Chordés

@article{bateson1886the,
    author = "Bateson, William",
    title = "The Ancestry of the Chordata",
    year = "1886",
    journal = "Journal of Cell Science",
    url = "https://doi.org/10.1242/jcs.s2-26.104.535",
    doi = "10.1242/jcs.s2-26.104.535",
    number = "104",
    openalex = "W2572595438",
    pages = "535-572",
    volume = "S2-26"
}

@article{bateson1886the3,
    author = "Bateson, W",
    title = "The ancestry of the Chordata",
    year = "1886",
    journal = "Quarterly Journal of Microscopical Science, v. 26, p. 535-571",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Bateson, W., 1886, The ancestry of the Chordata: Quarterly Journal of Microscopical Science, v. 26, p. 535-571.}"
}

@misc{garstang1894preliminary6,
    author = "Garstang, W",
    title = "Note préliminaire sur une nouvelle théorie de la phylogénie des Chordata",
    year = "1894",
    howpublished = "Zoologischer Anzeiger, v. 17, p. 122-125",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Garstang, W., 1894, Note préliminaire sur une nouvelle théorie de la phylogénie des Chordata: Zoologischer Anzeiger, v. 17, p. 122-125.}"
}

@misc{gaskell1908the8,
    author = "Gaskell, W. H",
    title = "L'Origine des Vertébrés",
    year = "1908",
    howpublished = "Londres, Longman",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Gaskell, W. H., 1908, L'Origine des Vertébrés: Londres, Longman.}"
}

@article{garstang1928the7,
    author = "Garstang, W",
    title = "La morphologie des Tunicata et ses implications pour la phylogénie des Chordata",
    year = "1928",
    journal = "Quarterly Journal of Microscopical Science, v. 72, p. 51-187",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Garstang, W., 1928, La morphologie des Tunicata et ses implications pour la phylogénie des Chordata : Quarterly Journal of Microscopical Science, v. 72, p. 51-187.}"
}

@article{barrington1938the1,
    author = "Barrington, E. J. W",
    title = "Le système digestif d'Amphioxus (Branchiostoma) lanceolatus",
    year = "1938",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society, London B, v. 228, p. 269-311",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Barrington, E. J. W., 1938, Le système digestif d'Amphioxus (Branchiostoma) lanceolatus : Philosophical Transactions of the Royal Society, London B, v. 228, p. 269-311.}"
}

@article{barrington1940observations2,
    author = "Barrington, E. J. W",
    title = "Observations sur l'alimentation et la digestion chez Glossobalanus minutus",
    year = "1940",
    journal = "Quarterly Journal of Microscopical Science, v. 82, p. 227-260",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Barrington, E. J. W., 1940, Observations sur l'alimentation et la digestion chez Glossobalanus minutus: Quarterly Journal of Microscopical Science, v. 82, p. 227-260.}"
}

@article{crossref1951the,
    title = "Les Chordés",
    year = "1951",
    journal = "Gastroentérologie",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0016-5085(51)80057-x",
    doi = "10.1016/s0016-5085(51)80057-x",
    number = "1",
    openalex = "W4252394996",
    pages = "150",
    volume = "18"
}

Avec l'avènement de classifications relativement objectives, telles que les classifications phénétiques produites par les techniques opérationnelles de la taxonomie numérique (Sokal et Sneath, 1963), il était inévitable que les biologistes se demandent quelles conclusions phylogénétiques pouvaient être tirées de celles-ci et avec quelle fiabilité. Si ces taxonomies phénétiques ne reflétaient pas tous les éléments de la phylogénie (Sokal et Camin, 1965), des techniques pouvaient-elles être conçues pour déduire ces derniers ? Par exemple, des méthodes opérationnelles pouvaient-elles être conçues pour déduire les relations cladistiques entre les taxons, de sorte que, étant donné les mêmes informations initiales, différents chercheurs obtiendraient les mêmes résultats ? Par relations cladistiques, nous entendons les séquences de branchement évolutif entre les unités taxonomiques sans égard aux similarités phénétiques entre elles ou à une échelle de temps absolue. Il n'y a aucun doute que les phylogénies pourraient probablement être reconstruites sans erreur pour tout groupe taxonomique si des séquences fossiles complètes pour ce groupe étaient disponibles. Cependant, les reconstructions cladistiques peuvent-elles être réalisées avec un certain degré de 1 Ce papier a été présenté le 29 décembre 1964 lors d'un colloque intitulé « Interactions entre la taxonomie numérique et la taxonomie orthodoxe » à Knoxville, Tennessee, devant la Société de zoologie systématique.2 Contribution n°.

@article{doi101111j155856461965tb01722x,
    author = "Camin, Joseph H. et Sokal, Robert R.",
    title = "UNE MÉTHODE POUR DÉDUIRE LES SÉQUENCES DE BRANCHEMENT EN PHYLOGÉNIE",
    year = "1965",
    journal = "Évolution",
    abstract = {Avec l'avènement de classifications relativement objectives, telles que les classifications phénétiques produites par les techniques opérationnelles de la taxonomie numérique (Sokal et Sneath, 1963), il était inévitable que les biologistes se demandent quelles conclusions phylogénétiques pouvaient être tirées de celles-ci et avec quelle fiabilité. Si ces taxonomies phénétiques ne reflétaient pas tous les éléments de la phylogénie (Sokal et Camin, 1965), des techniques pouvaient-elles être conçues pour déduire ces derniers ? Par exemple, des méthodes opérationnelles pouvaient-elles être conçues pour déduire les relations cladistiques entre les taxons, de sorte que, étant donné les mêmes informations initiales, différents chercheurs obtiendraient les mêmes résultats ? Par relations cladistiques, nous entendons les séquences de branchement évolutif entre les unités taxonomiques sans égard aux similarités phénétiques entre elles ou à une échelle de temps absolue. Il n'y a aucun doute que les phylogénies pourraient probablement être reconstruites sans erreur pour tout groupe taxonomique si des séquences fossiles complètes pour ce groupe étaient disponibles. Cependant, les reconstructions cladistiques peuvent-elles être réalisées avec un certain degré de 1 Ce papier a été présenté le 29 décembre 1964 lors d'un colloque intitulé « Interactions entre la taxonomie numérique et la taxonomie orthodoxe » à Knoxville, Tennessee, devant la Société de zoologie systématique.2 Contribution n°},
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1965.tb01722.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1965.tb01722.x",
    openalex = "W2120653759",
    references = "doi101038202147a0, doi1015159783112551080005, doi1023071377831, doi1023072411550, doi1023072411730, doi104324978020376680411, doi105962bhltitle84425, openalexw1541749163, openalexw3201999275"
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@article{doi101111j155856461965tb01734x,
    author = "Dillon, L.",
    title = "THE HYDROCOEL ET L'ANCESTRALITÉ DES CHORDÉS",
    year = "1965",
    journal = "Évolution",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1965.tb01734.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1965.tb01734.x",
    is_oa = "true",
    number = "3",
    pages = "436-446",
    semanticscholar_citation_count = "6",
    semanticscholar_id = "d372bec96512a803a7bf29e0d2a6dc93a163a468",
    volume = "19"
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@article{crossref1973palaeozoology,
    title = "Paléozoologie : Ascendance des Chordés",
    year = "1973",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/245123c0",
    doi = "10.1038/245123c0",
    number = "5421",
    pages = "123-124",
    volume = "245"
}

Lagynocystis pyramidalis (Barrande) du Lower Ordovician marin de Bohême (Formation de Šárka (Llanvirn)) présente des caractéristiques qui suggèrent qu'il est ancestral, ou presque, aux céphalochordés vivants tels que l'amphioxus (Branchiostoma). L. pyramidalis appartient à un groupe étrange de fossiles classés par certains chercheurs comme échinodermes « carpoides » (phylum Echinodermata, sous-phylum Homalozoa, classe Stylophora). Ils sont mieux considérés, cependant, comme des chordés primitifs avec des affinités échinodermes (phylum Chordata, sous-phylum Calcichordata Jefferies, 1967, classe Stylophora). La caractéristique la plus frappante des calcichordés ressemblant à des échinodermes est leur squelette en calcite, chaque plaque étant un seul cristal de calcite. Leurs caractères chordés incluent : (1) des fentes branchiales ; (2) une queue post-anale (tige) avec des blocs musculaires, un notochord, un cordon nerveux dorsal et des ganglions segmentaires ; (3) un cerveau et un système nerveux crânien semblables à ceux d'un poisson ; et (4) diverses asymétries comme celles des chordés primitifs récents. Les calcichordés sont divisés en un ordre plus primitif, Cornuta, et un ordre plus avancé Mitrata, qui a évolué à partir de Cornuta. L. pyramidalis est un membre spécialisé de l'ordre Mitrata. Les formes jusqu'à présent associées à lui dans la sous-ordre Lagynocystida des Mitrata sont mieux séparées de lui pour former une nouvelle sous-ordre Peltocystida (Kirkocystidae plus Peltocystidae). Les caractéristiques qui rattachent L. pyramidalis à l'amphioxus sont les suivantes : (1) un atrium ventral médian s'ouvrant par un atriopore ventral médian ; (2) un coelom postérieur probablement excréteur qui pourrait donner naissance aux néphridies de l'amphioxus par une croissance ascendante des fentes branchiales ; (3) des preuves que l'anus s'ouvrait extérieurement sur le côté gauche ; (4) des preuves que la bouche et la cavité buccale étaient innervées plus fortement du côté gauche que du côté droit ; (5) des preuves suggérant que, s'il nageait, L. pyramidalis tournerait autour de son axe longitudinal, dans le sens horaire vu de derrière, comme l'amphioxus larvaire tardif et les tunicaires larvaires. Les caractéristiques amphioxus-like de L. pyramidalis sont imposées sur le schéma d'un mitrate très primitif. Il existait donc : (1) un cerveau bien développé et les nerfs crâniens étaient plus du type vertébré que ceux de l'amphioxus ; (2) des ouvertures branchiales gauche et droite en plus de l'atriopore médian ; et (3) la queue ou la tige avait des ganglions segmentaires paires. Le dernier ancêtre commun des vertébrés et de l'amphioxus serait un mitrate primitif. Il s'ensuit, puisque Lagynocystis avait un squelette en calcite, que ce type de squelette a été perdu au moins deux fois dans l'évolution des chordés.

@article{doi101098rstb19730032,
    author = "Jefferies, R.",
    title = "The Ordovician Fossil Lagynocystis pyramidalis (Barrande) and the Ancestry of Amphioxus",
    year = "1973",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B",
    abstract = "Lagynocystis pyramidalis (Barrande) du Lower Ordovician marin de Bohême (Formation de Šárka (Llanvirn)) présente des caractéristiques qui suggèrent qu'il est ancestral, ou presque, aux céphalochordés vivants tels que l'amphioxus (Branchiostoma). L. pyramidalis appartient à un groupe étrange de fossiles classés par certains chercheurs comme échinodermes « carpoides » (phylum Echinodermata, sous-phylum Homalozoa, classe Stylophora). Ils sont mieux considérés, cependant, comme des chordés primitifs avec des affinités échinodermes (phylum Chordata, sous-phylum Calcichordata Jefferies, 1967, classe Stylophora). La caractéristique la plus frappante des calcichordés ressemblant à des échinodermes est leur squelette en calcite, chaque plaque étant un seul cristal de calcite. Leurs caractères chordés incluent : (1) des fentes branchiales ; (2) une queue post-anale (tige) avec des blocs musculaires, un notochord, un cordon nerveux dorsal et des ganglions segmentaires ; (3) un cerveau et un système nerveux crânien semblables à ceux d'un poisson ; et (4) diverses asymétries comme celles des chordés primitifs récents. Les calcichordés sont divisés en un ordre plus primitif, Cornuta, et un ordre plus avancé Mitrata, qui a évolué à partir de Cornuta. L. pyramidalis est un membre spécialisé de l'ordre Mitrata. Les formes jusqu'à présent associées à lui dans la sous-ordre Lagynocystida des Mitrata sont mieux séparées de lui pour former une nouvelle sous-ordre Peltocystida (Kirkocystidae plus Peltocystidae). Les caractéristiques qui rattachent L. pyramidalis à l'amphioxus sont les suivantes : (1) un atrium ventral médian s'ouvrant par un atriopore ventral médian ; (2) un coelom postérieur probablement excréteur qui pourrait donner naissance aux néphridies de l'amphioxus par une croissance ascendante des fentes branchiales ; (3) des preuves que l'anus s'ouvrait extérieurement sur le côté gauche ; (4) des preuves que la bouche et la cavité buccale étaient innervées plus fortement du côté gauche que du côté droit ; (5) des preuves suggérant que, s'il nageait, L. pyramidalis tournerait autour de son axe longitudinal, dans le sens horaire vu de derrière, comme l'amphioxus larvaire tardif et les tunicaires larvaires. Les caractéristiques amphioxus-like de L. pyramidalis sont imposées sur le schéma d'un mitrate très primitif. Il existait donc : (1) un cerveau bien développé et les nerfs crâniens étaient plus du type vertébré que ceux de l'amphioxus ; (2) des ouvertures branchiales gauche et droite en plus de l'atriopore médian ; et (3) la queue ou la tige avait des ganglions segmentaires paires. Le dernier ancêtre commun des vertébrés et de l'amphioxus serait un mitrate primitif. Il s'ensuit, puisque Lagynocystis avait un squelette en calcite, que ce type de squelette a été perdu au moins deux fois dans l'évolution des chordés.",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/ca5b8f2f3a69f4cfcceb8adb101609f40eb57b2e",
    doi = "10.1098/RSTB.1973.0032",
    is_oa = "true",
    number = "871",
    pages = "409-469",
    semanticscholar_citation_count = "50",
    semanticscholar_id = "ca5b8f2f3a69f4cfcceb8adb101609f40eb57b2e",
    volume = "265"
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Lagynocystis pyramidalis (Barrande) du Lower Ordovician marin de Bohême (Formation de Šárka (Llanvirn)) présente des caractéristiques qui suggèrent qu'il est ancestral, ou presque, aux céphalochordés vivants tels que l'amphioxus (Branchiostoma). L. pyramidalis appartient à un groupe étrange de fossiles classés par certains chercheurs comme échinodermes « carpoides » (phylum Echinodermata, sous-phylum Homalozoa, classe Stylophora). Ils sont mieux considérés, cependant, comme des chordés primitifs avec affinités échinodermes (phylum Chordata, sous-phylum Calcichordata Jefferies, 1967, classe Stylophora). La caractéristique la plus frappante ressemblant à un échinoderme chez les calcichordés est leur squelette en calcite, chaque plaque étant un seul cristal de calcite. Leurs caractères chordés incluent : (1) des fentes branchiales ; (2) une queue post-anale (tige) avec des blocs musculaires, un notochorde, un cordon nerveux dorsal et des ganglions segmentaires ; (3) un cerveau et un système nerveux crânien semblables à ceux d'un poisson ; et (4) diverses asymétries comme celles des chordés primitifs récents. Les calcichordés sont divisés en un ordre plus primitif, Cornuta, et un ordre plus avancé, Mitrata, qui a évolué à partir de Cornuta. L. pyramidalis est un membre spécialisé de l'ordre Mitrata. Les formes jusqu'à présent associées à lui dans la sous-ordre Lagynocystida des Mitrata sont mieux séparées de lui pour former une nouvelle sous-ordre Peltocystida (Kirkocystidae plus Peltocystidae). Les caractéristiques qui rapprochent L. pyramidalis de l'amphioxus sont les suivantes : (1) un atrium ventral médian s'ouvrant par un atriopore ventral médian ; (2) un coelom postérieur probablement excréteur qui pourrait donner naissance aux néphridies de l'amphioxus par une croissance ascendante des fentes branchiales ; (3) des preuves que l'anus s'ouvrait extérieurement sur le côté gauche ; (4) des preuves que la bouche et la cavité buccale étaient innervées plus fortement du côté gauche que du côté droit ; (5) des preuves suggérant que, si elle nageait, L. pyramidalis tournerait autour de son axe longitudinal, dans le sens horaire vu de derrière, comme l'amphioxus larvaire tardif et les tunicaires larvaires. Les caractéristiques ressemblant à l'amphioxus de L. pyramidalis sont imposées sur le schéma d'un mitrate très primitif. Il existait donc : (1) un cerveau bien développé et les nerfs crâniens étaient plus du type vertébré que ceux de l'amphioxus ; (2) des ouvertures branchiales gauche et droite en plus de l'atriopore médian ; et (3) la queue ou la tige avait des ganglions segmentaires paires. Le dernier ancêtre commun des vertébrés et de l'amphioxus serait un mitrate primitif. Il s'ensuit, puisque Lagynocystis avait un squelette en calcite, que ce type de squelette a été perdu au moins deux fois dans l'évolution des chordés.

@article{jefferies1973the,
    author = "Jefferies, R. P. S.",
    title = "The Ordovician fossil Lagynocystis pyramidalis (Barrande) and the ancestry of amphioxus",
    year = "1973",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society of London. B, Biological Sciences",
    abstract = "Lagynocystis pyramidalis (Barrande) from the marine Lower Ordovician of Bohemia (Šárka Formation (Llanvirn)), has features which suggest that it is ancestral, or nearly so, to living cephalochordates such as amphioxus (Branchiostoma). L. pyramidalis belongs to a strange group of fossils classified by some workers as 'carpoid' echinoderms (phylum Echinodermata, subphylum Homalozoa, class Stylophora). They are better seen, however, as primitive chordates with echinoderm affinities (phylum Chordata, subphylum Calcichordata Jefferies, 1967, class Stylophora). The most striking echinoderm-like feature of the calcichordates is their calcite skeleton with each plate a single crystal of calcite. Their chordate characters include: (1) branchial slits; (2) a postanal tail (stem) with muscle blocks, notochord, dorsal nerve cord and segmental ganglia; (3) a brain and cranial nervous system like those of a fish; and (4) various asymmetries like those of recent primitive chordates. The calcichordates are divided into a more primitive order, Cornuta, and a more advanced order Mitrata, which evolved from Cornuta. L. pyramidalis is a specialized member of the order Mitrata. Forms up till now associated with it in the suborder Lagynocystida of the Mitrata are better separated from it to form a new suborder Peltocystida (Kirkocystidae plus Peltocystidae). The features which ally L. pyramidalis to amphioxus are as follows: (1) a median ventral atrium opening by a median ventral atriopore; (2) a probably excretory posterior coelom which could give rise to the nephridia of amphioxus by upward growth of the gill slits; (3) evidence that the anus opened externally on the left; (4) evidence that the mouth and buccal cavity was innervated more strongly from the left than from the right; (5) evidence suggesting that, if it swam, L. pyramidalis would rotate about its long axis, clockwise as seen from behind, like late larval amphioxus and larval tunicates. The amphioxus-like features of L. pyramidalis are imposed on the pattern of a very primitive mitrate. There existed thus: (1) a well-developed brain and the cranial nerves were more of the vertebrate pattern than those of amphioxus; (2) left and right branchial openings in addition to the median atriopore; and (3) the tail or stem had paired segmental ganglia. The latest common ancestor of vertebrates and amphioxus would be a primitive mitrate. It follows, since Lagynocystis had a calcite skeleton, that such a skeleton has been lost at least twice in the evolution of the chordates.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.1973.0032",
    doi = "10.1098/rstb.1973.0032",
    number = "871",
    pages = "409-469",
    volume = "265"
}

@article{jefferies1973the10,
    author = "Jefferies, R. P. S",
    title = "The Ordovician fossil Lagynocystis pyramidalis (Barrande) et l'ascendance de l'amphioxus",
    year = "1973",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society, London B, v. 265, p. 409-469",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Jefferies, R. P. S., 1973, The Ordovician fossil Lagynocystis pyramidalis (Barrande) et l'ascendance de l'amphioxus : Philosophical Transactions of the Royal Society, London B, v. 265, p. 409-469.}"
}

@book{godeaux1974primitive9,
    author = "Godeaux, J. E. A",
    title = "Primitive Deuterostomians, in Florkin, M., and Scheer, B. T., eds., Chemical Zoology",
    year = "1974",
    publisher = "London, Academic Press, v. VIII, p. 4-60",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Godeaux, J. E. A., 1974, Primitive Deuterostomians, in Florkin, M., and Scheer, B. T., eds., Chemical Zoology: London, Academic Press, v. VIII, p. 4-60.}"
}

@incollection{berrill1975chordata4,
    author = "Berrill, N. J",
    editor = "Giese, A. C. and Pearse, J. S.",
    title = "Chordata: Tunicata",
    year = "1975",
    booktitle = "Reproduction of Marine Invertebrates II. Ectoprocts and Lesser Coelomates",
    publisher = "New York, Academic Press, p. 241-282",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Berrill, N. J., 1975, Chordata: Tunicata, in Giese, A. C., and Pearse, J. S., eds., Reproduction of Marine Invertebrates II. Ectoprocts and Lesser Coelomates: New York, Academic Press, p. 241-282.}"
}

@inproceedings{jefferies1975fossil11,
    author = "Jefferies, R. P. S",
    title = "Preuves fossiles concernant l'origine des chordés",
    year = "1975",
    booktitle = "Symposium de la Société zoologique, Londres, v. 36, p. 253-318",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Jefferies, R. P. S., 1975, Preuves fossiles concernant l'origine des chordés : Symposium de la Société zoologique, Londres, v. 36, p. 253-318.}"
}

