Conservation

@book{dasmann1972environmental1,
    author = "Dasmann, R. F",
    title = "Conservation de l'environnement [3e éd.]",
    year = "1972",
    publisher = "New York, Wiley, 473 p",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Dasmann, R. F., 1972, Conservation de l'environnement [3e éd.] : New York, Wiley, 473 p.}"
}

I. Actualisation et conservation, 359. — II. Un modèle pour l'allocation des ressources environnementales naturelles : le concept de taux d'actualisation effectif, 362. — III. Remarques finales, 370.

@article{doi1023071885257,
    author = "Fisher, Anthony C. et Krutilla, John V.",
    title = "Conservation des ressources, préservation de l'environnement et taux d'actualisation",
    year = "1975",
    journal = "The Quarterly Journal of Economics",
    abstract = "I. Actualisation et conservation, 359. — II. Un modèle pour l'allocation des ressources environnementales naturelles : le concept de taux d'actualisation effectif, 362. — III. Remarques finales, 370.",
    url = "https://doi.org/10.2307/1885257",
    doi = "10.2307/1885257",
    openalex = "W2068341906"
}

Il s'agit d'une revue des problèmes mondiaux de dégradation des terres. Quatre thèmes sont mis en évidence : délimiter et estimer l'ampleur de l'érosion des sols, quantifier les impacts de l'érosion et de la sédimentation sur la productivité des terres, établir des valeurs quantitatives pour les paramètres causant l'érosion, et mettre en œuvre des programmes mondiaux et régionaux de conservation des sols et de l'eau. Les articles traitent à la fois des pays en développement et des pays développés et illustrent comment les techniques de contrôle de l'érosion utilisées dans les pays développés peuvent ou ne peuvent pas être appliquées dans les pays en développement.

@article{doi102307633494,
    author = "Grove, A. T. and Morgan, R. P. C.",
    title = "Soil Erosion and Conservation",
    year = "1988",
    journal = "Geographical Journal",
    abstract = "This is a review of worldwide land degradation problems. Four themes are emphasized: delineating and estimating the magnitude of soil erosion, quantifying erosion and sedimentation impacts on land productivity, establishing quantitative values for erosion-causing parameters, and implementing global and regional soil and water conservation programs. Papers deal with both developing and developed countries and illustrate how erosion control techniques used in developed countries can or cannot be applied in developing countries.",
    url = "https://doi.org/10.2307/633494",
    doi = "10.2307/633494",
    openalex = "W2122802215",
    references = "doi1010079789400956827, doi101016s0065211308604009, doi101093biomet371230, doi102307622211"
}

@book{openalexw2123629586,
    author = "Young, Anthony",
    title = "Agroforestry for Soil Conservation",
    year = "1989",
    booktitle = "OpenGrey (Institut de l'Information Scientifique et Technique)",
    openalex = "W2123629586",
    references = "doi101016s0065211308603971"
}

La dégradation des terres due à l'érosion du sol a été considérée par beaucoup comme un problème de proportion significative, touchant environ 30–50 % de la surface terrestre. Au moment de la première publication de ce livre en 1993, les estimations indiquaient que 10–15 millions d'hectares de terres étaient perdus chaque année par érosion et salinisation due à l'irrigation, et qu'à un tel taux de perte, les réserves de terre arable sur la plupart des terres en pente seraient épuisées dans deux cents ans. Puisque la dépendance de l'humanité à l'égard des terres pour la nourriture est presque totale, l'érosion du sol représente une menace réelle pour la sécurité de notre approvisionnement alimentaire. Le besoin d'une conservation immédiate des ressources en sols du monde est donc clair. Dans le cadre de la réponse à ce besoin, la Commission sur l'écologie de l'Union internationale pour la conservation de la nature a réuni un groupe de travail spécial pour examiner le problème de l'érosion mondiale des sols et proposer des solutions pratiques pour la conservation des sols. Ce livre important présente les résultats de leur travail.

@book{doi101017cbo9780511735394,
    author = "Pimentel, David",
    title = "World Soil Erosion and Conservation",
    year = "1993",
    booktitle = "Cambridge University Press eBooks",
    abstract = "La dégradation des terres due à l'érosion du sol a été considérée par beaucoup comme un problème de proportion significative, touchant environ 30–50\% de la surface terrestre. Au moment de la première publication de ce livre en 1993, les estimations indiquaient que 10–15 millions d'hectares de terres étaient perdus chaque année par érosion et salinisation due à l'irrigation, et qu'à un tel taux de perte, les réserves de terre arable sur la plupart des terres en pente seraient épuisées dans deux cents ans. Puisque la dépendance de l'humanité à l'égard des terres pour la nourriture est presque totale, l'érosion du sol représente une menace réelle pour la sécurité de notre approvisionnement alimentaire. Le besoin d'une conservation immédiate des ressources en sols du monde est donc clair. Dans le cadre de la réponse à ce besoin, la Commission sur l'écologie de l'Union internationale pour la conservation de la nature a réuni un groupe de travail spécial pour examiner le problème de l'érosion mondiale des sols et proposer des solutions pratiques pour la conservation des sols. Ce livre important présente les résultats de leur travail.",
    url = "https://doi.org/10.1017/cbo9780511735394",
    doi = "10.1017/cbo9780511735394",
    openalex = "W1509812492"
}

L'érosion des sols constitue une menace environnementale majeure pour la durabilité et la capacité productive de l'agriculture. Au cours des 40 dernières années, près d'un tiers des terres arables du monde ont été perdues par érosion et continuent de l'être à un rythme supérieur à 10 millions d'hectares par an. Avec l'ajout d'un quart de million de personnes chaque jour, la demande alimentaire de la population mondiale augmente à une époque où la productivité alimentaire par habitant commence à décliner.

@article{doi101126science26752011117,
    author = "Pimentel, David et Harvey, Célia A. et Resosudarmo, Ida Aju Pradnja et Sinclair, K.B. et Kurz, Daniel et McNair, Michael et Crist, Scott D. et Shpritz, L. et Fitton, L. et Saffouri, R. et Blair, Ryan",
    title = "Environmental and Economic Costs of Soil Erosion and Conservation Benefits",
    year = "1995",
    journal = "Science",
    abstract = "L'érosion des sols constitue une menace environnementale majeure pour la durabilité et la capacité productive de l'agriculture. Au cours des 40 dernières années, près d'un tiers des terres arables du monde ont été perdues par érosion et continuent de l'être à un rythme supérieur à 10 millions d'hectares par an. Avec l'ajout d'un quart de million de personnes chaque jour, la demande alimentaire de la population mondiale augmente à une époque où la productivité alimentaire par habitant commence à décliner.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.267.5201.1117",
    doi = "10.1126/science.267.5201.1117",
    openalex = "W2050154560",
    references = "doi101017cbo9780511735394, doi101071sr9910745, doi101111j136523891984tb00278x, doi1012019781351072519, doi102307215130, doi1023073451509, doi102307633494, doi105860choice451769, openalexw2123629586, openalexw3141838726"
}

Liste des contributeurs Remerciements et une mise en garde pour le lecteur Liste des figures Liste des tableaux I. Social Change and Conservation: an Overview of Issues and Concepts Krishna B. Ghimire et Michel P. Pimbert II. Biodiversity and Human Welfare Piers Blaikie et Sally Jeanrenaud III. National Parks and Protected Area Management in Costa Rica and Germany: a Comparative Analysis Jens Briiggemann IV. Salvaging Nature: Indigenous Peoples and Protected Areas Marcus Colchester V. Women, Forest Products and Protected Areas: a Case Study of Jaldapara Wildlife Sanctuary, West Bengal, India Chandana Dey VI. Local Development and Parks in France Andrea Finger-Stich et Krishna B. Ghimire VII. Conservation and Social Development: an Assessment of Wolong and other Panda Reserves in China Krishna B. Ghirnire VIII. Ecotourism and Rural Reconstruction in South Africa: Reality or Rhetoric? Eddie Koch IX. Management of Wildlife, Tourism and Local Communities in Zimbabwe Chris Mayor X. Protected Areas, Conservationists and Aboriginal Interests in Canada James Morrison XI. Parks, People and Professionals: Putting 'Participation' into Protected Area Management Michel P. Pimbert et Jules N. Pretty Liste des abréviations et acronymes Mesures de superficie et de poids Conversion des devises

@book{openalexw1546506088,
    author = "Ghimire, Krishna B. et Pimbert, Michel",
    title = "Social change and conservation: environmental politics and impacts of national parks and protected areas.",
    year = "1997",
    booktitle = "Earthscan Publications Ltd eBooks",
    abstract = "Liste des contributeurs Remerciements et une mise en garde pour le lecteur Liste des figures Liste des tableaux I. Social Change and Conservation: an Overview of Issues and Concepts Krishna B. Ghimire et Michel P. Pimbert II. Biodiversity and Human Welfare Piers Blaikie et Sally Jeanrenaud III. National Parks and Protected Area Management in Costa Rica and Germany: a Comparative Analysis Jens Briiggemann IV. Salvaging Nature: Indigenous Peoples and Protected Areas Marcus Colchester V. Women, Forest Products and Protected Areas: a Case Study of Jaldapara Wildlife Sanctuary, West Bengal, India Chandana Dey VI. Local Development and Parks in France Andrea Finger-Stich et Krishna B. Ghimire VII. Conservation and Social Development: an Assessment of Wolong and other Panda Reserves in China Krishna B. Ghirnire VIII. Ecotourism and Rural Reconstruction in South Africa: Reality or Rhetoric? Eddie Koch IX. Management of Wildlife, Tourism and Local Communities in Zimbabwe Chris Mayor X. Protected Areas, Conservationists and Aboriginal Interests in Canada James Morrison XI. Parks, People and Professionals: Putting 'Participation' into Protected Area Management Michel P. Pimbert et Jules N. Pretty Liste des abréviations et acronymes Mesures de superficie et de poids Conversion des devises",
    url = "https://openalex.org/W1546506088",
    openalex = "W1546506088"
}

Assurer le soutien local aux aires protégées est de plus en plus considéré comme un élément important de la conservation de la biodiversité. Cela repose souvent sur la fourniture d'avantages issus des aires protégées, et un moyen courant de fournir de tels avantages est le développement du tourisme. Cependant, la relation entre la réception d'avantages touristiques et le soutien à la conservation n'a pas été explorée. Cette étude a examiné les attitudes locales envers le tourisme dans les aires protégées et les effets des avantages touristiques sur le soutien local au parc national de Komodo, en Indonésie. Le parc national de Komodo est un exemple emblématique du tourisme dans une région où les aires protégées sont de plus en plus visitées et où le soutien local à la conservation n'a pas été étudié. Les résultats d'un sondage par questionnaire ont révélé des attitudes positives envers le tourisme et un fort soutien à la conservation (93,7 %), ainsi qu'une reconnaissance que le tourisme dépend de l'existence du parc. Les attitudes positives envers le tourisme étaient positivement liées à la réception d'avantages économiques et au soutien à la conservation. Cependant, aucune relation positive n'a été identifiée entre la réception d'avantages touristiques et le soutien à la conservation, suggérant que les avantages issus de la conservation des aires protégées n'ont aucun effet sur le soutien local à la conservation. Les populations locales ont reconnu les inégalités de répartition des avantages touristiques, et les plaintes les plus fréquentes portaient sur l'inflation locale et le code vestimentaire des touristes. Pour identifier pleinement les impacts du tourisme dans les aires protégées, il est recommandé de mener des études à long terme sur les attitudes locales, parallèlement aux évaluations économiques et écologiques traditionnelles.

@article{doi101017s0376892901000169,
    author = "Walpole, Matthew J. et Goodwin, Harold",
    title = "Attitudes locales envers la conservation et le tourisme autour du parc national de Komodo, en Indonésie",
    year = "2001",
    journal = "Environmental Conservation",
    abstract = "Assurer le soutien local aux aires protégées est de plus en plus considéré comme un élément important de la conservation de la biodiversité. Cela repose souvent sur la fourniture d'avantages issus des aires protégées, et un moyen courant de fournir de tels avantages est le développement du tourisme. Cependant, la relation entre la réception d'avantages touristiques et le soutien à la conservation n'a pas été explorée. Cette étude a examiné les attitudes locales envers le tourisme dans les aires protégées et les effets des avantages touristiques sur le soutien local au parc national de Komodo, en Indonésie. Le parc national de Komodo est un exemple emblématique du tourisme dans une région où les aires protégées sont de plus en plus visitées et où le soutien local à la conservation n'a pas été étudié. Les résultats d'un sondage par questionnaire ont révélé des attitudes positives envers le tourisme et un fort soutien à la conservation (93,7 %), ainsi qu'une reconnaissance que le tourisme dépend de l'existence du parc. Les attitudes positives envers le tourisme étaient positivement liées à la réception d'avantages économiques et au soutien à la conservation. Cependant, aucune relation positive n'a été identifiée entre la réception d'avantages touristiques et le soutien à la conservation, suggérant que les avantages issus de la conservation des aires protégées n'ont aucun effet sur le soutien local à la conservation. Les populations locales ont reconnu les inégalités de répartition des avantages touristiques, et les plaintes les plus fréquentes portaient sur l'inflation locale et le code vestimentaire des touristes. Pour identifier pleinement les impacts du tourisme dans les aires protégées, il est recommandé de mener des études à long terme sur les attitudes locales, parallèlement aux évaluations économiques et écologiques traditionnelles.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0376892901000169",
    doi = "10.1017/s0376892901000169",
    openalex = "W2089900098",
    references = "doi101007bf00051774, doi101016000632079390507w, doi1010160160738387900454, doi101016016073839090029q, doi101016s0160738399000882, doi101017s037689290001064x, doi101017s037689299800040x, doi1023071444685, openalexw1546506088, openalexw1756902206, vitt1982the"
}

Enregistrement de métadonnées uniquement

@article{doi101080089419202317174011,
    author = "Brechin, Steven R. et Wilshusen, Peter R. et Fortwangler, Crystal et West, Patrick C.",
    title = "Beyond the Square Wheel: Toward a More Comprehensive Understanding of Biodiversity Conservation as Social and Political Process",
    year = "2002",
    journal = "Society \& Natural Resources",
    abstract = "Enregistrement de métadonnées uniquement",
    url = "https://doi.org/10.1080/089419202317174011",
    doi = "10.1080/089419202317174011",
    openalex = "W2092666883",
    references = "doi105860choice330904, openalexw1546506088"
}

Les récifs coralliens sont les écosystèmes marins peu profonds les plus riches en diversité biologique, mais ils sont dégradés partout dans le monde par les activités humaines et le réchauffement climatique. Les analyses des aires de répartition de 3235 espèces de poissons de récif, de coraux, d'escargots et de homards ont révélé que de 7,2 % à 53,6 % de chaque taxon ont des aires de répartition très restreintes, les rendant vulnérables à l'extinction. Les espèces à aire de répartition restreinte sont regroupées en centres d'endémisme, comme ceux décrits pour les taxons terrestres. Les 10 centres d'endémisme les plus riches couvrent 15,8 % des récifs coralliens du monde (0,012 % des océans) mais comprennent entre 44,8 et 54,2 % des espèces à aire de répartition restreinte. Beaucoup se situent dans des régions où les récifs sont gravement affectés par les humains, ce qui pourrait entraîner de nombreuses extinctions. Les centres d'endémisme menacés sont des points chauds majeurs de biodiversité, et les efforts de conservation ciblés sur eux pourraient aider à éviter la perte de la biodiversité des récifs tropicaux.

@article{doi101126science1067728,
    author = "Roberts, Callum M. et McClean, Colin J. et Veron, J. E. N. et Hawkins, Julie P. et Allen, Gerald R. et McAllister, Don E. et Mittermeier, Cristina G. et Schueler, Frederick W et Spalding, Mark et Wells, Fred E. et Vynne, Carly et Werner, Timothy B.",
    title = "Les points chauds de la biodiversité marine et les priorités de conservation pour les récifs tropicaux",
    year = "2002",
    journal = "Science",
    abstract = "Les récifs coralliens sont les écosystèmes marins peu profonds les plus riches en diversité biologique, mais ils sont dégradés partout dans le monde par les activités humaines et le réchauffement climatique. Les analyses des aires de répartition de 3235 espèces de poissons de récif, de coraux, d'escargots et de homards ont révélé que de 7,2\% à 53,6\% de chaque taxon ont des aires de répartition très restreintes, les rendant vulnérables à l'extinction. Les espèces à aire de répartition restreinte sont regroupées en centres d'endémisme, comme ceux décrits pour les taxons terrestres. Les 10 centres d'endémisme les plus riches couvrent 15,8\% des récifs coralliens du monde (0,012\% des océans) mais comprennent entre 44,8 et 54,2\% des espèces à aire de répartition restreinte. Beaucoup se situent dans des régions où les récifs sont gravement affectés par les humains, ce qui pourrait entraîner de nombreuses extinctions. Les centres d'endémisme menacés sont des points chauds majeurs de biodiversité, et les efforts de conservation ciblés sur eux pourraient aider à éviter la perte de la biodiversité des récifs tropicaux.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1067728",
    doi = "10.1126/science.1067728",
    openalex = "W2149529243",
    references = "doi101126science26752011117"
}

Enregistrement de métadonnées uniquement

@misc{openalexw915666225,
    author = "Landell-Mills, Natasha et Porras, I.",
    title = "Silver bullet or fools' gold? A global review of markets for forest environmental services and their impact on the poor.",
    year = "2002",
    booktitle = "VTechWorks (Virginia Tech)",
    abstract = "Enregistrement de métadonnées uniquement",
    openalex = "W915666225"
}

Les discussions sur l'utilisation durable sont devenues polarisées. Les welfaristes s'opposent à toute utilisation impliquant l'abattage d'animaux. Chez les conservateurs, la polarisation provient en partie de l'échec à distinguer les différentes idées nichées sous le terme parapluie d'« utilisation durable ». Ces dernières incluent l'utilisation directe comme impératif ou choix, l'idéal de maintenir toute utilisation dans des limites biologiquement durables, et l'utilisation comme stratégie de conservation possible qui peut créer des incitations positives, essentielles là où les terres pourraient autrement être converties à des pratiques défavorables à la biodiversité. Les gens continueront d'utiliser les ressources vivantes sauvages, dont les populations humaines croissantes pourraient encore épuiser davantage. En réponse, la communauté de conservation peut suivre l'une des deux approches. D'un côté, elle peut tenter d'arrêter l'utilisation par la création de zones strictement protégées et en appliquant la législation, bien que beaucoup remettront en question la position éthique d'imposer une telle approche. De l'autre, elle peut œuvrer à introduire les systèmes de gestion plus larges nécessaires pour offrir une utilisation durable et, si possible, une conservation motivée par des incitations. Puisque la plupart des populations rurales continueront d'utiliser les ressources vivantes sauvages dans des paysages dominés par l'homme, l'utilisation durable et la conservation motivée par des incitations doivent toutes deux être au cœur de l'agenda de conservation de ce siècle. La gestion basée sur les espèces et sur les écosystèmes joueront probablement un rôle dans l'utilisation durable. Cependant, l'enthousiasme actuel pour l'approche écosystémique pourrait révéler des conséquences inattendues, rendant la recherche de durabilité encore plus polarisée. Néanmoins, l'utilisation directe des espèces ne peut fournir des incitations suffisantes pour garantir la poursuite de la prestation de services écosystémiques, qui doivent être pleinement intégrés dans le système comptable mondial.

@article{doi101017s0030605303000395,
    author = "Hutton, Jon et Leader‐Williams, Nigel",
    title = "Utilisation durable et conservation motivée par des incitations : réalignement des intérêts humains et de conservation",
    year = "2003",
    journal = "Oryx",
    abstract = "Les discussions sur l'utilisation durable sont devenues polarisées. Les welfaristes s'opposent à toute utilisation impliquant l'abattage d'animaux. Chez les conservateurs, la polarisation provient en partie de l'échec à distinguer les différentes idées nichées sous le terme parapluie d'« utilisation durable ». Ces dernières incluent l'utilisation directe comme impératif ou choix, l'idéal de maintenir toute utilisation dans des limites biologiquement durables, et l'utilisation comme stratégie de conservation possible qui peut créer des incitations positives, essentielles là où les terres pourraient autrement être converties à des pratiques défavorables à la biodiversité. Les gens continueront d'utiliser les ressources vivantes sauvages, dont les populations humaines croissantes pourraient encore épuiser davantage. En réponse, la communauté de conservation peut suivre l'une des deux approches. D'un côté, elle peut tenter d'arrêter l'utilisation par la création de zones strictement protégées et en appliquant la législation, bien que beaucoup remettront en question la position éthique d'imposer une telle approche. De l'autre, elle peut œuvrer à introduire les systèmes de gestion plus larges nécessaires pour offrir une utilisation durable et, si possible, une conservation motivée par des incitations. Puisque la plupart des populations rurales continueront d'utiliser les ressources vivantes sauvages dans des paysages dominés par l'homme, l'utilisation durable et la conservation motivée par des incitations doivent toutes deux être au cœur de l'agenda de conservation de ce siècle. La gestion basée sur les espèces et sur les écosystèmes joueront probablement un rôle dans l'utilisation durable. Cependant, l'enthousiasme actuel pour l'approche écosystémique pourrait révéler des conséquences inattendues, rendant la recherche de durabilité encore plus polarisée. Néanmoins, l'utilisation directe des espèces ne peut fournir des incitations suffisantes pour garantir la poursuite de la prestation de services écosystémiques, qui doivent être pleinement intégrés dans le système comptable mondial.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0030605303000395",
    doi = "10.1017/s0030605303000395",
    openalex = "W2150470222",
    references = "openalexw1546506088"
}

Résumé La préoccupation croissante concernant l'impact environnemental de l'agriculture en Europe a conduit à la mise en place de régimes agro-environnementaux. Ces régimes compensent financièrement les agriculteurs pour toute perte de revenus associée à des mesures visant à bénéficier à l'environnement ou à la biodiversité. Il existe actuellement des régimes agro-environnementaux dans 26 des 44 pays européens. Les régimes agro-environnementaux varient considérablement d'un pays à l'autre, même au sein de l'Union européenne. Les principaux objectifs incluent la réduction des émissions de nutriments et de pesticides, la protection de la biodiversité, la restauration des paysages et la prévention du dépeuplement rural. Dans presque tous les pays, l'adhésion aux régimes est la plus élevée dans les zones d'agriculture extensive où la biodiversité est encore relativement élevée et la plus faible dans les zones intensivement cultivées où la biodiversité est faible. Environ 24,3 milliards d'euros ont été dépensés pour les régimes agro-environnementaux dans l'Union européenne (UE) depuis 1994, une proportion inconnue étant consacrée à des régimes ayant des objectifs de conservation de la biodiversité. Nous avons mené une recherche exhaustive d'études testant l'efficacité des régimes agro-environnementaux dans des articles publiés ou des rapports. Seules 62 études d'évaluation ont été trouvées, provenant de seulement cinq pays de l'UE et de la Suisse (5). En effet, 76 % des études provenaient des Pays-Bas et du Royaume-Uni, où jusqu'à présent seulement environ 6 % du budget agro-environnemental de l'UE a été dépensé. D'autres études provenaient d'Allemagne (6), d'Irlande (3) et du Portugal (1). Dans la majorité des études, la conception de la recherche était inadéquate pour évaluer de manière fiable l'efficacité des régimes. Trente-et-un pour cent ne contenaient pas d'analyse statistique. Lorsqu'une approche expérimentale était utilisée, les conceptions étaient généralement faibles et biaisées en faveur d'un résultat favorable. La conception expérimentale la plus courante (37 % des études) était une comparaison de la biodiversité dans les régimes agro-environnementaux et les zones de contrôle. Cependant, il existe un risque de biais si les agriculteurs ou les coordinateurs de régimes sélectionnent les sites pour les régimes agro-environnementaux. Dans de tels cas, les sites sont susceptibles d'avoir une biodiversité plus élevée au départ par rapport aux zones de contrôle. Ce problème peut être abordé en collectant des données de référence (34 % des études), en comparant les tendances (32 %) ou les changements (26 %) de la biodiversité entre les zones avec et sans régimes, ou en appariant les sites de régimes et de contrôle qui subissent des conditions environnementales similaires (16 %). Dans l'ensemble, 54 % des espèces (groupes) examinées ont démontré des augmentations et 6 % des diminutions de la richesse ou de l'abondance des espèces par rapport aux zones de contrôle. Dix-sept pour cent ont montré des augmentations pour certaines espèces et des diminutions pour d'autres espèces, tandis que 23 % n'ont montré aucun changement du tout en réponse aux régimes agro-environnementaux. La réponse variait entre les taxons. Sur 19 études examinant la réponse des oiseaux qui incluaient une analyse statistique, quatre ont montré des augmentations significatives de la richesse ou de l'abondance des espèces, deux ont montré des diminutions et neuf ont montré à la fois des augmentations et des diminutions. Les chiffres comparatifs pour 20 études sur les arthropodes ont donné 11 études qui ont montré une augmentation de la richesse ou de l'abondance des espèces, aucune étude n'a montré une diminution et trois ont montré à la fois des augmentations et des diminutions. Quatorze études sur les plantes ont donné six études qui ont montré des augmentations de la richesse ou de l'abondance des espèces, deux ont montré des diminutions et aucune étude n'a montré à la fois des augmentations et des diminutions. Synthèse et applications. L'absence d'études d'évaluation robustes ne permet pas de porter un jugement général sur l'efficacité des régimes agro-environnementaux européens. Nous suggérons que, dans le futur, les évaluations écologiques doivent devenir une partie intégrante de tout régime, y compris la collecte de données de référence, le placement aléatoire des sites de régimes et de contrôle dans des zones ayant des conditions initiales similaires, et une réplication suffisante. Les résultats de ces études devraient être collectés et diffusés plus largement, afin d'identifier les approches et les prescriptions qui offrent le mieux l'amélioration de la biodiversité et le meilleur rapport qualité-prix grâce au soutien communautaire.

@article{doi101111j13652664200300868x,
    author = "Kleijn, David and Sutherland, William J.",
    title = "Dans quelle mesure les schémas agro-environnementaux européens sont-ils efficaces pour conserver et promouvoir la biodiversité ?",
    year = "2003",
    journal = "Journal of Applied Ecology",
    abstract = "Résumé La préoccupation croissante concernant l'impact environnemental de l'agriculture en Europe a conduit à l'introduction de schémas agro-environnementaux. Ces schémas compensent financièrement les agriculteurs pour toute perte de revenus associée à des mesures visant à bénéficier à l'environnement ou à la biodiversité. Il existe actuellement des schémas agro-environnementaux dans 26 des 44 pays européens. Les schémas agro-environnementaux varient considérablement d'un pays à l'autre, même au sein de l'Union européenne. Les principaux objectifs incluent la réduction des émissions de nutriments et de pesticides, la protection de la biodiversité, la restauration des paysages et la prévention de la désertification rurale. Dans presque tous les pays, l'adoption des schémas est la plus élevée dans les zones d'agriculture extensive où la biodiversité est encore relativement élevée et la plus faible dans les zones intensivement cultivées où la biodiversité est faible. Environ 24,3 milliards d'euros ont été dépensés pour les schémas agro-environnementaux dans l'Union européenne (UE) depuis 1994, une proportion inconnue étant consacrée à des schémas visant la conservation de la biodiversité. Nous avons effectué une recherche exhaustive des études qui testent l'efficacité des schémas agro-environnementaux dans des articles publiés ou des rapports. Seules 62 études d'évaluation ont été trouvées, provenant de cinq pays de l'UE et de la Suisse (5). En effet, 76 % des études provenaient des Pays-Bas et du Royaume-Uni, où jusqu'à présent seulement environ 6 % du budget agro-environnemental de l'UE a été dépensé. D'autres études provenaient d'Allemagne (6), d'Irlande (3) et du Portugal (1). Dans la majorité des études, la conception de la recherche était inadéquate pour évaluer de manière fiable l'efficacité des schémas. Trente-et-un pour cent ne contenaient pas d'analyse statistique. Lorsqu'une approche expérimentale était utilisée, les conceptions étaient généralement faibles et biaisées en faveur d'un résultat favorable. La conception expérimentale la plus courante (37 % des études) était une comparaison de la biodiversité dans les schémas agro-environnementaux et les zones de contrôle. Cependant, il existe un risque de biais si les agriculteurs ou les coordinateurs de schémas sélectionnent les sites pour les schémas agro-environnementaux. Dans de tels cas, les sites sont susceptibles d'avoir une biodiversité plus élevée au départ par rapport aux zones de contrôle. Ce problème peut être abordé en collectant des données de référence (34 % des études), en comparant les tendances (32 %) ou les changements (26 %) de la biodiversité entre les zones avec et sans schémas, ou en appariant les sites de schéma et de contrôle qui subissent des conditions environnementales similaires (16 %). Dans l'ensemble, 54 % des espèces (groupes) examinées ont démontré des augmentations et 6 % des diminutions de la richesse ou de l'abondance des espèces par rapport aux zones de contrôle. Dix-sept pour cent ont montré des augmentations pour certaines espèces et des diminutions pour d'autres espèces, tandis que 23 % n'ont montré aucun changement du tout en réponse aux schémas agro-environnementaux. La réponse variait entre les taxons. Sur 19 études examinant la réponse des oiseaux qui incluaient une analyse statistique, quatre ont montré des augmentations significatives de la richesse ou de l'abondance des espèces, deux ont montré des diminutions et neuf ont montré à la fois des augmentations et des diminutions. Les chiffres comparatifs pour 20 études sur les arthropodes ont donné 11 études qui ont montré une augmentation de la richesse ou de l'abondance des espèces, aucune étude n'a montré une diminution et trois ont montré à la fois des augmentations et des diminutions. Quatorze études sur les plantes ont donné six études qui ont montré des augmentations de la richesse ou de l'abondance des espèces, deux ont montré des diminutions et aucune étude n'a montré à la fois des augmentations et des diminutions. Synthèse et applications. Le manque d'études d'évaluation robustes ne permet pas de porter un jugement général sur l'efficacité des schémas agro-environnementaux européens. Nous suggérons que, dans le futur, les évaluations écologiques doivent devenir une partie intégrante de tout schéma, y compris la collecte de données de référence, le placement aléatoire des sites de schéma et de contrôle dans des zones ayant des conditions initiales similaires, et une réplication suffisante. Les résultats de ces études devraient être collectés et diffusés plus largement, afin d'identifier les approches et les prescriptions qui offrent le mieux l'amélioration de la biodiversité et le meilleur rapport qualité-prix grâce au soutien communautaire.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1365-2664.2003.00868.x",
    doi = "10.1111/j.1365-2664.2003.00868.x",
    openalex = "W2119442719",
    references = "openalexw2112482114"
}

Ceci est une excellente collection d'articles...Tous sont clairement rédigés et chacun d'eux pourrait être utilisé dans l'enseignement universitaire. De plus, la gamme des études de cas est impressionnante sur le plan mondial...Les articles présentent tous une bonne capacité à provoquer...Le résultat est un livre agréable qui sera probablement utile aux enseignants, aux étudiants et aux praticiens de l'environnementalisme. - Anthropological Forum Les anthropologues savent que la conservation désarme souvent les groupes déjà défavorisés et qu'elle échoue également à protéger les environnements. À travers une série d'études ethnographiques, ce livre soutient que le véritable problème n'est pas la disparition de la nature vierge ou même les pratiques d'utilisation des terres des personnes peu éduquées. Au contraire, ce que nous savons des modèles de consommation, de production et de distribution inégale déterminés culturellement suggère que l'attention critique devrait être mieux orientée vers les discours sur la primitivité et la nature vierge si prévalents au sein de l'idéologie de la conservation, et sur les relations de pouvoir et d'échange historiquement formées qu'ils aident à perpétuer. David G. Anderson est conférencier principal au département d'anthropologie de l'Université d'Aberdeen. Eeva Berglund était conférencière en anthropologie au Goldsmiths College de 1998 à 2002 et a écrit sur l'anthropologie et l'histoire de la politique environnementale.

@book{openalexw1497677346,
    author = "Anderson, David G. et Berglund, Eeva",
    title = "Ethnographies of conservation : environnementalisme et distribution des privilèges",
    year = "2003",
    abstract = "Ceci est une excellente collection d'articles...Tous sont clairement rédigés et chacun d'eux pourrait être utilisé dans l'enseignement universitaire. De plus, la gamme des études de cas est impressionnante sur le plan mondial...Les articles présentent tous une bonne capacité à provoquer...Le résultat est un livre agréable qui sera probablement utile aux enseignants, aux étudiants et aux praticiens de l'environnementalisme. - Anthropological Forum Les anthropologues savent que la conservation désarme souvent les groupes déjà défavorisés et qu'elle échoue également à protéger les environnements. À travers une série d'études ethnographiques, ce livre soutient que le véritable problème n'est pas la disparition de la nature vierge ou même les pratiques d'utilisation des terres des personnes peu éduquées. Au contraire, ce que nous savons des modèles de consommation, de production et de distribution inégale déterminés culturellement suggère que l'attention critique devrait être mieux orientée vers les discours sur la primitivité et la nature vierge si prévalents au sein de l'idéologie de la conservation, et sur les relations de pouvoir et d'échange historiquement formées qu'ils aident à perpétuer. David G. Anderson est conférencier principal au département d'anthropologie de l'Université d'Aberdeen. Eeva Berglund était conférencière en anthropologie au Goldsmiths College de 1998 à 2002 et a écrit sur l'anthropologie et l'histoire de la politique environnementale.",
    url = "https://openalex.org/W1497677346",
    openalex = "W1497677346"
}

@article{doi101016jenvsci200402004,
    author = "Colchester, Marcus",
    title = "Politique de conservation et peuples autochtones",
    year = "2004",
    journal = "Environmental Science \& Policy",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.envsci.2004.02.004",
    doi = "10.1016/j.envsci.2004.02.004",
    openalex = "W2040897528",
    references = "openalexw1546506088"
}

@article{doi101016jtree200403018,
    author = "Sutherland, William J. et Pullin, Andrew S. et Dolman, Paul M. et Knight, Teri",
    title = "The need for evidence-based conservation",
    year = "2004",
    journal = "Trends in Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.tree.2004.03.018",
    doi = "10.1016/j.tree.2004.03.018",
    openalex = "W2096369236"
}

Résumé : La conservation communautaire (CBC) repose sur l'idée que si la conservation et le développement pouvaient être réalisés simultanément, alors les intérêts des deux pourraient être servis. Elle a fait l'objet de controverses car les objectifs de développement communautaire ne sont pas nécessairement cohérents avec les objectifs de conservation dans un cas donné. J'ai examiné la CBC sous deux angles. Premièrement, la CBC peut être vue dans le contexte des changements de paradigme en écologie et en écologie appliquée. J'ai identifié trois changements conceptuels — vers une vision systémique, vers l'inclusion des humains dans l'écosystème, et vers des approches participatives à la gestion des écosystèmes — qui sont interreliés et concernent la compréhension des écosystèmes comme des systèmes adaptatifs complexes dans lesquels les humains sont une partie intégrante. Deuxièmement, j'ai investigué la faisabilité de la CBC, éclairée par un certain nombre de domaines interdisciplinaires émergents qui ont poursuivi divers aspects des systèmes couplés d'humains et de nature. Ces domaines — propriété commune, savoir écologique traditionnel, éthique environnementale, écologie politique et histoire environnementale — offrent des perspectives pour la CBC. Ils peuvent contribuer au développement d'une science de la conservation interdisciplinaire avec une compréhension plus sophistiquée des interactions socio-écologiques. Les enseignements de ces domaines incluent l'importance de la conservation à plusieurs échelles, la cogestion adaptative, la question des incitations et des multiples parties prenantes, l'utilisation du savoir écologique traditionnel, et le développement d'une éthique de conservation interculturelle.

@article{doi101111j15231739200400077x,
    author = "Berkes, Fikret",
    title = "Rethinking Community‐Based Conservation",
    year = "2004",
    journal = "Conservation Biology",
    abstract = "Résumé : La conservation communautaire (CBC) repose sur l'idée que si la conservation et le développement pouvaient être réalisés simultanément, alors les intérêts des deux pourraient être servis. Elle a fait l'objet de controverses car les objectifs de développement communautaire ne sont pas nécessairement cohérents avec les objectifs de conservation dans un cas donné. J'ai examiné la CBC sous deux angles. Premièrement, la CBC peut être vue dans le contexte des changements de paradigme en écologie et en écologie appliquée. J'ai identifié trois changements conceptuels — vers une vision systémique, vers l'inclusion des humains dans l'écosystème, et vers des approches participatives à la gestion des écosystèmes — qui sont interreliés et concernent la compréhension des écosystèmes comme des systèmes adaptatifs complexes dans lesquels les humains sont une partie intégrante. Deuxièmement, j'ai investigué la faisabilité de la CBC, éclairée par un certain nombre de domaines interdisciplinaires émergents qui ont poursuivi divers aspects des systèmes couplés d'humains et de nature. Ces domaines — propriété commune, savoir écologique traditionnel, éthique environnementale, écologie politique et histoire environnementale — offrent des perspectives pour la CBC. Ils peuvent contribuer au développement d'une science de la conservation interdisciplinaire avec une compréhension plus sophistiquée des interactions socio-écologiques. Les enseignements de ces domaines incluent l'importance de la conservation à plusieurs échelles, la cogestion adaptative, la question des incitations et des multiples parties prenantes, l'utilisation du savoir écologique traditionnel, et le développement d'une éthique de conservation interculturelle.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1523-1739.2004.00077.x",
    doi = "10.1111/j.1523-1739.2004.00077.x",
    openalex = "W2101873753",
    references = "doi101007s1002100101015, openalexw2010189956"
}

Nous avons appliqué le « séquençage shotgun du génome entier » à des populations microbiennes collectées en masse sur des filtres à écoulement tangentiel et à impact à partir d'échantillons d'eau de mer prélevés dans la mer des Sargasses, près de Bermudes. Un total de 1,045 milliard de paires de bases de séquence non redondante a été généré, annoté et analysé pour élucider le contenu génique, la diversité et l'abondance relative des organismes au sein de ces échantillons environnementaux. Ces données sont estimées provenir d'au moins 1800 espèces génomiques basées sur la parenté des séquences, incluant 148 phylotypes bactériens précédemment inconnus. Nous avons identifié plus de 1,2 million de gènes précédemment inconnus représentés dans ces échantillons, incluant plus de 782 nouveaux photorécepteurs de type rhodopsine. La variation des espèces présentes et de la stœchiométrie suggère une diversité microbienne océanique substantielle.

@article{doi101126science1093857,
    author = "Venter, J. Craig et Remington, Karin et Heidelberg, John F. et Halpern, Aaron L. et Rusch, Doug et Eisen, Jonathan A. et Wu, Dongying et Paulsen, Ian T. et Nelson, Karen E. et Nelson, William et Fouts, Derrick E. et Lévy, Samuel et Knap, Anthony H. et Lomas, Michael W. et Nealson, K. et White, Owen et Peterson, Jeremy et Hoffman, Jeff et Parsons, Rachel et Baden-Tillson, Holly et Pfannkoch, Cynthia et Rogers, Yu-Hui et Smith, Hamilton O.",
    title = "Environmental Genome Shotgun Sequencing of the Sargasso Sea",
    year = "2004",
    journal = "Science",
    abstract = {Nous avons appliqué le « séquençage shotgun du génome entier » à des populations microbiennes collectées en masse sur des filtres à écoulement tangentiel et à impact à partir d'échantillons d'eau de mer prélevés dans la mer des Sargasses, près de Bermudes. Un total de 1,045 milliard de paires de bases de séquence non redondante a été généré, annoté et analysé pour élucider le contenu génique, la diversité et l'abondance relative des organismes au sein de ces échantillons environnementaux. Ces données sont estimées provenir d'au moins 1800 espèces génomiques basées sur la parenté des séquences, incluant 148 phylotypes bactériens précédemment inconnus. Nous avons identifié plus de 1,2 million de gènes précédemment inconnus représentés dans ces échantillons, incluant plus de 782 nouveaux photorécepteurs de type rhodopsine. La variation des espèces présentes et de la stœchiométrie suggère une diversité microbienne océanique substantielle.},
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1093857",
    doi = "10.1126/science.1093857",
    openalex = "W2113601822",
    references = "doi101038nature01947, doi101073pnas142680199, doi101093nargkg039, doi101093nargkg095, doi101126science28754612196, doi101126science28954861902, doi101128aem335122512281977, doi101128aem666254125472000, doi1023073875, openalexw1558982506"
}

Il est largement admis que la perte de biodiversité et la pauvreté sont des problèmes liés et que la conservation et la réduction de la pauvreté doivent être abordées conjointement. Cependant, le succès des stratégies intégrées reste difficile à obtenir. Il existe un débat vif concernant les impacts sociaux des programmes de conservation et le succès des approches communautaires en matière de conservation. Des cadres conceptuels clairs sont nécessaires si l'on veut combiner les politiques dans ces deux domaines. Nous examinons les liens entre l'allègement de la pauvreté et la conservation de la biodiversité et présentons une typologie conceptuelle de ces relations.

