Diversification

Les études comparatives de la relation entre deux phénotypes, ou entre un phénotype et un environnement, sont souvent menées par des méthodes statistiques invalides. La plupart des méthodes de régression, de corrélation et de tableaux de contingence, y compris les méthodes non paramétriques, supposent que les points sont tirés indépendamment d'une distribution commune. Lorsque les espèces sont prises dans une phylogénie ramifiée, elles sont manifestement non indépendantes. L'utilisation d'une méthode statistique qui suppose l'indépendance entraînera une surestimation de la signification dans les tests d'hypothèses. Certains exemples illustratifs de ces phénomènes ont été donnés, et les limites des propositions précédentes de façons de corriger la non-indépendance ont été discutées. Une méthode de correction pour la phylogénie a été proposée. Elle exige que nous connaissions à la fois la topologie de l'arbre et les longueurs des branches, et que nous soyons disposés à laisser les caractères être modélisés par un mouvement brownien sur une échelle linéaire. Étant données ces conditions, la phylogénie spécifie un ensemble de contrastes entre espèces, des contrastes qui sont statistiquement indépendants et peuvent être utilisés dans des études de régression ou de corrélation. Les considérables obstacles à l'utilisation pratique de cette technique ont été discutés.

@article{doi101086284325,
    author = "Felsenstein, Joseph",
    title = "Phylogenies and the Comparative Method",
    year = "1985",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "Comparative studies of the relationship between two phenotypes, or between a phenotype and an environment, are frequently carried out by invalid statistical methods. Most regression, correlation, and contingency table methods, including nonparametric methods, assume that the points are drawn independently from a common distribution. When species are taken from a branching phylogeny, they are manifestly nonindependent. Use of a statistical method that assumes independence will cause overstatement of the significance in hypothesis tests. Some illustrative examples of these phenomena have been given, and limitations of previous proposals of ways to correct for the nonindependence have been discussed. A method of correcting for the phylogeny has been proposed. It requires that we know both the tree topology and the branch lengths, and that we be willing to allow the characters to be modeled by Brownian motion on a linear scale. Given these conditions, the phylogeny specifies a set of contrasts among species, contrasts that are statistically independent and can be used in regression or correlation studies. The considerable barriers to making practical use of this technique have been discussed.",
    url = "https://doi.org/10.1086/284325",
    doi = "10.1086/284325",
    openalex = "W2013410948",
    references = "doi101007bf01734359, doi101038290699a0, doi101038293057a0, doi101093sysbio274401, doi101111j155856461981tb04991x, doi101126science1864167892, doi101126science6407108, doi101146annureves14110183001525, openalexw191281502, openalexw3045142570"
}

Nous comparons deux grandes diversifications à long terme de familles d'animaux marins qui ont commencé pendant des périodes de faible diversité mais qui ont produit des nombres de phylums, de classes et d'ordres nettement différents. La première est la diversification du Paléozoïque inférieur (Vendien tardif-Ordovicien ; durée de 182 MY) et l'autre la phase Mésozoïque de la diversification post-Paléozoïque (durée de 183 MY). La diversification plus ancienne était associée à une grande explosion d'invention morphologique produisant de nombreux phylums, classes et ordres et affichant des taux d'origine de famille élevés par taxon. La diversification plus tardive manquait de morphologies nouvelles reconnues comme des phylums et des classes, a produit moins d'ordres et a affiché des taux d'apparition de famille par taxon plus faibles. La principale différence entre les diversifications semble être que la première a procédé à partir de portions relativement étroites de l'espace adaptatif, tandis que la seconde a procédé à partir d'espèces largement dispersées parmi les zones adaptatives et représentant une variété de plans corporels. Cette différence est censée expliquer les principales différences dans les produits de ces grandes radiations. Nos données soutiennent les modèles qui considèrent que l'opportunité évolutive est un facteur majeur dans l'issue des processus évolutifs.