@inproceedings{watts1975evolution12,
    author = "Watts, D. C",
    title = "Évolution des kinases des phosphagènes dans la lignée des chordés",
    year = "1975",
    booktitle = "Symposium de la Société zoologique, Londres, v. 36, p. 105-127",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Watts, D. C., 1975, Évolution des kinases des phosphagènes dans la lignée des chordés : Symposium de la Société zoologique, Londres, v. 36, p. 105-127.}"
}

@incollection{wickstead1975chordata13,
    author = "Wickstead, J. H",
    editor = "Giese, A. C. and Pearse, J. S.",
    title = "Chordata: Acrania (Cephalochordata)",
    year = "1975",
    booktitle = "Reproduction of Marine Invertebrates II, Entoprocts and Lesser Coelomates",
    publisher = "New York, Academic Press, p. 283-319",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Wickstead, J. H., 1975, Chordata: Acrania (Cephalochordata), in Giese, A. C., and Pearse, J. S., eds., Reproduction of Marine Invertebrates II, Entoprocts and Lesser Coelomates: New York, Academic Press, p. 283-319.}"
}

@incollection{crossref1976chordates,
    title = "Chordates",
    year = "1976",
    booktitle = "Animal Biochromes and Structural Colours",
    url = "https://doi.org/10.1525/9780520339422-020",
    doi = "10.1525/9780520339422-020",
    openalex = "W4246051787",
    pages = "138-181"
}

* *1. Prospectus * Partie I : Rétrospective *2. La tradition analogique d'Anaximandre à Bonnet * Les germes de la rétrospective dans la science grecque ? * Ontogenèse et phylogénie dans le conflit de l'épigénèse : L'idylle de Charles Bonnet * Annexe : La révolution dans *3. Origines transcendantes, 1793--1860 * Naturphilosophie : Une expression du développementalisme * Deux grands rétrospectivistes parmi les Naturphilosophen : Oken et Meckel * La classification des animaux d'Oken : Ajouts linéaires d'organes * La déclaration sobre de J. F. Meckel des mêmes principes * Serres et les transcendentalistes français * La rétrospective et la théorie des arrêts de développement * La critique de la rétrospective par Von Baer * La direction du développement et la classification des animaux * Von Baer et la Naturphilosophie : Quelle est la direction universelle du développement ? * Louis Agassiz et le parallélisme triple *4. Triomphe de l'évolution, 1859--1900 * Théorie de l'évolution et pratique zoologique * Darwin et l'évolution des lois de Von Baer * L'évolution et la mécanique de la rétrospective * Ernst Haeckel : La phylogénie comme cause mécanique de l'ontogenèse * Le mécanisme de la rétrospective * Les néo-lamarckiens américains : La loi de l'accélération comme moteur de l'évolution * L'évolution progressive par accélération * L'étendue du parallélisme * Pourquoi la rétrospective domine-t-elle l'histoire de la vie ? * Alpheus Hyatt et l'accélération universelle * Le lamarckisme et l'analogie de la mémoire * La rétrospective et le darwinisme * Annexe : La traduction évolutionniste des lois de von Baer *5. Influence omniprésente * Anthropologie criminelle * Racisme * Développement de l'enfant * Éducation primaire * Psychoanalyse freudienne * Épilogue *6. Déclin, chute et généralisation * Un argument ingénieux * Une critique empirique * Organes ou ancêtres : La transformation de l'hétérochronie de Haeckel * Interpolations dans les stades juvéniles * Introduction de caractères juvéniles chez les adultes des descendants * Que sont devenues les critiques de von Baer ? * Négligence bienveillante : La rétrospective et l'avènement de l'embryologie expérimentale * Les hypothèses antérieures de la rétrospective * Wilhelm His et son embryologie physiologique : Un affrontement préliminaire * L'Entwicklungsmechanik de Roux et la loi biogénétique * La rétrospective et les questions substantielles en embryologie expérimentale : Le nouveau préformationisme * La résurrection de Mendel, la chute de Haeckel et la généralisation de la rétrospective * Partie II : Hétérochronie et paedomorphose *7. Hétérochronie et parallèle entre ontogenèse et phylogénie * Accélération et retard * Confusion dans et après le sillage de Haeckel * Lignes directrices pour une résolution * La réduction des catégories d'hétérochronie de de Beer à l'accélération et au retard * Un paradoxe historique : La supposée domination de la rétrospective * Dissociabilité et hétérochronie * Corrélation et dissociabilité * Dissociation des trois processus * Une métrique pour la dissociation * Décalage temporel comme mécanisme de dissociation * Un modèle horloger de l'hétérochronie * Annexe : Une note sur la représentation multivariée de la dissociation *8. La signification écologique et évolutionnaire de l'hétérochronie * L'argument de la fréquence * L'importance de la rétrospective * L'importance du changement hétérochronique : Cas sélectionnés * Fréquence de la paedomorphose dans l'origine des taxons supérieurs * Une critique de la signification classique de l'hétérochronie * Les arguments classiques * Signification rétrospective et immédiate * Hétérochronie, écologie et stratégies d'histoire de vie * La facilité et la rapidité potentielles du changement hétérochronique * Le contrôle de la métamorphose chez les insectes * La paedomorphose amphibienne et la glande thyroïde *9. Progénèse et néoténie Progénèse chez les insectes * Prothétely et métathétely * Paédogenèse (progénèse parthénogénétique) chez les moucherons des galles et les coléoptères * Progénèse chez les pucerons ailes, parthénogénétiques * Cas supplémentaires de progénèse avec une base écologique similaire * Locustes solitaires néoténiques : Sont-ils une exception à la règle ? * Néoténie amphibienne * Les déterminants écologiques de la progénèse * Environnements instables * Colonisation * Parasites * Dispersion masculine * La progénèse comme réponse adaptative aux pressions pour une petite taille * Le rôle de l'hétérochronie dans la macroévolution : Flexibilités contrastées pour la progénèse et la néoténie * Progénèse * Néoténie * Les corrélats sociaux de la néoténie chez les vertébrés supérieurs *10. Retard et néoténie dans l'évolution humaine * Les germes de la néoténie * La théorie de la fœtalisation de Louis Bolk * Les données de Bolk * L'interprétation de Bolk * La théorie évolutionniste de Bolk * Une tradition d'argumentation * Le retard dans l'évolution humaine * Morphologie dans la matrice du retard * De l'énumération * Des prototypes * De la corrélation * La signification adaptative du développement retardé *11. Épilogue * Notes * Bibliographie * Glossaire * Index

@book{openalexw2506868775,
    author = "Gould, Stephen Jay",
    title = "Ontogeny and Phylogeny",
    year = "1977",
    abstract = "* *1. Prospectus * Part I: Recapitulation *2. The Analogistic Tradition from Anaximander to Bonnet * The Seeds of Recapitulation in Greek Science? * Ontogeny and Phylogeny in the Conflict of and Epigenesis: The Idyll of Charles Bonnet * Appendix: The Revolution in *3. Transcendental Origins, 1793--1860 * Naturphilosophie: An Expression of Developmentalism * Two Leading Recapitulationists among the Naturphilosophen: Oken and Meckel * Oken's Classification of Animals Linear Additions of Organs * J. F. Meckel's Sober Statement of the Same Principles * Serres and the French Transcendentalists * Recapitulation and the Theory of Developmental Arrests * Von Baer's Critique of Recapitulation * The Direction of Development and Classification of Animals * Von Baer and Naturphilosophie: What Is the Universal Direction of Development? * Louis Agassiz and the Threefold Parallelism *4. Evolutionary Triumph, 1859--1900 * Evolutionary Theory and Zoological Practice * Darwin and the Evolution of Von Baer' Laws * Evolution and the Mechanics of Recapitulation * Ernst Haeckel: Phylogeny as the Mechanical Cause of Ontogeny * The Mechanism of Recapitulation * The American Neo-Lamarckians: The Law of Acceleration as Evolution's Motor * Progressive Evolution by Acceleration * The Extent of Parallelism * Why Does Recapitulation Dominate the History of Life? * Alpheus Hyatt and Universal Acceleration * Lamarckism and the Memory Analogy * Recapitulation and Darwinism * Appendix: The Evolutionary Translation of von Baer's Laws *5. Pervasive Influence * Criminal Anthropology * Racism * Child Development * Primary Education * Freudian Psychoanalysis * Epilogue *6. Decline, Fall, and Generalization * A Clever Argument * An Empirical Critique * Organs or Ancestors: The Transformation of Haeckel's Heterochrony * Interpolations into Juvenile Stages * Introduction of Juvenile Features into the Adults of Descendants * What Had Become of von Baer's Critique? * Benign Neglect: Recapitulation and the Rise of Experimental Embryology * The Prior Assumptions of Recapitulation * Wilhelm His and His Physiological Embryology: A Preliminary Skirmish * Roux's Entwicklungsmechanik and the Biogenetic Low * Recapitulation and Substantive Issues in Experimental Embryology: The New Preformationism * Mendel's Resurrection, Haeckel's Fall, and the Generalization of Recapitulation * Part II: Heterocrony and Paedomorphosis *7. Heterochrony and the Parallel of Ontogeny and Phylogeny * Acceleration and Retardation * Confusion in and after Haeckel's Wake * Guidelines for a Resolution * The Reduction of de Beer's Categories of Heterochrony to Acceleration and Retardation * A Historical Paradox: The Supposed Dominance of Recapitulation * Dissociability and Heterochrony * Correlation and Disociability * Dissociation of the Three Processes * A Metric for Dissociation * Temporal Shift as a Mechanism of Dissociation * A Clock Model of Heterochrony * Appendix: A Note on the Multivariate Representation of Dissociation *8. The Ecological and Evolutionary Significance of Heterochrony * The Argument from Frequency * The Importance of Recapitulation * The Importance of Heterochronic Change: Selected Cases * Frequency of Paedomorphosis in the Origin of Higher Taxa * A Critique of the Classical Significance of Heterochrony * The Classical Arguments * Retrospective and Immediate Significance * Heterochrony, Ecology, and Life-History Strategies * The Potential Ease and Rapidity of Heterochronic Change * The Control of Metamorphosis in Insects * Amphibian Paedomorphosis and the Thyroid Gland *9. Progenesis and Neoteny Insect Progenesis * Prothetely and Metathetely * Paedogenesis (Parthenogenetic Progenesis) in Gall Midges and Beetles * Progenesis in Wingless, Parthenogenetic Aphids * Additional Cases of Progenesis with a Similar Ecological Basis * Neotenic Solitary Locusts: Are They an Exception to the Rule? * Amphibian Neoteny * The Ecological Determinants of Progenesis * Unstable Environments * Colonization * Parasites * Male Dispersal * Progenesis as an Adaptive Response to Pressures for Small Size * The Role of Heterochrony in Macroevolution: Contrasting Flexibilities for Progenesis and Neoteny * Progenesis * Neoteny * The Social Correlates of Neoteny in Higher Vertebrates *10. Retardation and Neoteny in Human Evolution * The Seeds of Neoteny * The Fetalization Theory of Louis Bolk * Bolk's Data * Bolk's Interpretation * Bolk's Evolutionary Theory * A Tradition of Argument * Retardation in Human Evolution * Morphology in the Matrix of Retardation * Of Enumeration * Of Prototypes * Of Correlation * The Adaptive Significance of Retarded Development *11. Epilogue * Notes * Bibliography * Glossary * Index",
    openalex = "W2506868775",
    references = "doi101086409052, doi101146annureves08110177001045"
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Placocystites forbesianus de Koninck, provenant du calcaire de Dudley du Silurien, près de Dudley, West Midlands, est ici interprété comme un chordé primitif possédant un squelette en calcite de type échinoderme. Cela s'accorde avec des articles antérieurs de l'auteur principal et contredit les travaux d'Ubaghs (1968 etc.). En appliquant la terminologie de Hennig, Placocystites appartient probablement au groupe tige des vertébrés et éclaire ainsi l'anatomie des vertébrés primitifs. Il appartient également au groupe Calcichordata, établi par l'un de nous comme un sous-embranchement (Jefferies 1967). Les Calcichordata ne sont cependant pas comparables en position phylogénétique avec les sous-embranchements de chordés vivants, de sorte que le terme calcichordé sera dorénavant utilisé uniquement de manière informelle, pour tout chordé possédant un squelette de type échinoderme. Ubaghs, qui a développé une interprétation totalement différente, attribue Placocystites au sous-embranchement Homalozoa de l'embranchement Echinodermata. En l'attribuant à cet embranchement, le travail d'Ubaghs est plus traditionnel que le nôtre. Au sein des calcichordés, Placocystites forbesianus appartient au groupe plus avancé connu sous le nom de mitrates. Ceux-ci se distinguent des calcichordés plus primitifs (cornutes) par la présence de fentes branchiales droites en plus des fentes gauches. Au sein des mitrates, il est possible de suggérer les groupes tige, au sens hennigien, des acranes, des tunicés et des vertébrés. Le terme « vertébré standard » est proposé pour désigner les vertébrés au sens usuel, par opposition à ces vertébrés tiges inclus dans les mitrates. Les deux parties évidentes d'un calcichordé, autrefois appelées theca et tige, ou corps et queue, sont mieux nommées tête et queue par homologie avec les vertébrés standards. Les mitrates correspondent au protovertébré tunicé-type têtard des morphologistes « antiségmentaires » tels que Froriep, Starck et Romer. Le protovertébré uniformément segmenté des morphologistes « segmentaires » tels que Goodrich représenterait une étape réelle mais ultérieure dans l'ascendance des vertébrés standards, descendant d'une mitrate. Les somites des vertébrés standards et des acranes peuvent être raisonnablement identifiés à l'intérieur des calcichordés. Les somites prémandibulaires et mandibulaires seraient situés dans la tête, avec la cavité buccale, le pharynx, les fentes branchiales et les viscères. Les somites mandibulaires gauche et droite étaient probablement représentés dans les mitrates par les coelomes antérieurs gauche et droit. Les somites prémandibulaires paires seraient représentés par un corps croissant situé dans la partie postérieure de la tête, juste devant le cerveau. Les somites hyoïdiens seraient la paire la plus antérieure de somites de la queue, totalement séparés des fentes branchiales et des barres branchiales. Des somites plus postérieurs seraient également dans la queue, derrière les somites hyoïdiens. Les homologues des yeux paires des vertébrés standards peuvent également être reconnus comme ayant existé dans les mitrates (yeux cispharyngiens). Les somites prémandibulaires, mandibulaires et hyoïdiens présumés étaient groupés autour d'eux dans une disposition qui pourrait donner naissance aux muscles oculaires extrinsèques des vertébrés standards. Les oreilles des mitrates étaient latérales aux somites hyoïdiens, comme c'est le cas chez les embryons de vertébrés vivants. Le système nerveux de Placocystites et de ses parents est comparable à celui d'un poisson. Le cerveau était divisé en deux parties correspondant globalement au prosencéphale et au rhombencéphale d'un vertébré standard précoce (bien que le rhombencéphale des vertébrés inclue également des dérivés de la queue de mitrate). Les nerfs crâniens sont déduits avoir inclus des complexes olfactifs, peut-être terminalis, optiques, trijumeaux et acusticolatéraux. Le complexe trijumeau incluait les branches opthalmicus superficialis et opthalmicus profundus et une seule paire de ganglions. Contrairement à la théorie classique, il n'était pas divisé en sous-complexes profundus et « vrai » trijumeau. Le pharynx de Placocystites et des mitrates apparentés était comme celui d'un tunicé, particulièrement dans certaines asymétries. Les détails du squelette indiquent fortement que le pharynx en vie aurait contenu un piège muqueux endostylaire de type tunicé ou ammocoète, comme la théorie classique le prédirait. La glande neurale (« hypophyse ») semble avoir eu les mêmes relations que chez un têtard tunicé pleinement formé, mais était probablement d'origine endodermique, homologue à la poche de Seessel d'un vertébré. L'anatomie de la tête du calcichordé primitif Cothurnocystis, qui était une cornute et, comme d'autres cornutes et l'amphioxus larvaire, n'avait que des fentes branchiales gauches, est reconstruite en travaillant à rebours depuis les mitrates et par des preuves directes issues de son squelette. L'ancêtre commun le plus récent hypothétique des lampreies et des gnathostomes est déduit. Les parties dérivées de la tête de mitrate peuvent être distinguées de celles dérivées de la queue de mitrate. L'animal possédait probablement une région céphalique notochordale et un tronc. Ceux-ci se seraient formés lorsque les fentes branchiales et les viscères ont migré vers l'arrière ventralement par rapport à la partie antérieure de la queue de mitrate. Le péricarde se serait formé par croissance ventrale des somites de la queue de mitrate le long des barres branchiales et leur fusion ventrale pour former une cavité. Le coelome viscéral s'est formé par la croissance ventrale des somites de la queue de mitrate autour des viscères, accompagnée du développement et de la fusion de cavités dans les parties ventrales de ces somites. Les nerfs branchiaux des vertébrés standards sont un mélange d'éléments placodaux, probablement dérivés de la tête de mitrate, et d'éléments de la crête neurale, probablement dérivés de la queue de mitrate. Cet animal hypothétique a probablement évolué à partir des mitrates lorsqu'une d'elles a adopté la nage habituelle vers l'avant. Placocystites a probablement rampé vers l'arrière à travers le sédiment juste en dessous du fond de la mer, tiré par la queue. Une paire d'épines près de la bouche servirait à couper dans le sédiment, probablement assistée par de l'eau projetée le long d'elles depuis la cavité buccale.

@article{doi101098rstb19780013,
    author = "Jefferies, R. and Lewis, D. N.",
    title = "The English Silurian fossil Placocystites forbesianus and the ancestry of the vertebrates",
    year = "1978",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B",
    abstract = "Placocystites forbesianus de Koninck, from the Silurian Dudley Limestone, near Dudley, West Midlands, is here interpreted as a primitive chordate with a calcite skeleton of echinoderm type. This agrees with earlier papers by the senior author and disagrees with the work of Ubaghs (1968 etc.). Applying Hennig’s terminology, Placocystites probably belongs to the stem group of the vertebrates and therefore throws light on primitive vertebrate anatomy. It also belongs to the group Calcichordata, set up by one of us as a subphylum (Jefferies 1967). The Calcichordata, however, are not comparable in phylogenetic position with the living chordate subphyla, so the word calcichordate will henceforth be used only informally, for any chordate with a skeleton of echinoderm type. Ubaghs, who has developed a totally different interpretation, assigns Placocystites to the subphylum Homalozoa of the phylum Echinodermata. In assigning it to that phylum, Ubaghs’s work is more traditional than ours. Within the calcichordates, Placocystites forbesianus belongs to the more advanced group known as mitrates. These are distinguished from more primitive calcichordates (cornutes) by having right gill slits in addition to left ones. Within the mitrates it is possible to suggest the stem groups, in the Hennigian sense, of acraniates, tunicates and vertebrates. The term standard vertebrate is proposed to denote vertebrates in the usual sense, as contrasted with those stem vertebrates included in the mitrates. The two obvious parts of a calcichordate, formerly called theca and stem, or body and tail, are best called head and tail by homology with standard vertebrates. Mitrates correspond to the tunicate-tadpole-like protovertebrate of ‘antisegmentationist’ morphologists such as Froriep, Starck and Romer. The uniformly segmented protovertebrate of 'segmentationist’ morphologists such as Goodrich would represent a real but later stage in the ancestry of standard vertebrates, descended from a mitrate. The somites of standard vertebrates and acraniates can be plausibly identified inside calcichordates. The premandibular and mandibular somites would be located in the head, along with the buccal cavity, pharynx, gill slits and viscera. The left and right mandibular somites were probably represented in mitrates by the left and right anterior coeloms. The paired premandibular somites would be represented by a crescentic body situated in the posterior part of the head just in front of the brain. The hyoidean somites would be the most anterior pair of somites of the tail, totally separated from gill slits and gill bars. More posterior somites would also be in the tail, behind the hyoidean somites. The homologues of the paired eyes of standard vertebrates can also be recognized as having existed in mitrates (cispharyngeal eyes). The presumed premandibular, mandibular and hyoidean somites were grouped round them in an arrangement which could give rise to the extrinsic eye muscles of standard vertebrates. The ears of mitrates were lateral to the hyoidean somites as they are in living vertebrate embryos. The nervous system of Placocystites and its relatives is comparable with that of a fish. The brain was divided into two parts broadly corresponding to the prosencephalon and rhombencephalon of an early standard vertebrate (though the rhombencephalon of vertebrates also includes derivatives of the mitrate tail). The cranial nerves are deduced to have included olfactory, perhaps terminalis, optic, trigeminal and acusticolateralis complexes. The trigeminal complex included opthalmicus superficialis and ophthalmicus profundus branches and a single pair of ganglia. Contrary to classical theory, it was not divided into profundus and ‘true’ trigeminal subcomplexes. The pharynx of Placocystites and related mitrates was like that of a tunicate, particularly in certain asymmetries. Details of the skeleton strongly indicate that the pharynx in life would have contained an endostylar mucous trap of tunicate or ammocoete type, as classical theory would predict. The neural gland (‘hypophysis’) seems to have had the same relations as in a fully formed tunicate tadpole, but was probably endodermal in origin, homologous with Seessel’s pouch of a vertebrate. The anatomy of the head of the primitive calcichordate Cothurnocystis, which was a cornute, and like other cornutes and larval amphioxus had left gill slits only, is reconstructed by working backwards from mitrates and by direct evidence from its skeleton. The hypothetical latest common ancestor of lampreys and gnathostomes is deduced. The parts derived from the mitrate head can be distinguished from those derived from the mitrate tail. The animal probably possessed a notochordal head region and a trunk. These would have formed when gill slits and viscera migrated backwards ventral to the anterior part of the mitrate tail. The pericardium would have arisen by ventral growth of mitrate tail somites down the gill bars and their fusion ventrally to form a cavity. The visceral coelom arose by the ventral growth of mitrate tail somites round the viscera, accompanied by the development and fusion of cavities in the ventral parts of these somites. The branchial nerves of standard vertebrates are a mixture of placodal elements, probably derived from the mitrate head, and neural crest elements, probably derived from the mitrate tail. This hypothetical animal probably evolved from the mitrates when one of them took to habitual forwards swimming. Placocystites probably crept backwards through the sediment just below the sea bottom, pulled by the tail. A pair of spines near the mouth would serve to cut into the sediment, probably assisted by water squirted along them from the buccal cavity.",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/16b6f461c900ef5cd7480fbcd4ca74bc161ac131",
    doi = "10.1098/RSTB.1978.0013",
    is_oa = "true",
    number = "990",
    pages = "205-323",
    semanticscholar_citation_count = "86",
    semanticscholar_id = "16b6f461c900ef5cd7480fbcd4ca74bc161ac131",
    volume = "282"
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@misc{bone1979the5,
    author = "Bone, Q",
    title = "The Origin of the Chordates [2nd ed.]",
    year = "1979",
    howpublished = "Burlington, N.C., Carolina Biological Supply",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Bone, Q., 1979, The Origin of the Chordates [2nd ed.]: Burlington, N.C., Carolina Biological Supply.}"
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Nous présentons une méthode quantitative pour décrire comment les changements hétérochroniques dans l'ontogenèse se rapportent aux tendances phylétiques. C'est une étape vers la création d'une vision unifiée de la biologie du développement et de l'écologie évolutive dans l'étude de l'évolution morphologique. En utilisant cette représentation, nous obtenons un schéma de classification grandement simplifié et logique. Nous croyons que ce schéma sera particulièrement utile pour étudier les données de la paléontologie et de la morphologie comparative et pour l'analyse des processus menant à la radiation adaptative. Nous illustrons ce schéma par des exemples tirés de la littérature et de notre propre travail.

