gower, David J. et Hintz, William E. et Höglund, ‎Jacob et Jenkinson, Thomas S. et Lin, Chun-Fu et Laurila, Anssi et Loyau, Adeline et Martel, An et Meurling, Sara et Miaud, Claude et Minting, Pete et Pasmans, Frank et Schmeller, Dirk S. et Schmidt, Benedikt R. et Shelton, Jennifer et Skerratt, Lee F. et Smith, Freya et Azat, Claudio et Spagnoletti, Matteo et Tessa, Giulia et Toledo, Luı́s Felipe et Valenzuela‐Sánchez, Andrés et Verster, Ruhan et Vörös, Judit et Webb, Rebecca J. et Wierzbicki, Claudia et Wombwell, Emma et Zamudio, Kelly R. et Aanensen, David M. et James, Timothy Y. et Gilbert, M. Thomas P. et Weldon, Ché et Bosch, Jaime et Balloux, François et Garner, Trenton W. J. et Fisher, Matthew C.",
    title = "Origine récente asiatique des champignons chytridiens responsables du déclin mondial des amphibiens",
    year = "2018",
    journal = "Science",
    abstract = "Les maladies infectieuses mondialisées provoquent des déclins d'espèces à l'échelle mondiale, mais leur origine reste souvent difficile à identifier. Nous avons utilisé le séquençage à génome complet pour élucider les origines spatio-temporelles du panzootie la plus dévastatrice à ce jour, causée par le champignon Batrachochytrium dendrobatidis, un facteur direct du déclin mondial des amphibiens. Nous avons retracé l'origine de B. dendrobatidis vers la péninsule coréenne, où une lignée, Bd ASIA-1, présente les marqueurs génétiques d'une population ancestrale ayant semé les graines de ce panzootie. Nous datons l'émergence de ce pathogène du début du XXe siècle, coïncidant avec l'expansion mondiale du commerce commercial d'amphibiens, et nous montrons que la transmission intercontinentale se poursuit. Nos résultats indiquent que l'Asie de l'Est est un point chaud géographique pour la biodiversité de B. dendrobatidis et la source originale de ces lignées qui parasitent désormais les amphibiens dans le monde entier.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.aar1965",
    doi = "10.1126/science.aar1965",
    openalex = "W2799512068",
    references = "doi103201eid1012030804"
}

Les albanerpetontidés constituent un groupe énigmatique d'amphibiens fossiles connus à partir de dépôts datant du Jurassique moyen au Pliocène. Les enregistrements les plus anciens et les plus récents proviennent d'Europe, mais le groupe est apparu en Amérique du Nord à la fin du Crétacé inférieur et s'y est diversifié durant le Crétacé supérieur. Jusqu'à présent, l'enregistrement asiatique se limitait à des spécimens fragmentaires du Crétacé supérieur de l'Ouzbékistan. Cela a conduit à spéculer que les albanerpetontidés avaient migré vers l'Asie de l'Est depuis l'Amérique du Nord durant l'intervalle Albien à Cenomanien via le pont terrestre de Beringie. Cependant, nous décrivons ici des spécimens d'albanerpetontidés provenant de la Formation de Kuwajima du Crétacé inférieur du Japon, un enregistrement qui précède leur première occurrence connue en Amérique du Nord. Un spécimen, une association de crâne et d'os postcrâniens d'un seul petit individu, permet de diagnostiquer un nouveau taxon. La microtomographie à rayons X à haute résolution a révélé des caractéristiques de la morphologie du crâne des albanerpetontidés, jusqu'alors non enregistrées, en trois dimensions, notamment la présence d'un supraoccipital et d'épiptérygoïdes, aucun des deux ne se trouvant chez aucun lissamphibien connu. La position de ce nouveau taxon au sein du cadre phylogénétique actuel des Albanerpetontidae est compliquée par une superposition limitée d'éléments comparables, et plus particulièrement par la non-préservation des prémaxillaires chez le taxon japonais. Néanmoins, l'analyse phylogénétique place le nouveau taxon plus près d'Albanerpeton que d'Anoualerpeton, Celtedens ou Wesserpeton, bien que les valeurs de support Bootstrap soient faibles. Les résultats remettent également en question la monophylie d'Albanerpeton tel qu'il est actuellement défini.

@article{doi101371journalpone0189767,
    author = "Matsumoto, Ryoko et Evans, Susan E.",
    title = "Le premier enregistrement d'amphibiens albanerpetontidés (Amphibia : Albanerpetontidae) en Asie de l'Est",
    year = "2018",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "Les albanerpetontidés constituent un groupe énigmatique d'amphibiens fossiles connus à partir de dépôts datant du Jurassique moyen au Pliocène. Les enregistrements les plus anciens et les plus récents proviennent d'Europe, mais le groupe est apparu en Amérique du Nord à la fin du Crétacé inférieur et s'y est diversifié durant le Crétacé supérieur. Jusqu'à présent, l'enregistrement asiatique se limitait à des spécimens fragmentaires du Crétacé supérieur de l'Ouzbékistan. Cela a conduit à spéculer que les albanerpetontidés avaient migré vers l'Asie de l'Est depuis l'Amérique du Nord durant l'intervalle Albien à Cenomanien via le pont terrestre de Beringie. Cependant, nous décrivons ici des spécimens d'albanerpetontidés provenant de la Formation de Kuwajima du Crétacé inférieur du Japon, un enregistrement qui précède leur première occurrence connue en Amérique du Nord. Un spécimen, une association de crâne et d'os postcrâniens d'un seul petit individu, permet de diagnostiquer un nouveau taxon. La microtomographie à rayons X à haute résolution a révélé des caractéristiques de la morphologie du crâne des albanerpetontidés, jusqu'alors non enregistrées, en trois dimensions, notamment la présence d'un supraoccipital et d'épiptérygoïdes, aucun des deux ne se trouvant chez aucun lissamphibien connu. La position de ce nouveau taxon au sein du cadre phylogénétique actuel des Albanerpetontidae est compliquée par une superposition limitée d'éléments comparables, et plus particulièrement par la non-préservation des prémaxillaires chez le taxon japonais. Néanmoins, l'analyse phylogénétique place le nouveau taxon plus près d'Albanerpeton que d'Anoualerpeton, Celtedens ou Wesserpeton, bien que les valeurs de support Bootstrap soient faibles. Les résultats remettent également en question la monophylie d'Albanerpeton tel qu'il est actuellement défini.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0189767",
    doi = "10.1371/journal.pone.0189767",
    openalex = "W2782036536",
    references = "doi1010160031018279901639, doi101017s1477201906002008, doi101038nature06865, doi101073pnas1011369108, doi101111cla12160, doi101111j109583122001tb01368x, doi101126sciadv1501080, doi105252g2013n1a8, doi105860choice300927, doi105860choice325663"
}

Le présent travail traite des anomalies morphologiques externes chez les populations d'anoures d'Ukraine. Le travail est basé sur des matériaux collectés entre 2013 et 2015, ainsi que sur des spécimens provenant de la collection de référence du Musée national d'histoire naturelle, de l'Académie nationale des sciences d'Ukraine (85 spécimens de 21 régions). Des cartes correspondantes de l'Ukraine montrant les localités avec différents niveaux d'anomalie ont été créées. Chez les anoures d'Ukraine, un grand nombre d'anomalies morphologiques externes, décrites dans les dernières classifications, a été découvert. Le pourcentage total d'amphibiens présentant des anomalies tend à être plus élevé dans les zones soumises à une pression industrielle significative (par exemple, les régions de Louhansk et de Donetsk), ce qui pourrait être associé à l'impact combiné de polluants chimiques, de la contraction et de la fragmentation de l'aire de répartition, et d'autres facteurs. De plus, plusieurs cas d'anomalies généralisées ont été trouvés dans des zones sans impact industriel notable (par exemple, Zakarpattia). La plus grande variété de malformations a été découverte chez les crapauds communs du district de Holosiivskyi à Kiev. Une tendance à la prédominance d'anomalies d'origine traumatique a également été observée.

@article{doi1015407gb201816076,
    author = "Marushchak, Oleksii et Muravynets, O.",
    title = "Anomalies morphologiques chez les amphibiens sans queue (Amphibia, Anura) en Ukraine",
    year = "2018",
    journal = "Geo\&Bio",
    abstract = "Le présent travail traite des anomalies morphologiques externes chez les populations d'anoures d'Ukraine. Le travail est basé sur des matériaux collectés entre 2013 et 2015, ainsi que sur des spécimens provenant de la collection de référence du Musée national d'histoire naturelle, de l'Académie nationale des sciences d'Ukraine (85 spécimens de 21 régions). Des cartes correspondantes de l'Ukraine montrant les localités avec différents niveaux d'anomalie ont été créées. Chez les anoures d'Ukraine, un grand nombre d'anomalies morphologiques externes, décrites dans les dernières classifications, a été découvert. Le pourcentage total d'amphibiens présentant des anomalies tend à être plus élevé dans les zones soumises à une pression industrielle significative (par exemple, les régions de Louhansk et de Donetsk), ce qui pourrait être associé à l'impact combiné de polluants chimiques, de la contraction et de la fragmentation de l'aire de répartition, et d'autres facteurs. De plus, plusieurs cas d'anomalies généralisées ont été trouvés dans des zones sans impact industriel notable (par exemple, Zakarpattia). La plus grande variété de malformations a été découverte chez les crapauds communs du district de Holosiivskyi à Kiev. Une tendance à la prédominance d'anomalies d'origine traumatique a également été observée.",
    url = "https://doi.org/10.15407/gb.2018.16.076",
    doi = "10.15407/gb.2018.16.076",
    openalex = "W2904825090",
    references = "doi101163157075403323012205, doi1031610trudyzin20123164324"
}

.

@article{doi1018502klsv4i32099,
    author = "Fayzulin, Alexander I. et Chikhlyaev, Igor V. et Mineev, A K et Кузовенко, А. Е. et Mihaylov, R A et Zaripova, F.F. et Popov, A.I. et Ermakov, Oleg A.",
    title = "Nouvelles données sur les anomalies d'amphibiens sans queue de la région de la Volga",
    year = "2018",
    journal = "KnE Life Sciences",
    abstract = ".",
    url = "https://doi.org/10.18502/kls.v4i3.2099",
    doi = "10.18502/kls.v4i3.2099",
    openalex = "W2802309343",
    references = "doi1031610trudyzin20123164324"
}

.

@article{doi1018502klsv4i32101,
    author = "Tytar, Volodymyr et Nekrasova, Oksana et Marushchak, Oleksii",
    title = "Analyse écologique et géographique Gis des anomalies chez les amphibiens d'Ukraine",
    year = "2018",
    journal = "KnE Life Sciences",
    abstract = ".",
    url = "https://doi.org/10.18502/kls.v4i3.2101",
    doi = "10.18502/kls.v4i3.2101",
    openalex = "W2826467853",
    references = "doi1031610trudyzin20123164324"
}

.

@article{doi1018502klsv4i32117,
    author = "Svinin, Anton O. et Bashinskiy, I. V. et Neymark, Leonid A. et Кацман, Е. А. et Осипов, В. В.",
    title = "Déformités morphologiques chez les amphibiens anoures de la vallée de la rivière Khoper dans la réserve naturelle «Privolzhskaya Lesostep'» et territoires adjacents",
    year = "2018",
    journal = "KnE Life Sciences",
    abstract = ".",
    url = "https://doi.org/10.18502/kls.v4i3.2117",
    doi = "10.18502/kls.v4i3.2117",
    openalex = "W2878693505",
    references = "doi1031610trudyzin20123164324"
}

Les effets de l'illumination sur le développement précoce de quatre espèces d'amphibiens — Lissotriton vulgaris (Linnaeus, 1758), Triturus cristatus (Laurenti, 1768), Rana arvalis (Nilsson, 1842) et R. temporaria (Linnaeus, 1758) — ont été étudiés. En général, le taux de leur développement précoce est plutôt indépendant de l'illumination. Les œufs d'amphibiens sans queue se développent presque de manière similaire dans toutes les conditions d'éclairage, tandis que les œufs d'amphibiens à queue se développent mieux à une illumination de 700 lx. L'illumination influence principalement le taux de survie des embryons et des prolarves, qui augmente à faible intensité lumineuse et diminue dans l'obscurité. Les mécanismes et causes possibles sous-jacents aux faits observés sont discutés.

