Cristaux

@book{cairnssmith1971the1,
    author = "Cairns-Smith, A. G",
    title = "The Life Puzzle",
    year = "1971",
    publisher = "Sur les cristaux et les organismes et sur la possibilité d'un cristal comme ancêtre : Toronto, University of Toronto Press, 165 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Cairns-Smith, A. G., 1971, The Life Puzzle : Sur les cristaux et les organismes et sur la possibilité d'un cristal comme ancêtre : Toronto, University of Toronto Press, 165 p.}"
}

Quelle est l'origine de la vie ? La biologie moléculaire nous montre une forme, mais en y réfléchissant, nous devons considérer ces aspects généralisés de l'organisation vivante qui sont communs à toutes les formes de vie concevables. L'auteur croit qu'une seule combinaison de la théorie biologique générale et des connaissances chimiques particulières peut résoudre les problèmes de l'origine et de la re-création de la vie. Ce livre ne rentre ni dans l'école de pensée classique de Haldane ni dans celle d'Oparin sur l'origine de la vie, mais avance une thèse propre, qui, selon le professeur C.H. Waddington, est l'un des développements intellectuels les plus importants récents dans ce domaine. La Partie I examine le rôle de la biologie moléculaire dans la formulation d'une vision de la vie telle qu'elle existe maintenant. La Partie II se tourne vers des aspects plus généraux de l'organisation de la matière. Dans la Partie III, l'auteur avance ses propres théories sur l'origine de la vie — des théories qui sont à la fois révolutionnaires et réactionnaires. Comme il le remarque, « Si mes conclusions sont correctes, il pourrait être difficile de trouver le bon système, mais il serait facile de créer un organisme très simple une fois que nous l'aurons. »

@book{doi1031389781487589684,
    author = "Cairns-Smith, A. G.",
    title = "The Life Puzzle: On Crystals and Organisms and on the Possibility of a Crystal as an Ancestor",
    year = "1971",
    booktitle = "Project Muse (Johns Hopkins University)",
    abstract = "Quelle est l'origine de la vie ? La biologie moléculaire nous montre une forme, mais en y réfléchissant, nous devons considérer ces aspects généralisés de l'organisation vivante qui sont communs à toutes les formes de vie concevables. L'auteur croit qu'une seule combinaison de la théorie biologique générale et des connaissances chimiques particulières peut résoudre les problèmes de l'origine et de la re-création de la vie. Ce livre ne rentre ni dans l'école de pensée classique de Haldane ni dans celle d'Oparin sur l'origine de la vie, mais avance une thèse propre, qui, selon le professeur C.H. Waddington, est l'un des développements intellectuels les plus importants récents dans ce domaine. La Partie I examine le rôle de la biologie moléculaire dans la formulation d'une vision de la vie telle qu'elle existe maintenant. La Partie II se tourne vers des aspects plus généraux de l'organisation de la matière. Dans la Partie III, l'auteur avance ses propres théories sur l'origine de la vie — des théories qui sont à la fois révolutionnaires et réactionnaires. Comme il le remarque, « Si mes conclusions sont correctes, il pourrait être difficile de trouver le bon système, mais il serait facile de créer un organisme très simple une fois que nous l'aurons. »",
    url = "https://doi.org/10.3138/9781487589684",
    doi = "10.3138/9781487589684",
    openalex = "W149028925"
}

@article{doi101038236239a0,
    author = "Bunn, C. W.",
    title = "Life from Crystals",
    year = "1972",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/236239a0",
    doi = "10.1038/236239a0",
    openalex = "W165208592"
}

