Bivalves

Les membres vivants du stock Argopecten gibbus incluent les palourdes de baie et calico, Argopecten irradians (Lamarck) et A. gibbus (Linné), tous deux courants dans l'Atlantique occidental et le golfe du Mexique ; le moins courant A. nucleus (Born) des Caraïbes, du sud du golfe du Mexique, des Antilles et du sud-est de la Floride ; ainsi que le courant A. circularis (Sowerby) et A. purpuratus (Lamarck) de l'océan Pacifique oriental. Les membres fossiles du stock incluent les ancêtres de ces espèces vivantes ainsi qu'Argopecten eboreus (Conrad), une espèce ou groupe d'espèces éteint qui n'est ancêtre d'aucun des taxons ultérieurs. Cette étude cherche à déterminer les relations évolutives au sein du stock Argopecten gibbus en remontant à travers le registre fossile à partir d'un modèle des relations morphologiques et écologiques des espèces et sous-espèces vivantes. Biologiquement, l'étude est limitée à une analyse de la morphologie et de l'écologie des taxons vivants déduite d'échantillons de populations. Paléontologiquement, elle est limitée à une analyse de la variation morphologique entre des échantillons de populations fossiles collectés dans des strates du Cénozoïque supérieur (groupe d'Alum Bluff du Miocène moyen au Pléistocène) exposées sur les plaines côtières de l'Atlantique et du Golfe aux États-Unis. La période temporelle investiguée est d'environ 18 millions d'années, selon l'échelle de temps absolue la plus récemment publiée. Les différences entre les échantillons ont été étudiées et évaluées au moyen de données morphométriques consistant en 70 mesures et des rapports de forme du contour, de la ligamenture et de la musculature de chaque valve. En utilisant un ordinateur numérique électronique, les données ont été soumises à des analyses univariées et bivariées, et les échantillons ont été comparés à l'aide de diagrammes de dispersion bivariés tracés par machine, d'axes majeurs réduits et d'autres techniques graphiques. Les données provenant des valves droite et gauche ont été traitées séparément, sauf qu'elles ont été recombinées dans l'étude des caractères qui diffèrent entre les valves, fournissant ainsi de nouvelles informations sur les caractéristiques intervalvulaires. La phylogénie postulée montre une espèce mal connue, Argopecten species b, au Miocène moyen précoce (sable d'Oak Grove), qui semble être très proche de l'origine du stock. Cette espèce a évolué phylétiquement à travers A. nicholsi (Gardner) de la formation de Shoal River et A. choctawhatcheensis (Mansfield) de la faunizone Arca jusqu'à A. comparilis (Tuomey & Holmes) du Miocène supérieur (formations Tamiami, Pinecrest, Duplin et Yorktown). A. comparilis était apparemment largement adapté et largement distribué, vivant dans des baies, des étangs et des eaux marines ouvertes dans l'Atlantique occidental, le golfe du Mexique et les Caraïbes, et s'étendant probablement par des passages de détroit vers le Pacifique, où il a donné naissance phylétiquement à A. circularis. À la fin du Miocène, du côté est des Amériques, cette espèce variable s'est divisée, donnant naissance à une palourde de baie primitive, A. anteamplicostatus (Mansfield), qui, comme la palourde de baie vivante (son descendant phylétique), était probablement écologiquement restreinte aux eaux semi-fermées des baies et des étangs, et à une autre espèce, A. vicenarius (Conrad), probablement restreinte aux eaux marines ouvertes comme la palourde calico vivante. La palourde de baie primitive était apparemment incapable d'atteindre le Pacifique, mais l'espèce marine ouverte semble avoir donné naissance à la fois au Pacifique A. purpuratus et à la palourde calico de l'Atlantique, A. gibbus. La palourde de baie primitive était apparemment incapable d'atteindre le Pacifique, mais l'espèce marine ouverte semble avoir donné naissance à la fois au Pacifique A. purpuratus et à la palourde calico de l'Atlantique, A. gibbus. La palourde de baie primitive était apparemment incapable d'atteindre le Pacifique, mais l'espèce marine ouverte semble avoir donné naissance à la fois au Pacifique A. purpuratus et à la palourde calico de l'Atlantique, A. gibbus. La palourde de baie primitive était apparemment incapable d'atteindre le Pacifique, mais l'espèce marine ouverte semble avoir donné naissance à la fois au Pacifique A. purpuratus et à la palourde calico de l'Atlantique, A. gibbus. 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@article{waller1969the,
    author = "Waller, Thomas R.",
    title = "The Evolution of the Argopecten Gibbus Stock (Mollusca: Bivalvia), with Emphasis on the Tertiary and Quaternary Species of Eastern North America",
    year = "1969",
    journal = "Journal of Paleontology",
    abstract = "The living members of the Argopecten gibbus stock include the bay and calico scallops, Argopecten irradians (Lamarck) and A. gibbus (Linné), both common in the western Atlantic and Gulf of Mexico; the less common A. nucleus (Born) of the Caribbean, southern Gulf of Mexico, Antilles, and southeastern Florida; and the common A. circularis (Sowerby) and A. purpuratus (Lamarck) of the eastern Pacific. The fossil members of the stock include the ancestors of these living species together with Argopecten eboreus (Conrad), an extinct species or species-group not ancestral to any of the later taxa. This study seeks to determine evolutionary relationships within the Argopecten gibbus stock by working back through the fossil record from a model of the morphological and ecological relationships of living species and subspecies. Biologically, the study is limited to an analysis of the morphology and ecology of the living taxa deduced from population samples. Paleontologically, it is limited to an analysis of morphological variation among samples of fossil populations collected from upper Cenozoic strata (Alum Bluff Group of the middle Miocene through the Pleistocene) exposed on the Atlantic and Gulf Coastal Plains of the United States. The time span investigated is about 18 million years, according to the latest published scale of absolute time. Differences between samples were studied and evaluated by means of morphometric data consisting of 70 measurements and form ratios of the outline, ligamenture, and musculature of each valve. Using an electronic digital computer, data were subjected to univariate and bivariate analyses, and samples were compared using machine-plotted, bivariate scatter diagrams, reduced major axes, and other graphical techniques. Data from right and left valves were treated separately, except that they were recombined in the study of characters that differ between valves, thereby furnishing new information on intervalve features. The postulated phylogeny shows a poorly known species, Argopecten species b, in the early middle Miocene (Oak Grove Sand), that is apparently very near the origin of the stock. This species evolved phyletically through A. nicholsi (Gardner) of the Shoal River Formation and A. choctawhatcheensis (Mansfield) of the Arca Faunizone into A. comparilis (Tuomey \& Holmes) of the upper Miocene (Tamiami, Pinecrest, Duplin, and Yorktown Formations). A. comparilis was apparently broadly adapted and widely distributed, living in bays, sounds, and open marine waters in the western Atlantic, Gulf of Mexico, and Caribbean and probably extending through seaway passages to the Pacific, where it gave rise phyletically to A. circularis. By the end of the Miocene, on the eastern side of the Americas, this variable species had split, giving rise to a primitive bay scallop, A. anteamplicostatus (Mansfield), that, like the living bay scallop (its phyletic descendant), was probably ecologically restricted to the semienclosed waters of bays and sounds, and to another species, A. vicenarius (Conrad), probably restricted to open marine waters like the living calico scallop. The primitive bay scallop was apparently unable to reach the Pacific, but the open-marine species seems to have given rise to both the Pacific A. purpuratus and the Atlantic calico scallop, A. gibbus. The living Pacific A. circularis is morphologically primitive in that it resembles the Miocene species A. comparilis more than it does any of the later species on the eastern side of the Americas and is ecologically primitive in that it is broadly adapted and able to live both in bays and sounds and in open marine waters. During the Pleistocene, A. nucleus, a tropical bay scallop, is inferred to have split from A. gibbus and to have become morphologically convergent on the true bay scallop, A. irradians. A. eboreus, a common scallop on the eastern side of the Americas in the Miocene and Pliocene, represents a highly variable yet morphologically persistent lineage that neither split nor gave rise phyletically to other species and that became extinct during the early Pleistocene. In certain features of morphology, the A. gibbus lineage is convergent on the A. eboreus lineage, indicating that the extinct species may also have been restricted to open marine waters. On the basis of the materials analyzed thus far, the evolution (both phyletic change and splitting) of the stock has been faster on the Atlantic side of the Americas than on the Pacific side, with the living Pacific species resembling late Miocene and early Pliocene Atlantic species. Because barrier islands seem to have played a key role in speciation within the stock, it would appear that evolutionary differences may have been caused by the active coastal tectonism of the Pacific side destroying such island barriers before genetic differences between inshore and offshore scallop populations could arise. With regard to nomenclature, the name Argopecten is shown to be a senior synonym of Plagioctenium; the generic name Aequipecten is rejected for American species related to Argopecten gibbus; and it is concluded that the generic name Chlamys, sensu lato, is better applied as the subfamily name Chlamydinae. The species name Argopecten vicenarius (Conrad), unused since 1898, is reinstated as the only available name for an important taxon occurring in the Caloosahatchee Marl of Florida and the Waccamaw Formation of the Carolinas.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0022336000062466",
    doi = "10.1017/s0022336000062466",
    number = "S3",
    openalex = "W2728810968",
    pages = "1-125",
    volume = "43",
    references = "doi101017cbo9781139567411, doi101086404940, doi101130001676061967781125bif20co2, doi101130gsab541713, doi101139f68189, doi1023071539297, doi104159harvard9780674865327, doi107312simp92414, openalexw1513990972, openalexw2133981135, openalexw2264583994"
}

