Biogenèse

Introduction Lorsque j'étais naturaliste à bord du H.M.S. « Beagle », j'ai été fortement frappé par certains faits concernant la répartition des habitants de l'Amérique du Sud et par les relations géologiques du présent avec les habitants passés de ce continent. Ces faits me semblaient...

@book{doi105962bhltitle59991,
    author = "Darwin, Charles et Darwin, Charles et Remnants, Edmonds \\&",
    title = "On the origin of species by means of natural selection, or, The preservation of favoured races in the struggle for life /",
    year = "1859",
    booktitle = "John Murray eBooks",
    abstract = "Introduction Lorsque j'étais naturaliste à bord du H.M.S. « Beagle », j'ai été fortement frappé par certains faits concernant la répartition des habitants de l'Amérique du Sud et par les relations géologiques du présent avec les habitants passés de ce continent. Ces faits me semblaient...",
    url = "https://doi.org/10.5962/bhl.title.59991",
    doi = "10.5962/bhl.title.59991",
    openalex = "W2883512297"
}

@misc{valleryradot1922fermentations41,
    author = "Vallery-Radot, P",
    title = "Fermentations et Générations dites Spontanées",
    year = "1922",
    howpublished = "Paris, Masson et Cie, v. II",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Vallery-Radot, P., 1922, Fermentations et Générations dites Spontanées: Paris, Masson et Cie, v. II.}"
}

@misc{haldane1929the8,
    author = "Haldane, J. B. S",
    title = "L'Origine de la vie, dans Bernal, J. D., éd., L'Origine de la vie",
    year = "1929",
    howpublished = "Londres, Weidenfeld and Nicolson, p. 242-249 ; Publié à l'origine dans The Rationalist Annual , 1929",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Haldane, J. B. S., 1929, L'Origine de la vie, dans Bernal, J. D., éd., L'Origine de la vie : Londres, Weidenfeld and Nicolson, p. 242-249 ; Publié à l'origine dans The Rationalist Annual , 1929.}"
}

@article{doi1023072420646,
    author = "Just, Th. et Опарин, А. И. et Morgulis, Sergius",
    title = "L'origine de la vie.",
    year = "1938",
    journal = "The American Midland Naturalist",
    url = "https://doi.org/10.2307/2420646",
    doi = "10.2307/2420646",
    openalex = "W2000676511"
}

@misc{herrera1942a9,
    author = "Herrera, A. L",
    title = "Une nouvelle théorie sur l'origine et la nature de la vie",
    year = "1942",
    howpublished = "Science, v. 96, p. 2497",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Herrera, A. L., 1942, Une nouvelle théorie sur l'origine et la nature de la vie: Science, v. 96, p. 2497.}"
}

Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), une revue à comité de lecture de l'Académie nationale des sciences (NAS) - une source autoritaire de recherches originales à fort impact qui couvre largement les sciences biologiques, physiques et sociales.

@article{doi101073pnas384351,
    author = "Urey, Harold C.",
    title = "On the Early Chemical History of the Earth and the Origin of Life",
    year = "1952",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), une revue à comité de lecture de l'Académie nationale des sciences (NAS) - une source autoritaire de recherches originales à fort impact qui couvre largement les sciences biologiques, physiques et sociales.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.38.4.351",
    doi = "10.1073/pnas.38.4.351",
    openalex = "W2081145627",
    references = "doi101126science1142964416"
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@book{wigner1961the44,
    author = "Wigner, E",
    title = "The probability of the existance of a self-reproducing unit, in The Logic of Personal Knowledge",
    year = "1961",
    publisher = "Glencoe, Ill., The Free Press, p. 231-238",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Wigner, E., 1961, The probability of the existance of a self-reproducing unit, in The Logic of Personal Knowledge: Glencoe, Ill., The Free Press, p. 231-238.}"
}

@incollection{vegotsky1962protein42,
    author = "Vegotsky, A. et Fox, S. W",
    editor = "Florkin, M. et Mason, H. S.",
    title = "Molécules de protéines : variations intra-spécifiques et inter-spécifiques",
    year = "1962",
    booktitle = "Biochimie comparative",
    publisher = "New York, Academic Press, v. IV, p. 185-224",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Vegotsky, A., et Fox, S. W., 1962, Molécules de protéines : variations intra-spécifiques et inter-spécifiques, in Florkin, M., et Mason, H. S., éd., Biochimie comparative : New York, Academic Press, v. IV, p. 185-224.}"
}

La structure de la ferredoxine actuelle, avec son site actif simple et inorganique et ses fonctions fondamentales à l'utilisation de l'énergie photonique, suggère l'incorporation de son prototype dans le métabolisme très tôt au cours de l'évolution biochimique, même avant l'existence de protéines complexes et du code génétique moderne complet. Les informations contenues dans la séquence d'acides aminés de la ferredoxine nous permettent de proposer une reconstruction détaillée de son histoire évolutive. La ferredoxine a évolué par duplication d'une protéine plus courte, qui aurait pu contenir seulement huit des acides aminés les plus simples. Cet ancêtre plus court s'est développé à son tour à partir d'une séquence répétitive des acides aminés alanine, acide aspartique ou proline, sérine et glycine. Nous expliquons la persistance de vestiges vivants de cette structure primordiale en invoquant un principe conservateur en biochimie évolutive : les processus de sélection naturelle inhibent sévèrement toute modification d'un système bien adapté sur lequel plusieurs autres composants essentiels dépendent.

@article{doi101126science1523720363,
    author = "Eck, Richard V. et Dayhoff, M. O.",
    title = "Évolution de la structure de la ferredoxine basée sur des vestiges vivants de séquences d'acides aminés primitives",
    year = "1966",
    journal = "Science",
    abstract = "La structure de la ferredoxine actuelle, avec son site actif simple et inorganique et ses fonctions fondamentales à l'utilisation de l'énergie photonique, suggère l'incorporation de son prototype dans le métabolisme très tôt au cours de l'évolution biochimique, même avant l'existence de protéines complexes et du code génétique moderne complet. Les informations contenues dans la séquence d'acides aminés de la ferredoxine nous permettent de proposer une reconstruction détaillée de son histoire évolutive. La ferredoxine a évolué par duplication d'une protéine plus courte, qui aurait pu contenir seulement huit des acides aminés les plus simples. Cet ancêtre plus court s'est développé à son tour à partir d'une séquence répétitive des acides aminés alanine, acide aspartique ou proline, sérine et glycine. Nous expliquons la persistance de vestiges vivants de cette structure primordiale en invoquant un principe conservateur en biochimie évolutive : les processus de sélection naturelle inhibent sévèrement toute modification d'un système bien adapté sur lequel plusieurs autres composants essentiels dépendent.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.152.3720.363",
    doi = "10.1126/science.152.3720.363",
    openalex = "W2030831143"
}

@misc{bernal1967the1,
    author = "Bernal, J. D",
    title = "L'Origine de la vie",
    year = "1967",
    howpublished = "Londres, Weidenfeld and Nicolson, 345 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Bernal, J. D., 1967, L'Origine de la vie: Londres, Weidenfeld and Nicolson, 345 p.}"
}

@misc{rohlfing1967the30,
    author = "Rohlfing, D. L",
    title = "La décarboxylation catalytique de l'acide oxaloacétique par des poly--acides aminés préparés thermiquement",
    year = "1967",
    howpublished = "Archives of Biochemistry and Biophysiology, v. 118, p. 468-474",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Rohlfing, D. L., 1967, La décarboxylation catalytique de l'acide oxaloacétique par des poly--acides aminés préparés thermiquement: Archives of Biochemistry and Biophysiology, v. 118, p. 468-474.}"
}

@misc{rohlfing1967thermal29,
    author = "Rohlfing, D. L",
    title = "Acides aminés polythermiques contenant de faibles proportions d'acide aspartique",
    year = "1967",
    howpublished = "Nature, v. 216, p. 657-659",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Rohlfing, D. L., 1967, Acides aminés polythermiques contenant de faibles proportions d'acide aspartique: Nature, v. 216, p. 657-659.}"
}

@misc{usdin1967inhibition40,
    author = "Usdin, V. R. et Mitz, M. A. et Killos, P. J",
    title = "Inhibition et réactivation de l'activité catalytique d'un copolymère d'acides aminés thermiques",
    year = "1967",
    howpublished = "Archives of Biochemistry and Biophysiology, v. 122, p. 258-261",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Usdin, V. R., Mitz, M. A., et Killos, P. J., 1967, Inhibition et réactivation de l'activité catalytique d'un copolymère d'acides aminés thermiques : Archives of Biochemistry and Biophysiology, v. 122, p. 258-261.}"
}

@misc{karmpitz1968glutaminsureoxydoreductase11,
    author = "Karmpitz, G. et Haas, W. et Baars-Diehl, S",
    title = "Glutaminsure-Oxydoreductase- Aktivitt von Polyanhydro--Aminosuren (Proteinoiden)",
    year = "1968",
    howpublished = "Naturwissenschaften, v. 55, p. 345-346",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Karmpitz, G., Haas, W., et Baars-Diehl, S., 1968, Glutaminsure-Oxydoreductase- Aktivitt von Polyanhydro--Aminosuren (Proteinoiden): Naturwissenschaften, v. 55, p. 345-346.}"
}

@book{oparin1968genesis24,
    author = "Oparin, A. I",
    title = "Genesis et développement évolutif de la vie",
    year = "1968",
    publisher = "New York, Academic Press, 203 p. ; Traduit par E. Maass",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Oparin, A. I., 1968, Genesis et développement évolutif de la vie : New York, Academic Press, 203 p. ; Traduit par E. Maass.}"
}

@misc{oshima1968the25,
    author = "Oshima, T",
    title = "Hydrolyse catalytique des liaisons esters phosphatés par les polymères thermiques d'acides aminés",
    year = "1968",
    howpublished = "Archives of Biochemistry and Biophysiology, v. 126, p. 478-485",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Oshima, T., 1968, Hydrolyse catalytique des liaisons esters phosphatés par les polymères thermiques d'acides aminés: Archives of Biochemistry and Biophysiology, v. 126, p. 478-485.}"
}

@misc{rohlfing1969catalytic32,
    author = "Rohlfing, D. L. et Fox, S. W",
    title = "Activités catalytiques des acides polyanhydro--aminés thermiques",
    year = "1969",
    howpublished = "Advances in Catalysis, v. 20, p. 373-418",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Rohlfing, D. L., et Fox, S. W., 1969, Activités catalytiques des acides polyanhydro--aminés thermiques : Advances in Catalysis, v. 20, p. 373-418.}"
}

@article{doi101038228636a0,
    author = "Paecht‐Horowitz, Mella et Berger, Julius et Katchalsky, A.",
    title = "Synthèse prébiotique de polypeptides par polycondensation hétérogène d'adénylates d'acides aminés",
    year = "1970",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/228636a0",
    doi = "10.1038/228636a0",
    openalex = "W2070032819",
    references = "doi101126science12933571221a"
}

@book{cairnssmith1971the2,
    author = "Cairns-Smith, A. G",
    title = "The Life Puzzle",
    year = "1971",
    publisher = "Sur les cristaux et les organismes et sur la possibilité d'un cristal comme ancêtre : Toronto, University of Toronto Press, 165 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Cairns-Smith, A. G., 1971, The Life Puzzle : Sur les cristaux et les organismes et sur la possibilité d'un cristal comme ancêtre : Toronto, University of Toronto Press, 165 p.}"
}

@article{doi101038233136a0,
    author = "Hall, D.O. et Cammack, Richard et Rao, Krishna",
    title = "Rôle des ferredoxines dans l'origine de la vie et l'évolution biologique",
    year = "1971",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/233136a0",
    doi = "10.1038/233136a0",
    openalex = "W2060939270",
    references = "lemmon1970chemical"
}

@misc{monod1971chance18,
    author = "Monod, J",
    title = "Hasard et Nécessité",
    year = "1971",
    howpublished = "New York, A.A. Knopf; Traduit par A. Wainhouse",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Monod, J., 1971, Hasard et Nécessité: New York, A.A. Knopf; Traduit par A. Wainhouse.}"
}

@misc{mueller1972organic20,
    author = "Mueller, G",
    title = "Microsphères organiques du Précambrien d'Afrique du Sud-Ouest",
    year = "1972",
    howpublished = "Nature, v. 235, p. 90-95",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Mueller, G., 1972, Microsphères organiques du Précambrien d'Afrique du Sud-Ouest: Nature, v. 235, p. 90-95.}"
}

@article{osterberg1972polyphosphate26,
    author = "Osterberg, R. et Orgel, L. E",
    title = "Formation de polyphosphate et de trimetaphosphate dans des conditions potentiellement prébiotiques",
    year = "1972",
    journal = "Journal of Molecular Evolution, v. 1, p. 241-248",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Osterberg, R., et Orgel, L. E., 1972, Formation de polyphosphate et de trimetaphosphate dans des conditions potentiellement prébiotiques : Journal of Molecular Evolution, v. 1, p. 241-248.}"
}

@book{wood1972light46,
    author = "Wood, A. and Hardebeck, H. G",
    title = "Light enhanced decarboxylations by proteinoids, in Rohlfing, D. L., and Oparin, A. I., eds., Molecular Evolution",
    year = "1972",
    publisher = "New York, Plenum Press, p. 233-245",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Wood, A., and Hardebeck, H. G., 1972, Light enhanced decarboxylations by proteinoids, in Rohlfing, D. L., and Oparin, A. I., eds., Molecular Evolution: New York, Plenum Press, p. 233-245.}"
}

@book{iben1973molecules10,
    author = "Iben, I. et Jr",
    title = "Molecules in the Galatic Environment",
    year = "1973",
    publisher = "New York, John Wiley",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Iben, I., Jr., 1973, Molecules in the Galatic Environment : New York, John Wiley.}"
}

@misc{kenyon1973a12,
    author = "Kenyon, D. H",
    title = "Une théorie de la biogenèse",
    year = "1973",
    howpublished = "Science, v. 179, p. 789",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Kenyon, D. H., 1973, Une théorie de la biogenèse: Science, v. 179, p. 789.}"
}

@misc{schopf1973the35,
    author = "Schopf, J. W",
    title = "L'évolution des premières cellules",
    year = "1973",
    howpublished = "Scientific American, v. 239, no. 3, p. 111-138",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Schopf, J. W., 1973, L'évolution des premières cellules: Scientific American, v. 239, no. 3, p. 111-138.}"
}

@book{keosian1974lifes13,
    author = "Keosian, J",
    title = "Les débuts de la vie : origine ou évolution ?, in Dose, K., Fox, S. W., Deborin, G. A., et Pavlovskaya, T. E., éd., The Origins of Life and Evolutionary Biochemistry",
    year = "1974",
    publisher = "New York, Plenum Press, p. 221-231",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Keosian, J., 1974, Les débuts de la vie : origine ou évolution ?, in Dose, K., Fox, S. W., Deborin, G. A., et Pavlovskaya, T. E., éd., The Origins of Life and Evolutionary Biochemistry : New York, Plenum Press, p. 221-231.}"
}

@phdthesis{price1974synthesis28,
    author = "Price, C. C",
    title = "Synthesis of Life",
    year = "1974",
    publisher = "Stroudsburg, Pa., Dowden, Hutchinson \& Ross",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Price, C. C., 1974, Synthesis of Life : Stroudsburg, Pa., Dowden, Hutchinson \& Ross.}"
}

@misc{turcotte1974evolution39,
    author = "Turcotte, D. L. et Nordmann, J. C. et Cisne, J. L",
    title = "Évolution de l'orbite de la Lune et l'origine de la vie",
    year = "1974",
    howpublished = "Nature, v. 251, p. 124-125",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Turcotte, D. L., Nordmann, J. C., et Cisne, J. L., 1974, Évolution de l'orbite de la Lune et l'origine de la vie : Nature, v. 251, p. 124-125.}"
}

@misc{snyder1975a37,
    author = "Snyder, W. D. et Fox, S",
    title = "Un modèle pour l'origine de protocellules stables dans un océan primitif alcalin",
    year = "1975",
    howpublished = "BioSystems, v. 7, p. 222-229",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Snyder, W. D., et Fox, S., 1975, Un modèle pour l'origine de protocellules stables dans un océan primitif alcalin : BioSystems, v. 7, p. 222-229.}"
}

@phdthesis{rohlfing1976thermal31,
    author = "Rohlfing, D. L",
    title = "Thermal polyamino acids",
    year = "1976",
    publisher = "synthesis at less than 100° C: Science, v. 193, p. 68-70",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Rohlfing, D. L., 1976, Thermal polyamino acids: synthesis at less than 100° C: Science, v. 193, p. 68-70.}"
}

@article{temussi1976structural38,
    author = "Temussi, P. A. et Paolillo, L. et Ferrara, L. et Benedetti, E. et Andini, S",
    title = "Caractérisation structurale de polypeptides prébiotiques thermiques",
    year = "1976",
    journal = "Journal of Molecular Evolution, v. 7, p. 105-110",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Temussi, P. A., Paolillo, L., Ferrara, L., Benedetti, E., et Andini, S., 1976, Caractérisation structurale de polypeptides prébiotiques thermiques : Journal of Molecular Evolution, v. 7, p. 105-110.}"
}

@misc{fox1977molecular6,
    author = "Fox, S. W. et Dose, K",
    title = "Évolution moléculaire et l'origine de la vie",
    year = "1977",
    howpublished = "New York et Bâle, Marcel Dekker, Inc., 370 p",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Fox, S. W., et Dose, K., 1977, Évolution moléculaire et l'origine de la vie : New York et Bâle, Marcel Dekker, Inc., 370 p.}"
}

@article{nakashima1977a23,
    author = "Nakashima, T. et Jungck, J. R. et Fox, S. W. et Lederer, E. et Das, B. C",
    title = "Un test de la randomité dans les peptides isolés d'un polyacide aminé thermique",
    year = "1977",
    journal = "International Journal of Quantum Chemistry, v. QBS4, p. 65-72",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Nakashima, T., Jungck, J. R., Fox, S. W., Lederer, E., et Das, B. C., 1977, Un test de la randomité dans les peptides isolés d'un polyacide aminé thermique : International Journal of Quantum Chemistry, v. QBS4, p. 65-72.}"
}

@article{doi101016s0047248478800529,
    author = "Fox, Sidney Walter et Dose, Klaus 1928-",
    title = "Évolution moléculaire et l'origine de la vie",
    year = "1978",
    journal = "Journal of Human Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0047-2484(78)80052-9",
    doi = "10.1016/s0047-2484(78)80052-9",
    openalex = "W1511390927"
}

@misc{morris1978thermodynamics19,
    author = "Morris, H. M",
    title = "Thermodynamique et l'origine de la vie",
    year = "1978",
    howpublished = "ICR Impact Series, v. 57, p. i-iv",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Morris, H. M., 1978, Thermodynamique et l'origine de la vie: ICR Impact Series, v. 57, p. i-iv.}"
}

@misc{schopf1978the36,
    author = "Schopf, J. W",
    title = "L'évolution des premières cellules",
    year = "1978",
    howpublished = "Scientific American, v. 239, p. 110-135",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Schopf, J. W., 1978, L'évolution des premières cellules: Scientific American, v. 239, p. 110-135.}"
}

@phdthesis{nakashima1980synthesis21,
    author = "Nakashima, T. et Fox, S. W",
    title = "Synthèse de peptides à partir d'acides aminés et d'ATP avec un proténoïde riche en lysine",
    year = "1980",
    publisher = "Journal of Molecular Evolution, v. 15, p. 161-168",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Nakashima, T., et Fox, S. W., 1980, Synthèse de peptides à partir d'acides aminés et d'ATP avec un proténoïde riche en lysine : Journal of Molecular Evolution, v. 15, p. 161-168.}"
}

@misc{crick1981life4,
    author = "Crick, F. J",
    title = "Life Itself",
    year = "1981",
    howpublished = "Its Origin and Nature: New York, Simon and Schuster",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Crick, F. J., 1981, Life Itself: Its Origin and Nature: New York, Simon and Schuster.}"
}

@misc{groves1981an7,
    author = "Groves, D. I. et Dunlop, J. S. R. et Buick, R",
    title = "Un habitat précoce de la vie",
    year = "1981",
    howpublished = "Scientific American, v. 245, no. 4, p. 64-73",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Groves, D. I., Dunlop, J. S. R., et Buick, R., 1981, Un habitat précoce de la vie : Scientific American, v. 245, no. 4, p. 64-73.}"
}

@misc{kuhn1981model14,
    author = "Kuhn, H",
    title = "Considérations sur les modèles pour l'origine de la vie",
    year = "1981",
    howpublished = "Naturwissenschaften, v. 63, p. 68-80",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Kuhn, H., 1981, Considérations sur les modèles pour l'origine de la vie: Naturwissenschaften, v. 63, p. 68-80.}"
}

@misc{kuhn1981molecular15,
    author = "Kuhn, H",
    title = "Auto-organisation moléculaire et l'origine de la vie",
    year = "1981",
    howpublished = "Agnew. Chem. Internat. Ed. Engl., v. 20, p. 500-520",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Kuhn, H., 1981, Auto-organisation moléculaire et l'origine de la vie: Agnew. Chem. Internat. Ed. Engl., v. 20, p. 500-520.}"
}

@misc{matsuno1981material17,
    author = "Matsuno, K",
    title = "L'auto-assemblage matériel comme processus physico-chimique",
    year = "1981",
    howpublished = "BioSystems, v. 13, p. 237-241",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Matsuno, K., 1981, L'auto-assemblage matériel comme processus physico-chimique: BioSystems, v. 13, p. 237-241.}"
}

