Coélacanthes

Ces dernières années, plusieurs méthodes ont été développées pour l'analyse des lipoprotéines sériques. Lindgren, Elliott et Gofman (1) ont utilisé la densité relativement faible des lipoprotéines pour les séparer des autres protéines sériques par flottaison ultracentrifuge. La quantification a ensuite été effectuée par des méthodes réfractométriques dans l'ultracentrifuge analytique. Des séparations de lipoprotéines ont également été réalisées par fractionation de Cohn dans l'éthanol froid, et les quantités de lipoprotéines ont été estimées à partir de la teneur en lipides des fractions (2, 3). La méthode de l'électrophorèse en zone, largement utilisée actuellement, permet la quantification soit par coloration (4), soit par analyse chimique des éluats du milieu support (5, 6).

@article{doi101172jci103182,
    author = "Havel, Richard J. and Eder, Howard A. and Bragdon, Joseph H.",
    title = "THE DISTRIBUTION AND CHEMICAL COMPOSITION OF ULTRACENTRIFUGALLY SEPARATED LIPOPROTEINS IN HUMAN SERUM",
    year = "1955",
    journal = "Journal of Clinical Investigation",
    abstract = "In the past few years several methods have been developed for the analysis of serum lipoproteins. Lindgren, Elliott, and Gofman (1) have utilized the relatively low density of the lipoproteins to separate them from the other serum proteins by ultracentrifugal flotation. Quantitation was sub- sequently performed by refractometric methods in the analytical ultracentrifuge. Separations of lipoproteins have also been made by Cohn frac- tionation in cold ethanol, and the quantities of lipoprotein have been estimated from the lipid. content of the fractions (2, 3). Widely used at the present time is the method of zone electrophoresis with quantitation either by staining (4) or by chemical analysis of eluates from the support- ing medium (5, 6).",
    url = "https://doi.org/10.1172/jci103182",
    doi = "10.1172/jci103182",
    openalex = "W2135503869",
    references = "doi101016s0021925818570216"
}

Des échantillons de sang (hémolysé) ont été prélevés dans la veine rénale, la veine porte hépatique et le cœur d'un spécimen de Latimeria chalumnae fraîchement décongelé. Le coelacanthe utilise de fortes concentrations d'urée pour maintenir son osmolarité sérique à environ celle de l'eau de mer. La valeur moyenne de l'osmolarité totale était de 1181 milliosmoles par litre. Les valeurs moyennes (milliéquivalents par litre) étaient : pour le sodium, 181 ; pour le potassium, 51,3 ; pour le calcium, 6,9 ; pour le magnésium, 28,7 ; pour le chlorure, 199 ; et pour le bicarbonate, 4,7. La concentration moyenne en urée était de 355 millimoles par litre, et l'azote non protéique moyen était de 1343 milligrammes pour cent. Le sang cardiaque présentait des valeurs significativement plus faibles pour l'osmolarité (921 milliosmoles par litre) et l'azote non protéique (1030 mg pour cent) et était probablement moins sévèrement contaminé par les produits de la dégradation des protéines. Le fluide de la chambre antérieure de l'œil présentait des valeurs de 952 milliosmoles/litre ; la valeur d'urée pour ce fluide était de 303 mmole/litre, et le magnésium était de 7,3 meq/litre. La valeur de magnésium pour l'humeur aqueuse a été utilisée pour corriger les concentrations anormalement élevées dans le sérum hémolysé. Le niveau élevé de potassium sérique a également été attribué à l'hémolyse.

@article{doi101126science1553762568,
    author = "Pickford, Grace E. et Grant, F. Blake",
    title = "Osmolarité sérique chez le coelacanthe, Latimeria chalumnae : Rétention d'urée et régulation ionique",
    year = "1967",
    journal = "Science",
    abstract = "Des échantillons de sang (hémolysé) ont été prélevés dans la veine rénale, la veine porte hépatique et le cœur d'un spécimen de Latimeria chalumnae fraîchement décongelé. Le coelacanthe utilise de fortes concentrations d'urée pour maintenir son osmolarité sérique à environ celle de l'eau de mer. La valeur moyenne de l'osmolarité totale était de 1181 milliosmoles par litre. Les valeurs moyennes (milliéquivalents par litre) étaient : pour le sodium, 181 ; pour le potassium, 51,3 ; pour le calcium, 6,9 ; pour le magnésium, 28,7 ; pour le chlorure, 199 ; et pour le bicarbonate, 4,7. La concentration moyenne en urée était de 355 millimoles par litre, et l'azote non protéique moyen était de 1343 milligrammes pour cent. Le sang cardiaque présentait des valeurs significativement plus faibles pour l'osmolarité (921 milliosmoles par litre) et l'azote non protéique (1030 mg pour cent) et était probablement moins sévèrement contaminé par les produits de la dégradation des protéines. Le fluide de la chambre antérieure de l'œil présentait des valeurs de 952 milliosmoles/litre ; la valeur d'urée pour ce fluide était de 303 mmole/litre, et le magnésium était de 7,3 meq/litre. La valeur de magnésium pour l'humeur aqueuse a été utilisée pour corriger les concentrations anormalement élevées dans le sérum hémolysé. Le niveau élevé de potassium sérique a également été attribué à l'hémolyse.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.155.3762.568",
    doi = "10.1126/science.155.3762.568",
    openalex = "W2070396971",
    references = "doi1010160010406x67907268, doi101016s0021925818767999, doi101016s0021925818838248, doi101071zo9560001, doi101126science132341836, doi101152ajplegacy19551831155, doi101210endo694778, doi101242jeb313424, doi101242jeb383659, doi101242jeb391167, doi101242jeb423437"
}

@article{lutz1971osmotic,
    author = "LUTZ, PETER L. et ROBERTSON, JAMES D.",
    title = "CONSTITUANTS OSMOTIQUES DU COÉLACANTHE LATIMERIA CHALUMNAE SMITH",
    year = "1971",
    journal = "The Biological Bulletin",
    url = "https://doi.org/10.2307/1540268",
    doi = "10.2307/1540268",
    number = "3",
    openalex = "W2292291155",
    pages = "553-560",
    volume = "141",
    references = "doi1010160010406x6992091x, doi101038161583a0, doi101042bj0580426, doi101088095076713210302, doi1023071441916, doi105694j132653771956tb56924x, doi105962bhltitle6856, openalexw2170405949, openalexw590803689"
}

@article{chavin1972thyroid,
    author = "CHAVIN, WALTER",
    title = "Thyroïde du Coelacanth, Latimeria chalumnae Smith",
    year = "1972",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/239340a0",
    doi = "10.1038/239340a0",
    number = "5371",
    openalex = "W2004529614",
    pages = "340-341",
    volume = "239",
    references = "doi101016b9781483167046500240, doi101038237175a0"
}

Des écailles provenant de quatre spécimens de Latimeria chalumnae ont été examinées au microscope stéréoscopique puis radiographiées. Certaines ont été déminéralisées et préparées pour une histologie de routine. D'autres ont été déshydratées dans de l'huile de cèdre. Des coupes polies d'écailles incluses dans du plastique ont été micro-radiographiées et des micrographies électroniques ont été réalisées sur des écailles congelées incluses dans de l'araldite. Des coupes sérieuses d'épaisseur 1 μm correspondantes ont été examinées au microscope optique. La majeure partie de l'écaille est composée de couches d'isopodine non minéralisée surmontées par la partie exposée de l'écaille, qui est pigmentée et ornée d'une série de denticules de dentine tubulaire recouverts d'émail. Entre ces deux parties se trouve une fine couche osseuse ridée. Dans les micrographies électroniques, l'isopodine a été observée comme étant constituée de couches de fibres de collagène densément empilées ; l'orientation de celles-ci est uniforme dans chaque couche mais varie considérablement d'une couche à l'autre. Seules quelques cellules ont été trouvées entre les faisceaux de fibres. Les radiographies ont révélé de nombreux anneaux concentriques et, situés approximativement à angle droit par rapport à ceux-ci, une autre série de crêtes rayonnant depuis le centre des écailles. Il est suggéré que l'isopodine basale non minéralisée et la couche ridée de tissu osseux qui la recouvre représentent une écaille cosmoïde fortement modifiée sur laquelle les denticules et la couche pigmentée se sont superposés.

@article{doi101111j146979981972tb01741x,
    author = "Smith, Moya Meredith et Hobdell, M. H. et Miller, William A.",
    title = "The structure of the scales of Latimeria chalumnae",
    year = "1972",
    journal = "Journal of Zoology",
    abstract = "Des écailles provenant de quatre spécimens de Latimeria chalumnae ont été examinées au microscope stéréoscopique puis radiographiées. Certaines ont été déminéralisées et préparées pour une histologie de routine. D'autres ont été déshydratées dans de l'huile de cèdre. Des coupes polies d'écailles incluses dans du plastique ont été micro-radiographiées et des micrographies électroniques ont été réalisées sur des écailles congelées incluses dans de l'araldite. Des coupes sérieuses d'épaisseur 1 μm correspondantes ont été examinées au microscope optique. La majeure partie de l'écaille est composée de couches d'isopodine non minéralisée surmontées par la partie exposée de l'écaille, qui est pigmentée et ornée d'une série de denticules de dentine tubulaire recouverts d'émail. Entre ces deux parties se trouve une fine couche osseuse ridée. Dans les micrographies électroniques, l'isopodine a été observée comme étant constituée de couches de fibres de collagène densément empilées ; l'orientation de celles-ci est uniforme dans chaque couche mais varie considérablement d'une couche à l'autre. Seules quelques cellules ont été trouvées entre les faisceaux de fibres. Les radiographies ont révélé de nombreux anneaux concentriques et, situés approximativement à angle droit par rapport à ceux-ci, une autre série de crêtes rayonnant depuis le centre des écailles. Il est suggéré que l'isopodine basale non minéralisée et la couche ridée de tissu osseux qui la recouvre représentent une écaille cosmoïde fortement modifiée sur laquelle les denticules et la couche pigmentée se sont superposés.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1469-7998.1972.tb01741.x",
    doi = "10.1111/j.1469-7998.1972.tb01741.x",
    openalex = "W1981835508"
}