Voici notre argument selon lequel la vie est apparue sur Terre à partir d'un front de potentiel redox et de pH vers c. 4,2 Ga. Ce front s'est produit là où des eaux sous-marines de suintement chaudes (c. 150 degrés C), extrêmement réduites, alcalines et contenant du bisulfure, se sont rencontrées avec l'océan hadéen acide, tiède (c. 90 degrés C) et riche en fer. Le faible pH de l'océan a été conféré par les dix bars de CO2 considérés comme dominants dans l'atmosphère/hydrosphère hadéenne. Le déséquilibre entre les deux solutions a été maintenu par la précipitation spontanée d'une membrane colloïdale de FeS. Les bulles de monosulfure de fer composant cette membrane ont été gonflées par la solution hydrothermale sur les mounds de sulfures aux sites de suintement. Notre hypothèse est que la membrane de FeS, parsemée de nickel, a agi comme une frontière catalytique semi-perméable entre les deux fluides, favorisant la synthèse d'anions organiques par hydrogénation et carboxylation de primaires organiques hydrothermaux. L'océan a fourni du carbonate, du phosphate, du fer, du nickel et des protons ; la solution hydrothermale était la source d'ammoniac, d'acétate, de HS-, de H2 et de tungstène, ainsi que de concentrations mineures de sulfures organiques et peut-être de cyanure et d'acétaldéhyde. Le potentiel redox moyen (delta Eh) à travers la membrane, avec l'énergie nécessaire pour entraîner la synthèse, aurait approximativement atteint 300 millivolts. La génération d'anions organiques aurait conduit à une augmentation de la pression osmotique à l'intérieur des bulles de FeS. Ainsi, la pression osmotique aurait pu prendre le relais de la pression hydraulique en tant que force motrice pour la distension, la bourgeonnement et la reproduction des bulles. La condensation des molécules organiques en polymères, en particulier les sulfures organiques, a été entraînée par l'hydrolyse du pyrophosphate. La régénération du pyrophosphate à partir du monophosphate dans la membrane a été facilitée par les protons contribuant de l'océan hadéen. Il s'agissait de la première utilisation par un système métabolisant de la force protonmotrice (entraînée par le delta pH naturel) qui aurait également atteint c. 300 millivolts. La force protonmotrice est le mécanisme universel de transduction énergétique de la vie. Pris ensemble avec le potentiel redox à travers la membrane, l'énergie électrochimique et chimique totale disponible pour le protométabolisme s'est élevée à un approvisionnement continu supérieur à demi-volt. Le rôle de la membrane de sulfure de fer dans le maintien de la séparation des deux solutions a été approprié par les polymères de sulfure organique nouvellement synthétisés. Cette prise de contrôle organique du matériau de la membrane a conduit à la miniaturisation du système métabolisant. Des systèmes d'information pour réguler la réplication auraient pu se développer presque simultanément dans ce même milieu. Mais le fer, le soufre et le phosphate, composants inorganiques de la vie la plus ancienne, ont continué à être impliqués dans le métabolisme.