@misc{nakashima1981formulation22,
    author = "Nakashima, T. et Fox, S. W",
    title = "Formulation of peptides by single or multiple additions of ATP to suspensions of nucleoproteinoid microparticles",
    year = "1981",
    howpublished = "BioSystems, v. 14, p. 151- 161",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Nakashima, T., et Fox, S. W., 1981, Formulation of peptides by single or multiple additions of ATP to suspensions of nucleoproteinoid microparticles: BioSystems, v. 14, p. 151- 161.}"
}

@misc{pivcova1981nmr27,
    author = "Pivcova, H. et Saudek, V. et Drobnik, J. et Vlasak, J",
    title = "Étude RMN de poly (acide aspartique) I. - et -liaisons peptidiques dans poly (acide aspartique) préparé par polycondensation thermique",
    year = "1981",
    howpublished = "Biopolymers, v. 20, p. 1605-1614",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Pivcova, H., Saudek, V., Drobnik, J., et Vlasak, J., 1981, Étude RMN de poly (acide aspartique) I. - et -liaisons peptidiques dans poly (acide aspartique) préparé par polycondensation thermique : Biopolymers, v. 20, p. 1605-1614.}"
}

@article{yockey1981self47,
    author = "Yockey, H. P",
    title = "Scénarios d'origine de la vie par auto-organisation et théorie de l'information",
    year = "1981",
    journal = "Journal of Theoretical Biology, v. 91, p. 13-31",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Yockey, H. P., 1981, Scénarios d'origine de la vie par auto-organisation et théorie de l'information : Journal of Theoretical Biology, v. 91, p. 13-31.}"
}

@misc{crick1982life3,
    author = "Crick, F",
    title = "Life Itself",
    year = "1982",
    howpublished = "Its Origin and Nature: New York, W.W. Norton, 192 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Crick, F., 1982, Life Itself: Its Origin and Nature: New York, W.W. Norton, 192 p.}"
}

@misc{salthe1982original34,
    author = "Salthe, S",
    title = "Original Life",
    year = "1982",
    howpublished = "Nature, v. 295, p. 452",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Salthe, S., 1982, Original Life: Nature, v. 295, p. 452.}"
}

@misc{doolittle1983probability5,
    author = "Doolittle, R. F",
    title = "Probability and the Origin of Life, in Godfrey, L. R., ed., Scientists Confront Creationists",
    year = "1983",
    howpublished = "New York, W.W. Norton \& Co., p. 85-97",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Doolittle, R. F., 1983, Probability and the Origin of Life, in Godfrey, L. R., ed., Scientists Confront Creationists: New York, W.W. Norton \& Co., p. 85-97.}"
}

@article{doi101007bf01808177,
    author = "Baross, John A. et Hoffman, Sarah",
    title = "Les cheminées hydrothermales sous-marines et les environnements à gradient associés comme sites pour l'origine et l'évolution de la vie",
    year = "1985",
    journal = "Origins of Life and Evolution of Biospheres",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf01808177",
    doi = "10.1007/bf01808177",
    openalex = "W2082856886",
    references = "doi1010079781461262848, doi101007bf00425213, doi101029jb086ib04p02737, doi101126science1473658563, doi101126science20343851073, doi101126science20744381421, doi101126science2134505340, doi1023072403256, openalexw1759691579, openalexw2026796374"
}

Cette conférence a été présentée par Freeman J. Dyson lors de la conférence commémorative Nishina à l'Université de Tokyo, le 17 octobre 1984, et à l'Institut Yukawa de physique théorique, le 23 octobre 1984.

@book{openalexw1882072473,
    author = "Dyson, Freeman J.",
    title = "Origine de la vie",
    year = "1985",
    abstract = "Cette conférence a été présentée par Freeman J. Dyson lors de la conférence commémorative Nishina à l'Université de Tokyo, le 17 octobre 1984, et à l'Institut Yukawa de physique théorique, le 23 octobre 1984.",
    openalex = "W1882072473"
}

@article{doi101038319618a0,
    author = "Gilbert, Walter",
    title = "Origine de la vie : Le monde de l'ARN",
    year = "1986",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/319618a0",
    doi = "10.1038/319618a0",
    openalex = "W2050110866",
    references = "doi101007bf01732468, doi1010160092867482904147, doi1010160092867483901174, doi1010160092867485900923, doi101016s0074769608613704, doi101038319534a0, doi101038scientificamerican048188, doi101126science3941911, doi101126science6199841"
}

@misc{lewin1986rna16,
    author = "Lewin, R",
    title = "La catalyse de l'ARN offre un nouvel éclairage sur l'origine de la vie",
    year = "1986",
    howpublished = "Science, v. 231, p. 545-546",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Lewin, R., 1986, La catalyse de l'ARN offre un nouvel éclairage sur l'origine de la vie: Science, v. 231, p. 545-546.}"
}

@article{doi101038334609a0,
    author = "Miller, Stanley L. et Bada, Jeffrey L.",
    title = "Sources hydrothermales sous-marines et l'origine de la vie",
    year = "1988",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/334609a0",
    doi = "10.1038/334609a0",
    openalex = "W2053209359",
    references = "doi101007bf01660244, doi1010160012821x80901636, doi1010160016003251909593, doi1010160026265x73901124, doi101016s0047248478800529, doi101038201335a0, doi101038297187a0, doi101038331612a0, doi101073pnas84134398, doi101146annurevbi55070186003123, doi101146annurevbiochem551599, openalexw3193853653"
}

@article{doi101038338217a0,
    author = "Joyce, Gerald F.",
    title = "Évolution de l'ARN et origine de la vie",
    year = "1989",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/338217a0",
    doi = "10.1038/338217a0",
    openalex = "W1976379862",
    references = "doi101007bf01733901, doi1010160022283668903938, doi101016s0022283667800378, doi101016s0022519386800479, doi101016s0047248478800529, doi101038331612a0, openalexw2983085323, openalexw3038835020"
}

@misc{sachs1990translational33,
    author = "Sachs, A. B. et Davis, R. W",
    title = "Initiation translationnelle et biogenèse ribosomique",
    year = "1990",
    howpublished = "mise en jeu d'une hélicase rRNA supposée et RPL46 : Science, v. 247, p. 1077",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Sachs, A. B., et Davis, R. W., 1990, Initiation translationnelle et biogenèse ribosomique : mise en jeu d'une hélicase rRNA supposée et RPL46 : Science, v. 247, p. 1077.}"
}

@inproceedings{waldrop1990spontaneous43,
    author = "Waldrop, M. M",
    title = "Ordre spontané, évolution et vie",
    year = "1990",
    booktitle = "Science, v. 247, p. 1543-1545 ; [Atelier sur la vie artificielle II, 5-9 févr. 1990, Santa Fe, Nouveau-Mexique]",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Waldrop, M. M., 1990, Ordre spontané, évolution et vie : Science, v. 247, p. 1543-1545 ; [Atelier sur la vie artificielle II, 5-9 févr. 1990, Santa Fe, Nouveau-Mexique].}"
}

@misc{woese1990evolutionary45,
    author = "Woese, C. R",
    title = "Questions d'évolution",
    year = "1990",
    howpublished = {la « progonote » (lettre) : Science, v. 247, p. 789},
    note = {talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Woese, C. R., 1990, Questions d'évolution : la « progonote » (lettre) : Science, v. 247, p. 789.}}
}

Les polymères biologiques ont une chiralité préférée et peuvent se répliquer eux-mêmes. Les arguments physiques offrent des aperçus sur lesquelles de ces propriétés uniques et apparemment liées ont évolué en premier, et par quel mécanisme.

@article{doi1010631881264,
    author = "Аветисов, В. А. et Кузьмин, В. В. et Goldanskii, V.I.",
    title = "Handedness, Origine de la vie et Évolution",
    year = "1991",
    journal = "Physics Today",
    abstract = "Les polymères biologiques ont une chiralité préférée et peuvent se répliquer eux-mêmes. Les arguments physiques offrent des aperçus sur lesquelles de ces propriétés uniques et apparemment liées ont évolué en premier, et par quel mécanisme.",
    url = "https://doi.org/10.1063/1.881264",
    doi = "10.1063/1.881264",
    openalex = "W2049299235"
}

@article{doi101007bf01140180,
    author = "Hennet, Remy J.‐C. et Holm, Nils G. et Engel, Michael H.",
    title = "Synthèse abiotique d'acides aminés dans des conditions hydrothermales et l'origine de la vie : un phénomène perpétuel ?",
    year = "1992",
    journal = "Die Naturwissenschaften",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf01140180",
    doi = "10.1007/bf01140180",
    openalex = "W2079800805",
    references = "doi1010079781489904027, doi101007bf01808115, doi101016c20130121083, doi101016s0040402001993159, doi101029jb091ib10p10309, doi101038190442a0, doi101038297187a0, doi101038334609a0, doi101126science20744381421"
}

Malgré les changements mutationnels rapides qui sont typiques des virus à ARN à brin positif, les enzymes médiatrices de la réplication et de l'expression des génomes viraux contiennent des ensembles de motifs de séquence conservés. Les protéines présentant de tels motifs incluent l'ARN-dépendante ARN polymérase, l'hélicase ARN putative, les protéases de type chymotrypsine et de type papaine, et les méthyltransférases. Les gènes de ces protéines forment des modules partiellement conservés dans de grands sous-ensembles de virus. Un concept du génome viral comme un « noyau » relativement stable sur le plan évolutif de gènes de ménage, accompagné d'une « coquille » beaucoup plus flexible composée principalement de gènes codant pour les composants du virion et diverses protéines accessoires, est discuté. Le brassage des gènes de la « coquille », y compris la réorganisation du génome et la recombinaison entre groupes distants de virus, est considéré comme l'un des principaux facteurs de l'évolution virale. Des alignements multiples pour les protéines virales conservées ont été construits et utilisés pour générer les arbres phylogénétiques correspondants. Fondamentalement sur la phylogénie provisoire de l'ARN-dépendante ARN polymérase, qui est la seule protéine universellement conservée des virus à ARN à brin positif, trois grandes classes de virus, chacune composée de divisions plus petites distinctes, ont été délimitées. Une forte corrélation a été observée entre ce regroupement et les phylogénies provisoires des autres protéines conservées ainsi que l'arrangement des gènes codant pour ces protéines dans le génome viral. Une corrélation comparable avec la phylogénie de la polymérase n'a pas été trouvée pour les gènes codant les composants du virion ou pour les stratégies d'expression du génome. Il est supposé que plusieurs types d'arrangement des gènes de la « coquille » ainsi que les mécanismes d'expression de base auraient pu évoluer indépendamment dans différentes lignées évolutives. Le regroupement révélé par l'analyse phylogénétique peut fournir la base pour la révision de la classification virale, et la taxonomie phylogénétique des virus à ARN à brin positif est esquissée. Certaines des divisions dérivées phylogénétiquement des virus à ARN à brin positif incluent également des virus à ARN double brin, indiquant que dans certains cas, le type d'acide nucléique du génome peut ne pas être un critère taxonomique fiable pour les virus. Des scénarios évolutifs hypothétiques pour les virus à ARN à brin positif sont proposés. Il est hypothesé que tous les virus à ARN à brin positif et certains virus à ARN double brin apparentés auraient pu évoluer à partir d'un ancêtre viral commun qui contenait des gènes pour l'ARN-dépendante ARN polymérase, une protéase apparentée à la chymotrypsine qui fonctionnait également comme protéine capsidique, et peut-être une hélicase ARN.

@article{doi10310910409239309078440,
    author = "Koonin, Eugene V. and Dolja, Valerian V. and Morris, T.J.",
    title = "Evolution and Taxonomy of Positive-Strand RNA Viruses: Implications of Comparative Analysis of Amino Acid Sequences",
    year = "1993",
    journal = "Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology",
    abstract = {Malgré les changements mutationnels rapides qui sont typiques des virus à ARN à brin positif, les enzymes médiatrices de la réplication et de l'expression des génomes viraux contiennent des ensembles de motifs de séquence conservés. Les protéines présentant de tels motifs incluent l'ARN-dépendante ARN polymérase, l'hélicase ARN putative, les protéases de type chymotrypsine et de type papaine, et les méthyltransférases. Les gènes de ces protéines forment des modules partiellement conservés dans de grands sous-ensembles de virus. Un concept du génome viral comme un « noyau » relativement stable sur le plan évolutif de gènes de ménage, accompagné d'une « coquille » beaucoup plus flexible composée principalement de gènes codant pour les composants du virion et diverses protéines accessoires, est discuté. Le brassage des gènes de la « coquille », y compris la réorganisation du génome et la recombinaison entre groupes distants de virus, est considéré comme l'un des principaux facteurs de l'évolution virale. Des alignements multiples pour les protéines virales conservées ont été construits et utilisés pour générer les arbres phylogénétiques correspondants. Fondamentalement sur la phylogénie provisoire de l'ARN-dépendante ARN polymérase, qui est la seule protéine universellement conservée des virus à ARN à brin positif, trois grandes classes de virus, chacune composée de divisions plus petites distinctes, ont été délimitées. Une forte corrélation a été observée entre ce regroupement et les phylogénies provisoires des autres protéines conservées ainsi que l'arrangement des gènes codant pour ces protéines dans le génome viral. Une corrélation comparable avec la phylogénie de la polymérase n'a pas été trouvée pour les gènes codant les composants du virion ou pour les stratégies d'expression du génome. Il est supposé que plusieurs types d'arrangement des gènes de la « coquille » ainsi que les mécanismes d'expression de base auraient pu évoluer indépendamment dans différentes lignées évolutives. Le regroupement révélé par l'analyse phylogénétique peut fournir la base pour la révision de la classification virale, et la taxonomie phylogénétique des virus à ARN à brin positif est esquissée. Certaines des divisions dérivées phylogénétiquement des virus à ARN à brin positif incluent également des virus à ARN double brin, indiquant que dans certains cas, le type d'acide nucléique du génome peut ne pas être un critère taxonomique fiable pour les virus. Des scénarios évolutifs hypothétiques pour les virus à ARN à brin positif sont proposés. Il est hypothesé que tous les virus à ARN à brin positif et certains virus à ARN double brin apparentés auraient pu évoluer à partir d'un ancêtre viral commun qui contenait des gènes pour l'ARN-dépendante ARN polymérase, une protéase apparentée à la chymotrypsine qui fonctionnait également comme protéine capsidique, et peut-être une hélicase ARN.},
    url = "https://doi.org/10.3109/10409239309078440",
    doi = "10.3109/10409239309078440",
    openalex = "W2065717236",
    references = "doi10100703064746897, doi101038319618a0, doi101093aesa383396"
}

Les carbonatites sont des roches magmatiques formées dans la croûte par cristallisation fractionnée de magmas parents riches en carbonates, majoritairement d'origine mantellique. Elles sont dominées par des minéraux carbonatés tels que la calcite, la dolomite et l'ankerite, ainsi que par des...

@article{doi101146annurevea23050195001243,
    author = "Chyba, Christopher F. et McDonald, G. D.",
    title = "L'origine de la vie dans le système solaire : Questions actuelles",
    year = "1995",
    journal = "Annual Review of Earth and Planetary Sciences",
    abstract = "Les carbonatites sont des roches magmatiques formées dans la croûte par cristallisation fractionnée de magmas parents riches en carbonates, majoritairement d'origine mantellique. Elles sont dominées par des minéraux carbonatés tels que la calcite, la dolomite et l'ankerite, ainsi que par des...",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ea.23.050195.001243",
    doi = "10.1146/annurev.ea.23.050195.001243",
    openalex = "W2154618142",
    references = "doi1010160016703793905425"
}

@article{fox1995thermal,
    author = "Fox, Sidney W.",
    title = "Synthèse thermique d'acides aminés et origine de la vie",
    year = "1995",
    journal = "Geochimica et Cosmochimica Acta",
    url = "https://doi.org/10.1016/0016-7037(95)00037-z",
    doi = "10.1016/0016-7037(95)00037-z",
    number = "6",
    pages = "1213-1214",
    volume = "59"
}

Dans des expériences modélisant des environnements volcaniques ou hydrothermaux, les acides aminés ont été convertis en peptides par utilisation de (Ni,Fe)S et CO copécipités en conjonction avec H2S (ou CH3SH) en tant que catalyseur et agent de condensation à 100 degrésC et pH 7 à 10 dans des conditions anaérobies et aqueuses. Ces résultats démontrent que les acides aminés peuvent être activés dans des conditions géochimiquement pertinentes. Ils soutiennent une origine thermophile de la vie et une apparition précoce de peptides dans l'évolution d'un métabolisme primordial.

@article{doi101126science2815377670,
    author = "Huber, Claudia et Wächtershäuser, Günter",
    title = "Peptides par activation des acides aminés avec du CO sur des surfaces (Ni,Fe)S : Implications pour l'origine de la vie",
    year = "1998",
    journal = "Science",
    abstract = "Dans des expériences modélisant des environnements volcaniques ou hydrothermaux, les acides aminés ont été convertis en peptides par utilisation de (Ni,Fe)S et CO copécipités en conjonction avec H2S (ou CH3SH) en tant que catalyseur et agent de condensation à 100 degrésC et pH 7 à 10 dans des conditions anaérobies et aqueuses. Ces résultats démontrent que les acides aminés peuvent être activés dans des conditions géochimiquement pertinentes. Ils soutiennent une origine thermophile de la vie et une apparition précoce de peptides dans l'évolution d'un métabolisme primordial.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.281.5377.670",
    doi = "10.1126/science.281.5377.670",
    openalex = "W2166068250",
    references = "doi101016s0047248478800529"
}

@misc{crossref1999biogenesis,
    title = "Biogenèse",
    year = "1999",
    booktitle = "Mitochondries",
    url = "https://doi.org/10.1002/0471223891.ch4",
    doi = "10.1002/0471223891.ch4",
    pages = "48-140"
}

@article{doi101016s1359029499000126,
    author = "Luisi, Pier Luigi et Walde, Peter et Oberholzer, Thomas",
    title = "Les vésicules lipidiques comme intermédiaires possibles dans l'origine de la vie",
    year = "1999",
    journal = "Current Opinion in Colloid \& Interface Science",
    url = "https://doi.org/10.1016/s1359-0294(99)00012-6",
    doi = "10.1016/s1359-0294(99)00012-6",
    openalex = "W1985820082",
    references = "doi101016s0047248478800529"
}

@article{doi101023a1012790523136,
    author = "Viedma, Cristóbal",
    title = "Cristallisation énantiomérique à partir d'acides DL-Aspartique et DL-Glutamique : Implications pour la chiralité biomoléculaire dans l'origine de la vie",
    year = "2001",
    journal = "Origins of Life and Evolution of Biospheres",
    url = "https://doi.org/10.1023/a:1012790523136",
    doi = "10.1023/a:1012790523136",
    openalex = "W229923164",
    references = "doi101007bf01809580, doi101038233136a0, doi101038314438a0, doi1010631881264, doi101093oso97801950447680010001, doi101126science1523720363, doi101126science2504983975, fox1995thermal, openalexw1512177901, openalexw3157327320"
}

@misc{crossref2004biogenesis,
    title = "Biogenesis",
    year = "2004",
    booktitle = "Dictionnaire encyclopédique de génétique, génomique et protéomique",
    url = "https://doi.org/10.1002/0471684228.egp01375",
    doi = "10.1002/0471684228.egp01375"
}

@article{doi101007s0072600401064,
    author = "Zaia, Dimas Augusto Morozin",
    title = "A review of adsorption of amino acids on minerals: Was it important for origin of life?",
    year = "2004",
    journal = "Amino Acids",
    url = "https://doi.org/10.1007/s00726-004-0106-4",
    doi = "10.1007/s00726-004-0106-4",
    openalex = "W1970454669",
    references = "doi101023a1012790523136"
}

De même que l'évolution darwinienne dans la nature a conduit au développement de nombreuses enzymes sophistiquées, l'évolution darwinienne in vitro s'est révélée être une approche puissante pour obtenir des résultats similaires en laboratoire. Cette revue se concentre sur le développement d'enzymes d'acides nucléiques à partir d'une population de molécules d'ARN ou d'ADN à séquence aléatoire. Afin d'illustrer les principes et la pratique de l'évolution in vitro, deux catégories de catalyseurs d'acides nucléiques particulièrement bien étudiées sont examinées : les enzymes d'ARN qui catalysent la ligature dirigée par matrice d'ARN et les enzymes d'ADN qui catalysent la clivage de l'ARN. La première réaction, qui implique l'attaque d'un hydroxyle 2'- ou 3' sur le phosphate alpha d'un triphosphate 5', est plus difficile. Elle nécessite un motif catalytique relativement plus grand, contenant plus de nucléotides que ce qui peut être échantillonné de manière exhaustive au sein d'une population initiale d'ARN à séquence aléatoire. La seconde réaction implique la déprotonation de l'hydroxyle 2' adjacent au site de clivage, aboutissant à des produits clivés portant un phosphate cyclique 2',3' et un hydroxyle 5'. La difficulté de cette réaction, et donc la complexité de l'enzyme d'ADN correspondante, dépend de la présence ou non d'un cofacteur catalytique, tel qu'un cation métallique divalent ou une petite molécule, dans le mélange réactionnel.

