Biologie cellulaire

@incollection{crossref1951v,
    title = "V. BIOLOGIE CELLULAIRE",
    year = "1951",
    booktitle = "A Source Book in Animal Biology",
    url = "https://doi.org/10.4159/harvard.9780674592698.c6",
    doi = "10.4159/harvard.9780674592698.c6",
    pages = "429-470"
}

@article{bullough1958cellular,
    author = "BULLOUGH, W. S.",
    title = "Biologie cellulaire",
    year = "1958",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/182551a0",
    doi = "10.1038/182551a0",
    number = "4635",
    pages = "551-551",
    volume = "182"
}

@article{howard1965cellular,
    author = "Howard, Alma",
    title = "Cellular Radiation Biology",
    year = "1965",
    journal = "International Journal of Radiation Biology and Related Studies in Physics, Chemistry and Medicine",
    url = "https://doi.org/10.1080/09553006514550691",
    doi = "10.1080/09553006514550691",
    number = "6",
    pages = "611-611",
    volume = "9"
}

@article{na1965cellular,
    author = "\\&NA;",
    title = "CELLULAR RADIATION BIOLOGY",
    year = "1965",
    journal = "The American Journal of the Medical Sciences",
    url = "https://doi.org/10.1097/00000441-196509000-00017",
    doi = "10.1097/00000441-196509000-00017",
    number = "3",
    pages = "365",
    volume = "250"
}

@article{scott1965cellular,
    author = "Scott, Robert B.",
    title = "Cellular Radiation Biology.",
    year = "1965",
    journal = "Archives of Internal Medicine",
    url = "https://doi.org/10.1001/archinte.1965.03870040147047",
    doi = "10.1001/archinte.1965.03870040147047",
    number = "4",
    pages = "633",
    volume = "116"
}

@misc{ambrose1970cell1,
    author = "Ambrose, E. J. et Easty, D. M",
    title = "Cell Biology",
    year = "1970",
    howpublished = "Reading, Mass., Addison- Wesley",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Ambrose, E. J., et Easty, D. M., 1970, Cell Biology: Reading, Mass., Addison- Wesley.}"
}

@misc{dowben1971cell2,
    author = "Dowben, R. M",
    title = "Biologie cellulaire",
    year = "1971",
    howpublished = "New York, Harper \& Row",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Dowben, R. M., 1971, Biologie cellulaire: New York, Harper \& Row.}"
}

Résumé Une lignée cellulaire stable (MCF-7) dérivée par ponction pleurale chez une patiente atteinte d'un cancer du sein a été démontrée contenir des quantités significatives de récepteur à 17β-estradiol. Cette protéine de liaison est spécifique pour le 17β-estradiol et présente une constante de dissociation (Kd) égale à 2,5 nm, une constante de sédimentation de 4,0 S (et 9,2 S), et un mécanisme capable de transporter le 17β-estradiol dans le noyau.

@article{doi101016s0021925819435370,
    author = "Brooks, Samuel et Locke, Elizabeth et Soule, Herbert D.",
    title = "Récepteur des œstrogènes dans une lignée cellulaire humaine (MCF-7) issue d'un carcinome mammaire",
    year = "1973",
    journal = "Journal of Biological Chemistry",
    abstract = "Résumé Une lignée cellulaire stable (MCF-7) dérivée par ponction pleurale chez une patiente atteinte d'un cancer du sein a été démontrée contenir des quantités significatives de récepteur à 17β-estradiol. Cette protéine de liaison est spécifique pour le 17β-estradiol et présente une constante de dissociation (Kd) égale à 2,5 nm, une constante de sédimentation de 4,0 S (et 9,2 S), et un mécanisme capable de transporter le 17β-estradiol dans le noyau.",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0021-9258(19)43537-0",
    doi = "10.1016/s0021-9258(19)43537-0",
    openalex = "W1495332006"
}

Plusieurs propriétés des cellules dendritiques lymphoïdes in situ ont été déterminées et comparées aux informations précédemment établies pour les lymphocytes et les phagocytes mononucléés. Les cellules dendritiques ne sont pas trouvées chez les souris nouveau-nées, et leur concentration dans la rate et le ganglion lymphatique mésentérique n'atteint pas les niveaux adultes jusqu'à 3–4 semaines d'âge. Les cellules dendritiques disparaissent en grande partie des populations adhérentes après administration de stéroïdes (2,5 mg d'acétate d'hydrocortisone s.c.) et de rayonnement ionisant (Do de 100 rads pour Co60). Les cellules dendritiques spléniques peuvent provenir de précurseurs situés à la fois dans la moelle osseuse et dans la rate elle-même, probablement dans la pulpe rouge. La population splénique mature ne se divise pas activement (indice d'étiquetage par pulse avec [3H]thymidine de 1,5–2,5 %), mais se renouvelle à un taux substantiel, 10+% du pool total par jour. L'afflux de nouvelles cellules semble provenir d'un compartiment de précurseurs proliférants, mais le mécanisme d'efflux ou de renouvellement n'est pas connu. Les cellules dendritiques dans la rate et le ganglion subissent peu ou une augmentation modérée en nombre lors du développement d'une réponse immunitaire primaire. Ces caractéristiques in vivo, prises ensemble, distinguent davantage les cellules dendritiques comme un nouveau type cellulaire, distinct des phagocytes mononucléés et des lymphocytes.

@article{doi101084jem13961431,
    author = "Steinman, Ralph M. et Lustig, Dinah S. et Cohn, Zanvil A.",
    title = "IDENTIFICATION D'UN NOUVEAU TYPE CELLULAIRE DANS LES ORGANES LYMPHOÏDES PÉRIPHÉRIQUES DE SOURIS",
    year = "1974",
    journal = "The Journal of Experimental Medicine",
    abstract = "Plusieurs propriétés des cellules dendritiques lymphoïdes in situ ont été déterminées et comparées aux informations précédemment établies pour les lymphocytes et les phagocytes mononucléés. Les cellules dendritiques ne sont pas trouvées chez les souris nouveau-nées, et leur concentration dans la rate et le ganglion lymphatique mésentérique n'atteint pas les niveaux adultes jusqu'à 3–4 semaines d'âge. Les cellules dendritiques disparaissent en grande partie des populations adhérentes après administration de stéroïdes (2,5 mg d'acétate d'hydrocortisone s.c.) et de rayonnement ionisant (Do de 100 rads pour Co60). Les cellules dendritiques spléniques peuvent provenir de précurseurs situés à la fois dans la moelle osseuse et dans la rate elle-même, probablement dans la pulpe rouge. La population splénique mature ne se divise pas activement (indice d'étiquetage par pulse avec [3H]thymidine de 1,5–2,5 %), mais se renouvelle à un taux substantiel, 10+% du pool total par jour. L'afflux de nouvelles cellules semble provenir d'un compartiment de précurseurs proliférants, mais le mécanisme d'efflux ou de renouvellement n'est pas connu. Les cellules dendritiques dans la rate et le ganglion subissent peu ou une augmentation modérée en nombre lors du développement d'une réponse immunitaire primaire. Ces caractéristiques in vivo, prises ensemble, distinguent davantage les cellules dendritiques comme un nouveau type cellulaire, distinct des phagocytes mononucléés et des lymphocytes.",
    url = "https://doi.org/10.1084/jem.139.6.1431",
    doi = "10.1084/jem.139.6.1431",
    openalex = "W3098989474",
    references = "doi101001jama195302940280072039"
}

La capacité à résorber l'os et le cartilage calcifié a été rétablie de manière permanente chez des souris atteintes d'ostéopétrose héréditaire par l'administration intraveineuse de suspensions cellulaires préparées à partir de la rate et de la moelle osseuse de frères et sœurs normaux. Dès près des plaques de croissance actives, dès 2 semaines après la transplantation, le remplacement de la spongiosa anormale a continué jusqu'à ce que les cavités médullaires soient pleinement développées.

@article{doi101126science1105786,
    author = "Walker, Donald G.",
    title = "Bone Resorption Restored in Osteopetrotic Mice by Transplants of Normal Bone Marrow and Spleen Cells",
    year = "1975",
    journal = "Science",
    abstract = "Capacity to resorb bone and calcified cartilage was restored permanently in mice with inherited osteopetrosis by the intravenous administration of cell suspensions prepared from spleen and bone marrow of normal littermates. Beginning near active growth plates as early as 2 weeks after transplantation, replacement of the abnormal spongiosa continued until medullary cavitites were fully expanded.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1105786",
    doi = "10.1126/science.1105786",
    openalex = "W2076263545"
}

Les hormones et les nucléosides et nucléotides de purine ont induit une transformation transitoire de cellules osseuses cultivées d'une forme sphérique à une forme étoilée. La cytochalasine B a également induit la transformation. Le changement a été bloqué par la colchicine et la vinblastine, mais pas par la lumicolchicine ou le cycloheximide. Cette transformation morphologique pourrait fournir un modèle dynamique de l'action des hormones et de la modulation des cellules osseuses in vitro.

@article{doi101126science1273593,
    author = "Miller, Sam S. et Wolf, Alice M. et Arnaud, Claude D.",
    title = "Bone Cells in Culture: Morphologic Transformation by Hormones",
    year = "1976",
    journal = "Science",
    abstract = "Les hormones et les nucléosides et nucléotides de purine ont induit une transformation transitoire de cellules osseuses cultivées d'une forme sphérique à une forme étoilée. La cytochalasine B a également induit la transformation. Le changement a été bloqué par la colchicine et la vinblastine, mais pas par la lumicolchicine ou le cycloheximide. Cette transformation morphologique pourrait fournir un modèle dynamique de l'action des hormones et de la modulation des cellules osseuses in vitro.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1273593",
    doi = "10.1126/science.1273593",
    openalex = "W2048169623"
}

Deux types de populations de cellules osseuses métaboliquement distinctes ont été isolés à partir de calvaires de souris par une procédure digestive répétée avec un mélange de collagénase et de trypsine. Les cellules libérées en début de digestion ont montré une augmentation d'environ deux fois de l'AMPc lorsqu'elles ont été traitées soit par la parathormone, soit par la calcitonine. Ces populations ont été désignées type CT. Les cellules éluant plus tard ont montré des augmentations plus importantes de l'AMPc induites par la parathormone, mais n'ont pas répondu à la calcitonine. Ces populations ont été désignées type PT. Six activités métaboliques et enzymatiques ont été mesurées dans les deux types de populations : phosphatases acide et alcaline, synthèse d'hyaluronate, décarboxylation du citrate, prolyl hydroxylase, et synthèse générale des protéines. Bien que chacune de ces activités soit présente dans les deux types cellulaires, les niveaux basaux de phosphatase acide et de synthèse d'hyaluronate étaient plus élevés dans les cellules CT, tandis que la phosphatase alcaline, la décarboxylation du citrate et la prolyl hydroxylase étaient plus élevées dans les cellules PT. La parathormone a stimulé la phosphatase acide et la synthèse d'hyaluronate de 100 à 200 % uniquement dans les cellules CT ; elle a inhibé la phosphatase alcaline, la décarboxylation du citrate et la prolyl hydroxylase de 75 à 90 % uniquement dans les cellules PT. La calcitonine seule n'a eu aucun effet sur aucune de ces activités autres que la production d'AMPc, mais elle a inhibé l'action de la parathormone dans les cellules CT. Les sensibilités, les cinétiques de développement et les amplitudes de ces effets hormonaux étaient similaires à ceux observés précédemment dans des calvaires intacts, indiquant que le système de cellules isolées est un modèle fiable pour l'étude du métabolisme osseux. Sur la base des réponses métaboliques des cellules, nous postulons que le type CT de populations est enrichi en ostéoclastes et, éventuellement, en ostéocytes, et que le type PT de population est enrichi en ostéoblastes. (Endocrinology99: 526, 1976)

@article{doi101210endo992526,
    author = "LUBEN, RICHARD A. et Wong, Glenda L. et Cohn, David V.",
    title = "Caractérisation biochimique de la parathormone et de la calcitonine sur des cellules osseuses isolées : Identification provisoire des ostéoclastes et des ostéoblastes",
    year = "1976",
    journal = "Endocrinology",
    abstract = "Deux types de populations de cellules osseuses métaboliquement distinctes ont été isolés à partir de calvaires de souris par une procédure digestive répétée avec un mélange de collagénase et de trypsine. Les cellules libérées en début de digestion ont montré une augmentation d'environ deux fois de l'AMPc lorsqu'elles ont été traitées soit par la parathormone, soit par la calcitonine. Ces populations ont été désignées type CT. Les cellules éluant plus tard ont montré des augmentations plus importantes de l'AMPc induites par la parathormone, mais n'ont pas répondu à la calcitonine. Ces populations ont été désignées type PT. Six activités métaboliques et enzymatiques ont été mesurées dans les deux types de populations : phosphatases acide et alcaline, synthèse d'hyaluronate, décarboxylation du citrate, prolyl hydroxylase, et synthèse générale des protéines. Bien que chacune de ces activités soit présente dans les deux types cellulaires, les niveaux basaux de phosphatase acide et de synthèse d'hyaluronate étaient plus élevés dans les cellules CT, tandis que la phosphatase alcaline, la décarboxylation du citrate et la prolyl hydroxylase étaient plus élevées dans les cellules PT. La parathormone a stimulé la phosphatase acide et la synthèse d'hyaluronate de 100 à 200 % uniquement dans les cellules CT ; elle a inhibé la phosphatase alcaline, la décarboxylation du citrate et la prolyl hydroxylase de 75 à 90 % uniquement dans les cellules PT. La calcitonine seule n'a eu aucun effet sur aucune de ces activités autres que la production d'AMPc, mais elle a inhibé l'action de la parathormone dans les cellules CT. Les sensibilités, les cinétiques de développement et les amplitudes de ces effets hormonaux étaient similaires à ceux observés précédemment dans des calvaires intacts, indiquant que le système de cellules isolées est un modèle fiable pour l'étude du métabolisme osseux. Sur la base des réponses métaboliques des cellules, nous postulons que le type CT de populations est enrichi en ostéoclastes et, éventuellement, en ostéocytes, et que le type PT de population est enrichi en ostéoblastes. (Endocrinology99: 526, 1976)",
    url = "https://doi.org/10.1210/endo-99-2-526",
    doi = "10.1210/endo-99-2-526",
    openalex = "W2050942360"
}

Un système de culture liquide est décrit dans lequel la prolifération des cellules souches hématopoïétiques (CFU-S), la production de cellules précurseurs de granulocytes (CFU-C) et une granulopoïèse étendue peuvent être maintenues in vitro pendant plusieurs mois. De telles cultures consistent en des populations de cellules adhérentes et non adhérentes. La population adhérente contient des cellules mononucléées phagocytaires, des cellules « épithéliales » et des cellules « graisseuses géantes ». Ces dernières semblent particulièrement importantes pour le maintien des cellules souches et, en outre, il existe une forte tendance pour les granulocytes matures à se regrouper sélectivement dans et autour des zones d'agrégation de cellules « graisseuses géantes ». En « nourrissant » les cultures à intervalles hebdomadaires, entre 10 et 15 « doubles de population » de CFU-S fonctionnellement normales se produisent régulièrement. Des « doubles de population » accrus peuvent être obtenus en nourrissant deux fois par semaine. Les cultures montrent initialement une granulopoïèse étendue suivie, dans la majorité des cas, par une accumulation de cellules blastiques. Finalement, les cellules blastiques et les granulocytes diminuent et les cultures contiennent principalement des cellules mononucléées phagocytaires. La culture à 33 degrés C conduit au développement d'une croissance plus abondante de cellules adhérentes et ces cultures montrent un meilleur maintien des cellules souches et une densité cellulaire accrue. Lorsqu'elles sont testées pour l'activité stimulante de colonies (CSA), les cultures sont uniformément négatives. L'ajout de CSA exogène provoque une diminution rapide des cellules souches, une granulopoïèse réduite et une accumulation de cellules mononucléées phagocytaires.

@article{doi101002jcp1040910303,
    author = "Dexter, T. M. et Allen, Terence et Lajtha, L. G.",
    title = "Conditions controlling the proliferation of haemopoietic stem cells in vitro",
    year = "1977",
    journal = "Journal of Cellular Physiology",
    abstract = {Un système de culture liquide est décrit dans lequel la prolifération des cellules souches hématopoïétiques (CFU-S), la production de cellules précurseurs de granulocytes (CFU-C) et une granulopoïèse étendue peuvent être maintenues in vitro pendant plusieurs mois. De telles cultures consistent en des populations de cellules adhérentes et non adhérentes. La population adhérente contient des cellules mononucléées phagocytaires, des cellules « épithéliales » et des cellules « graisseuses géantes ». Ces dernières semblent particulièrement importantes pour le maintien des cellules souches et, en outre, il existe une forte tendance pour les granulocytes matures à se regrouper sélectivement dans et autour des zones d'agrégation de cellules « graisseuses géantes ». En « nourrissant » les cultures à intervalles hebdomadaires, entre 10 et 15 « doubles de population » de CFU-S fonctionnellement normales se produisent régulièrement. Des « doubles de population » accrus peuvent être obtenus en nourrissant deux fois par semaine. Les cultures montrent initialement une granulopoïèse étendue suivie, dans la majorité des cas, par une accumulation de cellules blastiques. Finalement, les cellules blastiques et les granulocytes diminuent et les cultures contiennent principalement des cellules mononucléées phagocytaires. La culture à 33 degrés C conduit au développement d'une croissance plus abondante de cellules adhérentes et ces cultures montrent un meilleur maintien des cellules souches et une densité cellulaire accrue. Lorsqu'elles sont testées pour l'activité stimulante de colonies (CSA), les cultures sont uniformément négatives. L'ajout de CSA exogène provoque une diminution rapide des cellules souches, une granulopoïèse réduite et une accumulation de cellules mononucléées phagocytaires.},
    url = "https://doi.org/10.1002/jcp.1040910303",
    doi = "10.1002/jcp.1040910303",
    openalex = "W2086793358"
}

@article{doi1010160008874977902635,
    author = "Lachman, Lawrence B. et Hacker, Miles P. et Blyden, Gershwin T. et Handschumacher, Robert E.",
    title = "Préparation du facteur activateur des lymphocytes à partir de lignées cellulaires de macrophages murins continus",
    year = "1977",
    journal = "Immunologie cellulaire",
    url = "https://doi.org/10.1016/0008-8749(77)90263-5",
    doi = "10.1016/0008-8749(77)90263-5",
    openalex = "W1984359046"
}

@article{doi1010160092867479903179,
    author = "Taylor, Shirley M. et Jones, Peter A.",
    title = "Multiple new phenotypes induced in and 3T3 cells treated with 5-azacytidine",
    year = "1979",
    journal = "Cell",
    url = "https://doi.org/10.1016/0092-8674(79)90317-9",
    doi = "10.1016/0092-8674(79)90317-9",
    openalex = "W1865658459"
}

@article{doi1010160092867480902378,
    author = "Jones, Peter A. et Taylor, Shirley M.",
    title = "Différenciation cellulaire, analogues de la cytidine et méthylation de l'ADN",
    year = "1980",
    journal = "Cell",
    url = "https://doi.org/10.1016/0092-8674(80)90237-8",
    doi = "10.1016/0092-8674(80)90237-8",
    openalex = "W2145750252"
}

La croissance des cellules normales est largement contrôlée par l'interaction entre plusieurs hormones polypeptidiques et facteurs de croissance semblables à des hormones présents dans les fluides tissulaires.1 De nouveaux facteurs de croissance polypeptidiques ont récemment été identifiés dans le sang, le sérum, les fluides tissulaires et les extraits cellulaires.2,23 Cependant, les cellules malignes ne sont pas soumises aux mêmes contrôles de croissance que les cellules normales. En général, les cellules malignes nécessitent moins de ces facteurs de croissance exogènes que leurs homologues normaux pour une croissance et une multiplication optimales, et il a été suggéré que « les cellules transformées ou malignes échappent aux contrôles de croissance normaux en nécessitant moins de [tels] hormones...

@article{doi101056nejm198010093031511,
    author = "Sporn, Michael B. et Todaro, George J.",
    title = "Sécrétion autocrine et transformation maligne des cellules",
    year = "1980",
    journal = "New England Journal of Medicine",
    abstract = {La croissance des cellules normales est largement contrôlée par l'interaction entre plusieurs hormones polypeptidiques et facteurs de croissance semblables à des hormones présents dans les fluides tissulaires.1 De nouveaux facteurs de croissance polypeptidiques ont récemment été identifiés dans le sang, le sérum, les fluides tissulaires et les extraits cellulaires.2,23 Cependant, les cellules malignes ne sont pas soumises aux mêmes contrôles de croissance que les cellules normales. En général, les cellules malignes nécessitent moins de ces facteurs de croissance exogènes que leurs homologues normaux pour une croissance et une multiplication optimales, et il a été suggéré que « les cellules transformées ou malignes échappent aux contrôles de croissance normaux en nécessitant moins de [tels] hormones...},
    url = "https://doi.org/10.1056/nejm198010093031511",
    doi = "10.1056/nejm198010093031511",
    openalex = "W2068961038"
}

Le phorbol-12-myristate-13-acétate stimule une sous-lignée de cellules de thymome de souris EL-4 pour produire, in vitro, à très haut titre, le facteur de croissance des lymphocytes T (Interleukine 2, IL 2). L'IL 2 dérivée de l'EL-4 possède la même masse moléculaire (30 000) et la même hétérogénéité de point isoélectrique (pI 3,8-4,4) que l'IL 2 produite par des cellules de rate stimulées par Con A. De plus, l'IL 2 dérivée du thymome présente le même spectre d'activités biologiques que celui rapporté pour l'IL 2 dérivée de cellules de rate.

@article{doi104049jimmunol12562555,
    author = "Farrar, Jeremy et Fuller-Farrar, J et Simon, P L et Hilfiker, Mary et Stadler, B. M. et Farrar, William L.",
    title = "Production de facteur de croissance des lymphocytes T (Interleukine 2) par thymome.",
    year = "1980",
    journal = "The Journal of Immunology",
    abstract = "Le phorbol-12-myristate-13-acétate stimule une sous-lignée de cellules de thymome de souris EL-4 pour produire, in vitro, à très haut titre, le facteur de croissance des lymphocytes T (Interleukine 2, IL 2). L'IL 2 dérivée de l'EL-4 possède la même masse moléculaire (30 000) et la même hétérogénéité de point isoélectrique (pI 3,8-4,4) que l'IL 2 produite par des cellules de rate stimulées par Con A. De plus, l'IL 2 dérivée du thymome présente le même spectre d'activités biologiques que celui rapporté pour l'IL 2 dérivée de cellules de rate.",
    url = "https://doi.org/10.4049/jimmunol.125.6.2555",
    doi = "10.4049/jimmunol.125.6.2555",
    openalex = "W1576863849"
}

La structure ordonnée du bord antérieur (lamellipodium) des fibroblastes cultivés est facilement révélée dans des cellules extraites brièvement dans des mélanges de Triton X-100-glutaraldéhyde, fixées ensuite dans du glutaraldéhyde, puis négativement colorées pour la microscopie électronique. Par cette procédure, les régions du bord antérieur montrent un réseau hautement organisé, tridimensionnel, de filaments d'actine, ainsi qu'un nombre variable de faisceaux de filaments d'actine rayonnants ou de microépines. L'utilisation de Phalloïdine après fixation au glutaraldéhyde a entraîné une amélioration marginale de l'ordre des filaments. Le traitement des cytosquelettes par les étapes supplémentaires généralement employées pour la microscopie électronique conventionnelle a entraîné une détérioration marquée ou une perturbation complète de l'ordre des réseaux de filaments d'actine. En revanche, les filaments d'actine des faisceaux de fibres de stress étaient essentiellement inchangés. Ainsi, la postfixation à l'osmium tétroxyde (1 % pendant 7 minutes à température ambiante) a transformé les réseaux en un réticulum de fibres coudées, ressemblant à celles produites par l'exposition de l'F-actine musculaire à l'OsO4 in vitro (P. Maupin-Szamier et T. D. Pollard. 1978. J. Cell Biol. 77:837--852). Alors qu'une exposition limitée à l'OsO4 (0,2+ pendant 20 minutes à 0 degrés C) évitait cette destruction, la déshydratation dans l'acétone ou l'éthanol, avec ou sans post-osmication, a causé un désordre et une agrégation supplémentaires et inévitables des filaments du réseau. Les régions du réseau du bord antérieur ont alors montré une ressemblance frappante avec les réseaux décrits jusqu'à présent dans des préparations séchées au point critique de cellules cultivées. Je conclus que beaucoup de ce « réseau microtrabéculaire » décrit par Wolosewick et Porter (1979. J. Cell Biol. 82:114--139) dans ces dernières préparations constitue des réseaux d'actine et des réseaux de filaments d'actine, avec leurs composants associés, qui ont été déformés et agrégés par les procédures préparatoires employées.

@article{doi101083jcb913695,
    author = "Small, J. Victor",
    title = "Organisation de l'actine au bord antérieur de cellules cultivées : influence de l'osmium tétroxyde et de la déshydratation sur l'ultrastructure des réseaux d'actine.",
    year = "1981",
    journal = "The Journal of Cell Biology",
    abstract = {La structure ordonnée du bord antérieur (lamellipodium) des fibroblastes cultivés est facilement révélée dans des cellules extraites brièvement dans des mélanges de Triton X-100-glutaraldéhyde, fixées ensuite dans du glutaraldéhyde, puis négativement colorées pour la microscopie électronique. Par cette procédure, les régions du bord antérieur montrent un réseau hautement organisé, tridimensionnel, de filaments d'actine, ainsi qu'un nombre variable de faisceaux de filaments d'actine rayonnants ou de microépines. L'utilisation de Phalloïdine après fixation au glutaraldéhyde a entraîné une amélioration marginale de l'ordre des filaments. Le traitement des cytosquelettes par les étapes supplémentaires généralement employées pour la microscopie électronique conventionnelle a entraîné une détérioration marquée ou une perturbation complète de l'ordre des réseaux de filaments d'actine. En revanche, les filaments d'actine des faisceaux de fibres de stress étaient essentiellement inchangés. Ainsi, la postfixation à l'osmium tétroxyde (1\% pendant 7 minutes à température ambiante) a transformé les réseaux en un réticulum de fibres coudées, ressemblant à celles produites par l'exposition de l'F-actine musculaire à l'OsO4 in vitro (P. Maupin-Szamier et T. D. Pollard. 1978. J. Cell Biol. 77:837--852). Alors qu'une exposition limitée à l'OsO4 (0,2+ pendant 20 minutes à 0 degrés C) évitait cette destruction, la déshydratation dans l'acétone ou l'éthanol, avec ou sans post-osmication, a causé un désordre et une agrégation supplémentaires et inévitables des filaments du réseau. Les régions du réseau du bord antérieur ont alors montré une ressemblance frappante avec les réseaux décrits jusqu'à présent dans des préparations séchées au point critique de cellules cultivées. Je conclus que beaucoup de ce « réseau microtrabéculaire » décrit par Wolosewick et Porter (1979. J. Cell Biol. 82:114--139) dans ces dernières préparations constitue des réseaux d'actine et des réseaux de filaments d'actine, avec leurs composants associés, qui ont été déformés et agrégés par les procédures préparatoires employées.},
    url = "https://doi.org/10.1083/jcb.91.3.695",
    doi = "10.1083/jcb.91.3.695",
    openalex = "W2153062931"
}

Nous avons développé une méthode pour la production d'hybrides de lymphocytes T spécifiques d'antigène et restreints à l'H-2. Le partenaire cellulaire tumoral dans les fusions était lui-même un hybride de lymphocytes T, FS6-14.13.AG2 (ou ses dérivés), qui pouvait être induit à produire le facteur de croissance, l'interleukine-2 (IL-2), en réponse à un défi avec la concanavaline A, mais n'avait aucune spécificité d'antigène connue. Le partenaire lymphocyte T normal dans les fusions était une population de blastes de lymphocytes T des ganglions lymphatiques qui avaient été fortement enrichis en lymphocytes T spécifiques d'antigène et restreints à l'H-2 par immunisation in vivo, suivie d'un défi in vitro avec l'antigène et d'une expansion clonale dans un milieu contenant de l'IL-2. Ces fusions ont produit des hybrides qui se développaient de manière constitutive en culture. Une proportion importante des hybrides a démontré la capacité de produire de l'IL-2 en réponse à un défi avec un antigène spécifique présenté par des cellules de rate irradiées du type H-2 approprié. Quatre lignées d'hybrides spécifiques d'antigène/H-2 clonées ont été produites. AO-40.10 a répondu à l'ovalbumine de poulet (OVA) lorsqu'elle était présentée par des cellules portant I-A(k). DC1.18.3 a répondu à la forme apo de la cytochrome c de bœuf lorsqu'elle était présentée avec I-A(d). AODK-10.4 a répondu à l'hémocyanine de limace à clé (KLH) présentée avec I-A (d). AODK-1.16 a également répondu à la KLH présentée par un produit de la région I de H-2(d), mais les données étaient compatibles soit avec un produit de la région I-J-I-E(d), soit avec une molécule combinatoire avec des éléments à la fois de I-A(d) et de I-E(d)/I-C(d). Coïncidentement, AO-40.10 a été montré avoir une allo-réactivité inattendue avec un produit de H-2(b) se localisant dans la région K-I-A. Ces hybrides devraient s'avérer inestimables comme sources de matériel monoclonal pour l'étude des récepteur(s) sur les lymphocytes T avec des spécificités d'antigène restreintes à l'H-2. Nous avons également généré des hybrides de lymphocytes T avec deux spécificités d'antigène/H-2 en fusionnant un clone résistant à l'azaguanine d'AO-40.10 avec des lymphocytes T normaux ayant une spécificité d'antigène/H-2 différente. Beaucoup des hybrides ont conservé la réactivité à l'OVA plus H-2(a) et à la deuxième combinaison d'antigène/H-2. Aucun n'a réagi ni à l'OVA plus le deuxième type H-2, ni à la deuxième antigène plus H-2(a). L'un de ces hybrides a été cloné avec succès pour produire la lignée AOFK- 11.11.1. Il a conservé la capacité de reconnaître l'OVA plus I-A(k) héritée d'un parent, et la KLH plus IA(f) héritée de l'autre. Il n'a pas reconnu l'OVA plus IA(f) ni la KLH plus I-A(k). Ces résultats ont certaines implications sur les modèles décrivant la nature des récepteurs de lymphocytes T pour l'antigène reconnu en association avec des produits H-2. Ils ne soutiennent pas les modèles dans lesquels l'antigène et l'H-2 sont reconnus séparément par deux récepteurs de lymphocytes T indépendants.

@article{doi101084jem15351198,
    author = "Kappler, JW and Skidmore, Barry J. and White, John H. and Marrack, Philippa",
    title = "Antigen-inducible, H-2-restricted, interleukin-2-producing T cell hybridomas. Lack of independent antigen and H-2 recognition",
    year = "1981",
    journal = "The Journal of Experimental Medicine",
    abstract = "We developed a method for production of antigen-specific, H-2-restricted T cell hybrids. The tumor cell partner in the fusions was itself a T cell hybrid, FS6-14.13.AG2 (or its derivatives), which could be induced to produce the growth factor, interleukin-2 (IL-2), in response to a challenge with concanavalin A, but had no known antigen specificity. The normal T cell partner in the fusions was a population of lymph node T cell blasts that had been highly enriched in antigen-specific, H-2-restricted T cells by in vivo immunization, followed by in vitro challenge with antigen and clonal expansion in IL-2-containing medium. These fusions produced hybrids that grew constitutively in culture. A sizable proportion of the hybrids demonstrated the ability to produce IL-2 in response to a challenge with specific antigen presented by irradiated spleen cells of the appropriate H-2 type. Four cloned antigen/H-2-specific hybrid lines were produced. AO-40.10 responded to chicken ovalbumin (OVA) when presented by I-A(k)-bearing cells. DC1.18.3 responded to the apo form of beef cytochrome c when presented with I-A(d). AODK-10.4 responded to keyhole limpet hemocyanin (KLH) presented with I-A (d). AODK-1.16 also responded to KLH presented by a product of the I region of H-2(d), but the data were consistent with either a product of the I-J-I-E(d) region or a combinatorial molecule with elements from both I-A(d) and I-E(d)/I-C(d). Coincidentally, AO-40.10 was shown to have an unexpected alloreactivity with a product of H-2(b) mapping to the K-I-A region. These hybrids should prove invaluable as sources of monoclonal material for the study of the receptor(s) on T cells with H-2-restricted antigen specificities. We also generated T cell hybrids with two antigen/H-2 specificities by fusing an azaguanine-resistant clone of AO-40.10 to normal T cells with a different antigen/H-2 specificity. Many of the hybrids retained reactivity to OVA plus H-2(a) and to the second antigen/H-2 combination. None reacted to either OVA plus the second H-2 type or to the second antigen plus H-2(a). One of these hybrids was successfully cloned to produce the line AOFK- 11.11.1. It retained the ability to recognize OVA plus I-A(k) inherited from one parent, and KLH plus IA(f) inherited from the other. It did not recognize OVA plus IA(f) or KLH plus I-A(k). These results have some bearing on models describing the nature of T cell receptors for antigen recognized in association with H-2 products. They do not support models in which antigen and H-2 are recognized separately by two independent T cell receptors.",
    url = "https://doi.org/10.1084/jem.153.5.1198",
    doi = "10.1084/jem.153.5.1198",
    openalex = "W2140985128"
}

La méthode de transplantation de tissus embryonnaires a été utilisée pour confirmer l'origine double des ganglions sensoriels crâniens aviens, pour cartographier les emplacements précis des anlagen de ces neurones sensoriels, et pour identifier les neurones dérivés des placodes et de la crête neurale au sein des ganglions. Des segments de crête neurale ou des bandes d'ectoderme ectoderme placodale présumée ont été excisés d'embryons de poule et remplacés par des tissus homologues d'embryons de caille, dont les cellules contiennent un marqueur d'hétérochromatine. Les neurones dérivés des placodes associés aux nerfs crâniens V, VII, IX et X sont situés distalement par rapport aux neurones dérivés de la crête. Les neurones embryonnaires placodaux, généralement plus grands, sont trouvés dans les portions distales des deux lobes du ganglion trijumeau, ainsi que dans les ganglions géniculé, pétreux et noduleux. Les neurones dérivés de la crête sont trouvés dans le ganglion trijumeau proximal et dans le ganglion proximal combiné des nerfs crâniens IX et X. Les neurones des ganglions vestibulaire et acoustique du nerf crânien VIII dérivent de l'ectoderme placodal, à l'exception de quelques neurones dérivés de la crête neurale localisés dans des régions au sein du ganglion vestibulaire. Les cellules de gaine de Schwann et les cellules satellites associées à tous ces ganglions proviennent de la crête neurale. Les anlagen ganglionnaires sont disposées dans une séquence crânio-caudale depuis le niveau du mésencéphale jusqu'au troisième somite. L'ectoderme placodal présumé pour les ganglions VIIIe, Ve, VIIe, IXe et Xe est situé d'une manière médiale à latérale pendant les stades précoces du développement, reflétant respectivement les positions dorsolatérale, intermédiaire et épibranchiale de ces placodes neurogéniques.

@article{doi101002aja1001660406,
    author = "D'amico‐Martel, Adele et Noden, Drew M.",
    title = "Contributions des cellules placodales et de la crête neurale aux ganglions périphériques crâniens aviens",
    year = "1983",
    journal = "American Journal of Anatomy",
    abstract = "La méthode de transplantation de tissus embryonnaires a été utilisée pour confirmer l'origine double des ganglions sensoriels crâniens aviens, pour cartographier les emplacements précis des anlagen de ces neurones sensoriels, et pour identifier les neurones dérivés des placodes et de la crête neurale au sein des ganglions. Des segments de crête neurale ou des bandes d'ectoderme placodal présumé ont été excisés d'embryons de poule et remplacés par des tissus homologues d'embryons de caille, dont les cellules contiennent un marqueur d'hétérochromatine. Les neurones dérivés des placodes associés aux nerfs crâniens V, VII, IX et X sont situés distalement par rapport aux neurones dérivés de la crête. Les neurones embryonnaires placodaux, généralement plus grands, sont trouvés dans les portions distales des deux lobes du ganglion trijumeau, ainsi que dans les ganglions géniculé, pétreux et noduleux. Les neurones dérivés de la crête sont trouvés dans le ganglion trijumeau proximal et dans le ganglion proximal combiné des nerfs crâniens IX et X. Les neurones des ganglions vestibulaire et acoustique du nerf crânien VIII dérivent de l'ectoderme placodal, à l'exception de quelques neurones dérivés de la crête neurale localisés dans des régions au sein du ganglion vestibulaire. Les cellules de gaine de Schwann et les cellules satellites associées à tous ces ganglions proviennent de la crête neurale. Les anlagen ganglionnaires sont disposées dans une séquence crânio-caudale depuis le niveau du mésencéphale jusqu'au troisième somite. L'ectoderme placodal présumé pour les ganglions VIIIe, Ve, VIIe, IXe et Xe est situé d'une manière médiale à latérale pendant les stades précoces du développement, reflétant respectivement les positions dorsolatérale, intermédiaire et épibranchiale de ces placodes neurogéniques.",
    url = "https://doi.org/10.1002/aja.1001660406",
    doi = "10.1002/aja.1001660406",
    openalex = "W2145454156",
    references = "doi101002cne920200404, doi1010160002941683903329, doi1010970000505319361200000041"
}

La protéine morphogénétique osseuse et les facteurs de croissance dérivés de l'os sont des outils biochimiques pour la recherche sur la différenciation cellulaire induite et les mécanismes locaux contrôlant la prolifération cellulaire. La protéine morphogénétique osseuse induit irréversiblement la différenciation des cellules mésenchymateuses de type périvasculaire en cellules ostéoprogénitrices. Les facteurs de croissance dérivés de l'os sont sécrétés par et pour les cellules ostéoprogénitrices et stimulent la synthèse d'ADN. La génération et la régénération osseuses sont attribuables à la co-efficacité de la protéine morphogénétique osseuse et des facteurs de croissance dérivés de l'os.

@article{doi101126science6403986,
    author = "Urist, Marshall R. et DeLange, Robert J. et Finerman, Gerald A. M.",
    title = "Différenciation des cellules osseuses et facteurs de croissance",
    year = "1983",
    journal = "Science",
    abstract = "La protéine morphogénétique osseuse et les facteurs de croissance dérivés de l'os sont des outils biochimiques pour la recherche sur la différenciation cellulaire induite et les mécanismes locaux contrôlant la prolifération cellulaire. La protéine morphogénétique osseuse induit irréversiblement la différenciation des cellules mésenchymateuses de type périvasculaire en cellules ostéoprogénitrices. Les facteurs de croissance dérivés de l'os sont sécrétés par et pour les cellules ostéoprogénitrices et stimulent la synthèse d'ADN. La génération et la régénération osseuses sont attribuables à la co-efficacité de la protéine morphogénétique osseuse et des facteurs de croissance dérivés de l'os.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.6403986",
    doi = "10.1126/science.6403986",
    openalex = "W2005097199",
    references = "doi1010160002941683903329, doi1010160092867479903179, doi1010160092867480902378, doi1010160092867481900374, doi101038225420a0, doi101056nejm198010093031511, doi101073pnas72103925, doi101073pnas7351447, doi101073pnas78127599, doi1010970000308619670700000026, doi101126science1503698893"
}

@article{doi101007bf02406132,
    author = "Parfitt, A. M.",
    title = "The cellular basis of bone remodeling: The quantum concept reexamined in light of recent advances in the cell biology of bone",
    year = "1984",
    journal = "Calcified Tissue International",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf02406132",
    doi = "10.1007/bf02406132",
    openalex = "W2114157286",
    references = "doi101007bf02406145, doi101007bf02409454, doi1010160002941683903329, doi1010160021929082902469, doi1010160221874782900029, doi101056nejm198307073090107, doi101126science6403986, doi101172jci111096, doi107326000348199522482, openalexw1585377912"
}

Résumé La majeure partie de nos connaissances actuelles sur l'ultrastructure cellulaire provient d'études de préparations fixées chimiquement et cryoprotégées chimiquement. Dans la première partie de cette revue, nous documentons les nombreux artefacts associés aux techniques chimiques qui les rendent inadaptées à une raffinement ultérieur de notre compréhension de l'ultrastructure cellulaire. La meilleure méthode actuellement disponible pour la préservation de l'ultrastructure cellulaire est le gel ultrarapide. La deuxième partie de cette revue examine la physique de la formation de cristaux de glace dans les systèmes biologiques, ce qui suggère que des cristaux de glace seront présents dans tout spécimen congelé non cryoprotégé. Nous définissons une préparation congelée ultrarapidement comme celle dans laquelle les cristaux de glace sont si petits qu'ils sont invisibles au niveau microscopique électronique. Les améliorations apportées à la facilité d'application et à la fiabilité des techniques de gel ultrarapide ont atteint un point où ces techniques peuvent être utilisées par quiconque nécessite la meilleure préservation réalisable de l'ultrastructure cellulaire. Dans la troisième partie de cette revue, nous décrivons et critiquons les cinq méthodes de gel ultrarapide actuellement utilisées.