@article{doi101017s0094837300006588,
    author = "Alberch, Pere et Gould, Stephen Jay et Oster, George et Wake, David B.",
    title = "Taille et forme dans l'ontogenèse et la phylogénie",
    year = "1979",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Nous présentons une méthode quantitative pour décrire comment les changements hétérochroniques dans l'ontogenèse se rapportent aux tendances phylétiques. C'est une étape vers la création d'une vision unifiée de la biologie du développement et de l'écologie évolutive dans l'étude de l'évolution morphologique. En utilisant cette représentation, nous obtenons un schéma de classification grandement simplifié et logique. Nous croyons que ce schéma sera particulièrement utile pour étudier les données de la paléontologie et de la morphologie comparative et pour l'analyse des processus menant à la radiation adaptative. Nous illustrons ce schéma par des exemples tirés de la littérature et de notre propre travail.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0094837300006588",
    doi = "10.1017/s0094837300006588",
    openalex = "W1860355084",
    references = "doi101086404940, doi101086409052, doi101111j1469185x1966tb01624x, doi101111j155856461949tb00010x, doi101111j155856461976tb00911x, doi101146annurevbi46070177003041, doi101146annureves08110177001045, doi1023072412825, doi1043249781315765471, doi105962bhltitle146947, openalexw1525434908, openalexw2506868775"
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Les études comparatives de la relation entre deux phénotypes, ou entre un phénotype et un environnement, sont souvent menées par des méthodes statistiques invalides. La plupart des méthodes de régression, de corrélation et de tableaux de contingence, y compris les méthodes non paramétriques, supposent que les points sont tirés indépendamment d'une distribution commune. Lorsque les espèces sont prélevées dans une phylogénie ramifiée, elles sont manifestement non indépendantes. L'utilisation d'une méthode statistique qui suppose l'indépendance entraînera une surestimation de la signification dans les tests d'hypothèses. Certains exemples illustratifs de ces phénomènes ont été donnés, et les limites des propositions précédentes de façons de corriger la non-indépendance ont été discutées. Une méthode de correction pour la phylogénie a été proposée. Elle nécessite que nous connaissions à la fois la topologie de l'arbre et les longueurs des branches, et que nous soyons disposés à laisser les caractères être modélisés par un mouvement brownien sur une échelle linéaire. Étant données ces conditions, la phylogénie spécifie un ensemble de contrastes entre espèces, des contrastes qui sont statistiquement indépendants et peuvent être utilisés dans des études de régression ou de corrélation. Les considérables obstacles à l'utilisation pratique de cette technique ont été discutés.

@article{doi101086284325,
    author = "Felsenstein, Joseph",
    title = "Phylogenies and the Comparative Method",
    year = "1985",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "Comparative studies of the relationship between two phenotypes, or between a phenotype and an environment, are frequently carried out by invalid statistical methods. Most regression, correlation, and contingency table methods, including nonparametric methods, assume that the points are drawn independently from a common distribution. When species are taken from a branching phylogeny, they are manifestly nonindependent. Use of a statistical method that assumes independence will cause overstatement of the significance in hypothesis tests. Some illustrative examples of these phenomena have been given, and limitations of previous proposals of ways to correct for the nonindependence have been discussed. A method of correcting for the phylogeny has been proposed. It requires that we know both the tree topology and the branch lengths, and that we be willing to allow the characters to be modeled by Brownian motion on a linear scale. Given these conditions, the phylogeny specifies a set of contrasts among species, contrasts that are statistically independent and can be used in regression or correlation studies. The considerable barriers to making practical use of this technique have been discussed.",
    url = "https://doi.org/10.1086/284325",
    doi = "10.1086/284325",
    openalex = "W2013410948",
    references = "doi101007bf01734359, doi101038290699a0, doi101038293057a0, doi101093sysbio274401, doi101111j155856461981tb04991x, doi101126science1864167892, doi101126science6407108, doi101146annureves14110183001525, openalexw191281502, openalexw3045142570"
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La méthode statistique récemment développée connue sous le nom de « bootstrap » peut être utilisée pour placer des intervalles de confiance sur les phylogénies. Elle implique de rééchantillonner des points à partir de ses propres données, avec remise, pour créer une série d'échantillons bootstrap de la même taille que les données originales. Chacun de ceux-ci est analysé, et la variation entre les estimations résultantes est prise pour indiquer la taille de l'erreur impliquée dans la réalisation d'estimations à partir des données originales. Dans le cas des phylogénies, il est soutenu que la méthode appropriée de rééchantillonnage consiste à conserver toutes les espèces originales tout en échantillonnant les caractères avec remise, sous l'hypothèse que les caractères ont été indépendamment tirés par le systématique et ont évolué indépendamment. Les arbres de consensus à la règle de la majorité peuvent être utilisés pour construire une phylogénie montrant tous les groupes monophylétiques inférés qui se sont produits dans la majorité des échantillons bootstrap. Si un groupe apparaît 95 % du temps ou plus, les preuves à son encontre sont considérées comme statistiquement significatives. Les programmes informatiques existants peuvent être utilisés pour analyser différents échantillons bootstrap en utilisant des poids sur les caractères, le poids d'un caractère étant le nombre de fois qu'il a été tiré dans l'échantillonnage bootstrap. Lorsque tous les caractères sont parfaitement compatibles, comme envisagé par Hennig, l'échantillonnage bootstrap devient inutile ; la méthode bootstrap montrerait des preuves significatives pour un groupe si celui-ci est défini par trois caractères ou plus.

@article{doi101111j155856461985tb00420x,
    author = "Felsenstein, Joseph",
    title = "LIMITES DE CONFIANCE SUR LES PHYLOGÉNIES : UNE APPROCHE UTILISANT LE BOOTSTRAP",
    year = "1985",
    journal = "Évolution",
    abstract = {La méthode statistique récemment développée connue sous le nom de « bootstrap » peut être utilisée pour placer des intervalles de confiance sur les phylogénies. Elle implique de rééchantillonner des points à partir de ses propres données, avec remise, pour créer une série d'échantillons bootstrap de la même taille que les données originales. Chacun de ceux-ci est analysé, et la variation entre les estimations résultantes est prise pour indiquer la taille de l'erreur impliquée dans la réalisation d'estimations à partir des données originales. Dans le cas des phylogénies, il est soutenu que la méthode appropriée de rééchantillonnage consiste à conserver toutes les espèces originales tout en échantillonnant les caractères avec remise, sous l'hypothèse que les caractères ont été indépendamment tirés par le systématique et ont évolué indépendamment. Les arbres de consensus à la règle de la majorité peuvent être utilisés pour construire une phylogénie montrant tous les groupes monophylétiques inférés qui se sont produits dans la majorité des échantillons bootstrap. Si un groupe apparaît 95\% du temps ou plus, les preuves à son encontre sont considérées comme statistiquement significatives. Les programmes informatiques existants peuvent être utilisés pour analyser différents échantillons bootstrap en utilisant des poids sur les caractères, le poids d'un caractère étant le nombre de fois qu'il a été tiré dans l'échantillonnage bootstrap. Lorsque tous les caractères sont parfaitement compatibles, comme envisagé par Hennig, l'échantillonnage bootstrap devient inutile ; la méthode bootstrap montrerait des preuves significatives pour un groupe si celui-ci est défini par trois caractères ou plus.},
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1985.tb00420.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1985.tb00420.x",
    openalex = "W2030966943",
    references = "doi1010160025556478900895, doi101038scientificamerican0583116, doi10108000031305198310483087, doi101111j155856461965tb01722x, doi101111j155856461983tb05533x, doi10113719781611970319, doi101214aos1176344552, doi1023072413323, doi1023072685844, doi102307sysbio342152"
}

@article{doi1023072408678,
    author = "Felsenstein, Joseph",
    title = "Limites de confiance sur les phylogénies : une approche utilisant le bootstrap",
    year = "1985",
    journal = "Évolution",
    url = "https://doi.org/10.2307/2408678",
    doi = "10.2307/2408678",
    openalex = "W4254275792"
}

Une méthode de séquençage rapide de l'ARN ribosomique a été appliquée à la résolution des relations évolutives entre les Métazoaires. Des représentants de 22 classes dans 10 phyla animaux ont été utilisés pour inférer les relations phylogénétiques, basées sur les distances évolutives déterminées à partir de comparaisons par paires des séquences d'ARN ribosomique 18S. Les Eumétazoaires classiques sont divisés en deux groupes. Les Cnidaires sont issus d'une ascendance protiste différente du second groupe, les Bilatériens. Au sein des Bilatériens, une séparation précoce a donné naissance aux Platyhelminthes (vers plats) et à la lignée coelomate. Les coelomates sont donc monophylétiques et ils se sont irradiés rapidement en quatre groupes : chordés, échinodermes, arthropodes et protostomes eucoelomates.

@article{doi101126science3277277,
    author = "Field, Katharine G. et Olsen, Gary J. et Lane, David et Giovannoni, Stephen J. et Ghiselin, Michael T. et Raff, Elizabeth C. et Pace, Norman R. et Raff, Rudolf A.",
    title = "Phylogénie moléculaire du règne animal",
    year = "1988",
    journal = "Science",
    abstract = "Une méthode de séquençage rapide de l'ARN ribosomique a été appliquée à la résolution des relations évolutives entre les Métazoaires. Des représentants de 22 classes dans 10 phyla animaux ont été utilisés pour inférer les relations phylogénétiques, basées sur les distances évolutives déterminées à partir de comparaisons par paires des séquences d'ARN ribosomique 18S. Les Eumétazoaires classiques sont divisés en deux groupes. Les Cnidaires sont issus d'une ascendance protiste différente du second groupe, les Bilatériens. Au sein des Bilatériens, une séparation précoce a donné naissance aux Platyhelminthes (vers plats) et à la lignée coelomate. Les coelomates sont donc monophylétiques et ils se sont irradiés rapidement en quatre groupes : chordés, échinodermes, arthropodes et protostomes eucoelomates.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.3277277",
    doi = "10.1126/science.3277277",
    openalex = "W2002638704",
    references = "cloud1976beginnings, crossref1977patterns, doi101007bf01653945, doi101016c20130056265, doi101017s009483730000498x, doi101073pnas74125463, doi101073pnas82206955, doi101073pnas8351383, doi101093oxfordjournalsmolbeva040362, doi101126science1553760279, doi101126science202030, doi101126science3082006, doi101128mr5122212711987"
}

@article{doi1010160092867489909471,
    author = "Patel, Nipam H. et Martı́n-Blanco, Enrique et Coleman, Kevin et Poole, Stephen J. et Ellis, Michael C. et Kornberg, Thomas B. et Goodman, Corey S.",
    title = "Expression of engrailed proteins in arthropods, annelids, and chordates",
    year = "1989",
    journal = "Cell",
    url = "https://doi.org/10.1016/0092-8674(89)90947-1",
    doi = "10.1016/0092-8674(89)90947-1",
    openalex = "W2012092107",
    references = "doi101002jmor1050880104, doi1010160003269783904189, doi1010160022283686903852, doi1010160769262581900374, doi101016s0168952500891295, doi101038256495a0, doi101038287795a0, doi101038335025a0, doi101073pnas74125463, doi101126science3277277, doi1023071439568, doi1023072412988"
}

@incollection{crossref1990primitive,
    title = "Chordés primitifs",
    year = "1990",
    booktitle = "Animals",
    url = "https://doi.org/10.1017/cbo9780511565267.013",
    doi = "10.1017/cbo9780511565267.013",
    openalex = "W209725464",
    pages = "295-322"
}

Article de journal La phylogénie comme principe central en taxonomie : définitions phylogénétiques des noms de taxons Accéder Kevin de Queiroz, Kevin de Queiroz Département de l'herpétologie, Académie des sciences de CalifornieGolden Gate Park, San Francisco, Californie 94118 Rechercher d'autres travaux de cet auteur sur : Oxford Academic PubMed Google Scholar Jacques Gauthier Jacques Gauthier Département de l'herpétologie, Académie des sciences de CalifornieGolden Gate Park, San Francisco, Californie 94118 Rechercher d'autres travaux de cet auteur sur : Oxford Academic PubMed Google Scholar Systematic Biology, Volume 39, Issue 4, Décembre 1990, Pages 307–322, https://doi.org/10.2307/2992353 Publié : 01 Décembre 1990 Historique de l'article Reçu : 13 Février 1990 Accepté : 25 Juin 1990 Publié : 01 Décembre 1990

@article{doi1023072992353,
    author = "de Queiroz, Kevin et Gauthier, Jacques",
    title = "La phylogénie comme principe central en taxonomie : définitions phylogénétiques des noms de taxons",
    year = "1990",
    journal = "Systematic Zoology",
    abstract = "Article de journal La phylogénie comme principe central en taxonomie : définitions phylogénétiques des noms de taxons Accéder Kevin de Queiroz, Kevin de Queiroz Département de l'herpétologie, Académie des sciences de CalifornieGolden Gate Park, San Francisco, Californie 94118 Rechercher d'autres travaux de cet auteur sur : Oxford Academic PubMed Google Scholar Jacques Gauthier Jacques Gauthier Département de l'herpétologie, Académie des sciences de CalifornieGolden Gate Park, San Francisco, Californie 94118 Rechercher d'autres travaux de cet auteur sur : Oxford Academic PubMed Google Scholar Systematic Biology, Volume 39, Issue 4, Décembre 1990, Pages 307–322, https://doi.org/10.2307/2992353 Publié : 01 Décembre 1990 Historique de l'article Reçu : 13 Février 1990 Accepté : 25 Juin 1990 Publié : 01 Décembre 1990",
    url = "https://doi.org/10.2307/2992353",
    doi = "10.2307/2992353",
    openalex = "W2004477458",
    references = "doi10108002724634198810011708, doi101086288811, doi1023071793007, doi1023072412685, doi1023072412744, doi1023072806339, doi1023072992272, doi1023073243026, doi105281zenodo16171435, openalexw2065464699, openalexw78510971"
}

@article{doi101038376479a0,
    author = "Carroll, Sean B.",
    title = "Gènes homéotiques et l'évolution des arthropodes et des chordés",
    year = "1995",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/376479a0",
    doi = "10.1038/376479a0",
    openalex = "W2008004759",
    references = "doi1010079783642866593, doi101016009286749290471n, doi1010160092867494902909, doi101038095550b0, doi101038276565a0, doi101038308428a0, doi101038361219a0, doi101038370563a0, doi101126science860134, doi101242dev1212333, doi101242dev1994supplement125, doi1023071437764, doi1023073514548, openalexw2506868775"
}

L'asymétrie gauche-droite chez les Dexiothetica (= échinodermes + chordés) résulte principalement du dexiothétisme — un épisode de leur ancêtre où un animal ressemblant au pterobranch récent Cephalodiscus reposait à l'envers sur le fond marin. Castericystis sprinklei appartient au groupe tige dexiothète. L'histoire du groupe tige des échinodermes est reconstituée. La symétrie bilatérale des chordés s'est développée par six étapes successives. Le chevauchement queue-tête s'est produit indépendamment chez les craniates et les acraniates. La crête neurale aurait existé chez le dernier ancêtre commun des chordés actuels, voire plus tôt. De grandes asymétries se produisent chez les chordés actuels dans les organes dérivés de la tête calcichordate, mais pas dans ceux dérivés de la queue calcichordate. La limite antérieure de l'expression des gènes hox chez les vertébrés correspond à l'extrémité antérieure de la queue calcichordate. L'appariement des organes gauche-droite (une étape importante dans l'origine de la symétrie bilatérale des chordés) a peut-être impliqué l'interaction d'un morphogène symétrisant, produit à partir de l'extrémité antérieure de la queue, avec un morphogène latéral (le morphogène de Wilhelmi), produit au cours de l'ontogenèse d'abord du côté gauche puis du côté droit. Ce mécanisme peut encore agir lors de la métamorphose de l'amphioxus et dans l'imagerie miroir chez les jumeaux vertébrés. Le morphogène de Wilhelmi pourrait être lié à un ou plusieurs membres de la cascade dorsale de Drosophila.

@article{doi101111j146363951996tb01256x,
    author = "Jefferies, R. et Brown, N. A. et Daley, Paul E. J.",
    title = "La phylogénie précoce des Chordés et des Échinodermes et l'origine de l'asymétrie gauche-droite et de la symétrie bilatérale chez les Chordés",
    year = "1996",
    journal = "Acta Zoologica",
    abstract = "L'asymétrie gauche-droite chez les Dexiothetica (= échinodermes + chordés) résulte principalement du dexiothétisme — un épisode de leur ancêtre où un animal ressemblant au pterobranch récent Cephalodiscus reposait à l'envers sur le fond marin. Castericystis sprinklei appartient au groupe tige dexiothète. L'histoire du groupe tige des échinodermes est reconstituée. La symétrie bilatérale des chordés s'est développée par six étapes successives. Le chevauchement queue-tête s'est produit indépendamment chez les craniates et les acraniates. La crête neurale aurait existé chez le dernier ancêtre commun des chordés actuels, voire plus tôt. De grandes asymétries se produisent chez les chordés actuels dans les organes dérivés de la tête calcichordate, mais pas dans ceux dérivés de la queue calcichordate. La limite antérieure de l'expression des gènes hox chez les vertébrés correspond à l'extrémité antérieure de la queue calcichordate. L'appariement des organes gauche-droite (une étape importante dans l'origine de la symétrie bilatérale des chordés) a peut-être impliqué l'interaction d'un morphogène symétrisant, produit à partir de l'extrémité antérieure de la queue, avec un morphogène latéral (le morphogène de Wilhelmi), produit au cours de l'ontogenèse d'abord du côté gauche puis du côté droit. Ce mécanisme peut encore agir lors de la métamorphose de l'amphioxus et dans l'imagerie miroir chez les jumeaux vertébrés. Le morphogène de Wilhelmi pourrait être lié à un ou plusieurs membres de la cascade dorsale de Drosophila.",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/ed43e37abb0502fb22eb83089d464f5feeaab118",
    doi = "10.1111/J.1463-6395.1996.TB01256.X",
    is_oa = "true",
    number = "2",
    pages = "101-122",
    semanticscholar_citation_count = "92",
    semanticscholar_id = "ed43e37abb0502fb22eb83089d464f5feeaab118",
    volume = "77",
    references = "doi101126science1403568820, doi101242jcss231123445, doi101242jcss232126183"
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@article{doi10103841710,
    author = "Shubin, Neil et Tabin, Cliff et Carroll, Sean B.",
    title = "Fossiles, gènes et l'évolution des membres animaux",
    year = "1997",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/41710",
    doi = "10.1038/41710",
    openalex = "W1601043516",
    references = "doi101002jez1401080304, doi1010160092867493906262, doi1010160092867493906273, doi1010160092867493906284, doi101016s0092867400811149, doi101017s0263593300006787, doi101038368208a0, doi101038376479a0, doi10108011035899509546213, doi101093aesa283408, doi101111j109636421995tb00110x, doi101111j109636421995tb00119x, doi101111j150239311996tb01839x, doi101126science2504981658, doi10182618200376605199601, doi1023072992562, doi1023073223017, doi105281zenodo16171435, doi107208chicago97802262565730010001"
}

