ATP

@article{doi101016s0016003243913729,
    author = "Oppermann, R.H.",
    title = "Proteines, acides aminés et peptides",
    year = "1943",
    journal = "Journal of the Franklin Institute",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0016-0032(43)91372-9",
    doi = "10.1016/s0016-0032(43)91372-9",
    openalex = "W2320600355"
}

Le cycloheximide et l'acétoxy-cycloheximide inhibent spécifiquement la synthèse des protéines dans les cellules L en culture en suspension. Dans des extraits de foie de rat, les médicaments inhibent le transfert d'acides aminés de l'ARN soluble au polypeptide. Contrairement au puromycine, ces médicaments n'accélèrent pas la libération des chaînes polypeptidiques naissantes. Les médicaments n'ont aucun effet sur la synthèse des protéines dans des extraits d'Escherichia coli.

@article{doi101126science14636501474,
    author = "Ennis, Herbert L. et Lubin, Martin",
    title = "Cycloheximide : Aspects de l'inhibition de la synthèse des protéines dans les cellules mammaliennes",
    year = "1964",
    journal = "Science",
    abstract = "Le cycloheximide et l'acétoxy-cycloheximide inhibent spécifiquement la synthèse des protéines dans les cellules L en culture en suspension. Dans des extraits de foie de rat, les médicaments inhibent le transfert d'acides aminés de l'ARN soluble au polypeptide. Contrairement au puromycine, ces médicaments n'accélèrent pas la libération des chaînes polypeptidiques naissantes. Les médicaments n'ont aucun effet sur la synthèse des protéines dans des extraits d'Escherichia coli.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.146.3650.1474",
    doi = "10.1126/science.146.3650.1474",
    openalex = "W1980224338"
}

@article{crossref1969synthesis,
    title = "Synthèse de peptides et d'acides aminés",
    year = "1969",
    journal = "Ultrasonics",
    url = "https://doi.org/10.1016/0041-624x(69)90649-0",
    doi = "10.1016/0041-624x(69)90649-0",
    number = "3",
    openalex = "W4250036181",
    pages = "155",
    volume = "7"
}

Résumé Nous avons examiné la relation fonctionnelle in vivo entre la taille du pool de purine ribonucléoside triphosphate et le taux d'accumulation de l'ARN. Nos résultats sont les suivants. L'imposition de la sévérité entraîne une baisse d'environ 40 % du pool de GTP qui se produit très rapidement ; elle est complète en moins de 10 min et se produit simultanément avec, ou juste avant, l'arrêt de l'accumulation de l'ARN. Une baisse quelque peu plus lente de 30 % du pool d'ATP a également été observée. Chez un mutant relâché, il y a une rétrécissement momentané des deux pools, mais ils reviennent rapidement à la normale et s'expandent ensuite. Le rétrécissement des pools d'ATP et de GTP pendant la sévérité ne peut être expliqué comme une réponse de rétroaction au blocage de l'accumulation de l'ARN ; lorsque l'accumulation de l'ARN est bloquée directement par la carence en uracile, les pools d'ATP et de GTP s'expandent plutôt que de se contracter. Le rétrécissement des pools de purine ribonucléoside triphosphate peut suffire à expliquer le taux réduit d'accumulation de l'ARN pendant la sévérité. Lorsque la synthèse d'ATP et de GTP est bloquée directement par la carence en purine, le taux d'accumulation de l'ARN chute drastiquement avec seulement environ un rétrécissement de 40 % des deux pools. Ainsi, la synthèse nette d'ARN in vivo est beaucoup plus sensible à la concentration de purine ribonucléoside triphosphate que l'activité de l'ARN polymérase in vitro. Le rétrécissement du pool de GTP seul peut suffire à expliquer la réponse de l'accumulation de l'ARN à la sévérité. Lorsque la synthèse de GTP est bloquée directement par la carence en guanine ou en guanosine, une diminution modérée du pool de GTP entraîne une réduction disproportionnée de la synthèse nette d'ARN. Malgré une inhibition quasi complète de la synthèse nette d'ARN pendant la carence en guanosine, la synthèse des protéines se poursuit à environ 25 % du taux normal. Cela suggère que la synthèse et le turnover de l'ARN messager sont beaucoup moins affectés par une diminution modérée de GTP que l'accumulation de formes stables d'ARN.

@article{doi101016s0021925818931054,
    author = "Gallant, Jonathan et Harada, B.",
    title = "Le Contrôle de la Synthèse de l'Acide Ribonucléique chez Escherichia coli",
    year = "1969",
    journal = "Journal of Biological Chemistry",
    abstract = "Résumé Nous avons examiné la relation fonctionnelle in vivo entre la taille du pool de purine ribonucléoside triphosphate et le taux d'accumulation de l'ARN. Nos résultats sont les suivants. L'imposition de la sévérité entraîne une baisse d'environ 40 % du pool de GTP qui se produit très rapidement ; elle est complète en moins de 10 min et se produit simultanément avec, ou juste avant, l'arrêt de l'accumulation de l'ARN. Une baisse quelque peu plus lente de 30 % du pool d'ATP a également été observée. Chez un mutant relâché, il y a une rétrécissement momentané des deux pools, mais ils reviennent rapidement à la normale et s'expandent ensuite. Le rétrécissement des pools d'ATP et de GTP pendant la sévérité ne peut être expliqué comme une réponse de rétroaction au blocage de l'accumulation de l'ARN ; lorsque l'accumulation de l'ARN est bloquée directement par la carence en uracile, les pools d'ATP et de GTP s'expandent plutôt que de se contracter. Le rétrécissement des pools de purine ribonucléoside triphosphate peut suffire à expliquer le taux réduit d'accumulation de l'ARN pendant la sévérité. Lorsque la synthèse d'ATP et de GTP est bloquée directement par la carence en purine, le taux d'accumulation de l'ARN chute drastiquement avec seulement environ un rétrécissement de 40 % des deux pools. Ainsi, la synthèse nette d'ARN in vivo est beaucoup plus sensible à la concentration de purine ribonucléoside triphosphate que l'activité de l'ARN polymérase in vitro. Le rétrécissement du pool de GTP seul peut suffire à expliquer la réponse de l'accumulation de l'ARN à la sévérité. Lorsque la synthèse de GTP est bloquée directement par la carence en guanine ou en guanosine, une diminution modérée du pool de GTP entraîne une réduction disproportionnée de la synthèse nette d'ARN. Malgré une inhibition quasi complète de la synthèse nette d'ARN pendant la carence en guanosine, la synthèse des protéines se poursuit à environ 25 % du taux normal. Cela suggère que la synthèse et le turnover de l'ARN messager sont beaucoup moins affectés par une diminution modérée de GTP que l'accumulation de formes stables d'ARN.",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0021-9258(18)93105-4",
    doi = "10.1016/s0021-9258(18)93105-4",
    openalex = "W1592201898"
}

Les solubilités des acides aminés, de la diglycine et de la triglycine ont été mesurées dans l'eau et l'éthanol aqueux, ainsi que dans des solutions de dioxane. Les énergies libres de transfert des chaînes latérales d'acides aminés et des unités peptidiques de la chaîne principale de l'eau vers l'éthanol et le dioxane ont été calculées à partir de ces données. Les résultats montrent la similitude entre les effets de l'éthanol et du dioxane sur la stabilité de ces chaînes latérales et unités peptidiques. En particulier, les énergies libres de transfert des chaînes latérales hydrophobes vers l'éthanol et le dioxane à 100 % sont essentiellement identiques et ont été utilisées pour établir une échelle d'hydrophobicité pour les chaînes latérales hydrophobes.

