Angiospermes

@misc{arnold1947introduction1,
    author = "Arnold, C. A",
    title = "Introduction à la paléobotanique",
    year = "1947",
    howpublished = "New York, McGraw-Hill, 433 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Arnold, C. A., 1947, Introduction à la paléobotanique : New York, McGraw-Hill, 433 p.}"
}

@article{doi1023071943261,
    author = "Stebbins, G. Ledyard",
    title = "Preuves sur les taux d'évolution à partir de la distribution des espèces végétales existantes et fossiles",
    year = "1947",
    journal = "Ecological Monographs",
    url = "https://doi.org/10.2307/1943261",
    doi = "10.2307/1943261",
    openalex = "W1998160448"
}

@book{chaney1949evolutionary2,
    author = "Chaney, R. W",
    title = "Tendances évolutives chez les angiospermes, in Jepsen, G. L., Simpson, G. G., et Mayr, E., éd., Génétique, Paléontologie et Évolution",
    year = "1949",
    publisher = "Princeton, New Jersey, Princeton University Press, p. 190-201 ; 474 p",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Chaney, R. W., 1949, Tendances évolutives chez les angiospermes, in Jepsen, G. L., Simpson, G. G., et Mayr, E., éd., Génétique, Paléontologie et Évolution : Princeton, New Jersey, Princeton University Press, p. 190-201 ; 474 p.}"
}

Article de journal A THEORY OF ANGIOSPERM EVOLUTION Accéder Daniel I. Axelrod Daniel I. Axelrod Université de Californie Los Angeles Rechercher d'autres travaux de cet auteur sur : Oxford Academic Google Scholar Évolution, Volume 6, Numéro 1, 1er mars 1952, Pages 29–60, https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1952.tb02810.x Publié : 1er mars 1952 Historique de l'article Reçu : 22 octobre 1951 Publié : 1er mars 1952

@article{doi101111j155856461952tb02810x,
    author = "Axelrod, Daniel I.",
    title = "A THEORY OF ANGIOSPERM EVOLUTION",
    year = "1952",
    journal = "Évolution",
    abstract = "Article de journal A THEORY OF ANGIOSPERM EVOLUTION Accéder Daniel I. Axelrod Daniel I. Axelrod Université de Californie Los Angeles Rechercher d'autres travaux de cet auteur sur : Oxford Academic Google Scholar Évolution, Volume 6, Numéro 1, 1er mars 1952, Pages 29–60, https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1952.tb02810.x Publié : 1er mars 1952 Historique de l'article Reçu : 22 octobre 1951 Publié : 1er mars 1952",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1952.tb02810.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1952.tb02810.x",
    openalex = "W2320024939",
    references = "doi101144transglas211117"
}

@article{doi1023072405502,
    author = "Axelrod, Daniel I.",
    title = "A Theory of Angiosperm Evolution",
    year = "1952",
    journal = "Évolution",
    url = "https://doi.org/10.2307/2405502",
    doi = "10.2307/2405502",
    openalex = "W4240185923"
}

@inproceedings{whittaker1969evolution4,
    author = "Whittaker, R. H",
    title = "Évolution de la diversité dans les communautés végétales",
    year = "1969",
    booktitle = "Brookhaven Symposium on Biology, v. 22, p. 178-196",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Whittaker, R. H., 1969, Évolution de la diversité dans les communautés végétales : Brookhaven Symposium on Biology, v. 22, p. 178-196.}"
}

@incollection{banks1970angiosperms,
    author = "Banks, Harlan P.",
    title = "Angiospermes — l'aboutissement de l'évolution végétale",
    year = "1970",
    booktitle = "Évolution et plantes du passé",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-1-349-01818-5\_9",
    doi = "10.1007/978-1-349-01818-5\_9",
    openalex = "W2482891615",
    pages = "147-160",
    references = "doi101111j155856461952tb02810x, doi101144gsljgs1923079010409, doi1023071943261, doi1023072405502, doi1023072799872, doi105962bhltitle110147, openalexw1560240034"
}

@article{doi1023071218350,
    author = "Cronquist, Arthur et Stebbins, G. Ledyard",
    title = "Flowering Plants. Evolution above the Species Level",
    year = "1975",
    journal = "Taxon",
    url = "https://doi.org/10.2307/1218350",
    doi = "10.2307/1218350",
    openalex = "W1589280229"
}

@article{doi1023072418725,
    author = "Thorne, Robert F. et Beck, Charles B.",
    title = "Origin and Early Evolution of Angiosperms.",
    year = "1976",
    journal = "Systematic Botany",
    url = "https://doi.org/10.2307/2418725",
    doi = "10.2307/2418725",
    openalex = "W1981841294"
}

RÉSUMÉ Selon l'hypothèse de Gause, une conséquence du processus d'évolution par sélection naturelle est que dans une communauté à l'équilibre, chaque espèce doit occuper un niché différent. De nombreux botanistes ont trouvé cette idée improbable car ils ont ignoré les processus de régénération dans les communautés végétales. La plupart des communautés végétales sont plus longévives que les plantes individuelles qui les constituent. Lorsqu'un individu meurt, il peut être ou non remplacé par un individu de la même espèce. C'est cette étape de remplacement qui est cruciale pour l'argumentation présentée. Plusieurs mécanismes ne impliquant pas la régénération contribuent également au maintien de la richesse spécifique : les différences de forme de vie couplées à l'incapacité des plantes plus grandes d'épuiser ou de couper toutes les ressources, le développement de relations de dépendance, les différences de phénologie couplées à la tolérance de la suppression, les fluctuations de l'environnement couplées à des différences relativement faibles en matière de capacité compétitive entre de nombreuses espèces, la capacité de certaines paires d'espèces à former des mélanges stables en raison d'un équilibre entre la compétition intraspécifique et la compétition interspécifique, la production de substances plus toxiques pour l'espèce productrice que pour les autres espèces, les différences dans les minéraux nutritifs limitants primaires ou les tailles de pores dans le sol pour les plantes voisines de différentes espèces, et les différences en matière de capacités compétitives des espèces dépendant de leur âge physiologique couplées à la structure d'âge inégale de nombreuses populations. Les mécanismes listés ci-dessus n'expliquent pas suffisamment la persistance indéfinie en mélange de nombreuses espèces dans les communautés les plus riches en espèces connues. En revanche, il semble exister presque des possibilités illimitées de différences entre les espèces dans leurs besoins en matière de régénération, c'est-à-dire le remplacement des plantes d'une génération par celles de la suivante. Cette idée est illustrée pour les espèces d'arbres et il est souligné que les forestiers ont été les premiers, de loin, à apprécier son importance. Les processus impliqués dans l'invasion réussie d'un trou par une espèce végétale donnée et certains caractères du trou qui peuvent être importants sont résumés dans le Tableau 2. La définition du niché d'une plante nécessite la reconnaissance de quatre composantes : le niché d'habitat, le niché de forme de vie, le niché phénologique et le niché de régénération. Un bref compte rendu est donné des schémas de régénération dans différents types de communautés végétales pour fournir un contexte aux études sur la différenciation dans le niché de régénération. Toutes les étapes du cycle de régénération sont potentiellement importantes et des exemples de différenciation entre espèces sont donnés pour chacune des étapes suivantes : production de graines viables (incluant les sous-étapes de floraison, de pollinisation et de fructification), dispersion, dans l'espace et le temps, germination, établissement et développement ultérieur de la plante immature. Dans la discussion conclusive, l'accent est mis sur les thèmes suivants : les types de travaux nécessaires à l'avenir pour prouver ou infirmer que la différenciation dans le niché de régénération est l'explication majeure du maintien de la richesse spécifique dans les communautés végétales, la relation de la présente thèse aux idées publiées sur l'origine de l'étalement phénologique, la pertinence de la présente thèse à la discussion sur la présence de continus dans la végétation, la coïncidence de la présente thèse et des idées émergentes des évolutionnistes sur la différenciation des taxons d'angiospermes, et l'importance des études sur la régénération pour la conservation.

@article{doi101111j1469185x1977tb01347x,
    author = "Grubb, P. J.",
    title = "LE MAINTIEN DE LA RICHESSE EN ESPÈCES DANS LES COMMUNAUTÉS VÉGÉTALES : L'IMPORTANCE DE LA NICHE DE RÉGÉNÉRATION",
    year = "1977",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society",
    abstract = "RÉSUMÉ Selon l'hypothèse de Gause, une conséquence du processus d'évolution par sélection naturelle est que, dans une communauté à l'équilibre, chaque espèce doit occuper une niche différente. De nombreux botanistes ont trouvé cette idée improbable car ils ont ignoré les processus de régénération dans les communautés végétales. La plupart des communautés végétales sont plus longévives que les individus végétaux qui les constituent. Lorsqu'un individu meurt, il peut être ou non remplacé par un individu de la même espèce. C'est cette étape de remplacement qui est cruciale pour l'argumentation présentée. Plusieurs mécanismes ne impliquant pas la régénération contribuent également au maintien de la richesse en espèces : les différences de forme de vie couplées à l'incapacité des plantes plus grandes d'épuiser ou de couper toutes les ressources, le développement de relations de dépendance, les différences de phénologie couplées à la tolérance de la suppression, les fluctuations de l'environnement couplées à des différences relativement faibles en capacité compétitive entre de nombreuses espèces, la capacité de certaines paires d'espèces à former des mélanges stables en raison d'un équilibre entre la compétition intraspécifique et la compétition interspécifique, la production de substances plus toxiques pour l'espèce productrice que pour les autres espèces, les différences dans les minéraux limitants primaires ou les tailles de pores dans le sol pour les plantes voisines de différentes espèces, et les différences en capacités compétitives d'espèces dépendant de leur âge physiologique couplées à la structure d'âge inégale de nombreuses populations. Les mécanismes listés ci-dessus n'expliquent pas suffisamment la persistance indéfinie en mélange de nombreuses espèces dans les communautés les plus riches en espèces connues. En revanche, il semble qu'il existe presque des possibilités illimitées de différences entre les espèces dans leurs besoins en régénération, c'est-à-dire le remplacement des individus d'une génération par ceux de la suivante. Cette idée est illustrée pour les espèces d'arbres et il est souligné que les forestiers ont été les premiers, de loin, à apprécier son importance. Les processus impliqués dans l'invasion réussie d'un trou par une espèce végétale donnée et certains caractères du trou qui peuvent être importants sont résumés dans le Tableau 2. La définition de la niche d'une plante nécessite la reconnaissance de quatre composantes : la niche d'habitat, la niche de forme de vie, la niche phénologique et la niche de régénération. Un bref compte rendu est donné des modèles de régénération dans différents types de communautés végétales pour fournir un contexte pour les études de différenciation dans la niche de régénération. Toutes les étapes du cycle de régénération sont potentiellement importantes et des exemples de différenciation entre espèces sont donnés pour chacune des étapes suivantes : production de graines viables (incluant les sous-étapes de floraison, de pollinisation et de fructification), dispersion, dans l'espace et le temps, germination, établissement et développement ultérieur de la plante immature. Dans la discussion conclusive, l'accent est mis sur les thèmes suivants : les types de travaux nécessaires à l'avenir pour prouver ou infirmer que la différenciation dans la niche de régénération est l'explication principale du maintien de la richesse en espèces dans les communautés végétales, la relation de la thèse actuelle aux idées publiées sur l'origine de l'étalement phénologique, la pertinence de la thèse actuelle à la discussion sur la présence de continus dans la végétation, la coïncidence de la thèse actuelle et des idées émergentes des évolutionnistes sur la différenciation des taxons d'angiospermes, et l'importance des études de régénération pour la conservation.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1469-185x.1977.tb01347.x",
    doi = "10.1111/j.1469-185x.1977.tb01347.x",
    openalex = "W2119259345",
    references = "doi101038242344a0, doi101086282070, doi101086282687, doi101093biomet3812196, doi101111j155856461969tb03489x, doi101126science1473655250, doi1015159780691206912, doi1023071218190, doi1023071929601, doi1023072256497, doi1023072258550, doi1023072989767, openalexw1532540194"
}

@article{doi101007bf02806171,
    title = "Évolution et classification des plantes à fleurs",
    year = "1979",
    journal = "Brittonia",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf02806171",
    doi = "10.1007/bf02806171",
    openalex = "W1589755459"
}

@article{doi101007bf02861082,
    author = "Doyle, James A. et Donoghue, Michael J.",
    title = "Phylogénie des plantes à graines et origine des angiospermes : Une approche cladistique expérimentale",
    year = "1986",
    journal = "The Botanical Review",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf02861082",
    doi = "10.1007/bf02861082",
    openalex = "W2063845391",
    references = "doi101007bf02858880, doi101126science2314734129, doi1023072413454, doi105962bhltitle118957, openalexw3126336940"
}

L'évolution et la classification des plantes à fleurs, L'évolution et la classification des plantes à fleurs, مرکز فناوری اطلاعات و اطلاع رسانی کشاورزی

@article{doi1023072418914,
    author = "Keener, Carl S. et Cronquist, Arthur",
    title = "L'évolution et la classification des plantes à fleurs.",
    year = "1989",
    journal = "Systematic Botany",
    abstract = "L'évolution et la classification des plantes à fleurs, L'évolution et la classification des plantes à fleurs, مرکز فناوری اطلاعات و اطلاع رسانی کشاورزی",
    url = "https://doi.org/10.2307/2418914",
    doi = "10.2307/2418914",
    openalex = "W3020856028"
}

@misc{freidman1990double3,
    author = "Freidman, W. E",
    title = "Double fertilization in Ephedra, une plante non florifère ; son apport à l'origine des angiospermes",
    year = "1990",
    howpublished = "Science, v. 247, p. 951",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Freidman, W. E., 1990, Double fertilization in Ephedra, une plante non florifère ; son apport à l'origine des angiospermes: Science, v. 247, p. 951.}"
}

Des variations étendues des taux de substitution synonymes et non synonymes ont été observées parmi 50 séquences du gène codant pour la grande sous-unité de la ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase (rbcL) représentant les taxons des bryophytes, des conifères, des dicotylédones et des monocotylédones. Les tests de taux relatif ont révélé des différences de taux allant jusqu'à 138 % pour les substitutions non synonymes et jusqu'à 85 % pour les substitutions synonymes. Chez les angiospermes, les formes annuelles ont évolué plus rapidement, en moyenne, que les formes pérennes. Cette hétérogénéité de taux était plus étendue aux sites non synonymes qu'aux sites synonymes, et elle résultait principalement d'une accélération récente du taux de substitution dans de nombreux groupes d'angiospermes.

@article{doi101073pnas89167844,
    author = "Bousquet, Jean et Strauss, Steven H. et Doerksen, Allan H. et Price, Robert A.",
    title = "Variations étendues du taux évolutif des séquences du gène rbcL chez les plantes à graines.",
    year = "1992",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Des variations étendues des taux de substitution synonymes et non synonymes ont été observées parmi 50 séquences du gène codant pour la grande sous-unité de la ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase (rbcL) représentant les taxons des bryophytes, des conifères, des dicotylédones et des monocotylédones. Les tests de taux relatif ont révélé des différences de taux allant jusqu'à 138 % pour les substitutions non synonymes et jusqu'à 85 % pour les substitutions synonymes. Chez les angiospermes, les formes annuelles ont évolué plus rapidement, en moyenne, que les formes pérennes. Cette hétérogénéité de taux était plus étendue aux sites non synonymes qu'aux sites synonymes, et elle résultait principalement d'une accélération récente du taux de substitution dans de nombreux groupes d'angiospermes.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.89.16.7844",
    doi = "10.1073/pnas.89.16.7844",
    openalex = "W1968683533"
}

Les contraintes physiologiques et écologiques jouent un rôle clé dans l'évolution des modèles de croissance des plantes, en particulier par rapport aux défenses contre les herbivores. Les théories phénotypiques et de l'histoire de vie sont unifiées dans le cadre de l'équilibre croissance-différenciation (GDB), formant un système intégré de théories expliquant et prédisant les modèles de défense des plantes et les interactions compétitives dans le temps écologique et évolutif. L'activité végétale au niveau cellulaire peut être classée comme croissance (division et élargissement des cellules) ou différenciation (changements chimiques et morphologiques menant à la maturation et à la spécialisation des cellules). L'hypothèse GDB de la défense des plantes repose sur un compromis physiologique entre les processus de croissance et de différenciation. Le compromis entre croissance et défense existe parce que le métabolisme secondaire et le renforcement structural sont physiologiquement contraints dans les cellules en division et en élargissement, et parce qu'ils détournent les ressources de la production de nouvelle surface foliaire. D'où le dilemme des plantes : elles doivent grandir assez vite pour se compléter, tout en maintenant les défenses nécessaires pour survivre en présence de pathogènes et d'herbivores. Le compromis physiologique entre croissance et processus de différenciation interagit avec l'herbivorie et la compétition plante-plante pour se manifester comme un compromis génétique entre croissance et défense dans l'évolution des stratégies d'histoire de vie des plantes. Les théories évolutives de la défense des plantes sont examinées. Nous étendons également un modèle standard de taux de croissance en séparant ses composantes écologiques et évolutives, et en formalisant le rôle de la compétition dans l'évolution de la défense des plantes. Nous concluons avec un modèle conceptuel de l'évolution de la défense des plantes dans lequel les compromis physiologiques des plantes interagissent avec l'environnement abiotique, la compétition et l'herbivorie.

@article{doi101086417659,
    author = "Herms, Daniel A. and Mattson, William J.",
    title = "The Dilemma of Plants: To Grow or Defend",
    year = "1992",
    journal = "The Quarterly Review of Biology",
    abstract = "Les contraintes physiologiques et écologiques jouent un rôle clé dans l'évolution des modèles de croissance des plantes, en particulier par rapport aux défenses contre les herbivores. Les théories phénotypiques et de l'histoire de vie sont unifiées dans le cadre de l'équilibre croissance-différenciation (GDB), formant un système intégré de théories expliquant et prédisant les modèles de défense des plantes et les interactions compétitives dans le temps écologique et évolutif. L'activité végétale au niveau cellulaire peut être classée comme croissance (division et élargissement des cellules) ou différenciation (changements chimiques et morphologiques menant à la maturation et à la spécialisation des cellules). L'hypothèse GDB de la défense des plantes repose sur un compromis physiologique entre les processus de croissance et de différenciation. Le compromis entre croissance et défense existe parce que le métabolisme secondaire et le renforcement structural sont physiologiquement contraints dans les cellules en division et en élargissement, et parce qu'ils détournent les ressources de la production de nouvelle surface foliaire. D'où le dilemme des plantes : elles doivent grandir assez vite pour se compléter, tout en maintenant les défenses nécessaires pour survivre en présence de pathogènes et d'herbivores. Le compromis physiologique entre croissance et processus de différenciation interagit avec l'herbivorie et la compétition plante-plante pour se manifester comme un compromis génétique entre croissance et défense dans l'évolution des stratégies d'histoire de vie des plantes. Les théories évolutives de la défense des plantes sont examinées. Nous étendons également un modèle standard de taux de croissance en séparant ses composantes écologiques et évolutives, et en formalisant le rôle de la compétition dans l'évolution de la défense des plantes. Nous concluons avec un modèle conceptuel de l'évolution de la défense des plantes dans lequel les compromis physiologiques des plantes interagissent avec l'environnement abiotique, la compétition et l'herbivorie.",
    url = "https://doi.org/10.1086/417659",
    doi = "10.1086/417659",
    openalex = "W1990151103",
    references = "doi101007bf02860717, doi101086283244, doi101086284531, doi101111j109583121989tb00492x, doi101111j155856461964tb01674x, doi101111j155856461985tb00391x, doi101126science12933611466, doi101126science1713973757, doi101126science188418319, doi101126science2304728895, doi101146annureves19110188000551, doi1023071942495, doi1023072259845, doi1023072389364, openalexw2169917233"
}

Les comparaisons entre taxons sœurs montrent une corrélation positive significative entre le taux d'évolution du gène chloroplastique rbc L au sein des familles de plantes à fleurs (angiospermes) et le nombre d'espèces dans ces familles. Nous discutons brièvement des scénarios évolutifs alternatifs qui pourraient avoir généré cette relation entre la diversification des espèces et l'évolution moléculaire chez les plantes à fleurs.

@article{doi101098rspb19960088,
    author = "Barraclough, Timothy G. et Harvey, Paul et Nee, Sean",
    title = "Taux d'évolution de la séquence du gène rbc L et diversification des espèces chez les plantes à fleurs (angiospermes)",
    year = "1996",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Les comparaisons entre taxons sœurs montrent une corrélation positive significative entre le taux d'évolution du gène chloroplastique rbc L au sein des familles de plantes à fleurs (angiospermes) et le nombre d'espèces dans ces familles. Nous discutons brièvement des scénarios évolutifs alternatifs qui pourraient avoir généré cette relation entre la diversification des espèces et l'évolution moléculaire chez les plantes à fleurs.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.1996.0088",
    doi = "10.1098/rspb.1996.0088",
    openalex = "W2121360952",
    references = "doi101006mpev19931009, doi101038355511a0, doi101073pnas89167844, doi101098rspb19950031, doi101111j109600311989tb00482x, doi101146annureves22110191001433, doi1023071222465, doi1023072399846, doi1023074109916"
}

Les analyses cladistiques récentes révèlent la phylogénie des plantes à fleurs avec un détail croissant, et il existe un soutien pour la monophylie de nombreux groupes majeurs au-dessus du niveau familial. Avec de nombreux éléments de la séquence de branchement majeure de la phylogénie établis, une classification suprafamiliale révisée des plantes à fleurs devient à la fois réalisable et souhaitable. Ici, nous présentons une classification de 462 familles de plantes à fleurs en 40 ordres supposés monophylétiques et un petit nombre de groupes supérieurs informels monophylétiques. Ces derniers sont les monocotylédones, les commélinoides, les eudicotylédones, les eudicotylédones de cœur, les rosids incluant les eurosids I et II, et les asteridées incluant les euasteridées I et II. Sous ces groupes informels, sont également listées un certain nombre de familles sans affectation à un ordre. À la fin du système se trouve une liste supplémentaire de familles de position incertaine pour lesquelles aucune donnée ferme n'existe concernant leur placement n'importe où dans le système. Pourquoi réorganiser les familles, encore moins formaliser les ordres ? Les classifications de haut niveau, le regroupement des espèces en familles, ordres, etc., sont nécessaires comme outils de référence non seulement en systématique mais aussi dans de nombreuses autres branches de la biologie. La connaissance des relations phylogénétiques des groupes majeurs d'organismes, c'est-à-dire une perspective phylogénétique, devient de plus en plus importante, et donc le besoin d'une classification phylogénétique comme outil de référence devient également impératif. Notre focus principal est sur les ordres avec une emphase secondaire sur les familles de plantes à fleurs. La famille est centrale en systématique des plantes à fleurs. Par exemple, en étudiant une plante inconnue, nous identifions généralement d'abord celle-ci à la famille. Les ordres, d'autre part, ont jusqu'à très récemment été d'une importance minime, soit étant morphologiquement non reconnaissables, soit dans la plupart des cas manquant toute cohérence évolutive (Heywood, 1977; Merxmiiller, 1977). Cependant, les ordres sont utiles pour l'enseignement, pour l'étude de

@article{doi1023072992015,
    title = "Une classification ordinale pour les familles des plantes à fleurs",
    year = "1998",
    journal = "Annals of the Missouri Botanical Garden",
    abstract = "Les analyses cladistiques récentes révèlent la phylogénie des plantes à fleurs avec un détail croissant, et il existe un soutien pour la monophylie de nombreux groupes majeurs au-dessus du niveau familial. Avec de nombreux éléments de la séquence de branchement majeure de la phylogénie établis, une classification suprafamiliale révisée des plantes à fleurs devient à la fois réalisable et souhaitable. Ici, nous présentons une classification de 462 familles de plantes à fleurs en 40 ordres supposés monophylétiques et un petit nombre de groupes supérieurs informels monophylétiques. Ces derniers sont les monocotylédones, les commélinoides, les eudicotylédones, les eudicotylédones de cœur, les rosids incluant les eurosids I et II, et les asteridées incluant les euasteridées I et II. Sous ces groupes informels, sont également listées un certain nombre de familles sans affectation à un ordre. À la fin du système se trouve une liste supplémentaire de familles de position incertaine pour lesquelles aucune donnée ferme n'existe concernant leur placement n'importe où dans le système. Pourquoi réorganiser les familles, encore moins formaliser les ordres ? Les classifications de haut niveau, le regroupement des espèces en familles, ordres, etc., sont nécessaires comme outils de référence non seulement en systématique mais aussi dans de nombreuses autres branches de la biologie. La connaissance des relations phylogénétiques des groupes majeurs d'organismes, c'est-à-dire une perspective phylogénétique, devient de plus en plus importante, et donc le besoin d'une classification phylogénétique comme outil de référence devient également impératif. Notre focus principal est sur les ordres avec une emphase secondaire sur les familles de plantes à fleurs. La famille est centrale en systématique des plantes à fleurs. Par exemple, en étudiant une plante inconnue, nous identifions généralement d'abord celle-ci à la famille. Les ordres, d'autre part, ont jusqu'à très récemment été d'une importance minime, soit étant morphologiquement non reconnaissables, soit dans la plupart des cas manquant toute cohérence évolutive (Heywood, 1977; Merxmiiller, 1977). Cependant, les ordres sont utiles pour l'enseignement, pour l'étude de",
    url = "https://doi.org/10.2307/2992015",
    doi = "10.2307/2992015",
    openalex = "W143810700"
}

@misc{ramsay2000angiosperms,
    author = "Ramsay, Margaret M.",
    title = "Angiospermes",
    year = "2000",
    booktitle = "Encyclopedia of Cell Technology",
    url = "https://doi.org/10.1002/0471250570.spi004",
    doi = "10.1002/0471250570.spi004"
}

La richesse spécifique et la prédominance écologique contemporaines des plantes à fleurs (angiospermes) sont encore plus remarquables lorsqu'on considère le début relativement récent de leur diversification évolutive. Nous examinons la diversification évolutive des angiospermes et la distribution différentielle observée des espèces au sein des clades d'angiospermes en estimant le taux de diversification pour les angiospermes dans leur ensemble et pour un grand ensemble de clades d'angiospermes. Nous identifions également les clades d'angiospermes dont la diversité actuelle est soit beaucoup plus élevée, soit beaucoup plus faible que prévu, compte tenu du taux de diversification de fond estimé. La reconnaissance des clades d'angiospermes, des relations phylogénétiques entre eux et de leur composition taxonomique repose sur une compilation empirique d'études phylogénétiques primaires. En faisant un usage intégrateur et critique du registre paléobotanique, nous obtenons des approximations raisonnablement sûres pour l'âge d'un grand ensemble de clades d'angiospermes. La diversification a été modélisée comme un processus stochastique de naissance et de mort homogène dans le temps qui dépend du taux de diversification (r) et du taux d'extinction relatif (epsilon). Une analyse statistique du processus de naissance et de mort a ensuite été utilisée pour obtenir des intervalles de confiance à 95 % pour le nombre attendu d'espèces au fil du temps dans un clade qui se diversifie à un taux égal à celui des angiospermes dans leur ensemble. Des intervalles de confiance ont été obtenus pour les âges du groupe tige et du groupe couronne en l'absence d'extinction (e = 0,0) et sous un taux d'extinction relatif élevé (epsilon = 0,9). La diversité actuelle des clades d'angiospermes a ensuite été comparée à la diversité spécifique attendue selon le taux de diversification de fond, et, selon leur position par rapport aux intervalles de confiance calculés, des clades extrêmement riches en espèces ou extrêmement pauvres en espèces ont été identifiés. Le taux de diversification pour les angiospermes dans leur ensemble varie de 0,077 (epsilon = 0,9) à 0,089 (epsilon = 0,0) d'événements de spéciation nette par million d'années. Dix clades se situent au-dessus des intervalles de confiance de la diversité spécifique attendue, et 13 clades ont été trouvés être inattendument pauvres en espèces. La distribution phylogénétique des clades avec un nombre extrêmement élevé d'espèces suggère que les traits conférant des taux élevés de diversification ont évolué indépendamment à différentes reprises et ne caractérisent pas les angiospermes dans leur ensemble.