@article{cole1973intraocular,
    author = "Cole, D.F.",
    title = "Composition du fluide intraoculaire chez le coelacanthe, Latimeria chalumnae",
    year = "1973",
    journal = "Experimental Eye Research",
    url = "https://doi.org/10.1016/0014-4835(73)90133-4",
    doi = "10.1016/0014-4835(73)90133-4",
    number = "5",
    openalex = "W1983914418",
    pages = "389-395",
    volume = "16",
    references = "doi1010160010406x70905931, doi1010160014483572900541, doi101021ac60134a012, doi101038237175a0, doi101126science132341836, doi101126science1553762568, doi101136jcp132156"
}

Si l'anatomie des muscles du coelacanthe a été examinée très soigneusement, leur composition protéique n'a, jusqu'à récemment, pas fait l'objet d'une investigation. Grâce cependant à l'expédition britannique-franco-américaine de 1972 vers les Comores, du matériel congelé a été mis à disposition et certains résultats sur la myoglobine et quatre enzymes glycolytiques ont déjà été publiés. Nous avons effectué une comparaison des protéines sarcoplasmiques des muscles rouges et blancs par électrophorèse sur gel d'amidon. Les constituants dialysables positifs à la ninhydrine et les protéines myofibrillaires du muscle blanc ont également été examinés. Quelques résultats énigmatiques obtenus avec les extraits de muscle blanc ont été liés à la présence de 0,1 M d'ammoniac, vraisemblablement dû à la scission de l'urée par une uréase bactérienne, et à une altération des groupes thiol actifs de la GAPDH et de la PK. Si l'on prend dûment en compte ces changements post-mortem inhabituels, l'extractibilité des protéines et leurs propriétés sont remarquablement similaires à celles des téléostéens. La comparaison des protéines sarcoplasmiques des muscles blancs et rouges par électrophorèse sur gel d'amidon a également révélé que la différenciation observée chez le coelacanthe était similaire à celle qui se produit chez le carpe. L'étude des protéines de faible poids moléculaire, ou parvalbumines, du muscle blanc et des protéines myofibrillaires montre également les différences attendues entre les deux types de muscle. Les seules caractéristiques anormales observées dans cette étude ont été la concentration élevée de parvalbumines, 1,5 à 2 fois celle trouvée chez les autres espèces examinées, et la présence d'une fraction de globuline inhabituelle qui était facilement extraite à une force ionique de 0,5 et insoluble à une force ionique de 0,35 et à un pH neutre.

@article{hamoir1973muscle,
    author = "Hamoir, G. et Piront, A. et Gerday, Ch. et Dando, P. R.",
    title = "Muscle Proteins of the Coelacanth Latimeria Chalumnae Smith",
    year = "1973",
    journal = "Journal of the Marine Biological Association of the United Kingdom",
    abstract = "Si l'anatomie des muscles du coelacanthe a été examinée très soigneusement, leur composition protéique n'a, jusqu'à récemment, pas fait l'objet d'une investigation. Grâce cependant à l'expédition britannique-franco-américaine de 1972 vers les Comores, du matériel congelé a été mis à disposition et certains résultats sur la myoglobine et quatre enzymes glycolytiques ont déjà été publiés. Nous avons effectué une comparaison des protéines sarcoplasmiques des muscles rouges et blancs par électrophorèse sur gel d'amidon. Les constituants dialysables positifs à la ninhydrine et les protéines myofibrillaires du muscle blanc ont également été examinés. Quelques résultats énigmatiques obtenus avec les extraits de muscle blanc ont été liés à la présence de 0,1 M d'ammoniac, vraisemblablement dû à la scission de l'urée par une uréase bactérienne, et à une altération des groupes thiol actifs de la GAPDH et de la PK. Si l'on prend dûment en compte ces changements post-mortem inhabituels, l'extractibilité des protéines et leurs propriétés sont remarquablement similaires à celles des téléostéens. La comparaison des protéines sarcoplasmiques des muscles blancs et rouges par électrophorèse sur gel d'amidon a également révélé que la différenciation observée chez le coelacanthe était similaire à celle qui se produit chez le carpe. L'étude des protéines de faible poids moléculaire, ou parvalbumines, du muscle blanc et des protéines myofibrillaires montre également les différences attendues entre les deux types de muscle. Les seules caractéristiques anormales observées dans cette étude ont été la concentration élevée de parvalbumines, 1,5 à 2 fois celle trouvée chez les autres espèces examinées, et la présence d'une fraction de globuline inhabituelle qui était facilement extraite à une force ionique de 0,5 et insoluble à une force ionique de 0,35 et à un pH neutre.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0025315400022463",
    doi = "10.1017/s0025315400022463",
    number = "4",
    openalex = "W2096243268",
    pages = "763-784",
    volume = "53",
    references = "chavin1972thyroid, doi101016s0021925818570216, doi101021ac60058a044, doi101042bj0430271, doi101042bj0690005, doi101042bj0910201, doi101084jem691119, doi101126science1553762568, doi101159000228215, openalexw2042115008, openalexw563680134"
}

Résumé Les constituants inorganiques et organiques ont été étudiés dans le sérum sanguin prélevé sur un spécimen vivant de coelacanthe, Latimeria chalumnae. Les électrolytes inorganiques déterminés comprenaient le sodium (196,7 mM/l), le potassium (5,78 mM/l), le magnésium (5,30 mM/l), le calcium (4,94 mM/l), le chlore (186,7 mM/l), le bicarbonate (9,60 mM/l), le phosphate (5,08 mM/l) et le sulfate (4,80 mM/l). L'urée sérique (377 mM/l) et l'oxyde de triméthylamine (122 mM/l) étaient élevés comme précédemment rapporté, et représentaient la majeure partie de l'azote non protéique total (1199 mg%) ; les acides aminés totaux ajoutaient une petite mais non négligeable fraction (21,9 mg%). Des niveaux élevés de lactate sérique (16,5 mM/l) et de glucose (6,57 mM/l) étaient probablement indicatifs de stress ; le glucose était le seul glucide présent en quantités appréciables dans le sérum, bien que des traces d'acide glucuronique et de rhamnose aient été trouvées. Le cholestérol total sérique était de 3,91 mM/l, le phosphore organiquement lié 1,99 mM/l et les protéines totales 2,84 g%. Trois fractions protéiques majeures étaient évidentes à partir de l'électrophorèse sur acétate de cellulose et au moins 11 pics étaient démontrables par électrophorèse sur gel d'acrylamide. Le sérum de Latimeria manque d'un composant protéique dont la mobilité approche celle de l'albumine sérique humaine. L'osmolarité sérique (932 mOsm/l) était quelque peu inférieure à celle de l'eau de mer prélevée au site de capture du spécimen (1035 mOsm/l). Les implications évolutives de la similitude de la chimie sérique de Latimeria à celle d'autres poissons marins sont discutées.

@article{doi101002jez1401870111,
    author = "Griffith, Robert W. et Umminger, Bruce L. et Grant, Blake F. et Pang, Peter K.T. et Pickford, Grace E.",
    title = "Composition sérique du coelacanthe, Latimeria chalumnae Smith",
    year = "1974",
    journal = "Journal of Experimental Zoology",
    abstract = "Résumé Les constituants inorganiques et organiques ont été étudiés dans le sérum sanguin prélevé sur un spécimen vivant de coelacanthe, Latimeria chalumnae. Les électrolytes inorganiques déterminés comprenaient le sodium (196,7 mM/l), le potassium (5,78 mM/l), le magnésium (5,30 mM/l), le calcium (4,94 mM/l), le chlore (186,7 mM/l), le bicarbonate (9,60 mM/l), le phosphate (5,08 mM/l) et le sulfate (4,80 mM/l). L'urée sérique (377 mM/l) et l'oxyde de triméthylamine (122 mM/l) étaient élevés comme précédemment rapporté, et représentaient la majeure partie de l'azote non protéique total (1199 mg\%) ; les acides aminés totaux ajoutaient une petite mais non négligeable fraction (21,9 mg\%). Des niveaux élevés de lactate sérique (16,5 mM/l) et de glucose (6,57 mM/l) étaient probablement indicatifs de stress ; le glucose était le seul glucide présent en quantités appréciables dans le sérum, bien que des traces d'acide glucuronique et de rhamnose aient été trouvées. Le cholestérol total sérique était de 3,91 mM/l, le phosphore organiquement lié 1,99 mM/l et les protéines totales 2,84 g\%. Trois fractions protéiques majeures étaient évidentes à partir de l'électrophorèse sur acétate de cellulose et au moins 11 pics étaient démontrables par électrophorèse sur gel d'acrylamide. Le sérum de Latimeria manque d'un composant protéique dont la mobilité approche celle de l'albumine sérique humaine. L'osmolarité sérique (932 mOsm/l) était quelque peu inférieure à celle de l'eau de mer prélevée au site de capture du spécimen (1035 mOsm/l). Les implications évolutives de la similitude de la chimie sérique de Latimeria à celle d'autres poissons marins sont discutées.",
    url = "https://doi.org/10.1002/jez.1401870111",
    doi = "10.1002/jez.1401870111",
    openalex = "W2007467582",
    references = "doi101001jama195102920260071031, doi101001jama196103040510042019, doi101001jama196403070130055036, doi1010079781468464658, doi101016s1546509808600825, doi101017s002531540004652x, doi101111j1469185x1936tb00497x, doi1023071441916, doi1024448ethz1890, doi107326000348196136071"
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Les constituants inorganiques et organiques ont été étudiés dans le sérum sanguin prélevé sur un spécimen vivant de coelacanthe, Latimeria chalumnae. Les électrolytes inorganiques déterminés comprenaient le sodium (196,7 mM/l), le potassium (5,78 mM/l), le magnésium (5,30 mM/l), le calcium (4,94 mM/l), le chlore (186,7 mM/l), le bicarbonate (9,60 mM/l), le phosphate (5,08 mM/l) et le sulfate (4,80 mM/l). L'urée sérique (377 mM/l) et l'oxyde de triméthylamine (122 mM/l) étaient élevés, comme rapporté précédemment, et représentaient la majeure partie de l'azote non protéique total (1199 mg%) ; les acides aminés totaux ajoutaient une petite mais non négligeable fraction (21,9 mg%). Des niveaux élevés de lactate sérique (16,5 mM/l) et de glucose (6,57 mM/l) étaient probablement indicatifs de stress ; le glucose était le seul glucide présent en quantités appréciables dans le sérum, bien que des traces d'acide glucuronique et de rhamnose aient été trouvées. Le cholestérol total sérique était de 3,91 mM/l, le phosphore organiquement lié de 1,99 mM/l et les protéines totales de 2,84 g%. Trois fractions protéiques majeures étaient évidentes à partir de l'électrophorèse sur acétate de cellulose et au moins 11 pics étaient démontrables par électrophorèse sur gel d'acrylamide. Le sérum de Latimeria manque d'un composant protéique dont la mobilité approche celle de l'albumine sérique humaine. L'osmolarité sérique (932 mOsm/l) était quelque peu inférieure à celle de l'eau de mer prélevée au site de capture du spécimen (1035 mOsm/l). Les implications évolutives de la similitude de la chimie sérique de Latimeria avec celle d'autres poissons marins sont discutées.

