Botanique

Introduction Lorsque, en tant que naturaliste, je me trouvais à bord du H.M.S. « Beagle », je fus vivement frappé par certains faits concernant la répartition des habitants de l'Amérique du Sud et par les relations géologiques du présent avec les habitants passés de ce continent. Ces faits me semblaient...

@book{doi105962bhltitle59991,
    author = "Darwin, Charles et Darwin, Charles et Remnants, Edmonds \\&",
    title = "On the origin of species by means of natural selection, or, The preservation of favoured races in the struggle for life /",
    year = "1859",
    booktitle = "John Murray eBooks",
    abstract = "Introduction Lorsque, en tant que naturaliste, je me trouvais à bord du H.M.S. « Beagle », je fus vivement frappé par certains faits concernant la répartition des habitants de l'Amérique du Sud et par les relations géologiques du présent avec les habitants passés de ce continent. Ces faits me semblaient...",
    url = "https://doi.org/10.5962/bhl.title.59991",
    doi = "10.5962/bhl.title.59991",
    openalex = "W2883512297"
}

@book{doi105962bhltitle82303,
    author = "Darwin, Charles et Murray, John et Clowes, William et Sons et Evans., Bradbury \\&",
    title = "Sur l'origine des espèces par le biais de la sélection naturelle, ou, La préservation des races favorisées dans la lutte pour la vie",
    year = "1859",
    url = "https://doi.org/10.5962/bhl.title.82303",
    doi = "10.5962/bhl.title.82303",
    openalex = "W4299541734"
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@article{crossref1870botany,
    title = "Botany",
    year = "1870",
    journal = "The American Naturalist",
    url = "https://doi.org/10.1086/270557",
    doi = "10.1086/270557",
    number = "3",
    pages = "183-188",
    volume = "4"
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@article{crossref1874botany,
    title = "Botanique",
    year = "1874",
    journal = "The American Naturalist",
    url = "https://doi.org/10.1086/271273",
    doi = "10.1086/271273",
    number = "2",
    pages = "116-120",
    volume = "8"
}

@article{crossref1879botany,
    title = "Botanique",
    year = "1879",
    journal = "The American Naturalist",
    url = "https://doi.org/10.1086/272411",
    doi = "10.1086/272411",
    number = "9",
    pages = "580-582",
    volume = "13"
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@article{crossref1880botany,
    title = "BOTANY",
    year = "1880",
    journal = "Science",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.os-1.26.306",
    doi = "10.1126/science.os-1.26.306",
    number = "26",
    pages = "306-306",
    volume = "os-1"
}

@article{crossref1889botany,
    title = "Botany",
    year = "1889",
    journal = "The American Naturalist",
    url = "https://doi.org/10.1086/274993",
    doi = "10.1086/274993",
    number = "272",
    pages = "723-725",
    volume = "23"
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@article{crossref1890botany,
    title = "Botany",
    year = "1890",
    journal = "The American Naturalist",
    url = "https://doi.org/10.1086/275129",
    doi = "10.1086/275129",
    number = "281",
    pages = "473-476",
    volume = "24"
}

@misc{clements1920plant9,
    author = "Clements, F. E",
    title = "Succession végétale",
    year = "1920",
    howpublished = "An Analysis of the Development of Vegetation: Washington, D.C., Carnegie Institute, 388 p.; Publication No. 290",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Clements, F. E., 1920, Succession végétale: An Analysis of the Development of Vegetation: Washington, D.C., Carnegie Institute, 388 p.; Publication No. 290.}"
}

@misc{braunblanquet1932plant5,
    author = "Braun-Blanquet, J",
    title = "Plant Sociology",
    year = "1932",
    howpublished = "The study of plant communities: New York, McGraw-Hill, 439 p.; [Translated and edited by G.D. Fuller and H.C. Conrad]",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Braun-Blanquet, J., 1932, Plant Sociology: The study of plant communities: New York, McGraw-Hill, 439 p.; [Translated and edited by G.D. Fuller and H.C. Conrad].}"
}

@misc{copeland1936yellowstone11,
    author = "Copeland, J. J",
    title = "Myxophycées thermiques du parc national de Yellowstone",
    year = "1936",
    howpublished = "Annals of the New York Academy of Sciences, v. 36, p. 1-232",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Copeland, J. J., 1936, Myxophycées thermiques du parc national de Yellowstone: Annals of the New York Academy of Sciences, v. 36, p. 1-232.}"
}

@misc{doctersvanleeuwen1936krakatau15,
    author = "Docters van Leeuwen, W. M",
    title = "Krakatau, 1833 to 1933",
    year = "1936",
    howpublished = "Ann. Jard. Botan. Buitenzorg, v. 56-57, p. 1-506",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Docters van Leeuwen, W. M., 1936, Krakatau, 1833 to 1933: Ann. Jard. Botan. Buitenzorg, v. 56-57, p. 1-506.}"
}

@misc{seward1938the29,
    author = "Seward, A. C",
    title = "The story of the maidenhair tree",
    year = "1938",
    howpublished = "Science Programs, v. 32, p. 420-440",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Seward, A. C., 1938, The story of the maidenhair tree: Science Programs, v. 32, p. 420-440.}"
}

@misc{elias1942tertiary17,
    author = "Elias, M. K",
    title = "Graminées prairiales et autres herbes du Tertiaire des Grandes Plaines, 41 des Papers Spéciaux de la Geological Society of America",
    year = "1942",
    howpublished = "p. 1-176",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Elias, M. K., 1942, Graminées prairiales et autres herbes du Tertiaire des Grandes Plaines, 41 des Papers Spéciaux de la Geological Society of America: p. 1-176.}"
}

@article{brown1943some6,
    author = "Brown, R. W",
    title = "Some prehistoric trees of the United States",
    year = "1943",
    journal = "Journal of Forestry, v. 41, p. 861-868",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Brown, R. W., 1943, Some prehistoric trees of the United States: Journal of Forestry, v. 41, p. 861-868.}"
}

@misc{arnold1947introduction2,
    author = "Arnold, C. A",
    title = "Introduction à la paléobotanique",
    year = "1947",
    howpublished = "New York, McGraw-Hill, 433 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Arnold, C. A., 1947, Introduction à la paléobotanique : New York, McGraw-Hill, 433 p.}"
}

@book{daubenmire1947plants12,
    author = "Daubenmire, R. F",
    title = "Plants and Environment",
    year = "1947",
    publisher = "New York, Wiley, 424 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Daubenmire, R. F., 1947, Plants and Environment : New York, Wiley, 424 p.}"
}

@misc{cheney1948metasequoia8,
    author = "Cheney, R. W",
    title = "Découverte de Metasequoia",
    year = "1948",
    howpublished = "American Scientist, v. 36, p. 490- 494",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Cheney, R. W., 1948, Découverte de Metasequoia : American Scientist, v. 36, p. 490- 494.}"
}

@misc{clements1949dynamics10,
    author = "Clements, F. E",
    title = "Dynamics of Vegetation",
    year = "1949",
    howpublished = "New York, Hafner, 296 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Clements, F. E., 1949, Dynamics of Vegetation: New York, Hafner, 296 p.}"
}

@book{stebbins1949rates30,
    author = "Stebbins, G. L. and Jr",
    title = "Taux d'évolution chez les plantes, in Jepsen, G. L., Simpson, G. G., et Mayr, E., éd., Génétique, Paléontologie et Évolution",
    year = "1949",
    publisher = "Princeton, Princeton University Press, p. 229-242 ; 474 p",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Stebbins, G. L., Jr., 1949, Taux d'évolution chez les plantes, in Jepsen, G. L., Simpson, G. G., et Mayr, E., éd., Génétique, Paléontologie et Évolution : Princeton, Princeton University Press, p. 229-242 ; 474 p.}"
}

@article{cain1950lifeforms7,
    author = "Cain, S. A",
    title = "Life-forms and phytoclimate",
    year = "1950",
    journal = "Botanical Review, v. 16, p. 1- 32",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Cain, S. A., 1950, Life-forms and phytoclimate: Botanical Review, v. 16, p. 1- 32.}"
}

@misc{florin1951evolution19,
    author = "Florin, R",
    title = "Évolution chez les cordiacés et les conifères",
    year = "1951",
    howpublished = "Acta Horticulture Bergiani, v. 15, p. 285-388",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Florin, R., 1951, Évolution chez les cordiacés et les conifères : Acta Horticulture Bergiani, v. 15, p. 285-388.}"
}

@misc{daubenmire1956climate13,
    author = "Daubenmire, R. F",
    title = "Le climat comme déterminant de la distribution de la végétation dans l'Est de Washington et le Nord de l'Idaho",
    year = "1956",
    howpublished = "Ecological Monographs, v. 26, p. 131-154",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Daubenmire, R. F., 1956, Le climat comme déterminant de la distribution de la végétation dans l'Est de Washington et le Nord de l'Idaho: Ecological Monographs, v. 26, p. 131-154.}"
}

@book{andrews1961studies1,
    author = "Andrews, H. N. et Jr",
    title = "Studies in Paleobotany",
    year = "1961",
    publisher = "New York, Wiley",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Andrews, H. N., Jr., 1961, Studies in Paleobotany : New York, Wiley.}"
}

@misc{erhlich1964butterflies18,
    author = "Erhlich, P. R. et Raven, P. H",
    title = "Papillons et plantes",
    year = "1964",
    howpublished = "une étude sur la coévolution : Évolution, v. 18, p. 586-608",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Erhlich, P. R., et Raven, P. H., 1964, Papillons et plantes : une étude sur la coévolution : Évolution, v. 18, p. 586-608.}"
}

La plupart des communautés végétales sont constituées de plusieurs ou de nombreuses espèces qui entrent en compétition pour la lumière, l'eau et les nutriments. Les espèces d'une communauté donnée peuvent être classées selon leur succès relatif dans la compétition ; la productivité semble être la meilleure mesure de leur succès ou de leur importance dans la communauté. Des courbes de productivité décroissante relient les quelques espèces les plus importantes (les dominantes) à un plus grand nombre d'espèces d'importance intermédiaire (dont le nombre détermine principalement la diversité ou la richesse en espèces de la communauté) et à un plus petit nombre d'espèces rares. Ces courbes présentent des formes variées et sont censées exprimer différents modèles de compétition et de différenciation de niche dans les communautés. Il est probablement vrai, pour les plantes comme pour les animaux, que deux espèces dans une communauté stable n'occupent pas la même niche. L'évolution de la différenciation de niche rend possible la coexistence de nombreuses espèces végétales qui sont des concurrentes partielles plutôt que directes. Les espèces ont tendance à évoluer également vers une différenciation d'habitat, vers une dispersion de leurs centres de densité de population maximale par rapport aux gradients environnementaux, de sorte que peu d'espèces entrent en compétition les unes avec les autres dans leurs centres de population. L'évolution de la différenciation de niche et d'habitat permet à de nombreuses espèces de coexister dans les communautés en tant que concurrentes partielles, avec des distributions largement et continuellement superposées, formant les nombreuses communautés intergradées du paysage.

@article{doi101126science1473655250,
    author = "Whittaker, R. H.",
    title = "Dominance and Diversity in Land Plant Communities",
    year = "1965",
    journal = "Science",
    abstract = "La plupart des communautés végétales sont constituées de plusieurs ou de nombreuses espèces qui entrent en compétition pour la lumière, l'eau et les nutriments. Les espèces d'une communauté donnée peuvent être classées selon leur succès relatif dans la compétition ; la productivité semble être la meilleure mesure de leur succès ou de leur importance dans la communauté. Des courbes de productivité décroissante relient les quelques espèces les plus importantes (les dominantes) à un plus grand nombre d'espèces d'importance intermédiaire (dont le nombre détermine principalement la diversité ou la richesse en espèces de la communauté) et à un plus petit nombre d'espèces rares. Ces courbes présentent des formes variées et sont censées exprimer différents modèles de compétition et de différenciation de niche dans les communautés. Il est probablement vrai, pour les plantes comme pour les animaux, que deux espèces dans une communauté stable n'occupent pas la même niche. L'évolution de la différenciation de niche rend possible la coexistence de nombreuses espèces végétales qui sont des concurrentes partielles plutôt que directes. Les espèces ont tendance à évoluer également vers une différenciation d'habitat, vers une dispersion de leurs centres de densité de population maximale par rapport aux gradients environnementaux, de sorte que peu d'espèces entrent en compétition les unes avec les autres dans leurs centres de population. L'évolution de la différenciation de niche et d'habitat permet à de nombreuses espèces de coexister dans les communautés en tant que concurrentes partielles, avec des distributions largement et continuellement superposées, formant les nombreuses communautés intergradées du paysage.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.147.3655.250",
    doi = "10.1126/science.147.3655.250",
    openalex = "W2035166278",
    references = "beauchamp1932competitive, doi101038163688a0, doi101086282070, doi101086282106, doi101086282286, doi101093biomet3812196, doi101126science13134091292, doi1023071411, doi1023071931600, doi1023071931976, doi1023071932254, doi1023071942268, doi1023071943563, doi1023072407089, doi1023072411924, doi104159harvard9780674865327, doi105962bhltitle4489, openalexw3035987306"
}

@misc{scagel1965an28,
    author = "Scagel, R. F. et al",
    title = "Une enquête évolutive sur le règne végétal",
    year = "1965",
    howpublished = "Belmont, Wadsworth, 658 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Scagel, R. F. et al., 1965, Une enquête évolutive sur le règne végétal: Belmont, Wadsworth, 658 p.}"
}

@misc{daubenmire1968plant14,
    author = "Daubenmire, R. F",
    title = "Plant Communities",
    year = "1968",
    howpublished = "New York, Harper \& Row, 300 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Daubenmire, R. F., 1968, Plant Communities: New York, Harper \& Row, 300 p.}"
}

@misc{mcneilly1968evolutionary27,
    author = "McNeilly, T. et Bradshaw, A. D",
    title = "Processus évolutifs dans des populations d'Agrostis tenuis Sibth. tolérantes au cuivre",
    year = "1968",
    howpublished = "Évolution, v. 22, p. 108-118",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {McNeilly, T., et Bradshaw, A. D., 1968, Processus évolutifs dans des populations d'Agrostis tenuis Sibth. tolérantes au cuivre: Évolution, v. 22, p. 108-118.}"
}

@article{crossref1969botany,
    title = "Botany : Roadside Botany",
    year = "1969",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/2211090a0",
    doi = "10.1038/2211090a0",
    number = "5186",
    pages = "1090-1090",
    volume = "221"
}

@inproceedings{whittaker1969evolution31,
    author = "Whittaker, R. H",
    title = "Évolution de la diversité dans les communautés végétales",
    year = "1969",
    booktitle = "Brookhaven Symposium on Biology, v. 22, p. 178-196",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Whittaker, R. H., 1969, Évolution de la diversité dans les communautés végétales: Brookhaven Symposium on Biology, v. 22, p. 178-196.}"
}

@book{joravsky1970the25,
    author = "Joravsky, D",
    title = "The Lysenko Affair",
    year = "1970",
    publisher = "Cambridge, Mass., Harvard University Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Joravsky, D., 1970, The Lysenko Affair: Cambridge, Mass., Harvard University Press.}"
}

@article{gottlieb1973genetic24,
    author = "Gottlieb, L. D",
    title = "Différenciation génétique, spéciation sympatrique, et origine d'une espèce diploïde de Stephanomeria",
    year = "1973",
    journal = "American Journal of Botany, v. 60, p. 545-553",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Gottlieb, L. D., 1973, Différenciation génétique, spéciation sympatrique, et origine d'une espèce diploïde de Stephanomeria: American Journal of Botany, v. 60, p. 545-553.}"
}

@article{crossref1974botany,
    title = "Botany",
    year = "1974",
    journal = "Science News",
    url = "https://doi.org/10.2307/3959424",
    doi = "10.2307/3959424",
    number = "16",
    pages = "252",
    volume = "106"
}

@techreport{mcandrews1976fossil26,
    author = "McAndrews, J. H",
    title = "Histoire fossile de l'impact de l'homme sur la flore canadienne",
    year = "1976",
    howpublished = "un exemple du sud de l'Ontario : Bulletin de l'Association botanique canadienne, v. 9, p. 1-6",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {McAndrews, J. H., 1976, Histoire fossile de l'impact de l'homme sur la flore canadienne : un exemple du sud de l'Ontario : Bulletin de l'Association botanique canadienne, v. 9, p. 1-6.}"
}

Il est suggéré que l'évolution chez les plantes peut être associée à l'émergence de trois stratégies primaires, chacune pouvant être identifiée en se référant à un certain nombre de caractéristiques, notamment des traits morphologiques, l'allocation des ressources, la phénologie et la réponse au stress. La stratégie compétitive domine dans la végétation productive et relativement peu perturbée, la stratégie tolérante au stress est associée à des conditions continuellement non productives, et la stratégie rudérale est caractéristique des habitats fortement perturbés mais potentiellement productifs. Un modèle triangulaire basé sur les trois stratégies peut être concilié avec la théorie de la sélection r- et K-, offre une perspective sur les processus de succession et de dominance de la végétation, et semble être susceptible d'être étendu aux champignons et aux animaux.

@article{doi101086283244,
    author = "Grime, J. P.",
    title = "Preuves de l'existence de trois stratégies primaires chez les plantes et leur pertinence pour la théorie écologique et évolutive",
    year = "1977",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "Il est suggéré que l'évolution chez les plantes peut être associée à l'émergence de trois stratégies primaires, chacune pouvant être identifiée en se référant à un certain nombre de caractéristiques, notamment des traits morphologiques, l'allocation des ressources, la phénologie et la réponse au stress. La stratégie compétitive domine dans la végétation productive et relativement peu perturbée, la stratégie tolérante au stress est associée à des conditions continuellement non productives, et la stratégie rudérale est caractéristique des habitats fortement perturbés mais potentiellement productifs. Un modèle triangulaire basé sur les trois stratégies peut être concilié avec la théorie de la sélection r- et K-, offre une perspective sur les processus de succession et de dominance de la végétation, et semble être susceptible d'être étendu aux champignons et aux animaux.",
    url = "https://doi.org/10.1086/283244",
    doi = "10.1086/283244",
    openalex = "W2055424972",
    references = "doi101038242344a0, doi101038250026a0, doi101086282454, doi101086282455, doi1015159781400881376, doi102307213332, doi1023072258728, doi10230725528056, doi1023073241344, doi105962bhltitle59991"
}

@misc{franks1979plants20,
    author = "Franks, J",
    title = "Plants, in Steel, R., and Harvey, A., eds., The Encyclopedia of Prehistoric Life",
    year = "1979",
    howpublished = "New York, McGraw-Hill, p. 163",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Franks, J., 1979, Plants, in Steel, R., and Harvey, A., eds., The Encyclopedia of Prehistoric Life: New York, McGraw-Hill, p. 163.}"
}

@misc{galston1979the22,
    author = "Galston, A. W. et Slayman, C. L",
    title = "THe Not-So-Secret Life of Plants",
    year = "1979",
    howpublished = "American Scientist, v. 67, p. 337-344",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Galston, A. W., et Slayman, C. L., 1979, THe Not-So-Secret Life of Plants: American Scientist, v. 67, p. 337-344.}"
}

@book{edwards1980early16,
    author = "Edwards, D",
    title = "Early Land Floras, in Panchen, A. L., ed., The Terrestrial Environment and the Origin of Land Vertebrates",
    year = "1980",
    publisher = "London, Academic Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Edwards, D., 1980, Early Land Floras, in Panchen, A. L., ed., The Terrestrial Environment and the Origin of Land Vertebrates: London, Academic Press.}"
}

@misc{baltscheffsky1981stepwise3,
    author = "Baltscheffsky, H",
    title = "Évolution moléculaire par étapes de la conversion énergétique photosynthétique bactérienne",
    year = "1981",
    howpublished = "BioSystems, v. 14, p. 49-56",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Baltscheffsky, H., 1981, Évolution moléculaire par étapes de la conversion énergétique photosynthétique bactérienne : BioSystems, v. 14, p. 49-56.}"
}

@misc{bisacre1984the4,
    author = "Bisacre, M. et Carlisle, R. et Robertson, D. et Ruck, J",
    title = "The Illustrated Encyclopedia of Plants",
    year = "1984",
    howpublished = "New York, Exeter Books",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Bisacre, M., Carlisle, R., Robertson, D., et Ruck, J., 1984, The Illustrated Encyclopedia of Plants: New York, Exeter Books.}"
}

@article{schmid1986origin,
    author = "Schmid, Rudolf et Hara, H.",
    title = "Origine et évolution de la diversité chez les plantes et les communautés végétales",
    year = "1986",
    journal = "Taxon",
    url = "https://doi.org/10.2307/1221326",
    doi = "10.2307/1221326",
    number = "2",
    openalex = "W2325499884",
    pages = "446",
    volume = "35"
}

@misc{goldberg1988plants23,
    author = "Goldberg, R. B",
    title = "Plantes",
    year = "1988",
    howpublished = "Novel Developmental Processes: Science, v. 240, p. 1460-1467",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Goldberg, R. B., 1988, Plants: Novel Developmental Processes: Science, v. 240, p. 1460-1467.}"
}

@misc{freidman1990double21,
    author = "Freidman, W. E",
    title = "Double fertilization in Ephedra, une plante non florale ; son apport à l'origine des angiospermes",
    year = "1990",
    howpublished = "Science, v. 247, p. 951",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Freidman, W. E., 1990, Double fertilization in Ephedra, une plante non florale ; son apport à l'origine des angiospermes: Science, v. 247, p. 951.}"
}

@article{doi1023073243920,
    author = "Schuster, R. M. et Stewart, Wilson N. et Rothwell, Gar W.",
    title = "Paleobotany and the Evolution of Plants",
    year = "1994",
    journal = "The Bryologist",
    url = "https://doi.org/10.2307/3243920",
    doi = "10.2307/3243920",
    openalex = "W1977838623"
}

Résumé. Une grande confusion existe dans la littérature en langue anglaise sur les invasions végétales concernant les termes « naturalisé » et « invasif » et leurs concepts associés. Plusieurs auteurs ont utilisé ces termes en proposant des schémas pour conceptualiser la séquence d'événements allant de l'introduction à l'invasion, mais souvent de manière imprécise, erronée ou contradictoire. Cela complique grandement la formulation de généralisations robustes en écologie des invasions. Sur la base d'une enquête extensive et critique de la littérature, nous avons défini un ensemble minimum de termes clés liés à un schéma graphique qui conceptualise le processus de naturalisation/invasion. L'introduction signifie que la plante (ou son propagule) a été transportée par les humains à travers une barrière géographique majeure. La naturalisation commence lorsque les barrières abiotiques et biotiques à la survie sont surmontées et lorsque diverses barrières à la reproduction régulière sont surmontées. L'invasion exige en outre que les plantes introduites produisent des descendants reproducteurs dans des zones éloignées des sites d'introduction (échelles approximatives : > 100 m sur 6 m/3 ans pour les taxons se propageant par racines, rhizomes, stolons ou tiges rampantes). Les taxons qui peuvent faire face à l'environnement abiotique et à la biote dans la zone générale peuvent envahir des communautés perturbées, seminaturelles. L'invasion de communautés matures en termes de succession, non perturbées, nécessite généralement que le taxon exotique surmonte une catégorie différente de barrières. Nous proposons que le terme « invasif » soit utilisé sans aucune inférence d'impact environnemental ou économique. Des termes comme « ravageurs » et « mauvaises herbes » sont des étiquettes appropriées pour les 50–80 % des envahisseurs qui ont des effets nocifs. Environ 10 % des plantes invasives qui changent le caractère, l'état, la forme ou la nature des écosystèmes sur de vastes zones peuvent être qualifiées de « transformateurs ».