@article{doi101144gsjgs15430377,
    author = "Russell, Michael J. et Hall, A. J.",
    title = "L'émergence de la vie à partir de bulles de monosulfure de fer à une interface redox et de pH sous-marine hydrothermale",
    year = "1997",
    journal = "Journal of the Geological Society",
    abstract = "Ici, nous soutenons que la vie est apparue sur Terre à une interface redox et de pH vers c. 4,2 Ga. Cette interface s'est produite là où des eaux sous-marines de fuite chaudes (c. 150 degrés C), extrêmement réduites, alcalines, contenant du bisulfure, se sont rencontrées avec l'océan hadéen acide, tiède (c. 90 degrés C), riche en fer. Le pH faible de l'océan a été attribué aux dix bars de CO2 considérés comme dominants dans l'atmosphère/hydrosphère hadéenne. Le déséquilibre entre les deux solutions a été maintenu par la précipitation spontanée d'une membrane colloïdale de FeS. Les bulles de monosulfure de fer composant cette membrane ont été gonflées par la solution hydrothermale sur des amas de sulfure aux sites de fuite. Notre hypothèse est que la membrane de FeS, parsemée de nickel, a agi comme une frontière catalytique semi-perméable entre les deux fluides, encourageant la synthèse d'anions organiques par hydrogénation et carboxylation de primaires organiques hydrothermaux. L'océan a fourni du carbonate, du phosphate, du fer, du nickel et des protons ; la solution hydrothermale était la source d'ammoniac, d'acétate, de HS-, de H2 et de tungstène, ainsi que de concentrations mineures de sulfures organiques et peut-être de cyanure et d'acétaldéhyde. Le potentiel redox moyen (delta Eh) à travers la membrane, avec l'énergie nécessaire pour conduire la synthèse, aurait approximativement atteint 300 millivolts. La génération d'anions organiques aurait conduit à une augmentation de la pression osmotique à l'intérieur des bulles de FeS. Ainsi, la pression osmotique aurait pu prendre le relais de la pression hydraulique comme force motrice pour la distension, la bourgeonnement et la reproduction des bulles. La condensation des molécules organiques en polymères, en particulier les sulfures organiques, a été conduite par l'hydrolyse du pyrophosphate. La régénération du pyrophosphate à partir du monophosphate dans la membrane a été facilitée par les protons contribuant de l'océan hadéen. C'était la première utilisation par un système métabolisant de la force protonmotrice (conduite par le delta pH naturel) qui aurait également atteint c. 300 millivolts. La force protonmotrice est le mécanisme universel de transduction d'énergie de la vie. Pris ensemble avec le potentiel redox à travers la membrane, l'énergie électrochimique et chimique totale disponible pour le protométabolisme a atteint un approvisionnement continu à plus d'un demi-volt. Le rôle de la membrane de sulfure de fer dans le maintien de la séparation des deux solutions a été approprié par les nouveaux polymères de sulfure organique synthétisés. Cette prise de contrôle organique du matériau de la membrane a conduit à la miniaturisation du système métabolisant. Des systèmes d'information pour réguler la réplication auraient pu se développer presque simultanément dans ce même milieu. Mais le fer, le soufre et le phosphate, composants inorganiques de la vie la plus ancienne, ont continué à être impliqués dans le métabolisme.",
    url = "https://doi.org/10.1144/gsjgs.154.3.0377",
    doi = "10.1144/gsjgs.154.3.0377",
    openalex = "W2145198797",
    references = "darwin2009the, doi10100797894015805408, doi101007bf00032643, doi101007bf01140180, doi101007bf01808177, doi1010160003986161900339, doi1010160016703789901506, doi1010160016703794902887, doi1010160020711x94901198, doi1010160076687987550236, doi1010161074552195900314, doi101016s0022283667800378, doi101038191144a0, doi101038319618a0, doi101038331612a0, doi101038336117a0, doi101038343129a0, doi101038355125a0, doi101073pnas87124576, doi101111j174966321936tb56976x, doi101126science1173046528, doi101128br4111001801977, doi101130001676061951621111ghosw20co2, doi1023073514674, fox1995thermal, openalexw1491459594, openalexw1882072473, openalexw1986779979, openalexw2139291338"
}

La fixation du carbone inorganique en matière organique (autotrophie) est une condition préalable à la vie et définit le point de départ de l'évolution biologique. Dans la biosphère actuelle, le cycle réducteur du pentose phosphate (cycle de Calvin-Benson) est le mécanisme prédominant par lequel de nombreux procaryotes et toutes les plantes fixent le CO(2) en biomasse. Cependant, le fait que cinq voies autotrophes alternatives existent chez les procaryotes est souvent négligé. Ce biais peut entraîner de graves erreurs d'appréciation dans les modèles du cycle global du carbone, dans les hypothèses sur l'évolution du métabolisme et dans les interprétations des registres géologiques. Ici, je passe en revue ces voies alternatives qui diffèrent fondamentalement du cycle de Calvin-Benson. De manière révélatrice, ces cinq voies alternatives reposent sur l'acétyl-coenzyme A, le pivot du métabolisme, exigeant une voie gluconéogénique partant de l'acétyl-coenzyme A et du CO(2). Il semble que la formation d'un acide acétique activé à partir de carbone inorganique représente l'étape initiale vers le métabolisme. Par conséquent, les biosynthèses ont probablement commencé à partir d'acide acétique activé et la gluconéogenèse a précédé la glycolyse.

