Ascidiens

@article{orton1913the11,
    author = "Orton, J. H",
    title = "Les mécanismes ciliaires sur les branchies et le mode d'alimentation chez Amphioxus, Ascidians et Solenomyo togato",
    year = "1913",
    journal = "Journal of the Marine Biological Association of the United Kingdom, v. 10, p. 19-49",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Orton, J. H., 1913, Les mécanismes ciliaires sur les branchies et le mode d'alimentation chez Amphioxus, Ascidians et Solenomyo togato: Journal of the Marine Biological Association of the United Kingdom, v. 10, p. 19-49.}"
}

@article{berrill1947metamorphosis,
    author = "Berrill, N. J.",
    title = "Métamorphose chez les ascidies",
    year = "1947",
    journal = "Journal of Morphology",
    url = "https://doi.org/10.1002/jmor.1050810207",
    doi = "10.1002/jmor.1050810207",
    number = "2",
    pages = "249-267",
    volume = "81"
}

@misc{florey1951reizphysiologie6,
    author = "Florey, E",
    title = "Reizphysiologie Untersuchungen an der Ascidie Ciona intestinatis",
    year = "1951",
    howpublished = "Biologisches Zentralblatt, v. 70, p. 523-530",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Florey, E., 1951, Reizphysiologie Untersuchungen an der Ascidie Ciona intestinatis: Biologisches Zentralblatt, v. 70, p. 523-530.}"
}

@misc{millar1953ciona10,
    author = "Millar, R. H",
    title = "Ciona",
    year = "1953",
    howpublished = "Liverpool Marine Biological Committee Memoirs on Typical British Marine Plants and Animals, v. 35; 122 pp",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Millar, R. H., 1953, Ciona: Liverpool Marine Biological Committee Memoirs on Typical British Marine Plants and Animals, v. 35; 122 pp.}"
}

@incollection{abbott1957ascidians,
    author = "Abbott, D. P.",
    title = "Ascidies",
    year = "1957",
    booktitle = "Mémoires de la Société géologique d'Amérique",
    url = "https://doi.org/10.1130/mem67v1-p1197",
    doi = "10.1130/mem67v1-p1197",
    pages = "1197-1200"
}

@misc{dodd1966an3,
    author = "Dodd, J. M. and Dodd, M. H. I",
    title = "An Experimental Investigation of the Supposed Pituitary Affinities of the Ascidian Neural Complex, in Barnes, H., ed., Some Contemporary Studies in Marine Science",
    year = "1966",
    howpublished = "London, Allen and Unwin",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Dodd, J. M., and Dodd, M. H. I., 1966, An Experimental Investigation of the Supposed Pituitary Affinities of the Ascidian Neural Complex, in Barnes, H., ed., Some Contemporary Studies in Marine Science: London, Allen and Unwin.}"
}

@inproceedings{carlisle1968vanadium1,
    author = "Carlisle, D. B",
    title = "Vanadium et autres métaux chez les ascidies",
    year = "1968",
    booktitle = "Proceedings of the Royal Society, London B, v. 71, p. 31-42",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Carlisle, D. B., 1968, Vanadium et autres métaux chez les ascidies : Proceedings of the Royal Society, London B, v. 71, p. 31-42.}"
}

@misc{eakin1971ultrastructure4,
    author = "Eakin, R. M. et Kuda, A",
    title = "Ultrastructure des récepteurs sensoriels chez les larves d'ascidies",
    year = "1971",
    howpublished = "Zeitschrift für Zellforschung und Mikroskopische Anatomie, v. 112, p. 287-312",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Eakin, R. M., et Kuda, A., 1971, Ultrastructure des récepteurs sensoriels chez les larves d'ascidies : Zeitschrift für Zellforschung und Mikroskopische Anatomie, v. 112, p. 287-312.}"
}

@misc{goodbody1974the7,
    author = "Goodbody, I",
    title = "La physiologie des acsiens",
    year = "1974",
    howpublished = "Advances in Marine Biology, v. 12, p. 1-149",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Goodbody, I., 1974, La physiologie des acsiens : Advances in Marine Biology, v. 12, p. 1-149.}"
}

@article{mackie1974behavior8,
    author = "Mackie, G. O",
    title = "Comportement d'un ascidien composé",
    year = "1974",
    journal = "Canadian Journal of Zoology, v. 52, p. 23-27",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Mackie, G. O., 1974, Comportement d'un ascidien composé : Canadian Journal of Zoology, v. 52, p. 23-27.}"
}

@inproceedings{mackie1974branchial9,
    author = "Mackie, G. O. et Paul, D. H. et Singla, C. M. et Sleigh, M. A. et Williams, D. E",
    title = "Innervation branchiale et contrôle ciliaire chez l'ascidie Corella",
    year = "1974",
    booktitle = "Proceedings of the Royal Society, London B, v. 187, p. 1-35",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Mackie, G. O., Paul, D. H., Singla, C. M., Sleigh, M. A., et Williams, D. E., 1974, Innervation branchiale et contrôle ciliaire chez l'ascidie Corella : Proceedings of the Royal Society, London B, v. 187, p. 1-35.}"
}

@incollection{cloney1978ascidian2,
    author = "Cloney, R. A",
    editor = "Chia, F. S. and Rice, M. E.",
    title = "Métamorphose des ascidies : revue et analyse",
    year = "1978",
    booktitle = "Installation et métamorphose des larves d'invertébrés marins",
    publisher = "New York, Elsevier, p. 255-282",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Cloney, R. A., 1978, Métamorphose des ascidies : revue et analyse, in Chia, F. S., et Rice, M. E., éd., Installation et métamorphose des larves d'invertébrés marins : New York, Elsevier, p. 255-282.}"
}

@misc{flood1978filter5,
    author = "Flood, P. R",
    title = "Caractéristiques de filtration des filets de capture de nourriture des appendiculaires",
    year = "1978",
    howpublished = "Experientia, v. 34, p. 173-175",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Flood, P. R., 1978, Caractéristiques de filtration des filets de capture de nourriture des appendiculaires : Experientia, v. 34, p. 173-175.}"
}

La rétention des particules chez Ascidiella aspersa, Molgula manhattensis, Clavelina lepadiformis et Ciona intestinalis a été déterminée à partir de comparaisons des distributions de tailles de particules dans l'eau inhalée et exhalée. Les particules jusqu'à 2-3 µm étaient complètement retenues et l'efficacité de rétention des particules plus petites diminuait à environ 70 % pour les particules de 1 µm. Il n'y avait aucune indication que les ascidies puissent ajuster leur efficacité de rétention. Les taux de filtration (F, m1 min-1) en fonction du poids sec total (W, g) pouvaient s'exprimer comme F = 54,4 W-0,5 chez A. aspersa et F = 46,4 W-0,84 chez C. intestinalis. Il est conclu que les ascidies non perturbées filtrent l'eau en continu à des taux constants.

@article{doi103354meps001055,
    author = "Randløv, Anders et Riisgård, Hans Ulrik",
    title = "Efficacité de la rétention des particules et du taux de filtration chez quatre espèces d'ascidies",
    year = "1979",
    journal = "Marine Ecology Progress Series",
    abstract = {La rétention des particules chez Ascidiella aspersa, Molgula manhattensis, Clavelina lepadiformis et Ciona intestinalis a été déterminée à partir de comparaisons des distributions de tailles de particules dans l'eau inhalée et exhalée. Les particules jusqu'à 2-3 µm étaient complètement retenues et l'efficacité de rétention des particules plus petites diminuait à environ 70 % pour les particules de 1 µm. Il n'y avait aucune indication que les ascidies puissent ajuster leur efficacité de rétention. Les taux de filtration (F, m1 min-1) en fonction du poids sec total (W, g) pouvaient s'exprimer comme F = 54,4 W-0,5 chez A. aspersa et F = 46,4 W-0,84 chez C. intestinalis. Il est conclu que les ascidies non perturbées filtrent l'eau en continu à des taux constants.},
    url = "https://doi.org/10.3354/meps001055",
    doi = "10.3354/meps001055",
    openalex = "W2055314763"
}

Les caractéristiques de filtration ont été déterminées et comparées chez les filtreurs par cils et par filet de mucus. Les filtreurs par cils incluent le polychète Sabella penicillus, le brachiopode Terebratulina retuso, les bivalves marins Monia squama, Cardiurn glaucum et Petricola pholadiformis, ainsi que les bivalves d'eau douce Dreissena polymorpha, Unio pictamrn et Anodonta cygnea. Les filtreurs par filet de mucus sont le polychète Chaetopterus variopedatus, le gastéropode Crepidula fomicata et les ascidies Sfyela clava, Ciona intestinalis, Ascidia virginia, Ascidia obliqua et Ascidia mentula. L'efficacité de la rétention des particules en fonction de la taille des particules a été déterminée par comptage des particules dans des échantillons d'eau inhalante et exhalante. Le seuil inférieur pour une rétention efficace des particules variait d'environ 6 p m chez T. retuso à environ 1 p n chez D. polyrnorpha. Les filets de mucus retenaient efficacement les particules jusqu'à 1 à 2 pm. L'alimentation par filtration se caractérise par le traitement de l'eau à basse pression (5 l mm H,O). Les mécanismes de traitement de l'eau et de rétention des particules chez les brachiopodes et les bivalves sont comparés. Il est conclu que l'écoulement laminaire des courants traversants et des courants de surface chez les brachiopodes est cohérent avec l'hypothèse de capture des particules en suspension par des forces visqueuses agissant sur les particules dans la zone de contact entre les 2 systèmes d'écoulement.

@article{doi103354meps015283,
    author = "Jørgensen, CB et Kørboe, T et Møhlenberg, F et Riisgård, Hans Ulrik",
    title = "Alimentation par filtration par cils et par filet de mucus, avec référence particulière aux caractéristiques mécaniques des fluides",
    year = "1984",
    journal = "Marine Ecology Progress Series",
    abstract = "Les caractéristiques de filtration ont été déterminées et comparées chez les filtreurs par cils et par filet de mucus. Les filtreurs par cils incluent le polychète Sabella penicillus, le brachiopode Terebratulina retuso, les bivalves marins Monia squama, Cardiurn glaucum et Petricola pholadiformis, ainsi que les bivalves d'eau douce Dreissena polymorpha, Unio pictamrn et Anodonta cygnea. Les filtreurs par filet de mucus sont le polychète Chaetopterus variopedatus, le gastéropode Crepidula fomicata et les ascidies Sfyela clava, Ciona intestinalis, Ascidia virginia, Ascidia obliqua et Ascidia mentula. L'efficacité de la rétention des particules en fonction de la taille des particules a été déterminée par comptage des particules dans des échantillons d'eau inhalante et exhalante. Le seuil inférieur pour une rétention efficace des particules variait d'environ 6 p m chez T. retuso à environ 1 p n chez D. polyrnorpha. Les filets de mucus retenaient efficacement les particules jusqu'à 1 à 2 pm. L'alimentation par filtration se caractérise par le traitement de l'eau à basse pression (5 l mm H,O). Les mécanismes de traitement de l'eau et de rétention des particules chez les brachiopodes et les bivalves sont comparés. Il est conclu que l'écoulement laminaire des courants traversants et des courants de surface chez les brachiopodes est cohérent avec l'hypothèse de capture des particules en suspension par des forces visqueuses agissant sur les particules dans la zone de contact entre les 2 systèmes d'écoulement.",
    url = "https://doi.org/10.3354/meps015283",
    doi = "10.3354/meps015283",
    openalex = "W1971107871",
    references = "doi101007bf00386593, doi1010160022098171900542, doi101016s0003936580800091, doi10108000785326197810425487, doi101111j109636421962tb01626x, doi101111j146363951981tb00616x, doi101128aem335122512281977, doi103354meps001055, doi103354meps005291, doi103354meps011089, doi104319lo19812661062, openalexw1549886310"
}

@article{doi1010160040816687900103,
    author = "Martinucci, G. et Dallai, R. et Burighel, P.",
    title = "Une étude comparative des différenciations ciliaires dans les stigmates branchiaux des ascidies.",
    year = "1987",
    journal = "Tissue \& cell",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/db7e027afd2ca819aa2061de188d28c8c0b934f5",
    doi = "10.1016/0040-8166(87)90010-3",
    is_oa = "true",
    number = "2",
    pages = "251-263",
    semanticscholar_citation_count = "15",
    semanticscholar_id = "db7e027afd2ca819aa2061de188d28c8c0b934f5",
    volume = "19"
}

Nous présentons des preuves que l'embryon de l'ascidie, Ciona intestinalis, constitue un système facilement manipulable pour étudier l'établissement des tissus et organes de base des chordés. Ciona possède un génome réduit et des lignées embryonnaires simples et bien définies. Ici, nous examinons les mécanismes de régulation sous-jacents à la différenciation de la notochorde. Nos efforts se concentrent particulièrement sur la régulation d'un gène spécifique de la notochorde chez Ciona, Brachyury (Ci-Bra). Une méthode d'électroporation a été conçue pour l'incorporation efficace d'ADN transgénique dans les embryons de Ciona. Cette méthode a permis d'identifier un enhancer minimal de 434 pb issu de la région promotrice de Ci-Bra, qui médie l'expression restreinte à la notochorde des gènes rapporteurs GFP et lacZ. Cet enhancer contient une région de contrôle négatif qui exclut l'expression de Ci-Bra des lignées embryonnaires inappropriées, notamment le mésenchyme du tronc et les muscles de la queue. Des preuves sont présentées indiquant que l'enhancer est activé par un élément régulateur étroitement lié à la séquence de reconnaissance du facteur de transcription Suppressor of Hairless, soulevant ainsi la possibilité que la voie de signalisation Notch joue un rôle dans la différenciation de la notochorde. Nous discutons des implications de cette analyse concernant la conservation évolutive des enhancers intégratifs et la subdivision du mésoderme axial et paraxial chez les vertébrés.

@article{doi101242dev1243589,
    author = "Corbo, Joseph C. et Levine, Michael et Zeller, Robert W.",
    title = "Caractérisation d'un enhancer spécifique de la notochorde issu de la région promotrice du gène Brachyury chez l'ascidie, Ciona intestinalis",
    year = "1997",
    journal = "Development",
    abstract = "Nous présentons des preuves que l'embryon de l'ascidie, Ciona intestinalis, constitue un système facilement manipulable pour étudier l'établissement des tissus et organes de base des chordés. Ciona possède un génome réduit et des lignées embryonnaires simples et bien définies. Ici, nous examinons les mécanismes de régulation sous-jacents à la différenciation de la notochorde. Nos efforts se concentrent particulièrement sur la régulation d'un gène spécifique de la notochorde chez Ciona, Brachyury (Ci-Bra). Une méthode d'électroporation a été conçue pour l'incorporation efficace d'ADN transgénique dans les embryons de Ciona. Cette méthode a permis d'identifier un enhancer minimal de 434 pb issu de la région promotrice de Ci-Bra, qui médie l'expression restreinte à la notochorde des gènes rapporteurs GFP et lacZ. Cet enhancer contient une région de contrôle négatif qui exclut l'expression de Ci-Bra des lignées embryonnaires inappropriées, notamment le mésenchyme du tronc et les muscles de la queue. Des preuves sont présentées indiquant que l'enhancer est activé par un élément régulateur étroitement lié à la séquence de reconnaissance du facteur de transcription Suppressor of Hairless, soulevant ainsi la possibilité que la voie de signalisation Notch joue un rôle dans la différenciation de la notochorde. Nous discutons des implications de cette analyse concernant la conservation évolutive des enhancers intégratifs et la subdivision du mésoderme axial et paraxial chez les vertébrés.",
    url = "https://doi.org/10.1242/dev.124.3.589",
    doi = "10.1242/dev.124.3.589",
    openalex = "W2181933303",
    references = "doi101242jcss27228551, openalexw1567612426, openalexw654005152"
}

Les premiers chordés apparaissent dans le registre fossile au moment de l'explosion cambrienne, il y a près de 550 millions d'années. Le têtard ascidien moderne représente une approximation plausible de ces chordés ancestraux. Pour éclaircir les origines des chordés et des vertébrés, nous avons généré un brouillon de la partie codant pour les protéines du génome de l'ascidie la plus étudiée, Ciona intestinalis. Le génome de Ciona contient ∼16 000 gènes codant pour des protéines, un nombre similaire à celui d'autres invertébrés, mais seulement la moitié de celui trouvé chez les vertébrés. Les familles de gènes vertébrés sont généralement trouvées sous forme simplifiée chez Ciona, suggérant que les ascidies contiennent le complément ancestral de base de gènes impliqués dans la signalisation cellulaire et le développement. Le génome ascidien a également acquis un certain nombre d'innovations spécifiques à la lignée, y compris un groupe de gènes engagés dans le métabolisme de la cellulose qui sont liés à ceux des bactéries et des champignons.

@article{doi101126science1080049,
    author = "Dehal, Paramvir and Satou, Yutaka and Campbell, R. Keith and Chapman, Jarrod and Degnan, Bernard M. and Tomaso, Anthony De and Davidson, Brad and Gregorio, Anna Di and Gelpke, Maarten D. Sollewijn and Goodstein, David and Harafuji, Naoe and Hastings, Kenneth E.M. and Ho, Isaac and Hotta, Kohji and Huang, Wayne and Kawashima, Takeshi and Lemaire, Patrick and Martínez, Diego and Meinertzhagen, Ian A. and Necula, Simona and Nonaka, Masaru and Putnam, Nik and Rash, Sam and Saiga, Hidetoshi and Satake, Masanobu and Terry, Astrid and Yamada, Lixy and Wang, Hong‐Gang and Awazu, Satoko and Azumi, Kaoru and Boore, Jeffrey L. and Branno, Margherita and Chin-Bow, Stephen T. and Desantis, Rosaria and Doyle, Sharon A. and Francino, M. Pilar and Keys, David N. and Haga, Shinobu and Hayashi, Hiroko and Hino, Kyosuke and Imai, Kaoru S. and Inaba, Kazuo and Kano, Shungo and Kobayashi, Kenji and Kobayashi, Mari and Lee, Byung-In and Makabe, Kazuhiro W. and Manohar, Chitra and Matassi, Giorgio and Medina, Mónica and Mochizuki, Yasuaki and Mount, Steve and Morishita, Tomomi and Miura, Sachiko and Nakayama, A. and Nishizaka, Satoko and Nomoto, Hisayo and Ohta, Fumiko and Oishi, Kazuko and Rigoutsos, Isidore and Sano, Masako and Sasaki, Akane and Sasakura, Yasunori and Shoguchi, Eiichi and Shin‐I, Tadasu and Spagnuolo, Antonietta and Stainier, Didier Y. R. and Suzuki, Miho and Tassy, Olivier and Takatori, Naohito and Tokuoka, Miki and Yagi, Kasumi and Yoshizaki, Fumiko and Wada, Shuichi and Zhang, Cindy and Hyatt, P. Douglas and Larimer, Frank W. and Detter, Chris and Doggett, Norman A. and Glavina, Tijana and Hawkins, Trevor and Richardson, Paul and Lucas, Susan and Kohara, Yuji and Levine, Michael and Satoh, Nori and Rokhsar, Daniel S.",
    title = "Le génome brouillon de Ciona intestinalis : aperçu sur les origines des chordés et des vertébrés",
    year = "2002",
    journal = "Science",
    abstract = "Les premiers chordés apparaissent dans le registre fossile au moment de l'explosion cambrienne, il y a près de 550 millions d'années. Le têtard ascidien moderne représente une approximation plausible de ces chordés ancestraux. Pour éclaircir les origines des chordés et des vertébrés, nous avons généré un brouillon de la partie codant pour les protéines du génome de l'ascidie la plus étudiée, Ciona intestinalis. Le génome de Ciona contient ∼16 000 gènes codant pour des protéines, un nombre similaire à celui d'autres invertébrés, mais seulement la moitié de celui trouvé chez les vertébrés. Les familles de gènes vertébrés sont généralement trouvées sous forme simplifiée chez Ciona, suggérant que les ascidies contiennent le complément ancestral de base de gènes impliqués dans la signalisation cellulaire et le développement. Le génome ascidien a également acquis un certain nombre d'innovations spécifiques à la lignée, y compris un groupe de gènes engagés dans le métabolisme de la cellulose qui sont liés à ceux des bactéries et des champignons.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1080049",
    doi = "10.1126/science.1080049",
    openalex = "W2170258388",
    references = "doi101016s0022283605803602, doi101016s0092867400804304, doi10103835057062, doi10103835067088, doi101038370563a0, doi101093bioinformatics179847, doi101126science1058040, doi101126science28253962012, doi101126science28454181313, doi101126science28754612185, doi101186gb200123reviews3005, doi101242dev1994supplement125, openalexw1964182146"
}

Atteindre une compréhension réelle du développement animal nécessite évidemment une identification globale plutôt que partielle des gènes intervenant dans chaque processus de développement. Le décodage récent des séquences génomiques nous permettra d'effectuer de telles études. Une ascidie, Ciona intestinalis, l'une des espèces dont le génome a été séquencé, est un chordé partageant un plan corporel de base avec les vertébrés, bien que son génome contienne moins de paralogues que ceux généralement observés chez les vertébrés. Dans la présente étude, nous discutons de l'approche génomique aux réseaux de gènes de développement chez les embryons de Ciona. Nous nous concentrons sur les gènes des facteurs de transcription et sur certains grands groupes de gènes de transduction du signal. Ces gènes sont listés et examinés de manière exhaustive en ce qui concerne leur expression embryonnaire par hybridation in situ (http://ghost.zool.kyoto-u.ac.jp/tfst.html). Les résultats ont révélé que 74 % des gènes des facteurs de transcription sont exprimés de manière maternelle et que 56 % des gènes sont exprimés zygotiquement au cours de l'embryogenèse. Parmi ceux-ci, 34 % des gènes des facteurs de transcription sont exprimés à la fois de manière maternelle et zygotique. Le nombre de gènes des facteurs de transcription exprimés zygotiquement augmente progressivement au cours de l'embryogenèse. À titre d'exemple, et en tirant parti de cette description exhaustive des profils d'expression génique, nous avons identifié des gènes des facteurs de transcription et des gènes de transduction du signal exprimés à la stade de la gastrula précoce et agissant en aval de beta-catenin, FoxD et/ou Fgf9/16/20. Étant donné que ces trois gènes sont essentiels à la spécification de l'endomesoderme chez l'ascidie, les gènes des facteurs de transcription et les gènes de transduction du signal impliqués dans chacun des processus en aval peuvent être déduits de manière exhaustive en utilisant la présente approche.

