Technologie CRISPR

@article{zetsche2015cpf1,
    author = "Zetsche, Bernd and Gootenberg, Jonathan S. and Abudayyeh, Omar O. and Slaymaker, Ian M. and Makarova, Kira S. and Essletzbichler, Patrick and Volz, Sara E. and Joung, J. Keith and van der Oost, John and Regev, Aviv and K

@article{wang2014genetic,
    author = "Wang, Tim and Wei, Jenny J. and Sabatini, David M. and Lander, Eric S.",
    title = "Genetic screens in human cells using the {CRISPR}-{Cas9} system",
    year = "2014",
    journal = "Science",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1246981",
    doi = "10.1126/science.1246981",
    number = "6166",
    pages = "80--84",
    volume = "343",
    x-summary = "Foundational CRISPR-Cas9 screening platform paper in human cells."
}

@article{shalem2014genome,
    author = "Shalem, Ophir and Sanjana, Neville E. and Hartenian, Ella and Shi, Xi and Scott, David A. and Mikkelson, Tarjei and Heckl, Dirk and Ebert, Benjamin L. and Root, David E. and Doench, John G. and Zhang, Feng",
    title = "Genome-scale {CRISPR}-{Cas9} knockout screening in human cells",
    year = "2014",
    journal = "Science",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1247005",
    doi = "10.1126/science.1247005",
    number = "6166",
    pages = "84--87",
    volume = "343",
    x-summary = "Foundational genome-scale CRISPR knockout screening study."
}

@article{doudna2014new,
    author = "Doudna, Jennifer A. and Charpentier, Emmanuelle",
    title = "The new frontier of genome engineering with {CRISPR}-{Cas9}",
    year = "2014",
    journal = "Science",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1258096",
    doi = "10.1126/science.1258096",
    number = "6213",
    pages = "1258096",
    volume = "346",
    x-summary = "Review of CRISPR-Cas9 genome engineering by key developers of the technology."
}

@article{doi101038nature13166,
    author = "Zhou, Yuexin and Zhu, Shiyou and Cai, Changzu and Yuan, Pengfei and Li, Chunmei and Huang, Yanyi and Wei, Wensheng",
    title = "High-throughput screening of a CRISPR/Cas9 library for functional genomics in human cells",
    year = "2014",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature13166",
    doi = "10.1038/nature13166",
    note = "discovered\_from = {doi101186s1305901405508}",
    number = "7501",
    pages = "487-491",
    volume = "509"
}

@article{doi101016jcell201405010,
    author = "Hsu, Patrick D. and Lander, Eric S. and Zhang, Feng",
    title = "Development and Applications of CRISPR-Cas9 for Genome Engineering",
    year = "2014",
    journal = "Cell",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.cell.2014.05.010",
    doi = "10.1016/j.cell.2014.05.010",
    note = "discovered\_from = {doi101038s4157601901587}",
    number = "6",
    pages = "1262-1278",
    volume = "157"
}

@article{mali2013rna,
    author = "Mali, Prashant and Yang, Luhan and Esvelt, Kevin M. and Aach, John and Guell, Marc and DiCarlo, James E. and Norville, Julie E. and Church, George M.",
    title = "{RNA}-guided human genome engineering via {Cas9}",
    year = "2013",
    journal = "Science",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1232033",
    doi = "10.1126/science.1232033",
    number = "6121",
    pages = "823--826",
    volume = "339",
    x-summary = "Early demonstration of RNA-guided Cas9 engineering in human cells."
}

@article{hwang2013efficient,
    author = "Hwang, Woong Y. and Fu, Yanfang and Reyon, Deepak and Maeder, Morgan L. and Tsai, Shengdar Q. and Sander, Jeffry D. and Peterson, Randall T. and Yeh, Joung K. and Joung, J. Keith",
    title = "Efficient genome editing in zebrafish using a {CRISPR}-{Cas} system",
    year = "2013",
    journal = "Nature Biotechnology",
    url = "https://doi.org/10.1038/nbt.2501",
    doi = "10.1038/nbt.2501",
    number = "3",
    pages = "227--229",
    volume = "31",
    x-summary = "Early demonstration of CRISPR-Cas genome editing in a vertebrate model organism."
}