@article{doi101002jemt1060030206,
    author = "Gilkey, John C. et Staehelin, L. Andrew",
    title = "Advances in ultrarapid freezing for the preservation of cellular ultrastructure",
    year = "1986",
    journal = "Journal of Electron Microscopy Technique",
    abstract = "Résumé La majeure partie de nos connaissances actuelles sur l'ultrastructure cellulaire provient d'études de préparations fixées chimiquement et cryoprotégées chimiquement. Dans la première partie de cette revue, nous documentons les nombreux artefacts associés aux techniques chimiques qui les rendent inadaptées à une raffinement ultérieur de notre compréhension de l'ultrastructure cellulaire. La meilleure méthode actuellement disponible pour la préservation de l'ultrastructure cellulaire est le gel ultrarapide. La deuxième partie de cette revue examine la physique de la formation de cristaux de glace dans les systèmes biologiques, ce qui suggère que des cristaux de glace seront présents dans tout spécimen congelé non cryoprotégé. Nous définissons une préparation congelée ultrarapidement comme celle dans laquelle les cristaux de glace sont si petits qu'ils sont invisibles au niveau microscopique électronique. Les améliorations apportées à la facilité d'application et à la fiabilité des techniques de gel ultrarapide ont atteint un point où ces techniques peuvent être utilisées par quiconque nécessite la meilleure préservation réalisable de l'ultrastructure cellulaire. Dans la troisième partie de cette revue, nous décrivons et critiquons les cinq méthodes de gel ultrarapide actuellement utilisées.",
    url = "https://doi.org/10.1002/jemt.1060030206",
    doi = "10.1002/jemt.1060030206",
    openalex = "W2105773551",
    references = "doi101083jcb173609"
}

Si beaucoup d'attention a été portée à l'élimination des hormones des sérums et au développement de milieux sans sérum pour les études sur les cellules sensibles aux hormones en culture, peu d'attention a été accordée à la possibilité que les composants du milieu eux-mêmes puissent avoir une activité hormonale. Nous avons constaté que le rouge phénol, qui présente une ressemblance structurale avec certains œstrogènes non stéroïdiens et qui est utilisé universellement comme indicateur de pH dans les milieux de culture tissulaire, présente une activité œstrogénique significative aux concentrations (15-45 microM) auxquelles il est présent dans les milieux de culture tissulaire. Le rouge phénol se lie au récepteur des œstrogènes des cellules de cancer du sein humain MCF-7 avec une affinité 0,001 % de celle de l'estradiol (Kd = 2 X 10(-5) M). Il stimule la prolifération des cellules de cancer du sein MCF-7 positives pour le récepteur des œstrogènes de manière dépendante de la dose, mais n'a aucun effet sur la croissance des cellules de cancer du sein MDA-MB-231 négatives pour le récepteur des œstrogènes. Aux concentrations présentes dans les milieux de culture tissulaire, le rouge phénol provoque une stimulation œstrogénique partielle, augmentant le nombre de cellules à 200 % et la teneur en récepteurs de progestérone à 300 % de celle observée pour les cellules cultivées dans un milieu exempt de rouge phénol, réduisant ainsi le degré auquel l'œstrogène exogène est capable de stimuler les réponses. Les antiœstrogènes tamoxifène et hydroxytamoxifène inhibent la prolifération cellulaire en dessous du niveau de contrôle uniquement lorsque les cellules sont cultivées en présence de rouge phénol ; en l'absence de rouge phénol, les antiœstrogènes ne suppriment pas la croissance. L'activité œstrogénique du rouge phénol doit être prise en compte dans toute étude utilisant des cellules sensibles aux œstrogènes en culture.

@article{doi101073pnas8382496,
    author = "Berthois, Yolande et Katzenellenbogen, John A. et Katzenellenbogen, Benita S.",
    title = "Le rouge phénol dans les milieux de culture tissulaire est un œstrogène faible : implications concernant l'étude des cellules sensibles aux œstrogènes en culture.",
    year = "1986",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Si beaucoup d'attention a été portée à l'élimination des hormones des sérums et au développement de milieux sans sérum pour les études sur les cellules sensibles aux hormones en culture, peu d'attention a été accordée à la possibilité que les composants du milieu eux-mêmes puissent avoir une activité hormonale. Nous avons constaté que le rouge phénol, qui présente une ressemblance structurale avec certains œstrogènes non stéroïdiens et qui est utilisé universellement comme indicateur de pH dans les milieux de culture tissulaire, présente une activité œstrogénique significative aux concentrations (15-45 microM) auxquelles il est présent dans les milieux de culture tissulaire. Le rouge phénol se lie au récepteur des œstrogènes des cellules de cancer du sein humain MCF-7 avec une affinité 0,001 % de celle de l'estradiol (Kd = 2 X 10(-5) M). Il stimule la prolifération des cellules de cancer du sein MCF-7 positives pour le récepteur des œstrogènes de manière dépendante de la dose, mais n'a aucun effet sur la croissance des cellules de cancer du sein MDA-MB-231 négatives pour le récepteur des œstrogènes. Aux concentrations présentes dans les milieux de culture tissulaire, le rouge phénol provoque une stimulation œstrogénique partielle, augmentant le nombre de cellules à 200 % et la teneur en récepteurs de progestérone à 300 % de celle observée pour les cellules cultivées dans un milieu exempt de rouge phénol, réduisant ainsi le degré auquel l'œstrogène exogène est capable de stimuler les réponses. Les antiœstrogènes tamoxifène et hydroxytamoxifène inhibent la prolifération cellulaire en dessous du niveau de contrôle uniquement lorsque les cellules sont cultivées en présence de rouge phénol ; en l'absence de rouge phénol, les antiœstrogènes ne suppriment pas la croissance. L'activité œstrogénique du rouge phénol doit être prise en compte dans toute étude utilisant des cellules sensibles aux œstrogènes en culture.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.83.8.2496",
    doi = "10.1073/pnas.83.8.2496",
    openalex = "W2059153388"
}

@incollection{holahan1987cellular,
    author = "HOLAHAN, EUGENE V.",
    title = "Biologie cellulaire des radiations",
    year = "1987",
    booktitle = "Radiobiologie militaire",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-0-12-184050-1.50007-8",
    doi = "10.1016/b978-0-12-184050-1.50007-8",
    pages = "87-110"
}

Les cellules osseuses constituent une population de cellules d'origine hétérogène mais de fonction restreinte en ce qui concerne la formation de la matrice, la minéralisation et la résorption. L'origine locale mésenchymateuse des cellules qui forment le squelette contraste avec leurs apparentés extrasquelettiques hématopoïétiques sous lesquels a lieu la résorption osseuse. Cependant, les fonctions de ces deux populations diverses sont remarquablement liées et interdépendantes. La régulation des cellules osseuses, actuellement à ses débuts, est une cascade compliquée impliquant une pléthore de facteurs locaux et systémiques, y compris certains composants des matrices squelettiques et d'autres systèmes d'organes. Ainsi, toute compréhension de la régulation des cellules osseuses est un ingrédient clé pour comprendre non seulement le développement, le maintien et la réparation du squelette, mais aussi la prévention et le traitement des troubles squelettiques.

@article{doi101002aja1001830102,
    author = "Marks, Sandy C. et Popoff, Steven N.",
    title = "Biologie des cellules osseuses : la régulation du développement, de la structure et de la fonction dans le squelette",
    year = "1988",
    journal = "American Journal of Anatomy",
    abstract = "Les cellules osseuses constituent une population de cellules d'origine hétérogène mais de fonction restreinte en ce qui concerne la formation de la matrice, la minéralisation et la résorption. L'origine locale mésenchymateuse des cellules qui forment le squelette contraste avec leurs apparentés extrasquelettiques hématopoïétiques sous lesquels a lieu la résorption osseuse. Cependant, les fonctions de ces deux populations diverses sont remarquablement liées et interdépendantes. La régulation des cellules osseuses, actuellement à ses débuts, est une cascade compliquée impliquant une pléthore de facteurs locaux et systémiques, y compris certains composants des matrices squelettiques et d'autres systèmes d'organes. Ainsi, toute compréhension de la régulation des cellules osseuses est un ingrédient clé pour comprendre non seulement le développement, le maintien et la réparation du squelette, mais aussi la prévention et le traitement des troubles squelettiques.",
    url = "https://doi.org/10.1002/aja.1001830102",
    doi = "10.1002/aja.1001830102",
    openalex = "W2162552372",
    references = "doi1010160002941683903329"
}

@article{doi101007bf00225804,
    author = "Maniatopoulos, C. et Sodek, Jaro et Melcher, A. H.",
    title = "Formation osseuse in vitro par des cellules stromales obtenues à partir de la moelle osseuse de rats adultes jeunes",
    year = "1988",
    journal = "Cell and Tissue Research",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf00225804",
    doi = "10.1007/bf00225804",
    openalex = "W1986276800",
    references = "doi101001jama195302940280072039"
}

Un estradiol à haute activité spécifique marqué à l'iode-125 a été utilisé pour détecter environ 200 sites de liaison nucléaires saturables à haute affinité (constante de dissociation ≅ 1,0 nM) dans des cellules ostéosarcomateuses ostéoblastiques semblables à l'ostéoblaste clonales de rat (ROS 17/2.8) et d'humain (HOS TE85). Parmi les stéroïdes testés, seul le testostérone a présenté une réactivité croisée significative avec la liaison à l'estradiol. L'analyse par blot d'ARN avec une sonde ADN complémentaire au récepteur de l'estradiol humain a révélé des transcrits de récepteurs putatifs de 6 à 6,2 kilobases à la fois dans les cellules ostéosarcomateuses de rat et d'humain. Les niveaux d'ARNm du procollagène de type I et du facteur de croissance transformant-β ont été augmentés dans des cellules ostéoblastiques semblables à l'ostéoblaste humaines cultivées traitées avec 1 nM d'estradiol. Ainsi, l'estradiol peut agir directement sur les ostéoblastes par un mécanisme médié par un récepteur et ainsi moduler la matrice extracellulaire et d'autres protéines impliquées dans le maintien de la minéralisation et de la remodelation squelettiques.

@article{doi101126science3164526,
    author = "Komm, Barry S. et Terpening, Christopher et Benz, D. et Graeme, Kimberlie A. et Gallegos, Alfred et Korc, Murray et Greene, Geoffrey L. et O’Malley, Bert W. et Haussler, Mark R.",
    title = "Liaison à l'estradiol, ARNm du récepteur et réponse biologique dans des cellules ostéosarcomateuses ostéoblastiques semblables à l'ostéoblaste",
    year = "1988",
    journal = "Science",
    abstract = "Un estradiol à haute activité spécifique marqué à l'iode-125 a été utilisé pour détecter environ 200 sites de liaison nucléaires saturables à haute affinité (constante de dissociation ≅ 1,0 nM) dans des cellules ostéosarcomateuses ostéoblastiques semblables à l'ostéoblaste clonales de rat (ROS 17/2.8) et d'humain (HOS TE85). Parmi les stéroïdes testés, seul le testostérone a présenté une réactivité croisée significative avec la liaison à l'estradiol. L'analyse par blot d'ARN avec une sonde ADN complémentaire au récepteur de l'estradiol humain a révélé des transcrits de récepteurs putatifs de 6 à 6,2 kilobases à la fois dans les cellules ostéosarcomateuses de rat et d'humain. Les niveaux d'ARNm du procollagène de type I et du facteur de croissance transformant-β ont été augmentés dans des cellules ostéoblastiques semblables à l'ostéoblaste humaines cultivées traitées avec 1 nM d'estradiol. Ainsi, l'estradiol peut agir directement sur les ostéoblastes par un mécanisme médié par un récepteur et ainsi moduler la matrice extracellulaire et d'autres protéines impliquées dans le maintien de la minéralisation et de la remodelation squelettiques.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.3164526",
    doi = "10.1126/science.3164526",
    openalex = "W2140086733",
    references = "doi101007bf02406132, doi101016s0021925818482580, doi101016s0021925819435370, doi101038316701a0, doi101073pnas8382496, doi101126science1824108126, doi101126science3029866, doi101126science3388021, doi101126science3753802, doi101126science6403986"
}

Chez sept souches de cellules ostéoblastiques humaines normales cultivées, une moyenne de 1615 molécules d'17 bêta-estradiol marqué au tritium par noyau cellulaire peuvent se lier à des sites nucléaires spécifiques. La liaison nucléaire du stéroïde marqué dépend de la température, est spécifique au stéroïde, saturable et spécifique au type cellulaire. Ce sont les caractéristiques des récepteurs aux œstrogènes biologiquement actifs. Un prétraitement par 10 nanomolaire d'estradiol in vitro a augmenté la liaison nucléaire spécifique de la progestérone chez quatre des six souches cellulaires, indiquant une induction de récepteurs fonctionnels à la progestérone. L'analyse par blot d'ARN a démontré la présence d'ARN messager pour le récepteur aux œstrogènes humain. Les données suggèrent que l'œstrogène agit directement sur les cellules osseuses humaines par un mécanisme médié par un récepteur aux œstrogènes classique.

@article{doi101126science3388021,
    author = "Eriksen, Erik Fink et Colvard, Douglas S. et Berg, Nicholas J. et Graham, Mark L. et Mann, Kenneth G. et Spelsberg, Thomas C. et Riggs, B. Lawrence",
    title = "Preuve de la présence de récepteurs aux œstrogènes dans des ostéoblastes humains normaux semblables à des cellules",
    year = "1988",
    journal = "Science",
    abstract = "Chez sept souches de cellules ostéoblastiques humaines normales cultivées, une moyenne de 1615 molécules d'17 bêta-estradiol marqué au tritium par noyau cellulaire peuvent se lier à des sites nucléaires spécifiques. La liaison nucléaire du stéroïde marqué dépend de la température, est spécifique au stéroïde, saturable et spécifique au type cellulaire. Ce sont les caractéristiques des récepteurs aux œstrogènes biologiquement actifs. Un prétraitement par 10 nanomolaire d'estradiol in vitro a augmenté la liaison nucléaire spécifique de la progestérone chez quatre des six souches cellulaires, indiquant une induction de récepteurs fonctionnels à la progestérone. L'analyse par blot d'ARN a démontré la présence d'ARN messager pour le récepteur aux œstrogènes humain. Les données suggèrent que l'œstrogène agit directement sur les cellules osseuses humaines par un mécanisme médié par un récepteur aux œstrogènes classique.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.3388021",
    doi = "10.1126/science.3388021",
    openalex = "W2062729355"
}

On passe en revue les preuves à l'appui de l'hypothèse selon laquelle des cellules souches stromales sont présentes dans les tissus conjonctifs mous associés à la moelle et aux surfaces osseuses, et capables de donner naissance à plusieurs lignées cellulaires différentes. Ces lignées sont actuellement désignées comme fibroblastiques, réticulaires, adipocytaires et ostéogéniques. Des colonies fibroblastiques, chacune issue d'une seule unité formant des colonies fibroblastiques (CFU-F), se forment lorsque des cellules de moelle sont cultivées in vitro. Des tests in vivo sur les tissus formés par les CFU-F dans des greffes ouvertes ou dans des chambres de diffusion ont démontré que certaines CFU-F ont une forte capacité d'autorenouvellement et de multipotentialité, tandis que d'autres ont un potentiel plus limité. Des investigations préliminaires in vitro soutiennent également l'hypothèse et ont montré que les CFU-F constituent une population hétérogène de cellules souches et progénitrices, et que leur différenciation in vitro peut être modifiée au niveau de la colonie. Les cellules stromales qui survivent et prolifèrent in vitro sont fortement dépendantes des conditions de culture. Le nombre et la hiérarchie des lignées cellulaires appartenant au système fibroblastique stromal ne sont pas encore entièrement élucidés, et des marqueurs plus spécifiques ainsi que de meilleurs tests pour les différents phénotypes sont nécessaires avant qu'une compréhension plus approfondie ne puisse être atteinte. Il est proposé que le système stromal de la moelle fasse partie d'un système stromal cellulaire plus large du corps.

@article{doi101242jcs1988supplement105,
    author = "Owen, Maureen",
    title = "Cellules souches stromales de la moelle",
    year = "1988",
    journal = "Journal of Cell Science",
    abstract = "On passe en revue les preuves à l'appui de l'hypothèse selon laquelle des cellules souches stromales sont présentes dans les tissus conjonctifs mous associés à la moelle et aux surfaces osseuses, et capables de donner naissance à plusieurs lignées cellulaires différentes. Ces lignées sont actuellement désignées comme fibroblastiques, réticulaires, adipocytaires et ostéogéniques. Des colonies fibroblastiques, chacune issue d'une seule unité formant des colonies fibroblastiques (CFU-F), se forment lorsque des cellules de moelle sont cultivées in vitro. Des tests in vivo sur les tissus formés par les CFU-F dans des greffes ouvertes ou dans des chambres de diffusion ont démontré que certaines CFU-F ont une forte capacité d'autorenouvellement et de multipotentialité, tandis que d'autres ont un potentiel plus limité. Des investigations préliminaires in vitro soutiennent également l'hypothèse et ont montré que les CFU-F constituent une population hétérogène de cellules souches et progénitrices, et que leur différenciation in vitro peut être modifiée au niveau de la colonie. Les cellules stromales qui survivent et prolifèrent in vitro sont fortement dépendantes des conditions de culture. Le nombre et la hiérarchie des lignées cellulaires appartenant au système fibroblastique stromal ne sont pas encore entièrement élucidés, et des marqueurs plus spécifiques ainsi que de meilleurs tests pour les différents phénotypes sont nécessaires avant qu'une compréhension plus approfondie ne puisse être atteinte. Il est proposé que le système stromal de la moelle fasse partie d'un système stromal cellulaire plus large du corps.",
    url = "https://doi.org/10.1242/jcs.1988.supplement_10.5",
    doi = "10.1242/jcs.1988.supplement_10.5",
    openalex = "W2019480285",
    references = "doi101126science6403986"
}

Pendant les 30 dernières années, les stratégies de découverte et de développement précliniques d'agents anticancéreux potentiels ont reposé en grande partie sur le test d'agents chez des souris portant des leucémies et des tumeurs solides greffables issues d'un nombre limité de sources murines et humaines. La faisabilité de la mise en œuvre d'une approche alternative, à savoir un criblage combiné in vitro/in vivo de cytotoxicité sélective parmi des panels de lignées cellulaires de tumeurs humaines issues d'un large spectre de tumeurs solides humaines, fait l'objet d'une investigation. Un groupe de 30 lignées cellulaires acquises auprès de diverses sources et représentant 8 pathologies du cancer du poumon, ainsi que 76 lignées cellulaires représentant 10 autres catégories de cancer humain (carcinomes du côlon, du sein, du rein, de la prostate, de l'ovaire, de la tête et du cou ; gliome ; leucémie ; mélanome ; et sarcome) ont présenté des caractéristiques de croissance acceptables et des profils colorimétriques appropriés dans un milieu de culture unique et standard. Les mesures de la croissance in vitro dans des puits de microculture par réduction de tétrazolium médiée par les cellules ont montré une excellente corrélation (0,89 < r2 < 0,98) avec les mesures de protéines cellulaires dans des cultures de lignées cellulaires adhérentes ainsi que le nombre de cellules viables dans des cultures de lignées cellulaires en suspension (0,94 < r2 < 0,99). Étant donné que l'essai de tétrazolium en microculture fournit des indices sensibles et reproductibles de la croissance ainsi que de la sensibilité aux médicaments dans des lignées cellulaires individuelles au cours de multiples passages et de plusieurs mois de culture, il semble approprié pour le criblage initial de médicaments in vitro.

@article{openalexw2120064876,
    author = "Alley, Michael C. et Scudiero, Dominic A. et Monks, Anne et Hursey, Miriam L. et Czerwiński, Maciej et Fine, Donald L. et Abbott, Betty J. et Mayo, Joseph G. et Shoemaker, Robert H. et Boyd, Michael R.",
    title = "Feasibilité du criblage de médicaments avec des panels de lignées cellulaires de tumeurs humaines utilisant un essai de tétrazolium en microculture.",
    year = "1988",
    journal = "PubMed",
    abstract = "Pendant les 30 dernières années, les stratégies de découverte et de développement précliniques d'agents anticancéreux potentiels ont reposé en grande partie sur le test d'agents chez des souris portant des leucémies et des tumeurs solides greffables issues d'un nombre limité de sources murines et humaines. La faisabilité de la mise en œuvre d'une approche alternative, à savoir un criblage combiné in vitro/in vivo de cytotoxicité sélective parmi des panels de lignées cellulaires de tumeurs humaines issues d'un large spectre de tumeurs solides humaines, fait l'objet d'une investigation. Un groupe de 30 lignées cellulaires acquises auprès de diverses sources et représentant 8 pathologies du cancer du poumon, ainsi que 76 lignées cellulaires représentant 10 autres catégories de cancer humain (carcinomes du côlon, du sein, du rein, de la prostate, de l'ovaire, de la tête et du cou ; gliome ; leucémie ; mélanome ; et sarcome) ont présenté des caractéristiques de croissance acceptables et des profils colorimétriques appropriés dans un milieu de culture unique et standard. Les mesures de la croissance in vitro dans des puits de microculture par réduction de tétrazolium médiée par les cellules ont montré une excellente corrélation (0,89 < r2 < 0,98) avec les mesures de protéines cellulaires dans des cultures de lignées cellulaires adhérentes ainsi que le nombre de cellules viables dans des cultures de lignées cellulaires en suspension (0,94 < r2 < 0,99). Étant donné que l'essai de tétrazolium en microculture fournit des indices sensibles et reproductibles de la croissance ainsi que de la sensibilité aux médicaments dans des lignées cellulaires individuelles au cours de multiples passages et de plusieurs mois de culture, il semble approprié pour le criblage initial de médicaments in vitro.",
    openalex = "W2120064876"
}

Nous avons précédemment décrit l'application d'un essai au tétrazolium en microculture automatisé (MTA) impliquant la solubilisation au diméthylsulfoxyde du formazan de 3-(4,5-diméthylthiazol-2-yl)-2,5-diphényltétrazolium bromure (MTT) généré par les cellules à l'évaluation in vitro des effets des médicaments sur la croissance cellulaire (M.C. Alley et al., Proc. Am. Assoc. Cancer Res., 27:389, 1986; M.C. Alley et al., Cancer Res. 48:589-601, 1988). Il existe plusieurs inconvénients inhérents à cet essai, notamment le danger de sécurité lié à l'exposition du personnel à de grandes quantités de diméthylsulfoxyde, les effets néfastes de ce solvant sur le matériel de laboratoire, et le métabolisme inefficace du MTT par certaines lignées cellulaires humaines. La reconnaissance de ces limitations a conduit au développement de MTA possibles alternatifs utilisant un réactif tétrazolium différent, 2,3-bis(2-méthoxy-4-nitro-5-sulfophényl)-5-[(phénylamino)carbonyl] -2H- tétrazolium hydroxyde (XTT), qui est réduit métaboliquement dans les cellules viables en un produit formazan soluble dans l'eau. Ce réactif permet des lectures d'absorbance directes, éliminant ainsi une étape de solubilisation et raccourcissant la procédure d'essai de croissance en microculture. La plupart des lignées cellulaires tumorales humaines examinées métabolisaient l'XTT moins efficacement que le MTT ; cependant, l'ajout de phénazine méthosulfate (PMS) a considérablement amélioré la réduction cellulaire de l'XTT. En présence de PMS, le réactif XTT a fourni des valeurs d'absorbance utilisables pour les évaluations de croissance et de sensibilité aux médicaments avec une variété de lignées cellulaires. Selon la capacité réductrice métabolique d'une lignée cellulaire donnée, les conditions optimales pour un essai d'incubation XTT de 4 heures étaient de 50 microgrammes de XTT et de 0,15 à 0,4 microgramme de PMS par puits. Les profils de médicaments obtenus avec des lignées cellulaires tumorales humaines représentatives pour plusieurs composés standards utilisant la méthodologie XTT-PMS étaient similaires aux profils obtenus avec le MTT. L'ajout de PMS semblait avoir peu d'effet sur le métabolisme du MTT. Le nouveau réactif XTT fournit ainsi un essai de croissance cellulaire in vitro simplifié avec une applicabilité possible à une variété de problèmes en pharmacologie et biologie cellulaires. Cependant, le MTA utilisant le réactif XTT partage encore de nombreuses limitations et pièges potentiels du MTT ou d'autres essais basés sur le tétrazolium.

@article{openalexw2143811153,
    author = "Scudiero, Dominic A. et Shoemaker, Robert H. et Paull, Kenneth D. et Monks, Anne et Tierney, Sean et Nofziger, T H et Currens, Michael J. et Seniff, D A et Boyd, Michael R.",
    title = "Évaluation d'un essai soluble au tétrazolium/formazan pour la croissance cellulaire et la sensibilité aux médicaments en culture utilisant des lignées cellulaires tumorales humaines et autres.",
    year = "1988",
    journal = "PubMed",
    abstract = "Nous avons précédemment décrit l'application d'un essai au tétrazolium en microculture automatisé (MTA) impliquant la solubilisation au diméthylsulfoxyde du formazan de 3-(4,5-diméthylthiazol-2-yl)-2,5-diphényltétrazolium bromure (MTT) généré par les cellules à l'évaluation in vitro des effets des médicaments sur la croissance cellulaire (M.C. Alley et al., Proc. Am. Assoc. Cancer Res., 27:389, 1986; M.C. Alley et al., Cancer Res. 48:589-601, 1988). Il existe plusieurs inconvénients inhérents à cet essai, notamment le danger de sécurité lié à l'exposition du personnel à de grandes quantités de diméthylsulfoxyde, les effets néfastes de ce solvant sur le matériel de laboratoire, et le métabolisme inefficace du MTT par certaines lignées cellulaires humaines. La reconnaissance de ces limitations a conduit au développement de MTA possibles alternatifs utilisant un réactif tétrazolium différent, 2,3-bis(2-méthoxy-4-nitro-5-sulfophényl)-5-[(phénylamino)carbonyl] -2H- tétrazolium hydroxyde (XTT), qui est réduit métaboliquement dans les cellules viables en un produit formazan soluble dans l'eau. Ce réactif permet des lectures d'absorbance directes, éliminant ainsi une étape de solubilisation et raccourcissant la procédure d'essai de croissance en microculture. La plupart des lignées cellulaires tumorales humaines examinées métabolisaient l'XTT moins efficacement que le MTT ; cependant, l'ajout de phénazine méthosulfate (PMS) a considérablement amélioré la réduction cellulaire de l'XTT. En présence de PMS, le réactif XTT a fourni des valeurs d'absorbance utilisables pour les évaluations de croissance et de sensibilité aux médicaments avec une variété de lignées cellulaires. Selon la capacité réductrice métabolique d'une lignée cellulaire donnée, les conditions optimales pour un essai d'incubation XTT de 4 heures étaient de 50 microgrammes de XTT et de 0,15 à 0,4 microgramme de PMS par puits. Les profils de médicaments obtenus avec des lignées cellulaires tumorales humaines représentatives pour plusieurs composés standards utilisant la méthodologie XTT-PMS étaient similaires aux profils obtenus avec le MTT. L'ajout de PMS semblait avoir peu d'effet sur le métabolisme du MTT. Le nouveau réactif XTT fournit ainsi un essai de croissance cellulaire in vitro simplifié avec une applicabilité possible à une variété de problèmes en pharmacologie et biologie cellulaires. Cependant, le MTA utilisant le réactif XTT partage encore de nombreuses limitations et pièges potentiels du MTT ou d'autres essais basés sur le tétrazolium.",
    openalex = "W2143811153",
    references = "doi101002jhet5570250340, doi101007bf00256695, doi1010160022175983903034, doi1010160277537986901628, doi101016s0079633676800150, doi101016s0304383575975060, doi101038bjc198435, doi101093ajcp233218, openalexw2120064876, openalexw2140927361"
}

L'Institut national du cancer (NCI) met en œuvre un programme à grande échelle de criblage in vitro de médicaments qui nécessite un test automatisé très efficace des effets des médicaments sur la viabilité ou la croissance des cellules tumorales. De nombreux laboratoires dans le monde ont adopté un test de microculture basé sur la réduction métabolique du 3-(4,5-diméthylthiazol-2-yl)-2,5-diphényltétrazolium bromure (MTT). Cependant, en raison de certains avantages techniques liés à l'utilisation du colorant liant les protéines sulforhodamine B (SRB) dans une application de criblage à grande échelle, une comparaison détaillée des données générées par chaque type de test a été entreprise. Les tests MTT et SRB ont chacun été utilisés pour tester 197 composés, sur des jours simultanés, contre jusqu'à 38 lignées cellulaires tumorales humaines représentant sept catégories majeures de tumeurs. Par la suite, 38 composés ont été rétestés avec le test SRB et 25 composés ont été rétestés avec le test MTT. Pour chacune de ces trois comparaisons, nous avons tabulé les différences entre les deux tests dans les rapports des valeurs du groupe test aux valeurs de contrôle (T/C) pour la survie cellulaire ; calculé les coefficients de corrélation pour divers rapports T/C ; et estimé la distribution bivariée des valeurs pour l'IC50 (concentration du médicament entraînant des valeurs T/C de 50 %, ou 50 % d'inhibition de la croissance) pour les deux tests. Les résultats indiquent que, sous les conditions expérimentales utilisées et dans les limites des analyses de données, les tests se comportent de manière similaire. Cependant, en raison des avantages pratiques du test SRB pour le criblage à grande échelle, il a été adopté pour une utilisation routinière dans le criblage in vitro antitumoral du NCI.

@article{doi101093jnci82131113,
    author = "Rubinstein, Larry et Shoemaker, Robert H. et Paull, Kenneth D. et Simon, Richard et Tosini, S. et Skehan, Philip et Scudiero, Dominic A. et Monks, Anne et Boyd, M.R.",
    title = "Comparison of In Vitro Anticancer-Drug-Screening Data Generated With a Tetrazolium Assay Versus a Protein Assay Against a Diverse Panel of Human Tumor Cell Lines",
    year = "1990",
    journal = "JNCI Journal of the National Cancer Institute",
    abstract = "L'Institut national du cancer (NCI) met en œuvre un programme à grande échelle de criblage in vitro de médicaments qui nécessite un test automatisé très efficace des effets des médicaments sur la viabilité ou la croissance des cellules tumorales. De nombreux laboratoires dans le monde ont adopté un test de microculture basé sur la réduction métabolique du 3-(4,5-diméthylthiazol-2-yl)-2,5-diphényltétrazolium bromure (MTT). Cependant, en raison de certains avantages techniques liés à l'utilisation du colorant liant les protéines sulforhodamine B (SRB) dans une application de criblage à grande échelle, une comparaison détaillée des données générées par chaque type de test a été entreprise. Les tests MTT et SRB ont chacun été utilisés pour tester 197 composés, sur des jours simultanés, contre jusqu'à 38 lignées cellulaires tumorales humaines représentant sept catégories majeures de tumeurs. Par la suite, 38 composés ont été rétestés avec le test SRB et 25 composés ont été rétestés avec le test MTT. Pour chacune de ces trois comparaisons, nous avons tabulé les différences entre les deux tests dans les rapports des valeurs du groupe test aux valeurs de contrôle (T/C) pour la survie cellulaire ; calculé les coefficients de corrélation pour divers rapports T/C ; et estimé la distribution bivariée des valeurs pour l'IC50 (concentration du médicament entraînant des valeurs T/C de 50 %, ou 50 % d'inhibition de la croissance) pour les deux tests. Les résultats indiquent que, sous les conditions expérimentales utilisées et dans les limites des analyses de données, les tests se comportent de manière similaire. Cependant, en raison des avantages pratiques du test SRB pour le criblage à grande échelle, il a été adopté pour une utilisation routinière dans le criblage in vitro antitumoral du NCI.",
    url = "https://doi.org/10.1093/jnci/82.13.1113",
    doi = "10.1093/jnci/82.13.1113",
    openalex = "W1993570389"
}

La formation d'os et de cartilage dans l'embryon, ainsi que la réparation et le renouvellement chez l'adulte, impliquent la descendance d'un petit nombre de cellules appelées cellules souches mésenchymateuses. Ces cellules se divisent et leur descendance s'engage dans une voie phénotypique spécifique et distinctive, une lignée à étapes discrètes et, enfin, des cellules en phase terminale impliquées dans la fabrication d'un type de tissu unique, par exemple le cartilage ou l'os. La signalisation locale (facteurs extrinsèques) et le potentiel génomique (facteurs intrinsèques) interagissent à chaque étape de la lignée pour contrôler le taux et le phénotype caractéristique des cellules dans le tissu émergent. L'étude de ces cellules souches mésenchymateuses, qu'elles soient isolées d'embryons ou d'adultes, fournit la base pour l'émergence d'une nouvelle technologie thérapeutique de réparation cellulaire autonome. L'isolement, l'expansion mitotique et la délivrance dirigée vers un site de cellules souches autologues peuvent régir la réparation rapide et spécifique des tissus squelettiques.

@article{doi101002jor1100090504,
    author = "Caplan, Arnold I.",
    title = "Cellules souches mésenchymateuses",
    year = "1991",
    journal = "Journal of Orthopaedic Research®",
    abstract = "La formation d'os et de cartilage dans l'embryon, ainsi que la réparation et le renouvellement chez l'adulte, impliquent la descendance d'un petit nombre de cellules appelées cellules souches mésenchymateuses. Ces cellules se divisent et leur descendance s'engage dans une voie phénotypique spécifique et distinctive, une lignée à étapes discrètes et, enfin, des cellules en phase terminale impliquées dans la fabrication d'un type de tissu unique, par exemple le cartilage ou l'os. La signalisation locale (facteurs extrinsèques) et le potentiel génomique (facteurs intrinsèques) interagissent à chaque étape de la lignée pour contrôler le taux et le phénotype caractéristique des cellules dans le tissu émergent. L'étude de ces cellules souches mésenchymateuses, qu'elles soient isolées d'embryons ou d'adultes, fournit la base pour l'émergence d'une nouvelle technologie thérapeutique de réparation cellulaire autonome. L'isolement, l'expansion mitotique et la délivrance dirigée vers un site de cellules souches autologues peuvent régir la réparation rapide et spécifique des tissus squelettiques.",
    url = "https://doi.org/10.1002/jor.1100090504",
    doi = "10.1002/jor.1100090504",
    openalex = "W2144268541",
    references = "doi101126science6403986"
}

Nous décrivons ici le développement et la mise en œuvre d'un criblage anticancéreux à l'échelle pilote, in vitro, utilisant un panel de 60 lignées cellulaires tumorales humaines organisées en sous-panels représentant la leucémie, le mélanome et les cancers du poumon, du côlon, du rein, de l'ovaire et du système nerveux central. L'objectif ultime de ce criblage axé sur la maladie est de faciliter la découverte de nouveaux composés présentant une activité antitumorale potentielle spécifique à la lignée cellulaire et/ou au sous-panel. Dans le protocole de criblage actuel, chaque lignée cellulaire est inoculée sur des plaques à microtitrage, puis préincubée pendant 24 à 28 heures. Par la suite, les agents de test sont ajoutés sous cinq dilutions 10 fois et la culture est incubée pendant 48 heures supplémentaires. Pour chaque agent de test, un profil dose-réponse est généré. Les déterminations en point final de la viabilité cellulaire ou de la croissance cellulaire sont effectuées par fixation in situ des cellules, suivie d'une coloration avec un colorant se liant aux protéines, le sulforhodamine B (SRB). Le SRB se lie aux acides aminés basiques des macromolécules cellulaires ; la coloration solubilisée est mesurée spectrophotométriquement pour déterminer la croissance cellulaire relative ou la viabilité dans les cellules traitées et non traitées. Après les études de criblage pilote, un taux de criblage de 400 composés par semaine a été constamment atteint.

@article{doi101093jnci8311757,
    author = "Monks, Anne et Scudiero, Dominic A. et Skehan, Philip et Shoemaker, Robert H. et Paull, Kenneth D. et Vistica, David T. et Hose, Curtis et Langley, James W. et Cronise, P. et Vaigro-Wolff, Anne et Gray-Goodrich, M. et Campbell, H. et Mayo, J. et Boyd, Marie",
    title = "Feasibilité d'un criblage anticancéreux à haut débit utilisant un panel divers de lignées cellulaires tumorales humaines cultivées",
    year = "1991",
    journal = "JNCI Journal of the National Cancer Institute",
    abstract = "Nous décrivons ici le développement et la mise en œuvre d'un criblage anticancéreux à l'échelle pilote, in vitro, utilisant un panel de 60 lignées cellulaires tumorales humaines organisées en sous-panels représentant la leucémie, le mélanome et les cancers du poumon, du côlon, du rein, de l'ovaire et du système nerveux central. L'objectif ultime de ce criblage axé sur la maladie est de faciliter la découverte de nouveaux composés présentant une activité antitumorale potentielle spécifique à la lignée cellulaire et/ou au sous-panel. Dans le protocole de criblage actuel, chaque lignée cellulaire est inoculée sur des plaques à microtitrage, puis préincubée pendant 24 à 28 heures. Par la suite, les agents de test sont ajoutés sous cinq dilutions 10 fois et la culture est incubée pendant 48 heures supplémentaires. Pour chaque agent de test, un profil dose-réponse est généré. Les déterminations en point final de la viabilité cellulaire ou de la croissance cellulaire sont effectuées par fixation in situ des cellules, suivie d'une coloration avec un colorant se liant aux protéines, le sulforhodamine B (SRB). Le SRB se lie aux acides aminés basiques des macromolécules cellulaires ; la coloration solubilisée est mesurée spectrophotométriquement pour déterminer la croissance cellulaire relative ou la viabilité dans les cellules traitées et non traitées. Après les études de criblage pilote, un taux de criblage de 400 composés par semaine a été constamment atteint.",
    url = "https://doi.org/10.1093/jnci/83.11.757",
    doi = "10.1093/jnci/83.11.757",
    openalex = "W2155208683",
    references = "doi101093jnci82131113, openalexw2143811153"
}

Un nouvel analogue tétrazolien du 3-(4,5-diméthylthiazol-2-yl)-2, 5-diphényltétrazolium bromure (MTT) a été évalué comme substitut du MTT dans l'essai de criblage en microculture pour la croissance cellulaire in vitro. Ce nouveau composé tétrazolien, le 3-(4,5-diméthylthiazol-2-yl)-5-(3-carboxyméthoxyphényl)-2- (4-sulfophényl)-2H-tétrazolium, sel interne (MTS), en présence de méthosulfate de phénazine (PMS), a donné un produit formazan soluble dans l'eau présentant un maximum d'absorbance à 490-500 nm dans du tampon salin phosphate. La quantité de produit coloré formé était proportionnelle au nombre de cellules et au temps d'incubation des cellules avec MTS/PMS. Le MTS/PMS était réactif dans toutes les lignées cellulaires testées, lesquelles comprenaient des cellules de leucémie murine L1210, des cellules de tumeur d'Ehrlich murine, des fibroblastes murins 3T3 et des cellules de tumeur de côlon humain (HT-29). Les fibroblastes HT-29 et 3T3 réduisaient le MTS/PMS plus efficacement qu'ils ne réduisaient le MTT. Comparable à la quantité de produit formé à partir du MTT, le MTS/PMS a donné une excellente formation de produit. La valeur IC50 pour le pyrazoloimidazole obtenue en utilisant le MTS/PMS était de 200 microM ; pour la 5-fluoro-2'-désoxyuridine, la valeur IC50 était de 0,9 nM. Ces valeurs se comparaient très favorablement aux valeurs IC50 obtenues par comptage direct des cellules. De plus, les mêmes valeurs IC50 ont été obtenues lorsque les absorbances du produit formazan dans les plaques à 96 puits ont été déterminées après différents temps d'incubation.

