Coccolithes

@inproceedings{gartner1971phylogenetic1,
    author = "Gartner, S. et Jr",
    title = "Lignées phylogénétiques dans le genre de coccolithes Chiasmolithus du Tertiaire inférieur",
    year = "1971",
    booktitle = "North American Paleontological Convention, Proceedings, p. 930-957 ; Partie G",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Gartner, S., Jr., 1971, Lignées phylogénétiques dans le genre de coccolithes Chiasmolithus du Tertiaire inférieur : North American Paleontological Convention, Proceedings, p. 930-957 ; Partie G.}"
}

@article{black1972british,
    author = "Black, Maurice",
    title = "British Lower Cretaceous Coccoliths. I. Gault Clay",
    year = "1972",
    journal = "Monographs of the Palaeontographical Society",
    url = "https://doi.org/10.1080/25761900.2022.12131720",
    doi = "10.1080/25761900.2022.12131720",
    number = "534",
    openalex = "W4296160015",
    pages = "1-50",
    volume = "126"
}

Commentaire : Dans les assemblages d'eaux chaudes en haute mer, Nephrolithus frequens et Lithraphidites quadratus ne sont pas couramment observés. L'intervalle zonal original a été indiqué entre la première occurrence de ces espèces. Micula mura et Tetralithus trifidus sont des indicateurs stratigraphiques plus cohérents pour le même intervalle général dans les assemblages océaniques à basse latitude.

@incollection{doi102973dsdpproc151161973,
    author = "Bukry, David",
    title = "Zonation biostratigraphique des coccolithes à basse latitude",
    year = "1973",
    booktitle = "U.S. Government Printing Office eBooks",
    abstract = "Commentaire : Dans les assemblages d'eaux chaudes en haute mer, Nephrolithus frequens et Lithraphidites quadratus ne sont pas couramment observés. L'intervalle zonal original a été indiqué entre la première occurrence de ces espèces. Micula mura et Tetralithus trifidus sont des indicateurs stratigraphiques plus cohérents pour le même intervalle général dans les assemblages océaniques à basse latitude.",
    url = "https://doi.org/10.2973/dsdp.proc.15.116.1973",
    doi = "10.2973/dsdp.proc.15.116.1973",
    openalex = "W2499395972",
    references = "doi101038225289a0, doi101111j216409471970tb02746x, doi102110pec74200094, doi1023071484276, doi1023071484577, doi102973dsdpproc141141972, doi102973dsdpproc431171979, doi103929ethza000086603, openalexw1505582348, openalexw2270089487, openalexw2722196962, openalexw2725455224"
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@article{doi1010160377839876900050,
    author = "Honjo, Susumu",
    title = "Coccolithes : Production, transportation et sédimentation",
    year = "1976",
    journal = "Marine Micropaleontology",
    url = "https://doi.org/10.1016/0377-8398(76)90005-0",
    doi = "10.1016/0377-8398(76)90005-0",
    openalex = "W2036323089",
    references = "doi1010160011747167900654, doi1010160011747173900594, doi101016001282527290102x, doi101111j216409471970tb02746x, doi101126science15437561542, doi102307201400, doi104319lo19731840534, doi104319lo19741960881, openalexw100537358, openalexw2913708518"
}

Dans cette étude biométrique préliminaire des espèces de nannofossiles calcaires Chiasmolithus expansus, Chiasmolithus oamaruensis et Chiasmolithus altus provenant de l'Eocène moyen supérieur à l'Oligocène inférieur des sites 647 et 748, nous documentons une gradation complète des formes entre les trois espèces. Chiasmolithus oamaruensis présente une variance morphologique significativement plus élevée que les autres espèces. La population de Chiasmolithus à chaque site évolue de C. expansus à C. oamaruensis puis à C. altus. Cela ne reflète peut-être pas une séquence évolutive réelle car une inversion majeure de la transformation de la forme de la structure transversale centrale accompagne cette séquence, et parce que C. altus est morphologiquement plus proche de C. expansus que de C. oamaruensis. Le changement de largeur de la structure transversale est principalement le résultat de changements dans l'alignement de la barre centrale de connexion, plutôt que de changements dans l'angle transversal. Au site 748, deux fluctuations morphologiques produisent des populations d'échantillons intermédiaires entre les trois espèces. De plus, les occurrences stratigraphiques et paléogéographiques rapportées de C. oamaruensis et C. altus montrent des distributions latitudinales différentes. Ces modèles morphologiques et de distribution peuvent être expliqués par un gradient morphologique continu entre C. oamaruensis et C. altus, avec C. oamaruensis apparaissant plus fréquemment dans des paléo-environnements d'eaux froides, et C. altus apparaissant plus fréquemment dans des paléo-environnements d'eaux froides. Ainsi, les fluctuations paléo-environnementales au site 748 pourraient être la cause des fluctuations morphologiques de Chiasmolithus. Cette hypothèse peut être testée contre les modèles évolutifs proposés précédemment par un échantillonnage plus détaillé de sections le long d'un transect latitudinal.

