Récifs coralliens

@article{doi1023071943285,
    author = "Odum, Howard T. et Odum, Eugene P.",
    title = "Structure trophique et productivité d'une communauté de récif corallien sous le vent à l'atoll d'Eniwetok",
    year = "1955",
    journal = "Ecological Monographs",
    url = "https://doi.org/10.2307/1943285",
    doi = "10.2307/1943285",
    openalex = "W2089591395"
}

1. Une méthode est décrite pour la mesure précise des taux de calcification chez les coraux constructeurs de récifs dans diverses conditions contrôlées, en utilisant le calcium-45 comme traceur.2. Aux températures des expériences, il y a eu un échange isotopique lent mais appréciable entre le squelette du corail et l'eau de mer. Il existe des indications que cet échange est considérablement moindre chez le corail vivant où le tissu forme une barrière contre un tel échange.3. Chez de nombreux coraux constructeurs de récifs testés jusqu'à présent, le taux de calcification a été significativement réduit par l'exclusion de la lumière.4. Le taux de calcification des coraux de récif cultivés dans l'obscurité pendant de longues périodes pour éliminer les zooxanthelles est considérablement réduit et semble indépendant de l'intensité lumineuse.5. Les variations des taux de croissance des différentes parties des colonies de coraux ont été mesurées. L'existence de gradients de croissance a été démontrée chez plusieurs espèces.6. L'absorption de calcium a été grandement réduite à l'ajout de Diamox, un inhibiteur spécifique de l'anhydrase carbonique. Chez les espèces testées, l'effet de l'inhibition de l'anhydrase carbonique et de l'exclusion de la lumière était dans le même sens. En présence d'une inhibition complète de l'anhydrase carbonique, il y avait toujours une absorption, même dans l'obscurité.7. Il a été conclu que l'effet de la lumière sur la croissance des coraux de récif est en partie médié par les zooxanthelles. Les taux de calcification réduits des coraux de récif dans l'obscurité, en l'absence de zooxanthelles ou en présence d'un inhibiteur d'anhydrase carbonique, suggèrent que la calcification rapide de ces coraux peut dépendre d'un élimination efficace de H2CO3.

@article{doi1023071539156,
    author = "Goreau, Thomas F.",
    title = "PHYSIOLOGIE DE LA FORMATION DU SQUELETTE CHEZ LES CORAUX. I. UNE MÉTHODE POUR MESURER LE TAUX DE DÉPÔT DE CALCIUM PAR LES CORAUX DANS DES CONDITIONS DIFFÉRENTES",
    year = "1959",
    journal = "Biological Bulletin",
    abstract = "1. Une méthode est décrite pour la mesure précise des taux de calcification chez les coraux constructeurs de récifs dans diverses conditions contrôlées, en utilisant le calcium-45 comme traceur.2. Aux températures des expériences, il y a eu un échange isotopique lent mais appréciable entre le squelette du corail et l'eau de mer. Il existe des indications que cet échange est considérablement moindre chez le corail vivant où le tissu forme une barrière contre un tel échange.3. Chez de nombreux coraux constructeurs de récifs testés jusqu'à présent, le taux de calcification a été significativement réduit par l'exclusion de la lumière.4. Le taux de calcification des coraux de récif cultivés dans l'obscurité pendant de longues périodes pour éliminer les zooxanthelles est considérablement réduit et semble indépendant de l'intensité lumineuse.5. Les variations des taux de croissance des différentes parties des colonies de coraux ont été mesurées. L'existence de gradients de croissance a été démontrée chez plusieurs espèces.6. L'absorption de calcium a été grandement réduite à l'ajout de Diamox, un inhibiteur spécifique de l'anhydrase carbonique. Chez les espèces testées, l'effet de l'inhibition de l'anhydrase carbonique et de l'exclusion de la lumière était dans le même sens. En présence d'une inhibition complète de l'anhydrase carbonique, il y avait toujours une absorption, même dans l'obscurité.7. Il a été conclu que l'effet de la lumière sur la croissance des coraux de récif est en partie médié par les zooxanthelles. Les taux de calcification réduits des coraux de récif dans l'obscurité, en l'absence de zooxanthelles ou en présence d'un inhibiteur d'anhydrase carbonique, suggèrent que la calcification rapide de ces coraux peut dépendre d'un élimination efficace de H2CO3.",
    url = "https://doi.org/10.2307/1539156",
    doi = "10.2307/1539156",
    openalex = "W2471464552"
}

Plusieurs paramètres d'échantillons d'eau prélevés sur le Grand Bahama Bank en juin 1962 et en juin 1963 ont été mesurés. Ils incluent la pression partielle de CO2, le CO2 inorganique dissous total, le rapport C14/C12 dans le CO2 inorganique, et la saturation en CaCO3 (par le saturomètre de Weyl). À partir de ces résultats, des temps de résidence absolus de l'eau sur le banc jusqu'à 250 jours ont été calculés. Un taux moyen de précipitation de CaCO3 de 50 mg/cm2/an est estimé. Le taux de dépôt de CaCO3 est proportionnel au degré de sursaturation. Par élimination de 0,6 mole de CO2 pour chaque mole de CaCO3 précipité, l'eau du banc maintient une pression partielle de CO2 presque constante. En combinant les mesures effectuées avec le saturomètre de Weyl avec les estimations du produit d'activité observé, il a été possible d'estimer un produit d'activité pour l'aragonite de 0,80×10−8. Cela correspond satisfaisamment à la valeur calculée à partir des énergies libres de l'ion CO32−, de l'ion Ca2+ et du solide aragonite. Les eaux arrivent sur le banc avec un produit d'activité de 1,68×10−8. La valeur chute à environ 0,9×10−8 pour les échantillons qui résident le plus longtemps sur le banc. Les mesures de C14 sur le matériau centrifugé à partir des « whitings » indiquent que leur turbidité résulte de la remise en suspension des sédiments plutôt que de la précipitation in situ. Les méthodes utilisées ici devraient avoir une large application aux problèmes impliquant le dépôt de CaCO3 en eaux peu profondes.

@article{doi101029jz071i006p01575,
    author = "Broecker, Wallace S. et Takahashi, Taro",
    title = "Précipitation de carbonate de calcium sur les Bahama Banks",
    year = "1966",
    journal = "Journal of Geophysical Research Atmospheres",
    abstract = "Plusieurs paramètres d'échantillons d'eau prélevés sur le Grand Bahama Bank en juin 1962 et en juin 1963 ont été mesurés. Ils incluent la pression partielle de CO2, le CO2 inorganique dissous total, le rapport C14/C12 dans le CO2 inorganique, et la saturation en CaCO3 (par le saturomètre de Weyl). À partir de ces résultats, des temps de résidence absolus de l'eau sur le banc jusqu'à 250 jours ont été calculés. Un taux moyen de précipitation de CaCO3 de 50 mg/cm2/an est estimé. Le taux de dépôt de CaCO3 est proportionnel au degré de sursaturation. Par élimination de 0,6 mole de CO2 pour chaque mole de CaCO3 précipité, l'eau du banc maintient une pression partielle de CO2 presque constante. En combinant les mesures effectuées avec le saturomètre de Weyl avec les estimations du produit d'activité observé, il a été possible d'estimer un produit d'activité pour l'aragonite de 0,80×10−8. Cela correspond satisfaisamment à la valeur calculée à partir des énergies libres de l'ion CO32−, de l'ion Ca2+ et du solide aragonite. Les eaux arrivent sur le banc avec un produit d'activité de 1,68×10−8. La valeur chute à environ 0,9×10−8 pour les échantillons qui résident le plus longtemps sur le banc. Les mesures de C14 sur le matériau centrifugé à partir des « whitings » indiquent que leur turbidité résulte de la remise en suspension des sédiments plutôt que de la précipitation in situ. Les méthodes utilisées ici devraient avoir une large application aux problèmes impliquant le dépôt de CaCO3 en eaux peu profondes.",
    url = "https://doi.org/10.1029/jz071i006p01575",
    doi = "10.1029/jz071i006p01575",
    openalex = "W2090959934"
}

Un échange d'oxygène est rapporté pour 14 espèces de coraux de riffe de Floride dans l'obscurité et à différentes intensités lumineuses. La tension en oxygène a été surveillée avec une électrode polarographique enregistreuse. Les résultats sont donnés en grammes de carbone fixés par mètre carré de surface de corail par jour, et les intensités lumineuses de compensation ont été fournies pour chaque espèce. Les rapports maximaux de photosynthèse à respiration ont varié de 1,9 à 5,8. Les algues vertes filamenteuses creusantes vivant dans le squelette de Dichocoenia stokesii n'ont pas été observées à changer leur taux de consommation d'oxygène des conditions d'obscurité jusqu'à 5000 footcandles de lumière. Il est conclu que les coraux de riffe sont parmi les organismes les plus productifs connus et que, chez les coraux de Floride, les algues vertes creusantes contribuent très peu à cette productivité. Certaines données sont données sur la lumière frappant les riffs de Floride et la lumière pénétrant le squelette de corail. Les raisons de croire que les algues vertes creusantes sont d'importance mineure sont données dans la discussion.

@article{doi1023071539833,
    author = "Kanwisher, John and Wainwright, Stephen A.",
    title = "OXYGEN BALANCE IN SOME REEF CORALS",
    year = "1967",
    journal = "Biological Bulletin",
    abstract = "Oxygen exchange is reported for 14 species of Florida reef corals in the dark and at different light intensities. Oxygen tension was monitored with a recording polarographic electrode. Results are given as grams of carbon fixed per square meter of coral surface per day, and compensation light intensities were given for each species. Maximum ratios of photosynthesis to respiration varied from 1.9 to 5.8. Boring, filamentous green algae living in the skeleton of Dichocoenia stokesii were not observed to change their rate of oxygen consumption from dark conditions up to 5000 footcandles of light. It is concluded that reef corals are among the most productive organisms known and that, in Florida corals, the boring green algae contribute very little indeed to this productivity. Some data are given on the light impinging on Florida reefs and the light penetrating coral skeleton. Reasons for believing boring green algae are of minor importance are given in the discussion.",
    url = "https://doi.org/10.2307/1539833",
    doi = "10.2307/1539833",
    openalex = "W2343544780"
}

@article{doi1010160016703770900414,
    author = "Edmond, John M. et Gieskes, J.M.",
    title = "Sur le calcul du degré de saturation de l'eau de mer par rapport au carbonate de calcium dans des conditions in situ",
    year = "1970",
    journal = "Geochimica et Cosmochimica Acta",
    url = "https://doi.org/10.1016/0016-7037(70)90041-4",
    doi = "10.1016/0016-7037(70)90041-4",
    openalex = "W1997582396"
}

La productivité primaire des algues constructrices de récifs a été étudiée en plaçant des échantillons prélevés sur le récif dans un système fermé et en mesurant les échanges d'oxygène à la lumière et dans l'obscurité. La productivité brute déterminée pour 32 échantillons en pleine lumière a une valeur moyenne de 0,048 mg O2 cm-2 h-1. La photosynthèse a été trouvée augmenter avec le logarithme de l'intensité lumineuse jusqu'à 1 000 ft-c et est restée constante entre 1 000 et 8 000 ft-c. Les taux d'échange gazeux dans l'eau courante n'ont montré aucune corrélation avec la vitesse de l'eau, mais ont été supérieurs aux taux dans l'eau stagnante. Des modèles quotidiens de photosynthèse ont été calculés pour des populations d'algues calcaires vivant sur les faces sous-marines des versants exposés des atolls. Pendant la majeure partie des heures de lumière, la lumière n'est probablement pas un facteur limitant pour la photosynthèse dans ces populations. La productivité calculée de diverses zones d'algues calcaires indique qu'elles ne contribuent pas significativement à la production globale du récif sur les atolls des îles Marshall du nord. Les récifs insulaires sont moins productifs que les récifs inter-insulaires précédemment étudiés.

@article{doi1023071933661,
    author = "Marsh, James A.",
    title = "Primary Productivity of Reef‐Building Calcareous Red Algae",
    year = "1970",
    journal = "Ecology",
    abstract = "Primary productivity of reef—building algae was studied by putting samples from the reef in a closed system and measuring oxygen exchange in the light and in the dark. Gross productivity determined for 32 samples in full sunlight had a mean value of 0.048 mg O 2 cm — 2 hr — 1. Photosynthesis was found to increase with the logarithm of light intensity up to 1,000 ft—c and was constant between 1,000 and 8,000 ft—c. Rates of gas exchange in flowing water showed no correlation with water velocity but were greater than rates in still water. Daily patterns of photosynthesis were calculated for populations of calcareous algae living on the submarine faces of the windward sides of atolls. During most of the daylight hours light is probably not a limiting factor for photosynthesis in these populations. Calculated productivity of various calcareous algal zones indicates that these do not contribute significantly to overall reef production on atolls of the northern Marshall Islands. Island reefs are less productive than previously studied inter—island reefs.",
    url = "https://doi.org/10.2307/1933661",
    doi = "10.2307/1933661",
    openalex = "W2054147099",
    references = "doi101017s0025315400029829, doi101029tr029i006p00855, doi101029tr030i002p00245, doi10113000167606194859861robmi20co2, doi1023071539833, doi1023071943285, doi104319lo1956120072, doi104319lo1956120102, doi104319lo1959420210, openalexw2029721882"
}

1. Dans les branches du corail Acropora cervicornis, l'abondance d'algues symbiotiques (zooxanthelles) augmente de l'extrémité vers la base, tandis que la calcification active diminue. L'amélioration de la lumière des taux de calcification est, paradoxalement, la plus grande aux extrémités pauvres en algues des branches. 2. Des expériences au calcium-45 sur des extrémités intactes et isolées des branches de corail suggèrent que l'amélioration de la lumière de la calcification à l'extrémité pauvre en algues résulte de la photosynthèse par les zooxanthelles plus bas dans la branche. 3. Des expériences au carbone-14 indiquent que les produits organiques de la photosynthèse algale sont transloqués vers l'extrémité du corail. Les principaux produits marqués au carbone-14 à l'extrémité sont les lipides, le glycérol et le glucose. 4. Nos données sont cohérentes avec l'hypothèse que les produits algaux transloqués améliorent les taux de calcification des coraux.

@article{doi1023071540123,
    author = "Pearse, Vicki B. et Muscatine, L.",
    title = "RÔLE DES ALGUES SYMBIOTIQUES (ZOOXANTHELLAE) DANS LA CALCIFICATION DES CORAUX",
    year = "1971",
    journal = "Biological Bulletin",
    abstract = "1. Dans les branches du corail Acropora cervicornis, l'abondance d'algues symbiotiques (zooxanthelles) augmente de l'extrémité vers la base, tandis que la calcification active diminue. L'amélioration de la lumière des taux de calcification est, paradoxalement, la plus grande aux extrémités pauvres en algues des branches. 2. Des expériences au calcium-45 sur des extrémités intactes et isolées des branches de corail suggèrent que l'amélioration de la lumière de la calcification à l'extrémité pauvre en algues résulte de la photosynthèse par les zooxanthelles plus bas dans la branche. 3. Des expériences au carbone-14 indiquent que les produits organiques de la photosynthèse algale sont transloqués vers l'extrémité du corail. Les principaux produits marqués au carbone-14 à l'extrémité sont les lipides, le glycérol et le glucose. 4. Nos données sont cohérentes avec l'hypothèse que les produits algaux transloqués améliorent les taux de calcification des coraux.",
    url = "https://doi.org/10.2307/1540123",
    doi = "10.2307/1540123",
    openalex = "W2339084534"
}

@misc{chave1972calcium1,
    author = "Chave, K. E. et Smith, S. V. et Roy, K. J",
    title = "Production de carbonate de calcium par les récifs coralliens",
    year = "1972",
    howpublished = "Marine Geology, v. 12, no. 2, p. 123-140",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Chave, K. E., Smith, S. V., et Roy, K. J., 1972, Production de carbonate de calcium par les récifs coralliens : Marine Geology, v. 12, no. 2, p. 123-140.}"
}

@article{chave1972carbonate,
    author = "Chave, Keith E. et Smith, Stephen V. et Roy, Kenneth J.",
    title = "Production de carbonates par les récifs coralliens",
    year = "1972",
    journal = "Marine Geology",
    url = "https://doi.org/10.1016/0025-3227(72)90024-2",
    doi = "10.1016/0025-3227(72)90024-2",
    number = "2",
    openalex = "W1978422970",
    pages = "123-140",
    volume = "12",
    references = "doi101007bf00379161, doi101016001282526790311x, doi101029tr030i002p00245, doi101111j1469185x1969tb00609x, doi101126science16238581121, doi101130mem67v2, doi10130674d7173a2b2111d78648000102c1865d, doi1023071943285, openalexw2404703234, openalexw3216129607"
}

Même si les organismes calcaires sont abondants sur les parties à fond dur de la plateforme continentale du sud de la Californie, des quantités négligeables de CaCO3 s'y accumulent. Les données collectées à trois localités et 22 stations le long de la côte californienne du sud donnent des taux de production de CaCO3 par des organismes calcaires, à marée basse, calculés à partir des taux de renouvellement déduits des données de croissance, à partir de calculs de mortalité basés sur la distribution de taille et les données de croissance, et à partir d'informations diverses, d'environ 400 g CaCO3 m‒2 yr‒1. Bien que ce taux de production dans un climat tempéré soit inférieur aux taux de production des récifs coralliens, il est similaire aux taux de production non récifale tropicale et beaucoup plus élevé que les taux de production pélagique de CaCO3. Le CaCO3 produit est perdu de la plateforme continentale, probablement par transport vers des bassins adjacents, et est ensuite apparemment en grande partie dissous. Environ 4 × 1010 g CaCO3 yr‒1 sont produits sur 103 km2 des zones de plateforme à fond dur peu profond du sud de la Californie et sont ensuite retirés de ces zones.

@article{doi104319lo19721710028,
    author = "Smith, Stephen V.",
    title = "PRODUCTION OF CALCIUM CARBONATE ON THE MAINLAND SHELF OF SOUTHERN CALIFORNIA1",
    year = "1972",
    journal = "Limnologie et océanographie",
    abstract = "Même si les organismes calcaires sont abondants sur les parties à fond dur de la plateforme continentale du sud de la Californie, des quantités négligeables de CaCO3 s'y accumulent. Les données collectées à trois localités et 22 stations le long de la côte californienne du sud donnent des taux de production de CaCO3 par des organismes calcaires, à marée basse, calculés à partir des taux de renouvellement déduits des données de croissance, à partir de calculs de mortalité basés sur la distribution de taille et les données de croissance, et à partir d'informations diverses, d'environ 400 g CaCO3 m‒2 yr‒1. Bien que ce taux de production dans un climat tempéré soit inférieur aux taux de production des récifs coralliens, il est similaire aux taux de production non récifale tropicale et beaucoup plus élevé que les taux de production pélagique de CaCO3. Le CaCO3 produit est perdu de la plateforme continentale, probablement par transport vers des bassins adjacents, et est ensuite apparemment en grande partie dissous. Environ 4 × 1010 g CaCO3 yr‒1 sont produits sur 103 km2 des zones de plateforme à fond dur peu profond du sud de la Californie et sont ensuite retirés de ces zones.",
    url = "https://doi.org/10.4319/lo.1972.17.1.0028",
    doi = "10.4319/lo.1972.17.1.0028",
    openalex = "W2144760189"
}

@article{doi105479si007756301531,
    author = "Risk, Michael J.",
    title = "Diversité des poissons sur un récif corallien dans les Îles Vierges",
    year = "1972",
    journal = "Bulletin de recherche sur les atolls",
    url = "https://doi.org/10.5479/si.00775630.153.1",
    doi = "10.5479/si.00775630.153.1",
    openalex = "W1965577217"
}

@incollection{doi101016b9780123955265500158,
    author = "Connell, Joseph H.",
    title = "ÉCOLOGIE DES POPULATIONS DE CORAUX CONSTRUCTEURS DE RIFFES",
    year = "1973",
    booktitle = "Elsevier eBooks",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-0-12-395526-5.50015-8",
    doi = "10.1016/b978-0-12-395526-5.50015-8",
    openalex = "W2501142627",
    references = "knightjones1953laboratory"
}

La production de carbone organique, la respiration et la calcification modifient la teneur en CO du traversant la plate-forme corallienne sous le vent d'Eniwetok. Les variations de pH et d'alcalinité totale peuvent être utilisées pour partitionner les variations de CO2 en celles dues à la production-respiration et celles dues à la calcification. Le transfert gazeux à travers l'interface air-mer est mineur. Un transect visuellement dominé par un mélange de coraux et d'algues et un transect dominé par un tapis d'algues calcifié à un taux moyen de 4 000 g CaCO3 m−2 yr−1, sans différence apparente jour-nuit. Bien que la respiration nocturne sur les deux transects ait été de 0,12 g C m−2 hr−1, le transect d'algues a présenté un taux de production nette diurne beaucoup plus élevé que le transect corail-algue (0,72 contre 0,25 g C m−2 hr−1). Bien que peu de CaCO3 particulaire ait été retiré de la plate-forme corallienne lors de ces études, il n'y a eu pratiquement aucune accumulation nette de CaCO3 au cours des derniers milliers d'années.

@article{doi104319lo19731810106,
    author = "Smith, Stephen V.",
    title = "DYNAMIQUE DU DIOXYDE DE CARBONE : UN ENREGISTREMENT DE LA PRODUCTION DE CARBONE ORGANIQUE, DE LA RESPIRATION ET DE LA CALCIFICATION DANS LA COMMUNAUTÉ DE LA PLATE-FORME CORALLIÈNE D'ENIWETOK1",
    year = "1973",
    journal = "Limnology and Oceanography",
    abstract = "La production de carbone organique, la respiration et la calcification modifient la teneur en CO du traversant la plate-forme corallienne sous le vent d'Eniwetok. Les variations de pH et d'alcalinité totale peuvent être utilisées pour partitionner les variations de CO2 en celles dues à la production-respiration et celles dues à la calcification. Le transfert gazeux à travers l'interface air-mer est mineur. Un transect visuellement dominé par un mélange de coraux et d'algues et un transect dominé par un tapis d'algues calcifié à un taux moyen de 4 000 g CaCO3 m−2 yr−1, sans différence apparente jour-nuit. Bien que la respiration nocturne sur les deux transects ait été de 0,12 g C m−2 hr−1, le transect d'algues a présenté un taux de production nette diurne beaucoup plus élevé que le transect corail-algue (0,72 contre 0,25 g C m−2 hr−1). Bien que peu de CaCO3 particulaire ait été retiré de la plate-forme corallienne lors de ces études, il n'y a eu pratiquement aucune accumulation nette de CaCO3 au cours des derniers milliers d'années.",
    url = "https://doi.org/10.4319/lo.1973.18.1.0106",
    doi = "10.4319/lo.1973.18.1.0106",
    openalex = "W1969180616"
}

@article{doi1010160022098174900240,
    author = "Buddemeier, R.W. et Maragos, James E. et Knutson, D W",
    title = "Études radiographiques des exosquelettes de coraux de récif : Taux et motifs de croissance des coraux",
    year = "1974",
    journal = "Journal of Experimental Marine Biology and Ecology",
    url = "https://doi.org/10.1016/0022-0981(74)90024-0",
    doi = "10.1016/0022-0981(74)90024-0",
    openalex = "W1991009275",
    references = "chave1972carbonate"
}

Il a généralement été admis que les forages profonds sur les atolls du Pacifique ont confirmé la théorie de Darwin sur le développement des récifs coralliens, selon laquelle l'affaissement continu entraîne l'apparition successive de récifs frangeants, de récifs barrières et d'atolls. Il est certes vrai que les épaisseurs considérables de carbonates de eaux peu profondes rencontrées dans ces forages nécessitent un affaissement ; cependant, il ne s'ensuit pas nécessairement que cet affaissement a entraîné la succession génétique des types de récifs défendue par Darwin. Le but du présent article est d'élargir sur une théorie alternative d'abord présentée par MacNeil, et en faisant cela de démontrer que beaucoup, si ce n'est la plupart, des attributs de forme des récifs modernes sont fondamentalement induits par le karst plutôt que par la croissance.

@incollection{doi102110pec74180009,
    author = "Purdy, Edward G.",
    title = "CONFIGURATIONS DE RIFFS : CAUSE ET EFFET",
    year = "1974",
    booktitle = "SEPM (Society for Sedimentary Geology) eBooks",
    abstract = "Il a généralement été admis que les forages profonds sur les atolls du Pacifique ont confirmé la théorie de Darwin sur le développement des récifs coralliens, selon laquelle l'affaissement continu entraîne l'apparition successive de récifs frangeants, de récifs barrières et d'atolls. Il est certes vrai que les épaisseurs considérables de carbonates de eaux peu profondes rencontrées dans ces forages nécessitent un affaissement ; cependant, il ne s'ensuit pas nécessairement que cet affaissement a entraîné la succession génétique des types de récifs défendue par Darwin. Le but du présent article est d'élargir sur une théorie alternative d'abord présentée par MacNeil, et en faisant cela de démontrer que beaucoup, si ce n'est la plupart, des attributs de forme des récifs modernes sont fondamentalement induits par le karst plutôt que par la croissance.",
    url = "https://doi.org/10.2110/pec.74.18.0009",
    doi = "10.2110/pec.74.18.0009",
    openalex = "W1748273630"
}

@article{doi101007bf00390714,
    author = "Dustan, P.",
    title = "Croissance et forme dans le corail récifal Montastrea annularis",
    year = "1975",
    journal = "Marine Biology",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf00390714",
    doi = "10.1007/bf00390714",
    openalex = "W2140294536"
}

Des espèces d'ectoproctes et d'animaux encroûtants solitaires ont été soumises dans des aquariums à des homogénats de 11 espèces sympatriques d'éponges et d'ascidies coloniales. Cinq des neuf espèces d'éponges et une des deux espèces d'ascidies ont présenté des effets allélochimiques spécifiques à l'espèce. Les preuves suggèrent que les allélochimiques fournissent un mécanisme large, spécifique et complexe de compétition d'interférence pour l'espace parmi les populations naturelles d'organismes des récifs coralliens. L'existence de tels mécanismes spécifiques à l'espèce pourrait fournir une base pour le maintien de la diversité dans les systèmes limités en espace en l'absence de niveaux élevés de prédation et de perturbation physique.

@article{doi101073pnas72125160,
    author = "Jackson, Jeremy B. C. and Buss, Leo W.",
    title = "Alleopathy and spatial competition among coral reef invertebrates",
    year = "1975",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Species of ectoprocts and solitary encrusting animals were subjected in aquaria to homogenates of 11 sympatric species of sponges and colonial ascidians. Five of the nine sponge species and one of the two ascidian species exhibited species-specific allelochemical effects. Evidence suggests that alleochemical provide a wide-spread, specific, and complex mechanism for interference competition for space among natural populations of coral reef organisms. The existence of such species-specific mechanisms may provide a basis for maintenance of diversity in space-limited systems in the absence of high levels of predation and physical disturbance.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.72.12.5160",
    doi = "10.1073/pnas.72.12.5160",
    openalex = "W2042055120"
}

@article{doi105479si007756301871,
    author = "Adey, Walter H.",
    title = "The algal ridges and coral reefs of St. Croix: their structure and Holocene development",
    year = "1975",
    journal = "Atoll research bulletin",
    url = "https://doi.org/10.5479/si.00775630.187.1",
    doi = "10.5479/si.00775630.187.1",
    openalex = "W1983537003"
}

@article{doi101007bf02407510,
    author = "Shinn, Eugene A.",
    title = "Récupération des récifs coralliens en Floride et dans le golfe Persique",
    year = "1976",
    journal = "Environmental Geology",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf02407510",
    doi = "10.1007/bf02407510",
    openalex = "W1977280542"
}

Les parties peu profondes et orientées vers la mer des récifs coralliens modernes produisent environ 4 kilogrammes de carbonate de calcium par mètre carré par an, et les zones protégées produisent environ 0,8 kilogramme par mètre carré par an. La différence est probablement largement une fonction du mouvement de l'eau. Le taux plus rapide, équivalent à une accretion verticale maximale de 3 à 5 millimètres par an, impose une limite supérieure au potentiel des communautés de récifs coralliens modernes pour créer une structure verticale significative sur une mer en hausse.

@article{doi101126science1944268937,
    author = "Smith, Stephen V. et Kinsey, D.W.",
    title = "Production de carbonate de calcium, croissance des récifs coralliens et changement du niveau de la mer",
    year = "1976",
    journal = "Science",
    abstract = "Les parties peu profondes et orientées vers la mer des récifs coralliens modernes produisent environ 4 kilogrammes de carbonate de calcium par mètre carré par an, et les zones protégées produisent environ 0,8 kilogramme par mètre carré par an. La différence est probablement largement une fonction du mouvement de l'eau. Le taux plus rapide, équivalent à une accretion verticale maximale de 3 à 5 millimètres par an, impose une limite supérieure au potentiel des communautés de récifs coralliens modernes pour créer une structure verticale significative sur une mer en hausse.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.194.4268.937",
    doi = "10.1126/science.194.4268.937",
    openalex = "W2134744478",
    references = "chave1972carbonate, doi101007bf00390714, doi1010160022098173900506, doi1010160022098174900240, doi1010160025322772900114, doi101029jz071i006p01575, doi102216i00318884142551, doi104319lo19721710028, doi104319lo19731810106, doi105479si007756301871"
}

@book{doi101016b9780123955289x50015,
    title = "Biology and Geology of Coral Reefs",
    year = "1977",
    booktitle = "Elsevier eBooks",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-0-12-395528-9.x5001-5",
    doi = "10.1016/b978-0-12-395528-9.x5001-5",
    openalex = "W3186772751"
}

Article de revue Reef Corals: Mutualistic Symbioses Adapted to Nutrient-Poor Environments Accéder L. Muscatine, L. Muscatine Rechercher d'autres travaux de cet auteur sur : Oxford Academic Google Scholar James W. Porter James W. Porter Rechercher d'autres travaux de cet auteur sur : Oxford Academic Google Scholar BioScience, Volume 27, Issue 7, July 1977, Pages 454–460, https://doi.org/10.2307/1297526 Published: 01 July 1977 Article history Accepted: 21 December 1976 Published: 01 July 1977

@article{doi1023071297526,
    author = "Muscatine, L. and Porter, James W.",
    title = "Reef Corals: Mutualistic Symbioses Adapted to Nutrient-Poor Environments",
    year = "1977",
    journal = "BioScience",
    abstract = "Article de revue Reef Corals: Mutualistic Symbioses Adapted to Nutrient-Poor Environments Accéder L. Muscatine, L. Muscatine Rechercher d'autres travaux de cet auteur sur : Oxford Academic Google Scholar James W. Porter James W. Porter Rechercher d'autres travaux de cet auteur sur : Oxford Academic Google Scholar BioScience, Volume 27, Issue 7, July 1977, Pages 454–460, https://doi.org/10.2307/1297526 Published: 01 July 1977 Article history Accepted: 21 December 1976 Published: 01 July 1977",
    url = "https://doi.org/10.2307/1297526",
    doi = "10.2307/1297526",
    openalex = "W2110117799",
    references = "doi101021j150446a008, doi101111j1469185x1969tb00609x"
}

@article{doi101038273225a0,
    author = "Smith, Stephen V.",
    title = "Surface des récifs coralliens et contributions des récifs aux processus et ressources des océans du monde",
    year = "1978",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/273225a0",
    doi = "10.1038/273225a0",
    openalex = "W1988641212",
    references = "doi101126science1944268937"
}

La diversité élevée couramment observée des arbres dans les forêts tropicales humides et des coraux sur les récifs tropicaux est un état hors équilibre qui, s'il n'est pas davantage perturbé, progressera vers une communauté à faible diversité en équilibre. Cela peut ne pas se produire si des changements progressifs du climat favorisent différentes espèces. Si l'équilibre est atteint, un degré moindre de diversité peut être maintenu par la diversification des niches ou par une mortalité compensatoire qui favorise les compétiteurs inférieurs. Cependant, les forêts tropicales et les récifs sont sujets à des perturbations sévères assez souvent que l'équilibre peut n'être jamais atteint.

@article{doi101126science19943351302,
    author = "Connell, Joseph H.",
    title = "Diversité dans les forêts tropicales humides et les récifs coralliens",
    year = "1978",
    journal = "Science",
    abstract = "La diversité élevée couramment observée des arbres dans les forêts tropicales humides et des coraux sur les récifs tropicaux est un état hors équilibre qui, s'il n'est pas davantage perturbé, progressera vers une communauté à faible diversité en équilibre. Cela peut ne pas se produire si des changements progressifs du climat favorisent différentes espèces. Si l'équilibre est atteint, un degré moindre de diversité peut être maintenu par la diversification des niches ou par une mortalité compensatoire qui favorise les compétiteurs inférieurs. Cependant, les forêts tropicales et les récifs sont sujets à des perturbations sévères assez souvent que l'équilibre peut n'être jamais atteint.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.199.4335.1302",
    doi = "10.1126/science.199.4335.1302",
    openalex = "W2166722801",
    references = "doi101086282171, doi101086282687, doi101086283164, doi101086283241, doi101086283366, doi101111j1469185x1969tb00609x, doi101126science1653889131, doi101126science185414527, doi1023071218190, doi1023071942565, doi1023072256497, doi1023072260296, doi1023072989823"
}

Des séquences non hiérarchiques de capacités compétitives d'interférence, des réseaux compétitifs, ont été observées dans des environnements de récifs coralliens cryptiques à Jamaïque et semblent également exister dans des environnements de surface de récifs ouverts à Jamaïque. Ces réseaux compétitifs sont à la fois nombreux et complexes ; ils semblent plus susceptibles d'être formés par des interactions entre groupes taxonomiques majeurs que dans les groupes eux-mêmes. La position spatiale exacte qu'un organisme occupe et le taux auquel les organismes recouvrent les uns les autres seront des déterminants importants des modèles de distribution des espèces sur les substrats supportant des réseaux compétitifs. Ce ne sera pas le cas si une hiérarchie compétitive existe. L'existence d'un réseau compétitif sur un substrat particulier servira à augmenter la durée du temps requise pour la monopolisation des ressources par une seule espèce par rapport au temps qui serait requis si une hiérarchie compétitive existait, en supposant des taux de recouvrement équivalents dans les deux cas. La situation des réseaux compétitifs fournit un mécanisme pour le développement de types spécifiques de relations coévolutives.

@article{doi101086283381,
    author = "Buss, Leo W. and Jackson, Jeremy B. C.",
    title = "Competitive Networks: Nontransitive Competitive Relationships in Cryptic Coral Reef Environments",
    year = "1979",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "Nonhierarchial sequences of interference competitive abilities, competitive networks, have been observed in Jamaican cryptic coral reef environments and also appear to exist in Jamaican open reef surface environments. These competitive networks are both numerous and complex; they appear more likely to be formed by interactions between than within major taxonomic groups. The exact spatial position an organism occupies and the rate at which organisms overgrow one another will be important determinants of patterns of species distribution on substrata supporting competitive networks. This will not be the case if a competitive hierarchy exists. The existence of a competitive network on a particular substratum will serve to increase the length of time required for single species resource monopolization relative to the time which would be required if a competitive hierarchy exists, assuming equivalent rates of overgrowth in both cases. The competitive networks situation provides a mechanism for the development of specific types of coevolutionary relationships.",
    url = "https://doi.org/10.1086/283381",
    doi = "10.1086/283381",
    openalex = "W2012413510",
    references = "connell1961effects, dayton1971competition, doi101016s0065250408603190, doi101073pnas72125160, doi101086282400, doi101086282973, doi101086283203, doi101126science1733997623, openalexw2092424122, openalexw2962874606"
}

L'échinoderme régulier Eucidaris thouarsii est un omnivore saillant sur les fonds coralliens aux Galápagos. Contrairement à Eucidaris au Panama et en Équateur continental, les Eucidaris des Galápagos sont grands et abondants et broutent intensivement en plein air sur des coraux vivants, jour et nuit. Ces différences sont probablement dues en grande partie à une prédation plus intense par les poissons sur le continent comparée aux populations d'oursins insulaires. Une évaluation de la croissance corallienne par rapport à l'attrition corallienne due au broutage montre que Eucidaris interfère avec l'établissement du cadre récifal pocilloporid et réduit donc la croissance du récif aux Galápagos.

@article{doi101126science203437547,
    author = "Glynn, Peter W. et Wellington, Gerard M. et Birkeland, Charles",
    title = "Croissance des récifs coralliens aux Galápagos : limitation par les oursins de mer",
    year = "1979",
    journal = "Science",
    abstract = "L'échinoderme régulier Eucidaris thouarsii est un omnivore saillant sur les fonds coralliens aux Galápagos. Contrairement à Eucidaris au Panama et en Équateur continental, les Eucidaris des Galápagos sont grands et abondants et broutent intensivement en plein air sur des coraux vivants, jour et nuit. Ces différences sont probablement dues en grande partie à une prédation plus intense par les poissons sur le continent comparée aux populations d'oursins insulaires. Une évaluation de la croissance corallienne par rapport à l'attrition corallienne due au broutage montre que Eucidaris interfère avec l'établissement du cadre récifal pocilloporid et réduit donc la croissance du récif aux Galápagos.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.203.4375.47",
    doi = "10.1126/science.203.4375.47",
    openalex = "W2007671401"
}

La dynamique des populations des coraux et d'autres animaux coloniaux est compliquée par leur construction modulaire et leur croissance. La mortalité partielle des colonies, la fission des colonies et la fusion des colonies déforment toute relation simple entre la taille et l'âge parmi les coraux de récif.

@article{doi101126science2094457713,
    author = "Hughes, Terry P. et Jackson, Jeremy B. C.",
    title = "Les coraux mentent-ils sur leur âge ? Conséquences démographiques de la mortalité partielle, de la fission et de la fusion",
    year = "1980",
    journal = "Science",
    abstract = "La dynamique des populations des coraux et d'autres animaux coloniaux est compliquée par leur construction modulaire et leur croissance. La mortalité partielle des colonies, la fission des colonies et la fusion des colonies déforment toute relation simple entre la taille et l'âge parmi les coraux de récif.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.209.4457.713",
    doi = "10.1126/science.209.4457.713",
    openalex = "W2021183063"
}

@article{doi101007bf00301691,
    author = "Done, T. J.",
    title = "Patterns in the distribution of coral communities across the central Great Barrier Reef",
    year = "1982",
    journal = "Coral Reefs",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf00301691",
    doi = "10.1007/bf00301691",
    openalex = "W2039919289"
}

La production de nouvelles colonies par fragmentation de colonies établies est montrée comme étant un mode de reproduction et de distribution locale extrêmement important chez les principaux coraux constructeurs de récifs. Ce type de reproduction évite les taux de mortalité élevés des larves et des juvéniles et répartit le risque de mortalité pour le génotype. La fragmentation par des coraux à taux de croissance élevé entraîne leur domination dans certaines zones de récif, une croissance rapide des récifs sur lesquels ces coraux sont abondants, et une récupération rapide après des perturbations. Je conclus qu'un certain nombre des coraux les plus réussis sont adaptés à la fragmentation, c'est-à-dire qu'ils ont intégré la fragmentation dans leurs histoires de vie.

@article{doi103354meps007207,
    author = "Highsmith, R. Tod",
    title = "Reproduction par fragmentation chez les coraux",
    year = "1982",
    journal = "Marine Ecology Progress Series",
    abstract = "La production de nouvelles colonies par fragmentation de colonies établies est montrée comme étant un mode de reproduction et de distribution locale extrêmement important chez les principaux coraux constructeurs de récifs. Ce type de reproduction évite les taux de mortalité élevés des larves et des juvéniles et répartit le risque de mortalité pour le génotype. La fragmentation par des coraux à taux de croissance élevé entraîne leur domination dans certaines zones de récif, une croissance rapide des récifs sur lesquels ces coraux sont abondants, et une récupération rapide après des perturbations. Je conclus qu'un certain nombre des coraux les plus réussis sont adaptés à la fragmentation, c'est-à-dire qu'ils ont intégré la fragmentation dans leurs histoires de vie",
    url = "https://doi.org/10.3354/meps007207",
    doi = "10.3354/meps007207",
    openalex = "W2007323570",
    references = "doi101007bf02407510, doi101016b9780123955265500158, doi101016b9780123955289x50015, doi101086283186, doi101086627283, doi101126science19943351302, doi101126science203437547, doi101126science2094457713, doi102110pec74180009, doi1023071540123"
}

La dynamique des populations de cinq espèces de coraux foliacés (Agaricia agaricites forma purpurea, A. lamarcki, Leptoseris cucullata, Montastrea annularis, et Porites astreoides) a été suivie sur des récifs jamaïcains à l'aide de recensements photographiques annuels. Globalement, la couverture des populations, les fréquences de taille et le nombre de colonies sont restés stables au cours de la période de surveillance de 1977 à 1980. Cependant, les colonies individuelles étaient en pleine tourmente : parmi les 883 colonies initiales, 315 ont été tuées nettement et 499 ont subi au moins une fois une mortalité partielle de la colonie (blessure) au cours des 3 ans. La mortalité partielle a généré 189 colonies supplémentaires par fission, tandis que le recrutement larvaire en a ajouté 201, et la fusion en a soustrait 40. Le résultat net a été une diminution de moins de 10 % du nombre de colonies. Il y a eu une variation considérable entre les années et les sites pour les paramètres d'histoire de vie mesurés, ainsi que des différences frappantes entre les espèces. Les populations les plus stables étaient M. annularis et A. lamarcki, suivies par P. astreoides, A. agaricites et L. cucullata. Les taux de mortalité partielle et totale des colonies dépendaient fortement de la taille de la colonie pour toutes les espèces. Typiquement, les petites colonies étaient soit indemnes, soit tuées nettement, tandis que la plupart des grandes colonies survivaient mais étaient blessées chaque année, souvent de manière étendue. La quantité de tissu perdue par une population à travers les blessures était généralement beaucoup plus grande que celle perdue par la mort de colonies entières, même dans une année qui comprenait une tempête hivernale majeure. Fréquemment, les grands coraux étaient séparés par la mortalité partielle pour produire plusieurs colonies filles, qui étaient supposées être de génotype identique. Par conséquent, les comptes de colonies physiquement séparées dépassaient le nombre d'individus génétiquement distincts (genets) d'au moins 20 %. Les genets individuels, mesurés comme l'étendue latérale des colonies filles connues, atteignaient fréquemment jusqu'à 5 m de large, et pour M. annularis et A. lamarcki, ils étaient certainement âgés de plusieurs siècles. Les taux d'extension des colonies mesurés in situ étaient très faiblement dépendants de la profondeur, de -10 à -55 m, et indépendants de la taille de la colonie. Les petites colonies montraient des changements relatifs d'aire beaucoup plus rapides, bien que même les plus grands coraux continuaient à croître s'ils évitaient les blessures majeures. Au sein d'une classe de taille, les destins des colonies étaient diversifiés en raison de taux de croissance et de rétrécissement différentiels, de sorte que la taille était un indicateur très pauvre de l'âge. Les différences dans l'histoire de vie et la « mobilité » entre les espèces se reflètent dans la composition taxonomique et morphologique des communautés de coraux sur le récif. Les assemblages d'eau peu profonde de coraux foliacés sont composés d'espèces plus dynamiques et délicatement construites, tandis que de nombreuses communautés d'eau profonde sont dominées par des espèces à croissance lente et robustes. Ironiquement, les perturbations sur les récifs de coraux semblent souvent favoriser les organismes les plus vulnérables aux dommages.

@article{doi1023071942555,
    author = "Hughes, Terry P. et Jackson, Jeremy B. C.",
    title = "Dynamique des populations et histoires de vie des coraux foliacés",
    year = "1985",
    journal = "Ecological Monographs",
    abstract = {La dynamique des populations de cinq espèces de coraux foliacés (Agaricia agaricites forma purpurea, A. lamarcki, Leptoseris cucullata, Montastrea annularis et Porites astreoides) a été suivie sur des récifs jamaïcains à l'aide de recensements photographiques annuels. Globalement, la couverture des populations, les fréquences de taille et le nombre de colonies sont restés stables sur la période de surveillance de 1977 à 1980. Cependant, les colonies individuelles étaient en pleine tourmente : parmi les 883 colonies initiales, 315 ont été tuées nettement et 499 ont subi au moins une fois une mortalité partielle de la colonie (blessure) au cours des 3 ans. La mortalité partielle a généré 189 colonies supplémentaires par fission, tandis que le recrutement larvaire en a ajouté 201, et la fusion en a soustrait 40. Le résultat net a été une diminution de moins de 10 % du nombre de colonies. Il y a eu une variation considérable entre les années et les sites pour les paramètres mesurés de l'histoire de vie, ainsi que des différences frappantes entre les espèces. Les populations les plus stables étaient M. annularis et A. lamarcki, suivies de P. astreoides, A. agaricites et L. cucullata. Les taux de mortalité partielle et totale de la colonie dépendaient fortement de la taille de la colonie pour toutes les espèces. Typiquement, les petites colonies étaient soit indemnes, soit tuées nettement, tandis que la plupart des grandes colonies survivaient mais étaient blessées chaque année, souvent de manière étendue. La quantité de tissu perdue par une population à travers les blessures était généralement beaucoup plus grande que celle perdue par la mort de colonies entières, même dans une année qui comprenait une tempête hivernale majeure. Fréquemment, les grands coraux étaient séparés par la mortalité partielle pour produire plusieurs colonies filles, qui étaient supposées être de génotype identique. Par conséquent, les comptes de colonies physiquement séparées dépassaient le nombre d'individus génétiquement distincts (genets) d'au moins 20 %. Les genets individuels, mesurés comme l'étendue latérale des colonies filles connues, atteignaient fréquemment jusqu'à 5 m de large, et pour M. annularis et A. lamarcki, ils étaient certainement âgés de plusieurs siècles. Les taux d'extension des colonies mesurés in situ étaient très faiblement dépendants de la profondeur, de -10 à -55 m, et indépendants de la taille de la colonie. Les petites colonies montraient des changements relatifs d'aire beaucoup plus rapides, bien que même les plus grands coraux continuaient à croître s'ils évitaient les blessures majeures. Au sein d'une classe de taille, les destins des colonies étaient diversifiés en raison de taux différentiels de croissance et de rétrécissement, de sorte que la taille était un indicateur très pauvre de l'âge. Les différences dans l'histoire de vie et la « mobilité » entre les espèces se reflètent dans la composition taxonomique et morphologique des communautés de coraux sur le récif. Les assemblages d'eau peu profonde de coraux foliacés sont composés d'espèces plus dynamiques et délicatement construites, tandis que de nombreuses communautés d'eau profonde sont dominées par des espèces à croissance lente et robustes. Ironiquement, les perturbations sur les récifs de coraux semblent souvent favoriser les organismes les plus vulnérables aux dommages.},
    url = "https://doi.org/10.2307/1942555",
    doi = "10.2307/1942555",
    openalex = "W2098101447",
    references = "doi1023073225209, doi103354meps007207"
}

@article{doi1010160022098189901093,
    author = "Hoegh‐Guldberg, Ove et Smith, G. Jason",
    title = "L'effet des changements soudains de température, de lumière et de salinité sur la densité de population et l'exportation de zooxanthelles des coraux de récif Stylophora pistillata Esper et Seriatopora hystrix Dana",
    year = "1989",
    journal = "Journal of Experimental Marine Biology and Ecology",
    url = "https://doi.org/10.1016/0022-0981(89)90109-3",
    doi = "10.1016/0022-0981(89)90109-3",
    openalex = "W2000754412",
    references = "doi1023071933661"
}

@article{doi101007bf00265014,
    author = "Szmant, Alina M. et Gassman, Nancy J.",
    title = "Les effets du blanchissement prolongé sur la biomasse tissulaire et la reproduction du corail de récif Montastrea annularis",
    year = "1990",
    journal = "Coral Reefs",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf00265014",
    doi = "10.1007/bf00265014",
    openalex = "W2107011582",
    references = "doi1023071933661"
}

Des données détaillées sur la reproduction sont maintenant disponibles pour 210 des environ 600 espèces de coraux récifaux scléractiniens identifiées. La majorité (131 espèces) sont des hermaphrodites diffuseurs, bien que des hermaphrodites gardiens (11 espèces), des diffuseurs gonochoriques (37 espèces) et des gardiens gonochoriques (7 espèces) aient également été rapportés. Les caractéristiques de la sexualité et du mode de reproduction sont généralement conservatrices au sein des espèces, des genres et même des familles, bien que certaines exceptions existent. Les variations dans le calendrier ou le mode de reproduction dans des populations allopatriques peuvent représenter des adaptations aux conditions environnementales locales ou indiquer des problèmes dans la taxonomie de certains groupes. La ponte synchronisée de nombreuses espèces se produit sur le Grand Barrière de Corail, tandis que l'asynchronie entre et au sein des espèces a été observée dans la mer Rouge, les Caraïbes, le Pacifique central, Hawaï et le sud du Japon. La reproduction sexuée est le moyen principal de recrutement réussi pour certaines populations de coraux, tandis que les processus asexués peuvent être le moyen dominant ou unique de recrutement pour ces mêmes espèces aux limites de leur aire de répartition. Le succès du recrutement de différentes stratégies de reproduction peut varier au sein et entre les localités, et est médiatisé par des facteurs biotiques (prédation, compétition) et abiotiques (variabilité environnementale, perturbation). Les données sur les modèles de reproduction et le succès du recrutement peuvent être appliquées aux pratiques de gestion des récifs coralliens.

@article{doi103354meps060185,
    author = "Richmond, RH et Hunter, Cynthia",
    title = "Reproduction and recruitment of corals: comparisons among the Caribbean, the Tropical Pacific, and the Red Sea",
    year = "1990",
    journal = "Marine Ecology Progress Series",
    abstract = "Des données détaillées sur la reproduction sont maintenant disponibles pour 210 des environ 600 espèces de coraux récifaux scléractiniens identifiées. La majorité (131 espèces) sont des hermaphrodites diffuseurs, bien que des hermaphrodites gardiens (11 espèces), des diffuseurs gonochoriques (37 espèces) et des gardiens gonochoriques (7 espèces) aient également été rapportés. Les caractéristiques de la sexualité et du mode de reproduction sont généralement conservatrices au sein des espèces, des genres et même des familles, bien que certaines exceptions existent. Les variations dans le calendrier ou le mode de reproduction dans des populations allopatriques peuvent représenter des adaptations aux conditions environnementales locales ou indiquer des problèmes dans la taxonomie de certains groupes. La ponte synchronisée de nombreuses espèces se produit sur le Grand Barrière de Corail, tandis que l'asynchronie entre et au sein des espèces a été observée dans la mer Rouge, les Caraïbes, le Pacifique central, Hawaï et le sud du Japon. La reproduction sexuée est le moyen principal de recrutement réussi pour certaines populations de coraux, tandis que les processus asexués peuvent être le moyen dominant ou unique de recrutement pour ces mêmes espèces aux limites de leur aire de répartition. Le succès du recrutement de différentes stratégies de reproduction peut varier au sein et entre les localités, et est médiatisé par des facteurs biotiques (prédation, compétition) et abiotiques (variabilité environnementale, perturbation). Les données sur les modèles de reproduction et le succès du recrutement peuvent être appliquées aux pratiques de gestion des récifs coralliens.",
    url = "https://doi.org/10.3354/meps060185",
    doi = "10.3354/meps060185",
    openalex = "W1986959501",
    references = "doi103354meps007207"
}

Un développement sans précédent le long des côtes tropicales provoque une dégradation sévère des récifs coralliens, principalement due à l'augmentation de la sédimentation. Les particules de sédiment étouffent les organismes des récifs et réduisent la lumière disponible pour la photosynthèse. Une sédimentation excessive peut affecter négativement la structure et le fonctionnement de l'écosystème récifal en modifiant à la fois les processus physiques et biologiques. Les taux moyens de sédimentation et les concentrations de sédiments en suspension pour les récifs non soumis à des stress d'origine humaine sont < 1 à environ 10 mg cm-* d-' et < 10 mg l-' respectivement. Des taux et concentrations chroniques supérieurs à ces valeurs sont considérés comme 'élevés'. Une forte sédimentation est associée à un nombre réduit d'espèces de coraux, moins de coraux vivants, des taux de croissance corallienne plus faibles, une plus grande abondance de formes ramifiées, un recrutement corallien réduit, une calcification diminuée, une productivité nette des coraux réduite et des taux plus lents d'accrétion du récif. Les espèces de coraux ont des capacités différentes pour se débarrasser des particules de sédiment ou survivre à des niveaux de lumière plus faibles. Le rejet du sédiment est une fonction de la morphologie, de l'orientation, de l'habitat de croissance et du comportement ; ainsi que de la quantité et du type de sédiment. Les taux de croissance des coraux ne sont pas de simples indicateurs des niveaux de sédimentation. Le déclin des pêcheries tropicales est partiellement attribuable à la détérioration des récifs coralliens, des herbiers marins et des mangroves due à la sédimentation. La sédimentation peut modifier les interactions complexes entre les poissons et leur habitat récifal. Par exemple, la sédimentation peut engourdir les principaux coraux constructeurs de récifs, conduisant à un effondrement éventuel du cadre du récif. Une diminution de la quantité d'abri que le récif fournit entraîne une réduction à la fois du nombre d'individus et du nombre d'espèces de poissons. Actuellement, nous ne sommes pas en mesure de prédire rigoureusement les réponses des récifs coralliens et des organismes récifaux à une sédimentation excessive provenant du développement côtier et d'autres sources. Étant donné des informations sur la quantité de sédiment qui sera introduite dans l'environnement récifal, la composition de la communauté corallienne, la profondeur du récif, le pourcentage de couverture corallienne et les modèles actuels, nous devrions être en mesure de prédire les conséquences d'une activité particulière. Les modèles des processus physiques (par exemple, le transport de sédiment) doivent être complétés par une meilleure compréhension des réponses des organismes et de l'écosystème au stress de la sédimentation. Plus spécifiquement, nous avons besoin de données sur les niveaux de seuil pour les organismes récifaux et pour l'écosystème récifal dans son ensemble - les niveaux au-dessus desquels la sédimentation a des effets létaux pour des espèces particulières et au-dessus desquels le fonctionnement normal du récif cesse. Des études de terrain supplémentaires sur les réponses des organismes récifaux aux sédiments tant terrigènes que carbonatés de calcium sont nécessaires. Pour évaluer efficacement les tendances sur les récifs coralliens, par exemple les changements dans l'abondance et l'arrangement spatial des organismes benthiques dominants, les scientifiques doivent commencer à utiliser des méthodes de surveillance standardisées. Les ensembles de données à long terme sont critiques pour suivre ces écosystèmes complexes.

@article{doi103354meps062185,
    author = "Rogers, CS",
    title = "Réponses des récifs coralliens et des organismes récifaux à la sédimentation",
    year = "1990",
    journal = "Marine Ecology Progress Series",
    abstract = "Un développement sans précédent le long des côtes tropicales provoque une dégradation sévère des récifs coralliens, principalement due à l'augmentation de la sédimentation. Les particules de sédiment étouffent les organismes récifaux et réduisent la lumière disponible pour la photosynthèse. Une sédimentation excessive peut affecter négativement la structure et le fonctionnement de l'écosystème récifal corallien en modifiant à la fois les processus physiques et biologiques. Les taux moyens de sédimentation et les concentrations de sédiment en suspension pour les récifs non soumis à des stress liés aux activités humaines sont < 1 à environ 10 mg cm-* d-' et < 10 mg I-', respectivement. Les taux et concentrations chroniques supérieurs à ces valeurs sont 'élevés'. Une forte sédimentation est associée à un nombre réduit d'espèces de coraux, moins de coraux vivants, des taux de croissance corallienne plus faibles, une plus grande abondance de formes ramifiées, un recrutement corallien réduit, une calcification diminuée, une productivité nette des coraux réduite et des taux plus lents d'accrétion récifale. Les espèces de coraux ont des capacités différentes de se débarrasser des particules de sédiment ou de survivre à des niveaux de lumière plus faibles. Le rejet du sédiment est une fonction de la morphologie, de l'orientation, de l'habitat de croissance et du comportement ; ainsi que de la quantité et du type de sédiment. Les taux de croissance des coraux ne sont pas de simples indicateurs des niveaux de sédimentation. Le déclin des pêcheries tropicales est partiellement attribuable à la détérioration des récifs coralliens, des herbiers de posidonie et des mangroves due à la sédimentation. La sédimentation peut modifier les interactions complexes entre les poissons et leur habitat récifal. Par exemple, la sédimentation peut endormir les principaux coraux constructeurs de récifs, conduisant à un effondrement éventuel du cadre récifal. Une diminution de la quantité d'abri que le récif fournit entraîne une réduction à la fois du nombre d'individus et du nombre d'espèces de poissons. Actuellement, nous ne sommes pas en mesure de prédire rigoureusement les réponses des récifs coralliens et des organismes récifaux à une sédimentation excessive due au développement côtier et à d'autres sources. Étant donné des informations sur la quantité de sédiment qui sera introduite dans l'environnement récifal, la composition de la communauté corallienne, la profondeur du récif, le pourcentage de couverture corallienne et les modèles actuels, nous devrions être en mesure de prédire les conséquences d'une activité particulière. Les modèles des processus physiques (par exemple, le transport de sédiment) doivent être complétés par une meilleure compréhension des réponses des organismes et de l'écosystème au stress de la sédimentation. Plus spécifiquement, nous avons besoin de données sur les niveaux de seuil pour les organismes récifaux et pour l'écosystème récifal dans son ensemble - les niveaux au-dessus desquels la sédimentation a des effets létaux pour des espèces particulières et au-dessus desquels le fonctionnement normal du récif cesse. Des études de terrain supplémentaires sur les réponses des organismes récifaux aux sédiments tant téphrogènes que carbonatés de calcium sont nécessaires. Pour évaluer efficacement les tendances sur les récifs coralliens, par exemple les changements dans l'abondance et l'arrangement spatial des organismes benthiques dominants, les scientifiques doivent commencer à utiliser des méthodes de surveillance standardisées. Les ensembles de données à long terme sont essentiels pour suivre ces écosystèmes complexes.",
    url = "https://doi.org/10.3354/meps062185",
    doi = "10.3354/meps062185",
    openalex = "W2077170976"
}

@article{doi101016s0022098105800061,
    author = "Stimson, John et Kinzie, Robert A.",
    title = "Le motif temporel et le taux de libération des zooxanthelles du corail de récif Pocillopora damicornis (Linnaeus) sous conditions d'enrichissement en azote et de contrôle",
    year = "1991",
    journal = "Journal of Experimental Marine Biology and Ecology",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0022-0981(05)80006-1",
    doi = "10.1016/s0022-0981(05)80006-1",
    openalex = "W1966872871"
}

@article{doi101007bf00255465,
    author = "Ware, John R. et Smith, Stephen V. et Reaka-Kudla, Marjorie L.",
    title = "Récifs coralliens : sources ou puits de CO2 atmosphérique ?",
    year = "1992",
    journal = "Coral Reefs",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf00255465",
    doi = "10.1007/bf00255465",
    openalex = "W2062791578",
    references = "doi101126science1944268937"
}

@article{doi101007bf00303779,
    author = "Glynn, Peter W.",
    title = "Coral reef bleaching: ecological perspectives",
    year = "1993",
    journal = "Coral Reefs",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf00303779",
    doi = "10.1007/bf00303779",
    openalex = "W2004619429",
    references = "doi101111j1469185x1969tb00609x, doi101126science2434891638, doi102110pec77250019, doi1023071942565, doi103354meps007207"
}

La production actuelle de CaCO3 dans l'océan mondial est calculée à environ 5 milliards de tonnes (bt) par an, dont environ 3 bt s'accumulent dans les sédiments ; les autres 40 % sont dissous. Presque la moitié du sédiment carbonaté s'accumule sur les récifs, les plateaux et les étagères tropicales, et consiste principalement d'aragonite métastable et de calcite magnésienne. Les carbonates des eaux profondes, principalement des coccolithes calcitiques et des foraminifères planctoniques, ont des taux de productivité et d'accumulation des ordres de grandeur inférieurs à ceux des carbonates des eaux peu profondes, mais ils couvrent des surfaces de bassin des ordres de grandeur plus grandes. Le double de calcium est retiré des océans par l'accumulation carbonatée actuelle que ce qui est estimé être apporté par les rivières et l'activité hydrothermale (1,6 bt), suggérant que les sorties ont été surestimées ou les entrées sous-estimées, qu'une ou plusieurs autres entrées n'ont pas été identifiées, et/ou que les océans ne sont pas actuellement en état stationnaire. Une source de calcium « manquante » pourrait être les eaux souterraines, bien que son apport actuel soit probablement beaucoup plus faible que celui des rivières. Si, comme il semble probable, l'accumulation de CaCO3 dépasse actuellement l'apport terrestre et hydrothermal, cet déséquilibre est probablement compensé par une accumulation réduite et un apport accru lors d'un niveau de la mer abaissé : l'accumulation des eaux peu profondes diminue d'un ordre de grandeur avec une baisse de 100 m du niveau de la mer, tandis que l'afflux d'eaux souterraines augmente en raison d'une charge piézométrique accrue et de la diagenèse de l'aragonite métastable et de la calcite magnésienne provenant de carbonates des eaux peu profondes exposés à l'air libre.

@article{doi10102993gb02524,
    author = "Milliman, John D.",
    title = "Production and accumulation of calcium carbonate in the ocean: Budget of a nonsteady state",
    year = "1993",
    journal = "Global Biogeochemical Cycles",
    abstract = "La production actuelle de CaCO3 dans l'océan mondial est calculée à environ 5 milliards de tonnes (bt) par an, dont environ 3 bt s'accumulent dans les sédiments ; les autres 40 % sont dissous. Presque la moitié du sédiment carbonaté s'accumule sur les récifs, les plateaux et les étagères tropicales, et consiste principalement d'aragonite métastable et de calcite magnésienne. Les carbonates des eaux profondes, principalement des coccolithes calcitiques et des foraminifères planctoniques, ont des taux de productivité et d'accumulation des ordres de grandeur inférieurs à ceux des carbonates des eaux peu profondes, mais ils couvrent des surfaces de bassin des ordres de grandeur plus grandes. Le double de calcium est retiré des océans par l'accumulation carbonatée actuelle que ce qui est estimé être apporté par les rivières et l'activité hydrothermale (1,6 bt), suggérant que les sorties ont été surestimées ou les entrées sous-estimées, qu'une ou plusieurs autres entrées n'ont pas été identifiées, et/ou que les océans ne sont pas actuellement en état stationnaire. Une source de calcium « manquante » pourrait être les eaux souterraines, bien que son apport actuel soit probablement beaucoup plus faible que celui des rivières. Si, comme il semble probable, l'accumulation de CaCO3 dépasse actuellement l'apport terrestre et hydrothermal, cet déséquilibre est probablement compensé par une accumulation réduite et un apport accru lors d'un niveau de la mer abaissé : l'accumulation des eaux peu profondes diminue d'un ordre de grandeur avec une baisse de 100 m du niveau de la mer, tandis que l'afflux d'eaux souterraines augmente en raison d'une charge piézométrique accrue et de la diagenèse de l'aragonite métastable et de la calcite magnésienne provenant de carbonates des eaux peu profondes exposés à l'air libre.",
    url = "https://doi.org/10.1029/93gb02524",
    doi = "10.1029/93gb02524",
    openalex = "W2058721748",
    references = "doi10102993gb01731, doi101126science1944268937, doi101126science2264677965, doi101126science2434891638, doi1011300091761319920200733rotcrh23co2, openalexw1490382454"
}

De nombreux récifs coralliens ont été dégradés au cours des deux à trois dernières décennies par une combinaison de perturbations humaines et naturelles. À Jamaïque, les effets de la surpêche, des dommages causés par les ouragans et des maladies se sont combinés pour détruire la plupart des coraux, dont l'abondance a diminué de plus de 50 % à la fin des années 1970 à moins de 5 % aujourd'hui. Un changement de phase dramatique s'est produit, produisant un système dominé par les macroalgues charnues (plus de 90 % de couverture). Une mise en œuvre immédiate des procédures de gestion est nécessaire pour éviter d'autres dommages catastrophiques.

@article{doi101126science26551781547,
    author = "Hughes, Terry P.",
    title = "Catastrophes, Phase Shifts, and Large-Scale Degradation of a Caribbean Coral Reef",
    year = "1994",
    journal = "Science",
    abstract = "Many coral reefs have been degraded over the past two to three decades through a combination of human and natural disturbances. In Jamaica, the effects of overfishing, hurricane damage, and disease have combined to destroy most corals, whose abundance has declined from more than 50 percent in the late 1970s to less than 5 percent today. A dramatic phase shift has occurred, producing a system dominated by fleshy macroalgae (more than 90 percent cover). Immediate implementation of management procedures is necessary to avoid further catastrophic damage.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.265.5178.1547",
    doi = "10.1126/science.265.5178.1547",
    openalex = "W2102998760",
    references = "doi101126science19943351302"
}

RÉSUMÉ Le blanchissement des coraux de récif est un phénomène lié au stress thermique qui implique la perte des algues symbiotiques du corail, connues sous le nom de zooxanthelles, et/ou la perte de pigments algaliens. L'efficacité photosynthétique des zooxanthelles au sein des coraux Montastrea annularis, Agaricia lamarki, Agaricia agaricites et Siderastrea radians a été examinée par fluorométrie à modulation d'amplitude de pulsation (PAM) lors d'une exposition à des températures élevées (30–36°C). Les zooxanthelles au sein de M. annularis et A. lamarki se sont révélées plus sensibles à la température élevée, une perturbation quasi complète de la photosynthèse étant notée lors d'une exposition à des températures de 32 et 34°C. L'efficacité photosynthétique des zooxanthelles au sein de S. radians et A. agaricites a diminué dans une moindre mesure. Des différences dans la perte de cellules algaliennes sur une base aérienne et dans la concentration en chlorophylle cellulaire ont également été observées entre ces espèces. En combinant la technique non invasive PAM avec la fluorescence de cellules entières de zooxanthelles fraîchement isolées, nous avons identifié des différences fondamentales dans la physiologie des symbiotes au sein de différentes espèces de coraux. Les zooxanthelles au sein de M. annularis semblent être plus sensibles aux dommages induits par la chaleur au niveau ou à proximité du centre réactionnel du Photosystème II, tandis que les zooxanthelles vivant dans S. radians restent capables de dissiper l'énergie d'excès par des voies non photochimiques, protégeant ainsi le photosystème des dommages lors de l'exposition à la chaleur.

@article{doi101111j136530401996tb00251x,
    author = "Warner, Mark E. et Fitt, William K. et Schmidt, Gregory W.",
    title = "Les effets d'une température élevée sur l'efficacité photosynthétique des zooxanthelles in hospite de quatre espèces différentes de coraux de récif : une approche nouvelle",
    year = "1996",
    journal = "Plant Cell \& Environment",
    abstract = "RÉSUMÉ Le blanchissement des coraux de récif est un phénomène lié au stress thermique qui implique la perte des algues symbiotiques du corail, connues sous le nom de zooxanthelles, et/ou la perte de pigments algaliens. L'efficacité photosynthétique des zooxanthelles au sein des coraux Montastrea annularis, Agaricia lamarki, Agaricia agaricites et Siderastrea radians a été examinée par fluorométrie à modulation d'amplitude de pulsation (PAM) lors d'une exposition à des températures élevées (30–36°C). Les zooxanthelles au sein de M. annularis et A. lamarki se sont révélées plus sensibles à la température élevée, une perturbation quasi complète de la photosynthèse étant notée lors d'une exposition à des températures de 32 et 34°C. L'efficacité photosynthétique des zooxanthelles au sein de S. radians et A. agaricites a diminué dans une moindre mesure. Des différences dans la perte de cellules algaliennes sur une base aérienne et dans la concentration en chlorophylle cellulaire ont également été observées entre ces espèces. En combinant la technique non invasive PAM avec la fluorescence de cellules entières de zooxanthelles fraîchement isolées, nous avons identifié des différences fondamentales dans la physiologie des symbiotes au sein de différentes espèces de coraux. Les zooxanthelles au sein de M. annularis semblent être plus sensibles aux dommages induits par la chaleur au niveau ou à proximité du centre réactionnel du Photosystème II, tandis que les zooxanthelles vivant dans S. radians restent capables de dissiper l'énergie d'excès par des voies non photochimiques, protégeant ainsi le photosystème des dommages lors de l'exposition à la chaleur.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1365-3040.1996.tb00251.x",
    doi = "10.1111/j.1365-3040.1996.tb00251.x",
    openalex = "W2120307232",
    references = "doi1023071933661"
}

@article{doi101016s0921818198000356,
    author = "Gattuso, Jean‐Pierre",
    title = "Effet de la saturation en carbonate de calcium de l'eau de mer sur la calcification des coraux",
    year = "1998",
    journal = "Global and Planetary Change",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0921-8181(98)00035-6",
    doi = "10.1016/s0921-8181(98)00035-6",
    openalex = "W1999570930"
}

@article{doi101046j152988171998340393x,
    author = "Adey, Walter H.",
    title = "REVIEW—RIFFS CORALLIENS : ÉCOSYSTÈMES STRUCTURÉS ET MÉDIÉS PAR DES ALGUES DANS DES EAUX PROFONDES, TURBULENTES ET ALCALINES",
    year = "1998",
    journal = "Journal of Phycology",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1529-8817.1998.340393.x",
    doi = "10.1046/j.1529-8817.1998.340393.x",
    openalex = "W2059567047",
    references = "doi101126science1944268937"
}

▪ Résumé La zone côtière est le lieu où la terre, l'océan et l'atmosphère interagissent. Elle présente une grande diversité de types géomorphologiques et d'écosystèmes, chacun affichant une grande variabilité en termes de forçages physiques et biogéochimiques. Malgré sa surface relativement modeste, la zone côtière joue un rôle considérable dans les cycles biogéochimiques car elle reçoit d'énormes apports de matière organique terrestre et de nutriments, fait partie des zones les plus actives géochimiquement et biologiquement de la biosphère, et échange de grandes quantités de matière et d'énergie avec l'océan ouvert. Les écosystèmes côtiers ont donc attiré beaucoup d'attention récemment et sont au cœur de plusieurs programmes de recherche nationaux et internationaux actuels (par exemple, LOICZ, ELOISE). La production primaire, la respiration, la calcification, l'enfouissement du carbone et les échanges avec les systèmes adjacents, y compris l'atmosphère, sont examinés pour les principaux écosystèmes côtiers (estuaires, communautés de macrophytes, mangroves, récifs coralliens et le reste du plateau continental). Tous les écosystèmes examinés, à l'exception des estuaires, sont nettement autotrophes. La contribution de la zone côtière au cycle global du carbone, tant aux époques primitives qu'à l'heure actuelle, est difficile à évaluer en raison des données métaboliques limitées disponibles ainsi que des incertitudes majeures concernant l'ampleur de processus tels que la respiration, les échanges à la frontière de l'océan ouvert et les flux air-mer de biogaz.

@article{doi101146annurevecolsys291405,
    author = "Gattuso, Jean‐Pierre et Frankignoulle, Michel et Wollast, Roland",
    title = "CARBON AND CARBONATE METABOLISM IN COASTAL AQUATIC ECOSYSTEMS",
    year = "1998",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "▪ Résumé La zone côtière est le lieu où la terre, l'océan et l'atmosphère interagissent. Elle présente une grande diversité de types géomorphologiques et d'écosystèmes, chacun affichant une grande variabilité en termes de forçages physiques et biogéochimiques. Malgré sa surface relativement modeste, la zone côtière joue un rôle considérable dans les cycles biogéochimiques car elle reçoit d'énormes apports de matière organique terrestre et de nutriments, fait partie des zones les plus actives géochimiquement et biologiquement de la biosphère, et échange de grandes quantités de matière et d'énergie avec l'océan ouvert. Les écosystèmes côtiers ont donc attiré beaucoup d'attention récemment et sont au cœur de plusieurs programmes de recherche nationaux et internationaux actuels (par exemple, LOICZ, ELOISE). La production primaire, la respiration, la calcification, l'enfouissement du carbone et les échanges avec les systèmes adjacents, y compris l'atmosphère, sont examinés pour les principaux écosystèmes côtiers (estuaires, communautés de macrophytes, mangroves, récifs coralliens et le reste du plateau continental). Tous les écosystèmes examinés, à l'exception des estuaires, sont nettement autotrophes. La contribution de la zone côtière au cycle global du carbone, tant aux époques primitives qu'à l'heure actuelle, est difficile à évaluer en raison des données métaboliques limitées disponibles ainsi que des incertitudes majeures concernant l'ampleur de processus tels que la respiration, les échanges à la frontière de l'océan ouvert et les flux air-mer de biogaz.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.29.1.405",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.29.1.405",
    openalex = "W2138329568",
    references = "doi1011300091761319920200733rotcrh23co2, doi101146annureves05110174000351"
}

@article{doi101016s0921800999000099,
    author = "Moberg, Fredrik et Folke, Carl",
    title = "Biens et services écologiques des écosystèmes de récifs coralliens",
    year = "1999",
    journal = "Ecological Economics",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0921-8009(99)00009-9",
    doi = "10.1016/s0921-8009(99)00009-9",
    openalex = "W2161890892",
    references = "doi101016017626809290034e, doi101038387253a0, doi101086282400, doi101093icb326674, doi101126science19943351302, doi101126science260510417, doi101126science26551781547, doi101146annureves04110173000245, doi1023072269460, doi1023073146384, doi1023073244191"
}

Les températures de la mer dans de nombreuses régions tropicales ont augmenté d'environ 1°C au cours des 100 dernières années et augmentent actuellement à un rythme d'environ 1–2°C par siècle. Le blanchissement des coraux se produit lorsque la tolérance thermique des coraux et de leurs symbiotes photosynthétiques (zooxanthelles) est dépassée. Des épisodes de blanchissement massif des coraux se sont produits en association avec des périodes de températures marines élevées au cours des 20 dernières années et impliquent la perte des zooxanthelles suite à une photoinhibition chronique. Le blanchissement massif a entraîné des pertes significatives de coraux vivants dans de nombreuses parties du monde. Cet article examine les perspectives biochimiques, physiologiques et écologiques du blanchissement des coraux. Il utilise également les résultats de quatre simulations issues de trois modèles de changement climatique mondial qui simulent les changements de température de la mer et, par conséquent, la manière dont la fréquence et l'intensité des événements de blanchissement évolueront au cours des 100 prochaines années. Les résultats suggèrent que les tolérances thermiques des coraux constructeurs de récifs seront probablement dépassées chaque année au cours des prochaines décennies. Des événements aussi graves que celui de 1998, le plus grave enregistré, deviendront probablement courants dans 20 ans. La plupart des informations suggèrent que la capacité d'acclimatation des coraux a déjà été dépassée et que l'adaptation sera trop lente pour éviter un déclin de la qualité des récifs du monde. La rapidité des changements prédits indique un problème majeur pour les écosystèmes marins tropicaux et suggère que le réchauffement non contrôlé ne peut se produire sans la perte et la dégradation des récifs coralliens à l'échelle mondiale.

@article{doi101071mf99078,
    author = "Hoegh‐Guldberg, Ove",
    title = "Changement climatique, blanchissement des coraux et l'avenir des récifs coralliens du monde",
    year = "1999",
    journal = "Marine and Freshwater Research",
    abstract = "Les températures de la mer dans de nombreuses régions tropicales ont augmenté d'environ 1°C au cours des 100 dernières années et augmentent actuellement à un rythme d'environ \textasciitilde 1–2°C par siècle. Le blanchissement des coraux se produit lorsque la tolérance thermique des coraux et de leurs symbiotes photosynthétiques (zooxanthelles) est dépassée. Des épisodes de blanchissement massif des coraux se sont produits en association avec des périodes de températures marines élevées au cours des 20 dernières années et impliquent la perte des zooxanthelles suite à une photoinhibition chronique. Le blanchissement massif a entraîné des pertes significatives de coraux vivants dans de nombreuses parties du monde. Cet article examine les perspectives biochimiques, physiologiques et écologiques du blanchissement des coraux. Il utilise également les résultats de quatre simulations issues de trois modèles de changement climatique mondial qui simulent les changements de température de la mer et, par conséquent, la manière dont la fréquence et l'intensité des événements de blanchissement évolueront au cours des 100 prochaines années. Les résultats suggèrent que les tolérances thermiques des coraux constructeurs de récifs seront probablement dépassées chaque année au cours des prochaines décennies. Des événements aussi graves que celui de 1998, le plus grave enregistré, deviendront probablement courants dans 20 ans. La plupart des informations suggèrent que la capacité d'acclimatation des coraux a déjà été dépassée et que l'adaptation sera trop lente pour éviter un déclin de la qualité des récifs du monde. La rapidité des changements prédits indique un problème majeur pour les écosystèmes marins tropicaux et suggère que le réchauffement non contrôlé ne peut se produire sans la perte et la dégradation des récifs coralliens à l'échelle mondiale.",
    url = "https://doi.org/10.1071/mf99078",
    doi = "10.1071/mf99078",
    openalex = "W1991462310",
    references = "doi101007bf00303779, doi101007s003380050249, doi101016000527289090088l, doi10103819505, doi101073pnas892110302, doi101093icb391146, doi101126science26551781547, doi101126science2845411118, doi1023071297526, openalexw1759145845, openalexw2341328186"
}

SYNTHÈSE. Comprendre comment les récifs varient sur les gammes actuelles de conditions environnementales est essentiel pour comprendre comment les récifs coralliens s'adapteront à un environnement changeant. Des données environnementales mondiales sur la température, la salinité, la lumière, l'état de saturation en carbonate et les nutriments ont récemment été compilées pour près de 1 000 sites de récifs. Ces données ont été analysées statistiquement pour (1) redéfinir les limites environnementales au-delà desquelles les récifs existent aujourd'hui, (2) identifier les récifs « marginaux », c'est-à-dire ceux qui existent près ou au-delà des limites environnementales « normales » de la distribution des récifs, et (3) classer de manière générale les récifs en fonction de ces variables environnementales majeures. Les limites de température et de salinité pour les récifs coralliens, telles que déterminées par cette analyse, sont très proches de celles déterminées par des chercheurs précédents ; mais les niveaux précis de nutriments qui pourraient être considérés comme limitants pour les récifs coralliens n'étaient pas évidents à l'échelle de cette analyse. Cependant, contrairement à de nombreuses études précédentes qui invoquent une basse température comme facteur limitant pour les récifs à des latitudes plus élevées, cette étude indique que la réduction de la saturation en aragonite et de la pénétration de la lumière, qui covarient toutes deux avec la température, peuvent également être limitantes. L'identification des environnements de récifs « marginaux » et une nouvelle classification des récifs basée sur des ensembles de conditions environnementales offrent une perspective mondiale améliorée pour prédire comment les récifs réagiront aux conditions environnementales changeantes.

@article{doi101093icb391146,
    author = "Kleypas, Joan A. and McManus, John and Menez, L.A.B.",
    title = "Environmental Limits to Coral Reef Development: Where Do We Draw the Line?",
    year = "1999",
    journal = "American Zoologist",
    abstract = "SYNTHÈSE. Comprendre comment les récifs varient sur les gammes actuelles de conditions environnementales est essentiel pour comprendre comment les récifs coralliens s'adapteront à un environnement changeant. Des données environnementales mondiales sur la température, la salinité, la lumière, l'état de saturation en carbonate et les nutriments ont récemment été compilées pour près de 1 000 sites de récifs. Ces données ont été analysées statistiquement pour (1) redéfinir les limites environnementales au-delà desquelles les récifs existent aujourd'hui, (2) identifier les récifs « marginaux », c'est-à-dire ceux qui existent près ou au-delà des limites environnementales « normales » de la distribution des récifs, et (3) classer de manière générale les récifs en fonction de ces variables environnementales majeures. Les limites de température et de salinité pour les récifs coralliens, telles que déterminées par cette analyse, sont très proches de celles déterminées par des chercheurs précédents ; mais les niveaux précis de nutriments qui pourraient être considérés comme limitants pour les récifs coralliens n'étaient pas évidents à l'échelle de cette analyse. Cependant, contrairement à de nombreuses études précédentes qui invoquent une basse température comme facteur limitant pour les récifs à des latitudes plus élevées, cette étude indique que la réduction de la saturation en aragonite et de la pénétration de la lumière, qui covarient toutes deux avec la température, peuvent également être limitantes. L'identification des environnements de récifs « marginaux » et une nouvelle classification des récifs basée sur des ensembles de conditions environnementales offrent une perspective mondiale améliorée pour prédire comment les récifs réagiront aux conditions environnementales changeantes.",
    url = "https://doi.org/10.1093/icb/39.1.146",
    doi = "10.1093/icb/39.1.146",
    openalex = "W2152904629",
    references = "doi1010160031018288901009, doi1010160037073888901285, doi101016s0921818198000356, doi1010291999gb001195, doi101029eo064i049p0096202, doi101038371123a0, doi1011751520044219930060114airtgs20co2, doi1023073514476, doi102475ajs2837780, openalexw1587057093"
}

revue par des pairs

@article{doi101093icb391160,
    author = "Gattuso, Jean‐Pierre et Allemand, Denis et Frankignoulle, Michel",
    title = "Photosynthèse et calcification aux niveaux cellulaire, organismal et communautaire dans les récifs coralliens : Revue des interactions et du contrôle par la chimie du carbonate",
    year = "1999",
    journal = "American Zoologist",
    abstract = "revue par des pairs",
    url = "https://doi.org/10.1093/icb/39.1.160",
    doi = "10.1093/icb/39.1.160",
    openalex = "W2103819980",
    references = "doi101093icb391146, doi1011300091761319920200733rotcrh23co2"
}

Un récif corallien représente l'accumulation nette de carbonate de calcium (CaCO3) produite par les coraux et d'autres organismes calcifiants. Si la calcification diminue, la capacité de construction de récifs diminue également. La calcification des récifs coralliens dépend de l'état de saturation du minéral carbonaté aragonite des eaux de surface. Au milieu du siècle prochain, une concentration accrue de dioxyde de carbone réduira l'état de saturation de l'aragonite dans les tropiques de 30 % et la précipitation d'aragonite biogénique de 14 à 30 %. Les récifs coralliens sont particulièrement menacés, car les organismes constructeurs de récifs sécrètent des formes métastables de CaCO3, mais les conséquences biogéochimiques sur d'autres écosystèmes marins calcifiants peuvent être tout aussi graves.

