Divergence

1. La diffusion de l'évolution 'Variation des Animaux et des Plantes' 1863-1866 2. La publication de la 'Variation des Animaux et des Plantes sous Domestication' janvier 1867-juin 1868 3. Travail sur 'L'Homme' 1864-1870 4. La publication de la 'Descendance de l'Homme', de l' 'Expression des Émotions' 1871-1873 5. Miscellanées, incluant les deuxième éditions de 'Récifs Coralliens', de la 'Descendance de l'Homme' et de la 'Variation des Animaux et des Plantes' 1874-1875 6. Correspondance divers 1876-1882 7. Fertilisation des fleurs 1839-1880 8. Les 'Effets de la Croisement et de l'Auto-Fertilisation dans le Règne Végétal' 1866-1877 9. 'Différentes Formes de Fleurs sur des Plantes de la Même Espèce' 1860-1878 10. Plantes grimpantes et carnivores 1863-1875 11. La 'Puissance du Mouvement dans les Plantes' 1878-1881 12. Correspondance botanique divers 1873-1882 13. Conclusion Annexes.

@book{doi105962bhltitle50683,
    author = "Darwin, Charles et Darwin, Francis",
    title = "The life and letters of Charles Darwin : including an autobiographical chapter",
    year = "1887",
    booktitle = "D. Appleton eBooks",
    abstract = "1. La diffusion de l'évolution 'Variation des Animaux et des Plantes' 1863-1866 2. La publication de la 'Variation des Animaux et des Plantes sous Domestication' janvier 1867-juin 1868 3. Travail sur 'L'Homme' 1864-1870 4. La publication de la 'Descendance de l'Homme', de l' 'Expression des Émotions' 1871-1873 5. Miscellanées, incluant les deuxième éditions de 'Récifs Coralliens', de la 'Descendance de l'Homme' et de la 'Variation des Animaux et des Plantes' 1874-1875 6. Correspondance divers 1876-1882 7. Fertilisation des fleurs 1839-1880 8. Les 'Effets de la Croisement et de l'Auto-Fertilisation dans le Règne Végétal' 1866-1877 9. 'Différentes Formes de Fleurs sur des Plantes de la Même Espèce' 1860-1878 10. Plantes grimpantes et carnivores 1863-1875 11. La 'Puissance du Mouvement dans les Plantes' 1878-1881 12. Correspondance botanique divers 1873-1882 13. Conclusion Annexes.",
    url = "https://doi.org/10.5962/bhl.title.50683",
    doi = "10.5962/bhl.title.50683",
    openalex = "W2115400095"
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Alfred Russel Wallace (1823–1913) est considéré comme le co-découvreur avec Darwin de la théorie de l'évolution. Il s'agissait d'un essai que Wallace envoya en 1858 à Darwin (qu'il admirait beaucoup et auquel il dédia son livre le plus célèbre, L'Archipel des Moluques) qui incita Darwin à publier un article sur sa propre théorie longuement mûrie simultanément avec celle de Wallace. En tant que naturaliste voyageur et collectionneur en Extrême-Orient et en Amérique du Sud, Wallace était déjà enclin vers la théorie lamarckienne de la transmutation des espèces, et ses propres recherches l'ont convaincu de la réalité de l'évolution. À la publication de L'Origine des espèces, Wallace devint l'un de ses plus ardents défenseurs, et Darwinisme, publié en 1889, soutient la théorie et contredit de nombreux arguments avancés par des scientifiques et d'autres qui s'y opposaient.

@book{doi105962bhltitle17416,
    author = "Wallace, Alfred Russel",
    title = "Darwinisme : une exposition de la théorie de la sélection naturelle, avec certaines de ses applications",
    year = "1889",
    booktitle = "Macmillan eBooks",
    abstract = "Alfred Russel Wallace (1823–1913) est considéré comme le co-découvreur avec Darwin de la théorie de l'évolution. Il s'agissait d'un essai que Wallace envoya en 1858 à Darwin (qu'il admirait beaucoup et auquel il dédia son livre le plus célèbre, L'Archipel des Moluques) qui incita Darwin à publier un article sur sa propre théorie longuement mûrie simultanément avec celle de Wallace. En tant que naturaliste voyageur et collectionneur en Extrême-Orient et en Amérique du Sud, Wallace était déjà enclin vers la théorie lamarckienne de la transmutation des espèces, et ses propres recherches l'ont convaincu de la réalité de l'évolution. À la publication de L'Origine des espèces, Wallace devint l'un de ses plus ardents défenseurs, et Darwinisme, publié en 1889, soutient la théorie et contredit de nombreux arguments avancés par des scientifiques et d'autres qui s'y opposaient",
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    doi = "10.5962/bhl.title.17416",
    openalex = "W1530382883"
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Avec son œuvre révolutionnaire The Origin of Species, Charles Darwin a renversé les croyances contemporaines sur la Providence divine et les débuts de la vie sur terre. Écrit pour le grand public des années 1850, il s'agit d'un récit rigoureusement documenté mais très lisible de la théorie scientifique qui est aujourd'hui à la racine de notre attitude actuelle envers l'univers. En contestant des notions telles que l'immuabilité des espèces avec l'idée de sélection naturelle, et en exposant les résultats de travaux pionniers sur l'écologie des animaux et des plantes, il a apporté une contribution durable à la pensée philosophique et scientifique.

@book{doi105962bhltitle46292,
    author = "Darwin, Charles",
    title = "The origin of species, by Charles Darwin.",
    year = "1900",
    abstract = "With his revolutionary work The Origin of Species, Charles Darwin overthrew contemporary beliefs about Divine Providence and the beginnings of life on earth. Written for the general public of the 1850s, it is a rigorously documented but highly readable account of the scientific theory that now lies at the root of our present attitude to the universe. Challenging notions such as the fixity of species with the idea of natural selection, and setting forth the results of pioneering work on the ecology of animals and plants, it made a lasting contribution to philosophical and scientific thought.",
    url = "https://doi.org/10.5962/bhl.title.46292",
    doi = "10.5962/bhl.title.46292",
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@book{doi105962bhltitle160210,
    author = "Darwin, Charles et Darwin, Francis et Seward, A. C.",
    title = "More letters of Charles Darwin : un compte rendu de son travail dans une série de lettres jusqu'ici inédites",
    year = "1903",
    booktitle = "D. Appleton and company eBooks",
    url = "https://doi.org/10.5962/bhl.title.160210",
    doi = "10.5962/bhl.title.160210",
    openalex = "W2057975423"
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Le Social Darwinism in American Thought examine l'influence globale de Darwin sur la théorie sociale américaine et la notable bataille livrée entre les penseurs concernant les implications de la théorie de l'évolution pour la pensée sociale et l'action politique. Des théoriciens tels que Herbert Spencer et William Graham Sumner ont adopté l'idée de la lutte pour l'existence comme justification des maux — ainsi que des bienfaits — de la société industrielle moderne libérale. D'autres, tels que William James et John Dewey, ont soutenu qu'une planification humaine était nécessaire pour diriger le développement social et améliorer l'ordre naturel. L'étude classique de Hofstadter sur les ramifications du darwinisme est une analyse majeure des philosophies sociales qui ont animé les mouvements intellectuels de l'Âge de l'or et de l'Ère progressiste.

@book{doi1097839781512816976,
    author = "Hofstadter, Richard",
    title = "Social Darwinism in American Thought, 1860-1915",
    year = "1944",
    booktitle = "University of Pennsylvania Press eBooks",
    abstract = "Le Social Darwinism in American Thought examine l'influence globale de Darwin sur la théorie sociale américaine et la notable bataille livrée entre les penseurs concernant les implications de la théorie de l'évolution pour la pensée sociale et l'action politique. Des théoriciens tels que Herbert Spencer et William Graham Sumner ont adopté l'idée de la lutte pour l'existence comme justification des maux — ainsi que des bienfaits — de la société industrielle moderne libérale. D'autres, tels que William James et John Dewey, ont soutenu qu'une planification humaine était nécessaire pour diriger le développement social et améliorer l'ordre naturel. L'étude classique de Hofstadter sur les ramifications du darwinisme est une analyse majeure des philosophies sociales qui ont animé les mouvements intellectuels de l'Âge de l'or et de l'Ère progressiste.",
    url = "https://doi.org/10.9783/9781512816976",
    doi = "10.9783/9781512816976",
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@incollection{doi101016b9781483227344500176,
    author = "Zuckerkandl, Emile et Pauling, Linus",
    title = "Divergence et Convergence Évolutionnaires dans les Protéines",
    year = "1965",
    booktitle = "Elsevier eBooks",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-1-4832-2734-4.50017-6",
    doi = "10.1016/b978-1-4832-2734-4.50017-6",
    openalex = "W1534406401",
    references = "doi1043249781315081083"
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@article{mayr1971the,
    author = "Mayr, Ernst",
    title = "The life and letters of Charles Darwin,",
    year = "1971",
    journal = "Studies in History and Philosophy of Science Part A",
    url = "https://doi.org/10.1016/0039-3681(71)90045-8",
    doi = "10.1016/0039-3681(71)90045-8",
    number = "3",
    openalex = "W2468052742",
    pages = "273-280",
    volume = "2",
    references = "doi101007bf00351923, doi1010381841102a0, doi101177007327536500400102, doi1023072412191, doi105962bhltitle166197, doi105962bhltitle94306, openalexw1501278615, openalexw579187753"
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@article{doi1010160039368175900199,
    author = "Ruse, Michael",
    title = "Darwin's debt to philosophy: An examination of the influence of the philosophical ideas of John F.W. Herschel and William Whewell on the development of Charles Darwin's theory of evolution",
    year = "1975",
    journal = "Studies in History and Philosophy of Science Part A",
    url = "https://doi.org/10.1016/0039-3681(75)90019-9",
    doi = "10.1016/0039-3681(75)90019-9",
    openalex = "W2094951587",
    references = "doi10103711845000"
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Utilisation courante des symboles et code d'abréviations Remerciements Introduction générale 1. Considérations éditoriales 2. Table des matières de Darwin 3. Possibilité de croisement de tous les êtres organiques 4. Variation sous la nature 5. La lutte pour l'existence 6. Sur la sélection naturelle 7. Lois de la variation 8. Difficultés pour la théorie 9. Hybridisme 10. Pouvoirs mentaux et instincts des animaux 11. Répartition géographique Annexes Bibliographie Guides aux textes des versions longue et courte Collation entre l'Origine et la Sélection naturelle Index.

@book{openalexw1519503834,
    author = "Darwin, Charles",
    title = "La Sélection naturelle de Charles Darwin : étant la deuxième partie de son grand livre sur les espèces écrit de 1856 à 1858",
    year = "1975",
    abstract = "Utilisation courante des symboles et code d'abréviations Remerciements Introduction générale 1. Considérations éditoriales 2. Table des matières de Darwin 3. Possibilité de croisement de tous les êtres organiques 4. Variation sous la nature 5. La lutte pour l'existence 6. Sur la sélection naturelle 7. Lois de la variation 8. Difficultés pour la théorie 9. Hybridisme 10. Pouvoirs mentaux et instincts des animaux 11. Répartition géographique Annexes Bibliographie Guides aux textes des versions longue et courte Collation entre l'Origine et la Sélection naturelle Index.",
    openalex = "W1519503834"
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@article{doi101007bf00125354,
    author = "Browne, Janet",
    title = "Darwin's botanical arithmetic and the principle of divergence, 1854-1858",
    year = "1980",
    journal = "Journal of the History of Biology",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf00125354",
    doi = "10.1007/bf00125354",
    openalex = "W2126395167",
    references = "doi101007bf00125744, doi101016s0047248478800578, doi1023072992245, doi105962bhltitle160210, doi105962bhltitle50683, doi105962bhltitle50709, doi105962bhltitle50860, doi105962bhltitle59991, doi105962bhltitle82303, openalexw1519503834"
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@article{doi101007bf00125744,
    author = "Schweber, Silvan S.",
    title = "Darwin et les économistes politiques : Divergence des caractères",
    year = "1980",
    journal = "Journal of the History of Biology",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf00125744",
    doi = "10.1007/bf00125744",
    openalex = "W2059259990",
    references = "darwin2009the, doi101007bf00125354, doi101017cbo9780511701559, doi10103711845000, doi101111j109636421858tb02500x, doi10111911987695, doi101146annureves06110175002011, doi1014375np9782070293353, doi105962bhltitle167384, doi105962bhltitle39738, doi105962bhltitle46249, doi105962bhltitle84435"
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@article{doi101007bf00132004,
    author = "Sulloway, Frank J.",
    title = "Darwin et ses pinsons : L'évolution d'une légende",
    year = "1982",
    journal = "Journal of the History of Biology",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf00132004",
    doi = "10.1007/bf00132004",
    openalex = "W2020068972",
    references = "doi101007bf00133143, doi10106313050879, doi1023071421785, doi1023071868881, doi1023072217783, doi1023072412932, doi105962bhltitle4489, doi105962bhltitle50683, doi105962bhltitle59991, doi105962bhltitle82303, openalexw1973833797, openalexw645218623"
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@article{doi101007bf00133143,
    author = "Sulloway, Frank J.",
    title = "Darwin's conversion: The Beagle voyage and its aftermath",
    year = "1982",
    journal = "Journal of the History of Biology",
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    doi = "10.1007/bf00133143",
    openalex = "W1987884313",
    references = "doi101007bf00132004, doi101126science18341301164, doi1023071421785, doi1023071868881, doi1023072412191, doi105962bhltitle46249, doi105962bhltitle50683, doi105962bhltitle50860, doi105962bhltitle59991, doi105962bhltitle82303, doi105962bhltitle84435, hindle1964charles, openalexw1600651929"
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Le livre de référence de Gillian Beer démontre comment Darwin a renversé les hypothèses culturelles fondamentales dans ses récits, comment George Eliot, Thomas Hardy et d'autres écrivains ont poursuivi et résisté à leurs implications contradictoires, et comment les histoires qu'il a produites sur la sélection naturelle et la lutte pour la vie soutiennent désormais notre culture. Cette deuxième édition de Darwin's Plots intègre une nouvelle préface de l'auteur et une introduction par le distingué universitaire américain George Levine

@book{doi101017cbo9780511755101,
    author = "Beer, Gillian",
    title = "Darwin's Plots : récit évolutif chez Darwin, George Eliot et la fiction du XIXe siècle",
    year = "1983",
    journal = "Insecta mundi",
    abstract = "Le livre de référence de Gillian Beer démontre comment Darwin a renversé les hypothèses culturelles fondamentales dans ses récits, comment George Eliot, Thomas Hardy et d'autres écrivains ont poursuivi et résisté à leurs implications contradictoires, et comment les histoires qu'il a produites sur la sélection naturelle et la lutte pour la vie soutiennent désormais notre culture. Cette deuxième édition de Darwin's Plots intègre une nouvelle préface de l'auteur et une introduction par le distingué universitaire américain George Levine",
    url = "https://doi.org/10.1017/cbo9780511755101",
    doi = "10.1017/cbo9780511755101",
    openalex = "W1965382451"
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Avec perspicacité et humour, Robert J. Richards se concentre sur le développement des théories évolutionnistes de l'esprit et du comportement, de leur première apparition distincte au XVIIIe siècle jusqu'à leur état controversé d'aujourd'hui. Particulièrement importantes au XIXe siècle furent les idées de Charles Darwin sur l'instinct, la raison et la morale, que Richards examine à la lumière de la personnalité, de la formation, des préoccupations scientifiques et culturelles de Darwin, ainsi que de sa communauté intellectuelle. De nombreux critiques ont soutenu que la révolution darwinienne a privé la nature de son but moral et a éthiquement neutralisé l'animal humain. Richards soutient, en revanche, que Darwin, Herbert Spencer et leurs disciples ont tenté de réanimer la vie morale, croyant que le processus évolutionniste donnait du courage au comportement désintéressé et altruiste. Le livre de Richards est désormais l'introduction évidente à l'histoire des idées sur l'esprit et le comportement au XIXe siècle. Mark Ridley, Times Literary Supplement Depuis la publication de The Triumph of the Darwinian Method de Michael Ghiselin, il n'y a pas eu d'interprétation aussi ambitieuse, défiant et méthodologiquement consciente de l'essor et du développement des théories évolutionnistes et du rôle de Darwin dans ce domaine. John C. Greene, Son livre... réalise triomphalement l'objectif de toute grande recherche : il ne nous informe pas seulement, mais nous montre pourquoi être ainsi informé est essentiel pour comprendre nos propres questions et projets. Daniel C. Dennett, Philosophy of Science