@article{doi101146annurevbiochem73011303073717,
    author = "Joyce, Gerald F.",
    title = "Directed Evolution of Nucleic Acid Enzymes",
    year = "2004",
    journal = "Annual Review of Biochemistry",
    abstract = "Just as Darwinian evolution in nature has led to the development of many sophisticated enzymes, Darwinian evolution in vitro has proven to be a powerful approach for obtaining similar results in the laboratory. This review focuses on the development of nucleic acid enzymes starting from a population of random-sequence RNA or DNA molecules. In order to illustrate the principles and practice of in vitro evolution, two especially well-studied categories of catalytic nucleic acid are considered: RNA enzymes that catalyze the template-directed ligation of RNA and DNA enzymes that catalyze the cleavage of RNA. The former reaction, which involves attack of a 2'- or 3'-hydroxyl on the alpha-phosphate of a 5'-triphosphate, is more difficult. It requires a comparatively larger catalytic motif, containing more nucleotides than can be sampled exhaustively within a starting population of random-sequence RNAs. The latter reaction involves deprotonation of the 2'-hydroxyl adjacent to the cleavage site, resulting in cleaved products that bear a 2',3'-cyclic phosphate and 5'-hydroxyl. The difficulty of this reaction, and therefore the complexity of the corresponding DNA enzyme, depends on whether a catalytic cofactor, such as a divalent metal cation or small molecule, is present in the reaction mixture.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.biochem.73.011303.073717",
    doi = "10.1146/annurev.biochem.73.011303.073717",
    openalex = "W2073775872",
    references = "doi101021ja990592p"
}

Les synthèses et polymérisations des α-acides aminés N-carboxyanhydrides (NCAs) ont été rapportées pour la première fois par Hermann Leuchs en 1906. Depuis cette époque, ces dérivés d'acides aminés cycliques et hautement réactifs ont été utilisés pour des synthèses peptidiques étape par étape, mais principalement pour la formation de polypeptides par polymérisations par ouverture de cycle. Cette revue résume la littérature postérieure à 1985 et rapporte de nouveaux aspects des processus de polymérisation, tels que la formation de polypeptides cycliques ou de nouveaux catalyseurs organométalliques. Les polypeptides avec diverses architectures, tels que des séquences dibloc, tribloc et multibloc, et des structures en étoile ou dendritiques sont également mentionnés. De plus, les polypeptides lyotropes et thermotropes à cristaux liquides seront discutés et le rôle des polypeptides en tant que médicaments ou vecteurs de médicaments sera examiné. Enfin, le rôle hypothétique des NCAs dans l'évolution moléculaire sur la Terre prébiotique sera discuté.

@article{doi101002anie200600693,
    author = "Kricheldorf, Hans R.",
    title = "Polypeptides et 100 ans de chimie des α‐acides aminés N ‐carboxyanhydrides",
    year = "2006",
    journal = "Angewandte Chemie International Edition",
    abstract = "Les synthèses et polymérisations des α-acides aminés N-carboxyanhydrides (NCAs) ont été rapportées pour la première fois par Hermann Leuchs en 1906. Depuis cette époque, ces dérivés d'acides aminés cycliques et hautement réactifs ont été utilisés pour des synthèses peptidiques étape par étape, mais principalement pour la formation de polypeptides par polymérisations par ouverture de cycle. Cette revue résume la littérature postérieure à 1985 et rapporte de nouveaux aspects des processus de polymérisation, tels que la formation de polypeptides cycliques ou de nouveaux catalyseurs organométalliques. Les polypeptides avec diverses architectures, tels que des séquences dibloc, tribloc et multibloc, et des structures en étoile ou dendritiques sont également mentionnés. De plus, les polypeptides lyotropes et thermotropes à cristaux liquides seront discutés et le rôle des polypeptides en tant que médicaments ou vecteurs de médicaments sera examiné. Enfin, le rôle hypothétique des NCAs dans l'évolution moléculaire sur la Terre prébiotique sera discuté.",
    url = "https://doi.org/10.1002/anie.200600693",
    doi = "10.1002/anie.200600693",
    openalex = "W2027401476",
    references = "doi101038381059a0"
}

Les tentatives de modéliser la chimie spontanée qui a vraisemblablement précédé l'origine de la vie sur Terre aboutissent couramment à la production de mélanges d'composés organiques intractablement complexes. Il est donc difficile de comprendre comment un processus évolutif de quelque nature que ce soit aurait pu commencer. Au fil des ans, de nombreuses solutions potentielles à ce problème bien connu et frustrant ont été proposées dans la littérature. La présente contribution passe brièvement en revue et évalue certaines des possibilités les plus prometteuses.

@article{doi101002cbdv200790056,
    author = "Schwartz, Alan W.",
    title = "Intractable Mixtures and the Origin of Life",
    year = "2007",
    journal = "Chimie \& Biodiversité",
    abstract = "Les tentatives de modéliser la chimie spontanée qui a vraisemblablement précédé l'origine de la vie sur Terre aboutissent couramment à la production de mélanges d'composés organiques intractablement complexes. Il est donc difficile de comprendre comment un processus évolutif de quelque nature que ce soit aurait pu commencer. Au fil des ans, de nombreuses solutions potentielles à ce problème bien connu et frustrant ont été proposées dans la littérature. La présente contribution passe brièvement en revue et évalue certaines des possibilités les plus prometteuses.",
    url = "https://doi.org/10.1002/cbdv.200790056",
    doi = "10.1002/cbdv.200790056",
    openalex = "W2078314735",
    references = "doi101126science12933571221a"
}

@article{doi101016jtet200710012,
    author = "Eschenmoser, Albert",
    title = "La recherche sur la chimie de l'origine de la vie",
    year = "2007",
    journal = "Tetrahedron",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.tet.2007.10.012",
    doi = "10.1016/j.tet.2007.10.012",
    openalex = "W2953350983",
    references = "doi101007bf00439699, doi101007pl00006565, doi101016s0040403901994870, doi10108803701298629301, doi101098rstb20061904, lemmon1970chemical, openalexw2983085323"
}

@incollection{crossref2008biogenesis,
    title = "Biogenesis",
    year = "2008",
    booktitle = "Encyclopedia de génétique, génomique, protéomique et d'informatique",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-1-4020-6754-9\_1782",
    doi = "10.1007/978-1-4020-6754-9\_1782",
    pages = "212-212"
}

@article{doi101007s1108400891505,
    author = "Zaia, Dimas Augusto Morozin et Zaia, Cássia Thaïs Bussamra Vieira et de Santana, Henrique",
    title = "Quels acides aminés doivent être utilisés dans les études de chimie prébiotique ?",
    year = "2008",
    journal = "Origins of Life and Evolution of Biospheres",
    url = "https://doi.org/10.1007/s11084-008-9150-5",
    doi = "10.1007/s11084-008-9150-5",
    openalex = "W1993490997",
    references = "doi101023a1006668322298, doi101038199219a0, doi102138am20062289"
}

L'évolution inéluctable de la chiralité unique en phase solide est démontrée pour la première fois pour un acide aminé protéinogène. Une enrichissement énantiomérique est observé à la fois dans des conditions améliorées par l'attrition et sans l'aide du broyage des particules. Les différences dans la forme des profils de conversion du processus dans les deux ensembles de conditions fournissent des suggestions concernant le mécanisme de la transformation.

@article{doi101021ja8074506,
    author = "Viedma, Cristóbal et Ortíz, José E. et de Torres, Trinidad et Izumi, Toshiko et Blackmond, Donna G.",
    title = "Évolution de l'homochiralité de phase solide pour un acide aminé protéinogène",
    year = "2008",
    journal = "Journal of the American Chemical Society",
    abstract = "L'évolution inéluctable de la chiralité unique en phase solide est démontrée pour la première fois pour un acide aminé protéinogène. Une enrichissement énantiomérique est observé à la fois dans des conditions améliorées par l'attrition et sans l'aide du broyage des particules. Les différences dans la forme des profils de conversion du processus dans les deux ensembles de conditions fournissent des suggestions concernant le mécanisme de la transformation.",
    url = "https://doi.org/10.1021/ja8074506",
    doi = "10.1021/ja8074506",
    openalex = "W2025110978",
    references = "doi101007bf01809580, doi1010160006300253900821, doi101021ja7106349, doi101038378767a0, doi101038nature04780, doi101073pnas0308363101, doi101103physrevlett94065504, doi101126science1523720363, doi101126science2504983975, doi101146annurevaa09090171000245, fox1995thermal"
}

@article{doi101038nrmicro1991,
    author = "Martin, William et Baross, John A. et Kelley, Deborah S. et Russell, Michael J.",
    title = "Hydrothermal vents and the origin of life",
    year = "2008",
    journal = "Nature Reviews Microbiology",
    url = "https://doi.org/10.1038/nrmicro1991",
    doi = "10.1038/nrmicro1991",
    openalex = "W1993130196",
    references = "doi101007bf01808177, doi101038191144a0, doi101038319618a0, doi10103835036572, doi10103835084000, doi101038nature04617, doi101038nrmicro1931, doi10108010409230490460765, doi101098rstb20061881, doi101098rstb20061904, doi101111j157469762001tb00576x, doi101126science1102556, doi101126science1173046528, doi101126science20343851073, doi101144gsjgs15430377, miller1953a, openalexw3041019241"
}

Sur les 20 acides aminés utilisés dans les protéines, 10 ont été formés lors des expériences de décharge atmosphérique de Miller. Les deux autres sources majeures proposées pour la synthèse prébiotique d'acides aminés incluent la formation dans les fumeurs hydrothermaux et le transport vers la Terre par les météorites. Nous combinons des données observationnelles et expérimentales sur les fréquences d'acides aminés formés par ces mécanismes divers et montrons que, quelle que soit la source, ces 10 premiers acides aminés peuvent être classés par ordre décroissant d'abondance dans des contextes prébiotiques. Cet ordre peut être prédit par la thermodynamique. Les abondances relatives des premiers acides aminés ont probablement été reflétées dans la composition des premières protéines au moment où le code génétique est apparu. Les acides aminés restants ont été incorporés dans les protéines après que les voies de leur synthèse biochimique aient évolué. Cela est cohérent avec les théories de l'évolution du code génétique par ajout progressif de nouveaux acides aminés. Ce sont des indices suggérant que des aspects clés de la biochimie primitive peuvent être universels.

@article{doi101089ast20080280,
    author = "Higgs, Paul G. et Pudritz, Ralph E.",
    title = "Une base thermodynamique pour la synthèse prébiotique d'acides aminés et la nature du premier code génétique",
    year = "2009",
    journal = "Astrobiology",
    abstract = "Sur les 20 acides aminés utilisés dans les protéines, 10 ont été formés lors des expériences de décharge atmosphérique de Miller. Les deux autres sources majeures proposées pour la synthèse prébiotique d'acides aminés incluent la formation dans les fumeurs hydrothermaux et le transport vers la Terre par les météorites. Nous combinons des données observationnelles et expérimentales sur les fréquences d'acides aminés formés par ces mécanismes divers et montrons que, quelle que soit la source, ces 10 premiers acides aminés peuvent être classés par ordre décroissant d'abondance dans des contextes prébiotiques. Cet ordre peut être prédit par la thermodynamique. Les abondances relatives des premiers acides aminés ont probablement été reflétées dans la composition des premières protéines au moment où le code génétique est apparu. Les acides aminés restants ont été incorporés dans les protéines après que les voies de leur synthèse biochimique aient évolué. Cela est cohérent avec les théories de l'évolution du code génétique par ajout progressif de nouveaux acides aminés. Ce sont des indices suggérant que des aspects clés de la biochimie primitive peuvent être universels.",
    url = "https://doi.org/10.1089/ast.2008.0280",
    doi = "10.1089/ast.2008.0280",
    openalex = "W2071801216",
    references = "doi101007bf01734482, doi1010160016703794902887, doi101038199219a0"
}

Malgré les échecs thermodynamiques, bioénergétiques et phylogénétiques, le concept de 81 ans de la soupe primitive reste central dans la pensée dominante sur l'origine de la vie. Mais la soupe est homogène en pH et en potentiel redox, et n'a donc aucune capacité de couplage énergétique par chimiosmose. Les contraintes thermodynamiques rendent la chimiosmose strictement nécessaire pour le métabolisme du carbone et de l'énergie chez tous les chimiotrophes libres, et probablement les premières cellules libres aussi. Les gradients de protons se forment naturellement aux sources hydrothermales alcalines et sont considérés comme centraux pour l'origine de la vie. Ici, nous examinons comment les premières cellules auraient pu exploiter une force motrice protonique créée géochimiquement et ensuite apprendre à en produire leur propre, une transition qui était nécessaire pour leur échappement des sources. La synthèse d'ATP par chimiosmose aujourd'hui implique la génération d'un gradient ionique par transfert vectoriel d'électrons d'un donneur à un accepteur. Nous soutenons que le premier donneur était l'hydrogène et le premier accepteur le CO2.

@article{doi101002bies200900131,
    author = "Lane, Nick et Allen, John F. et Martin, William",
    title = "Comment LUCA a-t-il fait vivre ? La chimiosmose dans l'origine de la vie",
    year = "2010",
    journal = "BioEssays",
    abstract = "Malgré les échecs thermodynamiques, bioénergétiques et phylogénétiques, le concept de 81 ans de la soupe primitive reste central dans la pensée dominante sur l'origine de la vie. Mais la soupe est homogène en pH et en potentiel redox, et n'a donc aucune capacité de couplage énergétique par chimiosmose. Les contraintes thermodynamiques rendent la chimiosmose strictement nécessaire pour le métabolisme du carbone et de l'énergie chez tous les chimiotrophes libres, et probablement les premières cellules libres aussi. Les gradients de protons se forment naturellement aux sources hydrothermales alcalines et sont considérés comme centraux pour l'origine de la vie. Ici, nous examinons comment les premières cellules auraient pu exploiter une force motrice protonique créée géochimiquement et ensuite apprendre à en produire leur propre, une transition qui était nécessaire pour leur échappement des sources. La synthèse d'ATP par chimiosmose aujourd'hui implique la génération d'un gradient ionique par transfert vectoriel d'électrons d'un donneur à un accepteur. Nous soutenons que le premier donneur était l'hydrogène et le premier accepteur le CO2.",
    url = "https://doi.org/10.1002/bies.200900131",
    doi = "10.1002/bies.200900131",
    openalex = "W2158033739",
    references = "doi101007bf01140180, doi101016jbbapap200808012, doi101038191144a0, doi10103835084000, doi101038nature04546, doi101038nature08013, doi101038nrmicro1931, doi101074jbcr000005200, doi101098rstb20021183, doi101098rstb20061904, doi101126science1173046528, doi101128mr5244524841988"
}

Pour que la vie ait émergé du CO₂, des roches et de l'eau sur la Terre primitive, une source d'énergie chimiquement transductible durable était essentielle. Le processus de serpentinisation émerge comme une source de plus en plus probable de cette énergie. La serpentinisation de la croûte ultramafique aurait continuellement fourni de l'hydrogène, du méthane, du formiate mineur et de l'ammoniac, ainsi que du calcium et des traces d'acétate, de molybdène et de tungstène, aux sources hydrothermales alcalines hors crête qui interfacaient avec l'Océan hadéen carbonique riche en métaux. La silice et le bisulfure ont également été livrés à ces sources où les cherts et les sulfures étaient traversés par les solutions alcalines. Les gradients de protons et de redox ainsi générés représentent une riche source d'énergie chimiosmotique naturellement produite, découlant de la géochimie qui n'avait simplement qu'à être exploitée, plutôt qu'induite, par les premiers systèmes biochimiques. Les monticules hydrothermaux s'accumulant à des sites similaires dans les océans d'aujourd'hui offrent des modèles conceptuels et expérimentaux pour la chimie pertinente à l'émergence de la vie, bien que l'ubiquité des communautés microbiennes à de tels sites, en plus de notre atmosphère oxygénée, empêchent une analogie exacte.

@article{doi101111j14724669201000249x,
    author = "Russell, Michael J. et Hall, A. J. et Martin, William",
    title = "La serpentinisation comme source d'énergie à l'origine de la vie",
    year = "2010",
    journal = "Geobiology",
    abstract = "Pour que la vie ait émergé du CO₂, des roches et de l'eau sur la Terre primitive, une source d'énergie chimiquement transductible durable était essentielle. Le processus de serpentinisation émerge comme une source de plus en plus probable de cette énergie. La serpentinisation de la croûte ultramafique aurait continuellement fourni de l'hydrogène, du méthane, du formiate mineur et de l'ammoniac, ainsi que du calcium et des traces d'acétate, de molybdène et de tungstène, aux sources hydrothermales alcalines hors crête qui interfacaient avec l'Océan hadéen carbonique riche en métaux. La silice et le bisulfure ont également été livrés à ces sources où les cherts et les sulfures étaient traversés par les solutions alcalines. Les gradients de protons et de redox ainsi générés représentent une riche source d'énergie chimiosmotique naturellement produite, découlant de la géochimie qui n'avait simplement qu'à être exploitée, plutôt qu'induite, par les premiers systèmes biochimiques. Les monticules hydrothermaux s'accumulant à des sites similaires dans les océans d'aujourd'hui offrent des modèles conceptuels et expérimentaux pour la chimie pertinente à l'émergence de la vie, bien que l'ubiquité des communautés microbiennes à de tels sites, en plus de notre atmosphère oxygénée, empêchent une analogie exacte.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1472-4669.2010.00249.x",
    doi = "10.1111/j.1472-4669.2010.00249.x",
    openalex = "W2169672447",
    references = "doi101002bies200900131, doi101007bf01808177, doi101038nrmicro1991, doi101098rstb20061881, doi101098rstb20061904"
}

Les approches synthétiques récentes visant à comprendre l'origine de la vie ont permis d'obtenir des aperçus sur les voies plausibles pour l'émergence des premières cellules. Ici, nous passons en revue les expériences actuelles ayant des implications pour l'origine de la vie, en mettant l'accent sur la capacité des processus physiques inattendus à faciliter l'auto-assemblage et l'auto-réplication des premiers systèmes biologiques. Ces efforts de laboratoire ont mis en lumière de nouveaux mécanismes physiques pour l'émergence de l'homochiralité ; la concentration et la purification des briques de construction prébiotiques ; et la capacité des premières cellules à s'assembler, grandir, se diviser et acquérir une plus grande complexité. En l'absence de capacités biochimiques évoluées, de tels processus physiques ont probablement joué un rôle essentiel dans la biologie primitive.

@article{doi101146annurevbiophys050708133753,
    author = "Budin, Itay et Szostak, Jack W.",
    title = "Expanding Roles for Diverse Physical Phenomena During the Origin of Life",
    year = "2010",
    journal = "Annual Review of Biophysics",
    abstract = "Les approches synthétiques récentes visant à comprendre l'origine de la vie ont permis d'obtenir des aperçus sur les voies plausibles pour l'émergence des premières cellules. Ici, nous passons en revue les expériences actuelles ayant des implications pour l'origine de la vie, en mettant l'accent sur la capacité des processus physiques inattendus à faciliter l'auto-assemblage et l'auto-réplication des premiers systèmes biologiques. Ces efforts de laboratoire ont mis en lumière de nouveaux mécanismes physiques pour l'émergence de l'homochiralité ; la concentration et la purification des briques de construction prébiotiques ; et la capacité des premières cellules à s'assembler, grandir, se diviser et acquérir une plus grande complexité. En l'absence de capacités biochimiques évoluées, de tels processus physiques ont probablement joué un rôle essentiel dans la biologie primitive.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.biophys.050708.133753",
    doi = "10.1146/annurev.biophys.050708.133753",
    openalex = "W2105284342",
    references = "doi101021ja8074506"
}

La fixation du carbone inorganique en matière organique (autotrophie) est une condition préalable à la vie et marque le point de départ de l'évolution biologique. Dans la biosphère actuelle, le cycle réducteur du pentose phosphate (cycle de Calvin-Benson) est le mécanisme prédominant par lequel de nombreux procaryotes et toutes les plantes fixent le CO(2) en biomasse. Cependant, le fait que cinq voies autotrophes alternatives existent chez les procaryotes est souvent négligé. Ce biais peut entraîner des erreurs graves dans les modèles du cycle global du carbone, dans les hypothèses sur l'évolution du métabolisme et dans les interprétations des registres géologiques. Ici, je passe en revue ces voies alternatives qui diffèrent fondamentalement du cycle de Calvin-Benson. De manière révélatrice, ces cinq voies alternatives reposent sur l'acétyl-coenzyme A, le pivot du métabolisme, exigeant une voie gluconéogenèse partant de l'acétyl-coenzyme A et du CO(2). Il semble que la formation d'un acide acétique activé à partir de carbone inorganique représente l'étape initiale vers le métabolisme. Par conséquent, les biosynthèses ont probablement commencé à partir d'acide acétique activé et la gluconéogenèse a précédé la glycolyse.

@article{doi101146annurevmicro090110102801,
    author = "Fuchs, Georg",
    title = "Alternative Pathways of Carbon Dioxide Fixation: Insights into the Early Evolution of Life?",
    year = "2010",
    journal = "Annual Review of Microbiology",
    abstract = "The fixation of inorganic carbon into organic material (autotrophy) is a prerequisite for life and sets the starting point of biological evolution. In the extant biosphere the reductive pentose phosphate (Calvin-Benson) cycle is the predominant mechanism by which many prokaryotes and all plants fix CO(2) into biomass. However, the fact that five alternative autotrophic pathways exist in prokaryotes is often neglected. This bias may lead to serious misjudgments in models of the global carbon cycle, in hypotheses on the evolution of metabolism, and in interpretations of geological records. Here, I review these alternative pathways that differ fundamentally from the Calvin-Benson cycle. Revealingly, these five alternative pathways pivot on acetyl-coenzyme A, the turntable of metabolism, demanding a gluconeogenic pathway starting from acetyl-coenzyme A and CO(2). It appears that the formation of an activated acetic acid from inorganic carbon represents the initial step toward metabolism. Consequently, biosyntheses likely started from activated acetic acid and gluconeogenesis preceded glycolysis.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev-micro-090110-102801",
    doi = "10.1146/annurev-micro-090110-102801",
    openalex = "W2130107304",
    references = "doi101002bies200900131, doi101002cbdv200790052, doi101007bf00032643, doi101038nrmicro1852, doi101038nrmicro1991, doi10108010409230490460765"
}

@article{doi101016jplrev201112002,
    author = "Saladino, Raffaele et Crestini, Claudia et Pino, Samanta et Costanzo, Giovanna et Mauro, Ernesto Di",
    title = "Formamide et l'origine de la vie",
    year = "2011",
    journal = "Physics of Life Reviews",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.plrev.2011.12.002",
    doi = "10.1016/j.plrev.2011.12.002",
    openalex = "W2095429191",
    references = "doi101002bies200900131, doi101007s1108400791132, doi101016jresmic200905004, doi101073pnas591110, openalexw2983085323"
}

Vie synthétique : l'origine de la vie sur la Terre primitive, et la transition ex novo de la matière non vivante vers des systèmes vivants artificiels sont des défis scientifiques profonds qui fournissent un contexte pour le développement de nouvelles chimies aux conséquences technologiques inconnues. Cet essai tente de reformuler certaines des difficultés épistémologiques associées à ces questions dans un cadre intégratif de la science de la vie proto. La chimie est au cœur de cette entreprise.

