Darwin

@misc{kellogg1907darwinism1,
    author = "Kellogg, V. L",
    title = "Darwinism to-day",
    year = "1907",
    howpublished = "London, England, Bell \& Sons",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Kellogg, V. L., 1907, Darwinism to-day: London, England, Bell \& Sons.}"
}

@book{lack1947darwins4,
    author = "Lack, D",
    title = "Darwin's Finches",
    year = "1947",
    publisher = "An essay on the General Biological Theory of Evolution: Cambridge, Cambridge University Press",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Lack, D., 1947, Darwin's Finches: An essay on the General Biological Theory of Evolution: Cambridge, Cambridge University Press.}"
}

@misc{moorehead1969darwin5,
    author = "Moorehead, A",
    title = "Darwin et le Beagle",
    year = "1969",
    howpublished = "Londres, Hamish Hamilton",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Moorehead, A., 1969, Darwin et le Beagle : Londres, Hamish Hamilton.}"
}

@book{keynes1979the2,
    author = "Keynes, R. D",
    title = "The Beagle Record",
    year = "1979",
    publisher = "Cambridge, Cambridge University Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Keynes, R. D., 1979, The Beagle Record : Cambridge, Cambridge University Press.}"
}

La survie des pinsons de Darwin lors d'une sécheresse sur l'île Daphne Major n'a pas été aléatoire. Les grands oiseaux, en particulier les mâles à gros bec, ont survécu le mieux car ils étaient capables de briser les grosses graines dures qui prédominaient durant la sécheresse. Les intensités de sélection, calculées selon la méthode d'O'Donald, sont les plus élevées jamais enregistrées pour une population de vertébrés.

@article{doi101126science214451682,
    author = "Boag, Peter T. et Grant, Peter R.",
    title = "Sélection naturelle intense dans une population de pinsons de Darwin (Geospizinae) aux Galápagos",
    year = "1981",
    journal = "Science",
    abstract = "La survie des pinsons de Darwin lors d'une sécheresse sur l'île Daphne Major n'a pas été aléatoire. Les grands oiseaux, en particulier les mâles à gros bec, ont survécu le mieux car ils étaient capables de briser les grosses graines dures qui prédominaient durant la sécheresse. Les intensités de sélection, calculées selon la méthode d'O'Donald, sont les plus élevées jamais enregistrées pour une population de vertébrés.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.214.4516.82",
    doi = "10.1126/science.214.4516.82",
    openalex = "W2070036851"
}

@book{ospovat1981the6,
    author = "Ospovat, D",
    title = "The Development of Darwin's Theory",
    year = "1981",
    publisher = "Natural History, Natural Theology, and Natural Selection, 1838-1859: Cambridge, Cambridge University Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Ospovat, D., 1981, The Development of Darwin's Theory: Natural History, Natural Theology, and Natural Selection, 1838-1859: Cambridge, Cambridge University Press.}"
}

@article{doi101007bf00132004,
    author = "Sulloway, Frank J.",
    title = "Darwin et ses pinsons : L'évolution d'une légende",
    year = "1982",
    journal = "Journal of the History of Biology",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf00132004",
    doi = "10.1007/bf00132004",
    openalex = "W2020068972",
    references = "doi101007bf00133143, doi10106313050879, doi1023071421785, doi1023071868881, doi1023072217783, doi1023072412932, doi105962bhltitle4489, doi105962bhltitle50683, doi105962bhltitle59991, doi105962bhltitle82303, openalexw1973833797, openalexw645218623"
}

@article{doi101007bf00133143,
    author = "Sulloway, Frank J.",
    title = "Darwin's conversion: The Beagle voyage and its aftermath",
    year = "1982",
    journal = "Journal of the History of Biology",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf00133143",
    doi = "10.1007/bf00133143",
    openalex = "W1987884313",
    references = "doi101007bf00132004, doi101126science18341301164, doi1023071421785, doi1023071868881, doi1023072412191, doi105962bhltitle46249, doi105962bhltitle50683, doi105962bhltitle50860, doi105962bhltitle59991, doi105962bhltitle82303, doi105962bhltitle84435, hindle1964charles, openalexw1600651929"
}

@article{sulloway1982darwin7,
    author = "Sulloway, F",
    title = "Darwin et ses pinsons",
    year = "1982",
    journal = "l'évolution d'une légende : Journal of Historical Biology, v. 15, p. 1-53",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Sulloway, F., 1982, Darwin et ses pinsons : l'évolution d'une légende : Journal of Historical Biology, v. 15, p. 1-53.}"
}

Partie I. Description : 1. Scène des Galápagos 2. Classification 3. Écologie 4. Plumage femelle 5. Plumage mâle et sélection sexuelle 6. Différences de bec et nourriture 7. Différences de taille entre formes insulaires 8. Différences de taille entre espèces 9. Variation individuelle 10. Hybridation 11. Un arbre évolutif Partie II. Interprétation : 12. L'origine de la faune des Galápagos 13. L'origine des sous-espèces 14. L'origine des espèces 15. La persistance des espèces 16. Radiation adaptative Résumé Remerciements Tableaux de mesures Références Index.

@book{openalexw1973833797,
    author = "Lack, David",
    title = "Darwin's Finches",
    year = "1983",
    journal = "Medical Entomology and Zoology",
    abstract = "Partie I. Description : 1. Scène des Galápagos 2. Classification 3. Écologie 4. Plumage femelle 5. Plumage mâle et sélection sexuelle 6. Différences de bec et nourriture 7. Différences de taille entre formes insulaires 8. Différences de taille entre espèces 9. Variation individuelle 10. Hybridation 11. Un arbre évolutif Partie II. Interprétation : 12. L'origine de la faune des Galápagos 13. L'origine des sous-espèces 14. L'origine des espèces 15. La persistance des espèces 16. Radiation adaptative Résumé Remerciements Tableaux de mesures Références Index.",
    openalex = "W1973833797"
}

Une procédure est développée et appliquée pour évaluer des explications alternatives aux modèles morphologiques dans les communautés de pinsons terrestres de Darwin. La première étape de la procédure consiste à calculer la densité de population attendue pour une espèce de pinson solitaire hypothétique sur une île, en fonction de la profondeur du bec. Cela a été fait pour 15 îles des Galápagos où les caractéristiques alimentaires ont été mesurées. La deuxième étape implique la construction de communautés de pinsons hypothétiques pour ces îles en utilisant cinq modèles différents. Les modèles diffèrent par la mesure dans laquelle les processus d'assemblage et/ou d'évolution favorisent les espèces de haute densité attendue, et par la mesure dans laquelle la compétition interspécifique influence ces processus. En comparant les prédictions des modèles aux communautés réelles, les rôles de l'approvisionnement alimentaire et de la compétition peuvent être évalués. Les résultats révèlent que la densité attendue est généralement une fonction polymodale de la profondeur du bec. Les îles diffèrent considérablement par la forme de leurs fonctions de densité. Les tailles moyennes des becs des espèces réellement présentes sur chaque île correspondent aux maxima locaux de la densité attendue. Cependant, deux espèces n'occupent jamais le même ou des maxima locaux très proches. Des modèles simples incorporant les effets de l'approvisionnement alimentaire et de la compétition interspécifique sur l'assemblage/évolution sont montrés pour prédire avec précision les modèles morphologiques observés. Les résultats soutiennent l'hypothèse que l'approvisionnement alimentaire et la compétition interspécifique ont déterminé les propriétés morphologiques dans les communautés de ces pinsons.

@article{doi101086284196,
    author = "Schluter, Dolph and Grant, Peter R.",
    title = "Déterminants des modèles morphologiques dans les communautés de pinsons de Darwin",
    year = "1984",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "Une procédure est développée et appliquée pour évaluer des explications alternatives aux modèles morphologiques dans les communautés de pinsons terrestres de Darwin. La première étape de la procédure consiste à calculer la densité de population attendue pour une espèce de pinson solitaire hypothétique sur une île, en fonction de la profondeur du bec. Cela a été fait pour 15 îles des Galápagos où les caractéristiques alimentaires ont été mesurées. La deuxième étape implique la construction de communautés de pinsons hypothétiques pour ces îles en utilisant cinq modèles différents. Les modèles diffèrent par la mesure dans laquelle les processus d'assemblage et/ou d'évolution favorisent les espèces de haute densité attendue, et par la mesure dans laquelle la compétition interspécifique influence ces processus. En comparant les prédictions des modèles aux communautés réelles, les rôles de l'approvisionnement alimentaire et de la compétition peuvent être évalués. Les résultats révèlent que la densité attendue est généralement une fonction polymodale de la profondeur du bec. Les îles diffèrent considérablement par la forme de leurs fonctions de densité. Les tailles moyennes des becs des espèces réellement présentes sur chaque île correspondent aux maxima locaux de la densité attendue. Cependant, deux espèces n'occupent jamais le même ou des maxima locaux très proches. Des modèles simples incorporant les effets de l'approvisionnement alimentaire et de la compétition interspécifique sur l'assemblage/évolution sont montrés pour prédire avec précision les modèles morphologiques observés. Les résultats soutiennent l'hypothèse que l'approvisionnement alimentaire et la compétition interspécifique ont déterminé les propriétés morphologiques dans les communautés de ces pinsons.",
    url = "https://doi.org/10.1086/284196",
    doi = "10.1086/284196",
    openalex = "W2015341730",
    references = "doi10100797814899732526, doi101007bf00132004, doi101016004058097690054x, doi101093auk972321, doi101111j155856461976tb00911x, doi1023071937166, doi1023072288753, doi1023072405671, doi1023072984653, openalexw1973833797"
}

La visite historique de Charles Darwin aux îles Galápagos en 1835 représente un jalon dans les annales de la science. Mais contrairement à la légende qui entoure depuis longtemps la célèbre visite de Darwin aux Galápagos, il continua à croire que les espèces étaient immuables pendant près d'un an et demi après avoir quitté ces îles. Ce délai dans l'appréciation évolutionniste de Darwin concernant les preuves des Galápagos est largement dû à de nombreuses idées fausses qu'il entretenait sur les îles et leurs habitants organiques uniques lors du voyage du Beagle. Par exemple, Darwin a à tort pensé que la tortue des Galápagos – dont les spécimens adultes il n'a pas collectés à des fins scientifiques – n'était pas indigène de ces îles. Ainsi, il a apparemment interprété les rapports de différences d'île en île parmi les tortues comme analogues aux changements couramment subis par les espèces retirées de leurs habitats naturels. Quant aux pinsons de Darwin, Darwin a initialement échoué à reconnaître la nature étroitement liée du groupe, confondant certaines espèces avec les formes qu'elles semblent, par radiation adaptative, imiter. De plus, les informations de localité qu'il a publiées plus tard pour ses spécimens de pinsons des Galápagos ont été dérivées presque entièrement des collections de trois autres compagnons de bord du Beagle, après son retour en Angleterre. Même après qu'il soit devenu évolutionniste, en mars 1837 (lorsqu'il a discuté de ses oiseaux des Galápagos avec l'éminent ornithologue John Gould), la compréhension théorique de Darwin de l'évolution dans les Galápagos a continué à subir des développements significatifs pendant presque aussi longtemps qu'il lui a fallu pour publier L'Origine des espèces (1859). La légende Darwin-Galápagos, avec son portrait romantique de l'insight « eureka-like » de Darwin sur les Galápagos comme un « laboratoire d'évolution » microcosmique, masque la nature complexe de la découverte scientifique et, par conséquent, la véritable nature du génie de Darwin.

@article{doi101111j109583121984tb02052x,
    author = "Sulloway, Frank J.",
    title = "Darwin and the Galapagos",
    year = "1984",
    journal = "Biological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "Charles Darwin's historic visit to the Galápagos Islands in 1835 represents a landmark in the annals of science. But contrary to the legend long surrounding Darwin's famous Galápagos visit, he continued to believe that species were immutable for nearly a year and a half after leaving these islands. This delay in Darwin's evolutionary appreciation of the Galápagos evidence is largely owing to numerous misconceptions that he entertained about the islands, and their unique organic inhabitants, during the Beagle voyage. For example, Darwin mistakenly thought that the Galápagos tortoise–adult specimens of which he did not collect for scientific purposes–was not native to these islands. Hence he apparently interpreted reports of island-to-island differences among the tortoises as analogous to changes that are commonly undergone by species removed from their natural habitats. As for Darwin's finches, Darwin initially failed to recognize the closely related nature of the group, mistaking certain species for the forms that they appear, through adaptive radiation, to mimic. Moreover, what locality information he later published for his Galápagos finch specimens was derived almost entirely from the collections of three other Beagle shipmates, following his return to England. Even after he became an evolutionist, in March of 1837 (when he discussed his Galápagos birds with the eminent ornithologist John Gould), Darwin's theoretical understanding of evolution in the Galápagos continued to undergo significant developments for almost as many years as it took him to publish the Origin of Species (1859). The Darwin-Galápagos legend, with its romantic portrait of Darwin's ‘eureka-like’ insight into the Galápagos as a microcosmic ‘laboratory of evolution’, masks the complex nature of scientific discovery, and, thereby, the real nature of Darwin's genius.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1095-8312.1984.tb02052.x",
    doi = "10.1111/j.1095-8312.1984.tb02052.x",
    openalex = "W2081541193",
    references = "doi10106313050879, doi101126science214451682, doi1023071421785, doi1023072412191, doi105962bhltitle59991, doi105962bhltitle82303, doi105962bhltitle84435, openalexw2997954996"
}

@book{kohn1985the3,
    author = "Kohn, D",
    title = "The Darwinian Heritage",
    year = "1985",
    publisher = "Princeton, Princeton University Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Kohn, D., 1985, The Darwinian Heritage : Princeton, Princeton University Press.}"
}

@article{doi1010160169534787900280,
    author = "Pimm, Stuart L.",
    title = "Écologie et évolution des pinsons de Darwin",
    year = "1987",
    journal = "Trends in Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/0169-5347(87)90028-0",
    doi = "10.1016/0169-5347(87)90028-0",
    openalex = "W2154327289",
    references = "doi101017cbo9780511693281002"
}

@article{doi105962p314520,
    author = "Porter, Duncan M.",
    title = "Notes de Darwin sur les plantes du Beagle",
    year = "1987",
    journal = "Bulletin of the British Museum (Natural History) Historical Series",
    url = "https://doi.org/10.5962/p.314520",
    doi = "10.5962/p.314520",
    openalex = "W3166623575"
}

Après sa célèbre visite aux îles Galápagos, Darwin a spéculé que l'on pourrait imaginer qu'à partir d'une origine pauvre en oiseaux dans cet archipel, une seule espèce a été prise et modifiée pour des fins différentes. Ce livre est le compte rendu classique de ce que nous avons appris depuis sur l'évolution de ces oiseaux remarquables. Basé sur plus d'une décennie de recherches, Grant montre comment la compétition interspécifique et la sélection naturelle agissent suffisamment fortement sur les populations contemporaines pour produire un changement évolutif observable et mesurable. Dans cette nouvelle édition, Grant décrit les nouvelles découvertes faites dans les treize années depuis la publication du livre. Ecology and Evolution of Darwin's Finches est un compte rendu extraordinaire de l'évolution en action.

@article{doi1023074785,
    author = "Snow, D. W. and Grant, Peter R.",
    title = "Ecology and Evolution of Darwin's Finches",
    year = "1988",
    journal = "Journal of Animal Ecology",
    abstract = "Après sa célèbre visite aux îles Galápagos, Darwin a spéculé que l'on pourrait imaginer qu'à partir d'une origine pauvre en oiseaux dans cet archipel, une seule espèce a été prise et modifiée pour des fins différentes. Ce livre est le compte rendu classique de ce que nous avons appris depuis sur l'évolution de ces oiseaux remarquables. Basé sur plus d'une décennie de recherches, Grant montre comment la compétition interspécifique et la sélection naturelle agissent suffisamment fortement sur les populations contemporaines pour produire un changement évolutif observable et mesurable. Dans cette nouvelle édition, Grant décrit les nouvelles découvertes faites dans les treize années depuis la publication du livre. Ecology and Evolution of Darwin's Finches est un compte rendu extraordinaire de l'évolution en action.",
    url = "https://doi.org/10.2307/4785",
    doi = "10.2307/4785",
    openalex = "W2005862991"
}

La variation de la longueur des allèles à 16 loci microsatellites a été utilisée pour estimer la phylogénie de 13 des 14 espèces de pinsons de Darwin. La topologie résultante était similaire aux phylogénies précédentes basées sur la variation morphologique et des allozymes. Un résultat inattendu a été que la divergence génétique parmi les populations de l'île des Galápagos du pinson chanteur (Certhidea olivacea) précède la radiation de tous les autres pinsons de Darwin. Cette séparation profonde est surprenante au vu de la différenciation morphologique relativement faible parmi les populations de Certhidea et soutient l'hypothèse que l'ancêtre de tous les pinsons de Darwin était phénotypiquement similaire à Certhidea. Les résultats résolvent également un problème biogéographique : le pinson de l'île de Cocos a évolué après que la radiation des pinsons des Galápagos était en cours, soutenant l'hypothèse que cette île lointaine a été colonisée depuis les îles des Galápagos. Des relations monophylétiques sont soutenues pour les deux grands groupes, les pinsons terrestres (Geospiza) et les pinsons arboricoles (Camarhynchus et Cactospiza), bien que le pinson végétarien (Platyspiza crassirostris) semble avoir divergé avant la séparation des pinsons terrestres et arboricoles. Ces résultats démontrent l'utilisation des microsatellites pour reconstruire les phylogénies d'espèces étroitement apparentées et interpréter leurs histoires évolutives et biogéographiques.

@article{doi101098rspb19990641,
    author = "Petren, Kenneth et Grant, B. Rosemary et Grant, Peter R.",
    title = "Une phylogénie des pinsons de Darwin basée sur la variation de la longueur de l'ADN microsatellite",
    year = "1999",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "La variation de la longueur des allèles à 16 loci microsatellites a été utilisée pour estimer la phylogénie de 13 des 14 espèces de pinsons de Darwin. La topologie résultante était similaire aux phylogénies précédentes basées sur la variation morphologique et des allozymes. Un résultat inattendu a été que la divergence génétique parmi les populations de l'île des Galápagos du pinson chanteur (Certhidea olivacea) précède la radiation de tous les autres pinsons de Darwin. Cette séparation profonde est surprenante au vu de la différenciation morphologique relativement faible parmi les populations de Certhidea et soutient l'hypothèse que l'ancêtre de tous les pinsons de Darwin était phénotypiquement similaire à Certhidea. Les résultats résolvent également un problème biogéographique : le pinson de l'île de Cocos a évolué après que la radiation des pinsons des Galápagos était en cours, soutenant l'hypothèse que cette île lointaine a été colonisée depuis les îles des Galápagos. Des relations monophylétiques sont soutenues pour les deux grands groupes, les pinsons terrestres (Geospiza) et les pinsons arboricoles (Camarhynchus et Cactospiza), bien que le pinson végétarien (Platyspiza crassirostris) semble avoir divergé avant la séparation des pinsons terrestres et arboricoles. Ces résultats démontrent l'utilisation des microsatellites pour reconstruire les phylogénies d'espèces étroitement apparentées et interpréter leurs histoires évolutives et biogéographiques.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.1999.0641",
    doi = "10.1098/rspb.1999.0641",
    openalex = "W2001166438",
    references = "doi1010079781461523819, doi101086282771, doi101093genetics1391463, doi101093genetics1441389, doi101093hmg281123, doi101093oso97801951218340030001, doi101111jbi14281, doi101126science1553760279, doi1023074785, doi104324978020376680411, openalexw3199943451"
}

@article{doi10103835051570,
    author = "Podos, Jeffrey",
    title = "Correlated evolution of morphology and vocal signal structure in Darwin's finches",
    year = "2001",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/35051570",
    doi = "10.1038/35051570",
    openalex = "W1680083609",
    references = "doi1010160169534787900280, doi101086284325, doi101086284398, doi101086413215, doi101093aibsbulletin2214b, doi101098rspb19990641, doi101111j155856461993tb01257x, doi101126science2875451306, doi1023071439305, doi1023074785, doi104159harvard9780674865327, openalexw2128666103"
}

L'évolution peut être prédigée à court terme à partir de la connaissance de la sélection et de l'hérédité. Cependant, à long terme, l'évolution est imprévisible car les environnements, qui déterminent les directions et les amplitudes des coefficients de sélection, fluctuent de manière imprévisible. Ces deux caractéristiques de l'évolution, le prévisible et l'imprévisible, sont démontrées dans une étude de deux populations de pinsons de Darwin sur l'île des Galápagos Daphne Major. De 1972 à 2001, Geospiza fortis (pinson des terres moyen) et Geospiza scandens (pinson de cactus) ont changé plusieurs fois en ce qui concerne la taille corporelle et deux caractéristiques du bec. La sélection naturelle s'est produite fréquemment chez les deux espèces et a varié de unidirectionnelle à oscillante, épisodique à graduelle. L'hybridation s'est produite à plusieurs reprises, bien que rarement, entraînant des variances phénotypiques élevées chez G. scandens et un changement de forme du bec. Les états phénotypiques des deux espèces à la fin de l'étude de 30 ans ne pouvaient pas être prédits au début. Des études continues et à long terme sont nécessaires pour détecter et interpréter des événements rares mais importants et des changements évolutifs non uniformes.

@article{doi101126science1070315,
    author = "Grant, Peter R. and Grant, B. Rosemary",
    title = "Unpredictable Evolution in a 30-Year Study of Darwin's Finches",
    year = "2002",
    journal = "Science",
    abstract = "L'évolution peut être prédite à court terme à partir de la connaissance de la sélection et de l'hérédité. Cependant, à long terme, l'évolution est imprévisible car les environnements, qui déterminent les directions et les amplitudes des coefficients de sélection, fluctuent de manière imprévisible. Ces deux caractéristiques de l'évolution, le prévisible et l'imprévisible, sont démontrées dans une étude de deux populations de pinsons de Darwin sur l'île des Galápagos Daphne Major. De 1972 à 2001, Geospiza fortis (pinson des terres moyen) et Geospiza scandens (pinson de cactus) ont changé plusieurs fois en ce qui concerne la taille corporelle et deux caractéristiques du bec. La sélection naturelle s'est produite fréquemment chez les deux espèces et a varié de unidirectionnelle à oscillante, épisodique à graduelle. L'hybridation s'est produite à plusieurs reprises, bien que rarement, entraînant des variances phénotypiques élevées chez G. scandens et un changement de forme du bec. Les états phénotypiques des deux espèces à la fin de l'étude de 30 ans ne pouvaient pas être prédits au début. Des études continues et à long terme sont nécessaires pour détecter et interpréter des événements rares mais importants et des changements évolutifs non uniformes.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1070315",
    doi = "10.1126/science.1070315",
    openalex = "W2104511903",
    references = "doi10103827900, doi101073pnas91156808, doi101086319193, doi101093oso97801950997440010001, doi101093oso97801985498330010001, doi101098rspb19980514, doi1023074785, doi105860choice350883, openalexw1546962148, openalexw1840956397, openalexw2080618944"
}

Les pinsons de Darwin sont un exemple classique de la diversification des espèces par sélection naturelle. Leur impressionnante variation de la morphologie du bec est associée à l'exploitation d'une variété de niches écologiques, mais ses bases développementales sont inconnues. Nous avons effectué une analyse comparative des motifs d'expression de divers facteurs de croissance chez les espèces composant le genre Geospiza. Nous avons constaté que l'expression de Bmp4 dans le mésenchyme des becs supérieurs était fortement corrélée à une morphologie du bec profonde et large. Lorsqu'elle est mal exprimée chez des embryons de poulet, Bmp4 provoque des transformations morphologiques parallèles à la morphologie du bec du gros pinson terrestre G. magnirostris.

@article{doi101126science1098095,
    author = "Abzhanov, Arhat et Protas, Meredith et Grant, B. Rosemary et Grant, Peter R. et Tabin, Clifford J.",
    title = "Bmp4 et la variation morphologique des becs chez les pinsons de Darwin",
    year = "2004",
    journal = "Science",
    abstract = "Les pinsons de Darwin sont un exemple classique de la diversification des espèces par sélection naturelle. Leur impressionnante variation de la morphologie du bec est associée à l'exploitation d'une variété de niches écologiques, mais ses bases développementales sont inconnues. Nous avons effectué une analyse comparative des motifs d'expression de divers facteurs de croissance chez les espèces composant le genre Geospiza. Nous avons constaté que l'expression de Bmp4 dans le mésenchyme des becs supérieurs était fortement corrélée à une morphologie du bec profonde et large. Lorsqu'elle est mal exprimée chez des embryons de poulet, Bmp4 provoque des transformations morphologiques parallèles à la morphologie du bec du gros pinson terrestre G. magnirostris.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1098095",
    doi = "10.1126/science.1098095",
    openalex = "W2046108663",
    references = "doi101093oso97801985052350010001, doi101098rspb19990641, doi101126science1077827, doi101126science1098109, doi101242dev00397, doi101242dev1242391, doi101242dev12751095, doi101242dev128142755, doi1023074785"
}

Lorsque Charles Darwin, alors âgé de 22 ans, vit pour la première fois le HMS Beagle, il pensa qu'il ressemblait à un épave plutôt qu'à un navire commissionné pour faire le tour du monde. Mais il fit effectivement le tour du monde, emmenant Darwin en Amérique du Sud, en Australie, en Nouvelle-Zélande, à Tahiti, et bien sûr aux îles Galápagos, dans un voyage de découverte qui dura presque cinq ans. Maintenant, dans Fossils, Finches and Fuegians, Richard Keynes, le petit-fils de Darwin, offre le premier compte rendu moderne et complet de l'expédition révolutionnaire de Darwin. Ce fut la grande aventure de la vie de Charles Darwin. En effet, ce serait une grande aventure pour quiconque : suivre un condor au Chili, survivre au grand séisme de 1835, traverser le pays à cheval en compagnie de gauchos, observer des baleines sautant vers le ciel au large de la Terre de Feu, chasser des autruches avec un bolo, découvrir des fossiles préhistoriques et des espèces inconnues, et rencontrer des peuples primitifs tels que les Fuegians. Keynes capture de nombreux merveilles naturelles que Darwin a observées, y compris une incroyable nuée de papillons d'un mile de large et de dix miles de long. Keynes éclaire également le travail scientifique de Darwin - ses découvertes importantes en géologie et en biologie - et retrace la lente révolution dans la pensée de Darwin sur les espèces et la manière dont elles pourraient évoluer. De nombreuses illustrations - la plupart par des artistes qui ont voyagé avec Darwin sur le Beagle - ornent les pages, y compris des dessins finement rendus de nombreux points d'intérêt discutés dans le livre. Il n'y a probablement jamais eu d'expédition scientifique plus grande ou plus importante que le voyage de Darwin sur le Beagle. Rempli de détails colorés de la vie à bord du navire et dans la nature sauvage, voici un portrait fascinant de Charles Darwin et de la science du XIXe siècle.

