Bioluminescence

@article{crossref1952bioluminescence,
    title = "Bioluminescence",
    year = "1952",
    journal = "AIBS Bulletin",
    url = "https://doi.org/10.1093/aibsbulletin/2.2.13-b",
    doi = "10.1093/aibsbulletin/2.2.13-b",
    number = "2",
    pages = "13-13",
    volume = "2"
}

Des courbes d'émission spectrale relatives sont disponibles pour les lumières de nombreux animaux invertébrés, mais aucune n'existe pour les poissons. Il semble probable que de nombreux poissons osseux utilisent leurs photophores pour communiquer entre eux. Des informations sur la composition spectrale de la luminescence des poissons sont souhaitables pour permettre des comparaisons avec les sensibilités spectrales des yeux de poissons, pour permettre des calculs des intensités lumineuses, et pour permettre des estimations du taux d'atténuation de ces lumières dans l'eau de mer. Afin de poursuivre ces objectifs, des mesures de la composition spectrale de la luminescence du poisson lanterne, Myctophum punctatum, ont été effectuées.

@article{doi101017s0025315400013072,
    author = "Nicol, J. A. C.",
    title = "Composition spectrale de la lumière du poisson lanterne, Myctophum punctatum",
    year = "1960",
    journal = "Journal of the Marine Biological Association of the United Kingdom",
    abstract = "Des courbes d'émission spectrale relatives sont disponibles pour les lumières de nombreux animaux invertébrés, mais aucune n'existe pour les poissons. Il semble probable que de nombreux poissons osseux utilisent leurs photophores pour communiquer entre eux. Des informations sur la composition spectrale de la luminescence des poissons sont souhaitables pour permettre des comparaisons avec les sensibilités spectrales des yeux de poissons, pour permettre des calculs des intensités lumineuses, et pour permettre des estimations du taux d'atténuation de ces lumières dans l'eau de mer. Afin de poursuivre ces objectifs, des mesures de la composition spectrale de la luminescence du poisson lanterne, Myctophum punctatum, ont été effectuées.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0025315400013072",
    doi = "10.1017/s0025315400013072",
    openalex = "W2159549031"
}

Le problème de la façon dont un poisson peut se rendre invisible dans les conditions lumineuses naturelles d'un environnement aquatique est discuté, avec référence particulière aux surfaces argentées des poissons. Chez les poissons que nous avons examinés, les surfaces argentées sont de deux types : (1) un argenteum qui consiste en de longs cristaux fins de guanine dont les surfaces réfléchissantes sont approximativement parallèles à la surface du poisson ; (2) des couches de cristaux de guanine situées soit sur les surfaces internes des écailles, soit dans le subderme — ces cristaux ne sont, en général, pas orientés avec leurs surfaces réfléchissantes parallèles aux surfaces du poisson, et sont beaucoup plus larges que ceux de l'argenteum. Les méthodes par lesquelles l'orientation des plans cristallins par rapport aux plans des écailles sur lesquels ils reposent peuvent être déterminées sont décrites. L'orientation des cristaux de type 2 dans différentes parties du corps est décrite pour le maquereau cheval, Trachurus trachurus (L.), et pour le chabot, Alburnus alburnus (L.). Pour le chabot, il est montré que bien que les plans des cristaux soient souvent très inclinés par rapport aux plans des écailles, les axes longs des cristaux sont toujours approximativement parallèles aux plans des écailles. L'inclinaison des cristaux est donc éloignée des écailles à travers leurs axes courts. Les mesures de la lumière transmise par les écailles argentées du chabot montrent qu'elles réfléchissent fortement la lumière lorsqu'elle tombe obliquement sur les cristaux qu'elles contiennent et qu'elles sont les plus transparentes à la lumière qui frappe les écailles dans une direction perpendiculaire aux plans réfléchissants des cristaux.

@article{doi101017s0025315400016520,
    author = "Denton, E. J. and Nicol, J. A. C.",
    title = "Studies on reflexion of light from silvery surfaces of fishes, with special reference to the bleak, Alburnus alburnus",
    year = "1965",
    journal = "Journal of the Marine Biological Association of the United Kingdom",
    abstract = "The problem of how a fish can make itself invisible in the natural light-conditions in an aquatic environment is discussed with particular reference to the silvery surfaces of fish. In fish which we have examined, the silvery surfaces are of two types: (1) an argenteum which consists of long thin crystals of guanine whose reflecting surfaces are approximately parallel with the surface of the fish; (2) layers of guanine crystals lying either on the inner surfaces of the scales or in the subdermis—these crystals are not, in general, orientated with their reflecting surfaces parallel with the surfaces of the fish, and are much broader than those of the argenteum. Methods are described by which the orientation of the crystal planes with respect to the planes of the scales on which they lie can be determined. The orientation of the crystals of type 2 in different parts of the body is described for the horse mackerel, Trachurus trachurus (L.), and for the bleak, Alburnus alburnus (L.). For the bleak it is shown that although the planes of the crystals are often very much inclined with respect to the planes of the scales, the long axes of the crystals are always approximately parallel with the planes of scales. The inclination of the crystals, therefore, is away from the scales across their short axes. Measurements of the light transmitted by silvery scales of the bleak show that they reflect light strongly when this falls obliquely on the crystals which they contain and that they are most transparent to light which strikes the scales in a direction perpendicular to the reflecting planes of the crystals.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0025315400016520",
    doi = "10.1017/s0025315400016520",
    openalex = "W2076259803"
}

@article{denton1970on1,
    author = "Denton, E. J. et Nicol, J. A. C. et Gilpin-Brown, J. B. et Wright, P. G",
    title = {Sur les « filtres » des poissons mésopélagiques et sur un poisson émettant une lumière rouge et particulièrement sensible à la lumière rouge},
    year = "1970",
    journal = "Journal of Physiology, v. 208, p. 72P",
    note = {talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Denton, E. J., Nicol, J. A. C., Gilpin-Brown, J. B., et Wright, P. G., 1970, Sur les « filtres » des poissons mésopélagiques et sur un poisson émettant une lumière rouge et particulièrement sensible à la lumière rouge : Journal of Physiology, v. 208, p. 72P.}}
}

Les caractéristiques de la distribution verticale des poissons mésopélagiques et bathypélagiques sont mal connues. Une grande partie de nos connaissances actuelles repose sur des données collectées lors des premières expéditions majeures (c'est-à-dire Brauer, 1906 ; Murray & Hjort, 1912 ; Jespersen, 1915 ; Jespersen & Tåning, 1926 ; Norman, 1929, 1930 ; Regan & Trewavas, 1929, 1930 ; Benin, 1934, 1937 ; Ege 1934, 1948, 1953, 1957 ; Bertelsen, 1951 ; Parr, 1960 ; Ebeling, 1962 ; Ebeling & Weed, 1963 ; Nafpaktitis, 1968). Les profondeurs de pêche n'étaient pas déterminées avec précision, la profondeur du filet étant généralement calculée à partir de la longueur du fil déployé et de l'angle du fil par rapport à la surface de l'eau. L'utilisation de filets fermants était rare. À partir de ces rapports, une appréciation générale des distributions verticales a été possible. Plus récemment, des études de distribution, majoritairement réalisées dans des zones restreintes en utilisant des filets ouverts avec des profondeurs plus précisément déterminées, indiquent une distribution verticale limitée pour chaque espèce (Aron, 1962 ; Pearcy, 1964 ; Pearcy & Laurs, 1966 ; Lavenberg & Ebeling, 1967 ; Paxton, 1967).

@article{doi101017s0025315400005920,
    author = "Badcock, J.",
    title = "The Vertical Distribution of Mesopelagic Fishes Collected on the SOND Cruise",
    year = "1970",
    journal = "Journal of the Marine Biological Association of the United Kingdom",
    abstract = "The features of the vertical distribution of meso- and bathypelagic fishes are poorly known. Much of our present knowledge is based upon data collected on the early, major expeditions (i.e. Brauer, 1906; Murray \& Hjort, 1912; Jespersen, 1915; Jespersen \& Tåning, 1926; Norman, 1929, 1930; Regan \& Trewavas, 1929, 1930; Benin, 1934, 1937; Ege 1934 1948, 1953, 1957; Bertelsen, 1951; Parr, 1960; Ebeling, 1962; Ebeling \& Weed, 1963; Nafpaktitis, 1968). Fishing depths were not accurately determined, the depth of net generally being calculated from the length of wire out and the wire angle to the water surface. Closing nets were infrequently used. From these reports a general appreciation of vertical distributions has been possible. More recently, distribution studies mostly made in restricted areas using open nets with depths more accurately determined indicate a limited vertical distribution for each species (Aron, 1962; Pearcy, 1964; Pearcy \& Laurs, 1966; Lavenberg \& Ebeling, 1967; Paxton, 1967).",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0025315400005920",
    doi = "10.1017/s0025315400005920",
    openalex = "W2112989721",
    references = "doi101017s0025315400005749, doi101038174869b0, doi1010381981244a0, doi10108000222932908673038, doi1010970001069419550400000011, doi101126science15137161399, doi101126science1603831991, doi1011639789004611191, doi102307201400, openalexw1568910078"
}

@article{openalexw2466257108,
    author = "Ej, Denton et Jb, Gilpin-Brown et Pg, Wright",
    title = "Sur les « filtres » dans les photophores de poissons mésopélagiques et sur un poisson émettant une lumière rouge et particulièrement sensible à la lumière rouge.",
    year = "1970",
    journal = "PubMed",
    openalex = "W2466257108"
}

Les distributions angulaires de la lumière luminescente produite par deux poissons océaniques, Argyropelecus affinis et Chauliodus sloani, ont été mesurées dans deux plans verticaux, l'un contenant l'axe antéro-postérieur du poisson et l'autre perpendiculaire à cet axe. Ces distributions de lumière étaient de la nature requise pour correspondre, sur une large gamme d'angles de vision, au champ de lumière extérieure dans l'océan. Ces observations apportent un soutien fort à l'hypothèse selon laquelle la fonction de nombreux photophores est de fournir un camouflage.

@article{denton1972the,
    author = "Denton, Eric James et Gilpin-Brown, J. B. et Wright, P. G.",
    title = "La distribution angulaire de la lumière produite par certains poissons mésopélagiques en relation avec leur camouflage",
    year = "1972",
    journal = "Proceedings of the Royal Society of London. Series B. Biological Sciences",
    abstract = "Les distributions angulaires de la lumière luminescente produite par deux poissons océaniques, Argyropelecus affinis et Chauliodus sloani, ont été mesurées dans deux plans verticaux, l'un contenant l'axe antéro-postérieur du poisson et l'autre perpendiculaire à cet axe. Ces distributions de lumière étaient de la nature requise pour correspondre, sur une large gamme d'angles de vision, au champ de lumière extérieure dans l'océan. Ces observations apportent un soutien fort à l'hypothèse selon laquelle la fonction de nombreux photophores est de fournir un camouflage.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.1972.0071",
    doi = "10.1098/rspb.1972.0071",
    number = "1067",
    openalex = "W2117282057",
    pages = "145-158",
    volume = "182",
    references = "doi101016014663135690003x, doi101017s0025315400005920, doi101017s0025315400016544, doi1010381981244a0, doi101038scientificamerican017164, doi101093bioscience1610752a, doi1010970001069419550400000011, doi103402tellusav12i39393, openalexw2417215454, openalexw2466257108"
}

@inproceedings{denton1972the2,
    author = "Denton, E. J. et Nicol, J. A. C. et Gilpin-Brown, J. B. et Wright, P. G",
    title = "La distribution angulaire de la lumière produite par certains poissons mésopélagiques en relation avec leur camouflage",
    year = "1972",
    booktitle = "Proceedings of the Royal Society, London B, v. 182, p. 145-158",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Denton, E. J., Nicol, J. A. C., Gilpin-Brown, J. B., et Wright, P. G., 1972, La distribution angulaire de la lumière produite par certains poissons mésopélagiques en relation avec leur camouflage : Proceedings of the Royal Society, London B, v. 182, p. 145-158.}"
}

@article{lawry1974lantern,
    author = "LAWRY, JAMES V.",
    title = "Lantern Fish compare Downwelling Light and Bioluminescence",
    year = "1974",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/247155a0",
    doi = "10.1038/247155a0",
    number = "5437",
    openalex = "W2035729676",
    pages = "155-157",
    volume = "247",
    references = "denton1972the, doi101017s0025315400013072, doi1010381981244a0, doi10108010236247209386904, doi101098rstb19700037, doi101126science15137161399, doi101126science1603831991, doi101139f67047, doi101139f68040, doi101139f70088"
}

@article{doi101038265179a0,
    author = "Case, J. F. et Warner, Jon A. et Barnes, Anthony T. et Lowenstine, M.R.",
    title = "Bioluminescence of lantern fish (Myctophidae) in response to changes in light intensity",
    year = "1977",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/265179a0",
    doi = "10.1038/265179a0",
    openalex = "W2039817809",
    references = "doi1010381981244a0, lawry1974lantern"
}

@book{herring1978bioluminescence3,
    author = "Herring, P. J",
    title = "Bioluminescence in Action",
    year = "1978",
    publisher = "Londres, Academic Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Herring, P. J., 1978, Bioluminescence in Action : Londres, Academic Press.}"
}

La crevette mésopélagique Sergestes similis émet une bioluminescence dirigée vers le ventre qui correspond étroitement à l'intensité de l'éclairage dirigé vers le bas et est capable de modifier rapidement sa luminosité pour s'adapter aux changements d'intensité du fond. Des expériences de masquage montrent que les photorécepteurs impliqués sont les yeux composés ou les tissus adjacents. L'émission de lumière provient de parties modifiées du foie-pancréas et est similaire à la lumière océanique en termes de distribution angulaire et de caractéristiques spectrales. Les animaux normalement orientés répondent minimalement à la lumière dirigée vers le haut.