@book{doi107208chicago97802261495160010001,
    author = "Richards, Robert J.",
    title = "Darwin et l'émergence des théories évolutionnistes de l'esprit et du comportement",
    year = "1987",
    abstract = "Avec perspicacité et humour, Robert J. Richards se concentre sur le développement des théories évolutionnistes de l'esprit et du comportement, de leur première apparition distincte au XVIIIe siècle jusqu'à leur état controversé d'aujourd'hui. Particulièrement importantes au XIXe siècle furent les idées de Charles Darwin sur l'instinct, la raison et la morale, que Richards examine à la lumière de la personnalité, de la formation, des préoccupations scientifiques et culturelles de Darwin, ainsi que de sa communauté intellectuelle. De nombreux critiques ont soutenu que la révolution darwinienne a privé la nature de son but moral et a éthiquement neutralisé l'animal humain. Richards soutient, en revanche, que Darwin, Herbert Spencer et leurs disciples ont tenté de réanimer la vie morale, croyant que le processus évolutionniste donnait du courage au comportement désintéressé et altruiste. Le livre de Richards est désormais l'introduction évidente à l'histoire des idées sur l'esprit et le comportement au XIXe siècle. Mark Ridley, Times Literary Supplement Depuis la publication de The Triumph of the Darwinian Method de Michael Ghiselin, il n'y a pas eu d'interprétation aussi ambitieuse, défiant et méthodologiquement consciente de l'essor et du développement des théories évolutionnistes et du rôle de Darwin dans ce domaine. John C. Greene, Son livre... réalise triomphalement l'objectif de toute grande recherche : il ne nous informe pas seulement, mais nous montre pourquoi être ainsi informé est essentiel pour comprendre nos propres questions et projets. Daniel C. Dennett, Philosophy of Science",
    url = "https://doi.org/10.7208/chicago/9780226149516.001.0001",
    doi = "10.7208/chicago/9780226149516.001.0001",
    openalex = "W1607265796"
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@article{beddall1988darwin1,
    author = "Beddall, B. G",
    title = "Darwin et la divergence",
    year = "1988",
    journal = "the Wallace connection : Journal of Historical Biology, v. 21, p. 1-68",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Beddall, B. G., 1988, Darwin et la divergence : le lien Wallace : Journal of Historical Biology, v. 21, p. 1-68.}"
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@article{doi101007bf00125793,
    author = "Beddall, Barbara G.",
    title = "Darwin et la divergence : Le lien Wallace",
    year = "1988",
    journal = "Journal of the History of Biology",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf00125793",
    doi = "10.1007/bf00125793",
    openalex = "W1986930832",
    references = "darwin2009the, doi101093auk1002507, doi101177007327538402200401, doi105962bhltitle104593, doi105962bhltitle128554, doi105962bhltitle166197, doi105962bhltitle17416, doi105962bhltitle50683, openalexw1550375751"
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@article{doi1023075113,
    author = "Taylor, L. R. et Barrett, Paul H. et GAUTREY, P. J. et Herbert, Sandra et Kohn, David H. et Smith, Sydney",
    title = "Charles Darwin's Notebooks, 1836-1844",
    year = "1988",
    journal = "Journal of Animal Ecology",
    url = "https://doi.org/10.2307/5113",
    doi = "10.2307/5113",
    openalex = "W2318122289"
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On connaît bien Darwin pour sa rhétorique étonnamment ambiguë. L'auteur qui a utilisé une « banque enchevêtrée » comme métaphore de la Nature et de ses relations complexes a construit la substance de son texte à partir d'un enchevêtrement correspondant de relations théoriques non résolues. Des positions ambiguës, des arguments qui semblent se replier sur eux-mêmes, des vacillations, des contradictions et des pluralités d'explication imprègnent la science de Darwin et sa métascience constituante. L'Origine regorge d'ambiguïtés concernant les aspects techniques de la biologie évolutive. Mais le domaine de l'ambiguïté que je souhaite aborder est la posture métaphysique de Darwin. Je souhaite aborder la question de Darwin et de la sécularisation à travers ce qui pourrait être appelé le trope de l'ambiguïté. Ma préoccupation principale porte sur les origines de cette ambiguïté. Elles résident dans les ressources culturelles et idéologiques conflictuelles que Darwin a utilisées pour construire la théorie de la sélection naturelle.

@article{doi101017s0007087400026005,
    author = "Kohn, David H.",
    title = "Darwin's Ambiguity: The Secularization of Biological Meaning",
    year = "1989",
    journal = "The British Journal for the History of Science",
    abstract = "On connaît bien Darwin pour sa rhétorique étonnamment ambiguë. L'auteur qui a utilisé une « banque enchevêtrée » comme métaphore de la Nature et de ses relations complexes a construit la substance de son texte à partir d'un enchevêtrement correspondant de relations théoriques non résolues. Des positions ambiguës, des arguments qui semblent se replier sur eux-mêmes, des vacillations, des contradictions et des pluralités d'explication imprègnent la science de Darwin et sa métascience constituante. L'Origine regorge d'ambiguïtés concernant les aspects techniques de la biologie évolutive. Mais le domaine de l'ambiguïté que je souhaite aborder est la posture métaphysique de Darwin. Je souhaite aborder la question de Darwin et de la sécularisation à travers ce qui pourrait être appelé le trope de l'ambiguïté. Ma préoccupation principale porte sur les origines de cette ambiguïté. Elles résident dans les ressources culturelles et idéologiques conflictuelles que Darwin a utilisées pour construire la théorie de la sélection naturelle.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0007087400026005",
    doi = "10.1017/s0007087400026005",
    openalex = "W2134431578",
    references = "darwin2009the, doi101007bf00125354, doi101007bf00125744, doi101007bf00133143, doi101017cbo9780511755101, doi101017cbo9781107280403, doi10103711845000, doi101177007327538202000301, doi1023071857970, doi102307429625, doi105962bhltitle46292, doi105962bhltitle68064, doi107208chicago97802261495160010001"
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@article{doi101007bf00857687,
    author = "Lennox, James G.",
    title = "Darwin était un téléologiste",
    year = "1993",
    journal = "Biology \& Philosophy",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf00857687",
    doi = "10.1007/bf00857687",
    openalex = "W1994184160",
    references = "openalexw1600651929"
}

Liste des illustrations Préface Remerciements Note sur les citations des manuscrits Introduction : Darwin et ses collègues naturalistes 1. Darwin et la biologie des années 1830 : quelques parallèles 2. Darwin avant Malthus 3. Sélection naturelle et adaptation parfaite, 1838-1844 4. Partie II du travail de Darwin sur les espèces 5. Histoire naturelle après Cuvier : la conception ramifiée de la nature 6. Darwin et la conception ramifiée 7. Classification et le « principe de divergence » 8. Le principe de divergence et la transformation de la théorie de Darwin 9. Sélection naturelle et « amélioration naturelle » Conclusion : le développement de la théorie de Darwin comme progrès social Notes Bibliographie Index.

@book{openalexw1600651929,
    author = "Ospovat, Dov",
    title = "The Development of Darwin's Theory: Natural History, Natural Theology, and Natural Selection, 1838–1859",
    year = "1994",
    abstract = "Liste des illustrations Préface Remerciements Note sur les citations des manuscrits Introduction : Darwin et ses collègues naturalistes 1. Darwin et la biologie des années 1830 : quelques parallèles 2. Darwin avant Malthus 3. Sélection naturelle et adaptation parfaite, 1838-1844 4. Partie II du travail de Darwin sur les espèces 5. Histoire naturelle après Cuvier : la conception ramifiée de la nature 6. Darwin et la conception ramifiée 7. Classification et le « principe de divergence » 8. Le principe de divergence et la transformation de la théorie de Darwin 9. Sélection naturelle et « amélioration naturelle » Conclusion : le développement de la théorie de Darwin comme progrès social Notes Bibliographie Index.",
    url = "https://openalex.org/W1600651929",
    openalex = "W1600651929"
}

Dans ce livre novateur et très accessible, Daniel C. Dennett, l'auteur acclamé de Consciousness Explained, démontre la puissance de la théorie de la sélection naturelle et montre comment la grande idée de Darwin transforme et éclaire notre vision traditionnelle de notre place dans l'univers. Suivre la pensée darwinienne à ses conclusions logiques est une entreprise risquée, avec des pièges pour tout le monde. Les créationnistes et autres qui rejettent l'évolution ne sont pas les seuls à tomber dans les pièges. Beaucoup qui acceptent la validité des conclusions de Darwin hésitent devant leurs implications et déforment sa théorie, craignant qu'elle soit politiquement incorrecte ou antireligieuse, ou qu'elle prive la vie de toute spiritualité. Dennett explique la théorie scientifique de la sélection naturelle en termes vivants, et montre comment elle s'étend bien au-delà de la biologie.

@book{openalexw1515814298,
    author = "Dennett, Daniel C.",
    title = "L'idée dangereuse de Darwin : l'évolution et les sens de la vie",
    year = "1995",
    abstract = "Dans ce livre novateur et très accessible, Daniel C. Dennett, l'auteur acclamé de Consciousness Explained, démontre la puissance de la théorie de la sélection naturelle et montre comment la grande idée de Darwin transforme et éclaire notre vision traditionnelle de notre place dans l'univers. Suivre la pensée darwinienne à ses conclusions logiques est une entreprise risquée, avec des pièges pour tout le monde. Les créationnistes et autres qui rejettent l'évolution ne sont pas les seuls à tomber dans les pièges. Beaucoup qui acceptent la validité des conclusions de Darwin hésitent devant leurs implications et déforment sa théorie, craignant qu'elle soit politiquement incorrecte ou antireligieuse, ou qu'elle prive la vie de toute spiritualité. Dennett explique la théorie scientifique de la sélection naturelle en termes vivants, et montre comment elle s'étend bien au-delà de la biologie.",
    openalex = "W1515814298"
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À la fin de septembre 1838, un jeune homme, âgé de 29 ans, ancien étudiant en médecine et naturaliste amateur, qui avait passé plusieurs années dans le Pacifique Sud à étudier la vie végétale et animale, mais qui restait perplexe quant à la raison pour laquelle les « variants favorables » de chaque espèce survivaient tandis que les « variants défavorables » étaient détruits, s'asseyait à feuilleter un livre, comme il le rappelait plus tard, « pour s'amuser ». 1 L'ouvrage qui provoqua Charles Darwin fut l'Essai sur la population de T. R. Malthus (1798), qu'il affirma plus tard avoir d'abord suggéré l'idée que « dans l'ensemble, les mieux adaptés survivent ». Cette idée que Darwin populariserait à travers la notion de « lutte pour l'existence », une expression qu'il a fameusement affirmée utiliser comme une « métaphore » mais qui signifiait simplement « la doctrine de Malthus appliquée avec une force multiple à l'ensemble des règnes animal et végétal ». 2 Cette application aboutit à la publication [End Page 223] de L'Origine des espèces en 1859, une occasion saluée comme « le plus grand événement du règne de la reine Victoria », 3 voire « de loin le plus important... dans l'histoire de l'Occident moderne ». 4 Il est bien connu également que l'appréciation de Darwin pour Malthus n'était pas unique, même parmi les naturalistes. L'année avant la parution de L'Origine des espèces, un autre jeune homme, Alfred Russel Wallace, âgé de 25 ans, rencontra le même livre. « Il y eut soudainement », se souvint-il plus tard, « l'idée de la survie du plus apte ». 5 Nous connaissons Wallace aujourd'hui ainsi, comme le codécouvreur de la théorie de la sélection naturelle, qui présenta un mémoire conjointement avec Darwin à la Société Linéenne ce soir mémorable du 1er juillet 1858 pour marquer leur brillante réalisation. 6

@article{doi101353jhi20000014,
    author = "Claeys, Grégory",
    title = {The "Survival of the Fittest" and the Origins of Social Darwinism},
    year = "2000",
    journal = "Journal of the History of Ideas",
    abstract = {À la fin de septembre 1838, un jeune homme, âgé de 29 ans, ancien étudiant en médecine et naturaliste amateur, qui avait passé plusieurs années dans le Pacifique Sud à étudier la vie végétale et animale, mais qui restait perplexe quant à la raison pour laquelle les « variants favorables » de chaque espèce survivaient tandis que les « variants défavorables » étaient détruits, s'asseyait à feuilleter un livre, comme il le rappelait plus tard, « pour s'amuser ». 1 L'ouvrage qui provoqua Charles Darwin fut l'Essai sur la population de T. R. Malthus (1798), qu'il affirma plus tard avoir d'abord suggéré l'idée que « dans l'ensemble, les mieux adaptés survivent ». Cette idée que Darwin populariserait à travers la notion de « lutte pour l'existence », une expression qu'il a fameusement affirmée utiliser comme une « métaphore » mais qui signifiait simplement « la doctrine de Malthus appliquée avec une force multiple à l'ensemble des règnes animal et végétal ». 2 Cette application aboutit à la publication [End Page 223] de L'Origine des espèces en 1859, une occasion saluée comme « le plus grand événement du règne de la reine Victoria », 3 voire « de loin le plus important... dans l'histoire de l'Occident moderne ». 4 Il est bien connu également que l'appréciation de Darwin pour Malthus n'était pas unique, même parmi les naturalistes. L'année avant la parution de L'Origine des espèces, un autre jeune homme, Alfred Russel Wallace, âgé de 25 ans, rencontra le même livre. « Il y eut soudainement », se souvint-il plus tard, « l'idée de la survie du plus apte ». 5 Nous connaissons Wallace aujourd'hui ainsi, comme le codécouvreur de la théorie de la sélection naturelle, qui présenta un mémoire conjointement avec Darwin à la Société Linéenne ce soir mémorable du 1er juillet 1858 pour marquer leur brillante réalisation. 6},
    url = "https://doi.org/10.1353/jhi.2000.0014",
    doi = "10.1353/jhi.2000.0014",
    openalex = "W2159298138",
    references = "darwin2009the, doi1010079781349054527, doi101007bf00125744, doi101086201464, doi1023071846724, doi1023071863359, doi102307588281, doi1031389781487579609, doi1043249781003191889, doi1097839781512816976, openalexw2032875823, openalexw649766170"
}

Le tout premier expérience écologique aurait-il pu avoir lieu dans un jardin anglais ? Apparemment oui, selon la Perspective de Hector et Hooper. Ces auteurs décrivent une série élégante d'expériences écologiques menées au début du XIXe siècle par George Sinclair, jardinier en chef du duc de Bedford, dans les jardins de Woburn Abbey.