@article{doi101126science1097920,
    author = "Adams, William M. et Aveling, Ros et Brockington, Dan et Dickson, Barney et Elliott, J et Hutton, Jon et Roe, Dilys et Vira, Bhaskar et Wolmer, William",
    title = "Conservation de la biodiversité et éradication de la pauvreté",
    year = "2004",
    journal = "Science",
    abstract = "Il est largement admis que la perte de biodiversité et la pauvreté sont des problèmes liés et que la conservation et la réduction de la pauvreté doivent être abordées conjointement. Cependant, le succès des stratégies intégrées reste difficile à obtenir. Il existe un débat vif concernant les impacts sociaux des programmes de conservation et le succès des approches communautaires en matière de conservation. Des cadres conceptuels clairs sont nécessaires si l'on veut combiner les politiques dans ces deux domaines. Nous examinons les liens entre l'allègement de la pauvreté et la conservation de la biodiversité et présentons une typologie conceptuelle de ces relations.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1097920",
    doi = "10.1126/science.1097920",
    openalex = "W2073321019"
}

La conservation des sites est l'un des moyens les plus efficaces pour réduire la perte mondiale de biodiversité. Par conséquent, il est crucial d'identifier ceux des sites où une biodiversité unique doit être conservée immédiatement. À cette fin, le concept de zones de biodiversité clés (ZBK) a été développé, visant à identifier et, en définitive, à garantir que les réseaux de sites d'importance mondiale soient protégés. Cette méthodologie s'appuie sur l'identification des objectifs de conservation des espèces (par la Liste rouge de l'UICN) et s'inscrit dans des approches de conservation à plus grande échelle. Les sites sont sélectionnés à l'aide de critères standardisés, applicables mondialement et basés sur des seuils, guidés par la répartition et la population des espèces nécessitant une conservation au niveau du site. Les critères abordent les deux enjeux clés pour établir les priorités de conservation des sites : la vulnérabilité et l'irremplaçabilité. Nous proposons également des seuils quantitatifs pour l'identification des ZBK répondant à chaque critère, sur la base d'une revue des approches existantes et de la théorie écologique à ce jour. Cependant, ces seuils nécessitent des tests approfondis, en particulier dans les systèmes aquatiques.

@article{doi1016410006356820040541110kbaasc20co2,
    author = "Eken, Güven et Bennun, Leon et Brooks, Thomas M. et Darwall, Will et Fishpool, Lincoln et Foster, Matt et Knox, David et Langhammer, Penny F. et Matiku, Paul et Radford, Elizabeth A. et Salaman, Paul et Sechrest, Wes et Smith, Michael L. et Spector, Sacha et Tordoff, Andrew W.",
    title = "Zones de biodiversité clés comme objectifs de conservation des sites",
    year = "2004",
    journal = "BioScience",
    abstract = "La conservation des sites est l'un des moyens les plus efficaces pour réduire la perte mondiale de biodiversité. Par conséquent, il est crucial d'identifier ceux des sites où une biodiversité unique doit être conservée immédiatement. À cette fin, le concept de zones de biodiversité clés (ZBK) a été développé, visant à identifier et, en définitive, à garantir que les réseaux de sites d'importance mondiale soient protégés. Cette méthodologie s'appuie sur l'identification des objectifs de conservation des espèces (par la Liste rouge de l'UICN) et s'inscrit dans des approches de conservation à plus grande échelle. Les sites sont sélectionnés à l'aide de critères standardisés, applicables mondialement et basés sur des seuils, guidés par la répartition et la population des espèces nécessitant une conservation au niveau du site. Les critères abordent les deux enjeux clés pour établir les priorités de conservation des sites : la vulnérabilité et l'irremplaçabilité. Nous proposons également des seuils quantitatifs pour l'identification des ZBK répondant à chaque critère, sur la base d'une revue des approches existantes et de la théorie écologique à ce jour. Cependant, ces seuils nécessitent des tests approfondis, en particulier dans les systèmes aquatiques.",
    url = "https://doi.org/10.1641/0006-3568(2004)054[1110:kbaasc]2.0.co;2",
    doi = "10.1641/0006-3568(2004)054[1110:kbaasc]2.0.co;2",
    openalex = "W2154735712"
}

La biodiversité des eaux douces est la priorité de conservation primordiale durant la Décennie internationale de l'action - « Eau pour la vie » - de 2005 à 2015. L'eau douce ne représente que 0,01 % de l'eau du monde et environ 0,8 % de la surface de la Terre, pourtant cette infime fraction de l'eau mondiale abrite au moins 100 000 espèces sur environ 1,8 million - soit près de 6 % de toutes les espèces décrites. Les eaux intérieures et la biodiversité des eaux douces constituent une ressource naturelle précieuse, sur les plans économique, culturel, esthétique, scientifique et éducatif. Leur conservation et leur gestion sont essentielles aux intérêts de tous les êtres humains, nations et gouvernements. Pourtant, ce patrimoine précieux est en crise. Les eaux douces subissent des déclins de biodiversité bien plus importants que ceux observés dans les écosystèmes terrestres les plus touchés, et si les tendances de la demande humaine en eau restent inchangées et que les pertes d'espèces continuent au rythme actuel, la possibilité de conserver une grande partie de la biodiversité restante dans les eaux douces disparaîtra avant la fin de la décennie « Eau pour la vie » en 2015. Pourquoi en est-il ainsi, et que fait-on à ce sujet ? Cet article explore les caractéristiques particulières des habitats d'eau douce et la biodiversité qu'ils abritent, ce qui les rend particulièrement vulnérables aux activités humaines. Nous documentons les menaces pesant sur la biodiversité mondiale des eaux douces sous cinq rubriques : surexploitation ; pollution de l'eau ; modification des débits ; destruction ou dégradation des habitats ; et invasion par des espèces exotiques. Leurs influences combinées et interactives ont entraîné des déclins de populations et une réduction de l'aire de répartition de la biodiversité des eaux douces dans le monde entier. La conservation de la biodiversité est compliquée par la position des rivières et des zones humides dans le paysage en tant que « récepteurs » des effluents liés à l'utilisation des terres, ainsi que par les problèmes posés par l'endémisme et donc l'insubstituabilité. De plus, dans de nombreuses régions du monde, l'eau douce fait l'objet d'une concurrence sévère entre de multiples parties prenantes humaines. La protection de la biodiversité des eaux douces est peut-être le défi ultime de la conservation car elle est influencée par le réseau de drainage en amont, les terres environnantes, la zone riveraine et - dans le cas de la faune aquatique migratrice - les tronçons en aval. De telles conditions préalables sont rarement remplies. Des actions immédiates sont nécessaires là où des opportunités existent pour réserver des écosystèmes de lacs et de rivières intacts au sein de vastes aires protégées. Pour la majeure partie de la surface terrestre mondiale, des arbitrages entre la conservation de la biodiversité des eaux douces et l'utilisation humaine des biens et services écosystémiques sont nécessaires. Nous recommandons de poursuivre les tentatives de freiner la perte d'espèces mais, dans de nombreuses situations, nous exhortons à adopter une position de compromis de gestion pour la conservation de la biodiversité, le fonctionnement et la résilience des écosystèmes, ainsi que les moyens de subsistance des humains, afin de fournir une base viable à long terme pour la conservation des eaux douces. La reconnaissance de ce besoin nécessitera l'adoption d'un nouveau paradigme pour la protection de la biodiversité et la gestion des écosystèmes d'eau douce - un paradigme qui a été appropriément nommé « écologie de réconciliation ».

@article{doi101017s1464793105006950,
    author = "Dudgeon, David et al.",
    title = "Biodiversité des eaux douces : importance, menaces, état et défis de conservation",
    year = "2005",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society",
    abstract = "La biodiversité des eaux douces est la priorité absolue en matière de conservation durant la Décennie internationale de l'action - 'Eau pour la vie' - 2005 à 2015. L'eau douce ne représente que 0,01 % de l'eau mondiale et environ 0,8 % de la surface terrestre, pourtant cette infime fraction de l'eau mondiale abrite au moins 100 000 espèces sur environ 1,8 million, soit près de 6 % de toutes les espèces décrites. Les eaux intérieures et la biodiversité des eaux douces constituent une ressource naturelle précieuse, d'un point de vue économique, culturel, esthétique, scientifique et éducatif. Leur conservation et leur gestion sont essentielles aux intérêts de tous les êtres humains, nations et gouvernements. Pourtant, ce patrimoine précieux est en crise. Les eaux douces connaissent des déclins de biodiversité bien plus importants que ceux observés dans les écosystèmes terrestres les plus touchés, et si les tendances de la demande humaine en eau restent inchangées et que les pertes d'espèces continuent au rythme actuel, l'opportunité de conserver une grande partie de la biodiversité restante dans les eaux douces disparaîtra avant la fin de la décennie 'Eau pour la vie' en 2015. Pourquoi est-ce ainsi, et que fait-on à ce sujet ? Cet article explore les caractéristiques particulières des habitats d'eau douce et la biodiversité qu'ils abritent, ce qui les rend particulièrement vulnérables aux activités humaines. Nous documentons les menaces pesant sur la biodiversité mondiale des eaux douces sous cinq aspects : surexploitation ; pollution de l'eau ; modification des débits ; destruction ou dégradation des habitats ; et invasion par des espèces exotiques. Leurs influences combinées et interactives ont entraîné des déclins de populations et une réduction de l'aire de répartition de la biodiversité des eaux douces dans le monde entier. La conservation de la biodiversité est compliquée par la position des rivières et des zones humides dans le paysage en tant que 'récepteurs' des effluents d'utilisation des terres, et par les problèmes posés par l'endémisme et donc l'insubstituabilité. De plus, dans de nombreuses régions du monde, l'eau douce fait l'objet d'une concurrence sévère entre de multiples parties prenantes humaines. La protection de la biodiversité des eaux douces est peut-être le défi ultime de la conservation car elle est influencée par le réseau de drainage en amont, les terres environnantes, la zone riveraine et - dans le cas de la faune aquatique migratrice - les tronçons en aval. De tels prérequis sont rarement remplis. Des actions immédiates sont nécessaires là où des opportunités existent pour mettre de côté des écosystèmes de lacs et de rivières intacts au sein de vastes zones protégées. Pour la majeure partie de la surface terrestre mondiale, des compromis entre la conservation de la biodiversité des eaux douces et l'utilisation humaine des biens et services écosystémiques sont nécessaires. Nous plaiderons pour la poursuite des tentatives de freiner la perte d'espèces mais, dans de nombreuses situations, nous exhortons à adopter une position de compromis de gestion pour la conservation de la biodiversité, le fonctionnement des écosystèmes et leur résilience, ainsi que les moyens de subsistance des humains afin de fournir une base viable à long terme pour la conservation des eaux douces. La reconnaissance de ce besoin nécessitera l'adoption d'un nouveau paradigme pour la protection de la biodiversité et la gestion des écosystèmes d'eau douce - un paradigme qui a été appropriément nommé 'écologie de réconciliation'.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s1464793105006950",
    doi = "10.1017/s1464793105006950",
    openalex = "W2107140090",
    references = "doi1010079789400958517, doi101007s1053300403700, doi10103835002501, doi101038387253a0, doi101065espr200212142, doi101093acprofoso97801985208630010001, doi101126science1064088, doi101126science1103538, doi101126science27753331808, doi101126science28754591770, doi101126science2895477284, doi1016410006356820010510933teotwa20co2, doi101890040922, doi1023071313099, doi1023072257385, doi105860choice496872"
}

Résumé L'approche dominante en matière de conservation au 20e siècle était la création de zones protégées à partir desquelles les populations étaient exclues. Cependant, dans les années 1980, des approches décentralisées et communautaires en matière de conservation de la biodiversité et de gestion des ressources naturelles ont commencé à se répandre rapidement, en particulier en Afrique australe. Dès le début des années 1990, un fossé grandissant s'est ouvert entre les partisans des approches communautaires en matière de conservation (en particulier la gestion communautaire des ressources naturelles, CBNRM) et ceux qui prônent un retour à des approches plus traditionnelles de préservation de la biodiversité. Ici, nous examinons la croissance du récit communautaire et la reprise ultérieure de ce que nous appelons le mouvement « retour aux barrières ». Nous discutons de l'importance de divers acteurs et d'ensembles d'idées politiques pour cette reprise en Afrique. Les changements de récits ont eu des impacts profonds sur la conservation et la gestion des ressources naturelles, les stratégies de subsistance et les processus politiques. Nous suggérons que le débat politique doit devenir moins formulaire si les résultats doivent être positifs.

@article{doi1010800803941020059666319,
    author = "Hutton, Jon et Adams, William M. et Murombedzi, James",
    title = "Back to the Barriers? Changing Narratives in Biodiversity Conservation",
    year = "2005",
    journal = "Forum for Development Studies",
    abstract = "Résumé L'approche dominante en matière de conservation au 20e siècle était la création de zones protégées à partir desquelles les populations étaient exclues. Cependant, dans les années 1980, des approches décentralisées et communautaires en matière de conservation de la biodiversité et de gestion des ressources naturelles ont commencé à se répandre rapidement, en particulier en Afrique australe. Dès le début des années 1990, un fossé grandissant s'est ouvert entre les partisans des approches communautaires en matière de conservation (en particulier la gestion communautaire des ressources naturelles, CBNRM) et ceux qui prônent un retour à des approches plus traditionnelles de préservation de la biodiversité. Ici, nous examinons la croissance du récit communautaire et la reprise ultérieure de ce que nous appelons le mouvement « retour aux barrières ». Nous discutons de l'importance de divers acteurs et d'ensembles d'idées politiques pour cette reprise en Afrique. Les changements de récits ont eu des impacts profonds sur la conservation et la gestion des ressources naturelles, les stratégies de subsistance et les processus politiques. Nous suggérons que le débat politique doit devenir moins formulaire si les résultats doivent être positifs.",
    url = "https://doi.org/10.1080/08039410.2005.9666319",
    doi = "10.1080/08039410.2005.9666319",
    openalex = "W2039275157",
    references = "doi105860choice330904, openalexw1546506088"
}

Les paiements pour les services environnementaux (PSE) font partie d'un nouveau paradigme de conservation plus direct, reconnaissant explicitement la nécessité de concilier les intérêts des propriétaires fonciers et des tiers. Des évaluations théoriques éloquentes ont loué les avantages absolus des PSE par rapport aux approches traditionnelles de conservation. Certains projets pilotes de PSE existent dans les tropiques, mais de nombreux praticiens sur le terrain, ainsi que les acheteurs et vendeurs potentiels de services, restent sceptiques à l'égard de ce concept. Cet article vise à aider à démystifier les PSE pour les non-économistes, en commençant par une définition simple et cohérente du terme. Il fournit ensuite des conseils pratiques « comment faire » pour la conception des PSE. Il examine la niche probable des PSE dans le portefeuille des approches de conservation. Cette évaluation repose sur une revue de littérature, combinée à des observations de terrain issues de recherches en Amérique latine et en Asie. Elle conclut que les utilisateurs de services continueront de piloter les PSE, mais leur volonté de payer ne s'accroîtra que si les programmes peuvent démontrer une additionnalité claire par rapport à des lignes de base soigneusement établies, si les processus de renforcement de la confiance avec les prestataires de services sont maintenus, et si la dynamique des moyens d'existence des bénéficiaires des PSE est mieux comprise. Les PSE conviennent le mieux aux scénarios de menaces intermédiaires et/ou projetées, souvent dans des terres marginales avec des coûts d'opportunité de conservation modérés. Les personnes confrontées à une dégradation environnementale crédible mais de taille moyenne sont plus susceptibles de devenir bénéficiaires des PSE que celles vivant en relative harmonie avec la Nature. Le choix entre les paiements en espèces et en nature des PSE est fortement dépendant du contexte. Les bénéficiaires pauvres des PSE sont susceptibles de bénéficier de leur participation, bien que leur accès puisse être contraint et les pauvres sans terre non participants pourraient y perdre. Les PSE constituent une approche de conservation très prometteuse qui peut bénéficier aux acheteurs et vendeurs et améliorer la base de ressources, mais il est peu probable qu'ils surpassent complètement les autres instruments de conservation.

@book{doi1017528cifor001760,
    author = "Wunder, Sven",
    title = "Payments for environmental services: some nuts and bolts",
    year = "2005",
    booktitle = "Center for International Forestry Research (CIFOR) eBooks",
    abstract = "Payments for environmental services (PES) are part of a new and more direct conservation paradigm, explicitly recognizing the need to bridge the interests of landowners and outsiders. Eloquent theoretical assessments have praised the absolute advantages of PES over traditional conservation approaches. Some pilot PES exist in the tropics, but many field practitioners and prospective service buyers and sellers remain skeptical about the concept. This paper aims to help demystify PES for non-economists, starting with a simple and coherent definition of the term. It then provides practical 'how-to' hints for PES design. It considers the likely niche for PES in the portfolio of conservation approaches. This assessment is based on a literature review, combined with field observations from research in Latin America and Asia. It concludes that service users will continue to drive PES, but their willingness to pay will only rise if schemes can demonstrate clear additionality vis-à-vis carefully established baselines, if trust-building processes with service providers are sustained, and PES recipients' livelihood dynamics is better understood. PES best suits intermediate and/or projected threat scenarios, often in marginal lands with moderate conservation opportunity costs. People facing credible but medium-sized environmental degradation are more likely to become PES recipients than those living in relative harmony with Nature. The choice between PES cash and in-kind payments is highly context-dependent. Poor PES recipients are likely to gain from participation, though their access might be constrained and non-participating landless poor could lose out. PES is a highly promising conservation approach that can benefit buyers, sellers and improve the resource base, but it is unlikely to completely outstrip other conservation instruments.",
    url = "https://doi.org/10.17528/cifor/001760",
    doi = "10.17528/cifor/001760",
    openalex = "W1836765585"
}

@article{doi101016jtree200611004,
    author = "Bickford, David et Lohman, David J. et Sodhi, Navjot S. et Ng, Peter K. L. et Meier, Rudolf et Winker, Kevin et Ingram, Krista K. et Das, Indraneil",
    title = "Cryptic species as a window on diversity and conservation",
    year = "2006",
    journal = "Trends in Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.tree.2006.11.004",
    doi = "10.1016/j.tree.2006.11.004",
    openalex = "W2116226846",
    references = "doi1010079781461523819, doi101016jtree200501003, doi10103835059215, doi101073pnas0406166101, doi101098rspb20022218, doi101146annurevecolsys34012103144032, doi101146annureves24110193001201, doi101146annureves25110194002555, doi104159harvard9780674865327, doi107312steb94536"
}

Résumé Comme récemment soutenu dans le Forum for Development Studies, une approche « retour aux barrières » de la conservation de la biodiversité est à nouveau prévalente, après quelque deux décennies d'accent mis sur les initiatives « communautaires ». Cela implique la création et l'expansion de parcs nationaux à partir desquels les populations sont de diverses manières exclues. Dans cet article, cependant, je suggère que les approches communautaires telles que la Gestion Communautaire des Ressources Naturelles (GCRN) restent importantes, et constituent à bien des égards simplement l'autre face de la même pièce de la pratique de conservation moderne sous le cadre de valeurs politiques, économiques et culturelles du néolibéralisme. Mon objectif est de mettre en évidence certaines conceptualisations et rationalisations partagées concernant les perceptions de « l'environnement » et des relations entre les personnes et l'environnement qui informent ces deux grandes orientations politiques et pratiques vers la « conservation de la biodiversité ». L'article s'appuie ainsi sur une analyse foucaldienne pour « problématiser » l'épistémè néolibérale contemporaine et mondialisée au sein de laquelle ces deux approches sont produites ; et pour ouvrir un espace où des orientations (vers « l'environnement ») qui sont « autres » et ainsi silenciees par ce cadre pourraient être articulées.

@article{doi1010800803941020069666337,
    author = "Sullivan, Sian",
    title = "L'éléphant dans la pièce ? Problématiser la « nouvelle » (néolibérale) conservation de la biodiversité",
    year = "2006",
    journal = "Forum for Development Studies",
    abstract = "Résumé Comme récemment soutenu dans le Forum for Development Studies, une approche « retour aux barrières » de la conservation de la biodiversité est à nouveau prévalente, après quelque deux décennies d'accent mis sur les initiatives « communautaires ». Cela implique la création et l'expansion de parcs nationaux à partir desquels les populations sont de diverses manières exclues. Dans cet article, cependant, je suggère que les approches communautaires telles que la Gestion Communautaire des Ressources Naturelles (GCRN) restent importantes, et constituent à bien des égards simplement l'autre face de la même pièce de la pratique de conservation moderne sous le cadre de valeurs politiques, économiques et culturelles du néolibéralisme. Mon objectif est de mettre en évidence certaines conceptualisations et rationalisations partagées concernant les perceptions de « l'environnement » et des relations entre les personnes et l'environnement qui informent ces deux grandes orientations politiques et pratiques vers la « conservation de la biodiversité ». L'article s'appuie ainsi sur une analyse foucaldienne pour « problématiser » l'épistémè néolibérale contemporaine et mondialisée au sein de laquelle ces deux approches sont produites ; et pour ouvrir un espace où des orientations (vers « l'environnement ») qui sont « autres » et ainsi silenciees par ce cadre pourraient être articulées.",
    url = "https://doi.org/10.1080/08039410.2006.9666337",
    doi = "10.1080/08039410.2006.9666337",
    openalex = "W2028878025",
    references = "openalexw1497677346"
}

Un nombre croissant de disciplines appliquées utilisent des cadres fondés sur les preuves pour examiner et diffuser l'efficacité des interventions de gestion et de politique. La raison en est que l'accessibilité accrue aux meilleures preuves disponibles fournira une plateforme plus efficace et moins biaisée pour la prise de décision. Nous soutenons qu'il existe des avantages significatifs pour la conservation en utilisant un tel cadre, mais la communauté scientifique doit entreprendre et diffuser davantage d'examens systématiques avant que les avantages complets ne puissent être réalisés. Nous avons élaboré un ensemble de directives pour mener un examen systématique formalisé, basé sur un modèle de services de santé. Les étapes des directives incluent la planification et la réalisation d'un examen, y compris la formation du protocole, la stratégie de recherche, l'inclusion des données, l'extraction des données et l'analyse. La diffusion de l'examen est abordée en termes de développements actuels et de plans futurs pour une bibliothèque ouverte en ligne. Par l'utilisation d'études de cas, nous mettons en évidence des modifications critiques aux directives pour la formulation du protocole, l'évaluation de la qualité des données, l'extraction des données et la synthèse des données pour la conservation et la gestion de l'environnement. Les données écologiques ont présenté des défis importants mais solubles pour le processus d'examen systématique, en particulier en termes de quantité, d'accessibilité et de qualité diverse des données disponibles. Dans le domaine de la conservation et de la gestion de l'environnement, il est nécessaire d'impliquer davantage les scientifiques et les praticiens pour développer et assumer la propriété d'un cadre fondé sur les preuves.

@article{doi101111j15231739200600485x,
    author = "Pullin, Andrew S. et Stewart, Gavin",
    title = "Guidelines for Systematic Review in Conservation and Environmental Management",
    year = "2006",
    journal = "Conservation Biology",
    abstract = "Un nombre croissant de disciplines appliquées utilisent des cadres fondés sur les preuves pour examiner et diffuser l'efficacité des interventions de gestion et de politique. La raison en est que l'accessibilité accrue aux meilleures preuves disponibles fournira une plateforme plus efficace et moins biaisée pour la prise de décision. Nous soutenons qu'il existe des avantages significatifs pour la conservation en utilisant un tel cadre, mais la communauté scientifique doit entreprendre et diffuser davantage d'examens systématiques avant que les avantages complets ne puissent être réalisés. Nous avons élaboré un ensemble de directives pour mener un examen systématique formalisé, basé sur un modèle de services de santé. Les étapes des directives incluent la planification et la réalisation d'un examen, y compris la formation du protocole, la stratégie de recherche, l'inclusion des données, l'extraction des données et l'analyse. La diffusion de l'examen est abordée en termes de développements actuels et de plans futurs pour une bibliothèque ouverte en ligne. Par l'utilisation d'études de cas, nous mettons en évidence des modifications critiques aux directives pour la formulation du protocole, l'évaluation de la qualité des données, l'extraction des données et la synthèse des données pour la conservation et la gestion de l'environnement. Les données écologiques ont présenté des défis importants mais solubles pour le processus d'examen systématique, en particulier en termes de quantité, d'accessibilité et de qualité diverse des données disponibles. Dans le domaine de la conservation et de la gestion de l'environnement, il est nécessaire d'impliquer davantage les scientifiques et les praticiens pour développer et assumer la propriété d'un cadre fondé sur les preuves.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1523-1739.2006.00485.x",
    doi = "10.1111/j.1523-1739.2006.00485.x",
    openalex = "W2027094073",
    references = "doi101001jama199503520290060030, doi101001jama2735408, doi101001jama282111054, doi1010029781119536604, doi101016019724569400031w, doi101016jtree200403018, doi101177001316446002000104, doi1023071164691, doi1023072533295, openalexw612372977"
}

Les paiements pour les services environnementaux (PSE) représentent un nouveau moyen plus direct de promouvoir la conservation. Ils reconnaissent explicitement la nécessité de résoudre des compromis difficiles en reliant les intérêts des propriétaires fonciers et des acteurs externes par le biais de compensations. Les évaluations théoriques louent les avantages des PSE par rapport aux approches indirectes, mais dans les tropiques, l'application des PSE est restée embryonnaire. Ici, je vise à démystifier les PSE et à clarifier leur champ d'application en tant qu'outil de conservation tropicale. Je me concentre sur l'offre de PSE (c'est-à-dire comment convertir le financement des PSE en conservation effective sur le terrain), qui a été largement négligée jusqu'à présent. J'ai examiné la littérature sur les PSE pour les pays en développement et combiné ces résultats avec des observations issues de mes propres études de terrain en Amérique latine et en Asie. Un schéma de PSE, simplement défini, est un accord volontaire et conditionnel entre au moins un « vendeur » et un « acheteur » concernant un service environnemental bien défini – ou une utilisation des terres censée produire ce service. Les principaux obstacles aux PSE efficaces incluent les limitations de la demande et un manque de savoir-faire de l'offre concernant la mise en œuvre. La conception des programmes de PSE peut être améliorée en définissant explicitement les lignes de base, en calculant les coûts d'opportunité de la conservation, en personnalisant les modalités de paiement et en ciblant les agents disposant de droits fonciers crédibles et de menaces pour la conservation. L'expansion des PSE peut se produire si les schémas peuvent démontrer une additionnalité claire (c'est-à-dire des effets de conservation incrémentaux par rapport aux lignes de base prédéfinies), si les dynamiques de subsistance des bénéficiaires des PSE sont mieux comprises, et si les objectifs d'efficacité sont équilibrés avec des considérations d'équité. Les PSE sont probablement les mieux adaptés aux scénarios de coûts d'opportunité de conservation modérés sur les terres marginales et dans des contextes présentant des menaces émergentes, non encore réalisées. Les acteurs qui représentent des menaces crédibles pour l'environnement recevront plus probablement des PSE que ceux qui vivent déjà en harmonie avec la nature. Un schéma de PSE peut ainsi bénéficier à la fois aux acheteurs et aux vendeurs tout en améliorant la base de ressources, mais il est peu probable qu'il remplace entièrement d'autres instruments de conservation.

@article{doi101111j15231739200600559x,
    author = "Wunder, Sven",
    title = "The Efficiency of Payments for Environmental Services in Tropical Conservation",
    year = "2006",
    journal = "Conservation Biology",
    abstract = {Payments for environmental services (PES) represent a new, more direct way to promote conservation. They explicitly recognize the need to address difficult trade-offs by bridging the interests of landowners and external actors through compensations. Theoretical assessments praise the advantages of PES over indirect approaches, but in the tropics PES application has remained incipient. Here I aim to demystify PES and clarify its scope for application as a tool for tropical conservation. I focus on the supply side of PES (i.e., how to convert PES funding into effective conservation on the ground), which until now has been widely neglected. I reviewed the PES literature for developing countries and combined these findings with observations from my own field studies in Latin America and Asia. A PES scheme, simply stated, is a voluntary, conditional agreement between at least one "seller" and one "buyer" over a well-defined environmental service--or a land use presumed to produce that service. Major obstacles to effective PES include demand-side limitations and a lack of supply-side know-how regarding implementation. The design of PES programs can be improved by explicitly outlining baselines, calculating conservation opportunity costs, customizing payment modalities, and targeting agents with credible land claims and threats to conservation. Expansion of PES can occur if schemes can demonstrate clear additionality (i.e., incremental conservation effects vis-à-vis predefined baselines), if PES recipients' livelihood dynamics are better understood, and if efficiency goals are balanced with considerations of fairness. PES are arguably best suited to scenarios of moderate conservation opportunity costs on marginal lands and in settings with emerging, not-yet realized threats. Actors who represent credible threats to the environment will more likely receive PES than those already living in harmony with nature. A PES scheme can thus benefit both buyers and sellers while improving the resource base, but it is unlikely to fully replace other conservation instruments.},
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1523-1739.2006.00559.x",
    doi = "10.1111/j.1523-1739.2006.00559.x",
    openalex = "W2082252945",
    references = "doi101016jagee200401015, doi101037003329091256627, doi101111j09567976200400757x, doi101111j15231739200400077x, doi101126science1078104, doi101126science1097920, doi101126science2915501125, doi101371journalpbio0040105, doi1017528cifor001760, openalexw915666225"
}

Le domaine des politiques de conservation doit adopter des méthodes d'évaluation de programmes à la pointe de la technologie pour déterminer ce qui fonctionne et quand, si nous voulons enrayer le déclin mondial de la biodiversité et améliorer l'efficacité des investissements en matière de conservation.

@article{doi101371journalpbio0040105,
    author = "Ferraro, Paul J. et Pattanayak, Subhrendu K.",
    title = "Money for Nothing? Un appel à l'évaluation empirique des investissements dans la conservation de la biodiversité",
    year = "2006",
    journal = "PLoS Biology",
    abstract = "Le domaine des politiques de conservation doit adopter des méthodes d'évaluation de programmes à la pointe de la technologie pour déterminer ce qui fonctionne et quand, si nous voulons enrayer le déclin mondial de la biodiversité et améliorer l'efficacité des investissements en matière de conservation.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0040105",
    doi = "10.1371/journal.pbio.0040105",
    openalex = "W2027133828"
}

@book{doi10478869781888569797,
    author = "U.S Geological Survey 12201 Sunrise Park Drive, MS-301 Reston, Virginia 20192 et Kolar, Cindy S. et Chapman, Duane et Courtenay, Walter R. et Housel, Christine M. et Williams, James D. et Jennings, Dawn P. et Fish, U.S. et Wildlife Service North Florida Field Office 6620 Southpoint Drive South, Suite 310 Jacksonville, Florida 32216-0958",
    title = "Bigheaded Carps: A Biological Synopsis and Environmental Risk Assessment",
    year = "2007",
    booktitle = "American Fisheries Society eBooks",
    url = "https://doi.org/10.47886/9781888569797",
    doi = "10.47886/9781888569797",
    openalex = "W64675103"
}

"Les actions visant à conserver la biodiversité, en particulier par la création d'aires protégées (AP), sont intrinsèquement politiques. L'écologie politique est un domaine d'étude qui embrasse les interactions entre la manière dont la nature est comprise et la politique et les impacts de l'action environnementale. Cet article explore l'écologie politique de la conservation, en particulier l'établissement d'AP. Il examine les implications de l'idée de nature vierge, les impacts sociaux et la politique de l'établissement d'AP, ainsi que la répartition des avantages et des coûts des AP. Il aborde trois enjeux politiques clés de la politique internationale contemporaine de conservation : les droits des peuples autochtones, le lien entre la conservation de la biodiversité et la réduction de la pauvreté, et les arguments de ceux qui plaident pour un retour aux AP conventionnelles qui excluent les populations."

@article{openalexw2117551548,
    author = "Adams, William M. and Hutton, Jon",
    title = "People, Parks and Poverty: Political Ecology and Biodiversity Conservation",
    year = "2007",
    journal = "Digital Library Of The Commons Repository (Indiana University)",
    abstract = {"Action to conserve biodiversity, particularly through the creation of protected areas (PAs), is inherently political. Political ecology is a field of study that embraces the interactions between the way nature is understood and the politics and impacts of environmental action. This paper explores the political ecology of conservation, particularly the establishment of PAs. It discusses the implications of the idea of pristine nature, the social impacts of and the politics of PA establishment and the way the benefits and costs of PAs are allocated. It considers three key political issues in contemporary international conservation policy: the rights of indigenous people, the relationship between biodiversity conservation and the reduction of poverty, and the arguments of those advocating a return to conventional PAs that exclude people."},
    openalex = "W2117551548",
    references = "doi101111j13669516200500143x, doi105860choice330904, openalexw1546506088"
}

Les efforts mondiaux pour conserver la biodiversité ont le potentiel de procurer des avantages économiques aux populations (c'est-à-dire des « services écosystémiques »). Cependant, les régions pour lesquelles la conservation bénéficie à la fois à la biodiversité et aux services écosystémiques ne peuvent être identifiées que si les services écosystémiques peuvent être quantifiés et évalués et si leurs zones de production sont cartographiées. Ici, nous passons en revue la théorie, les données et les analyses nécessaires pour produire de telles cartes et constatons que la disponibilité des données nous permet de quantifier des proxies mondiaux imparfaits pour seulement quatre services écosystémiques. En utilisant cet ensemble incomplet comme illustration, nous comparons les cartes de services écosystémiques aux distributions mondiales des objectifs conventionnels de conservation de la biodiversité. Nos résultats préliminaires montrent que les régions sélectionnées pour maximiser la biodiversité ne fournissent pas plus de services écosystémiques que les régions choisies au hasard. De plus, la concordance spatiale entre différents services, et entre les services écosystémiques et les priorités de conservation établies, varie considérablement. Malgré ce manque de concordance générale, les zones « gagnant-gagnant » — régions importantes à la fois pour les services écosystémiques et la biodiversité — peuvent être utilement identifiées, tant parmi les éco-régions qu'à des échelles plus fines à l'intérieur de celles-ci. Un effort de recherche interdisciplinaire ambitieux est nécessaire pour dépasser ces analyses préliminaires et illustratives afin d'évaluer pleinement les synergies et les compromis dans la conservation de la biodiversité et des services écosystémiques.

@article{doi101073pnas0707823105,
    author = "Naidoo, Robin et Balmford, Andrew et Costanza, Robert et Fisher, Brendan et Green, R. E. et Lehner, Bernhard et Malcolm, Trent R. et Ricketts, Taylor H.",
    title = "Cartographie mondiale des services écosystémiques et des priorités de conservation",
    year = "2008",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = {Les efforts mondiaux pour conserver la biodiversité ont le potentiel de procurer des avantages économiques aux populations (c'est-à-dire des « services écosystémiques »). Cependant, les régions pour lesquelles la conservation bénéficie à la fois à la biodiversité et aux services écosystémiques ne peuvent être identifiées que si les services écosystémiques peuvent être quantifiés et évalués et si leurs zones de production sont cartographiées. Ici, nous passons en revue la théorie, les données et les analyses nécessaires pour produire de telles cartes et constatons que la disponibilité des données nous permet de quantifier des proxies mondiaux imparfaits pour seulement quatre services écosystémiques. En utilisant cet ensemble incomplet comme illustration, nous comparons les cartes de services écosystémiques aux distributions mondiales des objectifs conventionnels de conservation de la biodiversité. Nos résultats préliminaires montrent que les régions sélectionnées pour maximiser la biodiversité ne fournissent pas plus de services écosystémiques que les régions choisies au hasard. De plus, la concordance spatiale entre différents services, et entre les services écosystémiques et les priorités de conservation établies, varie considérablement. Malgré ce manque de concordance générale, les zones « gagnant-gagnant » — régions importantes à la fois pour les services écosystémiques et la biodiversité — peuvent être utilement identifiées, tant parmi les éco-régions qu'à des échelles plus fines à l'intérieur de celles-ci. Un effort de recherche interdisciplinaire ambitieux est nécessaire pour dépasser ces analyses préliminaires et illustratives afin d'évaluer pleinement les synergies et les compromis dans la conservation de la biodiversité et des services écosystémiques.},
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0707823105",
    doi = "10.1073/pnas.0707823105",
    openalex = "W2027370059",
    references = "doi101111j15231739200600559x"
}

Résumé Deux expériences de terrain ont examiné l'efficacité des affiches invitant les clients d'hôtels à participer à un programme de conservation environnementale. Les appels utilisant des normes descriptives (par exemple, « la majorité des clients réutilisent leurs serviettes ») se sont révélés supérieurs à un appel traditionnel largement utilisé par les hôtels, qui se concentrait uniquement sur la protection de l'environnement. De plus, les appels normatifs étaient les plus efficaces lorsqu'ils décrivaient un comportement de groupe survenant dans un contexte correspondant le plus étroitement aux circonstances situationnelles immédiates des individus (par exemple, « la majorité des clients de cette chambre réutilisent leurs serviettes »), ce que nous appelons des normes provinciales. Les implications théoriques et pratiques pour la gestion des efforts proenvironnementaux sont discutées.

@article{doi101086586910,
    author = "Goldstein, Noah J. et Cialdini, Robert B. et Griskevicius, Vladas",
    title = "A Room with a Viewpoint : Utiliser les normes sociales pour motiver la conservation environnementale dans les hôtels",
    year = "2008",
    journal = "Journal of Consumer Research",
    abstract = "Résumé Deux expériences de terrain ont examiné l'efficacité des affiches invitant les clients d'hôtels à participer à un programme de conservation environnementale. Les appels utilisant des normes descriptives (par exemple, « la majorité des clients réutilisent leurs serviettes ») se sont révélés supérieurs à un appel traditionnel largement utilisé par les hôtels, qui se concentrait uniquement sur la protection de l'environnement. De plus, les appels normatifs étaient les plus efficaces lorsqu'ils décrivaient un comportement de groupe survenant dans un contexte correspondant le plus étroitement aux circonstances situationnelles immédiates des individus (par exemple, « la majorité des clients de cette chambre réutilisent leurs serviettes »), ce que nous appelons des normes provinciales. Les implications théoriques et pratiques pour la gestion des efforts proenvironnementaux sont discutées.",
    url = "https://doi.org/10.1086/586910",
    doi = "10.1086/586910",
    openalex = "W2130950828",
    references = "doi101016s0065260108603305, doi101086208911, doi101086209186, doi101086266996, doi101111j14679280200701917x, doi101146annurevpsych55090902142015, doi101177001872675400700202, doi1011770146167296228002, doi1023072089062, openalexw1871433632"
}

L'évaluation de la répartition des espèces constitue une première phase critique des études sur la biodiversité et est nécessaire à de nombreuses disciplines telles que la biogéographie, la biologie de la conservation et l'écologie. Cependant, plusieurs espèces sont difficiles à détecter, en particulier pendant des périodes ou des stades de développement particuliers, ce qui peut biaiser les résultats des études. Ici, nous présentons une approche novatrice, basée sur la persistance limitée de l'ADN dans l'environnement, pour détecter la présence d'une espèce dans l'eau douce. Nous avons utilisé des amorces spécifiques qui amplifient de courtes séquences d'ADN mitochondrial pour suivre la présence d'une grenouille (Rana catesbeiana) dans des environnements contrôlés et des zones humides naturelles. Une approche multi-échantillonnage a permis la détection des espèces dans tous les environnements où elles étaient présentes, même à faible densité. La fiabilité des résultats a été démontrée par l'identification des fragments d'ADN amplifiés, en utilisant des techniques de séquençage traditionnelles et de pyroséquençage parallèle. Puisque l'environnement peut conserver l'empreinte moléculaire des espèces qui y habitent, notre approche permet la détection fiable d'organismes discrets dans les zones humides sans observation directe. Combinée au séquençage massif et au développement de codes-barres d'ADN permettant l'identification des espèces, cette approche ouvre de nouvelles perspectives pour l'évaluation de la biodiversité actuelle à partir d'échantillons environnementaux.