@article{doi101016s002192581977210x,
    author = "Nozaki, Yasuhiko et Tanford, Charles",
    title = "La solubilité des acides aminés et de deux peptides de glycine dans des solutions aqueuses d'éthanol et de dioxane",
    year = "1971",
    journal = "Journal of Biological Chemistry",
    abstract = "Les solubilités des acides aminés, de la diglycine et de la triglycine ont été mesurées dans l'eau et l'éthanol aqueux, ainsi que dans des solutions de dioxane. Les énergies libres de transfert des chaînes latérales d'acides aminés et des unités peptidiques de la chaîne principale de l'eau vers l'éthanol et le dioxane ont été calculées à partir de ces données. Les résultats montrent la similitude entre les effets de l'éthanol et du dioxane sur la stabilité de ces chaînes latérales et unités peptidiques. En particulier, les énergies libres de transfert des chaînes latérales hydrophobes vers l'éthanol et le dioxane à 100 % sont essentiellement identiques et ont été utilisées pour établir une échelle d'hydrophobicité pour les chaînes latérales hydrophobes.",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0021-9258(19)77210-x",
    doi = "10.1016/s0021-9258(19)77210-x",
    openalex = "W1588000118"
}

@article{doi1010160005278772904807,
    author = "van Venrooij, W.J.W. et Henshaw, Edgar C. et Hirsch, Carl A.",
    title = "Effets de la privation de glucose ou d'acides aminés individuels sur la distribution des polyribosomes et le taux de synthèse des protéines dans des cellules mammaliennes cultivées",
    year = "1972",
    journal = "Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Nucleic Acids and Protein Synthesis",
    url = "https://doi.org/10.1016/0005-2787(72)90480-7",
    doi = "10.1016/0005-2787(72)90480-7",
    openalex = "W2028193958",
    references = "doi1010160022283669903209, doi1010160022283670900914, doi101016s0015626466805734, doi101016s0021925818625098, doi101016s0021925818649889, doi101016s0021925818931054, doi101038226607a0, doi101038227913a0, doi101042bj0620315, openalexw1785914557"
}

@phdthesis{junck1973synthesis1,
    author = "Junck, J. R. et Fox, S. W",
    title = "Synthèse d'oligonucléotides par des microsphères protéinoïdes agissant sur l'ATP",
    year = "1973",
    publisher = "Naturwissenschaften, v. 60, p. 425-427",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Junck, J. R., et Fox, S. W., 1973, Synthèse d'oligonucléotides par des microsphères protéinoïdes agissant sur l'ATP : Naturwissenschaften, v. 60, p. 425-427.}"
}

Une formule de différence entre les acides aminés combine des propriétés qui corrèlent le mieux avec les fréquences de substitution des résidus protéiques : composition, polarité et volume moléculaire. Les fréquences de substitution concordent beaucoup mieux avec la différence chimique globale entre les résidus échangés qu'avec le nombre minimum de changements de bases entre leurs codons. Les coefficients de corrélation montrent que la fixation de mutations entre des acides aminés dissimilaires est généralement rare.

@article{doi101126science1854154862,
    author = "Grantham, Richard",
    title = "Formule de différence d'acides aminés pour aider à expliquer l'évolution des protéines",
    year = "1974",
    journal = "Science",
    abstract = "Une formule de différence entre les acides aminés combine des propriétés qui corrèlent le mieux avec les fréquences de substitution des résidus protéiques : composition, polarité et volume moléculaire. Les fréquences de substitution concordent beaucoup mieux avec la différence chimique globale entre les résidus échangés qu'avec le nombre minimum de changements de bases entre leurs codons. Les coefficients de corrélation montrent que la fixation de mutations entre des acides aminés dissimilaires est généralement rare.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.185.4154.862",
    doi = "10.1126/science.185.4154.862",
    openalex = "W2044573154"
}

@incollection{doi101016b9780080177083500100,
    author = "Munro, Hamish N. et Hübert, Christine et Baliga, B S",
    title = "Régulation de la synthèse des protéines en relation avec l'approvisionnement en acides aminés—Une revue**Les expériences non publiées rapportées ici par nous ont été soutenues par les subventions du U.S. Public Health Service CA 08893–05 et AM 15364–02.",
    year = "1975",
    booktitle = "Elsevier eBooks",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-0-08-017708-3.50010-0",
    doi = "10.1016/b978-0-08-017708-3.50010-0",
    openalex = "W9410359",
    references = "doi1010160005278772904807"
}

@article{nakashima1980synthesis,
    author = "Nakashima, T. et Fox, S. W.",
    title = "Synthèse de peptides à partir d'acides aminés et d'ATP avec un protéinoïde riche en lysine",
    year = "1980",
    journal = "Journal of Molecular Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf01733146",
    doi = "10.1007/bf01733146",
    number = "4",
    openalex = "W4230509606",
    pages = "363-363",
    volume = "15"
}

@phdthesis{nakashima1980synthesis2,
    author = "Nakashima, T. et Fox, S. W",
    title = "Synthèse de peptides à partir d'acides aminés et d'ATP avec un proténoïde riche en lysine",
    year = "1980",
    publisher = "Journal of Molecular Evolution, v. 15, p. 161-168",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Nakashima, T., et Fox, S. W., 1980, Synthèse de peptides à partir d'acides aminés et d'ATP avec un proténoïde riche en lysine : Journal of Molecular Evolution, v. 15, p. 161-168.}"
}

@article{nakashima1981formation,
    author = "Nakashima, Tadayoshi et Fox, Sidney W.",
    title = "Formation de peptides à partir d'acides aminés par des ajouts uniques ou multiples d'ATP à des suspensions de microparticules nucléoprotéinoïdes",
    year = "1981",
    journal = "Biosystems",
    url = "https://doi.org/10.1016/0303-2647(81)90064-2",
    doi = "10.1016/0303-2647(81)90064-2",
    number = "2",
    openalex = "W1965193662",
    pages = "151-161",
    volume = "14",
    references = "doi101007bf00405480, doi101007bf00927027, doi101007bf01734482, doi1010160303264780900131, doi101016c20090031365, doi101016s0047248478800529, doi101021ja01499a069, doi101038282189a0, openalexw2282054059, openalexw3038835020"
}

@misc{nakashima1981formulation3,
    author = "Nakashima, T. et Fox, S. W",
    title = "Formulation of peptides by single or multiple additions of ATP to suspensions of nucleoproteinoid microparticles",
    year = "1981",
    howpublished = "BioSystems, v. 14, p. 151- 161",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Nakashima, T., et Fox, S. W., 1981, Formulation of peptides by single or multiple additions of ATP to suspensions of nucleoproteinoid microparticles: BioSystems, v. 14, p. 151- 161.}"
}

@incollection{mazur1983synthesis,
    author = "Mazur, Robert H. et Pilipauskas, Daniel R.",
    title = "Synthèse d'acides aminés déshydrogénés et de peptides",
    year = "1983",
    booktitle = "Prague, Tchécoslovaquie, 29 août–3 septembre 1982",
    url = "https://doi.org/10.1515/9783111694344-063",
    doi = "10.1515/9783111694344-063",
    openalex = "W3131530462",
    pages = "319-322"
}

Nous avons récemment signalé que le contrôle traductionnel de la synthèse des protéines par le glucose 6-phosphate dans le lysat de réticulocytes de lapin filtré sur gel est exercé sur l'activité du facteur d'initiation eucaryote (eIF)-2B, le facteur qui catalyse l'échange du GTP pour le GDP lié à l'eIF-2, par un mécanisme indépendant de la phosphorylation de l'eIF-2 (sous-unité alpha). Nous démontrons maintenant que deux autres conditions régulent l'activité de l'eIF-2B dans le lysat de réticulocytes de lapin : les polyamines (spermidine et spermine) et la carence en acides aminés. En l'absence de polyamines ajoutées, la synthèse des protéines dans le lysat filtré sur gel est réduite à environ 70 % et l'activité de l'eIF-2B à environ 35 % de l'optimum. La première est probablement le résultat de la seconde, car nous constatons que le lysat de réticulocytes possède environ le double de l'eIF-2B nécessaire pour recycler l'eIF-2.GDP généré dans des conditions de synthèse des protéines optimale. En revanche, la réduction de l'activité de l'eIF-2B (à environ 50 % de l'optimum) survenant en l'absence d'acides aminés ajoutés dans le lysat non fractionné ou filtré sur gel est insuffisante, à elle seule, pour ralentir le taux de synthèse des protéines, et l'inhibition de la synthèse des protéines qui se produit avec la carence en acides aminés est exercée sur l'élongation de la chaîne polypeptidique, non sur l'initiation. La réduction de l'activité de l'eIF-2B survenant avec la carence en acides aminés ne peut être inversée par l'ajout de plus de glucose 6-phosphate ou de polyamines, ni ne peut la réduction de l'activité de l'eIF-2B observée avec la carence en polyamines être surmontée en augmentant le glucose 6-phosphate, suggérant que ces trois composants régulent l'activité de l'eIF-2B par des mécanismes différents.