@article{doi105860choice413408,
    title = "Fossils, finches and Fuegians : les aventures et découvertes de Darwin sur le Beagle",
    year = "2004",
    journal = "Choice Reviews Online",
    abstract = "Lorsque Charles Darwin, alors âgé de 22 ans, vit pour la première fois le HMS Beagle, il pensa qu'il ressemblait à un épave plutôt qu'à un navire commissionné pour faire le tour du monde. Mais il fit effectivement le tour du monde, emmenant Darwin en Amérique du Sud, en Australie, en Nouvelle-Zélande, à Tahiti, et bien sûr aux îles Galápagos, dans un voyage de découverte qui dura presque cinq ans. Maintenant, dans Fossils, Finches and Fuegians, Richard Keynes, le petit-fils de Darwin, offre le premier compte rendu moderne et complet de l'expédition révolutionnaire de Darwin. Ce fut la grande aventure de la vie de Charles Darwin. En effet, ce serait une grande aventure pour quiconque : suivre un condor au Chili, survivre au grand séisme de 1835, traverser le pays à cheval en compagnie de gauchos, observer des baleines sautant vers le ciel au large de la Terre de Feu, chasser des autruches avec un bolo, découvrir des fossiles préhistoriques et des espèces inconnues, et rencontrer des peuples primitifs tels que les Fuegians. Keynes capture de nombreux merveilles naturelles que Darwin a observées, y compris une incroyable nuée de papillons d'un mile de large et de dix miles de long. Keynes éclaire également le travail scientifique de Darwin - ses découvertes importantes en géologie et en biologie - et retrace la lente révolution dans la pensée de Darwin sur les espèces et la manière dont elles pourraient évoluer. De nombreuses illustrations - la plupart par des artistes qui ont voyagé avec Darwin sur le Beagle - ornent les pages, y compris des dessins finement rendus de nombreux points d'intérêt discutés dans le livre. Il n'y a probablement jamais eu d'expédition scientifique plus grande ou plus importante que le voyage de Darwin sur le Beagle. Rempli de détails colorés de la vie à bord du navire et dans la nature sauvage, voici un portrait fascinant de Charles Darwin et de la science du XIXe siècle.",
    url = "https://doi.org/10.5860/choice.41-3408",
    doi = "10.5860/choice.41-3408",
    openalex = "W650425722"
}

@article{doi101038nature04843,
    author = "Abzhanov, Arhat et Kuo, Winston Patrick et Hartmann, Christine et Grant, B. Rosemary et Grant, Peter R. et Tabin, Clifford J.",
    title = "The calmodulin pathway and evolution of elongated beak morphology in Darwin's finches",
    year = "2006",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature04843",
    doi = "10.1038/nature04843",
    openalex = "W2074067714",
    references = "doi101002jmor1050880104, doi10103841786, doi101038nature02415, doi101098rspb19990641, doi101126science1070315, doi101126science1098095, doi101242dev1212333, doi10129879780300128673, doi1023074785, doi105860choice434010, openalexw2128666103"
}

@article{doi105860choice455580,
    title = "Comment et pourquoi les espèces se multiplient : la radiation des pinsons de Darwin",
    year = "2008",
    journal = "Choice Reviews Online",
    url = "https://doi.org/10.5860/choice.45-5580",
    doi = "10.5860/choice.45-5580",
    openalex = "W1488644339"
}

@article{doi101007s1073900991899,
    author = "Brinkman, Paul D.",
    title = "Charles Darwin’s Beagle Voyage, Succession des Vertébrés Fossiles, et « La Naissance et la Mort Graduelles des Espèces »",
    year = "2009",
    journal = "Journal of the History of Biology",
    url = "https://doi.org/10.1007/s10739-009-9189-9",
    doi = "10.1007/s10739-009-9189-9",
    openalex = "W2016832898",
    references = "doi101007s1205200801032, doi101177007327538402200401, doi105860choice413408"
}

INTRODUCTION Les pinsons des îles Galápagos ont été décrits pour la première fois par Charles Darwin lors de son voyage à bord du HMS Beagle en 1835. Depuis lors, grâce aux travaux ultérieurs de nombreux biologistes, les pinsons de Darwin sont devenus un exemple classique de manuel pour de nombreux processus importants en évolution. Aujourd'hui, ce groupe d'oiseaux continue d'être une source d'informations significative sur des processus tels que la spéciation, la partition des niches, l'adaptation morphologique et l'écologie des espèces. Les environ 14 espèces de pinsons de Darwin sont étroitement liées les unes aux autres et présentent un degré remarquable de diversité dans les formes et les tailles des becs qui sont adaptés à différentes sources de nourriture (par exemple, graines, insectes et même jeunes feuilles ou le sang d'oiseaux marins) dans un environnement autrement rare. Par exemple, les becs profonds et larges des pinsons de terre, l'un des sous-groupes des pinsons de Darwin, sont utilisés pour se nourrir de graines, tandis que les pinsons de cactus utilisent leurs becs allongés et étroits pour sonder les fruits et les fleurs de cactus. Ces différences de formes de bec ne sont pas dues à leur utilisation différentielle ou à d'autres facteurs externes ; au contraire, les différences sont régulées génétiquement et développementalement et peuvent être observées et étudiées pendant l'embryogenèse. Par conséquent, les pinsons de Darwin deviennent un animal non modèle et un système aviaire très utiles pour étudier la base moléculaire des changements morphologiques pendant l'évolution.

@article{doi101101pdbemo119,
    author = "Abzhanov, Arhat",
    title = "Darwin's Finches : Analyse des changements morphologiques du bec pendant l'évolution : Figure 1.",
    year = "2009",
    journal = "Cold Spring Harbor Protocols",
    abstract = "INTRODUCTION Les pinsons des îles Galápagos ont été décrits pour la première fois par Charles Darwin lors de son voyage à bord du HMS Beagle en 1835. Depuis lors, grâce aux travaux ultérieurs de nombreux biologistes, les pinsons de Darwin sont devenus un exemple classique de manuel pour de nombreux processus importants en évolution. Aujourd'hui, ce groupe d'oiseaux continue d'être une source d'informations significative sur des processus tels que la spéciation, la partition des niches, l'adaptation morphologique et l'écologie des espèces. Les environ 14 espèces de pinsons de Darwin sont étroitement liées les unes aux autres et présentent un degré remarquable de diversité dans les formes et les tailles des becs qui sont adaptés à différentes sources de nourriture (par exemple, graines, insectes et même jeunes feuilles ou le sang d'oiseaux marins) dans un environnement autrement rare. Par exemple, les becs profonds et larges des pinsons de terre, l'un des sous-groupes des pinsons de Darwin, sont utilisés pour se nourrir de graines, tandis que les pinsons de cactus utilisent leurs becs allongés et étroits pour sonder les fruits et les fleurs de cactus. Ces différences de formes de bec ne sont pas dues à leur utilisation différentielle ou à d'autres facteurs externes ; au contraire, les différences sont régulées génétiquement et développementalement et peuvent être observées et étudiées pendant l'embryogenèse. Par conséquent, les pinsons de Darwin deviennent un animal non modèle et un système aviaire très utiles pour étudier la base moléculaire des changements morphologiques pendant l'évolution.",
    url = "https://doi.org/10.1101/pdb.emo119",
    doi = "10.1101/pdb.emo119",
    openalex = "W1990210979",
    references = "doi101002jmor1050880104, doi10103835051570, doi101038nature04843, doi101098rspb19990641, doi101126science1098095, doi10129879780300237856, doi1023074785, doi102307jctt1xp3v3r, doi105860choice321538, doi105860choice455580"
}

INTRODUCTION Il n'existe nulle part dans le monde de colonies d'élevage de pinsons de Darwin. Par conséquent, tout le matériel embryonnaire est collecté en milieu naturel. Ce protocole décrit comment, dans un contexte de terrain, les œufs fécondés sont collectés et incubés à une température précise, et comment les embryons résultants sont récoltés et traités pour l'hybridation in situ, la coloration par anticorps et les analyses de puces à ADN. De plus, le protocole comprend des étapes pour préparer les têtes d'embryons plus âgés afin de réaliser une coloration histologique des os et du cartilage avec du bleu alcian et de l'alizarine rouge. Il est probable que les mêmes ou des méthodes similaires puissent être utilisées pour obtenir du tissu embryonnaire d'autres espèces de passereaux. La principale limitation de ce protocole est que, lorsqu'il est utilisé en milieu naturel sans sources d'électricité externe constante, il nécessite des générateurs de puissance qui doivent fonctionner de manière plus ou moins constante, ainsi que des stocks de fournitures (carburant, huile et eau douce).

@article{doi101101pdbprot5174,
    author = "Abzhanov, Arhat",
    title = "Collection of Embryos from Darwin’s Finches (Thraupidae, Passeriformes)",
    year = "2009",
    journal = "Cold Spring Harbor Protocols",
    abstract = "INTRODUCTION Il n'existe nulle part dans le monde de colonies d'élevage de pinsons de Darwin. Par conséquent, tout le matériel embryonnaire est collecté en milieu naturel. Ce protocole décrit comment, dans un contexte de terrain, les œufs fécondés sont collectés et incubés à une température précise, et comment les embryons résultants sont récoltés et traités pour l'hybridation in situ, la coloration par anticorps et les analyses de puces à ADN. De plus, le protocole comprend des étapes pour préparer les têtes d'embryons plus âgés afin de réaliser une coloration histologique des os et du cartilage avec du bleu alcian et de l'alizarine rouge. Il est probable que les mêmes ou des méthodes similaires puissent être utilisées pour obtenir du tissu embryonnaire d'autres espèces de passereaux. La principale limitation de ce protocole est que, lorsqu'il est utilisé en milieu naturel sans sources d'électricité externe constante, il nécessite des générateurs de puissance qui doivent fonctionner de manière plus ou moins constante, ainsi que des stocks de fournitures (carburant, huile et eau douce).",
    url = "https://doi.org/10.1101/pdb.prot5174",
    doi = "10.1101/pdb.prot5174",
    openalex = "W2050204136",
    references = "doi101101pdbemo119"
}

INTRODUCTION Les becs des pinsons de Darwin développent leurs formes distinctes au cours de l'embryogenèse. Pour visualiser où et quand les transcrits d'ARNm des gènes impliqués dans le développement du bec sont présents au cours de l'embryogenèse, ce protocole décrit comment analyser des échantillons de tissus embryonnaires en utilisant l'hybridation in situ. Le principe de cette technique consiste à utiliser des sondes spécifiques aux ARNm codant pour des protéines d'intérêt afin de révéler comment les gènes correspondants sont exprimés dans les becs des différentes espèces de pinsons de Darwin.

@article{doi101101pdbprot5175,
    author = "Abzhanov, Arhat",
    title = "In Situ Hybridization Analysis of Embryonic Beak Tissue from Darwin’s Finches",
    year = "2009",
    journal = "Cold Spring Harbor Protocols",
    abstract = "INTRODUCTION Les becs des pinsons de Darwin développent leurs formes distinctes au cours de l'embryogenèse. Pour visualiser où et quand les transcrits d'ARNm des gènes impliqués dans le développement du bec sont présents au cours de l'embryogenèse, ce protocole décrit comment analyser des échantillons de tissus embryonnaires en utilisant l'hybridation in situ. Le principe de cette technique consiste à utiliser des sondes spécifiques aux ARNm codant pour des protéines d'intérêt afin de révéler comment les gènes correspondants sont exprimés dans les becs des différentes espèces de pinsons de Darwin.",
    url = "https://doi.org/10.1101/pdb.prot5175",
    doi = "10.1101/pdb.prot5175",
    openalex = "W2033342982",
    references = "doi101101pdbemo119"
}

INTRODUCTION Dans ce protocole, la technologie des microarrays est utilisée comme une méthode très sensible et rapide pour identifier les gènes potentiellement impliqués dans le développement et la morphologie du bec chez les pinsons de Darwin. La méthode permet une comparaison directe entre les cibles d'ADNc de deux espèces différentes (chacune marquée avec un colorant différent). La prévalence de l'un des colorants pour l'un des gènes sur le scan résultant indique un niveau plus élevé d'accumulation de transcrits de ce gène dans une morphologie de bec/espèce particulière. Les profils d'expression obtenus peuvent être regroupés pour identifier les transcrits exprimés d'une manière spécifique à l'espèce et/ou à la taille.

@article{doi101101pdbprot5176,
    author = "Abzhanov, Arhat",
    title = "Analyse par microarray de l'ARNm embryonnaire du bec des pinsons de Darwin",
    year = "2009",
    journal = "Cold Spring Harbor Protocols",
    abstract = "INTRODUCTION Dans ce protocole, la technologie des microarrays est utilisée comme une méthode très sensible et rapide pour identifier les gènes potentiellement impliqués dans le développement et la morphologie du bec chez les pinsons de Darwin. La méthode permet une comparaison directe entre les cibles d'ADNc de deux espèces différentes (chacune marquée avec un colorant différent). La prévalence de l'un des colorants pour l'un des gènes sur le scan résultant indique un niveau plus élevé d'accumulation de transcrits de ce gène dans une morphologie de bec/espèce particulière. Les profils d'expression obtenus peuvent être regroupés pour identifier les transcrits exprimés d'une manière spécifique à l'espèce et/ou à la taille.",
    url = "https://doi.org/10.1101/pdb.prot5176",
    doi = "10.1101/pdb.prot5176",
    openalex = "W1988423179",
    references = "doi101101pdbemo119"
}

Ce papier rapporte 24 spécimens nouvellement découverts de 21 espèces réalisés par Charles Darwin en Argentine, en Australie, au Brésil, au Chili, en Équateur et en Uruguay lors du voyage de 1831 à 1836 du HMS Beagle. Ils ont été trouvés dans l'herbier de l'Université de Cambridge et les herbiers du Missouri Botanical Garden, du Natural History Museum de Londres, du New York Botanical Garden et des Royal Botanic Gardens de Kew, depuis les publications antérieures de Porter. Sont inclus des spécimens types de Calceolaria darwinii (isotype ; = C. uniflora), Cuscuta gymnocarpa (holotype et isotypes), C. sandwichiana var. mimosae (isolectotypes = C. gymnocarpa), Ephedra frustillata (lectotype et isolectotypes), Ourisia breviflora (isolectotype), Polypodium paleaceum (syntype ? ; = Ctenitis sloanei) et Urera gaudichaudiana (holotype ; = Laportea aestuans).

@article{doi101111j10958339200800943x,
    author = "Porter, Duncan M. et Murrell, Gina et Parker, John",
    title = "Quelques nouveaux spécimens de plantes vasculaires de Darwin découverts lors du voyage du Beagle",
    year = "2009",
    journal = "Botanical Journal of the Linnean Society",
    abstract = "Ce papier rapporte 24 spécimens nouvellement découverts de 21 espèces réalisés par Charles Darwin en Argentine, en Australie, au Brésil, au Chili, en Équateur et en Uruguay lors du voyage de 1831 à 1836 du HMS Beagle. Ils ont été trouvés dans l'herbier de l'Université de Cambridge et les herbiers du Missouri Botanical Garden, du Natural History Museum de Londres, du New York Botanical Garden et des Royal Botanic Gardens de Kew, depuis les publications antérieures de Porter. Sont inclus des spécimens types de Calceolaria darwinii (isotype ; = C. uniflora), Cuscuta gymnocarpa (holotype et isotypes), C. sandwichiana var. mimosae (isolectotypes = C. gymnocarpa), Ephedra frustillata (lectotype et isolectotypes), Ourisia breviflora (isolectotype), Polypodium paleaceum (syntype ? ; = Ctenitis sloanei) et Urera gaudichaudiana (holotype ; = Laportea aestuans).",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1095-8339.2008.00943.x",
    doi = "10.1111/j.1095-8339.2008.00943.x",
    openalex = "W2085838149"
}

Lors de son voyage maritime de cinq ans à bord du « Beagle », Darwin, sur la suggestion du botaniste J.S. Henslow, a collecté plus de 1400 plantes vasculaires, dont plus de 200 lors de son bref séjour sur les îles Galápagos. La collection unique de plantes de l'archipel des Galápagos a été examinée en 1845 par J.D. Hooker. Contrairement aux oiseaux, Darwin avait collecté les plantes séparément pour chaque île. Hooker a décrit 78 d'entre elles comme de nouvelles espèces et a analysé les relations biogéographiques étroites entre la flore des Galápagos et le continent sud-américain. La découverte que plus de 50 % des espèces ne se trouvent nulle part ailleurs sur la planète – sont donc des endémiques, dont beaucoup sont restreintes à des îles individuelles – a été une sensation pour Hooker et Darwin. Hooker a correctement caractérisé les Astéracées comme la famille la plus remarquable des îles Galápagos, en raison du grand nombre de leurs genres et espèces endémiques. Il a également discuté des adaptations qui auraient permis aux plantes des différentes familles d'atteindre les îles isolées. Les résultats de Hooker ont joué un rôle important pour Darwin dans le développement de la théorie de l'évolution, et – outre les exemples d'oiseaux, de tortues et de lézards – lui ont fourni des arguments solides pour la défendre. Il existe sept genres de plantes endémiques sur les îles Galápagos, et 19 genres qui sont diversifiés de manière adaptative. Avec 19 taxons endémiques, le genre Scalesia (Astéracées) est l'exemple le plus spectaculaire d'une radiation adaptative, suivi des cactus Opuntia avec 14 taxons endémiques. Alors que les pinsons de Darwin représentent aujourd'hui l'un des exemples les mieux étudiés de l'évolution et de la radiation adaptative, peu de recherches ont été menées jusqu'à présent sur les processus évolutifs chez les plantes de l'archipel des Galápagos. Le rôle prépondérant que les plantes de Darwin ont joué pour ses insights scientifiques est encore moins connu.

@article{doi1012685bauhinia1687,
    author = "Stöcklin, Jürg",
    title = "Darwin et les plantes des îles Galápagos",
    year = "2009",
    journal = "BAUHINIA – Zeitschrift der Basler Botanischen Gesellschaft",
    abstract = "Lors de son voyage maritime de cinq ans à bord du « Beagle », Darwin, sur la suggestion du botaniste J.S. Henslow, a collecté plus de 1400 plantes vasculaires, dont plus de 200 lors de son bref séjour sur les îles Galápagos. La collection unique de plantes de l'archipel des Galápagos a été examinée en 1845 par J.D. Hooker. Contrairement aux oiseaux, Darwin avait collecté les plantes séparément pour chaque île. Hooker a décrit 78 d'entre elles comme de nouvelles espèces et a analysé les relations biogéographiques étroites entre la flore des Galápagos et le continent sud-américain. La découverte que plus de 50\% des espèces ne se trouvent nulle part ailleurs sur la planète – sont donc des endémiques, dont beaucoup sont restreintes à des îles individuelles – a été une sensation pour Hooker et Darwin. Hooker a correctement caractérisé les Astéracées comme la famille la plus remarquable des îles Galápagos, en raison du grand nombre de leurs genres et espèces endémiques. Il a également discuté des adaptations qui auraient permis aux plantes des différentes familles d'atteindre les îles isolées. Les résultats de Hooker ont joué un rôle important pour Darwin dans le développement de la théorie de l'évolution, et – outre les exemples d'oiseaux, de tortues et de lézards – lui ont fourni des arguments solides pour la défendre. Il existe sept genres de plantes endémiques sur les îles Galápagos, et 19 genres qui sont diversifiés de manière adaptative. Avec 19 taxons endémiques, le genre Scalesia (Astéracées) est l'exemple le plus spectaculaire d'une radiation adaptative, suivi des cactus Opuntia avec 14 taxons endémiques. Alors que les pinsons de Darwin représentent aujourd'hui l'un des exemples les mieux étudiés de l'évolution et de la radiation adaptative, peu de recherches ont été menées jusqu'à présent sur les processus évolutifs chez les plantes de l'archipel des Galápagos. Le rôle prépondérant que les plantes de Darwin ont joué pour ses insights scientifiques est encore moins connu.",
    url = "https://doi.org/10.12685/bauhinia.1687",
    doi = "10.12685/bauhinia.1687",
    openalex = "W2616920889",
    references = "doi101111j109583121984tb02052x, doi101111j109583121984tb02065x, doi101111j10958339200800943x, doi1023071219253, doi1023072989650, doi105860choice321538, doi105860choice375660, doi105962p314520"
}

L'analyse génétique d'échantillons de musée offre une fenêtre directe sur un passé qui peut précéder la disparition de formes éteintes. Nous avons génotypé 18 pinsons des Galápagos collectés par Charles Darwin et ses compagnons lors du voyage du Beagle en 1835, ainsi que 22 échantillons collectés en 1901. Nos objectifs étaient de déterminer si une diversité génétique significative a été perdue depuis le voyage du Beagle et d'identifier la source génétique des échantillons pour lesquels le lieu de collecte n'était pas enregistré. En utilisant des techniques d'ADN « ancien », nous avons quantifié la variation à 14 locus microsatellites autosomiques. Les tests d'affectation ont montré que plusieurs échantillons de musée correspondaient génétiquement à des oiseaux récemment échantillonnés sur le terrain dans leur île d'origine. Certains ont été mal classés ou étaient difficiles à classer. Les gros pinsons terrestres exceptionnels de Darwin (Geospiza magnirostris) de Floreana et San Cristóbal étaient génétiquement distincts de plusieurs autres populations actuellement existantes. Les pinsons terrestres à bec pointu (Geospiza difficilis) de Floreana et Isabela étaient également génétiquement distincts. Ces quatre populations sont actuellement éteintes, mais elles étaient plus génétiquement distinctes des congénères que de nombreuses autres espèces de pinsons de Darwin ne le sont les unes des autres. Nous concluons qu'une quantité significative de la biodiversité des pinsons observée et collectée par Darwin a été perdue depuis le voyage du Beagle.

@article{doi101098rstb20090316,
    author = "Petren, Kenneth et Grant, Peter R. et Grant, B. Rosemary et Clack, Andrew A. et Lescano, Ninnia V.",
    title = "Génotypes multilocus chez les pinsons de Darwin : biodiversité perdue depuis le voyage du Beagle",
    year = "2010",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "L'analyse génétique d'échantillons de musée offre une fenêtre directe sur un passé qui peut précéder la disparition de formes éteintes. Nous avons génotypé 18 pinsons des Galápagos collectés par Charles Darwin et ses compagnons lors du voyage du Beagle en 1835, ainsi que 22 échantillons collectés en 1901. Nos objectifs étaient de déterminer si une diversité génétique significative a été perdue depuis le voyage du Beagle et d'identifier la source génétique des échantillons pour lesquels le lieu de collecte n'était pas enregistré. En utilisant des techniques d'ADN « ancien », nous avons quantifié la variation à 14 locus microsatellites autosomiques. Les tests d'affectation ont montré que plusieurs échantillons de musée correspondaient génétiquement à des oiseaux récemment échantillonnés sur le terrain dans leur île d'origine. Certains ont été mal classés ou étaient difficiles à classer. Les gros pinsons terrestres exceptionnels de Darwin (Geospiza magnirostris) de Floreana et San Cristóbal étaient génétiquement distincts de plusieurs autres populations actuellement existantes. Les pinsons terrestres à bec pointu (Geospiza difficilis) de Floreana et Isabela étaient également génétiquement distincts. Ces quatre populations sont actuellement éteintes, mais elles étaient plus génétiquement distinctes des congénères que de nombreuses autres espèces de pinsons de Darwin ne le sont les unes des autres. Nous concluons qu'une quantité significative de la biodiversité des pinsons observée et collectée par Darwin a été perdue depuis le voyage du Beagle.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.2009.0316",
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L'un des exemples classiques de radiation adaptative sous sélection naturelle est l'évolution de 15 espèces étroitement apparentées de pinsons de Darwin (Passeriformes), dont la diversité principale réside dans la taille et la forme de leurs becs. Depuis que Charles Darwin et d'autres membres de l'expédition du Beagle ont collecté ces oiseaux sur les îles Galápagos en 1835 et les ont introduits dans la science, ils ont fait l'objet de recherches intensives. De nombreux manuels de biologie utilisent les pinsons de Darwin pour illustrer une variété de sujets de la théorie de l'évolution, tels que la spéciation, la sélection naturelle et la partition des niches. Aujourd'hui, comme l'illustre ce numéro thématique, les pinsons de Darwin continuent d'être une source très précieuse de découvertes biologiques. Certains avantages de l'étude de ce groupe permettent d'obtenir d'autres percées dans notre compréhension des changements de la biodiversité insulaire récente, des mécanismes de spéciation et d'hybridation, de l'évolution des comportements cognitifs, des principes de la biomécanique du bec/mâchoire ainsi que des mécanismes génétiques développementaux sous-jacents à la génération de la diversité morphologique. Notre objectif était de rassembler certains des principaux chercheurs dans le domaine de l'écologie et de la biologie évolutive qui étudient les pinsons de Darwin ou dont les études ont été inspirées par la recherche sur les pinsons de Darwin. Les aperçus fournis par les articles collectés dans ce numéro thématique intéresseront un large public.