@article{doi101002anie201204968,
    author = "Mann, Stephen",
    title = "The Origins of Life: Old Problems, New Chemistries",
    year = "2012",
    journal = "Angewandte Chemie International Edition",
    abstract = "Synthetic life: the origin of life on the early Earth, and the ex novo transition of non-living matter to artificial living systems are deep scientific challenges that provide a context for the development of new chemistries with unknown technological consequences. This Essay attempts to re-frame some of the epistemological difficulties associated with these questions into an integrative framework of proto-life science. Chemistry is at the heart of this endeavour.",
    url = "https://doi.org/10.1002/anie.201204968",
    doi = "10.1002/anie.201204968",
    openalex = "W2061543242",
    references = "doi101021ar200281t, doi10103835053176, doi101038nature07018, doi101038nature08013, doi101038nchem1110, doi101073pnas0408236101, doi10108010409230490460765, doi101098rstb20021183, doi101101cshperspecta002170, doi101126science1167856, doi101126science1217622, doi101146annurevbiophys37032807125817, doi1011861759220821, doi1011861759220832"
}

Le processus de délimitation des origines de la chimie de la vie commence par la considération des molécules qui auraient pu exister sur la Terre prébiotique et s'étend à la discussion des mécanismes potentiels d'assemblage de ces molécules en polymères informationnels capables de se répliquer et de transmettre l'information génétique. À un certain point le long de cette voie, la propriété de la chiralité unique émerge comme la marque distinctive des acides aminés et des sucres présents dans les molécules biologiques. Au XXe siècle, les chercheurs ont développé des thèses mathématiques abstraites pour l'origine de l'homochiralité biomoléculaire à partir d'une collection prébiotique supposée racémique. Avant la fin de ce siècle, les résultats expérimentaux ont corroboré un certain nombre de caractéristiques de base de ces modèles théoriques, mais ces études impliquaient des systèmes chimiques sans pertinence prébiotique directe. Actuellement, les chercheurs examinent des conditions plausibles prébiotiquement qui couplent les processus chimiques et physiques menant à la chiralité unique des sucres et des acides aminés avec des réactions chimiques ultérieures qui augmentent la complexité moléculaire. Bien que ces études aient été menées pour la plupart dans le contexte de l'hypothèse du monde à ARN, les résultats expérimentaux restent pertinents pour un modèle « métabolisme d'abord » pour l'origine de la vie. Pour de nombreux chimistes intéressés par la chimbiogenèse, la synthèse de ribonucléotides pyrimidiques activés dans des conditions potentiellement prébiotiques par le groupe de Sutherland a fourni une démonstration marquante de ce qu'Eschenmoser a décrit comme « une propinquité structurelle intrinsèque » entre certaines structures chimiques élémentaires et les molécules biologiques modernes. Même si certains problèmes synthétiques pour la construction plausible prébiotique de l'ARN restent non résolus, notre travail s'est concentré sur le couplage de ces avancées synthétiques avec des concepts pour l'évolution de l'homochiralité biomoléculaire. S'appuyant sur nos propres résultats ainsi que ceux d'autres, nous présentons un scénario intrigant « poule ou œuf » pour l'émergence de la chiralité unique des sucres et des acides aminés. Notre travail incorpore à la fois des phénomènes chimiques et physiques qui permettent l'amplification d'un déséquilibre initial faible soit des sucres par les acides aminés soit des acides aminés par les sucres, suggérant qu'un pool chiral enrichi en énantiomères d'un type de molécule pourrait conduire à un pool également enrichi en énantiomères de l'autre.

@article{doi101021ar200316n,
    author = "Hein, Jason E. et Blackmond, Donna G.",
    title = "Sur l'origine de la chiralité unique des acides aminés et des sucres dans la biogenèse",
    year = "2012",
    journal = "Comptes rendus de la recherche chimique",
    abstract = {Le processus de délimitation des origines de la chimie de la vie commence par la considération des molécules qui auraient pu exister sur la Terre prébiotique et s'étend à la discussion des mécanismes potentiels d'assemblage de ces molécules en polymères informationnels capables de se répliquer et de transmettre l'information génétique. À un certain point le long de cette voie, la propriété de la chiralité unique émerge comme la marque distinctive des acides aminés et des sucres présents dans les molécules biologiques. Au XXe siècle, les chercheurs ont développé des thèses mathématiques abstraites pour l'origine de l'homochiralité biomoléculaire à partir d'une collection prébiotique supposée racémique. Avant la fin de ce siècle, les résultats expérimentaux ont corroboré un certain nombre de caractéristiques de base de ces modèles théoriques, mais ces études impliquaient des systèmes chimiques sans pertinence prébiotique directe. Actuellement, les chercheurs examinent des conditions plausibles prébiotiquement qui couplent les processus chimiques et physiques menant à la chiralité unique des sucres et des acides aminés avec des réactions chimiques ultérieures qui augmentent la complexité moléculaire. Bien que ces études aient été menées pour la plupart dans le contexte de l'hypothèse du monde à ARN, les résultats expérimentaux restent pertinents pour un modèle « métabolisme d'abord » pour l'origine de la vie. Pour de nombreux chimistes intéressés par la chimbiogenèse, la synthèse de ribonucléotides pyrimidiques activés dans des conditions potentiellement prébiotiques par le groupe de Sutherland a fourni une démonstration marquante de ce qu'Eschenmoser a décrit comme « une propinquité structurelle intrinsèque » entre certaines structures chimiques élémentaires et les molécules biologiques modernes. Même si certains problèmes synthétiques pour la construction plausible prébiotique de l'ARN restent non résolus, notre travail s'est concentré sur le couplage de ces avancées synthétiques avec des concepts pour l'évolution de l'homochiralité biomoléculaire. S'appuyant sur nos propres résultats ainsi que ceux d'autres, nous présentons un scénario intrigant « poule ou œuf » pour l'émergence de la chiralité unique des sucres et des acides aminés. Notre travail incorpore à la fois des phénomènes chimiques et physiques qui permettent l'amplification d'un déséquilibre initial faible soit des sucres par les acides aminés soit des acides aminés par les sucres, suggérant qu'un pool chiral enrichi en énantiomères d'un type de molécule pourrait conduire à un pool également enrichi en énantiomères de l'autre.},
    url = "https://doi.org/10.1021/ar200316n",
    doi = "10.1021/ar200316n",
    openalex = "W2334005130",
    references = "doi101021ja8074506"
}

Les problèmes associés à l'hypothèse du monde à ARN sont bien connus. Dans ce qui suit, je discute de certaines de ces difficultés, de certaines des hypothèses alternatives qui ont été proposées, et de certains des problèmes de ces modèles alternatifs. D'un point de vue biosynthétique - ainsi que, peut-être, évolutif -, l'ADN est un ARN modifié, et donc le dilemme du coq et de l'œuf de « qui est venu en premier ? » se ramène à un choix entre l'ARN et les protéines. Il ne s'agit pas seulement d'une question de cause et d'effet, mais aussi de vraisemblance statistique, car la probabilité que deux types de macromolécules aussi différents apparaissent simultanément semble improbable. L'hypothèse du monde à ARN est un exemple d'une approche « top down » (ou devrait-on dire « présent back » ?) de l'évolution précoce : comment pouvons-nous simplifier les systèmes biologiques modernes pour fournir un chemin évolutif plausible qui préserve la continuité fonctionnelle ? La découverte que l'ARN possède une capacité catalytique offre une solution potentielle : une seule macromolécule aurait pu à l'origine assurer à la fois la réplication et la catalyse. L'ARN - qui constitue le génome des virus à ARN et catalyse la synthèse peptidique sur le ribosome - aurait pu être à la fois le coq et l'œuf ! Cependant, les objections suivantes ont été soulevées contre l'hypothèse du monde à ARN : (i) l'ARN est une molécule trop complexe pour être apparue prébiotiquement ; (ii) l'ARN est intrinsèquement instable ; (iii) la catalyse est une propriété relativement rare des longues séquences d'ARN seulement ; et (iv) le répertoire catalytique de l'ARN est trop limité. Je proposerai certaines réponses possibles à ces objections à la lumière des travaux de nos laboratoires et d'autres laboratoires. Enfin, je discuterai de manière critique d'une théorie alternative à l'hypothèse du monde à ARN connue sous le nom de « protéines en premier », qui soutient que les protéines ont soit précédé l'ARN dans l'évolution, ou - au moins - que les protéines et l'ARN ont coévolué. Je soutiendrai que, bien que théoriquement possible, une telle hypothèse est probablement indémontrable, et que l'hypothèse du monde à ARN, bien qu'éloignée d'être parfaite ou complète, est la meilleure dont nous disposons actuellement pour aider à comprendre l'histoire de la biologie contemporaine.

@article{doi10118617456150723,
    author = "Bernhardt, Harold S.",
    title = "The RNA world hypothesis: the worst theory of the early evolution of life (except for all the others)a",
    year = "2012",
    journal = "Biology Direct",
    abstract = {The problems associated with the RNA world hypothesis are well known. In the following I discuss some of these difficulties, some of the alternative hypotheses that have been proposed, and some of the problems with these alternative models. From a biosynthetic - as well as, arguably, evolutionary - perspective, DNA is a modified RNA, and so the chicken-and-egg dilemma of "which came first?" boils down to a choice between RNA and protein. This is not just a question of cause and effect, but also one of statistical likelihood, as the chance of two such different types of macromolecule arising simultaneously would appear unlikely. The RNA world hypothesis is an example of a 'top down' (or should it be 'present back'?) approach to early evolution: how can we simplify modern biological systems to give a plausible evolutionary pathway that preserves continuity of function? The discovery that RNA possesses catalytic ability provides a potential solution: a single macromolecule could have originally carried out both replication and catalysis. RNA - which constitutes the genome of RNA viruses, and catalyzes peptide synthesis on the ribosome - could have been both the chicken and the egg! However, the following objections have been raised to the RNA world hypothesis: (i) RNA is too complex a molecule to have arisen prebiotically; (ii) RNA is inherently unstable; (iii) catalysis is a relatively rare property of long RNA sequences only; and (iv) the catalytic repertoire of RNA is too limited. I will offer some possible responses to these objections in the light of work by our and other labs. Finally, I will critically discuss an alternative theory to the RNA world hypothesis known as 'proteins first', which holds that proteins either preceded RNA in evolution, or - at the very least - that proteins and RNA coevolved. I will argue that, while theoretically possible, such a hypothesis is probably unprovable, and that the RNA world hypothesis, although far from perfect or complete, is the best we currently have to help understand the backstory to contemporary biology.},
    url = "https://doi.org/10.1186/1745-6150-7-23",
    doi = "10.1186/1745-6150-7-23",
    openalex = "W2117819109",
    references = "doi1011861745615071, doi1011861759220832"
}

@article{doi101021cr2004844,
    author = "Ruiz‐Mirazo, Kepa et Briones, Carlos et de la Escosura, Andrés",
    title = "Prebiotic Systems Chemistry: New Perspectives for the Origins of Life",
    year = "2013",
    journal = "Chemical Reviews",
    url = "https://doi.org/10.1021/cr2004844",
    doi = "10.1021/cr2004844",
    openalex = "W2033873715",
    references = "doi1010023527607439, doi101002anie201204968, doi101006bbrc19990404, doi10100797836427811004, doi101007s1108400791132, doi1010160003269781902815, doi1010160006291x60901388, doi1010160022283668903926, doi1010160022283668903938, doi1010161074552195900314, doi101016s0022283675800830, doi101016s0022519386800479, doi101016s1389172301803224, doi101021cr020452p, doi101021ja8074506, doi101023a1006746807104, doi101038171737a0, doi101038225535b0, doi101038280445a0, doi101038343033a0, doi101038346818a0, doi101038355125a0, doi101038365566a0, doi101038381059a0, doi101038nature03959, doi101038nature04764, doi101038nature08013, doi101039c2cs35109a, doi101073pnas0912157107, doi101073pnas1106493108, doi101073pnas384351, doi101073pnas581217, doi101073pnas742560, doi101073pnas9784112, doi10108010409230490460765, doi101098rstb19520012, doi101126science1092464, doi101126science1161527, doi101126science2200121, doi101126science2705235467, doi101128mr5244524841988, doi1011861759220832, fox1958thermal"
}

@article{doi101038nrg3841,
    author = "Higgs, Paul G. et Lehman, Niles",
    title = "The RNA World : coopération moléculaire à l'origine de la vie",
    year = "2014",
    journal = "Nature Reviews Genetics",
    url = "https://doi.org/10.1038/nrg3841",
    doi = "10.1038/nrg3841",
    openalex = "W1970977492",
    references = "doi101007bf00420631, doi101016jchembiol201303012, doi101016jplrev201206001, doi101038nature08013, doi101126science1092464, doi101126science1241888, doi101128mmbr6122392611997"
}

@article{doi101016jcub201506016,
    author = "Pressman, Abe et Blanco, Celia et Chen, Irene A.",
    title = "The RNA World as a Model System to Study the Origin of Life",
    year = "2015",
    journal = "Current Biology",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.cub.2015.06.016",
    doi = "10.1016/j.cub.2015.06.016",
    openalex = "W1879750355",
    references = "doi101007s1108400791132, doi101016jchembiol201303012, doi1011861759220832"
}

Depuis les 70 dernières années, les chimistes prébiotiques ont été très à même de synthétiser les molécules de la vie, des acides aminés aux nucléotides. Pourtant, il existe une ressemblance étonnamment faible entre une grande partie de cette chimie et les voies métaboliques des cellules, en termes de substrats, de catalyseurs et de voies de synthèse. En revanche, les sources hydrothermales alcalines offrent des conditions similaires à celles exploitées par les autotrophes modernes, mais il y a eu peu de preuves expérimentales que de telles conditions puissent entraîner la chimie prébiotique. Dans l'Hadéen, en l'absence d'oxygène, les sources alcalines sont proposées pour avoir agi comme des réacteurs d'écoulement électrochimiques, dans lesquels des fluides alcalins saturés en H2 se mélangent à des eaux océaniques relativement acides riches en CO2, à travers un labyrinthe de micropores interconnectés aux parois minérales fines contenant des minéraux catalytiques Fe(Ni)S. La différence de pH à travers ces barrières fines a produit des gradients de protons naturels avec une magnitude et une polarité équivalentes à la force proton-motrice requise pour la fixation du carbone chez les bactéries et les archées existantes. Comment de tels gradients ont pu alimenter la réduction du carbone ou le flux d'énergie avant l'avènement des protocellules organiques avec des gènes et des protéines est inconnu. Les travaux des dix dernières années suggèrent plusieurs hypothèses possibles qui sont actuellement testées dans des expériences de laboratoire, des observations de terrain et des reconstructions phylogénétiques du métabolisme ancestral. Nous analysons les différences perplexes dans le métabolisme du carbone et de l'énergie chez les archées méthanogènes et les bactéries acétogènes pour proposer un mécanisme ancestral possible de réduction du CO2 dans les sources hydrothermales alcalines. Sur la base de ce mécanisme, nous montrons que l'évolution de la pompe ionique active aurait pu conduire à la divergence profonde des bactéries et des archées.

@article{doi101089ast20151406,
    author = "Sojo, Víctor et Herschy, Barry et Whicher, Alexandra et Camprubí, Eloi et Lane, Nick",
    title = "L'origine de la vie dans les sources hydrothermales alcalines",
    year = "2016",
    journal = "Astrobiologie",
    abstract = "Depuis les 70 dernières années, les chimistes prébiotiques ont été très à même de synthétiser les molécules de la vie, des acides aminés aux nucléotides. Pourtant, il existe une ressemblance étonnamment faible entre une grande partie de cette chimie et les voies métaboliques des cellules, en termes de substrats, de catalyseurs et de voies de synthèse. En revanche, les sources hydrothermales alcalines offrent des conditions similaires à celles exploitées par les autotrophes modernes, mais il y a eu peu de preuves expérimentales que de telles conditions puissent entraîner la chimie prébiotique. Dans l'Hadéen, en l'absence d'oxygène, les sources alcalines sont proposées pour avoir agi comme des réacteurs d'écoulement électrochimiques, dans lesquels des fluides alcalins saturés en H2 se mélangent à des eaux océaniques relativement acides riches en CO2, à travers un labyrinthe de micropores interconnectés aux parois minérales fines contenant des minéraux catalytiques Fe(Ni)S. La différence de pH à travers ces barrières fines a produit des gradients de protons naturels avec une magnitude et une polarité équivalentes à la force proton-motrice requise pour la fixation du carbone chez les bactéries et les archées existantes. Comment de tels gradients ont pu alimenter la réduction du carbone ou le flux d'énergie avant l'avènement des protocellules organiques avec des gènes et des protéines est inconnu. Les travaux des dix dernières années suggèrent plusieurs hypothèses possibles qui sont actuellement testées dans des expériences de laboratoire, des observations de terrain et des reconstructions phylogénétiques du métabolisme ancestral. Nous analysons les différences perplexes dans le métabolisme du carbone et de l'énergie chez les archées méthanogènes et les bactéries acétogènes pour proposer un mécanisme ancestral possible de réduction du CO2 dans les sources hydrothermales alcalines. Sur la base de ce mécanisme, nous montrons que l'évolution de la pompe ionique active aurait pu conduire à la divergence profonde des bactéries et des archées.",
    url = "https://doi.org/10.1089/ast.2015.1406",
    doi = "10.1089/ast.2015.1406",
    openalex = "W2267335000",
    references = "doi101002bies200900131, doi101007bf01140180"
}

Résumé Comment et où la vie sur Terre est-elle apparue ? À ce jour, divers environnements ont été proposés comme sites plausibles pour l'origine de la vie. Cependant, les discussions se sont concentrées sur une étape limitée de l'évolution chimique, ou l'émergence d'une fonction chimique spécifique des systèmes proto-biologiques. Il reste incertain quelles situations géochimiques pourraient conduire à toutes les étapes de l'évolution chimique, allant de la condensation de composés inorganiques simples à l'émergence de systèmes autosuffisants évolutifs vers des systèmes biologiques modernes. Dans cette revue, nous résumons les résultats expérimentaux et théoriques rapportés sur la chimie prébiotique pertinents pour ce sujet, y compris la disponibilité des éléments biologiquement essentiels (N et P) sur la Terre hadienne, la synthèse abiotique des briques de la vie (acides aminés, peptides, ribose, nucléobases, acides gras, nucléotides et oligonucléotides), leur polymérisation en bio-macromolécules (peptides et oligonucléotides), et l'émergence de fonctions biologiques de réplication et de compartimentation. Les résumés indiquent que la complétion de l'évolution chimique nécessite au moins huit conditions réactionnelles de (1) phase gazeuse réductrice, (2) pH alcalin, (3) température de congélation, (4) eau douce, (5) cycle sec/humide, (6) couplage avec des réactions à haute énergie, (7) cycle de chauffage-refroidissement dans l'eau, et (8) apport extraterrestre des briques de la vie et des nutriments réactifs. La nécessité de ces conditions mutuellement exclusives indique clairement que l'origine de la vie n'a pas eu lieu dans un seul cadre ; elle a plutôt nécessité des environnements hautement diversifiés et dynamiques connectés entre eux pour permettre le transport interne des produits et réactifs de réaction par circulation fluide. Les recherches expérimentales futures qui imitent les conditions du modèle proposé sont susceptibles de fournir des contraintes supplémentaires sur les processus et mécanismes de l'origine de la vie.