@article{doi101098rsbl20080118,
    author = "Ficetola, Gentile Francesco et Miaud, Claude et Pompanon, François et Taberlet, Pierre",
    title = "Détection des espèces à l'aide d'ADN environnemental provenant d'échantillons d'eau",
    year = "2008",
    journal = "Biology Letters",
    abstract = "L'évaluation de la répartition des espèces constitue une première phase critique des études sur la biodiversité et est nécessaire à de nombreuses disciplines telles que la biogéographie, la biologie de la conservation et l'écologie. Cependant, plusieurs espèces sont difficiles à détecter, en particulier pendant des périodes ou des stades de développement particuliers, ce qui peut biaiser les résultats des études. Ici, nous présentons une approche novatrice, basée sur la persistance limitée de l'ADN dans l'environnement, pour détecter la présence d'une espèce dans l'eau douce. Nous avons utilisé des amorces spécifiques qui amplifient de courtes séquences d'ADN mitochondrial pour suivre la présence d'une grenouille (Rana catesbeiana) dans des environnements contrôlés et des zones humides naturelles. Une approche multi-échantillonnage a permis la détection des espèces dans tous les environnements où elles étaient présentes, même à faible densité. La fiabilité des résultats a été démontrée par l'identification des fragments d'ADN amplifiés, en utilisant des techniques de séquençage traditionnelles et de pyroséquençage parallèle. Puisque l'environnement peut conserver l'empreinte moléculaire des espèces qui y habitent, notre approche permet la détection fiable d'organismes discrets dans les zones humides sans observation directe. Combinée au séquençage massif et au développement de codes-barres d'ADN permettant l'identification des espèces, cette approche ouvre de nouvelles perspectives pour l'évaluation de la biodiversité actuelle à partir d'échantillons environnementaux.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rsbl.2008.0118",
    doi = "10.1098/rsbl.2008.0118",
    openalex = "W2131545754",
    references = "doi101038nature03959, doi101046j14610248200100230x, doi101093nar24163189, doi101093nargkl938, doi101111j13652664200601227x, doi101126science1084114, doi101126science1093857, doi101126science28954821139b, doi105860choice421547, openalexw1513215516"
}

Un lexique standard constitue une base essentielle pour toute science. Tout projet de conservation donné peut être décrit en fonction des objectifs de biodiversité, des menaces directes, des facteurs contributifs sur le site du projet et des actions de conservation que l'équipe du projet met en œuvre pour modifier la situation. Ces éléments communs peuvent être reliés dans une chaîne causale, qui représente une théorie du changement sur la manière dont les actions de conservation sont destinées à produire les résultats de projet souhaités. Si les équipes de projets souhaitent décrire et partager leur travail et apprendre les unes des autres, elles ont besoin d'un lexique standard et précis pour décrire spécifiquement chaque maillon de cette chaîne. À ce jour, plusieurs efforts indépendants ont été déployés pour développer des classifications standard des menaces directes qui affectent la biodiversité et des actions de conservation nécessaires pour contrer ces menaces. Reconnaissant qu'il est beaucoup plus efficace de n'avoir qu'un seul schéma global accepté, nous avons fusionné ces efforts séparés en des classifications unifiées des menaces et des actions, que nous présentons ici. Chaque classification est une liste hiérarchique de termes et de définitions associées. Les classifications sont exhaustives et exclusives aux niveaux supérieurs de la hiérarchie, extensibles aux niveaux inférieurs, et simples, cohérentes et évolutives à tous les niveaux. Nous avons testé ces classifications en les appliquant a posteriori à 1191 espèces d'oiseaux menacées et à 737 projets de conservation. Presque toutes les menaces et actions pouvaient être assignées aux nouveaux systèmes de classification, sauf dans certains cas manquant d'informations détaillées. De plus, les nouveaux systèmes de classification ont fourni une méthode améliorée pour analyser et comparer les informations entre projets par rapport aux systèmes antérieurs. Nous croyons que l'adoption généralisée de ces classifications aidera les praticiens à identifier plus systématiquement les menaces et les actions appropriées, les gestionnaires à définir plus efficacement les priorités et allouer les ressources, et, surtout, faciliter l'apprentissage interprojets et le développement d'une science systématique de la conservation.

@article{doi101111j15231739200800937x,
    author = "Salafsky, Nick et Salzer, Daniel W. et Stattersfield, Alison J. et Hilton‐Taylor, Craig et Neugarten, Rachel et Butchart, Stuart H. M. et Collen, Ben et Cox, Neil A. et Master, Lawrence L. et O’Connor, Sheila et Wilkie, David",
    title = "A Standard Lexicon for Biodiversity Conservation: Unified Classifications of Threats and Actions",
    year = "2008",
    journal = "Conservation Biology",
    abstract = "Un lexique standard constitue une base essentielle pour toute science. Tout projet de conservation donné peut être décrit en fonction des objectifs de biodiversité, des menaces directes, des facteurs contributifs sur le site du projet et des actions de conservation que l'équipe du projet met en œuvre pour modifier la situation. Ces éléments communs peuvent être reliés dans une chaîne causale, qui représente une théorie du changement sur la manière dont les actions de conservation sont destinées à produire les résultats de projet souhaités. Si les équipes de projets souhaitent décrire et partager leur travail et apprendre les unes des autres, elles ont besoin d'un lexique standard et précis pour décrire spécifiquement chaque maillon de cette chaîne. À ce jour, plusieurs efforts indépendants ont été déployés pour développer des classifications standard des menaces directes qui affectent la biodiversité et des actions de conservation nécessaires pour contrer ces menaces. Reconnaissant qu'il est beaucoup plus efficace de n'avoir qu'un seul schéma global accepté, nous avons fusionné ces efforts séparés en des classifications unifiées des menaces et des actions, que nous présentons ici. Chaque classification est une liste hiérarchique de termes et de définitions associées. Les classifications sont exhaustives et exclusives aux niveaux supérieurs de la hiérarchie, extensibles aux niveaux inférieurs, et simples, cohérentes et évolutives à tous les niveaux. Nous avons testé ces classifications en les appliquant a posteriori à 1191 espèces d'oiseaux menacées et à 737 projets de conservation. Presque toutes les menaces et actions pouvaient être assignées aux nouveaux systèmes de classification, sauf dans certains cas manquant d'informations détaillées. De plus, les nouveaux systèmes de classification ont fourni une méthode améliorée pour analyser et comparer les informations entre projets par rapport aux systèmes antérieurs. Nous croyons que l'adoption généralisée de ces classifications aidera les praticiens à identifier plus systématiquement les menaces et les actions appropriées, les gestionnaires à définir plus efficacement les priorités et allouer les ressources, et, surtout, faciliter l'apprentissage interprojets et le développement d'une science systématique de la conservation.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1523-1739.2008.00937.x",
    doi = "10.1111/j.1523-1739.2008.00937.x",
    openalex = "W2068031289",
    references = "doi101111j15231739200600485x"
}

@article{doi101016jbiocon200902021,
    author = "Ribeiro, Milton Cézar et Metzger, Jean Paul et Martensen, Alexandre Camargo et Ponzoni, Flávio Jorge et Hirota, Márcia Makiko",
    title = "La forêt atlantique brésilienne : combien reste-t-il et comment la forêt restante est-elle distribuée ? Implications pour la conservation",
    year = "2009",
    journal = "Biological Conservation",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.biocon.2009.02.021",
    doi = "10.1016/j.biocon.2009.02.021",
    openalex = "W2104462056",
    references = "doi101016jbiocon200602019, doi101111j14610248200701114x"
}

@article{doi101016jecolecon200911006,
    author = "Muradian, Roldán et Corbera, Esteve et Pascual, Unai et Kosoy, Nicolás et May, Peter H.",
    title = "Réconcilier théorie et pratique : Un cadre conceptuel alternatif pour comprendre les paiements pour services environnementaux",
    year = "2009",
    journal = "Ecological Economics",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ecolecon.2009.11.006",
    doi = "10.1016/j.ecolecon.2009.11.006",
    openalex = "W2117386630",
    references = "doi101111j15231739200600559x"
}

@article{doi101007s1066101015825,
    author = "Conrad, Cathy et Hilchey, Krista G.",
    title = "A review of citizen science and community-based environmental monitoring: issues and opportunities",
    year = "2010",
    journal = "Environmental Monitoring and Assessment",
    url = "https://doi.org/10.1007/s10661-010-1582-5",
    doi = "10.1007/s10661-010-1582-5",
    openalex = "W2152608856"
}

Pourquoi les gens achètent-ils des produits « verts » pro-environnementaux ? Nous soutenons que l'achat de tels produits peut être interprété comme altruiste, car les produits verts coûtent souvent plus cher et sont de moindre qualité que leurs équivalents conventionnels, mais les biens verts profitent à l'environnement pour tous. Parce que les biologistes ont observé que l'altruisme pourrait fonctionner comme un « signal coûteux » associé au statut, nous avons examiné dans 3 expériences comment les motivations liées au statut influençaient le désir de produits verts. L'activation des motivations liées au statut a conduit les gens à choisir des produits verts plutôt que des produits non verts plus luxueux. Soutenant l'idée que l'altruisme signale sa volonté et sa capacité à supporter des coûts pour le bénéfice des autres, les motivations liées au statut ont augmenté le désir de produits verts lors d'achats en public (mais pas en privé) et lorsque les produits verts coûtaient plus cher (mais pas moins) que les produits non verts. Les résultats suggèrent que la compétition pour le statut peut être utilisée pour promouvoir les comportements pro-environnementaux.

@article{doi101037a0017346,
    author = "Griskevicius, Vladas et Tybur, Joshua M. et den Bergh, Bram Van",
    title = "Going green to be seen : Status, réputation et conservation ostentatoire.",
    year = "2010",
    journal = "Journal of Personality and Social Psychology",
    abstract = {Pourquoi les gens achètent-ils des produits « verts » pro-environnementaux ? Nous soutenons que l'achat de tels produits peut être interprété comme altruiste, car les produits verts coûtent souvent plus cher et sont de moindre qualité que leurs équivalents conventionnels, mais les biens verts profitent à l'environnement pour tous. Parce que les biologistes ont observé que l'altruisme pourrait fonctionner comme un « signal coûteux » associé au statut, nous avons examiné dans 3 expériences comment les motivations liées au statut influençaient le désir de produits verts. L'activation des motivations liées au statut a conduit les gens à choisir des produits verts plutôt que des produits non verts plus luxueux. Soutenant l'idée que l'altruisme signale sa volonté et sa capacité à supporter des coûts pour le bénéfice des autres, les motivations liées au statut ont augmenté le désir de produits verts lors d'achats en public (mais pas en privé) et lorsque les produits verts coûtaient plus cher (mais pas moins) que les produits non verts. Les résultats suggèrent que la compétition pour le statut peut être utilisée pour promouvoir les comportements pro-environnementaux.},
    url = "https://doi.org/10.1037/a0017346",
    doi = "10.1037/a0017346",
    openalex = "W2157399030",
    references = "doi101086586910, doi101111j154045601994tb02420x"
}

De nombreux services fournis par la nature sont des externalités. La théorie économique suggère qu'une forme de subvention ou de contrat entre les bénéficiaires et les prestataires pourrait entraîner une offre optimale de services environnementaux. De plus, si les pauvres possèdent des ressources qui leur confèrent un avantage comparatif dans l'offre de services environnementaux, alors les paiements pour services environnementaux (PSE) peuvent améliorer les résultats environnementaux et de lutte contre la pauvreté. Bien que la théorie soit relativement simple, la pratique ne l'est pas, en particulier dans les pays en développement où les institutions sont faibles. Cet article passe en revue la littérature empirique sur l'additionnalité des PSE en se demandant : « Les paiements fournissent-ils des services environnementaux, toutes choses étant égales par ailleurs, ou, du moins, les changements d'utilisation des sols censés générer des services environnementaux ? » Nous examinons à la fois des études de cas qualitatives et des analyses économétriques quasi-expérimentales rigoureuses. Nous constatons que les PSE coordonnés par le gouvernement ont entraîné un recul modeste ou nul de la déforestation. Les études de cas de petits schémas de PSE financés par les utilisateurs affirment des impacts plus substantiels, mais peu de ces études éliminent les explications rivales des effets positifs. Nous concluons en discutant de la manière dont le manque de preuves concernant les impacts des PSE et les questions sans réponse sur les préconditions institutionnelles et le « crowding out » motivationnel limitent les perspectives d'utilisation des paiements internationaux au carbone pour réduire les émissions provenant de la déforestation et de la dégradation.

@article{doi101093reepreq006,
    author = "Pattanayak, Subhrendu K. et Wunder, Sven et Ferraro, Paul J.",
    title = "Show Me the Money : Do Payments Supply Environmental Services in Developing Countries ?",
    year = "2010",
    journal = "Review of Environmental Economics and Policy",
    abstract = "De nombreux services fournis par la nature sont des externalités. La théorie économique suggère qu'une forme de subvention ou de contrat entre les bénéficiaires et les prestataires pourrait entraîner une offre optimale de services environnementaux. De plus, si les pauvres possèdent des ressources qui leur confèrent un avantage comparatif dans l'offre de services environnementaux, alors les paiements pour services environnementaux (PSE) peuvent améliorer les résultats environnementaux et de lutte contre la pauvreté. Bien que la théorie soit relativement simple, la pratique ne l'est pas, en particulier dans les pays en développement où les institutions sont faibles. Cet article passe en revue la littérature empirique sur l'additionnalité des PSE en se demandant : « Les paiements fournissent-ils des services environnementaux, toutes choses étant égales par ailleurs, ou, du moins, les changements d'utilisation des sols censés générer des services environnementaux ? » Nous examinons à la fois des études de cas qualitatives et des analyses économétriques quasi-expérimentales rigoureuses. Nous constatons que les PSE coordonnés par le gouvernement ont entraîné un recul modeste ou nul de la déforestation. Les études de cas de petits schémas de PSE financés par les utilisateurs affirment des impacts plus substantiels, mais peu de ces études éliminent les explications rivales des effets positifs. Nous concluons en discutant de la manière dont le manque de preuves concernant les impacts des PSE et les questions sans réponse sur les préconditions institutionnelles et le « crowding out » motivationnel limitent les perspectives d'utilisation des paiements internationaux au carbone pour réduire les émissions provenant de la déforestation et de la dégradation.",
    url = "https://doi.org/10.1093/reep/req006",
    doi = "10.1093/reep/req006",
    openalex = "W2157805396",
    references = "doi101111j15231739200600559x"
}

En utilisant des données pour 25 780 espèces catégorisées sur la Liste rouge de l'Union internationale pour la conservation de la nature, nous présentons une évaluation de l'état des vertébrés du monde. Un cinquième des espèces est classé comme En danger, et nous montrons que ce chiffre augmente : en moyenne, 52 espèces de mammifères, d'oiseaux et d'amphibiens passent d'une catégorie vers l'extinction chaque année. Cependant, ce schéma global cache l'impact des succès de la conservation, et nous montrons que le taux de détérioration aurait été au moins un cinquième de plus en l'absence de ceux-ci. Néanmoins, les efforts de conservation actuels restent insuffisants pour compenser les principaux moteurs de la perte de biodiversité dans ces groupes : l'expansion agricole, la déforestation, la surexploitation et les espèces exotiques envahissantes.

@article{doi101126science1194442,
    author = "Hoffmann, Michael and Hilton‐Taylor, Craig and Angulo, Ariadne and Böhm, Monika and Brooks, Thomas M. and Butchart, Stuart H. M. and Carpenter, Kent E. and Chanson, Janice and Collen, Ben and Cox, Neil A. and Darwall, William and Dulvy, Nicholas K. and Harrison, Lucy R. and Katariya, Vineet and Pollock, Caroline M. and Quader, Suhel and Richman, Nadia I. and Rodrigues, Ana S. L. and Tognelli, Marcelo F. and Vié, Jean-Christophe and Aguiar, John M. and Allen, David J. and Allen, Gerald R. and Amori, Giovanni and Ananjeva, Natalia B. and Andreone, Franco and Andrew, Paul and Ortiz, Aida Luz Aquino and Baillie, Jonathan and Baldi, Ricardo and Bell, Ben D. and Biju, S. D. and Bird, Jeremy P. and Black‐Décima, Patricia and Blanc, Julian and Bolaños, Federico and Bolívar-G, Wilmar and Burfield, Ian J. and Burton, James and Capper, David R. and Castro‐Herrera, Fernando and Catullo, Gianluca and Cavanagh, Rachel D. and Channing, Alan and Chao, Ning Labbish and Chenery, Anna M. and Chiozza, Federica and Clausnitzer, Viola and Collar, Nigel and Collett, Leah and Collette, Bruce B. and Fernández, Claudia Fabiola Cortez and Craig, Matthew T. and Crosby, Michael J. and Cumberlidge, Neil and Cuttelod, Annabelle and Derocher, Andrew E. and Diesmos, Arvin C. and Donaldson, John S. and Duckworth, J. W. and Dutson, Guy and Dutta, Sushil Kumar and Emslie, R.H. and Farjon, Aljos and Fowler, Sarah and Freyhof, Jörg and Garshelis, David L. and Gerlach, Justin and Gower, David J. and Grant, Tandora D. and Hammerson, Geoffrey A. and Harris, Richard B. and Heaney, Lawrence R. and Hedges, S. Blair and Hero, Jean‐Marc and Hughes, Baz and Hussain, Syed Ainul and M., Javier Icochea and Inger, Robert F. and Ishii, Nobuo and Iskandar, Djoko T. and Jenkins, Richard K. B. and Kaneko, Yoshio and Kottelat, Maurice and Kovacs, Kit M. and Kuzmin, Sergius L. and Marca, Enrique La and Lamoreux, John F. and Lau, Michael and Lavilla, Esteban O. and Leus, Kristin and Lewison, Rebecca L. and Lichtenstein, Gabriela and Livingstone, Suzanne R. and Lukoschek, Vimoksalehi and Mallon, David and McGowan, Philip J.K. and McIvor, Anna and Moehlman, Patricia D. and Molur, Sanjay",
    title = "The Impact of Conservation on the Status of the World’s Vertebrates",
    year = "2010",
    journal = "Science",
    abstract = "Using data for 25,780 species categorized on the International Union for Conservation of Nature Red List, we present an assessment of the status of the world's vertebrates. One-fifth of species are classified as Threatened, and we show that this figure is increasing: On average, 52 species of mammals, birds, and amphibians move one category closer to extinction each year. However, this overall pattern conceals the impact of conservation successes, and we show that the rate of deterioration would have been at least one-fifth again as much in the absence of these. Nonetheless, current conservation efforts remain insufficient to offset the main drivers of biodiversity loss in these groups: agricultural expansion, logging, overexploitation, and invasive alien species.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1194442",
    doi = "10.1126/science.1194442",
    openalex = "W2111760270",
    references = "doi101098rsbl20070292, doi101111j15231739200801044x, doi1023071223169"
}

Les écosystèmes d'eau douce font partie des habitats les plus menacés de la planète, avec des milliers d'espèces animales connues comme étant menacées ou déjà éteintes. Une surveillance fiable des organismes menacés est cruciale pour des actions de conservation basées sur les données, mais reste un défi en raison de méthodes non standardisées qui dépendent d'une expertise pratique et taxonomique, qui décline rapidement. Ici, nous montrons qu'une diversité d'animaux d'eau douce rares et menacés --représentant les amphibiens, les poissons, les mammifères, les insectes et les crustacés-- peuvent être détectés et quantifiés à partir d'ADN obtenu directement à partir de petits échantillons d'eau de lacs, étangs et ruisseaux. Nous validons avec succès nos résultats dans une expérience contrôlée en mésocosme et montrons que l'ADN devient indétectable dans les 2 semaines suivant le retrait des animaux, indiquant que les traces d'ADN sont presque contemporaines de la présence de l'espèce. Nous démontrons également que des faunes entières d'amphibiens et de poissons peuvent être détectées par séquençage à haut débit de l'ADN extrait de l'eau d'étang. Nos résultats soulignent la nature ubiquitaire des traces d'ADN dans l'environnement et établissent l'ADN environnemental comme un outil pour surveiller les espèces rares et menacées à travers une large gamme de groupes taxonomiques.

@article{doi101111j1365294x201105418x,
    author = "Thomsen, Philip Francis et Kielgast, Jos et Iversen, Lars et Wiuf, Carsten et Rasmussen, Morten et Gilbert, M. Thomas P. et Orlando, Ludovic et Willerslev, Eske",
    title = "Surveillance de la biodiversité aquatique menacée à l'aide de l'ADN environnemental",
    year = "2011",
    journal = "Molecular Ecology",
    abstract = "Les écosystèmes d'eau douce font partie des habitats les plus menacés de la planète, avec des milliers d'espèces animales connues comme étant menacées ou déjà éteintes. Une surveillance fiable des organismes menacés est cruciale pour des actions de conservation basées sur les données, mais reste un défi en raison de méthodes non standardisées qui dépendent d'une expertise pratique et taxonomique, qui décline rapidement. Ici, nous montrons qu'une diversité d'animaux d'eau douce rares et menacés --représentant les amphibiens, les poissons, les mammifères, les insectes et les crustacés-- peuvent être détectés et quantifiés à partir d'ADN obtenu directement à partir de petits échantillons d'eau de lacs, étangs et ruisseaux. Nous validons avec succès nos résultats dans une expérience contrôlée en mésocosme et montrons que l'ADN devient indétectable dans les 2 semaines suivant le retrait des animaux, indiquant que les traces d'ADN sont presque contemporaines de la présence de l'espèce. Nous démontrons également que des faunes entières d'amphibiens et de poissons peuvent être détectées par séquençage à haut débit de l'ADN extrait de l'eau d'étang. Nos résultats soulignent la nature ubiquitaire des traces d'ADN dans l'environnement et établissent l'ADN environnemental comme un outil pour surveiller les espèces rares et menacées à travers une large gamme de groupes taxonomiques.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1365-294x.2011.05418.x",
    doi = "10.1111/j.1365-294x.2011.05418.x",
    openalex = "W2163290397",
    references = "doi101017s1464793105006950, doi101038362709a0, doi101038nature09678, doi101038nrg2626, doi101098rsbl20080118, doi101111j1755263x201000158x, doi101126science2695222347, doi101126science28754591770, doi101186147121051238, doi105860choice496872"
}

Résumé Une gestion efficace des espèces rares, y compris les espèces indigènes menacées et les espèces non indigènes récemment introduites, nécessite la détection de populations à faible densité. Pour les espèces menacées, la détection de la distribution localisée permet d'identifier et de protéger l'habitat critique afin d'améliorer la survie ou le succès reproducteur. De même, la détection précoce d'une invasion naissante par une espèce nuisible augmente la faisabilité de réponses rapides pour éradiquer l'espèce ou contenir sa propagation. Ici, nous démontrons l'efficacité de l'ADN environnemental (ADNe) comme outil de détection dans les environnements d'eau douce. Plus précisément, nous délimitons les fronts d'invasion de deux espèces de carpes asiatiques dans les canaux et voies navigables de la région de Chicago, Illinois, États-Unis. Des comparaisons quantitatives avec les outils traditionnels de surveillance des pêches illustrent la sensibilité supérieure de l'ADNe et révèlent que le risque d'invasion des Grands Lacs laurentiens est imminent.

@article{doi101111j1755263x201000158x,
    author = "Jerde, Christopher L. et Mahon, Andrew R. et Chadderton, W. Lindsay et Lodge, David M.",
    title = "« Sight‐unseen » detection of rare aquatic species using environmental DNA",
    year = "2011",
    journal = "Conservation Letters",
    abstract = "Résumé Une gestion efficace des espèces rares, y compris les espèces indigènes menacées et les espèces non indigènes récemment introduites, nécessite la détection de populations à faible densité. Pour les espèces menacées, la détection de la distribution localisée permet d'identifier et de protéger l'habitat critique afin d'améliorer la survie ou le succès reproducteur. De même, la détection précoce d'une invasion naissante par une espèce nuisible augmente la faisabilité de réponses rapides pour éradiquer l'espèce ou contenir sa propagation. Ici, nous démontrons l'efficacité de l'ADN environnemental (ADNe) comme outil de détection dans les environnements d'eau douce. Plus précisément, nous délimitons les fronts d'invasion de deux espèces de carpes asiatiques dans les canaux et voies navigables de la région de Chicago, Illinois, États-Unis. Des comparaisons quantitatives avec les outils traditionnels de surveillance des pêches illustrent la sensibilité supérieure de l'ADNe et révèlent que le risque d'invasion des Grands Lacs laurentiens est imminent.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1755-263x.2010.00158.x",
    doi = "10.1111/j.1755-263x.2010.00158.x",
    openalex = "W1552342091",
    references = "doi101007s1053000481226, doi101016jtree200502004, doi101016s0006320703001903, doi101093bibbbn017, doi101098rsbl20080118, doi101098rspb20022179, doi101111j17550998200902699x, doi1018901051076120060162035birfup20co2, doi10478869781888569797, openalexw2946440777"
}

@article{doi101002job1820,
    author = "Robertson, Jennifer L. et Barling, Julian",
    title = "Greening organizations through leaders' influence on employees' pro‐environmental behaviors",
    year = "2012",
    journal = "Journal of Organizational Behavior",
    url = "https://doi.org/10.1002/job.1820",
    doi = "10.1002/job.1820",
    openalex = "W2162310951",
    references = "doi101016jjenvp200612002, doi10108013504620220145401, doi101086586910"
}

Duffy (

@article{doi101080104557522012674149,
    author = "Büscher, Bram et Sullivan, Sian et Neves, Katja et Igoe, Jim et Brockington, Dan",
    title = "Vers une critique synthétisée de la conservation de la biodiversité néolibérale",
    year = "2012",
    journal = "Capitalism Nature Socialism",
    abstract = "Duffy (",
    url = "https://doi.org/10.1080/10455752.2012.674149",
    doi = "10.1080/10455752.2012.674149",
    openalex = "W2095184253",
    references = "doi101016s0016718502000891, openalexw1497677346"
}

L'ADN environnemental (eDNA) provenant de vertébrés aquatiques a récemment été utilisé pour estimer la présence d'une espèce. Nous avons émis l'hypothèse que les poissons libèrent de l'ADN dans l'eau à un rythme proportionnel à leur biomasse. Ainsi, la concentration en eDNA d'une espèce cible pourrait être utilisée pour estimer la biomasse de cette espèce. Nous avons développé une méthode d'eDNA pour estimer la biomasse du carpe commun (Cyprinus carpio L.) à l'aide d'expériences en laboratoire et sur le terrain. Dans l'aquarium, la concentration en eDNA a d'abord changé, puis a atteint un équilibre après 6 jours. La température n'a eu aucun effet sur les concentrations en eDNA dans les aquariums. La concentration en eDNA était positivement corrélée à la biomasse du carpe, tant dans les aquariums que dans les étangs expérimentaux. Nous avons utilisé cette méthode pour estimer la biomasse et la distribution du carpe dans une lagune d'eau douce naturelle. Nous avons démontré que la distribution de la concentration en eDNA du carpe était expliquée par la température de l'eau. Nos résultats suggèrent que les données de biomasse estimées à partir de la concentration en eDNA reflètent la distribution potentielle du carpe commun dans l'environnement naturel. Mesurer la concentration en eDNA offre une méthode non invasive, simple et rapide pour estimer la biomasse. Cette méthode pourrait informer les plans de gestion pour la conservation des écosystèmes.

@article{doi101371journalpone0035868,
    author = "Takahara, Teruhiko et Minamoto, Toshifumi et Yamanaka, Hiroki et Doi, Hideyuki et Kawabata, Zen’ichiro",
    title = "Estimation of Fish Biomass Using Environmental DNA",
    year = "2012",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "L'ADN environnemental (eDNA) provenant de vertébrés aquatiques a récemment été utilisé pour estimer la présence d'une espèce. Nous avons émis l'hypothèse que les poissons libèrent de l'ADN dans l'eau à un rythme proportionnel à leur biomasse. Ainsi, la concentration en eDNA d'une espèce cible pourrait être utilisée pour estimer la biomasse de cette espèce. Nous avons développé une méthode d'eDNA pour estimer la biomasse du carpe commun (Cyprinus carpio L.) à l'aide d'expériences en laboratoire et sur le terrain. Dans l'aquarium, la concentration en eDNA a d'abord changé, puis a atteint un équilibre après 6 jours. La température n'a eu aucun effet sur les concentrations en eDNA dans les aquariums. La concentration en eDNA était positivement corrélée à la biomasse du carpe, tant dans les aquariums que dans les étangs expérimentaux. Nous avons utilisé cette méthode pour estimer la biomasse et la distribution du carpe dans une lagune d'eau douce naturelle. Nous avons démontré que la distribution de la concentration en eDNA du carpe était expliquée par la température de l'eau. Nos résultats suggèrent que les données de biomasse estimées à partir de la concentration en eDNA reflètent la distribution potentielle du carpe commun dans l'environnement naturel. Mesurer la concentration en eDNA offre une méthode non invasive, simple et rapide pour estimer la biomasse. Cette méthode pourrait informer les plans de gestion pour la conservation des écosystèmes.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0035868",
    doi = "10.1371/journal.pone.0035868",
    openalex = "W2063726689",
    references = "doi101111j13652427200601592x"
}

Les écosystèmes marins du monde entier sont menacés, de nombreuses espèces et populations de poissons souffrant de la surexploitation humaine. Cela a un impact considérable sur la biodiversité mondiale, l'économie et la santé humaine. Fait intrigant, les poissons marins sont principalement étudiés à l'aide de méthodes sélectives et invasives, qui sont principalement limitées aux espèces commerciales et restreintes à des zones particulières aux conditions favorables. De plus, l'identification erronée des espèces représente un problème majeur. Ici, nous investiguons le potentiel de l'utilisation du métabarcodage de l'ADN environnemental (ADNe) obtenu directement à partir d'échantillons d'eau de mer pour évaluer la biodiversité des poissons marins. Cette approche par ADNe a récemment été utilisée avec succès dans des environnements d'eau douce, mais jamais dans des milieux marins. Nous isolons l'ADNe à partir d'échantillons d'eau de mer de ½ litre collectés dans un écosystème marin tempéré au Danemark. En utilisant le séquençage de nouvelle génération d'amplis PCR, nous obtenons de l'ADNe de 15 espèces de poissons différentes, incluant à la fois des espèces importantes pour la consommation, ainsi que des espèces rarement ou jamais enregistrées par la surveillance conventionnelle. Nous détectons également de l'ADNe d'une espèce vagabonde rare dans la région ; le maquereau commun (Sardina pilchardus). De plus, nous détectons quatre espèces d'oiseaux. Les enregistrements dans les bases de données nationales ont confirmé la présence de toutes les espèces détectées. Pour investiguer l'efficacité de l'approche par ADNe, nous avons comparé ses performances avec 9 méthodes conventionnellement utilisées dans les enquêtes sur les poissons marins. Prometteusement, l'ADNe a couvert la diversité des poissons aussi bien ou mieux que l'une des méthodes conventionnelles appliquées. Notre étude démontre que même de petits échantillons d'eau de mer contiennent de l'ADNe provenant d'une large gamme d'espèces de poissons locales. Enfin, afin d'examiner le potentiel de dispersion de l'ADNe dans les océans, nous avons réalisé une expérience traitant la dégradation de l'ADNe dans l'eau de mer, qui montre que même de petits fragments d'ADNe (100-pb) se dégradent au-delà de la détection en quelques jours. Bien que des études supplémentaires soient nécessaires pour valider l'approche par ADNe dans des conditions environnementales variables, nos résultats fournissent une preuve de concept solide avec de grandes perspectives pour la surveillance future de la biodiversité marine et des ressources.

@article{doi101371journalpone0041732,
    author = "Thomsen, Philip Francis et Kielgast, Jos et Iversen, Lars et Møller, Peter Rask et Rasmussen, Morten et Willerslev, Eske",
    title = "Détection d'une faune de poissons marins diversifiée à l'aide de l'ADN environnemental provenant d'échantillons d'eau de mer",
    year = "2012",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "Les écosystèmes marins du monde entier sont menacés, de nombreuses espèces et populations de poissons souffrant de la surexploitation humaine. Cela a un impact considérable sur la biodiversité mondiale, l'économie et la santé humaine. Fait intrigant, les poissons marins sont principalement étudiés à l'aide de méthodes sélectives et invasives, qui sont principalement limitées aux espèces commerciales et restreintes à des zones particulières aux conditions favorables. De plus, l'identification erronée des espèces représente un problème majeur. Ici, nous investiguons le potentiel de l'utilisation du métabarcodage de l'ADN environnemental (ADNe) obtenu directement à partir d'échantillons d'eau de mer pour évaluer la biodiversité des poissons marins. Cette approche par ADNe a récemment été utilisée avec succès dans des environnements d'eau douce, mais jamais dans des milieux marins. Nous isolons l'ADNe à partir d'échantillons d'eau de mer de ½ litre collectés dans un écosystème marin tempéré au Danemark. En utilisant le séquençage de nouvelle génération d'amplis PCR, nous obtenons de l'ADNe de 15 espèces de poissons différentes, incluant à la fois des espèces importantes pour la consommation, ainsi que des espèces rarement ou jamais enregistrées par la surveillance conventionnelle. Nous détectons également de l'ADNe d'une espèce vagabonde rare dans la région ; le maquereau commun (Sardina pilchardus). De plus, nous détectons quatre espèces d'oiseaux. Les enregistrements dans les bases de données nationales ont confirmé la présence de toutes les espèces détectées. Pour investiguer l'efficacité de l'approche par ADNe, nous avons comparé ses performances avec 9 méthodes conventionnellement utilisées dans les enquêtes sur les poissons marins. Prometteusement, l'ADNe a couvert la diversité des poissons aussi bien ou mieux que l'une des méthodes conventionnelles appliquées. Notre étude démontre que même de petits échantillons d'eau de mer contiennent de l'ADNe provenant d'une large gamme d'espèces de poissons locales. Enfin, afin d'examiner le potentiel de dispersion de l'ADNe dans les océans, nous avons réalisé une expérience traitant la dégradation de l'ADNe dans l'eau de mer, qui montre que même de petits fragments d'ADNe (100-pb) se dégradent au-delà de la détection en quelques jours. Bien que des études supplémentaires soient nécessaires pour valider l'approche par ADNe dans des conditions environnementales variables, nos résultats fournissent une preuve de concept solide avec de grandes perspectives pour la surveillance future de la biodiversité marine et des ressources.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0041732",
    doi = "10.1371/journal.pone.0041732",
    openalex = "W2039133821",
    references = "doi101111j1365294x201105418x, doi101111j1755263x201000158x, doi105860choice501469"
}

@article{doi101016jgloenvcha201305014,
    author = "Klöckner, Christian A.",
    title = "Un modèle complet de la psychologie du comportement environnemental — Une méta-analyse",
    year = "2013",
    journal = "Global Environmental Change",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.gloenvcha.2013.05.014",
    doi = "10.1016/j.gloenvcha.2013.05.014",
    openalex = "W2056753197",
    references = "doi101016jjenvp200612002, doi101086586910, doi1011110022453700175, doi101111j154045601994tb02420x"
}

Les méthodes d'ADN environnemental (ADNe) pour détecter les espèces aquatiques progressent rapidement, mais avec peu d'évaluation des protocoles de terrain ou de la précision des estimations résultantes. Nous avons comparé les résultats d'échantillonnage provenant de méthodes de terrain traditionnelles avec les méthodes d'ADNe pour deux amphibiens dans 13 rivières de l'Idaho central, aux États-Unis. Nous avons également évalué trois protocoles de collecte d'eau et l'influence de l'emplacement d'échantillonnage, de l'heure de la journée et de la distance par rapport aux animaux sur la concentration d'ADNe dans l'eau. Nous n'avons trouvé aucune différence de détection ou de quantité d'ADNe entre les protocoles de collecte d'eau. Les méthodes d'ADNe ont présenté des taux de détection légèrement supérieurs aux méthodes de terrain traditionnelles, en particulier lorsque les espèces se trouvaient à faible densité. La concentration d'ADNe était positivement corrélée à la densité mesurée sur le terrain, à la biomasse et à la proportion de transects occupés. La précision des estimations d'abondance basées sur l'ADNe augmentait avec la quantité d'ADNe dans l'eau et le nombre de sous-échantillons réplicats collectés. La concentration d'ADNe ne variait pas significativement selon l'emplacement d'échantillonnage dans la rivière, l'heure de la journée ou la distance en aval par rapport aux animaux. Nos résultats contribuent davantage à la mise en œuvre des méthodes d'ADNe pour la surveillance des vertébrés aquatiques dans les habitats de rivière.

@article{doi101139cjfas20130047,
    author = "Pilliod, David S. and Goldberg, Caren S. and Arkle, Robert S. and Waits, Lisette P.",
    title = "Estimating occupancy and abundance of stream amphibians using environmental DNA from filtered water samples",
    year = "2013",
    journal = "Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences",
    abstract = "Les méthodes d'ADN environnemental (ADNe) pour détecter les espèces aquatiques progressent rapidement, mais avec peu d'évaluation des protocoles de terrain ou de la précision des estimations résultantes. Nous avons comparé les résultats d'échantillonnage provenant de méthodes de terrain traditionnelles avec les méthodes d'ADNe pour deux amphibiens dans 13 rivières de l'Idaho central, aux États-Unis. Nous avons également évalué trois protocoles de collecte d'eau et l'influence de l'emplacement d'échantillonnage, de l'heure de la journée et de la distance par rapport aux animaux sur la concentration d'ADNe dans l'eau. Nous n'avons trouvé aucune différence de détection ou de quantité d'ADNe entre les protocoles de collecte d'eau. Les méthodes d'ADNe ont présenté des taux de détection légèrement supérieurs aux méthodes de terrain traditionnelles, en particulier lorsque les espèces se trouvaient à faible densité. La concentration d'ADNe était positivement corrélée à la densité mesurée sur le terrain, à la biomasse et à la proportion de transects occupés. La précision des estimations d'abondance basées sur l'ADNe augmentait avec la quantité d'ADNe dans l'eau et le nombre de sous-échantillons réplicats collectés. La concentration d'ADNe ne variait pas significativement selon l'emplacement d'échantillonnage dans la rivière, l'heure de la journée ou la distance en aval par rapport aux animaux. Nos résultats contribuent davantage à la mise en œuvre des méthodes d'ADNe pour la surveillance des vertébrés aquatiques dans les habitats de rivière.",
    url = "https://doi.org/10.1139/cjfas-2013-0047",
    doi = "10.1139/cjfas-2013-0047",
    openalex = "W2000256327",
    references = "doi101016jbiocon201411019, doi101016jbiocon201411038, doi101021es404734p, doi101098rsbl20080118, doi1011111365266412306, doi101111j1365294x201105418x, doi101111j1755263x201000158x, doi101371journalpone0035868, openalexw2054580376"
}

Cet article relie explicitement un corpus croissant de littérature spécifique, l'écologie politique de la conservation, à certains des principaux composants conceptuels souvent négligés issus de l'anthropologie politique et de la géographie (sources de légitimité, gouvernementalité, territorialité ou État-making), de l'économie politique (commoditisation, intégration marchande, marchés de niche ou gentrification), et des études culturelles de l'environnement (transformations culturelles de la nature, patrimoine culturel et paysages, goût et politiques identitaires). Tous ces concepts et domaines littéraires constituent la base de l'analyse sociale contemporaine des politiques de conservation et de leurs conséquences. L'article fournit également une grande bibliographie mise à jour sur les concepts potentiellement pertinents pour une écologie politique de la conservation.