@article{doi101126science2845411118,
    author = "Kleypas, Joan A. et Buddemeier, Robert W. et Archer, David et Gattuso, Jean‐Pierre et Langdon, Chris et Opdyke, Bradley N.",
    title = "Conséquences géochimiques de l'augmentation du dioxyde de carbone atmosphérique sur les récifs coralliens",
    year = "1999",
    journal = "Science",
    abstract = "Un récif corallien représente l'accumulation nette de carbonate de calcium (CaCO3) produite par les coraux et d'autres organismes calcifiants. Si la calcification diminue, la capacité de construction de récifs diminue également. La calcification des récifs coralliens dépend de l'état de saturation du minéral carbonaté aragonite des eaux de surface. Au milieu du siècle prochain, une concentration accrue de dioxyde de carbone réduira l'état de saturation de l'aragonite dans les tropiques de 30 % et la précipitation d'aragonite biogénique de 14 à 30 %. Les récifs coralliens sont particulièrement menacés, car les organismes constructeurs de récifs sécrètent des formes métastables de CaCO3, mais les conséquences biogéochimiques sur d'autres écosystèmes marins calcifiants peuvent être tout aussi graves.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.284.5411.118",
    doi = "10.1126/science.284.5411.118",
    openalex = "W1976061944",
    references = "doi101007bf01054491, doi101016001670379400354o, doi1010160198014987900215, doi1010160304420374900152, doi101029gm032, doi10103837333, doi101093icb391146, doi101093icb391160, doi102475ajs2837780, openalexw1587057093"
}

@article{doi101007s003380000086,
    author = "Marshall, Paul et Baird, Andrew H.",
    title = "Blanchissement des coraux sur le Grand Barrière de Corail : susceptibilités différentielles entre les taxons",
    year = "2000",
    journal = "Coral Reefs",
    url = "https://doi.org/10.1007/s003380000086",
    doi = "10.1007/s003380000086",
    openalex = "W2011181238"
}

@article{doi101007s003380050220,
    author = "Glynn, Peter W. et Ault, Jerald S.",
    title = "Analyse biogéographique et revue de la région des récifs coralliens du Pacifique oriental lointain",
    year = "2000",
    journal = "Coral Reefs",
    url = "https://doi.org/10.1007/s003380050220",
    doi = "10.1007/s003380050220",
    openalex = "W2163066808",
    references = "chave1972carbonate, doi1010160012821x87901543, doi101038342637a0, doi101093aibsbulletin3217e, doi101146annureves24110193001201, doi1023072531616, doi1023073514476, doi105962bhltitle46292, doi105962bhltitle59991, openalexw1524247963, openalexw2341328186"
}

@article{doi101016s0025326x99002374,
    author = "Edinger, Evan et Limmon, Gino V. et Jompa, Jamaluddin et Widjatmoko, Wisnu et Heikoop, Jeffrey M. et Risk, Michael J.",
    title = "Normal Coral Growth Rates on Dying Reefs: Are Coral Growth Rates Good Indicators of Reef Health?",
    year = "2000",
    journal = "Marine Pollution Bulletin",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0025-326x(99)00237-4",
    doi = "10.1016/s0025-326x(99)00237-4",
    openalex = "W2090898773",
    references = "doi101007bf00391957, doi1010160025326x89905006, doi101016s0025326x98000472, doi10108000785236199510422044, doi10113000167606198192197tpodra20co2, doi1018901051076119970070737haotgn20co2, doi1023073514476, doi103354meps062185, doi104319lo1997425part21119, openalexw2100271629"
}

La concentration de CO 2 dans l'atmosphère est projetée pour atteindre le double du niveau préindustriel d'ici le milieu du XXIe siècle. Cette augmentation réduira la concentration de CO 3 2− de l'océan de surface de 30 % par rapport au niveau préindustriel et réduira l'état de saturation en carbonate de calcium de l'océan de surface d'un pourcentage égal. En utilisant le grand mésocosme de récif corallien de 2650 m 3 situé dans les installations de BIOSPHERE‐2 près de Tucson, en Arizona, nous avons étudié l'effet des changements projetés de la chimie du carbonate de l'eau de mer sur la calcification des organismes de récif corallien à l'échelle de la communauté. Notre conception expérimentale visait à obtenir une série temporelle longue (3,8 ans) de la calcification nette du système complet et de toutes les variables physiques et chimiques pertinentes (température, salinité, lumière, nutriments, Ca 2+, p CO 2, T CO 2 et alcalinité totale). Des ajouts périodiques de NaHCO 3, Na 2 CO 3 et/ou CaCl 2 ont été effectués pour modifier l'état de saturation en carbonate de calcium de l'eau. Nous avons constaté qu'il y avait des changements cohérents et reproductibles dans le taux de calcification en réponse à nos manipulations de l'état de saturation. Nous montrons que le taux de calcification net de la communauté réagit aux manipulations des concentrations de Ca 2+ et CO 3 2− et que le taux est bien décrit comme une fonction linéaire du produit des concentrations ioniques, [Ca 2+] 0.69 [CO 3 2−]. Cela suggère que l'état de saturation ou une quantité étroitement liée est un facteur environnemental primaire qui influence la calcification sur les récifs coralliens au niveau de l'écosystème. Nous comparons la sensibilité de la calcification aux changements à court terme (jours) et à long terme (mois à années) de l'état de saturation et constatons que la réponse n'est pas significativement différente. Cela indique que les organismes de récif corallien ne semblent pas pouvoir s'acclimater aux changements d'état de saturation. La diminution prévue de la calcification des récifs coralliens entre les années 1880 et 2065 apr. J.-C. basée sur nos résultats à long terme est de 40 %. Les études antérieures à petite échelle et à court terme sur les organismes prédisaient une réduction de la calcification de 14 à 30 %. Cette étude beaucoup plus longue à l'échelle de la communauté suggère que l'impact sur les récifs coralliens pourrait être plus important que ce qui était soupçonné. Au cours du prochain siècle, les récifs coralliens seront moins capables de faire face à la montée du niveau de la mer et à d'autres stress anthropiques.

@article{doi1010291999gb001195,
    author = "Langdon, Chris et Takahashi, Taro et Sweeney, Colm et Chipman, Dave et Goddard, J. et Marubini, Francesca et Aceves, Heather L. et Barnett, H. et Atkinson, Marlin J.",
    title = "Effet de l'état de saturation en carbonate de calcium sur le taux de calcification d'un récif corallien expérimental",
    year = "2000",
    journal = "Global Biogeochemical Cycles",
    abstract = "La concentration de CO 2 dans l'atmosphère est projetée pour atteindre le double du niveau préindustriel d'ici le milieu du XXIe siècle. Cette augmentation réduira la concentration de CO 3 2− de l'océan de surface de 30 % par rapport au niveau préindustriel et réduira l'état de saturation en carbonate de calcium de l'océan de surface d'un pourcentage égal. En utilisant le grand mésocosme de récif corallien de 2650 m 3 situé dans les installations de BIOSPHERE‐2 près de Tucson, en Arizona, nous avons étudié l'effet des changements projetés de la chimie du carbonate de l'eau de mer sur la calcification des organismes de récif corallien à l'échelle de la communauté. Notre conception expérimentale visait à obtenir une série temporelle longue (3,8 ans) de la calcification nette du système complet et de toutes les variables physiques et chimiques pertinentes (température, salinité, lumière, nutriments, Ca 2+, p CO 2, T CO 2 et alcalinité totale). Des ajouts périodiques de NaHCO 3, Na 2 CO 3 et/ou CaCl 2 ont été effectués pour modifier l'état de saturation en carbonate de calcium de l'eau. Nous avons constaté qu'il y avait des changements cohérents et reproductibles dans le taux de calcification en réponse à nos manipulations de l'état de saturation. Nous montrons que le taux de calcification net de la communauté réagit aux manipulations des concentrations de Ca 2+ et CO 3 2− et que le taux est bien décrit comme une fonction linéaire du produit des concentrations ioniques, [Ca 2+] 0.69 [CO 3 2−]. Cela suggère que l'état de saturation ou une quantité étroitement liée est un facteur environnemental primaire qui influence la calcification sur les récifs coralliens au niveau de l'écosystème. Nous comparons la sensibilité de la calcification aux changements à court terme (jours) et à long terme (mois à années) de l'état de saturation et constatons que la réponse n'est pas significativement différente. Cela indique que les organismes de récif corallien ne semblent pas pouvoir s'acclimater aux changements d'état de saturation. La diminution prévue de la calcification des récifs coralliens entre les années 1880 et 2065 apr. J.-C. basée sur nos résultats à long terme est de 40 %. Les études antérieures à petite échelle et à court terme sur les organismes prédisaient une réduction de la calcification de 14 à 30 %. Cette étude beaucoup plus longue à l'échelle de la communauté suggère que l'impact sur les récifs coralliens pourrait être plus important que ce qui était soupçonné. Au cours du prochain siècle, les récifs coralliens seront moins capables de faire face à la montée du niveau de la mer et à d'autres stress anthropiques.",
    url = "https://doi.org/10.1029/1999gb001195",
    doi = "10.1029/1999gb001195",
    openalex = "W2059732463"
}

Le déclin démographique, l'extinction locale et la récupération sont profondément influencés par la variation des traits démographiques et de l'histoire de vie. Dans les populations ouvertes, les changements dans les schémas de recrutement peuvent également avoir une influence majeure sur la taille des populations locales, en particulier pour les organismes à courte durée de vie. Nous examinons ici les processus démographiques sous-jacents à un déclin lent des coraux sur les récifs jamaïcains, où la couverture corallienne a diminué de quatre fois sur une période de 16 ans. Nous avons divisé l'étude en trois intervalles approximativement égaux (1977–1982, 1982–1987 et 1987–1993) et construit des matrices de transition basées sur la taille pour chacune des trois espèces abondantes de coraux (Montastrea annularis, Agaricia agaricites et Leptoseris cucullata) qui diffèrent considérablement par leur histoire de vie : Montastrea est plus lent à croître, vit plus longtemps et a des taux de recrutement plus faibles que les deux autres espèces. Les taux de survie, de croissance de la population (λ) et de recrutement ont considérablement diminué au fil du temps pour toutes les espèces et les structures de taille stables sont devenues de plus en plus dominées par les petites colonies. L'analyse d'élasticité et de réponse des tableaux de vie a montré que les changements dans la persistance des grandes colonies ont eu le plus grand impact sur la croissance de la population pour toutes les espèces. Les simulations ont indiqué que les niveaux de recrutement larvaire nécessaires pour maintenir les populations aux niveaux de 1977 ont augmenté considérablement au fil du temps, même si le taux de recrutement réel a diminué. L'échec du recrutement a été beaucoup plus important pour A. agaricites et L. cucullata que pour M. annularis, qui pouvait survivre à de longues périodes avec un apport larvaire minimal. La récupération de ces populations nécessitera une augmentation à la fois de la survie et du recrutement. La probabilité de ce dernier dépendra de l'échelle de la dispersion larvaire et de l'impact de la mortalité à grande échelle des adultes sur les relations stock-recrutement. Les différences de connectivité et d'histoires de vie des coraux détermineront les futurs schémas de récupération ou de déclin supplémentaire.

@article{doi1018900012965820000812250rflhal20co2,
    author = "Hughes, Terry P. et Tanner, Jason E.",
    title = "ÉCHEC DU RECRUTEMENT, HISTOIRES DE VIE ET DÉCLIN À LONG TERME DES CORAUX DES CARAÏBES",
    year = "2000",
    journal = "Ecology",
    abstract = "Le déclin démographique, l'extinction locale et la récupération sont profondément influencés par la variation des traits démographiques et de l'histoire de vie. Dans les populations ouvertes, les changements dans les schémas de recrutement peuvent également avoir une influence majeure sur la taille des populations locales, en particulier pour les organismes à courte durée de vie. Nous examinons ici les processus démographiques sous-jacents à un déclin lent des coraux sur les récifs jamaïcains, où la couverture corallienne a diminué de quatre fois sur une période de 16 ans. Nous avons divisé l'étude en trois intervalles approximativement égaux (1977–1982, 1982–1987 et 1987–1993) et construit des matrices de transition basées sur la taille pour chacune des trois espèces abondantes de coraux (Montastrea annularis, Agaricia agaricites et Leptoseris cucullata) qui diffèrent considérablement par leur histoire de vie : Montastrea est plus lent à croître, vit plus longtemps et a des taux de recrutement plus faibles que les deux autres espèces. Les taux de survie, de croissance de la population (λ) et de recrutement ont considérablement diminué au fil du temps pour toutes les espèces et les structures de taille stables sont devenues de plus en plus dominées par les petites colonies. L'analyse d'élasticité et de réponse des tableaux de vie a montré que les changements dans la persistance des grandes colonies ont eu le plus grand impact sur la croissance de la population pour toutes les espèces. Les simulations ont indiqué que les niveaux de recrutement larvaire nécessaires pour maintenir les populations aux niveaux de 1977 ont augmenté considérablement au fil du temps, même si le taux de recrutement réel a diminué. L'échec du recrutement a été beaucoup plus important pour A. agaricites et L. cucullata que pour M. annularis, qui pouvait survivre à de longues périodes avec un apport larvaire minimal. La récupération de ces populations nécessitera une augmentation à la fois de la survie et du recrutement. La probabilité de ce dernier dépendra de l'échelle de la dispersion larvaire et de l'impact de la mortalité à grande échelle des adultes sur les relations stock-recrutement. Les différences de connectivité et d'histoires de vie des coraux détermineront les futurs schémas de récupération ou de déclin supplémentaire.",
    url = "https://doi.org/10.1890/0012-9658(2000)081[2250:rflhal]2.0.co;2",
    doi = "10.1890/0012-9658(2000)081[2250:rflhal]2.0.co;2",
    openalex = "W1992601320",
    references = "doi103354meps007207"
}

@incollection{doi10100797894017328402,
    author = "Aronson, Richard B. et Precht, William F.",
    title = "La maladie de la bande blanche et le visage changeant des récifs coralliens des Caraïbes",
    year = "2001",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-94-017-3284-0\_2",
    doi = "10.1007/978-94-017-3284-0\_2",
    openalex = "W1561144917",
    references = "doi101007s003380050213, doi101016s0169534797897911, doi101038342637a0, doi101126science19943351302, doi101126science26551781547, doi101126science2845411118, doi101126science28554331505, doi103354meps007207, doi103354meps062185, openalexw2341328186"
}

Les températures de surface de la mer ont été plus élevées tout au long de 1998 à l'île de Sesoko, au Japon, que lors des 10 années précédentes. Les températures ont atteint un pic de 2,8 °C au-dessus de la moyenne, entraînant un blanchissement étendu des coraux et une mortalité subséquente des coraux. En utilisant des relevés aléatoires de quadrats, nous avons documenté quantitativement la structure de la communauté de coraux un an avant et un an après l'événement de blanchissement. L'événement de blanchissement de 1998 a réduit la richesse spécifique des coraux de 61 % et la couverture de coraux de 85 %. La morphologie des colonies a affecté la vulnérabilité au blanchissement et la mortalité subséquente des coraux. Les coraux finement ramifiés étaient les plus sensibles, tandis que les colonies massives et encroûtantes ont survécu. Les plus fortement touchés étaient les coraux ramifiés Acropora et pocilloporid, dont certains ont montré une extinction locale. Nous suggérons deux hypothèses dont l'effet synergique pourrait partiellement expliquer les modèles de mortalité observés (c'est-à-dire la survie préférentielle des espèces à tissus épais et les différences dépendantes de la forme dans l'efficacité du transfert de masse des colonies). Un changement de structure de la communauté s'est produit sur les récifs d'Okinawa, entraînant une augmentation de l'abondance relative des espèces de coraux massives et encroûtantes.

@article{doi101046j14610248200100203x,
    author = "Loya, Yossi et Sakai, Kazuhiko et Yamazato, K. et Nakano, Y. et Sambali, Hariyani et van Woesik, Robert",
    title = "Coral bleaching: the winners and the losers",
    year = "2001",
    journal = "Ecology Letters",
    abstract = "Les températures de surface de la mer ont été plus élevées tout au long de 1998 à l'île de Sesoko, au Japon, que lors des 10 années précédentes. Les températures ont atteint un pic de 2,8 °C au-dessus de la moyenne, entraînant un blanchissement étendu des coraux et une mortalité subséquente des coraux. En utilisant des relevés aléatoires de quadrats, nous avons documenté quantitativement la structure de la communauté de coraux un an avant et un an après l'événement de blanchissement. L'événement de blanchissement de 1998 a réduit la richesse spécifique des coraux de 61 % et la couverture de coraux de 85 %. La morphologie des colonies a affecté la vulnérabilité au blanchissement et la mortalité subséquente des coraux. Les coraux finement ramifiés étaient les plus sensibles, tandis que les colonies massives et encroûtantes ont survécu. Les plus fortement touchés étaient les coraux ramifiés Acropora et pocilloporid, dont certains ont montré une extinction locale. Nous suggérons deux hypothèses dont l'effet synergique pourrait partiellement expliquer les modèles de mortalité observés (c'est-à-dire la survie préférentielle des espèces à tissus épais et les différences dépendantes de la forme dans l'efficacité du transfert de masse des colonies). Un changement de structure de la communauté s'est produit sur les récifs d'Okinawa, entraînant une augmentation de l'abondance relative des espèces de coraux massives et encroûtantes.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1461-0248.2001.00203.x",
    doi = "10.1046/j.1461-0248.2001.00203.x",
    openalex = "W2155454753"
}

Les récifs coralliens, avec leurs millions d'espèces, ont changé profondément en raison des effets des humains, et continueront de le faire pour l'avenir prévisible. Les récifs sont soumis à de nombreux processus qui affectent d'autres écosystèmes dominés par l'homme, mais certaines caractéristiques particulières méritent d'être soulignées : (i) De nombreux constructeurs de récifs dominants libèrent des œufs et du sperme dans la colonne d'eau, où la fécondation a lieu. Ils sont donc particulièrement vulnérables aux effets Allee, y compris l'extinction potentielle associée à un échec reproducteur chronique. (ii) Les coraux susceptibles d'être les plus résistants aux effets de la dégradation de l'habitat sont de petits coraux « adventices » de courte durée de vie qui ont des capacités de dispersion limitées au stade larvaire. La dégradation de l'habitat, combinée à la fragmentation de l'habitat, conduira donc à l'établissement de groupes génétiquement isolés de coraux consanguins. (iii) Une augmentation de la température moyenne de la mer de seulement 1 degré C, un résultat probable du changement climatique mondial, peut provoquer le « blanchissement » des coraux (la rupture de la symbiose corail-algue), des changements dans les communautés de symbiontes et la mort des coraux. (iv) Les activités des humains près des récifs augmentent à la fois la pression de pêche et les apports de nutriments. En général, ces processus favorisent des concurrents à croissance plus rapide, souvent des algues charnues, et peuvent également entraîner des explosions de populations de prédateurs. (v) Les combinaisons de stress semblent être associées à des réponses seuil et à des surprises écologiques, y compris des épidémies dévastatrices de pathogènes. (vi) Le registre fossile suggère que les coraux en tant que groupe sont plus susceptibles de subir des extinctions que certains des groupes qui s'associent à eux, dont les exigences d'habitat peuvent être moins strictes.

@article{doi101073pnas091092998,
    author = "Knowlton, Nancy",
    title = "The future of coral reefs",
    year = "2001",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = {Coral reefs, with their millions of species, have changed profoundly because of the effects of people, and will continue to do so for the foreseeable future. Reefs are subject to many of the same processes that affect other human-dominated ecosystems, but some special features merit emphasis: (i) Many dominant reef builders spawn eggs and sperm into the water column, where fertilization occurs. They are thus particularly vulnerable to Allee effects, including potential extinction associated with chronic reproductive failure. (ii) The corals likely to be most resistant to the effects of habitat degradation are small, short-lived "weedy" corals that have limited dispersal capabilities at the larval stage. Habitat degradation, together with habitat fragmentation, will therefore lead to the establishment of genetically isolated clusters of inbreeding corals. (iii) Increases in average sea temperatures by as little as 1 degrees C, a likely result of global climate change, can cause coral "bleaching" (the breakdown of coral-algal symbiosis), changes in symbiont communities, and coral death. (iv) The activities of people near reefs increase both fishing pressure and nutrient inputs. In general, these processes favor more rapidly growing competitors, often fleshy seaweeds, and may also result in explosions of predator populations. (v) Combinations of stress appear to be associated with threshold responses and ecological surprises, including devastating pathogen outbreaks. (vi) The fossil record suggests that corals as a group are more likely to suffer extinctions than some of the groups that associate with them, whose habitat requirements may be less stringent.},
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.091092998",
    doi = "10.1073/pnas.091092998",
    openalex = "W2166377141",
    references = "doi101073pnas101092598, doi101126science2785338692"
}

@article{doi101007bf02804903,
    author = "Szmant, Alina M.",
    title = "Enrichissement en nutriments sur les récifs coralliens : Est-ce une cause majeure du déclin des récifs coralliens ?",
    year = "2002",
    journal = "Estuaries",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf02804903",
    doi = "10.1007/bf02804903",
    openalex = "W1998393588",
    references = "doi101038141548c0, doi103354meps007207"
}

Malgré des recherches étendues sur le phénomène de blanchissement des coraux, il existe très peu de données examinant la biologie des populations des espèces touchées. Ces données sont nécessaires pour prédire la capacité des coraux à répondre aux changements environnementaux. Nous avons suivi des colonies individuelles de 4 espèces de coraux courantes pendant 8 mois suivant des températures de surface de la mer historiquement élevées sur le Grand Barrière de Corail en 1998, afin de comparer leur réponse au stress thermique et leur récupération, et d'examiner l'effet du blanchissement sur la croissance et la reproduction chez 2 espèces d'Acropora. Les colonies de Platygyra daedalea et P. lobata ont mis plus de temps à blanchir, plus de temps à récupérer et plus de temps à mourir. En revanche, les colonies d'Acropora hyacinthus et A. millepora ont blanchi rapidement et la plupart avaient soit récupéré, soit mouru, dans les 14 semaines suivant les premiers rapports de blanchissement. La mortalité des colonies entières était élevée chez A. hyacinthus (88 %) et A. millepora (32 %) et la mortalité partielle rare. En revanche, la plupart des colonies de P. daedalea et P. lobata ont perdu du tissu et peu de colonies entières sont mortes. La proportion moyenne de tissu perdu par colonie était de 43 ± 6,6 % et 11 ± 1,1 % respectivement. Par conséquent, les hiérarchies observées de la susceptibilité des espèces dépendront critique du temps écoulé depuis le début du stress et doivent prendre en compte à la fois la mortalité des colonies entières et la mortalité partielle. La mortalité des colonies était fortement dépendante des estimations visuelles de la sévérité du blanchissement mais indépendante de la taille. Les taux de croissance des colonies d'Acropora étaient très variables et largement indépendants de la sévérité du blanchissement. A. hyacinthus était plus susceptible au blanchissement que A. millepora, avec 45 % des colonies survivantes gravides contre 88 %. La forte mortalité des colonies entières combinée à une réduction de la production reproductive des Acropora survivants suggère que la récupération aux niveaux d'abondance antérieurs sera probablement lente.

@article{doi103354meps237133,
    author = "Baird, AH et Marshall, PA",
    title = "Mortalité, croissance et reproduction chez les coraux scléractiniens après blanchissement sur le Grand Barrière de Corail",
    year = "2002",
    journal = "Marine Ecology Progress Series",
    abstract = "Malgré des recherches étendues sur le phénomène de blanchissement des coraux, il existe très peu de données examinant la biologie des populations des espèces touchées. Ces données sont nécessaires pour prédire la capacité des coraux à répondre aux changements environnementaux. Nous avons suivi des colonies individuelles de 4 espèces de coraux courantes pendant 8 mois suivant des températures de surface de la mer historiquement élevées sur le Grand Barrière de Corail en 1998, afin de comparer leur réponse au stress thermique et leur récupération, et d'examiner l'effet du blanchissement sur la croissance et la reproduction chez 2 espèces d'Acropora. Les colonies de Platygyra daedalea et P. lobata ont mis plus de temps à blanchir, plus de temps à récupérer et plus de temps à mourir. En revanche, les colonies d'Acropora hyacinthus et A. millepora ont blanchi rapidement et la plupart avaient soit récupéré, soit mouru, dans les 14 semaines suivant les premiers rapports de blanchissement. La mortalité des colonies entières était élevée chez A. hyacinthus (88 %) et A. millepora (32 %) et la mortalité partielle rare. En revanche, la plupart des colonies de P. daedalea et P. lobata ont perdu du tissu et peu de colonies entières sont mortes. La proportion moyenne de tissu perdu par colonie était de 43 ± 6,6 % et 11 ± 1,1 % respectivement. Par conséquent, les hiérarchies observées de la susceptibilité des espèces dépendront critique du temps écoulé depuis le début du stress et doivent prendre en compte à la fois la mortalité des colonies entières et la mortalité partielle. La mortalité des colonies était fortement dépendante des estimations visuelles de la sévérité du blanchissement mais indépendante de la taille. Les taux de croissance des colonies d'Acropora étaient très variables et largement indépendants de la sévérité du blanchissement. A. hyacinthus était plus susceptible au blanchissement que A. millepora, avec 45 % des colonies survivantes gravides contre 88 %. La forte mortalité des colonies entières combinée à une réduction de la production reproductive des Acropora survivants suggère que la récupération aux niveaux d'abondance antérieurs sera probablement lente.",
    url = "https://doi.org/10.3354/meps237133",
    doi = "10.3354/meps237133",
    openalex = "W2148447618",
    references = "doi103354meps007207"
}

@article{doi101002aqc558,
    author = "Epstein, N. et Bak, R. P. M. et Rinkevich, Baruch",
    title = "Application des principes de restauration forestière à la réhabilitation des récifs coralliens",
    year = "2003",
    journal = "Aquatic Conservation Marine and Freshwater Ecosystems",
    url = "https://doi.org/10.1002/aqc.558",
    doi = "10.1002/aqc.558",
    openalex = "W2165115241"
}

La diversité, la fréquence et l'ampleur des impacts humains sur les récifs coralliens augmentent au point que les récifs sont menacés à l'échelle mondiale. Les augmentations projetées de dioxyde de carbone et de température au cours des 50 prochaines années dépassent les conditions dans lesquelles les récifs coralliens ont prospéré au cours des demi-million dernières années. Cependant, les récifs évolueront plutôt que de disparaître entièrement, certaines espèces montrant déjà une bien plus grande tolérance au changement climatique et au blanchissement des coraux que d'autres. L'intégration internationale des stratégies de gestion qui soutiennent la résilience des récifs doit être vigoureusement mise en œuvre et complétée par des décisions politiques fortes visant à réduire le taux de réchauffement climatique.

@article{doi101126science1085046,
    author = "Hughes, Terry P. et Baird, Andrew H. et Bellwood, David R. et Card, M. A. et Connolly, Sean R. et Folke, Carl et Grosberg, Richard K. et Hoegh‐Guldberg, Ove et Jackson, Jeremy B. C. et Kleypas, Joan A. et Lough, Janice et Marshall, Paul et Nyström, Magnus et Palumbi, Stephen R. et Pandolfi, John M. et Rosen, Brian et Roughgarden, Joan",
    title = "Climate Change, Human Impacts, and the Resilience of Coral Reefs",
    year = "2003",
    journal = "Science",
    abstract = "La diversité, la fréquence et l'ampleur des impacts humains sur les récifs coralliens augmentent au point que les récifs sont menacés à l'échelle mondiale. Les augmentations projetées de dioxyde de carbone et de température au cours des 50 prochaines années dépassent les conditions dans lesquelles les récifs coralliens ont prospéré au cours des demi-million dernières années. Cependant, les récifs évolueront plutôt que de disparaître entièrement, certaines espèces montrant déjà une bien plus grande tolérance au changement climatique et au blanchissement des coraux que d'autres. L'intégration internationale des stratégies de gestion qui soutiennent la résilience des récifs doit être vigoureusement mise en œuvre et complétée par des décisions politiques fortes visant à réduire le taux de réchauffement climatique.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1085046",
    doi = "10.1126/science.1085046",
    openalex = "W2142598180",
    references = "doi101016s0921800999000099, doi101071mf99078, doi101126science1059199, doi101126science1085706, doi101126science2845411118"
}

La dégradation des écosystèmes de récifs coralliens a commencé il y a des siècles, mais il n'existe pas de synthèse mondiale sur l'ampleur des changements. Nous avons compilé des données remontant à des milliers d'années sur l'état et les tendances de sept grands groupes de carnivores, herbivores et espèces architecturales provenant de 14 régions. Les grands animaux ont décliné avant les petits animaux et les espèces architecturales, et les récifs de l'Atlantique ont décliné avant ceux de la mer Rouge et d'Australie, mais les trajectoires de déclin étaient nettement similaires dans le monde entier. Tous les récifs étaient considérablement dégradés bien avant les épidémies de maladies coralliennes et le blanchissement. Peu importe ces nouvelles menaces, les récifs ne survivront pas sans une protection immédiate contre l'exploitation humaine à grande échelle spatiale.

@article{doi101126science1085706,
    author = "Pandolfi, John M. et Bradbury, Roger et Sala, Enric et Hughes, Terry P. et Bjorndal, Karen A. et Cooke, Richard G. et McArdle, Deborah et McClenachan, Loren et Newman, Marah J. H. et Paredes, Gustavo et Warner, Robert R. et Jackson, Jeremy B. C.",
    title = "Trajectoires mondiales du déclin à long terme des écosystèmes de récifs coralliens",
    year = "2003",
    journal = "Science",
    abstract = "La dégradation des écosystèmes de récifs coralliens a commencé il y a des siècles, mais il n'existe pas de synthèse mondiale sur l'ampleur des changements. Nous avons compilé des données remontant à des milliers d'années sur l'état et les tendances de sept grands groupes de carnivores, herbivores et espèces architecturales provenant de 14 régions. Les grands animaux ont décliné avant les petits animaux et les espèces architecturales, et les récifs de l'Atlantique ont décliné avant ceux de la mer Rouge et d'Australie, mais les trajectoires de déclin étaient nettement similaires dans le monde entier. Tous les récifs étaient considérablement dégradés bien avant les épidémies de maladies coralliennes et le blanchissement. Peu importe ces nouvelles menaces, les récifs ne survivront pas sans une protection immédiate contre l'exploitation humaine à grande échelle spatiale.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1085706",
    doi = "10.1126/science.1085706",
    openalex = "W2100216289",
    references = "doi10100797894017328402, doi101016014362289090024j, doi101016016953479090113r, doi101071mf99078, doi101126science1059199, doi101126science1085046, doi101126science26551781547, doi101126science28554331505, doi1018900012961519970670461aysoca20co2, doi103354meps062185, openalexw570265017"
}

Nous rapportons un déclin massif des coraux à l'échelle régionale dans tout le bassin des Caraïbes, avec une réduction de 80 % de la couverture moyenne des coraux durs sur les récifs, passant d'environ 50 % à 10 % en trois décennies. Notre méta-analyse montre que les motifs de changement de la couverture corallienne varient selon les périodes temporelles, mais sont globalement cohérents à travers les sous-régions, suggérant que des causes locales ont opéré avec un certain degré de synchronie à l'échelle régionale. Bien que le taux de perte de coraux ait ralenti au cours de la dernière décennie par rapport aux années 1980, des déclins significatifs persistent. La capacité des récifs coralliens des Caraïbes à faire face aux changements environnementaux locaux et globaux futurs pourrait être irrémédiablement compromise.

@article{doi101126science1086050,
    author = "Gardner, Toby et Côté, Isabelle M. et Gill, Jennifer A. et Grant, Alastair et Watkinson, Andrew R.",
    title = "Long-Term Region-Wide Declines in Caribbean Corals",
    year = "2003",
    journal = "Science",
    abstract = "We report a massive region-wide decline of corals across the entire Caribbean basin, with the average hard coral cover on reefs being reduced by 80\%, from about 50\% to 10\% cover, in three decades. Our meta-analysis shows that patterns of change in coral cover are variable across time periods but largely consistent across subregions, suggesting that local causes have operated with some degree of synchrony on a region-wide scale. Although the rate of coral loss has slowed in the past decade compared to the 1980s, significant declines are persisting. The ability of Caribbean coral reefs to cope with future local and global environmental change may be irretrievably compromised.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1086050",
    doi = "10.1126/science.1086050",
    openalex = "W2024763652"
}

@article{doi101016jmarpolbul200411028,
    author = "Fabricius, Katharina",
    title = "Effets des ruissellements terrestres sur l'écologie des coraux et des récifs coralliens : revue et synthèse",
    year = "2004",
    journal = "Marine Pollution Bulletin",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.marpolbul.2004.11.028",
    doi = "10.1016/j.marpolbul.2004.11.028",
    openalex = "W2164337693",
    references = "doi101016s0025326x99002374, doi101038nature02691, doi101126science2775325504"
}

@article{doi101038nature02691,
    author = "Bellwood, David R. et Hughes, Terry P. et Folke, Carl et Nyström, Magnus",
    title = "Confronting the coral reef crisis",
    year = "2004",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature02691",
    doi = "10.1038/nature02691",
    openalex = "W1989974377",
    references = "doi101007s003380050220, doi101016jtree200309002, doi101016s0921800999000099, doi10103835002501, doi10103835098000, doi101038nature01017, doi101093icb326674, doi101126science1059199, doi101126science1063699, doi101126science1085046, doi101126science1085706, doi101126science1091015, doi101126science26551781547, doi101146annurevecolsys35021103105711"
}

Le déclin mondial de la couverture corallienne a de graves implications pour la santé des récifs coralliens. Mais quel est l'avenir des assemblages de poissons des récifs ? Les réserves marines peuvent protéger les poissons de l'exploitation, mais protègent-elles la biodiversité des poissons dans des environnements dégradés ? La réponse semble être non, comme l'indique notre étude de 8 ans en Papouasie-Nouvelle-Guinée. Un déclin dévastateur de la couverture corallienne a provoqué un déclin parallèle de la biodiversité des poissons, tant dans les réserves marines que dans les zones ouvertes à la pêche. Plus de 75 % des espèces de poissons des récifs ont diminué en abondance, et 50 % ont diminué à moins de la moitié de leurs nombres initiaux. Plus les espèces dépendent des coraux vivants comme sites de recrutement juvénile, plus le déclin observé de l'abondance est important. Plusieurs espèces rares spécialisées dans les coraux sont devenues localement éteintes. Nous suggérons que la biodiversité des poissons est menacée partout où une dégradation permanente du récif se produit et nous mettons en garde contre le fait que les réserves marines ne seront pas toujours suffisantes pour assurer leur survie.

@article{doi101073pnas0401277101,
    author = "Jones, Geoffrey P. et McCormick, Mark I. et Srinivasan, Maya et Eagle, Janelle V.",
    title = "Le déclin des coraux menace la biodiversité des poissons dans les réserves marines",
    year = "2004",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Le déclin mondial de la couverture corallienne a de graves implications pour la santé des récifs coralliens. Mais quel est l'avenir des assemblages de poissons des récifs ? Les réserves marines peuvent protéger les poissons de l'exploitation, mais protègent-elles la biodiversité des poissons dans des environnements dégradés ? La réponse semble être non, comme l'indique notre étude de 8 ans en Papouasie-Nouvelle-Guinée. Un déclin dévastateur de la couverture corallienne a provoqué un déclin parallèle de la biodiversité des poissons, tant dans les réserves marines que dans les zones ouvertes à la pêche. Plus de 75\% des espèces de poissons des récifs ont diminué en abondance, et 50 % ont diminué à moins de la moitié de leurs nombres initiaux. Plus les espèces dépendent des coraux vivants comme sites de recrutement juvénile, plus le déclin observé de l'abondance est important. Plusieurs espèces rares spécialisées dans les coraux sont devenues localement éteintes. Nous suggérons que la biodiversité des poissons est menacée partout où une dégradation permanente du récif se produit et nous mettons en garde contre le fait que les réserves marines ne seront pas toujours suffisantes pour assurer leur survie.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0401277101",
    doi = "10.1073/pnas.0401277101",
    openalex = "W2132675942"
}

Les squelettes des échinodermes adultes sont composés de gros monocristaux de calcite présentant des morphologies convolutées fenestrées lisses, ce qui soulève de nombreuses questions sur leur formation. En utilisant l'échantillonnage à l'eau, la spectroscopie infrarouge, la diffraction électronique et la microscopie électronique à balayage environnementale, nous montrons que la régénération des épines d'oursin de mer se fait par la déposition initiale de carbonate de calcium amorphe. Comme la plupart des échinodermes produisent le même type de matériau squelettique, ils utilisent probablement tous ce même mécanisme. La déposition de phases amorphes transitoires en tant que stratégie pour produire des monocristaux à morphologie complexe pourrait avoir des implications intéressantes pour le développement de matériaux sophistiqués.

@article{doi101126science1102289,
    author = "Politi, Yael et Arad, Talmon et Klein, Eugenia et Weiner, Steve et Addadi, Lia",
    title = "Formation de la calcite dans les épines d'oursin de mer via une phase transitoire de carbonate de calcium amorphe",
    year = "2004",
    journal = "Science",
    abstract = "Les squelettes des échinodermes adultes sont composés de gros monocristaux de calcite présentant des morphologies convolutées fenestrées lisses, ce qui soulève de nombreuses questions sur leur formation. En utilisant l'échantillonnage à l'eau, la spectroscopie infrarouge, la diffraction électronique et la microscopie électronique à balayage environnementale, nous montrons que la régénération des épines d'oursin de mer se fait par la déposition initiale de carbonate de calcium amorphe. Comme la plupart des échinodermes produisent le même type de matériau squelettique, ils utilisent probablement tous ce même mécanisme. La déposition de phases amorphes transitoires en tant que stratégie pour produire des monocristaux à morphologie complexe pourrait avoir des implications intéressantes pour le développement de matériaux sophistiqués.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1102289",
    doi = "10.1126/science.1102289",
    openalex = "W1974595472"
}

La reconnaissance de l'habitat et la colonisation sélective par les propagules dispersives augmentent considérablement les chances de survie après la colonisation des organismes sessiles. Pour mieux comprendre le rôle clé que certaines espèces peuvent jouer dans la structure des écosystèmes de récifs coralliens hautement complexes, nous comparons le rôle de deux processus indépendants mais séquentiels : le choix de la colonisation et la survie après la colonisation. Cette étude décrit la reconnaissance chimique et physique et le classement de substrats de colonisation spécifiques par les larves de coraux. Plusieurs espèces d'algues corallines crustacées (CCA) sont connues pour induire la colonisation des coraux ; cependant, elles emploient également des stratégies de défense anti-colonisation physiques et biologiques dont l'efficacité varie considérablement. Nous examinons les interactions entre les larves en train de se fixer de deux espèces de coraux constructeurs de récifs courantes (Acropora tenuis et A. millepora) et cinq espèces de CCA (Neogoniolithon fosliei, Porolithon onkodes, Hydrolithon reinboldii, Titanoderma prototypum, et Lithoporella melobesioides) qui coexistent sur les crêtes et les pentes des récifs de la Grande Barrière de corail, en Australie. Des modèles de colonisation distincts ont été observés lorsque les larves de coraux avaient le choix entre différents substrats de colonisation. La colonisation sur le substrat le plus préféré, l'espèce de CCA T. prototypum, était 15 fois plus élevée que sur N. fosliei, le substrat le moins préféré. Les taux de survie après la colonisation des coraux variaient également entre les espèces de CCA en réponse à leurs stratégies anti-colonisation (dépillement des couches cellulaires de surface, recouvrement et potentiels répulsifs chimiques). Les taux de colonisation larvaire, de survie après la colonisation et la sensibilité des larves aux extraits chimiques de CCA étaient tous positivement corrélés au sein des cinq espèces de CCA. Les substrats de colonisation non vivants sur les récifs coralliens sont rares ; par conséquent, le fait que seules quelques espèces de CCA (notamment T. prototypum) facilitent le recrutement des coraux a des implications importantes pour la structuration de l'écosystème du récif.

@article{doi101890040298,
    author = "Harrington, Lindsay et Fabricius, Katharina et De'ath, Glenn et Negri, Andrew P.",
    title = "RECONNAISSANCE ET SÉLECTION DES SUBSTRATS DE COLONISATION DÉTERMINENT LA SURVIE APRÈS COLONISATION CHEZ LES CORAUX",
    year = "2004",
    journal = "Ecology",
    abstract = "La reconnaissance de l'habitat et la colonisation sélective par les propagules dispersives augmentent considérablement les chances de survie après la colonisation des organismes sessiles. Pour mieux comprendre le rôle clé que certaines espèces peuvent jouer dans la structure des écosystèmes de récifs coralliens hautement complexes, nous comparons le rôle de deux processus indépendants mais séquentiels : le choix de la colonisation et la survie après la colonisation. Cette étude décrit la reconnaissance chimique et physique et le classement de substrats de colonisation spécifiques par les larves de coraux. Plusieurs espèces d'algues corallines crustacées (CCA) sont connues pour induire la colonisation des coraux ; cependant, elles emploient également des stratégies de défense anti-colonisation physiques et biologiques dont l'efficacité varie considérablement. Nous examinons les interactions entre les larves en train de se fixer de deux espèces de coraux constructeurs de récifs courantes (Acropora tenuis et A. millepora) et cinq espèces de CCA (Neogoniolithon fosliei, Porolithon onkodes, Hydrolithon reinboldii, Titanoderma prototypum, et Lithoporella melobesioides) qui coexistent sur les crêtes et les pentes des récifs de la Grande Barrière de corail, en Australie. Des modèles de colonisation distincts ont été observés lorsque les larves de coraux avaient le choix entre différents substrats de colonisation. La colonisation sur le substrat le plus préféré, l'espèce de CCA T. prototypum, était 15 fois plus élevée que sur N. fosliei, le substrat le moins préféré. Les taux de survie après la colonisation des coraux variaient également entre les espèces de CCA en réponse à leurs stratégies anti-colonisation (dépillement des couches cellulaires de surface, recouvrement et potentiels répulsifs chimiques). Les taux de colonisation larvaire, de survie après la colonisation et la sensibilité des larves aux extraits chimiques de CCA étaient tous positivement corrélés au sein des cinq espèces de CCA. Les substrats de colonisation non vivants sur les récifs coralliens sont rares ; par conséquent, le fait que seules quelques espèces de CCA (notamment T. prototypum) facilitent le recrutement des coraux a des implications importantes pour la structuration de l'écosystème du récif.",
    url = "https://doi.org/10.1890/04-0298",
    doi = "10.1890/04-0298",
    openalex = "W2150835767",
    references = "doi1010160022098188900275, doi1023071933661"
}

La discipline scientifique de la restauration active des zones de récifs coralliens dépourvues de vie a suscité beaucoup d'attention au cours de la dernière décennie, car il est devenu évident que cet écosystème ne se rétablit pas souvent naturellement sous le stress anthropique sans manipulation. Fondamentalement, les choix sont soit la dégradation continue des récifs, soit la restauration active pour encourager le développement des récifs. En conséquence, les opérations de restauration à l'échelle mondiale au cours de la dernière décennie ont été reconnues comme étant un outil majeur pour la réhabilitation des récifs. Cette situation a également suscité des discussions et des débats sur les diverses mesures de restauration suggérées comme options de gestion, en complément des actes de conservation traditionnels. Le présent essai examine les approches et les avancées de la restauration des récifs coralliens au cours de la dernière décennie (1994-2004). Bien que le transplantation directe de corail soit toujours le véhicule principal des opérations utilisées, le concept de nurseries de corail in situ et ex situ (le concept de jardinage), où les matériaux de corail (nubbins, branches, spats) sont maricultivés jusqu'à une taille adaptée à la transplantation, gagne en reconnaissance. L'utilisation de nubbins (jusqu'à la taille d'un ou quelques polypes) a été suggérée et employée comme une technique unique pour la production de masse de colonies de corail. La restauration des sites d'échouement de navires et l'utilisation de récifs artificiels sont devenus des outils courants pour des besoins de restauration spécifiques. La stabilisation du substrat, la considération structurelle 3-D des colonies en développement, et l'utilisation d'outils moléculaires/biochimiques font partie des approches technologiques novatrices développées au cours de la dernière décennie. Les considérations économiques pour la restauration des récifs sont devenues une voie importante pour évaluer le succès des activités de restauration. Il a été suggéré que la restauration du paysage et la génétique de la restauration sont des questions importantes à étudier. Dans le futur, à mesure que la restauration des récifs coralliens peut devenir l'acte de conservation dominant, il y aura besoin non seulement de développer des protocoles améliorés mais aussi de définir les bases conceptuelles.

@article{doi101021es0482583,
    author = "Rinkevich, Baruch",
    title = "Conservation of Coral Reefs through Active Restoration Measures: Recent Approaches and Last Decade Progress",
    year = "2005",
    journal = "Environmental Science \& Technology",
    abstract = "La discipline scientifique de la restauration active des zones de récifs coralliens dépourvues de vie a suscité beaucoup d'attention au cours de la dernière décennie, car il est devenu évident que cet écosystème ne se rétablit pas souvent naturellement sous le stress anthropique sans manipulation. Fondamentalement, les choix sont soit la dégradation continue des récifs, soit la restauration active pour encourager le développement des récifs. En conséquence, les opérations de restauration à l'échelle mondiale au cours de la dernière décennie ont été reconnues comme étant un outil majeur pour la réhabilitation des récifs. Cette situation a également suscité des discussions et des débats sur les diverses mesures de restauration suggérées comme options de gestion, en complément des actes de conservation traditionnels. Le présent essai examine les approches et les avancées de la restauration des récifs coralliens au cours de la dernière décennie (1994-2004). Bien que le transplantation directe de corail soit toujours le véhicule principal des opérations utilisées, le concept de nurseries de corail in situ et ex situ (le concept de jardinage), où les matériaux de corail (nubbins, branches, spats) sont maricultivés jusqu'à une taille adaptée à la transplantation, gagne en reconnaissance. L'utilisation de nubbins (jusqu'à la taille d'un ou quelques polypes) a été suggérée et employée comme une technique unique pour la production de masse de colonies de corail. La restauration des sites d'échouement de navires et l'utilisation de récifs artificiels sont devenus des outils courants pour des besoins de restauration spécifiques. La stabilisation du substrat, la considération structurelle 3-D des colonies en développement, et l'utilisation d'outils moléculaires/biochimiques font partie des approches technologiques novatrices développées au cours de la dernière décennie. Les considérations économiques pour la restauration des récifs sont devenues une voie importante pour évaluer le succès des activités de restauration. Il a été suggéré que la restauration du paysage et la génétique de la restauration sont des questions importantes à étudier. Dans le futur, à mesure que la restauration des récifs coralliens peut devenir l'acte de conservation dominant, il y aura besoin non seulement de développer des protocoles améliorés mais aussi de définir les bases conceptuelles.",
    url = "https://doi.org/10.1021/es0482583",
    doi = "10.1021/es0482583",
    openalex = "W2074261860",
    references = "doi101016s0169534701022820"
}

La capacité des récifs coralliens à survivre aux augmentations de température projetées dues au réchauffement climatique dépendra largement de la capacité des coraux à s'adapter ou à s'acclimater aux extrêmes de température accrus au cours des prochaines décennies. De nombreuses espèces de coraux sont très sensibles au stress thermique et le nombre d'épisodes de stress (blanchissement) a augmenté au cours des dernières décennies. Nous avons étudié le potentiel d'acclimatation d'Acropora millepora, une espèce de coraux durs courante et répandue dans l'Indo-Pacifique, par transplantation et manipulation expérimentale. Nous montrons que les coraux adultes, du moins dans certaines circonstances, sont capables d'acquérir une tolérance thermique accrue et que cette tolérance accrue est le résultat direct d'un changement du type de symbiote dominant leurs tissus, passant du type C du Symbiodinium au type D. Nos données suggèrent que le changement de type de symbiote dans notre expérience était dû à un mélange des types déjà présents dans les tissus des coraux, et non à une absorption exogène depuis l'environnement. Le niveau de tolérance accrue acquis par les coraux changeant leur type de symbiote dominant vers D (le type le plus résistant thermiquement connu) est d'environ 1 à 1,5 °C. Il s'agit de la première étude à montrer que l'acclimatation thermique est causalement liée au type de symbiote et fournit de nouvelles perspectives sur l'avantage écologique des coraux abritant des populations d'algues mixtes. Bien que cette augmentation soit d'une importance écologique énorme pour de nombreuses espèces de coraux, en l'absence d'autres mécanismes d'acclimatation/adaptation thermique, elle pourrait ne pas être suffisante pour survivre au changement climatique dans les scénarios de température de surface de la mer prévus pour les 100 prochaines années. Cependant, elle pourrait suffire à « gagner du temps » tandis que des mesures de réduction des gaz à effet de serre sont mises en place.

@article{doi101098rspb20063567,
    author = "Berkelmans, Ray et van Oppen, Madeleine J. H.",
    title = "Le rôle des zooxanthelles dans la tolérance thermique des coraux : un « grain d'espoir » pour les récifs coralliens à l'ère du changement climatique",
    year = "2006",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "La capacité des récifs coralliens à survivre aux augmentations de température projetées dues au réchauffement climatique dépendra largement de la capacité des coraux à s'adapter ou à s'acclimater aux extrêmes de température accrus au cours des prochaines décennies. De nombreuses espèces de coraux sont très sensibles au stress thermique et le nombre d'épisodes de stress (blanchissement) a augmenté au cours des dernières décennies. Nous avons étudié le potentiel d'acclimatation d'Acropora millepora, une espèce de coraux durs courante et répandue dans l'Indo-Pacifique, par transplantation et manipulation expérimentale. Nous montrons que les coraux adultes, du moins dans certaines circonstances, sont capables d'acquérir une tolérance thermique accrue et que cette tolérance accrue est le résultat direct d'un changement du type de symbiote dominant leurs tissus, passant du type C du Symbiodinium au type D. Nos données suggèrent que le changement de type de symbiote dans notre expérience était dû à un mélange des types déjà présents dans les tissus des coraux, et non à une absorption exogène depuis l'environnement. Le niveau de tolérance accrue acquis par les coraux changeant leur type de symbiote dominant vers D (le type le plus résistant thermiquement connu) est d'environ 1 à 1,5 °C. Il s'agit de la première étude à montrer que l'acclimatation thermique est causalement liée au type de symbiote et fournit de nouvelles perspectives sur l'avantage écologique des coraux abritant des populations d'algues mixtes. Bien que cette augmentation soit d'une importance écologique énorme pour de nombreuses espèces de coraux, en l'absence d'autres mécanismes d'acclimatation/adaptation thermique, elle pourrait ne pas être suffisante pour survivre au changement climatique dans les scénarios de température de surface de la mer prévus pour les 100 prochaines années. Cependant, elle pourrait suffire à « gagner du temps » tandis que des mesures de réduction des gaz à effet de serre sont mises en place.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2006.3567",
    doi = "10.1098/rspb.2006.3567",
    openalex = "W2144114664",
    references = "doi101007s0022700414272, doi101146annurevecolsys34011802132417"
}

@article{doi101016jcub200612049,
    author = "Hughes, Terry P. et da Silva Rodrigues, Maria Júlia et Bellwood, David R. et Ceccarelli, Daniela M. et Hoegh‐Guldberg, Ove et McCook, Laurence J. et Moltschaniwskyj, Natalie A. et Pratchett, Morgan S. et Steneck, Robert S. et Willis, Bette L.",
    title = "Phase Shifts, Herbivory, and the Resilience of Coral Reefs to Climate Change",
    year = "2007",
    journal = "Current Biology",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.cub.2006.12.049",
    doi = "10.1016/j.cub.2006.12.049",
    openalex = "W2171552191",
    references = "doi101016s0921800999000099, doi101126science1085706"
}

La concentration de dioxyde de carbone atmosphérique devrait dépasser 500 parties par million et les températures mondiales augmenter d'au moins 2 degrés C d'ici 2050 à 2100, des valeurs qui dépassent considérablement celles d'au moins les 420 000 dernières années au cours desquelles la plupart des organismes marins actuels ont évolué. Dans les conditions attendues au XXIe siècle, le réchauffement climatique et l'acidification des océans compromettront l'accrétion carbonatée, les coraux devenant de plus en plus rares sur les systèmes de récifs. Le résultat sera des communautés de récifs moins diversifiées et des structures de récifs carbonatés qui ne seront pas maintenues. Le changement climatique exacerbe également les stress locaux dus à la dégradation de la qualité de l'eau et à la surexploitation d'espèces clés, poussant les récifs de plus en plus vers le point de bascule pour un effondrement fonctionnel. Cette revue présente des scénarios futurs pour les récifs coralliens qui prédisent des conséquences de plus en plus graves pour les pêcheries associées aux récifs, le tourisme, la protection côtière et les populations. Alors que débute l'Année internationale du récif en 2008, des interventions de gestion à plus grande échelle et des mesures décisives sur les émissions mondiales sont nécessaires si l'on veut éviter la perte des écosystèmes dominés par les coraux.

@article{doi101126science1152509,
    author = "Hoegh‐Guldberg, Ove et Mumby, Peter J. et Hooten, Anthony J. et Steneck, Robert S. et Greenfield, Paul et Gomez, E. D. et Harvell, C. Drew et Sale, Peter F. et Edwards, Alasdair J. et Caldeira, K. et Knowlton, Nancy et Eakin, C. Mark et Iglesias‐Prieto, Roberto et Muthiga, Nyawira A. et Bradbury, Roger et Dubi, Alfonse et Hatziolos, Marea Eleni",
    title = "Les récifs coralliens sous un changement climatique rapide et l'acidification des océans",
    year = "2007",
    journal = "Science",
    abstract = "La concentration de dioxyde de carbone atmosphérique devrait dépasser 500 parties par million et les températures mondiales augmenter d'au moins 2 degrés C d'ici 2050 à 2100, des valeurs qui dépassent considérablement celles d'au moins les 420 000 dernières années au cours desquelles la plupart des organismes marins actuels ont évolué. Dans les conditions attendues au XXIe siècle, le réchauffement climatique et l'acidification des océans compromettront l'accrétion carbonatée, les coraux devenant de plus en plus rares sur les systèmes de récifs. Le résultat sera des communautés de récifs moins diversifiées et des structures de récifs carbonatés qui ne seront pas maintenues. Le changement climatique exacerbe également les stress locaux dus à la dégradation de la qualité de l'eau et à la surexploitation d'espèces clés, poussant les récifs de plus en plus vers le point de bascule pour un effondrement fonctionnel. Cette revue présente des scénarios futurs pour les récifs coralliens qui prédisent des conséquences de plus en plus graves pour les pêcheries associées aux récifs, le tourisme, la protection côtière et les populations. Alors que débute l'Année internationale du récif en 2008, des interventions de gestion à plus grande échelle et des mesures décisives sur les émissions mondiales sont nécessaires si l'on veut éviter la perte des écosystèmes dominés par les coraux.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1152509",
    doi = "10.1126/science.1152509",
    openalex = "W2123920115",
    references = "doi101016s0012825202001046, doi101016s0921800999000099, doi10103820859, doi101071mf99078, doi101073pnas0702737104, doi101093icb326674, doi101093icb391146, doi101126science1063699, doi101126science1085046, doi101126science1116448, doi101146annurevecolsys271477, doi101371journalpone0000711, doi102475ajs294156, doi102475ajs3012182, openalexw1621450917, openalexw2907110490, openalexw2939474406, openalexw2986345846, openalexw617039848"
}

CONTEXTE : Un certain nombre de facteurs ont récemment provoqué des événements de mortalité massive de coraux dans tous les océans tropicaux du monde. Cependant, peu de choses sont connues sur le timing, le taux ou la variabilité spatiale de la perte de coraux constructeurs de récifs, en particulier dans l'Indo-Pacifique, qui contient 75 % des récifs coralliens du monde. MÉTHODOLOGIE/PRINCIPAUX RÉSULTATS : Nous avons compilé et analysé une base de données de couverture de corail de 6001 enquêtes quantitatives de 2667 récifs coralliens indo-pacifiques réalisées entre 1968 et 2004. Les enquêtes menées en 2003 ont indiqué que la couverture de corail ne représentait en moyenne que 22,1 % (IC à 95 % : 20,7, 23,4) et que seulement 7 des 390 récifs enquêtés cette année-là avaient une couverture de corail >60 %. La perte annuelle estimée de la couverture de corail basée sur des données d'enquête annuellement regroupées était d'environ 1 % au cours des vingt dernières années et de 2 % entre 1997 et 2003 (soit 3 168 km(2) par an). La perte annuelle basée sur une analyse de régression à mesures répétées d'un sous-ensemble de récifs surveillés pendant plusieurs années de 1997 à 2004 était de 0,72 % (n = 476 récifs, IC à 95 % : 0,36, 1,08). CONCLUSIONS/IMPORTANCE : Le taux et l'ampleur de la perte de corail dans l'Indo-Pacifique sont supérieurs aux attentes. La couverture de corail était également surprenamment uniforme parmi les sous-régions et a décliné des décennies plus tôt que précédemment supposé, même sur certains des récifs les plus intensément gérés du Pacifique. Ces résultats ont des implications importantes pour les décideurs politiques et les gestionnaires de ressources alors qu'ils cherchent des modèles réussis pour inverser la perte de corail.

@article{doi101371journalpone0000711,
    author = "Bruno, John F. et Selig, Elizabeth R.",
    title = "Déclin régional de la couverture de corail dans l'Indo-Pacifique : Chronologie, ampleur et comparaisons sous-régionales",
    year = "2007",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "CONTEXTE : Un certain nombre de facteurs ont récemment provoqué des événements de mortalité massive de coraux dans tous les océans tropicaux du monde. Cependant, peu de choses sont connues sur le timing, le taux ou la variabilité spatiale de la perte de coraux constructeurs de récifs, en particulier dans l'Indo-Pacifique, qui contient 75\% des récifs coralliens du monde. MÉTHODOLOGIE/PRINCIPAUX RÉSULTATS : Nous avons compilé et analysé une base de données de couverture de corail de 6001 enquêtes quantitatives de 2667 récifs coralliens indo-pacifiques réalisées entre 1968 et 2004. Les enquêtes menées en 2003 ont indiqué que la couverture de corail ne représentait en moyenne que 22,1\% (IC à 95\% : 20,7, 23,4) et que seulement 7 des 390 récifs enquêtés cette année-là avaient une couverture de corail >60\%. La perte annuelle estimée de la couverture de corail basée sur des données d'enquête annuellement regroupées était d'environ 1\% au cours des vingt dernières années et de 2\% entre 1997 et 2003 (soit 3 168 km(2) par an). La perte annuelle basée sur une analyse de régression à mesures répétées d'un sous-ensemble de récifs surveillés pendant plusieurs années de 1997 à 2004 était de 0,72 \% (n = 476 récifs, IC à 95\% : 0,36, 1,08). CONCLUSIONS/IMPORTANCE : Le taux et l'ampleur de la perte de corail dans l'Indo-Pacifique sont supérieurs aux attentes. La couverture de corail était également surprenamment uniforme parmi les sous-régions et a décliné des décennies plus tôt que précédemment supposé, même sur certains des récifs les plus intensément gérés du Pacifique. Ces résultats ont des implications importantes pour les décideurs politiques et les gestionnaires de ressources alors qu'ils cherchent des modèles réussis pour inverser la perte de corail.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0000711",
    doi = "10.1371/journal.pone.0000711",
    openalex = "W2068226428",
    references = "doi10100797894017328402, doi101038nature01610, doi101038nature02691, doi101071mf99078, doi101126science1070656, doi101126science1085046, doi101126science1085706, doi101126science1086050, doi101126science1128035, doi101126science26551781547, doi10164100063568200656987agcfse20co2"
}

@article{doi101016jecss200809003,
    author = "Baker, Andrew C. et Glynn, Peter W. et Riegl, Bernhard",
    title = "Climate change and coral reef bleaching: An ecological assessment of long-term impacts, recovery trends and future outlook",
    year = "2008",
    journal = "Estuarine Coastal and Shelf Science",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ecss.2008.09.003",
    doi = "10.1016/j.ecss.2008.09.003",
    openalex = "W2086993800",
    references = "doi101007s100219900037, doi101038425365a, doi101038nature01286, doi101038nature03906, doi101071mf99078, doi101073pnas892110302, doi101126science1059199, doi101126science1085046, doi101126science1085706, doi101126science1152509, doi101126science26551781547, doi101126science2845411118, doi101146annurevecolsys34011802132417, doi101371journalpone0000711, openalexw2939474406, openalexw617039848"
}

@article{doi101016jjembe200801024,
    author = "Shaish, Lee et Levy, Gideon et Gomez, Edgardo D. et Rinkevich, Baruch",
    title = "Fixed and suspended coral nurseries in the Philippines: Establishing the first step in the “gardening concept” of reef restoration",
    year = "2008",
    journal = "Journal of Experimental Marine Biology and Ecology",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.jembe.2008.01.024",
    doi = "10.1016/j.jembe.2008.01.024",
    openalex = "W2164557179"
}

L'acidification des océans représente une menace majeure pour les récifs coralliens en réduisant le taux de calcification des constructeurs de structure. De plus, l'acidification risque d'affecter la relation entre les coraux et leurs dinoflagellés symbiotiques ainsi que la productivité de cette association. Cependant, peu de choses sont connues sur la manière dont l'acidification impacte la physiologie des constructeurs de récifs et sur la façon dont l'acidification interagit avec le réchauffement. Ici, nous rapportons une étude de 8 semaines qui a comparé les réponses au blanchissement, à la productivité et à la calcification des algues corallines crustacées (CCA) et des espèces de coraux ramifiés (Acropora) et massifs (Porites) en réponse à l'acidification et au réchauffement. En utilisant un système expérimental à 30 réservoirs, nous avons manipulé les niveaux de CO(2) pour simuler un doublement et des augmentations de trois à quatre fois [catégories de projection du Groupe d'experts intergouvernemental sur l'évolution du climat (GIEC) IV et VI] par rapport aux niveaux actuels dans des scénarios froids et chauds. Les résultats indiquent que le CO(2) élevé est un agent de blanchissement pour les coraux et les CCA sous forte irradiance, agissant de manière synergique avec le réchauffement pour abaisser les seuils de blanchissement thermique. Nous proposons que le CO(2) induit le blanchissement via son impact sur les mécanismes de protection photoprotectrice des photosystèmes. Dans l'ensemble, l'acidification a eu un impact plus fort sur le blanchissement et la productivité que sur la calcification. Intéressamment, le scénario intermédiaire de CO(2) chaud a conduit à une augmentation de 30 % de la productivité chez Acropora, tandis que le CO(2) élevé a conduit à une productivité nulle chez les deux coraux. Les CCA étaient les plus sensibles à l'acidification, le CO(2) élevé entraînant une productivité négative et des taux élevés de dissolution nette. Nos résultats suggèrent que les espèces sensibles de construction de récifs telles que les CCA pourraient être poussées au-delà de leurs seuils de croissance et de survie dans les prochaines décennies, tandis que les coraux montreront des réponses retardées et mixtes.

@article{doi101073pnas0804478105,
    author = "Anthony, Kenneth R. N. et Kline, David I. et Díaz-Pulido, Guillermo et Dove, Sophie et Hoegh‐Guldberg, Ove",
    title = "L'acidification des océans provoque le blanchissement et une perte de productivité chez les constructeurs de récifs coralliens",
    year = "2008",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "L'acidification des océans représente une menace majeure pour les récifs coralliens en réduisant le taux de calcification des constructeurs de structure. De plus, l'acidification risque d'affecter la relation entre les coraux et leurs dinoflagellés symbiotiques ainsi que la productivité de cette association. Cependant, peu de choses sont connues sur la manière dont l'acidification impacte la physiologie des constructeurs de récifs et sur la façon dont l'acidification interagit avec le réchauffement. Ici, nous rapportons une étude de 8 semaines qui a comparé les réponses au blanchissement, à la productivité et à la calcification des algues corallines crustacées (CCA) et des espèces de coraux ramifiés (Acropora) et massifs (Porites) en réponse à l'acidification et au réchauffement. En utilisant un système expérimental à 30 réservoirs, nous avons manipulé les niveaux de CO(2) pour simuler un doublement et des augmentations de trois à quatre fois [catégories de projection du Groupe d'experts intergouvernemental sur l'évolution du climat (GIEC) IV et VI] par rapport aux niveaux actuels dans des scénarios froids et chauds. Les résultats indiquent que le CO(2) élevé est un agent de blanchissement pour les coraux et les CCA sous forte irradiance, agissant de manière synergique avec le réchauffement pour abaisser les seuils de blanchissement thermique. Nous proposons que le CO(2) induit le blanchissement via son impact sur les mécanismes de protection photoprotectrice des photosystèmes. Dans l'ensemble, l'acidification a eu un impact plus fort sur le blanchissement et la productivité que sur la calcification. Intéressamment, le scénario intermédiaire de CO(2) chaud a conduit à une augmentation de 30 % de la productivité chez Acropora, tandis que le CO(2) élevé a conduit à une productivité nulle chez les deux coraux. Les CCA étaient les plus sensibles à l'acidification, le CO(2) élevé entraînant une productivité négative et des taux élevés de dissolution nette. Nos résultats suggèrent que les espèces sensibles de construction de récifs telles que les CCA pourraient être poussées au-delà de leurs seuils de croissance et de survie dans les prochaines décennies, tandis que les coraux montreront des réponses retardées et mixtes.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0804478105",
    doi = "10.1073/pnas.0804478105",
    openalex = "W2145406894",
    references = "doi102134jeq199800472425002700010038x"
}

Une conservation efficace nécessite des références de base rigoureuses des conditions vierges pour évaluer les impacts des activités humaines et pour juger de l'efficacité de la gestion. La plupart des récifs coralliens sont modérément à sévèrement dégradés par les activités humaines locales telles que la pêche et la pollution, ainsi que par les changements globaux, ce qui rend difficile la séparation des effets locaux des effets globaux. À cette fin, nous avons enquêté sur les récifs coralliens des atolls inhabités des îles Line du nord afin de fournir une référence de base de la structure de la communauté récifale, et sur des atolls de plus en plus peuplés pour documenter les changements associés aux activités humaines. Nous avons constaté que les prédateurs supérieurs et les organismes constructeurs de récifs dominaient les Kingman et Palmyra inhabitées, tandis que les petits poissons planctonivores et les algues charnues dominaient les atolls peuplés de Tabuaeran et Kiritimati. Les requins et autres prédateurs supérieurs ont écrasé les assemblages de poissons sur Kingman et Palmyre de sorte que la pyramide de biomasse était inversée (surpeuplée au sommet). En revanche, la pyramide de biomasse à Tabuaeran et Kiritimati présentait le motif typique surpeuplé en bas. Les récifs sans population humaine présentaient moins de maladies coralliennes et un recrutement corallien plus élevé par rapport aux récifs plus peuplés. Ainsi, la protection contre la surpêche et la pollution semble augmenter la résilience des écosystèmes récifaux aux effets du réchauffement climatique.

@article{doi101371journalpone0001548,
    author = "Sandin, Stuart A. et Smith, Jennifer E. et DeMartini, Edward E. et Dinsdale, Elizabeth A. et Donner, Simon D. et Friedlander, Alan M. et Konotchick, Talina et Malay, Maria Celia D. et Maragos, James E. et Obura, David et Pantos, Olga et Paulay, Gustav et Richie, Morgan et Rohwer, Forest et Schroeder, Robert E. et Walsh, Sheila et Jackson, Jeremy B. C. et Knowlton, Nancy et Sala, Enric",
    title = "Baselines and Degradation of Coral Reefs in the Northern Line Islands",
    year = "2008",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "Une conservation efficace nécessite des références de base rigoureuses des conditions vierges pour évaluer les impacts des activités humaines et pour juger de l'efficacité de la gestion. La plupart des récifs coralliens sont modérément à sévèrement dégradés par les activités humaines locales telles que la pêche et la pollution, ainsi que par les changements globaux, ce qui rend difficile la séparation des effets locaux des effets globaux. À cette fin, nous avons enquêté sur les récifs coralliens des atolls inhabités des îles Line du nord afin de fournir une référence de base de la structure de la communauté récifale, et sur des atolls de plus en plus peuplés pour documenter les changements associés aux activités humaines. Nous avons constaté que les prédateurs supérieurs et les organismes constructeurs de récifs dominaient les Kingman et Palmyra inhabitées, tandis que les petits poissons planctonivores et les algues charnues dominaient les atolls peuplés de Tabuaeran et Kiritimati. Les requins et autres prédateurs supérieurs ont écrasé les assemblages de poissons sur Kingman et Palmyre de sorte que la pyramide de biomasse était inversée (surpeuplée au sommet). En revanche, la pyramide de biomasse à Tabuaeran et Kiritimati présentait le motif typique surpeuplé en bas. Les récifs sans population humaine présentaient moins de maladies coralliennes et un recrutement corallien plus élevé par rapport aux récifs plus peuplés. Ainsi, la protection contre la surpêche et la pollution semble augmenter la résilience des écosystèmes récifaux aux effets du réchauffement climatique.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0001548",
    doi = "10.1371/journal.pone.0001548",
    openalex = "W2113903666",
    references = "doi101046j14429993200101070x, doi101371journalpone0000711, openalexw2726333806"
}

La dégradation des récifs coralliens est souvent associée à des changements dans la structure de la communauté où les macroalgues deviennent la forme de vie benthique dominante. Ces transitions de phase peuvent être difficiles à inverser. Le débat sur les transitions de phase des récifs coralliens n'a pas porté sur les rapports concernant la domination des récifs coralliens par d'autres formes de vie suite à une perturbation. Une revue de la littérature primaire et grise indique que les récifs dominés par des corallimorphaires, des coraux mous, des éponges et des oursins de mer peuvent entrer dans un état alternatif en raison d'une transition de phase. Les transitions peuvent être déclenchées par des perturbations ponctuelles qui causent une mortalité corallienne à grande échelle et peuvent devenir stables en raison de mécanismes de rétroaction positive. Cependant, elles peuvent différer de la transition de phase corail-macroalgues archétypale, selon les facteurs qui entraînent la transition ; tandis que les transitions corail-macroalgues et corail-oursin semblent être entraînées par la perte du contrôle top-down par la surpêche, les transitions vers la domination des corallimorphaires, des coraux mous et des éponges semblent plus associées à des changements dans les dynamiques bottom-up. La compréhension des différences et des similitudes dans les mécanismes qui causent et maintiennent cette variété d'états alternatifs aidera la gestion visant à prévenir et à inverser les transitions de phase des récifs coralliens.

@article{doi103354meps07815,
    author = "Norström, Albert V. et Nyström, Magnus et Lokrantz, Jerker et Folke, Carl",
    title = "États alternatifs sur les récifs coralliens : au-delà des transitions de phase corail–macroalgues",
    year = "2008",
    journal = "Marine Ecology Progress Series",
    abstract = "La dégradation des récifs coralliens est souvent associée à des changements dans la structure de la communauté où les macroalgues deviennent la forme de vie benthique dominante. Ces transitions de phase peuvent être difficiles à inverser. Le débat sur les transitions de phase des récifs coralliens n'a pas porté sur les rapports concernant la domination des récifs coralliens par d'autres formes de vie suite à une perturbation. Une revue de la littérature primaire et grise indique que les récifs dominés par des corallimorphaires, des coraux mous, des éponges et des oursins de mer peuvent entrer dans un état alternatif en raison d'une transition de phase. Les transitions peuvent être déclenchées par des perturbations ponctuelles qui causent une mortalité corallienne à grande échelle et peuvent devenir stables en raison de mécanismes de rétroaction positive. Cependant, elles peuvent différer de la transition de phase corail-macroalgues archétypale, selon les facteurs qui entraînent la transition ; tandis que les transitions corail-macroalgues et corail-oursin semblent être entraînées par la perte du contrôle top-down par la surpêche, les transitions vers la domination des corallimorphaires, des coraux mous et des éponges semblent plus associées à des changements dans les dynamiques bottom-up. La compréhension des différences et des similitudes dans les mécanismes qui causent et maintiennent cette variété d'états alternatifs aidera la gestion visant à prévenir et à inverser les transitions de phase des récifs coralliens.",
    url = "https://doi.org/10.3354/meps07815",
    doi = "10.3354/meps07815",
    openalex = "W2100437705",
    references = "doi10100797894017328402"
}

Les récifs coralliens sont riches en biodiversité, en grande partie parce que leur architecture hautement complexe offre abri et ressources à une large gamme d'organismes. Des déclins rapides de la couverture de coraux durs ont récemment eu lieu dans toute la région des Caraïbes, mais les conséquences concomitantes pour l'architecture du récif n'ont pas encore été quantifiées à grande échelle. Nous fournissons, à notre connaissance, la première analyse régionale des changements de complexité architecturale des récifs, utilisant près de 500 relevés sur 200 récifs, entre 1969 et 2008. La complexité architecturale des récifs des Caraïbes a diminué de manière non linéaire avec la quasi-disparition des récifs les plus complexes au cours des 40 dernières années. L'aplatissement des récifs des Caraïbes était apparent dès le début des années 1980, suivi d'une période de stase entre 1985 et 1998, puis d'une reprise du déclin de la complexité jusqu'à présent. Les taux de perte sont similaires sur les récifs peu profonds (20 m) et sont cohérents dans les cinq sous-régions. Le motif temporel du déclin de l'architecture coïncide avec des événements clés de l'histoire écologique récente des Caraïbes : la perte de coraux d'Acropora structurellement complexes, la mortalité massive de l'oursin brouteur Diadema antillarum et l'émondement mondial des coraux induit par l'El Niño de 1998. Les estimations constamment basses de la complexité architecturale actuelle suggèrent une dégradation et une homogénéisation à l'échelle régionale de la structure du récif. La perte généralisée de la complexité architecturale aura probablement de graves conséquences pour la biodiversité des récifs, le fonctionnement des écosystèmes et les services environnementaux associés.

@article{doi101098rspb20090339,
    author = "Álvarez‐Filip, Lorenzo et Dulvy, Nicholas K. et Gill, Jennifer A. et Côté, Isabelle M. et Watkinson, Andrew R.",
    title = "Aplatissement des récifs coralliens des Caraïbes : déclins régionaux de la complexité architecturale",
    year = "2009",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Les récifs coralliens sont riches en biodiversité, en grande partie parce que leur architecture hautement complexe offre abri et ressources à une large gamme d'organismes. Des déclins rapides de la couverture de coraux durs ont récemment eu lieu dans toute la région des Caraïbes, mais les conséquences concomitantes pour l'architecture du récif n'ont pas encore été quantifiées à grande échelle. Nous fournissons, à notre connaissance, la première analyse régionale des changements de complexité architecturale des récifs, utilisant près de 500 relevés sur 200 récifs, entre 1969 et 2008. La complexité architecturale des récifs des Caraïbes a diminué de manière non linéaire avec la quasi-disparition des récifs les plus complexes au cours des 40 dernières années. L'aplatissement des récifs des Caraïbes était apparent dès le début des années 1980, suivi d'une période de stase entre 1985 et 1998, puis d'une reprise du déclin de la complexité jusqu'à présent. Les taux de perte sont similaires sur les récifs peu profonds (20 m) et sont cohérents dans les cinq sous-régions. Le motif temporel du déclin de l'architecture coïncide avec des événements clés de l'histoire écologique récente des Caraïbes : la perte de coraux d'Acropora structurellement complexes, la mortalité massive de l'oursin brouteur Diadema antillarum et l'émondement mondial des coraux induit par l'El Niño de 1998. Les estimations constamment basses de la complexité architecturale actuelle suggèrent une dégradation et une homogénéisation à l'échelle régionale de la structure du récif. La perte généralisée de la complexité architecturale aura probablement de graves conséquences pour la biodiversité des récifs, le fonctionnement des écosystèmes et les services environnementaux associés.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2009.0339",
    doi = "10.1098/rspb.2009.0339",
    openalex = "W2150724621",
    references = "doi101002sim1545, doi1010079780387217062, doi10100797894017328402, doi101126science1085046, doi101126science1086050, doi101126science1152509, doi101371journalpone0000711, doi1023071932254, doi1023073802723, openalexw1608366422"
}

Les coraux constructeurs de récifs sont soumis à un stress physiologique croissant dû au changement climatique et à l'absorption par l'océan du dioxyde de carbone atmosphérique croissant. Nous avons étudié 328 colonies de coraux massifs Porites provenant de 69 récifs du Grand Barrière de Corail (GBR) en Australie. Leurs registres squelettiques montrent que dans tout le GBR, la calcification a diminué de 14,2 % depuis 1990, principalement parce que l'extension (croissance linéaire) a diminué de 13,3 %. Les données suggèrent qu'une telle diminution sévère et soudaine de la calcification est sans précédent au moins depuis les 400 dernières années. La calcification augmente linéairement avec l'augmentation de la température de surface de la mer à grande échelle, mais répond de manière non linéaire aux anomalies de température annuelles. Les causes de la diminution restent inconnues ; cependant, cette étude suggère que le stress thermique croissant et une saturation décroissante de l'aragonite de l'eau de mer peuvent réduire la capacité des coraux du GBR à déposer du carbonate de calcium.

@article{doi101126science1165283,
    author = "De’ath, Glenn et Lough, Janice et Fabricius, Katharina",
    title = "Diminution de la calcification des coraux sur le Grand Barrière de Corail",
    year = "2009",
    journal = "Science",
    abstract = "Les coraux constructeurs de récifs sont soumis à un stress physiologique croissant dû au changement climatique et à l'absorption par l'océan du dioxyde de carbone atmosphérique croissant. Nous avons étudié 328 colonies de coraux massifs Porites provenant de 69 récifs du Grand Barrière de Corail (GBR) en Australie. Leurs registres squelettiques montrent que dans tout le GBR, la calcification a diminué de 14,2 % depuis 1990, principalement parce que l'extension (croissance linéaire) a diminué de 13,3 %. Les données suggèrent qu'une telle diminution sévère et soudaine de la calcification est sans précédent au moins depuis les 400 dernières années. La calcification augmente linéairement avec l'augmentation de la température de surface de la mer à grande échelle, mais répond de manière non linéaire aux anomalies de température annuelles. Les causes de la diminution restent inconnues ; cependant, cette étude suggère que le stress thermique croissant et une saturation décroissante de l'aragonite de l'eau de mer peuvent réduire la capacité des coraux du GBR à déposer du carbonate de calcium.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1165283",
    doi = "10.1126/science.1165283",
    openalex = "W2036387847"
}

Les récifs coralliens ont été parmi les premiers écosystèmes à être reconnus comme vulnérables à l'acidification des océans. À ce jour, la plupart des investigations scientifiques concernant les effets de l'acidification des océans sur les récifs coralliens ont été liées à la capacité unique des récifs de produire de grandes quantités de carbonate de calcium. Il a été estimé que les principaux organismes constructeurs de récifs, les coraux et les macroalgues calcifiantes, calcifieront 10–50 % de moins par rapport aux taux préindustriels d'ici le milieu de ce siècle. Cette diminution de la calcification affectera probablement leur capacité à fonctionner au sein de l'écosystème et affectera presque certainement le fonctionnement de l'écosystème lui-même. Cependant, l'acidification des océans affecte non seulement les organismes, mais aussi les récifs qu'ils construisent. La baisse de la production de carbonate de calcium, couplée à une augmentation de la dissolution du carbonate de calcium, réduira également la construction des récifs et les avantages que ces derniers offrent, tels que la haute complexité structurelle qui soutient la biodiversité sur les récifs, et les effets de brise-lames qui protègent les côtes et créent des habitats calmes pour d'autres écosystèmes, tels que les mangroves et les herbiers marins. La concentration sur la calcification dans les récifs est justifiée, mais les réponses de nombreux autres organismes, tels que les poissons, les algues non calcifiantes et les herbiers marins, pour ne citer que quelques-uns, méritent également un examen attentif.

