Anoxie

@article{waters1941anoxia,
    author = "WATERS, RALPH M.",
    title = "Anoxie",
    year = "1941",
    journal = "Anesthesiology",
    url = "https://doi.org/10.1097/00000542-194103000-00018",
    doi = "10.1097/00000542-194103000-00018",
    number = "2",
    pages = "214-215",
    volume = "2"
}

@article{doi101130001676061968791315tailif20co2,
    author = "Lawrence, David R.",
    title = "Taphonomie et pertes d'information dans les communautés fossiles",
    year = "1968",
    journal = "Bulletin de la Geological Society of America",
    url = "https://doi.org/10.1130/0016-7606(1968)79[1315:tailif]2.0.co;2",
    doi = "10.1130/0016-7606(1968)79[1315:tailif]2.0.co;2",
    openalex = "W2134383609"
}

Les données concernant le nombre de familles marines au sein de 91 classes métazoaires connues du registre fossile du Phanérozoïque sont analysées. La répartition des 2800 familles fossiles parmi les classes est très inégale, la plupart appartenant à une petite minorité de classes. De même, la répartition stratigraphique des classes est très inégale, la plupart apparaissant pour la première fois au début du Paléozoïque et de nombreuses classes plus petites s'éteignant avant la fin de cette ère. Cependant, malgré cette inégalité, une analyse factorielle en mode Q indique que la structure de ces données est plutôt simple. Seuls trois facteurs sont nécessaires pour expliquer plus de 90 % des données. Ces facteurs sont interprétés comme reflétant les trois grandes « faunes évolutives » du registre fossile marin du Phanérozoïque : une faune cambrienne dominée par les trilobites, une faune paléozoïque tardive dominée par les brachiopodes, et une faune mésozoïque-cénozoïque, ou « moderne », dominée par les mollusques. Les facteurs mineurs concernent le turnover taxonomique lent au sein des faunes majeures au fil du temps et les aspects uniques de certains taxons et périodes. Chaque l'une des trois faunes majeures semble avoir sa propre diversité caractéristique, de sorte que son expansion ou sa contraction apparaît comme étant intimement associée à une phase particulière de l'histoire de la diversité marine totale. La faune cambrienne s'étend rapidement pendant les radiations cambriennes précoces et maintient sa domination pendant l'équilibre « moyen à tardif » du Cambrien. La faune paléozoïque monte ensuite à la domination pendant les radiations ordoviciennes, qui augmentent considérablement la diversité ; cette nouvelle faune maintient ensuite sa domination tout au long de la longue période d'équilibre apparent qui dure jusqu'à la fin de l'ère Paléozoïque. La faune moderne, qui augmente lentement en importance pendant l'ère Paléozoïque, monte rapidement à la domination avec les extinctions permien tardives et maintient ce statut pendant la hausse générale de la diversité jusqu'au maximum apparent du Néogène. L'augmentation de la diversité associée à l'expansion de chaque nouvelle faune semble coïncider avec une diminution approximativement exponentielle de la faune précédemment dominante, suggérant un déplacement possible de chaque faune évolutive par son successeur.

@article{doi101017s0094837300003778,
    author = "Sepkoski, J. John",
    title = "Une description par analyse factorielle du registre fossile marin du Phanérozoïque",
    year = "1981",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Les données concernant le nombre de familles marines au sein de 91 classes métazoaires connues du registre fossile du Phanérozoïque sont analysées. La répartition des 2800 familles fossiles parmi les classes est très inégale, la plupart appartenant à une petite minorité de classes. De même, la répartition stratigraphique des classes est très inégale, la plupart apparaissant pour la première fois au début du Paléozoïque et de nombreuses classes plus petites s'éteignant avant la fin de cette ère. Cependant, malgré cette inégalité, une analyse factorielle en mode Q indique que la structure de ces données est plutôt simple. Seuls trois facteurs sont nécessaires pour expliquer plus de 90\% des données. Ces facteurs sont interprétés comme reflétant les trois grandes « faunes évolutives » du registre fossile marin du Phanérozoïque : une faune cambrienne dominée par les trilobites, une faune paléozoïque tardive dominée par les brachiopodes, et une faune mésozoïque-cénozoïque, ou « moderne », dominée par les mollusques. Les facteurs mineurs concernent le turnover taxonomique lent au sein des faunes majeures au fil du temps et les aspects uniques de certains taxons et périodes. Chaque l'une des trois faunes majeures semble avoir sa propre diversité caractéristique, de sorte que son expansion ou sa contraction apparaît comme étant intimement associée à une phase particulière de l'histoire de la diversité marine totale. La faune cambrienne s'étend rapidement pendant les radiations cambriennes précoces et maintient sa domination pendant l'équilibre « moyen à tardif » du Cambrien. La faune paléozoïque monte ensuite à la domination pendant les radiations ordoviciennes, qui augmentent considérablement la diversité ; cette nouvelle faune maintient ensuite sa domination tout au long de la longue période d'équilibre apparent qui dure jusqu'à la fin de l'ère Paléozoïque. La faune moderne, qui augmente lentement en importance pendant l'ère Paléozoïque, monte rapidement à la domination avec les extinctions permien tardives et maintient ce statut pendant la hausse générale de la diversité jusqu'au maximum apparent du Néogène. L'augmentation de la diversité associée à l'expansion de chaque nouvelle faune semble coïncider avec une diminution approximativement exponentielle de la faune précédemment dominante, suggérant un déplacement possible de chaque faune évolutive par son successeur.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0094837300003778",
    doi = "10.1017/s0094837300003778",
    openalex = "W2505144080",
    references = "doi10100797814613088367, doi1010160012825272900724, doi101017s0094837300004917, doi101017s009483730000508x, doi101017s0094837300005236, doi101017s0094837300005352, doi101017s0094837300005649, doi101017s0094837300005972, doi101017s0094837300012549, doi101126science17740541065, doi101126science2064415217, doi101130spe89p63, doi1023071483846, doi1023071796560, doi1023072405671, doi1023072412725, doi1023072412728, doi1023072806339, doi107312simp93764, openalexw1504049102, openalexw645218623"
}

Une nouvelle compilation de données fossiles sur les familles d'invertébrés et de vertébrés indique que quatre extinctions de masse dans le domaine marin sont statistiquement distinctes des niveaux d'extinction de fond. Ces quatre événements se sont produits à la fin des périodes ordovicienne, permienne, triasique et crétacée. Un cinquième événement d'extinction au Dévonien se distingue du fond mais n'est pas statistiquement significatif dans ces données. Les taux d'extinction de fond semblent avoir diminué depuis l'époque cambrienne, ce qui est cohérent avec la prédiction selon laquelle l'optimisation de l'aptitude devrait augmenter au fil du temps évolutif.

@article{doi101126science21545391501,
    author = "Raup, David M. et Sepkoski, J. John",
    title = "Extinctions de masse dans le registre fossile marin",
    year = "1982",
    journal = "Science",
    abstract = "Une nouvelle compilation de données fossiles sur les familles d'invertébrés et de vertébrés indique que quatre extinctions de masse dans le domaine marin sont statistiquement distinctes des niveaux d'extinction de fond. Ces quatre événements se sont produits à la fin des périodes ordovicienne, permienne, triasique et crétacée. Un cinquième événement d'extinction au Dévonien se distingue du fond mais n'est pas statistiquement significatif dans ces données. Les taux d'extinction de fond semblent avoir diminué depuis l'époque cambrienne, ce qui est cohérent avec la prédiction selon laquelle l'optimisation de l'aptitude devrait augmenter au fil du temps évolutif.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.215.4539.1501",
    doi = "10.1126/science.215.4539.1501",
    openalex = "W1976721572",
    references = "doi101017s009483730000511x, doi101017s0094837300006539, doi101130spe89p63, doi105281zenodo16226412, openalexw2335729143, openalexw2591197405, openalexw2596207362"
}

@article{doi1010160278416583900089,
    author = "Shipman, Pat et Rose, Jennie J.",
    title = "Chasse, abattage et comportements de traitement des carcasses par les hominidés précoces : Approches du registre fossile",
    year = "1983",
    journal = "Journal of Anthropological Archaeology",
    url = "https://doi.org/10.1016/0278-4165(83)90008-9",
    doi = "10.1016/0278-4165(83)90008-9",
    openalex = "W2002557964",
    references = "doi101016b9780120031047500132, doi101017s0094837300005820, doi101038scientificamerican096062, doi102113gsrocky8specialpaper11, doi1023072798801, doi105962bhlpart22969, openalexw1974359478"
}

Des fossiles de schiste de Burgess à corps mou et légèrement sclérifiés ont été découverts à plus d'une douzaine de nouveaux sites dans une zone s'étendant sur 20 kilomètres le long du front de l'Escarpement du Cathédrale dans la Formation Stephen du Cambrien moyen des Rocheuses canadiennes. Cinq assemblages fossiles différents provenant de quatre niveaux stratigraphiques ont été identifiés. Ces assemblages représentent des communautés marines distinctes et quasi-contemporaines qui, ensemble, constituent un complexe faunique normal de fore-reef.

@article{doi101126science2224620163,
    author = "Collins, Desmond and Briggs, Derek E. G. and Morris, Simon Conway",
    title = "New Burgess Shale Fossil Sites Reveal Middle Cambrian Faunal Complex",
    year = "1983",
    journal = "Science",
    abstract = "Soft-bodied and lightly sclerotized Burgess shale fossils have been found at more than a dozen new localities in an area extending for 20 kilometers along the front of the Cathedral Escarpment in the Middle Cambrian Stephen Formation of the Canadian Rockies. Five different fossil assemblages from four stratigraphic levels have been recognized. These assemblages represent distinct penecontemporaneous marine communities that together make up a normal fore-reef faunal complex.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.222.4620.163",
    doi = "10.1126/science.222.4620.163",
    openalex = "W1994380053",
    references = "doi101017s0094837300006539, doi101038scientificamerican0779122, doi101098rstb19810033, doi101130gsab51731, doi105281zenodo15932730, doi105281zenodo16490103, openalexw2600671946, openalexw2608196808, openalexw614215761"
}

@article{doi1010160278416584900047,
    author = "Lyman, R. Lee",
    title = "Densité osseuse et survie différentielle des classes fossiles",
    year = "1984",
    journal = "Journal of Anthropological Archaeology",
    url = "https://doi.org/10.1016/0278-4165(84)90004-7",
    doi = "10.1016/0278-4165(84)90004-7",
    openalex = "W1996561641",
    references = "doi101016030544038590072x, doi102113gsrocky8specialpaper11, doi102307281081, doi105962bhlpart22969, openalexw2167869521"
}

Le fossile traceur Chondrites, un système de galeries très ramifié d'organismes dépositaires endobenthiques inconnus, se rencontre dans tous les types de sédiments, y compris ceux déposés dans des conditions anaérobies. Dans certains cas, tels que la formation du Posidonienschiefer du Jurassique en Allemagne, Chondrites se rencontre dans des sédiments noirs, laminés et carbonés, déposés dans des conditions chimiquement réductrices. Dans d'autres cas, tels que de nombreuses unités clastiques et carbonatées oxydées à travers la colonne géologique, Chondrites représente généralement le dernier fossile traceur dans une séquence de bioturbation. Cela indique que le système de galeries a été produit en profondeur au sein du sédiment, dans la zone anaérobie située en dessous de la zone oxydée superficielle caractérisée par des eaux interstitielles librement circulantes et oxydantes.

@article{doi101126science2244651872,
    author = "Bromley, Richard G. et Ekdale, A. A.",
    title = "Chondrites : un fossile traceur indicateur d'anoxie dans les sédiments",
    year = "1984",
    journal = "Science",
    abstract = "Le fossile traceur Chondrites, un système de galeries très ramifié d'organismes dépositaires endobenthiques inconnus, se rencontre dans tous les types de sédiments, y compris ceux déposés dans des conditions anaérobies. Dans certains cas, tels que la formation du Posidonienschiefer du Jurassique en Allemagne, Chondrites se rencontre dans des sédiments noirs, laminés et carbonés, déposés dans des conditions chimiquement réductrices. Dans d'autres cas, tels que de nombreuses unités clastiques et carbonatées oxydées à travers la colonne géologique, Chondrites représente généralement le dernier fossile traceur dans une séquence de bioturbation. Cela indique que le système de galeries a été produit en profondeur au sein du sédiment, dans la zone anaérobie située en dessous de la zone oxydée superficielle caractérisée par des eaux interstitielles librement circulantes et oxydantes.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.224.4651.872",
    doi = "10.1126/science.224.4651.872",
    openalex = "W2165117122",
    references = "doi1010079783642659232, doi1010160025322767900515"
}

Résumé La conservation des structures non minéralisées (y compris les plantes) et des squelettes articulés résulte de conditions hydrographiques, sédimentaires et diagénétiques précoces extraordinaires. Les effets causatifs principaux correspondants (stagnation, obrution et scellement bactérien) définissent un continuum conceptuel dans lequel les occurrences individuelles peuvent être cartographiées. Une classification plus pragmatique et typologique des dépôts de conservation, utilisant un questionnaire standard, révèle des remplacements écologiques, ainsi que des tendances liées à l'évolution de la biosphère, au cours du temps géologique.

@article{doi101098rstb19850134,
    author = "Seilacher, Adolf et Reif, Wolf‐Ernst et Westphal, Florian",
    title = "Sedimentological, ecological and temporal patterns of fossil Lagerstätten",
    year = "1985",
    journal = "Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences",
    abstract = "Résumé La conservation des structures non minéralisées (y compris les plantes) et des squelettes articulés résulte de conditions hydrographiques, sédimentaires et diagénétiques précoces extraordinaires. Les effets causatifs principaux correspondants (stagnation, obrution et scellement bactérien) définissent un continuum conceptuel dans lequel les occurrences individuelles peuvent être cartographiées. Une classification plus pragmatique et typologique des dépôts de conservation, utilisant un questionnaire standard, révèle des remplacements écologiques, ainsi que des tendances liées à l'évolution de la biosphère, au cours du temps géologique.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.1985.0134",
    doi = "10.1098/rstb.1985.0134",
    openalex = "W2111944730",
    references = "doi101007978364269317510, doi1010079783642758294, doi101007bfb0009832, doi101111j136530911982tb00072x, doi101111j150239311985tb00688x, doi101126science2224620163, doi101126science2244651872, doi101127njgpa1591980324, doi101306ad4616f116f711d78645000102c1865d"
}

Les dépôts riches en fossiles font l'objet d'une attention croissante en raison de leur apport de données paléobiologiques et de leur utilité en sédimentologie et en stratigraphie. Cette tendance a créé un besoin urgent d'une terminologie descriptive standardisée et d'une classification génétique fondée sur un cadre conceptuel cohérent. La procédure descriptive présentée ici pour les concentrations squelettiques met l'accent sur quatre caractéristiques — composition taxonomique, tissu bioclastique, géométrie et structure interne — qui peuvent être décrites facilement sur le terrain par des non-spécialistes. Le schéma de classification génétique repose sur trois extrêmes, représentant les facteurs biologiques, sédimentologiques et diagenétiques dans les concentrations squelettiques. Les concentrations créées par l'action simultanée ou séquentielle de deux ou plusieurs facteurs sont classées comme des types mixtes. En tant que cadre conceptuel pour l'analyse biostratinomique comparative, les grandes catégories de ce schéma de classification ternaire devraient faciliter la reconnaissance de modèles temporels et spatiaux à grande échelle dans l'accumulation squelettique. L'utilité de cette approche est suggérée par la bonne concordance entre les modèles biostratinomiques observés dans les tracts de faciès onshore-offshore anciens et ceux prédits à travers des transects paléobathymétriques basés sur les processus modernes de concentration squelettique.

@article{doi1023073514687,
    author = "Kidwell, Susan M. and Fürsich, Franz T. and Aigner, Thomas",
    title = "Conceptual Framework for the Analysis and Classification of Fossil Concentrations",
    year = "1986",
    journal = "Palaios",
    abstract = "Les dépôts riches en fossiles font l'objet d'une attention croissante en raison de leur apport de données paléobiologiques et de leur utilité en sédimentologie et en stratigraphie. Cette tendance a créé un besoin urgent d'une terminologie descriptive standardisée et d'une classification génétique fondée sur un cadre conceptuel cohérent. La procédure descriptive présentée ici pour les concentrations squelettiques met l'accent sur quatre caractéristiques — composition taxonomique, tissu bioclastique, géométrie et structure interne — qui peuvent être décrites facilement sur le terrain par des non-spécialistes. Le schéma de classification génétique repose sur trois extrêmes, représentant les facteurs biologiques, sédimentologiques et diagenétiques dans les concentrations squelettiques. Les concentrations créées par l'action simultanée ou séquentielle de deux ou plusieurs facteurs sont classées comme des types mixtes. En tant que cadre conceptuel pour l'analyse biostratinomique comparative, les grandes catégories de ce schéma de classification ternaire devraient faciliter la reconnaissance de modèles temporels et spatiaux à grande échelle dans l'accumulation squelettique. L'utilité de cette approche est suggérée par la bonne concordance entre les modèles biostratinomiques observés dans les tracts de faciès onshore-offshore anciens et ceux prédits à travers des transects paléobathymétriques basés sur les processus modernes de concentration squelettique.",
    url = "https://doi.org/10.2307/3514687",
    doi = "10.2307/3514687",
    openalex = "W2021838482",
    references = "doi1010079783662010204, doi10108011035898709454746, doi101086628652, doi101098rstb19850134, doi101111j150239311970tb00830x, doi101130001676061964751197fciptr20co2, doi101130001676061968791315tailif20co2, doi101306212f77662b2411d78648000102c1865d, doi1023072258940, openalexw1533729466"
}

@article{colhoun1987pleistocene,
    author = "Colhoun, EA et Van de Geer, G",
    title = "Fossiles macro- et micro-végétaux du Pléistocène de Rosebery, Tasmanie occidentale",
    year = "1987",
    journal = "Papers and Proceedings of The Royal Society of Tasmania",
    url = "https://doi.org/10.26749/rstpp.121.89",
    doi = "10.26749/rstpp.121.89",
    openalex = "W646266391",
    pages = "89-92",
    volume = "121",
    references = "doi101002fedr19770880409, doi101038301028a0, doi10108008120098608729358, doi101098rspb19860081, doi1026749rstpp11117, openalexw2023847064"
}

Des expériences actualistes ont quantifié le taux de décomposition anaérobie et la minéralisation associée autour de macro-organismes protéiniques. Des carcasses de ver polychète Nereis et des eumalacostracés Nephrops et Palaemon ont été enterrées dans des bocaux en verre hermétiques remplis de sédiments et d'eau provenant d'environnements marins, saumâtres et lacustres. Sur une période de 25 semaines, le contenu a été examiné pour déterminer l'état de décomposition et analysé chimiquement pour surveiller la minéralisation diagénétique précoce (deux méthodes pour une telle analyse sont examinées). Les processus de décomposition étaient actifs dans les conditions expérimentales malgré l'anoxie et avaient pratiquement détruit les carcasses dans les 25 semaines. Cependant, le taux de décomposition dans le système marin à réduction du sulfate était supérieur à celui des environnements d'eau douce méthanogènes. Les analyses pétrologiques et géochimiques des restes organiques ont identifié des couches discrètes de monosulfure de fer authigène (un précurseur de la pyrite) à la surface de la cuticule de Nephrops en décomposition, quelques semaines après le début de l'expérience. L'analyse chimique de la chair en décomposition a montré une augmentation marquée de la teneur en calcium de l'eau interstitielle au fil du temps. Les résultats montrent clairement que l'anoxie est inefficace comme milieu de conservation à long terme pour la préservation des fossiles à corps mou. Cependant, la minéralisation induite par la décomposition peut être très rapide, de sorte qu'une légère réduction du taux de décomposition peut conduire à des niveaux améliorés de préservation des fossiles. Traditionnellement, la stagnation et l'enterrement rapide sont considérés comme les principaux prérequis pour la préservation des fossiles à corps mou et la formation de Konservat-Lagerstätten. Clairement, ces facteurs ne sont importants que dans la mesure où ils favorisent la minéralisation diagénétique précoce. C'est le seul moyen d'arrêter la perte d'informations par décomposition.