@article{doi101111j001438202001tb00826x,
    author = "Magallón, Susana and Sanderson, Michael J.",
    title = "ABSOLUTE DIVERSIFICATION RATES IN ANGIOSPERM CLADES",
    year = "2001",
    journal = "Evolution",
    abstract = "La richesse spécifique et la prédominance écologique contemporaines des plantes à fleurs (angiospermes) sont encore plus remarquables lorsqu'on considère le début relativement récent de leur diversification évolutive. Nous examinons la diversification évolutive des angiospermes et la distribution différentielle observée des espèces au sein des clades d'angiospermes en estimant le taux de diversification pour les angiospermes dans leur ensemble et pour un grand ensemble de clades d'angiospermes. Nous identifions également les clades d'angiospermes dont la diversité actuelle est soit beaucoup plus élevée, soit beaucoup plus faible que prévu, compte tenu du taux de diversification de fond estimé. La reconnaissance des clades d'angiospermes, des relations phylogénétiques entre eux et de leur composition taxonomique repose sur une compilation empirique d'études phylogénétiques primaires. En faisant un usage intégrateur et critique du registre paléobotanique, nous obtenons des approximations raisonnablement sûres pour l'âge d'un grand ensemble de clades d'angiospermes. La diversification a été modélisée comme un processus stochastique de naissance et de mort homogène dans le temps qui dépend du taux de diversification (r) et du taux d'extinction relatif (epsilon). Une analyse statistique du processus de naissance et de mort a ensuite été utilisée pour obtenir des intervalles de confiance à 95 % pour le nombre attendu d'espèces au fil du temps dans un clade qui se diversifie à un taux égal à celui des angiospermes dans leur ensemble. Des intervalles de confiance ont été obtenus pour les âges du groupe tige et du groupe couronne en l'absence d'extinction (e = 0,0) et sous un taux d'extinction relatif élevé (epsilon = 0,9). La diversité actuelle des clades d'angiospermes a ensuite été comparée à la diversité spécifique attendue selon le taux de diversification de fond, et, selon leur position par rapport aux intervalles de confiance calculés, des clades extrêmement riches en espèces ou extrêmement pauvres en espèces ont été identifiés. Le taux de diversification pour les angiospermes dans leur ensemble varie de 0,077 (epsilon = 0,9) à 0,089 (epsilon = 0,0) d'événements de spéciation nette par million d'années. Dix clades se situent au-dessus des intervalles de confiance de la diversité spécifique attendue, et 13 clades ont été trouvés être inattendument pauvres en espèces. La distribution phylogénétique des clades avec un nombre extrêmement élevé d'espèces suggère que les traits conférant des taux élevés de diversification ont évolué indépendamment à différentes reprises et ne caractérisent pas les angiospermes dans leur ensemble.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.0014-3820.2001.tb00826.x",
    doi = "10.1111/j.0014-3820.2001.tb00826.x",
    openalex = "W2031187632",
    references = "doi1010029781444313918, doi101006bojl20000380, doi1010079783642616631, doi101007bf02860537, doi101007bf02860540, doi101017s0094837300006539, doi10103846536, doi101086285258, doi101098rspb19960088, doi101098rstb19940068, doi101126science13334591105, doi101214aoms1177730285, doi1023071266137, doi1023072399030, doi1023072992015, openalexw1978269554, openalexw409616968"
}

@article{doi101038nature01019,
    author = "Diamond, Jared M.",
    title = "Évolution, conséquences et avenir de la domestication des plantes et des animaux",
    year = "2002",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature01019",
    doi = "10.1038/nature01019",
    openalex = "W2128616554",
    references = "crossref2022quaternary, doi101002sici10969136199712145s7aiddia52233co2i, doi101038414782a, doi101086300102, doi101093acprofosobl97801995490610010001, doi101111j155856461991tb04425x, doi1023071185219, doi1023072137390, doi1023072403680, doi1023072485224, doi1023072803166, doi102307jctv301gjp"
}

Résumé Le concept de type fonctionnel de plante propose que les espèces puissent être regroupées selon des réponses communes à l'environnement et/ou des effets communs sur les processus des écosystèmes. Cependant, la connaissance des relations entre les traits associés à la réponse des plantes aux facteurs environnementaux tels que les ressources et les perturbations (traits de réponse), et les traits qui déterminent les effets des plantes sur les fonctions des écosystèmes (traits d'effet), tels que le cycle biogéochimique ou la propension aux perturbations, reste rudimentaire. Nous présentons un cadre utilisant des concepts et des résultats de l'écologie des communautés, de l'écologie des écosystèmes et de la biologie évolutive pour fournir ce lien. Le fonctionnement des écosystèmes est le résultat final de l'opération de multiples filtres environnementaux dans une hiérarchie d'échelles qui, en sélectionnant des individus avec des réponses appropriées, aboutissent à des assemblages avec une composition de traits variable. Les liens fonctionnels et les compromis entre les traits, chacun étant lié à un ou plusieurs processus, déterminent si le filtrage par différents facteurs donne une correspondance et si les effets des écosystèmes peuvent être facilement déduits de la connaissance des filtres. Pour illustrer ce cadre, nous analysons un ensemble de facteurs environnementaux clés et de processus des écosystèmes. Bien que les traits associés à la réponse aux gradients de nutriments se chevauchent fortement avec ceux déterminant la production primaire nette, peu de chevauchement direct a été trouvé entre la réponse au feu et l' inflammabilité. Nous hypothétons que ces motifs reflètent des tendances générales. Les réponses à la disponibilité des ressources seraient déterminées par des traits qui sont également impliqués dans le cycle biogéochimique, car ces réponses et effets sont tous deux entraînés par le compromis entre l'acquisition et la conservation. D'un autre côté, les traits de régénération et démographiques associés à la réponse aux perturbations, qui sont connus pour avoir peu de connexion avec les traits adultes impliqués dans l'écophysiologie des plantes, seraient de peu de pertinence pour les processus des écosystèmes. Ce cadre est susceptible d'être largement applicable, bien qu'une prudence doit être exercée pour utiliser les liens de traits et les compromis appropriés à l'échelle, aux conditions environnementales et au contexte évolutif. Il peut orienter la sélection de types fonctionnels de plantes pour les modèles de végétation à une gamme d'échelles et aider à la conception d'études expérimentales des relations entre la diversité des plantes et les propriétés des écosystèmes.

@article{doi101046j13652435200200664x,
    author = "Lavorel, Sandra and Garnier, Éric",
    title = "Prédire les changements dans la composition des communautés et le fonctionnement des écosystèmes à partir des traits des plantes : retour sur le Graal",
    year = "2002",
    journal = "Functional Ecology",
    abstract = "Résumé Le concept de type fonctionnel de plante propose que les espèces puissent être regroupées selon des réponses communes à l'environnement et/ou des effets communs sur les processus des écosystèmes. Cependant, la connaissance des relations entre les traits associés à la réponse des plantes aux facteurs environnementaux tels que les ressources et les perturbations (traits de réponse), et les traits qui déterminent les effets des plantes sur les fonctions des écosystèmes (traits d'effet), tels que le cycle biogéochimique ou la propension aux perturbations, reste rudimentaire. Nous présentons un cadre utilisant des concepts et des résultats de l'écologie des communautés, de l'écologie des écosystèmes et de la biologie évolutive pour fournir ce lien. Le fonctionnement des écosystèmes est le résultat final de l'opération de multiples filtres environnementaux dans une hiérarchie d'échelles qui, en sélectionnant des individus avec des réponses appropriées, aboutissent à des assemblages avec une composition de traits variable. Les liens fonctionnels et les compromis entre les traits, chacun étant lié à un ou plusieurs processus, déterminent si le filtrage par différents facteurs donne une correspondance et si les effets des écosystèmes peuvent être facilement déduits de la connaissance des filtres. Pour illustrer ce cadre, nous analysons un ensemble de facteurs environnementaux clés et de processus des écosystèmes. Bien que les traits associés à la réponse aux gradients de nutriments se chevauchent fortement avec ceux déterminant la production primaire nette, peu de chevauchement direct a été trouvé entre la réponse au feu et l' inflammabilité. Nous hypothétons que ces motifs reflètent des tendances générales. Les réponses à la disponibilité des ressources seraient déterminées par des traits qui sont également impliqués dans le cycle biogéochimique, car ces réponses et effets sont tous deux entraînés par le compromis entre l'acquisition et la conservation. D'un autre côté, les traits de régénération et démographiques associés à la réponse aux perturbations, qui sont connus pour avoir peu de connexion avec les traits adultes impliqués dans l'écophysiologie des plantes, seraient de peu de pertinence pour les processus des écosystèmes. Ce cadre est susceptible d'être largement applicable, bien qu'une prudence doit être exercée pour utiliser les liens de traits et les compromis appropriés à l'échelle, aux conditions environnementales et au contexte évolutif. Il peut orienter la sélection de types fonctionnels de plantes pour les modèles de végétation à une gamme d'échelles et aider à la conception d'études expérimentales des relations entre la diversité des plantes et les propriétés des écosystèmes.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1365-2435.2002.00664.x",
    doi = "10.1046/j.1365-2435.2002.00664.x",
    openalex = "W2168173042",
    references = "doi1010079783642809132, doi101007bf00002772, doi101023a1004327224729, openalexw2097450069, openalexw2169917233"
}

À la lumière des preuves désormais disponibles, issues d'études paléobotaniques et morphologiques ainsi que de l'analyse de phylogénies basées sur l'ADN, nous évaluons ici la coévolution des champignons mycorhiziens et des racines. Les premières plantes terrestres semblables aux bryophytes, au Dévonien inférieur (il y a 400 millions d'années), présentaient des associations endophytes ressemblant aux mycorhizes vésiculaires-arbusculaires (VAM), même avant l'évolution des racines. L'évolution des mycorhizes aurait progressé depuis les hyphes endophytes vers des associations équilibrées où les partenaires étaient interdépendants en raison de l'échange de ressources énergétiques et nutritives limitantes. La plupart des mycorhizes sont mutualistes, mais dans certains cas, la tendance à une augmentation du contrôle des plantes sur les champignons aboutit aux mycorhizes exploitatrices des plantes achlorophylliennes et mycohétérotrophes. Les mycorhizes ectomycorhiziennes, éricoides et orchidées, ainsi que les racines non mycorhiziennes, se sont développées pendant la période de radiation rapide des angiospermes au Crétacé. Il est hypothesé que les racines ont progressivement évolué à partir de rhizomes pour fournir des habitats plus favorables aux champignons mycorhiziens et offrir aux plantes des branches complexes et des feuilles avec de l'eau et des nutriments. Les pressions de sélection ont provoqué la divergence morphologique des racines avec différents types de mycorhizes. L'épaisseur du cortex racinaire et la subérification de l'exoderme sont les plus grandes chez les plantes obligatoirement mycorhiziennes, tandis que les plantes non mycorhiziennes ont tendance à avoir des racines fines, avec plus de poils racinaires et des défenses chimiques relativement avancées. Les principales tendances coévolutives et le succès relatif des plantes avec différents types de racines sont discutés. Résumé des contenus 275 I. Introduction 276 II. Champignons mycorhiziens 276 III. L'aube des mycorhizes 279 IV. Associations mycorhiziennes des plantes vivantes et éteintes 282 V. Évolution des racines 288 VI. La racine comme habitat pour les champignons 290 VII. Tendances d'évolution des mycorhizes 295 Remerciements 298 Références 298.

@article{doi101046j14698137200200397x,
    author = "Brundrett, Mark",
    title = "Coevolution of roots and mycorrhizas of land plants",
    year = "2002",
    journal = "New Phytologist",
    abstract = "À la lumière des preuves désormais disponibles, issues d'études paléobotaniques et morphologiques ainsi que de l'analyse de phylogénies basées sur l'ADN, nous évaluons ici la coévolution des champignons mycorhiziens et des racines. Les premières plantes terrestres semblables aux bryophytes, au Dévonien inférieur (il y a 400 millions d'années), présentaient des associations endophytes ressemblant aux mycorhizes vésiculaires-arbusculaires (VAM), même avant l'évolution des racines. L'évolution des mycorhizes aurait progressé depuis les hyphes endophytes vers des associations équilibrées où les partenaires étaient interdépendants en raison de l'échange de ressources énergétiques et nutritives limitantes. La plupart des mycorhizes sont mutualistes, mais dans certains cas, la tendance à une augmentation du contrôle des plantes sur les champignons aboutit aux mycorhizes exploitatrices des plantes achlorophylliennes et mycohétérotrophes. Les mycorhizes ectomycorhiziennes, éricoides et orchidées, ainsi que les racines non mycorhiziennes, se sont développées pendant la période de radiation rapide des angiospermes au Crétacé. Il est hypothesé que les racines ont progressivement évolué à partir de rhizomes pour fournir des habitats plus favorables aux champignons mycorhiziens et offrir aux plantes des branches complexes et des feuilles avec de l'eau et des nutriments. Les pressions de sélection ont provoqué la divergence morphologique des racines avec différents types de mycorhizes. L'épaisseur du cortex racinaire et la subérification de l'exoderme sont les plus grandes chez les plantes obligatoirement mycorhiziennes, tandis que les plantes non mycorhiziennes ont tendance à avoir des racines fines, avec plus de poils racinaires et des défenses chimiques relativement avancées. Les principales tendances coévolutives et le succès relatif des plantes avec différents types de racines sont discutés. Résumé des contenus 275 I. Introduction 276 II. Champignons mycorhiziens 276 III. L'aube des mycorhizes 279 IV. Associations mycorhiziennes des plantes vivantes et éteintes 282 V. Évolution des racines 288 VI. La racine comme habitat pour les champignons 290 VII. Tendances d'évolution des mycorhizes 295 Remerciements 298 Références 298.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1469-8137.2002.00397.x",
    doi = "10.1046/j.1469-8137.2002.00397.x",
    openalex = "W2142191074",
    references = "doi101017s1464793101005735, doi10103837918, doi101146annurevearth261379"
}

La dormance des graines joue un rôle important dans l'écologie de la germination et l'évolution des plantes à graines. La dormance morphologique des graines est causée par un embryon sous-développé qui doit mûrir avant la germination. Il a été suggéré que la présence d'un embryon sous-développé est plesiomorphe chez les plantes à graines et qu'un changement directionnel parallèle dans la morphologie de l'embryon s'est produit séparément chez les gymnospermes et chez les angiospermes. Nous testons ces hypothèses en utilisant des données originales sur la morphologie de l'embryon de taxons basaux clés, un jeu de données publié, et la méthode des moindres carrés généralisés (GLS) de reconstruction de l'état ancestral des caractères. Les reconstructions du rapport embryon-graine (E:S) en utilisant les moyennes familiales pour 179 familles ont montré que le rapport E:S a augmenté entre l'angiosperme ancestral et presque tous les taxons d'angiospermes existants. Les espèces du clade des rosidées ont des embryons particulièrement grands par rapport à l'ancêtre angiosperme. Les résultats pour les gymnospermes montrent une augmentation similaire mais plus faible. Il n'y a pas eu de différences statistiquement significatives dans le rapport E:S entre les taxons basaux et n'importe quel groupe dérivé en raison d'erreurs standards extrêmement grandes produites par les modèles GLS. Cependant, les différences entre les valeurs reconstruites pour l'ancêtre angiosperme et les nœuds plus hautement imbriqués sont grandes et ces résultats sont robustes aux manipulations topologiques et de longueur de branche. Notre analyse soutient l'idée que l'embryon sous-développé est primitif chez les plantes à graines et qu'il y a eu un changement directionnel dans le rapport E:S au sein des angiospermes et des gymnospermes. Notre analyse suggère que la dormance imposée par un embryon sous-développé est plesiomorphe chez les angiospermes et que la non-dormance et d'autres types de dormance ont probablement évolué au sein des angiospermes. Le changement dans le rapport E:S était probablement un changement hétérochronique, et a des implications importantes pour l'histoire de vie des plantes à graines.

@article{doi101111j001438202002tb00137x,
    author = "Forbis, Tara A. et Floyd, Sandra K. et de Queiroz, Alan",
    title = "L'ÉVOLUTION DE LA TAILLE DE L'EMBRYON CHEZ LES ANGIOSPERMES ET AUTRES PLANTES À GRAINES : CONSÉQUENCES POUR L'ÉVOLUTION DE LA DORMANCE DES GRAINES",
    year = "2002",
    journal = "Evolution",
    abstract = "La dormance des graines joue un rôle important dans l'écologie de la germination et l'évolution des plantes à graines. La dormance morphologique des graines est causée par un embryon sous-développé qui doit mûrir avant la germination. Il a été suggéré que la présence d'un embryon sous-développé est plesiomorphe chez les plantes à graines et qu'un changement directionnel parallèle dans la morphologie de l'embryon s'est produit séparément chez les gymnospermes et chez les angiospermes. Nous testons ces hypothèses en utilisant des données originales sur la morphologie de l'embryon de taxons basaux clés, un jeu de données publié, et la méthode des moindres carrés généralisés (GLS) de reconstruction de l'état ancestral des caractères. Les reconstructions du rapport embryon-graine (E:S) en utilisant les moyennes familiales pour 179 familles ont montré que le rapport E:S a augmenté entre l'angiosperme ancestral et presque tous les taxons d'angiospermes existants. Les espèces du clade des rosidées ont des embryons particulièrement grands par rapport à l'ancêtre angiosperme. Les résultats pour les gymnospermes montrent une augmentation similaire mais plus faible. Il n'y a pas eu de différences statistiquement significatives dans le rapport E:S entre les taxons basaux et n'importe quel groupe dérivé en raison d'erreurs standards extrêmement grandes produites par les modèles GLS. Cependant, les différences entre les valeurs reconstruites pour l'ancêtre angiosperme et les nœuds plus hautement imbriqués sont grandes et ces résultats sont robustes aux manipulations topologiques et de longueur de branche. Notre analyse soutient l'idée que l'embryon sous-développé est primitif chez les plantes à graines et qu'il y a eu un changement directionnel dans le rapport E:S au sein des angiospermes et des gymnospermes. Notre analyse suggère que la dormance imposée par un embryon sous-développé est plesiomorphe chez les angiospermes et que la non-dormance et d'autres types de dormance ont probablement évolué au sein des angiospermes. Le changement dans le rapport E:S était probablement un changement hétérochronique, et a des implications importantes pour l'histoire de vie des plantes à graines.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.0014-3820.2002.tb00137.x",
    doi = "10.1111/j.0014-3820.2002.tb00137.x",
    openalex = "W2179841627",
    references = "doi101007bf02101694, doi10103844766, doi101093oso97801985464120010001, doi1023072529087, doi105860choice185809, doi105860choice295104, doi105860choice362164, openalexw1546962148, openalexw2506868775, openalexw3217097258"
}

@article{doi101046j109583392003t01100158x,
    author = "GROUP*, THE ANGIOSPERM PHYLOGENY",
    title = "Mise à jour de la classification du groupe de phylogénie des angiospermes pour les ordres et les familles de plantes à fleurs : APG II",
    year = "2003",
    journal = "Botanical Journal of the Linnean Society",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1095-8339.2003.t01-1-00158.x",
    doi = "10.1046/j.1095-8339.2003.t01-1-00158.x",
    openalex = "W2980373194",
    references = "doi1023072399846"
}

Le gradient latitudinal de la richesse spécifique est une caractéristique omniprésente du monde vivant, mais ses causes sous-jacentes restent mal comprises. Nous avons évalué l'hypothèse selon laquelle l'énergie environnementale conduit aux taux d'évolution et donc à la diversification chez les plantes à fleurs. Nous avons estimé les niveaux d'énergie à travers les distributions des familles d'angiospermes en termes d'évapotranspiration, de température et de rayonnement UV, tirés de bases de données satellitaires et climatiques. En utilisant l'arbre phylogénétique basé sur l'ADN le plus complet à ce jour pour les angiospermes, l'analyse de 86 comparaisons entre familles sœurs montre que les taux d'évolution moléculaire ont effectivement été plus rapides dans les régions à haute énergie, mais que cela ne constitue pas une étape intermédiaire entre l'énergie et la diversité. L'énergie a des effets forts, mais indépendants, à la fois sur la richesse spécifique et sur les taux d'évolution moléculaire.

@article{doi101098rspb20042849,
    author = "Davies, T. Jonathan et Savolainen, Vincent et Chase, Mark W. et Moat, Justin et Barraclough, Timothy G.",
    title = "Énergie environnementale et taux d'évolution chez les plantes à fleurs",
    year = "2004",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Le gradient latitudinal de la richesse spécifique est une caractéristique omniprésente du monde vivant, mais ses causes sous-jacentes restent mal comprises. Nous avons évalué l'hypothèse selon laquelle l'énergie environnementale conduit aux taux d'évolution et donc à la diversification chez les plantes à fleurs. Nous avons estimé les niveaux d'énergie à travers les distributions des familles d'angiospermes en termes d'évapotranspiration, de température et de rayonnement UV, tirés de bases de données satellitaires et climatiques. En utilisant l'arbre phylogénétique basé sur l'ADN le plus complet à ce jour pour les angiospermes, l'analyse de 86 comparaisons entre familles sœurs montre que les taux d'évolution moléculaire ont effectivement été plus rapides dans les régions à haute énergie, mais que cela ne constitue pas une étape intermédiaire entre l'énergie et la diversité. L'énergie a des effets forts, mais indépendants, à la fois sur la richesse spécifique et sur les taux d'évolution moléculaire.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2004.2849",
    doi = "10.1098/rspb.2004.2849",
    openalex = "W2145421207",
    references = "doi101098rspb19960088"
}

@misc{crossref2005angiosperms,
    title = "Angiospermes",
    year = "2005",
    booktitle = "Encyclopédie scientifique Van Nostrand",
    url = "https://doi.org/10.1002/0471743984.vse0445",
    doi = "10.1002/0471743984.vse0445"
}

@article{doi101016jpalaeo200507006,
    author = "Friis, Else Marie et Pedersen, Kaj Raunsgaard et Crane, Peter R.",
    title = "Fleurs d'angiospermes du Crétacé : Innovation et évolution dans la reproduction des plantes",
    year = "2005",
    journal = "Palaeogeography Palaeoclimatology Palaeoecology",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.palaeo.2005.07.006",
    doi = "10.1016/j.palaeo.2005.07.006",
    openalex = "W2001715812",
    references = "doi101007bf02860067, doi101007bf02860540, doi101007bf02861082, doi101016s0012821x0000159x, doi101038363342a0, doi10103846536, doi101038nature01420, doi1010719780643090149, doi1023071485834, doi1023072399030, doi1023072418725, doi1023072807789, doi105860choice323883, doi105860choice323884"
}

@incollection{kenrick2005angiosperms,
    author = "Kenrick, P.",
    title = "Angiospermes",
    year = "2005",
    booktitle = "Encyclopedia of Geology",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-0-08-102908-4.00202-2",
    doi = "10.1016/b978-0-08-102908-4.00202-2",
    pages = "501-510"
}

Si d'importants progrès ont été réalisés pour clarifier les relations profondes au sein des angiospermes, plusieurs nœuds précoces de la branche des angiospermes de l'Arbre de la Vie se sont révélés difficiles à résoudre. Peut-être que la dernière grande question restant en phylogénie des angiospermes basaux concerne l'ordre de ramification parmi les cinq grands clades de mésoangiospermes (Ceratophyllum, Chloranthaceae, eudicotylédones, magnoliidées et monocotylédones). Les analyses précédentes n'ont trouvé aucun soutien cohérent pour les relations entre ces clades. Dans un effort pour résoudre ces relations, nous avons effectué des analyses phylogénétiques de 61 gènes plastidiaux (environ 42 000 pb) pour 45 taxons, incluant des membres de tous les lignages majeurs d'angiospermes basaux. Nous rapportons également la séquence complète du génome plastidial de Ceratophyllum demersum. Les analyses de parcimonie des ensembles de données combinés et partitionnés ont varié dans le placement de plusieurs taxons, particulièrement Ceratophyllum, tandis que les arbres de vraisemblance maximale (ML) étaient plus stables topologiquement. Les analyses de vraisemblance maximale par preuves totales ont récupéré un clade de Chloranthaceae + magnoliidées comme sœur d'un clade bien soutenu de monocotylédones + (Ceratophyllum + eudicotylédones). Les valeurs de soutien bootstrap ML et bayésien pour ces relations étaient généralement élevées, bien que les tests de topologie approximativement non biaisés ne puissent rejeter plusieurs topologies alternatives. Les branches extrêmement courtes séparant ces cinq lignages impliquent une diversification rapide estimée avoir eu lieu entre 143,8 +/- 4,8 et 140,3 +/- 4,8 Ma.

@article{doi101073pnas0708072104,
    author = "Moore, Michael J. et Bell, Charles D. et Soltis, Pamela S. et Soltis, Pamela S.",
    title = "Utilisation de données à l'échelle du génome plastidial pour résoudre des relations énigmatiques parmi les angiospermes basaux",
    year = "2007",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Si d'importants progrès ont été réalisés pour clarifier les relations profondes au sein des angiospermes, plusieurs nœuds précoces de la branche des angiospermes de l'Arbre de la Vie se sont révélés difficiles à résoudre. Peut-être que la dernière grande question restant en phylogénie des angiospermes basaux concerne l'ordre de ramification parmi les cinq grands clades de mésoangiospermes (Ceratophyllum, Chloranthaceae, eudicotylédones, magnoliidées et monocotylédones). Les analyses précédentes n'ont trouvé aucun soutien cohérent pour les relations entre ces clades. Dans un effort pour résoudre ces relations, nous avons effectué des analyses phylogénétiques de 61 gènes plastidiaux (environ 42 000 pb) pour 45 taxons, incluant des membres de tous les lignages majeurs d'angiospermes basaux. Nous rapportons également la séquence complète du génome plastidial de Ceratophyllum demersum. Les analyses de parcimonie des ensembles de données combinés et partitionnés ont varié dans le placement de plusieurs taxons, particulièrement Ceratophyllum, tandis que les arbres de vraisemblance maximale (ML) étaient plus stables topologiquement. Les analyses de vraisemblance maximale par preuves totales ont récupéré un clade de Chloranthaceae + magnoliidées comme sœur d'un clade bien soutenu de monocotylédones + (Ceratophyllum + eudicotylédones). Les valeurs de soutien bootstrap ML et bayésien pour ces relations étaient généralement élevées, bien que les tests de topologie approximativement non biaisés ne puissent rejeter plusieurs topologies alternatives. Les branches extrêmement courtes séparant ces cinq lignages impliquent une diversification rapide estimée avoir eu lieu entre 143,8 +/- 4,8 et 140,3 +/- 4,8 Ma.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0708072104",
    doi = "10.1073/pnas.0708072104",
    openalex = "W2114217421",
    references = "doi101016jpalaeo200507006, doi1023072399030, openalexw2163836228"
}

Les angiospermes constituent le clade le plus vaste et le plus réussi de plantes terrestres, avec plus de 250 000 espèces réparties dans presque tous les habitats terrestres. De nombreuses études phylogénétiques se sont basées sur des séquences d'ADN d'un à plusieurs gènes, mais, malgré des décennies d'efforts intensifs, les relations entre les lignées divergeant tôt et plusieurs des grands clades restent soit incomplètement résolues, soit faiblement soutenues. Nous avons réalisé des analyses phylogénétiques de 81 gènes plastidiaux dans 64 génomes séquencés, incluant 13 nouveaux génomes, pour estimer les relations entre les grands clades d'angiospermes, et les arbres résultants sont utilisés pour examiner l'évolution du contenu en gènes et introns. Les arbres phylogénétiques issus de multiples méthodes, y compris les approches basées sur des modèles, fournissent un soutien solide pour la position d'Amborella en tant que lignée divergeant la plus tôt chez les plantes à fleurs, suivie par les Nymphaeales et les Austrobaileyales. Les arbres du génome plastidial fournissent également un soutien solide pour une relation de sœur entre les eudicots et les monocotylédones, et ce groupe est frère d'un clade incluant les Chloranthales et les magnoliidées. La résolution des relations entre les grands clades d'angiospermes fournit le cadre nécessaire pour aborder de nombreuses questions évolutives concernant la diversification rapide des angiospermes. Le contenu en gènes et introns est hautement conservé chez les angiospermes divergeant tôt et les eudicots basaux, mais 62 pertes indépendantes de gènes et d'introns sont limitées aux clades plus dérivés de monocotylédones et d'eudicots. De plus, une corrélation spécifique à la lignée a été détectée entre les taux de substitutions nucléotidiques, d'indels et de réarrangements génomiques.