@article{doi101111j155856461987tb02459x,
    author = "Erwin, Douglas H. et Valentine, James W. et Sepkoski, J. John",
    title = "A COMPARATIVE STUDY OF DIVERSIFICATION EVENTS: THE EARLY PALEOZOIC VERSUS THE MESOZOIC",
    year = "1987",
    journal = "Évolution",
    abstract = "Nous comparons deux grandes diversifications à long terme de familles d'animaux marins qui ont commencé pendant des périodes de faible diversité mais qui ont produit des nombres de phylums, de classes et d'ordres nettement différents. La première est la diversification du Paléozoïque inférieur (Vendien tardif-Ordovicien ; durée de 182 MY) et l'autre la phase Mésozoïque de la diversification post-Paléozoïque (durée de 183 MY). La diversification plus ancienne était associée à une grande explosion d'invention morphologique produisant de nombreux phylums, classes et ordres et affichant des taux d'origine de famille élevés par taxon. La diversification plus tardive manquait de morphologies nouvelles reconnues comme des phylums et des classes, a produit moins d'ordres et a affiché des taux d'apparition de famille par taxon plus faibles. La principale différence entre les diversifications semble être que la première a procédé à partir de portions relativement étroites de l'espace adaptatif, tandis que la seconde a procédé à partir d'espèces largement dispersées parmi les zones adaptatives et représentant une variété de plans corporels. Cette différence est censée expliquer les principales différences dans les produits de ces grandes radiations. Nos données soutiennent les modèles qui considèrent que l'opportunité évolutive est un facteur majeur dans l'issue des processus évolutifs.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1987.tb02459.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1987.tb02459.x",
    openalex = "W1964116332",
    references = "doi10100703064746897, doi101017s0094837300003778, doi101017s0094837300004930, doi101017s0094837300008186, doi101073pnas722646, doi101086628623, doi101093aesa383396, doi101126science2064415217, doi101126science21545391501, doi107312simp93764, openalexw2989049194, openalexw587905045, valentine1978a"
}

Douglas H. Erwin, James W. Valentine, J. John Sepkoski, Jr., A Comparative Study of Diversification Events: The Early Paleozoic Versus the Mesozoic, Évolution, Vol. 41, No. 6 (Nov., 1987), pp. 1177-1186

@article{doi1023072409086,
    author = "Erwin, Douglas H. et Valentine, James W. et Sepkoski, J. John",
    title = "A Comparative Study of Diversification Events: The Early Paleozoic Versus the Mesozoic",
    year = "1987",
    journal = "Évolution",
    abstract = "Douglas H. Erwin, James W. Valentine, J. John Sepkoski, Jr., A Comparative Study of Diversification Events: The Early Paleozoic Versus the Mesozoic, Évolution, Vol. 41, No. 6 (Nov., 1987), pp. 1177-1186",
    url = "https://doi.org/10.2307/2409086",
    doi = "10.2307/2409086",
    openalex = "W4232440558"
}

@misc{erwin1987a1,
    author = "Erwin, D. H. et Valentine, J. W. et Sepkoski, J. J",
    title = "Une étude comparative des événements de diversification",
    year = "1987",
    howpublished = "Le Paléozoïque précoce versus le Mésozoïque : Évolution, v. 141, p. 1177-1186",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Erwin, D. H., Valentine, J. W., et Sepkoski, J. J., 1987, Une étude comparative des événements de diversification : Le Paléozoïque précoce versus le Mésozoïque : Évolution, v. 141, p. 1177-1186.}"
}

Le postulat de Simpson selon lequel une diversification rapide suit l'entrée dans une nouvelle « zone adaptative » est fréquemment invoqué a posteriori pour des groupes de diversité inhabituelle. Le postulat peut être testé plus rigoureusement en définissant une zone adaptative selon des critères écologiques, indépendamment des groupes particuliers d'organismes. L'hypothèse de la zone adaptative prédit que si plusieurs lignées ont envahi une nouvelle zone adaptative, elles devraient être systématiquement plus diversifiées que leurs groupes sœurs (tout aussi anciens), lorsque ces derniers conservent le mode de vie plus primitif. L'alimentation par les plantes supérieures chez les insectes est une zone adaptative définie indépendamment et envahie à plusieurs reprises, à laquelle a été attribuée une accélération profonde du taux de diversification. Nous avons quantifié les preuves de cette hypothèse en comparant les groupes sœurs et la diversité spécifique de autant de groupes d'insectes phytophages que le permettent les preuves taxonomiques actuelles. Un test du signe a montré une association significative entre le taux de diversification et l'adoption du phytophagie. Les bases possibles d'artefacts pour cette tendance sont discutées et provisoirement rejetées. Nous discutons de plusieurs explications biologiques possibles pour cette association, y compris des modèles de phylogenèse soit dépendants soit indépendants du rôle écologique.