@article{griffith1974serum,
    author = "Griffith, Robert W. et Umminger, Bruce L. et Grant, Blake F. et Pang, Peter K. T. et Pickford, Grace E.",
    title = "Composition sérique du coelacanthe, Latimeria chalumnae Smith",
    year = "1974",
    journal = "Journal of Experimental Zoology",
    abstract = "Les constituants inorganiques et organiques ont été étudiés dans le sérum sanguin prélevé sur un spécimen vivant de coelacanthe, Latimeria chalumnae. Les électrolytes inorganiques déterminés comprenaient le sodium (196,7 mM/l), le potassium (5,78 mM/l), le magnésium (5,30 mM/l), le calcium (4,94 mM/l), le chlore (186,7 mM/l), le bicarbonate (9,60 mM/l), le phosphate (5,08 mM/l) et le sulfate (4,80 mM/l). L'urée sérique (377 mM/l) et l'oxyde de triméthylamine (122 mM/l) étaient élevés, comme rapporté précédemment, et représentaient la majeure partie de l'azote non protéique total (1199 mg%) ; les acides aminés totaux ajoutaient une petite mais non négligeable fraction (21,9 mg%). Des niveaux élevés de lactate sérique (16,5 mM/l) et de glucose (6,57 mM/l) étaient probablement indicatifs de stress ; le glucose était le seul glucide présent en quantités appréciables dans le sérum, bien que des traces d'acide glucuronique et de rhamnose aient été trouvées. Le cholestérol total sérique était de 3,91 mM/l, le phosphore organiquement lié de 1,99 mM/l et les protéines totales de 2,84 g%. Trois fractions protéiques majeures étaient évidentes à partir de l'électrophorèse sur acétate de cellulose et au moins 11 pics étaient démontrables par électrophorèse sur gel d'acrylamide. Le sérum de Latimeria manque d'un composant protéique dont la mobilité approche celle de l'albumine sérique humaine. L'osmolarité sérique (932 mOsm/l) était quelque peu inférieure à celle de l'eau de mer prélevée au site de capture du spécimen (1035 mOsm/l). Les implications évolutives de la similitude de la chimie sérique de Latimeria avec celle d'autres poissons marins sont discutées.",
    url = "https://doi.org/10.1002/jez.1401870111",
    doi = "10.1002/jez.1401870111",
    number = "1",
    openalex = "W2007467582",
    pages = "87-102",
    volume = "187",
    references = "doi101001jama195102920260071031, doi101001jama196103040510042019, doi101001jama196403070130055036, doi1010079781468464658, doi101016s1546509808600825, doi101017s002531540004652x, doi101111j1469185x1936tb00497x, doi1023071441916, doi1024448ethz1890, doi107326000348196136071"
}

@article{griffith1974serum1,
    author = "Griffith, R. W. et Umminger, B. L. et Grant, B. F. et Pang, P. K. T. et Pickford, G. E",
    title = "Composition sérique du coelacanthe Latimeria chalumnae Smith",
    year = "1974",
    journal = "Journal of Experimental Zoology, v. 187, p. 87-102",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Griffith, R. W., Umminger, B. L., Grant, B. F., Pang, P. K. T., et Pickford, G. E., 1974, Composition sérique du coelacanthe Latimeria chalumnae Smith : Journal of Experimental Zoology, v. 187, p. 87-102.}"
}

Le fluide provenant du canal notochordal du coelacanthe, Latimeria chalumnae, a été analysé pour ses constituants inorganiques et organiques majeurs et comparé au sérum sanguin du même poisson. Des niveaux significativement ou suggestivement plus faibles de sodium, de magnésium, de calcium, de bicarbonate, de sulfate, de glucides totaux, de glucose, de lactate, de cholestérol, de phosphate lié et de protéines totales ont été trouvés dans le fluide notochordal par rapport au sérum, tandis que le potassium, le chlore, l'urée, l'oxyde de triméthylamine et les acides aminés libres totaux étaient plus élevés et le phosphore inorganique essentiellement identique. L'osmolarité du fluide notochordal (1058 mOsm) dépasse celle du sérum (942 mOsm). Un précipité blanchâtre dans le fluide consistait en une matrice de fibres de 100 Å de diamètre et de longueur indéterminée. Il ressemblait à une sialoglycoprotéine en composition et était stabilisé par des liaisons disulfure. Le fluide contenait des débris cellulaires.

@article{doi101002jez1401920206,
    author = "Griffith, Robert W. et Mathews, Martin B. et Umminger, Bruce L. et Grant, Blake F. et Pang, Peter K.T. et Thomson, Keith Stewart et Pickford, Grace E.",
    title = "Composition of fluid from the notochordal canal of the coelacanth, Latimeria chalumnae",
    year = "1975",
    journal = "Journal of Experimental Zoology",
    abstract = "Le fluide provenant du canal notochordal du coelacanthe, Latimeria chalumnae, a été analysé pour ses constituants inorganiques et organiques majeurs et comparé au sérum sanguin du même poisson. Des niveaux significativement ou suggestivement plus faibles de sodium, de magnésium, de calcium, de bicarbonate, de sulfate, de glucides totaux, de glucose, de lactate, de cholestérol, de phosphate lié et de protéines totales ont été trouvés dans le fluide notochordal par rapport au sérum, tandis que le potassium, le chlore, l'urée, l'oxyde de triméthylamine et les acides aminés libres totaux étaient plus élevés et le phosphore inorganique essentiellement identique. L'osmolarité du fluide notochordal (1058 mOsm) dépasse celle du sérum (942 mOsm). Un précipité blanchâtre dans le fluide consistait en une matrice de fibres de 100 Å de diamètre et de longueur indéterminée. Il ressemblait à une sialoglycoprotéine en composition et était stabilisé par des liaisons disulfure. Le fluide contenait des débris cellulaires.",
    url = "https://doi.org/10.1002/jez.1401920206",
    doi = "10.1002/jez.1401920206",
    openalex = "W2038295841",
    references = "cole1973intraocular, doi101016s0021925818722801, doi101016s0021925818767999, doi101016s0021925818838248, doi101016s0021925818943334, doi101016s1546509808600825, doi101017s0025315400005750, doi101017s0025315400018105, doi101038237175a0, doi1010970000505319311100000026, doi101111j1469185x1969tb00823x, doi107326000348196136071"
}

@article{lagios1975the,
    author = "Lagios, Michael D.",
    title = "La glande pituitaire du coelacanth Latimeria chalumnae Smith",
    year = "1975",
    journal = "Endocrinologie générale et comparative",
    url = "https://doi.org/10.1016/0016-6480(75)90184-7",
    doi = "10.1016/0016-6480(75)90184-7",
    number = "2",
    openalex = "W1998564185",
    pages = "126-146",
    volume = "25",
    references = "doi1010079783642866593, doi1010160016648068900865, doi1010160016648075902014, doi101016s1546509808600965, doi101038237175a0, doi101111j1469185x1969tb00823x, doi1023072412482, griffith1974serum, openalexw251296685, openalexw563680134"
}

Résumé Le coelacanthe, Latimeria chalumnae, possède une chimie sanguine presque identique à celle des poissons chondrichthyens et contraste avec celle des poissons osseux et des tétrapodes. Particulièrement notable est la rétention de fortes concentrations d'urée (377 mM) et d'oxyde de triméthylamine (122 mM), qui aident à augmenter l'osmolarité sanguine (942 mosm/l) jusqu'à être proche de celle de l'environnement marin. Ces caractéristiques caractérisent également d'autres fluides corporels du coelacanthe, tels que le fluide notochordal, les humeurs aqueuse et vitrée, le fluide ventriculaire, le fluide coelomique et la bile. Les tissus de Latimeria, tels que le muscle, sont également caractérisés par de fortes concentrations d'urée. L'équilibre osmotique entre les fluides extracellulaires et les tissus semble être atteint par la présence de très fortes concentrations tissulaires d'oxyde de triméthylamine (environ 300 mmol/(kg H2O)), qui contrebalancent les faibles concentrations d'ions trouvées dans les tissus. La fonction rénale chez Latimeria semble impliquer l'élimination sélective de certains ions divalents (magnésium, phosphate et sulfate) et de substances organiques (glucuronate, créatine et certains acides aminés). Contrairement à d'autres poissons uréosmotiques, le coelacanthe ne possède pas la capacité rénale de réabsorber l'urée. Des preuves suggèrent que la glande rectale, structurellement très similaire à celles des chondrichthyens, fonctionne à excréter l'excès de chlorure de sodium. Puisque l'osmolarité sanguine de Latimeria est quelque peu inférieure à celle de l'eau de mer (942 contre 1026 mosm/l), elle est en bilan hydrique négatif. Certaines preuves suggèrent que cela est compensé par la consommation d'eau de mer d'une manière similaire à celle des téléostéens. La question de savoir si la régulation uréosmotique est homologue chez Latimeria et les chondrichthyens est discutable, bien que nous penchions vers la possibilité qu'elle ait été acquise indépendamment pour les raisons suivantes. (1) La réabsorption rénale d'urée est absente chez Latimeria, bien qu'elle soit cruciale pour la régulation uréosmotique chez les chondrichthyens. (2) La fécondation interne et le développement sont des concomitants nécessaires de la régulation uréosmotique chez les poissons et la fécondation interne dans les deux groupes est réalisée par des mécanismes non homologues. (3) La régulation uréosmotique a évolué indépendamment dans un troisième groupe de vertébrés, l'amphibien eurialin Rana cancrivora.