@article{doi101073pnas0709121104,
    author = "Jansen, Robert K. et Cai, Zhengqiu et Raubeson, Linda A. et Daniell, Henry et dePamphilis, Claude W. et Leebens-Mack, James et Müller, Kai et Guisinger-Bellian, Mary et Haberle, Rosemarie C. et Hansen, Anne et Chumley, Timothy W. et Lee, Seung Bum et Peery, Rhiannon M. et McNeal, Joel R. et Kuehl, Jennifer V. et Boore, Jeffrey L.",
    title = "Analyse de 81 gènes provenant de 64 génomes plastidiaux résout les relations chez les angiospermes et identifie des motifs évolutifs à l'échelle du génome",
    year = "2007",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Les angiospermes constituent le clade le plus vaste et le plus réussi de plantes terrestres, avec plus de 250 000 espèces réparties dans presque tous les habitats terrestres. De nombreuses études phylogénétiques se sont basées sur des séquences d'ADN d'un à plusieurs gènes, mais, malgré des décennies d'efforts intensifs, les relations entre les lignées divergeant tôt et plusieurs des grands clades restent soit incomplètement résolues, soit faiblement soutenues. Nous avons réalisé des analyses phylogénétiques de 81 gènes plastidiaux dans 64 génomes séquencés, incluant 13 nouveaux génomes, pour estimer les relations entre les grands clades d'angiospermes, et les arbres résultants sont utilisés pour examiner l'évolution du contenu en gènes et introns. Les arbres phylogénétiques issus de multiples méthodes, y compris les approches basées sur des modèles, fournissent un soutien solide pour la position d'Amborella en tant que lignée divergeant la plus tôt chez les plantes à fleurs, suivie par les Nymphaeales et les Austrobaileyales. Les arbres du génome plastidial fournissent également un soutien solide pour une relation de sœur entre les eudicots et les monocotylédones, et ce groupe est frère d'un clade incluant les Chloranthales et les magnoliidées. La résolution des relations entre les grands clades d'angiospermes fournit le cadre nécessaire pour aborder de nombreuses questions évolutives concernant la diversification rapide des angiospermes. Le contenu en gènes et introns est hautement conservé chez les angiospermes divergeant tôt et les eudicots basaux, mais 62 pertes indépendantes de gènes et d'introns sont limitées aux clades plus dérivés de monocotylédones et d'eudicots. De plus, une corrélation spécifique à la lignée a été détectée entre les taux de substitutions nucléotidiques, d'indels et de réarrangements génomiques.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0709121104",
    doi = "10.1073/pnas.0709121104",
    openalex = "W2127735379",
    references = "doi101016jpalaeo200507006, doi10108010635150290069913, doi101093bioinformatics17121246, doi101111boj12385"
}

Les études phylogénétiques révèlent que les niches écologiques majeures sont plus conservées au cours de l'histoire évolutive que prévu, ce qui implique que les adaptations aux changements climatiques majeurs n'ont pas facilement été accomplies dans toutes les lignées. Le conservatisme de niche phylogénétique a des conséquences importantes pour l'assemblage à la fois des communautés locales et des pools régionaux d'espèces à partir desquels elles sont tirées. Si des corridors de déplacement sont disponibles, les nouveaux environnements émergents auront tendance à être remplis par des espèces qui filtrent depuis des zones où les adaptations pertinentes ont déjà évolué, plutôt que d'être remplis par l'évolution in situ de ces adaptations. Des exemples incluent les disjonctions intercontinentales de plantes tropicales, la propagation de lignées végétales autour de l'hémisphère nord après l'évolution de la tolérance au froid, et la radiation des plantes alpines du nord vers les Andes. Ces observations soulignent le rôle des connaissances phylogénétiques et de la biogéographie historique dans les explications des modèles de biodiversité mondiale. Elles ont également des implications pour l'avenir de la biodiversité.

@article{doi101073pnas0801962105,
    author = "Donoghue, Michael J.",
    title = "A phylogenetic perspective on the distribution of plant diversity",
    year = "2008",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Les études phylogénétiques révèlent que les niches écologiques majeures sont plus conservées au cours de l'histoire évolutive que prévu, ce qui implique que les adaptations aux changements climatiques majeurs n'ont pas facilement été accomplies dans toutes les lignées. Le conservatisme de niche phylogénétique a des conséquences importantes pour l'assemblage à la fois des communautés locales et des pools régionaux d'espèces à partir desquels elles sont tirées. Si des corridors de déplacement sont disponibles, les nouveaux environnements émergents auront tendance à être remplis par des espèces qui filtrent depuis des zones où les adaptations pertinentes ont déjà évolué, plutôt que d'être remplis par l'évolution in situ de ces adaptations. Des exemples incluent les disjonctions intercontinentales de plantes tropicales, la propagation de lignées végétales autour de l'hémisphère nord après l'évolution de la tolérance au froid, et la radiation des plantes alpines du nord vers les Andes. Ces observations soulignent le rôle des connaissances phylogénétiques et de la biogéographie historique dans les explications des modèles de biodiversité mondiale. Elles ont également des implications pour l'avenir de la biodiversité.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0801962105",
    doi = "10.1073/pnas.0801962105",
    openalex = "W2064987933",
    references = "doi101007bf02806171, doi101126science1130880, doi1023072395199, doi1023073224530"
}

@incollection{leng2008angiosperms,
    author = "Leng, Qin et Wu, Shun-qing et Friis, Else Marie",
    title = "ANGIOSPERMES",
    year = "2008",
    booktitle = "The Jehol Fossils",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-012374173-8.50021-1",
    doi = "10.1016/b978-012374173-8.50021-1",
    pages = "178-179-185"
}

Des études phylogénétiques récentes ont révélé le rôle majeur joué par le soulèvement des Andes dans la diversification extraordinaire de la flore néotropicale. Ces études ont toutefois généralement considéré le soulèvement andin comme un événement unique et limité dans le temps favorisant l'évolution des éléments de haute montagne. Cela contraste avec les reconstructions géologiques indiquant que le soulèvement s'est produit par périodes discrètes d'ouest en est et qu'il a affecté différentes régions à des moments différents. Nous présentons une approche pour intégrer la tectonique andine avec les reconstructions biogéographiques des plantes néotropicales, en utilisant la famille du café (Rubiaceae) comme groupe modèle. La distribution de cette famille s'étend sur les habitats de haute montagne et montagnards ainsi que les basses terres tropicales d'Amérique centrale et du Sud, offrant ainsi une occasion unique d'étudier l'influence du soulèvement andin sur l'ensemble de la flore néotropicale. Nos résultats suggèrent que les Rubiaceae sont originaires du Paléotrope et ont utilisé la connexion boréotropicale pour atteindre l'Amérique du Sud. Les motifs biogéographiques observés corroborent l'existence d'une barrière de dispersion durable entre les Andes septentrionales et centrales, le « Portail andin occidental ». Le soulèvement de la Cordillère orientale a mis fin à cette barrière, permettant la dispersion des lignées boréotropicales vers le sud, mais a donné naissance à un immense système de zones humides (« Lac Pebas ») dans l'Amazonie occidentale qui a empêché la spéciation in situ et la dispersion floristique entre les Andes et l'Amazonie pendant au moins 6 millions d'années. Ici, nous fournissons des preuves de ces événements chez les plantes.

@article{doi101073pnas0811421106,
    author = "Antonelli, Alexandre et Nylander, Johan A. A. et Persson, Claes et Sanmartín, Isabel",
    title = "Tracing the impact of the Andean uplift on Neotropical plant evolution",
    year = "2009",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = {Des études phylogénétiques récentes ont révélé le rôle majeur joué par le soulèvement des Andes dans la diversification extraordinaire de la flore néotropicale. Ces études ont toutefois généralement considéré le soulèvement andin comme un événement unique et limité dans le temps favorisant l'évolution des éléments de haute montagne. Cela contraste avec les reconstructions géologiques indiquant que le soulèvement s'est produit par périodes discrètes d'ouest en est et qu'il a affecté différentes régions à des moments différents. Nous présentons une approche pour intégrer la tectonique andine avec les reconstructions biogéographiques des plantes néotropicales, en utilisant la famille du café (Rubiaceae) comme groupe modèle. La distribution de cette famille s'étend sur les habitats de haute montagne et montagnards ainsi que les basses terres tropicales d'Amérique centrale et du Sud, offrant ainsi une occasion unique d'étudier l'influence du soulèvement andin sur l'ensemble de la flore néotropicale. Nos résultats suggèrent que les Rubiaceae sont originaires du Paléotrope et ont utilisé la connexion boréotropicale pour atteindre l'Amérique du Sud. Les motifs biogéographiques observés corroborent l'existence d'une barrière de dispersion durable entre les Andes septentrionales et centrales, le « Portail andin occidental ». Le soulèvement de la Cordillère orientale a mis fin à cette barrière, permettant la dispersion des lignées boréotropicales vers le sud, mais a donné naissance à un immense système de zones humides (« Lac Pebas ») dans l'Amazonie occidentale qui a empêché la spéciation in situ et la dispersion floristique entre les Andes et l'Amazonie pendant au moins 6 millions d'années. Ici, nous fournissons des preuves de ces événements chez les plantes.},
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0811421106",
    doi = "10.1073/pnas.0811421106",
    openalex = "W2026781465",
    references = "doi101007978146133485919, doi101111j109583122001tb01368x, doi1011300016760620001121091uhotca23co2, doi1023073515620, doi105962bhlpart13183, openalexw3001739384"
}

Le clade rosidé (70 000 espèces) contient plus d'un quart de toutes les espèces d'angiospermes et comprend la plupart des lignées d'arbres de forêts tempérées et tropicales existants. Malgré les progrès réalisés pour élucider les relations au sein des angiospermes, les rosidés restent le plus grand clade majeur mal résolu ; les relations profondes au sein des rosidés sont particulièrement énigmatiques. Basées sur des analyses de parcimonie et de vraisemblance maximale (ML) de jeux de données séparés et combinés de 12 gènes (10 gènes plastidiques, 2 nucléaires ; >18 000 pb) et de répétitions inversées plastidiques (IR ; 24 gènes et espaces intermédiaires ; >25 000 pb) pour >100 espèces de rosidés, nous offrons une compréhension considérablement améliorée de la phylogénie des rosidés. Les Vitaceae sont sœurs de tous les autres rosidés, qui forment à leur tour 2 grands clades, chacun ayant une valeur de bootstrap ML de 100 % : (i) les eurosidés I (Fabidae) incluent le clade fixant l'azote, Celastrales, Huaceae, Zygophyllales, Malpighiales et Oxalidales ; et (ii) les eurosidés II (Malvidae) incluent Tapisciaceae, Brassicales, Malvales, Sapindales, Geraniales, Myrtales, Crossosomatales et Picramniaceae. Le clade rosidé s'est diversifié rapidement dans ces lignées majeures, peut-être sur une période de <15 millions d'années, et peut-être en seulement 4 à 5 millions d'années. Le moment de la radiation rapide des rosidés inférée [de 108 à 91 millions d'années avant notre ère (Ma) et de 107-83 Ma pour les Fabidae et les Malvidae, respectivement] correspond à la montée rapide des forêts dominées par les angiospermes et à la diversification concomitante d'autres clades qui habitent ces forêts, notamment les amphibiens, les fourmis, les mammifères placentaires et les fougères.

@article{doi101073pnas0813376106,
    author = "Wang, Hengchang et Moore, Michael J. et Soltis, Pamela S. et Bell, Charles D. et Brockington, Samuel F. et Alexandre, Roolse et Davis, Charles C. et Latvis, Maribeth et Manchester, Steven R. et Soltis, Pamela S.",
    title = "Radiation rosid et la montée rapide des forêts dominées par les angiospermes",
    year = "2009",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Le clade rosidé (70 000 espèces) contient plus d'un quart de toutes les espèces d'angiospermes et comprend la plupart des lignées d'arbres de forêts tempérées et tropicales existants. Malgré les progrès réalisés pour élucider les relations au sein des angiospermes, les rosidés restent le plus grand clade majeur mal résolu ; les relations profondes au sein des rosidés sont particulièrement énigmatiques. Basées sur des analyses de parcimonie et de vraisemblance maximale (ML) de jeux de données séparés et combinés de 12 gènes (10 gènes plastidiques, 2 nucléaires ; >18 000 pb) et de répétitions inversées plastidiques (IR ; 24 gènes et espaces intermédiaires ; >25 000 pb) pour >100 espèces de rosidés, nous offrons une compréhension considérablement améliorée de la phylogénie des rosidés. Les Vitaceae sont sœurs de tous les autres rosidés, qui forment à leur tour 2 grands clades, chacun ayant une valeur de bootstrap ML de 100 % : (i) les eurosidés I (Fabidae) incluent le clade fixant l'azote, Celastrales, Huaceae, Zygophyllales, Malpighiales et Oxalidales ; et (ii) les eurosidés II (Malvidae) incluent Tapisciaceae, Brassicales, Malvales, Sapindales, Geraniales, Myrtales, Crossosomatales et Picramniaceae. Le clade rosidé s'est diversifié rapidement dans ces lignées majeures, peut-être sur une période de <15 millions d'années, et peut-être en seulement 4 à 5 millions d'années. Le moment de la radiation rapide des rosidés inférée [de 108 à 91 millions d'années avant notre ère (Ma) et de 107-83 Ma pour les Fabidae et les Malvidae, respectivement] correspond à la montée rapide des forêts dominées par les angiospermes et à la diversification concomitante d'autres clades qui habitent ces forêts, notamment les amphibiens, les fourmis, les mammifères placentaires et les fougères.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0813376106",
    doi = "10.1073/pnas.0813376106",
    openalex = "W2158722151",
    references = "doi101146annurevento53103106093304"
}

L'importance relative des processus écologiques locaux et historiques à grande échelle dans la création de différences de richesse spécifique à travers le globe reste vivement débattue. Pour mieux comprendre ces questions, nous avons étudié l'assemblage de la diversité végétale du Cerrado en Amérique du Sud, la savane tropicale la plus riche en espèces du monde. Les phylogénies calibrées dans le temps suggèrent que les lignées du Cerrado ont commencé à se diversifier il y a moins de 10 Mya, la plupart des lignées se diversifiant il y a 4 Mya ou moins, coïncidant avec l'ascension au rang de dominance des graminées C4 inflammables et l'expansion du biome de la savane dans le monde. Ces phylogénies végétales montrent que les lignées du Cerrado sont fortement associées à des adaptations au feu et ont des groupes sœurs dans des forêts humides voisines largement exemptes de feu, des forêts saisonnièrement sèches, des prairies subtropicales ou des végétations de zones humides. Ces résultats impliquent que le Cerrado s'est formé in situ via des changements adaptatifs récents et fréquents pour résister au feu, plutôt que par la dispersion de lignées déjà adaptées au feu. La localisation du Cerrado entourée d'une diversité de biomes riches en espèces, et la barrière adaptative apparemment modeste posée par le feu, ont probablement contribué à sa richesse spécifique frappante. Ces résultats s'ajoutent aux preuves croissantes que les origines et l'assemblage historique de biomes riches en espèces ont été idiosyncrasiques, entraînés en grande partie par des caractéristiques uniques de la géohistoire régionale et continentale, et que différents processus historiques peuvent conduire à des niveaux similaires de richesse spécifique moderne.

@article{doi101073pnas0903410106,
    author = "Simon, Marcelo Fragomeni et Grether, Rosaura et de Queiroz, Luciano Paganucci et Skema, Cynthia et Pennington, R. Toby et Hughes, Colin E.",
    title = "Assemblage récent du Cerrado, un point chaud de la diversité végétale néotropicale, par l'évolution in situ d'adaptations au feu",
    year = "2009",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "L'importance relative des processus écologiques locaux et historiques à grande échelle dans la création de différences de richesse spécifique à travers le globe reste vivement débattue. Pour mieux comprendre ces questions, nous avons étudié l'assemblage de la diversité végétale du Cerrado en Amérique du Sud, la savane tropicale la plus riche en espèces du monde. Les phylogénies calibrées dans le temps suggèrent que les lignées du Cerrado ont commencé à se diversifier il y a moins de 10 Mya, la plupart des lignées se diversifiant il y a 4 Mya ou moins, coïncidant avec l'ascension au rang de dominance des graminées C4 inflammables et l'expansion du biome de la savane dans le monde. Ces phylogénies végétales montrent que les lignées du Cerrado sont fortement associées à des adaptations au feu et ont des groupes sœurs dans des forêts humides voisines largement exemptes de feu, des forêts saisonnièrement sèches, des prairies subtropicales ou des végétations de zones humides. Ces résultats impliquent que le Cerrado s'est formé in situ via des changements adaptatifs récents et fréquents pour résister au feu, plutôt que par la dispersion de lignées déjà adaptées au feu. La localisation du Cerrado entourée d'une diversité de biomes riches en espèces, et la barrière adaptative apparemment modeste posée par le feu, ont probablement contribué à sa richesse spécifique frappante. Ces résultats s'ajoutent aux preuves croissantes que les origines et l'assemblage historique de biomes riches en espèces ont été idiosyncrasiques, entraînés en grande partie par des caractéristiques uniques de la géohistoire régionale et continentale, et que différents processus historiques peuvent conduire à des niveaux similaires de richesse spécifique moderne.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0903410106",
    doi = "10.1073/pnas.0903410106",
    openalex = "W2151396518",
    references = "doi101073pnas0608361104, doi101146annurevecolsys110308120327, openalexw2611511275"
}

Les nervures qui irriguent les feuilles pendant la photosynthèse sont démontrées être nettement plus abondantes chez les plantes à fleurs que chez tout autre lignée de plante vasculaire. Les densités de nervures des angiospermes atteignent en moyenne 8 mm de nervure par mm(2) de surface foliaire et peuvent atteindre 25 mm mm(-2), alors que de telles densités élevées sont absentes de toutes les autres plantes, vivantes ou éteintes. Les feuilles des non-angiospermes ont constamment atteint une moyenne proche de 2 mm mm(-2) au cours de 380 millions d'années d'évolution, malgré une histoire complexe qui a impliqué quatre origines ou plus de feuilles lamellaires indépendantes avec de nombreuses nervures et des changements dramatiques du climat et de la composition atmosphérique. Nous démontrons également que les hautes densités de nervures foliaires uniques aux angiospermes permettent des taux de transpiration inégalés, étendant des travaux précédents indiquant une forte corrélation entre la densité de nervures et les taux d'assimilation. Parce que la densité de nervures est directement mesurable dans les fossiles, ces corrélations offrent un nouvel accès à la physiologie des plantes éteintes et à la manière dont elles ont pu impacter leurs environnements. Premièrement, les taux d'assimilation élevés actuellement confinés aux angiospermes parmi les plantes vivantes ont probablement été uniques tout au long de l'histoire évolutive. Deuxièmement, le recyclage de l'eau piloté par la transpiration, qui est important pour soutenir les précipitations dans les forêts tropicales modernes, a probablement été significativement moindre dans un monde avant les angiospermes.

@article{doi101098rspb20081919,
    author = "Boyce, C. Kevin et Brodribb, Timothy J. et Feild, Taylor S. et Zwieniecki, Maciej A.",
    title = "L'évolution des nervures foliaires des angiospermes a été physiologiquement et environnementalement transformative",
    year = "2009",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Les nervures qui irriguent les feuilles pendant la photosynthèse sont démontrées être nettement plus abondantes chez les plantes à fleurs que chez tout autre lignée de plante vasculaire. Les densités de nervures des angiospermes atteignent en moyenne 8 mm de nervure par mm(2) de surface foliaire et peuvent atteindre 25 mm mm(-2), alors que de telles densités élevées sont absentes de toutes les autres plantes, vivantes ou éteintes. Les feuilles des non-angiospermes ont constamment atteint une moyenne proche de 2 mm mm(-2) au cours de 380 millions d'années d'évolution, malgré une histoire complexe qui a impliqué quatre origines ou plus de feuilles lamellaires indépendantes avec de nombreuses nervures et des changements dramatiques du climat et de la composition atmosphérique. Nous démontrons également que les hautes densités de nervures foliaires uniques aux angiospermes permettent des taux de transpiration inégalés, étendant des travaux précédents indiquant une forte corrélation entre la densité de nervures et les taux d'assimilation. Parce que la densité de nervures est directement mesurable dans les fossiles, ces corrélations offrent un nouvel accès à la physiologie des plantes éteintes et à la manière dont elles ont pu impacter leurs environnements. Premièrement, les taux d'assimilation élevés actuellement confinés aux angiospermes parmi les plantes vivantes ont probablement été uniques tout au long de l'histoire évolutive. Deuxièmement, le recyclage de l'eau piloté par la transpiration, qui est important pour soutenir les précipitations dans les forêts tropicales modernes, a probablement été significativement moindre dans un monde avant les angiospermes.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2008.1919",
    doi = "10.1098/rspb.2008.1919",
    openalex = "W2119610202",
    references = "doi101016s0065250408601191, doi101046j109583392003t01100158x, doi101073pnas0608361104, doi10108000241160310004657, doi101104pp107101352, doi101111boj12385, doi101126science24749481322, doi101146annurevarplant56032604144141, doi10230725065646, doi1023073515620, openalexw1584176508"
}

Une classification révisée et mise à jour des familles de plantes à fleurs est fournie. De nombreuses études récentes ont fourni des preuves de plus en plus détaillées concernant la position de familles autrefois non classées, entraînant l'adoption de plusieurs nouveaux ordres, notamment Amborellales, Berberidopsidales, Bruniales, Buxales, Chloranthales, Escalloniales, Huerteales, Nymphaeales, Paracryphiales, Petrosaviales, Picramniales, Trochodendrales, Vitales et Zygophyllales. De nombreux genres et familles précédemment non classés sont inclus ici dans des ordres, réduisant considérablement le nombre de taxons non classés ; ceux-ci incluent Hydatellaceae (Nymphaeales), Haptanthaceae (Buxales), Peridiscaceae (Saxifragales), Huaceae (Oxalidales), Centroplacaceae et Rafflesiaceae (tous deux Malpighiales), Aphloiaceae, Geissolomataceae et Strasburgeriaceae (tous Crossosomatales), Picramniaceae (Picramniales), Dipentodontaceae et Gerrardinaceae (tous deux Huerteales), Cytinaceae (Malvales), Balanophoraceae (Santalales), Mitrastemonaceae (Ericales) et Boraginaceae (maintenant au moins connue comme membre du clade lamiid). Les familles nouvellement séparées pour des genres précédemment compris dans d'autres familles reconnues par l'APG incluent Petermanniaceae (Liliales), Calophyllaceae (Malpighiales), Capparaceae et Cleomaceae (tous deux Brassicales), Schoepfiaceae (Santalales), Anacampserotaceae, Limeaceae, Lophiocarpaceae, Montiaceae et Talinaceae (tous Caryophyllales) et Linderniaceae et Thomandersiaceae (tous deux Lamiales). L'utilisation de familles entre crochets est abandonnée en raison de son impopularité, et dans la plupart des cas, les circonscriptions plus larges sont conservées ; celles-ci incluent Amaryllidaceae, Asparagaceace et Xanthorrheaceae (tous Asparagales), Passifloraceae (Malpighiales), Primulaceae (Ericales) et plusieurs autres familles plus petites. Des articles séparés dans ce même volume traitent d'un nouvel ordre linéaire pour l'APG, de noms de sous-familles qui peuvent être utilisés pour une communication plus précise dans Amaryllidaceae s.l., Asparagaceace s.l. et Xanthorrheaceae s.l. (tous Asparagales) et d'une classification supra-ordinaire formelle pour les plantes à fleurs.

@article{doi101111j10958339200900996x,
    author = "GROUP, THE ANGIOSPERM PHYLOGENY",
    title = "An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG III",
    year = "2009",
    journal = "Botanical Journal of the Linnean Society",
    abstract = "A revised and updated classification for the families of flowering plants is provided. Many recent studies have yielded increasingly detailed evidence for the positions of formerly unplaced families, resulting in a number of newly adopted orders, including Amborellales, Berberidopsidales, Bruniales, Buxales, Chloranthales, Escalloniales, Huerteales, Nymphaeales, Paracryphiales, Petrosaviales, Picramniales, Trochodendrales, Vitales and Zygophyllales. A number of previously unplaced genera and families are included here in orders, greatly reducing the number of unplaced taxa; these include Hydatellaceae (Nymphaeales), Haptanthaceae (Buxales), Peridiscaceae (Saxifragales), Huaceae (Oxalidales), Centroplacaceae and Rafflesiaceae (both Malpighiales), Aphloiaceae, Geissolomataceae and Strasburgeriaceae (all Crossosomatales), Picramniaceae (Picramniales), Dipentodontaceae and Gerrardinaceae (both Huerteales), Cytinaceae (Malvales), Balanophoraceae (Santalales), Mitrastemonaceae (Ericales) and Boraginaceae (now at least known to be a member of lamiid clade). Newly segregated families for genera previously understood to be in other APG-recognized families include Petermanniaceae (Liliales), Calophyllaceae (Malpighiales), Capparaceae and Cleomaceae (both Brassicales), Schoepfiaceae (Santalales), Anacampserotaceae, Limeaceae, Lophiocarpaceae, Montiaceae and Talinaceae (all Caryophyllales) and Linderniaceae and Thomandersiaceae (both Lamiales). Use of bracketed families is abandoned because of its unpopularity, and in most cases the broader circumscriptions are retained; these include Amaryllidaceae, Asparagaceace and Xanthorrheaceae (all Asparagales), Passifloraceae (Malpighiales), Primulaceae (Ericales) and several other smaller families. Separate papers in this same volume deal with a new linear order for APG, subfamilial names that can be used for more accurate communication in Amaryllidaceae s.l., Asparagaceace s.l. and Xanthorrheaceae s.l. (all Asparagales) and a formal supraordinal classification for the flowering plants.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1095-8339.2009.00996.x",
    doi = "10.1111/j.1095-8339.2009.00996.x",
    openalex = "W4245471709",
    references = "doi101046j109583392003t01100158x, doi101073pnas0708072104, doi101073pnas0709121104, doi101073pnas0813376106, doi101111j175348871981tb06752x, doi1023072484473, doi1023072992015, doi103732ajb0800047, doi103732ajb891132, doi105860choice453190, openalexw2961549061"
}

L'évolution des angiospermes a transformé l'écologie mondiale, et une grande partie de cet impact découle de la productivité végétative inégalée des clades d'angiospermes dominants. Cependant, les origines de la haute capacité photosynthétique chez les angiospermes restent inconnues. Dans cette étude, nous décrivons la trajectoire abrupte de l'évolution de la densité des nervures foliaires (D(v)) chez les angiospermes, et prédisons que cette innovation hydraulique foliaire a permis un changement majeur dans la capacité des feuilles à assimiler le CO(2). En reconstruisant l'évolution des nervures foliaires à partir de l'examen de 504 espèces d'angiospermes, nous avons constaté qu'une augmentation rapide de trois à quatre fois de la D(v) s'est produite lors de l'évolution précoce des angiospermes. Nous démontrons comment ce changement majeur dans l'architecture des nervures foliaires a potentiellement permis à la capacité photosynthétique maximale des angiospermes de dépasser celle des groupes concurrents entre 140 et 100 Ma. Nos données suggèrent que les angiospermes terrestres précoces produisaient des feuilles à faible taux photosynthétique, mais que le succès ultérieur des angiospermes est lié à une augmentation de la capacité photosynthétique lors de leur diversification précoce.