@article{doi101046j14724642200000083x,
    author = "Richardson, David M. et Pyšek, Petr et Rejmánek, Marcel et Barbour, Michael G. et Panetta, F. D. et West, Carol J.",
    title = "Naturalisation et invasion des plantes exotiques : concepts et définitions",
    year = "2000",
    journal = "Diversity and Distributions",
    abstract = "Résumé. Une grande confusion existe dans la littérature en langue anglaise sur les invasions végétales concernant les termes « naturalisé » et « invasif » et leurs concepts associés. Plusieurs auteurs ont utilisé ces termes en proposant des schémas pour conceptualiser la séquence d'événements allant de l'introduction à l'invasion, mais souvent de manière imprécise, erronée ou contradictoire. Cela complique grandement la formulation de généralisations robustes en écologie des invasions. Sur la base d'une enquête extensive et critique de la littérature, nous avons défini un ensemble minimum de termes clés liés à un schéma graphique qui conceptualise le processus de naturalisation/invasion. L'introduction signifie que la plante (ou son propagule) a été transportée par les humains à travers une barrière géographique majeure. La naturalisation commence lorsque les barrières abiotiques et biotiques à la survie sont surmontées et lorsque diverses barrières à la reproduction régulière sont surmontées. L'invasion exige en outre que les plantes introduites produisent des descendants reproducteurs dans des zones éloignées des sites d'introduction (échelles approximatives : > 100 m sur 6 m/3 ans pour les taxons se propageant par racines, rhizomes, stolons ou tiges rampantes). Les taxons qui peuvent faire face à l'environnement abiotique et à la biote dans la zone générale peuvent envahir des communautés perturbées, seminaturelles. L'invasion de communautés matures en termes de succession, non perturbées, nécessite généralement que le taxon exotique surmonte une catégorie différente de barrières. Nous proposons que le terme « invasif » soit utilisé sans aucune inférence d'impact environnemental ou économique. Des termes comme « ravageurs » et « mauvaises herbes » sont des étiquettes appropriées pour les 50–80 % des envahisseurs qui ont des effets nocifs. Environ 10 % des plantes invasives qui changent le caractère, l'état, la forme ou la nature des écosystèmes sur de vastes zones peuvent être qualifiées de « transformateurs ».",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1472-4642.2000.00083.x",
    doi = "10.1046/j.1472-4642.2000.00083.x",
    openalex = "W2163826476",
    references = "doi1010079781489972149, doi1010079789400958517, doi101046j13652745200000473x, doi101093auk1002507, doi1018900012965819990801522gpopia20co2, doi1023072257385, doi105281zenodo18199125, doi105962bhltitle59991, doi105962bhltitle82303, openalexw1550375751, openalexw2101875448, openalexw2990282461"
}

Résumé Le concept de type fonctionnel de plante propose que les espèces puissent être regroupées selon des réponses communes à l'environnement et/ou des effets communs sur les processus des écosystèmes. Cependant, la connaissance des relations entre les traits associés à la réponse des plantes aux facteurs environnementaux tels que les ressources et les perturbations (traits de réponse), et les traits qui déterminent les effets des plantes sur les fonctions des écosystèmes (traits d'effet), tels que le cycle biogéochimique ou la propension aux perturbations, reste rudimentaire. Nous présentons un cadre utilisant des concepts et des résultats de l'écologie des communautés, de l'écologie des écosystèmes et de la biologie évolutive pour fournir ce lien. Le fonctionnement des écosystèmes est le résultat final de l'opération de multiples filtres environnementaux dans une hiérarchie d'échelles qui, en sélectionnant des individus avec des réponses appropriées, aboutissent à des assemblages avec une composition de traits variable. Les liens fonctionnels et les compromis entre les traits, chacun étant lié à un ou plusieurs processus, déterminent si le filtrage par différents facteurs donne une correspondance et si les effets des écosystèmes peuvent être facilement déduits de la connaissance des filtres. Pour illustrer ce cadre, nous analysons un ensemble de facteurs environnementaux clés et de processus des écosystèmes. Bien que les traits associés à la réponse aux gradients de nutriments se chevauchent fortement avec ceux déterminant la production primaire nette, peu de chevauchement direct a été trouvé entre la réponse au feu et l'inflammabilité. Nous hypothétons que ces motifs reflètent des tendances générales. Les réponses à la disponibilité des ressources seraient déterminées par des traits qui sont également impliqués dans le cycle biogéochimique, car ces réponses et effets sont tous deux entraînés par le compromis entre l'acquisition et la conservation. D'un autre côté, les traits de régénération et démographiques associés à la réponse aux perturbations, qui sont connus pour avoir peu de connexion avec les traits adultes impliqués dans l'écophysiologie des plantes, seraient de peu de pertinence pour les processus des écosystèmes. Ce cadre est susceptible d'être largement applicable, bien qu'une prudence doit être exercée pour utiliser les liens de traits et les compromis appropriés à l'échelle, aux conditions environnementales et au contexte évolutif. Il peut diriger la sélection de types fonctionnels de plantes pour les modèles de végétation à une gamme d'échelles, et aider à la conception d'études expérimentales des relations entre la diversité des plantes et les propriétés des écosystèmes.

@article{doi101046j13652435200200664x,
    author = "Lavorel, Sandra et Garnier, Éric",
    title = "Prédire les changements dans la composition des communautés et le fonctionnement des écosystèmes à partir des traits des plantes : revisiter le Graal",
    year = "2002",
    journal = "Functional Ecology",
    abstract = "Résumé Le concept de type fonctionnel de plante propose que les espèces puissent être regroupées selon des réponses communes à l'environnement et/ou des effets communs sur les processus des écosystèmes. Cependant, la connaissance des relations entre les traits associés à la réponse des plantes aux facteurs environnementaux tels que les ressources et les perturbations (traits de réponse), et les traits qui déterminent les effets des plantes sur les fonctions des écosystèmes (traits d'effet), tels que le cycle biogéochimique ou la propension aux perturbations, reste rudimentaire. Nous présentons un cadre utilisant des concepts et des résultats de l'écologie des communautés, de l'écologie des écosystèmes et de la biologie évolutive pour fournir ce lien. Le fonctionnement des écosystèmes est le résultat final de l'opération de multiples filtres environnementaux dans une hiérarchie d'échelles qui, en sélectionnant des individus avec des réponses appropriées, aboutissent à des assemblages avec une composition de traits variable. Les liens fonctionnels et les compromis entre les traits, chacun étant lié à un ou plusieurs processus, déterminent si le filtrage par différents facteurs donne une correspondance et si les effets des écosystèmes peuvent être facilement déduits de la connaissance des filtres. Pour illustrer ce cadre, nous analysons un ensemble de facteurs environnementaux clés et de processus des écosystèmes. Bien que les traits associés à la réponse aux gradients de nutriments se chevauchent fortement avec ceux déterminant la production primaire nette, peu de chevauchement direct a été trouvé entre la réponse au feu et l'inflammabilité. Nous hypothétons que ces motifs reflètent des tendances générales. Les réponses à la disponibilité des ressources seraient déterminées par des traits qui sont également impliqués dans le cycle biogéochimique, car ces réponses et effets sont tous deux entraînés par le compromis entre l'acquisition et la conservation. D'un autre côté, les traits de régénération et démographiques associés à la réponse aux perturbations, qui sont connus pour avoir peu de connexion avec les traits adultes impliqués dans l'écophysiologie des plantes, seraient de peu de pertinence pour les processus des écosystèmes. Ce cadre est susceptible d'être largement applicable, bien qu'une prudence doit être exercée pour utiliser les liens de traits et les compromis appropriés à l'échelle, aux conditions environnementales et au contexte évolutif. Il peut diriger la sélection de types fonctionnels de plantes pour les modèles de végétation à une gamme d'échelles, et aider à la conception d'études expérimentales des relations entre la diversité des plantes et les propriétés des écosystèmes.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1365-2435.2002.00664.x",
    doi = "10.1046/j.1365-2435.2002.00664.x",
    openalex = "W2168173042",
    references = "doi1010079783642809132, doi101007bf00002772, doi101023a1004327224729, openalexw2097450069, openalexw2169917233"
}

Quatre lignées de plantes vasculaires, les fougères, les sphenopsidées, les progymnospermes et les plantes à graines, ont évolué des feuilles laminées au Paléozoïque. Une analyse en coordonnées principales de 641 espèces de feuilles provenant de flores nord-américaines et européennes, datant du Dévonien moyen jusqu'à la fin du Permien, montre que les clades ont suivi des trajectoires évolutives parallèles : chaque clade présente une radiation rapide de morphologies de feuilles, passant de formes simples (et similaires) au Dévonien terminal/Carbonifère inférieur à des formes de feuilles diversifiées et différenciées, avec une forte contrainte sur la diversification ultérieure à partir du Carbonifère moyen. Des trajectoires de morphospace similaires ont été documentées dans des études sur l'évolution morphologique chez les animaux ; cependant, les fossiles végétaux offrent des opportunités uniques pour comprendre les processus développementaux sous-jacents à de tels motifs. Une comparaison détaillée de la nervure des feuilles paléozoïques avec celle des feuilles modernes dont les mécanismes développementaux sont connus suggère des interprétations développementales pour l'origine et l'évolution précoce des feuilles. L'évolution parallèle d'un méristème marginal par la modification des mécanismes développementaux disponibles chez l'ancêtre commun de tous les groupes a conduit au motif de l'évolution des feuilles répété par chaque clade. Les premières étapes de l'évolution des feuilles ont été suivies d'une contrainte sur la diversification ultérieure alors que les élaborations possibles de la croissance marginale ont été épuisées. Les hypothèses sur le développement des feuilles paléozoïques peuvent être testées par l'étude de plantes vivantes présentant des morphologies de feuilles analogues.

@article{doi1016660094837320020280070eodpat20co2,
    author = "Boyce, C. Kevin et Knoll, Andrew H.",
    title = "Évolution du potentiel développemental et des origines multiples indépendantes des feuilles chez les plantes vasculaires du Paléozoïque",
    year = "2002",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Quatre lignées de plantes vasculaires, les fougères, les sphenopsidées, les progymnospermes et les plantes à graines, ont évolué des feuilles laminées au Paléozoïque. Une analyse en coordonnées principales de 641 espèces de feuilles provenant de flores nord-américaines et européennes, datant du Dévonien moyen jusqu'à la fin du Permien, montre que les clades ont suivi des trajectoires évolutives parallèles : chaque clade présente une radiation rapide de morphologies de feuilles, passant de formes simples (et similaires) au Dévonien terminal/Carbonifère inférieur à des formes de feuilles diversifiées et différenciées, avec une forte contrainte sur la diversification ultérieure à partir du Carbonifère moyen. Des trajectoires de morphospace similaires ont été documentées dans des études sur l'évolution morphologique chez les animaux ; cependant, les fossiles végétaux offrent des opportunités uniques pour comprendre les processus développementaux sous-jacents à de tels motifs. Une comparaison détaillée de la nervure des feuilles paléozoïques avec celle des feuilles modernes dont les mécanismes développementaux sont connus suggère des interprétations développementales pour l'origine et l'évolution précoce des feuilles. L'évolution parallèle d'un méristème marginal par la modification des mécanismes développementaux disponibles chez l'ancêtre commun de tous les groupes a conduit au motif de l'évolution des feuilles répété par chaque clade. Les premières étapes de l'évolution des feuilles ont été suivies d'une contrainte sur la diversification ultérieure alors que les élaborations possibles de la croissance marginale ont été épuisées. Les hypothèses sur le développement des feuilles paléozoïques peuvent être testées par l'étude de plantes vivantes présentant des morphologies de feuilles analogues.",
    url = "https://doi.org/10.1666/0094-8373(2002)028<0070:eodpat>2.0.co;2",
    doi = "10.1666/0094-8373(2002)028<0070:eodpat>2.0.co;2",
    openalex = "W2138585600",
    references = "doi101002j153721971959tb07030x, doi101002j153721971989tb11359x"
}

@article{doi101046j109583392003t01100158x,
    author = "GROUP*, LA PHYLOGÉNIE DES ANGIOSPERMES",
    title = "Mise à jour de la classification du groupe de la phylogénie des angiospermes pour les ordres et les familles de plantes à fleurs : APG II",
    year = "2003",
    journal = "Journal botanique de la Société Linneenne",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1095-8339.2003.t01-1-00158.x",
    doi = "10.1046/j.1095-8339.2003.t01-1-00158.x",
    openalex = "W2980373194",
    references = "doi1023072399846"
}

Les données moléculaires ont eu un impact profond sur le domaine de la systématique végétale, et l'application des données de séquences d'ADN aux problèmes phylogénétiques est désormais courante. La majorité des données utilisées dans les études de phylogénie moléculaire des plantes proviennent de l'ADN chloroplastique et de l'ADNr nucléaire, tandis que l'utilisation de gènes nucléaires à faible copie n'a pas été largement adoptée. Cela est dû, entre autres, à la difficulté accrue d'isoler et de caractériser les gènes nucléaires à faible copie par rapport aux séquences d'ADN chloroplastique et d'ADNr qui peuvent être facilement amplifiées avec des amorces universelles. Cependant, le niveau plus élevé de variation de séquence caractéristique des gènes nucléaires à faible copie compense souvent l'effort expérimental nécessaire pour les obtenir. Dans cette revue, nous discutons brièvement des forces et des limites des séquences d'ADN chloroplastique et d'ADNr, puis nous concentrons notre attention sur l'utilisation de séquences nucléaires à faible copie. Les avantages des séquences nucléaires à faible copie incluent un taux d'évolution plus élevé que pour les séquences organellaires, la possibilité d'accumuler des ensembles de données à partir de plusieurs loci non liés, et l'hérédité biparentale. Les défis inhérents à l'utilisation de séquences nucléaires à faible copie incluent la distinction entre les loci orthologues et les loci paralogues divergents au sein de la même famille de gènes, la prise en compte des complications découlant de l'évolution concertée ou de la recombination entre séquences paralogues, et la présence de polymorphismes interspécifiques, intrapopulationnels et intra-individuels. Enfin, nous fournissons un protocole détaillé pour l'isolement, la caractérisation et l'utilisation de séquences nucléaires à faible copie pour les études phylogénétiques.

@article{doi101071sb03015,
    author = "Small, Randall L. et Cronn, Richard et Wendel, Jonathan F.",
    title = "Utilisation des gènes nucléaires pour la reconstruction de la phylogénie chez les plantes",
    year = "2004",
    journal = "Australian Systematic Botany",
    abstract = "Les données moléculaires ont eu un impact profond sur le domaine de la systématique végétale, et l'application des données de séquences d'ADN aux problèmes phylogénétiques est désormais courante. La majorité des données utilisées dans les études de phylogénie moléculaire des plantes proviennent de l'ADN chloroplastique et de l'ADNr nucléaire, tandis que l'utilisation de gènes nucléaires à faible copie n'a pas été largement adoptée. Cela est dû, entre autres, à la difficulté accrue d'isoler et de caractériser les gènes nucléaires à faible copie par rapport aux séquences d'ADN chloroplastique et d'ADNr qui peuvent être facilement amplifiées avec des amorces universelles. Cependant, le niveau plus élevé de variation de séquence caractéristique des gènes nucléaires à faible copie compense souvent l'effort expérimental nécessaire pour les obtenir. Dans cette revue, nous discutons brièvement des forces et des limites des séquences d'ADN chloroplastique et d'ADNr, puis nous concentrons notre attention sur l'utilisation de séquences nucléaires à faible copie. Les avantages des séquences nucléaires à faible copie incluent un taux d'évolution plus élevé que pour les séquences organellaires, la possibilité d'accumuler des ensembles de données à partir de plusieurs loci non liés, et l'hérédité biparentale. Les défis inhérents à l'utilisation de séquences nucléaires à faible copie incluent la distinction entre les loci orthologues et les loci paralogues divergents au sein de la même famille de gènes, la prise en compte des complications découlant de l'évolution concertée ou de la recombination entre séquences paralogues, et la présence de polymorphismes interspécifiques, intrapopulationnels et intra-individuels. Enfin, nous fournissons un protocole détaillé pour l'isolement, la caractérisation et l'utilisation de séquences nucléaires à faible copie pour les études phylogénétiques.",
    url = "https://doi.org/10.1071/sb03015",
    doi = "10.1071/sb03015",
    openalex = "W1929440565"
}

Depuis deux décennies, les données phylogénétiques moléculaires ont permis d'évaluer des hypothèses sur l'évolution des algues vertes fondées sur des caractères morphologiques et ultrastructuraux végétatifs. Les taxons supérieurs sont maintenant généralement reconnus sur la base de caractères ultrastructuraux. Les analyses moléculaires ont principalement utilisé des données nucléaires de petit sous-unité d'ADNr (18S) et de plastide rbcL, ainsi que des données sur le gain d'introns, le séquençage génomique complet et les séquences mitochondriales. Des révisions basées sur des données moléculaires de la classification à presque tous les niveaux ont eu lieu, de la dissection de genres et familles bien établis en plusieurs classes, jusqu'à la délimitation de deux lignées majeures au sein des algues vertes. Une lignée, les algues chlorophytes ou Chlorophyta sensu stricto, comprend la plupart de ce qui est communément appelé algues vertes et inclut la plupart des membres du grade de flagellés écailleux putativement ancestraux dans les Prasinophyceae, ainsi que des membres des Ulvophyceae, Trebouxiophyceae et Chlorophyceae. L'autre lignée (algues charophytes et plantes terrestres embryophytes) comprend au moins cinq groupes monophylétiques d'algues vertes, plus les embryophytes. Une récente analyse multigène corrobore une relation étroite entre Mesostigma (anciennement dans les Prasinophyceae) et les algues charophytes, bien que les données de séquence de l'analyse du génome mitochondrial de Mesostigma placent le genre comme sœur des algues charophytes et chlorophytes. Ces études soutiennent également les Charales comme sœurs des plantes terrestres. La réorganisation des taxons stimulée par les analyses moléculaires devrait se poursuivre à mesure que plus de données s'accumulent et que de nouveaux taxons et habitats sont échantillonnés.

@article{doi103732ajb91101535,
    author = "Lewis, Louise A. and McCourt, Richard M.",
    title = "Green algae and the origin of land plants",
    year = "2004",
    journal = "American Journal of Botany",
    abstract = "Over the past two decades, molecular phylogenetic data have allowed evaluations of hypotheses on the evolution of green algae based on vegetative morphological and ultrastructural characters. Higher taxa are now generally recognized on the basis of ultrastructural characters. Molecular analyses have mostly employed primarily nuclear small subunit rDNA (18S) and plastid rbcL data, as well as data on intron gain, complete genome sequencing, and mitochondrial sequences. Molecular-based revisions of classification at nearly all levels have occurred, from dismemberment of long-established genera and families into multiple classes, to the circumscription of two major lineages within the green algae. One lineage, the chlorophyte algae or Chlorophyta sensu stricto, comprises most of what are commonly called green algae and includes most members of the grade of putatively ancestral scaly flagellates in Prasinophyceae plus members of Ulvophyceae, Trebouxiophyceae, and Chlorophyceae. The other lineage (charophyte algae and embryophyte land plants), comprises at least five monophyletic groups of green algae, plus embryophytes. A recent multigene analysis corroborates a close relationship between Mesostigma (formerly in the Prasinophyceae) and the charophyte algae, although sequence data of the Mesostigma mitochondrial genome analysis places the genus as sister to charophyte and chlorophyte algae. These studies also support Charales as sister to land plants. The reorganization of taxa stimulated by molecular analyses is expected to continue as more data accumulate and new taxa and habitats are sampled.",
    url = "https://doi.org/10.3732/ajb.91.10.1535",
    doi = "10.3732/ajb.91.10.1535",
    openalex = "W2121480880",
    references = "doi101007bf01403990"
}

@article{doi101016jcell200602008,
    author = "Chisholm, Stephen T. et Coaker, Gitta et Day, Brad et Staskawicz, Brian J.",
    title = "Host-Microbe Interactions: Shaping the Evolution of the Plant Immune Response",
    year = "2006",
    journal = "Cell",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.cell.2006.02.008",
    doi = "10.1016/j.cell.2006.02.008",
    openalex = "W2040210770"
}

Nous rapportons la séquence génomique préliminaire du moussin modèle Physcomitrella patens et comparons ses caractéristiques à celles des plantes à fleurs, dont il est séparé par plus de 400 millions d'années, et des algues aquatiques unicellulaires. Cette comparaison révèle des changements génomiques concomitants au mouvement évolutif vers la terre ferme, y compris une augmentation générale de la complexité des familles de gènes ; perte de gènes associés aux environnements aquatiques (par exemple, bras flagellaires) ; acquisition de gènes pour tolérer les stress terrestres (par exemple, variation de la température et de la disponibilité en eau) ; et le développement des voies de signalisation de l'auxine et de l'acide abscissique pour coordonner la croissance multicellulaire et la réponse à la déshydratation. Le génome de Physcomitrella fournit une ressource pour les inférences phylogénétiques sur la fonction des gènes et pour l'analyse expérimentale des processus végétaux grâce à la capacité unique de cette plante pour la génétique inverse.