Les caractères morphologiques (y compris ultrastructuraux) et développementaux utilisés dans la littérature récente sont examinés de manière critique en tant que base pour réévaluer les relations phylogénétiques des gastéropodes. Le but de cet article est de fournir un cadre de caractères pour les études futures et une hypothèse phylogénétique testable. Il s'agit de l'une des premières tentatives d'utiliser de tels caractères pour évaluer les relations de tous les grands clades en utilisant des méthodes de parcimonie. L'analyse utilise 117 caractères et inclut 40 taxons, principalement des « prosobranches ». Cinq taxons de groupe externe sont inclus, représentant quatre groupes conchifères et les Polyplacophora. Sur les 117 caractères examinés et inclus dans les analyses, neuf sont des caractères de coquille (quatre de ces derniers concernent la structure de la coquille), deux operculaires, deux musculaires, quatre ctenidiaux, 12 rénopericardiaux et 24 reproducteurs (dont 17 basés sur les spermatozoïdes et la spermatogenèse), 27 du système digestif, 32 du système nerveux et des organes sensoriels ; le reste est développemental (3) et concerne le pied et la glande hypobranchiale. Dans l'analyse initiale, l'ensemble de données comprenait un mélange de caractères binaires et multistats, tous les caractères étant non ordonnés. Ces données ont également été analysées après mise à l'échelle afin que chaque caractère ait un poids égal. Un troisième ensemble de données a été construit dans lequel tous les caractères ont été codés comme des caractères binaires. Ces analyses ont conduit à certaines transformations de caractères implausibles, impliquant principalement la récupération de structures palléales perdues. Des analyses supplémentaires ont été effectuées sur les trois ensembles de données après avoir retiré cinq caractères montrant les transformations les plus improbables. Ces analyses ont conduit à des topologies généralement similaires. La robustesse des clades a été testée en utilisant la décadence des clades. La radiation adaptative des gastéropodes et leurs traits d'histoire de vie sont brièvement décrits et discutés, et la terminologie pour l'hermaphrodisme simultané est affinée. Un scénario pour l'évolution de la torsion, équivalent au registre fossile, est proposé et les effets de la torsion et de l'enroulement sur les gastéropodes sont discutés, ainsi que l'asymétrie imposée par les formes corporelles en forme de patelle. Il est suggéré que les premiers gastéropodes étaient ultradextres. L'idée que l'hétérochronie a joué un rôle majeur dans l'évolution des gastéropodes est développée et discutée, en particulier le sceau paedomorphique imposé aux apogastéropodes. Les larves veligers des caenogastéropodes et des hétérobranches sont contrastées et se révèlent différer sous de nombreux aspects. L'évolution de la planctotrophie au sein des gastéropodes est discutée. Les hypothèses phylogénétiques récentes pour les gastéropodes basées sur des données moléculaires sont généralement en large accord avec les résultats actuels. Sur la base de nos analyses, nous discutons des principaux groupes monophylétiques au sein des gastéropodes. Les gastéropodes semblent former un clade monophylétique et se divisent en deux groupes principaux, les Eogastropoda (incorporant les patellogastéropodes et leurs ancêtres (probablement enroulés à gauche) et les Orthogastropoda - le reste des gastéropodes. Les Orthogastropoda comprennent plusieurs clades bien définis. Le clade des vetigastéropodes englobe la plupart des groupes précédemment inclus dans l'Archéogastéropoda paraphylétique (fissurellidés, trochoïdés, scissurelloïdés, halioroïdés, pleurotomarioïdés) ainsi que les patelles lepto-driloïdes et lepetelloïdes et les seguenzidés. L'emplacement des taxons de sources hydrothermales Peltospiridae et Neomphalidae varie avec chaque analyse, probablement en raison d'un manque de données ultrastructurales pour ces taxons et de parallélisme dans de nombreux caractères. Ils forment soit un groupe paraphylétique ou monophylétique à la base des vetigastéropodes ou un clade avec les neritopsines et les cocculinoïdes. Les neritopsines (Neritoidea, etc.) forment systématiquement un clade avec les patelles cocculinoïdes, mais leur position sur l'arbre diffère également selon l'ensemble de données utilisé et (dans le cas des données mises à l'échelle) si l'ensemble complet de caractères est utilisé ou non. Ils sont soit les frères du reste des orthogastéropodes soit des apogastéropodes. Les caenogastéropodes [Mesogastropoda (+ groupes architaenioglossan) + Neogastropoda] sont systématiquement monophylétiques tout comme les hétérobranches ('Hétérostropha' + Opisthobranchia + Pulmonata). Les caenogastéropodes et les hétérobranches forment également un clade dans toutes les analyses et le nom Apogastropoda est redéfini pour englober ce groupe. De nouveaux taxons sont proposés, Sorbeoconcha pour les caenogastéropodes exclus des taxons architaenioglossan, et Hypsogastropoda pour les « caenogastéropodes supérieurs » – les Sorbeoconcha exclus des Cerithioidea et Campaniloidea.

@article{doi101111j109636421997tb00137x,
    author = "Ponder, Winston F. and Lindberg, David R.",
    title = "Vers une phylogénie des mollusques gastéropodes : une analyse utilisant des caractères morphologiques",
    year = "1997",
    journal = "Zoological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "Les caractères morphologiques (y compris ultrastructuraux) et développementaux utilisés dans la littérature récente sont examinés de manière critique en tant que base pour réévaluer les relations phylogénétiques des gastéropodes. Le but de cet article est de fournir un cadre de caractères pour les études futures et une hypothèse phylogénétique testable. Il s'agit de l'une des premières tentatives d'utiliser de tels caractères pour évaluer les relations de tous les grands clades en utilisant des méthodes de parcimonie. L'analyse utilise 117 caractères et inclut 40 taxons, principalement des 'prosobranches'. Cinq taxons de groupe externe sont inclus, représentant quatre groupes conchifères et les Polyplacophora. Sur les 117 caractères examinés et inclus dans les analyses, neuf sont des caractères de coquille (quatre de ces caractères concernent la structure de la coquille), deux operculaires, deux musculaires, quatre ctenidiaux, 12 rénopericardiaux et 24 reproducteurs (incluant 17 basés sur les spermatozoïdes et la spermatogenèse), 27 du système digestif, 32 du système nerveux et des organes sensoriels ; le reste est développemental (3) et du pied et de la glande hypobranchiale. Dans l'analyse initiale, l'ensemble de données comprenait un mélange de caractères binaires et multistats, tous les caractères étant non ordonnés. Ces données ont également été analysées après mise à l'échelle afin que chaque caractère ait un poids égal. Un troisième ensemble de données a été construit dans lequel tous les caractères ont été codés comme des caractères binaires. Ces analyses ont conduit à certaines transformations de caractères implausibles, principalement impliquant la récupération de structures palliales perdues. Des analyses supplémentaires ont été effectuées sur les trois ensembles de données après avoir retiré cinq caractères montrant les transformations les plus improbables. Ces analyses ont conduit à des topologies généralement similaires. La robustesse des clades a été testée en utilisant la décadence des clades. La radiation adaptative des gastéropodes et leurs traits d'histoire de vie sont brièvement décrits et discutés, et la terminologie pour l'hérmafrodisme simultané est affinée. Un scénario pour l'évolution de la torsion équivalent au registre fossile est proposé et les effets de la torsion et de l'enroulement sur les gastéropodes sont discutés, ainsi que l'asymétrie imposée par les formes corporelles en forme de patelle. Il est suggéré que les premiers gastéropodes étaient ultradextres. L'idée que l'hétérochronie a joué un rôle majeur dans l'évolution des gastéropodes est développée et discutée, en particulier le sceau paedomorphique imposé aux apogastéropodes. Les larves veligers des caenogastéropodes et des hétérobranches sont contrastées et se révèlent différer sous de nombreux aspects. L'évolution de la planctotrophie au sein des gastéropodes est discutée. Les hypothèses phylogénétiques récentes pour les gastéropodes basées sur des données moléculaires sont généralement en large accord avec les résultats actuels. Sur la base de nos analyses, nous discutons des principaux groupes monophylétiques au sein des gastéropodes. Les gastéropodes semblent être un clade monophylétique et se divisent en deux groupes principaux, les Eogastropoda (incorporant les patellogastéropodes et leurs ancêtres (probablement enroulés sinistrement) et les Orthogastropoda - le reste des gastéropodes. Les Orthogastropoda comprennent plusieurs clades bien définis. Le clade des vetigastéropodes englobe la plupart des groupes précédemment inclus dans l'Archéogastéropoda paraphylétique (fissurellidés, trochoïdés, scissurelloïdés, halioroïdés, pleurotomarioïdés) ainsi que les patelles lepto-driloïdes et lepetelloïdes et les seguenzidés. L'emplacement des taxons de vent chaud Peltospiridae et Neomphalidae varie avec chaque analyse, probablement en raison d'un manque de données ultrastructurales pour ces taxons et de parallélisme dans de nombreux caractères. Ils forment soit un groupe paraphylétique ou monophylétique à la base des vetigastéropodes ou un clade avec les neritopsines et les cocculinoïdes. Les neritopsines (Neritoidea, etc.) forment systématiquement un clade avec les patelles cocculinoïdes, mais leur position sur l'arbre diffère également selon l'ensemble de données utilisé et (dans le cas des données mises à l'échelle) si l'ensemble complet de caractères est utilisé ou non. Ils sont soit les frères du reste des orthogastéropodes ou des apogastéropodes. Les caenogastéropodes [Mesogastropoda (+ groupes architaenioglossan) + Neogastropoda] sont systématiquement monophylétiques, tout comme les hétérobranches ('Hétérostropha' + Opisthobranchia + Pulmonata). Les caenogastéropodes et les hétérobranches forment également un clade dans toutes les analyses et le nom Apogastropoda est redéfini pour englober ce groupe. De nouveaux taxons sont proposés, Sorbeoconcha pour les caenogastéropodes exclus des taxons architaenioglossan, et Hypsogastropoda pour les 'caenogastéropodes supérieurs' – les Sorbeoconcha exclus des Cerithioidea et Campaniloidea.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-3642.1997.tb00137.x",
    doi = "10.1111/j.1096-3642.1997.tb00137.x",
    openalex = "W1971435248",
    references = "doi1010079781489957405, doi101007bf02537225, doi1010160012825272900724, doi1010160016003258902862, doi1010160305197885900559, doi101016b9780122825057500129, doi101017s0022336000021454, doi101017s0094837300006588, doi101017s0094837300012793, doi10110809504120610655222, doi101111j146363951995tb00988x, doi101111j1469185x1950tb00585x, doi101126science3277277, doi1023071292581, doi1023072412182, doi1023072992272, doi1023073225209, openalexw2264583994, openalexw2506868775, openalexw638862129, openalexw659399033"
}

Résumé. L'interprétation de l'évolution précoce des deutérostomes et de leurs relations a été entravée par le manque de conservation des parties molles dans la plupart des groupes. De plus, une orientation de vie inversée récemment révélée chez les vertébrés (les seuls vrais notoneuraliens) par rapport aux autres animaux bilatéraux a été mal interprétée comme une preuve d'un plan corporel unique chez tous les deutérostomes, induisant en erreur toute recherche de parents. Concernant les échinodermes, la variété des plans corporels est confuse. L'interprétation de certains fossiles avec des squelettes en calcite de type échinoderme comme ancêtres « calcichordés » des chordés, cependant, implique une reconstruction hypothétique d'un plan corporel inhabituel et une longue série de transitions hypothétiques. Le nombre d'étapes nécessaires est beaucoup plus faible si les céphalochordés (amphioxus ou lancelet) sont dérivés directement des enteropneustes hémi-chordés. Les « interprétations sensationnelles » de fossiles (Yunnanozoon, Cathaymyrus) provenant de dépôts de type Burgess Shale ont ajouté une confusion supplémentaire. La conservation des parties molles des animaux conodontes, avec des myomères en forme de V et un notochorde, montre qu'ils étaient des chordés segmentés, tandis que les yeux probables et les dents suggèrent qu'ils étaient déjà du côté des vertébrés. doi: 10.1002/mmng.19980010106

@article{doi101002mmng19980010106,
    author = "Bergström, J. and Naumann, W. and Viehweg, J. and Martí-Mus, M.",
    title = "Conodonts, Calcichordates and the Origin of Vertebrates",
    year = "1998",
    journal = "Fossil Record",
    abstract = "Abstract. Interpretation of early deuterostome evolution and relationships has been hampered by the lack of soft-part preservation in most groups. In addition, a recently revealed upside-down life orientation of vertebrates (the only real notoneuralians) compared to other bilateral animals has been misinterpreted as evidence for a unique body design in all deuterostomes, misleading any search for relatives. Regarding echinoderms, the variety of body plans is confusing. The interpretation of some fossils with echinoderm-type calcite skeletons as “calcichordate” ancestors of chordates, however, involves a hypothetical reconstruction of an unusual body plan and a long series of hypothetical transitions. The number of necessary steps is much lower if cephalochordates (amphioxus or lancelet) are derived directly from hemichordate enteropneusts. “Sensation interpretations” of fossils (Yunnanozoon, Cathaymyrus) from Burgess Shale type deposits have added further confusion. Soft-part preservation of conodont animals, with V-shaped myomeres and a notochord, shows that they were segmented chordates, while probable eyes and teeth suggest that they were already on the vertebrate side. Die Interpretation fruher Deuterostomia hinsichtlich ihrer Evolution und verwandtschaftlichen Beziehungen ist in den meisten Gruppen durch den Mangel an Weichkorpererhaltung sehr erschwert. Die kurzlich entdeckte Tatsache, das Vertebraten, d. h. die einzigen echten Notoneuralia, im Gegensatz zu anderen bilateral symmetrischen Organismen eine mit ihrer ursprunglichen Oberseite nach unten gerichtete Lebensstellung einnehmen, hat zu der irrtumlichen Ansicht gefuhrt, das alle Deuostomia uber einen im Tierreich einzigartigen Bauplan verfugen. Diese Interpretation brachte naturgemas jede Suche nach Verwandtschaftsverhaltnissen auf Abwege. Hinsichtlich der Echinodermata ist die bauplanmasige Variation in der Tat verwirrend. Die Interpretation einiger Fossilien mit Echinodermen-ahnlichen Kalzitskeletten als “calcichordate” Vorfahren der Chordata setzt jedoch die hypothetische Rekonstruktion eines ungewohnlichen Bauplans sowie eine lange Serie hypothetischer Ubergange voraus. Die Anzahl der notwendigen Schritte ist sehr viel geringer. wenn Cephalochordaten (Amphioxus oder das Lanzettfischchen) von hemichordaten Enteropneusta abgeleitet werden. Zusatzliche Verwirrung hat es durch sensationelle Interpretationen von Fossilien, Wie Yunnanozoon und Cathaymyrus aus Burgess-Schiefer-artigen Ablagerungen gegeben. Weichkorpererhaltung von Conodontentieren, die V-formige Myomere sowie einen Notochord besitzen, zeigen, das es sich um segmentierte Chordata handelte, wahrend sie die Prasenz moglicher Augenstrukturen und Zahne bereits auf die Seite der Vertebraten stellt. doi: 10.1002/mmng.19980010106",
    url = "https://fr.copernicus.org/articles/1/81/1998/fr-1-81-1998.pdf",
    doi = "10.1002/MMNG.19980010106",
    is_oa = "true",
    number = "1",
    pages = "81-91",
    semanticscholar_citation_count = "20",
    semanticscholar_id = "f366bb142ee9180100c34ce2b6934f0ff4dc6d40",
    volume = "1"
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Il a longtemps été supposé que les phylums bilatériens actuels ont généralement leur origine dans l'explosion cambrienne, lorsqu'ils apparaissent sous une forme essentiellement moderne. Ces deux hypothèses sont contestables. Une application stricte des concepts de groupe tige et de groupe couronne aux phylums montre que, bien que les points de branchement de nombreux clades aient pu se produire au Cambrien inférieur ou avant, l'apparition des plans corporels modernes s'est produite dans la plupart des cas plus tard : très peu de phylums bilatériens sensu stricto ont des représentants démontrables dans le Cambrien le plus ancien. Étant donné que les points de branchement précoces des grands clades sont un résultat inévitable de la géométrie de la diversi®cation des clades, le phénomène allégué de l'apparition précoce des phylums et de leur stabilité morphologique n'est pas vu comme nécessitant une explication particulière. La confusion dans la dé®nition d'un phylum a ainsi conduit à des tentatives d'explication (en particulier sous un angle développemental) d'une caractéristique qui est en partie inévitable, en partie illusoire. Nous discutons de manière critique des modèles de diversi®cation protérozoïque basés sur une petite taille corporelle, une capacité développementale limitée et une mauvaise préservation et des habitudes cryptiques, et montrons que la perspective d'une diversi®cation des lignées se produisant tôt dans le Protérozoïque peut être considérée comme peu probable sur des bases à la fois de parcimonie et de morphologie fonctionnelle. En effet, la combinaison du registre fossile corporel et des traces démontre une diversi®cation progressive jusqu'à la fin du Protérozoïque, bien dans le Cambrien et au-delà, une image cohérente avec l'assemblage des plans corporels durant cette période. Les caractères du plan corporel ont probablement été acquis de manière monophylétique dans l'histoire des bilatériens, et un modèle expliquant la diversité dans l'un d'eux, le coelome, est présenté. Cette analyse pointe vers la nécessité d'une application prudente de la méthodologie systématique avant de chercher des explications pour les allégués motifs de contrainte et de ¯fexibilité.

@article{doi101017s000632310000548x,
    author = "Budd, Graham E. et Jensen, Sören",
    title = "Une réévaluation critique du registre fossile des phylums bilatériens",
    year = "2000",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews de la Société philosophique de Cambridge",
    abstract = "Il a longtemps été supposé que les phylums bilatériens actuels ont généralement leur origine dans l'explosion cambrienne, lorsqu'ils apparaissent sous une forme essentiellement moderne. Ces deux hypothèses sont contestables. Une application stricte des concepts de groupe tige et de groupe couronne aux phylums montre que, bien que les points de branchement de nombreux clades aient pu se produire au Cambrien inférieur ou avant, l'apparition des plans corporels modernes s'est produite dans la plupart des cas plus tard : très peu de phylums bilatériens sensu stricto ont des représentants démontrables dans le Cambrien le plus ancien. Étant donné que les points de branchement précoces des grands clades sont un résultat inévitable de la géométrie de la diversi®cation des clades, le phénomène allégué de l'apparition précoce des phylums et de leur stabilité morphologique n'est pas vu comme nécessitant une explication particulière. La confusion dans la dé®nition d'un phylum a ainsi conduit à des tentatives d'explication (en particulier sous un angle développemental) d'une caractéristique qui est en partie inévitable, en partie illusoire. Nous discutons de manière critique des modèles de diversi®cation protérozoïque basés sur une petite taille corporelle, une capacité développementale limitée et une mauvaise préservation et des habitudes cryptiques, et montrons que la perspective d'une diversi®cation des lignées se produisant tôt dans le Protérozoïque peut être considérée comme peu probable sur des bases à la fois de parcimonie et de morphologie fonctionnelle. En effet, la combinaison du registre fossile corporel et des traces démontre une diversi®cation progressive jusqu'à la fin du Protérozoïque, bien dans le Cambrien et au-delà, une image cohérente avec l'assemblage des plans corporels durant cette période. Les caractères du plan corporel ont probablement été acquis de manière monophylétique dans l'histoire des bilatériens, et un modèle expliquant la diversité dans l'un d'eux, le coelome, est présenté. Cette analyse pointe vers la nécessité d'une application prudente de la méthodologie systématique avant de chercher des explications pour les allégués motifs de contrainte et de ¯fexibilité.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s000632310000548x",
    doi = "10.1017/s000632310000548x",
    openalex = "W2148377177",
    references = "doi101002aja1002030302, doi101002jmor1050540103, doi101017s0022336000024963, doi101017s0094837300012793, doi101017s009483730001681x, doi10103835318, doi101038361490a0, doi101038377720a0, doi101038382127a0, doi101038387489a0, doi10103846965, doi101098rstb19780005, doi101098rstb19790006, doi101098rstb19950029, doi101111j109583121996tb01693x, doi101111j109600311991tb00045x, doi101111j146363951991tb00312x, doi101111j146363951995tb00988x, doi101111j146364091991tb00303x, doi101111j1469185x1988tb00631x, doi101111j150239311975tb01311x, doi101111j150239311990tb01373x, doi101111j150239311998tb00509x, doi101126science28354091919, doi101126science28454232129, doi101126science7886451, doi101139e87124, doi101508300037918, doi101826182003741571989, doi101826182003769311997, doi1023073515360, doi1023073515362, doi1023073515363, doi105281zenodo16238847, dzik1988the, openalexw2055967869, openalexw2598873191, openalexw2754161204"
}

L'analyse des séquences d'ADN impose une nouvelle interprétation des arbres phylogénétiques. Les taxons qui étaient autrefois considérés comme représentant des degrés successifs de complexité à la base de l'arbre métazoaire sont déplacés vers des positions beaucoup plus élevées à l'intérieur de l'arbre. Cela ne laisse aucun « intermédiaire » évolutif et nous oblige à repenser l'origine de la complexité bilatérienne.