@article{doi101126science1064815,
    author = "Hector, Andy et Hooper, Rowan",
    title = "Darwin et la première expérience écologique",
    year = "2002",
    journal = "Science",
    abstract = "Le tout premier expérience écologique aurait-il pu avoir lieu dans un jardin anglais ? Apparemment oui, selon la Perspective de Hector et Hooper. Ces auteurs décrivent une série élégante d'expériences écologiques menées au début du XIXe siècle par George Sinclair, jardinier en chef du duc de Bedford, dans les jardins de Woburn Abbey.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1064815",
    doi = "10.1126/science.1064815",
    openalex = "W1479842787",
    references = "doi101007bf00125354"
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Peu de vies de grands hommes offrent autant d'intérêt - et autant de mystères - que celle de Charles Darwin. De nombreux ouvrages ont été consacrés à divers aspects de ses théories, de sa personnalité, voire de sa santé inexplicablement mauvaise. Maintenant, dans cette véritable biographie magistrale, Janet Browne nous présente Darwin dans son intégralité. Avec une grande subtilité et compréhension, en utilisant une gamme de matériaux et de sujets dont elle est unique à pouvoir se servir, elle nous permet de voir Darwin et le monde de la science du XIXe siècle avec une clarté fascinante. Ce volume, le premier de deux, le suit de l'enfance et de l'université à travers le voyage du BEAGLE, qui l'a façonné en tant que scientifique, et les années d'expérimentation et de réflexion menant à sa difficile décision de publier L'ORIGINE DES ESPÈCES.

@book{openalexw2103828688,
    author = "Browne, Janet",
    title = "Charles Darwin : voyages",
    year = "2003",
    booktitle = "UCL Discovery (University College London)",
    abstract = "Peu de vies de grands hommes offrent autant d'intérêt - et autant de mystères - que celle de Charles Darwin. De nombreux ouvrages ont été consacrés à divers aspects de ses théories, de sa personnalité, voire de sa santé inexplicablement mauvaise. Maintenant, dans cette véritable biographie magistrale, Janet Browne nous présente Darwin dans son intégralité. Avec une grande subtilité et compréhension, en utilisant une gamme de matériaux et de sujets dont elle est unique à pouvoir se servir, elle nous permet de voir Darwin et le monde de la science du XIXe siècle avec une clarté fascinante. Ce volume, le premier de deux, le suit de l'enfance et de l'université à travers le voyage du BEAGLE, qui l'a façonné en tant que scientifique, et les années d'expérimentation et de réflexion menant à sa difficile décision de publier L'ORIGINE DES ESPÈCES.",
    openalex = "W2103828688"
}

Dans Darwin's Fishes, Daniel Pauly présente une encyclopédie d'ichtyologie, d'écologie et d'évolution, basée sur tout ce que Charles Darwin a écrit sur les poissons. Les entrées sont organisées alphabétiquement et peuvent porter, par exemple, sur un taxon de poisson particulier, une partie anatomique, une substance chimique, un scientifique, un lieu, ou un concept évolutif ou écologique. Le lecteur peut commencer par où il veut et est ensuite guidé par une série de renvois croisés dans un voyage fascinant d'entrées interconnectées, chacune connectée indirectement ou directement aux écrits originaux de Darwin lui-même. Tout au long du parcours, le lecteur est offert une interprétation du matériel historique mis en contexte à la fois de l'époque de Darwin et de celle de la biologie et de l'écologie contemporaines. Ce livre est destiné à quiconque s'intéresse aux poissons, aux travaux de Charles Darwin, à la biologie évolutive et à l'écologie, et à l'histoire naturelle en général.

@book{doi101017cbo9780511606595,
    author = "Pauly, Daniel",
    title = "Darwin's Fishes",
    year = "2004",
    booktitle = "Cambridge University Press eBooks",
    abstract = "In Darwin's Fishes, Daniel Pauly presents an encyclopaedia of ichthyology, ecology and evolution, based upon everything that Charles Darwin ever wrote about fish. Entries are arranged alphabetically and can be about, for example, a particular fish taxon, an anatomical part, a chemical substance, a scientist, a place, or an evolutionary or ecological concept. The reader can start wherever they like and are then led by a series of cross-references on a fascinating voyage of interconnected entries, each indirectly or directly connected with original writings from Darwin himself. Along the way, the reader is offered interpretation of the historical material put in the context of both Darwin's time and that of contemporary biology and ecology. This book is intended for anyone interested in fishes, the work of Charles Darwin, evolutionary biology and ecology, and natural history in general.",
    url = "https://doi.org/10.1017/cbo9780511606595",
    doi = "10.1017/cbo9780511606595",
    openalex = "W2798312162",
    references = "doi101007bf00125793, doi1010160022519364900384, doi101017cbo9780511608551, doi101017cbo9781139171434009, doi101038scientificamerican117998, doi101126science1059199, doi1015159780691183978018, doi1015159780691207278, doi1023071982238, doi10432497802030907329, doi105962bhltitle27468"
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Résumé Cet essai est une histoire partielle du terme « darwinisme social ». En utilisant de grandes bases de données électroniques, il est démontré que l'utilisation de ce terme dans les principales revues académiques anglophones était rare jusqu'aux années 1940. Les citations de ce terme étaient généralement désapprobatrices envers les idéologies racistes ou impérialistes avec lesquelles il était associé. Ni Herbert Spencer ni William Graham Sumner n'étaient décrits comme des darwinistes sociaux dans cette littérature précoce. Talcott Parsons (1932, 1934, 1937) a étendu la signification du terme pour décrire tout usage étendu d'idées issues de la biologie dans les sciences sociales. Par la suite, Richard Hofstadter (1944) a donné un énorme élan à l'utilisation du terme, dans le contexte d'une guerre mondiale anti-fasciste.

@article{doi101111j14676443200400239x,
    author = "Hodgson, Geoffrey M.",
    title = "Social Darwinism in Anglophone Academic Journals: A Contribution to the History of the Term",
    year = "2004",
    journal = "Journal of Historical Sociology",
    abstract = "Résumé Cet essai est une histoire partielle du terme « darwinisme social ». En utilisant de grandes bases de données électroniques, il est démontré que l'utilisation de ce terme dans les principales revues académiques anglophones était rare jusqu'aux années 1940. Les citations de ce terme étaient généralement désapprobatrices envers les idéologies racistes ou impérialistes avec lesquelles il était associé. Ni Herbert Spencer ni William Graham Sumner n'étaient décrits comme des darwinistes sociaux dans cette littérature précoce. Talcott Parsons (1932, 1934, 1937) a étendu la signification du terme pour décrire tout usage étendu d'idées issues de la biologie dans les sciences sociales. Par la suite, Richard Hofstadter (1944) a donné un énorme élan à l'utilisation du terme, dans le contexte d'une guerre mondiale anti-fasciste.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1467-6443.2004.00239.x",
    doi = "10.1111/j.1467-6443.2004.00239.x",
    openalex = "W2149470921",
    references = "doi101017cbo9780511558481, doi101353jhi20000014, doi1021825philosophica82319"
}

@article{doi101007s1073900791268,
    author = "Fagan, Melinda Bonnie",
    title = "Wallace, Darwin, et la pratique de l'histoire naturelle",
    year = "2007",
    journal = "Journal of the History of Biology",
    url = "https://doi.org/10.1007/s10739-007-9126-8",
    doi = "10.1007/s10739-007-9126-8",
    openalex = "W2083088366",
    references = "doi101007bf00125793, doi101016s0169534797897923, doi10103710001000, doi10103712293000, doi101038369716c0, doi101111j109636421858tb02500x, doi101537ase188722495, doi1023072485224, doi102307jctvjsf433, doi105860choice396411, doi105860choice413408, openalexw2103828688"
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@article{doi101007s1140700790437,
    author = "Singleton, Mark",
    title = "Yoga, l'eugénisme et le darwinisme spirituel au début du vingtième siècle",
    year = "2007",
    journal = "International Journal of Hindu Studies",
    url = "https://doi.org/10.1007/s11407-007-9043-7",
    doi = "10.1007/s11407-007-9043-7",
    openalex = "W2106730738",
    references = "doi101353jhi20000014"
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Il est largement admis que Charles Darwin a évité de publier sa théorie de l'évolution pendant de nombreuses années. De nombreuses explications ont été proposées pour identifier les raisons ou les motifs de Darwin à cet égard. Cet essai démontre que le retard de Darwin est un thème historiographique récent pour lequel il n'existe aucune preuve claire, et qui est d'ailleurs largement contredit par les preuves historiques. Il est également montré que la croyance de Darwin en l'évolution n'était pas un secret avant la publication. Au lieu d'un homme effrayé par la révélation de sa théorie secrète à ses contemporains préjugés, il est démontré que Darwin était compréhensiblement très occupé et a commencé son livre sur les espèces lorsqu'il avait achevé les travaux en cours, tout comme il l'avait toujours prévu. Cet essai réécrit donc un chapitre fondamental de l'histoire de la vie et du travail de Darwin, tel qu'elle est généralement racontée.

@article{doi101098rsnr20060171,
    author = "van Wyhe, John",
    title = "Mind the gap : Darwin a-t-il évité de publier sa théorie de l'évolution pendant de nombreuses années ?",
    year = "2007",
    journal = "Notes and Records the Royal Society Journal of the History of Science",
    abstract = "Il est largement admis que Charles Darwin a évité de publier sa théorie de l'évolution pendant de nombreuses années. De nombreuses explications ont été proposées pour identifier les raisons ou les motifs de Darwin à cet égard. Cet essai démontre que le retard de Darwin est un thème historiographique récent pour lequel il n'existe aucune preuve claire, et qui est d'ailleurs largement contredit par les preuves historiques. Il est également montré que la croyance de Darwin en l'évolution n'était pas un secret avant la publication. Au lieu d'un homme effrayé par la révélation de sa théorie secrète à ses contemporains préjugés, il est démontré que Darwin était compréhensiblement très occupé et a commencé son livre sur les espèces lorsqu'il avait achevé les travaux en cours, tout comme il l'avait toujours prévu. Cet essai réécrit donc un chapitre fondamental de l'histoire de la vie et du travail de Darwin, tel qu'elle est généralement racontée.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rsnr.2006.0171",
    doi = "10.1098/rsnr.2006.0171",
    openalex = "W2124451761",
    references = "doi101017s0007087400026005"
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Depuis un quart de siècle, la tendance dominante en psychologie cognitive comparative a été de mettre l'accent sur les similitudes entre les esprits humains et non humains et de minimiser les différences comme étant « une question de degré et non de nature » (Darwin 1871). Dans l'article cible présent, nous soutenons que Darwin s'est trompé : la continuité biologique profonde entre les animaux humains et non humains masque une discontinuité tout aussi profonde entre les esprits humains et non humains. En d'autres termes, il existe une discontinuité significative dans la mesure à laquelle les animaux humains et non humains sont capables d'approcher les capacités d'ordre supérieur, systématiques et relationnelles d'un système de symboles physiques (PSS) (Newell 1980). Nous montrons que cette discontinuité symbolique-relationnelle imprègne presque tous les domaines de la cognition et va beaucoup plus loin que ce que le remarquable échafaudage fourni par le langage ou la culture seuls peuvent expliquer. Nous proposons une spécification au niveau de la représentation concernant les points où les capacités des animaux humains et non humains à approcher un PSS sont similaires et celles où elles diffèrent. Nous concluons en suggérant que les modèles récents de connexionnisme symbolique de la cognition jettent une nouvelle lumière sur les mécanismes qui sous-tendent l'écart entre les esprits humains et non humains.

@article{doi101017s0140525x08003543,
    author = "Penn, Derek C. et Holyoak, Keith J. et Povinelli, Daniel J.",
    title = "L'erreur de Darwin : Expliquer la discontinuité entre les esprits humains et non humains",
    year = "2008",
    journal = "Behavioral and Brain Sciences",
    abstract = {Depuis un quart de siècle, la tendance dominante en psychologie cognitive comparative a été de mettre l'accent sur les similitudes entre les esprits humains et non humains et de minimiser les différences comme étant « une question de degré et non de nature » (Darwin 1871). Dans l'article cible présent, nous soutenons que Darwin s'est trompé : la continuité biologique profonde entre les animaux humains et non humains masque une discontinuité tout aussi profonde entre les esprits humains et non humains. En d'autres termes, il existe une discontinuité significative dans la mesure à laquelle les animaux humains et non humains sont capables d'approcher les capacités d'ordre supérieur, systématiques et relationnelles d'un système de symboles physiques (PSS) (Newell 1980). Nous montrons que cette discontinuité symbolique-relationnelle imprègne presque tous les domaines de la cognition et va beaucoup plus loin que ce que le remarquable échafaudage fourni par le langage ou la culture seuls peuvent expliquer. Nous proposons une spécification au niveau de la représentation concernant les points où les capacités des animaux humains et non humains à approcher un PSS sont similaires et celles où elles diffèrent. Nous concluons en suggérant que les modèles récents de connexionnisme symbolique de la cognition jettent une nouvelle lumière sur les mécanismes qui sous-tendent l'écart entre les esprits humains et non humains.},
    url = "https://doi.org/10.1017/s0140525x08003543",
    doi = "10.1017/s0140525x08003543",
    openalex = "W2118450042",
    references = "doi101017s0140525x00076512, doi101017s0140525x0100396x, doi101017s0140525x99002149, doi1010370033295x1042211, doi10103711059000, doi10103712293000, doi101038nrn1180, doi10106313067010, doi101126science1098410, doi101126science1146282, doi101371journalpbio0050139, doi101537ase188722495, doi104159harvard9780674419131, doi105962bhltitle17416, doi107551mitpress52360010001, doi107551mitpress97802625146200010001, doi107551mitpress97802625273470010001, openalexw2531563875"
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Ce livre, le premier d'une trilogie détaillant la vie de Charles Darwin, publié cinq ans après sa mort, a été édité par son fils Francis, qui fut le collaborateur de son père dans les expériences de botanique et qui, après sa mort, a assumé la responsabilité de superviser la publication de ses manuscrits restants et de ses lettres. Dans l'avant-propos du premier volume, Francis Darwin explique ses principes éditoriaux : « En choisissant des lettres pour la publication, j'ai été largement guidé par le désir d'illustrer le caractère personnel de mon père. Mais sa vie fut essentiellement celle du travail, qu'il était impossible d'écrire l'histoire de l'homme sans suivre de près la carrière de l'auteur. » Parmi l'histoire familiale, les anecdotes et les souvenirs de collègues scientifiques se trouve un court essai autobiographique que Charles Darwin a écrit pour ses enfants et petits-enfants, plutôt que pour la publication. Ce récit de Darwin l'homme n'a jamais été surpassé.

