Structure de la communauté

@article{blackwell1949community,
    author = "Blackwell, Gordon W.",
    title = "Structure communautaire et organisation communautaire",
    year = "1949",
    journal = "Journal of Educational Sociology",
    url = "https://doi.org/10.2307/2264636",
    doi = "10.2307/2264636",
    number = "3",
    openalex = "W2795904317",
    pages = "176",
    volume = "23"
}

@article{fuchs1956competitive,
    author = "Fuchs, Victor R.",
    title = "Structure concurrentielle et concurrence inter-industrielle",
    year = "1956",
    journal = "Political Science Quarterly",
    url = "https://doi.org/10.2307/2145000",
    doi = "10.2307/2145000",
    number = "1",
    openalex = "W2318951970",
    pages = "90-96",
    volume = "71"
}

@incollection{crossref1957v,
    title = "V. Structure concurrentielle et concurrence inter-industrielle",
    year = "1957",
    booktitle = "The Economics of the Fur Industry",
    url = "https://doi.org/10.7312/fuch93396-007",
    doi = "10.7312/fuch93396-007",
    openalex = "W4234051825",
    pages = "99-111"
}

En résumé, nos conclusions générales sont les suivantes : (1) Les populations de producteurs, de carnivores et de décomposeurs sont limitées par leurs ressources respectives selon un mode classique dépendant de la densité. (2) La compétition interspécifique doit nécessairement exister entre les membres de chacun de ces trois niveaux trophiques. (3) Les herbivores sont rarement limités par la nourriture, semblent le plus souvent limités par les prédateurs, et ne sont donc pas susceptibles de concourir pour des ressources communes.

@article{doi101086282146,
    author = "Hairston, Nelson G. et Smith, Frederick E. et Slobodkin, Lawrence B.",
    title = "Structure des communautés, contrôle des populations et compétition",
    year = "1960",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "En résumé, nos conclusions générales sont les suivantes : (1) Les populations de producteurs, de carnivores et de décomposeurs sont limitées par leurs ressources respectives selon un mode classique dépendant de la densité. (2) La compétition interspécifique doit nécessairement exister entre les membres de chacun de ces trois niveaux trophiques. (3) Les herbivores sont rarement limités par la nourriture, semblent le plus souvent limités par les prédateurs, et ne sont donc pas susceptibles de concourir pour des ressources communes.",
    url = "https://doi.org/10.1086/282146",
    doi = "10.1086/282146",
    openalex = "W2004827430",
    references = "beauchamp1932competitive, doi101101sqb195702201017, doi101101sqb195702201021, doi101111j155856461957tb02883x, doi101111j174966321948tb39854x, doi1023071395, doi1023071485, doi1023071931600, doi1023071943584, doi1023072240"
}

@article{debach1966the3,
    author = "DeBach, P",
    title = "Les principes de déplacement compétitif et de coexistence",
    year = "1966",
    journal = "Annual Review of Entomology, v. 11, p. 183-212",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {DeBach, P., 1966, The competitive displacement and coexistance principles: Annual Review of Entomology, v. 11, p. 183-212.}"
}

Le gastéropode herbivore Tegula funebralis n'est pas hautement classé dans une hiérarchie de préférence alimentaire de son principal prédateur, l'étoile de mer Pisaster ochraceus, et présente un chevauchement large persistant avec elle dans la zone intertidale rocheuse à Mukkaw Bay, Washington. Les observations sur Tegula sur une période de 5—ans indiquent qu'il s'installe haut dans la zone intertidale, y vit pendant 5—6 ans, puis tend à migrer plus bas pour entrer en contact avec Pisaster. Tegula dépose une ligne de croissance annuelle lui permettant d'être daté et une courbe de croissance construite. L'analyse de la croissance relative et de la reproduction indique qu'au-delà d'une certaine taille (16 mm), les grands individus se comportent moins bien dans la partie supérieure que ceux dans la zone intertidale inférieure. Pisaster consomme 25—28 % des adultes Tegula par an dans la zone de chevauchement spatial, basé sur l'analyse de la structure par âge de Tegula âgés de 6—17 ans, et par des estimations directes du pourcentage de la biomasse consommée annuellement. La relation entre Pisaster et le ratio sexuel, la limitation énergétique relative et la production reproductive (fitness) de Tegula est discutée pour trois sous-populations. Il est suggéré que les résultats implicites de l'interaction sont typiques de celle entre un prédateur majeur et l'une de ses proies moins préférées. La zonation prononcée exhibée par les proies préférées, l'intimité observée de l'association entre le prédateur et les proies moins préférées, et l'homogénéité zoogéographique de la communauté de la côte rocheuse du Pacifique sont discutées en relation avec trois processus écologiques imbriqués.

@article{doi1023071936888,
    author = "Paine, Robert T.",
    title = "The Pisaster‐Tegula Interaction: Prey Patches, Predator Food Preference, and Intertidal Community Structure",
    year = "1969",
    journal = "Ecology",
    abstract = "The herbivorous gastropod Tegula funebralis is not highly ranked in a food preference hierarchy of its major predator, the starfish Pisaster ochraceus, and exhibits a persistent broad overlap with it in the rocky intertidal zone at Mukkaw Bay, Washington. Observations on Tegula over a 5—yr period indicate that it settles high intertidally, lives there for 5—6 yr, and then tends to migrate lower into contact with Pisaster. Tegula lays down an annual growth line permitting it to be aged and a growth curve constructed. Analysis of relative growth and reproduction indicates that beyond a certain size (16 mm) large individuals perform less well in the upper than those in the lower intertidal zone. Pisaster consumes 25—28\% of the adult Tegula per year in the area of spatial overlap, based on analysis of the age structure of 6—17 yr old Tegula, and by direct estimates of the percentage of the standing crop consumed annually. The relationship between Pisaster and sex ratio, relative energy limitation and reproductive output (fitness) of Tegula is discussed for three subpopulations. It is suggested that the implied results of the interaction is typical of that between a major predator and one of its less preferred prey. The prominent zonation exhibited by preferred prey, the observed intimacy of association of predator and less preferred prey, and the zoogeographic homogeneity of the Pacific rocky coastline community are discussed in relation to three intermeshing ecological processes.",
    url = "https://doi.org/10.2307/1936888",
    doi = "10.2307/1936888",
    openalex = "W2029732055",
    references = "doi101071zo9540001, doi101086282400, doi101086282586, doi101126science150369228, doi1023071439791, doi1023071539653, doi1023071932529, doi1023071935526, doi105479si03629236931, openalexw331418603"
}

La compréhension de la structure communautaire devrait reposer sur des preuves que la croissance et la régulation des populations composantes de la communauté sont affectées de manière prévisible par les perturbations physiques naturelles et par les interactions avec d'autres espèces dans la communauté. Cette étude présente une évaluation expérimentale des effets de telles perturbations et des interactions compétitives sur les populations d'organismes sessiles dans la communauté intertidale rocheuse, pour laquelle l'espace peut être démontré comme étant la ressource limitante la plus importante. Cette recherche a été menée à huit stations sur la côte de Washington qui ont été classées selon un gradient d'exposition/dessiccation et soumises à une manipulation et une observation comparables. Des variables physiques telles que l'exposition aux vagues, le battage par des troncs dérivants et la dessiccation ont des effets importants sur la distribution et l'abondance de nombreuses espèces sessiles de la communauté. En particulier, l'exposition aux vagues et la dessiccation ont une influence majeure sur les modèles de distribution de toutes les algues et de l'anémone Anthopleura elegantissima. La probabilité de dommages causés par les troncs dérivants est très élevée dans les zones où les troncs se sont accumulés le long de l'intertidal. Les dommages causés par les troncs et l'exposition aux vagues ont des effets complémentaires dans la fourniture d'espace libre dans un lit de moules, car le choc des vagues agrandit une tache créée par les dommages causés par les troncs en arrachant les moules du substratum à la périphérie de la tache nue. La compétition pour l'espace primaire entraîne des hiérarchies de dominance claires, dans lesquelles les balanes sont dominantes sur les algues. Parmi les balanes, Balanus cariosus est dominant à la fois sur B. glandula et Chthamalus dalli ; B. glandula est dominant sur C. dalli. La moule Mytilus californianus nécessite un espace secondaire (certaines algues, balanes ou fils byssaux) pour la fixation larvaire, mais est capable de croître sur toutes les autres espèces sessiles et est potentiellement le dominant compétitif de l'espace dans la communauté.

@article{dayton1971competition,
    author = "Dayton, Paul K.",
    title = "Competition, Disturbance, and Community Organization: The Provision and Subsequent Utilization of Space in a Rocky Intertidal Community",
    year = "1971",
    journal = "Ecological Monographs",
    abstract = "An understanding of community structure should be based on evidence that the growth and regulation of the component populations in the community are affected in a predictable manner by natural physical disturbances and by interactions with other species in the community. This study presents an experimental evaluation of the effects of such disturbances and competitive interactions on populations of sessile organisms in the rocky intertidal community, for which space can be demonstrated to be the most important limiting resource. This research was carried out at eight stations on the Washington coastline which have been ranked according to an exposure/desiccation gradient and subjected to comparable manipulation and observation. Physical variables such as wave exposure, battering by drift logs, and desiccation have important effects on the distribution and abundance of many of the sessile species in the community. In particular, wave exposure and desiccation have a major influence on the distribution patterns of all the algae and of the anemone Anthopleura elegantissima. The probability of damage from drift logs is very high in areas where logs have accumulated along the intertidal. Log damage and wave exposure have complementary effects in the provision of free space in a mussel bed, as wave shock enlarges a patch created by log damage by wrenching the mussels from the substratum at the periphery of the bare patch. Competition for primary space results in clear dominance hierarchies, in which barnacles are dominant over algae. Among the barnacles, Balanus cariosus is dominant over both B. glandula and Chthamalus dalli; B. glandula is dominant over C. dalli. The mussel Mytilus californianus requires secondary space (certain algae, barnacles, or byssal threads) for larval settlement, but is capable of growing over all other sessile species and potentially is the competitive dominant of space in the community.",
    url = "https://doi.org/10.2307/1948498",
    doi = "10.2307/1948498",
    number = "4",
    openalex = "W1974072473",
    pages = "351-389",
    volume = "41",
    references = "connell1961effects, doi101086282400, doi101086282455, doi101126science1473655250, doi1023071931746, doi1023071933500, doi1023071936888, doi1023071942327, doi1023073498751, doi102307jctvx5wbbh"
}

@misc{dayton1971competition2,
    author = "Dayton, P. K",
    title = "Competition, disturbance and community organization",
    year = "1971",
    howpublished = "the provision and subsequent utilization of space in a rocky intertidal community: Ecological Monographs, v. 41, p. 351-389",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Dayton, P. K., 1971, Competition, disturbance and community organization: the provision and subsequent utilization of space in a rocky intertidal community: Ecological Monographs, v. 41, p. 351-389.}"
}

@book{cody1973competition1,
    author = "Cody, M. L",
    title = "Competition and Community Structure",
    year = "1973",
    publisher = "Princeton, New Jersey, Princeton University Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Cody, M. L., 1973, Competition and Community Structure: Princeton, New Jersey, Princeton University Press.}"
}

Nous suggérons que les hypothèses de la « prédation » et de la « compétition » concernant l'organisation des communautés et la diversité spécifique sont complémentaires. Le maintien d'une haute diversité par la compétition semble relativement plus important aux niveaux trophiques supérieurs, tandis que le maintien d'une haute diversité par la prédation semble relativement plus important aux niveaux trophiques inférieurs. De plus, la prédation est probablement l'interaction organisatrice dominante dans les communautés trophiquement complexes, tandis que la compétition est probablement l'interaction organisatrice dominante dans les communautés trophiquement simples. Ces hypothèses sont soutenues à l'échelle locale par des études expérimentales dans les communautés intertidales rocheuses du New England et de la Côte Ouest. Une conséquence probable de sa plus grande hétérogénéité temporelle (c'est-à-dire un environnement moins stable, moins prévisible et plus stressant) est que la Côte Est est trophiquement plus simple et présente une incidence accrue d'exclusion compétitive. En conséquence, la diversité est plus faible sur la Côte Est par rapport à la Côte Ouest. Une interprétation similaire est possible pour les différences de diversité le long d'autres gradients d'hétérogénéité temporelle, tels que les communautés de sédiments mous de la zone côtière à la zone profonde. Dans les environnements structurellement simples, la compétition réduit la diversité par exclusion compétitive. D'un autre côté, la prédation augmente d'abord puis diminue la diversité dans les environnements spatialement simples, vraisemblablement parce que les refuges sont rares et que l'exploitation excessive d'une ressource est donc plus probable. Dans les environnements structurellement complexes, la compétition peut augmenter la diversité grâce à une spécialisation accrue des habitats. De tels environnements ont incontestablement plus de refuges et réduisent l'efficacité de recherche de nourriture des prédateurs, ce qui peut tous les deux permettre la coexistence de plus d'espèces. Les échappements des producteurs primaires des herbivores médiatisés par les prédateurs peuvent expliquer l'importance apparente de la compétition interspécifique dans certaines associations de producteurs primaires.

@article{doi101086283073,
    author = "Menge, Bruce A. and Sutherland, John P.",
    title = "Species Diversity Gradients: Synthesis of the Roles of Predation, Competition, and Temporal Heterogeneity",
    year = "1976",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = {We suggest that the "predation" and "competition" hypotheses of community organization and species diversity are complementary. Maintenance of high diversity by competition appears to be relatively more important at higher trophic levels, while maintenance of high diversity by predation seems relatively more important at lower trophic levels. Further, predation is probably the dominant organizing interaction in trophically complex communities, while competition is probably the dominant organizing interaction in trophically simple communities. These hypotheses are supported on a local scale by experimental studies in the rocky intertidal communities of New England and the West Coast. A probable consequence of its greater temporal heterogeneity (i.e., a less stable, less predictable, and more stressful environment) is that the East Coast is trophically more simple and has an increased incidence of competitive exclusion. As a result, diversity is lower on the East Coast compared with the West Coast. A similar interpretation is possible for differences in diversity along other gradients of temporal heterogeneity such as the shallow to deep-sea soft-sediment communities. In structurally simple environments, competition reduces diversity through competitive exclusion. On the other hand, predation first increases and then decreases diversity in spatially simple environments, presumably because refuges are few and hence overexploitation of a resource is more probable. In structurally complex environments, competition may increase diversity through increased habitat specialization. Such environments undoubtedly have more refuges and reduce predator foraging efficiency, both of which may allow the coexistence of more species. Predator-mediated escapes by primary producers from herbivores may explain the apparent importance of interspecific competition in certain primary producer associations.},
    url = "https://doi.org/10.1086/283073",
    doi = "10.1086/283073",
    openalex = "W2052231134",
    references = "connell1961effects, doi101086282272, doi101086282379, doi1023071942321, doi1023071942327, doi1023071950746"
}