@article{doi103727095535491820873191,
    author = "Cory, Ann H. et Owen, Terence C. et Barltrop, J. A. et Cory, Joseph G.",
    title = "Utilisation d'un essai au tétrazolium/formazan soluble dans l'eau pour les essais de croissance cellulaire en culture",
    year = "1991",
    journal = "Cancer Communications",
    abstract = "Un nouvel analogue tétrazolien du 3-(4,5-diméthylthiazol-2-yl)-2, 5-diphényltétrazolium bromure (MTT) a été évalué comme substitut du MTT dans l'essai de criblage en microculture pour la croissance cellulaire in vitro. Ce nouveau composé tétrazolien, le 3-(4,5-diméthylthiazol-2-yl)-5-(3-carboxyméthoxyphényl)-2- (4-sulfophényl)-2H-tétrazolium, sel interne (MTS), en présence de méthosulfate de phénazine (PMS), a donné un produit formazan soluble dans l'eau présentant un maximum d'absorbance à 490-500 nm dans du tampon salin phosphate. La quantité de produit coloré formé était proportionnelle au nombre de cellules et au temps d'incubation des cellules avec MTS/PMS. Le MTS/PMS était réactif dans toutes les lignées cellulaires testées, lesquelles comprenaient des cellules de leucémie murine L1210, des cellules de tumeur d'Ehrlich murine, des fibroblastes murins 3T3 et des cellules de tumeur de côlon humain (HT-29). Les fibroblastes HT-29 et 3T3 réduisaient le MTS/PMS plus efficacement qu'ils ne réduisaient le MTT. Comparable à la quantité de produit formé à partir du MTT, le MTS/PMS a donné une excellente formation de produit. La valeur IC50 pour le pyrazoloimidazole obtenue en utilisant le MTS/PMS était de 200 microM ; pour la 5-fluoro-2'-désoxyuridine, la valeur IC50 était de 0,9 nM. Ces valeurs se comparaient très favorablement aux valeurs IC50 obtenues par comptage direct des cellules. De plus, les mêmes valeurs IC50 ont été obtenues lorsque les absorbances du produit formazan dans les plaques à 96 puits ont été déterminées après différents temps d'incubation.",
    url = "https://doi.org/10.3727/095535491820873191",
    doi = "10.3727/095535491820873191",
    openalex = "W2274550965"
}

Peu de cellules non phagocytaires sont connues pour générer des intermédiaires réactifs de l'oxygène. Basé sur l'oxydation dépendante de la peroxydase de radis noir et inhibitable par la catalase de la scopoline fluorescente, sept lignées de cellules tumorales humaines ont constamment élaboré du H2O2 à des taux (jusqu'à 0,5 nmol/10(4) cellules/h) suffisamment élevés pour que les quantités cumulées à 4 h soient comparables à la quantité de H2O2 produite par des neutrophiles déclenchés par des esters de phorbol. La réduction du ferricytochrome c inhibitable par la superoxyde dismutase était détectable à des taux beaucoup plus faibles. La production de H2O2 était inhibée par le diphenyleneiodonium, un liant de flavoprotéine (concentration produisant 50% d'inhibition, 0,3 microM), et le diéthylthiocarbamate, un chélateur de cations divalents (concentration produisant 50% d'inhibition, 3 microM), mais pas par le cyanure ou l'azotide, inhibiteurs du transport d'électrons, ou par des agents qui inhibent l'oxydase de xanthine, l'oxydase de polyamine, ou le cytochrome P450. Le cytochrome b559, présent dans les phagocytes et les lymphocytes humains, était indétectable dans ces cellules tumorales par une méthode spectrophotométrique sensible. Des fibroblastes de souris transfectés avec de l'ADN complémentaire de la tyrosinase humaine ont produit de la mélanine, mais pas de H2O2. La génération constitutive de grandes quantités d'intermédiaires réactifs de l'oxygène, si elle se produit in vivo, pourrait contribuer à la capacité de certaines tumeurs à muter, inhiber les antiprotéases, blesser les tissus locaux, et donc promouvoir l'hétérogénéité tumorale, l'invasion et les métastases.

@article{openalexw1809723326,
    author = "Szatrowski, Ted P. et Nathan, Carl",
    title = "Production de grandes quantités de peroxyde d'hydrogène par des cellules tumorales humaines.",
    year = "1991",
    journal = "PubMed",
    abstract = "Peu de cellules non phagocytaires sont connues pour générer des intermédiaires réactifs de l'oxygène. Basé sur l'oxydation dépendante de la peroxydase de radis noir et inhibitable par la catalase de la scopoline fluorescente, sept lignées de cellules tumorales humaines ont constamment élaboré du H2O2 à des taux (jusqu'à 0,5 nmol/10(4) cellules/h) suffisamment élevés pour que les quantités cumulées à 4 h soient comparables à la quantité de H2O2 produite par des neutrophiles déclenchés par des esters de phorbol. La réduction du ferricytochrome c inhibitable par la superoxyde dismutase était détectable à des taux beaucoup plus faibles. La production de H2O2 était inhibée par le diphenyleneiodonium, un liant de flavoprotéine (concentration produisant 50% d'inhibition, 0,3 microM), et le diéthylthiocarbamate, un chélateur de cations divalents (concentration produisant 50% d'inhibition, 3 microM), mais pas par le cyanure ou l'azotide, inhibiteurs du transport d'électrons, ou par des agents qui inhibent l'oxydase de xanthine, l'oxydase de polyamine, ou le cytochrome P450. Le cytochrome b559, présent dans les phagocytes et les lymphocytes humains, était indétectable dans ces cellules tumorales par une méthode spectrophotométrique sensible. Des fibroblastes de souris transfectés avec de l'ADN complémentaire de la tyrosinase humaine ont produit de la mélanine, mais pas de H2O2. La génération constitutive de grandes quantités d'intermédiaires réactifs de l'oxygène, si elle se produit in vivo, pourrait contribuer à la capacité de certaines tumeurs à muter, inhiber les antiprotéases, blesser les tissus locaux, et donc promouvoir l'hétérogénéité tumorale, l'invasion et les métastases.",
    openalex = "W1809723326"
}

Le récepteur d'hydrogène 3-(4,5-diméthylthiazol-2-yl)-2,5 diphenyltétrazolium bromure (MTT) est couramment utilisé pour estimer la viabilité cellulaire dans les protocoles de criblage de médicaments. La présente enquête a été motivée, en partie, par des observations selon lesquelles la réduction du MTT en son produit de réaction coloré, le formazan de MTT, variait entre les lignées cellulaires et avec l'âge de la culture. Une corrélation a été établie entre la concentration en D-glucose du milieu de culture au moment de l'essai et la production de formazan de MTT pour des lignées cellulaires représentant sept histologies tumorales. Une diminution de la concentration en D-glucose du milieu de culture s'est accompagnée d'une diminution de l'activité spécifique du MTT (formazan de MTT/microgramme de protéine cellulaire) pour un certain nombre de lignées cellulaires. Les cellules qui métabolisaient intensivement le D-glucose ont présenté la plus grande réduction de l'activité spécifique du MTT. Des preuves supplémentaires que la concentration en D-glucose du milieu de culture jouait un rôle important dans la réduction du MTT ont été fournies par des expériences qui ont démontré que le transfert de cellules vers un milieu sans glucose (L-15) s'est accompagné d'une diminution immédiate de la réduction du MTT qui était indépendante du pH. Ces études suggèrent que le transport cellulaire et le métabolisme constant du glucose sont nécessaires pour une réduction maximale du MTT. Les diminutions de la concentration cellulaire des nucléotides pyridiniques réduits NADH et NADPH ont été accompagnées de diminutions concomitantes de la production de formazan de MTT. Le formazan de MTT a varié de manière significative entre les lignées cellulaires tant dans la cinétique de sa formation que dans le degré de saturabilité présenté. Les valeurs apparentes de CI50 pour l'Adriamycine ont varié, d'une manière spécifique à la lignée cellulaire, avec le temps d'exposition au MTT. Ces résultats indiquent que l'activité spécifique du MTT est significativement influencée par un certain nombre de paramètres et suggèrent que des conditions d'essai devraient être établies afin de minimiser leurs effets.

@article{openalexw1819048918,
    author = "Vistica, David T. et Skehan, Philip et Scudiero, Dominic A. et Monks, Anne et Pittman, A F et Boyd, Michael R.",
    title = "Essais basés sur le tétrazolium pour la viabilité cellulaire : un examen critique des paramètres sélectionnés affectant la production de formazan.",
    year = "1991",
    journal = "PubMed",
    abstract = "Le récepteur d'hydrogène 3-(4,5-diméthylthiazol-2-yl)-2,5 diphenyltétrazolium bromure (MTT) est couramment utilisé pour estimer la viabilité cellulaire dans les protocoles de criblage de médicaments. La présente enquête a été motivée, en partie, par des observations selon lesquelles la réduction du MTT en son produit de réaction coloré, le formazan de MTT, variait entre les lignées cellulaires et avec l'âge de la culture. Une corrélation a été établie entre la concentration en D-glucose du milieu de culture au moment de l'essai et la production de formazan de MTT pour des lignées cellulaires représentant sept histologies tumorales. Une diminution de la concentration en D-glucose du milieu de culture s'est accompagnée d'une diminution de l'activité spécifique du MTT (formazan de MTT/microgramme de protéine cellulaire) pour un certain nombre de lignées cellulaires. Les cellules qui métabolisaient intensivement le D-glucose ont présenté la plus grande réduction de l'activité spécifique du MTT. Des preuves supplémentaires que la concentration en D-glucose du milieu de culture jouait un rôle important dans la réduction du MTT ont été fournies par des expériences qui ont démontré que le transfert de cellules vers un milieu sans glucose (L-15) s'est accompagné d'une diminution immédiate de la réduction du MTT qui était indépendante du pH. Ces études suggèrent que le transport cellulaire et le métabolisme constant du glucose sont nécessaires pour une réduction maximale du MTT. Les diminutions de la concentration cellulaire des nucléotides pyridiniques réduits NADH et NADPH ont été accompagnées de diminutions concomitantes de la production de formazan de MTT. Le formazan de MTT a varié de manière significative entre les lignées cellulaires tant dans la cinétique de sa formation que dans le degré de saturabilité présenté. Les valeurs apparentes de CI50 pour l'Adriamycine ont varié, d'une manière spécifique à la lignée cellulaire, avec le temps d'exposition au MTT. Ces résultats indiquent que l'activité spécifique du MTT est significativement influencée par un certain nombre de paramètres et suggèrent que des conditions d'essai devraient être établies afin de minimiser leurs effets.",
    openalex = "W1819048918",
    references = "doi101093jnci82131113, openalexw2143811153"
}

@article{doi101016009286749290115s,
    author = "Hynes, Richard O.",
    title = "Integrins : Polyvalence, modulation et signalisation dans l'adhésion cellulaire",
    year = "1992",
    journal = "Cell",
    url = "https://doi.org/10.1016/0092-8674(92)90115-s",
    doi = "10.1016/0092-8674(92)90115-s",
    openalex = "W2029231027"
}

La différenciation des cellules adipocytaires et ostéogéniques a été étudiée dans des cultures de cellules stromales de moelle osseuse de rat adulte. La différenciation adipo-cytaire a été évaluée à l'aide de critères morphologiques, des changements dans l'expression des ARNm de procollagène, cohérents avec un passage de la synthèse de collagène principalement fibrillaire (types I et III) à la membrane basale (type IV), et l'induction de l'expression de aP2, un marqueur spécifique de la différenciation des adipocytes. La différenciation ostéogénique a été évaluée sur la base des changements dans l'abondance des ARNm de l'isozyme os/lèvre/rein de l'alkaline phosphatase et de l'induction des ARNm de la protéine sialique osseuse et de l'ostéocalcine. En présence de sérum de veau fœtal et de dexaméthasone (10(-8) M), il y a toujours une différenciation à la fois des cellules adipo-cytaire et ostéogéniques. Lorsque le stéroïde est présent tout au long de la culture primaire et secondaire, la différenciation des cellules ostéogéniques prédomine. À l'inverse, lorsque la dexaméthasone est présente uniquement en culture secondaire, la différenciation des adipocytes prédomine. Lorsque les cellules stromales de moelle osseuse sont cultivées en présence de dexaméthasone en culture primaire et de dexaméthasone et de 1,25-dihydroxyvitamine D3 (1,25(OH)2D3 ; 10(-8) M) en culture secondaire, la différenciation des adipocytes est inhibée tandis que la différenciation des cellules ostéogéniques est renforcée, comme évalué par une augmentation de l'expression de l'ARNm d'ostéocalcine. Les résultats démontrent donc une relation inverse entre la différenciation des cellules adipo-cytaire et ostéogéniques dans ce système de culture et sont cohérents avec la possibilité que la régulation de l'adipogenèse et de l'ostéogenèse puisse se produire au niveau d'un précurseur commun in vivo.

@article{doi101242jcs1022341,
    author = "Beresford, J.N. et Bennett, J. et Devlin, C. et Leboy, Phoebe S. et Owen, Maureen",
    title = "Preuves d'une relation inverse entre la différenciation des cellules adipocytaires et ostéogéniques dans les cultures de cellules stromales de moelle osseuse de rat",
    year = "1992",
    journal = "Journal of Cell Science",
    abstract = "La différenciation des cellules adipocytaires et ostéogéniques a été étudiée dans des cultures de cellules stromales de moelle osseuse de rat adulte. La différenciation adipo-cytaire a été évaluée à l'aide de critères morphologiques, des changements dans l'expression des ARNm de procollagène, cohérents avec un passage de la synthèse de collagène principalement fibrillaire (types I et III) à la membrane basale (type IV), et l'induction de l'expression de aP2, un marqueur spécifique de la différenciation des adipocytes. La différenciation ostéogénique a été évaluée sur la base des changements dans l'abondance des ARNm de l'isozyme os/lèvre/rein de l'alkaline phosphatase et de l'induction des ARNm de la protéine sialique osseuse et de l'ostéocalcine. En présence de sérum de veau fœtal et de dexaméthasone (10(-8) M), il y a toujours une différenciation à la fois des cellules adipo-cytaire et ostéogéniques. Lorsque le stéroïde est présent tout au long de la culture primaire et secondaire, la différenciation des cellules ostéogéniques prédomine. À l'inverse, lorsque la dexaméthasone est présente uniquement en culture secondaire, la différenciation des adipocytes prédomine. Lorsque les cellules stromales de moelle osseuse sont cultivées en présence de dexaméthasone en culture primaire et de dexaméthasone et de 1,25-dihydroxyvitamine D3 (1,25(OH)2D3 ; 10(-8) M) en culture secondaire, la différenciation des adipocytes est inhibée tandis que la différenciation des cellules ostéogéniques est renforcée, comme évalué par une augmentation de l'expression de l'ARNm d'ostéocalcine. Les résultats démontrent donc une relation inverse entre la différenciation des cellules adipo-cytaire et ostéogéniques dans ce système de culture et sont cohérents avec la possibilité que la régulation de l'adipogenèse et de l'ostéogenèse puisse se produire au niveau d'un précurseur commun in vivo.",
    url = "https://doi.org/10.1242/jcs.102.2.341",
    doi = "10.1242/jcs.102.2.341",
    openalex = "W1943239370"
}

Les voies de signalisation impliquées dans les effets métaboliques à long terme de l'angiotensine II (Ang II) dans les cellules musculaires lisses vasculaires sont incomplètement comprises mais incluent la génération de molécules susceptibles d'affecter l'activité des oxydases. Nous avons examiné la capacité de l'Ang II à stimuler la formation d'anions superoxyde et investigué l'identité des oxydases responsables de sa production. Le traitement des cellules musculaires lisses vasculaires avec l'Ang II pendant 4 à 6 heures a provoqué une augmentation de 2,7 +/- 0,4 fois de la formation intracellulaire d'anions superoxyde, détectée par essai de lucigénine. Ce superoxyde semblait résulter de l'activation à la fois des oxydases NADPH et NADH. L'activité de l'oxydase NADPH est passée de 3,23 +/- 0,61 à 11,80 +/- 1,72 nmol O2-/min par milligramme de protéine après 4 heures d'Ang II, tandis que l'activité de l'oxydase NADH est passée de 16,76 +/- 2,13 à 45,00 +/- 4,57 nmol O2-/min par milligramme de protéine. L'activité de l'oxydase NADPH a été stimulée par des acides phosphatidiques et arachidoniques exogènes et partiellement inhibée par l'inhibiteur spécifique diphenylene iodinium. L'activité de l'oxydase NADH a été augmentée par des acides arachidonique et linoléique, était insensible à l'acide phosphatidique exogène et était inhibée par des concentrations élevées de quinacrine. Ces deux oxydases semblent résider dans la membrane plasmique, sur la base de la migration de l'activité après fractionnement cellulaire et de leur apparente insensibilité au poison mitochondrial KCN. Ces observations suggèrent que l'Ang II active spécifiquement des systèmes enzymatiques qui favorisent la génération de superoxyde et soulèvent la possibilité que ces voies fonctionnent comme seconds messagers pour des réponses à long terme, telles que l'hypertrophie ou l'hyperplasie.

@article{doi10116101res7461141,
    author = "Griendling, Kathy K. et Minieri, C A et Ollerenshaw, Jeremy D. et Alexander, R. Wayne",
    title = "Angiotensin II stimulates NADH and NADPH oxidase activity in cultured vascular smooth muscle cells.",
    year = "1994",
    journal = "Circulation Research",
    abstract = "Les voies de signalisation impliquées dans les effets métaboliques à long terme de l'angiotensine II (Ang II) dans les cellules musculaires lisses vasculaires sont incomplètement comprises mais incluent la génération de molécules susceptibles d'affecter l'activité des oxydases. Nous avons examiné la capacité de l'Ang II à stimuler la formation d'anions superoxyde et investigué l'identité des oxydases responsables de sa production. Le traitement des cellules musculaires lisses vasculaires avec l'Ang II pendant 4 à 6 heures a provoqué une augmentation de 2,7 +/- 0,4 fois de la formation intracellulaire d'anions superoxyde, détectée par essai de lucigénine. Ce superoxyde semblait résulter de l'activation à la fois des oxydases NADPH et NADH. L'activité de l'oxydase NADPH est passée de 3,23 +/- 0,61 à 11,80 +/- 1,72 nmol O2-/min par milligramme de protéine après 4 heures d'Ang II, tandis que l'activité de l'oxydase NADH est passée de 16,76 +/- 2,13 à 45,00 +/- 4,57 nmol O2-/min par milligramme de protéine. L'activité de l'oxydase NADPH a été stimulée par des acides phosphatidiques et arachidoniques exogènes et partiellement inhibée par l'inhibiteur spécifique diphenylene iodinium. L'activité de l'oxydase NADH a été augmentée par des acides arachidonique et linoléique, était insensible à l'acide phosphatidique exogène et était inhibée par des concentrations élevées de quinacrine. Ces deux oxydases semblent résider dans la membrane plasmique, sur la base de la migration de l'activité après fractionnement cellulaire et de leur apparente insensibilité au poison mitochondrial KCN. Ces observations suggèrent que l'Ang II active spécifiquement des systèmes enzymatiques qui favorisent la génération de superoxyde et soulèvent la possibilité que ces voies fonctionnent comme seconds messagers pour des réponses à long terme, telles que l'hypertrophie ou l'hyperplasie.",
    url = "https://doi.org/10.1161/01.res.74.6.1141",
    doi = "10.1161/01.res.74.6.1141",
    openalex = "W2110182057"
}

UNLABELLED: Des cellules progénitrices ostéo-ondrales ont été utilisées pour réparer de larges défauts de pleine épaisseur du cartilage articulaire qui avaient été créés dans les genoux de lapins. Des cellules adhérentes provenant de la moelle osseuse, ou des cellules provenant du périoste qui avaient été libérées du tissu conjonctif par digestion à la collagénase, ont été cultivées, dispersées dans un gel de collagène de type I, et transplantées dans un grand défaut (trois par six millimètres) de pleine épaisseur (trois millimètres) de la surface de charge du condyle fémoral médial. Le genou controlatéral a servi de témoin : soit le défaut de ce genou a été laissé vide, soit un gel de collagène sans cellules a été implanté. Les cellules périostales et les cellules dérivées de la moelle osseuse ont montré des schémas de différenciation similaires en cartilage articulaire et os sous-chondral. Des spécimens de tissu réparateur ont été analysés en utilisant un système de notation histologique semi-quantitatif et par des tests mécaniques en employant un indenteur poreux pour mesurer la compliance du tissu à intervalles jusqu'à vingt-quatre semaines après l'opération. Il n'y avait aucune différence apparente entre les résultats obtenus avec les cellules de la moelle osseuse et celles du périoste. Dès deux semaines après la transplantation, les cellules progénitrices ostéo-ondrales autologues avaient uniformément différencié en chondrocytes dans l'ensemble des défauts. Ce cartilage réparateur a ensuite été remplacé par de l'os dans une direction proximale-distale, jusqu'à ce qu'à vingt-quatre semaines après la transplantation, l'os sous-chondral soit complètement réparé, sans perte du cartilage articulaire sus-jacent. Les données de test mécanique ont constitué un indice utile de la qualité de la réparation à long terme. Vingt-quatre semaines après la transplantation, le tissu réparateur des cellules de la moelle osseuse et du périoste était plus rigide et moins compliant que le tissu dérivé des défauts vides, mais moins rigide et plus compliant que le cartilage normal. CLINICAL RELEVANCE: Les modalités actuelles de réparation des défauts du cartilage articulaire présentent de nombreux inconvénients. La transplantation de cellules progénitrices qui formeront du cartilage et de l'os offre une alternative possible à ces méthodes. Comme démontré dans ce rapport, les cellules progénitrices ostéo-ondrales dérivées de la moelle osseuse autologues peuvent être isolées et cultivées in vitro sans perte de leur capacité à se différencier en cartilage ou en os. Un nombre suffisant de cellules autologues peut être généré pour initier la réparation du cartilage articulaire et la reforme de l'os sous-chondral. Les tissus de réparation semblent subir les mêmes transitions développementales qui ont initialement conduit à la formation du tissu articulaire dans l'embryon.(ABSTRACT TRUNCATED AT 400 WORDS)

@article{doi1021060000462319940400000013,
    author = "Wakitani, Shigeyuki and Goto, Tatsuhiko and Pineda, S J and Young, Randell G. and Mansour, Joseph M. and Caplan, Arnold I. and Goldberg, V M",
    title = "Réparation de défauts larges et à pleine épaisseur du cartilage articulaire à base de cellules mésenchymateuses.",
    year = "1994",
    journal = "Journal of Bone and Joint Surgery",
    abstract = "UNLABELLED: Des cellules progénitrices ostéo-chondrales ont été utilisées pour réparer de larges défauts à pleine épaisseur du cartilage articulaire créés dans les genoux de lapins. Des cellules adhérentes provenant de la moelle osseuse, ou des cellules provenant du périoste libérées du tissu conjonctif par digestion à la collagénase, ont été cultivées, dispersées dans un gel de collagène de type I, et transplantées dans un grand défaut (trois par six millimètres) à pleine épaisseur (trois millimètres) de la surface de charge du condyle fémoral médial. Le genou controlatéral a servi de contrôle : soit le défaut de ce genou a été laissé vide, soit un gel de collagène sans cellules a été implanté. Les cellules périostales et celles dérivées de la moelle osseuse ont montré des schémas de différenciation similaires en cartilage articulaire et os sous-chondral. Des spécimens de tissu réparateur ont été analysés en utilisant un système de notation histologique semi-quantitatif et par des tests mécaniques en employant un indenteur poreux pour mesurer la compliance du tissu à intervalles jusqu'à vingt-quatre semaines après l'opération. Il n'y avait aucune différence apparente entre les résultats obtenus avec les cellules de la moelle osseuse et celles du périoste. Dès deux semaines après la transplantation, les cellules progénitrices ostéo-chondrales autologues avaient uniformément différencié en chondrocytes dans l'ensemble des défauts. Ce cartilage réparateur a ensuite été remplacé par de l'os dans une direction proximale-distale, jusqu'à ce qu'à vingt-quatre semaines après la transplantation, l'os sous-chondral soit complètement réparé, sans perte du cartilage articulaire sus-jacent. Les données de test mécanique ont constitué un indice utile de la qualité de la réparation à long terme. Vingt-quatre semaines après la transplantation, le tissu réparateur des cellules de la moelle osseuse et du périoste était plus rigide et moins compliant que le tissu dérivé des défauts vides, mais moins rigide et plus compliant que le cartilage normal. CLINICAL RELEVANCE: Les modalités actuelles de réparation des défauts du cartilage articulaire présentent de nombreux inconvénients. La transplantation de cellules progénitrices qui formeront du cartilage et de l'os offre une alternative possible à ces méthodes. Comme démontré dans ce rapport, les cellules progénitrices ostéo-chondrales autologues dérivées de la moelle osseuse peuvent être isolées et cultivées in vitro sans perte de leur capacité à se différencier en cartilage ou en os. Un nombre suffisant de cellules autologues peut être généré pour initier la réparation du cartilage articulaire et la reforme de l'os sous-chondral. Les tissus réparateurs semblent subir les mêmes transitions développementales qui ont initialement conduit à la formation du tissu articulaire dans l'embryon.(ABSTRACT TRUNCATED AT 400 WORDS)",
    url = "https://doi.org/10.2106/00004623-199404000-00013",
    doi = "10.2106/00004623-199404000-00013",
    openalex = "W1522229466",
    references = "doi101126science6403986"
}

@article{doi101016089158499400198s,
    author = "Burdon, Roy H.",
    title = "Superoxide and hydrogen peroxide in relation to mammalian cell proliferation",
    year = "1995",
    journal = "Free Radical Biology and Medicine",
    url = "https://doi.org/10.1016/0891-5849(94)00198-s",
    doi = "10.1016/0891-5849(94)00198-s",
    openalex = "W2058461613"
}

Plusieurs polycations possédant une capacité tampon importante en dessous du pH physiologique, telles que les lipopolymamines et les polymères polyamidoamine, sont des agents de transfection efficaces en soi -- c'est-à-dire sans l'ajout d'agents de ciblage cellulaire ou de rupture membranaire. Cette observation nous a conduits à tester le polymère cationique polyéthylèneimine (PEI) pour son potentiel de délivrance de gènes. En effet, chaque troisième atome du PEI est un atome d'azote aminé protonable, ce qui rend le réseau polymérique une éponge à protons efficace à pratiquement tout pH. Le transfert du gène rapporteur luciférase avec ce polycation dans une variété de lignées cellulaires et de cellules primaires a donné des résultats comparables, voire supérieurs, à ceux des lipopolymamines. La cytotoxicité était faible et observée uniquement à des concentrations bien supérieures à celles requises pour une transfection optimale. La délivrance d'oligonucléotides dans des neurones embryonnaires a été suivie en utilisant une sonde fluorescente. Presque tous les neurones ont montré une étiquetage nucléaire, sans effets toxiques. L'équilibre optimal cation/anion du PEI pour la transfection in vitro est légèrement du côté cationique, ce qui est avantageux pour la délivrance in vivo. En effet, le transfert intracérébral du gène luciférase chez des souris nouveau-nées a donné des résultats comparables (pour une quantité donnée d'ADN) à la transfection in vitro de cellules endothéliales du cerveau de rat primaire ou de neurones embryonnaires de poulet. Ensemble, ces propriétés font du PEI un vecteur prometteur pour la thérapie génique et un noyau exceptionnel pour la conception de dispositifs plus sophistiqués. Notre hypothèse est que son efficacité repose sur un tamponnage lysosomal étendu qui protège l'ADN de la dégradation par les nucléases, et un gonflement et une rupture lysosomiques consécutifs qui fournissent un mécanisme d'échappement pour les particules PEI/ADN.

@article{doi101073pnas92167297,
    author = "Boussif, Otmane et Lezoualc'h, Frank et Zanta, Maria Antonietta et Mergny, M D et Scherman, Daniel et Demeneix, Barbara et Behr, Jean‐Paul",
    title = "A versatile vector for gene and oligonucleotide transfer into cells in culture and in vivo: polyethylenimine.",
    year = "1995",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = {Plusieurs polycations possédant une capacité tampon importante en dessous du pH physiologique, telles que les lipopolymamines et les polymères polyamidoamine, sont des agents de transfection efficaces en soi -- c'est-à-dire sans l'ajout d'agents de ciblage cellulaire ou de rupture membranaire. Cette observation nous a conduits à tester le polymère cationique polyéthylèneimine (PEI) pour son potentiel de délivrance de gènes. En effet, chaque troisième atome du PEI est un atome d'azote aminé protonable, ce qui rend le réseau polymérique une éponge à protons efficace à pratiquement tout pH. Le transfert du gène rapporteur luciférase avec ce polycation dans une variété de lignées cellulaires et de cellules primaires a donné des résultats comparables, voire supérieurs, à ceux des lipopolymamines. La cytotoxicité était faible et observée uniquement à des concentrations bien supérieures à celles requises pour une transfection optimale. La délivrance d'oligonucléotides dans des neurones embryonnaires a été suivie en utilisant une sonde fluorescente. Presque tous les neurones ont montré une étiquetage nucléaire, sans effets toxiques. L'équilibre optimal cation/anion du PEI pour la transfection in vitro est légèrement du côté cationique, ce qui est avantageux pour la délivrance in vivo. En effet, le transfert intracérébral du gène luciférase chez des souris nouveau-nées a donné des résultats comparables (pour une quantité donnée d'ADN) à la transfection in vitro de cellules endothéliales du cerveau de rat primaire ou de neurones embryonnaires de poulet. Ensemble, ces propriétés font du PEI un vecteur prometteur pour la thérapie génique et un noyau exceptionnel pour la conception de dispositifs plus sophistiqués. Notre hypothèse est que son efficacité repose sur un tamponnage lysosomal étendu qui protège l'ADN de la dégradation par les nucléases, et un gonflement et une rupture lysosomiques consécutifs qui fournissent un mécanisme d'échappement pour les particules PEI/ADN.},
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.92.16.7297",
    doi = "10.1073/pnas.92.16.7297",
    openalex = "W2010655741",
    references = "doi1010160022175983903034"
}

@article{doi101016s0092867400800859,
    author = "Liu, Xuesong et Kim, Caryn Naekyung et Yang, Jie et Jemmerson, Ronald et Wang, Xiaodong",
    title = "Induction of Apoptotic Program in Cell-Free Extracts: Requirement for dATP and Cytochrome c",
    year = "1996",
    journal = "Cell",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0092-8674(00)80085-9",
    doi = "10.1016/s0092-8674(00)80085-9",
    openalex = "W2149967205"
}

Résumé Le test d'exclusion de colorant est utilisé pour déterminer le nombre de cellules viables présentes dans une suspension cellulaire. Il repose sur le principe que les cellules vivantes possèdent des membranes cellulaires intactes qui excluent certains colorants, tels que le bleu de trypan, l'éosine ou le propidium, tandis que les cellules mortes ne le font pas. Dans ce test, une suspension cellulaire est simplement mélangée avec un colorant puis examinée visuellement pour déterminer si les cellules absorbent ou excluent le colorant. Dans le protocole présenté ici, une cellule viable aura un cytoplasme clair tandis qu'une cellule non viable aura un cytoplasme bleu.

@article{doi1010020471142735ima03bs21,
    author = "Strober, Warren",
    title = "Test d'exclusion du bleu de trypan de la viabilité cellulaire",
    year = "1997",
    journal = "Protocoles actuels en immunologie",
    abstract = "Résumé Le test d'exclusion de colorant est utilisé pour déterminer le nombre de cellules viables présentes dans une suspension cellulaire. Il repose sur le principe que les cellules vivantes possèdent des membranes cellulaires intactes qui excluent certains colorants, tels que le bleu de trypan, l'éosine ou le propidium, tandis que les cellules mortes ne le font pas. Dans ce test, une suspension cellulaire est simplement mélangée avec un colorant puis examinée visuellement pour déterminer si les cellules absorbent ou excluent le colorant. Dans le protocole présenté ici, une cellule viable aura un cytoplasme clair tandis qu'une cellule non viable aura un cytoplasme bleu.",
    url = "https://doi.org/10.1002/0471142735.ima03bs21",
    doi = "10.1002/0471142735.ima03bs21",
    openalex = "W4230982340"
}

La réduction du 3-(4,5-diméthylthiazol-2-yl)-2,5-diphényltétrazolium bromure (MTT) est l'une des méthodes les plus couramment utilisées pour mesurer la prolifération cellulaire et la cytotoxicité neuronale. Il est généralement admis que le MTT est réduit par les mitochondries actives dans les cellules vivantes. En utilisant des mitochondries isolées du cerveau de rat et des cellules B12, nous avons effectivement constaté que le malate, le glutamate et le succinate soutiennent la réduction du MTT par des mitochondries isolées. Cependant, les données présentées dans cette étude ne soutiennent pas le rôle exclusif des mitochondries dans la réduction du MTT par des cellules intactes. En utilisant diverses approches, nous avons constaté que la réduction du MTT par les cellules B12 est limitée aux vésicules intracellulaires qui donnent ensuite naissance à la forme en aiguille du formazan MTT à la surface cellulaire. Certaines de ces vésicules ont été identifiées comme des endosomes ou des lysosomes. De plus, le MTT s'est révélé imperméable aux membranes. Ces résultats et d'autres suggèrent que le MTT est internalisé par les cellules par endocytose et que le formazan MTT réduit s'accumule dans le compartiment endosomal/lysosomal avant d'être transporté vers la surface cellulaire par exocytose.

@article{doi101046j14714159199769020581x,
    author = "Liu, Yuanbin et Peterson, Daniel A. et Kimura, Hideo et Schubert, David",
    title = "Mécanisme de réduction cellulaire du 3-(4,5-diméthylthiazol-2-yl)-2,5-diphényltétrazolium bromure (MTT)",
    year = "1997",
    journal = "Journal of Neurochemistry",
    abstract = "La réduction du 3-(4,5-diméthylthiazol-2-yl)-2,5-diphényltétrazolium bromure (MTT) est l'une des méthodes les plus couramment utilisées pour mesurer la prolifération cellulaire et la cytotoxicité neuronale. Il est généralement admis que le MTT est réduit par les mitochondries actives dans les cellules vivantes. En utilisant des mitochondries isolées du cerveau de rat et des cellules B12, nous avons effectivement constaté que le malate, le glutamate et le succinate soutiennent la réduction du MTT par des mitochondries isolées. Cependant, les données présentées dans cette étude ne soutiennent pas le rôle exclusif des mitochondries dans la réduction du MTT par des cellules intactes. En utilisant diverses approches, nous avons constaté que la réduction du MTT par les cellules B12 est limitée aux vésicules intracellulaires qui donnent ensuite naissance à la forme en aiguille du formazan MTT à la surface cellulaire. Certaines de ces vésicules ont été identifiées comme des endosomes ou des lysosomes. De plus, le MTT s'est révélé imperméable aux membranes. Ces résultats et d'autres suggèrent que le MTT est internalisé par les cellules par endocytose et que le formazan MTT réduit s'accumule dans le compartiment endosomal/lysosomal avant d'être transporté vers la surface cellulaire par exocytose.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1471-4159.1997.69020581.x",
    doi = "10.1046/j.1471-4159.1997.69020581.x",
    openalex = "W1993943341"
}

@article{doi101006excr19973858,
    author = "Johnstone, Brian et Hering, Thomas M. et Caplan, Arnold I. et Goldberg, Victor M. et Yoo, Jung U.",
    title = "Chondrogenèse in vitro de cellules progénitrices mésenchymateuses dérivées de la moelle osseuse",
    year = "1998",
    journal = "Experimental Cell Research",
    url = "https://doi.org/10.1006/excr.1997.3858",
    doi = "10.1006/excr.1997.3858",
    openalex = "W1544751778"
}

La stimulation de diverses cellules par des facteurs de croissance entraîne une augmentation transitoire de la concentration intracellulaire de H2O2, nécessaire à la phosphorylation des tyrosines des protéines induite par les facteurs de croissance. L'effet du H2O2 produit en réponse au facteur de croissance épidermique (EGF) sur l'activité de la phosphatase de tyrosine des protéines 1B (PTP1B) a été étudié dans les cellules de carcinome épidermoïde humain A431. Le H2O2 inactivait la PTP1B recombinante in vitro en oxydant son cystéine de site catalytique, le plus probablement en acide sulfénique. L'enzyme oxydée était réactivée plus efficacement par la thioredoxine que par la glutaredoxine ou le glutathion à leurs concentrations physiologiques. L'oxydation par le H2O2 empêchait la modification du cystéine catalytique de la PTP1B par l'acide iodoacétique, suggérant qu'il devrait être possible de surveiller l'état d'oxydation de la PTP1B dans les cellules en mesurant l'incorporation de radioactivité dans l'enzyme après lyse des cellules en présence d'acide iodoacétique marqué radioactivement. La quantité de telle radioactivité associée à la PTP1B immunoprécipitée à partir de cellules A431 stimulées par l'EGF pendant 10 min était de 27 % inférieure à celle associée à la PTP1B provenant de cellules non stimulées. La quantité de radioactivité dérivée de l'acide iodoacétique associée à la PTP1B atteignait un minimum 10 min après la stimulation des cellules par l'EGF et revenait aux valeurs de base à 40 min, suggérant que l'oxydation de la PTP1B est réversible dans les cellules. Ces résultats indiquent que l'activation d'une kinase de tyrosine de récepteur par liaison du facteur de croissance correspondant peut ne pas être suffisante pour augmenter le niveau d'état stationnaire de la phosphorylation des tyrosines des protéines dans les cellules et que l'inhibition concomitante des phosphatases de tyrosine des protéines par le H2O2 pourrait également être nécessaire.

@article{doi101074jbc2732515366,
    author = "Lee, Seung-Rock et Kwon, Ki‐Sun et Kim, Seung-Ryul et Rhee, Sue Goo",
    title = "Inactivation réversible de la phosphatase de tyrosine des protéines 1B dans les cellules A431 stimulées par le facteur de croissance épidermique",
    year = "1998",
    journal = "Journal of Biological Chemistry",
    abstract = "La stimulation de diverses cellules par des facteurs de croissance entraîne une augmentation transitoire de la concentration intracellulaire de H2O2, nécessaire à la phosphorylation des tyrosines des protéines induite par les facteurs de croissance. L'effet du H2O2 produit en réponse au facteur de croissance épidermique (EGF) sur l'activité de la phosphatase de tyrosine des protéines 1B (PTP1B) a été étudié dans les cellules de carcinome épidermoïde humain A431. Le H2O2 inactivait la PTP1B recombinante in vitro en oxydant son cystéine de site catalytique, le plus probablement en acide sulfénique. L'enzyme oxydée était réactivée plus efficacement par la thioredoxine que par la glutaredoxine ou le glutathion à leurs concentrations physiologiques. L'oxydation par le H2O2 empêchait la modification du cystéine catalytique de la PTP1B par l'acide iodoacétique, suggérant qu'il devrait être possible de surveiller l'état d'oxydation de la PTP1B dans les cellules en mesurant l'incorporation de radioactivité dans l'enzyme après lyse des cellules en présence d'acide iodoacétique marqué radioactivement. La quantité de telle radioactivité associée à la PTP1B immunoprécipitée à partir de cellules A431 stimulées par l'EGF pendant 10 min était de 27 % inférieure à celle associée à la PTP1B provenant de cellules non stimulées. La quantité de radioactivité dérivée de l'acide iodoacétique associée à la PTP1B atteignait un minimum 10 min après la stimulation des cellules par l'EGF et revenait aux valeurs de base à 40 min, suggérant que l'oxydation de la PTP1B est réversible dans les cellules. Ces résultats indiquent que l'activation d'une kinase de tyrosine de récepteur par liaison du facteur de croissance correspondant peut ne pas être suffisante pour augmenter le niveau d'état stationnaire de la phosphorylation des tyrosines des protéines dans les cellules et que l'inhibition concomitante des phosphatases de tyrosine des protéines par le H2O2 pourrait également être nécessaire.",
    url = "https://doi.org/10.1074/jbc.273.25.15366",
    doi = "10.1074/jbc.273.25.15366",
    openalex = "W2136573391"
}

Les cellules souches mésenchymateuses humaines sont considérées comme des cellules multipotentes, présentes dans la moelle osseuse adulte, capables de se répliquer en tant que cellules indifférenciées et ayant le potentiel de se différencier en lignées de tissus mésenchymateux, y compris l'os, le cartilage, la graisse, le tendon, le muscle et le stroma de la moelle. Des cellules présentant les caractéristiques des cellules souches mésenchymateuses humaines ont été isolées à partir d'aspirats de moelle de donneurs bénévoles. Ces cellules ont affiché un phénotype stable et sont restées en monocouche in vitro. Ces cellules souches adultes pouvaient être induites à se différencier exclusivement en lignées adipocytaires, chondrocytaires ou ostéocytaires. Des cellules souches individuelles ont été identifiées qui, lorsqu'elles ont été étendues en colonies, ont conservé leur potentiel multiligneaire.

@article{doi101126science2845411143,
    author = "Pittenger, Mark F. et Mackay, Alastair M. et Beck, Stephen C. et Jaiswal, Rama K. et Douglas, R. Gordon et Mosca, Joseph D. et Moorman, Mark A. et Simonetti, Donald W. et Craig, Stewart et Marshak, Daniel R.",
    title = "Potentiel multiligneaire des cellules souches mésenchymateuses humaines adultes",
    year = "1999",
    journal = "Science",
    abstract = "Les cellules souches mésenchymateuses humaines sont considérées comme des cellules multipotentes, présentes dans la moelle osseuse adulte, capables de se répliquer en tant que cellules indifférenciées et ayant le potentiel de se différencier en lignées de tissus mésenchymateux, y compris l'os, le cartilage, la graisse, le tendon, le muscle et le stroma de la moelle. Des cellules présentant les caractéristiques des cellules souches mésenchymateuses humaines ont été isolées à partir d'aspirats de moelle de donneurs bénévoles. Ces cellules ont affiché un phénotype stable et sont restées en monocouche in vitro. Ces cellules souches adultes pouvaient être induites à se différencier exclusivement en lignées adipocytaires, chondrocytaires ou ostéocytaires. Des cellules souches individuelles ont été identifiées qui, lorsqu'elles ont été étendues en colonies, ont conservé leur potentiel multiligneaire.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.284.5411.143",
    doi = "10.1126/science.284.5411.143",
    openalex = "W2159999899"
}

La moelle osseuse adulte contient des cellules progénitrices mésenchymateuses (MPC) qui ont des potentiels de différenciation multiples. Un clone de MPC conditionnellement immortalisé, BMC9, a été identifié et présente quatre phénotypes cellulaires mésenchymateux : chondrocyte, adipocyte, stromal (favorise la formation d'ostéoclastes) et ostéoblaste. Le clone BMC9, des fibroblastes cérébraux témoins et un autre clone dérivé de la moelle osseuse, BMC10, ont été isolés d'une souris transgénique (H-2Kb-tsA58) contenant un gène pour l'immortalité conditionnelle. Pour tester le potentiel chondrogénique, les cellules ont été cultivées dans un milieu défini contenant 10 ng/ml de facteur de croissance transformant bêta et 10-7 M de dexaméthasone dans des tubes en polypropylène de 15 ml (« cultures en agrégats »). Le potentiel adipogénique a été quantifié par cytométrie en flux de cellules colorées au Nile Red cultivées pendant 1 et 2 semaines dans un milieu contenant de l'isobutyl méthylxanthine, de l'indométhacine, de l'insuline et de la dexaméthasone. Le soutien à la formation d'ostéoclastes a été mesuré en quantifiant les cellules multinucléées positives à l'acide phosphatase tartrate-résistante dans des cocultures de cellules de rate de clones test (clones immortomouse et cellules de contrôle positif ST2) cultivées en présence de 10-7 M de vitamine D3 et de 150 mM d'ascorbate-2-phosphate. Le potentiel ostéogénique in vivo a été évalué par examen histologique de la formation osseuse dans des implants sous-cutanés, chez des hôtes de souris athymiques, d'un composite de cellules combiné à des céramiques de phosphate de calcium poreuses. Le clone dérivé de la moelle osseuse BMC9 a le potentiel d'exprimer chacune des quatre caractéristiques mésenchymateuses testées, tandis que les fibroblastes cérébraux, testés dans des conditions identiques, n'ont présenté aucune de ces quatre caractéristiques mésenchymateuses. Les cellules BMC10 ont présenté des phénotypes ostéogéniques et chondrogéniques, mais ont montré une expression minimale de phénotypes adipocytaires ou favorisant les ostéoclastes. Le clone BMC9 est, au minimum, une MPC quadripotentielle isolée de la moelle osseuse d'une souris adulte capable de se différencier en cartilage et en tissu adipeux, de favoriser la formation d'ostéoclastes et de former de l'os. Le clone BMC9 est un exemple de cellule progénitrice multipotentielle dérivée d'un adulte qui se situe tôt dans la lignée mésenchymateuse.