@article{doi101098rspb19800054,
    author = "Griffith, Robert W.",
    title = "Chimie des fluides corporels du coelacanthe, Latimeria chalumnae",
    year = "1980",
    journal = "Proceedings of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences",
    abstract = "Résumé Le coelacanthe, Latimeria chalumnae, possède une chimie sanguine presque identique à celle des poissons chondrichthyens et contraste avec celle des poissons osseux et des tétrapodes. Particulièrement notable est la rétention de fortes concentrations d'urée (377 mM) et d'oxyde de triméthylamine (122 mM), qui aident à augmenter l'osmolarité sanguine (942 mosm/l) jusqu'à être proche de celle de l'environnement marin. Ces caractéristiques caractérisent également d'autres fluides corporels du coelacanthe, tels que le fluide notochordal, les humeurs aqueuse et vitrée, le fluide ventriculaire, le fluide coelomique et la bile. Les tissus de Latimeria, tels que le muscle, sont également caractérisés par de fortes concentrations d'urée. L'équilibre osmotique entre les fluides extracellulaires et les tissus semble être atteint par la présence de très fortes concentrations tissulaires d'oxyde de triméthylamine (environ 300 mmol/(kg H2O)), qui contrebalancent les faibles concentrations d'ions trouvées dans les tissus. La fonction rénale chez Latimeria semble impliquer l'élimination sélective de certains ions divalents (magnésium, phosphate et sulfate) et de substances organiques (glucuronate, créatine et certains acides aminés). Contrairement à d'autres poissons uréosmotiques, le coelacanthe ne possède pas la capacité rénale de réabsorber l'urée. Des preuves suggèrent que la glande rectale, structurellement très similaire à celles des chondrichthyens, fonctionne à excréter l'excès de chlorure de sodium. Puisque l'osmolarité sanguine de Latimeria est quelque peu inférieure à celle de l'eau de mer (942 contre 1026 mosm/l), elle est en bilan hydrique négatif. Certaines preuves suggèrent que cela est compensé par la consommation d'eau de mer d'une manière similaire à celle des téléostéens. La question de savoir si la régulation uréosmotique est homologue chez Latimeria et les chondrichthyens est discutable, bien que nous penchions vers la possibilité qu'elle ait été acquise indépendamment pour les raisons suivantes. (1) La réabsorption rénale d'urée est absente chez Latimeria, bien qu'elle soit cruciale pour la régulation uréosmotique chez les chondrichthyens. (2) La fécondation interne et le développement sont des concomitants nécessaires de la régulation uréosmotique chez les poissons et la fécondation interne dans les deux groupes est réalisée par des mécanismes non homologues. (3) La régulation uréosmotique a évolué indépendamment dans un troisième groupe de vertébrés, l'amphibien eurialin Rana cancrivora.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.1980.0054",
    doi = "10.1098/rspb.1980.0054",
    openalex = "W2010533513",
    references = "cole1973intraocular, doi101016s1546509808600825, doi101093icb172365, doi101111j1469185x1936tb00497x, doi101111j1469185x1967tb01528x, doi101126science1313401670, doi101152ajplegacy1930932480, doi101152ajplegacy19762304925, doi101242jeb383659, doi1023072412985, doi1024448ethz1890, hamoir1973muscle"
}

@incollection{doi101007978940113194027,
    author = "Bruton, Michael N. et Coutouvidis, Sheila E. et Pote, Jean",
    title = "Bibliographie du coelacanthe vivant Latimeria chalumnae, avec des commentaires sur les tendances de publication",
    year = "1991",
    booktitle = "Developments in environmental biology of fishes",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-94-011-3194-0\_27",
    doi = "10.1007/978-94-011-3194-0\_27",
    openalex = "W4253917218",
    references = "chavin1972thyroid, cole1973intraocular, dingerkus1978the, doi1010079783642828584, doi1010160047248488900693, doi1010160169534789901626, doi101042bj1830317, doi101139f75110, doi1023071438971, doi1023071539358, doi1023072412482, doi1023072413058, hamoir1973muscle"
}

@article{doi101007bf00007469,
    author = "Bruton, Michael N. et Coutouvidis, Sheila E. et Pote, Jean",
    title = "Bibliographie du coelacanthe vivant Latimeria chalumnae, avec des commentaires sur les tendances de publication",
    year = "1991",
    journal = "Environmental Biology of Fishes",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf00007469",
    doi = "10.1007/bf00007469",
    openalex = "W2014018754",
    references = "chavin1972thyroid, cole1973intraocular, dingerkus1978the, doi1010079783642828584, doi101007bf00007469, doi1010160300962985908965, doi101042bj1830317, doi101139f75110, doi1023071437499, doi1023071539358, doi1023072412482, doi1023072413058, doi1023072413259, hamoir1973muscle, kihira1984bile"
}

@article{doi101016jgene200501008,
    author = "Inoue, Jun et Miya, Masaki et Venkatesh, Byrappa et Nishida, Mutsumi",
    title = "Le génome mitochondrial du coelacanthe indonésien Latimeria menadoensis (Sarcopterygii: Coelacanthiformes) et l'estimation du temps de divergence entre les deux coelacanthes",
    year = "2005",
    journal = "Gene",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.gene.2005.01.008",
    doi = "10.1016/j.gene.2005.01.008",
    openalex = "W2110182377",
    references = "doi101007bf00160154, doi101007bf02498640, doi101038nrg1020, doi101073pnas0334222100, doi101073pnas7641967, doi10108010635150290102456, doi10108010635150490423430, doi101093bioinformatics183502, doi101093oxfordjournalsmolbeva040259, doi10113008137233291"
}

FOND : Les hormones neurohypophysaires des mammifères, la vasopressine et l'ocytocine, sont impliquées respectivement dans l'osmorégulation et la contraction du muscle lisse utérin. Tous les vertébrés à mâchoires contiennent au moins un homologue chacun de la vasopressine et de l'ocytocine, tandis que les vertébrés à mâchoires absentes contiennent une seule hormone neurohypophysaire appelée vasotocine. L'homologue de la vasopressine chez les vertébrés non mammaliens est la vasotocine ; et l'homologue de l'ocytocine est la mésotocine chez les tétrapodes non eutheriens, la mésotocine et la [Phe2]mésotocine chez les poissons pulmonés, et l'isotocine chez les poissons à nageoires rayonnées. Les gènes codant pour les gènes de la vasopressine et de l'ocytocine sont étroitement liés dans les génomes humain et rongeur dans une orientation tête-à-queue. En revanche, leurs homologues chez le poisson-globe (vasotocine et isotocine) sont situés sur le même brin d'ADN, avec le gène de l'isotocine situé en amont du gène de la vasotocine, séparés par cinq gènes, suggérant que ce locus a subi des réarrangements soit dans la lignée mammalienne ou celle des poissons à nageoires rayonnées, soit dans les deux lignées. Les coelacanthes occupent une position phylogénétique unique proche de la divergence des lignées mammaliennes et de poissons à nageoires rayonnées. RÉSULTATS : Nous avons séquencé un clone BAC de coelacanthe (Latimeria menadoensis) englobant les gènes des hormones neurohypophysaires et étudié l'histoire évolutive du locus des gènes des hormones neurohypophysaires des vertébrés dans un cadre de génomique comparative. Le coelacanthe contient les gènes de la vasotocine et de la mésotocine comme les tétrapodes non mammaliens. Les gènes du coelacanthe sont présents sur le même brin d'ADN sans gènes intermédiaires, avec le gène de la vasotocine situé en amont du gène de la mésotocine. Les séquences nucléotidiques des deuxième exons des deux gènes sont soumises à une sélection purificatrice, impliquant une fonction régulatrice. Nous avons également analysé le locus des gènes des hormones neurohypophysaires dans les génomes de l'opossum, du poulet et de Xenopus tropicalis. L'opossum contient deux copies tandemes des gènes de la vasopressine et de la mésotocine. Les gènes de la vasotocine et de la mésotocine chez le poulet et Xenopus, et les gènes de la vasopressine et de la mésotocine chez l'opossum sont liés tête-à-tête, similaires à leurs orthologues chez le coelacanthe et contrairement à leurs homologues chez l'humain et les rongeurs. CONCLUSION : Nos résultats indiquent que le locus des gènes des hormones neurohypophysaires a subi des réarrangements indépendants à la fois chez les mammifères placentaires et chez les poissons téléostéens. Le génome du coelacanthe semble plus stable que les génomes des mammifères et des poissons téléostéens. En conséquence, il sert de groupe externe précieux pour étudier l'évolution des génomes des mammifères et des poissons téléostéens.

@article{doi10118614712148893,
    author = "Gwee, Pai-Chung and Amemiya, Chris T. and Brenner, Sydney and Venkatesh, Byrappa",
    title = "Sequence and organization of coelacanth neurohypophysial hormone genes: Evolutionary history of the vertebrate neurohypophysial hormone gene locus",
    year = "2008",
    journal = "BMC Evolutionary Biology",
    abstract = "FOND : Les hormones neurohypophysaires des mammifères, la vasopressine et l'ocytocine, sont impliquées respectivement dans l'osmorégulation et la contraction du muscle lisse utérin. Tous les vertébrés à mâchoires contiennent au moins un homologue chacun de la vasopressine et de l'ocytocine, tandis que les vertébrés à mâchoires absentes contiennent une seule hormone neurohypophysaire appelée vasotocine. L'homologue de la vasopressine chez les vertébrés non mammaliens est la vasotocine ; et l'homologue de l'ocytocine est la mésotocine chez les tétrapodes non eutheriens, la mésotocine et la [Phe2]mésotocine chez les poissons pulmonés, et l'isotocine chez les poissons à nageoires rayonnées. Les gènes codant pour les gènes de la vasopressine et de l'ocytocine sont étroitement liés dans les génomes humain et rongeur dans une orientation tête-à-queue. En revanche, leurs homologues chez le poisson-globe (vasotocine et isotocine) sont situés sur le même brin d'ADN, avec le gène de l'isotocine situé en amont du gène de la vasotocine, séparés par cinq gènes, suggérant que ce locus a subi des réarrangements soit dans la lignée mammalienne ou celle des poissons à nageoires rayonnées, soit dans les deux lignées. Les coelacanthes occupent une position phylogénétique unique proche de la divergence des lignées mammaliennes et de poissons à nageoires rayonnées. RÉSULTATS : Nous avons séquencé un clone BAC de coelacanthe (Latimeria menadoensis) englobant les gènes des hormones neurohypophysaires et étudié l'histoire évolutive du locus des gènes des hormones neurohypophysaires des vertébrés dans un cadre de génomique comparative. Le coelacanthe contient les gènes de la vasotocine et de la mésotocine comme les tétrapodes non mammaliens. Les gènes du coelacanthe sont présents sur le même brin d'ADN sans gènes intermédiaires, avec le gène de la vasotocine situé en amont du gène de la mésotocine. Les séquences nucléotidiques des deuxième exons des deux gènes sont soumises à une sélection purificatrice, impliquant une fonction régulatrice. Nous avons également analysé le locus des gènes des hormones neurohypophysaires dans les génomes de l'opossum, du poulet et de Xenopus tropicalis. L'opossum contient deux copies tandemes des gènes de la vasopressine et de la mésotocine. Les gènes de la vasotocine et de la mésotocine chez le poulet et Xenopus, et les gènes de la vasopressine et de la mésotocine chez l'opossum sont liés tête-à-tête, similaires à leurs orthologues chez le coelacanthe et contrairement à leurs homologues chez l'humain et les rongeurs. CONCLUSION : Nos résultats indiquent que le locus des gènes des hormones neurohypophysaires a subi des réarrangements indépendants à la fois chez les mammifères placentaires et chez les poissons téléostéens. Le génome du coelacanthe semble plus stable que les génomes des mammifères et des poissons téléostéens. En conséquence, il sert de groupe externe précieux pour étudier l'évolution des génomes des mammifères et des poissons téléostéens.",
    url = "https://doi.org/10.1186/1471-2148-8-93",
    doi = "10.1186/1471-2148-8-93",
    openalex = "W2098940871",
    references = "doi101016jcell200412035, doi101016s0021925817392360, doi101016s0168952503001161, doi101038nature04696, doi101073pnas0400609101, doi101093nar25244876, doi101126science1073774, doi101152physrev2001812629, doi101159000073702, openalexw164690857"
}