Les influences de la prédation, de la compétition, des perturbations biologiques, de l'exposition aux vagues, ainsi que de l'inclinaison et de l'hétérogénéité du substratum sur la structure de la communauté intertidale rocheuse du New England ont été étudiées par une combinaison d'expériences et d'observations à six sites dans le Maine et le Massachusetts entre 1972 et 1975. Plusieurs aspects de la structure de la communauté (utilisation saisonnière de l'espace primaire et de l'espace de la canopée, abondances relatives des prédateurs, structure trophique, richesse spécifique) ont été déterminés à cinq sites couvrant un gradient d'exposition aux vagues. L'espace primaire dans les zones exposées était dominé par le balane Balanus balanoides (haute intertidale) et la moule Mytilus edulis (moyenne intertidale). Les algues fucacées et les carnivores et herbivores mobiles étaient rares et le nombre d'espèces était faible dans ces zones. La disponibilité de l'espace primaire libre est généralement <10% dans les zones exposées, sauf en fin d'hiver et au début du printemps lorsque de grandes surfaces de substratum sont nettoyées des animaux par les tempêtes, et jusqu'à 90% de l'espace primaire peut être libre d'espèces sessiles. La seule similitude évidente dans la structure de la communauté entre les zones exposées et protégées est la domination habituelle de la haute intertidale par B. balanoides. La moyenne intertidale des zones protégées est généralement caractérisée par une proportion relativement importante d'espace primaire libre (40%-90%), une canopée luxuriante d'algues fucacées (Fucus spp. ou Ascophyllum nodosum), des populations relativement denses de carnivores et d'herbivores, et une richesse spécifique relativement élevée. La proie principale du seul prédateur intertidal commun dans ces zones, l'escargot Thais lapillus, sont M. edulis et B. balanoides. La simplicité relative de ce système a permis un design expérimental relativement simple. Des cages en maille d'acier inoxydable (3 ° 10 ° 10 cm) ont été utilisées pour exclure Thais et tester la compétition pour l'espace entre B. balanoides et M. edulis ; des cages sans côtés ont testé les effets d'ombrage des cages, et les zones non perturbées ont servi de contrôles. Des expériences réplicées ont été établies à des points le long d'un gradient vertical (haute- à moyenne-intertidale) à chaque site. Pour détecter les variations dans les effets de la compétition et de la prédation dans différents microhabitats, des ensembles de cages ont été établis sur des surfaces différant par l'inclinaison du substratum, l'hétérogénéité du substratum et la canopée algale. Enfin, certaines expériences ont été conçues pour déterminer les effets possibles des perturbations biologiques dues à l'activité des herbivores. Les facteurs majeurs influençant la "structure" de la communauté dans la zone de haute intertidale semblent être largement ceux affectant l'écologie des populations de B. balanoides, c'est-à-dire la compétition intraspécifique et divers stress physiques. Ni la prédation ni la compétition interspécifique n'ont eu une influence significative sur les modèles d'utilisation de l'espace dans cette zone. Cependant, la limite de distribution inférieure de B. balanoides est apparemment déterminée dans les zones plus exposées par la compétition pour l'espace avec M. edulis et dans les zones moins exposées par la prédation de Thais. L'angle d'inclinaison dans la haute intertidale a peu d'effet sur les modèles observés d'occupation de l'espace ; cependant, l'effet de l'hétérogénéité du substratum est d'étendre la gamme de Mytilus et de Thais vers le haut. En tant que résultat apparent de telle hétérogénéité, l'interface entre la haute- et la moyenne-intertidale est un mosaïque patchy de Balanus, Mytilus et d'espace nu. La moyenne intertidale des zones exposées est structurée principalement par la compétition interspécifique. L'espace nettoyé expérimentalement ou naturellement en fin d'hiver (mars) est rapidement occupé par B. balanoides (avril-juin). Cependant, les moules se fixent en été (au moins juin-septembre) et surpassent généralement les balanes d'août à octobre sur les substrats horizontaux et inclinés. Si les moules sont exclues, les balanes persistent, ce qui soutient l'hypothèse que M. edulis surpassent B. balanoides pour l'espace. Le taux de compétition interspécifique est ralenti sur les substrats verticaux, et B. balanoides peuvent monopoliser l'espace sur ces substrats pendant jusqu'à 2 ans avant que M. edulis ne les surpassent. Les prédateurs n'ont aucun effet sur l'utilisation de l'espace dans les zones exposées. Cependant, l'utilisation de l'espace primaire sur tous les substrats dans la moyenne intertidale des zones protégées est déterminée largement par les prédateurs. Mes expériences indiquent que seulement lorsque Thais sont exclus la compétition interspécifique se produit entre les balanes et les moules. Sinon, la prédation empêche généralement soit l'espèce de monopoliser l'espace primaire. La perturbation due au fouet des algues fucacées inhibe la fixation de B. balanoides mais ne modifie pas l'issue finale des expériences. La perturbation par les herbivores peut également inhiber la fixation des balanes mais cet effet a été détecté seulement à des densités d'herbivores artificiellement élevées. Si B. balanoides sont retirés avant que M. edulis ne se fixent, ces derniers échouent à monopoliser l'espace sur le rocher relativement plat et nu, indiquant que la dominance spatiale des moules dépend au moins en partie soit de la présence d'un concurrent soit de l'irrégularité du substratum ou des deux. Les résultats des expériences où la compétition à trois voies entre balanes, moules et Fucus spp. s'est produite ont indiqué que la survie de ces derniers est inhibée par les moules et renforcée par les balanes. La rareté des algues fucacées dans les zones exposées peut être le résultat de la compétition avec les moules. Puisque beaucoup des espèces présentes dans les zones relativement protégées dépendent directement ou indirectement de l'espace primaire libre, les variations observées de la richesse spécifique locale sont apparemment en partie une fonction de l'activité de Thais. Bien que ce système soit structuralement très simple et se produise dans un environnement physique relativement rude, son organisation est caractérisée par des interactions fortes qui ont une influence puissante sur les modèles structuraux observés. Un problème clé dans le développement d'une théorie générale de l'organisation de la communauté est la compréhension du mécanisme(s) derrière les variations dans l'efficacité des prédateurs le long des gradients de rigueur environnementale.

@article{doi1023071942563,
    author = "Menge, Bruce A.",
    title = "Organization of the New England Rocky Intertidal Community: Role of Predation, Competition, and Environmental Heterogeneity",
    year = "1976",
    journal = "Ecological Monographs",
    abstract = {The influences of predation, competition, biological disturbance, exposure to wave action, and inclination and heterogeneity of the substratum on the structure of the rocky intertidal community of New England were studied with a combination of experiments and observations at six areas in Maine and Massachusetts from 1972—1975. Several aspects of community structure (seasonal utilization of primary and canopy space, relative abundances of predators, trophic structure, species richness) were determined at five areas spanning a wave exposure gradient. Primary space at exposed areas was dominated by the barnacle Balanus balanoides (high intertidal) and the mussel Mytilus edulis (mid—intertidal). Fucoid algae and mobile carnivores and herbivores were scarce and species numbers were low at these areas. The availability of free primary space is usually <10\% at exposed areas, except in late winter and early spring when large areas of substratum are cleared of animals by storms, and up to 90\% of the primary space may be free of sessile species. The only obvious similarity in community structure at exposed and protected areas is the usual dominance of the high intertidal by B. balanoides. The mid—intertidal of protected areas is usually characterized by a relatively large proportion of free primary space (40\%—90\%), a luxuriant fucoid canopy (Fucus spp. or Ascophyllum nodosum), relatively dense populations of carnivores and herbivores, and relatively high species richness. The primary prey of the only common intertidal predator at these areas, the snail Thais lapillus, are M. edulis and B. balanoides. The relative simplicity of this system permitted a relatively simple experimental design. Stainless steel mesh cages (3 ° 10 ° 10 cm) were used to exclude Thais and test for competition for space between B. balanoides and M. edulis; sideless cages tested for shading effects of cages, and undisturbed areas served as controls. Replicated experiments were established at points along a vertical gradient (high— to mid—intertidal) at each area. To detect variations in the effects of competition and predation in different microhabitats, cage sets were established on surfaces differing in substratum inclination, substratum heterogeneity, and algal canopy. Finally, some experiments were designed to determine possible effects of biological disturbance from herbivore activity. The major factors influencing community "structure" within the high intertidal zone are apparently largely those factors affecting the population ecology of B. balanoides, i.e., intraspecific competition, and various physical stresses. Neither predation nor interspecific competition had a significant influence on patterns of space utilization within this zone. However, the lower distributional limit of B. balanoides is evidently determined at the more exposed areas by competition for space with M. edulis and at less exposed areas by predation by Thais. The angle of inclination in the high intertidal has little effect on observed patterns of space occupancy; however, the effect of substratum heterogeneity is to extend the range of Mytilus and Thais upward. As an apparent result of such heterogeneity, the interface between the high— and mid—intertidal is a patchy mosaic of Balanus, Mytilus, and bare space. The mid—intertidal of exposed areas is structured primarily by interspecific competition. Space cleared experimentally or naturally in late winter (March) is rapidly occupied by B. balanoides (April—June). However, mussels settle in summer (at least June—September) and usually outcompete barnacles by August—October on horizontal and inclined substrata. If mussels are excluded, barnacles persist, which supports the hypothesis that M. edulis outcompete B. balanoides for space. The rate of interspecific competition is slowed on vertical substrata, and B. balanoides may monopolize space on these substrata for up to 2 yr before M. edulis outcompete them. Predators have no effect on space utilization at exposed areas. However, primary space utilization on all substrata in the mid—intertidal at protected areas is determined largely by predators. My experiments indicate that only when Thais are excluded does interspecific competition occur between barnacles and mussels. Otherwise, predation usually prevents either species from monopolizing primary space. Disturbance from fucoid whiplash inhibits B. balanoides settlement but does not alter the eventual outcome of the experiments. Herbivore disturbance may also inhibit barnacle settlement but this effect was detected only at artificially high herbivore densities. If B. balanoides are removed before M. edulis settle, the latter fail to monopolize space on relatively flat, bare rock, indicating space dominance by mussels is at least partly dependent on either the presence of a competitor or substratum irregularity or both. The results of experiments where three—way competition between barnacles, mussels, and Fucus spp. occurred indicated the survival of the latter is inhibited by mussels and enhanced by barnacles. The scarcity of fucoids at exposed areas may be a result of competition with mussels. Since many of the species present at relatively protected areas are directly or indirectly dependent on free primary space, observed variations in local species richness are evidently partly a function of the activity of Thais. Although this system is structurally very simple and occurs in a relatively harsh physical environment, its organization is characterized by strong interactions which have a powerful influence on observed structural patterns. A key problem in the development of a general theory of community organization is understanding the mechanism(s) behind variations in the effectiveness of predators along gradients of environmental rigor.},
    url = "https://doi.org/10.2307/1942563",
    doi = "10.2307/1942563",
    openalex = "W2122296071",
    references = "doi1023071942321"
}

RÉSUMÉ Selon l'hypothèse de Gause, une conséquence du processus d'évolution par sélection naturelle est que dans une communauté à l'équilibre, chaque espèce doit occuper un niché différent. De nombreux botanistes ont trouvé cette idée improbable car ils ont ignoré les processus de régénération dans les communautés végétales. La plupart des communautés végétales sont plus longévives que les plantes individuelles qui les constituent. Lorsqu'un individu meurt, il peut ou non être remplacé par un individu de la même espèce. C'est cette étape de remplacement qui est primordiale pour l'argumentation présentée. Plusieurs mécanismes ne impliquant pas la régénération contribuent également au maintien de la richesse spécifique : différences de forme de vie couplées à l'incapacité des plantes plus grandes d'épuiser ou de couper toutes les ressources, le développement de relations de dépendance, différences de phénologie couplées à la tolérance de la suppression, fluctuations de l'environnement couplées à des différences relativement faibles en capacité compétitive entre de nombreuses espèces, la capacité de certaines paires d'espèces à former des mélanges stables en raison d'un équilibre entre la compétition intraspécifique et la compétition interspécifique, la production de substances plus toxiques pour l'espèce productrice que pour les autres espèces, différences dans les minéraux nutritifs limitants primaires ou les tailles de pores dans le sol pour les plantes voisines de différentes espèces, et différences dans les capacités compétitives des espèces dépendant de leur âge physiologique couplées à la structure d'âge inégale de nombreuses populations. Les mécanismes listés ci-dessus n'expliquent pas loin la persistance indéfinie en mélange de nombreuses espèces dans les communautés les plus riches en espèces connues. En revanche, il semble qu'il existe presque des possibilités illimitées de différences entre les espèces dans leurs besoins en régénération, c'est-à-dire le remplacement des plantes individuelles d'une génération par celles de la suivante. Cette idée est illustrée pour les espèces d'arbres et il est souligné que les forestiers ont été les premiers, de loin, à apprécier son importance. Les processus impliqués dans l'invasion réussie d'un trou par une espèce végétale donnée et certains caractères du trou qui peuvent être importants sont résumés dans le Tableau 2. La définition du niché d'une plante nécessite la reconnaissance de quatre composantes : le niché d'habitat, le niché de forme de vie, le niché phénologique et le niché de régénération. Un bref compte rendu est donné des schémas de régénération dans différents types de communautés végétales pour fournir un contexte aux études de différenciation dans le niché de régénération. Toutes les étapes du cycle de régénération sont potentiellement importantes et des exemples de différenciation entre espèces sont donnés pour chacune des étapes suivantes : Production de graines viables (incluant les sous-étapes de floraison, de pollinisation et de mise en graine), dispersion, dans l'espace et le temps, germination, établissement, et développement ultérieur de la plante immature. Dans la discussion conclusive, l'accent est mis sur les thèmes suivants : les types de travaux nécessaires à l'avenir pour prouver ou infirmer que la différenciation dans le niché de régénération est l'explication majeure du maintien de la richesse spécifique dans les communautés végétales, la relation de la présente thèse aux idées publiées sur l'origine de l'étalement phénologique, la pertinence de la présente thèse à la discussion sur la présence de continus dans la végétation, la coïncidence de la présente thèse et des idées émergentes des évolutionnistes sur la différenciation des taxons d'angiospermes, et l'importance des études de régénération pour la conservation.