@article{doi101086284840,
    author = "Mitter, Charles et Farrell, Brian D. et Wiegmann, Brian M.",
    title = "The Phylogenetic Study of Adaptive Zones: Has Phytophagy Promoted Insect Diversification?",
    year = "1988",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = {Le postulat de Simpson selon lequel une diversification rapide suit l'entrée dans une nouvelle « zone adaptative » est fréquemment invoqué a posteriori pour des groupes de diversité inhabituelle. Le postulat peut être testé plus rigoureusement en définissant une zone adaptative selon des critères écologiques, indépendamment des groupes particuliers d'organismes. L'hypothèse de la zone adaptative prédit que si plusieurs lignées ont envahi une nouvelle zone adaptative, elles devraient être systématiquement plus diversifiées que leurs groupes sœurs (tout aussi anciens), lorsque ces derniers conservent le mode de vie plus primitif. L'alimentation par les plantes supérieures chez les insectes est une zone adaptative définie indépendamment et envahie à plusieurs reprises, à laquelle a été attribuée une accélération profonde du taux de diversification. Nous avons quantifié les preuves de cette hypothèse en comparant les groupes sœurs et la diversité spécifique de autant de groupes d'insectes phytophages que le permettent les preuves taxonomiques actuelles. Un test du signe a montré une association significative entre le taux de diversification et l'adoption du phytophagie. Les bases possibles d'artefacts pour cette tendance sont discutées et provisoirement rejetées. Nous discutons de plusieurs explications biologiques possibles pour cette association, y compris des modèles de phylogenèse soit dépendants soit indépendants du rôle écologique.},
    url = "https://doi.org/10.1086/284840",
    doi = "10.1086/284840",
    openalex = "W2142973105",
    references = "doi1010160305197885900559, doi101017cbo9780511623387, doi101017s0094837300003572, doi101017s009483730000508x, doi101017s0094837300005972, doi101038nature11631, doi101073pnas722646, doi101086284840, doi101086285258, doi101086627905, doi101093bioinformaticsbtm538, doi101093sysbio204406, doi101093sysbio233305, doi101093sysbiosyu070, doi101093sysbiosyu131, doi101093sysbiosyw022, doi101111j155856461964tb01674x, doi101111j2041210x201100169x, doi101146annureven26010181001031, doi101146annureves19110188001231, doi101371journalpone0089543, doi1023072405671, doi1023072412606, doi1023072806339, doi107312simp92414"
}

Résumé Depuis Darwin, il est devenu second nature pour les biologistes évolutionnistes de raisonner de manière comparative, car les comparaisons établissent la généralité des phénomènes évolutifs. Les grands génomes ralentissent-ils le développement ? Quels modes de vie sélectionnent de grands cerveaux ? Les taux d'extinction sont-ils liés à la taille du corps ? Ce sont toutes des questions pour la méthode comparative, et ce livre traite de la manière dont de telles questions peuvent être répondues. Le premier chapitre développe les questions appropriées pour l'approche comparative et montre comment elle complète d'autres approches de résolution de problèmes en évolution. Le deuxième chapitre identifie les causes biologiques de la similitude entre des espèces étroitement apparentées pour presque tout caractère observé. Le troisième chapitre discute des méthodes pour reconstruire les arbres phylogénétiques et les états ancestraux des caractères. Le quatrième chapitre vise à développer des tests statistiques qui détermineront si différents caractères existant dans des états discrets montrent des preuves d'évolution corrélée. Le chapitre 5 se tourne vers les analyses comparatives de caractères variant continuellement. Le chapitre 6 examine l'allométrie pour illustrer les thèmes et méthodes discutés précédemment, tandis que le dernier chapitre se penche sur le développement futur de l'approche comparative à la fois en biologie moléculaire et en biologie organismique.