@article{doi101126science1150646,
    author = "Rensing, Stefan A. et Lang, Daniel et Zimmer, Andreas et Terry, Astrid et Salamov, Asaf et Shapiro, Harris et Nishiyama, Tomoaki et Perroud, Pierre‐François et Lindquist, Erika et Kamisugi, Yasuko et Tanahashi, Takako et Sakakibara, Keiko et Fujita, Tomomichi et Oishi, Kazuko et Shin‐I, Tadasu et Kuroki, Yoko et Toyoda, Atsushi et Suzuki, Yutaka et Hashimoto, Shinichi et Yamaguchi, Kazuo et Sugano, Sumio et Kohara, Yuji et Fujiyama, Asao et Anterola, Aldwin M. et Aoki, Setsuyuki et Ashton, Neil W. et Barbazuk, W. Brad et Barker, Elizabeth I. et Bennetzen, Jeffrey L. et Blankenship, Robert E. et Cho, Sung Hyun et Dutcher, Susan K. et Estelle, Mark et Fawcett, Jeffrey A. et Gundlach, Heidrun et Hanada, Kousuke et Heyl, Alexander et Hicks, Karen A. et Hughes, Jon et Lohr, Martin et Mayer, Klaus et Melkozernov, Alexander N. et Murata, Takashi et Nelson, David R. et Pils, Birgit et Prigge, Michael J. et Reiss, Bernd et Renner, Tanya et Rombauts, Stéphane et Rushton, Paul J. et Sanderfoot, Anton A. et Schween, Gabriele et Shiu, Shin‐Han et Stueber, Kurt et Theodoulou, Frederica L. et Tu, Hank et de Peer, Yves Van et Verrier, Paul et Waters, Elizabeth R. et Wood, Andrew J. et Yang, Lixing et Cove, David J. et Cuming, Andrew C. et Hasebe, Mitsuyasu et Lucas, Susan et Mishler, Brent D. et Reski, Ralf et Grigoriev, Igor V. et Quatrano, Ralph S. et Boore, Jeffrey L.",
    title = "The Physcomitrella Genome Reveals Evolutionary Insights into the Conquest of Land by Plants",
    year = "2007",
    journal = "Science",
    abstract = "Nous rapportons la séquence génomique préliminaire du moussin modèle Physcomitrella patens et comparons ses caractéristiques à celles des plantes à fleurs, dont il est séparé par plus de 400 millions d'années, et des algues aquatiques unicellulaires. Cette comparaison révèle des changements génomiques concomitants au mouvement évolutif vers la terre ferme, y compris une augmentation générale de la complexité des familles de gènes ; perte de gènes associés aux environnements aquatiques (par exemple, bras flagellaires) ; acquisition de gènes pour tolérer les stress terrestres (par exemple, variation de la température et de la disponibilité en eau) ; et le développement des voies de signalisation de l'auxine et de l'acide abscissique pour coordonner la croissance multicellulaire et la réponse à la déshydratation. Le génome de Physcomitrella fournit une ressource pour les inférences phylogénétiques sur la fonction des gènes et pour l'analyse expérimentale des processus végétaux grâce à la capacité unique de cette plante pour la génétique inverse.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1150646",
    doi = "10.1126/science.1150646",
    openalex = "W2153488363",
    references = "doi10103837918, doi101126science1128691, doi101126science29054941151"
}

Une classification révisée et mise à jour des familles de plantes à fleurs est fournie. De nombreuses études récentes ont fourni des preuves de plus en plus détaillées concernant les positions de familles autrefois non classées, aboutissant à l'adoption de plusieurs nouveaux ordres, notamment Amborellales, Berberidopsidales, Bruniales, Buxales, Chloranthales, Escalloniales, Huerteales, Nymphaeales, Paracryphiales, Petrosaviales, Picramniales, Trochodendrales, Vitales et Zygophyllales. De nombreux genres et familles autrefois non classés sont inclus ici dans des ordres, réduisant considérablement le nombre de taxons non classés ; ceux-ci incluent Hydatellaceae (Nymphaeales), Haptanthaceae (Buxales), Peridiscaceae (Saxifragales), Huaceae (Oxalidales), Centroplacaceae et Rafflesiaceae (toutes deux Malpighiales), Aphloiaceae, Geissolomataceae et Strasburgeriaceae (toutes Crossosomatales), Picramniaceae (Picramniales), Dipentodontaceae et Gerrardinaceae (toutes deux Huerteales), Cytinaceae (Malvales), Balanophoraceae (Santalales), Mitrastemonaceae (Ericales) et Boraginaceae (maintenant au moins connue comme membre du clade lamiid). De nouvelles familles séparées pour des genres autrefois compris dans d'autres familles reconnues par l'APG incluent Petermanniaceae (Liliales), Calophyllaceae (Malpighiales), Capparaceae et Cleomaceae (toutes deux Brassicales), Schoepfiaceae (Santalales), Anacampserotaceae, Limeaceae, Lophiocarpaceae, Montiaceae et Talinaceae (toutes Caryophyllales) et Linderniaceae et Thomandersiaceae (toutes deux Lamiales). L'utilisation de familles entre crochets est abandonnée en raison de son impopularité, et dans la plupart des cas, les circumscriptions plus larges sont conservées ; celles-ci incluent Amaryllidaceae, Asparagaceace et Xanthorrheaceae (toutes Asparagales), Passifloraceae (Malpighiales), Primulaceae (Ericales) et plusieurs autres familles plus petites. Des articles séparés dans ce même volume traitent d'un nouvel ordre linéaire pour l'APG, de noms de sous-familles qui peuvent être utilisés pour une communication plus précise dans Amaryllidaceae s.l., Asparagaceace s.l. et Xanthorrheaceae s.l. (toutes Asparagales) et d'une classification supra-ordinaire formelle pour les plantes à fleurs.

@article{doi101111j10958339200900996x,
    author = "GROUP, THE ANGIOSPERM PHYLOGENY",
    title = "An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG III",
    year = "2009",
    journal = "Botanical Journal of the Linnean Society",
    abstract = "A revised and updated classification for the families of flowering plants is provided. Many recent studies have yielded increasingly detailed evidence for the positions of formerly unplaced families, resulting in a number of newly adopted orders, including Amborellales, Berberidopsidales, Bruniales, Buxales, Chloranthales, Escalloniales, Huerteales, Nymphaeales, Paracryphiales, Petrosaviales, Picramniales, Trochodendrales, Vitales and Zygophyllales. A number of previously unplaced genera and families are included here in orders, greatly reducing the number of unplaced taxa; these include Hydatellaceae (Nymphaeales), Haptanthaceae (Buxales), Peridiscaceae (Saxifragales), Huaceae (Oxalidales), Centroplacaceae and Rafflesiaceae (both Malpighiales), Aphloiaceae, Geissolomataceae and Strasburgeriaceae (all Crossosomatales), Picramniaceae (Picramniales), Dipentodontaceae and Gerrardinaceae (both Huerteales), Cytinaceae (Malvales), Balanophoraceae (Santalales), Mitrastemonaceae (Ericales) and Boraginaceae (now at least known to be a member of lamiid clade). Newly segregated families for genera previously understood to be in other APG-recognized families include Petermanniaceae (Liliales), Calophyllaceae (Malpighiales), Capparaceae and Cleomaceae (both Brassicales), Schoepfiaceae (Santalales), Anacampserotaceae, Limeaceae, Lophiocarpaceae, Montiaceae and Talinaceae (all Caryophyllales) and Linderniaceae and Thomandersiaceae (both Lamiales). Use of bracketed families is abandoned because of its unpopularity, and in most cases the broader circumscriptions are retained; these include Amaryllidaceae, Asparagaceace and Xanthorrheaceae (all Asparagales), Passifloraceae (Malpighiales), Primulaceae (Ericales) and several other smaller families. Separate papers in this same volume deal with a new linear order for APG, subfamilial names that can be used for more accurate communication in Amaryllidaceae s.l., Asparagaceace s.l. and Xanthorrheaceae s.l. (all Asparagales) and a formal supraordinal classification for the flowering plants.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1095-8339.2009.00996.x",
    doi = "10.1111/j.1095-8339.2009.00996.x",
    openalex = "W4245471709",
    references = "doi101046j109583392003t01100158x, doi101073pnas0708072104, doi101073pnas0709121104, doi101073pnas0813376106, doi101111j175348871981tb06752x, doi1023072484473, doi1023072992015, doi103732ajb0800047, doi103732ajb891132, doi105860choice453190, openalexw2961549061"
}

@article{openalexw3148514506,
    author = "Apg",
    title = "Mise à jour de la classification du groupe de phylogénie des angiospermes pour les ordres et les familles de plantes à fleurs : APG III",
    year = "2009",
    journal = "Botanical Journal of the Linnean Society",
    openalex = "W3148514506"
}

@article{doi101038nature09916,
    author = "Jiao, Yuannian et Wickett, Norman J. et Ayyampalayam, Saravanaraj et Chanderbali, André S. et Landherr, Lena et Ralph, Paula E. et Tomsho, Lynn P. et Hu, Yi et Liang, Haiying et Soltis, Pamela S. et Soltis, Pamela S. et Clifton, Sandra W. et Schlarbaum, Scott E. et Schuster, Stephan C. et Mā, Hong et Leebens‐Mack, Jim et dePamphilis, Claude W.",
    title = "Polyploïdie ancestrale chez les plantes à graines et les angiospermes",
    year = "2011",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature09916",
    doi = "10.1038/nature09916",
    openalex = "W2001374342",
    references = "doi1010020471250953bi0203s00, doi1010079783642866593, doi10103837918, doi10103875556, doi101038nature06148, doi101073pnas0900906106, doi101093bioinformatics179847, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093bioinformaticsbtp348, doi101093nargkh340, doi101093nargkl315, doi101093sysbio274401, doi101126science1128691, doi101196annals1438005, doi1023072412923"
}

Résumé Les caractéristiques des plantes – les caractéristiques morphologiques, anatomiques, physiologiques, biochimiques et phénologiques des plantes et de leurs organes – déterminent comment les producteurs primaires répondent aux facteurs environnementaux, affectent d'autres niveaux trophiques, influencent les processus et services écosystémiques et constituent un lien entre la richesse spécifique et la diversité fonctionnelle écosystémique. Les données sur les caractéristiques représentent ainsi la matière première pour une large gamme de recherches, de la biologie évolutive à l'écologie communautaire et fonctionnelle, en passant par la biogéographie. Ici, nous présentons l'initiative de base de données mondiale nommée TRY, qui a réuni une large partie de la communauté de recherche sur les caractéristiques des plantes dans le monde et obtenu un soutien sans précédent pour les données sur les caractéristiques : jusqu'à présent, 93 bases de données sur les caractéristiques ont été fournies. Le dépôt de données contient actuellement près de trois millions d'entrées de caractéristiques pour 69 000 des 300 000 espèces végétales du monde, avec un accent sur 52 groupes de caractéristiques caractérisant les stades végétatif et de régénération du cycle de vie des plantes, y compris la croissance, la dispersion, l'établissement et la persistance. Une première analyse des données montre que la plupart des caractéristiques des plantes sont approximativement distribuées selon une loi log-normale, avec des gammes de variation très différentes entre les caractéristiques. La plupart de la variation des caractéristiques est entre les espèces (interspécifique), mais une variation intraspécifique significative est également documentée, jusqu'à 40 % de la variation globale. Les types fonctionnels des plantes (PFT), tels qu'ils sont couramment utilisés dans les modèles de végétation, capturent une fraction substantielle de la variation observée – mais pour plusieurs caractéristiques, la plupart de la variation se produit au sein des PFT, jusqu'à 75 % de la variation globale. Dans le contexte des modèles de végétation, ces caractéristiques seraient mieux représentées par des variables d'état plutôt que par des valeurs de paramètres fixes. L'amélioration de la disponibilité des données sur les caractéristiques des plantes dans la base de données mondiale unifiée devrait soutenir un changement de paradigme de l'écologie basée sur les espèces à l'écologie basée sur les caractéristiques, offrir de nouvelles opportunités pour la recherche synthétique sur les caractéristiques des plantes et permettre une représentation plus réaliste et empiriquement fondée de la végétation terrestre dans les modèles du système terrestre.

@article{doi101111j13652486201102451x,
    author = "Kattge, Jens et al.",
    title = "TRY – une base de données mondiale des traits des plantes",
    year = "2011",
    journal = "Global Change Biology",
    abstract = "Abstract Les traits des plantes – les caractéristiques morphologiques, anatomiques, physiologiques, biochimiques et phénologiques des plantes et de leurs organes – déterminent comment les producteurs primaires répondent aux facteurs environnementaux, affectent d'autres niveaux trophiques, influencent les processus et services écosystémiques et constituent un lien entre la richesse spécifique et la diversité fonctionnelle écosystémique. Les données sur les traits représentent ainsi la matière première pour une large gamme de recherches, de la biologie évolutive à l'écologie communautaire et fonctionnelle, en passant par la biogéographie. Ici, nous présentons l'initiative de base de données mondiale nommée TRY, qui a réuni une large partie de la communauté de recherche sur les traits des plantes dans le monde et obtenu un soutien sans précédent pour les données sur les traits : jusqu'à présent, 93 bases de données sur les traits ont été fournies. Le dépôt de données contient actuellement près de trois millions d'entrées de traits pour 69 000 des 300 000 espèces végétales du monde, avec un accent sur 52 groupes de traits caractérisant les stades végétatif et de régénération du cycle de vie des plantes, y compris la croissance, la dispersion, l'établissement et la persistance. Une première analyse des données montre que la plupart des traits des plantes sont approximativement distribués selon une loi log-normale, avec des gammes de variation très différentes entre les traits. La plupart de la variation des traits est entre les espèces (interspécifique), mais une variation intraspécifique significative est également documentée, jusqu'à 40 % de la variation globale. Les types fonctionnels des plantes (PFT), tels qu'ils sont couramment utilisés dans les modèles de végétation, capturent une fraction substantielle de la variation observée – mais pour plusieurs traits, la plupart de la variation se produit au sein des PFT, jusqu'à 75 % de la variation globale. Dans le contexte des modèles de végétation, ces traits seraient mieux représentés par des variables d'état plutôt que par des valeurs de paramètres fixes. L'amélioration de la disponibilité des données sur les traits des plantes dans la base de données mondiale unifiée devrait soutenir un changement de paradigme d'une écologie basée sur les espèces à une écologie basée sur les traits, offrir de nouvelles opportunités pour la recherche synthétique sur les traits des plantes et permettre une représentation plus réaliste et empiriquement fondée de la végétation terrestre dans les modèles du système terrestre.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1365-2486.2011.02451.x",
    doi = "10.1111/j.1365-2486.2011.02451.x",
    openalex = "W2162584119",
    references = "doi101007bf00386231, doi1010160165176580900245, doi101016jtree200602002, doi101023a1004327224729, doi101038nature02403, doi101046j13652435200200664x, doi101046j13652486200300569x, doi101071bt02124, doi101086283244, doi101111j00301299200715559x, doi101111j14610248200600924x, doi101111j14610248200801219x, doi101146annurevecolsys33010802150452, doi1011552009421425"
}

Reconstituer l'origine et l'évolution des plantes terrestres et de leurs algues apparentées est un problème fondamental en phylogénie des plantes, et est essentiel pour comprendre comment des adaptations critiques sont apparues, notamment l'embryon, le tissu vasculaire, les graines et les fleurs. Malgré les progrès en systématique moléculaire, certaines hypothèses de relations demeurent faiblement résolues. Inférer des phylogénies profondes avec des épisodes de diversification rapide peut être problématique ; cependant, les données à l'échelle du génome devraient augmenter significativement le nombre de caractères informatifs pour les analyses. Les reconstructions phylogénomiques récentes centrées sur les divergences majeures des plantes ont abouti à des résultats prometteurs mais incohérents. Une limitation est l'échantillonnage taxonomique sparse, probablement résultant de la difficulté et du coût de la génération de données. Pour répondre à cette limitation, des données de transcriptome pour 92 taxons de streptophytes ont été générées et analysées conjointement avec 11 séquences de génomes de plantes publiées. Les reconstructions phylogénétiques ont été menées en utilisant jusqu'à 852 gènes nucléaires et 1 701 170 sites alignés. Soixante-neuf analyses ont été effectuées pour tester la robustesse des inférences phylogénétiques aux permutations de la matrice de données ou aux méthodes phylogénétiques, y compris les approches supermatrice, suparbre et basées sur la coalescence, les méthodes de vraisemblance maximale et bayésiennes, les analyses partitionnées et non partitionnées, et les alignements d'acides aminés versus ADN. Parmi d'autres résultats, nous trouvons un soutien robuste pour une relation de groupe sœur entre les plantes terrestres et un groupe d'algues vertes streptophytes, les Zygnematophyceae. Un soutien fort et robuste pour un clade comprenant les hépatiques et les mousses est incompatible avec une vision largement acceptée de l'évolution précoce des plantes terrestres, et suggère que les hypothèses phylogénétiques utilisées pour comprendre l'évolution des traits fondamentaux des plantes devraient être réévaluées.

@article{doi101073pnas1323926111,
    author = "Wickett, Norman J. et Mirarab, Siavash et Nguyen, Nam et Warnow, Tandy et Carpenter, Eric et Matasci, Naim et Ayyampalayam, Saravanaraj et Barker, Michael S. et Burleigh, J. Gordon et Gitzendanner, Matthew A. et Ruhfel, Brad R. et Wafula, Eric et Der, Joshua P. et Graham, Sean W. et Mathews, Sarah et Melkonian, Michael et Soltis, Pamela S. et Soltis, Pamela S. et Miles, Nicholas W. et Rothfels, Carl J. et Pokorny, Lisa et Shaw, A. Jonathan et DeGironimo, Lisa et Stevenson, Dennis et Surek, Barbara et Villarreal, Juan Carlos et Roure, Béatrice et Philippe, Hervé et dePamphilis, Claude W. et Chen, Tao et Deyholos, Michael K. et Baucom, Regina S. et Kutchan, Toni M. et Augustin, Megan M. et Wang, Jun et Zhang, Yong et Tian, Zhijian et Yan, Zhixiang et Wu, Xiaolei et Sun, Xiao et Wong, Gane Ka‐Shu et Leebens-Mack, James",
    title = "Analyse phylotranscriptomique de l'origine et de la diversification précoce des plantes terrestres",
    year = "2014",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Reconstituer l'origine et l'évolution des plantes terrestres et de leurs algues apparentées est un problème fondamental en phylogénie des plantes, et est essentiel pour comprendre comment des adaptations critiques sont apparues, notamment l'embryon, le tissu vasculaire, les graines et les fleurs. Malgré les progrès en systématique moléculaire, certaines hypothèses de relations demeurent faiblement résolues. Inférer des phylogénies profondes avec des épisodes de diversification rapide peut être problématique ; cependant, les données à l'échelle du génome devraient augmenter significativement le nombre de caractères informatifs pour les analyses. Les reconstructions phylogénomiques récentes centrées sur les divergences majeures des plantes ont abouti à des résultats prometteurs mais incohérents. Une limitation est l'échantillonnage taxonomique sparse, probablement résultant de la difficulté et du coût de la génération de données. Pour répondre à cette limitation, des données de transcriptome pour 92 taxons de streptophytes ont été générées et analysées conjointement avec 11 séquences de génomes de plantes publiées. Les reconstructions phylogénétiques ont été menées en utilisant jusqu'à 852 gènes nucléaires et 1 701 170 sites alignés. Soixante-neuf analyses ont été effectuées pour tester la robustesse des inférences phylogénétiques aux permutations de la matrice de données ou aux méthodes phylogénétiques, y compris les approches supermatrice, suparbre et basées sur la coalescence, les méthodes de vraisemblance maximale et bayésiennes, les analyses partitionnées et non partitionnées, et les alignements d'acides aminés versus ADN. Parmi d'autres résultats, nous trouvons un soutien robuste pour une relation de groupe sœur entre les plantes terrestres et un groupe d'algues vertes streptophytes, les Zygnematophyceae. Un soutien fort et robuste pour un clade comprenant les hépatiques et les mousses est incompatible avec une vision largement acceptée de l'évolution précoce des plantes terrestres, et suggère que les hypothèses phylogénétiques utilisées pour comprendre l'évolution des traits fondamentaux des plantes devraient être réévaluées.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1323926111",
    doi = "10.1073/pnas.1323926111",
    openalex = "W2013277649",
    references = "doi101016jtree200901009, doi101016s0022283605803602, doi10103837918, doi101046j109583392003t01100158x, doi101093bioinformatics83275, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093sysbio463523, doi101093sysbiosyt022, doi101111boj12385, doi101111j10958339200900996x, doi101111j10960031200800217x, doi1011861471214811104, doi101371journalpcbi1002195, doi1023072346830, openalexw3148514506"
}

Résumé Le spectre de l'économie foliaire (LES) offre un cadre utile pour examiner les stratégies des espèces façonnées par leur histoire évolutive. Cependant, ce spectre, tel qu'il a été décrit à l'origine, impliquait seulement deux ressources clés (le carbone et les nutriments) et l'un des trois organes végétaux économiquement importants. Dans cet article, j'évalue si l'idée du spectre économique peut être étendue de manière générale à l'eau – la troisième ressource clé –, aux tiges, aux racines et aux plantes entières, ainsi qu'aux échelles individuelle, communautaire et d'écosystème. Mon hypothèse globale est qu'une sélection forte le long des axes de compromis de traits, en tandem avec les contraintes biophysiques, conduit à une convergence pour tout taxon sur une stratégie uniformément rapide, moyenne ou lente (c'est-à-dire les taux d'acquisition et de traitement des ressources) pour tous les organes et toutes les ressources. Des preuves de spectres de traits économiques existent pour les tiges et les racines, ainsi que pour les feuilles, et pour les traits liés à l'eau, ainsi qu'au carbone et aux nutriments. Ces observations s'appliquent généralement à l'intérieur et entre les échelles (à l'intérieur et entre les communautés, les zones climatiques, les biomes et les lignées). Il existe des liens entre les organes et un couplage entre les ressources, aboutissant à un spectre économique intégré de la plante entière. Les espèces capables de déplacer l'eau rapidement ont une faible densité de tissus, une courte durée de vie des tissus et des taux élevés d'acquisition et de flux de ressources aux échelles organique et individuelle. L'inverse est vrai pour les espèces ayant la stratégie lente. Différents traits peuvent être importants dans des conditions différentes, mais être rapide dans un aspect nécessite généralement d'être rapide dans d'autres, ce qui fait que être rapide ou lent est une caractéristique générale des espèces. Les traits économiques influencent la performance et la fitness de manière cohérente avec la théorie basée sur les traits concernant les mécanismes adaptatifs sous-jacents. Les traits aident à expliquer les différences de croissance et de survie à travers les gradients de ressources et aident ainsi à expliquer la distribution des espèces et l'assemblage des communautés à travers les gradients de lumière, d'eau et de nutriments. Les traits s'étendent à l'échelle – les traits rapides sont associés à des taux plus rapides de processus écosystémiques tels que la décomposition ou la productivité primaire, et les traits lents à des taux de processus lents. Synthèse. Les traits comptent. Un unique spectre de l'économie végétale « rapide–lent » qui intègre les feuilles, les tiges et les racines est une caractéristique clé de l'univers végétal et aide à expliquer les stratégies écologiques individuelles, les processus d'assemblage des communautés et le fonctionnement des écosystèmes.