@article{doi101126science20343851109,
    author = "Warner, Jon A. et Latz, Michael I. et Case, James F.",
    title = "Bioluminescence cryptique chez un crevetton de la zone mésopélagique",
    year = "1979",
    journal = "Science",
    abstract = "La crevette mésopélagique Sergestes similis émet une bioluminescence dirigée vers le ventre qui correspond étroitement à l'intensité de l'éclairage dirigé vers le bas et est capable de modifier rapidement sa luminosité pour s'adapter aux changements d'intensité du fond. Des expériences de masquage montrent que les photorécepteurs impliqués sont les yeux composés ou les tissus adjacents. L'émission de lumière provient de parties modifiées du foie-pancréas et est similaire à la lumière océanique en termes de distribution angulaire et de caractéristiques spectrales. Les animaux normalement orientés répondent minimalement à la lumière dirigée vers le haut.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.203.4385.1109",
    doi = "10.1126/science.203.4385.1109",
    openalex = "W2031735107"
}

Deux espèces de calmars mésopélagiques modifient considérablement la couleur de leur bioluminescence pendant la contre-illumination. Le changement de couleur est déclenché par des variations de température de l'eau correspondant à celles normalement rencontrées par ces animaux migrant verticalement. Ces calmars peuvent probablement se camoufler sous les différentes couleurs de la lumière descendante qu'ils rencontrent dans leurs habitats diurnes et nocturnes.

@article{young1980bioluminescence,
    author = "Young, Richard Edward et Mencher, Frederick M.",
    title = "Bioluminescence chez les calmars mésopélagiques : Changement de couleur diurne pendant la contre-illumination",
    year = "1980",
    journal = "Science",
    abstract = "Deux espèces de calmars mésopélagiques modifient considérablement la couleur de leur bioluminescence pendant la contre-illumination. Le changement de couleur est déclenché par des variations de température de l'eau correspondant à celles normalement rencontrées par ces animaux migrant verticalement. Ces calmars peuvent probablement se camoufler sous les différentes couleurs de la lumière descendante qu'ils rencontrent dans leurs habitats diurnes et nocturnes.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.208.4449.1286",
    doi = "10.1126/science.208.4449.1286",
    number = "4449",
    openalex = "W2086541670",
    pages = "1286-1288",
    volume = "208",
    references = "denton1972the, doi1010079783642664687, doi101007bf00389215, doi1010160198014980900229, doi101017s0025315400013072, doi101111j146979981978tb03932x, doi101126science20343851109"
}

RÉSUMÉ Les Leiognathids sont des poissons de eaux peu profondes de l'Indo-Pacifique occidental qui possèdent un organe lumineux bactérien circumésophagien. Des observations visuelles de poissons vivants ont révélé un motif de luminescence ventrale tacheté, qui a été analysé à la fois comportementalement et morphologiquement. Dans des expériences comportementales, ces poissons ont répondu aux augmentations de l'intensité de la lumière incidente par des augmentations de l'intensité de la luminescence ventrale. Cependant, bien que les niveaux absolus de luminescence aient suivi les niveaux de lumière ambiante, ils n'ont pas augmenté en proportion directe avec ceux de la lumière incidente croissante ; les niveaux de luminescence étaient plus proches de l'intensité de la lumière incidente à faible luminosité. Les tissus qui interviennent entre l'organe lumineux interne et l'environnement externe sont responsables du motif tacheté observé de la luminescence ventrale. De plus, ces tissus, qui ont été intégrés au système d'organe lumineux, sont impliqués dans le contrôle de l'intensité, de la qualité spectrale et de la distribution angulaire de la luminescence du poisson. Le pic spectral de la luminescence bactérienne des poissons entiers (500 nm) a été décalé d'environ 10 nm vers le vert par rapport au pic spectral des symbiotes d'organe lumineux cultivés (485–490 nm). La luminescence avait la plus grande intensité d'expression vers l'extérieur à un angle de 20–25° par rapport à la ligne médiane ventrale et était indétectable dorsalement. Le comportement d'éclairage ventral des leiognathids, avec leur morphologie associée, est comparé et contrasté avec les systèmes de contre-illumination qui ont été décrits chez de nombreux poissons mésopélagiques, des crevettes et des calmars.

@article{doi101242jeb1561119,
    author = "McFall‐Ngai, Margaret et Morin, James G.",
    title = "Camouflage par illumination disruptive chez les Leiognathids, une famille de poissons bioluminescents de eaux peu profondes",
    year = "1991",
    journal = "Journal of Experimental Biology",
    abstract = "RÉSUMÉ Les Leiognathids sont des poissons de eaux peu profondes de l'Indo-Pacifique occidental qui possèdent un organe lumineux bactérien circumésophagien. Des observations visuelles de poissons vivants ont révélé un motif de luminescence ventrale tacheté, qui a été analysé à la fois comportementalement et morphologiquement. Dans des expériences comportementales, ces poissons ont répondu aux augmentations de l'intensité de la lumière incidente par des augmentations de l'intensité de la luminescence ventrale. Cependant, bien que les niveaux absolus de luminescence aient suivi les niveaux de lumière ambiante, ils n'ont pas augmenté en proportion directe avec ceux de la lumière incidente croissante ; les niveaux de luminescence étaient plus proches de l'intensité de la lumière incidente à faible luminosité. Les tissus qui interviennent entre l'organe lumineux interne et l'environnement externe sont responsables du motif tacheté observé de la luminescence ventrale. De plus, ces tissus, qui ont été intégrés au système d'organe lumineux, sont impliqués dans le contrôle de l'intensité, de la qualité spectrale et de la distribution angulaire de la luminescence du poisson. Le pic spectral de la luminescence bactérienne des poissons entiers (500 nm) a été décalé d'environ 10 nm vers le vert par rapport au pic spectral des symbiotes d'organe lumineux cultivés (485–490 nm). La luminescence avait la plus grande intensité d'expression vers l'extérieur à un angle de 20–25° par rapport à la ligne médiane ventrale et était indétectable dorsalement. Le comportement d'éclairage ventral des leiognathids, avec leur morphologie associée, est comparé et contrasté avec les systèmes de contre-illumination qui ont été décrits chez de nombreux poissons mésopélagiques, des crevettes et des calmars.",
    url = "https://doi.org/10.1242/jeb.156.1.119",
    doi = "10.1242/jeb.156.1.119",
    openalex = "W2342903842",
    references = "doi1010381981244a0, doi101098rspb19850051, openalexw2466257108, young1980bioluminescence"
}

De nombreuses espèces des eaux profondes, en particulier les crustacés, les céphalopodes et les poissons, utilisent des photophores pour illuminer leurs surfaces ventrales et ainsi dissimuler leur silhouette aux prédateurs les observant depuis le dessous. Cette stratégie présente plusieurs limites potentielles, dont deux sont examinées ici. Premièrement, un prédateur à la vision aiguë pourrait être capable de détecter les photophores individuels sur la surface ventrale. Deuxièmement, un prédateur pourrait être capable de détecter toute incohérence entre le spectre de la bioluminescence et celui de la lumière ambiante. La première limite a été examinée en modélisant les images perçues de la contreillumination du calmair Abralia veranyi et du poisson myctophidé Ceratoscopelus maderensis en fonction de la distance et de l'acuité visuelle de l'observateur. La seconde limite a été abordée en mesurant l'irradiance descendante sous la lumière de la lune et des étoiles, puis en modélisant les spectres sous-marins. Quatre types d'eau ont été examinés : eau côtière à une profondeur de 5 m et eau océanique à 5, 210 et 800 m. L'apparence de la contreillumination était plus affectée par l'acuité visuelle de l'observateur que par la clarté de l'eau, même à des distances relativement grandes. Les espèces à haute acuité visuelle (résolution de 0,11 degré) étaient capables de distinguer les photophores individuels de certains signaux de contreillumination à des distances de plusieurs mètres, rompant ainsi le camouflage. La profondeur et la présence ou l'absence de la lumière de la lune affectaient fortement le spectre de la lumière ambiante, en particulier près de la surface. L'augmentation de la variabilité près de la surface était partiellement compensée par l'atténuation plus forte du contraste à faible profondeur, ce qui réduisait la distance de détection des incohérences. Cette recherche a des implications pour l'étude de la résolution spatiale, de la sensibilité au contraste et de la discrimination des couleurs dans les systèmes visuels des eaux profondes.

@article{doi1023071543624,
    author = "Johnsen, Sönke et Widder, Edith A. et Mobley, Curtis D.",
    title = "Propagation et perception de la bioluminescence : facteurs affectant la contreillumination en tant que stratégie cryptique",
    year = "2004",
    journal = "Biological Bulletin",
    abstract = "De nombreuses espèces des eaux profondes, en particulier les crustacés, les céphalopodes et les poissons, utilisent des photophores pour illuminer leurs surfaces ventrales et ainsi dissimuler leur silhouette aux prédateurs les observant depuis le dessous. Cette stratégie présente plusieurs limites potentielles, dont deux sont examinées ici. Premièrement, un prédateur à la vision aiguë pourrait être capable de détecter les photophores individuels sur la surface ventrale. Deuxièmement, un prédateur pourrait être capable de détecter toute incohérence entre le spectre de la bioluminescence et celui de la lumière ambiante. La première limite a été examinée en modélisant les images perçues de la contreillumination du calmair Abralia veranyi et du poisson myctophidé Ceratoscopelus maderensis en fonction de la distance et de l'acuité visuelle de l'observateur. La seconde limite a été abordée en mesurant l'irradiance descendante sous la lumière de la lune et des étoiles, puis en modélisant les spectres sous-marins. Quatre types d'eau ont été examinés : eau côtière à une profondeur de 5 m et eau océanique à 5, 210 et 800 m. L'apparence de la contreillumination était plus affectée par l'acuité visuelle de l'observateur que par la clarté de l'eau, même à des distances relativement grandes. Les espèces à haute acuité visuelle (résolution de 0,11 degré) étaient capables de distinguer les photophores individuels de certains signaux de contreillumination à des distances de plusieurs mètres, rompant ainsi le camouflage. La profondeur et la présence ou l'absence de la lumière de la lune affectaient fortement le spectre de la lumière ambiante, en particulier près de la surface. L'augmentation de la variabilité près de la surface était partiellement compensée par l'atténuation plus forte du contraste à faible profondeur, ce qui réduisait la distance de détection des incohérences. Cette recherche a des implications pour l'étude de la résolution spatiale, de la sensibilité au contraste et de la discrimination des couleurs dans les systèmes visuels des eaux profondes.",
    url = "https://doi.org/10.2307/1543624",
    doi = "10.2307/1543624",
    openalex = "W2142081438",
    references = "denton1972the, doi1010079789401706193, doi1010160022519371901895, doi101016s0042698998002624, doi101017s1464793103006420, doi101038415609a, doi101098rspb19850051, doi101364ao32007484, openalexw1507653370, openalexw1564498658, openalexw1658472922, young1980bioluminescence"
}

Les poissons mésopélagiques se rencontrent dans tous les océans du monde, mais leur abondance et, par conséquent, leur importance écologique restent incertaines. L'estimation mondiale actuelle basée sur l'échantillonnage par filet avant 1980 suggère une abondance mondiale d'un gigatonne (109 t) de poids humide. Ici, nous rapportons de nouvelles preuves d'un évitement efficace de ce type d'échantillonnage par le myctophide le plus courant de l'Atlantique Nord, à savoir Benthosema glaciale. Nous pensons qu'un évitement similaire des filets peut expliquer les estimations d'abondance acoustique systématiquement plus élevées des poissons mésopélagiques provenant de différentes parties des océans du monde. Il semble que l'abondance des poissons mésopélagiques puisse être sous-estimée d'un ordre de grandeur, suggérant que le rôle des poissons mésopélagiques dans les océans pourrait devoir être révisé.

@article{doi103354meps09785,
    author = "Kaartvedt, Stein et Staby, Arved et Aksnes, DL",
    title = "Évitement efficace du chalut par les poissons mésopélagiques entraîne une sous-estimation importante de leur biomasse",
    year = "2012",
    journal = "Marine Ecology Progress Series",
    abstract = "Les poissons mésopélagiques se rencontrent dans tous les océans du monde, mais leur abondance et, par conséquent, leur importance écologique restent incertaines. L'estimation mondiale actuelle basée sur l'échantillonnage par filet avant 1980 suggère une abondance mondiale d'un gigatonne (109 t) de poids humide. Ici, nous rapportons de nouvelles preuves d'un évitement efficace de ce type d'échantillonnage par le myctophide le plus courant de l'Atlantique Nord, à savoir Benthosema glaciale. Nous pensons qu'un évitement similaire des filets peut expliquer les estimations d'abondance acoustique systématiquement plus élevées des poissons mésopélagiques provenant de différentes parties des océans du monde. Il semble que l'abondance des poissons mésopélagiques puisse être sous-estimée d'un ordre de grandeur, suggérant que le rôle des poissons mésopélagiques dans les océans pourrait devoir être révisé.",
    url = "https://doi.org/10.3354/meps09785",
    doi = "10.3354/meps09785",
    openalex = "W2034941158",
    references = "doi101017s1464793103006420"
}

Nous rapportons la découverte d'organes lumineux (photophores) adjacents aux épines défensives dorsales d'un petit requin-lanterne des eaux profondes (Etmopterus spinax). En utilisant un modèle visuel basé sur des enregistrements de luminescence in vivo, nous montrons que cette présentation lumineuse inhabituelle serait détectable par les prédateurs potentiels du requin depuis plusieurs mètres. Nous démontrons également que la luminescence émise par les photophores associés aux épines (SAPs) peut être vue à travers les épines minéralisées, qui sont partiellement translucides. Ces résultats suggèrent que les SAPs fonctionnent, soit en imitant la forme des épines, soit en émettant de la lumière à travers elles, comme un dissuasion visuelle unique pour les prédateurs. Cette présentation dorsale d'avertissement ostensible est un complément surprenant au camouflage lumineux ventral (contre-illumination) du requin.