@article{doi102973odpprocsr1201571992,
    author = "Firth, John V. et Wise, S.W. Jr.",
    title = "Une étude préliminaire sur l'évolution de Chiasmolithus au cours de l'Eocène moyen à l'Oligocène des sites 647 et 748",
    year = "1992",
    abstract = "Dans cette étude biométrique préliminaire des espèces de nannofossiles calcaires Chiasmolithus expansus, Chiasmolithus oamaruensis et Chiasmolithus altus provenant de l'Eocène moyen supérieur à l'Oligocène inférieur des sites 647 et 748, nous documentons une gradation complète des formes entre les trois espèces. Chiasmolithus oamaruensis présente une variance morphologique significativement plus élevée que les autres espèces. La population de Chiasmolithus à chaque site évolue de C. expansus à C. oamaruensis puis à C. altus. Cela ne reflète peut-être pas une séquence évolutive réelle car une inversion majeure de la transformation de la forme de la structure transversale centrale accompagne cette séquence, et parce que C. altus est morphologiquement plus proche de C. expansus que de C. oamaruensis. Le changement de largeur de la structure transversale est principalement le résultat de changements dans l'alignement de la barre centrale de connexion, plutôt que de changements dans l'angle transversal. Au site 748, deux fluctuations morphologiques produisent des populations d'échantillons intermédiaires entre les trois espèces. De plus, les occurrences stratigraphiques et paléogéographiques rapportées de C. oamaruensis et C. altus montrent des distributions latitudinales différentes. Ces modèles morphologiques et de distribution peuvent être expliqués par un gradient morphologique continu entre C. oamaruensis et C. altus, avec C. oamaruensis apparaissant plus fréquemment dans des paléo-environnements d'eaux froides, et C. altus apparaissant plus fréquemment dans des paléo-environnements d'eaux froides. Ainsi, les fluctuations paléo-environnementales au site 748 pourraient être la cause des fluctuations morphologiques de Chiasmolithus. Cette hypothèse peut être testée contre les modèles évolutifs proposés précédemment par un échantillonnage plus détaillé de sections le long d'un transect latitudinal.",
    url = "https://doi.org/10.2973/odp.proc.sr.120.157.1992",
    doi = "10.2973/odp.proc.sr.120.157.1992",
    openalex = "W2186724448",
    references = "doi101016003101828690009x, doi1010160377839889900340, doi101144gslmem19850100115, doi1023071484276, doi102973dsdpproc431171979, doi102973dsdpproc801171985, doi102973odpprocsr1051471989, doi102973odpprocsr1191651991, openalexw1523529762, openalexw2725455224"
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@article{bralower1996morphometrics,
    author = "Bralower, Timothy J. et Parrow, Matthew",
    title = "Morphométrie des genres de coccolithes du Paléocène Cruciplacolithus, Chiasmolithus et Sullivania : une histoire évolutive complexe",
    year = "1996",
    journal = "Publications spéciales de la Société paléontologique",
    url = "https://doi.org/10.1017/s2475262200000459",
    doi = "10.1017/s2475262200000459",
    openalex = "W4251350497",
    pages = "43-43",
    volume = "8"
}

@article{doi101016s037783989600028x,
    author = "Bollmann, Jörg",
    title = "Morphologie et biogéographie des coccolithes de Gephyrocapsa dans les sédiments holocènes",
    year = "1997",
    journal = "Marine Micropaleontology",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0377-8398(96)00028-x",
    doi = "10.1016/s0377-8398(96)00028-x",
    openalex = "W1990111902",
    references = "doi1010160011747167900654, doi1010160011747173900594, doi1010160012825272900384, doi101016001282529190035e, doi101029eo064i049p0096202, doi101111j216409471970tb02746x, doi101126science19142321131, doi1011300091761319775400gsolqc20co2, openalexw1505582348, openalexw1532540194, openalexw1593551441, openalexw653466241"
}

coccolithes, biominéralisation, calcite, AFM, SPM, morphologie cristalline, fonction

@article{doi1021130540189,
    author = "Young, J. R.",
    title = "Biominéralisation dans les vésicules : La calcite des coccolithes",
    year = "2003",
    journal = "Reviews in Mineralogy and Geochemistry",
    abstract = "coccolithes, biominéralisation, calcite, AFM, SPM, morphologie cristalline, fonction",
    url = "https://doi.org/10.2113/0540189",
    doi = "10.2113/0540189",
    openalex = "W2057382012",
    references = "doi101006jsbi19994132, doi1010079783662062784, doi1010079789401149020, doi101016092181819390061r, doi101016s0016703799002392, doi101038365499a0, doi101073pnas1132069100, doi101093oxfordjournalsmolbeva026092, doi102216i003188844065031, doi105860choice330923"
}

Botryosphaeria est un genre riche en espèces à distribution cosmopolite, communément associé au dépérissement et aux cankers des plantes ligneuses. Jusqu'à 18 genres d'anamorphes ont été associés à Botryosphaeria, la plupart ayant été réduits à la synonymie sous Diplodia (conidies majoritairement ovoïdes, pigmentées, à paroi épaisse), ou Fusicoccum (conidies majoritairement fusiformes, hyalines, à paroi fine). Cependant, il existe de nombreux anamorphes conidiaux présentant des caractéristiques morphologiques intermédiaires entre Diplodia et Fusicoccum, et plusieurs enregistrements d'espèces en dehors de la famille des Botryosphaeriaceae possèdent des anamorphes apparemment typiques de Botryosphaeria s.str. Des études récentes ont également lié Botryosphaeria à des espèces possédant des ascospores pigmentées et septées, ainsi qu'à des anamorphes Dothiorella, ou des anamorphes Fusicoccum avec des synanamorphes Dichomera. L'objectif de cette étude était d'utiliser des données de séquence d'ADN de l'ARNr 28S pour résoudre les lignées apparentes au sein de la famille des Botryosphaeriaceae. À partir de ces données, 12 clades sont reconnus. Deux de ces lignées se regroupent en dehors de la famille des Botryosphaeriaceae, à savoir les anamorphes semblables à Diplodia se produisant sur le maïs, qui sont mieux accommodés dans Stenocarpella (Diaporthales), ainsi qu'un clade non résolu incluant des espèces de Camarosporium/Microdiplodia. Nous reconnaissons 10 lignées au sein de la famille des Botryosphaeriaceae, incluant un clade non résolu (Diplodia/Lasiodiplodia/Tiarosporella), Botryosphaeria s.str. (anamorphes Fusicoccum), Macrophomina, Neoscytalidium gen. nov., Dothidotthia (anamorphes Dothiorella), Neofusicoccum gen. nov. (téléomorphes semblables à Botryosphaeria, synanamorphes semblables à Dichomera), Pseudofusicoccum gen. nov., Saccharata (synanamorphes semblables à Fusicoccum et Diplodia), "Botryosphaeria" quercuum (anamorphes semblables à Diplodia), et Guignardia (anamorphes Phyllosticta). Des noms de téléomorphes et d'anamorphes séparés ne sont pas fournis pour les genres nouvellement introduits, même lorsque les deux morphes sont connus. La taxonomie de certains clades et isolats (par exemple B. mamane) reste non résolue en raison de l'absence de cultures ex-type.