Porter la technologie CRISPR plus loin Les techniques CRISPR permettent le développement de technologies de détection des acides nucléiques (voir la Perspective de Chertow). En tirant parti des propriétés enzymatiques distinctives des enzymes CRISPR, Gootenberg et al. ont développé une technologie améliorée de détection des acides nucléiques pour une détection multiplexée quantitative et hautement sensible, combinée à un flux latéral pour une lecture visuelle. Myhrvold et al. ont ajouté un protocole de préparation d'échantillon pour créer une plateforme de diagnostic viral déployable sur le terrain pour la détection rapide de souches spécifiques de pathogènes dans des échantillons cliniques. Cas12a (également connu sous le nom de Cpf1), une protéine CRISPR de type V, clive l'ADN double brin et a été adaptée pour l'édition génomique. Chen et al. ont découvert que Cas12a traite également l'activité de filage de l'ADN simple brin. Une plateforme technologique basée sur cette activité a détecté le papillomavirus humain dans des échantillons de patients avec une haute sensibilité. Science, ce numéro p.

@article{doi101038s4155101803187,
    author = "Zhu, Haibao and Zhang, Linlin and Tong, Sheng and Lee, Ciaran M. and Deshmukh, Harshavardhan and Bao, Gang",
    title = "Spatial control of in vivo CRISPR–Cas9 genome editing via nanomagnets",
    year = "2018",
    journal = "Nature Biomedical Engineering",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41551-018-0318-7",
    doi = "10.1038/s41551-018-0318-7",
    note = "discovered\_from = {doi101038s4157801901486}",
    number = "2",
    pages = "126-136",
    volume = "3"
}

@article{doi101038s4155101701786,
    author = "Listgarten, Jennifer and Weinstein, Michael and Kleinstiver, Benjamin P. and Sousa, Alexander A. and Joung, J. Keith and Crawford, Jake and Gao, Kevin and Hoang, Luong and Elibol, Melih and Doench, John G. and Fusi, Nicolo",
    title = "Prediction of off-target activities for the end-to-end design of CRISPR guide RNAs",
    year = "2018",
    journal = "Nature Biomedical Engineering",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41551-017-0178-6",
    doi = "10.1038/s41551-017-0178-6",
    note = "discovered\_from = {doi101038s4159101803007}",
    number = "1",
    pages = "38-47",
    volume = "2"
}

@article{doi101038nbt4061,
    author = "Kim, Hui Kwon and Min, Seonwoo and Song, Myungjae and Jung, Soobin and Choi, Jae Woo and Kim, Younggwang and Lee, Sangeun and Yoon, Sungroh and Kim, Hyongbum (Henry)",
    title = "Deep learning improves prediction of CRISPR–Cpf1 guide RNA activity",
    year = "2018",
    journal = "Nature Biotechnology",
    url = "https://doi.org/10.1038/nbt.4061",
    doi = "10.1038/nbt.4061",
    note = "discovered\_from = {doi101038s4159101803007}",
    number = "3",
    pages = "239-241",
    volume = "36"
}

@article{gootenberg2017nucleic,
    author = "Gootenberg, Jonathan S. and Abudayyeh, Omar O. and Lee, Jeong Wook and Essletzbichler, Patrick and Dy, Amy J. and Joung, Julia and Verdine, Vanessa and Donghia, Nina and Daringer, Nichole M. and Freije, Catherine A. and Myhrvold, Cameron and Bhattacharyya, Rumi P. and Livny, Jonathan and Regev, Aviv and Koonin, Eugene V. and Hung, Deborah T. and Sabeti, Pardis C. and Collins, James J. and Zhang, Feng",
    title = "Nucleic acid detection with {CRISPR}-{Cas13a}/{C2c2}",
    year = "2017",
    journal = "Science",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.aam9321",
    doi = "10.1126/science.aam9321",
    number = "6336",
    pages = "438--442",
    volume = "356",
    x-summary = "Introduces SHERLOCK-style CRISPR-Cas13 nucleic acid detection."
}