@article{doi101073pnas9794453,
    author = "Adoutte, André et Balavoine, Guillaume et Lartillot, Nicolas et Lespinet, Olivier et Prud'homme, Benjamin et de Rosa, Renaud",
    title = "La nouvelle phylogénie animale : Fiabilité et implications",
    year = "2000",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = {L'analyse des séquences d'ADN impose une nouvelle interprétation des arbres phylogénétiques. Les taxons qui étaient autrefois considérés comme représentant des degrés successifs de complexité à la base de l'arbre métazoaire sont déplacés vers des positions beaucoup plus élevées à l'intérieur de l'arbre. Cela ne laisse aucun « intermédiaire » évolutif et nous oblige à repenser l'origine de la complexité bilatérienne.},
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.97.9.4453",
    doi = "10.1073/pnas.97.9.4453",
    openalex = "W2162160001",
    references = "doi101111j109600311998tb00338x, doi101126science28354091919, doi101126science7886451, doi105860choice334500"
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Les Chordata sont un groupe d'animaux caractérisés par un cordon nerveux tubulaire dorsal, une notochorde et des fentes branchiales. Le groupe comprend les Vertebrata (Craniata), Tunicata, Acrania et Conodonta.

@misc{bone2001chordata,
    author = "Bone, Quentin",
    title = "Chordata (Chordés)",
    year = "2001",
    booktitle = "Encyclopedia of Life Sciences",
    abstract = "Les Chordata sont un groupe d'animaux caractérisés par un cordon nerveux tubulaire dorsal, une notochorde et des fentes branchiales. Le groupe comprend les Vertebrata (Craniata), Tunicata, Acrania et Conodonta.",
    url = "https://doi.org/10.1038/npg.els.0001528",
    doi = "10.1038/npg.els.0001528"
}

Comprendre l'origine et l'évolution précoce des phylums animaux nécessite de savoir comment les groupes animaux sont liés les uns aux autres. Nous avons donc entrepris d'explorer la phylogénie animale en analysant, par parcimonie maximale, 138 caractères morphologiques provenant de 40 groupes métazoaires et 304 séquences 18S rDNA, séparément et ensemble. Les deux types de données concordent pour indiquer que les arthropodes ne sont pas étroitement liés aux annélides : le premier groupe avec les nématodes et autres animaux à mue (Ecdysozoa), et le second avec les mollusques et autres taxons à clivage spiralé. De plus, ni les brachiopodes ni les chaetognathes ne se regroupent avec les deutérostomiens ; les brachiopodes sont alliés aux mollusques et annélides (Lophotrochozoa), tandis que les chaetognathes sont alliés aux ecdysozoaires. La principale discordance entre les deux types de données concerne la racine des bilatériens et le taxon frère bilatérien. La morphologie suggère que la racine se situe entre les deutérostomiens et les protostomiens, avec les ctenophores comme groupe frère bilatérien, tandis que les 18S rDNA suggèrent que la racine se situe au sein des Lophotrochozoa, avec les vers plats acoèles et les gnathostomulides comme bilatériens basaux, et les cnidaires comme groupe frère bilatérien. Nous suggérons que cette position basale des acoèles et gnathostomulides est un artefact, car pour 1 000 analyses phylogénétiques réplicates avec une séquence aléatoire en groupe externe, la majorité des racines se situent avec un vers plat acoèle ou un gnathostomulide comme lignée ingroupe basale. Lorsque ces taxons problématiques sont éliminés de la matrice, l'analyse combinée suggère que la racine se situe entre les deutérostomiens et les protostomiens, et que Ctenophora est le groupe frère bilatérien. Nous suggérons que, puisque les chaetognathes et les lophophorés, taxons traditionnellement alliés aux deutérostomiens, occupent des positions basales au sein de leurs clades protostomiens respectifs, la deutérostomie représente probablement un ensemble de caractères plesiomorphiques pour les bilatériens.

@article{doi101046j1525142x2001003003170x,
    author = "Peterson, Kevin J. and Eernisse, Douglas J.",
    title = "Animal phylogeny and the ancestry of bilaterians: inferences from morphology and 18S rDNA gene sequences",
    year = "2001",
    journal = "Evolution \& Development",
    abstract = "Insight into the origin and early evolution of the animal phyla requires an understanding of how animal groups are related to one another. Thus, we set out to explore animal phylogeny by analyzing with maximum parsimony 138 morphological characters from 40 metazoan groups, and 304 18S rDNA sequences, both separately and together. Both types of data agree that arthropods are not closely related to annelids: the former group with nematodes and other molting animals (Ecdysozoa), and the latter group with molluscs and other taxa with spiral cleavage. Furthermore, neither brachiopods nor chaetognaths group with deuterostomes; brachiopods are allied with the molluscs and annelids (Lophotrochozoa), whereas chaetognaths are allied with the ecdysozoans. The major discordance between the two types of data concerns the rooting of the bilaterians, and the bilaterian sister-taxon. Morphology suggests that the root is between deuterostomes and protostomes, with ctenophores the bilaterian sister-group, whereas 18S rDNA suggests that the root is within the Lophotrochozoa with acoel flatworms and gnathostomulids as basal bilaterians, and with cnidarians the bilaterian sister-group. We suggest that this basal position of acoels and gnathostomulids is artifactal because for 1,000 replicate phylogenetic analyses with one random sequence as outgroup, the majority root with an acoel flatworm or gnathostomulid as the basal ingroup lineage. When these problematic taxa are eliminated from the matrix, the combined analysis suggests that the root lies between the deuterostomes and protostomes, and Ctenophora is the bilaterian sister-group. We suggest that because chaetognaths and lophophorates, taxa traditionally allied with deuterostomes, occupy basal positions within their respective protostomian clades, deuterostomy most likely represents a suite of characters plesiomorphic for bilaterians.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1525-142x.2001.003003170.x",
    doi = "10.1046/j.1525-142x.2001.003003170.x",
    openalex = "W2128919173",
    references = "burdonjones1952development, doi1010079789401149044, doi101016b9780122825057x50015, doi101017s0022336000059977, doi10103821631, doi101038387489a0, doi101073pnas972111359, doi101073pnas9794469, doi101093oxfordjournalsmolbeva026241, doi101093oxfordjournalsmolbeva040071, doi101098rspb20001111, doi101098rstb19940059, doi101098rstb19950029, doi101111j109600311995tb00092x, doi101111j109600311998tb00338x, doi101111j109600311999tb00277x, doi101111j109600311999tb00278x, doi101111j146363951991tb00312x, doi101111j146364091997tb00412x, doi101111j1469185x1988tb00631x, doi101111j150239311995tb01591x, doi101111j155856461985tb00420x, doi101111j155856461988tb02497x, doi101126science28354091919, doi101126science2905493972, doi101126science7886451, doi105860choice334500, doi105860choice501469, openalexw654005152, openalexw659399033"
}

Les biologistes évolutionnistes ont adopté des modèles de vraisemblance simples pour estimer les états ancestraux et évaluer l'indépendance des caractères sur des phylogénies spécifiées ; cependant, pour estimer des phylogénies en utilisant des données morphologiques discrètes, la parcimonie maximale reste la seule option. Cet article explore la possibilité d'utiliser des modèles de Markov standards et bien comportés pour estimer des phylogénies morphologiques (y compris les longueurs de branches) selon le critère de vraisemblance. Une modification importante des modèles de Markov standards consiste à rendre la vraisemblance conditionnelle au fait que les caractères soient variables, car les caractères constants sont absents des ensembles de données morphologiques. Sans cette modification, les longueurs de branches sont souvent surestimées, entraînant des biais potentiellement graves dans le choix de la topologie de l'arbre. Plusieurs nouvelles voies de recherche sont ouvertes par une approche explicitement basée sur les modèles pour l'analyse phylogénétique des données morphologiques discrètes, y compris les analyses de vraisemblance combinées (morphologie + données de séquence), les tests du rapport de vraisemblance et les analyses bayésiennes.

@article{doi101080106351501753462876,
    author = "Lewis, Paul O.",
    title = "A Likelihood Approach to Estimating Phylogeny from Discrete Morphological Character Data",
    year = "2001",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Les biologistes évolutionnistes ont adopté des modèles de vraisemblance simples pour estimer les états ancestraux et évaluer l'indépendance des caractères sur des phylogénies spécifiées ; cependant, pour estimer des phylogénies en utilisant des données morphologiques discrètes, la parcimonie maximale reste la seule option. Cet article explore la possibilité d'utiliser des modèles de Markov standards et bien comportés pour estimer des phylogénies morphologiques (y compris les longueurs de branches) selon le critère de vraisemblance. Une modification importante des modèles de Markov standards consiste à rendre la vraisemblance conditionnelle au fait que les caractères soient variables, car les caractères constants sont absents des ensembles de données morphologiques. Sans cette modification, les longueurs de branches sont souvent surestimées, entraînant des biais potentiellement graves dans le choix de la topologie de l'arbre. Plusieurs nouvelles voies de recherche sont ouvertes par une approche explicitement basée sur les modèles pour l'analyse phylogénétique des données morphologiques discrètes, y compris les analyses de vraisemblance combinées (morphologie + données de séquence), les tests du rapport de vraisemblance et les analyses bayésiennes.",
    url = "https://doi.org/10.1080/106351501753462876",
    doi = "10.1080/106351501753462876",
    openalex = "W2122082385",
    references = "doi101007bf00160154, doi101007bf01734359, doi101007bf02101694, doi101007bf02338839, doi101016b9781483232119500097, doi101093oxfordjournalsmolbeva025811, doi101093oxfordjournalsmolbeva026160, doi101098rspb19940006, doi1012019781003456285, openalexw2994240441"
}

En tant que discipline, la phylogénétique est en train d'être transformée par une inondation de données moléculaires. Ces données permettent de poser des questions larges sur l'histoire de la vie, mais posent également des problèmes statistiques et informatiques difficiles. L'inférence bayésienne de la phylogénie apporte un nouveau point de vue sur de nombreuses questions en suspens en biologie évolutive, notamment l'analyse de grands arbres phylogénétiques et de modèles évolutifs complexes et la détection de l'empreinte de la sélection naturelle dans les séquences d'ADN.

@article{doi101126science1065889,
    author = "Huelsenbeck, John P. et Ronquist, Fredrik et Nielsen, Rasmus et Bollback, Jonathan P.",
    title = "Inférence bayésienne de la phylogénie et son impact sur la biologie évolutive",
    year = "2001",
    journal = "Science",
    abstract = "En tant que discipline, la phylogénétique est en train d'être transformée par une inondation de données moléculaires. Ces données permettent de poser des questions larges sur l'histoire de la vie, mais posent également des problèmes statistiques et informatiques difficiles. L'inférence bayésienne de la phylogénie apporte un nouveau point de vue sur de nombreuses questions en suspens en biologie évolutive, notamment l'analyse de grands arbres phylogénétiques et de modèles évolutifs complexes et la détection de l'empreinte de la sélection naturelle dans les séquences d'ADN.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1065889",
    doi = "10.1126/science.1065889",
    openalex = "W2141913814",
    references = "doi101093bioinformatics178754, doi101093oxfordjournalsmolbeva025892, doi1023072412923"
}

@article{doi101016s1055790302003329,
    author = "Miya, Masaki et Takeshima, Hirohiko et Endo, Hiromitsu et Ishiguro, Naoya B. et Inoue, Jun et Mukai, Takahiko et Satoh, Takashi et Yamaguchi, Motoomi et Kawaguchi, Akira et Mabuchi, Kohji et Shirai, Shigeru et Nishida, Mutsumi",
    title = "Major patterns of higher teleostean phylogenies: a new perspective based on 100 complete mitochondrial DNA sequences",
    year = "2002",
    journal = "Molecular Phylogenetics and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/s1055-7903(02)00332-9",
    doi = "10.1016/s1055-7903(02)00332-9",
    openalex = "W2170114989",
    references = "applegate1967phyletic, bonde1974interrelationships, doi101007bf00160154, doi101016s0016699588800664, doi101093bioinformatics149817, doi101093oxfordjournalsmolbeva003741, doi101111j109600311996tb00196x, doi101111j109600311999tb00277x, doi101111j155856461982tb05453x, doi101111j155856461983tb05533x, doi101111j155856461988tb02497x, doi101146annureven10010165000525, doi1023071375442, doi1023071437499, doi1023071444873, doi1023073514548, openalexw571605905"
}

L'augmentation du nombre de grands ensembles de données et la complexité des modèles actuels d'évolution de séquences probabilistes nécessitent des méthodes de reconstruction de phylogénie rapides et fiables. Nous décrivons une nouvelle approche, basée sur le principe du maximum de vraisemblance, qui satisfait clairement ces exigences. Le cœur de cette méthode est un algorithme simple de type « ascension de coteau » qui ajuste simultanément la topologie de l'arbre et les longueurs des branches. Cet algorithme part d'un arbre initial construit par une méthode rapide basée sur les distances et modifie cet arbre pour améliorer sa vraisemblance à chaque itération. Grâce à cet ajustement simultané de la topologie et des longueurs des branches, seules quelques itérations sont suffisantes pour atteindre un optimum. Nous avons utilisé des simulations informatiques étendues et réalistes pour montrer que la précision topologique de cette nouvelle méthode est au moins aussi élevée que celle des programmes existants de maximum de vraisemblance et bien supérieure à la performance des approches basées sur les distances et la parcimonie. La réduction du temps de calcul est spectaculaire par rapport à d'autres paquets de maximum de vraisemblance, tandis que la capacité de maximisation de la vraisemblance tend à être plus élevée. Par exemple, il n'a fallu que 12 minutes sur un ordinateur personnel standard pour analyser un ensemble de données composé de 500 séquences rbcL avec 1 428 paires de bases provenant de plastides végétaux, atteignant ainsi une vitesse du même ordre que certains algorithmes populaires basés sur les distances et la parcimonie. Cette nouvelle méthode est implémentée dans le programme PHYML, qui est librement disponible sur notre page web : http://www.lirmm.fr/w3ifa/MAAS/.

@article{doi10108010635150390235520,
    author = "Guindon, Stéphane et Gascuel, Olivier",
    title = "A Simple, Fast, and Accurate Algorithm to Estimate Large Phylogenies by Maximum Likelihood",
    year = "2003",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "L'augmentation du nombre de grands ensembles de données et la complexité des modèles actuels d'évolution de séquences probabilistes nécessitent des méthodes de reconstruction de phylogénie rapides et fiables. Nous décrivons une nouvelle approche, basée sur le principe du maximum de vraisemblance, qui satisfait clairement ces exigences. Le cœur de cette méthode est un algorithme simple de type « ascension de coteau » qui ajuste simultanément la topologie de l'arbre et les longueurs des branches. Cet algorithme part d'un arbre initial construit par une méthode rapide basée sur les distances et modifie cet arbre pour améliorer sa vraisemblance à chaque itération. Grâce à cet ajustement simultané de la topologie et des longueurs des branches, seules quelques itérations sont suffisantes pour atteindre un optimum. Nous avons utilisé des simulations informatiques étendues et réalistes pour montrer que la précision topologique de cette nouvelle méthode est au moins aussi élevée que celle des programmes existants de maximum de vraisemblance et bien supérieure à la performance des approches basées sur les distances et la parcimonie. La réduction du temps de calcul est spectaculaire par rapport à d'autres paquets de maximum de vraisemblance, tandis que la capacité de maximisation de la vraisemblance tend à être plus élevée. Par exemple, il n'a fallu que 12 minutes sur un ordinateur personnel standard pour analyser un ensemble de données composé de 500 séquences rbcL avec 1 428 paires de bases provenant de plastides végétaux, atteignant ainsi une vitesse du même ordre que certains algorithmes populaires basés sur les distances et la parcimonie. Cette nouvelle méthode est implémentée dans le programme PHYML, qui est librement disponible sur notre page web : http://www.lirmm.fr/w3ifa/MAAS/.",
    url = "https://doi.org/10.1080/10635150390235520",
    doi = "10.1080/10635150390235520",
    openalex = "W2103546861",
    references = "doi101007bf00160154, doi101007bf01731581, doi101007bf01734359, doi101007bf02101694, doi101016b9781483232119500097, doi101093bioinformatics178754, doi101093oxfordjournalsmolbeva025664, doi101093oxfordjournalsmolbeva040023, doi101093oxfordjournalsmolbeva040454, doi101111j155856461985tb00420x, openalexw2002446259, openalexw2170120409, openalexw2994240441, openalexw3199943451, openalexw3217097258"
}

▪ Résumé Les outils moléculaires ont profondément réorganisé notre compréhension de la phylogénie des métazoaires. Initialement basés sur le gène de la petite sous-unité ribosomique nucléaire (SSU ou 18S), les hypothèses récentes ont été corroborées par plusieurs sources de données (y compris la grande sous-unité ribosomique nucléaire, les gènes Hox, l'ordre des gènes mitochondriaux, les gènes mitochondriaux concaténés et le gène de la chaîne lourde de la myosine II). Dans ce qui suit, les preuves soutenant notre compréhension actuelle sont discutées sur une base clade par clade. Les animaux bilatériens consistent en trois clades : Deuterostomia, Lophotrochozoa et Ecdysozoa. Chaque clade est soutenu par des données moléculaires et morphologiques. Deuterostomia est plus petit que ce qui est traditionnellement reconnu, consistant en hémichordés, échinodermes, chordés et Xenoturbella (un animal enigmatique ressemblant à un ver). Lophotrochozoa regroupe les animaux dotés d'un appareil alimentaire lophophore (Brachiopoda, Bryozoa et Phoronida) et de larves trochophores (par exemple, les annélides et les mollusques), ainsi que plusieurs autres phyles reconnus (par exemple, les plathelminthes, les sipunculaires et les némeriens). Ecdysozoa comprend les animaux à mue (par exemple, les arthropodes, les nématodes, les tardigrades et les priapulides), regroupant ainsi deux organismes modèles majeurs (Drosophila et Caenorhabditis) dans la même lignée. Les Platyhelminthes ne semblent pas être monophylétiques, avec Acoelomorpha occupant une position basale dans Bilateria. Avant l'émergence des animaux bilatériens, les éponges, les ctenophores, les cnidaires et les placozoaires se sont séparés de la lignée animale principale, mais l'ordre de divergence est moins certain. De nombreuses questions persistent concernant les relations au sein d'Ecdysozoa et de Lophotrochozoa, la monophylie des porifères et la position de nombreux taxons moins étudiés (par exemple, les kinorhynchs, les gastrotriches, les gnathostomulides et les entoproctes).

@article{doi101146annurevecolsys35112202130124,
    author = "Halanych, Kenneth M.",
    title = "The New View of Animal Phylogeny",
    year = "2004",
    journal = "Annual Review of Ecology Evolution and Systematics",
    abstract = "▪ Résumé Les outils moléculaires ont profondément réorganisé notre compréhension de la phylogénie des métazoaires. Initialement basés sur le gène de la petite sous-unité ribosomique nucléaire (SSU ou 18S), les hypothèses récentes ont été corroborées par plusieurs sources de données (y compris la grande sous-unité ribosomique nucléaire, les gènes Hox, l'ordre des gènes mitochondriaux, les gènes mitochondriaux concaténés et le gène de la chaîne lourde de la myosine II). Dans ce qui suit, les preuves soutenant notre compréhension actuelle sont discutées sur une base clade par clade. Les animaux bilatériens consistent en trois clades : Deuterostomia, Lophotrochozoa et Ecdysozoa. Chaque clade est soutenu par des données moléculaires et morphologiques. Deuterostomia est plus petit que ce qui est traditionnellement reconnu, consistant en hémichordés, échinodermes, chordés et Xenoturbella (un animal enigmatique ressemblant à un ver). Lophotrochozoa regroupe les animaux dotés d'un appareil alimentaire lophophore (Brachiopoda, Bryozoa et Phoronida) et de larves trochophores (par exemple, les annélides et les mollusques), ainsi que plusieurs autres phyles reconnus (par exemple, les plathelminthes, les sipunculaires et les némeriens). Ecdysozoa comprend les animaux à mue (par exemple, les arthropodes, les nématodes, les tardigrades et les priapulides), regroupant ainsi deux organismes modèles majeurs (Drosophila et Caenorhabditis) dans la même lignée. Les Platyhelminthes ne semblent pas être monophylétiques, avec Acoelomorpha occupant une position basale dans Bilateria. Avant l'émergence des animaux bilatériens, les éponges, les ctenophores, les cnidaires et les placozoaires se sont séparés de la lignée animale principale, mais l'ordre de divergence est moins certain. De nombreuses questions persistent concernant les relations au sein d'Ecdysozoa et de Lophotrochozoa, la monophylie des porifères et la position de nombreux taxons moins étudiés (par exemple, les kinorhynchs, les gastrotriches, les gnathostomulides et les entoproctes).",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.35.112202.130124",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.35.112202.130124",
    openalex = "W2114395497",
    references = "doi1010079789401149044, doi101016003101829390065q, doi101016jtig200312003, doi101016s0092867403004690, doi101017s0006323198005167, doi10103835318, doi101038387489a0, doi10103846965, doi101038nature01851, doi101046j1525142x2001003003170x, doi101073pnas972111359, doi101073pnas9794469, doi101093oxfordjournalsmolbeva004134, doi101093oxfordjournalsmolbeva026241, doi101098rspb20032631, doi101098rstb19950029, doi101111j109600311998tb00338x, doi101111j146363951987tb00892x, doi101111j146364091997tb00412x, doi101126science2705236598, doi101126science28354091919, doi101126science28454232129, doi101126science3277277, doi101146annurevge22120188002513, doi105860choice501469, openalexw2076004673"
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Le tube neural ancestral des chordés avait une structure tripartite, comprenant les régions antérieure, de la limite mésencéphale-encéphale postérieur (MHB) et postérieure. La région la plus antérieure englobe à la fois le cerveau antérieur et le mésencéphale chez les vertébrés. Il n'est pas clair quand ou comment la distinction entre ces deux régions fonctionnellement et développementalement distinctes est apparue dans l'évolution. Récemment, nous avons rapporté un gène homeobox de la classe PRD de la souris, Dmbx1, exprimé dans le mésencéphale présomptif aux stades précoces du développement, et dans l'encéphale postérieur aux stades ultérieurs, avec exclusion de la MHB. Ce gène offre une voie pour étudier l'évolution du développement du mésencéphale. Nous rapportons le clonage, la structure génomique, la phylogénie et l'expression embryonnaire des gènes Dmbx de l'amphioxus et de Ciona, représentant les deux lignées les plus étroitement apparentées aux vertébrés. Nos analyses montrent que les gènes Dmbx forment une famille de gènes homeobox distincte et ancienne, avec une séquence et une organisation génomique hautement conservées, bien que plus divergentes chez Ciona. Chez l'amphioxus, aucune expression de Dmbx n'est observée dans le tube neural, soutenant les arguments précédents selon lesquels la région équivalente à la MHB a été secondairement modifiée dans l'évolution. Chez Ciona, le gène CiDmbx est détecté dans les cellules neurales caudales aux cellules positives pour Pax2/5/8 (homologue de la MHB), dans la région positive pour Hox, mais, intéressamment, pas dans aucune cellule rostrale à elles. Ces résultats suggèrent qu'un homologue du mésencéphale est manquant chez Ciona, et soutiennent que le développement du mésencéphale est une nouveauté qui s'est évolué spécifiquement sur la lignée vertébrée. Nous discutons de l'évolution du développement du mésencéphale en relation avec l'ascendance du plan neural tripartite et l'origine de l'organisateur MHB.