@article{doi101016s0021925820882660,
    author = "Gross, Martin et Rubino, Mark",
    title = "Régulation de l'activité du facteur d'initiation eucaryote-2B par les polyamines et la carence en acides aminés dans le lysat de réticulocytes de lapin",
    year = "1989",
    journal = "Journal of Biological Chemistry",
    abstract = "Nous avons récemment signalé que le contrôle traductionnel de la synthèse des protéines par le glucose 6-phosphate dans le lysat de réticulocytes de lapin filtré sur gel est exercé sur l'activité du facteur d'initiation eucaryote (eIF)-2B, le facteur qui catalyse l'échange du GTP pour le GDP lié à l'eIF-2, par un mécanisme indépendant de la phosphorylation de l'eIF-2 (sous-unité alpha). Nous démontrons maintenant que deux autres conditions régulent l'activité de l'eIF-2B dans le lysat de réticulocytes de lapin : les polyamines (spermidine et spermine) et la carence en acides aminés. En l'absence de polyamines ajoutées, la synthèse des protéines dans le lysat filtré sur gel est réduite à environ 70\% et l'activité de l'eIF-2B à environ 35\% de l'optimum. La première est probablement le résultat de la seconde, car nous constatons que le lysat de réticulocytes possède environ le double de l'eIF-2B nécessaire pour recycler l'eIF-2.GDP généré dans des conditions de synthèse des protéines optimale. En revanche, la réduction de l'activité de l'eIF-2B (à environ 50\% de l'optimum) survenant en l'absence d'acides aminés ajoutés dans le lysat non fractionné ou filtré sur gel est insuffisante, à elle seule, pour ralentir le taux de synthèse des protéines, et l'inhibition de la synthèse des protéines qui se produit avec la carence en acides aminés est exercée sur l'élongation de la chaîne polypeptidique, non sur l'initiation. La réduction de l'activité de l'eIF-2B survenant avec la carence en acides aminés ne peut être inversée par l'ajout de plus de glucose 6-phosphate ou de polyamines, ni ne peut la réduction de l'activité de l'eIF-2B observée avec la carence en polyamines être surmontée en augmentant le glucose 6-phosphate, suggérant que ces trois composants régulent l'activité de l'eIF-2B par des mécanismes différents.",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0021-9258(20)88266-0",
    doi = "10.1016/s0021-9258(20)88266-0",
    openalex = "W1511858736",
    references = "doi1010160005278772904807"
}

Une méthode pour corréler les spectres de masse en tandem non interprétés de peptides produits dans des conditions de collision à basse énergie (10-50 eV) avec les séquences d'acides aminés dans la base de données Genpept a été développée. Dans cette méthode, la base de données de protéines est recherchée pour identifier des séquences linéaires d'acides aminés dans une tolérance de masse de ±1 u du poids moléculaire de l'ion précurseur. Une fonction de corrélation croisée est ensuite utilisée pour fournir une mesure de similarité entre les rapports masse/charge des ions fragment prédits à partir des séquences d'acides aminés obtenues à partir de la base de données et les ions fragment observés dans le spectre de masse en tandem. En général, une différence supérieure à 0,1 entre les fonctions de corrélation croisée normalisées des résultats de recherche classés premier et deuxième indique un appariement réussi entre la séquence et le spectre. Des recherches de bases de données de protéines spécifiques à des espèces avec des spectres de masse en tandem acquis à partir de peptides obtenus à partir des protéines totales digérées enzymatiquement de cellules d'E. coli et S. cerevisiae ont permis d'apparier les spectres aux séquences d'acides aminés au sein des protéines de ces organismes. L'approche décrite dans ce manuscrit fournit une méthode pratique pour interpréter les spectres de masse en tandem avec des séquences connues dans une base de données de protéines.

@article{doi1010161044030594800162,
    author = "Eng, Jimmy K. et McCormack, Ashley L. et Yates, John R.",
    title = "Une approche pour corréler les données de spectrométrie de masse en tandem de peptides avec les séquences d'acides aminés dans une base de données de protéines",
    year = "1994",
    journal = "Journal of the American Society for Mass Spectrometry",
    abstract = "Une méthode pour corréler les spectres de masse en tandem non interprétés de peptides produits dans des conditions de collision à basse énergie (10-50 eV) avec les séquences d'acides aminés dans la base de données Genpept a été développée. Dans cette méthode, la base de données de protéines est recherchée pour identifier des séquences linéaires d'acides aminés dans une tolérance de masse de ±1 u du poids moléculaire de l'ion précurseur. Une fonction de corrélation croisée est ensuite utilisée pour fournir une mesure de similarité entre les rapports masse/charge des ions fragment prédits à partir des séquences d'acides aminés obtenues à partir de la base de données et les ions fragment observés dans le spectre de masse en tandem. En général, une différence supérieure à 0,1 entre les fonctions de corrélation croisée normalisées des résultats de recherche classés premier et deuxième indique un appariement réussi entre la séquence et le spectre. Des recherches de bases de données de protéines spécifiques à des espèces avec des spectres de masse en tandem acquis à partir de peptides obtenus à partir des protéines totales digérées enzymatiquement de cellules d'E. coli et S. cerevisiae ont permis d'apparier les spectres aux séquences d'acides aminés au sein des protéines de ces organismes. L'approche décrite dans ce manuscrit fournit une méthode pratique pour interpréter les spectres de masse en tandem avec des séquences connues dans une base de données de protéines.",
    url = "https://doi.org/10.1016/1044-0305(94)80016-2",
    doi = "10.1016/1044-0305(94)80016-2",
    openalex = "W2026465178",
    references = "doi101126science2675315, openalexw2282054059"
}

Dans des expériences modélisant des environnements volcaniques ou hydrothermaux, les acides aminés ont été convertis en peptides par utilisation de (Ni,Fe)S et CO copécipités en conjonction avec H2S (ou CH3SH) en tant que catalyseur et agent de condensation à 100 degrésC et pH 7 à 10 dans des conditions anaérobies et aqueuses. Ces résultats démontrent que les acides aminés peuvent être activés dans des conditions géochimiquement pertinentes. Ils soutiennent une origine thermophile de la vie et une apparition précoce de peptides dans l'évolution d'un métabolisme primordial.

@article{doi101126science2815377670,
    author = "Huber, Claudia et Wächtershäuser, Günter",
    title = "Peptides par activation des acides aminés avec du CO sur des surfaces (Ni,Fe)S : Implications pour l'origine de la vie",
    year = "1998",
    journal = "Science",
    abstract = "Dans des expériences modélisant des environnements volcaniques ou hydrothermaux, les acides aminés ont été convertis en peptides par utilisation de (Ni,Fe)S et CO copécipités en conjonction avec H2S (ou CH3SH) en tant que catalyseur et agent de condensation à 100 degrésC et pH 7 à 10 dans des conditions anaérobies et aqueuses. Ces résultats démontrent que les acides aminés peuvent être activés dans des conditions géochimiquement pertinentes. Ils soutiennent une origine thermophile de la vie et une apparition précoce de peptides dans l'évolution d'un métabolisme primordial.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.281.5377.670",
    doi = "10.1126/science.281.5377.670",
    openalex = "W2166068250",
    references = "doi101016s0047248478800529"
}