@article{doi1011111365274512211,
    author = "Reich, Peter B.",
    title = "The world‐wide 'fast–slow' plant economics spectrum: a traits manifesto",
    year = "2014",
    journal = "Journal of Ecology",
    abstract = "Résumé Le spectre de l'économie foliaire (LES) offre un cadre utile pour examiner les stratégies des espèces façonnées par leur histoire évolutive. Cependant, ce spectre, tel qu'il a été décrit à l'origine, impliquait seulement deux ressources clés (le carbone et les nutriments) et l'un des trois organes végétaux économiquement importants. Dans cet article, j'évalue si l'idée du spectre économique peut être étendue de manière générale à l'eau – la troisième ressource clé –, aux tiges, aux racines et aux plantes entières, ainsi qu'aux échelles individuelle, communautaire et d'écosystème. Mon hypothèse globale est qu'une sélection forte le long des axes de compromis de traits, en tandem avec les contraintes biophysiques, conduit à une convergence pour tout taxon sur une stratégie uniformément rapide, moyenne ou lente (c'est-à-dire les taux d'acquisition et de traitement des ressources) pour tous les organes et toutes les ressources. Des preuves de spectres de traits économiques existent pour les tiges et les racines, ainsi que pour les feuilles, et pour les traits liés à l'eau, ainsi qu'au carbone et aux nutriments. Ces observations s'appliquent généralement à l'intérieur et entre les échelles (à l'intérieur et entre les communautés, les zones climatiques, les biomes et les lignées). Il existe des liens entre les organes et un couplage entre les ressources, aboutissant à un spectre économique intégré de la plante entière. Les espèces capables de déplacer l'eau rapidement ont une faible densité de tissus, une courte durée de vie des tissus et des taux élevés d'acquisition et de flux de ressources aux échelles organique et individuelle. L'inverse est vrai pour les espèces ayant la stratégie lente. Différents traits peuvent être importants dans des conditions différentes, mais être rapide dans un aspect nécessite généralement d'être rapide dans d'autres, ce qui fait que être rapide ou lent est une caractéristique générale des espèces. Les traits économiques influencent la performance et la fitness de manière cohérente avec la théorie basée sur les traits concernant les mécanismes adaptatifs sous-jacents. Les traits aident à expliquer les différences de croissance et de survie à travers les gradients de ressources et aident ainsi à expliquer la distribution des espèces et l'assemblage des communautés à travers les gradients de lumière, d'eau et de nutriments. Les traits s'étendent à l'échelle – les traits rapides sont associés à des taux plus rapides de processus écosystémiques tels que la décomposition ou la productivité primaire, et les traits lents à des taux de processus lents. Synthèse. Les traits comptent. Un unique spectre de l'économie végétale « rapide–lent » qui intègre les feuilles, les tiges et les racines est une caractéristique clé de l'univers végétal et aide à expliquer les stratégies écologiques individuelles, les processus d'assemblage des communautés et le fonctionnement des écosystèmes.",
    url = "https://doi.org/10.1111/1365-2745.12211",
    doi = "10.1111/1365-2745.12211",
    openalex = "W2127928904",
    references = "doi101023a1004327224729, doi101038nature02403, doi101046j13652435200200664x, doi101046j13652745199800306x, doi101086283244, doi101098rspb20081919, doi101104pp107101352, doi101111j00301299200715559x, doi101111j109583121989tb00492x, doi101111j13652486201102451x, doi101111j14610248200801219x, doi101111j14610248200901285x, doi101111j14610248200901314x, doi101111j14610248200901410x, doi101146annureves11110180001313, doi1018900012965819970781958cafasa20co2, doi1023072259756, doi1023074549, doi1034172009143, openalexw1564371012, openalexw2097450069, openalexw2169917233"
}

Reconstituer les relations phylogénétiques qui unissent toutes les lignées (l'arbre de vie) constitue un défi majeur. La rareté des données de caractères homologues à travers des lignées disparates rend actuellement l'inférence phylogénétique directe insoutenable. Pour reconstituer un arbre de vie complet, nous avons donc synthétisé les phylogénies publiées, ainsi que les classifications taxonomiques pour les taxons jamais intégrés dans une phylogénie. Nous présentons un arbre brouillon contenant 2,3 millions de branches - l'Open Tree of Life. La réalisation de cet arbre a nécessité l'assemblage de deux ressources communautaires supplémentaires : (i) une taxonomie de référence mondiale complète et (ii) une base de données d'arbres phylogénétiques publiés cartographiés sur cette taxonomie. Notre cadre open source facilite les commentaires et contributions de la communauté, permettant à l'arbre d'être continuellement mis à jour lorsque de nouvelles données phylogénétiques et taxonomiques deviennent disponibles numériquement. Bien que la couverture des données et les conflits phylogénétiques à travers l'Open Tree of Life mettent en lumière les lacunes à la fois dans les données sous-jacentes disponibles pour la reconstruction phylogénétique et dans la publication d'arbres en tant qu'objets numériques, l'arbre offre un point de départ convaincant pour les contributions communautaires. Cet arbre complet alimentera la recherche fondamentale sur la nature de la diversité biologique, fournissant in fine des phylogénies à jour pour les applications en aval en biologie comparative, écologie, biologie de la conservation, changement climatique, agriculture et génomique.

@article{doi101073pnas1423041112,
    author = "Hinchliff, Cody E. et Smith, Stephen A. et Allman, James F. et Burleigh, J. Gordon et Chaudhary, Ruchi et Coghill, Lyndon M. et Crandall, Keith A. et Deng, Jiabin et Drew, Bryan T. et Gazis, Romina et Gude, Karl et Hibbett, David S. et Katz, Laura A. et Laughinghouse, Haywood Dail et McTavish, Emily Jane et Midford, Peter et Owen, Christopher L. et Ree, Richard H. et Rees, Jonathan et Soltis, Pamela S. et Williams, Tiffani L. et Cranston, Karen",
    title = "Synthèse de la phylogénie et de la taxonomie en une arbre de vie complet",
    year = "2015",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Reconstituer les relations phylogénétiques qui unissent toutes les lignées (l'arbre de vie) constitue un défi majeur. La rareté des données de caractères homologues à travers des lignées disparates rend actuellement l'inférence phylogénétique directe insoutenable. Pour reconstituer un arbre de vie complet, nous avons donc synthétisé les phylogénies publiées, ainsi que les classifications taxonomiques pour les taxons jamais intégrés dans une phylogénie. Nous présentons un arbre brouillon contenant 2,3 millions de branches - l'Open Tree of Life. La réalisation de cet arbre a nécessité l'assemblage de deux ressources communautaires supplémentaires : (i) une taxonomie de référence mondiale complète et (ii) une base de données d'arbres phylogénétiques publiés cartographiés sur cette taxonomie. Notre cadre open source facilite les commentaires et contributions de la communauté, permettant à l'arbre d'être continuellement mis à jour lorsque de nouvelles données phylogénétiques et taxonomiques deviennent disponibles numériquement. Bien que la couverture des données et les conflits phylogénétiques à travers l'Open Tree of Life mettent en lumière les lacunes à la fois dans les données sous-jacentes disponibles pour la reconstruction phylogénétique et dans la publication d'arbres en tant qu'objets numériques, l'arbre offre un point de départ convaincant pour les contributions communautaires. Cet arbre complet alimentera la recherche fondamentale sur la nature de la diversité biologique, fournissant in fine des phylogénies à jour pour les applications en aval en biologie comparative, écologie, biologie de la conservation, changement climatique, agriculture et génomique.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1423041112",
    doi = "10.1073/pnas.1423041112",
    openalex = "W2951002538",
    references = "doi101073pnas1110633108, doi105962bhltitle46292, doi105962bhltitle68064"
}

Toutes les plantes sont habitées à l'intérieur par des communautés microbiennes diversifiées comprenant des taxons bactériens, archéens, fongiques et protistes. Ces micro-organismes présentant des modes de vie endophytes jouent des rôles cruciaux dans le développement, la croissance, la fitness et la diversification des plantes. La prise de conscience croissante et les informations sur les endophytes offrent des aperçus sur la complexité du microbiome des plantes. La nature des interactions plante-endophyte varie du mutualisme à la pathogénicité. Cela dépend d'un ensemble de facteurs abiotiques et biotiques, y compris les génotypes des plantes et des microbes, les conditions environnementales et le réseau dynamique d'interactions au sein du biome des plantes. Dans cette revue, nous abordons le concept d'endophytisme, en tenant compte des dernières avancées concernant l'évolution, le fonctionnement des écosystèmes végétaux et les interactions multipartites.

@article{doi101128mmbr0005014,
    author = "Hardoim, Pablo R. et van Overbeek, Leonard S. et Berg, Gabriele et Pirttilä, Anna Maria et Compant, Stéphane et Campisano, Andrea et Döring, Matthias et Sessitsch, Angela",
    title = "Le monde caché à l'intérieur des plantes : considérations écologiques et évolutives pour définir le fonctionnement des endophytes microbiens",
    year = "2015",
    journal = "Microbiology and Molecular Biology Reviews",
    abstract = "Toutes les plantes sont habitées à l'intérieur par des communautés microbiennes diversifiées comprenant des taxons bactériens, archéens, fongiques et protistes. Ces micro-organismes présentant des modes de vie endophytes jouent des rôles cruciaux dans le développement, la croissance, la fitness et la diversification des plantes. La prise de conscience croissante et les informations sur les endophytes offrent des aperçus sur la complexité du microbiome des plantes. La nature des interactions plante-endophyte varie du mutualisme à la pathogénicité. Cela dépend d'un ensemble de facteurs abiotiques et biotiques, y compris les génotypes des plantes et des microbes, les conditions environnementales et le réseau dynamique d'interactions au sein du biome des plantes. Dans cette revue, nous abordons le concept d'endophytisme, en tenant compte des dernières avancées concernant l'évolution, le fonctionnement des écosystèmes végétaux et les interactions multipartites.",
    url = "https://doi.org/10.1128/mmbr.00050-14",
    doi = "10.1128/mmbr.00050-14",
    openalex = "W2172598864",
    references = "doi101016b9780123705266x50016, doi101016jtplants201204001, doi101038nrmicro3109, doi101146annurevarplant050312120106, doi101146annurevcellbio21012704131001, openalexw1486903121"
}

© 2016 The Linnean Society of London. Une mise à jour de la classification du groupe de phylogénie des angiospermes (APG) des ordres et des familles d'angiospermes est présentée. Plusieurs nouveaux ordres sont reconnus : Boraginales, Dilleniales, Icacinales, Metteniusiales et Vahliales. Cela porte le nombre total d'ordres et de familles reconnus dans le système APG à 64 et 416, respectivement. Nous proposons deux cladés majeurs informels supplémentaires, les superrosids et les superasterids, qui comprennent chacun les ordres supplémentaires inclus dans les cladés plus larges dominés par les rosids et les asterids. Les familles qui constituaient potentiellement des ordres monofamiliaux, Dasypogonaceae et Sabiaceae, sont à présent référées aux Arecales et aux Proteales, respectivement. Deux familles parasitaires dont la position était auparavant incertaine sont maintenant placées : Cynomoriaceae dans Saxifragales et Apodanthaceae dans Cucurbitales. Bien qu'il existe des preuves que certaines familles reconnues dans APG III ne sont pas monophylétiques, nous ne faisons aucun changement dans Dioscoreales et Santalales par rapport à APG III et laissons certains genres dans Lamiales non placés (par exemple, Peltanthera). Ces changements de délimitation et de reconnaissance familiales sont tous le résultat de nouvelles publications depuis APG III, à l'exception de certains changements simplement dus à des questions de nomenclature, qui incluent le remplacement de Xanthorrhoeaceae par Asphodelaceae (Asparagales) et de Melianthaceae par Francoaceae (Geraniales) ; cependant, dans Francoaceae, nous incluons également Bersamaceae, Ledocarpaceae, Rhynchothecaceae et Vivianiaceae. D'autres changements aux limites familiales ne sont pas drastiques ou nombreux et sont principalement axés sur certains membres des lamiids, en particulier l'ancienne Icacinaceae qui a longtemps été problématique avec plusieurs genres déplacés vers l'ancienne monogénérique Metteniusaceae, mais les changements mineurs de délimitation incluent Aristolochiaceae (maintenant incluant Lactoridaceae et Hydnoraceae ; Aristolochiales), Maundiaceae (retirée de Juncaginaceae ; Alismatales), Restionaceae (maintenant ré-incluant Anarthriaceae et Centrolepidaceae ; Poales), Buxaceae (maintenant incluant Haptanthaceae ; Buxales), Peraceae (scindée de Euphorbiaceae ; Malpighiales), reconnaissance de Petenaeaceae (Huerteales), Kewaceae, Limeaceae, Macarthuriaceae et Microteaceae (tous Caryophyllales), scission de Petiveriaceae de Phytolaccaceae (Caryophyllales), changements à la composition générique de Ixonanthaceae et Irvingiaceae (avec transfert de Allantospermum de l'une à l'autre ; Malpighiales), transfert de Pakaraimaea (anciennement Dipterocarpaceae) à Cistaceae (Malvales), transfert de Borthwickia, Forchhammeria, Stixis et Tirania (anciennement toutes Capparaceae) à Resedaceae (Brassicales), scission de Nyssaceae de Cornaceae (Cornales), Pteleocarpa déplacée à Gelsemiaceae (Gentianales), changements à la composition générique de Gesneriaceae (Sanango déplacé de Loganiaceae) et Orobanchaceae (maintenant incluant Lindenbergiaceae et Rehmanniaceae) et reconnaissance de Mazaceae distincte de Phrymaceae (tous Lamiales).

@article{doi101111boj12385,
    author = "Group, The Angiosperm Phylogeny",
    title = "An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG IV",
    year = "2016",
    journal = "Botanical Journal of the Linnean Society",
    abstract = "© 2016 The Linnean Society of London. Une mise à jour de la classification du groupe de phylogénie des angiospermes (APG) des ordres et des familles d'angiospermes est présentée. Plusieurs nouveaux ordres sont reconnus : Boraginales, Dilleniales, Icacinales, Metteniusiales et Vahliales. Cela porte le nombre total d'ordres et de familles reconnus dans le système APG à 64 et 416, respectivement. Nous proposons deux clades majeurs informels supplémentaires, les superrosids et les superasterids, qui comprennent chacun les ordres supplémentaires inclus dans les clades plus larges dominés par les rosids et les asterids. Les familles qui constituaient potentiellement des ordres monofamiliaux, Dasypogonaceae et Sabiaceae, sont au lieu de cela référées aux Arecales et aux Proteales, respectivement. Deux familles parasites dont la position était auparavant incertaine sont maintenant placées : Cynomoriaceae dans Saxifragales et Apodanthaceae dans Cucurbitales. Bien qu'il existe des preuves que certaines familles reconnues dans APG III ne sont pas monophylétiques, nous ne faisons aucun changement dans Dioscoreales et Santalales par rapport à APG III et laissons certains genres dans Lamiales non placés (par exemple, Peltanthera). Ces changements de délimitation et de reconnaissance familiales sont tous le résultat de nouvelles publications depuis APG III, sauf certains changements simplement dus à des questions de nomenclature, qui incluent le remplacement d'Asphodelaceae par Xanthorrhoeaceae (Asparagales) et de Francoaceae par Melianthaceae (Geraniales) ; cependant, dans Francoaceae, nous incluons également Bersamaceae, Ledocarpaceae, Rhynchothecaceae et Vivianiaceae. D'autres changements aux limites familiales ne sont pas drastiques ou nombreux et sont principalement axés sur certains membres des lamiids, en particulier l'ancienne Icacinaceae qui a longtemps été problématique avec plusieurs genres déplacés vers l'ancienne monogénérique Metteniusaceae, mais les changements mineurs de délimitation incluent Aristolochiaceae (maintenant incluant Lactoridaceae et Hydnoraceae ; Aristolochiales), Maundiaceae (retirée de Juncaginaceae ; Alismatales), Restionaceae (maintenant ré-incluant Anarthriaceae et Centrolepidaceae ; Poales), Buxaceae (maintenant incluant Haptanthaceae ; Buxales), Peraceae (scindée de Euphorbiaceae ; Malpighiales), reconnaissance de Petenaeaceae (Huerteales), Kewaceae, Limeaceae, Macarthuriaceae et Microteaceae (tous Caryophyllales), Petiveriaceae scindée de Phytolaccaceae (Caryophyllales), changements à la composition générique d'Ixonanthaceae et Irvingiaceae (avec transfert d'Allantospermum de l'une à l'autre ; Malpighiales), transfert de Pakaraimaea (anciennement Dipterocarpaceae) vers Cistaceae (Malvales), transfert de Borthwickia, Forchhammeria, Stixis et Tirania (anciennement toutes Capparaceae) vers Resedaceae (Brassicales), Nyssaceae scindée de Cornaceae (Cornales), Pteleocarpa déplacée vers Gelsemiaceae (Gentianales), changements à la composition générique de Gesneriaceae (Sanango déplacé de Loganiaceae) et Orobanchaceae (maintenant incluant Lindenbergiaceae et Rehmanniaceae) et reconnaissance de Mazaceae distincte de Phrymaceae (tous Lamiales).",
    url = "https://doi.org/10.1111/boj.12385",
    doi = "10.1111/boj.12385",
    openalex = "W2166152751",
    references = "doi1010079783642143977, doi101046j109583392003t01100158x, doi101073pnas1323926111, doi101111j10958339200900996x, doi101111j109600311996tb00196x, doi101111j155856461985tb00420x, doi1023071222465, doi1023072399846, doi10230725065646, doi103732ajb0800047, openalexw3148514506, openalexw70084438"
}

Le résumé La phylogénie a longtemps informé la classification des ptéridophytes. À mesure que notre capacité à inférer des arbres évolutifs s'est améliorée, les classifications visant à reconnaître des groupes naturels sont devenues de plus en plus prédictives et stables. Ici, nous fournissons une classification moderne et complète pour les lycophytes et les fougères, jusqu'au niveau du genre, en utilisant une approche communautaire. Nous utilisons la monophylie comme critère principal pour la reconnaissance des taxons, mais nous visons également à préserver les taxons et les délimitations existants qui sont à la fois largement acceptés et cohérents avec notre compréhension de la phylogénie des ptéridophytes. Au total, cette classification traite d'un nombre estimé de 11 916 espèces dans 337 genres, 51 familles, 14 ordres et deux classes. Cette classification n'est pas destinée à être le dernier mot sur la taxonomie des lycophytes et des fougères, mais plutôt une déclaration résumant les hypothèses actuelles, dérivées des meilleures données disponibles et façonnées par ceux qui sont les plus familiers avec les plantes en question. Nous espérons qu'elle servira de ressource pour ceux qui souhaitent des références à la littérature récente sur la phylogénie et la classification des ptéridophytes, un cadre pour guider les investigations futures et un stimulant pour un discours supplémentaire.

@article{doi101111jse12229,
    author = "I, PPG",
    title = "A community‐derived classification for extant lycophytes and ferns",
    year = "2016",
    journal = "Journal of Systematics and Evolution",
    abstract = "Le résumé La phylogénie a longtemps informé la classification des ptéridophytes. À mesure que notre capacité à inférer des arbres évolutifs s'est améliorée, les classifications visant à reconnaître des groupes naturels sont devenues de plus en plus prédictives et stables. Ici, nous fournissons une classification moderne et complète pour les lycophytes et les fougères, jusqu'au niveau du genre, en utilisant une approche communautaire. Nous utilisons la monophylie comme critère principal pour la reconnaissance des taxons, mais nous visons également à préserver les taxons et les délimitations existants qui sont à la fois largement acceptés et cohérents avec notre compréhension de la phylogénie des ptéridophytes. Au total, cette classification traite d'un nombre estimé de 11 916 espèces dans 337 genres, 51 familles, 14 ordres et deux classes. Cette classification n'est pas destinée à être le dernier mot sur la taxonomie des lycophytes et des fougères, mais plutôt une déclaration résumant les hypothèses actuelles, dérivées des meilleures données disponibles et façonnées par ceux qui sont les plus familiers avec les plantes en question. Nous espérons qu'elle servira de ressource pour ceux qui souhaitent des références à la littérature récente sur la phylogénie et la classification des ptéridophytes, un cadre pour guider les investigations futures et un stimulant pour un discours supplémentaire.",
    url = "https://doi.org/10.1111/jse.12229",
    doi = "10.1111/jse.12229",
    openalex = "W2552168024",
    references = "doi101073pnas1323926111, doi101111boj12385, doi101111j10958339200900996x"
}

@article{doi101016jcell201709030,
    author = "Bowman, John L. et Kohchi, Takayuki et Yamato, Katsuyuki T. et Jenkins, Jerry et Shu, Shengqiang et Ishizaki, Kimitsune et Yamaoka, Shohei et Nishihama, Ryuichi et Nakamura, Yasukazu et Berger, Frédéric et Adam, Catherine et Aki, Shiori S. et Althoff, Felix et Araki, Takashi et Arteaga‐Vázquez, Mario A. et Balasubrmanian, Sureshkumar et Barry, Kerrie et Bauer, Diane et Boehm, Christian R. et Briginshaw, Liam N. et Caballero-Pérez, Juan et Catarino, Bruno et Chen, Feng et Chiyoda, Shota et Chovatia, Mansi et Davies, Kevin M. et Delmans, Mihails et Demura, Taku et Dierschke, Tom et Dolan, Liam et Dorantes-Acosta, Ana E. et Eklund, D. Magnus et Florent, Stevie N. et Flores‐Sandoval, Eduardo et Fujiyama, Asao et Fukuzawa, Hideya et Galik, Bence et Grimanelli, Daniel et Grimwood, Jane et Grossniklaus, Ueli et Hamada, Takahiro et Haseloff, Jim et Hetherington, Alexander J. et Higo, Asuka et Hirakawa, Yuki et Hundley, Hope N. et Ikeda, Yoko et Inoue, Keisuke et Inoue, Shin‐ichiro et Ishida, Sakiko et Jia, Qidong et Kakita, Mitsuru et Kanazawa, Takehiko et Kawai, Yosuke et Kawashima, Tomokazu et Kennedy, Megan et Kinose, Keita et Kinoshita, Toshinori et Kohara, Yuji et Koide, Eri et Komatsu, Kenji et Kopischke, Sarah et Kubo, Minoru et Kyozuka, Junko et Lagercrantz, Ulf et Lin, Shih‐Shun et Lindquist, Erika et Lipzen, Anna et Lu, Chia-Wei et Luna, Efraín De et Martienssen, Robert A. et Minamino, Naoki et Mizutani, Masaharu et Mizutani, Miya et Mochizuki, Nobuyoshi et Monte, Isabel et Mosher, Rebecca A. et Nagasaki, Hideki et Nakagami, Hirofumi et Naramoto, Satoshi et Nishitani, Kazuhiko et Ohtani, Misato et Okamoto, Takashi et Okumura, Masaki et Phillips, Jeremy et Pollak, Bernardo et Reinders, Anke et Rövekamp, Moritz et Sano, Ryosuke et Sawa, Shinichiro et Schmid, Marc W. et Shirakawa, Makoto et Solano, Roberto et Spunde, Alex et Suetsugu, Noriyuki et Sugano, Sumio et Sugiyama, Akifumi et Sun, Rui et Suzuki, Yutaka et Takenaka, Mizuki",
    title = "Insights into Land Plant Evolution Garnered from the Marchantia polymorpha Genome",
    year = "2017",
    journal = "Cell",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.cell.2017.09.030",
    doi = "10.1016/j.cell.2017.09.030",
    openalex = "W2763628303",
    references = "doi101038nrg201726, doi101073pnas1323926111, doi101111nph12643"
}

Cette étude démontre un moyen de combiner les ressources disponibles pour construire une phylogénie datée des plantes. Cependant, cette approche constitue une première étape et davantage de développements sont nécessaires pour ajouter des données, mieux intégrer l'incertitude sous-jacente et améliorer la résolution. Les méthodes discutées ici peuvent également être appliquées à d'autres grands clades de l'arbre de la vie.

@article{doi101002ajb21019,
    author = "Smith, Stephen A. et Brown, Joseph W.",
    title = "Construction d'une phylogénie des plantes à graines largement inclusive",
    year = "2018",
    journal = "American Journal of Botany",
    abstract = "Cette étude démontre un moyen de combiner les ressources disponibles pour construire une phylogénie datée des plantes. Cependant, cette approche constitue une première étape et davantage de développements sont nécessaires pour ajouter des données, mieux intégrer l'incertitude sous-jacente et améliorer la résolution. Les méthodes discutées ici peuvent également être appliquées à d'autres grands clades de l'arbre de la vie.",
    url = "https://doi.org/10.1002/ajb2.1019",
    doi = "10.1002/ajb2.1019",
    openalex = "W2792688220",
    references = "doi101038nature11631, doi101038nature12872, doi101038ncomms16047, doi101038ncomms2958, doi101073pnas1323926111, doi101093oxfordjournalsmolbeva003974, doi101111nph13264, doi101111syen12037"
}

-fixing cyanobacteria, and we demonstrate a clear pattern of cospeciation between the two partners. Furthermore, the Azolla genome lacks genes that are common to arbuscular mycorrhizal and root nodule symbioses, and we identify several putative transporter genes specific to Azolla-cyanobacterial symbiosis. These genomic resources will help in exploring the biotechnological potential of Azolla and address fundamental questions in the evolution of plant life.