@article{doi105670oceanog2009101,
    author = "Kleypas, Joan A. and Yates, Kimberly K.",
    title = "Coral Reefs and Ocean Acidification",
    year = "2009",
    journal = "Oceanography",
    abstract = "Les récifs coralliens ont été parmi les premiers écosystèmes à être reconnus comme vulnérables à l'acidification des océans. À ce jour, la plupart des investigations scientifiques concernant les effets de l'acidification des océans sur les récifs coralliens ont été liées à la capacité unique des récifs de produire de grandes quantités de carbonate de calcium. Il a été estimé que les principaux organismes constructeurs de récifs, les coraux et les macroalgues calcifiantes, calcifieront 10–50 % de moins par rapport aux taux préindustriels d'ici le milieu de ce siècle. Cette diminution de la calcification affectera probablement leur capacité à fonctionner au sein de l'écosystème et affectera presque certainement le fonctionnement de l'écosystème lui-même. Cependant, l'acidification des océans affecte non seulement les organismes, mais aussi les récifs qu'ils construisent. La baisse de la production de carbonate de calcium, couplée à une augmentation de la dissolution du carbonate de calcium, réduira également la construction des récifs et les avantages que ces derniers offrent, tels que la haute complexité structurelle qui soutient la biodiversité sur les récifs, et les effets de brise-lames qui protègent les côtes et créent des habitats calmes pour d'autres écosystèmes, tels que les mangroves et les herbiers marins. La concentration sur la calcification dans les récifs est justifiée, mais les réponses de nombreux autres organismes, tels que les poissons, les algues non calcifiantes et les herbiers marins, pour ne citer que quelques-uns, méritent également un examen attentif.",
    url = "https://doi.org/10.5670/oceanog.2009.101",
    doi = "10.5670/oceanog.2009.101",
    openalex = "W2076025165",
    references = "doi101038nature02691, doi101038nature07051, doi101073pnas0401277101, doi101073pnas0804478105, doi101093icb391146, doi101098rspb20090339, doi101126science1102289, doi101126science1109004, doi101126science26551781547, doi105670oceanog200995"
}

@article{doi101007s1011301001892,
    author = "Hoegh‐Guldberg, Ove",
    title = "Écosystèmes de récifs coralliens et changement climatique anthropique",
    year = "2010",
    journal = "Regional Environmental Change",
    url = "https://doi.org/10.1007/s10113-010-0189-2",
    doi = "10.1007/s10113-010-0189-2",
    openalex = "W1963622158",
    references = "doi101126science1944268937, doi101126science2434891638"
}

@article{doi101016jtree201007011,
    author = "Hughes, Terry P. et Graham, Nicholas A. J. et Jackson, Jeremy B. C. et Mumby, Peter J. et Steneck, Robert S.",
    title = "Rising to the challenge of sustaining coral reef resilience",
    year = "2010",
    journal = "Trends in Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.tree.2010.07.011",
    doi = "10.1016/j.tree.2010.07.011",
    openalex = "W2094165220",
    references = "doi101016jecss200809003, doi101098rspb20090339, doi101371journalpone0000711, doi105751es01606110119"
}

FOND : La hausse de la température des océans du monde est devenue une menace majeure pour les récifs coralliens à l'échelle mondiale, car la gravité et la fréquence des événements de blanchissement et de mortalité massifs des coraux augmentent. En 2005, les températures océaniques élevées dans l'Atlantique tropical et la Caraïbe ont provoqué l'événement de blanchissement le plus sévère jamais enregistré dans le bassin. MÉTHODOLOGIE/RÉSULTATS PRINCIPAUX : Des outils basés sur des satellites ont fourni des avertissements aux gestionnaires et aux scientifiques des récifs coralliens, guidant à la fois le moment et l'emplacement des observations de terrain des chercheurs alors que des conditions anormalement chaudes se sont développées et se sont étendues à travers la région des Caraïbes plus vaste de juin à octobre 2005. Les enquêtes de terrain sur le blanchissement et la mortalité ont dépassé les efforts précédents en termes de détail et d'étendue, et ont fourni une nouvelle norme pour documenter les effets du blanchissement et pour tester les produits de prévision à court terme et de prévision. Des collaborateurs de 22 pays ont entrepris la documentation la plus complète à ce jour du blanchissement à l'échelle du bassin et ont constaté que plus de 80 % des coraux ont blanchi et plus de 40 % sont morts sur de nombreux sites. Le blanchissement le plus sévère a coïncidé avec les eaux les plus proches d'une masse d'eau chaude de l'Atlantique occidental centrée au large de l'extrémité nord des Petites Antilles. CONCLUSIONS/IMPORTANCE : Le stress thermique lors de l'événement de 2005 a dépassé tout ce qui a été observé dans les Caraïbes au cours des 20 dernières années, et les températures moyennes régionales ont été les plus chaudes depuis plus de 150 ans. La comparaison des données satellitaires contre les enquêtes de terrain a démontré une relation prédictive significative entre le stress thermique accumulé (mesuré en utilisant les Semaines de Chauffage de NOAA Coral Reef Watch) et l'intensité du blanchissement. Ce blanchissement et cette mortalité graves et généralisés auront inévitablement des conséquences à long terme pour les écosystèmes de récifs et suggèrent un avenir troublé pour les écosystèmes marins tropicaux dans un climat réchauffé.

@article{doi101371journalpone0013969,
    author = "Eakin, C. Mark and Morgan, JA and Heron, Scott F. and Smith, Tyler B. and Liu, Gang and Álvarez‐Filip, Lorenzo and Baca, Bart J. and Bartels, Erich and Bastidas, Carolina and Bouchon, Claude and Brandt, Marilyn E. and Bruckner, Andrew W. and Bunkley-Williams, Lucy and Cameron, A D and Causey, Billy and Chiappone, Mark and Christensen, Tyler and Crabbe, M. James C. and Day, Owen and de la Guardia, Elena and Díaz-Pulido, Guillermo and DiResta, Daniel and Gil-Agudelo, Diego L. and Gilliam, David S. and Ginsburg, Robert N. and Gore, Shannon and Guzmán, Héctor M. and Hendee, James C. and Hernández‐Delgado, Edwin A. and Husain, Ellen and Jeffrey, Christopher F.G. and Jones, Ross and Jordán-Dahlgren, Eric and Kaufman, Les and Kline, David I. and Kramer, Philip and Lang, Judith C. and Lirman, Diego and Mallela, Jennie and Manfrino, Carrie and Maréchal, Jean‐Philippe and Marks, Ken and Mihaly, Jennifer and Miller, William J. and Mueller, Erich and Muller, Erinn M. and Orozco-Toro, Carlos A. and Oxenford, Hazel A. and Ponce-Taylor, Daniel and Quinn, Norman J. and Ritchie, Kim B. and Rodríguez, Sebastián and Rodriguez‐Ramirez, Alberto and Romano, Sandra and Samhouri, Jameal F. and Sánchez, Juan A. and Schmahl, George P. and Shank, Burton and Skirving, William and Steiner, Sascha C. C. and Villamizar, Estrella and Walsh, Sheila and Walter, Cory and Weil, Ernesto and Williams, Ernest H. and Roberson, K.W. and Yusuf, Yusri",
    title = "Coraux des Caraïbes en crise : stress thermique record, blanchissement et mortalité en 2005",
    year = "2010",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "FOND : La hausse de la température des océans du monde est devenue une menace majeure pour les récifs coralliens à l'échelle mondiale, car la gravité et la fréquence des événements de blanchissement et de mortalité massifs des coraux augmentent. En 2005, les températures océaniques élevées dans l'Atlantique tropical et la Caraïbe ont provoqué l'événement de blanchissement le plus sévère jamais enregistré dans le bassin. MÉTHODOLOGIE/RÉSULTATS PRINCIPAUX : Des outils basés sur des satellites ont fourni des avertissements aux gestionnaires et aux scientifiques des récifs coralliens, guidant à la fois le moment et l'emplacement des observations de terrain des chercheurs alors que des conditions anormalement chaudes se sont développées et se sont étendues à travers la région des Caraïbes plus vaste de juin à octobre 2005. Les enquêtes de terrain sur le blanchissement et la mortalité ont dépassé les efforts précédents en termes de détail et d'étendue, et ont fourni une nouvelle norme pour documenter les effets du blanchissement et pour tester les produits de prévision à court terme et de prévision. Des collaborateurs de 22 pays ont entrepris la documentation la plus complète à ce jour du blanchissement à l'échelle du bassin et ont constaté que plus de 80 % des coraux ont blanchi et plus de 40 % sont morts sur de nombreux sites. Le blanchissement le plus sévère a coïncidé avec les eaux les plus proches d'une masse d'eau chaude de l'Atlantique occidental centrée au large de l'extrémité nord des Petites Antilles. CONCLUSIONS/IMPORTANCE : Le stress thermique lors de l'événement de 2005 a dépassé tout ce qui a été observé dans les Caraïbes au cours des 20 dernières années, et les températures moyennes régionales ont été les plus chaudes depuis plus de 150 ans. La comparaison des données satellitaires contre les enquêtes de terrain a démontré une relation prédictive significative entre le stress thermique accumulé (mesuré en utilisant les Semaines de Chauffage de NOAA Coral Reef Watch) et l'intensité du blanchissement. Ce blanchissement et cette mortalité graves et généralisés auront inévitablement des conséquences à long terme pour les écosystèmes de récifs et suggèrent un avenir troublé pour les écosystèmes marins tropicaux dans un climat réchauffé.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0013969",
    doi = "10.1371/journal.pone.0013969",
    openalex = "W2156568771",
    references = "doi101016jecss200809003"
}

Les événements survenant au début de l'histoire de vie peuvent avoir des effets profonds sur la structure des populations et des communautés. En particulier, la susceptibilité à la prédation est souvent la plus élevée au début de la vie et peut influencer considérablement la structure de la communauté. Pour mieux comprendre ces événements dans les communautés de coraux formant des récifs, nous avons étudié comment la variation spatiale du recrutement et de la prédation précoce après l'installation influencent la structure spatiale d'un assemblage de coraux. Sur une période de 5 ans, nous avons comparé le recrutement des coraux et l'abondance des juvéniles et des adultes à une combinaison de 3 emplacements et de 3 profondeurs en Polynésie française. Nous avons ensuite mesuré la mortalité des recrues (< 3 mois) et des juvéniles (environ 1 à 4 ans), ainsi que l'abondance des prédateurs potentiels. Les résultats démontrent le rôle crucial des événements survenant lors des premières semaines de la phase benthique. L'abondance des poissons perroquets herbivores racleurs explique une variation spatiale substantielle de la mortalité des recrues, mais pas des juvéniles, révélant un effet probable de retrait incident par pâturage. À l'inverse, l'abondance des poissons papillons nourrisseurs de coraux explique une variation spatiale substantielle de la mortalité des juvéniles. Ces résultats soulignent l'importance de la mortalité incidente due au pâturage et de la corallivorie spécialisée sur les populations de coraux. De plus, ces processus peuvent jouer un rôle clé dans la détermination des modèles spatiaux de la structure des assemblages de coraux.

@article{doi103354meps08554,
    author = "Penin, Lucie and Michonneau, François and Baird, AH and Connolly, Sean R. and Pratchett, Morgan S. and Kayal, Mohsen and Adjeroud, Mehdi",
    title = "Early post-settlement mortality and the structure of coral assemblages",
    year = "2010",
    journal = "Marine Ecology Progress Series",
    abstract = "Events occurring early in life history can have profound effects on the structure of populations and communities. In particular, susceptibility to predation is often highest early in life, and can greatly influence community structure. To better understand these events in reef-forming coral communities, we investigated how spatial variation in recruitment and early post-settlement predation influenced the spatial structure of a coral assemblage. Over a 5 yr period, we compared recruitment of corals and abundance of juveniles and adults at a combination of 3 locations and 3 depths in French Polynesia. We then measured mortality of recruits (< 3 mo old) and juveniles (about 1 to 4 yr old), and abundance of potential predators. Results demonstrate the crucial role of events occurring in the first weeks of the benthic stage. The abundance of scraping herbivorous parrotfishes explained substantial spatial variation in the mortality of recruits, but not juveniles, revealing a likely effect of incidental removal by grazing. Conversely, abundance of coral-feeding butterflyfishes explained substantial spatial variation in the mortality of juveniles. These findings underscore the importance of incidental mortality from grazing and specialized corallivory on coral populations. Moreover, these processes can play a key role in determining spatial patterns in coral assemblage structure.",
    url = "https://doi.org/10.3354/meps08554",
    doi = "10.3354/meps08554",
    openalex = "W2080646149"
}

La mortalité des coraux augmente en raison du blanchissement, des maladies et de la prolifération d'algues. Dans les Caraïbes, les faibles taux de recrutement des coraux contribuent aux taux de récupération lents ou indétectables dans les écosystèmes de récifs. Bien que les algues aient longtemps été suspectées d'interférer avec le recrutement des coraux, les mécanismes de cette interaction restent obscurs. Nous avons testé expérimentalement les effets de l'abondance des tapis d'algues sur 3 facteurs séquentiels importants pour le recrutement des coraux : la livraison biophysique des larves planctoniques de coraux, leur propension à se fixer, et la disponibilité de microhabitats où elles survivent. Nous avons déployé des plaques de fixation de coraux à l'intérieur et à l'extérieur des jardins et cages de poissons perroquet Stegastes spp. L'agression des poissons perroquet a réduit l'herbivorie par les poissons, et les cages se sont encrassées de tapis d'algues, augmentant localement la biomasse d'algues entourant les plaques. Cela a réduit les taux de rinçage dans les microhabitats de nurserie sous la face inférieure de la plaque, limitant les larves disponibles pour la fixation. Les coraux spat se sont fixés préférentiellement sur une algue coralline crustacée pionnière Titanoderma prototypum, mais aussi sur ou près d'autres algues corallines, biofilms, et tubes de vers polychètes calcaires. La survie post-fixation était la plus élevée dans le traitement entièrement brouté, à la plus faible biomasse d'algues, et après 27 mois, les densités de 'spat' étaient 73 % plus élevées dans ce traitement. Le 'guépard' fait référence à la séquence de processus écologiques à travers laquelle les coraux doivent survivre pour se recruter. La plus grande proportion de coraux spat ayant réussi à courir le guépard l'a fait dans des conditions de faible biomasse d'algues résultant d'une herbivorie accrue. Si le recrutement des coraux est fortement contrôlé à très petite échelle par ce guépard, alors les gestionnaires de récifs coralliens pourraient améliorer le potentiel de recrutement d'un récif en gérant une réduction de la biomasse d'algues.

@article{doi103354meps08724,
    author = "Arnold, SN et Steneck, RS et Mumby, Peter J.",
    title = "Courir le guépard : effets inhibiteurs des tapis d'algues sur les processus de recrutement des coraux",
    year = "2010",
    journal = "Marine Ecology Progress Series",
    abstract = "La mortalité des coraux augmente en raison du blanchissement, des maladies et de la prolifération d'algues. Dans les Caraïbes, les faibles taux de recrutement des coraux contribuent aux taux de récupération lents ou indétectables dans les écosystèmes de récifs. Bien que les algues aient longtemps été suspectées d'interférer avec le recrutement des coraux, les mécanismes de cette interaction restent obscurs. Nous avons testé expérimentalement les effets de l'abondance des tapis d'algues sur 3 facteurs séquentiels importants pour le recrutement des coraux : la livraison biophysique des larves planctoniques de coraux, leur propension à se fixer, et la disponibilité de microhabitats où elles survivent. Nous avons déployé des plaques de fixation de coraux à l'intérieur et à l'extérieur des jardins et cages de poissons perroquet Stegastes spp. L'agression des poissons perroquet a réduit l'herbivorie par les poissons, et les cages se sont encrassées de tapis d'algues, augmentant localement la biomasse d'algues entourant les plaques. Cela a réduit les taux de rinçage dans les microhabitats de nurserie sous la face inférieure de la plaque, limitant les larves disponibles pour la fixation. Les coraux spat se sont fixés préférentiellement sur une algue coralline crustacée pionnière Titanoderma prototypum, mais aussi sur ou près d'autres algues corallines, biofilms, et tubes de vers polychètes calcaires. La survie post-fixation était la plus élevée dans le traitement entièrement brouté, à la plus faible biomasse d'algues, et après 27 mois, les densités de 'spat' étaient 73 % plus élevées dans ce traitement. Le 'guépard' fait référence à la séquence de processus écologiques à travers laquelle les coraux doivent survivre pour se recruter. La plus grande proportion de coraux spat ayant réussi à courir le guépard l'a fait dans des conditions de faible biomasse d'algues résultant d'une herbivorie accrue. Si le recrutement des coraux est fortement contrôlé à très petite échelle par ce guépard, alors les gestionnaires de récifs coralliens pourraient améliorer le potentiel de recrutement d'un récif en gérant une réduction de la biomasse d'algues.",
    url = "https://doi.org/10.3354/meps08724",
    doi = "10.3354/meps08724",
    openalex = "W2049298673",
    references = "doi101146annureves17110186001421"
}

[1] Les températures en hausse causées par le réchauffement climatique peuvent entraîner des déplacements et/ou des expansions de la distribution des espèces vers les pôles. Les coraux de récif tropicaux (ci-après coraux) sont parmi les espèces les plus importantes du monde, étant non seulement des producteurs primaires, mais aussi des espèces formant des habitats, et ainsi des modifications fondamentales des écosystèmes sont attendues selon les changements de leur distribution. Bien que la plupart des études sur les effets du changement climatique sur les coraux se soient concentrées sur le blanchissement des coraux induit par la température dans les zones tropicales, des déplacements et/ou des expansions vers les pôles peuvent également se produire dans les zones tempérées. Nous montrons les premières preuves à grande échelle de l'expansion vers les pôles de la distribution des coraux modernes, basées sur 80 ans d'enregistrements nationaux des zones tempérées du Japon, où des mesures de longue durée des températures de surface de la mer in situ ont montré des hausses statistiquement significatives. Quatre catégories majeures d'espèces de coraux, y compris deux espèces clés pour la formation des récifs dans les zones tropicales, ont montré des expansions vers les pôles de leur distribution depuis les années 1930, tandis qu'aucune espèce n'a démontré de rétrécissement de la distribution vers le sud ou d'extinction locale. La vitesse de ces expansions a atteint jusqu'à 14 km/an, ce qui est bien supérieur à celle d'autres espèces. Nos résultats, combinés aux récentes découvertes suggérant des expansions de la distribution des organismes associés aux récifs de coraux tropicaux, suggèrent fortement que des modifications rapides et fondamentales des écosystèmes côtiers tempérés pourraient être en cours.

@article{doi1010292010gl046474,
    author = "Yamano, Hiroya et Sugihara, Kaoru et Nomura, Keiichi",
    title = "Expansion rapide vers les pôles de la distribution des coraux de récif tropicaux en réponse à la hausse des températures de surface de la mer",
    year = "2011",
    journal = "Geophysical Research Letters",
    abstract = "[1] Les températures en hausse causées par le réchauffement climatique peuvent entraîner des déplacements et/ou des expansions de la distribution des espèces vers les pôles. Les coraux de récif tropicaux (ci-après coraux) sont parmi les espèces les plus importantes du monde, étant non seulement des producteurs primaires, mais aussi des espèces formant des habitats, et ainsi des modifications fondamentales des écosystèmes sont attendues selon les changements de leur distribution. Bien que la plupart des études sur les effets du changement climatique sur les coraux se soient concentrées sur le blanchissement des coraux induit par la température dans les zones tropicales, des déplacements et/ou des expansions vers les pôles peuvent également se produire dans les zones tempérées. Nous montrons les premières preuves à grande échelle de l'expansion vers les pôles de la distribution des coraux modernes, basées sur 80 ans d'enregistrements nationaux des zones tempérées du Japon, où des mesures de longue durée des températures de surface de la mer in situ ont montré des hausses statistiquement significatives. Quatre catégories majeures d'espèces de coraux, y compris deux espèces clés pour la formation des récifs dans les zones tropicales, ont montré des expansions vers les pôles de leur distribution depuis les années 1930, tandis qu'aucune espèce n'a démontré de rétrécissement de la distribution vers le sud ou d'extinction locale. La vitesse de ces expansions a atteint jusqu'à 14 km/an, ce qui est bien supérieur à celle d'autres espèces. Nos résultats, combinés aux récentes découvertes suggérant des expansions de la distribution des organismes associés aux récifs de coraux tropicaux, suggèrent fortement que des modifications rapides et fondamentales des écosystèmes côtiers tempérés pourraient être en cours.",
    url = "https://doi.org/10.1029/2010gl046474",
    doi = "10.1029/2010gl046474",
    openalex = "W1638036560"
}

@article{doi101038nclimate1122,
    author = "Fabricius, Katharina et Langdon, Chris et Uthicke, Sven et Humphrey, Craig et Noonan, Sam H. C. et De'ath, Glenn et Okazaki, Remy R. et Muehllehner, Nancy et Glas, Martin S. et Lough, Janice",
    title = "Losers and winners in coral reefs acclimatized to elevated carbon dioxide concentrations",
    year = "2011",
    journal = "Nature Climate Change",
    url = "https://doi.org/10.1038/nclimate1122",
    doi = "10.1038/nclimate1122",
    openalex = "W2169558027",
    references = "doi101111j14610248201001518x, doi1025607obp1342"
}

De nombreuses réponses physiologiques des récifs coralliens actuels au changement climatique sont interprétées comme étant cohérentes avec la disparition imminente des récifs modernes à l'échelle mondiale en raison d'événements de blanchissement de masse annuels, de dissolution du carbonate et d'un temps insuffisant pour des réponses évolutives substantielles. Les nouvelles preuves de la variabilité de la réponse de la calcification corallienne à l'acidification, de la variation géographique de la susceptibilité au blanchissement et de la récupération, des réponses au changement climatique passé et des taux potentiels d'adaptation au réchauffement rapide soutiennent un scénario alternatif dans lequel la dégradation des récifs se produit avec une hétérogénéité temporelle et spatiale plus grande que celle suggérée par les projections actuelles. Réduire l'incertitude dans la projection de l'avenir des récifs coralliens nécessite une meilleure compréhension des réponses passées au changement climatique rapide ; des réponses physiologiques à des facteurs interactifs, tels que la température, l'acidification et les nutriments ; et les coûts et contraintes imposés par l'acclimatation et l'adaptation.

@article{doi101126science1204794,
    author = "Pandolfi, John M. et Connolly, Sean R. et Marshall, Dustin J. et Cohen, Anne L.",
    title = "Projecting Coral Reef Futures Under Global Warming and Ocean Acidification",
    year = "2011",
    journal = "Science",
    abstract = "De nombreuses réponses physiologiques des récifs coralliens actuels au changement climatique sont interprétées comme étant cohérentes avec la disparition imminente des récifs modernes à l'échelle mondiale en raison d'événements de blanchissement de masse annuels, de dissolution du carbonate et d'un temps insuffisant pour des réponses évolutives substantielles. Les nouvelles preuves de la variabilité de la réponse de la calcification corallienne à l'acidification, de la variation géographique de la susceptibilité au blanchissement et de la récupération, des réponses au changement climatique passé et des taux potentiels d'adaptation au réchauffement rapide soutiennent un scénario alternatif dans lequel la dégradation des récifs se produit avec une hétérogénéité temporelle et spatiale plus grande que celle suggérée par les projections actuelles. Réduire l'incertitude dans la projection de l'avenir des récifs coralliens nécessite une meilleure compréhension des réponses passées au changement climatique rapide ; des réponses physiologiques à des facteurs interactifs, tels que la température, l'acidification et les nutriments ; et les coûts et contraintes imposés par l'acclimatation et l'adaptation.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1204794",
    doi = "10.1126/science.1204794",
    openalex = "W2075421824",
    references = "doi101016jecss200809003, doi101016jgca200511032, doi101016s0169534702000447, doi101071mf99078, doi101093icb391146, doi101093icesjmsfsn048, doi101093oso97801985052350010001, doi101098rspb20063567, doi101126science1081056, doi101126science1085046, doi101126science1085706, doi101126science1152509, doi101130g30210a1, doi105670oceanog2009101"
}

Les récifs tropicaux abritent un quart à un tiers de toutes les espèces marines, mais un tiers des espèces de coraux qui construisent les récifs sont maintenant en danger d'extinction. Parce que les méthodes traditionnelles pour évaluer la diversité des récifs sont extrêmement chronophages, l'expertise taxonomique pour de nombreux groupes fait défaut, et les organismes marins sont considérés comme moins vulnérables à l'extinction, la plupart des discussions sur la conservation des récifs se concentrent sur le maintien des services écosystémiques plutôt que sur la perte de biodiversité. Dans cette étude impliquant les trois principaux océans avec croissance de récifs, nous fournissons de nouvelles estimations de la biodiversité basées sur un échantillonnage quantitatif et le codage-barcode de l'ADN. Nous nous concentrons sur les crustacés, qui sont le deuxième groupe le plus diversifié de métazoaires marins. Nous montrons un nombre exceptionnellement élevé d'espèces de crustacés associées aux récifs de coraux par rapport à l'effort d'échantillonnage (525 espèces provenant d'une zone d'échantillonnage combinée, distribuée mondialement, de 6,3 m(2)). La forte prévalence d'espèces rares (38 % rencontrées une seule fois), le faible niveau de chevauchement spatial (81 % trouvés dans une seule localité) et les modèles biogéographiques de la diversité détectés (Indo-Pacifique Ouest > Pacifique Central > Caraïbes) sont cohérents avec les résultats des méthodes d'enquête traditionnelles, rendant cette approche une méthode fiable et efficace pour évaluer et surveiller la biodiversité. La découverte d'un si grand nombre d'espèces dans une petite zone totale suggère que la diversité des récifs de coraux est sérieusement sous-détectée en utilisant les méthodes d'enquête traditionnelles, et par conséquent, sous-estimée.

@article{doi101371journalpone0025026,
    author = "Plaisance, Laetitia et Caley, M. Julian et Brainard, Russell E. et Knowlton, Nancy",
    title = "The Diversity of Coral Reefs: What Are We Missing?",
    year = "2011",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "Les récifs tropicaux abritent un quart à un tiers de toutes les espèces marines, mais un tiers des espèces de coraux qui construisent les récifs sont maintenant en danger d'extinction. Parce que les méthodes traditionnelles pour évaluer la diversité des récifs sont extrêmement chronophages, l'expertise taxonomique pour de nombreux groupes fait défaut, et les organismes marins sont considérés comme moins vulnérables à l'extinction, la plupart des discussions sur la conservation des récifs se concentrent sur le maintien des services écosystémiques plutôt que sur la perte de biodiversité. Dans cette étude impliquant les trois principaux océans avec croissance de récifs, nous fournissons de nouvelles estimations de la biodiversité basées sur un échantillonnage quantitatif et le codage-barcode de l'ADN. Nous nous concentrons sur les crustacés, qui sont le deuxième groupe le plus diversifié de métazoaires marins. Nous montrons un nombre exceptionnellement élevé d'espèces de crustacés associées aux récifs de coraux par rapport à l'effort d'échantillonnage (525 espèces provenant d'une zone d'échantillonnage combinée, distribuée mondialement, de 6,3 m(2)). La forte prévalence d'espèces rares (38 % rencontrées une seule fois), le faible niveau de chevauchement spatial (81 % trouvés dans une seule localité) et les modèles biogéographiques de la diversité détectés (Indo-Pacifique Ouest > Pacifique Central > Caraïbes) sont cohérents avec les résultats des méthodes d'enquête traditionnelles, rendant cette approche une méthode fiable et efficace pour évaluer et surveiller la biodiversité. La découverte d'un si grand nombre d'espèces dans une petite zone totale suggère que la diversité des récifs de coraux est sérieusement sous-détectée en utilisant les méthodes d'enquête traditionnelles, et par conséquent, sous-estimée.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0025026",
    doi = "10.1371/journal.pone.0025026",
    openalex = "W2129529838"
}

@article{doi101007s003380120984y,
    author = "Graham, Nicholas A. J. et Nash, Kirsty L.",
    title = "L'importance de la complexité structurelle dans les écosystèmes de récifs coralliens",
    year = "2012",
    journal = "Coral Reefs",
    url = "https://doi.org/10.1007/s00338-012-0984-y",
    doi = "10.1007/s00338-012-0984-y",
    openalex = "W2022851871",
    references = "doi101098rspb20090339, doi101126science1204794, doi1023072937124"
}

Une revue de la littérature publiée sur la sensibilité des coraux à la turbidité et à la sédimentation est présentée, avec une insistance sur les effets du dragage. Les risques et la gravité de l'impact du dragage (et d'autres perturbations sédimentaires) sur les coraux sont principalement liés à l'intensité, la durée et la fréquence de l'exposition à une turbidité et une sédimentation accrues. La sensibilité d'un récif corallien aux impacts du dragage et sa capacité à se rétablir dépendent des conditions écologiques antécédentes du récif, de sa résilience et des conditions ambiantes normalement rencontrées. Les effets du stress sédimentaire ont été jusqu'à présent étudiés chez 89 espèces de coraux (~10% de tous les coraux constructeurs de récifs connus). Les résultats de ces investigations ont fourni une compréhension générique des niveaux de tolérance, des mécanismes de réponse, des adaptations et des seuils de tolérance des coraux aux effets des perturbations sédimentaires naturelles et anthropiques. Les polypes de coraux subissent un stress dû aux fortes concentrations de sédiments en suspension et aux effets ultérieurs sur l'atténuation de la lumière qui affectent leurs symbiotes algues. Les besoins minimaux en lumière des coraux varient de 100 mg L(-1) dans les récifs côtiers marginaux. Certaines espèces individuelles de coraux peuvent tolérer une exposition à court terme (jours) à des concentrations de sédiments en suspension aussi élevées que 1000 mg L(-1), tandis que d'autres montrent une mortalité après une exposition (semaines) à des concentrations aussi faibles que 30 mg L(-1). La durée pendant laquelle les coraux peuvent survivre à des turbidités élevées varie de plusieurs jours (espèces sensibles) à au moins 5-6 semaines (espèces tolérantes). Une sédimentation accrue peut provoquer l'étouffement et l'enterrement des polypes de coraux, l'ombrage, la nécrose tissulaire et des explosions de population de bactéries dans le mucus des coraux. Les sédiments fins ont tendance à avoir des effets plus importants sur les coraux que les sédiments grossiers. La turbidité et la sédimentation réduisent également le recrutement, la survie et l'installation des larves de coraux. Les taux maximaux de sédimentation que différentes coraux peuvent tolérer varient de 400 mg cm(-2) d(-1). Les durées pendant lesquelles les coraux peuvent survivre à des taux de sédimentation élevés varient de 4 semaines de sédimentation élevée ou >14 jours d'enterrement complet) pour les espèces très tolérantes. Les hypothèses pour expliquer les différences substantielles de sensibilité entre différentes espèces de coraux incluent la forme de croissance des colonies de coraux et la taille du polype de corail ou du calice. La validité de ces hypothèses a été testée sur la base de 77 études publiées sur les effets de la turbidité et de la sédimentation sur 89 espèces de coraux. Les résultats de cette analyse révèlent une relation significative entre la sensibilité des coraux à la turbidité et à la sédimentation et la forme de croissance, mais pas avec la taille du calice. Une partie de la variation des sensibilités rapportée dans la littérature peut avoir été causée par des différences dans le type et la taille des particules des sédiments appliqués dans les expériences. La capacité de nombreux coraux (à des degrés divers) à rejeter activement les sédiments par gonflement des polypes, production de mucus, action ciliaire et tentaculaire (à un coût énergétique considérable), ainsi que la variation morphologique intraspécifique et la mobilité des coraux champignons libres, contribuent également aux différences observées. Étant donné la large gamme de niveaux de sensibilité parmi les espèces de coraux et dans les conditions de qualité de l'eau de base parmi les récifs, des critères significatifs pour limiter l'étendue et la turbidité des panaches de dragage et leurs effets sur les coraux requerront toujours des évaluations spécifiques au site, en tenant compte de l'assemblage d'espèces présent sur le site et de la variabilité naturelle de la turbidité et de la sédimentation de fond locales.

@article{doi101016jmarpolbul201205008,
    author = "Erftemeijer, P.L.A. et Riegl, Bernhard et Hoeksema, Bert W. et Todd, Peter A.",
    title = "Impacts environnementaux du dragage et d'autres perturbations sédimentaires sur les coraux : Une revue",
    year = "2012",
    journal = "Marine Pollution Bulletin",
    abstract = "Une revue de la littérature publiée sur la sensibilité des coraux à la turbidité et à la sédimentation est présentée, avec une emphase sur les effets du dragage. Les risques et la gravité des impacts du dragage (et d'autres perturbations sédimentaires) sur les coraux sont principalement liés à l'intensité, la durée et la fréquence de l'exposition à une turbidité et une sédimentation accrues. La sensibilité d'un récif corallien aux impacts du dragage et sa capacité à se rétablir dépendent des conditions écologiques antécédentes du récif, de sa résilience et des conditions ambiantes normalement rencontrées. Les effets du stress sédimentaire ont jusqu'à présent été étudiés chez 89 espèces de coraux (~ 10 % de tous les coraux constructeurs de récifs connus). Les résultats de ces investigations ont fourni une compréhension générique des niveaux de tolérance, des mécanismes de réponse, des adaptations et des niveaux de seuil des coraux face aux effets des perturbations sédimentaires naturelles et anthropiques. Les polypes de coraux subissent un stress dû aux fortes concentrations de sédiments en suspension et aux effets ultérieurs sur l'atténuation de la lumière qui affectent leurs symbiotes algues. Les besoins minimaux en lumière des coraux varient de 100 mg L(-1) dans les récifs côtiers marginaux. Certaines espèces individuelles de coraux peuvent tolérer une exposition à court terme (jours) à des concentrations de sédiments en suspension aussi élevées que 1000 mg L(-1), tandis que d'autres montrent une mortalité après une exposition (semaines) à des concentrations aussi faibles que 30 mg L(-1). La durée pendant laquelle les coraux peuvent survivre à des turbidités élevées varie de plusieurs jours (espèces sensibles) à au moins 5-6 semaines (espèces tolérantes). La sédimentation accrue peut provoquer l'étouffement et l'enterrement des polypes de coraux, l'ombrage, la nécrose tissulaire et des explosions de population de bactéries dans le mucus des coraux. Les sédiments fins ont tendance à avoir des effets plus importants sur les coraux que les sédiments grossiers. La turbidité et la sédimentation réduisent également le recrutement, la survie et l'installation des larves de coraux. Les taux maximaux de sédimentation que différents coraux peuvent tolérer varient de 400 mg cm(-2) d(-1). Les durées pendant lesquelles les coraux peuvent survivre à des taux de sédimentation élevés varient de 4 semaines de sédimentation élevée ou >14 jours d'enterrement complet) pour les espèces très tolérantes. Les hypothèses pour expliquer les différences substantielles de sensibilité entre différentes espèces de coraux incluent la forme de croissance des colonies de coraux et la taille du polype de corail ou du calice. La validité de ces hypothèses a été testée sur la base de 77 études publiées sur les effets de la turbidité et de la sédimentation sur 89 espèces de coraux. Les résultats de cette analyse révèlent une relation significative entre la sensibilité des coraux à la turbidité et à la sédimentation et la forme de croissance, mais pas avec la taille du calice. Une partie de la variation des sensibilités rapportée dans la littérature peut avoir été causée par des différences dans le type et la taille des particules des sédiments appliqués dans les expériences. La capacité de nombreux coraux (à des degrés divers) à rejeter activement les sédiments par gonflement des polypes, production de mucus, action ciliaire et tentaculaire (à un coût énergétique considérable), ainsi que la variation morphologique intraspécifique et la mobilité des coraux champignons libres, contribuent également aux différences observées. Étant donné l'large gamme de niveaux de sensibilité parmi les espèces de coraux et les conditions de qualité de l'eau de base parmi les récifs, des critères significatifs pour limiter l'étendue et la turbidité des panaches de dragage et leurs effets sur les coraux requerront toujours des évaluations spécifiques au site, en tenant compte de l'assemblage d'espèces présent sur le site et de la variabilité naturelle de la turbidité et de la sédimentation de fond locales.",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.marpolbul.2012.05.008",
    doi = "10.1016/j.marpolbul.2012.05.008",
    openalex = "W2051907680",
    references = "doi101093icb391146"
}

Dans un effort visant à obtenir de meilleurs résultats pour les populations et les écosystèmes dont elles dépendent, de nombreux gouvernements et groupes de la société civile associent les utilisateurs de ressources naturelles à des arrangements de gestion collaborative (souvent appelés gestion concertée). Cependant, peu d'études empiriques démontrent les conditions sociales et institutionnelles favorables à des résultats de gestion concertée réussis, en particulier dans les pêcheries artisanales. Ici, nous évaluons 42 arrangements de gestion concertée dans cinq pays et montrons que : (i) la gestion concertée est largement réussie pour atteindre les objectifs sociaux et écologiques ; (ii) la gestion concertée tend à bénéficier aux utilisateurs de ressources plus aisés ; (iii) la surexploitation des ressources est le plus fortement influencée par l'accès au marché et la dépendance des utilisateurs aux ressources ; et (iv) les caractéristiques institutionnelles influencent fortement les résultats relatifs aux moyens de subsistance et à la conformité, mais ont peu d'effet sur les conditions écologiques.

@article{doi101073pnas1121215109,
    author = "Cinner, Joshua E. et McClanahan, Tim R. et MacNeil, M. Aaron et Graham, Nicholas A. J. et Daw, Tim M. et Mukminin, Ahmad et Feary, David A. et Rabearisoa, Ando et Wamukota, Andrew et Jiddawi, Narriman et Campbell, Stuart et Baird, Andrew H. et Januchowski‐Hartley, Fraser A. et Hamed, Salum S. et Lahari, Rachael et Morove, Tau et Kuange, John",
    title = "Gestion concertée des systèmes socio-écologiques des récifs coralliens",
    year = "2012",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Dans un effort visant à obtenir de meilleurs résultats pour les populations et les écosystèmes dont elles dépendent, de nombreux gouvernements et groupes de la société civile associent les utilisateurs de ressources naturelles à des arrangements de gestion collaborative (souvent appelés gestion concertée). Cependant, peu d'études empiriques démontrent les conditions sociales et institutionnelles favorables à des résultats de gestion concertée réussis, en particulier dans les pêcheries artisanales. Ici, nous évaluons 42 arrangements de gestion concertée dans cinq pays et montrons que : (i) la gestion concertée est largement réussie pour atteindre les objectifs sociaux et écologiques ; (ii) la gestion concertée tend à bénéficier aux utilisateurs de ressources plus aisés ; (iii) la surexploitation des ressources est le plus fortement influencée par l'accès au marché et la dépendance des utilisateurs aux ressources ; et (iv) les caractéristiques institutionnelles influencent fortement les résultats relatifs aux moyens de subsistance et à la conformité, mais ont peu d'effet sur les conditions écologiques.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1121215109",
    doi = "10.1073/pnas.1121215109",
    openalex = "W2137332005"
}

Les récifs coralliens du monde entier sont dégradés, et la nécessité de réduire les pressions locales pour compenser les effets des pressions globales croissantes est maintenant largement reconnue. Cette étude examine les dynamiques spatiales et temporelles de la couverture de corail, identifie les principaux facteurs de mortalité des coraux et quantifie les taux de récupération potentiels du Grand Barrière de Corail. Basée sur les données de séries temporelles les plus étendues au monde sur l'état des récifs (2 258 enquêtes sur 214 récifs entre 1985 et 2012), nous montrons un déclin majeur de la couverture de corail de 28,0 % à 13,8 % (0,53 % y(-1)), soit une perte de 50,7 % de la couverture initiale de corail. Les cyclones tropicaux, la prédation des coraux par les étoiles de couronne-de-mer (COTS) et le blanchissement des coraux ont respectivement contribué à 48 %, 42 % et 10 % des pertes estimées, soit un taux de mortalité de 3,38 % y(-1). Importamment, la région septentrionale relativement vierge n'a montré aucun déclin global. Le taux estimé d'augmentation de la couverture de corail en l'absence de cyclones, de COTS et de blanchissement était de 2,85 % y(-1), démontrant une capacité substantielle de récupération des récifs. En l'absence de COTS, la couverture de corail aurait augmenté à 0,89 % y(-1), malgré les pertes continues dues aux cyclones et au blanchissement. Ainsi, la réduction des populations de COTS, en améliorant la qualité de l'eau et en développant des mesures de contrôle alternatives, pourrait empêcher un déclin supplémentaire de corail et améliorer les perspectives pour le Grand Barrière de Corail. De telles stratégies ne peuvent cependant réussir que si les conditions climatiques sont stabilisées, car les pertes dues au blanchissement et aux cyclones augmenteraient autrement.

@article{doi101073pnas1208909109,
    author = "De’ath, Glenn et Fabricius, Katharina et Sweatman, Hugh et Puotinen, Marji",
    title = "Le déclin de la couverture de corail sur le Grand Barrière de Corail sur 27 ans et ses causes",
    year = "2012",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Les récifs coralliens du monde entier sont dégradés, et la nécessité de réduire les pressions locales pour compenser les effets des pressions globales croissantes est maintenant largement reconnue. Cette étude examine les dynamiques spatiales et temporelles de la couverture de corail, identifie les principaux facteurs de mortalité des coraux et quantifie les taux de récupération potentiels du Grand Barrière de Corail. Basée sur les données de séries temporelles les plus étendues au monde sur l'état des récifs (2 258 enquêtes sur 214 récifs entre 1985 et 2012), nous montrons un déclin majeur de la couverture de corail de 28,0\% à 13,8\% (0,53\% y(-1)), soit une perte de 50,7\% de la couverture initiale de corail. Les cyclones tropicaux, la prédation des coraux par les étoiles de couronne-de-mer (COTS) et le blanchissement des coraux ont respectivement contribué à 48\%, 42\% et 10\% des pertes estimées, soit un taux de mortalité de 3,38\% y(-1). Importamment, la région septentrionale relativement vierge n'a montré aucun déclin global. Le taux estimé d'augmentation de la couverture de corail en l'absence de cyclones, de COTS et de blanchissement était de 2,85\% y(-1), démontrant une capacité substantielle de récupération des récifs. En l'absence de COTS, la couverture de corail aurait augmenté à 0,89\% y(-1), malgré les pertes continues dues aux cyclones et au blanchissement. Ainsi, la réduction des populations de COTS, en améliorant la qualité de l'eau et en développant des mesures de contrôle alternatives, pourrait empêcher un déclin supplémentaire de corail et améliorer les perspectives pour le Grand Barrière de Corail. De telles stratégies ne peuvent cependant réussir que si les conditions climatiques sont stabilisées, car les pertes dues au blanchissement et aux cyclones augmenteraient autrement.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1208909109",
    doi = "10.1073/pnas.1208909109",
    openalex = "W2069864946",
    references = "doi10100797894017328402, doi101371journalpone0000711"
}

La classification des traits biologiques des organismes peut tester les cadres conceptuels des stratégies d'histoire de vie et permettre de prédire comment différentes espèces peuvent répondre aux perturbations environnementales. Nous appliquons une approche de classification basée sur les traits à un groupe complexe et menacé d'espèces, les coraux scléractiniens. En utilisant des analyses de clustering hiérarchique et de forêts aléatoires, nous identifions jusqu'à quatre stratégies d'histoire de vie qui semblent globalement cohérentes chez 143 espèces de coraux de récif : des taxons compétitifs, rudéraux, tolérants au stress et généralistes, qui sont principalement séparés par la morphologie des colonies, le taux de croissance et le mode de reproduction. Les changements documentés vers des espèces tolérantes au stress, généralistes et rudérales dans les communautés de coraux de récif sont cohérents avec les réponses attendues de ces stratégies d'histoire de vie. Notre approche quantitative basée sur les traits pour classifier les stratégies d'histoire de vie est objective, applicable à tout taxon et un outil puissant qui peut être utilisé pour évaluer les théories de l'écologie des communautés et prédire l'impact des stress environnementaux et anthropiques sur les assemblages d'espèces.

@article{doi101111j14610248201201861x,
    author = "Darling, Emily S. et Álvarez‐Filip, Lorenzo et Oliver, Thomas A. et McClanahan, Tim R. et Côté, Isabelle M.",
    title = "Évaluation des stratégies d'histoire de vie des coraux de récif à partir des traits des espèces",
    year = "2012",
    journal = "Ecology Letters",
    abstract = "La classification des traits biologiques des organismes peut tester les cadres conceptuels des stratégies d'histoire de vie et permettre de prédire comment différentes espèces peuvent répondre aux perturbations environnementales. Nous appliquons une approche de classification basée sur les traits à un groupe complexe et menacé d'espèces, les coraux scléractiniens. En utilisant des analyses de clustering hiérarchique et de forêts aléatoires, nous identifions jusqu'à quatre stratégies d'histoire de vie qui semblent globalement cohérentes chez 143 espèces de coraux de récif : des taxons compétitifs, rudéraux, tolérants au stress et généralistes, qui sont principalement séparés par la morphologie des colonies, le taux de croissance et le mode de reproduction. Les changements documentés vers des espèces tolérantes au stress, généralistes et rudérales dans les communautés de coraux de récif sont cohérents avec les réponses attendues de ces stratégies d'histoire de vie. Notre approche quantitative basée sur les traits pour classifier les stratégies d'histoire de vie est objective, applicable à tout taxon et un outil puissant qui peut être utilisé pour évaluer les théories de l'écologie des communautés et prédire l'impact des stress environnementaux et anthropiques sur les assemblages d'espèces.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1461-0248.2012.01861.x",
    doi = "10.1111/j.1461-0248.2012.01861.x",
    openalex = "W2091692960",
    references = "doi101098rspb20090339, doi101111j13652664201102048x"
}

La persistance des structures carbonatées sur les récifs coralliens est essentielle pour fournir des habitats à un grand nombre d'espèces et maintenir la biodiversité extraordinaire associée à ces écosystèmes. En conséquence de l'acidification des océans (AO), la capacité des organismes marins calcifiants à produire du carbonate de calcium (CaCO(3)) et leur taux de production de CaCO(3) pourraient diminuer, tandis que les taux de bioérosion et de dissolution du CaCO(3) pourraient augmenter, entraînant une transition d'une condition de nette accumulation à une condition de nette érosion. Cela aurait des conséquences négatives pour le rôle et la fonction des récifs coralliens et les services écosystémiques qu'ils fournissent aux communautés humaines dépendantes. Dans cet article, nous passons en revue les estimations de la bioérosion, de la dissolution du CaCO(3) et de la calcification nette des écosystèmes (NEC) et la manière dont ces processus évolueront en réponse à l'AO. De plus, nous évaluons de manière critique les relations observées entre la NEC et l'état de saturation en aragonite de l'eau de mer (Ω(a)). Enfin, nous proposons que des taux de NEC standardisés combinés aux changements observés dans les ratios de carbone inorganique dissous à l'alcalinité totale dus au métabolisme net du récif puissent fournir un outil biogéochimique pour surveiller les effets de l'AO dans les environnements de récifs coralliens.

@article{doi101146annurevmarine121211172241,
    author = "Andersson, Andreas J. et Gledhill, D. K.",
    title = "Acidification des océans et récifs coralliens : Effets sur la dégradation, la dissolution et la calcification nette des écosystèmes",
    year = "2012",
    journal = "Annual Review of Marine Science",
    abstract = "La persistance des structures carbonatées sur les récifs coralliens est essentielle pour fournir des habitats à un grand nombre d'espèces et maintenir la biodiversité extraordinaire associée à ces écosystèmes. En conséquence de l'acidification des océans (AO), la capacité des organismes marins calcifiants à produire du carbonate de calcium (CaCO(3)) et leur taux de production de CaCO(3) pourraient diminuer, tandis que les taux de bioérosion et de dissolution du CaCO(3) pourraient augmenter, entraînant une transition d'une condition de nette accumulation à une condition de nette érosion. Cela aurait des conséquences négatives pour le rôle et la fonction des récifs coralliens et les services écosystémiques qu'ils fournissent aux communautés humaines dépendantes. Dans cet article, nous passons en revue les estimations de la bioérosion, de la dissolution du CaCO(3) et de la calcification nette des écosystèmes (NEC) et la manière dont ces processus évolueront en réponse à l'AO. De plus, nous évaluons de manière critique les relations observées entre la NEC et l'état de saturation en aragonite de l'eau de mer (Ω(a)). Enfin, nous proposons que des taux de NEC standardisés combinés aux changements observés dans les ratios de carbone inorganique dissous à l'alcalinité totale dus au métabolisme net du récif puissent fournir un outil biogéochimique pour surveiller les effets de l'AO dans les environnements de récifs coralliens.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev-marine-121211-172241",
    doi = "10.1146/annurev-marine-121211-172241",
    openalex = "W2131106625",
    references = "chave1972carbonate, doi101016s0012825201000836, doi101126science1944268937"
}

La restauration des récifs coralliens a gagné en popularité récemment en réponse à la baisse constante des coraux et à la reconnaissance que les récifs coralliens ne peuvent peut-être pas se rétablir naturellement sans intervention humaine. Pour synthétiser les connaissances collectives sur la restauration des récifs, axée particulièrement sur le genre menacé Acropora dans les Caraïbes et l'Atlantique occidental, nous avons mené une revue de littérature combinée à des communications personnelles avec des praticiens de la restauration et un questionnaire en ligne pour identifier les méthodes de restauration des récifs les plus efficaces et les principaux obstacles entravant le succès de la restauration. La plupart des participants (90 %) croient fermement que les populations d'Acropora sont gravement dégradées, continuent de décliner et ne peuvent pas se rétablir sans intervention humaine. Les méthodes à faible coût telles que le jardinage de coraux et la stabilisation des fragments ont été classées comme les activités de restauration les plus efficaces pour ce genre. Les coûts financiers élevés, la petite empreinte des activités de restauration et les dommages potentiels aux populations sauvages ont été identifiés comme des préoccupations majeures, tandis que la sensibilisation et l'éducation accrues du public ont été classées comme les plus grands avantages de la restauration des récifs coralliens. Cette étude met en évidence les avantages et délimite les préoccupations associées à la restauration des récifs coralliens et crée une synthèse unique des activités de restauration des coraux en tant qu'outil de gestion complémentaire pour aider à guider les meilleures pratiques pour les futurs efforts de restauration dans toute la région.

@article{doi105343bms20111143,
    author = "Young, C. et Schopmeyer, Stephanie et Lirman, Diego",
    title = "A Review of Reef Restoration and Coral Propagation Using the Threatened Genus Acropora in the Caribbean and Western Atlantic",
    year = "2012",
    journal = "Bulletin of Marine Science",
    abstract = "La restauration des récifs coralliens a gagné en popularité récemment en réponse à la baisse constante des coraux et à la reconnaissance que les récifs coralliens ne peuvent peut-être pas se rétablir naturellement sans intervention humaine. Pour synthétiser les connaissances collectives sur la restauration des récifs, axée particulièrement sur le genre menacé Acropora dans les Caraïbes et l'Atlantique occidental, nous avons mené une revue de littérature combinée à des communications personnelles avec des praticiens de la restauration et un questionnaire en ligne pour identifier les méthodes de restauration des récifs les plus efficaces et les principaux obstacles entravant le succès de la restauration. La plupart des participants (90 %) croient fermement que les populations d'Acropora sont gravement dégradées, continuent de décliner et ne peuvent pas se rétablir sans intervention humaine. Les méthodes à faible coût telles que le jardinage de coraux et la stabilisation des fragments ont été classées comme les activités de restauration les plus efficaces pour ce genre. Les coûts financiers élevés, la petite empreinte des activités de restauration et les dommages potentiels aux populations sauvages ont été identifiés comme des préoccupations majeures, tandis que la sensibilisation et l'éducation accrues du public ont été classées comme les plus grands avantages de la restauration des récifs coralliens. Cette étude met en évidence les avantages et délimite les préoccupations associées à la restauration des récifs coralliens et crée une synthèse unique des activités de restauration des coraux en tant qu'outil de gestion complémentaire pour aider à guider les meilleures pratiques pour les futurs efforts de restauration dans toute la région.",
    url = "https://doi.org/10.5343/bms.2011.1143",
    doi = "10.5343/bms.2011.1143",
    openalex = "W2057524613"
}

[Extrait de l'Avant-propos] Le 12e Symposium international sur les récifs coralliens (ICRS 2012), tenu à Cairns, Queensland, Australie, du 9 au 13 juillet 2012, a réuni près de 2000 délégués. Le programme comprenait plus de 1500 conférences et affiches. Nous sommes heureux de présenter les Actes, qui contiennent près de 200 contributions de scientifiques du monde entier issues du Symposium. Les Actes couvrent un large spectre de la science des récifs coralliens et démontrent une expansion croissante des sciences biologiques et de la Terre vers des disciplines non traditionnelles, notamment les sciences sociales et l'économie. La tendance observée lors des Symposiums ICRS précédents, vers une plus grande contribution des domaines de la planification et de la gestion de la conservation, s'est poursuivie à Cairns en 2012. Le Symposium a également inclus une attention accrue sur le changement climatique et l'acidification des océans, ainsi que sur les questions de gestion et de gouvernance des récifs, y compris l'Initiative du Triangle de corail. Pour la première fois dans l'histoire des Symposiums ICRS, les organisateurs de la réunion ont invité la soumission de manuscrits pour examen par les pairs avant le Symposium afin que les délégués puissent recevoir les Actes lors de leur arrivée au Symposium. Nous espérons que les avantages d'une publication rapide permettront une diffusion rapide des dernières percées dans la science des récifs coralliens et stimuleront d'autres avancées dans les connaissances nécessaires au maintien des récifs coralliens du monde. Un avantage supplémentaire de la publication rapide est celui de placer immédiatement les Actes en ligne sur le site web de l'ICRS 2012 (http://www.icrs2012.com/), où ils sont librement accessibles à un public mondial. Le site web du Symposium archivera également de nombreux autres résultats de l'ICRS 2012, y compris des enregistrements vidéo des conférences plénières. Nous remercions le WorldFish Center de Penang, en Malaisie, d'avoir accepté de télécharger les Actes de l'ICRS 2012 sur ReefBase (http://www.reefbase.org) ainsi que les Symposiums ICRS précédents.

@book{openalexw171744082,
    author = "Yellowlees, David et Hughes, Terry P.",
    title = "Proceedings of the 12th International Coral Reef Symposium",
    year = "2012",
    booktitle = "ResearchOnline at James Cook University (James Cook University)",
    abstract = "[Extrait de l'Avant-propos] Le 12e Symposium international sur les récifs coralliens (ICRS 2012), tenu à Cairns, Queensland, Australie, du 9 au 13 juillet 2012, a réuni près de 2000 délégués. Le programme comprenait plus de 1500 conférences et affiches. Nous sommes heureux de présenter les Actes, qui contiennent près de 200 contributions de scientifiques du monde entier issues du Symposium. Les Actes couvrent un large spectre de la science des récifs coralliens et démontrent une expansion croissante des sciences biologiques et de la Terre vers des disciplines non traditionnelles, notamment les sciences sociales et l'économie. La tendance observée lors des Symposiums ICRS précédents, vers une plus grande contribution des domaines de la planification et de la gestion de la conservation, s'est poursuivie à Cairns en 2012. Le Symposium a également inclus une attention accrue sur le changement climatique et l'acidification des océans, ainsi que sur les questions de gestion et de gouvernance des récifs, y compris l'Initiative du Triangle de corail. Pour la première fois dans l'histoire des Symposiums ICRS, les organisateurs de la réunion ont invité la soumission de manuscrits pour examen par les pairs avant le Symposium afin que les délégués puissent recevoir les Actes lors de leur arrivée au Symposium. Nous espérons que les avantages d'une publication rapide permettront une diffusion rapide des dernières percées dans la science des récifs coralliens et stimuleront d'autres avancées dans les connaissances nécessaires au maintien des récifs coralliens du monde. Un avantage supplémentaire de la publication rapide est celui de placer immédiatement les Actes en ligne sur le site web de l'ICRS 2012 (http://www.icrs2012.com/), où ils sont librement accessibles à un public mondial. Le site web du Symposium archivera également de nombreux autres résultats de l'ICRS 2012, y compris des enregistrements vidéo des conférences plénières. Nous remercions le WorldFish Center de Penang, en Malaisie, d'avoir accepté de télécharger les Actes de l'ICRS 2012 sur ReefBase (http://www.reefbase.org) ainsi que les Symposiums ICRS précédents.",
    openalex = "W171744082"
}

Les récifs coralliens sont des écosystèmes complexes et dynamiques se produisant sur une gamme d'échelles spatiales et temporelles. Ils fournissent une gamme de biens et de services à l'humanité, y compris la protection des côtes et le soutien d'une grande partie de la vie marine. La valeur des récifs coralliens illustre la nécessité d'évaluer empiriquement les interactions complexes qui s'y produisent afin de gérer efficacement ces systèmes à la lumière du changement climatique induit par l'activité humaine. Cette étude porte sur le système récifal de l'île Lizard, situé dans la lagune nord du Grand Barrière de Corail, en Australie. La production de carbonates est un processus important qui sous-tend le développement des récifs et la sécurité des îles. L'énergie des vagues est l'un des processus physiques les plus importants influençant la production de carbonates des récifs coralliens en renouvelant les nutriments autour du système et en éliminant les déchets métaboliques. D'autres fonctions importantes incluent la décomposition mécanique et le transport du carbonate de calcium. La relation empirique entre la production de carbonates et l'énergie des vagues n'a pas été abordée dans la littérature actuelle et mérite une investigation approfondie. L'objectif de cette thèse était d'utiliser une approche géospatiale unique pour combiner des observations de terrain in situ, la télédétection et des techniques de modélisation afin de développer un modèle de distribution spatialement continu de la production de carbonate de calcium des récifs coralliens et d'évaluer empiriquement sa relation avec un modèle spatialement continu de l'énergie des vagues. Des méthodes basées sur les recensements et des échantillons vidéo ont été utilisés pour quantifier la production de carbonates en utilisant des taux de production de carbonates publiés de divers organismes benthiques. Les modèles benthiques individuels des composants producteurs de carbonates comprenaient le corail vivant, le sable carbonaté, les macroalgues calcifiées vertes et les algues calcifiées encroûtantes. L'analyse de régression a utilisé des substituts dérivés d'un modèle d'élévation numérique du fond marin et d'images satellites de Worldview-2 pour prédire la distribution de chaque composant. Le modèle de production de carbonates spatialement continu était le résultat combiné de chaque couche de composant benthique, en utilisant leurs taux de production de carbonates respectifs comme pondération. La comparaison des ensembles de données de production de carbonates et d'énergie des vagues a été effectuée en utilisant des techniques globales et une série de transects traversant l'ensemble de la plateforme récifale. Les résultats suggèrent que la production de carbonates augmente avec l'énergie des vagues. Cependant, les comparaisons de transects suggèrent qu'un seuil de production de carbonates se produit lorsque l'énergie des vagues dépasse 300 J/m2. Ces résultats empiriques approfondissent la compréhension scientifique des écosystèmes de récifs coralliens et peuvent être intégrés dans des modèles environnementaux pour prédire les impacts de l'augmentation de l'énergie des vagues sur le développement des récifs et des îles en raison du changement climatique rapide.

@article{openalexw2165625223,
    author = "Pescud, Alexander",
    title = "Évaluation empirique de la relation entre la production de carbonate de calcium des récifs coralliens et l'énergie des vagues utilisant des techniques géospatiales à Lizard Island, Great Barrier Reef, Australie",
    year = "2012",
    journal = "Research Online (University of Wollongong)",
    abstract = "Les récifs coralliens sont des écosystèmes complexes et dynamiques se produisant sur une gamme d'échelles spatiales et temporelles. Ils fournissent une gamme de biens et de services à l'humanité, y compris la protection des côtes et soutiennent une grande partie de la vie marine. La valeur des récifs coralliens illustre la nécessité d'évaluer empiriquement les interactions complexes qui s'y produisent pour gérer efficacement ces systèmes à la lumière du changement climatique induit par l'activité humaine. Cette étude porte sur le système de récif corallien de l'île Lizard, situé dans la lagune nord du Great Barrier Reef, en Australie. La production de carbonate est un processus important qui sous-tend le développement des récifs et la sécurité des îles. L'énergie des vagues est l'un des processus physiques les plus importants influençant la production de carbonate des récifs coralliens en renouvelant les nutriments autour du système et en éliminant les déchets métaboliques. D'autres fonctions importantes incluent la décomposition mécanique et le transport du carbonate de calcium. La relation empirique entre la production de carbonate et l'énergie des vagues n'a pas été abordée dans la littérature actuelle et mérite une investigation complète. L'objectif de cette thèse était d'employer une approche géospatiale unique pour combiner des observations de terrain in situ, la télédétection et les techniques de modélisation afin de développer un modèle de distribution spatialement continu de la production de carbonate de calcium des récifs coralliens et d'évaluer empiriquement sa relation contre un modèle spatialement continu de l'énergie des vagues. Des méthodes basées sur le recensement et des échantillons vidéo ont été utilisés pour quantifier la production de carbonate en utilisant les taux de production de carbonate publiés de divers organismes benthiques. Les modèles benthiques individuels des composants producteurs de carbonate comprenaient le corail vivant, le sable carbonaté, les macroalgues calcaires vertes et les algues calcifiées encroûtantes. L'analyse de régression a utilisé des substituts dérivés d'un modèle d'élévation numérique du fond marin et d'images satellites de Worldview-2 pour prédire la distribution de chaque composant. Le modèle de production de carbonate spatialement continu était le résultat combiné de chaque couche de composant benthique, en utilisant leurs taux de production de carbonate respectifs comme poids. La comparaison des ensembles de données de production de carbonate et d'énergie des vagues a été effectuée en utilisant des techniques globales et une série de transects traversant l'ensemble de la plateforme du récif. Les résultats suggèrent que la production de carbonate augmente avec l'énergie des vagues. Cependant, les comparaisons de transects suggèrent qu'un seuil de production de carbonate se produit lorsque l'énergie des vagues dépasse 300 J/m2. Ces résultats empiriques approfondissent la compréhension scientifique des écosystèmes de récifs coralliens et peuvent être intégrés dans des modèles environnementaux pour prédire les impacts de l'augmentation de l'énergie des vagues sur le développement des récifs et des îles en raison du changement climatique rapide.",
    url = "https://openalex.org/W2165625223",
    openalex = "W2165625223",
    references = "doi101016s0304380000003549, doi101073pnas1208909109, doi10108001621459197610480949, doi101126science1152509, doi101126science2845411118, doi102307143141, doi1023072333282, openalexw1606936601, openalexw2764433274, openalexw2939474406"
}

Les détériorations à l'échelle mondiale de la santé des récifs coralliens ont provoqué des changements majeurs dans la composition des espèces. Une conséquence projetée est une baisse des taux de production de carbonate des récifs, ce qui pourrait compromettre la croissance des récifs, nuire à la fonctionnalité de l'écosystème et entraîner in fine une érosion nette des récifs. Ici, en utilisant des mesures de la production brute et nette de carbonate et de l'érosion provenant de 19 récifs des Caraïbes, nous montrons que les taux actuels de production de carbonate sont désormais nettement inférieurs aux valeurs historiques (milieu à fin du Holocène). En moyenne, les taux de production actuels sont réduits d'au moins 50 %, et 37 % des sites enquêtés subissent une érosion nette. Les taux d'accrétion calculés (mm année(-1)) pour les habitats de fore-récif peu profonds sont également d'un ordre de grandeur inférieur à la moyenne du Holocène. Un seuil de couverture de corail vivant d'environ 10 % semble critique pour maintenir des états de production positifs. En dessous de ce seuil écologique, les budgets de carbone deviennent généralement nets négatifs et menacent l'accrétion des récifs. Collectivement, ces données suggèrent que les déclins écologiques récents suppriment désormais le potentiel de croissance des récifs des Caraïbes.

@article{doi101038ncomms2409,
    author = "Perry, Chris T. et Murphy, Gary N. et Kench, Paul S. et Smithers, S et Edinger, Evan et Steneck, Robert S. et Mumby, Peter J.",
    title = "Déclin à l'échelle des Caraïbes de la production de carbonate menace la croissance des récifs coralliens",
    year = "2013",
    journal = "Nature Communications",
    abstract = "Les détériorations à l'échelle mondiale de la santé des récifs coralliens ont provoqué des changements majeurs dans la composition des espèces. Une conséquence projetée est une baisse des taux de production de carbonate des récifs, ce qui pourrait compromettre la croissance des récifs, nuire à la fonctionnalité de l'écosystème et entraîner in fine une érosion nette des récifs. Ici, en utilisant des mesures de la production brute et nette de carbonate et de l'érosion provenant de 19 récifs des Caraïbes, nous montrons que les taux actuels de production de carbonate sont désormais nettement inférieurs aux valeurs historiques (milieu à fin du Holocène). En moyenne, les taux de production actuels sont réduits d'au moins 50\%, et 37\% des sites enquêtés subissent une érosion nette. Les taux d'accrétion calculés (mm année(-1)) pour les habitats de fore-récif peu profonds sont également d'un ordre de grandeur inférieur à la moyenne du Holocène. Un seuil de couverture de corail vivant d'environ \textasciitilde 10\% semble critique pour maintenir des états de production positifs. En dessous de ce seuil écologique, les budgets de carbone deviennent généralement nets négatifs et menacent l'accrétion des récifs. Collectivement, ces données suggèrent que les déclins écologiques récents suppriment désormais le potentiel de croissance des récifs des Caraïbes.",
    url = "https://doi.org/10.1038/ncomms2409",
    doi = "10.1038/ncomms2409",
    openalex = "W2047295906",
    references = "doi1010079780387874586, doi1010079781441903181, doi101016jecss200809003, doi101038nature02691, doi101038ngeo202, doi101098rspb20090339, doi101126science1086050, doi101126science1152509, doi101198tech2001s574, doi101371journalpone0000711"
}

Les récentes avancées dans les technologies de séquençage de l'ADN permettent désormais une caractérisation approfondie des réponses au stress génomique de nombreux organismes au-delà des taxons modèles. Elles sont particulièrement appropriées pour des organismes tels que les coraux constructeurs de récifs, dont les déclins dramatiques en abondance sont susceptibles de s'aggraver à mesure que le changement climatique anthropique s'intensifie. Les différents coraux diffèrent considérablement en termes de résilience physiologique au stress environnemental, mais les mécanismes moléculaires à l'origine de la résilience accrue des coraux restent mal compris. Ici, nous comparons l'expression génique à l'échelle du transcriptome (via RNA-Seq utilisant le séquençage Illumina) entre des coraux conspécifiques thermosensibles et thermorésilients afin d'identifier les voies moléculaires contribuant à la résilience des coraux. Sous un stress de blanchissement simulé, les coraux sensibles et résilients modifient l'expression de centaines de gènes, mais les coraux résilients présentaient une expression plus élevée dans des conditions de contrôle pour 60 de ces gènes. Ces transcrits « frontloaded » (chargés en amont) étaient moins surexprimés chez les coraux résilients lors du stress thermique et incluaient des gènes de tolérance thermique tels que les protéines de choc thermique et les enzymes antioxydantes, ainsi qu'un large éventail de gènes impliqués dans la régulation de l'apoptose, la suppression tumorale, la réponse immunitaire innée et l'adhésion cellulaire. Nous proposons que le frontloading constitutif permet à un individu de maintenir sa résilience physiologique face à un stress environnemental fréquemment rencontré, une idée qui présente de fortes parallèles dans des systèmes modèles tels que la levure. Notre étude fournit une vue d'ensemble large des processus cellulaires fondamentaux responsables des tolérances accrues au stress qui pourraient permettre à certains organismes de mieux persister dans le futur à l'ère du changement climatique mondial.

@article{doi101073pnas1210224110,
    author = "Barshis, Daniel J. et Ladner, Jason T. et Oliver, Thomas A. et Seneca, François et Traylor‐Knowles, Nikki et Palumbi, Stephen R.",
    title = "Fondements génomiques de la résilience des coraux face au changement climatique",
    year = "2013",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = {Les récentes avancées dans les technologies de séquençage de l'ADN permettent désormais une caractérisation approfondie des réponses au stress génomique de nombreux organismes au-delà des taxons modèles. Elles sont particulièrement appropriées pour des organismes tels que les coraux constructeurs de récifs, dont les déclins dramatiques en abondance sont susceptibles de s'aggraver à mesure que le changement climatique anthropique s'intensifie. Les différents coraux diffèrent considérablement en termes de résilience physiologique au stress environnemental, mais les mécanismes moléculaires à l'origine de la résilience accrue des coraux restent mal compris. Ici, nous comparons l'expression génique à l'échelle du transcriptome (via RNA-Seq utilisant le séquençage Illumina) entre des coraux conspécifiques thermosensibles et thermorésilients afin d'identifier les voies moléculaires contribuant à la résilience des coraux. Sous un stress de blanchissement simulé, les coraux sensibles et résilients modifient l'expression de centaines de gènes, mais les coraux résilients présentaient une expression plus élevée dans des conditions de contrôle pour 60 de ces gènes. Ces transcrits « frontloaded » (chargés en amont) étaient moins surexprimés chez les coraux résilients lors du stress thermique et incluaient des gènes de tolérance thermique tels que les protéines de choc thermique et les enzymes antioxydantes, ainsi qu'un large éventail de gènes impliqués dans la régulation de l'apoptose, la suppression tumorale, la réponse immunitaire innée et l'adhésion cellulaire. Nous proposons que le frontloading constitutif permet à un individu de maintenir sa résilience physiologique face à un stress environnemental fréquemment rencontré, une idée qui présente de fortes parallèles dans des systèmes modèles tels que la levure. Notre étude fournit une vue d'ensemble large des processus cellulaires fondamentaux responsables des tolérances accrues au stress qui pourraient permettre à certains organismes de mieux persister dans le futur à l'ère du changement climatique mondial.},
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1210224110",
    doi = "10.1073/pnas.1210224110",
    openalex = "W2145335031",
    references = "doi101126science1204794"
}

La récupération des récifs coralliens suite à une perturbation majeure est supposée dépendre de l'arrivée de propagules depuis des récifs voisins non perturbés. Par conséquent, les récifs isolés par la distance ou les courants sont considérés comme hautement vulnérables aux perturbations catastrophiques. Nous avons constaté que sur un système de récif isolé dans le nord de l'Australie-Occidentale, la couverture corallienne a augmenté de 9 % à 44 % dans les 12 ans suivant un événement de blanchissement corallien, malgré une réduction de 94 % de l'apport larvaire pendant 6 ans après le blanchissement. L'augmentation initiale de la couverture corallienne est le résultat de taux élevés de croissance et de survie des colonies résiduelles, suivis d'une augmentation rapide du recrutement juvénile à mesure que les colonies mûrissent. Nous montrons que les récifs isolés peuvent se rétablir après une perturbation majeure, et que les avantages de leur isolement face aux pressions anthropiques chroniques peuvent surpasser les coûts d'une connectivité limitée.

@article{doi101126science1232310,
    author = "Gilmour, James et Smith, Luke et Heyward, Andrew et Baird, Andrew H. et Pratchett, Morgan S.",
    title = "Recovery of an Isolated Coral Reef System Following Severe Disturbance",
    year = "2013",
    journal = "Science",
    abstract = "La récupération des récifs coralliens suite à une perturbation majeure est supposée dépendre de l'arrivée de propagules depuis des récifs voisins non perturbés. Par conséquent, les récifs isolés par la distance ou les courants sont considérés comme hautement vulnérables aux perturbations catastrophiques. Nous avons constaté que sur un système de récif isolé dans le nord de l'Australie-Occidentale, la couverture corallienne a augmenté de 9\% à 44\% dans les 12 ans suivant un événement de blanchissement corallien, malgré une réduction de 94\% de l'apport larvaire pendant 6 ans après le blanchissement. L'augmentation initiale de la couverture corallienne est le résultat de taux élevés de croissance et de survie des colonies résiduelles, suivis d'une augmentation rapide du recrutement juvénile à mesure que les colonies mûrissent. Nous montrons que les récifs isolés peuvent se rétablir après une perturbation majeure, et que les avantages de leur isolement face aux pressions anthropiques chroniques peuvent surpasser les coûts d'une connectivité limitée.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1232310",
    doi = "10.1126/science.1232310",
    openalex = "W2049337196"
}

Les zones côtières du monde connaissent un développement rapide et une augmentation des tempêtes et des inondations. Ces dangers exposent les communautés côtières à des risques accrus, qui peuvent augmenter avec la perte d'habitat. Ici, nous analysons à l'échelle mondiale le rôle et l'efficacité économique des récifs coralliens dans la réduction des risques. Les méta-analyses révèlent que les récifs coralliens offrent une protection substantielle contre les dangers naturels en réduisant l'énergie des vagues en moyenne de 97 %. Les crêtes des récifs dissipent seules la majeure partie de cette énergie (86 %). Cent millions de personnes ou plus peuvent bénéficier de la réduction des risques grâce aux récifs ou supporter les coûts de mitigation des dangers et d'adaptation si les récifs se dégradent. Nous montrons que les récifs coralliens peuvent offrir des avantages comparables en termes d'atténuation des vagues aux défenses artificielles telles que les brise-lames, et que les défenses des récifs peuvent être améliorées de manière économiquement efficace. Les récifs font face à des menaces croissantes, mais il existe une opportunité d'orienter les investissements d'adaptation et de mitigation des dangers vers la restauration des récifs pour renforcer cette première ligne de défense côtière.

@article{doi101038ncomms4794,
    author = "Ferrario, Filippo et Beck, Michael W. et Storlazzi, Curt D. et Micheli, Fiorenza et Shepard, Christine C. et Airoldi, Laura",
    title = "The effectiveness of coral reefs for coastal hazard risk reduction and adaptation",
    year = "2014",
    journal = "Nature Communications",
    abstract = "Les zones côtières du monde connaissent un développement rapide et une augmentation des tempêtes et des inondations. Ces dangers exposent les communautés côtières à des risques accrus, qui peuvent augmenter avec la perte d'habitat. Ici, nous analysons à l'échelle mondiale le rôle et l'efficacité économique des récifs coralliens dans la réduction des risques. Les méta-analyses révèlent que les récifs coralliens offrent une protection substantielle contre les dangers naturels en réduisant l'énergie des vagues en moyenne de 97 %. Les crêtes des récifs dissipent seules la majeure partie de cette énergie (86 %). Cent millions de personnes ou plus peuvent bénéficier de la réduction des risques grâce aux récifs ou supporter les coûts de mitigation des dangers et d'adaptation si les récifs se dégradent. Nous montrons que les récifs coralliens peuvent offrir des avantages comparables en termes d'atténuation des vagues aux défenses artificielles telles que les brise-lames, et que les défenses des récifs peuvent être améliorées de manière économiquement efficace. Les récifs font face à des menaces croissantes, mais il existe une opportunité d'orienter les investissements d'adaptation et de mitigation des dangers vers la restauration des récifs pour renforcer cette première ligne de défense côtière.",
    url = "https://doi.org/10.1038/ncomms4794",
    doi = "10.1038/ncomms4794",
    openalex = "W2107960291",
    references = "doi101098rspb20090339, doi101126science1204794"
}

Résumé Les émissions mondiales de carbone continuent d'acidifier les océans, suscitant une préoccupation croissante quant à la capacité des récifs coralliens à maintenir des taux de calcification nette positive. Les efforts visant à établir des relations robustes entre la calcification des récifs coralliens et les paramètres carbonatés tels que l'état de saturation en aragonite (Ω arag) visent à faciliter des prévisions significatives de l'évolution de la calcification des récifs face à l'acidification des océans. Ici, nous étudions les tendances naturelles de la chimie du carbone d'une plateforme de récif corallien sur des cycles diurnes et mettons en relation ces tendances avec les flux de carbone benthiques en quantifiant la calcification nette de la communauté et la production nette de la communauté. Nous constatons que, malgré une dépendance apparente de la calcification vis-à-vis de Ω arag observée dans une relation simple par paires, si l'on prend en compte la dépendance de la calcification nette vis-à-vis de la photosynthèse nette, la connaissance de Ω arag n'apporte pas de valeur explicative substantielle. Cela suggère que, sur de courtes échelles de temps, le contrôle de Ω arag sur la calcification nette est faible par rapport aux facteurs régissant la photosynthèse nette.

@article{doi1010022015gl063488,
    author = "Albright, Rebecca et Benthuysen, Jessica A. et Cantin, Neal E. et Caldeira, Ken et Anthony, Kenneth R. N.",
    title = "Métabolisme des récifs coralliens et dynamique de la chimie du carbone d'une plateforme de récif corallien",
    year = "2015",
    journal = "Geophysical Research Letters",
    abstract = "Résumé Les émissions mondiales de carbone continuent d'acidifier les océans, suscitant une préoccupation croissante quant à la capacité des récifs coralliens à maintenir des taux de calcification nette positive. Les efforts visant à établir des relations robustes entre la calcification des récifs coralliens et les paramètres carbonatés tels que l'état de saturation en aragonite (Ω arag) visent à faciliter des prévisions significatives de l'évolution de la calcification des récifs face à l'acidification des océans. Ici, nous étudions les tendances naturelles de la chimie du carbone d'une plateforme de récif corallien sur des cycles diurnes et mettons en relation ces tendances avec les flux de carbone benthiques en quantifiant la calcification nette de la communauté et la production nette de la communauté. Nous constatons que, malgré une dépendance apparente de la calcification vis-à-vis de Ω arag observée dans une relation simple par paires, si l'on prend en compte la dépendance de la calcification nette vis-à-vis de la photosynthèse nette, la connaissance de Ω arag n'apporte pas de valeur explicative substantielle. Cela suggère que, sur de courtes échelles de temps, le contrôle de Ω arag sur la calcification nette est faible par rapport aux facteurs régissant la photosynthèse nette.",
    url = "https://doi.org/10.1002/2015gl063488",
    doi = "10.1002/2015gl063488",
    openalex = "W2158006323",
    references = "archer2009atmospheric, doi101002lno10048, doi1010079781475729177, doi101017cbo9781107415324, doi1010292004jc002671, doi101038nature04095, doi101038srep00412, doi101073pnas0702737104, doi101073pnas0804478105, doi101371journalpone0028983"
}

Résumé Il existe peu d'études in situ montrant comment la calcification nette de la communauté (G net) des récifs coralliens est liée à la chimie du carbonate, et les études à ce jour ont démontré des taux de changement prédits différents. Dans cette étude, nous avons mesuré la production nette de la communauté (P net), G net, et la chimie du carbonate d'une plateforme récifale à One Tree Island, Great Barrier Reef. La variabilité diurne de p CO 2 de 289–724 μatm était principalement pilotée par la photosynthèse et la respiration. La plateforme récifale s'est révélée être net autotrophe, avec une production quotidienne d'∼ 35 mmol C m −2 d −1 et une calcification nette d'∼ 33 mmol C m −2 d −1. G net était fortement lié à P net, ce qui a conduit à un motif d'hystérésis dans la relation entre G net et l'état de saturation de l'aragonite (Ω ar). Bien que P net ait été le principal moteur de G net, Ω ar restait un facteur important, où 95 % de la variance de G net pouvait être décrite par P net et Ω ar. Sur la base de la relation in situ observée, G net devrait atteindre zéro lorsque Ω ar est ∼ 2,5. Il est inconnu quelle proportion d'une baisse de G net serait due à une calcification réduite et ce qui se produirait par dissolution accrue, mais les résultats ici soutiennent les prédictions selon lesquelles la production globale de carbonate de calcium diminuera dans les récifs coralliens en raison de l'acidification des océans.

@article{doi101002lno10048,
    author = "Shaw, Emily C. et Phinn, Stuart et Tilbrook, Bronte et Steven, Andy",
    title = "Natural in situ relationships suggest coral reef calcium carbonate production will decline with ocean acidification",
    year = "2015",
    journal = "Limnology and Oceanography",
    abstract = "Résumé Il existe peu d'études in situ montrant comment la calcification nette de la communauté (G net) des récifs coralliens est liée à la chimie du carbonate, et les études à ce jour ont démontré des taux de changement prédits différents. Dans cette étude, nous avons mesuré la production nette de la communauté (P net), G net, et la chimie du carbonate d'une plateforme récifale à One Tree Island, Great Barrier Reef. La variabilité diurne de p CO 2 de 289–724 μatm était principalement pilotée par la photosynthèse et la respiration. La plateforme récifale s'est révélée être net autotrophe, avec une production quotidienne d'∼ 35 mmol C m −2 d −1 et une calcification nette d'∼ 33 mmol C m −2 d −1. G net était fortement lié à P net, ce qui a conduit à un motif d'hystérésis dans la relation entre G net et l'état de saturation de l'aragonite (Ω ar). Bien que P net ait été le principal moteur de G net, Ω ar restait un facteur important, où 95\% de la variance de G net pouvait être décrite par P net et Ω ar. Sur la base de la relation in situ observée, G net devrait atteindre zéro lorsque Ω ar est ∼ 2,5. Il est inconnu quelle proportion d'une baisse de G net serait due à une calcification réduite et ce qui se produirait par dissolution accrue, mais les résultats ici soutiennent les prédictions selon lesquelles la production globale de carbonate de calcium diminuera dans les récifs coralliens en raison de l'acidification des océans.",
    url = "https://doi.org/10.1002/lno.10048",
    doi = "10.1002/lno.10048",
    openalex = "W1941146301",
    references = "doi101016002196149090074z, doi1010160198014987900215, doi101016s0921800999000099, doi10102992jc00188, doi101111j14610248201001518x, doi101126science1152509, doi104319lo19731860897, doi104835025539, openalexw1007704209, openalexw2907110490"
}

L'amélioration génétique des animaux et des plantes sauvages pour des caractéristiques bénéfiques aux populations humaines est pratiquée depuis des milliers d'années, entraînant des améliorations impressionnantes chez les espèces commercialement précieuses. Malgré ces avantages, les manipulations génétiques sont rarement envisagées à des fins non commerciales, telles que les initiatives de conservation et de restauration. Au cours du dernier siècle, les humains ont conduit au changement climatique mondial par l'industrialisation et la libération de quantités croissantes de CO2, entraînant des changements de température océanique, de chimie océanique et de niveau de la mer, ainsi qu'une fréquence accrue des tempêtes, tous pouvant avoir un impact profond sur les écosystèmes marins. Les récifs coralliens sont des écosystèmes très diversifiés qui ont subi des déclins massifs de santé et d'abondance en raison de ces perturbations anthropiques directes et d'autres. Il existe une grande inquiétude quant au fait que les taux, les amplitudes et la complexité élevés du changement environnemental submergent la capacité intrinsèque des coraux à s'adapter et à survivre. Bien qu'il soit important de traiter les causes profondes du changement climatique, il est également prudent d'explorer le potentiel d'augmenter la capacité des organismes de récif à tolérer le stress et de faciliter la récupération après les perturbations. Ici, nous examinons les risques et les avantages de l'amélioration des stocks naturels et commerciaux dans les systèmes non récifaux coralliens et préconisons une série d'expériences pour déterminer la faisabilité de développer des stocks de coraux avec une tolérance au stress accrue par l'accélération de processus naturels, une approche connue sous le nom d'évolution (humaine)-assistée, tout en lançant simultanément un dialogue public sur les risques et les avantages de cette approche.