@article{doi101111j1469185x1977tb01347x,
    author = "Grubb, P. J.",
    title = "THE MAINTENANCE OF SPECIES‐RICHNESS IN PLANT COMMUNITIES: THE IMPORTANCE OF THE REGENERATION NICHE",
    year = "1977",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society",
    abstract = "SUMMARY Selon l'hypothèse de 'Gause', une conséquence du processus d'évolution par sélection naturelle est que dans une communauté à l'équilibre, chaque espèce doit occuper une niche différente. De nombreux botanistes ont trouvé cette idée improbable car ils ont ignoré les processus de régénération dans les communautés végétales. La plupart des communautés végétales sont plus longévives que les plantes individuelles qui les constituent. Lorsqu'un individu meurt, il peut être ou non remplacé par un individu de la même espèce. C'est cette étape de remplacement qui est primordiale pour l'argumentation présentée. Plusieurs mécanismes ne impliquant pas la régénération contribuent également au maintien de la richesse spécifique : les différences de forme de vie couplées à l'incapacité des plantes plus grandes d'épuiser ou de couper toutes les ressources, le développement de relations de dépendance, les différences de phénologie couplées à la tolérance de la suppression, les fluctuations de l'environnement couplées à des différences relativement faibles en matière de capacité compétitive entre de nombreuses espèces, la capacité de certaines paires d'espèces à former des mélanges stables en raison d'un équilibre entre la compétition intraspécifique et la compétition interspécifique, la production de substances plus toxiques pour l'espèce productrice que pour les autres espèces, les différences dans les minéraux nutritifs limitants primaires ou les tailles de pores dans le sol pour les plantes voisines de différentes espèces, et les différences dans les capacités compétitives des espèces dépendant de leur âge physiologique couplées à la structure d'âge inégale de nombreuses populations. Les mécanismes listés ci-dessus n'expliquent pas suffisamment la persistance indéfinie en mélange de nombreuses espèces dans les communautés les plus riches en espèces connues. En revanche, il semble qu'il existe presque des possibilités illimitées de différences entre les espèces dans leurs besoins en matière de régénération, c'est-à-dire le remplacement des plantes individuelles d'une génération par celles de la suivante. Cette idée est illustrée pour les espèces d'arbres et il est souligné que les forestiers ont été les premiers, de loin, à apprécier son importance. Les processus impliqués dans l'invasion réussie d'un trou par une espèce végétale donnée et certains caractères du trou qui peuvent être importants sont résumés dans le Tableau 2. La définition de la niche d'une plante nécessite la reconnaissance de quatre composantes : la niche d'habitat, la niche de forme de vie, la niche phénologique et la niche de régénération. Un bref compte rendu est donné des modèles de régénération dans différents types de communautés végétales pour fournir un contexte pour les études de différenciation dans la niche de régénération. Toutes les étapes du cycle de régénération sont potentiellement importantes et des exemples de différenciation entre espèces sont donnés pour chacune des étapes suivantes : production de graines viables (y compris les sous-étapes de floraison, de pollinisation et de fructification), dispersion, dans l'espace et le temps, germination, établissement et développement ultérieur de la plante immature. Dans la discussion conclusive, l'accent est mis sur les thèmes suivants : les types de travaux nécessaires à l'avenir pour prouver ou infirmer que la différenciation dans la niche de régénération est l'explication principale du maintien de la richesse spécifique dans les communautés végétales, la relation de la thèse actuelle aux idées publiées sur l'origine de l'étalement phénologique, la pertinence de la thèse actuelle à la discussion sur la présence de continus dans la végétation, la coïncidence de la thèse actuelle et des idées émergentes des évolutionnistes sur la différenciation des taxons d'angiospermes, et l'importance des études de régénération pour la conservation.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1469-185x.1977.tb01347.x",
    doi = "10.1111/j.1469-185x.1977.tb01347.x",
    openalex = "W2119259345",
    references = "doi101038242344a0, doi101086282070, doi101086282687, doi101093biomet3812196, doi101111j155856461969tb03489x, doi101126science1473655250, doi1015159780691206912, doi1023071218190, doi1023071929601, doi1023072256497, doi1023072258550, doi1023072989767, openalexw1532540194"
}

Les mécanismes de la succession écologique ont été étudiés par des expériences de terrain dans une communauté d'algues de l'intertidal rocheux en Californie du Sud. Le site d'étude était un champ de blocs dominé par des algues dans la zone intertidale basse. La forme majeure de perturbation naturelle qui libère de l'espace dans ce système est le renversement des blocs par l'action des vagues. Les populations d'algues recolonisent les surfaces nettoyées soit par la repousse végétative d'individus survivants, soit par le recrutement à partir de spores. Les blocs nettoyés expérimentalement et les blocs de béton sont colonisés au cours du premier mois par un tapis d'algue verte, Ulva. À l'automne et en hiver de la première année suivant le nettoyage, plusieurs espèces d'algues rouges vivaces, notamment Gelidium coulteri, Gigartina leptorhynchos, Rhodoglossum affine et Gigartina canaliculata, colonisent la surface. S'il n'y a pas de perturbation intermédiaire, Gigartina canaliculata domine progressivement la communauté, occupant 60 à 90 % de la couverture après une période de 2 à 3 ans. Si elle n'est pas perturbée, cette monoculture persiste par reproduction végétative, résistant à l'invasion par toutes les autres espèces. Au cours de la succession, la diversité augmente initialement lorsque les espèces colonisent une surface nue, mais diminue plus tard lorsqu'une seule espèce monopolise l'espace. Plusieurs théories contemporaines concernant les mécanismes de la succession écologique ont été testées. L'algue pionnière, Ulva, a été trouvée à inhiber le recrutement des algues rouges vivaces. Cette compétition pour l'espace de fixation est une caractéristique importante du processus de succession. Ulva est le meilleur compétiteur pour cet espace ; elle se reproduit tout au long de l'année et s'établit rapidement sur les substrats récemment nettoyés. Tant que ces premiers colonisateurs restent en bonne santé et indemnes, ils préemptent la colonisation par les algues rouges vivaces qui ont un recrutement très saisonnier et une croissance plus lente. Le broutage sélectif d'Ulva par le crabe, Pachygrapsus crassipes, brise cette inhibition et accélère la succession vers une communauté d'algues rouges à longue durée de vie. Le broutage par de petits mollusques, en particulier les patelles, n'a pas d'effet à long terme sur la séquence de succession. Leur broutage améliore temporairement le recrutement du balane, Chthamalus fissus, en libérant de l'espace dans le tapis de spores d'algues et de diatomées qui se développe sur les surfaces rocheuses récemment dénudées. Là où elles sont localement abondantes, les algues rouges de succession intermédiaire ralentissent également l'invasion et la croissance du dominant de succession tardive, Gigartina canaliculata. Cette algue remplace les espèces de succession intermédiaire car elle est moins susceptible aux dommages par dessiccation et à la surpousse par des épiphytes. Les résultats de cette étude ne soutiennent ni le modèle classique de facilitation ni le modèle de tolérance (compétition) de la succession écologique. Une fois que les premiers colonisateurs sécurisent l'espace et la lumière disponibles, ils résistent plutôt que de faciliter l'invasion des colonisateurs ultérieurs. Les premiers colonisateurs ne sont pas tués par la compétition d'interférence directe avec les espèces de succession tardive qui poussent à travers leur canopée ; au contraire, les premiers colonisateurs peuvent réussir à inhiber le recrutement et la croissance de ces espèces. Les séquences de succession se produisent parce que les espèces qui dominent au début d'une succession sont plus sensibles aux rigueurs de l'environnement physique et aux attaques par des ennemis naturels que les espèces de succession tardive. Les espèces tardives colonisent et atteignent la maturité lorsque les espèces précoces sont tuées et que l'espace est libéré. Seulement tard dans une séquence de succession, lorsque de grandes clairières deviennent un mosaïque de petites ouvertures, la compétition directe avec les plantes adultes environnantes des espèces de succession tardive contribue à la diminution de la couverture des espèces précoces restantes. Des études de la succession dans de nombreuses communautés terrestres et marines apportent un soutien à ce modèle d'inhibition.

@article{doi1023071942484,
    author = "Sousa, Wayne P.",
    title = "Investigations expérimentales sur la perturbation et la succession écologique dans une communauté d'algues intertidales rocheuses",
    year = "1979",
    journal = "Ecological Monographs",
    abstract = "Les mécanismes de la succession écologique ont été étudiés par des expériences de terrain dans une communauté d'algues intertidales rocheuses en Californie du Sud. Le site d'étude était un champ de blocs dominé par les algues dans la zone intertidale basse. La forme majeure de perturbation naturelle qui libère de l'espace dans ce système est le renversement des blocs par l'action des vagues. Les populations d'algues recolonisent les surfaces libérées soit par la repousse végétative d'individus survivants, soit par le recrutement à partir de spores. Les blocs expérimentalement libérés et les blocs de béton sont colonisés au cours du premier mois par un tapis d'algue verte, Ulva. À l'automne et en hiver de la première année suivant la libération, plusieurs espèces d'algues rouges vivaces, notamment Gelidium coulteri, Gigartina leptorhynchos, Rhodoglossum affine et Gigartina canaliculata, colonisent la surface. S'il n'y a pas de perturbation intermédiaire, Gigartina canaliculata domine progressivement la communauté, occupant 60—90\% de la couverture après une période de 2 à 3 ans. Si elle n'est pas perturbée, cette monoculture persiste par reproduction végétative, résistant à l'invasion par toutes les autres espèces. Au cours de la succession, la diversité augmente initialement lorsque les espèces colonisent une surface nue, mais diminue plus tard lorsqu'une seule espèce monopolise l'espace. Plusieurs théories contemporaines concernant les mécanismes de la succession écologique ont été testées. L'algue pionnière, Ulva, a été trouvée inhiber le recrutement des algues rouges vivaces. Cette compétition pour l'espace de fixation est une caractéristique importante du processus de succession. Ulva est le meilleur compétiteur pour cet espace ; elle se reproduit tout au long de l'année et s'établit rapidement sur les substrats nouvellement libérés. Tant que ces premiers colonisateurs restent sains et indemnes, ils empêchent la colonisation par les algues rouges vivaces qui ont un recrutement très saisonnier et une croissance plus lente. Le broutage sélectif d'Ulva par le crabe, Pachygrapsus crassipes, brise cette inhibition et accélère la succession vers une communauté d'algues rouges à longue durée de vie. Le broutage par de petits mollusques, en particulier les patelles, n'a pas d'effet à long terme sur la séquence de succession. Leur broutage améliore temporairement le recrutement du balane, Chthamalus fissus, en libérant de l'espace dans le tapis de spores d'algues et de diatomées qui se développe sur les surfaces rocheuses récemment dénudées. Là où elles sont localement abondantes, les algues rouges de succession intermédiaire ralentissent également l'invasion et la croissance du dominant de succession tardive, Gigartina canaliculata. Cette algue remplace les espèces de succession intermédiaire car elle est moins susceptible aux dommages par dessiccation et à la surpousse par des épiphytes. Les résultats de cette étude ne soutiennent ni le modèle classique de facilitation ni le modèle de tolérance (compétition) de la succession écologique. Une fois que les premiers colonisateurs sécurisent l'espace et la lumière disponibles, ils résistent plutôt que de faciliter l'invasion des colonisateurs ultérieurs. Les premiers colonisateurs ne sont pas tués par la compétition directe d'interférence avec les espèces de succession tardive qui poussent à travers leur canopée ; au contraire, les premiers colonisateurs peuvent réussir à inhiber le recrutement et la croissance de ces espèces. Les séquences de succession se produisent parce que les espèces qui dominent au début d'une succession sont plus sensibles aux rigueurs de l'environnement physique et aux attaques par des ennemis naturels que les espèces de succession tardive. Les espèces tardives colonisent et atteignent la maturité lorsque les espèces précoces sont tuées et que l'espace est libéré. Seulement tard dans une séquence de succession, lorsque de grandes clairières deviennent un mosaïque de petites ouvertures, la compétition directe avec les plantes adultes environnantes des espèces de succession tardive contribue à la diminution de la couverture des espèces précoces restantes. Les études de succession dans un certain nombre de communautés terrestres et marines apportent un soutien à ce modèle d'inhibition.",
    url = "https://doi.org/10.2307/1942484",
    doi = "10.2307/1942484",
    openalex = "W2081634090",
    references = "dayton1971competition, doi101007bf00275587, doi101007bf00345739, doi101073pnas7172744, doi101086283241, doi101086409052, doi101126science1643877262, doi101201b1756026, doi1023071933500, doi1023071942223, doi1023071942321, doi1023071942565, doi1023072257643, doi1023072420377"
}

@article{doi1023072259756,
    author = "Harper, John L. et Tilman, David",
    title = "Resource Competition and Community Structure.",
    year = "1983",
    journal = "Journal of Ecology",
    url = "https://doi.org/10.2307/2259756",
    doi = "10.2307/2259756",
    openalex = "W2335728124"
}

Nous définissons l'espace libre des ennemis comme des modes de vie qui réduisent ou éliminent la vulnérabilité d'une espèce à un ou plusieurs ennemis naturels. De nombreux aspects des niches des espèces, en temps écologique et évolutif, ont apparemment été façonnés par les interactions avec les ennemis naturels pour l'espace libre des ennemis. Nous examinons un grand nombre d'exemples. Pourtant, de nombreux écologistes continuent de penser et d'écrire comme si la compétition classique basée sur les ressources pour la nourriture ou l'espace était le déterminant principal des niches des espèces. Souvent, ce n'est pas le cas. La reconnaissance que la lutte pour l'espace libre des ennemis est un composant important de l'écologie de nombreuses espèces peut avoir des conséquences importantes pour les études sur la convergence des communautés, les limites à l'empilement des espèces et le ratio des espèces de prédateurs aux espèces de proies dans les communautés naturelles.

@article{doi101111j109583121984tb00145x,
    author = "Jeffries, Michael et Lawton, John H.",
    title = "Enemy free space and the structure of ecological communities",
    year = "1984",
    journal = "Biological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "Nous définissons l'espace libre des ennemis comme des modes de vie qui réduisent ou éliminent la vulnérabilité d'une espèce à un ou plusieurs ennemis naturels. De nombreux aspects des niches des espèces, en temps écologique et évolutif, ont apparemment été façonnés par les interactions avec les ennemis naturels pour l'espace libre des ennemis. Nous examinons un grand nombre d'exemples. Pourtant, de nombreux écologistes continuent de penser et d'écrire comme si la compétition classique basée sur les ressources pour la nourriture ou l'espace était le déterminant principal des niches des espèces. Souvent, ce n'est pas le cas. La reconnaissance que la lutte pour l'espace libre des ennemis est un composant important de l'écologie de nombreuses espèces peut avoir des conséquences importantes pour les études sur la convergence des communautés, les limites à l'empilement des espèces et le ratio des espèces de prédateurs aux espèces de proies dans les communautés naturelles.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1095-8312.1984.tb00145.x",
    doi = "10.1111/j.1095-8312.1984.tb00145.x",
    openalex = "W2153698084",
    references = "doi101038116461b0, doi1023071936888"
}

@article{doi1023074549,
    author = "Hassell, M. P. et Tilman, David",
    title = "Competition des ressources et structure de la communauté",
    year = "1984",
    journal = "Journal of Animal Ecology",
    url = "https://doi.org/10.2307/4549",
    doi = "10.2307/4549",
    openalex = "W3025136633"
}

La compétition interspécifique pour l'espace limite la répartition et l'abondance de nombreux insectes benthiques sur les pierres d'une rivière du Montana occidental. La larve de trichoptère sessile Leucotrichia pictipes est territoriale et élimine agressivement les congénères et d'autres espèces de ses territoires de recherche de nourriture. La territorialité produit un motif intraspécifique d'espacement régulier et d'associations spatiales négatives entre Leucotrichia et plusieurs autres insectes sessiles : Parargyractis confusalis, Rhetanytarsus sp. et Eukiefferiella sp. Les expérimentations d'élimination de Leucotrichia ont entraîné des densités plus élevées d'autres espèces sessiles et de plusieurs insectes mobiles, notamment Baetis, Glossosoma et Simulium. Ces insectes montrent un chevauchement large des microhabitats avec Leucotrichia ; la compétition avec Leucotrichia limite leurs distributions et abondances au sein d'autres microhabitats convenables. Leucotrichia est la seule espèce qui monopolise de grandes surfaces. Les perturbations physiques interrompent la formation de monopoles compétitifs par Leucotrichia. Pendant les écoulements réduits saisonniers, Leucotrichia est éliminée des pierres et des blocs dans l'eau peu profonde. Des densités plus élevées d'une espèce sessile de courte durée de vie avec plusieurs générations annuelles occupent cette ressource spatiale éphémère. Sur les pierres immergées en permanence, Leucotrichia affecte compétitivement une grande partie de la faune benthique. Sur les petites pierres qui se retournent avec des fréquences plus élevées pendant les inondations, les densités de Leucotrichia sont réduites et l'abondance des espèces est très équitable. Les substrats plus grands et plus stables avec des densités plus élevées de Leucotrichia se caractérisent par une équité des espèces plus faible.