@article{doi101038s4147701801888,
    author = "Li, Fay‐Wei et Brouwer, Paul et Carretero‐Paulet, Lorenzo et Cheng, Shifeng et de Vries, Jan et Delaux, Pierre‐Marc et Eily, Ariana Noel et Koppers, Nils et Kuo, Li‐Yaung et Li, Zheng et Simenc, Mathew et Small, Ian et Wafula, Eric et Angarita, Stephany et Barker, Michael S. et Bräutigam, Andrea et dePamphilis, Claude W. et Gould, Sven B. et Hosmani, Prashant S. et Huang, Yao-Moan et Hüettel, Bruno et Kato, Yoichiro et Liu, Xin et Maere, Steven et McDowell, Rose et Mueller, Lukas A. et Nierop, Klaas G.J. et Rensing, Stefan A. et Robison, Tanner A. et Rothfels, Carl J. et Sigel, Erin M. et Song, Yue et Timilsena, Prakash Raj et de Peer, Yves Van et Wang, Hongli et Wilhelmsson, Per K.I. et Wolf, Paul G. et Xu, Xun et Der, Joshua P. et Schluepmann, Henriette et Wong, Gane Ka‐Shu et Pryer, Kathleen M.",
    title = "Fern genomes elucidate land plant evolution and cyanobacterial symbioses",
    year = "2018",
    journal = "Nature Plants",
    abstract = "-fixing cyanobacteria, and we demonstrate a clear pattern of cospeciation between the two partners. Furthermore, the Azolla genome lacks genes that are common to arbuscular mycorrhizal and root nodule symbioses, and we identify several putative transporter genes specific to Azolla-cyanobacterial symbiosis. These genomic resources will help in exploring the biotechnological potential of Azolla and address fundamental questions in the evolution of plant life.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41477-018-0188-8",
    doi = "10.1038/s41477-018-0188-8",
    openalex = "W2809850047",
    references = "doi101093nargkt371, doi101186s128590182129y, doi103732apps1600016"
}

Établir l'échelle de temps de l'évolution des premières plantes terrestres est essentiel pour tester les hypothèses sur la coévolution des plantes terrestres et du Système terrestre. La rareté des mégafossiles de plantes terrestres anciennes et les contrôles stratigraphiques sur leur distribution rendent le registre fossile un guide peu fiable, ne laissant que l'horloge moléculaire. Cependant, l'application de la méthodologie de l'horloge moléculaire est remise en question par l'impasse actuelle dans les tentatives de résolution des relations évolutives entre les bryophytes et les trachéophytes vivants. Ici, nous établissons une échelle de temps pour l'évolution des premières plantes terrestres qui intègre l'incertitude topologique en explorant l'impact d'hypothèses concurrentes sur les relations bryophyte-trachéophyte, entre autres variables, sur l'estimation des temps de divergence. Nous codifions 37 calibrations fossiles pour les Viridiplantae suivant les meilleures pratiques. Nous appliquons ces calibrations dans une analyse d'horloge moléculaire bayésienne relâchée d'un jeu de données phylogénomique englobant la diversité des Embryophyta et leurs parents au sein des Viridiplantae. La topologie et la taille des jeux de données ont peu d'impact sur les estimations d'âge, avec des différences plus importantes entre les modèles d'horloge alternatifs et les stratégies de calibration. Pour toutes les analyses, une origine cambrienne des Embryophyta est retrouvée avec la plus haute probabilité. Les âges estimés pour les trachéophytes couronnes varient du Ordovicien tardif au Silurien tardif. Cette échelle de temps implique une établissement précoce des écosystèmes terrestres par les plantes terrestres qui est en accord étroit avec les estimations récentes pour l'origine des lignées animales terrestres. Les modèles biogéochimiques qui sont contraints par le registre fossile des premières plantes terrestres, ou qui tentent d'expliquer leur impact, doivent considérer les implications d'une origine beaucoup plus ancienne, du Cambrien moyen au début de l'Ordovicien.

@article{doi101073pnas1719588115,
    author = "Morris, Jennifer L. et Puttick, Mark N. et Clark, James et Edwards, Dianne et Kenrick, Paul et Pressel, Silvia et Wellman, Charles H. et Yang, Ziheng et Schneider, Harald et Donoghue, Philip C. J.",
    title = "The timescale of early land plant evolution",
    year = "2018",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Établir l'échelle de temps de l'évolution des premières plantes terrestres est essentiel pour tester les hypothèses sur la coévolution des plantes terrestres et du Système terrestre. La rareté des mégafossiles de plantes terrestres anciennes et les contrôles stratigraphiques sur leur distribution rendent le registre fossile un guide peu fiable, ne laissant que l'horloge moléculaire. Cependant, l'application de la méthodologie de l'horloge moléculaire est remise en question par l'impasse actuelle dans les tentatives de résolution des relations évolutives entre les bryophytes et les trachéophytes vivants. Ici, nous établissons une échelle de temps pour l'évolution des premières plantes terrestres qui intègre l'incertitude topologique en explorant l'impact d'hypothèses concurrentes sur les relations bryophyte-trachéophyte, entre autres variables, sur l'estimation des temps de divergence. Nous codifions 37 calibrations fossiles pour les Viridiplantae suivant les meilleures pratiques. Nous appliquons ces calibrations dans une analyse d'horloge moléculaire bayésienne relâchée d'un jeu de données phylogénomique englobant la diversité des Embryophyta et leurs parents au sein des Viridiplantae. La topologie et la taille des jeux de données ont peu d'impact sur les estimations d'âge, avec des différences plus importantes entre les modèles d'horloge alternatifs et les stratégies de calibration. Pour toutes les analyses, une origine cambrienne des Embryophyta est retrouvée avec la plus haute probabilité. Les âges estimés pour les trachéophytes couronnes varient du Ordovicien tardif au Silurien tardif. Cette échelle de temps implique une établissement précoce des écosystèmes terrestres par les plantes terrestres qui est en accord étroit avec les estimations récentes pour l'origine des lignées animales terrestres. Les modèles biogéochimiques qui sont contraints par le registre fossile des premières plantes terrestres, ou qui tentent d'expliquer leur impact, doivent considérer les implications d'une origine beaucoup plus ancienne, du Cambrien moyen au début de l'Ordovicien.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1719588115",
    doi = "10.1073/pnas.1719588115",
    openalex = "W2789151108",
    references = "doi101016jgca200511032, doi101073pnas1001225107, doi101073pnas1323926111, doi101093molbevmsm193, doi101093sysbiosyr107, doi101098rstb19980195, doi101098rstb20110271, doi101111j14698137201103794x, doi102475ajs3012182"
}

Depuis la colonisation des terres par les lignées végétales ancestrales il y a 450 millions d'années, les plantes et leurs microbes associés interagissent entre eux, formant un assemblage d'espèces souvent désigné sous le nom d'"holobionte". La pression de sélection agissant sur les composants de l'holobionte a probablement façonné les communautés microbiennes associées aux plantes et sélectionné des micro-organismes adaptés à l'hôte qui impactent la fitness des plantes. Cependant, les densités microbiennes élevées détectées sur les tissus végétaux, ainsi que le temps de génération rapide des microbes et leur origine plus ancienne par rapport à leur hôte, suggèrent que les interactions microbe-microbe sont également des forces de sélection importantes sculptant des assemblages microbiens complexes dans les compartiments de la phyllosphère, de la rhizosphère et de l'endosphère végétale. Les approches réductionnistes menées dans des conditions de laboratoire ont été essentielles pour décrypter les stratégies utilisées par des microbes spécifiques pour coopérer et entrer en compétition au sein ou en dehors des tissus végétaux. Néanmoins, notre compréhension de ces interactions microbiennes dans la formation de communautés microbiennes associées aux plantes plus complexes, ainsi que de leur pertinence pour la santé de l'hôte dans un contexte plus naturel, reste limitée. En utilisant des exemples obtenus à partir d'approches réductionnistes et au niveau des communautés, nous discutons du rôle fondamental des interactions microbe-microbe (procaryotes et micro-eucaryotes) pour la structure des communautés microbiennes et la santé des plantes. Nous fournissons un cadre conceptuel illustrant que les interactions entre les membres du microbiote sont essentielles pour l'établissement et le maintien de l'homéostasie hôte-microbien.

@article{doi101186s4016801804450,
    author = "Hassani, M. Amine et Durán, Paloma et Hacquard, Stéphane",
    title = "Interactions microbiennes au sein de l'holobionte végétal",
    year = "2018",
    journal = "Microbiome",
    abstract = {Depuis la colonisation des terres par les lignées végétales ancestrales il y a 450 millions d'années, les plantes et leurs microbes associés interagissent entre eux, formant un assemblage d'espèces souvent désigné sous le nom d'"holobionte". La pression de sélection agissant sur les composants de l'holobionte a probablement façonné les communautés microbiennes associées aux plantes et sélectionné des micro-organismes adaptés à l'hôte qui impactent la fitness des plantes. Cependant, les densités microbiennes élevées détectées sur les tissus végétaux, ainsi que le temps de génération rapide des microbes et leur origine plus ancienne par rapport à leur hôte, suggèrent que les interactions microbe-microbe sont également des forces de sélection importantes sculptant des assemblages microbiens complexes dans les compartiments de la phyllosphère, de la rhizosphère et de l'endosphère végétale. Les approches réductionnistes menées dans des conditions de laboratoire ont été essentielles pour décrypter les stratégies utilisées par des microbes spécifiques pour coopérer et entrer en compétition au sein ou en dehors des tissus végétaux. Néanmoins, notre compréhension de ces interactions microbiennes dans la formation de communautés microbiennes associées aux plantes plus complexes, ainsi que de leur pertinence pour la santé de l'hôte dans un contexte plus naturel, reste limitée. En utilisant des exemples obtenus à partir d'approches réductionnistes et au niveau des communautés, nous discutons du rôle fondamental des interactions microbe-microbe (procaryotes et micro-eucaryotes) pour la structure des communautés microbiennes et la santé des plantes. Nous fournissons un cadre conceptuel illustrant que les interactions entre les membres du microbiote sont essentielles pour l'établissement et le maintien de l'homéostasie hôte-microbien.},
    url = "https://doi.org/10.1186/s40168-018-0445-0",
    doi = "10.1186/s40168-018-0445-0",
    openalex = "W2795321853",
    references = "doi101126science1256688, doi101371journalpbio1002226, doi101371journalpbio1002352"
}

Les plantes vertes (Viridiplantae) comprennent environ 450 000 à 500 000 espèces 1,2 de grande diversité et jouent des rôles importants dans les écosystèmes terrestres et aquatiques. Ici, dans le cadre de l'Initiative One Thousand Plant Transcriptomes, nous avons séquencé les transcriptomes végétatifs de 1 124 espèces qui couvrent la diversité des plantes au sens large (Archaeplastida), y compris les plantes vertes (Viridiplantae), les glaucophytes (Glaucophyta) et les algues rouges (Rhodophyta). Notre analyse fournit un cadre phylogénomique robuste pour examiner l'évolution des plantes vertes. La plupart des relations entre espèces inférées sont bien soutenues dans plusieurs analyses d'arbres d'espèces et de supermatrices, mais les discordances entre les arbres génétiques des plastides et nucléaires à quelques nœuds importants soulignent la complexité de l'évolution du génome des plantes, y compris la polyploïdie, des périodes de spéciation rapide et l'extinction. Le tri incomplet de la variation ancestrale, la polyploïdisation et les expansions massives de familles de gènes ponctuent l'histoire évolutive des plantes vertes. Notamment, nous constatons que de grandes expansions de familles de gènes ont précédé l'origine des plantes vertes, des plantes terrestres et des plantes vasculaires, tandis que les duplications de génome entier sont supposées s'être produites à plusieurs reprises tout au long de l'évolution des plantes à fleurs et des fougères. La disponibilité croissante de séquences de génome de plantes de haute qualité et les progrès en génomique fonctionnelle permettent la recherche sur l'évolution du génome à travers l'arbre vert de la vie.

@article{doi101038s4158601916932,
    author = "Initiative, One Thousand Plant Transcriptomes",
    title = "One thousand plant transcriptomes and the phylogenomics of green plants",
    year = "2019",
    journal = "Nature",
    abstract = "Les plantes vertes (Viridiplantae) comprennent environ 450 000 à 500 000 espèces 1,2 de grande diversité et jouent des rôles importants dans les écosystèmes terrestres et aquatiques. Ici, dans le cadre de l'Initiative One Thousand Plant Transcriptomes, nous avons séquencé les transcriptomes végétatifs de 1 124 espèces qui couvrent la diversité des plantes au sens large (Archaeplastida), y compris les plantes vertes (Viridiplantae), les glaucophytes (Glaucophyta) et les algues rouges (Rhodophyta). Notre analyse fournit un cadre phylogénomique robuste pour examiner l'évolution des plantes vertes. La plupart des relations entre espèces inférées sont bien soutenues dans plusieurs analyses d'arbres d'espèces et de supermatrices, mais les discordances entre les arbres génétiques des plastides et nucléaires à quelques nœuds importants soulignent la complexité de l'évolution du génome des plantes, y compris la polyploïdie, des périodes de spéciation rapide et l'extinction. Le tri incomplet de la variation ancestrale, la polyploïdisation et les expansions massives de familles de gènes ponctuent l'histoire évolutive des plantes vertes. Notamment, nous constatons que de grandes expansions de familles de gènes ont précédé l'origine des plantes vertes, des plantes terrestres et des plantes vasculaires, tandis que les duplications de génome entier sont supposées s'être produites à plusieurs reprises tout au long de l'évolution des plantes à fleurs et des fougères. La disponibilité croissante de séquences de génome de plantes de haute qualité et les progrès en génomique fonctionnelle permettent la recherche sur l'évolution du génome à travers l'arbre vert de la vie.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41586-019-1693-2",
    doi = "10.1038/s41586-019-1693-2",
    openalex = "W2981543307",
    references = "doi101016jtree200901009, doi101038nature09916, doi101073pnas1323926111, doi10108014786440109462720, doi101093aobmcp044, doi101093bioinformaticsbtu033, doi101093bioinformaticsbtv351, doi101093genetics15141531, doi101093molbevmsm088, doi101093molbevmsx116, doi101093nargkf436, doi101093nargkh340, doi101093nargkr944, doi101371journalpcbi1002195, doi101371journalpone0009490, doi1023072346830"
}

@incollection{birks2020expedition,
    author = "Birks, John",
    title = "Expedition Botany/Hobby Botany",
    year = "2020",
    booktitle = "Curious about Nature",
    url = "https://doi.org/10.1017/9781108552172.014",
    doi = "10.1017/9781108552172.014",
    pages = "151-155"
}

Les Anthoceros constituent une lignée de bryophytes qui s'est séparée des autres plantes terrestres existantes il y a plus de 400 millions d'années et présentent des caractéristiques biologiques uniques, notamment une architecture sporophytique distincte, une symbiose avec des cyanobactéries et un mécanisme de concentration du carbone basé sur des pyrénoïdes (CCM). Ici, nous fournissons trois génomes de haute qualité d'Anthoceros. Les analyses phylogénomiques placent les Anthoceros comme un clade frère des hépatiques et des mousses avec un fort soutien. Les génomes d'Anthoceros manquent de centromères riches en répétitions ainsi que de duplication génomique complète, et contiennent un répertoire limité de facteurs de transcription. Plusieurs gènes impliqués dans la fonction du méristème et des stomates des angiospermes sont conservés chez Anthoceros et surexprimés durant le développement sporophytique, suggérant des homologies possibles au niveau génétique. Nous avons identifié des gènes candidats impliqués dans la symbiose avec des cyanobactéries et avons trouvé que LCIB, un gène CCM de Chlamydomonas, est présent chez les Anthoceros mais absent chez d'autres lignées végétales, impliquant un rôle conservé possible dans la fonction CCM. Nous anticipons que ces génomes d'Anthoceros serviront de références essentielles pour les recherches futures sur les Anthoceros et les études comparatives à travers les plantes terrestres.

@article{doi101038s4147702006182,
    author = "Li, Fay‐Wei et Nishiyama, Tomoaki et Waller, Manuel et Frangedakis, Eftychios et Keller, Jean et Li, Zheng et Fernández‐Pozo, Noé et Barker, Michael S. et Bennett, Tom et Blázquez, Miguel Á. et Cheng, Shifeng et Cuming, Andrew C. et de Vries, Jan et de Vries, Sophie et Delaux, Pierre‐Marc et Diop, Issa et Harrison, C. J. O. et Hauser, Duncan et Hernández‐García, Jorge et Kirbis, Alexander et Meeks, John C. et Monte, Isabel et Mutte, Sumanth et Neubauer, Anna et Quandt, Dietmar et Robison, Tanner A. et Shimamura, Masaki et Rensing, Stefan A. et Villarreal, Juan Carlos et Weijers, Dolf et Wicke, Susann et Wong, Gane Ka‐Shu et Sakakibara, Keiko et Szövényi, Péter",
    title = "Anthoceros genomes illuminate the origin of land plants and the unique biology of hornworts",
    year = "2020",
    journal = "Nature Plants",
    abstract = "Les Anthoceros constituent une lignée de bryophytes qui s'est séparée des autres plantes terrestres existantes il y a plus de 400 millions d'années et présentent des caractéristiques biologiques uniques, notamment une architecture sporophytique distincte, une symbiose avec des cyanobactéries et un mécanisme de concentration du carbone basé sur des pyrénoïdes (CCM). Ici, nous fournissons trois génomes de haute qualité d'Anthoceros. Les analyses phylogénomiques placent les Anthoceros comme un clade frère des hépatiques et des mousses avec un fort soutien. Les génomes d'Anthoceros manquent de centromères riches en répétitions ainsi que de duplication génomique complète, et contiennent un répertoire limité de facteurs de transcription. Plusieurs gènes impliqués dans la fonction du méristème et des stomates des angiospermes sont conservés chez Anthoceros et surexprimés durant le développement sporophytique, suggérant des homologies possibles au niveau génétique. Nous avons identifié des gènes candidats impliqués dans la symbiose avec des cyanobactéries et avons trouvé que LCIB, un gène CCM de Chlamydomonas, est présent chez les Anthoceros mais absent chez d'autres lignées végétales, impliquant un rôle conservé possible dans la fonction CCM. Nous anticipons que ces génomes d'Anthoceros serviront de références essentielles pour les recherches futures sur les Anthoceros et les études comparatives à travers les plantes terrestres.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41477-020-0618-2",
    doi = "10.1038/s41477-020-0618-2",
    openalex = "W3011850984",
    references = "doi101038s4158601916932"
}

La mise au jour de l'arbre de vie des angiospermes (plantes à fleurs) au cours des trois dernières décennies constitue l'une des plus grandes réussites de la biologie végétale moderne. Les plantes à fleurs constituent la base de la plupart des biomes terrestres : elles fixent d'énormes quantités de carbone terrestre, produisant ainsi une fraction substantielle de l'oxygène planétaire, et pilotent les grands cycles biogéochimiques. La majeure partie des calories humaines provient directement (cultures) ou indirectement (fourrage) des angiospermes, tout comme de nombreux médicaments, combustibles, colorants, boissons, bois, fibres et autres matériaux. Des objets innombrables, indispensables et quotidiens, qui impactent l'existence humaine trouvent leur origine dans les plantes à fleurs, et sans elles, la vie serait nettement plus morose — imaginez un monde sans herbes, épices ou fleurs de jardin, par exemple. Dans ce contexte, l'importance d'une compréhension complète de l'arbre de vie des angiospermes ne saurait être surestimée. L'arbre de vie est la feuille de route biologique fondamentale pour l'évolution et les propriétés des plantes (par exemple, Wong et al., 2020). Pour les biologistes évolutionnistes, les phylogénies nous permettent de mieux comprendre l'essor spectaculaire des plantes à fleurs vers la domination au cours des quelque 140 millions d'années écoulées (par exemple, Lutzoni et al., 2018 ; Ramírez-Barahona et al., 2020). Les informations sur les relations phylogénétiques des angiospermes constituent également la base de la classification moderne des angiospermes (par exemple, APG IV, 2016) et nous aident à mieux comprendre les origines et les limites des espèces (par exemple, Fazekas et al., 2009). Aujourd'hui, la recherche sur l'arbre de vie connaît un renouveau grâce au développement de nouvelles méthodes phylogénomiques puissantes (Dodsworth et al., 2019). Dans ce numéro spécial de l'American Journal of Botany, conjointement avec un numéro complémentaire de Applications in Plant Sciences, nous rassemblons un ensemble d'articles qui se concentrent sur un nouveau kit phylogénomique commun, le jeu de sondes Angiosperms353 (Johnson et al., 2019), et illustrons son potentiel pour la synthèse évolutive en favorisant la collaboration ouverte au sein de notre communauté.