@article{doi101073pnas1422301112,
    author = "van Oppen, Madeleine J. H. et Oliver, James K. et Putnam, Hollie M. et Gates, Ruth D.",
    title = "Building coral reef resilience through assisted evolution",
    year = "2015",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "L'amélioration génétique des animaux et des plantes sauvages pour des caractéristiques bénéfiques aux populations humaines est pratiquée depuis des milliers d'années, entraînant des améliorations impressionnantes chez les espèces commercialement précieuses. Malgré ces avantages, les manipulations génétiques sont rarement envisagées à des fins non commerciales, telles que les initiatives de conservation et de restauration. Au cours du dernier siècle, les humains ont conduit au changement climatique mondial par l'industrialisation et la libération de quantités croissantes de CO2, entraînant des changements de température océanique, de chimie océanique et de niveau de la mer, ainsi qu'une fréquence accrue des tempêtes, tous pouvant avoir un impact profond sur les écosystèmes marins. Les récifs coralliens sont des écosystèmes très diversifiés qui ont subi des déclins massifs de santé et d'abondance en raison de ces perturbations anthropiques directes et d'autres. Il existe une grande inquiétude quant au fait que les taux, les amplitudes et la complexité élevés du changement environnemental submergent la capacité intrinsèque des coraux à s'adapter et à survivre. Bien qu'il soit important de traiter les causes profondes du changement climatique, il est également prudent d'explorer le potentiel d'augmenter la capacité des organismes de récif à tolérer le stress et de faciliter la récupération après les perturbations. Ici, nous examinons les risques et les avantages de l'amélioration des stocks naturels et commerciaux dans les systèmes non récifaux coralliens et préconisons une série d'expériences pour déterminer la faisabilité de développer des stocks de coraux avec une tolérance au stress accrue par l'accélération de processus naturels, une approche connue sous le nom d'évolution (humaine)-assistée, tout en lançant simultanément un dialogue public sur les risques et les avantages de cette approche.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1422301112",
    doi = "10.1073/pnas.1422301112",
    openalex = "W2096973757",
    references = "doi101016jcell201402045, doi101016jtree201202003, doi101038ismej2007106, doi101073pnas1208909109, doi101073pnas1218525110, doi101098rspb20063567, doi1011111574697612025, doi101111gcb12179, doi101111j17524571201100192x, doi101146annurevecolsys34011802132417, doi101146annurevgenet110410132549, doi101371journalpone0000711, doi1018900617151"
}

Résumé Les récifs coralliens sont menacés dans le monde entier, et il existe un besoin de développer de nouvelles approches pour surveiller la santé des récifs dans des conditions naturelles. Parce que les mesures simultanées de la production nette de la communauté (NCP) et de la calcification nette de la communauté (NCC) sont utilisées comme indicateurs importants de la santé des récifs, des outils sont nécessaires pour les évaluer in situ. Ici, nous présentons le Système de Mesure de l'Écosystème Benthique et de l'Acidification (BEAMS) pour fournir la première approche entièrement autonome capable de mesures simultanées soutenues de la NCP et de la NCC du récif dans des conditions naturelles non perturbées sur des échelles de temps allant de quelques dizaines de minutes à des semaines. BEAMS combine le gradient chimique et de vitesse dans la couche limite benthique pour quantifier le flux du benthos pour une variété de paramètres afin de mesurer la NCP et la NCC. Ici, BEAMS a été utilisé pour mesurer ces taux à partir de deux sites différents avec des communautés benthiques différentes sur la terrasse récifale occidentale de l'Atoll de Palmyra pendant 2 semaines en septembre 2014. Les mesures ont été effectuées toutes les ∼15 minutes. Les tendances des taux métaboliques étaient cohérentes avec les communautés benthiques entre les deux sites, l'un étant dominé par des organismes charnus et l'autre par des calcificateurs (récifs dégradés et sains, respectivement). Cela démontre l'utilité potentielle de BEAMS comme outil de surveillance de la santé des récifs. La NCP et la NCC étaient étroitement couplées sur des échelles de temps allant de minutes à des jours, et la lumière était le principal moteur de la variabilité des taux métaboliques intégrés quotidiens. Aucune corrélation entre les niveaux de CO2 et la NCC intégrée quotidiennement n'a été observée, indiquant que la NCC à ces sites n'était pas significativement affectée par le CO2.

@article{doi1010022016jc011886,
    author = "Takeshita, Yuichiro et McGillis, Wade R. et Briggs, Ellen M. et Carter, Amanda L. et Donham, Emily M. et Martz, Todd R. et Price, Nichole N. et Smith, Jennifer E.",
    title = "Évaluation de la production nette de la communauté et de la calcification d'un récif corallien en utilisant une approche de la couche limite",
    year = "2016",
    journal = "Journal of Geophysical Research Oceans",
    abstract = "Résumé Les récifs coralliens sont menacés dans le monde entier, et il existe un besoin de développer de nouvelles approches pour surveiller la santé des récifs dans des conditions naturelles. Parce que les mesures simultanées de la production nette de la communauté (NCP) et de la calcification nette de la communauté (NCC) sont utilisées comme indicateurs importants de la santé des récifs, des outils sont nécessaires pour les évaluer in situ. Ici, nous présentons le Système de Mesure de l'Écosystème Benthique et de l'Acidification (BEAMS) pour fournir la première approche entièrement autonome capable de mesures simultanées soutenues de la NCP et de la NCC du récif dans des conditions naturelles non perturbées sur des échelles de temps allant de quelques dizaines de minutes à des semaines. BEAMS combine le gradient chimique et de vitesse dans la couche limite benthique pour quantifier le flux du benthos pour une variété de paramètres afin de mesurer la NCP et la NCC. Ici, BEAMS a été utilisé pour mesurer ces taux à partir de deux sites différents avec des communautés benthiques différentes sur la terrasse récifale occidentale de l'Atoll de Palmyra pendant 2 semaines en septembre 2014. Les mesures ont été effectuées toutes les ∼15 minutes. Les tendances des taux métaboliques étaient cohérentes avec les communautés benthiques entre les deux sites, l'un étant dominé par des organismes charnus et l'autre par des calcificateurs (récifs dégradés et sains, respectivement). Cela démontre l'utilité potentielle de BEAMS comme outil de surveillance de la santé des récifs. La NCP et la NCC étaient étroitement couplées sur des échelles de temps allant de minutes à des jours, et la lumière était le principal moteur de la variabilité des taux métaboliques intégrés quotidiens. Aucune corrélation entre les niveaux de CO2 et la NCC intégrée quotidiennement n'a été observée, indiquant que la NCC à ces sites n'était pas significativement affectée par le CO2.",
    url = "https://doi.org/10.1002/2016jc011886",
    doi = "10.1002/2016jc011886",
    openalex = "W2472142622",
    references = "doi1010022015gl063488"
}

@incollection{doi10100797894017749945,
    author = "Glynn, Peter W. et Alvarado, Juan José et Banks, Stuart et Cortés, Jorge et Feingold, Joshua S. et Jiménez, Carlos et Maragos, James E. et Martínez, Priscilla et Maté, Juan L. et Moanga, Diana et Navarrete, Sérgio A. et Reyes‐Bonilla, Héctor et Riegl, Bernhard et Rivera, Fernando et Vargas-Ángel, Bernardo et Wieters, Evie A. et Zapata, Fernando A.",
    title = "Eastern Pacific Coral Reef Provinces, Coral Community Structure and Composition: An Overview",
    year = "2016",
    booktitle = "Coral reefs of the world",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-94-017-7499-4\_5",
    doi = "10.1007/978-94-017-7499-4\_5",
    openalex = "W2512962919",
    references = "doi101111zoj12092"
}

@article{doi101038nature17155,
    author = "Albright, Rebecca et Caldeira, Lilian et Hosfelt, J. D. et Kwiatkowski, Lester et Maclaren, Jana K. et Mason, Benjamin et Nebuchina, Yana et Ninokawa, Aaron T. et Pongratz, Julia et Ricke, Katharine et Rivlin, Tanya et Schneider, K.J. et Sesboüé, Marine et Shamberger, Kathryn E. F. et Silverman, Jacob et Wolfe, Kennedy et Zhu, Kai et Caldeira, Ken",
    title = "Inversion de l'acidification des océans améliore la calcification nette des récifs coralliens",
    year = "2016",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature17155",
    doi = "10.1038/nature17155",
    openalex = "W2291098356",
    references = "doi1010022015gl063488, doi1010029783527613984, doi101002lno10048, doi1010160198014987900215, doi101016019801499090004f, doi101093icesjmsfsn048, doi101093icesjmsfsv075, doi101111j14610248201001518x, doi101139f99128, doi101146annurevmarine010908163834, doi10277766906, doi104319lo19731860897, doi105670oceanog200995"
}

@article{doi101038nature18607,
    author = "Cinner, Joshua E. et Huchery, Cindy et MacNeil, M. Aaron et Graham, Nicholas A. J. et McClanahan, Tim R. et Maina, Joseph et Maire, Eva et Kittinger, John N. et Hicks, Christina C. et Mora, Camilo et Allison, Edward H. et D’Agata, Stéphanie et Hoey, Andrew S. et Feary, David A. et Crowder, Larry B. et Williams, Ivor D. et Kulbicki, Michel et Vigliola, Laurent et Wantiez, Laurent et Edgar, Graham J. et Stuart‐Smith, Rick D. et Sandin, Stuart A. et Green, Alison L. et Hardt, Marah J. et Beger, Maria et Friedlander, Alan M. et Campbell, Stuart et Holmes, Katherine E. et Wilson, Shaun K. et Brokovich, Eran et Brooks, Andrew J. et Cruz‐Motta, Juan J. et Booth, David J. et Chabanet, Pascale et Gough, Charlie et Tupper, Mark et Ferse, Sebastian C. A. et Sumaila, U. Rashid et Mouillot, David",
    title = "Bright spots among the world’s coral reefs",
    year = "2016",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature18607",
    doi = "10.1038/nature18607",
    openalex = "W2443667990",
    references = "doi101007bf01386390, doi101016s0959378001000073, doi101017cbo9780511807763, doi101038nature02691, doi101126science1085706, doi1012019780429258411, doi101214ss1177011136, doi1023072979181, doi1023073146384, openalexw1531609150"
}

de la superficie du récif. Le scénario d'émissions RCP4.5 représente des émissions plus faibles au milieu du siècle que celles qui se produiraient si les engagements pris à la suite de la Conférence sur le changement climatique de Paris de 2015 (COP21) devenaient réalité. Ces engagements ne font presque rien pour offrir aux récifs plus de temps pour s'adapter et s'acclimater avant l'apparition annuelle de conditions de blanchissement sévère. Le RCP4.5 ajoute 11 ans au calendrier moyen mondial du SBA par rapport au RCP8.5 ; cependant, plus de 75 % des récifs subissent encore un SBA avant 2070 dans le cadre du RCP4.5. Les futurs des récifs coralliens varient considérablement entre et au sein des pays, indiquant que les projections doivent être prises en compte dans la plupart des zones de récifs lors de la planification de la conservation et de la gestion.

@article{doi101038srep39666,
    author = "van Hooidonk, Ruben et Maynard, Jeffrey et Tamelander, Jerker et Gove, Jamison M. et Ahmadia, Gabby N. et Raymundo, Laurie J. et Williams, Gareth J. et Heron, Scott F. et Planes, Serge",
    title = "Projections à l'échelle locale des futurs des récifs coralliens et implications de l'Accord de Paris",
    year = "2016",
    journal = "Scientific Reports",
    abstract = "de la superficie du récif. Le scénario d'émissions RCP4.5 représente des émissions plus faibles au milieu du siècle que celles qui se produiraient si les engagements pris à la suite de la Conférence sur le changement climatique de Paris de 2015 (COP21) devenaient réalité. Ces engagements ne font presque rien pour offrir aux récifs plus de temps pour s'adapter et s'acclimater avant l'apparition annuelle de conditions de blanchissement sévère. Le RCP4.5 ajoute 11 ans au calendrier moyen mondial du SBA par rapport au RCP8.5 ; cependant, plus de 75 % des récifs subissent encore un SBA avant 2070 dans le cadre du RCP4.5. Les futurs des récifs coralliens varient considérablement entre et au sein des pays, indiquant que les projections doivent être prises en compte dans la plupart des zones de récifs lors de la planification de la conservation et de la gestion.",
    url = "https://doi.org/10.1038/srep39666",
    doi = "10.1038/srep39666",
    openalex = "W2566943586"
}

Les grands fleuves créent des lacunes majeures dans la distribution des récifs le long des plateaux tropicaux. Le fleuve Amazone représente 20 % du débit fluvial mondial vers l'océan, générant jusqu'à un panache de 1,3 × 10(6)-km(2) et de vastes fonds vaseux sur la marge équatoriale de l'Amérique du Sud. En conséquence, une large zone du nord-est tropical de l'Atlantique est fortement affectée en termes de salinité, de pH, de pénétration de la lumière et de sédimentation. De telles conditions défavorables étaient censées imprimer une lacune majeure dans les récifs de l'Atlantique occidental. Nous présentons ici un système carbonaté étendu au large de l'embouchure de l'Amazone, sous le panache fluvial. Une sédimentation carbonatée significative s'est produite lors du niveau bas de la mer et se poursuit encore sur le plateau externe, donnant lieu à une topographie complexe du fond dur. Un coin d'eau océanique permanent près du fond, associé à la nature saisonnière de la rétroflexion vers l'est du panache, conditionne l'existence de cette mosaïque de fond dur étendue (~9500 km(2)). Les récifs de l'Amazone passent de structures accrétives à érosives et englobent de vastes lits de rhodolithes. Les structures carbonatées fonctionnent comme un corridor de connectivité pour des espèces associées aux récifs à large amplitude de profondeur, étant fortement colonisées par de grandes éponges et d'autres filtreurs formant des structures qui vivent dans des conditions de faible luminosité et de hauts niveaux de particules. L'oxycline entre le panache et le sous-panache est associée à des métabolismes microbiens chémoautotrophes et anaérobies. Le système décrit ici offre plusieurs aperçus sur les réponses des récifs tropicaux à des conditions de construction de récifs sous-optimales et marginales, qui s'accélèrent à l'échelle mondiale en raison des changements globaux.

@article{doi101126sciadv1501252,
    author = "Moura, Rodrigo L. and Amado‐Filho, Gilberto M. and de Moraes, Fernando Coreixas and Brasileiro, Poliana S. and Salomon, Paulo S. and de Mahiques, Michel Michaelovitch and Bastos, Alex Cardoso and de Almeida, Marcelo Gomes and Silva, Jomar M. and Araújo, Beatriz Ferreira and Brito, Frederico P. and Rangel, Thiago Pessanha and de Oliveira, Bráulio Cherene Vaz and Bahia, Ricardo G. and Paranhos, Rodolfo and Dias, Rodolfo Jasão Soares and Siegle, Eduardo and Figueiredo, Alberto G. and Pereira, Renato Crespo and Leal, Camille V. and Hajdu, Eduardo and Asp, Nils E. and Gregoracci, Gustavo Bueno and Neumann‐Leitão, Sigrid and Yager, Patricia L. and Francini‐Filho, Ronaldo B. and Fróes, Adriana M. and Campeão, Mariana E. and da Silva, Bruno Santana and Moreira, Ana Paula B. and de Oliveira, Louisi and Soares, Ana Carolina and Araújo, Laís Moreira Borges and Oliveira, Nara L. and Teixeira, João Batista and Valle, R.A.B. and Thompson, Cristiane C. and de Rezende, Carlos Eduardo and Thompson, Fabiano L.",
    title = "An extensive reef system at the Amazon River mouth",
    year = "2016",
    journal = "Science Advances",
    abstract = "Les grands fleuves créent des lacunes majeures dans la distribution des récifs le long des plateaux tropicaux. Le fleuve Amazone représente 20\% du débit fluvial mondial vers l'océan, générant jusqu'à un panache de 1,3 × 10(6)-km(2) et de vastes fonds vaseux sur la marge équatoriale de l'Amérique du Sud. En conséquence, une large zone du nord-est tropical de l'Atlantique est fortement affectée en termes de salinité, de pH, de pénétration de la lumière et de sédimentation. De telles conditions défavorables étaient censées imprimer une lacune majeure dans les récifs de l'Atlantique occidental. Nous présentons ici un système carbonaté étendu au large de l'embouchure de l'Amazone, sous le panache fluvial. Une sédimentation carbonatée significative s'est produite lors du niveau bas de la mer et se poursuit encore sur le plateau externe, donnant lieu à une topographie complexe du fond dur. Un coin d'eau océanique permanent près du fond, associé à la nature saisonnière de la rétroflexion vers l'est du panache, conditionne l'existence de cette mosaïque de fond dur étendue (\textasciitilde 9500 km(2)). Les récifs de l'Amazone passent de structures accrétives à érosives et englobent de vastes lits de rhodolithes. Les structures carbonatées fonctionnent comme un corridor de connectivité pour des espèces associées aux récifs à large amplitude de profondeur, étant fortement colonisées par de grandes éponges et d'autres filtreurs formant des structures qui vivent dans des conditions de faible luminosité et de hauts niveaux de particules. L'oxycline entre le panache et le sous-panache est associée à des métabolismes microbiens chémoautotrophes et anaérobies. Le système décrit ici offre plusieurs aperçus sur les réponses des récifs tropicaux à des conditions de construction de récifs sous-optimales et marginales, qui s'accélèrent à l'échelle mondiale en raison des changements globaux.",
    url = "https://doi.org/10.1126/sciadv.1501252",
    doi = "10.1126/sciadv.1501252",
    openalex = "W2341905429",
    references = "doi10100797814615074751, doi101016s0012825201000897, doi101093nargkf436, doi101111j13652699200701790x, doi101126science1152509, doi101126science1196889, doi101126science1204794, doi101126science1241981, doi101146annurevpp40060189002443, doi103354meps07815, openalexw253507229"
}

Le recrutement des coraux et l'accrétion de carbonate de calcium (CaCO₃) sont des processus fondamentaux qui contribuent au maintien des récifs coralliens. De nombreux récifs dans le monde ont connu une dégradation, notamment une diminution de la couverture corallienne et de la biodiversité. Un recrutement corallien réussi aide les récifs dégradés à se rétablir, tandis que l'accrétion de CaCO₃ par les organismes benthiques pionniers maintient la complexité topographique d'un système de récif corallien. Il est donc important de comprendre les processus qui affectent les taux de recrutement corallien et d'accrétion de CaCO₃ afin de comprendre comment les récifs coralliens se rétablissent après des perturbations. L'objectif de cette thèse était de déterminer comment les facteurs de forçage biophysiques affectent le recrutement corallien, la calcification et la bioérosion sur un récif corallien vierge. J'ai utilisé des tuiles de fixation artificielles pour mesurer le recrutement corallien et l'accrétion de CaCO₃ à dix sites (quatre sur le récif externe, quatre sur la Terrasse du récif occidental et deux au canal d'entrée) à l'Atoll de Palmyra. Des squelettes de Fungia et des morceaux de roche corallienne morte ont été utilisés pour mesurer les taux de bioérosion, qui ont été combinés aux taux d'accrétion de CaCO₃ afin d'obtenir un budget net de CaCO₃ du substratum du récif. Les interactions entre les recrues coralliennes et les autres organismes benthiques sur les tuiles de fixation ont été enregistrées pour déterminer les préférences de fixation et la force compétitive des recrues coralliennes. La préférence de fixation de Pocillopora damicornis pour les creux en forme de marques de morsures de poissons perroquets à tête raide et à bosse a été déterminée en ajoutant des larves de P. damicornis à un contenant avec une tuile de fixation présentant lesdits creux. J'ai constaté que le recrutement corallien et l'accrétion de CaCO₃ sont influencés par les facteurs de forçage biophysiques. La plupart des pocilloporidés recrutent probablement près de leurs parents, tandis que l'origine des larves de poritidés est beaucoup plus lointaine. Les taux de recrutement des pocilloporidés étaient également significativement corrélés à l'étape de succession de la communauté benthique sur les tuiles de fixation, en particulier la couverture de biofilm et de bryozoaires. Le biofilm et les algues corallines crustacées (CCA) étaient préférés comme substrats de fixation par les larves coralliennes, cependant à la fois les pocilloporidés et les poritidés se sont fixés sur un grand nombre de différents substrats benthiques. Les larves de P. damicornis ont montré une préférence de fixation significative pour les creux en forme de marques de morsures de poissons perroquets par rapport à une surface de fixation plate. Les recrues coralliennes étaient de bons compétiteurs contre les algues encroûtantes, mais étaient souvent surpassées par les algues filamenteuses et dressées. Les tuiles de fixation ont été presque entièrement colonisées par des organismes benthiques dans les trois à douze mois suivant leur déploiement. La masse de CaCO₃ déposée sur les tuiles de fixation était négativement corrélée à la pression de broutage des herbivores sur la communauté benthique. Les taux de bioérosion au sein des morceaux de corail (bioérosion interne) ont augmenté avec le temps, mais les taux de bioérosion globaux (internes et externes) ont rarement dépassé le dépôt de CaCO₃ par les CCA. Mes résultats montrent comment la variabilité des facteurs de forçage biophysiques conduit à une variation naturelle du recrutement corallien et de l'accrétion de CaCO₃. Cette thèse met en évidence l'importance de mesurer le broutage par les herbivores, la couverture des CCA et des algues de pelouse pour mieux comprendre la résilience des récifs. Je conclus que les modèles construits pour les récifs des Caraïbes ne sont peut-être pas adaptés pour prédire la résilience dans les récifs du Pacifique et que, dans le Pacifique, deux types différents de modèles de résilience doivent être construits, l'un pour les récifs coralliens habités par l'homme et l'autre pour les récifs coralliens inhabités.

@phdthesis{doi1026686wgtn17057996,
    author = "Elmer, Franziska",
    title = "Facteurs affectant le recrutement des coraux et les taux d'accrétion de carbonate de calcium sur un récif corallien du Pacifique central",
    year = "2016",
    abstract = "Le recrutement des coraux et l'accrétion de carbonate de calcium (CaCO₃) sont des processus fondamentaux qui contribuent au maintien des récifs coralliens. De nombreux récifs dans le monde ont connu une dégradation, notamment une diminution de la couverture corallienne et de la biodiversité. Un recrutement corallien réussi aide les récifs dégradés à se rétablir, tandis que l'accrétion de CaCO₃ par les organismes benthiques pionniers maintient la complexité topographique d'un système de récif corallien. Il est donc important de comprendre les processus qui affectent le recrutement des coraux et les taux d'accrétion de CaCO₃ afin de comprendre comment les récifs coralliens se rétablissent après des perturbations. L'objectif de cette thèse était de déterminer comment les facteurs de forçage biophysiques affectent le recrutement des coraux, la calcification et la bioérosion sur un récif corallien vierge. J'ai utilisé des tuiles de sédimentation artificielles pour mesurer le recrutement des coraux et l'accrétion de CaCO₃ à dix sites (quatre sur le récif externe, quatre sur la terrasse du récif occidental et deux au canal d'entrée) à l'atoll de Palmyra. Des squelettes de Fungia et des morceaux de roche corallienne morte ont été utilisés pour mesurer les taux de bioérosion, qui ont été combinés aux taux d'accrétion de CaCO₃ afin d'obtenir un bilan net de CaCO₃ du substratum du récif. Les interactions entre les recrues coralliennes et les autres organismes benthiques sur les tuiles de sédimentation ont été enregistrées pour déterminer les préférences de sédimentation et la force compétitive des recrues coralliennes. La préférence de sédimentation de Pocillopora damicornis pour des dépressions en forme de marques de morsures de poissons perroquets de type steephead et bumphead a été déterminée en ajoutant des larves de P. damicornis à un contenant avec une tuile de sédimentation présentant lesdites dépressions. J'ai constaté que le recrutement des coraux et l'accrétion de CaCO₃ sont influencés par les facteurs de forçage biophysiques. La plupart des pocilloporidés recrutent probablement près de leurs parents, tandis que l'origine des larves de poritidés est beaucoup plus lointaine. Les taux de recrutement des pocilloporidés étaient également significativement corrélés à l'étape de succession de la communauté benthique sur les tuiles de sédimentation, en particulier la couverture de biofilm et de bryozoaires. Le biofilm et les algues corallines crustacées (CCA) étaient préférés comme substrats de sédimentation par les larves de coraux, cependant à la fois les pocilloporidés et les poritidés se sont installés sur un grand nombre de différents substrats benthiques. Les larves de P. damicornis ont montré une préférence de sédimentation significative pour les dépressions en forme de marques de morsures de poissons perroquets par rapport à une surface de sédimentation plane. Les recrues coralliennes étaient de bons compétiteurs contre les algues encroûtantes, mais étaient souvent surpassées par les algues filamenteuses et dressées. Les tuiles de sédimentation ont été presque entièrement colonisées par des organismes benthiques dans un délai de trois à douze mois après leur déploiement. La masse de CaCO₃ déposée sur les tuiles de sédimentation était négativement corrélée à la pression de broutage des herbivores sur la communauté benthique. Les taux de bioérosion à l'intérieur des morceaux de corail (bioérosion interne) ont augmenté avec le temps, mais les taux globaux de bioérosion (interne et externe) ont rarement dépassé le dépôt de CaCO₃ par les CCA. Mes résultats montrent comment la variabilité des facteurs de forçage biophysiques conduit à une variation naturelle du recrutement des coraux et de l'accrétion de CaCO₃. Cette thèse met en évidence l'importance de mesurer le broutage par les herbivores, la couverture des CCA et des algues turf pour mieux comprendre la résilience des récifs. Je conclus que les modèles construits pour les récifs des Caraïbes ne sont peut-être pas adaptés pour prédire la résilience dans les récifs du Pacifique et que, dans le Pacifique, deux types différents de modèles de résilience doivent être construits, un pour les récifs coralliens habités par l'homme et un pour les récifs coralliens inhabités.",
    url = "https://doi.org/10.26686/wgtn.17057996",
    doi = "10.26686/wgtn.17057996",
    openalex = "W2602296912",
    references = "openalexw2165625223"
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Le recrutement des coraux et l'accrétion de carbonate de calcium (CaCO₃) sont des processus fondamentaux qui contribuent au maintien des récifs coralliens. De nombreux récifs dans le monde ont connu une dégradation, notamment une diminution de la couverture corallienne et de la biodiversité. Un recrutement corallien réussi aide les récifs dégradés à se rétablir, tandis que l'accrétion de CaCO₃ par les organismes benthiques pionniers maintient la complexité topographique d'un système de récif corallien. Il est donc important de comprendre les processus qui affectent les taux de recrutement corallien et d'accrétion de CaCO₃ afin de comprendre comment les récifs coralliens se rétablissent après des perturbations. L'objectif de cette thèse était de déterminer comment les facteurs de forçage biophysiques affectent le recrutement corallien, la calcification et la bioérosion sur un récif corallien vierge. J'ai utilisé des tuiles de fixation artificielles pour mesurer le recrutement corallien et l'accrétion de CaCO₃ à dix sites (quatre sur le récif externe, quatre sur la terrasse du récif occidental et deux au canal d'entrée) à l'atoll de Palmyra. Des squelettes de Fungia et des morceaux de roche corallienne morte ont été utilisés pour mesurer les taux de bioérosion, qui ont été combinés aux taux d'accrétion de CaCO₃ afin d'obtenir un budget net de CaCO₃ du substratum du récif. Les interactions entre les recrues coralliennes et les autres organismes benthiques sur les tuiles de fixation ont été enregistrées pour déterminer les préférences de fixation et la force compétitive des recrues coralliennes. La préférence de fixation de Pocillopora damicornis pour les creux en forme de marques de morsures de poissons perroquets à tête raide et à bosse a été déterminée en ajoutant des larves de P. damicornis à un contenant avec une tuile de fixation présentant lesdits creux. J'ai constaté que le recrutement corallien et l'accrétion de CaCO₃ sont influencés par les facteurs de forçage biophysiques. La plupart des pocilloporidés recrutent probablement près de leurs parents, tandis que l'origine des larves de poritidés est beaucoup plus éloignée. Les taux de recrutement des pocilloporidés étaient également significativement corrélés à l'étape de succession de la communauté benthique sur les tuiles de fixation, en particulier la couverture de biofilm et de bryozoaires. Le biofilm et les algues corallines crustacées (CCA) étaient préférés comme substrats de fixation par les larves coralliennes, cependant à la fois les pocilloporidés et les poritidés se sont fixés sur un grand nombre de différents substrats benthiques. Les larves de P. damicornis ont montré une préférence de fixation significative pour les creux en forme de marques de morsures de poissons perroquets par rapport à une surface de fixation plate. Les recrues coralliennes étaient de bons compétiteurs contre les algues encroûtantes, mais étaient souvent surpassées par les algues filamenteuses et dressées. Les tuiles de fixation ont été presque entièrement colonisées par des organismes benthiques dans les trois à douze mois suivant leur déploiement. La masse de CaCO₃ déposée sur les tuiles de fixation était négativement corrélée à la pression de broutage des herbivores sur la communauté benthique. Les taux de bioérosion à l'intérieur des morceaux de corail (bioérosion interne) ont augmenté avec le temps, mais les taux de bioérosion globaux (internes et externes) ont rarement dépassé le dépôt de CaCO₃ par les CCA. Mes résultats montrent comment la variabilité des facteurs de forçage biophysiques conduit à une variation naturelle du recrutement corallien et de l'accrétion de CaCO₃. Cette thèse met en évidence l'importance de mesurer le broutage par les herbivores, la couverture des CCA et des algues de gazon pour mieux comprendre la résilience des récifs. Je conclus que les modèles construits pour les récifs des Caraïbes ne conviennent peut-être pas pour prédire la résilience dans les récifs du Pacifique et que, dans le Pacifique, deux types différents de modèles de résilience doivent être construits, l'un pour les récifs coralliens habités par l'homme et l'autre pour les récifs coralliens inhabités.

@phdthesis{doi1026686wgtn17057996v1,
    author = "Elmer, Franziska",
    title = "Facteurs affectant le recrutement des coraux et les taux d'accrétion de carbonate de calcium sur un récif corallien du Pacifique central",
    year = "2016",
    abstract = "Le recrutement des coraux et l'accrétion de carbonate de calcium (CaCO₃) sont des processus fondamentaux qui contribuent au maintien des récifs coralliens. De nombreux récifs dans le monde ont connu une dégradation, notamment une diminution de la couverture corallienne et de la biodiversité. Un recrutement corallien réussi aide les récifs dégradés à se rétablir, tandis que l'accrétion de CaCO₃ par les organismes benthiques pionniers maintient la complexité topographique d'un système de récif corallien. Il est donc important de comprendre les processus qui affectent le recrutement des coraux et les taux d'accrétion de CaCO₃ afin de comprendre comment les récifs coralliens se rétablissent après des perturbations. L'objectif de cette thèse était de déterminer comment les facteurs de forçage biophysiques affectent le recrutement des coraux, la calcification et la bioérosion sur un récif corallien vierge. J'ai utilisé des tuiles de colonisation artificielles pour mesurer le recrutement des coraux et l'accrétion de CaCO₃ à dix sites (quatre sur le récif externe, quatre sur la terrasse du récif occidental et deux au canal d'entrée) à l'atoll de Palmyra. Des squelettes de Fungia et des morceaux de roche corallienne morte ont été utilisés pour mesurer les taux de bioérosion, qui ont été combinés aux taux d'accrétion de CaCO₃ afin d'obtenir un bilan net de CaCO₃ du substratum du récif. Les interactions entre les recrues coralliennes et d'autres organismes benthiques sur les tuiles de colonisation ont été enregistrées pour déterminer les préférences de colonisation et la force compétitive des recrues coralliennes. La préférence de colonisation de Pocillopora damicornis pour des dépressions en forme de marques de morsures de poissons perroquets de type steephead et bumphead a été déterminée en ajoutant des larves de P. damicornis à un contenant avec une tuile de colonisation présentant lesdites dépressions. J'ai constaté que le recrutement des coraux et l'accrétion de CaCO₃ sont influencés par les facteurs de forçage biophysiques. La plupart des pocilloporidés recrutent probablement près de leurs parents, tandis que l'origine des larves de poritidés est beaucoup plus lointaine. Les taux de recrutement des pocilloporidés étaient également significativement corrélés à l'étape de succession de la communauté benthique sur les tuiles de colonisation, en particulier la couverture de biofilm et de bryozoaires. Le biofilm et les algues corallines crustacées (CCA) étaient préférés comme substrats de colonisation par les larves de coraux, cependant à la fois les pocilloporidés et les poritidés se sont installés sur un grand nombre de différents substrats benthiques. Les larves de P. damicornis ont montré une préférence de colonisation significative pour les dépressions en forme de marques de morsures de poissons perroquets par rapport à une surface de colonisation plate. Les recrues coralliennes étaient de bons compétiteurs contre les algues encroûtantes, mais étaient souvent surpassées par les algues filamenteuses et dressées. Les tuiles de colonisation ont été presque entièrement colonisées par des organismes benthiques dans les trois à douze mois suivant leur déploiement. La masse de CaCO₃ déposée sur les tuiles de colonisation était négativement corrélée à la pression de broutage des herbivores sur la communauté benthique. Les taux de bioérosion à l'intérieur des morceaux de corail (bioérosion interne) ont augmenté avec le temps, mais les taux de bioérosion globaux (internes et externes) ont rarement dépassé le dépôt de CaCO₃ par les CCA. Mes résultats montrent comment la variabilité des facteurs de forçage biophysiques conduit à une variation naturelle du recrutement des coraux et de l'accrétion de CaCO₃. Cette thèse met en évidence l'importance de mesurer le broutage par les herbivores, la couverture des CCA et des algues de pelouse pour mieux comprendre la résilience des récifs. Je conclus que les modèles construits pour les récifs des Caraïbes ne sont peut-être pas adaptés pour prédire la résilience des récifs du Pacifique et que, dans le Pacifique, deux types différents de modèles de résilience doivent être construits, un pour les récifs coralliens habités par l'homme et un pour les récifs coralliens inhabités.",
    url = "https://doi.org/10.26686/wgtn.17057996.v1",
    doi = "10.26686/wgtn.17057996.v1",
    openalex = "W4372132062",
    references = "openalexw2165625223"
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La calcification nette de l'écosystème des récifs coralliens (NEC) a diminué pour de nombreux récifs des Caraïbes au cours des dernières décennies, principalement en raison d'une combinaison de la diminution de la couverture corallienne et de la composition changeante de la communauté benthique. Les approches basées sur la chimie pour calculer la NEC utilisent la baisse de l'alcalinité totale (TA) de l'eau de mer combinée au temps de résidence pour calculer une mesure instantanée de la NEC. Les approches basées sur le recensement combinent les taux de croissance annuels avec la couverture benthique et la complexité structurelle du récif pour estimer la NEC survenant sur des échelles de temps annuelles. Ici, la NEC a été calculée pour le Hog Reef à Bermudes en utilisant à la fois les techniques de NEC basées sur la chimie et sur le recensement afin de comparer l'équilibre des masses généré par les deux méthodes et d'identifier les biocalcificateurs dominants au Hog Reef. Nos résultats indiquent un accord étroit entre la NEC basée sur le recensement annuelle de 2011 de 2,35±1,01 kg CaCO3•m-2•y-1 et la NEC basée sur la chimie de 2,23±1,02 kg CaCO3•m-2•y-1 au Hog Reef. Un enregistrement supplémentaire de données de TA du Hog Reef calculé à partir d'une bouée CO2 autonome mesurant la pCO2 et le pHtotal modélisé toutes les 3 heures met en évidence la variabilité temporelle dynamique de la NEC des récifs coralliens. Cette capacité des techniques de NEC basées sur la chimie à capturer une variabilité de fréquence plus élevée dans la NEC des récifs coralliens permet d'explorer et de tester les mécanismes qui conduisent à la variabilité de la NEC. Seules quatre espèces de coraux, Diploria labyrinthiformis, Pseudodiploria strigosa, Millepora alcicornis et Orbicella franksi, ont été identifiées par la NEC basée sur le recensement comme contribuant à 94±19 % de la production totale de carbonate de calcium au Hog Reef, suggérant que ces espèces devraient être mises en avant pour la conservation afin de préserver les taux actuels de production de carbonate de calcium au Hog Reef. Alors que la couverture corallienne continue de diminuer à l'échelle mondiale, l'accord entre ces estimations de NEC suggère que l'une ou l'autre méthode, mais idéalement les deux méthodes, peuvent servir d'outil utile pour les gestionnaires de récifs coralliens et les scientifiques de la conservation afin de surveiller le maintien de la structure du récif corallien et des services écosystémiques.

@article{doi103389fmars201600181,
    author = "Courtney, Travis A. et Andersson, Andreas J. et Bates, Nicholas R. et Collins, Andrew et Cyronak, Tyler et de Putron, Samantha J. et Eyre, Bradley D. et Garley, Rebecca et Hochberg, Eric J. et Johnson, Rodney J. et Musielewicz, Sylvia et Noyes, Tim J. et Sabine, Christopher L. et Sutton, Adrienne J. et Toncin, Jessy et Tribollet, Aline",
    title = "Comparaison des estimations de la calcification nette de l'écosystème basée sur la chimie et sur le recensement sur un récif de bordure à Bermudes",
    year = "2016",
    journal = "Frontiers in Marine Science",
    abstract = "La calcification nette de l'écosystème des récifs coralliens (NEC) a diminué pour de nombreux récifs des Caraïbes au cours des dernières décennies, principalement en raison d'une combinaison de la diminution de la couverture corallienne et de la composition changeante de la communauté benthique. Les approches basées sur la chimie pour calculer la NEC utilisent la baisse de l'alcalinité totale (TA) de l'eau de mer combinée au temps de résidence pour calculer une mesure instantanée de la NEC. Les approches basées sur le recensement combinent les taux de croissance annuels avec la couverture benthique et la complexité structurelle du récif pour estimer la NEC survenant sur des échelles de temps annuelles. Ici, la NEC a été calculée pour le Hog Reef à Bermudes en utilisant à la fois les techniques de NEC basées sur la chimie et sur le recensement afin de comparer l'équilibre des masses généré par les deux méthodes et d'identifier les biocalcificateurs dominants au Hog Reef. Nos résultats indiquent un accord étroit entre la NEC basée sur le recensement annuelle de 2011 de 2,35±1,01 kg CaCO3•m-2•y-1 et la NEC basée sur la chimie de 2,23±1,02 kg CaCO3•m-2•y-1 au Hog Reef. Un enregistrement supplémentaire de données de TA du Hog Reef calculé à partir d'une bouée CO2 autonome mesurant la pCO2 et le pHtotal modélisé toutes les 3 heures met en évidence la variabilité temporelle dynamique de la NEC des récifs coralliens. Cette capacité des techniques de NEC basées sur la chimie à capturer une variabilité de fréquence plus élevée dans la NEC des récifs coralliens permet d'explorer et de tester les mécanismes qui conduisent à la variabilité de la NEC. Seules quatre espèces de coraux, Diploria labyrinthiformis, Pseudodiploria strigosa, Millepora alcicornis et Orbicella franksi, ont été identifiées par la NEC basée sur le recensement comme contribuant à 94±19 % de la production totale de carbonate de calcium au Hog Reef, suggérant que ces espèces devraient être mises en avant pour la conservation afin de préserver les taux actuels de production de carbonate de calcium au Hog Reef. Alors que la couverture corallienne continue de diminuer à l'échelle mondiale, l'accord entre ces estimations de NEC suggère que l'une ou l'autre méthode, mais idéalement les deux méthodes, peuvent servir d'outil utile pour les gestionnaires de récifs coralliens et les scientifiques de la conservation afin de surveiller le maintien de la structure du récif corallien et des services écosystémiques.",
    url = "https://doi.org/10.3389/fmars.2016.00181",
    doi = "10.3389/fmars.2016.00181",
    openalex = "W2522267892",
    references = "doi1010022015gl063488, doi101002lno10048, doi101016002196149090074z, doi1010160198014987900215, doi101016jecoser201207005, doi101016s0921800999000099, doi101038nmeth2089, doi101093icb391146, doi101126science1086050, doi1023071941447, doi104319lo19731860897, openalexw171744082"
}

Résumé Les récifs coralliens sont constitués de carbonate de calcium (CaCO 3) produit biologiquement par une diversité de plantes, d'animaux et de microbes calcifiants. Alors que l'océan se réchauffe et s'acidifie, les préoccupations croissantes portent sur le fait que le déclin des taux de calcification pourrait faire basculer les budgets de CaCO 3 des récifs coralliens d'une nette accrétion à une nette dissolution. Nous avons quantifié la calcification nette de l'écosystème (NEC) et la production (NEP) sur l'atoll de Dongsha, dans le nord de la mer de Chine méridionale, sur une période de 2 semaines incluant un événement de blanchissement transitoire. Le pH maximal diurne sur la large et peu profonde plate-forme récifale pendant la période non blanchissante était d'environ 8,5, significativement supérieur à celui de l'océan ouvert environnant (environ 8,0–8,1) en raison de la NEP diurne (jusqu'à 112 mmol C m −2 h −1). La NEC moyennée sur le cycle diurne était de 390 ± 90 mmol CaCO 3 m −2 d −1, supérieure à celle de tout autre récif corallien étudié à ce jour malgré une couverture de calcificateurs comparable (25 %) et une couverture d'algues charnues relativement élevée (19 %). Le blanchissement des coraux lié à des températures élevées a réduit significativement la NEP diurne de 29 mmol C m −2 h −1. Le pH sur la plate-forme récifale a diminué de 0,2 unité, entraînant une réduction de 40 % de la NEC en l'absence de changements de pH dans l'océan ouvert environnant. Nos résultats mettent en évidence la relation interactive entre la chimie du carbonate des écosystèmes de récifs coralliens et les taux de production et de calcification de l'écosystème, qui sont à leur tour impactés par le réchauffement des océans. Alors que les eaux de l'océan ouvert baignant les récifs coralliens se réchauffent et s'acidifient au cours du XXIe siècle, la santé et la composition des communautés benthiques des récifs joueront un rôle majeur dans la détermination des conditions sur le récif qui dicteront à leur tour la réponse de l'écosystème au changement climatique.

@article{doi1010022016jc012326,
    author = "DeCarlo, Thomas M. et Cohen, Anne L. et Wong, George T.F. et Shiah, Fuh‐Kwo et Lentz, Steven J. et Davis, Kristen A. et Shamberger, Kathryn E. F. et Lohmann, Pat",
    title = "La production communautaire module le pH des récifs coralliens et la sensibilité de la calcification de l'écosystème à l'acidification des océans",
    year = "2017",
    journal = "Journal of Geophysical Research Oceans",
    abstract = "Résumé Les récifs coralliens sont constitués de carbonate de calcium (CaCO 3) produit biologiquement par une diversité de plantes, d'animaux et de microbes calcifiants. Alors que l'océan se réchauffe et s'acidifie, les préoccupations croissantes portent sur le fait que le déclin des taux de calcification pourrait faire basculer les budgets de CaCO 3 des récifs coralliens d'une nette accrétion à une nette dissolution. Nous avons quantifié la calcification nette de l'écosystème (NEC) et la production (NEP) sur l'atoll de Dongsha, dans le nord de la mer de Chine méridionale, sur une période de 2 semaines incluant un événement de blanchissement transitoire. Le pH maximal diurne sur la large et peu profonde plate-forme récifale pendant la période non blanchissante était d'environ 8,5, significativement supérieur à celui de l'océan ouvert environnant (environ 8,0–8,1) en raison de la NEP diurne (jusqu'à 112 mmol C m −2 h −1). La NEC moyennée sur le cycle diurne était de 390 ± 90 mmol CaCO 3 m −2 d −1, supérieure à celle de tout autre récif corallien étudié à ce jour malgré une couverture de calcificateurs comparable (25\%) et une couverture d'algues charnues relativement élevée (19\%). Le blanchissement des coraux lié à des températures élevées a réduit significativement la NEP diurne de 29 mmol C m −2 h −1. Le pH sur la plate-forme récifale a diminué de 0,2 unité, entraînant une réduction de 40\% de la NEC en l'absence de changements de pH dans l'océan ouvert environnant. Nos résultats mettent en évidence la relation interactive entre la chimie du carbonate des écosystèmes de récifs coralliens et les taux de production et de calcification de l'écosystème, qui sont à leur tour impactés par le réchauffement des océans. Alors que les eaux de l'océan ouvert baignant les récifs coralliens se réchauffent et s'acidifient au cours du XXIe siècle, la santé et la composition des communautés benthiques des récifs joueront un rôle majeur dans la détermination des conditions sur le récif qui dicteront à leur tour la réponse de l'écosystème au changement climatique.",
    url = "https://doi.org/10.1002/2016jc012326",
    doi = "10.1002/2016jc012326",
    openalex = "W2568883838",
    references = "doi1010022015gl063488, doi101002lno10048, doi1010160198014987900215, doi1010160304420374900152, doi101016jcageo200511009, doi101016jgloenvcha201404002, doi1010292004gb002247, doi10102992jc00188, doi101126science1152509, doi101146annurevmarine010908163834, doi1015159781400849079, doi103389fmars201600181, doi104319lo19731860897"
}

@article{doi101038nature22901,
    author = "Hughes, Terry P. et Barnes, Michele L. et Bellwood, David R. et Cinner, Joshua E. et Cumming, Graeme S. et Jackson, Jeremy B. C. et Kleypas, Joanie et van de Leemput, Ingrid A. et Lough, Janice et Morrison, Tiffany H. et Palumbi, Stephen R. et van Nes, Egbert H. et Scheffer, Marten",
    title = "Récifs coralliens à l'Anthropocène",
    year = "2017",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature22901",
    doi = "10.1038/nature22901",
    openalex = "W2619701599",
    references = "doi101016jtree201508009, doi101038nature04095, doi101038nature18607, doi101038nature21707, doi101073pnas1422301112, doi101126science1085706, doi101126science1152509, doi101126science1204794, doi105751es03180140232"
}

Une augmentation de 2 °C de la température mondiale par rapport aux niveaux préindustriels est considérée comme un objectif raisonnable pour éviter les impacts les plus dévastateurs du changement climatique anthropique. En juin 2015, la température de surface de la mer (SST) de la mer de Chine méridionale (SCM) a augmenté de 2 °C en réponse au développement du phénomène d'El Niño dans le Pacifique. À lui seul, ce réchauffement modéré et de courte durée était peu susceptible de causer des dommages généralisés aux récifs coralliens de la région, et l'alarme « Alerte blanchissement des coraux » n'a pas été déclenchée. Cependant, sur l'atoll Dongsha, dans le nord de la SCM, des vents inhabituellement faibles ont créé des conditions de faible débit qui ont amplifié l'anomalie à l'échelle du bassin de 2 °C. Les températures de l'eau sur la plateforme récifale, normalement indistinguables de la SST océanique ouverte, ont dépassé 6 °C par rapport aux niveaux normaux de l'été. Un blanchissement massif des coraux s'est rapidement ensuivi, tuant 40 % de la communauté de coraux résidente dans un événement sans précédent au moins depuis 40 ans. Nos résultats soulignent les risques du réchauffement océanique de 2 °C pour les écosystèmes de récifs coralliens lorsque les processus globaux et locaux s'alignent pour entraîner un réchauffement intense, avec des conséquences dévastatrices.

@article{doi101038srep44586,
    author = "DeCarlo, Thomas M. et Cohen, Anne L. et Wong, George T.F. et Davis, Kristen A. et Lohmann, Pat et Soong, Keryea",
    title = "Mortalité massive des coraux sous amplification locale du réchauffement océanique de 2 °C",
    year = "2017",
    journal = "Scientific Reports",
    abstract = {Une augmentation de 2 °C de la température mondiale par rapport aux niveaux préindustriels est considérée comme un objectif raisonnable pour éviter les impacts les plus dévastateurs du changement climatique anthropique. En juin 2015, la température de surface de la mer (SST) de la mer de Chine méridionale (SCM) a augmenté de 2 °C en réponse au développement du phénomène d'El Niño dans le Pacifique. À lui seul, ce réchauffement modéré et de courte durée était peu susceptible de causer des dommages généralisés aux récifs coralliens de la région, et l'alarme « Alerte blanchissement des coraux » n'a pas été déclenchée. Cependant, sur l'atoll Dongsha, dans le nord de la SCM, des vents inhabituellement faibles ont créé des conditions de faible débit qui ont amplifié l'anomalie à l'échelle du bassin de 2 °C. Les températures de l'eau sur la plateforme récifale, normalement indistinguables de la SST océanique ouverte, ont dépassé 6 °C par rapport aux niveaux normaux de l'été. Un blanchissement massif des coraux s'est rapidement ensuivi, tuant 40\% de la communauté de coraux résidente dans un événement sans précédent au moins depuis 40 ans. Nos résultats soulignent les risques du réchauffement océanique de 2 °C pour les écosystèmes de récifs coralliens lorsque les processus globaux et locaux s'alignent pour entraîner un réchauffement intense, avec des conséquences dévastatrices.},
    url = "https://doi.org/10.1038/srep44586",
    doi = "10.1038/srep44586",
    openalex = "W2600378448",
    references = "doi1010022016jc012326"
}

Les récifs coralliens se trouvent dans une large gamme d'environnements, où ils fournissent de la nourriture et un habitat à une grande variété d'organismes ainsi que d'autres biens et services écologiques. Par exemple, les récifs coralliens d'eaux chaudes occupent des eaux peu profondes, ensoleillées, chaudes et alcalines afin de croître et de calcifier aux taux élevés nécessaires pour construire et maintenir leurs structures de carbonate de calcium. À des profondeurs plus grandes (40 – 150 m), les récifs coralliens « mésophotiques » (faible luminosité) accumulent du carbonate de calcium à des taux beaucoup plus faibles (voire pas du tout dans certains cas), tout en restant importants comme habitat pour une large gamme d'organismes, y compris ceux importants pour les pêcheries. Enfin, encore plus profond, jusqu'à 2000 m ou plus, les récifs coralliens dits « d'eaux froides » se trouvent dans les profondeurs sombres. Malgré leur importance, les récifs coralliens font face à des défis importants liés aux activités humaines, notamment la pollution, la surpêche, la destruction physique et le changement climatique. Dans ce dernier cas, même des scénarios d'émissions de gaz à effet de serre plus bas (tels que le Trajet de Concentration Représentatif RCP 4.5) sont susceptibles de conduire à l'élimination de la plupart des récifs coralliens d'eaux chaudes d'ici 2040-2050. Les coraux d'eaux froides sont également menacés par le réchauffement des températures et l'acidification océanique, bien que les preuves de l'effet direct du changement climatique soient moins claires. Les preuves selon lesquelles les récifs coralliens peuvent s'adapter à des taux suffisants pour suivre le réchauffement rapide de l'océan et l'acidification sont minimes, surtout compte tenu du fait que les coraux ont une longue durée de vie et ont donc des taux d'évolution lents. Les conclusions selon lesquelles les récifs coralliens migreront vers des latitudes plus élevées en se réchauffant sont tout aussi infondées, les observations d'espèces tropicales apparaissant à haute latitude constituant une preuve « nécessaire mais non suffisante » que les écosystèmes de récifs coralliens entiers se déplacent. Au contraire, les récifs coralliens sont susceptibles de se dégrader rapidement au cours des 20 prochaines années, posant des défis fondamentaux pour les 500 millions de personnes qui tirent de la nourriture, des revenus, une protection côtière et une gamme d'autres services des récifs coralliens. À moins que des avancées rapides vers les objectifs de l'Accord de Paris sur le changement climatique ne surviennent au cours de la prochaine décennie, des centaines de millions de personnes risquent de faire face à des quantités croissantes de pauvreté et de troubles sociaux, et, dans certains cas, d'insécurité régionale.

@article{doi103389fmars201700158,
    author = "Hoegh‐Guldberg, Ove et Poloczanska, Elvira S. et Skirving, William et Dove, Sophie",
    title = "Écosystèmes de récifs coralliens sous changement climatique et acidification océanique",
    year = "2017",
    journal = "Frontiers in Marine Science",
    abstract = "Les récifs coralliens se trouvent dans une large gamme d'environnements, où ils fournissent de la nourriture et un habitat à une grande variété d'organismes ainsi que d'autres biens et services écologiques. Par exemple, les récifs coralliens d'eaux chaudes occupent des eaux peu profondes, ensoleillées, chaudes et alcalines afin de croître et de calcifier aux taux élevés nécessaires pour construire et maintenir leurs structures de carbonate de calcium. À des profondeurs plus grandes (40 – 150 m), les récifs coralliens « mésophotiques » (faible luminosité) accumulent du carbonate de calcium à des taux beaucoup plus faibles (voire pas du tout dans certains cas), tout en restant importants comme habitat pour une large gamme d'organismes, y compris ceux importants pour les pêcheries. Enfin, encore plus profond, jusqu'à 2000 m ou plus, les récifs coralliens dits « d'eaux froides » se trouvent dans les profondeurs sombres. Malgré leur importance, les récifs coralliens font face à des défis importants liés aux activités humaines, notamment la pollution, la surpêche, la destruction physique et le changement climatique. Dans ce dernier cas, même des scénarios d'émissions de gaz à effet de serre plus bas (tels que le Trajet de Concentration Représentatif RCP 4.5) sont susceptibles de conduire à l'élimination de la plupart des récifs coralliens d'eaux chaudes d'ici 2040-2050. Les coraux d'eaux froides sont également menacés par le réchauffement des températures et l'acidification océanique, bien que les preuves de l'effet direct du changement climatique soient moins claires. Les preuves selon lesquelles les récifs coralliens peuvent s'adapter à des taux suffisants pour suivre le réchauffement rapide de l'océan et l'acidification sont minimes, surtout compte tenu du fait que les coraux ont une longue durée de vie et ont donc des taux d'évolution lents. Les conclusions selon lesquelles les récifs coralliens migreront vers des latitudes plus élevées en se réchauffant sont tout aussi infondées, les observations d'espèces tropicales apparaissant à haute latitude constituant une preuve « nécessaire mais non suffisante » que les écosystèmes de récifs coralliens entiers se déplacent. Au contraire, les récifs coralliens sont susceptibles de se dégrader rapidement au cours des 20 prochaines années, posant des défis fondamentaux pour les 500 millions de personnes qui tirent de la nourriture, des revenus, une protection côtière et une gamme d'autres services des récifs coralliens. À moins que des avancées rapides vers les objectifs de l'Accord de Paris sur le changement climatique ne surviennent au cours de la prochaine décennie, des centaines de millions de personnes risquent de faire face à des quantités croissantes de pauvreté et de troubles sociaux, et, dans certains cas, d'insécurité régionale.",
    url = "https://doi.org/10.3389/fmars.2017.00158",
    doi = "10.3389/fmars.2017.00158",
    openalex = "W2613802059",
    references = "doi1010022016jc012326, doi101016jecss200809003, doi101016jgloenvcha201404002, doi101017cbo9781107415386, doi1010292002jd002670, doi10103820859, doi101038nature04095, doi101093icb391146, doi101126science1059199, doi101126science1152509, doi101146annurevmarine010908163834, doi101371journalpone0030580, doi105194bg616712009, openalexw2530597942, openalexw2924055038"
}

Les coraux durs massifs à croissance lente ont souvent été négligés dans les activités de restauration des récifs, malgré leur résilience face au changement climatique et leur contribution à la structure du récif. Les techniques pour propager et planter efficacement ces espèces se sont révélées difficiles. Cependant, les progrès méthodologiques peuvent augmenter les taux de réussite. En 2013, des fragments d'Orbicella faveolata et Montastrea cavernosa ont été plantés sur des récifs dans les Keys de Floride, à des emplacements près du rivage et en mer, afin de déterminer si le « microfragmenting » des coraux, le processus de création de fragments d'environ 1 cm2, augmentait la survie et la croissance des plantations par rapport à des fragments plus grands (16–64 cm2). Des ensembles de huit microfragments ont été plantés près d'un fragment plus grand de taille similaire à chaque emplacement. Six paires de réplicats ont été placées au hasard dans chaque site d'étude d'environ 700 m2. Les fragments des deux sites ont été surveillés pour leur croissance et leur survie pendant 31 mois, couvrant deux événements de blanchissement. Une prédation initiale a eu lieu sur les microfragments, mais était absente dans les fragments plus grands. La survie et la croissance ont varié entre les sites, mais pas entre les fragments plus grands et les ensembles de microfragments. Cependant, en excluant les parcelles avec plus de 40 % de prédation au site près du rivage, il a été montré que les ensembles de microfragments d'O. faveolata produisaient 10 fois plus de tissu que les fragments plus grands traditionnellement utilisés. Les résultats de cette étude suggèrent que si les événements de prédation sont réduits, les coraux massifs peuvent être cultivés et plantés avec succès à des fins de restauration.

@article{doi101016jecoleng201808017,
    author = "Page, Christopher et Muller, Erinn M. et Vaughan, David",
    title = "Microfragmenting pour la restauration réussie des coraux massifs à croissance lente",
    year = "2018",
    journal = "Ecological Engineering",
    abstract = "Les coraux durs massifs à croissance lente ont souvent été négligés dans les activités de restauration des récifs, malgré leur résilience face au changement climatique et leur contribution à la structure du récif. Les techniques pour propager et planter efficacement ces espèces se sont révélées difficiles. Cependant, les progrès méthodologiques peuvent augmenter les taux de réussite. En 2013, des fragments d'Orbicella faveolata et Montastrea cavernosa ont été plantés sur des récifs dans les Keys de Floride, à des emplacements près du rivage et en mer, afin de déterminer si le « microfragmenting » des coraux, le processus de création de fragments d'environ 1 cm2, augmentait la survie et la croissance des plantations par rapport à des fragments plus grands (16–64 cm2). Des ensembles de huit microfragments ont été plantés près d'un fragment plus grand de taille similaire à chaque emplacement. Six paires de réplicats ont été placées au hasard dans chaque site d'étude d'environ 700 m2. Les fragments des deux sites ont été surveillés pour leur croissance et leur survie pendant 31 mois, couvrant deux événements de blanchissement. Une prédation initiale a eu lieu sur les microfragments, mais était absente dans les fragments plus grands. La survie et la croissance ont varié entre les sites, mais pas entre les fragments plus grands et les ensembles de microfragments. Cependant, en excluant les parcelles avec plus de 40\% de prédation au site près du rivage, il a été montré que les ensembles de microfragments d'O. faveolata produisaient 10 fois plus de tissu que les fragments plus grands traditionnellement utilisés. Les résultats de cette étude suggèrent que si les événements de prédation sont réduits, les coraux massifs peuvent être cultivés et plantés avec succès à des fins de restauration.",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ecoleng.2018.08.017",
    doi = "10.1016/j.ecoleng.2018.08.017",
    openalex = "W2890773647"
}

Les récifs coralliens peuvent fournir des avantages significatifs de protection côtière aux personnes et aux biens. Ici, nous montrons que les dommages annuels attendus dus aux inondations doubleraient et que les coûts dus aux tempêtes fréquentes tripleraient sans récifs. Pour les événements de tempête centennaux, les dommages dus aux inondations augmenteraient de 91 % à 272 milliards de dollars US sans récifs. Les pays qui ont le plus à gagner de la gestion des récifs sont l'Indonésie, les Philippines, la Malaisie, le Mexique et Cuba ; les économies annuelles attendues dues aux inondations dépassent 400 M pour chacune de ces nations. La montée du niveau de la mer augmentera le risque d'inondation, mais des impacts substantiels pourraient survenir uniquement à cause de la perte de récifs sans une meilleure gestion à court terme. Nous fournissons une évaluation mondiale, basée sur les processus, d'un service écosystémique à travers un biome marin entier aux niveaux (sub)nationaux. Ces avantages spatialement explicites éclairent les décisions critiques de gestion des risques et de l'environnement, et les avantages attendus peuvent être directement pris en compte par les gouvernements (par exemple, comptes nationaux, plans de relance) et les entreprises (par exemple, assurances).

@article{doi101038s4146701804568z,
    author = "Beck, Michael W. et Losada, Íñigo J. et Menéndez, Pelayo et Reguero, Borja G. et Díaz-Simal, Pedro et Fernández, Felipe",
    title = "Les économies de protection contre les inondations mondiales fournies par les récifs coralliens",
    year = "2018",
    journal = "Nature Communications",
    abstract = "Les récifs coralliens peuvent fournir des avantages significatifs de protection côtière aux personnes et aux biens. Ici, nous montrons que les dommages annuels attendus dus aux inondations doubleraient et que les coûts dus aux tempêtes fréquentes tripleraient sans récifs. Pour les événements de tempête centennaux, les dommages dus aux inondations augmenteraient de 91 % à 272 milliards de dollars US sans récifs. Les pays qui ont le plus à gagner de la gestion des récifs sont l'Indonésie, les Philippines, la Malaisie, le Mexique et Cuba ; les économies annuelles attendues dues aux inondations dépassent 400 M pour chacune de ces nations. La montée du niveau de la mer augmentera le risque d'inondation, mais des impacts substantiels pourraient survenir uniquement à cause de la perte de récifs sans une meilleure gestion à court terme. Nous fournissons une évaluation mondiale, basée sur les processus, d'un service écosystémique à travers un biome marin entier aux niveaux (sub)nationaux. Ces avantages spatialement explicites éclairent les décisions critiques de gestion des risques et de l'environnement, et les avantages attendus peuvent être directement pris en compte par les gouvernements (par exemple, comptes nationaux, plans de relance) et les entreprises (par exemple, assurances).",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41467-018-04568-z",
    doi = "10.1038/s41467-018-04568-z",
    openalex = "W2805548573",
    references = "doi101038nature18607, doi101098rspb20090339, doi101126science1204794, doi1011751520042620020190183eimobo20co2"
}

@article{doi101038s4158601800412,
    author = "Hughes, Terry P. et Kerry, James T. et Baird, Andrew H. et Connolly, Sean R. et Dietzel, Andreas et Eakin, C. Mark et Heron, Scott F. et Hoey, Andrew S. et Hoogenboom, Mia O. et Liu, Gang et McWilliam, Mike et Pears, Rachel et Pratchett, Morgan S. et Skirving, William et Stella, Jessica et Torda, Gergely",
    title = "Le réchauffement climatique transforme les assemblages de récifs coralliens",
    year = "2018",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41586-018-0041-2",
    doi = "10.1038/s41586-018-0041-2",
    openalex = "W2796944804",
    references = "doi101016jecss200809003, doi101038nature21707, doi101126scienceaan8048"
}

@article{doi101038s415860180194z,
    author = "Perry, Chris T. et Álvarez‐Filip, Lorenzo et Graham, Nicholas A. J. et Mumby, Peter J. et Wilson, Shaun K. et Kench, Paul S. et Manzello, Derek P. et Morgan, Kyle M. et Slangen, Aimée B. A. et Thomson, Damian P. et Januchowski‐Hartley, Fraser A. et Smithers, S et Steneck, Robert S. et Carlton, R. et Edinger, Evan et Enochs, Ian C. et Estrada‐Saldívar, Nuria et Haywood, Michael D. E. et Kolodziej, Graham et Murphy, Gary N. et Pérez‐Cervantes, Esmeralda et Suchley, Adam et Valentino, Lauren et Boenish, Robert et Wilson, Margaret W. et MacDonald, Chancey",
    title = "Perte de la capacité des récifs coralliens à suivre les futures augmentations du niveau de la mer",
    year = "2018",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41586-018-0194-z",
    doi = "10.1038/s41586-018-0194-z",
    openalex = "W2808355995",
    references = "doi101038ncomms2409, doi101126science1944268937"
}

La modification de la calcification des récifs est probablement à la fois une réponse physiologique directe aux nutriments et une réponse indirecte à un environnement de pH changeant dû à des taux de NCP modifiés. Ici, nous montrons que la pollution par les nutriments pourrait rendre les récifs plus vulnérables aux changements globaux associés à l'acidification des océans et accélérer le décalage prévu de l'accrétion nette à l'érosion nette.

@article{doi101098rspb20172718,
    author = "Silbiger, Nyssa J. et Nelson, Craig E. et Remple, Kristina et Sevilla, Jessica K. et Quinlan, Zachary A. et Putnam, Hollie M. et Fox, Michael D. et Donahue, Megan J.",
    title = "La pollution par les nutriments perturbe les fonctions clés des écosystèmes sur les récifs coralliens",
    year = "2018",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "La modification de la calcification des récifs est probablement à la fois une réponse physiologique directe aux nutriments et une réponse indirecte à un environnement de pH changeant dû à des taux de NCP modifiés. Ici, nous montrons que la pollution par les nutriments pourrait rendre les récifs plus vulnérables aux changements globaux associés à l'acidification des océans et accélérer le décalage prévu de l'accrétion nette à l'érosion nette.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2017.2718",
    doi = "10.1098/rspb.2017.2718",
    openalex = "W2807516628",
    references = "doi1010022015gl063488, doi1010022016jc012326"
}

Résumé L'écologie de nombreux récifs coralliens a considérablement changé au cours des dernières décennies en réponse à diverses combinaisons de stress locaux et globaux. Ces changements écologiques ont des implications importantes pour l'abondance des taxons qui régulent la production et l'érosion des carbonates squelettiques, et donc pour de nombreuses fonctions géo-écologiques que fournissent les récifs coralliens, notamment la production du cadre du récif et la génération de sédiments, le maintien de la complexité de l'habitat du récif et le potentiel de croissance du récif. Ces attributs fonctionnels sous-tendent de nombreux biens et services écosystémiques que les récifs fournissent à la société. Les conditions rapidement changeantes des récifs dans l'Anthropocène sont susceptibles d'impacter significativement la capacité des récifs à maintenir ces fonctions géo-écologiques. Bien que l'empreinte anthropocène des perturbations s'exprimera différemment à travers les éco-régions et les habitats, l'aboutissement pour de nombreux récifs peut être globalement similaire : (a) un déplacement progressif vers des états de budget carbonaté nettement neutre ou négatif ; (b) une structure structurellement plus plate ; et (c) des taux de croissance verticale plus faibles. Il est également probable qu'une homogénéisation progressive de la profondeur se produise en termes de ces processus. L'Anthropocène sera probablement défini par une disconnexion croissante entre les processus écologiques qui pilotent la production de carbonates à la surface du récif et le résultat géologique net de cette production, c'est-à-dire l'accumulation de la structure sous-jacente du récif. Les structures de récifs deviendront ainsi de plus en plus des caractéristiques relictuelles ou séniles, ce qui réduira la complexité de l'habitat du récif et les taux de génération de sédiments, et limitera le potentiel des récifs à s'accrétir verticalement à des taux capables de suivre la montée du niveau de la mer. En l'absence de stress omniprésents, la récupération des communautés coralliennes dégradées a été observée, entraînant le regain de budgets nettement positifs. Cependant, la fréquence et l'intensité des événements de blanchissement induits par le climat sont prédits à augmenter au cours des prochaines décennies. Cela augmentera l'empreinte spatiale des perturbations et exacerbera l'ampleur des changements décrits ici, limitant la capacité de nombreux récifs à maintenir leurs fonctions géo-écologiques. L'application de protections marines efficaces ou les avantages de l'isolement géographique ou de conditions environnementales favorables (« sites de refuge ») peuvent offrir l'espoir de futurs plus optimistes dans certains endroits. Un résumé en langage simple est disponible pour cet article.

@article{doi1011111365243513247,
    author = "Perry, Chris T. et Álvarez‐Filip, Lorenzo",
    title = "Changing geo‐ecological functions of coral reefs in the Anthropocene",
    year = "2018",
    journal = "Functional Ecology",
    abstract = "Résumé L'écologie de nombreux récifs coralliens a considérablement changé au cours des dernières décennies en réponse à diverses combinaisons de stress locaux et globaux. Ces changements écologiques ont des implications importantes pour l'abondance des taxons qui régulent la production et l'érosion des carbonates squelettiques, et donc pour de nombreuses fonctions géo-écologiques que fournissent les récifs coralliens, notamment la production du cadre du récif et la génération de sédiments, le maintien de la complexité de l'habitat du récif et le potentiel de croissance du récif. Ces attributs fonctionnels sous-tendent de nombreux biens et services écosystémiques que les récifs fournissent à la société. Les conditions rapidement changeantes des récifs dans l'Anthropocène sont susceptibles d'impacter significativement la capacité des récifs à maintenir ces fonctions géo-écologiques. Bien que l'empreinte anthropocène des perturbations s'exprimera différemment à travers les éco-régions et les habitats, l'aboutissement pour de nombreux récifs peut être globalement similaire : (a) un déplacement progressif vers des états de budget carbonaté nettement neutre ou négatif ; (b) une structure structurellement plus plate ; et (c) des taux de croissance verticale plus faibles. Il est également probable qu'une homogénéisation progressive de la profondeur se produise en termes de ces processus. L'Anthropocène sera probablement défini par une disconnexion croissante entre les processus écologiques qui pilotent la production de carbonates à la surface du récif et le résultat géologique net de cette production, c'est-à-dire l'accumulation de la structure sous-jacente du récif. Les structures de récifs deviendront ainsi de plus en plus des caractéristiques relictuelles ou séniles, ce qui réduira la complexité de l'habitat du récif et les taux de génération de sédiments, et limitera le potentiel des récifs à s'accrétir verticalement à des taux capables de suivre la montée du niveau de la mer. En l'absence de stress omniprésents, la récupération des communautés coralliennes dégradées a été observée, entraînant le regain de budgets nettement positifs. Cependant, la fréquence et l'intensité des événements de blanchissement induits par le climat sont prédits à augmenter au cours des prochaines décennies. Cela augmentera l'empreinte spatiale des perturbations et exacerbera l'ampleur des changements décrits ici, limitant la capacité de nombreux récifs à maintenir leurs fonctions géo-écologiques. L'application de protections marines efficaces ou les avantages de l'isolement géographique ou de conditions environnementales favorables (« sites de refuge ») peuvent offrir l'espoir de futurs plus optimistes dans certains endroits. Un résumé en langage simple est disponible pour cet article.",
    url = "https://doi.org/10.1111/1365-2435.13247",
    doi = "10.1111/1365-2435.13247",
    openalex = "W2901925152",
    references = "doi103389fmars201600181"
}

Les habitats adjacents spatialement sur les récifs coralliens peuvent représenter des environnements hautement distincts, abritant souvent des communautés coralliennes différentes. Pourtant, certaines espèces de corail prospèrent dans des environnements divergents. Il est inconnu si les forces de sélection sont suffisamment fortes pour surmonter les effets contrebalancants du flux génétique généralement élevé sur de courtes distances, et pour qu'une adaptation locale se produise. Nous avons criblé le génome du corail (en utilisant le séquençage associé aux sites de restriction) et caractérisé les microbiomes de prokaryotes associés aux photosymbiontes dinoflagellés et aux tissus (en utilisant le métabarcodage) d'une population de corail constructeur de récif, Pocillopora damicornis, sur une plateforme et une pente de récif à deux emplacements sur l'île Heron dans le Grand Barrière de Corail du sud. Les populations de plateforme et de pente de récif étaient séparées par <100 m horizontalement et ~5 m verticalement, et les deux emplacements d'étude étaient séparés par ~1 km. Pour l'hôte corallien, la divergence génétique entre les habitats était beaucoup plus grande qu'entre les emplacements, suggérant un flux génétique limité entre les populations de plateforme et de pente. En cohérence avec la sélection environnementale, les locus atypiques appartenaient principalement à la réponse au stress cellulaire minimale conservée, reflétant probablement l'adaptation aux différents régimes de température et d'irradiance sur la plateforme et la pente de récif. La communauté de prokaryotes différait selon le habitat et, dans une moindre mesure, selon l'emplacement, tandis que les photosymbiontes dinoflagellés différaient selon le habitat mais pas selon l'emplacement. La diversité intraspécifique observée associée à des habitats divergents soutient que l'adaptation environnementale implique plusieurs membres du holobionte corallien. Les allèles adaptatifs ou les associations microbiennes présentes dans les populations de corail de la plateforme de récif à l'environnement variable pourraient fournir une source de variation adaptative pour les approches d'évolution assistée, par flux génétique assisté, croisement artificiel ou inoculations probiotiques, dans le but d'augmenter la résilience climatique des populations de pente.

@article{doi101111mec14763,
    author = "van Oppen, Madeleine J. H. et Bongaerts, Pim et Frade, Pedro R. et Peplow, Lesa M. et Boyd, Sarah E. et Nim, Hieu T. et Bay, Line K.",
    title = "Adaptation aux habitats de récif par sélection sur l'animal corallien et son microbiome associé",
    year = "2018",
    journal = "Molecular Ecology",
    abstract = "Les habitats adjacents spatialement sur les récifs coralliens peuvent représenter des environnements hautement distincts, abritant souvent des communautés coralliennes différentes. Pourtant, certaines espèces de corail prospèrent dans des environnements divergents. Il est inconnu si les forces de sélection sont suffisamment fortes pour surmonter les effets contrebalancants du flux génétique généralement élevé sur de courtes distances, et pour qu'une adaptation locale se produise. Nous avons criblé le génome du corail (en utilisant le séquençage associé aux sites de restriction) et caractérisé les microbiomes de prokaryotes associés aux photosymbiontes dinoflagellés et aux tissus (en utilisant le métabarcodage) d'une population de corail constructeur de récif, Pocillopora damicornis, sur une plateforme et une pente de récif à deux emplacements sur l'île Heron dans le Grand Barrière de Corail du sud. Les populations de plateforme et de pente de récif étaient séparées par <100 m horizontalement et \textasciitilde 5 m verticalement, et les deux emplacements d'étude étaient séparés par \textasciitilde 1 km. Pour l'hôte corallien, la divergence génétique entre les habitats était beaucoup plus grande qu'entre les emplacements, suggérant un flux génétique limité entre les populations de plateforme et de pente. En cohérence avec la sélection environnementale, les locus atypiques appartenaient principalement à la réponse au stress cellulaire minimale conservée, reflétant probablement l'adaptation aux différents régimes de température et d'irradiance sur la plateforme et la pente de récif. La communauté de prokaryotes différait selon le habitat et, dans une moindre mesure, selon l'emplacement, tandis que les photosymbiontes dinoflagellés différaient selon le habitat mais pas selon l'emplacement. La diversité intraspécifique observée associée à des habitats divergents soutient que l'adaptation environnementale implique plusieurs membres du holobionte corallien. Les allèles adaptatifs ou les associations microbiennes présentes dans les populations de corail de la plateforme de récif à l'environnement variable pourraient fournir une source de variation adaptative pour les approches d'évolution assistée, par flux génétique assisté, croisement artificiel ou inoculations probiotiques, dans le but d'augmenter la résilience climatique des populations de pente.",
    url = "https://doi.org/10.1111/mec.14763",
    doi = "10.1111/mec.14763",
    openalex = "W2807822404",
    references = "doi1010022015gl063488"
}

Les systèmes de récifs tropicaux entrent dans une nouvelle ère où l'intervalle entre les épisodes récurrents de blanchissement des coraux est trop court pour permettre une récupération complète des assemblages matures. Nous avons analysé les enregistrements de blanchissement à 100 emplacements de récifs répartis dans le monde entier de 1980 à 2016. Le temps médian de retour entre des paires d'événements de blanchissement sévères a diminué régulièrement depuis 1980 et n'est désormais que de 6 ans. À mesure que le réchauffement climatique progresse, les températures de surface de la mer tropicales sont actuellement plus chaudes pendant les conditions actuelles de La Niña qu'elles ne l'étaient pendant les événements El Niño il y a trois décennies. Par conséquent, alors que nous transitionnons vers l'Anthropocène, le blanchissement des coraux se produit plus fréquemment dans toutes les phases de l'oscillation El Niño-Southern, augmentant la probabilité d'un blanchissement annuel dans les décennies à venir.

@article{doi101126scienceaan8048,
    author = "Hughes, Terry P. et Anderson, Kristen D. et Connolly, Sean R. et Heron, Scott F. et Kerry, James T. et Lough, Janice et Baird, Andrew H. et Baum, Julia K. et Berumen, Michael L. et Bridge, Tom C. L. et Claar, Danielle C. et Eakin, C. Mark et Gilmour, James et Graham, Nicholas A. J. et Harrison, Hugo B. et Hobbs, J. et Hoey, Andrew S. et Hoogenboom, Mia O. et Lowe, Ryan et McCulloch, Malcolm T. et Pandolfi, John M. et Pratchett, Morgan S. et Schoepf, Verena et Torda, Gergely et Wilson, Shaun K.",
    title = "Patterns spatiaux et temporels du blanchissement massif des coraux à l'ère anthropocène",
    year = "2018",
    journal = "Science",
    abstract = "Les systèmes de récifs tropicaux entrent dans une nouvelle ère où l'intervalle entre les épisodes récurrents de blanchissement des coraux est trop court pour permettre une récupération complète des assemblages matures. Nous avons analysé les enregistrements de blanchissement à 100 emplacements de récifs répartis dans le monde entier de 1980 à 2016. Le temps médian de retour entre des paires d'événements de blanchissement sévères a diminué régulièrement depuis 1980 et n'est désormais que de 6 ans. À mesure que le réchauffement climatique progresse, les températures de surface de la mer tropicales sont actuellement plus chaudes pendant les conditions actuelles de La Niña qu'elles ne l'étaient pendant les événements El Niño il y a trois décennies. Par conséquent, alors que nous transitionnons vers l'Anthropocène, le blanchissement des coraux se produit plus fréquemment dans toutes les phases de l'oscillation El Niño-Southern, augmentant la probabilité d'un blanchissement annuel dans les décennies à venir.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.aan8048",
    doi = "10.1126/science.aan8048",
    openalex = "W2782456798",
    references = "doi1010079780387217062, doi101007bf00303779, doi101016jecss200809003, doi1010292002jd002670, doi101038461472a, doi101038nature21707, doi101038nature22901, doi101126science1085046, doi1018637jssv067i01, doi103354meps237133"
}

atteint 2,92 ± 0,16 (prévu vers 2050 ap. J.-C.). Notamment, certains récifs subissent déjà une dissolution nette des sédiments.

