Cladistique

@article{macfadden1976cladistic,
    author = "MacFadden, Bruce J.",
    title = "Cladistic Analysis of Primitive Equids, with Notes on Other Perissodactyls",
    year = "1976",
    journal = "Systematic Zoology",
    url = "https://doi.org/10.2307/2412774",
    doi = "10.2307/2412774",
    number = "1",
    openalex = "W2124811114",
    pages = "1",
    volume = "25",
    references = "doi101086394242, doi101111j109636421952tb00784x, doi1023072405671, doi1023072412606, doi1023073037993, doi105281zenodo18028696, doi105962bhltitle156460, doi107312simp92414, openalexw1988829823, openalexw3135630760"
}

@misc{macfadden1976cladistic2,
    author = "MacFadden, B. J",
    title = "Analyse cladistique des équidés primitifs, avec notes sur d'autres perissodactyles",
    year = "1976",
    howpublished = "Systematic Zoology, v. 25, p. 1-15",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {MacFadden, B. J., 1976, Analyse cladistique des équidés primitifs, avec notes sur d'autres perissodactyles: Systematic Zoology, v. 25, p. 1-15.}"
}

@misc{gould1977the1,
    author = "Gould, S. J. et Raup, D. M. et Sepkoski, J. J. et Schopf, T. J. M. et Simberloff, D. S",
    title = "The shape of evolution",
    year = "1977",
    howpublished = "A comparison of real and random clades: Paleobiology, v. 3, p. 23-40",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Gould, S. J., Raup, D. M., Sepkoski, J. J., Schopf, T. J. M., et Simberloff, D. S., 1977, The shape of evolution: A comparison of real and random clades: Paleobiology, v. 3, p. 23-40.}"
}

@article{doi1023072413039,
    author = "Brooks, Daniel R. et Nelson, Gareth et Platnick, Norman I.",
    title = "Systematics and Biogeography: Cladistics and Vicariance.",
    year = "1982",
    journal = "Systematic Zoology",
    url = "https://doi.org/10.2307/2413039",
    doi = "10.2307/2413039",
    openalex = "W2321544600"
}

@article{benton1990the,
    author = "Benton, Michael J.",
    title = "L'évolution des périssodactyles",
    year = "1990",
    journal = "Trends in Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/0169-5347(90)90187-i",
    doi = "10.1016/0169-5347(90)90187-i",
    number = "10",
    openalex = "W2094377919",
    pages = "347",
    volume = "5",
    references = "doi1010160169534788900468, doi1010160169534788901048, doi101111j109600311986tb00463x"
}

@article{crossref1990the,
    title = "L'Évolution des perissodactyles",
    year = "1990",
    journal = "Choice Reviews Online",
    url = "https://doi.org/10.5860/choice.27-5770",
    doi = "10.5860/choice.27-5770",
    number = "10",
    openalex = "W116621164",
    pages = "27-5770-27-5770",
    volume = "27"
}

@incollection{crossref1990transformed,
    title = "Cladistique transformée et évolution",
    year = "1990",
    booktitle = "Cladistique transformée, taxonomie et évolution",
    url = "https://doi.org/10.1017/cbo9780511525759.008",
    doi = "10.1017/cbo9780511525759.008",
    openalex = "W2490755409",
    pages = "160-184"
}

Résumé— L'équivalence logique entre les notions d'homologie et de synapomorphie est revue et soutenue. L'homologie dite transformationnelle englobe deux composants logiques distincts, l'un lié aux comparaisons entre différents organismes et l'autre restreint aux comparaisons au sein du même organisme. Le premier est essentiellement de nature hiérarchique, constituant ainsi en fait une forme moins évidente d'homologie taxique. Le second est logiquement équivalent à l'homologie dite sérielle dans un sens large (incluant l'homonymie, l'homologie de masse ou l'homologie itérative). Sur les trois tests de l'homologie proposés à ce jour (similarité, conjonction et congruence), seule la congruence sert de test au sens strict. La similarité se situe à un niveau fondamental dans les propositions d'homologie, étant la source de la conjecture d'homologie en premier lieu. La conjonction est sans aucun doute un indicateur de non-homologie, mais elle n'est pas spécifique à la comparaison par paires où la non-homologie est présente, et dépend d'un schéma de relation spécifique pour réfuter une hypothèse d'homologie. Le test de congruence a été précédemment vu comme une application de l'analyse de compatibilité. Cependant, la congruence est plus appropriément vue comme une expression de l'analyse de parcimonie stricte. Une solution théorique générale est proposée pour déterminer l'évolution de caractères avec des distributions ambiguës, basée sur la notion de maximisation des propositions d'homologie. Selon cette notion, les distributions ambiguës des états de caractère devraient être résolues par une optimisation qui maximise les réversions par rapport aux parallélismes. Les notions d'homologie en morphologie et en biologie moléculaire sont essentiellement les mêmes. La tendance actuelle à adopter des terminologies différentes pour les deux sources de données devrait être évitée, afin de ne pas obscurcir l'uniformité fondamentale du concept d'homologie en biologie comparative. « Une hiérarchie similaire est trouvée à la fois dans les « structures » et dans les « fonctions ». En dernier ressort, la structure (c'est-à-dire l'ordre des parties) et la fonction (ordre des processus) peuvent être la même chose […]. » L. von Bertalanlfy « […] c'est le fait que certains critères nous permettent de faire correspondre de manière cohérente des parties des choses qui suggère que des mécanismes de certains types doivent avoir été impliqués dans leur origine. » N. Jardine et C. Jardine