@article{doi101098rstb20090321,
    author = "Abzhanov, Arhat",
    title = "Darwin's Galápagos finches in modern biology",
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    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
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Cliquez ici pour tous les articles précédents de la série History of the Ecological Sciences de F. N. Egerton …J'étais très intéressé et surpris de voir un grand insecte hémiptère noir et scarlatte, de nombreux papillons (Zygaena) et une Cicindela, qui ne se trouvent pas dans le Shropshire. Je me suis presque décidé à commencer à collecter tous les insectes que je pouvais trouver morts, car, après avoir consulté ma sœur, j'ai conclu qu'il n'était pas juste de tuer des insectes pour faire une collection. Six ans plus tard, en octobre 1825, il alla à l'Université d'Édimbourg pour étudier la médecine. Il n'y resta que deux ans et apprit autant ou plus en dehors de la salle de classe qu'à l'intérieur. Il fréquenta le zoologiste Robert Grant, qui encouragea ses études sur la vie marine et lui parla de la théorie du transformisme de Lamarck, et probablement discuta aussi de celle d'Erasmus Darwin (Desmond et Moore 1991:40). Darwin fit quelques découvertes originales sur plusieurs invertébrés marins du Firth of Forth, qu'il rapporta à la Société Plinienne (Allan 1977:35, Darwin 1977, II:285–291, Desmond et Moore 1991:37–39, Browne 1995:82–87, Stott 2003:35–36). Bien que Darwin se souvint plus tard que les cours de géologie du professeur Robert Jameson étaient ennuyeux (Darwin 1959:52), il a probablement entendu ou lu le traité complet de Jameson "On the Growth of Coral Islands" (1827 [Sponsel 2009:83]). Après deux ans, Darwin décida de ne pas suivre une carrière médicale et quitta Édimbourg. Ses quatre années à l'Université de Cambridge (1828–1831) étaient destinées à le préparer à devenir un ecclésiastique de l'Église d'Angleterre, mais son éducation la plus importante y vint en dehors des classes préparatoires ecclésiastiques (van Wyhe 2009), de l'amitié avec le professeur de botanique John Stevens Henslow (1796–1861) (Barlow 1967, Mathew 1972, Walters et Stow 2001:78–104, Walters 2004a, b, Kohn et al. 2005) et de son voyage géologique avec le Prof. Adam Sedgwick (1785–1873) en été 1831 (Barrett 1974, Dolan 2004, Herbert 2005:36–46, Secord 2005). « Mais aucune poursuite à Cambridge n'était suivie avec autant d'ardeur ou ne me procurait autant de plaisir que la collecte de coléoptères » (1959:62). Darwin avait été inspiré par la lecture du Personal Narrative de Humboldt sur ses voyages en Amérique espagnole pour planifier sa propre expédition à Ténériffe, îles Canaries (Darwin 1959:67–68), mais cela ne se réalisa jamais. Ensuite, en août 1831, Henslow reçut une demande pour servir en tant que naturaliste sur un navire de survey naval, le Beagle, sous le commandement du capitaine Robert FitzRoy (1805–1865) ; Henslow déclina et recommanda Darwin à la place (Darwin 1985–1988, I:127–129). Le but du voyage était de cartographier les côtes de l'Amérique du Sud et certaines îles océaniques. Pendant la majeure partie du XIXe siècle, la meilleure éducation britannique en sciences physiques était offerte aux ingénieurs de l'armée et aux officiers de marine (Ratcliff 2008:26). FitzRoy était un officier qui a bénéficié de cette formation, et il a apporté des contributions importantes à l'hydrographie et à la météorologie (Mellersh 1968, Basalla 1972, Nichols 2003, Gribbin et Gribbin 2004, McConnell 2004a, b). Ses habitudes de précision et de rigueur ont donné un bon exemple à Darwin. Contrairement à l'hypothèse de deux historiens (Gruber 1969, Burstyn 1975), Darwin partit en voyage en tant que naturaliste officiel, bien que ses frais aient été payés par son père, le Dr Robert Darwin. Il y avait une bibliothèque substantielle à bord du Beagle, incluant des ouvrages de référence multivolumes sur la zoologie (Stoddart 1962:118–120, Burkhardt et Smith 1985a). En guise de cadeau d'adieu, Henslow donna à Darwin un exemplaire du Personal Narrative de Humboldt. Comme tous les grands scientifiques, Darwin était un travailleur acharné, et pendant le voyage d'environ cinq ans (27 décembre 1831–1832 à octobre 1836), il observa diligemment, collecta des spécimens, prit des notes et préserva d'excellentes preuves de son travail. Presque toutes ses preuves existent encore, majoritairement publiées. Toutes ses œuvres qu'il a lui-même publiées sont maintenant accessibles à 〈Darwin-online.org.uk〉. Sa correspondance survivante de la période du voyage consiste en 152 lettres, dont environ la moitié qu'il a écrites (Darwin 1985–1988, I:192–504). Il s'est appuyé sur ses registres, ses collections et ses souvenirs pour écrire l'un des livres de voyage scientifique les plus précieux jamais publiés, Journal of Researches into the Geology and Natural History of the Various Countries Visited by H. M. S. Beagle 1839. Trois livres modernes discutent de son voyage (Barlow 1945, Moorehead 1969, Keynes 2003), et de nombreux comptes rendus plus brefs ajoutent à notre compréhension et à notre appréciation de ce qu'il a vécu et accompli (incluant von Hagen 1945:169–229, Life Editors et Barnett 1960, Hopkins 1969, Armstrong 1991, Armstrong 1992, 2004, Rice 1999:230–259, McCalman 2009:15–81). Darwin fit une bonne collection de poissons, bien qu'il en ait peu parlé dans son Journal of Researches (Pauly 2004:213–240). Bien qu'il aurait fait décrire ses nouvelles espèces d'insectes par quatre entomologistes, il eut des discussions intéressantes sur les insectes dans son Journal of Researches (Riley 1882:71–73, Remington et Remington 1961). Duncan Porter souligne (1980:515) que les notes géologiques de Darwin du voyage (1383 pages) sont presque quatre fois plus longues que ses notes biologiques (368 pages), et les observations géologiques de Darwin ont maintenant reçu l'attention qu'elles méritent (Herbert 2005). Puisque Darwin avait appris peu de géologie avant de participer à des travaux de terrain géologiques en été 1831, quelques mois avant le début du voyage, pourquoi devint-il si rapidement un géologue ? Il fut profondément influencé par les Principles of Geology de Charles Lyell (trois volumes, 1830–1833), dont le volume I lui fut donné par FitzRoy, tandis que Henslow lui envoya le volume II (1832) pendant le voyage (Darwin 1959:77, 101, Barlow 1967:10–11, Gruber 1985:15–18, Herbert 2005:63–70). Un attrait majeur était que Lyell défendait la théorie uniformitariste que Darwin trouvait plus crédible que la théorie catastrophiste de Georges Cuvier. Les histoires naturelles des plantes et des animaux contenaient des théories très limitées — en contraste avec la théorie de la géologie de Lyell, qui semblait englober tous les phénomènes géologiques (1959:77). La géologie et l'histoire naturelle se sont fusionnées chez Darwin's études sur les fossiles et sur les îles coralliennes. Le premier des trois volumes qu'il publia sur la géologie du voyage (Freeman 1965:41) portait sur la structure des récifs coralliens. Le premier débarquement du Beagle eut lieu à St. Jago, dans les îles de Cap-Vert, le 18 janvier 1832 (Armstrong 2004:38–45, Chancellor et van Wyhe 2009:3–6). Darwin souhaitait voir le type de végétation tropicale que Humboldt avait décrite à Teneriffe, dans les îles Canaries, et fut d'abord déçu car les îles de Cap-Vert étaient plutôt arides. Cependant, il finit par trouver une vallée profonde qui conservait l'humidité et lui offrit l'expérience émotionnelle qu'il recherchait (Darwin 1988:23). L'oiseau le plus commun était un martin-pêcheur (Dacelo jagoensis) qui se posait sur des plantes à huile de ricin et s'élancait pour attraper des sauterelles et des lézards (Darwin 1839:2). Il prit de nombreuses notes sur les invertébrés marins (Darwin 2000:9–21), mais seules les notes sur un poulpe parurent dans son Journal of Researches (1839:6–7). Il le regarda changer de couleur, cracher de l'encre, et lorsqu'il se pencha pour regarder plus attentivement, il cracha de l'eau sur lui. Ils partirent le 8 février, et leur deuxième escale, du 16 au 19 février 1832, fut aux St. Paul's Rocks inhabitées (par les humains), près de l'équateur (Edwards 1985, Campbell 1997:42–48, Armstrong 2004:46–50, Chancellor et van Wyhe 2009:6). Darwin (1839:8) indiqua la localisation comme étant 0°58′ de latitude Nord et 29°5″ de longitude Ouest, et à 540 milles d'Amérique du Sud. De loin, les rochers apparaissaient blancs, en partie à cause d'une substance blanche brillante présente dans certains rochers et en partie à cause du guano d'oiseaux accumulé. En 1813, le H.M.S. Rhin visita les rochers et le lieutenant George Chrichton dessina une carte et un profil, mais en 1832, FitzRoy le refit (Edwards 1985: Figs. 1a et 2). Le point culminant de St. Paul's n'est qu'à environ 60 pieds (18,3 m) au-dessus du niveau de la mer, et les îlots n'ont qu'un diamètre de 3/4 de mille (2 km). Le trajet du H. M. S. Beagle lors de son voyage autour du monde. De Beer 1967:39. St. Paul's Rocks, vue de l'est. Illustrated London News. À côté de beaucoup de ces nids, un petit poisson volant était placé, que je suppose avoir été apporté par le mâle pour sa partenaire…bientôt un grand et actif crabe (Graspus), qui habite les fissures du rocher, vola le poisson du côté du nid, dès que nous eûmes dérangé les oiseaux. La liste suivante complète, je crois, la faune terrestre : une espèce de Feronia et un acarus, qui doivent être venus ici comme parasites sur les oiseaux ; un petit papillon brun, appartenant à un genre qui se nourrit de plumes ; un staphylinus (Quedius) et un cloaque sous le fumier ; et enfin, de nombreux araignées, que je suppose se nourrissent de ces petits accompagnateurs et des charognards des oiseaux d'eau. Après avoir lu ce compte-rendu, le contre-amiral William Symonds dit à Darwin qu'il avait vu à St. Paul's des crabes traîner des jeunes oiseaux hors des nids et les manger. Darwin ajouta ces informations à ce compte-rendu dans la deuxième édition de son Journal (1845:10). Parce que c'est le réseau trophique le plus ancien connu (Egerton 2007:51), les brèves observations de Darwin portent maintenant une signification historique qu'elles n'avaient pas lors de leur publication, et ainsi plus de détails sur les espèces qu'il a observées sont souhaitables. Il recueillit deux espèces de tiques inconnues, maintenant nommées Amblyomma hirtum (Neumann 1906:201–203) et A. darwini (Hirst et Hirst 1910:239–240), qui ne sont connues que de deux endroits : St. Paul's Rocks et les îles Galápagos. Il fut le premier à les collecter dans les deux endroits. Ses spécimens se trouvent maintenant au Musée d'Histoire Naturelle de Londres (Robinson 1926:156–158, 221–222). Il recueillit également la tique argasidienne, Ornithodoros capensis, et une poux d'oiseau, Actornithophilus sp., des nids du bouledogue brun, et des mouches hippoboscides de bouledogues bruns morts. Aucune araignée n'était dans ses collections, mais Scytodes sp. vit maintenant là et pourrait être ce qu'il a vu (Edwards et Lubbock 1983:54–55). Le papillon brun de Darwin, Erechthias darwini, n'a été nommé qu'en 1983, car aucun spécimen n'a survécu dans ses collections. Il ressemble au genre que Darwin avait en tête mais appartient à une famille différente qui ne peut pas digérer la kératine des plumes. Il mange à la place l'algue séchée des nids (Robinson 1983). Comme mentionné précédemment, (Egerton 2009), Darwin fut le deuxième utilisateur connu de ce que nous appelons maintenant un filet à plancton (avec Lesueur utilisant plus tôt un filet à tremper). Il dessina un croquis grossier du sien, de quatre pieds de profondeur, et en discuta l'utilisation pour la première fois le 10 janvier 1832 dans son journal du Beagle, qu'il n'a jamais publié (Darwin 1988:21). Le 11 janvier, il écrivit dans son journal (1988:22) : « Je suis tout à fait fatigué d'avoir travaillé toute la journée sur le produit de mon filet—Le nombre d'animaux que le filet collecte est très grand et explique pleinement la manière dont tant d'animaux de grande taille vivent si loin de la terre. » Ses Notes de Zoologie (2000:3–7) contiennent des notes et des dessins sur les animaux collectés dans son filet ces deux jours-là. Dans Journal of Researches (1839:14–18), il discuta pour la première fois des observations sur le phytoplancton après son compte-rendu sur St. Paul's Rocks, le 18 mars ; le compte-rendu consiste principalement de descriptions anatomiques superficielles. Ensuite, il discuta de nombreux petits crustacés que les baleiniers appelaient whale-food, mais il échoua à faire explicite ici une chaîne alimentaire implicite—des organismes minuscules aux crustacés aux baleines—et ne mentionna même l'utilisation de son filet que beaucoup plus tard dans son Journal of Researches (1839:189). La journée s'est passée délicieusement : le délice est cependant un terme faible pour de tels transports de plaisir : j'ai erré seul dans une forêt brésilienne : parmi la multitude, il est difficile de dire quel ensemble d'objets est le plus frappant : la luxuriance générale de la végétation porte la victoire, l'élégance des graminées, la nouveauté des plantes parasitaires, la beauté des fleurs.—le vert brillant du feuillage, tout tend à cet effet.—Un mélange paradoxal de bruit et de silence imprègne les parties ombragées de la forêt.—le bruit des insectes est si fort qu'en soirée il peut être entendu même dans un navire amarré à plusieurs centaines de yards de la rive. Voyages de Darwin en Amérique du Sud. Von Hagen 1945:228. Le lendemain, il s'écria : « Je ne peux ajouter queruptures aux ruptures précédentes." Cependant, la rapture ne conduit pas nécessairement à la discernement. Un commentateur sur son observation des oiseaux en Amérique du Sud fait remarquer (Haupt 2006:54–56) qu'il était sur le continent ayant la plus grande diversité d'espèces d'oiseaux et dans la forêt qui contient la majeure partie de cette diversité, pourtant il n'était pas capable de voir beaucoup plus que la végétation et les insectes. C'était au début du voyage, et il manquait les jumelles que tout ornithologue prend maintenant dans n'importe quelle forêt tropicale. Près de Guardia, nous trouvons la limite sud de deux plantes européennes, maintenant devenues excessivement communes. L'aneth en grande profusion couvre les berges des fossés dans le voisinage de Buenos Ayres, Monte Video, et d'autres villes. Mais le cardon (Cynara cardunculus) a une gamme beaucoup plus large : il se produit à ces latitudes des deux côtés de la Cordillère, à travers le continent. Je l'ai vu dans des endroits peu fréquentés au Chili, Entre Bios, et Banda Oriental. Dans ce dernier pays seul, très nombreux (probablement plusieurs centaines) de miles carrés sont couverts par une seule masse de ces plantes épineuses, et sont impénétrables par l'homme ou la bête. C'était "la première transformation documentée d'un paysage par des plantes exotiques" (Mack 1989:160). …si ce qui m'a été dit à Londres est vrai, à savoir qu'il n'y a pas d'insectes petits dans les collections des Tropiques, je dis aux entomologistes de regarder et d'avoir leurs plumes prêtes pour décrire. J'ai pris aussi minuscules (si pas plus) qu'en Angleterre, Hydropori, Hygroti, Hydrobii, Pselaphi, Staphglini, Cuscaliones, Bimbidia, &c. &c. Il est extrêmement intéressant d'observer la différence de genres et d'espèces de ceux que je connais…comme un spécimen combien peu les insectes sont connus, Noterus, selon Dic[tionnaire] Class[ique d'histoire naturelle, 17 volumes] consiste uniquement de trois espèces européennes. Moi, dans une seule prise de mon filet, j'ai pris cinq espèces distinctes… Beaucoup des observations biologiques de Darwin enregistrées à Rio n'étaient pas entièrement nouvelles pour la science, bien que nouvelles pour lui et vues dans des espèces nouvellement découvertes, et donc non précédemment publiées (Chancellor et van Wyhe 2009:7–49). Il avait été précédé dans l'exploration biologique de l'Amérique du Sud par Azara (voir ci-dessous), Humboldt (Egerton 2009), et Alcide Charles Victor Dessalines d'Orbigny (1802–1857) ; d'Orbigny a collecté des spécimens zoologiques pour le Muséum d'Histoire Naturelle à Paris en 1826–1834 et a publié Voyage dans l'Amerique meridionale (10 volumes, 1834–1847 ; pour des extraits traduits en anglais, voir von Hagen 1948:182–200), une réalisation notable, qui n'a pas attiré un public aussi large que celui du Journal of Researches de Darwin (Goodman 1972:301–303, Tobien 1974, Boulinier 1995, Brygoo 1995, Legre-Zaidline 2002, Moreau et Dory 2005:11–17, 81–89), bien que ses contributions soient maintenant bien appréciées (Taquet 2002). Près de Rio de Janeiro, Darwin a observé des fourmis soldats qui ont fait fuir ou mangé d'autres insectes, il a observé une guêpe paralyser une araignée pour fournir de la nourriture à ses jeunes lorsqu'ils éclosent des œufs, et il a observé des araignées tuer et se nourrir d'insectes (1839:39–42). Les insectes qu'il a collectés et ses notes à leur sujet sont maintenant publiés et ses spécimens inventoriés (Smith 1987). Certains de ses spécimens ont été décrits par des spécialistes, et Smith (1987:115–123) inclut des citations à cette littérature dans sa bibliographie. La Zoology of the Voyage of H.M.S. Beagle (Darwin 1839–1843) était limitée aux vertébrés. Les remarques de Darwin sur les gens qu'il a rencontrés étaient ce que l'on s'attend dans un livre de voyage, mais il a également suivi l'exemple de Humboldt en fournissant des figures ou des estimations des populations humaines (Egerton 1970). Les deux voyageurs ont fréquemment commenté les conditions environnementales dans les lieux visités qui favorisaient ou inhibaient l'augmentation de la population. Henslow avait donné à Darwin les deux premiers volumes de la traduction anglaise du Personal Narrative de Humboldt à emporter dans le voyage, et le journal du Beagle qu'il n'a jamais publié a des références fréquentes à Humboldt (Darwin 1988) ; certaines de ces références sont apparues plus tard dans son Journal of Researches 1839. Il a rapporté que Buenos Ayres avait 60 000 personnes, Monte Video 15 000 (1839:140), Coquimbo 6000–8000 (1839:421), l'île Charles dans le Cap des Galapagos et l'île St. les gens et les espèces, dont seulement étaient Dans Darwin que le pays aurait une population lorsque le devint plus Darwin à la de près de ce qui peut être ils Darwin sur et les oiseaux pas dans la forêt tropicale ils étaient bien qu'ils étaient plus sur "le autour de à la de Rio de Son (Darwin Chancellor et van Wyhe il était là de à Le Beagle avait visité de à août 1832, et dans son Journal of Researches Darwin son là sur Je ces parties de mon à la à la dans lesquelles nous avons visité ses observations sur et les oiseaux pas de Pendant que dans il le Beagle's à être son à collecter des spécimens biologiques et aussi à être son Le nombre de spécimens Darwin celui de son Journal of Researches par un qui était en à up et eux. Le seul grand sur celui-ci était un qui était aussi loin que Rio Il pouvait être à tuer par mais il de sur il n'était pas par était très nombreux en espèces. était commun. était pieds deux avec un de pieds 8 Ils sur à la de Rio de et plus de et et et ils Ils étaient parce avaient été et ne les pas. Sur Rio ils étaient la proie de était un petit avec habitudes d'un en avec un Ils étaient et Le de son il était plus tôt espagnol et naturaliste, de Azara avait découvert que étaient dans leur Egerton comme étaient dans Darwin plus tard que il avait découvert travail seulement après qu'il avait publié son Journal of Researches (Darwin probablement parce que Azara n'est pas dans le En il trois fois dans l'Amerique meridionale sur Darwin était assez intéressé dans celui-ci en deux espèces sur différents Ils avaient très différents et et et avec Azara avait observé celui-ci en et probablement Darwin observa la espèce dans le près Monte Video, bien qu'il y avait deux autres espèces dans l'un desquels tandis que l'autre ne fait pas Darwin une extensive de et notes (Darwin à et lesquelles les parties de l'Amérique du Sud. Il les trouva bien qu'à des fois aussi Ils étaient Beaucoup de ses notes sur eux étaient dans son Journal of Researches Il didiscuté quatre espèces de l' et de l' et de l' et de l' et Azara a rapporté qu'ils aussi et Ils aussi et eux à up était que et que le A espèce à mais a été vu dans seulement un et une espèce, sur le et autre mais pas sur le Le dans pays de Cap à l'Amérique du Nord et était ou dans près étaient dans et et jamais de latitude Puisque étaient dans il les a discutés Darwin a trouvé sur le de naturaliste William qui avait up près de Buenos ce dans ces seulement le de sur un côté à sur le Darwin Azara dans de son (Darwin Darwin a dans le de espèces et dans espèces qui étaient et Il avait un nombre de à observer sur le dans (Chancellor et van Wyhe et il un compte de son histoire naturelle dans Journal of Researches Comme dans et dans dans un et et tendent le Bien que quand de l'eau sont ils là et attraper petit Rio en il a entendu parler d'une espèce, et un jour quand un était pour il que cet oiseau était de l'espèce, et il son et et les a envoyés à après son John l'a nommé bien que d'Orbigny l'ait nommé en 1972, Angleterre 2004, a observé que Darwin ses observations de à dans quand il y avait dans et donc il avait le quand il ont que ont un sur leur et les ont un Une espèce, vit dans le Le Beagle a visité Île et dans Darwin a trouvé le de plus géologique que biologique (Darwin Armstrong 1992, Chancellor et van Wyhe Un moderne trouvé plus intéressant là que Darwin l'a fait Darwin a observé le qui n'avait pas de Il avec le que noir dans les étaient et étaient l'espèce comme le de le comme ils quand Cependant, il était que le qu'il était une espèce distincte parce que le et a dit qu'il n'y avait pas tel sur le il a vu le et c'était une espèce différente. ont le peut avoir été un un et un ou espagnol Il de aucun autre si loin d'un qui avait si grand un Le volait nourriture quand il et Darwin que cela bientôt serait (Armstrong On du Chili, il a rencontré et collecté Darwin's aussi de (Darwin Il n'a pas été trouvé à nouveau et maintenant est Bien que le semblait le a fait Darwin a découvert que le un de et il ce compte important d'eux dans ses Zoology Notes Darwin maintenant Darwin La Zoologie de la mer est Je le ici comme dans est le & de de qui sont avec le Ce de est à De ceux qui sont à eau & ceux dans elle même fréquemment est à dans De la dans laquelle ces sont par & le dans laquelle le peut bien être mais pas à un que je Je ne peux que ces grands à terrestres dans le plus de le encore le dernier dans n'importe quel pays étaient à être Je pas que presque le nombre d'animaux serait en eux que serait dans le de Tous les & oiseaux le par le nombre de petits poissons qui vivent parmi les ne sont pas si très mes spécimens Je presque les invertébrés Je les mentionne dans de leur de ma collection aucun de la minute & sont excessivement ceux sur le est blanc avec tel ou & & ces avec un de minute bec Le nombre de & est un très comme dans un sont les Sur le grand il est à voir le de qui Ce dernier J'ai beaucoup le est mais & sur tout le est un & très intéressant cela était à avec il serait le le & les petits poissons & ou plus tard l'homme doit Le nombre des invertébrés serait mais combien il est difficile de Il y a un nombre de et dans le Darwin est le de le sur le de le à celui de la forêt tropicale taille de population de et diversité d'espèces de Il à utilisant le de nourriture et espèces, de ceux n'étaient pas presque un Il que il y a et et très qui sont à leur Le un et Un moderne sur la forêt Darwin sur elle avec et al. Darwin's Darwin un zoologue qui trois livres sur le voyage du Beagle et a écrit un sur Darwin comme un de et comme preuve le ci-dessus de la Zoologie Le Darwin's comme il avait Humboldt's (Egerton Humboldt l'a vu dans le de son qui autour du Sud de à pouvait son plutôt Il le et le aussi loin que le Rio latitude mais seulement autour Comme Darwin a rapporté sur jeunes et John avait rapporté dans lequel il que et avait un de il couvert avec près oiseaux et ils il était Darwin le avec et le Son et semblait mais nous maintenant que peut mais ne peut pas Le de Darwin avec son Certains mais les espagnol à le a fait Il a collecté un qui Henslow a décrit et nommé Darwin a aussi collecté quelques bec