@article{doi101126scienceaao1118,
    author = "Eyre, Bradley D. et Cyronak, Tyler et Drupp, P. S. et Carlo, Eric H. De et Sachs, Julian P. et Andersson, Andreas J.",
    title = "Les récifs coralliens passeront à une dissolution nette avant la fin du siècle",
    year = "2018",
    journal = "Science",
    abstract = "atteint 2,92 ± 0,16 (prévu vers 2050 ap. J.-C.). Notamment, certains récifs subissent déjà une dissolution nette des sédiments.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.aao1118",
    doi = "10.1126/science.aao1118",
    openalex = "W2788474355",
    references = "doi101002lno10048, doi1010160198014987900215, doi1010291999gb001195, doi10102993gb02524, doi101038nature21707, doi101038ngeo100, doi101071mf99078, doi101126science1152509, doi101126science1204794, doi101146annurevecolsys291405, doi104319lo19731860897"
}

Dans le monde entier, les écosystèmes de récifs coralliens subissent une pression croissante due à diverses perturbations anthropiques, notamment le réchauffement et l'acidification des océans, l'augmentation de la sédimentation, l'eutrophisation et la surpêche, ce qui pourrait faire basculer les récifs vers un état de dissolution et d'érosion nettes du carbonate de calcium (CaCO3). Dans cet article, nous déterminons le potentiel de calcification nette et l'équilibre relatif entre le métabolisme net du carbone organique (production nette de la communauté ; PNC) et le métabolisme net du carbone inorganique (calcification nette de la communauté ; CNC) au sein de 23 sites de récifs coralliens à travers le globe. À la lumière de ces résultats, nous examinons la pertinence d'utiliser ces deux indicateurs, développés à partir de mesures d'alcalinité totale (AT) et de carbone inorganique dissous (CID) collectées à différentes échelles spatio-temporelles, pour surveiller la biogéochimie des récifs coralliens sous changement anthropique. Tous les récifs de cette étude étaient calcifiants nets pour la majorité des observations, comme inféré par la déplétion d'alcalinité par rapport à la zone côtière, bien que des observations occasionnelles de dissolution nette aient été enregistrées dans la plupart des sites. Cependant, les récifs ayant un potentiel de calcification nette plus faible (c'est-à-dire une déplétion d'AT plus faible) pourraient basculer vers la dissolution nette plus rapidement que les récifs ayant un potentiel plus élevé. La part d'influence des flux de carbone organique sur les variations totales du carbone inorganique dissous (CID) (c'est-à-dire la PNC par rapport à la somme de la PNC et de la CNC) variait de 32 % à 88 % et reflétait les différences biogéochimiques inhérentes entre les récifs. Les récifs présentant le plus grand pourcentage relatif de PNC ont connu la plus grande variabilité du pH de l'eau de mer pour une variation donnée du CID, ce qui est directement lié à la capacité des récifs à élever ou supprimer le pH local par rapport à l'océan ouvert. Ce travail met en évidence l'intérêt de mesurer la chimie du carbonate des récifs coralliens lors de l'évaluation de leur vulnérabilité aux changements environnementaux mondiaux en cours et offre une base de référence pour guider les futurs efforts de conservation visant à préserver ces écosystèmes précieux.

@article{doi101371journalpone0190872,
    author = "Cyronak, Tyler and Andersson, Andreas J. and Langdon, Chris and Albright, Rebecca and Bates, Nicholas R. and Caldeira, Ken and Carlton, R. and Corredor, Jorge E. and Dunbar, Robert B. and Enochs, Ian C. and Erez, Jonathan and Eyre, Bradley D. and Gattuso, Jean‐Pierre and Gledhill, D. K. and Kayanne, Hajime and Kline, David I. and Koweek, David A. and Lantz, Coulson A. and Lazar, Boáz and Manzello, Derek P. and McMahon, Ashly and Meléndez, Melissa and Page, Heather N. and Santos, Isaac R. and Schulz, Kai G. and Shaw, Emily C. and Silverman, Jacob and Suzuki, Atsushi and Teneva, Lida and Watanabe, Atsushi and Yamamoto, Shoji",
    title = "Taking the metabolic pulse of the world's coral reefs",
    year = "2018",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "Worldwide, coral reef ecosystems are experiencing increasing pressure from a variety of anthropogenic perturbations including ocean warming and acidification, increased sedimentation, eutrophication, and overfishing, which could shift reefs to a condition of net calcium carbonate (CaCO3) dissolution and erosion. Herein, we determine the net calcification potential and the relative balance of net organic carbon metabolism (net community production; NCP) and net inorganic carbon metabolism (net community calcification; NCC) within 23 coral reef locations across the globe. In light of these results, we consider the suitability of using these two metrics developed from total alkalinity (TA) and dissolved inorganic carbon (DIC) measurements collected on different spatiotemporal scales to monitor coral reef biogeochemistry under anthropogenic change. All reefs in this study were net calcifying for the majority of observations as inferred from alkalinity depletion relative to offshore, although occasional observations of net dissolution occurred at most locations. However, reefs with lower net calcification potential (i.e., lower TA depletion) could shift towards net dissolution sooner than reefs with a higher potential. The percent influence of organic carbon fluxes on total changes in dissolved inorganic carbon (DIC) (i.e., NCP compared to the sum of NCP and NCC) ranged from 32\% to 88\% and reflected inherent biogeochemical differences between reefs. Reefs with the largest relative percentage of NCP experienced the largest variability in seawater pH for a given change in DIC, which is directly related to the reefs ability to elevate or suppress local pH relative to the open ocean. This work highlights the value of measuring coral reef carbonate chemistry when evaluating their susceptibility to ongoing global environmental change and offers a baseline from which to guide future conservation efforts aimed at preserving these valuable ecosystems.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0190872",
    doi = "10.1371/journal.pone.0190872",
    openalex = "W2783159541",
    references = "doi1010022015gl063488, doi101002lno10048, doi101016001670379400354o, doi101016s0921800999000099, doi101016s0924796302001793, doi1010292004gb002247, doi101038nature02691, doi101126science1059199, doi101126science1085046, doi101126science1085706, doi101126science1152509, doi101126science1204794"
}

Le changement climatique mondial et les stress anthropiques localisés entraînent des déclins rapides de la santé des récifs coralliens. Les expériences in vitro ont été fondamentales pour fournir des aperçus sur la manière dont les organismes des récifs pourraient potentiellement répondre aux climats futurs. Cependant, de telles expériences sont inévitablement limitées dans leur capacité à reproduire les interactions complexes qui régissent les systèmes de récifs. Les études examinant les communautés de coraux qui persistent déjà sous des conditions physicochimiques extrêmes et marginales naturellement survenues sont donc devenues de plus en plus populaires pour améliorer les prévisions à l'échelle de l'écosystème de la forme et de la fonction futures des récifs, bien qu'aucun site unique ne fournisse un analogue parfait aux récifs futurs. Ici, nous passons en revue l'état actuel des connaissances qui existe sur la distribution des coraux dans les environnements marginaux et extrêmes, et les sites géographiques aux extrémités latitudinales de la croissance des récifs, ainsi qu'une variété de systèmes de récifs peu profonds et d'environnements voisins des récifs (y compris les sites de remontée d'eau et de fuites de CO2). Nous effectuons également une synthèse des données abiotiques qui ont été collectées dans ces systèmes, afin de fournir la première évaluation collective sur la gamme de conditions extrêmes sous lesquelles les coraux persistent actuellement. Nous utilisons la revue et la synthèse des données pour accroître notre compréhension des mécanismes biologiques et écologiques qui facilitent la survie et le succès sous des conditions physicochimiques sous-optimales. Cette évaluation complète peut commencer à : (i) souligner l'étendue des scénarios abiotiques extrêmes sous lesquels les coraux peuvent persister, (ii) explorer s'il existe des similitudes parmi les taxons de coraux capables de persister dans de telles extrémités, (iii) fournir des preuves des mécanismes clés nécessaires pour soutenir la survie et/ou la persistance sous des conditions environnementales sous-optimales, et (iv) évaluer le potentiel des environnements de coraux sous-optimales actuels pour agir comme des refuges potentiels sous des conditions environnementales changeantes. Une telle approche collective est cruciale pour mieux comprendre la survie future des coraux dans notre environnement changeant. Nous décrivons enfin les domaines prioritaires pour la recherche future sur les environnements de coraux extrêmes et marginaux, et discutons des options de gestion supplémentaires qu'ils peuvent offrir aux coraux par le biais de refuge ou en fournissant des stocks génétiques de coraux tolérants au stress pour soutenir des stratégies de gestion proactives.

@article{doi103389fmars201800004,
    author = "Camp, Emma F. and Schoepf, Verena and Mumby, Peter J. and Hardtke, Leonardo A. and Rodolfo‐Metalpa, Riccardo and Smith, David J. and Suggett, David J.",
    title = "The Future of Coral Reefs Subject to Rapid Climate Change: Lessons from Natural Extreme Environments",
    year = "2018",
    journal = "Frontiers in Marine Science",
    abstract = "Global climate change and localised anthropogenic stressors are driving rapid declines in coral reef health. In vitro experiments have been fundamental in providing insight into how reef organisms will potentially respond to future climates. However, such experiments are inevitably limited in their ability to reproduce the complex interactions that govern reef systems. Studies examining coral communities that already persist under naturally-occurring extreme and marginal physicochemical conditions have therefore become increasingly popular to advance ecosystem scale predictions of future reef form and function, although no single site provides a perfect analogue to future reefs. Here we review the current state of knowledge that exists on the distribution of corals in marginal and extreme environments, and geographic sites at the latitudinal extremes of reef growth, as well as a variety of shallow reef systems and reef-neighbouring environments (including upwelling and CO2 vent sites). We also conduct a synthesis of the abiotic data that have been collected at these systems, to provide the first collective assessment on the range of extreme conditions under which corals currently persist. We use the review and data synthesis to increase our understanding of the biological and ecological mechanisms that facilitate survival and success under sub-optimal physicochemical conditions. This comprehensive assessment can begin to: (i) highlight the extent of extreme abiotic scenarios under which corals can persist, (ii) explore whether there are commonalities in coral taxa able to persist in such extremes, (iii) provide evidence for key mechanisms required to support survival and/or persistence under sub-optimal environmental conditions, and iv) evaluate the potential of current sub-optimal coral environments to act as potential refugia under changing environmental conditions. Such a collective approach is critical to better understand the future survival of corals in our changing environment. We finally outline priority areas for future research on extreme and marginal coral environments, and discuss the additional management options they may provide for corals through refuge or by providing genetic stocks of stress tolerant corals to support proactive management strategies.",
    url = "https://doi.org/10.3389/fmars.2018.00004",
    doi = "10.3389/fmars.2018.00004",
    openalex = "W2787517606",
    references = "doi101002lno10048, doi101016jmarpolbul200411028, doi101038nature21707, doi101038s4158601803839, doi101046j14610248200100203x, doi101086282070, doi101111gcb12179, doi101126science1097329, doi101126science1155676, doi101126scienceaac4722, doi101146annurevmarine041911111611"
}

Il y a une prise de conscience croissante de la nécessité de comprendre comment la chimie carbonatée de l'eau de mer au-dessus des environnements de récifs coralliens évoluera dans un monde à haute concentration de CO2 afin d'évaluer mieux les impacts de l'acidification des océans sur ces écosystèmes précieux. Les récifs coralliens modifient la chimie de la colonne d'eau au-dessus d'eux par des processus biogéochimiques reflétés dans la production nette de carbone organique communautaire (NCP) et la calcification (NCC). Cependant, l'importance relative et l'influence de ces processus sur la chimie carbonatée de l'eau de mer varient à travers plusieurs échelles fonctionnelles (définies ici comme l'espace, le temps et la composition de la communauté benthique) et n'ont pas été entièrement contraintes. Ici, nous utilisons les Bermudes comme étude de cas pour évaluer 1) la variabilité spatio-temporelle des paramètres physiques et chimiques le long d'un gradient de profondeur à un endroit de récif de bordure, 2) la variabilité spatiale de l'alcalinité totale (TA) et du carbone inorganique dissous (DIC) sur des habitats benthiques distincts pour inférer les rapports NCC:NCP (< plusieurs km2 ; récif de bordure vs herbiers marins et sédiments de carbonate de calcium (CaCO3)) sur des échelles de temps diurnes, et 3) comparer comment les relations TA-DIC et les rapports NCC:NCP varient lorsque nous étendons les échelles fonctionnelles des habitats locaux à l'ensemble de la plateforme récifale (des dizaines de km2) sur des échelles de temps saisonnières à interannuelles. Nos résultats démontrent que les relations TA-DIC étaient fortement pilotées par le métabolisme benthique local et la composition de la communauté sur des cycles diurnes. Cependant, lorsque l'échelle spatiale s'est étendue à la plateforme récifale, la relation TA-DIC a reflété des processus intégrés sur des échelles spatio-temporelles plus larges, avec les effets de la NCC devenant de plus en plus importants par rapport à la NCP. Cette étude démontre l'importance de considérer les facteurs de pilotage à travers plusieurs échelles fonctionnelles pour contraindre la variabilité de la chimie carbonatée sur les récifs coralliens.

@article{doi103389fmars201800175,
    author = "Takeshita, Yuichiro et Cyronak, Tyler et Martz, Todd R. et Kindeberg, Theodor et Andersson, Andreas J.",
    title = "Variabilité de la chimie carbonatée des récifs coralliens à différentes échelles fonctionnelles",
    year = "2018",
    journal = "Frontiers in Marine Science",
    abstract = "Il y a une prise de conscience croissante de la nécessité de comprendre comment la chimie carbonatée de l'eau de mer au-dessus des environnements de récifs coralliens évoluera dans un monde à haute concentration de CO2 afin d'évaluer mieux les impacts de l'acidification des océans sur ces écosystèmes précieux. Les récifs coralliens modifient la chimie de la colonne d'eau au-dessus d'eux par des processus biogéochimiques reflétés dans la production nette de carbone organique communautaire (NCP) et la calcification (NCC). Cependant, l'importance relative et l'influence de ces processus sur la chimie carbonatée de l'eau de mer varient à travers plusieurs échelles fonctionnelles (définies ici comme l'espace, le temps et la composition de la communauté benthique) et n'ont pas été entièrement contraintes. Ici, nous utilisons les Bermudes comme étude de cas pour évaluer 1) la variabilité spatio-temporelle des paramètres physiques et chimiques le long d'un gradient de profondeur à un endroit de récif de bordure, 2) la variabilité spatiale de l'alcalinité totale (TA) et du carbone inorganique dissous (DIC) sur des habitats benthiques distincts pour inférer les rapports NCC:NCP (< plusieurs km2 ; récif de bordure vs herbiers marins et sédiments de carbonate de calcium (CaCO3)) sur des échelles de temps diurnes, et 3) comparer comment les relations TA-DIC et les rapports NCC:NCP varient lorsque nous étendons les échelles fonctionnelles des habitats locaux à l'ensemble de la plateforme récifale (des dizaines de km2) sur des échelles de temps saisonnières à interannuelles. Nos résultats démontrent que les relations TA-DIC étaient fortement pilotées par le métabolisme benthique local et la composition de la communauté sur des cycles diurnes. Cependant, lorsque l'échelle spatiale s'est étendue à la plateforme récifale, la relation TA-DIC a reflété des processus intégrés sur des échelles spatio-temporelles plus larges, avec les effets de la NCC devenant de plus en plus importants par rapport à la NCP. Cette étude démontre l'importance de considérer les facteurs de pilotage à travers plusieurs échelles fonctionnelles pour contraindre la variabilité de la chimie carbonatée sur les récifs coralliens.",
    url = "https://doi.org/10.3389/fmars.2018.00175",
    doi = "10.3389/fmars.2018.00175",
    openalex = "W2802113425",
    references = "doi1010022015gl063488, doi101371journalpone0190872"
}

Résumé Les ondes internes peuvent influencer les propriétés de l'eau dans les écosystèmes côtiers par le transport vers la côte et le mélange d'eau sous la thermocline dans la zone côtière. En juin 2014, une expérience de terrain a été menée à l'atoll Dongsha dans la mer de Chine méridionale septentrionale pour étudier l'impact des ondes internes sur un récif corallien. L'instrumentation comprenait un système de détection de température distribuée, qui a permis de mesurer de manière continue dans l'espace et le temps la température sur une section transversale du récif de 4 km, de la lagune à une profondeur de 50 m sur le récif frontal. Nos observations montrent que pendant l'été, les ondes internes qui se déferlent sur l'atoll peu profond transportent régulièrement vers la côte une eau froide et riche en nutriments, modifiant ainsi les propriétés de l'eau en surface sur le récif frontal. Cette eau est transportée au-delà du crête du récif par les marées, les vagues de surface et les courants entraînés par le vent, où elle modifie considérablement la température de l'eau et les concentrations en nutriments sur la plateforme du récif. Nous constatons qu'en l'absence de forçage par les ondes internes sur le récif frontal, les températures sur la plateforme du récif pourraient être jusqu'à 2,0°C ± 0,2°C plus chaudes. De plus, nous estimons une variation de 0,7°C-semaine de chauffage plus chaud en l'absence d'ondes internes, ce qui augmente considérablement la probabilité d'un événement de blanchissement plus sévère survenant à l'atoll Dongsha. De plus, en utilisant des échantillons de nutriments prélevés sur le récif frontal pendant l'étude, nous avons estimé que le flux instantané de nitrate vers la côte est environ quatre fois plus élevé avec les ondes internes qu'en leur absence. Ce travail met en évidence l'importance des ondes internes en tant que mécanisme physique façonnant l'environnement côtier, et probablement soutenant la résilience du récif.

@article{doi101002lno11162,
    author = "Reid, Emma et DeCarlo, Thomas M. et Cohen, Anne L. et Wong, George T.F. et Lentz, Steven J. et Safaie, Aryan et Hall, Austin et Davis, Kristen A.",
    title = "Les ondes internes influencent l'environnement thermique et nutritif sur un récif corallien peu profond",
    year = "2019",
    journal = "Limnology and Oceanography",
    abstract = "Résumé Les ondes internes peuvent influencer les propriétés de l'eau dans les écosystèmes côtiers par le transport vers la côte et le mélange d'eau sous la thermocline dans la zone côtière. En juin 2014, une expérience de terrain a été menée à l'atoll Dongsha dans la mer de Chine méridionale septentrionale pour étudier l'impact des ondes internes sur un récif corallien. L'instrumentation comprenait un système de détection de température distribuée, qui a permis de mesurer de manière continue dans l'espace et le temps la température sur une section transversale du récif de 4 km, de la lagune à une profondeur de 50 m sur le récif frontal. Nos observations montrent que pendant l'été, les ondes internes qui se déferlent sur l'atoll peu profond transportent régulièrement vers la côte une eau froide et riche en nutriments, modifiant ainsi les propriétés de l'eau en surface sur le récif frontal. Cette eau est transportée au-delà du crête du récif par les marées, les vagues de surface et les courants entraînés par le vent, où elle modifie considérablement la température de l'eau et les concentrations en nutriments sur la plateforme du récif. Nous constatons qu'en l'absence de forçage par les ondes internes sur le récif frontal, les températures sur la plateforme du récif pourraient être jusqu'à 2,0°C ± 0,2°C plus chaudes. De plus, nous estimons une variation de 0,7°C-semaine de chauffage plus chaud en l'absence d'ondes internes, ce qui augmente considérablement la probabilité d'un événement de blanchissement plus sévère survenant à l'atoll Dongsha. De plus, en utilisant des échantillons de nutriments prélevés sur le récif frontal pendant l'étude, nous avons estimé que le flux instantané de nitrate vers la côte est environ quatre fois plus élevé avec les ondes internes qu'en leur absence. Ce travail met en évidence l'importance des ondes internes en tant que mécanisme physique façonnant l'environnement côtier, et probablement soutenant la résilience du récif.",
    url = "https://doi.org/10.1002/lno.11162",
    doi = "10.1002/lno.11162",
    openalex = "W2922870589",
    references = "doi1010022016jc012326"
}

Résumé Les récifs coralliens font face à des stressors de plus en plus intenses, principalement dus à l'augmentation mondiale de la température de l'eau de mer et à la baisse du pH. Cependant, il existe une variabilité environnementale étendue au sein des écosystèmes de récifs coralliens, ce qui peut influencer la manière dont les organismes répondent aux tendances mondiales. Nous avons déployé des réseaux spatiaux de capteurs autonomes à travers divers habitats de récifs coralliens peu profonds pour déterminer les modèles de variabilité spatio-temporelle des paramètres physico-chimiques de l'eau de mer. La température et le pH étaient positivement corrélés au cours d'une journée en raison du chauffage solaire et du métabolisme piloté par la lumière. Les moyennes des plages temporelles et spatiales de température et de pH étaient positivement corrélées sur tous les sites, avec des régimes de variabilité différents observés dans différents types de récifs. Finalement, la profondeur était un prédicteur fiable des plages diurnes moyennes à la fois de la température de l'eau de mer et du pH. Ces résultats démontrent qu'il existe une variabilité environnementale généralisée à l'échelle des cycles diurnes au sein des récifs coralliens liée à la profondeur de la colonne d'eau, qui doit être prise en compte dans les évaluations de la manière dont le changement global affectera localement les écosystèmes de récifs.

@article{doi101002lol210129,
    author = "Cyronak, Tyler et Takeshita, Yuichiro et Courtney, Travis A. et DeCarlo, Eric H. et Eyre, Bradley D. et Kline, David I. et Martz, Todd R. et Page, Heather N. et Price, Nichole N. et Smith, Jennifer E. et Stoltenberg, Laura et Tresguerres, Martín et Andersson, Andreas J.",
    title = "Variabilité diurne de la température et du pH en fonction de la profondeur dans divers habitats de récifs coralliens",
    year = "2019",
    journal = "Limnology and Oceanography Letters",
    abstract = "Résumé Les récifs coralliens font face à des stressors de plus en plus intenses, principalement dus à l'augmentation mondiale de la température de l'eau de mer et à la baisse du pH. Cependant, il existe une variabilité environnementale étendue au sein des écosystèmes de récifs coralliens, ce qui peut influencer la manière dont les organismes répondent aux tendances mondiales. Nous avons déployé des réseaux spatiaux de capteurs autonomes à travers divers habitats de récifs coralliens peu profonds pour déterminer les modèles de variabilité spatio-temporelle des paramètres physico-chimiques de l'eau de mer. La température et le pH étaient positivement corrélés au cours d'une journée en raison du chauffage solaire et du métabolisme piloté par la lumière. Les moyennes des plages temporelles et spatiales de température et de pH étaient positivement corrélées sur tous les sites, avec des régimes de variabilité différents observés dans différents types de récifs. Finalement, la profondeur était un prédicteur fiable des plages diurnes moyennes à la fois de la température de l'eau de mer et du pH. Ces résultats démontrent qu'il existe une variabilité environnementale généralisée à l'échelle des cycles diurnes au sein des récifs coralliens liée à la profondeur de la colonne d'eau, qui doit être prise en compte dans les évaluations de la manière dont le changement global affectera localement les écosystèmes de récifs.",
    url = "https://doi.org/10.1002/lol2.10129",
    doi = "10.1002/lol2.10129",
    openalex = "W2995843607",
    references = "doi1010022016jc012326, doi101371journalpone0190872"
}

@article{doi101016jecoleng201901002,
    author = "Tortolero‐Langarica, J. J. Adolfo et Rodríguez‐Troncoso, Alma Paola et Cupul‐Magaña, Amilcar Leví et Alarcón-Ortega, Lucy Coral et Santiago-Valentín, Jeimy Denisse",
    title = "Récupération accélérée de la production de carbonate de calcium dans les récifs coralliens grâce à une restauration écologique de faible technologie",
    year = "2019",
    journal = "Ecological Engineering",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ecoleng.2019.01.002",
    doi = "10.1016/j.ecoleng.2019.01.002",
    openalex = "W2908714274",
    references = "doi101016jecss200809003, doi101016jpocean200603009, doi101071mf99078, doi101098rspb20090339, doi101126science1152509, doi101126science1204794, doi101126science2845411118, doi101126scienceaan8048, doi101371journalpone0000711, doi103354meps007207"
}

@article{doi101016jecolind2019105857,
    author = "Lange, Ines D. et Perry, Chris T. et Álvarez‐Filip, Lorenzo",
    title = "Les budgets de carbonates comme indicateurs de la « santé » fonctionnelle des récifs : Une revue critique des données sous-tendant les méthodes basées sur les recensements et des lacunes actuelles dans les connaissances",
    year = "2019",
    journal = "Indicateurs écologiques",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2019.105857",
    doi = "10.1016/j.ecolind.2019.105857",
    openalex = "W2981500367",
    references = "doi101126scienceaao1118"
}

Les événements de stress thermique associés au changement climatique provoquent le blanchiment et la mortalité des coraux, menaçant les récifs coralliens à l'échelle mondiale. Pourtant, les schémas de blanchiment des coraux varient spatialement et temporellement. Ici, nous synthétisons des observations de terrain sur le blanchiment des coraux à 3351 sites dans 81 pays de 1998 à 2017 et utilisons une série de covariables environnementales et de métriques de température pour analyser les schémas de blanchiment. Le blanchiment des coraux était le plus fréquent dans les localités subissant des anomalies de stress thermique à haute intensité et haute fréquence. Cependant, le blanchiment des coraux était nettement moins fréquent dans les localités présentant une forte variance des anomalies de température de surface de la mer (SST). Géographiquement, la plus haute probabilité de blanchiment des coraux s'est produite dans des sites tropicaux de latitude moyenne (15-20 degrés nord et sud de l'Équateur), malgré des niveaux de stress thermique similaires dans les sites équatoriaux. Au cours de la dernière décennie, le début du blanchiment des coraux s'est produit à des SST nettement plus élevées (∼0,5 °C) que dans la décennie précédente, suggérant que les génotypes thermosensibles peuvent avoir diminué et/ou s'être adaptés de telle sorte que les populations de coraux restantes ont désormais un seuil thermique plus élevé pour le blanchiment.

@article{doi101038s41467019092382,
    author = "Sully, Shannon et Burkepile, Deron E. et Donovan, Mary K. et Hodgson, Gregor et van Woesik, Robert",
    title = "Une analyse mondiale du blanchiment des coraux au cours des deux dernières décennies",
    year = "2019",
    journal = "Nature Communications",
    abstract = "Les événements de stress thermique associés au changement climatique provoquent le blanchiment et la mortalité des coraux, menaçant les récifs coralliens à l'échelle mondiale. Pourtant, les schémas de blanchiment des coraux varient spatialement et temporellement. Ici, nous synthétisons des observations de terrain sur le blanchiment des coraux à 3351 sites dans 81 pays de 1998 à 2017 et utilisons une série de covariables environnementales et de métriques de température pour analyser les schémas de blanchiment. Le blanchiment des coraux était le plus fréquent dans les localités subissant des anomalies de stress thermique à haute intensité et haute fréquence. Cependant, le blanchiment des coraux était nettement moins fréquent dans les localités présentant une forte variance des anomalies de température de surface de la mer (SST). Géographiquement, la plus haute probabilité de blanchiment des coraux s'est produite dans des sites tropicaux de latitude moyenne (15-20 degrés nord et sud de l'Équateur), malgré des niveaux de stress thermique similaires dans les sites équatoriaux. Au cours de la dernière décennie, le début du blanchiment des coraux s'est produit à des SST nettement plus élevées (∼0,5 °C) que dans la décennie précédente, suggérant que les génotypes thermosensibles peuvent avoir diminué et/ou s'être adaptés de telle sorte que les populations de coraux restantes ont désormais un seuil thermique plus élevé pour le blanchiment.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41467-019-09238-2",
    doi = "10.1038/s41467-019-09238-2",
    openalex = "W2924041486",
    references = "doi101126science1204794, doi101126scienceaan8048"
}

Le terme « facteurs multiples » (également appelé « multiples stressors ») désigne les effets cumulatifs de multiples facteurs environnementaux sur les organismes ou les écosystèmes. Ici, nous considérons l'acidification des océans comme un facteur multiple car de nombreux paramètres de carbone inorganique changent simultanément, y compris le carbone inorganique dissous total, le CO2, le HCO3–, le CO32–, le H+ et l'état de saturation du CaCO3. Avec l'expansion rapide de la recherche sur l'acidification des océans, nous avons acquis une meilleure compréhension de la complexité et des intricacies de la manière dont ces changements simultanés du système carbonaté de l'eau de mer affectent la vie marine. Nous commençons par clarifier les termes clés utilisés par les chimistes et les biologistes pour décrire le système de carbone inorganique de l'eau de mer changeant. Ensuite, en utilisant des groupes clés d'organismes non calcifiants (poissons, algues marines, diatomées) et calcifiants (algues corallines, coccolithophores, coraux, mollusques), nous examinons comment divers processus physiologiques sont affectés par différents composants du système carbonaté.

@article{doi101071mf19267,
    author = "Hurd, Catriona L. et Beardall, John et Comeau, Steeve et Cornwall, Christopher E. et Havenhand, Jonathan N. et Munday, Philip L. et Parker, Laura M. et Raven, John A. et McGraw, Christina M.",
    title = "Acidification des océans comme facteur multiple : comment les interactions entre les paramètres carbonatés de l'eau de mer changeants affectent la vie marine",
    year = "2019",
    journal = "Marine and Freshwater Research",
    abstract = "Le terme « facteurs multiples » (également appelé « multiples stressors ») désigne les effets cumulatifs de multiples facteurs environnementaux sur les organismes ou les écosystèmes. Ici, nous considérons l'acidification des océans comme un facteur multiple car de nombreux paramètres de carbone inorganique changent simultanément, y compris le carbone inorganique dissous total, le CO2, le HCO3–, le CO32–, le H+ et l'état de saturation du CaCO3. Avec l'expansion rapide de la recherche sur l'acidification des océans, nous avons acquis une meilleure compréhension de la complexité et des intricacies de la manière dont ces changements simultanés du système carbonaté de l'eau de mer affectent la vie marine. Nous commençons par clarifier les termes clés utilisés par les chimistes et les biologistes pour décrire le système de carbone inorganique de l'eau de mer changeant. Ensuite, en utilisant des groupes clés d'organismes non calcifiants (poissons, algues marines, diatomées) et calcifiants (algues corallines, coccolithophores, coraux, mollusques), nous examinons comment divers processus physiologiques sont affectés par différents composants du système carbonaté.",
    url = "https://doi.org/10.1071/mf19267",
    doi = "10.1071/mf19267",
    openalex = "W2991558845",
    references = "doi101093icesjmsfsv075"
}

Résumé Les récifs coralliens soutiennent une gamme de biens et de services écosystémiques qui contribuent au bien-être de millions de personnes. Cependant, les récifs coralliens tropicaux à l'Anthropocène sont susceptibles d'être fonctionnellement différents des récifs du passé. Dans cette pièce de perspective, nous nous demandons ce que l'Anthropocène signifie pour la fourniture de services écosystémiques par les récifs coralliens. Premièrement, nous fournissons des exemples des services de fourniture, de régulation, culturels et de soutien soutenus par les écosystèmes de récifs coralliens. Nous concluons que la recherche sur les services écosystémiques des récifs coralliens a retardé par rapport aux avancées multidisciplinaires dans la science plus large des services écosystémiques, telle qu'une reconnaissance explicite que les interactions entre les systèmes sociaux et écologiques soutiennent les services écosystémiques. Deuxièmement, en s'appuyant sur des outils de l'écologie fonctionnelle, nous décrivons comment ces relations socio-écologiques peuvent être intégrées dans une compréhension mécanistique de la fourniture de services et comment cela pourrait être utilisé pour anticiper les changements futurs des services écosystémiques des récifs coralliens. Enfin, nous explorons l'émergence de nouveaux services écosystémiques de récifs, par exemple depuis des côtes tropicalisées, ou par le biais de connexions technologiques changeantes aux récifs coralliens. En effet, lorsque les services sont conçus comme provenant de la dynamique des systèmes socio-écologiques, la nouveauté dans les services peut émerger d'éléments des interactions entre les personnes et l'écosystème. Cette synthèse de la littérature sur les services écosystémiques des récifs coralliens suggère que le domaine est mal préparé pour comprendre la fourniture de services changeante anticipée à l'Anthropocène. Un nouveau programme de recherche est nécessaire qui relie mieux l'écologie fonctionnelle des récifs à la fourniture de services écosystémiques. Ce programme de recherche devrait embrasser des approches plus holistiques de la recherche sur les services écosystémiques, les reconnaissant comme co-produits par les écosystèmes et la société. Importamment, la probabilité de configurations de services écosystémiques nouveaux nécessite une conceptualisation et une évaluation empiriques supplémentaires. Comme pour les services écosystémiques actuels, la perte ou le gain de services n'affectera pas toutes les personnes de manière égale et doit être compris dans le contexte dans lequel elles se produisent. Avec l'incertitude entourant l'avenir des récifs coralliens à l'Anthropocène, la recherche explorant comment les avantages pour les personnes changent sera d'une grande importance. Un résumé en langage clair est disponible pour cet article.

@article{doi1011111365243513331,
    author = "Woodhead, Anna J. et Hicks, Christina C. et Norström, Albert V. et Williams, Gareth J. et Graham, Nicholas A. J.",
    title = "Services écosystémiques des récifs coralliens à l'Anthropocène",
    year = "2019",
    journal = "Functional Ecology",
    abstract = "Résumé Les récifs coralliens soutiennent une gamme de biens et de services écosystémiques qui contribuent au bien-être de millions de personnes. Cependant, les récifs coralliens tropicaux à l'Anthropocène sont susceptibles d'être fonctionnellement différents des récifs du passé. Dans cette pièce de perspective, nous nous demandons ce que l'Anthropocène signifie pour la fourniture de services écosystémiques par les récifs coralliens. Premièrement, nous fournissons des exemples des services de fourniture, de régulation, culturels et de soutien soutenus par les écosystèmes de récifs coralliens. Nous concluons que la recherche sur les services écosystémiques des récifs coralliens a retardé par rapport aux avancées multidisciplinaires dans la science plus large des services écosystémiques, telle qu'une reconnaissance explicite que les interactions entre les systèmes sociaux et écologiques soutiennent les services écosystémiques. Deuxièmement, en s'appuyant sur des outils de l'écologie fonctionnelle, nous décrivons comment ces relations socio-écologiques peuvent être intégrées dans une compréhension mécanistique de la fourniture de services et comment cela pourrait être utilisé pour anticiper les changements futurs des services écosystémiques des récifs coralliens. Enfin, nous explorons l'émergence de nouveaux services écosystémiques de récifs, par exemple depuis des côtes tropicalisées, ou par le biais de connexions technologiques changeantes aux récifs coralliens. En effet, lorsque les services sont conçus comme provenant de la dynamique des systèmes socio-écologiques, la nouveauté dans les services peut émerger d'éléments des interactions entre les personnes et l'écosystème. Cette synthèse de la littérature sur les services écosystémiques des récifs coralliens suggère que le domaine est mal préparé pour comprendre la fourniture de services changeante anticipée à l'Anthropocène. Un nouveau programme de recherche est nécessaire qui relie mieux l'écologie fonctionnelle des récifs à la fourniture de services écosystémiques. Ce programme de recherche devrait embrasser des approches plus holistiques de la recherche sur les services écosystémiques, les reconnaissant comme co-produits par les écosystèmes et la société. Importamment, la probabilité de configurations de services écosystémiques nouveaux nécessite une conceptualisation et une évaluation empiriques supplémentaires. Comme pour les services écosystémiques actuels, la perte ou le gain de services n'affectera pas toutes les personnes de manière égale et doit être compris dans le contexte dans lequel elles se produisent. Avec l'incertitude entourant l'avenir des récifs coralliens à l'Anthropocène, la recherche explorant comment les avantages pour les personnes changent sera d'une grande importance. Un résumé en langage clair est disponible pour cet article.",
    url = "https://doi.org/10.1111/1365-2435.13331",
    doi = "10.1111/1365-2435.13331",
    openalex = "W2925018832"
}

Les déclin continus de la santé des récifs coralliens au cours des trois dernières décennies ont été ponctués par des événements massifs de mortalité induite par le blanchissement des coraux, dont l'intensité et la fréquence ont augmenté sous l'effet du changement climatique. Des efforts de recherche mondiaux intensifs se sont donc persistamment concentrés sur les phénomènes de blanchissement pour comprendre où, quand et pourquoi les coraux blanchissent, aboutissant à une base de connaissances vaste mais encore quelque peu fragmentée. Les événements particulièrement catastrophiques de mortalité des coraux induite par le blanchissement au cours des 5 dernières années ont catalysé des appels à un ensemble plus diversifié d'outils de gestion des récifs, s'étendant bien au-delà de l'atténuation du changement climatique et de la protection des récifs, pour inclure également des interventions plus agressives. Cependant, l'efficacité de ces divers outils repose désormais sur une assimilation rapide de notre base de connaissances sur le blanchissement des coraux dans des cadres plus intégrés. Ici, nous examinons comment les trois dernières décennies de recherche intensive sur le blanchissement des coraux ont établi les bases de réseaux biologiques et environnementaux complexes, qui régulent ensemble les résultats de la sévérité du blanchissement. Nous discutons de la manière dont nous disposons maintenant d'un échafaudage suffisant pour des cadres biologiques et environnementaux conceptuels sous-tendant la susceptibilité au blanchissement, mais que de nouveaux outils sont urgentement nécessaires pour traduire cela en un système opérationnel informant et testant les résultats du blanchissement. Plus spécifiquement, l'adoption de modèles de réseau capables de décrire et prédire pleinement le fonctionnement métabolique des holobiontes coralliens, et de la manière dont ce fonctionnement est régulé par des doses complexes et des interactions entre facteurs environnementaux. L'identification des lacunes de connaissances limitant le fonctionnement de tels modèles constitue l'étape logique pour guider et prioriser immédiatement les expériences et observations futures. Nous sommes à un point critique où nous pouvons mettre en œuvre de nouvelles capacités pour résoudre la manière dont les motifs de blanchissement des coraux émergent de réseaux biologiques-environnementaux complexes, afin d'informer plus efficacement les cadres de gestion écologique et d'adaptation sociale en évolution rapide visant à sécuriser l'avenir des récifs coralliens.

@article{doi101111gcb14871,
    author = "Suggett, David J. et Smith, David J.",
    title = "Les motifs de blanchissement des coraux sont le résultat d'un réseau biologique et environnemental complexe",
    year = "2019",
    journal = "Global Change Biology",
    abstract = "Les déclin continus de la santé des récifs coralliens au cours des trois dernières décennies ont été ponctués par des événements massifs de mortalité induite par le blanchissement des coraux, dont l'intensité et la fréquence ont augmenté sous l'effet du changement climatique. Des efforts de recherche mondiaux intensifs se sont donc persistamment concentrés sur les phénomènes de blanchissement pour comprendre où, quand et pourquoi les coraux blanchissent, aboutissant à une base de connaissances vaste mais encore quelque peu fragmentée. Les événements particulièrement catastrophiques de mortalité des coraux induite par le blanchissement au cours des 5 dernières années ont catalysé des appels à un ensemble plus diversifié d'outils de gestion des récifs, s'étendant bien au-delà de l'atténuation du changement climatique et de la protection des récifs, pour inclure également des interventions plus agressives. Cependant, l'efficacité de ces divers outils repose désormais sur une assimilation rapide de notre base de connaissances sur le blanchissement des coraux dans des cadres plus intégrés. Ici, nous examinons comment les trois dernières décennies de recherche intensive sur le blanchissement des coraux ont établi les bases de réseaux biologiques et environnementaux complexes, qui régulent ensemble les résultats de la sévérité du blanchissement. Nous discutons de la manière dont nous disposons maintenant d'un échafaudage suffisant pour des cadres biologiques et environnementaux conceptuels sous-tendant la susceptibilité au blanchissement, mais que de nouveaux outils sont urgentement nécessaires pour traduire cela en un système opérationnel informant et testant les résultats du blanchissement. Plus spécifiquement, l'adoption de modèles de réseau capables de décrire et prédire pleinement le fonctionnement métabolique des holobiontes coralliens, et de la manière dont ce fonctionnement est régulé par des doses complexes et des interactions entre facteurs environnementaux. L'identification des lacunes de connaissances limitant le fonctionnement de tels modèles constitue l'étape logique pour guider et prioriser immédiatement les expériences et observations futures. Nous sommes à un point critique où nous pouvons mettre en œuvre de nouvelles capacités pour résoudre la manière dont les motifs de blanchissement des coraux émergent de réseaux biologiques-environnementaux complexes, afin d'informer plus efficacement les cadres de gestion écologique et d'adaptation sociale en évolution rapide visant à sécuriser l'avenir des récifs coralliens.",
    url = "https://doi.org/10.1111/gcb.14871",
    doi = "10.1111/gcb.14871",
    openalex = "W2980750327",
    references = "doi101038s41467019109695, doi103389fmars201800004"
}

La concentration de CO2 de l'air a augmenté au cours des deux derniers siècles et a récemment dépassé 400 ppm. Les modèles du cycle du carbone prévoient des concentrations de CO2 de 720 à 1000 ppm pour le scénario intermédiaire du GIEC (RCP 6.0), entraînant une augmentation de la température moyenne mondiale d'environ 2,6 °C et une baisse du pH de l'eau de mer d'environ 0,3. Ensemble, le réchauffement climatique et l'acidification des océans sont souvent appelés les « jumeaux maléfiques » du changement climatique, potentiellement induisant des menaces graves dans un avenir proche. Dans cet article, notre discussion se concentre sur la réponse de deux principaux organismes calcifiants, les foraminifères et les coraux, qui contribuent beaucoup au taux de séquestration du carbonate mondial. La photosymbiose est considérée comme une écologie adaptative pour vivre dans les océans chauds et oligotrophes, en particulier pour les coraux constructeurs de récifs et les foraminifères benthiques plus grands vivant dans les récifs. En conséquence du réchauffement climatique, le blanchiment peut constituer une menace mondiale pour les organismes marins calcifiants porteurs de symbiotes algues dans des conditions de haute température et d'intensité lumineuse. Si le CO2 est dissous dans l'eau de mer, la pression partielle de CO2 dans l'eau de mer (pCO2) et le carbone inorganique dissous (DIC) augmentent tandis que le pH et l'état de saturation des minéraux carbonatés diminuent sans changement de l'alcalinité totale. Généralement, les organismes marins calcifiants montrent une diminution des taux de calcification en réponse à l'eau de mer acidifiée. Cependant, la réponse diffère souvent selon les situations, les espèces et le stade du cycle de vie. Certains foraminifères benthiques ont montré une réponse positive aux conditions de faible pH. La calcification du corail Acropora digitifera des branches adultes n'a pas été réduite de manière marquée dans des conditions de pCO2 plus élevées, bien que la calcification ait tendance à diminuer par rapport à la pCO2 à la fois chez les polypes aposymbiotiques et symbiotiques. De nouvelles technologies analytiques aident à identifier les contraintes importantes sur les processus de calcification. Basé sur les isotopes du calcium, la trajectoire de transport du Ca2+ et le degré de son activité contrôleraient principalement le taux de précipitation du carbonate. La visualisation de la distribution du pH extracellulaire montre que la pompe à protons produit le pH interne élevé et le grand écart de pH interne-externe en association avec la calcification foraminifère. Du point de vue d'un changement à long terme de l'environnement de surface de la Terre, les foraminifères semblent plus adaptatifs et robustes que les coraux pour faire face au réchauffement et à l'acidification des océans, mais il est nécessaire de mieux comprendre les mécanismes sous-jacents aux variations de sensibilité au stress thermique et à l'eau de mer acidifiée pour les prévisions futures. Comme le CO2 est plus soluble dans l'eau de mer à basse température, l'acidification des océans est plus critique dans les régions polaires et à haute latitude

@article{doi101186s4064501802399,
    author = "Kawahata, Hodaka et al.",
    title = "Perspective on the response of marine calcifiers to global warming and ocean acidification—Behavior of corals and foraminifera in a high CO2 world “hot house”",
    year = "2019",
    journal = "Progress in Earth and Planetary Science",
    abstract = {La concentration de CO2 de l'air a augmenté au cours des deux derniers siècles et a récemment dépassé 400 ppm. Les modèles du cycle du carbone prévoient des concentrations de CO2 de 720 à 1000 ppm pour le scénario intermédiaire du GIEC (RCP 6.0), entraînant une augmentation de la température moyenne mondiale d'environ 2,6 °C et une baisse du pH de l'eau de mer d'environ 0,3. Ensemble, le réchauffement climatique et l'acidification des océans sont souvent appelés les « jumeaux maléfiques » du changement climatique, pouvant induire des menaces graves dans un avenir proche. Dans cet article, notre discussion se concentre sur la réponse de deux principaux organismes calcifiants, les foraminifères et les coraux, qui contribuent beaucoup au taux mondial d'enfouissement du carbonate. La photosymbiose est considérée comme une écologie adaptative pour vivre dans les océans chauds et oligotrophes, en particulier pour les coraux constructeurs de récifs et les foraminifères benthiques plus grands vivant dans les récifs. En conséquence du réchauffement climatique, le blanchiment peut constituer une menace mondiale pour les organismes marins calcifiants porteurs de symbiotes algues dans des conditions de haute température et d'intensité lumineuse. Si le CO2 se dissout dans l'eau de mer, la pression partielle de CO2 dans l'eau de mer (pCO2) et le carbone inorganique dissous (DIC) augmentent tandis que le pH et l'état de saturation des minéraux carbonatés diminuent sans changement de l'alcalinité totale. Généralement, les organismes marins calcifiants montrent une diminution des taux de calcification en réponse à l'eau de mer acidifiée. Cependant, la réponse diffère souvent selon les situations, les espèces et les stades du cycle de vie. Certains foraminifères benthiques ont montré une réponse positive aux conditions de faible pH. La calcification des branches adultes du corail Acropora digitifera n'a pas été réduite de manière marquée dans des conditions de pCO2 plus élevées, bien que la calcification tende à diminuer par rapport à la pCO2 à la fois chez les polypes aposymbiotiques et symbiotiques. De nouvelles technologies analytiques aident à identifier les contraintes importantes sur les processus de calcification. Basé sur les isotopes du calcium, la trajectoire de transport des Ca2+ et le degré de son activité contrôleraient principalement le taux de précipitation du carbonate. La visualisation de la distribution du pH extracellulaire montre que la pompe à protons produit le pH interne élevé et le grand écart de pH interne-externe en association avec la calcification des foraminifères. Du point de vue d'un changement à long terme de l'environnement de surface de la Terre, les foraminifères semblent plus adaptatifs et robustes que les coraux pour faire face au réchauffement et à l'acidification des océans, mais il est nécessaire de mieux comprendre les mécanismes sous-jacents aux variations de sensibilité au stress thermique et à l'eau de mer acidifiée pour les prévisions futures. Puisque le CO2 est plus soluble dans l'eau de mer à basse température, l'acidification des océans est plus critique dans les régions polaires et à haute latitude},
    url = "https://doi.org/10.1186/s40645-018-0239-9",
    doi = "10.1186/s40645-018-0239-9",
    openalex = "W2911999993",
    references = "doi101371journalpone0190872, doi101666110271"
}

Résumé À l'échelle mondiale, de nombreux récifs coralliens sont tombés dans des états de budget carbonaté négatif, où l'érosion biologique dépasse la production de carbonate. Les effets cumulatifs de l'urbanisation et du changement climatique ont entraîné une réduction de la couverture corallienne et des modifications de la composition des communautés qui peuvent limiter la capacité des récifs à maintenir des taux d'accrétion verticale en accord avec la montée du niveau de la mer. Ici, nous rapportons des enquêtes sur les budgets carbonatés de récifs coralliens menées sur sept récifs coralliens à Singapour, qui persistent sous une turbidité chronique et dans des conditions environnementales fortement perturbées, avec moins de 20 % de pénétration lumineuse jusqu'à une profondeur de 2 m. Les résultats montrent que les budgets carbonatés nets moyens sur les récifs de Singapour étaient relativement faibles, à 0,63 ± 0,27 kg CaCO3 m−2 yr−1 (moyenne ± 1 SE) avec une fourchette allant de −1,56 à 1,97, comparé aux budgets carbonatés moyens dans l'Indo-Pacifique de 1,4 ± 0,15 kg CaCO3 m−2 yr−1, et aux récifs isolés de l'océan Indien avant le blanchissement de 2016 (~ 3,7 kg CaCO3 m−2 yr−1). Sur les sept récifs enquêtés, seul un récif présentait un budget net négatif, ou érosif, en raison d'une perte quasi totale de la couverture corallienne (< 5 % de corail restant). La production brute de carbonate moyenne sur les récifs de Singapour était dominée par des espèces tolérantes au stress et généralistes, avec des morphologies à faible profil, et était d'environ 3 kg m−2 yr−1 inférieure à celle observée sur des récifs avec une couverture corallienne équivalente ailleurs dans l'Indo-Pacifique. Bien que dans l'ensemble ces récifs maintiennent et ajoutent une structure carbonatée, leur potentiel moyen d'accrétion verticale est inférieur à la fois aux taux actuels de montée du niveau de la mer (1993–2010) et aux prévisions futures sous les scénarios RCP 4.5 et RCP 8.5. Cela risque de provoquer une augmentation de 0,2 à 0,6 m d'eau au-dessus des récifs de Singapour dans les 80 prochaines années, réduisant davantage la plage de profondeur sur laquelle ces récifs peuvent persister.

@article{doi101007s00338020019533,
    author = "Januchowski‐Hartley, Fraser A. et Bauman, Andrew G. et Morgan, Kyle M. et Seah, Jovena C. L. et Huang, Danwei et Todd, Peter A.",
    title = "Récifs coralliens en accrétion dans un environnement fortement urbanisé",
    year = "2020",
    journal = "Coral Reefs",
    abstract = "Résumé À l'échelle mondiale, de nombreux récifs coralliens sont tombés dans des états de budget carbonaté négatif, où l'érosion biologique dépasse la production de carbonate. Les effets cumulatifs de l'urbanisation et du changement climatique ont entraîné une réduction de la couverture corallienne et des modifications de la composition des communautés qui peuvent limiter la capacité des récifs à maintenir des taux d'accrétion verticale en accord avec la montée du niveau de la mer. Ici, nous rapportons des enquêtes sur les budgets carbonatés de récifs coralliens menées sur sept récifs coralliens à Singapour, qui persistent sous une turbidité chronique et dans des conditions environnementales fortement perturbées, avec moins de 20\% de pénétration lumineuse jusqu'à une profondeur de 2 m. Les résultats montrent que les budgets carbonatés nets moyens sur les récifs de Singapour étaient relativement faibles, à 0,63 ± 0,27 kg CaCO 3 m −2 yr −1 (moyenne ± 1 SE) avec une fourchette allant de − 1,56 à 1,97, comparé aux budgets carbonatés moyens dans l'Indo-Pacifique de 1,4 ± 0,15 kg CaCO 3 m −2 yr −1, et aux récifs isolés de l'océan Indien avant le blanchissement de 2016 (\textasciitilde\ 3,7 kg CaCO 3 m −2 yr −1). Sur les sept récifs enquêtés, seul un récif présentait un budget net négatif, ou érosif, en raison d'une perte quasi totale de la couverture corallienne (< 5\% de corail restant). La production brute de carbonate moyenne sur les récifs de Singapour était dominée par des espèces tolérantes au stress et généralistes, avec des morphologies à faible profil, et était \textasciitilde\ 3 kg m −2 yr −1 inférieure à celle observée sur des récifs avec une couverture corallienne équivalente ailleurs dans l'Indo-Pacifique. Bien que dans l'ensemble ces récifs maintiennent et ajoutent une structure carbonatée, leur potentiel moyen d'accrétion verticale est inférieur à la fois aux taux actuels de montée du niveau de la mer (1993–2010) et aux prévisions futures sous les scénarios RCP 4.5 et RCP 8.5. Cela risque de provoquer une augmentation de 0,2–0,6 m d'eau au-dessus des récifs de Singapour dans les 80 prochaines années, réduisant davantage la plage de profondeur sur laquelle ces récifs peuvent persister.",
    url = "https://doi.org/10.1007/s00338-020-01953-3",
    doi = "10.1007/s00338-020-01953-3",
    openalex = "W3027316033",
    references = "doi101007s00338019018522"
}

@article{doi101007s0033802001966y,
    author = "Burt, John A. et Camp, Emma F. et Enochs, Ian C. et Johansen, Jacob L. et Morgan, Kyle M. et Riegl, Bernhard et Hoey, Andrew S.",
    title = "Insights from extreme coral reefs in a changing world",
    year = "2020",
    journal = "Coral Reefs",
    url = "https://doi.org/10.1007/s00338-020-01966-y",
    doi = "10.1007/s00338-020-01966-y",
    openalex = "W3035397619",
    references = "doi101038s4155802007379, doi101111oik05946, doi103389fmars201800004"
}

@article{doi101007s003430209253z,
    author = "Zheng, Xinqing et Li, Yuanchao et Liang, Jilin et Lin, Rongcheng et Wang, Daoru",
    title = "Performance of ecological restoration in an impaired coral reef in the Wuzhizhou Island, Sanya, China",
    year = "2020",
    journal = "Journal of Oceanology and Limnology",
    url = "https://doi.org/10.1007/s00343-020-9253-z",
    doi = "10.1007/s00343-020-9253-z",
    openalex = "W3022718742",
    references = "doi1010029781118223246, doi101007bf00301691, doi101016jecoleng201901002, doi101016jmarpolbul200411028, doi101016s0921800999000099, doi101021es0482583, doi101111j14610248201201861x, doi101126science1085706, doi103354meps062185, doi105343bms20111143, openalexw2297370949, tortolerolangarica2019accelerated"
}

Prévoir les réponses de blanchissement des coraux est crucial au vu des événements fréquents de stress thermique pour gérer les pertes supplémentaires de biodiversité et de fonctionnement des écosystèmes, en particulier pour les récifs touchés par l'urbanisation. Nous avons examiné si la couverture de corail et la communauté à divers sites de Singapour ont changé lors de l'événement mondial de blanchissement de corail de 2016. La prévalence du blanchissement a varié considérablement entre les sites en juin 2016 et était la mieux expliquée par le site et l'espèce de corail. Alors que certains sites ont été minimalement touchés, d'autres ont enregistré des diminutions significatives de la couverture de corail et des changements de communauté persistant jusqu'en mars 2017, lorsque la coloration normale a été majoritairement regagnée par les coraux. La susceptibilité au blanchissement était associée à de plus grands corallites chez les hermaphrodites et à de plus petits corallites chez les gonochores (probablement en raison du coût du maintien de fonctions sexuelles doubles chez les hermaphrodites), et à une proximité croissante entre les polypes (probablement parce que les dommages thermiques seraient moins contenus parmi les polypes ayant une intégration physiologique plus grande). Cependant, la résilience au blanchissement - la capacité de regagner la pigmentation de base - était mal expliquée par les traits étudiés. Nos résultats suggèrent que l'interaction entre les conditions locales et la composition des espèces affecte fortement les résultats de blanchissement sur les récifs urbanisés, et soulignent l'utilité des traits de corail pour prédire les réponses au blanchissement afin d'aider à formuler des stratégies de gestion appropriées.

@article{doi101016jmarpolbul2020111111,
    author = "Ng, Chin Soon Lionel et Huang, Danwei et Toh, Kok Ben et Sam, Shu Qin et Kikuzawa, Yuichi Preslie et Toh, Tai Chong et Taira, Daisuke et Chan, Yong Kit Samuel et Hung, Ling Zi Tracy et Sim, Wan Ting et Rashid, Ahmad Rafiuddin et Afiq‐Rosli, Lutfi et Ng, Ngan Kee et Chou, Loke Ming",
    title = "Réponses des coraux de récif urbains lors de l'événement de blanchissement massif de 2016",
    year = "2020",
    journal = "Marine Pollution Bulletin",
    abstract = "Prévoir les réponses de blanchissement des coraux est crucial au vu des événements fréquents de stress thermique pour gérer les pertes supplémentaires de biodiversité et de fonctionnement des écosystèmes, en particulier pour les récifs touchés par l'urbanisation. Nous avons examiné si la couverture de corail et la communauté à divers sites de Singapour ont changé lors de l'événement mondial de blanchissement de corail de 2016. La prévalence du blanchissement a varié considérablement entre les sites en juin 2016 et était la mieux expliquée par le site et l'espèce de corail. Alors que certains sites ont été minimalement touchés, d'autres ont enregistré des diminutions significatives de la couverture de corail et des changements de communauté persistant jusqu'en mars 2017, lorsque la coloration normale a été majoritairement regagnée par les coraux. La susceptibilité au blanchissement était associée à de plus grands corallites chez les hermaphrodites et à de plus petits corallites chez les gonochores (probablement en raison du coût du maintien de fonctions sexuelles doubles chez les hermaphrodites), et à une proximité croissante entre les polypes (probablement parce que les dommages thermiques seraient moins contenus parmi les polypes ayant une intégration physiologique plus grande). Cependant, la résilience au blanchissement - la capacité de regagner la pigmentation de base - était mal expliquée par les traits étudiés. Nos résultats suggèrent que l'interaction entre les conditions locales et la composition des espèces affecte fortement les résultats de blanchissement sur les récifs urbanisés, et soulignent l'utilité des traits de corail pour prédire les réponses au blanchissement afin d'aider à formuler des stratégies de gestion appropriées.",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.marpolbul.2020.111111",
    doi = "10.1016/j.marpolbul.2020.111111",
    openalex = "W3016106172",
    references = "doi101007s00338019018522"
}

@article{doi101038s4155802007379,
    author = "Hughes, David et Alderdice, Rachel et Cooney, Christopher et Kühl, Michael et Pernice, Mathieu et Voolstra, Christian R. et Suggett, David J.",
    title = "Survival des récifs coralliens sous une désoxygénation océanique accélérée",
    year = "2020",
    journal = "Nature Climate Change",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41558-020-0737-9",
    doi = "10.1038/s41558-020-0737-9",
    openalex = "W3014480380",
    references = "doi101016jcellsig201201008, doi101016jgloenvcha201404002, doi101016jmolcel200804009, doi101016s0092867401005074, doi101016s0967065397848259, doi101038nature22901, doi101038nrm3028, doi101126science1153213, doi101126science1156401, doi101126scienceaam7240, doi101130g322301, doi103389fmars201700158, doi103389fmars201800004"
}

Résumé L'empreinte accélérée combinée du changement climatique et des pressions anthropiques accrues, ainsi que les résultats médiocres de nombreuses activités de gestion traditionnelles, soulignent la nécessité de tactiques actives de restauration des récifs (visant l'aquaculture et le transplantation de coraux), soutenues par des approches d'ingénierie écologique. Ces approches incluent, entre autres, l'utilisation d'espèces ingénieures d'écosystèmes, qui, par des modifications de leurs propriétés physiques ou biologiques, créent de nouveaux habitats caractérisés par une biodiversité nouvelle (par le biais d'actes d'ingénierie autogène ou allogène). Seule une petite étude sur la restauration des récifs coralliens a discuté/mentionné « l'ingénierie écologique » ou « l'ingénierie des récifs coralliens ». L'examen des publications sur la restauration des récifs (2016–2019 ; 145 publications) révèle seulement 39 (26,9 %) traitant des aspects de l'ingénierie écologique, avec 10 classes d'« applications » (26 publications) et 4 classes de « propriétés » (n = 13). Les « applications » d'ingénierie écologique englobent tous les aspects de la restauration des récifs, tandis que les « propriétés » d'ingénierie écologique traitent de la génétique assistée, du chimérisme corallien, de l'aquaculture des organismes vivant sur les récifs, et de la prise en compte des paramètres d'histoire de vie des espèces clés aquaculées/transplantées. Pourtant, de nombreuses applications d'ingénierie écologique se concentrent sur des espèces de coraux particulières, abordant leurs problèmes communautaires spécifiques, tandis que peu répondent aux besoins de la restauration de l'écosystème/du paysage dans son ensemble. Il est conclu que plutôt que de tenter de ramener les écosystèmes à des états historiques, l'ingénierie écologique devrait se tourner vers la création de nouveaux écosystèmes qui n'existaient pas auparavant.

@article{doi101093icesjmsfsaa022,
    author = "Rinkevich, Baruch",
    title = "Ecological engineering approaches in coral reef restoration",
    year = "2020",
    journal = "ICES Journal of Marine Science",
    abstract = "Résumé L'empreinte accélérée combinée du changement climatique et des pressions anthropiques accrues, ainsi que les résultats médiocres de nombreuses activités de gestion traditionnelles, soulignent la nécessité de tactiques actives de restauration des récifs (visant l'aquaculture et le transplantation de coraux), soutenues par des approches d'ingénierie écologique. Ces approches incluent, entre autres, l'utilisation d'espèces ingénieures d'écosystèmes, qui, par des modifications de leurs propriétés physiques ou biologiques, créent de nouveaux habitats caractérisés par une biodiversité nouvelle (par le biais d'actes d'ingénierie autogène ou allogène). Seule une petite étude sur la restauration des récifs coralliens a discuté/mentionné « l'ingénierie écologique » ou « l'ingénierie des récifs coralliens ». L'examen des publications sur la restauration des récifs (2016–2019 ; 145 publications) révèle seulement 39 (26,9 %) traitant des aspects de l'ingénierie écologique, avec 10 classes d'« applications » (26 publications) et 4 classes de « propriétés » (n = 13). Les « applications » d'ingénierie écologique englobent tous les aspects de la restauration des récifs, tandis que les « propriétés » d'ingénierie écologique traitent de la génétique assistée, du chimérisme corallien, de l'aquaculture des organismes vivant sur les récifs, et de la prise en compte des paramètres d'histoire de vie des espèces clés aquaculées/transplantées. Pourtant, de nombreuses applications d'ingénierie écologique se concentrent sur des espèces de coraux particulières, abordant leurs problèmes communautaires spécifiques, tandis que peu répondent aux besoins de la restauration de l'écosystème/du paysage dans son ensemble. Il est conclu que plutôt que de tenter de ramener les écosystèmes à des états historiques, l'ingénierie écologique devrait se tourner vers la création de nouveaux écosystèmes qui n'existaient pas auparavant.",
    url = "https://doi.org/10.1093/icesjms/fsaa022",
    doi = "10.1093/icesjms/fsaa022",
    openalex = "W3009701001",
    references = "doi101007978146124018114, doi101016jecoleng200410003, doi101016jecoleng201901002, doi101038nature21708, doi101073pnas091092998, doi101073pnas1208909109, doi1011111365243513331, doi101111j13652664200901751x, doi101126science1255641, doi1023073545850, doi103354meps07815, tortolerolangarica2019accelerated"
}

CONTEXTE : La capacité des coraux constructeurs de récifs à tolérer (ou s'adapter à) le stress thermique est un facteur clé déterminant leur résilience face aux changements climatiques futurs. Les modifications de la composition du microbiome des coraux (en particulier pour les endosymbiontes microalgaliens et les bactéries) constituent un mécanisme potentiel qui pourrait aider les coraux à prospérer dans les eaux chaudes. La mer Rouge septentrionale connaît des anomalies de température extrêmes, mais les coraux de cette région blanchissent rarement, suggérant des refuges possibles face aux changements climatiques. Cependant, la composition du microbiome des coraux et la manière dont elle se rapporte à la capacité de prospérer dans les eaux chaudes dans cette région sont entièrement inconnues. RÉSULTATS : Nous avons étudié les microbiomes de six espèces de coraux (Porites nodifera, Favia favus, Pocillopora damicornis, Seriatopora hystrix, Xenia umbellata et Sarcophyton trocheliophorum) provenant de cinq sites dans la mer Rouge septentrionale couvrant 4° de latitude et des gammes de températures moyennes estivales allant de 26,6 °C à 29,3 °C. Un total de 19 endosymbiontes dinoflagellés distincts ont été identifiés comme appartenant à trois genres de la famille Symbiodiniaceae (Symbiodinium, Cladocopium et Durusdinium). Parmi ceux-ci, 86 % appartenaient au genre Cladocopium, avec notamment cinq types nouveaux (19 %). La communauté d'endosymbiontes a montré un haut degré de spécificité de l'hôte malgré le gradient latitudinal. En revanche, la diversité et la composition des communautés bactériennes de la couche de mucus de surface (SML) — un compartiment particulièrement sensible aux changements environnementaux — ont varié considérablement entre les sites, mais pour tout cor donné, elle était spécifique à l'espèce. CONCLUSION : La communauté endosymbiotique conservée suggère une grande plasticité physiologique pour soutenir la productivité de l'holobionte à travers les différents régimes latitudinaux. De plus, la présence de cinq endosymbiontes algaliens nouveaux suggère la sélection de certains génotypes (ou adaptation génétique) au sein de la mer Rouge semi-isolée. En revanche, la composition dynamique des bactéries associées à la SML entre les sites pourrait contribuer à la fonction de l'holobionte et élargir la niche écologique. En procédant ainsi, les communautés bactériennes de la SML pourraient aider à l'acclimatation locale (ou adaptation) de l'holobionte en répondant rapidement aux changements de l'environnement de l'hôte. Notre étude fournit de nouvelles perspectives sur la nature sélective et endémique des microbiomes de coraux le long des refuges de la mer Rouge septentrionale.

@article{doi101186s4016801907765,
    author = "Osman, Eslam O. et Suggett, David J. et Voolstra, Christian R. et Pettay, D. Tye et Clark, Dave R. et Pogoreutz, Claudia et Sampayo, Eugenia M. et Warner, Mark E. et Smith, David J.",
    title = "Composition du microbiome des coraux le long de la mer Rouge septentrionale suggère une grande plasticité bactérienne et une spécificité des communautés de dinoflagellés endosymbiotiques",
    year = "2020",
    journal = "Microbiome",
    abstract = "CONTEXTE : La capacité des coraux constructeurs de récifs à tolérer (ou s'adapter à) le stress thermique est un facteur clé déterminant leur résilience face aux changements climatiques futurs. Les modifications de la composition du microbiome des coraux (en particulier pour les endosymbiontes microalgaliens et les bactéries) constituent un mécanisme potentiel qui pourrait aider les coraux à prospérer dans les eaux chaudes. La mer Rouge septentrionale connaît des anomalies de température extrêmes, mais les coraux de cette région blanchissent rarement, suggérant des refuges possibles face aux changements climatiques. Cependant, la composition du microbiome des coraux et la manière dont elle se rapporte à la capacité de prospérer dans les eaux chaudes dans cette région sont entièrement inconnues. RÉSULTATS : Nous avons étudié les microbiomes de six espèces de coraux (Porites nodifera, Favia favus, Pocillopora damicornis, Seriatopora hystrix, Xenia umbellata et Sarcophyton trocheliophorum) provenant de cinq sites dans la mer Rouge septentrionale couvrant 4° de latitude et des gammes de températures moyennes estivales allant de 26,6 °C à 29,3 °C. Un total de 19 endosymbiontes dinoflagellés distincts ont été identifiés comme appartenant à trois genres de la famille Symbiodiniaceae (Symbiodinium, Cladocopium et Durusdinium). Parmi ceux-ci, 86 % appartenaient au genre Cladocopium, avec notamment cinq types nouveaux (19 %). La communauté d'endosymbiontes a montré un haut degré de spécificité de l'hôte malgré le gradient latitudinal. En revanche, la diversité et la composition des communautés bactériennes de la couche de mucus de surface (SML) — un compartiment particulièrement sensible aux changements environnementaux — ont varié considérablement entre les sites, mais pour tout cor donné, elle était spécifique à l'espèce. CONCLUSION : La communauté endosymbiotique conservée suggère une grande plasticité physiologique pour soutenir la productivité de l'holobionte à travers les différents régimes latitudinaux. De plus, la présence de cinq endosymbiontes algaliens nouveaux suggère la sélection de certains génotypes (ou adaptation génétique) au sein de la mer Rouge semi-isolée. En revanche, la composition dynamique des bactéries associées à la SML entre les sites pourrait contribuer à la fonction de l'holobionte et élargir la niche écologique. En procédant ainsi, les communautés bactériennes de la SML pourraient aider à l'acclimatation locale (ou adaptation) de l'holobionte en répondant rapidement aux changements de l'environnement de l'hôte. Notre étude fournit de nouvelles perspectives sur la nature sélective et endémique des microbiomes de coraux le long des refuges de la mer Rouge septentrionale.",
    url = "https://doi.org/10.1186/s40168-019-0776-5",
    doi = "10.1186/s40168-019-0776-5",
    openalex = "W3004497505",
    references = "doi103389fmars201800004"
}

Les écosystèmes de récifs coralliens ont subi une perte sans précédent de coraux durs formant des habitats au cours des dernières décennies. Alors que la conservation marine s'est historiquement concentrée sur la protection passive des habitats, la demande et l'intérêt pour la restauration active ont augmenté au cours des dernières décennies. Cependant, un manque de coordination entre les praticiens de la restauration corallienne, les gestionnaires de récifs coralliens et les scientifiques a conduit à un domaine fragmenté où il est difficile d'obtenir une vue d'ensemble des connaissances existantes. Pour remédier à cela, nous avons cherché à synthétiser les connaissances disponibles dans une revue mondiale complète des méthodes de restauration corallienne, en incorporant des données issues de la littérature scientifique à comité de lecture, complétées par la littérature grise et grâce à un sondage auprès des praticiens de la restauration corallienne. Nous avons constaté que les études de cas de restauration corallienne sont dominées par des projets à court terme, avec 60 % de tous les projets signalant moins de 18 mois de suivi des sites restaurés. De même, la plupart des projets sont relativement petits en termes d'échelle spatiale, avec une taille médiane de zone restaurée de 100 m2. Une diversité d'espèces est représentée dans l'ensemble de données, avec 229 espèces différentes provenant de 72 genres de coraux. Dans l'ensemble, les projets de restauration corallienne se sont concentrés principalement sur les coraux ramifiés à croissance rapide (59 % des études) et signalent une survie comprise entre 60 et 70 %. À ce jour, le domaine relativement jeune de la restauration corallienne a été éprouvé par des « douleurs de croissance » similaires à celles de la restauration écologique dans d'autres écosystèmes. Ceux-ci incluent 1) un manque d'objectifs clairs et réalisables, 2) un manque de suivi et de rapport appropriés et standardisés, et 3) des projets mal conçus par rapport aux objectifs énoncés. L'atténuation de ces problèmes sera cruciale pour réussir à mettre à l'échelle les projets et pour maintenir la confiance du public dans la restauration en tant qu'outil de gestion basée sur la résilience. Enfin, bien qu'il soit clair que les praticiens ont développé des méthodes efficaces pour faire pousser avec succès des coraux à petite échelle, il est essentiel de ne pas considérer la restauration comme un remplacement pour une action significative sur le changement climatique.

@article{doi101371journalpone0226631,
    author = "Boström‐Einarsson, Lisa et Babcock, Russell C. et Bayraktarov, Elisa et Ceccarelli, Daniela M. et Cook, Nathan et Ferse, Sebastian C. A. et Hancock, Boze et Harrison, Peter L. et Hein, Margaux Y. et Shaver, Elizabeth C. et Smith, Adam et Suggett, David J. et Stewart‐Sinclair, Phoebe J. et Vardi, Tali et McLeod, Ian",
    title = "Coral restoration – A systematic review of current methods, successes, failures and future directions",
    year = "2020",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "Les écosystèmes de récifs coralliens ont subi une perte sans précédent de coraux durs formant des habitats au cours des dernières décennies. Alors que la conservation marine s'est historiquement concentrée sur la protection passive des habitats, la demande et l'intérêt pour la restauration active ont augmenté au cours des dernières décennies. Cependant, un manque de coordination entre les praticiens de la restauration corallienne, les gestionnaires de récifs coralliens et les scientifiques a conduit à un domaine fragmenté où il est difficile d'obtenir une vue d'ensemble des connaissances existantes. Pour remédier à cela, nous avons cherché à synthétiser les connaissances disponibles dans une revue mondiale complète des méthodes de restauration corallienne, en incorporant des données issues de la littérature scientifique à comité de lecture, complétées par la littérature grise et grâce à un sondage auprès des praticiens de la restauration corallienne. Nous avons constaté que les études de cas de restauration corallienne sont dominées par des projets à court terme, avec 60\% de tous les projets signalant moins de 18 mois de suivi des sites restaurés. De même, la plupart des projets sont relativement petits en termes d'échelle spatiale, avec une taille médiane de zone restaurée de 100 m2. Une diversité d'espèces est représentée dans l'ensemble de données, avec 229 espèces différentes provenant de 72 genres de coraux. Dans l'ensemble, les projets de restauration corallienne se sont concentrés principalement sur les coraux ramifiés à croissance rapide (59\% des études) et signalent une survie comprise entre 60 et 70\%. À ce jour, le domaine relativement jeune de la restauration corallienne a été éprouvé par des « douleurs de croissance » similaires à celles de la restauration écologique dans d'autres écosystèmes. Ceux-ci incluent 1) un manque d'objectifs clairs et réalisables, 2) un manque de suivi et de rapport appropriés et standardisés, et 3) des projets mal conçus par rapport aux objectifs énoncés. L'atténuation de ces problèmes sera cruciale pour réussir à mettre à l'échelle les projets et pour maintenir la confiance du public dans la restauration en tant qu'outil de gestion basée sur la résilience. Enfin, bien qu'il soit clair que les praticiens ont développé des méthodes efficaces pour faire pousser avec succès des coraux à petite échelle, il est essentiel de ne pas considérer la restauration comme un remplacement pour une action significative sur le changement climatique.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0226631",
    doi = "10.1371/journal.pone.0226631",
    openalex = "W3003324864",
    references = "doi101016jecss200809003, doi101126scienceaan8048"
}

Le taux croissant de déclin des communautés de coraux à l'échelle mondiale nécessite une intervention urgente et de nouvelles approches pour la gestion des récifs afin de réduire et d'arrêter la perte supplémentaire de coraux. Pour les systèmes de récifs à approvisionnement larvaire naturel limité, l'introduction de grands nombres de larves de coraux compétentes directement sur les substrats naturels des récifs offre une approche potentiellement utile pour reconstituer les populations de coraux adultes. Bien que peu d'expériences aient testé cette approche, seule une expérience a démontré jusqu'à présent son succès à long terme. Étant donné les différences de traits d'histoire de vie entre les coraux, et les sensibilités différentes des larves aux facteurs abiotiques et biotiques, couplées à la nature dynamique de la survie après l'installation et des processus de recrutement, des essais de la technique d'amélioration larvaire avec des larves de différentes espèces de coraux sont nécessaires pour tester l'applicabilité plus large et la viabilité de cette approche. En conséquence, dans cet article, nous examinons l'applicabilité de la technique d'amélioration larvaire pour restaurer une population d'Acropora loripes dans le complexe de récifs de Bolinao-Anda, Pangasinan, Philippines nord-ouest. Les larves ont été cultivées ex situ après la ponte des colonies de A. loripes collectées en juin 2014. Des larves compétentes ont été transportées vers des zones de récifs dégradées et environ 300 000 larves ont été introduites dans chacune de trois parcelles de 6 × 4 m directement sur le récif. Des enclosures en maille fine ont retenu les larves à l'intérieur de chaque parcelle de traitement pendant cinq jours. Trois parcelles adjacentes de 6 × 4 m servant de témoins ont également été couvertes d'enclosures en maille, mais aucune larve n'a été introduite. Chaque parcelle contenait dix tuiles d'installation conditionnées de 10 × 10 cm découpées dans des Acropora tabulaires morts, utilisées pour quantifier l'installation initiale des larves. Après avoir permis l'installation larvaire pendant cinq jours, l'installation moyenne sur les tuiles des parcelles d'amélioration larvaire qui ont été surveillées sous des stéréomicroscopes était significativement plus élevée (27,8 ± 6,7 spat par tuile) que dans les parcelles témoins, dans lesquelles aucun recrue n'a été enregistré. La survie après l'installation et la croissance des spat et des recrues de corail sur les tuiles et les substrats de récif à l'intérieur des parcelles expérimentales ont été surveillées périodiquement pendant 35 mois. Après 35 mois, la taille moyenne de chacune des 47 colonies de corail A. loripes survivantes sur les substrats de récif était de 438,1 ± 5,4 cm3, avec un diamètre moyen de 7,9 ± 0,6 cm. Le coût de production moyen pour chacune des colonies de A. loripes survivantes à 35 mois était de 35,20 USD. Ces colonies sont censées pondre et contribuer au pool larvaire naturel lorsqu'elles deviennent reproductivement matures, améliorant ainsi la récupération naturelle des coraux dans la région. Cette étude démontre que l'amélioration massive des larves de corail peut être utilisée avec succès pour restaurer les populations d'espèces de coraux ayant différents traits d'histoire de vie, et que les techniques peuvent augmenter rapidement les taux de recrutement larvaire sur les zones de récifs dégradées, catalysant ainsi la régénération des populations de coraux en déclin.

@article{doi101371journalpone0242847,
    author = "dela Cruz, Dexter W. et Harrison, Peter L.",
    title = "Améliorer le recrutement des coraux par un établissement massif assisté de larves de coraux cultivées",
    year = "2020",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "Le taux croissant de déclin des communautés de coraux à l'échelle mondiale nécessite une intervention urgente et de nouvelles approches de gestion des récifs pour réduire et arrêter la perte supplémentaire de coraux. Pour les systèmes de récifs avec un approvisionnement naturel en larves limité, l'introduction de grands nombres de larves de coraux compétentes directement sur les substrats naturels des récifs fournit une approche potentiellement utile pour reconstituer les populations de coraux adultes. Bien que peu d'expériences aient testé cette approche, seule une expérience a démontré jusqu'à présent son succès à long terme. Étant donné les différences dans les traits d'histoire de vie entre les coraux, et les sensibilités différentes des larves aux facteurs abiotiques et biotiques, couplées à la nature dynamique de la survie post-établissement et des processus de recrutement, des essais de la technique d'amélioration larvaire avec des larves de différentes espèces de coraux sont nécessaires pour tester l'applicabilité plus large et la viabilité de cette approche. En conséquence, dans cet article, nous examinons l'applicabilité de la technique d'amélioration larvaire pour restaurer une population d'Acropora loripes dans le complexe de récifs de Bolinao-Anda, Pangasinan, Philippines nord-ouest. Les larves ont été cultivées ex situ après la ponte des colonies de A. loripes collectées en juin 2014. Des larves compétentes ont été transportées vers des zones de récifs dégradées et environ 300 000 larves ont été introduites dans chacune de trois parcelles de 6 × 4 m directement sur le récif. Des enclosures en maille fine ont retenu les larves à l'intérieur de chaque parcelle de traitement pendant cinq jours. Trois parcelles adjacentes de 6 × 4 m servant de témoins ont également été couvertes d'enclosures en maille, mais aucune larve n'a été introduite. Chaque parcelle contenait dix tuiles d'établissement conditionnées de 10 × 10 cm découpées dans des Acropora tabulaires morts qui ont été utilisées pour quantifier l'établissement initial des larves. Après avoir permis l'établissement des larves pendant cinq jours, l'établissement moyen sur les tuiles des parcelles d'amélioration larvaire qui ont été surveillées sous des stéréomicroscopes était significativement plus élevé (27,8 ± 6,7 spat par tuile) que dans les parcelles témoins, dans lesquelles aucun recrue n'a été enregistré. La survie post-établissement et la croissance des spat et des recrues de coraux sur les tuiles et les substrats de récif à l'intérieur des parcelles expérimentales ont été surveillées périodiquement pendant 35 mois. Après 35 mois, la taille moyenne de chacune des 47 colonies de coraux A. loripes survivantes sur les substrats de récif était de 438,1 ± 5,4 cm3, avec un diamètre moyen de 7,9 ± 0,6 cm. Le coût de production moyen pour chacune des colonies de A. loripes survivantes à 35 mois était de 35,20 USD. Ces colonies sont censées pondre et contribuer au pool naturel de larves lorsqu'elles deviennent reproductivement matures, améliorant ainsi la récupération naturelle des coraux dans la zone. Cette étude démontre que l'amélioration massive des larves de coraux peut être utilisée avec succès pour restaurer les populations d'espèces de coraux avec différents traits d'histoire de vie, et les techniques peuvent rapidement augmenter les taux de recrutement larvaire sur les zones de récifs dégradées, catalysant ainsi la régénération des populations de coraux en déclin.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0242847",
    doi = "10.1371/journal.pone.0242847",
    openalex = "W3109303908",
    references = "doi101093icesjmsfsaa022"
}

Les interactions compétitives entre les coraux et les macroalgues jouent un rôle important dans la détermination de la structure des communautés benthiques sur les récifs coralliens. Bien qu'il soit connu que les macroalgues puissent affecter négativement les coraux, l'influence relative des interactions macroalgales médiées par le contact versus l'eau sur les coraux — telle que via une influence sur les microbiomes associés aux coraux — est moins bien comprise. De plus, les impacts des macroalgues sur les coraux qui ont persisté dans un système de récif fortement urbanisé n'ont pas été explorés précédemment. Nous avons examiné les effets des macroalgues Lobophora sp. et Hypnea pannosa sur la physiologie et le microbiome de trois espèces de coraux indo-pacifiques (Merulina ampliata, Montipora stellata et Pocillopora acuta) collectés des récifs fortement urbanisés de Singapour, et comparé comment ces effets variaient entre le contact direct et les interactions médiées par l'eau. Le contact direct par Lobophora sp. a provoqué un blanchiment tissulaire visible et réduit le Fv/Fm chez les trois espèces de coraux, tandis que le contact direct par H. pannosa n'a conduit qu'à une légère, mais significative, suppression du Fv/Fm des coraux. Aucun effet néfaste sur la physiologie des coraux n'a été observé lorsque les coraux étaient à proximité immédiate des macroalgues ou lors d'un contact direct avec des mimiques algales. Cependant, à la fois le contact direct et les interactions médiées par l'eau avec Lobophora sp. et H. pannosa ont altéré les structures des communautés procaryotes chez M. stellata. Pour M. ampliata et P. acuta, les changements de leurs microbiomes en réponse aux traitements algaux ont été plus fortement influencés par les récifs sources à partir desquels les colonies de coraux ont été collectées. En particulier, les colonies de coraux collectées sur l'île de Kusu avaient proportionnellement plus d'abondances initiales de bactéries potentiellement pathogènes dans leurs microbiomes que celles collectées sur Pulau Satumu ; néanmoins, les fragments de coraux de l'île de Kusu ont présenté les mêmes réponses physiologiques aux interactions macroalgales que les coraux de Pulau Satumu. Dans l'ensemble, nos résultats révèlent que, pour les espèces testées, les microbiomes des coraux étaient sensibles à la fois au contact direct et aux interactions médiées par l'eau avec les macroalgues, tandis que la physiologie des coraux n'était compromise que lors d'un contact direct. De plus, la présence de niveaux élevés de bactéries potentiellement pathogènes dans certains échantillons de coraux n'a pas conduit à ce que les coraux soient plus sensibles aux impacts des macroalgues.