@article{doi102458v20i121748,
    author = "Vaccaro, Ismael et Beltrán, Oriol et Paquet, Pierre",
    title = "Écologie politique et politiques de conservation : quelques généalogies théoriques",
    year = "2013",
    journal = "Journal of Political Ecology",
    abstract = "Cet article relie explicitement un corpus croissant de littérature spécifique, l'écologie politique de la conservation, à certains des principaux composants conceptuels souvent négligés issus de l'anthropologie politique et de la géographie (sources de légitimité, gouvernementalité, territorialité ou État-making), de l'économie politique (commoditisation, intégration marchande, marchés de niche ou gentrification), et des études culturelles de l'environnement (transformations culturelles de la nature, patrimoine culturel et paysages, goût et politiques identitaires). Tous ces concepts et domaines littéraires constituent la base de l'analyse sociale contemporaine des politiques de conservation et de leurs conséquences. L'article fournit également une grande bibliographie mise à jour sur les concepts potentiellement pertinents pour une écologie politique de la conservation.",
    url = "https://doi.org/10.2458/v20i1.21748",
    doi = "10.2458/v20i1.21748",
    openalex = "W2781593193",
    references = "openalexw1497677346"
}

Le déclin continu de la biodiversité terrestre représente une crise majeure et un défi pour le XXIe siècle, et il existe un accord politique international pour ralentir ou arrêter ce déclin. Le défi est en grande partie entravé par le manque de connaissances sur l'état et la répartition de la biodiversité – surtout depuis que la majorité des espèces sur Terre n'ont pas été décrites par la science. Tous les efforts de conservation visant à sauver la biodiversité dépendent essentiellement du suivi des espèces et des populations pour obtenir des modèles de répartition fiables et des estimations de la taille des populations. Ce suivi a traditionnellement reposé sur l'identification physique des espèces par des relevés visuels et le comptage des individus. Cependant, les techniques de suivi traditionnelles restent problématiques en raison des difficultés associées à l'identification correcte des espèces cryptiques ou des stades de vie juvéniles, d'un déclin continu de l'expertise taxonomique, d'un échantillonnage non standardisé et du caractère invasif de certaines techniques de relevé. Par conséquent, il existe un besoin urgent de techniques alternatives et efficaces pour le suivi à grande échelle de la biodiversité. L'ADN environnemental (eDNA) – défini ici comme : matériel génétique obtenu directement à partir d'échantillons environnementaux (sol, sédiment, eau, etc.) sans aucun signe évident de matériel biologique source – est une approche d'échantillonnage efficace, non invasive et facile à standardiser. Couplée à une technologie de séquençage de l'ADN sensible, rentable et en constante amélioration, elle pourrait être un candidat approprié pour le défi du suivi de la biodiversité. L'ADN environnemental a été obtenu à partir d'échantillons anciens ainsi que modernes et englobe la détection d'espèces uniques jusqu'aux analyses d'écosystèmes. La recherche sur l'eDNA a débuté en microbiologie, reconnaissant que les méthodes basées sur la culture faussent grossièrement la diversité microbienne dans la nature. Par la suite, en tant que méthode pour évaluer la diversité des communautés d'organismes macroscopiques, l'eDNA a d'abord été analysée dans les sédiments, révélant de l'ADN d'animaux et de plantes éteints et existants, mais a depuis été obtenu à partir de divers échantillons environnementaux terrestres et aquatiques. Les résultats des approches eDNA ont fourni des aperçus précieux pour l'étude des environnements anciens et se sont avérés utiles pour le suivi de la biodiversité contemporaine dans les écosystèmes terrestres et aquatiques. À l'avenir, nous nous attendons à ce que les approches basées sur l'eDNA passent des analyses à marqueur unique d'espèces ou de communautés aux enquêtes métagénomiques d'écosystèmes entiers pour prédire les modèles spatiaux et temporels de la biodiversité. De telles avancées ont des applications pour une gamme de sciences biologiques, géologiques et environnementales. Ici, nous passons en revue les réalisations obtenues grâce à l'analyse de l'eDNA provenant d'organismes macroscopiques dans un contexte de conservation, et discutons de ses avantages potentiels et limitations pour le suivi de la biodiversité.

@article{doi101016jbiocon201411019,
    author = "Thomsen, Philip Francis et Willerslev, Eske",
    title = "ADN environnemental – Un outil émergent en conservation pour surveiller la biodiversité passée et présente",
    year = "2014",
    journal = "Biological Conservation",
    abstract = "Le déclin continu de la biodiversité sur Terre représente une crise majeure et un défi pour le XXIe siècle, et il existe un accord politique international pour ralentir ou arrêter ce déclin. Le défi est en grande partie entravé par le manque de connaissances sur l'état et la répartition de la biodiversité – surtout depuis que la majorité des espèces sur Terre n'ont pas été décrites par la science. Tous les efforts de conservation visant à sauver la biodiversité dépendent essentiellement de la surveillance des espèces et des populations afin d'obtenir des modèles de répartition fiables et des estimations de la taille des populations. Cette surveillance a traditionnellement reposé sur l'identification physique des espèces par des relevés visuels et le comptage des individus. Cependant, les techniques de surveillance traditionnelles restent problématiques en raison des difficultés associées à l'identification correcte d'espèces cryptiques ou de stades de vie juvéniles, d'un déclin continu de l'expertise taxonomique, d'un échantillonnage non standardisé et du caractère invasif de certaines techniques de relevé. Par conséquent, il existe un besoin urgent de techniques alternatives et efficaces pour la surveillance à grande échelle de la biodiversité. L'ADN environnemental (eDNA) – défini ici comme : matériel génétique obtenu directement à partir d'échantillons environnementaux (sol, sédiment, eau, etc.) sans aucun signe évident de matériel biologique source – est une approche d'échantillonnage efficace, non invasive et facile à standardiser. Couplée à une technologie de séquençage de l'ADN sensible, rentable et en constante amélioration, elle pourrait être un candidat approprié pour le défi de la surveillance de la biodiversité. L'ADN environnemental a été obtenu à partir d'échantillons anciens ainsi que modernes et englobe la détection d'espèces uniques jusqu'aux analyses d'écosystèmes. La recherche sur l'eDNA a été initiée en microbiologie, reconnaissant que les méthodes basées sur la culture faussent grossièrement la diversité microbienne dans la nature. Par la suite, en tant que méthode pour évaluer la diversité des communautés d'organismes macroscopiques, l'eDNA a d'abord été analysée dans les sédiments, révélant de l'ADN d'animaux et de plantes éteints et existants, mais a depuis été obtenu à partir de divers échantillons environnementaux terrestres et aquatiques. Les résultats des approches eDNA ont fourni des aperçus précieux pour l'étude des environnements anciens et se sont avérés utiles pour la surveillance de la biodiversité contemporaine dans les écosystèmes terrestres et aquatiques. À l'avenir, nous nous attendons à ce que les approches basées sur l'eDNA passent des analyses à marqueur unique d'espèces ou de communautés aux enquêtes métagénomiques d'écosystèmes entiers afin de prédire les modèles spatiaux et temporels de la biodiversité. De telles avancées ont des applications pour une gamme de sciences biologiques, géologiques et environnementales. Ici, nous passons en revue les réalisations obtenues grâce à l'analyse de l'eDNA provenant d'organismes macroscopiques dans un contexte de conservation, et discutons de ses avantages potentiels et limitations pour la surveillance de la biodiversité.",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.biocon.2014.11.019",
    doi = "10.1016/j.biocon.2014.11.019",
    openalex = "W2063580733",
    references = "doi101038nature09678, doi101038nature10574, doi101038nature12921, doi101038nmethf303, doi101073pnas0507535103, doi101073pnas0605127103, doi101073pnas1117018109, doi101098rsbl20080118, doi101098rspb20022218, doi101111j1365294x201105418x, doi101111j1365294x201205537x, doi101111j1755263x201000158x, doi101126science1093857, doi101126science1187512, doi101126science1251817, doi101139cjfas20130047, doi101371journalpone0059520, doi101373clinchem2008112797"
}

@article{doi101016jtree201404003,
    author = "Bohmann, Kristine et Evans, Alice et Gilbert, M. Thomas P. et Carvalho, Gary R. et Creer, Simon et Knapp, Michael et Yu, Douglas W. et de Bruyn, Mark",
    title = "Environmental DNA for wildlife biology and biodiversity monitoring",
    year = "2014",
    journal = "Trends in Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.tree.2014.04.003",
    doi = "10.1016/j.tree.2014.04.003",
    openalex = "W1979060637",
    references = "doi101016jtree200809011, doi101038362709a0, doi101038nature12921, doi101038nrmicro2832, doi101098rsbl20030025, doi101098rsbl20080118, doi101111j1365294x201105403x, doi101111j1365294x201105418x, doi101111j1365294x201205470x, doi101111j1365294x201205537x, doi101111j1755263x201000158x, doi101371journalpone0059520"
}

La surveillance de l'ADN environnemental (eDNA) offre de grandes promesses pour améliorer la conservation et la gestion des espèces. Cependant, peu d'études ont examiné la dynamique de l'eDNA dans des conditions naturelles, et les interprétations des résultats de surveillance de l'eDNA sont obscurcies par les incertitudes concernant la dégradation de l'eDNA. Nous avons mené une revue de littérature pour évaluer la compréhension actuelle de la dégradation de l'eDNA dans les systèmes aquatiques et une expérience explorant comment les conditions environnementales peuvent influencer la dégradation de l'eDNA. Des études antérieures ont rapporté une persistance de l'eDNA macrobienne allant de moins d'un jour à plus de deux semaines, sans tentative de quantifier les facteurs affectant la dégradation. En utilisant un dosage PCR quantitatif SYBR Green pour observer la dégradation de l'eDNA du Carpe commun (Cyprinus carpio) dans des mésocosmes de laboratoire, notre taux de détection de l'eDNA du Carpe commun a diminué au fil du temps. La concentration en eDNA du Carpe commun a suivi un modèle de décroissance exponentielle, et les taux de décroissance observés ont dépassé les valeurs précédemment publiées pour l'eDNA macrobienne aquatique. Contrairement à nos attentes, le taux de dégradation de l'eDNA a diminué lorsque la demande biochimique en oxygène, la chlorophylle et la concentration totale en eDNA (c'est-à-dire provenant de tout organisme) ont augmenté. Nos résultats aident à expliquer les estimations précédemment publiées, largement divergentes, pour la dégradation de l'eDNA. Les mesures des conditions environnementales locales, la prise en compte de l'influence environnementale sur la détection de l'eDNA et la quantification des taux locaux de dégradation de l'eDNA aideront à interpréter les futurs résultats de surveillance de l'eDNA.

@article{doi101021es404734p,
    author = "Barnes, Matthew A. et Turner, Cameron R. et Jerde, Christopher L. et Renshaw, Mark A. et Chadderton, W. Lindsay et Lodge, David M.",
    title = "Environmental Conditions Influence eDNA Persistence in Aquatic Systems",
    year = "2014",
    journal = "Environmental Science \& Technology",
    abstract = "La surveillance de l'ADN environnemental (eDNA) offre de grandes promesses pour améliorer la conservation et la gestion des espèces. Cependant, peu d'études ont examiné la dynamique de l'eDNA dans des conditions naturelles, et les interprétations des résultats de surveillance de l'eDNA sont obscurcies par les incertitudes concernant la dégradation de l'eDNA. Nous avons mené une revue de littérature pour évaluer la compréhension actuelle de la dégradation de l'eDNA dans les systèmes aquatiques et une expérience explorant comment les conditions environnementales peuvent influencer la dégradation de l'eDNA. Des études antérieures ont rapporté une persistance de l'eDNA macrobienne allant de moins d'un jour à plus de deux semaines, sans tentative de quantifier les facteurs affectant la dégradation. En utilisant un dosage PCR quantitatif SYBR Green pour observer la dégradation de l'eDNA du Carpe commun (Cyprinus carpio) dans des mésocosmes de laboratoire, notre taux de détection de l'eDNA du Carpe commun a diminué au fil du temps. La concentration en eDNA du Carpe commun a suivi un modèle de décroissance exponentielle, et les taux de décroissance observés ont dépassé les valeurs précédemment publiées pour l'eDNA macrobienne aquatique. Contrairement à nos attentes, le taux de dégradation de l'eDNA a diminué lorsque la demande biochimique en oxygène, la chlorophylle et la concentration totale en eDNA (c'est-à-dire provenant de tout organisme) ont augmenté. Nos résultats aident à expliquer les estimations précédemment publiées, largement divergentes, pour la dégradation de l'eDNA. Les mesures des conditions environnementales locales, la prise en compte de l'influence environnementale sur la détection de l'eDNA et la quantification des taux locaux de dégradation de l'eDNA aideront à interpréter les futurs résultats de surveillance de l'eDNA.",
    url = "https://doi.org/10.1021/es404734p",
    doi = "10.1021/es404734p",
    openalex = "W2329540589",
    references = "doi101139cjfas20130047"
}

La connaissance de la répartition des espèces est essentielle à la gestion écologique et à la biologie de la conservation. Une gestion efficace nécessite la détection des populations, qui peuvent parfois être à faible densité et repose généralement sur la détection visuelle et le comptage. Récemment, un intérêt considérable s'est porté sur la détection de fragments d'ADN environnemental (ADNe) spécifiques à l'espèce courts, afin de permettre le suivi des espèces aquatiques dans différents environnements, en raison du potentiel d'une sensibilité supérieure aux méthodes d'enquête traditionnelles, qui peuvent être chronophages et coûteuses. L'analyse de l'ADN environnemental est de plus en plus utilisée pour la détection d'espèces rares ou invasives et a également été appliquée à des études de persistance de l'ADNe et à des estimations de la biomasse et de la répartition des espèces. Lorsqu'elle est combinée à des méthodes de séquençage de nouvelle génération, il a été démontré que des faunes entières peuvent être identifiées. Différents environnements nécessitent des méthodologies d'échantillonnage différentes, mais il reste des domaines où les méthodologies de laboratoire pourraient être standardisées pour permettre la comparaison des résultats entre études. Synthèse et applications. Nous examinons des études récemment publiées qui utilisent l'ADNe pour surveiller les populations aquatiques, discutons des méthodologies utilisées et de l'application de l'analyse de l'ADNe comme outil d'enquête en écologie. Nous incluons des idées innovantes sur la manière dont l'ADNe peut être utilisé pour la conservation et la gestion, en citant des cas d'étude, par exemple, le potentiel des analyses sur site, y compris l'application de l'analyse de l'ADNe aux plateformes de nanotubes de carbone ou à la spectroscopie de transmission laser pour faciliter des détections rapides sur site. L'utilisation du suivi par ADNe est déjà adoptée au Royaume-Uni pour les enquêtes écologiques.

@article{doi1011111365266412306,
    author = "Rees, Helen C. et Maddison, Ben C. et Middleditch, David J. et Patmore, James R. M. et Gough, Kevin C.",
    title = "REVIEW : La détection des espèces animales aquatiques à l'aide de l'ADN environnemental – une revue de l'ADNe comme outil d'enquête en écologie",
    year = "2014",
    journal = "Journal of Applied Ecology",
    abstract = "La connaissance de la répartition des espèces est essentielle à la gestion écologique et à la biologie de la conservation. Une gestion efficace nécessite la détection des populations, qui peuvent parfois être à faible densité et repose généralement sur la détection visuelle et le comptage. Récemment, un intérêt considérable s'est porté sur la détection de fragments d'ADN environnemental (ADNe) spécifiques à l'espèce courts, afin de permettre le suivi des espèces aquatiques dans différents environnements, en raison du potentiel d'une sensibilité supérieure aux méthodes d'enquête traditionnelles, qui peuvent être chronophages et coûteuses. L'analyse de l'ADN environnemental est de plus en plus utilisée pour la détection d'espèces rares ou invasives et a également été appliquée à des études de persistance de l'ADNe et à des estimations de la biomasse et de la répartition des espèces. Lorsqu'elle est combinée à des méthodes de séquençage de nouvelle génération, il a été démontré que des faunes entières peuvent être identifiées. Différents environnements nécessitent des méthodologies d'échantillonnage différentes, mais il reste des domaines où les méthodologies de laboratoire pourraient être standardisées pour permettre la comparaison des résultats entre études. Synthèse et applications. Nous examinons des études récemment publiées qui utilisent l'ADNe pour surveiller les populations aquatiques, discutons des méthodologies utilisées et de l'application de l'analyse de l'ADNe comme outil d'enquête en écologie. Nous incluons des idées innovantes sur la manière dont l'ADNe peut être utilisé pour la conservation et la gestion, en citant des cas d'étude, par exemple, le potentiel des analyses sur site, y compris l'application de l'analyse de l'ADNe aux plateformes de nanotubes de carbone ou à la spectroscopie de transmission laser pour faciliter des détections rapides sur site. L'utilisation du suivi par ADNe est déjà adoptée au Royaume-Uni pour les enquêtes écologiques.",
    url = "https://doi.org/10.1111/1365-2664.12306",
    doi = "10.1111/1365-2664.12306",
    openalex = "W2088695664",
    references = "doi101093nar24163189, doi101111j13652427200601592x, doi101111j1365294x201105418x, doi101111j1755263x201000158x, doi101139cjfas20130047, doi101371journalpone0059520"
}

La surveillance de l'ADN environnemental (ADNe) est une technique moléculaire novatrice pour détecter les espèces dans leurs habitats naturels. De nombreuses études sur l'ADNe dans les systèmes aquatiques se sont concentrées sur les lacs ou les étangs, et/ou sur les espèces vertébrées de grande taille, mais des applications aux invertébrés dans les systèmes fluviaux émergent. Un défi dans l'application de la surveillance de l'ADNe dans les eaux courantes est que l'ADN d'une espèce peut être transporté en aval. Si et jusqu'à quel point l'ADNe peut être détecté en raison du transport en aval reste largement inconnu. Dans cette étude, nous avons testé la détection en aval de l'ADNe pour deux espèces d'invertébrés, Daphnia longispina et Unio tumidus, qui sont des espèces vivant dans les lacs dans notre zone d'étude. L'objectif était de déterminer à quelle distance de la population source dans un lac leur ADNe pouvait être détecté dans un fleuve sortant. Nous avons prélevé de l'eau dans onze sites fluviaux à intervalles réguliers jusqu'à 12,3 km en aval du lac, développé de nouveaux sondes d'ADNe pour les deux espèces, et utilisé une méthode de détection par PCR standard et séquençage Sanger pour confirmer la présence de l'ADNe de chaque espèce dans le fleuve. Nous avons détecté D. longispina à tous les emplacements et sur deux points temporels (juillet et octobre) ; tandis qu'avec U. tumidus, nous avons observé un taux de détection diminué et n'avons pas détecté son ADNe après 9,1 km. Nous avons également observé une différence de détection pour cette espèce à différentes périodes de l'année. Le mouvement observé de l'ADNe depuis la source s'élevant à près de 10 km pour ces espèces indique que la résolution d'un échantillon d'ADNe peut être grande dans les systèmes fluviaux. Nos résultats indiquent qu'il peut exister des distances de transport spécifiques aux espèces pour l'ADNe et démontrent pour la première fois que l'ADNe des invertébrés peut persister sur des distances relativement grandes dans un système fluvial naturel.

@article{doi101371journalpone0088786,
    author = "Deiner, Kristy and Altermatt, Florian",
    title = "Transport Distance of Invertebrate Environmental DNA in a Natural River",
    year = "2014",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "La surveillance de l'ADN environnemental (ADNe) est une technique moléculaire novatrice pour détecter les espèces dans leurs habitats naturels. De nombreuses études sur l'ADNe dans les systèmes aquatiques se sont concentrées sur les lacs ou les étangs, et/ou sur les espèces vertébrées de grande taille, mais des applications aux invertébrés dans les systèmes fluviaux émergent. Un défi dans l'application de la surveillance de l'ADNe dans les eaux courantes est que l'ADN d'une espèce peut être transporté en aval. Si et jusqu'à quel point l'ADNe peut être détecté en raison du transport en aval reste largement inconnu. Dans cette étude, nous avons testé la détection en aval de l'ADNe pour deux espèces d'invertébrés, Daphnia longispina et Unio tumidus, qui sont des espèces vivant dans les lacs dans notre zone d'étude. L'objectif était de déterminer à quelle distance de la population source dans un lac leur ADNe pouvait être détecté dans un fleuve sortant. Nous avons prélevé de l'eau dans onze sites fluviaux à intervalles réguliers jusqu'à 12,3 km en aval du lac, développé de nouveaux sondes d'ADNe pour les deux espèces, et utilisé une méthode de détection par PCR standard et séquençage Sanger pour confirmer la présence de l'ADNe de chaque espèce dans le fleuve. Nous avons détecté D. longispina à tous les emplacements et sur deux points temporels (juillet et octobre) ; tandis qu'avec U. tumidus, nous avons observé un taux de détection diminué et n'avons pas détecté son ADNe après 9,1 km. Nous avons également observé une différence de détection pour cette espèce à différentes périodes de l'année. Le mouvement observé de l'ADNe depuis la source s'élevant à près de 10 km pour ces espèces indique que la résolution d'un échantillon d'ADNe peut être grande dans les systèmes fluviaux. Nos résultats indiquent qu'il peut exister des distances de transport spécifiques aux espèces pour l'ADNe et démontrent pour la première fois que l'ADNe des invertébrés peut persister sur des distances relativement grandes dans un système fluvial naturel.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0088786",
    doi = "10.1371/journal.pone.0088786",
    openalex = "W2093478636",
    references = "doi101139cjfas20130047, doi101371journalpone0059520"
}

L'expansion rapide des activités humaines menace la biodiversité océanique. De nombreuses populations d'animaux marins ont décliné, mais il reste incertain si ces tendances sont symptomatiques d'une accumulation chronique du risque d'extinction marine mondiale. Nous présentons la première analyse systématique des menaces pour une lignée mondialement distribuée de 1 041 poissons chondrichthyens — requins, raies et chimères. Nous estimons qu'un quart sont menacés selon les critères de la Liste rouge de l'UICN en raison de la surpêche (ciblée et accidentelle). Les espèces de grande taille vivant en eaux peu profondes sont les plus à risque et cinq des sept familles les plus menacées sont des raies. Le risque global d'extinction des chondrichthyens est nettement plus élevé que pour la plupart des autres vertébrés, et seulement un tiers des espèces sont considérées en sécurité. Le dépeuplement des populations s'est produit dans toutes les eaux libres de glace du monde, mais il est particulièrement prévalent dans le Triangle de la biodiversité indo-pacifique et la mer Méditerranée. Une meilleure gestion de la pêche et du commerce est urgentement nécessaire pour éviter les extinctions et favoriser la récupération des populations. DOI: http://dx.doi.org/10.7554/eLife.00590.001.

@article{doi107554elife00590,
    author = "Dulvy, Nicholas K. et Fowler, Sarah et Musick, John A. et Cavanagh, Rachel D. et Kyne, Peter M. et Harrison, Lucy R. et Carlson, John K. et Davidson, Lindsay N. K. et Fordham, Sonja V. et Francis, Malcolm P. et Pollock, Caroline M. et Simpfendorfer, Colin A. et Burgess, George H. et Carpenter, Kent E. et Compagno, Leonard J. V. et Ebert, David A. et Gibson, Claudine et Heupel, Michelle R. et Livingstone, Suzanne R. et Sanciangco, Jonnell C. et Stevens, John D. et Valenti, Sarah et White, William T.",
    title = "Risque d'extinction et conservation des requins et raies du monde",
    year = "2014",
    journal = "eLife",
    abstract = "L'expansion rapide des activités humaines menace la biodiversité océanique. De nombreuses populations d'animaux marins ont décliné, mais il reste incertain si ces tendances sont symptomatiques d'une accumulation chronique du risque d'extinction marine mondiale. Nous présentons la première analyse systématique des menaces pour une lignée mondialement distribuée de 1 041 poissons chondrichthyens — requins, raies et chimères. Nous estimons qu'un quart sont menacés selon les critères de la Liste rouge de l'UICN en raison de la surpêche (ciblée et accidentelle). Les espèces de grande taille vivant en eaux peu profondes sont les plus à risque et cinq des sept familles les plus menacées sont des raies. Le risque global d'extinction des chondrichthyens est nettement plus élevé que pour la plupart des autres vertébrés, et seulement un tiers des espèces sont considérées en sécurité. Le dépeuplement des populations s'est produit dans toutes les eaux libres de glace du monde, mais il est particulièrement prévalent dans le Triangle de la biodiversité indo-pacifique et la mer Méditerranée. Une meilleure gestion de la pêche et du commerce est urgentement nécessaire pour éviter les extinctions et favoriser la récupération des populations. DOI: http://dx.doi.org/10.7554/eLife.00590.001.",
    url = "https://doi.org/10.7554/elife.00590",
    doi = "10.7554/elife.00590",
    openalex = "W2105316344",
    references = "doi101017s0376892909990191, doi101111j13652486200902128x, doi101111j15231739200801044x, doi101126science1103538, doi101126science1187512"
}

L'ADN environnemental (eDNA) désigne le matériel génétique qui peut être extrait d'échantillons environnementaux en vrac tels que le sol, l'eau et même l'air. L'étude de l'eDNA, qui s'étend rapidement, a généré une capacité sans précédent à détecter des espèces et à mener des analyses génétiques pour la conservation, la gestion et la recherche, en particulier dans des scénarios où la collecte d'organismes entiers est impraticable ou impossible. Bien que le nombre d'études démontrant une détection réussie de l'eDNA ait augmenté rapidement ces dernières années, moins de recherches ont exploré l'« écologie » de l'eDNA — les innombrables interactions entre le matériel génétique extraorganismal et son environnement — et son influence sur la détection, la quantification, l'analyse et l'application de l'eDNA à la conservation et à la recherche. Ici, nous esquissons un cadre pour comprendre l'écologie de l'eDNA, y compris l'origine, l'état, le transport et le devenir du matériel génétique extraorganismal. En utilisant ce cadre, nous passons en revue et synthétisons les résultats des études sur l'eDNA provenant d'environnements, de taxons et de domaines d'étude divers pour mettre en évidence les concepts importants et les lacunes de connaissances dans l'étude et l'application de l'eDNA. De plus, nous identifions les frontières de l'application de l'eDNA axée sur la conservation où nous voyons le plus grand potentiel de croissance, notamment l'utilisation de l'eDNA pour estimer la taille de la population, les analyses génétiques et génomiques de population via l'eDNA, l'inclusion d'autres biomolécules indicatrices telles que l'ARN environnemental ou les protéines, la collecte et l'analyse automatisées d'échantillons, et la prise en compte d'une gamme élargie d'échantillons environnementaux créatifs. Nous discutons de la manière dont une compréhension plus complète de l'écologie de l'eDNA est essentielle pour faire progresser ces frontières et maximiser le potentiel des futures applications de l'eDNA en conservation et en recherche.

@article{doi101007s1059201507754,
    author = "Barnes, Matthew A. et Turner, Cameron R.",
    title = "L'écologie de l'ADN environnemental et ses implications pour la génétique de la conservation",
    year = "2015",
    journal = "Conservation Genetics",
    abstract = "L'ADN environnemental (eDNA) désigne le matériel génétique qui peut être extrait d'échantillons environnementaux en vrac tels que le sol, l'eau et même l'air. L'étude de l'eDNA, qui s'étend rapidement, a généré une capacité sans précédent à détecter des espèces et à mener des analyses génétiques pour la conservation, la gestion et la recherche, en particulier dans des scénarios où la collecte d'organismes entiers est impraticable ou impossible. Bien que le nombre d'études démontrant une détection réussie de l'eDNA ait augmenté rapidement ces dernières années, moins de recherches ont exploré l'« écologie » de l'eDNA — les innombrables interactions entre le matériel génétique extraorganismal et son environnement — et son influence sur la détection, la quantification, l'analyse et l'application de l'eDNA à la conservation et à la recherche. Ici, nous esquissons un cadre pour comprendre l'écologie de l'eDNA, y compris l'origine, l'état, le transport et le devenir du matériel génétique extraorganismal. En utilisant ce cadre, nous passons en revue et synthétisons les résultats des études sur l'eDNA provenant d'environnements, de taxons et de domaines d'étude divers pour mettre en évidence les concepts importants et les lacunes de connaissances dans l'étude et l'application de l'eDNA. De plus, nous identifions les frontières de l'application de l'eDNA axée sur la conservation où nous voyons le plus grand potentiel de croissance, notamment l'utilisation de l'eDNA pour estimer la taille de la population, les analyses génétiques et génomiques de population via l'eDNA, l'inclusion d'autres biomolécules indicatrices telles que l'ARN environnemental ou les protéines, la collecte et l'analyse automatisées d'échantillons, et la prise en compte d'une gamme élargie d'échantillons environnementaux créatifs. Nous discutons de la manière dont une compréhension plus complète de l'écologie de l'eDNA est essentielle pour faire progresser ces frontières et maximiser le potentiel des futures applications de l'eDNA en conservation et en recherche.",
    url = "https://doi.org/10.1007/s10592-015-0775-4",
    doi = "10.1007/s10592-015-0775-4",
    openalex = "W1815195908",
    references = "doi101016jbiocon201411019, doi101016jtree201404003, doi101038362709a0, doi101093bioinformaticsbtv401, doi101098rsbl20080118, doi101111j1365294x201105418x, doi101111j1365294x201205505x, doi101111j1755263x201000158x, doi101139cjfas20130047, doi101146annurevanimal090414014900, doi101371journalpone0027310, doi101371journalpone0059520, doi10261816153922fe919c"
}

@article{doi101016jtree201511005,
    author = "Socolar, Jacob B. et Gilroy, James J. et Kunin, William E. et Edwards, David P.",
    title = "How Should Beta-Diversity Inform Biodiversity Conservation?",
    year = "2015",
    journal = "Trends in Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.tree.2015.11.005",
    doi = "10.1016/j.tree.2015.11.005",
    openalex = "W2216692843",
    references = "doi101111j14610248201101628x, doi101126science1251817"
}

Nous avons développé un ensemble d'amorces PCR universelles (MiFish-U/E) pour le métabarcodage de l'ADN environnemental (ADNe) provenant de poissons. Les amorces ont été conçues à partir de séquences de génomes mitochondriaux entiers (mitogénomes) alignés de 880 espèces, complétées par des séquences partielles de mitogénomes de 160 élasmobranches (requins et raies). Les amorces ciblent une région hypervariable du gène de l'ARNr 12S (163-185 pb), qui contient suffisamment d'informations pour identifier les poissons au niveau de la famille, du genre et de l'espèce, sauf pour certains congénères étroitement apparentés. Pour tester la polyvalence des amorces sur une large gamme de poissons, nous avons prélevé de l'ADNe dans quatre aquariums du Churaumi Aquarium d'Okinawa à composition spécifique connue, préparé des bibliothèques à index double et effectué un séquençage en paires de cette région en utilisant des technologies de séquençage nouvelle génération à haut débit. Parmi les 180 espèces de poissons marins contenues dans les quatre aquariums et disposant de séquences de référence dans une base de données personnalisée, nous avons détecté 168 espèces (93,3 %) réparties dans 59 familles et 123 genres. Ces poissons ne sont pas seulement taxonomiquement diversifiés, allant des requins et des raies aux téléostéens supérieurs, mais présentent également une grande variété écologique, incluant à la fois des espèces pélagiques et benthiques vivant dans des eaux côtières peu profondes à profondes. Nous avons également prélevé des eaux naturelles autour des récifs coralliens près de l'aquarium et détecté 93 espèces de poissons en utilisant cette approche. Parmi les 93 espèces, 64 n'ont pas été détectées dans les quatre aquariums, portant le nombre total d'espèces détectées à 232 (de 70 familles et 152 genres). L'approche de métabarcodage présentée ici est non invasive, plus efficace, plus rentable et plus sensible que les méthodes d'enquête traditionnelles. Elle a le potentiel de servir d'outil alternatif (ou complémentaire) pour le suivi de la biodiversité qui révolutionne la gestion des ressources naturelles et les études écologiques des communautés de poissons à des échelles spatiales et temporelles plus larges.

@article{doi101098rsos150088,
    author = "Miya, Masaki et Sato, Yukuto et Fukunaga, Tsukasa et Sado, Tetsuya et Poulsen, Jan Yde et Sato, Keiichi et Minamoto, Toshifumi et Yamamoto, Satoshi et Yamanaka, Hiroki et Araki, Hitoshi et Kondoh, Michio et Iwasaki, Wataru",
    title = "MiFish, un ensemble d'amorces PCR universelles pour le métabarcodage de l'ADN environnemental provenant de poissons : détection de plus de 230 espèces marines subtropicales",
    year = "2015",
    journal = "Royal Society Open Science",
    abstract = "Nous avons développé un ensemble d'amorces PCR universelles (MiFish-U/E) pour le métabarcodage de l'ADN environnemental (ADNe) provenant de poissons. Les amorces ont été conçues à partir de séquences de génomes mitochondriaux entiers (mitogénomes) alignés de 880 espèces, complétées par des séquences partielles de mitogénomes de 160 élasmobranches (requins et raies). Les amorces ciblent une région hypervariable du gène de l'ARNr 12S (163-185 pb), qui contient suffisamment d'informations pour identifier les poissons au niveau de la famille, du genre et de l'espèce, sauf pour certains congénères étroitement apparentés. Pour tester la polyvalence des amorces sur une large gamme de poissons, nous avons prélevé de l'ADNe dans quatre aquariums du Churaumi Aquarium d'Okinawa à composition spécifique connue, préparé des bibliothèques à index double et effectué un séquençage en paires de cette région en utilisant des technologies de séquençage nouvelle génération à haut débit. Parmi les 180 espèces de poissons marins contenues dans les quatre aquariums et disposant de séquences de référence dans une base de données personnalisée, nous avons détecté 168 espèces (93,3 %) réparties dans 59 familles et 123 genres. Ces poissons ne sont pas seulement taxonomiquement diversifiés, allant des requins et des raies aux téléostéens supérieurs, mais présentent également une grande variété écologique, incluant à la fois des espèces pélagiques et benthiques vivant dans des eaux côtières peu profondes à profondes. Nous avons également prélevé des eaux naturelles autour des récifs coralliens près de l'aquarium et détecté 93 espèces de poissons en utilisant cette approche. Parmi les 93 espèces, 64 n'ont pas été détectées dans les quatre aquariums, portant le nombre total d'espèces détectées à 232 (de 70 familles et 152 genres). L'approche de métabarcodage présentée ici est non invasive, plus efficace, plus rentable et plus sensible que les méthodes d'enquête traditionnelles. Elle a le potentiel de servir d'outil alternatif (ou complémentaire) pour le suivi de la biodiversité qui révolutionne la gestion des ressources naturelles et les études écologiques des communautés de poissons à des échelles spatiales et temporelles plus larges.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rsos.150088",
    doi = "10.1098/rsos.150088",
    openalex = "W2254267781",
    references = "doi101016jbiocon201411019, doi101093bibbbn013, doi101093bioinformaticsbtq461, doi101093bioinformaticsbtr507, doi101093nargkm234, doi101093nargkp1137, doi101098rsbl20080118, doi101098rspb20042813, doi101111j1365294x201105418x, doi101111j1365294x201205470x, doi101111j1755263x201000158x, doi1011861471210510421, doi1011861471210511485, doi101371journalpone0059520"
}

Plus de la moitié du paysage européen est gérée par l'agriculture et en est ainsi depuis des millénaires. De nombreuses espèces et écosystèmes d'intérêt pour la conservation en Europe dépendent de la gestion agricole et montrent des déclins continus. Les schémas agro-environnementaux (SAE) sont conçus en partie pour remédier à cela. Ils constituent une source majeure de financement pour la conservation de la nature au sein de l'Union européenne (UE) et représentent les dépenses de conservation les plus élevées en Europe. Nous avons examiné la structure des SAE actuels en Europe. Depuis qu'une revue de 2003 a remis en question l'efficacité globale des SAE pour la biodiversité, une multitude d'études de cas et de méta-analyses ont examiné leur efficacité. La plupart des synthèses démontrent des augmentations générales de la biodiversité des terres agricoles en réponse aux SAE, la taille de l'effet dépendant de la structure et de la gestion du paysage environnant. Ceci est important à la lumière des successives enlargements de l'UE et des réformes continues des SAE. Nous avons examiné l'évolution de la taille de l'effet au temps en fusionnant les ensembles de données de 3 méta-analyses récentes et avons trouvé que les schémas mis en œuvre après la révision des programmes agro-environnementaux de l'UE en 2007 n'étaient pas plus efficaces que ceux mis en œuvre avant la révision. De plus, les schémas visant des zones hors production (telles que les bordures de champs et les haies) sont plus efficaces pour améliorer la richesse spécifique que ceux visant des zones productives (telles que les cultures céréalières ou les prairies). Les questions de recherche en suspens incluent si les SAE améliorent les services écosystémiques, s'ils sont plus efficaces dans les zones agricoles marginales que dans les zones intensivement cultivées, s'ils sont plus ou moins rentables pour la biodiversité des terres agricoles que les zones protégées, et dans quelle mesure leur efficacité est influencée par la formation et les conseils aux agriculteurs ? La leçon générale tirée de l'expérience européenne est que les SAE peuvent être efficaces pour conserver la faune sauvage sur les terres agricoles, mais elles sont coûteuses et doivent être soigneusement conçues et ciblées.

@article{doi101111cobi12536,
    author = "Batáry, Péter et Dicks, Lynn V. et Kleijn, David et Sutherland, William J.",
    title = "Le rôle des schémas agro-environnementaux dans la conservation et la gestion environnementale",
    year = "2015",
    journal = "Conservation Biology",
    abstract = "Plus de la moitié du paysage européen est gérée par l'agriculture et en est ainsi depuis des millénaires. De nombreuses espèces et écosystèmes d'intérêt pour la conservation en Europe dépendent de la gestion agricole et montrent des déclins continus. Les schémas agro-environnementaux (SAE) sont conçus en partie pour remédier à cela. Ils constituent une source majeure de financement pour la conservation de la nature au sein de l'Union européenne (UE) et représentent les dépenses de conservation les plus élevées en Europe. Nous avons examiné la structure des SAE actuels en Europe. Depuis qu'une revue de 2003 a remis en question l'efficacité globale des SAE pour la biodiversité, une multitude d'études de cas et de méta-analyses ont examiné leur efficacité. La plupart des synthèses démontrent des augmentations générales de la biodiversité des terres agricoles en réponse aux SAE, la taille de l'effet dépendant de la structure et de la gestion du paysage environnant. Ceci est important à la lumière des successives enlargements de l'UE et des réformes continues des SAE. Nous avons examiné l'évolution de la taille de l'effet au temps en fusionnant les ensembles de données de 3 méta-analyses récentes et avons trouvé que les schémas mis en œuvre après la révision des programmes agro-environnementaux de l'UE en 2007 n'étaient pas plus efficaces que ceux mis en œuvre avant la révision. De plus, les schémas visant des zones hors production (telles que les bordures de champs et les haies) sont plus efficaces pour améliorer la richesse spécifique que ceux visant des zones productives (telles que les cultures céréalières ou les prairies). Les questions de recherche en suspens incluent si les SAE améliorent les services écosystémiques, s'ils sont plus efficaces dans les zones agricoles marginales que dans les zones intensivement cultivées, s'ils sont plus ou moins rentables pour la biodiversité des terres agricoles que les zones protégées, et dans quelle mesure leur efficacité est influencée par la formation et les conseils aux agriculteurs ? La leçon générale tirée de l'expérience européenne est que les SAE peuvent être efficaces pour conserver la faune sauvage sur les terres agricoles, mais elles sont coûteuses et doivent être soigneusement conçues et ciblées.",
    url = "https://doi.org/10.1111/cobi.12536",
    doi = "10.1111/cobi.12536",
    openalex = "W1594129108",
    references = "doi101016jjenvman200907005, doi101038nature10452, doi101046j13652664200200695x, doi101098rstb20100143, doi101111j13652664200300868x, doi101111j13652664200501005x, doi101111j14610248200801255x, doi1018637jssv036i03, doi1023071164953, doi1023072531069"
}

La biodiversité mondiale en eau douce et dans les océans décline à des taux élevés. Des outils fiables pour évaluer et surveiller la biodiversité aquatique, en particulier pour les espèces rares et discrètes, sont importants pour une gestion efficace et rapide. Les récentes avancées dans le séquençage de l'ADN ont fourni un nouvel outil pour la détection des espèces à partir de l'ADN présent dans l'environnement. Dans cette étude, nous avons testé si une approche de métabarçodage de l'ADN environnemental (ADNe), utilisant des échantillons d'eau, pouvait être utilisée pour répondre à des questions importantes en écologie et en conservation. Deux groupes clés de vertébrés aquatiques ont été ciblés : les amphibiens et les poissons osseux. La fiabilité de cette méthode a été prudemment validée in silico, in vitro et in situ. Comparée aux enquêtes traditionnelles ou aux données historiques, le métabarçodage de l'ADNe a montré une probabilité de détection globalement bien meilleure. Pour les amphibiens, la probabilité de détection avec le métabarçodage de l'ADNe était de 0,97 (IC = 0,90-0,99) contre 0,58 (IC = 0,50-0,63) pour les enquêtes traditionnelles. Pour les poissons, dans 89 % des sites étudiés, le nombre de taxons détectés en utilisant l'approche de métabarçodage de l'ADNe était supérieur ou identique au nombre détecté en utilisant les méthodes traditionnelles. Nous soutenons que l'approche basée sur l'ADN proposée a le potentiel de devenir l'outil de nouvelle génération pour les études écologiques et la surveillance standardisée de la biodiversité dans une large gamme d'écosystèmes aquatiques.