@article{doi10189000129623914398,
    author = "Egerton, Frank N.",
    title = "History of Ecological Sciences, Part 37: Charles Darwin's Voyage on the Beagle",
    year = "2010",
    journal = "Bulletin of the Ecological Society of America",
    abstract = {Click here for all previous articles in the History of the Ecological Sciences series by F. N. Egerton …I was very much interested and surprised at seeing a large black and scarlet Hemipterous insect, many moths (Zygaena) and a Cicindela, which are not found in Shropshire. I almost made up my mind to begin collecting all the insects which I could find dead, for on consulting my sister, I concluded that it was not right to kill insects for the sake of making a collection. Six years later, in October 1825, he went to the University of Edinburgh to study medicine. He stayed only two years and learned as much or more outside the classroom as he did in it. He associated with zoologist Robert Grant, who encouraged his studies on marine life and told him about Lamarck's theory of transformism, and probably discussed Erasmus Darwin's also (Desmond and Moore 1991:40). Darwin made some original discoveries about several marine invertebrates from the Firth of Forth, which he reported to the Plinian Society (Allan 1977:35, Darwin 1977, II:285–291, Desmond and Moore 1991:37–39, Browne 1995:82–87, Stott 2003:35–36). Although Darwin later remembered Professor Robert Jameson's geology lectures as boring (Darwin 1959:52), he probably heard or read Jameson's comprehensive "On the Growth of Coral Islands" (1827 [Sponsel 2009:83]). After two years, Darwin decided against a medical career and left Edinburgh. His four years at Cambridge University (1828–1831) were meant to prepare him to become a Church of England clergyman, but his most important education there came outside clerical preparatory classes (van Wyhe 2009), from friendship with Professor of Botany John Stevens Henslow (1796–1861) (Barlow 1967, Mathew 1972, Walters and Stow 2001:78–104, Walters 2004a, b, Kohn et al. 2005) and his geological field trip with Prof. Adam Sedgwick (1785–1873) in the summer of 1831 (Barrett 1974, Dolan 2004, Herbert 2005:36–46, Secord 2005). "But no pursuit at Cambridge was followed with nearly so much eagerness or gave me so much pleasure as collecting beetles" (1959:62). Darwin had been inspired by reading Humboldt's Personal Narrative of travels in Spanish America to plan his own expedition to Teneriffe, Canary Islands (Darwin 1959:67–68), but it never materialized. Then, in August 1831, Henslow received an appeal to serve as a naturalist on a naval survey ship, Beagle, under Captain Robert FitzRoy (1805–1865); Henslow declined and recommended Darwin instead (Darwin 1985–1988, I:127–129). The purpose of the voyage was to map the coastlines of South America and some oceanic islands. During most of the 1800s the best British education in physical sciences was offered to army engineers and naval officers (Ratcliff 2008:26). FitzRoy was an officer who benefited from this training, and he made important contributions to hydrography and meteorology (Mellersh 1968, Basalla 1972, Nichols 2003, Gribbin and Gribbin 2004, McConnell 2004a, b). His habits of precision and thoroughness set a good example for Darwin. Contrary to the assumption of two historians (Gruber 1969, Burstyn 1975), Darwin went on the voyage as the official naturalist, though his expenses were paid by his father, Dr. Robert Darwin. There was a substantial library aboard the Beagle, including multi-volume reference works on zoology (Stoddart 1962:118–120, Burkhardt and Smith 1985a). As a parting gift, Henslow gave Darwin a copy of Humboldt's Personal Narrative. Like all great scientists, Darwin was a hard worker, and during the almost five years voyage (27 December 1831–1832 to October 1836), he diligently observed, collected specimens, took notes, and preserved superb evidence of his work. Virtually all his evidence still exists, mostly published. All his works that he himself published are now accessible at 〈Darwin-online.org.uk〉. His surviving correspondence from the period of the voyage consists of 152 letters, about half of which he wrote (Darwin 1985–1988, I:192–504). He drew upon his records, collections, and his memories to write one of the most valuable science travel books ever published, Journal of Researches into the Geology and Natural History of the Various Countries Visited by H. M. S. Beagle 1839. Three modern books discuss his voyage (Barlow 1945, Moorehead 1969, Keynes 2003), and numerous briefer accounts add to our understanding and appreciation of what he experienced and achieved (including von Hagen 1945:169–229, Life Editors and Barnett 1960, Hopkins 1969, Armstrong 1991, Armstrong 1992, 2004, Rice 1999:230–259, McCalman 2009:15–81). Darwin made a good collection of fishes, though he said little about them in his Journal of Researches (Pauly 2004:213–240). Although he would have four entomologists describe his new species of insects, he did have interesting discussions of insects in his Journal of Researches (Riley 1882:71–73, Remington and Remington 1961). Duncan Porter points out (1980:515) that Darwin's geological notes from the voyage (1383 pages) are almost four times longer than his biological notes (368 pages), and Darwin's geological observations have now received the attention they deserve (Herbert 2005). Since Darwin had learned little geology before participating in geological field work in the summer of 1831, a few months before the voyage began, why did he so quickly become a geologist? He became deeply influenced by Charles Lyell's Principles of Geology (three volumes, 1830–1833), volume I of which was given to him by FitzRoy, while Henslow sent him volume II (1832) during the voyage (Darwin 1959:77, 101, Barlow 1967:10–11, Gruber 1985:15–18, Herbert 2005:63–70). A major attraction was that Lyell defended the uniformitarian theory that Darwin found more creditable than Georges Cuvier's catastrophist theory. Natural histories of plants and animals contained very limited theories—in contrast to Lyell's theory of geology, which seemed to encompass all geological phenomena (1959:77). Geology and natural history merged in Darwin's studies of fossils and of coral islands. The first of three volumes he published on the geology of the voyage (Freeman 1965:41) was on the structure of coral reefs. The Beagle's first landing was at St. Jago in the Cape Verde Islands on 18 January 1832 (Armstrong 2004:38–45, Chancellor and van Wyhe 2009:3–6). Darwin wanted to see the kind of tropical vegetation that Humboldt had described at Teneriffe in the Canary Islands and was at first disappointed because the Cape Verde Islands were rather arid. However, he eventually found a deep valley that retained moisture and provided the emotional experience he sought (Darwin 1988:23). The commonest bird was a kingfisher (Dacelo jagoensis) that sat on castor-oil plants and darted out to catch grasshoppers and lizards (Darwin 1839:2). He took extensive notes on marine invertebrates (Darwin 2000:9–21), but only the notes on an octopus appeared in his Journal of Researches (1839:6–7). He watched it change color, squirt ink, and when he bent down to look more closely, it squirted water at him. They departed on 8 February, and their second stop, 16–19 February 1832, was at the uninhabited (by people) St. Paul's Rocks, near the equator (Edwards 1985, Campbell 1997:42–48, Armstrong 2004:46–50, Chancellor and van Wyhe 2009:6). Darwin (1839:8) gave the location as 0°58′ North latitude and 29°5″ West longitude, and 540 miles from South America. From a distance, the rocks appeared white, due partly to a glossy white substance in some rocks and partly to accumulated bird guano. In 1813 H.M.S. Rhin visited the rocks and Lt. George Chrichton drew a map and profile chart, but in 1832 FitzRoy did both again (Edwards 1985: Figs. 1a and 2). St. Paul's highest point is only about 60 feet (18.3 m) above sea level, and the islets are only 3/4 of a mile (2 km) in diameter. The route of H. M. S. Beagle in its voyage around the world. De Beer 1967:39. St. Paul's Rocks, from the east. Illustrated London News. By the side of many of these nests a small flying-fish was placed, which I suppose, had been brought by the male bird for its partner…quickly a large and active crab (Graspus), which inhabits the crevices of the rock, stole the fish from the side of the nest, as soon as we had disturbed the birds. The following list completes, I believe, the terrestrial fauna: a species of Feronia and an acarus, which must have come here as parasites on the birds; a small brown moth, belonging to a genus that feeds on feathers; a staphylinus (Quedius) and a wood louse from beneath the dung; and lastly, numerous spiders, which I suppose prey on these small attendants on, and scavengers of the waterfowl. After reading this account, Rear-Admiral William Symonds told Darwin that he had seen at St. Paul's crabs drag young birds from nests and eat them. Darwin added this information to this account in the second edition of his Journal (1845:10). Because this is the earliest known food web (Egerton 2007:51), Darwin's brief observations now carry a historical significance that they lacked when published, and so more details about the species he observed are desirable. He collected two unknown tick species, now named Amblyomma hirtum (Neumann 1906:201–203) and A. darwini (Hirst and Hirst 1910:239–240), which are only known from two locations: St. Paul's Rocks and the Galapagos Islands. He was first to collect them in both places. His specimens are now in the Natural History Museum, London (Robinson 1926:156–158, 221–222). He also collected the argasid tick, Ornithodoros capensis, and a bird louse, Actornithophilus sp. from the brown booby nests and hippoboscid flies from dead brown boobies. No spiders were in his collections, but Scytodes sp. now lives there and may be what he saw (Edwards and Lubbock 1983:54–55). Darwin's brown moth, Erechthias darwini, was only named in 1983, because no specimen survived in his collections. It resembles the genus Darwin had in mind but is in a different family that cannot digest the keratin of feathers. It eats instead the dried seaweed of the nests (Robinson 1983). As previously mentioned, (Egerton 2009), Darwin was the second known user of what we now call a plankton net (with Lesueur earlier using a dip net). He drew a crude sketch of his, four feet deep, and first discussed its use on 10 January 1832 in his Beagle diary, which he never published (Darwin 1988:21). On 11 January he wrote in his diary (1988:22): "I am quite tired having worked all day at the produce of my net—The number of animals that the net collects is very great \& fully explains the manner so many animals of a large size live so far from land." His Zoology Notes (2000:3–7) contain notes and drawings on the animals collected in his net on these two days. In Journal of Researches (1839:14–18), he first discussed phytoplankton observations after his account of St. Paul's Rocks, on 18 March; the account consists mostly of superficial anatomical descriptions. Next, he discussed numerous small crustaceans which sealers called whale-food, but he failed to make explicit here a food chain that was implicit–from minute organisms to crustaceans to whales—and only much later in his Journal of Researches (1839:189) did he even mention using his net. The day has passed delightfully: delight is however a weak term for such transports of pleasure: I have been wandering by myself in a Brazilian forest: amongst the multitude it is hard to say what set of objects is most striking: the general luxuriance of the vegetation bears the victory, the elegance of the grasses, the novelty of the parasitical plants, the beauty of the flowers.—the glossy green of the foliage, all tend to this end.—A most paradoxical mixture of sound \& silence pervades the shady parts of the wood.—the noise from the insects is so loud that in the evening it can be heard even in a vessel anchored several hundred yards from the shore. Darwin's South American travels. Von Hagen 1945:228. The next day, he gushed: "I can only add raptures to the former raptures." However, rapture does not necessarily lead to discernment. A commentator on his bird watching in South America points out (Haupt 2006:54–56) that he was on the continent having the greatest diversity of bird species and in the forest that contains most of that diversity, yet he was unable to see much more than the vegetation and insects. This was early into the voyage, and he lacked the binoculars which every birder now takes to any rain forest. Near the Guardia we find the southern limit of two European plants, now become excessively common. The fennel in great profusion covers the ditch banks in the neighbourhood of Buenos Ayres, Monte Video, and other towns. But the cardoon (Cynara cardunculus) has a far wider range: it occurs in these latitudes on both sides of the Cordillera, across the continent. I saw it in unfrequented spots in Chile, Entre Bios, and Banda Oriental. In the latter country alone, very many (probably several hundred) square miles are covered by one mass of these prickly plants, and are impenetrable by man or beast. This was "the earliest documented transformation of a landscape by alien plants" (Mack 1989:160). …if what was told me in London is true, viz. that there are no small insects in the collections from the Tropics, I tell entomologists to look out and have their pens ready for describing. I have taken as minute (if not more so) as in England, Hydropori, Hygroti, Hydrobii, Pselaphi, Staphglini, Cuscaliones, Bimbidia, \&c. \&c. It is exceedingly interesting to observe the difference of genera and species from those which I know…as a specimen how little the insects are known, Noterus, according to Dic[tionnaire] Class[ique d'histoire naturelle, 17 volumes] consists solely of three European species. I, in one haul of my net, took five distinct species… Many of Darwin's biological observations recorded at Rio were not entirely new to science, though new to him and seen in newly discovered species, and so not previously published (Chancellor and van Wyhe 2009:7–49). He had been preceded in biological exploration of South America by Azara (see below), Humboldt (Egerton 2009), and Alcide Charles Victor Dessalines d'Orbigny (1802–1857); d'Orbigny collected zoological specimens for the Muséum d'Histoire Naturelle in Paris in 1826–1834 and published Voyage dans l'Amerique meridionale (10 volumes, 1834–1847; for English translated extracts, see von Hagen 1948:182–200), a notable achievement, which did not attract as wide an audience as did Darwin's Journal of Researches (Goodman 1972:301–303, Tobien 1974, Boulinier 1995, Brygoo 1995, Legre-Zaidline 2002, Moreau and Dory 2005:11–17, 81–89), though his contributions are now well appreciated (Taquet 2002). Near Rio de Janeiro Darwin observed army ants which caused other insects to either flee or be eaten, he watched a wasp paralyze a spider to provide food for its young when they hatched from eggs, and he watched spiders kill and feed on insects (1839:39–42). The insects he collected and his notes about them are now published and his specimens surveyed (Smith 1987). Some of his specimens were described in print by specialists, and Smith (1987:115–123) includes citations to that literature in his bibliography. The Zoology of the Voyage of H.M.S. Beagle (Darwin 1839–1843) was limited to vertebrates. Darwin's remarks about the people he encountered were what one expects in a travel book, but he also followed Humboldt's example of providing figures or estimates of human populations (Egerton 1970). Both travelers frequently commented on environmental conditions in places visited that either favored or inhibited population increase. Henslow had given Darwin the first two volumes of the English translation of Humboldt's Personal Narrative to take on the voyage, and the Beagle diary that he never published has frequent references to Humboldt (Darwin 1988); some of these references later appeared in his Journal of Researches 1839. He reported that Buenos Ayres had 60,000 people, Monte Video 15,000 (1839:140), Coquimbo 6000–8000 (1839:421), Charles Island in the Galapagos Cape and the and St. Island people and species, of which only were In Darwin that the country would a population when the became more Darwin at the of near the what can be they Darwin on and birds not in the rain forest they were though but they were more on "the around of at the of Rio de His (Darwin Chancellor and van Wyhe he was there from to The Beagle had visited from to August 1832, and in his Journal of Researches Darwin his there on I those parts of my which to the to the in which we visited his observations on and birds not from During that in he the Beagle's to be his to collect biological specimens and also to be his The number of specimens Darwin this of his Journal of Researches by a that was in to up and them. The only large on this was a which was as far as Rio It could be to kill by but it from on it was not by was very numerous in species. was common. was feet two with a of feet 8 They on at the of Rio de and more of and and they They were because had been and did not them. On Rio they were the prey of was a small with habits of a in with a They were and The from its it was earlier Spanish and naturalist, de Azara had discovered that were in their Egerton as were in Darwin later that he had discovered work only after he had published his Journal of Researches (Darwin probably because Azara is not in the In he three times dans l'Amerique meridionale on Darwin was quite interested in this in two species on different They had very different and and and with Azara had observed this in and probably Darwin observed the species in the near Monte Video, though there were two other species in the one of which while the other does not Darwin an extensive of and notes (Darwin to and which the parts of South America. He found them though at times also They were Many of his notes on them were into his Journal of Researches He discussed four species of the and and from the of and Azara reported that they also and They also and them to up was than and than the A species to but was seen in only one and a species, on the and other but not on the The in country from Cape to North America and was or in near were in and and never of latitude Since were in he discussed them Darwin found on the of naturalist William who had up near Buenos this in these only the from on one side to on the Darwin Azara in of his (Darwin Darwin a in the of species and in species that are were and He had a number of to observe on the in (Chancellor and van Wyhe and he a account of its natural history in Journal of Researches Like in and in in a and and tend the Although when of water are they there and catch small Rio in he heard of a species, and one day when a was for he that this bird was of the species, and he its and and sent them to after his John named it though d'Orbigny had named it in 1972, England 2004, observed that Darwin his observations of at in when there were in and so he had the when he have that have a on their and the have a A species, lives in the The Beagle visited Island and in Darwin found the of more geological than biological (Darwin Armstrong 1992, Chancellor and van Wyhe A modern found more interesting there than Darwin did Darwin observed the which had no of He with the that black in the were and were the species as the of the as they when However, he was that the which he was a distinct species because the and said there was no such on the he saw the and it was a different species. have the may have been a a and an or Spanish He of no other so far from a that had so large a The stole food when it and Darwin that it would soon be (Armstrong On from Chile, he encountered and collected Darwin's also of (Darwin It was not found again and now is Although the seemed the did Darwin discovered that the a of and he this important account of them in his Zoology Notes Darwin now Darwin The Zoology of the sea is I the here as in is the \& of of which are with the This of is to From those which are at water \& those in it even frequently is to in From the in which these are by \& the in which the may well be but not to a than it I can only these great to terrestrial in the most of the yet the latter in any country were to be I not that nearly the number of animals would in them as would in the of All the \& birds the by the number of small fish which live amongst the are not so very my specimens I nearly the invertebrates I mention them in of their of my collection no of the minute \& are excessively those on the is white with such or \& \& these with a of minute be The number of \& is a very as in a are the On the great it is to see the of which This latter I have much the is but \& on all the is an \& most interesting this was to with it would the the \& the small fish \& or later the man must The number of the invertebrates would but how many it is hard to There are a number of and in the Darwin is the of the on the of the to that of the tropical rain population size of and species diversity of He to using the of food and species, of these were not nearly a He that there are and and very that are to their The a and A modern on the forest Darwin on it with et al. Darwin's Darwin a zoologist who three books on the Beagle voyage and wrote one on Darwin as a of and as evidence the above from the Zoology The Darwin's as it had Humboldt's (Egerton Humboldt saw it in the of its who around South from to could its rather It the and the as far as the Rio latitude but only around Like Darwin reported about young and John had reported in which he that and had a of he covered with near birds and they it the was Darwin the with and the His and seemed but we now that can but cannot The of Darwin with its Some but the Spanish to the had He collected a which Henslow described and named Darwin also collected a few be},
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Charles Darwin (1809–82) était le naturaliste anglais célèbre pour la théorie de l'évolution par sélection naturelle. Il commença à étudier la médecine à l'Université d'Édimbourg, mais développa une fascination pour l'histoire naturelle et quitta Édimbourg pour fréquenter Christ's College, Cambridge, où il poursuivit son nouvel intérêt tout en obtenant un Bachelor of Arts. Après avoir obtenu son diplôme, il eut l'opportunité d'obtenir un poste de naturaliste de bord à bord du H.M.S. Beagle pour un voyage de cinq ans autour du monde qui le rendrait célèbre. Publié en 1845, ce livre est la deuxième édition du journal d'expédition de Darwin, plus couramment connu sous le nom de The Voyage of the Beagle. Tout au long du voyage, il fit des observations et des découvertes qui le conduisirent à développer sa théorie révolutionnaire de l'évolution, qui parut plus tard dans On the Origin of Species et créa une tempête dans les communautés scientifique et religieuse

@book{doi101017cbo9781139103831,
    author = "Darwin, Charles",
    title = "Journal of Researches into the Natural History and Geology of the Countries Visited during the Voyage of HMS Beagle round the World, under the Command of Capt. Fitz Roy, R.N.",
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    booktitle = "Cambridge University Press eBooks",
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Résumé La surveillance des populations est un outil vital pour la gestion de la conservation et pour tester des hypothèses concernant les tendances des populations dans des environnements changeants. Les pinsons de Darwin sur l'île de Santa Cruz dans l'archipel des Galápagos ont subi une altération de l'habitat en raison des activités humaines, des prédateurs introduits, des parasites et des maladies. Nous avons utilisé des comptages par points pour mener des enquêtes quantitatives systématiques sur les pinsons de Darwin et d'autres oiseaux terrestres entre 1997 et 2010. L'analyse temporelle a révélé que six des neuf espèces étudiées ont diminué de manière significative et que cette diminution était la plus marquée à des altitudes plus élevées dans les forêts natives humides et les zones agricoles ; les zones de haute altitude ont été le plus touchées par les espèces introduites ou l'impact humain direct. Cinq des six espèces en déclin sont insectivores, ce qui suggère que les changements dans l'abondance des insectes ou la disponibilité des insectes sont un facteur critique dans les déclins. Des études supplémentaires sont nécessaires pour tester cette idée. D'autres facteurs, y compris l'altération de l'habitat et les parasites ou pathogènes introduits, peuvent contribuer aux déclins observés.

@article{doi101017s0030605311000597,
    author = "Dvorak, Michael et Feßl, Birgit et Nemeth, Erwin et Kleindorfer, Sonia et Tebbich, Sabine",
    title = "Distribution and abundance of Darwin’s finches and other land birds on Santa Cruz Island, Galápagos: evidence for declining populations",
    year = "2011",
    journal = "Oryx",
    abstract = "Résumé La surveillance des populations est un outil vital pour la gestion de la conservation et pour tester des hypothèses concernant les tendances des populations dans des environnements changeants. Les pinsons de Darwin sur l'île de Santa Cruz dans l'archipel des Galápagos ont subi une altération de l'habitat en raison des activités humaines, des prédateurs introduits, des parasites et des maladies. Nous avons utilisé des comptages par points pour mener des enquêtes quantitatives systématiques sur les pinsons de Darwin et d'autres oiseaux terrestres entre 1997 et 2010. L'analyse temporelle a révélé que six des neuf espèces étudiées ont diminué de manière significative et que cette diminution était la plus marquée à des altitudes plus élevées dans les forêts natives humides et les zones agricoles ; les zones de haute altitude ont été le plus touchées par les espèces introduites ou l'impact humain direct. Cinq des six espèces en déclin sont insectivores, ce qui suggère que les changements dans l'abondance des insectes ou la disponibilité des insectes sont un facteur critique dans les déclins. Des études supplémentaires sont nécessaires pour tester cette idée. D'autres facteurs, y compris l'altération de l'habitat et les parasites ou pathogènes introduits, peuvent contribuer aux déclins observés.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0030605311000597",
    doi = "10.1017/s0030605311000597",
    openalex = "W2103953427"
}

Les becs d'oiseaux présentent une variation considérable en forme et en taille, étroitement associée à l'exploitation de multiples niches écologiques et ayant probablement joué un rôle clé dans la diversification de milliers d'espèces aviaires. Des études précédentes ont démontré certains des mécanismes moléculaires qui régulent la morphogenèse du cartilage prénasal, qui forme le squelette initial du bec. Cependant, une grande partie de la diversité des becs chez les oiseaux dépend de la variation de l'os prémaxillaire. Il se forme plus tard dans le développement et devient le composant fonctionnel et structural le plus saillant du bec supérieur/joues adulte, bien que sa régulation soit inconnue. Ici, nous avons étudié un groupe d'espèces de pinsons de Darwin avec des formes de bec différentes. Nous avons constaté que TGFβIIr, β-caténine et Dickkopf-3, les principaux gènes candidats issus d'un criblage par microarray de cDNA, sont exprimés de manière différentielle dans l'os prémaxillaire en développement des embryons d'espèces à formes de bec différentes. De plus, nos expériences fonctionnelles démontrent que ces molécules forment un réseau de régulation gouvernant la morphologie de l'os prémaxillaire, qui diffère du réseau contrôlant le cartilage prénasal, mais possède les mêmes domaines d'expression spécifiques à l'espèce. Ces résultats offrent des mécanismes potentiels qui pourraient expliquer comment les dimensions de profondeur et de largeur étroitement couplées peuvent évoluer indépendamment. Le programme de développement à deux modules impliquant des molécules de régulation indépendantes offre des aperçus uniques sur la manière dont différents voies de développement peuvent être modifiées et combinées pour induire des changements multidimensionnels dans la morphologie du bec. Une modularité similaire dans le développement pourrait caractériser les traits complexes chez d'autres organismes dans une mesure plus grande que ce qui est actuellement apprécié.

@article{doi101073pnas1011480108,
    author = "Mallarino, Ricardo et Grant, Peter R. et Grant, B. Rosemary et Herrel, Anthony et Kuo, Winston Patrick et Abzhanov, Arhat",
    title = "Two developmental modules establish 3D beak-shape variation in Darwin's finches",
    year = "2011",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Bird beaks display tremendous variation in shape and size, which is closely associated with the exploitation of multiple ecological niches and likely played a key role in the diversification of thousands of avian species. Previous studies have demonstrated some of the molecular mechanisms that regulate morphogenesis of the prenasal cartilage, which forms the initial beak skeleton. However, much of the beak diversity in birds depends on variation in the premaxillary bone. It forms later in development and becomes the most prominent functional and structural component of the adult upper beak/jaw, yet its regulation is unknown. Here, we studied a group of Darwin's finch species with different beak shapes. We found that TGFβIIr, β-catenin, and Dickkopf-3, the top candidate genes from a cDNA microarray screen, are differentially expressed in the developing premaxillary bone of embryos of species with different beak shapes. Furthermore, our functional experiments demonstrate that these molecules form a regulatory network governing the morphology of the premaxillary bone, which differs from the network controlling the prenasal cartilage, but has the same species-specific domains of expression. These results offer potential mechanisms that may explain how the tightly coupled depth and width dimensions can evolve independently. The two-module program of development involving independent regulating molecules offers unique insights into how different developmental pathways may be modified and combined to induce multidimensional shifts in beak morphology. Similar modularity in development may characterize complex traits in other organisms to a greater extent than is currently appreciated.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1011480108",
    doi = "10.1073/pnas.1011480108",
    openalex = "W2070502859",
    references = "doi101016009286749290395s, doi101016jcell200806030, doi101016s0092867401006225, doi101016s009286740300432x, doi101038nature02415, doi101038nrg2267, doi101038sjonc1210054, doi101056nejmoa055695, doi101101pdbemo119, doi101242dev02480, doi1023074785"
}