@article{doi101038srep01308,
    author = "Claes, Julien M. et Dean, Mason N. et Nilsson, Dan-Eric et Hart, Nathan S. et Mallefet, Jérôme",
    title = "Un poisson des eaux profondes avec des « sabres laser » – luminescence associée aux épines dorsales chez un requin-lanterne contre-illuminant",
    year = "2013",
    journal = "Scientific Reports",
    abstract = "Nous rapportons la découverte d'organes lumineux (photophores) adjacents aux épines défensives dorsales d'un petit requin-lanterne des eaux profondes (Etmopterus spinax). En utilisant un modèle visuel basé sur des enregistrements de luminescence in vivo, nous montrons que cette présentation lumineuse inhabituelle serait détectable par les prédateurs potentiels du requin depuis plusieurs mètres. Nous démontrons également que la luminescence émise par les photophores associés aux épines (SAPs) peut être vue à travers les épines minéralisées, qui sont partiellement translucides. Ces résultats suggèrent que les SAPs fonctionnent, soit en imitant la forme des épines, soit en émettant de la lumière à travers elles, comme un dissuasion visuelle unique pour les prédateurs. Cette présentation dorsale d'avertissement ostensible est un complément surprenant au camouflage lumineux ventral (contre-illumination) du requin.",
    url = "https://doi.org/10.1038/srep01308",
    doi = "10.1038/srep01308",
    openalex = "W1965517630",
    references = "doi101016jcub201108012, doi101016jcub201110014, doi101016jcub201202031, doi101093beheco141103, doi101098rspb19850051, doi101126science1174269, doi101139z97838, doi1011426102, doi101146annurevmarine120308081028, openalexw1511461941"
}

Avec une estimation actuelle d'environ 1 000 millions de tonnes, les poissons mésopélagiques dominent probablement la biomasse totale des poissons dans le monde. Cependant, des observations acoustiques récentes montrent que la biomasse des poissons mésopélagiques pourrait être significativement plus élevée que l'estimation actuelle. Ici, nous combinons la modélisation et une analyse de sensibilité des observations acoustiques issues de l'expédition de circumnavigation Malaspina 2010 pour montrer que l'estimation précédente doit être révisée à au moins un ordre de grandeur supérieur. Nous montrons qu'il existe une relation étroite entre la biomasse des poissons en haute mer et la production primaire, et que l'efficacité du transfert d'énergie du phytoplancton aux poissons mésopélagiques en haute mer est supérieure à ce qui est généralement supposé. Nos résultats indiquent que le rôle des poissons mésopélagiques dans les écosystèmes océaniques et les cycles biogéochimiques océaniques mondiaux doit être révisé, car ils pourraient respirer environ 10 % de la production primaire dans les eaux profondes.

@article{doi101038ncomms4271,
    author = "Irigoien, Xabier et Klevjer, Thor A. et Røstad, Anders et Martínez, Udane et Boyra, Guillermo et Acuña, José Luis et Bode, Antonio et Echevarrı́a, Fidel et González-Gordillo, J. Ignacio et Hernández‐León, Santiago et Agustı́, Susana et Aksnes, Dag L. et Duarte, Carlos M. et Kaartvedt, Stein",
    title = "Large mesopelagic fishes biomass and trophic efficiency in the open ocean",
    year = "2014",
    journal = "Nature Communications",
    abstract = "Avec une estimation actuelle de \textasciitilde 1 000 millions de tonnes, les poissons mésopélagiques dominent probablement la biomasse totale des poissons dans le monde. Cependant, des observations acoustiques récentes montrent que la biomasse des poissons mésopélagiques pourrait être significativement plus élevée que l'estimation actuelle. Ici, nous combinons la modélisation et une analyse de sensibilité des observations acoustiques issues de l'expédition de circumnavigation Malaspina 2010 pour montrer que l'estimation précédente doit être révisée à au moins un ordre de grandeur supérieur. Nous montrons qu'il existe une relation étroite entre la biomasse des poissons en haute mer et la production primaire, et que l'efficacité du transfert d'énergie du phytoplancton aux poissons mésopélagiques en haute mer est supérieure à ce qui est généralement supposé. Nos résultats indiquent que le rôle des poissons mésopélagiques dans les écosystèmes océaniques et les cycles biogéochimiques océaniques mondiaux doit être révisé, car ils pourraient respirer \textasciitilde 10 % de la production primaire dans les eaux profondes.",
    url = "https://doi.org/10.1038/ncomms4271",
    doi = "10.1038/ncomms4271",
    openalex = "W2099984711",
    references = "doi1010160304380092900168, doi101017cbo9780511623370, doi101038374255a0, doi10108010618600199610474713, doi1011111467988400145, doi101111j16000587200906299x, doi101111j20070906759005171x, doi101126science166390172, doi101357002224007781567621, doi1023073996, doi104319lo19974210001"
}

@incollection{björn2015bioluminescence,
    author = "Björn, Lars Olof et Ghiradella, Helen",
    title = "Bioluminescence",
    year = "2015",
    booktitle = "Photobiologie",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-1-4939-1468-5\_26",
    doi = "10.1007/978-1-4939-1468-5\_26",
    pages = "399-413"
}

Résumé Les méthodes d'enquête acoustique sont utiles pour estimer la répartition, l'abondance et la biomasse des poissons mésopélagiques, un composant clé des écosystèmes océaniques ouverts. Cependant, les poissons mésopélagiques posent plusieurs défis pour l'estimation de la biomasse acoustique en raison de leur petite taille, de leur large gamme de profondeurs, d'agrégations mixtes et de la rétrodiffusion acoustique dépendante de la longueur, ce qui les différencie des poissons épipélagiques et néritiques plus grands pour lesquels ces méthodes ont été développées. Principalement, il y a un fort effet de la profondeur sur la résonance de la vessie natatoire, de sorte que les enquêtes acoustiques sur les poissons mésopélagiques doivent intégrer une stratification par profondeur. De plus, les juvéniles de 1 à 3 cm de nombreuses espèces sont non seulement plus abondants, mais peuvent également être de plus forts rétrodiffuseurs acoustiques que les adultes plus grands qui constituent la majeure partie de la biomasse. Les espèces dominantes en termes de biomasse peuvent ainsi être de faibles rétrodiffuseurs acoustiques. L'échec d'intégrer correctement la profondeur, la distribution complète de la taille et certaines espèces moins abondantes dans les analyses acoustiques mésopélagiques pourrait entraîner des erreurs dans l'estimation de la biomasse allant jusqu'à trois ordres de grandeur. Ainsi, une validation approfondie, ou « ground-truthing », de la composition des espèces, de la structure de la profondeur, de la distribution de la taille de la population, de l'efficacité de capture du dispositif d'échantillonnage et des propriétés acoustiques des poissons présents est critique pour des estimations acoustiques crédibles de la biomasse des poissons mésopélagiques. Ce n'est pas insurmontable, mais nécessite plus de données annexes que ce qui est généralement collecté.

@article{doi101093icesjmsfsv023,
    author = "Davison, Peter C. et Koslow, J. Anthony et Kloser, Rudy",
    title = "Estimation de la biomasse acoustique des poissons mésopélagiques : rétrodiffusion à partir d'individus, de populations et de communautés",
    year = "2015",
    journal = "ICES Journal of Marine Science",
    abstract = "Résumé Les méthodes d'enquête acoustique sont utiles pour estimer la répartition, l'abondance et la biomasse des poissons mésopélagiques, un composant clé des écosystèmes océaniques ouverts. Cependant, les poissons mésopélagiques posent plusieurs défis pour l'estimation de la biomasse acoustique en raison de leur petite taille, de leur large gamme de profondeurs, d'agrégations mixtes et de la rétrodiffusion acoustique dépendante de la longueur, ce qui les différencie des poissons épipélagiques et néritiques plus grands pour lesquels ces méthodes ont été développées. Principalement, il y a un fort effet de la profondeur sur la résonance de la vessie natatoire, de sorte que les enquêtes acoustiques sur les poissons mésopélagiques doivent intégrer une stratification par profondeur. De plus, les juvéniles de 1 à 3 cm de nombreuses espèces sont non seulement plus abondants, mais peuvent également être de plus forts rétrodiffuseurs acoustiques que les adultes plus grands qui constituent la majeure partie de la biomasse. Les espèces dominantes en termes de biomasse peuvent ainsi être de faibles rétrodiffuseurs acoustiques. L'échec d'intégrer correctement la profondeur, la distribution complète de la taille et certaines espèces moins abondantes dans les analyses acoustiques mésopélagiques pourrait entraîner des erreurs dans l'estimation de la biomasse allant jusqu'à trois ordres de grandeur. Ainsi, une validation approfondie, ou « ground-truthing », de la composition des espèces, de la structure de la profondeur, de la distribution de la taille de la population, de l'efficacité de capture du dispositif d'échantillonnage et des propriétés acoustiques des poissons présents est critique pour des estimations acoustiques crédibles de la biomasse des poissons mésopélagiques. Ce n'est pas insurmontable, mais nécessite plus de données annexes que ce qui est généralement collecté.",
    url = "https://doi.org/10.1093/icesjms/fsv023",
    doi = "10.1093/icesjms/fsv023",
    openalex = "W2042361955"
}

Même s'ils apparaissent dépourvus de caractéristiques à nos yeux, les océans ouverts constituent un environnement hautement variable pour les observateurs sensibles à la polarisation. Des arrière-plans visuels dynamiques couplés à des rencontres avec des prédateurs venant de toutes les directions rendent ce habitat l'un des plus difficiles pour le camouflage. Nous avons testé le cryptisme en eau ouverte dans la nature en collectant plus de 1500 mesures de vidéopolarimétrie à partir de poissons vivants provenant d'habitats distincts dans diverses conditions d'observation. Les espèces de poissons d'eau ouverte ont présenté un camouflage supérieur à celui des poissons de la côte proche et des surfaces miroir, avec un cryptisme significativement plus élevé aux angles associés à la détection et à la poursuite par les prédateurs. Des mesures histologiques ont révélé que des arrangements spécifiques de plaquettes de guanine réfléchissantes dans la peau du poisson produisent des modifications de polarisation dépendantes de l'angle pour le polarocrypsis en eau ouverte, suggérant un mécanisme par lequel la sélection naturelle façonne les propriétés de réflexion dans cet environnement complexe.

@article{doi101126scienceaad5284,
    author = "Brady, Parrish et Gilerson, Alexander et Kattawar, George W. et Sullivan, James M. et Twardowski, Michael et Dierssen, Heidi M. et Gao, Meng et Travis, Kort et Etheredge, Robert Ian et Tonizzo, Alberto et Ibrahim, Amir et Carrizo, Carlos et Gu, Yalong et Russell, Brandon et Mislinski, Kathryn et Zhao, Shulei et Cummings, Molly E.",
    title = "Les poissons d'eau ouverte révèlent une solution omnidirectionnelle au camouflage dans des environnements polarisés",
    year = "2015",
    journal = "Science",
    abstract = "Même s'ils apparaissent dépourvus de caractéristiques à nos yeux, les océans ouverts constituent un environnement hautement variable pour les observateurs sensibles à la polarisation. Des arrière-plans visuels dynamiques couplés à des rencontres avec des prédateurs venant de toutes les directions rendent ce habitat l'un des plus difficiles pour le camouflage. Nous avons testé le cryptisme en eau ouverte dans la nature en collectant plus de 1500 mesures de vidéopolarimétrie à partir de poissons vivants provenant d'habitats distincts dans diverses conditions d'observation. Les espèces de poissons d'eau ouverte ont présenté un camouflage supérieur à celui des poissons de la côte proche et des surfaces miroir, avec un cryptisme significativement plus élevé aux angles associés à la détection et à la poursuite par les prédateurs. Des mesures histologiques ont révélé que des arrangements spécifiques de plaquettes de guanine réfléchissantes dans la peau du poisson produisent des modifications de polarisation dépendantes de l'angle pour le polarocrypsis en eau ouverte, suggérant un mécanisme par lequel la sélection naturelle façonne les propriétés de réflexion dans cet environnement complexe.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.aad5284",
    doi = "10.1126/science.aad5284",
    openalex = "W2290428086",
    references = "doi101146annurevmarine010213135018"
}

La bioluminescence (BL) est un phénomène spectaculaire impliquant l'émission de lumière par des organismes vivants. Elle est causée par l'oxydation d'une petite molécule organique, la luciférine, avec l'oxygène moléculaire, ce qui est catalysé par l'enzyme la luciférase. Dans la nature, il existe environ 30 systèmes de BL différents, dont seuls 9 ont été étudiés à divers degrés en termes de leurs mécanismes réactionnels. Une vaste gamme de techniques analytiques in vitro et in vivo ont été développées sur la base de la BL, y compris des tests pour différents analytes, des immunoessais, des essais d'expression génique, le criblage de médicaments, l'imagerie biologique d'organismes vivants, des études sur le cancer, l'investigation des maladies infectieuses et la surveillance environnementale. Cette revue vise à couvrir les principales applications existantes de la bioluminescence dans le contexte de la diversité des luciférases et de leurs substrats, les luciférines. En particulier, les propriétés et les applications de la d-luciférine, de la coelentérazine, des luciférines bactériennes, de Cypridina et des dinoflagellés et leurs analogues, ainsi que leurs luciférases correspondantes, sont décrites. Enfin, quatre autres systèmes bioluminescents rarement étudiés (ceux de la patelle Latia, des vers de terre Diplocardia et Fridericia et des champignons supérieurs), qui sont prometteurs pour un usage futur, sont également discutés.

