Chronospecies

Les modèles d'équilibre en biologie des populations ont démontré que des prédictions précises de la diversité des espèces peuvent être faites sans référence à des taxons particuliers. Nous avons étendu l'utilisation des modèles d'équilibre pour examiner les motifs de diversification phylétique dans le registre fossile. Nous supposons que (1) les régions deviennent saturées en ce qui concerne le nombre de taxons qui peuvent coexister ; et (2) après que cette limite est atteinte, les taux de spéciation et d'extinction sont très similaires. En utilisant ces contraintes minimales et les préceptes standards de la taxonomie évolutive (monophylie), nous avons généré des arbres évolutifs par simulation stochastique et classé leurs lignées en clades. Les processus aléatoires avec des contraintes minimales produisent des arbres phylétiques similaires à ceux basés sur le registre fossile. Ce qui intéresse particulièrement sont les motifs d'origine et d'extinction des clades et de la diversité intraclade. Pour comparaison avec les simulations informatiques, nous présentons des clades réels pour les Reptilia. Les similitudes sont frappantes, mais certains motifs du registre fossile ne sont pas simulés par des processus aléatoires. Par exemple, l'extinction du Crétacé supérieur pourrait représenter un type fondamentalement différent d'événement évolutif. Le programme de simulation et sa comparaison avec le monde réel permettent une séparation plus claire des éléments stochastiques et déterministes dans le registre évolutif.

@article{doi101086627905,
    author = "Raup, David M. and Gould, Stephen Jay and Schöpf, Thomas J. M. and Simberloff, Daniel",
    title = "Stochastic Models of Phylogeny and the Evolution of Diversity",
    year = "1973",
    journal = "The Journal of Geology",
    abstract = "Les modèles d'équilibre en biologie des populations ont démontré que des prédictions précises de la diversité des espèces peuvent être faites sans référence à des taxons particuliers. Nous avons étendu l'utilisation des modèles d'équilibre pour examiner les motifs de diversification phylétique dans le registre fossile. Nous supposons que (1) les régions deviennent saturées en ce qui concerne le nombre de taxons qui peuvent coexister ; et (2) après que cette limite est atteinte, les taux de spéciation et d'extinction sont très similaires. En utilisant ces contraintes minimales et les préceptes standards de la taxonomie évolutive (monophylie), nous avons généré des arbres évolutifs par simulation stochastique et classé leurs lignées en clades. Les processus aléatoires avec des contraintes minimales produisent des arbres phylétiques similaires à ceux basés sur le registre fossile. Ce qui intéresse particulièrement sont les motifs d'origine et d'extinction des clades et de la diversité intraclade. Pour comparaison avec les simulations informatiques, nous présentons des clades réels pour les Reptilia. Les similitudes sont frappantes, mais certains motifs du registre fossile ne sont pas simulés par des processus aléatoires. Par exemple, l'extinction du Crétacé supérieur pourrait représenter un type fondamentalement différent d'événement évolutif. Le programme de simulation et sa comparaison avec le monde réel permettent une séparation plus claire des éléments stochastiques et déterministes dans le registre évolutif.",
    url = "https://doi.org/10.1086/627905",
    doi = "10.1086/627905",
    openalex = "W2026989517",
    references = "doi101007978146158633315, doi101086627137, doi101111j174966321961tb35525x, doi101126science17740541065, doi1023072982232, openalexw1590525445, openalexw2145250129, openalexw2465044259, openalexw3135630760"
}

@incollection{doi101016s0920544608703236,
    title = "Chapitre 3 Modèles stochastiques en paléontologie évolutive",
    year = "1977",
    booktitle = "Progrès en paléontologie et stratigraphie",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0920-5446(08)70323-6",
    doi = "10.1016/s0920-5446(08)70323-6",
    openalex = "W1726680493"
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Les taxonomistes travaillant sur les faunes du Cénozoïque tardif ont tendance à considérer les espèces vivantes comme des points de départ pour l'évaluation des chronospecies (c'est-à-dire des segments de lignées évolutives désignés subjectivement comme des espèces) qui s'étendent vers le passé à partir du Récent. Cette pratique permet de construire une courbe de survie pour les chronospecies du Cénozoïque tardif en évaluant toutes les lignées fossiles censées avoir survécu jusqu'à nos jours. Une courbe de survie est produite en traçant la fraction de ces lignées existant à un moment donné qui n'ont pas subi assez d'évolution phylétique pour que leurs représentants actuels soient assignés à de nouvelles espèces. Ce type de courbe de survie a été tracé pour les chronospecies de mammifères en utilisant le début du Würm, plutôt que le Récent, comme point final afin d'éviter les effets de l'extinction de masse du Würm et post-Würm. La courbe de survie révèle que, sauf une petite fraction, les chronospecies établies ont des durées longues par rapport aux intervalles de temps durant lesquels des taxons supérieurs distincts sont apparus. Le turnover phylétique des espèces a été remarquablement lent. La plupart du changement évolutif net doit avoir été associé à une spéciation saltatoire. Même la grande majorité des genres doivent être apparus rapidement par un ou plusieurs événements de spéciation divergente. Les estimations des taux d'extinction suggèrent que l'effet de goulot d'étranglement, dans lequel la constriction d'une lignée est suivie d'une ré-expansion en tant qu'espèce distincte, ne peut pas être une source majeure de changement évolutif. Ces conclusions, basées sur l'évaluation de la phylogénie des mammifères, semblent également s'appliquer à d'autres taxons d'animaux, soutenant le modèle punctuel de l'évolution. Les longues durées des espèces hominidées impliquent que l'évolution des humains, comme celle d'autres mammifères, conforme à ce modèle.