@article{doi101111j109600311991tb00045x,
    author = "de Pinna, Mário C. C.",
    title = "CONCEPTS AND TESTS OF HOMOLOGY IN THE CLADISTIC PARADIGM",
    year = "1991",
    journal = "Cladistics",
    abstract = "Résumé— L'équivalence logique entre les notions d'homologie et de synapomorphie est revue et soutenue. L'homologie dite transformationnelle englobe deux composants logiques distincts, l'un lié aux comparaisons entre différents organismes et l'autre restreint aux comparaisons au sein du même organisme. Le premier est essentiellement de nature hiérarchique, constituant ainsi en fait une forme moins évidente d'homologie taxique. Le second est logiquement équivalent à l'homologie dite sérielle dans un sens large (incluant l'homonymie, l'homologie de masse ou l'homologie itérative). Sur les trois tests de l'homologie proposés à ce jour (similarité, conjonction et congruence), seule la congruence sert de test au sens strict. La similarité se situe à un niveau fondamental dans les propositions d'homologie, étant la source de la conjecture d'homologie en premier lieu. La conjonction est sans aucun doute un indicateur de non-homologie, mais elle n'est pas spécifique à la comparaison par paires où la non-homologie est présente, et dépend d'un schéma de relation spécifique pour réfuter une hypothèse d'homologie. Le test de congruence a été précédemment vu comme une application de l'analyse de compatibilité. Cependant, la congruence est plus appropriément vue comme une expression de l'analyse de parcimonie stricte. Une solution théorique générale est proposée pour déterminer l'évolution de caractères avec des distributions ambiguës, basée sur la notion de maximisation des propositions d'homologie. Selon cette notion, les distributions ambiguës des états de caractère devraient être résolues par une optimisation qui maximise les réversions par rapport aux parallélismes. Les notions d'homologie en morphologie et en biologie moléculaire sont essentiellement les mêmes. La tendance actuelle à adopter des terminologies différentes pour les deux sources de données devrait être évitée, afin de ne pas obscurcir l'uniformité fondamentale du concept d'homologie en biologie comparative. « Une hiérarchie similaire est trouvée à la fois dans les « structures » et dans les « fonctions ». En dernier ressort, la structure (c'est-à-dire l'ordre des parties) et la fonction (ordre des processus) peuvent être la même chose […]. » L. von Bertalanlfy « […] c'est le fait que certains critères nous permettent de faire correspondre de manière cohérente des parties des choses qui suggère que des mécanismes de certains types doivent avoir été impliqués dans leur origine. » N. Jardine et C. Jardine",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-0031.1991.tb00045.x",
    doi = "10.1111/j.1096-0031.1991.tb00045.x",
    openalex = "W2142398288",
    references = "doi101007bf02603120, doi101093sysbio19183, doi101093sysbio242233, doi101126science7280687, doi101146annureven10010165000525, doi1023072411550, doi1023072412028, doi1023072412448, doi1023072413454, doi1023072806339, doi1023072992444, doi107312crac92306005, openalexw1988829823, openalexw3184837389"
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Nous avons précédemment développé une approche cladistique pour identifier des sous-ensembles d'haplotypes définis par la cartographie par restriction endonucléase ou le séquençage d'ADN qui sont associés à des déviations phénotypiques significatives. Notre approche était limitée à des segments d'ADN dans lesquels peu de recombinaison se produit. Dans de tels cas, un cladogramme peut être construit à partir des données de site de restriction ou de séquence qui représente les étapes évolutives qui interrelient les haplotypes observés. Le cladogramme est utilisé pour définir un plan statistique imbriqué afin d'identifier les étapes mutationnelles associées à des déviations phénotypiques significatives. L'hypothèse centrale derrière cette stratégie est que toute mutation non détectée causant un effet phénotypique est intégrée dans la même histoire évolutive que celle représentée par le cladogramme. La puissance de cette approche dépend de la confiance que l'on a dans le cladogramme particulier utilisé pour tirer des inférences. Dans cet article, nous présentons une stratégie pour estimer l'ensemble des cladogrammes qui sont cohérents avec un échantillon particulier de données de site de restriction ou de séquence nucléotidique et qui inclut la possibilité de recombinaison. Nous évaluons d'abord les limites de la parcimonie dans la construction de cladogrammes. Une fois ces limites déterminées, nous construisons l'ensemble des cladogrammes parcimonieux et non parcimonieux qui sont cohérents avec ces limites. Notre procédure d'estimation identifie également les haplotypes qui sont des candidats pour être des produits de recombinaison. Si la recombinaison est étendue, notre algorithme subdivise la région d'ADN en deux ou plusieurs sous-sections, chacune ayant peu ou pas de recombinaison interne. Nous appliquons cette procédure d'estimation à trois ensembles de données pour illustrer des degrés variés d'ambiguïté du cladogramme et de recombinaison.

@article{doi101093genetics1322619,
    author = "Templeton, Alan R. et Crandall, Keith A. et Sing, Charles F.",
    title = "Une analyse cladistique des associations phénotypiques avec des haplotypes déduits de la cartographie par restriction endonucléase et des données de séquençage d'ADN. III. Estimation du cladogramme.",
    year = "1992",
    journal = "Genetics",
    abstract = "Nous avons précédemment développé une approche cladistique pour identifier des sous-ensembles d'haplotypes définis par la cartographie par restriction endonucléase ou le séquençage d'ADN qui sont associés à des déviations phénotypiques significatives. Notre approche était limitée à des segments d'ADN dans lesquels peu de recombinaison se produit. Dans de tels cas, un cladogramme peut être construit à partir des données de site de restriction ou de séquence qui représente les étapes évolutives qui interrelient les haplotypes observés. Le cladogramme est utilisé pour définir un plan statistique imbriqué afin d'identifier les étapes mutationnelles associées à des déviations phénotypiques significatives. L'hypothèse centrale derrière cette stratégie est que toute mutation non détectée causant un effet phénotypique est intégrée dans la même histoire évolutive que celle représentée par le cladogramme. La puissance de cette approche dépend de la confiance que l'on a dans le cladogramme particulier utilisé pour tirer des inférences. Dans cet article, nous présentons une stratégie pour estimer l'ensemble des cladogrammes qui sont cohérents avec un échantillon particulier de données de site de restriction ou de séquence nucléotidique et qui inclut la possibilité de recombinaison. Nous évaluons d'abord les limites de la parcimonie dans la construction de cladogrammes. Une fois ces limites déterminées, nous construisons l'ensemble des cladogrammes parcimonieux et non parcimonieux qui sont cohérents avec ces limites. Notre procédure d'estimation identifie également les haplotypes qui sont des candidats pour être des produits de recombinaison. Si la recombinaison est étendue, notre algorithme subdivise la région d'ADN en deux ou plusieurs sous-sections, chacune ayant peu ou pas de recombinaison interne. Nous appliquons cette procédure d'estimation à trois ensembles de données pour illustrer des degrés variés d'ambiguïté du cladogramme et de recombinaison.",
    url = "https://doi.org/10.1093/genetics/132.2.619",
    doi = "10.1093/genetics/132.2.619",
    openalex = "W1901627773",
    references = "doi101007bf01734101, doi101111j155856461983tb05533x, doi101146annurevge22120188002513"
}

Résumé - Les données classées pour les analyses cladistiques peuvent être quantitatives ou qualitatives, continues ou discrètes, et présenter des valeurs chevauchantes ou non chevauchantes entre les taxons. Quantitatif et qualitatif sont des modes d'expression des données, tandis que continu ou discret se réfèrent aux propriétés de l'ensemble de nombres qui expriment les données ; ces deux paires de termes ont été confondues avec chevauchant et non chevauchant. Le degré de chevauchement des valeurs entre les taxons est souvent utilisé pour filtrer les caractères dans les analyses cladistiques : si un minimum de chevauchement est dépassé, ou si un minimum de disjonction n'est pas atteint, les caractères sont rejetés comme « non cladistiques ». Cependant, cela repose sur une confusion entre les caractéristiques des taxons et les caractéristiques des organismes individuels (attributs). Les caractères cladistiques sont des caractéristiques des taxons et comprennent des distributions de fréquence des valeurs d'attributs sur les individus d'un taxon. Les caractères cladistiques ne peuvent logiquement pas chevaucher, bien que les taxons puissent avoir des valeurs d'attributs chevauchantes. Ainsi, le rejet a priori de caractères ayant des valeurs d'attributs chevauchantes est non sensé. De telles données peuvent toujours être rejetées de la considération pour l'analyse cladistique si l'on peut démontrer qu'elles contiennent peu de signal phylogénétique récupérable. Peu d'analyses publiées ont testé cela empiriquement. Une analyse de données morphométriques chevauchantes provenant de trois séries de Banksia suggère que, du moins dans ces cas, elles cartographient la phylogénie presque aussi précisément que des données morphologiques qualitatives plus conventionnelles. Bien que plus de tels tests soient nécessaires, les données morphométriques ne devraient pas être rejetées a priori des analyses cladistiques.

@article{doi101111j109600311993tb00226x,
    author = "Thiele, Kevin R.",
    title = "THE HOLY GRAIL OF THE PERFECT CHARACTER: THE CLADISTIC TREATMENT OF MORPHOMETRIC DATA",
    year = "1993",
    journal = "Cladistics",
    abstract = {Résumé - Les données classées pour les analyses cladistiques peuvent être quantitatives ou qualitatives, continues ou discrètes, et présenter des valeurs chevauchantes ou non chevauchantes entre les taxons. Quantitatif et qualitatif sont des modes d'expression des données, tandis que continu ou discret se réfèrent aux propriétés de l'ensemble de nombres qui expriment les données ; ces deux paires de termes ont été confondues avec chevauchant et non chevauchant. Le degré de chevauchement des valeurs entre les taxons est souvent utilisé pour filtrer les caractères dans les analyses cladistiques : si un minimum de chevauchement est dépassé, ou si un minimum de disjonction n'est pas atteint, les caractères sont rejetés comme « non cladistiques ». Cependant, cela repose sur une confusion entre les caractéristiques des taxons et les caractéristiques des organismes individuels (attributs). Les caractères cladistiques sont des caractéristiques des taxons et comprennent des distributions de fréquence des valeurs d'attributs sur les individus d'un taxon. Les caractères cladistiques ne peuvent logiquement pas chevaucher, bien que les taxons puissent avoir des valeurs d'attributs chevauchantes. Ainsi, le rejet a priori de caractères ayant des valeurs d'attributs chevauchantes est non sensé. De telles données peuvent toujours être rejetées de la considération pour l'analyse cladistique si l'on peut démontrer qu'elles contiennent peu de signal phylogénétique récupérable. Peu d'analyses publiées ont testé cela empiriquement. Une analyse de données morphométriques chevauchantes provenant de trois séries de Banksia suggère que, du moins dans ces cas, elles cartographient la phylogénie presque aussi précisément que des données morphologiques qualitatives plus conventionnelles. Bien que plus de tels tests soient nécessaires, les données morphométriques ne devraient pas être rejetées a priori des analyses cladistiques.},
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-0031.1993.tb00226.x",
    doi = "10.1111/j.1096-0031.1993.tb00226.x",
    openalex = "W2077186234",
    references = "doi1023072412452"
}