@misc{waller1969the1,
    author = "Waller, T. R",
    title = "L'évolution de la lignée d'Argopecten gibbus (Mollusca",
    year = "1969",
    howpublished = "Bivalvia), avec insistance sur le Tertiaire et le Quaternaire de l'Amérique du Nord orientale : Paleontological Society Memoirs, v. 3, p. 1-125",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Waller, T. R., 1969, The evolution of the Argopecten gibbus stock (Mollusca: Bivalvia), with emphasis on the Tertiary and Quaternary of eastern North America: Paleontological Society Memoirs, v. 3, p. 1-125.}"
}

@article{openalexw2302261279,
    author = "v. Salvini‐Plawen, L.",
    title = "A reconsideration of systematics in the Mollusca (phylogénie et classification supérieure)",
    year = "1980",
    journal = "Malacologia",
    openalex = "W2302261279"
}

La taille de la population, la croissance et les taux de mortalité de la coquille Saint-Jacques péruvienne (Argopecten purpuratus) ont été étudiés durant l'événement El Niño de 1983 dans la zone de pêche au large de Pisco, au Pérou. L'indice gonadique et l'abondance larvaire de cette coquille Saint-Jacques, ainsi que des mesures de la température in situ, de l'oxygène dissous et des volumes de plancton, ont été effectués pour enregistrer l'activité de frai et les conditions environnementales. La taille de la population de coquilles Saint-Jacques a dépassé 60 fois celle des années « normales ». On pense que cela est dû à une augmentation significative du taux de survie des larves et des juvéniles de coquilles Saint-Jacques et/ou à une activité de frai intensifiée avec un recrutement ultérieur dans les eaux chaudes d'El Niño. Seules les petites coquilles Saint-Jacques (15–45 mm de hauteur de coquille) ont montré une croissance accélérée due aux températures élevées. La mortalité totale (Z) a été estimée à 2,5 et la mortalité naturelle (M) à 1,0. L'hypothèse est proposée que A. purpuratus est un reliquat d'une faune tropicale/subtropicale habitant les eaux péruviennes et chiliennes au Miocène, qui a maintenu ses caractéristiques d'eau chaude durant l'évolution dans les eaux froides de remontée d'eau en raison d'événements El Niño post-miocènes périodiques.

@article{doi101139f87207,
    author = "Wolff, Matthias",
    title = "Population Dynamics of the Peruvian scallop Argopecten purpuratus during the El Niño Phenomenon of 1983",
    year = "1987",
    journal = "Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences",
    abstract = {Population size, growth, and mortality rates of the Peruvian scallop (Argopecten purpuratus were studied during the El Niño event of 1983 in the fishing area off Pisco, Peru. Gonadal index and larval abundance of this scallop as well as measurements of in situ temperature, dissolved oxygen, and plankton volumes were taken to record spawning activity and environmental conditions. The scallop population size exceeded 60 times that of "normal" years. It is thought to be due to a significant increase in survival rate of larval and juvenile scallops and/or intensified spawning activity with subsequent recruitment in the warm El Niño waters. Only small scallops (15–45 mm shell height) showed accelerated growth due to elevated temperatures. Total mortality (Z) was estimated as 2.5 and natural mortality (M) as 1.0. the hypothesis is proposed that A. purpuratus is a relict of a tropical/subtropical fauna inhabiting the Peruvian and Chilean waters in the Miocene, which has maintained its warmwater characteristics during evolution in the cold upwelling water because of periodic post-Miocene El Niño events.},
    url = "https://doi.org/10.1139/f87-207",
    doi = "10.1139/f87-207",
    openalex = "W2034515068"
}

@article{bändel1988stages,
    author = "Bändel, Klaus",
    title = "Stages in the ontogeny and a model of the evolution of bivalves (Mollusca)",
    year = "1988",
    journal = "Paläontologische Zeitschrift",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf02989494",
    doi = "10.1007/bf02989494",
    number = "3-4",
    openalex = "W1989382386",
    pages = "217-254",
    volume = "62",
    references = "doi101007bf02537225, doi1010160016003258902862, doi101016b9780122825057500129, doi101111j146363951987tb00892x, doi101126science18040931377, doi1023071292581, doi1025773v5jaxgtq24, openalexw1869415094, openalexw2531009674, openalexw565715315"
}

@incollection{crossref1994bivalves,
    title = "Bivalves",
    year = "1994",
    booktitle = "Aquaculture",
    url = "https://doi.org/10.1201/b12549-12",
    doi = "10.1201/b12549-12",
    pages = "183-188"
}

Résumé. La classification des bivalves a souffert dans le passé de discussions à visées croisées entre paléontologues et néontologistes, et beaucoup ont basé leurs propositions sur des systèmes à caractère unique. Plus récemment, les biologistes moléculaires ont étudié les relations entre les bivalves en utilisant uniquement des données de séquences géniques, ignorant les données paléontologiques et néontologiques. Dans la présente étude, nous avons compilé des données morphologiques et anatomiques avec la plupart des nouvelles preuves moléculaires pour fournir une estimation phylogénétique plus stable et robuste pour les mollusques bivalves. Les données compilées ici consistent en un ensemble de données morphologiques de 183 caractères, et un ensemble de données moléculaires provenant de 3 loci : 2 gènes ribosomiques nucléaires (18S rRNA et 28S rRNA), et 1 gène codant mitochondrial (sous-unité I de l'oxydase du cytochrome c), totalisant ∼3 Kb de données de séquence pour 76 mollusques (62 bivalves et 14 taxons de groupe externe). Les données ont été analysées séparément et en combinaison en utilisant la méthode d'optimisation directe de Wheeler (1996), et elles ont été évaluées sous 12 schémas analytiques. L'analyse combinée soutient la monophylie des bivalves, la paraphylie des bivalves protobranchiates, et la monophylie des Autolamellibranchiata, Pteriomorphia, Heteroconchia, Palaeoheterodonta, et Heterodonta s.l., ce qui inclut le taxon monophylétique Anomalodesmata. Ces analyses soutiennent fortement la conclusion que Anomalodesmata ne devrait pas recevoir le statut de classe, et que les ordres hétérodontes Myoida et Veneroida ne sont pas monophylétiques. Parmi les résultats les plus stables de l'analyse figurent la monophylie des Palaeoheterodonta, regroupant les trigoniidés actuels avec les unionidés d'eau douce, et la relation de groupe sœur entre les familles hétérodontes Astartidae et Carditidae, qui constituent ensemble le taxon sœur des bivalves hétérodontes restants. Les relations internes des principaux groupes de bivalves sont discutées sur la base du soutien des nœuds et de la stabilité des clades.

@article{doi101111j174474102002tb00132x,
    author = "Giribet, Gonzalo et Wheeler, Ward C.",
    title = "Sur la phylogénie des bivalves : une analyse de haut niveau des Bivalvia (Mollusca) basée sur des données combinées de morphologie et de séquences d'ADN",
    year = "2002",
    journal = "Invertebrate Biology",
    abstract = "Résumé. La classification des bivalves a souffert dans le passé de discussions à visées croisées entre paléontologues et néontologistes, et beaucoup ont basé leurs propositions sur des systèmes à caractère unique. Plus récemment, les biologistes moléculaires ont étudié les relations entre les bivalves en utilisant uniquement des données de séquences géniques, ignorant les données paléontologiques et néontologiques. Dans la présente étude, nous avons compilé des données morphologiques et anatomiques avec la plupart des nouvelles preuves moléculaires pour fournir une estimation phylogénétique plus stable et robuste pour les mollusques bivalves. Les données compilées ici consistent en un ensemble de données morphologiques de 183 caractères, et un ensemble de données moléculaires provenant de 3 loci : 2 gènes ribosomiques nucléaires (18S rRNA et 28S rRNA), et 1 gène codant mitochondrial (sous-unité I de l'oxydase du cytochrome c), totalisant ∼3 Kb de données de séquence pour 76 mollusques (62 bivalves et 14 taxons de groupe externe). Les données ont été analysées séparément et en combinaison en utilisant la méthode d'optimisation directe de Wheeler (1996), et elles ont été évaluées sous 12 schémas analytiques. L'analyse combinée soutient la monophylie des bivalves, la paraphylie des bivalves protobranchiates, et la monophylie des Autolamellibranchiata, Pteriomorphia, Heteroconchia, Palaeoheterodonta, et Heterodonta s.l., ce qui inclut le taxon monophylétique Anomalodesmata. Ces analyses soutiennent fortement la conclusion que Anomalodesmata ne devrait pas recevoir le statut de classe, et que les ordres hétérodontes Myoida et Veneroida ne sont pas monophylétiques. Parmi les résultats les plus stables de l'analyse figurent la monophylie des Palaeoheterodonta, regroupant les trigoniidés actuels avec les unionidés d'eau douce, et la relation de groupe sœur entre les familles hétérodontes Astartidae et Carditidae, qui constituent ensemble le taxon sœur des bivalves hétérodontes restants. Les relations internes des principaux groupes de bivalves sont discutées sur la base du soutien des nœuds et de la stabilité des clades.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1744-7410.2002.tb00132.x",
    doi = "10.1111/j.1744-7410.2002.tb00132.x",
    openalex = "W2019951764",
    references = "doi101007bf00339290, doi101016b9780122825057500129, doi101111j109636421997tb00137x, doi101242jcss279314181, doi101242jcss279315375, doi101242jcss280319345, doi1015159780295743240, doi1023071292581, openalexw2531009674"
}