@article{doi101017s0094837300005662,
    author = "Stanley, Steven M.",
    title = "Longévités des chronospecies, l'origine des genres et le modèle punctuel de l'évolution",
    year = "1978",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Les taxonomistes travaillant sur les faunes du Cénozoïque tardif ont tendance à considérer les espèces vivantes comme des points de départ pour l'évaluation des chronospecies (c'est-à-dire des segments de lignées évolutives désignés subjectivement comme des espèces) qui s'étendent vers le passé à partir du Récent. Cette pratique permet de construire une courbe de survie pour les chronospecies du Cénozoïque tardif en évaluant toutes les lignées fossiles censées avoir survécu jusqu'à nos jours. Une courbe de survie est produite en traçant la fraction de ces lignées existant à un moment donné qui n'ont pas subi assez d'évolution phylétique pour que leurs représentants actuels soient assignés à de nouvelles espèces. Ce type de courbe de survie a été tracé pour les chronospecies de mammifères en utilisant le début du Würm, plutôt que le Récent, comme point final afin d'éviter les effets de l'extinction de masse du Würm et post-Würm. La courbe de survie révèle que, sauf une petite fraction, les chronospecies établies ont des durées longues par rapport aux intervalles de temps durant lesquels des taxons supérieurs distincts sont apparus. Le turnover phylétique des espèces a été remarquablement lent. La plupart du changement évolutif net doit avoir été associé à une spéciation saltatoire. Même la grande majorité des genres doivent être apparus rapidement par un ou plusieurs événements de spéciation divergente. Les estimations des taux d'extinction suggèrent que l'effet de goulot d'étranglement, dans lequel la constriction d'une lignée est suivie d'une ré-expansion en tant qu'espèce distincte, ne peut pas être une source majeure de changement évolutif. Ces conclusions, basées sur l'évaluation de la phylogénie des mammifères, semblent également s'appliquer à d'autres taxons d'animaux, soutenant le modèle punctuel de l'évolution. Les longues durées des espèces hominidées impliquent que l'évolution des humains, comme celle d'autres mammifères, conforme à ce modèle.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0094837300005662",
    doi = "10.1017/s0094837300005662",
    openalex = "W2484245196",
    references = "doi10100703064746897, doi101017s0094837300005224, doi101093aesa383396, doi101126science1653891349, doi1023071441916, doi1023072407738, doi1023072411924, doi104159harvard9780674865327, openalexw2145250129, openalexw3135630760"
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Les taxonomistes travaillant sur les faunes du Cénozoïque tardif ont tendance à considérer les espèces vivantes comme des points de départ pour l'évaluation des chronospecies (c'est-à-dire des segments de lignées évolutives désignés subjectivement comme des espèces) qui s'étendent vers le passé à partir du Récent. Cette pratique permet de construire une courbe de survie pour les chronospecies du Cénozoïque tardif en évaluant toutes les lignées fossiles censées avoir survécu jusqu'à nos jours. Une courbe de survie est produite en traçant la fraction de ces lignées existant à un moment donné qui n'ont pas subi assez d'évolution phylétique pour que leurs représentants actuels soient assignés à de nouvelles espèces. Ce type de courbe de survie a été tracé pour les chronospecies de mammifères en utilisant le début du Würm, plutôt que le Récent, comme point final afin d'éviter les effets de l'extinction de masse du Würm et post-Würm. La courbe de survie révèle que, sauf une petite fraction, les chronospecies établies ont des durées longues par rapport aux intervalles de temps durant lesquels des taxons supérieurs distincts sont apparus. Le turnover phylétique des espèces a été remarquablement lent. La plupart du changement évolutif net doit avoir été associé à une spéciation saltatoire. Même la grande majorité des genres doivent être apparus rapidement par un ou plusieurs événements de spéciation divergente. Les estimations des taux d'extinction suggèrent que l'effet de goulot d'étranglement, dans lequel la constriction d'une lignée est suivie d'une ré-expansion en tant qu'espèce distincte, ne peut pas être une source majeure de changement évolutif. Ces conclusions, basées sur l'évaluation de la phylogénie des mammifères, semblent également s'appliquer à d'autres taxons d'animaux, soutenant le modèle punctuational de l'évolution. Les longues durées des espèces hominidées impliquent que l'évolution des humains, comme celle d'autres mammifères, conforme à ce modèle.