@article{doi101002ajb21703,
    author = "Baker, William J. et Dodsworth, Steven et Forest, Félix et Graham, Sean W. et Johnson, Matthew G. et McDonnell, Angela et Pokorny, Lisa et Tate, Jennifer A. et Wicke, Susann et Wickett, Norman J.",
    title = "Exploring Angiosperms353 : un kit communautaire ouvert pour la recherche phylogénomique collaborative sur les plantes à fleurs",
    year = "2021",
    journal = "American Journal of Botany",
    abstract = "La mise au jour de l'arbre de vie des angiospermes (plantes à fleurs) au cours des trois dernières décennies constitue l'une des plus grandes réussites de la biologie végétale moderne. Les plantes à fleurs constituent la base de la plupart des biomes terrestres : elles fixent d'énormes quantités de carbone terrestre, produisant ainsi une fraction substantielle de l'oxygène planétaire, et pilotent les grands cycles biogéochimiques. La majeure partie des calories humaines provient directement (cultures) ou indirectement (fourrage) des angiospermes, tout comme de nombreux médicaments, combustibles, colorants, boissons, bois, fibres et autres matériaux. Des objets innombrables, indispensables et quotidiens, qui impactent l'existence humaine trouvent leur origine dans les plantes à fleurs, et sans elles, la vie serait nettement plus morose — imaginez un monde sans herbes, épices ou fleurs de jardin, par exemple. Dans ce contexte, l'importance d'une compréhension complète de l'arbre de vie des angiospermes ne saurait être surestimée. L'arbre de vie est la feuille de route biologique fondamentale pour l'évolution et les propriétés des plantes (par exemple, Wong et al., 2020). Pour les biologistes évolutionnistes, les phylogénies nous permettent de mieux comprendre l'essor spectaculaire des plantes à fleurs vers la domination au cours des quelque 140 millions d'années écoulées (par exemple, Lutzoni et al., 2018 ; Ramírez-Barahona et al., 2020). Les informations sur les relations phylogénétiques des angiospermes constituent également la base de la classification moderne des angiospermes (par exemple, APG IV, 2016) et nous aident à mieux comprendre les origines et les limites des espèces (par exemple, Fazekas et al., 2009). Aujourd'hui, la recherche sur l'arbre de vie connaît un renouveau grâce au développement de nouvelles méthodes phylogénomiques puissantes (Dodsworth et al., 2019). Dans ce numéro spécial de l'American Journal of Botany, conjointement avec un numéro complémentaire de Applications in Plant Sciences, nous rassemblons un ensemble d'articles qui se concentrent sur un nouveau kit phylogénomique commun, le jeu de sondes Angiosperms353 (Johnson et al., 2019), et illustrons son potentiel pour la synthèse évolutive en favorisant la collaboration ouverte au sein de notre communauté.",
    url = "https://doi.org/10.1002/ajb2.1703",
    doi = "10.1002/ajb2.1703",
    openalex = "W3184323062",
    references = "doi101038s4158601916932, doi101073pnas0905845106, doi101073pnas1323926111, doi101073pnas1720115115, doi101073pnas84249054, doi101093sysbio463523, doi101111boj12385, doi101186s128590182129y, doi1023072399846, doi103732apps1600016"
}

L'enrichissement ciblé représente une méthode utile et rentable pour les chercheurs travaillant sur la phylogénomique d'organismes non modèles (par exemple, Cronn et al., 2012 ; Hale et al., 2020). La capacité à séquencer un sous-ensemble génomique prédéfini personnalisable pour plusieurs dizaines, voire centaines de taxons permet des analyses approfondies et le test d'hypothèses phylogénétiques de manière qui n'était pas précédemment possible (revu dans McKain et al., 2018). Les méthodes les plus populaires pour le séquençage ciblé de loci génomiques en phylogénomique incluent le séquençage d'amplis (long-) (Rothfels et al., 2017) et la capture par hybridation (Mandel et al., 2014 ; Weitemier et al., 2014). Le séquençage d'amplis ciblé est basé sur l'amplification PCR à fragment unique ou en utilisant des méthodes de multiplexage telles qu'une amplification PCR microfluidique de plusieurs régions génomiques pré-sélectionnées (par exemple, Zhang et Ozdemir, 2009 ; Ho et al., 2014), qui peuvent ensuite être mélangées et séquencées. Le séquençage d'amplis massivement parallèle a d'abord été utilisé en diagnostic médical (Turner et al., 2009) et a ensuite été appliqué à la phylogénétique des métazoaires (Bybee et al., 2011 ; O'Neill et al., 2013). La PCR microfluidique et le séquençage d'amplis longs ont ensuite été appliqués en systématique végétale (Uribe-Convers et al., 2014, 2016 ; Gostel et al., 2015). Les méthodes basées sur les amplis peuvent être chronophages car elles nécessitent une optimisation et une validation minutieuses des amorces. Ces méthodes sont également sujettes à de nombreux problèmes courants en PCR (tels que les produits non spécifiques, l'incapacité d'amplifier des loci entiers de grande taille, ou simplement l'absence de produits). Récemment, les approches d'amplis ont été largement supplantées par l'enrichissement ciblé basé sur l'hybridation, qui permet une conception de sondes relativement rapide par référence à quelques transcriptomes ou génomes apparentés, et permet la récupération simultanée et efficace de plusieurs centaines de gènes. L'enrichissement ciblé par capture de séquence basée sur l'hybridation peut utiliser des sondes personnalisées ou universelles (fragments nucléotidiques courts entre 80 et 120 pb de longueur, également appelées appâts). Cette approche versatile et puissante repose sur des sondes pour capturer des ensembles complémentaires de cibles génomiques à partir d'ADN génomique entier ou d'échantillons d'ADNc en utilisant l'hybridation en phase solide ou en solution (Gnirke et al., 2009 ; Mamanova et al., 2010 ; Cronn et al., 2012). Pour tenir compte des événements fréquents (anciens) de duplication génomique totale, les systématiciens végétaux peuvent identifier des ensembles de marqueurs de faible à copie unique de manière cohérente qui équilibrent deux problèmes courants : assurer la récupération sur une large gamme de taxons, tout en contenant une informativité phylogénétique suffisante. Les régions cibles peuvent être personnalisées pour répondre à des questions de recherche spécifiques, y compris cibler des gènes communs à une voie métabolique (Gardner et al., 2016 ; Folk et al., 2021) ou des gènes d'intérêt agronomique (Witek et al., 2016 ; Soto Gomez et al., 2019). Les cibles sont souvent des gènes complets ou des séquences exoniques, mais l'ADN non codant tel que les introns ou les régions non traduites peut également être enrichi. La capture en solution des cibles de sondes dépend de la thermodynamique de l'hybridation. Ce processus est régi, en partie, par la complexité de l'ADN de l'appât et la longueur de la sonde. Les sondes plus longues tolèrent plus de mésappariements, les rendant plus adaptées à la capture à travers différentes espèces. Une densité de tuilage plus élevée (le degré auquel les sondes se chevauchent, par exemple 75 %) peut compenser les échecs de sondes spécifiques à s'hybrider ou pour des matériaux d'entrée de faible qualité, tels que ceux provenant d'échantillons d'herbiers historiques, les approches dites herbariomic (Brewer et al., 2019). Bien que les sondes chevauchantes augmentent la chance de capturer la cible d'intérêt via des sondes voisines, il y a un compromis, car une densité de tuilage plus élevée tend à réduire le nombre de loci qui peuvent être examinés par kit de capture. L'enrichissement ciblé des gènes nucléaires surmonte également plusieurs inconvénients potentiels de l'estimation de phylogénies à partir de données organellaires seules. Le comportement à locus unique des ADN organellaires signifie qu'une seule histoire est fournie : le génome plastidial entier est censé fonctionner comme un seul groupe de liaison (Birky, 2001 ; mais voir Zhang et al., 2020). Les données organellaires sont également sujettes à des taux élevés de dérive génétique dans les petites tailles de population, ce qui pourrait conduire à une estimation moins précise de la différenciation des lignées, par rapport à de grands ensembles de gènes nucléaires (revu dans Wicke et Schneeweiss, 2015). Bien que les données de capture de cibles fournissent beaucoup plus d'histoires de gènes, l'analyse de ces données nécessite des approches bioinformatiques spécifiques, y compris l'assemblage de séquences de gènes sans références génomiques et la détection d'événements de duplication génique locale qui violent les hypothèses d'orthologie. À cet égard, la communauté de la systématique végétale a été innovante pour répondre aux défis informatiques connexes, résultant dans l'adoption large du séquençage ciblé pour la systématique végétale ces dernières années. Angiosperms353 est un outil permettant l'analyse au niveau phylogénomique de tout groupe d'angiospermes à toute échelle ; les gènes ciblés et les sondes associées (Johnson et al., 2019) ont été développés à partir d'un ensemble de gènes nucléaires de faible copie utilisés pour inférer la phylogénie de toutes les plantes vertes (One Thousand Plant Transcriptomes Initiative et al., 2019) pour faciliter la collecte de données phylogénomiques d'une manière relativement rentable et reproductible. Lorsqu'on considère Angiosperms353, il est important de distinguer entre les gènes orthologues de faible copie trouvés dans toutes les angiospermes et les séquences de sondes de 120 pb utilisées pour enrichir les bibliothèques génomiques. Les gènes ont été sélectionnés en fonction du nombre de copies (idéalement, des gènes qui sont de copie unique sur plus de 1400 transcriptomes végétaux disponibles) et contiennent un signal phylogénétique utile à des échelles de temps profondes et récentes. Les séquences de sondes ont été conçues à partir d'environ 600 transcriptomes et génomes d'angiospermes, et ont été sélectionnées pour maximiser la similarité de séquence avec d'autres angiospermes, tout en minimisant le nombre de séquences utilisées pour la conception de sondes. Distinguer les gènes des sondes est important lorsqu'on considère les avantages, limitations et futures directions pour Angiospérmes353 en systématique phylogénétique, comme discuté ci-dessous. Bien que les rapports initiaux sur l'utilité des gènes et sondes Angiosperms353 aient été prometteurs (Dodsworth et al., 2019), quelques questions clés restent en suspens : (1) Les sondes Angiosperms353 peuvent-elles vraiment être utilisées pour récupérer de manière fiable des gènes orthologues dans tous les groupes de plantes à fleurs ? ; (2) Un design de sonde à l'échelle des angiospermes est-il le plus efficace pour tous les projets de séquençage ciblé ? ; (3) Quels nouveaux outils de bioinformatique sont nécessaires pour appliquer les gènes Angiosperms353 à des questions de recherche jusque-là infranchissables ? ; et (4) Les gènes Angiosperms353 sont-ils suffisamment variables au sein des espèces pour étendre l'utilité des sondes aux études de génétique des populations ? Dans ce numéro spécial et son numéro complémentaire dans le American Journal of Botany (Baker et al., 2021b), les articles réunis abordent ces questions et démontrent de nombreuses façons dont la recherche employant Angiosperms353 bénéficiera aux futures études phylogénomiques des angiospermes. Ce numéro de Applications in Plant Sciences se concentre sur une variété de questions méthodologiques, y compris les comparaisons entre l'ensemble de sondes Angiosperms353 et les ensembles de sondes spécifiques aux taxons, le développement de nouveaux outils pour des lignées spécifiques, une nouvelle technique de laboratoire pour enrichir les bibliothèques en utilisant simultanément Angiosperms353 et des ensembles de sondes spécifiques aux taxons, et des approches bioinformatiques pour faciliter l'assemblage et l'analyse minutieux des données obtenues à l'aide du kit Angiosperms353. Les marqueurs nucléaires à faible à unique copie ont été un outil important dans les études évolutives des angiospermes (par exemple, Small et al., 2004 ; Wu et al., 2006 ; Duarte et al., 2010). L'identification d'un ensemble de centaines de marqueurs nucléaires partagés entre les angiospermes a facilité la conception de sondes pour l'enrichissement ciblé et le séquençage à haut débit ultérieur (Johnson et al., 2019). Dans ce numéro, trois articles abordent l'application et l'expansion des loci Angiosperms353. Ces articles s'appuient sur des ressources existantes pour concevoir de nouvelles sondes spécifiques aux lignées contenant les loci Angiosperms353 (Eserman et al., 2021 ; Ufimov et al., 2021), générer des comparaisons minutieuses des performances d'un ensemble de sondes spécifique à une lignée existant avec l'ensemble de sondes Angiosperms353 (Siniscalchi et al., 2021), et investiguer l'efficacité de l'enrichissement simultané de bibliothèques en utilisant des sondes universelles et spécifiques aux lignées dans une seule réaction d'hybridation (Hendriks et al., 2021). Eserman et al. (2021) décrivent le développement d'Orchidaceae963, un nouvel ensemble d'appâts incorporant 254 des loci Angiosperms353, qu'ils ont testés sur des membres de trois sous-familles d'Orchidaceae. Cette ressource facilitera les travaux systématiques dans la famille et devrait également être utile dans les études génomiques de population et de conservation. L'incorporation des loci Angiosperms353 ainsi que des gènes marqueurs personnalisés devient plus courante (Yardeni et al., 2019 ; Jantzen et al., 2020 ; Christe et al., 2021 ; Ogutcen et al., 2021) et permettra la collaboration entre équipes de recherche et le partage de données entre études. Les analyses comparatives des ensembles personnalisés et de l'ensemble Angiosperms353 suivront naturellement (par exemple, voir Larridon et al., 2020 ; Shah et al., 2021). Par exemple, Ufimov et al. (2021) ont trouvé une quantité similaire de sites informatifs par parcimonie en utilisant l'ensemble de sondes Angiosperms353 et un ensemble de sondes personnalisé dans leur étude de la sous-tribu Malinae des Rosaceae. Ils ont également montré que les sondes personnalisées permettaient des taux de récupération de locus améliorés à travers les échantillons et des niveaux plus faibles de discordance des arbres de gènes (mais voir Yardeni et al., 2019). Siniscalchi et al. (2021) ont comparé leurs sondes spécifiques aux lignées Compositae1061 avec les sondes Angiosperms353 chez huit membres de la famille des astéracées. Bien qu'ils aient pu récupérer plus de loci en moyenne avec les sondes spécifiques aux lignées, ils ont trouvé des niveaux plus faibles de paralogie dans les arbres de gènes basés sur les loci Angiosperms353, ce qui pourrait simplifier les analyses en aval de ces derniers par rapport aux premiers. Hendriks et al. (2021) ont effectué un test de cas pour combiner à la fois des sondes spécifiques aux lignées (c'est-à-dire Brassicaceae) et des sondes universelles dans une seule réaction d'hybridation pour enrichir simultanément les bibliothèques pour les deux ensembles de loci. Ils ont trouvé des niveaux d'enrichissement élevés et une récupération de locus pour les deux ensembles de cibles à travers 26 échantillons de Brassicaceae incluant 16 échantillons d'une seule tribu et 10 échantillons reflétant un échantillonnage plus large à travers la famille. Leur étude montre qu'il est possible de générer des données pour plusieurs ensembles de sondes avec peu de coûts ou de travail supplémentaires par échantillon. Pris ensemble, ces articles soulignent que les chercheurs ont plusieurs options lorsqu'ils choisissent des loci pour la capture de cible chez les plantes à fleurs. Les gènes Angiosperms353 fournissent un ensemble prêt à l'emploi de loci à faible copie et récupérés de manière fiable en utilisant les sondes universelles Angiosperms353, ou en utilisant des sondes personnalisées conçues avec des orthologues des gènes Angiosperms353 des taxons cibles. La faisabilité de combiner des ensembles de sondes pendant l'hybridation suggère une flexibilité supplémentaire. Il y a un compromis, car les designs de sondes personnalisés auront des coûts par échantillon plus élevés et nécessiteront des données de séquence existantes dans le groupe focal. Cependant, beaucoup moins de sondes seront nécessaires pour les gènes Angiosperms353 dans un design personnalisé, permettant des loci supplémentaires pour un nombre donné de sondes. Quelle que soit le choix fait, en incluant Angiosperms353 dans un projet de capture de cible, les chercheurs bénéficieront à l'ensemble de la communauté de la phylogénétique en permettant une méta-analyse qui parallèle l'adoption large des marqueurs à gène unique dans les décennies passées. Le développement d'Angiosperms353 en un outil commun pour la phylogénétique moléculaire et la génétique des populations a été parallélisé par le besoin de nouveaux flux de travail analytiques. L'un des domaines les plus actifs de développement d'outils est l'utilisation d'extensions aux outils existants pour faciliter l'analyse des données Angiosperms353. Dans ce numéro, trois outils sont spécifiquement liés à HybPiper (Johnson et al., 2016), un outil populaire pour l'assemblage et la récupération de gènes et de régions flanquantes à partir de lectures de séquençage par capture de cible. Un problème commun identifié avec AngiospeLes données rms353 assemblées à l'aide de HybPiper présentent un taux de récupération de séquence relativement faible (par exemple, Gaynor et al., 2020), mais il est souvent difficile de déterminer si le problème réside dans les outils moléculaires (c'est-à-dire une mauvaise hybridation entre les sondes et l'ADN cible) ou les outils bioinformatiques (c'est-à-dire une mauvaise récupération dans HybPiper ou d'autres outils). Pour tester cela, McLay et al. (2021) ont développé de nouveaux fichiers cibles afin d'améliorer la fréquence de mappage des lectures vers les gènes cibles Angiosperms353, un résultat confirmé indépendamment par Slimp et al. (2021) et Lee et al. (2021). McLay et al. (2021) fournissent également un flux de travail utilisant un modèle de Markov caché pour sélectionner des séquences cibles spécifiques aux clades à partir d'une base de données de séquences potentielles Angiosperms353. Leurs résultats indiquent que la divergence de séquence entre les séquences de sondes Angiosperms353 et l'ADN cible des angiospermes lors de l'hybridation des acides nucléiques et de la séquençage subséquent est plus tolérante que l'effet de la même divergence sur la récupération des gènes lors de l'analyse bioinformatique. Pour les chercheurs confrontés à une faible efficacité d'enrichissement des cibles en utilisant Angiosperms353, McLay et al. proposent une solution bioinformatique potentielle qui pourrait réduire la nécessité de ré-enrichir les bibliothèques. Leur approche consiste à améliorer le fichier cible utilisé pour récupérer les gènes dans HybPiper en sélectionnant des orthologues plus appropriés des gènes Angiosperms353. Nauheimer et al. (2021) décrivent HybPhaser, une méthode pour détecter les taxons hybrides à l'aide des assemblages HybPiper. En utilisant un ensemble de données Angiosperms353 collecté pour Nepenthes, ils emploient une stratégie innovante en deux étapes dans laquelle une phylogénie initiale est d'abord utilisée pour identifier des représentants de différents clades présentant une hétérozygotie faible (et sont donc supposés ne pas être des hybrides). Dans la deuxième étape, les lectures provenant d'hybrides supposés sont mappées vers ces représentants de clades choisis. Les informations de mappage différentiel sont ensuite utilisées pour phaser les séquences hybrides, qui peuvent ensuite être placées sur un arbre à étiquettes multiples pour identifier les origines hybrides. La méthode HybPhaser offre également des perspectives pour résoudre un problème courant en phylogénétique par capture de cible : l'identification de gènes paralogues. Cela s'appuie sur des travaux antérieurs utilisant des références de clades pour identifier les paralogues (Gardner et al., 2021), mais le développement d'un flux de travail plus généralisable dans HybPhaser sera utile à de nombreux chercheurs incertains quant à savoir si les gènes capturés par cible sont à copie unique dans leurs données. Slimp et al. (2021) décrivent également de nouvelles méthodes pour l'analyse en aval des sorties HybPiper, à utiliser dans des études de génomique des populations et le calcul de paramètres démographiques intra-spécifiques. Leur méthode adapte des flux de travail précédemment décrits (Kates et al., 2018) pour utiliser les « supercontigs » HybPiper (régions codantes ciblées et régions non codantes flanquantes) comme séquences de référence au sein des espèces. Les variants intra-spécifiques peuvent ensuite être évalués conjointement et utilisés avec des programmes standards de génomique des populations (voir également Beck et al., 2021 et Wenzell et al., 2021). Slimp et al. démontrent également que les loci Angiosperms353 sont variables au sein des populations de plusieurs espèces, ce qui suggère que l'estimation à l'échelle du génome des paramètres de population est désormais réalisable sans la nécessité de développer des méthodes spécifiques aux taxons. Depuis sa publication initiale, il y a eu une adoption rapide et substantielle d'Angiosperms353 pour répondre à des questions de systématique. Les articles de ce numéro et son numéro complémentaire dans le American Journal of Botany illustrent davantage que l'utilité des données générées par enrichissement de cible s'étend au-delà de la phylogénomique, avec des applications prometteuses en génomique des populations et de la conservation. Bien sûr, avec l'adaptabilité des données vient la nécessité de méthodes flexibles et innovantes pour traiter et analyser ces données. Alors que de nouvelles méthodes et applications novatrices émergent déjà, nous reconnaissons qu'il reste certains défis et améliorations à venir. La nécessité d'évaluer l'efficacité de la récupération des loci ciblés, à la fois in vitro et in silico, est reflétée dans plusieurs articles de ce numéro, mettant en évidence la distinction entre les gènes Angiosperms353 ciblés et les sondes utilisées pour les récupérer. Les articles présentés ici et dans le numéro complémentaire apportent davantage de preuves que les gènes Angiosperms353 peuvent être récupérés de manière fiable à travers la diversité des espèces de plantes à fleurs, avec un signal phylogénétique fort à des échelles allant du temps profond au niveau de la population. Plusieurs articles de ce numéro décrivent des innovations dans la manière dont ces gènes cibles sont récupérés. Les ensembles de sondes personnalisés peuvent encore fournir une résolution phylogénétique supplémentaire au sein des taxons d'intérêt en capturant plus de gènes avec le même nombre de sondes, mais l'inclusion des loci Angiosperms353 en plus des ensembles de sondes personnalisés permettra aux méta-analyses de comparer des espèces à travers les plantes à fleurs. In silico, l'utilisation de fichiers cibles améliorés offre des améliorations potentielles pour l'assemblage de bibliothèques de séquences enrichies et illustre que les données génomiques nouvellement disponibles peuvent être utilisées pour compléter le fichier cible et l'ensemble de sondes Angiosperms353 originaux. À cet égard, la disponibilité d'un nombre croissant de génomes et transcriptomes complets de plantes à fleurs (par exemple, One Thousand Plant Transcriptomes Initiative et al., 2019), et l'augmentation massive des données de séquence disponibles facilitée par Angiosperms353, devraient permettre une future raffinement des sondes et du choix des séquences cibles pour mieux représenter la diversité des angiospermes et maximiser la longueur des séquences récupérées à travers un ensemble plus large de taxons, y compris ceux ayant des modes de vie extrêmement altérés qui affectent le taux d'évolution des séquences, tels que chez les taxons hétérotrophes (par exemple, Lam et al., 2018). Bien sûr, l'utilité des données Angiosperms353, ou de tout autre ensemble de données d'enrichissement de cible, repose sur l'accessibilité de ces ressources génomiques. Actuellement, il n'existe pas de dépôt de données centralisé spécifiquement conçu pour accéder aux données d'enrichissement de cible d'une manière qui ne soit pas spécifique au taxon. Le Kew Tree of Life Explorer (https://treeoflife.kew.org/) a été récemment lancé (Baker et al., 2021a) pour rendre librely disponibles pré- et post-publication des données Angiosperms353 pour des milliers de taxons. Le développement continu d'outils accessibles pour stocker et distribuer ces données accélérera les progrès réalisés à ce jour. Par exemple, la capacité de télécharger un ensemble spécifique de gènes pour un ensemble spécifique de taxons depuis un dépôt central, plutôt que de devoir télécharger puis filtrer plusieurs ensembles de données depuis des dépôts spécifiques à chaque publication, améliorerait considérablement la capacité d'intégrer les données existantes pour répondre à de nouvelles questions de recherche. De même, un dépôt centralisé pour télécharger des données d'enrichissement de cible assemblées et annotées générées pour tout taxon à travers l'ensemble de l'arbre de la vie facilite la standardisation et l'accessibilité. Un ensemble d'outils simplifié pour identifier les homologues Angiosperms353 afin de construire des ensembles de sondes personnalisées augmenterait également l'efficacité de la collecte de données, tout comme MarkerMiner (Chamala et al., 2015) fournit un moyen d'identifier des orthologues à partir d'un ensemble de données de départ. L'adoption d'Angiosperms353 et de l'enrichissement de cible plus généralement en systématique des angiospermes devrait cultiver une croissance supplémentaire en données et en méthodes, comme nous l'avons vu dans ce numéro spécial. À mesure que plus de personnes utiliseront ces données et ces méthodes, les opportunités de développements positifs ne feront qu'augmenter, et les améliorations aux ensembles de sondes existants, le développement de nouveaux ensembles de sondes, les opportunités de créer des solutions à des défis tels que la résolution des paralogues, et l'établissement de bases de données compagnes seront tous susceptibles d'être abordés frontalement et embrassés par la communauté de la systématique des angiospermes. Nous remercions tous les auteurs et les relecteurs pour leurs contributions précieuses à ce numéro spécial de Applications in Plant Sciences. Nous reconnaissons également le travail infatigable de l'équipe de publication de l'APPS, en particulier la rédactrice en chef adjointe Beth Parada et la rédactrice en chef Theresa Culley.