@article{doi101242dev01270,
    author = "Imai, Kaoru S. et Hino, Kyosuke et Yagi, Kasumi et Satoh, Nori et Satou, Yutaka",
    title = "Profils d'expression génique des facteurs de transcription et des molécules de signalisation dans l'embryon d'ascidie : vers une compréhension globale des réseaux géniques",
    year = "2004",
    journal = "Development",
    abstract = "Atteindre une compréhension réelle du développement animal nécessite évidemment une identification globale plutôt que partielle des gènes intervenant dans chaque processus de développement. Le décodage récent des séquences génomiques nous permettra d'effectuer de telles études. Une ascidie, Ciona intestinalis, l'une des espèces dont le génome a été séquencé, est un chordé partageant un plan corporel de base avec les vertébrés, bien que son génome contienne moins de paralogues que ceux généralement observés chez les vertébrés. Dans la présente étude, nous discutons de l'approche génomique aux réseaux de gènes de développement chez les embryons de Ciona. Nous nous concentrons sur les gènes des facteurs de transcription et sur certains grands groupes de gènes de transduction du signal. Ces gènes sont listés et examinés de manière exhaustive en ce qui concerne leur expression embryonnaire par hybridation in situ (http://ghost.zool.kyoto-u.ac.jp/tfst.html). Les résultats ont révélé que 74 % des gènes des facteurs de transcription sont exprimés de manière maternelle et que 56 % des gènes sont exprimés zygotiquement au cours de l'embryogenèse. Parmi ceux-ci, 34 % des gènes des facteurs de transcription sont exprimés à la fois de manière maternelle et zygotique. Le nombre de gènes des facteurs de transcription exprimés zygotiquement augmente progressivement au cours de l'embryogenèse. À titre d'exemple, et en tirant parti de cette description exhaustive des profils d'expression génique, nous avons identifié des gènes des facteurs de transcription et des gènes de transduction du signal exprimés à la stade de la gastrula précoce et agissant en aval de beta-catenin, FoxD et/ou Fgf9/16/20. Étant donné que ces trois gènes sont essentiels à la spécification de l'endomesoderme chez l'ascidie, les gènes des facteurs de transcription et les gènes de transduction du signal impliqués dans chacun des processus en aval peuvent être déduits de manière exhaustive en utilisant la présente approche.",
    url = "https://doi.org/10.1242/dev.01270",
    doi = "10.1242/dev.01270",
    openalex = "W2102988868",
    references = "doi101242dev126225149"
}

@incollection{crossref2008ascidians,
    title = "Ascidies",
    year = "2008",
    booktitle = "Encyclopedia of Genetics, Genomics, Proteomics and Informatics",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-1-4020-6754-9\_1200",
    doi = "10.1007/978-1-4020-6754-9\_1200",
    pages = "148-148"
}

Les spermatozoïdes subissent des changements physiologiques dramatiques lors de la fécondation. Chez l'ascidie Ciona intestinalis, une substance dérivée de l'œuf nommée SAAF induit à la fois l'activation des spermatozoïdes et la chimiotaxie vers l'œuf. Pour élucider le mécanisme moléculaire sous-jacent à ces phénomènes, les protéines spermiques entières avant et après traitement au SAAF ont été analysées par électrophorèse sur gel bidimensionnel. Par comparaison des motifs de taches avant et après activation, nous avons identifié douze protéines dont les points isoélectriques ont changé. Sept protéines se sont révélées être des protéines axonémiques et les autres ont été suggérées comme étant des composants non axonémiques. L'analyse de ces protéines par un système protéomique basé sur la MS a révélé que les composants de plusieurs sous-structures des axonèmes ont subi des changements de point isoélectrique lors de l'activation des spermatozoïdes, notamment les chaînes intermédiaires à répétitions WD des dynéines des bras externe et interne et une protéine de tige radiale LRR37, ainsi que de nouvelles protéines axonémiques avec des répétitions armadillo ou un domaine SMC. Les molécules de signalisation cellulaire telles que les protéines 14-3-3, Skp1 et VCP/p97 ont également montré des changements isoélectriques lors de l'activation des spermatozoïdes. Ces résultats montrent une caractéristique globale du mécanisme de signalisation de l'activation des spermatozoïdes lors de la fécondation et jettent également une nouvelle lumière sur la régulation des mouvements ciliaires et flagellaires.

@article{doi101002cm20258,
    author = "Hozumi, Akiko et Padma, P. Naga et Toda, Tosifusa et Ide, Hiroyuki et Inaba, Kazuo",
    title = "Caractérisation moléculaire des protéines axonémiques et des molécules de signalisation responsables de l'activation des spermatozoïdes induite par des chémoattractants chez Ciona intestinalis",
    year = "2008",
    journal = "Cell Motility and the Cytoskeleton",
    abstract = "Les spermatozoïdes subissent des changements physiologiques dramatiques lors de la fécondation. Chez l'ascidie Ciona intestinalis, une substance dérivée de l'œuf nommée SAAF induit à la fois l'activation des spermatozoïdes et la chimiotaxie vers l'œuf. Pour élucider le mécanisme moléculaire sous-jacent à ces phénomènes, les protéines spermiques entières avant et après traitement au SAAF ont été analysées par électrophorèse sur gel bidimensionnel. Par comparaison des motifs de taches avant et après activation, nous avons identifié douze protéines dont les points isoélectriques ont changé. Sept protéines se sont révélées être des protéines axonémiques et les autres ont été suggérées comme étant des composants non axonémiques. L'analyse de ces protéines par un système protéomique basé sur la MS a révélé que les composants de plusieurs sous-structures des axonèmes ont subi des changements de point isoélectrique lors de l'activation des spermatozoïdes, notamment les chaînes intermédiaires à répétitions WD des dynéines des bras externe et interne et une protéine de tige radiale LRR37, ainsi que de nouvelles protéines axonémiques avec des répétitions armadillo ou un domaine SMC. Les molécules de signalisation cellulaire telles que les protéines 14-3-3, Skp1 et VCP/p97 ont également montré des changements isoélectriques lors de l'activation des spermatozoïdes. Ces résultats montrent une caractéristique globale du mécanisme de signalisation de l'activation des spermatozoïdes lors de la fécondation et jettent également une nouvelle lumière sur la régulation des mouvements ciliaires et flagellaires.",
    url = "https://doi.org/10.1002/cm.20258",
    doi = "10.1002/cm.20258",
    openalex = "W2066973908",
    references = "doi101006abio19769999, doi1010160003269776905273, doi101016s0014579301032884, doi101038227680a0, doi101038nature04541, doi101038nrm1471, doi101074jbcm202325200, doi101083jcb200504008, doi101083jcb913107s, doi101126science1080049"
}

@article{doi101016jydbio200810038,
    author = "Nomura, Mamoru et Nakajima, Ayako et Inaba, Kazuo",
    title = "Profils protéomiques du développement embryonnaire chez l'ascidie Ciona intestinalis",
    year = "2008",
    journal = "Developmental Biology",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ydbio.2008.10.038",
    doi = "10.1016/j.ydbio.2008.10.038",
    openalex = "W2030393321",
    references = "doi101002cm20258"
}

La petite protéine G ciliaire Arl13b est nécessaire à la biogenèse du cil et à la signalisation de sonic hedgehog et est mutée chez les patients atteints du syndrome de Joubert (JS). Dans cette étude, en utilisant des systèmes de culture cellulaire de Caenorhabditis elegans et de mammifères, nous avons investigué la base ciliaire et moléculaire mal comprise de la fonction d'Arl13b. Premièrement, nous montrons que la localisation d'Arl13b/ARL-13 est fréquemment restreinte à un compartiment ciliaire proximal, où elle s'associe aux membranes ciliaires via des motifs de modification de palmitoylation. Ensuite, nous trouvons que les mutants arl-13 de C. elegans à perte de fonction présentent des défauts de morphologie et d'ultrastructure du cil, ainsi que des défauts de localisation et de transport des protéines ciliaires ; les protéines transmembranaires ciliaires s'accumulent anormalement, l'abondance ciliaire de PKD-2 est élevée, et le transport intraflagellaire antérograde (IFT) est déstabilisé. Enfin, nous montrons que arl-13 interagit génétiquement avec d'autres gènes associés à la ciliogenèse et au transport ciliaire dans le maintien de la structure/morphologie du cil et de la stabilité de l'IFT antérograde. Ensemble, ces données impliquent un rôle pour Arl13b associé au JS aux membranes ciliaires, où il régule les localisations des protéines transmembranaires ciliaires et la stabilité d'assemblage de l'IFT antérograde.

@article{doi101083jcb200908133,
    author = "Cevik, Sebiha et Hori, Yuji et Kaplan, Oktay I. et Kida, Katarzyna et Toivenon, Tiina et Foley-Fisher, Christian et Cottell, David C. et Katada, Toshiaki et Kontani, Kenji et Blacque, Oliver E.",
    title = "Syndrome de Joubert Arl13b fonctionne aux membranes ciliaires et stabilise le transport des protéines chez Caenorhabditis elegans",
    year = "2010",
    journal = "The Journal of Cell Biology",
    abstract = "La petite protéine G ciliaire Arl13b est nécessaire à la biogenèse du cil et à la signalisation de sonic hedgehog et est mutée chez les patients atteints du syndrome de Joubert (JS). Dans cette étude, en utilisant des systèmes de culture cellulaire de Caenorhabditis elegans et de mammifères, nous avons investigué la base ciliaire et moléculaire mal comprise de la fonction d'Arl13b. Premièrement, nous montrons que la localisation d'Arl13b/ARL-13 est fréquemment restreinte à un compartiment ciliaire proximal, où elle s'associe aux membranes ciliaires via des motifs de modification de palmitoylation. Ensuite, nous trouvons que les mutants arl-13 de C. elegans à perte de fonction présentent des défauts de morphologie et d'ultrastructure du cil, ainsi que des défauts de localisation et de transport des protéines ciliaires ; les protéines transmembranaires ciliaires s'accumulent anormalement, l'abondance ciliaire de PKD-2 est élevée, et le transport intraflagellaire antérograde (IFT) est déstabilisé. Enfin, nous montrons que arl-13 interagit génétiquement avec d'autres gènes associés à la ciliogenèse et au transport ciliaire dans le maintien de la structure/morphologie du cil et de la stabilité de l'IFT antérograde. Ensemble, ces données impliquent un rôle pour Arl13b associé au JS aux membranes ciliaires, où il régule les localisations des protéines transmembranaires ciliaires et la stabilité d'assemblage de l'IFT antérograde.",
    url = "https://doi.org/10.1083/jcb.200908133",
    doi = "10.1083/jcb.200908133",
    openalex = "W2062938087"
}

@incollection{ali2012marine,
    author = "Ali, H et Tamilselvi, M",
    title = "Ascidies marines",
    year = "2012",
    booktitle = "Pharmacognosie marine",
    url = "https://doi.org/10.1201/b13868-16",
    doi = "10.1201/b13868-16",
    pages = "173-190"
}

CONTEXTE : Le système nerveux central (SNC) situé dorsalement est une caractéristique importante des chordés. Chez les chordés, les ascidies tunicières modifient considérablement leur SNC au moyen d'une métamorphose, passant d'un SNC larvaire hautement régionalisé à un SNC juvénile en forme d'ovale sans caractéristiques morphologiques marquées. L'organisation neuronale du SNC des larves de têtards d'ascidies a été bien décrite, mais celle du SNC des juvéniles post-métamorphose n'a pas été bien caractérisée. RÉSULTATS : Nous avons étudié le nombre de cellules nerveuses, le nombre et la position des neurones différenciés, ainsi que leurs trajectoires axonales dans le SNC juvénel de l'ascidie Ciona intestinalis. Les corps cellulaires des neurones cholinergiques, glutamatergiques et GABAergiques/glycinergiques ont présenté des patrons de localisation différents le long de l'axe antéro-postérieur dans le SNC juvénile. Les neurones cholinergiques ont étendu leurs axones vers les muscles oraux, atriaux et de la paroi corporelle ainsi que vers les branchies pharyngiennes pour réguler la contraction musculaire et le mouvement ciliaire. CONCLUSIONS : Contrairement à sa forme sans caractéristiques, le SNC juvénile est hautement structuré le long de l'axe antéro-postérieur. Cette structuration peut être nécessaire pour exercer plusieurs rôles dans la régulation des tissus adultes répartis dans tout le corps. Ces informations de base sur le SNC juvénile de Ciona permettront des études approfondies des mécanismes moléculaires sous-jacents à la reconstruction du SNC lors de la métamorphose des ascidies.

@article{doi101002dvdy24317,
    author = "Hozumi, Akiko et Horie, Takeo et Sasakura, Yasunori",
    title = "Neuronal map reveals the highly regionalized pattern of the juvenile central nervous system of the ascidian Ciona intestinalis.",
    year = "2015",
    journal = "Developmental dynamics: an official publication of the American Association of Anatomists",
    abstract = "CONTEXTE : Le système nerveux central (SNC) situé dorsalement est une caractéristique importante des chordés. Chez les chordés, les ascidies tunicières modifient considérablement leur SNC au moyen d'une métamorphose, passant d'un SNC larvaire hautement régionalisé à un SNC juvénile en forme d'ovale sans caractéristiques morphologiques marquées. L'organisation neuronale du SNC des larves de têtards d'ascidies a été bien décrite, mais celle du SNC des juvéniles post-métamorphose n'a pas été bien caractérisée. RÉSULTATS : Nous avons étudié le nombre de cellules nerveuses, le nombre et la position des neurones différenciés, ainsi que leurs trajectoires axonales dans le SNC juvénile de l'ascidie Ciona intestinalis. Les corps cellulaires des neurones cholinergiques, glutamatergiques et GABAergiques/glycinergiques ont présenté des patrons de localisation différents le long de l'axe antéro-postérieur dans le SNC juvénile. Les neurones cholinergiques ont étendu leurs axones vers les muscles oraux, atriaux et de la paroi corporelle ainsi que vers les branchies pharyngiennes pour réguler la contraction musculaire et le mouvement ciliaire. CONCLUSIONS : Contrairement à sa forme sans caractéristiques, le SNC juvénile est hautement structuré le long de l'axe antéro-postérieur. Cette structuration peut être nécessaire pour exercer plusieurs rôles dans la régulation des tissus adultes répartis dans tout le corps. Ces informations de base sur le SNC juvénile de Ciona permettront des études approfondies des mécanismes moléculaires sous-jacents à la reconstruction du SNC lors de la métamorphose des ascidies.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26250096/",
    doi = "10.1002/dvdy.24317",
    openalex = "W2152549204",
    pmid = "26250096",
    references = "doi101016s0959437x02003222, doi101038nature04336, doi101038nature06967, doi101038nmeth936, doi101073pnas202320599, doi101126science1080049, doi101242dev048975, doi101242dev1243589, doi101242dev12771349, doi101523jneurosci1823097331998"
}

Les ascidies appartiennent aux tunicés, groupe frère des vertébrés, et sont reconnues comme organismes modèles dans le domaine du développement embryonnaire, de la régénération et des cellules souches. ANISEED est le principal système d'information dans le domaine de la biologie du développement des ascidies. Cet article rapporte le développement du système depuis sa publication initiale en 2010. Au cours des cinq dernières années, nous avons refait le système, passant d'un schéma personnalisé initial à une version étendue du schéma Chado, et repensé toutes les interfaces utilisateur et backend. Cette nouvelle architecture a été utilisée pour améliorer et enrichir la description du développement embryonnaire de Ciona intestinalis, basée sur un assemblage génomique amélioré et un ensemble de modèles de gènes, une annotation fonctionnelle des gènes affinée, des ontologies anatomiques et une nouvelle collection de cDNAs ORF complets. Les génomes de neuf espèces d'ascidies ont été séquencés depuis la publication du génome de C. intestinalis. Dans ANISEED 2015, toutes les neuf nouvelles espèces d'ascidies peuvent être explorées via des navigateurs génomiques dédiés et recherchées par Blast. De plus, ANISEED fournit une annotation fonctionnelle complète des gènes, des ontologies anatomiques et certaines données d'expression génique pour les six espèces ayant les génomes de meilleure qualité. ANISEED est accessible publiquement à : http://www.aniseed.cnrs.fr.

@article{doi101093nargkv966,
    author = "Brozovic, Matija et Martin, Cyril et Dantec, Christelle Le et Dauga, Delphine et Mendez, Mickaël et Simion, Paul et Percher, Madeline et Laporte, Baptiste et Scornavacca, Céline et Gregorio, Anna Di et Fujiwara, Shigeki et Gineste, Mathieu et Lowe, Elijah K. et Piette, Jacques et Racioppi, Claudia et Ristoratore, Filomena et Sasakura, Yasunori et Takatori, Naohito et Brown, Titus et Delsuc, Frédéric et Douzery, Emmanuel et Gissi, Carmela et McDougall, Alex et Nishida, Hiroki et Sawada, Hitoshi et Swalla, Billie J. et Yasuo, Hitoyoshi et Lemaire, Patrick",
    title = "ANISEED 2015 : un cadre numérique pour la biologie du développement comparée des ascidies",
    year = "2015",
    journal = "Nucleic Acids Research",
    abstract = "Les ascidies appartiennent aux tunicés, groupe frère des vertébrés, et sont reconnues comme organismes modèles dans le domaine du développement embryonnaire, de la régénération et des cellules souches. ANISEED est le principal système d'information dans le domaine de la biologie du développement des ascidies. Cet article rapporte le développement du système depuis sa publication initiale en 2010. Au cours des cinq dernières années, nous avons refait le système, passant d'un schéma personnalisé initial à une version étendue du schéma Chado, et repensé toutes les interfaces utilisateur et backend. Cette nouvelle architecture a été utilisée pour améliorer et enrichir la description du développement embryonnaire de Ciona intestinalis, basée sur un assemblage génomique amélioré et un ensemble de modèles de gènes, une annotation fonctionnelle des gènes affinée, des ontologies anatomiques et une nouvelle collection de cDNAs ORF complets. Les génomes de neuf espèces d'ascidies ont été séquencés depuis la publication du génome de C. intestinalis. Dans ANISEED 2015, toutes les neuf nouvelles espèces d'ascidies peuvent être explorées via des navigateurs génomiques dédiés et recherchées par Blast. De plus, ANISEED fournit une annotation fonctionnelle complète des gènes, des ontologies anatomiques et certaines données d'expression génique pour les six espèces ayant les génomes de meilleure qualité. ANISEED est accessible publiquement à : http://www.aniseed.cnrs.fr.",
    url = "https://doi.org/10.1093/nar/gkv966",
    doi = "10.1093/nar/gkv966",
    openalex = "W1900418691",
    references = "doi101002dvdy24317"
}

La motilité des cils et flagelles eucaryotes est modulée en réponse à plusieurs stimuli extracellulaires. Le Ca(2+) est le facteur intracellulaire le plus critique pour ces changements de motilité, agissant directement sur les axonèmes et modifiant l'asymétrie flagellaire. Calaxin est une protéine capteur calcique neuronale spécifique des opisthokontes, décrite pour la première fois dans le sperme de l'ascidie Ciona intestinalis. Elle se lie à une chaîne lourde du dynein de l'armature externe à deux têtes d'une manière dépendante du Ca(2+) et régule la propagation d'ondes « asymétriques » à fortes concentrations de Ca(2+). Une sous-unité de liaison au Ca(2+) du dynein de l'armature externe chez Chlamydomonas reinhardtii, la chaîne légère 4 (LC4), qui est un capteur calcique phylogénétiquement différent de calaxin, montre une liaison dépendante du Ca(2+) à une chaîne lourde du dynein de l'armature externe à trois têtes. Cependant, LC4 semble participer à la propagation d'ondes « symétriques » à fortes concentrations de Ca(2+). La chaîne légère du dynein de type LC4 est présente chez les bikonts, à l'exception de certaines sous-classes des Excavata. Ainsi, la conversion asymétrie-symétrie flagellaire en réponse à la concentration de Ca(2+) représente une relation « image miroir » entre Ciona et Chlamydomonas. Les analyses phylogénétiques indiquent la duplication, la divergence et la perte des chaînes lourdes et des capteurs calciques du dynein de l'armature externe parmi les espèces excavées. Ces caractéristiques impliquent un point de divergence concernant la régulation dépendante du Ca(2+) du dynein de l'armature externe dans les cils et flagelles au cours de l'évolution des supergroupes eucaryotes.