@article{doi101039c6cs00296j,
    author = "Kaskova, Zinaïda M. et Tsarkova, Aleksandra S. et Yampolsky, Ilia V.",
    title = "1001 lumières : luciférines, luciférases, leurs mécanismes d'action et applications en analyse chimique, biologie et médecine",
    year = "2016",
    journal = "Chemical Society Reviews",
    abstract = "La bioluminescence (BL) est un phénomène spectaculaire impliquant l'émission de lumière par des organismes vivants. Elle est causée par l'oxydation d'une petite molécule organique, la luciférine, avec l'oxygène moléculaire, ce qui est catalysé par l'enzyme la luciférase. Dans la nature, il existe environ 30 systèmes de BL différents, dont seuls 9 ont été étudiés à divers degrés en termes de leurs mécanismes réactionnels. Une vaste gamme de techniques analytiques in vitro et in vivo ont été développées sur la base de la BL, y compris des tests pour différents analytes, des immunoessais, des essais d'expression génique, le criblage de médicaments, l'imagerie biologique d'organismes vivants, des études sur le cancer, l'investigation des maladies infectieuses et la surveillance environnementale. Cette revue vise à couvrir les principales applications existantes de la bioluminescence dans le contexte de la diversité des luciférases et de leurs substrats, les luciférines. En particulier, les propriétés et les applications de la d-luciférine, de la coelentérazine, des luciférines bactériennes, de Cypridina et des dinoflagellés et leurs analogues, ainsi que leurs luciférases correspondantes, sont décrites. Enfin, quatre autres systèmes bioluminescents rarement étudiés (ceux de la patelle Latia, des vers de terre Diplocardia et Fridericia et des champignons supérieurs), qui sont prometteurs pour un usage futur, sont également discutés.",
    url = "https://doi.org/10.1039/c6cs00296j",
    doi = "10.1039/c6cs00296j",
    openalex = "W2518749305",
    references = "doi1011426102"
}

La bioluminescence est principalement un phénomène marin, avec 80 % des genres métazoaires bioluminescents se produisant dans les océans du monde. Ici, nous montrons que la bioluminescence a évolué de manière répétée et est phylogénétiquement répandue chez les poissons à nageoires rayonnées. Nous avons identifié 27 événements évolutifs indépendants de bioluminescence, tous au sein de lignées de poissons marins. Cette découverte indique que la bioluminescence a évolué bien plus de fois que précédemment supposé chez les poissons et l'arbre de la vie. Notre exploration des modèles macroévolutifs des lignées bioluminescentes indique que la diversité actuelle de certaines lignées de poissons bioluminescents côtiers et profonds qui utilisent la bioluminescence pour la communication, l'alimentation et la reproduction présente une richesse spécifique exceptionnelle compte tenu de l'âge du clade. Nous montrons que cette richesse spécifique exceptionnelle se produit particulièrement chez les poissons profonds dotés de systèmes bioluminescents intrinsèques et chez les lignées d'eau peu profonde et profonde dotées de systèmes luminescents utilisés pour la communication.

@article{doi101371journalpone0155154,
    author = "Davis, Matthew P. et Sparks, John S. et Smith, William L.",
    title = "Évolution répandue et multiple de la bioluminescence chez les poissons marins",
    year = "2016",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "La bioluminescence est principalement un phénomène marin, avec 80 % des genres métazoaires bioluminescents se produisant dans les océans du monde. Ici, nous montrons que la bioluminescence a évolué de manière répétée et est phylogénétiquement répandue chez les poissons à nageoires rayonnées. Nous avons identifié 27 événements évolutifs indépendants de bioluminescence, tous au sein de lignées de poissons marins. Cette découverte indique que la bioluminescence a évolué bien plus de fois que précédemment supposé chez les poissons et l'arbre de la vie. Notre exploration des modèles macroévolutifs des lignées bioluminescentes indique que la diversité actuelle de certaines lignées de poissons bioluminescents côtiers et profonds qui utilisent la bioluminescence pour la communication, l'alimentation et la reproduction présente une richesse spécifique exceptionnelle compte tenu de l'âge du clade. Nous montrons que cette richesse spécifique exceptionnelle se produit particulièrement chez les poissons profonds dotés de systèmes bioluminescents intrinsèques et chez les lignées d'eau peu profonde et profonde dotées de systèmes luminescents utilisés pour la communication.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0155154",
    doi = "10.1371/journal.pone.0155154",
    openalex = "W2417326502",
    references = "doi101002bio1170010303, doi101073pnas0811087106, doi101073pnas1206625109, doi10108010635150490522232, doi101093bioinformaticsbtm538, doi101093molbevmsn083, doi101093nargkf436, doi101111j001438202001tb00826x, doi101126science1174269, doi101146annurevmarine120308081028, doi101186147121487214, doi101186s1286201504466"
}

La bioluminescence est un phénomène fascinant se produisant chez de nombreux taxons animaux dans l'océan. Le poisson-lanterne Anomalops katoptron, qui vit sur les récifs, peut être trouvé en grands bancs pendant les nuits sans lune dans les eaux peu profondes des récifs coralliens et dans l'eau environnante ouverte. Anomalops katoptron produit des motifs de clignotement frappants avec des bactéries symbiotiques dans ses organes lumineux sous-oculaires. Nous avons examiné la fréquence de clignotement chez A. katoptron dans diverses conditions de laboratoire. La nuit, A. katoptron nage en bancs approximativement parallèlement à ses congénères et affiche des fréquences de clignotement élevées d'environ 90 clignotements/minute avec des durées d'allumage et d'extinction égales. Cependant, lorsque des proies planctoniques sont détectées dans le bac expérimental, le temps d'ouverture augmente par rapport aux temps d'ouverture en l'absence de proies et la fréquence diminue à 20 % par rapport à la fréquence de clignotement la nuit en l'absence de proies planctoniques. Pendant la journée, lorsque le banc est dans une grotte du bac de récif, la fréquence de clignotement diminue à environ 9 clignotements/minute avec des temps d'extinction croissants de l'organe lumineux. Étonnamment, l'A. katoptron non luminescent avec des organes lumineux non fonctionnels affiche les mêmes fréquences de clignotement et les mêmes temps d'ouverture/fermeture des organes lumineux la nuit et le jour que ses congénères luminescents. En présence de plancton, les spécimens non luminescents n'ont montré aucune modification de la fréquence de clignotement et des temps d'ouverture/fermeture par rapport à l'A. katoptron luminescent. Nos expériences réalisées dans un bac de récif corallien montrent que A. katoptron utilise l'éclairage bioluminescent pour détecter les proies planctoniques et que la fréquence de clignotement des organes lumineux d'A. katoptron suit un contrôle exogène par la lumière ambiante.

@article{doi101371journalpone0170489,
    author = "Hellinger, Jens et Jägers, Peter et Donner, Marcel et Sutt, Franziska et Mark, Melanie D. et Senen, Budiono et Tollrian, Ralph et Herlitze, Stefan",
    title = "Le poisson-lanterne Anomalops katoptron utilise la lumière bioluminescente pour détecter ses proies dans le noir",
    year = "2017",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "La bioluminescence est un phénomène fascinant se produisant chez de nombreux taxons animaux dans l'océan. Le poisson-lanterne Anomalops katoptron, qui vit sur les récifs, peut être trouvé en grands bancs pendant les nuits sans lune dans les eaux peu profondes des récifs coralliens et dans l'eau environnante ouverte. Anomalops katoptron produit des motifs de clignotement frappants avec des bactéries symbiotiques dans ses organes lumineux sous-oculaires. Nous avons examiné la fréquence de clignotement chez A. katoptron dans diverses conditions de laboratoire. La nuit, A. katoptron nage en bancs approximativement parallèlement à ses congénères et affiche des fréquences de clignotement élevées d'environ 90 clignotements/minute avec des durées d'allumage et d'extinction égales. Cependant, lorsque des proies planctoniques sont détectées dans le bac expérimental, le temps d'ouverture augmente par rapport aux temps d'ouverture en l'absence de proies et la fréquence diminue à 20 % par rapport à la fréquence de clignotement la nuit en l'absence de proies planctoniques. Pendant la journée, lorsque le banc est dans une grotte du bac de récif, la fréquence de clignotement diminue à environ 9 clignotements/minute avec des temps d'extinction croissants de l'organe lumineux. Étonnamment, l'A. katoptron non luminescent avec des organes lumineux non fonctionnels affiche les mêmes fréquences de clignotement et les mêmes temps d'ouverture/fermeture des organes lumineux la nuit et le jour que ses congénères luminescents. En présence de plancton, les spécimens non luminescents n'ont montré aucune modification de la fréquence de clignotement et des temps d'ouverture/fermeture par rapport à l'A. katoptron luminescent. Nos expériences réalisées dans un bac de récif corallien montrent que A. katoptron utilise l'éclairage bioluminescent pour détecter les proies planctoniques et que la fréquence de clignotement des organes lumineux d'A. katoptron suit un contrôle exogène par la lumière ambiante.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0170489",
    doi = "10.1371/journal.pone.0170489",
    openalex = "W2586945288",
    references = "doi101007bf00163984, doi101007bf00300175, doi101007bf00428634, doi101038srep01308, doi101038srep04328, doi101126science1174269, doi101146annurevmarine120308081028, doi101242jeb012880, doi101371journalpone0155154, doi1018900012965820010822177icacia20co2, doi1018900903131"
}

Résumé La communauté mésopélagique est importante pour le transport du carbone océanique vers le bas et constitue une source alimentaire potentielle pour les humains. Les estimations de la biomasse globale des poissons mésopélagiques varient considérablement (entre 1 et 20 Gt). Ici, nous développons un modèle de biomasse globale des poissons mésopélagiques utilisant la rétrodiffusion acoustique à 38 kHz diurne provenant des couches de diffusion profonde. La rétrodiffusion du modèle provient principalement de poissons et de siphonophores, mais les proportions relatives de siphonophores et de poissons, ainsi que plusieurs paramètres du modèle, sont incertaines. Nous utilisons des simulations pour estimer la biomasse et la variance de la biomasse déterminée sur trois scénarios différents ; S1, où tous les poissons ont des vessies natatoires remplies de gaz, et S2 et S3, où une proportion de poissons n'en ont pas. Nos estimations de la biomasse ont varié de 1,8 à 16 Gt (intervalles de quartiles 25–75 %), et les valeurs médianes de S1 à S3 étaient respectivement de 3,8, 4,6 et 8,3 Gt. Une analyse de sensibilité montre que, pour toute quantité donnée de rétrodiffusion de poissons, le volume de la vessie natatoire du poisson, sa distribution de taille et son rapport d'aspect sont les paramètres qui causent la plus grande variation (c'est-à-dire qui entraînent la plus grande incertitude) dans l'estimation de la biomasse. La détermination de ces paramètres devrait être prioritaire dans les études futures, tout comme la détermination de la proportion de rétrodiffusion due aux siphonophores.

@article{doi101093icesjmsfsy037,
    author = "Proud, Roland et Handegard, Nils Olav et Kloser, Rudy et Cox, Martin J. et Brierley, Andrew S.",
    title = "Des siphonophores aux couches de diffusion profonde : intervalles d'incertitude pour l'estimation de la biomasse globale des poissons mésopélagiques",
    year = "2018",
    journal = "ICES Journal of Marine Science",
    abstract = "Résumé La communauté mésopélagique est importante pour le transport du carbone océanique vers le bas et constitue une source alimentaire potentielle pour les humains. Les estimations de la biomasse globale des poissons mésopélagiques varient considérablement (entre 1 et 20 Gt). Ici, nous développons un modèle de biomasse globale des poissons mésopélagiques utilisant la rétrodiffusion acoustique à 38 kHz diurne provenant des couches de diffusion profonde. La rétrodiffusion du modèle provient principalement de poissons et de siphonophores, mais les proportions relatives de siphonophores et de poissons, ainsi que plusieurs paramètres du modèle, sont incertaines. Nous utilisons des simulations pour estimer la biomasse et la variance de la biomasse déterminée sur trois scénarios différents ; S1, où tous les poissons ont des vessies natatoires remplies de gaz, et S2 et S3, où une proportion de poissons n'en ont pas. Nos estimations de la biomasse ont varié de 1,8 à 16 Gt (intervalles de quartiles 25–75 %), et les valeurs médianes de S1 à S3 étaient respectivement de 3,8, 4,6 et 8,3 Gt. Une analyse de sensibilité montre que, pour toute quantité donnée de rétrodiffusion de poissons, le volume de la vessie natatoire du poisson, sa distribution de taille et son rapport d'aspect sont les paramètres qui causent la plus grande variation (c'est-à-dire qui entraînent la plus grande incertitude) dans l'estimation de la biomasse. La détermination de ces paramètres devrait être prioritaire dans les études futures, tout comme la détermination de la proportion de rétrodiffusion due aux siphonophores.",
    url = "https://doi.org/10.1093/icesjms/fsy037",
    doi = "10.1093/icesjms/fsy037",
    openalex = "W2800543464",
    references = "doi101016jtree201303008, doi103389fmars201600181"
}

CONTEXTE : Dans l'obscurité des océans, un nombre impressionnant de taxons ont évolué pour acquérir la capacité d'émettre de la lumière. De nombreux organismes mésopélagiques émettent une lueur ventrale faible qui correspond à la lumière résiduelle de l'environnement afin de se camoufler (fonction de contre-illumination). Les requins utilisent leur bioluminescence principalement à cette fin. Des marques latérales spécifiques ont été observées chez les requins Etmopteridae (l'une des deux familles de requins lumineux connues), suggérant une reconnaissance inter/intra-spécifique. À l'inverse, les motifs de bioluminescence dorsaux sont rares chez ces organismes des profondeurs marines. RÉSULTATS : Les motifs de bioluminescence dorsaux existent. Ces motifs dorsaux consistent en des lignes spécifiques d'organes lumineux, appelés photophores, sur le rostre, la zone dorsale et à la périphérie de la nageoire dorsale. Cette lumière dorsale semble être en contraste avec le rôle de contre-illumination des photophores ventraux. Cependant, les photophores cutanés entourant les épines dorsales défensives montrent un motif précis soutenant une fonction d'avertissement pour cette bioluminescence. En utilisant l'imagerie in situ, l'analyse morphologique et histologique, nous avons reconstruit le motif d'émission de lumière dorsale chez ces espèces, en mettant l'accent sur la peau photogénique associée à l'épine. L'analyse des images vidéo a validé, pour la première fois, la fonction défensive des épines dorsales. Enfin, nous n'avons trouvé aucune preuve que les Etmopteridae possèdent des glandes associées aux épines venimeuses, présentes chez les Squalidae et les Heterodontidae, via des IRM et des scanners CT. CONCLUSION : Ce travail met en évidence, pour la première fois, un motif lumineux dorsal spécifique à l'espèce chez trois espèces de requins-lanternes des profondeurs marines. Nous suggérons une utilisation aposematique de la bioluminescence pour révéler la présence des épines dorsales. Malgré l'absence d'appareil venimeux, l'utilisation défensive des épines est documentée pour la première fois in situ par des enregistrements vidéo.