@article{doi103114sim551235,
    author = "Crous, P.W. et Slippers, Bernard et Wingfield, Michael J. et Rheeder, John P. et Marasas, Walter F. O. et Philips, Alan J L et Alves, Artur et Burgess, Treena I. et Barber, P.A. et Groenewald, J.Z.",
    title = "Phylogenetic lineages in the Botryosphaeriaceae",
    year = "2006",
    journal = "Studies in Mycology",
    abstract = {Botryosphaeria est un genre riche en espèces à distribution cosmopolite, communément associé au dépérissement et aux cankers des plantes ligneuses. Jusqu'à 18 genres d'anamorphes ont été associés à Botryosphaeria, la plupart ayant été réduits à la synonymie sous Diplodia (conidies majoritairement ovoïdes, pigmentées, à paroi épaisse), ou Fusicoccum (conidies majoritairement fusiformes, hyalines, à paroi fine). Cependant, il existe de nombreux anamorphes conidiaux présentant des caractéristiques morphologiques intermédiaires entre Diplodia et Fusicoccum, et plusieurs enregistrements d'espèces en dehors de la famille des Botryosphaeriaceae possèdent des anamorphes apparemment typiques de Botryosphaeria s.str. Des études récentes ont également lié Botryosphaeria à des espèces possédant des ascospores pigmentées et septées, ainsi qu'à des anamorphes Dothiorella, ou des anamorphes Fusicoccum avec des synanamorphes Dichomera. L'objectif de cette étude était d'utiliser des données de séquence d'ADN de l'ARNr 28S pour résoudre les lignées apparentes au sein de la famille des Botryosphaeriaceae. À partir de ces données, 12 clades sont reconnus. Deux de ces lignées se regroupent en dehors de la famille des Botryosphaeriaceae, à savoir les anamorphes semblables à Diplodia se produisant sur le maïs, qui sont mieux accommodés dans Stenocarpella (Diaporthales), ainsi qu'un clade non résolu incluant des espèces de Camarosporium/Microdiplodia. Nous reconnaissons 10 lignées au sein de la famille des Botryosphaeriaceae, incluant un clade non résolu (Diplodia/Lasiodiplodia/Tiarosporella), Botryosphaeria s.str. (anamorphes Fusicoccum), Macrophomina, Neoscytalidium gen. nov., Dothidotthia (anamorphes Dothiorella), Neofusicoccum gen. nov. (téléomorphes semblables à Botryosphaeria, synanamorphes semblables à Dichomera), Pseudofusicoccum gen. nov., Saccharata (synanamorphes semblables à Fusicoccum et Diplodia), "Botryosphaeria" quercuum (anamorphes semblables à Diplodia), et Guignardia (anamorphes Phyllosticta). Des noms de téléomorphes et d'anamorphes séparés ne sont pas fournis pour les genres nouvellement introduits, même lorsque les deux morphes sont connus. La taxonomie de certains clades et isolats (par exemple B. mamane) reste non résolue en raison de l'absence de cultures ex-type.},
    url = "https://doi.org/10.3114/sim.55.1.235",
    doi = "10.3114/sim.55.1.235",
    openalex = "W2156957853",
    references = "doi101128jb1728423842461990, openalexw2733548038"
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@article{crous2013phylogenetic,
    author = "Crous, P.W. et Braun, U. et Hunter, G.C. et Wingfield, M.J. et Verkley, G.J.M. et Shin, H.-D. et Nakashima, C. et Groenewald, J.Z.",
    title = "Phylogenetic lineages in Pseudocercospora",
    year = "2013",
    journal = "Studies in Mycology",
    url = "https://doi.org/10.3114/sim0005",
    doi = "10.3114/sim0005",
    openalex = "W2093219539",
    pages = "37-114",
    volume = "75",
    references = "doi1010160968000490902527, doi101016b9780123721808500421, doi101073pnas1117018109, doi101093bioinformaticsbtg180, doi101093molbevmsm092, doi101093nargki198, doi101093sysbio422182, doi101128jb1728423842461990, doi1023072992540, doi105860choice392183"
}