@article{doi101002aps311443,
    author = "McDonnell, Angela and Baker, William J. and Dodsworth, Steven and Forest, Félix and Graham, Sean W. and Johnson, Matthew G. and Pokorny, Lisa and Tate, Jennifer A. and Wicke, Susann and Wickett, Norman J.",
    title = "Exploring Angiosperms353: Developing and applying a universal toolkit for flowering plant phylogenomics",
    year = "2021",
    journal = "Applications in Plant Sciences",
    abstract = "Target enrichment represents a useful, cost-effective method for researchers working on the phylogenomics of non-model organisms (e.g., Cronn et al., 2012; Hale et al., 2020). The ability to sequence a customizable predefined genomic subset for several dozens or even hundreds of taxa allows in-depth analyses and the testing of phylogenetic hypotheses in ways that were not previously possible (reviewed in McKain et al., 2018). The most popular methods for targeted sequencing of genomic loci in phylogenomics include (long-)amplicon sequencing (Rothfels et al., 2017) and hybridization capture (Mandel et al., 2014; Weitemier et al., 2014). Targeted amplicon sequencing is based on single-fragment PCR amplification or by using multiplexing methods such as a microfluidic PCR-based amplification of multiple pre-selected genomic regions (e.g., Zhang and Ozdemir, 2009; Ho et al., 2014), which can then be pooled and sequenced. Massively parallel amplicon sequencing was first used in medical diagnostics (Turner et al., 2009) and was later applied to metazoan phylogenetics (Bybee et al., 2011; O’Neill et al., 2013). Microfluidic PCR and long-amplicon sequencing were subsequently applied in plant systematics (Uribe-Convers et al., 2014, 2016; Gostel et al., 2015). Amplicon-based methods can be time consuming as they require careful optimization and validation of primers. These methods are also susceptible to many of the common problems in PCR (such as nonspecific products, inability to amplify large loci in their entirety, or simply no products). Recently, amplicon approaches have been largely supplanted by hybridization-based targeted enrichment, which allows for relatively rapid probe design with reference to a few related transcriptomes or genomes, and allows simultaneous and efficient recovery of many hundreds of genes. Target enrichment via hybridization-based sequence capture can use customized or universal probes (short nucleotide fragments between 80 and 120 bp in length, also called baits). This versatile and powerful approach relies on probes to capture complementary sets of genomic targets from whole genome DNA or cDNA samples using solid-phase or in-solution hybridization (Gnirke et al., 2009; Mamanova et al., 2010; Cronn et al., 2012). To account for frequent (ancient) whole genome duplication events, plant systematists can identify sets of consistently low-to-single-copy markers that balance two common issues: ensuring recovery across a broad range of taxa, while containing sufficient phylogenetic informativeness. Target regions can be customized to address specific research questions, including targeting genes common to a metabolic pathway (Gardner et al., 2016; Folk et al., 2021) or genes of agronomic interest (Witek et al., 2016; Soto Gomez et al., 2019). The targets are often complete genes or exonic sequences, but non-coding DNA such as introns or untranslated regions can also be enriched. In-solution capture of the probe targets depends on the thermodynamics of hybridization. This process is governed, in part, by the DNA complexity of the bait and the probe length. Longer probes tolerate more mismatches, making them more suitable for capture across different species. Higher tiling density (the degree to which probes overlap, e.g., 75\%) can compensate for failures of specific probes to hybridize or for low-quality input material, such as those stemming from historical herbarium specimens, so-called herbariomic approaches (Brewer et al., 2019). While overlapping probes increase the chance of capturing the target of interest via neighboring probes, there is a trade-off, as a higher tiling density tends to reduce the number of loci that can be examined per capture kit. Targeted enrichment of nuclear genes also overcomes several potential drawbacks of estimating phylogenies from organelle data alone. The single-locus behavior of organellar DNAs means that only a single history is provided: the entire plastid genome is expected to function as a single linkage group (Birky, 2001; but see Zhang et al., 2020). Organellar data are also prone to high rates of genetic drift in small population sizes, which could lead to a less accurate estimate of lineage differentiation, compared with large sets of nuclear genes (reviewed in Wicke and Schneeweiss, 2015). Although target capture data provide many more gene histories, analysis of these data requires specific bioinformatic approaches, including assembly of gene sequences without genomic references and detection of local gene duplication events that violate assumptions of orthology. In this regard, the plant systematics community has been innovative in addressing the related computational challenges, resulting in the wide adoption of targeted sequencing for plant systematics in recent years. Angiosperms353 is a tool for enabling phylogenomic-level analysis of any angiosperm group at any scale; the targeted genes and associated probes (Johnson et al., 2019) were developed from a set of low-copy nuclear genes used to infer the phylogeny of all green plants (One Thousand Plant Transcriptomes Initiative et al., 2019) to facilitate the collection of phylogenomic data in a relatively cost-effective and repeatable way. When considering Angiosperms353, it is important to distinguish between the low-copy orthologous genes found in all angiosperms and the 120-bp probe sequences used to enrich genomic libraries. The genes were selected based on copy number (ideally, genes that are single copy across more than 1400 available plant transcriptomes) and contain useful phylogenetic signal at deep and recent time scales. The probe sequences were designed from \textasciitilde 600 angiosperm transcriptomes and genomes, and were selected to maximize sequence similarity to other angiosperms, while minimizing the number of sequences used for probe design. Distinguishing the genes from the probes is important when considering the advantages, limitations, and future directions for Angiosperms353 in phylogenetic systematics, as discussed below. Although initial reports of the utility of Angiosperms353 genes and probes have been promising (Dodsworth et al., 2019), a few key questions remain: (1) Can Angiosperms353 probes truly be used to reliably recover orthologous genes across all groups of flowering plants?; (2) Is an angiosperm-wide probe design the most efficient for all targeted sequencing projects?; (3) What new bioinformatics tools are needed to apply Angiosperms353 genes to previously intractable research questions?; and (4) Are Angiosperms353 genes variable enough within species to extend the utility of the probes to population genetic studies? In this special issue and its companion issue in the American Journal of Botany (Baker et al., 2021b), the papers collected address these questions and demonstrate a number of ways in which research employing Angiosperms353 will benefit future angiosperm phylogenomic studies. This issue of Applications in Plant Sciences is focused on a variety of methodological issues, including comparisons between the Angiosperms353 probe set and taxon-specific probe sets, the development of new tools for specific lineages, a new lab technique to enrich libraries using Angiosperms353 and taxon-specific probe sets simultaneously, and bioinformatic approaches to facilitate careful assembly and analysis of data obtained using the Angiosperms353 kit. Low-to-single-copy nuclear markers have been an important tool in evolutionary studies of angiosperms (e.g., Small et al., 2004; Wu et al., 2006; Duarte et al., 2010). The identification of a set of hundreds of nuclear markers shared across angiosperms has facilitated the design of probes for targeted enrichment and subsequent high-throughput sequencing (Johnson et al., 2019). In this issue, three papers address the application and expansion of the Angiosperms353 loci. These papers build on existing resources to design new lineage-specific probes that contain the Angiosperms353 loci (Eserman et al., 2021; Ufimov et al., 2021), generate careful comparisons of the performance of an existing lineage-specific probe set with the Angiosperms353 probe set (Siniscalchi et al., 2021), and investigate the efficacy of simultaneous enrichment of libraries using universal and lineage-specific probes in a single hybridization reaction (Hendriks et al., 2021). Eserman et al. (2021) describe the development of Orchidaceae963, a new bait set that incorporates 254 of the Angiosperms353 loci, which they tested on members of three subfamilies of Orchidaceae. This resource will facilitate systematic work in the family and is also expected to be useful in population and conservation genomic studies. The incorporation of the Angiosperms353 loci along with custom marker genes is becoming more common (Yardeni et al., 2019; Jantzen et al., 2020; Christe et al., 2021; Ogutcen et al., 2021), and will allow collaboration between research teams and foster data sharing across studies. Comparative analyses of the custom sets and the Angiosperms353 set will naturally follow (e.g., see Larridon et al., 2020; Shah et al., 2021). For example, Ufimov et al. (2021) found a similar amount of parsimony informative sites using the Angiosperms353 probe set and a custom probe set in their study of Rosaceae subtribe Malinae. They also showed that the custom probes allowed for improved locus recovery rates across samples and lower levels of gene tree discordance (but see Yardeni et al., 2019). Siniscalchi et al. (2021) compared their lineage-specific Compositae1061 probes with the Angiosperms353 probes in eight members of the sunflower family. Although they were able to recover more loci on average with the lineage-specific probes, they found lower levels of paralogy in the gene trees based on the Angiosperms353 loci, which may simplify downstream analyses of the latter versus the former. Hendriks et al. (2021) performed a test case for combining both lineage-specific (i.e., Brassicaceae) and universal probes in a single hybridization reaction to simultaneously enrich libraries for both sets of loci. They found high levels of enrichment and locus recovery for both sets of targets across 26 Brassicaceae samples that included 16 samples from a single tribe and 10 samples reflecting broader sampling across the family. Their study shows that it is possible to generate data for multiple probe sets with little extra cost or work per sample. Taken together, these papers highlight that researchers have several options when choosing loci for target capture in flowering plants. The Angiosperms353 genes provide a ready set of loci that are low copy and reliably recovered using the universal Angiosperms353 probes, or by using custom probes designed with orthologs of the Angiosperms353 genes from the target taxa. The feasibility of combining probe sets during hybridization suggests additional flexibility. There is a trade-off, as custom probe designs will have higher per-sample costs and require existing sequence data in the focal group. However, far fewer probes will be needed for the Angiosperms353 genes in a custom design, allowing for additional loci for a given number of probes. Whichever choice is made, by including Angiosperms353 in a target capture project, researchers will benefit the entire phylogenetics community by enabling meta-analysis that parallels the broad adoption of single-gene markers in past decades. The development of Angiosperms353 into a common tool for molecular phylogenetics and population genetics has been paralleled by the need for new analytical workflows. One of the most active areas of tool development is in using extensions to existing tools to facilitate analysis of Angiosperms353 data. In this issue, three tools specifically tie in with HybPiper (Johnson et al., 2016), a popular tool for assembly and recovery of genes and flanking regions from target-capture sequencing reads. A common issue identified with Angiosperms353 data assembled using HybPiper is relatively low sequence recovery (e.g., Gaynor et al., 2020), but it is often unclear whether the issue lies with the molecular tools (i.e., poor hybridization between probes and target DNA) or bioinformatic tools (i.e., poor recovery in HybPiper or other tools). To test this, McLay et al. (2021) developed new target files to improve the mapping frequency of reads to Angiosperms353 target genes, a result independently confirmed by Slimp et al. (2021) and Lee et al. (2021). McLay et al. (2021) also provide a workflow that uses a hidden Markov model to choose clade-specific target sequences from a database of potential Angiosperms353 sequences. Their results indicate that the sequence divergence between the Angiosperms353 probe sequences and the target DNA of angiosperms during nucleic acid hybridization and subsequent sequencing is more forgiving than the effect of the same divergence on gene recovery during bioinformatic analysis. For researchers struggling with poor target enrichment efficiency using Angiosperms353, McLay et al. provide a potential bioinformatic solution that may reduce the need to re-enrich libraries. Their approach is to improve the target file used to recover genes in HybPiper by selecting more appropriate orthologs of the Angiosperms353 genes. Nauheimer et al. (2021) describe HybPhaser, a method for detecting hybrid taxa using HybPiper assemblies. Using an Angiosperms353 data set collected for Nepenthes, they employ an innovative two-step strategy in which an initial phylogeny is first used to identify representatives of different clades that have low heterozygosity (and are thus presumably not hybrids). In the second step, reads from putative hybrids are mapped to these chosen clade representatives. Differential mapping information is then used to phase hybrid sequences, which can then be placed on a multiply-labeled tree to identify hybrid origins. The HybPhaser method also has promise for addressing a common issue in target-capture phylogenetics: the identification of paralogous genes. This builds upon previous work using clade references to identify paralogs (Gardner et al., 2021), but the development of a more generalizable workflow in HybPhaser will be of use to many researchers unsure about whether target-captured genes are single copy in their data. Slimp et al. (2021) also describe new methods for downstream analysis of HybPiper output, for use in population genomic studies and the calculation of within-species demographic parameters. Their method adapts previously described workflows (Kates et al., 2018) to use HybPiper “supercontigs” (targeted coding regions and flanking non-coding regions) as reference sequences within species. Within-species variants can then be assessed jointly and used with standard population genomics programs (also see Beck et al., 2021 and Wenzell et al., 2021). Slimp et al. further demonstrate that the Angiosperms353 loci are variable within populations of several species, which suggests that genome-scale estimation of population parameters is now feasible without the need to develop taxon-specific methods. Since its initial publication, there has been a rapid and substantial uptake of Angiosperms353 to address systematics questions. The papers in this issue and its companion American Journal of Botany issue further illustrate that the utility of data generated through target enrichment extends beyond phylogenomics, with promising applications into population and conservation genomics. Of course, with the adaptability of data comes a requirement for flexible and innovative methods to process and analyze these data. While new methods and novel applications are already emerging, we recognize that there are some challenges and improvements that lie ahead. The need to evaluate the efficiency of recovering the targeted loci, both in vitro and in silico, is reflected in several papers in this issue, highlighting the distinction between targeted Angiosperms353 genes and the probes used to recover them. The papers presented here and in the companion issue build further evidence that the Angiosperms353 genes can be reliably recovered across the diversity of flowering plant species, with strong phylogenetic signal at scales ranging from deep time to the population level. Several papers in this issue describe innovations in how these target genes are recovered. Custom probe sets can still provide additional phylogenetic resolution within focal taxa by capturing more genes with the same number of probes, but the inclusion of Angiosperms353 loci along with custom probe sets will enable meta-analyses to compare species across flowering plants. In silico, the use of enhanced target files offers potential improvements for the assembly of enriched sequence libraries and illustrates that newly available genomic data can be used to complement the original Angiosperms353 target file and probe set. In this regard, the availability of an ever-increasing number of complete flowering plant genome and transcriptome sequences (e.g., One Thousand Plant Transcriptomes Initiative et al., 2019), and the massive increase in available sequence data facilitated by Angiosperms353, should allow for future refinement of the probes and choice of target sequences to better represent the diversity of angiosperms and maximize the length of sequences recovered across a broader set of taxa, including those with extremely altered lifestyles that affect the rate of sequence evolution, such as in heterotrophic taxa (e.g., Lam et al., 2018). Of course, the utility of Angiosperms353 data, or any other set of target enrichment data, relies on the accessibility of these genomic resources. Currently, there is no central data repository specifically tailored to access target enrichment data in a way that is not taxon specific. The Kew Tree of Life Explorer (https://treeoflife.kew.org/) was recently launched (Baker et al., 2021a) to make freely available pre- and post-publication Angiosperms353 data for thousands of taxa. The continued development of accessible tools to store and distribute these data will accelerate the progress that has been made thus far. For example, the ability to download a specific set of genes for a specific set of taxa from a central repository, rather than having to download and then filter multiple data sets from publication-specific repositories, would significantly improve the ability to incorporate existing data for addressing new research questions. Similarly, a centralized repository for uploading assembled and annotated target enrichment data generated for any taxon across the entire tree of life facilitates standardization and accessibility. A streamlined set of tools for identifying Angiosperms353 homologs for building custom probe sets would also increase the efficiency of data collection, much like how MarkerMiner (Chamala et al., 2015) provides a way to identify orthologs from a starting data set. The adoption of Angiosperms353 and target enrichment more generally in angiosperm systematics should cultivate further growth in data and in methods, as we have seen in this special issue. As more people use these data and methods, the opportunities for positive developments will only increase further, and improvements to existing probe sets, the development of new probe sets, opportunities to create solutions to challenges such as the resolution of paralogs, and the establishment of companion databases are all likely to be addressed head-on and embraced by the angiosperm systematics community. We thank all authors and reviewers for their valuable contributions to this special issue of Applications in Plant Sciences. We also acknowledge the tireless work of the APPS publications team, especially Managing Editor Beth Parada and Editor-in-Chief Theresa Culley.",
    url = "https://doi.org/10.1002/aps3.11443",
    doi = "10.1002/aps3.11443",
    openalex = "W3185917419",
    references = "doi101002ajb21703, doi101002aps311443, doi101038nbt1523, doi101038nbt3540, doi101038nmeth1419, doi101038s4158601916932, doi101071sb03015, doi101093sysbiosyy086, doi101146annurevgenet35102401090231, doi101186147121481061, doi103732apps1400042, doi103732apps1600016"
}

@article{doi101016jmolp202106028,
    author = "Hansen, Cecilie Cetti et Nelson, David R. et Møller, Birger Lindberg et Werck‐Reichhart, Danièle",
    title = "Plasticité et évolution des cytochromes P450 végétaux",
    year = "2021",
    journal = "Molecular Plant",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.molp.2021.06.028",
    doi = "10.1016/j.molp.2021.06.028",
    openalex = "W3174736387",
    references = "doi101038s4158601916932, doi101146annurevarplant050213040027"
}

L'interaction des plantes avec des communautés microbiennes complexes est le résultat d'une co-évolution sur des millions d'années et a contribué à la transition et à l'adaptation des plantes à la terre. La capacité des plantes à être une partie essentielle d'écosystèmes complexes et hautement dynamiques dépend de leur interaction avec des communautés microbiennes diversifiées. La microflore des plantes peut soutenir, et même permettre, les fonctions diverses des plantes et est cruciale pour maintenir la fitness des plantes dans des environnements souvent rapidement changeants. La composition et la diversité de la microflore diffèrent entre les compartiments végétaux et du sol. Cela indique que les communautés microbiennes dans ces compartiments ne sont pas statiques mais sont ajustées par l'environnement ainsi que par la communication inter-microbienne et plante-microbe. Les hormones jouent un rôle crucial dans la contribution à l'assemblage des microbiomes des plantes, et les plantes et les microbes utilisent souvent les mêmes hormones avec des intentions complètement différentes. Ici, la fonction des hormones en tant qu'intermédiaires entre les plantes et les microbes pour influencer la forme des communautés microbiennes des plantes est discutée. La polyvalence des hormones d'origine végétale et microbienne contribue essentiellement à la création d'habitats qui sont l'origine de la diversité et, par conséquent, de la multifonctionnalité des plantes, de leur microflore et finalement des écosystèmes.

@article{doi101111tpj15135,
    author = "Eichmann, Ruth et Richards, Luke et Schäfer, Patrick",
    title = "Hormones as go-betweens in plant microbiome assembly.",
    year = "2021",
    journal = "The Plant journal: for cell and molecular biology",
    abstract = "L'interaction des plantes avec des communautés microbiennes complexes est le résultat d'une co-évolution sur des millions d'années et a contribué à la transition et à l'adaptation des plantes à la terre. La capacité des plantes à être une partie essentielle d'écosystèmes complexes et hautement dynamiques dépend de leur interaction avec des communautés microbiennes diversifiées. La microflore des plantes peut soutenir, et même permettre, les fonctions diverses des plantes et est cruciale pour maintenir la fitness des plantes dans des environnements souvent rapidement changeants. La composition et la diversité de la microflore diffèrent entre les compartiments végétaux et du sol. Cela indique que les communautés microbiennes dans ces compartiments ne sont pas statiques mais sont ajustées par l'environnement ainsi que par la communication inter-microbienne et plante-microbe. Les hormones jouent un rôle crucial dans la contribution à l'assemblage des microbiomes des plantes, et les plantes et les microbes utilisent souvent les mêmes hormones avec des intentions complètement différentes. Ici, la fonction des hormones en tant qu'intermédiaires entre les plantes et les microbes pour influencer la forme des communautés microbiennes des plantes est discutée. La polyvalence des hormones d'origine végétale et microbienne contribue essentiellement à la création d'habitats qui sont l'origine de la diversité et, par conséquent, de la multifonctionnalité des plantes, de leur microflore et finalement des écosystèmes.",
    url = "https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC8629125/",
    doi = "10.1111/tpj.15135",
    openalex = "W3110836224",
    pmcid = "PMC8629125",
    pmid = "33332645",
    references = "doi101016jtplants201204001, doi101038nature05286, doi101038nprot2007199, doi101038nrmicro3109, doi101146annurevarplant042809112122, doi101146annurevarplant050312120106, doi101146annurevcellbio092910154055, doi101146annurevphyto082712102340, doi101146annurevphyto43040204135923, doi1060642012963401"
}

Les progrès accélérés par les technologies de séquençage de nouvelle génération et de séquençage à lecture longue continuent de fournir un élan pour l'étude phylogénétique des plantes. Au cours de la dernière décennie, un grand nombre d'études phylogénétiques adoptant des centaines à des milliers de gènes à travers une grande variété de clades ont émergé et ont inauguré une nouvelle ère pour la phylogénétique et l'évolution des plantes. En même temps, une feuille de route pour les chercheurs lorsqu'ils prennent des décisions concernant différentes approches pour leur conception de recherche phylogénomique est imminente. Cette revue se concentre sur l'utilité des données génomiques (des génomes organellaires, au séquençage à représentation réduite et au séquençage de génome entier) dans les investigations phylogénétiques et évolutives, décrit la méthodologie de base des procédures expérimentales et analytiques, et résume les progrès récents en phylogénomique des plantes à fleurs aux niveaux ordinaux, familiaux, tribaux et inférieurs. Nous discutons également des défis, tels que l'impact négatif sur l'inférence d'orthologie et la reconstruction phylogénétique soulevés par les erreurs systématiques, et des facteurs biologiques sous-jacents, tels que la duplication du génome entier, l'hybridation/introgression et le tri de lignée incomplet, suggérant ensemble qu'un arbre bifurquant peut ne pas être le meilleur modèle pour l'arbre de la vie. Enfin, nous discutons des voies prometteuses pour les futures études phylogénomiques des plantes.