@misc{crossref2009coelacanths,
    title = "Coelacanthes",
    year = "2009",
    booktitle = "Encyclopedia of Time : Science, Philosophie, Théologie, \& Culture",
    url = "https://doi.org/10.4135/9781412963961.n99",
    doi = "10.4135/9781412963961.n99",
    openalex = "W4230651611"
}

Une série d'études récentes sur les coélacanthes existants a mis l'accent sur le lent taux d'évolution moléculaire et morphologique de ces espèces. Ces études se sont basées sur l'hypothèse qu'un coélacanth est un « fossile vivant » qui a montré peu de changement morphologique depuis le Dévonien, et elles ont proposé un lien de causalité entre le faible taux d'évolution moléculaire et la stase morphologique. Ici, nous avons examiné les données moléculaires et morphologiques disponibles et montré que : (i) la faible diversité moléculaire intra-spécifique n'implique pas un faible taux de mutation, (ii) les études ne montrant pas de faibles taux de substitution chez les coélacanthes sont souvent négligées, (iii) la stabilité morphologique des coélacanthes n'est pas soutenue par les preuves paléontologiques. Nous rappelons que les niveaux de diversité moléculaire intra-spécifique, les taux de divergence génomique inter-spécifique et les taux de divergence morphologique sont soumis à des contraintes différentes et ne sont pas nécessairement corrélés. Enfin, nous soulignons que des concepts tels que « fossile vivant », « lignée basale » ou « espèce existante primitive » n'ont pas de sens d'un point de vue de la pensée arborescente.

@article{doi101002bies201200145,
    author = "Casañe, Didier et Laurenti, Patrick",
    title = "Pourquoi les coélacanthes ne sont pas des « fossiles vivants »",
    year = "2013",
    journal = "BioEssays",
    abstract = "Une série d'études récentes sur les coélacanthes existants a mis l'accent sur le lent taux d'évolution moléculaire et morphologique de ces espèces. Ces études se sont basées sur l'hypothèse qu'un coélacanth est un « fossile vivant » qui a montré peu de changement morphologique depuis le Dévonien, et elles ont proposé un lien de causalité entre le faible taux d'évolution moléculaire et la stase morphologique. Ici, nous avons examiné les données moléculaires et morphologiques disponibles et montré que : (i) la faible diversité moléculaire intra-spécifique n'implique pas un faible taux de mutation, (ii) les études ne montrant pas de faibles taux de substitution chez les coélacanthes sont souvent négligées, (iii) la stabilité morphologique des coélacanthes n'est pas soutenue par les preuves paléontologiques. Nous rappelons que les niveaux de diversité moléculaire intra-spécifique, les taux de divergence génomique inter-spécifique et les taux de divergence morphologique sont soumis à des contraintes différentes et ne sont pas nécessairement corrélés. Enfin, nous soulignons que des concepts tels que « fossile vivant », « lignée basale » ou « espèce existante primitive » n'ont pas de sens d'un point de vue de la pensée arborescente.",
    url = "https://doi.org/10.1002/bies.201200145",
    doi = "10.1002/bies.201200145",
    openalex = "W1560120724",
    references = "doi101016jtig201005003, doi101038nrg2146, doi101038scientificamerican117998, doi101046j1365294x200301731x, doi101146annureven10010165000525, doi101146annureves23110192001403, doi105860choice375647, doi105860choice396411, doi105962bhltitle59991, doi105962bhltitle82303"
}

La découverte d'un spécimen de coelacanthe vivant en 1938 a été remarquable, car cette lignée de poissons à nageoires lobées était censée être éteinte depuis 70 millions d'années. Le coelacanthe moderne ressemble remarquablement à de nombreux de ses ancêtres lointains, et sa proximité évolutive avec nos propres ancêtres poissons offre un aperçu des poissons qui ont d'abord marché sur terre. Ici, nous rapportons la séquence du génome du coelacanthe africain, Latimeria chalumnae. Grâce à une analyse phylogénomique, nous concluons que les poissons pulmonés, et non le coelacanthe, sont le plus proche parent vivant des tétrapodes. Les gènes codant pour les protéines du coelacanthe évoluent significativement plus lentement que ceux des tétrapodes, contrairement à d'autres caractéristiques génomiques. Les analyses des changements dans les gènes et les éléments régulateurs lors de l'adaptation des vertébrés à la terre mettent en évidence les gènes impliqués dans l'immunité, l'excrétion de l'azote et le développement des nageoires, de la queue, de l'oreille, de l'œil, du cerveau et de l'olfaction. Les essais fonctionnels des enhancers impliqués dans la transition nageoire-membre et dans l'émergence des tissus extra-embryonnaires montrent l'importance du génome du coelacanthe comme plan directeur pour comprendre l'évolution des tétrapodes.

@article{doi101038nature12027,
    author = "Amemiya, Chris T. and Alföldi, Jessica and Lee, Alison and Fan, Shaohua and Philippe, Hervé and MacCallum, Iain and Braasch, Ingo and Manousaki, Tereza and Schneider, Igor and Rohner, Nicolas and Organ, Chris L. and Chalopin, Domitille and Smith, Jeramiah J. and Robinson, Mark and Dorrington, Rosemary A. and Gerdol, Marco and Aken, Bronwen and Biscotti, Maria Assunta and Barucca, Marco and Baurain, Denis and Berlin, Aaron M. and Blatch, Gregory L. and Buonocore, Francesco and Burmester, Thorsten and Campbell, Michael S. and Canapa, Adriana and Cannon, John P. and Christoffels, Alan and Moro, Gianluca De and Edkins, Adrienne L. and Fan, Lin and Fausto, Anna Maria and Feiner, Nathalie and Forconi, Marikò and Gamieldien, Junaid and Gnerre, Sante and Gnirke, Andreas and Goldstone, Jared V. and Haerty, Wilfried and Hahn, Mark E. and Hesse, Uljana and Hoffmann, Steve and Johnson, Jeremy and Karchner, Sibel I. and Kuraku, Shigehiro and Lara, Marcia and Levin, Joshua Z. and Litman, Gary W. and Mauceli, Evan and Miyake, Tsutomu and Mueller, M. Gail and Nelson, David R. and Nitsche, Anne and Olmo, Ettore and Ota, Tatsuya and Pallavicini, Alberto and Panji, Sumir and Picone, Barbara and Ponting, Chris P. and Prohaska, Sonja J. and Przybylski, Dariusz and Saha, Nil Ratan and Ravi, Vydianathan and Ribeiro, Filipe J. and Sauka‐Spengler, Tatjana and Scapigliati, Giuseppe and Searle, Stephen M. J. and Sharpe, Ted and Simakov, Oleg and Stadler, Peter F. and Stegeman, John J. and Sumiyama, Kenta and Tabbaa, Diana and Tafer, Hakim and Turner-Maier, Jason and Heusden, Peter Van and White, Simon and Williams, Louise and Yandell, Mark and Brinkmann, Henner and Volff, Jean-Nicolas and Tabin, Clifford J. and Shubin, Neil H. and Schartl, Manfred and Jaffe, David B. and Postlethwait, John H. and Venkatesh, Byrappa and Palma, Federica Di and Lander, Eric S. and Meyer, Axel and Lindblad‐Toh, Kerstin",
    title = "The African coelacanth genome provides insights into tetrapod evolution",
    year = "2013",
    journal = "Nature",
    abstract = "The discovery of a living coelacanth specimen in 1938 was remarkable, as this lineage of lobe-finned fish was thought to have become extinct 70 million years ago. The modern coelacanth looks remarkably similar to many of its ancient relatives, and its evolutionary proximity to our own fish ancestors provides a glimpse of the fish that first walked on land. Here we report the genome sequence of the African coelacanth, Latimeria chalumnae. Through a phylogenomic analysis, we conclude that the lungfish, and not the coelacanth, is the closest living relative of tetrapods. Coelacanth protein-coding genes are significantly more slowly evolving than those of tetrapods, unlike other genomic features. Analyses of changes in genes and regulatory elements during the vertebrate adaptation to land highlight genes involved in immunity, nitrogen excretion and the development of fins, tail, ear, eye, brain and olfaction. Functional assays of enhancers involved in the fin-to-limb transition and in the emergence of extra-embryonic tissues show the importance of the coelacanth genome as a blueprint for understanding tetrapod evolution.",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature12027",
    doi = "10.1038/nature12027",
    openalex = "W1963630241",
    references = "doi101016jgene200501008, doi101038nature04072, doi101038nature07891, doi101038nature10944, doi101038nbt1883, doi101073pnas1017351108, doi101093bioinformaticsbti191, doi101093genetics1352599, doi101093molbevmsh112, doi101126science1098119, doi1011861471216414538, doi101242jeb1982273, doi1023073514548, doi105860choice300927, nieuwenhuys1998the"
}

CONTEXTE : Latimeria menadoensis est une espèce de coelacanthe identifiée pour la première fois en 1997 en Indonésie, à 10 000 km de son congénère africain. À ce jour, seuls six spécimens ont été capturés et très peu de données moléculaires sont disponibles. Dans le présent travail, nous décrivons l'assemblage de novo du transcriptome obtenu à partir d'échantillons de foie et de testicule prélevés sur le cinquième spécimen jamais capturé de cette espèce. RÉSULTATS : Le séquençage profond de l'ARN effectué avec des technologies Illumina a généré 145 435 156 lectures en paires, représentant environ 14 Go de données de séquence, qui ont été assemblées de novo en utilisant une stratégie combinée Trinity/CLC. La sortie de l'assemblage a été traitée et filtrée, produisant un ensemble de 66 308 contigs, dont la qualité a été soigneusement évaluée. La comparaison avec le génome récemment séquencé du congénère africain Latimeria chalumnae et avec les ressources génomiques disponibles d'autres vertébrés a révélé une bonne reconstruction des transcrits complets et une couverture élevée du transcriptome complet prédit du coelacanthe. CONCLUSION : Compte tenu de l'affinité génomique élevée entre les deux espèces de coelacanthes, l'assemblage de novo du transcriptome décrit ici peut être considéré comme un outil de support précieux pour l'amélioration de la prédiction des gènes au sein du génome de L. chalumnae et comme une ressource précieuse pour l'étude de nombreux aspects de l'évolution des tétrapodes.