@article{allison1988the,
    author = "Allison, Peter A.",
    title = "The role of anoxia in the decay and mineralization of proteinaceous macro-fossils",
    year = "1988",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Des expériences actualistes ont quantifié le taux de décomposition anaérobie et la minéralisation associée autour de macro-organismes protéiniques. Des carcasses de ver polychète Nereis et des eumalacostracés Nephrops et Palaemon ont été enterrées dans des bocaux en verre hermétiques remplis de sédiments et d'eau provenant d'environnements marins, saumâtres et lacustres. Sur une période de 25 semaines, le contenu a été examiné pour déterminer l'état de décomposition et analysé chimiquement pour surveiller la minéralisation diagénétique précoce (deux méthodes pour une telle analyse sont examinées). Les processus de décomposition étaient actifs dans les conditions expérimentales malgré l'anoxie et avaient pratiquement détruit les carcasses dans les 25 semaines. Cependant, le taux de décomposition dans le système marin à réduction du sulfate était supérieur à celui des environnements d'eau douce méthanogènes. Les analyses pétrologiques et géochimiques des restes organiques ont identifié des couches discrètes de monosulfure de fer authigène (un précurseur de la pyrite) à la surface de la cuticule de Nephrops en décomposition, quelques semaines après le début de l'expérience. L'analyse chimique de la chair en décomposition a montré une augmentation marquée de la teneur en calcium de l'eau interstitielle au fil du temps. Les résultats montrent clairement que l'anoxie est inefficace comme milieu de conservation à long terme pour la préservation des fossiles à corps mou. Cependant, la minéralisation induite par la décomposition peut être très rapide, de sorte qu'une légère réduction du taux de décomposition peut conduire à des niveaux améliorés de préservation des fossiles. Traditionnellement, la stagnation et l'enterrement rapide sont considérés comme les principaux prérequis pour la préservation des fossiles à corps mou et la formation de Konservat-Lagerstätten. Clairement, ces facteurs ne sont importants que dans la mesure où ils favorisent la minéralisation diagénétique précoce. C'est le seul moyen d'arrêter la perte d'informations par décomposition.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s009483730001188x",
    doi = "10.1017/s009483730001188x",
    number = "2",
    openalex = "W2487864689",
    pages = "139-154",
    volume = "14",
    references = "doi1010160016703784900899, doi101017s0094837300005996, doi101017s009483730000676x, doi101098rstb19850134, doi101130001676061968791315tailif20co2, doi1015159780691209401, doi102475ajs26811, doi104319lo19842920236, doi105962bhlpart22969, doi105962bhltitle7199, openalexw2754161204, openalexw599354073, schopf1978fossilization"
}

@misc{allison1988the1,
    author = "Allison, P. A",
    title = "The role of anoxia in the decay and mineralization of proteinaceous macro-fossils",
    year = "1988",
    howpublished = "Paleobiology, v. 14, p. 139-154",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Allison, P. A., 1988, The role of anoxia in the decay and mineralization of proteinaceous macro-fossils: Paleobiology, v. 14, p. 139-154.}"
}

Des expériences actualistes ont quantifié le taux de décomposition anaérobie et la minéralisation associée autour de macro-organismes protéiniques. Des carcasses de l'annele Nereis et des eumalacostracés Nephrops et Palaemon ont été enterrées dans des bocaux en verre hermétiques remplis de sédiments et d'eau provenant d'environnements marins, saumâtres et lacustres. Au cours d'une période de 25 semaines, le contenu a été examiné pour déterminer l'état de décomposition et analysé chimiquement pour surveiller la minéralisation diagénétique précoce (deux méthodes pour une telle analyse sont examinées). Les processus de décomposition étaient actifs dans les conditions expérimentales malgré l'anoxie et avaient pratiquement détruit les carcasses en 25 semaines. Cependant, le taux de décomposition dans le système marin à réduction du sulfate était supérieur à celui des environnements d'eau douce méthanogènes. Les analyses pétrologiques et géochimiques des restes organiques ont identifié des couches discrètes de monosulfure de fer authigène (un précurseur de la pyrite) à la surface de la cuticule de Nephrops en décomposition, quelques semaines après le début de l'expérience. L'analyse chimique de la chair en décomposition a montré une augmentation marquée de la teneur en calcium de l'eau de pore au fil du temps. Les résultats montrent clairement que l'anoxie est inefficace comme milieu de conservation à long terme pour la préservation des fossiles à corps mou. Cependant, la minéralisation induite par la décomposition peut être très rapide, de sorte qu'une légère réduction du taux de décomposition peut conduire à des niveaux améliorés de préservation fossile. Traditionnellement, la stagnation et l'enterrement rapide sont considérés comme les principaux prérequis pour la préservation des fossiles à corps mou et la formation de Konservat-Lagerstätten. Évidemment, ces facteurs ne sont importants que dans la mesure où ils favorisent la minéralisation diagénétique précoce. C'est le seul moyen d'arrêter la perte d'informations par décomposition.

@article{doi101017s009483730001188x,
    author = "Allison, Peter A.",
    title = "The role of anoxia in the decay and mineralization of proteinaceous macro-fossils",
    year = "1988",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Actualistic experiments have quantified rate of anaerobic decay and associated mineralization around proteinaceous macro-organisms. Carcasses of the polychaete worm Nereis and the eumalacostracans Nephrops and Palaemon were buried in airtight glass jars filled with sediment and water from marine, brackish, and lacustrine environments. Over a period of 25 weeks the contents were examined to determine the state of decay and were chemically analyzed to monitor early diagenetic mineralization (two methods for such analysis are reviewed). Decay processes were active in the experimental conditions despite anoxia and had virtually destroyed the carcasses within 25 weeks. However, decay-rate in the sulfate-reducing marine system was greater than in the methanogenic freshwater environments. Petrological and geochemical analyses of the organic remains identified discrete layers of authigenic iron monosulfide (a pyrite precursor) on the surface of the decaying Nephrops cuticle within weeks of initiating the experiment. Chemical analysis of decomposing flesh showed a marked increase in pore-water calcium content with time. The results clearly show that anoxia is ineffective as a long-term conservation medium in the preservation of soft-bodied fossils. However, decay-induced mineralization can be very rapid so that even a slight reduction in decay rate can lead to improved levels of fossil preservation. Traditionally, stagnation and rapid burial are considered to be the main prerequisites for the preservation of soft-bodied fossils and the formation of Konservat-Lagerstätten. Clearly these factors are only important in that they promote early diagenetic mineralization. This is the only way to halt information loss through decay.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s009483730001188x",
    doi = "10.1017/s009483730001188x",
    openalex = "W2487864689",
    references = "doi1010160016703784900899, doi101098rstb19850134, doi101130001676061968791315tailif20co2, doi1015159780691209401, doi102475ajs26811, doi104319lo19842920236, doi105962bhlpart22969, openalexw2754161204, openalexw599354073"
}

Quinze nouvelles espèces appartenant à cinq genres (dont un, Mesibovia, nouvellement décrit) de Podocarpaceae à feuilles imbriquées sont décrites à partir de localités oligocènes à miocène inférieur en Tasmanie. Neuf de ces espèces appartiennent à Dacrycarpus, qui est maintenant éteint en Australie, et leurs affinités vivantes sont répandues en latitude et en altitude de la Nouvelle-Zélande à la Nouvelle-Guinée. Trois espèces de Dacrydium s. str. démontrent que ce genre était diversifié en Tasmanie au Tertiaire, bien qu'il soit maintenant éteint en Australie. Une espèce de Microstrobos, qui est très similaire à l'espèce endémique alpine/subalpine de Tasmanie M. niphophilus existante, se rencontre à la fois sur des sites à haute et basse altitude, et suggère que ce type était autrefois plus répandu. Le Lagarostrobos marginata oligocène est intermédiaire entre les deux espèces existantes de Lagarostrobos, et suggère une relation plus étroite entre elles que ne le font d'autres lignes de preuves. Mesibovia rhomboideu, récupérée à partir de trois localités, partage des caractéristiques avec plusieurs genres existants, et est importante pour comprendre l'évolution au sein de ce groupe. La signification des fossiles pour la reconstruction climatique et végétale est discutée.

@article{doi101071sb9890387,
    author = "Wells, PM et Hill, RS",
    title = "Fossiles à feuilles imbriquées de Podocarpaceae des sédiments tertiaires de Tasmanie",
    year = "1989",
    journal = "Australian Systematic Botany",
    abstract = "Quinze nouvelles espèces appartenant à cinq genres (dont un, Mesibovia, nouvellement décrit) de Podocarpaceae à feuilles imbriquées sont décrites à partir de localités oligocènes à miocène inférieur en Tasmanie. Neuf de ces espèces appartiennent à Dacrycarpus, qui est maintenant éteint en Australie, et leurs affinités vivantes sont répandues en latitude et en altitude de la Nouvelle-Zélande à la Nouvelle-Guinée. Trois espèces de Dacrydium s. str. démontrent que ce genre était diversifié en Tasmanie au Tertiaire, bien qu'il soit maintenant éteint en Australie. Une espèce de Microstrobos, qui est très similaire à l'espèce endémique alpine/subalpine de Tasmanie M. niphophilus existante, se rencontre à la fois sur des sites à haute et basse altitude, et suggère que ce type était autrefois plus répandu. Le Lagarostrobos marginata oligocène est intermédiaire entre les deux espèces existantes de Lagarostrobos, et suggère une relation plus étroite entre elles que ne le font d'autres lignes de preuves. Mesibovia rhomboideu, récupérée à partir de trois localités, partage des caractéristiques avec plusieurs genres existants, et est importante pour comprendre l'évolution au sein de ce groupe. La signification des fossiles pour la reconstruction climatique et végétale est discutée.",
    url = "https://doi.org/10.1071/sb9890387",
    doi = "10.1071/sb9890387",
    openalex = "W2037809290",
    references = "colhoun1987pleistocene"
}

Des expériences de laboratoire sur les échinoides réguliers indiquent que les basses températures de l'eau retardent la décomposition organique beaucoup plus efficacement que l'anoxie, et que le rôle principal de l'anoxie dans la préservation des squelettes calcaires articulés à plusieurs éléments réside probablement dans l'exclusion des organismes nécrophages. Lorsque les spécimens sont agités à 20 tours par minute, ceux qui ont d'abord été laissés à décomposer pendant deux jours dans de l'eau de mer chaude (30°C) se désagrègent plus de six fois plus rapidement que les spécimens traités à température ambiante (23°C) et plus d'un ordre de grandeur plus rapidement que les spécimens traités dans de l'eau fraîche (11°C). En revanche, les effets de la décomposition aérobie par rapport à la décomposition anaérobie sur les taux de désagrégation sont négligeables. Plus la période pendant laquelle les spécimens sont laissés à décomposer avant l'agitation est longue, plus le taux de désagrégation est élevé, jusqu'à un temps seuil qui semble marquer la décomposition des ligaments collagènes. Cela a nécessité quelques jours à 30°C, environ deux semaines à 23°C, et plus de 4 semaines à 11°C pour Strongylocentrotus. Jusqu'à ce seuil, les coronnes se désagrègent par une combinaison de fractures transversales aux plaques et de séparation le long des sutures des plaques ; les fractures transversales aux plaques peuvent donc avoir une origine taphonomique et ne sont pas nécessairement liées à la prédation. Les spécimens décomposés pendant des périodes supérieures au seuil se désagrègent virtuellement instantanément lors de l'agitation par séparation suturale uniquement. Les coronnes non perturbées peuvent rester intactes pendant des mois, temps suffisant pour l'occupation par des épibiontes. Les taux de désagrégation ont été documentés de manière semi-quantitative en reconnaissant sept stades de désarticulation du test, et de manière quantitative par des mesures de tensomètre de la résistance et de la ténacité du test. Les effets de la température et de l'oxygène sur la décomposition et l'existence d'un seuil de décomposition dans la désagrégation devraient s'appliquer, au moins dans un sens qualitatif, à de nombreux autres animaux dont les squelettes sont constitués d'éléments multiples liés par du collagène. Les échinoides réguliers devraient toujours être perçus comme des organismes taphonomiquement fragiles, mais nos résultats suggèrent le potentiel de gradients latitudinaux ainsi que bathymétriques dans la préservation des faunes fossiles d'échinoides. La préservation des échinoides dans un ensemble de conditions donné devrait également être une fonction des différences taxonomiques dans la construction du test (en particulier l'interverrouillage du stéréom le long des sutures des plaques), comme suggéré par des chercheurs précédents, bien que nos expériences indiquent que ces effets ne devraient être significatifs que parmi les spécimens post-seuil. Une enquête sur les échinoides réguliers provenant des faciès de craie blanche du Crétacé supérieur de la Grande-Bretagne corrobore les motifs expérimentaux de base, fournissant des exemples de tous les stades de désarticulation et des différences taxonomiques significatives dans la qualité de préservation. Une diversité d'organismes creuseurs et d'encroûteurs sur les coronnes fossiles corrobore également la persistance post-mortem de certains tests sur les fonds marins des moyennes latitudes.

@article{doi101017s0094837300009982,
    author = "Kidwell, Susan M. and Baumiller, Tomasz K.",
    title = "Désintégration expérimentale des échinodermes réguliers : rôles de la température, de l'oxygène et des seuils de décomposition",
    year = "1990",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Des expériences de laboratoire sur les échinodermes réguliers indiquent que les basses températures de l'eau retardent la décomposition organique beaucoup plus efficacement que l'anoxie, et que le rôle principal de l'anoxie dans la préservation des squelettes calcaires articulés à éléments multiples réside probablement dans l'exclusion des organismes nécrophages. Lorsqu'ils sont agités à 20 tours par minute, les spécimens qui ont d'abord été laissés à décomposer pendant deux jours dans une eau de mer chaude (30°C) se désintègrent plus de six fois plus rapidement que les spécimens traités à température ambiante (23°C) et plus d'un ordre de grandeur plus rapidement que les spécimens traités dans une eau froide (11°C). En revanche, les effets de la décomposition aérobie par rapport à la décomposition anaérobie sur les taux de désintégration sont négligeables. Plus la période pendant laquelle les spécimens sont laissés à décomposer avant l'agitation est longue, plus le taux de désintégration est élevé, jusqu'à un temps seuil qui semble marquer la décomposition des ligaments collagènes. Cela a nécessité quelques jours à 30°C, environ deux semaines à 23°C, et plus de 4 semaines à 11°C pour Strongylocentrotus. Jusqu'à ce seuil, les couronnes se désintègrent par une combinaison de fractures transversales aux plaques et de séparation le long des sutures des plaques ; les fractures transversales aux plaques peuvent donc avoir une origine taphonomique et ne sont pas nécessairement liées à la prédation. Les spécimens décomposés pendant des périodes supérieures au seuil se désintègrent virtuellement instantanément lors de l'agitation par séparation suturale uniquement. Les couronnes non perturbées peuvent rester intactes pendant des mois, temps suffisant pour l'occupation par des épibiontes. Les taux de désintégration ont été documentés de manière semi-quantitative en reconnaissant sept stades de désarticulation du test, et de manière quantitative par des mesures de tensomètre de la force et de la ténacité du test. Les effets de la température et de l'oxygène sur la décomposition et l'existence d'un seuil de décomposition dans la désintégration devraient s'appliquer, au moins dans un sens qualitatif, à de nombreux autres animaux dont les squelettes sont constitués d'éléments multiples liés par du collagène. Les échinodermes réguliers devraient toujours être perçus comme des organismes taphonomiquement fragiles, mais nos résultats suggèrent le potentiel de gradients latitudinaux ainsi que bathymétriques dans la préservation des faunes fossiles d'échinodermes. La préservation des échinodermes dans un ensemble de conditions donné devrait également être une fonction des différences taxonomiques dans la construction du test (en particulier l'interverrouillage du stéréom le long des sutures des plaques), comme suggéré par des chercheurs précédents, bien que nos expériences indiquent que ces effets ne devraient être significatifs que parmi les spécimens post-seuil. Une enquête sur les échinodermes réguliers provenant des faciès de craie blanche du Crétacé supérieur de la Grande-Bretagne corrobore les motifs expérimentaux de base, fournissant des exemples de tous les stades de désarticulation et des différences taxonomiques significatives dans la qualité de préservation. Une diversité variée de foreurs et d'encroûteurs sur les couronnes fossiles corrobore également la persistance post-mortem de certains tests sur les fonds marins des latitudes moyennes.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0094837300009982",
    doi = "10.1017/s0094837300009982",
    openalex = "W2493502125",
    references = "doi101017s0094837300005248"
}

@incollection{doi10100797814899503457,
    author = "Canfield, Donald E. et Raiswell, R.",
    title = "Formation de la pyrite et préservation des fossiles",
    year = "1991",
    booktitle = "Sujets de géobiologie",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-1-4899-5034-5\_7",
    doi = "10.1007/978-1-4899-5034-5\_7",
    openalex = "W2483523994",
    references = "doi101017s0094837300012082, doi1023073514686"
}

Le fossile de traces Oldhamia reflète l'exploitation systématique par bandes d'un organisme fouisseur de sédiments, de type ver, vivant en infabion. Il est connu de nombreuses régions du monde dans des complexes cambriens, dont le caractère flysch et accretionnaire suggère un dépôt sur un versant continental profond. Dans des roches similaires de la ceinture de schistes de Caroline du Nord, Oldhamia est associée à de rares spécimens du fossile de corps de type Ediacara Pteridinium, ainsi qu'à des marques d'outils d'un organisme rigide problématique rappelant les stipes des graptolites (Vendospica). Cette occurrence (1) étend la gamme stratigraphique d'Oldhamia jusqu'au Protérozoïque tardif. Elle nous rappelle également que, à cette époque, des bilatériens endobenthiques de type ver (2) étaient déjà comportementalement spécialisés et (3) avaient colonisé les fonds de plate-forme et les fonds marins profonds bien avant l'explosion évolutive cambrienne. (4) Puisque les bioturbateurs étaient petits et ne creusaient strictement que le long des plans de stratification, leur effet de mélange était encore négligeable. (5) Les nouveaux fossiles de marques d'outils nous indiquent que des organismes complexes, à paroi organique et peut-être coloniaux, étaient présents en plus des coraux de sable (Psammocorallia), possiblement des éponges et des Vendobionta probablement plasmodiaux.