@article{doi101111j14610248200901410x,
    author = "Brodribb, Timothy J. et Feild, Taylor S.",
    title = "Leaf hydraulic evolution led a surge in leaf photosynthetic capacity during early angiosperm diversification",
    year = "2009",
    journal = "Ecology Letters",
    abstract = "L'évolution des angiospermes a transformé l'écologie mondiale, et une grande partie de cet impact découle de la productivité végétative inégalée des clades d'angiospermes dominants. Cependant, les origines de la haute capacité photosynthétique chez les angiospermes restent inconnues. Dans cette étude, nous décrivons la trajectoire abrupte de l'évolution de la densité des nervures foliaires (D(v)) chez les angiospermes, et prédisons que cette innovation hydraulique foliaire a permis un changement majeur dans la capacité des feuilles à assimiler le CO(2). En reconstruisant l'évolution des nervures foliaires à partir de l'examen de 504 espèces d'angiospermes, nous avons constaté qu'une augmentation rapide de trois à quatre fois de la D(v) s'est produite lors de l'évolution précoce des angiospermes. Nous démontrons comment ce changement majeur dans l'architecture des nervures foliaires a potentiellement permis à la capacité photosynthétique maximale des angiospermes de dépasser celle des groupes concurrents entre 140 et 100 Ma. Nos données suggèrent que les angiospermes terrestres précoces produisaient des feuilles à faible taux photosynthétique, mais que le succès ultérieur des angiospermes est lié à une augmentation de la capacité photosynthétique lors de leur diversification précoce.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1461-0248.2009.01410.x",
    doi = "10.1111/j.1461-0248.2009.01410.x",
    openalex = "W2153946082",
    references = "doi101038282424a0, doi101046j14698137200200397x, doi101073pnas0709121104, doi101098rspb20081919, doi101111j14698137200400974x, doi101126science1155121, doi101126science2815374237, doi1023071218350, doi102475ajs294156, doi102475ajs3012182, doi103732ajb0800047, doi104159harvard9780674864856"
}

La polyploïdie a longtemps été reconnue comme une force majeure dans l'évolution des angiospermes. Les investigations génomiques récentes indiquent non seulement que la polyploïdie est ubiquitaire parmi les angiospermes, mais suggèrent également plusieurs événements anciens de doublement du génome. Ceux-ci incluent des événements de duplication du génome entier (WGD) anciens dans les lignées d'angiospermes basales, ainsi qu'un événement paléohexaploïde proposé qui pourrait survenir près de la divergence des eudicots. Cependant, il n'existe actuellement aucune preuve de WGD chez Amborella, l'espèce sœur supposée des autres angiospermes existantes. La question n'est plus « Quelle proportion d'angiospermes sont polyploïdes ? », mais « Combien d'épisodes de polyploïdie caractérisent une lignée donnée ? » De nouveaux algorithmes offrent l'espoir que les génomes ancestraux puissent être reconstruits pour des divergences profondes (par exemple, il pourrait être possible de reconstruire le génome ancestral des eudicots ou même le génome ancestral des angiospermes). Les comparaisons des taux de diversification suggèrent que le doublement du génome pourrait avoir conduit à une augmentation dramatique de la richesse spécifique dans plusieurs lignées d'angiospermes, notamment les Poaceae, les Solanaceae, les Fabaceae et les Brassicaceae. Cependant, des études génomiques supplémentaires sont nécessaires pour localiser avec précision la placement phylogénétique des événements de polyploïdie anciens au sein de ces lignées et pour déterminer quand les nouveaux gènes résultant de la polyploïdie ont permis des radiations adaptatives.

@article{doi103732ajb0800079,
    author = "Soltis, Pamela S. et Albert, Victor A. et Leebens‐Mack, Jim et Bell, Charles D. et Paterson, Andrew H. et Zheng, Chunfang et Sankoff, David et de Pamphilis, Claude W. et Wall, P. Kerr et Soltis, Pamela S.",
    title = "Polyploïdie et diversification des angiospermes",
    year = "2009",
    journal = "American Journal of Botany",
    abstract = {La polyploïdie a longtemps été reconnue comme une force majeure dans l'évolution des angiospermes. Les investigations génomiques récentes indiquent non seulement que la polyploïdie est ubiquitaire parmi les angiospermes, mais suggèrent également plusieurs événements anciens de doublement du génome. Ceux-ci incluent des événements de duplication du génome entier (WGD) anciens dans les lignées d'angiospermes basales, ainsi qu'un événement paléohexaploïde proposé qui pourrait survenir près de la divergence des eudicots. Cependant, il n'existe actuellement aucune preuve de WGD chez Amborella, l'espèce sœur supposée des autres angiospermes existantes. La question n'est plus « Quelle proportion d'angiospermes sont polyploïdes ? », mais « Combien d'épisodes de polyploïdie caractérisent une lignée donnée ? » De nouveaux algorithmes offrent l'espoir que les génomes ancestraux puissent être reconstruits pour des divergences profondes (par exemple, il pourrait être possible de reconstruire le génome ancestral des eudicots ou même le génome ancestral des angiospermes). Les comparaisons des taux de diversification suggèrent que le doublement du génome pourrait avoir conduit à une augmentation dramatique de la richesse spécifique dans plusieurs lignées d'angiospermes, notamment les Poaceae, les Solanaceae, les Fabaceae et les Brassicaceae. Cependant, des études génomiques supplémentaires sont nécessaires pour localiser avec précision la placement phylogénétique des événements de polyploïdie anciens au sein de ces lignées et pour déterminer quand les nouveaux gènes résultant de la polyploïdie ont permis des radiations adaptatives.},
    url = "https://doi.org/10.3732/ajb.0800079",
    doi = "10.3732/ajb.0800079",
    openalex = "W2064911343",
    references = "doi101016jpalaeo200507006, doi101111j001438202001tb00826x, doi101146annurevgenet341401, doi101196annals1438005"
}

Le recyclage de l'eau transpirée est bien connu comme une source importante de précipitations, particulièrement dans les tropiques, et les angiospermes ont des capacités de transpiration supérieures à celles de toutes les autres plantes tout au long de l'histoire évolutive. Ainsi, l'évolution et l'ascension à la dominance écologique des plantes à fleurs sont proposées comme ayant fortement modifié le climat. La capacité de transpiration est étroitement corrélée à la densité des nervures foliaires, et la densité moyenne des nervures des feuilles d'angiospermes est quatre fois supérieure à celle de toutes les autres plantes, vivantes ou éteintes. Une transition rapide vers des densités de nervures élevées s'est produite séparément dans trois ou plus lignées de plantes à fleurs il y a environ 100 millions d'années. La modélisation climatique de l'impact de cette révolution physiologique indique que les tropiques auraient été plus chauds, plus secs et plus saisonniers en l'absence des angiospermes, et la superficie globale des forêts tropicales aurait diminué substantiellement. Parce que la diversité des angiospermes est influencée par la superficie des forêts tropicales et par l'abondance et l'uniformité des précipitations, la haute diversité des angiospermes est partiellement le produit d'une boucle de rétroaction positive avec les modifications climatiques initiées par les angiospermes elles-mêmes. Les diversifications de lignées parmi les animaux vertébrés et invertébrés et les plantes non angiospermes à la suite de la radiation des angiospermes peuvent être liées à l'impact sans précédent des angiospermes sur le climat.

@article{doi1034172009143,
    author = "Boyce, C. Kevin et Lee, Jung‐Eun et Feild, Taylor S. et Brodribb, Timothy J. et Zwieniecki, Maciej A.",
    title = "Angiospermes ont contribué à mettre la pluie dans les forêts tropicales : L'impact de l'évolution physiologique des plantes sur la biodiversité tropicale 1",
    year = "2010",
    journal = "Annals of the Missouri Botanical Garden",
    abstract = "Le recyclage de l'eau transpirée est bien connu comme une source importante de précipitations, particulièrement dans les tropiques, et les angiospermes ont des capacités de transpiration supérieures à celles de toutes les autres plantes tout au long de l'histoire évolutive. Ainsi, l'évolution et l'ascension à la dominance écologique des plantes à fleurs sont proposées comme ayant fortement modifié le climat. La capacité de transpiration est étroitement corrélée à la densité des nervures foliaires, et la densité moyenne des nervures des feuilles d'angiospermes est quatre fois supérieure à celle de toutes les autres plantes, vivantes ou éteintes. Une transition rapide vers des densités de nervures élevées s'est produite séparément dans trois ou plus lignées de plantes à fleurs il y a environ 100 millions d'années. La modélisation climatique de l'impact de cette révolution physiologique indique que les tropiques auraient été plus chauds, plus secs et plus saisonniers en l'absence des angiospermes, et la superficie globale des forêts tropicales aurait diminué substantiellement. Parce que la diversité des angiospermes est influencée par la superficie des forêts tropicales et par l'abondance et l'uniformité des précipitations, la haute diversité des angiospermes est partiellement le produit d'une boucle de rétroaction positive avec les modifications climatiques initiées par les angiospermes elles-mêmes. Les diversifications de lignées parmi les animaux vertébrés et invertébrés et les plantes non angiospermes à la suite de la radiation des angiospermes peuvent être liées à l'impact sans précédent des angiospermes sur le climat.",
    url = "https://doi.org/10.3417/2009143",
    doi = "10.3417/2009143",
    openalex = "W2100361465",
    references = "doi101038nature05634, doi101073pnas0608361104, doi101086282687, doi101111j1469185x1977tb01347x, doi101126science1066854, doi101126science1100217, doi101126science1164033, doi101126science1177265, doi1023073071998, doi102475ajs294156"
}

@incollection{crossref2011angiosperms,
    title = "Angiospermes",
    year = "2011",
    booktitle = "Un manuel de botanique",
    url = "https://doi.org/10.1017/cbo9781139105231.012",
    doi = "10.1017/cbo9781139105231.012",
    pages = "466-586"
}

Les feuilles des angiospermes présentent une diversité remarquable de formes, allant des séquences de développement au sein d'un bourgeon et de la réponse de la couronne à un microenvironnement, jusqu'à la variation entre les espèces au sein et entre les communautés, ainsi qu'entre les ordres ou les familles. Il est généralement admis que, puisque les feuilles photosynthétiques sont essentielles à la croissance et à la survie des plantes, la variation de leur forme reflète la sélection naturelle agissant sur la fonction. Plusieurs théories non mutuellement exclusives ont été proposées pour expliquer la diversité des formes de feuilles. Elles incluent : la thermorégulation des feuilles, en particulier dans les environnements arides et chauds, les contraintes hydrauliques, les motifs d'expansion des feuilles chez les espèces caduques, les contraintes biomécaniques, les adaptations pour éviter la herbivorie, les adaptations pour optimiser l'interception de la lumière, et même l'idée que la variation de la forme des feuilles est une réponse à la sélection sur la forme des fleurs. Cependant, l'importance relative ou la probabilité de chacun de ces facteurs reste incertaine. Ici, nous examinons le contexte évolutif de la diversification des formes de feuilles, discutons des mécanismes proximaux qui génèrent cette diversité dans les systèmes actuels, et considérons les preuves pour chacune des hypothèses susmentionnées dans le contexte de la signification fonctionnelle de la forme des feuilles. La synthèse de ces domaines vastes aide à identifier des points de convergence conceptuelle pour les discussions en cours et des directions intégrées pour la recherche future.

@article{doi101071fp11057,
    author = "Nicotra, Adrienne B. et Leigh, Andrea et Boyce, C. Kevin et Jones, Cynthia S. et Niklas, Karl J. et Royer, Dana L. et Tsukaya, Hirokazu",
    title = "L'évolution et la signification fonctionnelle de la forme des feuilles chez les angiospermes",
    year = "2011",
    journal = "Functional Plant Biology",
    abstract = "Les feuilles des angiospermes présentent une diversité remarquable de formes, allant des séquences de développement au sein d'un bourgeon et de la réponse de la couronne à un microenvironnement, jusqu'à la variation entre les espèces au sein et entre les communautés, ainsi qu'entre les ordres ou les familles. Il est généralement admis que, puisque les feuilles photosynthétiques sont essentielles à la croissance et à la survie des plantes, la variation de leur forme reflète la sélection naturelle agissant sur la fonction. Plusieurs théories non mutuellement exclusives ont été proposées pour expliquer la diversité des formes de feuilles. Elles incluent : la thermorégulation des feuilles, en particulier dans les environnements arides et chauds, les contraintes hydrauliques, les motifs d'expansion des feuilles chez les espèces caduques, les contraintes biomécaniques, les adaptations pour éviter la herbivorie, les adaptations pour optimiser l'interception de la lumière, et même l'idée que la variation de la forme des feuilles est une réponse à la sélection sur la forme des fleurs. Cependant, l'importance relative ou la probabilité de chacun de ces facteurs reste incertaine. Ici, nous examinons le contexte évolutif de la diversification des formes de feuilles, discutons des mécanismes proximaux qui génèrent cette diversité dans les systèmes actuels, et considérons les preuves pour chacune des hypothèses susmentionnées dans le contexte de la signification fonctionnelle de la forme des feuilles. La synthèse de ces domaines vastes aide à identifier des points de convergence conceptuelle pour les discussions en cours et des directions intégrées pour la recherche future.",
    url = "https://doi.org/10.1071/fp11057",
    doi = "10.1071/fp11057",
    openalex = "W2144704825",
    references = "doi101098rspb20081919, doi101104pp107101352, doi101111j14610248200901410x"
}

La polyploïdie peut être un facteur important dans le succès des invasions d'espèces grâce à une combinaison de (1) une « pré-adaptation », par laquelle les lignées polyploïdes sont prédisposées aux conditions de la nouvelle aire de répartition et, par conséquent, ont des taux de survie et une fitness plus élevés lors de la phase d'établissement la plus précoce ; et (2) la possibilité d'une adaptation ultérieure due à une diversité génétique plus importante qui peut faciliter l'« évolution de l'invasivité ». Alternativement, la polyploïdisation peut jouer un rôle important en (3) restaurant la reproduction sexuée après hybridation ou, à l'inverse, (4) la reproduction asexuée en l'absence de partenaires appropriés. Nous encourageons donc les biologistes des invasions à intégrer des évaluations de la ploïdie dans leurs études sur les espèces exotiques envahissantes.

@article{doi101093aobmcr277,
    author = "te Beest, Mariska et Roux, Johannes J. Le et Richardson, David M. et Brysting, Anne K. et Suda, Jan et Kubešová, Magdalena et Pyšek, Petr",
    title = "The more the better? The role of polyploidy in facilitating plant invasions",
    year = "2011",
    journal = "Annals of Botany",
    abstract = "Polyploidy can be an important factor in species invasion success through a combination of (1) 'pre-adaptation', whereby polyploid lineages are predisposed to conditions in the new range and, therefore, have higher survival rates and fitness in the earliest establishment phase; and (2) the possibility for subsequent adaptation due to a larger genetic diversity that may assist the 'evolution of invasiveness'. Alternatively, polyploidization may play an important role by (3) restoring sexual reproduction following hybridization or, conversely, (4) asexual reproduction in the absence of suitable mates. We, therefore, encourage invasion biologists to incorporate assessments of ploidy in their studies of invasive alien species.",
    url = "https://doi.org/10.1093/aob/mcr277",
    doi = "10.1093/aob/mcr277",
    openalex = "W2061325948",
    references = "doi101016jtplants200912003, doi101038nrg1711, doi101038nrg2600, doi101073pnas0900906106, doi101111j10958339200900996x, doi101111j13669516200600302x, doi1011910309133306pp490pr"
}

Résumé Les caractéristiques des plantes – les caractéristiques morphologiques, anatomiques, physiologiques, biochimiques et phénologiques des plantes et de leurs organes – déterminent comment les producteurs primaires répondent aux facteurs environnementaux, affectent d'autres niveaux trophiques, influencent les processus et services écosystémiques et constituent un lien entre la richesse spécifique et la diversité fonctionnelle écosystémique. Les données sur les caractéristiques représentent ainsi la matière première pour une large gamme de recherches, de la biologie évolutive à l'écologie communautaire et fonctionnelle, en passant par la biogéographie. Ici, nous présentons l'initiative de base de données mondiale nommée TRY, qui a réuni une large partie de la communauté de recherche sur les caractéristiques des plantes dans le monde et obtenu un soutien sans précédent pour les données sur les caractéristiques : jusqu'à présent, 93 bases de données sur les caractéristiques ont été fournies. Le dépôt de données contient actuellement près de trois millions d'entrées de caractéristiques pour 69 000 des 300 000 espèces végétales du monde, avec un accent sur 52 groupes de caractéristiques caractérisant les stades végétatif et de régénération du cycle de vie des plantes, y compris la croissance, la dispersion, l'établissement et la persistance. Une première analyse des données montre que la plupart des caractéristiques des plantes sont approximativement distribuées selon une loi log-normale, avec des gammes de variation très différentes entre les caractéristiques. La plupart de la variation des caractéristiques est entre les espèces (interspécifique), mais une variation intraspécifique significative est également documentée, jusqu'à 40 % de la variation globale. Les types fonctionnels des plantes (PFT), tels qu'ils sont couramment utilisés dans les modèles de végétation, capturent une fraction substantielle de la variation observée – mais pour plusieurs caractéristiques, la plupart de la variation se produit au sein des PFT, jusqu'à 75 % de la variation globale. Dans le contexte des modèles de végétation, ces caractéristiques seraient mieux représentées par des variables d'état plutôt que par des valeurs de paramètres fixes. La disponibilité améliorée des données sur les caractéristiques des plantes dans la base de données mondiale unifiée devrait soutenir un changement de paradigme de l'écologie basée sur les espèces à l'écologie basée sur les caractéristiques, offrir de nouvelles opportunités pour la recherche synthétique sur les caractéristiques des plantes et permettre une représentation plus réaliste et empiriquement fondée de la végétation terrestre dans les modèles du système terrestre.

@article{doi101111j13652486201102451x,
    author = "Kattge, Jens and Dı́az, Soledad et al.",
    title = "TRY – une base de données mondiale des traits des plantes",
    year = "2011",
    journal = "Global Change Biology",
    abstract = "Abstract Les traits des plantes – les caractéristiques morphologiques, anatomiques, physiologiques, biochimiques et phénologiques des plantes et de leurs organes – déterminent comment les producteurs primaires répondent aux facteurs environnementaux, affectent d'autres niveaux trophiques, influencent les processus et services écosystémiques et constituent un lien entre la richesse spécifique et la diversité fonctionnelle écosystémique. Les données sur les traits représentent ainsi la matière première pour une large gamme de recherches, de la biologie évolutive à l'écologie communautaire et fonctionnelle, en passant par la biogéographie. Ici, nous présentons l'initiative de base de données mondiale nommée TRY, qui a réuni une large partie de la communauté de recherche sur les traits des plantes dans le monde et obtenu un soutien sans précédent pour les données sur les traits : à ce jour, 93 bases de données sur les traits ont été fournies. Le dépôt de données contient actuellement près de trois millions d'entrées de traits pour 69 000 des 300 000 espèces végétales du monde, avec un accent sur 52 groupes de traits caractérisant les stades végétatif et de régénération du cycle de vie des plantes, y compris la croissance, la dispersion, l'établissement et la persistance. Une première analyse des données montre que la plupart des traits des plantes sont approximativement distribués selon une loi log-normale, avec des gammes de variation très différentes entre les traits. La plupart de la variation des traits se situe entre les espèces (interspécifique), mais une variation intraspécifique significative est également documentée, jusqu'à 40 % de la variation globale. Les types fonctionnels des plantes (PFT), tels qu'ils sont couramment utilisés dans les modèles de végétation, capturent une fraction substantielle de la variation observée – mais pour plusieurs traits, la plupart de la variation se produit au sein des PFT, jusqu'à 75 % de la variation globale. Dans le contexte des modèles de végétation, ces traits seraient mieux représentés par des variables d'état plutôt que par des valeurs de paramètres fixes. L'amélioration de la disponibilité des données sur les traits des plantes dans la base de données mondiale unifiée devrait soutenir un changement de paradigme d'une écologie basée sur les espèces vers une écologie basée sur les traits, offrir de nouvelles opportunités pour la recherche synthétique sur les traits des plantes et permettre une représentation plus réaliste et empiriquement fondée de la végétation terrestre dans les modèles du système terrestre.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1365-2486.2011.02451.x",
    doi = "10.1111/j.1365-2486.2011.02451.x",
    openalex = "W2162584119",
    references = "doi101007bf00386231, doi1010160165176580900245, doi101016jtree200602002, doi101023a1004327224729, doi101038nature02403, doi101046j13652435200200664x, doi101046j13652486200300569x, doi101071bt02124, doi101086283244, doi101111j00301299200715559x, doi101111j14610248200600924x, doi101111j14610248200801219x, doi101146annurevecolsys33010802150452, doi1011552009421425"
}

Nos analyses confirment qu'avec de grandes quantités de données de séquence, la plupart des relations de niveau profond au sein des angiospermes peuvent être résolues. Nous anticipons que cet arbre bien résolu d'angiospermes sera d'utilité large pour de nombreux domaines de la biologie, y compris la physiologie, l'écologie, la paléobiologie et la génomique.

@article{doi103732ajb1000404,
    author = "Soltis, Pamela S. et Smith, Stephen A. et Cellinese, Nico et Wurdack, Kenneth J. et Tank, David C. et Brockington, Samuel F. et Refulio, Nancy et Walker, Jay B. et Moore, Michael J. et Carlsward, Barbara S. et Bell, Charles D. et Latvis, Maribeth et Crawley, Sunny et Black, Chelsea M. et Diouf, Diaga et Xi, Zhenxiang et Rushworth, Catherine A. et Gitzendanner, Matthew A. et Sytsma, Kenneth J. et Qiu, Yin‐Long et Hilu, Khidir W. et Davis, Charles C. et Sanderson, Michael J. et Beaman, Reed S. et Olmstead, Richard G. et Judd, Walter S. et Donoghue, Michael J. et Soltis, Pamela S.",
    title = "Phylogénie des angiospermes : 17 gènes, 640 taxons",
    year = "2011",
    journal = "American Journal of Botany",
    abstract = "Nos analyses confirment qu'avec de grandes quantités de données de séquence, la plupart des relations de niveau profond au sein des angiospermes peuvent être résolues. Nous anticipons que cet arbre bien résolu d'angiospermes sera d'utilité large pour de nombreux domaines de la biologie, y compris la physiologie, l'écologie, la paléobiologie et la génomique.",
    url = "https://doi.org/10.3732/ajb.1000404",
    doi = "10.3732/ajb.1000404",
    openalex = "W2123023543",
    references = "doi101016jympev200802011"
}

Les traits fonctionnels des plantes sont les caractéristiques (morphologiques, physiologiques, phénologiques) qui représentent des stratégies écologiques et déterminent la manière dont les plantes répondent aux facteurs environnementaux, affectent d'autres niveaux trophiques et influencent les propriétés des écosystèmes. La variation des traits fonctionnels des plantes et des syndromes de traits s'est avérée utile pour aborder de nombreuses questions écologiques importantes à différentes échelles, donnant naissance à une demande de méthodes standardisées pour mesurer des traits de plantes écologiquement significatifs. Cette ligne de recherche a été l'une des voies les plus fructueuses pour comprendre les modèles et processus écologiques et évolutifs. Elle a également le potentiel de construire un ensemble prédictif de relations locales, régionales et globales entre les plantes et l'environnement, et de quantifier une large gamme de processus naturels et pilotés par l'homme, y compris les changements de biodiversité, les impacts des invasions d'espèces, les altérations des processus biogéochimiques et les interactions végétation-atmosphère. L'importance de ces sujets dicte le besoin urgent de plus et de meilleures données, et augmente la valeur des protocoles standardisés pour quantifier la variation de traits de différentes espèces, en particulier pour les traits ayant le pouvoir de prédire les processus au niveau des plantes et des écosystèmes, et pour les traits qui peuvent être mesurés relativement facilement. Mis à jour et élargi par rapport à la version précédente largement utilisée, ce manuel conserve l'accent sur des présentations claires, des applications larges et des recettes étape par étape, avec un minimum de texte sur la théorie, et non seulement inclut des méthodes mises à jour pour les traits précédemment couverts, mais introduit également de nombreux nouveaux protocoles pour d'autres traits. Ce nouveau manuel a un meilleur équilibre entre les traits de plante entière, les traits foliaires, les traits racinaires et de tige, et les traits régénératifs, et met un accent particulier sur les traits importants pour prédire les effets des espèces sur les propriétés clés des écosystèmes. Nous espérons que ce nouveau manuel deviendra un compagnon standard dans les efforts locaux et globaux pour apprendre sur les réponses et impacts des différentes espèces de plantes par rapport aux changements environnementaux dans le présent, le passé et le futur.