@article{doi101186s4085101901262,
    author = "Duchatelet, Laurent et Pinte, Nicolas et Tomita, Taketeru et Sato, Keiichi et Mallefet, Jérôme",
    title = "Bioluminescence des Etmopteridae : spécificité du motif dorsal et utilisation aposematique",
    year = "2019",
    journal = "Zoological Letters",
    abstract = "CONTEXTE : Dans l'obscurité des océans, un nombre impressionnant de taxons ont évolué pour acquérir la capacité d'émettre de la lumière. De nombreux organismes mésopélagiques émettent une lueur ventrale faible qui correspond à la lumière résiduelle de l'environnement afin de se camoufler (fonction de contre-illumination). Les requins utilisent leur bioluminescence principalement à cette fin. Des marques latérales spécifiques ont été observées chez les requins Etmopteridae (l'une des deux familles de requins lumineux connues), suggérant une reconnaissance inter/intra-spécifique. À l'inverse, les motifs de bioluminescence dorsaux sont rares chez ces organismes des profondeurs marines. RÉSULTATS : Les motifs de bioluminescence dorsaux existent. Ces motifs dorsaux consistent en des lignes spécifiques d'organes lumineux, appelés photophores, sur le rostre, la zone dorsale et à la périphérie de la nageoire dorsale. Cette lumière dorsale semble être en contraste avec le rôle de contre-illumination des photophores ventraux. Cependant, les photophores cutanés entourant les épines dorsales défensives montrent un motif précis soutenant une fonction d'avertissement pour cette bioluminescence. En utilisant l'imagerie in situ, l'analyse morphologique et histologique, nous avons reconstruit le motif d'émission de lumière dorsale chez ces espèces, en mettant l'accent sur la peau photogénique associée à l'épine. L'analyse des images vidéo a validé, pour la première fois, la fonction défensive des épines dorsales. Enfin, nous n'avons trouvé aucune preuve que les Etmopteridae possèdent des glandes associées aux épines venimeuses, présentes chez les Squalidae et les Heterodontidae, via des IRM et des scanners CT. CONCLUSION : Ce travail met en évidence, pour la première fois, un motif lumineux dorsal spécifique à l'espèce chez trois espèces de requins-lanternes des profondeurs marines. Nous suggérons une utilisation aposematique de la bioluminescence pour révéler la présence des épines dorsales. Malgré l'absence d'appareil venimeux, l'utilisation défensive des épines est documentée pour la première fois in situ par des enregistrements vidéo.",
    url = "https://doi.org/10.1186/s40851-019-0126-2",
    doi = "10.1186/s40851-019-0126-2",
    openalex = "W2937650742",
    references = "doi101038srep04328, doi101186s1286201504466"
}

Les poissons en banc, comme les oiseaux en vol et les insectes en essaim, présentent une coordination comportementale remarquable. Bien que plus de 25 % des espèces de poissons exhibent un comportement en banc, le bancage nocturne a rarement été observé ou rapporté. Cela est dû au fait que la vision est la modalité principale pour le bancage, ce qui est corroboré par le fait que la plupart des bancs de poissons se dispersent à des niveaux de lumière extrêmement faibles. Ici, nous rapportons une grande aggregation de poissons-lanternes bioluminescents Anomalops katoptron qui ont exhibé un comportement de bancage nocturne lors de plusieurs phases lunaires, y compris la nouvelle lune. Les données ont été enregistrées avec une série d'appareils d'imagerie à faible luminosité, y compris une caméra scientifique à semi-conducteur complémentaire (sCMOS) à haute vitesse et haute résolution. L'analyse d'images a révélé un bancage nocturne utilisant des affichages d'éclats bioluminescents synchronisés, et a démontré que la synchronie du mouvement du banc présente une corrélation avec la vitesse de nage relative. Un modèle informatique du comportement de bancage des poissons-lanternes montre qu'un petit pourcentage d'individus doivent exhiber de la bioluminescence afin que la cohésion du banc soit maintenue. Le bancage des poissons-lanternes est unique parmi les poissons, en ce que la bioluminescence permet le bancage dans des conditions d'absence de lumière ambiante. En outre, certains membres peuvent toujours participer au banc sans exhiber activement leur bioluminescence. L'analyse d'images de nos données de terrain et du modèle démontre que si un petit pourcentage de poissons devient motivé à changer de direction, le reste du banc suit. L'utilisation de la bioluminescence par les poissons-lanternes pour permettre le bancage en eau peu profonde ajoute une application écologique supplémentaire à la bioluminescence et suggère que le comportement de bancage chez les poissons bioluminescents mésopélagiques peut également être médié par des affichages lumineux.

@article{doi101371journalpone0219852,
    author = "Gruber, David F. et Phillips, Brennan et O'Brien, Rory et Boominathan, Vivek et Veeraraghavan, Ashok et Vasan, Ganesh et O'Brien, Peter et Pieribone, Vincent A. et Sparks, John S.",
    title = "Les éclats bioluminescents pilotent le comportement d'école nocturne et la dynamique de nage synchronisée chez les poissons-lanternes",
    year = "2019",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "Les poissons en banc, comme les oiseaux en vol et les insectes en essaim, présentent une coordination comportementale remarquable. Bien que plus de 25 % des espèces de poissons exhibent un comportement en banc, le bancage nocturne a rarement été observé ou rapporté. Cela est dû au fait que la vision est la modalité principale pour le bancage, ce qui est corroboré par le fait que la plupart des bancs de poissons se dispersent à des niveaux de lumière extrêmement faibles. Ici, nous rapportons une grande aggregation de poissons-lanternes bioluminescents Anomalops katoptron qui ont exhibé un comportement de bancage nocturne lors de plusieurs phases lunaires, y compris la nouvelle lune. Les données ont été enregistrées avec une série d'appareils d'imagerie à faible luminosité, y compris une caméra scientifique à semi-conducteur complémentaire (sCMOS) à haute vitesse et haute résolution. L'analyse d'images a révélé un bancage nocturne utilisant des affichages d'éclats bioluminescents synchronisés, et a démontré que la synchronie du mouvement du banc présente une corrélation avec la vitesse de nage relative. Un modèle informatique du comportement de bancage des poissons-lanternes montre qu'un petit pourcentage d'individus doivent exhiber de la bioluminescence afin que la cohésion du banc soit maintenue. Le bancage des poissons-lanternes est unique parmi les poissons, en ce que la bioluminescence permet le bancage dans des conditions d'absence de lumière ambiante. En outre, certains membres peuvent toujours participer au banc sans exhiber activement leur bioluminescence. L'analyse d'images de nos données de terrain et du modèle démontre que si un petit pourcentage de poissons devient motivé à changer de direction, le reste du banc suit. L'utilisation de la bioluminescence par les poissons-lanternes pour permettre le bancage en eau peu profonde ajoute une application écologique supplémentaire à la bioluminescence et suggère que le comportement de bancage chez les poissons bioluminescents mésopélagiques peut également être médié par des affichages lumineux.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0219852",
    doi = "10.1371/journal.pone.0219852",
    openalex = "W2969004747",
    references = "doi101371journalpone0170489"
}

@article{kaartvedt2019herding,
    author = "Kaartvedt, S et Røstad, A et Opdal, AF et Aksnes, DL",
    title = "Herding mesopelagic fish by light",
    year = "2019",
    journal = "Marine Ecology Progress Series",
    url = "https://doi.org/10.3354/meps13079",
    doi = "10.3354/meps13079",
    openalex = "W2963936192",
    pages = "225-231",
    volume = "625",
    references = "doi101016jpocean201305013, doi101017cbo9781139168212, doi101017s1464793103006420, doi101038ncomms4271, doi101038ngeo1837, doi101038srep19873, doi101093icesjmsfsv023, doi101093icesjmsfsy037, doi101139f02076, doi103354meps09785"
}

@misc{cornils2020bioluminescence,
    author = "Cornils, B.",
    title = "bioluminescence",
    year = "2020",
    booktitle = "Catalyse de A à Z",
    url = "https://doi.org/10.1002/9783527809080.cataz01966",
    doi = "10.1002/9783527809080.cataz01966"
}

Si les poissons mésopélagiques réagissent à la lumière naturelle (par exemple, la migration verticale diurne), peu d'études ont examiné comment ils réagissent à la lumière artificielle et si les lumières artificielles pourraient être utilisées dans les opérations commerciales pour améliorer la capturabilité des poissons mésopélagiques. Ici, nous présentons une étude préliminaire sur la façon dont les organismes mésopélagiques réagissent aux projecteurs bleus et verts, ainsi qu'aux lumières diffusées rouges et blanches dans le Masfjorden (Norvège ; profondeur maximale de 480 m). La réponse des organismes dans chacune des trois couches de diffusion acoustique (SSL) a été observée lorsque a) les lumières artificielles étaient positionnées dans une couche ou b) déplacées à une vitesse constante (généralement 0,03 ms−1) vers une couche. Les lumières artificielles étaient attachées à un dispositif équipé d'un sondeur autonome, qui enregistrait l'évitement vertical et horizontal des organismes dans chaque SSL face à différentes lumières artificielles. Les traînées de filets (MIC-net) et les images vidéo ont confirmé que Maurolicus muelleri et les siphonophores étaient présents dans la couche supérieure (100–150 m), tandis que Benthosema glaciale étaient présents dans les couches plus profondes (∼200 m et ∼300 m jusqu'au fond). Nos résultats suggèrent que M. muelleri (SSL1) évite horizontalement le projecteur bleu et la lumière diffuse blanche, tandis que B. glaciale (SSL2 et SSL3) évite principalement ces mêmes lumières vers le bas et peut être conduit vers le bas sur plus de 250 m. Bien que cette étude devrait être considérée comme préliminaire, la réponse d'évitement/conduite observée suggère que les lumières artificielles pourraient être appliquées pour améliorer les méthodes existantes de capture de poissons pour les poissons mésopélagiques.

@article{doi101016jaaf202005002,
    author = "Underwood, Melanie J. et Utne-Palm, Anne Christine et Øvredal, Jan Tore et Bjordal, Åsmund",
    title = "La réponse des organismes mésopélagiques aux lumières artificielles",
    year = "2020",
    journal = "Aquaculture and Fisheries",
    abstract = "Si les poissons mésopélagiques réagissent à la lumière naturelle (par exemple, la migration verticale diurne), peu d'études ont examiné comment ils réagissent à la lumière artificielle et si les lumières artificielles pourraient être utilisées dans les opérations commerciales pour améliorer la capturabilité des poissons mésopélagiques. Ici, nous présentons une étude préliminaire sur la façon dont les organismes mésopélagiques réagissent aux projecteurs bleus et verts, ainsi qu'aux lumières diffusées rouges et blanches dans le Masfjorden (Norvège ; profondeur maximale de 480 m). La réponse des organismes dans chacune des trois couches de diffusion acoustique (SSL) a été observée lorsque a) les lumières artificielles étaient positionnées dans une couche ou b) déplacées à une vitesse constante (généralement 0,03 ms−1) vers une couche. Les lumières artificielles étaient attachées à un dispositif équipé d'un sondeur autonome, qui enregistrait l'évitement vertical et horizontal des organismes dans chaque SSL face à différentes lumières artificielles. Les traînées de filets (MIC-net) et les images vidéo ont confirmé que Maurolicus muelleri et les siphonophores étaient présents dans la couche supérieure (100–150 m), tandis que Benthosema glaciale étaient présents dans les couches plus profondes (∼200 m et ∼300 m jusqu'au fond). Nos résultats suggèrent que M. muelleri (SSL1) évite horizontalement le projecteur bleu et la lumière diffuse blanche, tandis que B. glaciale (SSL2 et SSL3) évite principalement ces mêmes lumières vers le bas et peut être conduit vers le bas sur plus de 250 m. Bien que cette étude devrait être considérée comme préliminaire, la réponse d'évitement/conduite observée suggère que les lumières artificielles pourraient être appliquées pour améliorer les méthodes existantes de capture de poissons pour les poissons mésopélagiques.",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.aaf.2020.05.002",
    doi = "10.1016/j.aaf.2020.05.002",
    openalex = "W3041631003",
    references = "kaartvedt2019herding"
}

Cette revue présente une synthèse des connaissances sur la bioluminescence des requins. À ce jour, les requins bioluminescents ne sont trouvés que chez les Squaliformes, et plus particulièrement dans les familles des Etmopteridae, Dalatiidae et Somniosidae. Les connaissances de l'état de l'art sur l'évolution, les fonctions écologiques, la structure histologique, la squamation associée et le contrôle physiologique des organes photogéniques de ces requins profonds et insaisissables sont présentées. Une attention particulière est portée à leur mécanisme unique et singulier de contrôle hormonal de la luminescence. Dans ce contexte, l'implication de la photoréception extraoculaire associée aux photophores — qui complète les adaptations visuelles des requins bioluminescents pour percevoir la lumière résiduelle descendante et la luminescence dans un environnement de faible luminosité — dans le contrôle hormonal de la luminescence est détaillée. Les similitudes et différences entre les familles de requins sont soulignées et soutiennent l'hypothèse d'une apparition ancestrale unique de la luminescence chez les élastobranchiens. Enfin, les domaines potentiels pour les recherches futures sur la luminescence des requins sont présentés.