@article{doi101111mec13428,
    author = "Valentini, Alice et Taberlet, Pierre et Miaud, Claude et Civade, Raphaël et Herder, Jelger et Thomsen, Philip Francis et Bellemain, Eva et Besnard, Aurélien et Coissac, Éric et Boyer, Frédéric et Gaboriaud, Coline et Jean, Pauline et Poulet, Nicolas et Roset, Nicolas et Copp, Gordon H. et Géniez, Philippe et Pont, Didier et Argillier, Christine et Baudoin, Jean‐Marc et Peroux, Tiphaine et Crivellì, Alain J. et Olivier, Anthony et Acqueberge, Manon et Brun, Matthieu Le et Møller, Peter Rask et Willerslev, Eske et Déjean, Tony",
    title = "Surveillance de la biodiversité aquatique de nouvelle génération par métabarçodage de l'ADN environnemental",
    year = "2015",
    journal = "Molecular Ecology",
    abstract = "La biodiversité mondiale en eau douce et dans les océans décline à des taux élevés. Des outils fiables pour évaluer et surveiller la biodiversité aquatique, en particulier pour les espèces rares et discrètes, sont importants pour une gestion efficace et rapide. Les récentes avancées dans le séquençage de l'ADN ont fourni un nouvel outil pour la détection des espèces à partir de l'ADN présent dans l'environnement. Dans cette étude, nous avons testé si une approche de métabarçodage de l'ADN environnemental (ADNe), utilisant des échantillons d'eau, pouvait être utilisée pour répondre à des questions importantes en écologie et en conservation. Deux groupes clés de vertébrés aquatiques ont été ciblés : les amphibiens et les poissons osseux. La fiabilité de cette méthode a été prudemment validée in silico, in vitro et in situ. Comparée aux enquêtes traditionnelles ou aux données historiques, le métabarçodage de l'ADNe a montré une probabilité de détection globalement bien meilleure. Pour les amphibiens, la probabilité de détection avec le métabarçodage de l'ADNe était de 0,97 (IC = 0,90-0,99) contre 0,58 (IC = 0,50-0,63) pour les enquêtes traditionnelles. Pour les poissons, dans 89 % des sites étudiés, le nombre de taxons détectés en utilisant l'approche de métabarçodage de l'ADNe était supérieur ou identique au nombre détecté en utilisant les méthodes traditionnelles. Nous soutenons que l'approche basée sur l'ADN proposée a le potentiel de devenir l'outil de nouvelle génération pour les études écologiques et la surveillance standardisée de la biodiversité dans une large gamme d'écosystèmes aquatiques.",
    url = "https://doi.org/10.1111/mec.13428",
    doi = "10.1111/mec.13428",
    openalex = "W2171100005",
    references = "doi101016jbiocon201411019, doi101038nature09678, doi101073pnas77116715, doi101098rsos150088, doi101111j1365294x201105418x, doi101126science1103538, doi101126science1246752, doi1011770049124104268644, doi1018637jssv043i10, doi1018900012965820020832248esorwd20co2"
}

Résumé La préservation de la biodiversité est un défi mondial nécessitant des données sur la distribution et l'abondance des espèces à grande échelle géographique et temporelle. Cependant, les méthodes traditionnelles pour enquêter sur la distribution et l'abondance des espèces mobiles dans les environnements marins sont souvent inefficaces, destructrices pour l'environnement ou gourmandes en ressources. Le métabarcodage de l'ADN environnemental (ADNe) offre un nouveau moyen d'évaluer la biodiversité à des échelles beaucoup plus vastes, mais l'adoption de cette approche pour enquêter sur les communautés animales entières dans de grands systèmes aquatiques dynamiques a été ralentie par des incertitudes significatives concernant les taux d'erreur de détection et la résolution spatiale pertinente des enquêtes par ADNe. Ici, nous rapportons les résultats d'une enquête par transect de 2,5 km en ADNe visant la faune vertébrée présente le long d'une gradation d'habitats marins diversifiés associés à un écosystème de forêt de kelp. En utilisant des amorces PCR ciblant le gène 12S rRNA mitochondrial des poissons et mammifères marins, nous avons généré des données de séquences d'ADNe et les avons comparées à des enquêtes de plongée visuelle simultanées. Nous trouvons une concordance spatiale entre les tendances d'ADNe et d'enquête visuelle des espèces individuelles, et que l'ADNe est capable de distinguer les assemblages de communautés vertébrées d'habitats séparés par aussi peu que ~60 m. L'ADNe détecte de manière fiable les vertébrés avec de faibles taux d'erreur de faux négatifs (1/12 taxons) par rapport aux enquêtes, et révèle des espèces cryptiques connues pour occuper les habitats mais négligées par les méthodes visuelles. Cette étude présente également un compte explicite des faux négatifs et positifs dans les données de métabarcodage, qui illustrent l'influence du choix du marqueur génique, de la réplication, de la contamination, des biais affectant les données de comptage d'ADNe et de l'écologie des espèces cibles sur les taux de détection d'ADNe dans un écosystème ouvert.

@article{doi101111mec13481,
    author = "Port, Jesse A. et O'Donnell, James L. et Romero‐Maraccini, Ofelia C. et Leary, Paul et Litvin, Steven Y. et Nickols, Kerry J. et Yamahara, Kevan M. et Kelly, Ryan P.",
    title = "Évaluation de la biodiversité des vertébrés dans un écosystème de forêt de kelp à l'aide de l'ADN environnemental",
    year = "2015",
    journal = "Molecular Ecology",
    abstract = "Résumé La préservation de la biodiversité est un défi mondial nécessitant des données sur la distribution et l'abondance des espèces à grande échelle géographique et temporelle. Cependant, les méthodes traditionnelles pour enquêter sur la distribution et l'abondance des espèces mobiles dans les environnements marins sont souvent inefficaces, destructrices pour l'environnement ou gourmandes en ressources. Le métabarcodage de l'ADN environnemental (ADNe) offre un nouveau moyen d'évaluer la biodiversité à des échelles beaucoup plus vastes, mais l'adoption de cette approche pour enquêter sur les communautés animales entières dans de grands systèmes aquatiques dynamiques a été ralentie par des incertitudes significatives concernant les taux d'erreur de détection et la résolution spatiale pertinente des enquêtes par ADNe. Ici, nous rapportons les résultats d'une enquête par transect de 2,5 km en ADNe visant la faune vertébrée présente le long d'une gradation d'habitats marins diversifiés associés à un écosystème de forêt de kelp. En utilisant des amorces PCR ciblant le gène 12S rRNA mitochondrial des poissons et mammifères marins, nous avons généré des données de séquences d'ADNe et les avons comparées à des enquêtes de plongée visuelle simultanées. Nous trouvons une concordance spatiale entre les tendances d'ADNe et d'enquête visuelle des espèces individuelles, et que l'ADNe est capable de distinguer les assemblages de communautés vertébrées d'habitats séparés par aussi peu que \textasciitilde 60 m. L'ADNe détecte de manière fiable les vertébrés avec de faibles taux d'erreur de faux négatifs (1/12 taxons) par rapport aux enquêtes, et révèle des espèces cryptiques connues pour occuper les habitats mais négligées par les méthodes visuelles. Cette étude présente également un compte explicite des faux négatifs et positifs dans les données de métabarcodage, qui illustrent l'influence du choix du marqueur génique, de la réplication, de la contamination, des biais affectant les données de comptage d'ADNe et de l'écologie des espèces cibles sur les taux de détection d'ADNe dans un écosystème ouvert.",
    url = "https://doi.org/10.1111/mec.13481",
    doi = "10.1111/mec.13481",
    openalex = "W2248984422",
    references = "doi101098rsos150088"
}

L'ADN prélevé dans l'environnement (ADNe) est un moyen utile de révéler les modèles de biodiversité. En combinant un modèle conceptuel et des données empiriques, nous testons si l'ADNe transporté dans les réseaux fluviaux peut être utilisé comme une méthode intégrative pour évaluer la biodiversité eucaryote à des échelles spatiales larges et à travers l'interface terre-eau. En utilisant une approche de métabarcodage de l'ADNe, nous détectons 296 familles d'eucaryotes, couvrant 19 phylums dans le bassin versant d'une rivière. Nous montrons, pour un sous-ensemble de ces familles, que les échantillons d'ADNe surpassent les biais d'autocorrélation spatiale associés aux évaluations classiques des communautés en intégrant les informations sur la biodiversité dans l'espace. De plus, nous démontrons que de nombreuses espèces terrestres sont détectées ; suggérant ainsi que l'ADNe dans l'eau de rivière incorpore également des informations sur la biodiversité à travers les biomes terrestres et aquatiques. L'ADN environnemental transporté dans les réseaux fluviaux offre un moyen nouveau et spatialement intégré d'évaluer la biodiversité totale pour des paysages entiers et transformera l'acquisition des données de biodiversité en écologie.

@article{doi101038ncomms12544,
    author = "Deiner, Kristy et Fronhofer, Emanuel A. et Mächler, Elvira et Walser, Jean‐Claude et Altermatt, Florian",
    title = "L'ADN environnemental révèle que les rivières sont des courroies transporteuses d'informations sur la biodiversité",
    year = "2016",
    journal = "Nature Communications",
    abstract = "L'ADN prélevé dans l'environnement (ADNe) est un moyen utile de révéler les modèles de biodiversité. En combinant un modèle conceptuel et des données empiriques, nous testons si l'ADNe transporté dans les réseaux fluviaux peut être utilisé comme une méthode intégrative pour évaluer la biodiversité eucaryote à des échelles spatiales larges et à travers l'interface terre-eau. En utilisant une approche de métabarcodage de l'ADNe, nous détectons 296 familles d'eucaryotes, couvrant 19 phylums dans le bassin versant d'une rivière. Nous montrons, pour un sous-ensemble de ces familles, que les échantillons d'ADNe surpassent les biais d'autocorrélation spatiale associés aux évaluations classiques des communautés en intégrant les informations sur la biodiversité dans l'espace. De plus, nous démontrons que de nombreuses espèces terrestres sont détectées ; suggérant ainsi que l'ADNe dans l'eau de rivière incorpore également des informations sur la biodiversité à travers les biomes terrestres et aquatiques. L'ADN environnemental transporté dans les réseaux fluviaux offre un moyen nouveau et spatialement intégré d'évaluer la biodiversité totale pour des paysages entiers et transformera l'acquisition des données de biodiversité en écologie.",
    url = "https://doi.org/10.1038/ncomms12544",
    doi = "10.1038/ncomms12544",
    openalex = "W2951985551",
    references = "doi101016jtree201404003"
}

La détection d'espèces par ADN environnemental (ADNe) a un potentiel considérable pour contribuer à la compréhension de l'écologie et de la conservation des espèces aquatiques. La détection d'espèces par des méthodes d'ADNe, plutôt que par un échantillonnage direct des organismes, peut réduire les impacts sur les espèces sensibles et augmenter la puissance des enquêtes de terrain pour les espèces rares et évasives. Cependant, la sensibilité des méthodes d'ADNe nécessite une vigilance accrue et une attention particulière aux protocoles d'assurance qualité et de contrôle qualité. De plus, l'interprétation des données d'ADNe exige une considération minutieuse de multiples facteurs. À mesure que les méthodes d'ADNe se sont développées dans leurs applications, diverses approches ont été mises en œuvre pour résoudre ces problèmes. Avec l'intérêt pour l'ADNe qui continue de s'étendre, des directives de soutien pour mener des études d'ADNe sont grandement nécessaires. Des chercheurs en ADN environnemental du monde entier ont collaboré pour produire cet ensemble de directives et de considérations pour la mise en œuvre des méthodes d'ADNe à la détection des macroorganismes aquatiques. Les considérations critiques pour la conception de l'étude incluent la prévention de la contamination sur le terrain et en laboratoire, le choix de méthodes d'analyse d'échantillons appropriées, la validation des tests, le test de l'inhibition des échantillons et le respect des directives minimales de signalement. Les considérations critiques pour l'inférence incluent les processus temporels et spatiaux, les limites de corrélation de l'ADNe avec l'abondance, l'incertitude des résultats positifs et négatifs, et les sources potentielles d'ADN allochtone. Nous présentons ici une synthèse des connaissances à ce stade pour l'application de cette nouvelle et puissante méthode de détection.

@article{doi1011112041210x12595,
    author = "Goldberg, Caren S. et Turner, Cameron R. et Deiner, Kristy et Klymus, Katy E. et Thomsen, Philip Francis et Murphy, Melanie A. et Spear, Stephen F. et McKee, Anna M. et Oyler‐McCance, Sara J. et Cornman, Robert S. et Laramie, Matthew B. et Mahon, Andrew R. et Lance, Richard F. et Pilliod, David S. et Strickler, Katherine M. et Waits, Lisette P. et Fremier, Alexander K. et Takahara, Teruhiko et Herder, Jelger et Taberlet, Pierre",
    title = "Considérations critiques pour l'application des méthodes d'ADN environnemental à la détection des espèces aquatiques",
    year = "2016",
    journal = "Methods in Ecology and Evolution",
    abstract = "La détection d'espèces par ADN environnemental (ADNe) a un potentiel considérable pour contribuer à la compréhension de l'écologie et de la conservation des espèces aquatiques. La détection d'espèces par des méthodes d'ADNe, plutôt que par un échantillonnage direct des organismes, peut réduire les impacts sur les espèces sensibles et augmenter la puissance des enquêtes de terrain pour les espèces rares et évasives. Cependant, la sensibilité des méthodes d'ADNe nécessite une vigilance accrue et une attention particulière aux protocoles d'assurance qualité et de contrôle qualité. De plus, l'interprétation des données d'ADNe exige une considération minutieuse de multiples facteurs. À mesure que les méthodes d'ADNe se sont développées dans leurs applications, diverses approches ont été mises en œuvre pour résoudre ces problèmes. Avec l'intérêt pour l'ADNe qui continue de s'étendre, des directives de soutien pour mener des études d'ADNe sont grandement nécessaires. Des chercheurs en ADN environnemental du monde entier ont collaboré pour produire cet ensemble de directives et de considérations pour la mise en œuvre des méthodes d'ADNe à la détection des macroorganismes aquatiques. Les considérations critiques pour la conception de l'étude incluent la prévention de la contamination sur le terrain et en laboratoire, le choix de méthodes d'analyse d'échantillons appropriées, la validation des tests, le test de l'inhibition des échantillons et le respect des directives minimales de signalement. Les considérations critiques pour l'inférence incluent les processus temporels et spatiaux, les limites de corrélation de l'ADNe avec l'abondance, l'incertitude des résultats positifs et négatifs, et les sources potentielles d'ADN allochtone. Nous présentons ici une synthèse des connaissances à ce stade pour l'application de cette nouvelle et puissante méthode de détection.",
    url = "https://doi.org/10.1111/2041-210x.12595",
    doi = "10.1111/2041-210x.12595",
    openalex = "W2398092094",
    references = "doi101111j1755263x201000158x, doi101111mec13428, doi101139cjfas20130047, doi101371journalpone0059520, doi101373clinchem2008112797"
}

Les organismes libèrent continuellement de l'ADN dans leur environnement via des cellules éliminées, des excréments, des gamètes et des matières en décomposition. L'analyse de cet « ADN environnemental » (ADNe) révolutionne la surveillance de la biodiversité. L'ADNe surpasse de nombreuses méthodes d'enquête établies pour la détection ciblée d'espèces uniques, mais peu d'études ont examiné dans quelle mesure l'ADNe reflète les communautés entières d'organismes dans les environnements naturels. Nous avons investigué si l'ADNe peut récupérer des informations qualitatives et quantitatives précises sur les communautés de poissons dans les grands lacs, par comparaison avec l'ensemble de données le plus complet à long terme sur les filets maillants disponible au Royaume-Uni. Soixante-dix-huit échantillons d'eau de 2 L ont été prélevés le long de transects de profils de profondeur, sur les sites de filets maillants et depuis la rive dans trois grands lacs profonds (Windermere, Bassenthwaite Lake et Derwent Water) dans le District des lacs anglais. Les échantillons d'eau ont été analysés par metabarcoding de l'ADNe des régions mitochondriales 12S et cytochrome b. Quatorze des 16 espèces historiquement enregistrées dans Windermere ont été détectées à l'aide de l'ADNe, contre quatre espèces dans l'enquête par filets maillants la plus récente, démontrant que l'ADNe est extrêmement sensible pour détecter les espèces. Une question clé pour la surveillance de la biodiversité est de savoir si l'ADNe peut estimer avec précision l'abondance. Pour tester cela, nous avons utilisé le nombre de lectures de séquence par espèce et la proportion de sites d'échantillonnage dans lesquels une espèce a été détectée avec l'ADNe (c'est-à-dire l'occupation du site) comme proxys pour l'abondance. Les données d'abondance de l'ADNe ont constamment corrélé avec les estimations d'abondance par rang issues des enquêtes établies. Ces résultats démontrent que le metabarcoding de l'ADNe peut décrire les communautés de poissons dans les grands lacs, à la fois qualitativement et quantitativement, et a un grand potentiel en tant qu'outil complémentaire aux méthodes de surveillance établies.

@article{doi101111mec13660,
    author = "Hänfling, Bernd et Handley, Lori Lawson et Read, Daniel S. et Hahn, Christoph et Li, Jianlong et Nichols, Paul et Blackman, Rosetta C. et Oliver, Anna et Winfield, Ian J.",
    title = "Metabarcoding de l'ADN environnemental des communautés de poissons de lac reflète les données à long terme des méthodes d'enquête établies",
    year = "2016",
    journal = "Molecular Ecology",
    abstract = "Les organismes libèrent continuellement de l'ADN dans leur environnement via des cellules éliminées, des excréments, des gamètes et des matières en décomposition. L'analyse de cet « ADN environnemental » (ADNe) révolutionne la surveillance de la biodiversité. L'ADNe surpasse de nombreuses méthodes d'enquête établies pour la détection ciblée d'espèces uniques, mais peu d'études ont examiné dans quelle mesure l'ADNe reflète les communautés entières d'organismes dans les environnements naturels. Nous avons investigué si l'ADNe peut récupérer des informations qualitatives et quantitatives précises sur les communautés de poissons dans les grands lacs, par comparaison avec l'ensemble de données le plus complet à long terme sur les filets maillants disponible au Royaume-Uni. Soixante-dix-huit échantillons d'eau de 2 L ont été prélevés le long de transects de profils de profondeur, sur les sites de filets maillants et depuis la rive dans trois grands lacs profonds (Windermere, Bassenthwaite Lake et Derwent Water) dans le District des lacs anglais. Les échantillons d'eau ont été analysés par metabarcoding de l'ADNe des régions mitochondriales 12S et cytochrome b. Quatorze des 16 espèces historiquement enregistrées dans Windermere ont été détectées à l'aide de l'ADNe, contre quatre espèces dans l'enquête par filets maillants la plus récente, démontrant que l'ADNe est extrêmement sensible pour détecter les espèces. Une question clé pour la surveillance de la biodiversité est de savoir si l'ADNe peut estimer avec précision l'abondance. Pour tester cela, nous avons utilisé le nombre de lectures de séquence par espèce et la proportion de sites d'échantillonnage dans lesquels une espèce a été détectée avec l'ADNe (c'est-à-dire l'occupation du site) comme proxys pour l'abondance. Les données d'abondance de l'ADNe ont constamment corrélé avec les estimations d'abondance par rang issues des enquêtes établies. Ces résultats démontrent que le metabarcoding de l'ADNe peut décrire les communautés de poissons dans les grands lacs, à la fois qualitativement et quantitativement, et a un grand potentiel en tant qu'outil complémentaire aux méthodes de surveillance établies.",
    url = "https://doi.org/10.1111/mec.13660",
    doi = "10.1111/mec.13660",
    openalex = "W2337259322",
    references = "doi101016jtree201404003, doi101098rsos150088, doi101111mec13428"
}

a révélé la structure de la communauté de poissons à une résolution spécifique à l'espèce. Le métabarcodage de l'ADN environnemental (eDNA) basé sur une collecte de 6 heures d'échantillons d'eau a détecté 128 espèces de poissons, dont 62,5 % (40 espèces) ont également été observées lors de recensements visuels sous-marins réalisés sur une période de 14 ans. Cette méthode a également détecté d'autres poissons locaux (≥23 espèces) qui n'ont pas été observés lors des recensements visuels. Ces caractéristiques du métabarcodage de l'eDNA amélioreront la recherche liée aux écosystèmes marins, et la méthode pourrait potentiellement devenir un outil standard pour l'enquête des communautés de poissons.

@article{doi101038srep40368,
    author = "Yamamoto, Satoshi et Masuda, Reiji et Sato, Yukuto et Sado, Tetsuya et Araki, Hitoshi et Kondoh, Michio et Minamoto, Toshifumi et Miya, Masaki",
    title = "Environmental DNA metabarcoding reveals local fish communities in a species-rich coastal sea",
    year = "2017",
    journal = "Scientific Reports",
    abstract = "a révélé la structure de la communauté de poissons à une résolution spécifique à l'espèce. Le métabarcodage de l'ADN environnemental (eDNA) basé sur une collecte de 6 heures d'échantillons d'eau a détecté 128 espèces de poissons, dont 62,5 % (40 espèces) ont également été observées lors de recensements visuels sous-marins réalisés sur une période de 14 ans. Cette méthode a également détecté d'autres poissons locaux (≥23 espèces) qui n'ont pas été observés lors des recensements visuels. Ces caractéristiques du métabarcodage de l'eDNA amélioreront la recherche liée aux écosystèmes marins, et la méthode pourrait potentiellement devenir un outil standard pour l'enquête des communautés de poissons.",
    url = "https://doi.org/10.1038/srep40368",
    doi = "10.1038/srep40368",
    openalex = "W2576417104",
    references = "doi101007s1059201507754, doi101016jbiocon201411019, doi101016jtree201404003, doi101038nature01610, doi101038nmeth1184, doi101093bioinformaticsbtr381, doi101093bioinformaticsbtr507, doi101098rsbl20080118, doi101098rsos150088, doi101111mec13428, doi1011861471210510421, openalexw1558982506"
}

Résumé Le métabarcodage des échantillons environnementaux présente de nombreux défis et limitations qui nécessitent des protocoles de laboratoire et d'analyse soigneusement conçus pour garantir des résultats fiables. Nous explorons comment les décisions concernant la conception de l'étude, la mise en place du laboratoire et le traitement bioinformatique affectent les résultats finaux, et fournissons des directives pour une étude fiable des échantillons environnementaux. Nous évaluons les performances de quatre ensembles d'amorces ciblant les régions COI et 16S caractérisant la diversité des arthropodes dans les échantillons fécaux de chauves-souris, et nous investiguons comment les résultats de métabarcodage sont affectés par des paramètres incluant : (1) le nombre de réplicats PCR par échantillon, (2) la profondeur de séquençage, (3) la stratégie de traitement des réplicats PCR (c'est-à-dire soit de manière additive, en combinant les séquences obtenues à partir des réplicats PCR, soit de manière restrictive, en ne conservant que les séquences qui apparaissent dans plusieurs réplicats PCR pour chaque échantillon), (4) le nombre minimum de copies pour les séquences à conserver, (5) l'élimination des chimeres, et (6) les seuils de similarité pour le regroupement des Unités Taxonomiques Opérationnelles (OTU). Enfin, nous mesurons les dissimilarités intra- et inter-taxons lorsque l'on utilise des séquences provenant de bases de données publiques pour déterminer les seuils les plus appropriés pour le regroupement des OTU et l'attribution taxonomique. Nos résultats montrent que l'utilisation de plusieurs ensembles d'amorces réduit les biais taxonomiques et augmente la couverture taxonomique. Les profils taxonomiques résultant de chaque ensemble d'amorces sont principalement affectés par le nombre de réplicats PCR effectués par échantillon et par la manière dont les séquences sont filtrées entre eux, le seuil de nombre de copies de séquence et le seuil de regroupement des OTU. Nous rapportons également des différences de diversité considérables entre les réplicats PCR de chaque échantillon. La profondeur de séquençage augmente la dissimilarité entre les réplicats PCR sauf si les stratégies bioinformatiques pour éliminer les séquences supposées artefactuelles sont ajustées en fonction du nombre de séquences analysées. Enfin, nous montrons que les seuils d'identité appropriés pour le regroupement des OTU et l'attribution taxonomique diffèrent entre les marqueurs. Le métabarcodage d'échantillons environnementaux complexes nécessite idéalement (1) l'investigation de savoir si plus d'un ensemble d'amorces ciblant le même groupe taxonomique est nécessaire pour compenser les biais des amorces, (2) plus d'un réplicat PCR par échantillon, (3) un traitement bioinformatique des séquences qui équilibre la détection de la diversité avec l'élimination des séquences artefactuelles, et (4) un choix empirique des seuils de regroupement des OTU et d'attribution taxonomique adaptés à chaque marqueur et aux taxons obtenus.

@article{doi1011112041210x12849,
    author = "Alberdi, Antton and Aizpurua, Ostaizka and Gilbert, M. Thomas P. and Bohmann, Kristine",
    title = "Scrutinizing key steps for reliable metabarcoding of environmental samples",
    year = "2017",
    journal = "Methods in Ecology and Evolution",
    abstract = "Résumé Le métabarcodage des échantillons environnementaux présente de nombreux défis et limitations qui nécessitent des protocoles de laboratoire et d'analyse soigneusement conçus pour garantir des résultats fiables. Nous explorons comment les décisions concernant la conception de l'étude, la mise en place du laboratoire et le traitement bioinformatique affectent les résultats finaux, et fournissons des directives pour une étude fiable des échantillons environnementaux. Nous évaluons les performances de quatre ensembles d'amorces ciblant les régions COI et 16S caractérisant la diversité des arthropodes dans les échantillons fécaux de chauves-souris, et nous investiguons comment les résultats de métabarcodage sont affectés par des paramètres incluant : (1) le nombre de réplicats PCR par échantillon, (2) la profondeur de séquençage, (3) la stratégie de traitement des réplicats PCR (c'est-à-dire soit de manière additive, en combinant les séquences obtenues à partir des réplicats PCR, soit de manière restrictive, en ne conservant que les séquences qui apparaissent dans plusieurs réplicats PCR pour chaque échantillon), (4) le nombre minimum de copies pour les séquences à conserver, (5) l'élimination des chimeres, et (6) les seuils de similarité pour le regroupement des Unités Taxonomiques Opérationnelles (OTU). Enfin, nous mesurons les dissimilarités intra- et inter-taxons lorsque l'on utilise des séquences provenant de bases de données publiques pour déterminer les seuils les plus appropriés pour le regroupement des OTU et l'attribution taxonomique. Nos résultats montrent que l'utilisation de plusieurs ensembles d'amorces réduit les biais taxonomiques et augmente la couverture taxonomique. Les profils taxonomiques résultant de chaque ensemble d'amorces sont principalement affectés par le nombre de réplicats PCR effectués par échantillon et par la manière dont les séquences sont filtrées entre eux, le seuil de nombre de copies de séquence et le seuil de regroupement des OTU. Nous rapportons également des différences de diversité considérables entre les réplicats PCR de chaque échantillon. La profondeur de séquençage augmente la dissimilarité entre les réplicats PCR sauf si les stratégies bioinformatiques pour éliminer les séquences supposées artefactuelles sont ajustées en fonction du nombre de séquences analysées. Enfin, nous montrons que les seuils d'identité appropriés pour le regroupement des OTU et l'attribution taxonomique diffèrent entre les marqueurs. Le métabarcodage d'échantillons environnementaux complexes nécessite idéalement (1) l'investigation de savoir si plus d'un ensemble d'amorces ciblant le même groupe taxonomique est nécessaire pour compenser les biais des amorces, (2) plus d'un réplicat PCR par échantillon, (3) un traitement bioinformatique des séquences qui équilibre la détection de la diversité avec l'élimination des séquences artefactuelles, et (4) un choix empirique des seuils de regroupement des OTU et d'attribution taxonomique adaptés à chaque marqueur et aux taxons obtenus.",
    url = "https://doi.org/10.1111/2041-210x.12849",
    doi = "10.1111/2041-210x.12849",
    openalex = "W2724989966",
    references = "doi101016jtree201404003, doi101111j1365294x201205537x"
}

La révolution génomique a fondamentalement changé la façon dont nous enquêtons sur la biodiversité sur terre. Les plateformes de séquençage à haut débit (« HTS ») permettent désormais le séquençage rapide de l'ADN à partir de divers types d'échantillons environnementaux (dénommés « ADN environnemental » ou « eDNA »). L'association du HTS avec notre capacité à associer des séquences provenant de l'eDNA à un nom taxonomique est appelée « métabarçodage eDNA » et offre un outil moléculaire puissant capable d'enquêter de manière non invasive sur la richesse spécifique de nombreux écosystèmes. Ici, nous passons en revue l'utilisation du métabarçodage eDNA pour enquêter sur la richesse animale et végétale, ainsi que les défis liés à l'utilisation des approches eDNA pour estimer l'abondance relative. Nous mettons en évidence les applications de l'eDNA dans les environnements d'eau douce, marins et terrestres, et dans ce contexte large, nous synthétisons ce qui est connu sur la capacité des différents types d'échantillons eDNA à approximer la richesse dans l'espace et à travers le temps. Nous fournissons des questions directrices pour la conception d'études et discutons du flux de travail du métabarçodage eDNA en nous concentrant sur les amorces et les méthodes de préparation de bibliothèque. Nous discutons également des critères importants à considérer pour le filtrage bioinformatique des ensembles de données, avec des recommandations pour augmenter la transparence. Enfin, en regardant vers l'avenir, nous discutons des applications émergentes du métabarçodage eDNA en écologie, conservation, biologie des invasions, biomonitoring, et de la manière dont le métabarçodage eDNA peut renforcer la science citoyenne et l'éducation à la biodiversité.

@article{doi101111mec14350,
    author = "Deiner, Kristy et Bik, Holly M. et Mächler, Elvira et Seymour, Mathew et Lacoursière‐Roussel, Anaïs et Altermatt, Florian et Creer, Simon et Bista, Iliana et Lodge, David M. et de Vere, Natasha et Pfrender, Michael E. et Bernatchez, Louis",
    title = "Environmental DNA metabarcoding : Transformer la façon dont nous enquêtons sur les communautés animales et végétales",
    year = "2017",
    journal = "Molecular Ecology",
    abstract = {La révolution génomique a fondamentalement changé la façon dont nous enquêtons sur la biodiversité sur terre. Les plateformes de séquençage à haut débit (« HTS ») permettent désormais le séquençage rapide de l'ADN à partir de divers types d'échantillons environnementaux (dénommés « ADN environnemental » ou « eDNA »). L'association du HTS avec notre capacité à associer des séquences provenant de l'eDNA à un nom taxonomique est appelée « métabarçodage eDNA » et offre un outil moléculaire puissant capable d'enquêter de manière non invasive sur la richesse spécifique de nombreux écosystèmes. Ici, nous passons en revue l'utilisation du métabarçodage eDNA pour enquêter sur la richesse animale et végétale, ainsi que les défis liés à l'utilisation des approches eDNA pour estimer l'abondance relative. Nous mettons en évidence les applications de l'eDNA dans les environnements d'eau douce, marins et terrestres, et dans ce contexte large, nous synthétisons ce qui est connu sur la capacité des différents types d'échantillons eDNA à approximer la richesse dans l'espace et à travers le temps. Nous fournissons des questions directrices pour la conception d'études et discutons du flux de travail du métabarçodage eDNA en nous concentrant sur les amorces et les méthodes de préparation de bibliothèque. Nous discutons également des critères importants à considérer pour le filtrage bioinformatique des ensembles de données, avec des recommandations pour augmenter la transparence. Enfin, en regardant vers l'avenir, nous discutons des applications émergentes du métabarçodage eDNA en écologie, conservation, biologie des invasions, biomonitoring, et de la manière dont le métabarçodage eDNA peut renforcer la science citoyenne et l'éducation à la biodiversité.},
    url = "https://doi.org/10.1111/mec.14350",
    doi = "10.1111/mec.14350",
    openalex = "W2754769271",
    references = "doi101007s1059201507754, doi101016jbiocon201411019, doi101038nature03959, doi101038nature12921, doi101038nmethf303, doi101038srep40368, doi101073pnas0905845106, doi101073pnas1000080107, doi101093bioinformaticsbtq461, doi101093bioinformaticsbtr381, doi101093nargks1219, doi101098rsbl20080118, doi101098rsos150088, doi101111j1365294x201105418x, doi101111j1755263x201000158x, doi101111mec13428, doi101126science1187512, doi101126science1256688, doi101128aem0006207, doi101128aem0154109, doi101139cjfas20130047, doi1011861471210510421, doi107717peerj2584"
}

L'analyse de l'ADN environnemental (ADNe) est un outil de surveillance de la biodiversité rapide, non invasif et rentable, avec un potentiel énorme pour éclairer la conservation et la gestion aquatiques. Le développement est en cours, avec un fort intérêt commercial, et de nouvelles utilisations sont continuellement découvertes. Les applications générales de l'ADNe et les lignes directrices pour les meilleures pratiques dans les systèmes d'eau douce ont été établies, mais les évaluations spécifiques aux habitats font défaut. Les étangs sont des systèmes très diversifiés, mais peu étudiés, qui pourraient bénéficier de la surveillance par ADNe. Cependant, les applications de l'ADNe dans les étangs et les contraintes méthodologiques spécifiques à ces environnements restent non abordées. À la suite d'un atelier avec les parties prenantes en 2017, les chercheurs ont combiné leurs connaissances et leur expertise pour examiner ces applications et les défis qui doivent être abordés pour l'avenir et la cohérence de la surveillance par ADNe dans les étangs. Les plus grands défis pour les enquêtes par ADNe dans les étangs sont l'échantillonnage représentatif, la capture de l'ADNe et l'inhibition potentielle de la PCR. Nous fournissons des recommandations pour l'échantillonnage, la capture de l'ADNe, les tests d'inhibition et les pratiques de laboratoire, qui devraient aider les nouveaux projets et les projets en cours par ADNe dans les étangs. Si elles sont mises en œuvre, ces recommandations contribueront à une normalisation large de la recherche et de la pratique par ADNe, avec la possibilité d'adapter les flux de travail pour une analyse optimale et différentes applications. Une telle normalisation fournira des données plus robustes, comparables et écologiquement significatives pour permettre une conservation et une gestion efficaces de la biodiversité des étangs.

@article{doi101007s1075001837505,
    author = "Harper, Lynsey R. et Buxton, Andrew S. et Rees, Helen C. et Bruce, Kat et Brys, Rein et Halfmaerten, David et Read, Daniel S. et Watson, Hayley V. et Sayer, Carl D. et Jones, Eleanor P. et Priestley, Victoria et Mächler, Elvira et Múrria, Cesc et Garcés‐Pastor, Sandra et Medupin, Cecilia et Burgess, Katherine B. et Benson, G. B. G. et Boonham, Neil et Griffiths, Richard A. et Handley, Lori Lawson et Hänfling, Bernd",
    title = "Prospects and challenges of environmental DNA (eDNA) monitoring in freshwater ponds",
    year = "2018",
    journal = "Hydrobiologia",
    abstract = "L'analyse de l'ADN environnemental (ADNe) est un outil de surveillance de la biodiversité rapide, non invasif et rentable, avec un potentiel énorme pour éclairer la conservation et la gestion aquatiques. Le développement est en cours, avec un fort intérêt commercial, et de nouvelles utilisations sont continuellement découvertes. Les applications générales de l'ADNe et les lignes directrices pour les meilleures pratiques dans les systèmes d'eau douce ont été établies, mais les évaluations spécifiques aux habitats font défaut. Les étangs sont des systèmes très diversifiés, mais peu étudiés, qui pourraient bénéficier de la surveillance par ADNe. Cependant, les applications de l'ADNe dans les étangs et les contraintes méthodologiques spécifiques à ces environnements restent non abordées. À la suite d'un atelier avec les parties prenantes en 2017, les chercheurs ont combiné leurs connaissances et leur expertise pour examiner ces applications et les défis qui doivent être abordés pour l'avenir et la cohérence de la surveillance par ADNe dans les étangs. Les plus grands défis pour les enquêtes par ADNe dans les étangs sont l'échantillonnage représentatif, la capture de l'ADNe et l'inhibition potentielle de la PCR. Nous fournissons des recommandations pour l'échantillonnage, la capture de l'ADNe, les tests d'inhibition et les pratiques de laboratoire, qui devraient aider les nouveaux projets et les projets en cours par ADNe dans les étangs. Si elles sont mises en œuvre, ces recommandations contribueront à une normalisation large de la recherche et de la pratique par ADNe, avec la possibilité d'adapter les flux de travail pour une analyse optimale et différentes applications. Une telle normalisation fournira des données plus robustes, comparables et écologiquement significatives pour permettre une conservation et une gestion efficaces de la biodiversité des étangs.",
    url = "https://doi.org/10.1007/s10750-018-3750-5",
    doi = "10.1007/s10750-018-3750-5",
    openalex = "W2889134269",
    references = "doi101016jwatres201803003"
}

Après l'indépendance et conformément aux politiques environnementales mondiales, le gouvernement de la Namibie a partiellement transféré la responsabilité de la gestion de la faune sauvage et de l'eau aux communautés locales. Dans cet article, nous utilisons le concept de justice environnementale comme guide théorique pour explorer les effets combinés que ces nouvelles politiques ont eus sur les pasteurs dans la Namibie rurale et aride. Nous constatons, d'abord, que, partiellement grâce aux efforts de conservation, la population d'éléphants a augmenté considérablement. Alors qu'une population d'éléphants saine soutient un tourisme international exclusif, les éléphants causent une destruction de plus en plus grande aux points d'eau communautaires, entraînant ainsi des coûts financiers locaux croissants. Cependant, seule une petite fraction des revenus du tourisme communautaire reste dans les communautés, et relativement peu de personnes bénéficient directement de ces revenus. Deuxièmement, alors que de nouvelles institutions de partage communautaire pour l'eau émergent, les pasteurs économiquement marginalisés subventionnent les coûts financiers de l'eau pour leurs voisins aisés et l'industrie touristique. En examinant les effets combinés des politiques de GBCR pour l'eau et la gestion de la faune sauvage, ces politiques sont susceptibles de conduire à une meilleure gestion des ressources mais à une inégalité économique plus grande. Pour interpréter ces résultats, nous examinons comment le GBCR transforme les paysages et la faune sauvage en marchandises mondiales. Ce processus entraîne les communautés vers de nouveaux régimes de propriété commune ainsi que vers la privatisation en même temps et aide à expliquer les changements socio-écologiques que nous observons.

@article{doi101016jgeoforum201805010,
    author = "Schnegg, Michael et Kiaka, Richard Dimba",
    title = "Éléphants subventionnés : gouvernance communautaire des ressources et justice environnementale (in) dans la Namibie",
    year = "2018",
    journal = "Geoforum",
    abstract = "Après l'indépendance et conformément aux politiques environnementales mondiales, le gouvernement de la Namibie a partiellement transféré la responsabilité de la gestion de la faune sauvage et de l'eau aux communautés locales. Dans cet article, nous utilisons le concept de justice environnementale comme guide théorique pour explorer les effets combinés que ces nouvelles politiques ont eus sur les pasteurs dans la Namibie rurale et aride. Nous constatons, d'abord, que, partiellement grâce aux efforts de conservation, la population d'éléphants a augmenté considérablement. Alors qu'une population d'éléphants saine soutient un tourisme international exclusif, les éléphants causent une destruction de plus en plus grande aux points d'eau communautaires, entraînant ainsi des coûts financiers locaux croissants. Cependant, seule une petite fraction des revenus du tourisme communautaire reste dans les communautés, et relativement peu de personnes bénéficient directement de ces revenus. Deuxièmement, alors que de nouvelles institutions de partage communautaire pour l'eau émergent, les pasteurs économiquement marginalisés subventionnent les coûts financiers de l'eau pour leurs voisins aisés et l'industrie touristique. En examinant les effets combinés des politiques de GBCR pour l'eau et la gestion de la faune sauvage, ces politiques sont susceptibles de conduire à une meilleure gestion des ressources mais à une inégalité économique plus grande. Pour interpréter ces résultats, nous examinons comment le GBCR transforme les paysages et la faune sauvage en marchandises mondiales. Ce processus entraîne les communautés vers de nouveaux régimes de propriété commune ainsi que vers la privatisation en même temps et aide à expliquer les changements socio-écologiques que nous observons.",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.geoforum.2018.05.010",
    doi = "10.1016/j.geoforum.2018.05.010",
    openalex = "W2803787839",
    references = "openalexw1497677346"
}

Malgré l'importance écologique et sociétale des grands fleuves, l'échantillonnage des poissons reste coûteux et limité à des habitats spécifiques (par exemple, les berges des rivières). En utilisant une approche de métabarcodage de l'ADN environnemental (eDNA), nous avons régulièrement échantillonné 500 km d'un grand fleuve (le Rhône). Des comparaisons avec des enquêtes de pêche électrique à long terme ont démontré la capacité du métabarcodage de l'eDNA à révéler qualitativement et quantitativement les structures des assemblages de poissons (abondance relative des espèces), mais l'eDNA intègre un espace plus vaste que le lieu d'échantillonnage classique. La combinaison d'une revue de littérature et de données de terrain a montré que l'eDNA se comporte dans la colonne d'eau comme de la matière organique particulaire fine. Sa distance de détection variait de quelques kilomètres dans un petit ruisseau à plus de 100 km dans un grand fleuve. À notre connaissance, nos résultats constituent la première démonstration de la capacité du métabarcodage de l'eDNA à décrire les modèles longitudinaux des assemblages de poissons dans un grand fleuve, et le métabarcodage semble être une méthode fiable et rentable pour la surveillance future.

