Compétition

@article{beauchamp1932competitive2,
    author = "Beauchamp, R. S. A. et Ullyott, P",
    title = "Relations compétitives entre certaines espèces de tricladés d'eau douce",
    year = "1932",
    journal = "Journal of Ecology, v. 20, p. 200- 208",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Beauchamp, R. S. A., et Ullyott, P., 1932, Relations compétitives entre certaines espèces de tricladés d'eau douce : Journal of Ecology, v. 20, p. 200- 208.}"
}

@article{elton1946competition12,
    author = "Elton, C. S",
    title = "Competition and the structure of ecological communities",
    year = "1946",
    journal = "Journal of Animal Ecology, v. 15, p. 54-68",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Elton, C. S., 1946, Competition and the structure of ecological communities: Journal of Animal Ecology, v. 15, p. 54-68.}"
}

@article{crombie1947interspecific8,
    author = "Crombie, A. C",
    title = "Compétition interspécifique",
    year = "1947",
    journal = "Journal of Animal Ecology, v. 16, p. 44-73",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Crombie, A. C., 1947, Compétition interspécifique : Journal of Animal Ecology, v. 16, p. 44-73.}"
}

@article{andrewartha1953the1,
    author = "Andrewartha, H. G. et Birch, L. C",
    title = "La théorie de Lotka-Volterra sur la compétition interspécifique",
    year = "1953",
    journal = "Aust. Journal Zoology, v. 1, p. 174-177",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Andrewartha, H. G., et Birch, L. C., 1953, La théorie de Lotka-Volterra sur la compétition interspécifique : Aust. Journal Zoology, v. 1, p. 174-177.}"
}

@misc{birch1957the3,
    author = "Birch, L. C",
    title = "Les significations de la compétition",
    year = "1957",
    howpublished = "American Naturalist, v. 91, p. 5-18",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Birch, L. C., 1957, Les significations de la compétition : American Naturalist, v. 91, p. 5-18.}"
}

@misc{cole1960competitive5,
    author = "Cole, L. C",
    title = "Exclusion compétitive",
    year = "1960",
    howpublished = "Science, v. 132, p. 348-349",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Cole, L. C., 1960, Exclusion compétitive: Science, v. 132, p. 348-349.}"
}

En résumé, nos conclusions générales sont les suivantes : (1) Les populations de producteurs, de carnivores et de décomposeurs sont limitées par leurs ressources respectives selon le mode classique dépendant de la densité. (2) La compétition interspécifique doit nécessairement exister entre les membres de chacun de ces trois niveaux trophiques. (3) Les herbivores sont rarement limités par la nourriture, semblent le plus souvent limités par les prédateurs, et ne sont donc pas susceptibles de concourir pour des ressources communes.

@article{doi101086282146,
    author = "Hairston, Nelson G. et Smith, Frederick E. et Slobodkin, Lawrence B.",
    title = "Structure de la communauté, contrôle de la population et compétition",
    year = "1960",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "En résumé, nos conclusions générales sont les suivantes : (1) Les populations de producteurs, de carnivores et de décomposeurs sont limitées par leurs ressources respectives selon le mode classique dépendant de la densité. (2) La compétition interspécifique doit nécessairement exister entre les membres de chacun de ces trois niveaux trophiques. (3) Les herbivores sont rarement limités par la nourriture, semblent le plus souvent limités par les prédateurs, et ne sont donc pas susceptibles de concourir pour des ressources communes.",
    url = "https://doi.org/10.1086/282146",
    doi = "10.1086/282146",
    openalex = "W2004827430",
    references = "beauchamp1932competitive, doi101101sqb195702201017, doi101101sqb195702201021, doi101111j155856461957tb02883x, doi101111j174966321948tb39854x, doi1023071395, doi1023071485, doi1023071931600, doi1023071943584, doi1023072240"
}

@misc{connell1961the6,
    author = "Connell, J. H",
    title = "L'influence de la compétition interspécifique et d'autres facteurs sur la distribution du barnacle, Chthamalus stellatus",
    year = "1961",
    howpublished = "Ecology, v. 42, p. 710-723",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Connell, J. H., 1961, L'influence de la compétition interspécifique et d'autres facteurs sur la distribution du barnacle, Chthamalus stellatus: Ecology, v. 42, p. 710-723.}"
}

@misc{connell1961the7,
    author = "Connell, J. H",
    title = "L'influence de la compétition interspécifique et d'autres facteurs sur la distribution du barnacle, Chthamalus stellatus",
    year = "1961",
    howpublished = "Ecology, v. 42, p. 710-723",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Connell, J. H., 1961, L'influence de la compétition interspécifique et d'autres facteurs sur la distribution du barnacle, Chthamalus stellatus: Ecology, v. 42, p. 710-723.}"
}

@misc{crowell1962reduced9,
    author = "Crowell, K. L",
    title = "Réduction de la compétition interspécifique chez les oiseaux des Bermudes",
    year = "1962",
    howpublished = "Ecology, v. 43, p. 75-88",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Crowell, K. L., 1962, Réduction de la compétition interspécifique chez les oiseaux des Bermudes: Ecology, v. 43, p. 75-88.}"
}

@article{debach1966the11,
    author = "DeBach, P",
    title = "Les principes de déplacement compétitif et de coexistence",
    year = "1966",
    journal = "Annual Review of Entomology, v. 11, p. 183-212",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {DeBach, P., 1966, The competitive displacement and coexistance principles: Annual Review of Entomology, v. 11, p. 183-212.}"
}

La compréhension de la structure des communautés devrait reposer sur des preuves selon lesquelles la croissance et la régulation des populations composantes de la communauté sont affectées de manière prévisible par les perturbations physiques naturelles et par les interactions avec d'autres espèces au sein de la communauté. Cette étude présente une évaluation expérimentale des effets de telles perturbations et des interactions compétitives sur les populations d'organismes sessiles dans la communauté intertidale rocheuse, pour laquelle l'espace peut être démontré comme étant la ressource limitante la plus importante. Cette recherche a été menée à huit stations sur la côte de Washington, qui ont été classées selon un gradient d'exposition/dessiccation et soumises à une manipulation et une observation comparables. Les variables physiques telles que l'exposition aux vagues, le battage par les débris flottants et la dessiccation ont des effets importants sur la distribution et l'abondance de nombreuses espèces sessiles de la communauté. En particulier, l'exposition aux vagues et la dessiccation ont une influence majeure sur les modèles de distribution de toutes les algues et de l'anémone Anthopleura elegantissima. La probabilité de dommages causés par les débris flottants est très élevée dans les zones où les débris se sont accumulés le long de la zone intertidale. Les dommages causés par les débris et l'exposition aux vagues ont des effets complémentaires dans la fourniture d'espace libre dans un lit de moules, car le choc des vagues agrandit une tache créée par les dommages causés par les débris en arrachant les moules du substrat à la périphérie de la tache nue. La compétition pour l'espace primaire entraîne des hiérarchies de dominance claires, dans lesquelles les balanes sont dominantes sur les algues. Parmi les balanes, Balanus cariosus est dominant à la fois sur B. glandula et Chthamalus dalli ; B. glandula est dominant sur C. dalli. La moule Mytilus californianus nécessite un espace secondaire (certaines algues, balanes ou fils byssaux) pour la fixation larvaire, mais est capable de pousser sur toutes les autres espèces sessiles et est potentiellement le dominant compétitif de l'espace dans la communauté.

@article{dayton1971competition,
    author = "Dayton, Paul K.",
    title = "Competition, Disturbance, and Community Organization: The Provision and Subsequent Utilization of Space in a Rocky Intertidal Community",
    year = "1971",
    journal = "Ecological Monographs",
    abstract = "La compréhension de la structure des communautés devrait reposer sur des preuves selon lesquelles la croissance et la régulation des populations composantes de la communauté sont affectées de manière prévisible par les perturbations physiques naturelles et par les interactions avec d'autres espèces au sein de la communauté. Cette étude présente une évaluation expérimentale des effets de telles perturbations et des interactions compétitives sur les populations d'organismes sessiles dans la communauté intertidale rocheuse, pour laquelle l'espace peut être démontré comme étant la ressource limitante la plus importante. Cette recherche a été menée à huit stations sur la côte de Washington, qui ont été classées selon un gradient d'exposition/dessiccation et soumises à une manipulation et une observation comparables. Les variables physiques telles que l'exposition aux vagues, le battage par les débris flottants et la dessiccation ont des effets importants sur la distribution et l'abondance de nombreuses espèces sessiles de la communauté. En particulier, l'exposition aux vagues et la dessiccation ont une influence majeure sur les modèles de distribution de toutes les algues et de l'anémone Anthopleura elegantissima. La probabilité de dommages causés par les débris flottants est très élevée dans les zones où les débris se sont accumulés le long de la zone intertidale. Les dommages causés par les débris et l'exposition aux vagues ont des effets complémentaires dans la fourniture d'espace libre dans un lit de moules, car le choc des vagues agrandit une tache créée par les dommages causés par les débris en arrachant les moules du substrat à la périphérie de la tache nue. La compétition pour l'espace primaire entraîne des hiérarchies de dominance claires, dans lesquelles les balanes sont dominantes sur les algues. Parmi les balanes, Balanus cariosus est dominant à la fois sur B. glandula et Chthamalus dalli ; B. glandula est dominant sur C. dalli. La moule Mytilus californianus nécessite un espace secondaire (certaines algues, balanes ou fils byssaux) pour la fixation larvaire, mais est capable de pousser sur toutes les autres espèces sessiles et est potentiellement le dominant compétitif de l'espace dans la communauté.",
    url = "https://doi.org/10.2307/1948498",
    doi = "10.2307/1948498",
    number = "4",
    openalex = "W1974072473",
    pages = "351-389",
    volume = "41",
    references = "connell1961effects, doi101086282400, doi101086282455, doi101126science1473655250, doi1023071931746, doi1023071933500, doi1023071936888, doi1023071942327, doi1023073498751, doi102307jctvx5wbbh"
}

@misc{dayton1971competition10,
    author = "Dayton, P. K",
    title = "Compétition, perturbation et organisation communautaire",
    year = "1971",
    howpublished = "la fourniture et l'utilisation ultérieure de l'espace dans une communauté intertidale rocheuse : Ecological Monographs, v. 41, p. 351-389",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Dayton, P. K., 1971, Compétition, perturbation et organisation communautaire : la fourniture et l'utilisation ultérieure de l'espace dans une communauté intertidale rocheuse : Ecological Monographs, v. 41, p. 351-389.}"
}

@book{cody1973competition4,
    author = "Cody, M. L",
    title = "Competition and Community Structure",
    year = "1973",
    publisher = "Princeton, New Jersey, Princeton University Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Cody, M. L., 1973, Competition and Community Structure: Princeton, New Jersey, Princeton University Press.}"
}

@article{doi101007bf00345739,
    author = "Paine, Robert T.",
    title = "Structure des communautés intertidales",
    year = "1974",
    journal = "Oecologia",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf00345739",
    doi = "10.1007/bf00345739",
    openalex = "W75209568",
    references = "dayton1971competition, doi101086282400, doi101086282541, doi101146annureves03110172001125, doi1023071931746, doi1023071933500, doi1023071936888, doi1023071942327, doi1023071942404, doi104319lo19691450710, openalexw1538256544, openalexw2418669733"
}

Pour comprendre le partitionnement des ressources, essentiellement un phénomène communautaire, nous avons besoin d'une théorie holistique qui s'appuie sur des modèles au niveau individuel et au niveau des populations. Pourtant, certains chercheurs se contentent encore principalement de documenter les différences entre espèces, une procédure d'intérêt limité. Par conséquent, il peut être utile de conclure par une liste de questions appropriées pour les études sur le partitionnement des ressources, questions que cet article a reliées à la théorie de manière préliminaire. 1) Quel est le mécanisme de la compétition ? Quelle est l'importance relative de la prédation ? Les différences sont-elles susceptibles d'être causées par des pressions vers l'isolement reproductif ? 2) Les niches (utilisations) sont-elles régulièrement espacées le long d'une seule dimension ? 3) Combien de dimensions sont importantes, et y a-t-il une tendance à ajouter plus de dimensions à mesure que le nombre d'espèces augmente ? 4) La séparation dimensionnelle est-elle complémentaire ? 5) Quelles dimensions sont utilisées, comment se classent-elles en importance, et pourquoi ? Comment les dimensions particulières changent-elles de rang à mesure que le nombre d'espèces augmente ? 6) Quelle est la relation entre la séparation dimensionnelle et la différence dans les indicateurs phénotypiques ? Dans quelle mesure la relation fonctionnelle du phénotype aux caractéristiques des ressources contraint-elle le partitionnement ? 7) Quelle est la distance entre la position moyenne des niches, quelle est l'écart-type de la niche, et quel est le rapport des deux ? Quelle est la forme de la niche ?

@article{doi101126science185414527,
    author = "Schoener, Thomas W.",
    title = "Resource Partitioning in Ecological Communities",
    year = "1974",
    journal = "Science",
    abstract = "To understand resource partitioning, essentially a community phenomenon, we require a holistic theory that draws upon models at the individual and population level. Yet some investigators are still content mainly to document differences between species, a procedure of only limited interest. Therefore, it may be useful to conclude with a list of questions appropriate for studies of resource partitioning, questions this article has related to the theory in a preliminary way. 1) What is the mechanism of competition? What is the relative importance of predation? Are differences likely to be caused by pressures toward reproductive isolation? 2) Are niches (utilizations) regularly spaced along a single dimension? 3) How many dimensions are important, and is there a tendency for more dimensions to be added as species number increases? 4) Is dimensional separation complementary? 5) Which dimensions are utilized, how do they rank in importance, and why? How do particular dimensions change in rank as species nuimber increases? 6) What is the relation of dimensional separation to difference in phenotypic indicators? To what extent does the functional relation of phenotype to resource characteristics constrain partitioning? 7) What is the distance between mean position of niches, what is the niche standard deviation, and what is the ratio of the two? What is the niche shape?",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.185.4145.27",
    doi = "10.1126/science.185.4145.27",
    openalex = "W2034690972",
    references = "doi101016s0065250408603190, doi101073pnas6951109, doi101086282070, doi101086282146, doi101086282400, doi101086282454, doi101086282505, doi101086282531, doi101111j109583121972tb00690x, doi101111j1469185x1965tb00815x, doi101126science1473655250, doi101126science16338741419, doi101126science1794075759, doi101146annureves02110171002101, doi1023071931600, doi1023071933181, doi1023071933500, doi1023071935534, doi1023071936893, doi1023071942327, doi1023072411924, doi104039ent913857, doi107312pric91844"
}

Une communauté de compétition de Lotka-Volterra à trois espèces peut présenter des oscillations de population de nature neutre ou non amortie. La compétition d'interférence non transitive, dans laquelle 1 peut exclure 2, 2 peut exclure 3, mais 3 peut exclure 1, est le mécanisme sous-jacent. Si l'immigration, un chevauchement spatial incomplet ou tout autre mécanisme empêche l'extinction, alors un tel système à trois espèces doit entrer dans de véritables cycles limites. Pour les systèmes de plus grande dimension, les cycles limites sont plus probables dans les communautés ayant un nombre impair d'espèces. De tels cycles limites sont le plus susceptibles d'être trouvés dans les tropiques. Une morale prudente est donnée : les systèmes de compétition simples qui semblent instables et aléatoires peuvent être stables et déterministes.

@article{doi101086282973,
    author = "Gilpin, Michael E.",
    title = "Limit Cycles in Competition Communities",
    year = "1975",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "Une communauté de compétition de Lotka-Volterra à trois espèces peut présenter des oscillations de population de nature neutre ou non amortie. La compétition d'interférence non transitive, dans laquelle 1 peut exclure 2, 2 peut exclure 3, mais 3 peut exclure 1, est le mécanisme sous-jacent. Si l'immigration, un chevauchement spatial incomplet ou tout autre mécanisme empêche l'extinction, alors un tel système à trois espèces doit entrer dans de véritables cycles limites. Pour les systèmes de plus grande dimension, les cycles limites sont plus probables dans les communautés ayant un nombre impair d'espèces. De tels cycles limites sont le plus susceptibles d'être trouvés dans les tropiques. Une morale prudente est donnée : les systèmes de compétition simples qui semblent instables et aléatoires peuvent être stables et déterministes.",
    url = "https://doi.org/10.1086/282973",
    doi = "10.1086/282973",
    openalex = "W2020264308"
}

@article{doi1010160040580977900429,
    author = "Holt, Robert D.",
    title = "Prédation, compétition apparente et structure des communautés de proies",
    year = "1977",
    journal = "Theoretical Population Biology",
    url = "https://doi.org/10.1016/0040-5809(77)90042-9",
    doi = "10.1016/0040-5809(77)90042-9",
    openalex = "W2024882325",
    references = "doi1010160040580970900390, doi101016s0065250408602883, doi101038116461b0, doi101038260204c0, doi101086282146, doi101086282400, doi101086282415, doi101086282477, doi101126science150369228, doi101126science185414527, doi10129879780300188479022, doi1015159780691206912, doi1023072258550, doi1023072298330, doi1023072965538, openalexw2971318137"
}

RÉSUMÉ Selon l'hypothèse de « Gause », une conséquence du processus d'évolution par sélection naturelle est que dans une communauté à l'équilibre, chaque espèce doit occuper un niché différent. De nombreux botanistes ont trouvé cette idée improbable car ils ont ignoré les processus de régénération dans les communautés végétales. La plupart des communautés végétales sont plus longévives que les plantes individuelles qui les constituent. Lorsqu'un individu meurt, il peut être ou non remplacé par un individu de la même espèce. C'est cette étape de remplacement qui est primordiale pour l'argumentation présentée. Plusieurs mécanismes ne impliquant pas la régénération contribuent également au maintien de la richesse spécifique : différences de forme de vie couplées à l'incapacité des plantes plus grandes d'épuiser ou de couper toutes les ressources, le développement de relations de dépendance, différences de phénologie couplées à la tolérance de la suppression, fluctuations de l'environnement couplées à des différences relativement faibles en matière de capacité compétitive entre de nombreuses espèces, la capacité de certaines paires d'espèces à former des mélanges stables en raison d'un équilibre entre la compétition intraspécifique et la compétition interspécifique, la production de substances plus toxiques pour l'espèce productrice que pour les autres espèces, différences dans les minéraux nutritifs limitants primaires ou les tailles de pores dans le sol pour les plantes voisines de différentes espèces, et différences dans les capacités compétitives des espèces dépendant de leur âge physiologique couplées à la structure d'âge inégale de nombreuses populations. Les mécanismes listés ci-dessus n'expliquent pas suffisamment la persistance indéfinie en mélange de nombreuses espèces dans les communautés les plus riches en espèces connues. En revanche, il semble exister presque des possibilités illimitées de différences entre les espèces dans leurs besoins en matière de régénération, c'est-à-dire le remplacement des plantes individuelles d'une génération par celles de la suivante. Cette idée est illustrée pour les espèces d'arbres et il est souligné que les forestiers ont été les premiers, de loin, à apprécier son importance. Les processus impliqués dans l'invasion réussie d'un trou par une espèce végétale donnée et certains caractères du trou qui peuvent être importants sont résumés dans le Tableau 2. La définition du niché d'une plante nécessite la reconnaissance de quatre composantes : le niché d'habitat, le niché de forme de vie, le niché phénologique et le niché de régénération. Un bref compte rendu est donné des schémas de régénération dans différents types de communautés végétales pour fournir un contexte aux études de différenciation dans le niché de régénération. Toutes les étapes du cycle de régénération sont potentiellement importantes et des exemples de différenciation entre espèces sont donnés pour chacune des étapes suivantes : production de graines viables (incluant les sous-étapes de floraison, de pollinisation et de mise en graine), dispersion, dans l'espace et le temps, germination, établissement et développement ultérieur de la plante immature. Dans la discussion conclusive, l'accent est mis sur les thèmes suivants : les types de travaux nécessaires à l'avenir pour prouver ou infirmer que la différenciation dans le niché de régénération est l'explication majeure du maintien de la richesse spécifique dans les communautés végétales, la relation de la présente thèse aux idées publiées sur l'origine de l'étalement phénologique, la pertinence de la présente thèse à la discussion sur la présence de continus dans la végétation, la coïncidence de la présente thèse et des idées émergentes des évolutionnistes sur la différenciation des taxons d'angiospermes, et l'importance des études de régénération pour la conservation.

@article{doi101111j1469185x1977tb01347x,
    author = "Grubb, P. J.",
    title = "THE MAINTENANCE OF SPECIES‐RICHNESS IN PLANT COMMUNITIES: THE IMPORTANCE OF THE REGENERATION NICHE",
    year = "1977",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society",
    abstract = "RÉSUMÉ Selon l'hypothèse de 'Gause', une conséquence du processus d'évolution par sélection naturelle est que dans une communauté à l'équilibre, chaque espèce doit occuper un niché différent. De nombreux botanistes ont trouvé cette idée improbable car ils ont ignoré les processus de régénération dans les communautés végétales. La plupart des communautés végétales sont plus longévives que les plantes individuelles qui les constituent. Lorsqu'un individu meurt, il peut ou non être remplacé par un individu de la même espèce. C'est cette étape de remplacement qui est cruciale pour l'argumentation présentée. Plusieurs mécanismes ne impliquant pas la régénération contribuent également au maintien de la richesse spécifique : les différences de forme de vie couplées à l'incapacité des plantes plus grandes d'épuiser ou de couper toutes les ressources, le développement de relations de dépendance, les différences de phénologie couplées à la tolérance de la suppression, les fluctuations de l'environnement couplées à des différences relativement faibles en matière de capacité compétitive entre de nombreuses espèces, la capacité de certaines paires d'espèces à former des mélanges stables en raison d'un équilibre entre la compétition intraspécifique et la compétition interspécifique, la production de substances plus toxiques pour l'espèce productrice que pour les autres espèces, les différences dans les minéraux nutritifs limitants primaires ou les tailles de pores dans le sol pour les plantes voisines de différentes espèces, et les différences dans les capacités compétitives des espèces dépendant de leur âge physiologique couplées à la structure d'âge inégale de nombreuses populations. Les mécanismes listés ci-dessus n'expliquent pas suffisamment la persistance indéfinie en mélange de nombreuses espèces dans les communautés les plus riches en espèces connues. En revanche, il semble qu'il existe presque des possibilités illimitées de différences entre les espèces dans leurs besoins en matière de régénération, c'est-à-dire le remplacement des plantes individuelles d'une génération par celles de la suivante. Cette idée est illustrée pour les espèces d'arbres et il est souligné que les forestiers ont été les premiers, de loin, à apprécier son importance. Les processus impliqués dans l'invasion réussie d'un trou par une espèce végétale donnée et certains caractères du trou qui peuvent être importants sont résumés dans le Tableau 2. La définition du niché d'une plante nécessite la reconnaissance de quatre composantes : le niché d'habitat, le niché de forme de vie, le niché phénologique et le niché de régénération. Un bref compte rendu est donné des modèles de régénération dans différents types de communautés végétales pour fournir un contexte pour les études de différenciation dans le niché de régénération. Toutes les étapes du cycle de régénération sont potentiellement importantes et des exemples de différenciation entre espèces sont donnés pour chacune des étapes suivantes : production de graines viables (y compris les sous-étapes de floraison, de pollinisation et de mise en graine), dispersion, dans l'espace et le temps, germination, établissement et développement ultérieur de la plante immature. Dans la discussion conclusive, l'accent est mis sur les thèmes suivants : les types de travaux nécessaires à l'avenir pour prouver ou infirmer que la différenciation dans le niché de régénération est l'explication principale du maintien de la richesse spécifique dans les communautés végétales, la relation de la thèse actuelle aux idées publiées sur l'origine de l'étalement phénologique, la pertinence de la thèse actuelle à la discussion sur la présence de continus dans la végétation, la coïncidence de la thèse actuelle et des idées émergentes des évolutionnistes sur la différenciation des taxons d'angiospermes, et l'importance des études de régénération pour la conservation.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1469-185x.1977.tb01347.x",
    doi = "10.1111/j.1469-185x.1977.tb01347.x",
    openalex = "W2119259345",
    references = "doi101038242344a0, doi101086282070, doi101086282687, doi101093biomet3812196, doi101111j155856461969tb03489x, doi101126science1473655250, doi1015159780691206912, doi1023071218190, doi1023071929601, doi1023072256497, doi1023072258550, doi1023072989767, openalexw1532540194"
}

Jusqu'à récemment rares, les études expérimentales de terrain sur la compétition interspécifique atteignent maintenant plus de 150. La compétition a été observée dans 90 % des études et 76 % de leurs espèces, indiquant son importance omniprésente dans les systèmes écologiques. La compétition exploitative et la compétition par interférence étaient des mécanismes apparents à peu près aussi souvent. Peu d'expériences ont montré une variation d'une année à l'autre dans l'existence de la compétition, bien que plus le fassent dans son intensité ; beaucoup n'étaient pas à long terme. L'hypothèse de Hairston-Slobodkin-Smith concernant la variation de l'importance de la compétition entre les niveaux trophiques a été fortement soutenue pour les systèmes terrestres et d'eau douce. En particulier, les producteurs, ainsi que les granivores, nectarivores, carnivores et charognards pris ensemble, ont montré plus de compétition que les herbivores phytophages et les filtreurs. Dans les systèmes marins, aucune tendance n'était détectable dans un sens ou dans l'autre. Les grands hétérotrophes ont plus souvent montré de la compétition que les petits dans la plupart des comparaisons, et d'autres propriétés possiblement dissuadant la prédation, comme le comportement piqueur, semblaient également caractéristiques des espèces qui se disputent fréquemment. Parmi les plantes terrestres et certains animaux terrestres, mais pas tous, les expériences menées dans des enclos étaient plus susceptibles de montrer de la compétition que les expériences non encloses. Un chevauchement écologique plus important impliquait une plus grande tendance à se disputer, tel que déterminé expérimentalement, lorsque les dimensions de la niche étaient le type de nourriture ou le microhabitat ; le contraire était vrai pour le macrohabitat. Un nombre substantiel d'études a montré une asymétrie dans la réponse de leurs espèces à la compétition ; les espèces plus grandes étaient significativement plus souvent supérieures que les plus petites, bien qu'une variété d'autres raisons apparentes pour l'asymétrie existent également. L'intégration de la théorie de la compétition dans l'expérimentation de terrain a tout juste commencé.