@article{stanley1978chronospecies,
    author = "Stanley, Steven M.",
    title = "Chronospecies' longevities, the origin of genera, and the punctuational model of evolution",
    year = "1978",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Les taxonomistes travaillant sur les faunes du Cénozoïque tardif ont tendance à considérer les espèces vivantes comme des points de départ pour l'évaluation des chronospecies (c'est-à-dire des segments de lignées évolutives désignés subjectivement comme des espèces) qui s'étendent vers le passé à partir du Récent. Cette pratique permet de construire une courbe de survie pour les chronospecies du Cénozoïque tardif en évaluant toutes les lignées fossiles censées avoir survécu jusqu'à nos jours. Une courbe de survie est produite en traçant la fraction de ces lignées existant à un moment donné qui n'ont pas subi assez d'évolution phylétique pour que leurs représentants actuels soient assignés à de nouvelles espèces. Ce type de courbe de survie a été tracé pour les chronospecies de mammifères en utilisant le début du Würm, plutôt que le Récent, comme point final afin d'éviter les effets de l'extinction de masse du Würm et post-Würm. La courbe de survie révèle que, sauf une petite fraction, les chronospecies établies ont des durées longues par rapport aux intervalles de temps durant lesquels des taxons supérieurs distincts sont apparus. Le turnover phylétique des espèces a été remarquablement lent. La plupart du changement évolutif net doit avoir été associé à une spéciation saltatoire. Même la grande majorité des genres doivent être apparus rapidement par un ou plusieurs événements de spéciation divergente. Les estimations des taux d'extinction suggèrent que l'effet de goulot d'étranglement, dans lequel la constriction d'une lignée est suivie d'une ré-expansion en tant qu'espèce distincte, ne peut pas être une source majeure de changement évolutif. Ces conclusions, basées sur l'évaluation de la phylogénie des mammifères, semblent également s'appliquer à d'autres taxons d'animaux, soutenant le modèle punctuational de l'évolution. Les longues durées des espèces hominidées impliquent que l'évolution des humains, comme celle d'autres mammifères, conforme à ce modèle.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0094837300005662",
    doi = "10.1017/s0094837300005662",
    number = "1",
    openalex = "W2484245196",
    pages = "26-40",
    volume = "4",
    references = "doi10100703064746897, doi101017s0094837300005224, doi101093aesa383396, doi101126science1653891349, doi1023071441916, doi1023072407738, doi1023072411924, doi104159harvard9780674865327, openalexw2145250129, openalexw3135630760"
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@misc{stanley1978chronospecies1,
    author = "Stanley, S. M",
    title = "Longévités des chronospecies, l'origine des genres, et le modèle punctuational de l'évolution",
    year = "1978",
    howpublished = "Paleobiology, v. 4, p. 26-40",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Stanley, S. M., 1978, Longévités des chronospecies, l'origine des genres, et le modèle punctuational de l'évolution: Paleobiology, v. 4, p. 26-40.}"
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Les effets de l'application d'une taxonomie horizontale (de population) par opposition à une taxonomie verticale (typologique) sur la précision de la chrono-zonation des ammonites sont discutés et un exemple d'inférence stratigraphique qui peut être dérivé de la méthode de population est présenté. Un macroconche presque complet de Świetoszewo, Poméranie, est comparé à une série standard d'échantillons étudiés biométriquement provenant du Volgien inférieur de Brzostowka, Pologne centrale. Des spécimens identiques morphologiquement à celui de Świetoszewo peuvent être trouvés parmi les extrêmes de la variabilité de la population, bien au-dessus et bien en dessous de l'horizon de la meilleure adéquation avec la moyenne de l'échantillon. La corrélation temporelle est donc une forme d'inférence probabiliste, car l'identité probable dans le temps diminue avec l'augmentation de la distance par rapport à l'horizon de la meilleure adéquation. Pour cette raison, les diagnostics verticaux (typologiques) des chrono-espèces ne peuvent pas aboutir à des corrélations meilleures et plus fiables qu'une approche horizontale (de population). Parce que le concept d'espèce typologique conduit à une fausse représentation en phylogénétique et en biogéographie, il est proposé d'abandonner son utilisation en biostratigraphie.

@article{openalexw821285779,
    author = "Dzik, Jerzy",
    title = "Concepts typologiques versus concepts de population des chrono-espèces : implications pour la biostratigraphie des ammonites",
    year = "1985",
    abstract = "Les effets de l'application d'une taxonomie horizontale (de population) par opposition à une taxonomie verticale (typologique) sur la précision de la chrono-zonation des ammonites sont discutés et un exemple d'inférence stratigraphique qui peut être dérivé de la méthode de population est présenté. Un macroconche presque complet de Świetoszewo, Poméranie, est comparé à une série standard d'échantillons étudiés biométriquement provenant du Volgien inférieur de Brzostowka, Pologne centrale. Des spécimens identiques morphologiquement à celui de Świetoszewo peuvent être trouvés parmi les extrêmes de la variabilité de la population, bien au-dessus et bien en dessous de l'horizon de la meilleure adéquation avec la moyenne de l'échantillon. La corrélation temporelle est donc une forme d'inférence probabiliste, car l'identité probable dans le temps diminue avec l'augmentation de la distance par rapport à l'horizon de la meilleure adéquation. Pour cette raison, les diagnostics verticaux (typologiques) des chrono-espèces ne peuvent pas aboutir à des corrélations meilleures et plus fiables qu'une approche horizontale (de population). Parce que le concept d'espèce typologique conduit à une fausse représentation en phylogénétique et en biogéographie, il est proposé d'abandonner son utilisation en biostratigraphie.",
    url = "https://openalex.org/W821285779",
    openalex = "W821285779"
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@article{doi101016037783988790020x,
    author = "Wei, Kuo‐Yen",
    title = "Différenciation morphométrique multivariée des chronospecies dans la lignée des foraminifères planctoniques du Néogène tardif Globoconella",
    year = "1987",
    journal = "Marine Micropaleontology",
    url = "https://doi.org/10.1016/0377-8398(87)90020-x",
    doi = "10.1016/0377-8398(87)90020-x",
    openalex = "W2043634432",
    references = "doi1010160025322771900533, doi101017s0094837300004000, doi101038369716c0, doi1023071377078, doi1023071485586, doi1023072288308, doi1023072412740, doi1023072528963, doi107312simp92414, openalexw1973558337"
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@article{stanley1989the,
    author = "Stanley, Steven M",
    title = "Le cas empirique en faveur du modèle ponctué de l'évolution",
    year = "1989",
    journal = "Journal of Social and Biological Structures",
    url = "https://doi.org/10.1016/0140-1750(89)90042-0",
    doi = "10.1016/0140-1750(89)90042-0",
    number = "2-3",
    openalex = "W2038851461",
    pages = "159-172",
    volume = "12",
    references = "doi101017s0094837300005224, doi101038325031a0, doi101086282975, doi101093genetics16297, doi101093genetics9441011, doi101111j155856461969tb03508x, doi1023072482053, doi104159harvard9780674865327, doi107312steb94536, openalexw2971318137"
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Un modèle simple et robuste de l'évolution biologique d'une écologie d'espèces interagissantes est introduit. Le modèle s'auto-organise en un état stationnaire critique avec des avalanches de coévolution intermittentes de toutes tailles ; c'est-à-dire qu'il présente un comportement d'« équilibre ponctué ». Cette évolution collaborative est beaucoup plus rapide que les scénarios non coopératifs, car aucune mutation grande, coordonnée et donc prohibitivement improbable n'est impliquée.