@article{doi1052571ptqv15n302018155periodico30pgs152159pdf,
    author = "Ruchin, Alexander B.",
    title = "LES EFFETS DE L'ILLUMINATION SUR LE DÉVELOPPEMENT PRÉCOCE DES AMPHIBIENS (AMPHIBIA: ANURA ET CAUDATA)",
    year = "2018",
    journal = "PERIÓDICO TCHÊ QUÍMICA",
    abstract = "Les effets de l'illumination sur le développement précoce de quatre espèces d'amphibiens — Lissotriton vulgaris (Linnaeus, 1758), Triturus cristatus (Laurenti, 1768), Rana arvalis (Nilsson, 1842) et R. temporaria (Linnaeus, 1758) — ont été étudiés. En général, le taux de leur développement précoce est plutôt indépendant de l'illumination. Les œufs d'amphibiens sans queue se développent presque de manière similaire dans toutes les conditions d'éclairage, tandis que les œufs d'amphibiens à queue se développent mieux à une illumination de 700 lx. L'illumination influence principalement le taux de survie des embryons et des prolarves, qui augmente à faible intensité lumineuse et diminue dans l'obscurité. Les mécanismes et causes possibles sous-jacents aux faits observés sont discutés.",
    url = "https://doi.org/10.52571/ptq.v15.n30.2018.155\_periodico30\_pgs\_152\_159.pdf",
    doi = "10.52571/ptq.v15.n30.2018.155\_periodico30\_pgs\_152\_159.pdf",
    openalex = "W3197043124"
}

L'éclairement et le spectre lumineux ont les effets les plus divers sur les animaux. Cependant, leur rôle dans le développement des larves d'amphibiens a été peu étudié. Cette étude vise à étudier les effets de l'éclairement et du spectre lumineux sur la croissance et le développement des larves de Pelophylax ridibundus. L'étude a été menée dans des conditions expérimentales. Les œufs ont été obtenus d'un réservoir naturel à partir d'une seule ponte. Les larves ont été placées dans des aquariums et ont été élevées avant l'apparition des juvéniles sous un éclairage de 0 à 2400 lx dans différentes couleurs de spectre (du rouge au bleu). Il s'est avéré qu'une large gamme d'éclairement (de 3 à 2400 lx) a un effet positif. Au contraire, la mortalité des larves et la durée du développement larvaire et du climax de la métamorphose ont augmenté dans des conditions d'obscurité continue. La croissance des têtards augmente tandis que la durée du développement larvaire diminue par rapport au témoin (éclairage normal) sous lumière bleue. La longueur et la masse des larves diminuent sous illumination rouge par rapport au témoin. Les mécanismes de l'influence possible de la lumière sur Pelophylax ridibundus sont discutés.

@article{doi1010800929101620191594126,
    author = "Ruchin, Alexander B.",
    title = "The effect of illumination and light spectrum on growth and larvae development of Pelophylax ridibundus (Amphibia: Anura)",
    year = "2019",
    journal = "Biological Rhythm Research",
    abstract = "Illumination and light spectrum have the most diverse effects on animals. However, their role in the development of amphibian larvae has been little studied. This study is aimed to study the effects of illumination and light spectrum on the growth and development of Pelophylax ridibundus larvae. The study has been conducted in experimental conditions. Roe has been obtained from a natural reservoir from one clutch. The larvae have been placed in aquariums and had been grown before the appearance of juveniles under illumination from 0 to 2400 lx in different spectrum colours (from red to blue). It has turned out that a wide range of illumination (from 3 to 2400 lx) has a positive effect. On the contrary, the larvae mortality and the duration of the larval development and metamorphosis climax increased in conditions of round-the-clock darkness. The tadpoles growth increases while the duration of the larval development reduces compared to the control (normal lighting) under blue light. The length and mass of the larvae decrease under red illumination compared with the control. Mechanisms of the possible light influence on Pelophylax ridibundus are discussed.",
    url = "https://doi.org/10.1080/09291016.2019.1594126",
    doi = "10.1080/09291016.2019.1594126",
    openalex = "W2924128094",
    references = "doi1052571ptqv15n302018155periodico30pgs152159pdf"
}

La photopériode régule la croissance et le développement de nombreux animaux. Nous avons mené des expériences et étudié l'effet de la photopériode sur la croissance et le développement des larves et des jeunes de deux espèces d'amphibiens, Rana temporaria et Xenopus laevis. Nous avons étudié les photopériodes suivantes : absence constante de lumière – 0 h de lumière/24 h d'obscurité (0L/24D), 8 h de lumière/16 h d'obscurité (8L/16D), 12 h de lumière/12 h d'obscurité (12L/12D), 16 h de lumière/8 h d'obscurité (16L/8D), et éclairage continu (24L/0D). Nous avons constaté que la taille des têtards de Rana temporaria était la plus élevée avec les photopériodes 24L/0D, 16L/8D, 12L/12D. Une diminution des paramètres a été observée en l'absence de lumière et avec la photopériode 8L/16D. Le rythme du développement a commencé à différer après le dixième jour de l'expérience. Le développement était plus lent avec la photopériode 0L/24D. Le pourcentage le plus élevé de mortalité des têtards a été observé dans l'obscurité totale (0L/24D), le pourcentage le plus faible a été observé avec la photopériode 16L/8D. La photopériode n'a eu aucun effet sur les jeunes de Xenopus laevis. Les mécanismes de l'effet de la photopériode sur le développement larvaire et la croissance des amphibiens sont discutés.

@article{doi1010800929101620191631025,
    author = "Ruchin, Alexander B.",
    title = "The effect of the photoperiod on the larval development and growth of two amphibian species (Amphibia: anura)",
    year = "2019",
    journal = "Biological Rhythm Research",
    abstract = "The photoperiod regulates the growth and development of many animals. We conducted experiments and studied the effect of the photoperiod on the growth and development of the larvae and young of two amphibian species Rana temporaria and Xenopus laevis. We studied photoperiods: constant absence of light – 0 h light/24 h darkness (0L/24D), 8 h light/16 h darkness (8L/16D), 12 h light/12 h darkness (12L/12D), 16 h light/8 h dark (16L/8D), and round-the-clock lighting (24L/0D). We found out that the size of the Rana temporaria tadpoles was the highest with photoperiods 24L/0D, 16L/8D, 12L/12D. A decrease in the parameters was observed in the absence of light and the photoperiod 8L/16D. The pace of development began to differ after the 10th day of the experiment. The development was slower with the photoperiod 0L/24D. The highest percentage of tadpoles' mortality was observed in total darkness (0L/24D), the lowest percentage was observed in the photoperiod 16L/8D. The photoperiod had no effect on the Xenopus laevis young. The mechanisms of the photoperiod's effect on the larval development and growth of amphibians are discussed.",
    url = "https://doi.org/10.1080/09291016.2019.1631025",
    doi = "10.1080/09291016.2019.1631025",
    openalex = "W2991411521",
    references = "doi1052571ptqv15n302018155periodico30pgs152159pdf"
}

Le commerce et le développement anthropiques ont brisé les barrières de dispersion, facilitant la propagation de maladies qui menacent la biodiversité de la Terre. Nous présentons une évaluation quantitative mondiale de la panzootie de la chytridiomycose des amphibiens, l'un des exemples les plus impactants de propagation de maladies, et démontrons son rôle dans le déclin d'au moins 501 espèces d'amphibiens au cours de la dernière demi-century, incluant 90 extinctions présumées. Les effets de la chytridiomycose ont été les plus importants chez les anoures de grande taille et à répartition restreinte dans les climats humides des Amériques et de l'Australie. Les déclins ont culminé dans les années 1980, et seulement 12 % des espèces en déclin montrent des signes de récupération, tandis que 39 % connaissent un déclin continu. Il existe un risque de nouvelles épidémies de chytridiomycose dans de nouvelles zones. La panzootie de la chytridiomycose représente la plus grande perte de biodiversité enregistrée attribuable à une maladie.

@article{doi101126scienceaav0379,
    author = "Scheele, Ben C. et Pasmans, Frank et Skerratt, Lee F. et Berger, Lee et Martel, An et Beukema, Wouter et Acevedo, Aldemar A. et Burrowes, Patricia A. et Carvalho, Tamilie et Catenazzi, Alessandro et la Riva, Ignacio De et Fisher, Matthew C. et Flechas, Sandra V. et Foster, Claire N. et Frías-Álvarez, Patricia et Garner, Trenton W. J. et Gratwicke, Brian et Guayasamin, Juan M. et Hirschfeld, Mareike et Kolby, Jonathan E. et Kosch, Tiffany A. et Marca, Enrique La et Lindenmayer, David B. et Lips, Karen R. et Longo, Ana V. et Maneyro, Raúl et McDonald, Cait A. et Mendelson, Joseph R. et Palacios‐Rodríguez, Pablo et Parra‐Olea, Gabriela et Richards‐Zawacki, Corinne L. et Rödel, Mark‐Oliver et Rovito, Sean M. et Azat, Claudio et Toledo, Luı́s Felipe et Voyles, Jamie et Weldon, Ché et Whitfield, Steven M. et Wilkinson, Mark et Zamudio, Kelly R. et Canessa, Stefano",
    title = "La panzootie fongique des amphibiens provoque une perte catastrophique et continue de la biodiversité",
    year = "2019",
    journal = "Science",
    abstract = "Le commerce et le développement anthropiques ont brisé les barrières de dispersion, facilitant la propagation de maladies qui menacent la biodiversité de la Terre. Nous présentons une évaluation quantitative mondiale de la panzootie de la chytridiomycose des amphibiens, l'un des exemples les plus impactants de propagation de maladies, et démontrons son rôle dans le déclin d'au moins 501 espèces d'amphibiens au cours de la dernière demi-century, incluant 90 extinctions présumées. Les effets de la chytridiomycose ont été les plus importants chez les anoures de grande taille et à répartition restreinte dans les climats humides des Amériques et de l'Australie. Les déclins ont culminé dans les années 1980, et seulement 12\% des espèces en déclin montrent des signes de récupération, tandis que 39\% connaissent un déclin continu. Il existe un risque de nouvelles épidémies de chytridiomycose dans de nouvelles zones. La panzootie de la chytridiomycose représente la plus grande perte de biodiversité enregistrée attribuable à une maladie.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.aav0379",
    doi = "10.1126/science.aav0379",
    openalex = "W2924886534",
    references = "doi101002joc5086, doi101111j14724642201100862x"
}

La salamandre de Lantz, ou la salamandre lisse caucasienne, Lissotriton lantzi, est une espèce endémique des forêts caucasiennes. Elle figure dans les Livres rouges de la Fédération de Russie et de la République d'Azerbaïdjan. La conception d'une technologie pour l'élevage et la reproduction de cette espèce en captivité contribuera à sa conservation. L'article discute des résultats de l'élevage des larves de la salamandre de Lantz à plusieurs températures. Les salamandres ont été obtenues par reproduction dans des conditions artificielles. Les larves ont été élevées en double répétition dans quatre régimes de température, à savoir : 20,0-24,0°C (21,6°C en moyenne), 23,0-25,5°C (24,7°C), 25,5-29,0°C (27,7°C) et 29,0-32,0°C (31,3°C). Les larves ont présenté le taux de survie le plus élevé à la température la plus basse (100 %) et le taux le plus faible (78 % en moyenne) à la température la plus élevée. La durée du développement larvaire avant que les premières jeunes salamandres n'arrivent à terre était similaire à toutes les températures. La durée moyenne de développement avant la métamorphose était la plus longue à la température la plus élevée (29,0-32,0°C). De plus, les salamandres de ce groupe avaient les tailles moyennes les plus petites (longueur totale et poids). Les coûts alimentaires par métamorphose étaient les plus bas à des températures d'eau de 23,5-25,5°C et les plus élevés à 29,0-32,0°C. La plus grande quantité d'aliment par unité de poids a été consommée par les salamandres aux températures de 29,0-32,0°C, et la plus faible à la température de 23,5-25,5°C. L'augmentation de la température n'a pas accéléré le développement larvaire. Les larves élevées aux températures les plus élevées ont présenté un taux de survie réduit, de petites tailles moyennes et ont consommé le plus grand nombre d'aliments. Les auteurs recommandent d'élever les larves de salamandre de Lantz dans la plage de température de 20-26°C.

@article{doi10185001814609020191934125131,
    author = "Nemyko, Elena A. et Vyatkin, Yaroslav Aleksandrovich et Кидов, А. А.",
    title = "Élevage des larves de la salamandre lisse caucasienne, Lissotriton lantzi (Wolterstorff, 1914) (Amphibia, Caudata) à diverses températures",
    year = "2019",
    journal = "Current Studies in Herpetology",
    abstract = "La salamandre de Lantz, ou la salamandre lisse caucasienne, Lissotriton lantzi, est une espèce endémique des forêts caucasiennes. Elle figure dans les Livres rouges de la Fédération de Russie et de la République d'Azerbaïdjan. La conception d'une technologie pour l'élevage et la reproduction de cette espèce en captivité contribuera à sa conservation. L'article discute des résultats de l'élevage des larves de la salamandre de Lantz à plusieurs températures. Les salamandres ont été obtenues par reproduction dans des conditions artificielles. Les larves ont été élevées en double répétition dans quatre régimes de température, à savoir : 20,0-24,0°C (21,6°C en moyenne), 23,0-25,5°C (24,7°C), 25,5-29,0°C (27,7°C) et 29,0-32,0°C (31,3°C). Les larves ont présenté le taux de survie le plus élevé à la température la plus basse (100 %) et le taux le plus faible (78 % en moyenne) à la température la plus élevée. La durée du développement larvaire avant que les premières jeunes salamandres n'arrivent à terre était similaire à toutes les températures. La durée moyenne de développement avant la métamorphose était la plus longue à la température la plus élevée (29,0-32,0°C). De plus, les salamandres de ce groupe avaient les tailles moyennes les plus petites (longueur totale et poids). Les coûts alimentaires par métamorphose étaient les plus bas à des températures d'eau de 23,5-25,5°C et les plus élevés à 29,0-32,0°C. La plus grande quantité d'aliment par unité de poids a été consommée par les salamandres aux températures de 29,0-32,0°C, et la plus faible à la température de 23,5-25,5°C. L'augmentation de la température n'a pas accéléré le développement larvaire. Les larves élevées aux températures les plus élevées ont présenté un taux de survie réduit, de petites tailles moyennes et ont consommé le plus grand nombre d'aliments. Les auteurs recommandent d'élever les larves de salamandre de Lantz dans la plage de température de 20-26°C.",
    url = "https://doi.org/10.18500/1814-6090-2019-19-3-4-125-131",
    doi = "10.18500/1814-6090-2019-19-3-4-125-131",
    openalex = "W3038048666",
    references = "doi1052571ptqv15n302018155periodico30pgs152159pdf"
}