@misc{darwin2009the,
    author = "Darwin, Charles",
    title = "The Life and Letters of Charles Darwin",
    year = "2009",
    abstract = "Ce livre, le premier d'une trilogie détaillant la vie de Charles Darwin, publié cinq ans après sa mort, a été édité par son fils Francis, qui fut le collaborateur de son père dans les expériences de botanique et qui, après sa mort, a assumé la responsabilité de superviser la publication de ses manuscrits restants et de ses lettres. Dans l'avant-propos du premier volume, Francis Darwin explique ses principes éditoriaux : « En choisissant des lettres pour la publication, j'ai été largement guidé par le désir d'illustrer le caractère personnel de mon père. Mais sa vie fut essentiellement celle du travail, qu'il était impossible d'écrire l'histoire de l'homme sans suivre de près la carrière de l'auteur. » Parmi l'histoire familiale, les anecdotes et les souvenirs de collègues scientifiques se trouve un court essai autobiographique que Charles Darwin a écrit pour ses enfants et petits-enfants, plutôt que pour la publication. Ce récit de Darwin l'homme n'a jamais été surpassé.",
    url = "https://doi.org/10.1017/cbo9780511702884",
    doi = "10.1017/cbo9780511702884",
    openalex = "W2159440094"
}

@article{doi101007s1073900992050,
    author = "Pearce, Trevor",
    title = "« Une grande complication des circonstances » – Darwin et l'économie de la nature",
    year = "2009",
    journal = "Journal of the History of Biology",
    url = "https://doi.org/10.1007/s10739-009-9205-0",
    doi = "10.1007/s10739-009-9205-0",
    openalex = "W2109061214",
    references = "doi101007bf00125354, doi101007bf00125744, doi101007bf00125793, doi101007bf00132004, doi101007bf00133143, doi101016s001600323892229x, doi101017ccol9780521403320, doi101111j109636421858tb02500x, doi105860choice304384, doi105962bhltitle39738, doi105962bhltitle50860, doi105962bhltitle59991, doi105962bhltitle82303, doi107326000348199622635, openalexw1986508432, openalexw2103828688, openalexw2798650415, openalexw52563376"
}

La carnivorie s'est développée de manière indépendante au moins six fois dans cinq ordres d'angiospermes. Malgré ces origines indépendantes, il existe une convergence morphologique remarquable des pièges des plantes carnivores et une convergence physiologique des mécanismes de digestion et d'assimilation des proies. Ces traits convergents ont fait des plantes carnivores des systèmes modèles pour aborder des questions en génétique moléculaire végétale, physiologie et écologie évolutive. De nouvelles données montrent que les genres de plantes carnivores dotés de pièges morphologiquement complexes ont des taux relatifs de substitutions génétiques plus élevés que ceux dotés de pièges collants simples. Cette observation suggère deux mécanismes alternatifs pour l'évolution et la diversification des lignées de plantes carnivores. L'hypothèse de l'énergétique postule une évolution morphologique rapide résultant de quelques changements dans les gènes régulateurs responsables de répondre aux fortes demandes énergétiques des pièges actifs. L'hypothèse de la capture prévisible de proies postule en outre que les pièges complexes produisent des captures de proies plus prévisibles et fréquentes. Pour évaluer ces hypothèses, les données disponibles sur le rythme et le mode de l'évolution des plantes carnivores ont été examinées ; les modèles de capture de proies par les plantes carnivores ont été analysés ; et les coûts et bénéfices énergétiques de la carnivorie botanique ont été réévalués. Collectivement, les données sont plus favorables à l'hypothèse de l'énergétique qu'à l'hypothèse de la capture prévisible de proies. L'hypothèse de l'énergétique est cohérente avec un modèle coûts-bénéfices phénoménologique pour l'évolution de la carnivorie botanique, et explique également les données suggérant que les plantes carnivores ont des coûts de construction foliaire et des relations d'échelle entre les traits foliaires substantiellement différents de ceux des plantes non carnivores.

@article{doi101093jxbern179,
    author = "Ellison, Aaron M. and Gotelli, Nicholas J.",
    title = "Énergétique et l'évolution des plantes carnivores — les « plantes les plus merveilleuses du monde »",
    year = "2009",
    journal = "Journal of Experimental Botany",
    abstract = "La carnivorie s'est développée de manière indépendante au moins six fois dans cinq ordres d'angiospermes. Malgré ces origines indépendantes, il existe une convergence morphologique remarquable des pièges des plantes carnivores et une convergence physiologique des mécanismes de digestion et d'assimilation des proies. Ces traits convergents ont fait des plantes carnivores des systèmes modèles pour aborder des questions en génétique moléculaire végétale, physiologie et écologie évolutive. De nouvelles données montrent que les genres de plantes carnivores dotés de pièges morphologiquement complexes ont des taux relatifs de substitutions génétiques plus élevés que ceux dotés de pièges collants simples. Cette observation suggère deux mécanismes alternatifs pour l'évolution et la diversification des lignées de plantes carnivores. L'hypothèse de l'énergétique postule une évolution morphologique rapide résultant de quelques changements dans les gènes régulateurs responsables de répondre aux fortes demandes énergétiques des pièges actifs. L'hypothèse de la capture prévisible de proies postule en outre que les pièges complexes produisent des captures de proies plus prévisibles et fréquentes. Pour évaluer ces hypothèses, les données disponibles sur le rythme et le mode de l'évolution des plantes carnivores ont été examinées ; les modèles de capture de proies par les plantes carnivores ont été analysés ; et les coûts et bénéfices énergétiques de la carnivorie botanique ont été réévalués. Collectivement, les données sont plus favorables à l'hypothèse de l'énergétique qu'à l'hypothèse de la capture prévisible de proies. L'hypothèse de l'énergétique est cohérente avec un modèle coûts-bénéfices phénoménologique pour l'évolution de la carnivorie botanique, et explique également les données suggérant que les plantes carnivores ont des coûts de construction foliaire et des relations d'échelle entre les traits foliaires substantiellement différents de ceux des plantes non carnivores.",
    url = "https://doi.org/10.1093/jxb/ern179",
    doi = "10.1093/jxb/ern179",
    openalex = "W2167953193",
    references = "doi105962bhltitle50683"
}

Les niveaux de différenciation génétique entre les populations peuvent être très variables à travers le génome, la sélection divergente contribuant à une telle divergence génomique hétérogène. Par exemple, les loci sous sélection divergente et ceux étroitement liés physiquement à eux peuvent présenter une différenciation plus forte que les régions neutres avec un faible ou nul lien avec de tels loci. La sélection divergente peut également augmenter la différenciation neutre à l'échelle du génome en réduisant les flux géniques (par exemple, en provoquant une spéciation écologique), favorisant ainsi la divergence via les effets stochastiques de la dérive génétique. Ces conséquences de la sélection divergente sont rapportées dans des études récemment accumulées qui identifient : (i) des « loci extrêmes » avec des niveaux de divergence plus élevés que prévu sous neutralité, et (ii) une association positive entre le degré de divergence phénotypique adaptative et les niveaux de différenciation génétique moléculaire entre paires de populations (« isolement par adaptation » (IBA)). Ce dernier motif apparaît car, lorsque la divergence adaptative augmente, le flux génique est réduit (favorisant ainsi la dérive) et le « surfing » génétique accru. Ici, nous passons en revue et intégrons ces concepts et littératures auparavant déconnectés. Nous constatons que les études rapportent généralement 5-10 % des loci comme étant extrêmes. Ces régions sélectionnées étaient souvent dispersées à travers le génome, présentaient couramment une divergence réplicée entre différentes paires de populations et pouvaient parfois être associées à des variables écologiques spécifiques. L'IBA n'était pas rarement observée, même aux loci neutres supposés non liés à ceux sous sélection divergente. Dans l'ensemble, nous concluons que la sélection divergente apporte des contributions diverses à la divergence génomique hétérogène. Néanmoins, le nombre, la taille et la distribution des régions génomiques affectées par la sélection variaient considérablement entre les études, nous amenant à discuter du rôle potentiel de la sélection divergente dans la croissance des régions de différenciation (c'est-à-dire les îlots génomiques de divergence), un sujet nécessitant des investigations futures.

@article{doi101111j1365294x200803946x,
    author = "Nosil, Patrik and Funk, Daniel J. and Ortíz-Barrientos, Daniel",
    title = "Divergent selection and heterogeneous genomic divergence",
    year = "2009",
    journal = "Molecular Ecology",
    abstract = "Levels of genetic differentiation between populations can be highly variable across the genome, with divergent selection contributing to such heterogeneous genomic divergence. For example, loci under divergent selection and those tightly physically linked to them may exhibit stronger differentiation than neutral regions with weak or no linkage to such loci. Divergent selection can also increase genome-wide neutral differentiation by reducing gene flow (e.g. by causing ecological speciation), thus promoting divergence via the stochastic effects of genetic drift. These consequences of divergent selection are being reported in recently accumulating studies that identify: (i) 'outlier loci' with higher levels of divergence than expected under neutrality, and (ii) a positive association between the degree of adaptive phenotypic divergence and levels of molecular genetic differentiation across population pairs ['isolation by adaptation' (IBA)]. The latter pattern arises because as adaptive divergence increases, gene flow is reduced (thereby promoting drift) and genetic hitchhiking increased. Here, we review and integrate these previously disconnected concepts and literatures. We find that studies generally report 5-10\% of loci to be outliers. These selected regions were often dispersed across the genome, commonly exhibited replicated divergence across different population pairs, and could sometimes be associated with specific ecological variables. IBA was not infrequently observed, even at neutral loci putatively unlinked to those under divergent selection. Overall, we conclude that divergent selection makes diverse contributions to heterogeneous genomic divergence. Nonetheless, the number, size, and distribution of genomic regions affected by selection varied substantially among studies, leading us to discuss the potential role of divergent selection in the growth of regions of differentiation (i.e. genomic islands of divergence), a topic in need of future investigation.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1365-294x.2008.03946.x",
    doi = "10.1111/j.1365-294x.2008.03946.x",
    openalex = "W2038837161",
    references = "doi101016jtree200502010, doi101016jtree200709008, doi101046j1365294x200301731x, doi101073pnas0502030102, doi101073pnas0506330102, doi101073pnas0509685103, doi101111j001438202006tb01143x, doi101111j00221112200400433x, doi101111j155856461989tb04237x, doi101146annureves16110185002141, doi101146annureves23110192001403, doi1023071435536, doi1023071439305"
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Même s'il n'était pas « un botaniste de profession », Charles Darwin a apporté des contributions fondamentales à la compréhension de la fonction florale et de l'inflorescence tout en cherchant des preuves d'adaptation par sélection naturelle. Cette revue examine l'héritage des idées de Darwin sous trois angles. Premièrement, nous examinons le processus d'adaptation florale et d'inflorescence en passant en revue des études sur la sélection phénotypique, l'héritabilité et les réponses à la sélection. Malgré une capacité phénotypique et génétique répandue pour la sélection naturelle, seulement un tiers des estimations indiquent une sélection phénotypique. Deuxièmement, nous évaluons des études expérimentales sur la fonction florale et d'inflorescence et constatons qu'elles démontrent généralement que les traits reproductifs représentent des adaptations. Enfin, nous considérons le rôle de l'adaptation dans la diversification florale. Malgré différents modes de diversification (coévolution, utilisation divergente du même vecteur pollinique, changements de pollinisateurs), les preuves d'écotypes de pollinisation et les modèles phylogénétiques suggèrent que l'adaptation contribue couramment à la diversité florale. Ainsi, cette revue révèle un contraste entre l'occurrence inconsistante de la sélection phénotypique et des preuves expérimentales et comparatives convaincantes que les traits floraux sont des adaptations. Plutôt que de rejeter les hypothèses de Darwin sur l'évolution florale, ce contraste suggère que le rythme de la sélection créative varie, avec une sélection forte et cohérente lors des épisodes de diversification, mais une sélection relativement faible et inconsistante pendant des périodes plus longues de « normale » stase phénotypique relative.

@article{doi101111j14698137200902914x,
    author = "Harder, Lawrence D. and Johnson, Steven D.",
    title = "Darwin's beautiful contrivances: evolutionary and functional evidence for floral adaptation",
    year = "2009",
    journal = "New Phytologist",
    abstract = "Although not 'a professed botanist', Charles Darwin made seminal contributions to understanding of floral and inflorescence function while seeking evidence of adaptation by natural selection. This review considers the legacy of Darwin's ideas from three perspectives. First, we examine the process of floral and inflorescence adaptation by surveying studies of phenotypic selection, heritability and selection responses. Despite widespread phenotypic and genetic capacity for natural selection, only one-third of estimates indicate phenotypic selection. Second, we evaluate experimental studies of floral and inflorescence function and find that they usually demonstrate that reproductive traits represent adaptations. Finally, we consider the role of adaptation in floral diversification. Despite different diversification modes (coevolution, divergent use of the same pollen vector, pollinator shifts), evidence of pollination ecotypes and phylogenetic patterns suggests that adaptation commonly contributes to floral diversity. Thus, this review reveals a contrast between the inconsistent occurrence of phenotypic selection and convincing experimental and comparative evidence that floral traits are adaptations. Rather than rejecting Darwin's hypotheses about floral evolution, this contrast suggests that the tempo of creative selection varies, with strong, consistent selection during episodes of diversification, but relatively weak and inconsistent selection during longer, 'normal' periods of relative phenotypic stasis.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1469-8137.2009.02914.x",
    doi = "10.1111/j.1469-8137.2009.02914.x",
    openalex = "W2142916221",
    references = "doi105962bhltitle50683"
}

Il est bien connu que Charles Darwin a esquissé des arbres abstraits de relations dans son carnet de 1837, et a représenté un arbre dans L'Origine des espèces (1859). Ici, j'essaie de placer les arbres de Darwin dans leur contexte historique. Au milieu du XVIIIe siècle, la Grande Chaîne de l'Être était de plus en plus considérée comme une description inadéquate de l'ordre dans la nature, et vers 1780, elle avait été largement abandonnée sans qu'une alternative satisfaisante n'ait été acceptée. En 1750, Donati a décrit les organismes aquatiques et terrestres comme formant un réseau, et quelques années plus tard, Buffon a représenté un réseau de relations généalogiques entre les races de chiens. En 1764, Bonnet s'est demandé si la Chaîne pouvait en réalité se diviser à certains points, et en 1766, Pallas a proposé que les gradations entre les organismes ressemblent à un arbre à tronc composé, peut-être pas très différent de l'arbre de la vie animale représenté plus tard par Eichwald. D'autres arbres ont été présentés par Augier en 1801 et par Lamarck en 1809 et 1815, ces deux derniers supposant une transmutation des espèces au fil du temps. Des réseaux complexes d'affinités entre les plantes et entre les animaux ont été représentés à la fin du XVIIIe siècle et au tout début du XIXe siècle. Dans les deux décennies immédiatement précédant 1837, les soi-disant affinités et/ou analogies entre les organismes ont été représentées par diverses figures géométriques. Des séries de fossiles végétaux et animaux dans des couches géologiques successives ont été représentées comme des arbres dans un manuel populaire de 1840, tandis qu'en 1858, Bronn a présenté un système d'animaux, tel qu'il est attesté par le registre fossile, sous la forme d'un arbre. L'arbre de 1859 de Darwin et ses développements ultérieurs par Haeckel ont fini par être acceptés dans de nombreuses, mais pas toutes, les domaines des sciences biologiques, tandis que les diagrammes de réseaux étaient utilisés dans d'autres. À partir du début des années 1960, les arbres ont été déduits des séquences de protéines et d'acides nucléiques, mais les réseaux ont été réintroduits au milieu des années 1990 pour représenter le transfert génétique latéral, de plus en plus considéré comme un mode fondamental d'évolution, du moins pour les bactéries et les archées. Dans un contexte historique, le Réseau de la Vie a donc précédé l'Arbre de la Vie et pourrait à nouveau le supplanter.