La depsipeptide cyclique phomalide [cyclo(Val-(E)-Aba-Hpp-Hmp-(R)-Leu); Aba = acide 2-amino-2-buténique, Hpp = (2S)-acide 2-hydroxy-3-phénylpropanoïque, Hmp = (2S)-acide 2-hydroxy-4-méthylpentanoïque] est le phytotoxine sélective de l'hôte produite par le champignon [Leptosphaeria maculans (Desm.) Ces. et de Not., stade asexué Phoma lingam (Tode ex Fr.) Desm.] qui provoque la maladie de la jambe noire (une maladie dévastatrice de plusieurs cultures de brassicacées économiquement importantes). Des synthèses totales efficaces de la phomalide, de son isomère (Z) isophomalide et des deux analogues dihydro [(R)-dihydrophomalide et (S)-dihydrophomalide] sont décrites. Un couplage de fragments [2 + 3] de Cbz-Val-(Z)-Aba avec Hpp-Hmp-D-Leu-OBn suivi de la déprotection et de la cyclisation a donné l'isophomalide, qui a été isomérisé de manière diastéréosélective en phomalide par addition conjuguée de PhSeH suivie de l'élimination de l'oxyde de sélénium correspondant. Les analogues dihydro ont été préparés de manière similaire en utilisant Cbz-Val-(R)-Abu ou Cbz-Val-(S)-Abu (Abu = acide 2-aminobutyrique) à la place de Cbz-Val-(Z)-Aba. Les évaluations biologiques de la phomalide, de l'isophomalide et des dihydrophomalides ont révélé que seule la phomalide (10(-)(5) M) a provoqué des lésions nécrotiques, chlorotiques et rougeâtres sur les feuilles de canola (Brassica napus et Brassica rapa ; sensibles à la jambe noire), tandis qu'aucun dommage n'a été observé sur les feuilles de moutarde brune (Brassica juncea ; résistante à la jambe noire) ou de moutarde blanche (Sinapis alba ; résistante à la jambe noire), même à des concentrations nettement plus élevées (10(-)(4) M). Ainsi, la présence et la configuration de la double liaison sont cruciales pour la phytotoxicité sélective. Il s'agit de la première synthèse rapportée d'un produit naturel contenant un (E)-Aba, et, de manière importante, l'approche d'isomérisation (Z) --> (E) devrait être applicable à d'autres cibles (depsi)peptidiques, permettant ainsi d'étudier l'effet de la configuration de la double liaison sur diverses propriétés.

@article{doi101021jo982376p,
    author = "Ward, Dale E. and Vázquez, Alfredo Macías and Pedras, M. Soledade C.",
    title = "Probing Host-Selective Phytotoxicity: Synthesis and Biological Activity of Phomalide, Isophomalide, and Dihydrophomalide",
    year = "1999",
    journal = "The Journal of Organic Chemistry",
    abstract = "The cyclic depsipeptide phomalide [cyclo(Val-(E)-Aba-Hpp-Hmp-(R)-Leu); Aba = 2-amino-2-butenoic acid, Hpp = (2S)-2-hydroxy-3-phenylpropanoic acid, Hmp = (2S)-2-hydroxy-4-methylpentanoic acid] is the host-selective phytotoxin produced by the fungus [Leptosphaeria maculans (Desm.) Ces. et de Not., asexual stage Phoma lingam (Tode ex Fr.) Desm.] which causes blackleg disease (a devastating disease of several economically important brassica crops). Efficient total syntheses of phomalide, its (Z)-isomer isophomalide, and the two dihydro analogues [(R)-dihydrophomalide and (S)-dihydrophomalide] are described. A [2 + 3] fragment coupling of Cbz-Val-(Z)-Aba with Hpp-Hmp-D-Leu-OBn followed by deprotection and cyclization gave isophomalide which was diastereoselectively isomerized to phomalide by conjugate addition of PhSeH followed by elimination of the corresponding selenoxide. The dihydro analogues were prepared similarly using Cbz-Val-(R)-Abu or Cbz-Val-(S)-Abu (Abu = 2-aminobutanoic acid) in place of Cbz-Val-(Z)-Aba. Biological evaluations of phomalide, isophomalide, and the dihydrophomalides revealed that only phomalide (10(-)(5) M) caused necrotic, chlorotic, and reddish lesions on canola (Brassica napus and Brassica rapa; susceptible to blackleg) leaves whereas no damage was observed on brown mustard (Brassica juncea; resistant to blackleg) or white mustard (Sinapis alba; resistant to blackleg) leaves, even at significantly higher concentrations (10(-)(4) M). Thus, both the presence and configuration of the double bond is crucial for selective phytotoxicity. This is the first reported synthesis of an (E)-Aba-containing natural product, and importantly, the (Z) --> (E) isomerization approach should be applicable to other (depsi)peptide targets thereby allowing investigation of the effect of the double-bond configuration on various properties.",
    url = "https://doi.org/10.1021/jo982376p",
    doi = "10.1021/jo982376p",
    openalex = "W2027670418",
    references = "mazur1983synthesis"
}

Presque toutes les discussions sur la chimie prébiotique supposent que les acides aminés, les nucléotides et d'autres monomères possibles ont d'abord été formés sur la Terre ou apportés à celle-ci par des comètes et des météorites, puis condensés de manière non enzymatique pour former des produits oligomériques. Cependant, les tentatives de démontrer de manière plausible des réactions de polymérisation prébiotiques ont rencontré un succès limité. Nous montrons que le sulfure de carbone (COS), un gaz volcanique simple, provoque la formation de peptides à partir d'acides aminés dans des conditions douces en solution aqueuse. Selon les conditions de réaction et les additifs utilisés, l'exposition des acides alpha-amino au COS génère des peptides avec des rendements allant jusqu'à 80 % en quelques minutes à quelques heures à température ambiante.

@article{doi101126science1102722,
    author = "Leman, Luke J. et Orgel, Leslie E. et Ghadiri, M. Reza",
    title = "Formation prébiotique de peptides médiée par le sulfure de carbone",
    year = "2004",
    journal = "Science",
    abstract = "Presque toutes les discussions sur la chimie prébiotique supposent que les acides aminés, les nucléotides et d'autres monomères possibles ont d'abord été formés sur la Terre ou apportés à celle-ci par des comètes et des météorites, puis condensés de manière non enzymatique pour former des produits oligomériques. Cependant, les tentatives de démontrer de manière plausible des réactions de polymérisation prébiotiques ont rencontré un succès limité. Nous montrons que le sulfure de carbone (COS), un gaz volcanique simple, provoque la formation de peptides à partir d'acides aminés dans des conditions douces en solution aqueuse. Selon les conditions de réaction et les additifs utilisés, l'exposition des acides alpha-amino au COS génère des peptides avec des rendements allant jusqu'à 80\% en quelques minutes à quelques heures à température ambiante.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1102722",
    doi = "10.1126/science.1102722",
    openalex = "W2165194928"
}

L'acide polyaspartique (PAA) étant biodégradable, il convient à diverses applications industrielles, médicales et agricoles pour remplacer de nombreux polymères non biodégradables actuellement utilisés. L'acide polyaspartique peut être synthétisé par différentes méthodes, avec ou sans catalyseur, sous différentes formes telles que la polysuccinimide, soit hydrolysé en acide ou en sel. Le polymère de l'acide aspartique existe sous différentes formes, notamment les isomères α,β et L, D. L'analyse conformationnelle de l'acide polyaspartique a été réalisée par diverses méthodes analytiques. Différentes combinaisons de ces deux isomères, présentes à différents pourcentages, peuvent être détectées par diverses méthodes telles que la dégradation de Hoffman, l'IR et l'analyse spectroscopique RMN. À partir des tests standard de biodégradabilité, il a été démontré que le polymère est entièrement biodégradable. Dans cette revue, la synthèse et la caractérisation des dérivés homopolymères et copolymères du PAA, ainsi que leurs applications et leur biodégradabilité comparées à d'autres polymères utilisés, sont brièvement discutées.