@book{doi101093oso97801985464120010001,
    author = "Harvey, Paul et Pagel, Mark",
    title = "The Comparative Method in Evolutionary Biology",
    year = "1991",
    abstract = "Résumé Depuis Darwin, il est devenu second nature pour les biologistes évolutionnistes de raisonner de manière comparative, car les comparaisons établissent la généralité des phénomènes évolutifs. Les grands génomes ralentissent-ils le développement ? Quels modes de vie sélectionnent de grands cerveaux ? Les taux d'extinction sont-ils liés à la taille du corps ? Ce sont toutes des questions pour la méthode comparative, et ce livre traite de la manière dont de telles questions peuvent être répondues. Le premier chapitre développe les questions appropriées pour l'approche comparative et montre comment elle complète d'autres approches de résolution de problèmes en évolution. Le deuxième chapitre identifie les causes biologiques de la similitude entre des espèces étroitement apparentées pour presque tout caractère observé. Le troisième chapitre discute des méthodes pour reconstruire les arbres phylogénétiques et les états ancestraux des caractères. Le quatrième chapitre vise à développer des tests statistiques qui détermineront si différents caractères existant dans des états discrets montrent des preuves d'évolution corrélée. Le chapitre 5 se tourne vers les analyses comparatives de caractères variant continuellement. Le chapitre 6 examine l'allométrie pour illustrer les thèmes et méthodes discutés précédemment, tandis que le dernier chapitre se penche sur le développement futur de l'approche comparative à la fois en biologie moléculaire et en biologie organismique.",
    url = "https://doi.org/10.1093/oso/9780198546412.001.0001",
    doi = "10.1093/oso/9780198546412.001.0001",
    openalex = "W4388245928"
}

La méthode comparative pour étudier l'adaptation pourquoi se soucier de la phylogénie ? reconstruction d'arbres phylogénétiques et états ancestraux des caractères analyse comparative de données discrètes analyse comparative de variables continues détermination de la forme des relations comparatives.

@article{doi105860choice295104,
    title = "The comparative method in evolutionary biology",
    year = "1992",
    journal = "Choice Reviews Online",
    abstract = "The comparative method for studying adaptation why worry about phylogeny? reconstructing phylogenetic trees and ancestral character states comparative analysis of discrete data comparative analysis of continuous variables determining the form of comparative relationships.",
    url = "https://doi.org/10.5860/choice.29-5104",
    doi = "10.5860/choice.29-5104",
    openalex = "W1488393970"
}

Une étude paléoécologique des faunes d'invertébrés de trois mers successives du Trias inférieur révèle que la récupération biotique suite à l'événement d'extinction de masse du Permien terminal fut lente, et que la récupération complète ne s'est produite qu'après le Trias inférieur. Des généralistes opportunistes simples, cosmopolites et à faible diversité, ainsi que des paléocénoses à faible diversité et faible complexité, étaient caractéristiques de l'ensemble du Trias inférieur dans l'ouest des États-Unis. Une augmentation de la diversité des guildes et de la diversité taxonomique a été observée avec l'ajout de plusieurs nouveaux taxons supérieurs au Trias inférieur tardif (Spathien) aux faunes presque exclusivement mollusques du Trias inférieur plus ancien (Nammalien). Les formes potentielles de « catastrophe » (le brachiopode inarticulé, Lingula, et le pecten en papier, Claraia) ont dominé les faunes du Trias inférieur le plus ancien (Griesbachien) et sont même apparues au Trias inférieur tardif (stromatolites marins normaux). La comparaison avec les données sur les faunes du Permien et du Trias suggère que même les faunes du Trias inférieur les plus diversifiées (au Spathien) présentaient une diversité de guildes et une richesse spécifique plutôt faibles. Ces caractéristiques des genres et des paléocénoses au Trias inférieur peuvent être typiques des suites d'événements d'extinction de masse.