@article{mcauliffe1984competition,
    author = "McAuliffe, Joseph R.",
    title = "Competition for Space, Disturbance, and the Structure of a Benthic Stream Community",
    year = "1984",
    journal = "Ecology",
    abstract = "Interspecific competition for space limits the distribution and abundance of many benthic insects on stones in a western Montana stream. The sessile caddisfly larva Leucotrichia pictipes is territorial and aggressively eliminates conspecifics and other species from its foraging territories. Territoriality produces an intraspecific pattern of regular spacing and negative spatial associations between Leucotrichia and several other sessile insects: Parargyractis confusalis, Rhetanytarsus sp. and Eukiefferiella sp. Experimental removals of Leucotrichia resulted in higher densities of other sessile species and several mobile insects, including Baetis, Glossosoma, and Simulium. These insects show broad microhabitat overlap with Leucotrichia; competition with Leucotrichia limits their distributions and abundances within otherwise suitable microhabitats. Leucotrichia is the only species that monopolizes large areas of space. Physical disturbances interrupt the formation of competitive monopolies by Leucotrichia. During seasonal reduced flows, Leucotrichia is eliminated from stones and boulders in shallow water. Greater densities of a short—lived sessile species with multiple annual generations occupy this ephemeral spatial resource. On permanently submerged stones, Leucotrichia competitively affects a large part of the benthic fauna. On small stones that overturn with higher frequencies during flooding, Leucotrichia densities are reduced and species' abundance are highly equitable. Larger, more stable substrates with greater densities of Leucotrichia are characterized by lower species evenness.",
    url = "https://doi.org/10.2307/1938063",
    doi = "10.2307/1938063",
    number = "3",
    openalex = "W1996922079",
    pages = "894-908",
    volume = "65",
    references = "dayton1971competition, doi101086282505, doi101086283366, doi101111j1469185x1977tb01347x, doi1015159780691206912, doi1023071268795, doi1023073808399, openalexw1500291103, openalexw1979335362, openalexw2077454220"
}

Des études de terrain montrent que la structure de la population du barnacle Balanus glandula diffère entre les sites à haut et à faible taux de fixation larvaire. Ces observations, combinées aux résultats d'un modèle pour la démographie d'une population ouverte et limitée en espace, suggèrent que le taux de fixation peut être un déterminant plus important de la structure des communautés intertidales rocheuses que ce qui est actuellement réalisé. Les sites à faible taux de fixation larvaire présentent une abondance généralement faible de barnacles qui varie légèrement au cours des années et considérablement d'une année à l'autre, reflétant les différences annuelles de fixation. Les sites à haut taux de fixation présentent une abondance généralement élevée de barnacles. Cependant, l'abondance varie considérablement au cours des années avec un composant oscillatoire significatif (période, 30 semaines) et seulement légèrement d'une année à l'autre, indépendamment des différences annuelles de fixation. Au site à faible fixation, la mortalité des barnacles est indépendante de la surface occupée par les barnacles. Au site à haute fixation, la mortalité dépend de la couverture en raison d'une prédation accrue par les étoiles de mer sur les zones à forte couverture de barnacles. Dans les deux sites, le composant indépendant de la couverture de la mortalité ne varie pas avec l'âge au cours des 60 premières semaines. Comme supposé dans le modèle démographique, la cinétique de la fixation larvaire peut être décrite comme un processus dans lequel le taux de fixation vers un quadrat est proportionnel à la fraction d'espace vacant à l'intérieur du quadrat. Les généralisations selon lesquelles la plus grande diversité spécifique dans une communauté intertidale rocheuse est trouvée à des sites de perturbation intermédiaire, et que la compétition cause une zonation entre les espèces des genres de barnacles Balanus et Chthamalus, semblent s'appliquer uniquement aux sites à haut taux de fixation.

@article{doi101073pnas82113707,
    author = "Gaines, Steven D. et Roughgarden, Joan",
    title = "Taux de fixation larvaire : un déterminant majeur de la structure dans une communauté écologique de la zone intertidale marine",
    year = "1985",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Des études de terrain montrent que la structure de la population du barnacle Balanus glandula diffère entre les sites à haut et à faible taux de fixation larvaire. Ces observations, combinées aux résultats d'un modèle pour la démographie d'une population ouverte et limitée en espace, suggèrent que le taux de fixation peut être un déterminant plus important de la structure des communautés intertidales rocheuses que ce qui est actuellement réalisé. Les sites à faible taux de fixation larvaire présentent une abondance généralement faible de barnacles qui varie légèrement au cours des années et considérablement d'une année à l'autre, reflétant les différences annuelles de fixation. Les sites à haut taux de fixation présentent une abondance généralement élevée de barnacles. Cependant, l'abondance varie considérablement au cours des années avec un composant oscillatoire significatif (période, 30 semaines) et seulement légèrement d'une année à l'autre, indépendamment des différences annuelles de fixation. Au site à faible fixation, la mortalité des barnacles est indépendante de la surface occupée par les barnacles. Au site à haute fixation, la mortalité dépend de la couverture en raison d'une prédation accrue par les étoiles de mer sur les zones à forte couverture de barnacles. Dans les deux sites, le composant indépendant de la couverture de la mortalité ne varie pas avec l'âge au cours des 60 premières semaines. Comme supposé dans le modèle démographique, la cinétique de la fixation larvaire peut être décrite comme un processus dans lequel le taux de fixation vers un quadrat est proportionnel à la fraction d'espace vacant à l'intérieur du quadrat. Les généralisations selon lesquelles la plus grande diversité spécifique dans une communauté intertidale rocheuse est trouvée à des sites de perturbation intermédiaire, et que la compétition cause une zonation entre les espèces des genres de barnacles Balanus et Chthamalus, semblent s'appliquer uniquement aux sites à haut taux de fixation.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.82.11.3707",
    doi = "10.1073/pnas.82.11.3707",
    openalex = "W2016744291",
    references = "doi1010079783642701573, doi1010160302352475900389, doi101038260204c0, doi101073pnas7172744, doi101111j155856461980tb04043x, doi101126science2194583419, doi1023072407184, doi102475ajs2785766, hartnoll1975chemoreception, openalexw2273005662, openalexw560961838"
}

Nous présentons un modèle de régulation communautaire qui intègre les effets de la perturbation abiotique, de la prédation, de la compétition et de la densité de recrutement. Nous supposons que les organismes mobiles (c'est-à-dire les consommateurs) sont plus fortement affectés par le stress environnemental que les organismes sessiles et que la complexité du réseau trophique diminue avec l'augmentation du stress. Le modèle émet trois prédictions dans des conditions de haut recrutement. Premièrement, dans des environnements stressants, les consommateurs n'ont aucun effet car ils sont absents ou inactifs, et la compétition pour l'espace est évitée. Les organismes mobiles et sessiles sont tous deux régulés directement par le stress environnemental. Deuxièmement, dans des environnements modérés, les consommateurs restent inefficaces, mais les organismes sessiles sont moins affectés par le stress et atteignent fréquemment des densités élevées, entraînant une compétition pour l'espace. Enfin, dans des environnements favorables, les consommateurs empêchent la compétition pour l'espace sauf si la proie peut échapper à un goulot d'étranglement de prédation et atteindre une abondance élevée. Une réduction de la densité de recrutement réduit l'importance de la compétition pour un niveau donné de stress environnemental. Aux niveaux trophiques supérieurs, un faible recrutement ralentit le taux d'augmentation de la population, et la compétition devrait être moins intense même dans des environnements favorables. Dans des environnements stressants, des conditions sévères devraient maintenir la densité des consommateurs faible indépendamment de la densité de recrutement. Le stress abiotique devrait réguler les consommateurs mobiles sur une plus large gamme du gradient environnemental avec un faible plutôt qu'avec un haut recrutement. Aux niveaux trophiques inférieurs, l'importance de la compétition (y compris la compétition d'échappement) devrait diminuer avec une réduction de la densité de recrutement indépendamment du niveau de stress. Avec un faible recrutement, les niveaux trophiques inférieurs devraient être régulés par des facteurs physiques à l'extrémité sévère du gradient environnemental et par la prédation à l'extrémité favorable du gradient. Ce modèle prédit également que lorsque la compétition pour l'espace conduit à l'exclusion et que le recrutement est élevé, les relations entre la diversité et soit la prédation (l'hypothèse de la prédation) soit la perturbation (l'hypothèse de la perturbation intermédiaire) sont distinctes, et non équivalentes comme c'est souvent supposé. Nous suggérons que la perturbation physique est distincte de la prédation (considérée comme équivalente à, mais distincte de, la perturbation biologique). La diversité est faible dans des environnements rudes en raison de l'intolérance de toutes les espèces sauf les opportunistes et les espèces hautement résistantes à de telles conditions. Avec une modération environnementale, la diversité augmente en raison de l'effet de perturbation intermédiaire, diminue en raison de l'effet d'exclusion compétitive, augmente en raison de la prévention de l'exclusion compétitive par une prédation modérée, et diminue en raison de l'extinction locale des proies par une prédation sévère. Ainsi, avec un haut recrutement, une courbe de diversité bimodale est prédite le long de l'axe du stress environnemental. Si la compétition permet la coexistence ou si le recrutement est faible, la courbe de diversité est prédite être unimodale. Le modèle devrait être applicable dans tous les habitats, bien que certaines prédictions puissent être modifiées par les différences dans l'importance de l'omnivorie dans les réseaux d'interaction terrestres par rapport aux réseaux aquatiques. Tester le modèle sera difficile, mais réalisable ; il nécessitera la quantification des gradients environnementaux locaux, des densités de recrutement, de la structure du réseau trophique et de la structure spatiale. Des prédictions peuvent être faites sur la base de ces observations et testées par la détermination de l'organisation communautaire à l'aide d'expériences qui évaluent simultanément les effets des principaux processus structurant la communauté. Des tests partiels à partir d'habitats marins soutiennent certaines prédictions du modèle, mais des tests supplémentaires sont nécessaires, en particulier dans des habitats non marins.

@article{doi101086284741,
    author = "Menge, Bruce A. et Sutherland, John P.",
    title = "Régulation des communautés : variations de la perturbation, de la compétition et de la prédation en relation avec le stress environnemental et le recrutement",
    year = "1987",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "Nous présentons un modèle de régulation des communautés qui intègre les effets de la perturbation abiotique, de la prédation, de la compétition et de la densité de recrutement. Nous supposons que les organismes mobiles (c'est-à-dire les consommateurs) sont plus fortement affectés par le stress environnemental que les organismes sessiles et que la complexité du réseau trophique diminue avec l'augmentation du stress. Le modèle fait trois prédictions dans des conditions de haut recrutement. Premièrement, dans des environnements stressants, les consommateurs n'ont aucun effet car ils sont absents ou inactifs, et la compétition pour l'espace est évitée. Les organismes mobiles et sessiles sont tous deux régulés directement par le stress environnemental. Deuxièmement, dans des environnements modérés, les consommateurs restent inefficaces, mais les organismes sessiles sont moins affectés par le stress et atteignent fréquemment des densités élevées, entraînant une compétition pour l'espace. Enfin, dans des environnements favorables, les consommateurs empêchent la compétition pour l'espace sauf si la proie peut échapper à un goulot d'étranglement de prédation et atteindre une abondance élevée. Une réduction de la densité de recrutement réduit l'importance de la compétition pour un niveau donné de stress environnemental. Aux niveaux trophiques supérieurs, un faible recrutement ralentit le taux d'augmentation de la population, et la compétition devrait être moins intense même dans des environnements favorables. Dans des environnements stressants, des conditions sévères devraient maintenir la densité des consommateurs faible indépendamment de la densité de recrutement. Le stress abiotique devrait réguler les consommateurs mobiles sur une plus large gamme du gradient environnemental avec un faible plutôt qu'avec un haut recrutement. Aux niveaux trophiques inférieurs, l'importance de la compétition (y compris la compétition d'échappement) devrait diminuer avec une réduction de la densité de recrutement indépendamment du niveau de stress. Avec un faible recrutement, les niveaux trophiques inférieurs devraient être régulés par des facteurs physiques à l'extrémité sévère du gradient environnemental et par la prédation à l'extrémité favorable du gradient. Ce modèle prédit également que lorsque la compétition pour l'espace conduit à l'exclusion et que le recrutement est élevé, les relations entre la diversité et soit la prédation (l'hypothèse de la prédation) soit la perturbation (l'hypothèse de la perturbation intermédiaire) sont distinctes, et non équivalentes comme c'est souvent supposé. Nous suggérons que la perturbation physique est distincte de la prédation (considérée comme équivalente à, mais distincte de, la perturbation biologique). La diversité est faible dans des environnements rudes en raison de l'intolérance de toutes les espèces sauf opportunistes et hautement résistantes à de telles conditions. Avec une modération environnementale, la diversité augmente en raison de l'effet de perturbation intermédiaire, diminue en raison de l'effet d'exclusion compétitive, augmente en raison de la prévention de l'exclusion compétitive par une prédation modérée, et diminue en raison de l'extinction locale des proies par une prédation sévère. Ainsi, avec un haut recrutement, une courbe de diversité bimodale est prédite le long de l'axe du stress environnemental. Si la compétition permet la coexistence ou si le recrutement est faible, la courbe de diversité est prédite être unimodale. Le modèle devrait être applicable dans tous les habitats, bien que certaines prédictions puissent être modifiées par les différences dans l'importance de l'omnivorie dans les réseaux d'interaction terrestres par rapport aux réseaux aquatiques. Tester le modèle sera difficile, mais réalisable ; il nécessitera la quantification des gradients environnementaux locaux, des densités de recrutement, de la structure du réseau trophique et de la structure spatiale. Des prédictions peuvent être faites sur la base de ces observations et testées par la détermination de l'organisation des communautés à l'aide d'expériences qui évaluent simultanément les effets des principaux processus structurant la communauté. Des tests partiels à partir d'habitats marins soutiennent certaines prédictions du modèle, mais des tests supplémentaires sont nécessaires, en particulier dans des habitats non marins.",
    url = "https://doi.org/10.1086/284741",
    doi = "10.1086/284741",
    openalex = "W2064346432",
    references = "doi101073pnas82113707, doi101086283381, doi101086283817, doi101086284133, doi101146annureves12110181002201, doi101146annureves16110185001413, doi1023071936969, doi1023072937268, openalexw1484524608"
}

Les modèles actuels de perturbation ne tiennent pas suffisamment compte de la large gamme de réponses des communautés végétales des prairies au pâturage par de grands herbivores généralistes. L'histoire évolutive du pâturage, un facteur important dans la réponse des prairies au pâturage, n'a pas été explicitement abordée. Cependant, l'histoire du pâturage seule n'est pas un bon prédicteur des interactions plante-herbivore. Les interactions se produisent le long de gradients de pressions de sélection convergentes à divergentes avec l'augmentation de l'humidité environnementale et d'intolérance à la tolérance du pâturage avec des histoires évolutives de pâturage de plus en plus longues. Nous suggérons que les mécanismes de rétroaction entre les plantes et les animaux de pâturage sont bien développés dans les prairies avec de longues histoires évolutives de pâturage. Les mécanismes de rétroaction se manifestent par les capacités de basculement rapide (des espèces végétales et des modes de compétition) des prairies subhumides avec de longues histoires évolutives de pâturage et des pressions de sélection divergentes. Les capacités de basculement n'existent pas dans les prairies semi-arides avec de longues histoires évolutives de pâturage et des pressions de sélection convergentes. Au contraire, pour les espèces dominantes fortement pâturées, la dominance augmente. Les mécanismes de rétroaction ne sont pas bien développés dans les systèmes avec de courtes histoires évolutives de pâturage. Dans ces cas, les différences de réponse au pâturage dans les situations semi-arides et subhumides proviennent principalement des différences de tolérance au pâturage des plantes adaptées à la semi-aridité ou des plantes adaptées à la compétition pour la lumière et des effets différents du pâturage sur la structure du couvert végétal.