@article{doi101016jgsf201707007,
    author = "Kitadai, N. et Maruyama, S.",
    title = "Origines des briques de la vie : une revue",
    year = "2017",
    journal = "Geoscience Frontiers",
    abstract = "Résumé Comment et où la vie sur Terre est-elle apparue ? À ce jour, divers environnements ont été proposés comme sites plausibles pour l'origine de la vie. Cependant, les discussions se sont concentrées sur une étape limitée de l'évolution chimique, ou l'émergence d'une fonction chimique spécifique des systèmes proto-biologiques. Il reste incertain quelles situations géochimiques pourraient conduire à toutes les étapes de l'évolution chimique, allant de la condensation de composés inorganiques simples à l'émergence de systèmes autosuffisants évolutifs vers des systèmes biologiques modernes. Dans cette revue, nous résumons les résultats expérimentaux et théoriques rapportés sur la chimie prébiotique pertinents pour ce sujet, y compris la disponibilité des éléments biologiquement essentiels (N et P) sur la Terre hadienne, la synthèse abiotique des briques de la vie (acides aminés, peptides, ribose, nucléobases, acides gras, nucléotides et oligonucléotides), leur polymérisation en bio-macromolécules (peptides et oligonucléotides), et l'émergence de fonctions biologiques de réplication et de compartimentation. Les résumés indiquent que la complétion de l'évolution chimique nécessite au moins huit conditions réactionnelles de (1) phase gazeuse réductrice, (2) pH alcalin, (3) température de congélation, (4) eau douce, (5) cycle sec/humide, (6) couplage avec des réactions à haute énergie, (7) cycle de chauffage-refroidissement dans l'eau, et (8) apport extraterrestre des briques de la vie et des nutriments réactifs. La nécessité de ces conditions mutuellement exclusives indique clairement que l'origine de la vie n'a pas eu lieu dans un seul cadre ; elle a plutôt nécessité des environnements hautement diversifiés et dynamiques connectés entre eux pour permettre le transport interne des produits et réactifs de réaction par circulation fluide. Les recherches expérimentales futures qui imitent les conditions du modèle proposé sont susceptibles de fournir des contraintes supplémentaires sur les processus et mécanismes de l'origine de la vie.",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.gsf.2017.07.007",
    doi = "10.1016/J.GSF.2017.07.007",
    is_oa = "true",
    number = "4",
    pages = "1117-1153",
    semanticscholar_citation_count = "349",
    semanticscholar_id = "b0926c65e24d5418043226bdf1055eaf2178a79e",
    volume = "9"
}

Cette perspective se concentre sur l'ARN dans les compartiments biologiques et non biologiques résultant de la séparation de phases liquide-liquide (LLPS), avec une emphase sur l'origine de la vie. Dans les cellules existantes, les condensats liquides intracellulaires, dont beaucoup sont riches en ARN et en protéines intrinsèquement désordonnées, fournissent une régulation spatiale des interactions biomoléculaires qui peuvent entraîner une expression génique modifiée. Étant donné la diversité des molécules biogéniques et abiogéniques qui subissent une LLPS, de tels compartiments sans membrane ont peut-être également joué des rôles clés dans les chimies prébiotiques pertinentes pour l'origine de la vie. L'hypothèse du monde à ARN postule que l'ARN a pu servir à la fois de support d'information génétique et de catalyseur lors de l'origine de la vie. En raison de son squelette polyanionique, l'ARN peut subir une LLPS par coacervation complexe en présence de polycations. La séparation de phases pourrait fournir un mécanisme pour concentrer les monomères pour la synthèse de l'ARN et tri sélectivement les ARN plus longs ayant des fonctions enzymatiques, conduisant ainsi à l'évolution prébiotique. Nous présentons plusieurs types de LLPS qui pourraient conduire à la compartimentalisation et discutons des rôles potentiels dans la polymérisation non enzymatique de l'ARN et d'autres biomolécules connexes, les fonctions des ribozymes et des aptamères, et les avantages ou inconvénients impartis par la démixtion liquide. Nous concluons que de minuscules gouttelettes liquides ont pu concentrer des biomolécules précieuses et agir comme des bioréacteurs dans le monde à ARN.

@article{doi101021acsbiochem8b00081,
    author = "Poudyal, Raghav R. et Cakmak, Fatma Pir et Keating, Christine D. et Bevilacqua, Philip C.",
    title = "Physical Principles and Extant Biology Reveal Roles for RNA-Containing Membraneless Compartments in Origins of Life Chemistry",
    year = "2018",
    journal = "Biochemistry",
    abstract = "Cette perspective se concentre sur l'ARN dans les compartiments biologiques et non biologiques résultant de la séparation de phases liquide-liquide (LLPS), avec une emphase sur l'origine de la vie. Dans les cellules existantes, les condensats liquides intracellulaires, dont beaucoup sont riches en ARN et en protéines intrinsèquement désordonnées, fournissent une régulation spatiale des interactions biomoléculaires qui peuvent entraîner une expression génique modifiée. Étant donné la diversité des molécules biogéniques et abiogéniques qui subissent une LLPS, de tels compartiments sans membrane ont peut-être également joué des rôles clés dans les chimies prébiotiques pertinentes pour l'origine de la vie. L'hypothèse du monde à ARN postule que l'ARN a pu servir à la fois de support d'information génétique et de catalyseur lors de l'origine de la vie. En raison de son squelette polyanionique, l'ARN peut subir une LLPS par coacervation complexe en présence de polycations. La séparation de phases pourrait fournir un mécanisme pour concentrer les monomères pour la synthèse de l'ARN et tri sélectivement les ARN plus longs ayant des fonctions enzymatiques, conduisant ainsi à l'évolution prébiotique. Nous présentons plusieurs types de LLPS qui pourraient conduire à la compartimentalisation et discutons des rôles potentiels dans la polymérisation non enzymatique de l'ARN et d'autres biomolécules connexes, les fonctions des ribozymes et des aptamères, et les avantages ou inconvénients impartis par la démixtion liquide. Nous concluons que de minuscules gouttelettes liquides ont pu concentrer des biomolécules précieuses et agir comme des bioréacteurs dans le monde à ARN.",
    url = "https://doi.org/10.1021/acs.biochem.8b00081",
    doi = "10.1021/acs.biochem.8b00081",
    openalex = "W2791574316",
    references = "doi1011861759220832"
}

Importance Le phosphate est crucial pour l'origine de la vie car il est omniprésent dans les biomolécules clés. Un problème majeur est que les synthèses prébiotiques utilisent un phosphate concentré pour incorporer le phosphate dans les biomolécules, tandis que les eaux naturelles sont généralement pauvres en phosphate car le phosphate réagit avec le calcium pour former des minéraux d'apatite à faible solubilité. Ici, nous montrons que les lacs riches en carbonates peuvent concentrer le phosphate à des niveaux supérieurs à 1 molal en piégeant le calcium dans des minéraux carbonatés, ce qui empêche l'élimination du phosphate par précipitation d'apatite. Les lacs riches en phosphate se sont peut-être formés préférentiellement sur la Terre prébiotique en raison de l'altération par l'acide carbonique sous des atmosphères riches en CO2 et de l'absence de consommation microbienne de phosphate. Cela pointe spécifiquement vers une origine de la vie dans des lacs riches en carbonates, et définit ainsi des conditions aqueuses que les chimistes prébiotiques devraient prendre en compte.

@article{doi101073pnas1916109117,
    author = "Toner, J. D. et Catling, David C.",
    title = "Une solution lacune riche en carbonates au problème du phosphate pour l'origine de la vie",
    year = "2019",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Importance Le phosphate est crucial pour l'origine de la vie car il est omniprésent dans les biomolécules clés. Un problème majeur est que les synthèses prébiotiques utilisent un phosphate concentré pour incorporer le phosphate dans les biomolécules, tandis que les eaux naturelles sont généralement pauvres en phosphate car le phosphate réagit avec le calcium pour former des minéraux d'apatite à faible solubilité. Ici, nous montrons que les lacs riches en carbonates peuvent concentrer le phosphate à des niveaux supérieurs à 1 molal en piégeant le calcium dans des minéraux carbonatés, ce qui empêche l'élimination du phosphate par précipitation d'apatite. Les lacs riches en phosphate se sont peut-être formés préférentiellement sur la Terre prébiotique en raison de l'altération par l'acide carbonique sous des atmosphères riches en CO2 et de l'absence de consommation microbienne de phosphate. Cela pointe spécifiquement vers une origine de la vie dans des lacs riches en carbonates, et définit ainsi des conditions aqueuses que les chimistes prébiotiques devraient prendre en compte.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1916109117",
    doi = "10.1073/pnas.1916109117",
    openalex = "W2996847227",
    references = "doi101002iroh19650500307, doi101038nature08013, doi101038nchem2202, doi101038nchem2878, doi101073pnas1117774109, doi101073pnas1721296115, doi101126science1092464, doi101126science2434996, doi1012019781439833544, doi102138rmg2002486, doi103133pp135, openalexw1509310308"
}

Deux processus nécessaires à l'origine de la vie sont les réactions de condensation qui produisent des biopolymères essentiels par une réaction non enzymatique, et l'auto-assemblage de compartiments membranaires qui encapsulent les polymères dans des populations de protocellules. Parce que la vie d'aujourd'hui prospère non seulement dans les océans et les lacs tempérés, mais aussi dans des conditions extrêmes de température, de salinité et de pH, il existe une hypothèse générale selon laquelle toute forme d'eau liquide serait suffisante pour soutenir l'origine de la vie tant qu'il y a des sources d'énergie chimique et de composés organiques simples. Nous soutenons ici que les premières formes de vie seraient physiquement et chimiquement fragiles et seraient fortement affectées par les solutés ioniques et le pH. Une hypothèse émerge de cette affirmation : les sources chaudes associées aux masses terrestres volcaniques ont une composition ionique plus favorable à l'auto-assemblage et à la polymérisation que l'eau de mer. Ici, nous avons comparé les solutés ioniques de l'eau de mer avec ceux des sources chaudes terrestres. Nous décrivons ensuite des résultats expérimentaux préliminaires montrant comment l'hypothèse peut être testée dans un environnement analogique prébiotique.

@article{doi101089ast20181979,
    author = "Deamer, David W. et Damer, Bruce et Kompanichenko, Vladimir",
    title = "Chimie hydrothermale et l'origine de la vie cellulaire",
    year = "2019",
    journal = "Astrobiologie",
    abstract = "Deux processus nécessaires à l'origine de la vie sont les réactions de condensation qui produisent des biopolymères essentiels par une réaction non enzymatique, et l'auto-assemblage de compartiments membranaires qui encapsulent les polymères dans des populations de protocellules. Parce que la vie d'aujourd'hui prospère non seulement dans les océans et les lacs tempérés, mais aussi dans des conditions extrêmes de température, de salinité et de pH, il existe une hypothèse générale selon laquelle toute forme d'eau liquide serait suffisante pour soutenir l'origine de la vie tant qu'il y a des sources d'énergie chimique et de composés organiques simples. Nous soutenons ici que les premières formes de vie seraient physiquement et chimiquement fragiles et seraient fortement affectées par les solutés ioniques et le pH. Une hypothèse émerge de cette affirmation : les sources chaudes associées aux masses terrestres volcaniques ont une composition ionique plus favorable à l'auto-assemblage et à la polymérisation que l'eau de mer. Ici, nous avons comparé les solutés ioniques de l'eau de mer avec ceux des sources chaudes terrestres. Nous décrivons ensuite des résultats expérimentaux préliminaires montrant comment l'hypothèse peut être testée dans un environnement analogique prébiotique.",
    url = "https://doi.org/10.1089/ast.2018.1979",
    doi = "10.1089/ast.2018.1979",
    openalex = "W2979458459",
    references = "doi101126science12933571221a"
}

Nous présentons une hypothèse testable liée à l'origine de la vie sur terre dans laquelle des sources chaudes volcaniques fluctuantes jouent un rôle central. L'hypothèse est basée sur des preuves expérimentales montrant que des polymères encapsulés par des lipides peuvent être synthétisés par des cycles d'hydratation et de déshydratation pour former des protocellules. S'appuyant sur des métaphores issues du démarrage d'un système d'exploitation informatique simple, nous montrons comment des protocellules passant par des phases humide, sèche et humide soumettent les polymères à une sélection combinatoire et extraient des fonctions structurelles et catalytiques de séquences initialement aléatoires, y compris la stabilisation structurelle, la formation de pores et une activité métabolique primitive. Nous proposons que les protocellules s'agrégant en un hydrogel dans la phase humide intermédiaire des cycles humide-sèche représentent un système de proto-génome primitif. Les populations de proto-génomes peuvent subir une sélection et une distribution, construire des niches dans de nouveaux environnements et permettre un effet de réseau de partage qui peut collectivement les faire évoluer vers les premières communautés microbiennes. Les expériences de laboratoire et sur le terrain testant les premières étapes du scénario sont résumées. Le scénario est ensuite placé dans un contexte géologique sur la Terre primitive pour suggérer un chemin plausible allant de l'origine de la vie dans des sources chaudes d'eau douce chimiquement optimales à l'émergence de communautés microbiennes tolérantes à des conditions plus extrêmes dans des lacs dilués et des conditions salines dans les environnements marins. Une continuité est observée pour la biogenèse, commençant par de simples agrégats de protocellules, passant par la forme transitionnelle du proto-génome, jusqu'à des tapis microbiens robustes qui laissent des empreintes fossiles de stromatolites si représentatives dans le registre rocheux. Une feuille de route pour les futurs tests de l'hypothèse est présentée. Nous comparons le scénario de la cheminée océanique avec celui des bassins terrestres pour l'origine de la vie et explorons leurs implications pour l'évolution ultérieure vers la vie multicellulaire telle que les plantes. Nous concluons en utilisant l'hypothèse pour situer où la vie pourrait également avoir émergé dans des habitats tels que Mars ou la lune glacée d'Encelade de Saturne. « Postuler une réaction fortuitement catalysée, peut-être catalysée par un ion métallique, pourrait être raisonnable, mais postuler une série d'entre elles est d'appeler à la magie. » - Leslie Orgel.

@article{doi101089ast20192045,
    author = "Damer, Bruce and Deamer, David W.",
    title = "The Hot Spring Hypothesis for an Origin of Life",
    year = "2019",
    journal = "Astrobiology",
    abstract = {We present a testable hypothesis related to an origin of life on land in which fluctuating volcanic hot spring pools play a central role. The hypothesis is based on experimental evidence that lipid-encapsulated polymers can be synthesized by cycles of hydration and dehydration to form protocells. Drawing on metaphors from the bootstrapping of a simple computer operating system, we show how protocells cycling through wet, dry, and moist phases will subject polymers to combinatorial selection and draw structural and catalytic functions out of initially random sequences, including structural stabilization, pore formation, and primitive metabolic activity. We propose that protocells aggregating into a hydrogel in the intermediate moist phase of wet-dry cycles represent a primitive progenote system. Progenote populations can undergo selection and distribution, construct niches in new environments, and enable a sharing network effect that can collectively evolve them into the first microbial communities. Laboratory and field experiments testing the first steps of the scenario are summarized. The scenario is then placed in a geological setting on the early Earth to suggest a plausible pathway from life's origin in chemically optimal freshwater hot spring pools to the emergence of microbial communities tolerant to more extreme conditions in dilute lakes and salty conditions in marine environments. A continuity is observed for biogenesis beginning with simple protocell aggregates, through the transitional form of the progenote, to robust microbial mats that leave the fossil imprints of stromatolites so representative in the rock record. A roadmap to future testing of the hypothesis is presented. We compare the oceanic vent with land-based pool scenarios for an origin of life and explore their implications for subsequent evolution to multicellular life such as plants. We conclude by utilizing the hypothesis to posit where life might also have emerged in habitats such as Mars or Saturn's icy moon Enceladus. "To postulate one fortuitously catalyzed reaction, perhaps catalyzed by a metal ion, might be reasonable, but to postulate a suite of them is to appeal to magic." -Leslie Orgel.},
    url = "https://doi.org/10.1089/ast.2019.2045",
    doi = "10.1089/ast.2019.2045",
    openalex = "W2996553307",
    references = "doi101007s1108400791132, doi101016jbioeng200703001, doi101023a1006746807104, doi101038nature08013, doi101038s415700160012, doi101073pnas1106493108, doi101073pnas1117774109, doi101098rstb20061881, doi101101cshperspecta034801, doi101126science1241888, doi101126scienceaax2747, fox1958thermal"
}

La vie procaryote a dominé la majeure partie de l'histoire évolutive de notre planète, évoluant pour occuper pratiquement tous les niches environnementales disponibles. Les extrémophiles, en particulier ceux qui prospèrent sous plusieurs extrêmes, représentent un domaine de recherche clé pour plusieurs disciplines, allant de l'étude des adaptations aux conditions difficiles au cycle biogéochimique des éléments. La recherche sur les extrémophiles a également des implications pour les études sur l'origine de la vie et la recherche de vie sur d'autres corps planétaires et célestes. Dans cet article, nous examinerons l'état actuel des connaissances sur le biosphère dans laquelle la vie opère sur Terre et l'aborderons dans un contexte planétaire, en mettant en évidence les lacunes de connaissances et les domaines d'opportunité.

@article{doi103389fmicb201900780,
    author = "Merino, Nancy et Aronson, Heidi S. et Bojanova, Diana P. et Feyhl‐Buska, Jayme et Wong, Michael L. et Zhang, Shu et Giovannelli, Donato",
    title = "Vivre aux extrêmes : extrémophiles et limites de la vie dans un contexte planétaire",
    year = "2019",
    journal = "Frontiers in Microbiology",
    abstract = "La vie procaryote a dominé la majeure partie de l'histoire évolutive de notre planète, évoluant pour occuper pratiquement tous les niches environnementales disponibles. Les extrémophiles, en particulier ceux qui prospèrent sous plusieurs extrêmes, représentent un domaine de recherche clé pour plusieurs disciplines, allant de l'étude des adaptations aux conditions difficiles au cycle biogéochimique des éléments. La recherche sur les extrémophiles a également des implications pour les études sur l'origine de la vie et la recherche de vie sur d'autres corps planétaires et célestes. Dans cet article, nous examinerons l'état actuel des connaissances sur le biosphère dans laquelle la vie opère sur Terre et l'aborderons dans un contexte planétaire, en mettant en évidence les lacunes de connaissances et les domaines d'opportunité.",
    url = "https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.00780",
    doi = "10.3389/fmicb.2019.00780",
    openalex = "W2936282025",
    references = "colman2018geobiologique, doi101002bies200900131, doi10100797894007648801, doi101007s0025300314487, doi1010160009254194001404, doi1010160016703771900196, doi1010160016703795000382, doi101016s016864960300028x, doi1010292006je002784, doi10103835059215, doi101038ismej201058, doi101038nmicrobiol201648, doi101073pnas0400522101, doi101073pnas0611525104, doi101126science1172466, doi101128aem0033509"
}

La chimie prébiotique vise à expliquer comment la biochimie de la vie telle que nous la connaissons est apparue. La plupart des efforts dans ce domaine se sont concentrés sur la fourniture de composés importants pour la vie par des voies synthétiques multisteps qui ne ressemblent pas à la biochimie. Cependant, pour comprendre pourquoi le métabolisme central utilise les molécules, les réactions, les voies et l'organisation globale qu'il utilise, nous devons considérer les molécules non seulement comme des objectifs finaux synthétiques. Tout aussi importants sont les processus dynamiques qui les construisent et les décomposent. Cette perspective a conduit de nombreux chercheurs à l'hypothèse que la première étape de l'origine de la vie a commencé avec l'apparition d'une version primitive non enzymatique du métabolisme, initialement catalysée par des minéraux et des ions métalliques naturellement présents. Cette vision des origines de la vie est devenue connue sous le nom de « métabolisme d'abord ». La continuité avec le métabolisme moderne exigerait qu'une version primitive du métabolisme construise et décompose les cétacides, les sucres, les acides aminés et les ribonucléotides de la même manière que les voies qui le font aujourd'hui. Cette revue discute des voies métaboliques pertinentes pour l'origine de la vie d'une manière accessible aux chimistes, et résume des expériences suggérant que plusieurs voies pourraient avoir leurs racines dans la chimie prébiotique. Enfin, les jalons restants clés pour l'hypothèse protométabolique sont mis en évidence.

@article{doi101021acschemrev0c00191,
    author = "Muchowska, Kamila B. et Varma, Sreejith J. et Moran, Joseph",
    title = "Réactions métaboliques non enzymatiques et origines de la vie",
    year = "2020",
    journal = "Chemical Reviews",
    abstract = {La chimie prébiotique vise à expliquer comment la biochimie de la vie telle que nous la connaissons est apparue. La plupart des efforts dans ce domaine se sont concentrés sur la fourniture de composés importants pour la vie par des voies synthétiques multisteps qui ne ressemblent pas à la biochimie. Cependant, pour comprendre pourquoi le métabolisme central utilise les molécules, les réactions, les voies et l'organisation globale qu'il utilise, nous devons considérer les molécules non seulement comme des objectifs finaux synthétiques. Tout aussi importants sont les processus dynamiques qui les construisent et les décomposent. Cette perspective a conduit de nombreux chercheurs à l'hypothèse que la première étape de l'origine de la vie a commencé avec l'apparition d'une version primitive non enzymatique du métabolisme, initialement catalysée par des minéraux et des ions métalliques naturellement présents. Cette vision des origines de la vie est devenue connue sous le nom de « métabolisme d'abord ». La continuité avec le métabolisme moderne exigerait qu'une version primitive du métabolisme construise et décompose les cétacides, les sucres, les acides aminés et les ribonucléotides de la même manière que les voies qui le font aujourd'hui. Cette revue discute des voies métaboliques pertinentes pour l'origine de la vie d'une manière accessible aux chimistes, et résume des expériences suggérant que plusieurs voies pourraient avoir leurs racines dans la chimie prébiotique. Enfin, les jalons restants clés pour l'hypothèse protométabolique sont mis en évidence.},
    url = "https://doi.org/10.1021/acs.chemrev.0c00191",
    doi = "10.1021/acs.chemrev.0c00191",
    openalex = "W3044573208",
    references = "branscomb2018frankenstein, doi101002bies201700179, doi101002bies201700182, doi101007pl00006565, doi1010160020711x94901198, doi1010160022283668903926, doi101016jgsf201707007, doi101016s0040403901994870, doi101038319618a0, doi101038nature08013, doi101038nature13068, doi101038s415590180644x, doi101038s415700160012, doi101073pnas591110, doi10108010409230490460765, doi101098rsob130156, doi101098rstb20061904, doi101101cshperspecta034801, doi101111brv12140, doi101126science1173046528, doi101126science1186120, doi101126scienceaax2747, doi101146annurevmi30100176002205, doi1011861745615071"
}

Les rôles fondamentaux que jouent les peptides et les protéines dans la biologie d'aujourd'hui rendent presque indiscutable le fait que les peptides ont été des acteurs clés dans l'origine de la vie. Dans la mesure où il est approprié d'extrapoler à partir de la biologie actuelle vers le monde prébiotique, il faut reconnaître l'importance critique que les réseaux moléculaires interconnectés, probablement avec des peptides comme composants clés, auraient joué dans l'origine de la vie. Dans cette revue, nous résumons les processus chimiques impliquant des peptides qui auraient pu contribuer à l'évolution chimique primitive, en mettant l'accent sur les interactions moléculaires entre les peptides et d'autres classes de molécules organiques. Nous résumons d'abord les mécanismes par lesquels les acides aminés et des blocs de construction similaires auraient pu être produits et élaborés en proto-peptides. Ensuite, les interactions non covalentes des peptides avec d'autres peptides ainsi qu'avec les acides nucléiques, les lipides, les glucides, les ions métalliques et les molécules aromatiques sont discutées en relation avec les rôles possibles de telles interactions dans l'évolution chimique de la structure et de la fonction. Enfin, nous décrivons des recherches impliquant des alternatives structurelles aux peptides et des adduits covalents entre acides aminés/peptides et d'autres classes de molécules. Nous proposons que d'abondants futurs percées dans la chimie de l'origine de la vie découleront d'investigations de systèmes chimiques interconnectés dans lesquels des interactions synergétiques entre différentes classes de molécules émergent.