@article{crossref2005a,
    title = "UNE PROCÉDURE DE TRANSPORT SIMPLE POUR LES COQUILLES JUVÉNILES CALICO, ARGOPECTEN GIBBUS (LINNAEUS, 1758)",
    year = "2005",
    journal = "Journal of Shellfish Research",
    url = "https://doi.org/10.2983/0730-8000(2005)24[377:astpfj]2.0.co;2",
    doi = "10.2983/0730-8000(2005)24[377:astpfj]2.0.co;2",
    number = "2",
    openalex = "W2157462614",
    pages = "377-380",
    volume = "24"
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@article{doi101002gj1048,
    author = "Zongjie, Fang",
    title = "Introduction aux bivalves ordoviciens du sud de la Chine, avec une discussion sur l'évolution précoce des Bivalvia",
    year = "2006",
    journal = "Geological Journal",
    url = "https://doi.org/10.1002/gj.1048",
    doi = "10.1002/gj.1048",
    openalex = "W2081171541",
    references = "bändel1988stages, doi101016s0009254199000819, doi101017s0094837300002979, doi101038369716c0, doi101111j14636395200500211x, doi101722611310, doi1023072405671, doi104159harvard9780674865327, doi105860choice273873, doi105860choice295709, doi107312simp93764, openalexw2989049194"
}

Tëmkin, Ilya (2006) : Perspective morphologique sur la classification et l'évolution des Pterioidea récents (Mollusca: Bivalvia). Zoological Journal of the Linnean Society 148 (3) : 253-312, DOI: 10.1111/j.1096-3642.2006.00257.x, URL: https://academic.oup.com/zoolinnean/article-lookup/doi/10.1111/j.1096-3642.2006.00257.x

@article{doi101111j10963642200600257x,
    author = "Tëmkin, Ilya",
    title = "Perspective morphologique sur la classification et l'évolution des Pterioidea récents (Mollusca: Bivalvia)",
    year = "2006",
    journal = "Zoological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "Tëmkin, Ilya (2006) : Perspective morphologique sur la classification et l'évolution des Pterioidea récents (Mollusca: Bivalvia). Zoological Journal of the Linnean Society 148 (3) : 253-312, DOI: 10.1111/j.1096-3642.2006.00257.x, URL: https://academic.oup.com/zoolinnean/article-lookup/doi/10.1111/j.1096-3642.2006.00257.x",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-3642.2006.00257.x",
    doi = "10.1111/j.1096-3642.2006.00257.x",
    openalex = "W2094781548",
    references = "openalexw2133981135"
}

La plus grande famille récente de Bivalvia, les Veneridae marins avec environ 800 espèces, comprend l'un des taxons mollusques les moins compris et les moins bien définis, malgré le fait qu'elle inclue certains des bivalves les plus importants économiquement et les plus abondants, par exemple le quahog, les coquilles Pismo et les coquilles de Manille. Une revue des analyses phylogénétiques précédentes incluant la superfamille des Veneroidea (Veneridae, Petricolidae, Glauconomidae, Turtoniidae, Neoleptonidae) et au sein des Veneridae montre un échantillonnage minimal de taxons conduisant à des conclusions faibles et peu de synapomorphies soutenues. De nouvelles analyses phylogénétiques sur 114 taxons ont testé la monophylie des Veneroidea, des Veneridae et de 17 sous-familles de venerid nominales, en utilisant des données morphologiques (conchologiques, anatomiques) et des séquences moléculaires provenant de gènes mitochondriaux (16S, cytochrome oxydase I) et nucléaires (28S, histone 3). Les analyses morphologiques utilisant 45 taxons exemplaires et 23 caractères traditionnels étaient hautement homoplastiques et ont échoué à reconstruire la classification traditionnelle des veneroidea. Les analyses morphologiques complètes (31 caractères) ont soutenu la monophylie des Veneroidea et des Veneridae, mais uniquement lorsque certains taxons ont été exclus, révélant des difficultés analytiques causées par un ensemble de caractères associés à une morphologie néoténique ou miniaturisée. Les analyses moléculaires ont conduit à une consistance des clades nettement plus élevée. L'ensemble de données moléculaires combiné a conduit à un soutien significatif pour une topologie particulière. La monophylie des Veneridae a été soutenue uniquement lorsque les Petricolidae et les Turtoniidae ont été intégrés, et reconnus comme des membres avec des morphologies dérivées ou néoténiques, respectivement. La cartographie des caractères morphologiques sur les arbres moléculaires a conservé un niveau élevé d'homoplasie, mais a révélé des synapomorphies pour les points de branchement majeurs et a soutenu six groupes de sous-familles (Dosiniinae, Gemminae, Samarangiinae, Sunettinae, Tapetinae, Chioninae + Venerinae combinés). Les Glauconomidae et les Neoleptonidae sont provisoirement maintenus dans les Veneroidea en attendant des études supplémentaires ; les Petricolinae et les Turtoniinae sont placés dans les Veneridae.

@article{doi101111j10963642200600262x,
    author = "Mikkelsen, Paula M. et Bieler, Rüdiger et Kappner, Isabella et Rawlings, Timothy A.",
    title = "Phylogénie des Veneroidea (Mollusca: Bivalvia) basée sur la morphologie et les molécules",
    year = "2006",
    journal = "Zoological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "La plus grande famille récente de Bivalvia, les Veneridae marins avec environ 800 espèces, comprend l'un des taxons mollusques les moins compris et les moins bien définis, malgré le fait qu'elle inclue certains des bivalves les plus importants économiquement et les plus abondants, par exemple le quahog, les coquilles Pismo et les coquilles de Manille. Une revue des analyses phylogénétiques précédentes incluant la superfamille des Veneroidea (Veneridae, Petricolidae, Glauconomidae, Turtoniidae, Neoleptonidae) et au sein des Veneridae montre un échantillonnage minimal de taxons conduisant à des conclusions faibles et peu de synapomorphies soutenues. De nouvelles analyses phylogénétiques sur 114 taxons ont testé la monophylie des Veneroidea, des Veneridae et de 17 sous-familles de venerid nominales, en utilisant des données morphologiques (conchologiques, anatomiques) et des séquences moléculaires provenant de gènes mitochondriaux (16S, cytochrome oxydase I) et nucléaires (28S, histone 3). Les analyses morphologiques utilisant 45 taxons exemplaires et 23 caractères traditionnels étaient hautement homoplastiques et ont échoué à reconstruire la classification traditionnelle des veneroidea. Les analyses morphologiques complètes (31 caractères) ont soutenu la monophylie des Veneroidea et des Veneridae, mais uniquement lorsque certains taxons ont été exclus, révélant des difficultés analytiques causées par un ensemble de caractères associés à une morphologie néoténique ou miniaturisée. Les analyses moléculaires ont conduit à une consistance des clades nettement plus élevée. L'ensemble de données moléculaires combiné a conduit à un soutien significatif pour une topologie particulière. La monophylie des Veneridae a été soutenue uniquement lorsque les Petricolidae et les Turtoniidae ont été intégrés, et reconnus comme des membres avec des morphologies dérivées ou néoténiques, respectivement. La cartographie des caractères morphologiques sur les arbres moléculaires a conservé un niveau élevé d'homoplasie, mais a révélé des synapomorphies pour les points de branchement majeurs et a soutenu six groupes de sous-familles (Dosiniinae, Gemminae, Samarangiinae, Sunettinae, Tapetinae, Chioninae + Venerinae combinés). Les Glauconomidae et les Neoleptonidae sont provisoirement maintenus dans les Veneroidea en attendant des études supplémentaires ; les Petricolinae et les Turtoniinae sont placés dans les Veneridae.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-3642.2006.00262.x",
    doi = "10.1111/j.1096-3642.2006.00262.x",
    openalex = "W2108402799",
    references = "doi101016s0167930901800314, doi105962bhltitle40014, openalexw2133981135"
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@misc{levine2006bivalves,
    author = "Levine, Jay F. et Law, Mac et Corsin, Flavio",
    title = "Bivalves",
    year = "2006",
    booktitle = "Médecine des invertébrés",
    url = "https://doi.org/10.1002/9780470344606.ch7",
    doi = "10.1002/9780470344606.ch7",
    pages = "91-113"
}