@article{doi101086284839,
    author = "Milchunas, D. G. and Sala, Osvaldo E. and Lauenroth, W. K.",
    title = "A Generalized Model of the Effects of Grazing by Large Herbivores on Grassland Community Structure",
    year = "1988",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "Les modèles actuels de perturbation ne tiennent pas suffisamment compte de la large gamme de réponses des communautés végétales des prairies au pâturage par de grands herbivores généralistes. L'histoire évolutive du pâturage, un facteur important dans la réponse des prairies au pâturage, n'a pas été explicitement abordée. Cependant, l'histoire du pâturage seule n'est pas un bon prédicteur des interactions plante-herbivore. Les interactions se produisent le long de gradients de pressions de sélection convergentes à divergentes avec l'augmentation de l'humidité environnementale et d'intolérance à la tolérance du pâturage avec des histoires évolutives de pâturage de plus en plus longues. Nous suggérons que les mécanismes de rétroaction entre les plantes et les animaux de pâturage sont bien développés dans les prairies avec de longues histoires évolutives de pâturage. Les mécanismes de rétroaction se manifestent par les capacités de basculement rapide (des espèces végétales et des modes de compétition) des prairies subhumides avec de longues histoires évolutives de pâturage et des pressions de sélection divergentes. Les capacités de basculement n'existent pas dans les prairies semi-arides avec de longues histoires évolutives de pâturage et des pressions de sélection convergentes. Au contraire, pour les espèces dominantes fortement pâturées, la dominance augmente. Les mécanismes de rétroaction ne sont pas bien développés dans les systèmes avec de courtes histoires évolutives de pâturage. Dans ces cas, les différences de réponse au pâturage dans les situations semi-arides et subhumides proviennent principalement des différences de tolérance au pâturage des plantes adaptées à la semi-aridité ou des plantes adaptées à la compétition pour la lumière et des effets différents du pâturage sur la structure du couvert végétal.",
    url = "https://doi.org/10.1086/284839",
    doi = "10.1086/284839",
    openalex = "W1985963733",
    references = "doi101086284105, doi101086284531, doi101146annureves15110184002033"
}

Les écologistes des cours d'eau sont confrontés au problème de reconnaître les motifs dans l'organisation des communautés et d'expliquer les processus qui déterminent ces motifs. Je soutiens que les cours d'eau se conforment raisonnablement bien à l'explication de l'organisation des communautés par la dynamique des taches, qui met l'accent sur les phénomènes temporels et se concentre sur l'importance de l'histoire et du hasard. Même lorsque la compétition ou la prédation ont été montrées comme jouant un rôle dans la formation des communautés de cours d'eau, les phénomènes temporels de perturbation et de colonisation sont invariablement également d'une importance fondamentale. Dans la plupart des cas, la variation temporelle est probablement le facteur de signification prépondérante, et les espèces aux caractéristiques adventices sont une caractéristique particulièrement saillante des cours d'eau. Je mets en évidence le rôle critique joué par les refuges comme sources de recolonisation après les crues, et donc comme tampons contre la perturbation. Un cadre théorique basé sur la vision de la dynamique des taches de l'écologie des communautés pourrait fournir un thème unificateur en écologie des cours d'eau.

@article{doi1023071467400,
    author = "Townsend, Colin R.",
    title = "The Patch Dynamics Concept of Stream Community Ecology",
    year = "1989",
    journal = "Journal of the North American Benthological Society",
    abstract = "Stream ecologists are faced with the problem of recognizing patterns in community organization and explaining the processes that determine these patterns. I argue that streams conform reasonably closely to the patch dynamics explanation of community organization which emphasizes temporal phenomena and focusses on the importance of history and chance. Even where competition or predation have been shown to play a role in shaping stream communities, the temporal phenomena of disturbance and colonization are invariably also of fundamental importance. In most cases, temporal variation is probably the factor of overriding significance, and species with weedy characteristics are a particularly prominent feature of streams. I highlight the critical role played by refugia as sources of recolonization after spates, and therefore as buffers against disturbance. A theoretical framework based on the patch dynamics view of community ecology may provide a unifying theme in stream ecology.",
    url = "https://doi.org/10.2307/1467400",
    doi = "10.2307/1467400",
    openalex = "W2065634928",
    references = "mcauliffe1984competition"
}

Résumé Au début des années 1980, une stratégie de représentation graphique de données d'abondance multivariées (multi‐espèces) a été introduite en écologie marine par, entre autres, Field et al. (1982). Une décennie plus tard, il est instructif de : (i) identifier quels éléments de cette stratégie souvent citée se sont révélés les plus utiles pour l'évaluation pratique des changements de communauté résultant de l'impact de la pollution ; et (ii) demander dans quelle mesure l'évolution des techniques au cours des années intermédiaires a ajouté de la cohérence interne et de l'exhaustivité à l'approche. Le concept pivot s'est révélé être celui d'une définition biologiquement pertinente de la similarité entre deux échantillons, et son utilisation principalement sous forme de rang simple, par exemple « l'échantillon A est plus similaire à l'échantillon B qu'à l'échantillon C ». Les hypothèses statistiques sur les données sont ainsi minimisées et les techniques non paramétriques résultantes seront d'une applicabilité très générale. À partir de ce point de départ, un cadre unifié doit englober : (i) l'affichage des motifs de communauté par regroupement et ordination d'échantillons ; (ii) l'identification des espèces principalement responsables de la détermination des regroupements d'échantillons ; (iii) des tests statistiques pour les différences dans l'espace et le temps (analogue multivarié de l'analyse de variance, basé sur les similarités de rang) ; et (iv) le lien entre les différences de communauté et les motifs dans l'environnement physique et chimique (ce dernier également dicté par les similarités de rang entre échantillons). Des techniques sont décrites qui mettent en place un tel cadre, et les domaines où des problèmes persistent sont identifiés. L'expérience pratique accumulée avec ces méthodes est discutée, en particulier les applications aux benthos marins, et il est conclu qu'elles ont beaucoup à offrir aux praticiens des études d'impact environnemental sur les communautés.

@article{doi101111j144299931993tb00438x,
    author = "Clarke, K.R.",
    title = "Non‐parametric multivariate analyses of changes in community structure",
    year = "1993",
    journal = "Australian Journal of Ecology",
    abstract = "Résumé Au début des années 1980, une stratégie de représentation graphique de données d'abondance multivariées (multi‐espèces) a été introduite en écologie marine par, entre autres, Field et al. (1982). Une décennie plus tard, il est instructif de : (i) identifier quels éléments de cette stratégie souvent citée se sont révélés les plus utiles pour l'évaluation pratique des changements de communauté résultant de l'impact de la pollution ; et (ii) demander dans quelle mesure l'évolution des techniques au cours des années intermédiaires a ajouté de la cohérence interne et de l'exhaustivité à l'approche. Le concept pivot s'est révélé être celui d'une définition biologiquement pertinente de la similarité entre deux échantillons, et son utilisation principalement sous forme de rang simple, par exemple « l'échantillon A est plus similaire à l'échantillon B qu'à l'échantillon C ». Les hypothèses statistiques sur les données sont ainsi minimisées et les techniques non paramétriques résultantes seront d'une applicabilité très générale. À partir de ce point de départ, un cadre unifié doit englober : (i) l'affichage des motifs de communauté par regroupement et ordination d'échantillons ; (ii) l'identification des espèces principalement responsables de la détermination des regroupements d'échantillons ; (iii) des tests statistiques pour les différences dans l'espace et le temps (analogue multivarié de l'analyse de variance, basé sur les similarités de rang) ; et (iv) le lien entre les différences de communauté et les motifs dans l'environnement physique et chimique (ce dernier également dicté par les similarités de rang entre échantillons). Des techniques sont décrites qui mettent en place un tel cadre, et les domaines où des problèmes persistent sont identifiés. L'expérience pratique accumulée avec ces méthodes est discutée, en particulier les applications aux benthos marins, et il est conclu qu'elles ont beaucoup à offrir aux praticiens des études d'impact environnemental sur les communautés.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1442-9993.1993.tb00438.x",
    doi = "10.1111/j.1442-9993.1993.tb00438.x",
    openalex = "W2099053943",
    references = "doi10100797894009919727, doi10103711774000, doi101111jbi14281, doi101214aos1176344552, doi1023071402637, doi1023071938672, doi1023071942268, doi1041359781412985130, openalexw2751793438"
}

Tous les organismes, en particulier les plantes terrestres et d'autres espèces sessiles, interagissent principalement avec leurs voisins, mais les quartiers peuvent différer en composition en raison de la dispersion et de la mortalité. Il existe de plus en plus de preuves que la structure spatiale créée par ces forces influence profondément la dynamique, la composition et la biodiversité des communautés. Les modèles non spatiaux prédisent qu'aucune espèce consommatrice ne peut coexister à l'équilibre plus que le nombre de ressources limitantes. En revanche, un modèle similaire qui inclut la compétition entre voisins et la dispersion aléatoire entre les sites prédit une coexistence stable d'un nombre potentiellement illimité d'espèces sur une seule ressource. La coexistence se produit parce que les espèces avec des taux de dispersion suffisamment élevés persistent dans des sites non occupés par des compétiteurs supérieurs. La coexistence nécessite une similarité limitée et des compromis interspécifiques à deux ou trois voies entre la capacité compétitive, la capacité de colonisation et la longévité. Cette hypothèse de compétition spatiale semble expliquer la coexistence des nombreuses espèces végétales qui se disputent une seule ressource limitante dans les prairies de la Cedar Creek Natural History Area. Elle fournit une explication alternative testable pour d'autres communautés à haute diversité, telles que les forêts tropicales. Le modèle peut être testé (1) en déterminant si les espèces coexistantes ont les compromis requis en matière de colonisation, de compétition et de longévité, (2) par l'ajout de propagules pour déterminer si les abondances locales d'espèces sont limitées par la dispersion, et (3) par des comparaisons des effets sur la biodiversité des taux élevés d'ajout de propagules pour des espèces qui diffèrent en capacité compétitive.

@article{doi1023071939377,
    author = "Tilman, David",
    title = "Compétition et biodiversité dans des habitats spatialement structurés",
    year = "1994",
    journal = "Ecology",
    abstract = "Tous les organismes, en particulier les plantes terrestres et d'autres espèces sessiles, interagissent principalement avec leurs voisins, mais les quartiers peuvent différer en composition en raison de la dispersion et de la mortalité. Il existe de plus en plus de preuves que la structure spatiale créée par ces forces influence profondément la dynamique, la composition et la biodiversité des communautés. Les modèles non spatiaux prédisent qu'aucune espèce consommatrice ne peut coexister à l'équilibre plus que le nombre de ressources limitantes. En revanche, un modèle similaire qui inclut la compétition entre voisins et la dispersion aléatoire entre les sites prédit une coexistence stable d'un nombre potentiellement illimité d'espèces sur une seule ressource. La coexistence se produit parce que les espèces avec des taux de dispersion suffisamment élevés persistent dans des sites non occupés par des compétiteurs supérieurs. La coexistence nécessite une similarité limitée et des compromis interspécifiques à deux ou trois voies entre la capacité compétitive, la capacité de colonisation et la longévité. Cette hypothèse de compétition spatiale semble expliquer la coexistence des nombreuses espèces végétales qui se disputent une seule ressource limitante dans les prairies de la Cedar Creek Natural History Area. Elle fournit une explication alternative testable pour d'autres communautés à haute diversité, telles que les forêts tropicales. Le modèle peut être testé (1) en déterminant si les espèces coexistantes ont les compromis requis en matière de colonisation, de compétition et de longévité, (2) par l'ajout de propagules pour déterminer si les abondances locales d'espèces sont limitées par la dispersion, et (3) par des comparaisons des effets sur la biodiversité des taux élevés d'ajout de propagules pour des espèces qui diffèrent en capacité compétitive.",
    url = "https://doi.org/10.2307/1939377",
    doi = "10.2307/1939377",
    openalex = "W2159641034",
    references = "doi101038359826a0, doi101086282687, doi101086283366, doi101093besa153237, doi101093biomet3812196, doi101111j1469185x1977tb01347x, doi101126science20343871299, doi101146annureves11110180001313, doi1015159780691206912, doi1015159781400881376, doi1023073544021, doi1023075503, openalexw1612551514"
}

Les interactions entre les organismes se produisent au sein d'un milieu complexe de processus abiotiques et biotiques, mais nous les étudions généralement comme des phénomènes isolés. Des combinaisons complexes d'interactions négatives et positives ont été identifiées dans de nombreuses communautés végétales. L'importance de ces deux processus dans la structuration des communautés végétales peut être mieux comprise en les comparant le long de gradients de stress abiotique, de pression des consommateurs, et entre différents stades de vie, tailles et densités des espèces en interaction. Ici, nous discutons des rôles du stade de vie, de la physiologie, des interactions indirectes et de l'environnement physique sur l'équilibre entre concurrence et facilitation dans les communautés végétales.

@article{doi1018900012965819970781958cafasa20co2,
    author = "Callaway, Ragan M. et Walker, Lawrence R.",
    title = "CONCURRENCE ET FACILITATION : UNE APPROCHE SYNTHÉTIQUE DES INTERACTIONS DANS LES COMMUNAUTÉS VÉGÉTALES",
    year = "1997",
    journal = "Ecology",
    abstract = "Les interactions entre les organismes se produisent au sein d'un milieu complexe de processus abiotiques et biotiques, mais nous les étudions généralement comme des phénomènes isolés. Des combinaisons complexes d'interactions négatives et positives ont été identifiées dans de nombreuses communautés végétales. L'importance de ces deux processus dans la structuration des communautés végétales peut être mieux comprise en les comparant le long de gradients de stress abiotique, de pression des consommateurs, et entre différents stades de vie, tailles et densités des espèces en interaction. Ici, nous discutons des rôles du stade de vie, de la physiologie, des interactions indirectes et de l'environnement physique sur l'équilibre entre concurrence et facilitation dans les communautés végétales.",
    url = "https://doi.org/10.1890/0012-9658(1997)078[1958:cafasa]2.0.co;2",
    doi = "10.1890/0012-9658(1997)078[1958:cafasa]2.0.co;2",
    openalex = "W2084253034",
    references = "doi101007bf02912621, doi1010160169534794900884, doi101086283241, doi101086284133, doi101086284165, doi101086285357, doi1018900012965819970781966tiofac20co2, doi1023072937039, doi105860choice260924, doi105860choice330294, doi105962bhltitle56234, openalexw2169917233"
}

En raison de la corrélation attendue entre la parenté phylogénétique de deux taxons et leur similarité écologique nette, une mesure de la parenté phylogénétique globale d'une communauté d'organismes interagissants peut être utilisée pour étudier les processus écologiques contemporains qui structurent la composition de la communauté. Je décris deux indices qui utilisent le nombre de nœuds qui séparent les taxons sur une phylogénie comme mesure de leur parenté phylogénétique. À titre d'exemple d'utilisation de ces indices dans l'analyse de la communauté, j'ai comparé la parenté nette observée moyenne des arbres (≥10 cm de diamètre à hauteur de poitrine) dans chacun des 28 parcelles (chaque parcelle de 0,16 ha) d'une forêt tropicale de Bornéo avec la parenté nette attendue si les espèces avaient été tirées aléatoirement du pool d'espèces (des 324 espèces dans les 28 parcelles), en utilisant une supertree que j'ai assemblée à partir de sources publiées. J'ai constaté que les espèces dans les parcelles étaient plus étroitement apparentées phylogénétiquement que prévu par hasard, un résultat insensible à diverses modifications de la méthodologie de base. J'infère provisoirement que la variation d'habitat entre les parcelles cause des espèces écologiquement plus similaires à coexister au sein des parcelles. Enfin, je suggère une gamme d'applications pour les mesures de parenté phylogénétique dans l'analyse de la communauté.