Les phylogénies moléculaires ont fourni un soutien solide pour de nombreuses parties de l'arbre de vie des amphibiens, mais un soutien faible pour la résolution des nœuds plus profonds, y compris les relations entre les familles et les ordres. Pour clarifier ces relations, nous offrons une perspective phylogénomique des relations entre amphibiens en développant un protocole d'enrichissement hybride ancré spécifique aux taxons ciblant des centaines d'exons conservés qui sont efficaces au sein de la classe. Après avoir obtenu des données de 220 loci pour 286 espèces (représentant 94 % des familles et 44 % des genres), nous estimons une phylogénie pour les amphibiens actuels et identifions un conflit entre les arbres génétiques et l'arbre des espèces à travers les branches les plus profondes de la phylogénie des amphibiens. Nous effectuons une interrogation généalogique locus par locus des hypothèses topologiques alternatives pour la monophylie des amphibiens, en nous concentrant sur les relations interordres. Nous constatons que le signal phylogénétique profond dans la phylogénie des amphibiens varie considérablement d'un locus à l'autre d'une manière qui est cohérente avec le tri de lignées incomplet dans la lignée ancestrale des amphibiens actuels. Nos résultats soutiennent de manière écrasante la monophylie des amphibiens et une relation de sœur entre les grenouilles et les salamandres, ce qui est cohérent avec l'hypothèse des Batrachia. Les analyses de l'arbre des espèces convergent vers un petit ensemble d'hypothèses topologiques pour les relations entre les familles d'amphibiens actuels. Ces résultats clarifient plusieurs parties controversées de l'arbre de vie des amphibiens, qui, en conjonction avec un ensemble de calibrations fossiles validées, soutiennent une échelle de temps étonnamment plus jeune pour la diversification des amphibiens couronnés et ordinaux que ce qui a été rapporté précédemment. Plus largement, notre étude fournit des aperçus sur les sources, les magnitudes et l'hétérogénéité du soutien à travers les loci dans les ensembles de données phylogénomiques.[AIC ; Amphibia ; Batrachia ; Phylogénie ; discordance arbre génétique-arbre des espèces ; génomique ; théorie de l'information.].

@article{doi101093sysbiosyaa034,
    author = "Hime, Paul M. et Lemmon, Alan R. et Lemmon, Emily Claire Moriarty et Prendini, Elizabeth et Brown, Jeremy M. et Thomson, Robert C. et Kratovil, Justin D. et Noonan, Brice P. et Pyron, R. Alexander et Peloso, Pedro L. V. et Kortyna, Michelle et Keogh, J. Scott et Donnellan, Stephen C. et Mueller, Rachel Lockridge et Raxworthy, Christopher J. et Kunte, Krushnamegh et Ron, Santiago R. et Das, Sandeep et Gaitonde, Nikhil et Green, David M. et Labisko, Jim et Che, Jing et Weisrock, David W.",
    title = "Phylogenomics Reveals Ancient Gene Tree Discordance in the Amphibian Tree of Life",
    year = "2020",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Les phylogénies moléculaires ont fourni un soutien solide pour de nombreuses parties de l'arbre de vie des amphibiens, mais un soutien faible pour la résolution des nœuds plus profonds, y compris les relations entre les familles et les ordres. Pour clarifier ces relations, nous offrons une perspective phylogénomique des relations entre amphibiens en développant un protocole d'enrichissement hybride ancré spécifique aux taxons ciblant des centaines d'exons conservés qui sont efficaces au sein de la classe. Après avoir obtenu des données de 220 loci pour 286 espèces (représentant 94 % des familles et 44 % des genres), nous estimons une phylogénie pour les amphibiens actuels et identifions un conflit entre les arbres génétiques et l'arbre des espèces à travers les branches les plus profondes de la phylogénie des amphibiens. Nous effectuons une interrogation généalogique locus par locus des hypothèses topologiques alternatives pour la monophylie des amphibiens, en nous concentrant sur les relations interordres. Nous constatons que le signal phylogénétique profond dans la phylogénie des amphibiens varie considérablement d'un locus à l'autre d'une manière qui est cohérente avec le tri de lignées incomplet dans la lignée ancestrale des amphibiens actuels. Nos résultats soutiennent de manière écrasante la monophylie des amphibiens et une relation de sœur entre les grenouilles et les salamandres, ce qui est cohérent avec l'hypothèse des Batrachia. Les analyses de l'arbre des espèces convergent vers un petit ensemble d'hypothèses topologiques pour les relations entre les familles d'amphibiens actuels. Ces résultats clarifient plusieurs parties controversées de l'arbre de vie des amphibiens, qui, en conjonction avec un ensemble de calibrations fossiles validées, soutiennent une échelle de temps étonnamment plus jeune pour la diversification des amphibiens couronnés et ordinaux que ce qui a été rapporté précédemment. Plus largement, notre étude fournit des aperçus sur les sources, les magnitudes et l'hétérogénéité du soutien à travers les loci dans les ensembles de données phylogénomiques.[AIC ; Amphibia ; Batrachia ; Phylogénie ; discordance arbre génétique-arbre des espèces ; génomique ; théorie de l'information.].",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/syaa034",
    doi = "10.1093/sysbio/syaa034",
    openalex = "W3021325701",
    references = "doi101038nature06865, doi101038nbt1883, doi101038s4155901702405, doi101093bioinformaticsbts199, doi101093bioinformaticsbtu033, doi101093molbevmsm088, doi101093molbevmss020, doi101093molbevmst010, doi101093sysbiosyy032, doi101109tac19741100705, doi101371journalpone0189767, doi1023073802723, openalexw3217097258"
}

Résumé En tant que l'un des principaux facteurs environnementaux, le facteur lumineux influence de nombreux aspects de la vie animale. La photopériode, l'intensité lumineuse (éclairement) et la longueur d'onde sont les facteurs périodiques principaux. Il existe une revue qui examine le rôle de l'éclairement sur divers processus vitaux des vertébrés anamniens aquatiques (poissons et amphibiens). L'effet de la lumière sur le développement, la croissance, la respiration, la consommation et l'efficacité de la conversion alimentaire, la libération d'hormones, la reproduction et le comportement des poissons et des amphibiens a été étudié. L'éclairement influence différemment un grand nombre de processus physiologiques et biochimiques et de réactions des vertébrés anamniens à divers stades de développement. Les résultats obtenus montrent que la nature de l'exposition à la lumière est spécifique à l'espèce et correspond à la niche écologique de l'espèce. L'éclairement influence positivement et négativement le développement, la croissance et d'autres processus physiologiques des poissons et des amphibiens. L'éclairement joue un rôle particulier lors de la première alimentation des poissons dans l'environnement et en aquaculture. Il existe des réponses comportementales positives et négatives des poissons à la lumière. Cependant, il n'est pas toujours possible de distinguer les espèces de poissons avec uniquement une réaction négative ou uniquement une réaction positive à la lumière. La qualité de la réaction peut être influencée par le stade de développement des œufs ou des larves, les caractéristiques d'âge, l'état d'alimentation, la saison, l'heure, l'état physiologique des poissons, la morbidité, etc. Un domaine de recherche prometteur est l'étude de l'influence de la lumière sur l'état hormonal du corps et la reproduction des poissons. De plus, la pollution lumineuse et son influence sur la physiologie des vertébrés anamniens sont importantes.

@article{doi101111raq12487,
    author = "Ruchin, Alexander B.",
    title = "Effet de l'éclairement sur les poissons et les amphibiens : développement, croissance, processus physiologiques et biochimiques",
    year = "2020",
    journal = "Reviews in Aquaculture",
    abstract = "Résumé En tant que l'un des principaux facteurs environnementaux, le facteur lumineux influence de nombreux aspects de la vie animale. La photopériode, l'intensité lumineuse (éclairement) et la longueur d'onde sont les facteurs périodiques principaux. Il existe une revue qui examine le rôle de l'éclairement sur divers processus vitaux des vertébrés anamniens aquatiques (poissons et amphibiens). L'effet de la lumière sur le développement, la croissance, la respiration, la consommation et l'efficacité de la conversion alimentaire, la libération d'hormones, la reproduction et le comportement des poissons et des amphibiens a été étudié. L'éclairement influence différemment un grand nombre de processus physiologiques et biochimiques et de réactions des vertébrés anamniens à divers stades de développement. Les résultats obtenus montrent que la nature de l'exposition à la lumière est spécifique à l'espèce et correspond à la niche écologique de l'espèce. L'éclairement influence positivement et négativement le développement, la croissance et d'autres processus physiologiques des poissons et des amphibiens. L'éclairement joue un rôle particulier lors de la première alimentation des poissons dans l'environnement et en aquaculture. Il existe des réponses comportementales positives et négatives des poissons à la lumière. Cependant, il n'est pas toujours possible de distinguer les espèces de poissons avec uniquement une réaction négative ou uniquement une réaction positive à la lumière. La qualité de la réaction peut être influencée par le stade de développement des œufs ou des larves, les caractéristiques d'âge, l'état d'alimentation, la saison, l'heure, l'état physiologique des poissons, la morbidité, etc. Un domaine de recherche prometteur est l'étude de l'influence de la lumière sur l'état hormonal du corps et la reproduction des poissons. De plus, la pollution lumineuse et son influence sur la physiologie des vertébrés anamniens sont importantes.",
    url = "https://doi.org/10.1111/raq.12487",
    doi = "10.1111/raq.12487",
    openalex = "W3049577078",
    references = "doi1052571ptqv15n302018155periodico30pgs152159pdf"
}

Les Albanerpetontids sont de petits amphibiens fossiles énigmatiques dotés d'un ensemble distinctif de caractéristiques, notamment des écailles et des articulations spécialisées de la mâchoire et du cou. Ici, nous décrivons un nouveau genre et une nouvelle espèce d'albanerpetontid, représentés par des spécimens entièrement articulés et tridimensionnels conservés dans l'ambre. Ces spécimens conservent les tissus squelettiques et mous, y compris un élément hyoïde médian allongé, dont l'extrémité reste enchâssée dans un coussinet distal de la langue. Cette disposition est très similaire à la longue langue qui se projette rapidement chez les caméléons. Nos résultats suggèrent donc que les albanerpetontids étaient des prédateurs balistiques de type « attendre et frapper » par la langue, étendant ainsi le registre de ce mode d'alimentation spécialisé d'environ 100 millions d'années.

@article{doi101126scienceabb6005,
    author = "Daza, Juan D. et Stanley, Edward L. et Bolet, Arnau et Bauer, Aaron M. et Arias, J. Salvador et Čerňanský, Andrej et Bevitt, Joseph J. et Wagner, Philipp et Evans, Susan E.",
    title = "Des amphibiens énigmatiques de l'ambre du Crétacé moyen étaient des prédateurs balistiques semblables aux caméléons",
    year = "2020",
    journal = "Science",
    abstract = "Les Albanerpetontids sont de petits amphibiens fossiles énigmatiques dotés d'un ensemble distinctif de caractéristiques, notamment des écailles et des articulations spécialisées de la mâchoire et du cou. Ici, nous décrivons un nouveau genre et une nouvelle espèce d'albanerpetontid, représentés par des spécimens entièrement articulés et tridimensionnels conservés dans l'ambre. Ces spécimens conservent les tissus squelettiques et mous, y compris un élément hyoïde médian allongé, dont l'extrémité reste enchâssée dans un coussinet distal de la langue. Cette disposition est très similaire à la longue langue qui se projette rapidement chez les caméléons. Nos résultats suggèrent donc que les albanerpetontids étaient des prédateurs balistiques de type « attendre et frapper » par la langue, étendant ainsi le registre de ce mode d'alimentation spécialisé d'environ 100 millions d'années.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.abb6005",
    doi = "10.1126/science.abb6005",
    openalex = "W3096711143",
    references = "doi101016jcretres201203014, doi101017s1477201906002008, doi101093sysbiosyz062, doi101111cla12160, doi101111cla12205, doi101111j109600311993tb00209x, doi101111j109600311999tb00277x, doi101111j109600311999tb00278x, doi101111j10960031200800209x, doi101111j2041210x201100169x, doi101371journalpone0189767, doi107717peerj5565"
}

En Ukraine, les anomalies des amphibiens n'ont pas été suffisamment étudiées. Les régions les plus étudiées sont la région de Kiev et la zone steppique de l'Ukraine. Dans la région de Kharkiv, des études sur les anomalies externes des amphibiens n'ont jamais été menées. En 2016, nous avons commencé à étudier ce problème. L'objectif de cette étude est d'examiner la variété des anomalies externes des amphibiens dans la région de Kharkiv. Le matériel provient de l'échantillonnage d'amphibiens dans les collections du Musée de la nature de l'Université nationale de Kharkiv V.N. Karazin et de l'échantillonnage d'amphibiens vivants de différentes localités de la région de Kharkiv, explorées entre 2016 et 2018. Les anomalies ont été déterminées visuellement, selon la classification de V.L. Vershinin et O.D. Nekrasova. Pour chaque espèce d'amphibien, la fréquence des animaux malformés Pas (la proportion d'individus anormaux parmi tous les individus de l'échantillon) et la fréquence partielle des anomalies Ap (la proportion d'individus de l'échantillon présentant cette anomalie) ont été déterminées. Au total, 17 variants d'anomalies morphologiques ont été identifiés : brachydactylie, oligodactylie, ectromélie, polyphalangie, épaississement des doigts, rotation, syndactylie, shizodactylie, ectrodactylie, membrane interdigitale et croissance sur le pied, thaumélie, hémimélie, absence de membrane natatoire, anophtalmie, brachycéphalie et motif anormal. L'anomalie la plus répandue rencontrée chez les amphibiens étudiés est la brachydactylie (représentant presque la moitié des cas d'anomalies morphologiques signalés). Cette anomalie des membres est la moins nocive, de sorte que les individus présentant de telles anomalies sont généralement assez viables. Les anomalies des amphibiens sont réparties de manière égale parmi les échantillons : la plus forte occurrence d'individus présentant des anomalies a été enregistrée chez Lissotriton vulgaris ; dans les autres échantillonnages de grenouilles (à l'exception de Bufotes viridis et Bombina bombina), l'occurrence d'individus présentant des anomalies n'a pas dépassé cinq pour cent. Un nouveau type d'anomalie de couleur corporelle chez Bufotes viridis de cette année a également été identifié et décrit.