@article{gaudelli2017programmable,
    author = "Gaudelli, Nicole M. and Komor, Alexis C. and Rees, Holly A. and Packer, Michael S. and Badran, Ahmed H. and Bryson, David I. and Liu, David R.",
    title = "Programmable base editing of {A}•{T} to {G}•{C} in genomic {DNA} without {DNA} cleavage",
    year = "2017",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature24644",
    doi = "10.1038/nature24644",
    number = "7681",
    pages = "464--471",
    volume = "551",
    x-summary = "Introduces adenine base editing."
}

@article{doi101038nature24049,
    author = "Abudayyeh, Omar O. and Gootenberg, Jonathan S. and Essletzbichler, Patrick and Han, Shuo and Joung, Julia and Belanto, Joseph J. and Verdine, Vanessa and Cox, David B. T. and Kellner, Max J. and Regev, Aviv and Lander, Eric S. and Voytas, Daniel F. and Ting, Alice Y. and Zhang, Feng",
    title = "RNA targeting with CRISPR–Cas13",
    year = "2017",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature24049",
    doi = "10.1038/nature24049",
    note = "discovered\_from = {doi101038s4157601901587}",
    number = "7675",
    pages = "280-284",
    volume = "550"
}

@article{doi101038s4159101803386,
    author = "Santiago-Fernández, Olaya and Osorio, Fernando G. and Quesada, Víctor and Rodríguez, Francisco and Basso, Sammy and Maeso, Daniel and Rolas, Loïc and Barkaway, Anna and Nourshargh, Sussan and Folgueras, Alicia R. and Freije, José M. P. and López-Otín, Carlos",
    title = "Development of a CRISPR/Cas9-based therapy for Hutchinson–Gilford progeria syndrome",
    year = "2019",
    journal = "Nature Medicine",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41591-018-0338-6",
    doi = "10.1038/s41591-018-0338-6",
    note = "discovered\_from = {doi101016jcell202211001}",
    number = "3",
    pages = "423-426",
    volume = "25"
}

@article{anzalone2019search,
    author = "Anzalone, Andrew V. and Randolph, Peyton B. and Davis, Jessie R. and Sousa, Alexander A. and Koblan, Luke W. and Levy, Jonathan M. and Chen, Peter J. and Wilson, Christopher and Newby, Gregory A. and Raguram, Aditya and Liu, David R.",
    title = "Search-and-replace genome editing without double-strand breaks or donor {DNA}",
    year = "2019",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41586-019-1711-4",
    doi = "10.1038/s41586-019-1711-4",
    number = "7785",
    pages = "149--157",
    volume = "576",
    x-summary = "Présente l'édition prime."
}

@article{knott2018crispr,
    author = "Knott, Gavin J. and Doudna, Jennifer A.",
    title = "{CRISPR}-{Cas} guides the future of genetic engineering",
    year = "2018",
    journal = "Science",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.aat5011",
    doi = "10.1126/science.aat5011",
    number = "6405",
    pages = "866--869",
    volume = "361",
    x-summary = "Revue accessible de la technologie CRISPR-Cas et de ses applications."
}

@article{gootenberg2018multiplexed,
    author = "Gootenberg, Jonathan S. and Abudayyeh, Omar O. and Kellner, Max J. and Joung, Julia and Collins, James J. and Zhang, Feng",
    title = "Multiplexed and portable nucleic acid detection platform with {Cas13}, {Cas12a}, and {Csm6}",
    year = "2018",
    journal = "Science",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.aaq0179",
    doi = "10.1126/science.aaq0179",
    number = "6387",
    pages = "439--444",
    volume = "360",
    x-summary = "Étend les diagnostics CRISPR à la détection multiplexée et portable."
}