@article{doi101086303378,
    author = "Webb, Campbell O.",
    title = "Exploring the Phylogenetic Structure of Ecological Communities: An Example for Rain Forest Trees",
    year = "2000",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "En raison de la corrélation attendue entre la parenté phylogénétique de deux taxons et leur similarité écologique nette, une mesure de la parenté phylogénétique globale d'une communauté d'organismes interagissants peut être utilisée pour étudier les processus écologiques contemporains qui structurent la composition de la communauté. Je décris deux indices qui utilisent le nombre de nœuds qui séparent les taxons sur une phylogénie comme mesure de leur parenté phylogénétique. À titre d'exemple d'utilisation de ces indices dans l'analyse de la communauté, j'ai comparé la parenté nette observée moyenne des arbres (≥10 cm de diamètre à hauteur de poitrine) dans chacun des 28 parcelles (chaque parcelle de 0,16 ha) d'une forêt tropicale de Bornéo avec la parenté nette attendue si les espèces avaient été tirées aléatoirement du pool d'espèces (des 324 espèces dans les 28 parcelles), en utilisant une supertree que j'ai assemblée à partir de sources publiées. J'ai constaté que les espèces dans les parcelles étaient plus étroitement apparentées phylogénétiquement que prévu par hasard, un résultat insensible à diverses modifications de la méthodologie de base. J'infère provisoirement que la variation d'habitat entre les parcelles cause des espèces écologiquement plus similaires à coexister au sein des parcelles. Enfin, je suggère une gamme d'applications pour les mesures de parenté phylogénétique dans l'analyse de la communauté.",
    url = "https://doi.org/10.1086/303378",
    doi = "10.1086/303378",
    openalex = "W2057819145",
    references = "doi101126science20343871299, doi1015159781400860180203, doi1023071446122, doi1023072399846, doi102307jctt1xp3v3r, doi105860choice392183"
}

De nombreuses études récentes se sont concentrées sur les propriétés statistiques des systèmes en réseau tels que les réseaux sociaux et le Web mondial. Les chercheurs se sont particulièrement intéressés à quelques propriétés qui semblent communes à de nombreux réseaux : la propriété de petit monde, les distributions de degrés suivant une loi de puissance, et la transitivité du réseau. Dans cet article, nous mettons en évidence une autre propriété présente dans de nombreux réseaux, la propriété de structure de communauté, dans laquelle les nœuds du réseau sont regroupés en groupes serrés, entre lesquels existent uniquement des connexions plus lâches. Nous proposons une méthode pour détecter de telles communautés, basée sur l'idée d'utiliser des indices de centralité pour identifier les limites des communautés. Nous avons testé notre méthode sur des graphes générés par ordinateur et des graphes du monde réel dont la structure de communauté est déjà connue, et nous avons constaté que la méthode détecte cette structure connue avec une grande sensibilité et fiabilité. Nous avons également appliqué la méthode à deux réseaux dont la structure de communauté n'est pas bien connue -- un réseau de collaboration et un réseau trophique -- et nous avons constaté qu'elle détecte des divisions de communauté significatives et informatives dans les deux cas.

@article{doi101073pnas122653799,
    author = "Girvan, Michelle et Newman, M. E. J.",
    title = "Structure des communautés dans les réseaux sociaux et biologiques",
    year = "2002",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "De nombreuses études récentes se sont concentrées sur les propriétés statistiques des systèmes en réseau tels que les réseaux sociaux et le Web mondial. Les chercheurs se sont particulièrement intéressés à quelques propriétés qui semblent communes à de nombreux réseaux : la propriété de petit monde, les distributions de degrés suivant une loi de puissance, et la transitivité du réseau. Dans cet article, nous mettons en évidence une autre propriété présente dans de nombreux réseaux, la propriété de structure de communauté, dans laquelle les nœuds du réseau sont regroupés en groupes serrés, entre lesquels existent uniquement des connexions plus lâches. Nous proposons une méthode pour détecter de telles communautés, basée sur l'idée d'utiliser des indices de centralité pour identifier les limites des communautés. Nous avons testé notre méthode sur des graphes générés par ordinateur et des graphes du monde réel dont la structure de communauté est déjà connue, et nous avons constaté que la méthode détecte cette structure connue avec une grande sensibilité et fiabilité. Nous avons également appliqué la méthode à deux réseaux dont la structure de communauté n'est pas bien connue -- un réseau de collaboration et un réseau trophique -- et nous avons constaté qu'elle détecte des divisions de communauté significatives et informatives dans les deux cas.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.122653799",
    doi = "10.1073/pnas.122653799",
    openalex = "W1971421925",
    references = "doi101007bf02289026, doi101017cbo9780511815478, doi10103830918, doi10103835065725, doi10103843601, doi101073pnas982404, doi101086jar3343629752, doi101126science2865439509, doi1023072075047, doi1023072583863, doi1023073033543"
}

Nous proposons et étudions un ensemble d'algorithmes pour découvrir la structure communautaire dans les réseaux — divisions naturelles des nœuds de réseau en sous-groupes densément connectés. Nos algorithmes partagent tous deux caractéristiques définies : premièrement, ils impliquent une suppression itérative d'arêtes du réseau pour le diviser en communautés, les arêtes supprimées étant identifiées à l'aide de l'une des nombreuses mesures de « betweenness » possibles, et deuxièmement, ces mesures sont, crucialement, recalculées après chaque suppression. Nous proposons également une mesure pour la force de la structure communautaire trouvée par nos algorithmes, ce qui nous donne une métrique objective pour choisir le nombre de communautés en lesquelles un réseau devrait être divisé. Nous démontrons que nos algorithmes sont très efficaces pour découvrir la structure communautaire dans les données de réseaux générées par ordinateur et dans le monde réel, et montrons comment ils peuvent être utilisés pour jeter de la lumière sur la structure parfois effrayamment complexe des systèmes réseautés.

@article{doi101103physreve69026113,
    author = "Newman, Michelle G. et Girvan, Michelle",
    title = "Finding and evaluating community structure in networks",
    year = "2004",
    journal = "Physical Review E",
    abstract = {We propose and study a set of algorithms for discovering community structure in networks-natural divisions of network nodes into densely connected subgroups. Our algorithms all share two definitive features: first, they involve iterative removal of edges from the network to split it into communities, the edges removed being identified using any one of a number of possible "betweenness" measures, and second, these measures are, crucially, recalculated after each removal. We also propose a measure for the strength of the community structure found by our algorithms, which gives us an objective metric for choosing the number of communities into which a network should be divided. We demonstrate that our algorithms are highly effective at discovering community structure in both computer-generated and real-world network data, and show how they can be used to shed light on the sometimes dauntingly complex structure of networked systems.},
    url = "https://doi.org/10.1103/physreve.69.026113",
    doi = "10.1103/physreve.69.026113",
    openalex = "W2095293504",
    references = "doi10103830918, doi10103835065725, doi101073pnas122653799, doi101103revmodphys7447, doi101137s003614450342480, doi1023072075047, doi1023072583863, doi1023073033543, openalexw2011039300, openalexw3145128584"
}

De nombreux réseaux présentent une structure communautaire -- groupes de sommets au sein desquels les connexions sont denses mais entre lesquels elles sont plus rares -- et des algorithmes informatiques sensibles ont été développés ces dernières années pour détecter cette structure. Ces algorithmes sont cependant exigeants en termes de calcul, ce qui limite leur application aux petits réseaux. Ici, nous décrivons un algorithme qui donne d'excellents résultats lorsqu'il est testé sur des réseaux générés par ordinateur et des réseaux du monde réel et qui est beaucoup plus rapide, généralement des milliers de fois plus rapide, que les algorithmes précédents. Nous donnons plusieurs exemples d'applications, y compris une sur un réseau de collaboration de plus de 50 000 physiciens.

@article{doi101103physreve69066133,
    author = "Newman, M. E. J.",
    title = "Fast algorithm for detecting community structure in networks",
    year = "2004",
    journal = "Physical Review E",
    abstract = "Many networks display community structure--groups of vertices within which connections are dense but between which they are sparser--and sensitive computer algorithms have in recent years been developed for detecting this structure. These algorithms, however, are computationally demanding, which limits their application to small networks. Here we describe an algorithm which gives excellent results when tested on both computer-generated and real-world networks and is much faster, typically thousands of times faster, than previous algorithms. We give several example applications, including one to a collaboration network of more than 50,000 physicists.",
    url = "https://doi.org/10.1103/physreve.69.066133",
    doi = "10.1103/physreve.69.066133",
    openalex = "W2089458547",
    references = "doi10103835065725, doi101073pnas122653799, doi101073pnas982404, doi101086jar3343629752, doi101093acprofoso97801985159060010001, doi101103physreve69026113, doi101103revmodphys7447, doi101137s003614450342480, doi1023072075047, openalexw2612166593"
}

La découverte et l'analyse de la structure communautaire dans les réseaux est un sujet d'intérêt considérable au sein de la communauté de la physique, mais la plupart des méthodes proposées jusqu'à présent ne conviennent pas aux réseaux très grands en raison de leur coût de calcul. Ici, nous présentons un algorithme d'agrégation hiérarchique pour détecter la structure communautaire qui est plus rapide que de nombreux algorithmes concurrents : son temps d'exécution sur un réseau avec n sommets et m arêtes est O (md log n) où d est la profondeur du dendrogramme décrivant la structure communautaire. De nombreux réseaux du monde réel sont épars et hiérarchiques, avec m approximativement égal à n et d approximativement égal à log n, dans ce cas notre algorithme s'exécute en temps essentiellement linéaire, O (n log(2) n). Comme exemple d'application de cet algorithme, nous l'utilisons pour analyser un réseau d'articles en vente sur le site web d'un grand détaillant en ligne, les articles du réseau étant liés s'ils sont fréquemment achetés par le même acheteur. Le réseau compte plus de 400 000 sommets et 2 x 10(6) arêtes. Nous montrons que notre algorithme peut extraire des communautés significatives de ce réseau, révélant des modèles à grande échelle présents dans les habitudes d'achat des clients.

@article{doi101103physreve70066111,
    author = "Clauset, Aaron et Newman, M. E. J. et Moore, Cristopher",
    title = "Finding community structure in very large networks",
    year = "2004",
    journal = "Physical Review E",
    abstract = "La découverte et l'analyse de la structure communautaire dans les réseaux est un sujet d'intérêt considérable au sein de la communauté de la physique, mais la plupart des méthodes proposées jusqu'à présent ne conviennent pas aux réseaux très grands en raison de leur coût de calcul. Ici, nous présentons un algorithme d'agrégation hiérarchique pour détecter la structure communautaire qui est plus rapide que de nombreux algorithmes concurrents : son temps d'exécution sur un réseau avec n sommets et m arêtes est O (md log n) où d est la profondeur du dendrogramme décrivant la structure communautaire. De nombreux réseaux du monde réel sont épars et hiérarchiques, avec m approximativement égal à n et d approximativement égal à log n, dans ce cas notre algorithme s'exécute en temps essentiellement linéaire, O (n log(2) n). Comme exemple d'application de cet algorithme, nous l'utilisons pour analyser un réseau d'articles en vente sur le site web d'un grand détaillant en ligne, les articles du réseau étant liés s'ils sont fréquemment achetés par le même acheteur. Le réseau compte plus de 400 000 sommets et 2 x 10(6) arêtes. Nous montrons que notre algorithme peut extraire des communautés significatives de ce réseau, révélant des modèles à grande échelle présents dans les habitudes d'achat des clients.",
    url = "https://doi.org/10.1103/physreve.70.066111",
    doi = "10.1103/physreve.70.066111",
    openalex = "W2047940964",
    references = "doi101017cbo9780511815478, doi10103830918, doi10103835065725, doi101073pnas0400054101, doi101073pnas122653799, doi101103physreve69026113, doi101103physreve69066133, doi101103revmodphys7447, doi101137s003614450342480, doi1023072075047, openalexw3145128584"
}

@article{doi101038nature03607,
    author = "Palla, Gergely et Derényi, Imre et Farkas, Illés J. et Vicsek, Tamás",
    title = "Uncovering the overlapping community structure of complex networks in nature and society",
    year = "2005",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature03607",
    doi = "10.1038/nature03607",
    openalex = "W2164928285",
    references = "doi10103830918, doi101038415141a, doi101073pnas0400054101, doi101073pnas122653799, doi101103physreve69066133, doi101103revmodphys7447, doi101126science1073374, doi101126science2865439509, doi1023072075047, openalexw2612166593"
}

De nombreux réseaux d'intérêt dans les sciences, y compris les réseaux sociaux, les réseaux informatiques et les réseaux métaboliques et de régulation, se divisent naturellement en communautés ou modules. Le problème de la détection et de la caractérisation de cette structure communautaire est l'un des problèmes majeurs dans l'étude des systèmes réseautés. Une approche très efficace est l'optimisation de la fonction de qualité connue sous le nom de « modularité » sur les divisions possibles d'un réseau. Ici, je montre que la modularité peut être exprimée en termes des vecteurs propres d'une matrice caractéristique pour le réseau, que j'appelle la matrice de modularité, et que cette expression conduit à un algorithme spectral pour la détection communautaire qui retourne des résultats de qualité manifestement supérieure aux méthodes concurrentes en des temps d'exécution plus courts. J'illustre la méthode avec des applications à plusieurs ensembles de données de réseaux publiés.

@article{doi101073pnas0601602103,
    author = "Newman, M. E. J.",
    title = "Modularité et structure communautaire dans les réseaux",
    year = "2006",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = {Many networks of interest in the sciences, including social networks, computer networks, and metabolic and regulatory networks, are found to divide naturally into communities or modules. The problem of detecting and characterizing this community structure is one of the outstanding issues in the study of networked systems. One highly effective approach is the optimization of the quality function known as "modularity" over the possible divisions of a network. Here I show that the modularity can be expressed in terms of the eigenvectors of a characteristic matrix for the network, which I call the modularity matrix, and that this expression leads to a spectral algorithm for community detection that returns results of demonstrably higher quality than competing methods in shorter running times. I illustrate the method with applications to several published network data sets.},
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0601602103",
    doi = "10.1073/pnas.0601602103",
    openalex = "W2151936673",
    references = "doi101017cbo9780511815478, doi10103830918, doi101073pnas0400054101, doi101073pnas122653799, doi101090cbms092, doi101103physreve69026113, doi101103physreve69066133, doi101103physreve70066111, doi101103revmodphys7447, doi101126science2865439509, doi101126science2985594824, doi101137s003614450342480"
}

Nous examinons le problème de la détection de communautés ou de modules dans les réseaux, groupes de sommets ayant une densité de connexions supérieure à la moyenne. Les travaux précédents indiquent qu'une approche robuste pour ce problème est la maximisation de la fonction de bénéfice connue sous le nom de « modularité » sur les divisions possibles d'un réseau. Ici, nous montrons que ce processus de maximisation peut être exprimé en termes du spectre propre d'une matrice que nous appelons matrice de modularité, qui joue un rôle dans la détection de communautés similaire à celui joué par le laplacien du graphe dans les calculs de partitionnement de graphes. Ce résultat nous conduit à un certain nombre d'algorithmes possibles pour détecter la structure communautaire, ainsi qu'à plusieurs autres résultats, y compris une mesure spectrale de la structure bipartite dans les réseaux et une mesure de centralité qui identifie les sommets occupant des positions centrales au sein des communautés auxquelles ils appartiennent. Les algorithmes et mesures proposés sont illustrés par des applications à une variété de réseaux complexes du monde réel.