La pêcherie de coquilles Saint-Jacques de la baie du Pérou (Argopecten purpuratus) dans la baie d'Independencia (Pérou du Sud) subit une grande variabilité interannuelle des captures et des efforts. Cela est principalement dû aux changements dans la dynamique de la population du stock causés par l'ENSO (oscillation El Niño-Southern), qui ont considérablement proliféré lors des événements El Niño de 1983 et 1998. En conséquence, des conditions de « ruée vers l'or » se sont produites et les utilisateurs de ressources ont bénéficié d'un business d'exportation multi-millions de dollars. Après les booms El Niño, le système s'est normalisé et les captures sont tombées à des niveaux normaux. Cette situation de boom et de buste a rendu la gestion rationnelle de la ressource difficile, et les captures annuelles sont considérées comme imprévisibles, tout comme l'environnement stochastique. Cet article tente de fournir un modèle de prévision des captures pour permettre à la pêcherie de coquilles Saint-Jacques de mieux se préparer et s'adapter aux conditions toujours changeantes du stock de coquilles Saint-Jacques. Le modèle propose que les captures annuelles sont principalement le résultat du succès du recrutement de la nouvelle cohorte entrante, qui est une fonction de la taille du stock de reproduction adulte et du nombre de colons sur le fond marin. Ce dernier est considéré comme une fonction du taux de mortalité larvaire et du temps de développement dépendant de la température jusqu'à l'étape de colonisation, tandis que le premier est proportionnel aux captures prises pendant la période de reproduction (novembre–avril). En utilisant des données mensuelles de captures et de température pour la période 1983–2005, nous avons construit un modèle de régression pour prédire les captures de l'année suivant la période de recrutement (juillet–juin) en fonction de (a) les captures pendant la période de reproduction (comme un proxy pour la biomasse du stock de reproduction) et (b) le facteur de colonisation qui a été dérivé de la température moyenne de l'eau sur la période de reproduction, un taux de mortalité larvaire instantané supposé, et la relation entre la température et la période larvaire jusqu'à la colonisation. La régression multiple résultante (R2 = 0,930) prouve que les deux facteurs peuvent expliquer une grande partie de la variabilité inhérente des données. Le modèle révèle que les captures annuelles dépendent grandement de la taille du stock de reproduction lorsque les températures sont basses, tandis que ce facteur diminue en importance avec l'augmentation des températures, à laquelle le facteur de colonisation est beaucoup plus influent à la place. Ces résultats sont pertinents pour la gestion du stock : à basse température, le maintien d'un stock de reproduction suffisamment grand pendant la période de reproduction (novembre–avril) est décisif pour le rendement de la période de pêche post-recrutement qui suit, tandis qu'à des températures de reproduction croissantes, la taille du stock de reproduction est de moins en moins importante pour déterminer le rendement.

@article{doi101016jecolmodel200707013,
    author = "Wolff, Matthias et Taylor, Marc H et Mendo, Jaime et Yamashiro, Carmen",
    title = "Un modèle de prévision des captures pour la palourde péruvienne (Argopecten purpuratus) basé sur des estimateurs de la biomasse des stocks reproducteurs et du taux de recrutement",
    year = "2007",
    journal = "Ecological Modelling",
    abstract = "La pêche de la palourde de baie péruvienne (Argopecten purpuratus) dans la baie d'Independencia (Pérou du Sud) subit une grande variabilité interannuelle des captures et des efforts. Cela est principalement dû aux changements dans la dynamique des populations du stock causés par l'ENSO (oscillation El Niño-Sud), qui se sont considérablement développés lors des événements El Niño de 1983 et 1998. En conséquence, des conditions de « ruée vers l'or » se sont produites et les utilisateurs de ressources ont bénéficié d'un commerce d'exportation multi-millions de dollars. Après les pics El Niño, le système s'est normalisé et les captures sont tombées à des niveaux normaux. Cette situation de boom et de krach a rendu la gestion rationnelle de la ressource difficile, et les captures annuelles sont considérées comme imprévisibles, tout comme l'environnement stochastique. Cet article tente de fournir un modèle de prévision des captures pour permettre à la pêche de palourdes de mieux se préparer et s'adapter aux conditions toujours changeantes du stock de palourdes. Le modèle propose que les captures annuelles sont principalement le résultat du succès du recrutement de la nouvelle cohorte entrante, qui est une fonction de la taille du stock reproducteur adulte et du nombre de larves s'installant sur le fond marin. Ce dernier est considéré comme une fonction du taux de mortalité larvaire et du temps de développement dépendant de la température jusqu'à l'étape d'installation, tandis que le premier est proportionnel aux captures prises pendant la période de reproduction (novembre–avril). En utilisant des données mensuelles de captures et de température pour la période 1983–2005, nous avons construit un modèle de régression pour prédire les captures de l'année suivant la période de recrutement (juillet–juin) en fonction de (a) les captures pendant la période de reproduction (comme un proxy pour la biomasse du stock reproducteur) et (b) le facteur d'installation qui a été dérivé de la température moyenne de l'eau sur la période de reproduction, un taux de mortalité larvaire instantané supposé, et la relation entre la température et la période larvaire jusqu'à l'installation. La régression multiple résultante (R2 = 0,930) prouve que les deux facteurs peuvent expliquer une grande partie de la variabilité inhérente des données. Le modèle révèle que les captures annuelles dépendent fortement de la taille du stock reproducteur lorsque les températures sont basses, tandis que ce facteur diminue en importance avec l'augmentation des températures, à laquelle le facteur d'installation est beaucoup plus influent à la place. Ces résultats sont pertinents pour la gestion du stock : à basses températures, le maintien d'un stock reproducteur suffisamment grand pendant la période de reproduction (novembre–avril) est décisif pour le rendement de la période de pêche post-recrutement qui suit, tandis qu'à des températures de reproduction croissantes, la taille du stock reproducteur est de moins en moins importante pour déterminer le rendement.",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ecolmodel.2007.07.013",
    doi = "10.1016/j.ecolmodel.2007.07.013",
    openalex = "W2028315127",
    references = "doi1010160169534789900086, doi101016jecolmodel200505015, doi101023a1008828730759, doi101109tnnls20202991088, doi101139f58054, doi101139f89086, doi103354meps113061, doi105860choice351501, openalexw2046860163, waller1969the"
}

Une nouvelle phylogénie moléculaire est présentée pour la sous-classe très diverse de mollusques bivalves Heterodonta. L'étude, la plus complète à ce jour pour les hétérodontes, a utilisé de nouvelles séquences des gènes d'ARNr 18S et 28S pour 103 espèces provenant de 49 groupes familiaux, avec des espèces de Palaeoheterodonta (Trigoniidae, Margaritiferidae et Unionidae) en tant que groupes externes. Les résultats confirment les analyses précédentes selon lesquelles le clade Carditidae/Astartidae/Crassatellidae est basal par rapport à tous les autres hétérodontes, y compris les Anomalodesmata (souvent classés comme une sous-classe ou un ordre séparés). Les Thyasiroidea occupent une position quasi basale entre les Crassatelloidea et les Anomalodesmata. Les Lucinidae forment un groupe monophylétique bien soutenu, distinct des Thyasiridae et des Ungulinidae. Les Solenoidea et Hiatelloidea sont liées en tant que groupes sœurs, éloignés respectivement des Tellinoidea et des Myoidea, où ils avaient été précédemment associés. La position des Gastrochaenidae est instable mais ne regroupe pas les taxons myoïdes. Les espèces de quatre familles de Galeommatoidea forment un clade qui inclut également les Sportellidae des Cyamioidea. Les Cardioidea et Tellinoidea forment des clades individuels hautement soutenus et à longue ramification, mais se regroupent en tant que taxons sœurs. Un clade majeur incluant les Veneroidea, Mactroidea, Myoidea et d'autres familles est donné le nom non rangé de Neoheterodontei. Il n'y a aucun soutien pour un ordre séparé Myoida (Myoidea et Pholadoidea). Les Dreissenidae se regroupent dans le clade incluant les Myidae, Corbulidae, Pholadidae et Teredinidae. Le Corbiculoidea est confirmé comme étant polyphylétique, avec les Sphaeriidae et Corbiculidae formant des clades séparés au sein du Neoheterodontei ; les Corbiculidae se regroupant avec les Glauconomidae. Les Hemidonacidae ne sont pas apparentées aux Cardiidae, comme proposé précédemment, mais nichent au sein du Neoheterodontei. Les Gaimardiidae se regroupent près des Ungulinidae et non avec les Cyamioidea où ils avaient été récemment classés. La famille Ungulinidae, précédemment classée dans les Lucinoidea, forme un clade bien soutenu au sein du Neoheterodontei et est élevée au rang de superfamille — Ungulinoidea. Le statut monophylétique des Glossoidea, Arcticoidea et Veneroidea n'est pas confirmé. Un bref examen du registre fossile des hétérodontes indique que les clades basaux des Crassatelloidea, Anomalodesmata et Lucinoidea se sont séparés très tôt dans le Paléozoïque inférieur. D'autres groupes tels que les Hiatelloidea, Solenoidea, Gastrochaenidae provenaient probablement d'origines du Paléozoïque supérieur. Les Cardioidea et Tellinoidea sont apparus au Trias tandis que les groupes majeurs du Neoheterodontei se sont irradiés au Mésozoïque supérieur. La position phylogénétique des Thyasiroidea et Galeommatoidea suggère une histoire fossile plus longue que celle reconnue jusqu'à présent.