@article{doi101359jbmr1999145700,
    author = "Dennis, James E. et Merriam, Anita P. et Awadallah, Amad et Yoo, Jung U. et Johnstone, Brian et Caplan, Arnold I.",
    title = "Une cellule progénitrice mésenchymateuse quadripotentielle isolée de la moelle osseuse d'une souris adulte",
    year = "1999",
    journal = "Journal of Bone and Mineral Research",
    abstract = {La moelle osseuse adulte contient des cellules progénitrices mésenchymateuses (MPC) qui ont des potentiels de différenciation multiples. Un clone de MPC conditionnellement immortalisé, BMC9, a été identifié et présente quatre phénotypes cellulaires mésenchymateux : chondrocyte, adipocyte, stromal (favorise la formation d'ostéoclastes) et ostéoblaste. Le clone BMC9, des fibroblastes cérébraux témoins et un autre clone dérivé de la moelle osseuse, BMC10, ont été isolés d'une souris transgénique (H-2Kb-tsA58) contenant un gène pour l'immortalité conditionnelle. Pour tester le potentiel chondrogénique, les cellules ont été cultivées dans un milieu défini contenant 10 ng/ml de facteur de croissance transformant bêta et 10-7 M de dexaméthasone dans des tubes en polypropylène de 15 ml (« cultures en agrégats »). Le potentiel adipogénique a été quantifié par cytométrie en flux de cellules colorées au Nile Red cultivées pendant 1 et 2 semaines dans un milieu contenant de l'isobutyl méthylxanthine, de l'indométhacine, de l'insuline et de la dexaméthasone. Le soutien à la formation d'ostéoclastes a été mesuré en quantifiant les cellules multinucléées positives à l'acide phosphatase tartrate-résistante dans des cocultures de cellules de rate de clones test (clones immortomouse et cellules de contrôle positif ST2) cultivées en présence de 10-7 M de vitamine D3 et de 150 mM d'ascorbate-2-phosphate. Le potentiel ostéogénique in vivo a été évalué par examen histologique de la formation osseuse dans des implants sous-cutanés, chez des hôtes de souris athymiques, d'un composite de cellules combiné à des céramiques de phosphate de calcium poreuses. Le clone dérivé de la moelle osseuse BMC9 a le potentiel d'exprimer chacune des quatre caractéristiques mésenchymateuses testées, tandis que les fibroblastes cérébraux, testés dans des conditions identiques, n'ont présenté aucune de ces quatre caractéristiques mésenchymateuses. Les cellules BMC10 ont présenté des phénotypes ostéogéniques et chondrogéniques, mais ont montré une expression minimale de phénotypes adipocytaires ou favorisant les ostéoclastes. Le clone BMC9 est, au minimum, une MPC quadripotentielle isolée de la moelle osseuse d'une souris adulte capable de se différencier en cartilage et en tissu adipeux, de favoriser la formation d'ostéoclastes et de former de l'os. Le clone BMC9 est un exemple de cellule progénitrice multipotentielle dérivée d'un adulte qui se situe tôt dans la lignée mésenchymateuse.},
    url = "https://doi.org/10.1359/jbmr.1999.14.5.700",
    doi = "10.1359/jbmr.1999.14.5.700",
    openalex = "W1986457784"
}

@article{crossref2000announcement,
    title = "ANNOUNCEMENT – Frontières de la microbiologie cellulaire et de la biologie cellulaire",
    year = "2000",
    journal = "Microbial Pathogenesis",
    url = "https://doi.org/10.1006/mpat.2000.0387",
    doi = "10.1006/mpat.2000.0387",
    number = "1",
    openalex = "W4230669699",
    pages = "61",
    volume = "29"
}

Nous montrons ici l'identité de l'Alamar Blue en tant que resazurine. Le « test de réduction de la resazurine » a été utilisé depuis environ 50 ans pour surveiller la contamination bactérienne et à levure du lait, ainsi que pour évaluer la qualité du sperme. La resazurine (bleue et non fluorescente) est réduite en résorufine (rose et très fluorescente), qui est ensuite réduite en hydro-résorufine (incolore et non fluorescente). Il n'est toujours pas connu comment cette réduction se produit, soit intracellulairement via l'activité enzymatique, soit dans le milieu comme une réaction chimique, bien que la forme fluorescente réduite de l'Alamar Blue ait été trouvée dans le cytoplasme et dans le noyau des cellules vivantes et des cellules mortes. Récemment, le colorant a gagné en popularité en tant que moyen très simple et polyvalent de mesurer la prolifération cellulaire et la cytotoxicité. Ce colorant présente de nombreux avantages par rapport à d'autres tests de cytotoxicité ou de prolifération, mais nous avons observé plusieurs inconvénients à l'utilisation routinière de l'Alamar Blue. Des tests avec plusieurs toxiques dans différentes lignées cellulaires et des hépatocytes primaires de rat ont montré une accumulation du produit fluorescent de l'Alamar Blue dans le milieu, ce qui pourrait entraîner une surestimation de la population cellulaire. De plus, la réduction extensive de l'Alamar Blue par des cellules métaboliquement actives a conduit à un produit final non fluorescent, et donc à une sous-estimation de l'activité cellulaire.

@article{doi101046j14321327200001606x,
    author = "O’Brien, John et Wilson, Ian D. et Orton, Terry C. et Pognan, François",
    title = "Investigation of the Alamar Blue (resazurin) fluorescent dye for the assessment of mammalian cell cytotoxicity",
    year = "2000",
    journal = "European Journal of Biochemistry",
    abstract = "Nous montrons ici l'identité de l'Alamar Blue en tant que resazurine. Le « test de réduction de la resazurine » a été utilisé depuis environ 50 ans pour surveiller la contamination bactérienne et à levure du lait, ainsi que pour évaluer la qualité du sperme. La resazurine (bleue et non fluorescente) est réduite en résorufine (rose et très fluorescente), qui est ensuite réduite en hydro-résorufine (incolore et non fluorescente). Il n'est toujours pas connu comment cette réduction se produit, soit intracellulairement via l'activité enzymatique, soit dans le milieu comme une réaction chimique, bien que la forme fluorescente réduite de l'Alamar Blue ait été trouvée dans le cytoplasme et dans le noyau des cellules vivantes et des cellules mortes. Récemment, le colorant a gagné en popularité en tant que moyen très simple et polyvalent de mesurer la prolifération cellulaire et la cytotoxicité. Ce colorant présente de nombreux avantages par rapport à d'autres tests de cytotoxicité ou de prolifération, mais nous avons observé plusieurs inconvénients à l'utilisation routinière de l'Alamar Blue. Des tests avec plusieurs toxiques dans différentes lignées cellulaires et des hépatocytes primaires de rat ont montré une accumulation du produit fluorescent de l'Alamar Blue dans le milieu, ce qui pourrait entraîner une surestimation de la population cellulaire. De plus, la réduction extensive de l'Alamar Blue par des cellules métaboliquement actives a conduit à un produit final non fluorescent, et donc à une sous-estimation de l'activité cellulaire.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1432-1327.2000.01606.x",
    doi = "10.1046/j.1432-1327.2000.01606.x",
    openalex = "W2154385453"
}

Les cellules souches neurales existent non seulement dans le système nerveux en développement des mammifères, mais aussi dans le système nerveux adulte de tous les organismes mammifères, y compris les humains. Les cellules souches neurales peuvent également être dérivées de cellules souches embryonnaires plus primitives. L'emplacement des cellules souches adultes et les régions cérébrales vers lesquelles migrent leurs progénitures afin de se différencier restent non résolus, bien que le nombre d'emplacements viables soit limité chez l'adulte. Les mécanismes qui régulent les cellules souches endogènes sont mal compris. Les utilisations potentielles des cellules souches dans la réparation incluent la transplantation pour réparer les cellules manquantes et l'activation des cellules endogènes pour fournir une « auto-réparation ». Avant que le plein potentiel des cellules souches neurales ne puisse être réalisé, nous devons apprendre ce qui contrôle leur prolifération, ainsi que les diverses voies de différenciation disponibles à leurs cellules filles.

@article{doi101126science28754571433,
    author = "Gage, Fred H.",
    title = "Mammalian Neural Stem Cells",
    year = "2000",
    journal = "Science",
    abstract = {Les cellules souches neurales existent non seulement dans le système nerveux en développement des mammifères, mais aussi dans le système nerveux adulte de tous les organismes mammifères, y compris les humains. Les cellules souches neurales peuvent également être dérivées de cellules souches embryonnaires plus primitives. L'emplacement des cellules souches adultes et les régions cérébrales vers lesquelles migrent leurs progénitures afin de se différencier restent non résolus, bien que le nombre d'emplacements viables soit limité chez l'adulte. Les mécanismes qui régulent les cellules souches endogènes sont mal compris. Les utilisations potentielles des cellules souches dans la réparation incluent la transplantation pour réparer les cellules manquantes et l'activation des cellules endogènes pour fournir une « auto-réparation ». Avant que le plein potentiel des cellules souches neurales ne puisse être réalisé, nous devons apprendre ce qui contrôle leur prolifération, ainsi que les diverses voies de différenciation disponibles à leurs cellules filles.},
    url = "https://doi.org/10.1126/science.287.5457.1433",
    doi = "10.1126/science.287.5457.1433",
    openalex = "W2084652820",
    references = "doi101126science2715251978"
}

La carence en œstrogènes induit une perte osseuse en régulant à la hausse l'ostéoclastogenèse par des mécanismes non entièrement définis. Nous avons constaté que l'ovariectomie augmentait la production de TNF-alpha par les lymphocytes T, ce qui, agissant par le biais du récepteur p55 du TNF-alpha, amplifie l'ostéoclastogenèse induite par le facteur stimulant les colonies de macrophages (M-CSF) et par le RANKL. L'ovariectomie n'a pas induit de perte osseuse, stimulé la résorption osseuse ou augmenté l'ostéoclastogenèse dépendante du M-CSF et du RANKL chez des souris déficientes en lymphocytes T, établissant ainsi les lymphocytes T comme médiateurs essentiels des effets dévastateurs sur l'os de la carence en œstrogènes in vivo. Ces résultats démontrent que la capacité des œstrogènes à cibler les lymphocytes T, en supprimant leur production de TNF-alpha, est un mécanisme clé par lequel les œstrogènes empêchent la résorption osseuse ostéoclastique et la perte osseuse.

@article{doi101172jci11066,
    author = "Cenci, Simone et Weitzmann, M. Neale et Roggia, Cristiana et Namba, Noriyuki et Novack, Deborah V. et Woodring, Jessica et Pacifici, Roberto",
    title = "La carence en œstrogènes induit une perte osseuse en augmentant la production de TNF-α",
    year = "2000",
    journal = "Journal of Clinical Investigation",
    abstract = "La carence en œstrogènes induit une perte osseuse en régulant à la hausse l'ostéoclastogenèse par des mécanismes non entièrement définis. Nous avons constaté que l'ovariectomie augmentait la production de TNF-alpha par les lymphocytes T, ce qui, agissant par le biais du récepteur p55 du TNF-alpha, amplifie l'ostéoclastogenèse induite par le facteur stimulant les colonies de macrophages (M-CSF) et par le RANKL. L'ovariectomie n'a pas induit de perte osseuse, stimulé la résorption osseuse ou augmenté l'ostéoclastogenèse dépendante du M-CSF et du RANKL chez des souris déficientes en lymphocytes T, établissant ainsi les lymphocytes T comme médiateurs essentiels des effets dévastateurs sur l'os de la carence en œstrogènes in vivo. Ces résultats démontrent que la capacité des œstrogènes à cibler les lymphocytes T, en supprimant leur production de TNF-alpha, est un mécanisme clé par lequel les œstrogènes empêchent la résorption osseuse ostéoclastique et la perte osseuse.",
    url = "https://doi.org/10.1172/jci11066",
    doi = "10.1172/jci11066",
    openalex = "W2133281510",
    references = "openalexw1585377912"
}

Le squelette adulte se régénère par des structures cellulaires temporaires qui comprennent des équipes d'ostéoclastes et d'ostéoblastes juxtaposés et remplacent périodiquement l'os ancien par du nouveau. Un corpus considérable de preuves accumulées au cours de la dernière décennie a montré que le taux de genèse de ces deux types cellulaires hautement spécialisés, ainsi que la prévalence de leur apoptose, sont essentiels au maintien de l'homéostasie osseuse ; et que les troubles métaboliques osseux courants tels que l'ostéoporose résultent largement d'un dérèglement de la naissance ou de la mort de ces cellules. Le but de cet article est triple : 1) examiner le rôle et le mécanisme d'action moléculaire des molécules régulatrices, telles que les cytokines et les hormones, dans la naissance et l'apoptose des ostéoclastes et des ostéoblastes ; 2) examiner les preuves concernant la contribution des modifications de la naissance ou de la mort des cellules osseuses à la pathogenèse des formes les plus courantes d'ostéoporose ; et 3) souligner les implications de la naissance et de la mort des cellules osseuses pour une meilleure compréhension du mécanisme d'action et de l'efficacité des agents pharmacothérapeutiques actuels et futurs pour l'ostéoporose.

@article{doi101210edrv2120395,
    author = "Manolagas, Stavros C.",
    title = "Naissance et mort des cellules osseuses : mécanismes régulateurs de base et implications pour la pathogenèse et le traitement de l'ostéoporose*",
    year = "2000",
    journal = "Endocrine Reviews",
    abstract = "Le squelette adulte se régénère par des structures cellulaires temporaires qui comprennent des équipes d'ostéoclastes et d'ostéoblastes juxtaposés et remplacent périodiquement l'os ancien par du nouveau. Un corpus considérable de preuves accumulées au cours de la dernière décennie a montré que le taux de genèse de ces deux types cellulaires hautement spécialisés, ainsi que la prévalence de leur apoptose, sont essentiels au maintien de l'homéostasie osseuse ; et que les troubles métaboliques osseux courants tels que l'ostéoporose résultent largement d'un dérèglement de la naissance ou de la mort de ces cellules. Le but de cet article est triple : 1) examiner le rôle et le mécanisme d'action moléculaire des molécules régulatrices, telles que les cytokines et les hormones, dans la naissance et l'apoptose des ostéoclastes et des ostéoblastes ; 2) examiner les preuves concernant la contribution des modifications de la naissance ou de la mort des cellules osseuses à la pathogenèse des formes les plus courantes d'ostéoporose ; et 3) souligner les implications de la naissance et de la mort des cellules osseuses pour une meilleure compréhension du mécanisme d'action et de l'efficacité des agents pharmacothérapeutiques actuels et futurs pour l'ostéoporose.",
    url = "https://doi.org/10.1210/edrv.21.2.0395",
    doi = "10.1210/edrv.21.2.0395",
    openalex = "W2142820105",
    references = "doi101002jcb240550303"
}

OBJECTIF : Caractériser les cellules souches mésenchymateuses (CSM) provenant de la membrane synoviale (MS) humaine. MÉTHODES : Les populations cellulaires ont été libérées enzymatiquement de la MS obtenue à partir des genoux de donneurs humains adultes et ont été étendues en monocouche avec des passages sériels à confluence. Des clones cellulaires ont été obtenus par dilution limitée. À différents passages, les cellules dérivées de la MS ont été soumises à des tests in vitro pour étudier leur potentiel multiligneage. Après traitement, les phénotypes des cultures cellulaires ont été analysés par histologie et immunohistochimie, ainsi que par réaction en chaîne par polymérase de transcription inverse semi-quantitative pour l'expression de gènes marqueurs liés à la lignée. RÉSULTATS : Les cellules dérivées de la MS pouvaient être étendues considérablement en monocouche, avec un vieillissement limité. Dans des conditions de culture appropriées, les cellules dérivées de la MS ont été induites à se différencier en lignées chondrocytaire, ostéocytaire et adipocytaire. Une myogenèse sporadique a également été observée. Cinq clones cellulaires indépendants ont affiché un potentiel multiligneage. Intéressamment, seul un clone était myogénique. L'âge du donneur, le passage cellulaire et la cryopréservation n'ont pas affecté le potentiel multiligneage des cellules dérivées de la MS. En revanche, les fibroblastes dermiques normaux dans les mêmes conditions de culture n'ont pas affiché ce potentiel. CONCLUSION : Notre étude démontre que les CSM multipotentes humaines peuvent être isolées de la MS des genoux. Ces cellules ont la capacité de proliférer considérablement en culture et maintiennent leur potentiel de différenciation multiligneage in vitro, établissant leur nature de cellule progénitrice. Les CSM dérivées de la MS peuvent jouer un rôle dans la réponse régénératrice pendant les maladies arthritiques et sont des candidats prometteurs pour le développement de nouvelles approches thérapeutiques basées sur les cellules pour la réparation du tissu squelettique postnatal.

@article{doi101002152901312001084481928aidart33130co2p,
    author = "Bari, Cosimo De et Dell'Accio, Francesco et Tylzanowski, Przemyslaw et Luyten, Frank P.",
    title = "Multipotent stem cells mésenchymaux provenant de la membrane synoviale humaine adulte",
    year = "2001",
    journal = "Arthritis \& Rheumatism",
    abstract = "OBJECTIF : Caractériser les cellules souches mésenchymateuses (CSM) provenant de la membrane synoviale (MS) humaine. MÉTHODES : Les populations cellulaires ont été libérées enzymatiquement de la MS obtenue à partir des genoux de donneurs humains adultes et ont été étendues en monocouche avec des passages sériels à confluence. Des clones cellulaires ont été obtenus par dilution limitée. À différents passages, les cellules dérivées de la MS ont été soumises à des tests in vitro pour étudier leur potentiel multiligneage. Après traitement, les phénotypes des cultures cellulaires ont été analysés par histologie et immunohistochimie, ainsi que par réaction en chaîne par polymérase de transcription inverse semi-quantitative pour l'expression de gènes marqueurs liés à la lignée. RÉSULTATS : Les cellules dérivées de la MS pouvaient être étendues considérablement en monocouche, avec un vieillissement limité. Dans des conditions de culture appropriées, les cellules dérivées de la MS ont été induites à se différencier en lignées chondrocytaire, ostéocytaire et adipocytaire. Une myogenèse sporadique a également été observée. Cinq clones cellulaires indépendants ont affiché un potentiel multiligneage. Intéressamment, seul un clone était myogénique. L'âge du donneur, le passage cellulaire et la cryopréservation n'ont pas affecté le potentiel multiligneage des cellules dérivées de la MS. En revanche, les fibroblastes dermiques normaux dans les mêmes conditions de culture n'ont pas affiché ce potentiel. CONCLUSION : Notre étude démontre que les CSM multipotentes humaines peuvent être isolées de la MS des genoux. Ces cellules ont la capacité de proliférer considérablement en culture et maintiennent leur potentiel de différenciation multiligneage in vitro, établissant leur nature de cellule progénitrice. Les CSM dérivées de la MS peuvent jouer un rôle dans la réponse régénératrice pendant les maladies arthritiques et sont des candidats prometteurs pour le développement de nouvelles approches thérapeutiques basées sur les cellules pour la réparation du tissu squelettique postnatal.",
    url = "https://doi.org/10.1002/1529-0131(200108)44:8<1928::aid-art331>3.0.co;2-p",
    doi = "10.1002/1529-0131(200108)44:8<1928::aid-art331>3.0.co;2-p",
    openalex = "W2000097208",
    references = "doi101242jcs11371161"
}

@article{doi101016s0891584900004986,
    author = "Ishige, Kumiko et Schubert, David et Sagara, Yutaka",
    title = "Les flavonoïdes protègent les cellules neuronales du stress oxydatif par trois mécanismes distincts",
    year = "2001",
    journal = "Free Radical Biology and Medicine",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0891-5849(00)00498-6",
    doi = "10.1016/s0891-5849(00)00498-6",
    openalex = "W2133971230",
    references = "doi101046j14714159199769020581x"
}

@article{doi101016s0891584901004804,
    author = "Schäfer, Freya et Buettner, Garry R.",
    title = "Environnement redox de la cellule vu à travers l'état redox du couple glutathion disulfure/glutathion",
    year = "2001",
    journal = "Free Radical Biology and Medicine",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0891-5849(01)00480-4",
    doi = "10.1016/s0891-5849(01)00480-4",
    openalex = "W2132878122"
}

Une grande partie des travaux réalisés sur les cellules souches adultes s'est concentrée sur les cellules souches mésenchymateuses (CSM) présentes dans le stroma de la moelle osseuse. Le tissu adipeux, comme la moelle osseuse, est dérivé du mésenchyme embryonnaire et contient un stroma qui peut être facilement isolé. Des études préliminaires ont récemment identifié une population de cellules souches potentielles au sein du compartiment stromal adipeux. Cette population cellulaire, désignée par le terme cellules de lipoaspirat traité (PLA), peut être isolée à partir de lipoaspirats humains et, comme les CSM, se différencier vers les lignées ostéogéniques, adipo-géniques, myogéniques et chondrogéniques. Pour confirmer si le tissu adipeux contient des cellules souches, la population PLA et plusieurs isolats clonaux ont été analysés à l'aide de plusieurs approches moléculaires et biochimiques. Les cellules PLA exprimaient plusieurs antigènes de marqueurs CD similaires à ceux observés sur les CSM. L'induction de la lignée mésodermale des cellules PLA et des clones a entraîné l'expression de plusieurs gènes et protéines spécifiques de la lignée. De plus, l'analyse biochimique a également confirmé une activité spécifique de la lignée. En plus de la capacité mésodermale, les cellules PLA et les clones se sont différenciées en cellules neurogéniques potentielles, présentant une morphologie neuronale et exprimant plusieurs protéines cohérentes avec le phénotype neuronal. Enfin, les cellules PLA ont présenté des caractéristiques uniques distinctes de celles observées chez les CSM, notamment des différences dans le profil des marqueurs CD et l'expression des gènes.

@article{doi101091mbce02020105,
    author = "Zuk, Patricia A. et Zhu, Min et Ashjian, Peter et Ugarte, Daniel A. De et Huang, Jerry I. et Mizuno, Hiroshi et Alfonso, Zeni C. et Fraser, John K. et Benhaim, Prosper et Hedrick, Marc H.",
    title = "Human Adipose Tissue Is a Source of Multipotent Stem Cells",
    year = "2002",
    journal = "Molecular Biology of the Cell",
    abstract = "Une grande partie des travaux réalisés sur les cellules souches adultes s'est concentrée sur les cellules souches mésenchymateuses (CSM) présentes dans le stroma de la moelle osseuse. Le tissu adipeux, comme la moelle osseuse, est dérivé du mésenchyme embryonnaire et contient un stroma qui peut être facilement isolé. Des études préliminaires ont récemment identifié une population de cellules souches potentielles au sein du compartiment stromal adipeux. Cette population cellulaire, désignée par le terme cellules de lipoaspirat traité (PLA), peut être isolée à partir de lipoaspirats humains et, comme les CSM, se différencier vers les lignées ostéogéniques, adipo-géniques, myogéniques et chondrogéniques. Pour confirmer si le tissu adipeux contient des cellules souches, la population PLA et plusieurs isolats clonaux ont été analysés à l'aide de plusieurs approches moléculaires et biochimiques. Les cellules PLA exprimaient plusieurs antigènes de marqueurs CD similaires à ceux observés sur les CSM. L'induction de la lignée mésodermale des cellules PLA et des clones a entraîné l'expression de plusieurs gènes et protéines spécifiques de la lignée. De plus, l'analyse biochimique a également confirmé une activité spécifique de la lignée. En plus de la capacité mésodermale, les cellules PLA et les clones se sont différenciées en cellules neurogéniques potentielles, présentant une morphologie neuronale et exprimant plusieurs protéines cohérentes avec le phénotype neuronal. Enfin, les cellules PLA ont présenté des caractéristiques uniques distinctes de celles observées chez les CSM, notamment des différences dans le profil des marqueurs CD et l'expression des gènes.",
    url = "https://doi.org/10.1091/mbc.e02-02-0105",
    doi = "10.1091/mbc.e02-02-0105",
    openalex = "W2107503723",
    references = "doi101159000452856, doi101242jcs11371161"
}

À fortes concentrations, les radicaux libres et les espèces réactives non radicales dérivées de radicaux sont dangereux pour les organismes vivants et endommagent tous les constituants cellulaires majeurs. À des concentrations modérées, cependant, l'oxyde nitrique (NO), l'anion superoxyde et les espèces réactives de l'oxygène (ROS) apparentées jouent un rôle important en tant que médiateurs régulateurs dans les processus de signalisation. De nombreuses réponses médiées par les ROS protègent en réalité les cellules contre le stress oxydatif et rétablissent l'« homéostasie redox ». Cependant, les organismes supérieurs ont évolué pour utiliser le NO et les ROS également comme molécules de signalisation pour d'autres fonctions physiologiques. Ceux-ci incluent la régulation du tonus vasculaire, la surveillance de la tension en oxygène dans le contrôle de la ventilation et de la production d'érythropoïétine, et la transduction de signaux à partir de récepteurs membranaires dans divers processus physiologiques. Le NO et les ROS sont généralement générés dans ces cas par des enzymes étroitement régulées telles que la NO synthase (NOS) et les isoformes de l'oxydase NAD(P)H, respectivement. Dans une protéine de signalisation donnée, une attaque oxydative induit soit une perte de fonction, soit un gain de fonction, soit un basculement vers une fonction différente. Des quantités excessives de ROS peuvent survenir soit par stimulation excessive des oxydases NAD(P)H, soit à partir de sources moins bien régulées telles que la chaîne de transport des électrons mitochondriale. Dans les mitochondries, les ROS sont générés comme sous-produits indésirables du métabolisme énergétique oxydatif. Une augmentation excessive et/ou soutenue de la production de ROS a été impliquée dans la pathogenèse du cancer, du diabète sucré, de l'athérosclérose, des maladies neurodégénératives, de la polyarthrite rhumatoïde, de l'ischémie/réperfusion, de l'apnée obstructive du sommeil et d'autres maladies. De plus, les radicaux libres ont été impliqués dans le mécanisme du vieillissement. L'idée que le processus de vieillissement peut résulter, au moins en partie, d'un dommage oxydatif médié par des radicaux a été proposée il y a plus de 40 ans par Harman (J Gerontol 11: 298-300, 1956). Il existe des preuves croissantes que le vieillissement implique, en outre, des changements progressifs dans les processus de régulation médiés par les radicaux libres qui entraînent une expression génique altérée.

@article{doi101152physrev000182001,
    author = "Dröge, Wulf",
    title = "Free Radicals in the Physiological Control of Cell Function",
    year = "2002",
    journal = "Physiological Reviews",
    abstract = {At high concentrations, free radicals and radical-derived, nonradical reactive species are hazardous for living organisms and damage all major cellular constituents. At moderate concentrations, however, nitric oxide (NO), superoxide anion, and related reactive oxygen species (ROS) play an important role as regulatory mediators in signaling processes. Many of the ROS-mediated responses actually protect the cells against oxidative stress and reestablish "redox homeostasis." Higher organisms, however, have evolved the use of NO and ROS also as signaling molecules for other physiological functions. These include regulation of vascular tone, monitoring of oxygen tension in the control of ventilation and erythropoietin production, and signal transduction from membrane receptors in various physiological processes. NO and ROS are typically generated in these cases by tightly regulated enzymes such as NO synthase (NOS) and NAD(P)H oxidase isoforms, respectively. In a given signaling protein, oxidative attack induces either a loss of function, a gain of function, or a switch to a different function. Excessive amounts of ROS may arise either from excessive stimulation of NAD(P)H oxidases or from less well-regulated sources such as the mitochondrial electron-transport chain. In mitochondria, ROS are generated as undesirable side products of the oxidative energy metabolism. An excessive and/or sustained increase in ROS production has been implicated in the pathogenesis of cancer, diabetes mellitus, atherosclerosis, neurodegenerative diseases, rheumatoid arthritis, ischemia/reperfusion injury, obstructive sleep apnea, and other diseases. In addition, free radicals have been implicated in the mechanism of senescence. That the process of aging may result, at least in part, from radical-mediated oxidative damage was proposed more than 40 years ago by Harman (J Gerontol 11: 298-300, 1956). There is growing evidence that aging involves, in addition, progressive changes in free radical-mediated regulatory processes that result in altered gene expression.},
    url = "https://doi.org/10.1152/physrev.00018.2001",
    doi = "10.1152/physrev.00018.2001",
    openalex = "W2147993424",
    references = "doi101016030636239190478o, doi10103835021000, doi101093emboj1851321"
}

@article{doi101016jbiocel200311001,
    author = "Barry, Frank et Murphy, Mary",
    title = "Cellules souches mésenchymateuses : applications cliniques et caractérisation biologique",
    year = "2004",
    journal = "The International Journal of Biochemistry \& Cell Biology",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.biocel.2003.11.001",
    doi = "10.1016/j.biocel.2003.11.001",
    openalex = "W2016931709",
    references = "doi101242jcs11371161"
}

@article{doi101016jtcb200411009,
    author = "McIntosh, Richard et Nicastro, Daniela et Mastronarde, David N.",
    title = "Nouvelles perspectives sur les cellules en 3D : une introduction à la tomographie électronique",
    year = "2004",
    journal = "Trends in Cell Biology",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.tcb.2004.11.009",
    doi = "10.1016/j.tcb.2004.11.009",
    openalex = "W2145778422"
}

@article{doi101016s1534580704000759,
    author = "McBeath, Rowena et Pirone, Dana M. et Nelson, Celeste M. et Bhadriraju, Kiran et Chen, Christopher S.",
    title = "Cell Shape, Cytoskeletal Tension, and RhoA Regulate Stem Cell Lineage Commitment",
    year = "2004",
    journal = "Developmental Cell",
    url = "https://doi.org/10.1016/s1534-5807(04)00075-9",
    doi = "10.1016/s1534-5807(04)00075-9",
    openalex = "W2144023435",
    references = "doi101007bf02406145, doi101016s0142961201000023, doi1015159780691183978018"
}

@article{doi101038nrg1272,
    author = "Barabási, Albert-Ĺaszló et Oltvai, Zoltán N.",
    title = "Network biology: understanding the cell's functional organization",
    year = "2004",
    journal = "Nature Reviews Genetics",
    url = "https://doi.org/10.1038/nrg1272",
    doi = "10.1038/nrg1272",
    openalex = "W2163480486",
    references = "doi101073pnas122653799, doi101103revmodphys7447, doi101126science1073374"
}

Les cellules souches mésenchymateuses (CSM) représentent une population de cellules souches présente dans les tissus adultes qui peuvent être isolées, développées en culture et caractérisées in vitro et in vivo. Les CSM se différencient facilement en chondrocytes, adipocytes, ostéocytes et elles peuvent soutenir les cellules souches hématopoïétiques ou les cellules souches embryonnaires en culture. Des preuves suggèrent que les CSM peuvent également exprimer des caractéristiques phénotypiques de cellules endothéliales, neuronales, de muscle lisse, de myoblastes squelettiques et de cellules myocytaires cardiaques. Lorsqu'elles sont introduites dans le cœur infarcté, les CSM empêchent le remodelage délétère et améliorent la récupération, bien qu'une compréhension plus approfondie de la différenciation des CSM dans le tissu cicatriciel cardiaque soit encore nécessaire. Les CSM ont été injectées directement dans l'infarctus ou elles ont été administrées par voie intraveineuse et ont été observées pour migrer vers le site de lésion. L'examen de l'interaction des CSM allogéniques avec les cellules du système immunitaire indique un faible rejet par les lymphocytes T. La persistance des CSM allogéniques in vivo suggère leur potentiel d'utilisation thérapeutique « hors rayon » pour plusieurs receveurs. L'utilisation clinique des CSM humaines cultivées (hCSM) a commencé pour les patients atteints de cancer, et les receveurs ont reçu des CSM autologues ou allogéniques. La recherche continue de soutenir les traits souhaitables des CSM pour le développement de thérapeutiques cellulaires pour de nombreux tissus, y compris le système cardiovasculaire. En résumé, les hCSM isolées de la moelle osseuse adulte offrent un excellent modèle pour le développement de thérapeutiques à cellules souches, et leur potentiel d'utilisation dans le système cardiovasculaire est actuellement en cours d'investigation en laboratoire et en milieu clinique.

@article{doi10116101res0000135902993836f,
    author = "Pittenger, Mark F. et Martin, Bradley J.",
    title = "Les cellules souches mésenchymateuses et leur potentiel en tant que thérapeutiques cardiaques",
    year = "2004",
    journal = "Circulation Research",
    abstract = {Les cellules souches mésenchymateuses (CSM) représentent une population de cellules souches présente dans les tissus adultes qui peuvent être isolées, développées en culture et caractérisées in vitro et in vivo. Les CSM se différencient facilement en chondrocytes, adipocytes, ostéocytes et elles peuvent soutenir les cellules souches hématopoïétiques ou les cellules souches embryonnaires en culture. Des preuves suggèrent que les CSM peuvent également exprimer des caractéristiques phénotypiques de cellules endothéliales, neuronales, de muscle lisse, de myoblastes squelettiques et de cellules myocytaires cardiaques. Lorsqu'elles sont introduites dans le cœur infarcté, les CSM empêchent le remodelage délétère et améliorent la récupération, bien qu'une compréhension plus approfondie de la différenciation des CSM dans le tissu cicatriciel cardiaque soit encore nécessaire. Les CSM ont été injectées directement dans l'infarctus ou elles ont été administrées par voie intraveineuse et ont été observées pour migrer vers le site de lésion. L'examen de l'interaction des CSM allogéniques avec les cellules du système immunitaire indique un faible rejet par les lymphocytes T. La persistance des CSM allogéniques in vivo suggère leur potentiel d'utilisation thérapeutique « hors rayon » pour plusieurs receveurs. L'utilisation clinique des CSM humaines cultivées (hCSM) a commencé pour les patients atteints de cancer, et les receveurs ont reçu des CSM autologues ou allogéniques. La recherche continue de soutenir les traits souhaitables des CSM pour le développement de thérapeutiques cellulaires pour de nombreux tissus, y compris le système cardiovasculaire. En résumé, les hCSM isolées de la moelle osseuse adulte offrent un excellent modèle pour le développement de thérapeutiques à cellules souches, et leur potentiel d'utilisation dans le système cardiovasculaire est actuellement en cours d'investigation en laboratoire et en milieu clinique.},
    url = "https://doi.org/10.1161/01.res.0000135902.99383.6f",
    doi = "10.1161/01.res.0000135902.99383.6f",
    openalex = "W2154502936",
    references = "doi101242jcs11371161"
}

Les cellules souches mésenchymateuses (CSM) sont des cellules multipotentes présentes dans plusieurs tissus adultes. Les CSM allogéniques transplantées peuvent être détectées chez les receveurs à des temps prolongés, indiquant un manque de reconnaissance et d'élimination immunitaires. De plus, un rôle des CSM dérivées de la moelle osseuse dans la réduction de l'incidence et de la sévérité de la maladie du greffon contre l'hôte (MCGH) lors de la transplantation allogénique a récemment été rapporté ; cependant, les mécanismes restent à être investigués. Nous avons examiné les fonctions immunomodulatrices des CSM humaines (hCSM) en les cocultivant avec des sous-populations purifiées de cellules immunitaires et rapportons ici que les hCSM ont modifié le profil de sécrétion de cytokines des cellules dendritiques (CD), des lymphocytes T naïfs et effecteurs (lymphocytes T auxiliaires 1 [T(H)1] et T(H)2), et des cellules tueuses naturelles (NK) pour induire un phénotype plus anti-inflammatoire ou tolérant. Spécifiquement, les hCSM ont causé les CD matures de type 1 (CD1) à diminuer la sécrétion de facteur de nécrose tumorale alpha (TNF-alpha) et les CD2 matures à augmenter la sécrétion d'interleukine-10 (IL-10) ; les hCSM ont causé les cellules T(H)1 à diminuer l'interféron gamma (IFN-gamma) et ont causé les cellules T(H)2 à augmenter la sécrétion d'IL-4 ; les hCSM ont causé une augmentation de la proportion de lymphocytes T régulateurs (T(Regs)) présents ; et les hCSM ont diminué la sécrétion d'IFN-gamma des cellules NK. Mécanistiquement, les hCSM ont produit des prostaglandines E2 (PGE(2)) élevées dans les cocultures, et les inhibiteurs de la production de PGE(2) ont atténué la modulation immunitaire médiée par les hCSM. Ces données offrent des aperçus sur les interactions entre les CSM allogéniques et les cellules immunitaires et fournissent des mécanismes probablement impliqués dans l'induction de tolérance in vivo médiée par les CSM qui pourrait être thérapeutique pour la réduction de la MCGH, du rejet, et de la modulation de l'inflammation.

@article{doi101182blood2004041559,
    author = "Aggarwal, Sudeepta et Pittenger, Mark F.",
    title = "Les cellules souches mésenchymateuses humaines modulent les réponses des cellules immunitaires allogéniques",
    year = "2004",
    journal = "Blood",
    abstract = "Les cellules souches mésenchymateuses (CSM) sont des cellules multipotentes présentes dans plusieurs tissus adultes. Les CSM allogéniques transplantées peuvent être détectées chez les receveurs à des temps prolongés, indiquant un manque de reconnaissance et d'élimination immunitaires. De plus, un rôle des CSM dérivées de la moelle osseuse dans la réduction de l'incidence et de la sévérité de la maladie du greffon contre l'hôte (MCGH) lors de la transplantation allogénique a récemment été rapporté ; cependant, les mécanismes restent à être investigués. Nous avons examiné les fonctions immunomodulatrices des CSM humaines (hCSM) en les cocultivant avec des sous-populations purifiées de cellules immunitaires et rapportons ici que les hCSM ont modifié le profil de sécrétion de cytokines des cellules dendritiques (CD), des lymphocytes T naïfs et effecteurs (lymphocytes T auxiliaires 1 [T(H)1] et T(H)2), et des cellules tueuses naturelles (NK) pour induire un phénotype plus anti-inflammatoire ou tolérant. Spécifiquement, les hCSM ont causé les CD matures de type 1 (CD1) à diminuer la sécrétion de facteur de nécrose tumorale alpha (TNF-alpha) et les CD2 matures à augmenter la sécrétion d'interleukine-10 (IL-10) ; les hCSM ont causé les cellules T(H)1 à diminuer l'interféron gamma (IFN-gamma) et ont causé les cellules T(H)2 à augmenter la sécrétion d'IL-4 ; les hCSM ont causé une augmentation de la proportion de lymphocytes T régulateurs (T(Regs)) présents ; et les hCSM ont diminué la sécrétion d'IFN-gamma des cellules NK. Mécanistiquement, les hCSM ont produit des prostaglandines E2 (PGE(2)) élevées dans les cocultures, et les inhibiteurs de la production de PGE(2) ont atténué la modulation immunitaire médiée par les hCSM. Ces données offrent des aperçus sur les interactions entre les CSM allogéniques et les cellules immunitaires et fournissent des mécanismes probablement impliqués dans l'induction de tolérance in vivo médiée par les CSM qui pourrait être thérapeutique pour la réduction de la MCGH, du rejet, et de la modulation de l'inflammation.",
    url = "https://doi.org/10.1182/blood-2004-04-1559",
    doi = "10.1182/blood-2004-04-1559",
    openalex = "W2095666785",
    references = "doi101242jcs11371161"
}

@article{doi101016jcell200508020,
    author = "Boyer, Laurie A. et Lee, Tong Ihn et Cole, Megan F. et Johnstone, Sarah E. et Levine, Stuart S. et Zucker, Jacob et Guenther, Matthew G. et Kumar, Roshan et Murray, Heather L. et Jenner, Richard G. et Gifford, David K. et Melton, Douglas A. et Jaenisch, Rudolf et Young, Richard A.",
    title = "Circuitry de régulation transcriptionnelle centrale dans les cellules souches embryonnaires humaines",
    year = "2005",
    journal = "Cell",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.cell.2005.08.020",
    doi = "10.1016/j.cell.2005.08.020",
    openalex = "W2107575419"
}

@misc{doi101016s1387265605110047,
    author = "Berridge, Michael V. et Herst, Patries M. et Tan, An S.",
    title = "Colorants tétrazoliques comme outils en biologie cellulaire : nouvelles perspectives sur leur réduction cellulaire",
    year = "2005",
    booktitle = "Revue annuelle de biotechnologie",
    url = "https://doi.org/10.1016/s1387-2656(05)11004-7",
    doi = "10.1016/s1387-2656(05)11004-7",
    openalex = "W1849819493",
    references = "doi101001jama195302940280072039, doi101006abbi19931311, doi1010160003269771903708, doi1010160022175983903034, doi101016030636239190478o, doi101038nri1312, doi101046j14714159199769020581x, doi101093jnci82131113, doi103727095535491820873191, openalexw2143811153"
}

Les cellules souches adultes fournissent des descendants de remplacement et de réparation pour le renouvellement normal ou les tissus lésés. Ces cellules ont été isolées et amplifiées en culture, et leur utilisation pour des stratégies thérapeutiques nécessite des technologies encore à perfectionner. Dans les années 1970, le système de culture de cellules mésenchymateuses du bourgeon de membre embryonnaire de poulet a fourni des données sur la différenciation du cartilage, de l'os et du muscle. Dans les années 1980, nous avons utilisé ce système de cellules du bourgeon de membre comme essai pour la purification des facteurs inducteurs dans l'os. Dans les années 1990, nous avons utilisé l'expertise acquise avec les cellules progénitrices mésenchymateuses embryonnaires en culture pour développer la technologie permettant d'isoler, d'amplifier et de préserver la capacité des cellules souches mésenchymateuses dérivées de la moelle osseuse adulte (CSM). Les années 1990 nous ont amenés dans le nouveau domaine de l'ingénierie tissulaire, où nous avons utilisé des CSM avec des véhicules de délivrance spécifiques à un site pour réparer le cartilage, l'os, le tendon, le stroma de la moelle, le muscle et d'autres tissus conjonctifs. Au début du XXIe siècle, nous avons réalisé des progrès substantiels : le plus important est le développement d'une technologie de revêtement cellulaire, appelée peinture, qui nous permet d'introduire des protéines informationnelles à la surface externe des cellules. Ces peintures peuvent servir d'adresses de ciblage pour amarrer spécifiquement des CSM ou d'autres cellules réparatrices à des adresses tissulaires uniques. Le défi scientifique et clinique demeure : perfectionner les protocoles d'ingénierie tissulaire basés sur les cellules pour exploiter les capacités de rajeunissement du corps en gérant les implantations chirurgicales de structures porteuses, de facteurs bioactifs et de cellules réparatrices pour régénérer les tissus squelettiques endommagés ou malades.