@article{doi10118617456150443,
    author = "Ragan, Mark A.",
    title = "Arbres et réseaux avant et après Darwin",
    year = "2009",
    journal = "Biology Direct",
    abstract = "Il est bien connu que Charles Darwin a esquissé des arbres abstraits de relations dans son carnet de 1837, et a représenté un arbre dans L'Origine des espèces (1859). Ici, j'essaie de placer les arbres de Darwin dans leur contexte historique. Au milieu du XVIIIe siècle, la Grande Chaîne de l'Être était de plus en plus considérée comme une description inadéquate de l'ordre dans la nature, et vers 1780, elle avait été largement abandonnée sans qu'une alternative satisfaisante n'ait été acceptée. En 1750, Donati a décrit les organismes aquatiques et terrestres comme formant un réseau, et quelques années plus tard, Buffon a représenté un réseau de relations généalogiques entre les races de chiens. En 1764, Bonnet s'est demandé si la Chaîne pouvait en réalité se diviser à certains points, et en 1766, Pallas a proposé que les gradations entre les organismes ressemblent à un arbre à tronc composé, peut-être pas très différent de l'arbre de la vie animale représenté plus tard par Eichwald. D'autres arbres ont été présentés par Augier en 1801 et par Lamarck en 1809 et 1815, ces deux derniers supposant une transmutation des espèces au fil du temps. Des réseaux complexes d'affinités entre les plantes et entre les animaux ont été représentés à la fin du XVIIIe siècle et au tout début du XIXe siècle. Dans les deux décennies immédiatement précédant 1837, les soi-disant affinités et/ou analogies entre les organismes ont été représentées par diverses figures géométriques. Des séries de fossiles végétaux et animaux dans des couches géologiques successives ont été représentées comme des arbres dans un manuel populaire de 1840, tandis qu'en 1858, Bronn a présenté un système d'animaux, tel qu'il est attesté par le registre fossile, sous la forme d'un arbre. L'arbre de 1859 de Darwin et ses développements ultérieurs par Haeckel ont fini par être acceptés dans de nombreuses, mais pas toutes, les domaines des sciences biologiques, tandis que les diagrammes de réseaux étaient utilisés dans d'autres. À partir du début des années 1960, les arbres ont été déduits des séquences de protéines et d'acides nucléiques, mais les réseaux ont été réintroduits au milieu des années 1990 pour représenter le transfert génétique latéral, de plus en plus considéré comme un mode fondamental d'évolution, du moins pour les bactéries et les archées. Dans un contexte historique, le Réseau de la Vie a donc précédé l'Arbre de la Vie et pourrait à nouveau le supplanter.",
    url = "https://doi.org/10.1186/1745-6150-4-43",
    doi = "10.1186/1745-6150-4-43",
    openalex = "W2089628129",
    references = "doi1041599780674042995, doi105962bhltitle104593, doi105962bhltitle40014"
}

@article{doi101007s1053901092137,
    author = "Mallet, James",
    title = "Pourquoi la vision de Darwin sur les espèces a été rejetée par les biologistes du vingtième siècle ?",
    year = "2010",
    journal = "Biology \& Philosophy",
    url = "https://doi.org/10.1007/s10539-010-9213-7",
    doi = "10.1007/s10539-010-9213-7",
    openalex = "W2142056223",
    references = "doi101007bf00125354, doi105962bhltitle94306"
}

La connexion complexe de Friedrich Nietzsche à Charles Darwin a été beaucoup explorée, et les opinions tant académiques que populaires ont tendance à supposer une convergence dans leur pensée. Dans cette étude, Dirk Johnson remet en question cette hypothèse et prend au sérieux le « anti-darwinisme » explicitement énoncé par Nietzsche lui-même. Il plaide pour l'importance de Darwin pour le développement de la philosophie de Nietzsche, mais il met l'accent sur le caractère antagoniste de leur relation et suggère que la critique mature de Nietzsche contre Darwin représente la clé pour comprendre sa position plus large (anti-)darwinienne. Il offre également une réinterprétation originale de la Généalogie de la morale, un texte longtemps considéré comme sympathique au naturalisme darwinien, mais qu'il soutient qu'il faut prendre comme la critique la plus sophistiquée de Nietzsche à la fois contre Darwin et ses disciples. Son livre plaira à tous ceux qui s'intéressent à la philosophie de Nietzsche et à son contexte culturel.

@book{doi101017cbo9780511762215,
    author = "Johnson, Dirk R.",
    title = "Nietzsche's Anti-Darwinism",
    year = "2010",
    booktitle = "Cambridge University Press eBooks",
    abstract = "La connexion complexe de Friedrich Nietzsche à Charles Darwin a été beaucoup explorée, et les opinions tant académiques que populaires ont tendance à supposer une convergence dans leur pensée. Dans cette étude, Dirk Johnson remet en question cette hypothèse et prend au sérieux le « anti-darwinisme » explicitement énoncé par Nietzsche lui-même. Il plaide pour l'importance de Darwin pour le développement de la philosophie de Nietzsche, mais il met l'accent sur le caractère antagoniste de leur relation et suggère que la critique mature de Nietzsche contre Darwin représente la clé pour comprendre sa position plus large (anti-)darwinienne. Il offre également une réinterprétation originale de la Généalogie de la morale, un texte longtemps considéré comme sympathique au naturalisme darwinien, mais qu'il soutient qu'il faut prendre comme la critique la plus sophistiquée de Nietzsche à la fois contre Darwin et ses disciples. Son livre plaira à tous ceux qui s'intéressent à la philosophie de Nietzsche et à son contexte culturel.",
    url = "https://doi.org/10.1017/cbo9780511762215",
    doi = "10.1017/cbo9780511762215",
    openalex = "W1504885575",
    references = "doi101007bf00125744, doi101007bf00351923, doi101017cbo9780511755101, doi101017s0007087400026005, doi101086201464, doi101111j146801491984tb01919x, doi101177007327538402200401, doi101537ase188722495, doi1023071432560, doi1023072026591, doi1023072092889, doi102307jctvjsf71g, doi107208chicago97802261495160010001, openalexw1508522130, openalexw1515814298"
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Depuis que Darwin a d'abord proposé que de nouvelles espèces pouvaient apparaître sans séparation géographique, les biologistes ont débattu de savoir si la divergence se produit ou non en présence d'échange génique. Aujourd'hui, nous comprenons que de nouvelles espèces peuvent diverger tout en échangeant des gènes, selon l'intensité de la sélection naturelle disruptive et les facteurs qui affectent les relations de liaison des gènes sous sélection disruptive. Ce mode de diversification—divergence avec flux génique—inclut la spéciation sympatrique, dans laquelle l'échange génique se produit dès le début de la divergence, et le contact secondaire suivant une période d'isolement géographique, ainsi que toutes sortes de situations dans lesquelles le flux génique se produit de manière intermittente. Ces dernières années, des outils statistiques ont été développés qui peuvent révéler l'action du flux génique pendant la divergence. Les modèles d'isolement avec migration (IM) incluent des paramètres pour la taille de la population, le moment de la séparation des populations et l'échange génique, et ils ont été utilisés de manière extensive pour estimer les niveaux d'échange génique. Une enquête sur les études qui ont utilisé ces modèles montre qu'une pluralité trouve peu de preuves de flux génique ; cependant, beaucoup rapportent un échange génique non nul.

@article{doi101146annurevecolsys102209144644,
    author = "Pinho, Catarina et Hey, Jody",
    title = "Divergence avec flux génique : Modèles et Données",
    year = "2010",
    journal = "Annual Review of Ecology Evolution and Systematics",
    abstract = "Depuis que Darwin a d'abord proposé que de nouvelles espèces pouvaient apparaître sans séparation géographique, les biologistes ont débattu de savoir si la divergence se produit ou non en présence d'échange génique. Aujourd'hui, nous comprenons que de nouvelles espèces peuvent diverger tout en échangeant des gènes, selon l'intensité de la sélection naturelle disruptive et les facteurs qui affectent les relations de liaison des gènes sous sélection disruptive. Ce mode de diversification—divergence avec flux génique—inclut la spéciation sympatrique, dans laquelle l'échange génique se produit dès le début de la divergence, et le contact secondaire suivant une période d'isolement géographique, ainsi que toutes sortes de situations dans lesquelles le flux génique se produit de manière intermittente. Ces dernières années, des outils statistiques ont été développés qui peuvent révéler l'action du flux génique pendant la divergence. Les modèles d'isolement avec migration (IM) incluent des paramètres pour la taille de la population, le moment de la séparation des populations et l'échange génique, et ils ont été utilisés de manière extensive pour estimer les niveaux d'échange génique. Une enquête sur les études qui ont utilisé ces modèles montre qu'une pluralité trouve peu de preuves de flux génique ; cependant, beaucoup rapportent un échange génique non nul.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev-ecolsys-102209-144644",
    doi = "10.1146/annurev-ecolsys-102209-144644",
    openalex = "W2116370454",
    references = "doi101007bf02101694, doi101017s0305004100009580, doi101093aibsbulletin2214b, doi101093genetics16297, doi101098rsta19220009, doi101111j146918091949tb02451x, doi101146annurevge22120188002513, doi1023071435536, doi102307jctvjsf433, doi105860choice396411"
}

@article{doi101016jshpsc201110014,
    author = "Richards, Robert J.",
    title = "Darwin's principles of divergence and natural selection: Why Fodor was almost right",
    year = "2011",
    journal = "Studies in History and Philosophy of Science Part C Studies in History and Philosophy of Biological and Biomedical Sciences",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.shpsc.2011.10.014",
    doi = "10.1016/j.shpsc.2011.10.014",
    openalex = "W2167106225",
    references = "doi101007bf00125793, doi101007bf00132004, doi101017cbo9781107280403, doi10103881288, doi101093aibsbulletin2214b, doi1023072260026, doi1023075113, doi105860choice380277, doi107208chicago97802267120550010001, openalexw1600651929, openalexw3146647032"
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Cet essai examine l'usage positif (ou théologie positive) de la théologie par Darwin dans la première édition de l'Origin of Species en trois étapes. Premièrement, l'essai analyse le langage théologique de l'Origin concernant l'accessibilité de Dieu, son honnêteté, ses méthodes de création, sa relation aux lois naturelles et son manque de responsabilité pour la souffrance naturelle ; l'essai soutient que Darwin a utilisé la théologie positive afin d'aider à justifier (et à éclairer) la descendance avec modification et à attaquer la création spéciale. Deuxièmement, l'essai offre une analyse critique de cette théologie, s'appuyant en partie sur les réflexions matures de Darwin pour suggérer que, d'un point de vue épistémique, la théologie positive de l'Origin manifeste plusieurs tensions internes. Enfin, l'essai réfléchit sur l'importance épistémique relative de la théologie positive dans le cas global de l'Origin pour l'évolution. L'essai conclut que cette théologie a servi de servante et de complice à la science de Darwin.

@article{doi101017s000708741100032x,
    author = "Dilley, Stephen",
    title = "Charles Darwin's use of theology in the Origin of Species",
    year = "2011",
    journal = "The British Journal for the History of Science",
    abstract = "Cet essai examine l'usage positif (ou théologie positive) de la théologie par Darwin dans la première édition de l'Origin of Species en trois étapes. Premièrement, l'essai analyse le langage théologique de l'Origin concernant l'accessibilité de Dieu, son honnêteté, ses méthodes de création, sa relation aux lois naturelles et son manque de responsabilité pour la souffrance naturelle ; l'essai soutient que Darwin a utilisé la théologie positive afin d'aider à justifier (et à éclairer) la descendance avec modification et à attaquer la création spéciale. Deuxièmement, l'essai offre une analyse critique de cette théologie, s'appuyant en partie sur les réflexions matures de Darwin pour suggérer que, d'un point de vue épistémique, la théologie positive de l'Origin manifeste plusieurs tensions internes. Enfin, l'essai réfléchit sur l'importance épistémique relative de la théologie positive dans le cas global de l'Origin pour l'évolution. L'essai conclut que cette théologie a servi de servante et de complice à la science de Darwin.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s000708741100032x",
    doi = "10.1017/s000708741100032x",
    openalex = "W2150950444",
    references = "doi101017s0007087400026005"
}

@article{doi101002aqc2458,
    author = "Schiller, Laurenne et Alava, Juan José et Grove, Jack S. et Reck, Günther et Pauly, Daniel",
    title = "The demise of Darwin's fishes : evidence of fishing down and illegal shark finning in the Galápagos Islands",
    year = "2014",
    journal = "Aquatic Conservation Marine and Freshwater Ecosystems",
    url = "https://doi.org/10.1002/aqc.2458",
    doi = "10.1002/aqc.2458",
    openalex = "W2148277392",
    references = "doi101017cbo9780511606595"
}

Ce volume fait partie de l'édition définitive des lettres écrites par et à Charles Darwin, le naturaliste le plus célèbre du XIXe siècle. Des notes et des annexes mettent ces lettres fascinantes et variées en contexte, rendant les lettres accessibles aux chercheurs et aux lecteurs généraux. Darwin a dépendu de la correspondance pour collecter des données du monde entier et discuter de ses idées émergentes avec des collègues scientifiques, dont beaucoup il n'a jamais rencontrés en personne. Les lettres sont publiées chronologiquement : le Volume 21 comprend des lettres de 1873, l'année où Darwin a reçu des réponses à son travail sur l'expression humaine et animale. Cette même année, Darwin a continué son travail sur les plantes carnivores et le mouvement des plantes, trouvant des similarités inattendues entre les règnes végétal et animal, a organisé une souscription pour son ami Thomas Henry Huxley, et a décidé d'employer pour la première fois un secrétaire scientifique - son fils Francis.

@book{doi101017cbo9781107280403,
    author = "Darwin, Charles",
    title = "The Correspondence of Charles Darwin",
    year = "2014",
    booktitle = "Cambridge University Press eBooks",
    abstract = "Ce volume fait partie de l'édition définitive des lettres écrites par et à Charles Darwin, le naturaliste le plus célèbre du XIXe siècle. Des notes et des annexes mettent ces lettres fascinantes et variées en contexte, rendant les lettres accessibles aux chercheurs et aux lecteurs généraux. Darwin a dépendu de la correspondance pour collecter des données du monde entier et discuter de ses idées émergentes avec des collègues scientifiques, dont beaucoup il n'a jamais rencontrés en personne. Les lettres sont publiées chronologiquement : le Volume 21 comprend des lettres de 1873, l'année où Darwin a reçu des réponses à son travail sur l'expression humaine et animale. Cette même année, Darwin a continué son travail sur les plantes carnivores et le mouvement des plantes, trouvant des similarités inattendues entre les règnes végétal et animal, a organisé une souscription pour son ami Thomas Henry Huxley, et a décidé d'employer pour la première fois un secrétaire scientifique - son fils Francis.",
    url = "https://doi.org/10.1017/cbo9781107280403",
    doi = "10.1017/cbo9781107280403",
    openalex = "W1575985639",
    references = "doi101038436643a, doi101073pnas97136947, doi101111j109636421858tb02500x, doi105962bhltitle154975"
}

Les débats récents sur la date d'envoi de l'« essai de Ternate » d'Alfred Russel Wallace à Charles Darwin au printemps 1858 ont ignoré certains détails qui, une fois pris en compte, modifient considérablement la question. Ici, un examen plus approfondi est fait de la question cruciale de savoir si la lettre accompagnant le manuscrit de Wallace représentait une réponse à la lettre de Darwin arrivée à Ternate le 9 mars ; il est conclu qu'il est très probable que ce ne soit pas le cas.