@article{doi101086284133,
    author = "Schoener, Thomas W.",
    title = "Field Experiments on Interspecific Competition",
    year = "1983",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "Rare until recently, field-experimental studies of interspecific competition now number well over 150. Competition was found in 90\% of the studies and 76\% of their species, indicating its pervasive importance in ecological systems. Exploitative competition and interference competition were apparent mechanisms about equally often. Few experiments showed year-to-year variation in the existence of competition, though more did in its intensity; many were not long-term. The Hairston-Slobodkin-Smith hypothesis concerning variation in the importance of competition between trophic levels was strongly supported for terrestrial and freshwater systems. In particular, producers, and granivores, nectarivores, carnivores, and scavengers taken together, showed more competition than did phytophagous herbivores and filter feeders. In marine systems, virtually no trend was detectable one way or the other. Large heterotrophs competed more than small ones in most comparisons, and other properties possibly deterring predation, such as stinging behavior, seemed also characteristic of species competing frequently. Among terrestrial plants and certain terrestrial animals but not all, experiments carried out in enclosures were more likely to show competition than unenclosed experiments. A greater ecological overlap implied a greater tendency to compete, as determined experimentally, when niche dimensions were food type or microhabitat; the opposite was true for macrohabitat. A substantial number of studies showed asymmetry in their species' response to competition; larger species were significantly more often superior than smaller ones, though a variety of other apparent reasons for asymmetry also existed. The integration of competition theory into field experimentation has only just begun.",
    url = "https://doi.org/10.1086/284133",
    doi = "10.1086/284133",
    openalex = "W2064242117",
    references = "dayton1971competition, doi101016s0065250408603190, doi101038260204c0, doi101086282070, doi101086282146, doi101086282400, doi101086282415, doi101086282477, doi101086282478, doi101086282505, doi1023071933500, doi1023071935707, doi1023071942484, doi1023073280305, doi105962bhltitle4489, openalexw2077454220"
}

Dans un échantillon strictement défini d'études sur la compétition utilisant des expériences de terrain contrôlées, couvrant 215 espèces et 527 expériences, la compétition a été observée dans la plupart des études, dans un peu plus de la moitié des espèces, et dans environ deux cinquièmes des expériences. Dans la plupart de ces expériences, la compétition interspécifique n'a pas été distinguée de la compétition intraspécifique. Dans les rares études où les deux ont été séparées, la compétition interspécifique était la forme dominante dans environ un sixième de toutes les expériences réalisées. Lorsque la compétition a été démontrée, la compétition intraspécifique était aussi forte ou plus forte que la compétition interspécifique dans trois quarts des expériences. Certaines preuves issues de cette revue de la littérature suggèrent que les résultats négatifs peuvent être sous-représentés, de sorte que les valeurs absolues de ces chiffres peuvent être trop élevées. Puisque ce biais devrait également s'appliquer aux études de tous les taxons, habitats ou autres interactions, il ne devrait pas affecter grandement les estimations de la prévalence relative de la compétition. Puisque ces estimations proviennent d'expériences de terrain ouvertes à d'autres influences telles que les prédateurs, les brouteurs, la météo, les perturbations, etc., elles devraient fournir une approximation raisonnable de la prévalence relative de la compétition interspécifique et intraspécifique dans les communautés écologiques naturelles. La prévalence de la compétition dans ces études a varié. Les organismes marins ont montré des fréquences de compétition systématiquement plus élevées que les organismes terrestres, tout comme les organismes de grande taille par rapport aux plus petits. Les plantes, les herbivores et les carnivores ont montré des fréquences de compétition similaires dans tous les habitats comparés. L'incidence de la compétition a varié considérablement d'une année à l'autre et d'un endroit à l'autre. Dans certaines catégories, les preuves concernant la compétition sont rares. Plus d'études sont nécessaires sur toutes les espèces d'eau douce, les vertébrés marins, les parasites, les effets sur la partition des ressources, et particulièrement sur les forces relatives de la compétition interspécifique versus intraspécifique. Lorsque les deux membres d'une paire ont été étudiés et qu'une certaine compétition a été trouvée, seul un membre était affecté dans plus de la moitié des expériences. Une telle compétition asymétrique forte n'est pas toujours cohérente dans sa direction ; des renversements dans l'ordre de classement de la supériorité compétitive ont été démontrés par des expériences de terrain et des observations directes. Certaines interactions positives ont été trouvées. Il s'agit peut-être d'une conséquence d'influences positives réelles ou d'influences négatives agissant indirectement par l'intermédiaire d'autres espèces. Ce dernier cas peut également s'appliquer à certaines des interactions négatives interprétées comme de la compétition dans ces études. Si l'on ne connaît que l'entrée et la sortie d'une expérience, il est difficile de décider quel mécanisme a produit l'effet observé. Bien que de nombreuses expériences aient probablement été correctement interprétées, la présente enquête illustre à quel point il est difficile de produire une démonstration claire et non ambiguë de la compétition interspécifique.

@article{doi101086284165,
    author = "Connell, Joseph H.",
    title = "On the Prevalence and Relative Importance of Interspecific Competition: Evidence from Field Experiments",
    year = "1983",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "Dans un échantillon strictement défini d'études sur la compétition utilisant des expériences de terrain contrôlées, couvrant 215 espèces et 527 expériences, la compétition a été observée dans la plupart des études, dans un peu plus de la moitié des espèces, et dans environ deux cinquièmes des expériences. Dans la plupart de ces expériences, la compétition interspécifique n'était pas distinguée de la compétition intraspécifique. Dans les rares études où les deux ont été séparées, la compétition interspécifique était la forme dominante dans environ un sixième de toutes les expériences réalisées. Lorsque la compétition a été démontrée, la compétition intraspécifique était aussi forte ou plus forte que la compétition interspécifique dans trois quarts des expériences. Certaines preuves issues de cette revue de la littérature suggèrent que les résultats négatifs peuvent être sous-représentés, de sorte que les valeurs absolues de ces chiffres peuvent être trop élevées. Puisque ce biais devrait également s'appliquer aux études de tous les taxons, habitats ou autres interactions, il ne devrait pas affecter considérablement les estimations de la prévalence relative de la compétition. Puisque ces estimations proviennent d'expériences de terrain ouvertes à d'autres influences telles que les prédateurs, les brouteurs, la météo, les perturbations, etc., elles devraient fournir une approximation raisonnable de la prévalence relative de la compétition interspécifique et intraspécifique dans les communautés écologiques naturelles. La prévalence de la compétition dans ces études a varié. Les organismes marins ont montré des fréquences de compétition systématiquement plus élevées que les organismes terrestres, tout comme les organismes de grande taille par rapport aux plus petits. Les plantes, les herbivores et les carnivores ont montré des fréquences de compétition similaires dans tous les habitats comparés. L'incidence de la compétition a varié considérablement d'une année à l'autre et d'un endroit à l'autre. Dans certaines catégories, les preuves concernant la compétition sont rares. Plus d'études sont nécessaires sur toutes les espèces d'eau douce, les vertébrés marins, les parasites, les effets sur la partition des ressources, et particulièrement sur les forces relatives de la compétition interspécifique versus intraspécifique. Lorsque les deux membres d'une paire ont été étudiés et que certaines compétitions ont été observées, seul un membre a été affecté dans plus de la moitié des expériences. Une telle compétition asymétrique forte n'est pas toujours cohérente dans sa direction ; des renversements dans l'ordre de classement de la supériorité compétitive ont été démontrés par des expériences de terrain et des observations directes. Certaines interactions positives ont été observées. Ces dernières peuvent être une conséquence d'influences positives réelles ou d'influences négatives agissant indirectement par l'intermédiaire d'autres espèces. Ce dernier cas peut également s'appliquer à certaines des interactions négatives interprétées comme de la compétition dans ces études. Si l'on ne connaît que l'entrée et la sortie d'une expérience, il est difficile de décider quel mécanisme a produit l'effet observé. Bien que de nombreuses expériences aient probablement été correctement interprétées, la présente enquête illustre à quel point il est difficile de produire une démonstration claire et non ambiguë de la compétition interspécifique.",
    url = "https://doi.org/10.1086/284165",
    doi = "10.1086/284165",
    openalex = "W1998245410",
    references = "doi101016b9780127114422x50016, doi101086282146, doi101086282478, doi101086283073, doi101086284133, doi101111j109583121972tb00690x, doi101126science185414527, doi1023071933500, doi1023071935707, doi1023071942404, doi1023071942484, doi1023071942563, openalexw2077454220"
}

@article{doi1023072259756,
    author = "Harper, John L. et Tilman, David",
    title = "Resource Competition and Community Structure.",
    year = "1983",
    journal = "Journal of Ecology",
    url = "https://doi.org/10.2307/2259756",
    doi = "10.2307/2259756",
    openalex = "W2335728124"
}

@article{doi1023074549,
    author = "Hassell, M. P. et Tilman, David",
    title = "Competition pour les ressources et structure de la communauté",
    year = "1984",
    journal = "Journal of Animal Ecology",
    url = "https://doi.org/10.2307/4549",
    doi = "10.2307/4549",
    openalex = "W3025136633"
}

La richesse spécifique (diversité) des assemblages locaux de plantes et d'animaux - communautés biologiques - équilibre les processus régionaux de formation d'espèces et de dispersion géographique, qui ajoutent des espèces aux communautés, contre les processus de prédation, d'exclusion compétitive, d'adaptation et de variation stochastique, qui peuvent favoriser l'extinction locale. Au cours des trois dernières décennies, les écologues ont cherché à expliquer les différences de diversité locale par l'influence de l'environnement physique sur les interactions locales entre espèces, des interactions qui sont généralement considérées comme limitant le nombre d'espèces coexistantes. Mais la diversité de la communauté biologique échoue souvent à converger sous des conditions physiques similaires, et la diversité locale présente une dépendance démontrable à la diversité régionale. Ces observations suggèrent que les processus régionaux et historiques, ainsi que des événements et circonstances uniques, influencent profondément la structure des communautés locales. Les écologues doivent élargir leurs concepts de processus communautaires et intégrer des données de la systématique, de la biogéographie et de la paléontologie dans l'analyse des modèles écologiques et les tests de la théorie des communautés.

@article{doi101126science2354785167,
    author = "Ricklefs, Robert E.",
    title = "Community Diversity: Relative Roles of Local and Regional Processes",
    year = "1987",
    journal = "Science",
    abstract = "The species richness (diversity) of local plant and animal assemblages-biological communities-balances regional processes of species formation and geographic dispersal, which add species to communities, against processes of predation, competitive exclusion, adaptation, and stochastic variation, which may promote local extinction. During the past three decades, ecologists have sought to explain differences in local diversity by the influence of the physical environment on local interactions among species, interactions that are generally believed to limit the number of coexisting species. But diversity of the biological community often fails to converge under similar physical conditions, and local diversity bears a demonstrable dependence upon regional diversity. These observations suggest that regional and historical processes, as well as unique events and circumstances, profoundly influence local community structure. Ecologists must broaden their concepts of community processes and incorporate data from systematics, biogeography, and paleontology into analyses of ecological patterns and tests of community theory.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.235.4785.167",
    doi = "10.1126/science.235.4785.167",
    openalex = "W1966081590",
    references = "crowell1962reduced, doi101016s0065250408603190, doi101038260204c0, doi101073pnas6951109, doi101086282070, doi101086282398, doi101086282505, doi101086282762, doi101086283366, doi101111j1469185x1965tb00815x, doi101111j155856461960tb03057x, doi101111j155856461963tb03295x, doi101126science19943351302, doi101126science20343871299, doi1023071932042, doi1023071934090, doi1023072257385, doi1023072406825, doi1023072407089, doi1023073544021, openalexw1989371375"
}

Même si les écologues ont longtemps considéré que la morphologie et l'histoire de vie étaient des déterminants importants de la distribution, de l'abondance et de la dynamique des plantes dans la nature, ce livre contient la première théorie à prédire explicitement à la fois l'évolution des traits des plantes et les effets de ces traits sur la structure et la dynamique des communautés végétales. David Tilman se concentre sur le besoin universel des plantes terrestres en ressources souterraines et aériennes. La séparation physique de ces ressources signifie que les plantes font face à un compromis inévitable. Pour obtenir une proportion plus élevée d'une ressource, une plante doit allouer plus de sa croissance aux structures impliquées dans son acquisition, et obtient ainsi nécessairement une proportion plus faible d'une autre ressource. Le professeur Tilman présente une théorie simple qui inclut cette contrainte et ce compromis, et utilise cette théorie pour explorer l'évolution des histoires de vie et des morphologies des plantes le long des gradients de productivité et de perturbation. Le livre montre que le taux de croissance relatif, qui est prédit être fortement influencé par l'allocation proportionnelle d'une plante aux feuilles, est un déterminant majeur de la dynamique transitoire de la compétition. Ces dynamiques peuvent expliquer les différences entre les successions sur des sols pauvres par rapport à des sols riches et suggèrent que la plupart des expériences de terrain réalisées à ce jour ont été d'une durée trop courte pour permettre une interprétation non ambiguë de leurs résultats.

@article{doi105860choice260924,
    title = "Plant strategies and the dynamics and structure of plant communities",
    year = "1988",
    journal = "Choice Reviews Online",
    abstract = "Although ecologists have long considered morphology and life history to be important determinants of the distribution, abundance, and dynamics of plants in nature, this book contains the first theory to predict explicitly both the evolution of plant traits and the effects of these traits on plant community structure and dynamics. David Tilman focuses on the universal requirement of terrestrial plants for both below-ground and above-ground resources. The physical separation of these resources means that plants face an unavoidable tradeoff. To obtain a higher proportion of one resource, a plant must allocate more of its growth to the structures involved in its acquisition, and thus necessarily obtain a lower proportion of another resource. Professor Tilman presents a simple theory that includes this constraint and tradeoff, and uses the theory to explore the evolution of plant life histories and morphologies along productivity and disturbance gradients. The book shows that relative growth rate, which is predicted to be strongly influenced by a plant's proportional allocation to leaves, is a major determinant of the transient dynamics of competition. These dynamics may explain the differences between successions on poor versus rich soils and suggest that most field experiments performed to date have been of too short a duration to allow unambiguous interpretation of their results.",
    url = "https://doi.org/10.5860/choice.26-0924",
    doi = "10.5860/choice.26-0924",
    openalex = "W1488595547"
}

Nous présentons une revue quantitative de la littérature pour évaluer dans quelle mesure les expériences de terrain avec des plantes ont abordé des questions concernant les modèles de compétition dans le temps et l'espace, les conséquences de la compétition sur la structure de la communauté, et les comparaisons de la capacité compétitive entre espèces. Nous décrivons les comparaisons de traitement et les analyses statistiques nécessaires pour répondre à chaque question, puis nous décrivons le nombre d'expériences qui répondent à ces critères et leurs résultats. Bien que nous ayons trouvé un total de 101 expériences dans 89 études, 63 % de ces expériences n'ont abordé que la question de savoir si la compétition affectait de manière significative un certain composant de la fitness individuelle d'une seule espèce à un moment et à un endroit donnés. Malgré la base de données limitée pour aborder des questions plus complexes sur les interactions compétitives, nous avons trouvé des résultats cohérents pour quelques-unes des questions que nous avons examinées. Là où cela a été testé, la compétition a toujours eu des effets significatifs sur les modèles de distribution (cinq expériences), sur les abondances relatives (deux expériences) et sur la diversité (quatre expériences), ce qui est cohérent avec l'idée que la compétition a des effets forts sur la structure de la communauté. D'un autre côté, la compétition intraspécifique n'était pas généralement plus forte que la compétition interspécifique, que ce soit pour l'effet compétitif (quatre expériences) ou la réponse (trois expériences), ce qui suggère que la partition des ressources peut ne pas être un mécanisme important de coexistence chez les plantes.

@article{doi101086285357,
    author = "Goldberg, Deborah E. and Barton, Andrew M.",
    title = "Patterns and Consequences of Interspecific Competition in Natural Communities: A Review of Field Experiments with Plants",
    year = "1992",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "Nous présentons une revue quantitative de la littérature pour évaluer dans quelle mesure les expériences de terrain avec des plantes ont abordé des questions concernant les modèles de compétition dans le temps et l'espace, les conséquences de la compétition sur la structure de la communauté, et les comparaisons de la capacité compétitive entre espèces. Nous décrivons les comparaisons de traitement et les analyses statistiques nécessaires pour répondre à chaque question, puis nous décrivons le nombre d'expériences qui répondent à ces critères et leurs résultats. Bien que nous ayons trouvé un total de 101 expériences dans 89 études, 63 % de ces expériences n'ont abordé que la question de savoir si la compétition affectait de manière significative un certain composant de la fitness individuelle d'une seule espèce à un moment et à un endroit donnés. Malgré la base de données limitée pour aborder des questions plus complexes sur les interactions compétitives, nous avons trouvé des résultats cohérents pour quelques-unes des questions que nous avons examinées. Là où cela a été testé, la compétition a toujours eu des effets significatifs sur les modèles de distribution (cinq expériences), sur les abondances relatives (deux expériences) et sur la diversité (quatre expériences), ce qui est cohérent avec l'idée que la compétition a des effets forts sur la structure de la communauté. D'un autre côté, la compétition intraspécifique n'était pas généralement plus forte que la compétition interspécifique, que ce soit pour l'effet compétitif (quatre expériences) ou la réponse (trois expériences), ce qui suggère que la partition des ressources peut ne pas être un mécanisme important de coexistence chez les plantes.",
    url = "https://doi.org/10.1086/285357",
    doi = "10.1086/285357",
    openalex = "W2136035194",
    references = "doi101086282697, doi101086283244, doi101086283366, doi101111j1469185x1977tb01347x, doi101126science2304728895, doi1015159781400881376, doi1023071942661, doi1023074549, openalexw2077454220, openalexw2169917233"
}

Tous les organismes, en particulier les plantes terrestres et d'autres espèces sessiles, interagissent principalement avec leurs voisins, mais les quartiers peuvent différer en composition en raison de la dispersion et de la mortalité. Il existe de plus en plus de preuves que la structure spatiale créée par ces forces influence profondément la dynamique, la composition et la biodiversité des communautés. Les modèles non spatiaux prédisent qu'aucun nombre supérieur d'espèces consommatrices ne peut coexister à l'équilibre que le nombre de ressources limitantes. En revanche, un modèle similaire qui inclut la compétition entre voisins et la dispersion aléatoire entre les sites prédit une coexistence stable d'un nombre potentiellement illimité d'espèces sur une seule ressource. La coexistence se produit parce que les espèces ayant des taux de dispersion suffisamment élevés persistent dans des sites non occupés par des compétiteurs supérieurs. La coexistence nécessite une similarité limitée et des compromis interspécifiques à deux ou trois voies entre la capacité compétitive, la capacité de colonisation et la longévité. Cette hypothèse de compétition spatiale semble expliquer la coexistence des nombreuses espèces végétales qui se disputent une seule ressource limitante dans les prairies de la Cedar Creek Natural History Area. Elle fournit une explication alternative testable pour d'autres communautés à haute diversité, telles que les forêts tropicales. Le modèle peut être testé (1) en déterminant si les espèces coexistantes ont les compromis requis en matière de colonisation, de compétition et de longévité, (2) par l'ajout de propagules pour déterminer si les abondances locales d'espèces sont limitées par la dispersion, et (3) par des comparaisons des effets sur la biodiversité des taux élevés d'ajout de propagules pour des espèces qui diffèrent en capacité compétitive.

@article{doi1023071939377,
    author = "Tilman, David",
    title = "Compétition et biodiversité dans des habitats structurés spatialement",
    year = "1994",
    journal = "Ecology",
    abstract = "Tous les organismes, en particulier les plantes terrestres et d'autres espèces sessiles, interagissent principalement avec leurs voisins, mais les quartiers peuvent différer en composition en raison de la dispersion et de la mortalité. Il existe de plus en plus de preuves que la structure spatiale créée par ces forces influence profondément la dynamique, la composition et la biodiversité des communautés. Les modèles non spatiaux prédisent qu'aucun nombre supérieur d'espèces consommatrices ne peut coexister à l'équilibre que le nombre de ressources limitantes. En revanche, un modèle similaire qui inclut la compétition entre voisins et la dispersion aléatoire entre les sites prédit une coexistence stable d'un nombre potentiellement illimité d'espèces sur une seule ressource. La coexistence se produit parce que les espèces ayant des taux de dispersion suffisamment élevés persistent dans des sites non occupés par des compétiteurs supérieurs. La coexistence nécessite une similarité limitée et des compromis interspécifiques à deux ou trois voies entre la capacité compétitive, la capacité de colonisation et la longévité. Cette hypothèse de compétition spatiale semble expliquer la coexistence des nombreuses espèces végétales qui se disputent une seule ressource limitante dans les prairies de la Cedar Creek Natural History Area. Elle fournit une explication alternative testable pour d'autres communautés à haute diversité, telles que les forêts tropicales. Le modèle peut être testé (1) en déterminant si les espèces coexistantes ont les compromis requis en matière de colonisation, de compétition et de longévité, (2) par l'ajout de propagules pour déterminer si les abondances locales d'espèces sont limitées par la dispersion, et (3) par des comparaisons des effets sur la biodiversité des taux élevés d'ajout de propagules pour des espèces qui diffèrent en capacité compétitive.",
    url = "https://doi.org/10.2307/1939377",
    doi = "10.2307/1939377",
    openalex = "W2159641034",
    references = "doi101038359826a0, doi101086282687, doi101086283366, doi101093besa153237, doi101093biomet3812196, doi101111j1469185x1977tb01347x, doi101126science20343871299, doi101146annureves11110180001313, doi1015159780691206912, doi1015159781400881376, doi1023073544021, doi1023075503, openalexw1612551514"
}

Ce réexamen réévalue l'importance de la compétition interspécifique dans la biologie des populations des insectes phytophages et évalue les facteurs qui médient la compétition. L'examen de 193 interactions binaires d'espèces, représentant tous les principaux guildes alimentaires, a fourni des informations sur l'occurrence, la fréquence, la symétrie, les conséquences et les mécanismes de la compétition. La compétition interspécifique s'est produite dans 76 % des interactions, était souvent asymétrique et fréquente dans la plupart des guildes (suceurs de sève, foreurs de bois et de tige, mangeurs de graines et de fruits), sauf chez les folivores mandibulés libres. Les insectes phytophages étaient plus susceptibles de entrer en compétition s'ils étaient étroitement apparentés, introduits, sessiles, agglomérants, se nourrissaient de ressources discrètes et se nourrissaient de plantes herbacées ou de graminées. L'interférence 297 0066-4170/95/0101-0297$05.00 A nn u. R ev. E nt om ol. 1 99 5. 40:2 97 -3 31. D ow nl oa de d fr om w w w.a nn ua lr ev ie w s. or g by T ex as S ta te U ni ve rs ity S an M ar co s on 0 5/ 16 /1 3. F or p er so na l u se o nl y. 298 DENNO, McCLURE & OTT la compétition était la plus fréquente entre les herbivores mandibulés vivant dans des niches cachées. Les plantes hôtes ont médié les interactions compétitives plus fréquemment que les ennemis naturels, les facteurs physiques et la compétition interspécifique. Des preuves expérimentales suffisantes existent pour rétablir la compétition interspécifique comme une hypothèse viable méritant une considération sérieuse dans les futures investigations de la structure des communautés d'insectes phytophages.

@article{doi101146annureven40010195001501,
    author = "Denno, Robert F. and McClure, M. S. and Ott, James R.",
    title = "Interspecific Interactions in Phytophagous Insects: Competition Reexamined and Resurrected",
    year = "1995",
    journal = "Annual Review of Entomology",
    abstract = "Ce réexamen réévalue l'importance de la compétition interspécifique dans la biologie des populations des insectes phytophages et évalue les facteurs qui médient la compétition. L'examen de 193 interactions binaires d'espèces, représentant tous les principaux guildes alimentaires, a fourni des informations sur l'occurrence, la fréquence, la symétrie, les conséquences et les mécanismes de la compétition. La compétition interspécifique s'est produite dans 76\% des interactions, était souvent asymétrique et fréquente dans la plupart des guildes (suceurs de sève, foreurs de bois et de tige, mangeurs de graines et de fruits), sauf chez les folivores mandibulés libres. Les insectes phytophages étaient plus susceptibles de entrer en compétition s'ils étaient étroitement apparentés, introduits, sessiles, agglomérants, se nourrissaient de ressources discrètes et se nourrissaient de plantes herbacées ou de graminées. L'interférence 297 0066-4170/95/0101-0297$05.00 A nn u. R ev. E nt om ol. 1 99 5. 40:2 97 -3 31. D ow nl oa de d fr om w w w.a nn ua lr ev ie w s. or g by T ex as S ta te U ni ve rs ity S an M ar co s on 0 5/ 16 /1 3. F or p er so na l u se o nl y. 298 DENNO, McCLURE \& OTT la compétition était la plus fréquente entre les herbivores mandibulés vivant dans des niches cachées. Les plantes hôtes ont médié les interactions compétitives plus fréquemment que les ennemis naturels, les facteurs physiques et la compétition interspécifique. Des preuves expérimentales suffisantes existent pour rétablir la compétition interspécifique comme une hypothèse viable méritant une considération sérieuse dans les futures investigations de la structure des communautés d'insectes phytophages.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.en.40.010195.001501",
    doi = "10.1146/annurev.en.40.010195.001501",
    openalex = "W2175489184",
    references = "doi101007bf00378812, doi101093aesa812245, doi101111j109583121988tb00472x, doi101139z78250"
}

La compétition souterraine se produit lorsque les plantes réduisent la croissance, la survie ou la fécondité de leurs voisins en diminuant les ressources du sol disponibles. La compétition souterraine peut être plus intense et impliquer beaucoup plus de voisins que la compétition aérienne. Les écophysiologistes et les écologistes des populations ou des communautés ont traditionnellement étudié la compétition souterraine sous des angles différents. Les études basées sur la physiologie mesurent souvent l'absorption des ressources sans déterminer les conséquences intégrées pour la performance des plantes, tandis que les études au niveau des populations ou des communautés examinent la performance des plantes mais échouent à identifier l'intermédiaire ou le mécanisme des ressources. La capacité compétitive souterraine est corrélée à des attributs tels que la densité des racines, la surface et la plasticité, que ce soit dans la croissance des racines ou dans les propriétés des enzymes impliquées dans l'absorption des nutriments. Contrairement à la compétition pour la lumière, dans laquelle les plantes plus grandes ont un avantage disproportionné en ombrageant les plus petites, la compétition pour les ressources du sol semble être plus symétrique. La compétition souterraine diminue souvent avec l'augmentation des niveaux de nutriments, mais il est prématuré de généraliser sur l'importance relative de la compétition aérienne et souterraine à travers les gradients de ressources. Bien que la compétition entre tiges et racines soit souvent supposée avoir des effets additifs sur la croissance des plantes, certaines études fournissent des preuves contraires, et les interactions potentielles entre ces deux formes de compétition devraient être prises en compte dans les futures investigations. D'autres recommandations de recherche incluent l'étude simultanée des espaces racinaires et aériens, car leurs fermetures peuvent ne pas se produire simultanément, et des estimations améliorées du voisinage souterrain. Seule la combinaison des outils et des perspectives de l'écophysiologie et de la biologie des populations et des communautés nous permettra de comprendre pleinement comment les caractéristiques du sol, la structure du voisinage et le changement climatique mondial influencent ou sont influencés par la compétition souterraine des plantes.