@article{doi101021acschemrev9b00664,
    author = "Frenkel‐Pinter, Moran et Samanta, Mousumi et Ashkenasy, Gonen et Leman, Luke J.",
    title = "Peptides prébiotiques : hubs moléculaires dans l'origine de la vie",
    year = "2020",
    journal = "Chemical Reviews",
    abstract = "Les rôles fondamentaux que jouent les peptides et les protéines dans la biologie d'aujourd'hui rendent presque indiscutable le fait que les peptides ont été des acteurs clés dans l'origine de la vie. Dans la mesure où il est approprié d'extrapoler à partir de la biologie actuelle vers le monde prébiotique, il faut reconnaître l'importance critique que les réseaux moléculaires interconnectés, probablement avec des peptides comme composants clés, auraient joué dans l'origine de la vie. Dans cette revue, nous résumons les processus chimiques impliquant des peptides qui auraient pu contribuer à l'évolution chimique primitive, en mettant l'accent sur les interactions moléculaires entre les peptides et d'autres classes de molécules organiques. Nous résumons d'abord les mécanismes par lesquels les acides aminés et des blocs de construction similaires auraient pu être produits et élaborés en proto-peptides. Ensuite, les interactions non covalentes des peptides avec d'autres peptides ainsi qu'avec les acides nucléiques, les lipides, les glucides, les ions métalliques et les molécules aromatiques sont discutées en relation avec les rôles possibles de telles interactions dans l'évolution chimique de la structure et de la fonction. Enfin, nous décrivons des recherches impliquant des alternatives structurelles aux peptides et des adduits covalents entre acides aminés/peptides et d'autres classes de molécules. Nous proposons que d'abondants futurs percées dans la chimie de l'origine de la vie découleront d'investigations de systèmes chimiques interconnectés dans lesquels des interactions synergétiques entre différentes classes de molécules émergent.",
    url = "https://doi.org/10.1021/acs.chemrev.9b00664",
    doi = "10.1021/acs.chemrev.9b00664",
    openalex = "W3008483803",
    references = "doi101002anie201208397, doi101007pl00006565, doi101021cr2004844, doi101021ja01499a069, doi101038nchem2878, doi101038s415700160012, doi101073pnas9784112, doi101098rsob130156, doi101101cshperspecta034801, doi101126science1161527, doi1011861759220832, fox1958thermal"
}

@article{doi101016jearscirev2021103910,
    author = "Trolard, Fabienne et Duval, Simon et Nitschke, Wolfgang et Ménèz, Bénédicte et Pisapia, Céline et Nacib, Jihaine Ben et Andréani, M. et Bourrié, Guilhem",
    title = "Minéralogie, géochimie et occurrences de la fougerite dans un système hydrothermal moderne et ses implications pour l'origine de la vie",
    year = "2021",
    journal = "Earth-Science Reviews",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.earscirev.2021.103910",
    doi = "10.1016/j.earscirev.2021.103910",
    openalex = "W4200442220",
    references = "doi10100797836620364952, doi101016b9780126564464x50002, doi101016s0010854598002161, doi101016s0016703798002439, doi10103835084000, doi101126science1102556, doi101126science1151194, doi101180claymin19590042102, doi1015159781501508233, doi103390life11080777, openalexw599354073"
}

L'hypothèse selon laquelle les molécules prébiotiques ont été transformées en polymères qui ont évolué en assemblages moléculaires proliférants et éventuellement en une cellule primitive a été proposée pour la première fois il y a environ 100 ans. À notre connaissance, cependant, aucun modèle d'un système prébiotique proliférant n'a encore été réalisé car des conditions différentes sont nécessaires pour la génération de polymères et l'auto-assemblage. Dans cette étude, nous identifions des conditions favorables à la génération simultanée de peptides et à leur auto-assemblage, et nous montrons comment une gouttelette à base de peptides proliférante pourrait être créée en utilisant des thioesters d'acides aminés synthétisés comme monomères prébiotiques. Les oligopeptides générés à partir des monomères ont spontanément formé des gouttelettes par séparation de phases liquide-liquide dans l'eau. Les gouttelettes ont suivi un cycle régulier de croissance et de division par ajout périodique de monomères par auto-réproduction autocatalytique. L'enrichissement hétérogène d'ARN et de lipides au sein des gouttelettes a permis à l'ARN de protéger la gouttelette de la dissolution par les lipides. Ces résultats fournissent des constructions expérimentales pour la recherche sur les origines de la vie et ouvrent de nouvelles perspectives dans le développement de matériaux à base de peptides.

@article{doi101038s41467021255306,
    author = "Matsuo, Muneyuki et Kurihara, Kensuke",
    title = "Les gouttelettes coacervées proliférantes comme maillon manquant entre la chimie et la biologie dans les origines de la vie",
    year = "2021",
    journal = "Nature Communications",
    abstract = "L'hypothèse selon laquelle les molécules prébiotiques ont été transformées en polymères qui ont évolué en assemblages moléculaires proliférants et éventuellement en une cellule primitive a été proposée pour la première fois il y a environ 100 ans. À notre connaissance, cependant, aucun modèle d'un système prébiotique proliférant n'a encore été réalisé car des conditions différentes sont nécessaires pour la génération de polymères et l'auto-assemblage. Dans cette étude, nous identifions des conditions favorables à la génération simultanée de peptides et à leur auto-assemblage, et nous montrons comment une gouttelette à base de peptides proliférante pourrait être créée en utilisant des thioesters d'acides aminés synthétisés comme monomères prébiotiques. Les oligopeptides générés à partir des monomères ont spontanément formé des gouttelettes par séparation de phases liquide-liquide dans l'eau. Les gouttelettes ont suivi un cycle régulier de croissance et de division par ajout périodique de monomères par auto-réproduction autocatalytique. L'enrichissement hétérogène d'ARN et de lipides au sein des gouttelettes a permis à l'ARN de protéger la gouttelette de la dissolution par les lipides. Ces résultats fournissent des constructions expérimentales pour la recherche sur les origines de la vie et ouvrent de nouvelles perspectives dans le développement de matériaux à base de peptides.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41467-021-25530-6",
    doi = "10.1038/s41467-021-25530-6",
    openalex = "W3201258865",
    references = "doi101126science12933571221a"
}

fois supérieur à l'estimation actuelle. Cela suggère que l'eau de mer a facilement satisfait les besoins en phosphore des systèmes cellulaires émergents et de la vie microbienne primitive, peut-être en alimentant la production primaire lors de l'avènement de la photosynthèse oxygénée.

@article{doi101038s4146702232815x,
    author = "Brady, Matthew P. et Tostevin, Rosalie et Tosca, Nicholas J.",
    title = "Disponibilité du phosphate marin et les origines chimiques de la vie sur Terre",
    year = "2022",
    journal = "Nature Communications",
    abstract = "fois supérieur à l'estimation actuelle. Cela suggère que l'eau de mer a facilement satisfait les besoins en phosphore des systèmes cellulaires émergents et de la vie microbienne primitive, peut-être en alimentant la production primaire lors de l'avènement de la photosynthèse oxygénée.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41467-022-32815-x",
    doi = "10.1038/s41467-022-32815-x",
    openalex = "W4294237906",
    references = "doi101073pnas1916109117"
}

@article{doi101038s4155702200999w,
    author = "Pulletikurti, Sunil et Yadav, Mahipal et Springsteen, Greg et Krishnamurthy, Ramanarayanan",
    title = "Synthèse prébiotique d'acides α-amino et d'orotate à partir d'acides α-cétoniques favorise la transition vers des voies métaboliques existantes",
    year = "2022",
    journal = "Nature Chemistry",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41557-022-00999-w",
    doi = "10.1038/s41557-022-00999-w",
    openalex = "W4288447280",
    references = "doi101073pnas1916109117"
}

Un grand ensemble de bases nucléiques et d'acides aminés est trouvé dans les météorites, ce qui implique que plusieurs réservoirs chimiques sont présents dans le système solaire. L'hypothèse de la « continuité géochimique » explore comment les voies protométaboliques se sont développées à partir de ce qu'on appelle des « briques » dans un monde prébiotique sans enzymes et comment elles ont affecté l'origine de la vie. Dans la cellule vivante, la deuxième étape de la synthèse des monomères d'ARN uridine et cytidine est un transfert de carbamoyl d'un donneur de carbamoyl à l'acide aspartique. Ici, nous comparons deux scénarios sans enzymes : des scénarios aqueux et de surface minérale dans une plage thermique allant jusqu'à 250 °C. Les deux processus auraient pu se produire dans des étangs sous une atmosphère ouverte sur la Terre primitive. La carbamoylation de l'acide aspartique avec du cyanate dans des solutions aqueuses à 25 °C donne des rendements élevés d'acide aspartique N-carbamoylé en 16 heures. Il est important de souligner que, bien que diverses molécules puissent être des agents carbamoylants efficaces selon la thermodynamique, la cinétique joue un rôle déterminant dans la sélection des voies prébiotiquement possibles.

@article{doi101038s41598022212727,
    author = "Ter-Ovanessian, Louis M P et Lambert, Jean-François et Maurel, Marie-Christine",
    title = "Building the uracil skeleton in primitive ponds at the origins of life: carbamoylation of aspartic acid.",
    year = "2022",
    journal = "Scientific reports",
    abstract = {Un grand ensemble de bases nucléiques et d'acides aminés est trouvé dans les météorites, ce qui implique que plusieurs réservoirs chimiques sont présents dans le système solaire. L'hypothèse de la « continuité géochimique » explore comment les voies protométaboliques se sont développées à partir de ce qu'on appelle des « briques » dans un monde prébiotique sans enzymes et comment elles ont affecté l'origine de la vie. Dans la cellule vivante, la deuxième étape de la synthèse des monomères d'ARN uridine et cytidine est un transfert de carbamoyl d'un donneur de carbamoyl à l'acide aspartique. Ici, nous comparons deux scénarios sans enzymes : des scénarios aqueux et de surface minérale dans une plage thermique allant jusqu'à 250 °C. Les deux processus auraient pu se produire dans des étangs sous une atmosphère ouverte sur la Terre primitive. La carbamoylation de l'acide aspartique avec du cyanate dans des solutions aqueuses à 25 °C donne des rendements élevés d'acide aspartique N-carbamoylé en 16 heures. Il est important de souligner que, bien que diverses molécules puissent être des agents carbamoylants efficaces selon la thermodynamique, la cinétique joue un rôle déterminant dans la sélection des voies prébiotiquement possibles.},
    url = "https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC9649776/",
    doi = "10.1038/s41598-022-21272-7",
    openalex = "W4309244441",
    pmcid = "PMC9649776",
    pmid = "36357418",
    references = "doi101007pl00006565, doi101021acschemrev0c00191, doi101021cm8001173, doi101021cr3003054, doi101021es3012854, doi101038nchem2878, doi101039b602051h, doi101073pnas1916109117, doi101093nargkr874, doi101371journalpcbi1003098"
}

Les récentes avancées dans la recherche sur l'origine de la vie se sont concentrées sur la validation du récit d'une émergence abiote des acides nucléiques à partir de molécules organiques de faible masse moléculaire, un paradigme qui marginalise généralement le rôle des peptides. Néanmoins, la synthèse simple des acides aminés, la facilité de leur activation et de leur condensation, leur capacité à reconnaître les métaux et les cofacteurs, ainsi que leur remarquable capacité à s'auto-assembler, font des peptides (et de leurs analogues) des candidats favorables pour l'un des premiers polymères fonctionnels. Dans cette mini-revue, nous explorons les implications de cette hypothèse. Diverses lignes de recherche en biologie moléculaire, bioinformatique, géochimie, biophysique et astrobiologie fournissent des indices sur la progression et l'évolution précoce des protéines, et renforcent l'idée que les peptides précoces ont servi de nombreux rôles prébiotiques centraux avant d'être codables par un modèle polynucléotidique, dans une étape supposée de « peptide-polynucléotide ». Par exemple, les peptides précoces et les mini-protéines auraient pu servir de catalyseurs, de compartiments et de nœuds structuraux. En somme, nous mettons en lumière le rôle des peptides précoces et des petites protéines avant et pendant le monde des nucléotides, dans lequel la vie naissante a pleinement exploité le potentiel des protéines primordiales, et qui a laissé une empreinte sur les propriétés idiosyncrasiques des protéines actuelles.

@article{doi101098rsif20210641,
    author = "Fried, Stephen D. et Fujishima, Kosuke et Makarov, Mikhail et Cherepashuk, Ivan et Hlouchová, Klára",
    title = "Peptides avant et pendant le monde des nucléotides : une histoire des origins mettant l'accent sur la coopération entre les protéines et les acides nucléiques",
    year = "2022",
    journal = "Journal of The Royal Society Interface",
    abstract = "Les récentes avancées dans la recherche sur l'origine de la vie se sont concentrées sur la validation du récit d'une émergence abiote des acides nucléiques à partir de molécules organiques de faible masse moléculaire, un paradigme qui marginalise généralement le rôle des peptides. Néanmoins, la synthèse simple des acides aminés, la facilité de leur activation et de leur condensation, leur capacité à reconnaître les métaux et les cofacteurs, ainsi que leur remarquable capacité à s'auto-assembler, font des peptides (et de leurs analogues) des candidats favorables pour l'un des premiers polymères fonctionnels. Dans cette mini-revue, nous explorons les implications de cette hypothèse. Diverses lignes de recherche en biologie moléculaire, bioinformatique, géochimie, biophysique et astrobiologie fournissent des indices sur la progression et l'évolution précoce des protéines, et renforcent l'idée que les peptides précoces ont servi de nombreux rôles prébiotiques centraux avant d'être codables par un modèle polynucléotidique, dans une étape supposée de « peptide-polynucléotide ». Par exemple, les peptides précoces et les mini-protéines auraient pu servir de catalyseurs, de compartiments et de nœuds structuraux. En somme, nous mettons en lumière le rôle des peptides précoces et des petites protéines avant et pendant le monde des nucléotides, dans lequel la vie naissante a pleinement exploité le potentiel des protéines primordiales, et qui a laissé une empreinte sur les propriétés idiosyncrasiques des protéines actuelles.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rsif.2021.0641",
    doi = "10.1098/rsif.2021.0641",
    openalex = "W4210888723",
    references = "doi101016jsbi201711007, doi101021acschemrev0c00191"
}

Les expériences chimiques sur l'origine de la vie visent généralement à produire des produits finaux chimiques spécifiques tels que des acides aminés, des acides nucléiques ou des sucres. Les systèmes chimiques résultants n'évoluent ni ne s'adaptent car ils manquent de processus de sélection naturelle. Nous avons modifié les installations d'origine de la vie de Miller pour intégrer plusieurs facteurs de sélection physicochimiques prébiotiques naturels qui peuvent être testés individuellement ou en tandem : cycles de congélation-dégivrage ; cycles de séchage-humidification ; cycles de lumière ultraviolette-obscure ; et surfaces catalytiques telles que des argiles ou des minéraux. Chaque processus est déjà connu pour conduire à des réactions chimiques importantes sur l'origine de la vie telles que la production de peptides et la synthèse de bases d'acides nucléiques, et chacun peut également détruire divers réactifs et produits, entraînant une sélection au sein du système chimique. Aucune installation précédente n'a permis à tous ces processus de sélection de fonctionner ensemble. La synthèse et la sélection continues de produits peuvent être effectuées sur plusieurs mois car les installations peuvent être re-gazées. Ainsi, l'évolution chimique à long terme des écosystèmes chimiques sous diverses combinaisons de sélection naturelle peut être explorée pour la première fois. Nous soutenons qu'il est temps de commencer à expérimenter avec les effets à long terme de tels processus de sélection naturelle prébiotique car ils auraient pu aider la vie biotique à émerger en maîtrisant l'explosion chimique combinatoire qui résulte des synthèses chimiques illimitées.

@article{doi103390life12101508,
    author = "Root‐Bernstein, Robert et Brown, Adam W.",
    title = "Nouvelles installations pour intégrer les processus de sélection naturelle dans les expériences sur l'origine de la vie afin de produire des écosystèmes chimiques évoluant de manière adaptative",
    year = "2022",
    journal = "Life",
    abstract = "Les expériences chimiques sur l'origine de la vie visent généralement à produire des produits finaux chimiques spécifiques tels que des acides aminés, des acides nucléiques ou des sucres. Les systèmes chimiques résultants n'évoluent ni ne s'adaptent car ils manquent de processus de sélection naturelle. Nous avons modifié les installations d'origine de la vie de Miller pour intégrer plusieurs facteurs de sélection physicochimiques prébiotiques naturels qui peuvent être testés individuellement ou en tandem : cycles de congélation-dégivrage ; cycles de séchage-humidification ; cycles de lumière ultraviolette-obscure ; et surfaces catalytiques telles que des argiles ou des minéraux. Chaque processus est déjà connu pour conduire à des réactions chimiques importantes sur l'origine de la vie telles que la production de peptides et la synthèse de bases d'acides nucléiques, et chacun peut également détruire divers réactifs et produits, entraînant une sélection au sein du système chimique. Aucune installation précédente n'a permis à tous ces processus de sélection de fonctionner ensemble. La synthèse et la sélection continues de produits peuvent être effectuées sur plusieurs mois car les installations peuvent être re-gazées. Ainsi, l'évolution chimique à long terme des écosystèmes chimiques sous diverses combinaisons de sélection naturelle peut être explorée pour la première fois. Nous soutenons qu'il est temps de commencer à expérimenter avec les effets à long terme de tels processus de sélection naturelle prébiotique car ils auraient pu aider la vie biotique à émerger en maîtrisant l'explosion chimique combinatoire qui résulte des synthèses chimiques illimitées.",
    url = "https://doi.org/10.3390/life12101508",
    doi = "10.3390/life12101508",
    openalex = "W4297477492",
    references = "doi103390life11080777"
}

Résumé. Ceci est un commentaire sur Michaelian et Simeonov (2015). Michaelian et Simeonov formulent l'idée principale de leur article : « La force motrice derrière l'origine et l'évolution de la vie a été l'impératif thermodynamique d'augmenter la production d'entropie de la biosphère en augmentant le taux de dissipation des photons solaires globaux ». Je vais dans ce qui suit essayer de fournir certaines informations qui pourraient aider à clarifier si cela est correct.

@article{doi105194bg1910132022,
    author = "Björn, Lars Olof",
    title = "Comment on « Fundamental molecules of life are pigments which arose and co-evolved as a response to the thermodynamic imperative of dissipating the prevailing solar spectrum » by K. Michaelian and A. Simeonov (2015)",
    year = "2022",
    journal = "Biogeosciences",
    abstract = "Résumé. Ceci est un commentaire sur Michaelian et Simeonov (2015). Michaelian et Simeonov formulent l'idée principale de leur article : « La force motrice derrière l'origine et l'évolution de la vie a été l'impératif thermodynamique d'augmenter la production d'entropie de la biosphère en augmentant le taux de dissipation des photons solaires globaux ». Je vais dans ce qui suivre essayer de fournir certaines informations qui pourraient aider à clarifier si cela est correct.",
    url = "https://doi.org/10.5194/bg-19-1013-2022",
    doi = "10.5194/bg-19-1013-2022",
    openalex = "W4212908473",
    references = "doi103390life11080777"
}

Le phosphore (P) est essentiel aux fonctions biochimiques modernes et peut contrôler la croissance des écosystèmes. Il était probablement important en tant que réactif en chimie prébiotique. Cependant, sur la Terre primitive, les sources de P pouvaient principalement consister en phosphates de calcium peu solubles, ce qui aurait pu rendre le phosphate un nutriment ou réactif à disponibilité minimale si ces minéraux étaient la seule source. Ici, nous examinons la disponibilité du P aqueux sur la Terre primitive (>2,5 Gyr), en considérant à la fois les sources minérales et les puits géochimiques pertinents pour sa solvatation, et son activation par des voies abiotiques et biologiques. Le phosphore sur la surface primitive de la Terre aurait été présent sous forme d'un mélange de minéraux de phosphate, en tant qu'élément mineur dans les minéraux silicatés, et dans des phases réactives et réduites provenant de poussières accrétées, de météorites et d'astéroïdes. Ces sources de P auraient été altérées et auraient vraisemblablement fourni à la Terre prébiotique un P abondant et potentiellement réactif. Après l'origine d'une biosphère, la vie a évolué pour puiser non seulement dans des sources de P disponibles réactives, mais aussi dans des sources insolubles et non réactives. L'émergence d'un écosystème dépendant de cet élément a, à un moment donné, forgé une biosphère limitée en P, avec un stress évolutif forçant l'extraction et le recyclage efficaces du P à la fois à partir de sources et de puits abiotiques et biotiques. Une revue de la disponibilité du phosphore aqueux sur la surface primitive de la Terre suggère qu'une gamme de sources de phosphore a fourni à la Terre prébiotique, mais que la disponibilité du phosphore a diminué à mesure que la vie évoluait et modifiait le cycle géochimique.