@article{doi101038s41598018284248,
    author = "Pont, Didier et Rocle, Mathieu et Valentini, Alice et Civade, Raphaël et Jean, Pauline et Maire, Anthony et Roset, Nicolas et Schabuss, Michael et Zornig, Horst et Déjean, Tony",
    title = "Environmental DNA reveals quantitative patterns of fish biodiversity in large rivers despite its downstream transportation",
    year = "2018",
    journal = "Scientific Reports",
    abstract = "Despite the ecological and societal importance of large rivers, fish sampling remains costly and limited to specific habitats (e.g., river banks). Using an eDNA metabarcoding approach, we regularly sampled 500 km of a large river (Rhône River). Comparisons with long-term electrofishing surveys demonstrated the ability of eDNA metabarcoding to qualitatively and quantitatively reveal fish assemblage structures (relative species abundance) but eDNA integrated a larger space than the classical sampling location. Combination of a literature review and field data showed that eDNA behaves in the water column like fine particulate organic matter. Its detection distance varied from a few km in a small stream to more than 100 km in a large river. To our knowledge, our results are the first demonstration of the capacity of eDNA metabarcoding to describe longitudinal fish assemblage patterns in a large river, and metabarcoding appears to be a reliable, cost-effective method for future monitoring.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41598-018-28424-8",
    doi = "10.1038/s41598-018-28424-8",
    openalex = "W2809994961",
    references = "doi101038srep40368, doi101111mec14350"
}

Alors que l'ADN environnemental (ADNe) devient une ressource de plus en plus précieuse pour la surveillance des écosystèmes marins, comprendre les variations de sa persistance dans des environnements contrastés est essentiel. Ici, nous quantifions la dégradation de l'ADNe macrobique sur un axe spatio-temporel de conditions localement extrêmes, variant de l'offshore influencé par l'océan à l'inshore urbain, et entre l'hiver et l'été. Nous rapportons que l'ADNe se dégrade 1,6 fois plus rapidement dans l'environnement inshore que dans l'environnement offshore, mais contrairement aux attentes, nous ne trouvons aucune différence selon la saison. L'analyse des covariables environnementales montre un gradient spatial de salinité et un gradient temporel de pH, avec la salinité – ou les corrélats biotiques de celle-ci – la plus importante. Sur la base de notre demi-vie estimée de l'ADNe inshore et des concentrations naturelles d'ADNe, nous estimons que l'ADNe peut être détecté pendant environ 48 heures, offrant la possibilité de collecter des données sur les communautés écologiques d'une fidélité locale élevée. Nous concluons en plaçant ces résultats dans le contexte des taux de dégradation de l'ADNe publiés précédemment.

@article{doi101038s4200301801926,
    author = "Collins, Rupert A. et Wangensteen, Owen S. et O’Gorman, Eoin J. et Mariani, Stefano et Sims, David et Genner, Martin J.",
    title = "Persistence of environmental DNA in marine systems",
    year = "2018",
    journal = "Communications Biology",
    abstract = "Alors que l'ADN environnemental (ADNe) devient une ressource de plus en plus précieuse pour la surveillance des écosystèmes marins, comprendre les variations de sa persistance dans des environnements contrastés est essentiel. Ici, nous quantifions la dégradation de l'ADNe macrobique sur un axe spatio-temporel de conditions localement extrêmes, variant de l'offshore influencé par l'océan à l'inshore urbain, et entre l'hiver et l'été. Nous rapportons que l'ADNe se dégrade 1,6 fois plus rapidement dans l'environnement inshore que dans l'environnement offshore, mais contrairement aux attentes, nous ne trouvons aucune différence selon la saison. L'analyse des covariables environnementales montre un gradient spatial de salinité et un gradient temporel de pH, avec la salinité – ou les corrélats biotiques de celle-ci – la plus importante. Sur la base de notre demi-vie estimée de l'ADNe inshore et des concentrations naturelles d'ADNe, nous estimons que l'ADNe peut être détecté pendant environ 48 heures, offrant la possibilité de collecter des données sur les communautés écologiques d'une fidélité locale élevée. Nous concluons en plaçant ces résultats dans le contexte des taux de dégradation de l'ADNe publiés précédemment.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s42003-018-0192-6",
    doi = "10.1038/s42003-018-0192-6",
    openalex = "W2899195544",
    references = "doi1010079780387874586, doi101007s1059201507754, doi101016jbiocon201411019, doi101016jtree201404003, doi101038srep40368, doi101093nargks596, doi101098rstb20051716, doi1011111365266412306, doi101111mec14350, doi1013851592591922365, openalexw3086315876"
}

Résumé L'ADN environnemental (eDNA), c'est-à-dire l'ADN libéré dans l'environnement par toute forme vivante, représente une formidable opportunité pour recueillir des informations à haut débit et standardisées sur la répartition ou les habitudes alimentaires des espèces. Il a donc un grand potentiel pour les applications en écologie et en gestion de la biodiversité. Cependant, ce domaine de recherche évolue rapidement, implique différentes compétences et manque actuellement d'approches standardisées, ce qui appelle à une synthèse à jour et complète. L'ADN environnemental pour la recherche et le suivi de la biodiversité couvre les méthodes actuelles basées sur l'eDNA, avec un accent particulier sur le « métabarcodage eDNA ». Destiné aux scientifiques et aux gestionnaires, il fournit les informations de base nécessaires pour concevoir des expériences solides. Il revoit toutes les étapes nécessaires pour produire des données de métabarcodage de haute qualité, telles que l'échantillonnage, la conception du métabarcodage, l'optimisation des protocoles PCR et de séquençage, ainsi que l'analyse de grands ensembles de données de séquençage. Toutes ces étapes différentes sont présentées en discutant du potentiel et des défis actuels des approches basées sur l'eDNA pour inférer des paramètres sur la biodiversité ou les processus écologiques. Les derniers chapitres de ce livre examinent comment le métabarcodage de l'ADN a été utilisé jusqu'à présent pour révéler de nouveaux modèles de diversité dans l'espace et le temps, pour détecter des espèces particulières et pour répondre à de nouvelles questions écologiques dans divers écosystèmes et pour divers organismes. L'ADN environnemental pour la recherche et le suivi de la biodiversité constitue une lecture essentielle pour tous les étudiants de niveau supérieur, chercheurs et praticiens qui ne possèdent pas de solides connaissances en génétique moléculaire et qui sont disposés à utiliser des approches eDNA en écologie et en biomonitoring.

@book{doi101093oso97801987672200010001,
    author = "Taberlet, Pierre et Bonin, Aurélie et Zinger, Lucie et Coissac, Éric",
    title = "ADN environnemental",
    year = "2018",
    abstract = "Résumé L'ADN environnemental (eDNA), c'est-à-dire l'ADN libéré dans l'environnement par toute forme vivante, représente une formidable opportunité pour recueillir des informations à haut débit et standardisées sur la répartition ou les habitudes alimentaires des espèces. Il a donc un grand potentiel pour les applications en écologie et en gestion de la biodiversité. Cependant, ce domaine de recherche évolue rapidement, implique différentes compétences et manque actuellement d'approches standardisées, ce qui appelle à une synthèse à jour et complète. L'ADN environnemental pour la recherche et le suivi de la biodiversité couvre les méthodes actuelles basées sur l'eDNA, avec un accent particulier sur le « métabarcodage eDNA ». Destiné aux scientifiques et aux gestionnaires, il fournit les informations de base nécessaires pour concevoir des expériences solides. Il revoit toutes les étapes nécessaires pour produire des données de métabarcodage de haute qualité, telles que l'échantillonnage, la conception du métabarcodage, l'optimisation des protocoles PCR et de séquençage, ainsi que l'analyse de grands ensembles de données de séquençage. Toutes ces étapes différentes sont présentées en discutant du potentiel et des défis actuels des approches basées sur l'eDNA pour inférer des paramètres sur la biodiversité ou les processus écologiques. Les derniers chapitres de ce livre examinent comment le métabarcodage de l'ADN a été utilisé jusqu'à présent pour révéler de nouveaux modèles de diversité dans l'espace et le temps, pour détecter des espèces particulières et pour répondre à de nouvelles questions écologiques dans divers écosystèmes et pour divers organismes. L'ADN environnemental pour la recherche et le suivi de la biodiversité constitue une lecture essentielle pour tous les étudiants de niveau supérieur, chercheurs et praticiens qui ne possèdent pas de solides connaissances en génétique moléculaire et qui sont disposés à utiliser des approches eDNA en écologie et en biomonitoring.",
    url = "https://doi.org/10.1093/oso/9780198767220.001.0001",
    doi = "10.1093/oso/9780198767220.001.0001",
    openalex = "W4250963355",
    references = "doi101007s1059201507754, doi101016b9780123721808500421, doi101016jtree200504005, doi101016jtree201404003, doi101038nmeth3869, doi101038nmethf303, doi101038srep40368, doi101073pnas74125463, doi101093nar25173389, doi101093nargks1219, doi101098rsos150088, doi101111j1365294x201105418x, doi101111j1365294x201205537x, doi101111j175348871981tb06752x, doi101111j1755263x201000158x, doi101126science2448875, doi101126scienceaac9323, doi101126scienceaam9695, doi101128aem0006207, doi101128aem0154109, doi101139cjfas20130047, doi101146annurevgenet37110801143214, doi101371journalpone0059520, doi1018901119521"
}

Alors que ces dernières années, les enquêtes de métabarçodage de l'ADN environnemental (ADNe) ont montré un grand potentiel en tant que méthode de surveillance alternative, leur intégration dans les programmes existants de surveillance marine pourrait être entravée par la dispersion du signal d'ADNe. Les courants et les influences des marées pourraient transporter l'ADNe sur de grandes distances, induisant une détection d'espèces faussement positive, conduisant à des évaluations de la biodiversité inexactes et, en fin de compte, à une mauvaise gestion des environnements marins. Dans cette étude, nous avons déterminé la capacité des enquêtes de métabarçodage de l'ADNe à distinguer les signaux localisés obtenus à partir de quatre habitats marins à une petite échelle spatiale (<5 km) soumis à des courants de marée et un écoulement d'eau le long de la côte significatifs. Notre enquête de métabarçodage de l'ADNe a détecté 86 genres, au sein de 77 familles et à travers 11 empires en utilisant trois essais de métabarçodage établis ciblant la diversité des poissons (gène 16S rRNA), des crustacés (gène 16S rRNA) et des eucaryotes (sous-unité 1 de l'oxydase cytochrome). Les analyses d'ordination et de regroupement pour les ensembles de données taxonomiques et OTU montrent des signaux d'ADNe distincts entre les habitats échantillonnés, suggérant que la dispersion de l'ADNe entre les habitats était limitée. Les taxons individuels avec de fortes préférences d'habitat ont affiché des signaux d'ADNe localisés conformément à leur habitat respectif, tandis que les taxons connus pour être moins spécifiques à l'habitat ont généré des signaux plus ubiquistes. Nos données ajoutent à la preuve que les enquêtes de métabarçodage de l'ADNe dans les environnements marins détectent une large gamme de taxons qui sont spatialement discrets. Notre travail met également en évidence que l'affinement du choix de l'essai est essentiel pour réaliser tout le potentiel des enquêtes de métabarçodage de l'ADNe dans les programmes de surveillance de la biodiversité marine.

@article{doi1011111755099812982,
    author = "Jeunen, Gert‐Jan et Knapp, Michael et Spencer, Hamish G. et Lamare, Miles D. et Taylor, Helen R. et Stat, Michael et Bunce, Michael et Gemmell, Neil J.",
    title = "Environmental DNA (eDNA) metabarcoding reveals strong discrimination among diverse marine habitats connected by water movement",
    year = "2018",
    journal = "Molecular Ecology Resources",
    abstract = "Alors que ces dernières années, les enquêtes de métabarçodage de l'ADN environnemental (ADNe) ont montré un grand potentiel en tant que méthode de surveillance alternative, leur intégration dans les programmes existants de surveillance marine pourrait être entravée par la dispersion du signal d'ADNe. Les courants et les influences des marées pourraient transporter l'ADNe sur de grandes distances, induisant une détection d'espèces faussement positive, conduisant à des évaluations de la biodiversité inexactes et, en fin de compte, à une mauvaise gestion des environnements marins. Dans cette étude, nous avons déterminé la capacité des enquêtes de métabarçodage de l'ADNe à distinguer les signaux localisés obtenus à partir de quatre habitats marins à une petite échelle spatiale (<5 km) soumis à des courants de marée et un écoulement d'eau le long de la côte significatifs. Notre enquête de métabarçodage de l'ADNe a détecté 86 genres, au sein de 77 familles et à travers 11 empires en utilisant trois essais de métabarçodage établis ciblant la diversité des poissons (gène 16S rRNA), des crustacés (gène 16S rRNA) et des eucaryotes (sous-unité 1 de l'oxydase cytochrome). Les analyses d'ordination et de regroupement pour les ensembles de données taxonomiques et OTU montrent des signaux d'ADNe distincts entre les habitats échantillonnés, suggérant que la dispersion de l'ADNe entre les habitats était limitée. Les taxons individuels avec de fortes préférences d'habitat ont affiché des signaux d'ADNe localisés conformément à leur habitat respectif, tandis que les taxons connus pour être moins spécifiques à l'habitat ont généré des signaux plus ubiquistes. Nos données ajoutent à la preuve que les enquêtes de métabarçodage de l'ADNe dans les environnements marins détectent une large gamme de taxons qui sont spatialement discrets. Notre travail met également en évidence que l'affinement du choix de l'essai est essentiel pour réaliser tout le potentiel des enquêtes de métabarçodage de l'ADNe dans les programmes de surveillance de la biodiversité marine.",
    url = "https://doi.org/10.1111/1755-0998.12982",
    doi = "10.1111/1755-0998.12982",
    openalex = "W2906482497",
    references = "doi101038s41598017125015"
}

À l'ère de la « défaunation de l'Anthropocène », les grandes espèces ne sont souvent plus détectées dans les habitats où elles existaient autrefois. Cependant, il reste incertain si cette diversité apparente manquante, ou « sombre », de la mégafaune résulte de l'extirpation locale des espèces ou de l'échec à détecter les individus restants et insaisissables. Nous constatons que, malgré un effort d'échantillonnage quatre fois inférieur, l'ADN environnemental (ADNe) détecte 44 % d'espèces de requins de plus que les recensements visuels sous-marins traditionnels et les vidéos avec appâts à travers l'archipel de Nouvelle-Calédonie (Pacifique sud-ouest). De plus, l'analyse de l'ADNe révèle la présence d'espèces de requins précédemment non observées dans des zones touchées par l'homme. Dans l'ensemble, nos résultats soulignent une prévalence plus élevée de requins que celle décrite par les méthodes d'enquête traditionnelles, tant dans les zones touchées que dans les zones sauvages. Cela indique un besoin urgent d'évaluations à grande échelle de l'ADNe pour améliorer la surveillance de la mégafaune menacée et insaisissable. Enfin, nos résultats soulignent la nécessité d'efforts de conservation spécifiquement orientés vers la protection des populations résiduelles et insaisissables.

@article{doi101126sciadvaap9661,
    author = "Boussarie, Germain et Bakker, Judith et Wangensteen, Owen S. et Mariani, Stefano et Bonnin, Lucas et Juhel, Jean‐Baptiste et Kiszka, Jérémy J. et Kulbicki, Michel et Manel, Stéphanie et Robbins, William D. et Vigliola, Laurent et Mouillot, David",
    title = "L'ADN environnemental éclaire la diversité sombre des requins",
    year = "2018",
    journal = "Science Advances",
    abstract = {À l'ère de la « défaunation de l'Anthropocène », les grandes espèces ne sont souvent plus détectées dans les habitats où elles existaient autrefois. Cependant, il reste incertain si cette diversité apparente manquante, ou « sombre », de la mégafaune résulte de l'extirpation locale des espèces ou de l'échec à détecter les individus restants et insaisissables. Nous constatons que, malgré un effort d'échantillonnage quatre fois inférieur, l'ADN environnemental (ADNe) détecte 44 % d'espèces de requins de plus que les recensements visuels sous-marins traditionnels et les vidéos avec appâts à travers l'archipel de Nouvelle-Calédonie (Pacifique sud-ouest). De plus, l'analyse de l'ADNe révèle la présence d'espèces de requins précédemment non observées dans des zones touchées par l'homme. Dans l'ensemble, nos résultats soulignent une prévalence plus élevée de requins que celle décrite par les méthodes d'enquête traditionnelles, tant dans les zones touchées que dans les zones sauvages. Cela indique un besoin urgent d'évaluations à grande échelle de l'ADNe pour améliorer la surveillance de la mégafaune menacée et insaisissable. Enfin, nos résultats soulignent la nécessité d'efforts de conservation spécifiquement orientés vers la protection des populations résiduelles et insaisissables.},
    url = "https://doi.org/10.1126/sciadv.aap9661",
    doi = "10.1126/sciadv.aap9661",
    openalex = "W2802297949",
    references = "doi101038s41598017125015"
}

La synthèse fiable des divers corpus d'informations en rapide expansion est vitale pour le processus de prise de décision fondée sur les preuves dans les politiques, les pratiques et la recherche environnementales. Avec l'essor de la médecine fondée sur les preuves et le nombre croissant de revues systématiques publiées, des critères pour évaluer la qualité du rapport ont été développés. D'abord QUOROM (Lancet 354:1896–1900, 1999) puis PRISMA (Ann Intern Med 151:264, 2009) ont été développés comme lignes directrices et normes de rapport pour garantir que les méta-analyses médicales et les revues systématiques soient rapportées avec un haut niveau de détail. PRISMA est maintenant largement utilisé par une gamme de revues comme liste de contrôle avant soumission. Cependant, en raison de son développement pour les revues systématiques dans le domaine de la santé, PRISMA a une applicabilité limitée pour les revues dans la conservation et la gestion environnementale. Nous mettons en évidence 12 problèmes clés liés à l'application de PRISMA à ce domaine, notamment une survalorisation de la méta-analyse et aucune considération pour d'autres méthodes de synthèse. Nous présentons ROSES (RepOrting standards for Systematic Evidence Syntheses), un formulaire pro forma et un diagramme de flux conçus spécifiquement pour les revues systématiques et les cartes systématiques dans le domaine de la conservation et de la gestion environnementale. Nous décrivons comment ROSES résout les problèmes de PRISMA. Nous esquissons les avantages clés de notre approche de conception de ROSES, en particulier le niveau de détail et l'inclusion d'énoncés de guidage riches. Nous présentons également l'extraction de métadonnées qui décrivent les aspects clés de la conduite de la revue. Rassemblées, cette fiche résumée peut aider à faciliter la revue rapide et l'évaluation de la conduite d'une revue systématique ou d'une carte, potentiellement en accélérant le processus de relecture par les pairs. Nous présentons les résultats des premiers tests routiers de ROSES avec des experts en revues systématiques et proposons un plan pour le développement futur de ROSES.

@article{doi101186s1375001801217,
    author = "Haddaway, Neal et Macura, Biljana et Whaley, Paul et Pullin, Andrew S.",
    title = "ROSES RepOrting standards for Systematic Evidence Syntheses : formulaire pro forma, diagramme de flux et résumé descriptif du plan et de la conduite des revues systématiques environnementales et des cartes systématiques",
    year = "2018",
    journal = "Environmental Evidence",
    abstract = "La synthèse fiable des divers corpus d'informations en rapide expansion est vitale pour le processus de prise de décision fondée sur les preuves dans les politiques, les pratiques et la recherche environnementales. Avec l'essor de la médecine fondée sur les preuves et le nombre croissant de revues systématiques publiées, des critères pour évaluer la qualité du rapport ont été développés. D'abord QUOROM (Lancet 354:1896–1900, 1999) puis PRISMA (Ann Intern Med 151:264, 2009) ont été développés comme lignes directrices et normes de rapport pour garantir que les méta-analyses médicales et les revues systématiques soient rapportées avec un haut niveau de détail. PRISMA est maintenant largement utilisé par une gamme de revues comme liste de contrôle avant soumission. Cependant, en raison de son développement pour les revues systématiques dans le domaine de la santé, PRISMA a une applicabilité limitée pour les revues dans la conservation et la gestion environnementale. Nous mettons en évidence 12 problèmes clés liés à l'application de PRISMA à ce domaine, notamment une survalorisation de la méta-analyse et aucune considération pour d'autres méthodes de synthèse. Nous présentons ROSES (RepOrting standards for Systematic Evidence Syntheses), un formulaire pro forma et un diagramme de flux conçus spécifiquement pour les revues systématiques et les cartes systématiques dans le domaine de la conservation et de la gestion environnementale. Nous décrivons comment ROSES résout les problèmes de PRISMA. Nous esquissons les avantages clés de notre approche de conception de ROSES, en particulier le niveau de détail et l'inclusion d'énoncés de guidage riches. Nous présentons également l'extraction de métadonnées qui décrivent les aspects clés de la conduite de la revue. Rassemblées, cette fiche résumée peut aider à faciliter la revue rapide et l'évaluation de la conduite d'une revue systématique ou d'une carte, potentiellement en accélérant le processus de relecture par les pairs. Nous présentons les résultats des premiers tests routiers de ROSES avec des experts en revues systématiques et proposons un plan pour le développement futur de ROSES.",
    url = "https://doi.org/10.1186/s13750-018-0121-7",
    doi = "10.1186/s13750-018-0121-7",
    openalex = "W2795357522",
    references = "doi101111j15231739200600485x"
}

Résumé Le débat entre le partage des terres et l'épargne des terres s'est récemment enlisé, manquant d'une perspective intégratrice dans les paysages agricoles ainsi que d'une prise en compte des services écosystémiques. Ici, nous soutenons que le partage des terres (c'est-à-dire les systèmes agricoles favorables à la faune sauvage) et l'épargne des terres (c'est-à-dire la séparation de l'agriculture à haut rendement et des habitats naturels) ne sont pas mutuellement exclusifs, car les deux sont nécessaires pour équilibrer les besoins de gestion de la multifonctionnalité des paysages agricoles. Le partage des terres favorise les services écosystémiques dans les contextes agricoles, permettant ainsi une production respectueuse de l'environnement. Les terres mises en réserve dans des zones protégées par l'épargne des terres sont cruciales pour la conservation de celles des espèces qui sont incompatibles avec l'agriculture. Importamment, alors que les espèces se déplacent à travers le paysage et exploitent différents habitats, une connectivité accrue entre les zones gérées respectueuses de l'environnement et les zones protégées est nécessaire pour (a) favoriser le débordement des fournisseurs de services écosystémiques des mesures de partage/épargne des terres vers la production agricole et sauver les espèces fournissant des services de l'extinction dans des zones hostiles, (b) faciliter l'immigration et contrer les extinctions possibles dans les habitats épargnés et (c) conserver la diversité des réponses des communautés d'espèces pour assurer la résilience des services écosystémiques dans des environnements changeants. En conclusion, la gestion réussie de paysages multifonctionnels nécessite la combinaison de mesures de partage et d'épargne des terres spécifiques au contexte au sein de mosaïques de paysages spatialement bien connectées, aboutissant à des paysages de connectivité de partage/épargne des terres. Un résumé en langage clair est disponible pour cet article.

@article{doi101002pan321,
    author = "Graß, Ingo et Loos, Jacqueline et Baensch, Svenja et Batáry, Péter et Librán‐Embid, Felipe et Ficiciyan, Anoush et Klaus, Felix et Riechers, Maraja et Rosa, Julia et Tiede, Julia et Udy, Kristy et Westphal, Catrin et Wurz, Annemarie et Tscharntke, Teja",
    title = "Land‐sharing/‐sparing connectivity landscapes for ecosystem services and biodiversity conservation",
    year = "2019",
    journal = "People and Nature",
    abstract = "Résumé Le débat entre le partage des terres et l'épargne des terres s'est récemment enlisé, manquant d'une perspective intégratrice dans les paysages agricoles ainsi que d'une prise en compte des services écosystémiques. Ici, nous soutenons que le partage des terres (c'est-à-dire les systèmes agricoles favorables à la faune sauvage) et l'épargne des terres (c'est-à-dire la séparation de l'agriculture à haut rendement et des habitats naturels) ne sont pas mutuellement exclusifs, car les deux sont nécessaires pour équilibrer les besoins de gestion de la multifonctionnalité des paysages agricoles. Le partage des terres favorise les services écosystémiques dans les contextes agricoles, permettant ainsi une production respectueuse de l'environnement. Les terres mises en réserve dans des zones protégées par l'épargne des terres sont cruciales pour la conservation de celles des espèces qui sont incompatibles avec l'agriculture. Importamment, alors que les espèces se déplacent à travers le paysage et exploitent différents habitats, une connectivité accrue entre les zones gérées respectueuses de l'environnement et les zones protégées est nécessaire pour (a) favoriser le débordement des fournisseurs de services écosystémiques des mesures de partage/épargne des terres vers la production agricole et sauver les espèces fournissant des services de l'extinction dans des zones hostiles, (b) faciliter l'immigration et contrer les extinctions possibles dans les habitats épargnés et (c) conserver la diversité des réponses des communautés d'espèces pour assurer la résilience des services écosystémiques dans des environnements changeants. En conclusion, la gestion réussie de paysages multifonctionnels nécessite la combinaison de mesures de partage et d'épargne des terres spécifiques au contexte au sein de mosaïques de paysages spatialement bien connectées, aboutissant à des paysages de connectivité de partage/épargne des terres. Un résumé en langage clair est disponible pour cet article.",
    url = "https://doi.org/10.1002/pan3.21",
    doi = "10.1002/pan3.21",
    openalex = "W2942710351",
    references = "doi101038nature24457, doi101111cobi12536"
}

L'éducation environnementale efficace représente plus qu'un transfert unidirectionnel d'informations : au contraire, cet ensemble d'outils développe et renforce les attitudes, valeurs et connaissances environnementales, tout en construisant des compétences qui préparent les individus et les communautés à entreprendre conjointement des actions environnementales positives. L'éducation environnementale facilite également les liens entre les résultats de recherche actionnables et les pratiques sur le terrain, créant des espaces synergiques où les parties prenantes collaborent pour résoudre des problèmes environnementaux dynamiques au fil du temps. En raison de cet engagement envers l'application et l'itération, l'éducation environnementale peut entraîner des bénéfices directs pour l'environnement et aborder concrètement les questions de conservation. Pourtant, le chemin pour atteindre ces impacts tangibles peut être sinueux, avec des données robustes documentant des changements difficiles à produire. Pour mieux comprendre les espaces de recherche-mise en œuvre où ces résultats d'éducation environnementale se produisent, sont mesurés et sont rapportés, nous avons entrepris une revue systématique de la recherche sur les contributions de l'éducation environnementale aux résultats de conservation et de qualité environnementale. Compte tenu de la variation des conceptions de recherche et des données, nous avons utilisé une approche mixte pour la revue ; l'analyse des 105 études résultantes a documenté des résultats d'éducation environnementale globalement très positifs et a mis en évidence des espaces de recherche-mise en œuvre productifs. Les analyses du chi-carré ont révélé que les programmes rapportant des résultats directs, par rapport à ceux rapportant des résultats indirects, différaient sur le sujet principal abordé. Une analyse narrative a indiqué que les programmes d'éducation environnementale documentant des impacts directs comprenaient : une orientation vers des problèmes localisés ou des dimensions localement pertinentes de problèmes plus larges ; une collaboration avec des scientifiques, des gestionnaires de ressources et/ou des organisations communautaires ; des éléments d'action intégrés ; et des structures de mesure/rapport intentionnelles. Ces thèmes suggèrent des idées de développement et de documentation de programmes ainsi que d'autres opportunités pour des espaces de recherche-mise en œuvre productifs.

@article{doi101016jbiocon2019108224,
    author = "Ardoin, Nicole M. et Bowers, Alison W. et Gaillard, Estelle",
    title = "Résultats de l'éducation environnementale pour la conservation : Une revue systématique",
    year = "2019",
    journal = "Biological Conservation",
    abstract = "L'éducation environnementale efficace représente plus qu'un transfert unidirectionnel d'informations : au contraire, cet ensemble d'outils développe et renforce les attitudes, valeurs et connaissances environnementales, tout en construisant des compétences qui préparent les individus et les communautés à entreprendre conjointement des actions environnementales positives. L'éducation environnementale facilite également les liens entre les résultats de recherche actionnables et les pratiques sur le terrain, créant des espaces synergiques où les parties prenantes collaborent pour résoudre des problèmes environnementaux dynamiques au fil du temps. En raison de cet engagement envers l'application et l'itération, l'éducation environnementale peut entraîner des bénéfices directs pour l'environnement et aborder concrètement les questions de conservation. Pourtant, le chemin pour atteindre ces impacts tangibles peut être sinueux, avec des données robustes documentant des changements difficiles à produire. Pour mieux comprendre les espaces de recherche-mise en œuvre où ces résultats d'éducation environnementale se produisent, sont mesurés et sont rapportés, nous avons entrepris une revue systématique de la recherche sur les contributions de l'éducation environnementale aux résultats de conservation et de qualité environnementale. Compte tenu de la variation des conceptions de recherche et des données, nous avons utilisé une approche mixte pour la revue ; l'analyse des 105 études résultantes a documenté des résultats d'éducation environnementale globalement très positifs et a mis en évidence des espaces de recherche-mise en œuvre productifs. Les analyses du chi-carré ont révélé que les programmes rapportant des résultats directs, par rapport à ceux rapportant des résultats indirects, différaient sur le sujet principal abordé. Une analyse narrative a indiqué que les programmes d'éducation environnementale documentant des impacts directs comprenaient : une orientation vers des problèmes localisés ou des dimensions localement pertinentes de problèmes plus larges ; une collaboration avec des scientifiques, des gestionnaires de ressources et/ou des organisations communautaires ; des éléments d'action intégrés ; et des structures de mesure/rapport intentionnelles. Ces thèmes suggèrent des idées de développement et de documentation de programmes ainsi que d'autres opportunités pour des espaces de recherche-mise en œuvre productifs.",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.biocon.2019.108224",
    doi = "10.1016/j.biocon.2019.108224",
    openalex = "W2984404402",
    references = "doi101111j15231739200600485x"
}

Le métabarcoding de l'ADN environnemental (ADNe) est une méthode novatrice d'évaluation de la biodiversité dans laquelle des échantillons sont prélevés dans l'environnement via l'eau, les sédiments ou l'air à partir desquels l'ADN est extrait, puis amplifié en utilisant des amorces générales ou universelles dans la réaction en chaîne par polymérase et séquencé en utilisant le séquençage de nouvelle génération pour générer des milliers à des millions de lectures. À partir de ces données, la présence d'espèces peut être déterminée et la biodiversité globale évaluée. Il s'agit d'une méthode interdisciplinaire qui rassemble l'écologie de terrain traditionnelle avec des méthodes moléculaires approfondies et des outils informatiques avancés. En tant que méthode de suivi émergente, il existe de nombreux pièges et obstacles à considérer et à éviter, mais la méthode peut encore avoir la capacité de révolutionner les enquêtes modernes sur la biodiversité pour l'ère moléculaire. Dans cet article, nous passons en revue la méthodologie de base, les avantages et les préoccupations du métabarcoding de l'ADNe, et couvrons systématiquement les applications de la méthode en écologie mondiale jusqu'à présent, y compris le suivi de la biodiversité dans tous les habitats et groupes taxonomiques, la reconstruction des écosystèmes anciens, les interactions plante-pollinisateur, l'analyse des régimes alimentaires, la détection des espèces envahissantes, les réponses à la pollution et le suivi de la qualité de l'air. Nous discutons également des applications futures de la méthode ainsi que des avancées technologiques attendues et de la manière dont elles peuvent impacter la façon dont le métabarcoding de l'ADNe sera utilisé à l'avenir. Le métabarcoding de l'ADNe est une méthode unique toujours en développement et restera probablement en évolution pendant un certain temps à mesure que la technologie progresse et que les procédures deviennent standardisées. Cependant, à mesure que le métabarcoding est optimisé et que son utilisation devient plus répandue, il est probable qu'il devienne un outil essentiel pour le suivi écologique et l'étude de la conservation mondiale.

@article{doi101016jgecco2019e00547,
    author = "Ruppert, Krista M. et Kline, Richard J. et Rahman, Md Saydur",
    title = "Perspectives passées, présentes et futures du métabarcoding de l'ADN environnemental (ADNe) : une revue systématique des méthodes, du suivi et des applications de l'ADNe",
    year = "2019",
    journal = "Global Ecology and Conservation",
    abstract = "Le métabarcoding de l'ADN environnemental (ADNe) est une méthode novatrice d'évaluation de la biodiversité dans laquelle des échantillons sont prélevés dans l'environnement via l'eau, les sédiments ou l'air à partir desquels l'ADN est extrait, puis amplifié en utilisant des amorces générales ou universelles dans la réaction en chaîne par polymérase et séquencé en utilisant le séquençage de nouvelle génération pour générer des milliers à des millions de lectures. À partir de ces données, la présence d'espèces peut être déterminée et la biodiversité globale évaluée. Il s'agit d'une méthode interdisciplinaire qui rassemble l'écologie de terrain traditionnelle avec des méthodes moléculaires approfondies et des outils informatiques avancés. En tant que méthode de suivi émergente, il existe de nombreux pièges et obstacles à considérer et à éviter, mais la méthode peut encore avoir la capacité de révolutionner les enquêtes modernes sur la biodiversité pour l'ère moléculaire. Dans cet article, nous passons en revue la méthodologie de base, les avantages et les préoccupations du métabarcoding de l'ADNe, et couvrons systématiquement les applications de la méthode en écologie mondiale jusqu'à présent, y compris le suivi de la biodiversité dans tous les habitats et groupes taxonomiques, la reconstruction des écosystèmes anciens, les interactions plante-pollinisateur, l'analyse des régimes alimentaires, la détection des espèces envahissantes, les réponses à la pollution et le suivi de la qualité de l'air. Nous discutons également des applications futures de la méthode ainsi que des avancées technologiques attendues et de la manière dont elles peuvent impacter la façon dont le métabarcoding de l'ADNe sera utilisé à l'avenir. Le métabarcoding de l'ADNe est une méthode unique toujours en développement et restera probablement en évolution pendant un certain temps à mesure que la technologie progresse et que les procédures deviennent standardisées. Cependant, à mesure que le métabarcoding est optimisé et que son utilisation devient plus répandue, il est probable qu'il devienne un outil essentiel pour le suivi écologique et l'étude de la conservation mondiale.",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.gecco.2019.e00547",
    doi = "10.1016/j.gecco.2019.e00547",
    openalex = "W2912959159",
    references = "doi101007s1059201507754, doi101016jbiocon201411019, doi101016jtree201404003, doi101016jwatres201803003, doi101038nature12921, doi101038s41598017125015, doi101038srep40368, doi101098rsbl20080118, doi101098rsos150088, doi1011112041210x12595, doi101111j1365294x201205470x, doi101111j1365294x201205537x, doi101111mec13428, doi101111mec14350, doi101139cjfas20130047, doi101371journalpone0041732"
}

Résumé Alors que les études d'ADN environnemental (eDNA) ont gagné en popularité pour des applications écologiques, il est devenu clair que leurs résultats diffèrent de manière significative de ceux des enquêtes traditionnelles non basées sur la PCR. En général, les études d'eDNA qui reposent sur le séquençage d'amplis peuvent détecter des centaines d'espèces présentes dans un environnement échantillonné, mais la composition d'espèces résultante peut être idiosyncrasique, reflétant mal ou pas du tout les abondances de biomasse réelles des espèces. Ici, nous utilisons un ensemble de simulations pour développer une compréhension mécaniste des processus menant aux types de résultats courants dans les études basées sur la PCR à matrice mixte (métabarcodage). En particulier, nous nous concentrons sur les effets du nombre de cycles de PCR et de l'efficacité d'amplification des amorces sur les résultats des métriques de diversité dans les études de séquençage. Nous montrons ensuite que les indices proportionnels des lectures d'amplis capturent les tendances de la biomasse des taxons avec une grande précision, en particulier lorsque l'efficacité d'amplification est élevée (corrélation médiane jusqu'à 0,97). Nos résultats expliquent une grande partie du comportement observé des études basées sur la PCR et mènent à des recommandations de bonnes pratiques dans le domaine.

@article{doi101038s4159801948546x,
    author = "Kelly, Ryan P. et Shelton, Andrew O. et Gallego, Ramón",
    title = "Comprendre les processus PCR pour tirer des conclusions significatives des études d'ADN environnemental",
    year = "2019",
    journal = "Scientific Reports",
    abstract = "Résumé Alors que les études d'ADN environnemental (eDNA) ont gagné en popularité pour des applications écologiques, il est devenu clair que leurs résultats diffèrent de manière significative de ceux des enquêtes traditionnelles non basées sur la PCR. En général, les études d'eDNA qui reposent sur le séquençage d'amplis peuvent détecter des centaines d'espèces présentes dans un environnement échantillonné, mais la composition d'espèces résultante peut être idiosyncrasique, reflétant mal ou pas du tout les abondances de biomasse réelles des espèces. Ici, nous utilisons un ensemble de simulations pour développer une compréhension mécaniste des processus menant aux types de résultats courants dans les études basées sur la PCR à matrice mixte (métabarcodage). En particulier, nous nous concentrons sur les effets du nombre de cycles de PCR et de l'efficacité d'amplification des amorces sur les résultats des métriques de diversité dans les études de séquençage. Nous montrons ensuite que les indices proportionnels des lectures d'amplis capturent les tendances de la biomasse des taxons avec une grande précision, en particulier lorsque l'efficacité d'amplification est élevée (corrélation médiane jusqu'à 0,97). Nos résultats expliquent une grande partie du comportement observé des études basées sur la PCR et mènent à des recommandations de bonnes pratiques dans le domaine.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41598-019-48546-x",
    doi = "10.1038/s41598-019-48546-x",
    openalex = "W2969600503",
    references = "doi101038s41598017125015, doi101073pnas0404300101"
}

= 0,68, p <.001) ; cependant, les nombres de copies de qPCR étaient en moyenne 125 fois inférieurs à ceux mesurés à l'aide de ddPCR. En utilisant le métabarcodage, la détection était plus élevée dans les échantillons d'eau lorsque la cible était le COI (40 %) par rapport à l'ARNr 18S (5,4 %). La différence était moins marquée dans les échantillons de biofouling (25 % COI, 29 % ARNr 18S). La modélisation de l'occupation a montré que, bien que l'estimation de l'occupation soit plus élevée pour les échantillons de biofouling (ψ = 1,0), des probabilités de détection plus élevées ont été dérivées pour les échantillons d'eau. Les probabilités de détection de ddPCR (1,0) et de qPCR (0,93) étaient presque le double de celles du métabarcodage (0,57 à 0,27 selon le marqueur). Les études visant à détecter des espèces invasives ou rares spécifiques dans des échantillons environnementaux devraient envisager d'utiliser des approches ciblées jusqu'à ce qu'une compréhension détaillée de la manière dont la complexité de la communauté et de la matrice, ainsi que les biais des amorces, affectent les données de métabarcodage soit acquise.

@article{doi1011111755099813055,
    author = "Wood, Susanna A. et Pochon, Xavier et Laroche, Olivier et von Ammon, Ulla et Adamson, Janet et Zaiko, Anastasija",
    title = "Comparaison de la réaction en chaîne par polymérase (PCR) en gouttelettes numériques, de la PCR quantitative et du métabarcodage pour la détection spécifique des espèces dans l'ADN environnemental",
    year = "2019",
    journal = "Molecular Ecology Resources",
    abstract = "= 0,68, p <.001) ; cependant, les nombres de copies de qPCR étaient en moyenne 125 fois inférieurs à ceux mesurés à l'aide de ddPCR. En utilisant le métabarcodage, la détection était plus élevée dans les échantillons d'eau lorsque la cible était le COI (40 %) par rapport à l'ARNr 18S (5,4 %). La différence était moins marquée dans les échantillons de biofouling (25 % COI, 29 % ARNr 18S). La modélisation de l'occupation a montré que, bien que l'estimation de l'occupation soit plus élevée pour les échantillons de biofouling (ψ = 1,0), des probabilités de détection plus élevées ont été dérivées pour les échantillons d'eau. Les probabilités de détection de ddPCR (1,0) et de qPCR (0,93) étaient presque le double de celles du métabarcodage (0,57 à 0,27 selon le marqueur). Les études visant à détecter des espèces invasives ou rares spécifiques dans des échantillons environnementaux devraient envisager d'utiliser des approches ciblées jusqu'à ce qu'une compréhension détaillée de la manière dont la complexité de la communauté et de la matrice, ainsi que les biais des amorces, affectent les données de métabarcodage soit acquise.",
    url = "https://doi.org/10.1111/1755-0998.13055",
    doi = "10.1111/1755-0998.13055",
    openalex = "W2959499736",
    references = "doi101111mec15060"
}

Résumé Le métabarcodage de l'ADN extra-organismal à partir d'échantillons environnementaux est désormais une technique clé dans la biomonitorisation aquatique et l'évaluation de la santé des écosystèmes. Un point de considération critique lors de la conception d'expériences, et particulièrement lors de l'élaboration de normes communautaires et de cadres législatifs, est le choix du marqueur génétique et de l'ensemble d'amorces. L'oxydase cytochrome c mitochondriale sous-unité I (COI), marqueur de code-barres ADN standard pour les animaux, avec sa vaste bibliothèque de référence, son pouvoir discriminant taxonomique et sa variation de séquence prévisible, est le choix naturel pour de nombreuses applications de métabarcodage. Cependant, pour cibler des groupes taxonomiques spécifiques dans des échantillons environnementaux, l'utilité du COI n'a pas encore été pleinement examinée. Ici, en utilisant une étude de cas sur les poissons marins et d'eau douce des îles britanniques, nous quantifions les performances in silico de douze paires d'amorces issues de quatre loci mitochondriaux – COI, cytochrome b, 12S et 16S – en termes de couverture de la bibliothèque de référence, de pouvoir discriminant taxonomique et d'universalité des amorces. Nous testons ensuite in vitro quatre paires d'amorces – trois COI et une 12S – pour leur spécificité, leur reproductibilité et leur concordance avec des ensembles de données indépendants dérivés de méthodes d'enquête traditionnelles sur cinq sites estuariens et côtiers autour de la Manche et de la mer du Nord. Nos résultats montrent que pour l'ADN extra-organismal aqueux à faibles concentrations de matrice, les amorces COI ciblant les métazoaires et les poissons performent mal par rapport à la 12S, présentant de faibles niveaux de reproductibilité en raison d'une amplification non spécifique d'ADN procaryotique et eucaryotique non ciblé. Un métabarcodage idéal disposerait d'une vaste bibliothèque de référence sur laquelle des amorces personnalisées pourraient être conçues, soit pour des évaluations larges de la biodiversité, soit pour des enquêtes taxon spécifiques. Une telle base de données est disponible pour le COI, mais la faible spécificité des amorces entrave l'application pratique, tandis qu'inversement, les amorces 12S offrent une haute spécificité mais manquent de références adéquates. Ce dernier problème peut cependant être atténué en élargissant le concept de code-barres ADN pour inclure les génomes mitochondriaux entiers générés par le génomique-scrutage de collections tissulaires existantes.