@article{doi103390oceans2040047,
    author = "Duchatelet, Laurent et Claes, Julien M. et Delroisse, Jérôme et Flammang, Patrick et Mallefet, Jérôme",
    title = "Glow on Sharks : État de l'art sur la recherche en bioluminescence",
    year = "2021",
    journal = "Oceans",
    abstract = "Cette revue présente une synthèse des connaissances sur la bioluminescence des requins. À ce jour, les requins bioluminescents ne sont trouvés que chez les Squaliformes, et plus particulièrement dans les familles des Etmopteridae, Dalatiidae et Somniosidae. Les connaissances de l'état de l'art sur l'évolution, les fonctions écologiques, la structure histologique, la squamation associée et le contrôle physiologique des organes photogéniques de ces requins profonds et insaisissables sont présentées. Une attention particulière est portée à leur mécanisme unique et singulier de contrôle hormonal de la luminescence. Dans ce contexte, l'implication de la photoréception extraoculaire associée aux photophores — qui complète les adaptations visuelles des requins bioluminescents pour percevoir la lumière résiduelle descendante et la luminescence dans un environnement de faible luminosité — dans le contrôle hormonal de la luminescence est détaillée. Les similitudes et différences entre les familles de requins sont soulignées et soutiennent l'hypothèse d'une apparition ancestrale unique de la luminescence chez les élastobranchiens. Enfin, les domaines potentiels pour les recherches futures sur la luminescence des requins sont présentés.",
    url = "https://doi.org/10.3390/oceans2040047",
    doi = "10.3390/oceans2040047",
    openalex = "W4200532068",
    references = "doi101007bf02101634, doi101034j160007492000130203x, doi101039c6cs00296j, doi101073pnas2133521100, doi101126science1174269, doi101139g03040, doi101146annurevcellbio141197, doi101146annurevmarine120308081028, doi101152physrev1998783687, doi1012019780203491317"
}

Nous avons évalué l'activité et les schémas de nage des poissons mésopélagiques en mer Rouge en utilisant des sondeurs acoustiques orientés vers le haut, ancrés au fond, déployés à des profondeurs de 555 et 700 m. La couche de diffusion mésopélagique migrant verticalement descendait près du fond pendant la journée. Cela a permis d'évaluer le comportement à des profondeurs mésopélagiques en appliquant le suivi acoustique des cibles pour les individus traversant le faisceau acoustique. L'activité de nage ne correspondait pas à la notion de comportement torpeur dans l'habitat diurne. Les poissons se déplaçaient en continu, avec une direction prédominante vers le bas avant midi et vers le haut après, bien que les individus nagent dans les deux sens à tout moment. Ils nageaient également horizontalement à des vitesses estimées d'∼2,1 cm s⁻¹, suggérant ∼0,5–1 longueur corporelle s⁻¹, en tournant de manière intermittente. Une forte activité à des températures élevées suggère une respiration élevée en profondeur, considérée comme un élément clé de la pompe à carbone active. • Nous avons analysé le comportement de nage in situ des poissons mésopélagiques dans la zone crépusculaire inférieure. • Nous présentons les vitesses de nage et l'activité obtenues à partir d'acoustique stationnaire. • Nous avons trouvé une activité considérable de poissons mésopélagiques migrants à des profondeurs diurnes. • Nos résultats remettent en question une notion commune de comportement diurne torpeur. • Une forte activité à des températures chaudes suggère une respiration élevée en profondeur.

@article{doi101016jdsr2022103897,
    author = "Sobradillo, B et Christiansen, Svenja et Røstad, Anders et Kaartvedt, Stein",
    title = "Nage diurne individuelle des poissons mésopélagiques dans la zone crépusculaire la plus chaude du monde",
    year = "2022",
    journal = "Deep Sea Research Part I Oceanographic Research Papers",
    abstract = "Nous avons évalué l'activité et les schémas de nage des poissons mésopélagiques en mer Rouge en utilisant des sondeurs acoustiques orientés vers le haut, ancrés au fond, déployés à des profondeurs de 555 et 700 m. La couche de diffusion mésopélagique migrant verticalement descendait près du fond pendant la journée. Cela a permis d'évaluer le comportement à des profondeurs mésopélagiques en appliquant le suivi acoustique des cibles pour les individus traversant le faisceau acoustique. L'activité de nage ne correspondait pas à la notion de comportement torpeur dans l'habitat diurne. Les poissons se déplaçaient en continu, avec une direction prédominante vers le bas avant midi et vers le haut après, bien que les individus nagent dans les deux sens à tout moment. Ils nageaient également horizontalement à des vitesses estimées d'∼2,1 cm s⁻¹, suggérant ∼0,5–1 longueur corporelle s⁻¹, en tournant de manière intermittente. Une forte activité à des températures élevées suggère une respiration élevée en profondeur, considérée comme un élément clé de la pompe à carbone active. • Nous avons analysé le comportement de nage in situ des poissons mésopélagiques dans la zone crépusculaire inférieure. • Nous présentons les vitesses de nage et l'activité obtenues à partir d'acoustique stationnaire. • Nous avons trouvé une activité considérable de poissons mésopélagiques migrants à des profondeurs diurnes. • Nos résultats remettent en question une notion commune de comportement diurne torpeur. • Une forte activité à des températures chaudes suggère une respiration élevée en profondeur.",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.dsr.2022.103897",
    doi = "10.1016/j.dsr.2022.103897",
    openalex = "W4306173671",
    references = "kaartvedt2019herding"
}

Les poissons et invertébrés mésopélagiques contribuent à la pompe biologique du carbone (BCP) par des effets directs et indirects sur les flux gravitationnels, diffusifs et migrants (actifs). Ici, nous avons analysé l'effet de ces organismes sur l'exportation et la séquestration totales du carbone en utilisant un modèle de réseau trophique résolu en profondeur idéalisé. Nous avons contraint un scénario de référence avec des observations de la mer Rouge où les poissons mésopélagiques effectuent une migration verticale diurne-noc turne (MVD) étendue, les rendant probablement particulièrement importants pour l'exportation du carbone. Nos résultats sont cohérents avec des études antérieures suggérant que les poissons mésopélagiques alimentent un point chaud d'activité hétérotrophe dans la zone mésopélagique de la mer Rouge. Bien que l'apport de nouveaux nutriments à la zone euphotique soit de premier ordre pour encadrer l'exportation et la séquestration totales du carbone, nous avons trouvé deux effets modulateurs de la MVD des poissons. Premièrement, la MVD améliore la séquestration du carbone car le flux de carbone actif s'atténue moins que les flux gravitationnels et diffusifs, et aussi parce que les migrateurs alimentent le flux gravitationnel profondément dans la zone mésopélagique. Deuxièmement, par des cascades de réseaux trophiques microbiens, la prédation des poissons affecte la contribution relative des flux actifs et passifs avec des conséquences non linéaires et moins intuitives pour l'exportation et la séquestration du carbone. Ces cascades de réseaux trophiques impliquent une variation surprenamment grande de la profondeur de la zone euphotique associée à un « piège à nutriments de diatomées » au fond de la zone euphotique.

@article{doi103354meps14373,
    author = "Aksnes, DL et Løtvedt, AS et Lindemann, Christian et Calleja, María Ll. et Morán, XAG et Kaarvedt, S et Thingstad, T. Frede",
    title = "Effets des poissons mésopélagiques migrateurs sur la pompe biologique du carbone",
    year = "2023",
    journal = "Marine Ecology Progress Series",
    abstract = "Les poissons et invertébrés mésopélagiques contribuent à la pompe biologique du carbone (BCP) par des effets directs et indirects sur les flux gravitationnels, diffusifs et migrants (actifs). Ici, nous avons analysé l'effet de ces organismes sur l'exportation et la séquestration totales du carbone en utilisant un modèle de réseau trophique résolu en profondeur idéalisé. Nous avons contraint un scénario de référence avec des observations de la mer Rouge où les poissons mésopélagiques effectuent une migration verticale diurne-noc turne (MVD) étendue, les rendant probablement particulièrement importants pour l'exportation du carbone. Nos résultats sont cohérents avec des études antérieures suggérant que les poissons mésopélagiques alimentent un point chaud d'activité hétérotrophe dans la zone mésopélagique de la mer Rouge. Bien que l'apport de nouveaux nutriments à la zone euphotique soit de premier ordre pour encadrer l'exportation et la séquestration totales du carbone, nous avons trouvé deux effets modulateurs de la MVD des poissons. Premièrement, la MVD améliore la séquestration du carbone car le flux de carbone actif s'atténue moins que les flux gravitationnels et diffusifs, et aussi parce que les migrateurs alimentent le flux gravitationnel profondément dans la zone mésopélagique. Deuxièmement, par des cascades de réseaux trophiques microbiens, la prédation des poissons affecte la contribution relative des flux actifs et passifs avec des conséquences non linéaires et moins intuitives pour l'exportation et la séquestration du carbone. Ces cascades de réseaux trophiques impliquent une variation surprenamment grande de la profondeur de la zone euphotique associée à un « piège à nutriments de diatomées » au fond de la zone euphotique.",
    url = "https://doi.org/10.3354/meps14373",
    doi = "10.3354/meps14373",
    openalex = "W4384484673",
    references = "kaartvedt2019herding"
}

Dans l'habitat sombre et vaste des eaux profondes, la production de lumière par bioluminescence est couramment utilisée par une large gamme de taxons. Chez les crustacés décapodes, la bioluminescence n'est connue que chez les crevettes (Dendrobranchiata et Caridea) et peut se manifester de différentes manières, notamment par des sécrétions lumineuses utilisées pour effrayer les prédateurs et/ou par des organes lumineux spécialisés appelés photophores, qui fonctionnent en fournissant un camouflage contre la lumière descendant. Les photophores présentent une variation morphologique étendue au sein des familles de décapodes : ils peuvent être internes (d'origine hépatique) ou intégrés dans les tissus de surface (dermiques), et peuvent posséder une lentille externe, suggérant des origines indépendantes et des fonctions multiples. Au sein des Dendrobranchiata, nous rapportons la bioluminescence chez les Sergestidae, Aristeidae et Solenoceridae, et spéculons qu'elle pourrait également être présente chez les Acetidae, Luciferidae, Sicyonellidae, Benthesicymidae et Penaeidae. Au sein des Caridea, nous rapportons la bioluminescence chez les Acanthephyridae, Oplophoridae, Pandalidae et de nouvelles observations pour les Pasiphaeidae. Cette revue complète inclut la littérature taxonomique historique et des études récentes investiguant la bioluminescence chez toutes les familles de crevettes pélagiques et benthiques profondes. Dans l'ensemble, nous rapportons une bioluminescence connue ou suspectée chez 157 espèces réparties dans 12 familles de crevettes décapodes, augmentant les enregistrements précédents d'espèces bioluminescentes de 65 %. Les preuves croissantes issues d'observations personnelles et de la littérature nous permettent de spéculer sur la présence d'organes lumineux chez plusieurs familles réputées ne pas présenter de bioluminescence, rendant ce phénomène beaucoup plus courant que précédemment rapporté. Nous fournissons une discussion détaillée de la morphologie et de la fonction des organes lumineux au sein de chaque groupe et indiquons les futures directions qui contribueront à une meilleure compréhension de la manière dont les décapodes des eaux profondes utilisent le langage de la lumière.