@article{doi101016003101829400093n,
    author = "Schubert, Jennifer K. and Bottjer, David J.",
    title = "Aftermath of the Permian-Triassic mass extinction event: Paleoecology of Lower Triassic carbonates in the western USA",
    year = "1995",
    journal = "Palaeogeography Palaeoclimatology Palaeoecology",
    abstract = "Paleoecologic study of invertebrate faunas from three successive Early Triassic seaways reveals that biotic recovery from the end-Permian mass extinction event was slow, and that full recovery did not occur until after the Early Triassic. Simple, cosmopolitan, opportunistic generalists, and low-diversity, low-complexity paleocommunities were characteristic of the entire Early Triassic in the Western USA. An increase in guild and taxonomic diversity was observed with the addition of several new higher taxa in the late Early Triassic (Spathian) to the almost exclusively molluscan faunas of the earlier Early Triassic (Nammalian). Potential “disaster forms” (the inarticulate brachiopod, Lingula, and the paper pecten, Claraia) dominated the earliest Early Triassic faunas (Griesbachian) and even occurred in the late Early Triassic (normal marine stromatolites). Comparison with data on faunas from the Permian and Triassic suggests that even the most diverse Early Triassic faunas (in the Spathian) were rather low in guild diversity and species richness. These characteristics of genera and paleocommunities in the Early Triassic may be typical of mass extinction aftermaths.",
    url = "https://doi.org/10.1016/0031-0182(94)00093-n",
    doi = "10.1016/0031-0182(94)00093-n",
    openalex = "W2061526312",
    references = "doi1010079781475707403, doi101007978364270831215, doi1010079783642758294, doi101007bfb0011152, doi1010160031018281900924, doi101017cbo9780511735769004, doi101017s0094837300011787, doi101038367231a0, doi101126science2164542173, doi101306212f89c22b2411d78648000102c1865d, doi1023071483846, doi1023072406301, doi1023072409086, doi105860choice295709, doi105860choice312127, openalexw1549886310, openalexw1590447055, openalexw2989049194"
}

L'analyse du registre fossile des microbes, algues, champignons, protistes, plantes et animaux montre que la diversité de la vie marine et continentale a augmenté de manière exponentielle depuis la fin du Précambrien. Cette diversification a été interrompue par des extinctions de masse, dont les plus importantes se sont produites au Cambrien inférieur, Ordovicien supérieur, Dévonien supérieur, Permien supérieur, Trias inférieur, Trias supérieur et Crétacé terminal. La plupart de ces extinctions ont touché à la fois les organismes marins et continentaux. En ce qui concerne la périodicité des extinctions de masse, aucun appui n'a été trouvé : sept pics d'extinction de masse au cours des 250 derniers millions d'années sont espacés de 20 à 60 millions d'années.

@article{doi101126science7701342,
    author = "Benton, Michael J.",
    title = "Diversification et extinction dans l'histoire de la vie",
    year = "1995",
    journal = "Science",
    abstract = "L'analyse du registre fossile des microbes, algues, champignons, protistes, plantes et animaux montre que la diversité de la vie marine et continentale a augmenté de manière exponentielle depuis la fin du Précambrien. Cette diversification a été interrompue par des extinctions de masse, dont les plus importantes se sont produites au Cambrien inférieur, Ordovicien supérieur, Dévonien supérieur, Permien supérieur, Trias inférieur, Trias supérieur et Crétacé terminal. La plupart de ces extinctions ont touché à la fois les organismes marins et continentaux. En ce qui concerne la périodicité des extinctions de masse, aucun appui n'a été trouvé : sept pics d'extinction de masse au cours des 250 derniers millions d'années sont espacés de 20 à 60 millions d'années.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.7701342",
    doi = "10.1126/science.7701342",
    openalex = "W2010154591",
    references = "doi1010029781444313918, doi101017s0094837300005972, doi101017s0094837300006539, doi101017s0094837300008186, doi101038293435a0, doi101038303614a0, doi101073pnas813801, doi101111j109600311988tb00514x, doi101111j155856461987tb02459x, doi101126science11536548, doi101126science13334591105, doi101126science17740541065, doi101126science21545391501, doi101126science2605108640, doi1023072409086, doi105860choice284524, openalexw1599677799, openalexw2989049194"
}