Cliquez ici pour tous les articles précédents de la série History of the Ecological Sciences de F. N. Egerton. Charles Darwin (1809–1882) fut le plus grand scientifique biologique et un contributeur majeur aux sciences écologiques (Vorzimmer 1965, Acot 1983 Dajoz 1984:46–50, 58–83). L'histoire naturelle avant Darwin comportait de nombreux ingrédients de l'écologie, mais était faible en théorie. L'équilibre de la nature, y compris la version de Linnaeus, l'économie de la nature (Egerton 2007b:81–84), en était le principal exemple, et elle ne fut jamais développée en une théorie précise (Egerton 1973, Kricher 2009). Les idées évolutionnistes d'Erasmus Darwin et de Lamarck avaient une pertinence écologique (Egerton 2008, 2010a), mais ne furent pas développées en une théorie élaborée comme la théorie de l'évolution par sélection naturelle de Charles Darwin. Que veux-je dire par écologie évolutionniste ? Un coyote peut manger différentes proies dans différentes parties de son aire géographique, ce qui n'est pas vraiment une relation évoluée. Cependant, d'autres relations ont évolué. Augustin-Pyramus de Candolle, l'un des principaux botanistes durant les trois premières décennies du XIXe siècle, ne s'intéressait pas aux études sur les mécanismes floraux qui semblaient guider des espèces spécifiques d'insectes vers la pollinisation d'une espèce spécifique de plantes, car il ne croyait pas qu'une espèce biologique était modifiée pour répondre aux besoins d'une autre espèce. Il était conscient des spéculations évolutionnistes de Lamarck sur les espèces s'efforçant de changer, mais il appartenait à la majorité des botanistes et des zoologistes qui ne trouvaient pas les enseignements de Lamarck convaincants. Le premier livre de Darwin après la publication de L'Origine des espèces portait sur les mécanismes entre les espèces d'orchidées qui guident des espèces d'insectes particulières pour polliniser cette espèce d'orchidée — causés par la sélection naturelle, non par un effort lamarckien — un exemple d'écologie évolutionniste. Un autre exemple est une espèce d'animal inoffensif évoluant par sélection naturelle pour imiter une espèce dangereuse comme protection contre les prédateurs. L'Origine de Darwin a libéré cette ligne de pensée avant que l'écologie ne devienne une science organisée, et les écologistes ultérieurs ont facilement adopté cet outil intellectuel (Kolasa 2011:28, 39). Le Journal of Researches de Darwin (1839) a apporté des contributions substantielles à l'écologie (Egerton 2010b), et il était aussi bien équipé après son voyage pour faire progresser la compréhension de l'économie de la nature que pour faire progresser la biologie évolutionniste. Après les publications sur le Beagle, Darwin continua d'être un naturaliste observateur, mais il devint également un expérimentateur. Darwin suivit les pas de trois modèles : Gilbert White, un observateur, Humboldt, un observateur–corrélant–expérimentateur, et Lyell, un observateur–théoricien. Darwin investigua couramment plusieurs sujets différents en une année, et même lorsque notre portée est limitée aux sujets écologiques, une présentation strictement chronologique est impraticable. Ses livres post-Beagle (Freeman 1965) étaient généralement précédés d'articles dans des périodiques sur le sujet. Heureusement, ces articles sont majoritairement republiés dans The Collected Papers of Charles Darwin (deux volumes, 1977), et plus complètement dans Darwin's Shorter Publications, 1829–1883 (Darwin 2009). Tous les livres de Darwin sont disponibles sur Internet 〈Darwin–online.org.uk〉, et sont également republiés (Darwin 1986–1990). Sa Correspondence a été publiée par Cambridge University Press depuis 1985 (18 volumes s'étendant jusqu'en 1870) et est également en ligne 〈darwinproject.ac.uk〉. La présente discussion est organisée dans l'ordre chronologique dans lequel il a publié les livres pertinents, puisque les volumes sur le Beagle sont couverts dans la partie 37 (Egerton 2010b). Darwin fut l'un des plus grands correspondants du monde, et beaucoup de ses correspondants étaient heureux de lui envoyer des informations utiles. Ses publications sont également disponibles dans un ensemble réuni (1986–1990) et sur Darwin online. Après avoir quitté les îles Galápagos, Darwin s'était demandé en 1836 si les pinsons de différentes îles étaient des variétés ou des espèces (Egerton 2010b:412–414). En mars 1837, l'ornithologue John Gould convainquit Darwin que ses spécimens de pinsons et de pinsons à tête noire des îles Galápagos étaient des espèces différentes, et cette réalisation fit de Darwin un évolutionniste (Egerton 2010b:416). Darwin commença alors à tenir des carnets dans lesquels il consignait ses lectures et ses réflexions sur la transmutation. Son moment d'éclairage vint le 28 septembre 1838 (Darwin 1987:375), lorsqu'il lut l'Essai sur le principe de population de Thomas Robert Malthus (Édition 6, 1826). Pourquoi lut-il un livre qui semblerait périphérique à sa quête ? Il venait de terminer son Journal of Researches 1839, qu'il avait modelé sur le Personal Narrative of Travels d'Humboldt, et Humboldt avait loué l'Essai de Malthus (Egerton 1970:331–332). En utilisant les informations de ses carnets, Darwin écrivit deux brouillons précoces de sa théorie, en 1842 et 1844 (1909). Ces carnets et brouillons offrent des aperçus de la littérature qu'il a lue et des progrès de sa pensée, 1837–1844 (Limoges 1970, Manier 1978, Kohn 1980, 1985, Ospovat 1981, Hodge 2003). La publication anonyme des Vestiges of the Natural History of Creation de Robert Chambers en 1844, suivie de critiques défavorables des naturalistes, inhiba Darwin de publier sa théorie à cette époque. Au lieu de cela, il écrivit deux monographies sur les balanes vivantes et deux sur les fossiles (1851–1854) qui « apportèrent une nouvelle façon de penser sur les comparaisons morphologiques » (Ghiselin 1969:109), et un cirripédologue (Crisp 1983:73–74) suggéra même que ces monographies pourraient être considérées comme les plus grands travaux de Darwin, même si Darwin avait mal compris certains aspects de l'anatomie féminine ! L'intérêt qu'il développa pour les invertébrés à Édimbourg continua tout au long du voyage du Beagle, et il avait voulu inclure un volume sur les invertébrés dans Zoology of the Voyage of H. M. S. Beagle, mais n'avait pas réussi à le faire (Love 2002:266–269). Son intérêt spécifique pour les balanes avait été éveillé en janvier 1835 lorsqu'il découvrit dans l'archipel des Chonos, au large du continent chilien, la plus petite balane connue (vue avec son microscope), qu'il nomma Cryptophialus minutus (Darwin 1854:23, 566–586,2000:274–276, Richmond 1988, Keynes 2003:264–265, Stott 2003:xx–xxi, 62–63). C. minutus était un parasite qui creusait à travers la coquille d'un conche Concholepas peruviana et vivait dans son corps. Alors qu'il supervisait les volumes décrivant ses vastes collections issues de son voyage et rédigeait également son Journal of Researches, il ne prit pas le temps d'explorer cette curiosité, mais après la parution de ces volumes sur le Beagle, il revint sur cette espèce et se mit rapidement à étudier tous les balanes. Ses monographies contiennent principalement des descriptions et classifications systématiques d'espèces (Winsor 1969a, b, Ghiselin et Jaffe 1973, Southward 1983, Richmond 1988) ; cependant, leurs introductions sont pertinentes. Les balanes mangeaient des « infusoires » (plancton), des univalves spiralés minuscules (escargots) et des crustacés, y compris les larves d'autres balanes (Darwin 1851:45–46). Les balanes pédonculées (Fig. 2) s'étendent sur toute la planète, et la plupart des espèces ont de vastes aires de répartition, en particulier celles qui se fixent sur des objets flottants. Parmi les espèces qui se fixent sur des objets fixes ou sur des animaux littoraux, on ne trouve rarement plus de trois ou quatre espèces dans une localité donnée (Darwin 1851:65–66). Les cirripèdes sont généralement bisexués, contrairement à tous les autres crustacés ; lorsque les sexes sont séparés, les mâles sont minuscules et permanemment épizoïques sur les femelles (Darwin 1854:15). Les balanes sessiles (Fig. 3) vivent depuis la latitude 74° 18′ Nord jusqu'au Cap Horn. Charles Darwin, vers 1854. Seward 1909:Frontispiece.. Balane pédonculée Pollicipes. Par George Sowerby. Darwin 1851: de la Planche 7, 1964. Balane sessile : larve de Lepus australis. Par George Sowerby. Darwin 1854: de la Planche 30, 1964. La zone comprise entre l'archipel des Philippines du nord et l'Australie du sud, s'étendant jusqu'à la Nouvelle-Zélande à droite et à Sumatra à gauche, compte un nombre d'espèces supérieur au reste du monde. Probablement, cela est principalement dû à la nature fragmentée des terres, offrant des habitats diversifiés, et au fait que beaucoup de côtes sont rocheuses. Il y a plus d'espèces sur la côte rocheuse de l'Amérique du Sud occidentale que sur sa côte est sableuse ou boueuse. Les récifs coralliens sont défavorables à toutes les balanes sauf Pyrgoma, et peu de balanes sont connues des îles du Pacifique. Là où elles peuvent vivre, les espèces sont peu nombreuses mais les individus sont infinis. Aucun genre comptant plus d'une espèce n'est confiné à la zone torride. Les espèces de Pyrgoma sont confinées à la zone torride, sauf une espèce qui s'étend des îles de Cap-Vert à l'Angleterre et à l'Irlande (1854:159–160). Le grand travail de James Dana, Crustacea (1852–1855), comporte un excellent graphique avec des lignes isocrymales, montrant la température moyenne des eaux le long de leur cours pour les 30 jours consécutifs les plus froids de chaque saison. Il a montré que ces lignes sont les plus influentes pour la distribution des animaux marins. Ces mesures constituaient une élaboration supplémentaire des lignes isothermes que Humboldt avait introduites dans les études environnementales (Egerton 2011:158). Dana a divisé les zones torride et sub-torride des zones tempérées à l'isocryme 68°, et les zones tempérées des zones sub-frigide et frigide à 44°. Darwin n'a trouvé aucune balane confinée aux zones frigides. Darwin connaissait 147 espèces, dont sept d'habitat douteux. Sur les 140 restantes, 37 habitaient à la fois les zones torride et tempérées, 46 étaient exclusivement dans la zone torride, et 57 étaient exclusivement dans les zones tempérées. Les zones tempérées, bien que plus petites en superficie et avec des côtes considérablement moins longues, comptaient le plus d'espèces. Il existe deux zones tempérées, séparées par des zones torrides, et le nombre d'espèces dans chaque zone semble dépendre de l'isolement des sous-zones. Balanus était le genre le plus grand connu, avec 36 espèces d'habitats connus : 9 dans la zone torride, 15 dans les zones tempérées, et 12 dans les deux zones (Darwin 1854:160–162). Darwin a divisé les océans avec balanes en cinq provinces et a listé les espèces de chaque province (Darwin 1854:164–171). Ses deux volumes sur les balanes vivantes et deux sur les balanes fossiles ont remporté la Médaille de la Royal Society en 1854. D. T. Anderson, Barnacles: Structure, Function, Development and Evolution 1994, offre une perspective moderne sur le travail de Darwin. Après avoir publié sur les balanes, sur l'incitation de Lyell, Darwin est revenu à son projet de sélection naturelle et était en train de rédiger un énorme monographie, lorsqu'il fut interrompu par l'arrivée dans sa boîte aux lettres du manuscrit d'Alfred Russel Wallace, « On the Tendency of Varieties to Depart Indefinitely from the Original Type », en 1858. Wallace est devenu co-découvreur de l'évolution par sélection naturelle, et Lyell et Joseph Hooker ont organisé la lecture d'extraits du travail de Darwin, ainsi que de l'article de Wallace, le 1er juillet, et leur publication en 1859 par la Linnean Society of London (Darwin et Wallace 1859). Darwin a ensuite abandonné son manuscrit volumineux et a écrit un abrégé plus lisible, On the Origin of Species 1859. Son manuscrit plus long a été partiellement utilisé dans des livres ultérieurs, mais les parties non utilisées sont maintenant publiées (Darwin 1975) et fournissent de nombreuses citations de ses sources non incluses dans Origin. Darwin a présenté sa théorie dans les quatre premiers chapitres, suivis de neuf chapitres sur des preuves diverses de soutien. Les chapitres 1–2 d'Origin présentaient des preuves non controversées selon lesquelles la variation se produit à la fois dans les populations domestiques et sauvages des espèces. …il se reproduit à l'âge de trente ans et continue de se reproduire jusqu'à l'âge de quatre-vingt-dix ans, produisant trois paires de jeunes dans cet intervalle ; si c'est le cas, à la fin du cinquième siècle, il y aurait quinze millions d'éléphants vivants, descendants de la première paire. …il se reproduit à l'âge de trente ans et continue de se reproduire jusqu'à l'âge de quatre-vingt-dix ans, produisant six jeunes dans cet intervalle, et survivant jusqu'à l'âge de cent ans ; si c'est le cas, après une période de 740 à 750 ans, il y aurait près de dix-neuf millions d'éléphants vivants, descendants de la première paire. Mais comme il n'y aurait jamais dix-neuf millions d'éléphants, descendants d'une seule paire, vivants en même temps, il doit y avoir des freins à la croissance des populations de toutes les espèces. Pour illustrer la complexité de tels freins, Darwin a expliqué les relations interdépendantes du trèfle rouge, des abeilles bourdons, des souris et des chats : oSeules les abeilles modestes pollinisent le trèfle rouge, mais les campagnols mangent les abeilles modestes, et les chats mangent les campagnols. Par conséquent, la réussite des champs de trèfle rouge pourrait dépendre de la population locale de chats (1859:73–74). Bien que nous sachions maintenant que cette chaîne alimentaire est plus complexe que Darwin ne l'avait réalisé (Egerton 2007a:52–53), sa conclusion reste valide : si nous spéculons sur ces contrôles et sur leurs magnitudes, « Cela nous convaincra de notre ignorance sur les relations mutuelles de tous les êtres organiques… » (1859:78). Les paradigmes révolutionnaires, tels que L'Origine, réorientent les sciences et mettent en lumière de nouveaux problèmes à étudier (Kuhn 1970). Lorsque nous voyons les insectes mangeurs de feuilles verts, et les mangeurs d'écorce tachetés de gris ; le lagopède alpin blanc en hiver, le tétras-lyre de la couleur de la bruyère, et le tétras-lyre noir de la couleur de la terre tourbeuse, nous devons croire que ces teintes sont utiles à ces oiseaux et insectes pour les préserver du danger. Les tétras-lyres, s'ils ne sont pas détruits à certaines périodes de leur vie, augmenteraient en nombre incalculable ; on sait qu'ils souffrent largement des oiseaux de proie ; et les faucons sont guidés par la vue vers leur proie — tellement que, sur certaines parties du continent, les personnes ne sont pas blâmes d'être les plus blancs car c'est le plus difficile à voir que je puisse concevoir que la sélection naturelle pourrait être la plus efficace dans la couleur pour chacun et dans le maintien de cela lorsque et Il est ici de bien que est à un avec beaucoup de beaucoup avec les oiseaux sur les avec les insectes et avec à travers la terre, et à ce que ces si différents les uns des autres et sur les uns les autres dans un si complexe ont tous été par des barnacles sessiles Par George Sowerby. Darwin 1854 : de la Planche 1964. étude et John de tôt par Sowerby. Darwin de tous ces ce Darwin un pour un et il dans un et a trouvé que le à il alors à un droit d'être dans à polliniser l'orchidée le par Sowerby. Darwin La théorie de Darwin pourrait avoir l'économie de la nature et l'équilibre de la nature, mais cela il ne l'a pas fait (Egerton théorie de l'évolution par sélection naturelle est une écologique sur l'écologique par le plus grand de tous est non que l'un des plus réalisés de Darwin non seulement pour un nouveau de évolution mais aussi pour un nouveau de écologie, qu'il a nommé et dans son (deux volumes, à et Darwin, et un à Bien que Darwin ait eu quelques il a trouvé à et et pourrait ne pas avoir lu de Dans les années après la publication de L'Origine, Darwin a publié plus de livres et Ses sujets étaient mais ils avaient tous le même de et pour sa théorie. nous en partie 37 (Egerton 2010b), a fait un de sur les îles Galápagos et Darwin a pensé à un et pendant et après son voyage sur le Beagle, et ses nouvelles publications après ses volumes sur le Beagle étaient sur les barnacles. ses et publications étaient autant ou plus sur que sur Il était généralement par son un et par son George qui avait aussi Cependant, les de Darwin et avec Joseph Hooker après était un plus grand d'informations et 1978, et de avec sept paire de de à son Darwin Ceux qui avaient le plus grand ou et qui le plus seraient par et seraient et donc dans le seraient les Ceux qui avaient leur et dans à la et de les insectes particuliers qui si afin à dans n'importe quel de leur de à seraient ou Un avec un Par George Darwin était le de Darwin à ce que le de nombreuses orchidées n'étaient pas un de ou mais de sélection naturelle Son livre sur l'orchidée d'abord espèces spécifiques étaient et ensuite à l'évoluée entre et insecte à entre que de son et dans le nombre de son dans son il n'y avait pas pour le ou et de certains Darwin a expliqué les deux et étaient l'insecte chapitres et illustrer différents de et leur Il a commencé avec un tôt et à ses parties et leur le de à laquelle il ce était un et ce livre était une histoire de la théorie de Darwin. était par son mais convaincu peu de son Darwin qui n'avait pas collecté d'informations sur le entre et mais il pouvait son comme il l'a fait avec En utilisant un comme un (Darwin il a montré que le à le alors 30 à un droit qui il à la de l'orchidée les études à (Darwin que avec étaient par les abeilles ou et ceux avec par ou F. Darwin espèces de qu'il avait à leur Après Darwin a publié son orchidée suggéré que était insectes les à travers le grand sur le et par l'un des deux à la et (Darwin Darwin cela par dans le de C. mais quand il un dans le il comme Le a un à 12 et Darwin que il doit y avoir un avec un à son (Darwin In a trouvé un avec un un a été découvert et a été Le livre un majeur en et en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en 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en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en ene de l'œuvre la plus importante de Darwin. Darwin le de son sur son était sur et il y avait et de avait dans le de bien que il certains de dans que il avait été par et Darwin's à Darwin plus tard le de ce mais pas le avec Il le avec dans son (Darwin Charles Darwin en Par John pour la Société Linneenne de A est aussi dans le livre de Darwin était The de à travers le de avec sur Il avait avec ce sur 12 il avait son pour quatre et son Darwin plus tard a montré domaines qui avaient été couverts avec ou avec et quelques années mais à les ils étaient ceux étaient même si les domaines n'avaient pas été depuis son Il pensait que le de avait ceux Darwin avait dans qui pouvait donc il pouvait croire que le de pourrait aussi avoir un sur Il le et a écrit un pour la Société de qu'il a lu sur 1 1837, et qui a été publié dans Dans le livre il que sont à et donc ne les voient pas au travail, mais si un un peut trouver leur de leur Il même que étaient sur le avait dû à la fois les eux et le qui étaient Il que qui comme avec un le de la terre, a tous beaucoup à travers leur (Darwin The ou dans leur à un de ou (Darwin mais leur peut à ou ou plus (Darwin The livre en mesures et telles que à était par à le sur un dans le cours d'un (Darwin leur sur la terre, le dans un excellent pour la croissance de et pour de tous (Darwin «Il être si d'autres ont ainsi une part dans l'histoire du monde, comme ces organisés ce livre comme dans le domaine de la dans de tels sujets que à la de la et écologie, et les écologues ont aussi un pour le livre de Darwin Dans Darwin's un de son (deux qui nommé et un nouveau de Darwin's a ou bien pas l'écologie discussion et Darwin's sont de écologique et Son Journal of Researches 1839 et autres Beagle étaient (Egerton le de son écologique était dans l'Origin, avec des contributions dans d'autres avait d'abord un écologique dans l'économie de la nature (Egerton mais depuis il espèces étaient si était son économie de Dans le premier des 1800s, a développé une économie de la nature (Egerton il le de un plus était avant que et l'écologie évolutive de Darwin est devenue un sur lequel les sciences écologiques seraient deux décennies après son son I Darwin et Université de

@article{doi10189000129623924351,
    author = "Egerton, Frank N.",
    title = "History of Ecological Sciences, Part 40: Darwin's Evolutionary Ecology",
    year = "2011",
    journal = "Bulletin of the Ecological Society of America",
    abstract = "Click here for all previous articles in the History of the Ecological Sciences series by F. N. Egerton Charles Darwin (1809–1882) was the greatest biological scientist and a major contributor to ecological sciences (Vorzimmer 1965, Acot 1983 Dajoz 1984:46–50, 58–83). Natural history before Darwin had many ingredients of ecology, but was weak in theory. The balance of nature, including Linnaeus' version, economy of nature (Egerton 2007b:81–84), was the main example, and it was never developed as a precise theory (Egerton 1973, Kricher 2009). The evolutionary ideas of Erasmus Darwin and Lamarck had ecological relevance (Egerton 2008, 2010a) but were not developed into an elaborate theory like Charles Darwin's theory of evolution by natural selection. What do I mean by evolutionary ecology? A coyote might eat different prey in different parts of its geographic range, so that is not much of an evolved relationship. However, other relationships have evolved. Augustin-Pyramus de Candolle, one of the leading botanists during the first three decades of the 1800s, was uninterested in studies on floral mechanisms that seemed to guide specific species of insects into pollinating a specific species of plants, because he did not believe that one biological species was modified to meet the needs of another species. He was aware of Lamarck's evolutionary speculations about species striving to change, but he was among the majority of botanists and zoologists who did not find Lamarck's teachings convincing. Darwin's first book after publishing the Origin of Species was on the mechanisms among orchid species that guide particular insect species to pollinate that orchid species—caused by natural selection, not by Lamarckian striving—one example of evolutionary ecology. Another example is a harmless animal species evolving by natural selection to mimic a dangerous species as a protection from predators. Darwin's Origin unleashed this line of thought before ecology became an organized science, and later ecologists readily adopted this intellectual tool (Kolasa 2011:28, 39). Darwin's Journal of Researches 1839 made substantial contributions to ecology (Egerton 2010b), and he was as well equipped after his voyage to advance understanding of the economy of nature as to advance evolutionary biology. After the Beagle publications, Darwin continued being an observational naturalist, but he also became an experimentalist. Darwin followed in the footsteps of three role models: Gilbert White, an observer, Humboldt, an observer–correlationist–experimenter, and Lyell, an observer–theoretician. Darwin commonly investigated several different subjects in a year, and even when our scope is limited to ecological subjects, a strictly chronological presentation is impractical. His post-Beagle books (Freeman 1965) usually were preceded by articles in periodicals on the subject. Fortunately, these articles are mostly republished in The Collected Papers of Charles Darwin (two volumes, 1977), and more completely in Darwin's Shorter Publications, 1829–1883 (Darwin 2009). All of Darwin's books are available on the Internet 〈Darwin–online.org.uk〉, and are also republished (Darwin 1986–1990). His Correspondence has been published by Cambridge University Press since 1985 (18 volumes extend to 1870) and is also online 〈darwinproject.ac.uk〉. The present discussion is organized in the chronological order in which he published relevant books, since the Beagle volumes covered in part 37 (Egerton 2010b). Darwin was one of the world's greatest correspondents, and many of his correspondents were happy to send useful information to him. His publications are also available in a collected set (1986–1990) and at Darwin online. After leaving the Galapagos Islands, Darwin had wondered in 1836 whether mockingbirds from different islands were varieties or species (Egerton 2010b:412–414). In March 1837, ornithologist John Gould convinced Darwin that his finch and mockingbird specimens from the Galapagos Islands were different species, and that realization made Darwin an evolutionist (Egerton 2010b:416). Darwin then began keeping notebooks in which he recorded his readings and thoughts on transmutation. His eureka moment came on 28 September 1838 (Darwin 1987:375), when he read Thomas Robert Malthus' Essay on the Principle of Population (Edition 6, 1826). Why did he read a book that would seem to be peripheral to his quest? He had recently finished his Journal of Researches 1839, which he had modeled on Humboldt's Personal Narrative of Travels, and Humboldt had praised Malthus' Essay (Egerton 1970:331–332). Using information in his notebooks, Darwin wrote two early drafts of his theory, 1842 and 1844 (1909). Those notebooks and drafts provide insights into the literature he read and the progress in his thinking, 1837–1844 (Limoges 1970, Manier 1978, Kohn 1980, 1985, Ospovat 1981, Hodge 2003). Anonymous publication of Robert Chambers' Vestiges of the Natural History of Creation 1844, followed by unfavorable reviews from naturalists, inhibited Darwin from publishing his theory at that time. Instead, he wrote two monographs on living barnacles and two on fossils (1851–1854) that “brought about a new way of thinking about morphological comparisons” (Ghiselin 1969:109), and one cirripedologist (Crisp 1983:73–74) even suggested that these monographs could be considered Darwin's greatest works, even though Darwin had misunderstood aspects of female anatomy! The interest he developed in invertebrates at Edinburgh continued throughout the voyage of the Beagle, and he had wanted to include a volume on invertebrates to Zoology of the Voyage of H. M. S. Beagle, but had not managed to do so (Love 2002:266–269). His specific interest in barnacles had been piqued in January 1835 when he discovered in the Chonos Archipelago, off the mainland of Chile, the smallest known barnacle (seen with his microscope), which he named Cryptophialus minutus (Darwin 1854:23, 566–586, 2000:274–276, Richmond 1988, Keynes 2003:264–265, Stott 2003:xx–xxi, 62–63). C. minutus was a parasite that bored through the shell of a conch Concholepas peruviana and lived in its body. While overseeing the volumes describing his vast collections from his voyage and also writing his Journal of Researches, he did not pause to explore this oddity, but after those Beagle volumes appeared, he returned to this species and was soon studying all of the barnacles. His monographs mostly contain systematic descriptions and classifications of species (Winsor 1969a, b, Ghiselin and Jaffe 1973, Southward 1983, Richmond 1988); however their introductions are relevant. Barnacles ate “infusoria” (plankton), minute spiral univalves (snails), and crustacea, including larvae of other barnacles (Darwin 1851:45–46). Pedunculated barnacles (Fig. 2) extend over the whole world, and most species have large ranges, especially those that attach to floating objects. Of those species that attach to fixed objects or to littoral animals, one rarely finds more than three or four species in any locality (Darwin 1851:65–66). Cirripedes are usually bisexual, differing from all other crustacean; when sexes are separate, males are minute and permanently epizoic on females (Darwin 1854:15). Sessil barnacles (Fig. 3) live from latitude 74° 18′ North, south to Cape Horn. Charles Darwin, about 1854. Seward 1909:Frontispiece.. Pedunculated Pollicipes. By George Sowerby. Darwin 1851: from Plate 7, 1964. Sessile barnacle: larvae of Lepus australis. By George Sowerby. Darwin 1854: from Plate 30, 1964. The area between the north Philippine Archipelago and south Australia, extending to New Zealand on the right and Sumatra on the left, has a greater number of species than the rest of the world. Probably this is mainly due to the broken nature of the land, providing diversified habitats and due to much of the coast being rocky. There are more species on the rocky coast of western South America than on its sandy or muddy eastern coast. Coral reefs are unfavorable for all barnacles except Pyrgoma, and few barnacles are known from Pacific islands. Where they can live, species are few and individuals are infinite. No genus with more than one species is confined to the torrid zone. Pyrgoma species are confined to the torrid zone except for one species that is found from the Cape Verde Islands to England and Ireland (1854:159–160). James Dana's great work, Crustacea (1852–1855), has an excellent chart with isocrymal lines, showing mean temperature of waters along their course for the coldest 30 consecutive days in any season. He showed that these lines are most influential for the distribution of marine animals. These measurements were a further elaboration on the isothermal lines that Humboldt introduced into environmental studies (Egerton 2011:158). Dana divided the torrid and sub-torrid zones from the temperate zones at isocryme 68°, and the temperate zones from the sub-frigid and frigid zones at 44°. Darwin found no barnacles confined to frigid zones. Darwin knew 147 species, seven of doubtful habitat. Of the remaining 140, 37 inhabited both torrid and temperate zones, 46 were exclusively in torrid, and 57 were exclusively in temperate zones. The temperate zones, though smaller in area with considerably less lengthy coastlines, had the most species. There are two temperate zones, separated by torrid zones, and the number of species in any zone seems to depend on the isolation of sub-zones. Balanus was the largest known genus, with 36 species of known habitats: 9 in the torrid zone, 15 in temperate zones, and 12 in both zones (Darwin 1854:160–162). Darwin divided the oceans with barnacles into five provinces and listed the species in each province (Darwin 1854:164–171). His two volumes on living and two on fossil barnacles won the Royal Society Medal in 1854. D. T. Anderson, Barnacles: Structure, Function, Development and Evolution 1994, provides a modern perspective on Darwin's work. After publishing on barnacles, at Lyell's urging, Darwin returned to his natural selection project and was in the midst of writing a huge monograph, when he was interrupted by arrival in his mail of Alfred Russel Wallace's manuscript, “On the Tendency of Varieties to Depart Indefinitely from the Original Type,” in 1858. Wallace became a co-discoverer of evolution by natural selection, and Lyell and Joseph Hooker arranged for extracts of Darwin's work, along with Wallace's article, to be read on 1 July and published in 1859 by the Linnean Society of London (Darwin and Wallace 1859). Darwin then abandoned his large manuscript and wrote a more readable abridgment, On the Origin of Species 1859. His longer manuscript was partly used in later books, but those parts not so used are now published (Darwin 1975) and provide many citations to his sources not included in Origin. Darwin presented his theory in the first four chapters, followed by nine chapters on diverse supporting evidence. Origin chapters 1–2 presented noncontroversial evidence that variation occurs in both domestic and wild populations of species. …it breeds when thirty years old, and goes on breeding till ninety years old, bringing forth three pair of young in this interval; if this be so, at the end of the fifth century there would be alive fifteen million elephants, descended from the first pair. …it breeds when thirty years old, and goes on breeding till ninety years old, bringing forth six young in the interval, and surviving till one hundred years old; if this be so, after a period of from 740 to 750 years there would be nearly nineteen million elephants alive, descended from the first pair. But since there would never be nineteen million elephants, descended from one pair, alive at the same time, there must be checks on the growth of populations of all species. To illustrate the complexity of such checks, Darwin explained the interrelationships of red clover, humble bees, mice, and cats: only humble bees pollinate red clover, but field mice eat humble bees, and cats eat mice. Therefore, the success of red clover fields might depend on the local population of cats (1859:73–74). Although we now know that this food chain is more complex than Darwin realized (Egerton 2007a:52–53), his conclusion is still valid: if we speculate on those checks and their magnitudes, “It will convince us of our ignorance on the mutual relations of all organic beings…” (1859:78). Revolutionary paradigms, such as Origin, reorient sciences and uncover new problems to study (Kuhn 1970). When we see leaf-eating insects green, and bark-feeders mottled-grey; the alpine ptarmigan white in winter, the red-grouse the colour of heather, and the black-grouse that of peaty earth, we must believe that these tints are of service to these birds and insects in preserving them from danger. Grouse, if not destroyed at some period of their lives, would increase in countless numbers; they are known to suffer largely from birds of prey; and hawks are guided by eyesight to their prey—so much so, that on parts of the Continent persons are not to white as being the most to I can see no to that natural selection might be most in the colour to each of and in keeping that when and He is here of though is to an with many of many with birds on the with insects and with through the earth, and to that these so different from each and on each other in so complex a have all been by Sessile barnacles By George Sowerby. Darwin 1854: from Plate 1964. study and John of early by Sowerby. Darwin of all these this Darwin a for a and it into an and found that the to it then at a right to be in to pollinate the orchid the by Sowerby. Darwin Darwin's theory might have the of the economy of nature and the balance of nature, but this it did not (Egerton theory of evolution by natural selection is an ecological on the ecological by the greatest of all is no that one of Darwin's most realized the not only for a new of evolutionary but also for a new of ecology, which he named and in his (two volumes, to and Darwin, and a to Although Darwin had some he found to and and might not have read of In the years after publishing Origin, Darwin published more books and His subjects were but they all had the same of and for his theory. we in part 37 (Egerton 2010b), made a of on the Galapagos Islands and Darwin thought of as a and during and after his voyage on the Beagle, and his new publications after his Beagle volumes were on barnacles. his and publications were as much or more on as on He was usually by his a and by his George who also had However, Darwin's and with Joseph Hooker after was a most of information and 1978, and of with seven pair of of to its Darwin Those which had the largest or and which most would be by and would be and so in the would the Those which had their and in to the and of the particular insects which so as to in any the of their from to would be or A with a By George Darwin was Darwin's to that the of many orchid were not a of or but of natural selection His orchid book first specific species were and then to the evolved between and insect to between than of his and in the number of its in his there was no for the or and of some Darwin explained both and were the insect chapters and illustrate different of and their He began with a early and to its parts and their the of to which he this was a and this book was a history of Darwin's theory. was by his but convinced few of his Darwin that had not collected information on the between and but he could his as he did with Using a as a (Darwin he showed that the to the then 30 at a right which it to the of the orchid the studies to (Darwin that with were by bees or and those with by or F. Darwin species of that he had to their After Darwin published his orchid suggested that was insects the through the large on the and by one of the two to the and (Darwin Darwin this by into the of C. but when he a into the it as The has a to 12 and Darwin that there must be a with a to its (Darwin In found a with a a was discovered and has been The book a major in and in as a completely our of and to literature on ecology. that has been on the of and has been or by this John it of the most books of all Darwin listed in the of (Darwin of publications that had since he published the first to this Darwin's On the and of (Darwin first as parts of the Journal of the Linnean Society of London (Freeman and only as a book in the (Darwin He was in the evolution of this and its for these include in which the another and The in most species which he were from or but he also from by and (Darwin included and including and and F. to or with their He did not study the of on their and he did not the that its Darwin later his book in a of studies on this (Darwin in 1 and and to and Darwin a Darwin (Darwin in the same as the of but it was a more substantial book by and Darwin was his and during the in part (Egerton that had in that the and all but he did not their or Darwin had read in 1839 2009). Darwin first the in the of when he on the of the them on but he had to the to and had on to other subjects by He returned to the on (Darwin and a and for this Darwin he had off in with his of the two of showing the to Darwin of the book He and to and to the to and also the to did not the that live in do not for further The remaining chapters the mechanisms of the and a few M. of had his of the of that and and had and that a of than not (Darwin to both botanists and and modern literature and these species as and Darwin's books, The of and in the and The of on of the Species are relevant to ecology since insects were the had been a in his and in this new book he those more Darwin the of for and and he the that had evolved in to some had and so that the were separated from the and did not Darwin to some and was by other botanists of field on which and had been about 15 years after it had been and and Darwin considered The of in Darwin's greatest work. Darwin the of his on its was on and there were and of had in the of though it some of in that he had been by and Darwin's at Darwin later the of this but not the with He the with in his (Darwin Charles Darwin in By John for the Linnean Society of A is also in the Darwin's book was The of through the of with on He had with this on 12 he had his for four and his Darwin later showed fields that had been covered with or with and some years but at the they were those were even though the fields had not been since the His thought that the of had those Darwin had in that could so he could believe that the of might also have an on He the and wrote a for the Society of which he read on 1 1837, and which was published in In the book he that are at and so do not see them at work, but if one one can find their of their He even that were on the had due to both the them and the that were He that which as with a the of the land, has all many through their (Darwin The or into their to a of or (Darwin but their can to or or more (Darwin The book in measurements and such as at was by to the on a in the course of a (Darwin their on the land, the in an excellent for the growth of and for of all (Darwin “It be whether there are many other which have so a part in the history of the world, as have these organized this book as in the field of the in such subjects as at the of the and ecology, and ecologists also have a for Darwin's book In Darwin's a of his (two which named and a new of Darwin's has or though not the ecology discussion and Darwin's are of ecological and His Journal of Researches 1839 and other Beagle were (Egerton the of his ecological was in the Origin, with contributions in other had first an ecological in the economy of nature (Egerton but since he species were so was his economy of In the first of the 1800s, developed a economy of nature (Egerton it the of an more was before that and Darwin's evolutionary ecology became a on which ecological sciences would be two decades after his his I Darwin and University of",
    url = "https://doi.org/10.1890/0012-9623-92.4.351",
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Les oiseaux sont bien connus pour occuper des niches alimentaires diverses et pour avoir évolué des morphologies de bec variées associées à la spécialisation alimentaire. Les oiseaux qui se nourrissent de graines dures possèdent généralement des becs à la fois profonds et larges, vraisemblablement en raison d'une sélection pour éviter les fractures, comme suggéré par des études antérieures. Il en découle que les oiseaux qui mangent des graines de tailles et de duretés différentes devraient varier sur un ou plusieurs aspects de la morphologie du bec, y compris l'organisation histologique de la rhamphothèque, l'interface cellulaire qui lie la rhamphothèque à l'os, et l'organisation des trabécules dans le bec. Pour explorer cette attente, nous examinons ici l'organisation tissulaire dans la rhamphothèque du pinson de Java, un grand oiseau granivore, et décrivons les différences interspécifiques dans l'organisation trabéculaire du bec chez 11 espèces de pinsons de Darwin. Nous identifions des spécialisations dans plusieurs couches du bec corné, avec le derme ancré à l'os par les fibres de Sharpey dans les régions soumises à des contraintes élevées lors de la morsure. De plus, la rhamphothèque se caractérise par une jonction dermo-épidermique serrée grâce à l'interdigitation de ces deux tissus. Des corpuscules de Herbst sont observés à haute densité dans le derme de l'aspect latéral du bec, comme observé chez d'autres oiseaux. Enfin, l'organisation trabéculaire du bec chez les pinsons de Darwin semble la plus variable dans les régions impliquées le plus dans la manipulation de la nourriture, la densité des trabécules dans le bec reflétant généralement les régimes de charge imposés par différents régimes alimentaires et l'utilisation du bec dans ce clade.