@article{doi101071bt12225,
    author = "Harguindeguy, Natalia Pérez et Díaz, Sandra et Garnier, Éric et Lavorel, Sandra et Poorter, Hendrik et Jaureguiberry, Pedro et Bret‐Harte, M. Syndonia et Cornwell, William K. et Craine, Joseph M. et Gurvich, Diego E. et Urcelay, Carlos et Veneklaas, Erik J. et Reich, Peter B. et Poorter, Lourens et Wright, Ian J. et Ray, Peter M. et Enrico, Lucas et Pausas, Juli G. et de Vos, Arjen C. et Buchmann, Nina et Funes, Guillermo et Quétier, Fabien et Hodgson, John et Thompson, K. et Morgan, Huw D. et ter Steege, Hans et van der Heijden, Marcel G. A. et Sack, Lawren et Blonder, B. et Poschlod, Peter et Vaieretti, María V. et Conti, Georgina et Staver, A. Carla et Aquino, Sâmia et Cornelissen, J. H. C.",
    title = "New handbook for standardised measurement of plant functional traits worldwide",
    year = "2013",
    journal = "Australian Journal of Botany",
    abstract = "Les traits fonctionnels des plantes sont les caractéristiques (morphologiques, physiologiques, phénologiques) qui représentent des stratégies écologiques et déterminent la manière dont les plantes répondent aux facteurs environnementaux, affectent d'autres niveaux trophiques et influencent les propriétés des écosystèmes. La variation des traits fonctionnels des plantes et des syndromes de traits s'est révélée utile pour aborder de nombreuses questions écologiques importantes à différentes échelles, donnant naissance à une demande de méthodes standardisées pour mesurer des traits de plantes écologiquement significatifs. Cette ligne de recherche a été l'une des voies les plus fructueuses pour comprendre les modèles et processus écologiques et évolutifs. Elle a également le potentiel de construire un ensemble prédictif de relations locales, régionales et mondiales entre les plantes et l'environnement et de quantifier une large gamme de processus naturels et pilotés par l'homme, y compris les changements de biodiversité, les impacts des invasions d'espèces, les altérations des processus biogéochimiques et les interactions végétation-atmosphère. L'importance de ces sujets dicte le besoin urgent de plus et de meilleures données, et augmente la valeur des protocoles standardisés pour quantifier la variation des traits de différentes espèces, en particulier pour les traits ayant le pouvoir de prédire les processus au niveau des plantes et des écosystèmes, et pour les traits qui peuvent être mesurés relativement facilement. Mis à jour et élargi par rapport à la version précédente largement utilisée, ce manuel conserve son accent sur des présentations claires, des applications larges et des recettes étape par étape, avec un minimum de texte sur la théorie, et non seulement inclut des méthodes mises à jour pour les traits précédemment couverts, mais introduit également de nombreux nouveaux protocoles pour d'autres traits. Ce nouveau manuel offre un meilleur équilibre entre les traits de la plante entière, les traits foliaires, les traits racinaires et de tige et les traits régénératifs, et met un accent particulier sur les traits importants pour prédire les effets des espèces sur les propriétés clés des écosystèmes. Nous espérons que ce nouveau manuel deviendra un compagnon standard dans les efforts locaux et mondiaux pour apprendre à connaître les réponses et impacts des différentes espèces de plantes par rapport aux changements environnementaux du présent, du passé et du futur.",
    url = "https://doi.org/10.1071/bt12225",
    doi = "10.1071/bt12225",
    openalex = "W2101020813",
    references = "doi101006anbo20001261, doi101007s004420050100x, doi1010160031942281851345, doi101016b9780124735422x50007, doi101016jtree200602002, doi101023a1004327224729, doi10103835012241, doi101038nature02403, doi101038nature11148, doi101098rspb20081919, doi101104pp107101352, doi101111j00301299200715559x, doi101111j13652486201102451x, doi101111j14610248200801219x, doi101111j14610248200901285x, doi101111j14610248200901314x, doi101111j14610248200901410x, doi101146annurevecolsys33010802150452, doi101146annurevpp40060189002443, doi1023073241344, doi105860choice324498, openalexw1573494572, openalexw2058502945, openalexw2764433274, openalexw569951484"
}

La croissance des arbres phylogénétiques en termes d'étendue et de taille est prometteuse du point de vue de la compréhension d'une grande variété de modèles et de processus évolutifs. Avec des arbres composés de clades plus grands, plus anciens et répartis à l'échelle mondiale, il est probable que la labilité d'un caractère binaire diffère considérablement entre les lignées, ce qui pourrait entraîner des erreurs dans l'estimation des taux de transition et l'inférence associée des états ancestraux. Ici, nous développons et mettons en œuvre une nouvelle méthode pour identifier différents taux d'évolution d'un caractère binaire le long de différentes branches d'une phylogénie. Nous illustrons cette approche en explorant l'évolution de l'habitus de croissance chez les Campanulidae, un clade de plantes à fleurs contenant environ 35 000 espèces. La répartition des espèces ligneuses par rapport aux espèces herbacées remet en question l'utilisation de modèles traditionnels de l'évolution des caractères binaires. La reconnaissance et l'adaptation des changements dans le taux d'évolution de la forme de croissance dans différentes lignées démontrent, pour la première fois, une image robuste de l'évolution de la forme de croissance à travers un clade de plantes à fleurs très grand, très ancien et très répandu.

@article{doi101093sysbiosyt034,
    author = "Beaulieu, Jeremy M. and O’Meara, Brian C. and Donoghue, Michael J.",
    title = "Identifying Hidden Rate Changes in the Evolution of a Binary Morphological Character: The Evolution of Plant Habit in Campanulid Angiosperms",
    year = "2013",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "La croissance des arbres phylogénétiques en termes d'étendue et de taille est prometteuse du point de vue de la compréhension d'une grande variété de modèles et de processus évolutifs. Avec des arbres composés de clades plus grands, plus anciens et répartis à l'échelle mondiale, il est probable que la labilité d'un caractère binaire diffère considérablement entre les lignées, ce qui pourrait entraîner des erreurs dans l'estimation des taux de transition et l'inférence associée des états ancestraux. Ici, nous développons et mettons en œuvre une nouvelle méthode pour identifier différents taux d'évolution d'un caractère binaire le long de différentes branches d'une phylogénie. Nous illustrons cette approche en explorant l'évolution de l'habitus de croissance chez les Campanulidae, un clade de plantes à fleurs contenant environ 35 000 espèces. La répartition des espèces ligneuses par rapport aux espèces herbacées remet en question l'utilisation de modèles traditionnels de l'évolution des caractères binaires. La reconnaissance et l'adaptation des changements dans le taux d'évolution de la forme de croissance dans différentes lignées démontrent, pour la première fois, une image robuste de l'évolution de la forme de croissance à travers un clade de plantes à fleurs très grand, très ancien et très répandu.",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/syt034",
    doi = "10.1093/sysbio/syt034",
    openalex = "W2112282403",
    references = "doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093bioinformaticsbtq706, doi101093nargkh340, doi101109tac19741100705, doi101111j10958339200900996x, doi1023071266136, doi1023072004114, doi1023073802723, openalexw2611511275, openalexw3149745985"
}

Amborella trichopoda est fortement soutenue comme la seule espèce vivante de la lignée sœur de toutes les autres plantes à fleurs existantes, offrant une référence unique pour inférer le contenu et la structure du génome de l'ancêtre commun le plus récent (MRCA) des angiospermes vivants. Le séquençage du génome d'Amborella a permis d'identifier une duplication génomique ancienne survenant avant la diversification des angiospermes, sans preuve de duplications génomiques ultérieures spécifiques à la lignée. Les comparaisons entre Amborella et d'autres angiospermes ont facilité la reconstruction du contenu génique et de l'ordre des gènes de l'ancêtre angiosperme dans le MRCA des eudicotes fondamentaux. Nous identifions de nouvelles familles de gènes, des duplications de gènes et des interactions protéine-protéine florales qui sont apparues pour la première fois chez l'ancêtre angiosperme. Les éléments transposables chez Amborella sont anciens et hautement divergents, sans radiations de transposons récentes. L'analyse génomique des populations à travers la zone native d'Amborella en Nouvelle-Calédonie révèle un goulot d'étranglement génétique récent et une structure géographique avec des implications pour la conservation.

@article{doi101126science1241089,
    author = "Project, Amborella Genome and Albert, Victor A. and Barbazuk, W. Brad and dePamphilis, Claude W. and Der, Joshua P. and Leebens-Mack, James and Mā, Hong and Palmer, Jeffrey D. and Rounsley, Steve and Sankoff, David and Schuster, Stephan C. and Soltis, Pamela S. and Soltis, Pamela S. and Wessler, Susan R. and Wing, Rod A. and Albert, Victor A. and Ammiraju, Jetty S. S. and Barbazuk, W. Bradley and Chamala, Srikar and Chanderbali, Andre S. and dePamphilis, Claude W. and Der, Joshua P. and Determann, Ronald and Leebens-Mack, James and Ma, Hong and Ralph, Paula E. and Rounsley, Steve and Schuster, Stephan C. and Soltis, Douglas E. and Soltis, Pamela S. and Talag, Jason and Tomsho, Lynn and Walts, Brandon and Wanke, Stefan and Wing, Rod A. and Albert, Victor A. and Barbazuk, W. Brad and Chamala, Srikar and Chanderbali, Andre S. and Chang, Tien-Hao and Determann, Ronald and Lan, Tianying and Soltis, Douglas E. and Soltis, Pamela S. and Arikit, Siwaret and Axtell, Michael J. and Ayyampalayam, Saravanaraj and Barbazuk, W. Brad and Burnette, James M. and Chamala, Srikar and Paoli, Emanuele De and dePamphilis, Claude W. and Der, Joshua P. and Estill, James C. and Farrell, Nina and Harkess, Alex and Jiao, Yuannian and Leebens-Mack, James and Liu, Kun and Mei, Wenbin and Meyers, Blake C. and Shahid, Saima and Wafula, Eric and Walts, Brandon and Wessler, Susan R. and Zhai, Jixian and Zhang, Xiaoyu and Albert, Victor A. and Carretero-Paulet, Lorenzo and dePamphilis, Claude W. and Der, Joshua P. and Jiao, Yuannian and Leebens-Mack, James and Lyons, Eric and Sankoff, David and Tang, Haibao and Wafula, Eric and Zheng, Chunfang and Albert, Victor A. and Altman, Naomi S. and Barbazuk, W. Bradley and Carretero-Paulet, Lorenzo and dePamphilis, Claude W. and Der, Joshua P. and Estill, James C. and Jiao, Yuannian and Leebens-Mack, James and Liu, Kun and Mei, Wenbin and Wafula, Eric and Altman, Naomi S. and Arikit, Siwaret and Axtell, Michael J. and Chamala, Srikar and Chanderbali, Andre S. and Chen, Feng and Chen, Jian‐Qun and Chiang, Vincent L. and Paoli, Emanuele De and dePamphilis, Claude W.",
    title = "The Amborella Genome and the Evolution of Flowering Plants",
    year = "2013",
    journal = "Science",
    abstract = "Amborella trichopoda is strongly supported as the single living species of the sister lineage to all other extant flowering plants, providing a unique reference for inferring the genome content and structure of the most recent common ancestor (MRCA) of living angiosperms. Sequencing the Amborella genome, we identified an ancient genome duplication predating angiosperm diversification, without evidence of subsequent, lineage-specific genome duplications. Comparisons between Amborella and other angiosperms facilitated reconstruction of the ancestral angiosperm gene content and gene order in the MRCA of core eudicots. We identify new gene families, gene duplications, and floral protein-protein interactions that first appeared in the ancestral angiosperm. Transposable elements in Amborella are ancient and highly divergent, with no recent transposon radiations. Population genomic analysis across Amborella's native range in New Caledonia reveals a recent genetic bottleneck and geographic structure with conservation implications.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1241089",
    doi = "10.1126/science.1241089",
    openalex = "W2058378183",
    references = "doi101016jpalaeo200507006, doi101146annurevearth042711105313, doi101196annals1438005"
}

@misc{crossref2014angiosperms,
    title = "ANGIOSPERMS",
    year = "2014",
    booktitle = "Encyclopédie du changement environnemental",
    url = "https://doi.org/10.4135/9781446247501.n178",
    doi = "10.4135/9781446247501.n178"
}

Les associations symbiotiques se produisent dans tous les habitats de la Terre, mais nous en savons très peu sur leurs histoires évolutives. Les modèles actuels de l'évolution des traits ne peuvent pas adéquatement reconstruire l'histoire profonde de l'innovation symbiotique, car ils supposent des processus évolutifs homogènes sur des millions d'années. Ici, nous utilisons un cadre phylogénétique hétérogène et quantitatif récemment développé pour étudier l'origine de la symbiose entre les angiospermes et les symbiotes bactériens fixateurs d'azote (N2) logés dans les nodules. Nous compilons la plus grande base de données mondiale des espèces de plantes nodulantes et reconstruisons l'évolution de la symbiose. Nous identifions une seule innovation évolutive cryptique conduisant à l'évolution de la fixation symbiotique de l'N2, suivie de multiples gains et pertes de la symbiose, et de l'émergence subséquente de « fixateurs stables » (clades extrêmement peu susceptibles de perdre la symbiose). Originant il y a plus de 100 MYA, cette innovation suggère une homologie profonde dans la fixation symbiotique de l'N2. L'identification d'innovations cryptiques sur l'arbre de la vie est essentielle pour comprendre l'évolution des traits complexes, y compris les partenariats symbiotiques.

@article{doi101038ncomms5087,
    author = "Werner, Gijsbert D. A. et Cornwell, William K. et Sprent, Janet I. et Kattge, Jens et Kiers, E. Toby",
    title = "Une seule innovation évolutive conduit à l'évolution profonde de la fixation symbiotique de l'N2 chez les angiospermes",
    year = "2014",
    journal = "Nature Communications",
    abstract = "Les associations symbiotiques se produisent dans tous les habitats de la Terre, mais nous en savons très peu sur leurs histoires évolutives. Les modèles actuels de l'évolution des traits ne peuvent pas adéquatement reconstruire l'histoire profonde de l'innovation symbiotique, car ils supposent des processus évolutifs homogènes sur des millions d'années. Ici, nous utilisons un cadre phylogénétique hétérogène et quantitatif récemment développé pour étudier l'origine de la symbiose entre les angiospermes et les symbiotes bactériens fixateurs d'azote (N2) logés dans les nodules. Nous compilons la plus grande base de données mondiale des espèces de plantes nodulantes et reconstruisons l'évolution de la symbiose. Nous identifions une seule innovation évolutive cryptique conduisant à l'évolution de la fixation symbiotique de l'N2, suivie de multiples gains et pertes de la symbiose, et de l'émergence subséquente de « fixateurs stables » (clades extrêmement peu susceptibles de perdre la symbiose). Originant il y a plus de 100 MYA, cette innovation suggère une homologie profonde dans la fixation symbiotique de l'N2. L'identification d'innovations cryptiques sur l'arbre de la vie est essentielle pour comprendre l'évolution des traits complexes, y compris les partenariats symbiotiques.",
    url = "https://doi.org/10.1038/ncomms5087",
    doi = "10.1038/ncomms5087",
    openalex = "W2031705623",
    references = "doi101038nature10625, doi101038nature12872, doi101038nrmicro1987, doi101038nrmicro2990, doi101093bibbbn013, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093sysbiosyt034, doi101098rspb19940006, doi101111j13652486201102451x, doi101111j155856461985tb00420x, doi103758bf03206482"
}

Reconstituer l'origine et l'évolution des plantes terrestres et de leurs algues apparentées est un problème fondamental en phylogénétique végétale, et est essentiel pour comprendre comment des adaptations critiques sont apparues, notamment l'embryon, le tissu vasculaire, les graines et les fleurs. Malgré les progrès en systématique moléculaire, certaines hypothèses de relations demeurent faiblement résolues. Inférer des phylogénies profondes avec des épisodes de diversification rapide peut être problématique ; cependant, les données à l'échelle du génome devraient augmenter significativement le nombre de caractères informatifs pour les analyses. Les reconstructions phylogénomiques récentes centrées sur les divergences majeures des plantes ont abouti à des résultats prometteurs mais incohérents. Une limitation est l'échantillonnage taxonomique clairsemé, probablement résultant de la difficulté et du coût de la génération des données. Pour remédier à cette limitation, des données de transcriptome pour 92 taxons de streptophytes ont été générées et analysées conjointement avec 11 séquences de génomes végétaux publiés. Les reconstructions phylogénétiques ont été menées en utilisant jusqu'à 852 gènes nucléaires et 1 701 170 sites alignés. Soixante-neuf analyses ont été effectuées pour tester la robustesse des inférences phylogénétiques aux permutations de la matrice de données ou aux méthodes phylogénétiques, incluant les approches supermatrice, suparbre et basées sur la coalescence, les méthodes de vraisemblance maximale et bayésiennes, les analyses partitionnées et non partitionnées, et les alignements d'acides aminés versus ADN. Parmi d'autres résultats, nous trouvons un soutien robuste pour une relation de groupe sœur entre les plantes terrestres et un groupe d'algues vertes streptophytes, les Zygnematophyceae. Un soutien fort et robuste pour un clade comprenant les hépatiques et les mousses est incompatible avec une vision largement acceptée de l'évolution précoce des plantes terrestres, et suggère que les hypothèses phylogénétiques utilisées pour comprendre l'évolution des traits fondamentaux des plantes devraient être réévaluées.

@article{doi101073pnas1323926111,
    author = "Wickett, Norman J. et Mirarab, Siavash et Nguyen, Nam et Warnow, Tandy et Carpenter, Eric et Matasci, Naim et Ayyampalayam, Saravanaraj et Barker, Michael S. et Burleigh, J. Gordon et Gitzendanner, Matthew A. et Ruhfel, Brad R. et Wafula, Eric et Der, Joshua P. et Graham, Sean W. et Mathews, Sarah et Melkonian, Michael et Soltis, Pamela S. et Soltis, Pamela S. et Miles, Nicholas W. et Rothfels, Carl J. et Pokorny, Lisa et Shaw, A. Jonathan et DeGironimo, Lisa et Stevenson, Dennis et Surek, Barbara et Villarreal, Juan Carlos et Roure, Béatrice et Philippe, Hervé et dePamphilis, Claude W. et Chen, Tao et Deyholos, Michael K. et Baucom, Regina S. et Kutchan, Toni M. et Augustin, Megan M. et Wang, Jun et Zhang, Yong et Tian, Zhijian et Yan, Zhixiang et Wu, Xiaolei et Sun, Xiao et Wong, Gane Ka‐Shu et Leebens-Mack, James",
    title = "Analyse phylotranscriptomique de l'origine et de la diversification précoce des plantes terrestres",
    year = "2014",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Reconstituer l'origine et l'évolution des plantes terrestres et de leurs algues apparentées est un problème fondamental en phylogénétique végétale, et est essentiel pour comprendre comment des adaptations critiques sont apparues, notamment l'embryon, le tissu vasculaire, les graines et les fleurs. Malgré les progrès en systématique moléculaire, certaines hypothèses de relations demeurent faiblement résolues. Inférer des phylogénies profondes avec des épisodes de diversification rapide peut être problématique ; cependant, les données à l'échelle du génome devraient augmenter significativement le nombre de caractères informatifs pour les analyses. Les reconstructions phylogénomiques récentes centrées sur les divergences majeures des plantes ont abouti à des résultats prometteurs mais incohérents. Une limitation est l'échantillonnage taxonomique clairsemé, probablement résultant de la difficulté et du coût de la génération des données. Pour remédier à cette limitation, des données de transcriptome pour 92 taxons de streptophytes ont été générées et analysées conjointement avec 11 séquences de génomes végétaux publiés. Les reconstructions phylogénétiques ont été menées en utilisant jusqu'à 852 gènes nucléaires et 1 701 170 sites alignés. Soixante-neuf analyses ont été effectuées pour tester la robustesse des inférences phylogénétiques aux permutations de la matrice de données ou aux méthodes phylogénétiques, incluant les approches supermatrice, suparbre et basées sur la coalescence, les méthodes de vraisemblance maximale et bayésiennes, les analyses partitionnées et non partitionnées, et les alignements d'acides aminés versus ADN. Parmi d'autres résultats, nous trouvons un soutien robuste pour une relation de groupe sœur entre les plantes terrestres et un groupe d'algues vertes streptophytes, les Zygnematophyceae. Un soutien fort et robuste pour un clade comprenant les hépatiques et les mousses est incompatible avec une vision largement acceptée de l'évolution précoce des plantes terrestres, et suggère que les hypothèses phylogénétiques utilisées pour comprendre l'évolution des traits fondamentaux des plantes devraient être réévaluées.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1323926111",
    doi = "10.1073/pnas.1323926111",
    openalex = "W2013277649",
    references = "doi101016jtree200901009, doi101016s0022283605803602, doi10103837918, doi101046j109583392003t01100158x, doi101093bioinformatics83275, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093sysbio463523, doi101093sysbiosyt022, doi101111boj12385, doi101111j10958339200900996x, doi101111j10960031200800217x, doi1011861471214811104, doi101371journalpcbi1002195, doi1023072346830, openalexw3148514506"
}

Le rôle principal de la nervuration foliaire est d'approvisionner en eau la surface photosynthétique pour maintenir les stomates ouverts et permettre l'accès au CO2 atmosphérique malgré la demande évaporative. La livraison uniforme optimale d'eau se produit lorsque la distance entre les nervures égale la profondeur de placement des nervures au sein de la feuille loin de la surface évaporative. Comme présenté ici, seules les angiospermes maintiennent cet optimum anatomique à travers toutes les épaisseurs de feuilles et différents habitats, y compris les environnements abrités où cette optimisation n'est pas nécessaire. Fait intrigant, les lignées d'angiospermes basales ont tendance à être sous-investies hydrauliquement ; une optimisation uniformément élevée est dérivée indépendamment chez les magnoliidés, les monocotylédones et les eudicotylédones centrales. Les gymnospermes et les fougères, y compris les fossiles disponibles, sont limités par leur incapacité à produire des densités de nervures élevées. L'association courante des fougères avec des environnements humides ombragés peut, en partie, être une conséquence évolutive directe de leur incapacité à produire des feuilles hydrauliquement optimisées. Certaines gymnospermes approchent effectivement un placement de nervures optimal, mais uniquement grâce à leur capacité à produire des feuilles épaisses les plus appropriées dans des environnements nécessitant une conservation de l'eau. Ainsi, ce simple métrique anatomique présente une perspective importante sur l'évolution et la distribution phylogénétique des écologies végétales et constitue une preuve supplémentaire que la biologie végétale des plantes à fleurs - et non seulement leur biologie reproductive - est unique.

@article{doi101098rspb20132829,
    author = "Zwieniecki, Maciej A. et Boyce, C. Kevin",
    title = "Évolution d'une précision anatomique unique dans la nervuration foliaire des angiospermes soulève des contraintes sur l'écologie des plantes vasculaires",
    year = "2014",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Le rôle principal de la nervuration foliaire est d'approvisionner en eau la surface photosynthétique pour maintenir les stomates ouverts et permettre l'accès au CO2 atmosphérique malgré la demande évaporative. La livraison uniforme optimale d'eau se produit lorsque la distance entre les nervures égale la profondeur de placement des nervures au sein de la feuille loin de la surface évaporative. Comme présenté ici, seules les angiospermes maintiennent cet optimum anatomique à travers toutes les épaisseurs de feuilles et différents habitats, y compris les environnements abrités où cette optimisation n'est pas nécessaire. Fait intrigant, les lignées d'angiospermes basales ont tendance à être sous-investies hydrauliquement ; une optimisation uniformément élevée est dérivée indépendamment chez les magnoliidés, les monocotylédones et les eudicotylédones centrales. Les gymnospermes et les fougères, y compris les fossiles disponibles, sont limités par leur incapacité à produire des densités de nervures élevées. L'association courante des fougères avec des environnements humides ombragés peut, en partie, être une conséquence évolutive directe de leur incapacité à produire des feuilles hydrauliquement optimisées. Certaines gymnospermes approchent effectivement un placement de nervures optimal, mais uniquement grâce à leur capacité à produire des feuilles épaisses les plus appropriées dans des environnements nécessitant une conservation de l'eau. Ainsi, ce simple métrique anatomique présente une perspective importante sur l'évolution et la distribution phylogénétique des écologies végétales et constitue une preuve supplémentaire que la biologie végétale des plantes à fleurs - et non seulement leur biologie reproductive - est unique.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2013.2829",
    doi = "10.1098/rspb.2013.2829",
    openalex = "W2118988740",
    references = "doi101007b138533, doi101086300102, doi101098rspb20081919, doi101104pp107101352, doi101111j109583121989tb00492x, doi101111j14610248200901410x, doi1016660094837320040300082dadani20co2, doi1023073515620, openalexw2097450069"
}

Résumé Le spectre de l'économie des feuilles (LES) offre un cadre utile pour examiner les stratégies des espèces façonnées par leur histoire évolutive. Cependant, ce spectre, tel qu'il a été décrit à l'origine, impliquait seulement deux ressources clés (le carbone et les nutriments) et l'un des trois organes végétaux économiquement importants. Dans cet article, j'évalue si l'idée du spectre économique peut être étendue de manière générale à l'eau – la troisième ressource clé –, aux tiges, aux racines et aux plantes entières, ainsi qu'aux échelles individuelles, communautaires et écosystémiques. Mon hypothèse globale est qu'une sélection forte le long des axes de compromis de traits, en tandem avec les contraintes biophysiques, conduit à une convergence pour tout taxon sur une stratégie uniformément rapide, moyenne ou lente (c'est-à-dire les taux d'acquisition et de traitement des ressources) pour tous les organes et toutes les ressources. Des preuves de spectres de traits économiques existent pour les tiges et les racines, ainsi que pour les feuilles, et pour les traits liés à l'eau, ainsi qu'au carbone et aux nutriments. Ces observations s'appliquent généralement à l'intérieur et entre les échelles (à l'intérieur et entre les communautés, les zones climatiques, les biomes et les lignées). Il existe des liens entre les organes et un couplage entre les ressources, aboutissant à un spectre économique de plante entière intégré. Les espèces capables de déplacer l'eau rapidement ont une faible densité tissulaire, une courte durée de vie des tissus et des taux élevés d'acquisition et de flux de ressources aux échelles de l'organe et de l'individu. L'inverse est vrai pour les espèces ayant la stratégie lente. Différents traits peuvent être importants dans des conditions différentes, mais être rapide dans un aspect nécessite généralement d'être rapide dans d'autres, ce qui en fait une caractéristique générale des espèces. Les traits économiques influencent la performance et la fitness de manière cohérente avec la théorie basée sur les traits concernant les mécanismes adaptatifs sous-jacents. Les traits aident à expliquer les différences de croissance et de survie le long des gradients de ressources et contribuent ainsi à expliquer la distribution des espèces et l'assemblage des communautés le long des gradients de lumière, d'eau et de nutriments. Les traits s'étendent à l'échelle – les traits rapides sont associés à des taux plus rapides de processus écosystémiques tels que la décomposition ou la productivité primaire, et les traits lents à des taux de processus lents. Synthèse. Les traits comptent. Un unique spectre de l'économie des plantes « rapide–lent » qui intègre les feuilles, les tiges et les racines est une caractéristique clé de l'univers végétal et aide à expliquer les stratégies écologiques individuelles, les processus d'assemblage des communautés et le fonctionnement des écosystèmes.