Le genre Diaporthe comprend des espèces pathogènes, endophytes et saprophytes, avec des distributions tempérées et tropicales. La diversification cryptique, la plasticité phénotypique et les associations hôtes étendues ont longtemps compliqué l'identification précise des espèces de ce genre. La délimitation de l'espèce type du genre Diaporthe eres a été incertaine en raison de l'absence de cultures ex-type. Les limites spécifiques de D. eres et des espèces étroitement apparentées ont été évaluées à l'aide d'une analyse phylogénétique moléculaire de huit gènes, y compris l'espacement transcrit interne ribosomal nucléaire (ITS), des séquences partielles d'actine (ACT), de DNA-lyase (Apn2), du facteur d'élongation de la traduction 1-α (EF1-α), de la bêta-tubuline (TUB), de la calmoduline (CAL), de la protéine ribosomique L37 60s (FG1093) et de l'histone-3 (HIS). L'occurrence d'une hétérogénéité de séquence de l'ITS au sein de D. eres est observée, ce qui complique l'analyse et peut entraîner une surestimation de la diversité des espèces. Les critères stricts de la Reconnaissance des Espèces Phylogénétiques par Concordance Généalogique (GCPSR) ont été appliqués pour résoudre les frontières des espèces basées sur des analyses individuelles et combinées des sept autres gènes à l'exception de l'ITS. Nous acceptons neuf espèces phylogénétiques distinctes, notamment Diaporthe alleghaniensis, D. alnea, D. bicincta, D. celastrina, D. eres, D. helicis, D. neilliae, D. pulla et D. vaccinii. Des épitypes sont désignés pour D. alnea, D. bicincta, D. celastrina, D. eres, D. helicis et D. pulla. Des descriptions et illustrations modernes sont fournies pour ces espèces. De nouveaux amorces sont introduits pour amplifier et séquencer le gène Apn2 (DNA-lyase) dans Diaporthe. Basées sur les profils d'informativité phylogénétique, les gènes EF1-α, Apn2 et HIS sont reconnus comme les meilleurs marqueurs pour définir les espèces dans le complexe D. eres.

@article{doi101007s1322501402972,
    author = "Udayanga, Dhanushka et Castlebury, Lisa A. et Rossman, Amy Y. et Chukeatirote, Ekachai et Hyde, Kevin D.",
    title = "Aperçus sur le genre Diaporthe : délimitation des espèces phylogénétiques dans le complexe d'espèces D. eres",
    year = "2014",
    journal = "Fungal Diversity",
    abstract = "Le genre Diaporthe comprend des espèces pathogènes, endophytes et saprophytes, avec des distributions tempérées et tropicales. La diversification cryptique, la plasticité phénotypique et les associations hôtes étendues ont longtemps compliqué l'identification précise des espèces de ce genre. La délimitation de l'espèce type du genre Diaporthe eres a été incertaine en raison de l'absence de cultures ex-type. Les limites spécifiques de D. eres et des espèces étroitement apparentées ont été évaluées à l'aide d'une analyse phylogénétique moléculaire de huit gènes, y compris l'espacement transcrit interne ribosomal nucléaire (ITS), des séquences partielles d'actine (ACT), de DNA-lyase (Apn2), du facteur d'élongation de la traduction 1-α (EF1-α), de la bêta-tubuline (TUB), de la calmoduline (CAL), de la protéine ribosomique L37 60s (FG1093) et de l'histone-3 (HIS). L'occurrence d'une hétérogénéité de séquence de l'ITS au sein de D. eres est observée, ce qui complique l'analyse et peut entraîner une surestimation de la diversité des espèces. Les critères stricts de la Reconnaissance des Espèces Phylogénétiques par Concordance Généalogique (GCPSR) ont été appliqués pour résoudre les frontières des espèces basées sur des analyses individuelles et combinées des sept autres gènes à l'exception de l'ITS. Nous acceptons neuf espèces phylogénétiques distinctes, notamment Diaporthe alleghaniensis, D. alnea, D. bicincta, D. celastrina, D. eres, D. helicis, D. neilliae, D. pulla et D. vaccinii. Des épitypes sont désignés pour D. alnea, D. bicincta, D. celastrina, D. eres, D. helicis et D. pulla. Des descriptions et illustrations modernes sont fournies pour ces espèces. De nouveaux amorces sont introduits pour amplifier et séquencer le gène Apn2 (DNA-lyase) dans Diaporthe. Basées sur les profils d'informativité phylogénétique, les gènes EF1-α, Apn2 et HIS sont reconnus comme les meilleurs marqueurs pour définir les espèces dans le complexe D. eres.",
    url = "https://doi.org/10.1007/s13225-014-0297-2",
    doi = "10.1007/s13225-014-0297-2",
    openalex = "W2001517763",
    references = "doi103114sim0012"
}

@misc{crossref2018review,
    title = {Review of: A refinement of coccolith separation methods: Measuring the sinking characters of coccoliths},
    year = "2018",
    url = "https://doi.org/10.5194/bg-2018-82-rc2",
    doi = "10.5194/bg-2018-82-rc2",
    openalex = "W4234196604"
}