@article{doi1011112041210x13276,
    author = "Collins, Rupert A. et Bakker, Judith et Wangensteen, Owen S. et Soto, Ana Z. et Corrigan, Laura et Sims, David et Genner, Martin J. et Mariani, Stefano",
    title = "Amplification non spécifique compromet le métabarcodage de l'ADN environnemental avec COI",
    year = "2019",
    journal = "Methods in Ecology and Evolution",
    abstract = "Résumé Le métabarcodage de l'ADN extra-organismal à partir d'échantillons environnementaux est désormais une technique clé dans la biomonitorisation aquatique et l'évaluation de la santé des écosystèmes. Un point de considération critique lors de la conception d'expériences, et particulièrement lors de l'élaboration de normes communautaires et de cadres législatifs, est le choix du marqueur génétique et de l'ensemble d'amorces. L'oxydase cytochrome c mitochondriale sous-unité I (COI), marqueur de code-barres ADN standard pour les animaux, avec sa vaste bibliothèque de référence, son pouvoir discriminant taxonomique et sa variation de séquence prévisible, est le choix naturel pour de nombreuses applications de métabarcodage. Cependant, pour cibler des groupes taxonomiques spécifiques dans des échantillons environnementaux, l'utilité du COI n'a pas encore été pleinement examinée. Ici, en utilisant une étude de cas sur les poissons marins et d'eau douce des îles britanniques, nous quantifions les performances in silico de douze paires d'amorces issues de quatre loci mitochondriaux – COI, cytochrome b, 12S et 16S – en termes de couverture de la bibliothèque de référence, de pouvoir discriminant taxonomique et d'universalité des amorces. Nous testons ensuite in vitro quatre paires d'amorces – trois COI et une 12S – pour leur spécificité, leur reproductibilité et leur concordance avec des ensembles de données indépendants dérivés de méthodes d'enquête traditionnelles sur cinq sites estuariens et côtiers autour de la Manche et de la mer du Nord. Nos résultats montrent que pour l'ADN extra-organismal aqueux à faibles concentrations de matrice, les amorces COI ciblant les métazoaires et les poissons performent mal par rapport à la 12S, présentant de faibles niveaux de reproductibilité en raison d'une amplification non spécifique d'ADN procaryotique et eucaryotique non ciblé. Un métabarcodage idéal disposerait d'une vaste bibliothèque de référence sur laquelle des amorces personnalisées pourraient être conçues, soit pour des évaluations larges de la biodiversité, soit pour des enquêtes taxon spécifiques. Une telle base de données est disponible pour le COI, mais la faible spécificité des amorces entrave l'application pratique, tandis qu'inversement, les amorces 12S offrent une haute spécificité mais manquent de références adéquates. Ce dernier problème peut cependant être atténué en élargissant le concept de code-barres ADN pour inclure les génomes mitochondriaux entiers générés par le génomique-scrutage de collections tissulaires existantes.",
    url = "https://doi.org/10.1111/2041-210x.13276",
    doi = "10.1111/2041-210x.13276",
    openalex = "W2965120276",
    references = "doi101016jwatres201803003, doi101038s41598017125015, doi101038s4200301801926, doi101093oso97801987672200010001"
}

Les données de génétique des populations soutiennent de nombreuses études sur les processus comportementaux, écologiques et évolutifs dans les populations sauvages et contribuent à une gestion de la conservation efficace. Cependant, la collecte d'échantillons génétiques peut être difficile lorsqu'on travaille avec des espèces en danger, envahissantes ou cryptiques. L'ADN environnemental (eDNA) offre un moyen d'échantillonner du matériel génétique de manière non invasive sans nécessiter d'observation visuelle. Bien que l'eDNA ait été largement testé comme outil de surveillance de la biodiversité et de la biosécurité avec un fort accent taxonomique, il n'a pas encore été pleinement exploré comme moyen d'obtenir des informations de génétique des populations. Ici, nous passons en revue la recherche actuelle qui utilise des approches eDNA pour l'étude des populations. Nous décrivons les défis auxquels sont confrontées les méthodologies de génétique des populations basées sur l'eDNA et suggérons des pistes de recherche pour les développements futurs. Nous soutenons que, grâce à d'autres optimisations, ce domaine émergent possède un grand potentiel en tant que partie de l'outillage de la génétique des populations.

@article{doi103390genes10030192,
    author = "Adams, Clare I. M. et Knapp, Michael et Gemmell, Neil J. et Jeunen, Gert‐Jan et Bunce, Michael et Lamare, Miles D. et Taylor, Helen R.",
    title = "Beyond Biodiversity : l'ADN environnemental (eDNA) peut-il suffire comme outil de génétique des populations ?",
    year = "2019",
    journal = "Genes",
    abstract = "Les données de génétique des populations soutiennent de nombreuses études sur les processus comportementaux, écologiques et évolutifs dans les populations sauvages et contribuent à une gestion de la conservation efficace. Cependant, la collecte d'échantillons génétiques peut être difficile lorsqu'on travaille avec des espèces en danger, envahissantes ou cryptiques. L'ADN environnemental (eDNA) offre un moyen d'échantillonner du matériel génétique de manière non invasive sans nécessiter d'observation visuelle. Bien que l'eDNA ait été largement testé comme outil de surveillance de la biodiversité et de la biosécurité avec un fort accent taxonomique, il n'a pas encore été pleinement exploré comme moyen d'obtenir des informations de génétique des populations. Ici, nous passons en revue la recherche actuelle qui utilise des approches eDNA pour l'étude des populations. Nous décrivons les défis auxquels sont confrontées les méthodologies de génétique des populations basées sur l'eDNA et suggérons des pistes de recherche pour les développements futurs. Nous soutenons que, grâce à d'autres optimisations, ce domaine émergent possède un grand potentiel en tant que partie de l'outillage de la génétique des populations.",
    url = "https://doi.org/10.3390/genes10030192",
    doi = "10.3390/genes10030192",
    openalex = "W2913725860",
    references = "doi101038s4200301801926"
}

Résumé Les évaluations basées sur l'ADN environnemental (eDNA) des macro-organismes sont désormais une approche essentielle pour la biomonitoring. Les méthodes d'enquête eDNA présentent de nombreux avantages par rapport aux méthodes d'enquête conventionnelles. Cependant, la valeur des données qui s'accumuleront serait grandement améliorée par la standardisation des méthodes d'analyse, ce qui nous permettrait de comparer les données provenant de plusieurs sites de surveillance à différents moments. La Société eDNA (http://ednasociety.org/en/about), dont les membres fondateurs sont des chercheurs japonais menant des études eDNA sur les macro-organismes, a été établie en 2018, dans le but d'élargir la technologie et la science de l'eDNA. Ici, nous présentons notre publication clé, « Environmental DNA Sampling and Experiment Manual » (http://ednasociety.org/en/manual), publiée sous l'impulsion de la Société eDNA. Le manuel décrit les méthodes détaillées pour les enquêtes et les expériences, y compris la sélection des sites de prélèvement, les méthodes de prélèvement, les méthodes de filtration, l'extraction d'ADN, la détection spécifique aux espèces par réaction en chaîne par polymérase en temps réel, et le métabarcoding eDNA de poissons. Le manuel aide les utilisateurs à mener des enquêtes standardisées et des expériences de qualité, et fournit une base pour la collecte de données comparables. Étant donné que l'efficacité des méthodes peut être dépendante du contexte et variable, et que les procédures peuvent parfois entrer en conflit avec la standardisation, il est difficile de garantir que tous les processus sont également efficaces. Cependant, même dans de tels cas, il est important de maintenir une qualité de données suffisamment élevée en fixant les normes minimales à suivre. La mise en œuvre de telles méthodologies standardisées permettra la collecte systématique et fréquente de données eDNA impeccables et comparables du monde entier ; cela fournira des informations fondamentales importantes pour la conservation de la biodiversité, ainsi que pour l'utilisation durable des ressources halieutiques.

@article{doi101002edn3121,
    author = "Minamoto, Toshifumi et Miya, Masaki et Sado, Tetsuya et SEINO, Satoquo et Doi, Hideyuki et Kondoh, Michio et Nakamura, Keigo et Takahara, Teruhiko et Yamamoto, Satoshi et Yamanaka, Hiroki et Araki, Hitoshi et Iwasaki, Wataru et Kasai, Akihide et Masuda, Reiji et Uchii, Kimiko",
    title = "An illustrated manual for environmental DNA research: Water sampling guidelines and experimental protocols",
    year = "2020",
    journal = "Environmental DNA",
    abstract = "Résumé Les évaluations basées sur l'ADN environnemental (eDNA) des macro-organismes sont désormais une approche essentielle pour la biomonitoring. Les méthodes d'enquête eDNA présentent de nombreux avantages par rapport aux méthodes d'enquête conventionnelles. Cependant, la valeur des données qui s'accumuleront serait grandement améliorée par la standardisation des méthodes d'analyse, ce qui nous permettrait de comparer les données provenant de plusieurs sites de surveillance à différents moments. La Société eDNA (http://ednasociety.org/en/about), dont les membres fondateurs sont des chercheurs japonais menant des études eDNA sur les macro-organismes, a été établie en 2018, dans le but d'élargir la technologie et la science de l'eDNA. Ici, nous présentons notre publication clé, « Environmental DNA Sampling and Experiment Manual » (http://ednasociety.org/en/manual), publiée sous l'impulsion de la Société eDNA. Le manuel décrit les méthodes détaillées pour les enquêtes et les expériences, y compris la sélection des sites de prélèvement, les méthodes de prélèvement, les méthodes de filtration, l'extraction d'ADN, la détection spécifique aux espèces par réaction en chaîne par polymérase en temps réel, et le métabarcoding eDNA de poissons. Le manuel aide les utilisateurs à mener des enquêtes standardisées et des expériences de qualité, et fournit une base pour la collecte de données comparables. Étant donné que l'efficacité des méthodes peut être dépendante du contexte et variable, et que les procédures peuvent parfois entrer en conflit avec la standardisation, il est difficile de garantir que tous les processus sont également efficaces. Cependant, même dans de tels cas, il est important de maintenir une qualité de données suffisamment élevée en fixant les normes minimales à suivre. La mise en œuvre de telles méthodologies standardisées permettra la collecte systématique et fréquente de données eDNA impeccables et comparables du monde entier ; cela fournira des informations fondamentales importantes pour la conservation de la biodiversité, ainsi que pour l'utilisation durable des ressources halieutiques.",
    url = "https://doi.org/10.1002/edn3.121",
    doi = "10.1002/edn3.121",
    openalex = "W3048869260",
    references = "doi101016jgecco2019e00547"
}

Résumé L'analyse de l'ADN environnemental (ADNe) à partir d'échantillons d'eau est une nouvelle méthode prometteuse pour identifier à la fois les espèces ciblées et les communautés entières d'organismes aquatiques. Cependant, la littérature actuelle concernant les taux d'élimination de l'ADNe se concentre principalement sur les poissons et la plupart des constantes de taux de dégradation sont rapportées pour les eaux chaudes ensoleillées. Ici, nous avons mené des expériences pour investiguer comment l'élimination de l'ADNe diffère entre les formes animales et combien de temps l'ADNe peut persister dans des eaux à des températures et des conditions d'éclairage variables. Nous avons conçu des tests de PCR quantitative pour un poisson (mummichog, Fundulus heteroclitus), un crustacé (crevette d'herbe, Palaemon spp.) et deux scyphoméduses (méduse lunaire, Aurelia aurita et méduse à urticante, Chrysaora spp.) pour estimer les taux d'élimination et de dégradation de l'ADNe. Nous avons constaté que les taux d'élimination étaient très variables pour tous les organismes, mais que la crevette d'herbe avait le taux d'élimination le plus faible. Nous avons quantifié les constantes de taux de dégradation de l'ADNe à 6, 15 et 23°C et avons constaté que les constantes de taux de dégradation du mummichog et de la crevette d'herbe étaient plus élevées à des températures plus élevées, tandis que celles des scyphoméduses ne montraient pas de dépendance claire à la température. Nous avons également constaté que les modèles de dégradation d'ordre supérieur avec des queues s'ajustaient mieux aux données que les modèles log-linéaires d'ordre premier, suggérant une variabilité temporelle des taux de dégradation de l'ADNe. Les résultats indiquent que différentes formes animales éliminent différents types d'ADNe, impactant à la fois les taux d'élimination et de dégradation. Ces découvertes comblent des lacunes de connaissances critiques concernant la variation de l'élimination et de la dégradation de l'ADNe entre les formes animales dans une gamme de conditions de température marine réalistes. Ces données seront utiles pour interpréter les études de terrain qui utilisent l'ADNe pour investiguer les habitats océaniques qui sont autrement difficiles d'accès.

@article{doi101002edn3141,
    author = "Allan, Elizabeth Andruszkiewicz et Zhang, Weifeng G. et Lavery, Andone C. et Govindarajan, Annette F.",
    title = "Élimination et taux de dégradation de l'ADN environnemental provenant de diverses formes animales et régimes thermiques",
    year = "2020",
    journal = "Environmental DNA",
    abstract = "Résumé L'analyse de l'ADN environnemental (ADNe) à partir d'échantillons d'eau est une nouvelle méthode prometteuse pour identifier à la fois les espèces ciblées et les communautés entières d'organismes aquatiques. Cependant, la littérature actuelle concernant les taux d'élimination de l'ADNe se concentre principalement sur les poissons et la plupart des constantes de taux de dégradation sont rapportées pour les eaux chaudes ensoleillées. Ici, nous avons mené des expériences pour investiguer comment l'élimination de l'ADNe diffère entre les formes animales et combien de temps l'ADNe peut persister dans des eaux à des températures et des conditions d'éclairage variables. Nous avons conçu des tests de PCR quantitative pour un poisson (mummichog, Fundulus heteroclitus), un crustacé (crevette d'herbe, Palaemon spp.) et deux scyphoméduses (méduse lunaire, Aurelia aurita et méduse à urticante, Chrysaora spp.) pour estimer les taux d'élimination et de dégradation de l'ADNe. Nous avons constaté que les taux d'élimination étaient très variables pour tous les organismes, mais que la crevette d'herbe avait le taux d'élimination le plus faible. Nous avons quantifié les constantes de taux de dégradation de l'ADNe à 6, 15 et 23°C et avons constaté que les constantes de taux de dégradation du mummichog et de la crevette d'herbe étaient plus élevées à des températures plus élevées, tandis que celles des scyphoméduses ne montraient pas de dépendance claire à la température. Nous avons également constaté que les modèles de dégradation d'ordre supérieur avec des queues s'ajustaient mieux aux données que les modèles log-linéaires d'ordre premier, suggérant une variabilité temporelle des taux de dégradation de l'ADNe. Les résultats indiquent que différentes formes animales éliminent différents types d'ADNe, impactant à la fois les taux d'élimination et de dégradation. Ces découvertes comblent des lacunes de connaissances critiques concernant la variation de l'élimination et de la dégradation de l'ADNe entre les formes animales dans une gamme de conditions de température marine réalistes. Ces données seront utiles pour interpréter les études de terrain qui utilisent l'ADNe pour investiguer les habitats océaniques qui sont autrement difficiles d'accès.",
    url = "https://doi.org/10.1002/edn3.141",
    doi = "10.1002/edn3.141",
    openalex = "W3090119047",
    references = "doi101016jgecco2019e00547, doi101038s4200301801926"
}

@article{doi101007s10531020019800,
    author = "Beng, Kingsly C. et Corlett, Richard T.",
    title = "Applications of environmental DNA (eDNA) in ecology and conservation: opportunities, challenges and prospects",
    year = "2020",
    journal = "Biodiversity and Conservation",
    url = "https://doi.org/10.1007/s10531-020-01980-0",
    doi = "10.1007/s10531-020-01980-0",
    openalex = "W3016113032",
    references = "doi101007s1059201507754, doi101016jbiocon201411019, doi101016jwatres201803003, doi101038362709a0, doi101038s415980160028x, doi101038s41598018371862, doi101038s4200301801926, doi101038srep40368, doi101093bioinformaticsbtr381, doi101098rsbl20080118, doi101098rspb20191409, doi101111j13652672201205384x, doi101111j1365294x201205537x, doi101111j14718286200701678x, doi101111mec13428, doi101111mec14350, doi101186174299941034, doi101371journalpone0059520"
}

Résumé Nous avons examiné la méthodologie et les pratiques actuelles de l'approche de métabarcodage de l'ADN en utilisant une paire d'amorces universelles MiFish, qui amplifie simultanément un fragment court d'ADN de poisson (environ 170 pb du gène 12S rRNA mitochondrial) chez une grande variété de taxons. Cette méthode a été principalement appliquée au suivi de la biodiversité à l'aide d'ADN environnemental (ADNe) libéré par les poissons et, couplée aux technologies de séquençage de nouvelle génération, a permis le séquençage en parallèle massif de plusieurs centaines d'échantillons d'ADNe simultanément. Depuis la publication de son schéma technique en 2015, cette méthode a été largement utilisée dans divers environnements aquatiques sur et autour des six continents, et les amorces MiFish ont démontrablement surpassé d'autres amorces concurrentes. Ici, nous décrivons les progrès techniques de cette méthode au cours des 5 dernières années et mettons en évidence certaines études de cas sur les communautés de poissons marins, d'eau douce et estuariens. De plus, nous discutons des diverses applications du métabarcodage MiFish aux organismes non poisson, aux systèmes de détection d'espèces uniques, au suivi quantitatif de la biodiversité et aux échantillons d'ADN en vrac autres que l'ADNe. En reconnaissant les forces et les limites du métabarcodage MiFish ADNe, nous soutenons que cette méthode est utile pour les stratégies de conservation des écosystèmes et l'utilisation durable des ressources halieutiques dans la « gestion halieutique basée sur l'écosystème » grâce à un suivi continu de la biodiversité à plusieurs sites.

@article{doi101007s1256202001461x,
    author = "Miya, Masaki et Gotoh, Ryo O. et Sado, Tetsuya",
    title = "MiFish metabarcoding : une approche à haut débit pour la détection simultanée de plusieurs espèces de poissons à partir d'ADN environnemental et d'autres échantillons",
    year = "2020",
    journal = "Fisheries Science",
    abstract = "Résumé Nous avons examiné la méthodologie et les pratiques actuelles de l'approche de métabarcodage de l'ADN en utilisant une paire d'amorces universelles MiFish, qui amplifie simultanément un fragment court d'ADN de poisson (environ 170 pb du gène 12S rRNA mitochondrial) chez une grande variété de taxons. Cette méthode a été principalement appliquée au suivi de la biodiversité à l'aide d'ADN environnemental (ADNe) libéré par les poissons et, couplée aux technologies de séquençage de nouvelle génération, a permis le séquençage en parallèle massif de plusieurs centaines d'échantillons d'ADNe simultanément. Depuis la publication de son schéma technique en 2015, cette méthode a été largement utilisée dans divers environnements aquatiques sur et autour des six continents, et les amorces MiFish ont démontrablement surpassé d'autres amorces concurrentes. Ici, nous décrivons les progrès techniques de cette méthode au cours des 5 dernières années et mettons en évidence certaines études de cas sur les communautés de poissons marins, d'eau douce et estuariens. De plus, nous discutons des diverses applications du métabarcodage MiFish aux organismes non poisson, aux systèmes de détection d'espèces uniques, au suivi quantitatif de la biodiversité et aux échantillons d'ADN en vrac autres que l'ADNe. En reconnaissant les forces et les limites du métabarcodage MiFish ADNe, nous soutenons que cette méthode est utile pour les stratégies de conservation des écosystèmes et l'utilisation durable des ressources halieutiques dans la « gestion halieutique basée sur l'écosystème » grâce à un suivi continu de la biodiversité à plusieurs sites.",
    url = "https://doi.org/10.1007/s12562-020-01461-x",
    doi = "10.1007/s12562-020-01461-x",
    openalex = "W3085313947",
    references = "doi1010029781119174844, doi101007s10531020019800, doi101093oso97801987672200010001, doi101098rspb20191409"
}

L'humanité va bientôt définir une nouvelle ère pour la nature, une ère qui cherche à transformer des décennies de réponses décevantes face à la crise mondiale de la biodiversité. Les efforts de conservation basés sur les aires, qui incluent à la fois les aires protégées et d'autres mesures de conservation efficaces basées sur les aires, sont susceptibles de s'étendre et de se diversifier. Cependant, les déficits persistants en matière de représentation écologique et d'efficacité de la gestion réduisent le rôle potentiel de la conservation basée sur les aires dans la lutte contre la perte de biodiversité. Ici, nous montrons comment l'expansion des aires protégées par les gouvernements nationaux depuis 2010 a eu un succès limité dans l'augmentation de la couverture à travers différents éléments de la biodiversité (écorégions, 12 056 espèces menacées, « zones de biodiversité clés » et zones sauvages) et les services écosystémiques (pêcheries productives et services carbone sur terre et mer). Pour être plus efficaces après 2020, la conservation basée sur les aires doit contribuer plus efficacement à la réalisation des objectifs mondiaux de biodiversité, allant de la prévention des extinctions à la conservation des écosystèmes les plus intacts, et doit mieux collaborer avec les nombreux peuples autochtones, groupes communautaires et initiatives privées qui sont centraux pour la conservation réussie de la biodiversité. Le succès à long terme de la conservation basée sur les aires nécessite que les parties à la Convention sur la diversité biologique sécurisent un financement adéquat, planifient pour le changement climatique et fassent de la conservation de la biodiversité une part beaucoup plus forte des politiques de gestion des terres, de l'eau et de la mer.

@article{doi101038s415860202773z,
    author = "Maxwell, Sean et Cazalis, Victor et Dudley, Nigel et Hoffmann, Michael et Rodrigues, Ana S. L. et Stolton, Sue et Visconti, Piero et Woodley, Stephen et Kingston, Naomi et Lewis, Edward et Maron, Martine et Strassburg, Bernardo B. N. et Wenger, Amelia et Jonas, Harry D. et Venter, Oscar et Watson, James",
    title = "Conservation basée sur les aires au XXIe siècle",
    year = "2020",
    journal = "Nature",
    abstract = "L'humanité va bientôt définir une nouvelle ère pour la nature, une ère qui cherche à transformer des décennies de réponses décevantes face à la crise mondiale de la biodiversité. Les efforts de conservation basés sur les aires, qui incluent à la fois les aires protégées et d'autres mesures de conservation efficaces basées sur les aires, sont susceptibles de s'étendre et de se diversifier. Cependant, les déficits persistants en matière de représentation écologique et d'efficacité de la gestion réduisent le rôle potentiel de la conservation basée sur les aires dans la lutte contre la perte de biodiversité. Ici, nous montrons comment l'expansion des aires protégées par les gouvernements nationaux depuis 2010 a eu un succès limité dans l'augmentation de la couverture à travers différents éléments de la biodiversité (écorégions, 12 056 espèces menacées, « zones de biodiversité clés » et zones sauvages) et les services écosystémiques (pêcheries productives et services carbone sur terre et mer). Pour être plus efficaces après 2020, la conservation basée sur les aires doit contribuer plus efficacement à la réalisation des objectifs mondiaux de biodiversité, allant de la prévention des extinctions à la conservation des écosystèmes les plus intacts, et doit mieux collaborer avec les nombreux peuples autochtones, groupes communautaires et initiatives privées qui sont centraux pour la conservation réussie de la biodiversité. Le succès à long terme de la conservation basée sur les aires nécessite que les parties à la Convention sur la diversité biologique sécurisent un financement adéquat, planifient pour le changement climatique et fassent de la conservation de la biodiversité une part beaucoup plus forte des politiques de gestion des terres, de l'eau et de la mer.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41586-020-2773-z",
    doi = "10.1038/s41586-020-2773-z",
    openalex = "W3091919204",
    references = "doi101002joc1276, doi101016jbiocon201609004, doi101038nature13947, doi101038nature21707, doi101038nclimate1958, doi101073pnas1710465114, doi101093bioscibix014, doi101126science1244693, doi101126scienceaax3100, doi101641b570707, doi102305iucnch2008paps2en, doi103389fmars201700158"
}

Une décennie après que les scientifiques de l'environnement aient intégré les technologies de séquençage à haut débit dans leur boîte à outils, la surveillance basée sur la génomique des impacts anthropiques sur la biodiversité et le fonctionnement des écosystèmes n'a toujours pas été mise en œuvre par les cadres réglementaires. Malgré le potentiel largement reconnu de la génomique environnementale à cet égard, des limitations techniques et des problèmes conceptuels continuent d'entraver son application large par les utilisateurs finaux. De plus, la multiplicité des stratégies de mise en œuvre potentielles peut contribuer à une perception selon laquelle l'application routinière de cette méthodologie est prématurée ou « en développement », ce qui empêche les régulateurs d'intégrer ces outils dans des cadres juridiques. Ici, nous passons en revue les mises en œuvre récentes de méthodes basées sur la génomique environnementale, appliquées à la bio-surveillance des écosystèmes. En prenant une vue d'ensemble générale, sans restreindre notre perspective à des habitats particuliers ou à des groupes d'organismes, cet article vise à comparer, examiner et discuter les forces et les limites de quatre stratégies générales de mise en œuvre de la génomique environnementale pour la surveillance : (a) Analyses basées sur la taxonomie axées sur l'identification de bioindicateurs connus ou de taxons décrits ; (b) Analyses de bioindicateurs de novo ; (c) Métriques structurelles de la communauté incluant les réseaux écologiques inférés ; et (d) Métriques fonctionnelles de la communauté (métagénomique ou métatranscriptomique). Nous soulignons l'utilité des trois dernières stratégies pour intégrer la méiofaune et les microorganismes qui ne sont traditionnellement pas utilisés dans la bio-surveillance en raison d'une identification taxonomique difficile. Enfin, nous proposons une feuille de route pour l'intégration de la génomique environnementale dans les programmes de surveillance routinière qui tirent parti des avancées analytiques récentes, tout en soulignant les limitations actuelles et les besoins de recherche futurs.

@article{doi101111mec15472,
    author = "Cordier, Tristan et Alonso‐Sáez, Laura et Apothéloz‐Perret‐Gentil, Laure et Aylagas, Eva et Bohan, David A. et Bouchez, Agnès et Chariton, Anthony A. et Creer, Simon et Frühe, Larissa et Keck, François et Keeley, Nigel et Laroche, Olivier et Leese, Florian et Pochon, Xavier et Stoeck, Thorsten et Pawłowski, Jan et Lanzén, Anders",
    title = "Surveillance des écosystèmes alimentée par la génomique environnementale : Revue des stratégies actuelles avec une feuille de route pour la mise en œuvre",
    year = "2020",
    journal = "Molecular Ecology",
    abstract = {Une décennie après que les scientifiques de l'environnement aient intégré les technologies de séquençage à haut débit dans leur boîte à outils, la surveillance basée sur la génomique des impacts anthropiques sur la biodiversité et le fonctionnement des écosystèmes n'a toujours pas été mise en œuvre par les cadres réglementaires. Malgré le potentiel largement reconnu de la génomique environnementale à cet égard, des limitations techniques et des problèmes conceptuels continuent d'entraver son application large par les utilisateurs finaux. De plus, la multiplicité des stratégies de mise en œuvre potentielles peut contribuer à une perception selon laquelle l'application routinière de cette méthodologie est prématurée ou « en développement », ce qui empêche les régulateurs d'intégrer ces outils dans des cadres juridiques. Ici, nous passons en revue les mises en œuvre récentes de méthodes basées sur la génomique environnementale, appliquées à la bio-surveillance des écosystèmes. En prenant une vue d'ensemble générale, sans restreindre notre perspective à des habitats particuliers ou à des groupes d'organismes, cet article vise à comparer, examiner et discuter les forces et les limites de quatre stratégies générales de mise en œuvre de la génomique environnementale pour la surveillance : (a) Analyses basées sur la taxonomie axées sur l'identification de bioindicateurs connus ou de taxons décrits ; (b) Analyses de bioindicateurs de novo ; (c) Métriques structurelles de la communauté incluant les réseaux écologiques inférés ; et (d) Métriques fonctionnelles de la communauté (métagénomique ou métatranscriptomique). Nous soulignons l'utilité des trois dernières stratégies pour intégrer la méiofaune et les microorganismes qui ne sont traditionnellement pas utilisés dans la bio-surveillance en raison d'une identification taxonomique difficile. Enfin, nous proposons une feuille de route pour l'intégration de la génomique environnementale dans les programmes de surveillance routinière qui tirent parti des avancées analytiques récentes, tout en soulignant les limitations actuelles et les besoins de recherche futurs.},
    url = "https://doi.org/10.1111/mec.15472",
    doi = "10.1111/mec.15472",
    openalex = "W3002699777",
    references = "doi101016jgecco2019e00547, doi101016jwatres201803003, doi101038nature11148, doi101038nbt2676, doi101038nrmicro2832, doi101038s41598017125015, doi101038s4200301801926, doi101093nargks1219, doi101093nargky1022, doi101093oso97801987672200010001, doi1011111365243512425, doi101111brv12252, doi101111j14718286200701678x, doi101111mec15060, doi101111mec15472, doi101126science1187512, doi101146annurevecolsys33010802150448, doi1018900012961519970670345saaist20co2, doi101890040922"
}

La dernière décennie a apporté un développement spectaculaire des études dites d'ADN environnemental (e)DNA. En général, l'"ADN environnemental" est défini comme de l'ADN isolé à partir d'échantillons environnementaux, contrairement à l'ADN génomique qui est extrait directement des spécimens. Cependant, la variété des différentes sources d'eDNA et la gamme de groupes taxonomiques ciblés par les études d'eDNA sont vastes, ce qui a conduit à certaines discussions sur l'étendue du concept d'eDNA. En particulier, il existe une tendance récente à restreindre l'utilisation du terme "eDNA" à l'ADN des macro-organismes, qui ne sont pas physiquement présents dans les échantillons environnementaux. Dans cet article, nous soutenons que cette distinction n'est pas idéale, car le signal d'eDNA peut provenir d'organismes à travers tout l'arbre de la vie. Par conséquent, nous plaçons pour que le terme "eDNA" soit utilisé dans son sens générique, tel qu'originellement défini, englobant l'ADN de tous les organismes présents dans les échantillons environnementaux, y compris les taxons microbiens, méiofauniques et macrobiotiques. Nous suggérons d'abord de spécifier l'origine environnementale de l'échantillon d'ADN, tel que l'eDNA d'eau, l'eDNA de sédiment ou l'eDNA de sol. Une deuxième spécification définirait ensuite le groupe taxonomique ciblé par amplification par réaction en chaîne de polymérase, tel que l'eDNA de poissons, l'eDNA d'invertébrés et l'eDNA bactérien. Cette terminologie ne nécessite pas non plus des hypothèses sur l'état spécifique de l'ADN échantillonné (intracellulaire ou extracellulaire). Nous espérons que cette terminologie aidera à mieux définir la portée des études d'eDNA, en particulier pour les gestionnaires environnementaux, qui les utilisent comme référence dans la biomonitoring et la bioévaluation de routine.

@article{doi101111mec15643,
    author = "Pawłowski, Jan et Apothéloz‐Perret‐Gentil, Laure et Altermatt, Florian",
    title = "ADN environnemental : Qu'est-ce qui se cache derrière le terme ? Clarification de la terminologie et recommandations pour son utilisation future dans la biomonitoring",
    year = "2020",
    journal = "Molecular Ecology",
    abstract = {La dernière décennie a apporté un développement spectaculaire des études dites d'ADN environnemental (e)DNA. En général, l'"ADN environnemental" est défini comme de l'ADN isolé à partir d'échantillons environnementaux, contrairement à l'ADN génomique qui est extrait directement des spécimens. Cependant, la variété des différentes sources d'eDNA et la gamme de groupes taxonomiques ciblés par les études d'eDNA sont vastes, ce qui a conduit à certaines discussions sur l'étendue du concept d'eDNA. En particulier, il existe une tendance récente à restreindre l'utilisation du terme "eDNA" à l'ADN des macro-organismes, qui ne sont pas physiquement présents dans les échantillons environnementaux. Dans cet article, nous soutenons que cette distinction n'est pas idéale, car le signal d'eDNA peut provenir d'organismes à travers tout l'arbre de la vie. Par conséquent, nous plaçons pour que le terme "eDNA" soit utilisé dans son sens générique, tel qu'originellement défini, englobant l'ADN de tous les organismes présents dans les échantillons environnementaux, y compris les taxons microbiens, méiofauniques et macrobiotiques. Nous suggérons d'abord de spécifier l'origine environnementale de l'échantillon d'ADN, tel que l'eDNA d'eau, l'eDNA de sédiment ou l'eDNA de sol. Une deuxième spécification définirait ensuite le groupe taxonomique ciblé par amplification par réaction en chaîne de polymérase, tel que l'eDNA de poissons, l'eDNA d'invertébrés et l'eDNA bactérien. Cette terminologie ne nécessite pas non plus des hypothèses sur l'état spécifique de l'ADN échantillonné (intracellulaire ou extracellulaire). Nous espérons que cette terminologie aidera à mieux définir la portée des études d'eDNA, en particulier pour les gestionnaires environnementaux, qui les utilisent comme référence dans la biomonitoring et la bioévaluation de routine.},
    url = "https://doi.org/10.1111/mec.15643",
    doi = "10.1111/mec.15643",
    openalex = "W3088144981",
    references = "doi101038s41598017125015, doi101093oso97801987672200010001, doi101111j1365294x201205505x"
}

: Les résultats de cette méta-analyse démontrent que, lorsqu'il existe une comparaison directe, les enquêtes eDNA sur les macro-organismes sont plus précises et efficaces que les enquêtes traditionnelles. Cette conclusion repose cependant sur une fraction seulement des articles eDNA disponibles, car la plupart n'offrent pas cette granularité. Nous recommandons que les conclusions soient étayées par des données comparables et quantitatives. Lorsqu'aucune comparaison directe n'a été effectuée, nous recommandons de faire preuve de prudence quant à l'utilisation d'énoncés qualitatifs sur la performance relative. Cette cohérence et ce rigueur simplifieront la manière dont la communauté de recherche eDNA suit les avancées basées sur les méthodes et fourniront également une plus grande clarté pour les praticiens de la conservation. À cette fin, nous suggérons des standards de reporting pour les études eDNA.

@article{doi101002ece37382,
    author = "Fediajevaite, Julija et Priestley, Victoria et Arnold, Richard et Savolainen, Vincent",
    title = "Une méta-analyse montre que l'ADN environnemental surpasse les enquêtes traditionnelles, mais nécessite de meilleurs standards de reporting",
    year = "2021",
    journal = "Ecology and Evolution",
    abstract = ": Les résultats de cette méta-analyse démontrent que, lorsqu'il existe une comparaison directe, les enquêtes eDNA sur les macro-organismes sont plus précises et efficaces que les enquêtes traditionnelles. Cette conclusion repose cependant sur une fraction seulement des articles eDNA disponibles, car la plupart n'offrent pas cette granularité. Nous recommandons que les conclusions soient étayées par des données comparables et quantitatives. Lorsqu'aucune comparaison directe n'a été effectuée, nous recommandons de faire preuve de prudence quant à l'utilisation d'énoncés qualitatifs sur la performance relative. Cette cohérence et ce rigueur simplifieront la manière dont la communauté de recherche eDNA suit les avancées basées sur les méthodes et fourniront également une plus grande clarté pour les praticiens de la conservation. À cette fin, nous suggérons des standards de reporting pour les études eDNA.",
    url = "https://doi.org/10.1002/ece3.7382",
    doi = "10.1002/ece3.7382",
    openalex = "W3137998749",
    references = "doi101007s10531020019800, doi101016jwatres201803003"
}

Résumé L'ADN environnemental (eDNA) a révolutionné notre capacité à identifier la présence et la répartition des organismes terrestres et aquatiques. Des preuves récentes suggèrent que la concentration d'eDNA pourrait également fournir un indicateur rapide et rentable de l'abondance et/ou de la biomasse pour les évaluations des stocks de pêche. À l'échelle mondiale, les ressources halieutiques sont soumises à une pression immense, et leur exploitation durable nécessite des informations précises sur la taille des stocks pêchés. Cependant, dans de nombreux cas, les informations requises restent difficiles à obtenir en raison d'une dépendance à des données dépendantes et indépendantes de la pêche imprécises ou coûteuses. Ici, nous passons en revue la littérature décrivant les relations entre les concentrations d'eDNA et l'abondance et/ou la biomasse des poissons, ainsi que les facteurs clés influençant ces relations, en vue de déterminer l'utilité plus large de l'eDNA pour la surveillance des populations de poissons. Nous avons examiné 63 études publiées entre 2012 et 2020 et avons constaté que 90 % ont identifié des relations positives entre les concentrations d'eDNA et l'abondance et/ou la biomasse des espèces cibles. Les facteurs biotiques clés incluaient le taxon examiné ainsi que leur taille corporelle, leur répartition, leur reproduction et leur migration. Les facteurs abiotiques clés comprenaient principalement les processus hydrologiques affectant la dispersion et la persistance de l'eDNA, en particulier le débit d'eau et la température, bien que les méthodes de collecte d'eDNA aient également été influentes. L'influence cumulative de ces différents facteurs explique probablement la variabilité substantielle observée dans les concentrations d'eDNA, tant au sein qu'entre les études. Néanmoins, il existe des preuves considérables en faveur de l'utilisation de l'eDNA comme outil complémentaire pour évaluer l'abondance et/ou la biomasse des populations de poissons à différentes échelles spatio-temporelles discrètes, après des investigations préliminaires visant à déterminer les facteurs spécifiques à l'espèce et au contexte influençant la relation abondance/biomasse de l'eDNA. Les avantages de la surveillance par eDNA par rapport à d'autres approches incluent des coûts réduits, une efficacité accrue et un échantillonnage non létal.