@article{doi101186s136300150015z,
    author = "Inaba, Kazuo",
    title = "Calcium sensors of ciliary outer arm dynein: functions and phylogenetic considerations for eukaryotic evolution.",
    year = "2015",
    journal = "Cilia",
    abstract = "The motility of eukaryotic cilia and flagella is modulated in response to several extracellular stimuli. Ca(2+) is the most critical intracellular factor for these changes in motility, directly acting on the axonemes and altering flagellar asymmetry. Calaxin is an opisthokont-specific neuronal calcium sensor protein first described in the sperm of the ascidian Ciona intestinalis. It binds to a heavy chain of two-headed outer arm dynein in a Ca(2+)-dependent manner and regulates 'asymmetric' wave propagation at high concentrations of Ca(2+). A Ca(2+)-binding subunit of outer arm dynein in Chlamydomonas reinhardtii, the light chain 4 (LC4), which is a Ca(2+)-sensor phylogenetically different from calaxin, shows Ca(2+)-dependent binding to a heavy chain of three-headed outer arm dynein. However, LC4 appears to participate in 'symmetric' wave propagation at high concentrations of Ca(2+). LC4-type dynein light chain is present in bikonts, except for some subclasses of the Excavata. Thus, flagellar asymmetry-symmetry conversion in response to Ca(2+) concentration represents a 'mirror image' relationship between Ciona and Chlamydomonas. Phylogenetic analyses indicate the duplication, divergence, and loss of heavy chain and Ca(2+)-sensors of outer arm dynein among excavate species. These features imply a divergence point with respect to Ca(2+)-dependent regulation of outer arm dynein in cilia and flagella during the evolution of eukaryotic supergroups.",
    url = "https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4415241/",
    doi = "10.1186/s13630-015-0015-z",
    openalex = "W2123428823",
    pmcid = "PMC4415241",
    pmid = "25932323",
    references = "doi1010079783642164835778, doi1010079783642866593, doi101007bf00336662, doi101016jcub201302007, doi101016s002192581944043x, doi101073pnas0807880106, doi101083jcb913107s, doi101093humupddmn029, doi101093nargkn750, doi10109900207713522297, openalexw2772099086"
}

L'histamine est une molécule biogénique qui joue un rôle dans de nombreuses voies physiologiques par liaison à un récepteur spécifique. Les récepteurs histaminergiques appartiennent à la grande famille des récepteurs à domaine hélice α à sept transmembranes, classés chez les mammifères en quatre classes distinctes : H1, H2, H3 et H4. Bien qu'étudiés largement chez les vertébrés, peu de données sont disponibles sur les récepteurs invertébrés, avec seulement des séquences prédites H1 et H2 pour les deutérostomes non chordés. Ici, nous rapportons la première séquence de transcript caractérisée pour un récepteur H2 provenant de l'ascidie coloniale Botryllus schlosseri, décrivant la localisation du transcript et de la protéine durant le développement blastogénique par hybridation in situ et immunohistochimie. Ses relations phylogénétiques avec les protéines orthologues deutérostomiennes sont rapportées, son rôle dans la fréquence de battement des cils (CBF) dans les cellules de stigmates cultivées du panier branchial est esquissé, et les effets de l'histamine ainsi que de ses agonistes et antagonistes de récepteur sont analysés. En présence de concentrations croissantes d'histamine dans le milieu, la CBF augmente de manière similaire à l'agoniste sélectif du récepteur H2, le dimaprit. À l'inverse, la ranitidine, qui est un inhibiteur du récepteur H2, provoque une inhibition significative de la CBF, similaire à celle observée après préincubation avec l'anticorps spécifique anti-BsHRH2 ou l'anticorps anti-HRH2 humain. Dans les cellules bordant les stigmates du panier branchial, les deux anticorps colocalisent dans la région proximale du plasmalemme ciliaire, et l'histamine est présente à l'intérieur des vésicules de la région apicale, soutenant ainsi l'hypothèse d'un contrôle du transport mucociliaire pharyngien par un récepteur H2 liant l'histamine, similaire à celui du tractus respiratoire supérieur et de l'oreille moyenne chez les mammifères.

@article{doi101002jezb22675,
    author = "Cima, Francesca et Franchi, Nicola",
    title = "L'histamine stimule la fréquence de battement des cils via le récepteur H2 chez le protochordé Botryllus schlosseri",
    year = "2016",
    journal = "Journal of Experimental Zoology Part B Molecular and Developmental Evolution",
    abstract = "L'histamine est une molécule biogénique qui joue un rôle dans de nombreuses voies physiologiques par liaison à un récepteur spécifique. Les récepteurs histaminergiques appartiennent à la grande famille des récepteurs à domaine hélice α à sept transmembranes, classés chez les mammifères en quatre classes distinctes : H1, H2, H3 et H4. Bien qu'étudiés largement chez les vertébrés, peu de données sont disponibles sur les récepteurs invertébrés, avec seulement des séquences prédites H1 et H2 pour les deutérostomes non chordés. Ici, nous rapportons la première séquence de transcript caractérisée pour un récepteur H2 provenant de l'ascidie coloniale Botryllus schlosseri, décrivant la localisation du transcript et de la protéine durant le développement blastogénique par hybridation in situ et immunohistochimie. Ses relations phylogénétiques avec les protéines orthologues deutérostomiennes sont rapportées, son rôle dans la fréquence de battement des cils (CBF) dans les cellules de stigmates cultivées du panier branchial est esquissé, et les effets de l'histamine ainsi que de ses agonistes et antagonistes de récepteur sont analysés. En présence de concentrations croissantes d'histamine dans le milieu, la CBF augmente de manière similaire à l'agoniste sélectif du récepteur H2, le dimaprit. À l'inverse, la ranitidine, qui est un inhibiteur du récepteur H2, provoque une inhibition significative de la CBF, similaire à celle observée après préincubation avec l'anticorps spécifique anti-BsHRH2 ou l'anticorps anti-HRH2 humain. Dans les cellules bordant les stigmates du panier branchial, les deux anticorps colocalisent dans la région proximale du plasmalemme ciliaire, et l'histamine est présente à l'intérieur des vésicules de la région apicale, soutenant ainsi l'hypothèse d'un contrôle du transport mucociliaire pharyngien par un récepteur H2 liant l'histamine, similaire à celui du tractus respiratoire supérieur et de l'oreille moyenne chez les mammifères.",
    url = "https://doi.org/10.1002/jez.b.22675",
    doi = "10.1002/jez.b.22675",
    openalex = "W2346269057",
    references = "doi101002dvdy24317, martinucci1987a"
}

Les ascidies sont des chordés invertébrés marins. Leurs larves en forme de têtard contiennent un système nerveux tubulaire dorsal, résultant du repliement d'une plaque neurale. Le long de l'axe antéro-postérieur (A-P), le système nerveux central (SNC) est organisé en une vésicule sensorielle, un cou, un ganglion du tronc et un cordon nerveux de la queue, et est composé d'environ seulement 330 cellules, dont environ 100 sont considérées comme des neurones. L'organisation des types cellulaires neuronaux distincts et de l'expression des gènes des neurotransmetteurs au sein du SNC a été décrite. Le mode de développement unique des ascidies, avec un petit nombre de cellules et un motif de division cellulaire fixe, permet de tracer les cellules individuelles tout au long du développement. Cette caractéristique a conduit à la documentation complète des lignées cellulaires de certains types cellulaires dans le SNC. Ainsi, une compréhension étape par étape du développement du système nerveux, des stades initiaux d'induction neurale à la neurogenèse des neurones individuels, est un objectif réalisable. Le contrôle génétique de l'induction du destin neuronal et du motif précoce de la plaque neurale est maintenant bien compris. Les mécanismes moléculaires spécifiant les neurones cholinergiques du ganglion du tronc ainsi que les cellules pigmentaires des organes sensoriels sont également bien élucidés. De plus, des études ont commencé sur les processus morphogénétiques de la neurulation. Les défis restants incluent la construction d'un atlas embryonnaire intégrant les motifs d'expression génique, les lignées cellulaires et les types cellulaires neuronaux, ainsi que le développement des réseaux de régulation génique de la spécification du destin cellulaire et leur intégration avec le contrôle génétique de la morphogenèse. WIREs Dev Biol 2016, 5:538-561. doi: 10.1002/wdev.239 Pour plus de ressources liées à cet article, veuillez visiter le site Web WIREs.

@article{doi101002wdev239,
    author = "Hudson, C. S.",
    title = "The central nervous system of ascidian larvae",
    year = "2016",
    journal = "Wiley Interdisciplinary Reviews Developmental Biology",
    abstract = "Ascidians are marine invertebrate chordates. Their tadpole larvae contain a dorsal tubular nervous system, resulting from the rolling up of a neural plate. Along the anterior-posterior (A-P) axis, the central nervous system (CNS) is organized into a sensory vesicle, neck, trunk ganglion, and tail nerve cord and consists of approximately only 330 cells, of which around 100 are thought to be neurons. The organization of distinct neuronal cell types and neurotransmitter gene expression within the CNS has been described. The unique developmental mode of ascidians, with a small number of cells and a fixed cell division pattern, allows individual cells to be traced throughout development. This feature has led to the complete documentation of the cell lineages of certain cell types in the CNS. Thus, a step-by-step understanding of nervous system development from the initial stages of neural induction to the neurogenesis of individual neurons is a feasible goal. The genetic control of neural fate induction and early neural plate patterning are now well understood. The molecular mechanisms specifying the cholinergic neurons of the trunk ganglion as well as the pigment cells of the sensory organs are also well elucidated. In addition, studies have begun on the morphogenetic processes of neurulation. Remaining challenges include building an embryonic atlas integrating gene expression patterns, cell lineage, and neuronal cell types as well as developing the gene regulatory networks of cell fate specification and integrating them with the genetic control of morphogenesis. WIREs Dev Biol 2016, 5:538-561. doi: 10.1002/wdev.239 For further resources related to this article, please visit the WIREs website.",
    url = "https://doi.org/10.1002/wdev.239",
    doi = "10.1002/wdev.239",
    openalex = "W2475024994",
    references = "doi101002dvdy24317, doi101242jcss310363393"
}

La larve de Ciona intestinalis possède deux organes photorécepteurs distincts, un ocellus pigmenté conventionnel et un ocellus non pigmenté, situés de manière asymétrique dans le cerveau. Les cellules photoréceptrices ciliaires de ces ocellus ressemblent aux cellules visuelles de la rétine des vertébrés. L'élucidation précise de la lignée des cellules photoréceptrices sera essentielle pour comprendre les mécanismes de développement de ces cellules ainsi que les relations évolutives entre les organes photorécepteurs des ascidies et des vertébrés. Les cellules photoréceptrices de l'ocellus pigmenté ont été considérées comme se développant à partir de blastomères antérieurs animaux (a-lignée), tandis que l'origine développementale de l'ocellus non pigmenté n'a pas été déterminée. Ici, nous montrons que les cellules photoréceptrices des deux ocellus se développent à partir de l'hémisphère végétal antérieur droit : celles de l'ocellus pigmenté à partir de la cellule A9.14 droite et celles de l'ocellus non pigmenté à partir de la cellule A9.16 droite. L'ocellus pigmenté est formé par la combinaison de deux lignées de cellules d'origines embryonnaires distinctes : les cellules photoréceptrices proviennent d'une portion médiale de la plaque neurale de la lignée A, tandis que la cellule pigmentée provient du bord latéral de la plaque neurale de la lignée a. À la lumière de la relation évolutive étroite récemment proposée entre la cellule pigmentaire de l'ocellus des ascidies et la crête neurale céphalique des vertébrés, l'ocellus des ascidies pourrait représenter une contribution prototypique de la crête neurale à un organe sensoriel crânien.

@article{doi101016jydbio201610014,
    author = "Oonuma, Kouhei et Tanaka, Moeko et Nishitsuji, Koki et Kato, Yumiko et Shimai, Kotaro et Kusakabe, Takehiro G",
    title = "Revised lineage of larval photoreceptor cells in Ciona reveals archetypal collaboration between neural tube and neural crest in sensory organ formation.",
    year = "2016",
    journal = "Developmental biology",
    abstract = "La larve de Ciona intestinalis possède deux organes photorécepteurs distincts, un ocellus pigmenté conventionnel et un ocellus non pigmenté, situés de manière asymétrique dans le cerveau. Les cellules photoréceptrices ciliaires de ces ocellus ressemblent aux cellules visuelles de la rétine des vertébrés. L'élucidation précise de la lignée des cellules photoréceptrices sera essentielle pour comprendre les mécanismes de développement de ces cellules ainsi que les relations évolutives entre les organes photorécepteurs des ascidies et des vertébrés. Les cellules photoréceptrices de l'ocellus pigmenté ont été considérées comme se développant à partir de blastomères antérieurs animaux (a-lignée), tandis que l'origine développementale de l'ocellus non pigmenté n'a pas été déterminée. Ici, nous montrons que les cellules photoréceptrices des deux ocellus se développent à partir de l'hémisphère végétal antérieur droit : celles de l'ocellus pigmenté à partir de la cellule A9.14 droite et celles de l'ocellus non pigmenté à partir de la cellule A9.16 droite. L'ocellus pigmenté est formé par la combinaison de deux lignées de cellules d'origines embryonnaires distinctes : les cellules photoréceptrices proviennent d'une portion médiale de la plaque neurale de la lignée A, tandis que la cellule pigmentée provient du bord latéral de la plaque neurale de la lignée a. À la lumière de la relation évolutive étroite récemment proposée entre la cellule pigmentaire de l'ocellus des ascidies et la crête neurale céphalique des vertébrés, l'ocellus des ascidies pourrait représenter une contribution prototypique de la crête neurale à un organe sensoriel crânien.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27789227/",
    doi = "10.1016/j.ydbio.2016.10.014",
    openalex = "W2537046125",
    pmid = "27789227",
    references = "doi1010160012160685901010, doi101016jcub200912006, doi101016s0021925818823195, doi10103714088000, doi10103835093002, doi101073pnas202320599, doi101074jbcm009030200, doi101242dev01270, doi105962bhltitle4801, doi105962bhltitle68064"
}

Les asymétries gauche-droite dans les cerveaux sont généralement mineures ou cryptiques. Nous rapportons des asymétries cérébrales dans le petit système nerveux tubulaire dorsal de la larve de têtard d'ascidie Ciona intestinalis. Chordé en termes de plan corporel et de développement, la larve constitue un exemple remarquable d'asymétrie cérébrale. Bien que le développement neural précoce soit bien étudié, l'organisation cellulaire détaillée du SNC de la larve nageuse reste inconnue. En utilisant de la microscopie électronique à transmission en coupes sériales, nous documentons le connectome synaptique des 177 neurones du SNC de la larve. Ceux-ci ont formé 6618 synapses, dont 1772 jonctions neuromusculaires, augmentées de 1206 jonctions gap. Les neurones sont unipolaires avec au plus un seul dendrite et peu de synapses. Certaines synapses sont non polarisées, d'autres forment des motifs réciproques ou en série ; 922 étaient polyadiques. Les synapses axo-axonales prédominent. La plupart des neurones possèdent des organites ciliaires, et de nombreuses caractéristiques manquent de spécialisation structurale. Malgré un nombre égal de cellules des deux côtés, les identités neuronales et les voies diffèrent gauche/droite. Les asymétries des vésicules cérébrales incluent un ocellus droit et des cellules coronet gauches.

@article{doi107554elife16962,
    author = "Ryan, Kerrianne et Lu, Zhiyuan et Meinertzhagen, Ian A.",
    title = "Le connectome du système nerveux central d'une larve de têtard de Ciona intestinalis (L.) met en évidence la latéralisation dans le cerveau d'un cousin chordé",
    year = "2016",
    journal = "eLife",
    abstract = "Les asymétries gauche-droite dans les cerveaux sont généralement mineures ou cryptiques. Nous rapportons des asymétries cérébrales dans le petit système nerveux tubulaire dorsal de la larve de têtard d'ascidie Ciona intestinalis. Chordé en termes de plan corporel et de développement, la larve constitue un exemple remarquable d'asymétrie cérébrale. Bien que le développement neural précoce soit bien étudié, l'organisation cellulaire détaillée du SNC de la larve nageuse reste inconnue. En utilisant de la microscopie électronique à transmission en coupes sériales, nous documentons le connectome synaptique des 177 neurones du SNC de la larve. Ceux-ci ont formé 6618 synapses, dont 1772 jonctions neuromusculaires, augmentées de 1206 jonctions gap. Les neurones sont unipolaires avec au plus un seul dendrite et peu de synapses. Certaines synapses sont non polarisées, d'autres forment des motifs réciproques ou en série ; 922 étaient polyadiques. Les synapses axo-axonales prédominent. La plupart des neurones possèdent des organites ciliaires, et de nombreuses caractéristiques manquent de spécialisation structurale. Malgré un nombre égal de cellules des deux côtés, les identités neuronales et les voies diffèrent gauche/droite. Les asymétries des vésicules cérébrales incluent un ocellus droit et des cellules coronet gauches.",
    url = "https://doi.org/10.7554/elife.16962",
    doi = "10.7554/elife.16962",
    openalex = "W2559748052",
    references = "doi1010079783642182624, doi101007bf02584045, doi101016jpreteyeres201306001, doi101016jydbio201610014, doi101017cbo9780511546372, doi101038383407a0, doi101046j14697580200119910063x, doi101098rspb19660086, doi101098rstb19860056, doi101111j13652818200501466x, doi101126science1080049, doi101126science341314, doi101242jcss27228551, doi101242jcss310363393, doi101371journalpcbi1001066, openalexw1618384257"
}

La caractéristique représentative des ascidies est leur forme de têtard ressemblant à celle des vertébrés au stade larvaire. Les ascidies perdent la forme de têtard par métamorphose pour devenir des adultes avec un corps non motile, sessile et une forme généralement considérée comme distincte de celle des vertébrés. Les ascidies solitaires, y compris les espèces de Ciona, sont largement étudiées pour comprendre les mécanismes de développement des ascidies et comparer ces mécanismes à leurs équivalents chez les vertébrés. Chez ces espèces d'ascidies, les systèmes digestif et circulatoire ne sont pas bien développés dans le tronc larvaire et les larves ne se nourrissent pas. Cela contraste avec les conditions internes des têtards de vertébrés, qui possèdent des organes fonctionnels comparables à ceux des adultes. Les organes et tissus adultes de ces ascidies deviennent fonctionnels pendant la métamorphose, qui se termine rapidement, suggérant que les larves d'ascidies des espèces solitaires constituent une étape transitoire du développement. Nous discutons ici de la manière dont les cellules et les tissus du corps larvaire des ascidies sont convertis en ceux des adultes. Les cœurs des ascidies et des vertébrés utilisent des mécanismes cellulaires et moléculaires étroitement liés qui suggèrent leur origine commune. Les gènes Hox des ascidies sont essentiels pour former les structures endodermiques adultes. Pour comprendre pleinement le développement et l'évolution des chordés, une élucidation complète des mécanismes sous-jacents à la formation des tissus/organes adultes des ascidies sera nécessaire. WIREs Dev Biol 2018, 7:e304. doi : 10.1002/wdev.304 Cet article est classé dans : Comparative Development and Evolution > Body Plan Evolution Early Embryonic Development > Development to the Basic Body Plan.