@article{doi101146annurevecolsys281545,
    author = "Casper, Brenda B. et Jackson, Robert B.",
    title = "Plant Competition Underground",
    year = "1997",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "La compétition souterraine se produit lorsque les plantes réduisent la croissance, la survie ou la fécondité de leurs voisins en diminuant les ressources du sol disponibles. La compétition souterraine peut être plus intense et impliquer beaucoup plus de voisins que la compétition aérienne. Les écophysiologistes et les écologistes des populations ou des communautés ont traditionnellement étudié la compétition souterraine sous des angles différents. Les études basées sur la physiologie mesurent souvent l'absorption des ressources sans déterminer les conséquences intégrées pour la performance des plantes, tandis que les études au niveau des populations ou des communautés examinent la performance des plantes mais échouent à identifier l'intermédiaire ou le mécanisme des ressources. La capacité compétitive souterraine est corrélée à des attributs tels que la densité des racines, la surface et la plasticité, que ce soit dans la croissance des racines ou dans les propriétés des enzymes impliquées dans l'absorption des nutriments. Contrairement à la compétition pour la lumière, dans laquelle les plantes plus grandes ont un avantage disproportionné en ombrageant les plus petites, la compétition pour les ressources du sol semble être plus symétrique. La compétition souterraine diminue souvent avec l'augmentation des niveaux de nutriments, mais il est prématuré de généraliser sur l'importance relative de la compétition aérienne et souterraine à travers les gradients de ressources. Bien que la compétition entre tiges et racines soit souvent supposée avoir des effets additifs sur la croissance des plantes, certaines études fournissent des preuves contraires, et les interactions potentielles entre ces deux formes de compétition devraient être prises en compte dans les futures investigations. D'autres recommandations de recherche incluent l'étude simultanée des espaces racinaires et aériens, car leurs fermetures peuvent ne pas se produire simultanément, et des estimations améliorées du voisinage souterrain. Seule la combinaison des outils et des perspectives de l'écophysiologie et de la biologie des populations et des communautés nous permettra de comprendre pleinement comment les caractéristiques du sol, la structure du voisinage et le changement climatique mondial influencent ou sont influencés par la compétition souterraine des plantes.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.28.1.545",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.28.1.545",
    openalex = "W2138626896",
    references = "doi101007bf02912621, doi1023072937039"
}

Les interactions entre les organismes se produisent au sein d'un milieu complexe de processus abiotiques et biotiques, mais nous les étudions généralement comme des phénomènes isolés. Des combinaisons complexes d'interactions négatives et positives ont été identifiées dans de nombreuses communautés végétales. L'importance de ces deux processus dans la structuration des communautés végétales peut être mieux comprise en les comparant le long de gradients de stress abiotique, de pression des consommateurs, et entre différents stades de vie, tailles et densités des espèces en interaction. Ici, nous discutons des rôles du stade de vie, de la physiologie, des interactions indirectes et de l'environnement physique sur l'équilibre entre concurrence et facilitation dans les communautés végétales.

@article{doi1018900012965819970781958cafasa20co2,
    author = "Callaway, Ragan M. et Walker, Lawrence R.",
    title = "CONCURRENCE ET FACILITATION : UNE APPROCHE SYNTHÉTIQUE DES INTERACTIONS DANS LES COMMUNAUTÉS VÉGÉTALES",
    year = "1997",
    journal = "Ecology",
    abstract = "Les interactions entre les organismes se produisent au sein d'un milieu complexe de processus abiotiques et biotiques, mais nous les étudions généralement comme des phénomènes isolés. Des combinaisons complexes d'interactions négatives et positives ont été identifiées dans de nombreuses communautés végétales. L'importance de ces deux processus dans la structuration des communautés végétales peut être mieux comprise en les comparant le long de gradients de stress abiotique, de pression des consommateurs, et entre différents stades de vie, tailles et densités des espèces en interaction. Ici, nous discutons des rôles du stade de vie, de la physiologie, des interactions indirectes et de l'environnement physique sur l'équilibre entre concurrence et facilitation dans les communautés végétales.",
    url = "https://doi.org/10.1890/0012-9658(1997)078[1958:cafasa]2.0.co;2",
    doi = "10.1890/0012-9658(1997)078[1958:cafasa]2.0.co;2",
    openalex = "W2084253034",
    references = "doi101007bf02912621, doi1010160169534794900884, doi101086283241, doi101086284133, doi101086284165, doi101086285357, doi1018900012965819970781966tiofac20co2, doi1023072937039, doi105860choice260924, doi105860choice330294, doi105962bhltitle56234, openalexw2169917233"
}

Si les plantes ne peuvent pas simultanément s'acclimater à l'ombre et à la sécheresse en raison de compromis physiologiques, alors les plantes devraient être moins tolérantes à l'ombrage dans des conditions plus sèches. Une observation qui, au premier abord, semble incompatible avec cette idée est le fait que l'établissement de nouvelles plantes dans des zones arides est souvent restreint à des sites ombragés sous le couvert d'autres plantes, appelées « plantes nourricières ». Nous utilisons un modèle graphique pour résoudre ce paradoxe. Le modèle visualise comment les motifs de facilitation peuvent être compris à partir des effets simultanés du couvert végétal sur la lumière et l'humidité du microsite, et des réponses de croissance des plantules en cours d'établissement à ces facteurs. L'approche met l'accent sur le fait que les effets positifs et négatifs du couvert végétal se produisent toujours simultanément. Dans le modèle lumière-eau présenté, la facilitation ne se produit que lorsque l'amélioration des relations hydriques des plantes sous le couvert dépasse les coûts causés par des niveaux de lumière plus faibles. Cela peut être vrai dans des conditions sèches, tandis que dans des situations moins sèches, la compétition plutôt que la facilitation est observée. Le modèle montre comment les changements dans la disponibilité de l'eau peuvent faire basculer les interactions de compétitives à facilitatrices et vice versa, comme observé dans certains motifs de terrain. Il est soutenu que d'autres facteurs environnementaux expliquant les motifs de facilitation peuvent être compris dans le même contexte.

@article{doi1018900012965819970781966tiofac20co2,
    author = "Holmgren, Milena et Scheffer, Marten et Huston, Michael A.",
    title = "L'INTERACTION ENTRE LA FACILITATION ET LA COMPÉTITION DANS LES COMMUNAUTÉS VÉGÉTALES",
    year = "1997",
    journal = "Ecology",
    abstract = {Si les plantes ne peuvent pas simultanément s'acclimater à l'ombre et à la sécheresse en raison de compromis physiologiques, alors les plantes devraient être moins tolérantes à l'ombrage dans des conditions plus sèches. Une observation qui, au premier abord, semble incompatible avec cette idée est le fait que l'établissement de nouvelles plantes dans des zones arides est souvent restreint à des sites ombragés sous le couvert d'autres plantes, appelées « plantes nourricières ». Nous utilisons un modèle graphique pour résoudre ce paradoxe. Le modèle visualise comment les motifs de facilitation peuvent être compris à partir des effets simultanés du couvert végétal sur la lumière et l'humidité du microsite, et des réponses de croissance des plantules en cours d'établissement à ces facteurs. L'approche met l'accent sur le fait que les effets positifs et négatifs du couvert végétal se produisent toujours simultanément. Dans le modèle lumière-eau présenté, la facilitation ne se produit que lorsque l'amélioration des relations hydriques des plantes sous le couvert dépasse les coûts causés par des niveaux de lumière plus faibles. Cela peut être vrai dans des conditions sèches, tandis que dans des situations moins sèches, la compétition plutôt que la facilitation est observée. Le modèle montre comment les changements dans la disponibilité de l'eau peuvent faire basculer les interactions de compétitives à facilitatrices et vice versa, comme observé dans certains motifs de terrain. Il est soutenu que d'autres facteurs environnementaux expliquant les motifs de facilitation peuvent être compris dans le même contexte.},
    url = "https://doi.org/10.1890/0012-9658(1997)078[1966:tiofac]2.0.co;2",
    doi = "10.1890/0012-9658(1997)078[1966:tiofac]2.0.co;2",
    openalex = "W2088443113",
    references = "doi1010079783322865823, doi1010079783642809132, doi1010079783642965456, doi101007bf02912621, doi1010160169534794900884, doi101086283241, doi101086284133, doi101086284165, doi101086285357, doi101146annureves16110185002051, doi105860choice260924"
}

En raison de la corrélation attendue entre la parenté phylogénétique de deux taxons et leur similarité écologique nette, une mesure de la parenté phylogénétique globale d'une communauté d'organismes interactifs peut être utilisée pour étudier les processus écologiques contemporains qui structurent la composition de la communauté. Je décris deux indices qui utilisent le nombre de nœuds qui séparent les taxons sur une phylogénie comme mesure de leur parenté phylogénétique. À titre d'exemple d'utilisation de ces indices dans l'analyse de la communauté, j'ai comparé la parenté nette observée moyenne des arbres (≥10 cm de diamètre à hauteur de poitrine) dans chacun des 28 parcelles (chaque parcelle de 0,16 ha) d'une forêt tropicale de Bornéo avec la parenté nette attendue si les espèces avaient été tirées aléatoirement de la pool d'espèces (des 324 espèces dans les 28 parcelles), en utilisant une supertree que j'ai assemblée à partir de sources publiées. J'ai trouvé que les espèces dans les parcelles étaient plus étroitement liées phylogénétiquement que prévu par hasard, un résultat insensible à diverses modifications de la méthodologie de base. J'infère provisoirement que la variation d'habitat entre les parcelles cause des espèces écologiquement plus similaires à coexister au sein des parcelles. Enfin, je suggère une gamme d'applications pour les mesures de parenté phylogénétique dans l'analyse de la communauté.

@article{doi101086303378,
    author = "Webb, Campbell O.",
    title = "Exploring the Phylogenetic Structure of Ecological Communities: An Example for Rain Forest Trees",
    year = "2000",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "En raison de la corrélation attendue entre la parenté phylogénétique de deux taxons et leur similarité écologique nette, une mesure de la parenté phylogénétique globale d'une communauté d'organismes interactifs peut être utilisée pour étudier les processus écologiques contemporains qui structurent la composition de la communauté. Je décris deux indices qui utilisent le nombre de nœuds qui séparent les taxons sur une phylogénie comme mesure de leur parenté phylogénétique. À titre d'exemple d'utilisation de ces indices dans l'analyse de la communauté, j'ai comparé la parenté nette observée moyenne des arbres (≥10 cm de diamètre à hauteur de poitrine) dans chacun des 28 parcelles (chaque parcelle de 0,16 ha) d'une forêt tropicale de Bornéo avec la parenté nette attendue si les espèces avaient été tirées aléatoirement de la pool d'espèces (des 324 espèces dans les 28 parcelles), en utilisant une supertree que j'ai assemblée à partir de sources publiées. J'ai trouvé que les espèces dans les parcelles étaient plus étroitement liées phylogénétiquement que prévu par hasard, un résultat insensible à diverses modifications de la méthodologie de base. J'infère provisoirement que la variation d'habitat entre les parcelles cause des espèces écologiquement plus similaires à coexister au sein des parcelles. Enfin, je suggère une gamme d'applications pour les mesures de parenté phylogénétique dans l'analyse de la communauté.",
    url = "https://doi.org/10.1086/303378",
    doi = "10.1086/303378",
    openalex = "W2057819145",
    references = "doi101126science20343871299, doi1015159781400860180203, doi1023071446122, doi1023072399846, doi102307jctt1xp3v3r, doi105860choice392183"
}

@article{doi1016410006356820010510235mfatso20co2,
    author = "Stachowicz, John J.",
    title = "Mutualisme, Facilitation, et la structure des communautés écologiques",
    year = "2001",
    journal = "BioScience",
    url = "https://doi.org/10.1641/0006-3568(2001)051[0235:mfatso]2.0.co;2",
    doi = "10.1641/0006-3568(2001)051[0235:mfatso]2.0.co;2",
    openalex = "W2259349023",
    references = "doi101002iroh19700550103, doi101007bf02912621, doi1018900012965819970781958cafasa20co2, doi1023071936969, doi1023071942565"
}

Cette revue aborde l'interface entre deux des types d'interactions entre espèces les plus importants, la compétition interspécifique et la prédation. La prédation a été affirmée comme augmentant, diminuant ou ayant peu d'effet sur la force, l'impact ou l'importance de la compétition interspécifique. Il existe une confusion quant à la signification de ces termes ainsi qu'à la probabilité et aux conditions requises pour chacun de ces résultats. Dans cet article, nous distinguons trois mesures de l'influence de la prédation sur les résultats de la compétition : les taux de consommation ou de croissance par individu à court terme, les changements de densité à long terme et la probabilité de coexistence compétitive. Nous décrivons ensuite divers mécanismes théoriques pouvant conduire à des effets qualitativement distincts des prédateurs. L'effet qualitatif des prédateurs peut dépendre à la fois du mécanisme de compétition et de la définition de la force/impact compétitif. Dans l'évaluation de la littérature empirique, nous nous demandons : (1) Quelles définitions de la force/impact compétitif ont été supposées ? (2) Existe-t-il des preuves solides pour soutenir un ou plusieurs des mécanismes possibles pouvant produire un résultat donné ? (3) Des biais dans le choix de l'organisme ou de la manipulation existent-ils, et est-il probable qu'ils aient influencé les conclusions atteintes ? Nous concluons en discutant de plusieurs questions sans réponse et en prônant un échange plus fort entre les approches empiriques et théoriques pour cette question importante.

@article{doi101046j14610248200200315x,
    author = "Chase, Jonathan M. et Abrams, Peter A. et Grover, James P. et Diehl, Sebastian et Chesson, Peter et Holt, Robert D. et Richards, Shane A. et Nisbet, Roger M. et Case, Ted J.",
    title = "The interaction between predation and competition: a review and synthesis",
    year = "2002",
    journal = "Ecology Letters",
    abstract = "Cette revue aborde l'interface entre deux des types d'interactions entre espèces les plus importants, la compétition interspécifique et la prédation. La prédation a été affirmée comme augmentant, diminuant ou ayant peu d'effet sur la force, l'impact ou l'importance de la compétition interspécifique. Il existe une confusion quant à la signification de ces termes ainsi qu'à la probabilité et aux conditions requises pour chacun de ces résultats. Dans cet article, nous distinguons trois mesures de l'influence de la prédation sur les résultats de la compétition : les taux de consommation ou de croissance par individu à court terme, les changements de densité à long terme et la probabilité de coexistence compétitive. Nous décrivons ensuite divers mécanismes théoriques pouvant conduire à des effets qualitativement distincts des prédateurs. L'effet qualitatif des prédateurs peut dépendre à la fois du mécanisme de compétition et de la définition de la force/impact compétitif. Dans l'évaluation de la littérature empirique, nous nous demandons : (1) Quelles définitions de la force/impact compétitif ont été supposées ? (2) Existe-t-il des preuves solides pour soutenir un ou plusieurs des mécanismes possibles pouvant produire un résultat donné ? (3) Des biais dans le choix de l'organisme ou de la manipulation existent-ils, et est-il probable qu'ils aient influencé les conclusions atteintes ? Nous concluons en discutant de plusieurs questions sans réponse et en prônant un échange plus fort entre les approches empiriques et théoriques pour cette question importante.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1461-0248.2002.00315.x",
    doi = "10.1046/j.1461-0248.2002.00315.x",
    openalex = "W2116100176",
    references = "doi101146annureven40010195001501, openalexw2045291252"
}

▪ Résumé Alors que de meilleures hypothèses phylogénétiques deviennent disponibles pour de nombreux groupes d'organismes, les études en écologie des communautés peuvent être éclairées par la connaissance des relations évolutives entre les espèces coexistantes. Nous notons trois approches principales pour intégrer les informations phylogénétiques dans les études de l'organisation des communautés : 1. examiner la structure phylogénétique des assemblages de communautés, 2. explorer les bases phylogénétiques de la structure des niches des communautés, et 3. ajouter un contexte de communauté aux études de l'évolution des traits et de la biogéographie. Nous reconnaissons un motif commun de conservatisme phylogénétique dans les caractères écologiques et soulignons les défis liés à l'utilisation de phylogénies de lignées partielles. Nous passons également en revue les approches phylogénétiques concernant trois propriétés émergentes des communautés : la diversité spécifique, les distributions d'abondance relative et les tailles des aires de répartition. Les avancées méthodologiques dans la construction de supraphylogénies, la reconstruction de caractères, les modèles nuls pour l'assemblage des communautés et l'évolution des caractères, ainsi que les métriques de la structure phylogénétique des communautés, sous-tendent les progrès récents dans ces domaines. Nous soulignons le potentiel pour les écologistes des communautés de bénéficier des connaissances phylogénétiques et suggérons plusieurs voies pour la recherche future.

@article{doi101146annurevecolsys33010802150448,
    author = "Webb, Campbell O. and Ackerly, David D. and McPeek, Mark A. and Donoghue, Michael J.",
    title = "Phylogénies et écologie des communautés",
    year = "2002",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "▪ Résumé Alors que de meilleures hypothèses phylogénétiques deviennent disponibles pour de nombreux groupes d'organismes, les études en écologie des communautés peuvent être éclairées par la connaissance des relations évolutives entre les espèces coexistantes. Nous notons trois approches principales pour intégrer les informations phylogénétiques dans les études de l'organisation des communautés : 1. examiner la structure phylogénétique des assemblages de communautés, 2. explorer les bases phylogénétiques de la structure des niches des communautés, et 3. ajouter un contexte de communauté aux études de l'évolution des traits et de la biogéographie. Nous reconnaissons un motif commun de conservatisme phylogénétique dans les caractères écologiques et soulignons les défis liés à l'utilisation de phylogénies de lignées partielles. Nous passons également en revue les approches phylogénétiques concernant trois propriétés émergentes des communautés : la diversité spécifique, les distributions d'abondance relative et les tailles des aires de répartition. Les avancées méthodologiques dans la construction de supraphylogénies, la reconstruction de caractères, les modèles nuls pour l'assemblage des communautés et l'évolution des caractères, ainsi que les métriques de la structure phylogénétique des communautés, sous-tendent les progrès récents dans ces domaines. Nous soulignons le potentiel pour les écologistes des communautés de bénéficier des connaissances phylogénétiques et suggérons plusieurs voies pour la recherche future.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.33.010802.150448",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.33.010802.150448",
    openalex = "W2109628725",
    references = "doi10100797814615696881, doi101007978303487527124, doi101007bf02806171, doi101016s0169534701021619, doi101038363342a0, doi10108010292389509380518, doi101086282106, doi101086282505, doi101086284325, doi101086285258, doi101086285357, doi101086627905, doi101093oso97801985052350010001, doi101093oso97801985464120010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva003974, doi101093oxfordjournalsmolbeva025892, doi101098rstb19950125, doi101111j001438202001tb00826x, doi101111j109583122001tb01368x, doi101126science20343871299, doi101126science2354785167, doi101126science2785338692, doi101126science27953592115, doi101126science28554311265, doi101146annurevecolsys311343, doi1015159781400881376, doi1023071446122, doi1023071939377, doi1023072412182, doi1023072413039, doi1023072485224, doi1023073071998, doi1023073544421, doi1023075503, doi102307jctv1nzfgj7, doi105860choice295104, doi105860choice375647, doi105860choice392183, openalexw2273605253, openalexw3035987306"
}

Le déplacement compétitif est l'issue la plus grave de la compétition interspécifique. Aux fins de cette revue, nous définissons ce type de déplacement comme l'élimination d'une espèce autrefois établie d'un habitat en raison d'interactions compétitives directes ou indirectes avec une autre espèce. Nous avons examiné la littérature pour des cas récents présumés de déplacement compétitif parmi les insectes et les arachnides et évalué les preuves du rôle de la compétition interspécifique dans ces déplacements. Nous avons trouvé des preuves de mécanismes à la fois de compétition par exploitation et de compétition par interférence opérant dans ces cas de déplacement compétitif. De nombreux cas que nous avons identifiés impliquent le fonctionnement de plus d'un mécanisme compétitif, et de nombreux cas ont été médiatisés par d'autres facteurs non compétitifs. La plupart, mais pas tous, de ces déplacements se sont produits entre des espèces étroitement apparentées. Dans la majorité des cas, des espèces exotiques ont déplacé des espèces indigènes ou des espèces exotiques autrefois établies, souvent dans des habitats modifiés anthropogéniquement. Les cas que nous avons identifiés se sont produits à travers une large gamme de taxons et d'environnements. Par conséquent, nous suggérons que le déplacement compétitif a le potentiel d'être un phénomène répandu, et la fréquence de ces événements de déplacement peut augmenter, compte tenu du degré toujours croissant des changements anthropogéniques à l'environnement. Une plus grande prise de conscience des événements de déplacement compétitif devrait conduire à plus d'études documentant l'importance relative des facteurs clés et à l'élaboration d'hypothèses qui expliquent les modèles observés.

@article{doi101146annurevento47091201145227,
    author = "Reitz, Stuart R. et Trumble, John T.",
    title = "Competitive Displacement Among Insects and Arachnids",
    year = "2002",
    journal = "Annual Review of Entomology",
    abstract = "Le déplacement compétitif est l'issue la plus grave de la compétition interspécifique. Aux fins de cette revue, nous définissons ce type de déplacement comme l'élimination d'une espèce autrefois établie d'un habitat en raison d'interactions compétitives directes ou indirectes avec une autre espèce. Nous avons examiné la littérature pour des cas récents présumés de déplacement compétitif parmi les insectes et les arachnides et évalué les preuves du rôle de la compétition interspécifique dans ces déplacements. Nous avons trouvé des preuves de mécanismes à la fois de compétition par exploitation et de compétition par interférence opérant dans ces cas de déplacement compétitif. De nombreux cas que nous avons identifiés impliquent le fonctionnement de plus d'un mécanisme compétitif, et de nombreux cas ont été médiatisés par d'autres facteurs non compétitifs. La plupart, mais pas tous, de ces déplacements se sont produits entre des espèces étroitement apparentées. Dans la majorité des cas, des espèces exotiques ont déplacé des espèces indigènes ou des espèces exotiques autrefois établies, souvent dans des habitats modifiés anthropogéniquement. Les cas que nous avons identifiés se sont produits à travers une large gamme de taxons et d'environnements. Par conséquent, nous suggérons que le déplacement compétitif a le potentiel d'être un phénomène répandu, et la fréquence de ces événements de déplacement peut augmenter, compte tenu du degré toujours croissant des changements anthropogéniques à l'environnement. Une plus grande prise de conscience des événements de déplacement compétitif devrait conduire à plus d'études documentant l'importance relative des facteurs clés et à l'élaboration d'hypothèses qui expliquent les modèles observés.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ento.47.091201.145227",
    doi = "10.1146/annurev.ento.47.091201.145227",
    openalex = "W2116999903",
    references = "doi101146annureven40010195001501"
}

La théorie stochastique de la niche résout de nombreuses différences entre la théorie neutre et les théories classiques de la niche basées sur les compromis de la compétition pour les ressources et de la structure de la communauté. Dans la théorie stochastique de la niche, les espèces envahissantes ne s'établissent que si les propagules peuvent survivre à la mortalité stochastique tout en grandissant jusqu'à maturité sur les ressources laissées inconsumées par les espèces établies. La théorie émet trois prédictions concernant la structure de la communauté. Premièrement, l'assemblage stochastique de la niche crée des communautés dans lesquelles les espèces dominent des « tranches » d'hétérogénéité spatiale du habitat d'une largeur approximativement égale. Ces largeurs de niche génèrent des distributions réalistes des abondances relatives des espèces pour lesquelles, contrairement à la théorie neutre mais conforme à de nombreuses observations, il existe de fortes corrélations entre les traits des espèces, les abondances des espèces et les conditions environnementales. Deuxièmement, de légères diminutions des niveaux de ressources sont prédites pour causer de grandes diminutions de la probabilité qu'une propagule survive pour devenir un adulte. Ces diminutions font que la diversité locale est limitée par les effets inhibiteurs de l'utilisation des ressources par les espèces établies sur l'établissement (recrutement) des espèces envahissantes potentielles. Si des impulsions de ressources ou des perturbations permettaient aux envahisseurs de surmonter cette limitation du recrutement, beaucoup plus d'espèces pourraient coexister indéfiniment. Troisièmement, la faible invasibilité des communautés à haute diversité est prédite pour résulter non de la diversité en soi, mais des niveaux uniformément faibles de ressources qui se produisent dans les communautés à haute diversité créées par un assemblage compétitif stochastique. Cette prédiction offre une solution potentielle au paradoxe de l'invasion, qui est la tendance des régions très diversifiées à être plus fortement envahies.