@article{doi101002edn3185,
    author = "Rourke, Meaghan L. et Fowler, Ashley M. et Hughes, Julian M. et Broadhurst, Matt K. et DiBattista, Joseph D. et Fielder, D. Stewart et Walburn, Jackson Wilkes et Furlan, Elise M.",
    title = "ADN environnemental (eDNA) comme outil pour évaluer la biomasse des poissons : Revue des approches et considérations futures pour les enquêtes sur les ressources",
    year = "2021",
    journal = "ADN environnemental",
    abstract = "Résumé L'ADN environnemental (eDNA) a révolutionné notre capacité à identifier la présence et la répartition des organismes terrestres et aquatiques. Des preuves récentes suggèrent que la concentration d'eDNA pourrait également fournir un indicateur rapide et rentable de l'abondance et/ou de la biomasse pour les évaluations des stocks de pêche. À l'échelle mondiale, les ressources halieutiques sont soumises à une pression immense, et leur exploitation durable nécessite des informations précises sur la taille des stocks pêchés. Cependant, dans de nombreux cas, les informations requises restent difficiles à obtenir en raison d'une dépendance à des données dépendantes et indépendantes de la pêche imprécises ou coûteuses. Ici, nous passons en revue la littérature décrivant les relations entre les concentrations d'eDNA et l'abondance et/ou la biomasse des poissons, ainsi que les facteurs clés influençant ces relations, en vue de déterminer l'utilité plus large de l'eDNA pour la surveillance des populations de poissons. Nous avons examiné 63 études publiées entre 2012 et 2020 et avons constaté que 90 % ont identifié des relations positives entre les concentrations d'eDNA et l'abondance et/ou la biomasse des espèces cibles. Les facteurs biotiques clés incluaient le taxon examiné ainsi que leur taille corporelle, leur répartition, leur reproduction et leur migration. Les facteurs abiotiques clés comprenaient principalement les processus hydrologiques affectant la dispersion et la persistance de l'eDNA, en particulier le débit d'eau et la température, bien que les méthodes de collecte d'eDNA aient également été influentes. L'influence cumulative de ces différents facteurs explique probablement la variabilité substantielle observée dans les concentrations d'eDNA, tant au sein qu'entre les études. Néanmoins, il existe des preuves considérables en faveur de l'utilisation de l'eDNA comme outil complémentaire pour évaluer l'abondance et/ou la biomasse des populations de poissons à différentes échelles spatio-temporelles discrètes, après des investigations préliminaires visant à déterminer les facteurs spécifiques à l'espèce et au contexte influençant la relation abondance/biomasse de l'eDNA. Les avantages de la surveillance par eDNA par rapport à d'autres approches incluent des coûts réduits, une efficacité accrue et un échantillonnage non létal.",
    url = "https://doi.org/10.1002/edn3.185",
    doi = "10.1002/edn3.185",
    openalex = "W3133743945",
    references = "doi101016jtree200409004, doi101038s4200301801926, doi101038srep40368, doi101098rspb20191409, doi101111mec14350"
}

@article{doi101016jscitotenv2021146891,
    author = "Veilleux, Heather D. et Misutka, Melissa D. et Glover, Chris N.",
    title = "ADN environnemental et ARN environnemental : applications actuelles et prospectives pour la surveillance biologique",
    year = "2021",
    journal = "The Science of The Total Environment",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2021.146891",
    doi = "10.1016/j.scitotenv.2021.146891",
    openalex = "W3145480541",
    references = "doi101007s10531020019800"
}

L'analyse de l'ADN environnemental (eDNA) a fait progresser la biologie de la conservation et la gestion de la biodiversité. Cependant, l'estimation précise de l'âge et de l'origine de l'eDNA est compliquée par le transport des particules et la présence de matériel génétique résiduel, qui peuvent obscurcir l'interprétation précise de la détection et de la quantification de l'eDNA. Pour comprendre l'état du matériel génomique dans l'environnement, nous avons étudié les relations de dégradation entre (a) la taille des fragments (longs vs courts), (b) les origines génomiques (mitochondriales vs nucléaires), (c) les acides nucléiques (eDNA vs eRNA), et (d) les types d'ARN (ARN messager (m)ARN vs ARN ribosomique (r)ARN) provenant de moules Dreissena non indigènes. Les concentrations initiales d'eRNA ont suivi les tendances transcriptionnelles attendues, avec des rARN trouvés à > 1000 × celle de l'eDNA, et un mARN associé à la mitose tombant en dessous des limites de détection dans les 24 heures. De plus, le ratio eRNA:eDNA a significativement diminué tout au long de la dégradation, fournissant potentiellement une estimation de l'âge du matériel génomique. Ainsi, la quantification de l'eRNA peut augmenter la détection en raison des fortes concentrations de rARN. De plus, elle peut améliorer l'interprétation des détections positives grâce au ratio eRNA:eDNA et/ou en détectant des mARN associés à la mitose de faible abondance qui se dégradent en ~ 24 heures.

@article{doi101038s41598021822054,
    author = "Marshall, Nathaniel T. et Vanderploeg, Henry A. et Chaganti, Subba Rao",
    title = "Environmental (e)RNA advances the reliability of eDNA by predicting its age",
    year = "2021",
    journal = "Scientific Reports",
    abstract = "L'analyse de l'ADN environnemental (eDNA) a fait progresser la biologie de la conservation et la gestion de la biodiversité. Cependant, l'estimation précise de l'âge et de l'origine de l'eDNA est compliquée par le transport des particules et la présence de matériel génétique résiduel, qui peuvent obscurcir l'interprétation précise de la détection et de la quantification de l'eDNA. Pour comprendre l'état du matériel génomique dans l'environnement, nous avons étudié les relations de dégradation entre (a) la taille des fragments (longs vs courts), (b) les origines génomiques (mitochondriales vs nucléaires), (c) les acides nucléiques (eDNA vs eRNA), et (d) les types d'ARN (ARN messager (m)ARN vs ARN ribosomique (r)ARN) provenant de moules Dreissena non indigènes. Les concentrations initiales d'eRNA ont suivi les tendances transcriptionnelles attendues, avec des rARN trouvés à > 1000 × celle de l'eDNA, et un mARN associé à la mitose tombant en dessous des limites de détection dans les 24 heures. De plus, le ratio eRNA:eDNA a significativement diminué tout au long de la dégradation, fournissant potentiellement une estimation de l'âge du matériel génomique. Ainsi, la quantification de l'eRNA peut augmenter la détection en raison des fortes concentrations de rARN. De plus, elle peut améliorer l'interprétation des détections positives grâce au ratio eRNA:eDNA et/ou en détectant des mARN associés à la mitose de faible abondance qui se dégradent en \textasciitilde\ 24 heures.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41598-021-82205-4",
    doi = "10.1038/s41598-021-82205-4",
    openalex = "W3126207216",
    references = "doi101007s10531020019800"
}

La gamme de technologies actuellement utilisées dans la conservation de la biodiversité est stupéfiante, avec des utilisations innovantes souvent adoptées d'autres disciplines et testées sur le terrain. Nous fournissons le premier aperçu complet du paysage actuel (2020) des technologies de conservation, englobant les technologies pour le suivi de la faune et des habitats, ainsi que pour la gestion de la conservation sur le terrain (par exemple, la lutte contre les activités illégales). Nous couvrons à la fois les technologies établies (déployées régulièrement dans la conservation, soutenues par une expérience de terrain substantielle et une littérature scientifique) et les nouvelles technologies ou applications technologiques (généralement au stade d'essai, utilisées récemment dans la conservation), en fournissant des exemples d'applications de conservation pour les deux types. Nous décrivons des technologies qui déploient des capteurs fixes ou portables, attachés à des véhicules (terrestres, aquatiques ou aériens) ou à des animaux (biologging), complétées par une section sur le suivi de la faune. Les deux dernières sections couvrent les actionneurs et l'informatique (y compris les plateformes web, les algorithmes et l'intelligence artificielle).

@article{doi101093bioscibiab073,
    author = "Lahoz‐Monfort, José J. et Magrath, Michael J. L.",
    title = "A Comprehensive Overview of Technologies for Species and Habitat Monitoring and Conservation",
    year = "2021",
    journal = "BioScience",
    abstract = "La gamme de technologies actuellement utilisées dans la conservation de la biodiversité est stupéfiante, avec des utilisations innovantes souvent adoptées d'autres disciplines et testées sur le terrain. Nous fournissons le premier aperçu complet du paysage actuel (2020) des technologies de conservation, englobant les technologies pour le suivi de la faune et des habitats, ainsi que pour la gestion de la conservation sur le terrain (par exemple, la lutte contre les activités illégales). Nous couvrons à la fois les technologies établies (déployées régulièrement dans la conservation, soutenues par une expérience de terrain substantielle et une littérature scientifique) et les nouvelles technologies ou applications technologiques (généralement au stade d'essai, utilisées récemment dans la conservation), en fournissant des exemples d'applications de conservation pour les deux types. Nous décrivons des technologies qui déploient des capteurs fixes ou portables, attachés à des véhicules (terrestres, aquatiques ou aériens) ou à des animaux (biologging), complétées par une section sur le suivi de la faune. Les deux dernières sections couvrent les actionneurs et l'informatique (y compris les plateformes web, les algorithmes et l'intelligence artificielle).",
    url = "https://doi.org/10.1093/biosci/biab073",
    doi = "10.1093/biosci/biab073",
    openalex = "W3185673854",
    references = "doi101007s10531020019800, doi1011112041210x13256"
}

Le calcul de l'actualisation joue un rôle central dans les décisions concernant les changements environnementaux mondiaux qui affectent le bien-être des générations futures. Actualiser davantage le futur penche les décisions vers le présent, rendant moins probable que la société entreprenne des actions pour atténuer le changement climatique ou d'autres changements environnementaux mondiaux. Cet article examine l'approche économique standard de l'actualisation qui émerge de la recherche de l'épargne et de l'investissement optimaux au fil du temps. L'actualisation dépend du taux pur de préférence pour le temps et des différences de niveaux de consommation dans le temps, donnant naissance à des utilités marginales de consommation différentes. L'actualisation pour des problèmes comme le changement climatique qui impactent les générations futures implique une dimension éthique. Cet article inclut des discussions sur les dimensions éthiques de l'actualisation liées à l'équité intra-générationnelle et inter-générationnelle et couvre également les approches de l'économie comportementale, de l'économie écologique et de l'économie mainstream en matière d'actualisation. L'article se termine par un examen des débats sur l'actualisation dans la politique du changement climatique.

@article{doi101146annurevenviron020420042100,
    author = "Polasky, Stephen et Dampha, Nfamara K.",
    title = "Discounting and Global Environmental Change",
    year = "2021",
    journal = "Annual Review of Environment and Resources",
    abstract = "Discounting plays a central role in decisions about global environmental change that affect the well-being of future generations. Discounting the future more heavily tilts decisions toward the present, making it less likely that society will undertake actions to mitigate climate change or other global environmental change. This article reviews the standard economics approach to discounting that emerges from solving for optimal savings and investment through time. Discounting depends on the pure rate of time preference and differences in consumption levels across time, giving rise to different marginal utilities of consumption. Discounting for problems like climate change that impact future generations involves an ethical dimension. This article includes discussions of ethical dimensions of discounting related to intragenerational and intergenerational equity and also covers behavioral economics, ecological economics, and mainstream economics approaches to discounting. The article closes with a review of the debates over discounting in climate change policy.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev-environ-020420-042100",
    doi = "10.1146/annurev-environ-020420-042100",
    openalex = "W3157594988",
    references = "doi1023071885257"
}

L'ADN environnemental (ADNe) est du matériel génétique libéré par des macroorganismes. Il a fait l'objet d'une attention croissante en tant qu'indicateur indirect pour le suivi de la biodiversité. Cet article passe en revue l'état actuel du métabarcodage de l'ADNe (détection simultanée de plusieurs espèces) en tant qu'approche non invasive et rentable pour le suivi des communautés de poissons marins et examine les perspectives de ce domaine en pleine expansion. Le métabarcodage de l'ADNe coamplifie de courts fragments d'ADNe de poissons à travers une grande variété de taxons et, couplé aux technologies de séquençage à haut débit, permet d'effectuer un séquençage massivement parallèle simultanément pour des dizaines à des centaines d'échantillons. Il peut prédire la richesse spécifique dans une zone donnée, détecter la ségrégation des habitats et les modèles biogéographiques à des échelles spatiales allant de petites à grandes, et surveiller les dynamiques spatio-temporelles des communautés de poissons. De plus, il peut détecter un impact anthropique sur les communautés de poissons par l'évaluation de leur diversité fonctionnelle. La reconnaissance des forces et des limites du métabarcodage de l'ADNe contribuera à garantir que le suivi continu de la biodiversité à plusieurs sites sera utile pour la conservation des écosystèmes et l'utilisation durable des ressources halieutiques, contribuant ainsi peut-être à atteindre les objectifs de l'Objectif de développement durable 14 des Nations Unies pour 2030.

@article{doi101146annurevmarine041421082251,
    author = "Miya, Masaki",
    title = "Environmental DNA Metabarcoding: A Novel Method for Biodiversity Monitoring of Marine Fish Communities",
    year = "2021",
    journal = "Annual Review of Marine Science",
    abstract = "Environmental DNA (eDNA) is genetic material that has been shed from macroorganisms. It has received increased attention as an indirect marker for biodiversity monitoring. This article reviews the current status of eDNA metabarcoding (simultaneous detection of multiple species) as a noninvasive and cost-effective approach for monitoring marine fish communities and discusses the prospects for this growing field. eDNA metabarcoding coamplifies short fragments of fish eDNA across a wide variety of taxa and, coupled with high-throughput sequencing technologies, allows massively parallel sequencing to be performed simultaneously for dozens to hundreds of samples. It can predict species richness in a given area, detect habitat segregation and biogeographic patterns from small to large spatial scales, and monitor the spatiotemporal dynamics of fish communities. In addition, it can detect an anthropogenic impact on fish communities through evaluation of their functional diversity. Recognizing the strengths and limitations of eDNA metabarcoding will help ensure that continuous biodiversity monitoring at multiple sites will be useful for ecosystem conservation and sustainable use of fishery resources, possibly contributing to achieving the targets of the United Nations' Sustainable Development Goal 14 for 2030.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev-marine-041421-082251",
    doi = "10.1146/annurev-marine-041421-082251",
    openalex = "W3187258794",
    references = "doi1010029781119174844, doi101007s10531020019800, doi101016jcub201704060, doi101016jgecco2019e00547, doi101038s41598017125015, doi101093oso97801987672200010001, doi101098rspb20191409"
}

@article{doi101016jcub202112014,
    author = "Lynggaard, Christina et Bertelsen, Mads F. et Jensen, Casper Vindahl et Johnson, Matthew S. et Frøslev, Tobias Guldberg et Olsen, Morten Tange et Bohmann, Kristine",
    title = "ADN environnemental aéroporté pour le suivi des communautés de vertébrés terrestres",
    year = "2022",
    journal = "Current Biology",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.cub.2021.12.014",
    doi = "10.1016/j.cub.2021.12.014",
    openalex = "W4225722231",
    references = "doi101038s4146701701312x"
}

L'utilisation accrue de l'analyse de l'ADN environnemental (ADNe) pour la détection indirecte d'espèces a stimulé le besoin de comprendre la persistance de l'ADNe dans l'environnement. Comprendre la persistance de l'ADNe est complexe car il existe sous un mélange d'états différents (par exemple, dissous, adsorbé sur des particules, intracellulaire et intraorganellaire), et chaque état est susceptible d'avoir un taux de dégradation spécifique qui dépend des paramètres environnementaux. Ainsi, il est nécessaire d'améliorer les connaissances sur les taux de conversion de l'ADNe entre les états et les réactions qui dégradent l'ADNe dans différents états. Ici, nous nous concentrons sur l'ADNe extraorganismal eucaryote, nous décrivons comment la chimie de l'eau et les particules minérales en suspension affectent probablement la conversion entre chaque état d'ADNe, et nous indiquons comment les paramètres environnementaux affectent la persistance des états dans la colonne d'eau. Sur la base de la déduction de ces paramètres de contrôle, nous avons synthétisé la littérature sur l'ADNe pour évaluer si nous pouvions déjà déduire une compréhension générale des états d'ADNe persistant dans l'environnement. Cependant, nous avons constaté que ces paramètres ne sont souvent pas mesurés ou signalés lorsqu'ils sont mesurés, et dans de nombreux cas, très peu de données expérimentales existent à partir desquelles tirer des conclusions. Par conséquent, une étude supplémentaire de la manière dont les paramètres environnementaux affectent la conversion des états d'ADNe et la dégradation de l'ADNe dans les milieux aquatiques est nécessaire. Nous recommandons des contrôles analytiques qui peuvent être utilisés lors du traitement de l'eau pour évaluer les pertes potentielles des différents états d'ADNe si tous étaient présents dans un échantillon d'eau, et nous décrivons les travaux expérimentaux futurs qui aideraient à déterminer les états d'ADNe dominants dans l'eau.

@article{doi101021acsest1c07638,
    author = "Mauvisseau, Quentin et Harper, Lynsey R. et Sander, Michael et Hanner, Robert et Kleyer, Hannah et Deiner, Kristy",
    title = "Les multiples états de l'ADN environnemental et ce qui est connu sur leur persistance dans les milieux aquatiques",
    year = "2022",
    journal = "Environmental Science \& Technology",
    abstract = "L'utilisation accrue de l'analyse de l'ADN environnemental (ADNe) pour la détection indirecte d'espèces a stimulé le besoin de comprendre la persistance de l'ADNe dans l'environnement. Comprendre la persistance de l'ADNe est complexe car il existe sous un mélange d'états différents (par exemple, dissous, adsorbé sur des particules, intracellulaire et intraorganellaire), et chaque état est susceptible d'avoir un taux de dégradation spécifique qui dépend des paramètres environnementaux. Ainsi, il est nécessaire d'améliorer les connaissances sur les taux de conversion de l'ADNe entre les états et les réactions qui dégradent l'ADNe dans différents états. Ici, nous nous concentrons sur l'ADNe extraorganismal eucaryote, nous décrivons comment la chimie de l'eau et les particules minérales en suspension affectent probablement la conversion entre chaque état d'ADNe, et nous indiquons comment les paramètres environnementaux affectent la persistance des états dans la colonne d'eau. Sur la base de la déduction de ces paramètres de contrôle, nous avons synthétisé la littérature sur l'ADNe pour évaluer si nous pouvions déjà déduire une compréhension générale des états d'ADNe persistant dans l'environnement. Cependant, nous avons constaté que ces paramètres ne sont souvent pas mesurés ou signalés lorsqu'ils sont mesurés, et dans de nombreux cas, très peu de données expérimentales existent à partir desquelles tirer des conclusions. Par conséquent, une étude supplémentaire de la manière dont les paramètres environnementaux affectent la conversion des états d'ADNe et la dégradation de l'ADNe dans les milieux aquatiques est nécessaire. Nous recommandons des contrôles analytiques qui peuvent être utilisés lors du traitement de l'eau pour évaluer les pertes potentielles des différents états d'ADNe si tous étaient présents dans un échantillon d'eau, et nous décrivons les travaux expérimentaux futurs qui aideraient à déterminer les états d'ADNe dominants dans l'eau.",
    url = "https://doi.org/10.1021/acs.est.1c07638",
    doi = "10.1021/acs.est.1c07638",
    openalex = "W4225391021",
    references = "doi101098rspb20191409, doi101111mec15060"
}

La science citoyenne est une approche de plus en plus reconnue appliquée dans de nombreux domaines scientifiques, et particulièrement dans les sciences environnementales et écologiques, dans laquelle des participants non professionnels contribuent à la collecte de données pour faire avancer la recherche scientifique. Nous présentons la science citoyenne contributive comme une méthode précieuse pour les scientifiques et les praticiens au sein des sciences environnementales et écologiques, en nous concentrant sur le cycle de vie complet de la pratique de la science citoyenne, de la conception à la mise en œuvre, l'évaluation et la gestion des données. Nous mettons en lumière les problèmes clés de la science citoyenne et la manière de les résoudre, tels que l'engagement et la rétention des participants, l'assurance qualité des données et la correction des biais, ainsi que les considérations éthiques relatives au partage des données. Nous fournissons également une gamme d'exemples pour illustrer la diversité des applications, de la recherche sur la biodiversité et l'évaluation de la couverture terrestre à la surveillance de la santé des forêts et la pollution marine. Les aspects de la reproductibilité et du partage des données sont pris en compte, plaçant la science citoyenne dans une perspective de science ouverte englobante. Enfin, nous discutons de ses limites et défis et présentons une perspective sur l'application de la science citoyenne dans plusieurs domaines scientifiques. La science citoyenne contributive est une méthode dans laquelle des participants non professionnels contribuent à la collecte de données en tout ou en partie pour faire avancer la recherche scientifique. Ce guide présente l'utilisation de la science citoyenne dans les sciences environnementales et écologiques, en discutant de l'engagement des participants, de l'assurance qualité des données et de la correction des biais.

@article{doi101038s43586022001444,
    author = "Fraisl, Dilek et Hager, Gerid et Bedessem, Baptiste et Gold, Margaret M. et Hsing, Pen‐Yuan et Danielsen, Finn et Hitchcock, Colleen et Hulbert, Joseph M. et Piera, Jaume et Spiers, Helen et Thiel, Martín et Haklay, Muki",
    title = "Citizen science in environmental and ecological sciences",
    year = "2022",
    journal = "Nature Reviews Methods Primers",
    abstract = "La science citoyenne est une approche de plus en plus reconnue appliquée dans de nombreux domaines scientifiques, et particulièrement dans les sciences environnementales et écologiques, dans laquelle des participants non professionnels contribuent à la collecte de données pour faire avancer la recherche scientifique. Nous présentons la science citoyenne contributive comme une méthode précieuse pour les scientifiques et les praticiens au sein des sciences environnementales et écologiques, en nous concentrant sur le cycle de vie complet de la pratique de la science citoyenne, de la conception à la mise en œuvre, l'évaluation et la gestion des données. Nous mettons en lumière les problèmes clés de la science citoyenne et la manière de les résoudre, tels que l'engagement et la rétention des participants, l'assurance qualité des données et la correction des biais, ainsi que les considérations éthiques relatives au partage des données. Nous fournissons également une gamme d'exemples pour illustrer la diversité des applications, de la recherche sur la biodiversité et l'évaluation de la couverture terrestre à la surveillance de la santé des forêts et la pollution marine. Les aspects de la reproductibilité et du partage des données sont pris en compte, plaçant la science citoyenne dans une perspective de science ouverte englobante. Enfin, nous discutons de ses limites et défis et présentons une perspective sur l'application de la science citoyenne dans plusieurs domaines scientifiques. La science citoyenne contributive est une méthode dans laquelle des participants non professionnels contribuent à la collecte de données en tout ou en partie pour faire avancer la recherche scientifique. Ce guide présente l'utilisation de la science citoyenne dans les sciences environnementales et écologiques, en discutant de l'engagement des participants, de l'assurance qualité des données et de la correction des biais.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s43586-022-00144-4",
    doi = "10.1038/s43586-022-00144-4",
    openalex = "W4293231014",
    references = "doi101016jbiocon201609004"
}

Résumé La perte de la biodiversité est l'un des plus grands problèmes auxquels le monde fait face aujourd'hui. Conservation and the Genomics of Populations offre un aperçu complet du contexte essentiel, des concepts et des outils nécessaires pour comprendre comment les informations génétiques peuvent être utilisées pour conserver les espèces menacées d'extinction et pour gérer les espèces d'importance écologique ou commerciale. De nouvelles techniques moléculaires, méthodes statistiques et programmes informatiques, principes génétiques et méthodes deviennent de plus en plus utiles dans la conservation de la diversité biologique. En utilisant un équilibre entre données et théorie, couplé à des exemples de recherche fondamentale et appliquée, ce livre examine la variation génétique et phénotypique dans les populations naturelles, les principes et mécanismes du changement évolutif, l'interprétation des données génétiques provenant de populations naturelles, et comment celles-ci peuvent être appliquées à la conservation. Le livre inclut des exemples provenant de plantes, d'animaux et de microbes dans des populations sauvages et captives. Cette troisième édition a été entièrement révisée pour inclure les avancées en génomique et contient de nouveaux chapitres sur la génomique des populations, la surveillance génétique et la génétique de la conservation en pratique, ainsi que de nouvelles sections sur le changement climatique, les maladies émergentes, la métagénomique et plus encore. Plus d'un tiers des références de cette édition ont été publiées après l'édition précédente. Chaque l'un des 24 chapitres et l'Appendice se termine par une Guest Box écrite par un expert qui fournit un exemple des principes présentés dans le chapitre à partir de son propre travail. Ce livre est essentiel pour les étudiants de niveau avancé en génétique de la conservation, en gestion des ressources naturelles et en biologie de la conservation, ainsi que pour les biologistes de la conservation professionnels et les décideurs politiques travaillant pour les agences de gestion de la faune et des habitats. Une grande partie du livre intéressera également les non-professionnels qui sont curieux du rôle de la génétique dans la conservation et la gestion des populations sauvages et captives.

@book{doi101093oso97801988565660010001,
    author = "Allendorf, Fred W. et Funk, W. Chris et Aitken, Sally N. et Byrne, Margaret et Luikart, Gordon et Antunes, Agostinho",
    title = "Conservation and the Genomics of Populations",
    year = "2022",
    abstract = "Résumé La perte de la biodiversité est l'un des plus grands problèmes auxquels le monde fait face aujourd'hui. Conservation and the Genomics of Populations offre un aperçu complet du contexte essentiel, des concepts et des outils nécessaires pour comprendre comment les informations génétiques peuvent être utilisées pour conserver les espèces menacées d'extinction et pour gérer les espèces d'importance écologique ou commerciale. De nouvelles techniques moléculaires, méthodes statistiques et programmes informatiques, principes génétiques et méthodes deviennent de plus en plus utiles dans la conservation de la diversité biologique. En utilisant un équilibre entre données et théorie, couplé à des exemples de recherche fondamentale et appliquée, ce livre examine la variation génétique et phénotypique dans les populations naturelles, les principes et mécanismes du changement évolutif, l'interprétation des données génétiques provenant de populations naturelles, et comment celles-ci peuvent être appliquées à la conservation. Le livre inclut des exemples provenant de plantes, d'animaux et de microbes dans des populations sauvages et captives. Cette troisième édition a été entièrement révisée pour inclure les avancées en génomique et contient de nouveaux chapitres sur la génomique des populations, la surveillance génétique et la génétique de la conservation en pratique, ainsi que de nouvelles sections sur le changement climatique, les maladies émergentes, la métagénomique et plus encore. Plus d'un tiers des références de cette édition ont été publiées après l'édition précédente. Chaque l'un des 24 chapitres et l'Appendice se termine par une Guest Box écrite par un expert qui fournit un exemple des principes présentés dans le chapitre à partir de son propre travail. Ce livre est essentiel pour les étudiants de niveau avancé en génétique de la conservation, en gestion des ressources naturelles et en biologie de la conservation, ainsi que pour les biologistes de la conservation professionnels et les décideurs politiques travaillant pour les agences de gestion de la faune et des habitats. Une grande partie du livre intéressera également les non-professionnels qui sont curieux du rôle de la génétique dans la conservation et la gestion des populations sauvages et captives.",
    url = "https://doi.org/10.1093/oso/9780198856566.001.0001",
    doi = "10.1093/oso/9780198856566.001.0001",
    openalex = "W4224274233",
    references = "doi101002evl3189, doi101007s10531020019800, doi101016jppees201002002, doi101046j14209101200100339x, doi101093czzow088, doi101093genetics902349, doi101111gcb13976"
}

Les vastes déclins mondiaux de la diversité et de l'abondance des populations de poissons d'eau douce et marine constituent des menaces graves pour la durabilité des écosystèmes et les moyens de subsistance humains. La biomonitorisation basée sur l'ADN environnemental (ADNe) offre une évaluation robuste, efficace et rentable des occurrences d'espèces et des tendances des populations dans divers environnements aquatiques. Elle présente donc un grand potentiel pour améliorer les cadres de surveillance conventionnels afin de faciliter la conservation des poissons et la gestion des pêches. Cependant, les nombreuses considérations techniques et les développements rapides en cours dans le domaine de l'ADNe peuvent submerger les chercheurs et praticiens nouveaux dans ce domaine. Ici, nous avons analysé systématiquement 416 études sur l'ADNe de poissons pour résumer les tendances de la recherche en termes de cibles étudiées, d'objectifs de recherche et de systèmes d'étude, et nous avons examiné les applications, les justifications, les considérations méthodologiques et les limites des méthodes d'ADNe, en mettant l'accent sur la recherche sur les poissons et les pêches. Nous avons mis en évidence la manière dont la technologie de l'ADNe peut faire progresser nos connaissances sur le comportement des poissons, les distributions des espèces, la génétique des populations, les structures communautaires et les interactions écologiques. Nous avons également synthétisé les connaissances actuelles sur plusieurs préoccupations méthodologiques importantes, notamment le pouvoir qualitatif et quantitatif de l'ADNe pour récupérer la biodiversité et l'abondance des poissons, ainsi que les représentations spatiales et temporelles de l'ADNe par rapport à ses sources. Pour faciliter les applications écologiques mettant en œuvre des techniques d'ADNe de poissons, la littérature récente a été résumée pour générer des lignes directrices pour un échantillonnage efficace dans les habitats lentic, lotiques et marins. Enfin, nous avons identifié les lacunes et limites actuelles et indiqué de nouvelles voies de recherche émergentes pour l'ADNe de poissons. À mesure que l'optimisation et la standardisation méthodologiques s'améliorent, la technologie de l'ADNe devrait révolutionner la surveillance des poissons et promouvoir la conservation de la biodiversité et la gestion des pêches qui transcendent les frontières géographiques et temporelles.

@article{doi101111mec16659,
    author = "Yao, Meng et Zhang, Shan et Lu, Qi et Chen, Xiaoyu et Zhang, Si‐Yu et Kong, Yueqiao et Zhao, Jindong",
    title = "Fishing for fish environmental DNA : applications écologiques, considérations méthodologiques, conceptions d'enquêtes et perspectives",
    year = "2022",
    journal = "Molecular Ecology",
    abstract = "Les vastes déclins mondiaux de la diversité et de l'abondance des populations de poissons d'eau douce et marine constituent des menaces graves pour la durabilité des écosystèmes et les moyens de subsistance humains. La biomonitorisation basée sur l'ADN environnemental (ADNe) offre une évaluation robuste, efficace et rentable des occurrences d'espèces et des tendances des populations dans divers environnements aquatiques. Elle présente donc un grand potentiel pour améliorer les cadres de surveillance conventionnels afin de faciliter la conservation des poissons et la gestion des pêches. Cependant, les nombreuses considérations techniques et les développements rapides en cours dans le domaine de l'ADNe peuvent submerger les chercheurs et praticiens nouveaux dans ce domaine. Ici, nous avons analysé systématiquement 416 études sur l'ADNe de poissons pour résumer les tendances de la recherche en termes de cibles étudiées, d'objectifs de recherche et de systèmes d'étude, et nous avons examiné les applications, les justifications, les considérations méthodologiques et les limites des méthodes d'ADNe, en mettant l'accent sur la recherche sur les poissons et les pêches. Nous avons mis en évidence la manière dont la technologie de l'ADNe peut faire progresser nos connaissances sur le comportement des poissons, les distributions des espèces, la génétique des populations, les structures communautaires et les interactions écologiques. Nous avons également synthétisé les connaissances actuelles sur plusieurs préoccupations méthodologiques importantes, notamment le pouvoir qualitatif et quantitatif de l'ADNe pour récupérer la biodiversité et l'abondance des poissons, ainsi que les représentations spatiales et temporelles de l'ADNe par rapport à ses sources. Pour faciliter les applications écologiques mettant en œuvre des techniques d'ADNe de poissons, la littérature récente a été résumée pour générer des lignes directrices pour un échantillonnage efficace dans les habitats lentic, lotiques et marins. Enfin, nous avons identifié les lacunes et limites actuelles et indiqué de nouvelles voies de recherche émergentes pour l'ADNe de poissons. À mesure que l'optimisation et la standardisation méthodologiques s'améliorent, la technologie de l'ADNe devrait révolutionner la surveillance des poissons et promouvoir la conservation de la biodiversité et la gestion des pêches qui transcendent les frontières géographiques et temporelles.",
    url = "https://doi.org/10.1111/mec.16659",
    doi = "10.1111/mec.16659",
    openalex = "W4291963967",
    references = "doi101002edn3232, doi101038s4146702121655w, doi101098rspb20191409, doi101111mec15472"
}

L'ADN environnemental (eDNA) est l'outil de biomonitorisation qui connaît la plus rapide croissance, alimenté par deux caractéristiques clés : l'efficacité temporelle et la sensibilité. Les avancées technologiques permettent une détection rapide de la biodiversité aux niveaux spécifique et communautaire avec une précision croissante. Parallèlement, il existe une demande mondiale pour standardiser les méthodes d'eDNA, mais cela n'est possible qu'avec une vue d'ensemble approfondie des avancées technologiques et une discussion des avantages et inconvénients des méthodes disponibles. Nous avons donc mené une revue systématique de la littérature de 407 articles de référence sur l'eDNA aquatique publiés entre 2012 et 2021. Nous avons observé une augmentation progressive du nombre annuel de publications, passant de quatre (2012) à 28 (2018), suivie d'une croissance rapide à 124 publications en 2021. Cela a été reflété par une diversification considérable des méthodes dans tous les aspects du flux de travail eDNA. Par exemple, en 2012, seule la congélation était appliquée pour préserver les échantillons de filtre, tandis que nous avons enregistré 12 méthodes de conservation différentes dans la littérature de 2021. Malgré un débat continu sur la standardisation au sein de la communauté eDNA, le domaine semble évoluer rapidement dans la direction opposée et nous discutons des raisons et des implications. De plus, en compilant la plus grande base de données de primers PCR à ce jour, nous fournissons des informations sur 522 et 141 primers spécifiques aux espèces et de métabarcodage publiés ciblant une large gamme d'organismes aquatiques. Cela fonctionne comme une « distillation » conviviale des informations sur les primers qui étaient jusqu'à présent dispersées à travers des centaines d'articles, mais la liste reflète également quels taxons sont couramment étudiés avec la technologie eDNA dans les environnements aquatiques tels que les poissons et les amphibiens, et révèle que des groupes tels que les coraux, le plancton et les algues sont sous-étudiés. Les efforts pour améliorer les méthodes d'échantillonnage et d'extraction, la spécificité des primers et les bases de données de référence sont cruciaux pour capturer ces taxons écologiquement importants dans les futures enquêtes de biomonitorisation eDNA. Dans un domaine en rapide diversification, cette revue synthétise les procédures d'eDNA aquatiques et peut guider les utilisateurs d'eDNA vers les meilleures pratiques.

@article{doi101016jscitotenv2023162322,
    author = "Takahashi, Miwa et Saccò, Mattia et Kestel, Joshua H. et Nester, Georgia et Campbell, Matthew A. et van der Heyde, Mieke et Heydenrych, Matthew J. et Juszkiewicz, David J. et Nevill, Paul et Dawkins, Kathryn L. et Bessey, Cindy et Fernandes, Kristen et Miller, Haylea C. et Power, Matthew et Mousavi‐Derazmahalleh, Mahsa et Newton, Joshua P. et White, Nicole E. et Richards, Zoe T. et Allentoft, Morten E.",
    title = "Aquatic environmental DNA: A review of the macro-organismal biomonitoring revolution",
    year = "2023",
    journal = "The Science of The Total Environment",
    abstract = "Environmental DNA (eDNA) is the fastest growing biomonitoring tool fuelled by two key features: time efficiency and sensitivity. Technological advancements allow rapid biodiversity detection at both species and community levels with increasing accuracy. Concurrently, there has been a global demand to standardise eDNA methods, but this is only possible with an in-depth overview of the technological advancements and a discussion of the pros and cons of available methods. We therefore conducted a systematic literature review of 407 peer-reviewed papers on aquatic eDNA published between 2012 and 2021. We observed a gradual increase in the annual number of publications from four (2012) to 28 (2018), followed by a rapid growth to 124 publications in 2021. This was mirrored by a tremendous diversification of methods in all aspects of the eDNA workflow. For example, in 2012 only freezing was applied to preserve filter samples, whereas we recorded 12 different preservation methods in the 2021 literature. Despite an ongoing standardisation debate in the eDNA community, the field is seemingly moving fast in the opposite direction and we discuss the reasons and implications. Moreover, by compiling the largest PCR-primer database to date, we provide information on 522 and 141 published species-specific and metabarcoding primers targeting a wide range of aquatic organisms. This works as a user-friendly 'distillation' of primer information that was hitherto scattered across hundreds of papers, but the list also reflects which taxa are commonly studied with eDNA technology in aquatic environments such as fish and amphibians, and reveals that groups such as corals, plankton and algae are under-studied. Efforts to improve sampling and extraction methods, primer specificity and reference databases are crucial to capture these ecologically important taxa in future eDNA biomonitoring surveys. In a rapidly diversifying field, this review synthetises aquatic eDNA procedures and can guide eDNA users towards best practice.",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2023.162322",
    doi = "10.1016/j.scitotenv.2023.162322",
    openalex = "W4321253950",
    references = "doi101002edn3232, doi101007s10531020019800, doi101111j1365294x201205505x"
}

La disponibilité de ressources génomiques publiques peut grandement faciliter les efforts d'évaluation de la biodiversité, de conservation et de restauration en fournissant des preuves pour des décisions de gestion éclairées scientifiquement. Ici, nous passons en revue les principales approches et applications en génomique de la biodiversité et de la conservation, en tenant compte de facteurs pratiques tels que le coût, le temps, les compétences requises et les lacunes actuelles des applications. La plupart des approches fonctionnent le mieux en combinaison avec des génomes de référence de l'espèce cible ou d'espèces étroitement apparentées. Nous examinons des études de cas pour illustrer comment les génomes de référence peuvent faciliter la recherche sur la biodiversité et la conservation à travers l'arbre de la vie. Nous concluons que le moment est venu de considérer les génomes de référence comme des ressources fondamentales et d'intégrer leur utilisation comme une meilleure pratique en génomique de la conservation.

@article{doi101016jtig202301005,
    author = "Theißinger, Kathrin and Fernandes, Carlos and Formenti, Giulio and Bista, Iliana and Berg, Paul R. and Bleidorn, Christoph and Bombarely, Aureliano and Crottini, Angelica and Gallo, Guido Roberto and Godoy, José A. and Jentoft, Sissel and Malukiewicz, Joanna and Mouton, Alice and Oomen, Rebekah A. and Paez, Sadye and Palsbøll, Per J. and Pampoulie, Christophe and Ruiz‐López, María José and Secomandi, Simona and Svardal, Hannes and Theofanopoulou, Constantina and de Vries, Jan and Waldvogel, Ann‐Marie and Zhang, Guojie and Jarvis, Erich D. and Bálint, Miklós and Ciofi, Claúdio and Waterhouse, Robert M. and Mazzoni, Camila J. and Höglund, ‎Jacob and Aghayan, Sargis A. and Alioto, Tyler and Almudí, Isabel and Álvarez, Nadir and Alves, Paulo C. and Amorim, Isabel R. and Antunes, Agostinho and Arribas, Paula and Baldrián, Petr and Bertorelle, Giorgio and Böhne, Astrid and Bonisoli‐Alquati, Andrea and Boštjančić, Ljudevit Luka and Boussau, Bastien and Breton, Catherine and Bužan, Elena and Campos, Paula F. and Carreras, Carlos and Castro, L. Filipe C. and Chueca, Luis J. and Čiampor, Fedor and Conti, Elena and Cook‐Deegan, Robert and Croll, Daniel and Cunha, Mónica V. and Delsuc, Frédéric and Dennis, Alice B. and Dimitrov, Dimitar and Faria, Rui and Favre, Adrien and Fédrigo, Olivier and Fernández, Rosa and Ficetola, Gentile Francesco and Flot, Jean‐François and Gabaldón, Toni and Agius, D. and Giani, Alice Maria and Gilbert, M. Thomas P. and Grebenc, Tine and Guschanski, Katerina and Guyot, Romain and Hausdorf, Bernhard and Hawlitschek, Oliver and Heintzman, Peter D. and Heinze, Berthold and Hiller, Michael and Husemann, Martin and Iannucci, Alessio and Irisarri, Iker and Jakobsen, Kjetill S. and Klinga, Peter and Kloch, Agnieszka and Kratochwil, Claudius F. and Kusche, Henrik and Layton, Kara K S and Leonard, Jennifer A. and Lerat, Emmanuelle and Liti, Gianni and Manousaki, Tereza and Marquès‐Bonet, Tomàs and Matos‐Maraví, Pável and Matschiner, Michael and Maumus, Florian and Cartney, Ann M. Mc and Meiri, Shai and Melo‐Ferreira, José and Mengual, Ximo and Monaghan, Michael T. and Montagna, Matteo and Mysłajek, Robert W.",
    title = "How genomics can help biodiversity conservation",
    year = "2023",
    journal = "Trends in Genetics",
    abstract = "The availability of public genomic resources can greatly assist biodiversity assessment, conservation, and restoration efforts by providing evidence for scientifically informed management decisions. Here we survey the main approaches and applications in biodiversity and conservation genomics, considering practical factors, such as cost, time, prerequisite skills, and current shortcomings of applications. Most approaches perform best in combination with reference genomes from the target species or closely related species. We review case studies to illustrate how reference genomes can facilitate biodiversity research and conservation across the tree of life. We conclude that the time is ripe to view reference genomes as fundamental resources and to integrate their use as a best practice in conservation genomics.",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.tig.2023.01.005",
    doi = "10.1016/j.tig.2023.01.005",
    openalex = "W4321019193",
    references = "doi101016jgecco2019e00547, doi101038s415590180717x, doi101111mec14350, doi101111mec14726"
}