@article{doi1026565207554572020349,
    author = "Katrushenko, S. A.",
    title = "External morphological anomalies of the amphibians of the Kharkiv region",
    year = "2020",
    journal = "The Journal of V N Karazin Kharkiv National University Series Biology",
    abstract = "In Ukraine, amphibian anomalies have not been sufficiently studied. The most studied regions are Kyiv region and the steppe zone of Ukraine. In the Kharkiv region, studies of external anomalies of amphibians have not been conducted before. In 2016 we have begun to study this problem. The purpose of this study is to examine the variety of external anomalies of amphibians in the Kharkiv region. The material is sampling amphibians from the stock collections of the Museum of Nature of V.N.Karazin Kharkiv National University and sampling live amphibians from different localities of the Kharkiv region, explored in the period from 2016 to 2018. Anomalies were determined visually, according to the classification of V.L.Vershinin and O.D.Nekrasova. For each the amphibian species frequency of malformed animals Pas (the proportion of abnormal individuals from all individuals in the sample) and partial frequency of abnormalities Ap (the proportion of individuals in the sample having this anomaly) were determined. As a result 17 variants of morphological abnormalities were identified: brachydactyly, oligodactyly, ectromelia, polyphalangy, finger thickening, rotation, syndactyly, shizodactyly, ectrodactyly, skin web and growth on the foot, thaumelia, hemimelia, lack of a swimming membrane, anophthalmia, brachycephaly and pattern abnormal. The most widespread anomaly encountered in the surveyed amphibians is brachydactyly (accounting for almost half of the reported cases of morphological abnormalities). This limb anomaly is the least harmful, so individuals with such abnormalities are usually quite viable. Amphibian anomalies are evenly distributed among samples: the highest occurrence of individuals with anomalies was recorded in Lissotriton vulgaris, in other samplings of frog (except Bufotes viridis and Bombina bombina), the occurrence of individuals with anomalies did not exceed five percent. A new type of body color anomaly in this year's Bufotes viridis was also identified and described.",
    url = "https://doi.org/10.26565/2075-5457-2020-34-9",
    doi = "10.26565/2075-5457-2020-34-9",
    openalex = "W3143250313",
    references = "doi1031610trudyzin20123164324"
}

@article{doi101007s11270021050729,
    author = "Zhelev, Zhivko et Arnaudova, Desislava et Popgeorgiev, Georgi et Tsonev, Stefan",
    title = "Déterminations des tailles d'érythrocytes chez les adultes de Pelophylax ridibundus (Amphibia: Anura: Ranidae) habitant une zone industrielle dans le sud de la Bulgarie",
    year = "2021",
    journal = "Water Air \& Soil Pollution",
    url = "https://doi.org/10.1007/s11270-021-05072-9",
    doi = "10.1007/s11270-021-05072-9",
    openalex = "W3136422542",
    references = "doi101590s198446702015000500005"
}

Résumé Dans cette étude, nous examinons l'état, les tendances et les progrès de la recherche sur les amphibiens de la Malaisie péninsulaire au XXIe siècle, avec pour objectif principal d'identifier les domaines d'amélioration qui peuvent aider à concentrer et prioriser les initiatives de recherche futures. Entre 2000 et 2020, nous avons trouvé 130 publications qui peuvent être globalement catégorisées en quatre groupes : 1) listes de contrôle et biodiversité ; 2) nouvelles espèces et taxonomie ; 3) écologie et histoire naturelle ; et 4) évolution et phylogénie. En moyenne, 6,5 articles ont été publiés par an et bien que le nombre d'articles ait fluctué, il y a eu une tendance significative à la hausse du nombre d'articles publiés. Presque la moitié (49 %) de tous les articles publiés étaient des listes de contrôle et des articles liés à la biodiversité. Cela a été suivi par les nouvelles espèces et la taxonomie (25 %, 33 articles), l'évolution et la phylogénie (14 %, 18 articles), et l'écologie et l'histoire naturelle (12 %, 16 articles). La recherche sur les amphibiens a été menée le plus fréquemment dans les États de Kedah, Pahang et Perak, et le moins fréquemment dans les États de Malacca, Negeri Sembilan, Selangor/Kuala Lumpur, Perlis et Kelantan. Malgré le fait d'être un pays mégadivers et un point chaud de biodiversité, aucun article axé sur la conservation n'a jamais été publié sur les amphibiens de la Malaisie péninsulaire, soulignant le besoin urgent que la recherche future se concentre sur la conservation.

@misc{doi10110120210517444585,
    author = "Chan, Kin Onn et Ahmad, Norhayati",
    title = "Patterns and Progress of Peninsular Malaysia's Amphibian Research in the 21st Century (2000–2020)",
    year = "2021",
    booktitle = "bioRxiv (Laboratoire Cold Spring Harbor)",
    abstract = "Résumé Dans cette étude, nous examinons l'état, les tendances et les progrès de la recherche sur les amphibiens de la Malaisie péninsulaire au XXIe siècle, avec pour objectif principal d'identifier les domaines d'amélioration qui peuvent aider à concentrer et prioriser les initiatives de recherche futures. Entre 2000 et 2020, nous avons trouvé 130 publications qui peuvent être globalement catégorisées en quatre groupes : 1) listes de contrôle et biodiversité ; 2) nouvelles espèces et taxonomie ; 3) écologie et histoire naturelle ; et 4) évolution et phylogénie. En moyenne, 6,5 articles ont été publiés par an et bien que le nombre d'articles ait fluctué, il y a eu une tendance significative à la hausse du nombre d'articles publiés. Presque la moitié (49 %) de tous les articles publiés étaient des listes de contrôle et des articles liés à la biodiversité. Cela a été suivi par les nouvelles espèces et la taxonomie (25 %, 33 articles), l'évolution et la phylogénie (14 %, 18 articles), et l'écologie et l'histoire naturelle (12 %, 16 articles). La recherche sur les amphibiens a été menée le plus fréquemment dans les États de Kedah, Pahang et Perak, et le moins fréquemment dans les États de Malacca, Negeri Sembilan, Selangor/Kuala Lumpur, Perlis et Kelantan. Malgré le fait d'être un pays mégadivers et un point chaud de biodiversité, aucun article axé sur la conservation n'a jamais été publié sur les amphibiens de la Malaisie péninsulaire, soulignant le besoin urgent que la recherche future se concentre sur la conservation.",
    url = "https://doi.org/10.1101/2021.05.17.444585",
    doi = "10.1101/2021.05.17.444585",
    openalex = "W3162333967",
    references = "doi1017576jsm2020491004"
}

Les amphibiens ont subi des transitions évolutives importantes dans les modes de reproduction et les cycles de vie. Nous comparons les modèles macroévolutifs à grande échelle de ces transitions à travers les trois grands clades d'amphibiens : les grenouilles, les salamandres et les céciliens. Nous analysons des données de reproduction et de phylogénie correspondantes pour 4025 espèces. Nous constatons que la présence de larves aquatiques est ancestrale pour les trois groupes et est conservée par de nombreuses espèces actuelles (33-44 %). Les transitions les plus fréquentes dans chaque groupe sont vers des états relativement peu courants : la viviparité chez les céciliens, la pédomorphose chez les salamandres et la semi-terrestrialité chez les grenouilles. Les trois groupes montrent des transitions vers des modes de reproduction plus terrestres, mais uniquement chez les céciliens ces transitions ont évolué séquentiellement du plus aquatique au moins aquatique. Les taux de diversification sont largement indépendants des modes de reproduction. Cependant, chez les salamandres, le développement direct accélère la diversification tandis que la pédomorphose la diminue. Dans l'ensemble, nous constatons une rétention généralisée des modes ancestraux, un découplage des taux de transition des traits par rapport aux modèles de richesse spécifique, et l'indépendance générale des modes de reproduction et de la diversification.

@article{doi101038s41467022344744,
    author = "Liedtke, H. Christoph et Wiens, John J. et Gómez-Mestre, Iván",
    title = "L'évolution des modes de reproduction et des cycles de vie chez les amphibiens",
    year = "2022",
    journal = "Nature Communications",
    abstract = "Les amphibiens ont subi des transitions évolutives importantes dans les modes de reproduction et les cycles de vie. Nous comparons les modèles macroévolutifs à grande échelle de ces transitions à travers les trois grands clades d'amphibiens : les grenouilles, les salamandres et les céciliens. Nous analysons des données de reproduction et de phylogénie correspondantes pour 4025 espèces. Nous constatons que la présence de larves aquatiques est ancestrale pour les trois groupes et est conservée par de nombreuses espèces actuelles (33-44 %). Les transitions les plus fréquentes dans chaque groupe sont vers des états relativement peu courants : la viviparité chez les céciliens, la pédomorphose chez les salamandres et la semi-terrestrialité chez les grenouilles. Les trois groupes montrent des transitions vers des modes de reproduction plus terrestres, mais uniquement chez les céciliens ces transitions ont évolué séquentiellement du plus aquatique au moins aquatique. Les taux de diversification sont largement indépendants des modes de reproduction. Cependant, chez les salamandres, le développement direct accélère la diversification tandis que la pédomorphose la diminue. Dans l'ensemble, nous constatons une rétention généralisée des modes ancestraux, un découplage des taux de transition des traits par rapport aux modèles de richesse spécifique, et l'indépendance générale des modes de reproduction et de la diversification.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41467-022-34474-4",
    doi = "10.1038/s41467-022-34474-4",
    openalex = "W4309232329",
    references = "doi101007s1068201497200, doi101007s1075000790322, doi101038s4155901805155, doi10108010635150701607033, doi101086503444, doi101093sysbiosyaa034, doi101093sysbiosyq085, doi101093sysbiosyw022, doi101109tac19741100705, doi10118614712105788, doi1011861471214811217, doi1016410006356820050550207rmifat20co2, doi103758bf03206482, doi107312simp93764"
}

Résumé L'ostéologie des urodèles européens a été étudiée de manière approfondie par le passé, mais les analyses comparatives d'os isolés sont rares, malgré leur utilité la plus grande pour l'identification des restes fossiles. Le présent travail se concentre sur les éléments squelettiques les plus robustes (et donc fréquents dans le registre fossile : complexes otico-occipitaux et vertèbres) et fournit des caractères diagnostiques de signification taxonomique au niveau du genre pour les genres européens d'urodèles, y compris certains taxons dont l'ostéologie était mal connue (par exemple Euproctus et Calotriton). Les caractères sujets à une grande variabilité sont identifiés et leur utilisation est découragée pour les diagnostics d'espèces éteintes. Une sélection de caractères diagnostiques est utilisée ici pour construire une clé d'identification pour chaque élément squelettique étudié et pour une analyse phylogénétique afin de comprendre si ces éléments ostéologiques peuvent transmettre un signal authentique. L'analyse sous inférence bayésienne a abouti à un clade de Salamandridae bien soutenu et à la tribu des Pleurodelinae. Salamandrina a été récupérée comme faisant partie des Pleurodelinae, en accord avec les analyses phylogénétiques morphologiques précédentes, mais en contradiction avec la conclusion des études moléculaires.