@article{doi101111j14636409200700299x,
    author = "Taylor, John D. and Williams, Suzanne T. and Glover, Emily A. and Dyal, Patricia",
    title = "A molecular phylogeny of heterodont bivalves (Mollusca: Bivalvia: Heterodonta): new analyses of 18S and 28S rRNA genes",
    year = "2007",
    journal = "Zoologica Scripta",
    abstract = "Une nouvelle phylogénie moléculaire est présentée pour la sous-classe très diverse de mollusques bivalves Heterodonta. L'étude, la plus complète à ce jour pour les hétérodontes, a utilisé de nouvelles séquences des gènes d'ARNr 18S et 28S pour 103 espèces provenant de 49 groupes familiaux, avec des espèces de Palaeoheterodonta (Trigoniidae, Margaritiferidae et Unionidae) en tant que groupes externes. Les résultats confirment les analyses précédentes selon lesquelles le clade Carditidae/Astartidae/Crassatellidae est basal par rapport à tous les autres hétérodontes, y compris les Anomalodesmata (souvent classés comme une sous-classe ou un ordre séparés). Les Thyasiroidea occupent une position quasi basale entre les Crassatelloidea et les Anomalodesmata. Les Lucinidae forment un groupe monophylétique bien soutenu, distinct des Thyasiridae et des Ungulinidae. Les Solenoidea et Hiatelloidea sont liées en tant que groupes sœurs, éloignés respectivement des Tellinoidea et des Myoidea, où ils avaient été précédemment associés. La position des Gastrochaenidae est instable mais ne regroupe pas les taxons myoïdes. Les espèces de quatre familles de Galeommatoidea forment un clade qui inclut également les Sportellidae des Cyamioidea. Les Cardioidea et Tellinoidea forment des clades individuels hautement soutenus et à longue ramification, mais se regroupent en tant que taxons sœurs. Un clade majeur incluant les Veneroidea, Mactroidea, Myoidea et d'autres familles est donné le nom non rangé de Neoheterodontei. Il n'y a aucun soutien pour un ordre séparé Myoida (Myoidea et Pholadoidea). Les Dreissenidae se regroupent dans le clade incluant les Myidae, Corbulidae, Pholadidae et Teredinidae. Le Corbiculoidea est confirmé comme étant polyphylétique, avec les Sphaeriidae et Corbiculidae formant des clades séparés au sein du Neoheterodontei ; les Corbiculidae se regroupant avec les Glauconomidae. Les Hemidonacidae ne sont pas apparentées aux Cardiidae, comme proposé précédemment, mais nichent au sein du Neoheterodontei. Les Gaimardiidae se regroupent près des Ungulinidae et non avec les Cyamioidea où ils avaient été récemment classés. La famille Ungulinidae, précédemment classée dans les Lucinoidea, forme un clade bien soutenu au sein du Neoheterodontei et est élevée au rang de superfamille — Ungulinoidea. Le statut monophylétique des Glossoidea, Arcticoidea et Veneroidea n'est pas confirmé. Un bref examen du registre fossile des hétérodontes indique que les clades basaux des Crassatelloidea, Anomalodesmata et Lucinoidea se sont séparés très tôt dans le Paléozoïque inférieur. D'autres groupes tels que les Hiatelloidea, Solenoidea, Gastrochaenidae provenaient probablement d'origines du Paléozoïque supérieur. Les Cardioidea et Tellinoidea sont apparus au Trias tandis que les groupes majeurs du Neoheterodontei se sont irradiés au Mésozoïque supérieur. La position phylogénétique des Thyasiroidea et Galeommatoidea suggère une histoire fossile plus longue que celle reconnue jusqu'à présent.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1463-6409.2007.00299.x",
    doi = "10.1111/j.1463-6409.2007.00299.x",
    openalex = "W2078529225",
    references = "openalexw2133981135"
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@incollection{chen2008bivalves,
    author = "Chen, Jin-hua",
    title = "BIVALVES",
    year = "2008",
    booktitle = "The Jehol Fossils",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-012374173-8.50005-3",
    doi = "10.1016/b978-012374173-8.50005-3",
    pages = "40-41-43"
}

Le résumé L'évolution s'est produite également par spéciation allopatrique et anagénèse durant la période du Pliocène au Pléistocène inférieur. Cependant, aucune anagénèse n'est observée chez les Mollusques du Castlecliffian au Récent. Les explications possibles incluent (1) une augmentation de la shallowness et de l'énergie de l'environnement (le modèle de Sheldon « plus ça change ») ; (2) les lecithotrophes ont augmenté avec la baisse des températures et sont plus susceptibles que les planktotrophes à la spéciation allopatrique ; (3) « plus ça change » implique que l'anagénèse a continué sans relâche, mais non enregistrée, en mer au large de la faune pléistocène enregistrée. Trois lignées (Pelicaria vermis, Stiracolpus symmetricus, Aoteadrillia wanganuiensis) sont devenues très variables en raison de leur mode de développement modifié. L'origination a continué tout au long de la période Castlecliffian–Haweran à un taux de fond de 0 à 2 nouvelles espèces par stade d'isotope de l'oxygène (OIS), tandis que l'extinction et l'extension de l'aire de répartition des taxons d'eaux chaudes vers le bassin de Wanganui ont tous deux atteint un pic au cours de l'OIS 9–7. Cependant, le registre faunique résulte de l'interaction entre le changement de température et la préservation de différents environnements de dépôt. La biostratigraphie et le changement de température sont également examinés.

@article{doi101080030367582011559727,
    author = "Beu, A. G.",
    title = "Marine Mollusca of the last 2 million years in New Zealand. Part 5. Summary",
    year = "2012",
    journal = "Journal of the Royal Society of New Zealand",
    abstract = "Le résumé L'évolution s'est produite également par spéciation allopatrique et anagénèse durant la période du Pliocène au Pléistocène inférieur. Cependant, aucune anagénèse n'est observée chez les Mollusques du Castlecliffian au Récent. Les explications possibles incluent (1) une augmentation de la shallowness et de l'énergie de l'environnement (le modèle de Sheldon « plus ça change ») ; (2) les lecithotrophes ont augmenté avec la baisse des températures et sont plus susceptibles que les planktotrophes à la spéciation allopatrique ; (3) « plus ça change » implique que l'anagénèse a continué sans relâche, mais non enregistrée, en mer au large de la faune pléistocène enregistrée. Trois lignées (Pelicaria vermis, Stiracolpus symmetricus, Aoteadrillia wanganuiensis) sont devenues très variables en raison de leur mode de développement modifié. L'origination a continué tout au long de la période Castlecliffian–Haweran à un taux de fond de 0 à 2 nouvelles espèces par stade d'isotope de l'oxygène (OIS), tandis que l'extinction et l'extension de l'aire de répartition des taxons d'eaux chaudes vers le bassin de Wanganui ont tous deux atteint un pic au cours de l'OIS 9–7. Cependant, le registre faunique résulte de l'interaction entre le changement de température et la préservation de différents environnements de dépôt. La biostratigraphie et le changement de température sont également examinés.",
    url = "https://doi.org/10.1080/03036758.2011.559727",
    doi = "10.1080/03036758.2011.559727",
    openalex = "W1973667524",
    references = "doi101017s1477201907002374"
}

La palourde (Argopecten irradians) est l'une des espèces d'aquaculture les plus importantes économiquement en Chine. Dans cette étude, nous avons construit une carte de liaison génétique basée sur les microsatellites par consensus avec un panel de cartographie contenant deux familles hybrides de type backcross impliquant deux sous-espèces de palourde, A. i. irradians et A. i. concentricus. Cent soixante-et-un marqueurs microsatellites et un marqueur phénotypique (couleur de la coquille) ont été cartographiés sur 16 groupes de liaison (LG), ce qui correspond au nombre chromosomique haploïde de la palourde. La carte spécifique au sexe mesurait 779,2 cM chez la femelle et 781,6 cM chez le mâle, tandis que la carte moyenne par sexe s'étendait sur 849,3 cM. La résolution moyenne de la carte intégrée était de 5,9 cM/locus et la couverture estimée était de 81,3 %. La proportion de marqueurs distordus était plus élevée chez les parents hybrides, suggérant que la distorsion de ségrégation était probablement le résultat d'une interaction hétérospécifique entre les génomes des deux sous-espèces de palourde. Le taux global de recombination femelle/mâle était de 1,13:1 pour tous les marqueurs liés communs aux deux parents, et des différences considérables en matière de recombination existaient également entre différents parents dans les deux familles. Quatre traits liés à la taille, notamment la longueur de la coquille (SL), la hauteur de la coquille (SH), la largeur de la coquille (SW) et le poids total (TW), ont été mesurés pour l'analyse des locus de traits quantitatifs (QTL). Trois QTL significatifs et six QTL suggestifs ont été détectés sur cinq LG. Parmi les trois QTL significatifs, deux (qSW-10 et qTW-10, contrôlant respectivement SW et TW) ont été cartographiés dans la même région près du marqueur AiAD121 sur le LG10 et expliquent 20,5 % et 27,7 % de la variance phénotypique, tandis que le troisième (qSH-7, contrôlant SH) est situé sur le LG7 et représente 15,8 % de la variance phénotypique. Six QTL suggestifs ont été détectés sur quatre LG différents. La carte de liaison et les QTL liés à la taille obtenus dans cette étude pourraient faciliter la sélection assistée par marqueurs (SAM) chez la palourde.