@article{doi101146annurevmicro090110102801,
    author = "Fuchs, Georg",
    title = "Alternative Pathways of Carbon Dioxide Fixation: Insights into the Early Evolution of Life?",
    year = "2010",
    journal = "Annual Review of Microbiology",
    abstract = "The fixation of inorganic carbon into organic material (autotrophy) is a prerequisite for life and sets the starting point of biological evolution. In the extant biosphere the reductive pentose phosphate (Calvin-Benson) cycle is the predominant mechanism by which many prokaryotes and all plants fix CO(2) into biomass. However, the fact that five alternative autotrophic pathways exist in prokaryotes is often neglected. This bias may lead to serious misjudgments in models of the global carbon cycle, in hypotheses on the evolution of metabolism, and in interpretations of geological records. Here, I review these alternative pathways that differ fundamentally from the Calvin-Benson cycle. Revealingly, these five alternative pathways pivot on acetyl-coenzyme A, the turntable of metabolism, demanding a gluconeogenic pathway starting from acetyl-coenzyme A and CO(2). It appears that the formation of an activated acetic acid from inorganic carbon represents the initial step toward metabolism. Consequently, biosyntheses likely started from activated acetic acid and gluconeogenesis preceded glycolysis.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev-micro-090110-102801",
    doi = "10.1146/annurev-micro-090110-102801",
    openalex = "W2130107304",
    references = "doi101002bies200900131, doi101002cbdv200790052, doi101007bf00032643, doi101038nrmicro1852, doi101038nrmicro1991, doi10108010409230490460765"
}

Comprendre comment un système chimique simple peut répliquer avec précision une information combinatoire, telle qu'une séquence, est une question importante tant pour l'étude de la vie dans l'univers que pour le développement de techniques de conception moléculaire évolutive. Lors de la réplication biologique de séquences, un polymère d'acide nucléique sert de matrice pour l'assemblage d'une séquence complémentaire catalysé par une enzyme. Les enzymes séparent ensuite la matrice et le complément avant le prochain cycle de réplication. Les tentatives visant à comprendre comment la réplication pourrait se produire plus simplement, par exemple sans enzymes, se sont principalement concentrées sur le développement de versions minimales de ce processus de réplication. Ici, nous décrivons comment un mécanisme différent, la croissance et la scission cristallines, peut répliquer avec précision des séquences chimiques sans enzymes. La croissance cristalline propage une séquence de bits tandis que la scission induite mécaniquement crée de nouvelles fronts de croissance. Ensemble, ces processus augmentent exponentiellement le nombre de séquences cristallines. Dans le système que nous décrivons, les séquences sont des arrangements de monomères de tuiles d'ADN au sein de cristaux en forme de ruban. 99,98 % des bits sont copiés correctement et 78 % des séquences de 4 bits sont correctes après deux générations ; environ 40 copies de séquences sont produites par front de croissance par génération. En principe, ce processus est suffisamment précis pour une réplication 1 000 fois supérieure de séquences de 4 bits avec un rendement de 50 %, la réplication de séquences plus longues et l'évolution darwinienne. Nous démontrons ainsi que ni les enzymes ni la formation de liaisons covalentes ne sont nécessaires pour une réplication robuste de séquences chimiques. La forme de l'information répliquée est également compatible avec la réplication et l'évolution d'une large classe de matériaux possédant une géométrie nanométrique précise, tels que les nanostructures plasmoniques ou les assemblages protéiques hétérogènes.

@article{doi101073pnas1117813109,
    author = "Schulman, Rebecca et Yurke, Bernard et Winfree, Erik",
    title = "Robuste auto-réplication de l'information combinatoire via la croissance et la scission cristallines",
    year = "2012",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Comprendre comment un système chimique simple peut répliquer avec précision une information combinatoire, telle qu'une séquence, est une question importante tant pour l'étude de la vie dans l'univers que pour le développement de techniques de conception moléculaire évolutive. Lors de la réplication biologique de séquences, un polymère d'acide nucléique sert de matrice pour l'assemblage d'une séquence complémentaire catalysé par une enzyme. Les enzymes séparent ensuite la matrice et le complément avant le prochain cycle de réplication. Les tentatives visant à comprendre comment la réplication pourrait se produire plus simplement, par exemple sans enzymes, se sont principalement concentrées sur le développement de versions minimales de ce processus de réplication. Ici, nous décrivons comment un mécanisme différent, la croissance et la scission cristallines, peut répliquer avec précision des séquences chimiques sans enzymes. La croissance cristalline propage une séquence de bits tandis que la scission induite mécaniquement crée de nouvelles fronts de croissance. Ensemble, ces processus augmentent exponentiellement le nombre de séquences cristallines. Dans le système que nous décrivons, les séquences sont des arrangements de monomères de tuiles d'ADN au sein de cristaux en forme de ruban. 99,98 % des bits sont copiés correctement et 78 % des séquences de 4 bits sont correctes après deux générations ; environ 40 copies de séquences sont produites par front de croissance par génération. En principe, ce processus est suffisamment précis pour une réplication 1 000 fois supérieure de séquences de 4 bits avec un rendement de 50 %, la réplication de séquences plus longues et l'évolution darwinienne. Nous démontrons ainsi que ni les enzymes ni la formation de liaisons covalentes ne sont nécessaires pour une réplication robuste de séquences chimiques. La forme de l'information répliquée est également compatible avec la réplication et l'évolution d'une large classe de matériaux possédant une géométrie nanométrique précise, tels que les nanostructures plasmoniques ou les assemblages protéiques hétérogènes.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1117813109",
    doi = "10.1073/pnas.1117813109",
    openalex = "W2070783600",
    references = "doi101137070680266"
}