@article{doi101242dev01201,
    author = "Takahashi, Tokiharu et Holland, P.",
    title = "Les gènes homeobox Dmbx de l'amphioxus et de l'ascidie donnent des indices sur les origines vertébrées du développement du mésencéphale",
    year = "2004",
    journal = "Development",
    abstract = "Le tube neural ancestral des chordés avait une structure tripartite, comprenant les régions antérieure, de la limite mésencéphale-encéphale postérieur (MHB) et postérieure. La région la plus antérieure englobe à la fois le cerveau antérieur et le mésencéphale chez les vertébrés. Il n'est pas clair quand ou comment la distinction entre ces deux régions fonctionnellement et développementalement distinctes est apparue dans l'évolution. Récemment, nous avons rapporté un gène homeobox de la classe PRD de la souris, Dmbx1, exprimé dans le mésencéphale présomptif aux stades précoces du développement, et dans l'encéphale postérieur aux stades ultérieurs, avec exclusion de la MHB. Ce gène offre une voie pour étudier l'évolution du développement du mésencéphale. Nous rapportons le clonage, la structure génomique, la phylogénie et l'expression embryonnaire des gènes Dmbx de l'amphioxus et de Ciona, représentant les deux lignées les plus étroitement apparentées aux vertébrés. Nos analyses montrent que les gènes Dmbx forment une famille de gènes homeobox distincte et ancienne, avec une séquence et une organisation génomique hautement conservées, bien que plus divergentes chez Ciona. Chez l'amphioxus, aucune expression de Dmbx n'est observée dans le tube neural, soutenant les arguments précédents selon lesquels la région équivalente à la MHB a été secondairement modifiée dans l'évolution. Chez Ciona, le gène CiDmbx est détecté dans les cellules neurales caudales aux cellules positives pour Pax2/5/8 (homologue de la MHB), dans la région positive pour Hox, mais, intéressamment, pas dans aucune cellule rostrale à elles. Ces résultats suggèrent qu'un homologue du mésencéphale est manquant chez Ciona, et soutiennent que le développement du mésencéphale est une nouveauté qui s'est évolué spécifiquement sur la lignée vertébrée. Nous discutons de l'évolution du développement du mésencéphale en relation avec l'ascendance du plan neural tripartite et l'origine de l'organisateur MHB.",
    url = "http://dev.biologists.org/content/131/14/3285.full.pdf",
    doi = "10.1242/dev.01201",
    is_oa = "true",
    number = "14",
    pages = "3285-3294",
    semanticscholar_citation_count = "78",
    semanticscholar_id = "34d71e3f355023009bea8722d4b8b13d41ae1156",
    volume = "131"
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Une révision taxonomique par phylogénie moléculaire est nécessaire pour catégoriser les membres du genre Echinococcus (Cestoda: Taeniidae). Nous avons reconstruit les relations phylogénétiques de E. oligarthrus, E. vogeli, E. multilocularis, E. shiquicus, E. equinus, E. ortleppi, E. granulosus sensu stricto et de 3 génotypes de E. granulosus sensu lato (G6, G7 et G8) à partir de leurs génomes mitochondriaux complets. Les analyses de vraisemblance maximale et bayésiennes partitionnées utilisant des ensembles de données concaténés de séquences nucléotidiques et d'acides aminés ont représenté des arbres phylogénétiques avec la même topologie. Les 3 génotypes de E. granulosus correspondant aux souches de chameau, de porc et de cervidé étaient monophylétiques, et leur haut niveau de similarité génétique a soutenu l'unification taxonomique de ces génotypes en E. canadensis. Les relations d'espèces sœurs ont été confirmées entre E. ortleppi et E. canadensis, et entre E. multilocularis et E. shiquicus, indépendamment de l'approche analytique employée. Les positions basales de l'arbre phylogénétique ont été occupées par les espèces endémiques néotropicales, E. oligarthrus et E. vogeli, dont les hôtes définitifs sont dérivés de carnivores qui ont immigré d'Amérique du Nord après la formation du pont terrestre panaméen. Les comparaisons de co-évolution hôte-parasite suggèrent que la patrie ancestrale de Echinococcus était l'Amérique du Nord ou l'Asie, selon que les hôtes définitifs ancestraux étaient des canidés ou des félins.

@article{doi101017s0031182006001934,
    author = "Nakao, Miki et McManus, Donald P. et Schantz, Peter M. et Craig, Philip S. et Ito, Akira",
    title = "Une phylogénie moléculaire du genre Echinococcus déduite de génomes mitochondriaux complets",
    year = "2006",
    journal = "Parasitology",
    abstract = "Une révision taxonomique par phylogénie moléculaire est nécessaire pour catégoriser les membres du genre Echinococcus (Cestoda: Taeniidae). Nous avons reconstruit les relations phylogénétiques de E. oligarthrus, E. vogeli, E. multilocularis, E. shiquicus, E. equinus, E. ortleppi, E. granulosus sensu stricto et de 3 génotypes de E. granulosus sensu lato (G6, G7 et G8) à partir de leurs génomes mitochondriaux complets. Les analyses de vraisemblance maximale et bayésiennes partitionnées utilisant des ensembles de données concaténés de séquences nucléotidiques et d'acides aminés ont représenté des arbres phylogénétiques avec la même topologie. Les 3 génotypes de E. granulosus correspondant aux souches de chameau, de porc et de cervidé étaient monophylétiques, et leur haut niveau de similarité génétique a soutenu l'unification taxonomique de ces génotypes en E. canadensis. Les relations d'espèces sœurs ont été confirmées entre E. ortleppi et E. canadensis, et entre E. multilocularis et E. shiquicus, indépendamment de l'approche analytique employée. Les positions basales de l'arbre phylogénétique ont été occupées par les espèces endémiques néotropicales, E. oligarthrus et E. vogeli, dont les hôtes définitifs sont dérivés de carnivores qui ont immigré d'Amérique du Nord après la formation du pont terrestre panaméen. Les comparaisons de co-évolution hôte-parasite suggèrent que la patrie ancestrale de Echinococcus était l'Amérique du Nord ou l'Asie, selon que les hôtes définitifs ancestraux étaient des canidés ou des félins.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0031182006001934",
    doi = "10.1017/s0031182006001934",
    openalex = "W2160073440",
    references = "doi101073pnas972111359, doi101126science1122277"
}

@article{doi101038nature05241,
    author = "Bourlat, Sarah J. et Juliusdottir, Thorhildur et Lowe, Christopher J. et Freeman, Robert M. et Aronowicz, Jochanan et Kirschner, Mark et Lander, Eric S. et Thorndyke, Michael C. et Nakano, Hiroaki et Kohn, Andrea B. et Heyland, Andreas et Moroz, Leonid L. et Copley, Richard R. et Telford, Maximilian J.",
    title = "La phylogénie des deutérostomes révèle les chordés monophylétiques et le nouveau phylum Xenoturbellida",
    year = "2006",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature05241",
    doi = "10.1038/nature05241",
    openalex = "W2062955619",
    references = "doi101016s0092867403004690, doi101038nature01851, doi101038nature02975, doi101038nature04336, doi101073pnas972111359, doi10108010635150500234583, doi101093molbevmsi111, doi101093molbevmsj055, doi101093sysbio274401, doi101126science28354091919, doi101126science7886451, doi101139z04158, doi1023072412923"
}

Nous avons comparé le développement dorsoventral des hémichordés et des chordés pour déduire l'organisation de leur ancêtre commun, et ainsi identifier les modifications évolutives de l'axe corporel des chordés après la divergence des lignées. Chez l'embryon d'hémichordé, les gènes codant pour les protéines morphogénétiques osseuses (Bmp) 2/4 et 5/8, ainsi que plusieurs gènes pour les modulateurs de l'activité Bmp, sont exprimés dans une fine bandelette d'ectoderme sur une ligne médiane, historiquement appelée « dorsale ». Sur la ligne médiane opposée, les gènes codant pour Chordin et la protéine morphogénétique antidorsalisante (Admp) sont exprimés. Ainsi, nous trouvons un axe de développement Bmp-Chordin précédant et sous-tendant l'axe anatomique dorsoventral des hémichordés, ajoutant à la preuve issue de Drosophila et des chordés que cet axe peut être au moins aussi ancien que les premiers animaux bilatéraux. De nombreux gènes codant pour des facteurs de transcription et des ligands de signalisation sont exprimés dans les trois feuillets germinatifs des embryons d'hémichordés dans des domaines dorsoventraux distincts, tels que pox neuro, pituitary homeobox, distalless, et tbx2/3 du côté Bmp et netrin, mnx, mox, et single-minded du côté Chordin-Admp. Lorsque nous exposons l'embryon à un excès de protéine Bmp, ou lorsque nous épuisons le Bmp endogène par des injections d'ARN interférent, ces domaines d'expression s'élargissent ou se contractent, reflétant leur activation ou leur répression par le Bmp, et les embryons se développent sous forme de limites dorsalisées ou ventralisées. La mise en place dorsoventrale est indépendante de la mise en place antéro-postérieure, comme chez Drosophila mais pas chez les chordés. Contrairement aux chordés et à Drosophila, l'expression des gènes neuronaux chez les hémichordés n'est pas réprimée par des niveaux élevés de Bmp, ce qui est cohérent avec le développement d'un système nerveux diffus plutôt que centralisé. Nous suggérons que l'ancêtre commun des hémichordés et des chordés n'utilisait pas son axe Bmp-Chordin pour séparer l'ectoderme épidermique et neuronal, mais pour mettre en place de nombreux autres aspects dorsoventraux des feuillets germinatifs, y compris les destins cellulaires neuronaux au sein d'un système nerveux diffus. En conséquence, la centralisation a été ajoutée dans la lignée des chordés par la séparation neuro-épidermique, médiée par l'axe Bmp-Chordin préexistant. Enfin, puisque les hémichordés développent la bouche sur le côté non-Bmp, comme les arthropodes mais à l'opposé des chordés, la bouche et l'axe Bmp-Chordin peuvent avoir été réarrangés dans la lignée des chordés, l'un par rapport à l'autre.

@article{doi101371journalpbio0040291,
    author = "Lowe, Christopher J. and Terasaki, Mark and Wu, Michael and Freeman, Robert M. and Runft, Linda L. and Kwan, Kristen M. and Haigo, Saori L. and Aronowicz, Jochanan and Lander, Eric S. and Gruber, Chris and Smith, Mark A. and Kirschner, Marc W. and Gerhart, John C.",
    title = "Dorsoventral Patterning in Hemichordates: Insights into Early Chordate Evolution",
    year = "2006",
    journal = "PLoS Biology",
    abstract = {Nous avons comparé le développement dorsoventral des hémichordés et des chordés pour déduire l'organisation de leur ancêtre commun, et ainsi identifier les modifications évolutives de l'axe corporel des chordés après la divergence des lignées. Chez l'embryon d'hémichordé, les gènes codant pour les protéines morphogénétiques osseuses (Bmp) 2/4 et 5/8, ainsi que plusieurs gènes pour les modulateurs de l'activité Bmp, sont exprimés dans une fine bandelette d'ectoderme sur une ligne médiane, historiquement appelée « dorsale ». Sur la ligne médiane opposée, les gènes codant pour Chordin et la protéine morphogénétique antidorsalisante (Admp) sont exprimés. Ainsi, nous trouvons un axe de développement Bmp-Chordin précédant et sous-tendant l'axe anatomique dorsoventral des hémichordés, ajoutant à la preuve issue de Drosophila et des chordés que cet axe peut être au moins aussi ancien que les premiers animaux bilatéraux. De nombreux gènes codant pour des facteurs de transcription et des ligands de signalisation sont exprimés dans les trois feuillets germinatifs des embryons d'hémichordés dans des domaines dorsoventraux distincts, tels que pox neuro, pituitary homeobox, distalless, et tbx2/3 du côté Bmp et netrin, mnx, mox, et single-minded du côté Chordin-Admp. Lorsque nous exposons l'embryon à un excès de protéine Bmp, ou lorsque nous épuisons le Bmp endogène par des injections d'ARN interférent, ces domaines d'expression s'élargissent ou se contractent, reflétant leur activation ou leur répression par le Bmp, et les embryons se développent sous forme de limites dorsalisées ou ventralisées. La mise en place dorsoventrale est indépendante de la mise en place antéro-postérieure, comme chez Drosophila mais pas chez les chordés. Contrairement aux chordés et à Drosophila, l'expression des gènes neuronaux chez les hémichordés n'est pas réprimée par des niveaux élevés de Bmp, ce qui est cohérent avec le développement d'un système nerveux diffus plutôt que centralisé. Nous suggérons que l'ancêtre commun des hémichordés et des chordés n'utilisait pas son axe Bmp-Chordin pour séparer l'ectoderme épidermique et neuronal, mais pour mettre en place de nombreux autres aspects dorsoventraux des feuillets germinatifs, y compris les destins cellulaires neuronaux au sein d'un système nerveux diffus. En conséquence, la centralisation a été ajoutée dans la lignée des chordés par la séparation neuro-épidermique, médiée par l'axe Bmp-Chordin préexistant. Enfin, puisque les hémichordés développent la bouche sur le côté non-Bmp, comme les arthropodes mais à l'opposé des chordés, la bouche et l'axe Bmp-Chordin peuvent avoir été réarrangés dans la lignée des chordés, l'un par rapport à l'autre.},
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0040291",
    doi = "10.1371/journal.pbio.0040291",
    openalex = "W2129829180",
    references = "doi101007s004270050225, doi1010160092867493906273, doi1010160092867494904219, doi1010160092867494905142, doi1010160092867495902767, doi101016jgde200506004, doi101016s009286740081795x, doi101016s0092867403004690, doi10103835049541, doi101038nature01851, doi101038nature02415, doi101038nrn1175, openalexw1809736813, openalexw659399033"
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Ces dernières années, la systématique aviaire a été caractérisée par une diminution de la dépendance à la cladistique morphologique des taxons modernes, une recherche paléornithologique intensive stimulée par de nouvelles découvertes et une inondation d'analyses basées sur des séquences d'ADN. Malheureusement, contrairement aux aperçus significatifs concernant les origines basales, l'image globale de la phylogénie des néornithes reste largement non résolue. Les études morphologiques ont mis l'accent sur des caractères utiles dans des contextes paléontologiques. Les études moléculaires, après la déception causée par le travail pionnier mais non cladistique de Sibley et Ahlquist, se sont nettement différenciées les unes des autres et des travaux morphologiques tant sur le plan des méthodes que des résultats. Par conséquent, au tournant du millénaire, les points de consensus robuste parmi les écoles concernant la phylogénie d'ordre supérieur des néornithes se sont limités à deux groupes basaux et à plusieurs groupes primaires de niveau intermédiaire. Cet article décrit une analyse phylogénétique (cladistique) de 150 taxons de Néornithes, incluant des exemplaires de toutes les familles non passériformes, et des représentants sous-ordinaux des Passeriformes. Trente-cinq taxons de groupe externe englobant les Crocodylia, principalement les Dinosaures theropodes, et des oiseaux mésozoïques sélectionnés ont été utilisés pour ancrer les arbres. Sur la base de l'étude des spécimens et de la littérature, 2954 caractères morphologiques ont été définis ; ces caractères ont été décrits dans un travail complémentaire, dont environ un tiers étaient multistats (c'est-à-dire comprenaient au moins trois états), et les états au sein de plus de la moitié de ces caractères multistats ont été ordonnés pour l'analyse. Des recherches heuristiques complètes utilisant 10 000 réplications d'ajout aléatoire ont permis de récupérer un ensemble de solutions total de 97 arbres les plus parcimonieux bien résolus (MPT). L'ensemble des MPT a été confirmé par une recherche heuristique élargie basée sur 10 000 réplications d'ajout aléatoire et une exploration complète augmentée par un ratchet pour déterminer les optima globaux. Un arbre de consensus strict des MPT ne comprenait que six trichotomies, c'est-à-dire des nœuds différant topologiquement parmi les MPT. Les pourcentages de bootstrap (basés sur 10 000 réplications) et les indices de support minimisés par le ratchet (Bremer) indiquaient que la plupart des nœuds étaient robustes. Plusieurs néornithes fossiles (par exemple, Dinornithiformes, Aepyornithiformes) ont été placés a posteriori au sein du groupe interne soit par des recherches heuristiques non contraintes basées sur la matrice complète augmentée par ces taxons séparément, soit en utilisant des contraintes de squelette. L'analyse a confirmé la topologie parmi les Theropoda du groupe externe et a atteint une résolution robuste à pratiquement tous les niveaux des Néornithes. Les résultats incluent la monophylie des oiseaux paléognathes, composant les taxons frères Tinamiformes et ratites respectivement, et les Anseriformes et Galliformes comme groupes frères monophylétiques, formant ensemble le groupe frère des autres Néornithes exclus des Paléognathes (Neoaves). Les inférences notables incluent : (i) le groupe frère des Neoaves restants comprend une diversité d'oiseaux marins et limicoles ; (ii) les Podicipedidae sont le groupe frère des Gaviidae, et non étroitement liés aux Phoenicopteridae, comme récemment suggéré ; (iii) les Pelecaniformes traditionnels, incluant le balaeniceps (Balaeniceps rex) comme taxon frère des autres membres, sont monophylétiques ; (iv) les Ciconiiformes traditionnels sont monophylétiques ; (v) les Strigiformes et Falconiformes sont des groupes frères ; (vi) les Cathartidae sont le groupe frère des Falconiformes restants ; (vii) les Ralliformes (Rallidae et Heliornithidae) sont le groupe frère des Charadriiformes monophylétiques, avec les Gruiformes et Turniciformes (Turnicidae et Mesitornithidae) traditionnellement composés étant paraphylétiques séquentiellement à l'ensemble du clade susmentionné ; (viii) Opisthocomus hoazin est le taxon frère des Cuculiformes (incluant les Musophagidae) ; (ix) les Caprimulgiformes traditionnels sont monophylétiques et le groupe frère des Apodiformes ; (x) les Trogoniformes sont le groupe frère des Coliiformes ; (xi) les Coraciiformes, Piciformes et Passeriformes sont mutuellement monophylétiques et étroitement liés ; et (xii) les Galbulae sont conservés au sein des Piciformes. Les parties non résolues des Néornithes (nœuds ayant plus d'une solution la plus parcimonieuse) comprenaient trois parties de l'arbre : (a) plusieurs nœuds interfamiliaux au sein des Charadriiformes ; (b) une trichotomie comprenant les (i) Psittaciformes, (ii) Columbiformes et (iii) Trogonomorphae (Trogoniformes, Coliiformes) + Passerimorphae (Coraciiformes, Piciformes, Passeriformes) ; et (c) une trichotomie comprenant les Coraciiformes, Piciformes et Passeriformes. Les polytomies restantes étaient parmi les groupes externes, bien que plusieurs des nœuds d'ordre supérieur n'étaient soutenus que marginalement ; cependant, la majorité des nœuds étaient résolus et ont atteint ou surpassé les normes conventionnelles de support. Les comparaisons quantitatives avec des hypothèses alternatives, l'examen de caractères hautement soutenus et diagnostiques pour les taxons supérieurs, les correspondances avec des études antérieures, la complémentarité et les différences philosophiques avec la phylogénétique paléontologique, les promesses et défis de la paléogéographie et de la calibration des taux d'évolution des oiseaux, ainsi que les classes de preuves prometteuses et les futures directions d'étude sont examinés. L'homologie, appliquée aux exemples aviaires d'homologues apparents, est considérée en termes de théorie récente, et une classification annotée révisée des taxons d'ordre supérieur des Néornithes et d'autres Theropoda étroitement liés est proposée. (c) 2007 The Linnean Society of London, Zoological Journal of the Linnean Society, 2007, 149, 1-95.