Cet article est la 13e contribution de la série Fungal Diversity Notes, dans laquelle 125 taxons provenant de quatre phylums, dix classes, 31 ordres, 69 familles, 92 genres et trois genres incertae sedis sont traités, démontrant une distribution mondiale et géographique. Les taxons fongiques décrits et illustrés dans la présente étude comprennent trois nouveaux genres, 69 nouvelles espèces, une nouvelle combinaison, un spécimen de référence et 51 nouveaux enregistrements sur de nouveaux hôtes et de nouvelles distributions géographiques. Trois nouveaux genres, Cylindrotorula (Torulaceae), Scolecoleotia (Leotiales genus incertae sedis) et Xenovaginatispora (Lindomycetaceae) sont introduits sur la base de lignées phylogénétiques distinctes et de morphologies uniques. Les nouvelles espèces décrites sont Aspergillus lannaensis, Cercophora dulciaquae, Cladophialophora aquatica, Coprinellus punjabensis, Cortinarius alutarius, C. mammillatus, C. quercoflocculosus, Coryneum fagi, Cruentomycena uttarakhandina, Cryptocoryneum rosae, Cyathus uniperidiolus, Cylindrotorula indica, Diaporthe chamaeropicola, Didymella azollae, Diplodia alanphillipsii, Dothiora coronicola, Efibula rodriguezarmasiae, Erysiphe salicicola, Fusarium queenslandicum, Geastrum gorgonicum, G. hansagiense, Helicosporium sexualis, Helminthosporium chiangraiensis, Hongkongmyces kokensis, Hydrophilomyces hydraenae, Hygrocybe boertmannii, Hyphoderma australosetigerum, Hyphodontia yunnanensis, Khaleijomyces umikazeana, Laboulbenia divisa, Laboulbenia triarthronis, Laccaria populina, Lactarius pallidozonarius, Lepidosphaeria strobelii, Longipedicellata megafusiformis, Lophiotrema lincangensis, Marasmius benghalensis, M. jinfoshanensis, M. subtropicus, Mariannaea camelliae, Melanographium smilaxii, Microbotryum polycnemoides, Mimeomyces digitatus, Minutisphaera thailandensis, Mortierella solitaria, Mucor harpali, Nigrograna jinghongensis, Odontia huanrenensis, O. parvispina, Paraconiothyrium ajrekarii, Parafuscosporella niloticus, Phaeocytostroma yomensis, Phaeoisaria synnematicus, Phanerochaete hainanensis, Pleopunctum thailandicum, Pleurotheciella dimorphospora, Pseudochaetosphaeronema chiangraiense, Pseudodactylaria albicolonia, Rhexoacrodictys nigrospora, Russula paravioleipes, Scolecoleotia eriocamporesi, Seriascoma honghense, Synandromyces makranczyi, Thyridaria aureobrunnea, Torula lancangjiangensis, Tubeufia longihelicospora, Wicklowia fusiformispora, Xenovaginatispora phichaiensis et Xylaria apiospora. Une nouvelle combinaison, Pseudobactrodesmium stilboideus, est proposée. Un spécimen de référence de Comoclathris permunda est désigné. De nouveaux enregistrements d'hôtes ou de distribution sont fournis pour Acrocalymma fici, Aliquandostipite khaoyaiensis, Camarosporidiella laburni, Canalisporium caribense, Chaetoscutula juniperi, Chlorophyllum demangei, C. globosum, C. hortense, Cladophialophora abundans, Dendryphion hydei, Diaporthe foeniculina, D. pseudophoenicicola, D. pyracanthae, Dictyosporium pandanicola, Dyfrolomyces distoseptatus, Ernakulamia tanakae, Eutypa flavovirens, E. lata, Favolus septatus, Fusarium atrovinosum, F. clavum, Helicosporium luteosporum, Hermatomyces nabanheensis, Hermatomyces sphaericoides, Longipedicellata aquatica, Lophiostoma caudata, L. clematidis-vitalbae, Lophiotrema hydei, L. neoarundinaria, Marasmiellus palmivorus, Megacapitula villosa, Micropsalliota globocystis, M. gracilis, Montagnula thailandica, Neohelicosporium irregulare, N. parisporum, Paradictyoarthrinium diffractum, Phaeoisaria aquatica, Poaceascoma taiwanense, Saproamanita manicata, Spegazzinia camelliae, Submersispora variabilis, Thyronectria caudata, T. mackenziei, Tubeufia chiangmaiensis, T. roseohelicospora, Vaginatispora nypae, Wicklowia submersa, Xanthagaricus necopinatus et Xylaria haemorrhoidalis. Les données présentées ici sont basées sur l'examen morphologique de spécimens frais, couplé à l'analyse de données de séquences phylogénétiques pour mieux intégrer les taxons dans des rangs taxonomiques appropriés et inférer leurs relations évolutives.