@article{doi101017s247526220000825x,
    author = "Seilacher, Adolf and Pflüger, Friedrich",
    title = "Trace fossils from the Late Proterozoic of North Carolina: early conquest of deep-sea bottoms",
    year = "1992",
    journal = "The Paleontological Society Special Publications",
    abstract = "The trace fossil Oldhamia reflects systematic strip mining of an infaunal, worm-like sediment feeder. It is known from many parts of the world in Cambrian complexes, whose flysch-like and accreted character suggests deposition on a deep continental slope. In similar rocks of the North Carolina Slate Belt. Oldhamia is associated with rare specimens of the Ediacara-type body fossil Pteridinium, as well as tool marks of a problematic stiff organism reminiscent of graptolite stipes (Vendospica). This occurrence (1) extends the stratigraphic range of Oldhamia into the Late Proterozoic. It also reminds us that, by that time, worm-like, endobenthic bilaterians (2) had become behaviorally specialized and (3) had colonized shelf and deep-sea bottoms well before the Cambrian evolutionary explosion. (4) Since bioturbators were small and did burrow strictly along bedding planes, their mixing effect was as yet negligible. (5) The new tool-mark fossils tell us that complex, organic-walled and perhaps colonial organisms were around in addition to sand-corals (Psammocorallia), possibly sponges and the probably plasmodial Vendobionta.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s247526220000825x",
    doi = "10.1017/s247526220000825x",
    openalex = "W2784002077"
}

@article{doi105860choice300309,
    author = "Allison, PA et Briggs, DEG",
    title = "Taphonomie : libérer les données enfermées dans le registre fossile",
    year = "1992",
    journal = "Choice Reviews Online",
    url = "https://doi.org/10.5860/choice.30-0309",
    doi = "10.5860/choice.30-0309",
    openalex = "W1587340106"
}

Une série d'expériences a été menée pour étudier la nature et les facteurs de contrôle (oxygène, populations microbiennes, agitation) de la dégradation des tissus mous. La décomposition a été suivie en termes de changement morphologique, de perte de poids et de modification de la composition chimique chez le polychète Nereis virens. Les polychètes comprennent une variété de types de tissus à composition chimique et potentiel de préservation différents : muscle, cuticule, soies et mâchoires. Quelle que soit la condition, tout le muscle s'est dégradé et la perte de fluide à travers la cuticule rompue a réduit la carcasse à deux dimensions en 8 jours à 20°C. Dans la plupart des cas, une partie de la cuticule, en plus des mâchoires et des soies, est restée après 30 jours. Là où l'oxygène a été complètement éliminé, le taux de décomposition des composants plus volatils a été significativement réduit. Le degré d'absorption osmotique d'eau par la carcasse et les changements de pH de l'eau ont varié selon que le système était ouvert ou fermé à la diffusion de l'oxygène. Les processus autolytiques et chimiques ne sont pas suffisants pour dégrader complètement la carcasse en l'absence de bactéries. Là où des bactéries internes sont présentes, la présence ou l'absence de bactéries de la colonne d'eau a peu d'incidence sur le taux de décomposition. La dégradation initiale (dans les trois premiers jours) affecte principalement la fraction lipidique et le collagène de la cuticule. La décomposition ultérieure réduit les protéines insolubles et augmente la proportion relative des composants structuraux réfractaires (chitine tannée et collagène) à plus de 95 % d'ici le jour 30. Ainsi, seuls les tissus sclérifiés sont susceptibles de survivre au-delà de 30 jours en l'absence de minéralisation diagénétique précoce. La séquence de dégradation prédite à partir de la résistance relative à la décomposition des macromolécules dans le registre sédimentaire (protéine → glucide → lipidique) n'est donc pas un indicateur cohérent du potentiel de préservation des tissus structuraux qui les incorporent. Les expériences révèlent cinq étapes dans la décomposition des carcasses de polychètes : entier/flétri, flasque, intestin non soutenu, sac de cuticule, mâchoires et soies. Toutes sont représentées dans le registre fossile. Cela permet d'estimer jusqu'à quel point la décomposition a progressé avant d'être arrêtée par le processus de fossilisation. Les préservations les plus complètes se produisent au Cambrien, où le Shale de Burgess préserve des preuves de tissus musculaires. Des traces de l'intestin et de la cuticule sont plus largement préservées, comme à Mazon Creek, Grès à Voltzia, Solnhofen et Hakel. La préservation varie au sein des Konservat-Lagerstätten. La préservation la plus courante du corps entier n'inclut que les tissus plus récalcitrants, les mâchoires (lorsqu'elles sont présentes) et les soies, avec une empreinte du contour du corps. L'étape de décomposition peut être utilisée comme seuil taphonomique, pour fournir une indication de la mesure dans laquelle la diversité d'une biota exceptionnellement préservée a probablement été réduite par la perte taphonomique.

@article{doi101017s0094837300012343,
    author = "Briggs, Derek E. G. et Kear, Amanda J.",
    title = "Dégradation et préservation des polychètes : seuils taphonomiques chez les organismes à corps mou",
    year = "1993",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Une série d'expériences a été menée pour étudier la nature et les contrôles (oxygène, populations microbiennes, agitation) de la dégradation des tissus mous. La dégradation a été suivie en termes de changement morphologique, de perte de poids et de modification de la composition chimique chez le polychète Nereis virens. Les polychètes comprennent une gamme de types de tissus de composition chimique et de potentiel de préservation différents : muscle, cuticule, soies et mâchoires. Quelle que soit la condition, tout le muscle s'est dégradé et la perte de fluide à travers la cuticule rompue a réduit la carcasse à deux dimensions en 8 jours à 20°C. Dans la plupart des cas, une partie de la cuticule, en plus des mâchoires et des soies, est restée après 30 jours. Là où l'oxygène a été complètement éliminé, le taux de dégradation des composés plus volatils a été significativement réduit. Le degré à la fois de l'osmose d'absorption d'eau par la carcasse et des changements de pH de l'eau a varié selon que le système était ouvert ou fermé à la diffusion de l'oxygène. Les processus autolytiques et chimiques ne sont pas suffisants pour dégrader complètement la carcasse en l'absence de bactéries. Là où des bactéries internes sont présentes, la présence ou l'absence de bactéries de la colonne d'eau a peu d'effet sur le taux de dégradation. La dégradation initiale (dans les premiers 3 jours) affecte principalement la fraction lipidique et le collagène de la cuticule. La dégradation ultérieure réduit les protéines insolubles et augmente la proportion relative des composants structuraux réfractaires (chitine tannée et collagène) à plus de 95 % d'ici le jour 30. Ainsi, seuls les tissus sclérifiés sont susceptibles de survivre au-delà de 30 jours en l'absence de minéralisation diagénétique précoce. La séquence de dégradation prédite à partir de la résistance relative à la dégradation des macromolécules dans le registre sédimentaire (protéine → glucide → lipide) n'est donc pas un indicateur cohérent du potentiel de préservation des tissus structuraux qui les incorporent. Les expériences révèlent cinq étapes dans la dégradation des carcasses de polychètes : entier/flétri, flasque, intestin non soutenu, sac de cuticule, mâchoires et soies. Toutes sont représentées dans le registre fossile. Cela permet d'estimer jusqu'à quel point la dégradation a progressé avant d'être arrêtée par le processus de fossilisation. Les préservations les plus complètes se produisent au Cambrien où le Shale de Burgess préserve des preuves de tissus musculaires. Des traces de l'intestin et de la cuticule sont plus largement préservées, comme à Mazon Creek, Grès à Voltzia, Solnhofen et Hakel. La préservation varie au sein des Konservat-Lagerstätten. La préservation la plus courante du corps entier ne comprend que les tissus plus récalcitrants, les mâchoires (lorsqu'elles sont présentes) et les soies, avec une empreinte du contour du corps. L'étape de dégradation peut être utilisée comme seuil taphonomique, pour fournir une indication de la manière dont la diversité d'une biota exceptionnellement préservée a probablement été réduite par la perte taphonomique.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0094837300012343",
    doi = "10.1017/s0094837300012343",
    openalex = "W1959245684",
    references = "doi101016003101829390065q, doi101038345802a0, doi10108003115517908565437, doi101144gsjgs14940631, doi105860choice295135"
}

Les tissus mous phosphatés dans des expériences de laboratoire ressemblent étroitement aux tissus mous phosphatés fossilisés, indiquant que des processus similaires ont été impliqués. Plus les agrégats de particules de phosphate de calcium précipités sont petits, plus la fidélité de la préservation morphologique est grande. La plus haute fidélité se produit là où les bactéries elles-mêmes ne sont pas répliquées, même si la précipitation est induite par les bactéries. Bien que la phosphatisation extensive de carcasses plus grandes puisse nécessiter l'accumulation préalable de concentrations dans le sédiment, ce n'est pas le cas pour la phosphatisation de petites quantités de tissus mous. La minéralisation des tissus mous en laboratoire n'est pas « instantanée » mais peut prendre plusieurs semaines, voire des mois si la décomposition est inhibée. La précipitation du carbonate de calcium associé est contrôlée par des variations de pH en réponse au processus de décomposition.

@article{doi101144gsjgs15061035,
    author = "Briggs, Derek E. G. et Kear, Amanda J. et Martill, David M. et Wilby, Philip R.",
    title = "Phosphatisation des tissus mous dans les expériences et les fossiles",
    year = "1993",
    journal = "Journal of the Geological Society",
    abstract = "Les tissus mous phosphatés dans des expériences de laboratoire ressemblent étroitement aux tissus mous phosphatés fossilisés, indiquant que des processus similaires ont été impliqués. Plus les agrégats de particules de phosphate de calcium précipités sont petits, plus la fidélité de la préservation morphologique est grande. La plus haute fidélité se produit là où les bactéries elles-mêmes ne sont pas répliquées, même si la précipitation est induite par les bactéries. Bien que la phosphatisation extensive de carcasses plus grandes puisse nécessiter l'accumulation préalable de concentrations dans le sédiment, ce n'est pas le cas pour la phosphatisation de petites quantités de tissus mous. La minéralisation des tissus mous en laboratoire n'est pas « instantanée » mais peut prendre plusieurs semaines, voire des mois si la décomposition est inhibée. La précipitation du carbonate de calcium associé est contrôlée par des variations de pH en réponse au processus de décomposition.",
    url = "https://doi.org/10.1144/gsjgs.150.6.1035",
    doi = "10.1144/gsjgs.150.6.1035",
    openalex = "W2161493414",
    references = "briggs1994decay, openalexw193970361"
}

@article{briggs1994decay,
    author = "Briggs, Derek E. G. et Kear, Amanda J.",
    title = "Dégradation et minéralisation des crevettes",
    year = "1994",
    journal = "PALAIOS",
    url = "https://doi.org/10.2307/3515135",
    doi = "10.2307/3515135",
    number = "5",
    openalex = "W2015000408",
    pages = "431",
    volume = "9",
    references = "allison1988the, doi101017s0094837300009982, doi101017s0094837300009994, doi101017s0094837300012343, doi101038346171a0, doi101126science1593811195, doi101126science25951001439, doi101144gsjgs15061035, doi101306d42676db2b2611d78648000102c1865d, doi10310910520298309066811"
}

Les minéraux authigènes jouent un rôle important dans la conservation de la plupart des fossiles à corps mou. Le plus grand détail est conservé dans l'apatite (phosphate de calcium), mais sa précipitation est généralement inhibée par les fortes concentrations de HCO 3 - dans les milieux aqueux. Néanmoins, des investigations sur les biotes à corps mou ont révélé des faisceaux de cristaux de calcite authigènes très précoces en étroite association avec des tissus mous phosphatisés. Cela démontre que les contrôles géochimiques de la minéralisation des tissus mous sont dynamiques et agissent à une échelle très locale. Des comparaisons directes avec les résultats expérimentaux permettent d'inférer les conditions de fossilisation.

@article{briggs1996the,
    author = "BRIGGS, DEREK E. G. and WILBY, PHILIP R.",
    title = "The role of the calcium carbonate-calcium phosphate switch in the mineralization of soft-bodied fossils",
    year = "1996",
    journal = "Journal of the Geological Society",
    abstract = "Authigenic minerals play an important role in the preservation of most soft-bodied fossils. The greatest detail is preserved in apatite (calcium phosphate) but its precipitation is usually inhibited by the high concentrations of HCO 3 - in aqueous settings. Nonetheless, investigations of soft-bodied biotas have revealed very early authigenic calcite crystal bundles in close association with phosphatized soft-tissues. This demonstrates that the geochemical controls on soft-tissue mineralization are dynamic and act on a very local scale. Direct comparisons with experimental results permit the conditions of fossilization to be inferred.",
    url = "https://doi.org/10.1144/gsjgs.153.5.0665",
    doi = "10.1144/gsjgs.153.5.0665",
    number = "5",
    openalex = "W2053600018",
    pages = "665-668",
    volume = "153",
    references = "briggs1994decay, doi101016001670379090374t, doi1010160016703793903816, doi101017s0094837300012082, doi101038269209a0, doi101098rstb19850134, doi101126science25951001439, doi1011300091761319960240787rommit23co2, doi101306d42676db2b2611d78648000102c1865d, doi1023073514973"
}

@article{doi101016s0016699597800563,
    author = "Wilby, Philip R. et Briggs, Derek E. G.",
    title = "Tendances taxonomiques dans la résolution des détails préservés dans les tissus mous fossilisés phosphatés",
    year = "1997",
    journal = "Geobios",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0016-6995(97)80056-3",
    doi = "10.1016/s0016-6995(97)80056-3",
    openalex = "W1970756217",
    references = "briggs1996the"
}

@article{doi101016s0031018297001089,
    author = "Markwick, Paul",
    title = "Fossil crocodiliens comme indicateurs des climats du Crétacé supérieur et du Cénozoïque : implications pour l'utilisation des données paléontologiques dans la reconstruction du paléoclimat",
    year = "1998",
    journal = "Palaeogeography Palaeoclimatology Palaeoecology",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0031-0182(97)00108-9",
    doi = "10.1016/s0031-0182(97)00108-9",
    openalex = "W2092060384",
    references = "doi10100797814899503456, doi10100797894011125435, doi1010160031018265900131, doi101016003101829290096n, doi101016003192018990263x, doi1010160195667191900155, doi101017s0094837300006060, doi101029pa002i001p00001, doi1010719781486309702, doi101098rstb19930109, doi101126science19142321131, doi101126science24148691043, doi10113000917613198614535scaia20co2, doi101146annurevph57030195000441, doi102110pec88010071, doi1023071444927, doi1023071563593, doi1023073514444, doi1023073514548, doi1023073669094, doi102973odpprocsr1192001991, openalexw2983381470, openalexw575222456, spotila1973a"
}

Une nouvelle espèce de Nothofagus, N. pachyphylla, est proposée sur la base de fossiles provenant de sédiments du Pléistocène inférieur à Regatta Point, en Tasmanie occidentale. Cette espèce éteinte a coexisté pendant un certain temps avec son espèce sœur, N. cunninghamii, qui est toujours présente en Tasmanie. Les feuilles fossiles de N. cunninghamii dans les sédiments de Regatta Point sont toutes très petites et ne correspondent qu'aux feuilles de populations actuelles de cette espèce issues de climats froids. Les feuilles fossiles d'autres taxons dans ces sédiments sont également majoritairement à l'extrémité petite (et climat frais) de la gamme des feuilles de leurs parents actuels. Ces données fournissent des preuves corroborantes pour les inférences basées sur la flore concernant des paléoclimats plus froids que les climats modernes pour ce site fossile. La co-occurrence d'espèces sœurs à feuilles petites et grandes est parallèle dans un certain nombre de genres de forêts pluvieuses modernes de Tasmanie.

@article{doi101071sb98025,
    author = "Jordan, Gregory J.",
    title = "A new early pleistocene species of Nothofagus and the climatic implications of co-occurring Nothofagus fossils",
    year = "1999",
    journal = "Australian Systematic Botany",
    abstract = "A new species of Nothofagus, N. pachyphylla, is proposed based on fossils from Early Pleistocene sediments at Regatta Point, western Tasmania. This extinct species occurred for some time with its sister species, N. cunninghamii, which is still extant in Tasmania. The fossil leaves of N. cunninghamii in the Regatta Point sediments are all very small and are only consistent with leaves from cold climate extant populations of this species. The fossil leaves of other taxa in these sediments are also mostly at the small (and cool climate) end of the range of the leaves of their extant relatives. These data provide corroborating evidence for floristically based inferences of colder than modern palaeoclimates for this fossil site. The co-occurrence of small- and large-leaved sister species is paralleled in a number of modern Tasmanian rainforest genera.",
    url = "https://doi.org/10.1071/sb98025",
    doi = "10.1071/sb98025",
    openalex = "W2158933439",
    references = "colhoun1987pleistocene"
}

Les phosphorites de la formation du Doushantuo du Néoproterozoïque tardif, exposées à proximité de Weng'an, province du Guizhou, et de Chadian, province du Shaanxi, en Chine du Sud, contiennent des thalles algales, des acritarches et des microfossiles globulaires exceptionnellement bien préservés, interprétés comme des embryons animaux. Les observations combinées au microscope optique et en microscopie électronique à balayage (SEM) apportent des éclairages sur la taphonomie des fossiles phosphatés. Les cellules et tissus algales présentent une résistance variable à la décomposition, et au sein des populations préservées, la pétrification a commencé à des stades de dégradation variés. Par conséquent, il existe un spectre de qualité dans la préservation cellulaire. Les parois cellulaires algales, les vésicules d'acritarches et les enveloppes d'embryons sont couramment encroûtées par une bordure isopachous d'apatite, avec les intérieurs cellulaires remplis de collophane et de dolomite diagénétique ultérieure. En revanche, les surfaces de blastomères des embryons animaux sont encroûtées principalement par des sphérules et des filaments phosphatés minuscules, reflétant peut-être une infestation bactérienne immédiatement post-mortem qui a fourni des sites de nucléation pour la croissance des cristaux de phosphate. Ainsi, les mêmes processus qui ont donné naissance aux Lagerstätten phosphatées du Phanérozoïque -- l'encroûtement phosphaté et l'imprégnation, probablement médiés par l'activité microbienne -- ont assuré la préservation des tissus mous dans la Lagerstätte du Doushantuo. Il reste incertain comment les ions phosphatés et les macromolécules organiques interagissent au niveau moléculaire et dans quelle mesure les métabolismes microbiens spécifiques ou les conditions microenvironnementales contrôlent la phosphatisation des tissus mous. Les nouvelles observations des fossiles du Doushantuo phosphatés incluent : une seconde localité (Chadian) pour Wengania globosa, interprété comme un thalle algal et précédemment connu uniquement de Weng'an ; des microtunnels dans les phosphorites de Weng'an interprétés comme des traces de pyrite ; et de nouveaux taxons décrits de Weng'an : Meghystrichosphaeridium reticulatum (acritarche), Sarcinophycus radiatus (thalle algal), et une forme problématique non nommée.

@article{doi101111j150239311999tb00541x,
    author = "Xiao, Shuhai et Knoll, Andrew H.",
    title = "Préservation des fossiles dans la phosphorite de Lagerstätte du Doushantuo néoproterozoïque tardif, Chine du Sud",
    year = "1999",
    journal = "Lethaia",
    abstract = "Les phosphorites de la formation du Doushantuo du Néoproterozoïque tardif, exposées à proximité de Weng'an, province du Guizhou, et de Chadian, province du Shaanxi, en Chine du Sud, contiennent des thalles algales, des acritarches et des microfossiles globulaires exceptionnellement bien préservés, interprétés comme des embryons animaux. Les observations combinées au microscope optique et en microscopie électronique à balayage (SEM) apportent des éclairages sur la taphonomie des fossiles phosphatés. Les cellules et tissus algales présentent une résistance variable à la décomposition, et au sein des populations préservées, la pétrification a commencé à des stades de dégradation variés. Par conséquent, il existe un spectre de qualité dans la préservation cellulaire. Les parois cellulaires algales, les vésicules d'acritarches et les enveloppes d'embryons sont couramment encroûtées par une bordure isopachous d'apatite, avec les intérieurs cellulaires remplis de collophane et de dolomite diagénétique ultérieure. En revanche, les surfaces de blastomères des embryons animaux sont encroûtées principalement par des sphérules et des filaments phosphatés minuscules, reflétant peut-être une infestation bactérienne immédiatement post-mortem qui a fourni des sites de nucléation pour la croissance des cristaux de phosphate. Ainsi, les mêmes processus qui ont donné naissance aux Lagerstätten phosphatées du Phanérozoïque -- l'encroûtement phosphaté et l'imprégnation, probablement médiés par l'activité microbienne -- ont assuré la préservation des tissus mous dans la Lagerstätte du Doushantuo. Il reste incertain comment les ions phosphatés et les macromolécules organiques interagissent au niveau moléculaire et dans quelle mesure les métabolismes microbiens spécifiques ou les conditions microenvironnementales contrôlent la phosphatisation des tissus mous. Les nouvelles observations des fossiles du Doushantuo phosphatés incluent : une seconde localité (Chadian) pour Wengania globosa, interprété comme un thalle algal et précédemment connu uniquement de Weng'an ; des microtunnels dans les phosphorites de Weng'an interprétés comme des traces de pyrite ; et de nouveaux taxons décrits de Weng'an : Meghystrichosphaeridium reticulatum (acritarche), Sarcinophycus radiatus (thalle algal), et une forme problématique non nommée.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1502-3931.1999.tb00541.x",
    doi = "10.1111/j.1502-3931.1999.tb00541.x",
    openalex = "W2114329528",
    references = "bengtson1976the, briggs1994decay, doi1010160301926879900226, doi101017s0022336000025567, doi101098rstb19850139, doi101111j150239311995tb01587x"
}

Des fossiles moléculaires de lipides biologiques sont conservés dans des schistes âgés de 2,7 milliards d'années provenant du Craton de Pilbara, en Australie. L'extraction séquentielle d'échantillons adjacents montre que ces biomarqueurs hydrocarbonés sont indigènes et syngénétiques aux schistes archéens, étendant considérablement la plage géologique connue de telles molécules. La présence d'abondants 2α-méthylhopanes, caractéristiques des cyanobactéries, indique que la photosynthèse oxygénée s'est développée bien avant que l'atmosphère ne devienne oxydante. La présence de stéranes, en particulier du cholestane et de ses analogues à 28 à 30 carbones, fournit des preuves convaincantes de l'existence d'eucaryotes 500 millions à 1 milliard d'années avant que le registre fossile actuel n'indique que la lignée est apparue.