@article{doi101002wdev304,
    author = "Sasakura, Yasunori et Hozumi, Akiko",
    title = "Formation of adult organs through metamorphosis in ascidians",
    year = "2017",
    journal = "Wiley Interdisciplinary Reviews Developmental Biology",
    abstract = "La caractéristique représentative des ascidies est leur forme de têtard ressemblant à celle des vertébrés au stade larvaire. Les ascidies perdent la forme de têtard par métamorphose pour devenir des adultes avec un corps non motile, sessile et une forme généralement considérée comme distincte de celle des vertébrés. Les ascidies solitaires, y compris les espèces de Ciona, sont largement étudiées pour comprendre les mécanismes de développement des ascidies et comparer ces mécanismes à leurs équivalents chez les vertébrés. Chez ces espèces d'ascidies, les systèmes digestif et circulatoire ne sont pas bien développés dans le tronc larvaire et les larves ne se nourrissent pas. Cela contraste avec les conditions internes des têtards de vertébrés, qui possèdent des organes fonctionnels comparables à ceux des adultes. Les organes et tissus adultes de ces ascidies deviennent fonctionnels pendant la métamorphose, qui se termine rapidement, suggérant que les larves d'ascidies des espèces solitaires constituent une étape transitoire du développement. Nous discutons ici de la manière dont les cellules et les tissus du corps larvaire des ascidies sont convertis en ceux des adultes. Les cœurs des ascidies et des vertébrés utilisent des mécanismes cellulaires et moléculaires étroitement liés qui suggèrent leur origine commune. Les gènes Hox des ascidies sont essentiels pour former les structures endodermiques adultes. Pour comprendre pleinement le développement et l'évolution des chordés, une élucidation complète des mécanismes sous-jacents à la formation des tissus/organes adultes des ascidies sera nécessaire. WIREs Dev Biol 2018, 7:e304. doi : 10.1002/wdev.304 Cet article est classé dans : Comparative Development and Evolution > Body Plan Evolution Early Embryonic Development > Development to the Basic Body Plan.",
    url = "https://doi.org/10.1002/wdev.304",
    doi = "10.1002/wdev.304",
    openalex = "W2766825054",
    references = "doi101002dvdy24317"
}

Le système nerveux des ascidies est un excellent système modèle pour fournir des aperçus sur le processus évolutif du système nerveux des chordés en raison de leur position phylogénétique en tant que groupe frère des vertébrés. Cependant, le système nerveux entier des ascidies adultes n'a pas encore été étudié fonctionnellement et anatomiquement. Dans cette étude, nous avons révélé le système nerveux dorsal et des siphons entier de l'ascidien adulte transgénique de Ciona intestinalis Type A (Ciona robusta) dans lequel un gène rapporteur Kaede est exprimé de manière pan-neuronale. Le signal fluorescent de Kaede a révélé les motifs d'innervation et la distribution des neurones dans le système nerveux de Ciona. Une observation microscopique précise a démontré l'innervation claire des nerfs principaux antérieurs et postérieurs vers huit et six lobes des siphons oral et atrial, respectivement. De plus, les nerfs viscéraux, précédemment identifiés comme des nerfs non appariés, ont été trouvés être appariés ; un nerf est issu de l'extrémité postérieure du ganglion cérébral et l'autre du nerf postérieur droit. Cette étude a également révélé la trajectoire complète du plexus de la bande dorsale et des nerfs viscéraux appariés de chaque côté du ganglion cérébral jusqu'à l'ovaire, ainsi que l'innervation précise entre le ganglion cérébral et les organes périphériques incluant le gonoducte, l'organe cupulaire, le rectum et l'ovaire. Les motifs d'innervation différentiels des nerfs viscéraux et du plexus de la bande dorsale indiquent que les organes périphériques incluant l'ovaire subissent diverses régulations neuronales. Collectivement, l'analyse anatomique actuelle a révélé l'innervation majeure des systèmes nerveux dorsal et des siphons des ascidies adultes Ciona.

@article{doi101371journalpone0180227,
    author = "Osugi, Tomohiro et Sasakura, Yasunori et Satake, Honoo",
    title = "Le système nerveux de l'ascidien adulte Ciona intestinalis Type A (Ciona robusta) : Apports des modèles animaux transgéniques",
    year = "2017",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "Le système nerveux des ascidies est un excellent système modèle pour fournir des aperçus sur le processus évolutif du système nerveux des chordés en raison de leur position phylogénétique en tant que groupe frère des vertébrés. Cependant, le système nerveux entier des ascidies adultes n'a pas encore été étudié fonctionnellement et anatomiquement. Dans cette étude, nous avons révélé le système nerveux dorsal et des siphons entier de l'ascidien adulte transgénique de Ciona intestinalis Type A (Ciona robusta) dans lequel un gène rapporteur Kaede est exprimé de manière pan-neuronale. Le signal fluorescent de Kaede a révélé les motifs d'innervation et la distribution des neurones dans le système nerveux de Ciona. Une observation microscopique précise a démontré l'innervation claire des nerfs principaux antérieurs et postérieurs vers huit et six lobes des siphons oral et atrial, respectivement. De plus, les nerfs viscéraux, précédemment identifiés comme des nerfs non appariés, ont été trouvés être appariés ; un nerf est issu de l'extrémité postérieure du ganglion cérébral et l'autre du nerf postérieur droit. Cette étude a également révélé la trajectoire complète du plexus de la bande dorsale et des nerfs viscéraux appariés de chaque côté du ganglion cérébral jusqu'à l'ovaire, ainsi que l'innervation précise entre le ganglion cérébral et les organes périphériques incluant le gonoducte, l'organe cupulaire, le rectum et l'ovaire. Les motifs d'innervation différentiels des nerfs viscéraux et du plexus de la bande dorsale indiquent que les organes périphériques incluant l'ovaire subissent diverses régulations neuronales. Collectivement, l'analyse anatomique actuelle a révélé l'innervation majeure des systèmes nerveux dorsal et des siphons des ascidies adultes Ciona.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0180227",
    doi = "10.1371/journal.pone.0180227",
    openalex = "W2661387851",
    references = "doi101002dvdy24317"
}

@book{crossref2018transgenic,
    title = "Ascidiennes transgéniques",
    year = "2018",
    booktitle = "Progrès en médecine et biologie expérimentales",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-981-10-7545-2",
    doi = "10.1007/978-981-10-7545-2"
}

Les larves de type têtard de l'ascidie, Halocynthia roretzi, présentent une asymétrie gauche-droite morphologique dans les structures cérébrales et l'orientation de la flexion de la queue au sein de la membrane vitelline. Les embryons de neurula tournent autour de l'axe antéro-postérieur dans un sens antihoraire, puis cette rotation s'arrête lorsque le côté gauche de l'embryon est orienté vers le bas. Le contact de l'épiderme du côté gauche avec la membrane vitelline favorise l'expression du gène nodal dans l'épiderme du côté gauche. Il s'agit d'un mécanisme novateur dans lequel la rotation des embryons entiers fournit le signal initial pour rompre la symétrie gauche-droite. Ici, nous montrons que les monocils épidermiques, qui apparaissent au stade de la rotation de la neurula, génèrent la force motrice de la rotation. Une protéine ciliaire, Arl13b, fusionnée avec Venus YFP a été utilisée pour l'imagerie en direct des mouvements ciliaires. Bien que la surexpression de la protéine de fusion Arl13b de type sauvage ait entraîné des mouvements aberrants des cils et l'abolition de la rotation de la neurula, la protéine de fusion Arl13b mutante, dans laquelle les domaines GTPase et coïlacés ont été supprimés, n'affecte pas les mouvements ciliaires normaux ni la rotation de la neurula. Les cils de l'épiderme se déplacent de manière ondulée et sinueuse comme les flagelles des spermatozoïdes, mais pas de manière rotatoire ou battante avec un coup efficace et un coup de récupération. Ils se déplacent très lentement, à 1/7 Hz, ce qui est cohérent avec la faible vitesse angulaire de la rotation de la neurula (environ 43°/min). Les extrémités de la plupart des cils pointent dans la direction opposée à la rotation embryonnaire. Une motilité similaire a également été observée chez les embryons de Ciona robusta. Lorsque les embryons ont été traités avec un inhibiteur de la dynéine, le Ciliobrevin D, les mouvements ciliaires et la rotation de la neurula ont été abolis, montrant que les mouvements ciliaires entraînent la rotation de la neurula chez Halocynthia. Le médicament a également inhibé la rotation de la neurula chez Ciona. Nos observations suggèrent que la force motrice de la rotation est générée en utilisant la membrane vitelline comme substrat, mais pas en créant un courant d'eau autour de l'embryon. Il est d'intérêt évolutif que les ascidies utilisent les mouvements ciliaires pour rompre la symétrie gauche-droite embryonnaire, comme chez de nombreux vertébrés. En même temps, les embryons d'ascidies tournent en bloc, similaire aux embryons de deutérostomes non vertébrés, tels que les échinodermes, les hémichordés et l'amphioxus, tout en nageant.

@article{doi101016jydbio201807023,
    author = "Yamada, Shiori et Tanaka, Yuka et Imai, Kaoru S et Saigou, Motohiko et Onuma, Takeshi A et Nishida, Hiroki",
    title = "Les mouvements ondulatoires des monocils de l'épiderme entraînent la rotation de la neurula qui détermine l'asymétrie gauche-droite chez les embryons d'ascidies.",
    year = "2019",
    journal = "Developmental biology",
    abstract = "Les larves de type têtard de l'ascidie, Halocynthia roretzi, présentent une asymétrie gauche-droite morphologique dans les structures cérébrales et l'orientation de la flexion de la queue au sein de la membrane vitelline. Les embryons de neurula tournent autour de l'axe antéro-postérieur dans un sens antihoraire, puis cette rotation s'arrête lorsque le côté gauche de l'embryon est orienté vers le bas. Le contact de l'épiderme du côté gauche avec la membrane vitelline favorise l'expression du gène nodal dans l'épiderme du côté gauche. Il s'agit d'un mécanisme novateur dans lequel la rotation des embryons entiers fournit le signal initial pour rompre la symétrie gauche-droite. Ici, nous montrons que les monocils épidermiques, qui apparaissent au stade de la rotation de la neurula, génèrent la force motrice de la rotation. Une protéine ciliaire, Arl13b, fusionnée avec Venus YFP a été utilisée pour l'imagerie en direct des mouvements ciliaires. Bien que la surexpression de la protéine de fusion Arl13b de type sauvage ait entraîné des mouvements aberrants des cils et l'abolition de la rotation de la neurula, la protéine de fusion Arl13b mutante, dans laquelle les domaines GTPase et coïlacés ont été supprimés, n'affecte pas les mouvements ciliaires normaux ni la rotation de la neurula. Les cils de l'épiderme se déplacent de manière ondulée et sinueuse comme les flagelles des spermatozoïdes, mais pas de manière rotatoire ou battante avec un coup efficace et un coup de récupération. Ils se déplacent très lentement, à 1/7 Hz, ce qui est cohérent avec la faible vitesse angulaire de la rotation de la neurula (environ 43°/min). Les extrémités de la plupart des cils pointent dans la direction opposée à la rotation embryonnaire. Une motilité similaire a également été observée chez les embryons de Ciona robusta. Lorsque les embryons ont été traités avec un inhibiteur de la dynéine, le Ciliobrevin D, les mouvements ciliaires et la rotation de la neurula ont été abolis, montrant que les mouvements ciliaires entraînent la rotation de la neurula chez Halocynthia. Le médicament a également inhibé la rotation de la neurula chez Ciona. Nos observations suggèrent que la force motrice de la rotation est générée en utilisant la membrane vitelline comme substrat, mais pas en créant un courant d'eau autour de l'embryon. Il est d'intérêt évolutif que les ascidies utilisent les mouvements ciliaires pour rompre la symétrie gauche-droite embryonnaire, comme chez de nombreux vertébrés. En même temps, les embryons d'ascidies tournent en bloc, similaire aux embryons de deutérostomes non vertébrés, tels que les échinodermes, les hémichordés et l'amphioxus, tout en nageant.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30059669/",
    doi = "10.1016/j.ydbio.2018.07.023",
    openalex = "W2884515397",
    pmid = "30059669",
    references = "doi101016jcell200504008, doi101016jcub200610067, doi101016jydbio201303021, doi101016s0092867400817055, doi101038nature00849, doi101038nature10936, doi101083jcb200908133, doi101242dev01772, doi101242dev100560, doi101242jcs02818"
}

@misc{arumugam2020ascidians,
    author = "Arumugam, Velusamy et Venkatesan, Manigandan et Ramachandran, Karthik et Sundaresan, Umamaheswari et Ramachandran, Saravanan",
    title = "Ascidies",
    year = "2020",
    booktitle = "Encyclopedia of Marine Biotechnology",
    url = "https://doi.org/10.1002/9781119143802.ch113",
    doi = "10.1002/9781119143802.ch113",
    pages = "2487-2508"
}

Ciona robusta (Ciona intestinalis type A), un organisme modèle pour les études biologiques, appartient aux ascidies, la principale classe des tunicés, qui sont les parents les plus proches des vertébrés. Chez Ciona, un projet sur l'ontologie du développement et de l'anatomie est en cours depuis plusieurs années. Son objectif est de standardiser une ressource reliant chaque structure anatomique aux stades de développement. Aujourd'hui, l'ontologie est codifiée jusqu'au stade de la larve éclosée. Ici, nous présentons son extension tout au long des stades de larve nageuse, la métamorphose, jusqu'aux stades juvéniles. Pour standardiser l'ontologie du développement, nous avons acquis différents films en temps réel, des images de microscope confocal et des images de coupes histologiques sériées pour chaque événement de développement, du stade de la larve éclosée (17,5 heures post-fécondation) au stade juvénile (7 jours post-fécondation). En combinant ces données, nous avons défini 12 nouveaux stades de développement distincts (du Stade 26 au Stade 37), en plus des 26 stades précédemment définis, désignés sous le nom de développement embryonnaire. Les nouveaux stades ont été regroupés en quatre Périodes nommées : Adhésion, Absorption de la queue, Rotation de l'axe corporel et Juvénile. Pour construire l'ontologie anatomique, 203 entités anatomiques ont été identifiées, définies selon la littérature, et annotées, en tirant parti de la haute résolution et des informations complémentaires obtenues par microscopie confocale et histologie. L'ontologie décrit les entités anatomiques à des niveaux hiérarchiques, du niveau cellulaire ( lignée cellulaire) au niveau tissu/organe. En comparant le nombre d'entités au cours du développement, nous avons trouvé deux vagues d'augmentation des entités : en plus de celle survenant après la fécondation, il y en a une seconde pendant la Période de Rotation de l'axe corporel, lorsque les structures juvéniles apparaissent. À l'inverse, un tiers des entités anatomiques associées à la vie embryonnaire/larvaire a été considérablement réduit au début de la métamorphose. Les données ont enfin été intégrées dans la ressource en ligne « TunicAnatO », qui comprend un certain nombre d'images anatomiques et un dictionnaire avec des synonymes. Cette ontologie permettra la standardisation des données sous-tendant une annotation précise de l'expression des gènes et la compréhension des mécanismes de différenciation. Elle contribuera à comprendre l'émergence de structures élaborées au cours de l'embryogenèse et de la métamorphose, en mettant en lumière la dégénérescence et la différenciation tissulaires survenant lors de la métamorphose.

@article{doi101038s41598020735449,
    author = "Hotta, K. and Dauga, Delphine and Manni, L.",
    title = "The ontology of the anatomy and development of the solitary ascidian Ciona: the swimming larva and its metamorphosis",
    year = "2020",
    journal = "Scientific Reports",
    abstract = {Ciona robusta (Ciona intestinalis type A), un organisme modèle pour les études biologiques, appartient aux ascidies, la principale classe des tunicés, qui sont les parents les plus proches des vertébrés. Chez Ciona, un projet sur l'ontologie du développement et de l'anatomie est en cours depuis plusieurs années. Son objectif est de standardiser une ressource reliant chaque structure anatomique aux stades de développement. Aujourd'hui, l'ontologie est codifiée jusqu'au stade de la larve éclosée. Ici, nous présentons son extension tout au long des stades de larve nageuse, la métamorphose, jusqu'aux stades juvéniles. Pour standardiser l'ontologie du développement, nous avons acquis différents films en temps réel, des images de microscope confocal et des images de coupes histologiques sériées pour chaque événement de développement, du stade de la larve éclosée (17,5 heures post-fécondation) au stade juvénile (7 jours post-fécondation). En combinant ces données, nous avons défini 12 nouveaux stades de développement distincts (du Stade 26 au Stade 37), en plus des 26 stades précédemment définis, désignés sous le nom de développement embryonnaire. Les nouveaux stades ont été regroupés en quatre Périodes nommées : Adhésion, Absorption de la queue, Rotation de l'axe corporel et Juvénile. Pour construire l'ontologie anatomique, 203 entités anatomiques ont été identifiées, définies selon la littérature, et annotées, en tirant parti de la haute résolution et des informations complémentaires obtenues par microscopie confocale et histologie. L'ontologie décrit les entités anatomiques à des niveaux hiérarchiques, du niveau cellulaire ( lignée cellulaire) au niveau tissu/organe. En comparant le nombre d'entités au cours du développement, nous avons trouvé deux vagues d'augmentation des entités : en plus de celle survenant après la fécondation, il y en a une seconde pendant la Période de Rotation de l'axe corporel, lorsque les structures juvéniles apparaissent. À l'inverse, un tiers des entités anatomiques associées à la vie embryonnaire/larvaire a été considérablement réduit au début de la métamorphose. Les données ont enfin été intégrées dans la ressource en ligne « TunicAnatO », qui comprend un certain nombre d'images anatomiques et un dictionnaire avec des synonymes. Cette ontologie permettra la standardisation des données sous-tendant une annotation précise de l'expression des gènes et la compréhension des mécanismes de différenciation. Elle contribuera à comprendre l'émergence de structures élaborées au cours de l'embryogenèse et de la métamorphose, en mettant en lumière la dégénérescence et la différenciation tissulaires survenant lors de la métamorphose.},
    url = "https://www.nature.com/articles/s41598-020-73544-9.pdf",
    doi = "10.1038/s41598-020-73544-9",
    is_oa = "true",
    number = "1",
    semanticscholar_citation_count = "44",
    semanticscholar_id = "5d4626a8cfef73e4d3673532c431a1c0fedf2c31",
    volume = "10",
    references = "doi101007s004270050011, doi101093icb224817"
}

Le mouvement ciliaire est un processus fondamental pour soutenir la vie animale, et le motif de mouvement peut être modifié en réponse à des stimuli externes sous le contrôle des systèmes nerveux. Les ascidies juvéniles et adultes possèdent des réseaux ciliaires autour de leurs fentes branchiales pharyngiennes (stigmata), et le battement continu est interrompu pendant des secondes par des stimuli mécaniques sur d'autres parties du corps. Bien qu'il ait été suggéré que la transmission neuronale pour évoquer l'arrêt ciliaire est cholinergique, sa base moléculaire n'a pas encore été élucidée en détail. Ici, nous avons tenté de clarifier les mécanismes moléculaires sous-jacents à cette transmission neurociliaire chez le modèle ascidien Ciona. La coloration histochimique à l'acétylcholinestérase a montré des signaux forts sur les cellules ciliées latéro-distales des stigmata, désignées ci-après comme cellules trapézoïdales. L'administration directe d'acétylcholine (ACh) et d'autres agonistes des récepteurs nicotiniques à l'acétylcholine (nAChRs) sur les cellules ciliées a de manière fiable évoqué un arrêt ciliaire persistant pendant des secondes de manière dépendante de la dose. Bien que le génome de Ciona encode dix nAChRs, seul l'un d'eux, appelé nAChR-A7/8-1, un parent des nAChRs α7 vertébrés, a été trouvé exprimé par les cellules trapézoïdales. Le nAChR-A7/8-1 exprimé exogènement sur les ovocytes de Xenopus a répondu à l'ACh et à d'autres agonistes avec des traits pharmacologiques cohérents avec ceux observés in vivo. D'autres efforts pour examiner la signalisation en aval de ce récepteur ont révélé qu'un inhibiteur de la phospholipase C (PLC) entravait l'arrêt ciliaire induit par l'ACh. Nous proposons que le nAChR-A7/8-1 homomérique lié à l'α7 médie la transmission neurociliaire dans les stigmata de Ciona pour provoquer un arrêt ciliaire persistant en recrutant la signalisation intracellulaire du Ca2+.