@article{doi10108010601320500189604,
    author = "Thombre, Sunita M. et Sarwade, Bhimrao D.",
    title = "Synthèse et biodégradabilité de l'acide polyaspartique : une revue critique",
    year = "2005",
    journal = "Journal of Macromolecular Science Part A",
    abstract = "L'acide polyaspartique (PAA) étant biodégradable, il convient à diverses applications industrielles, médicales et agricoles pour remplacer de nombreux polymères non biodégradables actuellement utilisés. L'acide polyaspartique peut être synthétisé par différentes méthodes, avec ou sans catalyseur, sous différentes formes telles que la polysuccinimide, soit hydrolysé en acide ou en sel. Le polymère de l'acide aspartique existe sous différentes formes, notamment les isomères α,β et L, D. L'analyse conformationnelle de l'acide polyaspartique a été réalisée par diverses méthodes analytiques. Différentes combinaisons de ces deux isomères, présentes à différents pourcentages, peuvent être détectées par diverses méthodes telles que la dégradation de Hoffman, l'IR et l'analyse spectroscopique RMN. À partir des tests standard de biodégradabilité, il a été démontré que le polymère est entièrement biodégradable. Dans cette revue, la synthèse et la caractérisation des dérivés homopolymères et copolymères du PAA, ainsi que leurs applications et leur biodégradabilité comparées à d'autres polymères utilisés, sont brièvement discutées.",
    url = "https://doi.org/10.1080/10601320500189604",
    doi = "10.1080/10601320500189604",
    openalex = "W2017931181",
    references = "doi101021ja01499a069, doi101021ja01544a027, doi101021ja01546a042"
}

Les aminoacyl-tRNA synthétases catalysent l'attachement des acides aminés cognats à des molécules de tRNA spécifiques. Pour prévenir les erreurs potentielles dans la synthèse des protéines causées par l'activation incorrecte d'acides aminés non-cognats, certaines synthétases ont évolué des mécanismes d'édition pour hydrolyser les acides aminés mal activés (édition pré-transfert) ou les tRNA mal acylés (édition post-transfert). Dans le cas de l'édition post-transfert, les synthétases emploient un domaine d'édition séparé qui est distinct du site d'activation des acides aminés, et le mécanisme est censé impliquer le transfert du flexible CCA-3' end de la tRNA du site actif synthétique au site d'hydrolyse. Le mécanisme d'édition pré-transfert est moins bien compris, et dans la plupart des cas, le site exact d'édition pré-transfert n'a pas été identifié de manière concluante. Ici, nous explorons l'activité d'édition pré-transfert des prolyl-tRNA synthétases de classe II de cinq espèces représentant les trois règnes de la vie. Pour localiser le site d'édition pré-transfert, des mutants tronqués ont été construits en supprimant le domaine d'insertion caractéristique des espèces de prolyl-tRNA synthétases bactériennes, qui est le site d'édition post-transfert, ou les domaines d'extension N- ou C-terminaux des enzymes eucaryotes et archéennes. En outre, le mécanisme d'édition pré-transfert de la prolyl-tRNA synthétase d'Escherichia coli a été exploré en détail. Ces études montrent qu'un domaine d'édition séparé n'est pas nécessaire pour l'édition pré-transfert par la prolyl-tRNA synthétase. Le site actif d'aminoacylation joue un rôle significatif dans le maintien de la fidélité de la traduction en agissant comme un filtre qui libère sélectivement les adénylates non-cognats en solution, tout en protégeant l'adénylate cognat de l'hydrolyse.

@article{doi101074jbcm605856200,
    author = "Hati, Sanchita and Ziervogel, Brigitte and Sternjohn, Julius and Wong, Fai-Chu and Nagan, Maria C and Rosen, Abbey E and Siliciano, Paul G and Chihade, Joseph W and Musier-Forsyth, Karin",
    title = {Pre-transfer editing by class II prolyl-tRNA synthetase: role of aminoacylation active site in "selective release" of noncognate amino acids.},
    year = "2006",
    journal = "The Journal of biological chemistry",
    abstract = "Les aminoacyl-tRNA synthétases catalysent l'attachement des acides aminés cognats à des molécules de tRNA spécifiques. Pour prévenir les erreurs potentielles dans la synthèse des protéines causées par l'activation incorrecte d'acides aminés non-cognats, certaines synthétases ont évolué des mécanismes d'édition pour hydrolyser les acides aminés mal activés (édition pré-transfert) ou les tRNA mal acylés (édition post-transfert). Dans le cas de l'édition post-transfert, les synthétases emploient un domaine d'édition séparé qui est distinct du site d'activation des acides aminés, et le mécanisme est censé impliquer le transfert du flexible CCA-3' end de la tRNA du site actif synthétique au site d'hydrolyse. Le mécanisme d'édition pré-transfert est moins bien compris, et dans la plupart des cas, le site exact d'édition pré-transfert n'a pas été identifié de manière concluante. Ici, nous explorons l'activité d'édition pré-transfert des prolyl-tRNA synthétases de classe II de cinq espèces représentant les trois règnes de la vie. Pour localiser le site d'édition pré-transfert, des mutants tronqués ont été construits en supprimant le domaine d'insertion caractéristique des espèces de prolyl-tRNA synthétases bactériennes, qui est le site d'édition post-transfert, ou les domaines d'extension N- ou C-terminaux des enzymes eucaryotes et archéennes. En outre, le mécanisme d'édition pré-transfert de la prolyl-tRNA synthétase d'Escherichia coli a été exploré en détail. Ces études montrent qu'un domaine d'édition séparé n'est pas nécessaire pour l'édition pré-transfert par la prolyl-tRNA synthétase. Le site actif d'aminoacylation joue un rôle significatif dans le maintien de la fidélité de la traduction en agissant comme un filtre qui libère sélectivement les adénylates non-cognats en solution, tout en protégeant l'adénylate cognat de l'hydrolyse.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/16864571/",
    doi = "10.1074/jbc.M605856200",
    openalex = "W2063309485",
    pmid = "16864571",
    references = "doi101016s0021925818968419, doi101016s0092867400001823, doi101016s0092867400807461, doi101016s1097276503000984, doi101038347203a0, doi101073pnas494517, doi101073pnas71104135, doi101126science2805363578, doi101126science28554301074, doi101126science7530860"
}

@misc{crossref2007fungicides,
    title = "Fongicides agissant sur les acides aminés et la synthèse des protéines",
    year = "2007",
    booktitle = "Composés modernes de protection des cultures",
    url = "https://doi.org/10.1002/9783527619580.ch14",
    doi = "10.1002/9783527619580.ch14",
    openalex = "W2484495979",
    pages = "539-560",
    references = "doi1010160732889386900441, doi101016c20130036511, doi101016s0261219499000745, doi101094pd750287, doi101126science14636501474, doi101128mr5711381631993, doi101146annurevmi25100171002415, doi101146annurevphyto40120301093927, doi103181003797275514461, doi105860choice410673"
}

Traduire le code à 4 lettres de l'ARN dans l'alphabet à 22 lettres des protéines est une caractéristique centrale de la vie cellulaire. La fidélité avec laquelle l'ARNm est traduit lors de la synthèse des protéines est déterminée par deux facteurs : la disponibilité des aminoacyl-tRNA composés de paires d'acide aminé cognat:tRNA et la sélection précise des aminoacyl-tRNA sur le ribosome. Le rôle des aminoacyl-tRNA synthétases dans la traduction est de définir le code génétique en appariant précisément les tRNA cognats avec leurs acides aminés correspondants. Les synthétases atteignent la spécificité de substrat acide aminé nécessaire pour maintenir les erreurs de traduction à un niveau acceptable de deux manières : liaison préférentielle de l'acide aminé cognat et édition sélective des acides aminés quasi-cognats. L'édition diminue considérablement la fréquence des erreurs et est importante pour le contrôle de la qualité traductionnelle, et de nombreux détails des divers mécanismes d'édition et de leurs effets sur différents systèmes cellulaires commencent maintenant à émerger.