@article{doi101126science28554301033,
    author = "Brocks, Jochen J. et Logan, Graham A. et Buick, Roger et Summons, Roger E.",
    title = "Fossiles moléculaires archéens et l'émergence précoce des eucaryotes",
    year = "1999",
    journal = "Science",
    abstract = "Des fossiles moléculaires de lipides biologiques sont conservés dans des schistes âgés de 2,7 milliards d'années provenant du Craton de Pilbara, en Australie. L'extraction séquentielle d'échantillons adjacents montre que ces biomarqueurs hydrocarbonés sont indigènes et syngénétiques aux schistes archéens, étendant considérablement la plage géologique connue de telles molécules. La présence d'abondants 2α-méthylhopanes, caractéristiques des cyanobactéries, indique que la photosynthèse oxygénée s'est développée bien avant que l'atmosphère ne devienne oxydante. La présence de stéranes, en particulier du cholestane et de ses analogues à 28 à 30 carbones, fournit des preuves convaincantes de l'existence d'eucaryotes 500 millions à 1 milliard d'années avant que le registre fossile actuel n'indique que la lignée est apparue.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.285.5430.1033",
    doi = "10.1126/science.285.5430.1033",
    openalex = "W2032247127",
    references = "doi101038362834a0, doi101038376053a0, doi101038384055a0, doi101126science11539686, doi101126science1585174, doi101126science1603829729, doi101126science1631544, doi101126science2605108640, doi101146annurevmi41100187001505, doi102113gsecongeo6871135"
}

Il a longtemps été supposé que les phylums bilatériens actuels ont généralement leur origine dans l'explosion cambrienne, lorsqu'ils apparaissent sous une forme essentiellement moderne. Ces deux hypothèses sont contestables. Une application stricte des concepts de groupe tige et de groupe couronne aux phylums montre que, bien que les points de bifurcation de nombreux clades aient pu se produire au Cambrien inférieur ou avant, l'apparition des plans corporels modernes s'est produite dans la plupart des cas plus tard : très peu de phylums bilatériens sensu stricto ont des représentants démontrables au Cambrien le plus ancien. Étant donné que les points de bifurcation précoces des grands clades sont une conséquence inévitable de la géométrie de la diversi®cation des clades, le phénomène allégué de l'apparition précoce des phylums et de leur stabilité morphologique n'est pas considéré comme nécessitant une explication particulière. La confusion dans la dé®nition d'un phylum a ainsi conduit à des tentatives d'explication (en particulier sous un angle développemental) d'une caractéristique qui est en partie inévitable et en partie illusoire. Nous discutons de manière critique des modèles de diversi®cation protérozoïque basés sur une petite taille corporelle, une capacité développementale limitée, une mauvaise préservation et des habitudes cryptiques, et montrons que la perspective d'une diversi®cation des lignées se produisant tôt dans le Protérozoïque peut être considérée comme peu probable sur des bases à la fois de parcimonie et de morphologie fonctionnelle. En effet, la combinaison du registre fossile corporel et des traces démontre une diversi®cation progressive jusqu'à la fin du Protérozoïque, bien dans le Cambrien et au-delà, une image cohérente avec l'assemblage des plans corporels durant cette période. Les caractères des plans corporels ont probablement été acquis de manière monophylétique dans l'histoire des bilatériens, et un modèle expliquant la diversité d'un seul d'entre eux, le coelome, est présenté. Cette analyse pointe vers la nécessité d'une application prudente de la méthodologie systématique avant de chercher des explications pour les allégés de motifs de contrainte et de ¯fexibilité.

@article{doi101017s000632310000548x,
    author = "Budd, Graham E. et Jensen, Sören",
    title = "Une réévaluation critique du registre fossile des phylums bilatériens",
    year = "2000",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews de la Société philosophique de Cambridge",
    abstract = "Il a longtemps été supposé que les phylums bilatériens actuels ont généralement leur origine dans l'explosion cambrienne, lorsqu'ils apparaissent sous une forme essentiellement moderne. Ces deux hypothèses sont contestables. Une application stricte des concepts de groupe tige et de groupe couronne aux phylums montre que, bien que les points de bifurcation de nombreux clades aient pu se produire au Cambrien inférieur ou avant, l'apparition des plans corporels modernes s'est produite dans la plupart des cas plus tard : très peu de phylums bilatériens sensu stricto ont des représentants démontrables au Cambrien le plus ancien. Étant donné que les points de bifurcation précoces des grands clades sont une conséquence inévitable de la géométrie de la diversi®cation des clades, le phénomène allégué de l'apparition précoce des phylums et de leur stabilité morphologique n'est pas considéré comme nécessitant une explication particulière. La confusion dans la dé®nition d'un phylum a ainsi conduit à des tentatives d'explication (en particulier sous un angle développemental) d'une caractéristique qui est en partie inévitable et en partie illusoire. Nous discutons de manière critique des modèles de diversi®cation protérozoïque basés sur une petite taille corporelle, une capacité développementale limitée, une mauvaise préservation et des habitudes cryptiques, et montrons que la perspective d'une diversi®cation des lignées se produisant tôt dans le Protérozoïque peut être considérée comme peu probable sur des bases à la fois de parcimonie et de morphologie fonctionnelle. En effet, la combinaison du registre fossile corporel et des traces démontre une diversi®cation progressive jusqu'à la fin du Protérozoïque, bien dans le Cambrien et au-delà, une image cohérente avec l'assemblage des plans corporels durant cette période. Les caractères des plans corporels ont probablement été acquis de manière monophylétique dans l'histoire des bilatériens, et un modèle expliquant la diversité d'un seul d'entre eux, le coelome, est présenté. Cette analyse pointe vers la nécessité d'une application prudente de la méthodologie systématique avant de chercher des explications pour les allégés de motifs de contrainte et de ¯fexibilité.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s000632310000548x",
    doi = "10.1017/s000632310000548x",
    openalex = "W2148377177",
    references = "doi101002aja1002030302, doi101002jmor1050540103, doi101017s0022336000024963, doi101017s0094837300012793, doi101017s009483730001681x, doi10103835318, doi101038361490a0, doi101038377720a0, doi101038382127a0, doi101038387489a0, doi10103846965, doi101098rstb19780005, doi101098rstb19790006, doi101098rstb19950029, doi101111j109583121996tb01693x, doi101111j109600311991tb00045x, doi101111j146363951991tb00312x, doi101111j146363951995tb00988x, doi101111j146364091991tb00303x, doi101111j1469185x1988tb00631x, doi101111j150239311975tb01311x, doi101111j150239311990tb01373x, doi101111j150239311998tb00509x, doi101126science28354091919, doi101126science28454232129, doi101126science7886451, doi101139e87124, doi101508300037918, doi101826182003741571989, doi101826182003769311997, doi1023073515360, doi1023073515362, doi1023073515363, doi105281zenodo16238847, dzik1988the, openalexw2055967869, openalexw2598873191, openalexw2754161204"
}

Les roches sédimentaires phosphatées conservent un registre de la vie animale précoce différent et complémentaire de celui fourni par les fossiles édiacariens dans les grès et les schistes du Protérozoïque terminal. Les phosphorites de la formation de Doushantuo, en Chine du Sud, contiennent des œufs, des coques d'œufs et des stéréoblastules qui documentent des animaux de position phylogénétique non spécifiée ; de petits fossiles contenant des spicules présumés pourraient spécifiquement enregistrer la présence d'éponges. Les microfossiles récemment interprétés comme des gastrules conservées de cnidaires et de métazoaires bilatéraux peuvent alternativement être interprétés comme des kystes algues conventionnels et/ou des coques d'œufs modifiés par des processus diagenétiques connus pour avoir eu une influence pervasive sur les phosphorites de Doushantuo. Quelle que soit cette interprétation, la preuve d'eumétazoaires de Doushantuo est fournie par des tubes de l'échelle du millimètre qui affichent une tabulation et une bourgeonnance apicale caractéristiques de certains Cnidaires, en particulier les tabulés éteints. Comme certains restes édiacariens, ces petits fossiles benthiques et coloniaux pourraient représenter des eumétazoaires du groupe tige ou des cnidaires du groupe tige qui vivaient dans l'océan du Protérozoïque terminal.

@article{doi101073pnas250491697,
    author = "Xiao, Shuhai et Yuan, Xunlai et Knoll, Andrew H.",
    title = "Des fossiles d'eumétazoaires dans des phosphorites du Protérozoïque terminal ?",
    year = "2000",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Les roches sédimentaires phosphatées conservent un registre de la vie animale précoce différent et complémentaire de celui fourni par les fossiles édiacariens dans les grès et les schistes du Protérozoïque terminal. Les phosphorites de la formation de Doushantuo, en Chine du Sud, contiennent des œufs, des coques d'œufs et des stéréoblastules qui documentent des animaux de position phylogénétique non spécifiée ; de petits fossiles contenant des spicules présumés pourraient spécifiquement enregistrer la présence d'éponges. Les microfossiles récemment interprétés comme des gastrules conservées de cnidaires et de métazoaires bilatéraux peuvent alternativement être interprétés comme des kystes algues conventionnels et/ou des coques d'œufs modifiés par des processus diagenétiques connus pour avoir eu une influence pervasive sur les phosphorites de Doushantuo. Quelle que soit cette interprétation, la preuve d'eumétazoaires de Doushantuo est fournie par des tubes de l'échelle du millimètre qui affichent une tabulation et une bourgeonnance apicale caractéristiques de certains Cnidaires, en particulier les tabulés éteints. Comme certains restes édiacariens, ces petits fossiles benthiques et coloniaux pourraient représenter des eumétazoaires du groupe tige ou des cnidaires du groupe tige qui vivaient dans l'océan du Protérozoïque terminal.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.250491697",
    doi = "10.1073/pnas.250491697",
    openalex = "W2004614425",
    references = "bengtson1976the, doi101016003101829390065q, doi101098rstb19850139"
}

Un âge uranium-plomb sur zircone pour une couche de cendre volcanique interstratifiée avec des roches siliciclastiques marines peu profondes contenant des fossiles dans la section de Zimnie Gory de la région de la mer Blanche indique qu'un assemblage diversifié de fossiles corporels et de traces s'est produit avant 555,3 +/- 0,3 millions d'années. Cet âge constitue un minimum pour le triploblaste bilatérien Kimberella le plus ancien bien documenté. Il rend également les fossiles traces co-occurrents les plus anciens datés de manière fiable. Cette détermination de l'âge implique qu'il n'existe pas de relation simple entre la diversité édiacarienne et la composition isotopique du carbone de l'eau de mer du Néoprotérozoïque.

@article{doi101126science2885467841,
    author = "Martin, Mark W. et Grazhdankin, Dmitriy et Bowring, Samuel A. et Evans, David A.D. et Fedonkin, M. A. et Kirschvink, Joseph L.",
    title = "Âge des fossiles corporels et traces bilatériens du Néoprotérozoïque, mer Blanche, Russie : implications pour l'évolution des métazoaires",
    year = "2000",
    journal = "Science",
    abstract = "Un âge uranium-plomb sur zircone pour une couche de cendre volcanique interstratifiée avec des roches siliciclastiques marines peu profondes contenant des fossiles dans la section de Zimnie Gory de la région de la mer Blanche indique qu'un assemblage diversifié de fossiles corporels et de traces s'est produit avant 555,3 +/- 0,3 millions d'années. Cet âge constitue un minimum pour le triploblaste bilatérien Kimberella le plus ancien bien documenté. Il rend également les fossiles traces co-occurrents les plus anciens datés de manière fiable. Cette détermination de l'âge implique qu'il n'existe pas de relation simple entre la diversité édiacarienne et la composition isotopique du carbone de l'eau de mer du Néoprotérozoïque.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.288.5467.841",
    doi = "10.1126/science.288.5467.841",
    openalex = "W1993655526",
    references = "doi101139e87124, doi1023073515363"
}

▪ Résumé Les dépôts fossiles qui préservent des organismes à corps mou fournissent des preuves cruciales de l'histoire de la vie. Habituellement, seuls les matériaux plus résistants à la décomposition, par exemple les cuticules, survivent sous forme de restes organiques en raison d'une préservation sélective et d'une diagenèse ultérieure vers des biopolymères plus résistants. La périminéralisation, la pénétration des tissus par des fluides minéralisateurs, peut préserver des détails remarquables, en particulier chez les plantes. Cependant, la preuve de tissus plus labiles, par exemple les muscles, nécessite normalement la réplication de leur morphologie par une croissance rapide in situ de minéraux, c'est-à-dire une minéralisation authigène. Ce processus repose sur les gradients géochimiques abrupts générés par les microbes de décomposition. Les minéraux impliqués et le niveau de détail préservé (qui peut être subcellulaire) dépendent de nombreux facteurs, notamment la nature de l'activité microbienne et la quantité de décomposition, la disponibilité des ions et le type d'organisme qui est fossilisé. La compréhension de ces contrôles est essentielle pour déterminer les conditions favorisant une préservation exceptionnelle.

@article{briggs2003the,
    author = "Briggs, Derek E.G.",
    title = "The Role of Decay and Mineralization in the Preservation of Soft-Bodied Fossils",
    year = "2003",
    journal = "Annual Review of Earth and Planetary Sciences",
    abstract = "▪ Résumé Les dépôts fossiles qui préservent des organismes à corps mou fournissent des preuves cruciales de l'histoire de la vie. Habituellement, seuls les matériaux plus résistants à la décomposition, par exemple les cuticules, survivent sous forme de restes organiques en raison d'une préservation sélective et d'une diagenèse ultérieure vers des biopolymères plus résistants. La périminéralisation, la pénétration des tissus par des fluides minéralisateurs, peut préserver des détails remarquables, en particulier chez les plantes. Cependant, la preuve de tissus plus labiles, par exemple les muscles, nécessite normalement la réplication de leur morphologie par une croissance rapide in situ de minéraux, c'est-à-dire une minéralisation authigène. Ce processus repose sur les gradients géochimiques abrupts générés par les microbes de décomposition. Les minéraux impliqués et le niveau de détail préservé (qui peut être subcellulaire) dépendent de nombreux facteurs, notamment la nature de l'activité microbienne et la quantité de décomposition, la disponibilité des ions et le type d'organisme qui est fossilisé. La compréhension de ces contrôles est essentielle pour déterminer les conditions favorisant une préservation exceptionnelle.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.earth.31.100901.144746",
    doi = "10.1146/annurev.earth.31.100901.144746",
    number = "1",
    openalex = "W2125375419",
    pages = "275-301",
    volume = "31",
    references = "allison1988the, briggs1994decay, briggs1996the, doi1010160016703789901919, doi1010160016703794902984, doi101016002532279390147n, doi1010160034666775900056, doi101017s0006323199005472, doi101017s0022336000040026, doi101017s0094837300009994, doi101017s009483730001188x, doi101017s0094837300012082, doi101098rstb19790006, doi101098rstb19850134, doi101098rstb19930082, doi101111j150239311983tb01993x, doi101126science25951001439, doi101126science28153801173, doi1011300091761319880160149mibbbs23co2, doi1015159781501509247, doi1016660094837320020280155lgatio20co2, doi1023071222284, doi1023073515360, doi1023073515363, doi105860choice284524, doi107208chicago97802261597130010001, openalexw2754161204"
}

Les fossiles exceptionnellement préservés et non biominéralisés contribuent de manière importante à résoudre les détails de l'explosion cambrienne, mais peu à ses modèles globaux. Six types distincts de « préservation exceptionnelle » sont identifiés pour l'intervalle terminal Protérozoïque-Cambrien, chacun dépendant de circonstances taphonomiques particulières, généralement restreintes à la fois dans l'espace et le temps. Les voies taphonomiques menant à une préservation exceptionnelle étaient particulièrement variables au cours de la transition Protérozoïque-Cambrienne, du moins en partie en raison d'innovations évolutives contemporaines. Combinées à l'enregistrement raisonnablement continu de la « préservation de type Doushantuo » et aux enregistrements fondamentalement plus robustes des fossiles à coquille, des kystes de phytoplancton et des fossiles de traces, ces perturbations taphonomiques contribuent à la documentation des grands changements évolutifs et biogéochimiques au cours du Protérozoïque terminal et du Cambrien précoce. L'appréciation de la relation entre la voie taphonomique et l'expression fossile sert d'outil utile pour interpréter les fossiles du Cambrien précoce exceptionnellement préservés, souvent problématiques. Dans les faciès de schistes, par exemple, les structures aplaties non biominéralisées représentent généralement les restes de tissus acellulaires et extracellulaires « résistants à la dégradation » tels que les chaétas et les cuticules, tandis que la préservation tridimensionnelle représente des tissus cellulaires labiles avec une propension à attirer et précipiter des minéraux diagénétiques précoces. Cette distinction aide à identifier l'integument acuticulé des hyolithidés, la nature chaétale des sclérites de Wiwaxia, l'integument de type chétoognathe d'Amiskwia, les glandes du mésentère de divers arthropodes du Shale de Burgess, et la mauvaise identification d'arthropodes nourriciers de sédiments dans la biote de Chengjiang. Par le même raisonnement, les lobopodes supposés dans la biote de Sirius Passet et les deutérostomiens supposés dans la biote de Chengjiang sont mieux interprétés comme des arthropodes.