En utilisant la technique de la cladistique, l'auteur et ses collaborateurs ont pu reconstituer la phylogénie au sein de la famille des Asteraceae (Compositae).

@book{openalexw2094558211,
    author = "Bremer, Kåre et Anderberg, Arne A.",
    title = "Asteraceae : cladistique et classification",
    year = "1994",
    abstract = "En utilisant la technique de la cladistique, l'auteur et ses collaborateurs ont pu reconstituer la phylogénie au sein de la famille des Asteraceae (Compositae).",
    url = "https://openalex.org/W2094558211",
    openalex = "W2094558211"
}

Une série d'analyses cladistiques évalue le statut et l'appartenance du taxon Polychaeta. La littérature disponible et une revue de Fauchald & Rouse (1997) sur les 80 familles acceptées des Polychaeta sont utilisées pour développer des caractères et des matrices de données. Outre les familles de polychètes, des taxons non-polychètes, tels que les Echiura, Euarthropoda, Onychophora, Pogonophora (en tant que Frenulata et Vestimentifera), Clitellata, Aeolosomatidae et Potamodrilidae, sont inclus dans les analyses. Tous les arbres sont racinés en utilisant les Sipuncula comme groupe externe. Les caractères sont basés sur des caractéristiques (lorsqu'elles sont présentes) telles que le prostome, le peristome, les antennes, les palpes, les organes nucaux, les parapodes, le stomodeum, la structure et la distribution des organes segmentaires, la circulation et les chaétines. Un certain nombre d'analyses sont effectuées, impliquant différentes méthodes de codage et de pondération des caractères, ainsi que le nombre de taxons inclus. Des séries de transformations sont fournies pour plusieurs de ces analyses. L'une des analyses est choisie pour fournir une nouvelle classification. Les Annelida sont trouvés monophylétiques, bien que faiblement soutenus, et comprennent les Clitellata et les Polychaeta. Les Polychaeta sont monophylétiques uniquement si des taxons tels que les Pogonophora, Aeolosomatidae et Potamodrilidae sont inclus et sont également faiblement soutenus. Les Pogonophora sont réduits au rang de famille au sein des Polychaeta et reprennent le nom Siboglinidae Caullery, 1914. La nouvelle classification n'utilise pas les catégories linéennes, et les Polychaeta comprennent deux clades, les Scolecida et les Palpata. Les Palpata ont les clades Aciculata et Canalipalpata. Les Aciculata contiennent les Phyllodocida et Eunicida. Les Canalipalpata ont trois clades ; les Sabellida (incluant les Siboglinidae), Spionida et Terebellida. La position de plusieurs familles nécessite des investigations supplémentaires.

@article{doi101111j146364091997tb00412x,
    author = "Rouse, Greg W. et Fauchald, Kristian",
    title = "Cladistique et polychètes",
    year = "1997",
    journal = "Zoologica Scripta",
    abstract = "Une série d'analyses cladistiques évalue le statut et l'appartenance du taxon Polychaeta. La littérature disponible et une revue de Fauchald \& Rouse (1997) sur les 80 familles acceptées des Polychaeta sont utilisées pour développer des caractères et des matrices de données. Outre les familles de polychètes, des taxons non-polychètes, tels que les Echiura, Euarthropoda, Onychophora, Pogonophora (en tant que Frenulata et Vestimentifera), Clitellata, Aeolosomatidae et Potamodrilidae, sont inclus dans les analyses. Tous les arbres sont racinés en utilisant les Sipuncula comme groupe externe. Les caractères sont basés sur des caractéristiques (lorsqu'elles sont présentes) telles que le prostome, le peristome, les antennes, les palpes, les organes nucaux, les parapodes, le stomodeum, la structure et la distribution des organes segmentaires, la circulation et les chaétines. Un certain nombre d'analyses sont effectuées, impliquant différentes méthodes de codage et de pondération des caractères, ainsi que le nombre de taxons inclus. Des séries de transformations sont fournies pour plusieurs de ces analyses. L'une des analyses est choisie pour fournir une nouvelle classification. Les Annelida sont trouvés monophylétiques, bien que faiblement soutenus, et comprennent les Clitellata et les Polychaeta. Les Polychaeta sont monophylétiques uniquement si des taxons tels que les Pogonophora, Aeolosomatidae et Potamodrilidae sont inclus et sont également faiblement soutenus. Les Pogonophora sont réduits au rang de famille au sein des Polychaeta et reprennent le nom Siboglinidae Caullery, 1914. La nouvelle classification n'utilise pas les catégories linéennes, et les Polychaeta comprennent deux clades, les Scolecida et les Palpata. Les Palpata ont les clades Aciculata et Canalipalpata. Les Aciculata contiennent les Phyllodocida et Eunicida. Les Canalipalpata ont trois clades ; les Sabellida (incluant les Siboglinidae), Spionida et Terebellida. La position de plusieurs familles nécessite des investigations supplémentaires.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1463-6409.1997.tb00412.x",
    doi = "10.1111/j.1463-6409.1997.tb00412.x",
    openalex = "W2099988673",
    references = "doi101007978140206754912413, doi1010160305197885900559, doi101093oso97801985464120010001, doi101111j109600311994tb00179x, doi101111j109600311995tb00092x, doi101111j146364091997tb00411x, doi101111j1469185x1974tb01572x, doi101111j1469185x1988tb00631x, doi101111j155856461988tb02497x, doi1023072408870, doi1023072412182, doi1023072413134, doi105860choice295104, openalexw1575297980, openalexw1809736813, openalexw659399033"
}

"La systématique est le fondement de toute la biologie. La cladistique est une méthode de classification systématique qui vise à reconstruire les généalogies en se basant sur l'ascendance commune, révélant ainsi les relations phylogénétiques entre les taxons. Ses applications varient de l'analyse linguistique à l'étude de la conservation et de la biodiversité, et elle est devenue une méthode de choix pour les études comparatives dans tous les domaines de la biologie." "Pour tous les étudiants intéressés par les relations systématiques entre les organismes, ce livre offre un compte rendu intégré et à la pointe de l'état de l'art des techniques et méthodes de la cladistique moderne, ainsi que la manière de les mettre en pratique."--COUVERTURE DU LIVRE.