@article{doi101103physrevlett714083,
    author = "Bak, Per et Sneppen, Kim",
    title = "Équilibre ponctué et criticité dans un modèle simple de l'évolution",
    year = "1993",
    journal = "Physical Review Letters",
    abstract = "Un modèle simple et robuste de l'évolution biologique d'une écologie d'espèces interagissantes est introduit. Le modèle s'auto-organise en un état stationnaire critique avec des avalanches de coévolution intermittentes de toutes tailles ; c'est-à-dire qu'il présente un comportement d'« équilibre ponctué ». Cette évolution collaborative est beaucoup plus rapide que les scénarios non coopératifs, car aucune mutation grande, coordonnée et donc prohibitivement improbable n'est impliquée.",
    url = "https://doi.org/10.1103/physrevlett.71.4083",
    doi = "10.1103/physrevlett.71.4083",
    openalex = "W1966151890",
    references = "doi1010160004698180901493, doi101016s0022519305800943, doi101017s0094837300005224, doi101038342780a0, doi101103physreva38364, doi101103physreva466724, doi101103physrevlett59381, doi101103physrevlett693539, doi101103physrevlett71101, doi1012019780429492594, pines2018emerging"
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@incollection{clube1996evolution,
    author = "Clube, S. V. M.",
    title = "Évolution, crises ponctuées et menace pour la civilisation",
    year = "1996",
    booktitle = "Mondes en interaction : Petits corps et planètes du système solaire",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-94-009-0209-1\_54",
    doi = "10.1007/978-94-009-0209-1\_54",
    openalex = "W2078463644",
    pages = "433-440",
    references = "doi1010079789401133784, doi101007bf00049549, doi101038363704a0, doi101038367033a0, doi101146annurevea11050183002333, doi101177095968369400400211, doi1023071782931, doi1023073901804, doi105860choice330281, openalexw1638717326"
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@article{doi101046j13652540200100803x,
    author = "Charlesworth, Brian et Dempsey, N D",
    title = "Un modèle de l'évolution du système de chromosomes sexuels inhabituel de Microtus oregoni",
    year = "2001",
    journal = "Heredity",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1365-2540.2001.00803.x",
    doi = "10.1046/j.1365-2540.2001.00803.x",
    openalex = "W2054790618",
    references = "doi10100797814615698629"
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Les cohortes de taxons marins qui ont émergé lors des récupérations après des extinctions de masse ont généralement été plus largement réparties spatialement que celles qui ont émergé à d'autres moments. Combinée à la reconnaissance d'une corrélation entre les aires géographiques et les longévités temporelles des taxons marins, cette observation prédit que les taxons de récupération ont été géologiquement exceptionnellement longévifs. Nous avons analysé cette possibilité en évaluant les longévités des cohortes de genres marins qui ont émergé dans des sous-stades successifs tout au long du Phanérozoïque. Les résultats confirment que plusieurs cohortes de récupération après extinction de masse ont été significativement plus longévives que d'autres cohortes, mais cet effet était limité au post-Paléozoïque, suggérant des différences dans la dynamique de la diversification paléozoïque versus post-paléozoïque.

@article{miller2003increased,
    author = "Miller, Arnold I. et Foote, Michael",
    title = "Increased Longevities of Post-Paleozoic Marine Genera After Mass Extinctions",
    year = "2003",
    journal = "Science",
    abstract = "Les cohortes de taxons marins qui ont émergé lors des récupérations après des extinctions de masse ont généralement été plus largement réparties spatialement que celles qui ont émergé à d'autres moments. Combinée à la reconnaissance d'une corrélation entre les aires géographiques et les longévités temporelles des taxons marins, cette observation prédit que les taxons de récupération ont été géologiquement exceptionnellement longévifs. Nous avons analysé cette possibilité en évaluant les longévités des cohortes de genres marins qui ont émergé dans des sous-stades successifs tout au long du Phanérozoïque. Les résultats confirment que plusieurs cohortes de récupération après extinction de masse ont été significativement plus longévives que d'autres cohortes, mais cet effet était limité au post-Paléozoïque, suggérant des différences dans la dynamique de la diversification paléozoïque versus post-paléozoïque.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1089719",
    doi = "10.1126/science.1089719",
    number = "5647",
    pages = "1030-1032",
    volume = "302"
}

@article{crossref2006gradual,
    title = "Évolution graduelle versus ponctuée",
    year = "2006",
    journal = "Science",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.314.5796.13g",
    doi = "10.1126/science.314.5796.13g",
    number = "5796",
    openalex = "W4210646514",
    pages = "13g-13g",
    volume = "314"
}