Les études comparatives tendent à différer des études d'optimalité et de fonctionnalité dans la manière dont elles traitent l'adaptation. Alors que l'approche comparative se concentre sur l'origine et le changement des traits, les études d'optimalité supposent que les adaptations sont maintenues à un optimum par la sélection stabilisatrice. Cet article présente un modèle d'évolution adaptative à l'échelle du temps macroévolutif qui inclut le maintien des traits aux optima adaptatifs par la sélection stabilisatrice en tant que force évolutive dominante. La variation interspécifique est traitée comme une variation dans la position des optima adaptatifs. Le modèle illustre comment les contraintes phylogénétiques ne conduisent pas seulement à des corrélations entre les espèces phylogénétiquement apparentées, mais aussi à des adaptations imparfaites. À partir de ce modèle, une méthode comparative statistique est dérivée qui peut être utilisée pour estimer l'effet d'un facteur sélectif sur les optima adaptatifs d'une manière qui serait cohérente avec une étude d'optimalité de l'adaptation à ce facteur. La méthode est illustrée par une analyse de l'évolution dentaire chez les chevaux fossiles. L'utilisation de méthodes comparatives pour étudier les tendances évolutives est également discutée.

@article{doi101111j155856461997tb01457x,
    author = "Hansen, Thomas F.",
    title = "SÉLECTION STABILISATRICE ET L'ANALYSE COMPARATIVE DE L'ADAPTATION",
    year = "1997",
    journal = "Évolution",
    abstract = "Les études comparatives tendent à différer des études d'optimalité et de fonctionnalité dans la manière dont elles traitent l'adaptation. Alors que l'approche comparative se concentre sur l'origine et le changement des traits, les études d'optimalité supposent que les adaptations sont maintenues à un optimum par la sélection stabilisatrice. Cet article présente un modèle d'évolution adaptative à l'échelle du temps macroévolutif qui inclut le maintien des traits aux optima adaptatifs par la sélection stabilisatrice en tant que force évolutive dominante. La variation interspécifique est traitée comme une variation dans la position des optima adaptatifs. Le modèle illustre comment les contraintes phylogénétiques ne conduisent pas seulement à des corrélations entre les espèces phylogénétiquement apparentées, mais aussi à des adaptations imparfaites. À partir de ce modèle, une méthode comparative statistique est dérivée qui peut être utilisée pour estimer l'effet d'un facteur sélectif sur les optima adaptatifs d'une manière qui serait cohérente avec une étude d'optimalité de l'adaptation à ce facteur. La méthode est illustrée par une analyse de l'évolution dentaire chez les chevaux fossiles. L'utilisation de méthodes comparatives pour étudier les tendances évolutives est également discutée.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1997.tb01457.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1997.tb01457.x",
    openalex = "W2328578724",
    references = "doi10100703064746897, doi101017s009483730001157x, doi101086286013, doi101093aesa383396, doi101111j1469185x1988tb00630x, doi101111j155856461979tb04694x, doi1023071446122, doi105860choice304997"
}

Le modélisation comparative prédit la structure tridimensionnelle d'une séquence protéique donnée (cible) principalement sur la base de son alignement avec une ou plusieurs protéines de structure connue (modèles). Le processus de prédiction comprend l'attribution de repliement, l'alignement cible-modèle, la construction du modèle et l'évaluation du modèle. Le nombre de séquences protéiques qui peuvent être modélisées et la précision des prédictions augmentent régulièrement en raison de la croissance du nombre de structures protéiques connues et des améliorations du logiciel de modélisation. Des avancées supplémentaires sont nécessaires pour reconnaître les faibles similarités séquence-structure, aligner des séquences avec des structures, modéliser les déplacements de corps rigides, les distorsions, les boucles et les chaînes latérales, ainsi que détecter les erreurs dans un modèle. Malgré ces problèmes, il est actuellement possible de modéliser avec une précision utile des parties significatives d'environ un tiers de toutes les séquences protéiques connues. L'utilisation de modèles comparatifs individuels en biologie est déjà rentable et de plus en plus répandue. Un nouveau défi majeur pour la modélisation comparative est l'intégration de celle-ci avec les torrents de données provenant de projets de séquençage génomique ainsi que de la génomique fonctionnelle et structurale. En particulier, il y a un besoin de développer un pipeline de modélisation comparative automatisé, rapide, robuste, sensible et précis applicable aux génomes entiers. Une telle modélisation à grande échelle est susceptible d'encourager de nouveaux types d'applications pour les nombreux modèles résultants, basés sur leur grand nombre et leur exhaustivité au niveau de la famille, de l'organisme ou du réseau fonctionnel.