@article{doi101038s41561023011676,
    author = "Walton, Craig R. et Ewens, Sophia D. et Coates, John D. et Blake, Ruth E. et Planavsky, Noah J. et Reinhard, Christopher T. et Ju, Pengcheng et Hao, Jihua et Pasek, Matthew A.",
    title = "Disponibilité du phosphore sur la Terre primitive et les impacts de la vie",
    year = "2023",
    journal = "Nature Geoscience",
    abstract = "Le phosphore (P) est essentiel aux fonctions biochimiques modernes et peut contrôler la croissance des écosystèmes. Il était probablement important en tant que réactif en chimie prébiotique. Cependant, sur la Terre primitive, les sources de P pouvaient principalement consister en phosphates de calcium peu solubles, ce qui aurait pu rendre le phosphate un nutriment ou réactif à disponibilité minimale si ces minéraux étaient la seule source. Ici, nous examinons la disponibilité du P aqueux sur la Terre primitive (>2,5 Gyr), en considérant à la fois les sources minérales et les puits géochimiques pertinents pour sa solvatation, et son activation par des voies abiotiques et biologiques. Le phosphore sur la surface primitive de la Terre aurait été présent sous forme d'un mélange de minéraux de phosphate, en tant qu'élément mineur dans les minéraux silicatés, et dans des phases réactives et réduites provenant de poussières accrétées, de météorites et d'astéroïdes. Ces sources de P auraient été altérées et auraient vraisemblablement fourni à la Terre prébiotique un P abondant et potentiellement réactif. Après l'origine d'une biosphère, la vie a évolué pour puiser non seulement dans des sources de P disponibles réactives, mais aussi dans des sources insolubles et non réactives. L'émergence d'un écosystème dépendant de cet élément a, à un moment donné, forgé une biosphère limitée en P, avec un stress évolutif forçant l'extraction et le recyclage efficaces du P à la fois à partir de sources et de puits abiotiques et biotiques. Une revue de la disponibilité du phosphore aqueux sur la surface primitive de la Terre suggère qu'une gamme de sources de phosphore a fourni à la Terre prébiotique, mais que la disponibilité du phosphore a diminué à mesure que la vie évoluait et modifiait le cycle géochimique.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41561-023-01167-6",
    doi = "10.1038/s41561-023-01167-6",
    openalex = "W4366086019",
    references = "doi101038s4158601914364, doi101073pnas1916109117"
}

@article{doi101038s42254022005503,
    author = "Ianeselli, Alan et Salditt, Annalena et Mast, Christof B. et Ercolano, Barbara et Kufner, Corinna L. et Scheu, Bettina et Braun, Dieter",
    title = "Physical non-equilibria for prebiotic nucleic acid chemistry",
    year = "2023",
    journal = "Nature Reviews Physics",
    url = "https://doi.org/10.1038/s42254-022-00550-3",
    doi = "10.1038/s42254-022-00550-3",
    openalex = "W4317234139",
    references = "doi103390life11080777"
}

La serpentinisation dans les cheminées hydrothermales est centrale pour certaines théories autotrophes sur l'origine de la vie car elle génère des compartiments, des réducteurs, des catalyseurs et des gradients. Pendant le processus de serpentinisation, l'eau circule à travers les systèmes hydrothermaux dans la croûte où elle oxyde le Fe (II) dans les minéraux ultramafiques pour générer des minéraux de Fe (III) et H 2. L'hydrogène moléculaire peut, à son tour, servir de source d'électrons librement diffusible pour la réduction du CO 2 en composés organiques, à condition que des catalyseurs appropriés soient présents. En utilisant des catalyseurs synthétisés naturellement dans les cheminées hydrothermales pendant la serpentinisation, H 2 réduit le CO 2 en formiate, acétate, pyruvate et méthane. Ces composés représentent le squelette du métabolisme du carbone et de l'énergie microbien chez les acétogènes et les méthanogènes, des chimioolithoautotrophes strictement anaérobies qui utilisent la voie de fixation du CO 2 de l'acétyl-CoA et qui habitent aujourd'hui des environnements serpentinisants. La serpentinisation génère du carbone réduit, de l'azote et - comme le suggèrent de nouvelles découvertes - des composés de phosphore réduit qui étaient probablement favorables au processus d'origine. En outre, elle donne naissance à des microcompartiments inorganiques et à des gradients de protons de la bonne polarité et d'une magnitude suffisante pour soutenir la synthèse chimiosmotique d'ATP par l'ATP synthase rotor-stator. Cela aiderait à expliquer pourquoi le principe d'exploitation de l'énergie chimiosmotique est plus conservé (plus ancien) que la machinerie pour générer des gradients d'ions via des pompes couplées à des réactions chimiques exergoniques, ce qui, dans le cas des acétogènes et des méthanogènes, implique une réduction du CO 2 dépendante de H 2. Les systèmes serpentinisants existent dans les environnements terrestres et océaniques profonds. Sur la Terre primitive, ils étaient probablement plus abondants qu'aujourd'hui. Il existe des preuves que la serpentinisation s'est produite autrefois sur Mars et qu'elle se produit probablement toujours sur la lune glacée d'Encelade de Saturne, offrant une perspective sur la serpentinisation comme source de réducteurs, de catalyseurs et de déséquilibre chimique pour la vie sur d'autres mondes.

@article{doi103389fmicb20231257597,
    author = "Schwander, Loraine et Brabender, Max et Mrnjavac, Natalia et Wimmer, Jessica L. E. et Preiner, Martina et Martin, William",
    title = "La serpentinisation comme source d'énergie, d'électrons, d'organiques, de catalyseurs, de nutriments et de gradients de pH pour l'origine de LUCA et de la vie",
    year = "2023",
    journal = "Frontiers in Microbiology",
    abstract = "La serpentinisation dans les cheminées hydrothermales est centrale pour certaines théories autotrophes sur l'origine de la vie car elle génère des compartiments, des réducteurs, des catalyseurs et des gradients. Pendant le processus de serpentinisation, l'eau circule à travers les systèmes hydrothermaux dans la croûte où elle oxyde le Fe (II) dans les minéraux ultramafiques pour générer des minéraux de Fe (III) et H 2. L'hydrogène moléculaire peut, à son tour, servir de source d'électrons librement diffusible pour la réduction du CO 2 en composés organiques, à condition que des catalyseurs appropriés soient présents. En utilisant des catalyseurs synthétisés naturellement dans les cheminées hydrothermales pendant la serpentinisation, H 2 réduit le CO 2 en formiate, acétate, pyruvate et méthane. Ces composés représentent le squelette du métabolisme du carbone et de l'énergie microbien chez les acétogènes et les méthanogènes, des chimioolithoautotrophes strictement anaérobies qui utilisent la voie de fixation du CO 2 de l'acétyl-CoA et qui habitent aujourd'hui des environnements serpentinisants. La serpentinisation génère du carbone réduit, de l'azote et - comme le suggèrent de nouvelles découvertes - des composés de phosphore réduit qui étaient probablement favorables au processus d'origine. En outre, elle donne naissance à des microcompartiments inorganiques et à des gradients de protons de la bonne polarité et d'une magnitude suffisante pour soutenir la synthèse chimiosmotique d'ATP par l'ATP synthase rotor-stator. Cela aiderait à expliquer pourquoi le principe d'exploitation de l'énergie chimiosmotique est plus conservé (plus ancien) que la machinerie pour générer des gradients d'ions via des pompes couplées à des réactions chimiques exergoniques, ce qui, dans le cas des acétogènes et des méthanogènes, implique une réduction du CO 2 dépendante de H 2. Les systèmes serpentinisants existent dans les environnements terrestres et océaniques profonds. Sur la Terre primitive, ils étaient probablement plus abondants qu'aujourd'hui. Il existe des preuves que la serpentinisation s'est produite autrefois sur Mars et qu'elle se produit probablement toujours sur la lune glacée d'Encelade de Saturne, offrant une perspective sur la serpentinisation comme source de réducteurs, de catalyseurs et de déséquilibre chimique pour la vie sur d'autres mondes.",
    url = "https://doi.org/10.3389/fmicb.2023.1257597",
    doi = "10.3389/fmicb.2023.1257597",
    openalex = "W4387305102",
    references = "doi101073pnas1916109117, doi101098rsta20180421, openalexw287848292"
}

@incollection{doi101016b9780443157509001105,
    author = "Prosdocimi, Francisco et de Farías, Sávio Torres",
    title = "Des mythes aux molécules : un historique pour l'origine de la vie sur Terre",
    year = "2025",
    booktitle = "Elsevier eBooks",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-0-443-15750-9.00110-5",
    doi = "10.1016/b978-0-443-15750-9.00110-5",
    openalex = "W4410579837",
    references = "doi101016jpbiomolbio202407002"
}

Les organismes vivants possèdent certaines structures communes, réactions chimiques et structures moléculaires. Les organismes sont constitués de cellules avec division cellulaire, ils ont une homochiralité des unités de protéines et de glucides, métabolisme et génétique, et ils sont mortels. Les structures moléculaires et les réactions chimiques sous-jacentes à ces caractéristiques sont communes à tous, des bactéries les plus simples aux êtres humains. L'origine de la vie est évolutive avec l'émergence d'un réseau de réactions biochimiques spontanées, et l'évolution s'est déroulée sur une très longue période. L'évolution contient cependant certains « jalons » et goulets d'étranglement, qui ont dirigé l'évolution d'une manière révolutionnaire, et l'article établit un ordre de certains de ces événements. Des articles récents montrent que les peptides dans les organismes vivants sont instables sur le long terme avec perte de leurs conformations secondaires homochirales et avec des acides aminés D. Sur la base de ces observations et d'une littérature scientifique étendue sur l'abiogenèse, nous soutenons que le premier jalon de l'évolution prébiotique est à l'émergence de peptides homochiraux dans une solution aqueuse avec une concentration élevée en acides aminés et une activité de l'eau inférieure à celle du cytosol dans les organismes vivants. Les peptides homochiraux dans le cytosol sont instables, et le vieillissement à long terme des peptides dans le cytosol cause la mortalité des organismes vivants. Le métabolisme et la génétique sont établis dans un environnement avec des peptides homochiraux dans la croûte terrestre il y a ≈ 4 Gyr à une activité de l'eau inférieure à celle du cytosol dans les organismes vivants. Enfin, les cellules avec division cellulaire sont établies dans l'environnement des sources chaudes à l'interface entre la croûte et l'Océan Hadeen.

@article{doi101016jbiosystems2025105479,
    author = "Toxværd, Søren",
    title = "Origine de la homochiralité dans les peptides : Le premier jalon à l'origine de la vie",
    year = "2025",
    journal = "Biosystems",
    abstract = {Les organismes vivants possèdent certaines structures communes, réactions chimiques et structures moléculaires. Les organismes sont constitués de cellules avec division cellulaire, ils ont une homochiralité des unités de protéines et de glucides, métabolisme et génétique, et ils sont mortels. Les structures moléculaires et les réactions chimiques sous-jacentes à ces caractéristiques sont communes à tous, des bactéries les plus simples aux êtres humains. L'origine de la vie est évolutive avec l'émergence d'un réseau de réactions biochimiques spontanées, et l'évolution s'est déroulée sur une très longue période. L'évolution contient cependant certains « jalons » et goulets d'étranglement, qui ont dirigé l'évolution d'une manière révolutionnaire, et l'article établit un ordre de certains de ces événements. Des articles récents montrent que les peptides dans les organismes vivants sont instables sur le long terme avec perte de leurs conformations secondaires homochirales et avec des acides aminés D. Sur la base de ces observations et d'une littérature scientifique étendue sur l'abiogenèse, nous soutenons que le premier jalon de l'évolution prébiotique est à l'émergence de peptides homochiraux dans une solution aqueuse avec une concentration élevée en acides aminés et une activité de l'eau inférieure à celle du cytosol dans les organismes vivants. Les peptides homochiraux dans le cytosol sont instables, et le vieillissement à long terme des peptides dans le cytosol cause la mortalité des organismes vivants. Le métabolisme et la génétique sont établis dans un environnement avec des peptides homochiraux dans la croûte terrestre il y a ≈ 4 Gyr à une activité de l'eau inférieure à celle du cytosol dans les organismes vivants. Enfin, les cellules avec division cellulaire sont établies dans l'environnement des sources chaudes à l'interface entre la croûte et l'Océan Hadeen.},
    url = "https://doi.org/10.1016/j.biosystems.2025.105479",
    doi = "10.1016/j.biosystems.2025.105479",
    openalex = "W4410496365",
    references = "doi101016jpbiomolbio202407002"
}

, la force motrice chimique principale du vieillissement. Avec tout cela, les avantages énergétiques du métabolisme aérobie ont permis l'apparition d'organismes multicellulaires, en particulier ceux caractérisés par une matière extracellulaire massive et des populations cellulaires non renouvelables, y compris celles composant le cerveau. Leurs fonctions sont incompatibles avec un renouvellement complet. Cela rend le rôle de l'oxygène dans le vieillissement non limité à être la source d'espèces réactives d'oxygène. L'oxygène a été indispensable pour l'apparition à la fois des accumulateurs de dommages chimiques et de la capacité à les reconnaître. Dans un certain sens, il n'était pas un problème pour la nature de développer le vieillissement au cours de l'évolution vers les humains, pour qui la prise de conscience du vieillissement est un problème. Sa solution satisfaisante ne peut pas être chimique, physique, pharmacologique ou autrement technique. Elle ne peut être que mentale.

@article{doi101134s0006297925601674,
    author = "Golubev, Aleksei G.",
    title = "Chimie de l'origine conjointe et de l'évolution de la vie, de la mort et du vieillissement",
    year = "2025",
    journal = "Biochimie (Moscou)",
    abstract = ", la force motrice chimique principale du vieillissement. Avec tout cela, les avantages énergétiques du métabolisme aérobie ont permis l'apparition d'organismes multicellulaires, en particulier ceux caractérisés par une matière extracellulaire massive et des populations cellulaires non renouvelables, y compris celles composant le cerveau. Leurs fonctions sont incompatibles avec un renouvellement complet. Cela rend le rôle de l'oxygène dans le vieillissement non limité à être la source d'espèces réactives d'oxygène. L'oxygène a été indispensable pour l'apparition à la fois des accumulateurs de dommages chimiques et de la capacité à les reconnaître. Dans un certain sens, il n'était pas un problème pour la nature de développer le vieillissement au cours de l'évolution vers les humains, pour qui la prise de conscience du vieillissement est un problème. Sa solution satisfaisante ne peut pas être chimique, physique, pharmacologique ou autrement technique. Elle ne peut être que mentale.",
    url = "https://doi.org/10.1134/s0006297925601674",
    doi = "10.1134/s0006297925601674",
    openalex = "W4414691491",
    references = "doi1010021873346814906, doi101016jpbiomolbio202407002"
}

L'origine de la vie demeure l'un des énigmes les plus profonds et durables des sciences biologiques. Malgré des avancées substantielles en chimie prébiotique, des incertitudes fondamentales persistent concernant les mécanismes précis qui ont permis l'émergence de la première entité cellulaire et, par la suite, des branches fondamentales de l'arbre de la vie. Après avoir examiné les principes de base qui définissent les systèmes vivants, nous proposons que la vie est apparue comme une propriété nouvelle d'un système assemblé prébiotiquement — formé par l'intégration de mondes moléculaires distincts, définis comme des ensembles d'entités moléculaires structurées et fonctionnellement liées qui interagissent via des processus catalytiques, autocatalytiques et/ou d'auto-assemblage. Cette émergence a établi une dualité système-processus permanente, dans laquelle l'organisation du système et ses processus dynamiques sont devenus inséparables. Une fois acquise la capacité de se répliquer et de muter son programme génétique, cet organisme primordial a initié le processus évolutif, conduisant in fine à la diversification de la vie sous l'influence des forces évolutives et à la formation d'écosystèmes. Le défi de l'élucidation de l'origine de la vie et de l'émergence de la biodiversité n'est pas uniquement scientifique ; il nécessite l'intégration de preuves empiriques, d'insights théoriques et de réflexion critique. Ce travail ne prétend pas à la certitude, mais propose une perspective sur la manière dont la vie et la biodiversité peuvent être apparues sur Terre. Finalement, le temps et l'enquête scientifique détermineront la validité de cette vision.

@article{doi103390life15111745,
    author = "Gómez‐Márquez, Jaime",
    title = "The Origin of Life and Cellular Systems: A Continuum from Prebiotic Chemistry to Biodiversity",
    year = "2025",
    journal = "Life",
    abstract = "L'origine de la vie demeure l'un des énigmes les plus profonds et durables des sciences biologiques. Malgré des avancées substantielles en chimie prébiotique, des incertitudes fondamentales persistent concernant les mécanismes précis qui ont permis l'émergence de la première entité cellulaire et, par la suite, des branches fondamentales de l'arbre de la vie. Après avoir examiné les principes de base qui définissent les systèmes vivants, nous proposons que la vie est apparue comme une propriété nouvelle d'un système assemblé prébiotiquement — formé par l'intégration de mondes moléculaires distincts, définis comme des ensembles d'entités moléculaires structurées et fonctionnellement liées qui interagissent via des processus catalytiques, autocatalytiques et/ou d'auto-assemblage. Cette émergence a établi une dualité système-processus permanente, dans laquelle l'organisation du système et ses processus dynamiques sont devenus inséparables. Une fois acquise la capacité de se répliquer et de muter son programme génétique, cet organisme primordial a initié le processus évolutif, conduisant in fine à la diversification de la vie sous l'influence des forces évolutives et à la formation d'écosystèmes. Le défi de l'élucidation de l'origine de la vie et de l'émergence de la biodiversité n'est pas uniquement scientifique ; il nécessite l'intégration de preuves empiriques, d'insights théoriques et de réflexion critique. Ce travail ne prétend pas à la certitude, mais propose une perspective sur la manière dont la vie et la biodiversité peuvent être apparues sur Terre. Finalement, le temps et l'enquête scientifique détermineront la validité de cette vision.",
    url = "https://doi.org/10.3390/life15111745",
    doi = "10.3390/life15111745",
    openalex = "W4416192137",
    references = "doi101016jpbiomolbio202407002, doi101017s1473550416000100, doi101038s42004024012646, doi101089ast20210162, doi103390life14050607"
}

La théorie Virus-First présente un modèle dans lequel les lignées virales sont apparues avant les cellules. Cette proposition vise à donner plus de pertinence à la théorie en offrant un cadre évolutif plausible qui explique à la fois (i) l'origine des virus à partir de la chimie prébiotique et (ii) la manière dont les virus ont contribué à l'émergence des cellules. Ici, nous proposons que les virus doivent être compris comme une classe distincte de systèmes ribonucléoprotéiques (RNP), dont certains ont évolué directement à partir du monde RNP. Dans notre modèle, les progéniteurs simples ont produit des particules semblables à des capsides grâce à l'évolution d'un seul gène codant pour un peptide s'assemblant de manière autonome. Cela a permis la formation de coques icosaédriques autour des génomes d'ARN, comme observé aujourd'hui chez certaines familles virales dont les capsides sont constituées de ~60 sous-unités identiques dérivées d'un seul produit génique. Ces capsides précoces ont permis la mobilité et la protection, représentant des intermédiaires clés vers la complexité biologique. Au fil du temps, certaines de ces populations ont acquis des peptides supplémentaires et ont évolué vers des architectures plus élaborées. Enfin, l'incorporation de domaines liant les lipides dans ces peptides semblables à des capsides a permis la formation de membranes protolipidiques similaires à celles trouvées dans les cellules modernes. Ce modèle fournit un chemin évolutif graduel et logiquement cohérent du monde RNP à l'émergence de la vie cellulaire, en soulignant le rôle fondamental des virus dans l'évolution précoce.

@article{doi103390microbiolres16070154,
    author = "Prosdocimi, Francisco et de Farías, Sávio Torres",
    title = "Revisiting la théorie Virus-First : reliant le monde RNP et la vie cellulaire",
    year = "2025",
    journal = "Microbiology Research",
    abstract = "La théorie Virus-First présente un modèle dans lequel les lignées virales sont apparues avant les cellules. Cette proposition vise à donner plus de pertinence à la théorie en offrant un cadre évolutif plausible qui explique à la fois (i) l'origine des virus à partir de la chimie prébiotique et (ii) la manière dont les virus ont contribué à l'émergence des cellules. Ici, nous proposons que les virus doivent être compris comme une classe distincte de systèmes ribonucléoprotéiques (RNP), dont certains ont évolué directement à partir du monde RNP. Dans notre modèle, les progéniteurs simples ont produit des particules semblables à des capsides grâce à l'évolution d'un seul gène codant pour un peptide s'assemblant de manière autonome. Cela a permis la formation de coques icosaédriques autour des génomes d'ARN, comme observé aujourd'hui chez certaines familles virales dont les capsides sont constituées de \textasciitilde 60 sous-unités identiques dérivées d'un seul produit génique. Ces capsides précoces ont permis la mobilité et la protection, représentant des intermédiaires clés vers la complexité biologique. Au fil du temps, certaines de ces populations ont acquis des peptides supplémentaires et ont évolué vers des architectures plus élaborées. Enfin, l'incorporation de domaines liant les lipides dans ces peptides semblables à des capsides a permis la formation de membranes protolipidiques similaires à celles trouvées dans les cellules modernes. Ce modèle fournit un chemin évolutif graduel et logiquement cohérent du monde RNP à l'émergence de la vie cellulaire, en soulignant le rôle fondamental des virus dans l'évolution précoce.",
    url = "https://doi.org/10.3390/microbiolres16070154",
    doi = "10.3390/microbiolres16070154",
    openalex = "W4412095934",
    references = "doi101016jpbiomolbio202407002"
}

La réplication des acides nucléiques est un processus central à l'origine de la vie. Sur la Terre primitive, la réplication est confrontée à la dilution des briques moléculaires et à la difficulté de séparer les brins filles des brins parents, une nécessité pour la réplication exponentielle. Bien que les systèmes à gradient thermique aient été montrés comme capables de résoudre ces problèmes, les températures élevées entraînent une dégradation. De plus, par rapport aux environnements à température constante, de tels systèmes sont rares. Le système isotherme étudié ici modélise un environnement géologique abondant de la Terre prébiotique, dans lequel l'eau s'évapore continuellement au point de contact avec les flux gazeux, induisant des motifs de concentration ascendante et de circulation circulaire à l'interface gaz-eau par transfert de quantité de mouvement. Nous montrons expérimentalement que ce dispositif entraîne une accumulation 30 fois supérieure des acides nucléiques et leur séparation périodique par une réduction triplée de la concentration en sel et en produit. Les simulations de dynamique des fluides concordent avec les observations issues du suivi de billes fluorescentes. Dans ce système isotherme, nous avons pu conduire une réplication exponentielle de l'ADN avec la polymérase Taq. Les résultats fournissent un modèle pour un système ubiquitaire hors équilibre capable d'héberger l'évolution moléculaire darwinienne précoce à température constante.