@article{doi101098rsnr20130057,
    author = "Smith, Charles H.",
    title = "Wallace, Darwin et Ternate 1858",
    year = "2014",
    journal = "Notes and Records, le journal de la Royal Society sur l'histoire des sciences",
    abstract = "Les débats récents sur la date d'envoi de l'« essai de Ternate » d'Alfred Russel Wallace à Charles Darwin au printemps 1858 ont ignoré certains détails qui, une fois pris en compte, modifient considérablement la question. Ici, un examen plus approfondi est fait de la question cruciale de savoir si la lettre accompagnant le manuscrit de Wallace représentait une réponse à la lettre de Darwin arrivée à Ternate le 9 mars ; il est conclu qu'il est très probable que ce ne soit pas le cas.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rsnr.2013.0057",
    doi = "10.1098/rsnr.2013.0057",
    openalex = "W2147679187",
    references = "doi101007s1206401301881"
}

En biologie évolutive, le terme « fitness darwinien » fait référence au succès reproductif tout au long de la vie d'un individu au sein d'une population de conspécifiques. L'idée d'un « démon darwinien » est née de ce concept et est définie ici comme un organisme qui commence à se reproduire presque immédiatement après la naissance, possède un fitness maximal et vit éternellement. Il a été soutenu que les lentilles d'eau (sous-famille Lemnoideae, ordre Alismatales), un groupe contenant cinq genres et 34 espèces de petites plantes monocotylédones aquatiques à plan corporel réduit, peuvent être interprétées comme des exemples de « démons darwiniens ». Ici, nous nous concentrons sur l'espèce Spirodela polyrhiza (grande lentille d'eau) et montrons que ces angiospermes aquatiques miniaturisés présentent des caractéristiques qui correspondent à la définition de l'organisme hypothétique que nous appellerons un « démon Darwin-Wallace » en reconnaissance des deux partisans du duel de l'évolution par sélection naturelle. Une analyse quantitative (graphique bivarié log-log de la croissance annuelle de la biomasse sèche versus la masse corporelle sèche totale de diverses algues vertes et plantes terrestres) a révélé que les lentilles d'eau sont jusqu'à présent les angiospermes qui croissent le plus rapidement par rapport à leur masse corporelle. À la lumière de cette découverte, nous discutons des théories du soma jetable et de l'optimisation métabolique, résumons les preuves pour et contre la proposition que les Lemnoideae (famille Araceae) reflètent un exemple d'évolution réductrice, et soutenons que, dans des conditions réelles (contraintes environnementales et autres limitations), les « démons Darwin-Wallace » ne peuvent pas exister, bien que le concept reste utile de la même manière que la loi de Hardy-Weinberg.

@article{doi101111plb12171,
    author = "Kutschera, U. et Niklas, Karl J.",
    title = "Darwin‐Wallace Demons : survie des plus rapides dans les populations de lentilles d'eau et l'histoire évolutive d'un groupe énigmatique d'angiospermes",
    year = "2014",
    journal = "Plant Biology",
    abstract = "En biologie évolutive, le terme « fitness darwinien » fait référence au succès reproductif tout au long de la vie d'un individu au sein d'une population de conspécifiques. L'idée d'un « démon darwinien » est née de ce concept et est définie ici comme un organisme qui commence à se reproduire presque immédiatement après la naissance, possède un fitness maximal et vit éternellement. Il a été soutenu que les lentilles d'eau (sous-famille Lemnoideae, ordre Alismatales), un groupe contenant cinq genres et 34 espèces de petites plantes monocotylédones aquatiques à plan corporel réduit, peuvent être interprétées comme des exemples de « démons darwiniens ». Ici, nous nous concentrons sur l'espèce Spirodela polyrhiza (grande lentille d'eau) et montrons que ces angiospermes aquatiques miniaturisés présentent des caractéristiques qui correspondent à la définition de l'organisme hypothétique que nous appellerons un « démon Darwin-Wallace » en reconnaissance des deux partisans du duel de l'évolution par sélection naturelle. Une analyse quantitative (graphique bivarié log-log de la croissance annuelle de la biomasse sèche versus la masse corporelle sèche totale de diverses algues vertes et plantes terrestres) a révélé que les lentilles d'eau sont jusqu'à présent les angiospermes qui croissent le plus rapidement par rapport à leur masse corporelle. À la lumière de cette découverte, nous discutons des théories du soma jetable et de l'optimisation métabolique, résumons les preuves pour et contre la proposition que les Lemnoideae (famille Araceae) reflètent un exemple d'évolution réductrice, et soutenons que, dans des conditions réelles (contraintes environnementales et autres limitations), les « démons Darwin-Wallace » ne peuvent pas exister, bien que le concept reste utile de la même manière que la loi de Hardy-Weinberg.",
    url = "https://doi.org/10.1111/plb.12171",
    doi = "10.1111/plb.12171",
    openalex = "W2043206849",
    references = "doi101007s1206401301872"
}

Cet essai soutient que, malgré l'opposition explicite à Darwin dans ses écrits, Nietzsche est considéré comme un darwinien tant par le public cultivé que, de plus en plus, par les philosophes analytiques anglo-saxons. En partie, le problème réside dans le fait que, bien que les chercheurs observent correctement l'influence de Spencer et Malthus, Roux et Haeckel — des noms couramment associés à Darwin — sur la pensée de Nietzsche, ils ne prêtent aucune attention à l'impact plus grand sur la pensée de Nietzsche d'Empédocle et d'autres scientifiques antiques. Nietzsche a formulé une condamnation convaincante des vues de Darwin, en outre, sur l'insight empirique qu'il y a plus de calme et d'abondance dans le monde naturel que ne le suppose l'humanité civilisée, avec ses fantasmes d'une nature rouge de dents et d'ongles. Nietzsche continue d'être associé à Darwin en raison du racisme de classe de Darwin, mais l'argument de Nietzsche était que la morale des esclaves travaille inéluctablement contre le triomphe du maître au profit de l'homme moyen (plutôt que de l'homme exceptionnel). Cette insight conduit à la vision de Nietzsche de l'« homme dernier », ou de l'être humain moralement esclave, et de ce qu'il appelait le Surhomme, ce qui, comme on le reconnaît insuffisamment, était un concept tiré de Lucien (IIe siècle) et utilisé satiriquement pour contraster l'abondance dionysienne avec des valeurs sociales vides qui promeuvent une compétition impitoyable pour des ressources supposément limitées.

@article{doi1012150961754x2732650,
    author = "Babich, Babette",
    title = "NIETZSCHE ET/OU/CONTRE DARWIN",
    year = "2014",
    journal = "Common Knowledge",
    abstract = "Cet essai soutient que, malgré l'opposition explicite à Darwin dans ses écrits, Nietzsche est considéré comme un darwinien tant par le public cultivé que, de plus en plus, par les philosophes analytiques anglo-saxons. En partie, le problème réside dans le fait que, bien que les chercheurs observent correctement l'influence de Spencer et Malthus, Roux et Haeckel — des noms couramment associés à Darwin — sur la pensée de Nietzsche, ils ne prêtent aucune attention à l'impact plus grand sur la pensée de Nietzsche d'Empédocle et d'autres scientifiques antiques. Nietzsche a formulé une condamnation convaincante des vues de Darwin, en outre, sur l'insight empirique qu'il y a plus de calme et d'abondance dans le monde naturel que ne le suppose l'humanité civilisée, avec ses fantasmes d'une nature rouge de dents et d'ongles. Nietzsche continue d'être associé à Darwin en raison du racisme de classe de Darwin, mais l'argument de Nietzsche était que la morale des esclaves travaille inéluctablement contre le triomphe du maître au profit de l'homme moyen (plutôt que de l'homme exceptionnel). Cette insight conduit à la vision de Nietzsche de l'« homme dernier », ou de l'être humain moralement esclave, et de ce qu'il appelait le Surhomme, ce qui, comme on le reconnaît insuffisamment, était un concept tiré de Lucien (IIe siècle) et utilisé satiriquement pour contraster l'abondance dionysienne avec des valeurs sociales vides qui promeuvent une compétition impitoyable pour des ressources supposément limitées.",
    url = "https://doi.org/10.1215/0961754x-2732650",
    doi = "10.1215/0961754x-2732650",
    openalex = "W2049571971",
    references = "doi101017cbo9780511762215"
}

Dans leurs discussions pionnières de l'arbre généalogique humain dans les années 1860 et 1870, Ernst Haeckel et Charles Darwin ont dû rendre compte à la fois de l'ascension des espèces et de leur diversification en races. Mais quelle était la cause et le motif de la diversification, et quand a-t-elle commencé ? Avons-nous d'abord atteint une humanité commune, que toutes les races partagent encore ? Ou avons-nous scindé comme des singes et dû trouver nos propres voies séparées et peut-être pas équivalentes pour devenir humains ? En utilisant des textes et des images de leurs œuvres principales, cet essai reconstitue les vues d'Haeckel et de Darwin sur ces points, les relie au débat monogéniste-polygéniste et les compare à la tentative de compromis d'Alfred Russel Wallace en 1864.

@article{doi105399uokonturen703523,
    author = "Gliboff, Sander",
    title = "Ascent, Descent, and Divergence: Darwin et Haeckel sur l'arbre généalogique humain",
    year = "2014",
    journal = "Konturen",
    abstract = "Dans leurs discussions pionnières de l'arbre généalogique humain dans les années 1860 et 1870, Ernst Haeckel et Charles Darwin ont dû rendre compte à la fois de l'ascension des espèces et de leur diversification en races. Mais quelle était la cause et le motif de la diversification, et quand a-t-elle commencé ? Avons-nous d'abord atteint une humanité commune, que toutes les races partagent encore ? Ou avons-nous scindé comme des singes et dû trouver nos propres voies séparées et peut-être pas équivalentes pour devenir humains ? En utilisant des textes et des images de leurs œuvres principales, cet essai reconstitue les vues d'Haeckel et de Darwin sur ces points, les relie au débat monogéniste-polygéniste et les compare à la tentative de compromis d'Alfred Russel Wallace en 1864.",
    url = "https://doi.org/10.5399/uo/konturen.7.0.3523",
    doi = "10.5399/uo/konturen.7.0.3523",
    openalex = "W2138198459",
    references = "doi101002sici109686442000051121129aidajpa1130co2k, doi1010079781349054527, doi101038098306b0, doi10129879780300268461022, doi1023072016062, doi1023072412825, doi1023073025211, doi102307jctvjsf433, doi105962bhltitle56969, openalexw111542321"
}

La possible appropriation de contenu par Charles Darwin à partir de l'« essai de Ternate » d'Alfred Russel Wallace de 1858 reste un sujet de discussion, malgré l'absence de preuves solides prouvant une erreur. Dans cette note, de nouvelles observations aident à clarifier un élément critique de l'histoire : si les matériaux de Wallace représentaient en partie une réponse à la lettre de Darwin datée du 22 décembre 1857. La conclusion est qu'ils n'en firent probablement pas, et qu'ils furent probablement envoyés en mars, et non en avril, 1858.

@article{doi101111bij12740,
    author = "Smith, Charles H.",
    title = "Did Wallace's Ternate essay and letter on natural selection come as a reply to Darwin's letter of 22 December 1857? A brief review",
    year = "2015",
    journal = "Biological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "Charles Darwin's possible misappropriation of content from Alfred Russel Wallace's ‘Ternate essay’ of 1858 remains a topic of discussion, despite a lack of solid evidence proving misadventure. In this note new observations help clarify one critical element of the story: whether Wallace's materials represented in part a reply to the Darwin letter dated 22 December 1857. The conclusion is that they very likely did not, and in turn probably were sent in March, not April, 1858.",
    url = "https://doi.org/10.1111/bij.12740",
    doi = "10.1111/bij.12740",
    openalex = "W2178914554",
    references = "doi101007s1206401301881"
}

La spéciation résulte de l'accumulation progressive de mutations qui diminuent la probabilité d'accouplement entre les populations parentales ou réduisent la fitness des hybrides - les soi-disant barrières d'espèces. Cependant, la littérature génomique sur la spéciation est principalement une collection d'études de cas, chacune ayant sa propre approche et ses spécificités, de sorte qu'une vue d'ensemble du processus graduel d'évolution d'une à deux espèces fait actuellement défaut. De première importance est la prévalence du flux génique entre les entités divergentes, ce qui est central dans la plupart des concepts d'espèces et a été largement discuté ces dernières années. Ici, nous explorons le continuum de la spéciation grâce à une analyse comparative de données génomiques provenant de 61 paires de populations/espèces d'animaux avec des niveaux de divergence variables. Le flux génique entre les pools génétiques divergents est évalué dans un cadre de calcul bayésien approximatif (ABC). Nous montrons que la zone intermédiaire « grise » de la spéciation, dans laquelle la taxonomie est souvent controversée, s'étend de 0,5 % à 2 % de divergence synonyme nette, indépendamment des traits d'histoire de vie ou de l'écologie des espèces. Grâce à un modélisation appropriée de la variation entre loci dans la dérive génétique et le taux d'introgression, nous clarifions le statut de la majorité des cas ambigus et mettons au jour un certain nombre d'espèces cryptiques. Notre analyse révèle également l'incidence élevée chez les animaux d'espèces semi-isolées (quand certains mais pas tous les loci sont affectés par des barrières au flux génique) et met en évidence la difficulté intrinsèque, à la fois statistique et conceptuelle, de délimiter les espèces dans la zone grise de la spéciation.

@article{doi101371journalpbio2000234,
    author = "Roux, Camille et Fraïssé, Christelle et Romiguier, Jonathan et Anciaux, Yoann et Galtier, Nicolas et Bierne, Nicolas",
    title = "Shedding Light on the Grey Zone of Speciation along a Continuum of Genomic Divergence",
    year = "2016",
    journal = "PLoS Biology",
    abstract = {La spéciation résulte de l'accumulation progressive de mutations qui diminuent la probabilité d'accouplement entre les populations parentales ou réduisent la fitness des hybrides - les soi-disant barrières d'espèces. Cependant, la littérature génomique sur la spéciation est principalement une collection d'études de cas, chacune ayant sa propre approche et ses spécificités, de sorte qu'une vue d'ensemble du processus graduel d'évolution d'une à deux espèces fait actuellement défaut. De première importance est la prévalence du flux génique entre les entités divergentes, ce qui est central dans la plupart des concepts d'espèces et a été largement discuté ces dernières années. Ici, nous explorons le continuum de la spéciation grâce à une analyse comparative de données génomiques provenant de 61 paires de populations/espèces d'animaux avec des niveaux de divergence variables. Le flux génique entre les pools génétiques divergents est évalué dans un cadre de calcul bayésien approximatif (ABC). Nous montrons que la zone intermédiaire « grise » de la spéciation, dans laquelle la taxonomie est souvent controversée, s'étend de 0,5\% à 2\% de divergence synonyme nette, indépendamment des traits d'histoire de vie ou de l'écologie des espèces. Grâce à un modélisation appropriée de la variation entre loci dans la dérive génétique et le taux d'introgression, nous clarifions le statut de la majorité des cas ambigus et mettons au jour un certain nombre d'espèces cryptiques. Notre analyse révèle également l'incidence élevée chez les animaux d'espèces semi-isolées (quand certains mais pas tous les loci sont affectés par des barrières au flux génique) et met en évidence la difficulté intrinsèque, à la fois statistique et conceptuelle, de délimiter les espèces dans la zone grise de la spéciation.},
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pbio.2000234",
    doi = "10.1371/journal.pbio.2000234",
    openalex = "W2949352374",
    references = "doi101007s1070901195473, doi101111mec12796"
}

@book{doi107208chicago97802264370640010001,
    author = "Richards, Evelleen",
    title = "Darwin et la genèse de la sélection sexuelle",
    year = "2016",
    url = "https://doi.org/10.7208/chicago/9780226437064.001.0001",
    doi = "10.7208/chicago/9780226437064.001.0001",
    openalex = "W2953459087"
}