@article{doi101371journalpone0046926,
    author = "Li, Hongjun et Liu, Xiao et Zhang, Guofan",
    title = "Une carte de liaison basée sur les microsatellites par consensus pour la palourde hermaphrodite (Argopecten irradians) et son application dans l'analyse des QTL liés à la taille",
    year = "2012",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "La palourde (Argopecten irradians) est l'une des espèces d'aquaculture les plus importantes économiquement en Chine. Dans cette étude, nous avons construit une carte de liaison génétique basée sur les microsatellites par consensus avec un panel de cartographie contenant deux familles hybrides de type backcross impliquant deux sous-espèces de palourde, A. i. irradians et A. i. concentricus. Cent soixante-et-un marqueurs microsatellites et un marqueur phénotypique (couleur de la coquille) ont été cartographiés sur 16 groupes de liaison (LG), ce qui correspond au nombre chromosomique haploïde de la palourde. La carte spécifique au sexe mesurait 779,2 cM chez la femelle et 781,6 cM chez le mâle, tandis que la carte moyenne par sexe s'étendait sur 849,3 cM. La résolution moyenne de la carte intégrée était de 5,9 cM/locus et la couverture estimée était de 81,3 %. La proportion de marqueurs distordus était plus élevée chez les parents hybrides, suggérant que la distorsion de ségrégation était probablement le résultat d'une interaction hétérospécifique entre les génomes des deux sous-espèces de palourde. Le taux global de recombination femelle/mâle était de 1,13:1 pour tous les marqueurs liés communs aux deux parents, et des différences considérables en matière de recombination existaient également entre différents parents dans les deux familles. Quatre traits liés à la taille, notamment la longueur de la coquille (SL), la hauteur de la coquille (SH), la largeur de la coquille (SW) et le poids total (TW), ont été mesurés pour l'analyse des locus de traits quantitatifs (QTL). Trois QTL significatifs et six QTL suggestifs ont été détectés sur cinq LG. Parmi les trois QTL significatifs, deux (qSW-10 et qTW-10, contrôlant respectivement SW et TW) ont été cartographiés dans la même région près du marqueur AiAD121 sur le LG10 et expliquent 20,5 % et 27,7 % de la variance phénotypique, tandis que le troisième (qSH-7, contrôlant SH) est situé sur le LG7 et représente 15,8 % de la variance phénotypique. Six QTL suggestifs ont été détectés sur quatre LG différents. La carte de liaison et les QTL liés à la taille obtenus dans cette étude pourraient faciliter la sélection assistée par marqueurs (SAM) chez la palourde.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0046926",
    doi = "10.1371/journal.pone.0046926",
    openalex = "W2055612890",
    references = "doi101093genetics1281175, doi101093genetics13741121, doi101093genetics1491383, doi101093genetics15941701, doi101093jhered93177, doi101111j1365313x199300739x, doi101111j155856461989tb04220x, openalexw1542836032, openalexw258794974, openalexw2790689565"
}

La palourde péruvienne (Argopecten purpuratus) a été introduite en Chine et a réussi à se hybrider avec la palourde de baie (A. irradians irradians). Les hybrides F1 de ces deux palourdes ont présenté une augmentation importante des traits de production et d'autres caractéristiques nouvelles intéressantes. Pour comprendre la base génétique de cette hétérosis, des séquences de gènes nucléaires et partielles d'ADNmt, ainsi qu'une hybridation in situ génomique (GISH), ont été utilisées pour analyser l'organisation génomique des hybrides. L'amplification de l'espacement transcrit interne (ITS) de l'ADN ribosomique a montré que les séquences ITS parentales étaient présentes chez tous les individus hybrides, illustrant que la descendance hybride a hérité de l'ADN nucléaire des deux parents. Les analyses de séquence de la région ITS ont confirmé davantage que les hybrides portaient des allèles de leurs parents ; certaines variantes recombinantes ont également été détectées, révélant certaines altérations du matériel génétique nucléaire des hybrides. L'analyse de l'ADNr 16S mitochondrial a montré que les hybrides possédaient des séquences identiques à l'ADNr 16S des parents femelles, prouvant une héritage matrilineal des gènes mitochondriaux chez les palourdes. En outre, la GISH a clairement distingué les chromosomes parentaux et indiqué une combinaison de génomes haploïdes de parents duplex dans les hybrides. Les analyses génétiques de notre étude ont illustré que les hybrides F1 ont hérité de matériel nucléaire des deux parents et de matériel génétique cytoplasmique de manière maternelle, et que certaines variations sont survenues dans le génome, ce qui pourrait contribuer à une meilleure compréhension de l'élevage croisé et de l'hétérosis chez les espèces de palourdes.

@article{doi101371journalpone0062432,
    author = "Hu, Liping et Huang, Xiaoting et Mao, Junxia et Wang, Chunde et Bao, Zhenmin",
    title = "Caractérisation génomique des hybrides interspécifiques entre les palourdes Argopecten purpuratus et A. irradians irradians",
    year = "2013",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "La palourde péruvienne (Argopecten purpuratus) a été introduite en Chine et a réussi à se hybrider avec la palourde de baie (A. irradians irradians). Les hybrides F1 de ces deux palourdes ont présenté une augmentation importante des traits de production et d'autres caractéristiques nouvelles intéressantes. Pour comprendre la base génétique de cette hétérosis, des séquences de gènes nucléaires et partielles d'ADNmt, ainsi qu'une hybridation in situ génomique (GISH), ont été utilisées pour analyser l'organisation génomique des hybrides. L'amplification de l'espacement transcrit interne (ITS) de l'ADN ribosomique a montré que les séquences ITS parentales étaient présentes chez tous les individus hybrides, illustrant que la descendance hybride a hérité de l'ADN nucléaire des deux parents. Les analyses de séquence de la région ITS ont confirmé davantage que les hybrides portaient des allèles de leurs parents ; certaines variantes recombinantes ont également été détectées, révélant certaines altérations du matériel génétique nucléaire des hybrides. L'analyse de l'ADNr 16S mitochondrial a montré que les hybrides possédaient des séquences identiques à l'ADNr 16S des parents femelles, prouvant une héritage matrilineal des gènes mitochondriaux chez les palourdes. En outre, la GISH a clairement distingué les chromosomes parentaux et indiqué une combinaison de génomes haploïdes de parents duplex dans les hybrides. Les analyses génétiques de notre étude ont illustré que les hybrides F1 ont hérité de matériel nucléaire des deux parents et de matériel génétique cytoplasmique de manière maternelle, et que certaines variations sont survenues dans le génome, ce qui pourrait contribuer à une meilleure compréhension de l'élevage croisé et de l'hétérosis chez les espèces de palourdes.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0062432",
    doi = "10.1371/journal.pone.0062432",
    openalex = "W2154472714",
    references = "doi101016jgde200709001, doi101016s0022534701635407, doi101016s0169534701021875, doi101073pnas91167463, doi101073pnas921280, doi101093bib52150, doi101093med97801953753360010001, doi101093nar25244876, doi101093sysbiosys029, doi101534genetics107071399"
}

@incollection{crossref2014bivalves,
    title = "BIVALVES",
    year = "2014",
    booktitle = "A Monograph of the Mollusca from the Great Oolite",
    url = "https://doi.org/10.1017/cbo9781316143469.010",
    doi = "10.1017/cbo9781316143469.010",
    pages = "269-314"
}