Le système des répétitions palindromiques courtes régulièrement espacées en grappes (CRISPR)/gènes associés aux CRISPR (Cas) a été rapidement exploité pour effectuer diverses tâches d'ingénierie génomique. Récemment, il a été démontré qu'une nouvelle protéine effectrice CRISPR ciblant l'ARN, appelée Cas13, se lie et clive l'ARN plutôt que les substrats d'ADN, de manière analogue au système d'interférence par ARN eucaryote. Les effecteurs Cas13a–Cas13d connus sont capables de cliver efficacement les ARN simples brins cibles complémentaires, ce qui représente une alternative potentiellement plus sûre à la désoxyribonucléase Cas9, car elle induit des phénotypes de perte de fonction sans perte génomique du gène ciblé. De plus, grâce à l'amélioration des fonctionnalités des effecteurs Cas13, un système appelé REPAIR a été développé pour éditer des transcrits complets contenant des mutations pathogènes, offrant ainsi une opportunité prometteuse pour l'édition de bases précise. Par ailleurs, l'ingénierie avancée de cet effecteur CRISPR permet également la détection d'acides nucléiques, autorisant l'identification de mutations dans l'ADN tumoral sans cellules via une plateforme appelée Specific High Sensitivity Enzymatic Reporter Unlocking. Toutes ces propriétés nous donnent un aperçu du potentiel de la boîte à outils CRISPR pour l'ingénierie de précision du transcriptome, pouvant éventuellement conduire à une expansion des technologies CRISPR pour les thérapeutiques et diagnostics du cancer. Ici, nous examinons des aspects précédemment non abordés de l'approche ciblant l'ARN basée sur CRISPR en tant que stratégie viable pour interroger de manière programmable la fonction génique dans le cancer de manière globale. Cancer Res ; 78(15) ; 4107–13. ©2018 AACR.

@article{doi10115800085472can180785,
    author = "Granados-Riveron, Javier T. and Aquino-Jarquin, Guillermo",
    title = "CRISPR–Cas13 Precision Transcriptome Engineering in Cancer",
    year = "2018",
    journal = "Cancer Research",
    abstract = "Le système des répétitions palindromiques courtes régulièrement espacées en grappes (CRISPR)/gènes associés aux CRISPR (Cas) a été rapidement exploité pour effectuer diverses tâches d'ingénierie génomique. Récemment, il a été démontré qu'une nouvelle protéine effectrice CRISPR ciblant l'ARN, appelée Cas13, se lie et clive l'ARN plutôt que les substrats d'ADN, de manière analogue au système d'interférence par ARN eucaryote. Les effecteurs Cas13a–Cas13d connus sont capables de cliver efficacement les ARN simples brins cibles complémentaires, ce qui représente une alternative potentiellement plus sûre à la désoxyribonucléase Cas9, car elle induit des phénotypes de perte de fonction sans perte génomique du gène ciblé. De plus, grâce à l'amélioration des fonctionnalités des effecteurs Cas13, un système appelé REPAIR a été développé pour éditer des transcrits complets contenant des mutations pathogènes, offrant ainsi une opportunité prometteuse pour l'édition de bases précise. Par ailleurs, l'ingénierie avancée de cet effecteur CRISPR permet également la détection d'acides nucléiques, autorisant l'identification de mutations dans l'ADN tumoral sans cellules via une plateforme appelée Specific High Sensitivity Enzymatic Reporter Unlocking. Toutes ces propriétés nous donnent un aperçu du potentiel de la boîte à outils CRISPR pour l'ingénierie de précision du transcriptome, pouvant éventuellement conduire à une expansion des technologies CRISPR pour les thérapeutiques et diagnostics du cancer. Ici, nous examinons des aspects précédemment non abordés de l'approche ciblant l'ARN basée sur CRISPR en tant que stratégie viable pour interroger de manière programmable la fonction génique dans le cancer de manière globale. Cancer Res ; 78(15) ; 4107–13. ©2018 AACR.",
    url = "https://doi.org/10.1158/0008-5472.can-18-0785",
    doi = "10.1158/0008-5472.can-18-0785",
    note = "discovered\_from = {doi101038s4157601901587}",
    number = "15",
    pages = "4107-4113",
    volume = "78"
}