@article{doi101073pnas0403458101,
    author = "Tilman, David",
    title = "Niche tradeoffs, neutrality, and community structure: A stochastic theory of resource competition, invasion, and community assembly",
    year = "2004",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = {Stochastic niche theory resolves many of the differences between neutral theory and classical tradeoff-based niche theories of resource competition and community structure. In stochastic niche theory, invading species become established only if propagules can survive stochastic mortality while growing to maturity on the resources left unconsumed by established species. The theory makes three predictions about community structure. First, stochastic niche assembly creates communities in which species dominate approximately equally wide "slices" of the habitat's spatial heterogeneity. These niche widths generate realistic distributions of species relative abundances for which, contrary to neutral theory but consistent with numerous observations, there are strong correlations among species traits, species abundances, and environmental conditions. Second, slight decreases in resource levels are predicted to cause large decreases in the probability that a propagule would survive to be an adult. These decreases cause local diversity to be limited by the inhibitory effects of resource use by established species on the establishment (recruitment) of potential invaders. If resource pulses or disturbance allowed invaders to overcome this recruitment limitation, many more species could indefinitely coexist. Third, the low invasibility of high diversity communities is predicted to result not from diversity per se, but from the uniformly low levels of resources that occur in high-diversity communities created by stochastic competitive assembly. This prediction provides a potential solution to the invasion paradox, which is the tendency for highly diverse regions to be more heavily invaded.},
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0403458101",
    doi = "10.1073/pnas.0403458101",
    openalex = "W2169175623",
    references = "doi1010160040580970900390, doi101073pnas6951109, doi1023071939377"
}

Les populations naturellement survenant de bactéries et d'archées sont vitales pour la vie sur la terre et revêtent une importance pratique énorme en médecine, en ingénierie et en agriculture. Cependant, les règles régissant la formation de telles communautés sont encore mal comprises, et il existe un besoin d'une description mathématique utilisable de ce processus. Habituellement, la structure des communautés microbiennes est considérée comme étant façonnée principalement par des facteurs déterministes tels que la compétition et la différenciation de niche. Ici, nous montrons, pour une large gamme de communautés procaryotes, que l'abondance relative et la fréquence à laquelle différents taxons sont observés dans les échantillons peuvent être expliqués par un modèle de communauté neutre (NCM). Le MNC, qui est un processus stochastique de naissance-mort-immigration, ne représente pas explicitement les facteurs déterministes et ne peut donc pas être une description complète ou littérale de l'assemblage des communautés. Cependant, son succès suggère que le hasard et l'immigration sont des forces importantes dans la formation des motifs observés dans les communautés procaryotes.

@article{doi101111j14622920200500956x,
    author = "Sloan, William T. et Lunn, Mary et Woodcock, Stephen et Head, Ian M. et Nee, Sean et Curtis, Thomas P.",
    title = "Quantifying the roles of immigration and chance in shaping prokaryote community structure",
    year = "2005",
    journal = "Environmental Microbiology",
    abstract = "Les populations naturellement survenant de bactéries et d'archées sont vitales pour la vie sur la terre et revêtent une importance pratique énorme en médecine, en ingénierie et en agriculture. Cependant, les règles régissant la formation de telles communautés sont encore mal comprises, et il existe un besoin d'une description mathématique utilisable de ce processus. Habituellement, la structure des communautés microbiennes est considérée comme étant façonnée principalement par des facteurs déterministes tels que la compétition et la différenciation de niche. Ici, nous montrons, pour une large gamme de communautés procaryotes, que l'abondance relative et la fréquence à laquelle différents taxons sont observés dans les échantillons peuvent être expliqués par un modèle de communauté neutre (NCM). Le MNC, qui est un processus stochastique de naissance-mort-immigration, ne représente pas explicitement les facteurs déterministes et ne peut donc pas être une description complète ou littérale de l'assemblage des communautés. Cependant, son succès suggère que le hasard et l'immigration sont des forces importantes dans la formation des motifs observés dans les communautés procaryotes.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1462-2920.2005.00956.x",
    doi = "10.1111/j.1462-2920.2005.00956.x",
    openalex = "W2068381362",
    references = "doi1023071939377"
}

Cet article examine les questions clés de l'écologie des invasions végétales, où les résultats publiés depuis 1990 ont considérablement amélioré notre compréhension de nombreux aspects des invasions. La revue se concentre sur les plantes vasculaires envahissant des écosystèmes naturels et semi-naturels, et sur les questions écologiques fondamentales relatives à l'invasivité des espèces et à la vulnérabilité des communautés. Trois grandes questions abordées par le programme SCOPE dans les années 1980 (quelles espèces envahissent ; quels habitats sont envahis ; et comment pouvons-nous gérer les invasions ?) continuent de sous-tendre la plupart des travaux en écologie des invasions. Certains thèmes organisateurs et unificateurs dans le domaine sont centrés sur l'organisme et se rapportent à l'invasivité des espèces (la règle des dix ; le concept de temps de résidence ; les modèles taxonomiques et l'hypothèse de naturalisation de Darwin ; les questions de plasticité phénotypique et de changement évolutif rapide, y compris l'hypothèse de l'évolution de la capacité compétitive accrue ; le rôle de la dispersion à longue distance). D'autres sont centrés sur l'écosystème et traitent des déterminants de la vulnérabilité des communautés, habitats et régions (niveaux d'invasion, vulnérabilité et pression de propagules ; l'hypothèse de résistance biotique et les liens entre diversité et vulnérabilité ; synergies, mutualismes, et effondrement invasif). Certaines théories ont adopté une approche globale des invasions végétales en intégrant les concepts d'invasivité des espèces et de vulnérabilité des communautés (une théorie de l'invasivité des plantes à graines ; la théorie des ressources fluctuantes de la vulnérabilité). Les concepts, hypothèses et théories examinés ici peuvent être liés au concept de continuum naturalisation-invasion, qui relie les processus d'invasion à une séquence de barrières environnementales et biotiques qu'une espèce introduite doit négocier pour devenir commune, naturalisée et invasive. De nouveaux outils de recherche et des liens de recherche améliorés entre l'écologie des invasions et l'écologie de la succession, l'écologie des communautés, la biologie de la conservation et la science des mauvaises herbes, respectivement, ont renforcé les piliers conceptuels de l'écologie des invasions.

@article{doi1011910309133306pp490pr,
    author = "Richardson, David M. and Pyšek, Petr",
    title = "Plant invasions: merging the concepts of species invasiveness and community invasibility",
    year = "2006",
    journal = "Progress in Physical Geography Earth and Environment",
    abstract = "Cet article examine les questions clés de l'écologie des invasions végétales, où les résultats publiés depuis 1990 ont considérablement amélioré notre compréhension de nombreux aspects des invasions. La revue se concentre sur les plantes vasculaires envahissant des écosystèmes naturels et semi-naturels, et sur les questions écologiques fondamentales relatives à l'invasivité des espèces et à la vulnérabilité des communautés. Trois grandes questions abordées par le programme SCOPE dans les années 1980 (quelles espèces envahissent ; quels habitats sont envahis ; et comment pouvons-nous gérer les invasions ?) continuent de sous-tendre la plupart des travaux en écologie des invasions. Certains thèmes organisateurs et unificateurs dans le domaine sont centrés sur l'organisme et se rapportent à l'invasivité des espèces (la règle des dix ; le concept de temps de résidence ; les modèles taxonomiques et l'hypothèse de naturalisation de Darwin ; les questions de plasticité phénotypique et de changement évolutif rapide, y compris l'hypothèse de l'évolution de la capacité compétitive accrue ; le rôle de la dispersion à longue distance). D'autres sont centrés sur l'écosystème et traitent des déterminants de la vulnérabilité des communautés, habitats et régions (niveaux d'invasion, vulnérabilité et pression de propagules ; l'hypothèse de résistance biotique et les liens entre diversité et vulnérabilité ; synergies, mutualismes, et effondrement invasif). Certaines théories ont adopté une approche globale des invasions végétales en intégrant les concepts d'invasivité des espèces et de vulnérabilité des communautés (une théorie de l'invasivité des plantes à graines ; la théorie des ressources fluctuantes de la vulnérabilité). Les concepts, hypothèses et théories examinés ici peuvent être liés au concept de continuum naturalisation-invasion, qui relie les processus d'invasion à une séquence de barrières environnementales et biotiques qu'une espèce introduite doit négocier pour devenir commune, naturalisée et invasive. De nouveaux outils de recherche et des liens de recherche améliorés entre l'écologie des invasions et l'écologie de la succession, l'écologie des communautés, la biologie de la conservation et la science des mauvaises herbes, respectivement, ont renforcé les piliers conceptuels de l'écologie des invasions.",
    url = "https://doi.org/10.1191/0309133306pp490pr",
    doi = "10.1191/0309133306pp490pr",
    openalex = "W2099376388",
    references = "doi101007978146124018114, doi1010079781489972149, doi101016s0169534702000459, doi101016s0169534702024953, doi101016s0169534702025545, doi101046j13652745200000473x, doi101046j14724642200000083x, doi101093oso97801985464120010001, doi101111j14610248200400657x, doi101146annureves23110192000431, doi1023072257385, doi1023073545850, doi105860choice295104"
}

Historiquement, la biodiversité et la composition des espèces dans une localité étaient considérées comme étant influencées principalement par des facteurs déterministes. Dans de tels cas, les niches des espèces créent des réponses différentielles aux conditions environnementales et aux interactions interspécifiques, qui se combinent pour déterminer la biodiversité et la composition des espèces de cette localité. Plus récemment, les partisans de la théorie neutre ont mis l'accent sur la manière dont les facteurs stochastiques, tels que la naissance, la mort, la colonisation et l'extinction (dénommés « dérive écologique »), influencent la diversité et la composition des espèces dans une localité indépendamment de leurs niches. Ici, je développe l'hypothèse que l'importance relative de la dérive écologique stochastique et/ou des effets de priorité dépend de la sévérité du filtre écologique dans ces habitats. J'ai établi des étangs expérimentaux à long terme pour explorer l'importance relative de l'historique d'assemblage des communautés et de la sécheresse sur les motifs de similarité de composition des communautés entre des étangs qui étaient autrement similaires dans leurs conditions environnementales. Je montre une variation considérable de la composition des communautés d'étang d'un site à l'autre en l'absence de sécheresse, qui résulte probablement d'une combinaison de dérive écologique stochastique et d'effets de priorité. Cependant, dans les étangs qui ont connu une sécheresse, j'ai trouvé une similarité beaucoup plus élevée entre les communautés, qui résulte probablement d'un filtrage par sélection de niche éliminant les espèces du pool régional qui ne pouvaient pas tolérer une telle sévérité environnementale. Ces résultats impliquent le rôle crucial de la compréhension des processus d'assemblage des communautés lors de l'examen des motifs de biodiversité à différentes échelles spatiales.

@article{doi101073pnas0704350104,
    author = "Chase, Jonathan M.",
    title = "Drought mediates the importance of stochastic community assembly",
    year = "2007",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = {Historiquement, la biodiversité et la composition des espèces dans une localité étaient considérées comme étant influencées principalement par des facteurs déterministes. Dans de tels cas, les niches des espèces créent des réponses différentielles aux conditions environnementales et aux interactions interspécifiques, qui se combinent pour déterminer la biodiversité et la composition des espèces de cette localité. Plus récemment, les partisans de la théorie neutre ont mis l'accent sur la manière dont les facteurs stochastiques, tels que la naissance, la mort, la colonisation et l'extinction (dénommés « dérive écologique »), influencent la diversité et la composition des espèces dans une localité indépendamment de leurs niches. Ici, je développe l'hypothèse que l'importance relative de la dérive écologique stochastique et/ou des effets de priorité dépend de la sévérité du filtre écologique dans ces habitats. J'ai établi des étangs expérimentaux à long terme pour explorer l'importance relative de l'historique d'assemblage des communautés et de la sécheresse sur les motifs de similarité de composition des communautés entre des étangs qui étaient autrement similaires dans leurs conditions environnementales. Je montre une variation considérable de la composition des communautés d'étang d'un site à l'autre en l'absence de sécheresse, qui résulte probablement d'une combinaison de dérive écologique stochastique et d'effets de priorité. Cependant, dans les étangs qui ont connu une sécheresse, j'ai trouvé une similarité beaucoup plus élevée entre les communautés, qui résulte probablement d'un filtrage par sélection de niche éliminant les espèces du pool régional qui ne pouvaient pas tolérer une telle sévérité environnementale. Ces résultats impliquent le rôle crucial de la compréhension des processus d'assemblage des communautés lors de l'examen des motifs de biodiversité à différentes échelles spatiales.},
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0704350104",
    doi = "10.1073/pnas.0704350104",
    openalex = "W2156151748",
    references = "doi101111j14610248200600996x, doi101126science1057969"
}

1 Autrefois négligé, le rôle des interactions facilitatrices dans les communautés végétales a fait l'objet d'une attention considérable au cours des deux dernières décennies et est maintenant largement reconnu. Il est opportun d'examiner les progrès réalisés par la recherche dans ce domaine. 2 Nous passons en revue le développement de la recherche sur la facilitation végétale, en nous concentrant sur l'histoire du domaine, la relation entre les interactions plante–plante et les gradients de sévérité environnementale, ainsi que les tentatives d'intégration de la facilitation dans la théorie écologique dominante. Nous examinons ensuite les perspectives futures pour la recherche sur la facilitation. 3 En ce qui concerne notre compréhension fondamentale de la facilitation végétale, la clarification de la relation entre les interactions et les gradients environnementaux est centrale pour les progrès futurs et nécessite la conception et la mise en œuvre d'expériences qui dépassent les limites claires des études précédentes. 4 Il existe un champ d'exploration substantiel pour les effets facilitateurs indirects dans les communautés végétales, y compris leurs impacts sur la diversité et l'évolution, et les études futures devraient relier le degré de non-transitivité dans les réseaux de compétition végétale à la diversité des communautés et à la promotion facilitatrice de la coexistence des espèces, et explorer comment le rôle de la facilitation indirecte varie avec la sévérité environnementale. 5 Certaines approches de modélisation écologique (par exemple, la modélisation basée sur les individus), bien que jusqu'à présent largement négligées, offrent des outils très utiles pour explorer ces processus fondamentaux. 6 Les réponses évolutives pourraient résulter d'interactions facilitatrices, et la prise en compte de la facilitation pourrait conduire à une réévaluation de l'évolution des formes de croissance des plantes. 7 Une meilleure compréhension des processus de facilitation a une pertinence directe pour le développement d'outils de restauration des écosystèmes et pour améliorer notre compréhension de la réponse des espèces végétales et des communautés aux facteurs de changement environnemental. 8 Les tentatives d'appliquer nos connaissances écologiques en développement bénéficieraient d'une reconnaissance explicite du rôle potentiel des interactions facilitatrices plante–plante dans la conception et l'interprétation des études provenant des domaines de l'écologie de la restauration et de l'écologie du changement global. 9 Synthèse : La recherche sur la facilitation végétale offre de nouvelles perspectives sur la théorie écologique classique et les problèmes environnementaux urgents. La prise de conscience et la compréhension de la facilitation devraient faire partie des connaissances écologiques de base de tous les écologistes végétaux.

@article{doi101111j13652745200701295x,
    author = "Brooker, Rob W. et al.",
    title = "Facilitation in plant communities: the past, the present, and the future",
    year = "2007",
    journal = "Journal of Ecology",
    abstract = "1 Autrefois négligé, le rôle des interactions facilitatrices dans les communautés végétales a fait l'objet d'une attention considérable au cours des deux dernières décennies et est maintenant largement reconnu. Il est opportun d'examiner les progrès réalisés par la recherche dans ce domaine. 2 Nous passons en revue le développement de la recherche sur la facilitation végétale, en nous concentrant sur l'histoire du domaine, la relation entre les interactions plante–plante et les gradients de sévérité environnementale, et les tentatives d'intégration de la facilitation dans la théorie écologique dominante. Nous examinons ensuite les perspectives futures pour la recherche sur la facilitation. 3 En ce qui concerne notre compréhension fondamentale de la facilitation végétale, la clarification de la relation entre les interactions et les gradients environnementaux est centrale pour les progrès futurs et nécessite la conception et la mise en œuvre d'expériences qui dépassent les limites claires des études précédentes. 4 Il existe un champ d'exploration substantiel pour les effets facilitateurs indirects dans les communautés végétales, y compris leurs impacts sur la diversité et l'évolution, et les études futures devraient relier le degré de non-transitivité dans les réseaux de compétition végétale à la diversité des communautés et à la promotion facilitatrice de la coexistence des espèces, et explorer comment le rôle de la facilitation indirecte varie avec la sévérité environnementale. 5 Certaines approches de modélisation écologique (par exemple, la modélisation basée sur les individus), bien que jusqu'à présent largement négligées, offrent des outils très utiles pour explorer ces processus fondamentaux. 6 Les réponses évolutives pourraient résulter d'interactions facilitatrices, et la prise en compte de la facilitation pourrait conduire à une réévaluation de l'évolution des formes de croissance des plantes. 7 Une meilleure compréhension des processus de facilitation a une pertinence directe pour le développement d'outils de restauration des écosystèmes et pour améliorer notre compréhension de la réponse des espèces végétales et des communautés aux facteurs de changement environnemental. 8 Les tentatives d'appliquer nos connaissances écologiques en développement bénéficieraient d'une reconnaissance explicite du rôle potentiel des interactions facilitatrices plante–plante dans la conception et l'interprétation des études des domaines de l'écologie de la restauration et de l'écologie du changement global. 9 Synthèse : La recherche sur la facilitation végétale offre de nouvelles perspectives sur la théorie écologique classique et les problèmes environnementaux urgents. La prise de conscience et la compréhension de la facilitation devraient faire partie des connaissances écologiques de base de tous les écologistes végétaux.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1365-2745.2007.01295.x",
    doi = "10.1111/j.1365-2745.2007.01295.x",
    openalex = "W1986322390",
    references = "doi101007bf02912621, doi101016s0169534702000459, doi101023a1010086329619, doi101038nrg700, doi101111j13652745200501017x, doi101111j1466822x200600212x, doi1018900012965819970781958cafasa20co2, doi1018900012965819970781966tiofac20co2, doi1023071939337, doi1023072937039"
}

L'importance de la compétition interspécifique est un problème hautement controversé et non résolu pour l'écologie communautaire en général, et pour les insectes phytophages en particulier. Cependant, les récentes avancées dans notre compréhension des interactions indirectes (médianes par les plantes et les ennemis) remettent en question les paradigmes historiques de la compétition. Ainsi, dans le contexte de ce domaine en rapide développement, nous réévaluons les preuves de la compétition interspécifique chez les insectes phytophages à l'aide d'une méta-analyse d'études publiées. Notre analyse est spécifiquement conçue pour tester les hypothèses sous-jacentes à la théorie traditionnelle de la compétition, à savoir que les interactions compétitives sont symétriques, nécessitent une co-occurrence spatiale et temporelle, et augmentent en intensité à mesure que la densité, la similarité phylogénétique et le chevauchement de niche des espèces en compétition augmentent. Malgré la découverte fréquente de preuves de compétition, nous avons trouvé très peu de preuves que les insectes phytophages se conforment aux prédictions théoriques de la compétition interspécifique. Les interactions étaient hautement asymétriques, similaires en magnitude au sein et entre les guildes alimentaires (mâcheurs vs succion de sève), et n'étaient pas affectées par la quantité de ressources retirées (% de défoliation). Il y avait un soutien mitigé pour les effets de la phylogénie, de la séparation spatiale/temporelle et de la force relative de la compétition intra- vs interspécifique. Il est clair qu'un nouveau paradigme tenant compte des interactions indirectes et de la facilitation est nécessaire pour décrire comment la compétition interspécifique contribue à l'organisation des communautés d'insectes phytophages, et peut-être à d'autres communautés végétales et animales également.

@article{doi101111j14610248200701093x,
    author = "Kaplan, Ian et Denno, Robert F.",
    title = "Les interactions interspécifiques chez les insectes phytophages réexaminées : une évaluation quantitative de la théorie de la compétition",
    year = "2007",
    journal = "Ecology Letters",
    abstract = "L'importance de la compétition interspécifique est un problème hautement controversé et non résolu pour l'écologie communautaire en général, et pour les insectes phytophages en particulier. Cependant, les récentes avancées dans notre compréhension des interactions indirectes (médianes par les plantes et les ennemis) remettent en question les paradigmes historiques de la compétition. Ainsi, dans le contexte de ce domaine en rapide développement, nous réévaluons les preuves de la compétition interspécifique chez les insectes phytophages à l'aide d'une méta-analyse d'études publiées. Notre analyse est spécifiquement conçue pour tester les hypothèses sous-jacentes à la théorie traditionnelle de la compétition, à savoir que les interactions compétitives sont symétriques, nécessitent une co-occurrence spatiale et temporelle, et augmentent en intensité à mesure que la densité, la similarité phylogénétique et le chevauchement de niche des espèces en compétition augmentent. Malgré la découverte fréquente de preuves de compétition, nous avons trouvé très peu de preuves que les insectes phytophages se conforment aux prédictions théoriques de la compétition interspécifique. Les interactions étaient hautement asymétriques, similaires en magnitude au sein et entre les guildes alimentaires (mâcheurs vs succion de sève), et n'étaient pas affectées par la quantité de ressources retirées (% de défoliation). Il y avait un soutien mitigé pour les effets de la phylogénie, de la séparation spatiale/temporelle et de la force relative de la compétition intra- vs interspécifique. Il est clair qu'un nouveau paradigme tenant compte des interactions indirectes et de la facilitation est nécessaire pour décrire comment la compétition interspécifique contribue à l'organisation des communautés d'insectes phytophages, et peut-être à d'autres communautés végétales et animales également.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1461-0248.2007.01093.x",
    doi = "10.1111/j.1461-0248.2007.01093.x",
    openalex = "W2137980122",
    references = "doi101038118558a0, doi101038119012b0, doi101111j13652427200601592x, doi101146annureven40010195001501"
}

L'écologie cherche à expliquer la coexistence des espèces et ses conséquences fonctionnelles, mais les tests expérimentaux des mécanismes qui tiennent simultanément compte des deux processus sont difficiles. Nous avons utilisé un système expérimental de plantes mycorhiziennes pour tester si la similarité fonctionnelle entre espèces étroitement apparentées (conservatisme phylogénétique) peut conduire à l'assemblage des communautés et au fonctionnement des écosystèmes. Les communautés ont été construites avec le même nombre d'espèces fongiques, mais après un an de croissance, la richesse spécifique réalisée était la plus élevée là où les espèces de départ étaient plus éloignées les unes des autres. Les communautés à haute richesse spécifique réalisée ont également stimulé la productivité des plantes davantage que celles à faible richesse spécifique réalisée. Nos résultats suggèrent que le conservatisme des traits phylogénétiques peut favoriser la coexistence en raison d'une réduction de la compétition entre lignées évolutives distinctes et améliorer le fonctionnement des écosystèmes en raison de la complémentarité fonctionnelle entre ces mêmes lignées.

@article{doi101126science1143082,
    author = "Maherali, Hafiz et Klironomos, John N.",
    title = "Influence de la phylogénie sur l'assemblage des communautés fongiques et le fonctionnement des écosystèmes",
    year = "2007",
    journal = "Science",
    abstract = "L'écologie cherche à expliquer la coexistence des espèces et ses conséquences fonctionnelles, mais les tests expérimentaux des mécanismes qui tiennent simultanément compte des deux processus sont difficiles. Nous avons utilisé un système expérimental de plantes mycorhiziennes pour tester si la similarité fonctionnelle entre espèces étroitement apparentées (conservatisme phylogénétique) peut conduire à l'assemblage des communautés et au fonctionnement des écosystèmes. Les communautés ont été construites avec le même nombre d'espèces fongiques, mais après un an de croissance, la richesse spécifique réalisée était la plus élevée là où les espèces de départ étaient plus éloignées les unes des autres. Les communautés à haute richesse spécifique réalisée ont également stimulé la productivité des plantes davantage que celles à faible richesse spécifique réalisée. Nos résultats suggèrent que le conservatisme des traits phylogénétiques peut favoriser la coexistence en raison d'une réduction de la compétition entre lignées évolutives distinctes et améliorer le fonctionnement des écosystèmes en raison de la complémentarité fonctionnelle entre ces mêmes lignées.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1143082",
    doi = "10.1126/science.1143082",
    openalex = "W2083050401",
    references = "doi101016jtree200409003"
}

L'évaluation de la diversité et de la distribution microbiennes est une préoccupation majeure en microbiologie environnementale. Il existe deux approches générales pour mesurer la diversité des communautés : les mesures quantitatives, qui utilisent l'abondance de chaque taxon, et les mesures qualitatives, qui n'utilisent que la présence/absence des données. Les mesures quantitatives sont idéales pour révéler les différences de communauté dues aux changements dans l'abondance relative des taxons (par exemple, lorsqu'un ensemble particulier de taxons prospère parce qu'une source de nutriments limitante devient abondante). Les mesures qualitatives sont les plus informatives lorsque les communautés diffèrent principalement par ce qui peut y vivre (par exemple, à des températures élevées), en partie parce que les informations d'abondance peuvent obscurcir des motifs de variation significatifs concernant la présence de taxons. Nous illustrons ces principes en utilisant deux enquêtes basées sur l'ARNr 16S de populations microbiennes et deux mesures phylogénétiques de la diversité bêta des communautés : unweighted UniFrac, une mesure qualitative, et weighted UniFrac, une nouvelle mesure quantitative, que nous avons ajoutée au site Web UniFrac (http://bmf.colorado.edu/unifrac). Ces études ont examiné les influences relatives de la chimie minérale, de la température et de la géographie sur la composition des communautés microbiennes dans les sources thermales acides du parc national de Yellowstone, ainsi que les influences de l'obésité et de la parenté sur la composition des communautés microbiennes dans l'intestin de la souris. Nous montrons que l'application de mesures qualitatives et quantitatives au même ensemble de données peut conduire à des conclusions radicalement différentes sur les principaux facteurs qui structurent la diversité microbienne et peut fournir des aperçus sur la nature des différences de communauté. Nous démontrons également que les mesures weighted et unweighted UniFrac sont robustes aux méthodes utilisées pour construire la phylogénie sous-jacente.