@article{doi101089ten2005111198,
    author = "Caplan, Arnold I.",
    title = "Revue : Cellules souches mésenchymateuses : Thérapie reconstructive basée sur les cellules en orthopédie",
    year = "2005",
    journal = "Ingénierie tissulaire",
    abstract = "Les cellules souches adultes fournissent des descendants de remplacement et de réparation pour le renouvellement normal ou les tissus lésés. Ces cellules ont été isolées et amplifiées en culture, et leur utilisation pour des stratégies thérapeutiques nécessite des technologies encore à perfectionner. Dans les années 1970, le système de culture de cellules mésenchymateuses du bourgeon de membre embryonnaire de poulet a fourni des données sur la différenciation du cartilage, de l'os et du muscle. Dans les années 1980, nous avons utilisé ce système de cellules du bourgeon de membre comme essai pour la purification des facteurs inducteurs dans l'os. Dans les années 1990, nous avons utilisé l'expertise acquise avec les cellules progénitrices mésenchymateuses embryonnaires en culture pour développer la technologie permettant d'isoler, d'amplifier et de préserver la capacité des cellules souches mésenchymateuses dérivées de la moelle osseuse adulte (CSM). Les années 1990 nous ont amenés dans le nouveau domaine de l'ingénierie tissulaire, où nous avons utilisé des CSM avec des véhicules de délivrance spécifiques à un site pour réparer le cartilage, l'os, le tendon, le stroma de la moelle, le muscle et d'autres tissus conjonctifs. Au début du XXIe siècle, nous avons réalisé des progrès substantiels : le plus important est le développement d'une technologie de revêtement cellulaire, appelée peinture, qui nous permet d'introduire des protéines informationnelles à la surface externe des cellules. Ces peintures peuvent servir d'adresses de ciblage pour amarrer spécifiquement des CSM ou d'autres cellules réparatrices à des adresses tissulaires uniques. Le défi scientifique et clinique demeure : perfectionner les protocoles d'ingénierie tissulaire basés sur les cellules pour exploiter les capacités de rajeunissement du corps en gérant les implantations chirurgicales de structures porteuses, de facteurs bioactifs et de cellules réparatrices pour régénérer les tissus squelettiques endommagés ou malades.",
    url = "https://doi.org/10.1089/ten.2005.11.1198",
    doi = "10.1089/ten.2005.11.1198",
    openalex = "W2013970253",
    references = "doi101126science6403986"
}

La tomographie électronique (TE) est particulièrement adaptée pour obtenir des reconstructions tridimensionnelles de structures pléomorphes, telles que les cellules, les organites ou les assemblages supramoléculaires. Bien que les principes de la TE soient connus depuis des décennies, son utilisation a gagné en dynamique seulement ces dernières années, grâce aux avancées technologiques et à sa combinaison avec des techniques améliorées de préparation des spécimens. La préparation par congélation rapide/congélation-substitution est applicable aux cellules et tissus entiers, et constitue la méthode de choix pour les investigations par TE de l'ultrastructure cellulaire. La préparation congelée-hydratée offre la meilleure préservation structurelle possible et permet l'imagerie de molécules, de complexes et d'assemblages supramoléculaires dans leur état natif et leur environnement naturel. Dépourvue d'artefacts de coloration et de fixation chimique, la cryo-TE fournit une représentation fidèle de la fois de la surface et de la structure interne des molécules. En combinaison avec des méthodes informatiques avancées, telles que l'identification moléculaire basée sur des techniques de reconnaissance de motifs, la cryo-TE est actuellement l'approche la plus prometteuse pour cartographier de manière exhaustive l'architecture macromoléculaire à l'intérieur des tomogrammes cellulaires.

@article{doi101146annurevbiochem73011303074112,
    author = "Lučić, Vladan et Förster, Friedrich et Baumeister, Wolfgang",
    title = "ÉTUDES STRUCTURALES PAR TOMOGRAPHIE ÉLECTRONIQUE : Des cellules aux molécules",
    year = "2005",
    journal = "Annual Review of Biochemistry",
    abstract = "La tomographie électronique (TE) est particulièrement adaptée pour obtenir des reconstructions tridimensionnelles de structures pléomorphes, telles que les cellules, les organites ou les assemblages supramoléculaires. Bien que les principes de la TE soient connus depuis des décennies, son utilisation a gagné en dynamique seulement ces dernières années, grâce aux avancées technologiques et à sa combinaison avec des techniques améliorées de préparation des spécimens. La préparation par congélation rapide/congélation-substitution est applicable aux cellules et tissus entiers, et constitue la méthode de choix pour les investigations par TE de l'ultrastructure cellulaire. La préparation congelée-hydratée offre la meilleure préservation structurelle possible et permet l'imagerie de molécules, de complexes et d'assemblages supramoléculaires dans leur état natif et leur environnement naturel. Dépourvue d'artefacts de coloration et de fixation chimique, la cryo-TE fournit une représentation fidèle de la fois de la surface et de la structure interne des molécules. En combinaison avec des méthodes informatiques avancées, telles que l'identification moléculaire basée sur des techniques de reconnaissance de motifs, la cryo-TE est actuellement l'approche la plus prometteuse pour cartographier de manière exhaustive l'architecture macromoléculaire à l'intérieur des tomogrammes cellulaires.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.biochem.73.011303.074112",
    doi = "10.1146/annurev.biochem.73.011303.074112",
    openalex = "W2123176293"
}

La sénescence cellulaire supprime le cancer en arrêtant les cellules à risque de tumorigénèse maligne. Cependant, les cellules sénescentes sécrètent également des molécules qui peuvent stimuler les cellules prémalignes à proliférer et former des tumeurs, suggérant que la réponse à la sénescence est pléiotropique antagoniste. Nous montrons que les cellules épithéliales mammaires prémalignes exposées à des fibroblastes humains sénescents chez la souris perdent irréversiblement leurs propriétés différenciées, deviennent invasives et subissent une transformation maligne complète. De plus, en utilisant des fibroblastes de souris ou d'humains cultivés et des cellules épithéliales mammaires non malignes, nous montrons que les fibroblastes sénescents perturbent la morphogenèse alvéolaire épithéliale, la différenciation fonctionnelle et la morphogenèse en branches. En outre, nous identifions la MMP-3 comme le facteur principal responsable des effets des fibroblastes sénescents sur la morphogenèse en branches. Nos résultats soutiennent l'idée que les cellules sénescentes contribuent à la pathologie liée à l'âge, y compris le cancer, et décrivent une nouvelle propriété des fibroblastes sénescents - la capacité d'altérer la différenciation épithéliale - qui pourrait également expliquer la perte de fonction et d'organisation des tissus qui est une marque caractéristique du vieillissement.

@article{doi101242jcs01635,
    author = "Parrinello, Simona et Coppé, Jean‐Philippe et Krtolica, Ana et Campisi, Judith",
    title = "Interactions stromales-épithéliales dans le vieillissement et le cancer : les fibroblastes sénescents altèrent la différenciation des cellules épithéliales",
    year = "2005",
    journal = "Journal of Cell Science",
    abstract = "La sénescence cellulaire supprime le cancer en arrêtant les cellules à risque de tumorigénèse maligne. Cependant, les cellules sénescentes sécrètent également des molécules qui peuvent stimuler les cellules prémalignes à proliférer et former des tumeurs, suggérant que la réponse à la sénescence est pléiotropique antagoniste. Nous montrons que les cellules épithéliales mammaires prémalignes exposées à des fibroblastes humains sénescents chez la souris perdent irréversiblement leurs propriétés différenciées, deviennent invasives et subissent une transformation maligne complète. De plus, en utilisant des fibroblastes de souris ou d'humains cultivés et des cellules épithéliales mammaires non malignes, nous montrons que les fibroblastes sénescents perturbent la morphogenèse alvéolaire épithéliale, la différenciation fonctionnelle et la morphogenèse en branches. En outre, nous identifions la MMP-3 comme le facteur principal responsable des effets des fibroblastes sénescents sur la morphogenèse en branches. Nos résultats soutiennent l'idée que les cellules sénescentes contribuent à la pathologie liée à l'âge, y compris le cancer, et décrivent une nouvelle propriété des fibroblastes sénescents - la capacité d'altérer la différenciation épithéliale - qui pourrait également expliquer la perte de fonction et d'organisation des tissus qui est une marque caractéristique du vieillissement.",
    url = "https://doi.org/10.1242/jcs.01635",
    doi = "10.1242/jcs.01635",
    openalex = "W2128668256",
    references = "doi103727095535491820873191"
}

@article{doi101016jcell200607024,
    author = "Takahashi, Kazutoshi et Yamanaka, Shinya",
    title = "Induction of Pluripotent Stem Cells from Mouse Embryonic and Adult Fibroblast Cultures by Defined Factors",
    year = "2006",
    journal = "Cell",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.cell.2006.07.024",
    doi = "10.1016/j.cell.2006.07.024",
    openalex = "W2125987139",
    references = "doi101016037811199190434d, doi101016jcell200508020, doi101016s0092867400817699, doi101016s0092867403003921, doi101016s0092867403003933, doi101038292154a0, doi101038385810a0, doi10103874199, doi101073pnas78127634, doi101126science28253911145"
}

En raison des champs électriques forts à la surface, l'absorption et la diffusion du rayonnement électromagnétique par les nanoparticules de métaux nobles sont fortement accrues. Ces propriétés uniques offrent le potentiel de concevoir de nouveaux réactifs optiquement actifs pour l'imagerie moléculaire et la thérapie photothermique du cancer simultanées. Il est souhaitable d'utiliser des agents actifs dans la région infrarouge proche (NIR) du spectre de rayonnement afin de minimiser l'extinction de la lumière par les chromophores intrinsèques dans les tissus natifs. Les nanorods d'or avec des rapports d'aspect appropriés (longueur divisée par largeur) peuvent absorber et diffuser fortement dans la région NIR (650-900 nm). Dans le présent travail, nous fournissons une démonstration in vitro des nanorods d'or en tant que nouveaux agents de contraste pour l'imagerie moléculaire et la thérapie photothermique du cancer. Les nanorods sont synthétisés et conjugués à des anticorps monoclonaux anti-récepteur du facteur de croissance épidermique (anti-EGFR) et incubés dans des cultures cellulaires avec une lignée cellulaire épithéliale non maligne (HaCat) et deux lignées cellulaires épithéliales orales malignes (HOC 313 clone 8 et HSC 3). Les nanorods conjugués à l'anticorps anti-EGFR se lient spécifiquement à la surface des cellules de type maligne avec une affinité beaucoup plus élevée en raison de l'expression surexprimée de l'EGFR sur la membrane cytoplasmique des cellules malignes. En raison de la lumière rouge fortement diffusée par les nanorods d'or en champ sombre, observée à l'aide d'un microscope de laboratoire, les cellules malignes sont clairement visualisées et diagnostiquées par rapport aux cellules non malignes. Il a été constaté qu'après exposition à un laser rouge continu à 800 nm, les cellules malignes nécessitent environ la moitié de l'énergie laser pour être détruites photothermiquement par rapport aux cellules non malignes. Ainsi, à la fois le diagnostic efficace des cellules cancéreuses et la thérapie photothermique sélective sont réalisés simultanément.

@article{doi101021ja057254a,
    author = "Huang, Xiaohua et El‐Sayed, Ivan H. et Qian, Wei et El‐Sayed, Mostafa A.",
    title = "Imagerie cellulaire du cancer et thérapie photothermique dans la région infrarouge proche en utilisant des nanorods d'or",
    year = "2006",
    journal = "Journal of the American Chemical Society",
    abstract = "En raison des champs électriques forts à la surface, l'absorption et la diffusion du rayonnement électromagnétique par les nanoparticules de métaux nobles sont fortement accrues. Ces propriétés uniques offrent le potentiel de concevoir de nouveaux réactifs optiquement actifs pour l'imagerie moléculaire et la thérapie photothermique du cancer simultanées. Il est souhaitable d'utiliser des agents actifs dans la région infrarouge proche (NIR) du spectre de rayonnement afin de minimiser l'extinction de la lumière par les chromophores intrinsèques dans les tissus natifs. Les nanorods d'or avec des rapports d'aspect appropriés (longueur divisée par largeur) peuvent absorber et diffuser fortement dans la région NIR (650-900 nm). Dans le présent travail, nous fournissons une démonstration in vitro des nanorods d'or en tant que nouveaux agents de contraste pour l'imagerie moléculaire et la thérapie photothermique du cancer. Les nanorods sont synthétisés et conjugués à des anticorps monoclonaux anti-récepteur du facteur de croissance épidermique (anti-EGFR) et incubés dans des cultures cellulaires avec une lignée cellulaire épithéliale non maligne (HaCat) et deux lignées cellulaires épithéliales orales malignes (HOC 313 clone 8 et HSC 3). Les nanorods conjugués à l'anticorps anti-EGFR se lient spécifiquement à la surface des cellules de type maligne avec une affinité beaucoup plus élevée en raison de l'expression surexprimée de l'EGFR sur la membrane cytoplasmique des cellules malignes. En raison de la lumière rouge fortement diffusée par les nanorods d'or en champ sombre, observée à l'aide d'un microscope de laboratoire, les cellules malignes sont clairement visualisées et diagnostiquées par rapport aux cellules non malignes. Il a été constaté qu'après exposition à un laser rouge continu à 800 nm, les cellules malignes nécessitent environ la moitié de l'énergie laser pour être détruites photothermiquement par rapport aux cellules non malignes. Ainsi, à la fois le diagnostic efficace des cellules cancéreuses et la thérapie photothermique sélective sont réalisés simultanément.",
    url = "https://doi.org/10.1021/ja057254a",
    doi = "10.1021/ja057254a",
    openalex = "W2080376276"
}

Les cellules souches mésenchymateuses (CSM) représentent un outil prometteur pour de nouveaux concepts cliniques visant à soutenir la thérapie cellulaire. La moelle osseuse (MO) a été la première source rapportée contenant des CSM. Cependant, pour un usage clinique, la MO peut être préjudiciable en raison de la procédure de don hautement invasive et de la diminution du nombre de CSM et de leur potentiel de différenciation avec l'âge. Plus récemment, le sang du cordon ombilical (SCO), accessible par une méthode moins invasive, a été introduit comme une source alternative pour les CSM. Une autre source prometteuse est le tissu adipeux (TA). Nous avons comparé les CSM dérivées de ces sources en ce qui concerne la morphologie, le taux de réussite d'isolement des CSM, la fréquence des colonies, le potentiel d'expansion, la capacité de différenciation multiple et le phénotype immunitaire. Aucune différence significative concernant la morphologie et le phénotype immunitaire des CSM dérivées de ces sources n'était évidente. Des différences ont pu être observées concernant le taux de réussite d'isolement des CSM, qui était de 100 % pour la MO et le TA, mais seulement de 63 % pour le SCO. La fréquence des colonies était la plus faible dans le SCO, alors qu'elle était la plus élevée dans le TA. Cependant, les CSM-SCO pouvaient être cultivées le plus longtemps et montraient la plus haute capacité de prolifération, alors que les CSM-MO possédaient la période de culture la plus courte et la plus faible capacité de prolifération. De manière la plus frappante, les CSM-SCO ne montraient aucune capacité de différenciation adipo-génique, contrairement aux CSM-MO et CSM-TA. Le SCO et le TA sont des alternatives attrayantes à la MO pour l'isolement des CSM : le TA car il contient des CSM à la fréquence la plus élevée et le SCO car il semble pouvoir être étendu à des nombres plus élevés.

@article{doi101634stemcells20050342,
    author = "Kern, Susanne et Eichler, Hermann et Stoeve, Johannes et Klüter, Harald et Bieback, Karen",
    title = "Analyse comparative des cellules souches mésenchymateuses provenant de la moelle osseuse, du sang du cordon ombilical ou du tissu adipeux",
    year = "2006",
    journal = "Stem Cells",
    abstract = "Les cellules souches mésenchymateuses (CSM) représentent un outil prometteur pour de nouveaux concepts cliniques visant à soutenir la thérapie cellulaire. La moelle osseuse (MO) a été la première source rapportée contenant des CSM. Cependant, pour un usage clinique, la MO peut être préjudiciable en raison de la procédure de don hautement invasive et de la diminution du nombre de CSM et de leur potentiel de différenciation avec l'âge. Plus récemment, le sang du cordon ombilical (SCO), accessible par une méthode moins invasive, a été introduit comme une source alternative pour les CSM. Une autre source prometteuse est le tissu adipeux (TA). Nous avons comparé les CSM dérivées de ces sources en ce qui concerne la morphologie, le taux de réussite d'isolement des CSM, la fréquence des colonies, le potentiel d'expansion, la capacité de différenciation multiple et le phénotype immunitaire. Aucune différence significative concernant la morphologie et le phénotype immunitaire des CSM dérivées de ces sources n'était évidente. Des différences ont pu être observées concernant le taux de réussite d'isolement des CSM, qui était de 100 % pour la MO et le TA, mais seulement de 63 % pour le SCO. La fréquence des colonies était la plus faible dans le SCO, alors qu'elle était la plus élevée dans le TA. Cependant, les CSM-SCO pouvaient être cultivées le plus longtemps et montraient la plus haute capacité de prolifération, alors que les CSM-MO possédaient la période de culture la plus courte et la plus faible capacité de prolifération. De manière la plus frappante, les CSM-SCO ne montraient aucune capacité de différenciation adipo-génique, contrairement aux CSM-MO et CSM-TA. Le SCO et le TA sont des alternatives attrayantes à la MO pour l'isolement des CSM : le TA car il contient des CSM à la fréquence la plus élevée et le SCO car il semble pouvoir être étendu à des nombres plus élevés.",
    url = "https://doi.org/10.1634/stemcells.2005-0342",
    doi = "10.1634/stemcells.2005-0342",
    openalex = "W2036348189",
    references = "doi101242jcs11371161"
}

La biologie structurale cellulaire, que nous définissons comme l'analyse microscopique électronique de cellules intactes, a connu une perte d'intérêt et d'activité suite aux progrès de la microscopie optique débutant dans les années 1990. Intéressamment, c'est la richesse des observations détaillées en microscopie optique qui constitue l'une des forces motrices de l'intérêt actuel renouvelé pour la microscopie électronique (ME). Une grande quantité de détails cellulaires est simplement au-delà du pouvoir de résolution du microscope optique. Dans cet article, nous décrivons comment les microscopistes électroniques répondent aux demandes d'une meilleure préservation des cellules et de méthodes pour visualiser l'ultrastructure cellulaire en trois dimensions à haute résolution. Nous discutons de la manière dont les méthodes à basse température, en particulier la cryofixation à haute pression et la substitution par le froid, réduisent les artefacts de la préparation d'échantillons conventionnelle en ME. Nous donnons également une brève introduction à la tomographie électronique cellulaire, une méthode analytique puissante capable de fournir une résolution quasi atomique de l'ultrastructure cellulaire dans des modèles tridimensionnels (3-D).

@article{doi102144000112226,
    author = "McDonald, Kent et Auer, Manfred",
    title = "Cryofixation à haute pression, tomographie cellulaire et biologie structurale cellulaire",
    year = "2006",
    journal = "BioTechniques",
    abstract = "La biologie structurale cellulaire, que nous définissons comme l'analyse microscopique électronique de cellules intactes, a connu une perte d'intérêt et d'activité suite aux progrès de la microscopie optique débutant dans les années 1990. Intéressamment, c'est la richesse des observations détaillées en microscopie optique qui constitue l'une des forces motrices de l'intérêt actuel renouvelé pour la microscopie électronique (ME). Une grande quantité de détails cellulaires est simplement au-delà du pouvoir de résolution du microscope optique. Dans cet article, nous décrivons comment les microscopistes électroniques répondent aux demandes d'une meilleure préservation des cellules et de méthodes pour visualiser l'ultrastructure cellulaire en trois dimensions à haute résolution. Nous discutons de la manière dont les méthodes à basse température, en particulier la cryofixation à haute pression et la substitution par le froid, réduisent les artefacts de la préparation d'échantillons conventionnelle en ME. Nous donnons également une brève introduction à la tomographie électronique cellulaire, une méthode analytique puissante capable de fournir une résolution quasi atomique de l'ultrastructure cellulaire dans des modèles tridimensionnels (3-D).",
    url = "https://doi.org/10.2144/000112226",
    doi = "10.2144/000112226",
    openalex = "W2150218224",
    references = "doi101002jemt1060030206, doi10100797815974529468, doi10100797836427281507, doi10100797836427281508, doi1010160300962988909802, doi101016jtcb200411009, doi101038sjemboj7600366, doi101083jcb913695, doi101146annurevbiochem73011303074112, doi1015159783112366967"
}

@article{doi101016jcell200711019,
    author = "Takahashi, Kazutoshi et Tanabe, Koji et Ohnuki, Mari et Narita, Megumi et Ichisaka, Tomoko et Tomoda, Kiichiro et Yamanaka, Shinya",
    title = "Induction of Pluripotent Stem Cells from Adult Human Fibroblasts by Defined Factors",
    year = "2007",
    journal = "Cell",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.cell.2007.11.019",
    doi = "10.1016/j.cell.2007.11.019",
    openalex = "W2138977668",
    references = "doi101016jcell200607024"
}

Le processus de mort cellulaire programmée, ou apoptose, se caractérise généralement par des caractéristiques morphologiques distinctes et des mécanismes biochimiques dépendants de l'énergie. L'apoptose est considérée comme un composant vital de divers processus, notamment le renouvellement cellulaire normal, le développement et le fonctionnement appropriés du système immunitaire, l'atrophie dépendante des hormones, le développement embryonnaire et la mort cellulaire induite par des produits chimiques. L'apoptose inappropriée (soit trop peu, soit trop) est un facteur dans de nombreuses conditions humaines, y compris les maladies neurodégénératives, les lésions ischémiques, les troubles auto-immuns et de nombreux types de cancer. La capacité à moduler la vie ou la mort d'une cellule est reconnue pour son immense potentiel thérapeutique. Par conséquent, la recherche continue de se concentrer sur l'élucidation et l'analyse de la machinerie du cycle cellulaire et des voies de signalisation qui contrôlent l'arrêt du cycle cellulaire et l'apoptose. À cette fin, le domaine de la recherche sur l'apoptose progresse à un rythme alarmant. Bien que de nombreuses protéines apoptotiques clés aient été identifiées, les mécanismes moléculaires d'action ou d'inaction de ces protéines restent à élucider. L'objectif de cette revue est de fournir une vue d'ensemble générale des connaissances actuelles sur le processus d'apoptose, y compris la morphologie, la biochimie, le rôle de l'apoptose dans la santé et la maladie, les méthodes de détection, ainsi qu'une discussion sur les formes potentielles alternatives d'apoptose.

@article{doi10108001926230701320337,
    author = "Elmore, Susan A.",
    title = "Apoptose : un examen de la mort cellulaire programmée",
    year = "2007",
    journal = "Toxicologic Pathology",
    abstract = "Le processus de mort cellulaire programmée, ou apoptose, se caractérise généralement par des caractéristiques morphologiques distinctes et des mécanismes biochimiques dépendants de l'énergie. L'apoptose est considérée comme un composant vital de divers processus, notamment le renouvellement cellulaire normal, le développement et le fonctionnement appropriés du système immunitaire, l'atrophie dépendante des hormones, le développement embryonnaire et la mort cellulaire induite par des produits chimiques. L'apoptose inappropriée (soit trop peu, soit trop) est un facteur dans de nombreuses conditions humaines, y compris les maladies neurodégénératives, les lésions ischémiques, les troubles auto-immuns et de nombreux types de cancer. La capacité à moduler la vie ou la mort d'une cellule est reconnue pour son immense potentiel thérapeutique. Par conséquent, la recherche continue de se concentrer sur l'élucidation et l'analyse de la machinerie du cycle cellulaire et des voies de signalisation qui contrôlent l'arrêt du cycle cellulaire et l'apoptose. À cette fin, le domaine de la recherche sur l'apoptose progresse à un rythme alarmant. Bien que de nombreuses protéines apoptotiques clés aient été identifiées, les mécanismes moléculaires d'action ou d'inaction de ces protéines restent à élucider. L'objectif de cette revue est de fournir une vue d'ensemble générale des connaissances actuelles sur le processus d'apoptose, y compris la morphologie, la biochimie, le rôle de l'apoptose dans la santé et la maladie, les méthodes de détection, ainsi qu'une discussion sur les formes potentielles alternatives d'apoptose.",
    url = "https://doi.org/10.1080/01926230701320337",
    doi = "10.1080/01926230701320337",
    openalex = "W2008757142"
}

Le transfert nucléaire de cellules somatiques permet aux facteurs trans agissant présents dans l'ovocyte mammalien de reprogrammer les noyaux de cellules somatiques vers un état non différencié. Nous montrons que quatre facteurs (OCT4, SOX2, NANOG et LIN28) sont suffisants pour reprogrammer les cellules somatiques humaines en cellules souches pluripotentes qui présentent les caractéristiques essentielles des cellules souches embryonnaires (ES). Ces cellules souches pluripotentes humaines induites ont des cariotypes normaux, expriment l'activité télomérase, expriment des marqueurs de surface cellulaire et des gènes qui caractérisent les cellules ES humaines, et maintiennent le potentiel de développement pour se différencier en dérivés avancés des trois feuillets germinatifs primaires. De telles lignées cellulaires pluripotentes humaines induites devraient être utiles dans la production de nouveaux modèles de maladies et dans le développement de médicaments, ainsi que pour les applications en médecine de transplantation, une fois les limitations techniques (par exemple, la mutation par intégration virale) éliminées.

@article{doi101126science1151526,
    author = "Yu, Junying et Vodyanik, Maxim A. et Smuga-Otto, Kim et Antosiewicz‐Bourget, Jessica et Frane, Jennifer L. et Tian, Shulan et Nie, Jeff et Jónsdóttir, Guðrún A. et Ruotti, Victor et Stewart, Ron et Slukvin, Igor I. et Thomson, James A.",
    title = "Lignes de cellules souches pluripotentes induites dérivées de cellules somatiques humaines",
    year = "2007",
    journal = "Science",
    abstract = "Le transfert nucléaire de cellules somatiques permet aux facteurs trans agissant présents dans l'ovocyte mammalien de reprogrammer les noyaux de cellules somatiques vers un état non différencié. Nous montrons que quatre facteurs (OCT4, SOX2, NANOG et LIN28) sont suffisants pour reprogrammer les cellules somatiques humaines en cellules souches pluripotentes qui présentent les caractéristiques essentielles des cellules souches embryonnaires (ES). Ces cellules souches pluripotentes humaines induites ont des cariotypes normaux, expriment l'activité télomérase, expriment des marqueurs de surface cellulaire et des gènes qui caractérisent les cellules ES humaines, et maintiennent le potentiel de développement pour se différencier en dérivés avancés des trois feuillets germinatifs primaires. De telles lignées cellulaires pluripotentes humaines induites devraient être utiles dans la production de nouveaux modèles de maladies et dans le développement de médicaments, ainsi que pour les applications en médecine de transplantation, une fois les limitations techniques (par exemple, la mutation par intégration virale) éliminées.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1151526",
    doi = "10.1126/science.1151526",
    openalex = "W2142046859",
    references = "doi101016jcell200607024, doi101016jstem200705014, doi101038385810a0, doi101038nature05874, doi101038nature05934, doi101038nature05944, doi101038nbt1335, doi101038nbt788, doi101126science28253911145, doi101182blood2004041649"
}

Quel que soient les caractéristiques morphologiques de la mort cellulaire en phase terminale (qui peut être apoptotique, nécrotique, autophagique ou mitotique), la perméabilisation de la membrane mitochondriale (MMP) est souvent l'événement décisif qui délimite la frontière entre la survie et la mort. Ainsi, les membranes mitochondriales constituent le champ de bataille sur lequel des signaux opposés s'affrontent pour sceller le destin de la cellule. Les acteurs locaux qui déterminent la propension à la MMP incluent les membres pro- et antiapoptotiques de la famille Bcl-2, des protéines du complexe de perméabilité transitionnelle mitochondriale, ainsi qu'une multitude de partenaires d'interaction incluant des lipides mitochondriaux. Les métabolites intermédiaires, les processus redox, les sphingolipides, les gradients ioniques, les facteurs de transcription, ainsi que les kinases et les phosphatases, relient les signaux létaux et vitaux émanant de compartiments sous-cellulaires distincts aux mitochondries. Ainsi, les mitochondries intègrent une variété de signaux proapoptotiques. Une fois la MMP induite, elle provoque la libération de hydrolases cataboliques et d'activateurs de telles enzymes (y compris celles des caspases) depuis les mitochondries. Ces enzymes cataboliques ainsi que la cessation des fonctions bioénergétiques et redox des mitochondries conduisent finalement à la mort cellulaire, ce qui signifie que les mitochondries coordonnent la phase tardive du déclin cellulaire. La mort cellulaire pathologique induite par l'ischémie/reperfusion, l'intoxication par des xénobiotiques, les maladies neurodégénératives ou les infections virales repose également sur la MMP en tant qu'événement critique. L'inhibition de la MMP constitue une stratégie importante pour la prévention pharmaceutique de la mort cellulaire injustifiée. À l'inverse, l'induction de la MMP dans les cellules tumorales constitue l'objectif de la chimiothérapie anticancéreuse.

@article{doi101152physrev000132006,
    author = "Kroemer, Guido et Galluzzi, Lorenzo et Brenner, Catherine",
    title = "Perméabilisation de la membrane mitochondriale dans la mort cellulaire",
    year = "2007",
    journal = "Physiological Reviews",
    abstract = "Quel que soient les caractéristiques morphologiques de la mort cellulaire en phase terminale (qui peut être apoptotique, nécrotique, autophagique ou mitotique), la perméabilisation de la membrane mitochondriale (MMP) est souvent l'événement décisif qui délimite la frontière entre la survie et la mort. Ainsi, les membranes mitochondriales constituent le champ de bataille sur lequel des signaux opposés s'affrontent pour sceller le destin de la cellule. Les acteurs locaux qui déterminent la propension à la MMP incluent les membres pro- et antiapoptotiques de la famille Bcl-2, des protéines du complexe de perméabilité transitionnelle mitochondriale, ainsi qu'une multitude de partenaires d'interaction incluant des lipides mitochondriaux. Les métabolites intermédiaires, les processus redox, les sphingolipides, les gradients ioniques, les facteurs de transcription, ainsi que les kinases et les phosphatases, relient les signaux létaux et vitaux émanant de compartiments sous-cellulaires distincts aux mitochondries. Ainsi, les mitochondries intègrent une variété de signaux proapoptotiques. Une fois la MMP induite, elle provoque la libération de hydrolases cataboliques et d'activateurs de telles enzymes (y compris celles des caspases) depuis les mitochondries. Ces enzymes cataboliques ainsi que la cessation des fonctions bioénergétiques et redox des mitochondries conduisent finalement à la mort cellulaire, ce qui signifie que les mitochondries coordonnent la phase tardive du déclin cellulaire. La mort cellulaire pathologique induite par l'ischémie/reperfusion, l'intoxication par des xénobiotiques, les maladies neurodégénératives ou les infections virales repose également sur la MMP en tant qu'événement critique. L'inhibition de la MMP constitue une stratégie importante pour la prévention pharmaceutique de la mort cellulaire injustifiée. À l'inverse, l'induction de la MMP dans les cellules tumorales constitue l'objectif de la chimiothérapie anticancéreuse.",
    url = "https://doi.org/10.1152/physrev.00013.2006",
    doi = "10.1152/physrev.00013.2006",
    openalex = "W1964483580"
}

Les cellules souches mésenchymateuses ou cellules stromales multipotentes (CSM) isolées de la moelle osseuse d'organismes adultes ont été initialement caractérisées comme des cellules adhérentes plastiques, fibroblastiques, avec la capacité de générer du tissu osseux hétérotopique lors de la transplantation in vivo. Au cours des dernières années, les CSM ou des cellules semblables aux CSM ont été montrées à résider dans le tissu conjonctif de la plupart des organes, et leur phénotype de surface a été bien décrit. Un grand nombre de rapports ont également indiqué que les cellules possèdent la capacité de se transdifférencier en cellules épithéliales et lignées dérivées du neuroectoderme. La plasticité développementale large des CSM a été initialement pensée pour contribuer à leur efficacité démontrée dans une grande variété de modèles animaux expérimentaux de maladie ainsi que dans les essais cliniques humains. Cependant, de nouvelles découvertes suggèrent que la capacité des CSM à modifier le microenvironnement tissulaire via la sécrétion de facteurs solubles peut contribuer plus significativement que leur capacité de transdifférenciation dans la réparation tissulaire. Ici, nous évaluons de manière critique la littérature décrivant la plasticité des CSM et offrons des aperçus sur la façon dont l'hétérogénéité moléculaire et fonctionnelle de cette population cellulaire, qui reflète la complexité de la stroma de moelle comme système d'organe, peut troubler l'interprétation de leur potentiel de transdifférenciation. De plus, nous soutenons que cette hétérogénéité fournit également une base pour l'efficacité thérapeutique large des CSM.

@article{doi101634stemcells20070637,
    author = "Phinney, Donald G. and Prockop, Darwin J.",
    title = "Concise Review: Mesenchymal Stem/Multipotent Stromal Cells: The State of Transdifferentiation and Modes of Tissue Repair—Current Views",
    year = "2007",
    journal = "Stem Cells",
    abstract = "Mesenchymal stem cells or multipotent stromal cells (MSCs) isolated from the bone marrow of adult organisms were initially characterized as plastic adherent, fibroblastoid cells with the capacity to generate heterotopic osseous tissue when transplanted in vivo. In recent years, MSCs or MSC-like cells have been shown to reside within the connective tissue of most organs, and their surface phenotype has been well described. A large number of reports have also indicated that the cells possess the capacity to transdifferentiate into epithelial cells and lineages derived from the neuroectoderm. The broad developmental plasticity of MSCs was originally thought to contribute to their demonstrated efficacy in a wide variety of experimental animal models of disease as well as in human clinical trials. However, new findings suggest that the ability of MSCs to alter the tissue microenvironment via secretion of soluble factors may contribute more significantly than their capacity for transdifferentiation in tissue repair. Herein, we critically evaluate the literature describing the plasticity of MSCs and offer insight into how the molecular and functional heterogeneity of this cell population, which reflects the complexity of marrow stroma as an organ system, may confound interpretation of their transdifferentiation potential. Additionally, we argue that this heterogeneity also provides a basis for the broad therapeutic efficacy of MSCs.",
    url = "https://doi.org/10.1634/stemcells.2007-0637",
    doi = "10.1634/stemcells.2007-0637",
    openalex = "W2012549032",
    references = "doi101242jcs11371161"
}

@article{doi101038cdd2008150,
    author = "Kroemer, Guido et Galluzzi, Lorenzo et Vandenabeele, Peter et Abrams, John et Alnemri, E S et Baehrecke, Eric H. et Blagosklonny, Mikhail V. et El‐Deiry, Wafik S. et Golstein, Pierre et Green, Douglas R. et Hengartner, Michael O. et Knight, Richard A. et Kumar, Sharad et Lipton, Stuart A. et Malorni, Walter et Núñez, Gabriel et Peter, Marcus E. et Tschopp, J et Yuan, Junying et Piacentini, Mauro et Zhivotovsky, Boris et Melino, Gerry",
    title = "Classification de la mort cellulaire : recommandations du Comité de nomenclature sur la mort cellulaire 2009",
    year = "2008",
    journal = "Cell Death and Differentiation",
    url = "https://doi.org/10.1038/cdd.2008.150",
    doi = "10.1038/cdd.2008.150",
    openalex = "W1976881265",
    references = "doi101016jcub200610053"
}

@article{doi101038nchembio85,
    author = "Winterbourn, Christine C.",
    title = "Réconcilier la chimie et la biologie des espèces réactives de l'oxygène",
    year = "2008",
    journal = "Nature Chemical Biology",
    url = "https://doi.org/10.1038/nchembio.85",
    doi = "10.1038/nchembio.85",
    openalex = "W1991952977",
    references = "doi101038nri1312, doi101126science1130481"
}

La sénescence cellulaire supprime le cancer en arrêtant la prolifération cellulaire, essentiellement de manière permanente, en réponse à des stimuli oncogéniques, y compris le stress génotoxique. Nous avons modifié l'utilisation des tableaux d'anticorps pour fournir une évaluation quantitative des facteurs sécrétés par les cellules sénescentes. Nous montrons que les cellules humaines induites à la sénescence par un stress génotoxique sécrètent une multitude de facteurs associés à l'inflammation et à la malignité. Ce phénotype sécrétoire associé à la sénescence (SASP) s'est développé lentement sur plusieurs jours et uniquement après des dommages à l'ADN d'une magnitude suffisante pour induire la sénescence. Des SASPs remarquablement similaires se sont développés chez les fibroblastes normaux, les cellules épithéliales normales et les cellules tumorales épithéliales après un stress génotoxique en culture, et chez les cellules tumorales épithéliales in vivo après traitement de patients atteints de cancer de la prostate avec une chimiothérapie génotoxique. Chez les cellules épithéliales prémalignes en culture, les SASPs ont induit une transition épithélio-mésenchymateuse et une invasivité, des marqueurs de la malignité, par un mécanisme paracrine qui dépendait largement des facteurs SASP interleukine (IL)-6 et IL-8. Étonnamment, deux manipulations ont considérablement amplifié et accéléré le développement des SASPs : l'expression de RAS oncogénique, qui cause un stress génotoxique et la sénescence chez les cellules normales, et la perte fonctionnelle de la protéine suppresseuse de tumeur p53. La perte de p53 et l'acquisition de RAS oncogénique ont également exacerbé les activités paracrines promalignes des SASPs. Nos résultats définissent une caractéristique centrale de la sénescence induite par un stress génotoxique. De plus, ils suggèrent un mécanisme non autonome cellulaire par lequel p53 peut restreindre et RAS oncogénique peut promouvoir le développement du cancer lié à l'âge en modifiant le microenvironnement tissulaire.