@article{doi101146annurevmicro091208073210,
    author = "Ling, Jiqiang et Reynolds, Noah M. et Ibba, Michael",
    title = "Synthèse des aminoacyl-tRNA et contrôle de la qualité traductionnelle",
    year = "2009",
    journal = "Annual Review of Microbiology",
    abstract = "Traduire le code à 4 lettres de l'ARN dans l'alphabet à 22 lettres des protéines est une caractéristique centrale de la vie cellulaire. La fidélité avec laquelle l'ARNm est traduit lors de la synthèse des protéines est déterminée par deux facteurs : la disponibilité des aminoacyl-tRNA composés de paires d'acide aminé cognat:tRNA et la sélection précise des aminoacyl-tRNA sur le ribosome. Le rôle des aminoacyl-tRNA synthétases dans la traduction est de définir le code génétique en appariant précisément les tRNA cognats avec leurs acides aminés correspondants. Les synthétases atteignent la spécificité de substrat acide aminé nécessaire pour maintenir les erreurs de traduction à un niveau acceptable de deux manières : liaison préférentielle de l'acide aminé cognat et édition sélective des acides aminés quasi-cognats. L'édition diminue considérablement la fréquence des erreurs et est importante pour le contrôle de la qualité traductionnelle, et de nombreux détails des divers mécanismes d'édition et de leurs effets sur différents systèmes cellulaires commencent maintenant à émerger.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.micro.091208.073210",
    doi = "10.1146/annurev.micro.091208.073210",
    openalex = "W2147488317",
    references = "doi101074jbcm605856200"
}

@misc{buchenauer2011fungicides,
    author = "Buchenauer, Heinrich et Walker, Frank et Gisi, Ulrich et Müller, Urs",
    title = "Fongicides agissant sur les acides aminés et la synthèse des protéines",
    year = "2011",
    booktitle = "Modern Crop Protection Compounds",
    url = "https://doi.org/10.1002/9783527644179.ch16",
    doi = "10.1002/9783527644179.ch16",
    openalex = "W1564701801",
    pages = "693-714",
    references = "doi1010160732889386900441, doi101016s0261219499000745, doi101094pd750287, doi101126science14636501474, doi101128mr5711381631993, doi101146annurevmi25100171002415, doi101146annurevphyto40120301093927, doi103181003797275514461, doi105860choice410673, openalexw2992285622"
}

La recherche sur l'origine des acides nucléiques et des protéines a été abordée soit par synthèse multi-étapes, soit par des réactions simples en un seul pot, mais l'exploration de leur chimie prébiotique est normalement effectuée séparément. Cependant, si les nucléotides et les acides aminés ont coexisté sur la Terre primitive, leurs interactions mutuelles et leur réactivité devraient être prises en compte dans l'exploration de l'émergence de systèmes chimiques complexes qui peuvent ultimement évoluer. Pour explorer cette idée, nous nous sommes efforcés d'étudier la formation de nucléotides/nucléosides par une simple réaction de déshydratation des constituants de base (sucre, phosphate et base nucléique) en présence d'acides aminés (c'est-à-dire glycine, arginine, acide glutamique, thréonine, méthionine, phénylalanine et tryptophane). Dans cet article, nous rapportons le premier exemple de formation simultanée de liaisons glycosidiques entre le ribose, les purines et les pyrimidines dans des conditions douces sans catalyseur ni réactifs activés, ainsi que l'échange de base nucléique. Nous avons observé non seulement la formation simultanée d'isomères de nucléotides et de nucléosides à partir de plusieurs bases nucléiques, mais aussi la sélection de la distribution des produits de glycosylation lorsque la glycine était présente. Ce travail montre comment les réseaux de réactions de nucléotides et d'acides aminés devraient être pris en compte lors de l'exploration de l'émergence de réseaux catalytiques dans le contexte de l'évolution moléculaire.

@misc{doi1026434chemrxiv6972785,
    author = "Suárez-Marina, Irene et Turk-MacLeod, Rebecca et Abul‐Haija, Yousef M. et Gromski, Piotr S. et Cooper, Geoffrey M. et Cronin, Leroy",
    title = "Synthèse intégrée de nucléotides et de nucléosides dirigée par des acides aminés",
    year = "2018",
    booktitle = "ChemRxiv",
    abstract = "La recherche sur l'origine des acides nucléiques et des protéines a été abordée soit par synthèse multi-étapes, soit par des réactions simples en un seul pot, mais l'exploration de leur chimie prébiotique est normalement effectuée séparément. Cependant, si les nucléotides et les acides aminés ont coexisté sur la Terre primitive, leurs interactions mutuelles et leur réactivité devraient être prises en compte dans l'exploration de l'émergence de systèmes chimiques complexes qui peuvent ultimement évoluer. Pour explorer cette idée, nous nous sommes efforcés d'étudier la formation de nucléotides/nucléosides par une simple réaction de déshydratation des constituants de base (sucre, phosphate et base nucléique) en présence d'acides aminés (c'est-à-dire glycine, arginine, acide glutamique, thréonine, méthionine, phénylalanine et tryptophane). Dans cet article, nous rapportons le premier exemple de formation simultanée de liaisons glycosidiques entre le ribose, les purines et les pyrimidines dans des conditions douces sans catalyseur ni réactifs activés, ainsi que l'échange de base nucléique. Nous avons observé non seulement la formation simultanée d'isomères de nucléotides et de nucléosides à partir de plusieurs bases nucléiques, mais aussi la sélection de la distribution des produits de glycosylation lorsque la glycine était présente. Ce travail montre comment les réseaux de réactions de nucléotides et d'acides aminés devraient être pris en compte lors de l'exploration de l'émergence de réseaux catalytiques dans le contexte de l'évolution moléculaire.",
    url = "https://doi.org/10.26434/chemrxiv.6972785",
    doi = "10.26434/chemrxiv.6972785",
    openalex = "W4240956472",
    references = "doi101016jcelrep201512015, doi101016jchembiol201303012, doi101021cr2004844, doi101021jo062586z, doi101038nature08013, doi101038ncomms11328, doi101038ncomms9385, doi101126science1102722, doi101126science1174577, doi101126scienceaad2808, nakashima1980synthesis"
}

La recherche sur l'origine des acides nucléiques et des protéines a été abordée soit par synthèse multi-étapes, soit par des réactions simples en un seul pot, mais l'exploration de leur chimie prébiotique est normalement effectuée séparément. Cependant, si les nucléotides et les acides aminés ont coexisté sur la Terre primitive, leurs interactions mutuelles et leur réactivité devraient être prises en compte dans l'exploration de l'émergence de systèmes chimiques complexes qui peuvent ultimement évoluer. Pour explorer cette idée, nous nous sommes efforcés d'étudier la formation de nucléotides/nucléosides par une simple réaction de déshydratation des constituants de base (sucre, phosphate et base nucléique) en présence d'acides aminés (c'est-à-dire glycine, arginine, acide glutamique, thréonine, méthionine, phénylalanine et tryptophane). Dans cet article, nous rapportons le premier exemple de formation simultanée de liaisons glycosidiques entre le ribose, les purines et les pyrimidines dans des conditions douces sans catalyseur ni réactifs activés, ainsi que l'échange de bases nucléiques. Nous avons observé non seulement la formation simultanée d'isomères de nucléotides et de nucléosides à partir de plusieurs bases nucléiques, mais aussi la sélection de la distribution des produits de glycosylation lorsque la glycine était présente. Ce travail montre comment les réseaux de réactions de nucléotides et d'acides aminés devraient être pris en compte lors de l'exploration de l'émergence de réseaux catalytiques dans le contexte de l'évolution moléculaire.