@article{doi101128aem0199606,
    author = "Lozupone, Catherine et Hamady, Micah et Kelley, Scott T. et Knight, Rob",
    title = "Mesures quantitatives et qualitatives de la diversité β conduisent à des insights différents sur les facteurs qui structurent les communautés microbiennes",
    year = "2007",
    journal = "Applied and Environmental Microbiology",
    abstract = "L'évaluation de la diversité et de la distribution microbiennes est une préoccupation majeure en microbiologie environnementale. Il existe deux approches générales pour mesurer la diversité des communautés : les mesures quantitatives, qui utilisent l'abondance de chaque taxon, et les mesures qualitatives, qui n'utilisent que la présence/absence des données. Les mesures quantitatives sont idéales pour révéler les différences de communauté dues aux changements dans l'abondance relative des taxons (par exemple, lorsqu'un ensemble particulier de taxons prospère parce qu'une source de nutriments limitante devient abondante). Les mesures qualitatives sont les plus informatives lorsque les communautés diffèrent principalement par ce qui peut y vivre (par exemple, à des températures élevées), en partie parce que les informations d'abondance peuvent obscurcir des motifs de variation significatifs concernant la présence de taxons. Nous illustrons ces principes en utilisant deux enquêtes basées sur l'ARNr 16S de populations microbiennes et deux mesures phylogénétiques de la diversité bêta des communautés : unweighted UniFrac, une mesure qualitative, et weighted UniFrac, une nouvelle mesure quantitative, que nous avons ajoutée au site Web UniFrac (http://bmf.colorado.edu/unifrac). Ces études ont examiné les influences relatives de la chimie minérale, de la température et de la géographie sur la composition des communautés microbiennes dans les sources thermales acides du parc national de Yellowstone, ainsi que les influences de l'obésité et de la parenté sur la composition des communautés microbiennes dans l'intestin de la souris. Nous montrons que l'application de mesures qualitatives et quantitatives au même ensemble de données peut conduire à des conclusions radicalement différentes sur les principaux facteurs qui structurent la diversité microbienne et peut fournir des aperçus sur la nature des différences de communauté. Nous démontrons également que les mesures weighted et unweighted UniFrac sont robustes aux méthodes utilisées pour construire la phylogénie sous-jacente.",
    url = "https://doi.org/10.1128/aem.01996-06",
    doi = "10.1128/aem.01996-06",
    openalex = "W2145664556",
    references = "doi101038260204c0, doi101086321317, doi101093bioinformaticsbtg180, doi101146annurevecolsys33010802150448, doi1023071218190, doi105860choice421547, openalexw2032279931"
}

Open source à : http://phylodiversity.net/phylocom/.

@article{doi101093bioinformaticsbtn358,
    author = "Webb, Campbell O. et Ackerly, David D. et Kembel, Steven W.",
    title = "Phylocom : logiciel pour l'analyse de la structure phylogénétique des communautés et de l'évolution des traits",
    year = "2008",
    journal = "Bioinformatics",
    abstract = "Open source à : http://phylodiversity.net/phylocom/.",
    url = "https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn358",
    doi = "10.1093/bioinformatics/btn358",
    openalex = "W2164035292",
    references = "doi101093sysbio41118, doi101111j001438202003tb00285x, doi101111j14718286200400829x"
}

Résumé L'hypothèse du gradient de stress (SGH) prédit que la fréquence des interactions facilitatrices et compétitives variera de manière inverse le long des gradients de stress abiotique, la facilitation étant plus fréquente dans des conditions de stress abiotique élevé par rapport à des conditions abiotiques plus favorables. Avec quelques exceptions notables, la plupart des tests de la SGH ont étudié l'interaction entre une seule paire ou quelques paires d'espèces, et ont ainsi évalué les changements dans l'amplitude et la direction des interactions par paires le long des gradients de stress, plutôt que les changements dans la fréquence générale des interactions. La SGH a été soutenue par de nombreuses études dans de nombreux écosystèmes, a fourni une base cruciale pour étudier l'interplay entre la facilitation et la compétition dans les communautés végétales, et possède une haute valeur heuristique. Cependant, des recherches empiriques récentes indiquent que des facteurs comme la variation entre les espèces et la nature du gradient de stress étudié ajoutent une complexité non prise en compte dans la SGH, créant une opportunité d'étendre le cadre conceptuel général de la SGH. Nous suggérons qu'une approche pour étendre le cadre de la SGH est de différencier l'idée originale de la fréquence des interactions le long des gradients de stress et l'approche empirique ubiquitaire d'étudier les changements dans la force des interactions par paires. De plus, en considérant explicitement l'histoire de vie des espèces interagissantes (tolérance relative au stress vs. capacité compétitive) et les caractéristiques du facteur de stress (ressource vs. non-ressource), nous pourrions grandement affiner des prédictions spécifiques pertinentes pour la SGH. Nous proposons que le motif général prédit par la SGH serait plus fréquemment valide pour certaines combinaisons d'histoires de vie et de facteurs de stress, en particulier lorsque les espèces bénéficiaires et bénéficiées sont respectivement majoritairement compétitives et tolérantes au stress. Cependant, nous prédisons également que d'autres combinaisons sont susceptibles de donner des résultats différents. Par exemple, l'effet des voisins peut être négatif aux deux extrémités du gradient de stress lorsque les deux espèces interagissantes ont des histoires de vie similaires « compétitives » ou « tolérantes au stress » et que le gradient de stress abiotique est piloté par une ressource (par exemple, l'eau). Synthèse. L'extension de la SGH présentée ici fournit des hypothèses spécifiques et testables pour favoriser la recherche et aide à réconcilier les écarts potentiels entre les études précédentes. Elle représente une étape importante pour intégrer la complexité et la spécificité des espèces des résultats potentiels dans les modèles et théories traitant de la façon dont les interactions plante-plante changent le long des gradients de stress.

@article{doi101111j13652745200801476x,
    author = "Maestre, Fernando T. et Callaway, Ragan M. et Valladares, Fernando et Lortie, Christopher J.",
    title = "Affinement de l'hypothèse du gradient de stress pour la compétition et la facilitation dans les communautés végétales",
    year = "2009",
    journal = "Journal of Ecology",
    abstract = "Résumé L'hypothèse du gradient de stress (SGH) prédit que la fréquence des interactions facilitatrices et compétitives variera de manière inverse le long des gradients de stress abiotique, la facilitation étant plus fréquente dans des conditions de stress abiotique élevé par rapport à des conditions abiotiques plus favorables. Avec quelques exceptions notables, la plupart des tests de la SGH ont étudié l'interaction entre une seule paire ou quelques paires d'espèces, et ont ainsi évalué les changements dans l'amplitude et la direction des interactions par paires le long des gradients de stress, plutôt que les changements dans la fréquence générale des interactions. La SGH a été soutenue par de nombreuses études dans de nombreux écosystèmes, a fourni une base cruciale pour étudier l'interplay entre la facilitation et la compétition dans les communautés végétales, et possède une haute valeur heuristique. Cependant, des recherches empiriques récentes indiquent que des facteurs comme la variation entre les espèces et la nature du gradient de stress étudié ajoutent une complexité non prise en compte dans la SGH, créant une opportunité d'étendre le cadre conceptuel général de la SGH. Nous suggérons qu'une approche pour étendre le cadre de la SGH est de différencier l'idée originale de la fréquence des interactions le long des gradients de stress et l'approche empirique ubiquitaire d'étudier les changements dans la force des interactions par paires. De plus, en considérant explicitement l'histoire de vie des espèces interagissantes (tolérance relative au stress vs. capacité compétitive) et les caractéristiques du facteur de stress (ressource vs. non-ressource), nous pourrions grandement affiner des prédictions spécifiques pertinentes pour la SGH. Nous proposons que le motif général prédit par la SGH serait plus fréquemment valide pour certaines combinaisons d'histoires de vie et de facteurs de stress, en particulier lorsque les espèces bénéficiaires et bénéficiées sont respectivement majoritairement compétitives et tolérantes au stress. Cependant, nous prédisons également que d'autres combinaisons sont susceptibles de donner des résultats différents. Par exemple, l'effet des voisins peut être négatif aux deux extrémités du gradient de stress lorsque les deux espèces interagissantes ont des histoires de vie similaires « compétitives » ou « tolérantes au stress » et que le gradient de stress abiotique est piloté par une ressource (par exemple, l'eau). Synthèse. L'extension de la SGH présentée ici fournit des hypothèses spécifiques et testables pour favoriser la recherche et aide à réconcilier les écarts potentiels entre les études précédentes. Elle représente une étape importante pour intégrer la complexité et la spécificité des espèces des résultats potentiels dans les modèles et théories traitant de la façon dont les interactions plante-plante changent le long des gradients de stress.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1365-2745.2008.01476.x",
    doi = "10.1111/j.1365-2745.2008.01476.x",
    openalex = "W2166015583",
    references = "doi101111j13652745200501017x, doi1018900012965819970781958cafasa20co2"
}

L'accessibilité croissante des données phylogénétiques, de la puissance de calcul et des outils d'informatique a facilité une expansion rapide des études appliquant les données et méthodes phylogénétiques à l'écologie communautaire. Plusieurs domaines clés sont examinés où les informations phylogénétiques aident à résoudre des controverses de longue date en écologie communautaire, remettent en question des hypothèses antérieures et ouvrent de nouveaux domaines d'investigation. En particulier, les études en écologie communautaire phylogénétique ont aidé à révéler la multitude de processus pilotant l'assemblage des communautés et ont démontré l'importance de l'évolution dans le processus d'assemblage. Les approches phylogénétiques ont également accru la compréhension des conséquences des interactions communautaires pour la spéciation, l'adaptation et l'extinction. Enfin, la structure et la composition des communautés phylogénétiques offrent des perspectives prometteuses pour prédire les processus écosystémiques et les impacts du changement global. Des défis majeurs subsistent pour faire progresser ces domaines. En particulier, déterminer dans quelle mesure les traits écologiquement pertinents sont conservés ou convergents sur le plan phylogénétique, et sur quelle échelle temporelle, est crucial pour comprendre les causes de la structure phylogénétique des communautés et de ses conséquences évolutives et écosystémiques. Exploiter les informations phylogénétiques pour comprendre et prévoir les changements de diversité et de dynamique des communautés constitue une étape cruciale dans la gestion et la restauration de la biote de la Terre à une époque de changement global rapide.

@article{doi101111j14610248200901314x,
    author = "Cavender‐Bares, Jeannine et Kozak, Kenneth H. et Fine, Paul V. A. et Kembel, Steven W.",
    title = "The merging of community ecology and phylogenetic biology",
    year = "2009",
    journal = "Ecology Letters",
    abstract = "L'accessibilité croissante des données phylogénétiques, de la puissance de calcul et des outils d'informatique a facilité une expansion rapide des études appliquant les données et méthodes phylogénétiques à l'écologie communautaire. Plusieurs domaines clés sont examinés où les informations phylogénétiques aident à résoudre des controverses de longue date en écologie communautaire, remettent en question des hypothèses antérieures et ouvrent de nouveaux domaines d'investigation. En particulier, les études en écologie communautaire phylogénétique ont aidé à révéler la multitude de processus pilotant l'assemblage des communautés et ont démontré l'importance de l'évolution dans le processus d'assemblage. Les approches phylogénétiques ont également accru la compréhension des conséquences des interactions communautaires pour la spéciation, l'adaptation et l'extinction. Enfin, la structure et la composition des communautés phylogénétiques offrent des perspectives prometteuses pour prédire les processus écosystémiques et les impacts du changement global. Des défis majeurs subsistent pour faire progresser ces domaines. En particulier, déterminer dans quelle mesure les traits écologiquement pertinents sont conservés ou convergents sur le plan phylogénétique, et sur quelle échelle temporelle, est crucial pour comprendre les causes de la structure phylogénétique des communautés et de ses conséquences évolutives et écosystémiques. Exploiter les informations phylogénétiques pour comprendre et prévoir les changements de diversité et de dynamique des communautés constitue une étape cruciale dans la gestion et la restauration de la biote de la Terre à une époque de changement global rapide.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1461-0248.2009.01314.x",
    doi = "10.1111/j.1461-0248.2009.01314.x",
    openalex = "W2102384105",
    references = "doi1010160006320792912013, doi101016jppees200710001, doi101016jtree200409011, doi101038nature02403, doi10108010635150802302427, doi101086282505, doi101086282687, doi101093aibsbulletin2214b, doi101098rspb20080630, doi101111j14610248200701020x, doi101111j155856461964tb01674x, doi101111j15585646200800317x, doi101126science2304728895, doi101126science2354785167, doi101126science27953592115, doi101146annurevecolsys311343, doi101146annurevecolsys33010802150448, doi1015159781400881376, doi101722611310, doi1023071435536, doi1023071446122, doi1023072259756, doi1023073071998, doi1023073544421, doi1023074549, doi105860choice432194, doi105962bhltitle56234, doi107208chicago97802261186970010001, openalexw2273605253"
}

Si de nombreux processus interviennent dans la détermination des espèces qui coexistent et s'assemblent en communautés, la compétition est l'un des mieux étudiés. Une hypothèse sur la contribution de la compétition à l'assemblage des communautés est que les espèces plus étroitement apparentées sont moins susceptibles de coexister. Bien que les preuves empiriques de cette hypothèse soient mitigées, elle reste une hypothèse courante dans certaines approches phylogénétiques pour inférer les effets du filtrage environnemental et de l'exclusion compétitive. Ici, nous relions la théorie moderne de la coexistence aux approches d'assemblage des communautés phylogénétiques pour affiner les attentes concernant la manière dont l'apparentement des espèces influence l'issue de la compétition. Nous soutenons que deux types de différences entre espèces déterminent l'exclusion compétitive avec des effets opposés sur les modèles d'apparentement. Importamment, cela signifie que la compétition peut parfois éliminer des taxons plus différents et moins apparentés, même lorsque les traits sous-jacents aux différences d'espèces pertinentes sont phylogénétiquement conservés. Notre argument conduit à une réinterprétation des processus d'assemblage inférés à partir de la structure phylogénétique des communautés.

@article{doi101111j14610248201001509x,
    author = "Mayfield, Margaret M. et Levine, Jonathan M.",
    title = "Effets oppositifs de l'exclusion compétitive sur la structure phylogénétique des communautés",
    year = "2010",
    journal = "Ecology Letters",
    abstract = "Si de nombreux processus interviennent dans la détermination des espèces qui coexistent et s'assemblent en communautés, la compétition est l'un des mieux étudiés. Une hypothèse sur la contribution de la compétition à l'assemblage des communautés est que les espèces plus étroitement apparentées sont moins susceptibles de coexister. Bien que les preuves empiriques de cette hypothèse soient mitigées, elle reste une hypothèse courante dans certaines approches phylogénétiques pour inférer les effets du filtrage environnemental et de l'exclusion compétitive. Ici, nous relions la théorie moderne de la coexistence aux approches d'assemblage des communautés phylogénétiques pour affiner les attentes concernant la manière dont l'apparentement des espèces influence l'issue de la compétition. Nous soutenons que deux types de différences entre espèces déterminent l'exclusion compétitive avec des effets opposés sur les modèles d'apparentement. Importamment, cela signifie que la compétition peut parfois éliminer des taxons plus différents et moins apparentés, même lorsque les traits sous-jacents aux différences d'espèces pertinentes sont phylogénétiquement conservés. Notre argument conduit à une réinterprétation des processus d'assemblage inférés à partir de la structure phylogénétique des communautés.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1461-0248.2010.01509.x",
    doi = "10.1111/j.1461-0248.2010.01509.x",
    openalex = "W1897178287",
    references = "doi101016jppees200710001, doi101016jtree200409003, doi101038nature08251, doi101073pnas5161207, doi101086282505, doi101086284133, doi101086285357, doi101086303378, doi101111j14610248200600996x, doi101111j14610248200801229x, doi101111j14610248200901314x, doi101146annurevecolsys311343, doi101146annurevecolsys33010802150448, doi101146annurevecolsys36102803095431, doi1023072402622, doi1023074072271"
}

Les scientifiques d'aujourd'hui font face au défi énorme de prédire comment le changement climatique affectera les distributions des espèces et les assemblages d'espèces. Pour ce faire, les écologues utilisent largement des modèles phénoménologiques des distributions des espèces qui reposent principalement sur le concept de niche des espèces et ignorent généralement la démographie des espèces, le potentiel adaptatif des espèces et les interactions biotiques. Cette revue examine le rôle potentiel de la discipline synthétique émergente de l'écologie évolutive des communautés dans l'amélioration de notre compréhension de la manière dont le changement climatique modifiera la distribution future de la biodiversité. Nous passons en revue les avancées théoriques et empiriques concernant le rôle de l'évolution de la niche, des interactions interspécifiques et de leur interaction dans la modification des aires géographiques des espèces et de l'assemblage des communautés. Nous discutons des moyens potentiels d'intégrer les rétroactions complexes entre l'écologie et l'évolution dans les prévisions écologiques. Nous soulignons également un certain nombre de limites dans notre compréhension des conséquences éco-évolutives du changement climatique et mettons en évidence plusieurs défis pour la recherche future.

@article{doi101146annurevecolsys102209144628,
    author = "Lavergne, Sébastien et Mouquet, Nicolas et Thuiller, Wilfried et Ronce, Ophélie",
    title = "Biodiversité et changement climatique : Intégration des réponses évolutives et écologiques des espèces et des communautés",
    year = "2010",
    journal = "Annual Review of Ecology Evolution and Systematics",
    abstract = "Les scientifiques d'aujourd'hui font face au défi énorme de prédire comment le changement climatique affectera les distributions des espèces et les assemblages d'espèces. Pour ce faire, les écologues utilisent largement des modèles phénoménologiques des distributions des espèces qui reposent principalement sur le concept de niche des espèces et ignorent généralement la démographie des espèces, le potentiel adaptatif des espèces et les interactions biotiques. Cette revue examine le rôle potentiel de la discipline synthétique émergente de l'écologie évolutive des communautés dans l'amélioration de notre compréhension de la manière dont le changement climatique modifiera la distribution future de la biodiversité. Nous passons en revue les avancées théoriques et empiriques concernant le rôle de l'évolution de la niche, des interactions interspécifiques et de leur interaction dans la modification des aires géographiques des espèces et de l'assemblage des communautés. Nous discutons des moyens potentiels d'intégrer les rétroactions complexes entre l'écologie et l'évolution dans les prévisions écologiques. Nous soulignons également un certain nombre de limites dans notre compréhension des conséquences éco-évolutives du changement climatique et mettons en évidence plusieurs défis pour la recherche future.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev-ecolsys-102209-144628",
    doi = "10.1146/annurev-ecolsys-102209-144628",
    openalex = "W2170175048",
    references = "doi101038nature01286, doi10108010635150802302427, doi101093oso97801985052350010001, doi101098rstb20090012, doi101111j13652435200701275x, doi101111j13652435200701278x, doi101111j13652435200701289x, doi101111j14610248200500792x, doi101111j14610248200500812x, doi101146annurevecolsys110308120159, doi101146annurevecolsys110308120317, doi101146annurevecolsys311343, doi101146annurevecolsys37091305110100, doi1015159780691206912, doi1023072260079, doi1023073071998, doi105860choice185809, doi105962bhltitle59991, openalexw2045291252, openalexw2151235472"
}

Comprendre comment les communautés d'organismes vivants s'assemblent a été une question centrale en écologie depuis les débuts de la discipline. Dissocier les différents processus impliqués dans l'assemblage des communautés n'est pas seulement intéressant en soi, mais aussi crucial pour comprendre comment les communautés se comporteront dans des scénarios environnementaux futurs. Le concept traditionnel de règles d'assemblage reflète l'idée que les espèces ne coexistent pas aléatoirement, mais que leur coexistence est restreinte par la compétition interspécifique. Ce concept peut être redéfini dans un cadre plus général où la coexistence des espèces est le produit du hasard, des motifs historiques de spéciation et de migration, de la dispersion, des facteurs environnementaux abiotiques et des interactions biotiques, aucun de ces processus n'étant mutuellement exclusif. Ici, nous présentons une revue et des méta-analyses de 59 articles qui comparent les motifs observés dans les communautés végétales avec des modèles nuls simulant des motifs aléatoires d'assemblage des espèces. Selon le type de données étudiées et les différentes méthodes appliquées pour détecter l'assemblage des communautés, nous distinguons quatre principaux types d'approche dans la littérature publiée : coexistence des espèces, limitation de la niche, proportionnalité des guildes et similarité limitante. Les résultats de nos méta-analyses suggèrent que la coexistence non aléatoire des espèces végétales n'est pas un phénomène répandu. Cependant, il n'est pas possible de déterminer à partir des métadonnées disponibles si cette découverte reflète la nature individualiste des communautés végétales ou si elle est causée par des lacunes méthodologiques associées aux études considérées. Nous recommandons que des enquêtes plus approfondies soient menées en utilisant un ensemble de méthodes standardisées pour tester l'existence de règles d'assemblage dans des ensembles de données couvrant des échelles biologiques et géographiques plus larges que celles considérées jusqu'à présent. Nous étayons ce conseil général avec des lignes directrices qui devraient être prises en compte dans les futures recherches sur les règles d'assemblage. Cela nous permettra de tirer des conclusions plus précises et générales sur l'aspect non aléatoire de l'assemblage dans les communautés végétales.

@article{doi101111j1469185x201100187x,
    author = "Götzenberger, Lars et de Bello, Francesco et Bråthen, Kari Anne et Davison, John et Dubuis, Anne et Guisan, Antoine et Lepš, Jan et Lindborg, Regina et Moora, Mari et Pärtel, Meelis et Pellissier, Loïc et Pottier, Julien et Vittoz, Pascal et Zobel, Kristjan et Zobel, Martin",
    title = "Règles d'assemblage écologique dans les communautés végétales—approches, motifs et perspectives",
    year = "2011",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society",
    abstract = "Comprendre comment les communautés d'organismes vivants s'assemblent a été une question centrale en écologie depuis les débuts de la discipline. Dissocier les différents processus impliqués dans l'assemblage des communautés n'est pas seulement intéressant en soi, mais aussi crucial pour comprendre comment les communautés se comporteront dans des scénarios environnementaux futurs. Le concept traditionnel de règles d'assemblage reflète l'idée que les espèces ne coexistent pas aléatoirement, mais que leur coexistence est restreinte par la compétition interspécifique. Ce concept peut être redéfini dans un cadre plus général où la coexistence des espèces est le produit du hasard, des motifs historiques de spéciation et de migration, de la dispersion, des facteurs environnementaux abiotiques et des interactions biotiques, aucun de ces processus n'étant mutuellement exclusif. Ici, nous présentons une revue et des méta-analyses de 59 articles qui comparent les motifs observés dans les communautés végétales avec des modèles nuls simulant des motifs aléatoires d'assemblage des espèces. Selon le type de données étudiées et les différentes méthodes appliquées pour détecter l'assemblage des communautés, nous distinguons quatre principaux types d'approche dans la littérature publiée : coexistence des espèces, limitation de la niche, proportionnalité des guildes et similarité limitante. Les résultats de nos méta-analyses suggèrent que la coexistence non aléatoire des espèces végétales n'est pas un phénomène répandu. Cependant, il n'est pas possible de déterminer à partir des métadonnées disponibles si cette découverte reflète la nature individualiste des communautés végétales ou si elle est causée par des lacunes méthodologiques associées aux études considérées. Nous recommandons que des enquêtes plus approfondies soient menées en utilisant un ensemble de méthodes standardisées pour tester l'existence de règles d'assemblage dans des ensembles de données couvrant des échelles biologiques et géographiques plus larges que celles considérées jusqu'à présent. Nous étayons ce conseil général avec des lignes directrices qui devraient être prises en compte dans les futures recherches sur les règles d'assemblage. Cela nous permettra de tirer des conclusions plus précises et générales sur l'aspect non aléatoire de l'assemblage dans les communautés végétales.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1469-185x.2011.00187.x",
    doi = "10.1111/j.1469-185x.2011.00187.x",
    openalex = "W2072811688",
    references = "doi101111j14610248201001509x"
}

Un objectif majeur de l'écologie des communautés microbiennes est de comprendre les forces qui structurent la composition des communautés. La sélection déterministe par des facteurs environnementaux spécifiques est parfois importante, mais dans d'autres cas, des processus stochastiques ou écologiquement neutres dominent. Il manque un cadre conceptuel unifié visant à comprendre pourquoi les processus déterministes dominent dans certains contextes mais pas dans d'autres. Ici, nous travaillons vers un tel cadre. En testant des prédictions dérivées de la théorie écologique générale, nous visons à découvrir les facteurs qui régissent les influences relatives des processus déterministes et stochastiques. Nous couplons des données spatio-temporelles sur les communautés microbiennes souterraines et les paramètres environnementaux avec des métriques et des modèles nuls de la composition phylogénétique intra- et inter-communautaire. Le test du signal phylogénétique dans les niches des organismes a montré que les taxons plus étroitement apparentés ont des associations d'habitat plus similaires. Les analyses phylogénétiques communautaires ont également montré que les taxons écologiquement similaires coexistent à un degré supérieur à celui attendu par hasard. Le filtrage environnemental gouverne donc de manière déterministe la composition des communautés microbiennes souterraines. Plus important encore, l'influence du filtrage environnemental déterministe par rapport aux facteurs stochastiques était maximisée aux deux extrémités d'un gradient de variation environnementale. Cependant, un rôle plus fort des facteurs stochastiques a été soutenu par des analyses du turnover phylogénétique temporel. Bien que le turnover phylogénétique ait été en moyenne plus rapide que prévu, la plupart des comparaisons par paires n'étaient pas elles-mêmes significativement non aléatoires. L'influence relative du filtrage environnemental déterministe sur la dynamique communautaire était cependant accrue dans les environnements les plus variables temporellement et spatialement. Nos résultats pointent vers des règles générales régissant les influences relatives des processus stochastiques et déterministes à travers les micro- et macro-organismes.