@article{doi101103physreve74036104,
    author = "Newman, M. E. J.",
    title = "Finding community structure in networks using the eigenvectors of matrices",
    year = "2006",
    journal = "Physical Review E",
    abstract = {We consider the problem of detecting communities or modules in networks, groups of vertices with a higher-than-average density of edges connecting them. Previous work indicates that a robust approach to this problem is the maximization of the benefit function known as "modularity" over possible divisions of a network. Here we show that this maximization process can be written in terms of the eigenspectrum of a matrix we call the modularity matrix, which plays a role in community detection similar to that played by the graph Laplacian in graph partitioning calculations. This result leads us to a number of possible algorithms for detecting community structure, as well as several other results, including a spectral measure of bipartite structure in networks and a centrality measure that identifies vertices that occupy central positions within the communities to which they belong. The algorithms and measures proposed are illustrated with applications to a variety of real-world complex networks.},
    url = "https://doi.org/10.1103/physreve.74.036104",
    doi = "10.1103/physreve.74.036104",
    openalex = "W2015953751",
    references = "doi101016jphysrep200510009, doi10103830918, doi101038nature03607, doi101073pnas0400054101, doi101073pnas0601602103, doi101073pnas122653799, doi101086225469, doi101103physreve69026113, doi101103physreve69066133, doi101103physreve70066111, doi101126science2865439509, doi101137s003614450342480, doi101145324133324140, doi1023073033543"
}

L'évaluation de la diversité et de la distribution microbiennes est une préoccupation majeure en microbiologie environnementale. Il existe deux approches générales pour mesurer la diversité des communautés : les mesures quantitatives, qui utilisent l'abondance de chaque taxon, et les mesures qualitatives, qui n'utilisent que la présence/absence des données. Les mesures quantitatives sont idéales pour révéler les différences de communauté dues aux changements dans l'abondance relative des taxons (par exemple, lorsqu'un ensemble particulier de taxons prospère parce qu'une source de nutriments limitante devient abondante). Les mesures qualitatives sont les plus informatives lorsque les communautés diffèrent principalement par ce qui peut y vivre (par exemple, à des températures élevées), en partie parce que les informations d'abondance peuvent obscurcir des motifs de variation significatifs concernant la présence de taxons. Nous illustrons ces principes en utilisant deux enquêtes basées sur l'ARNr 16S de populations microbiennes et deux mesures phylogénétiques de la diversité bêta des communautés : UniFrac non pondéré, une mesure qualitative, et UniFrac pondéré, une nouvelle mesure quantitative que nous avons ajoutée au site Web UniFrac (http://bmf.colorado.edu/unifrac). Ces études ont examiné les influences relatives de la chimie minérale, de la température et de la géographie sur la composition des communautés microbiennes dans les sources thermales acides du parc national de Yellowstone, ainsi que les influences de l'obésité et de la parenté sur la composition des communautés microbiennes dans l'intestin de la souris. Nous montrons que l'application de mesures qualitatives et quantitatives au même ensemble de données peut conduire à des conclusions radicalement différentes sur les principaux facteurs qui structurent la diversité microbienne et peut fournir des aperçus sur la nature des différences de communauté. Nous démontrons également que les mesures UniFrac pondérées et non pondérées sont robustes aux méthodes utilisées pour construire la phylogénie sous-jacente.

@article{doi101128aem0199606,
    author = "Lozupone, Catherine et Hamady, Micah et Kelley, Scott T. et Knight, Rob",
    title = "Mesures quantitatives et qualitatives de la diversité β conduisent à des insights différents sur les facteurs qui structurent les communautés microbiennes",
    year = "2007",
    journal = "Applied and Environmental Microbiology",
    abstract = "L'évaluation de la diversité et de la distribution microbiennes est une préoccupation majeure en microbiologie environnementale. Il existe deux approches générales pour mesurer la diversité des communautés : les mesures quantitatives, qui utilisent l'abondance de chaque taxon, et les mesures qualitatives, qui n'utilisent que la présence/absence des données. Les mesures quantitatives sont idéales pour révéler les différences de communauté dues aux changements dans l'abondance relative des taxons (par exemple, lorsqu'un ensemble particulier de taxons prospère parce qu'une source de nutriments limitante devient abondante). Les mesures qualitatives sont les plus informatives lorsque les communautés diffèrent principalement par ce qui peut y vivre (par exemple, à des températures élevées), en partie parce que les informations d'abondance peuvent obscurcir des motifs de variation significatifs concernant la présence de taxons. Nous illustrons ces principes en utilisant deux enquêtes basées sur l'ARNr 16S de populations microbiennes et deux mesures phylogénétiques de la diversité bêta des communautés : UniFrac non pondéré, une mesure qualitative, et UniFrac pondéré, une nouvelle mesure quantitative que nous avons ajoutée au site Web UniFrac (http://bmf.colorado.edu/unifrac). Ces études ont examiné les influences relatives de la chimie minérale, de la température et de la géographie sur la composition des communautés microbiennes dans les sources thermales acides du parc national de Yellowstone, ainsi que les influences de l'obésité et de la parenté sur la composition des communautés microbiennes dans l'intestin de la souris. Nous montrons que l'application de mesures qualitatives et quantitatives au même ensemble de données peut conduire à des conclusions radicalement différentes sur les principaux facteurs qui structurent la diversité microbienne et peut fournir des aperçus sur la nature des différences de communauté. Nous démontrons également que les mesures UniFrac pondérées et non pondérées sont robustes aux méthodes utilisées pour construire la phylogénie sous-jacente.",
    url = "https://doi.org/10.1128/aem.01996-06",
    doi = "10.1128/aem.01996-06",
    openalex = "W2145664556",
    references = "doi101038260204c0, doi101086321317, doi101093bioinformaticsbtg180, doi101146annurevecolsys33010802150448, doi1023071218190, doi105860choice421547, openalexw2032279931"
}

Pour comprendre l'organisation multipartite des systèmes biologiques et sociaux à grande échelle, nous présentons une approche théorique de l'information qui révèle la structure des communautés dans les réseaux pondérés et dirigés. Nous utilisons le flux de probabilité des marches aléatoires sur un réseau comme proxy pour les flux d'information dans le système réel et décomposons le réseau en modules en compressant une description du flux de probabilité. Le résultat est une carte qui simplifie et met en évidence les régularités dans la structure et leurs relations. Nous illustrons la méthode en réalisant une carte de la communication scientifique telle qu'elle est capturée dans les schémas de citation de plus de 6 000 revues. Nous découvrons une organisation multicentrique avec des domaines qui varient considérablement en taille et en degré d'intégration dans le réseau de la science. Le long de l'épine dorsale du réseau, incluant la physique, la chimie, la biologie moléculaire et la médecine, les flux d'information sont bidirectionnels, mais la carte révèle un motif directionnel de citation des domaines appliqués vers les sciences fondamentales.

@article{doi101073pnas0706851105,
    author = "Rosvall, Martin et Bergstrom, Carl T.",
    title = "Cartes des marches aléatoires sur des réseaux complexes révèlent la structure des communautés",
    year = "2008",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Pour comprendre l'organisation multipartite des systèmes biologiques et sociaux à grande échelle, nous présentons une approche théorique de l'information qui révèle la structure des communautés dans les réseaux pondérés et dirigés. Nous utilisons le flux de probabilité des marches aléatoires sur un réseau comme proxy pour les flux d'information dans le système réel et décomposons le réseau en modules en compressant une description du flux de probabilité. Le résultat est une carte qui simplifie et met en évidence les régularités dans la structure et leurs relations. Nous illustrons la méthode en réalisant une carte de la communication scientifique telle qu'elle est capturée dans les schémas de citation de plus de 6 000 revues. Nous découvrons une organisation multicentrique avec des domaines qui varient considérablement en taille et en degré d'intégration dans le réseau de la science. Le long de l'épine dorsale du réseau, incluant la physique, la chimie, la biologie moléculaire et la médecine, les flux d'information sont bidirectionnels, mais la carte révèle un motif directionnel de citation des domaines appliqués vers les sciences fondamentales.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0706851105",
    doi = "10.1073/pnas.0706851105",
    openalex = "W2164998314",
    references = "doi101002j153873051948tb01338x, doi1010160005109878900055, doi101016s016975529800110x, doi101038nature03607, doi10106313067010, doi101073pnas122653799, doi101103physreve69026113, doi101103physreve69066133, doi101103physreve70066111, doi101137s003614450342480, openalexw1599334980"
}

@incollection{chave2009iii2,
    author = "Chave, Jérôme",
    title = "III.2 Compétition, Neutralité et Organisation communautaire",
    year = "2009",
    booktitle = "The Princeton Guide to Ecology",
    url = "https://doi.org/10.1515/9781400833023.264",
    doi = "10.1515/9781400833023.264",
    openalex = "W2506633309",
    pages = "264-273"
}

Un vaste corpus de travaux a été consacré à la définition et à l'identification de clusters ou de communautés dans les réseaux sociaux et d'information, c'est-à-dire dans des graphes où les nœuds représentent des entités sociales sous-jacentes et les arêtes représentent une sorte d'interaction entre des paires de nœuds. La plupart de ces recherches commencent par le postulat qu'une communauté ou un cluster doit être considéré comme un ensemble de nœuds qui possède plus et/ou de meilleures connexions entre ses membres que le reste du réseau. Dans cet article, nous explorons sous un angle nouveau plusieurs questions relatives à l'identification de communautés significatives dans de grands réseaux sociaux et d'information, et nous arrivons à plusieurs conclusions frappantes. Plutôt que de définir une procédure pour extraire des ensembles de nœuds d'un graphe et d'essayer ensuite d'interpréter ces ensembles comme des communautés « réelles », nous utilisons des algorithmes d'approximation pour le problème de partitionnement de graphe afin de caractériser, en fonction de la taille, les propriétés statistiques et structurelles des partitions de graphes qui pourraient plausiblement être interprétées comme des communautés. En particulier, nous définissons le _profil de communauté de réseau_, qui caractérise la « meilleure » communauté possible — selon la mesure de conductance — sur une large gamme d'échelles de taille. Nous étudions plus d'une centaine de grands réseaux réels du monde, allant des réseaux sociaux traditionnels et en ligne aux réseaux technologiques et d'information et aux graphes web, et variant en taille de milliers à des dizaines de millions de nœuds. Nos résultats suggèrent une image nettement plus affinée de la structure des communautés dans les grands réseaux que ce qui a été apprécié jusqu'à présent. Nos observations concordent avec les travaux antérieurs sur les petits réseaux, mais nous montrons que les grands réseaux ont une structure très différente. En particulier, nous observons des communautés serrées qui sont à peine connectées au reste du réseau à très petites échelles de taille (jusqu'à ≈ 100 nœuds) ; et les communautés d'échelle de taille au-delà de ≈ 100 nœuds s'intègrent progressivement dans le noyau de type « expander » du réseau et deviennent ainsi moins « communautaires », avec une relation inversement proportionnelle approximative entre la taille de la communauté et la qualité optimale de la communauté. Cette observation concorde bien avec ce qu'on appelle le nombre de Dunbar, qui donne une limite à la taille d'une communauté bien fonctionnelle. Cependant, ce comportement n'est expliqué, même au niveau qualitatif, par aucun des modèles de génération de réseaux couramment utilisés. De plus, c'est exactement le contraire de ce que l'on s'attendrait à voir sur la base de l'intuition issue des graphes expander, des graphes de faible dimension ou ressemblant à des variétés, et des petits réseaux sociaux qui ont servi de bancs d'essai pour les algorithmes de détection de communautés. L'augmentation relativement progressive du profil de communauté de réseau en fonction de la taille croissante de la communauté dépend d'une manière subtile de la façon dont l'information de regroupement local est propagée des échelles de taille plus petites aux échelles de taille plus grandes dans le réseau. Nous avons trouvé qu'un modèle de graphe génératif, dans lequel de nouvelles arêtes sont ajoutées via un processus itératif de « feu de forêt », est capable de produire des graphes présentant un profil de communauté de réseau similaire à celui que nous observons dans nos ensembles de données de réseau.

@article{doi10108015427951200910129177,
    author = "Leskovec, Jure et Lang, Kevin et Dasgupta, Anirban et Mahoney, Michael W.",
    title = "Structure des communautés dans les grands réseaux : tailles de clusters naturels et absence de grands clusters bien définis",
    year = "2009",
    journal = "Internet Mathematics",
    abstract = {Un vaste corpus de travaux a été consacré à la définition et à l'identification de clusters ou communautés dans les réseaux sociaux et d'information, c'est-à-dire dans des graphes où les nœuds représentent des entités sociales sous-jacentes et les arêtes représentent une sorte d'interaction entre des paires de nœuds. La plupart de ces recherches commencent par le postulat qu'une communauté ou un cluster doit être considéré comme un ensemble de nœuds qui possède plus et/ou de meilleures connexions entre ses membres que le reste du réseau. Dans cet article, nous explorons sous un angle nouveau plusieurs questions liées à l'identification de communautés significatives dans les grands réseaux sociaux et d'information, et nous arrivons à plusieurs conclusions frappantes. Plutôt que de définir une procédure pour extraire des ensembles de nœuds d'un graphe et d'essayer ensuite d'interpréter ces ensembles comme des communautés « réelles », nous employons des algorithmes d'approximation pour le problème de partitionnement de graphe afin de caractériser, en fonction de la taille, les propriétés statistiques et structurelles des partitions de graphes qui pourraient plausiblement être interprétées comme des communautés. En particulier, nous définissons le _profil de communauté de réseau_, qui caractérise la « meilleure » communauté possible — selon la mesure de conductance — sur une large gamme d'échelles de taille. Nous étudions plus d'une centaine de grands réseaux réels, allant des réseaux sociaux traditionnels et en ligne aux réseaux technologiques et d'information et aux graphes web, et variant en taille de milliers à des dizaines de millions de nœuds. Nos résultats suggèrent une image nettement plus affinée de la structure des communautés dans les grands réseaux que ce qui avait été apprécié précédemment. Nos observations concordent avec les travaux antérieurs sur les petits réseaux, mais nous montrons que les grands réseaux ont une structure très différente. En particulier, nous observons des communautés serrées qui sont à peine connectées au reste du réseau à très petites échelles de taille (jusqu'à ≈ 100 nœuds) ; et les communautés d'échelle de taille au-delà de ≈ 100 nœuds se mélangent progressivement au cœur de type « expander » du réseau et deviennent ainsi moins « communautaires », avec une relation inversement proportionnelle approximative entre la taille de la communauté et la qualité optimale de la communauté. Cette observation concorde bien avec ce qu'on appelle le nombre de Dunbar, qui donne une limite à la taille d'une communauté bien fonctionnelle. Cependant, ce comportement n'est expliqué, même au niveau qualitatif, par aucun des modèles de génération de réseaux couramment utilisés. De plus, c'est exactement le contraire de ce que l'on s'attendrait à voir sur la base de l'intuition issue des graphes expander, des graphes de faible dimension ou de type variété, et des petits réseaux sociaux qui ont servi de bancs d'essai pour les algorithmes de détection de communautés. L'augmentation relativement progressive du profil de communauté de réseau en fonction de la taille croissante de la communauté dépend d'une manière subtile de la façon dont l'information de regroupement local est propagée des échelles de taille plus petites aux échelles de taille plus grandes dans le réseau. Nous avons trouvé qu'un modèle de graphe génératif, dans lequel de nouvelles arêtes sont ajoutées via un processus itératif de « feu de forêt », est capable de produire des graphes présentant un profil de communauté de réseau similaire à celui que nous observons dans nos ensembles de données de réseau.},
    url = "https://doi.org/10.1080/15427951.2009.10129177",
    doi = "10.1080/15427951.2009.10129177",
    openalex = "W2146591355",
    references = "doi101016s1389128699000407, doi101073pnas0706851105, doi101103physreve76036106"
}

Si de nombreux processus interviennent dans la détermination des espèces qui coexistent et s'assemblent en communautés, la compétition est l'un des mieux étudiés. Une hypothèse sur la contribution de la compétition à l'assemblage des communautés est que les espèces plus étroitement apparentées sont moins susceptibles de coexister. Bien que les preuves empiriques de cette hypothèse soient mitigées, elle reste une hypothèse courante dans certaines approches phylogénétiques pour inférer les effets du filtrage environnemental et de l'exclusion compétitive. Ici, nous relions la théorie moderne de la coexistence aux approches d'assemblage des communautés phylogénétiques pour affiner les attentes concernant l'influence de l'apparentement des espèces sur l'issue de la compétition. Nous soutenons que deux types de différences entre espèces déterminent l'exclusion compétitive avec des effets opposés sur les modèles d'apparentement. Importamment, cela signifie que la compétition peut parfois éliminer des taxons plus différents et moins apparentés, même lorsque les traits sous-jacents aux différences pertinentes entre espèces sont phylogénétiquement conservés. Notre argument conduit à une réinterprétation des processus d'assemblage inférés à partir de la structure phylogénétique des communautés.