@article{doi101111j14697580201201561x,
    author = "Genbrugge, Annelies et Adriaens, Dominique et Kegel, Barbara De et Brabant, Loes et Hoorebeke, Luc Van et Podos, Jeffrey et Dirckx, Joris et Aerts, Peter et Herrel, Anthony",
    title = "Organisation tissulaire structurelle du bec des pinsons de Java et de Darwin",
    year = "2012",
    journal = "Journal of Anatomy",
    abstract = "Les oiseaux sont bien connus pour occuper des niches alimentaires diverses et pour avoir évolué des morphologies de bec variées associées à la spécialisation alimentaire. Les oiseaux qui se nourrissent de graines dures possèdent généralement des becs à la fois profonds et larges, vraisemblablement en raison d'une sélection pour éviter les fractures, comme suggéré par des études antérieures. Il en découle que les oiseaux qui mangent des graines de tailles et de duretés différentes devraient varier sur un ou plusieurs aspects de la morphologie du bec, y compris l'organisation histologique de la rhamphothèque, l'interface cellulaire qui lie la rhamphothèque à l'os, et l'organisation des trabécules dans le bec. Pour explorer cette attente, nous examinons ici l'organisation tissulaire dans la rhamphothèque du pinson de Java, un grand oiseau granivore, et décrivons les différences interspécifiques dans l'organisation trabéculaire du bec chez 11 espèces de pinsons de Darwin. Nous identifions des spécialisations dans plusieurs couches du bec corné, avec le derme ancré à l'os par les fibres de Sharpey dans les régions soumises à des contraintes élevées lors de la morsure. De plus, la rhamphothèque se caractérise par une jonction dermo-épidermique serrée grâce à l'interdigitation de ces deux tissus. Des corpuscules de Herbst sont observés à haute densité dans le derme de l'aspect latéral du bec, comme observé chez d'autres oiseaux. Enfin, l'organisation trabéculaire du bec chez les pinsons de Darwin semble la plus variable dans les régions impliquées le plus dans la manipulation de la nourriture, la densité des trabécules dans le bec reflétant généralement les régimes de charge imposés par différents régimes alimentaires et l'utilisation du bec dans ce clade.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1469-7580.2012.01561.x",
    doi = "10.1111/j.1469-7580.2012.01561.x",
    openalex = "W2001141929",
    references = "doi101002jmor11023"
}

Les données de biodiversité proviennent de sources multiples stockées dans divers formats sur de nombreuses plateformes matérielles et logicielles distinctes. Une étape essentielle pour comprendre les modèles mondiaux de biodiversité est de fournir une vue standardisée de ces sources de données hétérogènes afin d'améliorer l'interopérabilité. Fondamental pour cette avancée sont les définitions de termes communs. Cet article décrit l'évolution et le développement de Darwin Core, une norme de données pour la publication et l'intégration d'informations sur la biodiversité. Nous nous concentrons sur les catégories de termes qui définissent la norme, les différences entre Darwin Core simple et relationnel, la manière dont la norme a été mise en œuvre, et les processus communautaires essentiels à la maintenance et à la croissance de la norme. Nous présentons des extensions par études de cas de Darwin Core vers de nouvelles communautés de recherche, notamment la métagénomique et les ressources génétiques. Nous concluons en montrant comment les enregistrements Darwin Core sont intégrés pour créer de nouveaux produits de connaissances documentant les distributions d'espèces et les changements dus aux perturbations environnementales.

@article{doi101371journalpone0029715,
    author = "Wieczorek, John et Bloom, David et Guralnick, Robert et Blum, Stan et Döring, Markus et Giovanni, Renato De et Robertson, Tim et Vieglais, Dave",
    title = "Darwin Core : Une norme de données de biodiversité développée par la communauté en évolution",
    year = "2012",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "Les données de biodiversité proviennent de sources multiples stockées dans divers formats sur de nombreuses plateformes matérielles et logicielles distinctes. Une étape essentielle pour comprendre les modèles mondiaux de biodiversité est de fournir une vue standardisée de ces sources de données hétérogènes afin d'améliorer l'interopérabilité. Fondamental pour cette avancée sont les définitions de termes communs. Cet article décrit l'évolution et le développement de Darwin Core, une norme de données pour la publication et l'intégration d'informations sur la biodiversité. Nous nous concentrons sur les catégories de termes qui définissent la norme, les différences entre Darwin Core simple et relationnel, la manière dont la norme a été mise en œuvre, et les processus communautaires essentiels à la maintenance et à la croissance de la norme. Nous présentons des extensions par études de cas de Darwin Core vers de nouvelles communautés de recherche, notamment la métagénomique et les ressources génétiques. Nous concluons en montrant comment les enregistrements Darwin Core sont intégrés pour créer de nouveaux produits de connaissances documentant les distributions d'espèces et les changements dus aux perturbations environnementales.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0029715",
    doi = "10.1371/journal.pone.0029715",
    openalex = "W2159327312"
}

CONTEXTE : Un exemple classique de spéciation répétée couplée à une diversification écologique est l'évolution de 14 espèces étroitement apparentées de pinsons de Darwin (Galápagos) (Thraupidae, Passeriformes). Leur radiation adaptative dans l'archipel des Galápagos s'est produite au cours des derniers 2-3 millions d'années et certains des mécanismes moléculaires ayant conduit à leur diversification sont maintenant en cours d'élucidation. Ici, nous rapportons des analyses évolutives du génome du gros pinson terrestre, Geospiza magnirostris. RÉSULTATS : 13 291 gènes codant pour des protéines ont été prédits à partir d'un assemblage génomique de G. magnirostris de 991,0 Mb. Nous avons ensuite défini les relations d'orthologie des gènes et construit des alignements génomiques complets entre G. magnirostris et d'autres génomes de vertébrés. Nous estimons que 15 % de la séquence génomique est fonctionnellement contrainte entre G. magnirostris et le pinson zèbre. Les comparaisons des taux évolutifs géniques indiquent que des pressions sélectives similaires ont agi le long des lignées de G. magnirostris et de pinson zèbre, suggérant que les valeurs historiques de la taille effective de la population ont été similaires dans les deux lignées. Vingt-et-un gènes autrement hautement conservés ont été identifiés, chacun montrant des preuves de sélection positive sur les changements d'acides aminés dans la lignée des pinsons de Darwin. Deux de ces gènes (Igf2r et Pou1f1) ont été impliqués dans les changements de morphologie du bec chez les pinsons de Darwin. Cinq des 47 gènes montrant des preuves de sélection positive dans l'évolution précoce des passereaux ont des fonctions liées aux cils et peuvent être des exemples de protéines reproductives évoluant de manière adaptative. CONCLUSIONS : Ces résultats fournissent des aperçus des processus évolutifs passés qui ont façonné les gènes de G. magnirostris et son génome, et fournissent la base nécessaire sur laquelle construire des ressources en génomique des populations qui jetteront de la lumière sur des processus adaptatifs et non adaptatifs plus contemporains qui ont contribué à l'évolution des pinsons de Darwin.

@article{doi101186147121641495,
    author = "Rands, Chris M. et Darling, Aaron E. et Fujita, Matthew K. et Kong, Lesheng et Webster, Matthew T. et Clabaut, Céline et Emes, Richard D. et Heger, Andreas et Meader, Stephen et Hawkins, M. Brent et Eisen, Michael B. et Teiling, Clotilde et Affourtit, Jason P. et Boese, Benjamin et Grant, Peter R. et Grant, B. Rosemary et Eisen, Jonathan A. et Abzhanov, Arhat et Ponting, Chris P.",
    title = "Insights into the évolution des pinsons de Darwin à partir d'une analyse comparative de la séquence génomique de Geospiza magnirostris",
    year = "2013",
    journal = "BMC Genomics",
    abstract = "CONTEXTE : Un exemple classique de spéciation répétée couplée à une diversification écologique est l'évolution de 14 espèces étroitement apparentées de pinsons de Darwin (Galápagos) (Thraupidae, Passeriformes). Leur radiation adaptative dans l'archipel des Galápagos s'est produite au cours des derniers 2-3 millions d'années et certains des mécanismes moléculaires ayant conduit à leur diversification sont maintenant en cours d'élucidation. Ici, nous rapportons des analyses évolutives du génome du gros pinson terrestre, Geospiza magnirostris. RÉSULTATS : 13 291 gènes codant pour des protéines ont été prédits à partir d'un assemblage génomique de G. magnirostris de 991,0 Mb. Nous avons ensuite défini les relations d'orthologie des gènes et construit des alignements génomiques complets entre G. magnirostris et d'autres génomes de vertébrés. Nous estimons que 15 % de la séquence génomique est fonctionnellement contrainte entre G. magnirostris et le pinson zèbre. Les comparaisons des taux évolutifs géniques indiquent que des pressions sélectives similaires ont agi le long des lignées de G. magnirostris et de pinson zèbre, suggérant que les valeurs historiques de la taille effective de la population ont été similaires dans les deux lignées. Vingt-et-un gènes autrement hautement conservés ont été identifiés, chacun montrant des preuves de sélection positive sur les changements d'acides aminés dans la lignée des pinsons de Darwin. Deux de ces gènes (Igf2r et Pou1f1) ont été impliqués dans les changements de morphologie du bec chez les pinsons de Darwin. Cinq des 47 gènes montrant des preuves de sélection positive dans l'évolution précoce des passereaux ont des fonctions liées aux cils et peuvent être des exemples de protéines reproductives évoluant de manière adaptative. CONCLUSIONS : Ces résultats fournissent des aperçus des processus évolutifs passés qui ont façonné les gènes de G. magnirostris et son génome, et fournissent la base nécessaire sur laquelle construire des ressources en génomique des populations qui jetteront de la lumière sur des processus adaptatifs et non adaptatifs plus contemporains qui ont contribué à l'évolution des pinsons de Darwin.",
    url = "https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-95",
    doi = "10.1186/1471-2164-14-95",
    openalex = "W2159252300",
    references = "doi101006jmbi20004042, doi10103875556, doi101038nature03154, doi10108010635150701472164, doi101093bioinformaticsbti1018, doi101093molbevmsi097, doi101093molbevmsm088, doi101098rstb20090321, doi101186147121055113, doi1023071223169"
}

La théorie dominante concernant la base moléculaire de l'évolution implique des mutations génétiques qui génèrent ultimement la variation phénotypique héréditaire sur laquelle la sélection naturelle agit. Cependant, l'héritage transgénérationnel épigénétique de la variation phénotypique peut également jouer un rôle important dans le changement évolutif. Un nombre croissant d'études ont démontré la présence d'héritage épigénétique chez une variété d'organismes différents qui peut persister pendant des centaines de générations. La possibilité que les changements épigénétiques puissent s'accumuler sur de plus longues périodes de temps évolutif a rarement été testée empiriquement. Cette étude a été conçue pour comparer les changements épigénétiques entre plusieurs espèces étroitement apparentées de pinsons de Darwin, un exemple bien connu de radiation adaptative. L'ADN érythrocytaire a été obtenu chez cinq espèces de pinsons de Darwin sympatriques qui varient en termes de parenté phylogénétique. Les altérations à l'échelle du génome des mutations génétiques utilisant la variation du nombre de copies (CNV) ont été comparées aux altérations épigénétiques associées aux régions de méthylation différentielle de l'ADN (épimutations). Les épimutations étaient plus fréquentes que les mutations génétiques CNV parmi les cinq espèces ; en outre, le nombre d'épimutations augmentait de manière monotone avec la distance phylogénétique. Intéressamment, le nombre de mutations génétiques CNV n'augmentait pas de manière cohérente avec la distance phylogénétique. Le nombre, les localisations chromosomiques, le regroupement régional et l'absence de chevauchement des épimutations et des mutations génétiques suggèrent que les changements épigénétiques sont distincts et qu'ils corrèlent avec l'histoire évolutive des pinsons de Darwin. La signification fonctionnelle potentielle des épimutations a été explorée en comparant leurs localisations sur le génome à la localisation des gènes et des voies cellulaires importants pour l'évolution chez les oiseaux. Des épimutations spécifiques étaient associées à des gènes liés à la protéine morphogénique de l'os, au récepteur toll et aux voies de signalisation de la mélanogenèse. Les épimutations spécifiques à l'espèce étaient significativement surreprésentées dans ces voies. Comme les facteurs environnementaux sont connus pour entraîner des changements héréditaires dans l'épigénome, il est possible que les changements épigénétiques contribuent à la base moléculaire de l'évolution des pinsons de Darwin.

@article{doi101093gbeevu158,
    author = "Skinner, Michael K. et Gurerrero-Bosagna, Carlos et Haque, M. Muksitul et Nilsson, Eric et Koop, Jennifer A. H. et Knutie, Sarah A. et Clayton, Dale H.",
    title = "Épigénétique et évolution des pinsons de Darwin",
    year = "2014",
    journal = "Genome Biology and Evolution",
    abstract = "La théorie dominante concernant la base moléculaire de l'évolution implique des mutations génétiques qui génèrent ultimement la variation phénotypique héréditaire sur laquelle la sélection naturelle agit. Cependant, l'héritage transgénérationnel épigénétique de la variation phénotypique peut également jouer un rôle important dans le changement évolutif. Un nombre croissant d'études ont démontré la présence d'héritage épigénétique chez une variété d'organismes différents qui peut persister pendant des centaines de générations. La possibilité que les changements épigénétiques puissent s'accumuler sur de plus longues périodes de temps évolutif a rarement été testée empiriquement. Cette étude a été conçue pour comparer les changements épigénétiques entre plusieurs espèces étroitement apparentées de pinsons de Darwin, un exemple bien connu de radiation adaptative. L'ADN érythrocytaire a été obtenu chez cinq espèces de pinsons de Darwin sympatriques qui varient en termes de parenté phylogénétique. Les altérations à l'échelle du génome des mutations génétiques utilisant la variation du nombre de copies (CNV) ont été comparées aux altérations épigénétiques associées aux régions de méthylation différentielle de l'ADN (épimutations). Les épimutations étaient plus fréquentes que les mutations génétiques CNV parmi les cinq espèces ; en outre, le nombre d'épimutations augmentait de manière monotone avec la distance phylogénétique. Intéressamment, le nombre de mutations génétiques CNV n'augmentait pas de manière cohérente avec la distance phylogénétique. Le nombre, les localisations chromosomiques, le regroupement régional et l'absence de chevauchement des épimutations et des mutations génétiques suggèrent que les changements épigénétiques sont distincts et qu'ils corrèlent avec l'histoire évolutive des pinsons de Darwin. La signification fonctionnelle potentielle des épimutations a été explorée en comparant leurs localisations sur le génome à la localisation des gènes et des voies cellulaires importants pour l'évolution chez les oiseaux. Des épimutations spécifiques étaient associées à des gènes liés à la protéine morphogénique de l'os, au récepteur toll et aux voies de signalisation de la mélanogenèse. Les épimutations spécifiques à l'espèce étaient significativement surreprésentées dans ces voies. Comme les facteurs environnementaux sont connus pour entraîner des changements héréditaires dans l'épigénome, il est possible que les changements épigénétiques contribuent à la base moléculaire de l'évolution des pinsons de Darwin.",
    url = "https://doi.org/10.1093/gbe/evu158",
    doi = "10.1093/gbe/evu158",
    openalex = "W2113157204",
    references = "doi101186147121641495"
}

@article{doi101038nature14181,
    author = "Lamichhaney, Sangeet et Berglund, Jonas et Almén, Markus Sällman et Maqbool, Khurram et Grabherr, Manfred et Barrio, Álvaro Martínez et Promerová, Marta et Rubin, Carl‐Johan et Wang, Chao et Zamani, Neda et Grant, B. Rosemary et Grant, Peter R. et Webster, Matthew T. et Andersson, Leif",
    title = "Évolution des pinsons de Darwin et de leurs becs révélée par le séquençage du génome",
    year = "2015",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature14181",
    doi = "10.1038/nature14181",
    openalex = "W2070534356",
    references = "doi101038nature04843, doi101038nature11041, doi101126science1098095, doi101146annurevecolsys110512135800, doi101186147121641495, doi105860choice455580"
}

INTRODUCTION : En 1836, Charles Darwin est retourné en Angleterre avec des pinsons classés et qui semblaient présenter peu de ressemblance. Cependant, un examen ultérieur par John Gould a révélé 13 espèces étroitement apparentées endémiques aux îles Galápagos. Malgré une confusion initiale et le fait que Darwin a négligé de classer ces oiseaux par île, quelque 100 ans plus tard, ils sont devenus l'icône de l'évolution. Il en va de même pour l'éducation et les recherches scientifiques de Darwin, qui ont commencé d'une manière rude, par essais et erreurs, sans direction, mais qui ont finalement bénéficié d'une opportunité inattendue qui a conduit à sa théorie de la sélection naturelle. DESCRIPTION DU CAS : Cette étude de cas examine la manière d'apprendre de Darwin et la réserve de courage et de persévérance dont il aurait eu besoin pour voir son traité sur l'évolution et la sélection naturelle publié. Pour cela, des thèmes tirés de l'étude de la « Nature de la science » sont utilisés pour examiner comment la « manière de savoir » de Darwin a progressé avant et après son voyage à bord du HMS Beagle. Cinq thèmes de la « Nature de la science » ont été sélectionnés pour illustrer les luttes et les triomphes de Darwin : créer des connaissances scientifiques est une entreprise humaine, de telles connaissances peuvent expliquer un ordre et une cohérence dans les systèmes naturels, les connaissances proviennent de la manière de savoir d'un scientifique, sont ouvertes à la révision et sont basées sur des preuves empiriques. DISCUSSION ET ÉVALUATION : La « Nature de la science » appliquée à Charles Darwin est explorée à travers les trois thèmes mentionnés ci-dessus identifiés par les Next Generation Science Standards. Ensemble, ces thèmes aident à expliquer la manière de savoir de Darwin, de l'enfance à l'âge adulte. Cette explication aide à humaniser Darwin, permet aux étudiants de voir comment il est arrivé à ses théories, comment le temps nécessaire pour y parvenir a pesé sur sa santé et sa sécurité, et le risque que Darwin a dû peser en raison de leur publication éventuelle. CONCLUSIONS : Chaque thème se termine par un résumé et des questions d'extension connexes pour impliquer les étudiants dans le cas et faciliter l'enquête. Ils relient la manière d'apprendre de Darwin au XIXe siècle et son engagement à voir son travail publié à l'environnement d'apprentissage des étudiants d'aujourd'hui.