@article{doi101038ismej201222,
    author = "Stegen, James et Lin, Xueju et Konopka, Allan et Fredrickson, James K.",
    title = "Processus d'assemblage stochastique et déterministe dans les communautés microbiennes souterraines",
    year = "2012",
    journal = "The ISME Journal",
    abstract = "Un objectif majeur de l'écologie des communautés microbiennes est de comprendre les forces qui structurent la composition des communautés. La sélection déterministe par des facteurs environnementaux spécifiques est parfois importante, mais dans d'autres cas, des processus stochastiques ou écologiquement neutres dominent. Il manque un cadre conceptuel unifié visant à comprendre pourquoi les processus déterministes dominent dans certains contextes mais pas dans d'autres. Ici, nous travaillons vers un tel cadre. En testant des prédictions dérivées de la théorie écologique générale, nous visons à découvrir les facteurs qui régissent les influences relatives des processus déterministes et stochastiques. Nous couplons des données spatio-temporelles sur les communautés microbiennes souterraines et les paramètres environnementaux avec des métriques et des modèles nuls de la composition phylogénétique intra- et inter-communautaire. Le test du signal phylogénétique dans les niches des organismes a montré que les taxons plus étroitement apparentés ont des associations d'habitat plus similaires. Les analyses phylogénétiques communautaires ont également montré que les taxons écologiquement similaires coexistent à un degré supérieur à celui attendu par hasard. Le filtrage environnemental gouverne donc de manière déterministe la composition des communautés microbiennes souterraines. Plus important encore, l'influence du filtrage environnemental déterministe par rapport aux facteurs stochastiques était maximisée aux deux extrémités d'un gradient de variation environnementale. Cependant, un rôle plus fort des facteurs stochastiques a été soutenu par des analyses du turnover phylogénétique temporel. Bien que le turnover phylogénétique ait été en moyenne plus rapide que prévu, la plupart des comparaisons par paires n'étaient pas elles-mêmes significativement non aléatoires. L'influence relative du filtrage environnemental déterministe sur la dynamique communautaire était cependant accrue dans les environnements les plus variables temporellement et spatialement. Nos résultats pointent vers des règles générales régissant les influences relatives des processus stochastiques et déterministes à travers les micro- et macro-organismes.",
    url = "https://doi.org/10.1038/ismej.2012.22",
    doi = "10.1038/ismej.2012.22",
    openalex = "W2075536793",
    references = "doi101086652373, doi101126science28454232124, doi101146annurevecolsys311343, doi101146annurevecolsys33010802150448, openalexw1493831303"
}

Même si la recherche sur le rôle des interactions compétitives lors de l'assemblage des communautés a débuté il y a des décennies, un récent regain d'intérêt a conduit à de nouvelles découvertes et à des opportunités de recherche. En utilisant la théorie contemporaine de la coexistence qui met l'accent sur les différences de niche stabilisatrices et les différences de fitness relatives, nous évaluons trois approches empiriques pour étudier l'assemblage des communautés. Nous montrons que les manipulations expérimentales de l'environnement abiotique ou biotique, les évaluations des relations entre traits, phylogénie et environnement, et les investigations de la croissance démographique dépendante de la fréquence suggèrent toutes une forte influence des différences de niche stabilisatrices et de fitness sur le résultat de l'assemblage des communautés végétales. Néanmoins, en raison des limitations de ces approches appliquées de manière isolée, nous avons encore une compréhension limitée de quels axes de niche et quels traits déterminent le résultat de la compétition et la structure de la communauté. Combiner les approches actuelles représente notre meilleure chance d'atteindre cet objectif, qui est fondamental pour l'écologie conceptuelle et pour la gestion des communautés végétales dans le contexte du changement global.

@article{doi101146annurevecolsys110411160411,
    author = "HilleRisLambers, Janneke et Adler, Peter B. et Harpole, W. Stanley et Levine, Jonathan M. et Mayfield, Margaret M.",
    title = "Rethinking Community Assembly through the Lens of Coexistence Theory",
    year = "2012",
    journal = "Annual Review of Ecology Evolution and Systematics",
    abstract = "Même si la recherche sur le rôle des interactions compétitives lors de l'assemblage des communautés a débuté il y a des décennies, un récent regain d'intérêt a conduit à de nouvelles découvertes et à des opportunités de recherche. En utilisant la théorie contemporaine de la coexistence qui met l'accent sur les différences de niche stabilisatrices et les différences de fitness relatives, nous évaluons trois approches empiriques pour étudier l'assemblage des communautés. Nous montrons que les manipulations expérimentales de l'environnement abiotique ou biotique, les évaluations des relations entre traits, phylogénie et environnement, et les investigations de la croissance démographique dépendante de la fréquence suggèrent toutes une forte influence des différences de niche stabilisatrices et de fitness sur le résultat de l'assemblage des communautés végétales. Néanmoins, en raison des limitations de ces approches appliquées de manière isolée, nous avons encore une compréhension limitée de quels axes de niche et quels traits déterminent le résultat de la compétition et la structure de la communauté. Combiner les approches actuelles représente notre meilleure chance d'atteindre cet objectif, qui est fondamental pour l'écologie conceptuelle et pour la gestion des communautés végétales dans le contexte du changement global.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev-ecolsys-110411-160411",
    doi = "10.1146/annurev-ecolsys-110411-160411",
    openalex = "W2098490582",
    references = "doi101016jtree200409011, doi101038nature08251, doi101086283164, doi101111j14610248200600996x, doi101111j14610248201001509x, doi101126science1169640, doi1018901012641"
}

Résumé L'un des concepts les plus répandus dans l'étude de l'assemblage des communautés est la métaphore du filtre environnemental, qui fait référence aux facteurs abiotiques qui empêchent l'établissement ou la persistance des espèces dans un endroit particulier. La métaphore trouve ses origines dans l'étude du changement de communauté lors de la succession et dans la dynamique des communautés végétales, bien qu'elle ait attiré une attention considérable récemment dans le cadre d'une vague d'intérêt pour les approches basées sur les traits fonctionnels et la phylogénie dans l'étude des communautés. Bien que la métaphore du filtre ait une utilité claire dans certaines circonstances, il a été difficile de concilier le concept de filtrage environnemental avec les développements récents de la théorie écologique liés à la coexistence des espèces. Ces avancées suggèrent que les preuves utilisées dans de nombreuses études pour évaluer le filtrage environnemental sont insuffisantes pour distinguer le filtrage du résultat des interactions biotiques. Nous réexaminons la métaphore du filtrage environnemental du point de vue de la théorie de la coexistence. Dans un effort pour faire avancer le débat, nous présentons un cadre simple pour considérer le rôle de l'environnement dans la formation de la composition des communautés, passons en revue la littérature pour documenter les preuves généralement utilisées dans les études de filtrage environnemental et soulignons les défis de recherche à relever dans les années à venir. L'utilisation actuelle du terme filtrage environnemental dans les études empiriques surestime probablement le rôle que jouent les tolérances abiotiques dans la structuration des communautés. Nous recommandons que le terme « filtrage environnemental » ne soit utilisé que pour désigner les cas où l'environnement abiotique empêche l'établissement ou la persistance en l'absence d'interactions biotiques, bien que seulement 15 % des études de notre revue aient présenté de telles preuves. Enfin, nous exhortons les écologistes des communautés à considérer d'autres mécanismes en plus du filtrage environnemental par lesquels l'environnement abiotique peut façonner les modèles de communauté.

@article{doi1011111365243512345,
    author = "Kraft, Nathan J. B. et Adler, Peter B. et Godoy, Óscar et James, Emily C. et Fuller, S. Cynthia et Levine, Jonathan M.",
    title = "Community assembly, coexistence and the environmental filtering metaphor",
    year = "2014",
    journal = "Functional Ecology",
    abstract = "Résumé L'un des concepts les plus répandus dans l'étude de l'assemblage des communautés est la métaphore du filtre environnemental, qui fait référence aux facteurs abiotiques qui empêchent l'établissement ou la persistance des espèces dans un endroit particulier. La métaphore trouve ses origines dans l'étude du changement de communauté lors de la succession et dans la dynamique des communautés végétales, bien qu'elle ait attiré une attention considérable récemment dans le cadre d'une vague d'intérêt pour les approches basées sur les traits fonctionnels et la phylogénie dans l'étude des communautés. Bien que la métaphore du filtre ait une utilité claire dans certaines circonstances, il a été difficile de concilier le concept de filtrage environnemental avec les développements récents de la théorie écologique liés à la coexistence des espèces. Ces avancées suggèrent que les preuves utilisées dans de nombreuses études pour évaluer le filtrage environnemental sont insuffisantes pour distinguer le filtrage du résultat des interactions biotiques. Nous réexaminons la métaphore du filtrage environnemental du point de vue de la théorie de la coexistence. Dans un effort pour faire avancer le débat, nous présentons un cadre simple pour considérer le rôle de l'environnement dans la formation de la composition des communautés, passons en revue la littérature pour documenter les preuves généralement utilisées dans les études de filtrage environnemental et soulignons les défis de recherche à relever dans les années à venir. L'utilisation actuelle du terme filtrage environnemental dans les études empiriques surestime probablement le rôle que jouent les tolérances abiotiques dans la structuration des communautés. Nous recommandons que le terme « filtrage environnemental » ne soit utilisé que pour désigner les cas où l'environnement abiotique empêche l'établissement ou la persistance en l'absence d'interactions biotiques, bien que seulement 15\% des études de notre revue aient présenté de telles preuves. Enfin, nous exhortons les écologistes des communautés à considérer d'autres mécanismes en plus du filtrage environnemental par lesquels l'environnement abiotique peut façonner les modèles de communauté.",
    url = "https://doi.org/10.1111/1365-2435.12345",
    doi = "10.1111/1365-2435.12345",
    openalex = "W2140575676",
    references = "doi101038nature08251, doi101046j14724642200000083x, doi101111j001438202003tb00285x, doi101111j14610248200901314x, doi101111j14610248201001509x"
}

L'ordre et le moment de l'immigration des espèces lors de l'assemblage des communautés peuvent affecter les abondances des espèces à plusieurs échelles spatiales. Connus sous le nom d'effets de priorité, ces effets provoquent une contingence historique dans la structure et la fonction des communautés, aboutissant à des états stables alternatifs, des états transitoires alternatifs ou des cycles compositionnels. Les mécanismes des effets de priorité se répartissent en deux catégories, la préemption de la niche et la modification de la niche, et les conditions de contingence historique par les effets de priorité peuvent être organisées en deux groupes, ceux concernant les propriétés du réservoir régional d'espèces et ceux concernant la dynamique des populations locales. Plus précisément, deux exigences doivent être satisfaites pour qu'une contingence historique se produise : le réservoir régional contient des espèces qui, ensemble, peuvent provoquer des effets de priorité, et la dynamique locale est suffisamment rapide pour que les espèces arrivant en premier préemptent ou modifient les niches avant l'arrivée d'autres espèces. Organiser les connaissances actuelles de cette manière révèle une question clé majeure : Comment les réservoirs régionaux d'espèces qui génèrent des effets de priorité sont-ils générés et maintenus ?

@article{doi101146annurevecolsys110411160340,
    author = "Fukami, Tadashi",
    title = "Contingence historique dans l'assemblage des communautés : Intégration des niches, des réservoirs d'espèces et des effets de priorité",
    year = "2015",
    journal = "Annual Review of Ecology Evolution and Systematics",
    abstract = "L'ordre et le moment de l'immigration des espèces lors de l'assemblage des communautés peuvent affecter les abondances des espèces à plusieurs échelles spatiales. Connus sous le nom d'effets de priorité, ces effets provoquent une contingence historique dans la structure et la fonction des communautés, aboutissant à des états stables alternatifs, des états transitoires alternatifs ou des cycles compositionnels. Les mécanismes des effets de priorité se répartissent en deux catégories, la préemption de la niche et la modification de la niche, et les conditions de contingence historique par les effets de priorité peuvent être organisées en deux groupes, ceux concernant les propriétés du réservoir régional d'espèces et ceux concernant la dynamique des populations locales. Plus précisément, deux exigences doivent être satisfaites pour qu'une contingence historique se produise : le réservoir régional contient des espèces qui, ensemble, peuvent provoquer des effets de priorité, et la dynamique locale est suffisamment rapide pour que les espèces arrivant en premier préemptent ou modifient les niches avant l'arrivée d'autres espèces. Organiser les connaissances actuelles de cette manière révèle une question clé majeure : Comment les réservoirs régionaux d'espèces qui génèrent des effets de priorité sont-ils générés et maintenus ?",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev-ecolsys-110411-160340",
    doi = "10.1146/annurev-ecolsys-110411-160340",
    openalex = "W2153248731",
    references = "doi101007978146124018114, doi101086284105, doi101111j13652435200701275x, doi101111j14610248200400608x, doi1023073545850, doi105962bhltitle56234"
}

Pour deux espèces en compétition, la compétition intraspécifique doit dépasser la compétition interspécifique pour permettre la coexistence. Pour généraliser ce critère bien connu à plusieurs espèces en compétition, il faut tenir compte à la fois de la distribution des forces d'interaction et de la structure de la communauté. Ici, nous dérivons une généralisation multispécifique de la règle à deux espèces dans le contexte de la compétition de Lotka-Volterra symétrique et obtenons des conditions de stabilité explicites pour les communautés compétitives aléatoires. Nous explorons ensuite l'influence de la structure de la communauté sur la coexistence. Les résultats montrent que les cas les plus et les moins stabilisés présentent des structures globales frappantes, avec un motif imbriqué émergeant dans les deux cas. La distribution des coefficients intraspécifiques menant aux communautés les plus et les moins stabilisées suit également un motif prévisible qui peut être justifié analytiquement. De plus, nous montrons que la taille de l'espace des paramètres permettant des communautés réalisables augmente toujours de manière caractéristique avec la force des effets intraspécifiques, indépendamment de la structure des interactions interspécifiques. Nous concluons en discutant des extensions possibles de nos résultats à la compétition non symétrique.

@article{doi101086686901,
    author = "Barabás, György et Smith, Matthew J. et Allesina, Stefano",
    title = "L'effet de la compétition intra- et interspécifique sur la coexistence dans les communautés multispécifiques",
    year = "2016",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "Pour deux espèces en compétition, la compétition intraspécifique doit dépasser la compétition interspécifique pour permettre la coexistence. Pour généraliser ce critère bien connu à plusieurs espèces en compétition, il faut tenir compte à la fois de la distribution des forces d'interaction et de la structure de la communauté. Ici, nous dérivons une généralisation multispécifique de la règle à deux espèces dans le contexte de la compétition de Lotka-Volterra symétrique et obtenons des conditions de stabilité explicites pour les communautés compétitives aléatoires. Nous explorons ensuite l'influence de la structure de la communauté sur la coexistence. Les résultats montrent que les cas les plus et les moins stabilisés présentent des structures globales frappantes, avec un motif imbriqué émergeant dans les deux cas. La distribution des coefficients intraspécifiques menant aux communautés les plus et les moins stabilisées suit également un motif prévisible qui peut être justifié analytiquement. De plus, nous montrons que la taille de l'espace des paramètres permettant des communautés réalisables augmente toujours de manière caractéristique avec la force des effets intraspécifiques, indépendamment de la structure des interactions interspécifiques. Nous concluons en discutant des extensions possibles de nos résultats à la compétition non symétrique.",
    url = "https://doi.org/10.1086/686901",
    doi = "10.1086/686901",
    openalex = "W2394725158",
    references = "doi1010160040580970900390, doi101038nature08251, doi101086282505, doi101093oso97801988358510010001, doi101111j14610248200600996x, doi101111j14610248200701094x, doi101111j193974452001tb00075x, doi1011370129022, doi10113719780898719147, doi101146annurevecolsys311343, doi1023072407184"
}

@article{doi101038s415590170109,
    author = "Friedman, Jonathan et Higgins, Logan M. et Gore, Jeff",
    title = "La structure de la communauté suit des règles d'assemblage simples dans les microcosmes microbiens",
    year = "2017",
    journal = "Nature Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41559-017-0109",
    doi = "10.1038/s41559-017-0109",
    openalex = "W2952570005"
}

Comprendre les mécanismes contrôlant la diversité des communautés, leurs fonctions, leur succession et leur biogéographie est un sujet central, mais mal compris, en écologie, particulièrement en écologie microbienne. Bien que les processus stochastiques soient censés jouer un rôle non négligeable dans la structuration des communautés, leur importance relative aux processus déterministes fait l'objet de vifs débats. L'importance de la stochasticité écologique dans la structuration des communautés microbiennes est beaucoup moins reconnue. Certaines des principales raisons de ces débats intenses sont la difficulté à définir la stochasticité et la diversité des méthodes utilisées pour la délimiter. Ici, nous fournissons une revue critique et une synthèse des données des études les plus récentes sur l'assemblage stochastique des communautés en écologie microbienne. Nous décrivons ensuite les composantes stochastiques et déterministes intégrées dans divers processus écologiques, y compris la sélection, la dispersion, la diversification et la dérive. Nous décrivons également différentes approches pour inférer la stochasticité à partir des modèles de diversité observés et mettons en évidence les approches expérimentales pour délimiter la stochasticité écologique dans les communautés microbiennes. De plus, nous mettons en évidence les défis de recherche, les lacunes et les orientations futures pour la recherche sur l'assemblage des communautés microbiennes.

@article{doi101128mmbr0000217,
    author = "Zhou, Jizhong et Ning, Daliang",
    title = "Assemblage stochastique des communautés : cela importe-t-il en écologie microbienne ?",
    year = "2017",
    journal = "Microbiology and Molecular Biology Reviews",
    abstract = "Comprendre les mécanismes contrôlant la diversité des communautés, leurs fonctions, leur succession et leur biogéographie est un sujet central, mais mal compris, en écologie, particulièrement en écologie microbienne. Bien que les processus stochastiques soient censés jouer un rôle non négligeable dans la structuration des communautés, leur importance relative aux processus déterministes fait l'objet de vifs débats. L'importance de la stochasticité écologique dans la structuration des communautés microbiennes est beaucoup moins reconnue. Certaines des principales raisons de ces débats intenses sont la difficulté à définir la stochasticité et la diversité des méthodes utilisées pour la délimiter. Ici, nous fournissons une revue critique et une synthèse des données des études les plus récentes sur l'assemblage stochastique des communautés en écologie microbienne. Nous décrivons ensuite les composantes stochastiques et déterministes intégrées dans divers processus écologiques, y compris la sélection, la dispersion, la diversification et la dérive. Nous décrivons également différentes approches pour inférer la stochasticité à partir des modèles de diversité observés et mettons en évidence les approches expérimentales pour délimiter la stochasticité écologique dans les communautés microbiennes. De plus, nous mettons en évidence les défis de recherche, les lacunes et les orientations futures pour la recherche sur l'assemblage des communautés microbiennes.",
    url = "https://doi.org/10.1128/mmbr.00002-17",
    doi = "10.1128/mmbr.00002-17",
    openalex = "W2761955173",
    references = "doi101016jshpsc200806005, doi101016jtree201206001, doi10103835012228, doi101038nature06813, doi101038nature11148, doi101038nature14486, doi101038nmicrobiol201648, doi101038nrmicro1341, doi101086282505, doi101086381004, doi101086652373, doi101093bioinformaticsbtq166, doi1011111365243512425, doi101111j144299931993tb00438x, doi101111j14429993200101070ppx, doi101111j14610248200400608x, doi101111j14610248200600996x, doi101111j14610248200901314x, doi101111j14610248201001509x, doi101126science27953592115, doi101126science28454232124, doi101126scienceaac9323, doi101128mmbr0005112, doi101146annurevecolsys311343, doi101146annurevecolsys33010802150448, doi1015159781400881376, doi1023072259756, doi1023072531471, doi1023073071998, openalexw2273605253"
}

Résumé La compréhension du rôle de la compétition dans la structuration des communautés nécessite que nous quantifiions la capacité compétitive d'une manière qui nous permette de prédire l'issue de la compétition sur le long terme. Étant donné un tel objectif clair pour un processus qui a été au cœur de la recherche écologique depuis des décennies, il existe étonnamment peu de consensus sur la manière de mesurer la capacité compétitive, avec jusqu'à 50 métriques différentes proposées actuellement. En utilisant la dynamique des populations compétitives comme fondement, nous définissons la capacité compétitive — la capacité d'une espèce à exclure une autre — en utilisant des modèles théoriques quantitatifs de la dynamique des populations pour isoler les paramètres clés qui sont connus pour prédire les résultats de la compétition. Sur la base de la définition de la capacité compétitive, nous identifions les exigences empiriques et décrivons des méthodes simples pour quantifier la capacité compétitive dans les études empiriques futures. En faisant cela, notre analyse nous permet également d'identifier pourquoi de nombreuses approches existantes pour étudier la compétition sont inadaptées pour quantifier la capacité compétitive. Synthèse. La capacité compétitive est précisément définie à partir de modèles de dynamique des populations compétitives. Quantifier la capacité compétitive d'une manière théoriquement justifiée est simple en utilisant des conceptions expérimentales facilement applicables aux études de la compétition en laboratoire et sur le terrain.

@article{doi1011111365274512954,
    author = "Hart, Simon P. et Freckleton, Robert P. et Levine, Jonathan M.",
    title = "Comment quantifier la capacité compétitive",
    year = "2018",
    journal = "Journal of Ecology",
    abstract = "Résumé La compréhension du rôle de la compétition dans la structuration des communautés nécessite que nous quantifiions la capacité compétitive d'une manière qui nous permette de prédire l'issue de la compétition sur le long terme. Étant donné un tel objectif clair pour un processus qui a été au cœur de la recherche écologique depuis des décennies, il existe étonnamment peu de consensus sur la manière de mesurer la capacité compétitive, avec jusqu'à 50 métriques différentes proposées actuellement. En utilisant la dynamique des populations compétitives comme fondement, nous définissons la capacité compétitive — la capacité d'une espèce à exclure une autre — en utilisant des modèles théoriques quantitatifs de la dynamique des populations pour isoler les paramètres clés qui sont connus pour prédire les résultats de la compétition. Sur la base de la définition de la capacité compétitive, nous identifions les exigences empiriques et décrivons des méthodes simples pour quantifier la capacité compétitive dans les études empiriques futures. En faisant cela, notre analyse nous permet également d'identifier pourquoi de nombreuses approches existantes pour étudier la compétition sont inadaptées pour quantifier la capacité compétitive. Synthèse. La capacité compétitive est précisément définie à partir de modèles de dynamique des populations compétitives. Quantifier la capacité compétitive d'une manière théoriquement justifiée est simple en utilisant des conceptions expérimentales facilement applicables aux études de la compétition en laboratoire et sur le terrain.",
    url = "https://doi.org/10.1111/1365-2745.12954",
    doi = "10.1111/1365-2745.12954",
    openalex = "W2792151033",
    references = "doi101002ecm1263"
}

La théorie prédit que la compétition intraspécifique devrait être plus forte que la compétition interspécifique pour toute paire d'espèces coexistant de manière stable, pourtant les revues de littérature précédentes ont trouvé peu de soutien à ce motif. Nous avons examiné plus de 5400 publications et identifié 39 études qui ont quantifié les interactions intraspécifiques et interspécifiques phénoménologiques dans les communautés végétales terrestres. Parmi les 67 % des paires d'espèces pour lesquelles les effets intra- et interspécifiques étaient tous deux négatifs (compétitifs), la compétition intraspécifique était, en moyenne, quatre à cinq fois plus forte que la compétition interspécifique. Parmi les paires restantes, 93 % présentaient une compétition intraspécifique et une facilitation interspécifique, une situation qui stabilise la coexistence. La différence entre les effets intra- et interspécifiques tendait à être plus grande dans les ensembles de données observationnels que dans les ensembles de données expérimentaux, dans les études de terrain que dans les études en serre, et dans les études qui ont quantifié la croissance de la population sur l'ensemble du cycle de vie plutôt que des composantes uniques de la fitness. Nos résultats impliquent que les processus favorisant une coexistence stable à l'échelle locale sont courants et conséquents à travers les communautés végétales terrestres.

@article{doi101111ele13098,
    author = "Adler, Peter B. et Smull, Danielle M et Beard, Karen H. et Choi, Ryan T. et Furniss, Tucker J. et Kulmatiski, Andrew et Meiners, Joan M. et Tredennick, Andrew T. et Veblen, Kari E.",
    title = "Compétition et coexistence dans les communautés végétales : la compétition intraspécifique est plus forte que la compétition interspécifique",
    year = "2018",
    journal = "Ecology Letters",
    abstract = "La théorie prédit que la compétition intraspécifique devrait être plus forte que la compétition interspécifique pour toute paire d'espèces coexistant de manière stable, pourtant les revues de littérature précédentes ont trouvé peu de soutien à ce motif. Nous avons examiné plus de 5400 publications et identifié 39 études qui ont quantifié les interactions intraspécifiques et interspécifiques phénoménologiques dans les communautés végétales terrestres. Parmi les 67 % des paires d'espèces pour lesquelles les effets intra- et interspécifiques étaient tous deux négatifs (compétitifs), la compétition intraspécifique était, en moyenne, quatre à cinq fois plus forte que la compétition interspécifique. Parmi les paires restantes, 93 % présentaient une compétition intraspécifique et une facilitation interspécifique, une situation qui stabilise la coexistence. La différence entre les effets intra- et interspécifiques tendait à être plus grande dans les ensembles de données observationnels que dans les ensembles de données expérimentaux, dans les études de terrain que dans les études en serre, et dans les études qui ont quantifié la croissance de la population sur l'ensemble du cycle de vie plutôt que des composantes uniques de la fitness. Nos résultats impliquent que les processus favorisant une coexistence stable à l'échelle locale sont courants et conséquents à travers les communautés végétales terrestres.",
    url = "https://doi.org/10.1111/ele.13098",
    doi = "10.1111/ele.13098",
    openalex = "W2811105108",
    references = "doi101038118558a0, doi101038nature22898"
}

La stochasticité est un composant fondamental de l'écologie, car elle sous-tend les processus clés qui structurent et créent la variabilité dans la nature. Malgré son importance fondamentale dans les systèmes écologiques, le concept est souvent traité comme synonyme d'imprévisibilité en écologie des communautés, et les études ont tendance à se concentrer sur des formes uniques de stochasticité plutôt que d'adopter une vision plus holistique. Cela a conduit à de multiples récits sur la manière dont la stochasticité médie les dynamiques des communautés. Ici, nous présentons un cadre qui décrit comment différentes formes de stochasticité (notamment la stochasticité démographique et environnementale) se combinent pour fournir une structure sous-jacente et prévisible dans des communautés diversifiées. Ce cadre s'appuie sur la compréhension écologique approfondie des processus stochastiques agissant au niveau individuel et populationnel et dans des modules de quelques espèces interagissantes. Nous soutenons notre cadre par un modèle mathématique que nous utilisons pour synthétiser la littérature clé, démontrant que la stochasticité est plus qu'une simple incertitude. Au contraire, la stochasticité a des effets profonds et prévisibles sur les dynamiques des communautés qui sont essentiels pour comprendre comment la diversité est maintenue. Nous proposons des étapes suivantes que les écologues pourraient utiliser pour explorer le rôle de la stochasticité dans la structuration des communautés dans des systèmes théoriques et empiriques, et ainsi améliorer notre compréhension des dynamiques des communautés.