@article{doi101111j10963642200600293x,
    author = "Livezey, Bradley C. and Zusi, Richard L.",
    title = "Higher-order phylogeny of modern birds (Theropoda, Aves: Neornithes) based on comparative anatomy. II. Analysis and discussion",
    year = "2007",
    journal = "Zoological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "In recent years, avian systematics has been characterized by a diminished reliance on morphological cladistics of modern taxa, intensive palaeornithogical research stimulated by new discoveries and an inundation by analyses based on DNA sequences. Unfortunately, in contrast to significant insights into basal origins, the broad picture of neornithine phylogeny remains largely unresolved. Morphological studies have emphasized characters of use in palaeontological contexts. Molecular studies, following disillusionment with the pioneering, but non-cladistic, work of Sibley and Ahlquist, have differed markedly from each other and from morphological works in both methods and findings. Consequently, at the turn of the millennium, points of robust agreement among schools concerning higher-order neornithine phylogeny have been limited to the two basalmost and several mid-level, primary groups. This paper describes a phylogenetic (cladistic) analysis of 150 taxa of Neornithes, including exemplars from all non-passeriform families, and subordinal representatives of Passeriformes. Thirty-five outgroup taxa encompassing Crocodylia, predominately theropod Dinosauria, and selected Mesozoic birds were used to root the trees. Based on study of specimens and the literature, 2954 morphological characters were defined; these characters have been described in a companion work, approximately one-third of which were multistate (i.e. comprised at least three states), and states within more than one-half of these multistate characters were ordered for analysis. Complete heuristic searches using 10 000 random-addition replicates recovered a total solution set of 97 well-resolved, most-parsimonious trees (MPTs). The set of MPTs was confirmed by an expanded heuristic search based on 10 000 random-addition replicates and a full ratchet-augmented exploration to ascertain global optima. A strict consensus tree of MPTs included only six trichotomies, i.e. nodes differing topologically among MPTs. Bootstrapping (based on 10 000 replicates) percentages and ratchet-minimized support (Bremer) indices indicated most nodes to be robust. Several fossil Neornithes (e.g. Dinornithiformes, Aepyornithiformes) were placed within the ingroup a posteriori either through unconstrained, heursitic searches based on the complete matrix augmented by these taxa separately or using backbone-constraints. Analysis confirmed the topology among outgroup Theropoda and achieved robust resolution at virtually all levels of the Neornithes. Findings included monophyly of the palaeognathous birds, comprising the sister taxa Tinamiformes and ratites, respectively, and the Anseriformes and Galliformes as monophyletic sister-groups, together forming the sister-group to other Neornithes exclusive of the Palaeognathae (Neoaves). Noteworthy inferences include: (i) the sister-group to remaining Neoaves comprises a diversity of marine and wading birds; (ii) Podicipedidae are the sister-group of Gaviidae, and not closely related to the Phoenicopteridae, as recently suggested; (iii) the traditional Pelecaniformes, including the shoebill (Balaeniceps rex) as sister-taxon to other members, are monophyletic; (iv) traditional Ciconiiformes are monophyletic; (v) Strigiformes and Falconiformes are sister-groups; (vi) Cathartidae is the sister-group of the remaining Falconiformes; (vii) Ralliformes (Rallidae and Heliornithidae) are the sister-group to the monophyletic Charadriiformes, with the traditionally composed Gruiformes and Turniciformes (Turnicidae and Mesitornithidae) sequentially paraphyletic to the entire foregoing clade; (viii) Opisthocomus hoazin is the sister-taxon to the Cuculiformes (including the Musophagidae); (ix) traditional Caprimulgiformes are monophyletic and the sister-group of the Apodiformes; (x) Trogoniformes are the sister-group of Coliiformes; (xi) Coraciiformes, Piciformes and Passeriformes are mutually monophyletic and closely related; and (xii) the Galbulae are retained within the Piciformes. Unresolved portions of the Neornithes (nodes having more than one most-parsimonious solution) comprised three parts of the tree: (a) several interfamilial nodes within the Charadriiformes; (b) a trichotomy comprising the (i) Psittaciformes, (ii) Columbiformes and (iii) Trogonomorphae (Trogoniformes, Coliiformes) + Passerimorphae (Coraciiformes, Piciformes, Passeriformes); and (c) a trichotomy comprising the Coraciiformes, Piciformes and Passeriformes. The remaining polytomies were among outgroups, although several of the highest-order nodes were only marginally supported; however, the majority of nodes were resolved and met or surpassed conventional standards of support. Quantitative comparisons with alternative hypotheses, examination of highly supportive and diagnostic characters for higher taxa, correspondences with prior studies, complementarity and philosophical differences with palaeontological phylogenetics, promises and challenges of palaeogeography and calibration of evolutionary rates of birds, and classes of promising evidence and future directions of study are reviewed. Homology, as applied to avian examples of apparent homologues, is considered in terms of recent theory, and a revised annotated classification of higher-order taxa of Neornithes and other closely related Theropoda is proposed. (c) 2007 The Linnean Society of London, Zoological Journal of the Linnean Society, 2007, 149, 1-95.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-3642.2006.00293.x",
    doi = "10.1111/j.1096-3642.2006.00293.x",
    openalex = "W2153165351",
    references = "crossref1995systematics, doi101002jmor10382, doi101002jmor10406, doi101002jmor1052090107, doi101007bf02101113, doi101016b978012249408650011x, doi101017s0006323197005100, doi101017s1464793102006103, doi101017s1464793105006779, doi101038nature03150, doi101073pnas0507106102, doi10108002724634199410011524, doi10108010635150500234583, doi10108010635150590950326, doi101093oso97801951223430010001, doi101093oso97801985052350010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva026092, doi101093sysbio33183, doi101093sysbio422182, doi101098rspb20001368, doi101111j109600311989tb00573x, doi101111j109600311993tb00217x, doi101111j109600312003tb00387x, doi101111j109636422001tb01313x, doi101111j109636422001tb01314x, doi101111j1469185x1997tb00024x, doi101111j146979981991tb04794x, doi101111j155856461959tb03005x, doi101111j155856461985tb00420x, doi101126science2665186779, doi1012060003008220023870001tmappo20co2, doi1012060003009020042860001mptaso20co2, doi1016660094837320050310192meam20co2, doi1023072408678, doi1023072413134, doi1023072992540, doi10230740168337, doi102992014590582006371pon20co2, doi105860choice323881, doi105860choice343307, doi105860choice392183, doi105860choice405235, doi105962bhltitle106607, gregor1988the, openalexw2506868775, openalexw3217097258"
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Le modèle CAT semble être plus robuste que WAG face aux artefacts LBA, essentiellement parce qu'il anticipe correctement la haute probabilité de convergences et de réversions impliquée par la petite taille effective de l'alphabet des acides aminés à chaque site de l'alignement. Plus généralement, nos résultats fournissent de fortes preuves que les spécificités par site dans le processus de substitution doivent être prises en compte afin d'obtenir des arbres phylogénétiques plus fiables.

@article{doi101186147121487s1s4,
    author = "Lartillot, Nicolas et Brinkmann, Henner et Philippe, Hervé",
    title = "Suppression des artefacts d'attraction de branches longues dans la phylogénie animale à l'aide d'un modèle hétérogène par site",
    year = "2007",
    journal = "BMC Evolutionary Biology",
    abstract = "Le modèle CAT semble être plus robuste que WAG face aux artefacts LBA, essentiellement parce qu'il anticipe correctement la haute probabilité de convergences et de réversions impliquée par la petite taille effective de l'alphabet des acides aminés à chaque site de l'alignement. Plus généralement, nos résultats fournissent de fortes preuves que les spécificités par site dans le processus de substitution doivent être prises en compte afin d'obtenir des arbres phylogénétiques plus fiables.",
    url = "https://doi.org/10.1186/1471-2148-7-s1-s4",
    doi = "10.1186/1471-2148-7-s1-s4",
    openalex = "W2131527832",
    references = "doi101093molbevmsi111"
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Les amphioxus sont les survivants modernes d'une lignée de chordés ancienne, avec un registre fossile remontant au Cambrien. Ici, nous décrivons la structure et le contenu génique du génome hautement polymorphe d'environ 520 mégabases de l'amphioxus de Floride Branchiostoma floridae, et l'analysons dans le contexte de l'évolution des chordés. Les comparaisons du génome entier éclairent les relations obscures entre les trois groupes de chordés (tunicés, amphioxus et vertébrés), et permettent non seulement la reconstruction du complément génique du dernier ancêtre commun des chordés, mais aussi une reconstruction partielle de son organisation génomique, ainsi qu'une description de deux duplications à l'échelle du génome et des réorganisations subséquentes dans la lignée des vertébrés. Ces événements à l'échelle du génome ont façonné le génome des vertébrés et fourni une variation génétique supplémentaire pour être exploitée durant l'évolution des vertébrés.

@article{doi101038nature06967,
    author = "Putnam, Nicholas H. et Butts, Thomas et Ferrier, David et Furlong, Rebecca F. et Hellsten, Uffe et Kawashima, Takeshi et Robinson‐Rechavi, Marc et Shoguchi, Eiichi et Terry, Astrid et Yu, Jr‐Kai et Benito-Gutiérrez, E`lia et Dubchak, Inna et García‐Fernàndez, Jordi et Gibson-Brown, Jeremy J. et Grigoriev, Igor V. et Horton, Amy C. et de Jong, Pieter J. et Jurka, Jerzy et Kapitonov, Vladimir V. et Kohara, Yuji et Kuroki, Yoko et Lindquist, Erika et Lucas, Susan et Osoegawa, Kazutoyo et Pennacchio, L et Salamov, Asaf A. et Satou, Yutaka et Sauka‐Spengler, Tatjana et Schmutz, Jeremy et Shin‐I, Tadasu et Toyoda, Atsushi et Bronner‐Fraser, Marianne et Fujiyama, Asao et Holland, Linda Z. et Holland, Peter W. H. et Satoh, Nori et Rokhsar, Daniel S.",
    title = "Le génome de l'amphioxus et l'évolution du caryotype des chordés",
    year = "2008",
    journal = "Nature",
    abstract = "Les amphioxus sont les survivants modernes d'une lignée de chordés ancienne, avec un registre fossile remontant au Cambrien. Ici, nous décrivons la structure et le contenu génique du génome hautement polymorphe d'environ 520 mégabases de l'amphioxus de Floride Branchiostoma floridae, et l'analysons dans le contexte de l'évolution des chordés. Les comparaisons du génome entier éclairent les relations obscures entre les trois groupes de chordés (tunicés, amphioxus et vertébrés), et permettent non seulement la reconstruction du complément génique du dernier ancêtre commun des chordés, mais aussi une reconstruction partielle de son organisation génomique, ainsi qu'une description de deux duplications à l'échelle du génome et des réorganisations subséquentes dans la lignée des vertébrés. Ces événements à l'échelle du génome ont façonné le génome des vertébrés et fourni une variation génétique supplémentaire pour être exploitée durant l'évolution des vertébrés.",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature06967",
    doi = "10.1038/nature06967",
    openalex = "W2131871062",
    references = "doi1010079783642866593, doi101016jtree200504008, doi101016s0092867403004690, doi10103835057062, doi101038370563a0, doi101038377720a0, doi101038nature04336, doi101038nature05241, doi101038scientificamerican0779122, doi101073pnas9794469, doi10108010635150390235520, doi101093bioinformatics178754, doi101093bioinformaticsbtg180, doi101093molbevmsi225, doi101093nar22224673, doi101093nar25173389, doi101093oxfordjournalsmolbeva026334, doi101101gr073676107, doi101126science1058040, doi101126science1080049, doi101126science1128691, doi101242dev1994supplement125, doi101371journalpbio0030007, doi101371journalpbio0030314, openalexw3217097258"
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Les deutérostomiens constituent un groupe monophylétique d'animaux qui comprend les vertébrés, les chordés invertébrés, les ambulacriens et les xenoturbellidés. Des représentants fossiles de la plupart des grands groupes deutérostomiens, y compris certains groupes couronnés au niveau des phylums, sont trouvés dans le Cambrien inférieur, suggérant que la divergence évolutive s'est produite au Précambrien tardif, en accord avec certaines estimations de l'horloge moléculaire. Les phylogénies moléculaires, la morphologie larvaire et le complexe cœur/rein adulte soutiennent tous les deux l'échinodermes et les hémichordés comme un regroupement sœur (Ambulacraria). Les xenoturbellidés constituent un phylum relativement récemment découvert de deutérostomiens en forme de vers qui ne possède pas de registre fossile, mais les preuves moléculaires suggèrent que ces animaux sont un groupe sœur des Ambulacraria. Au sein des chordés, les céphalochordés partagent de larges étirements de synténie chromosomique avec les vertébrés, possèdent un complexe Hox complet et sont un groupe sœur des vertébrés basé sur les preuves des gènes ribosomaux et mitochondriaux. En revanche, les tunicés ont un plan corporel adulte hautement dérivé et sont un groupe sœur des vertébrés basé sur les analyses de séquences génomiques concaténées. Les céphalochordés et les hémichordés partagent des fentes branchiales et un cartilage acellulaire, suggérant que le deutérostome ancestral partageait également ces caractéristiques. Les données de réseaux de gènes suggèrent que l'ancêtre deutérostomien avait un axe corporel antéro-postérieur spécifié par les gènes Hox et Wnt, un axe dorso-ventral spécifié par un gradient BMP/chordin, et était bilatéralement symétrique avec une asymétrie gauche-droite déterminée par l'expression de nodal.

@article{doi101098rstb20072246,
    author = "Swalla, Billie J. et Smith, Andrew B.",
    title = "Deciphering deuterostome phylogeny: perspectives moléculaires, morphologiques et paléontologiques",
    year = "2008",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Les deutérostomiens constituent un groupe monophylétique d'animaux qui comprend les vertébrés, les chordés invertébrés, les ambulacriens et les xenoturbellidés. Des représentants fossiles de la plupart des grands groupes deutérostomiens, y compris certains groupes couronnés au niveau des phylums, sont trouvés dans le Cambrien inférieur, suggérant que la divergence évolutive s'est produite au Précambrien tardif, en accord avec certaines estimations de l'horloge moléculaire. Les phylogénies moléculaires, la morphologie larvaire et le complexe cœur/rein adulte soutiennent tous les deux l'échinodermes et les hémichordés comme un regroupement sœur (Ambulacraria). Les xenoturbellidés constituent un phylum relativement récemment découvert de deutérostomiens en forme de vers qui ne possède pas de registre fossile, mais les preuves moléculaires suggèrent que ces animaux sont un groupe sœur des Ambulacraria. Au sein des chordés, les céphalochordés partagent de larges étirements de synténie chromosomique avec les vertébrés, possèdent un complexe Hox complet et sont un groupe sœur des vertébrés basé sur les preuves des gènes ribosomaux et mitochondriaux. En revanche, les tunicés ont un plan corporel adulte hautement dérivé et sont un groupe sœur des vertébrés basé sur les analyses de séquences génomiques concaténées. Les céphalochordés et les hémichordés partagent des fentes branchiales et un cartilage acellulaire, suggérant que le deutérostome ancestral partageait également ces caractéristiques. Les données de réseaux de gènes suggèrent que l'ancêtre deutérostomien avait un axe corporel antéro-postérieur spécifié par les gènes Hox et Wnt, un axe dorso-ventral spécifié par un gradient BMP/chordin, et était bilatéralement symétrique avec une asymétrie gauche-droite déterminée par l'expression de nodal.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.2007.2246",
    doi = "10.1098/rstb.2007.2246",
    openalex = "W2102660198",
    references = "doi101038377720a0, doi101038nature01264, doi101093oxfordjournalsmolbeva025897, doi101139z04158, doi101139z04160, doi101139z04190, doi101146annureves10110179001551, doi101371journalpbio0040291, morris1979the"
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@incollection{crossref2009chordates,
    title = "Chordates",
    year = "2009",
    booktitle = "Encyclopedia of Neuroscience",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-540-29678-2\_1012",
    doi = "10.1007/978-3-540-29678-2\_1012",
    openalex = "W4249900450",
    pages = "709-709"
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@incollection{crossref2009phylogeny,
    title = "Phylogénie et évolution des Chordés",
    year = "2009",
    booktitle = "Encyclopedia of Neuroscience",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-540-29678-2\_4581",
    doi = "10.1007/978-3-540-29678-2\_4581",
    pages = "3160-3160"
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@incollection{mallatt2009evolution,
    author = "Mallatt, Jon",
    title = "Évolution et phylogénie des chordés",
    year = "2009",
    booktitle = "Encyclopedia of Neuroscience",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-540-29678-2\_3116",
    doi = "10.1007/978-3-540-29678-2\_3116",
    pages = "1201-1208"
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@article{doi101016jympev201110008,
    author = "Park, Eunji et Hwang, Dae‐Sik et Lee, Jae‐Seong et Song, Jun‐Im et Seo, Tae‐Kun et Won, Yong‐Jin",
    title = "Estimation des temps de divergence dans l'évolution des cnidaires basée sur les gènes codant pour des protéines mitochondriales et le registre fossile",
    year = "2011",
    journal = "Molecular Phylogenetics and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ympev.2011.10.008",
    doi = "10.1016/j.ympev.2011.10.008",
    openalex = "W2057007227",
    references = "doi101038hdy200862, doi101111j14754983200700692x, doi101371journalpone0001121"
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@article{doi101016jcub201410016,
    author = "Cannon, Johanna T. et Kocot, Kevin M. et Waits, Damien S. et Weese, David et Swalla, Billie J. et Santos, Scott R. et Halanych, Kenneth M.",
    title = "Résolution phylogénomique du clade des hémichordés et des échinodermes",
    year = "2014",
    journal = "Current Biology",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.cub.2014.10.016",
    doi = "10.1016/j.cub.2014.10.016",
    openalex = "W1986400158",
    references = "doi101016jcub200905063, doi101111j15023931201200319x, doi101139z04190"
}

Motivation du résumé : Les phylogénies sont de plus en plus utilisées dans tous les domaines de la recherche médicale et biologique. De plus, en raison de la révolution du séquençage de nouvelle génération, les ensembles de données utilisés pour mener des analyses phylogénétiques croissent à un rythme sans précédent. RAxML (Randomized Axelerated Maximum Likelihood) est un programme populaire pour les analyses phylogénétiques d'ensembles de données importants sous vraisemblance maximale. Depuis le dernier article sur RAxML en 2006, il a été continuellement maintenu et étendu pour accommoder les ensembles de données d'entrée de plus en plus croissants et pour servir les besoins de la communauté d'utilisateurs. Résultats : Je présente certaines des nouvelles fonctionnalités et extensions les plus notables de RAxML, telles qu'une extension substantielle des modèles de substitution et des types de données pris en charge, l'introduction des intrinsèques SSE3, AVX et AVX2, des techniques pour réduire les exigences de mémoire du code et une pléthore d'opérations pour mener des analyses postérieures sur des ensembles d'arbres. De plus, un manuel utilisateur à jour de 50 pages couvrant toutes les nouvelles options de RAxML est disponible. Disponibilité et mise en œuvre : Le code est disponible sous GNU GPL à https://github.com/stamatak/standard-RAxML. Contact : alexandros.stamatakis@h-its.org Informations supplémentaires : Des données supplémentaires sont disponibles en ligne sur Bioinformatics.