@article{doi101242jeb209320,
    author = "Jokura, Kei et Nishino, Junko M et Ogasawara, Michio et Nishino, Atsuo",
    title = "Un récepteur nicotinique à l'acétylcholine lié à l'α7 médie la réponse d'arrêt ciliaire dans les fentes branchiales pharyngiennes de Ciona.",
    year = "2020",
    journal = "The Journal of experimental biology",
    abstract = "Le mouvement ciliaire est un processus fondamental pour soutenir la vie animale, et le motif de mouvement peut être modifié en réponse à des stimuli externes sous le contrôle des systèmes nerveux. Les ascidies juvéniles et adultes possèdent des réseaux ciliaires autour de leurs fentes branchiales pharyngiennes (stigmata), et le battement continu est interrompu pendant des secondes par des stimuli mécaniques sur d'autres parties du corps. Bien qu'il ait été suggéré que la transmission neuronale pour évoquer l'arrêt ciliaire est cholinergique, sa base moléculaire n'a pas encore été élucidée en détail. Ici, nous avons tenté de clarifier les mécanismes moléculaires sous-jacents à cette transmission neurociliaire chez le modèle ascidien Ciona. La coloration histochimique à l'acétylcholinestérase a montré des signaux forts sur les cellules ciliées latéro-distales des stigmata, désignées ci-après comme cellules trapézoïdales. L'administration directe d'acétylcholine (ACh) et d'autres agonistes des récepteurs nicotiniques à l'acétylcholine (nAChRs) sur les cellules ciliées a de manière fiable évoqué un arrêt ciliaire persistant pendant des secondes de manière dépendante de la dose. Bien que le génome de Ciona encode dix nAChRs, seul l'un d'eux, appelé nAChR-A7/8-1, un parent des nAChRs α7 vertébrés, a été trouvé exprimé par les cellules trapézoïdales. Le nAChR-A7/8-1 exprimé exogènement sur les ovocytes de Xenopus a répondu à l'ACh et à d'autres agonistes avec des traits pharmacologiques cohérents avec ceux observés in vivo. D'autres efforts pour examiner la signalisation en aval de ce récepteur ont révélé qu'un inhibiteur de la phospholipase C (PLC) entravait l'arrêt ciliaire induit par l'ACh. Nous proposons que le nAChR-A7/8-1 homomérique lié à l'α7 médie la transmission neurociliaire dans les stigmata de Ciona pour provoquer un arrêt ciliaire persistant en recrutant la signalisation intracellulaire du Ca2+.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32220975/",
    doi = "10.1242/jeb.209320",
    openalex = "W3013390895",
    pmid = "32220975",
    references = "doi101007s00441019030355, doi101016089662739090344f, doi101016jceca200308006, doi101016s0021925818543623, doi101016s0022356525130346, doi101016s0022356525229676, doi101073pnas90156971, doi101113jphysiol1987sp016883, doi101126science1080049, doi101177123219, doi101523jneurosci1302005961993"
}

Un organe sécrétant du mucus chez les ascidies, l'endostyle, est constitué de plusieurs zones épithéliales présentant des cils de longueurs, de densités et de directions de battement différentes. Ici, nous avons découvert par microscopie électronique en transmission que les longs cils de la zone 1 de l'endostyle présentaient des structures axonémiques 9 + 2 mais manquaient complètement de la dyneine des bras externes. En revanche, les cils des autres zones portaient à la fois les bras externes et internes de la dyneine. La western blotting et la microscopie en immunofluorescence ont en outre révélé que la zone 1 semblait manquer non seulement de la dyneine des bras externes, mais aussi de la dyneine des bras internes à deux têtes. Ces résultats suggèrent un mécanisme de suppression génique spécifique à une région qui provoque une perte limitée des dyneines axonémiques à deux têtes dans l'épithélium de l'endostyle. La perte de ces dyneines dans la zone 1 est considérée comme contribuant à la génération d'un mouvement ciliaire ondulatoire essentiel à un circuit unique de flux de mucus dans l'endostyle.

@article{doi102108zs200095,
    author = "Konno, Alu et Inaba, Kazuo",
    title = "Perte spécifique à une région de deux dyneines ciliaires à deux têtes dans l'endostyle des ascidies.",
    year = "2020",
    journal = "Zoological science",
    abstract = "Un organe sécrétant du mucus chez les ascidies, l'endostyle, est constitué de plusieurs zones épithéliales présentant des cils de longueurs, de densités et de directions de battement différentes. Ici, nous avons découvert par microscopie électronique en transmission que les longs cils de la zone 1 de l'endostyle présentaient des structures axonémiques 9 + 2 mais manquaient complètement de la dyneine des bras externes. En revanche, les cils des autres zones portaient à la fois les bras externes et internes de la dyneine. La western blotting et la microscopie en immunofluorescence ont en outre révélé que la zone 1 semblait manquer non seulement de la dyneine des bras externes, mais aussi de la dyneine des bras internes à deux têtes. Ces résultats suggèrent un mécanisme de suppression génique spécifique à une région qui provoque une perte limitée des dyneines axonémiques à deux têtes dans l'épithélium de l'endostyle. La perte de ces dyneines dans la zone 1 est considérée comme contribuant à la génération d'un mouvement ciliaire ondulatoire essentiel à un circuit unique de flux de mucus dans l'endostyle.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33269866/",
    doi = "10.2108/zs200095",
    openalex = "W3096892882",
    pmid = "33269866",
    references = "doi101002cm970080110, doi101016jcub200607012, doi101038227680a0, doi101038nature07471, doi101038ng1106, doi101038ng2707, doi101083jcb1515f37, doi101083jcb913107s, doi101093molehrgar034, doi101126science1084576"
}

L'expression spatio-temporelle des gènes zygotiques est régulée par des facteurs de transcription, qui médient la décision du destin cellulaire et la morphogenèse. L'étude des motifs d'expression et de leurs relations de régulation transcriptionnelle est cruciale pour comprendre le développement embryonnaire. Le RNA-seq séquencé par stade de l'ascidière Halocynthia roretzi a précédemment montré que neuf gènes codant des facteurs de transcription sont exprimés de manière transitoire au stade blastula, qui est le stade où les destins cellulaires sont spécifiés et où la différenciation commence. Six de ces facteurs de transcription ont déjà été identifiés comme jouant des rôles importants durant le développement précoce. Cependant, les fonctions des autres facteurs de transcription (FoxJ-r, SoxF et SP8/9) restent inconnues. L'étude des motifs d'expression spatiaux et temporels a montré que les trois gènes étaient exprimés dans l'hémisphère animal dès le stade à 16 cellules. Cela est probablement dû à des gènes de facteurs de transcription exprimés dans l'hémisphère végétal, qui ont été étendus et analysés de manière exhaustive dans les études précédentes sur les ascidies. Les analyses fonctionnelles utilisant des morphants FoxJ-r ont montré qu'ils entraînaient une perturbation de la latéralité et l'absence de monocils épidermiques, suggérant que FoxJ-r intervient dans la formation des cils et, par conséquent, dans la génération de l'asymétrie gauche-droite, comme observé chez les vertébrés. Le knockdown de SoxF a entraîné une épibolie incomplète par l'ectoderme durant la gastrulation, tandis que le knockdown de SP8/9 n'a montré aucun phénotype jusqu'au stade du bourgeon caudal dans la présente étude, bien qu'il ait été exprimé durant les stades de blastula. Nos résultats indiquent que les gènes de facteurs de transcription exprimés aux stades de segmentation jouent des rôles dans des fonctions diverses et ne se limitent pas à la spécification du destin cellulaire.

@article{doi102108zs200128,
    author = "Shih, Yu et Wang, Kai et Kumano, Gaku et Nishida, Hiroki",
    title = "Expression et Analyses Fonctionnelles des Facteurs de Transcription Ectodermiques FoxJ-r, SoxF et SP8/9 dans les Embryons Précoces de l'Ascidière Halocynthia roretzi",
    year = "2020",
    journal = "ZOOLOGICAL SCIENCE",
    abstract = "L'expression spatio-temporelle des gènes zygotiques est régulée par des facteurs de transcription, qui médient la décision du destin cellulaire et la morphogenèse. L'étude des motifs d'expression et de leurs relations de régulation transcriptionnelle est cruciale pour comprendre le développement embryonnaire. Le RNA-seq séquencé par stade de l'ascidière Halocynthia roretzi a précédemment montré que neuf gènes codant des facteurs de transcription sont exprimés de manière transitoire au stade blastula, qui est le stade où les destins cellulaires sont spécifiés et où la différenciation commence. Six de ces facteurs de transcription ont déjà été identifiés comme jouant des rôles importants durant le développement précoce. Cependant, les fonctions des autres facteurs de transcription (FoxJ-r, SoxF et SP8/9) restent inconnues. L'étude des motifs d'expression spatiaux et temporels a montré que les trois gènes étaient exprimés dans l'hémisphère animal dès le stade à 16 cellules. Cela est probablement dû à des gènes de facteurs de transcription exprimés dans l'hémisphère végétal, qui ont été étendus et analysés de manière exhaustive dans les études précédentes sur les ascidies. Les analyses fonctionnelles utilisant des morphants FoxJ-r ont montré qu'ils entraînaient une perturbation de la latéralité et l'absence de monocils épidermiques, suggérant que FoxJ-r intervient dans la formation des cils et, par conséquent, dans la génération de l'asymétrie gauche-droite, comme observé chez les vertébrés. Le knockdown de SoxF a entraîné une épibolie incomplète par l'ectoderme durant la gastrulation, tandis que le knockdown de SP8/9 n'a montré aucun phénotype jusqu'au stade du bourgeon caudal dans la présente étude, bien qu'il ait été exprimé durant les stades de blastula. Nos résultats indiquent que les gènes de facteurs de transcription exprimés aux stades de segmentation jouent des rôles dans des fonctions diverses et ne se limitent pas à la spécification du destin cellulaire.",
    url = "https://doi.org/10.2108/zs200128",
    doi = "10.2108/zs200128",
    openalex = "W3113189041",
    references = "doi101016jydbio201807023"
}

@article{doi101016jfsi202110022,
    author = "Longo, Valeria et Parrinello, Daniela et Longo, Alessandra et Parisi, Maria Giovanna et Parrinello, Nicolò et Colombo, Paolo et Cammarata, Matteo",
    title = "La conservation et la diversité des cellules et molécules d'ascidies impliquées dans la réaction inflammatoire : Le modèle Ciona robusta",
    year = "2021",
    journal = "Fish \& Shellfish Immunology",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.fsi.2021.10.022",
    doi = "10.1016/j.fsi.2021.10.022",
    openalex = "W3205664997",
    references = "doi1010160022175977900552"
}

Cionin est une homologue de la cholécystokinine/gastrine des vertébrés qui a été identifiée chez l'ascidie Ciona intestinalis type A. La position phylogénétique des ascidies en tant que parents vivants les plus proches des vertébrés suggère que cionin peut fournir des indices sur l'évolution des systèmes endocriniens/neuroendocrins chez tous les chordés. Ici, nous montrons le rôle biologique de cionin dans la régulation de l'ovulation. L'hybridation in situ a démontré que l'ARNm du récepteur de cionin, Cior2, était exprimé spécifiquement dans les cellules folliculaires internes des follicules pré-ovulatoires dans l'ovaire de Ciona. Cionin a été trouvé pour stimuler significativement l'ovulation après une incubation de 24 heures. Les analyses transcriptomiques et ultérieures par PCR en temps réel ont confirmé que les niveaux d'expression des gènes de signalisation des récepteurs à tyrosine kinase (RTK) et d'un gène de métalloprotéinase matricielle (MMP) étaient significativement élevés dans les follicules traités par cionin. Ce qui est particulièrement intéressant, c'est qu'un inhibiteur de RTK et un inhibiteur de MMP ont considérablement supprimé l'effet stimulant de cionin sur l'ovulation. De plus, l'inhibition de la signalisation RTK a réduit l'expression du gène MMP dans les follicules traités par cionin. Ces résultats fournissent des preuves que cionin induit l'ovulation en stimulant l'expression du gène MMP via la voie de signalisation RTK. Il s'agit du premier rapport sur les rôles endogènes de cionin et sur l'induction de l'ovulation par des peptides de la famille de la cholécystokinine/gastrine chez un organisme.

@article{doi101038s41598021902953,
    author = "Osugi, Tomohiro et Miyasaka, Natsuko et Shiraishi, A. et Matsubara, Shin et Satake, H.",
    title = "Cionin, a vertebrate cholecystokinin/gastrin homolog, induces ovulation in the ascidian Ciona intestinalis type A",
    year = "2021",
    journal = "Scientific Reports",
    abstract = "Cionin est une homologue de la cholécystokinine/gastrine des vertébrés qui a été identifiée chez l'ascidie Ciona intestinalis type A. La position phylogénétique des ascidies en tant que parents vivants les plus proches des vertébrés suggère que cionin peut fournir des indices sur l'évolution des systèmes endocriniens/neuroendocrins chez tous les chordés. Ici, nous montrons le rôle biologique de cionin dans la régulation de l'ovulation. L'hybridation in situ a démontré que l'ARNm du récepteur de cionin, Cior2, était exprimé spécifiquement dans les cellules folliculaires internes des follicules pré-ovulatoires dans l'ovaire de Ciona. Cionin a été trouvé pour stimuler significativement l'ovulation après une incubation de 24 heures. Les analyses transcriptomiques et ultérieures par PCR en temps réel ont confirmé que les niveaux d'expression des gènes de signalisation des récepteurs à tyrosine kinase (RTK) et d'un gène de métalloprotéinase matricielle (MMP) étaient significativement élevés dans les follicules traités par cionin. Ce qui est particulièrement intéressant, c'est qu'un inhibiteur de RTK et un inhibiteur de MMP ont considérablement supprimé l'effet stimulant de cionin sur l'ovulation. De plus, l'inhibition de la signalisation RTK a réduit l'expression du gène MMP dans les follicules traités par cionin. Ces résultats fournissent des preuves que cionin induit l'ovulation en stimulant l'expression du gène MMP via la voie de signalisation RTK. Il s'agit du premier rapport sur les rôles endogènes de cionin et sur l'induction de l'ovulation par des peptides de la famille de la cholécystokinine/gastrine chez un organisme.",
    url = "https://www.nature.com/articles/s41598-021-90295-3.pdf",
    doi = "10.1038/s41598-021-90295-3",
    is_oa = "true",
    number = "1",
    semanticscholar_citation_count = "10",
    semanticscholar_id = "aa3678451ba997b1e9606a005be4f2989934bfcd",
    volume = "11"
}

RÉSUMÉ Contexte Les asymétries gauche/droite sont une caractéristique courante des systèmes nerveux des métazoaires. Cela est particulièrement marqué dans le système nerveux central (SNC) larvaire comparativement simple du tunicé Ciona, dont la larve en forme de têtard nageuse montre un plan de base chordé clair. Bien que des éléments de voie commune pour spécifier l'axe gauche/droite soient présents chez les chordés, en particulier une exigence de signalisation Nodal, Ciona diffère de ses cousins vertébrés en spécifiant son axe à l'étade neurulique, plutôt qu'à l'étade gastrulique. De plus, Ciona et autres ascidies ont une exigence d'une membrane chorionique intacte pour une spécification gauche/droite correcte. Résultats Nous présentons ici des résultats montrant que les perturbations de l'asymétrie gauche/droite causées par la suppression du chorion (déchorionation) sont hautement variables et présentes dans tout le système nerveux larvaire de Ciona. Alors que des études précédentes ont documenté des perturbations des systèmes sensoriels nettement asymétriques dans la vésicule cérébrale antérieure, nous documentons des asymétries dans des structures apparemment symétriques telles que la vésicule cérébrale postérieure et le ganglion moteur. De plus, les défauts causés par la déchorionation incluent des classes de neurones mal placées ou absentes, une perte d'expression génique asymétrique, une connectivité synaptique aberrante et des comportements anormaux. Dans le ganglion moteur, une structure cérébrale qui a été assimilée au cervelet postérieur vertébral, nous trouvons que malgré la distribution apparente symétrique gauche/droite des interneurones et des neurones moteurs, les récepteurs AMPA sont exprimés exclusivement sur le côté gauche, ce qui correspond à des comportements de nage asymétriques. Nous trouvons également que dans une population de larves déchorionées, il existe un petit pourcentage avec une spécification gauche/droite apparemment normale, et une population approximativement égale avec une asymétrie inversée (d'image miroir). Nous présentons une méthode basée sur un test comportemental pour isoler ces larves. Lorsque ces deux classes de larves (normales et inversées) sont évaluées dans un test d'assombrissement de la lumière, elles affichent des comportements d'image miroir, les larves normales répondant par des nages antihoraires, tandis que les larves inversées répondent par des nages horaires. Conclusions Nos résultats soulignent l'importance des voies de spécification gauche/droite non seulement pour une anatomie du SNC correcte, mais aussi pour une connectivité synaptique et un comportement corrects.

@misc{doi10110120210303433807,
    author = "Kourakis, Matthew J. et Bostwick, Michaela et Zabriskie, Amanda et Smith, William C.",
    title = "Perturbations de l'asymétrie gauche/droite et renversements d'image miroir du comportement et de l'anatomie cérébrale chez Ciona",
    year = "2021",
    booktitle = "bioRxiv (Laboratoire Cold Spring Harbor)",
    abstract = "RÉSUMÉ Contexte Les asymétries gauche/droite sont une caractéristique courante des systèmes nerveux des métazoaires. Cela est particulièrement marqué dans le système nerveux central (SNC) larvaire comparativement simple du tunicé Ciona, dont la larve en forme de têtard nageuse montre un plan de base chordé clair. Bien que des éléments de voie commune pour spécifier l'axe gauche/droite soient présents chez les chordés, en particulier une exigence de signalisation Nodal, Ciona diffère de ses cousins vertébrés en spécifiant son axe à l'étade neurulique, plutôt qu'à l'étade gastrulique. De plus, Ciona et autres ascidies ont une exigence d'une membrane chorionique intacte pour une spécification gauche/droite correcte. Résultats Nous présentons ici des résultats montrant que les perturbations de l'asymétrie gauche/droite causées par la suppression du chorion (déchorionation) sont hautement variables et présentes dans tout le système nerveux larvaire de Ciona. Alors que des études précédentes ont documenté des perturbations des systèmes sensoriels nettement asymétriques dans la vésicule cérébrale antérieure, nous documentons des asymétries dans des structures apparemment symétriques telles que la vésicule cérébrale postérieure et le ganglion moteur. De plus, les défauts causés par la déchorionation incluent des classes de neurones mal placées ou absentes, une perte d'expression génique asymétrique, une connectivité synaptique aberrante et des comportements anormaux. Dans le ganglion moteur, une structure cérébrale qui a été assimilée au cervelet postérieur vertébral, nous trouvons que malgré la distribution apparente symétrique gauche/droite des interneurones et des neurones moteurs, les récepteurs AMPA sont exprimés exclusivement sur le côté gauche, ce qui correspond à des comportements de nage asymétriques. Nous trouvons également que dans une population de larves déchorionées, il existe un petit pourcentage avec une spécification gauche/droite apparemment normale, et une population approximativement égale avec une asymétrie inversée (d'image miroir). Nous présentons une méthode basée sur un test comportemental pour isoler ces larves. Lorsque ces deux classes de larves (normales et inversées) sont évaluées dans un test d'assombrissement de la lumière, elles affichent des comportements d'image miroir, les larves normales répondant par des nages antihoraires, tandis que les larves inversées répondent par des nages horaires. Conclusions Nos résultats soulignent l'importance des voies de spécification gauche/droite non seulement pour une anatomie du SNC correcte, mais aussi pour une connectivité synaptique et un comportement corrects.",
    url = "https://doi.org/10.1101/2021.03.03.433807",
    doi = "10.1101/2021.03.03.433807",
    openalex = "W3135056905",
    references = "doi101016jydbio201807023"
}

RÉSUMÉ La locomotion par nage chez les vertébrés aquatiques, tels que les poissons et les têtards, s'exprime par des opérations coordonnées de générateurs de motifs centraux. Ces circuits neuronaux parallèles sont universellement distribués et mutuellement couplés le long de la moelle épinière pour exprimer des motifs d'ondulation adaptés aux entrées efférentes et afférentes. Bien que de tels ensembles de schémas aient été démontrés chez les vertébrés, l'origine évolutive de ces mécanismes le long de la phylogénie des chordés reste incertaine. Les ascidies, représentant un groupe frère des vertébrés, donnent naissance à des larves en forme de têtard qui nagent librement dans l'eau de mer. Dans cette étude, nous avons tenté de localiser le générateur de motif de nage chez les larves de l'ascidie Ciona en examinant la capacité locomotrice de fragments corporels segmentés. Nos expériences ont démontré une activité nécessaire et suffisante du générateur de motif dans une courte région (∼10 % de la longueur du corps, estimation maximale) incluant la jonction tronc-queue mais excluant la majeure partie du tronc et de la queue avec leurs principaux appareils sensoriels. De plus, nous avons constaté que ces fragments corporels « mi-pièce » expriment des rafales périodiques de battement de queue avec des intervalles d'environ 20 secondes sans aucune stimulation exogène. Les comparaisons entre les motifs temporels des rafales de battement de queue exprimées par les fragments mi-pièce et par les larves entières placées dans différentes conditions sensorielles suggèrent que la présence de parties autres que la mi-pièce critique a des effets pour raccourcir les intervalles de rafales de nage, surtout dans l'obscurité, et également pour élargir la variance des durées de rafales. Nous proposons que les larves de Ciona effectuent la nage comme des représentations modifiées de conduites de générateurs de motifs autonomes et périodiques, qui opèrent localement dans la région de la jonction tronc-queue. Énoncé résumant Les fragments mi-pièce des larves en forme de têtard de l'ascidie Ciona, dépourvus de la majeure partie du tronc antérieur et de la queue postérieure, expriment de manière autonome et périodique des rafales de battement de queue.