@article{doi101371journalpbio0060301,
    author = "Coppé, Jean‐Philippe",
    title = "Les phénotypes sécrétoires associés à la sénescence révèlent des fonctions non autonomes cellulaires de RAS oncogénique et du suppresseur de tumeur p53",
    year = "2008",
    abstract = "La sénescence cellulaire supprime le cancer en arrêtant la prolifération cellulaire, essentiellement de manière permanente, en réponse à des stimuli oncogéniques, y compris le stress génotoxique. Nous avons modifié l'utilisation des tableaux d'anticorps pour fournir une évaluation quantitative des facteurs sécrétés par les cellules sénescentes. Nous montrons que les cellules humaines induites à la sénescence par un stress génotoxique sécrètent une multitude de facteurs associés à l'inflammation et à la malignité. Ce phénotype sécrétoire associé à la sénescence (SASP) s'est développé lentement sur plusieurs jours et uniquement après des dommages à l'ADN d'une magnitude suffisante pour induire la sénescence. Des SASPs remarquablement similaires se sont développés chez les fibroblastes normaux, les cellules épithéliales normales et les cellules tumorales épithéliales après un stress génotoxique en culture, et chez les cellules tumorales épithéliales in vivo après traitement de patients atteints de cancer de la prostate avec une chimiothérapie génotoxique. Chez les cellules épithéliales prémalignes en culture, les SASPs ont induit une transition épithélio-mésenchymateuse et une invasivité, des marqueurs de la malignité, par un mécanisme paracrine qui dépendait largement des facteurs SASP interleukine (IL)-6 et IL-8. Étonnamment, deux manipulations ont considérablement amplifié et accéléré le développement des SASPs : l'expression de RAS oncogénique, qui cause un stress génotoxique et la sénescence chez les cellules normales, et la perte fonctionnelle de la protéine suppresseuse de tumeur p53. La perte de p53 et l'acquisition de RAS oncogénique ont également exacerbé les activités paracrines promalignes des SASPs. Nos résultats définissent une caractéristique centrale de la sénescence induite par un stress génotoxique. De plus, ils suggèrent un mécanisme non autonome cellulaire par lequel p53 peut restreindre et RAS oncogénique peut promouvoir le développement du cancer lié à l'âge en modifiant le microenvironnement tissulaire.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0060301",
    doi = "10.1371/journal.pbio.0060301",
    openalex = "W2010417927",
    references = "doi101111j155856461957tb02911x"
}

@article{doi101038nrm2766,
    author = "MacArthur, Ben D. et Ma’ayan, Avi et Lemischka, Ihor R.",
    title = "Biologie des systèmes de la destinée des cellules souches et de la reprogrammation cellulaire",
    year = "2009",
    journal = "Nature Reviews Molecular Cell Biology",
    url = "https://doi.org/10.1038/nrm2766",
    doi = "10.1038/nrm2766",
    openalex = "W1971445167",
    references = "doi1010160020711x94901198, doi101016jcell200508020, doi101016jcell200607024, doi101016jcell200711019, doi10106314823332, doi101073pnas0506580102, doi101126science1151526, doi101126science2845411143, doi101126science28754571433, openalexw2799004609"
}

Contrairement aux cellules différenciées normales, qui reposent principalement sur la phosphorylation oxydative mitochondriale pour générer l'énergie nécessaire aux processus cellulaires, la plupart des cellules cancéreuses reposent à la place sur la glycolyse aérobie, un phénomène appelé « l'effet Warburg ». La glycolyse aérobie est un moyen inefficace de générer de l'adénosine 5'-triphosphate (ATP), et l'avantage qu'elle confère aux cellules cancéreuses a longtemps été incertain. Ici, nous proposons que le métabolisme des cellules cancéreuses, et en effet de toutes les cellules en prolifération, est adapté pour faciliter l'absorption et l'incorporation de nutriments dans la biomasse (par exemple, nucléotides, acides aminés et lipides) nécessaires pour produire une nouvelle cellule. Des études récentes soutiennent cette idée en montrant que (i) plusieurs voies de signalisation impliquées dans la prolifération cellulaire régulent également les voies métaboliques qui incorporent les nutriments dans la biomasse ; et que (ii) certaines mutations associées au cancer permettent aux cellules cancéreuses d'acquérir et de métaboliser les nutriments d'une manière favorable à la prolifération plutôt qu'à une production efficace d'ATP. Une meilleure compréhension des liens mécanistiques entre le métabolisme cellulaire et le contrôle de la croissance pourrait ultimement conduire à de meilleurs traitements du cancer humain.

@article{doi101126science1160809,
    author = "Heiden, Matthew G. Vander et Cantley, Lewis C. et Thompson, Craig B.",
    title = "Comprendre l'effet Warburg : Les besoins métaboliques de la prolifération cellulaire",
    year = "2009",
    journal = "Science",
    abstract = {Contrairement aux cellules différenciées normales, qui reposent principalement sur la phosphorylation oxydative mitochondriale pour générer l'énergie nécessaire aux processus cellulaires, la plupart des cellules cancéreuses reposent à la place sur la glycolyse aérobie, un phénomène appelé « l'effet Warburg ». La glycolyse aérobie est un moyen inefficace de générer de l'adénosine 5'-triphosphate (ATP), et l'avantage qu'elle confère aux cellules cancéreuses a longtemps été incertain. Ici, nous proposons que le métabolisme des cellules cancéreuses, et en effet de toutes les cellules en prolifération, est adapté pour faciliter l'absorption et l'incorporation de nutriments dans la biomasse (par exemple, nucléotides, acides aminés et lipides) nécessaires pour produire une nouvelle cellule. Des études récentes soutiennent cette idée en montrant que (i) plusieurs voies de signalisation impliquées dans la prolifération cellulaire régulent également les voies métaboliques qui incorporent les nutriments dans la biomasse ; et que (ii) certaines mutations associées au cancer permettent aux cellules cancéreuses d'acquérir et de métaboliser les nutriments d'une manière favorable à la prolifération plutôt qu'à une production efficace d'ATP. Une meilleure compréhension des liens mécanistiques entre le métabolisme cellulaire et le contrôle de la croissance pourrait ultimement conduire à de meilleurs traitements du cancer humain.},
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1160809",
    doi = "10.1126/science.1160809",
    openalex = "W2097259163",
    references = "doi1010160307441278900493"
}

@article{ito2010cellular,
    author = "Ito, Yutaka et Selenko, Philipp",
    title = "Biologie structurale cellulaire",
    year = "2010",
    journal = "Current Opinion in Structural Biology",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.sbi.2010.07.006",
    doi = "10.1016/j.sbi.2010.07.006",
    number = "5",
    pages = "640-648",
    volume = "20"
}

Le test MTT (3-[4,5-diméthylthiazol-2-yl]-2,5 diphenyl tétrazolium bromure) repose sur la conversion du MTT en cristaux de formazan par les cellules vivantes, ce qui détermine l'activité mitochondriale. Puisque pour la plupart des populations cellulaires l'activité mitochondriale totale est liée au nombre de cellules viables, ce test est largement utilisé pour mesurer les effets cytotoxiques in vitro des médicaments sur des lignées cellulaires ou des cellules primaires de patients. Dans ce chapitre, le protocole du test est décrit, y compris les considérations importantes pertinentes pour chaque étape du test ainsi que ses limites et ses applications possibles.

@article{doi101007978161779080520,
    author = "van Meerloo, Johan et Kaspers, Gertjan J.L. et Cloos, Jacqueline",
    title = "Cell Sensitivity Assays: The MTT Assay",
    year = "2011",
    journal = "Methods in molecular biology",
    abstract = "Le test MTT (3-[4,5-diméthylthiazol-2-yl]-2,5 diphenyl tétrazolium bromure) repose sur la conversion du MTT en cristaux de formazan par les cellules vivantes, ce qui détermine l'activité mitochondriale. Puisque pour la plupart des populations cellulaires l'activité mitochondriale totale est liée au nombre de cellules viables, ce test est largement utilisé pour mesurer les effets cytotoxiques in vitro des médicaments sur des lignées cellulaires ou des cellules primaires de patients. Dans ce chapitre, le protocole du test est décrit, y compris les considérations importantes pertinentes pour chaque étape du test ainsi que ses limites et ses applications possibles.",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-1-61779-080-5\_20",
    doi = "10.1007/978-1-61779-080-5\_20",
    openalex = "W2341769195"
}

@article{doi101016jcell201101032,
    author = "Young, Richard A.",
    title = "Contrôle de l'état des cellules souches embryonnaires",
    year = "2011",
    journal = "Cell",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.cell.2011.01.032",
    doi = "10.1016/j.cell.2011.01.032",
    openalex = "W2017050785",
    references = "doi101038nrm2766"
}

@article{doi101016jstem201109010,
    author = "Suda, Toshio et Takubo, Keiyo et Semenza, Gregg L.",
    title = "Régulation métabolique des cellules souches hématopoïétiques dans la niche hypoxique",
    year = "2011",
    journal = "Cell stem cell",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.stem.2011.09.010",
    doi = "10.1016/j.stem.2011.09.010",
    openalex = "W1995091371",
    references = "doi101038nrm2766"
}

@article{doi101038cdd201196,
    author = "Galluzzi, Lorenzo et Vitale, Ilio et Abrams, John et Alnemri, Emad S. et Baehrecke, Eric H. et Blagosklonny, Mikhail V. et Dawson, T M et Dawson, Valina L. et El‐Deiry, Wafik S. et Fulda, Simone et Gottlieb, Eyal et Green, Douglas R. et Hengartner, Michael O. et Kepp, Oliver et Knight, R A et Kumar, Sharad et Lipton, Stuart A. et Lü, Xin et Madeo, Frank et Malorni, Walter et Mehlen, Patrick et Núñez, Gabriel et Peter, Marcus E. et Piacentini, Mauro et Rubinsztein, David C. et Shi, Yufang et Simon, H-U et Vandenabeele, Peter et White, Eileen et Yuan, Jing et Zhivotovsky, Boris et Melino, Gerry et Kroemer, Guido",
    title = "Définitions moléculaires des sous-routines de mort cellulaire : recommandations du Comité de nomenclature sur la mort cellulaire 2012",
    year = "2011",
    journal = "Cell Death and Differentiation",
    url = "https://doi.org/10.1038/cdd.2011.96",
    doi = "10.1038/cdd.2011.96",
    openalex = "W2030864103",
    references = "doi101038nrd3373"
}

L'observation de Warburg selon laquelle les cellules cancéreuses présentent un taux élevé de glycolyse même en présence d'oxygène (glycolyse aérobie) a suscité des débats sur le rôle de la glycolyse dans les cellules normales et cancéreuses. Bien qu'il ait été établi que les défauts de la respiration mitochondriale ne sont pas la cause du cancer ou de la glycolyse aérobie, les avantages de la glycolyse accrue dans le cancer restent controversés. De nombreuses cellules, allant des microbes aux lymphocytes, utilisent la glycolyse aérobie lors d'une prolifération rapide, ce qui suggère qu'elle peut jouer un rôle fondamental dans le soutien à la croissance cellulaire. Ici, nous examinons comment la glycolyse contribue aux processus métaboliques des cellules en division. Nous fournissons un compte rendu détaillé des besoins biosynthétiques pour construire une nouvelle cellule et illustrons l'importance de la glycolyse dans la fourniture de carbones pour générer de la biomasse. Nous soutenons que la fonction principale de la glycolyse aérobie est de maintenir des niveaux élevés d'intermédiaires glycolytiques pour soutenir les réactions anaboliques dans les cellules, fournissant ainsi une explication à la sélection d'un métabolisme glucidique accru dans les cellules proliférantes à travers la nature.

@article{doi101146annurevcellbio092910154237,
    author = "Lunt, Sophia Y. et Heiden, Matthew G. Vander",
    title = "Glycolyse aérobie : répondre aux besoins métaboliques de la prolifération cellulaire",
    year = "2011",
    journal = "Annual Review of Cell and Developmental Biology",
    abstract = "L'observation de Warburg selon laquelle les cellules cancéreuses présentent un taux élevé de glycolyse même en présence d'oxygène (glycolyse aérobie) a suscité des débats sur le rôle de la glycolyse dans les cellules normales et cancéreuses. Bien qu'il ait été établi que les défauts de la respiration mitochondriale ne sont pas la cause du cancer ou de la glycolyse aérobie, les avantages de la glycolyse accrue dans le cancer restent controversés. De nombreuses cellules, allant des microbes aux lymphocytes, utilisent la glycolyse aérobie lors d'une prolifération rapide, ce qui suggère qu'elle peut jouer un rôle fondamental dans le soutien à la croissance cellulaire. Ici, nous examinons comment la glycolyse contribue aux processus métaboliques des cellules en division. Nous fournissons un compte rendu détaillé des besoins biosynthétiques pour construire une nouvelle cellule et illustrons l'importance de la glycolyse dans la fourniture de carbones pour générer de la biomasse. Nous soutenons que la fonction principale de la glycolyse aérobie est de maintenir des niveaux élevés d'intermédiaires glycolytiques pour soutenir les réactions anaboliques dans les cellules, fournissant ainsi une explication à la sélection d'un métabolisme glucidique accru dans les cellules proliférantes à travers la nature.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev-cellbio-092910-154237",
    doi = "10.1146/annurev-cellbio-092910-154237",
    openalex = "W2095987251",
    references = "doi1010160307441278900493, doi101016s0021925818711794, doi1012019781315735368"
}

Les bases de données à haut débit et à haut contenu sont de plus en plus des ressources importantes en médecine moléculaire, biologie des systèmes et pharmacologie. Cependant, les informations résident généralement dans des bases de données ingérables, limitant l'analyse et l'intégration faciles des données. Une ressource qui offre un potentiel substantiel d'amélioration à cet égard est la base de données de lignées cellulaires NCI-60 compilée par l'Institut national du cancer des États-Unis, qui a été caractérisée de manière approfondie à travers de nombreuses plateformes de réponse génomique et pharmacologique. Dans ce rapport, nous présentons une application Web CellMiner (http://discover.nci.nih.gov/cellminer/) conçue pour améliorer l'utilisation de cette vaste base de données. Les outils CellMiner ont permis une récupération rapide des données de transcrits pour 22 379 gènes et 360 microARN, ainsi que des rapports d'activité pour 20 503 composés chimiques, y compris 102 médicaments approuvés par la Food and Drug Administration des États-Unis. La conversion de ces niveaux différentiels en motifs quantitatifs à travers le NCI-60 a clarifié l'organisation des données et les comparaisons croisées en utilisant un nouvel outil de correspondance de motifs. Les requêtes de données pour les relations potentielles entre les paramètres peuvent être menées de manière itérative, spécifique aux intérêts et à l'expertise de l'utilisateur. Des exemples du processus de découverte in silico offert par CellMiner ont été fournis pour les analyses de résistance aux multiples médicaments et l'activité de la doxorubicine ; l'identification de gènes, microARN et médicaments spécifiques au côlon ; les microARN liés au cluster miR-17-92 ; et les motifs d'identification de médicaments correspondant à l'erlotinib, le gefitinib, l'afatinib et le lapatinib. CellMiner élargit considérablement les applications de la vaste base de données NCI-60 pour la découverte en créant des processus basés sur le Web qui sont rapides, flexibles et facilement appliqués par des utilisateurs sans expertise en bioinformatique.

@article{doi10115800085472can121370,
    author = "Reinhold, William C. et Sunshine, Margot et Liu, Hongfang et Varma, Sudhir et Kohn, Kurt W. et Morris, Joel et Doroshow, James H. et Pommier, Yves",
    title = "CellMiner : une suite d'outils génomiques et pharmacologiques basés sur le Web pour explorer les motifs de transcrits et de médicaments dans l'ensemble de lignées cellulaires NCI-60",
    year = "2012",
    journal = "Cancer Research",
    abstract = "Les bases de données à haut débit et à haut contenu sont de plus en plus des ressources importantes en médecine moléculaire, biologie des systèmes et pharmacologie. Cependant, les informations résident généralement dans des bases de données ingérables, limitant l'analyse et l'intégration faciles des données. Une ressource qui offre un potentiel substantiel d'amélioration à cet égard est la base de données de lignées cellulaires NCI-60 compilée par l'Institut national du cancer des États-Unis, qui a été caractérisée de manière approfondie à travers de nombreuses plateformes de réponse génomique et pharmacologique. Dans ce rapport, nous présentons une application Web CellMiner (http://discover.nci.nih.gov/cellminer/) conçue pour améliorer l'utilisation de cette vaste base de données. Les outils CellMiner ont permis une récupération rapide des données de transcrits pour 22 379 gènes et 360 microARN, ainsi que des rapports d'activité pour 20 503 composés chimiques, y compris 102 médicaments approuvés par la Food and Drug Administration des États-Unis. La conversion de ces niveaux différentiels en motifs quantitatifs à travers le NCI-60 a clarifié l'organisation des données et les comparaisons croisées en utilisant un nouvel outil de correspondance de motifs. Les requêtes de données pour les relations potentielles entre les paramètres peuvent être menées de manière itérative, spécifique aux intérêts et à l'expertise de l'utilisateur. Des exemples du processus de découverte in silico offert par CellMiner ont été fournis pour les analyses de résistance aux multiples médicaments et l'activité de la doxorubicine ; l'identification de gènes, microARN et médicaments spécifiques au côlon ; les microARN liés au cluster miR-17-92 ; et les motifs d'identification de médicaments correspondant à l'erlotinib, le gefitinib, l'afatinib et le lapatinib. CellMiner élargit considérablement les applications de la vaste base de données NCI-60 pour la découverte en créant des processus basés sur le Web qui sont rapides, flexibles et facilement appliqués par des utilisateurs sans expertise en bioinformatique.",
    url = "https://doi.org/10.1158/0008-5472.can-12-1370",
    doi = "10.1158/0008-5472.can-12-1370",
    openalex = "W2103196126",
    references = "doi101093jnci82131113"
}

@article{doi101038cdd201375,
    author = "Martins, Isabel et Wang, Yan et Michaud, Michael et Ma, Yuting et Sukkurwala, Abdul Qader et Shen, Shensi et Kepp, Oliver et Métivier, David et Galluzzi, Lorenzo et Perfettini, J-L et Zitvogel, Laurence et Kroemer, Guido",
    title = "Mécanismes moléculaires de la sécrétion d'ATP lors de la mort cellulaire immunogène",
    year = "2013",
    journal = "Cell Death and Differentiation",
    url = "https://doi.org/10.1038/cdd.2013.75",
    doi = "10.1038/cdd.2013.75",
    openalex = "W1991505853",
    references = "doi101038nrd3373"
}

@article{doi101038cdd2014137,
    author = "Galluzzi, Lorenzo et Pedro, José Manuel Bravo‐San et Vitale, Ilio et Aaronson, Stuart A. et Abrams, John et Adam, Dieter et Alnemri, Emad S. et Altucci, Lucia et Andrews, David W. et Annicchiarico‐Petruzzelli, Margherita et Baehrecke, Eric H. et Bazán, Nicolás G. et Bertrand, Mathieu J.M. et Bianchi, Katiuscia et Blagosklonny, Mikhail V. et Blomgren, Klas et Borner, Christoph et Bredesen, Dale E. et Brenner, Catherine et Campanella, Michelangelo et Candi, Eleonora et Cecconi, Francesco et Chan, Francis Ka-Ming et Chandel, Navdeep S. et Cheng, Emily H. et Chipuk, Jerry E. et Cidlowski, John A. et Ciechanover, Aaron et Dawson, Ted M. et Dawson, Valina L. et Laurenzi, Vincenzo De et Maria, Ruggero De et Debatin, K-M et Daniele, N Di et Dixit, Vishva M. et Dynlacht, Brian David et El‐Deiry, Wafik S. et Fimia, Gian María et Flavell, Richard A. et Fulda, Simone et Garrido, Carmen et Gougeon, M-L et Green, Douglas R. et Gronemeyer, Hinrich et Hajnóczky, György et Hardwick, J. Marie et Hengartner, Michael O. et Ichijo, Hidenori et Joseph, Bertrand et Jost, Philipp J. et Kaufmann, Thomas et Kepp, Oliver et Klionsky, Daniel J. et Knight, Richard A. et Kumar, Sharad et Lemasters, John J. et Levine, Beth et Linkermann, Andreas et Lipton, Stuart A. et Lockshin, Richard A. et López-Otı́n, Carlos et Lugli, Enrico et Madeo, Frank et Malorni, Walter et Marine, J-C et Martin, Séamus J. et Martinou, J-C et Medema, Jan Paul et Meier, Pascal et Melino, Sonia et Mizushima, Noboru et Moll, Ute M. et Muñoz‐Pinedo, Cristina et Núñez, Gabriel et Oberst, Andrew et Panaretakis, Theocharis et Penninger, Josef et Peter, Marcus E. et Piacentini, Mauro et Pinton, Paolo et Prehn, Jochen H.M. et Puthalakath, Hamsa et Rabinovich, Gabriel A. et Ravichandran, Kodi S. et Rizzuto, Rosario et Rodrigues, Cecília M. P. et Rubinsztein, David C. et Rudel, Thomas et Shi, Yufang et Simon, H-U et Stockwell, Brent R. et Szabadkai, György et Tait, Stephen W. G. et Tang, Ho Lam et Tavernarakis, N et Tsujimoto, Yoshihide et Berghe, Tom Vanden et Vandenabeele, Peter et Villunger, Andreas et Wagner, Erwin F.",
    title = "Essential versus accessory aspects of cell death: recommendations of the NCCD 2015",
    year = "2014",
    journal = "Cell Death and Differentiation",
    url = "https://doi.org/10.1038/cdd.2014.137",
    doi = "10.1038/cdd.2014.137",
    openalex = "W1997128330",
    references = "doi101038nrd3373, doi101038nri3244"
}

et à cribler de grandes bibliothèques chimiques pour des inducteurs putatifs de ICD, sur la base d'une plateforme à haut contenu et à haut débit que nous avons récemment développée. Une telle plateforme permet la détection de multiples DAMPs, comme la calréticuline exposée à la surface cellulaire, l'ATP extracellulaire et le high mobility group box 1 (HMGB1), et/ou des processus qui sous-tendent leur émission, tels que le stress du réticulum endoplasmique, l'autophagie et la perméabilisation nécrotique de la membrane plasmique. Nous supposons que cette technologie facilitera le développement de régimes anticancéreux de nouvelle génération, qui tuent les cellules malignes et les convertissent simultanément en vaccin thérapeutique spécifique au cancer.

@article{doi104161216240112014955691,
    author = "Kepp, Oliver et Senovilla, Laura et Vitale, Ilio et Vacchelli, Erika et Adjemian, Sandy et Agostinis, Patrizia et Apétoh, Lionel et Aranda, Fernando et Barnaba, Vincenzo et Bloy, Norma et Bracci, Laura et Breckpot, Karine et Brough, David et Buqué, Aitziber et Castro, María G. et Cirone, Mara et Colombo, María I. et Cremer, Isabelle et Demaria, Sandra et Dini, Luciana et Eliopoulos, Aristides G. et Faggioni, Alberto et Formenti, Silvia C. et Fučíková, Jitka et Gabriele, Lucia et Gaipl, Udo S. et Galon, Jérôme et Garg, Abhishek D. et Ghiringhelli, François et Giese, Nathalia A. et Guo, Zong Sheng et Hemminki, Akseli et Herrmann, Martin et Hodge, James W. et Holdenrieder, Stefan et Honeychurch, Jamie et Hu, Hong‐Ming et Huang, Xing et Illidge, Tim et Kono, Koji et Korbelik, Mladen et Krysko, Dmitri V. et Loi, Sherene et Löwenstein, Pedro R. et Lugli, Enrico et Ma, Yuting et Madeo, Frank et Manfredi, Angelo A. et Martins, Isabelle et Mavilio, Domenico et Menger, Laurie et Merendino, Nicolò et Michaud, Michael et Mignot, Grégoire et Mossman, Karen et Multhoff, Gabriele et Oehler, Rudolf et Palombo, Fabio et Panaretakis, Theocharis et Pol, Jonathan et Proietti, Enrico et Ricci, Jean‐Ehrland et Riganti, Chiara et Rovere–Querini, Patrizia et Rubartelli, Anna et Sistigu, Antonella et Smyth, Mark J. et Sonnemann, Juergen et Špíšek, Radek et Stagg, John et Sukkurwala, Abdul Qader et Tartour, Éric et Thorburn, Andrew et Thorne, Stephen H. et Vandenabeele, Peter et Velotti, Francesca et Workenhe, Samuel T. et Yang, Haining et Zong, Wei‐Xing et Zitvogel, Laurence et Kroemer, Guido et Galluzzi, Lorenzo",
    title = "Consensus guidelines for the detection of immunogenic cell death",
    year = "2014",
    journal = "OncoImmunology",
    abstract = "et à cribler de grandes bibliothèques chimiques pour des inducteurs putatifs de ICD, sur la base d'une plateforme à haut contenu et à haut débit que nous avons récemment développée. Une telle plateforme permet la détection de multiples DAMPs, comme la calréticuline exposée à la surface cellulaire, l'ATP extracellulaire et le high mobility group box 1 (HMGB1), et/ou des processus qui sous-tendent leur émission, tels que le stress du réticulum endoplasmique, l'autophagie et la perméabilisation nécrotique de la membrane plasmique. Nous supposons que cette technologie facilitera le développement de régimes anticancéreux de nouvelle génération, qui tuent les cellules malignes et les convertissent simultanément en vaccin thérapeutique spécifique au cancer.",
    url = "https://doi.org/10.4161/21624011.2014.955691",
    doi = "10.4161/21624011.2014.955691",
    openalex = "W2163252162",
    references = "doi101038nrd3373"
}

@incollection{hendry2014cellular,
    author = "Hendry, J.H.",
    title = "Biologie cellulaire de la radiologie",
    year = "2014",
    booktitle = "Physique biomédicale complète",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-0-444-53632-7.00804-2",
    doi = "10.1016/b978-0-444-53632-7.00804-2",
    pages = "63-74"
}

Le protocole décrit dans ce complément permet la quantification microscopique en lumière de la viabilité cellulaire. Les cellules sont suspendues dans du PBS contenant du bleu de trypan puis examinées pour déterminer le pourcentage de cellules ayant un cytoplasme clair (cellules viables) par rapport aux cellules ayant un cytoplasme bleu (cellules non viables).

@article{doi1010020471142735ima03bs111,
    author = "Strober, Warren",
    title = "Test d'exclusion au bleu de trypan de la viabilité cellulaire",
    year = "2015",
    journal = "Protocoles actuels en immunologie",
    abstract = "Le protocole décrit dans ce complément permet la quantification microscopique en lumière de la viabilité cellulaire. Les cellules sont suspendues dans du PBS contenant du bleu de trypan puis examinées pour déterminer le pourcentage de cellules ayant un cytoplasme clair (cellules viables) par rapport aux cellules ayant un cytoplasme bleu (cellules non viables).",
    url = "https://doi.org/10.1002/0471142735.ima03bs111",
    doi = "10.1002/0471142735.ima03bs111",
    openalex = "W2110378444"
}

@article{doi101016jcell201511018,
    author = "Battich, Nico et Stoeger, Thomas et Pelkmans, Lucas",
    title = "Contrôle de la variabilité des transcrits dans des cellules mammaliennes uniques",
    year = "2015",
    journal = "Cell",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.11.018",
    doi = "10.1016/j.cell.2015.11.018",
    openalex = "W2211016425",
    references = "doi101038nrm2766"
}

La microscopie super-résolution peut révéler des détails auparavant cachés des structures cellulaires, mais nécessite des intensités d'irradiation élevées pour utiliser efficacement le budget de photons limité. De telles densités de photons élevées risquent d'induire des dommages cellulaires lors d'expériences sur cellules vivantes. Nous avons appliqué des conditions de microscopie de localisation de molécules uniques et testé l'influence de l'intensité d'irradiation, du mode d'éclairage, de la longueur d'onde, de la dose lumineuse, de la température et de l'étiquetage par fluorescence sur la probabilité de survie de différentes lignées cellulaires 20 à 24 heures après irradiation. De plus, nous avons mesuré la vitesse de croissance des microtubules après irradiation. La photosensibilité augmente considérablement à des longueurs d'onde d'irradiation plus basses. Nous avons observé une fixation, une perméabilisation de la membrane plasmique et une destruction du cytosquelette lors de l'irradiation avec des longueurs d'onde plus courtes. Alors que les cellules supportent des intensités lumineuses d'environ 1 kW cm(-2) à 640 nm pendant plusieurs minutes, la dose maximale à 405 nm n'est que d'environ 50 J cm(-2), ce qui met en évidence l'utilisation de fluorophores rouges pour la microscopie de localisation sur cellules vivantes. Nous présentons également des stratégies pour minimiser les facteurs phototoxiques et maximiser la capacité des cellules à faire face à des intensités d'irradiation plus élevées.

@article{doi101038srep15348,
    author = "Wäldchen, Sina et Lehmann, Julian et Klein, Teresa et van de Linde, Sebastian et Sauer, Markus",
    title = "Dommages cellulaires induits par la lumière en microscopie super-résolution sur cellules vivantes",
    year = "2015",
    journal = "Scientific Reports",
    abstract = "La microscopie super-résolution peut révéler des détails auparavant cachés des structures cellulaires, mais nécessite des intensités d'irradiation élevées pour utiliser efficacement le budget de photons limité. De telles densités de photons élevées risquent d'induire des dommages cellulaires lors d'expériences sur cellules vivantes. Nous avons appliqué des conditions de microscopie de localisation de molécules uniques et testé l'influence de l'intensité d'irradiation, du mode d'éclairage, de la longueur d'onde, de la dose lumineuse, de la température et de l'étiquetage par fluorescence sur la probabilité de survie de différentes lignées cellulaires 20 à 24 heures après irradiation. De plus, nous avons mesuré la vitesse de croissance des microtubules après irradiation. La photosensibilité augmente considérablement à des longueurs d'onde d'irradiation plus basses. Nous avons observé une fixation, une perméabilisation de la membrane plasmique et une destruction du cytosquelette lors de l'irradiation avec des longueurs d'onde plus courtes. Alors que les cellules supportent des intensités lumineuses d'environ 1 kW cm(-2) à 640 nm pendant plusieurs minutes, la dose maximale à 405 nm n'est que d'environ 50 J cm(-2), ce qui met en évidence l'utilisation de fluorophores rouges pour la microscopie de localisation sur cellules vivantes. Nous présentons également des stratégies pour minimiser les facteurs phototoxiques et maximiser la capacité des cellules à faire face à des intensités d'irradiation plus élevées.",
    url = "https://doi.org/10.1038/srep15348",
    doi = "10.1038/srep15348",
    openalex = "W1782900133",
    references = "doi101006abbi19931311"
}

CONTEXTE : Le test MTT basé sur le tétrazolium a longtemps été considéré comme la norme d'or des tests de cytotoxicité en raison de sa haute sensibilité et de sa miniaturisation pour un usage en criblage à haut débit. Cependant, divers rapports font état d'interférences dues à différents composés de test, y compris l'inhibiteur de la glycolyse 3-bromopyruvate, avec la conversion du colorant en cristaux de formazan colorés. Cette étude a évalué la plage linéaire et la reproductibilité de trois tests couramment utilisés d'énumération cellulaire : le test de captation du rouge neutre (NRU), le test de réduction du résazurine (RES) et le test de sulforhodamine B (SRB), en comparaison avec le test MTT. L'interférence entre le test MTT et trois inhibiteurs de la glycolyse, le 2-désoxyglucose, le 3-bromopyruvate et la lonidamine, a été investiguée. RÉSULTATS : Les données indiquent que les tests NRU, RES et SRB ont montré la plus faible variabilité sur la plage linéaire, tandis que la plus grande variation a été observée pour le test MTT. Cela implique que ces tests détecteraient plus précisément de petites variations du nombre de cellules que le test MTT. Le test SRB a fourni les résultats les plus reproductibles, comme indiqué par le coefficient de détermination après un nombre limité d'expériences. Le test SRB a également produit la plus faible variance dans la concentration inhibitrice à 50 % (IC50) dérivée, tandis que les concentrations IC50 du 3-bromopyruvate ne pouvaient pas être détectées en utilisant ni le test MTT ni le test RES après 24 heures d'incubation. Une interférence dans le test MTT a été observée pour les trois inhibiteurs de la glycolyse testés dans un environnement sans cellules. Aucune interférence n'a été observée pour les tests NRU, SRB ou RES. CONCLUSIONS : Cette étude a démontré que le test MTT n'était pas le meilleur test pour un certain nombre de paramètres qui doivent être pris en compte lors du choix d'un test d'énumération cellulaire : le test MTT était moins précis pour détecter les variations du nombre de cellules, comme indiqué par la variation observée sur la plage linéaire, présentait la plus forte variation lors de la détermination des concentrations IC50 des inhibiteurs de la glycolyse, et des interférences entre le test MTT et tous les inhibiteurs de la glycolyse testés ont été observées. Le test SRB s'est le mieux comporté dans l'ensemble en considérant tous les paramètres, suggérant qu'il est le test le plus approprié pour un usage dans le criblage préclinique de nouveaux composés thérapeutiques ayant un potentiel oxido-réducteur.

@article{doi101186s1310401510008,
    author = "van Tonder, Alet et Joubert, Annie et Cromarty, Duncan",
    title = "Limites du test MTT (3-(4,5-diméthylthiazol-2-yl)-2,5-diphényl-2H-tétrazolium bromure) comparé à trois tests couramment utilisés d'énumération cellulaire",
    year = "2015",
    journal = "BMC Research Notes",
    abstract = "CONTEXTE : Le test MTT basé sur le tétrazolium a longtemps été considéré comme la norme d'or des tests de cytotoxicité en raison de sa haute sensibilité et de sa miniaturisation pour un usage en criblage à haut débit. Cependant, divers rapports font état d'interférences dues à différents composés de test, y compris l'inhibiteur de la glycolyse 3-bromopyruvate, avec la conversion du colorant en cristaux de formazan colorés. Cette étude a évalué la plage linéaire et la reproductibilité de trois tests couramment utilisés d'énumération cellulaire : le test de captation du rouge neutre (NRU), le test de réduction du résazurine (RES) et le test de sulforhodamine B (SRB), en comparaison avec le test MTT. L'interférence entre le test MTT et trois inhibiteurs de la glycolyse, le 2-désoxyglucose, le 3-bromopyruvate et la lonidamine, a été investiguée. RÉSULTATS : Les données indiquent que les tests NRU, RES et SRB ont montré la plus faible variabilité sur la plage linéaire, tandis que la plus grande variation a été observée pour le test MTT. Cela implique que ces tests détecteraient plus précisément de petites variations du nombre de cellules que le test MTT. Le test SRB a fourni les résultats les plus reproductibles, comme indiqué par le coefficient de détermination après un nombre limité d'expériences. Le test SRB a également produit la plus faible variance dans la concentration inhibitrice à 50 % (IC50) dérivée, tandis que les concentrations IC50 du 3-bromopyruvate ne pouvaient pas être détectées en utilisant ni le test MTT ni le test RES après 24 heures d'incubation. Une interférence dans le test MTT a été observée pour les trois inhibiteurs de la glycolyse testés dans un environnement sans cellules. Aucune interférence n'a été observée pour les tests NRU, SRB ou RES. CONCLUSIONS : Cette étude a démontré que le test MTT n'était pas le meilleur test pour un certain nombre de paramètres qui doivent être pris en compte lors du choix d'un test d'énumération cellulaire : le test MTT était moins précis pour détecter les variations du nombre de cellules, comme indiqué par la variation observée sur la plage linéaire, présentait la plus forte variation lors de la détermination des concentrations IC50 des inhibiteurs de la glycolyse, et des interférences entre le test MTT et tous les inhibiteurs de la glycolyse testés ont été observées. Le test SRB s'est le mieux comporté dans l'ensemble en considérant tous les paramètres, suggérant qu'il est le test le plus approprié pour un usage dans le criblage préclinique de nouveaux composés thérapeutiques ayant un potentiel oxido-réducteur.",
    url = "https://doi.org/10.1186/s13104-015-1000-8",
    doi = "10.1186/s13104-015-1000-8",
    openalex = "W2117653463",
    references = "doi101016jacthis201201006"
}

La microscopie électronique en transmission (MET) est une technique polyvalente qui peut être utilisée pour imager des spécimens biologiques allant de cellules eucaryotes intactes à des protéines individuelles >150kDa. Il existe plusieurs stratégies pour préparer des échantillons pour l'imagerie par MET, notamment la coloration négative et la congélation cryogénique. Au cours des dernières années, la MET cryogénique a connu une « révolution de la résolution », grâce à la fois aux avancées dans le matériel d'imagerie, aux logiciels de traitement d'images et aux améliorations de la préparation d'échantillons, conduisant à un nombre croissant de chercheurs utilisant la MET cryogénique comme outil de recherche. Cependant, la MET cryogénique reste un domaine en rapide expansion, avec des défis uniques. Ici, nous résumons les considérations pour l'imagerie d'une gamme de spécimens, des complexes macromoléculaires aux cellules, en utilisant la MET.

@article{doi101016jymeth201602017,
    author = "Thompson, Rebecca F. et Walker, Matt et Siebert, C. Alistair et Muench, Stephen P. et Ranson, Neil A.",
    title = "Introduction à la préparation d'échantillons et à l'imagerie par microscopie électronique cryogénique pour la biologie structurale",
    year = "2016",
    journal = "Methods",
    abstract = "La microscopie électronique en transmission (MET) est une technique polyvalente qui peut être utilisée pour imager des spécimens biologiques allant de cellules eucaryotes intactes à des protéines individuelles >150kDa. Il existe plusieurs stratégies pour préparer des échantillons pour l'imagerie par MET, notamment la coloration négative et la congélation cryogénique. Au cours des dernières années, la MET cryogénique a connu une « révolution de la résolution », grâce à la fois aux avancées dans le matériel d'imagerie, aux logiciels de traitement d'images et aux améliorations de la préparation d'échantillons, conduisant à un nombre croissant de chercheurs utilisant la MET cryogénique comme outil de recherche. Cependant, la MET cryogénique reste un domaine en rapide expansion, avec des défis uniques. Ici, nous résumons les considérations pour l'imagerie d'une gamme de spécimens, des complexes macromoléculaires aux cellules, en utilisant la MET.",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ymeth.2016.02.017",
    doi = "10.1016/j.ymeth.2016.02.017",
    openalex = "W2292743908",
    references = "doi102144000112226"
}

Le choix du destin cellulaire et l'engagement des cellules progénitrices multipotentes vers une lignée différenciée nécessitent des changements profils de leur profil d'expression génique. Mais la manière dont les cellules progénitrices surmontent la stabilité de leur configuration d'expression génique (attracteur) pour sortir de l'attracteur dans une direction donnée reste élusive. Ici, nous montrons que l'engagement des cellules progénitrices sanguines vers la lignée érythroïde ou myéloïde est précédé par la déstabilisation de leur état attracteur de haute dimension, de sorte que les cellules en différenciation subissent une transition critique d'état. L'analyse à résolution unique cellule de l'expression génique dans des populations de cellules en différenciation offre un nouvel indice quantitatif pour prédire les transitions critiques dans un espace d'état de haute dimension, basé sur la diminution de la corrélation entre les cellules et la concomitante augmentation de la corrélation entre les gènes à mesure que les cellules approchent un point de bascule. La détection de « cellules rebelles » qui entrent dans le destin opposé à celui prévu corrobore le modèle de déstabilisation préalable d'un attracteur progéniteur. Ainsi, les signaux d'alerte précoce associés aux transitions critiques peuvent être détectés dans des ensembles statistiques de systèmes de haute dimension, offrant une approche formelle basée sur la théorie pour analyser les profils moléculaires à l'échelle unique cellule qui va au-delà de la reconnaissance de motifs computationnelle actuelle, ne nécessite pas de connaissances sur des voies spécifiques et pourrait être utilisée pour prédire les changements majeurs imminents dans le développement et la maladie.

@article{doi101371journalpbio2000640,
    author = "Mojtahedi, Mitra et Skupin, Alexander et Zhou, Joseph et Castaño, Ivan G. et Leong-Quong, Rebecca Y. Y. et Chang, Hannah et Trachana, Kalliopi et Giuliani, Alessandro et Huang, Sui",
    title = "Décision du destin cellulaire comme transition critique d'état de haute dimension",
    year = "2016",
    journal = "PLoS Biology",
    abstract = {Le choix du destin cellulaire et l'engagement des cellules progénitrices multipotentes vers une lignée différenciée nécessitent des changements profils de leur profil d'expression génique. Mais la manière dont les cellules progénitrices surmontent la stabilité de leur configuration d'expression génique (attracteur) pour sortir de l'attracteur dans une direction donnée reste élusive. Ici, nous montrons que l'engagement des cellules progénitrices sanguines vers la lignée érythroïde ou myéloïde est précédé par la déstabilisation de leur état attracteur de haute dimension, de sorte que les cellules en différenciation subissent une transition critique d'état. L'analyse à résolution unique cellule de l'expression génique dans des populations de cellules en différenciation offre un nouvel indice quantitatif pour prédire les transitions critiques dans un espace d'état de haute dimension, basé sur la diminution de la corrélation entre les cellules et la concomitante augmentation de la corrélation entre les gènes à mesure que les cellules approchent un point de bascule. La détection de « cellules rebelles » qui entrent dans le destin opposé à celui prévu corrobore le modèle de déstabilisation préalable d'un attracteur progéniteur. Ainsi, les signaux d'alerte précoce associés aux transitions critiques peuvent être détectés dans des ensembles statistiques de systèmes de haute dimension, offrant une approche formelle basée sur la théorie pour analyser les profils moléculaires à l'échelle unique cellule qui va au-delà de la reconnaissance de motifs computationnelle actuelle, ne nécessite pas de connaissances sur des voies spécifiques et pourrait être utilisée pour prédire les changements majeurs imminents dans le développement et la maladie.},
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pbio.2000640",
    doi = "10.1371/journal.pbio.2000640",
    openalex = "W2952938648",
    references = "doi101038nrm2766, doi101093aibsbulletin6323c"
}

La viabilité cellulaire est définie comme le nombre de cellules saines dans un échantillon et la prolifération des cellules est un indicateur vital pour comprendre les mécanismes en action de certains gènes, protéines et voies impliqués dans la survie ou la mort cellulaire après exposition à des agents toxiques. Généralement, les méthodes utilisées pour déterminer la viabilité sont également courantes pour la détection de la prolifération cellulaire. Les essais de cytotoxicité et de prolifération cellulaires sont généralement utilisés pour le criblage de médicaments afin de détecter si les molécules testées ont des effets sur la prolifération cellulaire ou présentent des effets cytotoxiques directs. Quelle que soit le type d'essai basé sur les cellules utilisé, il est important de savoir combien de cellules viables restent à la fin de l'expérience. Il existe une variété de méthodes d'essai basées sur diverses fonctions cellulaires telles que l'activité enzymatique, la perméabilité de la membrane cellulaire, l'adhésion cellulaire, la production d'ATP, la production de co-enzyme et l'activité d'absorption des nucléotides. Ces méthodes peuvent être classées de manière basique en différentes catégories : (I) méthodes d'exclusion de colorant telles que l'essai d'exclusion de colorant bleu de trypan, (II) méthodes basées sur l'activité métabolique, (III) essai d'ATP, (IV) essai de sulforhodamine B, (V) essai de marqueur de viabilité de protéase, (VI) essai de survie cellulaire clonogénique, (VII) essais de prolifération cellulaire de synthèse d'ADN et (V) micro-spectroscopie Raman. Afin de choisir l'essai de viabilité optimal, le type de cellule, les conditions de culture appliquées et les questions spécifiques posées doivent être examinées en détail. Cette revue particulière vise à fournir un aperçu des essais courants de prolifération cellulaire et de cytotoxicité ainsi que leurs propres avantages et inconvénients, leurs méthodologies, comparaisons et objectifs prévus.