@article{doi101111brv13093,
    author = "Collins, Stormie B et Bracken‐Grissom, Heather D.",
    title = "Le langage de la lumière : une revue de la bioluminescence chez les crevettes décapodes des eaux profondes",
    year = "2024",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews de la Société philosophique de Cambridge",
    abstract = "Dans l'habitat sombre et vaste des eaux profondes, la production de lumière par bioluminescence est couramment utilisée par une large gamme de taxons. Chez les crustacés décapodes, la bioluminescence n'est connue que chez les crevettes (Dendrobranchiata et Caridea) et peut se manifester de différentes manières, notamment par des sécrétions lumineuses utilisées pour effrayer les prédateurs et/ou par des organes lumineux spécialisés appelés photophores, qui fonctionnent en fournissant un camouflage contre la lumière descendant. Les photophores présentent une variation morphologique étendue au sein des familles de décapodes : ils peuvent être internes (d'origine hépatique) ou intégrés dans les tissus de surface (dermiques), et peuvent posséder une lentille externe, suggérant des origines indépendantes et des fonctions multiples. Au sein des Dendrobranchiata, nous rapportons la bioluminescence chez les Sergestidae, Aristeidae et Solenoceridae, et spéculons qu'elle pourrait également être présente chez les Acetidae, Luciferidae, Sicyonellidae, Benthesicymidae et Penaeidae. Au sein des Caridea, nous rapportons la bioluminescence chez les Acanthephyridae, Oplophoridae, Pandalidae et de nouvelles observations pour les Pasiphaeidae. Cette revue complète inclut la littérature taxonomique historique et des études récentes investiguant la bioluminescence chez toutes les familles de crevettes pélagiques et benthiques profondes. Dans l'ensemble, nous rapportons une bioluminescence connue ou suspectée chez 157 espèces réparties dans 12 familles de crevettes décapodes, augmentant les enregistrements précédents d'espèces bioluminescentes de 65 %. Les preuves croissantes issues d'observations personnelles et de la littérature nous permettent de spéculer sur la présence d'organes lumineux chez plusieurs familles réputées ne pas présenter de bioluminescence, rendant ce phénomène beaucoup plus courant que précédemment rapporté. Nous fournissons une discussion détaillée de la morphologie et de la fonction des organes lumineux au sein de chaque groupe et indiquons les futures directions qui contribueront à une meilleure compréhension de la manière dont les décapodes des eaux profondes utilisent le langage de la lumière.",
    url = "https://doi.org/10.1111/brv.13093",
    doi = "10.1111/brv.13093",
    openalex = "W4396672731",
    references = "denton1972the, doi101007bf00396920, doi101017s1464793103006420, doi101038s41598020612849, doi101038srep04328, doi101093acprofoso97801995811390010001, doi101093icb452234, doi101098rspb20190079, doi101111brv12672, doi101126science1174269, doi101146annurevmarine120308081028, doi101371journalpone0170489, doi103390life14040432, openalexw1923423279"
}

Même s'il existe des milliers d'espèces marines bioluminescentes, très peu est connu sur les effets de la lumière artificielle la nuit (ALAN) sur ces organismes, en particulier ceux vivant près de la surface de la mer, tels que les dinoflagellés. Ces organismes possèdent une horloge circadienne qui influence leur physiologie rythmique, y compris des processus comme la photosynthèse et le métabolisme de l'azote, qui aident à réguler respectivement les cycles du carbone et de l'azote marins. L'objectif de cette étude est de partiellement combler ce manque de connaissances et d'étudier les effets de la pollution lumineuse sur le dinoflagellé bioluminescent Pyrocystis lunula grâce à une série d'expériences visant à vérifier les conséquences dues aux changements dans le cycle circadien normal jour-nuit et à l'exposition à différents types de sources lumineuses, couleurs et intensités lumineuses. La variable de réponse était la Bioluminescence Algale Totale Corrigée, qui a été enregistrée avec une caméra numérique puis calculée avec le logiciel ImageJ. Les résultats montrent que les dinoflagellés ne semblent pas être sensibles aux légères variations du cycle lumière/obscurité. Cependant, une absence totale de lumière et d'obscurité conduit à une inhibition drastique de leur bioluminescence, en particulier sous lumière artificielle LED blanche ou à incandescence et avec une intensité lumineuse de 100 lux ou plus.

@article{doi1015359revmar1625,
    author = "Bari, Davide Di",
    title = "Lumière naturelle vs lumière artificielle. Effets de la pollution lumineuse sur la bioluminescence du dinoflagellé Pyrocystis lunula",
    year = "2024",
    journal = "Revista Ciencias Marinas y Costeras",
    abstract = "Même s'il existe des milliers d'espèces marines bioluminescentes, très peu est connu sur les effets de la lumière artificielle la nuit (ALAN) sur ces organismes, en particulier ceux vivant près de la surface de la mer, tels que les dinoflagellés. Ces organismes possèdent une horloge circadienne qui influence leur physiologie rythmique, y compris des processus comme la photosynthèse et le métabolisme de l'azote, qui aident à réguler respectivement les cycles du carbone et de l'azote marins. L'objectif de cette étude est de partiellement combler ce manque de connaissances et d'étudier les effets de la pollution lumineuse sur le dinoflagellé bioluminescent Pyrocystis lunula grâce à une série d'expériences visant à vérifier les conséquences dues aux changements dans le cycle circadien normal jour-nuit et à l'exposition à différents types de sources lumineuses, couleurs et intensités lumineuses. La variable de réponse était la Bioluminescence Algale Totale Corrigée, qui a été enregistrée avec une caméra numérique puis calculée avec le logiciel ImageJ. Les résultats montrent que les dinoflagellés ne semblent pas être sensibles aux légères variations du cycle lumière/obscurité. Cependant, une absence totale de lumière et d'obscurité conduit à une inhibition drastique de leur bioluminescence, en particulier sous lumière artificielle LED blanche ou à incandescence et avec une intensité lumineuse de 100 lux ou plus.",
    url = "https://doi.org/10.15359/revmar.16-2.5",
    doi = "10.15359/revmar.16-2.5",
    openalex = "W4405368692",
    references = "doi10100797814615871493, doi101016jhal200808006, doi101016jjenvman201106029, doi101016jtree201009007, doi101038s41598018246306, doi101039c9qm00716d, doi101111j13652664201202212x, doi101126sciadv1600377, doi101146annurevmarine120308081028, doi1015359revmar1625, doi103390life14040432, doi105751es03685150413"
}

Même s'il existe des milliers d'espèces marines bioluminescentes, très peu est connu sur les effets de la lumière artificielle la nuit (ALAN) sur ces organismes, en particulier ceux vivant près de la surface de la mer, tels que les dinoflagellés. Ces organismes possèdent une horloge circadienne qui influence leur physiologie rythmique, y compris des processus comme la photosynthèse et le métabolisme de l'azote, qui aident à réguler respectivement les cycles du carbone et de l'azote marins. L'objectif de cette étude est de partiellement combler ce manque de connaissances et d'étudier les effets de la pollution lumineuse sur le dinoflagellé bioluminescent Pyrocystis lunula à travers une série d'expériences visant à vérifier les conséquences dues aux changements dans le cycle circadien normal jour-nuit et à l'exposition à différents types de sources lumineuses, couleurs et intensités lumineuses. La variable de réponse était la Bioluminescence Algale Totale Corrigée, qui a été enregistrée avec une caméra numérique puis calculée avec le logiciel ImageJ. Les résultats montrent que les dinoflagellés ne semblent pas être sensibles aux légères variations du cycle lumière/obscurité. Cependant, une absence totale de lumière et d'obscurité conduit à une inhibition drastique de leur bioluminescence, en particulier sous une lumière artificielle blanche LED ou à incandescence et avec une intensité lumineuse de 100 lux ou plus.

@article{doi1015359revmar1652,
    author = "Bari, Davide Di",
    title = "Lumière naturelle vs lumière artificielle. Effets de la pollution lumineuse sur la bioluminescence du dinoflagellé Pyrocystis lunula",
    year = "2024",
    journal = "Revista Ciencias Marinas y Costeras",
    abstract = "Même s'il existe des milliers d'espèces marines bioluminescentes, très peu est connu sur les effets de la lumière artificielle la nuit (ALAN) sur ces organismes, en particulier ceux vivant près de la surface de la mer, tels que les dinoflagellés. Ces organismes possèdent une horloge circadienne qui influence leur physiologie rythmique, y compris des processus comme la photosynthèse et le métabolisme de l'azote, qui aident à réguler respectivement les cycles du carbone et de l'azote marins. L'objectif de cette étude est de partiellement combler ce manque de connaissances et d'étudier les effets de la pollution lumineuse sur le dinoflagellé bioluminescent Pyrocystis lunula à travers une série d'expériences visant à vérifier les conséquences dues aux changements dans le cycle circadien normal jour-nuit et à l'exposition à différents types de sources lumineuses, couleurs et intensités lumineuses. La variable de réponse était la Bioluminescence Algale Totale Corrigée, qui a été enregistrée avec une caméra numérique puis calculée avec le logiciel ImageJ. Les résultats montrent que les dinoflagellés ne semblent pas être sensibles aux légères variations du cycle lumière/obscurité. Cependant, une absence totale de lumière et d'obscurité conduit à une inhibition drastique de leur bioluminescence, en particulier sous une lumière artificielle blanche LED ou à incandescence et avec une intensité lumineuse de 100 lux ou plus.",
    url = "https://doi.org/10.15359/revmar.16.5.2",
    doi = "10.15359/revmar.16.5.2",
    openalex = "W4405288151",
    references = "doi10100797814615871493, doi101016jhal200808006, doi101016jjenvman201106029, doi101016jtree201009007, doi101038s41598018246306, doi101039c9qm00716d, doi101111j13652664201202212x, doi101126sciadv1600377, doi101146annurevmarine120308081028, doi1015359revmar1625, doi103390life14040432, doi105751es03685150413"
}

La bioluminescence est la production de lumière visible par un organisme. Ce phénomène est particulièrement répandu chez les animaux marins, surtout en milieu profond. Si le statut luminescent de nombreux animaux marins a été récemment clarifié grâce aux avancées des technologies d'exploration en milieu profond et de la phylogénie, celui d'autres est devenu plus obscur en raison de changements drastiques en systématique (eux-mêmes déclenchés par des phylogénies moléculaires). Ici, nous avons combiné une revue exhaustive de la littérature avec des données inédites pour établir un catalogue d'animaux marins luminescents. Les animaux inventoriés ont été identifiés au niveau des espèces dans plus de 97 % des cas et ont été associés à un score reflétant la robustesse de leur registre luminescent. Si la capacité de luminescence a été établie chez 695 genres d'animaux marins, les rapports de luminescence de 99 genres supplémentaires nécessitent une confirmation supplémentaire. Au total, ces genres luminescents et potentiellement luminescents englobent 9405 espèces, dont 2781 sont luminescentes, 136 sont potentiellement luminescentes (par exemple, la luminescence suggérée chez ces espèces nécessite une confirmation supplémentaire), 99 sont non luminescentes et 6389 ont un statut luminescent inconnu. Les analyses comparatives révèlent de nouvelles perspectives sur la survenue de la luminescence parmi les groupes d'animaux marins et mettent en évidence des domaines de recherche prometteurs. Ce travail fournira une base solide pour les futures études relatives au domaine de la bioluminescence marine.

@article{doi103390life14040432,
    author = "Claes, Julien M. and Haddock, Steven H. D. and Coubris, Constance and Mallefet, Jérôme",
    title = "Distribution systématique de la bioluminescence chez les animaux marins : un inventaire au niveau des espèces",
    year = "2024",
    journal = "Life",
    abstract = "La bioluminescence est la production de lumière visible par un organisme. Ce phénomène est particulièrement répandu chez les animaux marins, surtout en milieu profond. Si le statut luminescent de nombreux animaux marins a été récemment clarifié grâce aux avancées des technologies d'exploration en milieu profond et de la phylogénie, celui d'autres est devenu plus obscur en raison de changements drastiques en systématique (eux-mêmes déclenchés par des phylogénies moléculaires). Ici, nous avons combiné une revue exhaustive de la littérature avec des données inédites pour établir un catalogue d'animaux marins luminescents. Les animaux inventoriés ont été identifiés au niveau des espèces dans plus de 97\% des cas et ont été associés à un score reflétant la robustesse de leur registre luminescent. Si la capacité de luminescence a été établie chez 695 genres d'animaux marins, les rapports de luminescence de 99 genres supplémentaires nécessitent une confirmation supplémentaire. Au total, ces genres luminescents et potentiellement luminescents englobent 9405 espèces, dont 2781 sont luminescentes, 136 sont potentiellement luminescentes (par exemple, la luminescence suggérée chez ces espèces nécessite une confirmation supplémentaire), 99 sont non luminescentes et 6389 ont un statut luminescent inconnu. Les analyses comparatives révèlent de nouvelles perspectives sur la survenue de la luminescence parmi les groupes d'animaux marins et mettent en évidence des domaines de recherche prometteurs. Ce travail fournira une base solide pour les futures études relatives au domaine de la bioluminescence marine.",
    url = "https://doi.org/10.3390/life14040432",
    doi = "10.3390/life14040432",
    openalex = "W4393161018",
    references = "denton1972the, doi101002bio1170010303, doi101038ncomms4271, doi101038s41586023059366, doi101038srep45750, doi101039b713328f, doi101126science1174269, doi101146annurevmarine120308081028, doi101371journalpone0051629, doi101371journalpone0155154, doi103390oceans2040047"
}

@article{balasubramanian2025bioluminescence,
    author = "Balasubramanian, Chirag et Raghavan, Farheen",
    title = "Mécanismes de bioluminescence et fonctions écologiques chez les espèces de poissons mésopélagiques",
    year = "2025",
    journal = "International Journal of Biology Sciences",
    url = "https://doi.org/10.33545/26649926.2025.v7.i11b.677",
    doi = "10.33545/26649926.2025.v7.i11b.677",
    number = "11",
    openalex = "W7154596507",
    pages = "89-91",
    volume = "7"
}

La lumière fonctionne comme le langage universel dans les profondeurs marines (>200 m). Les émissions bioluminescentes et les sources de lumière descendant illuminent faiblement la colonne d'eau et peuvent piloter l'évolution des systèmes sensoriels. Dans les environnements pélagiques, les animaux migrant verticalement peuvent subir des changements drastiques de leur environnement lumineux selon la profondeur, les soumettant à des pressions de sélection uniques, peut-être pour distinguer les changements de la lumière ambiante des sources bioluminescentes. Ici, nous montrons que la diversité des opsines visuelles au sein d'un groupe de migrateurs verticaux variables - des crevettes bioluminescentes des profondeurs marines appartenant à la Superfamille Oplophoroidea - est plus élevée chez les espèces qui migrent vers des eaux plus superficielles avec des conditions lumineuses plus variables. De plus, nous fournissons des preuves d'une évolution visuelle adaptative chez les espèces ayant évolué un mode supplémentaire de bioluminescence (photophores), y compris une sélection positive pour une opsin supposée sensible aux longueurs d'onde moyennes qui pourrait faciliter la discrimination des sources lumineuses. La diversification de cette opsin semble jouer un rôle important dans les écosystèmes visuels des crevettes porteuses de photophores, sa diversification dans Oplophoroidea jouant probablement un rôle critique dans la fitness et le succès évolutif de ce groupe.