@article{doi101007s13225019004292,
    author = "Hyde, Kevin D. and Tennakoon, Danushka S. and Jeewon, Rajesh and Bhat, D. Jayarama and Maharachchikumbura, Sajeewa S. N. and Rossi, Walter and Leonardi, Marco and Lee, Hyang Burm and Mun, Hye Yeon and Houbraken, Jos and Nguyen, Thuong T. T. and Jeon, Sun Jeong and Frisvad, Jens C. and Wanasinghe, Dhanushka N. and Lücking, Robert and Aptroot, André and Cáceres, Marcela E. S. and Karunarathna, Samantha C. and Hongsanan, Sinang and Phookamsak, Rungtiwa and de Silva, Nimali I. and Thambugala, Kasun M. and Jayawardena, Ruvishika S. and Senanayake, Indunil C. and Boonmee, Saranyaphat and Chen, Jie and Luo, Zong-Long and Phukhamsakda, Chayanard and Pereira, Olinto Liparini and de Abreu, Vanessa Pereira and Rosado, André Wilson Campos and Bart, Buyck and Randrianjohany, Émile and Hofstetter, Valérie and Gibertoni, Tatiana Baptista and Soares, A.M. and Plautz, Helio Longoni and Sotão, Helen Maria Pontes and Xavier, William Kalhy Silva and Bezerra, Jadson Diogo Pereira and de Oliveira, Thays Gabrielle Lins and de Souza‐Motta, Cristina Maria and Magalhães, Oliane Maria Correia and Bundhun, Digvijayini and Harishchandra, Dulanjalee and Manawasinghe, Ishara S. and Dong, Wei and Zhang, Shengnan and Bao, Dan-Feng and Samarakoon, Milan C. and Pem, Dhandevi and Karunarathna, Anuruddha and Lin, Chuan-Gen and Yang, Jing and Perera, Rekhani H. and Kumar, Vinit and Huang, Shi-Ke and Dayarathne, Monika C. and Ekanayaka, Anusha H. and Jayasiri, Subashini C. and Xiao, Yuan-Pin and Konta, Sirinapa and Niskanen, Tuula and Liimatainen, Kare and Dai, Yu-Cheng and Ji, Xiao-Hong and Tian, Xue-Mei and Mešić, Armin and Singh, Sanjay K. and Phutthacharoen, Kunthida and Cai, Lei and Sorvongxay, Touny and Thiyagaraja, Vinodhini and Norphanphoun, Chada and Chaiwan, Napalai and Lu, Yong‐Zhong and Jiang, Hong-Bo and Zhang, Jin-Feng and Abeywickrama, Pranami D. and Aluthmuhandiram, Janith V. S. and Brahmanage, Rashika S. and Zeng, Ming and Chethana, K. W. Thilini and Wei, De-Ping and Réblová, Martina and Fournier, Jacques and Nekvindová, Jana and do Nascimento Barbosa, Renan and dos Santos, José Ewerton Felinto and de Oliveira, Neiva Tinti and Li, Guojie and Ertz, Damien and Shang, Qiu-Ju and Phillips, Alan J. L. and KUO, CHANG-HSIN and Camporesi, Erio and Bulgakov, Timur S. and Lumyong, Saisamorn and Jones, E. B. Gareth and Chomnunti, Putarak",
    title = "Fungal diversity notes 1036–1150: taxonomic and phylogenetic contributions on genera and species of fungal taxa",
    year = "2019",
    journal = "Fungal Diversity",
    abstract = "This article is the 13th contribution in the Fungal Diversity Notes series, wherein 125 taxa from four phyla, ten classes, 31 orders, 69 families, 92 genera and three genera incertae sedis are treated, demonstrating worldwide and geographic distribution. Fungal taxa described and illustrated in the present study include three new genera, 69 new species, one new combination, one reference specimen and 51 new records on new hosts and new geographical distributions. Three new genera, Cylindrotorula (Torulaceae), Scolecoleotia (Leotiales genus incertae sedis) and Xenovaginatispora (Lindomycetaceae) are introduced based on distinct phylogenetic lineages and unique morphologies. Newly described species are Aspergillus lannaensis, Cercophora dulciaquae, Cladophialophora aquatica, Coprinellus punjabensis, Cortinarius alutarius, C. mammillatus, C. quercoflocculosus, Coryneum fagi, Cruentomycena uttarakhandina, Cryptocoryneum rosae, Cyathus uniperidiolus, Cylindrotorula indica, Diaporthe chamaeropicola, Didymella azollae, Diplodia alanphillipsii, Dothiora coronicola, Efibula rodriguezarmasiae, Erysiphe salicicola, Fusarium queenslandicum, Geastrum gorgonicum, G. hansagiense, Helicosporium sexualis, Helminthosporium chiangraiensis, Hongkongmyces kokensis, Hydrophilomyces hydraenae, Hygrocybe boertmannii, Hyphoderma australosetigerum, Hyphodontia yunnanensis, Khaleijomyces umikazeana, Laboulbenia divisa, Laboulbenia triarthronis, Laccaria populina, Lactarius pallidozonarius, Lepidosphaeria strobelii, Longipedicellata megafusiformis, Lophiotrema lincangensis, Marasmius benghalensis, M. jinfoshanensis, M. subtropicus, Mariannaea camelliae, Melanographium smilaxii, Microbotryum polycnemoides, Mimeomyces digitatus, Minutisphaera thailandensis, Mortierella solitaria, Mucor harpali, Nigrograna jinghongensis, Odontia huanrenensis, O. parvispina, Paraconiothyrium ajrekarii, Parafuscosporella niloticus, Phaeocytostroma yomensis, Phaeoisaria synnematicus, Phanerochaete hainanensis, Pleopunctum thailandicum, Pleurotheciella dimorphospora, Pseudochaetosphaeronema chiangraiense, Pseudodactylaria albicolonia, Rhexoacrodictys nigrospora, Russula paravioleipes, Scolecoleotia eriocamporesi, Seriascoma honghense, Synandromyces makranczyi, Thyridaria aureobrunnea, Torula lancangjiangensis, Tubeufia longihelicospora, Wicklowia fusiformispora, Xenovaginatispora phichaiensis and Xylaria apiospora. One new combination, Pseudobactrodesmium stilboideus is proposed. A reference specimen of Comoclathris permunda is designated. New host or distribution records are provided for Acrocalymma fici, Aliquandostipite khaoyaiensis, Camarosporidiella laburni, Canalisporium caribense, Chaetoscutula juniperi, Chlorophyllum demangei, C. globosum, C. hortense, Cladophialophora abundans, Dendryphion hydei, Diaporthe foeniculina, D. pseudophoenicicola, D. pyracanthae, Dictyosporium pandanicola, Dyfrolomyces distoseptatus, Ernakulamia tanakae, Eutypa flavovirens, E. lata, Favolus septatus, Fusarium atrovinosum, F. clavum, Helicosporium luteosporum, Hermatomyces nabanheensis, Hermatomyces sphaericoides, Longipedicellata aquatica, Lophiostoma caudata, L. clematidis-vitalbae, Lophiotrema hydei, L. neoarundinaria, Marasmiellus palmivorus, Megacapitula villosa, Micropsalliota globocystis, M. gracilis, Montagnula thailandica, Neohelicosporium irregulare, N. parisporum, Paradictyoarthrinium diffractum, Phaeoisaria aquatica, Poaceascoma taiwanense, Saproamanita manicata, Spegazzinia camelliae, Submersispora variabilis, Thyronectria caudata, T. mackenziei, Tubeufia chiangmaiensis, T. roseohelicospora, Vaginatispora nypae, Wicklowia submersa, Xanthagaricus necopinatus and Xylaria haemorrhoidalis. The data presented herein are based on morphological examination of fresh specimens, coupled with analysis of phylogenetic sequence data to better integrate taxa into appropriate taxonomic ranks and infer their evolutionary relationships.",
    url = "https://doi.org/10.1007/s13225-019-00429-2",
    doi = "10.1007/s13225-019-00429-2",
    openalex = "W2953029298",
    references = "doi101007s1322501703860"
}

Les phytoplanctons marins forment des biominéraux fonctionnels aux morphologies et architectures complexes. Les coccolithophores occupent une place particulière parmi ces organismes en raison de leur production d'écaillés de calcite complexes, appelés coccolithes. Bien que les morphologies des coccolithes diffèrent selon les espèces, les cristaux sont organisés autour d'une matrice organique de manière systématique pour former une arrangement d'une symétrie étonnante. Nous démontrons les opportunités qui émergent de la microscopie électronique à transmission par balayage en quatre dimensions (4D-STEM), pour résoudre spatialement la cristallographie de tels biominéraux. Grâce au développement d'un pipeline informatique, qui résout automatiquement l'orientation des pixels d'image correspondant aux cristaux, nous pouvons cartographier l'orientation des blocs de construction cristallins enchevêtrés et superposés composant le coccolithe. Le présent travail illustre comment les enregistrements parallèles en espace réel et en espace de diffraction peuvent faciliter et améliorer le débit de décryptage du réseau complexe des superstructures de biominéraux.