@article{doi1011861471216414538,
    author = "Pallavicini, Alberto et Canapa, Adriana et Barucca, Marco et Alföldi, Jessica et Biscotti, Maria Assunta et Buonocore, Francesco et Moro, Gianluca De et Palma, Federica Di et Fausto, Anna Maria et Forconi, Marikò et Gerdol, Marco et Makapedua, Daisy Monica et Turner-Meier, Jason et Olmo, Ettore et Scapigliati, Giuseppe",
    title = "Analyse du transcriptome du coelacanthe indonésien Latimeria menadoensis",
    year = "2013",
    journal = "BMC Genomics",
    abstract = "CONTEXTE : Latimeria menadoensis est une espèce de coelacanthe identifiée pour la première fois en 1997 en Indonésie, à 10 000 km de son congénère africain. À ce jour, seuls six spécimens ont été capturés et très peu de données moléculaires sont disponibles. Dans le présent travail, nous décrivons l'assemblage de novo du transcriptome obtenu à partir d'échantillons de foie et de testicule prélevés sur le cinquième spécimen jamais capturé de cette espèce. RÉSULTATS : Le séquençage profond de l'ARN effectué avec des technologies Illumina a généré 145 435 156 lectures en paires, représentant environ 14 Go de données de séquence, qui ont été assemblées de novo en utilisant une stratégie combinée Trinity/CLC. La sortie de l'assemblage a été traitée et filtrée, produisant un ensemble de 66 308 contigs, dont la qualité a été soigneusement évaluée. La comparaison avec le génome récemment séquencé du congénère africain Latimeria chalumnae et avec les ressources génomiques disponibles d'autres vertébrés a révélé une bonne reconstruction des transcrits complets et une couverture élevée du transcriptome complet prédit du coelacanthe. CONCLUSION : Compte tenu de l'affinité génomique élevée entre les deux espèces de coelacanthes, l'assemblage de novo du transcriptome décrit ici peut être considéré comme un outil de support précieux pour l'amélioration de la prédiction des gènes au sein du génome de L. chalumnae et comme une ressource précieuse pour l'étude de nombreux aspects de l'évolution des tétrapodes.",
    url = "https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-538",
    doi = "10.1186/1471-2164-14-538",
    openalex = "W2131848830",
    references = "doi101016jtig200712007, doi101016jygeno200807001, doi101016jygeno201003001, doi101016s0022283605803602, doi101017s0094837300004310, doi101038nbt1883, doi101038nrg2484, doi101038nrg3068, doi101093bioinformatics179847, doi101093bioinformaticsbti610"
}

Des gènes impliqués dans la détermination et la différenciation sexuelles ont été identifiés chez la souris, l'humain, le poulet, les reptiles, les amphibiens et les poissons téléostéens. Cependant, peu de choses sont connues sur leur conservation fonctionnelle, et il est incertain s'il existe un ensemble commun de gènes partagé par tous les vertébrés. Les coélacanthes, sarcoptérygiens basaux et fossiles vivants uniques, pourraient aider à établir un inventaire des gènes ancestraux impliqués dans ces processus développementaux importants et fournir des aperçus sur leurs composants. Dans cette étude, 33 gènes du génome de Latimeria chalumnae et des transcriptomes du foie et des testicules de Latimeria menadoensis, impliqués dans la détermination et la différenciation sexuelles, ont été identifiés, caractérisés et leurs niveaux d'expression mesurés. Des résultats intéressants ont été obtenus pour GSDF, précédemment identifié uniquement chez les téléostéens et maintenant caractérisé pour la première fois chez la lignée sarcoptérygienne ; FGF9, qui n'est pas trouvé chez les téléostéens ; et DMRT1, dont l'expression dans les gonades adultes a récemment été liée au maintien de l'identité sexuelle. Le répertoire génique et l'expression des gènes spécifiques aux testicules documentés chez les coélacanthes démontrent une plus grande similitude avec les poissons modernes et pointent vers des changements inattendus dans le réseau de régulation génique gouvernant le développement sexuel.

@article{doi101371journalpone0056006,
    author = "Forconi, Marikò et Canapa, Adriana et Barucca, Marco et Biscotti, Maria Assunta et Capriglione, Teresa et Buonocore, Francesco et Fausto, Anna Maria et Makapedua, Daisy Monica et Pallavicini, Alberto et Gerdol, Marco et Moro, Gianluca De et Scapigliati, Giuseppe et Olmo, Ettore et Schartl, Manfred",
    title = "Caractérisation des gènes de détermination et de différenciation sexuelle chez Latimeria",
    year = "2013",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = {Des gènes impliqués dans la détermination et la différenciation sexuelles ont été identifiés chez la souris, l'humain, le poulet, les reptiles, les amphibiens et les poissons téléostéens. Cependant, peu de choses sont connues sur leur conservation fonctionnelle, et il est incertain s'il existe un ensemble commun de gènes partagé par tous les vertébrés. Les coélacanthes, sarcoptérygiens basaux et fossiles vivants uniques, pourraient aider à établir un inventaire des gènes ancestraux impliqués dans ces processus développementaux importants et fournir des aperçus sur leurs composants. Dans cette étude, 33 gènes du génome de Latimeria chalumnae et des transcriptomes du foie et des testicules de Latimeria menadoensis, impliqués dans la détermination et la différenciation sexuelles, ont été identifiés, caractérisés et leurs niveaux d'expression mesurés. Des résultats intéressants ont été obtenus pour GSDF, précédemment identifié uniquement chez les téléostéens et maintenant caractérisé pour la première fois chez la lignée sarcoptérygienne ; FGF9, qui n'est pas trouvé chez les téléostéens ; et DMRT1, dont l'expression dans les gonades adultes a récemment été liée au maintien de l'identité sexuelle. Le répertoire génique et l'expression des gènes spécifiques aux testicules documentés chez les coélacanthes démontrent une plus grande similitude avec les poissons modernes et pointent vers des changements inattendus dans le réseau de régulation génique gouvernant le développement sexuel.},
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0056006",
    doi = "10.1371/journal.pone.0056006",
    openalex = "W2109356079",
    references = "doi1011861471216414538"
}

La récente disponibilité de ressources transcriptomiques et génomiques robustes pour le coelacanthe (Latimeria chalumnae) a conduit à des découvertes uniques concernant l'immunité du coelacanthe, telles que l'absence d'IgM, un composant central de l'immunité adaptative. Cette étude a été conçue pour aborder plus précisément les origines et l'évolution des familles de gènes impliquées dans la reconnaissance initiale et la réponse aux pathogènes microbiens, qui effectuent l'immunité innée. Plusieurs familles de gènes multigéniques impliquées dans l'immunité innée sont abordées, notamment : les récepteurs Toll-like (TLRs), les récepteurs semblables au gène 1 inducible par l'acide rétinoïque (RIG1) (RLRs), les protéines contenant le domaine de liaison aux nucléotides et les répétitions riches en leucine (NLRs), les protéines contenant divers domaines d'immunoglobuline (DICP) et les récepteurs de type immunitaire à domaines modulaires (MDIRs). Nos analyses incluent également les protéines contenant le motif tripartite (TRIM), qui sont impliquées dans la reconnaissance des pathogènes ainsi que dans la régulation positive de l'immunité antivirale. Enfin, cette étude a abordé certains effecteurs en aval de la réponse antimicrobienne, notamment les membres de la famille IL-1, les interférons de type I et II (IFN) et les effecteurs stimulés par les interférons (ISGs). Collectivement, les gènes et les familles de gènes du coelacanthe qui effectuent des fonctions immunitaires innées partagent des caractéristiques tant dans le contenu, la structure et l'arrangement que ceux trouvés chez les tétrapodes, mais pas chez les téléostéens. Les résultats soutiennent la relation de groupe frère entre les poissons coelacanthes et les tétrapodes.