@misc{doi10110120210412439438,
    author = "Hara, T et Hasegawa, Shuya et Iwatani, Yasushi et Nishino, Atsuo",
    title = "Une période de cycle de battement de queue autonome exprimée par un générateur de motif de nage spécifique à une région chez la larve de Ciona",
    year = "2021",
    booktitle = "bioRxiv (Laboratoire Cold Spring Harbor)",
    abstract = "RÉSUMÉ La locomotion par nage chez les vertébrés aquatiques, tels que les poissons et les têtards, s'exprime par des opérations coordonnées de générateurs de motifs centraux. Ces circuits neuronaux parallèles sont universellement distribués et mutuellement couplés le long de la moelle épinière pour exprimer des motifs d'ondulation adaptés aux entrées efférentes et afférentes. Bien que de tels ensembles de schémas aient été démontrés chez les vertébrés, l'origine évolutive de ces mécanismes le long de la phylogénie des chordés reste incertaine. Les ascidies, représentant un groupe frère des vertébrés, donnent naissance à des larves en forme de têtard qui nagent librement dans l'eau de mer. Dans cette étude, nous avons tenté de localiser le générateur de motif de nage chez les larves de l'ascidie Ciona en examinant la capacité locomotrice de fragments corporels segmentés. Nos expériences ont démontré une activité nécessaire et suffisante du générateur de motif dans une courte région (∼10\% de la longueur du corps, estimation maximale) incluant la jonction tronc-queue mais excluant la majeure partie du tronc et de la queue avec leurs principaux appareils sensoriels. De plus, nous avons constaté que ces fragments corporels « mi-pièce » expriment des rafales périodiques de battement de queue avec des intervalles d'environ 20 secondes sans aucune stimulation exogène. Les comparaisons entre les motifs temporels des rafales de battement de queue exprimées par les fragments mi-pièce et par les larves entières placées dans différentes conditions sensorielles suggèrent que la présence de parties autres que la mi-pièce critique a des effets pour raccourcir les intervalles de rafales de nage, surtout dans l'obscurité, et également pour élargir la variance des durées de rafales. Nous proposons que les larves de Ciona effectuent la nage comme des représentations modifiées de conduites de générateurs de motifs autonomes et périodiques, qui opèrent localement dans la région de la jonction tronc-queue. Énoncé résumant Les fragments mi-pièce des larves en forme de têtard de l'ascidie Ciona, dépourvus de la majeure partie du tronc antérieur et de la queue postérieure, expriment de manière autonome et périodique des rafales de battement de queue.",
    url = "https://doi.org/10.1101/2021.04.12.439438",
    doi = "10.1101/2021.04.12.439438",
    openalex = "W3156475079",
    references = "doi101242jeb209320"
}

Sur la base de l'expression des facteurs de transcription, de la localisation et de l'origine développementale, nous concluons que les photorécepteurs larvaires d'oursins constituent un type cellulaire probablement homologue aux photorécepteurs ciliaires présents chez les chordés.

@article{doi101186s1291502101194y,
    author = "Valencia, Jonathan E. et Feuda, Roberto et Mellott, Dan O et Burke, Robert D. et Peter, Isabelle S.",
    title = "Les photorécepteurs ciliaires chez les larves d'oursins indiquent une conservation du type cellulaire pan-déutérostome",
    year = "2021",
    journal = "BMC Biology",
    abstract = "Sur la base de l'expression des facteurs de transcription, de la localisation et de l'origine développementale, nous concluons que les photorécepteurs larvaires d'oursins constituent un type cellulaire probablement homologue aux photorécepteurs ciliaires présents chez les chordés.",
    url = "https://doi.org/10.1186/s12915-021-01194-y",
    doi = "10.1186/s12915-021-01194-y",
    openalex = "W4225759254",
    references = "doi101016jydbio201610014"
}

Pendant l'évolution, de nouveaux caractères sont conçus en modifiant des structures préexistantes déjà présentes chez les organismes anciens. Dans cette perspective, le système nerveux central (SNC) de la larve d'ascidie offre une bonne occasion d'analyser un phénomène complexe avec une approche simplifiée. En tant que groupe frère des vertébrés, la larve de têtard d'ascidie présente un SNC dorsal, composé d'environ 330 cellules réparties dans la vésicule cérébrale sensorielle antérieure (BV), connectée au ganglion moteur (MG) et à un cordon nerveux caudal (CNC) dans la queue. Un faible nombre de cellules ne signifie pas, cependant, une faible complexité. Le cerveau larvaire contient 177 neurones, pour lesquels un connectome synaptique documenté est maintenant disponible, et deux organes pigmentés, l'otolithe et l'ocellus, contrôlant le comportement de nage larvaire. L'otolithe est impliqué dans la perception de la gravité et l'ocellus dans la perception de la lumière. Ici, nous examinons spécifiquement les études axées sur le développement des éléments constitutifs des organes sensoriels pigmentés des ascidies, à savoir les cellules pigmentaires et les cellules photoréceptrices. Nous nous concentrons sur ce qui est connu, jusqu'à présent, sur les bases moléculaires de la spécification et de la différenciation des deux lignées, sur la fonction de ces organes après l'éclosion larvaire pendant la période pré-fixation, et sur les technologies les plus avancées, comme le RNAseq à cellule unique et l'édition génomique CRISPR/CAS9, qui, adaptées et appliquées aux embryons de Ciona, améliorent de plus en plus la facilité d'étude de Ciona pour les études de développement, y compris la formation d'organes pigmentés.

@article{doi103389fcell2021701779,
    author = "Olivo, Paola et Palladino, A. et Ristoratore, F. et Spagnuolo, A.",
    title = "Brain Sensory Organs of the Ascidian Ciona robusta: Structure, Function and Developmental Mechanisms",
    year = "2021",
    journal = "Frontiers in Cell and Developmental Biology",
    abstract = "Pendant l'évolution, de nouveaux caractères sont conçus en modifiant des structures préexistantes déjà présentes chez les organismes anciens. Dans cette perspective, le système nerveux central (SNC) de la larve d'ascidie offre une bonne occasion d'analyser un phénomène complexe avec une approche simplifiée. En tant que groupe frère des vertébrés, la larve de têtard d'ascidie présente un SNC dorsal, composé d'environ 330 cellules réparties dans la vésicule cérébrale sensorielle antérieure (BV), connectée au ganglion moteur (MG) et à un cordon nerveux caudal (CNC) dans la queue. Un faible nombre de cellules ne signifie pas, cependant, une faible complexité. Le cerveau larvaire contient 177 neurones, pour lesquels un connectome synaptique documenté est maintenant disponible, et deux organes pigmentés, l'otolithe et l'ocellus, contrôlant le comportement de nage larvaire. L'otolithe est impliqué dans la perception de la gravité et l'ocellus dans la perception de la lumière. Ici, nous examinons spécifiquement les études axées sur le développement des éléments constitutifs des organes sensoriels pigmentés des ascidies, à savoir les cellules pigmentaires et les cellules photoréceptrices. Nous nous concentrons sur ce qui est connu, jusqu'à présent, sur les bases moléculaires de la spécification et de la différenciation des deux lignées, sur la fonction de ces organes après l'éclosion larvaire pendant la période pré-fixation, et sur les technologies les plus avancées, comme le RNAseq à cellule unique et l'édition génomique CRISPR/CAS9, qui, adaptées et appliquées aux embryons de Ciona, améliorent de plus en plus la facilité d'étude de Ciona pour les études de développement, y compris la formation d'organes pigmentés.",
    url = "https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fcell.2021.701779/pdf",
    doi = "10.3389/fcell.2021.701779",
    is_oa = "true",
    semanticscholar_citation_count = "12",
    semanticscholar_id = "a66c1a941a2e8c11d77a89364f8f4c9856b289fa",
    volume = "9"
}

Le système locomoteur est hautement bilatéral au niveau macroscopique. L'homochiralité des molécules biologiques est pleinement compatible avec le corps bilatéral. Cependant, il reste obscur si et comment les cellules à main unique contribuent au système locomoteur bilatéral. Ici, en exploitant le faible nombre de cellules dans la larve de têtard nageuse de l'ascidie Ciona, nous avons analysé la morphologie de la queue aux échelles cellulaire et subcellulaire. La microscopie tomographique à rayons X par contraste de phase quantitative a révélé une structure de haute densité sur la ligne médiane ventrale à la notochorde dans la queue. Les noyaux des cellules musculaires de chaque côté de la notochorde étaient approximativement alignés bilatéralement. Cependant, la microscopie en fluorescence a détecté une asymétrie gauche-droite de l'inclinaison des myofibrilles par rapport à l'axe longitudinal de la queue. La microscopie tomographique à rayons X par contraste de phase Zernike a révélé la présence d'hélices gauches de myofibrilles dans les cellules musculaires des deux côtés. Par conséquent, le système locomoteur des larves d'ascidies abrite des cellules hélicoïdales gauches brisant la symétrie, tout en maintenant un alignement cellulaire bilatéralement symétrique. Ces résultats suggèrent que les animaux bilatéraux peuvent surmonter l'homochiralité cellulaire pour générer les systèmes locomoteurs bilatéraux à l'échelle supracellulaire.

@article{doi103389fcell2021800455,
    author = "Matsuo, Koichi et Tamura, Ryota et Hotta, Kohji et Okada, Mayu et Takeuchi, Akihisa et Wu, Yanlin et Hashimoto, Koh et Takano, Hidekazu et Momose, Atsushi et Nishino, Atsuo",
    title = "Myofibrilles hélicoïdales asymétriques bilatérales chez les larves de têtard d'ascidies",
    year = "2021",
    journal = "Frontiers in Cell and Developmental Biology",
    abstract = "Le système locomoteur est hautement bilatéral au niveau macroscopique. L'homochiralité des molécules biologiques est pleinement compatible avec le corps bilatéral. Cependant, il reste obscur si et comment les cellules à main unique contribuent au système locomoteur bilatéral. Ici, en exploitant le faible nombre de cellules dans la larve de têtard nageuse de l'ascidie Ciona, nous avons analysé la morphologie de la queue aux échelles cellulaire et subcellulaire. La microscopie tomographique à rayons X par contraste de phase quantitative a révélé une structure de haute densité sur la ligne médiane ventrale à la notochorde dans la queue. Les noyaux des cellules musculaires de chaque côté de la notochorde étaient approximativement alignés bilatéralement. Cependant, la microscopie en fluorescence a détecté une asymétrie gauche-droite de l'inclinaison des myofibrilles par rapport à l'axe longitudinal de la queue. La microscopie tomographique à rayons X par contraste de phase Zernike a révélé la présence d'hélices gauches de myofibrilles dans les cellules musculaires des deux côtés. Par conséquent, le système locomoteur des larves d'ascidies abrite des cellules hélicoïdales gauches brisant la symétrie, tout en maintenant un alignement cellulaire bilatéralement symétrique. Ces résultats suggèrent que les animaux bilatéraux peuvent surmonter l'homochiralité cellulaire pour générer les systèmes locomoteurs bilatéraux à l'échelle supracellulaire.",
    url = "https://doi.org/10.3389/fcell.2021.800455",
    doi = "10.3389/fcell.2021.800455",
    openalex = "W4200404911",
    references = "doi101016jydbio201807023"
}

Les néuropeptides de la superfamille de l'ocytocine (OT) et de la vasopressine (VP) sont distribués non seulement chez les vertébrés, mais aussi chez divers invertébrés. Cependant, aucune innervation VPergique chez les invertébrés n'a jamais été documentée. Chez l'ascidie, Ciona intestinalis Type A (Ciona robusta), un peptide de la superfamille OT/VP a été identifié, et la vasopressine de Ciona (CiVP) induit la maturation des ovocytes et l'ovulation. Dans la présente étude, nous caractérisons l'innervation et les phénotypes de Ciona génétiquement modifiés : CiVP promoteur-Venus transgénique et mutants CiVP. Les Ciona transgéniques CiVP promoteur-Venus ont démontré que le gène CiVP était fortement exprimé dans le ganglion cérébral et plusieurs nerfs. La fluorescence a également été détectée dans l'ovaire des jeunes ascidies transgéniques CiVP promoteur-Venus, suggérant que le gène CiVP est également exprimé temporairement dans l'ovaire des jeunes ascidies. De plus, une diminution marquée des follicules post-vitellogéniques (stade III) a été observée dans l'ovaire des mutants CiVP, tandis que les follicules pré-vitellogéniques (stade I) et vitellogéniques (stade II) étaient augmentés dans l'ovaire mutant, par rapport à celui de Ciona sauvage. Les profils d'expression génique ont montré que l'expression de divers gènes, y compris les gènes liés à la croissance des follicules ovariens, était altérée dans l'ovaire des mutants CiVP. Ensemble, ces résultats indiquent que CiVP, principalement en tant que néuropeptide, joue des rôles pivots dans diverses fonctions biologiques, y compris la croissance des follicules ovariens à un stade précoce via la régulation de l'expression d'une grande variété de gènes. Il s'agit du premier rapport décrivant un promoteur de gène VP transgénique et un gène VP édité chez un invertébré, ainsi que sur ses profils d'expression génique et ses phénotypes.

@article{doi103389fendo2021668564,
    author = "Kawada, T. et Shiraishi, A. et Matsubara, Shin et Hozumi, Akiko et Horie, T. et Sasakura, Y. et Satake, H.",
    title = "Vasopressin Promoter Transgenic et Vasopressin Gene-Edited Ascidian, Ciona intestinalis Type A (Ciona robusta) : Innervation, Profils d'expression génique et Phénotypes",
    year = "2021",
    journal = "Frontiers in Endocrinology",
    abstract = "Les néuropeptides de la superfamille de l'ocytocine (OT) et de la vasopressine (VP) sont distribués non seulement chez les vertébrés, mais aussi chez divers invertébrés. Cependant, aucune innervation VPergique chez les invertébrés n'a jamais été documentée. Chez l'ascidie, Ciona intestinalis Type A (Ciona robusta), un peptide de la superfamille OT/VP a été identifié, et la vasopressine de Ciona (CiVP) induit la maturation des ovocytes et l'ovulation. Dans la présente étude, nous caractérisons l'innervation et les phénotypes de Ciona génétiquement modifiés : CiVP promoteur-Venus transgénique et mutants CiVP. Les Ciona transgéniques CiVP promoteur-Venus ont démontré que le gène CiVP était fortement exprimé dans le ganglion cérébral et plusieurs nerfs. La fluorescence a également été détectée dans l'ovaire des jeunes ascidies transgéniques CiVP promoteur-Venus, suggérant que le gène CiVP est également exprimé temporairement dans l'ovaire des jeunes ascidies. De plus, une diminution marquée des follicules post-vitellogéniques (stade III) a été observée dans l'ovaire des mutants CiVP, tandis que les follicules pré-vitellogéniques (stade I) et vitellogéniques (stade II) étaient augmentés dans l'ovaire mutant, par rapport à celui de Ciona sauvage. Les profils d'expression génique ont montré que l'expression de divers gènes, y compris les gènes liés à la croissance des follicules ovariens, était altérée dans l'ovaire des mutants CiVP. Ensemble, ces résultats indiquent que CiVP, principalement en tant que néuropeptide, joue des rôles pivots dans diverses fonctions biologiques, y compris la croissance des follicules ovariens à un stade précoce via la régulation de l'expression d'une grande variété de gènes. Il s'agit du premier rapport décrivant un promoteur de gène VP transgénique et un gène VP édité chez un invertébré, ainsi que sur ses profils d'expression génique et ses phénotypes.",
    url = "https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fendo.2021.668564/pdf",
    doi = "10.3389/fendo.2021.668564",
    is_oa = "true",
    semanticscholar_citation_count = "11",
    semanticscholar_id = "568cc74ebef80e931d381d65fa6a647161cd203d",
    volume = "12"
}

Les facteurs de transcription conservés, appelés « sélecteurs terminaux », régulent la spécification et la différenciation des sous-types neuronaux par une régulation transcriptionnelle combinatoire des gènes de différenciation terminale. Les combinaisons uniques de produits de gènes de différenciation terminale contribuent à leur tour aux identités fonctionnelles de chaque neurone. Un sélecteur terminal bien caractérisé est COE (Collier/Olf/Ebf), qui a été montré pour activer des batteries de gènes cholinérgiques chez les neurones moteurs de C. elegans. Cependant, ses fonctions chez d'autres métazoaires, en particulier les chordés, sont moins claires. Ici, nous montrons que l'unique orthologue de COE chez le chordé non vertébré Ciona robusta, Ebf, contrôle l'expression du locus cholinérgique VAChT/ChAT dans un seul interneuron dorsal du ganglion moteur larvaire, qui est présumé être homologue à la moelle épinière vertébrée. Nous proposons que, si la fonction d'Ebf en tant que régulateur de l'identité des neurones cholinérgiques est conservée chez les bilatériens, son rôle exact peut avoir divergé dans différents sous-types de neurones cholinérgiques (par exemple, interneurones vs neurones moteurs) dans les circuits moteurs spécifiques aux chordés.

@article{doi103389fnins2021784649,
    author = "Popsuj, Sydney et Stolfi, Alberto",
    title = "Ebf active l'expression d'un locus cholinérgique dans un sous-type interneuronal du ganglion moteur multipolaire chez Ciona",
    year = "2021",
    journal = "Frontiers in Neuroscience",
    abstract = {Les facteurs de transcription conservés, appelés « sélecteurs terminaux », régulent la spécification et la différenciation des sous-types neuronaux par une régulation transcriptionnelle combinatoire des gènes de différenciation terminale. Les combinaisons uniques de produits de gènes de différenciation terminale contribuent à leur tour aux identités fonctionnelles de chaque neurone. Un sélecteur terminal bien caractérisé est COE (Collier/Olf/Ebf), qui a été montré pour activer des batteries de gènes cholinérgiques chez les neurones moteurs de C. elegans. Cependant, ses fonctions chez d'autres métazoaires, en particulier les chordés, sont moins claires. Ici, nous montrons que l'unique orthologue de COE chez le chordé non vertébré Ciona robusta, Ebf, contrôle l'expression du locus cholinérgique VAChT/ChAT dans un seul interneuron dorsal du ganglion moteur larvaire, qui est présumé être homologue à la moelle épinière vertébrée. Nous proposons que, si la fonction d'Ebf en tant que régulateur de l'identité des neurones cholinérgiques est conservée chez les bilatériens, son rôle exact peut avoir divergé dans différents sous-types de neurones cholinérgiques (par exemple, interneurones vs neurones moteurs) dans les circuits moteurs spécifiques aux chordés.},
    url = "https://doi.org/10.3389/fnins.2021.784649",
    doi = "10.3389/fnins.2021.784649",
    openalex = "W4200276734",
    references = "doi101242jeb209320"
}

@incollection{krasovec2021solitary,
    author = "Krasovec, Gabriel et Biasuz, Kilian et Thomann, Lisa M. et Chambon, Jean-Philippe",
    title = "Solitary Ascidians",
    year = "2021",
    booktitle = "Handbook of Marine Model Organisms in Experimental Biology",
    url = "https://doi.org/10.1201/9781003217503-20",
    doi = "10.1201/9781003217503-20",
    pages = "357-384"
}

@article{doi101007s0030002203100w,
    author = "Giachetti, C. et Tatián, M. et Schwindt, E.",
    title = "Differences in the gonadal cycle between two ascidians species, Ascidiella aspersa et Ciona robusta, help to explain their invasion success in a cold temperate port",
    year = "2022",
    journal = "Polar Biology",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/0e4722fac2bfff890ea1864e11638d132a643f79",
    doi = "10.1007/s00300-022-03100-w",
    is_oa = "true",
    number = "12",
    pages = "1689-1701",
    semanticscholar_citation_count = "6",
    semanticscholar_id = "0e4722fac2bfff890ea1864e11638d132a643f79",
    volume = "45"
}

La locomotion nageante chez les vertébrés aquatiques, tels que les poissons et les têtards, est exprimée par des réseaux de neurones dans la moelle épinière. Ces réseaux sont disposés en parallèle, répartis de manière ubiquitaire et couplés mutuellement le long de la moelle épinière pour exprimer des motifs d'ondulation adaptés à diverses entrées dans les réseaux. Bien que ces systèmes aient été largement étudiés chez les nageurs vertébrés, leur origine évolutive le long de la phylogénie des chordés reste incertaine. Les ascidies, représentant un groupe frère des vertébrés, donnent naissance à des larves en forme de têtard qui nagent librement dans l'eau de mer. Dans la présente étude, nous avons examiné la capacité locomotrice des fragments antérieurs et postérieurs du corps des larves de l'ascidie Ciona qui avaient été coupés à une position arbitraire. L'examen de plus de 200 fragments a révélé une région corporelle nécessaire et suffisante qui ne couvrait que ∼10 % de la longueur du corps et comprenait la jonction tronc-cou. Les fragments de corps « mi-pièce », qui comprenaient la région de jonction tronc-cou, mais excluaient la majeure partie du tronc antérieur et de la queue postérieure, exprimaient de manière autonome des rafales périodiques de battements de queue à des intervalles d'environ 20 s. Nous avons comparé les durées et les intervalles des rafales de battements de queue exprimées par les fragments de mi-pièce, ainsi que par les larves entières dans différentes conditions sensorielles. Les résultats suggèrent que les parties du corps en dehors de la mi-pièce ont un effet de raccourcissement des intervalles de nage, particulièrement dans l'obscurité, et varient la durée des rafales. Nous proposons que les larves de Ciona expriment des comportements de nage en modifiant les conduites locomotrices autonomes et périodiques qui opèrent localement dans la région de jonction tronc-cou.