@article{doi101111j14610248201001509x,
    author = "Mayfield, Margaret M. et Levine, Jonathan M.",
    title = "Effets oppositifs de l'exclusion compétitive sur la structure phylogénétique des communautés",
    year = "2010",
    journal = "Ecology Letters",
    abstract = "Si de nombreux processus interviennent dans la détermination des espèces qui coexistent et s'assemblent en communautés, la compétition est l'un des mieux étudiés. Une hypothèse sur la contribution de la compétition à l'assemblage des communautés est que les espèces plus étroitement apparentées sont moins susceptibles de coexister. Bien que les preuves empiriques de cette hypothèse soient mitigées, elle reste une hypothèse courante dans certaines approches phylogénétiques pour inférer les effets du filtrage environnemental et de l'exclusion compétitive. Ici, nous relions la théorie moderne de la coexistence aux approches d'assemblage des communautés phylogénétiques pour affiner les attentes concernant l'influence de l'apparentement des espèces sur l'issue de la compétition. Nous soutenons que deux types de différences entre espèces déterminent l'exclusion compétitive avec des effets opposés sur les modèles d'apparentement. Importamment, cela signifie que la compétition peut parfois éliminer des taxons plus différents et moins apparentés, même lorsque les traits sous-jacents aux différences pertinentes entre espèces sont phylogénétiquement conservés. Notre argument conduit à une réinterprétation des processus d'assemblage inférés à partir de la structure phylogénétique des communautés.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1461-0248.2010.01509.x",
    doi = "10.1111/j.1461-0248.2010.01509.x",
    openalex = "W1897178287",
    references = "doi101016jppees200710001, doi101016jtree200409003, doi101038nature08251, doi101073pnas5161207, doi101086282505, doi101086284133, doi101086285357, doi101086303378, doi101111j14610248200600996x, doi101111j14610248200801229x, doi101111j14610248200901314x, doi101146annurevecolsys311343, doi101146annurevecolsys33010802150448, doi101146annurevecolsys36102803095431, doi1023072402622, doi1023074072271"
}

La science des réseaux est une entreprise interdisciplinaire, dont les méthodes et les applications proviennent de toutes les sciences naturelles, sociales et de l'information. Un problème majeur en science des réseaux est la détection algorithmique de groupes de nœuds fortement connectés, connus sous le nom de communautés. Nous avons développé un cadre généralisé de fonctions de qualité de réseau qui nous a permis d'étudier la structure des communautés de réseaux multislices arbitraires, qui sont des combinaisons de réseaux individuels couplés par des liens qui relient chaque nœud d'une tranche de réseau à lui-même dans d'autres tranches. Ce cadre permet d'étudier la structure des communautés dans un cadre général englobant les réseaux qui évoluent dans le temps, ont plusieurs types de liens (multiplicité) et ont plusieurs échelles.

@article{doi101126science1184819,
    author = "Mucha, Peter J. et Richardson, Thomas et Macon, K. T. et Porter, Mason A. et Onnela, Jukka-Pekka",
    title = "Structure des communautés dans les réseaux dépendants du temps, multiscales et multiplexes",
    year = "2010",
    journal = "Science",
    abstract = "La science des réseaux est une entreprise interdisciplinaire, dont les méthodes et les applications proviennent de toutes les sciences naturelles, sociales et de l'information. Un problème majeur en science des réseaux est la détection algorithmique de groupes de nœuds fortement connectés, connus sous le nom de communautés. Nous avons développé un cadre généralisé de fonctions de qualité de réseau qui nous a permis d'étudier la structure des communautés de réseaux multislices arbitraires, qui sont des combinaisons de réseaux individuels couplés par des liens qui relient chaque nœud d'une tranche de réseau à lui-même dans d'autres tranches. Ce cadre permet d'étudier la structure des communautés dans un cadre général englobant les réseaux qui évoluent dans le temps, ont plusieurs types de liens (multiplicité) et ont plusieurs échelles.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1184819",
    doi = "10.1126/science.1184819",
    openalex = "W2074617510",
    references = "doi101103physreve74036104"
}

Les modèles de blocs stochastiques ont été proposés comme un outil pour détecter la structure communautaire dans les réseaux ainsi que pour générer des réseaux synthétiques à utiliser comme références. Cependant, la plupart des modèles de blocs ignorent la variation du degré des sommets, ce qui les rend inadaptés aux applications sur les réseaux réels, qui affichent généralement des distributions de degrés larges pouvant affecter significativement les résultats. Ici, nous démontrons comment la généralisation des modèles de blocs pour intégrer cet élément manqué conduit à une fonction objectif améliorée pour la détection de communautés dans les réseaux complexes. Nous proposons également un algorithme heuristique pour la détection de communautés utilisant cette fonction objectif ou son équivalent non corrigé par le degré, et montrons que la version corrigée par le degré surperforme considérablement la version non corrigée dans les réseaux réels et synthétiques.

@article{doi101103physreve83016107,
    author = "Karrer, Brian et Newman, M. E. J.",
    title = "Modèles de blocs stochastiques et structure communautaire dans les réseaux",
    year = "2011",
    journal = "Physical Review E",
    abstract = "Les modèles de blocs stochastiques ont été proposés comme un outil pour détecter la structure communautaire dans les réseaux ainsi que pour générer des réseaux synthétiques à utiliser comme références. Cependant, la plupart des modèles de blocs ignorent la variation du degré des sommets, ce qui les rend inadaptés aux applications sur les réseaux réels, qui affichent généralement des distributions de degrés larges pouvant affecter significativement les résultats. Ici, nous démontrons comment la généralisation des modèles de blocs pour intégrer cet élément manqué conduit à une fonction objectif améliorée pour la détection de communautés dans les réseaux complexes. Nous proposons également un algorithme heuristique pour la détection de communautés utilisant cette fonction objectif ou son équivalent non corrigé par le degré, et montrons que la version corrigée par le degré surperforme considérablement la version non corrigée dans les réseaux réels et synthétiques.",
    url = "https://doi.org/10.1103/physreve.83.016107",
    doi = "10.1103/physreve.83.016107",
    openalex = "W2119998616",
    references = "doi101103physreve78046110"
}

Même si la recherche sur le rôle des interactions compétitives lors de l'assemblage des communautés a débuté il y a des décennies, un récent regain d'intérêt a conduit à de nouvelles découvertes et à des opportunités de recherche. En utilisant la théorie contemporaine de la coexistence qui met l'accent sur les différences de niche stabilisatrices et les différences de fitness relatives, nous évaluons trois approches empiriques pour étudier l'assemblage des communautés. Nous montrons que les manipulations expérimentales de l'environnement abiotique ou biotique, les évaluations des relations entre traits, phylogénie et environnement, et les investigations de la croissance démographique dépendante de la fréquence suggèrent toutes une forte influence des différences de niche stabilisatrices et de fitness sur le résultat de l'assemblage des communautés végétales. Néanmoins, en raison des limites de ces approches appliquées de manière isolée, nous avons encore une compréhension insuffisante de quels axes de niche et quels traits déterminent le résultat de la compétition et la structure de la communauté. La combinaison des approches actuelles représente notre meilleure chance d'atteindre cet objectif, qui est fondamental pour l'écologie conceptuelle et pour la gestion des communautés végétales dans le contexte du changement global.

@article{doi101146annurevecolsys110411160411,
    author = "HilleRisLambers, Janneke et Adler, Peter B. et Harpole, W. Stanley et Levine, Jonathan M. et Mayfield, Margaret M.",
    title = "Rethinking Community Assembly through the Lens of Coexistence Theory",
    year = "2012",
    journal = "Annual Review of Ecology Evolution and Systematics",
    abstract = "Although research on the role of competitive interactions during community assembly began decades ago, a recent revival of interest has led to new discoveries and research opportunities. Using contemporary coexistence theory that emphasizes stabilizing niche differences and relative fitness differences, we evaluate three empirical approaches for studying community assembly. We show that experimental manipulations of the abiotic or biotic environment, assessments of trait-phylogeny-environment relationships, and investigations of frequency-dependent population growth all suggest strong influences of stabilizing niche differences and fitness differences on the outcome of plant community assembly. Nonetheless, due to the limitations of these approaches applied in isolation, we still have a poor understanding of which niche axes and which traits determine the outcome of competition and community structure. Combining current approaches represents our best chance of achieving this goal, which is fundamental to conceptual ecology and to the management of plant communities under global change.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev-ecolsys-110411-160411",
    doi = "10.1146/annurev-ecolsys-110411-160411",
    openalex = "W2098490582",
    references = "doi101016jtree200409011, doi101038nature08251, doi101086283164, doi101111j14610248200600996x, doi101111j14610248201001509x, doi101126science1169640, doi1018901012641"
}

Résumé La sous-discipline de la « phylogénétique communautaire » connaît une croissance rapide et influence la réflexion concernant l'assemblage des communautés. En particulier, la dispersion phylogénétique des espèces co-occurrentes au sein d'une communauté est couramment utilisée comme proxy pour identifier quels processus d'assemblage communautaire ont pu structurer une communauté donnée : la phylogénétique en grappes comme proxy pour l'assemblage abiotique, c'est-à-dire le filtrage des habitats, et la phylogénétique en surdispersion comme proxy pour l'assemblage biotique, notamment la compétition. Nous remettons en question cette approche en mettant en lumière (généralement) des hypothèses implicites qui, en réalité, ne sont que faiblement étayées, notamment (i) la dispersion phylogénétique reflète la dispersion des traits ; (ii) une fonction écologique donnée ne peut être assurée que par un seul état de trait ou une combinaison d'états de traits ; (iii) la similarité des traits entraîne une compétition accrue ; (iv) la compétition entraîne l'exclusion des espèces ; (v) les communautés sont à l'équilibre, les processus d'assemblage ayant été achevés ; (vi) l'assemblage par filtrage des habitats diminue d'importance si l'assemblage par compétition augmente, de sorte que l'équilibre relatif des deux peut ainsi être quantifié par un seul paramètre ; et (vii) la dispersion phylogénétique observée est principalement pilotée par des processus locaux et actuels. De plus, la sophistication technique de l'approche des motifs phylogénétiques comme proxy s'oppose à la sophistication dans des approches alternatives, potentiellement plus pertinentes, pour observer ou manipuler directement les processus d'assemblage. Malgré les préoccupations concernant l'utilisation de la dispersion phylogénétique comme proxy pour les processus d'assemblage communautaire, nous suggérons qu'il existe des avantages sous-estimés de la quantification de la structure phylogénétique des communautés, notamment (i) la compréhension de la manière dont la coexistence conduit à la diversification macroévolutif des pools de lignées d'habitats (c'est-à-dire l'approche des motifs phylogénétiques comme résultat) ; et (ii) la compréhension de la contingence macroévolutif des pools de lignées d'habitats et de la manière dont elle affecte la coexistence actuelle des espèces dans les communautés locales (c'est-à-dire l'approche des motifs phylogénétiques comme cause). Nous concluons que les motifs phylogénétiques peuvent être peu utiles comme proxy de l'assemblage communautaire. Cependant, de tels motifs peuvent s'avérer utiles pour identifier et tester de nouvelles hypothèses sur (i) la manière dont la coexistence locale peut contrôler la macroévolution du pool de lignées d'habitats, par exemple par la compétition entre proches parents déclenchant le déplacement et la diversification des caractères, et (ii) la manière dont la macroévolution au sein du pool de lignées d'habitats peut contrôler la coexistence locale d'espèces apparentées, par exemple par l'origine de proches parents qui peuvent potentiellement entrer en compétition.

@article{doi1011111365243512425,
    author = "Gerhold, Pille and Cahill, James F. et Winter, Marten et Bartish, Igor V. et Prinzing, Andréas",
    title = "Les motifs phylogénétiques ne sont pas des substituts des mécanismes d'assemblage des communautés (ils sont bien meilleurs)",
    year = "2015",
    journal = "Functional Ecology",
    abstract = "Résumé La sous-discipline de la « phylogénie des communautés » connaît une croissance rapide et influence la réflexion concernant l'assemblage des communautés. En particulier, la dispersion phylogénétique des espèces co-occurrentes au sein d'une communauté est couramment utilisée comme substitut pour identifier quels processus d'assemblage des communautés peuvent avoir structuré une communauté particulière : la phylogénie en grappes comme substitut de l'assemblage abiotique, c'est-à-dire le filtrage des habitats, et la phylogénie en surdispersion comme substitut de l'assemblage biotique, notamment la compétition. Nous remettons en question cette approche en soulignant (généralement) des hypothèses implicites qui, en réalité, ne sont que faiblement soutenues, y compris (i) la dispersion phylogénétique reflète la dispersion des traits ; (ii) une fonction écologique donnée ne peut être réalisée que par un seul état de trait ou une combinaison d'états de traits ; (iii) la similitude des traits entraîne une compétition accrue ; (iv) la compétition entraîne l'exclusion des espèces ; (v) les communautés sont à l'équilibre avec les processus d'assemblage ayant été achevés ; (vi) l'assemblage par filtrage des habitats diminue en importance si l'assemblage par compétition augmente, de sorte que l'équilibre relatif des deux peut ainsi être quantifié par un seul paramètre ; et (vii) la dispersion phylogénétique observée est principalement pilotée par des processus locaux et actuels. De plus, la sophistication technique de l'approche des motifs phylogénétiques en tant que substitut est en contrepoint avec la sophistication dans des approches alternatives, potentiellement plus pertinentes, pour observer ou manipuler directement les processus d'assemblage. Malgré les préoccupations concernant l'utilisation de la dispersion phylogénétique comme substitut des processus d'assemblage des communautés, nous suggérons qu'il existe des avantages sous-estimés de la quantification de la structure phylogénétique des communautés, y compris (i) la compréhension de la manière dont la coexistence conduit à la diversification macroévolutif des pools de lignées d'habitats (c'est-à-dire l'approche des motifs phylogénétiques en tant que résultat) ; et (ii) la compréhension de la contingence macroévolutif des pools de lignées d'habitats et de la manière dont elle affecte la coexistence actuelle des espèces dans les communautés locales (c'est-à-dire l'approche des motifs phylogénétiques en tant que cause). Nous concluons que les motifs phylogénétiques peuvent être peu utiles comme substitut de l'assemblage des communautés. Cependant, de tels motifs peuvent s'avérer utiles pour identifier et tester de nouvelles hypothèses sur (i) la manière dont la coexistence locale peut contrôler la macroévolution du pool de lignées d'habitats, par exemple par la compétition entre proches parents déclenchant le déplacement et la diversification des caractères, et (ii) la manière dont la macroévolution au sein du pool de lignées d'habitats peut contrôler la coexistence locale d'espèces apparentées, par exemple par l'origine de proches parents qui peuvent potentiellement entrer en compétition.",
    url = "https://doi.org/10.1111/1365-2435.12425",
    doi = "10.1111/1365-2435.12425",
    openalex = "W2125535068",
    references = "doi101016jtree200409011, doi101086282505, doi101086283817, doi101086660020, doi101111j14610248200400608x, doi101111j14610248200901314x, doi101146annurevearth261379, doi101146annurevecolsys311343, doi101146annurevecolsys33010802150448, doi1023072256497, doi105962bhltitle4489, openalexw2273605253"
}