@article{doi1021741389201017666160808160513,
    author = "Adan, Aysun et Kiraz, Yağmur et Baran, Yusuf",
    title = "Cell Prolifération et Essais de Cytotoxicité",
    year = "2016",
    journal = "Current Pharmaceutical Biotechnology",
    abstract = "La viabilité cellulaire est définie comme le nombre de cellules saines dans un échantillon et la prolifération des cellules est un indicateur vital pour comprendre les mécanismes en action de certains gènes, protéines et voies impliqués dans la survie ou la mort cellulaire après exposition à des agents toxiques. Généralement, les méthodes utilisées pour déterminer la viabilité sont également courantes pour la détection de la prolifération cellulaire. Les essais de cytotoxicité et de prolifération cellulaires sont généralement utilisés pour le criblage de médicaments afin de détecter si les molécules testées ont des effets sur la prolifération cellulaire ou présentent des effets cytotoxiques directs. Quelle que soit le type d'essai basé sur les cellules utilisé, il est important de savoir combien de cellules viables restent à la fin de l'expérience. Il existe une variété de méthodes d'essai basées sur diverses fonctions cellulaires telles que l'activité enzymatique, la perméabilité de la membrane cellulaire, l'adhésion cellulaire, la production d'ATP, la production de co-enzyme et l'activité d'absorption des nucléotides. Ces méthodes peuvent être classées de manière basique en différentes catégories : (I) méthodes d'exclusion de colorant telles que l'essai d'exclusion de colorant bleu de trypan, (II) méthodes basées sur l'activité métabolique, (III) essai d'ATP, (IV) essai de sulforhodamine B, (V) essai de marqueur de viabilité de protéase, (VI) essai de survie cellulaire clonogénique, (VII) essais de prolifération cellulaire de synthèse d'ADN et (V) micro-spectroscopie Raman. Afin de choisir l'essai de viabilité optimal, le type de cellule, les conditions de culture appliquées et les questions spécifiques posées doivent être examinées en détail. Cette revue particulière vise à fournir un aperçu des essais courants de prolifération cellulaire et de cytotoxicité ainsi que leurs propres avantages et inconvénients, leurs méthodologies, comparaisons et objectifs prévus.",
    url = "https://doi.org/10.2174/1389201017666160808160513",
    doi = "10.2174/1389201017666160808160513",
    openalex = "W2518046346",
    references = "doi1010020471142735ima03bs21, doi101002sici109746522000031823311aidjcp130co29, doi101006abbi19931311, doi101007978161779080520, doi1010160022175994903964, doi101016s1387265605110047, doi101038nprot2006179, doi101038nprot2006339, doi103727095535491820873191, openalexw2143811153"
}

Ce chapitre présente une vue d'ensemble introductive des méthodes d'essai les plus couramment utilisées pour estimer le nombre de cellules viables dans des plaques à puits multiples. Ce chapitre décrit des essais où les données sont enregistrées à l'aide d'un lecteur de plaques ; il ne couvre pas les méthodes d'essai conçues pour la cytométrie en flux ou l'imagerie à haut contenu. Les méthodes d'essai couvertes incluent l'utilisation de différentes classes de réactifs tétrazoliques colorimétriques, la réduction de la résazurine et des substrats de protéases générant un signal fluorescent, l'essai de luminogénicité de l'ATP, et un nouvel essai en temps réel pour surveiller les cellules vivantes pendant plusieurs jours en culture. Les essais décrits sont basés sur la mesure d'une activité de marqueur associée au nombre de cellules viables. Ces essais sont utilisés pour mesurer les résultats de la prolifération cellulaire, tester les effets cytotoxiques de composés, et pour le multiplexage en tant que contrôle interne pour déterminer le nombre de cellules viables lors d'autres essais cellulaires.

@article{openalexw319133514,
    author = "Riss, Terry et Moravec, Richard A et Niles, Andrew L. et Duellman, Sarah et Benink, Hélène A et Worzella, Tracy J et Minor, Lisa",
    title = "Cell Viability Assays",
    year = "2016",
    journal = "Europe PMC (PubMed Central)",
    abstract = "Ce chapitre présente une vue d'ensemble introductive des méthodes d'essai les plus couramment utilisées pour estimer le nombre de cellules viables dans des plaques à puits multiples. Ce chapitre décrit des essais où les données sont enregistrées à l'aide d'un lecteur de plaques ; il ne couvre pas les méthodes d'essai conçues pour la cytométrie en flux ou l'imagerie à haut contenu. Les méthodes d'essai couvertes incluent l'utilisation de différentes classes de réactifs tétrazoliques colorimétriques, la réduction de la résazurine et des substrats de protéases générant un signal fluorescent, l'essai de luminogénicité de l'ATP, et un nouvel essai en temps réel pour surveiller les cellules vivantes pendant plusieurs jours en culture. Les essais décrits sont basés sur la mesure d'une activité de marqueur associée au nombre de cellules viables. Ces essais sont utilisés pour mesurer les résultats de la prolifération cellulaire, tester les effets cytotoxiques de composés, et pour le multiplexage en tant que contrôle interne pour déterminer le nombre de cellules viables lors d'autres essais cellulaires.",
    openalex = "W319133514",
    references = "doi101006abbi19931311"
}

, ce qui implique que ces protéines peuvent fonctionner en amont dans la même voie. S'appuyant sur ces interactions génétiques, nous avons exploré le rôle de LEM2 lors de la reforme de l'enveloppe nucléaire dans les cellules humaines. Nous avons constaté que CHMP7 et LEM2 s'enrichissent dans la même région de la périphérie du disque de chromatine pendant cette fenêtre de division cellulaire et que CHMP7 peut se lier directement au domaine C-terminal de LEM2 in vitro. Nous avons également constaté que, lors de la formation de l'enveloppe nucléaire, le recrutement des facteurs ESCRT CHMP7, CHMP2A et IST1/CHMP8 dépend tous de LEM2 dans les cellules humaines. Nous concluons que Lem2p/LEM2 est un adaptateur spécifique du site nucléaire conservé qui recrute Cmp7p/CHMP7 et les facteurs ESCRT en aval vers l'enveloppe nucléaire.

@article{doi101073pnas1613916114,
    author = "Gu, Mingyu et LaJoie, Dollie et Chen, Opal S. et von Appen, Alexander et Ladinsky, Mark S. et Redd, Michael J. et Nikolova, Linda S. et Björkman, Pamela J. et Sundquist, Wesley I. et Ullman, Katharine S. et Frost, Adam",
    title = "LEM2 recrute CHMP7 pour la fermeture de l'enveloppe nucléaire médiée par l'ESCRT chez la levure fissionnaire et les cellules humaines",
    year = "2017",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = ", ce qui implique que ces protéines peuvent fonctionner en amont dans la même voie. S'appuyant sur ces interactions génétiques, nous avons exploré le rôle de LEM2 lors de la reforme de l'enveloppe nucléaire dans les cellules humaines. Nous avons constaté que CHMP7 et LEM2 s'enrichissent dans la même région de la périphérie du disque de chromatine pendant cette fenêtre de division cellulaire et que CHMP7 peut se lier directement au domaine C-terminal de LEM2 in vitro. Nous avons également constaté que, lors de la formation de l'enveloppe nucléaire, le recrutement des facteurs ESCRT CHMP7, CHMP2A et IST1/CHMP8 dépend tous de LEM2 dans les cellules humaines. Nous concluons que Lem2p/LEM2 est un adaptateur spécifique du site nucléaire conservé qui recrute Cmp7p/CHMP7 et les facteurs ESCRT en aval vers l'enveloppe nucléaire.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1613916114",
    doi = "10.1073/pnas.1613916114",
    openalex = "W2592379452",
    references = "doi102144000112226"
}

@article{doi101016jacthis201802005,
    author = "Stockert, Juan C. et Horobin, Richard W. et Colombo, Lucas L. et Blázquez‐Castro, Alfonso",
    title = "Sels de tétrazolium et produits formazan en biologie cellulaire : évaluation de la viabilité, imagerie par fluorescence et perspectives de marquage",
    year = "2018",
    journal = "Acta Histochemica",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.acthis.2018.02.005",
    doi = "10.1016/j.acthis.2018.02.005",
    openalex = "W2793210811",
    references = "doi101006abbi19931311, doi101007978161779080520, doi1010160022175983903034, doi101016jacthis201201006, doi101016s1387265605110047, doi101046j14714159199769020581x, doi101093jnci82131107, doi101126science1160809, doi101146annurevcellbio092910154237, doi103727095535491820873191, openalexw1553088832, openalexw2140927361"
}

Les progrès rapides réalisés ces dernières années dans le développement des technologies de séquençage de nouvelle génération (NGS) ont fourni de nombreuses perspectives précieuses sur des systèmes biologiques complexes, allant de la génomique du cancer aux communautés microbiennes diverses. Les technologies basées sur la NGS pour la génomique, la transcriptomique et l'épigénomique se concentrent de plus en plus sur la caractérisation des cellules individuelles. Ces analyses à l'échelle de la cellule unique permettront aux chercheurs de découvrir de nouvelles et potentiellement inattendues découvertes biologiques par rapport aux méthodes de profilage traditionnelles qui évaluent les populations globales. Le séquençage de l'ARN à l'échelle de la cellule unique (scRNA-seq), par exemple, peut révéler des populations cellulaires complexes et rares, mettre en évidence les relations de régulation entre les gènes et suivre les trajectoires de lignées cellulaires distinctes durant le développement. Dans cette revue, nous nous concentrerons sur les défis techniques liés à l'isolement des cellules uniques et à la préparation des bibliothèques, ainsi que sur les pipelines d'analyse computationnelle disponibles pour analyser les données scRNA-seq. D'autres améliorations techniques au niveau de la biologie moléculaire et cellulaire et des outils bioinformatiques disponibles faciliteront grandement à la fois la recherche fondamentale et les applications médicales de ces technologies de séquençage.

@article{doi101038s1227601800718,
    author = "Hwang, Byungjin et Lee, Ji Hyun et Bang, Duhee",
    title = "Single-cell RNA sequencing technologies and bioinformatics pipelines",
    year = "2018",
    journal = "Experimental \& Molecular Medicine",
    abstract = "Les progrès rapides réalisés ces dernières années dans le développement des technologies de séquençage de nouvelle génération (NGS) ont fourni de nombreuses perspectives précieuses sur des systèmes biologiques complexes, allant de la génomique du cancer aux communautés microbiennes diverses. Les technologies basées sur la NGS pour la génomique, la transcriptomique et l'épigénomique se concentrent de plus en plus sur la caractérisation des cellules individuelles. Ces analyses à l'échelle de la cellule unique permettront aux chercheurs de découvrir de nouvelles et potentiellement inattendues découvertes biologiques par rapport aux méthodes de profilage traditionnelles qui évaluent les populations globales. Le séquençage de l'ARN à l'échelle de la cellule unique (scRNA-seq), par exemple, peut révéler des populations cellulaires complexes et rares, mettre en évidence les relations de régulation entre les gènes et suivre les trajectoires de lignées cellulaires distinctes durant le développement. Dans cette revue, nous nous concentrerons sur les défis techniques liés à l'isolement des cellules uniques et à la préparation des bibliothèques, ainsi que sur les pipelines d'analyse computationnelle disponibles pour analyser les données scRNA-seq. D'autres améliorations techniques au niveau de la biologie moléculaire et cellulaire et des outils bioinformatiques disponibles faciliteront grandement à la fois la recherche fondamentale et les applications médicales de ces technologies de séquençage.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s12276-018-0071-8",
    doi = "10.1038/s12276-018-0071-8",
    openalex = "W2886347923",
    references = "doi105694j132653771958tb86500x"
}

L'ARN-seq à simple cellule a permis d'étudier l'expression génique à une résolution sans précédent. Les promesses de cette technologie attirent une base d'utilisateurs croissante pour les méthodes d'analyse à simple cellule. À mesure que davantage d'outils d'analyse deviennent disponibles, il devient de plus en plus difficile de naviguer dans ce paysage et de produire un flux de travail à jour pour analyser ses données. Ici, nous détaillons les étapes d'une analyse typique d'ARN-seq à simple cellule, y compris le prétraitement (contrôle qualité, normalisation, correction des données, sélection de caractéristiques et réduction de dimensionnalité) et l'analyse en aval au niveau des cellules et des gènes. Nous formulons des recommandations de meilleures pratiques actuelles pour ces étapes basées sur des études de comparaison indépendantes. Nous avons intégré ces recommandations de meilleures pratiques dans un flux de travail, que nous appliquons à un jeu de données public pour illustrer davantage comment ces étapes fonctionnent en pratique. Notre étude de cas documentée peut être trouvée à https://www.github.com/theislab/single-cell-tutorial Cette revue servira de tutoriel de flux de travail pour les nouveaux entrants dans le domaine et aidera les utilisateurs établis à mettre à jour leurs pipelines d'analyse.

@article{doi1015252msb20188746,
    author = "Luecken, Malte D. et Theis, Fabian J.",
    title = "Meilleures pratiques actuelles en analyse de l'ARN-seq à simple cellule : un tutoriel",
    year = "2019",
    journal = "Molecular Systems Biology",
    abstract = "L'ARN-seq à simple cellule a permis d'étudier l'expression génique à une résolution sans précédent. Les promesses de cette technologie attirent une base d'utilisateurs croissante pour les méthodes d'analyse à simple cellule. À mesure que davantage d'outils d'analyse deviennent disponibles, il devient de plus en plus difficile de naviguer dans ce paysage et de produire un flux de travail à jour pour analyser ses données. Ici, nous détaillons les étapes d'une analyse typique d'ARN-seq à simple cellule, y compris le prétraitement (contrôle qualité, normalisation, correction des données, sélection de caractéristiques et réduction de dimensionnalité) et l'analyse en aval au niveau des cellules et des gènes. Nous formulons des recommandations de meilleures pratiques actuelles pour ces étapes basées sur des études de comparaison indépendantes. Nous avons intégré ces recommandations de meilleures pratiques dans un flux de travail, que nous appliquons à un jeu de données public pour illustrer davantage comment ces étapes fonctionnent en pratique. Notre étude de cas documentée peut être trouvée à https://www.github.com/theislab/single-cell-tutorial Cette revue servira de tutoriel de flux de travail pour les nouveaux entrants dans le domaine et aidera les utilisateurs établis à mettre à jour leurs pipelines d'analyse.",
    url = "https://doi.org/10.15252/msb.20188746",
    doi = "10.15252/msb.20188746",
    openalex = "W2949237386"
}

Résumé Récemment, l'intérêt pour l'application des tests de viabilité cellulaire a augmenté dans divers domaines. Les tests de viabilité cellulaire peuvent être classés de manière générale en (a) tests d'exclusion de colorant, (b) tests colorimétriques, (c) tests fluorométriques, (d) tests luminométriques et (e) tests cytométriques en flux. Les tests d'exclusion de colorant incluent les tests de coloration au bleu de trypan, à l'éosine, au rouge Congo et à l'érythrosine B, tandis que le 3‐[4,5‐diméthylthiazol‐2‐yl]‐2,5 diphenyl tétrazolium bromure (MTT), le 3‐(4,5‐diméthylthiazol‐2‐yl)‐5‐(3‐carboxyméthoxyphényl)‐2‐(4‐sulfophényl)‐2H‐tétrazolium (MTS), le 2,3‐bis‐(2‐méthoxy‐4‐nitro‐5‐sulfophényl)‐2H‐tétrazolium‐5‐carboxanilide (XTT), le 2‐(4‐iodophényl)‐3‐(4‐nitrophényl)‐5‐(2,4‐disulfophényl)‐2H tétrazolium, sel de sodium monosodique (WST‐1), le 2‐(2‐méthoxy‐4‐nitrophényl)‐3‐(4‐nitrophényl)‐5‐(2,4‐disulfophényl)‐2H‐tétrazolium, sel de sodium monosodique (WST‐8), la lactate déshydrogénase (LDH), la sulforhodamine B (SRB), la prise de rouge neutre (NRU) et les tests de coloration au violet de cristal (CVS) font partie des tests colorimétriques. De même, les tests de résazurine et de 5‐carboxyfluorescéine diacétate acétométhyle ester (5‐CFDA‐AM) sont basés sur des mesures fluorométriques, tandis que les tests luminométriques comprennent l'adénosine triphosphate et les tests de viabilité en temps réel. Les principaux tests cytométriques en flux incluent l'asymétrie membranaire, la perméabilité membranaire et les tests mitochondriaux. Dans cette directive, les mécanismes et la pratique d'évaluation des tests de viabilité cellulaire les plus couramment appliqués dans les laboratoires de recherche sont discutés en détail. Un test de viabilité cellulaire idéal devrait être sûr, rapide, fiable, efficace et rentable en termes de temps et de coût, et ne devrait pas interférer avec le composé testé. Dans l'ensemble, il peut être conclu que plus d'un test de viabilité cellulaire devrait être appliqué afin d'obtenir des résultats fiables.

@article{doi101002fft244,
    author = "Kamiloğlu, Senem et Sarı, Gülce et Özdal, Tuğba et Çapanoğlu, Esra",
    title = "Guidelines for cell viability assays",
    year = "2020",
    journal = "Food Frontiers",
    abstract = "Résumé Récemment, l'intérêt pour l'application des tests de viabilité cellulaire a augmenté dans divers domaines. Les tests de viabilité cellulaire peuvent être classés de manière générale en (a) tests d'exclusion de colorant, (b) tests colorimétriques, (c) tests fluorométriques, (d) tests luminométriques et (e) tests cytométriques en flux. Les tests d'exclusion de colorant incluent les tests de coloration au bleu de trypan, à l'éosine, au rouge Congo et à l'érythrosine B, tandis que le 3‐[4,5‐diméthylthiazol‐2‐yl]‐2,5 diphenyl tétrazolium bromure (MTT), le 3‐(4,5‐diméthylthiazol‐2‐yl)‐5‐(3‐carboxyméthoxyphényl)‐2‐(4‐sulfophényl)‐2H‐tétrazolium (MTS), le 2,3‐bis‐(2‐méthoxy‐4‐nitro‐5‐sulfophényl)‐2H‐tétrazolium‐5‐carboxanilide (XTT), le 2‐(4‐iodophényl)‐3‐(4‐nitrophényl)‐5‐(2,4‐disulfophényl)‐2H tétrazolium, sel de sodium monosodique (WST‐1), le 2‐(2‐méthoxy‐4‐nitrophényl)‐3‐(4‐nitrophényl)‐5‐(2,4‐disulfophényl)‐2H‐tétrazolium, sel de sodium monosodique (WST‐8), la lactate déshydrogénase (LDH), la sulforhodamine B (SRB), la prise de rouge neutre (NRU) et les tests de coloration au violet de cristal (CVS) font partie des tests colorimétriques. De même, les tests de résazurine et de 5‐carboxyfluorescéine diacétate acétométhyle ester (5‐CFDA‐AM) sont basés sur des mesures fluorométriques, tandis que les tests luminométriques comprennent l'adénosine triphosphate et les tests de viabilité en temps réel. Les principaux tests cytométriques en flux incluent l'asymétrie membranaire, la perméabilité membranaire et les tests mitochondriaux. Dans cette directive, les mécanismes et la pratique d'évaluation des tests de viabilité cellulaire les plus couramment appliqués dans les laboratoires de recherche sont discutés en détail. Un test de viabilité cellulaire idéal devrait être sûr, rapide, fiable, efficace et rentable en termes de temps et de coût, et ne devrait pas interférer avec le composé testé. Dans l'ensemble, il peut être conclu que plus d'un test de viabilité cellulaire devrait être appliqué afin d'obtenir des résultats fiables.",
    url = "https://doi.org/10.1002/fft2.44",
    doi = "10.1002/fft2.44",
    openalex = "W3088986342",
    references = "doi1010020471142735ima03bs111, doi101007978161779080520, doi1010160022175983903034, doi101016s1387265605110047, doi101038nprot2006179, doi101038nprot200875, doi101038nrc3064, doi101046j14321327200001606x, doi101093jnci82131107, doi1021741389201017666160808160513, doi103727095535491820873191, openalexw2143811153"
}

@article{doi101016jejcb2020151108,
    author = "Kamal, Nor Shaheera Mohamad et Safuan, Sabreena et Shamsuddin, Shaharum et Foroozandeh, Parisa",
    title = "Aging of the cells: Insight into cellular senescence and detection Methods",
    year = "2020",
    journal = "European Journal of Cell Biology",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ejcb.2020.151108",
    doi = "10.1016/j.ejcb.2020.151108",
    openalex = "W3042119537",
    references = "doi1021741389201017666160808160513"
}

Comprendre l'hétérogénéité cellulaire est le Graal de la biologie et de la médecine. Les cellules portant des génomes identiques présentent une grande variété de comportements chez les organismes multicellulaires. Les circuits génétiques sous-jacents aux identités des types cellulaires faciliteront la compréhension des programmes de régulation pour la différenciation et le maintien d'états cellulaires distincts. Un tel réseau de gènes spécifique à un type cellulaire peut être inféré à partir de motifs de corégulation à travers les cellules individuelles. Les méthodes conventionnelles de profilage du transcriptome utilisant des échantillons de tissus ne fournissent que des signaux moyens de divers types cellulaires. Par conséquent, la reconstruction de réseaux de régulation génique pour un type cellulaire particulier n'est pas réalisable avec des données de transcriptome basées sur les tissus. Récemment, la technologie omique à l'échelle de la cellule a émergé et a permis de capturer le paysage transcriptomique de chaque cellule individuelle. Bien que les études sur l'expression génique à l'échelle de la cellule aient déjà ouvert de nouvelles voies, la biologie des réseaux utilisant des données de transcriptome à l'échelle de la cellule accélérera davantage notre compréhension de l'hétérogénéité cellulaire. Dans cette revue, nous fournissons un aperçu de la biologie des réseaux à l'échelle de la cellule et résumons les progrès récents dans le développement de méthodes pour l'inférence de réseaux à partir de données de séquençage ARN à l'échelle de la cellule (scRNA-seq). Ensuite, nous décrivons comment les réseaux de gènes spécifiques à un type cellulaire peuvent être utilisés pour étudier les programmes de régulation spécifiques aux types cellulaires associés aux maladies et aux états cellulaires. De plus, avec des données scRNA, la modélisation de réseaux de gènes personnels ou spécifiques au patient est réalisable. Par conséquent, nous introduisons également les applications potentielles de la biologie des réseaux à l'échelle de la cellule pour la médecine de précision. Nous envisageons un changement rapide de paradigme vers l'analyse des réseaux à l'échelle de la cellule pour la biologie des systèmes dans un avenir proche.

@article{doi101038s12276020005280,
    author = "Cha, Junha et Lee, Insuk",
    title = "Single-cell network biology for resolving cellular heterogeneity in human diseases",
    year = "2020",
    journal = "Experimental \& Molecular Medicine",
    abstract = "Comprendre l'hétérogénéité cellulaire est le Graal de la biologie et de la médecine. Les cellules portant des génomes identiques présentent une grande variété de comportements chez les organismes multicellulaires. Les circuits génétiques sous-jacents aux identités des types cellulaires faciliteront la compréhension des programmes de régulation pour la différenciation et le maintien d'états cellulaires distincts. Un tel réseau de gènes spécifique à un type cellulaire peut être inféré à partir de motifs de corégulation à travers les cellules individuelles. Les méthodes conventionnelles de profilage du transcriptome utilisant des échantillons de tissus ne fournissent que des signaux moyens de divers types cellulaires. Par conséquent, la reconstruction de réseaux de régulation génique pour un type cellulaire particulier n'est pas réalisable avec des données de transcriptome basées sur les tissus. Récemment, la technologie omique à l'échelle de la cellule a émergé et a permis de capturer le paysage transcriptomique de chaque cellule individuelle. Bien que les études sur l'expression génique à l'échelle de la cellule aient déjà ouvert de nouvelles voies, la biologie des réseaux utilisant des données de transcriptome à l'échelle de la cellule accélérera davantage notre compréhension de l'hétérogénéité cellulaire. Dans cette revue, nous fournissons un aperçu de la biologie des réseaux à l'échelle de la cellule et résumons les progrès récents dans le développement de méthodes pour l'inférence de réseaux à partir de données de séquençage ARN à l'échelle de la cellule (scRNA-seq). Ensuite, nous décrivons comment les réseaux de gènes spécifiques à un type cellulaire peuvent être utilisés pour étudier les programmes de régulation spécifiques aux types cellulaires associés aux maladies et aux états cellulaires. De plus, avec des données scRNA, la modélisation de réseaux de gènes personnels ou spécifiques au patient est réalisable. Par conséquent, nous introduisons également les applications potentielles de la biologie des réseaux à l'échelle de la cellule pour la médecine de précision. Nous envisageons un changement rapide de paradigme vers l'analyse des réseaux à l'échelle de la cellule pour la biologie des systèmes dans un avenir proche.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s12276-020-00528-0",
    doi = "10.1038/s12276-020-00528-0",
    openalex = "W3108451992",
    references = "doi101038nmeth2016, doi101038nmeth4463, doi101038nrg1272, doi101038nri201776, doi101038s1227601800718, doi101093nargku1003, doi101126science1087447, doi101186147121059559, doi101371journalpone0012776, doi1015252msb20188746"
}

Les cellules succombant au stress via la mort cellulaire régulée (MCR) peuvent initier une réponse immunitaire adaptative associée à la mémoire immunologique, à condition qu'elles présentent une antigénicité et une adjuvanticité suffisantes. De plus, plusieurs caractéristiques intracellulaires et du microenvironnement déterminent la propension de la MCR à conduire l'immunité adaptative. Ici, nous fournissons une définition opérationnelle mise à jour de la mort cellulaire immunogène (MCI), discutons des facteurs clés qui dictent la capacité des cellules mourantes à conduire une réponse immunitaire adaptative, résumons les essais expérimentaux actuellement disponibles pour l'évaluation de la MCI in vitro et in vivo, et formulons des directives pour leur interprétation.

@article{doi101136jitc2019000337,
    author = "Galluzzi, Lorenzo et Vitale, Ilio et Warren, Sarah H. et Adjemian, Sandy et Agostinis, Patrizia et Martinez, Aitziber Buqué et Chan, Timothy A. et Coukos, George et Demaria, Sandra et Deutsch, Éric et Draganov, Dobrin et Edelson, Richard L. et Formenti, Silvia C. et Fučíková, Jitka et Gabriele, Lucia et Gaipl, Udo S. et Gameiro, Sofia R. et Garg, Abhishek D. et Golden, Encouse B. et Han, Jian et Harrington, Kevin J. et Hemminki, Akseli et Hodge, James W. et Hossain, Dewan Md Sakib et Illidge, Tim et Karin, Michael et Kaufman, Howard L. et Kepp, Oliver et Kroemer, Guido et Lasarte, Juan José et Loi, Sherene et Lotze, Michael T. et Manic, Gwenola et Merghoub, Taha et Melcher, Alan et Mossman, Karen et Prósper, Felipe et Rekdal, Øystein et Rescigno, María et Riganti, Chiara et Sistigu, Antonella et Smyth, Mark J. et Špíšek, Radek et Stagg, John et Strauss, Bryan E. et Tang, Daolin et Tatsuno, Kazuki et Gool, Stefaan Van et Vandenabeele, Peter et Yamazaki, Takahiro et Zamarin, Dmitriy et Zitvogel, Laurence et Cesano, Alessandra et Marincola, Francesco M.",
    title = "Consensus guidelines for the definition, detection and interpretation of immunogenic cell death",
    year = "2020",
    journal = "Journal for ImmunoTherapy of Cancer",
    abstract = "Les cellules succombant au stress via la mort cellulaire régulée (MCR) peuvent initier une réponse immunitaire adaptative associée à la mémoire immunologique, à condition qu'elles présentent une antigénicité et une adjuvanticité suffisantes. De plus, plusieurs caractéristiques intracellulaires et du microenvironnement déterminent la propension de la MCR à conduire l'immunité adaptative. Ici, nous fournissons une définition opérationnelle mise à jour de la mort cellulaire immunogène (MCI), discutons des facteurs clés qui dictent la capacité des cellules mourantes à conduire une réponse immunitaire adaptative, résumons les essais expérimentaux actuellement disponibles pour l'évaluation de la MCI in vitro et in vivo, et formulons des directives pour leur interprétation.",
    url = "https://doi.org/10.1136/jitc-2019-000337",
    doi = "10.1136/jitc-2019-000337",
    openalex = "W3011642937",
    references = "doi101038nrd3373"
}

extraction et évaluation du mécanisme cellulaire et moléculaire de l'apoptose.

@article{doi10115520201215395,
    author = "Ullah, Ikram et Khalil, Ali Talha et Ali, Muhammad et Iqbal, Javed et Ali, Waqar et Alarifi, Saud et Shinwari, Zabta Khan",
    title = "Green-Synthesized Silver Nanoparticles Induced Apoptotic Cell Death in MCF-7 Breast Cancer Cells by Generating Reactive Oxygen Species and Activating Caspase 3 and 9 Enzyme Activities",
    year = "2020",
    journal = "Oxidative Medicine and Cellular Longevity",
    abstract = "extraction et évaluation du mécanisme cellulaire et moléculaire de l'apoptose.",
    url = "https://doi.org/10.1155/2020/1215395",
    doi = "10.1155/2020/1215395",
    openalex = "W3092593061",
    references = "doi101016jacthis201201006"
}

Les cultures cellulaires depuis de nombreuses années. Avec l'augmentation des systèmes 3D dans la recherche en biologie cellulaire pour déterminer l'efficacité thérapeutique, les essais bidimensionnels qui mesurent la viabilité cellulaire sont utilisés hors de leur utilisation prévue sur des structures 3D. Dans cette étude, nous évaluons la précision de l'utilisation de divers essais de viabilité cellulaire disponibles sur le marché sur différentes structures d'hydrogel 3D pour aider les chercheurs à comprendre la variabilité attendue dans leurs expérimentations le long de la validation par imagerie microscopique.

@article{doi101089tentec20210060,
    author = "Dominijanni, Anthony et Devarasetty, Mahesh et Forsythe, Steven D. et Votanopoulos, Konstantinos I. et Söker, Shay",
    title = "Cell Viability Assays in Three-Dimensional Hydrogels: A Comparative Study of Accuracy",
    year = "2021",
    journal = "Tissue Engineering Part C Methods",
    abstract = "Les cultures cellulaires depuis de nombreuses années. Avec l'augmentation des systèmes 3D dans la recherche en biologie cellulaire pour déterminer l'efficacité thérapeutique, les essais bidimensionnels qui mesurent la viabilité cellulaire sont utilisés hors de leur utilisation prévue sur des structures 3D. Dans cette étude, nous évaluons la précision de l'utilisation de divers essais de viabilité cellulaire disponibles sur le marché sur différentes structures d'hydrogel 3D pour aider les chercheurs à comprendre la variabilité attendue dans leurs expérimentations le long de la validation par imagerie microscopique.",
    url = "https://doi.org/10.1089/ten.tec.2021.0060",
    doi = "10.1089/ten.tec.2021.0060",
    openalex = "W3165104736",
    references = "doi101002fft244"
}

/pRB Les voies suppresseuses de tumeur jouent un rôle central dans la régulation du vieillissement. Plusieurs autres voies ont récemment été impliquées dans la médiation du vieillissement et du phénotype vieillissant. Dans cet article, nous examinons les mécanismes moléculaires qui sous-tendent le vieillissement cellulaire et l'arrêt de croissance associé au vieillissement, avec un accent particulier sur les raisons pour lesquelles les cellules cessent de se diviser, la stabilité de l'arrêt de croissance, le phénotype hyper-sécrétoire et la manière dont les différentes voies sont toutes intégrées.

@article{doi103389fcell2021645593,
    author = "Kumari, Ruchi et Jat, Parmjit",
    title = "Mécanismes du vieillissement cellulaire : arrêt du cycle cellulaire et phénotype sécrétoire associé au vieillissement",
    year = "2021",
    journal = "Frontiers in Cell and Developmental Biology",
    abstract = "/pRB Les voies suppresseuses de tumeur jouent un rôle central dans la régulation du vieillissement. Plusieurs autres voies ont récemment été impliquées dans la médiation du vieillissement et du phénotype vieillissant. Dans cet article, nous examinons les mécanismes moléculaires qui sous-tendent le vieillissement cellulaire et l'arrêt de croissance associé au vieillissement, avec un accent particulier sur les raisons pour lesquelles les cellules cessent de se diviser, la stabilité de l'arrêt de croissance, le phénotype hyper-sécrétoire et la manière dont les différentes voies sont toutes intégrées.",
    url = "https://doi.org/10.3389/fcell.2021.645593",
    doi = "10.3389/fcell.2021.645593",
    openalex = "W3146579363",
    references = "doi1021741389201017666160808160513"
}

Le développement rapide des technologies à cellule unique permet de disséquer l'hétérogénéité cellulaire à différentes couches omiques avec une résolution sans précédent. L'analyse approfondie de l'hétérogénéité cellulaire renforcera notre compréhension des systèmes biologiques complexes ou des processus, y compris le cancer, le système immunitaire et les maladies chroniques, fournissant ainsi des aperçus précieux pour la recherche clinique et translationnelle. Dans cette revue, nous nous concentrerons sur l'application des méthodes d'apprentissage automatique dans l'analyse des données multi-omiques à cellule unique. Nous commencerons par le prétraitement des données de séquençage ARN à cellule unique (scRNA-seq), y compris l'imputation de données, la suppression des effets de lot interplateformes, et l'identification du cycle cellulaire et du type cellulaire. Ensuite, nous présenterons des outils et méthodes d'analyse de données avancés utilisés pour l'estimation de la variance du nombre de copies, l'analyse de trajectoire pseudo-temporelle à cellule unique, l'inférence d'arbres phylogénétiques, les interactions cellule-cellule, l'inférence de réseaux de régulation, et l'analyse intégrée des données scRNA-seq et du transcriptome spatial. Enfin, nous présenterons les derniers défis d'analyse, tels que l'intégration multi-omiques et l'analyse intégrée des données scRNA-seq.

@article{doi103389fgene2021655536,
    author = "Liu, Jiajia et Fan, Zhiwei et Zhao, Weiling et Zhou, Xiaobo",
    title = "Intelligence artificielle dans l'analyse des données à cellule unique : avancées et nouveaux défis",
    year = "2021",
    journal = "Frontiers in Genetics",
    abstract = "Le développement rapide des technologies à cellule unique permet de disséquer l'hétérogénéité cellulaire à différentes couches omiques avec une résolution sans précédent. L'analyse approfondie de l'hétérogénéité cellulaire renforcera notre compréhension des systèmes biologiques complexes ou des processus, y compris le cancer, le système immunitaire et les maladies chroniques, fournissant ainsi des aperçus précieux pour la recherche clinique et translationnelle. Dans cette revue, nous nous concentrerons sur l'application des méthodes d'apprentissage automatique dans l'analyse des données multi-omiques à cellule unique. Nous commencerons par le prétraitement des données de séquençage ARN à cellule unique (scRNA-seq), y compris l'imputation de données, la suppression des effets de lot interplateformes, et l'identification du cycle cellulaire et du type cellulaire. Ensuite, nous présenterons des outils et méthodes d'analyse de données avancés utilisés pour l'estimation de la variance du nombre de copies, l'analyse de trajectoire pseudo-temporelle à cellule unique, l'inférence d'arbres phylogénétiques, les interactions cellule-cellule, l'inférence de réseaux de régulation, et l'analyse intégrée des données scRNA-seq et du transcriptome spatial. Enfin, nous présenterons les derniers défis d'analyse, tels que l'intégration multi-omiques et l'analyse intégrée des données scRNA-seq.",
    url = "https://doi.org/10.3389/fgene.2021.655536",
    doi = "10.3389/fgene.2021.655536",
    openalex = "W3169674085",
    references = "doi101038s12276020005280"
}

Le test MTT pour l'activité métabolique cellulaire est presque omniprésent dans les études de toxicité cellulaire ; cependant, il est couramment appliqué et interprété de manière erronée. Nous avons investigué l'applicabilité et les limites du test MTT pour représenter la toxicité des traitements, la viabilité cellulaire et l'activité métabolique. Nous avons évalué l'effet de variables potentiellement confondantes sur les mesures du test MTT sur une lignée de cellules de cancer de la prostate (PC-3), incluant le nombre de cellules semées, la concentration de MTT, le temps d'incubation de la MTT, la privation de sérum, la composition du milieu de culture cellulaire, les contenus intracellulaires libérés (lysat cellulaire et sécrétome), et l'extrusion de formazan vers l'espace extracellulaire. Nous avons également évalué l'effet confondant des nanoparticules d'or (Au-NPs) recouvertes de polyéthylène glycol (PEG) en tant que traitement testé dans les cellules PC-3 sur les mesures du test. Nous avons en outre évalué l'applicabilité de la cytométrie d'image microscopique en tant qu'outil pour mesurer la réduction intracellulaire de la MTT au niveau de la cellule unique. Nos résultats montrent que les mesures du test sont le résultat d'un processus compliqué dépendant de nombreux facteurs mentionnés ci-dessus, et par conséquent, l'optimisation du test et l'interprétation rationnelle des données sont nécessaires pour éviter des conclusions trompeuses sur des variables telles que la viabilité cellulaire, la toxicité des traitements et/ou le métabolisme cellulaire. Nous concluons, avec des recommandations sur la manière d'appliquer le test et une perspective sur où l'utilité du test est un outil puissant, mais également où il a des limites.