@misc{doi1026434chemrxiv6972785v1,
    author = "Suárez-Marina, Irene et Turk-MacLeod, Rebecca et Abul‐Haija, Yousef M. et Gromski, Piotr S. et Cooper, Geoffrey M. et Cronin, Leroy",
    title = "Synthèse intégrée de nucléotides et de nucléosides dirigée par des acides aminés",
    year = "2018",
    booktitle = "ChemRxiv",
    abstract = "La recherche sur l'origine des acides nucléiques et des protéines a été abordée soit par synthèse multi-étapes, soit par des réactions simples en un seul pot, mais l'exploration de leur chimie prébiotique est normalement effectuée séparément. Cependant, si les nucléotides et les acides aminés ont coexisté sur la Terre primitive, leurs interactions mutuelles et leur réactivité devraient être prises en compte dans l'exploration de l'émergence de systèmes chimiques complexes qui peuvent ultimement évoluer. Pour explorer cette idée, nous nous sommes efforcés d'étudier la formation de nucléotides/nucléosides par une simple réaction de déshydratation des constituants de base (sucre, phosphate et base nucléique) en présence d'acides aminés (c'est-à-dire glycine, arginine, acide glutamique, thréonine, méthionine, phénylalanine et tryptophane). Dans cet article, nous rapportons le premier exemple de formation simultanée de liaisons glycosidiques entre le ribose, les purines et les pyrimidines dans des conditions douces sans catalyseur ni réactifs activés, ainsi que l'échange de bases nucléiques. Nous avons observé non seulement la formation simultanée d'isomères de nucléotides et de nucléosides à partir de plusieurs bases nucléiques, mais aussi la sélection de la distribution des produits de glycosylation lorsque la glycine était présente. Ce travail montre comment les réseaux de réactions de nucléotides et d'acides aminés devraient être pris en compte lors de l'exploration de l'émergence de réseaux catalytiques dans le contexte de l'évolution moléculaire.",
    url = "https://doi.org/10.26434/chemrxiv.6972785.v1",
    doi = "10.26434/chemrxiv.6972785.v1",
    openalex = "W4254625127",
    references = "doi101016jcelrep201512015, doi101016jchembiol201303012, doi101021cr2004844, doi101021jo062586z, doi101038nature08013, doi101038ncomms11328, doi101038ncomms9385, doi101126science1102722, doi101126science1174577, doi101126scienceaad2808, nakashima1980synthesis"
}

@misc{crossref2019fungicides,
    title = "Fongicides agissant sur les acides aminés et la synthèse des protéines",
    year = "2019",
    booktitle = "Composés modernes de protection des cultures",
    url = "https://doi.org/10.1002/9783527699261.ch16",
    doi = "10.1002/9783527699261.ch16",
    openalex = "W4238007333",
    pages = "749-759",
    references = "doi101002chem200801831, doi101002ps3506, doi1010079783319233710, doi101016s0261219499000745, doi101094pdis09130970re, doi101094phyto9820205, doi101111mpp12384, doi101128aem0265512, doi103389fmicb201702361, doi105860choice410673"
}

Les rôles fondamentaux que jouent les peptides et les protéines dans la biologie d'aujourd'hui rendent presque indiscutable le fait que les peptides ont été des acteurs clés dans l'origine de la vie. Dans la mesure où il est approprié d'extrapoler à partir de la biologie actuelle vers le monde prébiotique, il faut reconnaître l'importance critique que les réseaux moléculaires interconnectés, probablement avec des peptides comme composants clés, auraient joués dans l'origine de la vie. Dans cette revue, nous résumons les processus chimiques impliquant des peptides qui auraient pu contribuer à l'évolution chimique primitive, en mettant l'accent sur les interactions moléculaires entre les peptides et d'autres classes de molécules organiques. Nous résumons d'abord les mécanismes par lesquels les acides aminés et des blocs de construction similaires auraient pu être produits et élaborés en proto-peptides. Ensuite, les interactions non covalentes des peptides avec d'autres peptides ainsi qu'avec les acides nucléiques, les lipides, les glucides, les ions métalliques et les molécules aromatiques sont discutées en relation avec les rôles possibles de telles interactions dans l'évolution chimique de la structure et de la fonction. Enfin, nous décrivons des recherches impliquant des alternatives structurelles aux peptides et des adduits covalents entre acides aminés/peptides et d'autres classes de molécules. Nous proposons que d'abondants futurs percées dans la chimie de l'origine de la vie découleront d'enquêtes sur des systèmes chimiques interconnectés dans lesquels des interactions synergétiques entre différentes classes de molécules émergent.

@article{doi101021acschemrev9b00664,
    author = "Frenkel‐Pinter, Moran et Samanta, Mousumi et Ashkenasy, Gonen et Leman, Luke J.",
    title = "Peptides prébiotiques : hubs moléculaires dans l'origine de la vie",
    year = "2020",
    journal = "Chemical Reviews",
    abstract = "Les rôles fondamentaux que jouent les peptides et les protéines dans la biologie d'aujourd'hui rendent presque indiscutable le fait que les peptides ont été des acteurs clés dans l'origine de la vie. Dans la mesure où il est approprié d'extrapoler à partir de la biologie actuelle vers le monde prébiotique, il faut reconnaître l'importance critique que les réseaux moléculaires interconnectés, probablement avec des peptides comme composants clés, auraient joués dans l'origine de la vie. Dans cette revue, nous résumons les processus chimiques impliquant des peptides qui auraient pu contribuer à l'évolution chimique primitive, en mettant l'accent sur les interactions moléculaires entre les peptides et d'autres classes de molécules organiques. Nous résumons d'abord les mécanismes par lesquels les acides aminés et des blocs de construction similaires auraient pu être produits et élaborés en proto-peptides. Ensuite, les interactions non covalentes des peptides avec d'autres peptides ainsi qu'avec les acides nucléiques, les lipides, les glucides, les ions métalliques et les molécules aromatiques sont discutées en relation avec les rôles possibles de telles interactions dans l'évolution chimique de la structure et de la fonction. Enfin, nous décrivons des recherches impliquant des alternatives structurelles aux peptides et des adduits covalents entre acides aminés/peptides et d'autres classes de molécules. Nous proposons que d'abondants futurs percées dans la chimie de l'origine de la vie découleront d'enquêtes sur des systèmes chimiques interconnectés dans lesquels des interactions synergétiques entre différentes classes de molécules émergent.",
    url = "https://doi.org/10.1021/acs.chemrev.9b00664",
    doi = "10.1021/acs.chemrev.9b00664",
    openalex = "W3008483803",
    references = "doi101002anie201208397, doi101007pl00006565, doi101021cr2004844, doi101021ja01499a069, doi101038nchem2878, doi101038s415700160012, doi101073pnas9784112, doi101098rsob130156, doi101101cshperspecta034801, doi101126science1161527, doi1011861759220832, fox1958thermal"
}

Les protéines de choc thermique de la famille des 70 kDa (Hsp70) sont des chaperonnes moléculaires hautement abondantes et conservées qui aident à préserver l'homéostasie protéique, principalement en facilitant le repliement approprié des protéines. La protéine de choc thermique de la famille des 110 kDa (Hsp110), une branche spécialisée de la superfamille Hsp70/Hsp110, fonctionne à la fois comme cofacteur d'échange de nucléotide (NEF) pour les Hsp70 et comme chaperonne indépendante de type « holdase » qui stabilise les polypeptides non natifs pour empêcher l'agrégation et faciliter le repliement en aval par les Hsp70. Bien que l'activité NEF des Hsp110 soit bien caractérisée, les conséquences de la liaison de l'adénosine 5'-triphosphate (ATP) sur le comportement holdase des Hsp110 sont restées largement inexplorées. Bien que l'activité holdase soit généralement considérée comme indépendante du nucléotide, les rapports d'effets dépendants de l'ATP ont soulevé des questions sur le mécanisme sous-jacent. Ici, nous avons examiné les propriétés biochimiques de Multicopy Suppressor of ira1 3 (Msi3), la seule Hsp110 chez Candida albicans, pour disséquer le rôle de l'ATP dans la fonction holdase. Nous avons d'abord identifié un effet inhibiteur des concentrations élevées de Mg2+ sur l'activité holdase de Msi3. Cet effet inhibiteur est contrebalancé par le segment C-terminal intrinsèquement désordonné, révélant un rôle de stabilisation distinct pour cette région, dont la fonction était auparavant inconnue. De plus, l'ATP atténue l'inhibition par les concentrations élevées de Mg2+, fournissant une explication à une dépendance apparente à l'ATP observée précédemment. Intéressamment, bien que non essentielle pour la suppression de l'agrégation, l'ATP module l'activité holdase de Msi3 pour la compétence de repliement en élargissant la plage de concentration au cours de laquelle elle reste productive. L'augmentation de la concentration de Msi3 a amélioré la récupération globale du repliement en aval, mais a ralenti la cinétique de repliement, et l'ATP a atténué cette contrainte cinétique. Les analyses de Hsp105, la principale Hsp110 humaine, suggèrent que ces propriétés biochimiques sont largement conservées. Ensemble, ces résultats suggèrent que l'ATP module l'activité holdase des Hsp110 en ajustant l'équilibre entre la séquestration du substrat et la dynamique d'engagement, révélant une dimension régulatrice dépendante de l'ATP de la fonction holdase des Hsp110 qui est mécanistiquement distincte de son activité NEF.