@article{doi101007s112290171491z,
    author = "Ginnobili, Santiago et Blanco, Daniel",
    title = "Théories de la sélection naturelle de Wallace et de Darwin",
    year = "2017",
    journal = "Synthese",
    url = "https://doi.org/10.1007/s11229-017-1491-z",
    doi = "10.1007/s11229-017-1491-z",
    openalex = "W2735423098",
    references = "doi101007s1206401301881, doi101007s1206401301890, doi101016jshpsc201609004"
}

@article{doi101007s1319401701940,
    author = "Pence, Charles H. et Swaim, Daniel",
    title = "The economy of nature: the structure of evolution in Linnaeus, Darwin, and the modern synthesis",
    year = "2017",
    journal = "European Journal for Philosophy of Science",
    url = "https://doi.org/10.1007/s13194-017-0194-0",
    doi = "10.1007/s13194-017-0194-0",
    openalex = "W2773921459",
    references = "doi101353jhi20170032"
}

L'idée que Darwin a retardé la publication de sa théorie des espèces a longtemps occupé une place centrale dans son récit biographique. La notion d'un retard anxieux a atteint un apogée mélodramatique dans la biographie best-seller de 1991 d'Adrian Desmond et James Moore. L'œuvre acclamée de Janet Browne a minimisé le pathos mais a dépeint un Darwin quelque peu hésitant. En 2007, John van Wyhe a renversé ce tableau, arguant qu'il n'y avait aucune preuve à l'appui d'un retard secret et basé sur la peur. Contrairement à van Wyhe, cet essai suggère que Darwin n'était ouvert que de manière sélective et stratégique à sa croyance en la transmutation avant son projet sur les balanes. L'apparition en 1844 des Vestiges de l'histoire naturelle de la création, publié anonymement, fut l'une d'une série de coups qui ont poussé Darwin à réévaluer les exigences probatoires de sa théorie des espèces. Néanmoins, beaucoup dépend de la manière dont on interprète le projet sur les balanes. La décision de Darwin de s'attaquer à tout le groupe a garanti sa longue durée et a effectivement retardé son travail sur les espèces. Le projet sur les balanes ne pouvait pas être considéré comme une préparation nécessaire, car il n'a pas été entrepris pour résoudre les problèmes de la théorie des espèces. Les preuves et les aperçus que Darwin en a tirés étaient largement accidentels et sont venus après sa décision de s'attaquer à tout le groupe. Cependant, les motivations de crédibilisation qui y étaient à l'origine étaient alimentées par des doutes de soi générés par le terrain qui sont difficiles à séparer de la peur. Darwin a gagné la confiance dont il avait tant besoin grâce à cela et a été beaucoup plus ouvert à sa théorisation des espèces par la suite. Le projet a aidé Darwin à devenir la figure autoritaire dont il avait besoin.

@article{doi101086694183,
    author = "Buchanan, Roderick D. and Bradley, James",
    title = "« Darwin’s Delay »: A Reassessment of the Evidence",
    year = "2017",
    journal = "Isis",
    abstract = "L'idée que Darwin a retardé la publication de sa théorie des espèces a longtemps occupé une place centrale dans son récit biographique. La notion d'un retard anxieux a atteint un apogée mélodramatique dans la biographie best-seller de 1991 d'Adrian Desmond et James Moore. L'œuvre acclamée de Janet Browne a minimisé le pathos mais a dépeint un Darwin quelque peu hésitant. En 2007, John van Wyhe a renversé ce tableau, arguant qu'il n'y avait aucune preuve à l'appui d'un retard secret et basé sur la peur. Contrairement à van Wyhe, cet essai suggère que Darwin n'était ouvert que de manière sélective et stratégique à sa croyance en la transmutation avant son projet sur les balanes. L'apparition en 1844 des Vestiges de l'histoire naturelle de la création, publié anonymement, fut l'une d'une série de coups qui ont poussé Darwin à réévaluer les exigences probatoires de sa théorie des espèces. Néanmoins, beaucoup dépend de la manière dont on interprète le projet sur les balanes. La décision de Darwin de s'attaquer à tout le groupe a garanti sa longue durée et a effectivement retardé son travail sur les espèces. Le projet sur les balanes ne pouvait pas être considéré comme une préparation nécessaire, car il n'a pas été entrepris pour résoudre les problèmes de la théorie des espèces. Les preuves et les aperçus que Darwin en a tirés étaient largement accidentels et sont venus après sa décision de s'attaquer à tout le groupe. Cependant, les motivations de crédibilisation qui y étaient à l'origine étaient alimentées par des doutes de soi générés par le terrain qui sont difficiles à séparer de la peur. Darwin a gagné la confiance dont il avait tant besoin grâce à cela et a été beaucoup plus ouvert à sa théorisation des espèces par la suite. Le projet a aidé Darwin à devenir la figure autoritaire dont il avait besoin.",
    url = "https://doi.org/10.1086/694183",
    doi = "10.1086/694183",
    openalex = "W2754298487",
    references = "doi101016jshpsc201110014, doi101017s0269889703000772"
}

Lorsque nous lisons L'Origine, nous ne pouvons pas nous empêcher d'entendre des échos de La Richesse des nations. L'"économie de la nature" de Darwin présente une "division du travail" qui mène à la complexité et à la productivité. Cependant, nous ne devrions pas analyser l'éthique de Darwin à travers ce prisme. Darwin n'a pas puisé ses idées économiques chez Smith, ni fondé son éthique sur une base économique. L'éthique de Darwin repose sur la notion de Smith, issue de la Théorie des sentiments moraux, d'une faculté humaine innée de sympathie. Darwin a donné à cette faculté une interprétation évolutionniste et a construit sur cette base une éthique très éloignée de ce qui est communément supposé.

@article{doi101353jhi20170032,
    author = "Priest, Greg",
    title = "Charles Darwin's Theory of Moral Sentiments: What Darwin's Ethics Really Owes to Adam Smith",
    year = "2017",
    journal = "Journal of the History of Ideas",
    abstract = {When we read the Origin, we cannot help but hear echoes of the Wealth of Nations. Darwin's "economy of nature" features a "division of labour" that leads to complexity and productivity. We should not, however, analyze Darwin's ethics through this lens. Darwin did not draw his economic ideas from Smith, nor did he base his ethics on an economic foundation. Darwin's ethics rest on Smith's notion from the Theory of Moral Sentiments of an innate human faculty of sympathy. Darwin gave this faculty an evolutionary interpretation and built on this foundation an ethics far removed from what is commonly supposed.},
    url = "https://doi.org/10.1353/jhi.2017.0032",
    doi = "10.1353/jhi.2017.0032",
    openalex = "W2765791275",
    references = "doi101007bf00125744, doi101017cbo9780511701559, doi1015159781400873487009, doi1023072140787, doi105860choice365021, doi105860choice373850, doi105860choice391690, doi105860choice396411, doi105860choice416644, doi107208chicago97802261495160010001, openalexw2103828688"
}

Une comparaison des mécanismes évolutifs de Patrick Matthew, Charles Darwin et Alfred Wallace met en évidence leurs différences. Dans le schéma de Matthew, les catastrophes initient des périodes de radiation et de spéciation jusqu'à ce qu'un environnement entièrement peuplé entre dans la stase. Les catastrophes doivent d'abord exterminer les espèces concurrentes avant que les survivants ne puissent se radiationner dans des niches libres et se diversifier en nouvelles espèces. Dans la théorie précoce de Darwin, les conditions de vie, telles que celles prévalant sous l' domestication, doivent d'abord augmenter la variabilité d'une espèce avant que la sélection naturelle ne puisse la transformer. Dans la théorie mature de Darwin, la concurrence remplace les conditions comme le moteur principal du changement évolutif, et la spéciation sympatrique devient possible. La théorie de Wallace diffère à la fois de celle de Matthew et de celle de Darwin. La concurrence interspécifique n'est pas un frein arrêtant la transmutation (comme dans la théorie de Matthew) ni la concurrence intraspécifique un moteur suffisant pour elle. Bien que chaque théorie ait intégré la sélection naturelle avec la variabilité, la concurrence et les conditions changeantes de manières distinctes, chacune a permis la transmutation des espèces d'une manière ou d'une autre. Le résultat était similaire (transmutation), mais les mécanismes produisant ce résultat (l'intégration de la sélection naturelle avec la variabilité, la concurrence et le changement des conditions) différaient considérablement.

@article{doi101093biolinneanbly003,
    author = "Dagg, Joachim L.",
    title = "Comparing the respective transmutation mechanisms of Patrick Matthew, Charles Darwin and Alfred Wallace",
    year = "2018",
    journal = "Biological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "A comparison of the evolutionary mechanisms of Patrick Matthew, Charles Darwin and Alfred Wallace highlights their differences. In Matthew's scheme, catastrophes initiate periods of radiation and speciation until a fully stocked environment enters into stasis. Catastrophes first need to exterminate competing species before the survivors can radiate into free niches and diversify into new species. In Darwin's early theory, conditions of life, such as those prevailing under domestication, first need to increase the variability of a species before natural selection can transform it. In Darwin's mature theory, competition replaces conditions as the main drive behind evolutionary change, and sympatric speciation becomes possible. Wallace's theory differs from both Matthew's and Darwin's. Interspecific competition is not a brake halting transmutation (as in Matthew's theory) nor is intraspecific competition a sufficient drive for it. Although each theory integrated natural selection with variability, competition and changed conditions in distinct ways, each allowed for species transmutation somehow. The result was similar (transmutation), but the mechanisms yielding that result (the integration of natural selection with variability, competition and change in conditions) differed significantly.",
    url = "https://doi.org/10.1093/biolinnean/bly003",
    doi = "10.1093/biolinnean/bly003",
    openalex = "W2790459582",
    references = "doi101007s1073900791268, doi101016jshpsc201110014"
}

Résumé L'origine du livre de Charles Darwin Sur l'origine des espèces par la sélection naturelle, ou la préservation des races favorisées dans la lutte pour la vie (1859) est bien connue, et les modifications qu'il a subies dans les éditions ultérieures sont bien documentées. Cependant, moins est connu ou publié sur l'origine de son titre original et sur les sept modifications qu'il a subies par la suite. Ce titre original était beaucoup plus long que le titre du grand « Livre des Espèces » inachevé qui a précédé et inspiré L'origine : Sélection naturelle. Pourquoi Darwin a-t-il utilisé une version étendue de ce titre élégant et court pour L'origine ? Et quelle était la raison des modifications ultérieures ? Contrairement à ce qui est souvent affirmé ou sous-entendu, la critique de son éditeur, John Murray, n'offre pas la seule et certainement pas la réponse complète à cette dernière question.

@article{doi101098rsnr20180015,
    author = "Tanghe, Koen",
    title = "On The Origin of Species: The story of Darwin's title",
    year = "2018",
    journal = "Notes and Records the Royal Society Journal of the History of Science",
    abstract = "Résumé L'origine du livre de Charles Darwin Sur l'origine des espèces par la sélection naturelle, ou la préservation des races favorisées dans la lutte pour la vie (1859) est bien connue, et les modifications qu'il a subies dans les éditions ultérieures sont bien documentées. Cependant, moins est connu ou publié sur l'origine de son titre original et sur les sept modifications qu'il a subies par la suite. Ce titre original était beaucoup plus long que le titre du grand « Livre des Espèces » inachevé qui a précédé et inspiré L'origine : Sélection naturelle. Pourquoi Darwin a-t-il utilisé une version étendue de ce titre élégant et court pour L'origine ? Et quelle était la raison des modifications ultérieures ? Contrairement à ce qui est souvent affirmé ou sous-entendu, la critique de son éditeur, John Murray, n'offre pas la seule et certainement pas la réponse complète à cette dernière question.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rsnr.2018.0015",
    doi = "10.1098/rsnr.2018.0015",
    openalex = "W2888712149",
    references = "doi101016jshpsc201110014"
}

schéma arborescent qui serait plus tard connu sous le nom de "

@article{doi1028968cfttv4i229584,
    author = "Helmreich, Stefan",
    title = "Ghost Lineages, Ghost Acres, et le « Diagramme de la divergence des taxons » de Darwin dans L'Origine des espèces",
    year = "2018",
    journal = "Catalyst Feminism Theory Technoscience",
    abstract = {schéma arborescent qui serait plus tard connu sous le nom de "},
    url = "https://doi.org/10.28968/cftt.v4i2.29584",
    doi = "10.28968/cftt.v4i2.29584",
    openalex = "W2895813369",
    references = "doi101007bf00125354"
}

Résumé Darwin a longtemps été salué comme le père de la science du comportement, et encore plus aujourd'hui, avec la popularité croissante des psychologies évolutionnistes. C'est le premier livre à examiner les écrits étendus de Darwin sur les questions psychologiques. Il conclut que le pivot de Darwin était l'agence des êtres vivants — tant dans sa psychologie que dans sa théorie de l'évolution. Une lecture attentive des écrits de Darwin sur des sujets allant des plantes grimpantes aux bébés montre qu'aucune théorie de l'évolution basée sur l'individu ne peut tout expliquer concernant l'action humaine. Le domaine interpersonnel, la vie en groupe et la culture sont également essentiels, que nous considérions les dynamiques de la conscience, les expressions émotionnelles ou les drames du désir. Par exemple, Darwin soutient que l'anatomie et la physiologie des mouvements faciaux « sans but » de l'évolution acquièrent du sens grâce à leur perception par autrui. Son explication du rougissement ajoute une couche de complexité à cette reconnaissance — mon rougissement résulte de ma perception de la façon dont vous me lisez. Une dynamique réflexe similaire régit la façon dont Darwin comprend le désir sexuel, la conscience, l'établissement de normes sociales et la place de la culture dans l'agence humaine. Tester le pilier principal de la psychologie de Darwin — qu'une capacité d'interaction de groupe sous-tend les aspects les plus humains de l'agence humaine — a attendu la recherche contemporaine, étant récemment confirmé par des études cinématographiques sur les jeunes bébés. Les écrits de Darwin dessinent un domaine surprenamment bien doté pour l'élaboration d'un compte rendu socialisé et agentique de la façon dont nous et nos semblables vivons. De plus, Darwin se trouve à l'avant-garde des mouvements vers une biologie évolutionniste dans laquelle les organismes mènent et les gènes suivent.