@book{openalexw634659594,
    author = "Kitching, Ian J.",
    title = "Cladistique : la théorie et la pratique de l'analyse de parcimonie",
    year = "1998",
    abstract = {"La systématique est le fondement de toute la biologie. La cladistique est une méthode de classification systématique qui vise à reconstruire les généalogies en se basant sur l'ascendance commune, révélant ainsi les relations phylogénétiques entre les taxons. Ses applications varient de l'analyse linguistique à l'étude de la conservation et de la biodiversité, et elle est devenue une méthode de choix pour les études comparatives dans tous les domaines de la biologie." "Pour tous les étudiants intéressés par les relations systématiques entre les organismes, ce livre offre un compte rendu intégré et à la pointe de l'état de l'art des techniques et méthodes de la cladistique moderne, ainsi que la manière de les mettre en pratique."--COUVERTURE DU LIVRE.},
    url = "https://openalex.org/W634659594",
    openalex = "W634659594"
}

Malgré un excellent registre fossile, la phylogénie des Perissodactyla n'est pas bien comprise, tant en ce qui concerne les relations au sein des Perissodactyla que la position des Perissodactyla parmi les ordres de mammifères. Cet article fournit une analyse phylogénétique d'une lignée majeure de perissodactyles, les Tapiromorpha. Cette analyse combine un échantillonnage plus complet de caractères et de taxons avec des méthodes rigoureuses de recherche d'arbres pour créer une nouvelle hypothèse sur les relations entre les tapiromorphes. La phylogénie des perissodactyles tapiromorphes est analysée à l'aide de 45 caractères du crâne, du squelette postcrânien et de la dentition, codés pour 29 taxons, dont trois taxons externes non tapiromorphes. Des définitions taxonomiques phylogénétiques sont construites pour les taxons supragénériques. Selon les résultats de cette analyse, les Chalicotherioidea ne peuvent pas être incontestablement assignés aux Tapiromorpha, ni Homogalax ni Cardiolophus. Isectolophus, Tapiroidea et Rhinocerotoidea sont des membres incontestables des Tapiromorpha. Heptodon est inclus dans un Tapiroidea monophylétique. Les rhinocéros amynodontidés apparaissent comme le groupe frère des rhinocéros, et les indricothères ne tombent pas dans les Hyracodontidae. Les résultats de cette étude fournissent des arguments supplémentaires selon lesquels les tapiromorphes (et les tapiromorphes supposés) peuvent être importants pour comprendre la morphologie ancestrale des Perissodactyla.

@article{doi101111j109600311999tb00270x,
    author = "Holbrook, Luke",
    title = "The Phylogeny and Classification of Tapiromorph Perissodactyls (Mammalia)",
    year = "1999",
    journal = "Cladistics",
    abstract = "Despite an excellent fossil record, the phylogeny of Perissodactyla is not well understood, in terms of both the relationships within Perissodactyla and the position of the Perissodactyla among the orders of mammals. This paper provides a phylogenetic analysis of one major perissodactyl lineage, the Tapiromorpha. This analysis combines a more comprehensive sampling of characters and taxa with rigorous tree‐searching methods to create a new hypothesis of tapiromorph relationships. The phylogeny of tapiromorph perissodactyls is analyzed using 45 characters of the skull, postcranial skeleton, and dentition scored for 29 taxa, including three nontapiromorph outgroups. Phylogenetic taxonomic definitions are constructed for suprageneric taxa. According to the results of this analysis, the Chalicotherioidea cannot be unequivocally assigned to the Tapiromorpha, nor can Homogalax or Cardiolophus. Isectolophus, Tapiroidea, and Rhinocerotoidea are unequivocal members of the Tapiromorpha. Heptodon is included in a monophyletic Tapiroidea. Amynodontid rhinocerotoids come out as the sister group to rhinocerotids, and indricotheres do not fall within the Hyracodontidae. The results of this study provide further arguments that tapiromorphs (and putative tapiromorphs) may be important for understanding the ancestral morphology of Perissodactyla.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-0031.1999.tb00270.x",
    doi = "10.1111/j.1096-0031.1999.tb00270.x",
    openalex = "W4242212312",
    references = "doi10100797814684216682, doi101111j109600311993tb00234x, doi101111j109636421994tb00311x, doi101144gsljgs1848004010221, doi1023071375443, doi1023072992353, doi105281zenodo18028457, doi105281zenodo18028696, doi105860choice355657, doi105860choice392183, macfadden1976cladistic, openalexw638862129"
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@article{doi101006jasc20010681,
    author = "O’Brien, Michael J. et Darwent, John et Lyman, R. Lee",
    title = "La cladistique est utile pour reconstruire les phylogénies archéologiques : Pointes paléoindiennes des États-Unis du sud-est",
    year = "2001",
    journal = "Journal of Archaeological Science",
    url = "https://doi.org/10.1006/jasc.2001.0681",
    doi = "10.1006/jasc.2001.0681",
    openalex = "W1973175607",
    references = "doi101017s0094837300005224, doi101086200289, doi101093auk1002507, doi101146annureven10010165000525, doi101722611310, doi1023071367778, doi1023071377078, doi104324978020376680411, doi105962bhltitle59991, doi105962bhltitle68064, openalexw1550375751, openalexw1988829823, openalexw3135630760, openalexw634659594"
}

Une nouvelle méthodologie grandement simplifiée pour l'évaluation des adaptations alimentaires des taxons vivants et fossiles a été développée, permettant d'analyser avec précision la topographie des cicatrices de micropoussière à faible grossissement (35×) à l'aide d'un microscope stéréoscopique standard. En plus du nombre traditionnel de rayures et de crevasses, nous introduisons quatre variables qualitatives : texture des rayures, rayures croisées, grandes crevasses et entailles, qui fournissent des subdivisions plus fines au sein des catégories alimentaires de base. Une grande base de données comparative de micropoussière de ruminants existants (809 individus ; 50 espèces) est présentée et interprétée pour élucider les régimes alimentaires des ruminants actuels. Nous distinguons trois phases trophiques majeures chez les ruminants actuels : les brouteurs et les herbivores traditionnels, deux phases représentées par seulement quelques espèces, et une phase de transition broutage-herbivorie où la plupart des espèces se situent, y compris tous les mangeurs mixtes. Il existe deux types de mangeurs mixtes : les mangeurs mixtes saisonniers ou régionaux et les mangeurs mixtes repas par repas. Certaines espèces ont des résultats qui les séparent des membres traditionnels de leur groupe trophique ; c'est-à-dire les brouteurs, les herbivores et les mangeurs mixtes. Les duikers sont uniques en ce qu'ils couvrent presque tout le spectre alimentaire. Les espèces d'Okapia, Tapirus, Tragulus et Moschus présentent une usure similaire à celle des duikers. Les proboscidiens se situent dans la phase de transition broutage-herbivorie, tout comme les deux suidés étudiés. Ces derniers diffèrent l'un de l'autre par leur degré de fouissage. Les équidés fossiles archaïques couvrant la transition supposée broutage-herbivorie ont été comparés aux ruminants actuels. Deux clusters majeurs sont discernés : (1) Hyracotherium présente une micropoussière la plus similaire à celle du duiker Cephalopus silvicultor et était un brouteur mangeant des fruits/graines. (2) Mesohippus spp., M. bairdii, Mesohippus hypostylus, Meso-Miohippus (une forme de transition plus grande que M. bairdii), Parahippus spp. et Merychippus insignis diffèrent de Hyracotherium et sont les plus similaires au Cervus canadensis actuel. Le groupe (2) se caractérise par des rayures fines qui sont le résultat de l'herbivorie C3, une phase initiale d'herbivorie chez les équidés qui n'a probablement pas eu lieu dans des habitats ouverts. Une différenciation plus fine des régimes du groupe (2) montre un changement alimentaire dans la direction attendue (vers l'incorporation de plus d'herbe dans l'alimentation) et suit la transition évolutive attendue du Cénozoïque à l'Éocène vers l'Oligocène et le Miocène précoce. Par conséquent, ces taxons d'équidés sont ici reconstruits comme des mangeurs mixtes herbivores sur des herbes C3 de forêt. La différenciation alimentaire plus fine montre une diminution progressive du nombre de rayures et de crevasses. Mesohippus a le plus de crevasses et de rayures, suivi de Parahippus, puis de Merychippus (qui en a le moins). Le taxon incorporant le plus d'herbe dans son régime alimentaire dans cet ensemble est Merychippus. Dans la comparaison Mesohippus-Parahippus versus Merychippus, les différences de morphologie dentaire sont majeures, mais les différences de micropoussière sont légères.