@article{doi101242jeb243828,
    author = "Hara, T et Hasegawa, Shuya et Iwatani, Yasushi et Nishino, Atsuo",
    title = "La région de jonction tronc-cou dans les larves de Ciona exprime de manière autonome des rafales de battements de queue à des intervalles d'environ 20 secondes",
    year = "2022",
    journal = "Journal of Experimental Biology",
    abstract = "La locomotion nageante chez les vertébrés aquatiques, tels que les poissons et les têtards, est exprimée par des réseaux de neurones dans la moelle épinière. Ces réseaux sont disposés en parallèle, répartis de manière ubiquitaire et couplés mutuellement le long de la moelle épinière pour exprimer des motifs d'ondulation adaptés à diverses entrées dans les réseaux. Bien que ces systèmes aient été largement étudiés chez les nageurs vertébrés, leur origine évolutive le long de la phylogénie des chordés reste incertaine. Les ascidies, représentant un groupe frère des vertébrés, donnent naissance à des larves en forme de têtard qui nagent librement dans l'eau de mer. Dans la présente étude, nous avons examiné la capacité locomotrice des fragments antérieurs et postérieurs du corps des larves de l'ascidie Ciona qui avaient été coupés à une position arbitraire. L'examen de plus de 200 fragments a révélé une région corporelle nécessaire et suffisante qui ne couvrait que ∼10 % de la longueur du corps et comprenait la jonction tronc-cou. Les fragments de corps « mi-pièce », qui comprenaient la région de jonction tronc-cou, mais excluaient la majeure partie du tronc antérieur et de la queue postérieure, exprimaient de manière autonome des rafales périodiques de battements de queue à des intervalles d'environ 20 s. Nous avons comparé les durées et les intervalles des rafales de battements de queue exprimées par les fragments de mi-pièce, ainsi que par les larves entières dans différentes conditions sensorielles. Les résultats suggèrent que les parties du corps en dehors de la mi-pièce ont un effet de raccourcissement des intervalles de nage, particulièrement dans l'obscurité, et varient la durée des rafales. Nous proposons que les larves de Ciona expriment des comportements de nage en modifiant les conduites locomotrices autonomes et périodiques qui opèrent localement dans la région de jonction tronc-cou.",
    url = "https://doi.org/10.1242/jeb.243828",
    doi = "10.1242/jeb.243828",
    openalex = "W4281609119",
    references = "doi101242jeb209320"
}

Les dernières décennies ont vu une augmentation de l'isolement et de la caractérisation de composés anticancéreux dérivés d'organismes marins, en particulier d'invertébrés, et de leur utilisation dans des essais cliniques. À cet égard, les ascidies, qui sont incluses dans le sous-embranchement Tunicata, représentent des exemples réussis avec deux médicaments, Aplidine© et Yondelis©, qui ont atteint le marché en tant que médicaments orphelins contre plusieurs malignités. Ici, nous rapportons qu'un extrait organique préparé à partir de tissus homogénéisés de l'ascidie méditerranéenne Ciona robusta a inhibé la prolifération cellulaire dans les cellules humaines HT-29, Hep G2 et U2 OS, le premier étant le plus sensible à l'extrait (EC50 = 250 µg/ml). Nous avons démontré que l'extrait organique d'ascidie n'était pas cytotoxique sur des cellules HT-29 induites à se différencier avec du butyrate de sodium, suggérant une préférence du mélange pour le phénotype malin. Enfin, nous avons rapporté que la mort cellulaire induite par l'extrait organique était médiée par l'activation d'un processus d'autophagie cytotoxique en raison de l'augmentation de l'expression du marqueur LC3-II et du nombre de vacuoles autophagiques, qui ont presque doublé dans les cellules HT-29 traitées. En résumé, bien que la composition chimique détaillée de l'extrait de Ciona robusta soit toujours indéterminée, nos données suggèrent la présence en lui de composés bioactifs possédant une activité anticancéreuse.

@article{doi103389fchem20241322558,
    author = "Gallo, A. et Penna, Ylenia Maria et Russo, M. et Rosapane, Marco et Tosti, E. et Russo, G.",
    title = "Un extrait organique issu de l'ascidie Ciona robusta induit une autophagie cytotoxique dans des lignées cellulaires malignes humaines",
    year = "2023",
    journal = "Frontiers in Chemistry",
    abstract = "Les dernières décennies ont vu une augmentation de l'isolement et de la caractérisation de composés anticancéreux dérivés d'organismes marins, en particulier d'invertébrés, et de leur utilisation dans des essais cliniques. À cet égard, les ascidies, qui sont incluses dans le sous-embranchement Tunicata, représentent des exemples réussis avec deux médicaments, Aplidine© et Yondelis©, qui ont atteint le marché en tant que médicaments orphelins contre plusieurs malignités. Ici, nous rapportons qu'un extrait organique préparé à partir de tissus homogénéisés de l'ascidie méditerranéenne Ciona robusta a inhibé la prolifération cellulaire dans les cellules humaines HT-29, Hep G2 et U2 OS, le premier étant le plus sensible à l'extrait (EC50 = 250 µg/ml). Nous avons démontré que l'extrait organique d'ascidie n'était pas cytotoxique sur des cellules HT-29 induites à se différencier avec du butyrate de sodium, suggérant une préférence du mélange pour le phénotype malin. Enfin, nous avons rapporté que la mort cellulaire induite par l'extrait organique était médiée par l'activation d'un processus d'autophagie cytotoxique en raison de l'augmentation de l'expression du marqueur LC3-II et du nombre de vacuoles autophagiques, qui ont presque doublé dans les cellules HT-29 traitées. En résumé, bien que la composition chimique détaillée de l'extrait de Ciona robusta soit toujours indéterminée, nos données suggèrent la présence en lui de composés bioactifs possédant une activité anticancéreuse.",
    url = "https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fchem.2024.1322558/pdf?isPublishedV2=False",
    doi = "10.3389/fchem.2024.1322558",
    is_oa = "true",
    semanticscholar_citation_count = "2",
    semanticscholar_id = "b21b1def329a40f23807e994d7fe6ecf0970709b",
    volume = "12"
}

L'endostyle est un organe pharyngien présentant une rainure d'ouverture et des cils chez les chordés inverts (amphioxus et ascidies) et les cyclostomes (lamproies), servant de tractus de filtration et de site de sécrétion thyroïdienne. Les preuves émergentes suggèrent une composition cellulaire complexe et des fonctions potentiellement polyvalentes. Plusieurs types cellulaires de l'endostyle ont été considérés comme des progéniteurs d'organes complexes chez les vertébrés avancés. Pour décrire le profil d'expression et les fonctions potentielles, une séquençage RNA en vrac sur l'endostyle de l'ascidie Styela clava a été réalisé et des marqueurs distincts ont été sélectionnés par une analyse comparative multilivres. Les tests de données transcriptionnelles et les résultats vérifiés par qRT-PCR ont montré les motifs d'expression régionaux des gènes Hox sur l'axe longitudinal. Des marqueurs spécifiques à l'organe de l'endostyle ont été proposés en comparant l'expression avec les principaux organes de l'ascidie. Une projection de profil transcriptionnel inter-espèces entre l'endostyle et les organes de Danio rerio et Homo sapiens indique une relation robuste et homogène avec la thyroïde et le système digestif de l'endostyle. La forte similitude entre l'endostyle et le rein céphalique chez le poisson zèbre/la moelle osseuse chez l'humain implique des fonctions uniques et profondes de l'organe pharyngien chez les proto-vertébrés. Nos résultats révèlent que le profil transcriptionnel de la glande parathyroïde humaine est similaire à l'endostyle de l'ascidie, indiquant l'origine évolutive des organes de sécrétion hormonale des vertébrés.

@article{doi103390biology12020245,
    author = "Jiang, An et Zhang, Wei et Wei, Jiankai et Liu, Penghui et Dong, Bo",
    title = "Analyse transcriptionnelle de l'endostyle révèle les fonctions de l'organe pharyngien chez l'ascidie",
    year = "2023",
    journal = "Biology",
    abstract = "L'endostyle est un organe pharyngien présentant une rainure d'ouverture et des cils chez les chordés inverts (amphioxus et ascidies) et les cyclostomes (lamproies), servant de tractus de filtration et de site de sécrétion thyroïdienne. Les preuves émergentes suggèrent une composition cellulaire complexe et des fonctions potentiellement polyvalentes. Plusieurs types cellulaires de l'endostyle ont été considérés comme des progéniteurs d'organes complexes chez les vertébrés avancés. Pour décrire le profil d'expression et les fonctions potentielles, une séquençage RNA en vrac sur l'endostyle de l'ascidie Styela clava a été réalisé et des marqueurs distincts ont été sélectionnés par une analyse comparative multilivres. Les tests de données transcriptionnelles et les résultats vérifiés par qRT-PCR ont montré les motifs d'expression régionaux des gènes Hox sur l'axe longitudinal. Des marqueurs spécifiques à l'organe de l'endostyle ont été proposés en comparant l'expression avec les principaux organes de l'ascidie. Une projection de profil transcriptionnel inter-espèces entre l'endostyle et les organes de Danio rerio et Homo sapiens indique une relation robuste et homogène avec la thyroïde et le système digestif de l'endostyle. La forte similitude entre l'endostyle et le rein céphalique chez le poisson zèbre/la moelle osseuse chez l'humain implique des fonctions uniques et profondes de l'organe pharyngien chez les proto-vertébrés. Nos résultats révèlent que le profil transcriptionnel de la glande parathyroïde humaine est similaire à l'endostyle de l'ascidie, indiquant l'origine évolutive des organes de sécrétion hormonale des vertébrés.",
    url = "https://doi.org/10.3390/biology12020245",
    doi = "10.3390/biology12020245",
    openalex = "W4319317139",
    references = "doi101186s12915022012827, doi102108zs200095"
}

Les peptides de la famille de la cholecystokinine (CCK)/gastrine sont impliqués dans la régulation de l'alimentation et de la digestion chez les vertébrés. Chez l'ascidie Ciona intestinalis type A (Ciona robusta), le cionin, un peptide de la famille CCK/gastrine, a été identifié. Le cionin est exprimé exclusivement dans le système nerveux central (SNC). En revanche, l'expression du récepteur du cionin a été détectée dans le SNC, le tube digestif et l'ovaire. Bien que le cionin ait été rapporté comme étant impliqué dans l'ovulation, sa fonction physiologique dans le SNC reste à investiguer. Pour élucider sa fonction neuronale, dans la présente étude, nous avons analysé l'expression du cionin et des récepteurs du cionin dans le SNC. Le cionin est exprimé principalement dans les neurones résidant dans la région antérieure du ganglion cérébral. En revanche, l'expression du gène du récepteur du cionin CioR1 a été détectée dans la partie médiane du ganglion cérébral et a montré un motif d'expression similaire à celui de VACHT, un gène marqueur de neurone cholinergique. De plus, CioR1 a été trouvé exprimé dans les neurones cholinergiques. Par conséquent, ces résultats suggèrent que le cionin interagit avec les neurones cholinergiques comme neurotransmetteur ou neuromodulateur via CioR1. Cette étude fournit des aperçus sur le rôle biologique d'un peptide de la famille CCK/gastrine dans le SNC des ascidies.

@article{doi101038s41598024559087,
    author = "Taniguchi, Shiho et Nakayama, Satoshi et Iguchi, Rin et Sasakura, Yasunori et Satake, Honoo et Wada, Shuichi et Suzuki, Nobuo et Ogasawara, Michio et Sekiguchi, Toshio",
    title = "Distribution of cionin, a cholecystokinin/gastrin family peptide, and its receptor in the central nervous system of Ciona intestinalis type A",
    year = "2024",
    journal = "Scientific Reports",
    abstract = "Les peptides de la famille de la cholecystokinine (CCK)/gastrine sont impliqués dans la régulation de l'alimentation et de la digestion chez les vertébrés. Chez l'ascidie Ciona intestinalis type A (Ciona robusta), le cionin, un peptide de la famille CCK/gastrine, a été identifié. Le cionin est exprimé exclusivement dans le système nerveux central (SNC). En revanche, l'expression du récepteur du cionin a été détectée dans le SNC, le tube digestif et l'ovaire. Bien que le cionin ait été rapporté comme étant impliqué dans l'ovulation, sa fonction physiologique dans le SNC reste à investiguer. Pour élucider sa fonction neuronale, dans la présente étude, nous avons analysé l'expression du cionin et des récepteurs du cionin dans le SNC. Le cionin est exprimé principalement dans les neurones résidant dans la région antérieure du ganglion cérébral. En revanche, l'expression du gène du récepteur du cionin CioR1 a été détectée dans la partie médiane du ganglion cérébral et a montré un motif d'expression similaire à celui de VACHT, un gène marqueur de neurone cholinergique. De plus, CioR1 a été trouvé exprimé dans les neurones cholinergiques. Par conséquent, ces résultats suggèrent que le cionin interagit avec les neurones cholinergiques comme neurotransmetteur ou neuromodulateur via CioR1. Cette étude fournit des aperçus sur le rôle biologique d'un peptide de la famille CCK/gastrine dans le SNC des ascidies.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41598-024-55908-7",
    doi = "10.1038/s41598-024-55908-7",
    openalex = "W4392869396",
    references = "doi101242jeb209320"
}

Le cœur des ascidies (chordés invertébrés marins) présente une structure tubulaire, et les battements cardiaques se propagent d'une extrémité à l'autre. La direction des ondes de pulsation s'inverse intermittemment dans le cœur des ascidies et de leurs apparentés ; cependant, les mécanismes sous-jacents restent obscurs. Nous avons ici réalisé une série d'expériences pour caractériser les systèmes de pacemakers dans des cœurs isolés et leurs fragments, et appliqué un modèle mathématique pour examiner les conditions menant à l'inversion cardiaque. Le cœur isolé de Ciona robusta génère de manière autonome des ondes de pulsation à ∼20 à 25 battements min-1 avec des inversions à des intervalles de ∼1 à 10 min. Des bissections expérimentales de cœurs isolés ont révélé que des pacemakers indépendants résidaient de chaque côté et que leurs fréquences de battement changeaient périodiquement alors qu'ils exprimaient des rythmes bimodaux, qui comprenaient un cycle d'accélération/décélération de ∼1,25 à 5,5 min d'un taux de battement compris entre 0 et 25 battements min-1. Seuls les fragments incluant 5 % ou moins des régions terminales du tube cardiaque maintenaient des rythmes de pulsation autonomes, tandis que d'autres régions ne le faisaient pas. Notre modèle mathématique, basé sur les équations de FitzHugh-Nagumo appliquées à une alignement unidimensionnel de cellules, a démontré que la différence entre les fréquences exprimées par les deux pacemakers terminaux indépendants déterminait la direction des ondes propagées. Les changements dans les états des pacemakers terminaux entre les modes excitateur et oscillatoire ainsi que dans leurs fréquences d'oscillation endogènes étaient suffisants pour entraîner des inversions cardiaques. Ces résultats suggèrent que les directions des ondes de pulsation dans le cœur de Ciona s'inversent selon les rythmes changeants indépendamment exprimés par des pacemakers terminaux couplés à distance.

@article{doi101242jeb246810,
    author = "Fujikake, Yuma et Fukuda, Kéita et Matsushita, Katsuyoshi et Iwatani, Yasushi et Fujimoto, Koichi et Nishino, Atsuo",
    title = "Ondes de pulsation le long du tube cardiaque de Ciona inversées par des rythmes bimodaux exprimés par une paire de pacemakers distants",
    year = "2024",
    journal = "Journal of Experimental Biology",
    abstract = "Le cœur des ascidies (chordés invertébrés marins) présente une structure tubulaire, et les battements cardiaques se propagent d'une extrémité à l'autre. La direction des ondes de pulsation s'inverse intermittemment dans le cœur des ascidies et de leurs apparentés ; cependant, les mécanismes sous-jacents restent obscurs. Nous avons ici réalisé une série d'expériences pour caractériser les systèmes de pacemakers dans des cœurs isolés et leurs fragments, et appliqué un modèle mathématique pour examiner les conditions menant à l'inversion cardiaque. Le cœur isolé de Ciona robusta génère de manière autonome des ondes de pulsation à ∼20 à 25 battements min-1 avec des inversions à des intervalles de ∼1 à 10 min. Des bissections expérimentales de cœurs isolés ont révélé que des pacemakers indépendants résidaient de chaque côté et que leurs fréquences de battement changeaient périodiquement alors qu'ils exprimaient des rythmes bimodaux, qui comprenaient un cycle d'accélération/décélération de ∼1,25 à 5,5 min d'un taux de battement compris entre 0 et 25 battements min-1. Seuls les fragments incluant 5 % ou moins des régions terminales du tube cardiaque maintenaient des rythmes de pulsation autonomes, tandis que d'autres régions ne le faisaient pas. Notre modèle mathématique, basé sur les équations de FitzHugh-Nagumo appliquées à une alignement unidimensionnel de cellules, a démontré que la différence entre les fréquences exprimées par les deux pacemakers terminaux indépendants déterminait la direction des ondes propagées. Les changements dans les états des pacemakers terminaux entre les modes excitateur et oscillatoire ainsi que dans leurs fréquences d'oscillation endogènes étaient suffisants pour entraîner des inversions cardiaques. Ces résultats suggèrent que les directions des ondes de pulsation dans le cœur de Ciona s'inversent selon les rythmes changeants indépendamment exprimés par des pacemakers terminaux couplés à distance.",
    url = "https://doi.org/10.1242/jeb.246810",
    doi = "10.1242/jeb.246810",
    openalex = "W4396229527",
    references = "doi101242jeb209320"
}

Les larves d'ascidies, qui présentent un plan corporel de base chordé, sont asymétriques gauche-droite dans plusieurs structures, y compris la vésicule cérébrale. Chez les larves d'ascidies, les cellules pigmentaires de l'ocellus et de l'otolith, qui sont censées détecter respectivement la lumière et la gravité, sont situées sur le côté droit de la vésicule cérébrale, tandis que les cellules couronnettes, qui sont supposées être dopaminergiques, sont situées sur le côté gauche. Pour étudier comment l'asymétrie gauche-droite de la vésicule cérébrale chez la larve d'ascidie Halocynthia roretzi est déterminée, j'ai tenté d'isoler un gène exprimé dans la vésicule cérébrale. En conséquence, un orthologue du gène Parkin co-régulé chez l'ascidie (PACRG) a été cloné. L'expression de PACRG commence faiblement dans la région céphalique des embryons à bourgeon de queue tardif, et elle est ensuite observée sur le côté gauche de la vésicule cérébrale des larves juste avant l'éclosion. L'emplacement de l'expression de PACRG est estimé à chevaucher la zone colorée par l'anticorps spécifique aux cellules couronnettes. Ainsi, il est suggéré que PACRG pourrait être impliqué dans la formation des structures du côté gauche de la vésicule cérébrale, y compris les cellules couronnettes, au cours de l'embryogenèse des ascidies.