Nous avons testé la capacité de six modèles génétiques quantitatifs à expliquer l'évolution des moyennes phénotypiques en utilisant une base de données étendue compilée par Gingerich. Notre approche diffère des efforts passés en ce que nous utilisons des modèles explicites du processus évolutif, avec des paramètres estimés à partir de populations contemporaines, pour analyser un grand échantillon de données de divergence à de nombreuses échelles de temps différentes. Nous montrons qu'un modèle génétique quantitatif donne un bon ajustement aux données sur la divergence phénotypique à travers des échelles de temps allant de quelques générations à 10 millions de générations. La caractéristique clé de ce modèle est un optimum de fitness qui se déplace dans des limites fixes. À l'inverse, un modèle d'évolution neutre, des modèles avec un optimum stationnaire qui subissent un mouvement brownien ou du bruit blanc, un modèle avec un optimum mobile et un modèle de déplacement de pic échouent tous à expliquer les données sur la plupart ou toutes les échelles de temps. Nous discutons de nos résultats dans le cadre du concept de paysages adaptatifs et de zones de Simpson. Notre analyse suggère que le processus sous-jacent causant la stase phénotypique est l'adaptation à un optimum qui se déplace dans une zone adaptative aux frontières stables. Nous discutons des implications de nos résultats pour les études comparatives et l'inférence de phylogénie basées sur des caractères phénotypiques.

@article{doi101086510633,
    author = "Estes, Suzanne et Arnold, Stevan J.",
    title = "Résolution du paradoxe de la stase : des modèles avec sélection stabilisatrice expliquant la divergence évolutive à toutes les échelles de temps",
    year = "2007",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "Nous avons testé la capacité de six modèles génétiques quantitatifs à expliquer l'évolution des moyennes phénotypiques en utilisant une base de données étendue compilée par Gingerich. Notre approche diffère des efforts passés en ce que nous utilisons des modèles explicites du processus évolutif, avec des paramètres estimés à partir de populations contemporaines, pour analyser un grand échantillon de données de divergence à de nombreuses échelles de temps différentes. Nous montrons qu'un modèle génétique quantitatif donne un bon ajustement aux données sur la divergence phénotypique à travers des échelles de temps allant de quelques générations à 10 millions de générations. La caractéristique clé de ce modèle est un optimum de fitness qui se déplace dans des limites fixes. À l'inverse, un modèle d'évolution neutre, des modèles avec un optimum stationnaire qui subissent un mouvement brownien ou du bruit blanc, un modèle avec un optimum mobile et un modèle de déplacement de pic échouent tous à expliquer les données sur la plupart ou toutes les échelles de temps. Nous discutons de nos résultats dans le cadre du concept de paysages adaptatifs et de zones de Simpson. Notre analyse suggère que le processus sous-jacent causant la stase phénotypique est l'adaptation à un optimum qui se déplace dans une zone adaptative aux frontières stables. Nous discutons des implications de nos résultats pour les études comparatives et l'inférence de phylogénie basées sur des caractères phénotypiques.",
    url = "https://doi.org/10.1086/510633",
    doi = "10.1086/510633",
    openalex = "W2120631206",
    references = "doi10100797894010058529, doi101023a1013311015886, doi101038scientificamerican117998, doi101046j14390388200200356x, doi101086284325, doi101086383584, doi101111j155856461983tb00236x, doi1023072485224, doi102307jctvjsf433, doi105860choice396411, openalexw1591710988, openalexw3135630760"
}

@article{doi101016jjas200711018,
    author = "Escudé, Élise et Montuire, Sophie et Desclaux, Emmanuel et Quéré, Jean‐Pierre et Renvoisé, Élodie et Jeannet, Marcel",
    title = "Reappraisal of ‘chronospecies’ et l'utilisation d'Arvicola (Rodentia, Mammalia) pour la biochronologie",
    year = "2008",
    journal = "Journal of Archaeological Science",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.jas.2007.11.018",
    doi = "10.1016/j.jas.2007.11.018",
    openalex = "W2006009839",
    references = "doi10100797814615698629, doi101016001046559290019u, doi1010160146664x8290034x, doi101016016953479390024j, doi101017cbo9780511529870, doi101017s0003598x00047001, doi101201978100307787915, doi1023071223169, openalexw601860967, openalexw623186629"
}

L'étude de l'évolution des mammifères repose souvent sur des connaissances concernant l'évolution des dents. Les études développementales peuvent tenter d'aborder les mécanismes qui guident les changements évolutifs. Un exemple est le nouveau modèle développemental proposé par Kavanagh et al. (2007), qui fournit un modèle testable de haut niveau pour prédire l'évolution des dents des mammifères. Il est construit sur un modèle de cascade inhibitrice basé sur un équilibre dynamique entre activateurs et inhibiteurs, régulant les différences de taille des molaires le long de la rangée dentaire inférieure. Néanmoins, les tailles de molaires chez certains mammifères diffèrent de ce modèle de cascade inhibitrice, en particulier chez les campagnols. L'objectif de cette étude est de mettre en évidence les différences entre les arvicolidés et les murinés au sein de ce modèle et de suggérer un modèle alternatif. Ici, nous démontrons que la cascade inhibitrice n'est pas suivie, en raison de la première molaire inférieure considérablement allongée des arvicolidés. Nous élargissons la portée du modèle macroévolutif en projetant une échelle de temps sur le modèle développemental. Nous démontrons que l'évolution des arvicolidés se caractérise plutôt par un grand écart entre le plus ancien campagnol et les genres plus récents, avec l'acquisition rapide d'une grande première molaire inférieure contemporaine de leur radiation. Notre étude fournit des hypothèses évolutives alternatives pour les mammifères ayant des trajectoires de développement différentes.