@article{doi101002ecy2922,
    author = "Shoemaker, Lauren G. et Sullivan, Lauren L. et Donohue, Ian et Cabral, Juliano Sarmento et Williams, Ryan J. et Mayfield, Margaret M. et Chase, Jonathan M. et Chu, Chengjin et Harpole, W. Stanley et Huth, Andreas et HilleRisLambers, Janneke et James, Aubrie R. M. et Kraft, Nathan J. B. et May, Felix et Muthukrishnan, Ranjan et Satterlee, S. Andrew et Taubert, Franziska et Wang, Xugao et Wiegand, Thorsten et Yang, Qiang et Abbott, Karen C.",
    title = "Intégrer la structure sous-jacente de la stochasticité dans l'écologie des communautés",
    year = "2019",
    journal = "Ecology",
    abstract = "La stochasticité est un composant fondamental de l'écologie, car elle sous-tend les processus clés qui structurent et créent la variabilité dans la nature. Malgré son importance fondamentale dans les systèmes écologiques, le concept est souvent traité comme synonyme d'imprévisibilité en écologie des communautés, et les études ont tendance à se concentrer sur des formes uniques de stochasticité plutôt que d'adopter une vision plus holistique. Cela a conduit à de multiples récits sur la manière dont la stochasticité médie les dynamiques des communautés. Ici, nous présentons un cadre qui décrit comment différentes formes de stochasticité (notamment la stochasticité démographique et environnementale) se combinent pour fournir une structure sous-jacente et prévisible dans des communautés diversifiées. Ce cadre s'appuie sur la compréhension écologique approfondie des processus stochastiques agissant au niveau individuel et populationnel et dans des modules de quelques espèces interagissantes. Nous soutenons notre cadre par un modèle mathématique que nous utilisons pour synthétiser la littérature clé, démontrant que la stochasticité est plus qu'une simple incertitude. Au contraire, la stochasticité a des effets profonds et prévisibles sur les dynamiques des communautés qui sont essentiels pour comprendre comment la diversité est maintenue. Nous proposons des étapes suivantes que les écologues pourraient utiliser pour explorer le rôle de la stochasticité dans la structuration des communautés dans des systèmes théoriques et empiriques, et ainsi améliorer notre compréhension des dynamiques des communautés.",
    url = "https://doi.org/10.1002/ecy.2922",
    doi = "10.1002/ecy.2922",
    openalex = "W2981737754",
    references = "doi101002ecm1263, doi101002ecm1302, doi101016jtree201201014"
}

Guidés tant par la facilité d'analyse que par la praticité empirique, les écologistes communautaires ont longtemps considéré la paire d'espèces comme l'unité fondamentale d'étude. Malgré cela, le défi de comprendre des systèmes plus complexes a régulièrement suscité un intérêt pour le rôle des interactions d'ordre supérieur (HOIs), dites ainsi, imposées par des espèces au-delà de la paire focale. Ici, nous soutenons que les HOIs — définies comme des effets non additifs de la densité sur la croissance par individu — sont mieux interprétées comme des propriétés émergentes de modèles phénoménologiques (par exemple, la compétition de Lotka-Volterra) plutôt que comme des « processus écologiques » distincts en eux-mêmes. En utilisant des simulations de modèles de consommateurs-ressources, nous explorons les mécanismes et les propriétés du système qui donnent naissance aux HOIs dans les données observationnelles. Nous démontrons que les HOIs émergent sous toutes les hypothèses sauf les plus restrictives, et que l'intégration de la non-additivité dans les modèles phénoménologiques améliore l'exactitude quantitative et qualitative des prédictions du modèle. Notamment, nous observons également que les HOIs découlent principalement de mécanismes et de propriétés du système qui s'appliquent également aux systèmes d'une seule espèce ou en paires qu'aux communautés plus diversifiées. Par conséquent, il existe un mandat fort pour une reconnaissance accrue des effets non additifs tant dans la recherche théorique que dans la recherche empirique.

@article{doi101111ele13211,
    author = "Letten, Andrew D. et Stouffer, Daniel B.",
    title = "The mechanistic basis for higher-order interactions and non-additivity in competitive communities",
    year = "2019",
    journal = "Ecology Letters",
    abstract = "Guidés tant par la facilité d'analyse que par la praticité empirique, les écologistes communautaires ont longtemps considéré la paire d'espèces comme l'unité fondamentale d'étude. Malgré cela, le défi de comprendre des systèmes plus complexes a régulièrement suscité un intérêt pour le rôle des interactions d'ordre supérieur (HOIs), dites ainsi, imposées par des espèces au-delà de la paire focale. Ici, nous soutenons que les HOIs — définies comme des effets non additifs de la densité sur la croissance par individu — sont mieux interprétées comme des propriétés émergentes de modèles phénoménologiques (par exemple, la compétition de Lotka-Volterra) plutôt que comme des « processus écologiques » distincts en eux-mêmes. En utilisant des simulations de modèles de consommateurs-ressources, nous explorons les mécanismes et les propriétés du système qui donnent naissance aux HOIs dans les données observationnelles. Nous démontrons que les HOIs émergent sous toutes les hypothèses sauf les plus restrictives, et que l'intégration de la non-additivité dans les modèles phénoménologiques améliore l'exactitude quantitative et qualitative des prédictions du modèle. Notamment, nous observons également que les HOIs découlent principalement de mécanismes et de propriétés du système qui s'appliquent également aux systèmes d'une seule espèce ou en paires qu'aux communautés plus diversifiées. Par conséquent, il existe un mandat fort pour une reconnaissance accrue des effets non additifs tant dans la recherche théorique que dans la recherche empirique.",
    url = "https://doi.org/10.1111/ele.13211",
    doi = "10.1111/ele.13211",
    openalex = "W2911484707",
    references = "doi1010160040580970900390, doi101017cbo9780511530043, doi101038269471a0, doi101038nature00823, doi10106314823332, doi101086282505, doi101086686901, doi101146annurevecolsys311343, doi1018637jssv033i03, doi1018637jssv033i09, doi102307jctvcm4g37"
}

La coalescence des communautés, le mélange de différentes communautés, est répandue dans tout l'écologie microbienne. La coalescence peut entraîner des contributions approximativement égales des communautés fondatrices ou la domination d'une communauté sur une autre. Ces résultats différents ont des répercussions sur la structure et la fonction des communautés naturelles, ainsi que sur l'utilisation des communautés microbiennes en biotechnologie et en médecine. Cependant, nous avons peu de compréhension de quand un résultat particulier pourrait être attendu. Ici, nous intégrons la théorie et les données existantes pour spéculer sur la manière dont une caractéristique cruciale des communautés microbiennes - le type d'interaction entre espèces qui domine la communauté - pourrait affecter le résultat de la coalescence des communautés microbiennes. Étant donné les échelles de temps souvent comparables de l'écologie microbienne et de la microévolution, nous considérons explicitement les dynamiques écologiques et évolutives, et leur interaction, dans la détermination des résultats de coalescence. Cet article fait partie du numéro thématique « Défis conceptuels en écologie des communautés microbiennes ».

@article{doi101098rstb20190252,
    author = "Castledine, Meaghan et Sierocinski, Pawel et Padfield, Daniel et Buckling, Angus",
    title = "Community coalescence: an eco-evolutionary perspective",
    year = "2020",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "La coalescence des communautés, le mélange de différentes communautés, est répandue dans tout l'écologie microbienne. La coalescence peut entraîner des contributions approximativement égales des communautés fondatrices ou la domination d'une communauté sur une autre. Ces résultats différents ont des répercussions sur la structure et la fonction des communautés naturelles, ainsi que sur l'utilisation des communautés microbiennes en biotechnologie et en médecine. Cependant, nous avons peu de compréhension de quand un résultat particulier pourrait être attendu. Ici, nous intégrons la théorie et les données existantes pour spéculer sur la manière dont une caractéristique cruciale des communautés microbiennes - le type d'interaction entre espèces qui domine la communauté - pourrait affecter le résultat de la coalescence des communautés microbiennes. Étant donné les échelles de temps souvent comparables de l'écologie microbienne et de la microévolution, nous considérons explicitement les dynamiques écologiques et évolutives, et leur interaction, dans la détermination des résultats de coalescence. Cet article fait partie du numéro thématique « Défis conceptuels en écologie des communautés microbiennes ».",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.2019.0252",
    doi = "10.1098/rstb.2019.0252",
    openalex = "W3012730530",
    references = "doi1011111365274513035"
}

Le concept de métacommunauté a le potentiel d'intégrer les dynamiques locales et régionales dans un cadre général d'écologie communautaire. À cette fin, le concept doit dépasser les archétypes discrets qui l'ont largement défini (par exemple, neutre vs tri des espèces) et mieux intégrer les interactions entre espèces à l'échelle locale et les mécanismes de coexistence. Ici, nous présentons une reconception fondamentale du cadre qui lie explicitement la théorie de la coexistence locale aux processus spatiaux inhérents à la théorie des métacommunautés, permettant ainsi une gamme continue de dynamiques compétitives communautaires. Ces dynamiques émergent des trois processus sous-jacents qui façonnent les communautés écologiques : (1) les réponses indépendantes de la densité aux conditions abiotiques, (2) les interactions biotiques dépendantes de la densité et (3) la dispersion. La stochasticité est incorporée dans la réalisation démographique de chacun de ces processus. Nous formalisons ce cadre à l'aide d'un modèle de simulation qui explore une large gamme de dynamiques compétitives de métacommunauté en variant l'intensité des processus sous-jacents. En utilisant ce modèle et ce cadre, nous montrons comment les théories existantes, y compris les archétypes traditionnels de métacommunauté, sont liées par cet ensemble commun de processus. Nous utilisons ensuite le modèle pour générer de nouvelles hypothèses sur la manière dont les trois processus se combinent pour façonner de manière interactive la diversité, le fonctionnement et la stabilité au sein des métacommunautés.

@article{doi101111ele13568,
    author = "Thompson, Patrick L. et Guzman, Laura Melissa et Meester, Luc De et Horváth, Zsófia et Ptáčník, Robert et Vanschoenwinkel, Bram et Viana, Duarte S. et Chase, Jonathan M.",
    title = "A process‐based metacommunity framework linking local and regional scale community ecology",
    year = "2020",
    journal = "Ecology Letters",
    abstract = "Le concept de métacommunauté a le potentiel d'intégrer les dynamiques locales et régionales dans un cadre général d'écologie communautaire. À cette fin, le concept doit dépasser les archétypes discrets qui l'ont largement défini (par exemple, neutre vs tri des espèces) et mieux intégrer les interactions entre espèces à l'échelle locale et les mécanismes de coexistence. Ici, nous présentons une reconception fondamentale du cadre qui lie explicitement la théorie de la coexistence locale aux processus spatiaux inhérents à la théorie des métacommunautés, permettant ainsi une gamme continue de dynamiques compétitives communautaires. Ces dynamiques émergent des trois processus sous-jacents qui façonnent les communautés écologiques : (1) les réponses indépendantes de la densité aux conditions abiotiques, (2) les interactions biotiques dépendantes de la densité et (3) la dispersion. La stochasticité est incorporée dans la réalisation démographique de chacun de ces processus. Nous formalisons ce cadre à l'aide d'un modèle de simulation qui explore une large gamme de dynamiques compétitives de métacommunauté en variant l'intensité des processus sous-jacents. En utilisant ce modèle et ce cadre, nous montrons comment les théories existantes, y compris les archétypes traditionnels de métacommunauté, sont liées par cet ensemble commun de processus. Nous utilisons ensuite le modèle pour générer de nouvelles hypothèses sur la manière dont les trois processus se combinent pour façonner de manière interactive la diversité, le fonctionnement et la stabilité au sein des métacommunautés.",
    url = "https://doi.org/10.1111/ele.13568",
    doi = "10.1111/ele.13568",
    openalex = "W3042819938",
    references = "doi101002ecm1263, doi10103835083573, doi101038s4155901704025, doi101086652373, doi101086686901, doi101093oso97801988358510010001, doi101111j14610248200400608x, doi101137141000671, doi101146annurevecolsys311343, doi1018900012965820020831771tuntob20co2, doi1023071440619, doi1023071939377, doi1023072259756, doi104039ent912935"
}

Les champignons mycorhiziens offrent aux plantes une gamme d'avantages, notamment des nutriments minéraux et une protection contre le stress et les pathogènes. Ici, nous synthétisons les informations actuelles sur la manière dont la présence et le type d'association mycorhizienne affectent les communautés végétales. Nous soutenons que les champignons mycorhiziens régulent l'établissement des plantules et la coexistence des espèces grâce à des mécanismes stabilisateurs et égalisateurs tels que la partition des nutriments du sol, les rétroactions aux antagonistes du sol, les bénéfices mycorhiziens différentiels et le commerce des nutriments. Les champignons mycorhiziens ont des effets puissants sur la biologie des populations et des communautés végétales, avec des effets spécifiques au type mycorhizien sur la dispersion des graines, l'établissement des plantules et la différenciation de la niche du sol, ainsi que sur la compétition interspécifique et intraspécifique, et donc sur la diversité végétale.

@article{doi101126scienceaba1223,
    author = "Tedersoo, Leho et Bahram, Mohammad et Zobel, Martin",
    title = "Comment les associations mycorhiziennes pilotent la biologie des populations et des communautés végétales",
    year = "2020",
    journal = "Science",
    abstract = "Les champignons mycorhiziens offrent aux plantes une gamme d'avantages, notamment des nutriments minéraux et une protection contre le stress et les pathogènes. Ici, nous synthétisons les informations actuelles sur la manière dont la présence et le type d'association mycorhizienne affectent les communautés végétales. Nous soutenons que les champignons mycorhiziens régulent l'établissement des plantules et la coexistence des espèces grâce à des mécanismes stabilisateurs et égalisateurs tels que la partition des nutriments du sol, les rétroactions aux antagonistes du sol, les bénéfices mycorhiziens différentiels et le commerce des nutriments. Les champignons mycorhiziens ont des effets puissants sur la biologie des populations et des communautés végétales, avec des effets spécifiques au type mycorhizien sur la dispersion des graines, l'établissement des plantules et la différenciation de la niche du sol, ainsi que sur la compétition interspécifique et intraspécifique, et donc sur la diversité végétale.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.aba1223",
    doi = "10.1126/science.aba1223",
    openalex = "W3008013786",
    references = "doi1011111365274513035, doi101111nph13203"
}

Les interactions coûteuses entre espèces qui surviennent comme sous-produit de similarités ancestrales dans les signaux de communication devraient persister uniquement dans des circonstances évolutives spécifiques. Par exemple, l'agression territoriale entre espèces est largement supposée persister uniquement lorsque des barrières extrinsèques empêchent la divergence de niche ou lorsque la sélection en sympatrie est trop faible pour surmonter le flux génique de l'allopatry. Cependant, des études théoriques et comparatives récentes ont remis en question cette vision. Ici, nous présentons une analyse phylogénétique à grande échelle de la distribution et des déterminants de la territorialité interspécifique. Nous constatons que la territorialité interspécifique est répandue chez les oiseaux et fortement associée à l'hybridation et à la superposition des ressources pendant la saison de reproduction. Contrairement à la vision selon laquelle la territorialité ne persiste que entre des espèces qui se reproduisent rarement dans les mêmes zones ou où la divergence de niche est contrainte par la structure de l'habitat, nous constatons que la territorialité interspécifique est positivement associée à la superposition de l'habitat de reproduction et sans rapport avec la structure de l'habitat. De plus, nos résultats fournissent des preuves convaincantes que les similarités ancestrales dans les signaux territoriaux sont maintenues et renforcées par la sélection lorsque la territorialité interspécifique est adaptative. Les signaux territoriaux liés à la territorialité interspécifique chez les oiseaux dépendent de l'âge évolutif des espèces interagissantes, du plumage à des échelles de temps peu profondes (au sein de la famille) et du chant à des échelles de temps plus profondes (entre familles). Évidemment, les interactions territoriales entre espèces ont persisté et façonné la diversité phénotypique à une échelle de temps macroévolutif.

@article{drury2020competition,
    author = "Drury, Jonathan P. and Cowen, Madeline C. and Grether, Gregory F.",
    title = "Competition and hybridization drive interspecific territoriality in birds",
    year = "2020",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Les interactions coûteuses entre espèces qui surviennent comme sous-produit de similarités ancestrales dans les signaux de communication devraient persister uniquement dans des circonstances évolutives spécifiques. Par exemple, l'agression territoriale entre espèces est largement supposée persister uniquement lorsque des barrières extrinsèques empêchent la divergence de niche ou lorsque la sélection en sympatrie est trop faible pour surmonter le flux génique de l'allopatry. Cependant, des études théoriques et comparatives récentes ont remis en question cette vision. Ici, nous présentons une analyse phylogénétique à grande échelle de la distribution et des déterminants de la territorialité interspécifique. Nous constatons que la territorialité interspécifique est répandue chez les oiseaux et fortement associée à l'hybridation et à la superposition des ressources pendant la saison de reproduction. Contrairement à la vision selon laquelle la territorialité ne persiste que entre des espèces qui se reproduisent rarement dans les mêmes zones ou où la divergence de niche est contrainte par la structure de l'habitat, nous constatons que la territorialité interspécifique est positivement associée à la superposition de l'habitat de reproduction et sans rapport avec la structure de l'habitat. De plus, nos résultats fournissent des preuves convaincantes que les similarités ancestrales dans les signaux territoriaux sont maintenues et renforcées par la sélection lorsque la territorialité interspécifique est adaptative. Les signaux territoriaux liés à la territorialité interspécifique chez les oiseaux dépendent de l'âge évolutif des espèces interagissantes, du plumage à des échelles de temps peu profondes (au sein de la famille) et du chant à des échelles de temps plus profondes (entre familles). Évidemment, les interactions territoriales entre espèces ont persisté et façonné la diversité phénotypique à une échelle de temps macroévolutif.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1921380117",
    doi = "10.1073/pnas.1921380117",
    number = "23",
    openalex = "W3015731989",
    pages = "12923-12930",
    volume = "117",
    references = "doi101016jbiocon200905006, doi101016jtree201707004, doi101038nature11631, doi101086343873, doi101093vevey016, doi101111j14679868200500503x, doi101126science1157704, doi101214ss1177011136, doi1018637jssv033i02, openalexw1549853756, openalexw2097360283"
}

Résumé La théorie de la niche est un cadre central en écologie basé sur la reconnaissance que la plupart des interactions entre les organismes sont indirectes, médiées par l'environnement dynamique biotique et abiotique dans lequel ces organismes vivent. Malgré son potentiel de généralité, la théorie se concentre encore principalement sur la manière dont les dynamiques ressources-consommateurs médiatisent la compétition dans les communautés écologiques. Cependant, il est de plus en plus reconnu que les interactions positives entre les organismes jouent également un rôle important dans la structuration et le fonctionnement des communautés écologiques, des plantes aux microbes. Dans cet article, nous présentons une théorie unifiée de la niche qui s'applique aux interactions positives et négatives entre les organismes, médiées par un ou deux facteurs environnementaux. Nous montrons que les concepts classiques tels que les différences de niche et les niches fondamentale et réalisée peuvent naturellement être étendus aux interactions facilitatrices et mutualistes. De plus, nous introduisons et formalisons de nouveaux concepts généraux de niche qui apparaissent exclusivement en présence d'interactions positives : (1) la niche d'Allee, une région de conditions environnementales pour laquelle une espèce peut persister mais ne peut pas envahir à partir de faibles densités, et (2) la facilitation de la niche, lorsque la présence d'une espèce élargit l'ensemble des conditions environnementales sous lesquelles une seconde espèce peut envahir et/ou persister. Pour montrer l'applicabilité large de cette théorie, nous illustrons ces concepts à l'aide d'un ensemble divers d'exemples théoriques, des bactéries se nourrissant d'un substrat inhibiteur, aux plantes fixatrices d'azote et au mutualisme indirect entre une plante et une espèce carnivore. En somme, notre travail montre comment la théorie de la niche fournit un cadre naturel pour les interactions positives en écologie, apportant une perspective unifiée et de nouveaux outils conceptuels pour étudier les systèmes écologiques où ces interactions positives se produisent.

@article{doi101002ecm1458,
    author = "Koffel, Thomas et Daufresne, Tanguy et Klausmeier, Christopher A.",
    title = "De la compétition à la facilitation et au mutualisme : une théorie générale de la niche",
    year = "2021",
    journal = "Ecological Monographs",
    abstract = "Résumé La théorie de la niche est un cadre central en écologie basé sur la reconnaissance que la plupart des interactions entre les organismes sont indirectes, médiées par l'environnement dynamique biotique et abiotique dans lequel ces organismes vivent. Malgré son potentiel de généralité, la théorie se concentre encore principalement sur la manière dont les dynamiques ressources-consommateurs médiatisent la compétition dans les communautés écologiques. Cependant, il est de plus en plus reconnu que les interactions positives entre les organismes jouent également un rôle important dans la structuration et le fonctionnement des communautés écologiques, des plantes aux microbes. Dans cet article, nous présentons une théorie unifiée de la niche qui s'applique aux interactions positives et négatives entre les organismes, médiées par un ou deux facteurs environnementaux. Nous montrons que les concepts classiques tels que les différences de niche et les niches fondamentale et réalisée peuvent naturellement être étendus aux interactions facilitatrices et mutualistes. De plus, nous introduisons et formalisons de nouveaux concepts généraux de niche qui apparaissent exclusivement en présence d'interactions positives : (1) la niche d'Allee, une région de conditions environnementales pour laquelle une espèce peut persister mais ne peut pas envahir à partir de faibles densités, et (2) la facilitation de la niche, lorsque la présence d'une espèce élargit l'ensemble des conditions environnementales sous lesquelles une seconde espèce peut envahir et/ou persister. Pour montrer l'applicabilité large de cette théorie, nous illustrons ces concepts à l'aide d'un ensemble divers d'exemples théoriques, des bactéries se nourrissant d'un substrat inhibiteur, aux plantes fixatrices d'azote et au mutualisme indirect entre une plante et une espèce carnivore. En somme, notre travail montre comment la théorie de la niche fournit un cadre naturel pour les interactions positives en écologie, apportant une perspective unifiée et de nouveaux outils conceptuels pour étudier les systèmes écologiques où ces interactions positives se produisent.",
    url = "https://doi.org/10.1002/ecm.1458",
    doi = "10.1002/ecm.1458",
    openalex = "W3158704851",
    references = "doi1010160304380085900067, doi101016jtree201905007, doi1011111365274513035"
}

Les endophytes ont souvent des effets dramatiques sur leurs plantes hôtes. La caractérisation des relations entre les membres de ces communautés s'est concentrée sur l'identification des effets des microbes uniques sur leur hôte, mais a généralement négligé les interactions entre les innombrables microbes dans les communautés naturelles ainsi que les interactions d'ordre supérieur potentielles. Les analyses de réseau offrent un moyen puissant pour caractériser les modèles d'interaction entre les membres microbiens du phytobiome qui peuvent être cruciaux pour médiatiser son assemblage et sa fonction. Nous avons échantillonné douze communautés endophytiques, comparant les modèles de chevauchement de niche entre bactéries et champignons coexistants pour évaluer l'effet de la supplémentation en nutriments sur la structure du réseau compétitif local et global. Nous avons trouvé que, malgré des différences dans la distribution des degrés, il y avait peu de différences significatives dans la structure globale du réseau de chevauchement de niche suivant une modification persistante des nutriments. De même, nous avons trouvé des preuves idiosyncrasiques et faibles d'interactions d'ordre supérieur indépendamment du traitement des nutriments. Ce travail fournit une caractérisation pour la première fois de la structure du réseau de chevauchement de niche dans les communautés endophytiques et sert de cadre pour des analyses à plus haute résolution des réseaux d'interaction microbiennes en tant que conséquence et cause de la variation écologique dans la fonction du microbiome.

@article{doi101038s4139602101080z,
    author = "Smith, Matthew J. et Song, Zewei et Spawn, S. et Hansen, Zoe A. et Johnson, Mitch et May, Georgiana et Borer, Elizabeth T. et Seabloom, Eric W. et Kinkel, Linda L.",
    title = "Structure du réseau d'utilisation des ressources et de chevauchement de niche au sein du microbiome endophytique",
    year = "2021",
    journal = "The ISME Journal",
    abstract = "Les endophytes ont souvent des effets dramatiques sur leurs plantes hôtes. La caractérisation des relations entre les membres de ces communautés s'est concentrée sur l'identification des effets des microbes uniques sur leur hôte, mais a généralement négligé les interactions entre les innombrables microbes dans les communautés naturelles ainsi que les interactions d'ordre supérieur potentielles. Les analyses de réseau offrent un moyen puissant pour caractériser les modèles d'interaction entre les membres microbiens du phytobiome qui peuvent être cruciaux pour médiatiser son assemblage et sa fonction. Nous avons échantillonné douze communautés endophytiques, comparant les modèles de chevauchement de niche entre bactéries et champignons coexistants pour évaluer l'effet de la supplémentation en nutriments sur la structure du réseau compétitif local et global. Nous avons trouvé que, malgré des différences dans la distribution des degrés, il y avait peu de différences significatives dans la structure globale du réseau de chevauchement de niche suivant une modification persistante des nutriments. De même, nous avons trouvé des preuves idiosyncrasiques et faibles d'interactions d'ordre supérieur indépendamment du traitement des nutriments. Ce travail fournit une caractérisation pour la première fois de la structure du réseau de chevauchement de niche dans les communautés endophytiques et sert de cadre pour des analyses à plus haute résolution des réseaux d'interaction microbiennes en tant que conséquence et cause de la variation écologique dans la fonction du microbiome.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41396-021-01080-z",
    doi = "10.1038/s41396-021-01080-z",
    openalex = "W3196173982",
    references = "doi101111ele13211"
}

Les assemblages locaux sont intégrés dans des réseaux de communautés connectées par la dispersion, et la compréhension des processus qui médient cette interaction locale–régionale est centrale pour comprendre les modèles de biodiversité. Dans ce réseau (c'est-à-dire métacommunauté), l'intensité de la dispersion par rapport à l'intensité de la sélection environnementale détermine généralement si les communautés locales sont composées d'espèces bien adaptées à l'environnement local (c'est-à-dire tri des espèces) ou dominées par des espèces régionalement réussies qui ne sont pas nécessairement adaptées localement (c'est-à-dire effets de masse), ce qui détermine par extension la capacité du paysage à soutenir la diversité. Malgré la nature fondamentalement spatiale de ces processus médiés par la dispersion, une grande partie de notre compréhension théorique provient de systèmes spatialement implicites, un cas particulier de structure spatiale dans lequel les parcelles sont toutes connectées les unes aux autres de manière égale. Dans de nombreux systèmes réels, à la fois les connexions entre les parcelles (c'est-à-dire la topologie du réseau) et la distribution des environnements à travers les parcelles (c'est-à-dire l'autocorrélation spatiale) ne sont pas disposées uniformément. Ici, nous utilisons un modèle de métacommunauté pour investiguer comment les hétérogénéités spatiales peuvent modifier l'équilibre entre le tri des espèces et les effets de masse ainsi que les résultats en matière de diversité. Nos simulations montrent que, de manière générale, le modèle spatialement implicite génère une valeur aberrante dans les modèles de biodiversité par rapport à d'autres réseaux, et amplifie probablement les effets de masse par rapport au tri des espèces. La topologie du réseau a un effet fort sur le résultat de la métacommunauté, avec des topologies de connexions rares et de peu de boucles favorisant le tri des espèces dans des parcelles appropriées. L'autocorrélation spatiale est un autre facteur clé ; en interagissant avec la topologie spatiale, des grappes à échelle intermédiaire de parcelles similaires peuvent émerger, conduisant à une réduction de la compétition régionale, et donc au maintien de la diversité gamma. Ces résultats offrent une meilleure compréhension du rôle que joue la structure spatiale complexe du paysage dans les processus de métacommunauté, une étape nécessaire pour comprendre comment les processus de métacommunauté se rapportent à la conservation de la biodiversité.