@article{doi101093icb431166,
    author = "Butterfield, Nicholas J.",
    title = "Préservation exceptionnelle des fossiles et explosion cambrienne",
    year = "2003",
    journal = "Biology Intégrative et Comparative",
    abstract = {Les fossiles exceptionnellement préservés et non biominéralisés contribuent de manière importante à résoudre les détails de l'explosion cambrienne, mais peu à ses modèles globaux. Six types distincts de « préservation exceptionnelle » sont identifiés pour l'intervalle terminal Protérozoïque-Cambrien, chacun dépendant de circonstances taphonomiques particulières, généralement restreintes à la fois dans l'espace et le temps. Les voies taphonomiques menant à une préservation exceptionnelle étaient particulièrement variables au cours de la transition Protérozoïque-Cambrienne, du moins en partie en raison d'innovations évolutives contemporaines. Combinées à l'enregistrement raisonnablement continu de la « préservation de type Doushantuo » et aux enregistrements fondamentalement plus robustes des fossiles à coquille, des kystes de phytoplancton et des fossiles de traces, ces perturbations taphonomiques contribuent à la documentation des grands changements évolutifs et biogéochimiques au cours du Protérozoïque terminal et du Cambrien précoce. L'appréciation de la relation entre la voie taphonomique et l'expression fossile sert d'outil utile pour interpréter les fossiles du Cambrien précoce exceptionnellement préservés, souvent problématiques. Dans les faciès de schistes, par exemple, les structures aplaties non biominéralisées représentent généralement les restes de tissus acellulaires et extracellulaires « résistants à la dégradation » tels que les chaétas et les cuticules, tandis que la préservation tridimensionnelle représente des tissus cellulaires labiles avec une propension à attirer et précipiter des minéraux diagénétiques précoces. Cette distinction aide à identifier l'integument acuticulé des hyolithidés, la nature chaétale des sclérites de Wiwaxia, l'integument de type chétoognathe d'Amiskwia, les glandes du mésentère de divers arthropodes du Shale de Burgess, et la mauvaise identification d'arthropodes nourriciers de sédiments dans la biote de Chengjiang. Par le même raisonnement, les lobopodes supposés dans la biote de Sirius Passet et les deutérostomiens supposés dans la biote de Chengjiang sont mieux interprétés comme des arthropodes.},
    url = "https://doi.org/10.1093/icb/43.1.166",
    doi = "10.1093/icb/43.1.166",
    openalex = "W2181027699",
    references = "doi101016001670378990191919, doi101017s000632310000548x, doi101017s0094837300009994, doi101017s0094837300012082, doi10103834391, doi10103835318, doi101098rstb19790006, doi101098rstb19850005, doi101111j1469185x1999tb00046x, doi101111j150239311975tb01311x, doi101111j150239311994tb01558x, doi101111j150239311995tb01587x, doi101111j150239311995tb01591x, doi101126science1066611, doi101126science28153801173, doi1016660094837320000260386bpngns20co2, doi1016660094837320020280155lgatio20co2, doi1023073514743, doi1023073515360, openalexw2326083785, openalexw2754161204, openalexw3127114020, openalexw659399033"
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@article{doi101016jgeobios200308001,
    author = "Steiner, Michael et Li, Guoxiang et Qian, Yi et Zhu, Maoyan",
    title = "Fossiles petits et coquillages du Cambrien inférieur du nord du Sichuan et du sud du Shaanxi (Chine), et leur importance biostratigraphique",
    year = "2004",
    journal = "Geobios",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.geobios.2003.08.001",
    doi = "10.1016/j.geobios.2003.08.001",
    openalex = "W2057859120"
}

L'utilisation de séquences nucléotidiques et d'acides aminés permet une meilleure compréhension du calendrier des événements évolutifs de la vie sur Terre. Cependant, les estimations moléculaires des temps de divergence sont controversées et sont généralement beaucoup plus anciennes que ce que suggère le registre fossile. Le nombre limité de gènes et d'espèces explorés et les variations omniprésentes des taux évolutifs sont les sources les plus probables de telles discordances. Ici, nous avons comparé les séquences d'acides aminés concaténées de 129 protéines provenant de 36 eucaryotes pour déterminer les temps de divergence de plusieurs grands clades, y compris les animaux, les champignons, les plantes et divers protistes. En raison de variations significatives de leurs taux évolutifs et pour gérer l'incertitude du registre fossile, nous avons utilisé une horloge moléculaire relâchée bayésienne simultanément calibrée par six contraintes paléontologiques. Nous montrons que, selon les intervalles de crédibilité de 95 %, les royaumes eucaryotes se sont diversifiés il y a 950-1 259 millions d'années (Ma), les animaux se sont séparés des choanoflagellés il y a 761-957 Ma, et l'âge débattu de la séparation entre protostomes et deutérostomes s'est produit il y a 642-761 Ma. Les temps de divergence semblent robustes par rapport aux hypothèses a priori et aux calibrations paléontologiques. Intéressamment, ces estimations de temps d'horloge relâchée sont beaucoup plus récentes que celles obtenues sous l'hypothèse d'une horloge moléculaire globale, bien que la diversification bilatérienne semble être d'environ 100 millions d'années plus ancienne que la limite cambrienne.

@article{doi101073pnas0403984101,
    author = "Douzery, Emmanuel et Snell, Elizabeth A. et Bapteste, Éric et Delsuc, Frédéric et Philippe, Hervé",
    title = "Le calendrier de l'évolution eucaryote : Une horloge moléculaire relâchée concilie-t-elle les protéines et les fossiles ?",
    year = "2004",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "L'utilisation de séquences nucléotidiques et d'acides aminés permet une meilleure compréhension du calendrier des événements évolutifs de la vie sur Terre. Cependant, les estimations moléculaires des temps de divergence sont controversées et sont généralement beaucoup plus anciennes que ce que suggère le registre fossile. Le nombre limité de gènes et d'espèces explorés et les variations omniprésentes des taux évolutifs sont les sources les plus probables de telles discordances. Ici, nous avons comparé les séquences d'acides aminés concaténées de 129 protéines provenant de 36 eucaryotes pour déterminer les temps de divergence de plusieurs grands clades, y compris les animaux, les champignons, les plantes et divers protistes. En raison de variations significatives de leurs taux évolutifs et pour gérer l'incertitude du registre fossile, nous avons utilisé une horloge moléculaire relâchée bayésienne simultanément calibrée par six contraintes paléontologiques. Nous montrons que, selon les intervalles de crédibilité de 95 %, les royaumes eucaryotes se sont diversifiés il y a 950-1 259 millions d'années (Ma), les animaux se sont séparés des choanoflagellés il y a 761-957 Ma, et l'âge débattu de la séparation entre protostomes et deutérostomes s'est produit il y a 642-761 Ma. Les temps de divergence semblent robustes par rapport aux hypothèses a priori et aux calibrations paléontologiques. Intéressamment, ces estimations de temps d'horloge relâchée sont beaucoup plus récentes que celles obtenues sous l'hypothèse d'une horloge moléculaire globale, bien que la diversification bilatérienne semble être d'environ 100 millions d'années plus ancienne que la limite cambrienne.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0403984101",
    doi = "10.1073/pnas.0403984101",
    openalex = "W2059383371",
    references = "doi101016b9781483227344500176, doi10103835083562, doi10103844766, doi101038nrg1020, doi101093bioinformatics133235, doi101093molbevmsh075, doi101093oxfordjournalsmolbeva025731, doi101093oxfordjournalsmolbeva025892, doi101126science1061457, doi101126science1069651, doi101126science147365368, doi101126science28554301033, doi10182618200376494199401"
}

Dix spécimens phosphatisés d'un petit animal (<180 micromètres) présentant des caractéristiques bilatériennes claires ont été récupérés dans la formation de Doushantuo, en Chine, datant de 40 à 55 millions d'années avant le Cambrien. Observés en coupe, cet animal (Vernanimalcula guizhouena gen. et sp. nov.) possédait des coelomes paires s'étendant sur toute la longueur de l'intestin ; des cavités externes paires qui pourraient être des organes sensoriels ; une organisation bilatérale antéro-postérieure ; une bouche antérieure orientée ventralement avec un pharynx à parois épaisses ; et une structure triploblastique. La complexité structurelle est celle d'un adulte plutôt que d'une forme larvaire. Ces fossiles fournissent les premières preuves confirmant l'inférence phylogénétique selon laquelle les Bilateria sont apparus bien avant le Cambrien.

@article{doi101126science1099213,
    author = "Chen, Junyuan et Bottjer, David J. et Oliveri, Paola et Dornbos, Stephen Q. et Gao, Feng et Ruffins, Seth et Chi, Huimei et Li, Chia-Wei et Davidson, Eric H.",
    title = "Petits fossiles bilatériens de 40 à 55 millions d'années avant le Cambrien",
    year = "2004",
    journal = "Science",
    abstract = "Dix spécimens phosphatisés d'un petit animal (<180 micromètres) présentant des caractéristiques bilatériennes claires ont été récupérés dans la formation de Doushantuo, en Chine, datant de 40 à 55 millions d'années avant le Cambrien. Observés en coupe, cet animal (Vernanimalcula guizhouena gen. et sp. nov.) possédait des coelomes paires s'étendant sur toute la longueur de l'intestin ; des cavités externes paires qui pourraient être des organes sensoriels ; une organisation bilatérale antéro-postérieure ; une bouche antérieure orientée ventralement avec un pharynx à parois épaisses ; et une structure triploblastique. La complexité structurelle est celle d'un adulte plutôt que d'une forme larvaire. Ces fossiles fournissent les premières preuves confirmant l'inférence phylogénétique selon laquelle les Bilateria sont apparus bien avant le Cambrien.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1099213",
    doi = "10.1126/science.1099213",
    openalex = "W2034574812"
}

Avant-propos. Préface. Partie I : Cadre géologique et évolutif de la biote. 1. Temps géologique et évolution de la vie précoce sur Terre. 2. Signification évolutive de la biote de Chengjiang. 3. Découverte et études initiales de la Lagerstätte de Chengjiang. 4. Distribution et cadre géologique de la Lagerstätte de Chengjiang. 5. Taphonomie et conservation des fossiles de Chengjiang. 6. Paléoécologie de la biote de Chengjiang. Partie II : Fossiles de Chengjiang. 7. Algues. 8. Phylum Porifera. 9. Phylum Cnidaria. 10. Phylum Ctenophora. 11. Phylum Nematomorpha. 12. Phylum Priapulida. 13. Phylum Hyolitha. 14. Phylum Lobopodia. 15. Anomalocarididae (Phylum incertain). 16. Phylum Arthropoda. 17. Phylum Brachiopoda. 18. Phylum ? Vetulicolia. 19. Phylum Chordata. 20. Animaux énigmatiques. 21. Espèces enregistrées dans la biote de Chengjiang. Références. Index

@article{doi105860choice416546,
    title = "Les fossiles cambriens de Chengjiang, en Chine : l'épanouissement de la vie animale précoce",
    year = "2004",
    journal = "Choice Reviews Online",
    abstract = "Avant-propos. Préface. Partie I : Cadre géologique et évolutif de la biote. 1. Temps géologique et évolution de la vie précoce sur Terre. 2. Signification évolutive de la biote de Chengjiang. 3. Découverte et études initiales de la Lagerstätte de Chengjiang. 4. Distribution et cadre géologique de la Lagerstätte de Chengjiang. 5. Taphonomie et conservation des fossiles de Chengjiang. 6. Paléoécologie de la biote de Chengjiang. Partie II : Fossiles de Chengjiang. 7. Algues. 8. Phylum Porifera. 9. Phylum Cnidaria. 10. Phylum Ctenophora. 11. Phylum Nematomorpha. 12. Phylum Priapulida. 13. Phylum Hyolitha. 14. Phylum Lobopodia. 15. Anomalocarididae (Phylum incertain). 16. Phylum Arthropoda. 17. Phylum Brachiopoda. 18. Phylum ? Vetulicolia. 19. Phylum Chordata. 20. Animaux énigmatiques. 21. Espèces enregistrées dans la biote de Chengjiang. Références. Index",
    url = "https://doi.org/10.5860/choice.41-6546",
    doi = "10.5860/choice.41-6546",
    openalex = "W1529107977"
}

@article{doi101038nature04890,
    author = "Donoghue, Philip C. J. et Bengtson, Stefan et Dong, Xi-ping et Gostling, Neil J. et Huldtgren, Therese et Cunningham, John A. et Yin, Chongyu et Zhao, Yue et Peng, Fan et Stampanoni, Marco",
    title = "Microscopie tomographique aux rayons X synchrotron d'embryons fossiles",
    year = "2006",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature04890",
    doi = "10.1038/nature04890",
    openalex = "W2099181563",
    references = "briggs2003the, doi101006dbio20020714, doi101016jgeobios200308001, doi101016jtoxlet200611011, doi10103835318, doi101073pnas250491697, doi101073pnas9794457, doi101111j150239311989tb01679x, doi101126science1099213, doi101126science27753321645, doi102517prpsj771"
}

Ce volume richement illustré de 2007 décrit toute la flore et la faune de la célèbre formation du Crato du Crétacé inférieur du Brésil - l'un des gisements fossiles les plus importants au monde, présentant une conservation exceptionnelle. Une large gamme d'invertébrés et de vertébrés est couverte, y compris des sections étendues sur les ptérosaures et les insectes. Deux chapitres sont consacrés aux plantes. De nombreux chapitres incluent des descriptions de nouvelles espèces, des redécritures et des évaluations de taxons publiés dans des endroits obscurs, les rendant accessibles à un public plus large. Les descriptions fossiles sont soutenues par des explications détaillées de l'histoire géologique du gisement et de son contexte tectonique. S'appuyant sur l'expertise du monde entier et sur des spécimens provenant des collections muséales les plus importantes, ce livre constitue une référence essentielle pour les chercheurs et les passionnés intéressés par les fossiles du Mésozoïque

@book{doi101017cbo9780511535512,
    author = "Martill, David M. et Bechly, Günter et Loveridge, Robert F.",
    title = "The Crato Fossil Beds of Brazil: Window into an Ancient World",
    year = "2007",
    abstract = "Ce volume richement illustré de 2007 décrit toute la flore et la faune de la célèbre formation du Crato du Crétacé inférieur du Brésil - l'un des gisements fossiles les plus importants au monde, présentant une conservation exceptionnelle. Une large gamme d'invertébrés et de vertébrés est couverte, y compris des sections étendues sur les ptérosaures et les insectes. Deux chapitres sont consacrés aux plantes. De nombreux chapitres incluent des descriptions de nouvelles espèces, des redécritures et des évaluations de taxons publiés dans des endroits obscurs, les rendant accessibles à un public plus large. Les descriptions fossiles sont soutenues par des explications détaillées de l'histoire géologique du gisement et de son contexte tectonique. S'appuyant sur l'expertise du monde entier et sur des spécimens provenant des collections muséales les plus importantes, ce livre constitue une référence essentielle pour les chercheurs et les passionnés intéressés par les fossiles du Mésozoïque",
    url = "https://doi.org/10.1017/cbo9780511535512",
    doi = "10.1017/cbo9780511535512",
    openalex = "W1575411947",
    references = "doi101002mmng20010040112, doi1010079783642143977, doi1010160031018279901639, doi101016s0031018203006436, doi101017s0094837300012331, doi10103821872, doi101038292051a0, doi10103831635, doi101038nature01342, doi101038nature01420, doi101038nature02855, doi101038nature03150, doi101038nature03996, doi101046j1365202820010270ex, doi10108002724634199810011114, doi10108002724634199910011201, doi101098rspb20042692, doi101126science23547931156, doi101126science27953581915, doi1012060003009020062970001tatol20co2, doi1016660022336020040780989dapftc20co2, doi1018590euscorpius2003vol2003iss111, doi1023071466954, doi1023073223017, doi10560219780801847806, doi105860choice405235, doi105962bhltitle4275, hasiotis1995termite, openalexw1486025919, openalexw1725516486, openalexw1900040508, openalexw193970361, openalexw2242001249, openalexw2786463731"
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Malgré le potentiel énorme des analyses de l'ADN ancien pour les études phylogéographiques des populations passées, l'impact de ces analyses, dont la plupart sont effectuées avec des échantillons fossiles provenant de collections de musées d'histoire naturelle, a été limité dans une certaine mesure par la récupération inefficace du matériel génétique ancien. Ici, nous montrons que les conditions de stockage et/ou les traitements standards des ossements fossiles dans ces collections peuvent être préjudiciables à la survie de l'ADN. En utilisant une analyse paléogénétique quantitative de 247 ossements fossiles d'herbivores âgés de jusqu'à 50 000 ans et provenant de 60 contextes archéologiques et paléontologiques différents, nous démontrons que les ossements fraîchement excavés et non traités non lavés contiennent six fois plus d'ADN et produisent deux fois plus de séquences d'ADN authentiques que les ossements traités selon les procédures standards. Cet effet était encore plus marqué avec les ossements provenant d'un site néolithique, où seuls les ossements fraîchement excavés ont donné des résultats. Enfin, nous avons comparé la teneur en ADN dans les ossements fossiles d'un animal, un aurochs d'environ 3 200 ans, excavé lors de deux saisons séparées de 57 ans. Alors que les ossements fossiles lavés et stockés dans le musée n'ont permis aucune amplification d'ADN, tous les ossements récemment excavés ont produit des séquences authentiques d'aurochs. Nous avons établi que pendant les 57 années où les ossements d'aurochs ont été stockés dans une collection, au moins autant d'ADN amplifiable a été perdu que pendant les 3 200 années précédentes d'inhumation. Ce résultat appelle à une révision du traitement post-excavation des ossements fossiles pour mieux préserver le patrimoine génétique des formes de vie passées.

@article{doi101073pnas0610257104,
    author = "Pruvost, Mélanie et Schwarz, Reinhard et Correia, Virginia et Champlot, Sophie et Braguier, Séverine et Morel, Nicolás et Fernández–Jalvo, Yolanda et Grange, Thierry et Geigl, Eva-María",
    title = "Les ossements fossiles fraîchement excavés sont les meilleurs pour l'amplification de l'ADN ancien",
    year = "2007",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Malgré le potentiel énorme des analyses de l'ADN ancien pour les études phylogéographiques des populations passées, l'impact de ces analyses, dont la plupart sont effectuées avec des échantillons fossiles provenant de collections de musées d'histoire naturelle, a été limité dans une certaine mesure par la récupération inefficace du matériel génétique ancien. Ici, nous montrons que les conditions de stockage et/ou les traitements standards des ossements fossiles dans ces collections peuvent être préjudiciables à la survie de l'ADN. En utilisant une analyse paléogénétique quantitative de 247 ossements fossiles d'herbivores âgés de jusqu'à 50 000 ans et provenant de 60 contextes archéologiques et paléontologiques différents, nous démontrons que les ossements fraîchement excavés et non traités non lavés contiennent six fois plus d'ADN et produisent deux fois plus de séquences d'ADN authentiques que les ossements traités selon les procédures standards. Cet effet était encore plus marqué avec les ossements provenant d'un site néolithique, où seuls les ossements fraîchement excavés ont donné des résultats. Enfin, nous avons comparé la teneur en ADN dans les ossements fossiles d'un animal, un aurochs d'environ 3 200 ans, excavé lors de deux saisons séparées de 57 ans. Alors que les ossements fossiles lavés et stockés dans le musée n'ont permis aucune amplification d'ADN, tous les ossements récemment excavés ont produit des séquences authentiques d'aurochs. Nous avons établi que pendant les 57 années où les ossements d'aurochs ont été stockés dans une collection, au moins autant d'ADN amplifiable a été perdu que pendant les 3 200 années précédentes d'inhumation. Ce résultat appelle à une révision du traitement post-excavation des ossements fossiles pour mieux préserver le patrimoine génétique des formes de vie passées.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0610257104",
    doi = "10.1073/pnas.0610257104",
    openalex = "W1968608712"
}

Résumé : Les modèles actuels concernant la préservation exceptionnelle des fossiles du schiste de Burgess se sont concentrés soit sur les compressions carbonées extractibles par HF, soit sur les films minéraux identifiés par cartographie élémentaire. L'analyse BSEM, EDX et par microsonde de Marpolia, Wiwaxia et Burgessia préservés en deux dimensions identifie la présence de films à la fois carbonés et aluminosilicatés pour la plupart des caractéristiques, indépendamment de leur labilité initiale. À la lumière de l'enfouissement profond et de la métamorphose de faciès schiste vert documentés pour le schiste de Burgess, les films aluminosilicatés sont identifiés comme des produits de volatilisation tardive et de minéralisation concomitante de fossiles de compression préexistants, tandis que le système intestinal-cœcal de Burgessia préservé en trois dimensions est interprété comme un remplacement aluminosilicaté d'une phase carbonatée préexistante. L'hypothèse d'un emplacement diagénétique tardif de minéraux aluminosilicatés est soutenue par l'aluminosilicification extensive de la carapace de trilobite et de veinules (à l'origine) calcaires dans le schiste de Burgess, ainsi que par la documentation d'autres fossiles de compression secondairement aluminosilicatés. En distinguant l'altération diagénétique tardive des processus diagénétiques précoces responsables de la préservation exceptionnelle, il est possible de concilier la gamme de modes de préservation actuellement exprimés dans le schiste de Burgess.