@article{doi101093zoolinneanzlac063,
    author = "Macaluso, Loredana et Wencker, Lukardis C. M. et Castrovilli, Maria et Carnevale, Giorgio et Delfino, Massimo",
    title = "Atlas comparatif d'éléments squelettiques sélectionnés d'urodèles européens (Amphibia: Urodela) pour les investigations paléontologiques",
    year = "2022",
    journal = "Zoological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "Résumé L'ostéologie des urodèles européens a été étudiée de manière approfondie par le passé, mais les analyses comparatives d'os isolés sont rares, malgré leur utilité la plus grande pour l'identification des restes fossiles. Le présent travail se concentre sur les éléments squelettiques les plus robustes (et donc fréquents dans le registre fossile : complexes otico-occipitaux et vertèbres) et fournit des caractères diagnostiques de signification taxonomique au niveau du genre pour les genres européens d'urodèles, y compris certains taxons dont l'ostéologie était mal connue (par exemple Euproctus et Calotriton). Les caractères sujets à une grande variabilité sont identifiés et leur utilisation est découragée pour les diagnostics d'espèces éteintes. Une sélection de caractères diagnostiques est utilisée ici pour construire une clé d'identification pour chaque élément squelettique étudié et pour une analyse phylogénétique afin de comprendre si ces éléments ostéologiques peuvent transmettre un signal authentique. L'analyse sous inférence bayésienne a abouti à un clade de Salamandridae bien soutenu et à la tribu des Pleurodelinae. Salamandrina a été récupérée comme faisant partie des Pleurodelinae, en accord avec les analyses phylogénétiques morphologiques précédentes, mais en contradiction avec la conclusion des études moléculaires.",
    url = "https://doi.org/10.1093/zoolinnean/zlac063",
    doi = "10.1093/zoolinnean/zlac063",
    openalex = "W4296087143",
    references = "doi103409azc581101"
}

Les amphibiens constituent un clade de plus de 8 400 espèces qui offrent des opportunités et des défis de recherche uniques. Avec les amphibiens en proie à des déclins mondiaux sévères, nous estimons qu'il est impératif d'évaluer notre compréhension actuelle des amphibiens. En nous concentrant sur les cinq dernières années (2016–2020), nous examinons les tendances de la recherche, des données et de la systématique sur les amphibiens. De nouvelles espèces d'amphibiens continuent d'être décrites à un rythme d'environ 150 par an. Les études phylogénomiques augmentent, alimentant un consensus croissant sur l'arbre de vie des amphibiens. Plus de 3 000 espèces d'amphibiens sont désormais représentées par des comptes rendus ou des données soigneusement curatées par des experts sur AmphibiaWeb, AmphibiaChina, BIOWEB ou le portail des maladies des amphibiens. Néanmoins, de nombreuses espèces manquent de données de base sur l'histoire naturelle (par exemple, des enregistrements alimentaires, des mesures morphologiques, des enregistrements d'appels) et des lacunes majeures existent pour des clades entiers d'amphibiens. Les ressources génomiques semblent sur le point d'une expansion rapide, mais les grands génomes répétés des amphibiens posent toujours des défis importants. La conservation continue d'être un axe majeur de la recherche sur les amphibiens, et les menaces cataloguées sur AmphibiaWeb pour 1 261 espèces soulignent la nécessité de faire face aux changements d'utilisation des terres et aux maladies en utilisant des stratégies de gestion adaptative. Pour promouvoir davantage la recherche et la conservation des amphibiens, nous soulignons l'importance de l'intégration des bases de données et suggérons que d'autres clades peu étudiés ou menacés bénéficieraient d'évaluations similaires des données existantes.

@article{doi101643h2022005,
    author = "Womack, Molly C. et Steigerwald, Emma et Blackburn, David C. et Cannatella, David C. et Catenazzi, Alessandro et Che, Jing et Koo, Michelle S. et McGuire, Jimmy A. et Ron, Santiago R. et Spencer, Carol et Vredenburg, Vance T. et Tarvin, Rebecca D.",
    title = "State of the Amphibia 2020 : Revue de cinq années de recherche sur les amphibiens et des ressources existantes",
    year = "2022",
    journal = "Ichthyology \& Herpetology",
    abstract = "Les amphibiens constituent un clade de plus de 8 400 espèces qui offrent des opportunités et des défis de recherche uniques. Avec les amphibiens en proie à des déclins mondiaux sévères, nous estimons qu'il est impératif d'évaluer notre compréhension actuelle des amphibiens. En nous concentrant sur les cinq dernières années (2016–2020), nous examinons les tendances de la recherche, des données et de la systématique sur les amphibiens. De nouvelles espèces d'amphibiens continuent d'être décrites à un rythme d'environ 150 par an. Les études phylogénomiques augmentent, alimentant un consensus croissant sur l'arbre de vie des amphibiens. Plus de 3 000 espèces d'amphibiens sont désormais représentées par des comptes rendus ou des données soigneusement curatées par des experts sur AmphibiaWeb, AmphibiaChina, BIOWEB ou le portail des maladies des amphibiens. Néanmoins, de nombreuses espèces manquent de données de base sur l'histoire naturelle (par exemple, des enregistrements alimentaires, des mesures morphologiques, des enregistrements d'appels) et des lacunes majeures existent pour des clades entiers d'amphibiens. Les ressources génomiques semblent sur le point d'une expansion rapide, mais les grands génomes répétés des amphibiens posent toujours des défis importants. La conservation continue d'être un axe majeur de la recherche sur les amphibiens, et les menaces cataloguées sur AmphibiaWeb pour 1 261 espèces soulignent la nécessité de faire face aux changements d'utilisation des terres et aux maladies en utilisant des stratégies de gestion adaptative. Pour promouvoir davantage la recherche et la conservation des amphibiens, nous soulignons l'importance de l'intégration des bases de données et suggérons que d'autres clades peu étudiés ou menacés bénéficieraient d'évaluations similaires des données existantes.",
    url = "https://doi.org/10.1643/h2022005",
    doi = "10.1643/h2022005",
    openalex = "W4308426641",
    references = "doi101093sysbiosyaa034"
}

Les amphibiens vivants (Lissamphibia) comprennent les grenouilles et les salamandres (Batrachia) ainsi que les céciliens sans pattes et en forme de ver (Gymnophiona). La divergence moléculaire estimée entre les gymnophionans et les batrachiens de l'ère Paléozoïque 1 suggère un important fossé dans le registre des amphibiens couronnés avant leurs premières occurrences fossiles au Trias 2-6. Des études récentes ont trouvé un Batrachia monophylétique au sein des temnospondyles dissorophoïdes 7-10, mais l'absence de fossiles de céciliens antérieurs au Jurassique 11,12 a rendu controversées leurs relations avec les batrachiens et leurs affinités avec les tétrapodes paléozoïques 1,8,13,14. Ici, nous rapportons le plus ancien cécilien stémme géologiquement connu, un amphibien couronné de l'époque du Trias supérieur en Arizona, aux États-Unis, étendant le registre des céciliens d'environ 35 millions d'années. Ces fossiles éclairent le rythme et le mode de l'évolution morphologique et fonctionnelle précoce des céciliens, démontrant une acquisition retardée des caractéristiques musculo-squelettiques associées à la fossorialité chez les céciliens vivants, y compris le mécanisme de fermeture double de la mâchoire 15,16, des orbites réduites 17 et l'organe tentaculaire 18. L'origine de ces fossiles suggère une origine équatoriale pangéenne pour les céciliens, impliquant que la biogéographie des céciliens vivants reflète des aspects conservés de la fonction et de la physiologie des céciliens 19, en combinaison avec des modèles de vicariance entraînés par la tectonique des plaques 20. Ces fossiles révèlent une combinaison de caractéristiques unique aux céciliens, aux côtés de caractéristiques partagées avec les batrachiens et les temnospondyles dissorophoïdes, fournissant de nouvelles preuves convaincantes en faveur d'une origine unique des amphibiens vivants au sein des temnospondyles dissorophoïdes.

@article{doi101038s41586022056465,
    author = "Kligman, Ben T. et Gee, Bryan M. et Marsh, Adam D. et Nesbitt, Sterling J. et Smith, Matthew E. et Parker, William G. et Stocker, Michelle R.",
    title = "Triassic stem caecilian supports dissorophoid origin of living amphibians",
    year = "2023",
    journal = "Nature",
    abstract = "Les amphibiens vivants (Lissamphibia) comprennent les grenouilles et les salamandres (Batrachia) ainsi que les céciliens sans pattes et en forme de ver (Gymnophiona). La divergence moléculaire estimée entre les gymnophionans et les batrachiens de l'ère Paléozoïque 1 suggère un important fossé dans le registre des amphibiens couronnés avant leurs premières occurrences fossiles au Trias 2-6. Des études récentes ont trouvé un Batrachia monophylétique au sein des temnospondyles dissorophoïdes 7-10, mais l'absence de fossiles de céciliens antérieurs au Jurassique 11,12 a rendu controversées leurs relations avec les batrachiens et leurs affinités avec les tétrapodes paléozoïques 1,8,13,14. Ici, nous rapportons le plus ancien cécilien stémme géologiquement connu, un amphibien couronné de l'époque du Trias supérieur en Arizona, aux États-Unis, étendant le registre des céciliens d'environ 35 millions d'années. Ces fossiles éclairent le rythme et le mode de l'évolution morphologique et fonctionnelle précoce des céciliens, démontrant une acquisition retardée des caractéristiques musculo-squelettiques associées à la fossorialité chez les céciliens vivants, y compris le mécanisme de fermeture double de la mâchoire 15,16, des orbites réduites 17 et l'organe tentaculaire 18. L'origine de ces fossiles suggère une origine équatoriale pangéenne pour les céciliens, impliquant que la biogéographie des céciliens vivants reflète des aspects conservés de la fonction et de la physiologie des céciliens 19, en combinaison avec des modèles de vicariance entraînés par la tectonique des plaques 20. Ces fossiles révèlent une combinaison de caractéristiques unique aux céciliens, aux côtés de caractéristiques partagées avec les batrachiens et les temnospondyles dissorophoïdes, fournissant de nouvelles preuves convaincantes en faveur d'une origine unique des amphibiens vivants au sein des temnospondyles dissorophoïdes.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41586-022-05646-5",
    doi = "10.1038/s41586-022-05646-5",
    openalex = "W4317952798",
    references = "doi101126scienceabb6005, doi101130b311861, doi107717peerj5565"
}

Des évaluations systématiques du risque d'extinction des espèces à intervalles réguliers sont nécessaires pour éclairer les actions de conservation 1,2. Les développements continus en taxonomie, processus menaçants et recherche soulignent davantage la nécessité d'une réévaluation 3,4. Ici, nous rapportons les résultats de la deuxième Évaluation mondiale des amphibiens, évaluant 8 011 espèces pour la Liste rouge des espèces menacées de l'Union internationale pour la conservation de la nature. Nous constatons que les amphibiens sont la classe de vertébrés la plus menacée (40,7 % des espèces sont menacées à l'échelle mondiale). L'indice Liste rouge mis à jour montre que la situation des amphibiens se détériore à l'échelle mondiale, en particulier pour les salamandres et dans les Néotropiques. Les maladies et la perte d'habitat ont entraîné 91 % des détériorations de statut entre 1980 et 2004. Les effets du changement climatique en cours et projetés font désormais l'objet de préoccupations croissantes, entraînant 39 % des détériorations de statut depuis 2004, suivis par la perte d'habitat (37 %). Bien que les signes de récupération des espèces incitent à une action de conservation immédiate, un investissement à grande échelle est urgentement nécessaire pour inverser les tendances actuelles.

@article{doi101038s41586023065784,
    author = "Luedtke, Jennifer and Chanson, Janice and Neam, Kelsey and Hobin, Louise and Maciel, Adriano Oliveira and Catenazzi, Alessandro and Borzée, Amaël and Hamidy, Amir and Aowphol, Anchalee and Jean, Anderson and Sosa-Bartuano, Ángel and G, A and de Silva, Anslem and Fouquet, Antoine and Angulo, Ariadne and Кидов, А. А. and Saravia, Arturo Muñoz and Diesmos, Arvin C. and Tominaga, A and Shrestha, Biraj and Gratwicke, Brian and Tjaturadi, Burhan and Rivera, Carlos C. Martínez and Almazán, Carlos R. Vásquez and Señaris, J. Celsa and Chandramouli, S.R. and Strüssmann, Christine and Fernández, Claudia Fabiola Cortez and Azat, Claudio and Hoskin, Conrad J. and Hilton‐Taylor, Craig and Whyte, Damion L. and Gower, David J. and Olson, Deanna H. and Cisneros‐Heredia, Diego F. and Santana, Diego José and Nagombi, Elizah and Najafi-Majd, Elnaz and Quah, Evan S. H. and Bolaños, Federico and Xie, Feng and Brusquetti, Francisco and Álvarez, Francisco S. and Andreone, Franco and Glaw, Frank and Castañeda, Franklin and Kraus, Fred and Parra‐Olea, Gabriela and Cháves, Gerardo and Medina-Rangel, Guido Fabián and GONZÁLEZ-DURÁN, GUSTAVO A. and Ortega‐Andrade, H. Mauricio and Machado, Iberê Farina and Das, Indraneil and Dias, Iuri Ribeiro and Urbina‐Cardona, J. Nicolás and Crnobrnja‐Isailović, Jelka and Yang, Jian-Huan and Jianping, Jiang and Wangyal, Jigme Tshelthrim and Rowley, Jodi J. L. and Measey, John and Vasudevan, Karthikeyan and Chan, Kin Onn and Gururaja, KV and Ovaska, Kristiina and Warr, Lauren C. and Canseco-Márquez, Luis and Toledo, Luı́s Felipe and Díaz, Luis M. and Khan, M. Monirul H. and Meegaskumbura, Madhava and Acevedo, Manuel E. and Napoli, Marcelo Felgueiras and Ponce, Marcos and Vaira, Marcos and Lampo, Margarita and Yánez-Muñóz, Mario H. and Scherz, Mark D. and Rödel, Mark‐Oliver and Matsui, Masafumi and Fildor, Maxon and Kusrini, Mirza Dikari and Ahmed, M. Firoz and Rais, Muhammad and Kouamé, N'Goran G. and García, Nieves and Gonwouo, Nono L. and Burrowes, Patricia A. and Imbun, Paul Y. and Wagner, Philipp and Kok, Philippe J. R. and Joglar, Rafael L. and Auguste, Renoir J. and Brandão, Reuber Albuquerque and Ibáñez, Roberto and von May, Rudolf and Hedges, S. Blair and Biju, S. D. and Ganesh, S.R.",
    title = "Déclin continu des amphibiens du monde face à des menaces émergentes",
    year = "2023",
    journal = "Nature",
    abstract = "Des évaluations systématiques du risque d'extinction des espèces à intervalles réguliers sont nécessaires pour éclairer les actions de conservation 1,2. Les développements continus en taxonomie, processus menaçants et recherche soulignent davantage la nécessité d'une réévaluation 3,4. Ici, nous rapportons les résultats de la deuxième Évaluation mondiale des amphibiens, évaluant 8 011 espèces pour la Liste rouge des espèces menacées de l'Union internationale pour la conservation de la nature. Nous constatons que les amphibiens sont la classe de vertébrés la plus menacée (40,7 % des espèces sont menacées à l'échelle mondiale). L'indice Liste rouge mis à jour montre que la situation des amphibiens se détériore à l'échelle mondiale, en particulier pour les salamandres et dans les Néotropiques. Les maladies et la perte d'habitat ont entraîné 91 % des détériorations de statut entre 1980 et 2004. Les effets du changement climatique en cours et projetés font désormais l'objet de préoccupations croissantes, entraînant 39 % des détériorations de statut depuis 2004, suivis par la perte d'habitat (37 %). Bien que les signes de récupération des espèces incitent à une action de conservation immédiate, un investissement à grande échelle est urgentement nécessaire pour inverser les tendances actuelles.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41586-023-06578-4",
    doi = "10.1038/s41586-023-06578-4",
    openalex = "W4387344519"
}