@article{doi101002jezb22559,
    author = "Boudinot, Pierre et Zou, Jun et Ota, Tatsuya et Buonocore, Francesco et Scapigliati, Giuseppe et Canapa, Adriana et Cannon, John P. et Litman, Gary W. et Hansen, John D.",
    title = "Un répertoire de récepteurs et d'effecteurs immunitaires innés semblable à celui des tétrapodes pour les coelacanthes",
    year = "2014",
    journal = "Journal of Experimental Zoology Part B Molecular and Developmental Evolution",
    abstract = "La récente disponibilité de ressources transcriptomiques et génomiques robustes pour le coelacanthe (Latimeria chalumnae) a conduit à des découvertes uniques concernant l'immunité du coelacanthe, telles que l'absence d'IgM, un composant central de l'immunité adaptative. Cette étude a été conçue pour aborder plus précisément les origines et l'évolution des familles de gènes impliquées dans la reconnaissance initiale et la réponse aux pathogènes microbiens, qui effectuent l'immunité innée. Plusieurs familles de gènes multigéniques impliquées dans l'immunité innée sont abordées, notamment : les récepteurs Toll-like (TLRs), les récepteurs semblables au gène 1 inducible par l'acide rétinoïque (RIG1) (RLRs), les protéines contenant le domaine de liaison aux nucléotides et les répétitions riches en leucine (NLRs), les protéines contenant divers domaines d'immunoglobuline (DICP) et les récepteurs de type immunitaire à domaines modulaires (MDIRs). Nos analyses incluent également les protéines contenant le motif tripartite (TRIM), qui sont impliquées dans la reconnaissance des pathogènes ainsi que dans la régulation positive de l'immunité antivirale. Enfin, cette étude a abordé certains effecteurs en aval de la réponse antimicrobienne, notamment les membres de la famille IL-1, les interférons de type I et II (IFN) et les effecteurs stimulés par les interférons (ISGs). Collectivement, les gènes et les familles de gènes du coelacanthe qui effectuent des fonctions immunitaires innées partagent des caractéristiques tant dans le contenu, la structure et l'arrangement que ceux trouvés chez les tétrapodes, mais pas chez les téléostéens. Les résultats soutiennent la relation de groupe frère entre les poissons coelacanthes et les tétrapodes.",
    url = "https://doi.org/10.1002/jez.b.22559",
    doi = "10.1002/jez.b.22559",
    openalex = "W1894895855",
    references = "doi101002bies201200145, doi101016jimmuni201105006, doi101016s0092867400801725, doi10103841131, doi101038nature05732, doi101038nature09907, doi101038nri2314, doi101093molbevmsr121, doi101111j01052896200400204x, doi101126science1183021, doi101128cmr1447788092001"
}

L'étude du développement est essentielle pour révéler l'évolution des lignées vertébrées majeures. Les coélacanthes possèdent l'une des plus longues histoires évolutives parmi les ostéichthyens, mais malgré l'accès à des représentants actuels, le début de leur endosquelette faiblement ossifié reste mal compris. Ici, nous présentons la première étude paléohistologique et squeletochronologique de Miguashaia bureaui du Dévonien supérieur du Canada, cruciale pour explorer la paléobiologie et l'évolution précoce de l'ostéogenèse chez les coélacanthes. Des coupes transversales des os de la nageoire caudale montrent que le cortex est constitué de couches d'os primaire séparées par des lignes d'arrêt de croissance, indicatives d'une croissance cyclique. La cavité médullaire présente des vestiges de cartilage calcifié associés à des trabécules osseuses, caractéristiques de l'ossification endochondrale. Une analyse squeletochronologique indique qu'une croissance rapide durant une période juvénile courte a été suivie d'une croissance plus lente à l'âge adulte. Notre nouvelle analyse met en évidence l'histoire de vie et la paléoécologie de Miguashaia bureaui et révèle que, malgré des différences de taille et d'habitat, la faible ossification endosquelettique connue chez le Latimeria chalumnae actuel peut être retracée au moins à 375 millions d'années.

@misc{doi107287peerj13175v01reviews2,
    author = "Mondéjar‐Fernández, Jorge and Meunier, François and Cloutier, Richard and Clément, Gaël and Laurin, Michel and Mondéjar‐Fernández, Jorge and Andrews, M and Long, J and Ahlberg, P and Barwick, R and Campbell, K and Amat, F and Meiri, S and Amprino, R and Brito, P and Meunier, F and Clment, G and Geffard-Kuriyama, D and Castanet, J and Castanet, J and Meunier, F and Bergot, C and Franois, Y and Castanet, J and Meunier, F-J and Ricqles, A De and Castanet, J and Francillon-Vieillot, H and Meunier, F-J and Ricqls, A De and Castanet, Francillon and Vieillot, H and Ricqls, A De and Chevrinais, M and Sire, J and A, Cloutier R; and Chevrinais, M and Jacquet, C and Cloutier, R and Cloutier, R and Cloutier, R and Cloutier, R and Proust, J and Tessier, B and Cupello, C and Meunier, F-J and Herbin, M and Clment, G and Brito, P and Cupello, C and Meunier, F-J and Herbin, M and Janvier, P and Clment, G and Brito, P and Downs, J and Donoghue, P and Daget, J and Bauchot, M and Arnoult, J and Dutel, H and Galland, M and Tafforeau, P and Long, J and Fagan, M and Janvier, P and Herrel, A and Santini, M and Clment, G and Herbin, M and Flower, S and Forey, P and Ahlberg, P and Lukevis, E and Zupin, I and Francillon, H and Meunier, F-J and Ngo, Tuan and Phong and Ricqles, A De and Francillon-Vieillot, H and Buffrenil, V De and Castanet, J and Graudie, J and Meunier, F-J and Sire, J-Y and Zylberberg, L and Ricqls, A De and Friedman, M and Coates, M and Anderson, P and Geffen, A and Pontual, H De and Wright, P and Mosegaard, H and Giraud, M and Castanet, J and Meunier, F and Bouligand, Y and Haines, R",
    title = {Peer Review \#2 de "Life history and ossification patterns in Miguashaia bureaui reveal the early evolution of osteogenesis in coelacanths (v0.1)"},
    year = "2022",
    abstract = "L'étude du développement est essentielle pour révéler l'évolution des lignées vertébrées majeures. Les coélacanthes possèdent l'une des plus longues histoires évolutives parmi les ostéichthyens, mais malgré l'accès à des représentants actuels, le début de leur endosquelette faiblement ossifié reste mal compris. Ici, nous présentons la première étude paléohistologique et squeletochronologique de Miguashaia bureaui du Dévonien supérieur du Canada, cruciale pour explorer la paléobiologie et l'évolution précoce de l'ostéogenèse chez les coélacanthes. Des coupes transversales des os de la nageoire caudale montrent que le cortex est constitué de couches d'os primaire séparées par des lignes d'arrêt de croissance, indicatives d'une croissance cyclique. La cavité médullaire présente des vestiges de cartilage calcifié associés à des trabécules osseuses, caractéristiques de l'ossification endochondrale. Une analyse squeletochronologique indique qu'une croissance rapide durant une période juvénile courte a été suivie d'une croissance plus lente à l'âge adulte. Notre nouvelle analyse met en évidence l'histoire de vie et la paléoécologie de Miguashaia bureaui et révèle que, malgré des différences de taille et d'habitat, la faible ossification endosquelettique connue chez le Latimeria chalumnae actuel peut être retracée au moins à 375 millions d'années.",
    url = "https://doi.org/10.7287/peerj.13175v0.1/reviews/2",
    doi = "10.7287/peerj.13175v0.1/reviews/2",
    openalex = "W4223452416",
    references = "doi101111joa13428"
}

L'étude du développement est cruciale pour révéler l'évolution des lignées vertébrées majeures. Les coélacanthes possèdent l'une des plus longues histoires évolutives parmi les ostéichthyens, mais malgré l'accès à des représentants actuels, le début de leur endosquelette faiblement ossifié reste mal compris. Ici, nous présentons la première étude paléohistologique et squeletochronologique de Miguashaia bureaui du Dévonien supérieur du Canada, essentielle pour explorer la paléobiologie et l'évolution précoce de l'ostéogenèse chez les coélacanthes. Des coupes transversales des os de la nageoire caudale montrent que le cortex est constitué de couches d'os primaire séparées par des lignes d'arrêt de croissance, indicatives d'une croissance cyclique. La cavité médullaire présente des vestiges de cartilage calcifié associés à des trabécules osseuses, caractéristiques de l'ossification endochondrale. Une analyse squeletochronologique indique qu'une croissance rapide durant une courte période juvénile a été suivie d'une croissance plus lente à l'âge adulte. Notre nouvelle analyse met en évidence l'histoire de vie et la paléoécologie de Miguashaia bureaui et révèle que, malgré des différences de taille et d'habitat, la faible ossification endosquelettique connue chez le Latimeria chalumnae actuel remonte à au moins il y a 375 millions d'années.

@article{doi107717peerj13175,
    author = "Mondéjar‐Fernández, Jorge et Meunier, François et Cloutier, Richard et Clément, Gaël et Laurin, Michel",
    title = "Life history and ossification patterns in Miguashaia bureaui reveal the early evolution of osteogenesis in coelacanths",
    year = "2022",
    journal = "PeerJ",
    abstract = "L'étude du développement est cruciale pour révéler l'évolution des lignées vertébrées majeures. Les coélacanthes possèdent l'une des plus longues histoires évolutives parmi les ostéichthyens, mais malgré l'accès à des représentants actuels, le début de leur endosquelette faiblement ossifié reste mal compris. Ici, nous présentons la première étude paléohistologique et squeletochronologique de Miguashaia bureaui du Dévonien supérieur du Canada, essentielle pour explorer la paléobiologie et l'évolution précoce de l'ostéogenèse chez les coélacanthes. Des coupes transversales des os de la nageoire caudale montrent que le cortex est constitué de couches d'os primaire séparées par des lignes d'arrêt de croissance, indicatives d'une croissance cyclique. La cavité médullaire présente des vestiges de cartilage calcifié associés à des trabécules osseuses, caractéristiques de l'ossification endochondrale. Une analyse squeletochronologique indique qu'une croissance rapide durant une courte période juvénile a été suivie d'une croissance plus lente à l'âge adulte. Notre nouvelle analyse met en évidence l'histoire de vie et la paléoécologie de Miguashaia bureaui et révèle que, malgré des différences de taille et d'habitat, la faible ossification endosquelettique connue chez le Latimeria chalumnae actuel remonte à au moins il y a 375 millions d'années.",
    url = "https://doi.org/10.7717/peerj.13175",
    doi = "10.7717/peerj.13175",
    openalex = "W4225838116",
    references = "doi101111joa13428"
}

Des caractéristiques anatomiques non décrites précédemment chez Latimeria ont été recherchées dans des séries de coupes histologiques, des scans microCT colorés en tissu, des scans IRM et des séries de scans synchrotron. L'organe spiraculaire, la glande endocrine ultimobranchiale et le m. cucullaris ont été identifiés aux emplacements attendus. De plus, un muscle se développant sur le côté médial de la ceinture pectorale a été identifié et comparé à un muscle situé dans un emplacement similaire qui se fixe à la côte crânienne chez les dipneustes ; ceux-ci sont proposés comme homologues du m. omohyoideus des tétrapodes. Ces résultats sont placés dans un contexte évolutif par comparaison avec d'autres groupes sélectionnés de poissons, de dipneustes et de tétrapodes. La position de Latimeria en tant que taxon clé dans la transition des poissons aux tétrapodes est soulignée par ces résultats, et les résultats ont le potentiel d'informer la recherche sur la structure crânienne chez les taxons éteints.