@article{doi101111j15585646200900639x,
    author = "Renvoisé, Élodie et Evans, Alistair R. et Jebrane, Ahmad et Labruère, Catherine et Laffont, Rémi et Montuire, Sophie",
    title = "ÉVOLUTION DES PATTERNS DE DENTS DE MAMMIFÈRES : NOUVELLES PERSPECTIVES À PARTIR D'UN MODÈLE DE PRÉDICTION DÉVELOPPEMENTALE",
    year = "2009",
    journal = "Evolution",
    abstract = "L'étude de l'évolution des mammifères repose souvent sur des connaissances concernant l'évolution des dents. Les études développementales peuvent tenter d'aborder les mécanismes qui guident les changements évolutifs. Un exemple est le nouveau modèle développemental proposé par Kavanagh et al. (2007), qui fournit un modèle testable de haut niveau pour prédire l'évolution des dents des mammifères. Il est construit sur un modèle de cascade inhibitrice basé sur un équilibre dynamique entre activateurs et inhibiteurs, régulant les différences de taille des molaires le long de la rangée dentaire inférieure. Néanmoins, les tailles de molaires chez certains mammifères diffèrent de ce modèle de cascade inhibitrice, en particulier chez les campagnols. L'objectif de cette étude est de mettre en évidence les différences entre les arvicolidés et les murinés au sein de ce modèle et de suggérer un modèle alternatif. Ici, nous démontrons que la cascade inhibitrice n'est pas suivie, en raison de la première molaire inférieure considérablement allongée des arvicolidés. Nous élargissons la portée du modèle macroévolutif en projetant une échelle de temps sur le modèle développemental. Nous démontrons que l'évolution des arvicolidés se caractérise plutôt par un grand écart entre le plus ancien campagnol et les genres plus récents, avec l'acquisition rapide d'une grande première molaire inférieure contemporaine de leur radiation. Notre étude fournit des hypothèses évolutives alternatives pour les mammifères ayant des trajectoires de développement différentes.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.2009.00639.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.2009.00639.x",
    openalex = "W2014222673",
    references = "doi10100797814615698629"
}

@article{holliday2009genes,
    author = "Holliday, Robin",
    title = "Genes and the évolution des longévités",
    year = "2009",
    journal = "Biogerontology",
    url = "https://doi.org/10.1007/s10522-008-9153-7",
    doi = "10.1007/s10522-008-9153-7",
    number = "1",
    pages = "1-2",
    volume = "10"
}

Il y a cinquante ans, l'espèce hominine Homo habilis a été décrite par Leakey, Tobias et Napier (1964) sur la base de restes crâniens et postcrâniens provenant du lit I de la gorge d'Olduvai au Tanzanie, datés d'environ 1,8 million d'années (mya). La réaction a été hautement critique. Les sceptiques comprenaient W.E. Le Gros Clark, K. Oakley, B.G. Campbell, D. Pilbeam, E.L. Simons, F.C. Howell, J. Robinson et L. Brace (Tobias, 1992). Certains ont noté que le nouveau matériel était similaire aux fossiles plio-pléistocènes d'Afrique du Sud attribués à Australopithecus africanus provenant de sites tels que Taung (décrit initialement par Dart, 1925) et Sterkfontein (décrit par Broom et Robinson depuis 1936, voir Broom et al., 1950). Les critiques ont affirmé qu'une nouvelle espèce (habilis) dans le genre Homo était injustifiée. Robinson (1965) a soutenu que les spécimens attribués à H. habilis devraient plutôt être considérés comme des australopithèques. Ce n'est que quelque 25 ans plus tard que Tobias (1991) a publié deux volumes détaillés sur les fossiles hominines attribués à H. habilis de la gorge d'Olduvai. À cette époque, ces spécimens étaient généralement considérés comme une espèce valide. Tobias (1992) lui-même a écrit triomphalement une évaluation rétrospective de la controverse, concluant avec les mots « Aujourd'hui, il est largement accepté comme un bon taxon et celui qui représente une étape critique dans l'évolution de l'homme moderne ». Cependant, il y a raison de réévaluer le statut de certains spécimens attribués à Homo habilis et A. africanus.

@incollection{doi101201b194107,
    author = "Thackeray, Francis",
    title = "HOMO HABILIS ET AUSTRALOPITHECUS AFRICANUS, DANS LE CONTEXTE D'UNE ESPÈCE CHRONOSPECIES ET DES CHANGEMENTS CLIMATIQUES",
    year = "2015",
    abstract = "Il y a cinquante ans, l'espèce hominine Homo habilis a été décrite par Leakey, Tobias et Napier (1964) sur la base de restes crâniens et postcrâniens provenant du lit I de la gorge d'Olduvai au Tanzanie, datés d'environ 1,8 million d'années (mya). La réaction a été hautement critique. Les sceptiques comprenaient W.E. Le Gros Clark, K. Oakley, B.G. Campbell, D. Pilbeam, E.L. Simons, F.C. Howell, J. Robinson et L. Brace (Tobias, 1992). Certains ont noté que le nouveau matériel était similaire aux fossiles plio-pléistocènes d'Afrique du Sud attribués à Australopithecus africanus provenant de sites tels que Taung (décrit initialement par Dart, 1925) et Sterkfontein (décrit par Broom et Robinson depuis 1936, voir Broom et al., 1950). Les critiques ont affirmé qu'une nouvelle espèce (habilis) dans le genre Homo était injustifiée. Robinson (1965) a soutenu que les spécimens attribués à H. habilis devraient plutôt être considérés comme des australopithèques. Ce n'est que quelque 25 ans plus tard que Tobias (1991) a publié deux volumes détaillés sur les fossiles hominines attribués à H. habilis de la gorge d'Olduvai. À cette époque, ces spécimens étaient généralement considérés comme une espèce valide. Tobias (1992) lui-même a écrit triomphalement une évaluation rétrospective de la controverse, concluant avec les mots « Aujourd'hui, il est largement accepté comme un bon taxon et celui qui représente une étape critique dans l'évolution de l'homme moderne ». Cependant, il y a raison de réévaluer le statut de certains spécimens attribués à Homo habilis et A. africanus.",
    url = "https://doi.org/10.1201/b19410-7",
    doi = "10.1201/b19410-7",
    openalex = "W3176035964",
    references = "doi101006jhev19951008"
}