@article{doi1012060003008220023660001aitrou20co2,
    author = "Solounias, Nikos et Semprebon, Gina M.",
    title = "Avancées dans la reconstruction de l'écomorphologie des ongulés avec application aux équidés fossiles du début",
    year = "2002",
    journal = "American Museum Novitates",
    abstract = "Une nouvelle et grandement simplifiée méthodologie pour l'évaluation des adaptations alimentaires des taxons vivants et fossiles a été développée, permettant d'analyser avec précision la topographie des cicatrices de micropoussière à faible grossissement (35×) en utilisant un microscope stéréoscopique standard. En plus du nombre traditionnel de rayures et de crevasses, nous introduisons quatre variables qualitatives : texture des rayures, rayures croisées, grandes crevasses et entailles, qui fournissent des subdivisions plus fines au sein des catégories alimentaires de base. Une grande base de données comparative de micropoussière d'ongulés existants (809 individus ; 50 espèces) est présentée et interprétée pour éclaircir les régimes alimentaires des ongulés existants. Nous distinguons trois phases trophiques majeures chez les ongulés existants : les brouteurs et les herbivores traditionnels, deux phases représentées par seulement quelques espèces, et une phase de transition broutage-herbivorie où la plupart des espèces se situent, y compris tous les mangeurs mixtes. Il existe deux types de mangeurs mixtes : les mangeurs mixtes saisonniers ou régionaux et les mangeurs mixtes repas par repas. Certaines espèces ont des résultats qui les séparent des membres traditionnels de leur groupe trophique ; c'est-à-dire, brouteurs, herbivores et mangeurs mixtes. Les duikers sont uniques en ce qu'ils couvrent presque tout le spectre alimentaire. Les espèces d'Okapia, Tapirus, Tragulus et Moschus ont une usure similaire à celle des duikers. Les proboscidiens se situent dans la phase de transition broutage-herbivorie, tout comme les deux suidés étudiés. Ces derniers diffèrent les uns des autres par leur degré de fouille. Les équidés fossiles archaïques couvrant la transition supposée broutage-herbivorie ont été comparés aux ongulés existants. Deux clusters majeurs sont discernés : (1) Hyracotherium a une micropoussière la plus similaire à celle du duiker Cephalopus silvicultor et était un brouteur mangeant fruits/graines. (2) Mesohippus spp., M. bairdii, Mesohippus hypostylus, Meso-Miohippus (une forme de transition plus grande que M. bairdii), Parahippus spp. et Merychippus insignis diffèrent de Hyracotherium et sont les plus similaires aux Cervus canadensis existants. Le groupe (2) est caractérisé par des rayures fines qui sont le résultat de l'herbivorie C3, une phase initiale d'herbivorie chez les équidés qui n'a probablement pas eu lieu dans des habitats ouverts. Une différenciation plus fine des régimes du groupe (2) montre un changement alimentaire dans la direction attendue (vers l'incorporation de plus d'herbe dans le régime) et suit la transition évolutive attendue du Cénozoïque à l'Oligocène et au Miocène précoce. Par conséquent, ces taxons d'équidés sont ici reconstruits comme des mangeurs mixtes herbivores sur des herbes C3 de forêt. La différenciation alimentaire plus fine montre une diminution progressive du nombre de rayures et de crevasses. Mesohippus a le plus de crevasses et de rayures, suivi de Parahippus, puis de Merychippus (qui en a le moins). Le taxon incorporant le plus d'herbe dans son régime alimentaire dans cet ensemble est Merychippus. Dans la comparaison Mesohippus-Parahippus versus Merychippus, les différences de morphologie dentaire sont majeures mais les différences de micropoussière sont légères.",
    url = "https://doi.org/10.1206/0003-0082(2002)366<0001:aitrou>2.0.co;2",
    doi = "10.1206/0003-0082(2002)366<0001:aitrou>2.0.co;2",
    openalex = "W2169973548",
    references = "doi101007bf00378733, doi101086394242, doi101111j1469185x1982tb00370x, doi101111j1469185x1988tb00630x"
}

Résumé L'acquisition indépendante de dents molaires à couronne haute (hypsodontie) chez plusieurs lignées d'ongulés (par exemple, chameaux, équidés, rhinocéros) au Miocène inférieur à moyen d'Amérique du Nord a classiquement été utilisée comme une indication que la végétation de savane s'est étendue durant cette période. Cette interprétation implique l'hypothèse non testée que l'hypsodontie était une réponse évolutive à l'alimentation dans des habitats ouverts, soit en raison d'un changement de source alimentaire (du broutage à la pâture) soit en raison d'une incorporation accrue de graviers aériens dans l'alimentation. J'ai examiné l'explication adaptative de l'hypsodontie chez les équidés en utilisant des critères concernant le processus et le motif des adaptations établis dans la littérature sur les méthodes comparatives. Plus précisément, j'ai testé si l'hypsodontie est apparue simultanément ou juste après l'expansion d'habitats ouverts dominés par l'herbe dans les Grandes Plaines d'Amérique du Nord. L'analyse de phytolithes (opal végétal) de 99 assemblages de phytolithes extraits d'échantillons de sédiments de Montana/Idaho, Nebraska/Wyoming et Colorado a permis d'établir le premier enregistrement continu du changement végétal du Miocène moyen à récent dans les Grandes Plaines du Nord au Centre. Cet enregistrement a été comparé avec le registre fossile des équidés de la même zone dans un cadre phylogénétique. L'étude a montré que les habitats dominés par les graminées C3 étaient établis dans les Grandes Plaines du Centre au début du Miocène tardif d'Arikaree (≥21,9 Ma), au moins 4 Myr avant l'émergence des équidés hypsodontes (Equinae). Néanmoins, l'hypothèse adaptative de l'hypsodontie chez les équidés ne pouvait pas être rejetée, car les premières savanes-boisements co-occurent approximativement avec des membres du grade constituant les groupes sœurs les plus proches des Equinae (« Parahippus ») montrant une dentition mésodonte. Les explications de l'évolution lente de l'hypsodontie complète peuvent inclure des pressions de sélection faibles et changeantes et/ou l'inertie phylogénétique. Ces résultats suggèrent que la prudence doit être exercée lorsqu'on utilise uniquement la morphologie fonctionnelle pour reconstruire le changement d'habitat.