@article{doi101186s4006401630530,
    author = "Cohen, Joel I",
    title = "Explorer la nature de la science par le courage et la détermination : une étude de cas sur la manière de savoir de Charles Darwin.",
    year = "2016",
    journal = "SpringerPlus",
    abstract = {INTRODUCTION : En 1836, Charles Darwin est retourné en Angleterre avec des pinsons classés et qui semblaient présenter peu de ressemblance. Cependant, un examen ultérieur par John Gould a révélé 13 espèces étroitement apparentées endémiques aux îles Galápagos. Malgré une confusion initiale et le fait que Darwin a négligé de classer ces oiseaux par île, quelque 100 ans plus tard, ils sont devenus l'icône de l'évolution. Il en va de même pour l'éducation et les recherches scientifiques de Darwin, qui ont commencé d'une manière rude, par essais et erreurs, sans direction, mais qui ont finalement bénéficié d'une opportunité inattendue qui a conduit à sa théorie de la sélection naturelle. DESCRIPTION DU CAS : Cette étude de cas examine la manière d'apprendre de Darwin et la réserve de courage et de persévérance dont il aurait eu besoin pour voir son traité sur l'évolution et la sélection naturelle publié. Pour cela, des thèmes tirés de l'étude de la « Nature de la science » sont utilisés pour examiner comment la « manière de savoir » de Darwin a progressé avant et après son voyage à bord du HMS Beagle. Cinq thèmes de la « Nature de la science » ont été sélectionnés pour illustrer les luttes et les triomphes de Darwin : créer des connaissances scientifiques est une entreprise humaine, de telles connaissances peuvent expliquer un ordre et une cohérence dans les systèmes naturels, les connaissances proviennent de la manière de savoir d'un scientifique, sont ouvertes à la révision et sont basées sur des preuves empiriques. DISCUSSION ET ÉVALUATION : La « Nature de la science » appliquée à Charles Darwin est explorée à travers les trois thèmes mentionnés ci-dessus identifiés par les Next Generation Science Standards. Ensemble, ces thèmes aident à expliquer la manière de savoir de Darwin, de l'enfance à l'âge adulte. Cette explication aide à humaniser Darwin, permet aux étudiants de voir comment il est arrivé à ses théories, comment le temps nécessaire pour y parvenir a pesé sur sa santé et sa sécurité, et le risque que Darwin a dû peser en raison de leur publication éventuelle. CONCLUSIONS : Chaque thème se termine par un résumé et des questions d'extension connexes pour impliquer les étudiants dans le cas et faciliter l'enquête. Ils relient la manière d'apprendre de Darwin au XIXe siècle et son engagement à voir son travail publié à l'environnement d'apprentissage des étudiants d'aujourd'hui.},
    url = "https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC5020019/",
    doi = "10.1186/s40064-016-3053-0",
    openalex = "W2518831623",
    pmcid = "PMC5020019",
    pmid = "27652105",
    references = "doi101007bf00132004, doi101017cbo9780511693106004, doi101017cbo9781139103831, doi101525abt20157772, doi105860choice453772, doi105962bhltitle25011, openalexw1492219581, openalexw179752181, openalexw242266841"
}

Résumé Les pinsons de Darwin ont fait l'objet d'études intensives démontrant comment les fluctuations climatiques couplées à la compétition pour les ressources conduisent à l'évolution d'une variété de tailles et de formes de becs. Le bec, comme d'autres surfaces périphériques, joue également un rôle important dans la thermorégulation chez de nombreuses espèces d'oiseaux. Le bec aviaire est vascularisé, tandis que les membres possèdent une vascularisation spécialisée qui facilite la perte de chaleur ou la conservation de la chaleur (c'est-à-dire qu'ils sont des fenêtres de thermorégulation). Les îles Galápagos, berceau des pinsons de Darwin, ont un climat chaud et relativement sec pendant environ la moitié de l'année, durant laquelle les fenêtres de thermorégulation (c'est-à-dire les surfaces) pourraient être importantes pour la thermorégulation et le défi lié de l'équilibre hydrique. Nous avons hypothéqué que les becs des pinsons de Darwin ont évolué en partie pour leur rôle dans la thermorégulation, possiblement détournés, après adaptation pour d'autres fonctions, telles que la recherche de nourriture. Nous avons prédit que les becs des pinsons de Darwin sont des fenêtres de thermorégulation efficaces, et que les différences interspécifiques de morphologie du bec, ainsi que la physiologie et le comportement, conduisent à des différences de fonction de thermorégulation. Pour tester ces hypothèses, nous avons mené une étude de terrain pour évaluer les échanges de chaleur et l'utilisation du microclimat chez trois espèces de pinsons terrestres et le pinson de cactus sympatrique (Geospiza spp.). Nous avons collecté des images thermiques d'oiseaux vivant librement pendant une saison chaude et sèche et enregistré des données de microclimat pour chaque observation. Nous avons utilisé des données thermographiques individuelles pour modéliser la contribution des becs, des pattes et du corps à l'équilibre thermique global et comparé les températures de surface à celles d'oiseaux morts pour tester le contrôle physiologique de la perte de chaleur depuis ces surfaces. Nous avons dérivé et comparé des températures environnementales seuil spécifiques à chaque espèce, qui sont indicatives de la température thermoneutre d'une espèce. Chez toutes les espèces, la surface du bec a été un dissipateur de chaleur efficace pendant les températures chaudes naturellement présentes. Comme prévu, nous avons trouvé que les pinsons contrôlaient les températures de surface par la physiologie et que les jeunes oiseaux avaient des températures de surface plus élevées que les adultes. Les becs plus grands contribuaient proportionnellement plus à la perte de chaleur globale que les becs plus petits. Nous démontrons ici que des espèces apparentées et sympatriques avec des tailles de bec différentes présentent des motifs différents dans l'utilisation de ces structures de thermorégulation, soutenant un rôle de la thermorégulation dans l'évolution et l'écologie de la morphologie du pinson de Darwin. Un résumé en langage clair est disponible pour cet article.

@article{doi1011111365243512990,
    author = "Tattersall, Glenn J. et Chaves, Jaime A. et Danner, Raymond M.",
    title = "Fenêtres de thermorégulation chez les pinsons de Darwin",
    year = "2017",
    journal = "Functional Ecology",
    abstract = "Résumé Les pinsons de Darwin ont fait l'objet d'études intensives démontrant comment les fluctuations climatiques couplées à la compétition pour les ressources conduisent à l'évolution d'une variété de tailles et de formes de becs. Le bec, comme d'autres surfaces périphériques, joue également un rôle important dans la thermorégulation chez de nombreuses espèces d'oiseaux. Le bec aviaire est vascularisé, tandis que les membres possèdent une vascularisation spécialisée qui facilite la perte de chaleur ou la conservation de la chaleur (c'est-à-dire qu'ils sont des fenêtres de thermorégulation). Les îles Galápagos, berceau des pinsons de Darwin, ont un climat chaud et relativement sec pendant environ la moitié de l'année, durant laquelle les fenêtres de thermorégulation (c'est-à-dire les surfaces) pourraient être importantes pour la thermorégulation et le défi lié de l'équilibre hydrique. Nous avons hypothéqué que les becs des pinsons de Darwin ont évolué en partie pour leur rôle dans la thermorégulation, possiblement détournés, après adaptation pour d'autres fonctions, telles que la recherche de nourriture. Nous avons prédit que les becs des pinsons de Darwin sont des fenêtres de thermorégulation efficaces, et que les différences interspécifiques de morphologie du bec, ainsi que la physiologie et le comportement, conduisent à des différences de fonction de thermorégulation. Pour tester ces hypothèses, nous avons mené une étude de terrain pour évaluer les échanges de chaleur et l'utilisation du microclimat chez trois espèces de pinsons terrestres et le pinson de cactus sympatrique (Geospiza spp.). Nous avons collecté des images thermiques d'oiseaux vivant librement pendant une saison chaude et sèche et enregistré des données de microclimat pour chaque observation. Nous avons utilisé des données thermographiques individuelles pour modéliser la contribution des becs, des pattes et du corps à l'équilibre thermique global et comparé les températures de surface à celles d'oiseaux morts pour tester le contrôle physiologique de la perte de chaleur depuis ces surfaces. Nous avons dérivé et comparé des températures environnementales seuil spécifiques à chaque espèce, qui sont indicatives de la température thermoneutre d'une espèce. Chez toutes les espèces, la surface du bec a été un dissipateur de chaleur efficace pendant les températures chaudes naturellement présentes. Comme prévu, nous avons trouvé que les pinsons contrôlaient les températures de surface par la physiologie et que les jeunes oiseaux avaient des températures de surface plus élevées que les adultes. Les becs plus grands contribuaient proportionnellement plus à la perte de chaleur globale que les becs plus petits. Nous démontrons ici que des espèces apparentées et sympatriques avec des tailles de bec différentes présentent des motifs différents dans l'utilisation de ces structures de thermorégulation, soutenant un rôle de la thermorégulation dans l'évolution et l'écologie de la morphologie du pinson de Darwin. Un résumé en langage clair est disponible pour cet article.",
    url = "https://doi.org/10.1111/1365-2435.12990",
    doi = "10.1111/1365-2435.12990",
    openalex = "W2757630438",
    references = "doi101002jmor11023"
}

Des lésions cutanées prolifératives des pattes ont été décrites chez des pinsons sauvages en Europe, bien qu'aucune étude à grande échelle de leur étiologie ou épizootiologie n'ait été menée à ce jour. Premièrement, une surveillance des maladies, utilisant la déclaration publique d'observations de pinsons sauvages vivants, a été réalisée en Grande-Bretagne (GB) et a montré que les lésions cutanées prolifératives des pattes chez les pinsons des champs (Fringilla coelebs) étaient répandues. Une variation saisonnière a été observée, avec un pic pendant les mois d'hiver. Deuxièmement, des investigations pathologiques ont été effectuées sur un échantillon de 39 pinsons des champs, quatre bouvreuils (Pyrrhula pyrrhula), un pinson des arbres (Chloris chloris) et un moineau cardinal (Carduelis carduelis) présentant des lésions cutanées prolifératives des pattes, et des acariens Cnemidocoptes sp. ont été détectés chez 91 % (41/45) des pinsons affectés et chez toutes les espèces examinées. Le test PCR pour le papillomavirus des pinsons des champs (FcPV1) a été positif chez 74 % (23/31) des oiseaux testés : une séquence de 394 paires de bases a été dérivée de 20 de ces oiseaux, de toutes les espèces examinées, avec une identité de 100 % par rapport aux génomes de référence. Les acariens et l'ADN FcPV1 ont été détectés chez 71 % (20/28) des oiseaux testés pour les deux pathogènes. L'examen histopathologique des lésions n'a pas permis de discriminer l'importance relative de l'infection par les acariens ou FcPV1 en tant que cause. Le développement de techniques pour localiser le FcPV1 au sein des lésions est nécessaire pour élucider la signification pathologique de la détection de l'ADN FcPV1.

@article{doi101038s4159801832255y,
    author = "Lawson, Becki et Robinson, Robert A. et Fernández, Julia Rodríguez-Ramos et John, Shinto K. et Benı́tez, Laura et Tolf, Conny et Risely, Kate et Toms, Mike P. et Cunningham, Andrew A. et Williams, Richard",
    title = "Dynamiques spatio-temporelles et étiologie des lésions cutanées prolifératives des pattes chez les pinsons sauvages britanniques",
    year = "2018",
    journal = "Scientific Reports",
    abstract = "Des lésions cutanées prolifératives des pattes ont été décrites chez des pinsons sauvages en Europe, bien qu'aucune étude à grande échelle de leur étiologie ou épizootiologie n'ait été menée à ce jour. Premièrement, une surveillance des maladies, utilisant la déclaration publique d'observations de pinsons sauvages vivants, a été réalisée en Grande-Bretagne (GB) et a montré que les lésions cutanées prolifératives des pattes chez les pinsons des champs (Fringilla coelebs) étaient répandues. Une variation saisonnière a été observée, avec un pic pendant les mois d'hiver. Deuxièmement, des investigations pathologiques ont été effectuées sur un échantillon de 39 pinsons des champs, quatre bouvreuils (Pyrrhula pyrrhula), un pinson des arbres (Chloris chloris) et un moineau cardinal (Carduelis carduelis) présentant des lésions cutanées prolifératives des pattes, et des acariens Cnemidocoptes sp. ont été détectés chez 91 % (41/45) des pinsons affectés et chez toutes les espèces examinées. Le test PCR pour le papillomavirus des pinsons des champs (FcPV1) a été positif chez 74 % (23/31) des oiseaux testés : une séquence de 394 paires de bases a été dérivée de 20 de ces oiseaux, de toutes les espèces examinées, avec une identité de 100 % par rapport aux génomes de référence. Les acariens et l'ADN FcPV1 ont été détectés chez 71 % (20/28) des oiseaux testés pour les deux pathogènes. L'examen histopathologique des lésions n'a pas permis de discriminer l'importance relative de l'infection par les acariens ou FcPV1 en tant que cause. Le développement de techniques pour localiser le FcPV1 au sein des lésions est nécessaire pour élucider la signification pathologique de la détection de l'ADN FcPV1.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41598-018-32255-y",
    doi = "10.1038/s41598-018-32255-y",
    openalex = "W2894444060",
    references = "doi1016379685021411reg1"
}

@article{doi101007s10592019011753,
    author = "Farrington, Heather L. et Lawson, Lucinda P. et Petren, Kenneth",
    title = "Prévoir les extinctions de populations chez les pinsons de Darwin",
    year = "2019",
    journal = "Conservation Genetics",
    url = "https://doi.org/10.1007/s10592-019-01175-3",
    doi = "10.1007/s10592-019-01175-3",
    openalex = "W2928137517",
    references = "doi1010079780387981413, doi101016jtree200608009, doi101073pnas0403809101, doi101093bioinformaticsbts460, doi101093genetics14442001, doi101093oxfordjournalsjhereda111627, doi101098rstb20090316, doi101111j109583121991tb00548x, doi101111j14718286200501155x, doi105751es00650090205"
}

; une espèce de pinson de Darwin) durant une année sèche sur l'île de San Cristóbal. Nous avons quantifié la construction de nids, la ponte et l'éclosion, ainsi que l'envol dans une zone urbaine et une zone non urbaine, et caractérisé les débris anthropiques dans les nids. Nous avons également documenté les mortalités, y compris les décès liés aux déchets de nid, et si les matériaux anthropiques ont directement conduit à des mortalités de nid dues à l'enchevêtrement ou à l'ingestion. Dans l'ensemble, les pinsons urbains ont construit plus de nids, pondu plus d'œufs et produit plus de jeunes que les pinsons non urbains. Cependant, chaque nid dans la zone urbaine contenait du matériel anthropique, ce qui a entraîné une mortalité de 18 % des oisillons, tandis que les nids non urbains ne contenaient aucun débris anthropique. Notre étude a montré que l'habitat urbain présente des compromis : les oiseaux urbains ont un succès de nidification globalement plus élevé durant une année sèche que les oiseaux non urbains, mais les oiseaux urbains peuvent souffrir de mortalités dues aux matériaux de nid anthropiques. Ces résultats suggèrent que, malgré les coûts potentiels, les pinsons bénéficient globalement de l'habitat urbain et que l'urbanisation peut tamponner les effets de la disponibilité limitée des ressources aux îles Galápagos.

@article{doi101002ece37360,
    author = "Harvey, Johanna A. et Chernicky, Kiley et Simons, Shelby et Verrett, Taylor B. et Chaves, Jaime A. et Knutie, Sarah A.",
    title = "L'habitat urbain influence le succès de nidification des pinsons de Darwin aux îles Galápagos",
    year = "2021",
    journal = "Ecology and Evolution",
    abstract = "; une espèce de pinson de Darwin) durant une année sèche sur l'île de San Cristóbal. Nous avons quantifié la construction de nids, la ponte et l'éclosion, ainsi que l'envol dans une zone urbaine et une zone non urbaine, et caractérisé les débris anthropiques dans les nids. Nous avons également documenté les mortalités, y compris les décès liés aux déchets de nid, et si les matériaux anthropiques ont directement conduit à des mortalités de nid dues à l'enchevêtrement ou à l'ingestion. Dans l'ensemble, les pinsons urbains ont construit plus de nids, pondu plus d'œufs et produit plus de jeunes que les pinsons non urbains. Cependant, chaque nid dans la zone urbaine contenait du matériel anthropique, ce qui a entraîné une mortalité de 18 % des oisillons, tandis que les nids non urbains ne contenaient aucun débris anthropique. Notre étude a montré que l'habitat urbain présente des compromis : les oiseaux urbains ont un succès de nidification globalement plus élevé durant une année sèche que les oiseaux non urbains, mais les oiseaux urbains peuvent souffrir de mortalités dues aux matériaux de nid anthropiques. Ces résultats suggèrent que, malgré les coûts potentiels, les pinsons bénéficient globalement de l'habitat urbain et que l'urbanisation peut tamponner les effets de la disponibilité limitée des ressources aux îles Galápagos.",
    url = "https://doi.org/10.1002/ece3.7360",
    doi = "10.1002/ece3.7360",
    openalex = "W3139007008",
    references = "doi101017s0959270919000285"
}

Significance Les génomes contiennent des signatures d'échanges génétiques passés entre espèces. Cependant, les données génomiques ne sont pas disponibles pour de nombreux organismes. Pour ceux-ci, la morphologie peut remplacer les gènes, comme l'illustrent les pinsons de Darwin sur l'île de Floreana des Galápagos. En 1835, Darwin et ses compagnons ont recueilli sept spécimens d'une forme de Geospiza magnirostris, unique et de grande taille, qui s'est éteinte au cours des décennies suivantes. Une population survivante de Geospiza fortis montre des preuves d'hybridation sous la forme d'une distorsion marquée dans la distribution de la taille du bec dans le sens de la forme absente de G. magnirostris. Le résidu génétique et morphologique d'une espèce éteinte au sein d'une espèce existante a des implications pour son évolution future, ainsi que pour les programmes de conservation de réintroduction dans des communautés appauvries par l'extinction.

@article{doi101073pnas2107434118,
    author = "Grant, Peter R. et Grant, B. Rosemary",
    title = "Fantômes morphologiques de l'introgression dans les populations de pinsons de Darwin",
    year = "2021",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Significance Les génomes contiennent des signatures d'échanges génétiques passés entre espèces. Cependant, les données génomiques ne sont pas disponibles pour de nombreux organismes. Pour ceux-ci, la morphologie peut remplacer les gènes, comme l'illustrent les pinsons de Darwin sur l'île de Floreana des Galápagos. En 1835, Darwin et ses compagnons ont recueilli sept spécimens d'une forme de Geospiza magnirostris, unique et de grande taille, qui s'est éteinte au cours des décennies suivantes. Une population survivante de Geospiza fortis montre des preuves d'hybridation sous la forme d'une distorsion marquée dans la distribution de la taille du bec dans le sens de la forme absente de G. magnirostris. Le résidu génétique et morphologique d'une espèce éteinte au sein d'une espèce existante a des implications pour son évolution future, ainsi que pour les programmes de conservation de réintroduction dans des communautés appauvries par l'extinction.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.2107434118",
    doi = "10.1073/pnas.2107434118",
    openalex = "W3186186215",
    references = "doi101007s10592019011753, doi101016jtree200401003, doi101017cbo9780511808999, doi101038nature14181, doi101038ncomms14363, doi101098rstb20090316, doi101111eva12367, doi101111j155856461995tb05971x, doi101126science1070315, doi101146annurevecolsys27183, doi104159harvard9780674865327, doi105860choice401529"
}

Résumé Les archipels océaniques comprennent de multiples environnements disparates sur de petites zones géographiques et sont isolés d'autres biotes. Ces conditions ont conduit à certaines des radiations adaptatives les plus spectaculaires, qui ont été essentielles à notre compréhension de l'évolution, et offrent une occasion unique de caractériser les bases génomiques sous-jacentes aux changements phénotypiques rapides et prononcés. Les motifs répétés de changements évolutifs chez les plantes sur les archipels océaniques, c'est-à-dire le syndrome des îles végétales, incluent des changements dans la morphologie des feuilles, l'acquisition d'un mode de vie pérenne et un changement de ploïdie. Ici, nous décrivons le génome de Scalesia atractyloides Arnot., une espèce en danger critique d'extinction et endémique des Galápagos, en obtenant un assemblage de 3,2 Gbp résolu au niveau des chromosomes avec 43 093 modèles de gènes candidats. En utilisant une combinaison d'éléments transposables fossiles, d'analyses de spectres k -mer et d'attribution d'orthologues, nous identifions les deux sous-génomes ancestraux et datons leur divergence et l'événement de polyploïdisation, concluant que l'ancêtre de toutes les espèces de Scalesia sur les Galápagos était un allotétraploïde. Il existe un nombre comparable de gènes et d'éléments transposables dans les deux sous-génomes, et bien que leur synténie ait été majoritairement conservée, nous trouvons plusieurs inversions qui ont pu faciliter l'adaptation. Nous identifions des signatures claires de sélection chez les gènes associés au développement vasculaire, à la croissance, à l'adaptation à la salinité et aux changements de temps de floraison, trouvant ainsi des preuves convaincantes d'une base génomique du syndrome des îles dans la radiation des grandes marguerites de Darwin. Ce travail avance la compréhension des facteurs influençant la divergence des sous-génomes dans les génomes polyploïdes et caractérise les changements génomiques rapides et prononcés dans une radiation spéculaire et diversifiée d'une radiation d'île emblématique de plante.

@misc{doi10110120220126477903,
    author = "Cerca, José et Petersen, Bent et Lázaro-Guevara, José M. et Rivera‐Colón, Angel G. et Birkeland, Siri et Vizueta, Joel et Li, Siyu et Loureiro, João et Kosawang, Chatchai et Jaramillo, Patricia et Rivas‐Torres, Gonzalo et Fernández‐Mazuecos, Mario et Vargas, Pablo et McCauley, Ross A. et Petersen, Gitte et Santos‐Bay, Luisa et Wales, Nathan et Catchen, Julian et Machado, Daniel et Nowak, Michael et Suh, Alexander et Sinha, Neelima et Nielsen, Lene Rostgaard et Seberg, Ole et Gilbert, M. Thomas P. et Leebens-Mack, James H. et Rieseberg, Loren H. et Martin, Michael D.",
    title = "Les bases génomiques du syndrome des îles végétales chez les grandes marguerites de Darwin",
    year = "2022",
    booktitle = "bioRxiv (Laboratoire Cold Spring Harbor)",
    abstract = "Résumé Les archipels océaniques comprennent de multiples environnements disparates sur de petites zones géographiques et sont isolés d'autres biotes. Ces conditions ont conduit à certaines des radiations adaptatives les plus spectaculaires, qui ont été essentielles à notre compréhension de l'évolution, et offrent une occasion unique de caractériser les bases génomiques sous-jacentes aux changements phénotypiques rapides et prononcés. Les motifs répétés de changements évolutifs chez les plantes sur les archipels océaniques, c'est-à-dire le syndrome des îles végétales, incluent des changements dans la morphologie des feuilles, l'acquisition d'un mode de vie pérenne et un changement de ploïdie. Ici, nous décrivons le génome de Scalesia atractyloides Arnot., une espèce en danger critique d'extinction et endémique des Galápagos, en obtenant un assemblage de 3,2 Gbp résolu au niveau des chromosomes avec 43 093 modèles de gènes candidats. En utilisant une combinaison d'éléments transposables fossiles, d'analyses de spectres k -mer et d'attribution d'orthologues, nous identifions les deux sous-génomes ancestraux et datons leur divergence et l'événement de polyploïdisation, concluant que l'ancêtre de toutes les espèces de Scalesia sur les Galápagos était un allotétraploïde. Il existe un nombre comparable de gènes et d'éléments transposables dans les deux sous-génomes, et bien que leur synténie ait été majoritairement conservée, nous trouvons plusieurs inversions qui ont pu faciliter l'adaptation. Nous identifions des signatures claires de sélection chez les gènes associés au développement vasculaire, à la croissance, à l'adaptation à la salinité et aux changements de temps de floraison, trouvant ainsi des preuves convaincantes d'une base génomique du syndrome des îles dans la radiation des grandes marguerites de Darwin. Ce travail avance la compréhension des facteurs influençant la divergence des sous-génomes dans les génomes polyploïdes et caractérise les changements génomiques rapides et prononcés dans une radiation spéculaire et diversifiée d'une radiation d'île emblématique de plante.",
    url = "https://doi.org/10.1101/2022.01.26.477903",
    doi = "10.1101/2022.01.26.477903",
    openalex = "W4210684169",
    references = "doi1012685bauhinia1687"
}

RÉSUMÉ Les îles Galápagos constituent un exemple privilégié de laboratoire naturel pour l'étude des radiations évolutives. Alors que beaucoup d'attention a été accordée à des espèces emblématiques comme les pinsons de Darwin 1–4, les îles offrent une opportunité tout aussi unique mais souvent négligée pour les radiations végétales 5. Pourtant, comparées à leurs homologues animales, notre compréhension des schémas et des processus sous-tendant les radiations végétales des Galápagos reste relativement limitée 6,7. Nous présentons des preuves des premières étapes d'une radiation chez le figuier de Barbarie (Opuntia, Cactaceae), un lignage végétal répandu à travers l'archipel. Les analyses phylogénomiques et génomiques des populations montrent que, malgré une faible différenciation génétique globale entre les populations, il existe une structure géographique marquée qui est globalement cohérente avec la taxonomie actuelle et la paléogéographie dynamique des Galápagos. Étant donné que cette faible différenciation génétique contraste fortement avec la diversité éco-phénotypique exceptionnelle affichée par les cactus sur les différentes îles, il est plausible que la plasticité phénotypique précède la divergence génétique et soit à l'origine de l'évolution adaptative, ou que l'introgression entre populations facilite l'adaptation locale. Les modèles de relations entre populations, incluant l'admixture, indiquent que les flux géniques sont fréquents entre certaines îles, probablement facilités par la dispersion via des animaux connus pour se nourrir des fleurs, fruits et graines d'Opuntia à travers l'archipel. Les analyses de différenciation génétique entre populations révèlent des locus candidats associés aux traits des graines et aux stress environnementaux, suggérant qu'une combinaison d'interactions biotiques et de pressions abiotiques dues aux conditions difficiles caractérisant la vie insulaire dans un archipel volcanique équatorial pourrait sous-tendre la diversification des figuiers de Barbarie. Considérés ensemble, ces résultats sont pertinents tant pour les mécanismes de différenciation éco-phénotypique des plantes que pour l'histoire évolutive et la conservation de la biote des Galápagos.