Les méthodes moléculaires évoluent rapidement pour permettre le diagnostic des acides nucléiques en dehors d'un laboratoire. De telles techniques utilisent principalement l'amplification isotherme telle que l'amplification par polymérase recombinase (RPA) et l'amplification isotherme médiée par boucle (LAMP), mais n'ont pas encore été pleinement explorées pour la surveillance utilisant l'ADN environnemental (ADNe). Nous avons précédemment présenté une approche RPA‐CRISPR‐Cas pour la détection de saumon atlantique en Irlande et au Canada et dans ce manuscrit nous présentons une application supplémentaire de cette technique pour la surveillance de la truite brune et du char arctique dans le bassin versant de Burrishoole, Co. Mayo, Irlande. Dans le développement de ces tests, nous offrons une approche alternative aux tests basés sur la PCR précédemment publiés et avons évolué une approche simplifiée de la surveillance d'une seule espèce utilisant RPA‐CRISPR‐Cas, réduisant le temps d'acquisition de fluorescence de 2 h à 30 min. Cela démontre l'applicabilité de l'utilisation de tests RPA‐CRISPR‐Cas pour la détection basée sur l'ADNe au-delà du saumon atlantique avec l'avantage supplémentaire d'un temps de test plus rapide sans compromettre la sensibilité de détection.

@article{doi101002edn3384,
    author = "Williams, Molly Ann and de Eyto, Elvira and Caestecker, Silke and Regan, Fiona and Parle‐McDermott, Anne",
    title = "Development and field validation of RPA‐CRISPR‐Cas environmental DNA assays for the detection of brown trout (Salmo trutta) and Arctic char (Salvelinus alpinus)",
    year = "2023",
    journal = "Environmental DNA",
    abstract = "Molecular methods are rapidly evolving to enable nucleic acid diagnostics outside a laboratory setting. Such techniques are primarily utilizing isothermal amplification such as Recombinase Polymerase Amplification (RPA) and Loop‐Mediated Isothermal Amplification (LAMP) but are yet to be fully explored for monitoring using environmental DNA (eDNA). We previously presented an RPA‐CRISPR‐Cas approach for detection of Atlantic salmon in Ireland and Canada and in this manuscript we present a further application of this technique for monitoring of brown trout and Arctic char in the Burrishoole Catchment, Co. Mayo, Ireland. In developing these assays, we offer an alternative approach to the PCR‐based assays previously published and have evolved a streamlined approach to single‐species monitoring using RPA‐CRISPR‐Cas, reducing the fluorescence acquisition time from 2 h to 30 min. This demonstrates the applicability of using RPA‐CRISPR‐Cas assays for eDNA‐based detection beyond Atlantic salmon with the added benefit of a faster assay time without compromising detection sensitivity.",
    url = "https://doi.org/10.1002/edn3.384",
    doi = "10.1002/edn3.384",
    note = "discovered\_from = {doi101002ece373386}",
    number = "2",
    pages = "240-250",
    volume = "5"
}

L'inactivation du gène d'acétyltransférase d'histone KAT7 prolonge la survie chez les souris naturellement âgées et les souris progeroïdes qui vieillissent prématurément.