@article{doi1011111365274512211,
    author = "Reich, Peter B.",
    title = "The world‐wide 'fast–slow' plant economics spectrum: a traits manifesto",
    year = "2014",
    journal = "Journal of Ecology",
    abstract = "Résumé Le spectre de l'économie des feuilles (LES) offre un cadre utile pour examiner les stratégies des espèces façonnées par leur histoire évolutive. Cependant, ce spectre, tel qu'il a été décrit à l'origine, impliquait seulement deux ressources clés (le carbone et les nutriments) et l'un des trois organes végétaux économiquement importants. Dans cet article, j'évalue si l'idée du spectre économique peut être étendue de manière générale à l'eau – la troisième ressource clé –, aux tiges, aux racines et aux plantes entières, ainsi qu'aux échelles individuelles, communautaires et écosystémiques. Mon hypothèse globale est qu'une sélection forte le long des axes de compromis de traits, en tandem avec les contraintes biophysiques, conduit à une convergence pour tout taxon sur une stratégie uniformément rapide, moyenne ou lente (c'est-à-dire les taux d'acquisition et de traitement des ressources) pour tous les organes et toutes les ressources. Des preuves de spectres de traits économiques existent pour les tiges et les racines, ainsi que pour les feuilles, et pour les traits liés à l'eau, ainsi qu'au carbone et aux nutriments. Ces observations s'appliquent généralement à l'intérieur et entre les échelles (à l'intérieur et entre les communautés, les zones climatiques, les biomes et les lignées). Il existe des liens entre les organes et un couplage entre les ressources, aboutissant à un spectre économique de plante entière intégré. Les espèces capables de déplacer l'eau rapidement ont une faible densité tissulaire, une courte durée de vie des tissus et des taux élevés d'acquisition et de flux de ressources aux échelles de l'organe et de l'individu. L'inverse est vrai pour les espèces ayant la stratégie lente. Différents traits peuvent être importants dans des conditions différentes, mais être rapide dans un aspect nécessite généralement d'être rapide dans d'autres, ce qui en fait une caractéristique générale des espèces. Les traits économiques influencent la performance et la fitness de manière cohérente avec la théorie basée sur les traits concernant les mécanismes adaptatifs sous-jacents. Les traits aident à expliquer les différences de croissance et de survie le long des gradients de ressources et contribuent ainsi à expliquer la distribution des espèces et l'assemblage des communautés le long des gradients de lumière, d'eau et de nutriments. Les traits s'étendent à l'échelle – les traits rapides sont associés à des taux plus rapides de processus écosystémiques tels que la décomposition ou la productivité primaire, et les traits lents à des taux de processus lents. Synthèse. Les traits comptent. Un unique spectre de l'économie des plantes « rapide–lent » qui intègre les feuilles, les tiges et les racines est une caractéristique clé de l'univers végétal et aide à expliquer les stratégies écologiques individuelles, les processus d'assemblage des communautés et le fonctionnement des écosystèmes.",
    url = "https://doi.org/10.1111/1365-2745.12211",
    doi = "10.1111/1365-2745.12211",
    openalex = "W2127928904",
    references = "doi101023a1004327224729, doi101038nature02403, doi101046j13652435200200664x, doi101046j13652745199800306x, doi101086283244, doi101098rspb20081919, doi101104pp107101352, doi101111j00301299200715559x, doi101111j109583121989tb00492x, doi101111j13652486201102451x, doi101111j14610248200801219x, doi101111j14610248200901285x, doi101111j14610248200901314x, doi101111j14610248200901410x, doi101146annureves11110180001313, doi1018900012965819970781958cafasa20co2, doi1023072259756, doi1023074549, doi1034172009143, openalexw1564371012, openalexw2097450069, openalexw2169917233"
}

La dormance des graines, en contrôlant le moment de la germination, peut fortement affecter la survie des plantes. Le type de dormance des graines peut donc influencer à la fois les processus au niveau des populations et des espèces, tels que la colonisation, l'adaptation, la spéciation et l'extinction. Nous avons utilisé un jeu de données comprenant plus de 14 000 taxons dans 318 familles à travers les plantes à graines pour tester des hypothèses sur l'évolution de différents types de dormance des graines et leur association avec la diversification des lignées. Nous avons trouvé que la dormance morphophysiologique était l'état ancestral le plus probable des plantes à graines, suggérant que la dormance régulée physiologiquement en réponse à des indices environnementaux était présente à l'origine des plantes à graines. De plus, nous avons trouvé que la dormance physiologique (PD), une fois dissociée de la dormance morphologique, a agi comme un « hub évolutif » à partir duquel d'autres classes de dormance ont évolué, et qu'elle était associée à des taux plus élevés de diversification des lignées via des taux de spéciation plus élevés. La sensibilité environnementale fournie par la dormance en général, et par la PD en particulier, semble être un trait clé dans la diversification des plantes à graines.

@article{doi101111nph12782,
    author = "Willis, Charles G. et Baskin, Carol C. et Baskin, Jerry M. et Auld, Josh R. et Venable, D. Lawrence et Cavender‐Bares, Jeannine et Donohue, Kathleen et de Casas, Rafael Rubio et Group, The NESCent Germination Working",
    title = "L'évolution de la dormance des graines : indices environnementaux, hubs évolutifs et diversification des plantes à graines",
    year = "2014",
    journal = "New Phytologist",
    abstract = "La dormance des graines, en contrôlant le moment de la germination, peut fortement affecter la survie des plantes. Le type de dormance des graines peut donc influencer à la fois les processus au niveau des populations et des espèces, tels que la colonisation, l'adaptation, la spéciation et l'extinction. Nous avons utilisé un jeu de données comprenant plus de 14 000 taxons dans 318 familles à travers les plantes à graines pour tester des hypothèses sur l'évolution de différents types de dormance des graines et leur association avec la diversification des lignées. Nous avons trouvé que la dormance morphophysiologique était l'état ancestral le plus probable des plantes à graines, suggérant que la dormance régulée physiologiquement en réponse à des indices environnementaux était présente à l'origine des plantes à graines. De plus, nous avons trouvé que la dormance physiologique (PD), une fois dissociée de la dormance morphologique, a agi comme un « hub évolutif » à partir duquel d'autres classes de dormance ont évolué, et qu'elle était associée à des taux plus élevés de diversification des lignées via des taux de spéciation plus élevés. La sensibilité environnementale fournie par la dormance en général, et par la PD en particulier, semble être un trait clé dans la diversification des plantes à graines.",
    url = "https://doi.org/10.1111/nph.12782",
    doi = "10.1111/nph.12782",
    openalex = "W2110336319",
    references = "doi101111j001438202002tb00137x, doi10118614712105788"
}

Quels facteurs influencent la capacité d'une lignée à réussir sa transition vers un nouveau biome, et pourquoi certains déplacements de biomes ont-ils été plus fréquents que d'autres ? Pour orienter cette ligne de recherche, nous développons un cadre conceptuel dans lequel la probabilité d'un déplacement de biome est une fonction de (a) l'exposition à des environnements contrastés au fil du temps, (b) l'accessibilité évolutive des adaptations pertinentes, et (c) les interactions biotiques changeantes. Nous évaluons la littérature sur les déplacements de biomes chez les plantes en relation avec un ensemble d'hypothèses concernant la taille, la connectivité et l'âge absolu des biomes, ainsi que sur l'adaptabilité de lignées particulières et des interactions écologiques au fil du temps. Nous critiquons également l'inférence phylogénétique des biomes passés et une approche basée sur des modèles « globaux » de l'évolution des biomes. Des généralisations plus robustes sur les déplacements de biomes nécessiteront des études détaillées de clades bien échantillonnés et bien résolus, tenant compte des changements dans les facteurs abiotiques et biotiques pertinents au fil du temps.

@article{doi101146annurevecolsys120213091905,
    author = "Donoghue, Michael J. et Edwards, Erika J.",
    title = "Déplacements de biomes et évolution de la niche chez les plantes",
    year = "2014",
    journal = "Annual Review of Ecology Evolution and Systematics",
    abstract = "Quels facteurs influencent la capacité d'une lignée à réussir sa transition vers un nouveau biome, et pourquoi certains déplacements de biomes ont-ils été plus fréquents que d'autres ? Pour orienter cette ligne de recherche, nous développons un cadre conceptuel dans lequel la probabilité d'un déplacement de biome est une fonction de (a) l'exposition à des environnements contrastés au fil du temps, (b) l'accessibilité évolutive des adaptations pertinentes, et (c) les interactions biotiques changeantes. Nous évaluons la littérature sur les déplacements de biomes chez les plantes en relation avec un ensemble d'hypothèses concernant la taille, la connectivité et l'âge absolu des biomes, ainsi que sur l'adaptabilité de lignées particulières et des interactions écologiques au fil du temps. Nous critiquons également l'inférence phylogénétique des biomes passés et une approche basée sur des modèles « globaux » de l'évolution des biomes. Des généralisations plus robustes sur les déplacements de biomes nécessiteront des études détaillées de clades bien échantillonnés et bien résolus, tenant compte des changements dans les facteurs abiotiques et biotiques pertinents au fil du temps.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev-ecolsys-120213-091905",
    doi = "10.1146/annurev-ecolsys-120213-091905",
    openalex = "W2141294262",
    references = "doi101002joc1276, doi101016jtplants201009008, doi101016jtree200409011, doi101038nature12872, doi101093oso97801951223430010001, doi101093sysbiosyt034, doi101111j14610248200801229x, doi101111j14610248201001515x, doi101146annurevecolsys36102803095431, doi1016410006356820010510933teotwa20co2, openalexw2273605253"
}

Établir des inférences significatives à partir de données comparatives phylogénétiques nécessite un modèle significatif de l'évolution des traits. Il est donc important de déterminer si le modèle est approprié pour les données et la question abordée. Une manière d'évaluer cela consiste à demander si le modèle fournit une explication statistique satisfaisante de la variation dans les données. À ce jour, les chercheurs se sont principalement concentrés sur le pouvoir explicatif d'un modèle par rapport à des modèles alternatifs. Des méthodes ont été développées pour évaluer l'adéquation, ou le pouvoir explicatif absolu, des modèles de traits phylogénétiques, mais elles ont été restreintes à des modèles ou des questions spécifiques. Ici, nous présentons un cadre statistique général pour évaluer l'adéquation des modèles de traits phylogénétiques. Nous utilisons notre approche pour évaluer la performance statistique des modèles de traits couramment utilisés sur 337 ensembles de données comparatifs couvrant trois traits fonctionnels clés des angiospermes. En général, les modèles que nous avons testés ont souvent fourni de mauvaises explications statistiques de l'évolution de ces traits. C'était vrai pour de nombreux groupes différents et à de nombreuses échelles différentes. Si cette inadéquation statistique modifiera qualitativement les inférences tirées des ensembles de données comparatifs dépendra du contexte. Quoi qu'il en soit, l'évaluation de l'adéquation du modèle peut fournir des aperçus biologiques intéressants : la manière et les raisons pour lesquelles un modèle échoue à décrire la variation dans un ensemble de données nous donnent des indices sur les processus évolutifs qui ont pu conduire à l'évolution des traits au fil du temps.

@article{doi101086682022,
    author = "Pennell, Matthew W. et FitzJohn, Richard G. et Cornwell, William K. et Harmon, Luke J.",
    title = "Adequacy du modèle et macroévolution des traits fonctionnels des angiospermes",
    year = "2015",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "Établir des inférences significatives à partir de données comparatives phylogénétiques nécessite un modèle significatif de l'évolution des traits. Il est donc important de déterminer si le modèle est approprié pour les données et la question abordée. Une manière d'évaluer cela consiste à demander si le modèle fournit une explication statistique satisfaisante de la variation dans les données. À ce jour, les chercheurs se sont principalement concentrés sur le pouvoir explicatif d'un modèle par rapport à des modèles alternatifs. Des méthodes ont été développées pour évaluer l'adéquation, ou le pouvoir explicatif absolu, des modèles de traits phylogénétiques, mais elles ont été restreintes à des modèles ou des questions spécifiques. Ici, nous présentons un cadre statistique général pour évaluer l'adéquation des modèles de traits phylogénétiques. Nous utilisons notre approche pour évaluer la performance statistique des modèles de traits couramment utilisés sur 337 ensembles de données comparatifs couvrant trois traits fonctionnels clés des angiospermes. En général, les modèles que nous avons testés ont souvent fourni de mauvaises explications statistiques de l'évolution de ces traits. C'était vrai pour de nombreux groupes différents et à de nombreuses échelles différentes. Si cette inadéquation statistique modifiera qualitativement les inférences tirées des ensembles de données comparatifs dépendra du contexte. Quoi qu'il en soit, l'évaluation de l'adéquation du modèle peut fournir des aperçus biologiques intéressants : la manière et les raisons pour lesquelles un modèle échoue à décrire la variation dans un ensemble de données nous donnent des indices sur les processus évolutifs qui ont pu conduire à l'évolution des traits au fil du temps.",
    url = "https://doi.org/10.1086/682022",
    doi = "10.1086/682022",
    openalex = "W2952286239",
    references = "doi101146annurevecolsys120213091905"
}

Notre compréhension grandissante de l'arbre de vie des plantes offre une occasion nouvelle de découvrir les principaux moteurs de la diversité des angiospermes. En utilisant une phylogénie calibrée dans le temps, nous avons caractérisé les points chauds et froids de la diversification des lignées à travers l'arbre de vie des angiospermes en modélisant la diversification évolutive à l'aide d'un AIC par étapes (MEDUSA). Nous avons également testé le modèle de délai de radiation de duplication génomique totale (WGD), qui postule que les augmentations de la diversification ont tendance à suivre les événements de WGD établis. Les taux de diversification ont été incroyablement hétérogènes tout au long de l'histoire évolutive des angiospermes et révèlent un motif de « radiations imbriquées » - des augmentations de la diversification nette imbriquées au sein d'autres radiations. Ce motif génère à son tour une relation négative entre l'âge du clade et la diversité à la fois au niveau des familles et des ordres. Nous suggérons que les taux de diversification changeant stochastiquement à travers la phylogénie expliquent ces motifs. Enfin, nous démontrons un soutien statistique significatif pour le modèle de délai de radiation de WGD. Chez les angiospermes, les changements imbriqués de diversification ont conduit à un taux global croissant de diversification nette et à des taux d'extinction relative décroissants au fil du temps. Ces changements de diversification ne sont que rarement parfaitement associés aux événements de WGD, mais les suivent généralement après une période de délai.

@article{doi101111nph13491,
    author = "Tank, David C. et Eastman, Jonathan M. et Pennell, Matthew W. et Soltis, Pamela S. et Soltis, Pamela S. et Hinchliff, Cody E. et Brown, Joseph W. et Sessa, Emily B. et Harmon, Luke J.",
    title = "Nested radiations and the pulse of angiosperm diversification : increased diversification rates often follow whole genome duplications",
    year = "2015",
    journal = "New Phytologist",
    abstract = "Notre compréhension grandissante de l'arbre de vie des plantes offre une occasion nouvelle de découvrir les principaux moteurs de la diversité des angiospermes. En utilisant une phylogénie calibrée dans le temps, nous avons caractérisé les points chauds et froids de la diversification des lignées à travers l'arbre de vie des angiospermes en modélisant la diversification évolutive à l'aide d'un AIC par étapes (MEDUSA). Nous avons également testé le modèle de délai de radiation de duplication génomique totale (WGD), qui postule que les augmentations de la diversification ont tendance à suivre les événements de WGD établis. Les taux de diversification ont été incroyablement hétérogènes tout au long de l'histoire évolutive des angiospermes et révèlent un motif de « radiations imbriquées » - des augmentations de la diversification nette imbriquées au sein d'autres radiations. Ce motif génère à son tour une relation négative entre l'âge du clade et la diversité à la fois au niveau des familles et des ordres. Nous suggérons que les taux de diversification changeant stochastiquement à travers la phylogénie expliquent ces motifs. Enfin, nous démontrons un soutien statistique significatif pour le modèle de délai de radiation de WGD. Chez les angiospermes, les changements imbriqués de diversification ont conduit à un taux global croissant de diversification nette et à des taux d'extinction relative décroissants au fil du temps. Ces changements de diversification ne sont que rarement parfaitement associés aux événements de WGD, mais les suivent généralement après une période de délai.",
    url = "https://doi.org/10.1111/nph.13491",
    doi = "10.1111/nph.13491",
    openalex = "W2159372152",
    references = "doi101111j14610248200901410x, doi101111j14754983201001011x"
}

Les traits fonctionnels des plantes sont les caractéristiques (morphologiques, physiologiques, phénologiques) qui représentent des stratégies écologiques et déterminent la manière dont les plantes répondent aux facteurs environnementaux, affectent d'autres niveaux trophiques et influencent les propriétés des écosystèmes. La variation des traits fonctionnels des plantes et des syndromes de traits s'est révélée utile pour aborder de nombreuses questions écologiques importantes à différentes échelles, donnant naissance à une demande de méthodes standardisées pour mesurer des traits de plantes écologiquement significatifs. Cette ligne de recherche a été l'une des voies les plus fructueuses pour comprendre les modèles et processus écologiques et évolutifs. Elle a également le potentiel de construire un ensemble prédictif de relations locales, régionales et globales entre les plantes et l'environnement, et de quantifier une large gamme de processus naturels et pilotés par l'homme, y compris les changements de biodiversité, les impacts des invasions d'espèces, les altérations des processus biogéochimiques et les interactions végétation-atmosphère. L'importance de ces sujets dicte le besoin urgent de plus et de meilleures données, et augmente la valeur des protocoles standardisés pour quantifier la variation des traits de différentes espèces, en particulier pour les traits ayant le pouvoir de prédire les processus au niveau des plantes et des écosystèmes, et pour les traits qui peuvent être mesurés relativement facilement. Mis à jour et élargi par rapport à la version précédente largement utilisée, ce manuel conserve l'accent sur des présentations claires, des applications larges et des recettes étape par étape, avec un minimum de texte sur la théorie, et non seulement inclut des méthodes mises à jour pour les traits précédemment couverts, mais introduit également de nombreux nouveaux protocoles pour d'autres traits. Ce nouveau manuel a un meilleur équilibre entre les traits de plantes entières, les traits foliaires, les traits racinaires et de tige et les traits régénératifs, et met un accent particulier sur les traits importants pour prédire les effets des espèces sur les propriétés clés des écosystèmes. Nous espérons que ce nouveau manuel deviendra un compagnon standard dans les efforts locaux et globaux pour apprendre sur les réponses et impacts des différentes espèces de plantes par rapport aux changements environnementaux dans le présent, le passé et le futur.

@article{doi101071bt12225co,
    author = "Harguindeguy, Natalia Pérez and Díaz, Silvia and Garnier, Éric and Lavorel, Sandra and Poorter, Hendrik and Jaureguiberry, Pedro and Bret‐Harte, M. Syndonia and Cornwell, William K. and Craine, Joseph M. and Gurvich, Diego E. and Urcelay, Carlos and Veneklaas, Erik J. and Reich, Peter B. and Poorter, Lourens and Wright, Ian J. and Ray, Prasun and Enrico, Lucas and Pausas, Juli G. and Vos, Ad and Buchmann, Nina and Funes, Guillermo and Quétier, Fabien and Hodgson, John and Thompson, Ken and Morgan, Huw D. and ter Steege, Hans and Sack, Lawren and Blonder, B. and Poschlod, Peter and Vaieretti, María V. and Conti, Georgina and Staver, A. Carla and Aquino, Sâmia and Cornelissen, J. H. C.",
    title = "Corrigendum to: New handbook for standardised measurement of plant functional traits worldwide",
    year = "2016",
    journal = "Australian Journal of Botany",
    abstract = "Les traits fonctionnels des plantes sont les caractéristiques (morphologiques, physiologiques, phénologiques) qui représentent des stratégies écologiques et déterminent la manière dont les plantes répondent aux facteurs environnementaux, affectent d'autres niveaux trophiques et influencent les propriétés des écosystèmes. La variation des traits fonctionnels des plantes et des syndromes de traits s'est révélée utile pour aborder de nombreuses questions écologiques importantes à différentes échelles, donnant naissance à une demande de méthodes standardisées pour mesurer des traits de plantes écologiquement significatifs. Cette ligne de recherche a été l'une des voies les plus fructueuses pour comprendre les modèles et processus écologiques et évolutifs. Elle a également le potentiel de construire un ensemble prédictif de relations locales, régionales et globales entre les plantes et l'environnement, et de quantifier une large gamme de processus naturels et pilotés par l'homme, y compris les changements de biodiversité, les impacts des invasions d'espèces, les altérations des processus biogéochimiques et les interactions végétation-atmosphère. L'importance de ces sujets dicte le besoin urgent de plus et de meilleures données, et augmente la valeur des protocoles standardisés pour quantifier la variation des traits de différentes espèces, en particulier pour les traits ayant le pouvoir de prédire les processus au niveau des plantes et des écosystèmes, et pour les traits qui peuvent être mesurés relativement facilement. Mis à jour et élargi par rapport à la version précédente largement utilisée, ce manuel conserve l'accent sur des présentations claires, des applications larges et des recettes étape par étape, avec un minimum de texte sur la théorie, et non seulement inclut des méthodes mises à jour pour les traits précédemment couverts, mais introduit également de nombreux nouveaux protocoles pour d'autres traits. Ce nouveau manuel a un meilleur équilibre entre les traits de plantes entières, les traits foliaires, les traits racinaires et de tige et les traits régénératifs, et met un accent particulier sur les traits importants pour prédire les effets des espèces sur les propriétés clés des écosystèmes. Nous espérons que ce nouveau manuel deviendra un compagnon standard dans les efforts locaux et globaux pour apprendre sur les réponses et impacts des différentes espèces de plantes par rapport aux changements environnementaux dans le présent, le passé et le futur.",
    url = "https://doi.org/10.1071/bt12225\_co",
    doi = "10.1071/bt12225\_co",
    openalex = "W2561479186",
    references = "doi101006anbo20001261, doi101098rspb20081919, doi101104pp107101352, doi101111j14610248200901410x"
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© 2016 The Linnean Society of London. Une mise à jour de la classification du groupe de phylogénie des angiospermes (APG) des ordres et des familles d'angiospermes est présentée. Plusieurs nouveaux ordres sont reconnus : Boraginales, Dilleniales, Icacinales, Metteniusiales et Vahliales. Cela porte le nombre total d'ordres et de familles reconnus dans le système APG à 64 et 416, respectivement. Nous proposons deux clades majeurs informels supplémentaires, les superrosids et les superasterids, qui comprennent chacun les ordres supplémentaires inclus dans les clades plus larges dominés par les rosids et les asterids. Les familles qui constituaient potentiellement des ordres monofamiliaux, Dasypogonaceae et Sabiaceae, sont à présent référées aux Arecales et aux Proteales, respectivement. Deux familles parasitaires dont la position était auparavant incertaine sont maintenant placées : Cynomoriaceae dans Saxifragales et Apodanthaceae dans Cucurbitales. Bien qu'il existe des preuves que certaines familles reconnues dans APG III ne sont pas monophylétiques, nous ne faisons aucun changement dans Dioscoreales et Santalales par rapport à APG III et laissons certains genres dans Lamiales non placés (par exemple, Peltanthera). Ces changements dans la délimitation et la reconnaissance familiales sont tous le résultat de nouvelles publications depuis APG III, à l'exception de certains changements simplement dus à des questions de nomenclature, qui incluent le remplacement de Xanthorrhoeaceae par Asphodelaceae (Asparagales) et de Melianthaceae par Francoaceae (Geraniales) ; cependant, dans Francoaceae, nous incluons également Bersamaceae, Ledocarpaceae, Rhynchothecaceae et Vivianiaceae. D'autres changements aux limites familiales ne sont pas drastiques ou nombreux et sont principalement axés sur certains membres des lamiids, en particulier les anciennes Icacinaceae qui ont longtemps été problématiques avec plusieurs genres déplacés vers l'ancien genre monogénérique Metteniusaceae, mais les changements mineurs de délimitation incluent Aristolochiaceae (maintenant incluant Lactoridaceae et Hydnoraceae ; Aristolochiales), Maundiaceae (retirée de Juncaginaceae ; Alismatales), Restionaceae (maintenant ré-incluant Anarthriaceae et Centrolepidaceae ; Poales), Buxaceae (maintenant incluant Haptanthaceae ; Buxales), Peraceae (scindée de Euphorbiaceae ; Malpighiales), reconnaissance de Petenaeaceae (Huerteales), Kewaceae, Limeaceae, Macarthuriaceae et Microteaceae (tous Caryophyllales), scission de Petiveriaceae de Phytolaccaceae (Caryophyllales), changements dans la composition générique de Ixonanthaceae et Irvingiaceae (avec transfert de Allantospermum de l'une à l'autre ; Malpighiales), transfert de Pakaraimaea (anciennement Dipterocarpaceae) à Cistaceae (Malvales), transfert de Borthwickia, Forchhammeria, Stixis et Tirania (anciennement toutes Capparaceae) à Resedaceae (Brassicales), scission de Nyssaceae de Cornaceae (Cornales), déplacement de Pteleocarpa à Gelsemiaceae (Gentianales), changements dans la composition générique de Gesneriaceae (Sanango déplacé de Loganiaceae) et Orobanchaceae (maintenant incluant Lindenbergiaceae et Rehmanniaceae) et reconnaissance de Mazaceae distincte de Phrymaceae (tous Lamiales).

@article{doi101111boj12385,
    author = "Group, The Angiosperm Phylogeny",
    title = "An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG IV",
    year = "2016",
    journal = "Botanical Journal of the Linnean Society",
    abstract = "© 2016 The Linnean Society of London. Une mise à jour de la classification du groupe de phylogénie des angiospermes (APG) des ordres et des familles d'angiospermes est présentée. Plusieurs nouveaux ordres sont reconnus : Boraginales, Dilleniales, Icacinales, Metteniusiales et Vahliales. Cela porte le nombre total d'ordres et de familles reconnus dans le système APG à 64 et 416, respectivement. Nous proposons deux clades majeurs informels supplémentaires, les superrosids et les superasterids, qui comprennent chacun les ordres supplémentaires inclus dans les clades plus vastes dominés par les rosids et les asterids. Les familles qui constituaient potentiellement des ordres monofamiliaux, Dasypogonaceae et Sabiaceae, sont désormais rattachées respectivement aux Arecales et aux Proteales. Deux familles parasitaires dont la position était auparavant incertaine sont maintenant placées : Cynomoriaceae dans les Saxifragales et Apodanthaceae dans les Cucurbitales. Bien qu'il existe des preuves que certaines familles reconnues dans l'APG III ne sont pas monophylétiques, nous ne faisons aucun changement dans les Dioscoreales et les Santalales par rapport à l'APG III et laissons certains genres dans les Lamiales non placés (par exemple, Peltanthera). Ces changements de délimitation et de reconnaissance familiales sont tous le résultat de nouvelles publications depuis l'APG III, à l'exception de certains changements dus simplement à des questions de nomenclature, qui incluent le remplacement de Xanthorrhoeaceae par Asphodelaceae (Asparagales) et de Melianthaceae par Francoaceae (Geraniales) ; cependant, dans Francoaceae, nous incluons également Bersamaceae, Ledocarpaceae, Rhynchothecaceae et Vivianiaceae. D'autres changements aux limites familiales ne sont ni drastiques ni nombreux et sont principalement axés sur certains membres des lamiids, en particulier les anciennes Icacinaceae qui ont longtemps été problématiques avec plusieurs genres déplacés vers les anciennes Metteniusaceae monogénériques, mais les changements mineurs de délimitation incluent Aristolochiaceae (incluant désormais Lactoridaceae et Hydnoraceae ; Aristolochiales), Maundiaceae (retirée de Juncaginaceae ; Alismatales), Restionaceae (incluant désormais Anarthriaceae et Centrolepidaceae ; Poales), Buxaceae (incluant désormais Haptanthaceae ; Buxales), Peraceae (séparée de Euphorbiaceae ; Malpighiales), reconnaissance de Petenaeaceae (Huerteales), Kewaceae, Limeaceae, Macarthuriaceae et Microteaceae (tous Caryophyllales), séparation de Petiveriaceae de Phytolaccaceae (Caryophyllales), changements à la composition générique de Ixonanthaceae et Irvingiaceae (avec transfert de Allantospermum de l'une à l'autre ; Malpighiales), transfert de Pakaraimaea (anciennement Dipterocarpaceae) vers Cistaceae (Malvales), transfert de Borthwickia, Forchhammeria, Stixis et Tirania (anciennement toutes Capparaceae) vers Resedaceae (Brassicales), séparation de Nyssaceae de Cornaceae (Cornales), déplacement de Pteleocarpa vers Gelsemiaceae (Gentianales), changements à la composition générique de Gesneriaceae (Sanango déplacé de Loganiaceae) et Orobanchaceae (incluant désormais Lindenbergiaceae et Rehmanniaceae) et reconnaissance de Mazaceae distincte de Phrymaceae (tous Lamiales).",
    url = "https://doi.org/10.1111/boj.12385",
    doi = "10.1111/boj.12385",
    openalex = "W2166152751",
    references = "doi1010079783642143977, doi101046j109583392003t01100158x, doi101073pnas1323926111, doi101111j10958339200900996x, doi101111j109600311996tb00196x, doi101111j155856461985tb00420x, doi1023071222465, doi1023072399846, doi10230725065646, doi103732ajb0800047, openalexw3148514506, openalexw70084438"
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Les récentes avancées en phylogénétique moléculaire et une série de découvertes paléobotaniques importantes ont révolutionné notre compréhension de la diversification des angiospermes. Pourtant, l'origine et l'évolution précoce de leur caractéristique la plus distinctive, la fleur, restent mal comprises. En particulier, la structure de la fleur ancestrale de toutes les angiospermes vivantes demeure incertaine. Ici, nous rapportons des reconstructions basées sur des modèles pour les fleurs ancestrales aux nœuds les plus profonds de la phylogénie des angiospermes, en utilisant le plus grand ensemble de données de caractères floraux jamais assemblé. Nous reconstruisons la fleur ancestrale des angiospermes comme hermaphrodite et radialement symétrique, avec plus de deux verticilles de trois organes du périanthe séparés chacun (tepales non différenciés), plus de deux verticilles de trois étamines séparées chacun, et plus de cinq carpels séparés disposés en spirale. Bien que des incertitudes persistent pour certains caractères, notre reconstruction nous permet de proposer un nouveau scénario plausible pour la diversification précoce des fleurs, menant à de nouvelles hypothèses testables pour les recherches futures sur les angiospermes.