@article{doi101111jipb13415,
    author = "Guo, Cen et Luo, Yang et Gao, Lian‐Ming et Yi, Ting‐Shuang et Li, Hongtao et Yang, Junbo et D, Li",
    title = "Phylogenomics and the flowering plant tree of life",
    year = "2022",
    journal = "Journal of Integrative Plant Biology",
    abstract = "Les progrès accélérés par les technologies de séquençage de nouvelle génération et de séquençage à lecture longue continuent de fournir un élan pour l'étude phylogénétique des plantes. Au cours de la dernière décennie, un grand nombre d'études phylogénétiques adoptant des centaines à des milliers de gènes à travers une grande variété de clades ont émergé et ont inauguré une nouvelle ère pour la phylogénétique et l'évolution des plantes. En même temps, une feuille de route pour les chercheurs lorsqu'ils prennent des décisions concernant différentes approches pour leur conception de recherche phylogénomique est imminente. Cette revue se concentre sur l'utilité des données génomiques (des génomes organellaires, au séquençage à représentation réduite et au séquençage de génome entier) dans les investigations phylogénétiques et évolutives, décrit la méthodologie de base des procédures expérimentales et analytiques, et résume les progrès récents en phylogénomique des plantes à fleurs aux niveaux ordinaux, familiaux, tribaux et inférieurs. Nous discutons également des défis, tels que l'impact négatif sur l'inférence d'orthologie et la reconstruction phylogénétique soulevés par les erreurs systématiques, et des facteurs biologiques sous-jacents, tels que la duplication du génome entier, l'hybridation/introgression et le tri de lignée incomplet, suggérant ensemble qu'un arbre bifurquant peut ne pas être le meilleur modèle pour l'arbre de la vie. Enfin, nous discutons des voies prometteuses pour les futures études phylogénomiques des plantes.",
    url = "https://doi.org/10.1111/jipb.13415",
    doi = "10.1111/jipb.13415",
    openalex = "W4309766482",
    references = "doi101002ajb21703, doi101016jympev201812023, doi101038nbt1883, doi101038nmeth2109, doi101038nrg2484, doi101038s415980160028x, doi101073pnas1903871116, doi101093bioinformaticsbtp348, doi101093bioinformaticsbtu170, doi101093molbevmsu300, doi101093nargkf436, doi101093oxfordjournalsmolbeva026334, doi101093sysbiosyaa013, doi101093sysbiosyab035, doi101111boj12385, doi101111jipb13246, doi101186s1291502000931z, doi101186s13059020021545"
}

L'hybridation a longtemps été reconnue comme un processus évolutif fondamental chez les plantes, mais, jusqu'à récemment, notre compréhension de sa distribution phylogénétique et de son importance biologique à travers des échelles évolutives profondes est restée largement obscure. Au cours de la dernière décennie, les ensembles de données génomiques et phylogénomiques ont révélé, peut-être sans surprise, que l'hybridation, souvent associée à la polyploïdie, a été courante tout au long de l'histoire évolutive des plantes, en particulier dans diverses lignées de plantes à fleurs. Cependant, les études phylogénomiques ont également mis en évidence les défis de la séparation des signaux d'hybridation ancienne d'autres sources de conflit génomique (en particulier, le tri de lignées incomplet). Ici, nous fournissons une revue critique de l'hybridation ancienne chez les plantes vasculaires, en présentant des cas bien documentés d'hybridation ancienne à travers la phylogénie des plantes, ainsi que les défis uniques liés à la documentation de l'hybridation ancienne par rapport à l'hybridation récente. Nous fournissons une définition pour l'hybridation ancienne, qui, à notre connaissance, n'a jamais été explicitement tentée auparavant. Documenter davantage l'étendue de la réticulation profonde chez les plantes devrait rester un axe de recherche important, en particulier parce que les exemples publiés représentent probablement le sommet de l'iceberg en termes d'étendue totale de l'hybridation ancienne. Cependant, les recherches futures devraient de plus en plus explorer l'importance macroévolutif de ce processus, en termes de son impact sur les trajectoires évolutives (par exemple, comment l'hybridation influence-t-elle l'évolution des traits ou la génération de la biodiversité sur de longues échelles de temps ?), ainsi que de la manière dont les facteurs d'histoire de vie et écologiques façonnent, ou ont façonné, la fréquence de l'hybridation à travers le temps géologique et la phylogénie des plantes. Enfin, nous examinons les implications de l'hybridation ancienne ubiquitaire pour la manière dont nous conceptualisons, analysons et classons la phylogénie des plantes. Les réseaux, par opposition aux arbres bifurquants, représentent des représentations plus précises de l'histoire évolutive dans de nombreux cas, bien que notre capacité à inférer, visualiser et utiliser les réseaux pour des analyses comparatives soit très limitée. Le développement de méthodes améliorées pour la génération, la visualisation et l'utilisation des réseaux représente une direction critique pour l'avenir de la biologie végétale. Les systèmes de classification actuels ne permettent généralement pas la reconnaissance de lignées réticulées, et nos classifications elles-mêmes sont largement basées sur des preuves provenant du génome chloroplastique. La mise à jour de la classification végétale pour mieux refléter les phylogénies nucléaires, ainsi que la réflexion sur la manière et la nécessité de reconnaître l'hybridation dans les systèmes de classification, représenteront un défi important pour la communauté de la systématique végétale.

@article{doi101111tpj16142,
    author = "Stull, Gregory W. et Pham, Kasey et Soltis, Pamela S. et Soltis, Pamela S.",
    title = "Réticulation profonde : le long héritage de l'hybridation dans l'évolution des plantes vasculaires",
    year = "2023",
    journal = "The Plant Journal",
    abstract = "L'hybridation a longtemps été reconnue comme un processus évolutif fondamental chez les plantes, mais, jusqu'à récemment, notre compréhension de sa distribution phylogénétique et de son importance biologique à travers des échelles évolutives profondes est restée largement obscure. Au cours de la dernière décennie, les ensembles de données génomiques et phylogénomiques ont révélé, peut-être sans surprise, que l'hybridation, souvent associée à la polyploïdie, a été courante tout au long de l'histoire évolutive des plantes, en particulier dans diverses lignées de plantes à fleurs. Cependant, les études phylogénomiques ont également mis en évidence les défis de la séparation des signaux d'hybridation ancienne d'autres sources de conflit génomique (en particulier, le tri de lignées incomplet). Ici, nous fournissons une revue critique de l'hybridation ancienne chez les plantes vasculaires, en présentant des cas bien documentés d'hybridation ancienne à travers la phylogénie des plantes, ainsi que les défis uniques liés à la documentation de l'hybridation ancienne par rapport à l'hybridation récente. Nous fournissons une définition pour l'hybridation ancienne, qui, à notre connaissance, n'a jamais été explicitement tentée auparavant. Documenter davantage l'étendue de la réticulation profonde chez les plantes devrait rester un axe de recherche important, en particulier parce que les exemples publiés représentent probablement le sommet de l'iceberg en termes d'étendue totale de l'hybridation ancienne. Cependant, les recherches futures devraient de plus en plus explorer l'importance macroévolutif de ce processus, en termes de son impact sur les trajectoires évolutives (par exemple, comment l'hybridation influence-t-elle l'évolution des traits ou la génération de la biodiversité sur de longues échelles de temps ?), ainsi que de la manière dont les facteurs d'histoire de vie et écologiques façonnent, ou ont façonné, la fréquence de l'hybridation à travers le temps géologique et la phylogénie des plantes. Enfin, nous examinons les implications de l'hybridation ancienne ubiquitaire pour la manière dont nous conceptualisons, analysons et classons la phylogénie des plantes. Les réseaux, par opposition aux arbres bifurquants, représentent des représentations plus précises de l'histoire évolutive dans de nombreux cas, bien que notre capacité à inférer, visualiser et utiliser les réseaux pour des analyses comparatives soit très limitée. Le développement de méthodes améliorées pour la génération, la visualisation et l'utilisation des réseaux représente une direction critique pour l'avenir de la biologie végétale. Les systèmes de classification actuels ne permettent généralement pas la reconnaissance de lignées réticulées, et nos classifications elles-mêmes sont largement basées sur des preuves provenant du génome chloroplastique. La mise à jour de la classification végétale pour mieux refléter les phylogénies nucléaires, ainsi que la réflexion sur la manière et la nécessité de reconnaître l'hybridation dans les systèmes de classification, représenteront un défi important pour la communauté de la systématique végétale.",
    url = "https://doi.org/10.1111/tpj.16142",
    doi = "10.1111/tpj.16142",
    openalex = "W4320494454",
    references = "doi101016jppees201002002, doi101093sysbiosyab035"
}

Le triangle des maladies est un modèle structuralement simple mais conceptuellement riche utilisé en pathologie végétale et dans d'autres domaines d'étude pour expliquer la maladie infectieuse comme le résultat de la relation à trois voies entre un hôte, un pathogène et leur environnement. Il sert également de guide pour trouver des solutions afin de traiter, prédire et prévenir de telles maladies. Avec la réalisation fondée sur les omiques et les preuves que l'abondance et l'activité d'un pathogène sont impactées par la proximité et l'interaction avec une multitude diversifiée d'autres micro-organismes colonisant le même hôte, le triangle des maladies s'est évolué en une forme de tétraèdre, qui présente une quatrième dimension ajoutée représentant le microbiota associé à l'hôte. Une autre variante du triangle des maladies est apparue du paradigme du pathobiome récemment formulé, qui s'écarte de l'étiologie classique « un seul pathogène » de la maladie infectieuse en faveur d'un scénario dans lequel la maladie représente un résultat conditionnel des interactions complexes entre et parmi un hôte, son microbiota (y compris les microbes avec un potentiel pathogène), et l'environnement. Le résultat est une version du triangle des maladies original où « pathogène » est remplacé par « microbiota ». Ici, dans le cadre d'un examen soigné et concis de l'origine, de l'histoire et de l'utilisation du triangle des maladies, je propose une étape suivante dans son évolution, qui consiste à remplacer le mot « maladie » au centre de la triade hôte-microbiota-environnement par le mot « santé ». Ce triangle met en avant la santé comme un résultat souhaitable (plutôt que la maladie comme un état indésirable) et comme une propriété émergente des interactions hôte-microbiota-environnement. Appliqué à la discipline de la pathologie végétale, le triangle de la santé offre une gamme élargie de cibles et d'approches pour le diagnostic, la prédiction, la restauration et le maintien des résultats de santé des plantes. Ses applications ne sont pas limitées aux maladies infectieuses uniquement, et son cadre sous-jacent est plus inclusif de toutes les contributions microbiennes au bien-être des plantes, y compris celles des champignons mycorhiziens et des bactéries fixatrices d'azote, pour lesquelles il n'y a jamais eu de place appropriée dans le triangle des maladies des plantes. Le triangle de la santé des plantes peut également avoir un avantage en tant qu'outil d'éducation et de communication pour transmettre et souligner l'importance des plantes saines et de leur microbiota associé à un public plus large et aux parties prenantes.

@article{doi101146annurevphyto121423042021,
    author = "Leveau, Johan H. J.",
    title = "Re-Envisioning the Plant Disease Triangle: Full Integration of the Host Microbiota and a Focal Pivot to Health Outcomes",
    year = "2024",
    journal = "Annual Review of Phytopathology",
    abstract = {Le triangle des maladies est un modèle structuralement simple mais conceptuellement riche utilisé en pathologie végétale et dans d'autres domaines d'étude pour expliquer la maladie infectieuse comme le résultat de la relation à trois voies entre un hôte, un pathogène et leur environnement. Il sert également de guide pour trouver des solutions afin de traiter, prédire et prévenir de telles maladies. Avec la réalisation fondée sur les omiques et les preuves que l'abondance et l'activité d'un pathogène sont impactées par la proximité et l'interaction avec une multitude diversifiée d'autres micro-organismes colonisant le même hôte, le triangle des maladies s'est évolué en une forme de tétraèdre, qui présente une quatrième dimension ajoutée représentant le microbiota associé à l'hôte. Une autre variante du triangle des maladies est apparue du paradigme du pathobiome récemment formulé, qui s'écarte de l'étiologie classique « un seul pathogène » de la maladie infectieuse en faveur d'un scénario dans lequel la maladie représente un résultat conditionnel des interactions complexes entre et parmi un hôte, son microbiota (y compris les microbes avec un potentiel pathogène), et l'environnement. Le résultat est une version du triangle des maladies original où « pathogène » est remplacé par « microbiota ». Ici, dans le cadre d'un examen soigné et concis de l'origine, de l'histoire et de l'utilisation du triangle des maladies, je propose une étape suivante dans son évolution, qui consiste à remplacer le mot « maladie » au centre de la triade hôte-microbiota-environnement par le mot « santé ». Ce triangle met en avant la santé comme un résultat souhaitable (plutôt que la maladie comme un état indésirable) et comme une propriété émergente des interactions hôte-microbiota-environnement. Appliqué à la discipline de la pathologie végétale, le triangle de la santé offre une gamme élargie de cibles et d'approches pour le diagnostic, la prédiction, la restauration et le maintien des résultats de santé des plantes. Ses applications ne sont pas limitées aux maladies infectieuses uniquement, et son cadre sous-jacent est plus inclusif de toutes les contributions microbiennes au bien-être des plantes, y compris celles des champignons mycorhiziens et des bactéries fixatrices d'azote, pour lesquelles il n'y a jamais eu de place appropriée dans le triangle des maladies des plantes. Le triangle de la santé des plantes peut également avoir un avantage en tant qu'outil d'éducation et de communication pour transmettre et souligner l'importance des plantes saines et de leur microbiota associé à un public plus large et aux parties prenantes.},
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev-phyto-121423-042021",
    doi = "10.1146/annurev-phyto-121423-042021",
    openalex = "W4396212608",
    references = "doi101146annurevarplant102820032704"
}

La capture de cible est rapidement devenue une approche privilégiée pour la recherche systématique et évolutive des plantes, marquant un changement d'échelle dans la génération de données pour l'inférence phylogénétique. Bien que cette avancée ait facilité la résolution de nombreuses relations phylogénétiques, les conflits phylogénétiques continuent d'être rapportés et sont souvent attribués à la duplication du génome, la réticulation, la coalescence profonde ou la spéciation rapide – des processus particulièrement courants dans l'évolution des plantes. La prolifération de méthodes conçues pour analyser les données de capture de cible en présence de ces processus peut être écrasante pour de nombreux chercheurs, en particulier les étudiants. Dans cette revue, nous guidons les chercheurs à travers le flux de travail bioinformatique de la capture de cible, avec un accent particulier sur l'inférence phylogénétique robuste en présence de conflits. À travers ce flux de travail, nous mettons en évidence les considérations clés pour réduire les conflits artificiels, synthétisons les stratégies pour gérer les paralogues, expliquons les causes et la mesure des conflits, et résumons les méthodes actuelles pour investiguer les processus biologiques sous-jacents aux conflits. Bien que nous puissions nous appuyer sur des exemples de la flore australienne, cette revue est largement pertinente pour tout chercheur travaillant avec des données de capture de cible. Nous concluons que le conflit est souvent inhérent et inévitable dans la recherche phylogénétique des plantes, mais lorsqu'il est correctement géré, les données de capture de cible peuvent fournir des aperçus sans précédent sur les histoires évolutives extraordinaires et complexes des plantes.

@misc{doi1032942x2wp6v,
    author = "Joyce, Elizabeth et Schmidt‐Lebuhn, Alexander N. et Orel, Harvey K. et Nge, Francis J. et Anderson, Benjamin et Hammer, Timothy et McLay, Todd G. B.",
    title = "Navigating phylogenetic conflict and evolutionary inference in plants with target capture data",
    year = "2024",
    abstract = "La capture de cible est rapidement devenue une approche privilégiée pour la recherche systématique et évolutive des plantes, marquant un changement d'échelle dans la génération de données pour l'inférence phylogénétique. Bien que cette avancée ait facilité la résolution de nombreuses relations phylogénétiques, les conflits phylogénétiques continuent d'être rapportés et sont souvent attribués à la duplication du génome, la réticulation, la coalescence profonde ou la spéciation rapide – des processus particulièrement courants dans l'évolution des plantes. La prolifération de méthodes conçues pour analyser les données de capture de cible en présence de ces processus peut être écrasante pour de nombreux chercheurs, en particulier les étudiants. Dans cette revue, nous guidons les chercheurs à travers le flux de travail bioinformatique de la capture de cible, avec un accent particulier sur l'inférence phylogénétique robuste en présence de conflits. À travers ce flux de travail, nous mettons en évidence les considérations clés pour réduire les conflits artificiels, synthétisons les stratégies pour gérer les paralogues, expliquons les causes et la mesure des conflits, et résumons les méthodes actuelles pour investiguer les processus biologiques sous-jacents aux conflits. Bien que nous puissions nous appuyer sur des exemples de la flore australienne, cette revue est largement pertinente pour tout chercheur travaillant avec des données de capture de cible. Nous concluons que le conflit est souvent inhérent et inévitable dans la recherche phylogénétique des plantes, mais lorsqu'il est correctement géré, les données de capture de cible peuvent fournir des aperçus sans précédent sur les histoires évolutives extraordinaires et complexes des plantes.",
    url = "https://doi.org/10.32942/x2wp6v",
    doi = "10.32942/x2wp6v",
    openalex = "W4399038239",
    references = "doi103389fpls20231063174"
}

La capture ciblée est rapidement devenue une approche privilégiée pour la recherche systématique et évolutive des plantes, marquant un changement d'échelle dans la génération de données pour l'inférence phylogénétique. Bien que cette avancée ait facilité la résolution de nombreuses relations, les conflits phylogénétiques continuent d'être rapportés et sont souvent attribués à la duplication du génome, la réticulation, le tri de lignées incomplet ou la spéciation rapide – des processus courants dans l'évolution des plantes. La prolifération de méthodes pour analyser les données de capture ciblée en présence de ces processus peut être écrasante pour de nombreux chercheurs, en particulier les étudiants. Dans cette revue, nous décomposons les causes des conflits et guidons les chercheurs à travers un flux de travail bioinformatique de capture ciblée, avec un accent particulier sur l'inférence phylogénétique robuste en présence de conflits. À travers ce flux de travail, nous mettons en évidence les considérations clés pour réduire les conflits artificiels, gérer les paralogues et évaluer les conflits, et discutons des méthodes actuelles pour investiguer les causes des conflits. Bien que nous puissions nous appuyer sur des exemples de la flore australienne, cette revue est largement pertinente pour tout chercheur travaillant avec des données de capture ciblée. Nous concluons que les conflits sont souvent inhérents aux ensembles de données phylogénomiques des plantes et, bien qu'un développement méthodologique supplémentaire soit nécessaire, lorsque les conflits sont soigneusement investigués, les données de capture ciblée peuvent fournir des aperçus sans précédent sur les histoires évolutives extraordinaires des plantes.

@article{doi101071sb24011,
    author = "Joyce, Elizabeth et Schmidt‐Lebuhn, Alexander N. et Orel, Harvey K. et Nge, Francis J. et Anderson, Brendan M. et Hammer, Timothy et McLay, Todd G. B.",
    title = "Naviguer les conflits phylogénétiques et l'inférence évolutive chez les plantes avec des données de capture ciblée",
    year = "2025",
    journal = "Australian Systematic Botany",
    abstract = "La capture ciblée est rapidement devenue une approche privilégiée pour la recherche systématique et évolutive des plantes, marquant un changement d'échelle dans la génération de données pour l'inférence phylogénétique. Bien que cette avancée ait facilité la résolution de nombreuses relations, les conflits phylogénétiques continuent d'être rapportés et sont souvent attribués à la duplication du génome, la réticulation, le tri de lignées incomplet ou la spéciation rapide – des processus courants dans l'évolution des plantes. La prolifération de méthodes pour analyser les données de capture ciblée en présence de ces processus peut être écrasante pour de nombreux chercheurs, en particulier les étudiants. Dans cette revue, nous décomposons les causes des conflits et guidons les chercheurs à travers un flux de travail bioinformatique de capture ciblée, avec un accent particulier sur l'inférence phylogénétique robuste en présence de conflits. À travers ce flux de travail, nous mettons en évidence les considérations clés pour réduire les conflits artificiels, gérer les paralogues et évaluer les conflits, et discutons des méthodes actuelles pour investiguer les causes des conflits. Bien que nous puissions nous appuyer sur des exemples de la flore australienne, cette revue est largement pertinente pour tout chercheur travaillant avec des données de capture ciblée. Nous concluons que les conflits sont souvent inhérents aux ensembles de données phylogénomiques des plantes et, bien qu'un développement méthodologique supplémentaire soit nécessaire, lorsque les conflits sont soigneusement investigués, les données de capture ciblée peuvent fournir des aperçus sans précédent sur les histoires évolutives extraordinaires des plantes.",
    url = "https://doi.org/10.1071/sb24011",
    doi = "10.1071/sb24011",
    openalex = "W4410110220",
    references = "doi103389fpls20231063174"
}

La génération et l'analyse de données à l'échelle du génome – la génomique – entraînent une augmentation rapide des connaissances sur la biodiversité végétale. Cependant, la vitesse et la complexité des avancées technologiques en génomique posent des défis pour l'utilisation généralisée de la génomique en biologie évolutive et en biologie de la conservation. Nous présentons et décrivons une collaboration à l'échelle nationale conçue pour développer des ressources et des capacités en génomique afin de comprendre la flore australienne : l'initiative Genomics for Australian Plants (GAP) Framework. Nous exposons (a) l'histoire du projet, y compris le cadre collaboratif, les partenaires et le financement ; (b) les principes GAP tels que la rigueur dans la conception, la vérification des échantillons et la documentation, la gestion des données et l'accessibilité des données ; et (c) la structure du consortium et les quatre flux d'activité associés (génomes de référence, phylogénomique, génomique de la conservation et formation), avec les raisons et les objectifs de chacun. Nous montrons, par la discussion des succès et des défis, la valeur de cette approche de consortium multi-institutionnel et les facteurs favorables, tels que des collections bien curatées et une infrastructure de recherche collaborative nationale, qui ont tous conduit à une augmentation substantielle de la capacité et de la réalisation des résultats en matière de connaissances sur la biodiversité.

@article{doi101071sb24022,
    author = "Simpson, Lalita et Cantrill, David J. et Byrne, Margaret et Allnutt, Theodore R. et King, Graham J.W. et Lum, Mabel et Bkhetan, Ziad Al et Andrew, Rose L. et Baker, William J. et Barrett, Matthew D. et Batley, Jacqueline et Berry, Oliver et Binks, Rachel M. et Bragg, Jason G. et Broadhurst, Linda et Brown, Gillian K. et Bruhl, Jeremy J. et Edwards, Richard J. et Ferguson, Scott et Forest, Félix et Gustafsson, Johan et Hammer, Timothy et Holmes, Gareth D. et Jackson, Chris et James, Elizabeth A. et Jones, Ashley et Kersey, Paul et Leitch, Ilia J. et Maurin, Olivier et McLay, Todd G. B. et Murphy, Daniel J. et Nargar, Katharina et Nauheimer, Lars et Sauquet, Hervé et Schmidt‐Lebuhn, Alexander N. et Shepherd, Kelly Anne et Syme, Anna et Waycott, Michelle et Wilson, Trevor et Crayn, Darren M.",
    title = "The Genomics for Australian Plants (GAP) framework initiative – developing genomic resources for understanding the evolution and conservation of the Australian flora",
    year = "2025",
    journal = "Australian Systematic Botany",
    abstract = "La génération et l'analyse de données à l'échelle du génome – la génomique – entraînent une augmentation rapide des connaissances sur la biodiversité végétale. Cependant, la vitesse et la complexité des avancées technologiques en génomique posent des défis pour l'utilisation généralisée de la génomique en biologie évolutive et en biologie de la conservation. Nous présentons et décrivons une collaboration à l'échelle nationale conçue pour développer des ressources et des capacités en génomique afin de comprendre la flore australienne : l'initiative Genomics for Australian Plants (GAP) Framework. Nous exposons (a) l'histoire du projet, y compris le cadre collaboratif, les partenaires et le financement ; (b) les principes GAP tels que la rigueur dans la conception, la vérification des échantillons et la documentation, la gestion des données et l'accessibilité des données ; et (c) la structure du consortium et les quatre flux d'activité associés (génomes de référence, phylogénomique, génomique de la conservation et formation), avec les raisons et les objectifs de chacun. Nous montrons, par la discussion des succès et des défis, la valeur de cette approche de consortium multi-institutionnel et les facteurs favorables, tels que des collections bien curatées et une infrastructure de recherche collaborative nationale, qui ont tous conduit à une augmentation substantielle de la capacité et de la réalisation des résultats en matière de connaissances sur la biodiversité.",
    url = "https://doi.org/10.1071/sb24022",
    doi = "10.1071/sb24022",
    openalex = "W4410109179",
    references = "doi101111nph20263, doi103389fpls20231063174"
}