@article{doi103389fmars201900831,
    author = "Fong, Jenny et Deignan, Lindsey K. et Bauman, Andrew G. et Steinberg, Peter D. et McDougald, Diane et Todd, Peter A.",
    title = "Effets de contact et médiés par l'eau des macroalgues sur la physiologie et le microbiome de trois espèces de coraux indo-pacifiques",
    year = "2020",
    journal = "Frontiers in Marine Science",
    abstract = "Les interactions compétitives entre les coraux et les macroalgues jouent un rôle important dans la détermination de la structure des communautés benthiques sur les récifs coralliens. Bien qu'il soit connu que les macroalgues puissent affecter négativement les coraux, l'influence relative des interactions macroalgales médiées par le contact versus l'eau sur les coraux — telle que via une influence sur les microbiomes associés aux coraux — est moins bien comprise. De plus, les impacts des macroalgues sur les coraux qui ont persisté dans un système de récif fortement urbanisé n'ont pas été explorés précédemment. Nous avons examiné les effets des macroalgues Lobophora sp. et Hypnea pannosa sur la physiologie et le microbiome de trois espèces de coraux indo-pacifiques (Merulina ampliata, Montipora stellata et Pocillopora acuta) collectés des récifs fortement urbanisés de Singapour, et comparé comment ces effets variaient entre le contact direct et les interactions médiées par l'eau. Le contact direct par Lobophora sp. a provoqué un blanchiment tissulaire visible et réduit le Fv/Fm chez les trois espèces de coraux, tandis que le contact direct par H. pannosa n'a conduit qu'à une légère, mais significative, suppression du Fv/Fm des coraux. Aucun effet néfaste sur la physiologie des coraux n'a été observé lorsque les coraux étaient à proximité immédiate des macroalgues ou lors d'un contact direct avec des mimiques algales. Cependant, à la fois le contact direct et les interactions médiées par l'eau avec Lobophora sp. et H. pannosa ont altéré les structures des communautés procaryotes chez M. stellata. Pour M. ampliata et P. acuta, les changements de leurs microbiomes en réponse aux traitements algaux ont été plus fortement influencés par les récifs sources à partir desquels les colonies de coraux ont été collectées. En particulier, les colonies de coraux collectées sur l'île de Kusu avaient proportionnellement plus d'abondances initiales de bactéries potentiellement pathogènes dans leurs microbiomes que celles collectées sur Pulau Satumu ; néanmoins, les fragments de coraux de l'île de Kusu ont présenté les mêmes réponses physiologiques aux interactions macroalgales que les coraux de Pulau Satumu. Dans l'ensemble, nos résultats révèlent que, pour les espèces testées, les microbiomes des coraux étaient sensibles à la fois au contact direct et aux interactions médiées par l'eau avec les macroalgues, tandis que la physiologie des coraux n'était compromise que lors d'un contact direct. De plus, la présence de niveaux élevés de bactéries potentiellement pathogènes dans certains échantillons de coraux n'a pas conduit à ce que les coraux soient plus sensibles aux impacts des macroalgues.",
    url = "https://doi.org/10.3389/fmars.2019.00831",
    doi = "10.3389/fmars.2019.00831",
    openalex = "W3002839732",
    references = "doi101007s00338019018522"
}

. Bien que des études à long terme complètes soient nécessaires, les méthodologies de transplantation directe de micro-fragments de corail émergent comme des outils de restauration efficaces en termes de temps et abordables pour atténuer les impacts anthropiques et du changement climatique sur les récifs éloignés et marginaux.

@article{doi103390ijerph17186574,
    author = "Tortolero‐Langarica, J. J. Adolfo et Rodríguez‐Troncoso, Alma Paola et Cupul‐Magaña, Amilcar Leví et Rinkevich, Baruch",
    title = "Micro-Fragmentation comme outil efficace et appliqué pour restaurer les récifs éloignés dans l'océan Pacifique tropical oriental",
    year = "2020",
    journal = "International Journal of Environmental Research and Public Health",
    abstract = ". Bien que des études à long terme complètes soient nécessaires, les méthodologies de transplantation directe de micro-fragments de corail émergent comme des outils de restauration efficaces en termes de temps et abordables pour atténuer les impacts anthropiques et du changement climatique sur les récifs éloignés et marginaux.",
    url = "https://doi.org/10.3390/ijerph17186574",
    doi = "10.3390/ijerph17186574",
    openalex = "W3084327467",
    references = "doi101016jecoleng201901002, doi101016jpocean200603009, doi101038s4158601800412, doi101038s4158601807769, doi101126science1204794, doi101126science1232310, doi101126scienceaaa4216, doi101371journalpone0000711, doi101371journalpone0033353, doi101371journalpone0226631, doi103354meps007207, tortolerolangarica2019accelerated"
}

Le maintien des écosystèmes de récifs coralliens est une nécessité sociale, car tant de personnes dépendent des récifs coralliens pour la production alimentaire, la protection des côtes et leurs moyens de subsistance. Cependant, la survie des récifs au cours de ce siècle est menacée par les effets croissants du changement climatique. L'atténuation du changement climatique est l'action principale et essentielle pour prévenir l'effondrement des écosystèmes de récifs coralliens. Sans elle, les récifs deviendront extrêmement réduits dans les 20 à 30 prochaines années. Même avec une forte atténuation du changement climatique, les mesures de conservation existantes telles que les aires marines protégées et la gestion des pêches ne sont plus suffisantes pour maintenir l'écosystème et de nombreuses actions supplémentaires et innovantes pour augmenter la résilience des récifs doivent également être entreprises. Dans cet article, nous évaluons l'ensemble des protections et des actions en fonction de leur potentiel d'efficacité selon un ensemble de critères qui incluent l'efficacité, la préparation, les co-bénéfices et les inconvénients. Même avec la meilleure innovation scientifique, la sauvegarde des récifs coralliens nécessitera une stratégie bien financée, bien conçue et rapidement exécutée, avec des engagements politiques et sociaux au niveau d'autres grands défis.

@article{doi101016jbiocon2021109107,
    author = "Kleypas, Joan A. et Allemand, Denis et Anthony, Kenneth R. N. et Baker, Andrew C. et Beck, Michael W. et Hale, Lynne Zeitlin et Hilmi, Nathalie et Hoegh‐Guldberg, Ove et Hughes, Terry P. et Kaufman, Les et Kayanne, Hajime et Magnan, Alexandre et Mcleod, Elizabeth et Mumby, Peter J. et Palumbi, Stephen R. et Richmond, Robert H. et Rinkevich, Baruch et Steneck, Robert S. et Voolstra, Christian R. et Wachenfeld, David et Gattuso, Jean‐Pierre",
    title = "Conception d'un plan directeur pour la survie des récifs coralliens",
    year = "2021",
    journal = "Biological Conservation",
    abstract = "Le maintien des écosystèmes de récifs coralliens est une nécessité sociale, car tant de personnes dépendent des récifs coralliens pour la production alimentaire, la protection des côtes et leurs moyens de subsistance. Cependant, la survie des récifs au cours de ce siècle est menacée par les effets croissants du changement climatique. L'atténuation du changement climatique est l'action principale et essentielle pour prévenir l'effondrement des écosystèmes de récifs coralliens. Sans elle, les récifs deviendront extrêmement réduits dans les 20 à 30 prochaines années. Même avec une forte atténuation du changement climatique, les mesures de conservation existantes telles que les aires marines protégées et la gestion des pêches ne sont plus suffisantes pour maintenir l'écosystème et de nombreuses actions supplémentaires et innovantes pour augmenter la résilience des récifs doivent également être entreprises. Dans cet article, nous évaluons l'ensemble des protections et des actions en fonction de leur potentiel d'efficacité selon un ensemble de critères qui incluent l'efficacité, la préparation, les co-bénéfices et les inconvénients. Même avec la meilleure innovation scientifique, la sauvegarde des récifs coralliens nécessitera une stratégie bien financée, bien conçue et rapidement exécutée, avec des engagements politiques et sociaux au niveau d'autres grands défis.",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.biocon.2021.109107",
    doi = "10.1016/j.biocon.2021.109107",
    openalex = "W3156335823",
    references = "doi101093icesjmsfsaa022"
}

@article{doi101016jmarenvres2021105322,
    author = "Ng, Chin Soon Lionel et Chan, Yong Kit Samuel et Nguyen, Nhung et Kikuzawa, Yuichi Preslie et Sam, Shu Qin et Toh, Tai Chong et Mock, Aidan Yong Jie et Chou, Loke Ming et Huang, Danwei",
    title = "Composition de la communauté de coraux et production de carbonate dans un paysage marin urbanisé",
    year = "2021",
    journal = "Marine Environmental Research",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.marenvres.2021.105322",
    doi = "10.1016/j.marenvres.2021.105322",
    openalex = "W3151681122",
    references = "doi101007s00338019018522"
}

@article{doi101016jmarpolbul2021112849,
    author = "Fong, Jenny et Todd, Peter A.",
    title = "Dynamiques spatio-temporelles des interactions corail–macroalgues et leurs impacts sur la croissance des coraux sur les récifs urbanisés",
    year = "2021",
    journal = "Marine Pollution Bulletin",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.marpolbul.2021.112849",
    doi = "10.1016/j.marpolbul.2021.112849",
    openalex = "W3195311448",
    references = "doi101007s00338019018522"
}

@article{doi101016joneear202108016,
    author = "Eddy, Tyler D. et Lam, Vicky W. Y. et Reygondeau, Gabriel et Cisneros‐Montemayor, Andrés M. et Greer, Krista et Palomares, Maria Lourdes D. et Bruno, John F. et Ota, Yoshitaka et Cheung, William W. L.",
    title = "Déclin mondial de la capacité des récifs coralliens à fournir des services écosystémiques",
    year = "2021",
    journal = "One Earth",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.oneear.2021.08.016",
    doi = "10.1016/j.oneear.2021.08.016",
    openalex = "W3199321815",
    references = "doi101038nature18607, doi101126scienceaan8048"
}

Les microbiomes de corail sont essentiels au fonctionnement de l'holobionte, mais beaucoup reste à comprendre sur la manière dont l'environnement dominant et le génotype de l'hôte affectent les communautés microbiennes dans les écosystèmes. Ressemblant aux études sur les jumeaux humains identiques, nous avons examiné les différences de communautés bactériennes de clones de corail à feu naturellement survenus au sein et entre des habitats de récif contrastés pour évaluer la contribution relative du génotype de l'hôte et de l'environnement à la structure du microbiome. La composition des communautés bactériennes des clones de corail différait entre les habitats de récif, soulignant la contribution de l'environnement. De manière similaire, mais dans une moindre mesure, les microbiomes variaient selon différents génotypes dans des habitats identiques, indiquant l'influence du génotype de l'hôte. Les prédictions de la fonction génomique basées sur les profils taxonomiques suggèrent que les taxa déterminés par l'environnement ont soutenu une restructuration fonctionnelle du réseau métabolique microbien. En revanche, les bactéries déterminées par le génotype de l'hôte semblaient être fonctionnellement redondantes. Notre étude suggère la flexibilité du microbiome comme mécanisme d'adaptation environnementale avec une association de différents taxa bactériens partiellement dépendante du génotype de l'hôte.

@article{doi101038s4146702126543x,
    author = "Dubé, Caroline et Ziegler, Maren et Mercière, Alexandre et Boissin, Émilie et Planes, Serge et Bourmaud, Chloé A.-F. et Voolstra, Christian R.",
    title = "Des clones de corail à feu naturellement survenus démontrent une base génétique et environnementale de la composition du microbiome",
    year = "2021",
    journal = "Nature Communications",
    abstract = "Les microbiomes de corail sont essentiels au fonctionnement de l'holobionte, mais beaucoup reste à comprendre sur la manière dont l'environnement dominant et le génotype de l'hôte affectent les communautés microbiennes dans les écosystèmes. Ressemblant aux études sur les jumeaux humains identiques, nous avons examiné les différences de communautés bactériennes de clones de corail à feu naturellement survenus au sein et entre des habitats de récif contrastés pour évaluer la contribution relative du génotype de l'hôte et de l'environnement à la structure du microbiome. La composition des communautés bactériennes des clones de corail différait entre les habitats de récif, soulignant la contribution de l'environnement. De manière similaire, mais dans une moindre mesure, les microbiomes variaient selon différents génotypes dans des habitats identiques, indiquant l'influence du génotype de l'hôte. Les prédictions de la fonction génomique basées sur les profils taxonomiques suggèrent que les taxa déterminés par l'environnement ont soutenu une restructuration fonctionnelle du réseau métabolique microbien. En revanche, les bactéries déterminées par le génotype de l'hôte semblaient être fonctionnellement redondantes. Notre étude suggère la flexibilité du microbiome comme mécanisme d'adaptation environnementale avec une association de différents taxa bactériens partiellement dépendante du génotype de l'hôte.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41467-021-26543-x",
    doi = "10.1038/s41467-021-26543-x",
    openalex = "W3209179210",
    references = "doi1010022015gl063488"
}

Résumé La résilience à long terme des récifs coralliens face à de multiples stress dépend de leur capacité à maintenir des taux de calcification positifs. Les estimations de la calcification et de la productivité organique des écosystèmes coralliens fournissent des informations sur les facteurs environnementaux et les changements temporels de l'état des récifs. Ici, nous analysons les tendances spatiales et temporelles mondiales et leurs facteurs de variation de la calcification des récifs coralliens à l'aide d'une méta-analyse d'études de cas à l'échelle de l'écosystème. Un modèle de régression linéaire à effets mixtes a été utilisé pour tester si la calcification à l'échelle de l'écosystème est liée à la saisonnalité, la méthodologie, la couverture des calcificateurs, l'année, la profondeur, l'action des vagues, la latitude, la durée de la collecte de données, l'état du récif corallien, Ω ar, la température et la productivité organique. La calcification de l'écosystème mondial estimée à partir des changements de la chimie du carbonate de l'eau de mer a été principalement pilotée par la profondeur et la couverture des calcificateurs benthiques. Les déclins actuels et futurs de la couverture corallienne affecteront significativement le budget carbonaté des récifs mondiaux, même avant de prendre en compte les effets des stressors sub-létaux sur les taux de calcification. Les récifs étudiés à plusieurs reprises ont présenté une calcification en déclin de 4,3 ± 1,9 % par an (x̄ = 1,8 ± 0,7 mmol m −2 d −1 yr −1), et une productivité organique croissante de 3,0 ± 0,8 mmol m −2 d −1 par an depuis 1970. Par conséquent, les écosystèmes de récifs coralliens subissent un changement dans leurs processus métaboliques essentiels de calcification et de photosynthèse, et pourraient devenir nettement dissolvants à l'échelle mondiale vers 2054.

@article{doi101038s4324702100168w,
    author = "Davis, Kay L. et Colefax, Andrew P. et Tucker, James P. et Kelaher, Brendan P. et Santos, Isaac R.",
    title = "Les écosystèmes de récifs coralliens mondiaux présentent une calcification en déclin et une productivité primaire croissante",
    year = "2021",
    journal = "Communications Earth \& Environment",
    abstract = "Résumé La résilience à long terme des récifs coralliens face à de multiples stress dépend de leur capacité à maintenir des taux de calcification positifs. Les estimations de la calcification et de la productivité organique des écosystèmes coralliens fournissent des informations sur les facteurs environnementaux et les changements temporels de l'état des récifs. Ici, nous analysons les tendances spatiales et temporelles mondiales et leurs facteurs de variation de la calcification des récifs coralliens à l'aide d'une méta-analyse d'études de cas à l'échelle de l'écosystème. Un modèle de régression linéaire à effets mixtes a été utilisé pour tester si la calcification à l'échelle de l'écosystème est liée à la saisonnalité, la méthodologie, la couverture des calcificateurs, l'année, la profondeur, l'action des vagues, la latitude, la durée de la collecte de données, l'état du récif corallien, Ω ar, la température et la productivité organique. La calcification de l'écosystème mondial estimée à partir des changements de la chimie du carbonate de l'eau de mer a été principalement pilotée par la profondeur et la couverture des calcificateurs benthiques. Les déclins actuels et futurs de la couverture corallienne affecteront significativement le budget carbonaté des récifs mondiaux, même avant de prendre en compte les effets des stressors sub-létaux sur les taux de calcification. Les récifs étudiés à plusieurs reprises ont présenté une calcification en déclin de 4,3 ± 1,9 % par an (x̄ = 1,8 ± 0,7 mmol m −2 d −1 yr −1), et une productivité organique croissante de 3,0 ± 0,8 mmol m −2 d −1 par an depuis 1970. Par conséquent, les écosystèmes de récifs coralliens subissent un changement dans leurs processus métaboliques essentiels de calcification et de photosynthèse, et pourraient devenir nettement dissolvants à l'échelle mondiale vers 2054.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s43247-021-00168-w",
    doi = "10.1038/s43247-021-00168-w",
    openalex = "W3168530769",
    references = "doi1010022016jc012326, doi101371journalpone0190872"
}

émissions.

@article{doi101073pnas2015265118,
    author = "Cornwall, Christopher E. et Comeau, Steeve et Kornder, Niklas A. et Perry, Chris T. et van Hooidonk, Ruben et DeCarlo, Thomas M. et Pratchett, Morgan S. et Anderson, Kristen D. et Browne, Nicola K. et Carpenter, R. C. et Díaz-Pulido, Guillermo et D’Olivo, Juan Pablo et Doo, Steve S. et Figueiredo, Joana et Fortunato, Sofia et Kennedy, Emma et Lantz, Coulson A. et McCulloch, Malcolm T. et González‐Rivero, Manuel et Schoepf, Verena et Smithers, S et Lowe, Ryan",
    title = "Global declines in coral reef calcium carbonate production under ocean acidification and warming",
    year = "2021",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "émissions.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.2015265118",
    doi = "10.1073/pnas.2015265118",
    openalex = "W3161219580",
    references = "doi101038ncomms2409, doi101126scienceaao1118"
}

Résumé La capacité des récifs coralliens à fournir des services écosystémiques est largement reconnue, mais cette capacité dépend de la production continue de carbonate au sein de la communauté corallienne. L'archipel des Îles Marías (21° 29.5′ N–106° 15′ O) est soumis à des pressions anthropiques minimales. Cet archipel sert de modèle pour étudier l'influence des variables environnementales [par exemple, la température de surface de la mer (SST), les périodes de remontée d'eau, les événements d'oscillation australe El Niño (ENSO) et le pH] sur la structure de la communauté corallienne. L'objectif de cette étude était d'évaluer les paramètres de croissance, le volume écologique et la production de CaCO3 des coraux Pocillopora, qui constituent le genre dominant dans le Pacifique tropical oriental (PTE). Au cours d'une période annuelle (2016–2017), 10 colonies ont été colorées avec de l'alizarine rouge et les mesures de hauteur, de diamètre majeur et de diamètre mineur ont été enregistrées. La couverture de coraux vivants, le taux d'extension annuel (cm/an), la densité squelettique (g/cm3), le taux de calcification (g/cm2 an−1), le volume écologique (cm−3) et la production de carbonate (kg m−2 an−1) ont également été calculés. Le taux d'extension moyen (± écart-type), la densité squelettique et le taux de calcification étaient respectivement de 1,86 ± 0,31 cm/an, 2,28 ± 0,34 g CaCO3 cm−3 et 4,34 ± 1,28 g CaCO3 cm−2 an−1. La couverture moyenne de coraux vivants était de 3,19 ± 3,17 % et la couverture relative des coraux Pocillopora était de 65 %. Le volume écologique a augmenté de 140,6 ± 84,28 % par rapport au volume initial, et la production moyenne de CaCO3 était de 0,46 ± 0,41 kg CaCO3 m−2 an−1. Cette étude montre des preuves de taux de croissance faibles, de faible génération de tridimensionnalité et de faible production de CaCO3 dans la zone d'étude par rapport à d'autres sites du PTE. Ces résultats sont pertinents car ils indiquent un entretien à long terme et un développement de récif compromis dans les Îles Marías, ce qui peut entraîner une faible fonctionnalité du récif et compromettre la stabilité de la biodiversité associée aux récifs et des services écosystémiques.

@article{doi101111maec12678,
    author = "González‐Pabón, María A. et Tortolero‐Langarica, J. J. Adolfo et Calderón‐Aguilera, Luis E. et Solana‐Arellano, Elena et Rodríguez‐Troncoso, Alma Paola et Cupul‐Magaña, Amilcar Leví et Cabral‐Tena, Rafael A.",
    title = "Faible taux de calcification, complexité structurelle et production de carbonate de calcium des coraux Pocillopora dans une réserve de biosphère du Pacifique central mexicain",
    year = "2021",
    journal = "Marine Ecology",
    abstract = "Résumé La capacité des récifs coralliens à fournir des services écosystémiques est largement reconnue, mais cette capacité dépend de la production continue de carbonate au sein de la communauté corallienne. L'archipel des Îles Marías (21° 29.5′ N–106° 15′ O) est soumis à des pressions anthropiques minimales. Cet archipel sert de modèle pour étudier l'influence des variables environnementales [par exemple, la température de surface de la mer (SST), les périodes de remontée d'eau, les événements d'oscillation australe El Niño (ENSO) et le pH] sur la structure de la communauté corallienne. L'objectif de cette étude était d'évaluer les paramètres de croissance, le volume écologique et la production de CaCO3 des coraux Pocillopora, qui constituent le genre dominant dans le Pacifique tropical oriental (PTE). Au cours d'une période annuelle (2016–2017), 10 colonies ont été colorées avec de l'alizarine rouge et les mesures de hauteur, de diamètre majeur et de diamètre mineur ont été enregistrées. La couverture de coraux vivants, le taux d'extension annuel (cm/an), la densité squelettique (g/cm3), le taux de calcification (g/cm2 an−1), le volume écologique (cm−3) et la production de carbonate (kg m−2 an−1) ont également été calculés. Le taux d'extension moyen (± écart-type), la densité squelettique et le taux de calcification étaient respectivement de 1,86 ± 0,31 cm/an, 2,28 ± 0,34 g CaCO3 cm−3 et 4,34 ± 1,28 g CaCO3 cm−2 an−1. La couverture moyenne de coraux vivants était de 3,19 ± 3,17 %, et la couverture relative des coraux Pocillopora était de 65 %. Le volume écologique a augmenté de 140,6 ± 84,28 % par rapport au volume initial, et la production moyenne de CaCO3 était de 0,46 ± 0,41 kg CaCO3 m−2 an−1. Cette étude montre des preuves de taux de croissance faibles, de faible génération de tridimensionnalité et de faible production de CaCO3 dans la zone d'étude par rapport à d'autres sites du PTE. Ces résultats sont pertinents car ils indiquent un entretien à long terme et un développement de récif compromis dans les Îles Marías, ce qui peut entraîner une faible fonctionnalité du récif et compromettre la stabilité de la biodiversité associée aux récifs et des services écosystémiques.",
    url = "https://doi.org/10.1111/maec.12678",
    doi = "10.1111/maec.12678",
    openalex = "W3199876163",
    references = "doi101016jcub201807008, doi101016jecoleng201901002, doi101016jecoser201207005, doi101016s0921800999000099, doi101038387253a0, doi101038nmeth2089, doi101038s4158601800412, doi101071mf99078, doi101073pnas1208909109, doi10108001621459199510476572, doi101126science19943351302, doi103390ijerph17186574, tortolerolangarica2019accelerated"
}

La restauration des récifs coralliens est un mouvement en pleine expansion stimulé par la dégradation accélérée des récifs coralliens tropicaux du monde. Le besoin d'une action concertée et collaborative axée sur la récupération des écosystèmes de récifs coralliens s'est concrétisé par la création du Coral Restoration Consortium (CRC) en 2017. En mars 2020, l'équipe de direction du CRC s'est réunie pour un examen biennal des efforts internationaux de restauration des récifs coralliens et pour discuter des goulots d'étranglement perçus en matière de connaissances et de mise en œuvre qui pourraient nuire à l'évolutivité et à l'efficacité. Dans cet article, nous présentons six priorités selon lesquelles le CRC favorisera l'avancement scientifique et la collaboration afin de : (1) augmenter l'efficacité de la restauration, en se concentrant sur l'échelle et le rapport coût-efficacité du déploiement ; (2) étendre les efforts de restauration des coraux basés sur les larves, en mettant l'accent sur la santé, la croissance et la survie des recrues ; (3) s'assurer que la restauration des espèces de coraux menacées se déroule dans un contexte de gestion de la génétique des populations ; (4) soutenir une approche holistique de la restauration des écosystèmes de récifs coralliens ; (5) développer et promouvoir l'utilisation de termes et de métriques standardisés pour la restauration des récifs coralliens ; et (6) soutenir les praticiens de la restauration des récifs coralliens travaillant dans des emplacements géographiques divers. Ces priorités ne sont pas exhaustives et nous ne sous-entendons pas que la réalisation de ces tâches seule suffira à restaurer les récifs coralliens à l'échelle mondiale ; plutôt, ce sont des domaines où nous pensons que la communauté de pratique du CRC peut apporter des contributions opportunes et significatives pour faciliter la croissance de la restauration des récifs coralliens en tant que stratégie de conservation pratique. L'objectif de ces actions collectives est de fournir des avancées tangibles à l'échelle locale dans l'état des récifs qui compensent les déclins résultant de stress locaux et mondiaux, y compris les changements climatiques.

@article{doi101111rec13498,
    author = "Vardi, Tali et Hoot, Whitney C. et Levy, Jessica et Shaver, Elizabeth C. et Winters, R. Scott et Banaszak, Anastazia T. et Baums, Iliana B. et Chamberland, Valérie F. et Cook, Nathan et Gulko, David et Hein, Margaux Y. et Kaufman, Les et Loewe, Michelle et Lundgren, Petra et Lustic, Caitlin et MacGowan, Petra et Matz, Mikhail V. et McGonigle, Miles L. et McLeod, Ian et Moore, Jennifer et Moore, Tom et Pivard, Sandrine et Pollock, F. Joseph et Rinkevich, Baruch et Suggett, David J. et Suleiman, Samuel et Viehman, T. Shay et Villalobos, Tatiana et Weis, Virginia M. et Wolke, Chelsea et Montoya-Maya, PH",
    title = "Six priorities to advance the science and practice of coral reef restoration worldwide",
    year = "2021",
    journal = "Restoration Ecology",
    abstract = "La restauration des récifs coralliens est un mouvement en pleine expansion stimulé par la dégradation accélérée des récifs coralliens tropicaux du monde. Le besoin d'une action concertée et collaborative axée sur la récupération des écosystèmes de récifs coralliens s'est concrétisé par la création du Coral Restoration Consortium (CRC) en 2017. En mars 2020, l'équipe de direction du CRC s'est réunie pour un examen biennal des efforts internationaux de restauration des récifs coralliens et pour discuter des goulots d'étranglement perçus en matière de connaissances et de mise en œuvre qui pourraient nuire à l'évolutivité et à l'efficacité. Dans cet article, nous présentons six priorités selon lesquelles le CRC favorisera l'avancement scientifique et la collaboration afin de : (1) augmenter l'efficacité de la restauration, en se concentrant sur l'échelle et le rapport coût-efficacité du déploiement ; (2) étendre les efforts de restauration des coraux basés sur les larves, en mettant l'accent sur la santé, la croissance et la survie des recrues ; (3) s'assurer que la restauration des espèces de coraux menacées se déroule dans un contexte de gestion de la génétique des populations ; (4) soutenir une approche holistique de la restauration des écosystèmes de récifs coralliens ; (5) développer et promouvoir l'utilisation de termes et de métriques standardisés pour la restauration des récifs coralliens ; et (6) soutenir les praticiens de la restauration des récifs coralliens travaillant dans des emplacements géographiques divers. Ces priorités ne sont pas exhaustives et nous ne sous-entendons pas que la réalisation de ces tâches seule suffira à restaurer les récifs coralliens à l'échelle mondiale ; plutôt, ce sont des domaines où nous pensons que la communauté de pratique du CRC peut apporter des contributions opportunes et significatives pour faciliter la croissance de la restauration des récifs coralliens en tant que stratégie de conservation pratique. L'objectif de ces actions collectives est de fournir des avancées tangibles à l'échelle locale dans l'état des récifs qui compensent les déclins résultant de stress locaux et mondiaux, y compris les changements climatiques.",
    url = "https://doi.org/10.1111/rec.13498",
    doi = "10.1111/rec.13498",
    openalex = "W3200599911",
    references = "doi101093icesjmsfsaa022"
}

Les récifs coralliens étaient traditionnellement perçus comme des points chauds de productivité dans des eaux oligotrophes. Bien que les preuves modernes indiquent que de nombreux réseaux trophiques de récifs coralliens sont fortement subventionnés par la production planctonique, les voies par lesquelles cela se produit restent non résolues. Nous avons utilisé le pouvoir analytique de l'analyse des isotopes du carbone des acides aminés essentiels pour distinguer entre les voies de carbone alternatives soutenant quatre prédateurs clés de récif à travers un atoll océanique. Cette technique sépare les apports benthiques des apports planctoniques, identifiant en outre deux voies planctoniques distinctes (le plancton associé aux récifs près du rivage et le plancton pélagique en haute mer), et révélant que ces prédateurs de récif sont largement soutenus par des sources pélagiques en haute mer plutôt que par des sources de récif (y compris le plancton associé aux récifs). Notamment, la dépendance au plancton ne variait pas entre les espèces ou les habitats de récif, soulignant que les subventions énergétiques allochtones peuvent avoir une importance à l'échelle du système. Ces résultats aident à expliquer comment les récifs coralliens maintiennent une productivité exceptionnelle dans des environnements tropicaux apparemment pauvres en nutriments, mais soulignent également leur vulnérabilité aux fluctuations futures de la productivité océanique.

@article{doi101126sciadvabf3792,
    author = "Skinner, Christina et Mill, Aileen C. et Fox, Michael D. et Newman, Steven P. et Zhu, Yiou et Kuhl, Alison et Polunin, Nicholas",
    title = "Les subventions pélagiques en haute mer dominent les apports de carbone aux prédateurs des récifs coralliens",
    year = "2021",
    journal = "Science Advances",
    abstract = "Les récifs coralliens étaient traditionnellement perçus comme des points chauds de productivité dans des eaux oligotrophes. Bien que les preuves modernes indiquent que de nombreux réseaux trophiques de récifs coralliens sont fortement subventionnés par la production planctonique, les voies par lesquelles cela se produit restent non résolues. Nous avons utilisé le pouvoir analytique de l'analyse des isotopes du carbone des acides aminés essentiels pour distinguer entre les voies de carbone alternatives soutenant quatre prédateurs clés de récif à travers un atoll océanique. Cette technique sépare les apports benthiques des apports planctoniques, identifiant en outre deux voies planctoniques distinctes (le plancton associé aux récifs près du rivage et le plancton pélagique en haute mer), et révélant que ces prédateurs de récif sont largement soutenus par des sources pélagiques en haute mer plutôt que par des sources de récif (y compris le plancton associé aux récifs). Notamment, la dépendance au plancton ne variait pas entre les espèces ou les habitats de récif, soulignant que les subventions énergétiques allochtones peuvent avoir une importance à l'échelle du système. Ces résultats aident à expliquer comment les récifs coralliens maintiennent une productivité exceptionnelle dans des environnements tropicaux apparemment pauvres en nutriments, mais soulignent également leur vulnérabilité aux fluctuations futures de la productivité océanique.",
    url = "https://doi.org/10.1126/sciadv.abf3792",
    doi = "10.1126/sciadv.abf3792",
    openalex = "W3132099018",
    references = "doi101371journalpone0190872"
}

CONTEXTE : La manipulation du microbiome pourrait améliorer la tolérance à la chaleur et aider les coraux à survivre aux pressions du réchauffement des océans. Nous avons mené des expériences de transplantation de microbiome de corail (CMT) en utilisant les coraux constructeurs de récifs Pocillopora et Porites, et nous avons étudié si cette technique peut bénéficier à la résistance de la corail à la chaleur tout en modifiant le microbiome bactérien. Initialement, des donneurs tolérants à la chaleur ont été identifiés dans la nature. Nous avons ensuite utilisé des homogénats frais préparés à partir de tissus de donneurs de corail pour inoculer des receveurs conspécifiques, sensibles à la chaleur, et nous avons documenté leurs réponses au blanchissement et leurs microbiomes par métabarcodage du gène 16S rRNA. RÉSULTATS : Les receveurs des deux espèces de corail ont blanchi à des taux inférieurs par rapport au groupe témoin lorsqu'ils ont été exposés à un stress thermique à court terme (34 °C). Cent douze (Pocillopora sp.) et seize (Porites sp.) espèces bactériennes spécifiques aux donneurs ont été identifiées dans les microbiomes des receveurs, indiquant une transmission de bactéries. Les variants de séquences d'amplificateurs de la majorité de ces bactéries transmises appartenaient à des taxons bactériens connus, putativement symbiotiques des coraux, et étaient liés à l'effet bénéfique observé sur la réponse au stress de la corail. Les dynamiques du microbiome dans nos expériences soutiennent l'idée que l'égalité de la communauté du microbiome et la dominance d'une ou de quelques espèces bactériennes, plutôt que l'identité de l'espèce hôte, étaient des moteurs de la stabilité du microbiome dans un contexte de holobionte. CONCLUSIONS : Nos résultats suggèrent que les receveurs de corail favorisent probablement l'absorption de symbiotes bactériens putatifs, recommandant d'inclure ces groupes taxonomiques dans les efforts futurs de criblage des probiotiques de corail. Notre étude suggère un scénario où ces symbiotes bactériens spécifiques aux donneurs auraient pu être plus efficaces pour soutenir les receveurs afin de résister au stress thermique par rapport aux symbiotes indigènes présents dans le groupe témoin. Ces constatations appellent urgentement à de nouvelles investigations expérimentales des mécanismes d'action sous-jacents à l'effet bénéfique de la CMT et à des études à long terme sur le terrain testant la persistance de l'effet. Résumé vidéo.

@article{doi101186s40168021010536,
    author = "Doering, Talisa et Wall, Marlene et Putchim, Lalita et Rattanawongwan, Tipwimon et Schroeder, Roman et Hentschel, Ute et Roik, Anna",
    title = "Towards enhancing coral heat tolerance: a « microbiome transplantation » treatment using inoculations of homogenized coral tissues",
    year = "2021",
    journal = "Microbiome",
    abstract = "CONTEXTE : La manipulation du microbiome pourrait améliorer la tolérance à la chaleur et aider les coraux à survivre aux pressions du réchauffement des océans. Nous avons mené des expériences de transplantation de microbiome de corail (CMT) en utilisant les coraux constructeurs de récifs Pocillopora et Porites, et nous avons étudié si cette technique peut bénéficier à la résistance de la corail à la chaleur tout en modifiant le microbiome bactérien. Initialement, des donneurs tolérants à la chaleur ont été identifiés dans la nature. Nous avons ensuite utilisé des homogénats frais préparés à partir de tissus de donneurs de corail pour inoculer des receveurs conspécifiques, sensibles à la chaleur, et nous avons documenté leurs réponses au blanchissement et leurs microbiomes par métabarcodage du gène 16S rRNA. RÉSULTATS : Les receveurs des deux espèces de corail ont blanchi à des taux inférieurs par rapport au groupe témoin lorsqu'ils ont été exposés à un stress thermique à court terme (34 °C). Cent douze (Pocillopora sp.) et seize (Porites sp.) espèces bactériennes spécifiques aux donneurs ont été identifiées dans les microbiomes des receveurs, indiquant une transmission de bactéries. Les variants de séquences d'amplificateurs de la majorité de ces bactéries transmises appartenaient à des taxons bactériens connus, putativement symbiotiques des coraux, et étaient liés à l'effet bénéfique observé sur la réponse au stress de la corail. Les dynamiques du microbiome dans nos expériences soutiennent l'idée que l'égalité de la communauté du microbiome et la dominance d'une ou de quelques espèces bactériennes, plutôt que l'identité de l'espèce hôte, étaient des moteurs de la stabilité du microbiome dans un contexte de holobionte. CONCLUSIONS : Nos résultats suggèrent que les receveurs de corail favorisent probablement l'absorption de symbiotes bactériens putatifs, recommandant d'inclure ces groupes taxonomiques dans les efforts futurs de criblage des probiotiques de corail. Notre étude suggère un scénario où ces symbiotes bactériens spécifiques aux donneurs auraient pu être plus efficaces pour soutenir les receveurs afin de résister au stress thermique par rapport aux symbiotes indigènes présents dans le groupe témoin. Ces constatations appellent urgentement à de nouvelles investigations expérimentales des mécanismes d'action sous-jacents à l'effet bénéfique de la CMT et à des études à long terme sur le terrain testant la persistance de l'effet. Résumé vidéo.",
    url = "https://doi.org/10.1186/s40168-021-01053-6",
    doi = "10.1186/s40168-021-01053-6",
    openalex = "W3159082718",
    references = "doi101038s41467019109695, doi103389fmars201800004"
}

Des preuves croissantes suggèrent que les récifs coralliens exposés à une turbidité élevée peuvent être plus résilients aux impacts du changement climatique et servir de point chaud important pour la conservation. Cependant, les difficultés logistiques liées à l'étude des environnements turbides ont conduit à une représentation insuffisante de ces types de récifs dans la littérature scientifique, les études utilisant différentes méthodes et définitions pour caractériser les récifs turbides. Ici, nous passons en revue les origines géologiques et les histoires de croissance des récifs turbides du Holocène (passé), leurs états écologiques et environnementaux actuels (présent), ainsi que leurs réponses potentielles et leur résilience face aux pressions locales et globales croissantes (futur). Nous classifions les récifs turbides en utilisant de nouveaux descripteurs basés sur leur régime de turbidité (persistante, fluctuante, transitionnelle) et les sources d'apport de sédiments (naturelles versus anthropiques). De plus, en comparant la composition, la fonction et la résilience de deux des récifs turbides les plus étudiés, le complexe de récifs Paluma Shoals en Australie (turbidité naturelle) et les récifs de Singapour (turbidité anthropique), nous les avons identifiés comme deux types distincts de récifs turbides avec des statuts de conservation différents. À mesure que la répartition géographique des récifs turbides devrait augmenter en raison des stress locaux et globaux, améliorer notre compréhension de leurs réponses au changement environnemental sera central pour les efforts de conservation des récifs coralliens à l'échelle mondiale.

@article{doi103390d13060251,
    author = "Zweifler, Adi et O’Leary, Michael et Morgan, Kyle M. et Browne, Nicola K.",
    title = "Turbid Coral Reefs: Past, Present and Future—A Review",
    year = "2021",
    journal = "Diversity",
    abstract = "Des preuves croissantes suggèrent que les récifs coralliens exposés à une turbidité élevée peuvent être plus résilients aux impacts du changement climatique et servir de point chaud important pour la conservation. Cependant, les difficultés logistiques liées à l'étude des environnements turbides ont conduit à une représentation insuffisante de ces types de récifs dans la littérature scientifique, les études utilisant différentes méthodes et définitions pour caractériser les récifs turbides. Ici, nous passons en revue les origines géologiques et les histoires de croissance des récifs turbides du Holocène (passé), leurs états écologiques et environnementaux actuels (présent), ainsi que leurs réponses potentielles et leur résilience face aux pressions locales et globales croissantes (futur). Nous classifions les récifs turbides en utilisant de nouveaux descripteurs basés sur leur régime de turbidité (persistante, fluctuante, transitionnelle) et les sources d'apport de sédiments (naturelles versus anthropiques). De plus, en comparant la composition, la fonction et la résilience de deux des récifs turbides les plus étudiés, le complexe de récifs Paluma Shoals en Australie (turbidité naturelle) et les récifs de Singapour (turbidité anthropique), nous les avons identifiés comme deux types distincts de récifs turbides avec des statuts de conservation différents. À mesure que la répartition géographique des récifs turbides devrait augmenter en raison des stress locaux et globaux, améliorer notre compréhension de leurs réponses au changement environnemental sera central pour les efforts de conservation des récifs coralliens à l'échelle mondiale.",
    url = "https://doi.org/10.3390/d13060251",
    doi = "10.3390/d13060251",
    openalex = "W3170581537",
    references = "doi101007s00338019018522, doi101111oik05946"
}

@article{doi101016jecoleng2022106558,
    author = "Xia, Jingquan et Zhu, Wentao et Liu, Xiangbo et Ren, Yuxiao et Huang, Jianzhong et Zhu, Ming et Wu, Zhong-qi-yue et Wang, Aimin et Li, Xiubao",
    title = "L'effet de deux types de transplantation de grilles sur la croissance des coraux et la restauration écologique in situ dans un récif fragmenté de la mer de Chine méridionale",
    year = "2022",
    journal = "Ecological Engineering",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ecoleng.2022.106558",
    doi = "10.1016/j.ecoleng.2022.106558",
    openalex = "W4210672228",
    references = "doi101007s003430209253z"
}

Les récifs coralliens du monde sont menacés par les impacts cumulatifs du changement climatique mondial et des stress locaux. Principalement motivés par le désir de comprendre les interactions entre les coraux et leurs micro-organismes symbiotiques, et d'utiliser ces connaissances pour améliorer à terme la santé des coraux, l'intérêt pour la microbiologie des coraux et le microbiome des coraux a augmenté ces dernières années. Dans cette revue, nous résumons le rôle du microbiome des coraux dans le maintien d'un méta-organisme sain en fournissant des nutriments, un soutien à la croissance et au développement, une protection contre les pathogènes et une atténuation des stress environnementaux. Nous explorons le concept d'ingénierie du microbiome des coraux, c'est-à-dire la manipulation précise et contrôlée du microbiome des coraux pour aider et améliorer la résilience et la tolérance des coraux dans les océans changeants. Bien que l'ingénierie du microbiome des coraux soit clairement à ses débuts, plusieurs percées récentes indiquent que cette ingénierie est un outil efficace pour la restauration et la préservation de ces écosystèmes précieux. Pour aider à identifier les cibles de recherche futures, nous avons examiné les principes communs de l'ingénierie du microbiome et ses applications dans l'amélioration de la santé humaine et de la productivité agricole, en tirant des parallèles avec les domaines où l'ingénierie du microbiome des coraux peut progresser dans un avenir proche. Enfin, nous concluons en discutant des défis rencontrés par les chercheurs et les praticiens dans l'application de l'ingénierie du microbiome dans les récifs coralliens et en proposant des recommandations pour les travaux futurs.

@article{doi101016jeng202207010,
    author = "Li, Jie et Yang, Qingsong et Dong, Junde et Sweet, Michael et Zhang, Ying et Liu, Cong et Zhang, Yanying et Tang, Xiaoyu et Zhang, Wenqian et Zhang, Si",
    title = "Microbiome Engineering : une approche prometteuse pour améliorer la santé des coraux",
    year = "2022",
    journal = "Engineering",
    abstract = "Les récifs coralliens du monde sont menacés par les impacts cumulatifs du changement climatique mondial et des stress locaux. Principalement motivés par le désir de comprendre les interactions entre les coraux et leurs micro-organismes symbiotiques, et d'utiliser ces connaissances pour améliorer à terme la santé des coraux, l'intérêt pour la microbiologie des coraux et le microbiome des coraux a augmenté ces dernières années. Dans cette revue, nous résumons le rôle du microbiome des coraux dans le maintien d'un méta-organisme sain en fournissant des nutriments, un soutien à la croissance et au développement, une protection contre les pathogènes et une atténuation des stress environnementaux. Nous explorons le concept d'ingénierie du microbiome des coraux, c'est-à-dire la manipulation précise et contrôlée du microbiome des coraux pour aider et améliorer la résilience et la tolérance des coraux dans les océans changeants. Bien que l'ingénierie du microbiome des coraux soit clairement à ses débuts, plusieurs percées récentes indiquent que cette ingénierie est un outil efficace pour la restauration et la préservation de ces écosystèmes précieux. Pour aider à identifier les cibles de recherche futures, nous avons examiné les principes communs de l'ingénierie du microbiome et ses applications dans l'amélioration de la santé humaine et de la productivité agricole, en tirant des parallèles avec les domaines où l'ingénierie du microbiome des coraux peut progresser dans un avenir proche. Enfin, nous concluons en discutant des défis rencontrés par les chercheurs et les praticiens dans l'application de l'ingénierie du microbiome dans les récifs coralliens et en proposant des recommandations pour les travaux futurs.",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.eng.2022.07.010",
    doi = "10.1016/j.eng.2022.07.010",
    openalex = "W4294570635",
    references = "doi101093icesjmsfsaa022"
}

, avec une différence significative (trois fois plus) entre les zones de récif (shallow vs deep), soulignant la production de carbonate plus élevée sur les sites de récif profonds. La couverture corallienne, la production de carbonate et les caractéristiques sclérochronologiques ont montré un taux de diminution (entre 30 et 60 %) associé à des événements d'anomalie thermique tels que La Niña (2010-2011) et El Niño (2014-2016), avec des signes positifs de récupération (deux fois plus) au cours des années suivantes 2017-2018. Cette étude fournit des preuves que les coraux massifs Pavona et ramifiés Pocillopora sont des espèces clés de construction de récifs à l'archipel des Islas Marias, en raison de leur capacité à maintenir la couverture de coraux vivants et le carbonate pendant les périodes de perturbation thermique. Révélant que les coraux à des profondeurs intermédiaires (>10 m) peuvent contribuer significativement à la stabilité à long terme du cadre de récif biogénique et à la fonctionnalité géo-écologique des récifs du Pacifique tropical oriental.

@article{doi101111gbi12491,
    author = "Tortolero‐Langarica, J. J. Adolfo et Rodríguez‐Troncoso, Alma Paola et Cupul‐Magaña, Amilcar Leví et Morales-de-Anda, Diana et Caselle, Jennifer E. et Carricart‐Ganivet, Juan P.",
    title = "Calcification corallienne et production de carbonate dans l'océan Pacifique tropical oriental : Le rôle des coraux ramifiés et massifs dans l'entretien des récifs",
    year = "2022",
    journal = "Geobiology",
    abstract = ", avec une différence significative (trois fois plus) entre les zones de récif (shallow vs deep), soulignant la production de carbonate plus élevée sur les sites de récif profonds. La couverture corallienne, la production de carbonate et les caractéristiques sclérochronologiques ont montré un taux de diminution (entre 30 et 60 %) associé à des événements d'anomalie thermique tels que La Niña (2010-2011) et El Niño (2014-2016), avec des signes positifs de récupération (deux fois plus) au cours des années suivantes 2017-2018. Cette étude fournit des preuves que les coraux massifs Pavona et ramifiés Pocillopora sont des espèces clés de construction de récifs à l'archipel des Islas Marias, en raison de leur capacité à maintenir la couverture de coraux vivants et le carbonate pendant les périodes de perturbation thermique. Révélant que les coraux à des profondeurs intermédiaires (>10 m) peuvent contribuer significativement à la stabilité à long terme du cadre de récif biogénique et à la fonctionnalité géo-écologique des récifs du Pacifique tropical oriental.",
    url = "https://doi.org/10.1111/gbi.12491",
    doi = "10.1111/gbi.12491",
    openalex = "W4221084184",
    references = "céspedesrodríguez2021gross, doi101016jcub201807008, doi101016jpocean200603009, doi101016jpocean200603012, doi101038nature22901, doi101038s4158601800412, doi101098rspb20090339, doi101111j1469185x200800058x, doi101126science1152509, doi101126science1232310, doi101126science1251336, doi103390ijerph17186574"
}

Les refuges thermiques sont à la base d'une gestion des récifs coralliens adaptée au climat, mais il est incertain si les refuges thermiques actuels resteront tels sous un réchauffement futur. Nous utilisons le redimensionnement statistique pour fournir les projections de stress thermique à la plus haute résolution (0,01°/1 km, >230 000 pixels de récif) actuellement disponibles pour les récifs coralliens et identifier les futurs refuges à des échelles localement gérables. Ici, nous montrons que le changement climatique submergera les refuges actuels à l'échelle locale, avec une baisse des refuges thermiques mondiaux de 84 % des pixels de récifs coralliens mondiaux dans le climat actuel à 0,2 % à 1,5 °C, et 0 % à 2,0 °C de réchauffement global. Les caractéristiques océanographiques à l'échelle locale, telles que l'upwelling et les courants océaniques forts, n'offrent rarement des refuges thermiques futurs. Nous confirmons qu'un réchauffement de 1,5 °C par rapport aux niveaux préindustriels sera catastrophique pour les récifs coralliens. Se concentrer sur les efforts de gestion des refuges thermiques ne sera efficace qu'à court terme. Il faudra plutôt promouvoir l'adaptation à des températures plus élevées et faciliter la migration pour assurer la survie des récifs coralliens.

@article{doi101371journalpclm0000004,
    author = "Dixon, Adele M. et Forster, Piers et Heron, Scott F. et Stoner, Anne M. K. et Beger, Maria",
    title = "Perte future des refuges thermiques à l'échelle locale dans les écosystèmes de récifs coralliens",
    year = "2022",
    journal = "PLOS Climate",
    abstract = "Les refuges thermiques sont à la base d'une gestion des récifs coralliens adaptée au climat, mais il est incertain si les refuges thermiques actuels resteront tels sous un réchauffement futur. Nous utilisons le redimensionnement statistique pour fournir les projections de stress thermique à la plus haute résolution (0,01°/1 km, >230 000 pixels de récif) actuellement disponibles pour les récifs coralliens et identifier les futurs refuges à des échelles localement gérables. Ici, nous montrons que le changement climatique submergera les refuges actuels à l'échelle locale, avec une baisse des refuges thermiques mondiaux de 84 % des pixels de récifs coralliens mondiaux dans le climat actuel à 0,2 % à 1,5 °C, et 0 % à 2,0 °C de réchauffement global. Les caractéristiques océanographiques à l'échelle locale, telles que l'upwelling et les courants océaniques forts, n'offrent rarement des refuges thermiques futurs. Nous confirmons qu'un réchauffement de 1,5 °C par rapport aux niveaux préindustriels sera catastrophique pour les récifs coralliens. Se concentrer sur les efforts de gestion des refuges thermiques ne sera efficace qu'à court terme. Il faudra plutôt promouvoir l'adaptation à des températures plus élevées et faciliter la migration pour assurer la survie des récifs coralliens.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pclm.0000004",
    doi = "10.1371/journal.pclm.0000004",
    openalex = "W4210539223",
    references = "doi103389fmars201800004"
}

La croissance des coraux est une métrique importante de la santé des coraux et sous-tend des attributs fonctionnels à l'échelle des récifs tels que la complexité structurelle et la production de carbonate de calcium. Cependant, il persiste une pénurie de données de croissance pour la plupart des régions de récifs constructeurs, en particulier pour les espèces de coraux dont l'architecture squelettique empêche l'utilisation de méthodes traditionnelles telles que le forage et la coloration à l'alizarine. Nous avons utilisé la photogrammétrie par structure-from-motion pour quantifier une gamme de métriques de croissance à l'échelle de la colonie pour six espèces de coraux dans le Mexique caribéen et présenter un flux de travail nouvellement développé pour mesurer les changements de volume de la colonie au fil du temps. Nos résultats fournissent les premières métriques de croissance pour deux espèces qui sont désormais de grands occupants d'espace sur les récifs caribéens, Agaricia agaricites et Agaricia tenuifolia. Nous documentons également une extension linéaire, une augmentation de volume et des taux de calcification plus élevés dans les zones arrière-récif par rapport aux environnements avant-récif pour quatre autres espèces communes : Orbicella faveolata, Porites astreoides, Siderastrea siderea et Pseudodiploria strigosa. Les taux d'extension linéaire dans notre étude étaient inférieurs à ceux obtenus par tomodensitométrie (CT) de carottes de corail des mêmes sites, car la méthode de photogrammétrie moyenne la croissance dans toutes les dimensions, tandis que la méthode CT représente la croissance uniquement le long de l'axe de croissance principal (vers le haut). La comparaison du changement de volume direct versus l'augmentation de volume potentielle calculée à partir de l'extension linéaire met en évidence l'importance d'évaluer la croissance de la colonie entière pour améliorer les estimations de calcification. La méthode présentée ici fournit une approche qui peut générer des estimations de calcification précises ainsi qu'une gamme d'autres métriques de croissance de colonie entière de manière non invasive.

@article{doi101371journalpone0277546,
    author = "Lange, Ines D. et Molina‐Hernández, Ana et Medellín‐Maldonado, Francisco et Perry, Chris T. et Álvarez‐Filip, Lorenzo",
    title = "La photogrammétrie par structure-from-motion démontre la variabilité de la croissance des coraux au sein des colonies et entre habitats",
    year = "2022",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "La croissance des coraux est une métrique importante de la santé des coraux et sous-tend des attributs fonctionnels à l'échelle des récifs tels que la complexité structurelle et la production de carbonate de calcium. Cependant, il persiste une pénurie de données de croissance pour la plupart des régions de récifs constructeurs, en particulier pour les espèces de coraux dont l'architecture squelettique empêche l'utilisation de méthodes traditionnelles telles que le forage et la coloration à l'alizarine. Nous avons utilisé la photogrammétrie par structure-from-motion pour quantifier une gamme de métriques de croissance à l'échelle de la colonie pour six espèces de coraux dans le Mexique caribéen et présenter un flux de travail nouvellement développé pour mesurer les changements de volume de la colonie au fil du temps. Nos résultats fournissent les premières métriques de croissance pour deux espèces qui sont désormais de grands occupants d'espace sur les récifs caribéens, Agaricia agaricites et Agaricia tenuifolia. Nous documentons également une extension linéaire, une augmentation de volume et des taux de calcification plus élevés dans les zones arrière-récif par rapport aux environnements avant-récif pour quatre autres espèces communes : Orbicella faveolata, Porites astreoides, Siderastrea siderea et Pseudodiploria strigosa. Les taux d'extension linéaire dans notre étude étaient inférieurs à ceux obtenus par tomodensitométrie (CT) de carottes de corail des mêmes sites, car la méthode de photogrammétrie moyenne la croissance dans toutes les dimensions, tandis que la méthode CT représente la croissance uniquement le long de l'axe de croissance principal (vers le haut). La comparaison du changement de volume direct versus l'augmentation de volume potentielle calculée à partir de l'extension linéaire met en évidence l'importance d'évaluer la croissance de la colonie entière pour améliorer les estimations de calcification. La méthode présentée ici fournit une approche qui peut générer des estimations de calcification précises ainsi qu'une gamme d'autres métriques de croissance de colonie entière de manière non invasive.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0277546",
    doi = "10.1371/journal.pone.0277546",
    openalex = "W4309138813",
    references = "doi101007s00338019018522"
}

Le déclin mondial des récifs coralliens a ravivé l'intérêt pour les communautés de coraux situées à la limite des limites environnementales, car elles ont le potentiel de servir de points chauds de résilience et de refuges contre le changement climatique, et peuvent fournir des aperçus sur la manière dont les récifs coralliens pourraient fonctionner dans les conditions océaniques futures. Ces communautés de coraux sont souvent désignées comme marginales ou extrêmes, mais peu de définitions existent et l'utilisation de ces termes a donc été incohérente. Cela crée des défis importants pour la catégorisation de ces communautés souvent peu étudiées et la synthèse des données à travers différents emplacements. De plus, cela entrave notre compréhension de la manière dont les communautés de coraux peuvent persister à la limite de leurs limites environnementales et des leçons qu'elles offrent pour la survie future des récifs coralliens. Ici, nous proposons que les communautés de coraux marginales et extrêmes sont liées mais distinctes et proposons un nouveau cadre conceptuel pour les redéfinir. Plus précisément, nous définissons l'extrémisme des récifs coralliens uniquement sur la base des conditions environnementales (c'est-à-dire de grandes écarts par rapport aux conditions optimales en termes de moyenne et/ou de variance) et la marginalité uniquement sur la base de critères écologiques (c'est-à-dire une composition communautaire altérée et/ou un fonctionnement écosystémique). Cette évaluation conjointe mais indépendante des critères environnementaux et écologiques est cruciale pour éviter les pièges courants où les communautés de coraux existant en dehors des conditions optimales supposées pour le développement des récifs coralliens sont automatiquement considérées comme inférieures aux récifs coralliens dans des contextes plus traditionnels. Nous évaluons également le potentiel différentiel des communautés de coraux marginales et extrêmes à servir de laboratoires naturels, de points chauds de résilience et de refuges contre le changement climatique, et discutons des stratégies pour leur conservation et leur gestion ainsi que des priorités pour la recherche future. Notre nouveau cadre de classification fournit un outil important pour améliorer notre compréhension de la manière dont les coraux peuvent persister à la limite de leurs limites environnementales et de la manière dont nous pouvons exploiter ces connaissances pour optimiser les stratégies de conservation, de restauration et de gestion des récifs coralliens dans un océan en rapide évolution.

@article{doi101016jscitotenv2023163688,
    author = "Schoepf, Verena et Baumann, Justin H. et Barshis, Daniel J. et Browne, Nicola K. et Camp, Emma F. et Comeau, Steeve et Cornwall, Christopher E. et Guzmán, Héctor M. et Riegl, Bernhard et Rodolfo-Metalpa, Riccardo et Sommer, Brigitte",
    title = "Coraux à la limite des limites environnementales : un nouveau cadre conceptuel pour redéfinir les communautés de coraux marginales et extrêmes",
    year = "2023",
    journal = "The Science of The Total Environment",
    abstract = "Le déclin mondial des récifs coralliens a ravivé l'intérêt pour les communautés de coraux situées à la limite des limites environnementales, car elles ont le potentiel de servir de points chauds de résilience et de refuges contre le changement climatique, et peuvent fournir des aperçus sur la manière dont les récifs coralliens pourraient fonctionner dans les conditions océaniques futures. Ces communautés de coraux sont souvent désignées comme marginales ou extrêmes, mais peu de définitions existent et l'utilisation de ces termes a donc été incohérente. Cela crée des défis importants pour la catégorisation de ces communautés souvent peu étudiées et la synthèse des données à travers différents emplacements. De plus, cela entrave notre compréhension de la manière dont les communautés de coraux peuvent persister à la limite de leurs limites environnementales et des leçons qu'elles offrent pour la survie future des récifs coralliens. Ici, nous proposons que les communautés de coraux marginales et extrêmes sont liées mais distinctes et proposons un nouveau cadre conceptuel pour les redéfinir. Plus précisément, nous définissons l'extrémisme des récifs coralliens uniquement sur la base des conditions environnementales (c'est-à-dire de grandes écarts par rapport aux conditions optimales en termes de moyenne et/ou de variance) et la marginalité uniquement sur la base de critères écologiques (c'est-à-dire une composition communautaire altérée et/ou un fonctionnement écosystémique). Cette évaluation conjointe mais indépendante des critères environnementaux et écologiques est cruciale pour éviter les pièges courants où les communautés de coraux existant en dehors des conditions optimales supposées pour le développement des récifs coralliens sont automatiquement considérées comme inférieures aux récifs coralliens dans des contextes plus traditionnels. Nous évaluons également le potentiel différentiel des communautés de coraux marginales et extrêmes à servir de laboratoires naturels, de points chauds de résilience et de refuges contre le changement climatique, et discutons des stratégies pour leur conservation et leur gestion ainsi que des priorités pour la recherche future. Notre nouveau cadre de classification fournit un outil important pour améliorer notre compréhension de la manière dont les coraux peuvent persister à la limite de leurs limites environnementales et de la manière dont nous pouvons exploiter ces connaissances pour optimiser les stratégies de conservation, de restauration et de gestion des récifs coralliens dans un océan en rapide évolution.",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2023.163688",
    doi = "10.1016/j.scitotenv.2023.163688",
    openalex = "W4366993230",
    references = "doi101038s4324702300766w"
}

Résumé La compréhension des facteurs déterminants de la production nette de carbonate de calcium des récifs coralliens devient de plus en plus importante alors que le réchauffement des océans, l'acidification et d'autres stress anthropogéniques menacent le maintien des structures des récifs coralliens et des services que ces écosystèmes fournissent. Malgré des efforts de recherche intenses sur la production de carbonate de calcium des récifs coralliens, l'inclusion d'un groupe clé de formation/accroissement de récif calcifiant, les algues corallines crustacées, reste difficile tant sur le plan théorique que pratique. Bien que les coraux soient généralement les principaux constructeurs de récifs des récifs contemporains, les algues corallines crustacées peuvent contribuer de manière égale. Ici, nous combinons plusieurs ensembles de données avec des modélisations numériques et théoriques pour démontrer que la production de carbonate par les algues corallines crustacées peut égaler, voire dépasser, la contribution des coraux à la production de carbonate du récif. Malgré leur importance, les algues corallines crustacées sont souvent enregistrées de manière inexacte dans les relevés benthiques ou même totalement absentes des budgets de carbonate des récifs coralliens. Nous formulons plusieurs recommandations pour améliorer l'inclusion des algues corallines crustacées dans de tels budgets de carbonate dans le cadre de la crise climatique en cours.

@article{doi101038s4324702300766w,
    author = "Cornwall, Christopher E. et Carlot, Jérémy et Branson, Oscar et Courtney, Travis A. et Harvey, Ben P. et Perry, Chris T. et Andersson, Andreas J. et Díaz-Pulido, Guillermo et Johnson, Maggie D. et Kennedy, Emma et Krieger, Erik C. et Mallela, Jennie et McCoy, Sophie J. et Nugues, Maggy M. et Quinter, Evan et Ross, Claire L. et Ryan, Emma et Saderne, Vincent et Comeau, Steeve",
    title = "Les algues corallines crustacées peuvent contribuer plus que les coraux à la production de carbonate de récif corallien",
    year = "2023",
    journal = "Communications Earth \& Environment",
    abstract = "Résumé La compréhension des facteurs déterminants de la production nette de carbonate de calcium des récifs coralliens devient de plus en plus importante alors que le réchauffement des océans, l'acidification et d'autres stress anthropogéniques menacent le maintien des structures des récifs coralliens et des services que ces écosystèmes fournissent. Malgré des efforts de recherche intenses sur la production de carbonate de calcium des récifs coralliens, l'inclusion d'un groupe clé de formation/accroissement de récif calcifiant, les algues corallines crustacées, reste difficile tant sur le plan théorique que pratique. Bien que les coraux soient généralement les principaux constructeurs de récifs des récifs contemporains, les algues corallines crustacées peuvent contribuer de manière égale. Ici, nous combinons plusieurs ensembles de données avec des modélisations numériques et théoriques pour démontrer que la production de carbonate par les algues corallines crustacées peut égaler, voire dépasser, la contribution des coraux à la production de carbonate du récif. Malgré leur importance, les algues corallines crustacées sont souvent enregistrées de manière inexacte dans les relevés benthiques ou même totalement absentes des budgets de carbonate des récifs coralliens. Nous formulons plusieurs recommandations pour améliorer l'inclusion des algues corallines crustacées dans de tels budgets de carbonate dans le cadre de la crise climatique en cours.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s43247-023-00766-w",
    doi = "10.1038/s43247-023-00766-w",
    openalex = "W4362665706",
    references = "doi101007bf00428135, doi101016s0022098105800061, doi101038ncomms2409, doi101038s415860180194z, doi101073pnas2015265118, doi101086283381, doi101098rspb20090339, doi101146annureves17110186001421, doi101371journalpone0025026, doi1023071933661"
}

Les conditions qui changent rapidement modifient les modèles de perturbations, soulignant la nécessité de mieux comprendre comment la transition des perturbations ponctuelles vers un stress plus persistant affectera la dynamique des écosystèmes. Nous avons mené une analyse mondiale des impacts de 11 types de perturbations sur l'intégrité des récifs en utilisant le taux de changement de la couverture corallienne comme mesure des dommages. Ensuite, nous avons évalué comment l'ampleur des dommages dus au stress thermique, aux cyclones et aux maladies variaient entre les récifs de l'Atlantique tropical et de l'Indo-Pacifique, et si l'impact cumulatif du stress thermique et des cyclones était capable de moduler les réponses des récifs aux événements futurs. Nous avons constaté que les dommages aux récifs dépendent largement de l'état du récif avant une perturbation, de l'intensité de la perturbation et de la région biogéographique, indépendamment du type de perturbation. Les changements de couverture corallienne après des événements de stress thermique ont été largement influencés par le stress cumulatif des perturbations passées et ne dépendaient pas de l'intensité de la perturbation ou de la couverture corallienne initiale, ce qui suggère qu'une mémoire écologique est présente au sein des communautés coralliennes. En revanche, l'effet des cyclones (et probablement d'autres impacts physiques) était principalement modulé par l'état initial du récif et ne semblait pas être influencé par les impacts précédents. Nos résultats soulignent également que les récifs coralliens peuvent se rétablir si les conditions stressantes diminuent, mais le manque d'action pour réduire les impacts anthropiques et les émissions de gaz à effet de serre continue de déclencher la dégradation des récifs. Nous soutenons que des stratégies fondées sur des preuves peuvent guider les gestionnaires pour prendre de meilleures décisions afin de se préparer aux perturbations futures.

@article{doi101111gcb16686,
    author = "González‐Barrios, F. Javier et Estrada‐Saldívar, Nuria et Pérez‐Cervantes, Esmeralda et Secaira‐Fajardo, Fernando et Álvarez‐Filip, Lorenzo",
    title = "Legacy effects of anthropogenic disturbances modulate dynamics in the world's coral reefs",
    year = "2023",
    journal = "Global Change Biology",
    abstract = "Les conditions qui changent rapidement modifient les modèles de perturbations, soulignant la nécessité de mieux comprendre comment la transition des perturbations ponctuelles vers un stress plus persistant affectera la dynamique des écosystèmes. Nous avons mené une analyse mondiale des impacts de 11 types de perturbations sur l'intégrité des récifs en utilisant le taux de changement de la couverture corallienne comme mesure des dommages. Ensuite, nous avons évalué comment l'ampleur des dommages dus au stress thermique, aux cyclones et aux maladies variaient entre les récifs de l'Atlantique tropical et de l'Indo-Pacifique, et si l'impact cumulatif du stress thermique et des cyclones était capable de moduler les réponses des récifs aux événements futurs. Nous avons constaté que les dommages aux récifs dépendent largement de l'état du récif avant une perturbation, de l'intensité de la perturbation et de la région biogéographique, indépendamment du type de perturbation. Les changements de couverture corallienne après des événements de stress thermique ont été largement influencés par le stress cumulatif des perturbations passées et ne dépendaient pas de l'intensité de la perturbation ou de la couverture corallienne initiale, ce qui suggère qu'une mémoire écologique est présente au sein des communautés coralliennes. En revanche, l'effet des cyclones (et probablement d'autres impacts physiques) était principalement modulé par l'état initial du récif et ne semblait pas être influencé par les impacts précédents. Nos résultats soulignent également que les récifs coralliens peuvent se rétablir si les conditions stressantes diminuent, mais le manque d'action pour réduire les impacts anthropiques et les émissions de gaz à effet de serre continue de déclencher la dégradation des récifs. Nous soutenons que des stratégies fondées sur des preuves peuvent guider les gestionnaires pour prendre de meilleures décisions afin de se préparer aux perturbations futures.",
    url = "https://doi.org/10.1111/gcb.16686",
    doi = "10.1111/gcb.16686",
    openalex = "W4327753871",
    references = "doi101007s003430209253z"
}

Les écosystèmes de récifs coralliens dans le monde font face à des dommages importants en raison du changement climatique et des perturbations humaines. Par conséquent, des actions de restauration ont été mises en œuvre pour réparer les zones de récifs dégradées. Cependant, de nombreux efforts de restauration ont été entravés par des conditions environnementales sévères, ce qui peut entraver le succès de la restauration et créer des défis dans le développement de méthodes de restauration de récifs coralliens rentables. Pour y remédier, nous avons mené une étude pour tester un outil de restauration de récifs à faible coût connu sous le nom de « modules de récifs encadrés » (FRMs), visant spécifiquement à atténuer les impacts des typhons. Nous avons mesuré les taux de croissance (après 300 jours) et la survie (après 400 jours) de fragments d'Acropora hyacinthus et A. microphthalma situés à différentes distances des substrats (H0, H10, H30 et H45). Les FRMs ont été exposés à plusieurs typhons et, malgré les conditions difficiles, ils sont restés indemnes. Pour comparaison, nous avons également examiné des plaques en grille de basalte enfouies dans du gravier. Après 400 jours, les FRMs H45 ont montré les taux de survie les plus élevés (A. hyacinthus 86 % et A. microphthalma 90 %) par rapport aux FRMs H30 (A. hyacinthus 80 % et A. microphthalma 84 %), aux FRMs H10 (A. hyacinthus 4 % et A. microphthalma 24 %) et aux FRMs H0 (A. hyacinthus 3 % et A. microphthalma 22 %). Il a été constaté que les coraux transplantés avec une hauteur d'au moins 30 cm du substrat ont démontré une résilience face aux impacts causés par les macroalgues, les algues de pelouse et les taux de sédimentation. Cette étude a montré l'efficacité d'une approche d'ingénierie écologique utilisant les FRMs pour améliorer la complexité tridimensionnelle des récifs restaurés et réhabiliter les récifs coralliens endommagés par les typhons. De plus, cette méthode a offert des coûts réduits et une résilience améliorée du récif.

@article{doi101111rec13997,
    author = "Liu, Xiangbo et Zhu, Wentao et Chen, Ruimei et Rinkevich, Baruch et Shafir, Shai et Xia, Jingquan et Zhu, Ming et Chen, Rouwen et Wang, Aimin et Li, Xiubao",
    title = "Framed reef modules : un nouvel outil rentable pour la restauration des coraux",
    year = "2023",
    journal = "Restoration Ecology",
    abstract = "Les écosystèmes de récifs coralliens dans le monde font face à des dommages importants en raison du changement climatique et des perturbations humaines. Par conséquent, des actions de restauration ont été mises en œuvre pour réparer les zones de récifs dégradées. Cependant, de nombreux efforts de restauration ont été entravés par des conditions environnementales sévères, ce qui peut entraver le succès de la restauration et créer des défis dans le développement de méthodes de restauration de récifs coralliens rentables. Pour y remédier, nous avons mené une étude pour tester un outil de restauration de récifs à faible coût connu sous le nom de « modules de récifs encadrés » (FRMs), visant spécifiquement à atténuer les impacts des typhons. Nous avons mesuré les taux de croissance (après 300 jours) et la survie (après 400 jours) de fragments d'Acropora hyacinthus et A. microphthalma situés à différentes distances des substrats (H0, H10, H30 et H45). Les FRMs ont été exposés à plusieurs typhons et, malgré les conditions difficiles, ils sont restés indemnes. Pour comparaison, nous avons également examiné des plaques en grille de basalte enfouies dans du gravier. Après 400 jours, les FRMs H45 ont montré les taux de survie les plus élevés (A. hyacinthus 86 % et A. microphthalma 90 %) par rapport aux FRMs H30 (A. hyacinthus 80 % et A. microphthalma 84 %), aux FRMs H10 (A. hyacinthus 4 % et A. microphthalma 24 %) et aux FRMs H0 (A. hyacinthus 3 % et A. microphthalma 22 %). Il a été constaté que les coraux transplantés avec une hauteur d'au moins 30 cm du substrat ont démontré une résilience face aux impacts causés par les macroalgues, les algues de pelouse et les taux de sédimentation. Cette étude a montré l'efficacité d'une approche d'ingénierie écologique utilisant les FRMs pour améliorer la complexité tridimensionnelle des récifs restaurés et réhabiliter les récifs coralliens endommagés par les typhons. De plus, cette méthode a offert des coûts réduits et une résilience améliorée du récif.",
    url = "https://doi.org/10.1111/rec.13997",
    doi = "10.1111/rec.13997",
    openalex = "W4386010602",
    references = "doi101007s003430209253z, doi103390ijerph17186574"
}

La dégradation des récifs coralliens au cours des dernières décennies a orienté l'attention vers les interventions de gestion et de restauration. Cette étude vise à opérationnaliser la jardinerie corallienne de fragments de Pocillopora spp. dans des pépinières à profil bas ancrées au fond et à comparer les modèles de survie et de croissance entre les sites, le temps et la taille des fragments dans le Pacifique sud‐mexicain. Après 357 jours, les fragments ont montré une survie élevée (96,4 %), des taux de croissance (4,35 cm/an) et une augmentation de la couverture corallienne de 3,62 ± 1,3 % (moyenne ± ET) à 17,42 ± 4,8 % (environ 480 %). Le taux de croissance des coraux n'a pas montré de différences entre les sites (pseudo‐ F [1,635] = 0,21, p = 0,63), mais les coraux ont grandi de manière plus significative pendant la saison de remontée d'eau dans le golfe de Tehuantepec. Selon l'analyse de régression linéaire et locale, le taux d'extension dans les pépinières était significativement plus élevé lorsque les coraux étaient plus petits (<7 cm de diamètre), ce qui est pertinent pour opérationnaliser la jardinerie corallienne à partir de colonies donneuses ; néanmoins, le rétrécissement des coraux (13,1 %), lorsque les coraux étaient plus petits (c'est-à-dire pendant les phases initiales du protocole de jardinerie corallienne), appelle à la prudence et à une surveillance étroite. L'opérationnalisation de la jardinerie corallienne de fragments de Pocillopora spp., y compris les indicateurs de réussite dans les zones de remontée d'eau, est pertinente pour la restauration des récifs dans le Pacifique tropical oriental ; néanmoins, les enseignements concernant le rétrécissement et les taux de croissance différentiels liés à la taille des coraux doivent également être pris en compte.

@article{doi101111rec14006,
    author = "García‐Medrano, Diego et López‐Pérez, Andrés et Guendulain-García, Sergio D. et Valencia‐Méndez, Omar et Granja‐Fernández, Rebeca et González‐Mendoza, Tania et Torres‐Hernández, Pablo",
    title = "Jardinerie de fragments de Pocillopora spp. et leur potentiel pour reconstruire les systèmes de récifs dans le Pacifique sud‐mexicain",
    year = "2023",
    journal = "Restoration Ecology",
    abstract = "La dégradation des récifs coralliens au cours des dernières décennies a orienté l'attention vers les interventions de gestion et de restauration. Cette étude vise à opérationnaliser la jardinerie corallienne de fragments de Pocillopora spp. dans des pépinières à profil bas ancrées au fond et à comparer les modèles de survie et de croissance entre les sites, le temps et la taille des fragments dans le Pacifique sud‐mexicain. Après 357 jours, les fragments ont montré une survie élevée (96,4 %), des taux de croissance (4,35 cm/an) et une augmentation de la couverture corallienne de 3,62 ± 1,3 % (moyenne ± ET) à 17,42 ± 4,8 % (environ 480 %). Le taux de croissance des coraux n'a pas montré de différences entre les sites (pseudo‐ F [1,635] = 0,21, p = 0,63), mais les coraux ont grandi de manière plus significative pendant la saison de remontée d'eau dans le golfe de Tehuantepec. Selon l'analyse de régression linéaire et locale, le taux d'extension dans les pépinières était significativement plus élevé lorsque les coraux étaient plus petits (<7 cm de diamètre), ce qui est pertinent pour opérationnaliser la jardinerie corallienne à partir de colonies donneuses ; néanmoins, le rétrécissement des coraux (13,1 %), lorsque les coraux étaient plus petits (c'est-à-dire pendant les phases initiales du protocole de jardinerie corallienne), appelle à la prudence et à une surveillance étroite. L'opérationnalisation de la jardinerie corallienne de fragments de Pocillopora spp., y compris les indicateurs de réussite dans les zones de remontée d'eau, est pertinente pour la restauration des récifs dans le Pacifique tropical oriental ; néanmoins, les enseignements concernant le rétrécissement et les taux de croissance différentiels liés à la taille des coraux doivent également être pris en compte.",
    url = "https://doi.org/10.1111/rec.14006",
    doi = "10.1111/rec.14006",
    openalex = "W4386752661",
    references = "doi101002aqc558, doi10100797894017749945, doi101007s003380050220, doi101016jecoleng201808017, doi101016jecoleng201901002, doi101016jjembe200801024, doi101073pnas1208909109, doi10108001621459198810478639, doi101371journalpone0000711, doi101371journalpone0226631, doi103354meps08554, tortolerolangarica2019accelerated"
}

Introduction : L'événement El Niño de 1997-98 a provoqué un blanchissement massif et une mortalité de coraux dans le Pacifique central mexicain (PCM). Seule Punta de Mita abritait autrefois plus de 30 % de la couverture corallienne dans cette région, avec une couverture mono-spécifique de Pocillopora. L'événement ENSO de 1997-1998 a causé une mortalité massive de coraux, réduisant la couverture de coraux vivants à < 5 %. Bien que considérée comme une région corallienne peu susceptible de se rétablir, des efforts de restauration récents ont été mis en œuvre pour réhabiliter la communauté corallienne. Objectif : Évaluer la récupération des coraux en analysant les taux de croissance et de survie des espèces de Pocillopora ramifiées à Punta de Mita. Méthodes : Des fragments de coraux sains ont été réattachés aux substrats naturels à l'aide de liens en plastique et mesurés en fonction de leur croissance en termes de longueur et de largeur maximales (cm) pour déterminer leurs taux d'extension annuelle. Résultats : Après 50 semaines, les coraux ont doublé leur taille, avec une croissance moyenne d'environ 4 cm par an. Après 100 semaines (2 ans), les coraux ont triplé leur taille, augmentant en moyenne de 8 à 9 cm dans chaque diamètre. Conclusions : Les activités de restauration des récifs coralliens réussies dans le Pacifique central mexicain sont le résultat des processus physiologiques de Pocillopora, tels que les taux de croissance rapides, et des traits récents de l'histoire de vie, comme la capacité à faire face aux anomalies thermiques, ce qui leur permet de prospérer dans une région dynamique gravement affectée par les perturbations naturelles et anthropiques. En effet, une région considérée comme peu susceptible de se rétablir a regagné sa couverture de coraux vivants, passant de < 5 % en 1998 à 15 % en 20 ans. Cela démontre l'importance d'assister à la récupération naturelle des coraux par des efforts de restauration, en particulier dans les emplacements coralliens qui, malgré les perturbations environnementales, se sont avérés résilients et peuvent devenir des zones de refuge corallien dans le scénario actuel de changement climatique.

@article{doi1015517revbioltropv71is154795,
    author = "Martínez-Castillo, Violeta et Rodríguez‐Troncoso, Alma Paola et Tortolero‐Langarica, J. J. Adolfo et Cupul‐Magaña, Amilcar Leví",
    title = "Les efforts de restauration active dans le Pacifique central mexicain comme stratégie de récupération des récifs coralliens",
    year = "2023",
    journal = "Revista de Biología Tropical",
    abstract = "Introduction : L'événement El Niño de 1997-98 a provoqué un blanchissement massif et une mortalité de coraux dans le Pacifique central mexicain (PCM). Seule Punta de Mita abritait autrefois plus de 30 % de la couverture corallienne dans cette région, avec une couverture mono-spécifique de Pocillopora. L'événement ENSO de 1997-1998 a causé une mortalité massive de coraux, réduisant la couverture de coraux vivants à < 5 %. Bien que considérée comme une région corallienne peu susceptible de se rétablir, des efforts de restauration récents ont été mis en œuvre pour réhabiliter la communauté corallienne. Objectif : Évaluer la récupération des coraux en analysant les taux de croissance et de survie des espèces de Pocillopora ramifiées à Punta de Mita. Méthodes : Des fragments de coraux sains ont été réattachés aux substrats naturels à l'aide de liens en plastique et mesurés en fonction de leur croissance en termes de longueur et de largeur maximales (cm) pour déterminer leurs taux d'extension annuelle. Résultats : Après 50 semaines, les coraux ont doublé leur taille, avec une croissance moyenne d'environ 4 cm par an. Après 100 semaines (2 ans), les coraux ont triplé leur taille, augmentant en moyenne de 8 à 9 cm dans chaque diamètre. Conclusions : Les activités de restauration des récifs coralliens réussies dans le Pacifique central mexicain sont le résultat des processus physiologiques de Pocillopora, tels que les taux de croissance rapides, et des traits récents de l'histoire de vie, comme la capacité à faire face aux anomalies thermiques, ce qui leur permet de prospérer dans une région dynamique gravement affectée par les perturbations naturelles et anthropiques. En effet, une région considérée comme peu susceptible de se rétablir a regagné sa couverture de coraux vivants, passant de < 5 % en 1998 à 15 % en 20 ans. Cela démontre l'importance d'assister à la récupération naturelle des coraux par des efforts de restauration, en particulier dans les emplacements coralliens qui, malgré les perturbations environnementales, se sont avérés résilients et peuvent devenir des zones de refuge corallien dans le scénario actuel de changement climatique.",
    url = "https://doi.org/10.15517/rev.biol.trop..v71is1.54795",
    doi = "10.15517/rev.biol.trop..v71is1.54795",
    openalex = "W4367856319",
    references = "doi101111gbi12491, doi101111maec12678"
}

Contexte. Les récifs coralliens fournissent plusieurs fonctions géo-écologiques importantes essentielles à la durabilité des communautés humaines côtières. Cependant, au cours des 50 dernières années, les écosystèmes récifaux subissent une dégradation rapide causée par des perturbations naturelles et anthropiques. Une conséquence de cela a été la réduction du taux de production de carbonate et de la complexité structurelle de ces systèmes. En particulier, la perte d'espèces coralliennes clés dans la construction des récifs a compromis la fonctionnalité de l'écosystème. Objectif. Dans cette étude, nous avons utilisé une adaptation de la méthodologie ReefBudget pour mesurer le budget en carbonate de calcium du récif de La Entrega, Oaxaca, Mexique. Méthodes. Six transects ont été réalisés pour estimer l'abondance des poissons érodants (25 x 4 m), des oursins de mer (25 x 2 m) et de la composition du benthos. Résultats. Lors de la réalisation des calculs correspondants, il a été constaté que 13,72 kg m-2 année-1 (communément appelé « G ») sont produits à La Entrega, l'endobioérosion (y compris l'érosion par les éponges) calculée était de 5,65 G. L'érosion par les oursins de mer est de 0,12 G et celle des poissons de 0,73 G ; le budget net en carbonate résultant était de 7,21 G. Le taux d'accrétion (croissance verticale du récif) au récif de La Entrega était de 7,07 mm par an. Nous considérons important de mentionner que la zone récifale de La Entrega est relativement petite (environ 324 x 233 m) par rapport aux formations des régions Caraïbes ou Indo-Pacifique. Conclusions. La production nette à La Entrega est supérieure aux estimations pour la plupart des récifs caraïbes (2-4 G) mais inférieure à celle de l'Indo-Pacifique (5-14 G). Les différences dans l'équilibre entre les régions sont principalement associées aux différences dans l'abondance des espèces constructrices dans chaque région. Selon ce qui a été modélisé dans ce travail, la zone récifale de La Entrega présente un taux d'accrétion suffisant pour faire face à une possible élévation du niveau de la mer dans les scénarios RCP 4.5 et 2.6 (4 et 7 mm, respectivement).