@article{doi101038ncomms16047,
    author = "Sauquet, Hervé et von Balthazar, Maria et Magallón, Susana et Doyle, James A. et Endress, Peter K. et Bailes, Emily J. et de Morais, Érica Barroso et Bull–Hereñu, Kester et Carrive, Laetitia et Chartier, Marion et Chomicki, Guillaume et Coiro, Mario et Cornette, Raphaël et Ottra, Juliana Hanna Leite El et Epicoco, Cyril et Foster, Charles S. P. et Jabbour, Florian et Haevermans, Agathe et Haevermans, Thomas et Hernández, Rebeca et Little, Stefan A. et Löfstrand, Stefan et Luna, Javier A. et Massoni, Julien et Nadot, Sophie et Pamperl, Susanne et Prieu, Charlotte et Reyes, Elisabeth et dos Santos, Patrícia et Schoonderwoerd, Kristel M. et Sontag, Susanne et Soulebeau, Anaëlle et Staedler, Yannick M. et Tschan, Georg F. et Leung, Amy Wing-Sze et Schönenberger, Jürg",
    title = "La fleur ancestrale des angiospermes et sa diversification précoce",
    year = "2017",
    journal = "Nature Communications",
    abstract = "Les récentes avancées en phylogénétique moléculaire et une série de découvertes paléobotaniques importantes ont révolutionné notre compréhension de la diversification des angiospermes. Pourtant, l'origine et l'évolution précoce de leur caractéristique la plus distinctive, la fleur, restent mal comprises. En particulier, la structure de la fleur ancestrale de toutes les angiospermes vivantes demeure incertaine. Ici, nous rapportons des reconstructions basées sur des modèles pour les fleurs ancestrales aux nœuds les plus profonds de la phylogénie des angiospermes, en utilisant le plus grand ensemble de données de caractères floraux jamais assemblé. Nous reconstruisons la fleur ancestrale des angiospermes comme hermaphrodite et radialement symétrique, avec plus de deux verticilles de trois organes du périanthe séparés chacun (tepales non différenciés), plus de deux verticilles de trois étamines séparées chacun, et plus de cinq carpels séparés disposés en spirale. Bien que des incertitudes persistent pour certains caractères, notre reconstruction nous permet de proposer un nouveau scénario plausible pour la diversification précoce des fleurs, menant à de nouvelles hypothèses testables pour les recherches futures sur les angiospermes.",
    url = "https://doi.org/10.1038/ncomms16047",
    doi = "10.1038/ncomms16047",
    openalex = "W2741748285",
    references = "doi101073pnas0709121104, doi101073pnas1323926111, doi101080106351501753462876, doi10108010635150490522232, doi10108010635150490522304, doi10108010635150701607033, doi101086675935, doi101093bioinformaticsbtq706, doi101093molbevmss075, doi101093sysbiosyt034, doi101098rspb19940006, doi1011112041210x12420, doi101111boj12385, doi101146annurevearth042711105313, doi103732ajb0800047"
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Le succès de la polyploïdie, qui a remplacé les ancêtres diploïdes de presque toutes les plantes, est bien illustré par la grande diversité des angiospermes qui est supposée provenir d'événements de polyploïdie récurrents. De manière frappante, la polyploïdie s'est souvent produite avant ou simultanément avec les transitions évolutives majeures et la radiation adaptative des espèces, ce qui soutient le concept selon lequel la polyploïdie joue un rôle prédominant dans les explosions de spéciation adaptative. La polyploïdie entraîne une redondance génétique immédiate et représente, avec l'émergence de nouvelles fonctions géniques, une source importante de nouveauté. Avec la recombinaison, la mutation des gènes, l'activité des transposons et les réarrangements chromosomiques, la polyploïdie et la duplication du génome entier agissent comme des moteurs de l'évolution et de la divergence dans le comportement des plantes et la fonction des gènes, permettant la diversification, la spéciation et donc l'évolution des plantes.

@article{doi101093aobmcx079,
    author = "Alix, Karine et Gérard, P. et Schwarzacher, Trude et Heslop‐Harrison, J. S.",
    title = "Polyploïdie et hybridation interspécifique : partenaires pour l'adaptation, la spéciation et l'évolution chez les plantes",
    year = "2017",
    journal = "Annals of Botany",
    abstract = "Le succès de la polyploïdie, qui a remplacé les ancêtres diploïdes de presque toutes les plantes, est bien illustré par la grande diversité des angiospermes qui est supposée provenir d'événements de polyploïdie récurrents. De manière frappante, la polyploïdie s'est souvent produite avant ou simultanément avec les transitions évolutives majeures et la radiation adaptative des espèces, ce qui soutient le concept selon lequel la polyploïdie joue un rôle prédominant dans les explosions de spéciation adaptative. La polyploïdie entraîne une redondance génétique immédiate et représente, avec l'émergence de nouvelles fonctions géniques, une source importante de nouveauté. Avec la recombinaison, la mutation des gènes, l'activité des transposons et les réarrangements chromosomiques, la polyploïdie et la duplication du génome entier agissent comme des moteurs de l'évolution et de la divergence dans le comportement des plantes et la fonction des gènes, permettant la diversification, la spéciation et donc l'évolution des plantes.",
    url = "https://doi.org/10.1093/aob/mcx079",
    doi = "10.1093/aob/mcx079",
    openalex = "W2734942911",
    references = "doi101002bies201100035, doi101016jpalaeo200507006, doi101111j14697998201100829x"
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À l'intérieur du microbiote végétal, les symbiotes fongiques et bactériens mutualistes constituent des exemples frappants de micro-organismes jouant des rôles cruciaux dans l'acquisition des nutriments. Ils ont coévolué avec leurs hôtes depuis l'adaptation initiale des plantes au milieu terrestre. Malgré les distances évolutives qui séparent les symbioses mycorhiziennes et fixatrices d'azote, ces associations partagent un certain nombre de caractéristiques hautement conservées, notamment des voies de signalisation symbiotique végétale spécifiques, des stratégies de colonisation racinaire qui contournent les réponses immunitaires de la plante, la formation d'une interface fonctionnelle hôte-microbe, et le rôle central des phytohormones dans les voies de développement racinaire associées à la symbiose. Nous mettons en évidence les domaines d'investigation récents et émergents relatifs à ces mécanismes évolutivement conservés, en insistant sur les associations mycorhiziennes plus ancestrales, et nous examinons dans quelle mesure ces connaissances peuvent contribuer à une compréhension globale des associations plantes-microbiote.

@article{doi101126scienceaad4501,
    author = "Martin, Francis et Uroz, Stéphane et Barker, David G.",
    title = "Alliances ancestrales : symbioses mutualistes entre plantes, champignons et bactéries",
    year = "2017",
    journal = "Science",
    abstract = "À l'intérieur du microbiote végétal, les symbiotes fongiques et bactériens mutualistes constituent des exemples frappants de micro-organismes jouant des rôles cruciaux dans l'acquisition des nutriments. Ils ont coévolué avec leurs hôtes depuis l'adaptation initiale des plantes au milieu terrestre. Malgré les distances évolutives qui séparent les symbioses mycorhiziennes et fixatrices d'azote, ces associations partagent un certain nombre de caractéristiques hautement conservées, notamment des voies de signalisation symbiotique végétale spécifiques, des stratégies de colonisation racinaire qui contournent les réponses immunitaires de la plante, la formation d'une interface fonctionnelle hôte-microbe, et le rôle central des phytohormones dans les voies de développement racinaire associées à la symbiose. Nous mettons en évidence les domaines d'investigation récents et émergents relatifs à ces mécanismes évolutivement conservés, en insistant sur les associations mycorhiziennes plus ancestrales, et nous examinons dans quelle mesure ces connaissances peuvent contribuer à une compréhension globale des associations plantes-microbiote.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.aad4501",
    doi = "10.1126/science.aad4501",
    openalex = "W2618012128",
    references = "doi101038ncomms5087, doi101098rstb20110271"
}

La végétation terrestre est sans équivoque un facteur important du système climatique, modulant l'échange d'énergie, de quantité de mouvement, de vapeur d'eau et d'autres gaz traces entre la terre et l'atmosphère. Ici, nous examinons l'évolution de la flore terrestre du Protérozoïque jusqu'au Néogène à trois échelles distinctes : l'évolution globale de la composition florale, l'évolution de la physiologie végétale et l'évolution de l'occupation du paysage, tant spatialement que saisonnièrement, le tout dans le contexte de la manière dont la végétation a pu influencer le climat au fil du temps et de quelles transitions évolutives de longue durée ont pu avoir le plus grand effet. Notre focus porte sur les impacts directs de la végétation sur la température et les précipitations, mais nous considérons également les impacts indirects des plantes sur le climat via la composition atmosphérique. Nous soutenons que les périodes de plus grands changements dans les rétroactions climat-végétation ont probablement été le Carbonifère et le Paléogène précoce.

@article{doi101146annurevearth063016015629,
    author = "Boyce, C. Kevin et Lee, Jung‐Eun",
    title = "Plant Evolution and Climate Over Geological Timescales",
    year = "2017",
    journal = "Annual Review of Earth and Planetary Sciences",
    abstract = "La végétation terrestre est sans équivoque un facteur important du système climatique, modulant l'échange d'énergie, de quantité de mouvement, de vapeur d'eau et d'autres gaz traces entre la terre et l'atmosphère. Ici, nous examinons l'évolution de la flore terrestre du Protérozoïque jusqu'au Néogène à trois échelles distinctes : l'évolution globale de la composition florale, l'évolution de la physiologie végétale et l'évolution de l'occupation du paysage, tant spatialement que saisonnièrement, le tout dans le contexte de la manière dont la végétation a pu influencer le climat au fil du temps et de quelles transitions évolutives de longue durée ont pu avoir le plus grand effet. Notre focus porte sur les impacts directs de la végétation sur la température et les précipitations, mais nous considérons également les impacts indirects des plantes sur le climat via la composition atmosphérique. Nous soutenons que les périodes de plus grands changements dans les rétroactions climat-végétation ont probablement été le Carbonifère et le Paléogène précoce.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev-earth-063016-015629",
    doi = "10.1146/annurev-earth-063016-015629",
    openalex = "W2523635891",
    references = "doi101098rspb20132829, doi101126science1260947"
}

Cette étude démontre un moyen de combiner les ressources disponibles pour construire une phylogénie datée des plantes. Cependant, cette approche constitue une première étape et davantage de développements sont nécessaires pour ajouter des données, mieux intégrer l'incertitude sous-jacente et améliorer la résolution. Les méthodes discutées ici peuvent également être appliquées à d'autres grands clades de l'arbre de la vie.

@article{doi101002ajb21019,
    author = "Smith, Stephen A. et Brown, Joseph W.",
    title = "Construction d'une phylogénie des plantes à graines largement inclusive",
    year = "2018",
    journal = "American Journal of Botany",
    abstract = "Cette étude démontre un moyen de combiner les ressources disponibles pour construire une phylogénie datée des plantes. Cependant, cette approche constitue une première étape et davantage de développements sont nécessaires pour ajouter des données, mieux intégrer l'incertitude sous-jacente et améliorer la résolution. Les méthodes discutées ici peuvent également être appliquées à d'autres grands clades de l'arbre de la vie.",
    url = "https://doi.org/10.1002/ajb2.1019",
    doi = "10.1002/ajb2.1019",
    openalex = "W2792688220",
    references = "doi101038nature11631, doi101038nature12872, doi101038ncomms16047, doi101038ncomms2958, doi101073pnas1323926111, doi101093oxfordjournalsmolbeva003974, doi101111nph13264, doi101111syen12037"
}

Après des décennies d'études phylogénétiques moléculaires, la phylogénie profonde des gymnospermes n'a pas été résolue, et la position phylogénétique des Gnétales reste l'un des sujets les plus controversés de l'évolution des plantes à graines. Pour résoudre la phylogénie profonde des plantes à graines et pour aborder les sources de conflit phylogénétique, nous avons mené une étude phylotranscriptomique avec un échantillonnage de toutes les 13 familles de gymnospermes et des lignées principales des angiospermes. Plusieurs ensembles de données contenant jusqu'à 1 296 042 sites sur 1308 loci ont été analysés, en utilisant les approches de concaténation et de coalescence. Notre étude a généré une phylogénie des plantes à graines cohérente et bien résolue, qui place les Gnétales comme sœurs des Pinacées et soutient ainsi l'hypothèse Gnepine. Les Cycadales plus le Ginkgo sont sœurs des gymnospermes restantes. Nous avons également trouvé que les Gnétales et les angiospermes ont des taux d'évolution moléculaire similaires, qui sont beaucoup plus élevés que ceux des autres gymnospermes. Cela implique que les Gnétales et les angiospermes ont peut-être subi des pressions sélectives similaires dans leurs histoires évolutives. L'évolution moléculaire convergente ou l'homoplasie est partiellement responsable des conflits phylogénétiques chez les plantes à graines. Notre étude fournit une phylogénie de squelette robustement reconstruite qui est importante pour les futures études moléculaires et morphologiques des plantes à graines, en particulier des gymnospermes, à la lumière de l'évolution.

@article{doi101098rspb20181012,
    author = "Ran, Jin‐Hua et Shen, Tingting et Wang, Mingming et Wang, Xiaoquan",
    title = "Phylogénomique résout la phylogénie profonde des plantes à graines et indique une évolution convergente partielle ou homoplastique entre les Gnétales et les angiospermes",
    year = "2018",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Après des décennies d'études phylogénétiques moléculaires, la phylogénie profonde des gymnospermes n'a pas été résolue, et la position phylogénétique des Gnétales reste l'un des sujets les plus controversés de l'évolution des plantes à graines. Pour résoudre la phylogénie profonde des plantes à graines et pour aborder les sources de conflit phylogénétique, nous avons mené une étude phylotranscriptomique avec un échantillonnage de toutes les 13 familles de gymnospermes et des lignées principales des angiospermes. Plusieurs ensembles de données contenant jusqu'à 1 296 042 sites sur 1308 loci ont été analysés, en utilisant les approches de concaténation et de coalescence. Notre étude a généré une phylogénie des plantes à graines cohérente et bien résolue, qui place les Gnétales comme sœurs des Pinacées et soutient ainsi l'hypothèse Gnepine. Les Cycadales plus le Ginkgo sont sœurs des gymnospermes restantes. Nous avons également trouvé que les Gnétales et les angiospermes ont des taux d'évolution moléculaire similaires, qui sont beaucoup plus élevés que ceux des autres gymnospermes. Cela implique que les Gnétales et les angiospermes ont peut-être subi des pressions sélectives similaires dans leurs histoires évolutives. L'évolution moléculaire convergente ou l'homoplasie est partiellement responsable des conflits phylogénétiques chez les plantes à graines. Notre étude fournit une phylogénie de squelette robustement reconstruite qui est importante pour les futures études moléculaires et morphologiques des plantes à graines, en particulier des gymnospermes, à la lumière de l'évolution.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2018.1012",
    doi = "10.1098/rspb.2018.1012",
    openalex = "W2808886394",
    references = "doi101038nbt1883, doi101038nprot2013084, doi101093bioinformaticsbtl158, doi101093bioinformaticsbtu033, doi101093bioinformaticsbtu170, doi101093molbevmsm088, doi101093molbevmst010, doi101093molbevmsw260, doi101093sysbiosys029, doi101186s1305901507212"
}

Sommaire du contenu 1108 I. Introduction 1108 II. Diversité des plantes mycorhiziennes à l'échelle mondiale et locale 1108 III. Évolution mycorhizienne chez les plantes : une mise à jour brève 1111 IV. Conclusions et perspectives 1114 Références 1114 RÉSUMÉ : La majorité des plantes vasculaires sont mycorhiziennes : 72 % sont mycorhizes arbusculaires (AM), 2,0 % sont mycorhizes ectomycorhiziennes (EcM), 1,5 % sont mycorhizes éricoides et 10 % sont mycorhizes d'orchidées. Seules 8 % sont complètement non mycorhiziennes (NM), tandis que 7 % présentent des associations NM-AM incohérentes. La plupart des plantes NM et NM-AM sont des spécialistes nutritionnels (par exemple, carnivores et parasites) ou des spécialistes d'habitat (par exemple, hydrophytes et épiphytes). Les associations mycorhiziennes sont cohérentes dans la plupart des familles, mais il existe des exceptions avec des racines complexes (par exemple, à la fois EcM et AM). Nous reconnaissons trois vagues d'évolution mycorhizienne, commençant par les AM chez les premières plantes terrestres, se poursuivant au Crétacé avec de nouveaux lignages NM ou EcM multiples, ainsi que des mycorhizes éricoides et d'orchidées. La troisième vague, récente et en cours, a entraîné une complexité racinaire liée à une diversification rapide des plantes dans les hotspots de biodiversité.

@article{doi101111nph14976,
    author = "Brundrett, Mark et Tedersoo, Leho",
    title = "Histoire évolutive des symbioses mycorhiziennes et diversité mondiale des plantes hôtes",
    year = "2018",
    journal = "New Phytologist",
    abstract = "Sommaire du contenu 1108 I. Introduction 1108 II. Diversité des plantes mycorhiziennes à l'échelle mondiale et locale 1108 III. Évolution mycorhizienne chez les plantes : une mise à jour brève 1111 IV. Conclusions et perspectives 1114 Références 1114 RÉSUMÉ : La majorité des plantes vasculaires sont mycorhiziennes : 72 % sont mycorhizes arbusculaires (AM), 2,0 % sont mycorhizes ectomycorhiziennes (EcM), 1,5 % sont mycorhizes éricoides et 10 % sont mycorhizes d'orchidées. Seules 8 % sont complètement non mycorhiziennes (NM), tandis que 7 % présentent des associations NM-AM incohérentes. La plupart des plantes NM et NM-AM sont des spécialistes nutritionnels (par exemple, carnivores et parasites) ou des spécialistes d'habitat (par exemple, hydrophytes et épiphytes). Les associations mycorhiziennes sont cohérentes dans la plupart des familles, mais il existe des exceptions avec des racines complexes (par exemple, à la fois EcM et AM). Nous reconnaissons trois vagues d'évolution mycorhizienne, commençant par les AM chez les premières plantes terrestres, se poursuivant au Crétacé avec de nouveaux lignages NM ou EcM multiples, ainsi que des mycorhizes éricoides et d'orchidées. La troisième vague, récente et en cours, a entraîné une complexité racinaire liée à une diversification rapide des plantes dans les hotspots de biodiversité.",
    url = "https://doi.org/10.1111/nph.14976",
    doi = "10.1111/nph.14976",
    openalex = "W2792482912",
    references = "doi101038nature12872, doi101038ncomms5087, doi101038nrg201726, doi101146annurevearth261379"
}

Des stratégies d'échange gazeux plus efficaces dans des environnements lumineux dynamiques ont été supposées contribuer à la dominance des angiospermes dans la flore des plantes vasculaires. Cependant, nous manquons toujours d'une compréhension claire de la manière dont la dynamique stomatique affecte la dynamique photosynthétique et si des différences existent entre les lignées. La dynamique stomatique et photosynthétique suivant des changements d'irradiance a été étudiée chez 15 espèces, englobant les fougères, les gymnospermes et les angiospermes. Nous avons déterminé l'effet de la vitesse stomatique sur la photosynthèse dynamique et la perte d'eau. De plus, nous avons évalué si le comportement dynamique suivait les divisions de lignées évolutives, ou si l'adaptation écologique pour maximiser l'utilisation des taches lumineuses pouvait décrire le comportement dynamique. Nous avons trouvé que les espèces à ouverture stomatique rapide, telles que les fougères, abandonnent moins de photosynthèse lors de l'induction photosynthétique. Par contraste, il n'y avait pas de relation entre la vitesse de fermeture stomatique et l'eau gaspillée par des stomates temporairement plus ouverts, car les espèces avec des taux d'échange gazeux plus élevés ont également montré une fermeture stomatique plus rapide. Les espèces adaptées à l'ombre possédaient des stomates à ouverture rapide mais à fermeture lente, ce qui est cohérent avec l'adaptation écologique pour maximiser l'utilisation des taches lumineuses. Nos résultats suggèrent que le comportement dynamique suit plus fortement les tendances écologiques adaptatives que les tendances évolutives, mais les angiospermes pourraient bénéficier d'une induction photosynthétique relativement plus rapide en adoptant une stratégie d'utilisation de l'eau moins conservatrice.

@article{doi101111nph15572,
    author = "Deans, Ross M. et Brodribb, Timothy J. et Busch, Florian A. et Farquhar, Graham D.",
    title = "La stratégie d'utilisation de l'eau des plantes médie les effets des stomates sur l'induction de la photosynthèse par la lumière",
    year = "2018",
    journal = "New Phytologist",
    abstract = "Des stratégies d'échange gazeux plus efficaces dans des environnements lumineux dynamiques ont été supposées contribuer à la dominance des angiospermes dans la flore des plantes vasculaires. Cependant, nous manquons toujours d'une compréhension claire de la manière dont la dynamique stomatique affecte la dynamique photosynthétique et si des différences existent entre les lignées. La dynamique stomatique et photosynthétique suivant des changements d'irradiance a été étudiée chez 15 espèces, englobant les fougères, les gymnospermes et les angiospermes. Nous avons déterminé l'effet de la vitesse stomatique sur la photosynthèse dynamique et la perte d'eau. De plus, nous avons évalué si le comportement dynamique suivait les divisions de lignées évolutives, ou si l'adaptation écologique pour maximiser l'utilisation des taches lumineuses pouvait décrire le comportement dynamique. Nous avons trouvé que les espèces à ouverture stomatique rapide, telles que les fougères, abandonnent moins de photosynthèse lors de l'induction photosynthétique. Par contraste, il n'y avait pas de relation entre la vitesse de fermeture stomatique et l'eau gaspillée par des stomates temporairement plus ouverts, car les espèces avec des taux d'échange gazeux plus élevés ont également montré une fermeture stomatique plus rapide. Les espèces adaptées à l'ombre possédaient des stomates à ouverture rapide mais à fermeture lente, ce qui est cohérent avec l'adaptation écologique pour maximiser l'utilisation des taches lumineuses. Nos résultats suggèrent que le comportement dynamique suit plus fortement les tendances écologiques adaptatives que les tendances évolutives, mais les angiospermes pourraient bénéficier d'une induction photosynthétique relativement plus rapide en adoptant une stratégie d'utilisation de l'eau moins conservatrice.",
    url = "https://doi.org/10.1111/nph.15572",
    doi = "10.1111/nph.15572",
    openalex = "W2899292980",
    references = "doi101098rspb20132829"
}

@incollection{crossref2019angiosperms,
    title = "Angiospermes",
    year = "2019",
    booktitle = "Introduction aux fossiles végétaux",
    url = "https://doi.org/10.1017/9781108650021.010",
    doi = "10.1017/9781108650021.010",
    pages = "188-212"
}

Les nénuphars appartiennent à l'ordre des angiospermes Nymphaeales. Les Amborellales, Nymphaeales et Austrobaileyales forment ensemble ce qu'on appelle le grade ANA des angiospermes, qui sont des représentants actuels de lignées qui se sont séparées les premières de la lignée menant aux angiospermes mésangiospermes actuels 1-3. Ici, nous rapportons la séquence du génome de 409 mégabases du nénuphar à pétales bleus (Nymphaea colorata). Nos analyses phylogénomiques soutiennent les Amborellales et les Nymphaeales comme lignées sœurs successives de tous les autres angiospermes actuels. Le génome de N. colorata et 19 autres transcriptomes de nénuphars révèlent un événement de duplication du génome entier de type Nymphaealean, qui est partagé par les Nymphaeaceae et peut-être les Cabombaceae. Parmi les gènes conservés de cette duplication du génome entier figurent des homologues de gènes qui régulent la transition florale et le développement floral. L'expression large des homologues des gènes floraux ABCE chez N. colorata pourrait soutenir un modèle ancestral ABCE de détermination des organes floraux également largement actif chez les premiers angiospermes. Les nénuphars ont évolué des parfums floraux attrayants et des couleurs, qui sont des caractéristiques partagées avec les mésangiospermes, et nous avons identifié leurs gènes biosynthétiques putatifs chez N. colorata. Les composés chimiques et les gènes biosynthétiques derrière les parfums floraux suggèrent qu'ils ont évolué en parallèle de ceux des mésangiospermes. En raison de sa position phylogénétique unique, le génome de N. colorata jette de la lumière sur l'évolution précoce des angiospermes.