@article{doi101093bioinformaticsbtu033,
    author = "Stamatakis, Alexandros",
    title = "RAxML version 8 : un outil pour l'analyse phylogénétique et l'analyse postérieure de grandes phylogénies",
    year = "2014",
    journal = "Bioinformatics",
    abstract = "Motivation du résumé : Les phylogénies sont de plus en plus utilisées dans tous les domaines de la recherche médicale et biologique. De plus, en raison de la révolution du séquençage de nouvelle génération, les ensembles de données utilisés pour mener des analyses phylogénétiques croissent à un rythme sans précédent. RAxML (Randomized Axelerated Maximum Likelihood) est un programme populaire pour les analyses phylogénétiques d'ensembles de données importants sous vraisemblance maximale. Depuis le dernier article sur RAxML en 2006, il a été continuellement maintenu et étendu pour accommoder les ensembles de données d'entrée de plus en plus croissants et pour servir les besoins de la communauté d'utilisateurs. Résultats : Je présente certaines des nouvelles fonctionnalités et extensions les plus notables de RAxML, telles qu'une extension substantielle des modèles de substitution et des types de données pris en charge, l'introduction des intrinsèques SSE3, AVX et AVX2, des techniques pour réduire les exigences de mémoire du code et une pléthore d'opérations pour mener des analyses postérieures sur des ensembles d'arbres. De plus, un manuel utilisateur à jour de 50 pages couvrant toutes les nouvelles options de RAxML est disponible. Disponibilité et mise en œuvre : Le code est disponible sous GNU GPL à https://github.com/stamatak/standard-RAxML. Contact : alexandros.stamatakis@h-its.org Informations supplémentaires : Des données supplémentaires sont disponibles en ligne sur Bioinformatics.",
    url = "https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu033",
    doi = "10.1093/bioinformatics/btu033",
    openalex = "W2141052558",
    references = "doi101038nature12130, doi101080106351501753462876, doi10108010635150802429642, doi101089cmb20090179, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093molbevmss112, doi101093molbevmst024, doi101093sysbiosyq010, doi101093sysbiosyr010, doi101109ipdps201370"
}

@article{osugi2014evolutionary,
    author = "Osugi, Tomohiro et Okamura, Tomoki et Son, You Lee et Ohkubo, Makoto et Ubuka, Takayoshi et Henmi, Yasuhisa et Tsutsui, Kazuyoshi",
    title = "Origine évolutive de la GnIH et du NPFF chez les Chordés : Apports de nouveaux peptides RFamide chez l'amphioxus",
    year = "2014",
    journal = "PLoS ONE",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0100962",
    doi = "10.1371/journal.pone.0100962",
    number = "7",
    openalex = "W2071326593",
    pages = "e100962",
    volume = "9",
    references = "doi101006bbrc20003350, doi101006jmbi19970951, doi101016jyfrne201003001, doi101016s0006899399019095, doi101038nature04336, doi101093molbevmsr121, doi101093nar14114683, doi101126science1132040, doi101210en20111110, doi101371journalpbio0050101"
}

@article{doi101016jympev201510009,
    author = "Zheng, Yuchi et Wiens, John J.",
    title = "Combining phylogenomic and supermatrix approaches, and a time-calibrated phylogeny for squamate reptiles (lizards and snakes) based on 52 genes and 4162 species",
    year = "2015",
    journal = "Molecular Phylogenetics and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ympev.2015.10.009",
    doi = "10.1016/j.ympev.2015.10.009",
    openalex = "W2175367716",
    references = "doi101038nature09864, doi10108010635150500234583, doi101093molbevmsu080"
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@incollection{crossref2016chordates,
    title = "Chordates",
    year = "2016",
    booktitle = "The Marine World",
    url = "https://doi.org/10.1515/9780691232447-022",
    doi = "10.1515/9780691232447-022",
    openalex = "W4252901577",
    pages = "306-313"
}

@misc{s27fd27686b95842cdc75b89c9ea4da5d36ad5f61b,
    author = "Subbotin, V.",
    title = "Arguments on the origin of the vertebrAte liver And the Amphioxus hepAtic diverticulum : A hypothesis on evolutionAry novelties *",
    year = "2017",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/7fd27686b95842cdc75b89c9ea4da5d36ad5f61b",
    is_oa = "true",
    semanticscholar_citation_count = "5",
    semanticscholar_id = "7fd27686b95842cdc75b89c9ea4da5d36ad5f61b"
}

@incollection{berman2019phylogeny,
    author = "Berman, Jules J.",
    title = "Phylogénie : des Eucaryotes aux Chordés",
    year = "2019",
    booktitle = "Guide clinique de l'évolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-0-12-817126-4.00005-9",
    doi = "10.1016/b978-0-12-817126-4.00005-9",
    pages = "173-205"
}

Les phylogénies à grande échelle et calibrées dans le temps sont fondamentales pour relier les processus évolutifs aux modèles actuels de biodiversité. Pourtant, l'inférence d'arbres phylogénétiques fiables pour des milliers d'espèces implique de nombreux compromis qui ont limité leur utilité pour les biologistes comparatifs. Pour établir une échelle de temps évolutive robuste pour les environ 6 000 espèces vivantes de mammifères, nous avons développé des ensembles crédibles d'arbres qui capturent l'incertitude de la racine à l'extrémité en topologie et en temps de divergence. Notre approche « backbone-and-patch » (trouche et patch) pour la construction d'arbres applique une supermatrice de 31 gènes nouvellement assemblée à deux niveaux d'inférence bayésienne : (1) les relations et âges de la structure principale (backbone) entre les lignées majeures, en utilisant la datation par nœud fossile ou par extrémité, et (2) les phylogénies au niveau des espèces « patch » avec des groupes internes non chevauchants qui correspondent chacun à une lignée représentative dans la structure principale. Les espèces non échantillonnées pour l'ADN sont soit exclues (« arbres DNA-only »), soit imputées dans le respect des contraintes taxonomiques en utilisant les longueurs de branches tirées de modèles locaux de naissance et de mort (« arbres completed »). La jonction de patches calibrés dans le temps aux backbones aboutit à des arbres au niveau des espèces des Mammalia existants, avec toutes les branches estimées sous le même cadre de modélisation, facilitant ainsi les comparaisons de taux entre des lignées aussi disparates que les marsupiaux et les placentaires. Nous comparons nos arbres phylogénétiques aux estimations précédentes de la phylogénie et des temps de divergence à l'échelle des mammifères, constatant que (1) les âges des nœuds sont globalement concordants entre les études, et (2) les taux récents (au niveau des extrémités) de spéciation sont estimés plus précisément dans notre étude que dans les approches précédentes de « supertree », où les nœuds non résolus ont conduit à des artefacts de longueur de branche. Des ensembles crédibles de l'histoire phylogénétique des mammifères sont désormais disponibles pour téléchargement à http://vertlife.org/phylosubsets, permettant d'enquêter sur des questions de longue date en biologie comparative.

@article{doi101371journalpbio3000494,
    author = "Upham, Nathan S. et Esselstyn, Jacob A. et Jetz, Walter",
    title = "Inferring the mammal tree : Ensembles de phylogénies au niveau des espèces pour des questions en écologie, évolution et conservation",
    year = "2019",
    journal = "PLoS Biology",
    abstract = {Les phylogénies à grande échelle et calibrées dans le temps sont fondamentales pour relier les processus évolutifs aux modèles actuels de biodiversité. Pourtant, l'inférence d'arbres phylogénétiques fiables pour des milliers d'espèces implique de nombreux compromis qui ont limité leur utilité pour les biologistes comparatifs. Pour établir une échelle de temps évolutive robuste pour les environ 6 000 espèces vivantes de mammifères, nous avons développé des ensembles crédibles d'arbres qui capturent l'incertitude de la racine à l'extrémité en topologie et en temps de divergence. Notre approche « backbone-and-patch » (trouche et patch) pour la construction d'arbres applique une supermatrice de 31 gènes nouvellement assemblée à deux niveaux d'inférence bayésienne : (1) les relations et âges de la structure principale (backbone) entre les lignées majeures, en utilisant la datation par nœud fossile ou par extrémité, et (2) les phylogénies au niveau des espèces « patch » avec des groupes internes non chevauchants qui correspondent chacun à une lignée représentative dans la structure principale. Les espèces non échantillonnées pour l'ADN sont soit exclues (« arbres DNA-only »), soit imputées dans le respect des contraintes taxonomiques en utilisant les longueurs de branches tirées de modèles locaux de naissance et de mort (« arbres completed »). La jonction de patches calibrés dans le temps aux backbones aboutit à des arbres au niveau des espèces des Mammalia existants, avec toutes les branches estimées sous le même cadre de modélisation, facilitant ainsi les comparaisons de taux entre des lignées aussi disparates que les marsupiaux et les placentaires. Nous comparons nos arbres phylogénétiques aux estimations précédentes de la phylogénie et des temps de divergence à l'échelle des mammifères, constatant que (1) les âges des nœuds sont globalement concordants entre les études, et (2) les taux récents (au niveau des extrémités) de spéciation sont estimés plus précisément dans notre étude que dans les approches précédentes de « supertree », où les nœuds non résolus ont conduit à des artefacts de longueur de branche. Des ensembles crédibles de l'histoire phylogénétique des mammifères sont désormais disponibles pour téléchargement à http://vertlife.org/phylosubsets, permettant d'enquêter sur des questions de longue date en biologie comparative.},
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3000494",
    doi = "10.1371/journal.pbio.3000494",
    openalex = "W2991998196",
    references = "doi10100703064746897, doi101007s1091401693638, doi101023a1011317930838, doi101038416816a, doi101038nature05634, doi101038nature06277, doi101038nature10291, doi101038nature11631, doi101038nature22897, doi101038nature25794, doi101073pnas1319091111, doi101073pnas1519387112, doi101093acprofoso97801985670280010001, doi101093bioinformaticsbts199, doi101093jmammalgyx147, doi101093jmammalgyy179, doi101093molbevmsm193, doi101093molbevmsv037, doi101093sysbiosyr047, doi101093sysbiosyr107, doi101093sysbiosyv080, doi101098rspb20120683, doi101111evo12681, doi101126science1157704, doi101126science1211028, doi101126science1229237, doi101371journalpone0089543, doi101371journalpone0183070, doi1026879424"
}

Les deutérostomes constituent la principale division de la vie animale, incluant les étoiles de mer, les vers à coquille et les humains, parmi une grande variété de taxons écologiquement et morphologiquement disparates. Cependant, leur évolution précoce est mal comprise, en partie en raison de leur disparité, qui rend difficile l'identification de similitudes, ainsi que de leur registre fossile précoce relativement pauvre. Ici, nous passons en revue les données morphologiques, paléontologiques, développementales et moléculaires disponibles pour établir un cadre permettant d'explorer les origines de ce groupe important et énigmatique. Les découvertes récentes de fossiles soutiennent fortement un ancêtre vermiforme pour le groupe des Hémichordés, et un nageur actif fusiforme comme ancêtre des Chordés. La variété diverse et anatomiquement déroutante de formes parmi les échinodermes précoces montre des preuves à la fois de symétrie bilatérale et radiale. Nous examinons quatre caractéristiques les plus critiques pour comprendre la forme et la fonction du dernier ancêtre commun des Deutérostomia : les motifs d'expression des gènes Hox, la morphologie larvaire, la capacité de biominéralisation et la morphologie de la région pharyngienne. Nous postulons un dernier ancêtre commun deutérostome possédant un système de régulation génique antéro-postérieur similaire à celui trouvé chez les vers à coquille modernes et les céphalochordés, une forme larvaire planctonique simple, qui a été plus tard élaborée dans la lignée ambulacraire, la capacité de sécréter des minéraux de calcium de manière limitée, et une région respiratoire pharyngienne composée de simples pores. Cet animal était probablement mobile à l'état adulte, contrairement aux origines sessiles qui ont été historiquement suggérées. Les débats récents concernant la monophylie des deutérostomes ainsi que la vaste gamme de problematica affiliés aux deutérostomes suggèrent également la possibilité que ces caractéristiques n'aient pas seulement été présentes chez le dernier ancêtre commun des Deutérostomia, mais potentiellement chez l'ur-bilatérien. La morphologie et le développement des deutérostomes précoces soutiennent donc certaines des questions les plus significatives dans l'étude de l'évolution des métazoaires.

@article{doi101111brv12908,
    author = "Nanglu, Karma et Cole, Selina R. et Wright, David F. et Souto, Camilla",
    title = "Vers et branchies, plaques et épines : les origines évolutives et la disparité incroyable des deutérostomes révélées par les fossiles, les gènes et le développement",
    year = "2022",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society",
    abstract = "Les deutérostomes constituent la principale division de la vie animale, incluant les étoiles de mer, les vers à coquille et les humains, parmi une grande variété de taxons écologiquement et morphologiquement disparates. Cependant, leur évolution précoce est mal comprise, en partie en raison de leur disparité, qui rend difficile l'identification de similitudes, ainsi que de leur registre fossile précoce relativement pauvre. Ici, nous passons en revue les données morphologiques, paléontologiques, développementales et moléculaires disponibles pour établir un cadre permettant d'explorer les origines de ce groupe important et énigmatique. Les découvertes récentes de fossiles soutiennent fortement un ancêtre vermiforme pour le groupe des Hémichordés, et un nageur actif fusiforme comme ancêtre des Chordés. La variété diverse et anatomiquement déroutante de formes parmi les échinodermes précoces montre des preuves à la fois de symétrie bilatérale et radiale. Nous examinons quatre caractéristiques les plus critiques pour comprendre la forme et la fonction du dernier ancêtre commun des Deutérostomia : les motifs d'expression des gènes Hox, la morphologie larvaire, la capacité de biominéralisation et la morphologie de la région pharyngienne. Nous postulons un dernier ancêtre commun deutérostome possédant un système de régulation génique antéro-postérieur similaire à celui trouvé chez les vers à coquille modernes et les céphalochordés, une forme larvaire planctonique simple, qui a été plus tard élaborée dans la lignée ambulacraire, la capacité de sécréter des minéraux de calcium de manière limitée, et une région respiratoire pharyngienne composée de simples pores. Cet animal était probablement mobile à l'état adulte, contrairement aux origines sessiles qui ont été historiquement suggérées. Les débats récents concernant la monophylie des deutérostomes ainsi que la vaste gamme de problematica affiliés aux deutérostomes suggèrent également la possibilité que ces caractéristiques n'aient pas seulement été présentes chez le dernier ancêtre commun des Deutérostomia, mais potentiellement chez l'ur-bilatérien. La morphologie et le développement des deutérostomes précoces soutiennent donc certaines des questions les plus significatives dans l'étude de l'évolution des métazoaires.",
    url = "https://doi.org/10.1111/brv.12908",
    doi = "10.1111/brv.12908",
    openalex = "W4306738504",
    references = "doi101016jcub202002054, doi101017jpa201720, doi101017pab201942, doi101111brv12614, doi101111j1469185x201200220x, doi101111j15023931201200319x, doi101111pala12475, doi101139z04190, doi101144jgs2015017, doi101186s1291501602714, doi101242dev066712, doi101371journalpone0009586, jefferies1973the"
}

Notre compréhension de l'origine évolutive des Chordata, l'un des phylums animaux les plus disparates et écologiquement significatifs, est entravée par le manque de parents de groupe tige non ambiguës. Des fossiles cambriens problématiques qui ont été considérés comme des candidats chordés incluent les vetulicolians,1Yunnanozoon,2 et le Pikaia emblématique.3 Cependant, leur placement phylogénétique est resté mal contraint, entravant les reconstructions de l'évolution des caractères le long de la lignée tige des chordés. Ici, nous réinterprétons la morphologie du Pikaia, fournissant des preuves d'un canal intestinal et, crucialement, d'un cordon nerveux dorsal - une synapomorphie robuste des chordés. L'identification de ces structures fonde un nouveau modèle anatomique du Pikaia qui montre que ce fossile a été précédemment interprété à l'envers. Nous révélons une configuration de myomère intermédiaire entre l'amphioxus et les vertébrés et établissons des liens morphologiques entre Yunnanozoon, Pikaia et les chordés non controversés. À la lumière de cela, nous effectuons une nouvelle analyse phylogénétique, en utilisant un jeu de données de deutérostomiens révisé et complet, et établissons une lignée tige des chordés. Nous résolvons les vetulicolians comme un groupe paraphylétique comprenant les premiers chordés de groupe tige divergents, sous-tendant un grade de chordés de groupe tige plus dérivés comprenant Yunnanozoon et Pikaia. Nos résultats phylogénétiques révèlent l'acquisition progressive de caractères diagnostiques du groupe couronne des chordés. En outre, ils cartographient une phase dans l'évolution précoce des chordés définie par l'intégration progressive de la région pharyngienne avec une musculature axiale segmentée, soutenant les hypothèses classiques de l'évolution-développement des origines des chordés4 et révélant un « chapitre perdu » dans l'histoire du phylum.

@article{doi101016jcub202405026,
    author = "Mussini, Giovanni et Smith, M. P. et Vinther, Jakob et Rahman, Imran A. et Murdock, Duncan J. E. et Harper, D. et Dunn, F. S.",
    title = "Une nouvelle interprétation de Pikaia révèle les origines du plan corporel des chordés.",
    year = "2024",
    journal = "Current biology : CB",
    abstract = {Notre compréhension de l'origine évolutive des Chordata, l'un des phylums animaux les plus disparates et écologiquement significatifs, est entravée par le manque de parents de groupe tige non ambiguës. Des fossiles cambriens problématiques qui ont été considérés comme des candidats chordés incluent les vetulicolians,1Yunnanozoon,2 et le Pikaia emblématique.3 Cependant, leur placement phylogénétique est resté mal contraint, entravant les reconstructions de l'évolution des caractères le long de la lignée tige des chordés. Ici, nous réinterprétons la morphologie du Pikaia, fournissant des preuves d'un canal intestinal et, crucialement, d'un cordon nerveux dorsal - une synapomorphie robuste des chordés. L'identification de ces structures fonde un nouveau modèle anatomique du Pikaia qui montre que ce fossile a été précédemment interprété à l'envers. Nous révélons une configuration de myomère intermédiaire entre l'amphioxus et les vertébrés et établissons des liens morphologiques entre Yunnanozoon, Pikaia et les chordés non controversés. À la lumière de cela, nous effectuons une nouvelle analyse phylogénétique, en utilisant un jeu de données de deutérostomiens révisé et complet, et établissons une lignée tige des chordés. Nous résolvons les vetulicolians comme un groupe paraphylétique comprenant les premiers chordés de groupe tige divergents, sous-tendant un grade de chordés de groupe tige plus dérivés comprenant Yunnanozoon et Pikaia. Nos résultats phylogénétiques révèlent l'acquisition progressive de caractères diagnostiques du groupe couronne des chordés. En outre, ils cartographient une phase dans l'évolution précoce des chordés définie par l'intégration progressive de la région pharyngienne avec une musculature axiale segmentée, soutenant les hypothèses classiques de l'évolution-développement des origines des chordés4 et révélant un « chapitre perdu » dans l'histoire du phylum.},
    url = "http://www.cell.com/article/S0960982224006699/pdf",
    doi = "10.1016/j.cub.2024.05.026",
    is_oa = "true",
    number = "13",
    pages = "2980-2989.e2",
    semanticscholar_citation_count = "10",
    semanticscholar_id = "b304b4ce4cef6e205468689c766d7bb9d61fbda4",
    volume = "34"
}

Synopsis Les Deuterostomia constituent un groupe monophylétique, composé des Ambulacraria, avec deux phyles, Hemichordata et Echinodermata, et du phylum Chordata, contenant les sous-phyles Cephalochordata (amphicoèles ou Amphioxus), Tunicata (Urochordata) et Vertebrata. Les hémichordés et les échinodermes sont des groupes frères et sont essentiels pour comprendre l'ancêtre deutérostome et l'origine et l'évolution des chordés au sein des deutérostomes. Les Enteropneusta, hémichordés en forme de vers, partagent de nombreuses caractéristiques chordées à l'âge adulte, notamment une queue post-anale, des fentes branchiales et un système nerveux central (SNC) qui déploie des réseaux de régulation génétique du développement (GRN) similaires. Les comparaisons génomiques montrent que les céphalochordés partagent la synténie et un plan corporel vermiforme similaire à celui des vertébrés, mais les analyses phylogénomiques placent les tunicés comme groupe frère des vertébrés. Les tunicés ont un intestin en forme de U et un plan corporel adulte très différent du reste des chordés, et tous les tunicés ont de petits génomes et de nombreuses pertes de gènes, bien que les GRN sous-jacents à des tissus spécifiques, tels que la notochorde et les muscles, soient conservés. Les échinodermes et les vertébrés ont des registres fossiles étendus, avec moins de spécimens trouvés pour les tunicés et les enteropneustes, ou hémichordés en forme de vers. Les données s'accumulent pour montrer que l'ancêtre deutérostome était un ver benthique complexe, avec des fentes branchiales, un squelette cartilagineux et un SNC. Deux groupes actuels, les échinodermes et les tunicés, ont évolué des plans corporels hautement dérivés, remarquablement différents de l'ancêtre deutérostome. Nous passons en revue les données génomiques et GRN actuelles sur les caractères des différents groupes de deutérostomes pour réévaluer différentes hypothèses sur les origines des chordés. La perte de la notochorde chez les échinodermes et les hémichordés est aussi parcimonieuse que le gain de la notochorde chez les chordés, mais a des implications pour l'ancêtre deutérostome. L'ancêtre chordé a perdu un réseau nerveux ancestral, conservé le SNC et évolué des cellules de la crête neurale.

@article{doi101093icbicae134,
    author = "Swalla, B.",
    title = "Deuterostome Ancestors and Chordate Origins.",
    year = "2024",
    journal = "Integrative and comparative biology",
    abstract = "Synopsis Les Deuterostomia constituent un groupe monophylétique, composé des Ambulacraria, avec deux phyles, Hemichordata et Echinodermata, et du phylum Chordata, contenant les sous-phyles Cephalochordata (amphicoèles ou Amphioxus), Tunicata (Urochordata) et Vertebrata. Les hémichordés et les échinodermes sont des groupes frères et sont essentiels pour comprendre l'ancêtre deutérostome et l'origine et l'évolution des chordés au sein des deutérostomes. Les Enteropneusta, hémichordés en forme de vers, partagent de nombreuses caractéristiques chordées à l'âge adulte, notamment une queue post-anale, des fentes branchiales et un système nerveux central (SNC) qui déploie des réseaux de régulation génétique du développement (GRN) similaires. Les comparaisons génomiques montrent que les céphalochordés partagent la synténie et un plan corporel vermiforme similaire à celui des vertébrés, mais les analyses phylogénomiques placent les tunicés comme groupe frère des vertébrés. Les tunicés ont un intestin en forme de U et un plan corporel adulte très différent du reste des chordés, et tous les tunicés ont de petits génomes et de nombreuses pertes de gènes, bien que les GRN sous-jacents à des tissus spécifiques, tels que la notochorde et les muscles, soient conservés. Les échinodermes et les vertébrés ont des registres fossiles étendus, avec moins de spécimens trouvés pour les tunicés et les enteropneustes, ou hémichordés en forme de vers. Les données s'accumulent pour montrer que l'ancêtre deutérostome était un ver benthique complexe, avec des fentes branchiales, un squelette cartilagineux et un SNC. Deux groupes actuels, les échinodermes et les tunicés, ont évolué des plans corporels hautement dérivés, remarquablement différents de l'ancêtre deutérostome. Nous passons en revue les données génomiques et GRN actuelles sur les caractères des différents groupes de deutérostomes pour réévaluer différentes hypothèses sur les origines des chordés. La perte de la notochorde chez les échinodermes et les hémichordés est aussi parcimonieuse que le gain de la notochorde chez les chordés, mais a des implications pour l'ancêtre deutérostome. L'ancêtre chordé a perdu un réseau nerveux ancestral, conservé le SNC et évolué des cellules de la crête neurale.",
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@misc{crossrefNoneevolution,
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