La mortalité de la faune sur les routes est une préoccupation majeure pour la conservation dans le monde entier. Les amphibiens et les reptiles sont particulièrement vulnérables aux collisions avec les véhicules, et cela est d'une préoccupation particulière dans la Réserve de biosphère de l'Archipel Frontenac (Ontario, Canada), où plusieurs espèces sont proches de leurs limites géographiques de répartition et désignées comme espèces à risque. Nous avons mené des enquêtes régulières (n=270) sur deux autoroutes majeures de la Réserve, chacune d'une longueur légèrement inférieure à 40 km. Toutes les observations de collisions entre véhicules et faune ont été documentées pendant deux ans sur chaque route, incluant 18 278 grenouilles, tortues et serpents. Nous avons utilisé une analyse de densité noyau pour cartographier l'ampleur relative de cette mortalité et avons construit une série de modèles d'arbres de régression pour évaluer l'influence de la couverture terrestre et d'autres facteurs d'habitat sur les accidents routiers à deux échelles (1 ha et 20 ha). La taille de l'échantillon était suffisamment grande pour mener des analyses au niveau des espèces pour Chrysemys picta marginata (tortue peinte du Midwest) et Nerodia sipedon (couleuvre d'eau du Nord). Un regroupement spatial des accidents routiers était évident sur les deux routes et pour tous les taxons. Cependant, l'ampleur du regroupement variait entre les deux routes en raison des différences dans le motif de couverture terrestre et le regroupement était plus discret pour les grenouilles et les tortues que pour les serpents. Pour les grenouilles, les tortues et les couleuvres d'eau du Nord, nous avons trouvé que les niveaux élevés de mortalité étaient positivement associés à la quantité de zones humides et d'eau libre dans les zones adjacentes ainsi qu'à la proximité des caractéristiques aquatiques. Cependant, les emplacements de mortalité pour d'autres espèces de serpents étaient plus étroitement associés aux types d'habitat de terre ferme. Bien que certaines généralités émergent de notre étude, la variation suggère également que la prudence doit être exercée lorsque l'on tente d'étendre les résultats à différents taxons et routes, surtout puisque ces résultats peuvent varier selon l'échelle. Néanmoins, les différences liées à l'échelle peuvent être informatives pour identifier l'emplacement des efforts de mitigation des accidents routiers et nous illustrons comment une telle approche pourrait être mise en œuvre pour les serpents qui présentent un regroupement de mortalité moins discret.

@article{doi101016jgecco2024e02855,
    author = "Jones, Joshua D. and Urquhart, Ori and Garrah, Evelyn and Eberhardt, Ewen and Danby, Ryan K.",
    title = "Patterns and drivers of amphibian and reptile road mortality vary among species and across scales: Evidence from eastern Ontario, Canada",
    year = "2024",
    journal = "Global Ecology and Conservation",
    abstract = "La mortalité de la faune sur les routes est une préoccupation majeure pour la conservation dans le monde entier. Les amphibiens et les reptiles sont particulièrement vulnérables aux collisions avec les véhicules, et cela est d'une préoccupation particulière dans la Réserve de biosphère de l'Archipel Frontenac (Ontario, Canada), où plusieurs espèces sont proches de leurs limites géographiques de répartition et désignées comme espèces à risque. Nous avons mené des enquêtes régulières (n=270) sur deux autoroutes majeures de la Réserve, chacune d'une longueur légèrement inférieure à 40 km. Toutes les observations de collisions entre véhicules et faune ont été documentées pendant deux ans sur chaque route, incluant 18 278 grenouilles, tortues et serpents. Nous avons utilisé une analyse de densité noyau pour cartographier l'ampleur relative de cette mortalité et avons construit une série de modèles d'arbres de régression pour évaluer l'influence de la couverture terrestre et d'autres facteurs d'habitat sur les accidents routiers à deux échelles (1 ha et 20 ha). La taille de l'échantillon était suffisamment grande pour mener des analyses au niveau des espèces pour Chrysemys picta marginata (tortue peinte du Midwest) et Nerodia sipedon (couleuvre d'eau du Nord). Un regroupement spatial des accidents routiers était évident sur les deux routes et pour tous les taxons. Cependant, l'ampleur du regroupement variait entre les deux routes en raison des différences dans le motif de couverture terrestre et le regroupement était plus discret pour les grenouilles et les tortues que pour les serpents. Pour les grenouilles, les tortues et les couleuvres d'eau du Nord, nous avons trouvé que les niveaux élevés de mortalité étaient positivement associés à la quantité de zones humides et d'eau libre dans les zones adjacentes ainsi qu'à la proximité des caractéristiques aquatiques. Cependant, les emplacements de mortalité pour d'autres espèces de serpents étaient plus étroitement associés aux types d'habitat de terre ferme. Bien que certaines généralités émergent de notre étude, la variation suggère également que la prudence doit être exercée lorsque l'on tente d'étendre les résultats à différents taxons et routes, surtout puisque ces résultats peuvent varier selon l'échelle. Néanmoins, les différences liées à l'échelle peuvent être informatives pour identifier l'emplacement des efforts de mitigation des accidents routiers et nous illustrons comment une telle approche pourrait être mise en œuvre pour les serpents qui présentent un regroupement de mortalité moins discret.",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.gecco.2024.e02855",
    doi = "10.1016/j.gecco.2024.e02855",
    openalex = "W4391887581",
    references = "doi1017576jsm2020491004"
}

Les amphibiens représentent un groupe diversifié de tétrapodes, marqué par des temps de divergence profonds entre leurs trois ordres systématiques et leurs familles. L'étude de la biologie des amphibiens à travers le prisme de la génomique augmente notre compréhension des caractéristiques de cette classe d'animaux et de celle d'autres vertébrés terrestres. Le besoin de ressources génomiques pour les amphibiens est plus urgent que jamais en raison des menaces croissantes pesant sur ce groupe. Les amphibiens constituent l'un des groupes taxonomiques les plus menacés, avec environ 41 % des espèces menacées d'extinction en raison de la perte d'habitat, des changements dans les modèles d'utilisation des terres, des maladies, du changement climatique et de leurs effets synergiques. Les ressources génomiques des amphibiens ont permis une meilleure compréhension de la diversité ontogénétique, de la régénération tissulaire, des modes de vie et reproductifs diversifiés, des stratégies anti-prédateurs, ainsi que de la résilience et des réponses adaptatives. Elles servent également de modèles essentiels pour l'étude de traits génomiques larges, tels que les expansions et contractions évolutives du génome, car elles présentent la plus large gamme de tailles de génome parmi tous les taxons animaux et possèdent plusieurs mécanismes de détermination du sexe génétique. Malgré ces caractéristiques, le séquençage du génome des amphibiens a considérablement retardé par rapport à celui d'autres vertébrés, principalement en raison des défis liés à l'assemblage de leurs grands génomes riches en répétitions et du manque relatif de soutien sociétal. L'émergence des technologies de séquençage à longue lecture, combinée à des techniques moléculaires et informatiques avancées qui améliorent le montage et réduisent les charges de travail informatiques, rend désormais possible de relever certains de ces défis. Pour promouvoir et accélérer la production et l'utilisation de la recherche en génomique des amphibiens grâce à une coordination et une collaboration internationales, nous avons lancé le Consortium de Génomique des Amphibiens (AGC, https://mvs.unimelb.edu.au/amphibian-genomics-consortium) au début de 2023. Cette communauté naissante compte déjà plus de 282 membres de 41 pays. L'AGC vise à exploiter les capacités diverses de ses membres pour faire progresser les ressources génomiques des amphibiens et combler le fossé d'implémentation entre biologistes, bioinformaticiens et praticiens de la conservation. Ici, nous évaluons l'état du domaine de la génomique des amphibiens, mettons en évidence les études précédentes, présentons les défis à surmonter et appelons les communautés de recherche et de conservation à s'unir dans le cadre de l'AGC pour permettre à la recherche en génomique des amphibiens de « sauter » au niveau suivant.

@article{doi101186s12864024108997,
    author = "Kosch, Tiffany A. and Torres‐Sánchez, María and Liedtke, H. Christoph and Summers, Kyle and Yun, Maximina H. and Crawford, Andrew J. and Maddock, Simon T. and Ahammed, Md. Sabbir and Araújo, Victor and Bertola, Lorenzo V. and Bucciarelli, Gary M. and Carné, Albert and Carneiro, Céline M. and Chan, Kin Onn and Chen, Ying and Crottini, Angelica and da Silva, Jessica M. and Denton, Robert D. and Dittrich, C. and Themudo, Gonçalo Espregueira and Farquharson, Katherine A. and Forsdick, Natalie J. and Gilbert, Edward M. and Che, Jing and Katzenback, Barbara A. and Kotharambath, Ramachandran and Levis, Nicholas A. and Márquez, Roberto and Mazepa, Glib and Mulder, Kevin P. and Müller, Hendrik and O’Connell, Mary J. and Orozco‐terWengel, Pablo and Palomar, Gemma and Petzold, Alice and Pfennig, David W. and Pfennig, Karin S. and Reichert, Michael S. and Robert, Jacques and Scherz, Mark D. and Siu-Ting, Karen and Snead, Anthony A. and Stöck, Matthias and Stuckert, Adam M. M. and Stynoski, Jennifer L. and Tarvin, Rebecca D. and Valero, Katharina C. Wollenberg and Acevedo, Aldemar A. and Allain, Steven J. R. and Barrow, Lisa N. and Basanta, M. Delia and Biello, Roberto and Bittencourt-Silva, Gabriela B. and Borzée, Amaël and Brennan, Ian G. and Brown, Rafe M. and Calatayud, Natalie E. and Cayuela, Hugo and Chai, Jing and la Riva, Ignacio De and Deaton, Lana J. and Eisawi, Khalid A. E. and Elmer, Kathryn R. and Funk, W. Chris and Gagliardi‐Urrutia, Giussepe and Gao, Wei and Goodman, Mark J. and Goutte, Sandra and Poveda, Melissa Hernandez and Hrbek, Tomas and Iyiola, Oluyinka A. and Jongsma, Gregory F. M. and Keogh, J. Scott and Lan, Tianming and Lechuga-Paredes, Pablo and Lemmon, Emily Moriarty and Lougheed, Stephen C. and Lyons, T. and Lyra, Mariana L. and McGuire, Jimmy A. and Méndez, Marco A. and Mobarak, Hosne and Nemesházi, Edina and Nguyen, Tao Thien and Nicolaï, Michaël P. J. and Nneji, Lotanna M. and Owens, John Benjamin and Pérez‐Mendoza, Hibraim Adán and Pollet, Nicolas and Power, Megan L. and Rahman, Mizanur and Recknagel, Hans and Rodríguez-Frandsen, Ariel and Ron, Santiago R. and Sabino‐Pinto, Joana and Sang, Yongming and Sapkota, Suman and Schneider, Rosio Gabriela and Schulte, Laura and Silva, Ana Serra",
    title = "Le Consortium de génomique des amphibiens : développement de ressources génomiques et génétiques pour la recherche et la conservation des amphibiens",
    year = "2024",
    journal = "BMC Genomics",
    abstract = {Les amphibiens représentent un groupe diversifié de tétrapodes, marqué par des temps de divergence profonds entre leurs trois ordres systématiques et leurs familles. L'étude de la biologie des amphibiens à travers le prisme de la génomique augmente notre compréhension des caractéristiques de cette classe d'animaux et de celle d'autres vertébrés terrestres. Le besoin de ressources génomiques pour les amphibiens est plus urgent que jamais en raison des menaces croissantes pesant sur ce groupe. Les amphibiens constituent l'un des groupes taxonomiques les plus menacés, avec environ 41 % des espèces menacées d'extinction en raison de la perte d'habitat, des changements dans les modèles d'utilisation des terres, des maladies, du changement climatique et de leurs effets synergiques. Les ressources génomiques des amphibiens ont permis une meilleure compréhension de la diversité ontogénétique, de la régénération tissulaire, des modes de vie et reproductifs diversifiés, des stratégies anti-prédateurs, ainsi que de la résilience et des réponses adaptatives. Elles servent également de modèles essentiels pour l'étude de traits génomiques larges, tels que les expansions et contractions évolutives du génome, car elles présentent la plus large gamme de tailles de génome parmi tous les taxons animaux et possèdent plusieurs mécanismes de détermination sexuelle génétique. Malgré ces caractéristiques, le séquençage du génome des amphibiens a considérablement retardé par rapport à celui d'autres vertébrés, principalement en raison des défis liés à l'assemblage de leurs grands génomes riches en répétitions et du manque relatif de soutien sociétal. L'émergence des technologies de séquençage à lecture longue, combinée à des techniques moléculaires et informatiques avancées qui améliorent le montage et réduisent les charges de travail informatiques, rend désormais possible de relever certains de ces défis. Pour promouvoir et accélérer la production et l'utilisation de la recherche en génomique des amphibiens grâce à une coordination et une collaboration internationales, nous avons lancé le Consortium de génomique des amphibiens (AGC, https://mvs.unimelb.edu.au/amphibian-genomics-consortium) au début de 2023. Cette communauté naissante compte déjà plus de 282 membres provenant de 41 pays. L'AGC vise à exploiter les capacités diverses de ses membres pour développer des ressources génomiques pour les amphibiens et combler le fossé d'implémentation entre biologistes, bioinformaticiens et praticiens de la conservation. Ici, nous évaluons l'état du domaine de la génomique des amphibiens, mettons en évidence des études précédentes, présentons les défis à surmonter et appelons les communautés de recherche et de conservation à s'unir dans le cadre de l'AGC afin de permettre à la recherche en génomique des amphibiens de « sauter » au niveau suivant.},
    url = "https://doi.org/10.1186/s12864-024-10899-7",
    doi = "10.1186/s12864-024-10899-7",
    openalex = "W4403983166",
    references = "doi101038s41467022344744"
}