@article{doi101126scitranslmedabd2655,
    author = "Wang, Wei and Zheng, Yuxuan and Sun, Shuhui and Li, Wei and Song, Moshi and Ji, Qianzhao and Wu, Zeming and Liu, Zunpeng and Fan, Yanling and Liu, Feifei and Li, Jingyi and Esteban, Concepcion Rodriguez and Wang, Si and Zhou, Qi and Belmonte, Juan Carlos Izpisua and Zhang, Weiqi and Qu, Jing and Tang, Fuchou and Liu, Guang-Hui",
    title = "A genome-wide CRISPR-based screen identifies KAT7 as a driver of cellular senescence",
    year = "2021",
    journal = "Science Translational Medicine",
    abstract = "Inactivation of the histone acetyltransferase gene KAT7 prolongs survival in naturally aged mice and progeroid mice that age prematurely.",
    url = "https://doi.org/10.1126/scitranslmed.abd2655",
    doi = "10.1126/scitranslmed.abd2655",
    note = "discovered\_from = {doi101016jcell202211001}",
    number = "575",
    volume = "13"
}

@article{pickar2019crispr,
    author = "Pickar-Oliver, Adrian and Gersbach, Charles A.",
    title = "{CRISPR}-{Cas9} genome editing technology and applications",
    year = "2019",
    journal = "Nature Reviews Molecular Cell Biology",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41580-019-0131-5",
    doi = "10.1038/s41580-019-0131-5",
    number = "8",
    pages = "490--507",
    volume = "20",
    x-summary = "Broad review of CRISPR-Cas9 genome editing technology and applications."
}

Nous rapportons la première application de la technologie CRISPR‐Cas à la détection d'une seule espèce à partir de l'ADN environnemental (ADNe). Les organismes perdent et excrètent de l'ADN dans leur environnement, tel que dans les cellules de la peau et les fèces, ce qui est appelé ADN environnemental (ADNe). L'utilisation de l'ADNe permet une surveillance non invasive avec une spécificité et une sensibilité accrues. Les méthodes actuelles emploient principalement des techniques basées sur la PCR pour détecter une espèce donnée à partir d'échantillons d'ADNe, posant un défi logistique pour la surveillance sur site et une adaptation potentielle aux dispositifs de biosenseurs. Nous avons développé une méthode alternative ; couplage de l'amplification isotherme à un système de détection CRISPR‐Cas12a. Cela utilise l'activité de clivage collatéral de Cas12a, une ribonucléase guidée par un ARN CRISPR unique hautement spécifique. Nous avons utilisé l'espèce cible Salmo salar comme test de concept prouvé de la spécificité du test parmi des espèces étroitement apparentées et pour montrer que le test est réussi à une seule température de 37°C avec une détection de signal à 535 nM. Le test spécifique détecte avec une sensibilité attomolaire et des taux de détection rapides (

@article{doi1011111755099813045,
    author = "Williams, Molly‐Ann and O'Grady, Joyce and Ball, Bernard and Carlsson, Jens and de Eyto, Elvira and McGinnity, Philip and Jennings, Eleanor and Regan, Fiona and Parle‐McDermott, Anne",
    title = "The application of CRISPR‐Cas for single species identification from environmental DNA",
    year = "2019",
    journal = "Molecular Ecology Resources",
    abstract = "We report the first application of CRISPR‐Cas technology to single species detection from environmental DNA (eDNA). Organisms shed and excrete DNA into their environment such as in skin cells and faeces, referred to as environmental DNA (eDNA). Utilising eDNA allows noninvasive monitoring with increased specificity and sensitivity. Current methods primarily employ PCR‐based techniques to detect a given species from eDNA samples, posing a logistical challenge for on‐site monitoring and potential adaptation to biosensor devices. We have developed an alternative method; coupling isothermal amplification to a CRISPR‐Cas12a detection system. This utilises the collateral cleavage activity of Cas12a, a ribonuclease guided by a highly specific single CRISPR RNA. We used the target species Salmo salar as a proof‐of‐concept test of the specificity of the assay among closely related species and to show the assay is successful at a single temperature of 37°C with signal detection at 535 nM. The specific assay, detects at attomolar sensitivity with rapid detection rates (",
    url = "https://doi.org/10.1111/1755-0998.13045",
    doi = "10.1111/1755-0998.13045",
    note = "discovered\_from = {doi101002ece373386}",
    number = "5",
    pages = "1106-1114",
    volume = "19"
}