@article{doi101111j14754983200700656x,
    author = "Butterfield, Nicholas J. and Balthasar, Uwe and WILSON, LUCY A.",
    title = "FOSSIL DIAGENESIS IN THE BURGESS SHALE",
    year = "2007",
    journal = "Palaeontology",
    abstract = "Résumé : Les modèles actuels concernant la préservation exceptionnelle des fossiles du schiste de Burgess se sont concentrés soit sur les compressions carbonées extractibles par HF, soit sur les films minéraux identifiés par cartographie élémentaire. L'analyse BSEM, EDX et par microsonde de Marpolia, Wiwaxia et Burgessia préservés en deux dimensions identifie la présence de films à la fois carbonés et aluminosilicatés pour la plupart des caractéristiques, indépendamment de leur labilité initiale. À la lumière de l'enfouissement profond et de la métamorphose de faciès schiste vert documentés pour le schiste de Burgess, les films aluminosilicatés sont identifiés comme des produits de volatilisation tardive et de minéralisation concomitante de fossiles de compression préexistants, tandis que le système intestinal-cœcal de Burgessia préservé en trois dimensions est interprété comme un remplacement aluminosilicaté d'une phase carbonatée préexistante. L'hypothèse d'un emplacement diagénétique tardif de minéraux aluminosilicatés est soutenue par l'aluminosilicification extensive de la carapace de trilobite et de veinules (à l'origine) calcaires dans le schiste de Burgess, ainsi que par la documentation d'autres fossiles de compression secondairement aluminosilicatés. En distinguant l'altération diagénétique tardive des processus diagénétiques précoces responsables de la préservation exceptionnelle, il est possible de concilier la gamme de modes de préservation actuellement exprimés dans le schiste de Burgess.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1475-4983.2007.00656.x",
    doi = "10.1111/j.1475-4983.2007.00656.x",
    openalex = "W2035625131",
    references = "briggs1994decay, doi1010079783642878138, doi101016jpalaeo200407034, doi101017s0094837300009994, doi101093icb431166, doi101111j150239311995tb01587x, doi101126science28153801173, doi101130g206401, doi1016660094837320020280155lgatio20co2, doi105281zenodo15992748, doi105860choice284524, openalexw3127114020"
}

L'analyse par éléments finis (FEA) est une technique qui reconstruit les contraintes, les déformations et les déformations dans une structure numérique. Bien que courante en ingénierie et en science orthopédique depuis plus de 30 ans, elle n'a été adoptée que récemment dans les sciences zoologiques et paléontologiques pour aborder les questions de morphologie, de fonction et d'évolution des organismes. Les recherches actuelles tendent à se concentrer soit sur des études déductives qui supposent une relation étroite entre la forme et la fonction, soit sur des études inductives qui visent à tester cette relation, bien que des ponts explicites de test d'hypothèses relient ces deux points de vue. Les études de validation ont montré une concordance entre les contraintes in vivo ou in vitro et les contraintes déduites par FE. Les futurs travaux de validation sur une large gamme de taxons aideront à délimiter phylogénétiquement nos modèles FE d'animaux éteints pour augmenter la confiance dans nos paramètres d'entrée, bien qu'actuellement, la FEA ait un grand potentiel pour aborder les questions de relations forme-fonction, à condition que des questions appropriées soient posées aux données existantes.

@article{doi101146annurevearth35031306140104,
    author = "Rayfield, Emily J.",
    title = "Finite Element Analysis and Understanding the Biomechanics and Evolution of Living and Fossil Organisms",
    year = "2007",
    journal = "Annual Review of Earth and Planetary Sciences",
    abstract = "Finite element analysis (FEA) is a technique that reconstructs stress, strain, and deformation in a digital structure. Although commonplace in engineering and orthopedic science for more than 30 years, only recently has it begun to be adopted in the zoological and paleontological sciences to address questions of organismal morphology, function, and evolution. Current research tends to focus on either deductive studies that assume a close relationship between form and function or inductive studies that aim to test this relationship, although explicit hypothesis-testing bridges these two standpoints. Validation studies have shown congruence between in vivo or in vitro strain and FE-inferred strain. Future validation work on a broad range of taxa will assist in phylogenetically bracketing our extinct animal FE-models to increase confidence in our input parameters, although currently, FEA has much potential in addressing questions of form-function relationships, providing appropriate questions are asked of the existing data.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.earth.35.031306.140104",
    doi = "10.1146/annurev.earth.35.031306.140104",
    openalex = "W2138656347",
    references = "doi10103835059070, doi101038nature04890, doi105860choice326223"
}

Élucider le calendrier de la radiation des métazoaires est crucial pour comprendre les processus macroévolutifs associés à l'explosion cambrienne. Étant donné que les estimations des temps de divergence des métazoaires dérivés des horloges moléculaires varient de très récents (Édiacarien) à très anciens (Mésoprotérozoïque), il a été difficile de déterminer s'il existe une concordance ou une discordance très marquée entre le registre génétique et le registre fossile géologique. Ici, nous montrons, en utilisant une variété de méthodes d'horloges moléculaires, que la majeure impulsion des temps de divergence des métazoaires s'est produite durant l'Édiacarien, ce qui est cohérent avec une lecture synoptique de la macrobiote édiacarien. Ces estimations sont robustes aux changements de priors et sont obtenues avec ou sans l'inclusion d'un point de calibration maximal dérivé de la paléontologie. Par conséquent, les deux registres historiques de la vie suggèrent tous deux que, bien que le berceau des Métazoaires se situe dans le Cryogénien et malgré l'explosion écologique qui se produit au Cambrien, c'est l'émergence des taxons bilatériens à l'Édiacarien qui fixe le tempo et le mode de la macroévolution pour le reste du temps géologique.

@article{doi101098rstb20072233,
    author = "Peterson, Kevin J. et Cotton, James A. et Gehlîng, James G. et Pisani, Davide",
    title = "L'émergence des bilatériens à l'Édiacarien : concordance entre le registre génétique et le registre fossile géologique",
    year = "2008",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Élucider le calendrier de la radiation des métazoaires est crucial pour comprendre les processus macroévolutifs associés à l'explosion cambrienne. Étant donné que les estimations des temps de divergence des métazoaires dérivés des horloges moléculaires varient de très récents (Édiacarien) à très anciens (Mésoprotérozoïque), il a été difficile de déterminer s'il existe une concordance ou une discordance très marquée entre le registre génétique et le registre fossile géologique. Ici, nous montrons, en utilisant une variété de méthodes d'horloges moléculaires, que la majeure impulsion des temps de divergence des métazoaires s'est produite durant l'Édiacarien, ce qui est cohérent avec une lecture synoptique de la macrobiote édiacarien. Ces estimations sont robustes aux changements de priors et sont obtenues avec ou sans l'inclusion d'un point de calibration maximal dérivé de la paléontologie. Par conséquent, les deux registres historiques de la vie suggèrent tous deux que, bien que le berceau des Métazoaires se situe dans le Cryogénien et malgré l'explosion écologique qui se produit au Cambrien, c'est l'émergence des taxons bilatériens à l'Édiacarien qui fixe le tempo et le mode de la macroévolution pour le reste du temps géologique.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.2007.2233",
    doi = "10.1098/rstb.2007.2233",
    openalex = "W2102985891",
    references = "doi10108000241160500409223, doi101093molbevmsi225, doi101098rspb20063761, doi101098rstb20061846, doi101111j14754983200700692x, doi1023073515363"
}

Les assemblages de morts provenant de milieux marins marginaux contemporains creusés dans des dépôts de coquilles anciens sont composés de coquilles fossiles exhumées par les courants ou les marées et de coquilles issues de populations vivantes. Une meilleure compréhension du biais produit par un tel processus de mélange intéresse les études qui utilisent les assemblages de morts modernes comme analogues de habitats passés similaires. Afin d'évaluer l'ampleur du remaniement et de la redépôt de coquilles fossiles dans les environnements modernes, une étude taxonomique (composition, abondance et richesse) et taphonomique (taphofacies) a été menée dans la lagune côtière de Mar Chiquita, en Argentine (37°40′S, 57°20′W). La nature et l'étendue du remaniement ont été explorées le long d'un gradient d'énergie des marées, de la zone externe à la zone interne de la lagune côtière. Les résultats indiquent que les assemblages de morts modernes dans la lagune sont composés principalement de coquilles fossiles (Holocène tardif) remaniées et que le remaniement varie le long d'un gradient d'énergie des marées, étant plus élevé dans la zone externe de la lagune côtière, où l'action des marées est plus significative. Le mélange temporel dans la lagune côtière semble être associé à une condensation (remanié) plutôt qu'à un mélange subtil de coquilles, comme cela se produit dans les dépôts moyennés dans le temps. Ce processus de remaniement conduit à une abondance de coquilles anciennes dans les assemblages de morts modernes, ce qui a des conséquences négatives pour leur utilisation comme analogues modernes de lagunes passées. Les études multidisciplinaires impliquant divers indicateurs biologiques doivent prendre en compte ce type de biais afin d'éviter des inférences erronées sur l'évolution quaternaire des lagunes côtières.

@article{doi102110palo2006p06124r,
    author = "Francesco, Claudio G. De et Hassan, Gabriela S.",
    title = "DOMINANCE OF REWORKED FOSSIL SHELLS IN MODERN ESTUARINE ENVIRONMENTS: IMPLICATIONS FOR PALEOENVIRONMENTAL RECONSTRUCTIONS BASED ON BIOLOGICAL REMAINS",
    year = "2008",
    journal = "Palaios",
    abstract = "Les assemblages de morts provenant de milieux marins marginaux contemporains creusés dans des dépôts de coquilles anciens sont composés de coquilles fossiles exhumées par les courants ou les marées et de coquilles issues de populations vivantes. Une meilleure compréhension du biais produit par un tel processus de mélange intéresse les études qui utilisent les assemblages de morts modernes comme analogues de habitats passés similaires. Afin d'évaluer l'ampleur du remaniement et de la redépôt de coquilles fossiles dans les environnements modernes, une étude taxonomique (composition, abondance et richesse) et taphonomique (taphofacies) a été menée dans la lagune côtière de Mar Chiquita, en Argentine (37°40′S, 57°20′W). La nature et l'étendue du remaniement ont été explorées le long d'un gradient d'énergie des marées, de la zone externe à la zone interne de la lagune côtière. Les résultats indiquent que les assemblages de morts modernes dans la lagune sont composés principalement de coquilles fossiles (Holocène tardif) remaniées et que le remaniement varie le long d'un gradient d'énergie des marées, étant plus élevé dans la zone externe de la lagune côtière, où l'action des marées est plus significative. Le mélange temporel dans la lagune côtière semble être associé à une condensation (remanié) plutôt qu'à un mélange subtil de coquilles, comme cela se produit dans les dépôts moyennés dans le temps. Ce processus de remaniement conduit à une abondance de coquilles anciennes dans les assemblages de morts modernes, ce qui a des conséquences négatives pour leur utilisation comme analogues modernes de lagunes passées. Les études multidisciplinaires impliquant divers indicateurs biologiques doivent prendre en compte ce type de biais afin d'éviter des inférences erronées sur l'évolution quaternaire des lagunes côtières.",
    url = "https://doi.org/10.2110/palo.2006.p06-124r",
    doi = "10.2110/palo.2006.p06-124r",
    openalex = "W2145345219",
    references = "doi101016001669959180043y, doi101016s001282520300014x"
}

@article{doi101038nature07673,
    author = "Love, Gordon D. et Grosjean, Emmanuelle et Stalvies, Charlotte et Fike, David A. et Grotzinger, J. P. et Bradley, Alexander S. et Kelly, Amy E. et Bhatia, Maya P. et Meredith, William et Snape, Colin E. et Bowring, Samuel A. et Condon, Daniel J. et Summons, Roger E.",
    title = "Les stéroïdes fossiles enregistrent l'apparition des Démospongiae durant la période Cryogénienne",
    year = "2009",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature07673",
    doi = "10.1038/nature07673",
    openalex = "W2016049452",
    references = "doi1010160146638086900896, doi101016s0301926899000728, doi10103835318, doi101038nature05345, doi101038nature05682, doi101073pnas0708336105, doi101126science1107765, doi1011300091761320030310431eocana20co2, doi101130b256301, doi10247510200701"
}

Cette étude porte sur la formation, la taphonomie et la conservation des empreintes humaines dans les tapis microbiens des environnements de marée actuels. En raison des différences de teneur en eau et de nature des tapis microbiens et du sédiment sous-jacent, une large gamme de morphologies d'empreintes a été produite par le même traceur. La plupart des empreintes réelles sont soumises à des modifications dues aux processus taphonomiques, conduisant à des empreintes réelles modifiées. En plus de la formation de biolaminites, les tapis microbiens jouent un rôle majeur dans la conservation des empreintes sur les marais. Une empreinte peut être consolidée par dessiccation ou lithification du tapis, ou par une croissance continue du tapis. Ce dernier processus peut entraîner la formation de sur-empreintes. Parmi les empreintes consolidées ou (partiellement) lithifiées trouvées sur les marais actuels, les empreintes réelles mal définies, les empreintes réelles modifiées et les sur-empreintes ont été les plus fréquemment rencontrées, tandis que les empreintes réelles non modifiées et bien définies sont plutôt rares. Nous suggérons que les empreintes réelles modifiées et les sur-empreintes constituent un pourcentage important des empreintes fossiles et qu'elles peuvent être aussi courantes que les sous-empreintes. Cependant, établir des distinctions sans ambiguïté entre les empreintes réelles mal définies, les empreintes réelles modifiées, les sous-empreintes et les sur-empreintes dans le registre fossile restera une tâche difficile, ce qui nécessite une excavation systématique des empreintes combinée à une analyse minutieuse du sédiment les entourant.

@article{doi10108010420940802471027,
    author = "Marty, Daniel et Strasser, André et Meyer, Christian A.",
    title = "Formation et taphonomie des empreintes humaines dans les tapis microbiens des environnements de marée actuels : implications pour l'étude des empreintes fossiles",
    year = "2009",
    journal = "Ichnos/Ichnos : une revue internationale sur les traces végétales et animales",
    abstract = "Cette étude porte sur la formation, la taphonomie et la conservation des empreintes humaines dans les tapis microbiens des environnements de marée actuels. En raison des différences de teneur en eau et de nature des tapis microbiens et du sédiment sous-jacent, une large gamme de morphologies d'empreintes a été produite par le même traceur. La plupart des empreintes réelles sont soumises à des modifications dues aux processus taphonomiques, conduisant à des empreintes réelles modifiées. En plus de la formation de biolaminites, les tapis microbiens jouent un rôle majeur dans la conservation des empreintes sur les marais. Une empreinte peut être consolidée par dessiccation ou lithification du tapis, ou par une croissance continue du tapis. Ce dernier processus peut entraîner la formation de sur-empreintes. Parmi les empreintes consolidées ou (partiellement) lithifiées trouvées sur les marais actuels, les empreintes réelles mal définies, les empreintes réelles modifiées et les sur-empreintes ont été les plus fréquemment rencontrées, tandis que les empreintes réelles non modifiées et bien définies sont plutôt rares. Nous suggérons que les empreintes réelles modifiées et les sur-empreintes constituent un pourcentage important des empreintes fossiles et qu'elles peuvent être aussi courantes que les sous-empreintes. Cependant, établir des distinctions sans ambiguïté entre les empreintes réelles mal définies, les empreintes réelles modifiées, les sous-empreintes et les sur-empreintes dans le registre fossile restera une tâche difficile, ce qui nécessite une excavation systématique des empreintes combinée à une analyse minutieuse du sédiment les entourant.",
    url = "https://doi.org/10.1080/10420940802471027",
    doi = "10.1080/10420940802471027",
    openalex = "W2103008101",
    references = "doi1010079789400904095, doi101016jtim200507008, doi10103820167, doi101046j13653091200000284x, doi101111j13653091200400649x, doi101144gslsp20042280106, doi1023073514674, doi1023073514964, doi1023073514973, doi105860choice273305, doi105860choice295709, doi105860choice332752, doi105860choice393984, doi107312lock90868, openalexw114509570, openalexw39955589, openalexw603337959"
}

@article{doi101038nature08745,
    author = "Sansom, Robert S. et Gabbott, Sarah E. et Purnell, Mark A.",
    title = "Non-random decay of chordate characters causes bias in fossil interpretation",
    year = "2010",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature08745",
    doi = "10.1038/nature08745",
    openalex = "W1980460712",
    references = "briggs2003the, doi101016jtree200504008, doi101016s0016703799000873, doi101017s0094837300009994, doi101038nature04336, doi101093icb431166, doi1010970000044619570500000033, doi101098rstb20072246, doi101111j146364091997tb00412x, doi101130g24961a1, doi101666061301"
}

@article{doi101038ngeo934,
    author = "Maloof, Adam C. et Rose, Catherine et Beach, Robert et Samuels, Bradley M. et Calmet, Claire et Erwin, Douglas H. et Poirier, Gerald et Yao, Nan et Simons, Frederik J.",
    title = "Possible animal-body fossils in pre-Marinoan limestones from South Australia",
    year = "2010",
    journal = "Nature Geoscience",
    url = "https://doi.org/10.1038/ngeo934",
    doi = "10.1038/ngeo934",
    openalex = "W2105844326",
    references = "briggs2003the, doi10103835318, doi101038nature07673, doi101046j13653091200000003x, doi101126science1107765, doi101128jb17320655865671991, doi101130b256301, doi101130g205191, openalexw2183707334, openalexw2912219260"
}

Cet article, Fossiles de macro-organismes de l'Édiacarien, signale une nouvelle découverte de fossiles de macro-organismes tridimensionnels bien conservés de la période Édiacarienne dans la province centrale du YunNan, en République populaire de Chine. Ces fossiles de macro-organismes permettront une exploration plus détaillée et approfondie de l'évolution des macro-organismes multicellulaires sur cette planète, alors que par le passé, les recherches ne pouvaient reposer que sur des fossiles moulés ou des empreintes.

@article{huang2010ediacaran,
    author = "Huang, Timothy et Shaw, Jei-Fu et Zheng, Liang et Huang, Chun-Lan et Chang, YiLung et Yang, ChuanWei",
    title = "Fossiles de macro-organismes de l'Édiacarien",
    year = "2010",
    journal = "Nature Precedings",
    abstract = "Cet article, Fossiles de macro-organismes de l'Édiacarien, signale une nouvelle découverte de fossiles de macro-organismes tridimensionnels bien conservés de la période Édiacarienne dans la province centrale du YunNan, en République populaire de Chine. Ces fossiles de macro-organismes permettront une exploration plus détaillée et approfondie de l'évolution des macro-organismes multicellulaires sur cette planète, alors que par le passé, les recherches ne pouvaient reposer que sur des fossiles moulés ou des empreintes.",
    url = "https://doi.org/10.1038/npre.2010.4423.1",
    doi = "10.1038/npre.2010.4423.1",
    openalex = "W1858398317"
}

Notre capacité à corrélérer l'évolution biologique avec le changement climatique, l'évolution géologique et d'autres modèles historiques est essentielle pour comprendre les processus qui façonnent la biodiversité. Combiner les données du registre fossile avec la phylogénétique moléculaire représente une approche synthétique passionnante pour relever ce défi. La première analyse de datation de la divergence moléculaire (Zuckerkandl et Pauling 1962) était basée sur une mesure des différences d'acides aminés dans la molécule d'hémoglobine, avec des taux de remplacement établis (étalonnés) à l'aide d'estimations d'âge paléontologiques issues de manuels (par exemple, Dodson 1960). Depuis cette époque, la quantité de données de séquences moléculaires a considérablement augmenté, offrant de nouvelles opportunités d'appliquer les approches de divergence moléculaire aux problèmes fondamentaux de la biologie évolutive.