@article{doi101002pro70575,
    author = "Kidd, Justin M et Sun, Cancan et Garay, Alissa et Keplinger, Mitchell et Richter, Colin et May, Aaron E et Liu, Qinglian",
    title = "ATP modulates holdase activity of fungal and human 110-kilodalton heat shock proteins to promote protein folding.",
    year = "2026",
    journal = "Protein science : une publication de la Protein Society",
    abstract = {Les protéines de choc thermique de la famille des 70 kDa (Hsp70) sont des chaperonnes moléculaires hautement abondantes et conservées qui aident à préserver l'homéostasie protéique, principalement en facilitant le repliement approprié des protéines. La protéine de choc thermique de la famille des 110 kDa (Hsp110), une branche spécialisée de la superfamille Hsp70/Hsp110, fonctionne à la fois comme cofacteur d'échange de nucléotide (NEF) pour les Hsp70 et comme chaperonne indépendante de type « holdase » qui stabilise les polypeptides non natifs pour empêcher l'agrégation et faciliter le repliement en aval par les Hsp70. Bien que l'activité NEF des Hsp110 soit bien caractérisée, les conséquences de la liaison de l'adénosine 5'-triphosphate (ATP) sur le comportement holdase des Hsp110 sont restées largement inexplorées. Bien que l'activité holdase soit généralement considérée comme indépendante du nucléotide, les rapports d'effets dépendants de l'ATP ont soulevé des questions sur le mécanisme sous-jacent. Ici, nous avons examiné les propriétés biochimiques de Multicopy Suppressor of ira1 3 (Msi3), la seule Hsp110 chez Candida albicans, pour disséquer le rôle de l'ATP dans la fonction holdase. Nous avons d'abord identifié un effet inhibiteur des concentrations élevées de Mg2+ sur l'activité holdase de Msi3. Cet effet inhibiteur est contrebalancé par le segment C-terminal intrinsèquement désordonné, révélant un rôle de stabilisation distinct pour cette région, dont la fonction était auparavant inconnue. De plus, l'ATP atténue l'inhibition par les concentrations élevées de Mg2+, fournissant une explication à une dépendance apparente à l'ATP observée précédemment. Intéressamment, bien que non essentielle pour la suppression de l'agrégation, l'ATP module l'activité holdase de Msi3 pour la compétence de repliement en élargissant la plage de concentration au cours de laquelle elle reste productive. L'augmentation de la concentration de Msi3 a amélioré la récupération globale du repliement en aval, mais a ralenti la cinétique de repliement, et l'ATP a atténué cette contrainte cinétique. Les analyses de Hsp105, la principale Hsp110 humaine, suggèrent que ces propriétés biochimiques sont largement conservées. Ensemble, ces résultats suggèrent que l'ATP module l'activité holdase des Hsp110 en ajustant l'équilibre entre la séquestration du substrat et la dynamique d'engagement, révélant une dimension régulatrice dépendante de l'ATP de la fonction holdase des Hsp110 qui est mécanistiquement distincte de son activité NEF.},
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42043290/",
    doi = "10.1002/pro.70575",
    pmid = "42043290"
}

La chémo-immunothérapie à base d'ions métalliques est souvent limitée par l'homéostasie métallique intracellulaire rigide, l'accumulation insuffisante d'espèces réactives de l'oxygène (ROS) et un microenvironnement tumoral (TME) immunosuppresseur. Pour surmonter ces limitations, nous avons conçu un nanoréacteur bimétallique cœur-coquille réactif à l'ATP (Cu/ZIF@PDA, dénommé CZP) doté d'un revêtement en polydopamine (PDA) biomimétique d'environ 25 nm, précisément contrôlé. Déclenché par des niveaux élevés d'ATP tumoraux, le CZP subit une désassemblage induit par coordination et favorise l'amplification du stress oxydatif. Plus précisément, la coque PDA agit comme un mimétique de la superoxyde dismutase (SOD) pour fournir continuellement du H2O2, alimentant les réactions de type Fenton médiées par Cu2+ pour libérer des radicaux hydroxyles hautement toxiques (•OH) tout en épuisant agressivement le pool de glutathion intracellulaire (GSH). Ces dommages oxydatifs irréversibles, couplés à la dysfonction mitochondriale induite par Zn2+, déclenchent une fuite profonde d'ADN mitochondrial (mtDNA). Crucialement, cet ADN cytosolique active robustement l'axe de signalisation cGAS-STING, entraînant une augmentation massive de la mort cellulaire immunogène (ICD) et favorisant significativement la maturation des cellules dendritiques (DC). De plus, le CZP a marquéement inhibé la croissance tumorale primaire in vivo et a montré une protection dans un modèle de ré-challenge tumoral, accompagné d'une maturation accrue des cellules dendritiques. Ces résultats soutiennent le potentiel de cette nanoplatform bimétallique réactive à l'ATP pour promouvoir l'activation immunitaire antitumorale.

@article{doi103390jfb17040199,
    author = "Li, You et Zhang, Wenxin et Xu, Zitao et Ma, Shixin et Xiong, Yufei et Yu, Li et Gao, Huiling et Shu, Yang et Fei, Teng",
    title = "ATP-Responsive Bimetallic Metal-Organic Frameworks Amplify Oxidative Stress in the Tumor Microenvironment for Synergistic Chemo-Immunotherapy.",
    year = "2026",
    journal = "Journal of functional biomaterials",
    abstract = "La chémo-immunothérapie à base d'ions métalliques est souvent limitée par l'homéostasie métallique intracellulaire rigide, l'accumulation insuffisante d'espèces réactives de l'oxygène (ROS) et un microenvironnement tumoral (TME) immunosuppresseur. Pour surmonter ces limitations, nous avons conçu un nanoréacteur bimétallique cœur-coquille réactif à l'ATP (Cu/ZIF@PDA, dénommé CZP) doté d'un revêtement en polydopamine (PDA) biomimétique d'environ 25 nm, précisément contrôlé. Déclenché par des niveaux élevés d'ATP tumoraux, le CZP subit une désassemblage induit par coordination et favorise l'amplification du stress oxydatif. Plus précisément, la coque PDA agit comme un mimétique de la superoxyde dismutase (SOD) pour fournir continuellement du H2O2, alimentant les réactions de type Fenton médiées par Cu2+ pour libérer des radicaux hydroxyles hautement toxiques (•OH) tout en épuisant agressivement le pool de glutathion intracellulaire (GSH). Ces dommages oxydatifs irréversibles, couplés à la dysfonction mitochondriale induite par Zn2+, déclenchent une fuite profonde d'ADN mitochondrial (mtDNA). Crucialement, cet ADN cytosolique active robustement l'axe de signalisation cGAS-STING, entraînant une augmentation massive de la mort cellulaire immunogène (ICD) et favorisant significativement la maturation des cellules dendritiques (DC). De plus, le CZP a marquéement inhibé la croissance tumorale primaire in vivo et a montré une protection dans un modèle de ré-challenge tumoral, accompagné d'une maturation accrue des cellules dendritiques. Ces résultats soutiennent le potentiel de cette nanoplatform bimétallique réactive à l'ATP pour promouvoir l'activation immunitaire antitumorale.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42042305/",
    doi = "10.3390/jfb17040199",
    pmid = "42042305"
}