Cet article présente une reformulation de la théorie des sources hydrothermales alcalines sous-marines pour l'émergence de la vie en réponse aux récentes découvertes expérimentales. La théorie considère la vie, comme d'autres systèmes d'auto-organisation dans l'Univers, comme une conséquence inévitable de déséquilibres particuliers. Dans ce cas, les déséquilibres étaient deux : (1) en potentiel redox, entre l'hydrogène plus le méthane et les accepteurs d'électrons complétant le circuit tels que le nitrite, le nitrate, le fer ferrique et le dioxyde de carbone, et (2) en gradient de pH entre un océan externe acide et un fluide hydrothermal alcalin. Le CO2 et le CH4 étaient tous deux les sources ultimes de carbone organique, et les sulfures métalliques et les oxyhydroxydes agissaient comme des catalyseurs protoenzymatiques. La réalisation, maintenant âgée de 50 ans, que les gradients traversant les membranes, plutôt que les intermédiaires organiques, jouent un rôle vital dans les opérations de la vie remet en question l'idée de « chimie prébiotique ». Elle informe notre propre suggestion selon laquelle l'expérimentation devrait se tourner vers le genre de nano-moteurs qui ont dû être les précurseurs des moteurs moléculaires – tels que la pyrophosphate synthétase et des similaires entraînés par ces gradients – qui font fonctionner la vie. Ce sont ces convertisseurs d'énergie libre ou de déséquilibres supposés, probablement construits à partir de minéraux composant les premières membranes inorganiques, qui, en tant qu'obstacles aux flux ioniques vectoriels, se présentent comme des candidats pour les futures expériences. Mots-clés : Méthanotrophie – Origine de la vie. Astrobiology 14, 308-343. La fixation du carbone inorganique en matière organique (autotrophie) est une condition préalable à la vie et établit le point de départ de l'évolution biologique. (Fuchs, 2011) Des progrès significatifs supplémentaires avec la famille de H(+)-PPase étroitement liée à la membrane devraient conduire à une meilleure compréhension des exigences de base pour le transport biologique de protons à travers les membranes et son couplage à la phosphorylation. (Baltscheffsky et al., 1999).