@article{doi10166600948373200632236eohiet20co2,
    author = "Strömberg, Caroline A. E.",
    title = "Évolution de l'hypsodontie chez les équidés : test d'une hypothèse d'adaptation",
    year = "2006",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Résumé L'acquisition indépendante de dents molaires à couronne haute (hypsodontie) chez plusieurs lignées d'ongulés (par exemple, chameaux, équidés, rhinocéros) au Miocène inférieur à moyen d'Amérique du Nord a classiquement été utilisée comme une indication que la végétation de savane s'est étendue durant cette période. Cette interprétation implique l'hypothèse non testée que l'hypsodontie était une réponse évolutive à l'alimentation dans des habitats ouverts, soit en raison d'un changement de source alimentaire (du broutage à la pâture) soit en raison d'une incorporation accrue de graviers aériens dans l'alimentation. J'ai examiné l'explication adaptative de l'hypsodontie chez les équidés en utilisant des critères concernant le processus et le motif des adaptations établis dans la littérature sur les méthodes comparatives. Plus précisément, j'ai testé si l'hypsodontie est apparue simultanément ou juste après l'expansion d'habitats ouverts dominés par l'herbe dans les Grandes Plaines d'Amérique du Nord. L'analyse de phytolithes (opal végétal) de 99 assemblages de phytolithes extraits d'échantillons de sédiments de Montana/Idaho, Nebraska/Wyoming et Colorado a permis d'établir le premier enregistrement continu du changement végétal du Miocène moyen à récent dans les Grandes Plaines du Nord au Centre. Cet enregistrement a été comparé avec le registre fossile des équidés de la même zone dans un cadre phylogénétique. L'étude a montré que les habitats dominés par les graminées C3 étaient établis dans les Grandes Plaines du Centre au début du Miocène tardif d'Arikaree (≥21,9 Ma), au moins 4 Myr avant l'émergence des équidés hypsodontes (Equinae). Néanmoins, l'hypothèse adaptative de l'hypsodontie chez les équidés ne pouvait pas être rejetée, car les premières savanes-boisements co-occurent approximativement avec des membres du grade constituant les groupes sœurs les plus proches des Equinae (« Parahippus ») montrant une dentition mésodonte. Les explications de l'évolution lente de l'hypsodontie complète peuvent inclure des pressions de sélection faibles et changeantes et/ou l'inertie phylogénétique. Ces résultats suggèrent que la prudence doit être exercée lorsqu'on utilise uniquement la morphologie fonctionnelle pour reconstruire le changement d'habitat.",
    url = "https://doi.org/10.1666/0094-8373(2006)32[236:eohiet]2.0.co;2",
    doi = "10.1666/0094-8373(2006)32[236:eohiet]2.0.co;2",
    openalex = "W2176339957",
    references = "crossref1990the, doi10100703064746897, doi101017s0094837300004310, doi101017s009483730001157x, doi101086394242, doi101093icb232347, doi101111j155856461997tb01457x, doi101146annurevecolsys311367, doi1015159781400820108, doi1023072576242, doi104159harvard9780674865327, doi105860choice295104, doi105860choice396411, macfadden1976cladistic"
}

@article{andersen2009some,
    author = "Andersen, N. Møller",
    title = "Some principles and methods of cladistic analysis with notes on the uses of cladistics in classification and biogeography",
    year = "2009",
    journal = "Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1439-0469.1978.tb00679.x",
    doi = "10.1111/j.1439-0469.1978.tb00679.x",
    number = "4",
    openalex = "W2152249538",
    pages = "242-255",
    volume = "16",
    references = "doi101093sysbio20163, doi101111j155856461965tb01722x, doi101146annureven10010165000525, doi1023071793007, doi1023072411550, doi1023072412182, doi1023072412452, doi1023073151168, doi107312simp93764"
}

Summary Both types of evolution events, splitting and anagenesis, cannot be combined within one classification. Only a cladisti classification is objective and testable. An evolutionary classification remains subjective and ambiguous but in spite of this contains much valuable information. Therefore, both types of classification should be superimposed. Zusammenfassung Kladistische oder evolutionäre Klassifikation - eine endlose Debatte? In der immer mehr mit philosophischen Argumenten geführten Debatte über kladistische oder evo-lutionäre Klassifikation in "Systematic Zoology" wird immer wieder gefordert, daß eine Klassifikation beide Evolutionsereignisse, Aufspaltung und Anagenese, widerspiegeln sollte. Es wird gezeigt, daß das unmóglich ist und daß nur eine kladistische Klassifikation objektiv und falsifizierbar ist, daß aber eine notwendigerweise mehr oder wenier subjektive evolutionäre Klassifikation auch so viel Information enthält, daß man beide Klassifikationen nebeneinanderstellen sollte.

@article{doi101111j143904691979tb00714x,
    author = "Weygoldt, Peter",
    title = "Cladistic versus phenetic classification - an endless debate?",
    year = "2009",
    journal = "Journal of Zoological Systematics \& Evolutionary Research",
    abstract = "Summary Both types of evolution events, splitting and anagenesis, cannot be combined within one classification. Only a cladisti classification is objective and testable. An evolutionary classification remains subjective and ambiguous but in spite of this contains much valuable information. Therefore, both types of classification should be superimposed. Zusammenfassung Kladistische oder evolutionäre Klassifikation - eine endlose Debatte? In der immer mehr mit philosophischen Argumenten geführten Debatte über kladistische oder evo-lutionäre Klassifikation in "Systematic Zoology" wird immer wieder gefordert, daß eine Klassifikation beide Evolutionsereignisse, Aufspaltung und Anagenese, widerspiegeln sollte. Es wird gezeigt, daß das unmóglich ist und daß nur eine kladistische Klassifikation objektiv und falsifizierbar ist, daß aber eine notwendigerweise mehr oder wenier subjektive evolutionäre Klassifikation auch so viel Information enthält, daß man beide Klassifikationen nebeneinanderstellen sollte.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1439-0469.1979.tb00714.x",
    doi = "10.1111/j.1439-0469.1979.tb00714.x",
    openalex = "W1971833370",
    references = "andersen2009some, doi101146annureven10010165000525, doi1023072412606, doi1023072412883, doi1023072412889, doi1023072412890, doi1023072412891"
}

ration dans l'émail dentaire des mammifères périssodactyles. Acta Palaeontologica Polonica 56 (1) : 11–32. Quatre configurations différentes de bandes de Hunter−Schreger (HSB) ont été observées dans les dents de Périssodactyles fossiles et actuels. Cette variabilité dépasse celle observée chez les Artiodactyles ou les Proboscidea. Les quatre configurations de HSB représentent deux voies évolutives différentes. Les HSB transverses trouvés dans de nombreux taxons mammaliens en dehors des Périssodactyles représentent la configuration de HSB la plus primitive. Elle se rencontre dans plusieurs familles périssodactyles primitives et est conservée chez les Palaeotheriidae et les Equidae ex− tant. Les HSB courbes ont évolué à partir des HSB transverses et se rencontrent chez les Tapiridae, Helaletidae et Lophiodontidae, ainsi que chez les Ancylopoda et les Titanotheriomorpha. Cela indique probablement une évolution indépendante des HSB courbes dans deux lignées ou plus, mais le nombre d'instances de parallélisme de cette configuration est obscurci par l'incertitude des relations entre ces taxons et par le manque de données pour certains taxons basaux importants. Une deuxième voie évolutive mène des HSB transverses via les HSB composés aux HSB verticaux. Des HSB composés ont été détectés chez les Hyrachyidae, Deperetellidae et le rhinocéros primitif Uintaceras. La configuration de HSB verticale caractérise la dentition molaire d'autres Rhinocerotidae, Hyra− codontidae, Indricotheriidae et Amynodontidae. Souvent, les incisives des rhinocéros conservent des traces de HSB composés. Ainsi, la configuration de HSB reflète dans une certaine mesure les relations phylogénétiques. La valeur sélective des configurations de HSB modifiées est interprétée fonctionnellement comme un mécanisme pour réduire l'abrasion lors de la mastication, en supposant que l'intersection perpendiculaire des prismes avec les surfaces de broyage réelles résiste mieux à l'usure que les prismes parallèles à la surface occlusale.