@article{doi1024275hthl7067,
    author = "Cabral‐Tena, Rafael A. et Laboratorio de Arrecifes y Biodiversidad/Departamento de Ecología Marina, Centro de Investigación Cientifica y de Educación Superior Ensenada, Baja California.",
    title = "Budget en carbonate dans la zone récifale de La Entrega, Oaxaca. Pacifique mexicain du Sud",
    year = "2023",
    journal = "Hidrobiológica",
    abstract = "Contexte. Les récifs coralliens fournissent plusieurs fonctions géo-écologiques importantes essentielles à la durabilité des communautés humaines côtières. Cependant, au cours des 50 dernières années, les écosystèmes récifaux subissent une dégradation rapide causée par des perturbations naturelles et anthropiques. Une conséquence de cela a été la réduction du taux de production de carbonate et de la complexité structurelle de ces systèmes. En particulier, la perte d'espèces coralliennes clés dans la construction des récifs a compromis la fonctionnalité de l'écosystème. Objectif. Dans cette étude, nous avons utilisé une adaptation de la méthodologie ReefBudget pour mesurer le budget en carbonate de calcium du récif de La Entrega, Oaxaca, Mexique. Méthodes. Six transects ont été réalisés pour estimer l'abondance des poissons érodants (25 x 4 m), des oursins de mer (25 x 2 m) et de la composition du benthos. Résultats. Lors de la réalisation des calculs correspondants, il a été constaté que 13,72 kg m-2 année-1 (communément appelé « G ») sont produits à La Entrega, l'endobioérosion (y compris l'érosion par les éponges) calculée était de 5,65 G. L'érosion par les oursins de mer est de 0,12 G et celle des poissons de 0,73 G ; le budget net en carbonate résultant était de 7,21 G. Le taux d'accrétion (croissance verticale du récif) au récif de La Entrega était de 7,07 mm par an. Nous considérons important de mentionner que la zone récifale de La Entrega est relativement petite (environ 324 x 233 m) par rapport aux formations des régions Caraïbes ou Indo-Pacifique. Conclusions. La production nette à La Entrega est supérieure aux estimations pour la plupart des récifs caraïbes (2-4 G) mais inférieure à celle de l'Indo-Pacifique (5-14 G). Les différences dans l'équilibre entre les régions sont principalement associées aux différences dans l'abondance des espèces constructrices dans chaque région. Selon ce qui a été modélisé dans ce travail, la zone récifale de La Entrega présente un taux d'accrétion suffisant pour faire face à une possible élévation du niveau de la mer dans les scénarios RCP 4.5 et 2.6 (4 et 7 mm, respectivement).",
    url = "https://doi.org/10.24275/hthl7067",
    doi = "10.24275/hthl7067",
    openalex = "W4387347209",
    references = "doi101111maec12678"
}

La coloration fluorescente vitale des structures contenant du calcium chez les organismes calcifiants est un outil puissant pour l'étude de la biocalcification. Les principaux colorants utilisés dans ce domaine présentent une fluorescence verte ou rouge, qui peut être masquée par la fluorescence de la chlorophylle et d'autres substances organiques. Nous avons synthétisé un nouveau colorant fluorescent à base de coumarine, le QA2, qui colore le carbonate de calcium et le phosphate de calcium. La fluorescence de ce colorant dépend de l'environnement ; elle est renforcée dans un milieu non polaire avec un déplacement du maximum d'émission vers la région du spectre bleu. De petites particules de vaterite et de phosphate de calcium adsorbent le QA2 en surface et présentent une fluorescence majoritairement verte, tandis que les cristaux de calcite à faible surface spécifique sont colorés en volume et montrent une fluorescence bleue supplémentaire intense. La capacité du colorant QA2 à générer une fluorescence bleue du carbonate de calcium pourrait être utile pour suivre la formation de carbonate de calcium chez les organismes vivants en présence de substances organiques fluorescentes vertes et rouges.

@article{doi1031951265835182023a6244,
    author = "S.N., S.N. Zelinskiy et E.N., E.N. Danilovtseva et Strelova, Mariya S. et V.A., V.A. Pal’shin et V.V., V.V. Annenkov",
    title = "Coumarin-based acid dye for fluorescent staining of calcium carbonate particles",
    year = "2023",
    journal = "Limnology and Freshwater Biology",
    abstract = "Vital fluorescence staining of calcium-containing structures in calcifying organisms is a powerful tool for the study of biocalcification. The main dyes used in this field have green or red fluorescence, which may be overlapped with the fluorescence of chlorophyll and other organic substances. We synthesized a novel coumarin-based fluorescent dye QA2 that stains calcium carbonate and calcium phosphate. The fluorescence of this dye depends from environment, it is enhanced in non-polar medium with a shift of the emission maximum to the blue spectrum region. Small vaterite and calcium phosphate particles adsorb QA2 on the surface and exhibit predominantly green fluorescence, while low surface area calcite crystals are stained in bulk and show additional intense blue fluorescence. The ability of the QA2 dye to generate blue fluorescence of calcium carbonate may be useful for tracking calcium carbonate formation at living organisms in the presence of green and red fluorescent organic substances.",
    url = "https://doi.org/10.31951/2658-3518-2023-a-6-244",
    doi = "10.31951/2658-3518-2023-a-6-244",
    openalex = "W4390354100",
    references = "doi101111maec12678"
}

Ces dix dernières années, l'intérêt pour la restauration marine a augmenté, nécessitant l'examen de diverses approches pour un succès optimal. Les récifs artificiels (RA) ont été utilisés pour la restauration marine et la gestion des pêches, mais leur efficacité dans la restauration des écosystèmes manque de critères écologiques bien définis et de preuves empiriques. Une revue systématique de la littérature sur les articles relatifs aux RA entre 1990 et 2020, une méta-analyse de leur efficacité basée sur la similitude de la composition des espèces avec des récifs naturels de référence (RN), ainsi que des analyses de risque de biais ont été réalisées. La recherche sur les RA s'est principalement concentrée sur la production de communautés marines (n = 168). Il existe d'importantes lacunes d'information concernant les aspects socioéconomiques ; la conception, les matériaux et l'élimination dans les habitats sélectionnés ; les aspects juridiques, de gestion et de planification tenant compte de la surveillance à long terme. En ce qui concerne l'efficacité, peu d'articles (n = 13) ont permis des comparaisons entre les RA et les RN, soulignant la nécessité d'appliquer des sites de référence appropriés dans les implémentations de RA. La méta-analyse a montré que les RA ne sont pas similaires aux RN de référence (p = 0,03, modèle à effet commun et p = 0,05, modèle à effet aléatoire). Cependant, un indice élevé d'hétérogénéité (88 %) suggère que cette relation peut être influencée par des facteurs autres que le type de récif. Ainsi, une analyse ultérieure peut masquer les variables conditionnant cette similitude RA–RN en tant que mesure de restauration pour les écosystèmes marins dégradés.

@article{doi103390environments10070121,
    author = "Bracho-Villavicencio, Carolina et Matthews-Cascón, Helena et Rossi, Sérgio",
    title = "Récifs artificiels dans le monde : Revue de l'état de l'art et méta-analyse de leur efficacité pour la restauration des écosystèmes marins",
    year = "2023",
    journal = "Environments",
    abstract = "Ces dix dernières années, l'intérêt pour la restauration marine a augmenté, nécessitant l'examen de diverses approches pour un succès optimal. Les récifs artificiels (RA) ont été utilisés pour la restauration marine et la gestion des pêches, mais leur efficacité dans la restauration des écosystèmes manque de critères écologiques bien définis et de preuves empiriques. Une revue systématique de la littérature sur les articles relatifs aux RA entre 1990 et 2020, une méta-analyse de leur efficacité basée sur la similitude de la composition des espèces avec des récifs naturels de référence (RN), ainsi que des analyses de risque de biais ont été réalisées. La recherche sur les RA s'est principalement concentrée sur la production de communautés marines (n = 168). Il existe d'importantes lacunes d'information concernant les aspects socioéconomiques ; la conception, les matériaux et l'élimination dans les habitats sélectionnés ; les aspects juridiques, de gestion et de planification tenant compte de la surveillance à long terme. En ce qui concerne l'efficacité, peu d'articles (n = 13) ont permis des comparaisons entre les RA et les RN, soulignant la nécessité d'appliquer des sites de référence appropriés dans les implémentations de RA. La méta-analyse a montré que les RA ne sont pas similaires aux RN de référence (p = 0,03, modèle à effet commun et p = 0,05, modèle à effet aléatoire). Cependant, un indice élevé d'hétérogénéité (88 %) suggère que cette relation peut être influencée par des facteurs autres que le type de récif. Ainsi, une analyse ultérieure peut masquer les variables conditionnant cette similitude RA–RN en tant que mesure de restauration pour les écosystèmes marins dégradés.",
    url = "https://doi.org/10.3390/environments10070121",
    doi = "10.3390/environments10070121",
    openalex = "W4384525613",
    references = "doi101093icesjmsfsaa022"
}

Les récifs coralliens sont des structures biogéniques tridimensionnelles qui offrent un habitat à de nombreux organismes marins ; cependant, les récifs coralliens se dégradent dans le monde entier. Par conséquent, il est essentiel d'identifier des substituts appropriés pour ces services coralliens. Cette étude examine le comportement et les réactions des poissons de récif face aux coraux imprimés en trois dimensions (3DP) basés sur des échantillons numérisés de Stylophora pistillata, ainsi que sur des modèles 3DP modifiés. En particulier, l'absence de réaction des poissons à la couleur, la forme, la morphologie et le matériau des modèles 3DP, tant dans des expériences in vitro qu'in situ, a été investiguée. Les poissons de récif corallien ont réagi aux coraux 3DP et ont démontré leur utilisation dans une gamme de services. De plus, un plus grand nombre d'espèces de poissons a interagi davantage avec les modèles 3DP qu'avec les coraux vivants. Par ailleurs, certaines espèces de poissons de récif, telles que les Sea Goldies (Pseudanthias squamipinnis), ont montré une préférence pour une couleur spécifique de corail 3DP, tandis que d'autres espèces ont démontré des préférences pour des formes spécifiques de modèles 3DP. Les résultats de la présente étude montrent que les modèles de coraux imprimés en trois dimensions peuvent remplacer les coraux vivants pour certains types de services de poissons de récif.

@article{doi103390jmse11040882,
    author = "Oren, Asa et Berman, Ofer et Neri, Reem et Tarazi, Ezri et Parnas, Haim et Lotan, Offri et Zoabi, Majeed et Josef, Noam et Shashar, Nadav",
    title = "Structures coralliformes imprimées en trois dimensions comme habitat pour les poissons de récif",
    year = "2023",
    journal = "Journal of Marine Science and Engineering",
    abstract = "Les récifs coralliens sont des structures biogéniques tridimensionnelles qui offrent un habitat à de nombreux organismes marins ; cependant, les récifs coralliens se dégradent dans le monde entier. Par conséquent, il est essentiel d'identifier des substituts appropriés pour ces services coralliens. Cette étude examine le comportement et les réactions des poissons de récif face aux coraux imprimés en trois dimensions (3DP) basés sur des échantillons numérisés de Stylophora pistillata, ainsi que sur des modèles 3DP modifiés. En particulier, l'absence de réaction des poissons à la couleur, la forme, la morphologie et le matériau des modèles 3DP, tant dans des expériences in vitro qu'in situ, a été investiguée. Les poissons de récif corallien ont réagi aux coraux 3DP et ont démontré leur utilisation dans une gamme de services. De plus, un plus grand nombre d'espèces de poissons a interagi davantage avec les modèles 3DP qu'avec les coraux vivants. Par ailleurs, certaines espèces de poissons de récif, telles que les Sea Goldies (Pseudanthias squamipinnis), ont montré une préférence pour une couleur spécifique de corail 3DP, tandis que d'autres espèces ont démontré des préférences pour des formes spécifiques de modèles 3DP. Les résultats de la présente étude montrent que les modèles de coraux imprimés en trois dimensions peuvent remplacer les coraux vivants pour certains types de services de poissons de récif.",
    url = "https://doi.org/10.3390/jmse11040882",
    doi = "10.3390/jmse11040882",
    openalex = "W4366772108",
    references = "doi103390ijerph17186574"
}

Introduction : Les coraux hermatypiques ont la capacité de construire le cadre physique du récif et de maintenir l'équilibre de la fonctionnalité des récifs coralliens. Cependant, au cours des trois dernières décennies, les communautés de coraux ont été menacées par des pressions naturelles et anthropiques, entraînant une baisse brutale de la couverture corallienne et une récupération naturelle lente. Pour atténuer l'effondrement des récifs coralliens, des techniques de restauration assistée ont été mises en œuvre et améliorées à l'échelle mondiale. Cependant, les effets à long terme de ces interventions sur les attributs écologiques ont été rarement rapportés. Objectif : Cette étude a évalué l'effet de l'intervention de restauration assistée des coraux sur la production de carbonate de calcium (kg CaCO3 m-2 yr-1) et le volume écologique (cm3) produits par des coraux branchus et massifs du Pacifique mexicain central. Méthodes : Nous avons utilisé des mesures de taille des colonies, de taux d'extension et de densité squelettique de colonies de coraux Pocillopora et Pavona directement transplantées pour calculer la production de carbonate de corail, le volume écologique et modéliser leur potentiel à long terme. Résultats : Le carbonate de corail produit après une année de transplantation a augmenté de 42 % (1,17 kg CaCO3 m-2 yr-1), où les coraux Pocillopora spp. et Pavona clavus contribuent respectivement avec 0,97 et 0,20 kg CaCO3 m-2 yr-1. Le volume écologique a également augmenté de 384 cm3 pour Pocillopora et de 56 cm3 pour Pavona après une période d'un an. De plus, les résultats suggèrent que les actions de restauration à long terme des coraux (10 ans) ont le potentiel d'augmenter significativement la production de carbonate. Conclusions : nos données indiquent que les initiatives de restauration des coraux ont le potentiel d'aider à atténuer la faible production actuelle de carbonate de calcium des récifs du Pacifique mexicain et peuvent contribuer significativement au maintien à long terme du cadre du récif basé sur des outils d'ingénierie écologique ; de telles initiatives représentent des propriétés fonctionnelles essentielles liées à la fourniture de services écosystémiques des récifs.

@article{tortolerolangarica2023the,
    author = "Tortolero-Langarica, J. J. Adolfo et Rodríguez-Troncoso, Alma P. et Alvarez-Filip, Lorenzo et Cupul-Magaña, Amílcar L. et Carricart-Ganivet, Juan P.",
    title = "La contribution de la restauration assistée des coraux à la production de carbonate de calcium dans les récifs de l'océan Pacifique oriental",
    year = "2023",
    journal = "Revista de Biología Tropical",
    abstract = "Introduction : Les coraux hermatypiques ont la capacité de construire le cadre physique du récif et de maintenir l'équilibre de la fonctionnalité des récifs coralliens. Cependant, au cours des trois dernières décennies, les communautés de coraux ont été menacées par des pressions naturelles et anthropiques, entraînant une baisse brutale de la couverture corallienne et une récupération naturelle lente. Pour atténuer l'effondrement des récifs coralliens, des techniques de restauration assistée ont été mises en œuvre et améliorées à l'échelle mondiale. Cependant, les effets à long terme de ces interventions sur les attributs écologiques ont été rarement rapportés. Objectif : Cette étude a évalué l'effet de l'intervention de restauration assistée des coraux sur la production de carbonate de calcium (kg CaCO3 m-2 yr-1) et le volume écologique (cm3) produits par des coraux branchus et massifs du Pacifique mexicain central. Méthodes : Nous avons utilisé des mesures de taille des colonies, de taux d'extension et de densité squelettique de colonies de coraux Pocillopora et Pavona directement transplantées pour calculer la production de carbonate de corail, le volume écologique et modéliser leur potentiel à long terme. Résultats : Le carbonate de corail produit après une année de transplantation a augmenté de 42 % (1,17 kg CaCO3 m-2 yr-1), où les coraux Pocillopora spp. et Pavona clavus contribuent respectivement avec 0,97 et 0,20 kg CaCO3 m-2 yr-1. Le volume écologique a également augmenté de 384 cm3 pour Pocillopora et de 56 cm3 pour Pavona après une période d'un an. De plus, les résultats suggèrent que les actions de restauration à long terme des coraux (10 ans) ont le potentiel d'augmenter significativement la production de carbonate. Conclusions : nos données indiquent que les initiatives de restauration des coraux ont le potentiel d'aider à atténuer la faible production actuelle de carbonate de calcium des récifs du Pacifique mexicain et peuvent contribuer significativement au maintien à long terme du cadre du récif basé sur des outils d'ingénierie écologique ; de telles initiatives représentent des propriétés fonctionnelles essentielles liées à la fourniture de services écosystémiques des récifs.",
    url = "https://doi.org/10.15517/rev.biol.trop..v71is1.54849",
    doi = "10.15517/rev.biol.trop..v71is1.54849",
    number = "S1",
    openalex = "W4367856271",
    pages = "e54849",
    volume = "71",
    references = "doi10100797894007011449, doi101007s0033801209014, doi101016jpocean200603004, doi101016jpocean200603012, doi101038nature22901, doi1011111365243513247, doi101111gbi12491, doi101111maec12678, doi101126scienceaaa4216, doi101371journalpone0003039, doi101371journalpone0009278, doi101371journalpone0226631"
}

Résumé La calcification des coraux est cruciale pour la croissance des récifs et dépend fortement des conditions environnementales. Pourtant, peu est connu sur la façon dont les coraux calcifient dans des conditions sous-optimales (par exemple, eaux troubles, nutriments élevés, sédimentation) ou sur la croissance des coraux dans des régions peu étudiées telles que le Caraïbe colombien. Nous avons donc évalué les taux de calcification et d'extension linéaire de cinq espèces de coraux à travers un gradient de la côte vers l'offshore dans le Caraïbe colombien. Une série de variables environnementales (température, intensité lumineuse, visibilité, pH, nutriments) mesurées pendant la saison des pluies (mai – novembre 2022) a démontré des conditions plus sous-optimales en rade par rapport à l'offshore. Chez toutes les espèces, les taux de calcification étaient respectivement 59 % et 37 % plus faibles en rade par rapport aux sites offshore et en rade intermédiaire. Sur tous les sites, les coraux massifs calcifiaient jusqu'à 92 % de plus que les espèces ramifiées, mais étaient plus sensibles au stress thermique et aux conditions sous-optimales en rade. Cependant, les espèces ramifiées présentaient une survie réduite en raison d'événements climatiques extrêmes (c'est-à-dire blanchissement, ouragans). Une comparaison avec les taux publiés pour l'ensemble du Caraïbe a révélé que les espèces massives dans le Caraïbe colombien croissent jusqu'à 11 fois plus que celles de l'ensemble du Caraïbe, tandis que les espèces ramifiées ont généralement des taux de croissance similaires, mais cette découverte a pu être influencée par la taille des fragments et/ou le stress thermique. Nos résultats indiquent que les conditions environnementales actuelles, combinées à des événements climatiques extrêmes plus fréquents, favoriseront les espèces massives par rapport aux espèces ramifiées dans les zones de rade intermédiaire du Caraïbe colombien. Cela suggère un possible déplacement vers des espèces massives à calcification plus rapide dans les futures communautés de coraux, exacerbant peut-être le déclin régional en cours des espèces ramifiées au cours des dernières décennies.

@article{doi101007s00227024045115,
    author = "gel. Bravo, M. A. et Schoepf, Verena",
    title = "Taux de croissance de cinq espèces de coraux à travers un fort gradient environnemental dans le Caraïbe colombien",
    year = "2024",
    journal = "Marine Biology",
    abstract = "Résumé La calcification des coraux est cruciale pour la croissance des récifs et dépend fortement des conditions environnementales. Pourtant, peu est connu sur la façon dont les coraux calcifient dans des conditions sous-optimales (par exemple, eaux troubles, nutriments élevés, sédimentation) ou sur la croissance des coraux dans des régions peu étudiées telles que le Caraïbe colombien. Nous avons donc évalué les taux de calcification et d'extension linéaire de cinq espèces de coraux à travers un gradient de la côte vers l'offshore dans le Caraïbe colombien. Une série de variables environnementales (température, intensité lumineuse, visibilité, pH, nutriments) mesurées pendant la saison des pluies (mai – novembre 2022) a démontré des conditions plus sous-optimales en rade par rapport à l'offshore. Chez toutes les espèces, les taux de calcification étaient respectivement 59 % et 37 % plus faibles en rade par rapport aux sites offshore et en rade intermédiaire. Sur tous les sites, les coraux massifs calcifiaient jusqu'à 92 % de plus que les espèces ramifiées, mais étaient plus sensibles au stress thermique et aux conditions sous-optimales en rade. Cependant, les espèces ramifiées présentaient une survie réduite en raison d'événements climatiques extrêmes (c'est-à-dire blanchissement, ouragans). Une comparaison avec les taux publiés pour l'ensemble du Caraïbe a révélé que les espèces massives dans le Caraïbe colombien croissent jusqu'à 11 fois plus que celles de l'ensemble du Caraïbe, tandis que les espèces ramifiées ont généralement des taux de croissance similaires, mais cette découverte a pu être influencée par la taille des fragments et/ou le stress thermique. Nos résultats indiquent que les conditions environnementales actuelles, combinées à des événements climatiques extrêmes plus fréquents, favoriseront les espèces massives par rapport aux espèces ramifiées dans les zones de rade intermédiaire du Caraïbe colombien. Cela suggère un possible déplacement vers des espèces massives à calcification plus rapide dans les futures communautés de coraux, exacerbant peut-être le déclin régional en cours des espèces ramifiées au cours des dernières décennies.",
    url = "https://doi.org/10.1007/s00227-024-04511-5",
    doi = "10.1007/s00227-024-04511-5",
    openalex = "W4402049667",
    references = "doi101111rec14006"
}

Les études axées sur les fonctions ont ouvert un nouveau chapitre dans notre compréhension des récifs coralliens. Malheureusement, nous ouvrons ce chapitre alors que les récifs du monde se transforment rapidement. Dans ce contexte, l'un des rôles les plus importants des études axées sur les fonctions est d'informer la conservation des récifs coralliens. À ce moment critique, nous avons l'opportunité de réfléchir à notre point de départ et à notre destination en matière d'écologie fonctionnelle des récifs coralliens, en considérant spécifiquement ce que cela signifie pour nos approches de conservation des récifs. En tant qu'exemples centraux, nous examinons le rôle des coraux sur les récifs et la pratique de l'élimination des étoiles de mer à couronne d'épines, sous un angle fonctionnel. Nous considérons également comment les articles de ce numéro spécial s'appuient sur notre compréhension actuelle. Finalement, nous soulignons comment une investigation scientifique robuste, basée sur une compréhension des fonctions écosystémiques, sera essentielle pour nous aider à naviguer les récifs à travers la crise actuelle des récifs coralliens.

@article{doi101007s0033802402474z,
    author = "Bellwood, David R. et Brandl, Simon J. et McWilliam, Mike et Streit, Robert P. et Yan, Helen F. et Tebbett, Sterling B.",
    title = "Étude des fonctions sur les récifs coralliens : perspectives passées, énigmes actuelles et potentiel futur",
    year = "2024",
    journal = "Coral Reefs",
    abstract = "Résumé Les études axées sur les fonctions ont ouvert un nouveau chapitre dans notre compréhension des récifs coralliens. Malheureusement, nous ouvrons ce chapitre alors que les récifs du monde se transforment rapidement. Dans ce contexte, l'un des rôles les plus importants des études axées sur les fonctions est d'informer la conservation des récifs coralliens. À ce moment critique, nous avons l'opportunité de réfléchir à notre point de départ et à notre destination en matière d'écologie fonctionnelle des récifs coralliens, en considérant spécifiquement ce que cela signifie pour nos approches de conservation des récifs. En tant qu'exemples centraux, nous examinons le rôle des coraux sur les récifs et la pratique de l'élimination des étoiles de mer à couronne d'épines, sous un angle fonctionnel. Nous considérons également comment les articles de ce numéro spécial s'appuient sur notre compréhension actuelle. Finalement, nous soulignons comment une investigation scientifique robuste, basée sur une compréhension des fonctions écosystémiques, sera essentielle pour nous aider à naviguer les récifs à travers la crise actuelle des récifs coralliens.",
    url = "https://doi.org/10.1007/s00338-024-02474-z",
    doi = "10.1007/s00338-024-02474-z",
    openalex = "W4392129275",
    references = "doi101038s4324702300766w"
}

Résumé La compréhension et l'intégration des perceptions des parties prenantes sont fondamentales pour gérer efficacement les aires marines protégées (AMP). Le parc national des Îles Marietas (IMNP), un écosystème de récif corallien écologiquement important dans le Pacifique central mexicain (PCM), a connu d'importantes fluctuations dans les pressions touristiques, la santé environnementale et les changements réglementaires au cours de la dernière décennie, ce qui a conduit à des efforts de surveillance et de restauration ; cependant, des recherches limitées ont été menées pour comprendre les perceptions des parties prenantes du système socio-écologique. La présente étude intègre les attributs écologiques du parc, principalement les changements dans la couverture de corail vivant (LCC), et les perceptions des parties prenantes de l'écosystème de récif corallien pour déterminer comment les utilisateurs et les opérateurs touristiques perçoivent les changements écologiques dans la région. Elle utilise une approche mixte, incluant des marqueurs écologiques tels que les changements dans la couverture de corail vivant de 2012 à 2022 et des enquêtes récentes recueillies auprès des parties prenantes du tourisme. Les résultats montrent que, bien que la couverture de corail vivant soit passée de 12,11 ± 6,21 % en 2012 à 25,29 ± 15,00 %, les touristes et les opérateurs touristiques perçoivent une diminution et une dégradation de l'environnement naturel. De plus, les touristes perçoivent un déclin écologique plus important que les opérateurs touristiques, et cette perception n'est pas corrélée à leur tranche d'âge. Les perceptions de la santé environnementale ne correspondent pas à l'état de santé évalué par la surveillance écologique, et le manque de conscience de la récupération écologique à l'IMNP pourrait entraver la réussite continue et étendue des efforts de gestion. Par conséquent, le développement d'initiatives de communication plus efficaces, la participation citoyenne et l'éducation sont importants pour la conservation et la gestion des communautés de coraux dans le parc.

@article{doi101007s44289024000149,
    author = "Burroughs, Carina et Rodríguez‐Troncoso, Alma Paola",
    title = "Contrastes dans l'évaluation écologique et les perceptions du secteur touristique des récifs coralliens : une étude de cas au parc national des Îles Marietas",
    year = "2024",
    journal = "Discover Oceans",
    abstract = "Résumé La compréhension et l'intégration des perceptions des parties prenantes sont fondamentales pour gérer efficacement les aires marines protégées (AMP). Le parc national des Îles Marietas (IMNP), un écosystème de récif corallien écologiquement important dans le Pacifique central mexicain (PCM), a connu d'importantes fluctuations dans les pressions touristiques, la santé environnementale et les changements réglementaires au cours de la dernière décennie, ce qui a conduit à des efforts de surveillance et de restauration ; cependant, des recherches limitées ont été menées pour comprendre les perceptions des parties prenantes du système socio-écologique. La présente étude intègre les attributs écologiques du parc, principalement les changements dans la couverture de corail vivant (LCC), et les perceptions des parties prenantes de l'écosystème de récif corallien pour déterminer comment les utilisateurs et les opérateurs touristiques perçoivent les changements écologiques dans la région. Elle utilise une approche mixte, incluant des marqueurs écologiques tels que les changements dans la couverture de corail vivant de 2012 à 2022 et des enquêtes récentes recueillies auprès des parties prenantes du tourisme. Les résultats montrent que, bien que la couverture de corail vivant soit passée de 12,11 ± 6,21\% en 2012 à 25,29 ± 15,00\%, les touristes et les opérateurs touristiques perçoivent une diminution et une dégradation de l'environnement naturel. De plus, les touristes perçoivent un déclin écologique plus important que les opérateurs touristiques, et cette perception n'est pas corrélée à leur tranche d'âge. Les perceptions de la santé environnementale ne correspondent pas à l'état de santé évalué par la surveillance écologique, et le manque de conscience de la récupération écologique à l'IMNP pourrait entraver la réussite continue et étendue des efforts de gestion. Par conséquent, le développement d'initiatives de communication plus efficaces, la participation citoyenne et l'éducation sont importants pour la conservation et la gestion des communautés de coraux dans le parc.",
    url = "https://doi.org/10.1007/s44289-024-00014-9",
    doi = "10.1007/s44289-024-00014-9",
    openalex = "W4399953693",
    references = "doi1010022017rg000560, doi1010029781394260645, doi101016c20130114110, doi101016jecoleng201901002, doi101016jgloenvcha201307020, doi101016jgloenvcha201404002, doi101038nature18607, doi101073pnas1121215109, doi101126science1152509, doi101126science1204794, doi102167jost7100, tortolerolangarica2019accelerated"
}

La stabilisation du substrat peut être utilisée pour améliorer le recrutement des coraux lorsque des lits de décombres mobiles se sont formés après une perturbation. Nous avons testé des « sacs de récif » semblables à des gabions, des sacs en maille de fibre de coco biodégradables remplis de décombres de corail à Pinnacle Bay et Bait Reef sur le Grand Barrière de corail. La plupart de la fibre de coco est restée intacte pendant les 12 premiers mois, mais s'est complètement biodégradée après 2 ans, laissant derrière elle les amas expérimentaux de décombres. Après environ 2 ans, l'abondance de poissons était plus élevée au-dessus des amas par rapport aux décombres environnants. Après environ 3 ans, la stabilité et la liaison des décombres étaient également plus élevées dans les amas de décombres que dans les décombres environnants à Pinnacle Bay, mais pas à Bait Reef (bien que la liaison ait augmenté dans les amas de Bait Reef au cours de cette période). Cependant, l'augmentation de la stabilité et de la liaison ne s'est pas traduite par un recrutement de coraux significativement plus élevé sur les amas de décombres dans l'un ou l'autre endroit. La position de ces sacs de récif en termes de profondeur, zone de récif, charge sédimentaire et compétition semble cruciale. Les essais futurs devraient prendre en compte la taille et l'interconnexion des décombres, la taille des sacs de récif, des tailles de mailles plus grandes, le nombre de couches de fibre de coco, et inclure des amas non emballés. • Les sacs en maille de fibre de coco ont stabilisé les décombres en amas 3D pendant 1 an, puis se sont biodégradés. • L'abondance de poissons était plus élevée au-dessus des amas de décombres par rapport aux décombres environnants. • La liaison a augmenté dans les amas de décombres mais pas dans les décombres environnants. • Les sacs stabilisent les décombres sans introduire de matériaux étrangers dans l'environnement. • Le recrutement des coraux peut être entravé par une maille épaisse avec de petits trous.

@article{doi101016jecoleng2024107433,
    author = "Kenyon, Tania M. and Jones, C. M. and Rissik, David and Brassil, W. and Callaghan, David P. and Mattocks, Neil and Baldock, Tom E.",
    title = "Bio-dégradables « sacs de récif » utilisés pour la stabilisation des décombres et leur impact sur la stabilité des décombres, la liaison, le recrutement des coraux et l'occupation par les poissons",
    year = "2024",
    journal = "Ecological Engineering",
    abstract = "La stabilisation du substrat peut être utilisée pour améliorer le recrutement des coraux lorsque des lits de décombres mobiles se sont formés après une perturbation. Nous avons testé des « sacs de récif » semblables à des gabions, des sacs en maille de fibre de coco biodégradables remplis de décombres de corail à Pinnacle Bay et Bait Reef sur le Grand Barrière de corail. La plupart de la fibre de coco est restée intacte pendant les 12 premiers mois, mais s'est complètement biodégradée après 2 ans, laissant derrière elle les amas expérimentaux de décombres. Après environ 2 ans, l'abondance de poissons était plus élevée au-dessus des amas par rapport aux décombres environnants. Après environ 3 ans, la stabilité et la liaison des décombres étaient également plus élevées dans les amas de décombres que dans les décombres environnants à Pinnacle Bay, mais pas à Bait Reef (bien que la liaison ait augmenté dans les amas de Bait Reef au cours de cette période). Cependant, l'augmentation de la stabilité et de la liaison ne s'est pas traduite par un recrutement de coraux significativement plus élevé sur les amas de décombres dans l'un ou l'autre endroit. La position de ces sacs de récif en termes de profondeur, zone de récif, charge sédimentaire et compétition semble cruciale. Les essais futurs devraient prendre en compte la taille et l'interconnexion des décombres, la taille des sacs de récif, des tailles de mailles plus grandes, le nombre de couches de fibre de coco, et inclure des amas non emballés. • Les sacs en maille de fibre de coco ont stabilisé les décombres en amas 3D pendant 1 an, puis se sont biodégradés. • L'abondance de poissons était plus élevée au-dessus des amas de décombres par rapport aux décombres environnants. • La liaison a augmenté dans les amas de décombres mais pas dans les décombres environnants. • Les sacs stabilisent les décombres sans introduire de matériaux étrangers dans l'environnement. • Le recrutement des coraux peut être entravé par une maille épaisse avec de petits trous.",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ecoleng.2024.107433",
    doi = "10.1016/j.ecoleng.2024.107433",
    openalex = "W4404198882",
    references = "doi103389fmars20231298411"
}

Les récifs coralliens fournissent une multitude de fonctions écosystémiques en raison des hauts niveaux de biodiversité qu'ils abritent. Les espèces de coraux, en tant que fondement des récifs de eaux peu profondes, diffèrent dans leurs contributions au fonctionnement de l'écosystème, en partie en raison des histoires phylogénétiques disparates des lignées scléractiniennes. Comprendre les modèles spatiaux et les trajectoires temporelles de ces facettes de biodiversité, ainsi que leurs interrelations, est crucial pour des stratégies de conservation plus ciblées face à la dégradation généralisée des habitats et au changement climatique. Ici, nous analysons des données benthiques à long terme couvrant la période de 1986 à 2020 sur les récifs coralliens de Singapour, qui ont été impactés par des décennies de stress liés à l'urbanisation et thermiques, afin de tester les différences entre les facettes de biodiversité corallienne—spécifiquement, la richesse et la diversité taxonomiques, phylogénétiques (parenté évolutive entre espèces) et fonctionnelles (occupation de l'espace des traits fonctionnels). Les analyses montrent que les mesures de richesse et de diversité taxonomiques et phylogénétiques ont augmenté sur la période de 35 ans, malgré des baisses lors d'événements majeurs de blanchissement. Pourtant, alors que la diversité taxonomique et phylogénétique a augmenté, la richesse et la diversité fonctionnelles ont diminué sur la même période. Les mesures de traits pondérés par la communauté indiquent un déplacement vers la dominance de traits plus tolérants au stress, tels que des taux de croissance plus lents, des tailles de corallites plus petites et des formes de colonies massives. Ensemble, ces tendances soulignent les effets des stress chroniques d'urbanisation ainsi que des événements majeurs de blanchissement impactant les assemblages de récifs. Critiquement, de tels changements d'assemblages et les déclins de la diversité fonctionnelle ont été masqués par l'augmentation de la diversité taxonomique, qui est le plus souvent évaluée, et pourraient éroder la résilience de l'écosystème. Le découplage temporel des facettes de biodiversité examinées ici souligne la nécessité d'un suivi plus complet des récifs par une combinaison d'approches basées sur les traits aux côtés des enquêtes de terrain traditionnelles à une résolution taxonomique plus fine.

@article{doi101016jecolind2024112143,
    author = "Chan, Yong Kit Samuel et Ng, Chin Soon Lionel et Tun, Karenne et Chou, Loke Ming et Huang, Danwei",
    title = "Décennie de déclin de la diversité fonctionnelle malgré l'augmentation de la diversité taxonomique et phylogénétique des récifs coralliens sous un stress d'urbanisation chronique",
    year = "2024",
    journal = "Ecological Indicators",
    abstract = "Les récifs coralliens fournissent une multitude de fonctions écosystémiques en raison des hauts niveaux de biodiversité qu'ils abritent. Les espèces de coraux, en tant que fondement des récifs de eaux peu profondes, diffèrent dans leurs contributions au fonctionnement de l'écosystème, en partie en raison des histoires phylogénétiques disparates des lignées scléractiniennes. Comprendre les modèles spatiaux et les trajectoires temporelles de ces facettes de biodiversité, ainsi que leurs interrelations, est crucial pour des stratégies de conservation plus ciblées face à la dégradation généralisée des habitats et au changement climatique. Ici, nous analysons des données benthiques à long terme couvrant la période de 1986 à 2020 sur les récifs coralliens de Singapour, qui ont été impactés par des décennies de stress liés à l'urbanisation et thermiques, afin de tester les différences entre les facettes de biodiversité corallienne—spécifiquement, la richesse et la diversité taxonomiques, phylogénétiques (parenté évolutive entre espèces) et fonctionnelles (occupation de l'espace des traits fonctionnels). Les analyses montrent que les mesures de richesse et de diversité taxonomiques et phylogénétiques ont augmenté sur la période de 35 ans, malgré des baisses lors d'événements majeurs de blanchissement. Pourtant, alors que la diversité taxonomique et phylogénétique a augmenté, la richesse et la diversité fonctionnelles ont diminué sur la même période. Les mesures de traits pondérés par la communauté indiquent un déplacement vers la dominance de traits plus tolérants au stress, tels que des taux de croissance plus lents, des tailles de corallites plus petites et des formes de colonies massives. Ensemble, ces tendances soulignent les effets des stress chroniques d'urbanisation ainsi que des événements majeurs de blanchissement impactant les assemblages de récifs. Critiquement, de tels changements d'assemblages et les déclins de la diversité fonctionnelle ont été masqués par l'augmentation de la diversité taxonomique, qui est le plus souvent évaluée, et pourraient éroder la résilience de l'écosystème. Le découplage temporel des facettes de biodiversité examinées ici souligne la nécessité d'un suivi plus complet des récifs par une combinaison d'approches basées sur les traits aux côtés des enquêtes de terrain traditionnelles à une résolution taxonomique plus fine.",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2024.112143",
    doi = "10.1016/j.ecolind.2024.112143",
    openalex = "W4398155037",
    references = "doi101007s00338019018522"
}

1. Il existe un besoin accru de modèles d'habitats pour les récifs coralliens afin d'aider les interventions actives et les efforts de restauration, plutôt que de simplement cartographier l'étendue de l'habitat récifal. Les modèles d'habitats fournissent la couche de base pour les estimations de connectivité entre les populations de coraux, afin d'identifier les sites susceptibles de présenter une survie accrue des coraux et des coûts de projet réduits. Nous présentons une méthode de modélisation spatiale pour mieux identifier les habitats de récifs coralliens pour le recrutement et la survie des coraux. 2. Nous démontrons ces méthodes pour un amas de récifs en haute mer dans l'Australie du Nord-Ouest qui a perdu des coraux vivants en raison d'événements de blanchissement successifs. Cet ensemble isolé de récifs présente des niveaux élevés d'autorecrutement des coraux, ce qui en fait un bon test pour les méthodes qui sous-tendent l'optimisation spatiale des emplacements de restauration des coraux. 3. Notre méthode utilise des métriques de profondeur et de rugosité multi-échelles dérivées de satellites pour modéliser les classes d'habitats, et applique l'importance des variables croisées validées par randomForest pour sélectionner de manière optimale un sous-ensemble de ces métriques qui modélisent le mieux chaque habitat. Notre approche produit des modèles améliorés par rapport aux méthodes de segmentation basées sur les objets existantes en surmontant un biais vers des caractéristiques récifales homogènes à une seule échelle plus grandes. 4. Notre méthode produit des modèles robustes des habitats de recrutement des récifs cibles avec des coraux encroûtants et juvéniles avec des algues corallines crustacées, mais modélise également des habitats qui ne sont pas souhaitables en tant qu'habitat de recrutement, tels que les algues pelouses, le sable et les débris. Tous ces modèles atteignent ou dépassent les normes d'exactitude acceptées (exactitude et valeurs AUC >0,8 sur les données de validation tenues hors ligne utilisées pour la validation et des valeurs kappa >0,6). 5. Ces modèles sont spécifiquement conçus pour soutenir la restauration des coraux, y compris les habitats de recrutement de coraux primaires avec un mélange d'encroûtements d'algues corallines crustacées et de coraux juvéniles. 6. Nous démontrons comment la validation des modèles explicites spatialement peut identifier les emplacements à l'intérieur de la zone cible où les modèles sont le plus et le moins soutenus, fournissant des aperçus supplémentaires précieux pour la planification d'efforts d'enquête ciblés afin de réduire l'incertitude spatiale, et des interventions de restauration ciblées qui ont la plus haute probabilité de succès. 7. Notre méthode a une utilité large en raison de la couverture des données de télédétection Sentinel 2 largement et librement disponibles pour la plupart des systèmes récifaux dans le monde, et des données de terrain collectées avec un système de caméra simple à chute et classifiées via le système de classification d'images ReefCloud à accès ouvert. Elle a également un potentiel d'adaptation et d'affinement en utilisant d'autres données de satellites de télédétection commerciale à plus fine échelle qui peuvent être utilisées pour piloter les modèles d'élévation numérique, y compris les données Planet Labs Skysat et Worldview 3. • Le modèle de télédétection identifie les habitats de recrutement des coraux pour la conservation des récifs. • Utilise l'apprentissage automatique pour cartographier les habitats en utilisant la profondeur, la rugosité et les valeurs de bande. • Cartographie les habitats souhaitables (par exemple, CCA, coraux juvéniles) et indésirables (par exemple, sable). • L'exactitude de la validation spatiale guide les enquêtes de terrain et les sites de restauration. • Applicable mondialement en utilisant les données Sentinel 2 ouvertes et des configurations de caméra simples.

@article{doi101016jrse2024114231,
    author = "Radford, Ben and Puotinen, Marji and Sahin, Defne and Boutros, Nader and Wyatt, Mathew and Gilmour, James",
    title = "Un modèle de télédétection pour l'habitat de recrutement des coraux",
    year = "2024",
    journal = "Remote Sensing of Environment",
    abstract = "1. Il existe un besoin accru de modèles d'habitat pour les récifs coralliens afin d'aider les interventions actives et les efforts de restauration, plutôt que de simplement cartographier l'étendue de l'habitat récifal. Les modèles d'habitat fournissent la couche de base pour les estimations de connectivité entre les populations de coraux, afin d'identifier les sites présentant une probabilité accrue de survie des coraux et des coûts de projet réduits. Nous présentons une méthode de modélisation spatiale pour mieux identifier les habitats de récifs coralliens pour le recrutement et la survie des coraux. 2. Nous démontrons ces méthodes pour un amas de récifs en haute mer dans le nord-ouest de l'Australie qui a perdu des coraux vivants en raison d'événements de blanchissement successifs. Cet ensemble isolé de récifs présente des niveaux élevés d'autorécruitment des coraux, ce qui en fait un bon test pour les méthodes qui sous-tendent l'optimisation spatiale des emplacements de restauration des coraux. 3. Notre méthode utilise des métriques de profondeur et de rugosité multi-échelles dérivées de satellites pour modéliser les classes d'habitat, et applique l'importance des variables croisées validées par randomForest pour sélectionner de manière optimale un sous-ensemble de ces métriques qui modélisent le mieux chaque habitat. Notre approche produit des modèles améliorés par rapport aux méthodes de segmentation basées sur les objets existantes en surmontant un biais en faveur de caractéristiques récifales homogènes à grande échelle uniques. 4. Notre méthode produit des modèles robustes des habitats de recrutement récifaux cibles avec des coraux encroûtants et juvéniles avec des algues corallines crustacées, mais modélise également des habitats qui ne sont pas souhaitables en tant qu'habitat de recrutement, tels que les algues pelucheuses, le sable et les débris. Tous ces modèles atteignent ou dépassent les normes d'acceptation de précision (précision et valeurs AUC >0,8 sur les données de validation hors ligne aveugles utilisées pour la validation et les valeurs kappa >0,6). 5. Ces modèles sont spécifiquement conçus pour soutenir la restauration des coraux, y compris les habitats de recrutement de coraux primaires avec un mélange d'encroûtements d'algues corallines crustacées et de coraux juvéniles. 6. Nous démontrons comment la validation de modèle spatialement explicite peut identifier les emplacements à l'intérieur de la zone cible où les modèles sont le plus et le moins soutenus, fournissant des aperçus supplémentaires précieux pour la planification d'efforts d'enquête ciblés afin de réduire l'incertitude spatiale, et des interventions de restauration ciblées qui ont la plus haute probabilité de succès. 7. Notre méthode a une utilité large en raison de la couverture de données de télédétection Sentinel 2 largement et librement disponibles pour la plupart des systèmes récifaux mondiaux, et des données de terrain collectées avec un système de caméra simple de chute et classifiées via le système de classification d'images ReefCloud à accès ouvert. Elle a également un potentiel d'adaptation et d'affinement en utilisant d'autres données de télédétection satellitaire commerciale à plus fine échelle qui peuvent être utilisées pour piloter les modèles numériques d'élévation, y compris les données Planet Labs Skysat et Worldview 3. • Le modèle de télédétection identifie les habitats de recrutement des coraux pour la conservation des récifs. • Utilise l'apprentissage automatique pour cartographier les habitats en utilisant la profondeur, la rugosité et les valeurs de bande. • Cartographie les habitats souhaitables (par exemple, CCA, coraux juvéniles) et indésirables (par exemple, sable). • La précision de validation spatiale guide les enquêtes de terrain et les sites de restauration. • Applicable mondialement en utilisant des données Sentinel 2 ouvertes et des configurations de caméra simples.",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.rse.2024.114231",
    doi = "10.1016/j.rse.2024.114231",
    openalex = "W4399555952",
    references = "doi101038s4324702300766w"
}

@article{doi101016jscitotenv2024172897,
    author = "Zhu, Wentao et Zhao, He et Ke, Jingzhao et Zhang, Junling et Liu, Xiangbo et Zhou, Yinyin et Chen, Rouwen et Wang, Aimin et Li, Xiubao",
    title = "Décrypter l'adaptation environnementale et le trait fonctionnel des communautés bactériennes de noyau et non de noyau dans l'eau de mer de récif corallien impactée",
    year = "2024",
    journal = "The Science of The Total Environment",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2024.172897",
    doi = "10.1016/j.scitotenv.2024.172897",
    openalex = "W4396521061",
    references = "doi101007s003430209253z"
}

, alors que les parcelles témoins présentaient des états nettement érosifs. Les parcelles de restauration de coraux de corne de cerf ont maintenu une production nette de carbonate positive à un seuil d'environ 2,96 % de couverture corallienne. Cependant, le blanchissement, les tempêtes et les maladies menacent ces récifs, soulignant la nécessité de stratégies de restauration qui renforcent la résilience face aux stress environnementaux. L'établissement d'agrégations d'Acroporidés par la transplantation, associé à des stratégies d'adaptation au climat, pourrait favoriser la croissance des habitats de récifs et améliorer la récupération des services écosystémiques.

@article{doi101038s41598024767998,
    author = "Esplandiu, Emily et Morris, John T. et Enochs, Ian C. et Besemer, Nicole et Lirman, Diego",
    title = "Enhancing reef carbonate budgets through coral restoration",
    year = "2024",
    journal = "Scientific Reports",
    abstract = ", alors que les parcelles témoins présentaient des états nettement érosifs. Les parcelles de restauration de coraux de corne de cerf ont maintenu une production nette de carbonate positive à un seuil d'environ 2,96 % de couverture corallienne. Cependant, le blanchissement, les tempêtes et les maladies menacent ces récifs, soulignant la nécessité de stratégies de restauration qui renforcent la résilience face aux stress environnementaux. L'établissement d'agrégations d'Acroporidés par la transplantation, associé à des stratégies d'adaptation au climat, pourrait favoriser la croissance des habitats de récifs et améliorer la récupération des services écosystémiques.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41598-024-76799-8",
    doi = "10.1038/s41598-024-76799-8",
    openalex = "W4404240930",
    references = "doi103389fmars20231298411, tortolerolangarica2023the"
}

Les récifs coralliens font partie des écosystèmes les plus sensibles touchés par le réchauffement et l'acidification océaniques, et sont prédits à s'effondrer au cours des prochaines décennies. Les récifs sont prédits à passer de systèmes dominés par les organismes calcifiants à accumulation nette avec une biodiversité exceptionnellement élevée à des systèmes dominés par les algues à érosion nette avec une biodiversité considérablement réduite. Ici, nous présentons une étude expérimentale de deux ans examinant les réponses des communautés entières de récifs coralliens de mésocosmes au réchauffement (+2 °C), à l'acidification (-0,2 unité pH), et aux traitements combinés océan futur (+2 °C, -0,2 pH). Contrairement aux projections modélisées, nous montrons que dans les conditions océaniques futures, ces communautés changent de structure et de composition mais persistent comme des écosystèmes calcifiants novateurs à haute biodiversité. Nos résultats suggèrent que si le changement climatique est limité aux objectifs de l'Accord de Paris sur le climat, les récifs coralliens pourraient persister dans un état altéré plutôt que de s'effondrer.

@article{doi101073pnas2407112121,
    author = "Jury, Christopher P. et Bahr, Keisha D. et Cros, Annick et Dobson, Kerri L. et Freel, Evan B. et Graham, Andrew T. et McLachlan, Rowan H. et Nelson, Craig E. et Price, James et de Souza, Mariana Rocha et Shizuru, Leah E. K. et Smith, Celia M. et Sparagon, Wesley J. et Squair, Cheryl et Timmers, Molly A. et Vicente, Jan et Webb, Maryann K. et Yamase, Nicole H. et Grottoli, Andréa G. et Toonen, Robert J.",
    title = "Les communautés de récifs coralliens expérimentaux se transforment mais persistent sous un réchauffement et une acidification futurs atténués",
    year = "2024",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Les récifs coralliens font partie des écosystèmes les plus sensibles touchés par le réchauffement et l'acidification océaniques, et sont prédits à s'effondrer au cours des prochaines décennies. Les récifs sont prédits à passer de systèmes dominés par les organismes calcifiants à accumulation nette avec une biodiversité exceptionnellement élevée à des systèmes dominés par les algues à érosion nette avec une biodiversité considérablement réduite. Ici, nous présentons une étude expérimentale de deux ans examinant les réponses des communautés entières de récifs coralliens de mésocosmes au réchauffement (+2 °C), à l'acidification (-0,2 unité pH), et aux traitements combinés océan futur (+2 °C, -0,2 pH). Contrairement aux projections modélisées, nous montrons que dans les conditions océaniques futures, ces communautés changent de structure et de composition mais persistent comme des écosystèmes calcifiants novateurs à haute biodiversité. Nos résultats suggèrent que si le changement climatique est limité aux objectifs de l'Accord de Paris sur le climat, les récifs coralliens pourraient persister dans un état altéré plutôt que de s'effondrer.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.2407112121",
    doi = "10.1073/pnas.2407112121",
    openalex = "W4403863195",
    references = "doi101038s4324702300766w"
}

Les récifs coralliens sont de plus en plus touchés par les événements de réchauffement induits par le climat. Cependant, il existe des preuves empiriques limitées sur la variation de la réponse des communautés de récifs coralliens peu profonds au stress thermique à travers les profondeurs. Ici, nous évaluons les changements dépendants de la profondeur dans les communautés benthiques des récifs coralliens suite aux vagues de chaleur marines successives de 2015 à 2017 à travers un gradient de profondeur de 5 à 25 m dans l'archipel lointain des Chagos, dans l'océan Indien central. Nos analyses montrent une baisse globale de la couverture de coraux durs et mous et une augmentation d'algues corallines crustacées, d'éponges et de revêtements de récif suite aux vagues de chaleur marines successives sur le système de récif lointain. Nos résultats indiquent que les changements dans les communautés benthiques en réponse aux températures de l'eau de mer élevées variaient selon les profondeurs. Nous avons constaté des changements plus importants dans la couverture des groupes benthiques à des profondeurs peu profondes (5-15 m) par rapport aux zones plus profondes (15-25 m). La perte de couverture de coraux durs était mieux prédite par le stress thermique initial, tandis que la perte de coraux mous était associée à un stress thermique répété suite aux événements de réchauffement successifs. Notre étude montre que les communautés benthiques s'étendant jusqu'à 25 m de profondeur ont été touchées par les vagues de chaleur marines successives, soutenant les inquiétudes concernant la résilience des communautés de récifs coralliens peu profonds face aux événements de réchauffement de plus en plus sévères induits par le climat.

@article{doi101098rsos231246,
    author = "Pilly, Sivajyodee Sannassy et Roche, Ronan et Richardson, Laura E. et Turner, John R.",
    title = "Variation de la profondeur dans la réponse de la communauté benthique aux vagues de chaleur marines répétées sur les récifs de l'océan Indien central lointain",
    year = "2024",
    journal = "Royal Society Open Science",
    abstract = "Les récifs coralliens sont de plus en plus touchés par les événements de réchauffement induits par le climat. Cependant, il existe des preuves empiriques limitées sur la variation de la réponse des communautés de récifs coralliens peu profonds au stress thermique à travers les profondeurs. Ici, nous évaluons les changements dépendants de la profondeur dans les communautés benthiques des récifs coralliens suite aux vagues de chaleur marines successives de 2015 à 2017 à travers un gradient de profondeur de 5 à 25 m dans l'archipel lointain des Chagos, dans l'océan Indien central. Nos analyses montrent une baisse globale de la couverture de coraux durs et mous et une augmentation d'algues corallines crustacées, d'éponges et de revêtements de récif suite aux vagues de chaleur marines successives sur le système de récif lointain. Nos résultats indiquent que les changements dans les communautés benthiques en réponse aux températures de l'eau de mer élevées variaient selon les profondeurs. Nous avons constaté des changements plus importants dans la couverture des groupes benthiques à des profondeurs peu profondes (5-15 m) par rapport aux zones plus profondes (15-25 m). La perte de couverture de coraux durs était mieux prédite par le stress thermique initial, tandis que la perte de coraux mous était associée à un stress thermique répété suite aux événements de réchauffement successifs. Notre étude montre que les communautés benthiques s'étendant jusqu'à 25 m de profondeur ont été touchées par les vagues de chaleur marines successives, soutenant les inquiétudes concernant la résilience des communautés de récifs coralliens peu profonds face aux événements de réchauffement de plus en plus sévères induits par le climat.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rsos.231246",
    doi = "10.1098/rsos.231246",
    openalex = "W4393227654",
    references = "doi101038s4324702300766w"
}

Les récifs coralliens jouent un rôle crucial dans le soutien de plus d'un demi-milliard de moyens d'existence humains grâce à leurs contributions aux pêcheries, au tourisme et à la protection côtière. À la lumière des déclins mondiaux substantiels de la couverture corallienne et de la détérioration des habitats de récifs dus au changement climatique et à d'autres influences humaines, l'urgence de la restauration des récifs coralliens s'est accrue pour aider à préserver leurs services écosystémiques vitaux. Comprendre les coûts économiques associés aux approches de restauration des coraux existantes et potentielles futures est devenu urgent. Le coût médian de la restauration des récifs coralliens est estimé à 400 000 USD/ha (année de base 2010). Cette estimation comporte des limites en raison de sa dépendance aux coûts de projet déclarés associés à diverses techniques. Ici, nous cherchons à normaliser les dépenses grâce à une uniformisation du coût des efforts déclarés basée sur le temps investi pour estimer des coûts spécifiques par unité pour les méthodes de restauration. Nous complétons les valeurs extraites de la littérature avec des estimations indépendantes basées sur des opérations réelles. En utilisant cette approche, nous décryptons les coûts comparatifs de différentes approches de pépinière et de transplantation et identifions les dépendances intégrées. Pour obtenir des informations sur l'impact des coûts de main-d'œuvre sur les dépenses mondiales de restauration des récifs coralliens, nous examinons les variations des coûts de la main-d'œuvre dans deux régions de récifs coralliens. Dans l'ensemble, notre approche basée sur les données identifie les limites au sein des voies de restauration les plus couramment pratiquées, des opportunités de réduire les coûts opérationnels et des priorités pour la recherche et le développement futurs.

@article{doi101111rec14326,
    author = "Schmidt‐Roach, Sebastian et Knorr, Travis G. et Roch, Cassandra et Klaus, Rebecca et Klepac, Courtney et Klein, Shannon G. et Duarte, Carlos M.",
    title = "Efficacité et rentabilité des voies de restauration des coraux",
    year = "2024",
    journal = "Restoration Ecology",
    abstract = "Les récifs coralliens jouent un rôle crucial dans le soutien de plus d'un demi-milliard de moyens d'existence humains grâce à leurs contributions aux pêcheries, au tourisme et à la protection côtière. À la lumière des déclins mondiaux substantiels de la couverture corallienne et de la détérioration des habitats de récifs dus au changement climatique et à d'autres influences humaines, l'urgence de la restauration des récifs coralliens s'est accrue pour aider à préserver leurs services écosystémiques vitaux. Comprendre les coûts économiques associés aux approches de restauration des coraux existantes et potentielles futures est devenu urgent. Le coût médian de la restauration des récifs coralliens est estimé à 400 000 USD/ha (année de base 2010). Cette estimation comporte des limites en raison de sa dépendance aux coûts de projet déclarés associés à diverses techniques. Ici, nous cherchons à normaliser les dépenses grâce à une uniformisation du coût des efforts déclarés basée sur le temps investi pour estimer des coûts spécifiques par unité pour les méthodes de restauration. Nous complétons les valeurs extraites de la littérature avec des estimations indépendantes basées sur des opérations réelles. En utilisant cette approche, nous décryptons les coûts comparatifs de différentes approches de pépinière et de transplantation et identifions les dépendances intégrées. Pour obtenir des informations sur l'impact des coûts de main-d'œuvre sur les dépenses mondiales de restauration des récifs coralliens, nous examinons les variations des coûts de la main-d'œuvre dans deux régions de récifs coralliens. Dans l'ensemble, notre approche basée sur les données identifie les limites au sein des voies de restauration les plus couramment pratiquées, des opportunités de réduire les coûts opérationnels et des priorités pour la recherche et le développement futurs.",
    url = "https://doi.org/10.1111/rec.14326",
    doi = "10.1111/rec.14326",
    openalex = "W4404430499",
    references = "doi103389fmars20231298411, doi103390ijerph17186574"
}

La production de carbonate de corail est fondamentale pour l'accrétion des récifs et, par conséquent, pour la préservation des services écosystémiques essentiels des récifs, tels que l'atténuation des vagues et la biodiversité des récifs maintenue. Cependant, la perte sans précédent de récifs coralliens due aux impacts anthropiques a mis ces précieux services écosystémiques en danger. Pour contrer cette perte, la réhabilitation active de sites de récifs dégradés s'est accélérée à l'échelle mondiale. Diverses pratiques de restauration existent, adaptées aux besoins locaux des sites et aux types de récifs. Pour les sites où il existe un substrat non consolidé significatif, le Mars Assisted Reef Restoration System (MARRS, ou « Reef Stars ») a été utilisé pour contribuer à la stabilisation des débris et à l'accrétion du récif. Cependant, l'effet des Reef Stars sur les budgets locaux en carbonates et la complexité structurelle n'a pas été évalué. À cette fin, nous évaluons la couverture de corail et la complexité du récif par une approche basée sur le recensement pour identifier la contribution des producteurs et érodants de carbonate, tout en étudiant les propriétés squelettiques des coraux pour estimer les budgets actuels en carbonates sur un site réhabilité par rapport aux récifs naturels non réhabilités et aux patches de débris sur la Grande Barrière de corail du milieu. Nos recherches ont identifié des processus écologiques et des fonctions écologiques positifs, tels qu'un budget en carbonate accru, une couverture de corail et une complexité structurelle accrues sur le site restauré par rapport aux récifs non intervenus et aux patches de débris. En général, aucun impact sur la rigidité squelettique par rapport à cette restauration active de récif n'a été trouvé pour deux espèces de coraux clés et les débris d'Acropora pour la plupart des traits squelettiques. Cependant, la dureté de Pocillopora damicornis semblait diminuer sur le site restauré par rapport aux autres sites, démontrant des performances différentes des espèces de coraux pendant les activités de restauration qui devraient être prises en compte pour maximiser le retour sur investissement des activités de restauration. Dans l'ensemble, nos données démontrent que la prise en compte des budgets en carbonates est importante pour mesurer le succès des initiatives de restauration des coraux et que la restauration des coraux peut être un outil pertinent pour récupérer les budgets locaux en carbonates perdus.

@article{doi103389fmars20231298411,
    author = "Lendo, C. Isabel Nuñez et Suggett, David J. et Boote, Chloë et McArdle, Alicia et Nicholson, Freda et Fisher, Eric E. et Smith, David J. et Camp, Emma F.",
    title = "Budgets en carbonates induits par la restauration des coraux d'un site de la Grande Barrière de corail après des dommages cycloniques",
    year = "2024",
    journal = "Frontiers in Marine Science",
    abstract = "La production de carbonate de corail est fondamentale pour l'accrétion des récifs et, par conséquent, pour la préservation des services écosystémiques essentiels des récifs, tels que l'atténuation des vagues et la biodiversité des récifs maintenue. Cependant, la perte sans précédent de récifs coralliens due aux impacts anthropiques a mis ces précieux services écosystémiques en danger. Pour contrer cette perte, la réhabilitation active de sites de récifs dégradés s'est accélérée à l'échelle mondiale. Diverses pratiques de restauration existent, adaptées aux besoins locaux des sites et aux types de récifs. Pour les sites où il existe un substrat non consolidé significatif, le Mars Assisted Reef Restoration System (MARRS, ou « Reef Stars ») a été utilisé pour contribuer à la stabilisation des débris et à l'accrétion du récif. Cependant, l'effet des Reef Stars sur les budgets locaux en carbonates et la complexité structurelle n'a pas été évalué. À cette fin, nous évaluons la couverture de corail et la complexité du récif par une approche basée sur le recensement pour identifier la contribution des producteurs et érodants de carbonate, tout en étudiant les propriétés squelettiques des coraux pour estimer les budgets actuels en carbonates sur un site réhabilité par rapport aux récifs naturels non réhabilités et aux patches de débris sur la Grande Barrière de corail du milieu. Nos recherches ont identifié des processus écologiques et des fonctions écologiques positifs, tels qu'un budget en carbonate accru, une couverture de corail et une complexité structurelle accrues sur le site restauré par rapport aux récifs non intervenus et aux patches de débris. En général, aucun impact sur la rigidité squelettique par rapport à cette restauration active de récif n'a été trouvé pour deux espèces de coraux clés et les débris d'Acropora pour la plupart des traits squelettiques. Cependant, la dureté de Pocillopora damicornis semblait diminuer sur le site restauré par rapport aux autres sites, démontrant des performances différentes des espèces de coraux pendant les activités de restauration qui devraient être prises en compte pour maximiser le retour sur investissement des activités de restauration. Dans l'ensemble, nos données démontrent que la prise en compte des budgets en carbonates est importante pour mesurer le succès des initiatives de restauration des coraux et que la restauration des coraux peut être un outil pertinent pour récupérer les budgets locaux en carbonates perdus.",
    url = "https://doi.org/10.3389/fmars.2023.1298411",
    doi = "10.3389/fmars.2023.1298411",
    openalex = "W4391261256",
    references = "doi101007s003380000086, doi1010160026080085900515, doi101016jecoleng201901002, doi101038nature21707, doi101038s4158601800412, doi101046j14610248200100203x, doi101073pnas1208909109, doi101093biomet5234591, doi101098rspb20090339, doi101126science1086050, doi101126science1149345, tortolerolangarica2019accelerated"
}

Les menaces importantes pour la persistance à long terme des récifs coralliens ont accéléré l'adoption des approches de propagation et de transplantation de coraux. Cependant, la manière dont les matériaux couramment utilisés pour les structures de propagation pourraient potentiellement affecter les communautés bactériennes associées aux coraux reste inexplorée. Ici, nous avons examiné l'impact des structures de propagation en métal sur les communautés bactériennes associées aux coraux. Des fragments de l'espèce de corail Acropora millepora ont été cultivés sur des structures en aluminium, en acier recouvert de sable/époxy (Reef Stars) et en acier non recouvert (armature). Après 6 mois, les profils fonctionnels et taxonomiques des communautés bactériennes associées aux coraux de coraux propagés et de colonies de récif ont été caractérisés par séquençage amplicon (gène 16S rRNA) et métagénomique shotgun. Aucune différence dans la structure phylogénétique ou le profil fonctionnel des communautés bactériennes associées aux coraux n'a été observée entre les coraux propagés et les colonies de récif. Cependant, des gènes et voies spécifiques (par exemple, métabolisme des lipides, nucléotides et glucides) étaient surreprésentés chez les coraux cultivés sur différents matériaux, et différents taxons étaient indicatifs des matériaux. Ces résultats indiquent que la propagation de coraux sur différents matériaux peut entraîner des différences dans les taxons bactériens individuels et le potentiel fonctionnel des communautés bactériennes associées aux coraux, mais la manière dont ceux-ci contribuent à la fitness du holobiont modifié constitue une question clé à résoudre.

@article{doi103389fmars20241366971,
    author = "Strudwick, Paige et Suggett, David J. et Seymour, Justin R. et DeMaere, Matthew Z. et Grima, Amanda et Edmondson, John et McArdle, Alicia et Nicholson, Freda et Camp, Emma F.",
    title = "Assessing how metal reef restoration structures shape the functional and taxonomic profile of coral-associated bacterial communities",
    year = "2024",
    journal = "Frontiers in Marine Science",
    abstract = "Significant threats to the long-term persistence of coral reefs have accelerated the adoption of coral propagation and out-planting approaches. However, how materials commonly used for propagation structures could potentially affect coral-associated bacterial communities remains untested. Here, we examined the impact of metal propagation structures on coral-associated bacterial communities. Fragments of the coral species Acropora millepora were grown on aluminium, sand/epoxy-coated steel (Reef Stars), and uncoated steel (rebar) structures. After 6 months, the functional and taxonomic profiles of coral-associated bacterial communities of propagated corals and reef colonies were characterised using amplicon (16S rRNA gene) and shotgun metagenomic sequencing. No differences in the phylogenetic structure or functional profile of coral-associated bacterial communities were observed between propagated corals and reef colonies. However, specific genes and pathways (e.g., lipid, nucleotide, and carbohydrate metabolism) were overrepresented in corals grown on different materials, and different taxa were indicative of the materials. These findings indicate that coral propagation on different materials may lead to differences in the individual bacterial taxa and functional potential of coral-associated bacterial communities, but how these contribute to changed holobiont fitness presents a key question to be addressed.",
    url = "https://doi.org/10.3389/fmars.2024.1366971",
    doi = "10.3389/fmars.2024.1366971",
    openalex = "W4395669366",
    references = "doi103389fmars20231298411"
}

Le déclin des récifs coralliens a accru l'intérêt pour la restauration écologique. En raison de la rareté des projets de jardinage corallien dans l'océan Pacifique tropical oriental, améliorer notre compréhension de ces techniques est essentiel. Nous rapportons les résultats du jardinage corallien utilisant des espèces de Pocillopora spp. ramifiées et des espèces de coraux massifs (Pavona gigantea, Pavona clavus et Porites lobata) dans une zone de remontée d'eau en Costa Rica. Nous avons examiné si le type de pépinière influençait la survie et la croissance de Pocillopora spp., et comment les conditions environnementales ont façonné la restauration. Nous avons surveillé la survie et la croissance des fragments de Pocillopora spp. (n = 334) et des microfragments d'espèces massives (P. gigantea [n = 148], P. clavus [n = 37], P. lobata [n = 66]) sur une période de 11 mois. La survie à la fin de la période de jardinage était de 51 % pour Pocillopora spp., 59 % pour P. clavus, 55 % pour P. gigantea et 17 % pour P. lobata, avec une baisse après une interruption de l'entretien causée par le confinement lié à la COVID-19. Les fragments de Pocillopora spp. dans les pépinières flottantes ont montré une croissance plus élevée (7,52 ± 1,98 et 6,64 ± 2,91 cm/an) que dans le cadre en A (4,16 ± 2,35 cm/an), ce qui suggère les avantages de la suspension des fragments. Pour les microfragments de coraux massifs, la croissance était de 1,92 à 4,66 cm²/an et a été affectée par la perte de pigmentation, entraînant une perte partielle de tissus et la mortalité. Nos résultats indiquent une acclimatation aux conditions locales et montrent la nécessité de développer des techniques de jardinage spécifiques au site et rentables pour les espèces massives, permettant une approche multi-espèces pour assurer la récupération à long terme de l'écosystème.

@article{doi103389fmars20241400026,
    author = "Fabregat-Malé, Sònia et Mena-González, Sebastián et Quesada‐Perez, Fabio et Alvarado, Juan José",
    title = "Testing the feasibility of coral nurseries in an upwelling area in the North Pacific of Costa Rica",
    year = "2024",
    journal = "Frontiers in Marine Science",
    abstract = "Le déclin des récifs coralliens a accru l'intérêt pour la restauration écologique. En raison de la rareté des projets de jardinage corallien dans l'océan Pacifique tropical oriental, améliorer notre compréhension de ces techniques est essentiel. Nous rapportons les résultats du jardinage corallien utilisant des espèces de Pocillopora spp. ramifiées et des espèces de coraux massifs (Pavona gigantea, Pavona clavus et Porites lobata) dans une zone de remontée d'eau en Costa Rica. Nous avons examiné si le type de pépinière influençait la survie et la croissance de Pocillopora spp., et comment les conditions environnementales ont façonné la restauration. Nous avons surveillé la survie et la croissance des fragments de Pocillopora spp. (n = 334) et des microfragments d'espèces massives (P. gigantea [n = 148], P. clavus [n = 37], P. lobata [n = 66]) sur une période de 11 mois. La survie à la fin de la période de jardinage était de 51 % pour Pocillopora spp., 59 % pour P. clavus, 55 % pour P. gigantea et 17 % pour P. lobata, avec une baisse après une interruption de l'entretien causée par le confinement lié à la COVID-19. Les fragments de Pocillopora spp. dans les pépinières flottantes ont montré une croissance plus élevée (7,52 ± 1,98 et 6,64 ± 2,91 cm/an) que dans le cadre en A (4,16 ± 2,35 cm/an), ce qui suggère les avantages de la suspension des fragments. Pour les microfragments de coraux massifs, la croissance était de 1,92 à 4,66 cm²/an et a été affectée par la perte de pigmentation, entraînant une perte partielle de tissus et la mortalité. Nos résultats indiquent une acclimatation aux conditions locales et montrent la nécessité de développer des techniques de jardinage spécifiques au site et rentables pour les espèces massives, permettant une approche multi-espèces pour assurer la récupération à long terme de l'écosystème.",
    url = "https://doi.org/10.3389/fmars.2024.1400026",
    doi = "10.3389/fmars.2024.1400026",
    openalex = "W4402141618",
    references = "doi101111gbi12491, doi101111rec14006"
}

Les coraux scléractiniens propagés sexuellement sont très demandés pour la restauration des récifs coralliens. Cependant, pour les coraux constructeurs de récifs menacés, de nombreux mécanismes moléculaires liés à leur reproduction restent largement inconnus, ce qui constitue un goulot d'étranglement majeur pour la culture à grande échelle de coraux se reproduisant sexuellement. Dans cette étude, nous avons analysé les signatures protéomiques des œufs rouges et des spermatozoïdes du corail écologiquement significatif Galaxea fascicularis, en utilisant une méthode de spectrométrie de masse par acquisition indépendante des données (DIA-MS). Un total de 7741 et 7279 protéines provenant d'œufs rouges matures et de spermatozoïdes ont été identifiés, respectivement. Parmi ces protéines, 596 protéines étaient spécifiques aux spermatozoïdes et 1056 étaient spécifiques aux œufs. De plus, un total de 4413 protéines différentiellement abondantes (DAP) ont été identifiées, parmi lesquelles 3121 protéines étaient surexprimées dans les œufs rouges et 1292 protéines étaient surexprimées dans les spermatozoïdes. De plus, des analyses d'enrichissement ont montré que les DAP identifiées dans les œufs rouges étaient principalement impliquées dans la voie de maturation des ovocytes médiée par la progestérone et la voie des lectines ; et les DAP détectées dans les spermatozoïdes étaient principalement impliquées dans la voie de sécrétion de l'insuline et les voies métaboliques pour la génération d'énergie. Ce résultat contribuera à la découverte de la voie de régulation intrinsèque de la maturation des gamètes et de la fécondation. De plus, au moins 57 protéines associées à la maturation des gamètes et à la reproduction ont été identifiées, notamment la protéine fluorescente rouge (RFP), les protéines vitellogénines (VG), la protéine d'œuf (EP), la famille des kinases sérine/thréonine spécifiques aux testicules (TSSKs) et la famille des protéines liant le Ca2+ à main EF (EFHC1 et EFHC2). En particulier, la troisième protéine de vitelline EUPHY a été rapportée pour la première fois chez G. fascicularis. En conclusion, cette étude a révélé des aperçus moléculaires révolutionnaires sur la reproduction sexuée des coraux, ouvrant la voie à une conservation plus efficace et à un développement durable des écosystèmes de récifs coralliens.

@article{doi103390jmse12122341,
    author = "Zhou, Yinyin et Ke, Jingzhao et Zheng, Lingyu et Mo, Shaoyang et Liu, Xiangbo et Zhao, He et Zhu, Wentao et Li, Xiubao",
    title = "Analyse protéomique quantitative basée sur l'acquisition indépendante des données (DIA) des œufs rouges fertiles et des spermatozoïdes du corail hermatypique Galaxea fascicularis : Mise en évidence des protéines clés liées à la maturation des gamètes et à la fécondation",
    year = "2024",
    journal = "Journal of Marine Science and Engineering",
    abstract = "Les coraux scléractiniens propagés sexuellement sont très demandés pour la restauration des récifs coralliens. Cependant, pour les coraux constructeurs de récifs menacés, de nombreux mécanismes moléculaires liés à leur reproduction restent largement inconnus, ce qui constitue un goulot d'étranglement majeur pour la culture à grande échelle de coraux se reproduisant sexuellement. Dans cette étude, nous avons analysé les signatures protéomiques des œufs rouges et des spermatozoïdes du corail écologiquement significatif Galaxea fascicularis, en utilisant une méthode de spectrométrie de masse par acquisition indépendante des données (DIA-MS). Un total de 7741 et 7279 protéines provenant d'œufs rouges matures et de spermatozoïdes ont été identifiés, respectivement. Parmi ces protéines, 596 protéines étaient spécifiques aux spermatozoïdes et 1056 étaient spécifiques aux œufs. De plus, un total de 4413 protéines différentiellement abondantes (DAP) ont été identifiées, parmi lesquelles 3121 protéines étaient surexprimées dans les œufs rouges et 1292 protéines étaient surexprimées dans les spermatozoïdes. De plus, des analyses d'enrichissement ont montré que les DAP identifiées dans les œufs rouges étaient principalement impliquées dans la voie de maturation des ovocytes médiée par la progestérone et la voie des lectines ; et les DAP détectées dans les spermatozoïdes étaient principalement impliquées dans la voie de sécrétion de l'insuline et les voies métaboliques pour la génération d'énergie. Ce résultat contribuera à la découverte de la voie de régulation intrinsèque de la maturation des gamètes et de la fécondation. De plus, au moins 57 protéines associées à la maturation des gamètes et à la reproduction ont été identifiées, notamment la protéine fluorescente rouge (RFP), les protéines vitellogénines (VG), la protéine d'œuf (EP), la famille des kinases sérine/thréonine spécifiques aux testicules (TSSKs) et la famille des protéines liant le Ca2+ à main EF (EFHC1 et EFHC2). En particulier, la troisième protéine de vitelline EUPHY a été rapportée pour la première fois chez G. fascicularis. En conclusion, cette étude a révélé des aperçus moléculaires révolutionnaires sur la reproduction sexuée des coraux, ouvrant la voie à une conservation plus efficace et à un développement durable des écosystèmes de récifs coralliens",
    url = "https://doi.org/10.3390/jmse12122341",
    doi = "10.3390/jmse12122341",
    openalex = "W4405640276",
    references = "doi101007s003430209253z"
}

Résumé La production de carbonate de calcium constitue l'un des processus fondamentaux qui pilotent le fonctionnement des écosystèmes de récifs coralliens et peut être évaluée à l'aide de méthodes d'enquête in situ ou basées sur des images, qui n'ont jamais été comparées. Cette étude compare les estimations de production de carbonate issues des enquêtes ReefBudget in situ et des analyses CoralNet basées sur des images à Porto Rico, en Indonésie et dans l'archipel des Chagos. Les méthodes ont été comparées pour différentes régions (Atlantique occidental et Indo-Pacifique), différents contextes de récifs (faible et forte couverture corallienne), différentes versions de calcification de CoralNet (v1 et v2) et différents indicateurs d'entrée (taux de croissance corallienne régionaux vs locaux). Nous montrons des estimations similaires de production brute de carbonate entre les méthodes, indiquant que l'échelle normalisée par la surface des taux de calcification et les hypothèses concernant la taille des colonies et la rugosité employées dans CoralNet produisent des estimations comparables à celles des enquêtes ReefBudget. Les divergences dans les estimations de production de carbonate sont potentiellement dues à des différences dans les méthodes d'enquête (mesures de contour de récif vs images planes) et l'effort d'enquête, qui affectent les estimations de couverture des calcificateurs, en particulier sur les sites à faible couverture corallienne. Les comparaisons entre taux de croissance locaux et régionaux suggèrent que les facteurs spécifiques au site peuvent influencer la précision plus que le choix de la méthode. Nos résultats suggèrent que les méthodes basées sur des images peuvent permettre des estimations rapides de calcification à l'échelle du récif à partir d'images photographiques ou vidéo. Ces méthodes, combinées à des algorithmes de classification de substrat par apprentissage automatique, peuvent estimer à la fois la couverture benthique et la production de carbonate sur de plus grandes zones de récifs et peuvent être appliquées pour collecter historiquement des données de couverture benthique afin de suivre les tendances de production de carbonate. Nous encourageons les chercheurs à reconnaître les différences spécifiques à la situation dans les méthodologies et à sélectionner celle la plus adaptée à leur site d'étude spécifique, au niveau de précision requis et aux contraintes de temps pour les travaux de terrain et l'analyse d'images.