@article{johnston2022the,
    author = "Johnston, Peter",
    title = "The missing anatomy of the living coelacanth, Latimeria chalumnae (Smith, 1939)",
    year = "2022",
    journal = "Vertebrate Zoology",
    abstract = "Anatomical features that have not been previously described in Latimeria were sought in histological section series, tissue-stained microCT scans, MRI scans, and synchrotron scan series. The spiracular organ, ultimobranchial endocrine gland, and m. cucullaris were identified in the expected locations. In addition, a muscle arising on the medial side of the pectoral girdle is identified and compared with a muscle in a similar location that attaches to the cranial rib in lungfish; these are proposed as homologues of the tetrapod m. omohyoideus. These findings are placed in evolutionary context by comparison with selected other groups of fish, lungfish and tetrapods. The position of Latimeria as a key taxon in the fish-to-tetrapod transition is emphasised by these findings, and the findings have potential to inform research on cranial structure in extinct taxa.",
    url = "https://doi.org/10.3897/vz.72.e84274",
    doi = "10.3897/vz.72.e84274",
    openalex = "W4285490446",
    pages = "513-531",
    volume = "72",
    references = "doi101038ncomms2036, doi101038s4158601911173, doi10118614726793911, doi101186s1286201709583, doi1023071441701, doi1023072413058, doi105962bhltitle82144, doi107554elife40179, openalexw563680134, openalexw628087051"
}

La découverte en 1938 d'un coelacanthe vivant, Latimeria chalumnae, a déclenché de nombreuses recherches et discussions sur l'histoire évolutive et la phylogénie de ces poissons sarcoptérygiens particuliers. En effet, les coelacanthes étaient considérés comme le « maillon manquant » entre les poissons et les tétrapodes, une position phylogénétique qui est maintenant rejetée. Depuis les premières analyses utilisant une approche phylogénétique, menées il y a trois décennies, une matrice de données relativement similaire a été utilisée de manière cohérente par les chercheurs pour effectuer des analyses, sans changements significatifs autres que l'ajout de nouveaux taxons et caractères, et des corrections mineures aux définitions des états et aux scores. Ici, nous investiguons la phylogénie des Actinistia avec une matrice de données mise à jour basée sur une liste de caractères partiellement nouveaux ou modifiés. À partir de la liste initiale de caractères disponible dans les études les plus récentes, nous avons supprimé 16 caractères, modifié la définition de 16 autres caractères et ajouté 18 nouveaux caractères, aboutissant à une liste de 112 caractères. Nous avons également révisé la matrice de données en corrigeant 171 erreurs de codage trouvées pour 37 taxons. Sur la base de la nouvelle phylogénie, nous proposons une nouvelle classification des coelacanthes incluant 46 genres de coelacanthes, dont une partie est allouée dans neuf familles et quatre sous-familles. La plupart de ces groupes étaient déjà nommés mais n'étaient pas reconnus comme des clades, ou mal ou pas du tout diagnostiqués dans les analyses phylogénétiques précédentes. Nous fournissons plusieurs nouveaux ou amendés diagnostics pour chaque clade. Pour la première fois, un ensemble de genres de coelacanthes paléozoïques sont regroupés dans un clade, à savoir les Diplocercidae. Tous les coelacanthes mésozoïques, y compris le Latimeria actuel, sont résolus comme membres de l'ordre des Coelacanthiformes, un clade apparu au Permien, avec le Coelacanthus divergeant en premier. Nous avons également trouvé que la plupart des coelacanthes mésozoïques sont regroupés dans un clade, les Latimerioidei, lui-même divisé en Latimeriidae et Mawsoniidae, chacun étant divisé en deux sous-familles. Bien que ces changements importants, la nouvelle phylogénie des Actinistia ne montre aucune altération significative, et elle reste relativement similaire par rapport aux études précédentes. Cela démontre que la phylogénie du coelacanthe est maintenant plutôt stable malgré le faible soutien pour la plupart des nœuds dans la phylogénie, et malgré la difficulté de définir des caractères morphologiques pertinents à scorer dans cette lignée qui évolue relativement lentement.

@article{doi101371journalpone0320214,
    author = "Ferrante, Christophe et Cavin, Lionel",
    title = "Une plongée approfondie dans la phylogénie du coelacanthe",
    year = "2025",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "La découverte en 1938 d'un coelacanthe vivant, Latimeria chalumnae, a déclenché de nombreuses recherches et discussions sur l'histoire évolutive et la phylogénie de ces poissons sarcoptérygiens particuliers. En effet, les coelacanthes étaient considérés comme le « maillon manquant » entre les poissons et les tétrapodes, une position phylogénétique qui est maintenant rejetée. Depuis les premières analyses utilisant une approche phylogénétique, menées il y a trois décennies, une matrice de données relativement similaire a été utilisée de manière cohérente par les chercheurs pour effectuer des analyses, sans changements significatifs autres que l'ajout de nouveaux taxons et caractères, et des corrections mineures aux définitions des états et aux scores. Ici, nous investiguons la phylogénie des Actinistia avec une matrice de données mise à jour basée sur une liste de caractères partiellement nouveaux ou modifiés. À partir de la liste initiale de caractères disponible dans les études les plus récentes, nous avons supprimé 16 caractères, modifié la définition de 16 autres caractères et ajouté 18 nouveaux caractères, aboutissant à une liste de 112 caractères. Nous avons également révisé la matrice de données en corrigeant 171 erreurs de codage trouvées pour 37 taxons. Sur la base de la nouvelle phylogénie, nous proposons une nouvelle classification des coelacanthes incluant 46 genres de coelacanthes, dont une partie est allouée dans neuf familles et quatre sous-familles. La plupart de ces groupes étaient déjà nommés mais n'étaient pas reconnus comme des clades, ou mal ou pas du tout diagnostiqués dans les analyses phylogénétiques précédentes. Nous fournissons plusieurs nouveaux ou amendés diagnostics pour chaque clade. Pour la première fois, un ensemble de genres de coelacanthes paléozoïques sont regroupés dans un clade, à savoir les Diplocercidae. Tous les coelacanthes mésozoïques, y compris le Latimeria actuel, sont résolus comme membres de l'ordre des Coelacanthiformes, un clade apparu au Permien, avec le Coelacanthus divergeant en premier. Nous avons également trouvé que la plupart des coelacanthes mésozoïques sont regroupés dans un clade, les Latimerioidei, lui-même divisé en Latimeriidae et Mawsoniidae, chacun étant divisé en deux sous-familles. Bien que ces changements importants, la nouvelle phylogénie des Actinistia ne montre aucune altération significative, et elle reste relativement similaire par rapport aux études précédentes. Cela démontre que la phylogénie du coelacanthe est maintenant plutôt stable malgré le faible soutien pour la plupart des nœuds dans la phylogénie, et malgré la difficulté de définir des caractères morphologiques pertinents à scorer dans cette lignée qui évolue relativement lentement.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0320214",
    doi = "10.1371/journal.pone.0320214",
    openalex = "W4411086515",
    references = "doi101038s41467024512384, doi101111joa13428"
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Introduction Les découvertes de populations de coelacanthes au large de la côte est-africaine et dans l'Indo-Pacifique justifient une analyse de leurs distributions potentielles, mais les outils nécessaires pour modéliser et projeter leurs distributions en trois dimensions font défaut. Méthodes En utilisant des enregistrements d'occurrence pour le coelacanthe de l'océan Indien occidental, Latimeria chalumnae, nous avons produit des modèles de niche écologique à entropie maximale en 3D et en 2D et les avons projetés dans l'habitat du coelacanthe indonésien, Latimeria menadoensis. Nous avons évalué le succès de chaque modèle selon sa capacité à prédire les présences de L. menadoensis enregistrées lors d'observations en sous-marin. Résultats Bien que le modèle 2D ait omis 33 % des occurrences au seuil le plus tolérant, le modèle 3D a réussi à prédire toutes les occurrences, quel que soit le niveau de seuil. Discussion L'intégration de la profondeur entraîne une précision améliorée du modèle lors de la prédiction de l'habitat du coelacanthe, et la projection en trois dimensions peut nous fournir des informations sur les zones à cibler pour les futurs échantillonnages. Ce cadre de modélisation 3D peut nous aider à mieux comprendre comment les espèces marines sont distribuées selon la profondeur et permettre une gestion de la conservation plus ciblée.

@article{doi103389fmars20251521474,
    author = "Sheahan, Emmaline R. et Owens, Hannah L. et Guralnick, Robert et Naylor, Gavin J. P.",
    title = "Les modèles de niche écologique 3D surpassent les modèles 2D pour prédire l'habitat du coelacanthe (Latimeria spp.)",
    year = "2025",
    journal = "Frontiers in Marine Science",
    abstract = "Introduction Les découvertes de populations de coelacanthes au large de la côte est-africaine et dans l'Indo-Pacifique justifient une analyse de leurs distributions potentielles, mais les outils nécessaires pour modéliser et projeter leurs distributions en trois dimensions font défaut. Méthodes En utilisant des enregistrements d'occurrence pour le coelacanthe de l'océan Indien occidental, Latimeria chalumnae, nous avons produit des modèles de niche écologique à entropie maximale en 3D et en 2D et les avons projetés dans l'habitat du coelacanthe indonésien, Latimeria menadoensis. Nous avons évalué le succès de chaque modèle selon sa capacité à prédire les présences de L. menadoensis enregistrées lors d'observations en sous-marin. Résultats Bien que le modèle 2D ait omis 33 % des occurrences au seuil le plus tolérant, le modèle 3D a réussi à prédire toutes les occurrences, quel que soit le niveau de seuil. Discussion L'intégration de la profondeur entraîne une précision améliorée du modèle lors de la prédiction de l'habitat du coelacanthe, et la projection en trois dimensions peut nous fournir des informations sur les zones à cibler pour les futurs échantillonnages. Ce cadre de modélisation 3D peut nous aider à mieux comprendre comment les espèces marines sont distribuées selon la profondeur et permettre une gestion de la conservation plus ciblée.",
    url = "https://doi.org/10.3389/fmars.2025.1521474",
    doi = "10.3389/fmars.2025.1521474",
    openalex = "W4408209087",
    references = "doi101038s41467024512384"
}