@book{doi101093oso97801987082160010001,
    author = "Bradley, Ben",
    title = "Darwin's Psychology",
    year = "2020",
    abstract = "Résumé Darwin a longtemps été salué comme le père de la science du comportement, et encore plus aujourd'hui, avec la popularité croissante des psychologies évolutionnistes. C'est le premier livre à examiner les écrits étendus de Darwin sur les questions psychologiques. Il conclut que le pivot de Darwin était l'agence des êtres vivants — tant dans sa psychologie que dans sa théorie de l'évolution. Une lecture attentive des écrits de Darwin sur des sujets allant des plantes grimpantes aux bébés montre qu'aucune théorie de l'évolution basée sur l'individu ne peut tout expliquer concernant l'action humaine. Le domaine interpersonnel, la vie en groupe et la culture sont également essentiels, que nous considérions les dynamiques de la conscience, les expressions émotionnelles ou les drames du désir. Par exemple, Darwin soutient que l'anatomie et la physiologie des mouvements faciaux « sans but » de l'évolution acquièrent du sens grâce à leur perception par autrui. Son explication du rougissement ajoute une couche de complexité à cette reconnaissance — mon rougissement résulte de ma perception de la façon dont vous me lisez. Une dynamique réflexe similaire régit la façon dont Darwin comprend le désir sexuel, la conscience, l'établissement de normes sociales et la place de la culture dans l'agence humaine. Tester le pilier principal de la psychologie de Darwin — qu'une capacité d'interaction de groupe sous-tend les aspects les plus humains de l'agence humaine — a attendu la recherche contemporaine, étant récemment confirmé par des études cinématographiques sur les jeunes bébés. Les écrits de Darwin dessinent un domaine surprenamment bien doté pour l'élaboration d'un compte rendu socialisé et agentique de la façon dont nous et nos semblables vivons. De plus, Darwin se trouve à l'avant-garde des mouvements vers une biologie évolutionniste dans laquelle les organismes mènent et les gènes suivent.",
    url = "https://doi.org/10.1093/oso/9780198708216.001.0001",
    doi = "10.1093/oso/9780198708216.001.0001",
    openalex = "W3108073647",
    references = "doi101017bjt20178, doi101017s0007087400026005"
}

Notre article vise à mettre en lumière le rôle crucial que jouent les habitudes dans la théorie de l'évolution de Charles Darwin par le biais de la sélection naturelle. Nous avons organisé l'article en deux étapes : d'abord, nous analysons la valeur et les fonctions du concept d'habitude dans les premiers travaux de Darwin, notamment dans ses Notebooks, et comparons ces vues à sa compréhension mature du concept dans L'Origine des espèces et ses travaux ultérieurs ; ensuite, nous discutons des idées de Darwin sur les habitudes à la lumière des théories actuelles de l'héritage épigénétique, qui décrivent la manière dont le fonctionnement et l'expression des gènes sont modifiés par l'environnement, et comment ces modifications sont transmises d'une génération à l'autre. Nous soutenons que l'intérêt durable et multifacette de Darwin pour la notion d'habitude, tout au long de sa vie intellectuelle, est à la fois conceptuellement et méthodologiquement pertinent. D'un point de vue conceptuel, des similitudes intrigantes peuvent être trouvées entre la conception (précoce) de Darwin de l'habitude et les vues contemporaines sur l'héritage épigénétique. D'un point de vue méthodologique, nous suggérons que l'approche plastique de Darwin aux habitudes, de ses écrits précoces jusqu'aux travaux matures, peut fournir aux scientifiques évolutionnistes d'aujourd'hui un modèle méthodologique viable pour aborder la tâche difficile d'étendre et d'élargir la théorie de l'évolution, avec une référence particulière à l'intégration des mécanismes épigénétiques dans les modèles existants de changement évolutif. Tout au long de sa vie, Darwin a modifié et réévalué ses vues sur les habitudes autant de fois que nécessaire selon les preuves : son travail sur cette notion peut représenter le paradigme d'une habitude de bonne méthodologie de recherche scientifique.

@article{doi101007s40656021003769,
    author = "Portera, Mariagrazia et Mandrioli, Mauro",
    title = "Qui a peur de l'épigénétique ? Habitudes, instincts et théorie évolutionniste de Charles Darwin",
    year = "2021",
    journal = "History \& Philosophy of the Life Sciences",
    abstract = "Notre article vise à mettre en lumière le rôle crucial que jouent les habitudes dans la théorie de l'évolution de Charles Darwin par le biais de la sélection naturelle. Nous avons organisé l'article en deux étapes : d'abord, nous analysons la valeur et les fonctions du concept d'habitude dans les premiers travaux de Darwin, notamment dans ses Notebooks, et comparons ces vues à sa compréhension mature du concept dans L'Origine des espèces et ses travaux ultérieurs ; ensuite, nous discutons des idées de Darwin sur les habitudes à la lumière des théories actuelles de l'héritage épigénétique, qui décrivent la manière dont le fonctionnement et l'expression des gènes sont modifiés par l'environnement, et comment ces modifications sont transmises d'une génération à l'autre. Nous soutenons que l'intérêt durable et multifacette de Darwin pour la notion d'habitude, tout au long de sa vie intellectuelle, est à la fois conceptuellement et méthodologiquement pertinent. D'un point de vue conceptuel, des similitudes intrigantes peuvent être trouvées entre la conception (précoce) de Darwin de l'habitude et les vues contemporaines sur l'héritage épigénétique. D'un point de vue méthodologique, nous suggérons que l'approche plastique de Darwin aux habitudes, de ses écrits précoces jusqu'aux travaux matures, peut fournir aux scientifiques évolutionnistes d'aujourd'hui un modèle méthodologique viable pour aborder la tâche difficile d'étendre et d'élargir la théorie de l'évolution, avec une référence particulière à l'intégration des mécanismes épigénétiques dans les modèles existants de changement évolutif. Tout au long de sa vie, Darwin a modifié et réévalué ses vues sur les habitudes autant de fois que nécessaire selon les preuves : son travail sur cette notion peut représenter le paradigme d'une habitude de bonne méthodologie de recherche scientifique.",
    url = "https://doi.org/10.1007/s40656-021-00376-9",
    doi = "10.1007/s40656-021-00376-9",
    openalex = "W3127041822",
    references = "doi101007s406560150090x, doi1010160022519364900384, doi1010160022519364900396, doi101017cbo9781139171434, doi101038nature05913, doi101038nn3594, doi101073pnas0806560105, doi101086288419, doi101146annurevneuro29051605112851, doi1015159781400847266, doi103366edinburgh97814744457880010001, doi105860choice185702"
}

quel que soit le type ou la quantité de données manquantes. En résumé, notre logiciel résout un problème de longue date en génétique des populations appliquée et met en évidence l'importance de prendre correctement en compte les données manquantes dans les analyses de génétique des populations.

@article{doi1011111755099813326,
    author = "Korunes, Katharine L. et Samuk, Kieran",
    title = "pixy : Estimation sans biais de la diversité et de la divergence nucléotidiques en présence de données manquantes",
    year = "2021",
    journal = "Molecular Ecology Resources",
    abstract = "quel que soit le type ou la quantité de données manquantes. En résumé, notre logiciel résout un problème de longue date en génétique des populations appliquée et met en évidence l'importance de prendre correctement en compte les données manquantes dans les analyses de génétique des populations.",
    url = "https://doi.org/10.1111/1755-0998.13326",
    doi = "10.1111/1755-0998.13326",
    openalex = "W3123129704",
    references = "doi101093genetics762379, doi101111mec12796"
}

À propos du livre : Ce livre, écrit par les biographes modernes les plus célèbres de Darwin, offre une explication entièrement nouvelle de la raison pour laquelle il est arrivé à ses théories bouleversantes sur les origines de l'homme. Jusqu'à présent, Desmond et Moore soutiennent que la source du feu moral qui donne une telle intensité et urgence aux idées de Darwin a passé inaperçue. En examinant minutieusement les manuscrits et la correspondance de Darwin (publiés et non publiés) ainsi que ses carnets secrets, où se trouvent de nombreux indices, ils montrent que la clé pour déverrouiller le mystère de la façon dont un homme apparemment conservateur pouvait soutenir des opinions que ses contemporains considéraient à la fois radicales et bestiales résidait dans sa haine absolue de l'esclavage. Darwin's Sacred Cause sera l'une des principales contributions aux célébrations mondiales du centenaire de Darwin en 2009.

@incollection{doi10129879780300268461022,
    author = "Desmond, Adrian et Moore, James W.",
    title = "Darwin's Sacred Cause: Race Slavery and the Quest for Human Origins",
    year = "2022",
    booktitle = "Yale University Press eBooks",
    abstract = "À propos du livre : Ce livre, écrit par les biographes modernes les plus célèbres de Darwin, offre une explication entièrement nouvelle de la raison pour laquelle il est arrivé à ses théories bouleversantes sur les origines de l'homme. Jusqu'à présent, Desmond et Moore soutiennent que la source du feu moral qui donne une telle intensité et urgence aux idées de Darwin a passé inaperçue. En examinant minutieusement les manuscrits et la correspondance de Darwin (publiés et non publiés) ainsi que ses carnets secrets, où se trouvent de nombreux indices, ils montrent que la clé pour déverrouiller le mystère de la façon dont un homme apparemment conservateur pouvait soutenir des opinions que ses contemporains considéraient à la fois radicales et bestiales résidait dans sa haine absolue de l'esclavage. Darwin's Sacred Cause sera l'une des principales contributions aux célébrations mondiales du centenaire de Darwin en 2009.",
    url = "https://doi.org/10.12987/9780300268461-022",
    doi = "10.12987/9780300268461-022",
    openalex = "W1504163334"
}

Cet article vise à offrir une révision et une réinterprétation du problème théorique dans la théorie de Darwin où le principe de divergence et la compétition entre les êtres vivants sont mis en relation. À ce sujet, il y a eu deux interprétations fondamentales. La première est celle de ceux qui défendent que la divergence est favorisée car elle implique une réduction de la compétition à laquelle sont confrontés les êtres vivants qui se déplacent d'un niche écologique. D'un autre côté, certains plaident — bien que ce soit une position moins répandue — pour une interprétation dans laquelle la réduction de la compétition n'est pas l'avantage, mais plutôt la spécialisation, et par conséquent, l'augmentation de la compétitivité, c'est-à-dire, avoir de meilleurs outils ou capacités pour concourir. Dans cet article, cette dernière thèse est défendue, principalement soutenue par William Tammone, mais depuis une autre perspective et fondée sur d'autres arguments qui s'appuient sur la proposition de Trevor Pearce concernant la notion d'économie naturelle de Darwin.

@article{doi1034024prometeica20232714347,
    author = "Labrador-Montero, Daniel",
    title = "Darwin et le lien entre divergence et compétition",
    year = "2023",
    journal = "Prometeica - Revue de philosophie et de sciences",
    abstract = "Cet article vise à offrir une révision et une réinterprétation du problème théorique dans la théorie de Darwin où le principe de divergence et la compétition entre les êtres vivants sont mis en relation. À ce sujet, il y a eu deux interprétations fondamentales. La première est celle de ceux qui défendent que la divergence est favorisée car elle implique une réduction de la compétition à laquelle sont confrontés les êtres vivants qui se déplacent d'un niche écologique. D'un autre côté, certains plaident — bien que ce soit une position moins répandue — pour une interprétation dans laquelle la réduction de la compétition n'est pas l'avantage, mais plutôt la spécialisation, et par conséquent, l'augmentation de la compétitivité, c'est-à-dire, avoir de meilleurs outils ou capacités pour concourir. Dans cet article, cette dernière thèse est défendue, principalement soutenue par William Tammone, mais depuis une autre perspective et fondée sur d'autres arguments qui s'appuient sur la proposition de Trevor Pearce concernant la notion d'économie naturelle de Darwin.",
    url = "https://doi.org/10.34024/prometeica.2023.27.14347",
    doi = "10.34024/prometeica.2023.27.14347",
    openalex = "W4385365999",
    references = "doi101007s406560150090x"
}

@incollection{doi101007978303142629217,
    author = "Ceccarelli, David",
    title = "Redrawing the Boundaries of Darwinism: Addressing Darwin’s Endorsement of the Inheritance of Acquired Characteristics in Darwin’s Celebrations, 1909–1959–2009",
    year = "2024",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-031-42629-2\_17",
    doi = "10.1007/978-3-031-42629-2\_17",
    openalex = "W4402119653",
    references = "doi101007s1206401301890, doi101017s0007087400026005, doi101017s0007087405006977"
}

@article{doi101007s1073902409772w,
    author = "Anderson, Eric Burns",
    title = "Invasion on So Grand a Scale: Darwin, Lyell, and Invasive Species",
    year = "2024",
    journal = "Journal of the History of Biology",
    url = "https://doi.org/10.1007/s10739-024-09772-w",
    doi = "10.1007/s10739-024-09772-w",
    openalex = "W4395449839",
    references = "doi101016jshpsc201609004"
}

À la fin des années 1850, Charles Darwin et Alfred Russel Wallace avaient indépendamment formulé des théories similaires de l'évolution par sélection naturelle, mais ils ont divergé notablement dans leur traitement de la sélection artificielle. Cette différence, évidente dans leur présentation conjointe de 1858 à la Société Linneenne, a suscité un débat académique sur le fait qu'elle reflète une divergence profonde et durable ou une incompréhension plus superficielle. Je soutiens que cette différence reflète un désaccord substantiel, mais pas pour les raisons traditionnellement avancées. Je soutiens que, bien que Darwin et Wallace aient tous deux reconnu que la sélection artificielle pouvait conduire à (i) des traits façonnés par les préférences esthétiques, les caprices ou les tendances à la recherche de nouveauté des éleveurs humains, et (ii) des organismes hautement dépendants des environnements artificiels dans lesquels ils étaient cultivés, ils ont désaccordé sur le fait que la sélection naturelle pouvait produire des résultats comparables. Darwin pensait que la sélection naturelle pouvait, sous certaines conditions, produire des traits et des dépendances analogues à ceux observés chez les variétés domestiques, tandis que Wallace a nié que de telles parallèles pouvaient être établies. Cette différence, je soutiens, a du sens à la lumière de leurs projets et objectifs respectifs plus larges. Enfin, en abordant la question épineuse et connexe de savoir si Wallace a accepté l'argument par analogie de Darwin, je suis d'accord avec les recherches précédentes selon lesquelles Wallace aurait pu accepter la validité de l'analogie de Darwin, tant en 1858 qu'au moment où il a écrit Darwinism en 1889, car cela était cohérent avec ses autres engagements théoriques. Mais il a certainement questionné la désirabilité d'établir une telle analogie.

@article{doi101007s10739025098392,
    author = "Inkpen, S Andrew",
    title = "Pourquoi Darwin et Wallace ont désaccordé sur les variétés domestiques.",
    year = "2025",
    journal = "Journal of the history of biology",
    abstract = "À la fin des années 1850, Charles Darwin et Alfred Russel Wallace avaient indépendamment formulé des théories similaires de l'évolution par sélection naturelle, mais ils ont divergé notablement dans leur traitement de la sélection artificielle. Cette différence, évidente dans leur présentation conjointe de 1858 à la Société Linneenne, a suscité un débat académique sur le fait qu'elle reflète une divergence profonde et durable ou une incompréhension plus superficielle. Je soutiens que cette différence reflète un désaccord substantiel, mais pas pour les raisons traditionnellement avancées. Je soutiens que, bien que Darwin et Wallace aient tous deux reconnu que la sélection artificielle pouvait conduire à (i) des traits façonnés par les préférences esthétiques, les caprices ou les tendances à la recherche de nouveauté des éleveurs humains, et (ii) des organismes hautement dépendants des environnements artificiels dans lesquels ils étaient cultivés, ils ont désaccordé sur le fait que la sélection naturelle pouvait produire des résultats comparables. Darwin pensait que la sélection naturelle pouvait, sous certaines conditions, produire des traits et des dépendances analogues à ceux observés chez les variétés domestiques, tandis que Wallace a nié que de telles parallèles pouvaient être établies. Cette différence, je soutiens, a du sens à la lumière de leurs projets et objectifs respectifs plus larges. Enfin, en abordant la question épineuse et connexe de savoir si Wallace a accepté l'argument par analogie de Darwin, je suis d'accord avec les recherches précédentes selon lesquelles Wallace aurait pu accepter la validité de l'analogie de Darwin, tant en 1858 qu'au moment où il a écrit Darwinism en 1889, car cela était cohérent avec ses autres engagements théoriques. Mais il a certainement questionné la désirabilité d'établir une telle analogie.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41586977/",
    doi = "10.1007/s10739-025-09839-2",
    pmid = "41586977"
}