L'Équateur est reconnu pour sa grande diversité d'espèces d'anoures, qui sont principalement distribuées au sud des montagnes des Andes. Cependant, en raison de leur localisation géographique et de leur accessibilité, peu d'études concernent la microbiote cultivable de ces amphibiens dans cette région. L'objectif de cette étude était d'explorer la biodiversité bactérienne et fongique présente sur la peau d'espèces d'anoures sauvages dans les Andes du sud de l'Équateur et d'observer si les barrières géographiques de la région pouvaient augmenter la variabilité de la microbiote cultivable par spectrométrie de masse MALDI-TOF. Cette analyse a révélé la présence de 29 taxons bactériens et de 9 taxons fongiques, composés principalement de : Pseudomonas chlororaphis (28%), Acinetobacter iwoffii (14%), Pseudomonas fluorescens (14%) et Hortaea werneckii (26,4%), Fusarium solani (20,5%), Syncephalastrum spp. (20,5%), respectivement. La diversité a varié selon les cinq sites d'échantillonnage, la localisation géographique s'avérant être un facteur significatif de diversité. Certains des genres bactériens et fongiques les plus abondants ont des associations importantes avec les maladies de la peau chez la faune sauvage et les humains. Ce travail représente un aperçu de la biodiversité complexe de bactéries et de champignons qui habitent le substrat cutané, et des études supplémentaires seront nécessaires pour mieux comprendre la biodiversité bactérienne et fongique avec des implications potentielles pour l'établissement de stratégies de conservation, ainsi que pour le développement de mesures de protection animale nécessaires.

@article{doi101007s00248025025558,
    author = "Salazar, J et al.",
    title = "Caractérisation par spectrométrie de masse MALDI-TOF de la microbiote cultivable associée à la peau d'amphibiens des montagnes des Andes du sud de l'Équateur",
    year = "2025",
    journal = "Écologie microbienne",
    abstract = "L'Équateur est reconnu pour sa grande diversité d'espèces d'anoures, qui sont principalement distribuées au sud des montagnes des Andes. Cependant, en raison de leur localisation géographique et de leur accessibilité, peu d'études concernent la microbiote cultivable de ces amphibiens dans cette région. L'objectif de cette étude était d'explorer la biodiversité bactérienne et fongique présente sur la peau d'espèces d'anoures sauvages dans les Andes du sud de l'Équateur et d'observer si les barrières géographiques de la région pouvaient augmenter la variabilité de la microbiote cultivable par spectrométrie de masse MALDI-TOF. Cette analyse a révélé la présence de 29 taxons bactériens et de 9 taxons fongiques, composés principalement de : Pseudomonas chlororaphis (28%), Acinetobacter iwoffii (14%), Pseudomonas fluorescens (14%) et Hortaea werneckii (26,4%), Fusarium solani (20,5%), Syncephalastrum spp. (20,5%), respectivement. La diversité a varié selon les cinq sites d'échantillonnage, la localisation géographique s'avérant être un facteur significatif de diversité. Certains des genres bactériens et fongiques les plus abondants ont des associations importantes avec les maladies de la peau chez la faune sauvage et les humains. Ce travail représente un aperçu de la biodiversité complexe de bactéries et de champignons qui habitent le substrat cutané, et des études supplémentaires seront nécessaires pour mieux comprendre la biodiversité bactérienne et fongique avec des implications potentielles pour l'établissement de stratégies de conservation, ainsi que pour le développement de mesures de protection animale nécessaires.",
    url = "https://doi.org/10.1007/s00248-025-02555-8",
    doi = "10.1007/s00248-025-02555-8",
    openalex = "W4410605956",
    references = "doi1010029780470278376, doi101007978140208259754, doi101038nrg3182, doi101038nrmicro1129, doi101038s41586023065784, doi101086600885, doi101126science1176765, doi101126scienceaav0379, doi101128cmr0001407, doi101128cmr122310, doi101128mmbr6744915022003"
}

À l'échelle mondiale, les amphibiens font face à des menaces graves, telles que le changement climatique et les événements extrêmes associés. Notre objectif était de quantifier l'exposition mondiale des amphibiens à trois classes d'événements extrêmes : les vagues de chaleur, les périodes de froid et les sécheresses. Nous avons utilisé les données sur les événements climatiques extrêmes MERRA-2 et la base de données de l'indice standardisé de précipitations-évapotranspiration pour étudier où ces événements ont augmenté au cours des 40 dernières années. Nous avons utilisé la base de données de la distribution mondiale des amphibiens de l'Union internationale pour la conservation de la nature (UICN) (7202 espèces) pour calculer le niveau d'exposition aux événements extrêmes pour chaque espèce, classant les espèces comme exposées si leur distribution présentait une superposition ≥50 % avec des zones subissant des augmentations substantielles d'événements extrêmes. Pour évaluer si l'exposition est associée au déclin des amphibiens, nous avons utilisé une régression logistique pour analyser la relation entre l'exposition aux événements extrêmes et les changements de statut sur la Liste rouge de l'UICN. Les vagues de chaleur et les sécheresses ont augmenté de manière notable en Amazonie, à Madagascar et en Europe. Parmi les trois classes d'événements, l'exposition était la plus élevée pour les vagues de chaleur (40 % des espèces exposées), suivie des sécheresses (16 % exposées). L'exposition aux différentes classes d'événements était inégale en ce qui concerne la géographie et la taxonomie. Certaines zones (par exemple, Amazonie, Madagascar) et certaines familles (par exemple, Mantellidae, Rhinodermatidae) avaient près de 100 % de leurs espèces constituantes classées comme exposées à au moins une classe d'événements. L'exposition aux vagues de chaleur (rapport de cotes 1,8) et aux sécheresses (rapport de cotes 1,7) était associée à une détérioration du statut depuis 2004. Nos résultats fournissent des aperçus sur les hotspots de la biodiversité des amphibiens et les groupes taxonomiques qui pourraient être particulièrement vulnérables aux événements climatiques extrêmes, suggérant que ces événements jouent un rôle causal dans les déclin en cours. Comprendre les aspects de la biologie des espèces qui influencent la vulnérabilité aux événements extrêmes, ainsi que les interactions avec d'autres facteurs (par exemple, les maladies), sera important pour comprendre le rôle du changement climatique dans la conduite des déclin des amphibiens.

@article{doi101111cobi70074,
    author = "Twomey, Evan et Sylvester, Francisco et Jourdan, Jonas et Hollert, Henner et Schulte, Lisa M.",
    title = "Quantification de l'exposition des espèces d'amphibiens aux vagues de chaleur, aux périodes de froid et aux sécheresses",
    year = "2025",
    journal = "Conservation Biology",
    abstract = "À l'échelle mondiale, les amphibiens font face à des menaces graves, telles que le changement climatique et les événements extrêmes associés. Notre objectif était de quantifier l'exposition mondiale des amphibiens à trois classes d'événements extrêmes : les vagues de chaleur, les périodes de froid et les sécheresses. Nous avons utilisé les données sur les événements climatiques extrêmes MERRA-2 et la base de données de l'indice standardisé de précipitations-évapotranspiration pour étudier où ces événements ont augmenté au cours des 40 dernières années. Nous avons utilisé la base de données de la distribution mondiale des amphibiens de l'Union internationale pour la conservation de la nature (UICN) (7202 espèces) pour calculer le niveau d'exposition aux événements extrêmes pour chaque espèce, classant les espèces comme exposées si leur distribution présentait une superposition ≥50 % avec des zones subissant des augmentations substantielles d'événements extrêmes. Pour évaluer si l'exposition est associée au déclin des amphibiens, nous avons utilisé une régression logistique pour analyser la relation entre l'exposition aux événements extrêmes et les changements de statut sur la Liste rouge de l'UICN. Les vagues de chaleur et les sécheresses ont augmenté de manière notable en Amazonie, à Madagascar et en Europe. Parmi les trois classes d'événements, l'exposition était la plus élevée pour les vagues de chaleur (40 % des espèces exposées), suivie des sécheresses (16 % exposées). L'exposition aux différentes classes d'événements était inégale en ce qui concerne la géographie et la taxonomie. Certaines zones (par exemple, Amazonie, Madagascar) et certaines familles (par exemple, Mantellidae, Rhinodermatidae) avaient près de 100 % de leurs espèces constituantes classées comme exposées à au moins une classe d'événements. L'exposition aux vagues de chaleur (rapport de cotes 1,8) et aux sécheresses (rapport de cotes 1,7) était associée à une détérioration du statut depuis 2004. Nos résultats fournissent des aperçus sur les hotspots de la biodiversité des amphibiens et les groupes taxonomiques qui pourraient être particulièrement vulnérables aux événements climatiques extrêmes, suggérant que ces événements jouent un rôle causal dans les déclin en cours. Comprendre les aspects de la biologie des espèces qui influencent la vulnérabilité aux événements extrêmes, ainsi que les interactions avec d'autres facteurs (par exemple, les maladies), sera important pour comprendre le rôle du changement climatique dans la conduite des déclin des amphibiens.",
    url = "https://doi.org/10.1111/cobi.70074",
    doi = "10.1111/cobi.70074",
    openalex = "W4410938023",
    references = "doi101038s41467022344744"
}

RÉSUMÉ Objectif Les écosystèmes d'eau douce couvrent moins de 3 % de la surface de la Terre, mais abritent près de 10 % de toutes les espèces animales connues, principalement représentées par les poissons d'eau douce et les amphibiens, deux groupes fortement menacés. Les espèces d'eau douce géographiquement isolées, telles que celles habitant les îles, sont à haut risque. L'Australie, avec près de 9300 îles, abrite une faune d'eau douce insulaire diversifiée. Cependant, le manque de littérature publiée sur leur occurrence insulaire, leurs menaces et leur gestion entrave une conservation efficace à travers les îles. Nous visons à décrire les modèles de répartition des amphibiens et des poissons d'eau douce sur les îles et à analyser les caractéristiques insulaires qui influencent ces modèles. Localisation Les îles de l'Australie. Méthodes Nous avons compilé la première base de données des occurrences d'amphibiens et de poissons d'eau douce à travers les îles de l'Australie. En utilisant cette base de données, nous avons utilisé une analyse de régression pour examiner les principaux facteurs influençant les modèles de répartition, la richesse spécifique et la composition spécifique sur les îles de l'Australie. Résultats Nous avons trouvé que 102 amphibiens et 95 poissons d'eau douce se trouvent sur les îles de l'Australie. Cinquante-cinq poissons étaient des espèces obligatoirement d'eau douce, 21 étaient euryhalines et 19 étaient diadromes. Bien que les poissons d'eau douce aient montré une richesse inférieure sur les îles par rapport aux amphibiens, potentiellement en raison d'efforts d'enquête plus faibles, les poissons avaient une proportion plus élevée d'espèces menacées et exotiques. Les îles avec plus de précipitations et plus proches du continent ont hébergé une plus grande richesse en amphibiens, ce qui a probablement conservé les assemblages d'amphibiens du continent ou a été plus facilement colonisé. En revanche, les îles plus grandes ont hébergé une plus grande richesse en poissons d'eau douce, où des habitats diversifiés étaient susceptibles de soutenir plus d'espèces. Conclusions principales En utilisant la nouvelle base de données compilée, nous avons trouvé que les occurrences d'amphibiens et de poissons d'eau douce sur les îles étaient influencées par le climat, la taille de l'île et la distance par rapport au continent. Cela fournit une base pour des études ultérieures sur la phylogénie et la biogéographie. Cette recherche contribue à la conservation future des amphibiens et des poissons d'eau douce sur les îles en révélant des îles de préoccupation potentielle pour la conservation et pose les bases pour des travaux futurs de priorisation spatiale.