Résumé La prédation est un processus important dans les océans modernes et dans l'histoire évolutive des écosystèmes marins. Par conséquent, il a été hypothesé que les proies coquillères ont modifié leur ornementation en réponse à la prédation. Cependant, l'ornementation des bivalves a également été considérée comme importante pour maintenir une position stable dans le sédiment et pour creuser. Pour tester si les côtes concentriques étaient efficaces contre le perçage par des gastéropodes carnivores, nous avons examiné la position et la complétude des trous de perçage pour quatre espèces de bivalves du Cénozoïque qui diffèrent par la force de leurs côtes (Astarte radiata, A. goldfussi, Lirophora glyptocyma et L. latilirata). Le pourcentage de trous de perçage situés entre les côtes augmente avec l'augmentation de la force des côtes, tandis que le pourcentage de trous de perçage situés sur les côtes diminue. Ce résultat suggère que les gastéropodes sélectionnent le site de perçage plus efficacement lorsque la force des côtes augmente, économisant ainsi du temps et de l'énergie, et que la sélection naturelle favorise les gastéropodes qui sélectionnent des sites de perçage entre les côtes. En raison de cette plus grande stéréotypie, le pourcentage de trous de perçage incomplets est généralement plus faible chez les espèces fortement côtelées. La proportion de trous de perçage situés sur les côtes est plus élevée pour les trous incomplets que pour les trous complets, ce qui implique que les côtes peuvent être efficaces contre les prédateurs, mais seulement lorsqu'elles sont sélectionnées comme lieu de perçage. Nous montrons que les côtes sont les plus efficaces contre la prédation par perçage pour les bivalves ayant des côtes de taille modérée, entre lesquelles les gastéropodes ont du mal à situer les trous de perçage. Les côtes concentriques sont peu susceptibles d'avoir évolué comme une adaptation contre la prédation par perçage, car les côtes concentriques ont évolué au Paléozoïque et étaient déjà courantes au Mésozoïque, tandis que la fréquence du perçage a augmenté plus tard, au Crétacé supérieur–Paléogène. De plus, la force des côtes de l'Astarte d'Amérique du Nord n'a pas changé au cours de cet intervalle de temps. Ainsi, les côtes considérées ici constituent une probable exaptation au perçage, compte tenu de leur efficacité à dissuader la prédation par perçage sur les bivalves ayant des côtes modérées.

@article{doi101017pab201412,
    author = "Klompmaker, Adiël A. and Kelley, Patricia H.",
    title = "Shell ornamentation as a likely exaptation: evidence from predatory drilling on Cenozoic bivalves",
    year = "2015",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Résumé La prédation est un processus important dans les océans modernes et dans l'histoire évolutive des écosystèmes marins. Par conséquent, il a été hypothesé que les proies coquillères ont modifié leur ornementation en réponse à la prédation. Cependant, l'ornementation des bivalves a également été considérée comme importante pour maintenir une position stable dans le sédiment et pour creuser. Pour tester si les côtes concentriques étaient efficaces contre le perçage par des gastéropodes carnivores, nous avons examiné la position et la complétude des trous de perçage pour quatre espèces de bivalves du Cénozoïque qui diffèrent par la force de leurs côtes (Astarte radiata, A. goldfussi, Lirophora glyptocyma et L. latilirata). Le pourcentage de trous de perçage situés entre les côtes augmente avec l'augmentation de la force des côtes, tandis que le pourcentage de trous de perçage situés sur les côtes diminue. Ce résultat suggère que les gastéropodes sélectionnent le site de perçage plus efficacement lorsque la force des côtes augmente, économisant ainsi du temps et de l'énergie, et que la sélection naturelle favorise les gastéropodes qui sélectionnent des sites de perçage entre les côtes. En raison de cette plus grande stéréotypie, le pourcentage de trous de perçage incomplets est généralement plus faible chez les espèces fortement côtelées. La proportion de trous de perçage situés sur les côtes est plus élevée pour les trous incomplets que pour les trous complets, ce qui implique que les côtes peuvent être efficaces contre les prédateurs, mais seulement lorsqu'elles sont sélectionnées comme lieu de perçage. Nous montrons que les côtes sont les plus efficaces contre la prédation par perçage pour les bivalves ayant des côtes de taille modérée, entre lesquelles les gastéropodes ont du mal à situer les trous de perçage. Les côtes concentriques sont peu susceptibles d'avoir évolué comme une adaptation contre la prédation par perçage, car les côtes concentriques ont évolué au Paléozoïque et étaient déjà courantes au Mésozoïque, tandis que la fréquence du perçage a augmenté plus tard, au Crétacé supérieur–Paléogène. De plus, la force des côtes de l'Astarte d'Amérique du Nord n'a pas changé au cours de cet intervalle de temps. Ainsi, les côtes considérées ici constituent une probable exaptation au perçage, compte tenu de leur efficacité à dissuader la prédation par perçage sur les bivalves ayant des côtes modérées.",
    url = "https://doi.org/10.1017/pab.2014.12",
    doi = "10.1017/pab.2014.12",
    openalex = "W2141042298",
    references = "doi1017161tov0i04275"
}

@incollection{cole2017vii,
    author = "Cole, Theodor C. H.",
    title = "VII. Mollusca: Bivalvia – Muscheln – Bivalves",
    year = "2017",
    booktitle = "Wörterbuch der Wirbellosen / Dictionnaire des invertébrés",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-662-52869-3\_7",
    doi = "10.1007/978-3-662-52869-3\_7",
    openalex = "W2529652091",
    pages = "45-70"
}

@misc{crossref2017argopecten,
    title = "Argopecten gibbus",
    year = "2017",
    booktitle = "CABI Compendium",
    url = "https://doi.org/10.1079/cabicompendium.93557",
    doi = "10.1079/cabicompendium.93557",
    openalex = "W4313124161"
}

Contexte : La huître péruvienne, Argopecten purpuratus, est principalement cultivée au Chili méridional et le Pérou a été introduit en Chine au cours du siècle dernier. Contrairement à d'autres huîtres du genre Argopecten, la huître péruvienne a normalement une longévité élevée allant jusqu'à 7 à 10 ans. Par conséquent, les chercheurs l'utilisent pour développer la vigueur hybride. Ici, nous avons effectué le séquençage, l'assemblage et l'annotation génomique de la huître péruvienne, avec pour objectif important de développer des ressources génomiques pour l'élevage génétique des huîtres. Résultats : Un total de 463,19 Go de lectures d'ADN brutes ont été séquencées. Un assemblage génomique brouillon de 724,78 Mo a été généré (représentant 81,87 % de la taille génomique estimée de 885,29 Mo), avec une taille de contig N50 de 80,11 kb et une taille de squelette N50 de 1,02 Mo. Les séquences répétées ont été calculées pour atteindre 33,74 % du génome entier, et 26 256 gènes codant des protéines et 3 057 ARN non codants ont été prédits à partir de l'assemblage. Conclusions : Nous avons généré un assemblage génomique brouillon de haute qualité de la huître péruvienne, qui fournira une ressource solide pour l'élevage génétique ultérieur et pour l'analyse de l'histoire évolutive de cette huître économiquement importante.

@article{doi101093gigasciencegiy031,
    author = "Li, Chao et Liu, Xiao et Liu, Bo et Ma, Bin et Liu, Fengqiao et Liu, Guilong et Shi, Qiong et Wang, Chunde",
    title = "Draft genome of the Peruvian scallop Argopecten purpuratus",
    year = "2018",
    journal = "GigaScience",
    abstract = "Contexte : La huître péruvienne, Argopecten purpuratus, est principalement cultivée au Chili méridional et le Pérou a été introduit en Chine au cours du siècle dernier. Contrairement à d'autres huîtres du genre Argopecten, la huître péruvienne a normalement une longévité élevée allant jusqu'à 7 à 10 ans. Par conséquent, les chercheurs l'utilisent pour développer la vigueur hybride. Ici, nous avons effectué le séquençage, l'assemblage et l'annotation génomique de la huître péruvienne, avec pour objectif important de développer des ressources génomiques pour l'élevage génétique des huîtres. Résultats : Un total de 463,19 Go de lectures d'ADN brutes ont été séquencées. Un assemblage génomique brouillon de 724,78 Mo a été généré (représentant 81,87 % de la taille génomique estimée de 885,29 Mo), avec une taille de contig N50 de 80,11 kb et une taille de squelette N50 de 1,02 Mo. Les séquences répétées ont été calculées pour atteindre 33,74 % du génome entier, et 26 256 gènes codant des protéines et 3 057 ARN non codants ont été prédits à partir de l'assemblage. Conclusions : Nous avons généré un assemblage génomique brouillon de haute qualité de la huître péruvienne, qui fournira une ressource solide pour l'élevage génétique ultérieur et pour l'analyse de l'histoire évolutive de cette huître économiquement importante.",
    url = "https://doi.org/10.1093/gigascience/giy031",
    doi = "10.1093/gigascience/giy031",
    openalex = "W2796069297",
    references = "doi101016jaquaculture201011014"
}

Pseudomyona du Cambrien du Groenland du Nord (Laurentia) et l'évolution précoce des mollusques à coquilles bivalves