@article{doi101089ast20131110,
    author = "Russell, Michael J. et Barge, Laura M. et Bhartia, R. et Bocanegra, Dylan et Bracher, Paul J. et Branscomb, Elbert et Kidd, Richard et McGlynn, Shawn E. et Meier, David H. et Nitschke, Wolfgang et Shibuya, Takazo et Vance, S. et White, Lauren M. et Kanik, I.",
    title = "The Drive to Life on Wet and Icy Worlds",
    year = "2014",
    journal = "Astrobiology",
    abstract = {Cet article présente une reformulation de la théorie des sources hydrothermales alcalines sous-marines pour l'émergence de la vie en réponse aux récentes découvertes expérimentales. La théorie considère la vie, comme d'autres systèmes d'auto-organisation dans l'Univers, comme une conséquence inévitable de déséquilibres particuliers. Dans ce cas, les déséquilibres étaient deux : (1) en potentiel redox, entre l'hydrogène plus le méthane et les accepteurs d'électrons complétant le circuit tels que le nitrite, le nitrate, le fer ferrique et le dioxyde de carbone, et (2) en gradient de pH entre un océan externe acide et un fluide hydrothermal alcalin. Le CO2 et le CH4 étaient tous deux les sources ultimes de carbone organique, et les sulfures métalliques et les oxyhydroxydes agissaient comme des catalyseurs protoenzymatiques. La réalisation, maintenant âgée de 50 ans, que les gradients traversant les membranes, plutôt que les intermédiaires organiques, jouent un rôle vital dans les opérations de la vie remet en question l'idée de « chimie prébiotique ». Elle informe notre propre suggestion selon laquelle l'expérimentation devrait se tourner vers le genre de nano-moteurs qui ont dû être les précurseurs des moteurs moléculaires – tels que la pyrophosphate synthétase et des similaires entraînés par ces gradients – qui font fonctionner la vie. Ce sont ces convertisseurs d'énergie libre ou de déséquilibres supposés, probablement construits à partir de minéraux composant les premières membranes inorganiques, qui, en tant qu'obstacles aux flux ioniques vectoriels, se présentent comme des candidats pour les futures expériences. Mots-clés : Méthanotrophie – Origine de la vie. Astrobiology 14, 308-343. La fixation du carbone inorganique en matière organique (autotrophie) est une condition préalable à la vie et établit le point de départ de l'évolution biologique. (Fuchs, 2011) Des progrès significatifs supplémentaires avec la famille de H(+)-PPase étroitement liée à la membrane devraient conduire à une meilleure compréhension des exigences de base pour le transport biologique de protons à travers les membranes et son couplage à la phosphorylation. (Baltscheffsky et al., 1999).},
    url = "https://doi.org/10.1089/ast.2013.1110",
    doi = "10.1089/ast.2013.1110",
    openalex = "W2081345082",
    references = "doi101002cbdv200790052, doi101016jastropartphys201303001, doi101016jepsl201110040, doi101098rsob130156, doi101128mmbr0001009"
}

@article{doi101007s1108401909580x,
    author = "Mariscal, Carlos et Barahona, Ana et Aubert-Kato, Nathanaël et Aydınoğlu, Arsev Umur et Bartlett, Stuart et Cárdenas, Marı́a Luz et Chandru, Kuhan et Cleland, Carol E. et Cocanougher, Ben et Comfort, Nathaniel et Cornish‐Bowden, Athel et Deacon, Terrence W. et Froese, Tom et Giovannelli, Donato et Hernlund, J. W. et Hut, Piet et Kimura, Jun et Maurel, Marie-Christine et Merino, Nancy et Moreno, Álvaro et Nakagawa, Mayuko et Peretό, Juli et Virgo, Nathaniel et Witkowski, Olaf et Cleaves, Henderson James",
    title = "Hidden Concepts in the History and Philosophy of Origins-of-Life Studies: a Workshop Report",
    year = "2019",
    journal = "Origins of Life and Evolution of Biospheres",
    url = "https://doi.org/10.1007/s11084-019-09580-x",
    doi = "10.1007/s11084-019-09580-x",
    openalex = "W2967455602",
    references = "doi1010079789400989474, doi1010160020711x94901198, doi101038171737a0, doi101038scientificamerican117998, doi10106313050879, doi101103physrevlett59381, doi1023072005041, doi1031389781487589684, openalexw1916207017"
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La recherche sur l'origine de la vie est hautement hétérogène. Après un développement historique particulier, elle inclut encore des points de vue fortement opposés qui pourraient entraver les progrès. Lors de la 1re Réunion interdisciplinaire sur l'origine de la vie, des chercheurs débutants se sont réunis pour explorer les points communs entre les théories et les approches, les points de divergence critiques et les attentes pour l'avenir. Nous constatons que, bien que les approches et théories classiques - par exemple, bottom-up et top-down, monde de l'ARN vs métabolisme en premier - aient été prévalentes dans la recherche sur l'origine de la vie, elles cessent d'être mutuellement exclusives et elles peuvent et devraient alimenter des approches intégratrices. Ici, nous nous concentrons sur les questions pressantes et les développements récents qui relient les disciplines et approches classiques, et mettons en évidence les attentes pour les futurs efforts dans la recherche sur l'origine de la vie.