@article{doi107554elife100152,
    author = "Schwintek, Philipp et Eren, Emre et Mast, Christof Bernhard et Braun, Dieter",
    title = "Prebiotic gas flow environment enables isothermal nucleic acid replication.",
    year = "2025",
    journal = "eLife",
    abstract = "Nucleic acid replication is a central process at the origin of life. On early Earth, replication is challenged by the dilution of molecular building blocks and the difficulty of separating daughter from parent strands, a necessity for exponential replication. While thermal gradient systems have been shown to address these problems, elevated temperatures lead to degradation. Also, compared to constant temperature environments, such systems are rare. The isothermal system studied here models an abundant geological environment of the prebiotic Earth, in which water is continuously evaporated at the point of contact with the gas flows, inducing up-concentration and circular flow patterns at the gas-water interface through momentum transfer. We show experimentally that this setting drives a 30-fold accumulation of nucleic acids and their periodic separation by a threefold reduction in salt and product concentration. Fluid dynamic simulations agree with observations from tracking fluorescent beads. In this isothermal system, we were able to drive exponential DNA replication with Taq polymerase. The results provide a model for a ubiquitous non-equilibrium system to host early Darwinian molecular evolution at constant temperature.",
    url = "https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC12240584/",
    doi = "10.7554/eLife.100152",
    openalex = "W4402970773",
    pmcid = "PMC12240584",
    pmid = "40631871",
    references = "doi101002bies200900131, doi101002bip360030207, doi101007s1089501210598, doi1010160016703774901458, doi101021ja990592p, doi101038319618a0, doi101038381059a0, doi101038nature08013, doi101126science2835402674, doi1011861759220832"
}

OBJECTIF : Étudier si la berbérine (BBR) favorise la biogenèse mitochondriale via la voie de signalisation du silent mating type information regulation 2 homolog 1/coactivateur 1 alpha du récepteur activé par les proliférateurs de peroxysomes gamma (SIRT1/PGC-1α) pour exercer ses effets anti-athérosclérotiques. MÉTHODES : Un total de 42 souris AopE-/- âgées de 8 semaines ont été nourries avec un régime riche en graisses pendant 12 semaines, puis divisées aléatoirement en 7 groupes selon une méthode de randomisation simple : le groupe modèle, les groupes de doses faible, moyenne et élevée de BBR [BBRL 50 mg/(kg·j), BBRM 100 mg/(kg·j) et BBRH 150 mg/(kg·j), respectivement], le groupe témoin positif [atorvastatine, 3 mg/(kg·j)], le groupe BBR combiné à l'inhibiteur du facteur 1 de respiration nucléaire (Nrf1) (BBRH+EX527, 150 mg/kg BBR+10 mg/kg EX527), et le groupe d'inhibiteur Nrf1 [EX527, 10 mg/(kg·j)]. Six souris C57BL/6J nourries avec un régime normal ont servi de contrôle. Après 4 semaines d'administration intragastrique, les échantillons ont été prélevés et les tissus sériques, aortiques, cardiaques et hépatiques isolés pour les expériences ultérieures. Des kits biochimiques ont été utilisés pour détecter la teneur en lipides sériques chez les souris. La coloration à l'hématoxyline-éosine, au rouge O d'Oil et de Masson a été utilisée pour évaluer la sévérité des lésions, la déposition lipidique et l'épaisseur de la capuche fibreuse. La microscopie électronique à transmission et l'immunofluorescence ont été utilisées pour analyser la morphologie et la fonction mitochondriales. Les tests de PCR quantitative en temps réel et Western blot ont été utilisés pour mesurer les niveaux d'expression de SIRT1, PGC-1α, Nrf1 et du facteur de transcription mitochondrial A (TFAM) aux niveaux de l'ARNm et des protéines, ainsi que pour la quantification du nombre de copies d'ADN mitochondrial (ADNmt) dans les aortes de souris. RÉSULTATS : Après l'intervention de la BBR, les groupes BBRM et BBRH ont significativement réduit les niveaux de lipides sanguins chez les souris (P<0,01), atténué la déposition de plaques aortiques et amélioré les dommages mitochondriaux (P<0,05 ou P<0,01). De plus, la BBR a significativement régulé à la hausse les expressions de l'ARNm et des protéines de SIRT1, PGC-1α, Nrf1 et TFAM (P<0,05 ou P<0,01). Le nombre de copies relatives d'ADNmt a augmenté de manière dépendante de la dose (P<0,01). Dans le groupe BBRH+EX527, les lésions aortiques et les dommages mitochondriaux ont été exacerbés, avec une diminution concomitante des niveaux d'expression de l'ARNm et des protéines (P<0,05 ou P<0,01). CONCLUSION : La BBR favorise la biogenèse mitochondriale, maintient la fonction mitochondriale et inhibe les dommages mitochondriaux via la voie de signalisation SIRT1/PGC-1α, améliorant ainsi l'athérosclérose.

@article{doi101007s1165502640378,
    author = "Wang, Si-Yu and Zheng, Jun-Meng and Han, Xin-Yi and Jin, Bo-Yuan and Hua, Cheng-Jun and Chen, Yu-Shan and Wang, Ting-Ting and Wang, Yun-Hao",
    title = "Berberine Ameliorates Atherosclerosis by Promoting Mitochondrial Biogenesis via SIRT1/PGC-1α Signaling Pathway.",
    year = "2026",
    journal = "Chinese journal of integrative medicine",
    abstract = "OBJECTIF : Étudier si la berbérine (BBR) favorise la biogenèse mitochondriale via la voie de signalisation du silent mating type information regulation 2 homolog 1/coactivateur 1 alpha du récepteur activé par les proliférateurs de peroxysomes gamma (SIRT1/PGC-1α) pour exercer ses effets anti-athérosclérotiques. MÉTHODES : Un total de 42 souris AopE-/- âgées de 8 semaines ont été nourries avec un régime riche en graisses pendant 12 semaines, puis divisées aléatoirement en 7 groupes selon une méthode de randomisation simple : le groupe modèle, les groupes de doses faible, moyenne et élevée de BBR [BBRL 50 mg/(kg·j), BBRM 100 mg/(kg·j) et BBRH 150 mg/(kg·j), respectivement], le groupe témoin positif [atorvastatine, 3 mg/(kg·j)], le groupe BBR combiné à l'inhibiteur du facteur 1 de respiration nucléaire (Nrf1) (BBRH+EX527, 150 mg/kg BBR+10 mg/kg EX527), et le groupe d'inhibiteur Nrf1 [EX527, 10 mg/(kg·j)]. Six souris C57BL/6J nourries avec un régime normal ont servi de contrôle. Après 4 semaines d'administration intragastrique, les échantillons ont été prélevés et les tissus sériques, aortiques, cardiaques et hépatiques isolés pour les expériences ultérieures. Des kits biochimiques ont été utilisés pour détecter la teneur en lipides sériques chez les souris. La coloration à l'hématoxyline-éosine, au rouge O d'Oil et de Masson a été utilisée pour évaluer la sévérité des lésions, la déposition lipidique et l'épaisseur de la capuche fibreuse. La microscopie électronique à transmission et l'immunofluorescence ont été utilisées pour analyser la morphologie et la fonction mitochondriales. Les tests de PCR quantitative en temps réel et Western blot ont été utilisés pour mesurer les niveaux d'expression de SIRT1, PGC-1α, Nrf1 et du facteur de transcription mitochondrial A (TFAM) aux niveaux de l'ARNm et des protéines, ainsi que pour la quantification du nombre de copies d'ADN mitochondrial (ADNmt) dans les aortes de souris. RÉSULTATS : Après l'intervention de la BBR, les groupes BBRM et BBRH ont significativement réduit les niveaux de lipides sanguins chez les souris (P<0,01), atténué la déposition de plaques aortiques et amélioré les dommages mitochondriaux (P<0,05 ou P<0,01). De plus, la BBR a significativement régulé à la hausse les expressions de l'ARNm et des protéines de SIRT1, PGC-1α, Nrf1 et TFAM (P<0,05 ou P<0,01). Le nombre de copies relatives d'ADNmt a augmenté de manière dépendante de la dose (P<0,01). Dans le groupe BBRH+EX527, les lésions aortiques et les dommages mitochondriaux ont été exacerbés, avec une diminution concomitante des niveaux d'expression de l'ARNm et des protéines (P<0,05 ou P<0,01). CONCLUSION : La BBR favorise la biogenèse mitochondriale, maintient la fonction mitochondriale et inhibe les dommages mitochondriaux via la voie de signalisation SIRT1/PGC-1α, améliorant ainsi l'athérosclérose.",
    url = "https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/10487483/",
    doi = "10.1007/s11655-026-4037-8",
    pmcid = "10487483",
    pmid = "42043671"
}

Les lncARN, définis comme des transcrits de plus de 200 nucléotides avec un potentiel de codage protéique limité, sont apparus comme des régulateurs importants de l'expression des gènes à plusieurs niveaux de régulation cellulaire. Ces molécules influencent l'organisation de la chromatine, l'activité transcriptionnelle et les processus post-transcriptionnels grâce à des interactions diverses avec l'ADN, l'ARN et les complexes protéiques. Bien qu'initialement considérés comme des sous-produits transcriptionnels, les preuves accumulées indiquent désormais que les lncARN participent à une large gamme de processus physiologiques et sont impliqués dans de nombreuses maladies humaines, notamment le cancer, les troubles cardiovasculaires, les maladies neurologiques et les conditions liées au système immunitaire. Cependant, la force des preuves mécanistiques varie considérablement dans le domaine, avec une validation fonctionnelle robuste actuellement limitée à un nombre relativement restreint de lncARN bien caractérisés. Dans de nombreux cas, les rôles régulateurs proposés restent principalement soutenus par des corrélations d'expression ou des études de perturbation limitées, soulignant la nécessité d'une évaluation attentive de la reproductibilité, de la dépendance au contexte et des effets spécifiques aux locus. En outre, la traduction des découvertes sur les lncARN en stratégies thérapeutiques fait face à plusieurs défis pratiques, notamment une délivrance efficace et spécifique aux tissus, des contraintes de localisation subcellulaire, une complexité des isoformes et des effets hors cible potentiels. Cette revue fournit une vue d'ensemble des connaissances actuelles sur la classification des lncARN, leur biogenèse et leurs mécanismes moléculaires, évalue leurs rôles dans les maladies humaines et discute des approches thérapeutiques émergentes dans le contexte de la faisabilité translationnelle. En intégrant les aperçus mécanistiques aux limitations actuelles et aux questions non résolues, nous mettons en évidence les priorités pour la recherche future visant à exploiter les lncARN pour des applications diagnostiques et thérapeutiques en médecine de précision.

@article{doi103390cimb48040414,
    author = "Dubey, Arvind Kumar et Kumar, Anil et Nurbekova, Zhadyrassyn et Kumar, Navin",
    title = "Long Non-Coding RNAs in Human Disease: An Overview of Biogenesis, Molecular Mechanism and Therapeutic Opportunities.",
    year = "2026",
    journal = "Current issues in molecular biology",
    abstract = "Les lncARN, définis comme des transcrits de plus de 200 nucléotides avec un potentiel de codage protéique limité, sont apparus comme des régulateurs importants de l'expression des gènes à plusieurs niveaux de régulation cellulaire. Ces molécules influencent l'organisation de la chromatine, l'activité transcriptionnelle et les processus post-transcriptionnels grâce à des interactions diverses avec l'ADN, l'ARN et les complexes protéiques. Bien qu'initialement considérés comme des sous-produits transcriptionnels, les preuves accumulées indiquent désormais que les lncARN participent à une large gamme de processus physiologiques et sont impliqués dans de nombreuses maladies humaines, notamment le cancer, les troubles cardiovasculaires, les maladies neurologiques et les conditions liées au système immunitaire. Cependant, la force des preuves mécanistiques varie considérablement dans le domaine, avec une validation fonctionnelle robuste actuellement limitée à un nombre relativement restreint de lncARN bien caractérisés. Dans de nombreux cas, les rôles régulateurs proposés restent principalement soutenus par des corrélations d'expression ou des études de perturbation limitées, soulignant la nécessité d'une évaluation attentive de la reproductibilité, de la dépendance au contexte et des effets spécifiques aux locus. En outre, la traduction des découvertes sur les lncARN en stratégies thérapeutiques fait face à plusieurs défis pratiques, notamment une délivrance efficace et spécifique aux tissus, des contraintes de localisation subcellulaire, une complexité des isoformes et des effets hors cible potentiels. Cette revue fournit une vue d'ensemble des connaissances actuelles sur la classification des lncARN, leur biogenèse et leurs mécanismes moléculaires, évalue leurs rôles dans les maladies humaines et discute des approches thérapeutiques émergentes dans le contexte de la faisabilité translationnelle. En intégrant les aperçus mécanistiques aux limitations actuelles et aux questions non résolues, nous mettons en évidence les priorités pour la recherche future visant à exploiter les lncARN pour des applications diagnostiques et thérapeutiques en médecine de précision.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42042074/",
    doi = "10.3390/cimb48040414",
    pmid = "42042074"
}

Les peroxysomes sont des organites ubiquitaires qui jouent des rôles vitaux dans divers processus physiologiques et biochimiques, notamment l'oxydation β des acides gras et le métabolisme des espèces réactives de l'oxygène (ROS). Ces organites ont été impliqués dans la pathogénicité de nombreux pathogènes fongiques végétaux. Dans cette étude, CaPex8, un homologue de Pex8 de Saccharomyces cerevisiae, a été identifié et caractérisé chez Colletotrichum aenigma. Il a été constaté que CaPEX8 se localise dans les peroxysomes et que sa délétion compromet la capacité du mutant à utiliser les acides gras comme source de carbone. En utilisant une protéine fluorescente verte (GFP) fusionnée au signal de ciblage peroxysomal PTS1, il a été démontré que l'importation des protéines de la matrice peroxysomale était défectueuse chez les mutants ΔCapex8. De plus, les mutants présentaient une conidiation accrue, une sensibilité accrue au stress osmotique et au stress oxydatif, ainsi qu'une intégrité de la paroi cellulaire compromise. La biogenèse des peroxysomes a également été perturbée en l'absence de CaPEX8. En résumé, ces résultats démontrent que CaPex8 est essentiel au maintien de la structure et de la fonction peroxysomale et qu'il influence significativement la croissance, le développement et la pathogénicité fongiques chez C. aenigma.

@article{doi103390jof12040241,
    author = "Lin, Yan-Xi et Cai, Ying-Ying et Yu, Shen-Dan et Wang, Jing et Wang, Xin-He et Hao, Zhong-Na et Zhang, Zhen et Qiu, Hai-Ping et Chai, Rong-Yao et Wang, Yan-Li et Liao, Qian-Sheng et Wang, Jiao-Yu",
    title = "Caractérisation de CaPEX8 dans la biogenèse des peroxysomes et la pathogénicité de Colletotrichum aenigma.",
    year = "2026",
    journal = "Journal of fungi (Basel, Suisse)",
    abstract = "Les peroxysomes sont des organites ubiquitaires qui jouent des rôles vitaux dans divers processus physiologiques et biochimiques, notamment l'oxydation β des acides gras et le métabolisme des espèces réactives de l'oxygène (ROS). Ces organites ont été impliqués dans la pathogénicité de nombreux pathogènes fongiques végétaux. Dans cette étude, CaPex8, un homologue de Pex8 de Saccharomyces cerevisiae, a été identifié et caractérisé chez Colletotrichum aenigma. Il a été constaté que CaPEX8 se localise dans les peroxysomes et que sa délétion compromet la capacité du mutant à utiliser les acides gras comme source de carbone. En utilisant une protéine fluorescente verte (GFP) fusionnée au signal de ciblage peroxysomal PTS1, il a été démontré que l'importation des protéines de la matrice peroxysomale était défectueuse chez les mutants ΔCapex8. De plus, les mutants présentaient une conidiation accrue, une sensibilité accrue au stress osmotique et au stress oxydatif, ainsi qu'une intégrité de la paroi cellulaire compromise. La biogenèse des peroxysomes a également été perturbée en l'absence de CaPEX8. En résumé, ces résultats démontrent que CaPex8 est essentiel au maintien de la structure et de la fonction peroxysomale et qu'il influence significativement la croissance, le développement et la pathogénicité fongiques chez C. aenigma.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42042336/",
    doi = "10.3390/jof12040241",
    pmid = "42042336"
}

Les peroxysomes sont des organites eucaryotes ubiquitaires qui jouent des rôles critiques dans les processus d'infection de nombreux champignons pathogènes des plantes. La biogenèse des peroxysomes dépend des peroxines codées par les gènes PEX. Pex8 est une peroxine spécifique des champignons présente uniquement chez les levures et les champignons filamenteux. Dans cette étude, nous avons investigué la fonction de CoPEX8 chez le champignon d'anthracnose de concombre Colletotrichum orbiculare en utilisant la délétion ciblée de gènes. La microscopie à fluorescence utilisant une protéine fluorescente rouge fusionnée au signal d'adressage peroxysomal 1 (PTS1) a montré que l'importation des protéines matricielles était abolie chez le mutant ΔCopex8. Par rapport à la souche sauvage, le mutant ΔCopex8 manquait de peroxysomes détectables et présentait des défauts sévères dans la production de mélanine, l'utilisation des acides gras, l'intégrité de la paroi cellulaire, la tolérance au stress osmotique et la détoxification des espèces réactives de l'oxygène (ROS). La délétion de CoPEX8 a également réduit la conidiation et altéré la formation d'appressorium. Les essais de pathogénicité sur les feuilles de concombre ont révélé que les lésions produites par le mutant ΔCopex8 étaient significativement plus petites que celles causées par la souche sauvage. Ces résultats démontrent que CoPEX8 est indispensable à la biogenèse des peroxysomes et essentiel à la fois au développement et à la virulence de C. orbiculare.

@article{doi103390jof12040248,
    author = "Wang, Xinhe et Wang, Jing et Yu, Shendan et Cai, Yingying et Lin, Yanxi et Zhang, Zhen et Noman, Muhammad et Qiu, Haiping et Hao, Zhongna et Chai, Rongyao et Wang, Yanli et Li, Lin et Li, Ling et Wang, Jiaoyu",
    title = "Pex8, une peroxine spécifique des champignons, régule la biogenèse des peroxysomes et la pathogénie chez le champignon d'anthracnose de concombre Colletotrichum orbiculare.",
    year = "2026",
    journal = "Journal of fungi (Bâle, Suisse)",
    abstract = "Les peroxysomes sont des organites eucaryotes ubiquitaires qui jouent des rôles critiques dans les processus d'infection de nombreux champignons pathogènes des plantes. La biogenèse des peroxysomes dépend des peroxines codées par les gènes PEX. Pex8 est une peroxine spécifique des champignons présente uniquement chez les levures et les champignons filamenteux. Dans cette étude, nous avons investigué la fonction de CoPEX8 chez le champignon d'anthracnose de concombre Colletotrichum orbiculare en utilisant la délétion ciblée de gènes. La microscopie à fluorescence utilisant une protéine fluorescente rouge fusionnée au signal d'adressage peroxysomal 1 (PTS1) a montré que l'importation des protéines matricielles était abolie chez le mutant ΔCopex8. Par rapport à la souche sauvage, le mutant ΔCopex8 manquait de peroxysomes détectables et présentait des défauts sévères dans la production de mélanine, l'utilisation des acides gras, l'intégrité de la paroi cellulaire, la tolérance au stress osmotique et la détoxification des espèces réactives de l'oxygène (ROS). La délétion de CoPEX8 a également réduit la conidiation et altéré la formation d'appressorium. Les essais de pathogénicité sur les feuilles de concombre ont révélé que les lésions produites par le mutant ΔCopex8 étaient significativement plus petites que celles causées par la souche sauvage. Ces résultats démontrent que CoPEX8 est indispensable à la biogenèse des peroxysomes et essentiel à la fois au développement et à la virulence de C. orbiculare.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42042343/",
    doi = "10.3390/jof12040248",
    pmid = "42042343"
}

@incollection{drummondNonebiogenesis,
    author = "Drummond, Henry",
    title = "BIOGENÈSE",
    year = "None",
    booktitle = "Natural Law in the Spritural World",
    url = "https://doi.org/10.1017/cbo9780511692703.003",
    doi = "10.1017/cbo9780511692703.003",
    pages = "59-94"
}