@article{doi101111ddi70062,
    author = "Ho, Samuel Chak Lam et Hart, Simon P. et Hammer, Michael P. et Baxter, P. W. J. et Unmack, Peter J. et Kark, Salit",
    title = "Diversité et répartition des amphibiens et des poissons d'eau douce sur les îles australiennes",
    year = "2025",
    journal = "Diversité et distributions",
    abstract = "RÉSUMÉ Objectif Les écosystèmes d'eau douce couvrent moins de 3 % de la surface de la Terre, mais abritent près de 10 % de toutes les espèces animales connues, principalement représentées par les poissons d'eau douce et les amphibiens, deux groupes fortement menacés. Les espèces d'eau douce géographiquement isolées, telles que celles habitant les îles, sont à haut risque. L'Australie, avec près de 9300 îles, abrite une faune d'eau douce insulaire diversifiée. Cependant, le manque de littérature publiée sur leur occurrence insulaire, leurs menaces et leur gestion entrave une conservation efficace à travers les îles. Nous visons à décrire les modèles de répartition des amphibiens et des poissons d'eau douce sur les îles et à analyser les caractéristiques insulaires qui influencent ces modèles. Localisation Les îles de l'Australie. Méthodes Nous avons compilé la première base de données des occurrences d'amphibiens et de poissons d'eau douce à travers les îles de l'Australie. En utilisant cette base de données, nous avons utilisé une analyse de régression pour examiner les principaux facteurs influençant les modèles de répartition, la richesse spécifique et la composition spécifique sur les îles de l'Australie. Résultats Nous avons trouvé que 102 amphibiens et 95 poissons d'eau douce se trouvent sur les îles de l'Australie. Cinquante-cinq poissons étaient des espèces obligatoirement d'eau douce, 21 étaient euryhalines et 19 étaient diadromes. Bien que les poissons d'eau douce aient montré une richesse inférieure sur les îles par rapport aux amphibiens, potentiellement en raison d'efforts d'enquête plus faibles, les poissons avaient une proportion plus élevée d'espèces menacées et exotiques. Les îles avec plus de précipitations et plus proches du continent ont hébergé une plus grande richesse en amphibiens, ce qui a probablement conservé les assemblages d'amphibiens du continent ou a été plus facilement colonisé. En revanche, les îles plus grandes ont hébergé une plus grande richesse en poissons d'eau douce, où des habitats diversifiés étaient susceptibles de soutenir plus d'espèces. Conclusions principales En utilisant la nouvelle base de données compilée, nous avons trouvé que les occurrences d'amphibiens et de poissons d'eau douce sur les îles étaient influencées par le climat, la taille de l'île et la distance par rapport au continent. Cela fournit une base pour des études ultérieures sur la phylogénie et la biogéographie. Cette recherche contribue à la conservation future des amphibiens et des poissons d'eau douce sur les îles en révélant des îles de préoccupation potentielle pour la conservation et pose les bases pour des travaux futurs de priorisation spatiale.",
    url = "https://doi.org/10.1111/ddi.70062",
    doi = "10.1111/ddi.70062",
    openalex = "W4412684498",
    references = "doi101002joc1276, doi101007978140208259754, doi101016jjhydrol200403028, doi101017s1464793105006950, doi101073pnas1602480113, doi101111brv12480, doi101111j155856461963tb03295x, doi101146annurevecolsys34012103144032, doi1015159781400881376, doi1018637jssv034i02, doi101899081711"
}

@misc{doi1021203rs3rs5921108v1,
    author = "Salazar, Jazmín M. et Rojas, Juan Sebastián et Riofrío, Romel et Siavichay, Fausto R. et Carrera, Mónica et Mogrovejo, Adriana et Barrera-Galicia, Guadalupe C. et Valdez-Tenezaca, Adrián",
    title = "Caractérisation du microbiota cultivable associé à la peau d'amphibiens (Anura) dans les Andes méridionales de l'Équateur",
    year = "2025",
    booktitle = "Research Square",
    url = "https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-5921108/v1",
    doi = "10.21203/rs.3.rs-5921108/v1",
    openalex = "W4409095918",
    references = "doi1010029780470278376, doi101007978140208259754, doi101038nrg3182, doi101038nrmicro1129, doi101038s41586023065784, doi101086600885, doi101126science421074161, doi101126scienceaav0379, doi101128cmr0001407, doi101128cmr122310, doi101128mmbr6744915022003"
}

Résumé Le Crétacé supérieur a été marqué par de nombreuses séquences de transgression-régression et le début d'une phase de refroidissement global au début du Campanien. Dans l'archipel européen, ces changements environnementaux, combinés à une tectonique des plaques active, ont facilité la formation de ponts terrestres éphémères qui ont servi de routes de dispersion pour une variété de clades. Cependant, le timing et les mécanismes de ces dispersions restent mal compris, notamment en raison de la rareté des affleurements continentaux du Campanien inférieur contenant des fossiles. Au cours des deux dernières décennies, le site de Villeveyrac (Hérault, France) a livré des dépôts d'eau douce du Campanien inférieur, particulièrement riches en vertébrés et en plantes. Malgré des découvertes abondantes, la diversité des amphibiens et des squamates a été peu documentée. Dans cette étude, nous identifions six taxons d'amphibiens (Albanerpetontidae, ?Palaeobatrachidae indet., ?Neobatrachia indet., Batrachosauroididae indet., et deux anoures indéterminés) ainsi que six taxons de squamates, qui incluent un lézard pan-shinisaur, un serpent madtsoïde du genre Herensugea et un monstersaur indéterminé, ?anguid, iguanomorphe et squamate. Six de ces 12 taxons, à savoir le paléobatrachidé, le batrachosauroididé, le pan-shinisaur, le madtsoïde, le monstersaur et l'iguanomorphe, correspondent à la première occurrence de leurs clades en Europe. De plus, nous documentons provisoirement l'un des anguids les plus anciens du monde. Pour chacun de ces groupes, nous discutons des implications paléobiogéographiques et paléoenvironnementales. La composition en amphibiens et squamates met en évidence une combinaison de caractéristiques aquatiques, semi-aquatiques et terrestres, cohérente avec d'autres restes animaux et végétaux. Les dépôts du Campanien inférieur de Villeveyrac sont donc interprétés comme une plaine inondable avec des cours d'eau entrelacés, des chenaux fluviaux et des habitats riverains et palustres environnants, sous un climat subtropical chaud et humide.

@article{doi101002spp270055,
    author = "Jansen, Olivier et Garcia, Géraldine et Otero, Olga et Augé, Marc et Gomez, Bernard et Valentin, Xavier",
    title = "Amphibiens et squamates d'eau douce de Villeveyrac (Campanien inférieur ; Hérault, France) : paléodiversité, paléoenvironnement et implications pour la paléobiogéographie du Crétacé supérieur de la faune herpétologique européenne",
    year = "2026",
    journal = "Papers in Palaeontology",
    abstract = "Résumé Le Crétacé supérieur a été marqué par de nombreuses séquences de transgression-régression et le début d'une phase de refroidissement global au début du Campanien. Dans l'archipel européen, ces changements environnementaux, combinés à une tectonique des plaques active, ont facilité la formation de ponts terrestres éphémères qui ont servi de routes de dispersion pour une variété de clades. Cependant, le timing et les mécanismes de ces dispersions restent mal compris, notamment en raison de la rareté des affleurements continentaux du Campanien inférieur contenant des fossiles. Au cours des deux dernières décennies, le site de Villeveyrac (Hérault, France) a livré des dépôts d'eau douce du Campanien inférieur, particulièrement riches en vertébrés et en plantes. Malgré des découvertes abondantes, la diversité des amphibiens et des squamates a été peu documentée. Dans cette étude, nous identifions six taxons d'amphibiens (Albanerpetontidae, ?Palaeobatrachidae indet., ?Neobatrachia indet., Batrachosauroididae indet., et deux anoures indéterminés) ainsi que six taxons de squamates, qui incluent un lézard pan-shinisaur, un serpent madtsoïde du genre Herensugea et un monstersaur indéterminé, ?anguid, iguanomorphe et squamate. Six de ces 12 taxons, à savoir le paléobatrachidé, le batrachosauroididé, le pan-shinisaur, le madtsoïde, le monstersaur et l'iguanomorphe, correspondent à la première occurrence de leurs clades en Europe. De plus, nous documentons provisoirement l'un des anguids les plus anciens du monde. Pour chacun de ces groupes, nous discutons des implications paléobiogéographiques et paléoenvironnementales. La composition en amphibiens et squamates met en évidence une combinaison de caractéristiques aquatiques, semi-aquatiques et terrestres, cohérente avec d'autres restes animaux et végétaux. Les dépôts du Campanien inférieur de Villeveyrac sont donc interprétés comme une plaine inondable avec des cours d'eau entrelacés, des chenaux fluviaux et des habitats riverains et palustres environnants, sous un climat subtropical chaud et humide.",
    url = "https://doi.org/10.1002/spp2.70055",
    doi = "10.1002/spp2.70055",
    openalex = "W7125796552",
    references = "doi1010800272463420212003372, doi1010800891296320211881084, doi1010800891296320222054712"
}

L'introduction d'espèces représente aujourd'hui l'un des problèmes les plus importants de la conservation de la nature. Une attention particulière est portée aux plantes vasculaires et aux vertébrés exotiques. Cependant, dans la région afrotropicale (Afrique subsaharienne), il manque une revue complète des amphibiens et des reptiles exotiques. Le présent article constitue une tentative de recensement de l'état, de la répartition et des menaces posées par les espèces de reptiles et d'amphibiens introduites en Afrique subsaharienne depuis la seconde moitié du XVIIIe siècle. Cette revue comprend 21 espèces d'amphibiens (dont 10 établies) et 57 espèces de reptiles (dont 33 établies) introduites en Afrique subsaharienne. La plupart des espèces introduites en Afrique subsaharienne qui ont ensuite développé des populations viables proviennent des régions malgache (32 %), afrotropicale (30 %) et orientale (27 %). La plupart des introductions ont eu lieu au cours des deux dernières décennies, principalement en raison de l'augmentation du commerce international et de l'industrie des animaux de compagnie reptiles, en particulier en Afrique du Sud. Les introductions clandestines et le commerce des animaux de compagnie sont les voies d'introduction les plus courantes. Plusieurs facteurs déterminent l'établissement réussi des espèces de reptiles et d'amphibiens exotiques introduites en Afrique subsaharienne, à savoir les traits comportementaux et morphologiques, la pression des propagules, le chevauchement climatique et d'habitat, et la présence d'espèces potentiellement concurrentes. L'impact des reptiles et d'amphibiens exotiques en Afrique subsaharienne sur la biodiversité locale n'est pas bien étudié. Par rapport aux autres continents, le nombre d'espèces de reptiles et d'amphibiens introduites et établies en Afrique subsaharienne est relativement faible. La région malgache compte le plus grand nombre d'espèces de reptiles et d'amphibiens introduites en Afrique subsaharienne.

@article{doi103390biology15080639,
    author = "Kopij, Grzegorz",
    title = "Herping the African Continent: Alien Amphibians and Reptiles in Sub-Saharan Africa.",
    year = "2026",
    journal = "Biology",
    abstract = "Introduction of species represents today one of the most important problems of nature conservation. Special attention is paid to alien vascular plants and vertebrates. In the Afrotropical Region (sub-Saharan Africa), however, there is a lack of comprehensive review of alien amphibians and reptiles. The presented paper constitutes an attempt to overview the status, distribution and threats posed by introduced herp species to sub-Saharan Africa since the second half of the 18th century. This review includes 21 amphibian (including 10 established) and 57 reptile (including 33 established) species introduced to sub-Saharan Africa. Most species introduced to sub-Saharan Africa which subsequently developed viable populations originated from the Malagasy (32\%), Afrotropical (30\%), and Oriental (27\%) Regions. Most introductions were made in the last two decades, mostly as results of an increase in international trade and herp pet industry, especially in South Africa. Stowaway and pet trade are the most common pathways of introductions. Several factors determine the successful establishment of introduced alien herp species in sub-Saharan Africa, viz. behavioral and morphological traits, propagule pressure, climate and habitat overlap, and presence of potentially competing species. The impact of alien herps in sub-Saharan Africa on the local biodiversity is not well investigated. In comparison with other continents the number of introduced and established herp species in sub-Saharan Africa is relatively low. The Malagasy Region has the highest number of introduced herp species in sub-Saharan Africa.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42041919/",
    doi = "10.3390/biology15080639",
    pmid = "42041919"
}