@article{doi101038s4200302507450z,
    author = "DeLeo, Danielle M. and Bracken‐Grissom, Heather D.",
    title = "Bioluminescence and environmental light drive the visual evolution of deep-sea shrimp (Oplophoroidea)",
    year = "2025",
    journal = "Communications Biology",
    abstract = "Light functions as the universal language in the deep sea (>200 m). Both bioluminescent emissions and downwelling light sources dimly illuminate the water column and can drive sensory system evolution. In pelagic environments, vertically migrating animals can experience drastic changes to their lighting environment across depth, subjecting them to unique selective pressures, possibly to distinguish between changes in ambient light and bioluminescent sources. Here we show that visual opsin diversity across a group of variable vertical migrators -bioluminescent deep-sea shrimp belonging to the Superfamily Oplophoroidea- is higher among species who migrate to shallower waters with more variable light conditions. Further, we provide evidence for adaptive visual evolution among species who have evolved an additional mode of bioluminescence (photophores), including positive selection for a putative mid-wavelength sensitive opsin that may facilitate light source discrimination. Diversification of this opsin appears to play an important role in the visual ecologies of photophore-bearing shrimp with its diversification in Oplophoroidea likely playing a critical role in the fitness and evolutionary success of this group.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s42003-025-07450-z",
    doi = "10.1038/s42003-025-07450-z",
    openalex = "W4407364255",
    references = "doi101111brv13093"
}

Les symbioses bioluminescentes chez les animaux marins, en particulier les céphalopodes et les poissons, représentent des modèles remarquables d'évolution convergente et d'interaction microbe-hôte. Ces partenariats lumineux, tels que Euprymna scolopes avec Vibrio fischeri et les poissons-poulpes avec Photobacterium, permettent des fonctions écologiques telles que l'évasion des prédateurs, le camouflage par contre-illumination et la communication lors de l'accouplement. Cette revue synthétise les connaissances actuelles sur la spécificité hôte-microbe, la détection de quorum et l'anatomie des organes lumineux à travers les taxons. L'opéron lux conservé joue un rôle central dans la production de lumière bactérienne, tandis que les hôtes emploient des adaptations telles que le filtrage spectral et les obturateurs musculaires pour réguler la bioluminescence. Les rythmes circadiens synchronisent davantage l'émission avec le comportement et l'environnement. Malgré les progrès dans la compréhension, des lacunes de connaissances persistent concernant l'acquisition des symbiotes, les transitions évolutives et la résilience au réchauffement, à l'acidification et à la pollution des océans. Nous mettons en avant les directions de recherche futures, notamment la génomique fonctionnelle activée par CRISPR, les enquêtes par eDNA et les expériences de colonisation inter-spécifiques pour révéler les mécanismes de spécificité et d'adaptation. Les symbioses bioluminescentes ne font pas seulement ressortir les dynamiques écologiques et évolutives, mais inspirent également des applications dans la biosensorique, la bio-imagerie et la surveillance environnementale marine. Protéger ces systèmes est crucial, car le stress environnemental menace de perturber leur équilibre délicat et les fonctions plus larges des écosystèmes.

@misc{doi1031230osfion5bv8v1,
    author = "Akther, Hasna",
    title = "Convergent Evolution of Bioluminescent Symbioses in Fish and Cephalopods: Mechanisms, Host Specificity, and Ecological Roles",
    year = "2025",
    abstract = "Les symbioses bioluminescentes chez les animaux marins, en particulier les céphalopodes et les poissons, représentent des modèles remarquables d'évolution convergente et d'interaction microbe-hôte. Ces partenariats lumineux, tels que Euprymna scolopes avec Vibrio fischeri et les poissons-poulpes avec Photobacterium, permettent des fonctions écologiques telles que l'évasion des prédateurs, le camouflage par contre-illumination et la communication lors de l'accouplement. Cette revue synthétise les connaissances actuelles sur la spécificité hôte-microbe, la détection de quorum et l'anatomie des organes lumineux à travers les taxons. L'opéron lux conservé joue un rôle central dans la production de lumière bactérienne, tandis que les hôtes emploient des adaptations telles que le filtrage spectral et les obturateurs musculaires pour réguler la bioluminescence. Les rythmes circadiens synchronisent davantage l'émission avec le comportement et l'environnement. Malgré les progrès dans la compréhension, des lacunes de connaissances persistent concernant l'acquisition des symbiotes, les transitions évolutives et la résilience au réchauffement, à l'acidification et à la pollution des océans. Nous mettons en avant les directions de recherche futures, notamment la génomique fonctionnelle activée par CRISPR, les enquêtes par eDNA et les expériences de colonisation inter-spécifiques pour révéler les mécanismes de spécificité et d'adaptation. Les symbioses bioluminescentes ne font pas seulement ressortir les dynamiques écologiques et évolutives, mais inspirent également des applications dans la biosensorique, la bio-imagerie et la surveillance environnementale marine. Protéger ces systèmes est crucial, car le stress environnemental menace de perturber leur équilibre délicat et les fonctions plus larges des écosystèmes.",
    url = "https://doi.org/10.31230/osf.io/n5bv8_v1",
    doi = "10.31230/osf.io/n5bv8_v1",
    openalex = "W4413015655",
    references = "doi101007s0022700312853, doi101038nrd3013, doi101038nrmicro957, doi1011112041210x12034, doi101111bij12701, doi101126science1174269, doi101128mr4344965181979, doi101128mr5511231421991, doi101146annurevbioeng4111901093336, doi101146annurevmicro091313103654, doi103390life14040432"
}

Le traitement de la maladie pulmonaire à Mycobacterium abscessus (Mabs-PD) constitue un défi croissant pour la santé mondiale. L'absence d'antibiotiques bactéricides efficaces à des concentrations thérapeutiquement pertinentes souligne un besoin urgent de découverte de médicaments. Cibler la synthèse de la paroi cellulaire est une stratégie prometteuse pour la découverte de médicaments, comme en témoigne le succès clinique des antibiotiques β-lactames à large spectre. Ici, nous employons un test sur cellules entières basé sur la bioluminescence optimisé pour identifier des composés qui perturbent à la fois la synthèse de la paroi cellulaire et la phosphorylation oxydative. Un criblage ciblé d'une bibliothèque de médicaments contre Mabs révèle un squelette naphthalen-1-ylméthanamine chimiquement maniable avec une activité bactéricide puissante. Le dérivé optimisé GM47-1 cible MmpL3, compromet l'intégrité de la paroi cellulaire, induit une fuite d'ATP et découple la respiration. Une optimisation chimique supplémentaire aboutit à un dérivé avec une concentration inhibitrice minimale nanomolaire, une activité bactéricide contre le Mabs intracellulaire et une efficacité dans un modèle d'infection chez le poisson-zèbre. Ensemble, ces résultats identifient un squelette prometteur pour le développement thérapeutique et démontrent l'utilité de cette plateforme basée sur la bioluminescence pour découvrir des agents bactéricides contre le Mabs.

@article{doi101016jcelrep2026117311,
    author = "Singh, Samsher et Sorayah, Ria et Chen, Yushu et Mulholland, Claire V et Daher, Wassim et Pee, Carmen J E et Tan, Casandra Ai Zhu et Wee, Denise et Chen, Zhuoyan et Oehlers, Stefan H et Kline, Kimberly A et Chng, Shu Sin et Berney, Michael et Kremer, Laurent et Moraski, Garrett et Pethe, Kevin",
    title = "Un criblage chimique basé sur la bioluminescence identifie un squelette naphthalen-1-ylméthanamine bactéricide ciblant MmpL3 chez Mycobacterium abscessus.",
    year = "2026",
    journal = "Cell reports",
    abstract = "Le traitement de la maladie pulmonaire à Mycobacterium abscessus (Mabs-PD) constitue un défi croissant pour la santé mondiale. L'absence d'antibiotiques bactéricides efficaces à des concentrations thérapeutiquement pertinentes souligne un besoin urgent de découverte de médicaments. Cibler la synthèse de la paroi cellulaire est une stratégie prometteuse pour la découverte de médicaments, comme en témoigne le succès clinique des antibiotiques β-lactames à large spectre. Ici, nous employons un test sur cellules entières basé sur la bioluminescence optimisé pour identifier des composés qui perturbent à la fois la synthèse de la paroi cellulaire et la phosphorylation oxydative. Un criblage ciblé d'une bibliothèque de médicaments contre Mabs révèle un squelette naphthalen-1-ylméthanamine chimiquement maniable avec une activité bactéricide puissante. Le dérivé optimisé GM47-1 cible MmpL3, compromet l'intégrité de la paroi cellulaire, induit une fuite d'ATP et découple la respiration. Une optimisation chimique supplémentaire aboutit à un dérivé avec une concentration inhibitrice minimale nanomolaire, une activité bactéricide contre le Mabs intracellulaire et une efficacité dans un modèle d'infection chez le poisson-zèbre. Ensemble, ces résultats identifient un squelette prometteur pour le développement thérapeutique et démontrent l'utilité de cette plateforme basée sur la bioluminescence pour découvrir des agents bactéricides contre le Mabs.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42030156/",
    doi = "10.1016/j.celrep.2026.117311",
    pmid = "42030156"
}

La détection sensible de micro-organismes dans des échantillons complexes, tels que les médicaments à base de plantes, a été considérablement entravée par une interférence matricielle sévère et une faible abondance des cibles. Bien que la séparation magnétique et la microfluidique offrent des capacités d'enrichissement, les plateformes existantes ont souvent du mal à réaliser un enrichissement parallèle efficace à la fois des pathogènes spécifiques et des microbes aérobies totaux. Pour combler cette lacune critique, nous avons développé une plateforme microfluidique intégrée dotée d'un champ magnétique personnalisé en tableau de points, permettant un enrichissement hautement efficace et parallèle de multiples cibles bactériennes. Une stratégie de capture à double mécanisme a été mise en œuvre, utilisant des billes immunomagnétiques (BIM) pour l'isolement spécifique de Salmonella paratyphi B (S. paratyphi B) et d'Escherichia coli (E. coli), et des billes modifiées par polymère cationique pour la capture large spectre des bactéries aérobies. Après enrichissement, les bactéries viables capturées ont été rapidement quantifiées par bioluminescence de l'ATP. Le système a démontré une haute sensibilité, avec des limites de détection de 49 UFC mL-1 pour S. paratyphi B, 60 UFC mL-1 pour E. coli, et 55 UFC mL-1 pour les bactéries aérobies, et a présenté une réponse linéaire forte (R2 > 0,99) sur une large plage dynamique (103-107 UFC mL-1). L'application réussie dans des échantillons de réglisse dopés a confirmé la praticité et la fiabilité de la plateforme pour la détection rapide et multiplexée de contaminants microbiens dans des produits à base de plantes complexes, offrant un outil puissant pour la surveillance de la qualité et de la sécurité.

@article{doi101039d6ay00153j,
    author = "Zhang, Chunyan et Chen, Chengjian et Zhang, Weifei et Zheng, Jiayu et Wulan, Tuya et Feng, Xuanlin et Wu, Zhisheng et Li, Nan",
    title = "Une stratégie d'enrichissement magnétique par tableau de points pour la détection rapide et multiplexée de bactéries viables via la bioluminescence de l'ATP.",
    year = "2026",
    journal = "Méthodes analytiques : méthodes et applications en progression",
    abstract = "La détection sensible de micro-organismes dans des échantillons complexes, tels que les médicaments à base de plantes, a été considérablement entravée par une interférence matricielle sévère et une faible abondance des cibles. Bien que la séparation magnétique et la microfluidique offrent des capacités d'enrichissement, les plateformes existantes ont souvent du mal à réaliser un enrichissement parallèle efficace à la fois des pathogènes spécifiques et des microbes aérobies totaux. Pour combler cette lacune critique, nous avons développé une plateforme microfluidique intégrée dotée d'un champ magnétique personnalisé en tableau de points, permettant un enrichissement hautement efficace et parallèle de multiples cibles bactériennes. Une stratégie de capture à double mécanisme a été mise en œuvre, utilisant des billes immunomagnétiques (BIM) pour l'isolement spécifique de Salmonella paratyphi B (S. paratyphi B) et d'Escherichia coli (E. coli), et des billes modifiées par polymère cationique pour la capture large spectre des bactéries aérobies. Après enrichissement, les bactéries viables capturées ont été rapidement quantifiées par bioluminescence de l'ATP. Le système a démontré une haute sensibilité, avec des limites de détection de 49 UFC mL-1 pour S. paratyphi B, 60 UFC mL-1 pour E. coli, et 55 UFC mL-1 pour les bactéries aérobies, et a présenté une réponse linéaire forte (R2 > 0,99) sur une large plage dynamique (103-107 UFC mL-1). L'application réussie dans des échantillons de réglisse dopés a confirmé la praticité et la fiabilité de la plateforme pour la détection rapide et multiplexée de contaminants microbiens dans des produits à base de plantes complexes, offrant un outil puissant pour la surveillance de la qualité et de la sécurité.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42037523/",
    doi = "10.1039/d6ay00153j",
    pmid = "42037523"
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