La diversité connue des systèmes CRISPR–Cas continue de s'étendre. Pour englober les nouvelles découvertes, nous présentons ici une classification évolutive mise à jour des systèmes CRISPR–Cas. La classification CRISPR–Cas mise à jour comprend 2 classes, 7 types et 46 sous-types, comparée aux 6 types et 33 sous-types de notre enquête précédente il y a 5 ans. De plus, une classification de la voie de signalisation dépendante des oligoadénylates cycliques dans les systèmes de type III est présentée. Nous discutons également des fonctionnalités alternatives CRISPR–Cas récemment caractérisées, notamment les variants de type IV qui clivent l'ADN cible et les variants de type V qui inhibent la réplication de la cible sans clivage. L'analyse de l'abondance des variants CRISPR–Cas dans les génomes et les métagenomes montre que les systèmes précédemment définis sont relativement courants, tandis que les variants plus récemment caractérisés sont comparativement rares. Ces variants à faible abondance constituent la longue traîne de la distribution CRISPR–Cas chez les procaryotes et leurs virus, et restent à être caractérisés expérimentalement.

@article{doi101038s41564025021808,
    author = "Makarova, Kira S. and Shmakov, Sergey A. and Wolf, Yuri I. and Mutz, Pascal and Altae-Tran, Han and Beisel, Chase L. and Brouns, Stan J. J. and Charpentier, Emmanuelle and Cheng, David and Doudna, Jennifer and Haft, Daniel H. and Horvath, Philippe and Moineau, Sylvain and Mojica, Francisco J. M. and Pausch, Patrick and Pinilla-Redondo, Rafael and Shah, Shiraz A. and Siksnys, Virginijus and Terns, Michael P. and Tordoff, Jesse and Venclovas, Česlovas and White, Malcolm F. and Yakunin, Alexander F. and Zhang, Feng and Garrett, Roger A. and Backofen, Rolf and van der Oost, John and Barrangou, Rodolphe and Koonin, Eugene V.",
    title = "Une classification évolutive mise à jour des systèmes CRISPR–Cas incluant des variants rares",
    year = "2025",
    journal = "Nature Microbiology",
    abstract = "La diversité connue des systèmes CRISPR–Cas continue de s'étendre. Pour englober les nouvelles découvertes, nous présentons ici une classification évolutive mise à jour des systèmes CRISPR–Cas. La classification CRISPR–Cas mise à jour comprend 2 classes, 7 types et 46 sous-types, comparée aux 6 types et 33 sous-types de notre enquête précédente il y a 5 ans. De plus, une classification de la voie de signalisation dépendante des oligoadénylates cycliques dans les systèmes de type III est présentée. Nous discutons également des fonctionnalités alternatives CRISPR–Cas récemment caractérisées, notamment les variants de type IV qui clivent l'ADN cible et les variants de type V qui inhibent la réplication de la cible sans clivage. L'analyse de l'abondance des variants CRISPR–Cas dans les génomes et les métagenomes montre que les systèmes précédemment définis sont relativement courants, tandis que les variants plus récemment caractérisés sont comparativement rares. Ces variants à faible abondance constituent la longue traîne de la distribution CRISPR–Cas chez les procaryotes et leurs virus, et restent à être caractérisés expérimentalement.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41564-025-02180-8",
    doi = "10.1038/s41564-025-02180-8",
    note = "discovered\_from = {doi101038s41467026710966}",
    number = "12",
    pages = "3346-3361",
    volume = "10"
}