@article{doi103390ijms222312827,
    author = "Ghasemi, Mahshid et Turnbull, Tyron et Sebastian, Sonia et Kempson, Ivan M.",
    title = "The MTT Assay: Utility, Limitations, Pitfalls, and Interpretation in Bulk and Single-Cell Analysis",
    year = "2021",
    journal = "International Journal of Molecular Sciences",
    abstract = "Le test MTT pour l'activité métabolique cellulaire est presque omniprésent dans les études de toxicité cellulaire ; cependant, il est couramment appliqué et interprété de manière erronée. Nous avons investigué l'applicabilité et les limites du test MTT pour représenter la toxicité des traitements, la viabilité cellulaire et l'activité métabolique. Nous avons évalué l'effet de variables potentiellement confondantes sur les mesures du test MTT sur une lignée de cellules de cancer de la prostate (PC-3), incluant le nombre de cellules semées, la concentration de MTT, le temps d'incubation de la MTT, la privation de sérum, la composition du milieu de culture cellulaire, les contenus intracellulaires libérés (lysat cellulaire et sécrétome), et l'extrusion de formazan vers l'espace extracellulaire. Nous avons également évalué l'effet confondant des nanoparticules d'or (Au-NPs) recouvertes de polyéthylène glycol (PEG) en tant que traitement testé dans les cellules PC-3 sur les mesures du test. Nous avons en outre évalué l'applicabilité de la cytométrie d'image microscopique en tant qu'outil pour mesurer la réduction intracellulaire de la MTT au niveau de la cellule unique. Nos résultats montrent que les mesures du test sont le résultat d'un processus compliqué dépendant de nombreux facteurs mentionnés ci-dessus, et par conséquent, l'optimisation du test et l'interprétation rationnelle des données sont nécessaires pour éviter des conclusions trompeuses sur des variables telles que la viabilité cellulaire, la toxicité des traitements et/ou le métabolisme cellulaire. Nous concluons, avec des recommandations sur la manière d'appliquer le test et une perspective sur où l'utilité du test est un outil puissant, mais également où il a des limites.",
    url = "https://doi.org/10.3390/ijms222312827",
    doi = "10.3390/ijms222312827",
    openalex = "W3216591159",
    references = "doi1010160022175983903034, doi1010160022175989903979, doi101016jacthis201201006, doi101016jacthis201802005, doi101016s1387265605110047, doi101038bjc1987190, doi101038cdd2008150, doi101039df9511100055, doi101046j14714159199769020581x, doi10108001926230701320337, doi101146annurevpathol121808102144, doi101371journalpbio0060301"
}

Fond. Parmi les patients atteints de cancer recevant une radiothérapie, environ 5 à 15 % peuvent présenter des réactions indésirables dans les tissus et organes normaux qui limitent leur traitement selon un régime complet et initialement prévu. Le développement de biomarqueurs et de tests pour l'oncologie radiologique permettant de prédire la toxicité des tissus normaux des patients nécessite beaucoup de ressources ; par conséquent, son statut actuel et les perspectives futures doivent être périodiquement analysés et réévalués. Objectif – cette revue résume les approches méthodologiques et les développements dans le domaine des tests de laboratoire fonctionnels basés sur la survie cellulaire ex vivo pour la prédiction de la radiosensibilité clinique individuelle. Matériels et méthodes. Les données pour l'analyse et la systématisation ont été obtenues à partir d'articles complets publiés dans des revues scientifiques internationales à comité de lecture (en anglais) entre 1990 et 2020, sélectionnés par une recherche approfondie dans la base de données PubMed et des références croisées sur le thème « Tests cellulaires fonctionnels pour la radiosensibilité intrinsèque afin de prédire les effets indésirables des rayonnements et les complications de la radiothérapie ». Résultats. En théorie, il pourrait être attendu que la survie des cellules clonogènes après irradiation ex vivo puisse servir de meilleur prédicteur individuel de la toxicité radiologique, car c'est un indicateur intégral des dommages cellulaires et du déclin de leur potentiel régénératif. Tendanciellement, les fibroblastes, en tant que système de test pour de telles études, n'ont pas montré d'avantages significatifs par rapport aux lymphocytes, ni pour détecter les variations interindividuelles de la radiosensibilité cellulaire intrinsèque ni pour prédire la toxicité radiologique clinique, même pour celle de la peau. Il a été constaté que le test de survie des cellules clonogènes, étant très chronophage et techniquement exigeant, souffre également d'un manque de sensibilité et de spécificité, d'une incertitude essentielle et d'une faible reproductibilité des résultats, et n'est donc pas adapté au dépistage de la radiosensibilité intrinsèque anormale. Cependant, ce type de tests est applicable à l'expertise radiobiologique post factum dans des cas individuels présentant des lésions radiologiques inattendues et extrêmes. Le test d'apoptose lymphocytaire induite par les rayonnements semble plus prometteur, mais nécessite encore des recherches fondamentales supplémentaires pour mieux comprendre son fondement et plus d'études de validation afin d'évaluer les groupes de patients optimaux, les régimes de radiothérapie et les effets indésirables pour son utilisation confiante en pratique clinique. Les changements dans la régulation des points de contrôle du cycle cellulaire (retard induit par les rayonnements) ex vivo peuvent avoir une association positive ou inversée, ou aucune corrélation avec les réponses radiologiques cliniques dans les tissus, et ne peuvent donc pas encore être inclus dans l'outillage des tests radiobiologiques appliqués. Conclusions. À ce jour, dans la pratique de la radiobiologie clinique, il n'existe pas de tests fonctionnels entièrement validés et standardisés basés sur la survie cellulaire après irradiation ex vivo, qui permettraient une prédiction suffisamment précise des effets radiologiques indésirables dans les tissus normaux des patients de radiothérapie. En général, les tests ex vivo basés sur l'évaluation d'une seule forme de mort cellulaire dans un seul type cellulaire ne sont pas entièrement fiables en tant que test « autonome », car les différentes voies de mort cellulaire jouent probablement des rôles différents et montrent des réponses à la dose différentes au sein de la réaction globale du tissu irradié ou de l'organe critique. De tels tests devraient devenir une partie des plates-formes prédictives multiparamétriques.

@article{doi1046879ukroj1202189118,
    author = "Vinnikov, Volodymyr and Rublova, T.V.",
    title = "Prédicteurs des complications induites par les rayonnements en radiothérapie basés sur des tests de survie cellulaire après exposition ex vivo : revue de littérature",
    year = "2021",
    journal = "Український радіологічний та онкологічний журнал",
    abstract = "Contexte. Parmi les patients atteints de cancer recevant une radiothérapie, environ 5 à 15 % peuvent présenter des réactions indésirables dans les tissus et organes normaux qui limitent leur traitement selon un régime complet et initialement prévu. Le développement de biomarqueurs et de tests pour la radiothérapie permettant de prédire la toxicité des tissus normaux des patients nécessite beaucoup de ressources, par conséquent, son statut actuel et ses orientations potentielles pour la recherche future doivent être périodiquement analysés et réévalués. Objectif – cette revue résume les approches méthodologiques et les développements dans le domaine des tests de laboratoire fonctionnels basés sur la survie cellulaire ex vivo pour la prédiction de la radiosensibilité clinique individuelle. Matériels et méthodes. Les données pour l'analyse et la systématisation ont été obtenues à partir d'articles complets publiés dans des revues scientifiques internationales à comité de lecture (en anglais) entre 1990 et 2020, qui ont été sélectionnés par une recherche approfondie dans la base de données PubMed et les références croisées sur le sujet « Tests cellulaires fonctionnels pour la radiosensibilité intrinsèque afin de prédire les effets indésirables des rayonnements et les complications de la radiothérapie ». Résultats. En théorie, il pourrait être attendu que la survie des cellules clonogènes après irradiation ex vivo puisse servir de meilleur prédicteur individuel de la toxicité des rayonnements, car c'est un indicateur intégral des dommages cellulaires et du déclin de leur potentiel régénératif. Tendanciellement, les fibroblastes, en tant que système de test pour de telles études, n'ont pas montré d'avantages significatifs par rapport aux lymphocytes, ni pour détecter les variations interindividuelles de la radiosensibilité cellulaire intrinsèque ni pour prédire la toxicité clinique des rayonnements, même pour celle de la peau. Il a été constaté que le test de survie cellulaire clonogène, étant très chronophage et techniquement exigeant, souffre également d'un manque de sensibilité et de spécificité, d'une incertitude essentielle et d'une faible reproductibilité des résultats, et n'est donc pas adapté au dépistage de la radiosensibilité intrinsèque anormale. Cependant, ce type de tests est applicable pour l'expertise radiobiologique post factum dans des cas individuels présentant des lésions radiologiques inattendues et extrêmes. Le test d'apoptose lymphocytaire induite par les rayonnements semble plus prometteur, mais nécessite encore des recherches fondamentales supplémentaires pour mieux comprendre son fondement et plus d'études de validation afin d'évaluer les groupes de patients optimaux, les régimes de radiothérapie et les effets indésirables pour son utilisation confiante en pratique clinique. Les changements dans la régulation des points de contrôle du cycle cellulaire (retard induit par les rayonnements) ex vivo peuvent avoir une association positive ou inversée, ou aucune corrélation avec les réponses cliniques aux rayonnements dans les tissus, et ne peuvent donc pas encore être inclus dans l'outillage des tests radiobiologiques appliqués. Conclusions. À ce jour, dans la pratique de la radiobiologie clinique, il n'existe pas de tests fonctionnels entièrement validés et standardisés basés sur la survie cellulaire après irradiation ex vivo, qui permettraient une prédiction suffisamment précise des effets indésirables des rayonnements dans les tissus normaux des patients de radiothérapie. En général, les tests ex vivo basés sur l'évaluation d'une seule forme de mort cellulaire dans un seul type cellulaire ne sont pas entièrement fiables en tant que test « autonome », car les différentes voies de mort cellulaire jouent probablement des rôles différents et montrent des réponses à la dose différentes au sein de la réaction globale du tissu irradié ou de l'organe critique. De tels tests devraient devenir une partie des plateformes prédictives multiparamétriques.",
    url = "https://doi.org/10.46879/ukroj.1.2021.89-118",
    doi = "10.46879/ukroj.1.2021.89-118",
    openalex = "W3156546532",
    references = "doi101016jacthis201802005"
}

L'analyse de la toxicité des médicaments chimiothérapeutiques est l'une des principales tâches de la pharmacologie clinique. La viabilité réduite des cellules tumorales peut refléter deux processus physiologiques importants, à savoir l'arrêt de la prolifération associé à des perturbations du métabolisme cellulaire ou la mort cellulaire réelle. L'élucidation des processus exacts médiant une réduction du nombre de cellules est fondamentalement importante pour établir les mécanismes d'action des médicaments. Seule l'utilisation d'une combinaison d'approches biologiques cellulaires et biochimiques permet de comprendre ces mécanismes. Ici, en utilisant diverses lignées de cellules tumorales et un ensemble d'approches méthodologiques, nous avons effectué une analyse comparative détaillée et démontré les moyens possibles de surmonter les incertitudes dans l'établissement des mécanismes de réponse cellulaire à l'action des médicaments chimiothérapeutiques et de leur toxicité.

@article{doi101038s4142002201207x,
    author = "Sazonova, Elena V. et Chesnokov, Mikhail S. et Zhivotovsky, Boris et Kopeina, Gelina S.",
    title = "Évaluation de la toxicité des médicaments : prolifération cellulaire versus mort cellulaire",
    year = "2022",
    journal = "Cell Death Discovery",
    abstract = "L'analyse de la toxicité des médicaments chimiothérapeutiques est l'une des principales tâches de la pharmacologie clinique. La viabilité réduite des cellules tumorales peut refléter deux processus physiologiques importants, à savoir l'arrêt de la prolifération associé à des perturbations du métabolisme cellulaire ou la mort cellulaire réelle. L'élucidation des processus exacts médiant une réduction du nombre de cellules est fondamentalement importante pour établir les mécanismes d'action des médicaments. Seule l'utilisation d'une combinaison d'approches biologiques cellulaires et biochimiques permet de comprendre ces mécanismes. Ici, en utilisant diverses lignées de cellules tumorales et un ensemble d'approches méthodologiques, nous avons effectué une analyse comparative détaillée et démontré les moyens possibles de surmonter les incertitudes dans l'établissement des mécanismes de réponse cellulaire à l'action des médicaments chimiothérapeutiques et de leur toxicité.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41420-022-01207-x",
    doi = "10.1038/s41420-022-01207-x",
    openalex = "W4306164209",
    references = "doi101002fft244, doi101016jacthis201802005, doi103390ijms222312827"
}

La maladie d'Alzheimer (MA) est la forme la plus courante de démence, caractérisée par un déficit cognitif progressif et une neurodégénérescence. De nombreuses études cliniques et génomiques ont révélé des biomarqueurs, des facteurs de risque, des voies et des cibles de la MA au cours de la dernière décennie. Cependant, la base moléculaire exacte du développement et de la progression de la MA reste inconnue. La technologie émergente de séquençage à cellule simple peut potentiellement fournir des aperçus au niveau cellulaire de la maladie. Ici, nous passons en revue systématiquement les approches bioinformatiques de pointe pour analyser les données de séquençage à cellule simple et leurs applications à la MA dans 14 directions majeures, notamment 1) contrôle de qualité et normalisation, 2) réduction de dimension et extraction de caractéristiques, 3) analyse de regroupement cellulaire, 4) inférence et annotation des types cellulaires, 5) expression différentielle, 6) inférence de trajectoire, 7) analyse des variations du nombre de copies, 8) intégration de l'omique multi-cellulaire à cellule simple, 9) analyse épigénomique, 10) inférence de réseaux géniques, 11) priorisation des sous-populations cellulaires, 12) analyse intégrative des données sc-RNA-seq humaines et murines, 13) transcriptomique spatiale, et 14) comparaison des études de modèles murins de MA à cellule simple et des études humaines de MA à cellule simple. Nous abordons également les défis liés à l'utilisation de tissus post-mortem humains et de tissus murins et délinons les développements futurs de l'analyse des données de séquençage à cellule simple. Importamment, nous avons mis en œuvre notre flux de travail recommandé pour chaque direction analytique majeure et l'avons appliqué à un grand jeu de données de séquençage d'ARN à noyau unique (snRNA-seq) dans la MA. Les résultats analytiques clés sont rapportés tandis que les scripts et les données sont partagés avec la communauté de recherche via GitHub. En résumé, cette revue complète fournit des aperçus sur diverses approches pour analyser les données de séquençage à cellule simple et offre des directives spécifiques pour la conception d'études et diverses directions analytiques. La revue et les outils logiciels accompagnateurs serviront de ressource précieuse pour étudier les mécanismes cellulaires et moléculaires de la MA, d'autres maladies ou systèmes biologiques au niveau de la cellule simple.

@article{doi101186s1302402200517z,
    author = "Wang, Minghui et Song, Won‐Min et Chen, Ming et Wang, Qian et Zhou, Xianxiao et Xu, Peng et Krek, Azra et Yoon, Yonejung et Ho, Lap et Orr, Miranda E. et Yuan, Guo‐Cheng et Zhang, Bin",
    title = "Guidelines for bioinformatics of single-cell sequencing data analysis in Alzheimer’s disease: review, recommendation, implementation and application",
    year = "2022",
    journal = "Molecular Neurodegeneration",
    abstract = "La maladie d'Alzheimer (MA) est la forme la plus courante de démence, caractérisée par un déficit cognitif progressif et une neurodégénérescence. De nombreuses études cliniques et génomiques ont révélé des biomarqueurs, des facteurs de risque, des voies et des cibles de la MA au cours de la dernière décennie. Cependant, la base moléculaire exacte du développement et de la progression de la MA reste inconnue. La technologie émergente de séquençage à cellule simple peut potentiellement fournir des aperçus au niveau cellulaire de la maladie. Ici, nous passons en revue systématiquement les approches bioinformatiques de pointe pour analyser les données de séquençage à cellule simple et leurs applications à la MA dans 14 directions majeures, notamment 1) contrôle de qualité et normalisation, 2) réduction de dimension et extraction de caractéristiques, 3) analyse de regroupement cellulaire, 4) inférence et annotation des types cellulaires, 5) expression différentielle, 6) inférence de trajectoire, 7) analyse des variations du nombre de copies, 8) intégration de l'omique multi-cellulaire à cellule simple, 9) analyse épigénomique, 10) inférence de réseaux géniques, 11) priorisation des sous-populations cellulaires, 12) analyse intégrative des données sc-RNA-seq humaines et murines, 13) transcriptomique spatiale, et 14) comparaison des études de modèles murins de MA à cellule simple et des études humaines de MA à cellule simple. Nous abordons également les défis liés à l'utilisation de tissus post-mortem humains et de tissus murins et délinons les développements futurs de l'analyse des données de séquençage à cellule simple. Importamment, nous avons mis en œuvre notre flux de travail recommandé pour chaque direction analytique majeure et l'avons appliqué à un grand jeu de données de séquençage d'ARN à noyau unique (snRNA-seq) dans la MA. Les résultats analytiques clés sont rapportés tandis que les scripts et les données sont partagés avec la communauté de recherche via GitHub. En résumé, cette revue complète fournit des aperçus sur diverses approches pour analyser les données de séquençage à cellule simple et offre des directives spécifiques pour la conception d'études et diverses directions analytiques. La revue et les outils logiciels accompagnateurs serviront de ressource précieuse pour étudier les mécanismes cellulaires et moléculaires de la MA, d'autres maladies ou systèmes biologiques au niveau de la cellule simple.",
    url = "https://doi.org/10.1186/s13024-022-00517-z",
    doi = "10.1186/s13024-022-00517-z",
    openalex = "W4214892207",
    references = "doi101038s12276020005280"
}

@article{doi10100797810716305252,
    author = "Ghasemi, Mahshid et Liang, Sisi et Luu, Quang Minh et Kempson, Ivan M.",
    title = "The MTT Assay : Une méthode pour la minimisation des erreurs et l'interprétation lors de la mesure de la cytotoxicité et de l'estimation de la viabilité cellulaire",
    year = "2023",
    journal = "Methods in molecular biology",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-1-0716-3052-5\_2",
    doi = "10.1007/978-1-0716-3052-5\_2",
    openalex = "W4371783751",
    references = "doi103390ijms222312827"
}

La production de viande cultivée nécessite un milieu de culture cellulaire sans sérum efficace, robuste et hautement optimisé pour le redimensionnement nécessaire de l'expansion des cellules musculaires. Les formulations existantes de milieux sans sérum sont complexes, coûteuses et n'ont pas été optimisées pour les cellules musculaires. Ainsi, nous avons entrepris ce travail pour développer un milieu sans sérum simple et robuste pour la prolifération des cellules satellites bovines (SC) par la conception d'expériences (DOE) et la méthodologie de la surface de réponse (RSM) en utilisant une cytométrie basée sur l'image précise et à haut débit. Les attributs prolifératifs ont été étudiés par transcriptomique et les performances à long terme ont été validées à l'aide de plusieurs essais sur cellules vivantes. Ici, nous avons formulé un milieu basé sur trois composants hautement optimisés : FGF2 (2 ng/mL), fétuine (600 µg/mL) et BSA (75 µg/mL), qui, associés à un supplément insuline-transferrine-sélénium (1x), ont soutenu la prolifération des cellules satellites bovines, des cellules satellites porcines et des cellules musculaires murines C2C12. Étonnamment, les cellules cultivées dans notre milieu nommé Tri-basal 2.0+ ont mieux performé que les cellules cultivées dans 10% de FBS, en ce qui concerne la prolifération. Par conséquent, le Tri-basal 2.0+ optimisé a amélioré l'adhésion cellulaire sans sérum et la prolifération à long terme, offrant une solution alternative à l'utilisation de FBS dans la production de viande cultivée.

@article{doi101016jfoodres2023113194,
    author = "Skrivergaard, Stig et Young, J.F. et Sahebekhtiari, Navid et Semper, Cameron et Venkatesan, Meenakshi et Savchenko, Alexei et Stogios, P.J. et Therkildsen, Margrethe et Rasmussen, Martin Krøyer",
    title = "A simple and robust serum-free media for the proliferation of muscle cells",
    year = "2023",
    journal = "Food Research International",
    abstract = "La production de viande cultivée nécessite un milieu de culture cellulaire sans sérum efficace, robuste et hautement optimisé pour le redimensionnement nécessaire de l'expansion des cellules musculaires. Les formulations existantes de milieux sans sérum sont complexes, coûteuses et n'ont pas été optimisées pour les cellules musculaires. Ainsi, nous avons entrepris ce travail pour développer un milieu sans sérum simple et robuste pour la prolifération des cellules satellites bovines (SC) par la conception d'expériences (DOE) et la méthodologie de la surface de réponse (RSM) en utilisant une cytométrie basée sur l'image précise et à haut débit. Les attributs prolifératifs ont été étudiés par transcriptomique et les performances à long terme ont été validées à l'aide de plusieurs essais sur cellules vivantes. Ici, nous avons formulé un milieu basé sur trois composants hautement optimisés : FGF2 (2 ng/mL), fétuine (600 µg/mL) et BSA (75 µg/mL), qui, associés à un supplément insuline-transferrine-sélénium (1x), ont soutenu la prolifération des cellules satellites bovines, des cellules satellites porcines et des cellules musculaires murines C2C12. Étonnamment, les cellules cultivées dans notre milieu nommé Tri-basal 2.0+ ont mieux performé que les cellules cultivées dans 10\% de FBS, en ce qui concerne la prolifération. Par conséquent, le Tri-basal 2.0+ optimisé a amélioré l'adhésion cellulaire sans sérum et la prolifération à long terme, offrant une solution alternative à l'utilisation de FBS dans la production de viande cultivée.",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.foodres.2023.113194",
    doi = "10.1016/j.foodres.2023.113194",
    openalex = "W4382559755",
    references = "doi103390ijms222312827"
}

Déduire les réseaux de régulation génique (NRG) constitue un défi fondamental en biologie visant à élucider les relations complexes entre les gènes et leurs régulateurs. La décryptage de ces réseaux joue un rôle crucial dans la compréhension des interactions régulatrices sous-jacentes qui pilotent de nombreux processus cellulaires et maladies. Les récentes avancées en technologie de séquençage ont conduit au développement de méthodes d'inférence de NRG de pointe exploitant des données multi-omiques à l'échelle de la cellule unique appariées. En employant diverses méthodologies mathématiques et statistiques, ces méthodes visent à reconstruire des réseaux de régulation génique plus complets et précis. Dans cette revue, nous donnons un bref aperçu des fondements statistiques et méthodologiques couramment utilisés dans les méthodes d'inférence de NRG. Nous comparons ensuite et contrastons les dernières méthodes d'inférence de NRG de pointe pour les données multi-omiques appariées à l'échelle de la cellule unique, et discutons de leurs hypothèses, limites et opportunités. Enfin, nous abordons les défis et les perspectives futures qui promettent d'apporter d'autres avancées dans ce domaine en rapide évolution.

@article{doi101038s41540023003126,
    author = "Kim, Daniel et Tran, Andy et Kim, Hani Jieun et Lin, Yingxin et Yang, Jean et Yang, Pengyi",
    title = "Reconstruction de réseaux de régulation génique : exploiter la puissance des données multi-omiques à l'échelle de la cellule unique",
    year = "2023",
    journal = "npj Systems Biology and Applications",
    abstract = "Déduire les réseaux de régulation génique (NRG) constitue un défi fondamental en biologie visant à élucider les relations complexes entre les gènes et leurs régulateurs. La décryptage de ces réseaux joue un rôle crucial dans la compréhension des interactions régulatrices sous-jacentes qui pilotent de nombreux processus cellulaires et maladies. Les récentes avancées en technologie de séquençage ont conduit au développement de méthodes d'inférence de NRG de pointe exploitant des données multi-omiques à l'échelle de la cellule unique appariées. En employant diverses méthodologies mathématiques et statistiques, ces méthodes visent à reconstruire des réseaux de régulation génique plus complets et précis. Dans cette revue, nous donnons un bref aperçu des fondements statistiques et méthodologiques couramment utilisés dans les méthodes d'inférence de NRG. Nous comparons ensuite et contrastons les dernières méthodes d'inférence de NRG de pointe pour les données multi-omiques appariées à l'échelle de la cellule unique, et discutons de leurs hypothèses, limites et opportunités. Enfin, nous abordons les défis et les perspectives futures qui promettent d'apporter d'autres avancées dans ce domaine en rapide évolution.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41540-023-00312-6",
    doi = "10.1038/s41540-023-00312-6",
    openalex = "W4387774515",
    references = "doi101038s12276020005280"
}

CONTEXTE : L'embryogenèse somatique est un processus majeur pour la régénération des plantes. Cependant, la communication cellulaire et le réseau de régulation génétique responsable de la reprogrammation cellulaire pendant l'embryogenèse somatique restent largement obscurs. Les récentes avancées dans les technologies à cellule unique nous permettent d'explorer le mécanisme de la régénération végétale à résolution unicellulaire. RÉSULTATS : Nous générons un paysage transcriptomique à haute résolution de tissu hypocotylaire provenant du génotype de coton très régénérable Jin668 et du TM-1 récalcitrant. Nous identifions neuf clusters cellulaires putatifs et 23 gènes marqueurs spécifiques de cluster pour les deux cultivars. Nous constatons que la cellule vasculaire primaire est le type cellulaire majeur qui subit une transition de destin cellulaire en réponse à une stimulation externe. Une analyse plus approfondie des trajectoires de développement et du réseau de régulation génétique de ces clusters cellulaires révèle qu'un total de 41 gènes liés à la réponse aux hormones, dont LAX2, LAX1 et LOX3, présentent des motifs d'expression différents dans la région de l'aubier primaire et du cambium de Jin668 et TM-1. Nous identifions également de nouveaux gènes, dont CSEF, PIS1, AFB2, ATHB2, PLC2 et PLT3, impliqués dans la régénération. Nous démontrons que LAX2, LAX1 et LOX3 jouent des rôles importants dans la prolifération du cal et la régénération végétale par édition CRISPR/Cas9 et essai de surexpression. CONCLUSIONS : Cette étude fournit de nouvelles perspectives sur le rôle du réseau de régulation dans la transition de destin cellulaire et la reprogrammation pendant la régénération végétale pilotée par l'embryogenèse somatique.

@article{doi101186s13059023030326,
    author = "Zhu, Xiangqian et Xu, Zhongping et Wang, Guanying et Cong, Yulong et Lu, Yu et Jia, Ruoyu et Qin, Yuan et Zhang, Guangyu et Li, Bo et Yuan, Daojun et Tu, Lili et Yang, Xiyan et Lindsey, Keith et Zhang, Xianlong et Jin, Shuangxia",
    title = "Single-cell resolution analysis reveals the preparation for reprogramming the fate of stem cell niche in cotton lateral meristem",
    year = "2023",
    journal = "Genome biology",
    abstract = "CONTEXTE : L'embryogenèse somatique est un processus majeur pour la régénération des plantes. Cependant, la communication cellulaire et le réseau de régulation génétique responsable de la reprogrammation cellulaire pendant l'embryogenèse somatique restent largement obscurs. Les récentes avancées dans les technologies à cellule unique nous permettent d'explorer le mécanisme de la régénération végétale à résolution unicellulaire. RÉSULTATS : Nous générons un paysage transcriptomique à haute résolution de tissu hypocotylaire provenant du génotype de coton très régénérable Jin668 et du TM-1 récalcitrant. Nous identifions neuf clusters cellulaires putatifs et 23 gènes marqueurs spécifiques de cluster pour les deux cultivars. Nous constatons que la cellule vasculaire primaire est le type cellulaire majeur qui subit une transition de destin cellulaire en réponse à une stimulation externe. Une analyse plus approfondie des trajectoires de développement et du réseau de régulation génétique de ces clusters cellulaires révèle qu'un total de 41 gènes liés à la réponse aux hormones, dont LAX2, LAX1 et LOX3, présentent des motifs d'expression différents dans la région de l'aubier primaire et du cambium de Jin668 et TM-1. Nous identifions également de nouveaux gènes, dont CSEF, PIS1, AFB2, ATHB2, PLC2 et PLT3, impliqués dans la régénération. Nous démontrons que LAX2, LAX1 et LOX3 jouent des rôles importants dans la prolifération du cal et la régénération végétale par édition CRISPR/Cas9 et essai de surexpression. CONCLUSIONS : Cette étude fournit de nouvelles perspectives sur le rôle du réseau de régulation dans la transition de destin cellulaire et la reprogrammation pendant la régénération végétale pilotée par l'embryogenèse somatique.",
    url = "https://doi.org/10.1186/s13059-023-03032-6",
    doi = "10.1186/s13059-023-03032-6",
    openalex = "W4386167342",
    references = "doi101038s12276020005280"
}

Les essais de viabilité cellulaire et de cytotoxicité jouent un rôle crucial dans le criblage de médicaments et l'évaluation des effets cytotoxiques de divers produits chimiques. La quantification de la viabilité et de la prolifération cellulaires constitue la pierre angulaire de nombreux essais in vitro qui évaluent les réponses cellulaires aux facteurs externes. Au cours de la dernière décennie, plusieurs études ont élaboré des lignes directrices pour définir et interpréter la viabilité cellulaire et la cytotoxicité sous des perspectives morphologiques, biochimiques et fonctionnelles. Alors que ce domaine continue d'expérimenter une croissance continue, révélant de nouveaux mécanismes orchestrant des voies de cytotoxicité cellulaire diversifiées, nous suggérons une classification révisée pour plusieurs essais utilisés pour évaluer la viabilité cellulaire et la mort cellulaire. Cette classification est enracinée dans le compartiment cellulaire et/ou l'élément biochimique impliqué, avec un accent particulier sur les aspects mécanistiques et essentiels du processus. Les essais sont fondés sur diverses fonctions cellulaires, englobant l'activité métabolique, l'activité enzymatique, la perméabilité et l'intégrité de la membrane cellulaire, la teneur en adénosine 5'-triphosphate, l'adhésion cellulaire, les équivalents réducteurs, l'inclusion ou l'exclusion de colorants, l'activité constitutive des protéases, la formation de colonies, la fragmentation de l'ADN et la division nucléaire. Ces essais présentent des approches simples, fiables, sensibles, reproductibles, rentables et à haut débit pour évaluer les effets des biomolécules chimiothérapeutiques nouvellement formulées sur la survie cellulaire au cours du processus de développement de médicaments.

@article{doi101002cbf4007,
    author = "Lefsih, Khalef et Lydia, Radja et Filicia, Khettar et Moussa, Berkoud",
    title = "Viabilité cellulaire et essais de cytotoxicité : éléments biochimiques et compartiments cellulaires",
    year = "2024",
    journal = "Cell Biochemistry and Function",
    abstract = "Les essais de viabilité cellulaire et de cytotoxicité jouent un rôle crucial dans le criblage de médicaments et l'évaluation des effets cytotoxiques de divers produits chimiques. La quantification de la viabilité et de la prolifération cellulaires constitue la pierre angulaire de nombreux essais in vitro qui évaluent les réponses cellulaires aux facteurs externes. Au cours de la dernière décennie, plusieurs études ont élaboré des lignes directrices pour définir et interpréter la viabilité cellulaire et la cytotoxicité sous des perspectives morphologiques, biochimiques et fonctionnelles. Alors que ce domaine continue d'expérimenter une croissance continue, révélant de nouveaux mécanismes orchestrant des voies de cytotoxicité cellulaire diversifiées, nous suggérons une classification révisée pour plusieurs essais utilisés pour évaluer la viabilité cellulaire et la mort cellulaire. Cette classification est enracinée dans le compartiment cellulaire et/ou l'élément biochimique impliqué, avec un accent particulier sur les aspects mécanistiques et essentiels du processus. Les essais sont fondés sur diverses fonctions cellulaires, englobant l'activité métabolique, l'activité enzymatique, la perméabilité et l'intégrité de la membrane cellulaire, la teneur en adénosine 5'-triphosphate, l'adhésion cellulaire, les équivalents réducteurs, l'inclusion ou l'exclusion de colorants, l'activité constitutive des protéases, la formation de colonies, la fragmentation de l'ADN et la division nucléaire. Ces essais présentent des approches simples, fiables, sensibles, reproductibles, rentables et à haut débit pour évaluer les effets des biomolécules chimiothérapeutiques nouvellement formulées sur la survie cellulaire au cours du processus de développement de médicaments.",
    url = "https://doi.org/10.1002/cbf.4007",
    doi = "10.1002/cbf.4007",
    openalex = "W4394595909",
    references = "doi101002fft244, doi103390ijms222312827"
}

La croissance exponentielle des big data en biologie de l'ARN (RB) a conduit au développement de modèles d'apprentissage profond (DL) qui ont permis des découvertes cruciales. Comme constamment démontré par les études de DL dans d'autres domaines, la mise en œuvre réussie de la DL en RB dépend fortement de l'utilisation efficace de grands ensembles de données provenant de bases de données publiques. Dans la réalisation de cet objectif, les méthodes d'encodage des données, les algorithmes d'apprentissage et les techniques qui s'alignent bien sur les connaissances du domaine biologique ont joué un rôle pivot. Dans cette revue, nous fournissons des principes directeurs pour l'application de ces concepts de DL à divers problèmes en RB en démontrant des exemples réussis et les méthodologies associées. Nous discutons également des défis restants dans le développement de modèles de DL pour la RB et suggérons des stratégies pour surmonter ces défis. Dans l'ensemble, cette revue vise à mettre en lumière le potentiel prometteur de la DL pour la RB et les moyens d'appliquer cette technologie puissante pour étudier plus efficacement la biologie intrigante de l'ARN.

@article{doi101038s1227602401243w,
    author = "Hwang, Hyeonseo et Jeon, Hyeonseong et Yeo, Nagyeong et Baek, Daehyun",
    title = "Big data et apprentissage profond pour la biologie de l'ARN",
    year = "2024",
    journal = "Experimental \& Molecular Medicine",
    abstract = "La croissance exponentielle des big data en biologie de l'ARN (RB) a conduit au développement de modèles d'apprentissage profond (DL) qui ont permis des découvertes cruciales. Comme constamment démontré par les études de DL dans d'autres domaines, la mise en œuvre réussie de la DL en RB dépend fortement de l'utilisation efficace de grands ensembles de données provenant de bases de données publiques. Dans la réalisation de cet objectif, les méthodes d'encodage des données, les algorithmes d'apprentissage et les techniques qui s'alignent bien sur les connaissances du domaine biologique ont joué un rôle pivot. Dans cette revue, nous fournissons des principes directeurs pour l'application de ces concepts de DL à divers problèmes en RB en démontrant des exemples réussis et les méthodologies associées. Nous discutons également des défis restants dans le développement de modèles de DL pour la RB et suggérons des stratégies pour surmonter ces défis. Dans l'ensemble, cette revue vise à mettre en lumière le potentiel prometteur de la DL pour la RB et les moyens d'appliquer cette technologie puissante pour étudier plus efficacement la biologie intrigante de l'ARN.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s12276-024-01243-w",
    doi = "10.1038/s12276-024-01243-w",
    openalex = "W4399691497",
    references = "doi101038s12276020005280"
}

Ces dernières années, des avancées significatives en biochimie, science des matériaux, ingénierie et tests assistés par ordinateur ont conduit au développement d'outils à haut débit pour le profilage des informations génétiques. Les technologies de séquençage ARN à cellule unique (scRNA-seq) se sont imposées comme des outils clés pour disséquer les séquences génétiques au niveau des cellules individuelles. Ces technologies révèlent la diversité cellulaire et permettent d'explorer les états cellulaires et les transformations avec une résolution exceptionnelle. Contrairement au séquençage en masse, qui fournit des données moyennées sur les populations, le scRNA-seq peut détecter des sous-types cellulaires ou des variations d'expression génique qui seraient autrement négligées. Cependant, une limitation majeure du scRNA-seq est son incapacité à préserver les informations spatiales concernant le transcriptome ARN, car le processus nécessite la dissociation des tissus et l'isolement des cellules. La transcriptomique spatiale constitue une avancée majeure en biotechnologie médicale, facilitant l'identification de molécules telles que l'ARN dans leur contexte spatial original au sein de coupes tissulaires au niveau de la cellule unique. Cette capacité offre un avantage substantiel par rapport aux techniques traditionnelles de séquençage à cellule unique. La transcriptomique spatiale offre des aperçus précieux dans un large éventail de domaines biomédicaux, notamment la neurologie, l'embryologie, la recherche sur le cancer, l'immunologie et l'histologie. Cette revue met en lumière les approches de séquençage à cellule unique, les développements technologiques récents, les défis associés, les diverses techniques d'analyse des données d'expression et leurs applications dans des disciplines telles que la recherche sur le cancer, la microbiologie, les neurosciences, la biologie reproductive et l'immunologie. Elle met en évidence le rôle crucial des outils de séquençage à cellule unique dans la caractérisation de la nature dynamique des cellules individuelles.

@article{doi103389abp202513922,
    author = "Desta, Getnet Molla et Birhanu, Alemayehu Godana",
    title = "Avancées dans le séquençage ARN à cellule unique et la transcriptomique spatiale : transformation de la recherche biomédicale",
    year = "2025",
    journal = "Acta Biochimica Polonica",
    abstract = "Ces dernières années, des avancées significatives en biochimie, science des matériaux, ingénierie et tests assistés par ordinateur ont conduit au développement d'outils à haut débit pour le profilage des informations génétiques. Les technologies de séquençage ARN à cellule unique (scRNA-seq) se sont imposées comme des outils clés pour disséquer les séquences génétiques au niveau des cellules individuelles. Ces technologies révèlent la diversité cellulaire et permettent d'explorer les états cellulaires et les transformations avec une résolution exceptionnelle. Contrairement au séquençage en masse, qui fournit des données moyennées sur les populations, le scRNA-seq peut détecter des sous-types cellulaires ou des variations d'expression génique qui seraient autrement négligées. Cependant, une limitation majeure du scRNA-seq est son incapacité à préserver les informations spatiales concernant le transcriptome ARN, car le processus nécessite la dissociation des tissus et l'isolement des cellules. La transcriptomique spatiale constitue une avancée majeure en biotechnologie médicale, facilitant l'identification de molécules telles que l'ARN dans leur contexte spatial original au sein de coupes tissulaires au niveau de la cellule unique. Cette capacité offre un avantage substantiel par rapport aux techniques traditionnelles de séquençage à cellule unique. La transcriptomique spatiale offre des aperçus précieux dans un large éventail de domaines biomédicaux, notamment la neurologie, l'embryologie, la recherche sur le cancer, l'immunologie et l'histologie. Cette revue met en lumière les approches de séquençage à cellule unique, les développements technologiques récents, les défis associés, les diverses techniques d'analyse des données d'expression et leurs applications dans des disciplines telles que la recherche sur le cancer, la microbiologie, les neurosciences, la biologie reproductive et l'immunologie. Elle met en évidence le rôle crucial des outils de séquençage à cellule unique dans la caractérisation de la nature dynamique des cellules individuelles.",
    url = "https://doi.org/10.3389/abp.2025.13922",
    doi = "10.3389/abp.2025.13922",
    openalex = "W4407184228",
    references = "doi101038s12276020005280"
}

Les cellules souches squelettiques (SSCs) sont bien caractérisées chez l'humain et la souris, offrant des aperçus précieux sur le développement et la régénération osseuse. Cependant, leur identification chez les volailles, en particulier chez les embryons de poulet, reste limitée. Dans la présente étude, nous avons utilisé un profilage transcriptomique à l'échelle de la cellule unique pour comparer la composition cellulaire et la fonctionnalité des bourgeons de membres embryonnaires humains et de poulet. Notre analyse interespèces a révélé une forte conservation des types cellulaires clés, tels que les progéniteurs mésenchymateux et ostéochondraux, ainsi qu'une hétérogénéité notable des profils d'expression génique individuels. Nous avons identifié les motifs d'expression génique conservés et spécifiques à l'espèce chez les SSC de poulet. L'analyse de l'expression différentielle combinée à l'Ontologie des gènes (GO), aux voies de Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) et aux réseaux d'interaction protéine-protéine (PPI) suggère que COL5A2, COL1A2, PRRX1 et TGFβ2 pourraient servir de régulateurs clés des SSC de poulet. Des tests d'immunofluorescence ont confirmé la localisation prédominante de ces gènes dans la région périostée, avec une expression mineure dans les centres d'ossification primaire. Cette étude améliore notre compréhension de la diversité cellulaire dans les bourgeons de membres embryonnaires de poulet et met en évidence des mécanismes conservés et divergents entre les espèces, offrant des perspectives pour les futures recherches sur les SSC et le choix de modèles animaux en biologie squelettique.

@article{doi101371journalpone0346514,
    author = "Zhao, Ruohan et Jian, Zonghui et Yang, Fangxiao et Wang, Kun et Liu, Lixian et Xu, Zhiqiang et Jia, Junjing et Dou, Tengfei et He, Xiaoming",
    title = "Single-cell profiling unveils key regulators of skeletal stem cells in chicken and human embryonic limb development.",
    year = "2026",
    journal = "PloS one",
    abstract = "Les cellules souches squelettiques (SSCs) sont bien caractérisées chez l'humain et la souris, offrant des aperçus précieux sur le développement et la régénération osseuse. Cependant, leur identification chez les volailles, en particulier chez les embryons de poulet, reste limitée. Dans la présente étude, nous avons utilisé un profilage transcriptomique à l'échelle de la cellule unique pour comparer la composition cellulaire et la fonctionnalité des bourgeons de membres embryonnaires humains et de poulet. Notre analyse interespèces a révélé une forte conservation des types cellulaires clés, tels que les progéniteurs mésenchymateux et ostéochondraux, ainsi qu'une hétérogénéité notable des profils d'expression génique individuels. Nous avons identifié les motifs d'expression génique conservés et spécifiques à l'espèce chez les SSC de poulet. L'analyse de l'expression différentielle combinée à l'Ontologie des gènes (GO), aux voies de Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) et aux réseaux d'interaction protéine-protéine (PPI) suggère que COL5A2, COL1A2, PRRX1 et TGFβ2 pourraient servir de régulateurs clés des SSC de poulet. Des tests d'immunofluorescence ont confirmé la localisation prédominante de ces gènes dans la région périostée, avec une expression mineure dans les centres d'ossification primaire. Cette étude améliore notre compréhension de la diversité cellulaire dans les bourgeons de membres embryonnaires de poulet et met en évidence des mécanismes conservés et divergents entre les espèces, offrant des perspectives pour les futures recherches sur les SSC et le choix de modèles animaux en biologie squelettique.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42048409/",
    doi = "10.1371/journal.pone.0346514",
    pmid = "42048409"
}

@misc{sadguna2026cellular,
    author = "Sadguna, V.",
    title = "Biologie cellulaire",
    year = "2026",
    url = "https://doi.org/10.70593/978-93-7185-293-7",
    doi = "10.70593/978-93-7185-293-7"
}

@misc{crossrefNoneinternational,
    title = "International Journal of Cell Biology and Cellular Functions",
    year = "None",
    url = "https://doi.org/10.37591/ijcbcf",
    doi = "10.37591/ijcbcf",
    openalex = "W4379209419"
}

@misc{crossrefNonejournal,
    title = "Journal of Cellular Toxicology and Cell Biology",
    year = "None",
    url = "https://doi.org/10.29199/ctcb",
    doi = "10.29199/ctcb",
    openalex = "W4252752144"
}