@article{doi101093mamozaf087,
    author = "Leghziel, Rebecca C et Addadi, Lia et Gal, Assaf et Houben, Lothar",
    title = "Solving the Crystal Architecture of Coccoliths Using 4D-STEM.",
    year = "2025",
    journal = "Microscopy and microanalysis : le journal officiel de la Microscopy Society of America, Microbeam Analysis Society, Microscopical Society of Canada",
    abstract = "Les phytoplanctons marins forment des biominéraux fonctionnels aux morphologies et architectures complexes. Les coccolithophores occupent une place particulière parmi ces organismes en raison de leur production d'écaillés de calcite complexes, appelés coccolithes. Bien que les morphologies des coccolithes diffèrent selon les espèces, les cristaux sont organisés autour d'une matrice organique de manière systématique pour former une arrangement d'une symétrie étonnante. Nous démontrons les opportunités qui émergent de la microscopie électronique à transmission par balayage en quatre dimensions (4D-STEM), pour résoudre spatialement la cristallographie de tels biominéraux. Grâce au développement d'un pipeline informatique, qui résout automatiquement l'orientation des pixels d'image correspondant aux cristaux, nous pouvons cartographier l'orientation des blocs de construction cristallins enchevêtrés et superposés composant le coccolithe. Le présent travail illustre comment les enregistrements parallèles en espace réel et en espace de diffraction peuvent faciliter et améliorer le débit de décryptage du réseau complexe des superstructures de biominéraux.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41056096/",
    doi = "10.1093/mam/ozaf087",
    openalex = "W4414912265",
    pmid = "41056096",
    references = "doi101006jcis19960217, doi101006jsbi19994132, doi101016jactbio201405024, doi101017s1431927619000497, doi101017s1431927621000477, doi101038356516a0, doi101093icb244893, doi101093oso97801950497700010001, doi1021130540189, openalexw92296177"
}

Les coccolithes sont des structures calcitiques multicristallines formées par des microalgues au sein d'une vésicule intracellulaire. La morphologie de chaque cristal est complexe, et des études récentes postulent que la morphogenèse des coccolithes est régulée par la membrane de confinement de sa vésicule. Cependant, les informations limitées concernant l'organisation à l'état natif au sein de la cellule rendent difficile la compréhension des aspects structuraux de la membrane responsables de la morphogenèse. Ici, nous avons examiné l'environnement vésiculaire lors de la formation des coccolithes de Calcidiscus leptoporus, en utilisant une cryo-microscopie électronique avancée et une tomographie par fluorescence X. Nos résultats montrent deux types distincts de surfaces cristallines qui persistent pendant le développement des coccolithes : plates et courbées, qui diffèrent également par leur rugosité. Intéressamment, bien que les deux types de surfaces présentent des degrés variables de confinement membranaire, ils sont séparés par des « bandes » distinctes de contact intime entre les cristaux et la membrane. Nous proposons que ces « bandes » servent de frontières, créant des sous-compartiments au sein de la vésicule des coccolithes qui régulent la croissance cristalline et son arrêt. Ces résultats suggèrent que la membrane vésiculaire des coccolithes maintient des environnements chimiques distincts et fonctionnels à l'échelle nanométrique.

@article{doi101021jacs6c02151,
    author = "Avrahami, Emanuel M et Karpov, Dmitry et Aram, Lior et Elad, Nadav et Safadi, Razi et Rosenhek-Goldian, Irit et Sui, Xiao-Meng et de Haan, Diede et Varsano, Neta et Cohen, Sidney R et Zlotnikov, Igor et Gal, Assaf",
    title = "Relations spatiales entre les coccolithes et leur membrane de confinement pendant la morphogenèse cristalline.",
    year = "2026",
    journal = "Journal of the American Chemical Society",
    abstract = {Les coccolithes sont des structures calcitiques multicristallines formées par des microalgues au sein d'une vésicule intracellulaire. La morphologie de chaque cristal est complexe, et des études récentes postulent que la morphogenèse des coccolithes est régulée par la membrane de confinement de sa vésicule. Cependant, les informations limitées concernant l'organisation à l'état natif au sein de la cellule rendent difficile la compréhension des aspects structuraux de la membrane responsables de la morphogenèse. Ici, nous avons examiné l'environnement vésiculaire lors de la formation des coccolithes de Calcidiscus leptoporus, en utilisant une cryo-microscopie électronique avancée et une tomographie par fluorescence X. Nos résultats montrent deux types distincts de surfaces cristallines qui persistent pendant le développement des coccolithes : plates et courbées, qui diffèrent également par leur rugosité. Intéressamment, bien que les deux types de surfaces présentent des degrés variables de confinement membranaire, ils sont séparés par des « bandes » distinctes de contact intime entre les cristaux et la membrane. Nous proposons que ces « bandes » servent de frontières, créant des sous-compartiments au sein de la vésicule des coccolithes qui régulent la croissance cristalline et son arrêt. Ces résultats suggèrent que la membrane vésiculaire des coccolithes maintient des environnements chimiques distincts et fonctionnels à l'échelle nanométrique.},
    url = "https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC13067266/",
    doi = "10.1021/jacs.6c02151",
    openalex = "W7140159870",
    pmcid = "PMC13067266",
    pmid = "41875313",
    references = "doi101006jsbi19994132, doi101021ie800900f, doi101038356516a0, doi101038nature04382, doi101038nature14365, doi101073pnas1118120109, doi10108800344885684r03, doi101146annurevmarine122414034032, doi1021130540189, doi102216i003188844065031"
}