@article{doi101093sysbiosyr107,
    author = "Parham, James F. et Donoghue, Philip C. J. et Bell, Christopher J. et Calway, Tyler et Head, Jason J. et Holroyd, Patricia A. et Inoue, Jun et Irmis, Randall B. et Joyce, Walter G. et Ksepka, Daniel T. et Patané, José Salvatore Leister et Smith, Nathan D. et Tarver, James E. et van Tuinen, Marcel et Yang, Ziheng et Angielczyk, Kenneth D. et Greenwood, Jenny M. et Hipsley, Christy A. et Jacobs, Louis L. et Makovicky, Peter J. et Müller, Johannes et Smith, Krister T. et Theodor, Jessica M. et Warnock, Rachel C. M. et Benton, Michael J.",
    title = "Best Practices for Justifying Fossil Calibrations",
    year = "2011",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Notre capacité à corrélérer l'évolution biologique avec le changement climatique, l'évolution géologique et d'autres modèles historiques est essentielle pour comprendre les processus qui façonnent la biodiversité. Combiner les données du registre fossile avec la phylogénétique moléculaire représente une approche synthétique passionnante pour relever ce défi. La première analyse de datation de la divergence moléculaire (Zuckerkandl et Pauling 1962) était basée sur une mesure des différences d'acides aminés dans la molécule d'hémoglobine, avec des taux de remplacement établis (étalonnés) à l'aide d'estimations d'âge paléontologiques issues de manuels (par exemple, Dodson 1960). Depuis cette époque, la quantité de données de séquences moléculaires a considérablement augmenté, offrant de nouvelles opportunités d'appliquer les approches de divergence moléculaire aux problèmes fondamentaux de la biologie évolutive.",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/syr107",
    doi = "10.1093/sysbio/syr107",
    openalex = "W2113525598",
    references = "doi101016jepsl200909013, doi101016jgca201006017, doi101016jtig200403007, doi101017cbo9780511536045, doi101038nature08745, doi101093molbevmsj024, doi101093molbevmsl150, doi101093oxfordjournalsmolbeva025892, doi101093sysbio3817, doi101111j00310239200300301x, doi101111j14698137201103794x, doi101126science1101012, doi101126science13334591105, doi1012060003009020073021taoeoa20co2, doi101371journalpbio0040088, doi101371journalpone0009329, doi1023072992432, doi104095215638, openalexw1535663436, openalexw2989049194, openalexw592572837"
}

Dans ce catalogue, nous tentons de rassembler tous les registres fossiles de Lépidoptères décrits formellement ou informellement dans la littérature mondiale. Un total de 667 registres concernant au moins 4 568 spécimens ont été compilés. Ils incluent des descriptions de 131 genres fossiles et 229 espèces fossiles, ainsi que de 72 genres actuels et 21 espèces actuelles auxquels certains de ces fossiles appartiennent supposément ou présentent une similitude superficielle. Des noms de remplacement pour deux genres fossiles sont proposés pour éviter l'homonymie : Baltopsyche Sohn, gen. nov. pour Palaeopsyche Sobczyk et Kobbert, 2009 et Netoxena Sohn, gen. nov. pour Xena Martins-Neto, 1999. De nouvelles combinaisons génériques sont proposées pour : Tortrix? destructus Cockerell, 1916, Tortrix florissantanus Cockerell, 1907, et Tortrix sp. sensu Gravenhorst (1835), les trois vers Tortricites Kozlov, 1988 ; Pterophorus oligocenicus Bigot, Nel et Nel, 1986, vers Merrifieldia Tutt, 1905 ; Aporia sp. sensu Branscheid (1969) vers Pierites Heer, 1849 ; Noctua spp. sensu Hope (1836) et Lomnicki (1894), tous deux vers Noctuites Heer, 1849. Onze noms improprement proposés pour des fossiles lépidoptères sont invalidés : Baltonides roeselliformis Skalski in Kosmowska-Ceranowicz et Popiolek, 1981 ; Baltodines Kupryjanowicz, 2001 ; Barbarothea Scudder, 1890 ; Lepidopterites Piton, 1936 ; Palaeozygaena Reiss, 1936 ; Psamateia calipsa Martins-Neto, 2002 ; Saxibatinca meyi Skalski in Kristensen et Skalski, 1998 ; Spatalistiforma submerga Skalski, 1976 ; Thanatites juvenalis Scudder, 1875 ; Tortricibaltia diakonoffi Skalski, 1976 ; et Zygaenites Reiss, 1936. Une désignation de type subséquente inutile pour Pierites Heer, 1849, est discutée. Un total de 129 registres incluent des fossiles lépidoptères qui ne peuvent être placés dans aucun rang taxonomique. Il existe également au moins 25 registres fossiles qui manquent de toute preuve de l'association lépidoptère supposée. Les spécimens mal identifiés, y compris 18 genres fossiles, 29 espèces fossiles et 12 fossiles non nommés, sont exclus des Lépidoptères. Tous les fossiles lépidoptères connus sont annotés par type de fossile, dépôt de spécimen, localité d'excavation, association avec des plantes lorsqu'elle est présente, et âge géologique. Une liste bibliographique des fossiles lépidoptères est fournie.

@article{doi1011646zootaxa328611,
    author = "Sohn, Jae‐Cheon et Labandeira, Conrad C. et Davis, Donald S. et Mitter, Charles",
    title = "Annotated catalog of fossil and subfossil Lepidoptera (Insecta: Holometabola) of the world",
    year = "2012",
    journal = "Zootaxa",
    abstract = "Dans ce catalogue, nous tentons de rassembler tous les registres fossiles de Lépidoptères décrits formellement ou informellement dans la littérature mondiale. Un total de 667 registres concernant au moins 4 568 spécimens ont été compilés. Ils incluent des descriptions de 131 genres fossiles et 229 espèces fossiles, ainsi que de 72 genres actuels et 21 espèces actuelles auxquels certains de ces fossiles appartiennent supposément ou présentent une similitude superficielle. Des noms de remplacement pour deux genres fossiles sont proposés pour éviter l'homonymie : Baltopsyche Sohn, gen. nov. pour Palaeopsyche Sobczyk et Kobbert, 2009 et Netoxena Sohn, gen. nov. pour Xena Martins-Neto, 1999. De nouvelles combinaisons génériques sont proposées pour : Tortrix? destructus Cockerell, 1916, Tortrix florissantanus Cockerell, 1907, et Tortrix sp. sensu Gravenhorst (1835), les trois vers Tortricites Kozlov, 1988 ; Pterophorus oligocenicus Bigot, Nel et Nel, 1986, vers Merrifieldia Tutt, 1905 ; Aporia sp. sensu Branscheid (1969) vers Pierites Heer, 1849 ; Noctua spp. sensu Hope (1836) et Lomnicki (1894), tous deux vers Noctuites Heer, 1849. Onze noms improprement proposés pour des fossiles lépidoptères sont invalidés : Baltonides roeselliformis Skalski in Kosmowska-Ceranowicz et Popiolek, 1981 ; Baltodines Kupryjanowicz, 2001 ; Barbarothea Scudder, 1890 ; Lepidopterites Piton, 1936 ; Palaeozygaena Reiss, 1936 ; Psamateia calipsa Martins-Neto, 2002 ; Saxibatinca meyi Skalski in Kristensen et Skalski, 1998 ; Spatalistiforma submerga Skalski, 1976 ; Thanatites juvenalis Scudder, 1875 ; Tortricibaltia diakonoffi Skalski, 1976 ; et Zygaenites Reiss, 1936. Une désignation de type subséquente inutile pour Pierites Heer, 1849, est discutée. Un total de 129 registres incluent des fossiles lépidoptères qui ne peuvent être placés dans aucun rang taxonomique. Il existe également au moins 25 registres fossiles qui manquent de toute preuve de l'association lépidoptère supposée. Les spécimens mal identifiés, y compris 18 genres fossiles, 29 espèces fossiles et 12 fossiles non nommés, sont exclus des Lépidoptères. Tous les fossiles lépidoptères connus sont annotés par type de fossile, dépôt de spécimen, localité d'excavation, association avec des plantes lorsqu'elle est présente, et âge géologique. Une liste bibliographique des fossiles lépidoptères est fournie.",
    url = "https://doi.org/10.11646/zootaxa.3286.1.1",
    doi = "10.11646/zootaxa.3286.1.1",
    openalex = "W2131352892",
    references = "doi101016s0031018203006436, doi101071zo9550654, doi103133b71, openalexw3168794770"
}

@incollection{schmierer2013anoxia,
    author = "Schmierer, Bernhard",
    title = "Anoxie",
    year = "2013",
    booktitle = "Encyclopedia of Systems Biology",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-1-4419-9863-7\_772",
    doi = "10.1007/978-1-4419-9863-7\_772",
    pages = "29-29"
}

@article{doi101016jpalaeo201410013,
    author = "Muscente, A.D. et Hawkins, Andrew D. et Xiao, Shuhai",
    title = "Préservation des fossiles par phosphatisation et silicification dans la Formation doushantuo d'Édiacarien (Chine du Sud) : une synthèse comparative",
    year = "2014",
    journal = "Palaeogeography Palaeoclimatology Palaeoecology",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.palaeo.2014.10.013",
    doi = "10.1016/j.palaeo.2014.10.013",
    openalex = "W2040544606",
    references = "briggs1996the, doi101098rstb19850139, doi10166613009, doi102517prpsj771"
}

Le phylum Ascomycota est de loin le plus grand groupe du règne fongique. Des associations mutualistes écologiquement importantes telles que les mycorhizes et les lichens se sont développées dans ce groupe, qui sont considérés comme des innovations clés ayant soutenu l'évolution des plantes terrestres. Seules quelques tentatives ont été faites pour dater l'origine des lignées d'Ascomycota en utilisant des méthodes d'horloge moléculaire, ce qui est principalement dû au manque de données de calibration fossile satisfaisantes. Pour cette raison, nous avons évalué tous les fossiles d'ascomycètes les plus anciens disponibles provenant d'ambre (Albien au Miocène) et de chert (Dévonien et Maastrichtien). Les fossiles représentent cinq classes majeures d'ascomycètes (Coniocybomycetes, Dothideomycetes, Eurotiomycetes, Laboulbeniomycetes et Lecanoromycetes). Nous avons assemblé un ensemble de données multi-gènes (18SrDNA, 28SrDNA, RPB1 et RPB2) provenant d'un total de 145 taxons représentant la plupart des groupes des Ascomycota et utilisé des points de calibration fossile uniquement au sein des ascomycètes pour estimer les temps de divergence des lignées d'Ascomycota avec une approche bayésienne. Nos résultats suggèrent une diversification initiale des Pezizomycotina au cours de l'Ordovicien, suivie de splits répétés de lignées tout au long du Phanérozoïque, et indiquent que cette diversification continue n'a pas été affectée par les extinctions de masse. Nous suggérons que la diversité écologique au sein de chaque lignée a assuré qu'au moins certains taxons de chaque groupe aient pu survivre aux crises globales et se rétablir rapidement.

@article{doi101016jympev201404024,
    author = "Beimforde, Christina et Feldberg, Kathrin et Nylinder, Stephan et Rikkinen, Jouko et Tuovila, Hanna et Dörfelt, Heinrich et Gube, Matthias et Jackson, Daniel J. et Reitner, Joachim et Seyfullah, Leyla J. et Schmidt, Alexander R.",
    title = "Estimating the Phanerozoic history of the Ascomycota lineages: Combining fossil and molecular data",
    year = "2014",
    journal = "Molecular Phylogenetics and Evolution",
    abstract = "Le phylum Ascomycota est de loin le plus grand groupe du règne fongique. Des associations mutualistes écologiquement importantes telles que les mycorhizes et les lichens se sont développées dans ce groupe, qui sont considérés comme des innovations clés ayant soutenu l'évolution des plantes terrestres. Seules quelques tentatives ont été faites pour dater l'origine des lignées d'Ascomycota en utilisant des méthodes d'horloge moléculaire, ce qui est principalement dû au manque de données de calibration fossile satisfaisantes. Pour cette raison, nous avons évalué tous les fossiles d'ascomycètes les plus anciens disponibles provenant d'ambre (Albien au Miocène) et de chert (Dévonien et Maastrichtien). Les fossiles représentent cinq classes majeures d'ascomycètes (Coniocybomycetes, Dothideomycetes, Eurotiomycetes, Laboulbeniomycetes et Lecanoromycetes). Nous avons assemblé un ensemble de données multi-gènes (18SrDNA, 28SrDNA, RPB1 et RPB2) provenant d'un total de 145 taxons représentant la plupart des groupes des Ascomycota et utilisé des points de calibration fossile uniquement au sein des ascomycètes pour estimer les temps de divergence des lignées d'Ascomycota avec une approche bayésienne. Nos résultats suggèrent une diversification initiale des Pezizomycotina au cours de l'Ordovicien, suivie de splits répétés de lignées tout au long du Phanérozoïque, et indiquent que cette diversification continue n'a pas été affectée par les extinctions de masse. Nous suggérons que la diversité écologique au sein de chaque lignée a assuré qu'au moins certains taxons de chaque groupe aient pu survivre aux crises globales et se rétablir rapidement.",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ympev.2014.04.024",
    doi = "10.1016/j.ympev.2014.04.024",
    openalex = "W2076419712",
    references = "doi101016s0031018203006436, doi101144sp3396"
}

@article{doi101038ncomms6754,
    author = "Schiffbauer, James D. et Xiao, Shuhai et Cai, Yaoping et Wallace, Adam F. et Hua, Hong et Hunter, Jerry et Xu, Huifang et Peng, Yongbo et Kaufman, Alan J.",
    title = "A unifying model for Neoproterozoic–Palaeozoic exceptional fossil preservation through pyritization and carbonaceous compression",
    year = "2014",
    journal = "Nature Communications",
    url = "https://doi.org/10.1038/ncomms6754",
    doi = "10.1038/ncomms6754",
    openalex = "W2090998939",
    references = "doi101016jpalaeo201202009, doi101038nature09038, doi101073pnas1111784109, doi101130g206401, doi101130g24961a1, doi101130g319691"
}

Vingt fossiles candidats prétendant être le représentant le plus ancien du Phylum Porifera ont été réanalysés. Trois critères sont utilisés pour évaluer chaque candidat : (i) les critères diagnostiques nécessaires pour catégoriser les éponges dans le registre fossile ; (ii) la présence, ou l'absence, de ces caractéristiques diagnostiques dans les fossiles porifères supposés ; et (iii) les contraintes de datation pour les fossiles candidats. Les trois critères sont essentiels à l'interprétation correcte de tout fossile et à sa placement dans un contexte évolutif. Notre analyse montre qu'aucun fossile candidat du Précambrien ne satisfait encore les trois critères pour être un fossile d'éponge fiable. Le candidat le plus ancien largement accepté, les hexacts en silice mongoliens d'environ 545 millions d'années (Ma), sont ici montrés être des cristaux d'arséniopyrite cruciformes. Les restes d'éponges les plus anciens fiables sont des spicules siliceux de la Formation de Soltanieh du Cambrien basal (Zone Protohertzina anabarica), en Iran, qui sont décrits et analysés ici en détail pour la première fois. De vastes récifs d'éponges archéocyathes émergent et se radiolissent aussi tard que le milieu de l'étage Fortunien du Cambrien et démontrent une assemblage progressif de leur structure squelettique au cours de cette période, coïncidant avec l'évolution d'autres groupes métazoaires. Puisque les Porifera sont basaux dans les Metazoa, leur présence dans le Protérozoïque tardif a été largement anticipée. La calibration de l'horloge moléculaire pour les Porifera et Metazoa les plus anciens devrait maintenant être basée sur le matériel hexactinellide iranien daté d'environ 535 Ma. Les restes de fossiles d'éponges les plus convaincants sont apparus vers le temps de la limite Précambrien-Cambrien, associés aux grands événements de radiation de cet intervalle.

@article{doi101111brv12090,
    author = "Antcliffe, Jonathan B. and Callow, Richard H. T. and Brasier, Martin D.",
    title = "Giving the early fossil record of sponges a squeeze",
    year = "2014",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society",
    abstract = "Twenty candidate fossils with claim to be the oldest representative of the Phylum Porifera have been re-analysed. Three criteria are used to assess each candidate: (i) the diagnostic criteria needed to categorize sponges in the fossil record; (ii) the presence, or absence, of such diagnostic features in the putative poriferan fossils; and (iii) the age constraints for the candidate fossils. All three criteria are critical to the correct interpretation of any fossil and its placement within an evolutionary context. Our analysis shows that no Precambrian fossil candidate yet satisfies all three of these criteria to be a reliable sponge fossil. The oldest widely accepted candidate, Mongolian silica hexacts from c. 545 million years ago (Ma), are here shown to be cruciform arsenopyrite crystals. The oldest reliable sponge remains are siliceous spicules from the basal Cambrian (Protohertzina anabarica Zone) Soltanieh Formation, Iran, which are described and analysed here in detail for the first time. Extensive archaeocyathan sponge reefs emerge and radiate as late as the middle of the Fortunian Stage of the Cambrian and demonstrate a gradual assembly of their skeletal structure through this time coincident with the evolution of other metazoan groups. Since the Porifera are basal in the Metazoa, their presence within the late Proterozoic has been widely anticipated. Molecular clock calibration for the earliest Porifera and Metazoa should now be based on the Iranian hexactinellid material dated to c. 535 Ma. The earliest convincing fossil sponge remains appeared at around the time of the Precambrian-Cambrian boundary, associated with the great radiation events of that interval.",
    url = "https://doi.org/10.1111/brv.12090",
    doi = "10.1111/brv.12090",
    openalex = "W2130095841",
    references = "brasier1987microfossils, doi10100797814615074751, doi10100797814899242787, doi101016003192018990263x, doi101016jcub200902052, doi101016jearscirev201303008, doi101016jpalaeo200401022, doi101017s0016756811000720, doi101038416076a, doi101038nature07673, doi101038nature08745, doi101038nature09166, doi10109900207713522297, doi101111j1469185x1999tb00046x, doi101111j14724669201000246x, doi101126science1107765, doi101126science1169514, doi101126science1206375, doi101130b256301, doi101371journalpbio1000602, tiwari1999organicwalled"
}

De nouvelles approches analytiques et des découvertes récentes exigent une réflexion nouvelle sur le registre fossile précoce. Le chert de Gunflint de 1,88 Ga constitue un repère important pour l'analyse de la préservation des fossiles anciens. Une analyse à haute résolution de Gunflintia montre que la microtaphonomie peut aider à résoudre des questions paléobiologiques anciennes. Des reconstructions 3D à l'échelle nanométrique inédites du fossile complexe le plus ancien, Eosphaera, révèlent des caractéristiques jusqu'ici inégalées chez tout microbe du groupe couronne. Bien qu'Eosphaera puisse préserver un consortium symbiotique, une conclusion plus forte est que l'espace morphologique multicellulaire a été occupé différemment au Paléoprotérozoïque. Le chert d'Apex de 3,46 Ga constitue un terrain d'essai pour les affirmations de biogenèse de structures cellulaires. La cartographie combinée à la micro-usinage par faisceau d'ions focalisés et les données de microscopie électronique en transmission démontrent que les taxons ressemblant à des microfossiles, y compris des espèces d'Archaeoscillatoriopsis et Primaevifilum, sont des pseudofossiles formés à partir de grains de phyllosilicate vermiformes lors d'événements d'altération hydrothermale. La formation de Strelley Pool de 3,43 Ga montre que des candidats plausibles à des fossiles précoces apparaissent dans des contextes environnementaux inattendus. Nos données révèlent comment des amas cellulaires de coccoides inattendument grands et d'enveloppes tubulaires semblables à des gaines ont été piégés entre des grains de sable et enterrés dans des revêtements de ciment siliceux de beach-rock de type stalactite. Ces fossiles proviennent du dépôt de rivage le plus ancien connu de la Terre, allant des zones intertidales aux zones supratidales, accumulé sous des conditions aérées mais pauvres en oxygène.

@article{doi101073pnas1405338111,
    author = "Brasier, Martin D. et Antcliffe, Jonathan B. et Saunders, Martin et Wacey, David",
    title = "Changer la représentation des plus anciens fossiles de la Terre (3,5–1,9 Ga) grâce à de nouvelles approches et de nouvelles découvertes",
    year = "2015",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "De nouvelles approches analytiques et des découvertes récentes exigent une réflexion nouvelle sur le registre fossile précoce. Le chert de Gunflint de 1,88 Ga constitue un repère important pour l'analyse de la préservation des fossiles anciens. Une analyse à haute résolution de Gunflintia montre que la microtaphonomie peut aider à résoudre des questions paléobiologiques anciennes. Des reconstructions 3D à l'échelle nanométrique inédites du fossile complexe le plus ancien, Eosphaera, révèlent des caractéristiques jusqu'ici inégalées chez tout microbe du groupe couronne. Bien qu'Eosphaera puisse préserver un consortium symbiotique, une conclusion plus forte est que l'espace morphologique multicellulaire a été occupé différemment au Paléoprotérozoïque. Le chert d'Apex de 3,46 Ga constitue un terrain d'essai pour les affirmations de biogenèse de structures cellulaires. La cartographie combinée à la micro-usinage par faisceau d'ions focalisés et les données de microscopie électronique en transmission démontrent que les taxons ressemblant à des microfossiles, y compris des espèces d'Archaeoscillatoriopsis et Primaevifilum, sont des pseudofossiles formés à partir de grains de phyllosilicate vermiformes lors d'événements d'altération hydrothermale. La formation de Strelley Pool de 3,43 Ga montre que des candidats plausibles à des fossiles précoces apparaissent dans des contextes environnementaux inattendus. Nos données révèlent comment des amas cellulaires de coccoides inattendument grands et d'enveloppes tubulaires semblables à des gaines ont été piégés entre des grains de sable et enterrés dans des revêtements de ciment siliceux de beach-rock de type stalactite. Ces fossiles proviennent du dépôt de rivage le plus ancien connu de la Terre, allant des zones intertidales aux zones supratidales, accumulé sous des conditions aérées mais pauvres en oxygène.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1405338111",
    doi = "10.1073/pnas.1405338111",
    openalex = "W2075006569",
    references = "doi101038nature08745"
}

La découverte de la biote de Fezouata dans le Tremadocien terminal du sud-est du Maroc a considérablement modifié notre compréhension de la radiation phanérozoïque précoce. Le registre fossile à coquille montre un bien reconnu modèle de stase macroévolutif entre l'Explosion cambrienne et le Grand Événement de Biodiversification Ordovicienne, mais la riche biote à corps mou de Fezouata dessine un tableau évolutif différent. L'assemblage de Fezouata comprend une composante considérable de survivants cambriens aux côtés d'un nombre surprenant de taxons de groupe couronne qui étaient auparavant inconnus pour avoir évolué au début de l'Ordovicien. L'étude de la biote de Fezouata est à ses débuts, et les découvertes futures continueront d'enrichir notre vision de la dynamique de la radiation phanérozoïque précoce et de la nature du registre fossile. Matériel supplémentaire : Une liste faunale complète est disponible à http://www.geolsoc.org.uk/SUP18843.