@misc{doi10110120231003560736,
    author = "Zapata, Felipe et Cerca, José et McCarney, Dana et Henriquez, Claudia L. et Tiamiyu, Bashir B. et McCormack, John E. et Reckling, Kelsey R. et Chaves, Jaime A. et Rivas‐Torres, Gonzalo",
    title = "Darwin's Radiation négligée : des preuves génomiques pointent vers les premières étapes d'une radiation chez le figuier de Barbarie des Galápagos (Opuntia, Cactaceae)",
    year = "2023",
    booktitle = "bioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory)",
    abstract = "RÉSUMÉ Les îles Galápagos constituent un exemple privilégié de laboratoire naturel pour l'étude des radiations évolutives. Alors que beaucoup d'attention a été accordée à des espèces emblématiques comme les pinsons de Darwin 1–4, les îles offrent une opportunité tout aussi unique mais souvent négligée pour les radiations végétales 5. Pourtant, comparées à leurs homologues animales, notre compréhension des schémas et des processus sous-tendant les radiations végétales des Galápagos reste relativement limitée 6,7. Nous présentons des preuves des premières étapes d'une radiation chez le figuier de Barbarie (Opuntia, Cactaceae), un lignage végétal répandu à travers l'archipel. Les analyses phylogénomiques et génomiques des populations montrent que, malgré une faible différenciation génétique globale entre les populations, il existe une structure géographique marquée qui est globalement cohérente avec la taxonomie actuelle et la paléogéographie dynamique des Galápagos. Étant donné que cette faible différenciation génétique contraste fortement avec la diversité éco-phénotypique exceptionnelle affichée par les cactus sur les différentes îles, il est plausible que la plasticité phénotypique précède la divergence génétique et soit à l'origine de l'évolution adaptative, ou que l'introgression entre populations facilite l'adaptation locale. Les modèles de relations entre populations, incluant l'admixture, indiquent que les flux géniques sont fréquents entre certaines îles, probablement facilités par la dispersion via des animaux connus pour se nourrir des fleurs, fruits et graines d'Opuntia à travers l'archipel. Les analyses de différenciation génétique entre populations révèlent des locus candidats associés aux traits des graines et aux stress environnementaux, suggérant qu'une combinaison d'interactions biotiques et de pressions abiotiques dues aux conditions difficiles caractérisant la vie insulaire dans un archipel volcanique équatorial pourrait sous-tendre la diversification des figuiers de Barbarie. Considérés ensemble, ces résultats sont pertinents tant pour les mécanismes de différenciation éco-phénotypique des plantes que pour l'histoire évolutive et la conservation de la biote des Galápagos.",
    url = "https://doi.org/10.1101/2023.10.03.560736",
    doi = "10.1101/2023.10.03.560736",
    openalex = "W4387381159",
    references = "doi1012685bauhinia1687"
}

Résumé La recherche de Charles Darwin lors du deuxième voyage du HMS Beagle est examinée dans le contexte des idées de Charles Lyell sur le mouvement de la croûte. La formation de Darwin avant le voyage est résumée et l'impact de celle-ci sur sa propre théorie ultérieure, ainsi que son engagement précoce dans le voyage vers un cadre théorique lyellien, sont analysés. Deux sites étudiés par Darwin, qu'il a interprétés comme un soutien fort à la théorie de Lyell sur la mobilité verticale de la croûte, sont examinés : le premier est Signal Post Hill aux îles de Cap-Vert, visité en 1832 ; le second est Agua de la Zorra en Argentine, visité en 1835. Le travail de Darwin sur les deux sites a été essentiel pour sa première théorie d'une élévation et d'une subsidence globalement équilibrées comme explication de la structure et de la distribution des récifs coralliens. Il est soutenu que les deux sites sont d'importance internationale pour le patrimoine géologique et que leur protection doit être assurée avec un accès et une interprétation améliorés.

@article{doi101144sp5432022217,
    author = "Chancellor, Gordon",
    title = "Signal Post Hill et Agua de la Zorra : deux sites géologiques étudiés par Charles Darwin lors du voyage du Beagle et leurs contributions au patrimoine géologique",
    year = "2023",
    journal = "Geological Society London Special Publications",
    abstract = "Résumé La recherche de Charles Darwin lors du deuxième voyage du HMS Beagle est examinée dans le contexte des idées de Charles Lyell sur le mouvement de la croûte. La formation de Darwin avant le voyage est résumée et l'impact de celle-ci sur sa propre théorie ultérieure, ainsi que son engagement précoce dans le voyage vers un cadre théorique lyellien, sont analysés. Deux sites étudiés par Darwin, qu'il a interprétés comme un soutien fort à la théorie de Lyell sur la mobilité verticale de la croûte, sont examinés : le premier est Signal Post Hill aux îles de Cap-Vert, visité en 1832 ; le second est Agua de la Zorra en Argentine, visité en 1835. Le travail de Darwin sur les deux sites a été essentiel pour sa première théorie d'une élévation et d'une subsidence globalement équilibrées comme explication de la structure et de la distribution des récifs coralliens. Il est soutenu que les deux sites sont d'importance internationale pour le patrimoine géologique et que leur protection doit être assurée avec un accès et une interprétation améliorés.",
    url = "https://doi.org/10.1144/sp543-2022-217",
    doi = "10.1144/sp543-2022-217",
    openalex = "W4380669138",
    references = "doi105860choice413408"
}

Résumé Dans les îles Galápagos, beaucoup d'attention a été accordée à la radiation d'espèces emblématiques comme les pinsons de Darwin, mais les îles Galápagos offrent une opportunité oubliée mais tout aussi remarquable pour étudier les radiations végétales. En utilisant une combinaison de données génomiques et phénotypiques, nous présentons des preuves des premières étapes d'une radiation chez le figuier de Barbarie (Opuntia), un lignage répandu dans tout l'archipel. Nous montrons que malgré une variation écophénotypique étendue, il existe une différenciation génomique limitée, ce qui est cohérent avec l'hypothèse selon laquelle Opuntia est aux premières étapes du processus de diversification. Les analyses phylogénomiques et génomiques des populations montrent que, malgré une faible différenciation génétique entre les îles, il existe une structure géographique marquée qui est globalement cohérente avec la paléogéographie des Galápagos. Étant donné que la faible différenciation génétique contraste fortement avec la diversité éco-phénotypique exceptionnelle affichée par les cactus, il est plausible que l'architecture génétique de la divergence phénotypique ne corresponde pas à notre séquençage génomique, que la plasticité phénotypique précède la divergence génétique et constitue la source de l'évolution adaptative, ou que l'introgression influence l'adaptation locale. Les modèles de relations entre populations incluant l'admixture indiquent que le flux génique est courant, probablement facilité par la dispersion via des animaux connus pour se nourrir des fleurs, fruits et graines d'Opuntia. Étant donné que les figuiers de Barbarie des Galápagos sont une radiation en cours, ils offrent une opportunité passionnante pour étudier l'interaction entre les mécanismes écologiques et génomiques favorisant la diversification.

@article{doi101093evolinneankzae021,
    author = "Zapata, Felipe et Cerca, José et McCarney, Dana et Henriquez, Claudia L. et Tiamiyu, Bashir B. et McCormack, John E. et Reckling, Kelsey R. et Chaves, Jaime A. et Rivas‐Torres, Gonzalo",
    title = "Darwin's radiation oubliée : des preuves génomiques pointent vers les premières étapes d'une radiation chez le figuier de Barbarie des Galápagos (Opuntia : Cactaceae)",
    year = "2024",
    journal = "Evolutionary Journal of the Linnean Society",
    abstract = "Résumé Dans les îles Galápagos, beaucoup d'attention a été accordée à la radiation d'espèces emblématiques comme les pinsons de Darwin, mais les îles Galápagos offrent une opportunité oubliée mais tout aussi remarquable pour étudier les radiations végétales. En utilisant une combinaison de données génomiques et phénotypiques, nous présentons des preuves des premières étapes d'une radiation chez le figuier de Barbarie (Opuntia), un lignage répandu dans tout l'archipel. Nous montrons que malgré une variation écophénotypique étendue, il existe une différenciation génomique limitée, ce qui est cohérent avec l'hypothèse selon laquelle Opuntia est aux premières étapes du processus de diversification. Les analyses phylogénomiques et génomiques des populations montrent que, malgré une faible différenciation génétique entre les îles, il existe une structure géographique marquée qui est globalement cohérente avec la paléogéographie des Galápagos. Étant donné que la faible différenciation génétique contraste fortement avec la diversité éco-phénotypique exceptionnelle affichée par les cactus, il est plausible que l'architecture génétique de la divergence phénotypique ne corresponde pas à notre séquençage génomique, que la plasticité phénotypique précède la divergence génétique et constitue la source de l'évolution adaptative, ou que l'introgression influence l'adaptation locale. Les modèles de relations entre populations incluant l'admixture indiquent que le flux génique est courant, probablement facilité par la dispersion via des animaux connus pour se nourrir des fleurs, fruits et graines d'Opuntia. Étant donné que les figuiers de Barbarie des Galápagos sont une radiation en cours, ils offrent une opportunité passionnante pour étudier l'interaction entre les mécanismes écologiques et génomiques favorisant la diversification.",
    url = "https://doi.org/10.1093/evolinnean/kzae021",
    doi = "10.1093/evolinnean/kzae021",
    openalex = "W4402208166",
    references = "doi1012685bauhinia1687"
}

Résumé Les tziganes des Galápagos représentent une radiation rapide d'oiseaux à travers l'archipel océanique isolé qui varient morphologiquement, comportementalement et génétiquement. Le niveau de diversité et le taux rapide de spéciation ont créé des difficultés taxonomiques pour résoudre les relations phylogénétiques. Bien que beaucoup de la phylogénie ait récemment été clarifiée avec des méthodes génomiques modernes, une partie de la diversité a été négligée par un échantillonnage insuffisant à travers les îles au sein des espèces supposées. Le tzigane à bec de pic, Camarhynchus pallidus Sclater et Salvin, 1870, représente une telle lignée, car les trois sous-espèces reconnues n'ont jamais été pleinement évaluées phylogénétiquement en ce qui concerne le statut de leur espèce et leur relation avec leur espèce sœur proche, le tzigane à bec de mangrove (C. heliobates ; Snodgrass et Heller 1901). En utilisant des outils génétiques et génomiques, ainsi que des analyses morphologiques, nous montrons que le tzigane à bec de pic de San Cristóbal (C. p. striatipecta ; Swarth 1931) est génétiquement distinct et paraphylétique avec le tzigane à bec de mangrove, par rapport à toutes les autres sous-espèces de tzigane à bec de pic. Compte tenu de ces résultats, nous proposons que le tzigane à bec de pic de San Cristóbal soit priorisé pour des recherches supplémentaires, car nos résultats laissent entendre qu'il devrait être accordé le statut d'espèce complète en tant que Camarhynchus striatipecta Swarth, 1931.

@article{doi101093zoolinneanzlae163,
    author = "Lawson, Lucinda P. et Nemeth, Erwin et Dvorak, Michael et Cunninghame, Francesca et Feßl, Birgit et Mueller, Jakob C. et Mosquera, Denis et Wendelin, Beate et Petren, Kenneth",
    title = "Un tzigane caché des îles Galápagos : un tzigane à bec de pic génétiquement et morphologiquement distinct de l'île San Cristóbal",
    year = "2024",
    journal = "Zoological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "Résumé Les tziganes des Galápagos représentent une radiation rapide d'oiseaux à travers l'archipel océanique isolé qui varient morphologiquement, comportementalement et génétiquement. Le niveau de diversité et le taux rapide de spéciation ont créé des difficultés taxonomiques pour résoudre les relations phylogénétiques. Bien que beaucoup de la phylogénie ait récemment été clarifiée avec des méthodes génomiques modernes, une partie de la diversité a été négligée par un échantillonnage insuffisant à travers les îles au sein des espèces supposées. Le tzigane à bec de pic, Camarhynchus pallidus Sclater et Salvin, 1870, représente une telle lignée, car les trois sous-espèces reconnues n'ont jamais été pleinement évaluées phylogénétiquement en ce qui concerne le statut de leur espèce et leur relation avec leur espèce sœur proche, le tzigane à bec de mangrove (C. heliobates ; Snodgrass et Heller 1901). En utilisant des outils génétiques et génomiques, ainsi que des analyses morphologiques, nous montrons que le tzigane à bec de pic de San Cristóbal (C. p. striatipecta ; Swarth 1931) est génétiquement distinct et paraphylétique avec le tzigane à bec de mangrove, par rapport à toutes les autres sous-espèces de tzigane à bec de pic. Compte tenu de ces résultats, nous proposons que le tzigane à bec de pic de San Cristóbal soit priorisé pour des recherches supplémentaires, car nos résultats laissent entendre qu'il devrait être accordé le statut d'espèce complète en tant que Camarhynchus striatipecta Swarth, 1931.",
    url = "https://doi.org/10.1093/zoolinnean/zlae163",
    doi = "10.1093/zoolinnean/zlae163",
    openalex = "W4405469568",
    references = "doi101007s10592019011753"
}

Résumé Les spermatozoïdes peuvent fournir des informations sur l'histoire évolutive, l'isolement reproductif et les systèmes d'accouplement des espèces. Ici, nous combinons des données sur les spermatozoïdes et génomiques pour mener la première analyse comparative de la différenciation des spermatozoïdes chez les pinsons de Darwin, une radiation adaptative emblématique avec un flux génétique considérable à travers les frontières des espèces. Les huit espèces étudiées présentaient la forme typique des spermatozoïdes des passereaux, mais plus courtes que la plupart des autres espèces de la famille des Thraupidae. Il n'y avait pas de différenciation détectable de la longueur des spermatozoïdes entre quatre espèces de pinsons terrestres (Geospiza) et deux espèces de pinsons arboricoles (Camarhynchus). Dans les deux genres, les polymorphismes de nucléotides simples (SNPs) autosomiques ont révélé des signatures d'admixture génétique. Le pinson-moucherolle gris Certhidea fusca et le pinson végétarien Platyspiza crassirostris avaient des spermatozoïdes significativement plus courts que les genres sœurs Geospiza et Camarhynchus à partir desquels ils se sont séparés il y a environ 0,90 et 0,43 Mya, respectivement. Les plus grandes divergences intergénériques de la longueur des spermatozoïdes étaient de la même ampleur que les divergences observées au sein du continuum de spéciation chez d'autres passereaux sur des périodes de temps similaires. La variation relativement élevée entre mâles de la longueur des spermatozoïdes indique un niveau modéré à faible de paternité extra-paire et un taux de divergence de la longueur des spermatozoïdes inférieur à celui des passereaux plus promiscus. Nous concluons que l'évolution de la taille des spermatozoïdes est trop lente pour conduire à l'isolement prézygotique dans cette radiation.

@article{doi101093biolinneanblaf103,
    author = "Lifjeld, Jan T. et García‐del‐Rey, Eduardo et Grønstøl, Gaute et Valle, Carlos A. et Leder, Erica H.",
    title = "Faible différenciation des spermatozoïdes chez les pinsons de Darwin",
    year = "2025",
    journal = "Biological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "Résumé Les spermatozoïdes peuvent fournir des informations sur l'histoire évolutive, l'isolement reproductif et les systèmes d'accouplement des espèces. Ici, nous combinons des données sur les spermatozoïdes et génomiques pour mener la première analyse comparative de la différenciation des spermatozoïdes chez les pinsons de Darwin, une radiation adaptative emblématique avec un flux génétique considérable à travers les frontières des espèces. Les huit espèces étudiées présentaient la forme typique des spermatozoïdes des passereaux, mais plus courtes que la plupart des autres espèces de la famille des Thraupidae. Il n'y avait pas de différenciation détectable de la longueur des spermatozoïdes entre quatre espèces de pinsons terrestres (Geospiza) et deux espèces de pinsons arboricoles (Camarhynchus). Dans les deux genres, les polymorphismes de nucléotides simples (SNPs) autosomiques ont révélé des signatures d'admixture génétique. Le pinson-moucherolle gris Certhidea fusca et le pinson végétarien Platyspiza crassirostris avaient des spermatozoïdes significativement plus courts que les genres sœurs Geospiza et Camarhynchus à partir desquels ils se sont séparés il y a environ 0,90 et 0,43 Mya, respectivement. Les plus grandes divergences intergénériques de la longueur des spermatozoïdes étaient de la même ampleur que les divergences observées au sein du continuum de spéciation chez d'autres passereaux sur des périodes de temps similaires. La variation relativement élevée entre mâles de la longueur des spermatozoïdes indique un niveau modéré à faible de paternité extra-paire et un taux de divergence de la longueur des spermatozoïdes inférieur à celui des passereaux plus promiscus. Nous concluons que l'évolution de la taille des spermatozoïdes est trop lente pour conduire à l'isolement prézygotique dans cette radiation.",
    url = "https://doi.org/10.1093/biolinnean/blaf103",
    doi = "10.1093/biolinnean/blaf103",
    openalex = "W4415269237",
    references = "doi101073pnas2107434118"
}

La question de savoir si le travail et la pensée de Charles Darwin peuvent être plus précisément décrits comme réductionnistes ou holistes reste étrangement non résolue à ce jour. Darwin est un héritier légitime de deux traditions intellectuelles distinctes : la philosophie naturelle romantique de Von Humboldt et Goethe (avec une inspiration significative tirée de Kant) et la science naturelle victorienne de Herschel et Lyell. Alors que la concentration de Darwin sur la découverte de mécanismes évolutifs (et, crucialement, la démonstration qu'un seul type de mécanisme - la sélection naturelle - explique une grande partie de la diversité incroyable des formes vivantes) incite de nombreux chercheurs à le considérer comme l'épithète du réductionnisme scientifique, il semble y avoir des raisons égales pour considérer ce titan de la science comme entièrement holiste dans son approche de l'histoire de la vie sur notre planète. Darwin était-il donc un réductionniste ou un holiste ? Peut-être existe-t-il un autre moyen de répondre à cette question (ou encore mieux, un autre moyen de la poser) : est-il possible d'être à la fois réductionniste et holiste ? À savoir, contrairement aux premières et classiques synthèses modernes en biologie évolutive, éminemment réductionnistes, à la fois le corpus original de travaux de Darwin et de nombreux développements actuels en biologie évolutive, regroupés sous l'étiquette de Synthèse Étendue - centrés sur le changement de tempo et de mode de l'évolution, les équilibres ponctués, la sélection hiérarchique multilevel, l'intégration de rétroaction écologique-évolutive-développementale (eco-evo-devo), la plasticité phénotypique, et, dernier mais non le moindre, les travaux récents de W. Ford Doolittle et d'autres tentant d'unifier l'hypothèse Gaia de James Lovelock et Lynn Margulis avec l'évolution par sélection naturelle et le point de vue évolutionniste en général - semblent nous offrir un aperçu des paysages multidimensionnels complexes sous-jacents à la biologie telle que nous la connaissons (et, grâce à la recherche astrobiologique continue, potentiellement aussi à la biologie telle que nous ne la connaissons pas). Tout cela pourrait être avant-goût d'une direction prometteuse dans notre effort scientifique et philosophique pour comprendre la vie - l'un transcendant la dichotomie classique du réductionnisme vs. holisme, non sans résonance avec de grandes traditions philosophiques cherchant l'Union des Opposés.

@article{doi105937bpa2502007j,
    author = "Janković, Srdja",
    title = "Charles Darwin : Réductionniste, holiste ou les deux ?",
    year = "2025",
    journal = "Belgrade Philosophical Annual",
    abstract = "La question de savoir si le travail et la pensée de Charles Darwin peuvent être plus précisément décrits comme réductionnistes ou holistes reste étrangement non résolue à ce jour. Darwin est un héritier légitime de deux traditions intellectuelles distinctes : la philosophie naturelle romantique de Von Humboldt et Goethe (avec une inspiration significative tirée de Kant) et la science naturelle victorienne de Herschel et Lyell. Alors que la concentration de Darwin sur la découverte de mécanismes évolutifs (et, crucialement, la démonstration qu'un seul type de mécanisme - la sélection naturelle - explique une grande partie de la diversité incroyable des formes vivantes) incite de nombreux chercheurs à le considérer comme l'épithète du réductionnisme scientifique, il semble y avoir des raisons égales pour considérer ce titan de la science comme entièrement holiste dans son approche de l'histoire de la vie sur notre planète. Darwin était-il donc un réductionniste ou un holiste ? Peut-être existe-t-il un autre moyen de répondre à cette question (ou encore mieux, un autre moyen de la poser) : est-il possible d'être à la fois réductionniste et holiste ? À savoir, contrairement aux premières et classiques synthèses modernes en biologie évolutive, éminemment réductionnistes, à la fois le corpus original de travaux de Darwin et de nombreux développements actuels en biologie évolutive, regroupés sous l'étiquette de Synthèse Étendue - centrés sur le changement de tempo et de mode de l'évolution, les équilibres ponctués, la sélection hiérarchique multilevel, l'intégration de rétroaction écologique-évolutive-développementale (eco-evo-devo), la plasticité phénotypique, et, dernier mais non le moindre, les travaux récents de W. Ford Doolittle et d'autres tentant d'unifier l'hypothèse Gaia de James Lovelock et Lynn Margulis avec l'évolution par sélection naturelle et le point de vue évolutionniste en général - semblent nous offrir un aperçu des paysages multidimensionnels complexes sous-jacents à la biologie telle que nous la connaissons (et, grâce à la recherche astrobiologique continue, potentiellement aussi à la biologie telle que nous ne la connaissons pas). Tout cela pourrait être avant-goût d'une direction prometteuse dans notre effort scientifique et philosophique pour comprendre la vie - l'un transcendant la dichotomie classique du réductionnisme vs. holisme, non sans résonance avec de grandes traditions philosophiques cherchant l'Union des Opposés.",
    url = "https://doi.org/10.5937/bpa2502007j",
    doi = "10.5937/bpa2502007j",
    openalex = "W7117688748",
    references = "doi101186s4006401630530"
}

Résumé Contexte : La morphogenèse dépend de la coordination spatiale et temporelle des voies de signalisation, mais la colocalisation des protéines entre les voies reste mal comprise. Ici, nous examinons la localisation cellulaire et histologique des protéines régulatrices formant les voies de développement craniofacial centrales lors de la morphogenèse du bec du pinson zèbre (Taeniopygia guttata). Résultats : Nous présentons un atlas de la coexpression spatio-temporelle de β-catenine, Bmp4, CaM, Dkk3, Fgf8, Ihh, Tgfβ2 et Wnt4 à travers les stades embryonnaires HH29-42, révélant des motifs d'expression à la fois établis et nouveaux. Globalement, dans les stades les plus précoces (HH29-32), la plupart des protéines montrent une expression large et chevauchante à travers les tissus épithéliaux et mésenchymateux. Au stade HH36, l'expression devient de plus en plus compartimentalisée, avec une différenciation marquée entre les types de tissus. Notamment, à des stades plus tardifs, les protéines ont montré des distributions spécifiques aux tissus dans les régions de bordure versus cœur des domaines chondrogéniques et ostéogéniques, indiquant un modelage coordonné croisé des voies pendant la formation du cartilage et de l'os. Conclusions : L'ostéogenèse dans le bec du pinson zèbre est organisée par une signalisation coordonnée entre les cellules associées à la bordure et les cœurs en différenciation, avec un rétroaction croisé des voies établissant la différenciation osseuse et cartilagineuse tout en maintenant les frontières. Nos résultats ont corroboré des éléments centraux de la dynamique de signalisation craniofaciale, tout en révélant une localisation subcellulaire inattendue pour plusieurs protéines qui ont montré une complexité régulatrice non capturée par les cartes antérieures au niveau des transcrits. Cet atlas fournit une référence de base au niveau des protéines pour les études comparatives et mécanistiques de la morphogenèse du bec.

@article{doi106489820251217695020,
    author = "Duckworth, Renée A. et Britton, Sarah et Lee, Cody et Chenard, Kathryn C. et Badyaev, Alexander V.",
    title = "Coordination spatiale et temporelle des voies de signalisation dans la différenciation tissulaire : atlas du développement de l'expression des protéines lors de la maturation du bec du pinson zèbre",
    year = "2025",
    journal = "bioRxiv (Laboratoire Cold Spring Harbor)",
    abstract = "Résumé Contexte : La morphogenèse dépend de la coordination spatiale et temporelle des voies de signalisation, mais la colocalisation des protéines entre les voies reste mal comprise. Ici, nous examinons la localisation cellulaire et histologique des protéines régulatrices formant les voies de développement craniofacial centrales lors de la morphogenèse du bec du pinson zèbre (Taeniopygia guttata). Résultats : Nous présentons un atlas de la coexpression spatio-temporelle de β-catenine, Bmp4, CaM, Dkk3, Fgf8, Ihh, Tgfβ2 et Wnt4 à travers les stades embryonnaires HH29-42, révélant des motifs d'expression à la fois établis et nouveaux. Globalement, dans les stades les plus précoces (HH29-32), la plupart des protéines montrent une expression large et chevauchante à travers les tissus épithéliaux et mésenchymateux. Au stade HH36, l'expression devient de plus en plus compartimentalisée, avec une différenciation marquée entre les types de tissus. Notamment, à des stades plus tardifs, les protéines ont montré des distributions spécifiques aux tissus dans les régions de bordure versus cœur des domaines chondrogéniques et ostéogéniques, indiquant un modelage coordonné croisé des voies pendant la formation du cartilage et de l'os. Conclusions : L'ostéogenèse dans le bec du pinson zèbre est organisée par une signalisation coordonnée entre les cellules associées à la bordure et les cœurs en différenciation, avec un rétroaction croisé des voies établissant la différenciation osseuse et cartilagineuse tout en maintenant les frontières. Nos résultats ont corroboré des éléments centraux de la dynamique de signalisation craniofaciale, tout en révélant une localisation subcellulaire inattendue pour plusieurs protéines qui ont montré une complexité régulatrice non capturée par les cartes antérieures au niveau des transcrits. Cet atlas fournit une référence de base au niveau des protéines pour les études comparatives et mécanistiques de la morphogenèse du bec.",
    url = "https://doi.org/10.64898/2025.12.17.695020",
    doi = "10.64898/2025.12.17.695020",
    openalex = "W4417451350",
    references = "doi101101pdbemo119"
}