@article{doi104202app20100021,
    author = "von Koenigswald, Wighart et Holbrook, Luke et Rose, Kenneth D.",
    title = "Diversité et évolution de la configuration des bandes de Hunter-Schreger dans l'émail dentaire des mammifères périssodactyles",
    year = "2010",
    journal = "Acta Palaeontologica Polonica",
    abstract = "ration dans l'émail dentaire des mammifères périssodactyles. Acta Palaeontologica Polonica 56 (1) : 11–32. Quatre configurations différentes de bandes de Hunter−Schreger (HSB) ont été observées dans les dents de Périssodactyles fossiles et actuels. Cette variabilité dépasse celle observée chez les Artiodactyles ou les Proboscidea. Les quatre configurations de HSB représentent deux voies évolutives différentes. Les HSB transverses trouvés dans de nombreux taxons mammaliens en dehors des Périssodactyles représentent la configuration de HSB la plus primitive. Elle se rencontre dans plusieurs familles périssodactyles primitives et est conservée chez les Palaeotheriidae et les Equidae ex− tant. Les HSB courbes ont évolué à partir des HSB transverses et se rencontrent chez les Tapiridae, Helaletidae et Lophiodontidae, ainsi que chez les Ancylopoda et les Titanotheriomorpha. Cela indique probablement une évolution indépendante des HSB courbes dans deux lignées ou plus, mais le nombre d'instances de parallélisme de cette configuration est obscurci par l'incertitude des relations entre ces taxons et par le manque de données pour certains taxons basaux importants. Une deuxième voie évolutive mène des HSB transverses via les HSB composés aux HSB verticaux. Des HSB composés ont été détectés chez les Hyrachyidae, Deperetellidae et le rhinocéros primitif Uintaceras. La configuration de HSB verticale caractérise la dentition molaire d'autres Rhinocerotidae, Hyra− codontidae, Indricotheriidae et Amynodontidae. Souvent, les incisives des rhinocéros conservent des traces de HSB composés. Ainsi, la configuration de HSB reflète dans une certaine mesure les relations phylogénétiques. La valeur sélective des configurations de HSB modifiées est interprétée fonctionnellement comme un mécanisme pour réduire l'abrasion lors de la mastication, en supposant que l'intersection perpendiculaire des prismes avec les surfaces de broyage réelles résiste mieux à l'usure que les prismes parallèles à la surface occlusale.",
    url = "https://doi.org/10.4202/app.2010.0021",
    doi = "10.4202/app.2010.0021",
    openalex = "W2071964024",
    references = "doi101111j109600311999tb00270x"
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Résumé 1. Ici, je présente un nouveau package phylogénétique multifonctionnel, phytools, pour l'environnement de calcul statistique R. 2. L'accent du package est mis sur les méthodes de biologie comparative phylogénétique ; cependant, il inclut également des outils pour l'inférence d'arbres, l'entrée/sortie de phylogénie, la visualisation, la manipulation et plusieurs autres tâches. 3. Je décris et tabule les principales méthodes implémentées dans phytools, et en plus, je fournis une démonstration de son utilisation sous la forme de deux exemples illustratifs. 4. Enfin, je conclus en décrivant brièvement un blog actif que j'utilise pour documenter les développements actuels et futurs pour phytools. Je note également d'autres ressources web pour la phylogénie dans l'environnement de calcul R.

@article{doi101111j2041210x201100169x,
    author = "Revell, Liam J.",
    title = "phytools : un package R pour la biologie comparative phylogénétique (et d'autres choses)",
    year = "2011",
    journal = "Methods in Ecology and Evolution",
    abstract = "Résumé 1. Ici, je présente un nouveau package phylogénétique multifonctionnel, phytools, pour l'environnement de calcul statistique R. 2. L'accent du package est mis sur les méthodes de biologie comparative phylogénétique ; cependant, il inclut également des outils pour l'inférence d'arbres, l'entrée/sortie de phylogénie, la visualisation, la manipulation et plusieurs autres tâches. 3. Je décris et tabule les principales méthodes implémentées dans phytools, et en plus, je fournis une démonstration de son utilisation sous la forme de deux exemples illustratifs. 4. Enfin, je conclus en décrivant brièvement un blog actif que j'utilise pour documenter les développements actuels et futurs pour phytools. Je note également d'autres ressources web pour la phylogénie dans l'environnement de calcul R.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.2041-210x.2011.00169.x",
    doi = "10.1111/j.2041-210x.2011.00169.x",
    openalex = "W1605984840",
    references = "doi1010179781316276259010, doi10103844766, doi10108010635150802302427, doi101086284325, doi101086343873, doi101086383584, doi101086660020, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101093bioinformaticsbtq706, doi101093oso97801985464120010001, doi101111j001438202003tb00285x, doi101111j15585646201001026x, doi10118614712105788, doi105860choice295104, openalexw1549853756, openalexw229097380"
}

Le genre Equus est abondamment représenté dans le registre fossile, mais notre compréhension des relations taxonomiques au sein de ce genre reste limitée. Pour estimer les relations phylogénétiques entre les chevaux modernes, les zèbres, les ânes et les mulets, nous avons généré le premier jeu de données incluant des séquences mitochondriales complètes de toutes les sept lignées actuelles du genre Equus. L'inférence phylogénétique par Bayésienne et par vraisemblance maximale confirme que les zèbres sont monophylétiques au sein du genre, et que les zèbres des plaines et de Grevy forment un groupe monophylétique bien soutenu. En utilisant des techniques d'ADN ancien, nous avons également caractérisé les génomes mitochondriaux complets de trois lignées d'équidés éteintes (les chevaux à pattes élancées du Nouveau Monde, NWSLH ; le sous-genre Sussemionus ; et le Quagga, Equus quagga quagga). Les comparaisons avec les taxons actuels confirment que les NWSLH font partie des caballines, et que le Quagga et les zèbres des plaines sont conspécifiques. Cependant, les relations évolutives entre les lignées non-caballines, y compris le sous-genre Sussemionus désormais éteint, restent non résolues, probablement en raison d'une radiation extrêmement rapide au sein de ce groupe. Les groupes sœurs vivants les plus proches (rhinocéros et tapirs) se sont révélés trop éloignés phylogénétiquement pour calibrer des horloges moléculaires fiables. Des données supplémentaires de séquences de génomes mitochondriaux, y compris des équidés anciens datés par radiocarbone, seront nécessaires avant de revenir sur le timing exact de la radiation des lignées menant aux équidés modernes, qui ont pour le moment été trouvés avoir partagé un ancêtre commun il y a jusqu'à 4 millions d'années (Mya).

@article{doi101371journalpone0055950,
    author = "Vilstrup, Julia T. et Seguin‐Orlando, Andaine et Stiller, Mathias et Ginolhac, Aurélien et Raghavan, Maanasa et Nielsen, Sandra C. A. et Weinstock, Jacobo et Froese, Duane et Vasiliev, Sergei K. et Ovodov, Nikolai D. et Clary, Joël et Helgen, Kristofer M. et Fleischer, Robert C. et Cooper, Alan et Shapiro, Beth et Orlando, Ludovic",
    title = "Phylogénomique mitochondriale des équidés modernes et anciens",
    year = "2013",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "Le genre Equus est abondamment représenté dans le registre fossile, mais notre compréhension des relations taxonomiques au sein de ce genre reste limitée. Pour estimer les relations phylogénétiques entre les chevaux modernes, les zèbres, les ânes et les mulets, nous avons généré le premier jeu de données incluant des séquences mitochondriales complètes de toutes les sept lignées actuelles du genre Equus. L'inférence phylogénétique par Bayésienne et par vraisemblance maximale confirme que les zèbres sont monophylétiques au sein du genre, et que les zèbres des plaines et de Grevy forment un groupe monophylétique bien soutenu. En utilisant des techniques d'ADN ancien, nous avons également caractérisé les génomes mitochondriaux complets de trois lignées d'équidés éteintes (les chevaux à pattes élancées du Nouveau Monde, NWSLH ; le sous-genre Sussemionus ; et le Quagga, Equus quagga quagga). Les comparaisons avec les taxons actuels confirment que les NWSLH font partie des caballines, et que le Quagga et les zèbres des plaines sont conspécifiques. Cependant, les relations évolutives entre les lignées non-caballines, y compris le sous-genre Sussemionus désormais éteint, restent non résolues, probablement en raison d'une radiation extrêmement rapide au sein de ce groupe. Les groupes sœurs vivants les plus proches (rhinocéros et tapirs) se sont révélés trop éloignés phylogénétiquement pour calibrer des horloges moléculaires fiables. Des données supplémentaires de séquences de génomes mitochondriaux, y compris des équidés anciens datés par radiocarbone, seront nécessaires avant de revenir sur le timing exact de la radiation des lignées menant aux équidés modernes, qui ont pour le moment été trouvés avoir partagé un ancêtre commun il y a jusqu'à 4 millions d'années (Mya).",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0055950",
    doi = "10.1371/journal.pone.0055950",
    openalex = "W2003372336",
    references = "doi101093sysbio293272"
}