@article{doi101144jgs2015017,
    author = "Roy, Peter Van et Briggs, Derek E. G. et Gaines, Robert R.",
    title = "Les fossiles de Fezouata au Maroc ; un registre extraordinaire de la vie marine au début de l'Ordovicien",
    year = "2015",
    journal = "Journal of the Geological Society",
    abstract = "La découverte de la biote de Fezouata dans le Tremadocien terminal du sud-est du Maroc a considérablement modifié notre compréhension de la radiation phanérozoïque précoce. Le registre fossile à coquille montre un bien reconnu modèle de stase macroévolutif entre l'Explosion cambrienne et le Grand Événement de Biodiversification Ordovicienne, mais la riche biote à corps mou de Fezouata dessine un tableau évolutif différent. L'assemblage de Fezouata comprend une composante considérable de survivants cambriens aux côtés d'un nombre surprenant de taxons de groupe couronne qui étaient auparavant inconnus pour avoir évolué au début de l'Ordovicien. L'étude de la biote de Fezouata est à ses débuts, et les découvertes futures continueront d'enrichir notre vision de la dynamique de la radiation phanérozoïque précoce et de la nature du registre fossile. Matériel supplémentaire : Une liste faunale complète est disponible à http://www.geolsoc.org.uk/SUP18843.",
    url = "https://doi.org/10.1144/jgs2015-017",
    doi = "10.1144/jgs2015-017",
    openalex = "W2124526279",
    references = "doi10100797894017960024, doi101016jpalaeo201005031, doi101017s0022336000027773, doi101017s0025315400028575, doi101017s0094837300006539, doi101017s0094837300008186, doi101038122881a0, doi101038nature09038, doi101038nature13010, doi101038nature13414, doi101038nature14256, doi101038ncomms4210, doi101073pnas1111784109, doi101093icb431166, doi101098rstb19810007, doi101111brv12168, doi101126science1169514, doi101130g206401, doi101130g24961a1, doi105962bhltitle50608, doi105962bhltitle82327, doi107312webb12678"
}

@incollection{yeghiazarians2015anoxia,
    author = "Yeghiazarians, Yerem et Harris, Adrian L. et Ameri, Kurosh",
    title = "Anoxie",
    year = "2015",
    booktitle = "Encyclopedia of Cancer",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-662-46875-3\_292",
    doi = "10.1007/978-3-662-46875-3\_292",
    pages = "249-258"
}

L'émergence évolutive des animaux est l'un des épisodes les plus significatifs de l'histoire de la vie, mais son timing reste mal contraint. Les horloges moléculaires estiment que les animaux sont apparus et ont commencé à se diversifier il y a plus de 100 millions d'années avant les premières preuves fossiles définitives de métazoaires au Cambrien. Cependant, un examen plus approfondi révèle que les estimations des horloges et le registre fossile sont moins divergents qu'il n'est souvent prétendu. Les analyses modernes des horloges ne prédisent pas la présence des représentants couronne de la plupart des phylums animaux au Néoprotérozoïque. De plus, malgré les défis posés par une préservation incomplète, une pénurie de caractères informatifs phylogénétiquement et des attentes incertaines concernant l'anatomie des premiers animaux, un certain nombre de fossiles du Néoprotérozoïque peuvent raisonnablement être interprétés comme des métazoaires. Un écart considérable subsiste, mais une grande partie de celui-ci peut être expliquée par le potentiel de préservation limité des premiers métazoaires et les difficultés associées à leur identification dans le registre fossile. Une évaluation critique des deux registres pourrait permettre une meilleure résolution du rythme et du mode de l'évolution précoce des animaux.

@article{doi101002bies201600120,
    author = "Cunningham, John A. and Liu, Alexander and Bengtson, Stefan and Donoghue, Philip C. J.",
    title = "The origin of animals: Can molecular clocks and the fossil record be reconciled?",
    year = "2016",
    journal = "BioEssays",
    abstract = "L'émergence évolutive des animaux est l'un des épisodes les plus significatifs de l'histoire de la vie, mais son timing reste mal contraint. Les horloges moléculaires estiment que les animaux sont apparus et ont commencé à se diversifier il y a plus de 100 millions d'années avant les premières preuves fossiles définitives de métazoaires au Cambrien. Cependant, un examen plus approfondi révèle que les estimations des horloges et le registre fossile sont moins divergents qu'il n'est souvent prétendu. Les analyses modernes des horloges ne prédisent pas la présence des représentants couronne de la plupart des phylums animaux au Néoprotérozoïque. De plus, malgré les défis posés par une préservation incomplète, une pénurie de caractères informatifs phylogénétiquement et des attentes incertaines concernant l'anatomie des premiers animaux, un certain nombre de fossiles du Néoprotérozoïque peuvent raisonnablement être interprétés comme des métazoaires. Un écart considérable subsiste, mais une grande partie de celui-ci peut être expliquée par le potentiel de préservation limité des premiers métazoaires et les difficultés associées à leur identification dans le registre fossile. Une évaluation critique des deux registres pourrait permettre une meilleure résolution du rythme et du mode de l'évolution précoce des animaux.",
    url = "https://doi.org/10.1002/bies.201600120",
    doi = "10.1002/bies.201600120",
    openalex = "W2560365411",
    references = "doi101038nature08745, doi101038nature10969, doi101038srep14810, doi101111brv12090, doi101111gbi12165, doi101111j1469185x1999tb00046x"
}

@misc{duffus2016anoxia,
    author = "Duffus, John H. et Nordberg, Monica et Templeton, Douglas M.",
    title = "Anoxie",
    year = "2016",
    booktitle = "Normes IUPAC en ligne",
    url = "https://doi.org/10.1515/iupac.79.0820",
    doi = "10.1515/iupac.79.0820"
}

@misc{templeton2016anoxia,
    author = "Templeton, Douglas M. et Schwenk, Michael et Duffus, John H.",
    title = "Anoxia",
    year = "2016",
    booktitle = "Normes IUPAC en ligne",
    url = "https://doi.org/10.1515/iupac.87.0046",
    doi = "10.1515/iupac.87.0046"
}

Les fossiles exceptionnellement bien conservés sont le produit d'interactions complexes entre processus biologiques et géologiques, incluant l'ensevelissement, l'autolyse et la décomposition microbienne, la minéralisation authigène, la diagenèse, la métamorphose, et enfin l'érosion et l'exhumation. Déterminer quels tissus sont conservés et comment les biais affectent leurs voies de conservation est important pour interpréter les fossiles dans des cadres phylogénétiques, écologiques et évolutifs. Bien que les expériences de laboratoire sur la décomposition révèlent des aspects importants de la fossilisation, appliquer directement les résultats à l'interprétation des fossiles exceptionnellement bien conservés peut faire passer sous silence l'impact d'autres processus clés qui éliminent ou conservent les informations morphologiques. Les investigations sur les fossiles conservant des tissus non biominéralisés suggèrent que certaines structures résistantes à la décomposition (par exemple, la notochorde) sont rarement conservées (même lorsque les composants carbonés survivent), et que les structures sujettes à la décomposition (par exemple, les systèmes nerveux) peuvent se fossiliser, bien que rarement. Comme nous le révisons ici, la résistance à la décomposition est un indicateur imparfait du potentiel de fossilisation, et une série de processus biologiques et géologiques expliquent les caractéristiques conservées dans les fossiles exceptionnels.

@article{doi101002bies201700167,
    author = "Parry, Luke A. et Smithwick, Fiann M. et Nordén, Klara K. et Saitta, Evan T. et Lozano-Fernández, Jesús et Tanner, Alastair R. et Caron, Jean‐Bernard et Edgecombe, Gregory D. et Briggs, Derek E. G. et Vinther, Jakob",
    title = "Soft‐Bodied Fossils Are Not Simply Rotten Carcasses – Toward a Holistic Understanding of Exceptional Fossil Preservation",
    year = "2017",
    journal = "BioEssays",
    abstract = "Les fossiles exceptionnellement bien conservés sont le produit d'interactions complexes entre processus biologiques et géologiques, incluant l'ensevelissement, l'autolyse et la décomposition microbienne, la minéralisation authigène, la diagenèse, la métamorphose, et enfin l'érosion et l'exhumation. Déterminer quels tissus sont conservés et comment les biais affectent leurs voies de conservation est important pour interpréter les fossiles dans des cadres phylogénétiques, écologiques et évolutifs. Bien que les expériences de laboratoire sur la décomposition révèlent des aspects importants de la fossilisation, appliquer directement les résultats à l'interprétation des fossiles exceptionnellement bien conservés peut faire passer sous silence l'impact d'autres processus clés qui éliminent ou conservent les informations morphologiques. Les investigations sur les fossiles conservant des tissus non biominéralisés suggèrent que certaines structures résistantes à la décomposition (par exemple, la notochorde) sont rarement conservées (même lorsque les composants carbonés survivent), et que les structures sujettes à la décomposition (par exemple, les systèmes nerveux) peuvent se fossiliser, bien que rarement. Comme nous le révisons ici, la résistance à la décomposition est un indicateur imparfait du potentiel de fossilisation, et une série de processus biologiques et géologiques expliquent les caractéristiques conservées dans les fossiles exceptionnels.",
    url = "https://doi.org/10.1002/bies.201700167",
    doi = "10.1002/bies.201700167",
    openalex = "W2768543413",
    references = "briggs1996the, doi101016jcub201606065, doi101038nature04894, doi101038nature12520, doi101038nature13414, doi101038ncomms4210, doi101038ncomms4560, doi101038s415590160022, doi101073pnas1111784109, doi101098rspb20063761, doi101111j1469185x201200220x, doi101111pala12219, doi101130g24961a1, doi10166609147r21, doi102110palo2003p05070r"
}

@article{doi101016jgr201704020,
    author = "Muscente, A.D. et Schiffbauer, James D. et Broce, Jesse S. et Laflamme, Marc et O'Donnell, Kenneth H. et Boag, Thomas H. et Meyer, Michael et Hawkins, Andrew D. et Huntley, John Warren et McNamara, Maria E. et MacKenzie, Lindsay Ann et Stanley, George D. et Hinman, Nancy W. et Hofmann, Michaël et Xiao, Shuhai",
    title = "Assemblages de fossiles exceptionnellement bien préservés à travers le temps et l'espace géologiques",
    year = "2017",
    journal = "Gondwana Research",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.gr.2017.04.020",
    doi = "10.1016/j.gr.2017.04.020",
    openalex = "W2609095816",
    references = "briggs1996the, doi101016jgr201211004, doi101016jpalaeo201202009, doi101016s0031018203006436, doi101038nature09038, doi101073pnas1111784109, doi101126science2224620163, doi101126science28153801173, doi101130g325801, doi1016660094837320020280155lgatio20co2"
}

@misc{crossref2018anoxia,
    title = "Anoxie",
    year = "2018",
    booktitle = "The SAGE Encyclopedia of Intellectual and Developmental Disorders",
    url = "https://doi.org/10.4135/9781483392271.n30",
    doi = "10.4135/9781483392271.n30"
}

@incollection{diamond2018anoxia,
    author = "Diamond, Bruce J.",
    title = "Anoxie",
    year = "2018",
    booktitle = "Encyclopedia of Clinical Neuropsychology",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-319-56782-2\_2153-3",
    doi = "10.1007/978-3-319-56782-2\_2153-3",
    pages = "1-2"
}

@article{doi101016jearscirev201902020,
    author = "Klompmaker, Adiël A. et Kelley, Patricia H. et Chattopadhyay, Devapriya et Clements, Jeff C. et Huntley, John Warren et Kowalewski, Michał",
    title = "La prédation dans le registre fossile marin : Études, données, reconnaissance, facteurs environnementaux et comportement",
    year = "2019",
    journal = "Earth-Science Reviews",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.earscirev.2019.02.020",
    doi = "10.1016/j.earscirev.2019.02.020",
    openalex = "W2917611271",
    references = "doi101016001669959180043y, doi1010160195667182900416, doi101016jpalaeo200909010, doi101016jpalwor201104001, doi101016s001282520300014x, doi101080027246342011601714, doi101111j150239312002tb00062x, doi101111pala12042, doi101111pala12254, doi101146annureves10110179001551, doi101371journalpone0052200, morris1979the"
}

L'analyse des protéines anciennes est un domaine de recherche en plein essor. Des protéines datant du Quaternaire au Jurassique sont utilisées pour répondre à des questions concernant la phylogénie, l'évolution et l'extinction. Cependant, ces analyses sont parfois controversées et se concentrent principalement sur les grands vertébrés dans des environnements de fossilisation sédimentaires ; il existe peu d'études sur la préservation des protéines dans les fossiles dans l'ambre. Ici, nous montrons des taux de racémisation exceptionnellement lents lors d'expériences de dégradation thermique de plumes enfermées dans de la résine, par rapport aux expériences de dégradation thermique précédentes sur des coquilles d'œufs d'autruche, des squelettes de corail et des coquilles de patelle. Nous récupérons également des acides aminés à partir de deux spécimens de plumes fossiles dans l'ambre. Les compositions en acides aminés sont globalement similaires à celles des plumes dégradées, mais les concentrations sont très faibles, suggérant que beaucoup de la protéine originale a été dégradée et perdue. Des niveaux élevés de racémisation dans des acides aminés plus apolaires et lentement racémisants suggèrent que certains acides aminés étaient anciens et donc originaux. Nos résultats indiquent que l'environnement de fossilisation unique à l'intérieur de l'ambre montre un potentiel pour la récupération d'anciens acides aminés et de protéines.

@article{doi101038s41598019429389,
    author = "McCoy, Victoria E. et Gabbott, Sarah E. et Penkman, Kirsty et Collins, Matthew J. et Presslee, Samantha et Holt, J. W. et Grossman, Harrison et Wáng, Bó et Solórzano‐Kraemer, Mónica M. et Delclòs, Xavier et Peñalver, Enrique",
    title = "Acides aminés anciens provenant de plumes fossiles dans l'ambre",
    year = "2019",
    journal = "Scientific Reports",
    abstract = "L'analyse des protéines anciennes est un domaine de recherche en plein essor. Des protéines datant du Quaternaire au Jurassique sont utilisées pour répondre à des questions concernant la phylogénie, l'évolution et l'extinction. Cependant, ces analyses sont parfois controversées et se concentrent principalement sur les grands vertébrés dans des environnements de fossilisation sédimentaires ; il existe peu d'études sur la préservation des protéines dans les fossiles dans l'ambre. Ici, nous montrons des taux de racémisation exceptionnellement lents lors d'expériences de dégradation thermique de plumes enfermées dans de la résine, par rapport aux expériences de dégradation thermique précédentes sur des coquilles d'œufs d'autruche, des squelettes de corail et des coquilles de patelle. Nous récupérons également des acides aminés à partir de deux spécimens de plumes fossiles dans l'ambre. Les compositions en acides aminés sont globalement similaires à celles des plumes dégradées, mais les concentrations sont très faibles, suggérant que beaucoup de la protéine originale a été dégradée et perdue. Des niveaux élevés de racémisation dans des acides aminés plus apolaires et lentement racémisants suggèrent que certains acides aminés étaient anciens et donc originaux. Nos résultats indiquent que l'environnement de fossilisation unique à l'intérieur de l'ambre montre un potentiel pour la récupération d'anciens acides aminés et de protéines.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41598-019-42938-9",
    doi = "10.1038/s41598-019-42938-9",
    openalex = "W2941236146",
    references = "doi101016s0031018203006436, doi101038nature14249"
}

Les Lagerstätten fossiles de type Burgess Shale constituent les meilleures preuves pour décrypter les modèles biologiques et l'ampleur de l'explosion cambrienne. Ici, nous rapportons un Lagerstätte de Chine du sud, la biote de Qingjiang (environ 518 millions d'années), qui est dominée par des taxons à corps mou d'un environnement de plate-forme distale. La biote de Qingjiang se distingue par une conservation carbonée intacte de caractéristiques organiques labiles, une très forte proportion de nouveaux taxons (~53 %), et une diversité taxonomique préliminaire qui suggère qu'elle pourrait rivaliser avec les biotes de Chengjiang et de Burgess Shale. Les aspects définissant la biote de Qingjiang incluent une abondance élevée de cnidaires, incluant à la fois des formes médusoïdes et polypoïdes ; de nouveaux taxons ressemblant à des kinorhynchs existants ; et de nombreuses formes larvaires ou juvéniles. Cette composition distinctive offre des perspectives pour fournir des aperçus sur l'évolution des écosystèmes cambriens à travers les gradients environnementaux.

@article{doi101126scienceaau8800,
    author = "Fu, Dongjing et Tong, Guanghui et Dai, Tao et Liu, Wei et Yang, Yuning et Zhang, Yuan et Cui, Linhao et Li, Luoyang et Yun, Hao et Wu, Yu et Sun, Ao et Liu, Cong et Pei, Wenrui et Gaines, Robert R. et Zhang, Xingliang",
    title = "La biote de Qingjiang — Un Lagerstätte fossile de type Burgess Shale du Cambrien inférieur de la Chine du sud",
    year = "2019",
    journal = "Science",
    abstract = "Les Lagerstätten fossiles de type Burgess Shale constituent les meilleures preuves pour décrypter les modèles biologiques et l'ampleur de l'explosion cambrienne. Ici, nous rapportons un Lagerstätte de Chine du sud, la biote de Qingjiang (\textasciitilde 518 millions d'années), qui est dominée par des taxons à corps mou d'un environnement de plate-forme distale. La biote de Qingjiang se distingue par une conservation carbonée intacte de caractéristiques organiques labiles, une très forte proportion de nouveaux taxons (\textasciitilde 53 %), et une diversité taxonomique préliminaire qui suggère qu'elle pourrait rivaliser avec les biotes de Chengjiang et de Burgess Shale. Les aspects définissant la biote de Qingjiang incluent une abondance élevée de cnidaires, incluant à la fois des formes médusoïdes et polypoïdes ; de nouveaux taxons ressemblant à des kinorhynchs existants ; et de nombreuses formes larvaires ou juvéniles. Cette composition distinctive offre des perspectives pour fournir des aperçus sur l'évolution des écosystèmes cambriens à travers les gradients environnementaux.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.aau8800",
    doi = "10.1126/science.aau8800",
    openalex = "W2923733494",
    references = "doi1010029781118896372, doi101007s114340140419y, doi1010160016703795000382, doi101016b9780444594259000196, doi101016jearscirev201707017, doi101016jpalwor201510001, doi101017s108933260000276x, doi101038nature11874, doi101038ncomms4210, doi101073pnas1111784109, doi101073pnas1719962115, doi101111j14754983200700656x, doi101130g24961a1, doi101144jgs1582211, doi101144jgs2015083, doi10166612056, doi102110palo2009p09004r"
}

@misc{crossrefNoneanoxia,
    title = "Anoxie",
    year = "None",
    booktitle = "SpringerReference",
    url = "https://doi.org/10.1007/springerreference\_179680",
    doi = "10.1007/springerreference\_179680"
}