@article{doi101111ecog05453,
    author = "Suzuki, Yuka et Economo, Evan P.",
    title = "Du tri des espèces aux effets de masse : la structure de réseau spatial médie le passage entre les archétypes de métacommunauté",
    year = "2021",
    journal = "Ecography",
    abstract = "Les assemblages locaux sont intégrés dans des réseaux de communautés connectées par la dispersion, et la compréhension des processus qui médient cette interaction locale–régionale est centrale pour comprendre les modèles de biodiversité. Dans ce réseau (c'est-à-dire métacommunauté), l'intensité de la dispersion par rapport à l'intensité de la sélection environnementale détermine généralement si les communautés locales sont composées d'espèces bien adaptées à l'environnement local (c'est-à-dire tri des espèces) ou dominées par des espèces régionalement réussies qui ne sont pas nécessairement adaptées localement (c'est-à-dire effets de masse), ce qui détermine par extension la capacité du paysage à soutenir la diversité. Malgré la nature fondamentalement spatiale de ces processus médiés par la dispersion, une grande partie de notre compréhension théorique provient de systèmes spatialement implicites, un cas particulier de structure spatiale dans lequel les parcelles sont toutes connectées les unes aux autres de manière égale. Dans de nombreux systèmes réels, à la fois les connexions entre les parcelles (c'est-à-dire la topologie du réseau) et la distribution des environnements à travers les parcelles (c'est-à-dire l'autocorrélation spatiale) ne sont pas disposées uniformément. Ici, nous utilisons un modèle de métacommunauté pour investiguer comment les hétérogénéités spatiales peuvent modifier l'équilibre entre le tri des espèces et les effets de masse ainsi que les résultats en matière de diversité. Nos simulations montrent que, de manière générale, le modèle spatialement implicite génère une valeur aberrante dans les modèles de biodiversité par rapport à d'autres réseaux, et amplifie probablement les effets de masse par rapport au tri des espèces. La topologie du réseau a un effet fort sur le résultat de la métacommunauté, avec des topologies de connexions rares et de peu de boucles favorisant le tri des espèces dans des parcelles appropriées. L'autocorrélation spatiale est un autre facteur clé ; en interagissant avec la topologie spatiale, des grappes à échelle intermédiaire de parcelles similaires peuvent émerger, conduisant à une réduction de la compétition régionale, et donc au maintien de la diversité gamma. Ces résultats offrent une meilleure compréhension du rôle que joue la structure spatiale complexe du paysage dans les processus de métacommunauté, une étape nécessaire pour comprendre comment les processus de métacommunauté se rapportent à la conservation de la biodiversité.",
    url = "https://doi.org/10.1111/ecog.05453",
    doi = "10.1111/ecog.05453",
    openalex = "W3128559362",
    references = "doi101111ele13568"
}

Une hypothèse centrale dans la plupart des modèles écologiques est que les interactions au sein d'une communauté ne se produisent qu'entre paires d'espèces. Cependant, deux espèces peuvent affecter de manière interactive la croissance d'une espèce cible. Bien que les interactions entre trois espèces ou plus, appelées interactions d'ordre supérieur, aient le potentiel de modifier notre compréhension théorique de la coexistence, les écologues manquent d'attentes claires quant à la manière dont ces interactions façonnent la structure de la communauté. Ici, nous prédisons analytiquement et confirmons numériquement comment la variabilité et l'intensité des interactions d'ordre supérieur affectent la coexistence des espèces. Nous avons constaté que lorsque les intensités des interactions d'ordre supérieur devenaient plus variables entre les espèces, moins d'espèces pouvaient coexister, reflétant le comportement des modèles à paires. Si les interactions d'ordre supérieur interspécifiques devenaient trop nocives par rapport à l'autorégulation, la coexistence dans les communautés diversifiées était déstabilisée, mais la coexistence était également perdue lorsque ces interactions étaient trop faibles et que les effets mutualistes d'ordre supérieur devenaient prévalents. Ce comportement dépendait de la forme fonctionnelle des interactions, car les effets déstabilisants des interactions mutualistes d'ordre supérieur étaient atténués lorsque leur intensité saturait avec les densités des espèces. Enfin, nous avons montré que les communautés plus riches en espèces structurées par des interactions d'ordre supérieur perdent plus facilement des espèces que leurs homologues moins riches en espèces, généralisant les résultats classiques sur la stabilité de la communauté. Notre travail fournit les attentes théoriques nécessaires quant à la manière dont les interactions d'ordre supérieur impactent la coexistence des espèces dans les communautés diversifiées.

@article{doi101073pnas2205063119,
    author = "Gibbs, Theo et Levin, Simon A. et Levine, Jonathan M.",
    title = "Coexistence in diverse communities with higher-order interactions",
    year = "2022",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Une hypothèse centrale dans la plupart des modèles écologiques est que les interactions au sein d'une communauté ne se produisent qu'entre paires d'espèces. Cependant, deux espèces peuvent affecter de manière interactive la croissance d'une espèce cible. Bien que les interactions entre trois espèces ou plus, appelées interactions d'ordre supérieur, aient le potentiel de modifier notre compréhension théorique de la coexistence, les écologues manquent d'attentes claires quant à la manière dont ces interactions façonnent la structure de la communauté. Ici, nous prédisons analytiquement et confirmons numériquement comment la variabilité et l'intensité des interactions d'ordre supérieur affectent la coexistence des espèces. Nous avons constaté que lorsque les intensités des interactions d'ordre supérieur devenaient plus variables entre les espèces, moins d'espèces pouvaient coexister, reflétant le comportement des modèles à paires. Si les interactions d'ordre supérieur interspécifiques devenaient trop nocives par rapport à l'autorégulation, la coexistence dans les communautés diversifiées était déstabilisée, mais la coexistence était également perdue lorsque ces interactions étaient trop faibles et que les effets mutualistes d'ordre supérieur devenaient prévalents. Ce comportement dépendait de la forme fonctionnelle des interactions, car les effets déstabilisants des interactions mutualistes d'ordre supérieur étaient atténués lorsque leur intensité saturait avec les densités des espèces. Enfin, nous avons montré que les communautés plus riches en espèces structurées par des interactions d'ordre supérieur perdent plus facilement des espèces que leurs homologues moins riches en espèces, généralisant les résultats classiques sur la stabilité de la communauté. Notre travail fournit les attentes théoriques nécessaires quant à la manière dont les interactions d'ordre supérieur impactent la coexistence des espèces dans les communautés diversifiées.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.2205063119",
    doi = "10.1073/pnas.2205063119",
    openalex = "W4306642903",
    references = "doi101111ele13211"
}

Les décisions individuelles concernant la manière, les raisons et le moment où les organismes interagissent entre eux et avec leur environnement s'agrandissent pour façonner les modèles et les processus au sein des communautés. Des preuves récentes ont fermement établi la prévalence de la variation intraspécifique dans la nature et sa pertinence en écologie des communautés, bien que les défis associés à la collecte de données sur de grands nombres d'individus conspécifiques et hétérospécifiques aient entravé l'intégration de la variation individuelle dans l'écologie des communautés. Néanmoins, les avancées technologiques et statistiques récentes en matière de suivi GPS, de télédétection et d'écologie comportementale offrent une boîte à outils pour intégrer la variation intraspécifique dans les processus communautaires. Plus que de simplement décrire où vont les organismes, les données de déplacement fournissent des informations uniques sur les interactions et les associations environnementales à partir desquelles un véritable cadre individu-communauté peut être construit. En reliant les trajectoires de déplacement à la fois des conspécifiques et des hétérospécifiques aux données environnementales, les écologues peuvent désormais quantifier simultanément la variation intraspécifique et interspécifique concernant les facteurs Eltoniens (interactions biotiques) et Grinnelliens (conditions environnementales) sous-tendant l'assemblage et la dynamique des communautés, bien que des défis logistiques et analytiques substantiels doivent être relevés pour que ces approches réalisent tout leur potentiel. Au sein des communautés, l'intégration empirique des facteurs Eltoniens et Grinnelliens peut soutenir les applications de conservation et révéler la dynamique des métacommunautés via les données de dispersion basées sur le suivi. À mesure que les défis logistiques et analytiques associés au suivi multi-espèces sont surmontés, nous envisageons un avenir où les mouvements individuels et leurs signatures écologiques et environnementales apporteront des réponses à de nombreuses questions durables en écologie des communautés.

@article{doi1011111365265613698,
    author = "Costa‐Pereira, Raul et Moll, Remington J. et Jesmer, Brett R. et Jetz, Walter",
    title = "Animal tracking moves community ecology: Opportunities and challenges",
    year = "2022",
    journal = "Journal of Animal Ecology",
    abstract = "Les décisions individuelles concernant la manière, les raisons et le moment où les organismes interagissent entre eux et avec leur environnement s'agrandissent pour façonner les modèles et les processus au sein des communautés. Des preuves récentes ont fermement établi la prévalence de la variation intraspécifique dans la nature et sa pertinence en écologie des communautés, bien que les défis associés à la collecte de données sur de grands nombres d'individus conspécifiques et hétérospécifiques aient entravé l'intégration de la variation individuelle dans l'écologie des communautés. Néanmoins, les avancées technologiques et statistiques récentes en matière de suivi GPS, de télédétection et d'écologie comportementale offrent une boîte à outils pour intégrer la variation intraspécifique dans les processus communautaires. Plus que de simplement décrire où vont les organismes, les données de déplacement fournissent des informations uniques sur les interactions et les associations environnementales à partir desquelles un véritable cadre individu-communauté peut être construit. En reliant les trajectoires de déplacement à la fois des conspécifiques et des hétérospécifiques aux données environnementales, les écologues peuvent désormais quantifier simultanément la variation intraspécifique et interspécifique concernant les facteurs Eltoniens (interactions biotiques) et Grinnelliens (conditions environnementales) sous-tendant l'assemblage et la dynamique des communautés, bien que des défis logistiques et analytiques substantiels doivent être relevés pour que ces approches réalisent tout leur potentiel. Au sein des communautés, l'intégration empirique des facteurs Eltoniens et Grinnelliens peut soutenir les applications de conservation et révéler la dynamique des métacommunautés via les données de dispersion basées sur le suivi. À mesure que les défis logistiques et analytiques associés au suivi multi-espèces sont surmontés, nous envisageons un avenir où les mouvements individuels et leurs signatures écologiques et environnementales apporteront des réponses à de nombreuses questions durables en écologie des communautés.",
    url = "https://doi.org/10.1111/1365-2656.13698",
    doi = "10.1111/1365-2656.13698",
    openalex = "W4224274476",
    references = "doi101111ele13568, doi101126scienceabg1780"
}

Résumé En tant que consommateurs majeurs de plantes, les herbivores insectes ont un fort potentiel d'influencer les modèles à long terme de l'abondance végétale et de la structure communautaire. Néanmoins, très peu d'expérimentations manipulatives excluent les insectes pendant trois ans ou plus. Ainsi, la fréquence et les conditions dans lesquelles les insectes ont des impacts durables restent incertaines. Ici, nous résumons les enjeux conceptuels clés et les preuves issues d'études à long terme sur l'impact des insectes sur les populations et communautés végétales. Les modèles qui projettent les effets des herbivores sur la croissance des populations végétales, basés sur des études démographiques, suggèrent que les insectes limitent souvent la croissance asymptotique des populations végétales. Cependant, les estimations empiriques des impacts des insectes sur l'abondance végétale basées sur des études expérimentales à long terme sont rares. En conséquence, la force et la conditionnalité des mécanismes compensatoires (tels que la dépendance à la densité et les banques de graines) qui peuvent atténuer (ou exacerber) les effets négatifs des insectes sur les populations végétales restent incertains. Les influences des insectes sur la taille et les limites de la gamme végétale, le succès d'invasion et la biocontrôle sont des domaines de recherche bien établis, mais sont également sous-exploités dans les expériences à long terme. Les herbivores insectes peuvent influencer la structure et la diversité des communautés végétales, et modifier les trajectoires de succession, souvent par modification de la capacité compétitive des plantes. Néanmoins, les effets sont principalement connus des prairies mésiques, mettent des années à se manifester et l'étendue des dommages insectes ne prédit pas toujours leur impact. L'importance relative des herbivores spécialistes versus généralistes est incertaine, tout comme la manière dont les rétroactions entre la productivité végétale, l'herbivorie et la richesse spécifique végétale contribuent à la dynamique communautaire au fil du temps. Synthèse. Les rares expériences existantes de suppression d'insectes à long terme, et de nombreuses études à court terme, suggèrent que les herbivores insectes peuvent affecter de manière importante les populations et communautés végétales. Bien que difficile, des études expérimentales couvrant plusieurs générations végétales pourraient grandement améliorer notre capacité à développer un cadre plus prédictif pour comprendre comment les herbivores insectes influencent les populations et communautés végétales.

@article{doi1011111365274513996,
    author = "Agrawal, Anurag A. et Maron, John L.",
    title = "Impacts à long terme des herbivores insectes sur les populations et communautés végétales",
    year = "2022",
    journal = "Journal of Ecology",
    abstract = "Résumé En tant que consommateurs majeurs de plantes, les herbivores insectes ont un fort potentiel d'influencer les modèles à long terme de l'abondance végétale et de la structure communautaire. Néanmoins, très peu d'expérimentations manipulatives excluent les insectes pendant trois ans ou plus. Ainsi, la fréquence et les conditions dans lesquelles les insectes ont des impacts durables restent incertaines. Ici, nous résumons les enjeux conceptuels clés et les preuves issues d'études à long terme sur l'impact des insectes sur les populations et communautés végétales. Les modèles qui projettent les effets des herbivores sur la croissance des populations végétales, basés sur des études démographiques, suggèrent que les insectes limitent souvent la croissance asymptotique des populations végétales. Cependant, les estimations empiriques des impacts des insectes sur l'abondance végétale basées sur des études expérimentales à long terme sont rares. En conséquence, la force et la conditionnalité des mécanismes compensatoires (tels que la dépendance à la densité et les banques de graines) qui peuvent atténuer (ou exacerber) les effets négatifs des insectes sur les populations végétales restent incertains. Les influences des insectes sur la taille et les limites de la gamme végétale, le succès d'invasion et la biocontrôle sont des domaines de recherche bien établis, mais sont également sous-exploités dans les expériences à long terme. Les herbivores insectes peuvent influencer la structure et la diversité des communautés végétales, et modifier les trajectoires de succession, souvent par modification de la capacité compétitive des plantes. Néanmoins, les effets sont principalement connus des prairies mésiques, mettent des années à se manifester et l'étendue des dommages insectes ne prédit pas toujours leur impact. L'importance relative des herbivores spécialistes versus généralistes est incertaine, tout comme la manière dont les rétroactions entre la productivité végétale, l'herbivorie et la richesse spécifique végétale contribuent à la dynamique communautaire au fil du temps. Synthèse. Les rares expériences existantes de suppression d'insectes à long terme, et de nombreuses études à court terme, suggèrent que les herbivores insectes peuvent affecter de manière importante les populations et communautés végétales. Bien que difficile, des études expérimentales couvrant plusieurs générations végétales pourraient grandement améliorer notre capacité à développer un cadre plus prédictif pour comprendre comment les herbivores insectes influencent les populations et communautés végétales.",
    url = "https://doi.org/10.1111/1365-2745.13996",
    doi = "10.1111/1365-2745.13996",
    openalex = "W4296186829",
    references = "doi101093oso97801988358510010001"
}

Lorsque des espèces entrent simultanément en compétition avec deux ou plusieurs espèces concurrentes, les interactions d'ordre supérieur (HOIs) peuvent entraîner des propriétés émergentes absentes lorsque les espèces interagissent en paires isolées. Pour étendre la théorie écologique aux communautés à multiples concurrents, les écologistes doivent affronter les défis de la mesure et de l'interprétation des HOIs dans des modèles de compétition ajustés à des données issues de la nature. Ces efforts sont entravés par le fait que différentes études utilisent des définitions différentes, et que ces définitions ont des relations floues les unes avec les autres. Ici, nous proposons une distinction entre les HOIs « douces », qui identifient une modification possible des interactions par les concurrents, et les HOIs « dures », qui identifient des interactions apparaissant uniquement dans des systèmes avec trois concurrents ou plus. Nous montrons comment ces deux classes de HOI diffèrent dans leur motivation et leur interprétation, ainsi que dans les tests utilisés pour les identifier dans des modèles ajustés à des données. Nous montrons ensuite comment opérationnaliser cette structure de définitions en analysant les résultats d'une expérience de compétition simulée sous-tendue par un modèle de ressources consommées. Dans le cadre de cette analyse, nous clarifions les défis de l'interprétation des HOIs dans la nature et suggérons un cadrage plus précis de cette entreprise de recherche pour catalyser de nouvelles investigations.

@article{doi101111ele14022,
    author = "Kleinhesselink, Andrew R. et Kraft, Nathan J. B. et Pacala, Stephen W. et Levine, Jonathan M.",
    title = "Détection et interprétation des interactions d'ordre supérieur dans les communautés écologiques",
    year = "2022",
    journal = "Ecology Letters",
    abstract = "Lorsque des espèces entrent simultanément en compétition avec deux ou plusieurs espèces concurrentes, les interactions d'ordre supérieur (HOIs) peuvent entraîner des propriétés émergentes absentes lorsque les espèces interagissent en paires isolées. Pour étendre la théorie écologique aux communautés à multiples concurrents, les écologistes doivent affronter les défis de la mesure et de l'interprétation des HOIs dans des modèles de compétition ajustés à des données issues de la nature. Ces efforts sont entravés par le fait que différentes études utilisent des définitions différentes, et que ces définitions ont des relations floues les unes avec les autres. Ici, nous proposons une distinction entre les HOIs « douces », qui identifient une modification possible des interactions par les concurrents, et les HOIs « dures », qui identifient des interactions apparaissant uniquement dans des systèmes avec trois concurrents ou plus. Nous montrons comment ces deux classes de HOI diffèrent dans leur motivation et leur interprétation, ainsi que dans les tests utilisés pour les identifier dans des modèles ajustés à des données. Nous montrons ensuite comment opérationnaliser cette structure de définitions en analysant les résultats d'une expérience de compétition simulée sous-tendue par un modèle de ressources consommées. Dans le cadre de cette analyse, nous clarifions les défis de l'interprétation des HOIs dans la nature et suggérons un cadrage plus précis de cette entreprise de recherche pour catalyser de nouvelles investigations.",
    url = "https://doi.org/10.1111/ele.14022",
    doi = "10.1111/ele.14022",
    openalex = "W4282048341",
    references = "doi101016jtree201905007"
}

Comprendre les mécanismes qui maintiennent la biodiversité microbienne est une aspiration critique en écologie. Les travaux passés sur la coexistence microbienne se sont principalement concentrés sur des paires d'espèces, mais il reste incertain si la coexistence par paires en isolement est nécessaire pour la coexistence dans une communauté à multiples espèces. Pour répondre à cette question, nous avons mené des centaines d'expériences de compétition par paires entre les membres stables de 12 communautés d'enrichissement différentes in vitro. Pour déterminer les résultats de ces expériences, nous avons développé un pipeline d'analyse d'images automatisé pour quantifier les abondances des espèces. Nous avons constaté que l'exclusion compétitive était le résultat le plus courant, et qu'elle était fortement hiérarchique et transitive. Comme de nombreuses espèces qui coexistent au sein d'une communauté stable à multiples espèces échouent à coexister en coculture par paires dans des conditions identiques, nous avons conclu que la coexistence à multiples espèces est un phénomène émergent. Ce travail met en évidence l'importance du contexte de la communauté pour comprendre les origines de la coexistence dans les écosystèmes complexes.

@article{doi101126scienceadg0727,
    author = "Chang, Chang‐Yu et Bajić, Djordje et Vila, Jean C. C. et Estrela, Sylvie et Sánchez, Álvaro",
    title = "Coexistence émergente dans les communautés microbiennes à multiples espèces",
    year = "2023",
    journal = "Science",
    abstract = "Comprendre les mécanismes qui maintiennent la biodiversité microbienne est une aspiration critique en écologie. Les travaux passés sur la coexistence microbienne se sont principalement concentrés sur des paires d'espèces, mais il reste incertain si la coexistence par paires en isolement est nécessaire pour la coexistence dans une communauté à multiples espèces. Pour répondre à cette question, nous avons mené des centaines d'expériences de compétition par paires entre les membres stables de 12 communautés d'enrichissement différentes in vitro. Pour déterminer les résultats de ces expériences, nous avons développé un pipeline d'analyse d'images automatisé pour quantifier les abondances des espèces. Nous avons constaté que l'exclusion compétitive était le résultat le plus courant, et qu'elle était fortement hiérarchique et transitive. Comme de nombreuses espèces qui coexistent au sein d'une communauté stable à multiples espèces échouent à coexister en coculture par paires dans des conditions identiques, nous avons conclu que la coexistence à multiples espèces est un phénomène émergent. Ce travail met en évidence l'importance du contexte de la communauté pour comprendre les origines de la coexistence dans les écosystèmes complexes.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.adg0727",
    doi = "10.1126/science.adg0727",
    openalex = "W4384926541",
    references = "doi101016jtree201905007"
}

Comprendre les mécanismes qui pilotent l'assemblage des espèces le long de gradients altitudinaux en montagne est crucial pour la conservation de la biodiversité. Cependant, aucun consensus n'a encore été atteint sur le fonctionnement de ces mécanismes. Ce manque de connaissances est particulièrement marqué dans les montagnes karstiques subtropicales riches en biodiversité. L'intégration d'informations sur la biodiversité multidimensionnelle dans la recherche sur les systèmes karstiques apportera de nouvelles perspectives sur l'assemblage des communautés. Ainsi, nous avons exploré la diversité forestière multidimensionnelle le long d'un gradient altitudinal à la montagne de Jinfo, un site montagneux karstique, en évaluant l'importance relative de processus écologiques distincts dans la formation des modèles de diversité et de structure communautaires. Nos résultats montrent que les diversités de différentes dimensions présentent des modèles altitudinaux similaires, avec une diversité plus élevée observée aux altitudes basses à moyennes qu'aux altitudes élevées. La diversité et la structure multidimensionnelles étaient principalement contrôlées par le stress climatique et le filtrage topographique et étaient davantage modulées par la limitation des nutriments du sol et la compétition interspécifique. Cependant, les poids explicatifs de ces processus écologiques étaient incohérents parmi les différentes dimensions de la diversité. La structure phylogénétique était regroupée aux altitudes basses et moyennes, avec une surdispersion aux altitudes élevées. Cela indique que l'assemblage des communautés a basculé d'une domination par le filtrage environnemental à une domination par l'exclusion compétitive à mesure que l'altitude augmentait. En conclusion, nos résultats démontrent que la combinaison de la diversité multidimensionnelle et de multiples processus écologiques liés à l'assemblage des communautés peut améliorer la compréhension des modèles de diversité le long des gradients altitudinaux et des mécanismes sous-jacents qui les maintiennent dans les montagnes karstiques subtropicales.

@article{doi101016jpld202512007,
    author = "Zhou, Lihua et Long, Yuxiao et Hu, Siwei et Luo, Min et Mou, Wenbo et Deng, Jingwen et Jing, Lisha et Pang, Mingyue et Huang, Li et Yang, Yongchuan",
    title = "Patterns de diversité végétale multidimensionnelle et de structure communautaire selon l'altitude dans un système montagneux karstique subtropical.",
    year = "2026",
    journal = "Plant diversity",
    abstract = "Comprendre les mécanismes qui pilotent l'assemblage des espèces le long de gradients altitudinaux en montagne est crucial pour la conservation de la biodiversité. Cependant, aucun consensus n'a encore été atteint sur le fonctionnement de ces mécanismes. Ce manque de connaissances est particulièrement marqué dans les montagnes karstiques subtropicales riches en biodiversité. L'intégration d'informations sur la biodiversité multidimensionnelle dans la recherche sur les systèmes karstiques apportera de nouvelles perspectives sur l'assemblage des communautés. Ainsi, nous avons exploré la diversité forestière multidimensionnelle le long d'un gradient altitudinal à la montagne de Jinfo, un site montagneux karstique, en évaluant l'importance relative de processus écologiques distincts dans la formation des modèles de diversité et de structure communautaires. Nos résultats montrent que les diversités de différentes dimensions présentent des modèles altitudinaux similaires, avec une diversité plus élevée observée aux altitudes basses à moyennes qu'aux altitudes élevées. La diversité et la structure multidimensionnelles étaient principalement contrôlées par le stress climatique et le filtrage topographique et étaient davantage modulées par la limitation des nutriments du sol et la compétition interspécifique. Cependant, les poids explicatifs de ces processus écologiques étaient incohérents parmi les différentes dimensions de la diversité. La structure phylogénétique était regroupée aux altitudes basses et moyennes, avec une surdispersion aux altitudes élevées. Cela indique que l'assemblage des communautés a basculé d'une domination par le filtrage environnemental à une domination par l'exclusion compétitive à mesure que l'altitude augmentait. En conclusion, nos résultats démontrent que la combinaison de la diversité multidimensionnelle et de multiples processus écologiques liés à l'assemblage des communautés peut améliorer la compréhension des modèles de diversité le long des gradients altitudinaux et des mécanismes sous-jacents qui les maintiennent dans les montagnes karstiques subtropicales.",
    url = "https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC13071454/",
    doi = "10.1016/j.pld.2025.12.007",
    openalex = "W4417443661",
    pmcid = "PMC13071454",
    pmid = "41982282",
    references = "doi101002j153873051948tb01338x, doi1010079783319242774, doi1010160040580982900041, doi101073pnas0403588101, doi101093bioinformaticsbtn358, doi101111j001438202003tb00285x, doi101111j14610248200400701x, doi101111j160005871995tb00341x, doi101146annurevecolsys33010802150448, doi1018900712061"
}