Résumé Ici, nous explorons les variations et les similitudes parmi les deux groupes de populations les mieux représentés qui vivaient pendant l'Âge de la Pierre Moyenne et le Paléolithique moyen — les Néandertaliens et Homo sapiens. S'appuyant sur des approches telles que la co-évolution gène-culture, nous proposons un modèle à quatre champs pour discuter des relations entre l'évolution cognitive humaine, la biologie, la technologie, la société et l'écologie. Nous nous concentrons sur la phase pré-50-ka, car nous pensons que le mélange ultérieur entre Néandertaliens et Homo sapiens en Eurasie pourrait rendre difficile leur séparation en termes de cognition, ou de tout autre domaine discuté dans cet article. L'utilisation de notre modèle nous a permis de mettre en évidence les similitudes de cognition entre les deux populations en ce qui concerne le comportement symbolique et l'apprentissage social, et d'identifier des différences dans les aspects de la cognition technique et sociale. Les dissimilarités dans les variants de gènes sélectifs du cerveau et la morphologie cérébrale suggèrent fortement des différences dans certaines trajectoires évolutives qui auraient affecté la cognition. Nous suggérons donc qu'au lieu d'insister sur le fait que les Néandertaliens étaient cognitivement « les mêmes » que Homo sapiens, il pourrait être utile de concentrer les études futures sur la cognition spécifique aux Néandertaliens qui aurait été bien développée dans leur contexte spécifique à l'époque.

@article{doi101007s10816020095026,
    author = "Lombard, Marlize and Högberg, Anders",
    title = "Four-Field Co-evolutionary Model for Human Cognition: Variation in the Middle Stone Age/Middle Palaeolithic",
    year = "2021",
    journal = "Journal of Archaeological Method and Theory",
    abstract = "Résumé Ici, nous explorons les variations et les similitudes parmi les deux groupes de populations les mieux représentés qui vivaient pendant l'Âge de la Pierre Moyenne et le Paléolithique moyen — les Néandertaliens et Homo sapiens. S'appuyant sur des approches telles que la co-évolution gène-culture, nous proposons un modèle à quatre champs pour discuter des relations entre l'évolution cognitive humaine, la biologie, la technologie, la société et l'écologie. Nous nous concentrons sur la phase pré-50-ka, car nous pensons que le mélange ultérieur entre Néandertaliens et Homo sapiens en Eurasie pourrait rendre difficile leur séparation en termes de cognition, ou de tout autre domaine discuté dans cet article. L'utilisation de notre modèle nous a permis de mettre en évidence les similitudes de cognition entre les deux populations en ce qui concerne le comportement symbolique et l'apprentissage social, et d'identifier des différences dans les aspects de la cognition technique et sociale. Les dissimilarités dans les variants de gènes sélectifs du cerveau et la morphologie cérébrale suggèrent fortement des différences dans certaines trajectoires évolutives qui auraient affecté la cognition. Nous suggérons donc qu'au lieu d'insister sur le fait que les Néandertaliens étaient cognitivement « les mêmes » que Homo sapiens, il pourrait être utile de concentrer les études futures sur la cognition spécifique aux Néandertaliens qui aurait été bien développée dans leur contexte spécifique à l'époque.",
    url = "https://doi.org/10.1007/s10816-020-09502-6",
    doi = "10.1007/s10816-020-09502-6",
    openalex = "W3119462367",
    references = "doi101016jquaint201802036"
}

@incollection{crossref2023punctuational,
    title = "punctuational, adj.",
    year = "2023",
    booktitle = "Oxford English Dictionary",
    url = "https://doi.org/10.1093/oed/1194385627",
    doi = "10.1093/oed/1194385627"
}

L'évolution de la métastase, la propagation du cancer vers des sites distaux au sein du corps, représente une étape létale de la progression du cancer. Pourtant, les dynamiques évolutives qui façonnent l'émergence de la maladie métastatique restent non résolues. Ici, en utilisant des données de traçage de lignée à cellule unique combinées à des méthodes statistiques phylogénétiques, nous montrons que la trajectoire évolutive de la maladie métastatique est parsemée de saccades de changement moléculaire rapide à mesure que de nouvelles sous-populations cellulaires apparaissent, un motif connu sous le nom d'évolution ponctuée. Ensuite, en mesurant l'évolution ponctuée à travers la cascade métastatique, nous montrons que les effets ponctués sont concentrés dans la formation de tumeurs secondaires aux sites métastatiques distaux, suggérant que des modes d'évolution qualitativement différents peuvent conduire à la progression des tumeurs primaires et métastatiques. Pris dans leur ensemble, nos résultats fournissent des preuves empiriques de motifs distincts d'évolution moléculaire aux stades précoces et tardifs de la maladie métastatique et notre approche fournit un cadre pour étudier l'évolution de la métastase à un niveau plus nuancé qu'il n'a été possible jusqu'à présent.