@article{doi103390life10030020,
    author = "Preiner, Martina et Asche, Silke et Becker, Sidney et Betts, Holly C. et Boniface, Adrien et Camprubí, Eloi et Chandru, Kuhan et Erastova, Valentina et Garg, Sriram G. et Khawaja, Nozair et Kostyrka, Gladys et Machné, Rainer et Moggioli, Giacomo et Muchowska, Kamila B. et Neukirchen, Sinje et Peter, Benedikt et Pichlhöfer, Edith et Radványi, Ádám et Rossetto, Daniele et Salditt, Annalena et Schmelling, Nicolas et Sousa, Filipa L. et Tria, Fernando D. K. et Vörös, Dániel et Xavier, Joana C.",
    title = "The Future of Origin of Life Research: Bridging Decades-Old Divisions",
    year = "2020",
    journal = "Life",
    abstract = "La recherche sur l'origine de la vie est hautement hétérogène. Après un développement historique particulier, elle inclut encore des points de vue fortement opposés qui pourraient entraver les progrès. Lors de la 1re Réunion interdisciplinaire sur l'origine de la vie, des chercheurs débutants se sont réunis pour explorer les points communs entre les théories et les approches, les points de divergence critiques et les attentes pour l'avenir. Nous constatons que, bien que les approches et théories classiques - par exemple, bottom-up et top-down, monde de l'ARN vs métabolisme en premier - aient été prévalentes dans la recherche sur l'origine de la vie, elles cessent d'être mutuellement exclusives et elles peuvent et devraient alimenter des approches intégratrices. Ici, nous nous concentrons sur les questions pressantes et les développements récents qui relient les disciplines et approches classiques, et mettons en évidence les attentes pour les futurs efforts dans la recherche sur l'origine de la vie.",
    url = "https://doi.org/10.3390/life10030020",
    doi = "10.3390/life10030020",
    openalex = "W3007934451",
    references = "branscomb2018frankenstein, doi101002bies201700179, doi101002bies201700182, doi101007bf00623322, doi101007s1108401909580x, doi1010160092867482904147, doi1010160092867483901174, doi101016jchembiol201303012, doi101016jgsf201707007, doi101038319618a0, doi101038nrmicro1931, doi101038nrmicro1991, doi101038s4158601914364, doi101093nargkw1092, doi101126science1173046528, doi101126science1303370245, doi101126science13434891501, doi101126scienceaax2747, doi1020944preprints2018060035v1, doi1020944preprints2018060035v2, doi103390life5021239"
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La vie sur Terre et le code génétique ont évolué autour du tARN et de l'anticodon du tARN. Nous posons que le code génétique a initialement évolué pour synthétiser de la polyglycine en tant qu'agent de pontage pour stabiliser les protocellules. Nous posons que les acides aminés initiaux à entrer dans le code ont occupé des secteurs plus larges du code qui ont ensuite été envahis par les acides aminés entrants. Les déplacements d'acides aminés suivent des règles de sélection. Le code s'est sectorisé d'un code glycine à un code à quatre acides aminés, à un code à huit acides aminés, à un code à environ 16 acides aminés, jusqu'au code standard de 20 acides aminés avec des stops. Les motifs proposés de sectorisation du code sont maintenant les plus apparents à partir des motifs d'évolution des aminoacyl-tARN synthétases. Le verrou anticodon-codon GTPase du facteur d'élongation-Tu qui vérifie la précision de la traduction semble avoir évolué vers le stade d'environ huit acides aminés à environ 16 acides aminés. Avant l'évolution du verrou EF-Tu, nous posons que les positions 1 et 3 de l'anticodon étaient des positions de wobble. Le code génétique a évolué via des erreurs de chargement du tARN et via des modifications enzymatiques des acides aminés joints aux tARN, suivies de la différenciation du tARN et des aminoacyl-tARN synthétases. Les mécanismes de fidélité ont figé le code en inhibant toute innovation ultérieure.