@article{doi103140bullgeosci1827,
    author = "Peel, J.S",
    title = "Pseudomyona du Cambrien du Groenland du Nord (Laurentia) et l'évolution précoce des mollusques à coquilles bivalves",
    year = "2021",
    journal = "Bulletin of Geosciences",
    abstract = "Pseudomyona du Cambrien du Groenland du Nord (Laurentia) et l'évolution précoce des mollusques à coquilles bivalves",
    url = "https://doi.org/10.3140/bull.geosci.1827",
    doi = "10.3140/bull.geosci.1827",
    openalex = "W3147045608",
    references = "doi1017161tov0i04275"
}

@incollection{harper2021bivalves,
    author = "Harper, E.M.",
    title = "Bivalves",
    year = "2021",
    booktitle = "Encyclopedia of Geology",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-0-08-102908-4.00168-5",
    doi = "10.1016/b978-0-08-102908-4.00168-5",
    pages = "349-358"
}

L'adaptation évolutive à des modes de vie nouveaux et spécialisés est souvent associée à une correspondance étroite entre la forme et la nouvelle fonction, entraînant une faible disparité morphologique. Chez les mollusques bivalves, l'endolithie (creusement de roche) présente des exigences biomécaniques censées diverger fortement de celles des fonctions ancestrales. Cependant, l'endolithie chez les bivalves est apparue au moins huit fois. Des données morphométriques en trois dimensions représentant 75 espèces provenant d'environ 94 % des genres et familles endolithiques actuels, ainsi que 310 espèces non endolithiques de ces familles, montrent que l'endolithie est accessible sur le plan évolutif à partir de nombreux points de départ morphologiques différents. Bien que certains endolithes semblent converger vers certaines morphologies de coquille, la gamme des formes de coquille endolithiques est aussi large que celle appartenant à tout autre usage de substrat chez les bivalves. Néanmoins, l'endolithie est une fonction à faible richesse taxonomique chez les Bivalvia aujourd'hui. Cette richesse limitée ne découle pas de l'origine au sein de clades sources ayant des taux d'origine significativement bas ou des taux d'extinction élevés, et les endolithes actuels ne sont pas confinés à des régions biogéographiques à faible diversité. Au contraire, l'endolithie peut être limitée par la disponibilité de l'habitat. Le déterminisme (tel qu'il est reflété par la convergence parmi des taxons éloignés) et la contingence (tel qu'elle est reflétée par les endolithes qui restent proches des morphologies disparates de leurs clades sources) sous-tendent l'occupation de l'espace morphologique endolithique.

@article{doi101098rspb20221907,
    author = "Collins, Katie S. et Edie, Stewart M. et Jablonski, David",
    title = "Convergence et contingence dans l'évolution d'un mode de vie spécialisé : origines multiples et grande disparité des bivalves creuseurs de roche",
    year = "2023",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "L'adaptation évolutive à des modes de vie nouveaux et spécialisés est souvent associée à une correspondance étroite entre la forme et la nouvelle fonction, entraînant une faible disparité morphologique. Chez les mollusques bivalves, l'endolithie (creusement de roche) présente des exigences biomécaniques censées diverger fortement de celles des fonctions ancestrales. Cependant, l'endolithie chez les bivalves est apparue au moins huit fois. Des données morphométriques en trois dimensions représentant 75 espèces provenant d'environ 94 % des genres et familles endolithiques actuels, ainsi que 310 espèces non endolithiques de ces familles, montrent que l'endolithie est accessible sur le plan évolutif à partir de nombreux points de départ morphologiques différents. Bien que certains endolithes semblent converger vers certaines morphologies de coquille, la gamme des formes de coquille endolithiques est aussi large que celle appartenant à tout autre usage de substrat chez les bivalves. Néanmoins, l'endolithie est une fonction à faible richesse taxonomique chez les Bivalvia aujourd'hui. Cette richesse limitée ne découle pas de l'origine au sein de clades sources ayant des taux d'origine significativement bas ou des taux d'extinction élevés, et les endolithes actuels ne sont pas confinés à des régions biogéographiques à faible diversité. Au contraire, l'endolithie peut être limitée par la disponibilité de l'habitat. Le déterminisme (tel qu'il est reflété par la convergence parmi des taxons éloignés) et la contingence (tel qu'elle est reflétée par les endolithes qui restent proches des morphologies disparates de leurs clades sources) sous-tendent l'occupation de l'espace morphologique endolithique.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2022.1907",
    doi = "10.1098/rspb.2022.1907",
    openalex = "W4319336839",
    references = "doi1017161tov0i04275"
}

@incollection{crossref2025bivalves,
    title = "Bivalves",
    year = "2025",
    booktitle = "Fossiles sur la plage",
    url = "https://doi.org/10.2307/jj.20945013.17",
    doi = "10.2307/jj.20945013.17",
    pages = "83-91"
}

Les écosystèmes côtiers sont de plus en plus menacés par le changement climatique, en particulier par l'augmentation de la fréquence des vagues de chaleur marines (VCM), qui co-occurrent souvent avec des nanomatériaux émergents tels que l'oxyde de graphène (OG), dont les risques écologiques sont encore en cours d'évaluation. Bien que les effets de l'OG aient été étudiés de manière isolée, peu est connu sur son interaction avec les événements de stress thermique. Cette recherche a étudié les effets combinés de la température (18 °C et 23 °C, simulant les conditions de contrôle et de VCM) et de l'exposition aux nanofeuillets d'OG (0,01 mg/L) sur deux bivalves estuariens clés : le coquillage Scrobicularia plana et la moule Mytilus galloprovincialis. Après 7 jours d'exposition (durée de nombreuses VCM), le métabolisme énergétique, les défenses antioxydantes, les dommages oxydatifs et la neurotransmission ont été évalués. Les résultats ont révélé que les coquillages présentaient une activité ETS et SOD plus faible lorsqu'ils étaient exposés aux VCM, ainsi qu'une activité SOD et AChE plus faible dans le cas de VCM + OG, par rapport au traitement de contrôle. Les moules ont principalement reposé sur l'activité SOD dans tous les traitements, mais ont montré une susceptibilité accrue aux nanofeuillets d'OG, avec des niveaux de LPO plus élevés et une réduction significative de l'activité AChE lorsqu'elles étaient exposées à l'OG à toutes les températures. Dans l'ensemble, nos résultats suggèrent que S. plana montre une réponse plus forte aux altérations environnementales testées que M. galloprovincialis. L'exposition combinée à l'OG + VCM déclenche des réponses biochimiques spécifiques à l'espèce chez les bivalves estuariens, soulignant comment les traits physiologiques façonnent l'évaluation des risques écologiques posés par la pollution par les nanomatériaux dans le contexte du changement climatique.

@article{doi103390toxics14040339,
    author = "Giménez, Valéria et Neves, Beatriz et Figueira, Etelvina et Marques, Paula et Pires, Adília",
    title = "Évaluation des effets interactifs de l'oxyde de graphène et des facteurs de stress liés aux vagues de chaleur marines sur les bivalves estuariens.",
    year = "2026",
    journal = "Toxics",
    abstract = "Les écosystèmes côtiers sont de plus en plus menacés par le changement climatique, en particulier par l'augmentation de la fréquence des vagues de chaleur marines (VCM), qui co-occurrent souvent avec des nanomatériaux émergents tels que l'oxyde de graphène (OG), dont les risques écologiques sont encore en cours d'évaluation. Bien que les effets de l'OG aient été étudiés de manière isolée, peu est connu sur son interaction avec les événements de stress thermique. Cette recherche a étudié les effets combinés de la température (18 °C et 23 °C, simulant les conditions de contrôle et de VCM) et de l'exposition aux nanofeuillets d'OG (0,01 mg/L) sur deux bivalves estuariens clés : le coquillage Scrobicularia plana et la moule Mytilus galloprovincialis. Après 7 jours d'exposition (durée de nombreuses VCM), le métabolisme énergétique, les défenses antioxydantes, les dommages oxydatifs et la neurotransmission ont été évalués. Les résultats ont révélé que les coquillages présentaient une activité ETS et SOD plus faible lorsqu'ils étaient exposés aux VCM, ainsi qu'une activité SOD et AChE plus faible dans le cas de VCM + OG, par rapport au traitement de contrôle. Les moules ont principalement reposé sur l'activité SOD dans tous les traitements, mais ont montré une susceptibilité accrue aux nanofeuillets d'OG, avec des niveaux de LPO plus élevés et une réduction significative de l'activité AChE lorsqu'elles étaient exposées à l'OG à toutes les températures. Dans l'ensemble, nos résultats suggèrent que S. plana montre une réponse plus forte aux altérations environnementales testées que M. galloprovincialis. L'exposition combinée à l'OG + VCM déclenche des réponses biochimiques spécifiques à l'espèce chez les bivalves estuariens, soulignant comment les traits physiologiques façonnent l'évaluation des risques écologiques posés par la pollution par les nanomatériaux dans le contexte du changement climatique.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42043166/",
    doi = "10.3390/toxics14040339",
    pmid = "42043166"
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