@article{doi101038s4158601918525,
    author = "Zhang, Liangsheng et Chen, Fei et Zhang, Xingtan et Li, Zhen et Zhao, Yiyong et Lohaus, Rolf et Chang, Xiaojun et Dong, Wei et Ho, Simon Y. W. et Liu, Xing et Song, Aixia et Chen, Junhao et Guo, Wenlei et Wang, Zhengjia et Zhuang, Yingyu et Wang, Haifeng et Chen, Xuequn et Hu, Juan et Liu, Yanhui et Qin, Yuan et Wang, Kai et Dong, Shanshan et Liu, Yang et Zhang, Shouzhou et Yu, Xianxian et Wu, Qian et Wang, Liangsheng et Yan, Xueqing et Jiao, Yuannian et Kong, Hongzhi et Zhou, Xiaofan et Yu, Cuiwei et Chen, Yuchu et Li, Fan et Wang, Jihua et Chen, Wei et Chen, Xinlu et Jia, Qidong et Zhang, Chi et Jiang, Yifan et Zhang, Wanbo et Liu, Guanhua et Fu, Jianyu et Chen, Feng et Mā, Hong et de Peer, Yves Van et Tang, Haibao",
    title = "Le génome de la nénuphar et l'évolution précoce des plantes à fleurs",
    year = "2019",
    journal = "Nature",
    abstract = "Les nénuphars appartiennent à l'ordre des angiospermes Nymphaeales. Les Amborellales, Nymphaeales et Austrobaileyales forment ensemble ce qu'on appelle le grade ANA des angiospermes, qui sont des représentants actuels de lignées qui se sont séparées les premières de la lignée menant aux angiospermes mésangiospermes actuels 1-3. Ici, nous rapportons la séquence du génome de 409 mégabases du nénuphar à pétales bleus (Nymphaea colorata). Nos analyses phylogénomiques soutiennent les Amborellales et les Nymphaeales comme lignées sœurs successives de tous les autres angiospermes actuels. Le génome de N. colorata et 19 autres transcriptomes de nénuphars révèlent un événement de duplication du génome entier de type Nymphaealean, qui est partagé par les Nymphaeaceae et peut-être les Cabombaceae. Parmi les gènes conservés de cette duplication du génome entier figurent des homologues de gènes qui régulent la transition florale et le développement floral. L'expression large des homologues des gènes floraux ABCE chez N. colorata pourrait soutenir un modèle ancestral ABCE de détermination des organes floraux également largement actif chez les premiers angiospermes. Les nénuphars ont évolué des parfums floraux attrayants et des couleurs, qui sont des caractéristiques partagées avec les mésangiospermes, et nous avons identifié leurs gènes biosynthétiques putatifs chez N. colorata. Les composés chimiques et les gènes biosynthétiques derrière les parfums floraux suggèrent qu'ils ont évolué en parallèle de ceux des mésangiospermes. En raison de sa position phylogénétique unique, le génome de N. colorata jette de la lumière sur l'évolution précoce des angiospermes.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41586-019-1852-5",
    doi = "10.1038/s41586-019-1852-5",
    openalex = "W2995259736",
    references = "doi101038ncomms16047, doi101111j14698137201103794x"
}

Les champignons jouent de nombreux rôles essentiels dans les écosystèmes. Ils facilitent l'accès des plantes aux nutriments et à l'eau, agissent comme des agents de décomposition qui recyclent le carbone et les nutriments à travers le sol, l'eau et l'atmosphère, et sont des régulateurs majeurs des populations d'organismes macroscopiques. Bien que les avancées technologiques améliorent la détection et l'identification des champignons, des lacunes clés subsistent dans nos connaissances écologiques de ce règne, en particulier concernant leur fonction. Les approches basées sur les traits ont été instrumentales pour renforcer notre compréhension de l'écologie fonctionnelle des plantes et, en tant que telles, offrent d'excellents modèles pour approfondir notre compréhension de l'écologie fonctionnelle des champignons d'une manière qui complète les insights obtenus à partir de techniques traditionnelles et basées sur l'omique. Dans cette revue, nous synthétisons les connaissances actuelles sur l'écologie fonctionnelle des champignons, la taxonomie et la systématique et présentons une nouvelle base de données de traits fonctionnels des champignons (Fun Fun). Fun Fun est conçue pour s'interfacer avec d'autres bases de données afin d'explorer et de prédire comment la diversité fonctionnelle des champignons varie selon la taxonomie, le groupe fonctionnel et d'autres variables de regroupement évolutif ou écologique. Pour souligner comment une approche quantitative basée sur les traits peut fournir de nouveaux insights, nous décrivons plusieurs exemples ciblés et terminons en suggérant les prochaines étapes dans le domaine en rapide expansion de l'écologie fonctionnelle des champignons.

@article{doi101111brv12570,
    author = "Zanne, Amy E. et Abarenkov, Kessy et Afkhami, Michelle E. et Aguilar‐Trigueros, Carlos A. et Bates, Scott T. et Bhatnagar, Jennifer et Busby, Posy E. et Christian, Natalie et Cornwell, William K. et Crowther, Thomas W. et Flores‐Moreno, Habacuc et Floudas, Dimitrios et Gazis, Romina et Hibbett, David S. et Kennedy, Peter G. et Lindner, Daniel L. et Maynard, Daniel S. et Milo, Amy M. et Nilsson, Rolf Henrik et Powell, Jeff R. et Schildhauer, Mark et Schilling, Jonathan S. et Treseder, Kathleen K.",
    title = "Fungal functional ecology : bringing a trait‐based approach to plant‐associated fungi",
    year = "2019",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society",
    abstract = "Les champignons jouent de nombreux rôles essentiels dans les écosystèmes. Ils facilitent l'accès des plantes aux nutriments et à l'eau, agissent comme des agents de décomposition qui recyclent le carbone et les nutriments à travers le sol, l'eau et l'atmosphère, et sont des régulateurs majeurs des populations d'organismes macroscopiques. Bien que les avancées technologiques améliorent la détection et l'identification des champignons, des lacunes clés subsistent dans nos connaissances écologiques de ce règne, en particulier concernant leur fonction. Les approches basées sur les traits ont été instrumentales pour renforcer notre compréhension de l'écologie fonctionnelle des plantes et, en tant que telles, offrent d'excellents modèles pour approfondir notre compréhension de l'écologie fonctionnelle des champignons d'une manière qui complète les insights obtenus à partir de techniques traditionnelles et basées sur l'omique. Dans cette revue, nous synthétisons les connaissances actuelles sur l'écologie fonctionnelle des champignons, la taxonomie et la systématique et présentons une nouvelle base de données de traits fonctionnels des champignons (Fun Fun). Fun Fun est conçue pour s'interfacer avec d'autres bases de données afin d'explorer et de prédire comment la diversité fonctionnelle des champignons varie selon la taxonomie, le groupe fonctionnel et d'autres variables de regroupement évolutif ou écologique. Pour souligner comment une approche quantitative basée sur les traits peut fournir de nouveaux insights, nous décrivons plusieurs exemples ciblés et terminons en suggérant les prochaines étapes dans le domaine en rapide expansion de l'écologie fonctionnelle des champignons.",
    url = "https://doi.org/10.1111/brv.12570",
    doi = "10.1111/brv.12570",
    openalex = "W2991566198",
    references = "doi101093sysbiosyy031"
}

Nous présentons V.PhyloMaker, un package libre pour R conçu pour générer des phylogénies de plantes vasculaires. L'arbre méga implémenté dans V.PhyloMaker (c'est-à-dire GBOTB.extended.tre), qui a été dérivé de deux arbres méga récemment publiés et qui comprend 74 533 espèces et toutes les familles de plantes vasculaires existantes, est la phylogénie datée la plus grande pour les plantes vasculaires. V.PhyloMaker peut générer des phylogénies pour des listes d'espèces très grandes (la plus grande liste d'espèces que nous ayons testée comprenait 314 686 espèces). V.PhyloMaker génère des phylogénies à une vitesse rapide, beaucoup plus rapide que d'autres packages de génération de phylogénies. Nos tests de V.PhyloMaker montrent que la génération d'une phylogénie pour 60 000 espèces nécessite moins de six heures. V.PhyloMaker inclut une approche pour attacher des genres ou des espèces à leurs proches parents dans une phylogénie. Nous fournissons un exemple simple dans cet article pour montrer comment utiliser V.PhyloMaker pour générer des phylogénies.

@article{doi101111ecog04434,
    author = "Jin, Yi et Qian, Hong",
    title = "V.PhyloMaker : un package R permettant de générer des phylogénies très grandes pour les plantes vasculaires",
    year = "2019",
    journal = "Ecography",
    abstract = "Nous présentons V.PhyloMaker, un package libre pour R conçu pour générer des phylogénies de plantes vasculaires. L'arbre méga implémenté dans V.PhyloMaker (c'est-à-dire GBOTB.extended.tre), qui a été dérivé de deux arbres méga récemment publiés et qui comprend 74 533 espèces et toutes les familles de plantes vasculaires existantes, est la phylogénie datée la plus grande pour les plantes vasculaires. V.PhyloMaker peut générer des phylogénies pour des listes d'espèces très grandes (la plus grande liste d'espèces que nous ayons testée comprenait 314 686 espèces). V.PhyloMaker génère des phylogénies à une vitesse rapide, beaucoup plus rapide que d'autres packages de génération de phylogénies. Nos tests de V.PhyloMaker montrent que la génération d'une phylogénie pour 60 000 espèces nécessite moins de six heures. V.PhyloMaker inclut une approche pour attacher des genres ou des espèces à leurs proches parents dans une phylogénie. Nous fournissons un exemple simple dans cet article pour montrer comment utiliser V.PhyloMaker pour générer des phylogénies.",
    url = "https://doi.org/10.1111/ecog.04434",
    doi = "10.1111/ecog.04434",
    openalex = "W2922439782",
    references = "doi101038nature12872"
}

Les traits des plantes - les caractéristiques morphologiques, anatomiques, physiologiques, biochimiques et phénologiques des plantes - déterminent comment les plantes répondent aux facteurs environnementaux, affectent d'autres niveaux trophiques et influencent les propriétés des écosystèmes ainsi que leurs bénéfices et leurs inconvénients pour les humains. Les données sur les traits des plantes constituent ainsi la base d'un vaste domaine de recherche s'étendant de la biologie évolutive, l'écologie communautaire et fonctionnelle, à la conservation de la biodiversité, la gestion des écosystèmes et des paysages, la restauration, la biogéographie et la modélisation des systèmes terrestres. Depuis sa fondation en 2007, la base de données TRY des traits des plantes a connu une croissance continue. Elle offre désormais une couverture de données sans précédent dans le cadre d'une politique d'accès ouvert aux données et constitue la principale base de données sur les traits des plantes utilisée par la communauté de recherche dans le monde entier. De plus en plus, la base de données TRY soutient également de nouvelles frontières de la recherche sur les plantes fondée sur les traits, notamment l'identification des lacunes dans les données et la mobilisation ou la mesure subséquente de nouvelles données. Pour soutenir ce développement, dans cet article, nous évaluons l'étendue des données sur les traits compilées dans TRY et analysons les tendances émergentes de la couverture et de la représentativité des données. La meilleure couverture des espèces est obtenue pour les traits catégoriels - une couverture presque complète pour la « forme de croissance des plantes ». Cependant, la plupart des traits pertinents pour l'écologie et la modélisation de la végétation se caractérisent par une variation intraspécifique continue et des relations entre les traits et l'environnement. Ces traits doivent être mesurés sur des plantes individuelles dans leur environnement respectif. Malgré une couverture de données sans précédent, nous observons une manque d'humilité en matière de complétude et de représentativité de ces traits continus sous de nombreux aspects. Nous concluons donc que la réduction des lacunes dans les données et des biais dans la base de données TRY reste un défi majeur et nécessite une approche coordonnée de la mobilisation des données et des mesures des traits. Cela ne peut être réalisé qu'en collaboration avec d'autres initiatives.

@article{doi101111gcb14904,
    author = "Kattge, Jens et al.",
    title = "TRY plant trait database – enhanced coverage and open access",
    year = "2019",
    journal = "Global Change Biology",
    abstract = "Les traits des plantes - les caractéristiques morphologiques, anatomiques, physiologiques, biochimiques et phénologiques des plantes - déterminent comment les plantes répondent aux facteurs environnementaux, affectent d'autres niveaux trophiques et influencent les propriétés des écosystèmes ainsi que leurs bénéfices et leurs inconvénients pour les humains. Les données sur les traits des plantes constituent ainsi la base d'un vaste domaine de recherche s'étendant de la biologie évolutive, l'écologie communautaire et fonctionnelle, à la conservation de la biodiversité, la gestion des écosystèmes et des paysages, la restauration, la biogéographie et la modélisation des systèmes terrestres. Depuis sa fondation en 2007, la base de données TRY des traits des plantes a connu une croissance continue. Elle offre désormais une couverture de données sans précédent dans le cadre d'une politique d'accès ouvert aux données et constitue la principale base de données sur les traits des plantes utilisée par la communauté de recherche mondiale. De plus en plus, la base de données TRY soutient également de nouveaux horizons de la recherche sur les plantes fondée sur les traits, notamment l'identification des lacunes dans les données et la mobilisation ou la mesure ultérieures de nouvelles données. Pour soutenir ce développement, dans cet article, nous évaluons l'étendue des données sur les traits compilées dans TRY et analysons les tendances émergentes de la couverture et de la représentativité des données. La meilleure couverture des espèces est obtenue pour les traits catégoriels - une couverture presque complète pour la 'forme de croissance des plantes'. Cependant, la plupart des traits pertinents pour l'écologie et la modélisation de la végétation sont caractérisés par une variation intraspécifique continue et des relations entre les traits et l'environnement. Ces traits doivent être mesurés sur des plantes individuelles dans leur environnement respectif. Malgré une couverture de données sans précédent, nous observons une manque d'humilité concernant l'absence de complétude et de représentativité de ces traits continus sous de nombreux aspects. Nous concluons donc que la réduction des lacunes dans les données et des biais dans la base de données TRY reste un défi majeur et nécessite une approche coordonnée de la mobilisation des données et des mesures des traits. Cela ne peut être réalisé qu'en collaboration avec d'autres initiatives.",
    url = "https://doi.org/10.1111/gcb.14904",
    doi = "10.1111/gcb.14904",
    openalex = "W2983606184",
    references = "doi101038nature12872, doi101038ncomms5087, doi101038s4158601805637, doi101071bt12225, doi101111j13652486201102451x, doi101111j14610248200801219x, doi101111j14610248200901285x"
}

Les propriétés hydrauliques contrôlent les réponses des plantes au climat et sont probablement soumises à une forte pression de sélection, mais leur histoire macro-évolutif reste mal caractérisée. Pour combler cette lacune, nous avons compilé un jeu de données mondial de traits hydrauliques décrivant la conductivité du xylème (K s), la résistance du xylème à l'embolie (P50), l'allocation du bois d'œuvre par rapport à la surface foliaire (Hv) et l'exposition à la sécheresse (ψ min), et nous l'avons confronté aux phylogénies mondiales des plantes à graines. Individuellement, ces traits présentent des niveaux de signal phylogénétique moyens à élevés, partiellement liés aux pressions de sélection environnementales façonnant l'évolution des lignées. La plupart de ces traits ont évolué indépendamment les uns des autres, étant co-sélectionnés par les mêmes pressions environnementales. Cependant, les corrélations évolutives entre P50 et ψ min et entre K s et Hv montrent des signes d'une intégration évolutive plus profonde en raison de contraintes fonctionnelles, développementales ou génétiques, conformes à des modules évolutifs. Nous ne détectons pas d'intégration évolutive entre la conductivité et la résistance à l'embolie, rejetant un compromis codé pour cette paire de traits.

@article{doi101111ele13584,
    author = "Sanchez‐Martinez, Pablo et Martínez‐Vilalta, Jordi et Dexter, Kyle G. et Segovia, Ricardo A. et Mencuccini, Maurizio",
    title = "Adaptation et évolution coordonnée des traits hydrauliques des plantes",
    year = "2020",
    journal = "Ecology Letters",
    abstract = "Les propriétés hydrauliques contrôlent les réponses des plantes au climat et sont probablement soumises à une forte pression de sélection, mais leur histoire macro-évolutif reste mal caractérisée. Pour combler cette lacune, nous avons compilé un jeu de données mondial de traits hydrauliques décrivant la conductivité du xylème (K s), la résistance du xylème à l'embolie (P50), l'allocation du bois d'œuvre par rapport à la surface foliaire (Hv) et l'exposition à la sécheresse (ψ min), et nous l'avons confronté aux phylogénies mondiales des plantes à graines. Individuellement, ces traits présentent des niveaux de signal phylogénétique moyens à élevés, partiellement liés aux pressions de sélection environnementales façonnant l'évolution des lignées. La plupart de ces traits ont évolué indépendamment les uns des autres, étant co-sélectionnés par les mêmes pressions environnementales. Cependant, les corrélations évolutives entre P50 et ψ min et entre K s et Hv montrent des signes d'une intégration évolutive plus profonde en raison de contraintes fonctionnelles, développementales ou génétiques, conformes à des modules évolutifs. Nous ne détectons pas d'intégration évolutive entre la conductivité et la résistance à l'embolie, rejetant un compromis codé pour cette paire de traits.",
    url = "https://doi.org/10.1111/ele.13584",
    doi = "10.1111/ele.13584",
    openalex = "W3073875730",
    references = "doi101098rspb20181012"
}

@incollection{crossref2021angiosperms,
    title = "ANGIOSPERMES:",
    year = "2021",
    booktitle = "L'écologie des arbres, arbustes et lianes ligneuses du nord de la Floride",
    url = "https://doi.org/10.2307/j.ctv1t1kg94.10",
    doi = "10.2307/j.ctv1t1kg94.10",
    pages = "57-360"
}

La biodiversité d'aujourd'hui possède la propriété inhabituelle que 85 % des espèces végétales et animales vivent sur terre plutôt que dans la mer, et la moitié d'entre elles vivent dans les forêts tropicales. Une augmentation explosive de la diversité terrestre s'est produite il y a environ 100 à 50 millions d'années, au Crétacé supérieur et au Paléogène précoce. Pendant cette période, le système Terre-vie sur terre a été réinitialisé, et la biosphère s'est étendue à un nouveau niveau de productivité, améliorant la capacité et la diversité spécifique des environnements terrestres. Cette augmentation de la biodiversité terrestre a coïncidé avec des innovations en biologie des plantes à fleurs et en écologie évolutive, notamment leurs fleurs et leurs efficacités de reproduction ; la coévolution avec les animaux, en particulier les pollinisateurs et les herbivores ; les capacités photosynthétiques ; l'adaptabilité ; et la capacité à modifier les habitats. L'essor des angiospermes a déclenché une révolution macroécologique sur terre et a conduit la biodiversité moderne dans un changement séculaire et prolongé vers de nouveaux niveaux élevés, une série de processus que nous nommons ici la révolution terrestre des angiospermes.

@article{doi101111nph17822,
    author = "Benton, Michael J. et Wilf, Peter et Sauquet, Hervé",
    title = "La révolution terrestre des angiospermes et les origines de la biodiversité moderne",
    year = "2021",
    journal = "New Phytologist",
    abstract = "La biodiversité d'aujourd'hui possède la propriété inhabituelle que 85 % des espèces végétales et animales vivent sur terre plutôt que dans la mer, et la moitié d'entre elles vivent dans les forêts tropicales. Une augmentation explosive de la diversité terrestre s'est produite il y a environ 100 à 50 millions d'années, au Crétacé supérieur et au Paléogène précoce. Pendant cette période, le système Terre-vie sur terre a été réinitialisé, et la biosphère s'est étendue à un nouveau niveau de productivité, améliorant la capacité et la diversité spécifique des environnements terrestres. Cette augmentation de la biodiversité terrestre a coïncidé avec des innovations en biologie des plantes à fleurs et en écologie évolutive, notamment leurs fleurs et leurs efficacités de reproduction ; la coévolution avec les animaux, en particulier les pollinisateurs et les herbivores ; les capacités photosynthétiques ; l'adaptabilité ; et la capacité à modifier les habitats. L'essor des angiospermes a déclenché une révolution macroécologique sur terre et a conduit la biodiversité moderne dans un changement séculaire et prolongé vers de nouveaux niveaux élevés, une série de processus que nous nommons ici la révolution terrestre des angiospermes.",
    url = "https://doi.org/10.1111/nph.17822",
    doi = "10.1111/nph.17822",
    openalex = "W3209026994",
    references = "doi101016jcub201508003, doi101016jcub201804062, doi101016jgloplacha201804004, doi101016jtree201905008, doi101038nature06277, doi101038ncomms16047, doi101038s4158601916932, doi101073pnas1112694108, doi101073pnas1813206116, doi101073pnas1907847116, doi101093icbicq078, doi101093molbevmsx324, doi101093sysbiosyaa034, doi101098rspb20080715, doi101111syen12132, doi1023072399030, doi103390ijms140510242, doi1034172009143, doi107717peerj1719"
}

Une version antérieure de V.PhyloMaker a été largement utilisée pour générer des arbres phylogénétiques de plantes vasculaires à des fins botaniques, biogéographiques et écologiques. Ici, nous mettons à jour et élargissons ce package, désormais appelé « V.PhyloMaker2 ». Avec V.PhyloMaker2, on peut générer un arbre phylogénétique pour les plantes vasculaires sur la base de l'un des trois systèmes de nomenclature botanique différents. V.PhyloMaker2 peut générer des phylogénies pour des listes d'espèces très grandes (la plus grande liste d'espèces que nous ayons testée comprenait 365 198 espèces). V.PhyloMaker2 génère des phylogénies à une vitesse rapide. Nous fournissons un exemple (incluant une liste d'espèces d'échantillon et un script R pour l'exécuter) dans cet article afin de montrer comment utiliser V.PhyloMaker2 pour générer des arbres phylogénétiques.

@article{doi101016jpld202205005,
    author = "Jin, Yi et Qian, Hong",
    title = "V.PhyloMaker2 : Un package R mis à jour et élargi capable de générer des phylogénies très grandes pour les plantes vasculaires",
    year = "2022",
    journal = "Plant Diversity",
    abstract = "Une version antérieure de V.PhyloMaker a été largement utilisée pour générer des arbres phylogénétiques de plantes vasculaires à des fins botaniques, biogéographiques et écologiques. Ici, nous mettons à jour et élargissons ce package, désormais appelé « V.PhyloMaker2 ». Avec V.PhyloMaker2, on peut générer un arbre phylogénétique pour les plantes vasculaires sur la base de l'un des trois systèmes de nomenclature botanique différents. V.PhyloMaker2 peut générer des phylogénies pour des listes d'espèces très grandes (la plus grande liste d'espèces que nous ayons testée comprenait 365 198 espèces). V.PhyloMaker2 génère des phylogénies à une vitesse rapide. Nous fournissons un exemple (incluant une liste d'espèces d'échantillon et un script R pour l'exécuter) dans cet article afin de montrer comment utiliser V.PhyloMaker2 pour générer des arbres phylogénétiques.",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.pld.2022.05.005",
    doi = "10.1016/j.pld.2022.05.005",
    openalex = "W4281979425",
    references = "doi101038nature12872"
}

Les cycas représentent l'un des lignages les plus anciens de plantes à graines vivantes. L'identification de caractéristiques génomiques partagées de manière unique par les cycas et d'autres plantes à graines existantes, mais pas par les plantes non productrices de graines, pourrait jeter de la lumière sur l'origine des innovations clés, ainsi que sur la diversification précoce des plantes à graines. Ici, nous rapportons le génome de référence de 10,5 Go de Cycas panzhihuaensis, complété par les transcriptomes de 339 espèces de cycas. Les analyses phylogénomiques nucléaires et plastidiales suggèrent fortement que les cycas et le Ginkgo forment un clade sœur de tous les autres gymnospermes vivants, contrairement aux données mitochondriales, qui placent les cycas seuls à cette position. Nous avons trouvé des preuves d'une duplication ancienne du génome entier chez l'ancêtre commun des gymnospermes existantes. Le génome de Cycas contient quatre homologues de la famille de gènes fitD qui ont probablement été acquis par transfert horizontal de gènes à partir de champignons, et ces gènes confèrent une résistance aux herbivores chez les cycas. La région spécifique au mâle du chromosome Y de C. panzhihuaensis contient un facteur de transcription MADS-box exprimé exclusivement dans les cônes mâles qui est similaire à un système rapporté chez le Ginkgo, suggérant qu'un mécanisme de détermination du sexe contrôlé par des gènes MADS-box pourrait avoir originaire dans l'ancêtre commun des cycas et du Ginkgo. Le génome de C. panzhihuaensis fournit une nouvelle ressource importante d'utilité large pour les biologistes.

@article{doi101038s41477022011297,
    author = "Liu, Yang et Wang, Sibo et Li, Linzhou et Yang, Ting et Dong, Shanshan et Wei, Tong et Wu, Shengdan et Liu, Yongbo et Gong, Yiqing et Feng, Xiuyan et Ma, Jianchao et Chang, Guanxiao et Huang, Jinling et Yang, Yong et Wang, Hongli et Liu, Min et Xu, Yan et Liang, Hongping et Jin, Yu et Cai, Yuqing et Zhang, Zhaowu et Fan, Yannan et Mu, Weixue et Sahu, Sunil Kumar et Liu, Shuchun et Lang, Xiaoan et Yang, Leilei et Li, Na et Habib, Sadaf et Yang, Yongqiong et Lindström, Anders J. et Liang, Pei et Goffinet, Bernard et Zaman, Sumaira et Wegrzyn, Jill et Li, Dexiang et Liu, Jian et Cui, Jie et Sonnenschein, Eva C. et Wang, Xiaobo et Ruan, Jue et Xue, Jia‐Yu et Shao, Zhu‐Qing et Song, Chi et Fan, Guangyi et Li, Zhen et Zhang, Liangsheng et Liu, Jianquan et Liu, Zhong‐Jian et Jiao, Yuannian et Wang, Xiaoquan et Wu, Hong et Wang, Ertao et Lisby, Michael et Yang, Huanming et Wang, Jian et Liu, Xin et Xu, Xun et Li, Nan et Soltis, Pamela S. et de Peer, Yves Van et Soltis, Douglas E. et Gong, Xun et Liu, Huan et Zhang, Shouzhou",
    title = "The Cycas genome and the early evolution of seed plants",
    year = "2022",
    journal = "Nature Plants",
    abstract = "Cycads represent one of the most ancient lineages of living seed plants. Identifying genomic features uniquely shared by cycads and other extant seed plants, but not non-seed-producing plants, may shed light on the origin of key innovations, as well as the early diversification of seed plants. Here, we report the 10.5-Gb reference genome of Cycas panzhihuaensis, complemented by the transcriptomes of 339 cycad species. Nuclear and plastid phylogenomic analyses strongly suggest that cycads and Ginkgo form a clade sister to all other living gymnosperms, in contrast to mitochondrial data, which place cycads alone in this position. We found evidence for an ancient whole-genome duplication in the common ancestor of extant gymnosperms. The Cycas genome contains four homologues of the fitD gene family that were likely acquired via horizontal gene transfer from fungi, and these genes confer herbivore resistance in cycads. The male-specific region of the Y chromosome of C. panzhihuaensis contains a MADS-box transcription factor expressed exclusively in male cones that is similar to a system reported in Ginkgo, suggesting that a sex determination mechanism controlled by MADS-box genes may have originated in the common ancestor of cycads and Ginkgo. The C. panzhihuaensis genome provides an important new resource of broad utility for biologists.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41477-022-01129-7",
    doi = "10.1038/s41477-022-01129-7",
    openalex = "W4223990635",
    references = "doi101098rspb20181012"
}

@misc{crossrefNoneangiosperms,
    title = "Angiosperms",
    year = "None",
    booktitle = "AccessScience",
    url = "https://doi.org/10.1036/1097-8542.yb010070",
    doi = "10.1036/1097-8542.yb010070"
}