@article{doi101007s00338025026201,
    author = "Pilly, Sivajyodee Sannassy et Townsend, Joseph E. et Alisa, Cut Aja Gita et Razak, Tries B. et Roche, Ronan et Turner, John R. et Chan, Stephen et Kriegman, David et Andersson, Andreas J. et Perry, Chris T. et Lange, Ines D. et Courtney, Travis A.",
    title = "Quantifying coral reef carbonate budgets : une comparaison entre ReefBudget et CoralNet",
    year = "2025",
    journal = "Coral Reefs",
    abstract = "Résumé La production de carbonate de calcium constitue l'un des processus fondamentaux qui pilotent le fonctionnement des écosystèmes de récifs coralliens et peut être évaluée à l'aide de méthodes d'enquête in situ ou basées sur des images, qui n'ont jamais été comparées. Cette étude compare les estimations de production de carbonate issues des enquêtes ReefBudget in situ et des analyses CoralNet basées sur des images à Porto Rico, en Indonésie et dans l'archipel des Chagos. Les méthodes ont été comparées pour différentes régions (Atlantique occidental et Indo-Pacifique), différents contextes de récifs (faible et forte couverture corallienne), différentes versions de calcification de CoralNet (v1 et v2) et différents indicateurs d'entrée (taux de croissance corallienne régionaux vs locaux). Nous montrons des estimations similaires de production brute de carbonate entre les méthodes, indiquant que l'échelle normalisée par la surface des taux de calcification et les hypothèses concernant la taille des colonies et la rugosité employées dans CoralNet produisent des estimations comparables à celles des enquêtes ReefBudget. Les divergences dans les estimations de production de carbonate sont potentiellement dues à des différences dans les méthodes d'enquête (mesures de contour de récif vs images planes) et l'effort d'enquête, qui affectent les estimations de couverture des calcificateurs, en particulier sur les sites à faible couverture corallienne. Les comparaisons entre taux de croissance locaux et régionaux suggèrent que les facteurs spécifiques au site peuvent influencer la précision plus que le choix de la méthode. Nos résultats suggèrent que les méthodes basées sur des images peuvent permettre des estimations rapides de calcification à l'échelle du récif à partir d'images photographiques ou vidéo. Ces méthodes, combinées à des algorithmes de classification de substrat par apprentissage automatique, peuvent estimer à la fois la couverture benthique et la production de carbonate sur de plus grandes zones de récifs et peuvent être appliquées pour collecter historiquement des données de couverture benthique afin de suivre les tendances de production de carbonate. Nous encourageons les chercheurs à reconnaître les différences spécifiques à la situation dans les méthodologies et à sélectionner celle la plus adaptée à leur site d'étude spécifique, au niveau de précision requis et aux contraintes de temps pour les travaux de terrain et l'analyse d'images.",
    url = "https://doi.org/10.1007/s00338-025-02620-1",
    doi = "10.1007/s00338-025-02620-1",
    openalex = "W4408532796",
    references = "doi103389fmars20231298411"
}

Les poissons constituent un groupe clé dans toute communauté corallienne, et leur assemblage varie selon les différences de structure d'habitat entre les récifs, ainsi que selon les fluctuations environnementales saisonnières et interannuelles qui influencent la structure de la communauté et le fonctionnement de l'écosystème. La surveillance à long terme, combinée à des indices taxonomiques et fonctionnels, peut fournir des informations précieuses sur les effets des fluctuations environnementales locales et régionales sur tout groupe biologique. Cette étude a évalué la variabilité décennale (2013–2022) des assemblages de poissons et de leur fonction dans une aire protégée naturelle composée d'une communauté corallienne répartie le long de deux îles, en utilisant des recensements visuels diurnes le long de transects en bande (5 transects/site/saison/année) dans une plage de profondeur de 3 à 13 m. Les résultats ont montré des valeurs plus élevées de richesse spécifique, de richesse fonctionnelle, d'équitabilité et de redondance sur l'île Redonda, qui a également présenté la plus grande diversité observée de composants benthiques, suggérant une association potentielle entre la diversité benthique et la structure des assemblages de poissons. Tout au long de la décennie, les assemblages de poissons ont présenté des tendances temporelles claires influencées par les cycles saisonniers, les événements climatiques à grande échelle et les changements d'habitat. En particulier pendant l'événement El Niño 2015–2016, une augmentation anormale des températures a conduit à des changements marqués dans la composition des espèces et à une diminution de l'abondance des espèces planctivores grégaires, telles que Apogon pacificus. Cela a été suivi d'une réduction de la richesse spécifique en 2018, principalement due à l'homogénéisation de l'habitat résultant d'une diminution de la diversité benthique. La perte de diversité benthique et l'augmentation de la fréquence des événements météorologiques extrêmes perturberont probablement les interactions entre les espèces, affectant la coexistence, l'utilisation des ressources et la stabilité à long terme de la communauté. Bien que la connectivité entre les îles agisse actuellement comme un tampon, celle-ci pourrait être compromise si les conditions environnementales se dégradent (par exemple, stress naturels et anthropiques), entraînant une baisse significative de la santé du récif et de la fourniture de services écosystémiques.

@article{doi101007s44396025000158,
    author = "de Alba-Guzmán, Cassandra and Rodríguez‐Troncoso, Alma Paola and Cupul‐Magaña, Amilcar Leví and Rodríguez‐Zaragoza, Fabián A. and Cabral‐Tena, Rafael A. and Tortolero‐Langarica, J. J. Adolfo",
    title = "Decadal changes in the fish assemblage structure and function within an insular coral community",
    year = "2025",
    journal = "Discover Ecology",
    abstract = "Fish are a key group in any coral community, and their assemblage varies with differences in habitat structure among reefs, as well as with seasonal and interannual environmental fluctuations that influence community structure and ecosystem functioning. Long-term monitoring, combined with taxonomic and functional indexes, can provide valuable information on the effects of local and regional environmental fluctuations on any biological group. This study evaluated the decadal (2013–2022) variability of fish assemblage and their function in a Natural Protected Area composed of a coral community distributed along two islands, using diurnal visual censuses along belt transects (5 transects/site/season/year) in a 3–13 m depth range. The results showed higher values of species richness, functional richness, evenness, and redundancy on Isla Redonda, which also exhibited the highest observed diversity of benthic components, suggesting a potential association between benthic diversity and fish assemblage structure. Throughout the decade, fish assemblages exhibited clear temporal trends influenced by seasonal cycles, large-scale climatic events, and habitat changes. Especially during the El Niño 2015–2016 event, an abnormal increase in temperatures led to marked shifts in species composition and a decline in the abundance of schooling planktivorous species, such as Apogon pacificus. This was followed by a reduction in species richness in 2018, primarily due to habitat homogenization resulting from a decline in benthic diversity. The loss of benthic diversity and more frequent extreme meteorological events will likely disrupt species interactions, affecting coexistence, resource use, and long-term community stability. Although connectivity between islands currently acts as a buffer, this could be compromised if environmental conditions deteriorate (e.g., natural and anthropogenic stressors), causing a significant decline in the reef's health and provision of ecosystem services.",
    url = "https://doi.org/10.1007/s44396-025-00015-8",
    doi = "10.1007/s44396-025-00015-8",
    openalex = "W4417107400",
    references = "doi101007s44289024000149, doi101111rec14006"
}

Les habitats biogéniques benthiques sont cruciaux pour les écosystèmes marins côtiers, en soutenant la nourriture et l'abri pour une large gamme d'espèces marines, mais ils sont de plus en plus menacés par des impacts anthropiques croissants. Bien que les données de surveillance à grande échelle soient de plus en plus disponibles, des outils pour décrire les changements d'habitats benthiques de manière standardisée et tout de même finement résolue sont toujours nécessaires. L'objectif de cette étude était de définir les états des habitats benthiques des récifs et d'explorer leur variabilité spatiale et temporelle à l'échelle mondiale en utilisant une pipeline de regroupement innovante. À cette fin, nous avons utilisé des données de couverture du substrat collectées le long de 6554 transects dans le monde par des scientifiques citoyens contribuant au programme Reef Life Survey. Nous avons appliqué une pipeline de regroupement innovante qui combine trois algorithmes — Uniform Manifold Approximation and Projection (UMAP) pour la réduction de dimension ; Hierarchical Density-Based Spatial Clustering of Applications with Noise (HDBSCAN) — pour identifier les états des habitats benthiques et les valeurs de Shapley pour interpréter les clusters identifiés. Cette pipeline non supervisée a identifié 17 clusters distincts dans le monde, représentant des habitats benthiques tempérés et tropicaux typiques tels que les grandes algues formant une canopée et les coraux ramifiés, respectivement, ainsi que des états de transition entre différents états d'habitats. Les analyses temporelles spécifiques aux sites ont également démontré l'efficacité de la pipeline pour capturer les dynamiques d'habitats à petite échelle. En fournissant une approche standardisée et évolutive, ce travail permet un suivi cohérent des changements d'habitats benthiques à travers les échelles spatiales et temporelles dans le monde. Cette étude met également en évidence le potentiel d'intégrer la pipeline UMAP-HDBSCAN avec les valeurs de Shapley pour le regroupement de données écologiques bruitées provenant d'initiatives de science citoyenne. • La pipeline UMAP-HDBSCAN définit 17 nuances d'états d'habitats benthiques à l'échelle mondiale. • Les valeurs SHAP révèlent les habitats benthiques en expliquant les compositions de clusters découverts. • Révèle les transitions d'habitats et les changements de régime potentiels à travers les écosystèmes benthiques. • La pipeline UMAP-HDBSCAN permet le suivi des changements spatio-temporels des habitats benthiques. • Flux de travail adaptable pour le regroupement de données écologiques bruitées dans divers contextes de recherche.

@article{doi101016jecoinf2025103058,
    author = "Violet, Clément et Boyé, Aurélien et Dubois, Sophie et Edgar, Graham J. et Oh, Elizabeth et Stuart‐Smith, Rick D. et Marzloff, Martin P.",
    title = "Exploiter la science citoyenne pour classifier et suivre les états des habitats benthiques : Une pipeline non supervisée UMAP-HDBSCAN appliquée au jeu de données mondial de l'enquête Reef Life Survey",
    year = "2025",
    journal = "Ecological Informatics",
    abstract = "Les habitats biogéniques benthiques sont cruciaux pour les écosystèmes marins côtiers, en soutenant la nourriture et l'abri pour une large gamme d'espèces marines, mais ils sont de plus en plus menacés par des impacts anthropiques croissants. Bien que les données de surveillance à grande échelle soient de plus en plus disponibles, des outils pour décrire les changements d'habitats benthiques de manière standardisée et tout de même finement résolue sont toujours nécessaires. L'objectif de cette étude était de définir les états des habitats benthiques des récifs et d'explorer leur variabilité spatiale et temporelle à l'échelle mondiale en utilisant une pipeline de regroupement innovante. À cette fin, nous avons utilisé des données de couverture du substrat collectées le long de 6554 transects dans le monde par des scientifiques citoyens contribuant au programme Reef Life Survey. Nous avons appliqué une pipeline de regroupement innovante qui combine trois algorithmes — Uniform Manifold Approximation and Projection (UMAP) pour la réduction de dimension ; Hierarchical Density-Based Spatial Clustering of Applications with Noise (HDBSCAN) — pour identifier les états des habitats benthiques et les valeurs de Shapley pour interpréter les clusters identifiés. Cette pipeline non supervisée a identifié 17 clusters distincts dans le monde, représentant des habitats benthiques tempérés et tropicaux typiques tels que les grandes algues formant une canopée et les coraux ramifiés, respectivement, ainsi que des états de transition entre différents états d'habitats. Les analyses temporelles spécifiques aux sites ont également démontré l'efficacité de la pipeline pour capturer les dynamiques d'habitats à petite échelle. En fournissant une approche standardisée et évolutive, ce travail permet un suivi cohérent des changements d'habitats benthiques à travers les échelles spatiales et temporelles dans le monde. Cette étude met également en évidence le potentiel d'intégrer la pipeline UMAP-HDBSCAN avec les valeurs de Shapley pour le regroupement de données écologiques bruitées provenant d'initiatives de science citoyenne. • La pipeline UMAP-HDBSCAN définit 17 nuances d'états d'habitats benthiques à l'échelle mondiale. • Les valeurs SHAP révèlent les habitats benthiques en expliquant les compositions de clusters découverts. • Révèle les transitions d'habitats et les changements de régime potentiels à travers les écosystèmes benthiques. • La pipeline UMAP-HDBSCAN permet le suivi des changements spatio-temporels des habitats benthiques. • Flux de travail adaptable pour le regroupement de données écologiques bruitées dans divers contextes de recherche.",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ecoinf.2025.103058",
    doi = "10.1016/j.ecoinf.2025.103058",
    openalex = "W4407025889",
    references = "doi101038s4324702300766w"
}

@article{doi101016jjenvman2025128166,
    author = "Reguero, B.G. et Gaido, C. et Storlazzi, CD et McNulty, V.P. et Perez, D.I. et Beck, Mw",
    title = "Où restaurer et conserver ? Une analyse régionale des coûts et bénéfices de la protection et de la restauration des récifs coralliens pour la résilience aux inondations côtières",
    year = "2025",
    journal = "Journal of Environmental Management",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.jenvman.2025.128166",
    doi = "10.1016/j.jenvman.2025.128166",
    openalex = "W7116793658",
    references = "doi103389fmars20231298411"
}

Comprendre la susceptibilité des espèces aux facteurs de stress environnementaux est crucial pour la planification de la conservation, mais ces données ne sont pas disponibles pour de nombreux coraux subtropicaux. Nous avons donc mené des expériences en laboratoire d'un mois pour déterminer la susceptibilité au stress thermique de huit espèces provenant de zones subtropicales en les exposant à 32 °C (traitement) ou 25 °C (témoin). Quatre espèces (Dipsastraea rotumana, Echinophyllia aspera, Pavona decussata et Platygyra carnosa) ont survécu à l'ensemble de l'expérience, bien que le blanchissement se soit produit après une à deux semaines d'exposition. L'exposition à la chaleur a entraîné une mortalité totale chez les quatre autres espèces : au jour 2 chez Acropora solitaryensis, au jour 7 chez Acropora digitifera, au jour 9 chez Acropora pruinosa et au jour 17 chez Montipora peltiformis. Ces résultats suggèrent que les vagues de chaleur répétées peuvent entraîner des changements dans les communautés de coraux en provoquant une mortalité disproportionnée d'espèces sensibles à la chaleur. Les espèces de coraux testées dans cette étude, collectées sur des récifs subtropicaux autrefois considérés comme des refuges pour les récifs coralliens dans le contexte du réchauffement climatique, ont démontré une plus grande susceptibilité au stress thermique que leurs homologues tropicaux. Cela soulève des inquiétudes quant à la persistance des récifs coralliens alors que les températures de surface de la mer continuent de s'élever.

@article{doi101016jmarenvres2025107132,
    author = "Yeung, Yip Hung et Zhang, Yanjie et Xie, James Y. et Qiu, Jian‐Wen",
    title = "Les expériences en laboratoire ont révélé des susceptibilités différentes au blanchissement face au stress thermique chez huit espèces de coraux urbains subtropicaux",
    year = "2025",
    journal = "Marine Environmental Research",
    abstract = "Comprendre la susceptibilité des espèces aux facteurs de stress environnementaux est crucial pour la planification de la conservation, mais ces données ne sont pas disponibles pour de nombreux coraux subtropicaux. Nous avons donc mené des expériences en laboratoire d'un mois pour déterminer la susceptibilité au stress thermique de huit espèces provenant de zones subtropicales en les exposant à 32 °C (traitement) ou 25 °C (témoin). Quatre espèces (Dipsastraea rotumana, Echinophyllia aspera, Pavona decussata et Platygyra carnosa) ont survécu à l'ensemble de l'expérience, bien que le blanchissement se soit produit après une à deux semaines d'exposition. L'exposition à la chaleur a entraîné une mortalité totale chez les quatre autres espèces : au jour 2 chez Acropora solitaryensis, au jour 7 chez Acropora digitifera, au jour 9 chez Acropora pruinosa et au jour 17 chez Montipora peltiformis. Ces résultats suggèrent que les vagues de chaleur répétées peuvent entraîner des changements dans les communautés de coraux en provoquant une mortalité disproportionnée d'espèces sensibles à la chaleur. Les espèces de coraux testées dans cette étude, collectées sur des récifs subtropicaux autrefois considérés comme des refuges pour les récifs coralliens dans le contexte du réchauffement climatique, ont démontré une plus grande susceptibilité au stress thermique que leurs homologues tropicaux. Cela soulève des inquiétudes quant à la persistance des récifs coralliens alors que les températures de surface de la mer continuent de s'élever.",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.marenvres.2025.107132",
    doi = "10.1016/j.marenvres.2025.107132",
    openalex = "W4409199311",
    references = "doi101016jrsma2023103289"
}

@article{doi101016jmarenvres2025107169,
    author = "Zhu, Wentao et Zhang, Junling et Zhao, He et Liu, Xiangbo et Ke, Jingzhao et Wang, Aimin et Li, Xiubao",
    title = "Importance relative de l'abondance microbienne et des types taxonomiques dans la conduite des processus et fonctions de l'eau de mer des récifs coralliens à l'île de Wuzhizhou",
    year = "2025",
    journal = "Marine Environmental Research",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.marenvres.2025.107169",
    doi = "10.1016/j.marenvres.2025.107169",
    openalex = "W4409628379",
    references = "doi101007s003430209253z"
}

Les coraux, en tant que calcificateurs primaires, jouent un rôle vital dans la synthèse du carbonate de calcium (CaCO3) pour construire leurs squelettes, contribuant à la formation d'habitats benthiques complexes qui soutiennent une haute biodiversité et une productivité marine. Cependant, les habitats coralliens ont considérablement diminué à l'échelle mondiale en raison du réchauffement et de l'acidification des océans. Intéressamment, l'Atlantique Sud-Ouest subtropical (SWA) s'est révélé être un refuge potentiel, où des coraux comme Mussismilia hispida montrent une résilience face aux anomalies thermiques. Dans cette étude, nous estimons la production de CaCO3 par M. hispida dans les récifs subtropicaux du SWA, révélant un taux de croissance moyen de 4,3 ± 1 mm/an et un taux de production de CaCO3 de 1,31 ± 0,3 kg. m-2. an-1. Ces valeurs sont comparables aux systèmes de récifs tropicaux, suggérant que M. hispida contribue significativement à la production de carbonate, même dans des environnements à plus haute latitude. De plus, malgré l'expérience de l'une des anomalies thermiques les plus intenses enregistrées, l'abondance des colonies (c'est-à-dire ind. m-2) et la production de carbonate sont restées stables, soulignant le potentiel de la région en tant que refuge climatique. Alors que de nombreux récifs tropicaux agissent comme des sources nettes de CO2 en raison de la libération de CO2 lors de la calcification, les récifs subtropicaux du SWA présentent une couverture plus faible de coraux. Ils sont dominés par des algues et d'autres producteurs primaires, agissant comme un important puits de carbone potentiel grâce à la photosynthèse et au stockage à long terme du carbone sur des siècles sous forme de CaCO3 minéralisé. Ainsi, nous fournissons des preuves que M. hispida, en produisant ∼170 tonnes. an-1 de CaCO3 dans les récifs subtropicaux de l'archipel des Alcatrazes, joue un rôle clé dans la séquestration du carbone et la production de CaCO3 dans les zones du SWA à plus haute latitude.

@article{doi101016jmarenvres2025107218,
    author = "Oliveira, L S et Sanches, Fábio H C et Silva, M A et Longo, P A S et Laurino, Ivan R A et Motta, Fabio Dos Santos et Pereira-Filho, Guilherme H",
    title = "Production de carbonate de calcium par le corail massif Mussismilia hispida dans les récifs subtropicaux de l'Atlantique Sud-Ouest.",
    year = "2025",
    journal = "Marine environmental research",
    abstract = "Les coraux, en tant que calcificateurs primaires, jouent un rôle vital dans la synthèse du carbonate de calcium (CaCO3) pour construire leurs squelettes, contribuant à la formation d'habitats benthiques complexes qui soutiennent une haute biodiversité et une productivité marine. Cependant, les habitats coralliens ont considérablement diminué à l'échelle mondiale en raison du réchauffement et de l'acidification des océans. Intéressamment, l'Atlantique Sud-Ouest subtropical (SWA) s'est révélé être un refuge potentiel, où des coraux comme Mussismilia hispida montrent une résilience face aux anomalies thermiques. Dans cette étude, nous estimons la production de CaCO3 par M. hispida dans les récifs subtropicaux du SWA, révélant un taux de croissance moyen de 4,3 ± 1 mm/an et un taux de production de CaCO3 de 1,31 ± 0,3 kg. m-2. an-1. Ces valeurs sont comparables aux systèmes de récifs tropicaux, suggérant que M. hispida contribue significativement à la production de carbonate, même dans des environnements à plus haute latitude. De plus, malgré l'expérience de l'une des anomalies thermiques les plus intenses enregistrées, l'abondance des colonies (c'est-à-dire ind. m-2) et la production de carbonate sont restées stables, soulignant le potentiel de la région en tant que refuge climatique. Alors que de nombreux récifs tropicaux agissent comme des sources nettes de CO2 en raison de la libération de CO2 lors de la calcification, les récifs subtropicaux du SWA présentent une couverture plus faible de coraux. Ils sont dominés par des algues et d'autres producteurs primaires, agissant comme un important puits de carbone potentiel grâce à la photosynthèse et au stockage à long terme du carbone sur des siècles sous forme de CaCO3 minéralisé. Ainsi, nous fournissons des preuves que M. hispida, en produisant ∼170 tonnes. an-1 de CaCO3 dans les récifs subtropicaux de l'archipel des Alcatrazes, joue un rôle clé dans la séquestration du carbone et la production de CaCO3 dans les zones du SWA à plus haute latitude.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40373644/",
    doi = "10.1016/j.marenvres.2025.107218",
    openalex = "W4410250628",
    pmid = "40373644",
    references = "doi10100797894017328402, doi101016s0012825202001046, doi101016s0025326x99002374, doi101038nature04095, doi101038ncomms2409, doi101093icb391146, doi101111j13652699201102613x, doi101126sciadv1501252, doi101126scienceaan8048, doi103389fmars201700158"
}

Les organismes calcifiants soutiennent des fonctions géo-écologiques clés dans les récifs tropicaux et tempérés peu profonds du monde entier, notamment la création de structures d'habitat, la production de sédiments et le soutien à l'accrétion des récifs. Ces fonctions dépendent du budget en carbonate : l'équilibre entre la production de carbonate de calcium et l'érosion. Si les budgets en carbonate sont bien caractérisés dans les récifs coralliens tropicaux, les budgets en carbonate des récifs rocheux tempérés et leur variabilité à différentes échelles spatio-temporelles restent beaucoup moins bien compris. Ici, nous quantifions le budget en carbonate d'un écosystème de récif rocheux dominé par les algues au sein du plus grand système de dépôt de carbonate en eau froide du monde. Nous avons d'abord mesuré les taux de calcification saisonniers et annuels des groupes calcifiants clés (invertébrés mobiles, coraux et algues corallines) à différentes profondeurs de 5, 10 et 18 m sur deux sites. En utilisant une approche basée sur le recensement, nous avons ensuite estimé comment la production brute de carbonate et l'érosion à l'échelle du récif variaient en fonction de la profondeur. Les algues corallines crustacées ont présenté des taux de calcification similaires à ceux enregistrés dans les études tropicales, mais leur calcification était 2 à 7 fois inférieure à celle des coraux. À l'échelle du récif, la production brute de carbonate variait de 9 à 2369 g CaCO3 m-2 yr-1 et était dominée par les algues corallines crustacées et articulées dans les eaux peu profondes (68-96 % de la production totale, profondeur de 5-10 m), les coraux devenant les principaux contributeurs (58-62 %) à plus grande profondeur. Les invertébrés mobiles (gastéropodes et oursins de mer) ont été des contributeurs mineurs à la production de carbonate dans l'ensemble (1-3 %). Les oursins de mer ont entièrement conduit la bioérosion, qui était relativement faible (8-114 g CaCO3 m-2 yr-1) et augmentait avec la profondeur. Bien que la production nette moyenne de carbonate dans les récifs tempérés étudiés (216-671 g CaCO3 m-2 yr-1) soit relativement faible par rapport à celle des récifs coralliens sains de la région (1400-3880 g CaCO3 m-2 yr-1), les vastes étendues de récifs rocheux dominés par les algues dans la zone d'étude et dans le monde suggèrent que ces écosystèmes peuvent jouer un rôle sous-estimé dans la production de carbonate en eau froide et mondial. En effet, des estimations préliminaires suggèrent que la production de carbonate à travers le Grand Récif du Sud tempéré d'Australie pourrait être comparable à des systèmes tropicaux réputés pour leur haute production de carbonate tels que le Grand Barrière de Corail.

@article{doi101016jmarenvres2025107416,
    author = "Pessarrodona, Albert and Attlan, Océane and Wernberg, Thomas",
    title = "Significant carbonate production on a temperate reef system in southwestern Australia.",
    year = "2025",
    journal = "Marine environmental research",
    abstract = "Calcifying organisms support key geo-ecological functions in shallow tropical and temperate reefs worldwide, including creating habitat structure, producing sediments, and supporting reef accretion. These functions depend on the carbonate budget: the balance between calcium carbonate production and erosion. While carbonate budgets are well characterized in tropical coral reefs, the carbonate budgets of temperate rocky reefs, and their variability across spatiotemporal scales, remain much less well understood. Here, we quantify the carbonate budget of a seaweed-dominated rocky reef ecosystem within the world's largest cool-water carbonate depositional system. We first measured the seasonal and annual calcification rates of key calcifying groups (mobile invertebrates, corals, and coralline algae) across depths of 5, 10 and 18 m at two sites. Using a census-based approach, we then estimated how reef-scale gross carbonate production and erosion varied over depth. Crustose coralline algae exhibited calcification rates similar to those recorded in tropical studies, but their calcification was 2-7 times lower than that of corals. At the reef scale, gross carbonate production ranged from 9 to 2369 g CaCO3 m-2 yr-1, and was dominated by crustose and articulated coralline algae at shallow depths (68-96 \% of the total production, 5-10 m depth), with corals becoming the principal contributors (58-62 \%) at greater depths. Mobile invertebrates (gastropods and sea urchins) were minor contributors to carbonate production overall (1-3 \%). Sea urchins entirely drove bioerosion however, which was relatively low (8-114 g CaCO3 m-2 yr-1) and increased with depth. Although the average net carbonate production in the studied temperate reefs (216-671 g CaCO3 m-2 yr-1) is relatively low compared to that of healthy coral reefs in the region (1400-3880 g CaCO3 m-2 yr-1), the vast expanses of seaweed-dominated rocky reefs in the study area and globally suggest that these ecosystems may play an underappreciated role in cool-water and global carbonate production. Indeed, preliminary estimates suggest that carbonate production across Australia's temperate Great Southern Reef could be comparable to tropical systems renowned for their high carbonate production such as the Great Barrier Reef.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40769114/",
    doi = "10.1016/j.marenvres.2025.107416",
    openalex = "W4412987784",
    pmid = "40769114",
    references = "doi101016jmarenvres2025107218, doi1010292010gl046474, doi10102993gb02524, doi101071mf15232, doi101098rstb20130269, doi101126scienceaad8745, doi101146annureves17110186001421, doi1023071933661, doi1032614rj2017066, doi103354meps10573, openalexw171744082"
}

@article{doi101016jmarenvres2025107661,
    author = "Hong, Miao et Duan, Xiaowei et Chen, Yimeng et Wang, Jianjia et Zhou, Xijie et Wang, Ge et Zhang, Jingjing et Liu, Senkai et Shi, Wenjie et Luo, Zhaohe et Zheng, Xinqing",
    title = "Multi-marker eDNA metabarcoding reveals more abundant coral biodiversity in a subtropical coastal reef ecosystem",
    year = "2025",
    journal = "Marine Environmental Research",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.marenvres.2025.107661",
    doi = "10.1016/j.marenvres.2025.107661",
    openalex = "W4415679189",
    references = "doi101016jrsma2023103289"
}

-aminobenzoic acid (ODPABA). Les concentrations totales (∑8OUVFs) dans les tissus de corail et les macroalgues ont été trouvées être de 4,3-52,0 et 8,0-29,0 ng/g poids sec (dw), respectivement. Les facteurs de bioaccumulation (BAFs) pour les BPs (y compris BP-1, BP-3, et BP-8) et OC dans les tissus de corail étaient plus élevés que ceux dans les macroalgues, tandis que les BAFs pour 4-MBC et ODPABA étaient relativement plus bas. Les résultats préliminaires d'évaluation des risques indiquaient que, dans le scénario le plus défavorable, plus de 65 et 84 % des échantillons de corail avaient des concentrations de BP-3 dépassant les seuils pour causer le blanchissement et la mortalité des larves de corail, respectivement. En même temps, 99 % des échantillons de macroalgues montraient des concentrations d'ODPABA dépassant les seuils liés à leur inhibition de croissance. Par conséquent, BP-3 et ODPABA constituaient des risques écologiques significatifs pour les coraux et les macroalgues, menaçant par la suite la santé et la stabilité de l'écosystème récifal de corail.

@article{doi101021acsest4c11463,
    author = "Lyu, Lina et Li, Jie et Huang, Qinyu et Liu, Qing et Yang, Cheng et Dong, Junde et Su, Hongfei et Zhang, Si",
    title = "Exploring the Hidden Threat of Organic UV Filters to Corals and Macroalgae in Coral Reef Ecosystem from Luhuitou, Sanya, China",
    year = "2025",
    journal = "Environmental Science \& Technology",
    abstract = "-aminobenzoic acid (ODPABA). Les concentrations totales (∑8OUVFs) dans les tissus de corail et les macroalgues ont été trouvées être de 4,3-52,0 et 8,0-29,0 ng/g poids sec (dw), respectivement. Les facteurs de bioaccumulation (BAFs) pour les BPs (y compris BP-1, BP-3, et BP-8) et OC dans les tissus de corail étaient plus élevés que ceux dans les macroalgues, tandis que les BAFs pour 4-MBC et ODPABA étaient relativement plus bas. Les résultats préliminaires d'évaluation des risques indiquaient que, dans le scénario le plus défavorable, plus de 65 et 84 % des échantillons de corail avaient des concentrations de BP-3 dépassant les seuils pour causer le blanchissement et la mortalité des larves de corail, respectivement. En même temps, 99 % des échantillons de macroalgues montraient des concentrations d'ODPABA dépassant les seuils liés à leur inhibition de croissance. Par conséquent, BP-3 et ODPABA constituaient des risques écologiques significatifs pour les coraux et les macroalgues, menaçant par la suite la santé et la stabilité de l'écosystème récifal de corail.",
    url = "https://doi.org/10.1021/acs.est.4c11463",
    doi = "10.1021/acs.est.4c11463",
    openalex = "W4408678979",
    references = "doi101007s003430209253z"
}

La restauration des coraux gagne en popularité dans le cadre d'une gamme d'approches visant à répondre aux événements répétés de mortalité massive des coraux qui, conjointement à une mortalité élevée et chronique, une croissance plus lente et un échec du recrutement, menacent la persistance des récifs coralliens dans le monde entier. Cependant, les coûts monétaires associés à la restauration des coraux à grande échelle sont énormes, rendant leur mise en œuvre généralisée difficile, en particulier en l'absence de planification coordonnée et écologiquement informée. En combinant un jeu de données complet documentant le succès de la restauration des coraux avec les données environnementales, écologiques et climatiques actuelles et prévues, nous mettons en évidence comment une telle approche coordonnée et écologiquement informée n'est pas à l'ordre du jour, malgré l'ampleur des efforts précédents et en cours. Nous montrons que : (1) les sites de restauration ont tendance à être disproportionnellement proches des établissements humains et sont donc plus vulnérables aux impacts anthropiques locaux ; (2) les résultats immédiats de la restauration ne semblent pas être influencés par des prédicteurs écologiques et environnementaux pertinents tels que l'impact cumulatif ; et (3) la plupart des localités restaurées présentent un risque élevé et sévère de blanchissement d'ici le milieu de ce siècle, plus de la moitié des sites récemment restaurés étant déjà touchés. Nos résultats soulignent la nécessité pour la communauté des récifs coralliens de renforcer le développement conjoint de lignes directrices de restauration qui dépassent les objectifs locaux, en accordant une attention aux tendances de réchauffement des océans et à leurs impacts à long terme sur la résilience des coraux et le succès de la restauration.

@article{doi101038s4155902502667x,
    author = "Mulà, Clelia et Bradshaw, Corey J. A. et Cabeza, Mar et Manca, Federica et Montano, Simone et Strona, Giovanni",
    title = "La restauration ne peut pas être mise à l'échelle à l'échelle mondiale pour sauver les récifs coralliens de la perte et de la dégradation",
    year = "2025",
    journal = "Nature Ecology \& Evolution",
    abstract = "La restauration des coraux gagne en popularité dans le cadre d'une gamme d'approches visant à répondre aux événements répétés de mortalité massive des coraux qui, conjointement à une mortalité élevée et chronique, une croissance plus lente et un échec du recrutement, menacent la persistance des récifs coralliens dans le monde entier. Cependant, les coûts monétaires associés à la restauration des coraux à grande échelle sont énormes, rendant leur mise en œuvre généralisée difficile, en particulier en l'absence de planification coordonnée et écologiquement informée. En combinant un jeu de données complet documentant le succès de la restauration des coraux avec les données environnementales, écologiques et climatiques actuelles et prévues, nous mettons en évidence comment une telle approche coordonnée et écologiquement informée n'est pas à l'ordre du jour, malgré l'ampleur des efforts précédents et en cours. Nous montrons que : (1) les sites de restauration ont tendance à être disproportionnellement proches des établissements humains et sont donc plus vulnérables aux impacts anthropiques locaux ; (2) les résultats immédiats de la restauration ne semblent pas être influencés par des prédicteurs écologiques et environnementaux pertinents tels que l'impact cumulatif ; et (3) la plupart des localités restaurées présentent un risque élevé et sévère de blanchissement d'ici le milieu de ce siècle, plus de la moitié des sites récemment restaurés étant déjà touchés. Nos résultats soulignent la nécessité pour la communauté des récifs coralliens de renforcer le développement conjoint de lignes directrices de restauration qui dépassent les objectifs locaux, en accordant une attention aux tendances de réchauffement des océans et à leurs impacts à long terme sur la résilience des coraux et le succès de la restauration.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41559-025-02667-x",
    doi = "10.1038/s41559-025-02667-x",
    openalex = "W4409268111",
    references = "doi103389fmars20231298411"
}

et a entraîné des augmentations significatives de la complexité structurelle. Il n'y a eu aucun impact mesurable de la restauration de coraux massifs à croissance lente sur le potentiel d'accrétion des récifs en zone côtière ; cependant, alors que l'événement de blanchissement des coraux sévère de 2023, survenant immédiatement après notre étude, a causé une mortalité quasi totale de A. cervicornis, 59 % des coraux massifs ont survécu, soulignant les compromis potentiels entre la croissance des coraux et leur survie pour l'efficacité future de la restauration. Nous concluons que, bien que la restauration puisse produire des augmentations rapides et à petite échelle du potentiel d'accrétion des récifs, des incertitudes importantes subsistent quant à la manière et à la mesure dont les bénéfices à l'échelle de l'écosystème de la restauration sur les fonctions géo-écologiques importantes des récifs peuvent persister à long terme.

@article{doi101038s41598025048183,
    author = "Toth, Lauren T. et Johnson, Selena A. Kupfner et Lyons, E. et Spadaro, Jason et Stathakopoulos, Anastasios et Bloomer, Sierra et Mallon, Jennifer et Jenkins, Connor M. et Williams, Sara D. et Combs, Ian R. et Craig, Zachary et Muller, Erinn M.",
    title = "Coral restoration can drive rapid increases in reef accretion potential",
    year = "2025",
    journal = "Scientific Reports",
    abstract = "et a entraîné des augmentations significatives de la complexité structurelle. Il n'y a eu aucun impact mesurable de la restauration de coraux massifs à croissance lente sur le potentiel d'accrétion des récifs en zone côtière ; cependant, alors que l'événement de blanchissement des coraux sévère de 2023, survenant immédiatement après notre étude, a causé une mortalité quasi totale de A. cervicornis, 59 % des coraux massifs ont survécu, soulignant les compromis potentiels entre la croissance des coraux et leur survie pour l'efficacité future de la restauration. Nous concluons que, bien que la restauration puisse produire des augmentations rapides et à petite échelle du potentiel d'accrétion des récifs, des incertitudes importantes subsistent quant à la manière et à la mesure dont les bénéfices à l'échelle de l'écosystème de la restauration sur les fonctions géo-écologiques importantes des récifs peuvent persister à long terme.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41598-025-04818-3",
    doi = "10.1038/s41598-025-04818-3",
    openalex = "W4412937695",
    references = "doi101007s003380120984y, doi101016jecoleng201901002, doi101016joneear202108016, doi101038ncomms2409, doi101038srep39666, doi101098rspb20090339, doi1011111365243513331, doi101371journalpone0226631, doi1021932005723, doi103389fmars20231298411, doi105479si007756301531, tortolerolangarica2019accelerated"
}

La sensibilité des récifs coralliens au changement climatique est bien établie. Alors que les océans se réchauffent et s'acidifient, la calcification des récifs coralliens diminue, avec une dissolution nette de carbonate de calcium projetée même sous des trajectoires d'émissions modérées. L'impact de cela sur le cycle global du carbone n'est cependant pas encore pris en compte. Ici, nous utilisons une synthèse de la sensibilité de la calcification des récifs coralliens au changement climatique, ainsi que des produits de distribution des récifs pour estimer les flux d'alcalinité et de carbone inorganique dissous résultant de la réduction de la calcification des récifs. En utilisant un modèle biogéochimique océanique mondial, nous simulons l'impact sur la puits de carbone océanique sous différents scénarios d'émissions, en tenant compte de l'incertitude sur les taux de calcification actuels. Les réductions de la production nette de carbonate des récifs coralliens peuvent améliorer le puits de carbone océanique jusqu'à 1,25 GtCO2 y-1 d'ici le milieu du siècle (0,48 GtCO2 y-1 estimation médiane) avec une absorption cumulative de carbone océanique jusqu'à 13 % plus élevée d'ici 2300 (7 % estimation médiane). Nos résultats indiquent que la prise en compte de la rétroaction des récifs coralliens dans les projections augmentera les estimations du budget carbone restant associé aux seuils de réchauffement global, ainsi que la probabilité que les émissions nettes nulles puissent être atteintes sans émissions négatives.

@article{doi101073pnas2501562122,
    author = "Kwiatkowski, Lester et Planchat, Alban et Pyolle, Marc et Torres, Olivier et Bouttes, Nathaelle et Comte, Adrien et Bopp, Laurent",
    title = "Declining coral calcification to enhance twenty-first-century ocean carbon uptake by gigatonnes.",
    year = "2025",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America",
    abstract = "La sensibilité des récifs coralliens au changement climatique est bien établie. Alors que les océans se réchauffent et s'acidifient, la calcification des récifs coralliens diminue, avec une dissolution nette de carbonate de calcium projetée même sous des trajectoires d'émissions modérées. L'impact de cela sur le cycle global du carbone n'est cependant pas encore pris en compte. Ici, nous utilisons une synthèse de la sensibilité de la calcification des récifs coralliens au changement climatique, ainsi que des produits de distribution des récifs pour estimer les flux d'alcalinité et de carbone inorganique dissous résultant de la réduction de la calcification des récifs. En utilisant un modèle biogéochimique océanique mondial, nous simulons l'impact sur la puits de carbone océanique sous différents scénarios d'émissions, en tenant compte de l'incertitude sur les taux de calcification actuels. Les réductions de la production nette de carbonate des récifs coralliens peuvent améliorer le puits de carbone océanique jusqu'à 1,25 GtCO2 y-1 d'ici le milieu du siècle (0,48 GtCO2 y-1 estimation médiane) avec une absorption cumulative de carbone océanique jusqu'à 13 % plus élevée d'ici 2300 (7 % estimation médiane). Nos résultats indiquent que la prise en compte de la rétroaction des récifs coralliens dans les projections augmentera les estimations du budget carbone restant associé aux seuils de réchauffement global, ainsi que la probabilité que les émissions nettes nulles puissent être atteintes sans émissions négatives.",
    url = "https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC12167964/",
    doi = "10.1073/pnas.2501562122",
    openalex = "W4410948292",
    pmcid = "PMC12167964",
    pmid = "40455984",
    references = "doi101007s105840110156z, doi1010179781009157896007, doi1010292019ms002010, doi10102992jc00188, doi101071mf99078, doi101126science1152509, doi101126science26551781547, doi105194bg1734392020, doi105194essd1448112022, doi105194gmd1335712020"
}

Les changements climatiques entraînent des modifications de l'abondance et de la répartition des espèces formant l'habitat, transformant ainsi la manière dont les écosystèmes produisent et recyclent le carbone, les nutriments et l'énergie. Les forêts de kelp tempérées sont de plus en plus remplacées par des espèces formant l'habitat d'affinité tropicale ou chaude, comme les algues de type tapis et les coraux, c'est-à-dire « tropicalisées ». Ces changements peuvent avoir des effets en cascade sur les espèces associées, telles que les organismes calcifiants, qui contribuent à la génération de sédiments et au cycle du carbone via la production de carbonate de calcium. Cette étude a quantifié la production et l'érosion du carbonate à travers une forêt de kelp tempérée et trois états de récif tropicalisés suite à l'épisode de chaleur marine de 2011 : mélange kelp-tapis, algues d'affinité chaude et dominance coraux-tapis. Les résultats montrent que la production brute de carbonate était la plus élevée dans les récifs coraux-tapis (1,85 ± 0,65 kg m-2 yr-1), la plus faible dans les récifs d'algues d'affinité chaude (0,04 ± 0,02 kg m-2 yr-1) et intermédiaire dans les forêts de kelp tempérées (0,60 ± 0,19 kg m-2 yr-1). Ces différences sont liées à l'abondance de coraux dans l'état coraux-tapis et à la rareté des algues calcifiantes dans l'état d'algues d'affinité chaude. La bioérosion a joué un rôle modéré dans le bilan global, mais les bioérodeurs dominants différaient selon les habitats : les oursins dans les récifs tempérés ont contribué 80 % de moins que les poissons perroquets dans les récifs tropicalisés. Dans l'ensemble, la tropicalisation peut soit augmenter soit diminuer la disponibilité du carbonate, selon les espèces dominantes formant l'habitat. Ces changements peuvent avoir un impact significatif sur le cycle du carbone inorganique et l'intégrité structurelle et fonctionnelle des écosystèmes de récifs côtiers.

@article{doi101098rspb20252578,
    author = "Attlan, Océane et Wernberg, Thomas et Wood, Georgina et Pessarrodona, Albert",
    title = "Budgets carbonatés divergents suite à la tropicalisation des récifs tempérés.",
    year = "2025",
    journal = "Proceedings. Biological sciences",
    abstract = "Les changements climatiques entraînent des modifications de l'abondance et de la répartition des espèces formant l'habitat, transformant ainsi la manière dont les écosystèmes produisent et recyclent le carbone, les nutriments et l'énergie. Les forêts de kelp tempérées sont de plus en plus remplacées par des espèces formant l'habitat d'affinité tropicale ou chaude, comme les algues de type tapis et les coraux, c'est-à-dire « tropicalisées ». Ces changements peuvent avoir des effets en cascade sur les espèces associées, telles que les organismes calcifiants, qui contribuent à la génération de sédiments et au cycle du carbone via la production de carbonate de calcium. Cette étude a quantifié la production et l'érosion du carbonate à travers une forêt de kelp tempérée et trois états de récif tropicalisés suite à l'épisode de chaleur marine de 2011 : mélange kelp-tapis, algues d'affinité chaude et dominance coraux-tapis. Les résultats montrent que la production brute de carbonate était la plus élevée dans les récifs coraux-tapis (1,85 ± 0,65 kg m-2 yr-1), la plus faible dans les récifs d'algues d'affinité chaude (0,04 ± 0,02 kg m-2 yr-1) et intermédiaire dans les forêts de kelp tempérées (0,60 ± 0,19 kg m-2 yr-1). Ces différences sont liées à l'abondance de coraux dans l'état coraux-tapis et à la rareté des algues calcifiantes dans l'état d'algues d'affinité chaude. La bioérosion a joué un rôle modéré dans le bilan global, mais les bioérodeurs dominants différaient selon les habitats : les oursins dans les récifs tempérés ont contribué 80 % de moins que les poissons perroquets dans les récifs tropicalisés. Dans l'ensemble, la tropicalisation peut soit augmenter soit diminuer la disponibilité du carbonate, selon les espèces dominantes formant l'habitat. Ces changements peuvent avoir un impact significatif sur le cycle du carbone inorganique et l'intégrité structurelle et fonctionnelle des écosystèmes de récifs côtiers.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41538033/",
    doi = "10.1098/rspb.2025.2578",
    openalex = "W7117327002",
    pmid = "41538033",
    references = "doi101016jmarenvres2025107416, doi101038nature12857, doi101093icb391146, doi101098rspb20140846, doi101126science1132294, doi101126science1165283, doi101126science1824116975, doi101126scienceaad8745, doi101126scienceaai9214, doi1023073545860, doi1032614rj2017066"
}

Le changement climatique et les activités humaines menacent les récifs coralliens, nécessitant une restauration efficace. Cette étude a évalué les taux de croissance et de calcification des coraux transplantés en examinant les caractéristiques squelettiques, réalisée dans les zones de fragmentation de corail (CF), de récif naturel (NA), de pépinière de corail (CN) et de restauration de corail (CR) sur l'île de Wuzhizhou, à Hainan. Des échantillons d'Acropora hyacinthus et A. microphthalma ont été prélevés dans chaque zone en avril 2024, les échantillons de CR incluant des coraux transplantés pendant 1, 2 et 3 ans à l'aide du module Framed Reef Module. Les résultats indiquent que si les valeurs Fv/Fm sont restées constantes parmi les échantillons, les différences significatives en termes de densité et de biomasse des symbiotes suggèrent des variations dans l'adaptation des symbiotes. La transplantation prolongée a influencé significativement à la fois le volume écologique (EV) et les taux de calcification des coraux transplantés. En particulier, A. hyacinthus et A. microphthalma ont démontré des augmentations significatives de l'EV de 267,78 et 271,70 %, respectivement, en comparant les coraux transplantés pendant 3 ans à ceux transplantés pendant seulement 1 an. De plus, les taux de calcification de ces espèces ont montré une augmentation marquée au fil du temps, avec A. hyacinthus atteignant un taux de (9,24 ± 2,70 g CaCO3 cm−2 an−1) dans les transplantations de 3 ans, par rapport à (5,02 ± 1,86 g CaCO3 cm−2 an−1) pour les transplantations de 1 an. De même, A. microphthalma a présenté un taux de calcification de (9,06 ± 2,62 g CaCO3 cm−2 an−1) pour les transplantations de 3 ans, par rapport à (4,24 ± 2,18 g CaCO3 cm−2 an−1) pour les transplantations de 1 an. Les taux de survie pour les deux espèces sont tombés en dessous de 70 % en raison du stress thermique de 2023, soulignant leur vulnérabilité. Bien que la transplantation prolongée stimule la croissance des coraux, des défis tels que le stress thermique entravent le succès de la restauration. Cette étude fournit des pistes pour améliorer la résilience des coraux face au changement climatique.

@article{doi101111rec70107,
    author = "Zhao, He et Zhang, Junling et Liu, Xiangbo et Yang, Pei et Ke, Jingzhao et Zhu, Wentao et Wang, Aimin et Liu, Xiangbo",
    title = "Transplantation de coraux augmente le volume écologique et le taux de calcification des espèces d'Acropora sur l'île de Wuzhizhou : preuves tirées de la croissance des coraux, de leur physiologie et de leurs caractéristiques squelettiques",
    year = "2025",
    journal = "Restoration Ecology",
    abstract = "Le changement climatique et les activités humaines menacent les récifs coralliens, nécessitant une restauration efficace. Cette étude a évalué les taux de croissance et de calcification des coraux transplantés en examinant les caractéristiques squelettiques, réalisée dans les zones de fragmentation de corail (CF), de récif naturel (NA), de pépinière de corail (CN) et de restauration de corail (CR) sur l'île de Wuzhizhou, à Hainan. Des échantillons d'Acropora hyacinthus et A. microphthalma ont été prélevés dans chaque zone en avril 2024, les échantillons de CR incluant des coraux transplantés pendant 1, 2 et 3 ans à l'aide du module Framed Reef Module. Les résultats indiquent que si les valeurs Fv/Fm sont restées constantes parmi les échantillons, les différences significatives en termes de densité et de biomasse des symbiotes suggèrent des variations dans l'adaptation des symbiotes. La transplantation prolongée a influencé significativement à la fois le volume écologique (EV) et les taux de calcification des coraux transplantés. En particulier, A. hyacinthus et A. microphthalma ont démontré des augmentations significatives de l'EV de 267,78 et 271,70 %, respectivement, en comparant les coraux transplantés pendant 3 ans à ceux transplantés pendant seulement 1 an. De plus, les taux de calcification de ces espèces ont montré une augmentation marquée au fil du temps, avec A. hyacinthus atteignant un taux de (9,24 ± 2,70 g CaCO3 cm−2 an−1) dans les transplantations de 3 ans, par rapport à (5,02 ± 1,86 g CaCO3 cm−2 an−1) pour les transplantations de 1 an. De même, A. microphthalma a présenté un taux de calcification de (9,06 ± 2,62 g CaCO3 cm−2 an−1) pour les transplantations de 3 ans, par rapport à (4,24 ± 2,18 g CaCO3 cm−2 an−1) pour les transplantations de 1 an. Les taux de survie pour les deux espèces sont tombés en dessous de 70 % en raison du stress thermique de 2023, soulignant leur vulnérabilité. Bien que la transplantation prolongée stimule la croissance des coraux, des défis tels que le stress thermique entravent le succès de la restauration. Cette étude fournit des pistes pour améliorer la résilience des coraux face au changement climatique.",
    url = "https://doi.org/10.1111/rec.70107",
    doi = "10.1111/rec.70107",
    openalex = "W4411356580",
    references = "doi101111maec12678"
}

Résumé Introduction Les récifs coralliens font face à des menaces croissantes dues aux effets synergiques des stress naturels et anthropiques, ce qui remet en question les stratégies de conservation traditionnelles et favorise l'émergence d'approches d'intervention directe pour la restauration des récifs coralliens. Les efforts de restauration des récifs coralliens dans l'océan Pacifique tropical oriental, en particulier dans le Pacifique mexicain (MP), font face à des défis uniques en raison des facteurs environnementaux et des interventions peu fréquentes. Objectif Cette revue examine les aspects procéduraux et l'efficacité des efforts de restauration active le long des récifs du MP, en mettant l'accent sur l'adaptabilité du jardinage corallien, le coût abordable de la propagation assistée, le potentiel des substrats artificiels, les promesses de la micro‐fragmentation et les approches d'ingénierie écologique. Résultats De 2010 à 2023, les interventions de restauration dans le MP ont augmenté de 180 %, ciblant principalement le genre de corail branchu Pocillopora, en utilisant des recrues asexuées et des micro‐fragments. La plupart des études indiquent que la variabilité environnementale régionale et locale a influencé la survie, les taux de croissance et le succès de l'auto‐fixation. Alors que les évaluations précoces des interventions ont rapporté des taux de survie élevés des fragments (>60 %) et une croissance significative (jusqu'à un doublement), il y a maintenant un changement vers l'évaluation de métriques écologiques telles que la couverture corallienne, les assemblages d'espèces, la production de carbonate et la fonctionnalité globale de l'écosystème, qui sont actuellement en cours d'évaluation dans la région. Conclusions Les programmes de restauration doivent être adaptés aux caractéristiques spécifiques du site. Leur efficacité dépend de métriques biologiques et écologiques, mais les évaluations complètes doivent également intégrer des facteurs sociaux et économiques. Atteindre un succès durable nécessite de passer à des programmes de restauration rentables, évolutifs et durables tout en traitant les causes profondes du déclin des récifs (dégradation environnementale) et en renforçant la résilience des coraux.

@article{doi101111rec70176,
    author = "Tortolero‐Langarica, J. J. Adolfo et Rodríguez‐Troncoso, Alma Paola et Nava, Héctor",
    title = "Advances in coral reef restoration in the Mexican Pacific: active interventions and scaling approaches",
    year = "2025",
    journal = "Restoration Ecology",
    abstract = "Résumé Introduction Les récifs coralliens font face à des menaces croissantes dues aux effets synergiques des stress naturels et anthropiques, ce qui remet en question les stratégies de conservation traditionnelles et favorise l'émergence d'approches d'intervention directe pour la restauration des récifs coralliens. Les efforts de restauration des récifs coralliens dans l'océan Pacifique tropical oriental, en particulier dans le Pacifique mexicain (MP), font face à des défis uniques en raison des facteurs environnementaux et des interventions peu fréquentes. Objectif Cette revue examine les aspects procéduraux et l'efficacité des efforts de restauration active le long des récifs du MP, en mettant l'accent sur l'adaptabilité du jardinage corallien, le coût abordable de la propagation assistée, le potentiel des substrats artificiels, les promesses de la micro‐fragmentation et les approches d'ingénierie écologique. Résultats De 2010 à 2023, les interventions de restauration dans le MP ont augmenté de 180 %, ciblant principalement le genre de corail branchu Pocillopora, en utilisant des recrues asexuées et des micro‐fragments. La plupart des études indiquent que la variabilité environnementale régionale et locale a influencé la survie, les taux de croissance et le succès de l'auto‐fixation. Alors que les évaluations précoces des interventions ont rapporté des taux de survie élevés des fragments (>60 %) et une croissance significative (jusqu'à un doublement), il y a maintenant un changement vers l'évaluation de métriques écologiques telles que la couverture corallienne, les assemblages d'espèces, la production de carbonate et la fonctionnalité globale de l'écosystème, qui sont actuellement en cours d'évaluation dans la région. Conclusions Les programmes de restauration doivent être adaptés aux caractéristiques spécifiques du site. Leur efficacité dépend de métriques biologiques et écologiques, mais les évaluations complètes doivent également intégrer des facteurs sociaux et économiques. Atteindre un succès durable nécessite de passer à des programmes de restauration rentables, évolutifs et durables tout en traitant les causes profondes du déclin des récifs (dégradation environnementale) et en renforçant la résilience des coraux.",
    url = "https://doi.org/10.1111/rec.70176",
    doi = "10.1111/rec.70176",
    openalex = "W4416052351",
    references = "doi101111rec14006"
}

Les récifs coralliens font partie des écosystèmes les plus précieux de la Terre, offrant des avantages majeurs aux sociétés humaines et abritant une grande variété d'espèces. Aujourd'hui, ces écosystèmes sont menacés par une combinaison de facteurs locaux et globaux qui surpassent la capacité naturelle des récifs coralliens à se régénérer. Par conséquent, des méthodes de restauration active ont été développées et mises en œuvre pour aider les récifs coralliens à se rétablir plus rapidement qu'auparavant. La construction de récifs artificiels, qui sont des structures artificielles délibérément immergées dans des environnements aquatiques et dont les caractéristiques imitent celles des récifs naturels, est une stratégie de restauration marine. Ces stratégies ont le potentiel d'augmenter la valeur écologique des sites dégradés à court et à long terme en fournissant des habitats supplémentaires pour la croissance des coraux et en servant de futurs hubs pour la dispersion des larves de corail. Cependant, le succès des récifs artificiels dans la réalisation de ces objectifs dépend largement des matériaux utilisés pour les construire. Le béton, les plastiques, les métaux et le bois, qui sont les principaux matériaux utilisés dans les récifs modernes, souffrent d'inconvénients substantiels qui limitent la capacité d'atteindre les objectifs de restauration. Dans cette courte étude, nous discutons des innovations développées pour surmonter les inconvénients des récifs artificiels modernes afin d'encourager la création d'une nouvelle génération de récifs artificiels qui pourront contribuer de manière substantielle à la restauration active des récifs coralliens.

@article{doi101186s44315025000475,
    author = "Ozanam, Baptiste et Romans, Pascal et Lami, Raphaël",
    title = "Choisir le bon substrat pour restaurer les récifs coralliens par la construction de récifs artificiels : une mini-revue",
    year = "2025",
    journal = "Blue Biotechnology",
    abstract = "Les récifs coralliens font partie des écosystèmes les plus précieux de la Terre, offrant des avantages majeurs aux sociétés humaines et abritant une grande variété d'espèces. Aujourd'hui, ces écosystèmes sont menacés par une combinaison de facteurs locaux et globaux qui surpassent la capacité naturelle des récifs coralliens à se régénérer. Par conséquent, des méthodes de restauration active ont été développées et mises en œuvre pour aider les récifs coralliens à se rétablir plus rapidement qu'auparavant. La construction de récifs artificiels, qui sont des structures artificielles délibérément immergées dans des environnements aquatiques et dont les caractéristiques imitent celles des récifs naturels, est une stratégie de restauration marine. Ces stratégies ont le potentiel d'augmenter la valeur écologique des sites dégradés à court et à long terme en fournissant des habitats supplémentaires pour la croissance des coraux et en servant de futurs hubs pour la dispersion des larves de corail. Cependant, le succès des récifs artificiels dans la réalisation de ces objectifs dépend largement des matériaux utilisés pour les construire. Le béton, les plastiques, les métaux et le bois, qui sont les principaux matériaux utilisés dans les récifs modernes, souffrent d'inconvénients substantiels qui limitent la capacité d'atteindre les objectifs de restauration. Dans cette courte étude, nous discutons des innovations développées pour surmonter les inconvénients des récifs artificiels modernes afin d'encourager la création d'une nouvelle génération de récifs artificiels qui pourront contribuer de manière substantielle à la restauration active des récifs coralliens.",
    url = "https://doi.org/10.1186/s44315-025-00047-5",
    doi = "10.1186/s44315-025-00047-5",
    openalex = "W4416375180",
    references = "doi103389fmars20231298411"
}

Les vagues de chaleur marines (VHM) affectent de plus en plus les mers tropicales, provoquant un blanchissement massif et la mortalité des coraux dans le plus large des Caraïbes (WC) et le Pacifique tropical oriental (ETP). Cela entraîne une perte significative de coraux, une réduction de la biodiversité et un dysfonctionnement des fonctions écologiques. Les modèles climatiques prévoient un avenir inquiétant pour les récifs coralliens d'Amérique latine, mais les projections à échelle réduite pour le WC et l'ETP restent limitées. Comprendre les seuils régionaux de température qui menacent l'avenir des récifs coralliens et les efforts de restauration est crucial. Nos objectifs comprenaient l'analyse des tendances historiques des anomalies de température de juillet à octobre (JASO) et l'exploration des projections futures aux niveaux sous-régional et national. De 1940 à 2023, les anomalies de température atmosphérique et océanique de JASO ont montré des augmentations significatives. Les projections indiquent que même dans le scénario optimiste 4.5, les températures pourraient dépasser le seuil atmosphérique de +1,5 °C par rapport aux niveaux préindustriels dans les années 2040 et le seuil océanique de +1,0 °C par rapport aux maxima annuels historiques dans les années 2030, entraînant un blanchissement et une mortalité sévères des coraux. Le scénario « business-as-usual » 8.5 suggère que les conditions deviendront intolérables pour la conservation et la restauration des coraux d'ici les années 2030, avec des tendances de réchauffement décennaux largement dépassant les taux historiques, dans des conditions insoutenables pour les coraux. Le développement immédiat de plans régionaux et locaux d'adaptation pour la conservation et la restauration des récifs coralliens, ainsi que des stratégies d'adaptation et d'atténuation du changement climatique, est essentiel pour offrir du temps aux scénarios optimistes de se concrétiser.

@article{doi103390atmos16050575,
    author = "Hernández‐Delgado, Edwin A. et Rodríguez-González, Yanina M.",
    title = "Runaway Climate Across the Wider Caribbean and Eastern Tropical Pacific in the Anthropocene : Menaces pour la conservation, la restauration et la résilience socio-écologique des récifs coralliens",
    year = "2025",
    journal = "Atmosphere",
    abstract = "Les vagues de chaleur marines (VHM) affectent de plus en plus les mers tropicales, provoquant un blanchissement massif et la mortalité des coraux dans le plus large des Caraïbes (WC) et le Pacifique tropical oriental (ETP). Cela entraîne une perte significative de coraux, une réduction de la biodiversité et un dysfonctionnement des fonctions écologiques. Les modèles climatiques prévoient un avenir inquiétant pour les récifs coralliens d'Amérique latine, mais les projections à échelle réduite pour le WC et l'ETP restent limitées. Comprendre les seuils régionaux de température qui menacent l'avenir des récifs coralliens et les efforts de restauration est crucial. Nos objectifs comprenaient l'analyse des tendances historiques des anomalies de température de juillet à octobre (JASO) et l'exploration des projections futures aux niveaux sous-régional et national. De 1940 à 2023, les anomalies de température atmosphérique et océanique de JASO ont montré des augmentations significatives. Les projections indiquent que même dans le scénario optimiste 4.5, les températures pourraient dépasser le seuil atmosphérique de +1,5 °C par rapport aux niveaux préindustriels dans les années 2040 et le seuil océanique de +1,0 °C par rapport aux maxima annuels historiques dans les années 2030, entraînant un blanchissement et une mortalité sévères des coraux. Le scénario « business-as-usual » 8.5 suggère que les conditions deviendront intolérables pour la conservation et la restauration des coraux d'ici les années 2030, avec des tendances de réchauffement décennaux largement dépassant les taux historiques, dans des conditions insoutenables pour les coraux. Le développement immédiat de plans régionaux et locaux d'adaptation pour la conservation et la restauration des récifs coralliens, ainsi que des stratégies d'adaptation et d'atténuation du changement climatique, est essentiel pour offrir du temps aux scénarios optimistes de se concrétiser.",
    url = "https://doi.org/10.3390/atmos16050575",
    doi = "10.3390/atmos16050575",
    openalex = "W4410298624",
    references = "doi103390ijerph17186574"
}

Les dernières décennies ont vu émerger des projets de restauration de coraux en tant qu'alternative pour contrer la dégradation rapide des récifs coralliens, compte tenu de l'importance écologique et économique de ces récifs. Bien que ces projets aient réussi à augmenter la couverture de coraux avec une faible mortalité et des taux de croissance élevés des colonies, la compréhension de l'état de santé des colonies restaurées et de leur impact sur la faune marine du récif reste limitée. Pour combler ce manque de connaissances, une étude a été menée comparant les traits physiques et physiologiques de colonies naturelles et restaurées de Pocillopora, ainsi que la diversité et la composition des poissons de récif associés, cinq à six ans après l'implantation de fragments de coraux sur un récif rocheux-coral dans la partie sud du golfe de Californie, au Mexique. L'étude a révélé que les colonies restaurées présentaient des caractéristiques similaires en termes de morphologie et de physiologie par rapport aux colonies naturelles, conduisant à une diversité et une composition similaires de poissons de récif. Les résultats suggèrent que les programmes de restauration de coraux, utilisant des méthodes simples telles que la fragmentation, non seulement augmentent la couverture de coraux, mais fournissent également un habitat approprié pour la faune marine associée, permettant la récupération de la communauté du récif et de sa fonctionnalité.

@article{doi105343bms20240107,
    author = "Torres, María Marínez et Olivier, Damien et Reyes‐Bonilla, Héctor",
    title = "Évaluation d'un programme de restauration de coraux dans le golfe de Californie : des caractéristiques similaires entre les colonies de coraux restaurées et naturelles conduisent à la même composition de poissons de récif",
    year = "2025",
    journal = "Bulletin of Marine Science",
    abstract = "Les dernières décennies ont vu émerger des projets de restauration de coraux en tant qu'alternative pour contrer la dégradation rapide des récifs coralliens, compte tenu de l'importance écologique et économique de ces récifs. Bien que ces projets aient réussi à augmenter la couverture de coraux avec une faible mortalité et des taux de croissance élevés des colonies, la compréhension de l'état de santé des colonies restaurées et de leur impact sur la faune marine du récif reste limitée. Pour combler ce manque de connaissances, une étude a été menée comparant les traits physiques et physiologiques de colonies naturelles et restaurées de Pocillopora, ainsi que la diversité et la composition des poissons de récif associés, cinq à six ans après l'implantation de fragments de coraux sur un récif rocheux-coral dans la partie sud du golfe de Californie, au Mexique. L'étude a révélé que les colonies restaurées présentaient des caractéristiques similaires en termes de morphologie et de physiologie par rapport aux colonies naturelles, conduisant à une diversité et une composition similaires de poissons de récif. Les résultats suggèrent que les programmes de restauration de coraux, utilisant des méthodes simples telles que la fragmentation, non seulement augmentent la couverture de coraux, mais fournissent également un habitat approprié pour la faune marine associée, permettant la récupération de la communauté du récif et de sa fonctionnalité.",
    url = "https://doi.org/10.5343/bms.2024.0107",
    doi = "10.5343/bms.2024.0107",
    openalex = "W4409875865",
    references = "doi101111rec14006"
}

vers le réservoir de carbone sédimentaire. Ces résultats, rapportés pour la première fois, démontrent le potentiel significatif de séquestration du carbone des écosystèmes de récifs coralliens, dans lesquels les récifs de la mer de Chine méridionale ont été utilisés comme exemple, et fournissent des aperçus critiques sur le rôle des coraux et des poissons vivant dans les récifs dans le cycle du carbone des récifs coralliens. Ces résultats mettent également en évidence la nécessité de la conservation de la biodiversité face aux changements globaux de plus en plus sévères, spécifiquement pour maintenir la fonction de séquestration du carbone et la stabilité des écosystèmes de récifs coralliens.

@article{doi101002advs202520612,
    author = "Chen, Yiting et Zhou, Wenliang et Qiu, Lan et Lai, Han et Huang, Mingpan et Li, Qian et Yu, Wen et Qian, Pei‐Yuan et Wei, Fuwen",
    title = "Coraux et poissons vivant dans les récifs régulent les processus de stockage et de cycle du carbone dans les écosystèmes de récifs coralliens",
    year = "2026",
    journal = "Advanced Science",
    abstract = "vers le réservoir de carbone sédimentaire. Ces résultats, rapportés pour la première fois, démontrent le potentiel significatif de séquestration du carbone des écosystèmes de récifs coralliens, dans lesquels les récifs de la mer de Chine méridionale ont été utilisés comme exemple, et fournissent des aperçus critiques sur le rôle des coraux et des poissons vivant dans les récifs dans le cycle du carbone des récifs coralliens. Ces résultats mettent également en évidence la nécessité de la conservation de la biodiversité face aux changements globaux de plus en plus sévères, spécifiquement pour maintenir la fonction de séquestration du carbone et la stabilité des écosystèmes de récifs coralliens.",
    url = "https://doi.org/10.1002/advs.202520612",
    doi = "10.1002/advs.202520612",
    openalex = "W7154728503",
    references = "doi101073pnas2501562122"
}

@article{doi101007s0034302551042,
    author = "Liu, Xiangbo et Chen, Ruimei et Lin, Xiaoyu et Zhao, He et Zhang, Junling et Zhu, Wentao et Zhou, Yinyin et Wang, Aimin et Li, XiuBao",
    title = "De la ruine au récif : transformation écologique dans la restauration des coraux assistée par des roches volcaniques",
    year = "2026",
    journal = "Journal of Oceanology and Limnology",
    url = "https://doi.org/10.1007/s00343-025-5104-2",
    doi = "10.1007/s00343-025-5104-2",
    openalex = "W7118074032",
    references = "doi101016jrsma2023103289"
}

@article{doi101016jenvres2026123775,
    author = "Yang, Bo et Yang, Bo et Yang, Bin et Yang, Bin et Xie, Lei et Kang, Zenjun et Mo, Xiaorong et Li, Qin et Zhou, Jiaodi et Huang, Haifang et Yan, Tingting et Xu, Cheng",
    title = "L'apport de mucus de corail favorise la dégradation de la matière organique sédimentaire : Preuves d'une zone typique de récif corallien, mer de Chine méridionale septentrionale",
    year = "2026",
    journal = "Environmental Research",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.envres.2026.123775",
    doi = "10.1016/j.envres.2026.123775",
    openalex = "W7123591220",
    references = "doi101016jrsma2023103289"
}

@article{doi101016jrsma2026104984,
    author = "de Lavôr, Larissa Fernandes et Souza, Maria Cecília Silva et Massei, Karina et dos Santos Souza, Alexandre et do Amaral Vaz Manso, Valdir et de Miranda Lopes Neumann, Virgínio Henrique et Vianna, Pedro et da Silva Moura, Christianne Maria et Silva, N. et da Silva, Richarde Marques et dos Santos Ferreira, Rogério et da Costa Silva, Jefferson et Mishra, Manoranjan et Santos, Celso Augusto Guimarães",
    title = "Influence of coral reef morphology on wave climate and sea-level rise projections along a reef-protected beach in Northeast Brazil",
    year = "2026",
    journal = "Regional Studies in Marine Science",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.rsma.2026.104984",
    doi = "10.1016/j.rsma.2026.104984",
    openalex = "W7154486541",
    references = "doi101038s41598025048183"
}

Résumé La production et la dissolution de minéraux carbonatés régulent les concentrations de dioxyde de carbone atmosphérique (CO 2) via la modulation de la teneur en alcalinité océanique. L'augmentation anthropique du CO 2 atmosphérique réduit les taux de calcification et favorise la dissolution du carbonate de calcium, ce qui augmente l'alcalinité océanique, contrebalance l'acidification et stimule l'absorption du CO 2 océanique. Cependant, la dissolution carbonatée se produit principalement dans l'océan profond, de sorte que ce rétroaction est lent, maintenant l'absorption du CO 2 océanique sur des échelles de temps millénaires. Ici, nous présentons des preuves que l'alcalinité de l'eau de mer sur le plateau continental augmente sur des échelles de temps annuelles à décennales, à un rythme des ordres de grandeur plus rapide que le rétroaction océan profond. Les analyses de modèles biogéochimiques suggèrent que ce rétroaction rapide résulte de la dissolution du carbonate de calcium dans le plancher continental entraînée par des concentrations atmosphériques de CO 2 croissantes. En extrapolant ces résultats au plateau continental mondial, il est suggéré que la dissolution carbonatée du plateau a accéléré depuis le 1800 et pourrait expliquer jusqu'à 10 % du manque ∼0,3 Pg C yr −1 dans les budgets de carbone des modèles océaniques.

@article{doi1010292025av001865,
    author = "van de Velde, Sebastiaan et Vervoort, Pam et Smith, Robert O. et Law, Cliff et Currie, Kim",
    title = "Dissolution carbonatée stimulée anthropogéniquement dans le plancher continental mondial est potentiellement un rétroaction climatique importante et rapide",
    year = "2026",
    journal = "AGU Advances",
    abstract = "Résumé La production et la dissolution de minéraux carbonatés régulent les concentrations de dioxyde de carbone atmosphérique (CO 2) via la modulation de la teneur en alcalinité océanique. L'augmentation anthropique du CO 2 atmosphérique réduit les taux de calcification et favorise la dissolution du carbonate de calcium, ce qui augmente l'alcalinité océanique, contrebalance l'acidification et stimule l'absorption du CO 2 océanique. Cependant, la dissolution carbonatée se produit principalement dans l'océan profond, de sorte que ce rétroaction est lent, maintenant l'absorption du CO 2 océanique sur des échelles de temps millénaires. Ici, nous présentons des preuves que l'alcalinité de l'eau de mer sur le plateau continental augmente sur des échelles de temps annuelles à décennales, à un rythme des ordres de grandeur plus rapide que le rétroaction océan profond. Les analyses de modèles biogéochimiques suggèrent que ce rétroaction rapide résulte de la dissolution du carbonate de calcium dans le plancher continental entraînée par des concentrations atmosphériques de CO 2 croissantes. En extrapolant ces résultats au plateau continental mondial, il est suggéré que la dissolution carbonatée du plateau a accéléré depuis le 1800 et pourrait expliquer jusqu'à 10\% du manque ∼0,3 Pg C yr −1 dans les budgets de carbone des modèles océaniques.",
    url = "https://doi.org/10.1029/2025av001865",
    doi = "10.1029/2025av001865",
    openalex = "W7125481116",
    references = "doi101073pnas2501562122"
}

@article{doi101073pnas2521543123,
    author = "Camacho, Alejandro E. et Dana, David A. et Matz, Mikhail V.",
    title = "Des espèces de corail d'un autre océan pourraient être le seul moyen de sauver les récifs des Caraïbes",
    year = "2026",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.2521543123",
    doi = "10.1073/pnas.2521543123",
    openalex = "W7125488797",
    references = "doi101038s41598025048183"
}

Introduction : L'indice de fonctionnalité du récif (RFI) est un outil utilisé pour analyser la fonctionnalité physique des assemblages de coraux en se basant sur des traits morpho-fonctionnels qui soutiennent leurs rôles géo-écologiques. Cet outil a été appliqué pour évaluer les effets de la restauration active sur les récifs coralliens sous divers niveaux de stress. Cependant, à ce jour, il n'a pas été utilisé pour analyser la récupération assistée à long terme grâce aux activités de restauration. Objectif : Cette étude a évalué la trajectoire historique de la fonctionnalité physique sur le long terme (2012–2023) dans six communautés de récifs coralliens au sein du parc national des Îles Marietas (PNIM), en considérant que les efforts de restauration active sont en place depuis 2014, en utilisant le RFI comme métrique. Méthodes : Le RFI a été utilisé comme indicateur de fonctionnalité physique pour évaluer les changements temporels dans l'état du récif tout au long de la période d'analyse. Le pourcentage de changement naturel et de changement subventionné par la restauration a été calculé pour le RFI et la couverture de coraux vivants (LCC). Résultats : Les valeurs du RFI ont révélé que, bien que les communautés de coraux dans le PNIM aient, d'ici 2023, retrouvé des niveaux de LCC dépassant ceux enregistrés en 1997, la fonctionnalité physique n'avait pas encore été entièrement restaurée. Les activités de restauration ont contribué à se rapprocher des valeurs fonctionnelles historiques, même sous l'impact de divers facteurs de stress naturels ; cependant, l'analyse spatiale au niveau de l'île et du site a indiqué que la récupération n'a pas été uniforme. Conclusions : Les résultats soulignent la nécessité de revoir et d'adapter les stratégies de restauration, en mettant l'accent sur des efforts plus importants dans les sites où la fonctionnalité des coraux reste inférieure aux niveaux pré-dérangement. De plus, les résultats démontrent que le RFI est un outil précieux pour évaluer le succès à long terme de la restauration des coraux et identifier les domaines d'opportunité potentiels dans les sites de récifs dégradés.

@article{doi10155173s8sp047,
    author = "Muñoz-Alfaro, Adahara et Rodríguez‐Troncoso, Alma Paola et Cupul‐Magaña, Amilcar Leví et Tortolero‐Langarica, J. J. Adolfo et Cabral-Tena, Rafael Andrés",
    title = "Analyse historique de la récupération de la fonctionnalité physique dans une communauté de récif corallien suite à la mise en œuvre de pratiques de restauration active",
    year = "2026",
    journal = "Revista de Biología Tropical",
    abstract = "Introduction : L'indice de fonctionnalité du récif (RFI) est un outil utilisé pour analyser la fonctionnalité physique des assemblages de coraux en se basant sur des traits morpho-fonctionnels qui soutiennent leurs rôles géo-écologiques. Cet outil a été appliqué pour évaluer les effets de la restauration active sur les récifs coralliens sous divers niveaux de stress. Cependant, à ce jour, il n'a pas été utilisé pour analyser la récupération assistée à long terme grâce aux activités de restauration. Objectif : Cette étude a évalué la trajectoire historique de la fonctionnalité physique sur le long terme (2012–2023) dans six communautés de récifs coralliens au sein du parc national des Îles Marietas (PNIM), en considérant que les efforts de restauration active sont en place depuis 2014, en utilisant le RFI comme métrique. Méthodes : Le RFI a été utilisé comme indicateur de fonctionnalité physique pour évaluer les changements temporels dans l'état du récif tout au long de la période d'analyse. Le pourcentage de changement naturel et de changement subventionné par la restauration a été calculé pour le RFI et la couverture de coraux vivants (LCC). Résultats : Les valeurs du RFI ont révélé que, bien que les communautés de coraux dans le PNIM aient, d'ici 2023, retrouvé des niveaux de LCC dépassant ceux enregistrés en 1997, la fonctionnalité physique n'avait pas encore été entièrement restaurée. Les activités de restauration ont contribué à se rapprocher des valeurs fonctionnelles historiques, même sous l'impact de divers facteurs de stress naturels ; cependant, l'analyse spatiale au niveau de l'île et du site a indiqué que la récupération n'a pas été uniforme. Conclusions : Les résultats soulignent la nécessité de revoir et d'adapter les stratégies de restauration, en mettant l'accent sur des efforts plus importants dans les sites où la fonctionnalité des coraux reste inférieure aux niveaux pré-dérangement. De plus, les résultats démontrent que le RFI est un outil précieux pour évaluer le succès à long terme de la restauration des coraux et identifier les domaines d'opportunité potentiels dans les sites de récifs dégradés.",
    url = "https://doi.org/10.15517/3s8sp047",
    doi = "10.15517/3s8sp047",
    openalex = "W7155104838",
    references = "doi101007s44289024000149"
}

Introduction : Le genre Pocillopora comprend des espèces de coraux répartis dans les régions tropicales et subtropicales. Dans la région du Pacifique central mexicain, Pocillopora verrucosa est l'espèce principale de construction de récifs. En réponse à la récente baisse de la couverture corallienne, des protocoles de restauration ont été mis en œuvre au cours de la dernière décennie. Cependant, à ce jour, aucun enregistrement de la diversité génétique n'est disponible en tant que marqueurs potentiels pour évaluer l'effet du recrutement assisté sur la dynamique du site dans la région. Objectif : Déterminer la diversité génétique de P. verrucosa dans un site de restauration insulaire (Parc national des Îles Marietas) et un site côtier (Punta de Mita) au sein du Pacifique central mexicain. Méthodes : Un fragment de 2 cm² provenant de 15 colonies par site a été collecté. Des marqueurs mitochondriaux pour les gènes COI et ATP6 ont été amplifiés. Un total de 40 séquences des gènes COI (n = 19) et ATP6 (n = 21) ont été obtenues, et la diversité haplotype et nucléotidique a été déterminée. Résultats : Pour le gène COI, deux haplotypes partagés entre les sites ont été identifiés, avec H1 étant le plus abondant. Pour le gène ATP6, un haplotype exclusif a été détecté dans le Parc national des Îles Marietas, et un haplotype plus abondant a été partagé entre les deux sites. Les résultats de l'AMOVA ont révélé un motif homogène avec des valeurs de Fst de 0,21603 (p < 0,10655) pour COI et Fst = 0,04174 (p < 0,3753) pour ATP6. Conclusions : La faible diversité génétique suggère que, comme rapporté précédemment, la reproduction asexuée a été le mode prédominant tout au long de l'histoire du site, et que la propagation assistée mise en œuvre peut favoriser le maintien des individus qui ont historiquement montré une résistance aux stress thermiques. Cependant, il est essentiel d'explorer des techniques de propagation alternatives dans les futures initiatives de restauration, car le succès à long terme de la restauration repose également sur la réduction de la vulnérabilité de ces écosystèmes aux stress environnementaux futurs.

@article{doi1015517h7pzq822,
    author = "Rodríguez, María Teresa Macedo et Bautista‐Guerrero, Eric et Santiago-Valentín, Jeimy Denisse et Cupul‐Magaña, Amilcar Leví et Troncoso, Alma Paola Rodríguez",
    title = "Identification d'individus résilients de Pocillopora verrucosa (Ellis \& Solander, 1786) : perspectives issues des évaluations de la diversité pour la restauration des coraux",
    year = "2026",
    journal = "Revista de Biología Tropical",
    abstract = "Introduction : Le genre Pocillopora comprend des espèces de coraux répartis dans les régions tropicales et subtropicales. Dans la région du Pacifique central mexicain, Pocillopora verrucosa est l'espèce principale de construction de récifs. En réponse à la récente baisse de la couverture corallienne, des protocoles de restauration ont été mis en œuvre au cours de la dernière décennie. Cependant, à ce jour, aucun enregistrement de la diversité génétique n'est disponible en tant que marqueurs potentiels pour évaluer l'effet du recrutement assisté sur la dynamique du site dans la région. Objectif : Déterminer la diversité génétique de P. verrucosa dans un site de restauration insulaire (Parc national des Îles Marietas) et un site côtier (Punta de Mita) au sein du Pacifique central mexicain. Méthodes : Un fragment de 2 cm² provenant de 15 colonies par site a été collecté. Des marqueurs mitochondriaux pour les gènes COI et ATP6 ont été amplifiés. Un total de 40 séquences des gènes COI (n = 19) et ATP6 (n = 21) ont été obtenues, et la diversité haplotype et nucléotidique a été déterminée. Résultats : Pour le gène COI, deux haplotypes partagés entre les sites ont été identifiés, avec H1 étant le plus abondant. Pour le gène ATP6, un haplotype exclusif a été détecté dans le Parc national des Îles Marietas, et un haplotype plus abondant a été partagé entre les deux sites. Les résultats de l'AMOVA ont révélé un motif homogène avec des valeurs de Fst de 0,21603 (p < 0,10655) pour COI et Fst = 0,04174 (p < 0,3753) pour ATP6. Conclusions : La faible diversité génétique suggère que, comme rapporté précédemment, la reproduction asexuée a été le mode prédominant tout au long de l'histoire du site, et que la propagation assistée mise en œuvre peut favoriser le maintien des individus qui ont historiquement montré une résistance aux stress thermiques. Cependant, il est essentiel d'explorer des techniques de propagation alternatives dans les futures initiatives de restauration, car le succès à long terme de la restauration repose également sur la réduction de la vulnérabilité de ces écosystèmes aux stress environnementaux futurs.",
    url = "https://doi.org/10.15517/h7pzq822",
    doi = "10.15517/h7pzq822",
    openalex = "W7155038580",
    references = "doi101007s44289024000149, doi101111rec14006"
}