@incollection{crossref2014cladistics,
    title = "Cladistics",
    year = "2014",
    booktitle = "CIRP Encyclopedia of Production Engineering",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-642-20617-7\_100063",
    doi = "10.1007/978-3-642-20617-7\_100063",
    openalex = "W4235739240",
    pages = "194-194"
}

Les études sur les corrélations évolutives utilisent couramment la régression phylogénétique (c'est-à-dire les contrastes indépendants et les moindres carrés généralisés phylogénétiques) pour évaluer la covariation des traits dans un contexte phylogénétique. Cependant, bien que cette approche soit appropriée pour évaluer les tendances d'un ou de quelques traits, elle est incapable d'évaluer les motifs dans des données hautement multivariées, car le grand nombre de variables par rapport à la taille de l'échantillon empêche le calcul des statistiques de test paramétriques. Cela pose des limitations sérieuses pour les biologistes comparatifs, qui doivent soit simplifier la manière dont ils quantifient les traits phénotypiques, soit modifier les hypothèses biologiques qu'ils souhaitent examiner. Dans cet article, je propose une nouvelle procédure statistique pour effectuer des modèles d'ANOVA et de régression dans un contexte phylogénétique qui peut accommoder des ensembles de données de haute dimension. L'approche est dérivée de l'équivalence statistique entre les méthodes paramétriques utilisant des matrices de covariance et les méthodes basées sur des matrices de distance. En utilisant des simulations sous mouvement brownien, je montre que la méthode affiche des taux d'erreur de type I appropriés et une puissance statistique, tandis que les procédures paramétriques standard ont une puissance décroissante à mesure que la dimensionnalité des données augmente. En conséquence, la nouvelle procédure fournit un moyen utile d'évaluer la covariation des traits à travers un ensemble de taxons liés par une phylogénie, permettant aux biologistes de l'évolution macroscopique de tester des hypothèses d'adaptation et de changement phénotypique dans des ensembles de données de haute dimension.

@article{doi101111evo12463,
    author = "Adams, Dean C.",
    title = "UNE MÉTHODE POUR ÉVALUER LES MODÈLES DE MOINDRES CARRÉS PHYLOGÉNÉTIQUES POUR LA FORME ET AUTRES DONNÉES MULTIVARIÉES DE HAUTE DIMENSION",
    year = "2014",
    journal = "Évolution",
    abstract = "Les études sur les corrélations évolutives utilisent couramment la régression phylogénétique (c'est-à-dire les contrastes indépendants et les moindres carrés généralisés phylogénétiques) pour évaluer la covariation des traits dans un contexte phylogénétique. Cependant, bien que cette approche soit appropriée pour évaluer les tendances d'un ou de quelques traits, elle est incapable d'évaluer les motifs dans des données hautement multivariées, car le grand nombre de variables par rapport à la taille de l'échantillon empêche le calcul des statistiques de test paramétriques. Cela pose des limitations sérieuses pour les biologistes comparatifs, qui doivent soit simplifier la manière dont ils quantifient les traits phénotypiques, soit modifier les hypothèses biologiques qu'ils souhaitent examiner. Dans cet article, je propose une nouvelle procédure statistique pour effectuer des modèles d'ANOVA et de régression dans un contexte phylogénétique qui peut accommoder des ensembles de données de haute dimension. L'approche est dérivée de l'équivalence statistique entre les méthodes paramétriques utilisant des matrices de covariance et les méthodes basées sur des matrices de distance. En utilisant des simulations sous mouvement brownien, je montre que la méthode affiche des taux d'erreur de type I appropriés et une puissance statistique, tandis que les procédures paramétriques standard ont une puissance décroissante à mesure que la dimensionnalité des données augmente. En conséquence, la nouvelle procédure fournit un moyen utile d'évaluer la covariation des traits à travers un ensemble de taxons liés par une phylogénie, permettant aux biologistes de l'évolution macroscopique de tester des hypothèses d'adaptation et de changement phénotypique dans des ensembles de données de haute dimension.",
    url = "https://doi.org/10.1111/evo.12463",
    doi = "10.1111/evo.12463",
    openalex = "W2102871571",
    references = "doi101093sysbiosyp106, doi101093sysbiosyt053, doi101111j14209101201102427x"
}

Les premiers perissodactyles sont représentés par certains fossiles équidés basaux d'Euramérique près de la limite Paléocène/Éocène. Des équidés précoces incontestables n'ont pas encore été signalés dans l'Éocène inférieur de l'Asie, bien que d'autres groupes de premiers perissodactyles aient effectivement été présents en Asie. Ici, nous rapportons le premier équidé asiatique de l'Éocène, Erihippus tingae gen. et sp. nov., basé sur des spécimens partiels initialement attribués au ceratomorphe Orientolophus hengdongensis, provenant du bassin de Hengyang, province du Hunan, Chine. Les spécimens précédemment attribués à « Propachynolophus » hengyangensis de la même faune de Lingcha sont divisés et sont maintenant réattribués à un ancylopode Protomoropus? hengyangensis et à un brontothère Danjiangia lambdodon sp. nov. L'apparition presque simultanée d'équidés, de ceratomorphes, d'ancylopodes et de brontothères dans le bassin de Hengyang suggère que les quatre principaux groupes de perissodactyles ont divergé aussi tôt que, ou pas plus tard que, le début de l'Éocène (environ 56 Ma), et ont affiché différents scénarios de dispersion au cours de l'Éocène inférieur.

@article{bai2018the,
    author = "Bai, Bin et Wang, Yuan-Qing et Meng, Jin",
    title = "La divergence et la dispersion des premiers perissodactyles comme en témoignent les équidés du début de l'Éocène d'Asie",
    year = "2018",
    journal = "Communications Biology",
    abstract = "Les premiers perissodactyles sont représentés par certains fossiles équidés basaux d'Euramérique près de la limite Paléocène/Éocène. Des équidés précoces incontestables n'ont pas encore été signalés dans l'Éocène inférieur de l'Asie, bien que d'autres groupes de premiers perissodactyles aient effectivement été présents en Asie. Ici, nous rapportons le premier équidé asiatique de l'Éocène, Erihippus tingae gen. et sp. nov., basé sur des spécimens partiels initialement attribués au ceratomorphe Orientolophus hengdongensis, provenant du bassin de Hengyang, province du Hunan, Chine. Les spécimens précédemment attribués à « Propachynolophus » hengyangensis de la même faune de Lingcha sont divisés et sont maintenant réattribués à un ancylopode Protomoropus? hengyangensis et à un brontothère Danjiangia lambdodon sp. nov. L'apparition presque simultanée d'équidés, de ceratomorphes, d'ancylopodes et de brontothères dans le bassin de Hengyang suggère que les quatre principaux groupes de perissodactyles ont divergé aussi tôt que, ou pas plus tard que, le début de l'Éocène (environ 56 Ma), et ont affiché différents scénarios de dispersion au cours de l'Éocène inférieur.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s42003-018-0116-5",
    doi = "10.1038/s42003-018-0116-5",
    number = "1",
    openalex = "W2885310723",
    volume = "1",
    references = "doi101038nature14249, doi101046j10963642200200005x, doi101073pnas0511296103, doi10108002724634199910011129, doi101098rspb20142671, doi101111j109636421994tb00311x, doi101126science1068700, doi101130spe369, doi101371journalpone0107447, doi105860choice355657, doi105860choice432801, openalexw16475780, openalexw2896296657"
}

@misc{bai2020the,
    author = "Bai, B et Wang, Y et Meng, J",
    title = "La divergence et la dispersion des premiers périssodactyles comme en témoignent les équidés de l'Éocène inférieur d'Asie [X25498] Les premiers équidés d'Asie",
    year = "2020",
    booktitle = "Ensembles de données MorphoBank",
    url = "https://doi.org/10.7934/x25498",
    doi = "10.7934/x25498",
    openalex = "W2908400088"
}