@article{doi1012717dr2024284121,
    author = "Kim, Gil Jung",
    title = "PACRG est exprimé sur le côté gauche de la vésicule cérébrale chez la larve d'ascidie Halocynthia",
    year = "2024",
    journal = "Développement \& Reproduction",
    abstract = "Les larves d'ascidies, qui présentent un plan corporel de base chordé, sont asymétriques gauche-droite dans plusieurs structures, y compris la vésicule cérébrale. Chez les larves d'ascidies, les cellules pigmentaires de l'ocellus et de l'otolith, qui sont censées détecter respectivement la lumière et la gravité, sont situées sur le côté droit de la vésicule cérébrale, tandis que les cellules couronnettes, qui sont supposées être dopaminergiques, sont situées sur le côté gauche. Pour étudier comment l'asymétrie gauche-droite de la vésicule cérébrale chez la larve d'ascidie Halocynthia roretzi est déterminée, j'ai tenté d'isoler un gène exprimé dans la vésicule cérébrale. En conséquence, un orthologue du gène Parkin co-régulé chez l'ascidie (PACRG) a été cloné. L'expression de PACRG commence faiblement dans la région céphalique des embryons à bourgeon de queue tardif, et elle est ensuite observée sur le côté gauche de la vésicule cérébrale des larves juste avant l'éclosion. L'emplacement de l'expression de PACRG est estimé à chevaucher la zone colorée par l'anticorps spécifique aux cellules couronnettes. Ainsi, il est suggéré que PACRG pourrait être impliqué dans la formation des structures du côté gauche de la vésicule cérébrale, y compris les cellules couronnettes, au cours de l'embryogenèse des ascidies.",
    url = "https://doi.org/10.12717/dr.2024.28.4.121",
    doi = "10.12717/dr.2024.28.4.121",
    openalex = "W4406601527",
    references = "doi101016jydbio201807023"
}

L'axone est une structure axiale requise pour le développement de tous les embryons de chordés, des ascidies aux humains. Au cours de plus d'un demi-milliard d'années d'évolution des chordés, en plus de sa fonction structurelle, l'axone a acquis des rôles de modelage de plus en plus pertinents pour ses tissus environnants. Ce processus a impliqué l'emprunt de voies de signalisation et l'acquisition de nouveaux mécanismes moléculaires responsables du timing précis et des modalités de leur déploiement. Pour reconstruire cette route évolutive, nous avons examiné l'expression de molécules de signalisation dans l'axone de l'ascidie Ciona, un chordé expérimentalement accessible et informatif. Nous avons constaté que plusieurs gènes codant pour des composants candidats de diverses voies de signalisation sont exprimés durant le développement de l'axone, et dans certains cas, présentent des motifs régionaux et/ou spécifiques aux lignées distinctifs. Nous avons identifié et déconstruit les enhancers de l'axone associés à TGF-β et Ctgf, deux gènes de signalisation conservés évolutivement qui sont exprimés de manière hétérogène dans l'axone de Ciona, et avons mis en lumière les origines cis-régulatrices de leurs motifs d'expression particuliers.

@article{doi103390ijms252413631,
    author = "Negrón-Piñeiro, Lenny J. et Wu, Yushi et Mehta, Ravij et Maguire, Julie E. et Chou, Cindy et Lee, Joyce M. et Dahia, Chitra Lekha et Gregorio, Anna Di",
    title = "Fine-Tuned Expression of Evolutionarily Conserved Signaling Molecules in the Ciona Notochord",
    year = "2024",
    journal = "International Journal of Molecular Sciences",
    abstract = "L'axone est une structure axiale requise pour le développement de tous les embryons de chordés, des ascidies aux humains. Au cours de plus d'un demi-milliard d'années d'évolution des chordés, en plus de sa fonction structurelle, l'axone a acquis des rôles de modelage de plus en plus pertinents pour ses tissus environnants. Ce processus a impliqué l'emprunt de voies de signalisation et l'acquisition de nouveaux mécanismes moléculaires responsables du timing précis et des modalités de leur déploiement. Pour reconstruire cette route évolutive, nous avons examiné l'expression de molécules de signalisation dans l'axone de l'ascidie Ciona, un chordé expérimentalement accessible et informatif. Nous avons constaté que plusieurs gènes codant pour des composants candidats de diverses voies de signalisation sont exprimés durant le développement de l'axone, et dans certains cas, présentent des motifs régionaux et/ou spécifiques aux lignées distinctifs. Nous avons identifié et déconstruit les enhancers de l'axone associés à TGF-β et Ctgf, deux gènes de signalisation conservés évolutivement qui sont exprimés de manière hétérogène dans l'axone de Ciona, et avons mis en lumière les origines cis-régulatrices de leurs motifs d'expression particuliers.",
    url = "https://doi.org/10.3390/ijms252413631",
    doi = "10.3390/ijms252413631",
    openalex = "W4405649523",
    references = "doi101016jydbio201807023"
}

Les nanoplastiques sont connus pour représenter une menace pour les écosystèmes marins. Leur combinaison avec d'autres contaminants d'inquiétude émergente (CECs) peut amplifier les effets écotoxiques, avec des impacts inconnus sur la biodiversité marine. Cette étude examine les effets, uniques et combinés, du bisphénol A (BPA) - l'un des CECs les plus dangereux - et des nanoparticules de polystyrène (PS NPs) - comme proxy pour les nanoplastiques, étant parmi les débris marins les plus couramment trouvés - sur les activités de la cholinestérase (ChE) de l'ascidie Ciona robusta. L'activité de la ChE a d'abord été mesurée dans les siphons, la tunique et les viscères d'individus adultes capturés à l'état sauvage et exposés in vitro au BPA (0,01, 0,21, 0,69 mM) et aux PS NPs (0,0096-0,096 mM ; 8,096 × 10⁹ -10¹⁰ particules, respectivement) seuls et combinés pendant 15 minutes d'incubation. Le comportement des PS NPs dans l'eau milliQ et dans le tampon de réaction de l'essai de ChE a été caractérisé seul, combiné avec le BPA, et analysé par des mesures de potentiel ζ via la diffusion dynamique de la lumière. Les résultats ont révélé que l'activité de la ChE était prédominante dans les viscères et les siphons de C. robusta ; les PS NPs n'ont pas affecté l'activité de la ChE seuls ou combinés, tandis que le BPA a provoqué une inhibition concentration-dépendante de l'activité de la ChE dans les viscères. Aucune modification du potentiel ζ n'a été observée pour les PS NPs seuls ou combinés avec le BPA dans le tampon de ChE, suggérant aucune interaction. De nouvelles investigations sont nécessaires pour comprendre les conséquences neurotoxiques potentielles pour C. robusta et les scénarios de risque écologique dus à l'exposition au BPA et aux nanoplastiques dans les eaux côtières marines.

@article{doi103390jox14040103,
    author = "Melki, Safa et Ferrari, Emma et Ahmed, Raja Ben et Spagnuolo, Antonietta et Corsi, Ilaria",
    title = "Exposition in vitro unique mais non combinée au bisphénol A et aux nanoplastiques affecte la fonction cholinergique de l'ascidie Ciona robusta",
    year = "2024",
    journal = "Journal of Xenobiotics",
    abstract = "Les nanoplastiques sont connus pour représenter une menace pour les écosystèmes marins. Leur combinaison avec d'autres contaminants d'inquiétude émergente (CECs) peut amplifier les effets écotoxiques, avec des impacts inconnus sur la biodiversité marine. Cette étude examine les effets, uniques et combinés, du bisphénol A (BPA) - l'un des CECs les plus dangereux - et des nanoparticules de polystyrène (PS NPs) - comme proxy pour les nanoplastiques, étant parmi les débris marins les plus couramment trouvés - sur les activités de la cholinestérase (ChE) de l'ascidie Ciona robusta. L'activité de la ChE a d'abord été mesurée dans les siphons, la tunique et les viscères d'individus adultes capturés à l'état sauvage et exposés in vitro au BPA (0,01, 0,21, 0,69 mM) et aux PS NPs (0,0096-0,096 mM ; 8,096 × 10⁹ -10¹⁰ particules, respectivement) seuls et combinés pendant 15 minutes d'incubation. Le comportement des PS NPs dans l'eau milliQ et dans le tampon de réaction de l'essai de ChE a été caractérisé seul, combiné avec le BPA, et analysé par des mesures de potentiel ζ via la diffusion dynamique de la lumière. Les résultats ont révélé que l'activité de la ChE était prédominante dans les viscères et les siphons de C. robusta ; les PS NPs n'ont pas affecté l'activité de la ChE seuls ou combinés, tandis que le BPA a provoqué une inhibition concentration-dépendante de l'activité de la ChE dans les viscères. Aucune modification du potentiel ζ n'a été observée pour les PS NPs seuls ou combinés avec le BPA dans le tampon de ChE, suggérant aucune interaction. De nouvelles investigations sont nécessaires pour comprendre les conséquences neurotoxiques potentielles pour C. robusta et les scénarios de risque écologique dus à l'exposition au BPA et aux nanoplastiques dans les eaux côtières marines.",
    url = "https://doi.org/10.3390/jox14040103",
    doi = "10.3390/jox14040103",
    openalex = "W4405070819",
    references = "doi101242jeb209320"
}

Si la différenciation des progéniteurs cardiaques durant l'embryogenèse a été caractérisée en détail chez l'ascidie Ciona robusta, le développement cardiaque après la métamorphose reste mal compris. Les régions sub-terminales aux deux extrémités du cœur de Ciona abritent des cellules pacemaker, ainsi que des cellules indifférenciées situées au sein de la zone de croissance. Nous avons réalisé une analyse RNA-Seq pour identifier les facteurs de transcription exprimés de manière prédominante dans les régions sub-terminales du cœur de Ciona. Parmi les 17 facteurs de transcription exprimés de manière prédominante dans l'une ou les deux des régions sub-terminales, Hox3 a montré la plus forte expression dans les deux. Étant donné que le rôle de Hox3 durant le développement cardiaque de Ciona restait inconnu, nous avons étudié l'expression spatiale et la fonction de Hox3. L'hybridation in situ a révélé l'expression de Hox3 dans les cellules indifférenciées au sein de la zone de croissance aux deux extrémités du tube cardiaque. La perturbation de Hox3 dans les progéniteurs cardiaques, médiée par TALEN, a entraîné des tubes cardiaques irrégulièrement gonflés ou raccourcis. Ces résultats suggèrent que Hox3 joue un rôle crucial dans la formation du tube cardiaque en régulant l'activité des cellules de la zone de croissance. Une expression de Hox3 similaire dans les régions terminales des cœurs d'ascidies et de vertébrés suggère une conservation partielle de la mise en place cardiaque et de la localisation des cellules pacemaker.

@article{doi101111dgd70028,
    author = "Saito, Ryota et Hyodo, Tatsuki et Kamakura, Nene et Fujikake, Yuma et Nishino, Junko M. et Sasakura, Yasunori et Nishino, Atsuo et Fujiwara, Shigeki",
    title = "Hox3 est requis pour le développement cardiaque post-métamorphique chez l'adulte Ciona",
    year = "2025",
    journal = "Development Growth \& Differentiation",
    abstract = "Si la différenciation des progéniteurs cardiaques durant l'embryogenèse a été caractérisée en détail chez l'ascidie Ciona robusta, le développement cardiaque après la métamorphose reste mal compris. Les régions sub-terminales aux deux extrémités du cœur de Ciona abritent des cellules pacemaker, ainsi que des cellules indifférenciées situées au sein de la zone de croissance. Nous avons réalisé une analyse RNA-Seq pour identifier les facteurs de transcription exprimés de manière prédominante dans les régions sub-terminales du cœur de Ciona. Parmi les 17 facteurs de transcription exprimés de manière prédominante dans l'une ou les deux des régions sub-terminales, Hox3 a montré la plus forte expression dans les deux. Étant donné que le rôle de Hox3 durant le développement cardiaque de Ciona restait inconnu, nous avons étudié l'expression spatiale et la fonction de Hox3. L'hybridation in situ a révélé l'expression de Hox3 dans les cellules indifférenciées au sein de la zone de croissance aux deux extrémités du tube cardiaque. La perturbation de Hox3 dans les progéniteurs cardiaques, médiée par TALEN, a entraîné des tubes cardiaques irrégulièrement gonflés ou raccourcis. Ces résultats suggèrent que Hox3 joue un rôle crucial dans la formation du tube cardiaque en régulant l'activité des cellules de la zone de croissance. Une expression de Hox3 similaire dans les régions terminales des cœurs d'ascidies et de vertébrés suggère une conservation partielle de la mise en place cardiaque et de la localisation des cellules pacemaker.",
    url = "https://doi.org/10.1111/dgd.70028",
    doi = "10.1111/dgd.70028",
    openalex = "W4416223790",
    references = "doi101242jeb209320"
}

Comprendre les mécanismes qui déterminent le succès d'invasion nécessite d'évaluer à la fois les contraintes abiotiques et les interactions biotiques agissant sur les espèces introduites. Dans cette étude, nous avons analysé le rôle du filtrage environnemental, compris comme la capacité des organismes à tolérer des conditions physiques telles que la température et la disponibilité en oxygène, et de la résistance biotique, définie comme les effets des consommateurs indigènes limitant l'établissement. Ces processus ont été évalués chez deux ascidies solitaires, Corella eumyota (Phlebobranchia : Corellidae) et Asterocarpa humilis (Stolidobranchia : Styelidae), prélevées sur des plaques d'installation déployées à une profondeur d'environ 1 m dans la baie de Coliumo (36°32'S, 72°56'O), au centre du Chili. Les deux espèces ont présenté une large tolérance thermique, maintenant une survie entre 12 et 20 °C, tolérant le refroidissement jusqu'à 4 °C, et montrant une mortalité à 24 °C. Elles ont également affiché une forte résistance aux conditions hypoxiques, avec des valeurs de tension critique en oxygène (Pcrit) de 0,64 ± 0,35 kPa pour Corella eumyota et 2,01 ± 0,74 kPa pour Asterocarpa humilis, indiquant une capacité physiologique à persister dans des environnements à faible teneur en oxygène. Des essais de prédation réalisés avec des consommateurs indigènes observés sur les plaques ont révélé des effets contrastés, le crabe Romaleon setosum consommant une forte proportion d'individus, tandis que le poisson Hypsoblennius sordidus a montré une consommation limitée. Des ascidies adultes ont été utilisées dans les expériences, permettant d'évaluer la prédation des consommateurs locaux sur les organismes installés plutôt que sur les stades précoces de la vie. Dans l'ensemble, les résultats indiquent que le succès d'invasion chez ces ascidies émerge de l'action combinée d'une large tolérance physiologique permettant la persistance dans des conditions environnementales variées et d'une résistance biotique dépendante du contexte qui peut limiter leur expansion vers des habitats naturels adjacents.

@article{doi101016jmarenvres2026108044,
    author = "Pinochet, Javier et Barrios-Figueroa, Rocío et Jorquera, Erika et Molina-Valdivia, Víctor et Lagos-Oróstica, Marcelo et Urbina, Mauricio A et Brante, Antonio",
    title = "Physiological tolerance and predator-mediated resistance as critical factors influencing the invasion success in two solitary ascidians.",
    year = "2026",
    journal = "Marine environmental research",
    abstract = "Comprendre les mécanismes qui déterminent le succès d'invasion nécessite d'évaluer à la fois les contraintes abiotiques et les interactions biotiques agissant sur les espèces introduites. Dans cette étude, nous avons analysé le rôle du filtrage environnemental, compris comme la capacité des organismes à tolérer des conditions physiques telles que la température et la disponibilité en oxygène, et de la résistance biotique, définie comme les effets des consommateurs indigènes limitant l'établissement. Ces processus ont été évalués chez deux ascidies solitaires, Corella eumyota (Phlebobranchia : Corellidae) et Asterocarpa humilis (Stolidobranchia : Styelidae), prélevées sur des plaques d'installation déployées à une profondeur d'environ 1 m dans la baie de Coliumo (36°32'S, 72°56'O), au centre du Chili. Les deux espèces ont présenté une large tolérance thermique, maintenant une survie entre 12 et 20 °C, tolérant le refroidissement jusqu'à 4 °C, et montrant une mortalité à 24 °C. Elles ont également affiché une forte résistance aux conditions hypoxiques, avec des valeurs de tension critique en oxygène (Pcrit) de 0,64 ± 0,35 kPa pour Corella eumyota et 2,01 ± 0,74 kPa pour Asterocarpa humilis, indiquant une capacité physiologique à persister dans des environnements à faible teneur en oxygène. Des essais de prédation réalisés avec des consommateurs indigènes observés sur les plaques ont révélé des effets contrastés, le crabe Romaleon setosum consommant une forte proportion d'individus, tandis que le poisson Hypsoblennius sordidus a montré une consommation limitée. Des ascidies adultes ont été utilisées dans les expériences, permettant d'évaluer la prédation des consommateurs locaux sur les organismes installés plutôt que sur les stades précoces de la vie. Dans l'ensemble, les résultats indiquent que le succès d'invasion chez ces ascidies émerge de l'action combinée d'une large tolérance physiologique permettant la persistance dans des conditions environnementales variées et d'une résistance biotique dépendante du contexte qui peut limiter leur expansion vers des habitats naturels adjacents.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41955794/",
    doi = "10.1016/j.marenvres.2026.108044",
    pmid = "41955794"
}

Le développement du système nerveux central (SNC) dépend de programmes d'expression génétique strictement régulés qui guident la différenciation des progéniteurs neuronaux et la spécification des sous-types neuronaux. L'ascidie Ciona robusta constitue un modèle puissant et simplifié pour étudier le contrôle génétique du développement du système nerveux, avec un SNC larvaire composé de plus de 200 neurones et cellules sensorielles. Bien que la mutagenèse médiée par CRISPR/Cas9 soit désormais couramment utilisée chez Ciona, des ARN guides uniques (ARNgs) validés n'ont pas encore été validés pour les gènes neuronaux clés. Ici, nous rapportons la conception et la validation expérimentale de 25 nouveaux ARNg ciblant huit gènes conservés codant pour des protéines conservées impliquées dans le développement neurologique et la fonction neuronale, incluant six facteurs de transcription (Cdx, Foxb, Sox1/2/3, Dmbx, Engrailed et Mnx) et deux gènes effecteurs neuronaux (Tyrosinase et Slc18a3/VAChT). Les ARNg candidats ont été sélectionnés à l'aide de CRISPOR et testés pour l'efficacité de la mutagenèse par séquençage d'amplificons de sites cibles basé sur Illumina. Tous les ARNg ont induit des insertions ou des délétions à leurs loci cibles, la plupart des gènes donnant au moins un ARNg avec une efficacité de mutagenèse supérieure à 30 %, à l'exception de Dmbx, pour lequel l'efficacité maximale atteignait 25 %. Nous avons également comparé les taux de mutagenèse mesurés aux scores prédits Doench '16 et Doench Ruleset 3 (RS3), observant une corrélation modeste mais améliorée avec les prédictions RS3. Sur la base de ces résultats, nous recommandons de considérer les deux algorithmes de notation, le RS3 offrant potentiellement une valeur prédictive améliorée pour Ciona.

@article{doi106489820260325711585,
    author = "Popsuj, Sydney et Kalsang, Tenzin et Kim, Kwantae et Drummond, Erica et Manekar, Pooja et Munagapati, Pranavvarma V. et Oleti, Manasi et Sato, Hiroki et Vickery, Izabella et Gigante, Eduardo D. et Stolfi, Alberto",
    title = "ARN guides CRISPR/Cas9 validés ciblant des gènes du développement neurologique chez l'ascidie Ciona robusta",
    year = "2026",
    journal = "bioRxiv (Laboratoire Cold Spring Harbor)",
    abstract = "Le développement du système nerveux central (SNC) dépend de programmes d'expression génétique strictement régulés qui guident la différenciation des progéniteurs neuronaux et la spécification des sous-types neuronaux. L'ascidie Ciona robusta constitue un modèle puissant et simplifié pour étudier le contrôle génétique du développement du système nerveux, avec un SNC larvaire composé de plus de 200 neurones et cellules sensorielles. Bien que la mutagenèse médiée par CRISPR/Cas9 soit désormais couramment utilisée chez Ciona, des ARN guides uniques (ARNgs) validés n'ont pas encore été validés pour les gènes neuronaux clés. Ici, nous rapportons la conception et la validation expérimentale de 25 nouveaux ARNg ciblant huit gènes conservés codant pour des protéines conservées impliquées dans le développement neurologique et la fonction neuronale, incluant six facteurs de transcription (Cdx, Foxb, Sox1/2/3, Dmbx, Engrailed et Mnx) et deux gènes effecteurs neuronaux (Tyrosinase et Slc18a3/VAChT). Les ARNg candidats ont été sélectionnés à l'aide de CRISPOR et testés pour l'efficacité de la mutagenèse par séquençage d'amplificons de sites cibles basé sur Illumina. Tous les ARNg ont induit des insertions ou des délétions à leurs loci cibles, la plupart des gènes donnant au moins un ARNg avec une efficacité de mutagenèse supérieure à 30 %, à l'exception de Dmbx, pour lequel l'efficacité maximale atteignait 25 %. Nous avons également comparé les taux de mutagenèse mesurés aux scores prédits Doench '16 et Doench Ruleset 3 (RS3), observant une corrélation modeste mais améliorée avec les prédictions RS3. Sur la base de ces résultats, nous recommandons de considérer les deux algorithmes de notation, le RS3 offrant potentiellement une valeur prédictive améliorée pour Ciona.",
    url = "https://doi.org/10.64898/2026.03.25.711585",
    doi = "10.64898/2026.03.25.711585",
    openalex = "W7141812979",
    references = "doi101242jeb209320"
}