@article{butler2025punctuational,
    author = "Butler, George et Amend, Sarah R. et Venditti, Chris et Pienta, Kenneth J.",
    title = "L'évolution ponctuée est omniprésente dans la colonisation métastatique des sites distaux",
    year = "2025",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B : Biological Sciences",
    abstract = "L'évolution de la métastase, la propagation du cancer vers des sites distaux au sein du corps, représente une étape létale de la progression du cancer. Pourtant, les dynamiques évolutives qui façonnent l'émergence de la maladie métastatique restent non résolues. Ici, en utilisant des données de traçage de lignée à cellule unique combinées à des méthodes statistiques phylogénétiques, nous montrons que la trajectoire évolutive de la maladie métastatique est parsemée de saccades de changement moléculaire rapide à mesure que de nouvelles sous-populations cellulaires apparaissent, un motif connu sous le nom d'évolution ponctuée. Ensuite, en mesurant l'évolution ponctuée à travers la cascade métastatique, nous montrons que les effets ponctués sont concentrés dans la formation de tumeurs secondaires aux sites métastatiques distaux, suggérant que des modes d'évolution qualitativement différents peuvent conduire à la progression des tumeurs primaires et métastatiques. Pris dans leur ensemble, nos résultats fournissent des preuves empiriques de motifs distincts d'évolution moléculaire aux stades précoces et tardifs de la maladie métastatique et notre approche fournit un cadre pour étudier l'évolution de la métastase à un niveau plus nuancé qu'il n'a été possible jusqu'à présent.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2024.2850",
    doi = "10.1098/rspb.2024.2850",
    number = "2039",
    openalex = "W4406640873",
    volume = "292",
    references = "doi101007bf00160154, doi101016jcell201303021, doi101016jcell201611037, doi101017s0094837300005224, doi10103844766, doi101038nature10762, doi101038nature14347, doi101056nejmoa1616288, doi10108010635150490522232, openalexw3135630760"
}

J'ai conçu deux tests qui opposent le punctuationalisme au gradualisme. Le premier est le Test de la Radiation Adaptative, que j'applique aux familles de Mammalia du milieu de l'Éocène et de Bivalvia de la fin du Crétacé. Ce test montre que les espèces de ces deux classes ont duré beaucoup trop longtemps pour que l'évolution au sein d'elles (évolution phylétique) ait pu produire les nouvelles familles apparues durant de brèves intervalles de temps. Ce test donnerait des résultats similaires pour de nombreux autres taxons. Il soutient le modèle punctuational, tout comme le Test des Fossiles Vivants, qui prédit que les clades longs et élancés, ayant connu peu de spéciation, devraient avoir peu évolué. Limités principalement à l'évolution phylétique, c'est exactement ce qui leur est arrivé. Plusieurs études morphométriques multivariées de nombreux lignages fossiles ont trouvé que peu ou pas d'évolution graduelle était la norme. L'une d'elles comprenait 153 traits de lignage et une autre, 250. Une autre encore a produit une phylogénie stratophénétique rectangulaire, avec des événements de spéciation horizontaux inférés reliant des lignages verticaux. Pris ensemble, ces études fournissent un soutien écrasant au modèle punctuational. De nombreuses études ont montré que les événements de spéciation rapides se produisent fréquemment et certains sont punctuational. Les méduses qui sont apparues récemment dans les lacs d'eau salée de l'île du Pacifique de Palau sont des exemples remarquables de spéciation punctuational, tout comme l'apparition soudaine de la nouvelle famille de dollars de sable Dendrasteridae au Miocène de Californie. Le modèle punctuational montre que la valeur de la reproduction sexuée doit résider dans la production de radiations adaptatives à longue durée de vie, tandis que les clones disparaissent rapidement.

@article{stanley2025why,
    author = "Stanley, Steven M.",
    title = "Why the punctuational model of evolution is valid",
    year = "2025",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "J'ai conçu deux tests qui opposent le punctuationalisme au gradualisme. Le premier est le Test de la Radiation Adaptative, que j'applique aux familles de Mammalia du milieu de l'Éocène et de Bivalvia de la fin du Crétacé. Ce test montre que les espèces de ces deux classes ont duré beaucoup trop longtemps pour que l'évolution au sein d'elles (évolution phylétique) ait pu produire les nouvelles familles apparues durant de brèves intervalles de temps. Ce test donnerait des résultats similaires pour de nombreux autres taxons. Il soutient le modèle punctuational, tout comme le Test des Fossiles Vivants, qui prédit que les clades longs et élancés, ayant connu peu de spéciation, devraient avoir peu évolué. Limités principalement à l'évolution phylétique, c'est exactement ce qui leur est arrivé. Plusieurs études morphométriques multivariées de nombreux lignages fossiles ont trouvé que peu ou pas d'évolution graduelle était la norme. L'une d'elles comprenait 153 traits de lignage et une autre, 250. Une autre encore a produit une phylogénie stratophénétique rectangulaire, avec des événements de spéciation horizontaux inférés reliant des lignages verticaux. Pris ensemble, ces études fournissent un soutien écrasant au modèle punctuational. De nombreuses études ont montré que les événements de spéciation rapides se produisent fréquemment et certains sont punctuational. Les méduses qui sont apparues récemment dans les lacs d'eau salée de l'île du Pacifique de Palau sont des exemples remarquables de spéciation punctuational, tout comme l'apparition soudaine de la nouvelle famille de dollars de sable Dendrasteridae au Miocène de Californie. Le modèle punctuational montre que la valeur de la reproduction sexuée doit résider dans la production de radiations adaptatives à longue durée de vie, tandis que les clones disparaissent rapidement.",
    url = "https://doi.org/10.1017/pab.2025.10058",
    doi = "10.1017/pab.2025.10058",
    number = "4",
    openalex = "W4416981381",
    pages = "631-644",
    volume = "51",
    references = "doi101007s100219900037, doi101073pnas0704088104, doi101073pnas722646, doi101111j001438202004tb01740x, doi101111j155856461971tb01868x, doi101126science28854691211, doi101579004474472912, doi101890024045, doi107312simp93764, doi107312steb94536"
}