@article{doi103390life10030021,
    author = "Lei, Lei et Burton, Zachary F.",
    title = "Évolution de la vie sur Terre : tARN, aminoacyl-tARN synthétases et code génétique",
    year = "2020",
    journal = "Life",
    abstract = "La vie sur Terre et le code génétique ont évolué autour du tARN et de l'anticodon du tARN. Nous posons que le code génétique a initialement évolué pour synthétiser de la polyglycine en tant qu'agent de pontage pour stabiliser les protocellules. Nous posons que les acides aminés initiaux à entrer dans le code ont occupé des secteurs plus larges du code qui ont ensuite été envahis par les acides aminés entrants. Les déplacements d'acides aminés suivent des règles de sélection. Le code s'est sectorisé d'un code glycine à un code à quatre acides aminés, à un code à huit acides aminés, à un code à environ 16 acides aminés, jusqu'au code standard de 20 acides aminés avec des stops. Les motifs proposés de sectorisation du code sont maintenant les plus apparents à partir des motifs d'évolution des aminoacyl-tARN synthétases. Le verrou anticodon-codon GTPase du facteur d'élongation-Tu qui vérifie la précision de la traduction semble avoir évolué vers le stade d'environ huit acides aminés à environ 16 acides aminés. Avant l'évolution du verrou EF-Tu, nous posons que les positions 1 et 3 de l'anticodon étaient des positions de wobble. Le code génétique a évolué via des erreurs de chargement du tARN et via des modifications enzymatiques des acides aminés joints aux tARN, suivies de la différenciation du tARN et des aminoacyl-tARN synthétases. Les mécanismes de fidélité ont figé le code en inhibant toute innovation ultérieure.",
    url = "https://doi.org/10.3390/life10030021",
    doi = "10.3390/life10030021",
    openalex = "W3009119289",
    references = "doi101007s1108401909580x"
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La question « Qu'est-ce que la vie ? » existe depuis le début de l'histoire enregistrée. Cependant, les contextes scientifique et philosophique de cette question ont changé et été affinés à mesure que les avancées technologiques ont révélé à la fois des détails fins et des connexions larges dans le réseau de la vie sur Terre. Comprendre le cadre de la question « Qu'est-ce que la vie ? » est central pour formuler d'autres questions telles que « Où ailleurs la vie pourrait-elle être ? » et « Comment cherchons-nous la vie ailleurs ? » Bien que de nombreuses questions soient abordées tout au long du Primer d'Astrobiologie 3.0, ce chapitre donne un contexte historique pour définir la vie, met en évidence les caractéristiques conceptuelles partagées par toute la vie sur Terre ainsi que les caractéristiques clés utilisées pour la décrire, discute de son importance pour l'astrobiologie et explore à la fois les défis et les opportunités pour trouver une définition opérationnelle informative.

@article{doi101089ast20210116,
    author = "Colón‐Santos, Stephanie et Vázquez-Salazar, Alberto et Adams, Alyssa et Campillo-Balderas, José Alberto et Hernández-Morales, Ricardo et Jácome, Rodrigo et Muñoz‐Velasco, Israel et Rodriguez, Laura E. et Schaible, Micah J. et Schaible, George A. et Szeinbaum, Nadia et Thweatt, Jennifer L. et Trubl, Gareth",
    title = "Chapitre 2 : Qu'est-ce que la vie ?",
    year = "2024",
    journal = "Astrobiology",
    abstract = {La question « Qu'est-ce que la vie ? » existe depuis le début de l'histoire enregistrée. Cependant, les contextes scientifique et philosophique de cette question ont changé et été affinés à mesure que les avancées technologiques ont révélé à la fois des détails fins et des connexions larges dans le réseau de la vie sur Terre. Comprendre le cadre de la question « Qu'est-ce que la vie ? » est central pour formuler d'autres questions telles que « Où ailleurs la vie pourrait-elle être ? » et « Comment cherchons-nous la vie ailleurs ? » Bien que de nombreuses questions soient abordées tout au long du Primer d'Astrobiologie 3.0, ce chapitre donne un contexte historique pour définir la vie, met en évidence les caractéristiques conceptuelles partagées par toute la vie sur Terre ainsi que les caractéristiques clés utilisées pour la décrire, discute de son importance pour l'astrobiologie et explore à la fois les défis et les opportunités pour trouver une définition opérationnelle informative.},
    url = "https://doi.org/10.1089/ast.2021.0116",
    doi = "10.1089/ast.2021.0116",
    openalex = "W4392930411",
    references = "doi101007s1108401909580x"
}