UNLABELLED: Les coccolithes sont des plaques individuelles de carbonate de calcium qui constituent les coquilles d'algues haptophytes calcifiantes marines. Leurs restes constituent un excellent archive sédimentaire pour la reconstruction des paramètres environnementaux passés. En utilisant la spectrométrie de masse d'ions secondaires à l'échelle nanométrique (NanoSIMS), nous avons mesuré les teneurs en Mg, Sr, Na et K dans des coccolithes individuels d'Emiliania huxleyi, maintenant nommé Gephyrocapsa huxleyi, afin d'explorer leur potentiel en tant que paléoproxy. Pour des échantillons environnementaux récents de la Méditerranée et de la mer Noire ainsi que des spécimens cultivés, tous les éléments semblent être distribués de manière homogène à l'intérieur, mais très variables entre, les coccolithes individuels. Les rapports Mg/Ca et Sr/Ca couvrent une plage de 0,06–83 mmol mol−1 et 1,9–3,8 mmol mol−1, respectivement, et sont conformes aux valeurs précédemment déterminées. Le rapport Na/Ca varie entre 1,6–186 mmol mol−1. Le rapport K/Ca ne peut pas être étalonné, mais les rapports de comptage d'ions 39K+/44Ca+ mesurés varient entre 0,03–2,7. Bien que les rapports Na/Ca diminuent significativement avec l'augmentation de l'alcalinité totale et de la salinité dans les échantillons de la Méditerranée, ces tendances n'ont pas été observées dans les échantillons collectés à partir de cultures où l'alcalinité et la salinité variaient séparément. De même, les rapports K/Ca n'ont montré aucune tendance claire avec l'alcalinité totale ou la salinité du milieu de culture. La calcification chez les coccolithophores est contrôlée biologiquement et cela peut masquer l'impact des facteurs environnementaux sur la variation observée de la teneur en Na et K des coccolithes individuels d'E. huxleyi. SUPPLEMENTARY INFORMATION: La version en ligne contient du matériel supplémentaire disponible à 10.1038/s41598-026-40623-2.

@article{doi101038s41598026406232,
    author = "Roepert, Anne et Middelburg, Jack J et Weiss, Gabriella M et van der Meer, Marcel T J et Polerecky, Lubos",
    title = "Analyse du sodium et du potassium de coccolithes individuels par spectrométrie de masse d'ions secondaires.",
    year = "2026",
    journal = "Scientific reports",
    abstract = "UNLABELLED: Les coccolithes sont des plaques individuelles de carbonate de calcium qui constituent les coquilles d'algues haptophytes calcifiantes marines. Leurs restes constituent un excellent archive sédimentaire pour la reconstruction des paramètres environnementaux passés. En utilisant la spectrométrie de masse d'ions secondaires à l'échelle nanométrique (NanoSIMS), nous avons mesuré les teneurs en Mg, Sr, Na et K dans des coccolithes individuels d'Emiliania huxleyi, maintenant nommé Gephyrocapsa huxleyi, afin d'explorer leur potentiel en tant que paléoproxy. Pour des échantillons environnementaux récents de la Méditerranée et de la mer Noire ainsi que des spécimens cultivés, tous les éléments semblent être distribués de manière homogène à l'intérieur, mais très variables entre, les coccolithes individuels. Les rapports Mg/Ca et Sr/Ca couvrent une plage de 0,06–83 mmol mol−1 et 1,9–3,8 mmol mol−1, respectivement, et sont conformes aux valeurs précédemment déterminées. Le rapport Na/Ca varie entre 1,6–186 mmol mol−1. Le rapport K/Ca ne peut pas être étalonné, mais les rapports de comptage d'ions 39K+/44Ca+ mesurés varient entre 0,03–2,7. Bien que les rapports Na/Ca diminuent significativement avec l'augmentation de l'alcalinité totale et de la salinité dans les échantillons de la Méditerranée, ces tendances n'ont pas été observées dans les échantillons collectés à partir de cultures où l'alcalinité et la salinité variaient séparément. De même, les rapports K/Ca n'ont montré aucune tendance claire avec l'alcalinité totale ou la salinité du milieu de culture. La calcification chez les coccolithophores est contrôlée biologiquement et cela peut masquer l'impact des facteurs environnementaux sur la variation observée de la teneur en Na et K des coccolithes individuels d'E. huxleyi. SUPPLEMENTARY INFORMATION: La version en ligne contient du matériel supplémentaire disponible à 10.1038/s41598-026-40623-2.",
    url = "https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC13048990/",
    doi = "10.1038/s41598-026-40623-2",
    openalex = "W7132837306",
    pmcid = "PMC13048990",
    pmid = "41764317",
    references = "doi10100797836620627845, doi101016007919467990106x, doi101016s0016703798000970, doi101038320129a0, doi101038330367a0, doi101038347462a0, doi101038nature10295, doi101111j152988171987tb04217x, doi101126sciadv1501822, doi101126science1110063"
}

@misc{crossrefNonetable,
    title = "Tableau 6 : Densités de hyènes tachetées enregistrées dans la littérature.",
    year = "Aucun",
    url = "https://doi.org/10.7717/peerj.12307/table-6",
    doi = "10.7717/peerj.12307/table-6"
}