@article{doi101146annurevbiophys291291,
    author = "Martı́-Renom, Marc A. et Stuart, Ashley C. et Fiser, András et Sánchez, Roberto et Melo, Francisco et Săli, Andrej",
    title = "Comparative Protein Structure Modeling of Genes and Genomes",
    year = "2000",
    journal = "Annual Review of Biophysics and Biomolecular Structure",
    abstract = "Le modélisation comparative prédit la structure tridimensionnelle d'une séquence protéique donnée (cible) principalement sur la base de son alignement avec une ou plusieurs protéines de structure connue (modèles). Le processus de prédiction comprend l'attribution de repliement, l'alignement cible-modèle, la construction du modèle et l'évaluation du modèle. Le nombre de séquences protéiques qui peuvent être modélisées et la précision des prédictions augmentent régulièrement en raison de la croissance du nombre de structures protéiques connues et des améliorations du logiciel de modélisation. Des avancées supplémentaires sont nécessaires pour reconnaître les faibles similarités séquence-structure, aligner des séquences avec des structures, modéliser les déplacements de corps rigides, les distorsions, les boucles et les chaînes latérales, ainsi que détecter les erreurs dans un modèle. Malgré ces problèmes, il est actuellement possible de modéliser avec une précision utile des parties significatives d'environ un tiers de toutes les séquences protéiques connues. L'utilisation de modèles comparatifs individuels en biologie est déjà rentable et de plus en plus répandue. Un nouveau défi majeur pour la modélisation comparative est l'intégration de celle-ci avec les torrents de données provenant de projets de séquençage génomique ainsi que de la génomique fonctionnelle et structurale. En particulier, il y a un besoin de développer un pipeline de modélisation comparative automatisé, rapide, robuste, sensible et précis applicable aux génomes entiers. Une telle modélisation à grande échelle est susceptible d'encourager de nouveaux types d'applications pour les nombreux modèles résultants, basés sur leur grand nombre et leur exhaustivité au niveau de la famille, de l'organisme ou du réseau fonctionnel.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.biophys.29.1.291",
    doi = "10.1146/annurev.biophys.29.1.291",
    openalex = "W2114520383",
    references = "doi1023072408678"
}

Résumé Avant la Synthèse évolutionniste, l'« inertie phylogénétique » était associée aux théories de l'orthogenèse, qui affirmaient que les organismes possédaient un principe perfecteur endogène. Le concept dans la littérature moderne remonte à Simpson (1944), qui a utilisé l'« inertie évolutive » comme description du motif dans le registre fossile. Wilson (1975) a utilisé l'« inertie phylogénétique » pour décrire des propriétés au niveau des populations ou des organismes qui peuvent affecter le cours de l'évolution en réponse à la sélection. De nombreux auteurs actuels considèrent désormais l'inertie phylogénétique comme une hypothèse alternative à l'adaptation par sélection naturelle lorsqu'ils tentent d'expliquer la variation interspécifique, la covariation ou l'absence de celle-ci dans les traits phénotypiques. Certaines méthodes comparatives phylogénétiques ont été présentées comme permettant la quantification et le test de l'inertie phylogénétique. Bien que certaines méthodes existantes permettent des tests valides pour déterminer si les espèces apparentées ont tendance à se ressembler, ce que nous nommons le « signal phylogénétique », il s'agit simplement de reconnaissance de motifs et n'implique aucun processus sous-jacent. De plus, les ensembles de données comparatives ne contiennent généralement pas d'informations permettant des inférences rigoureuses concernant les processus causaux sous-jacents à de tels motifs. Le concept d'inertie phylogénétique doit être défini et étudié avec autant de soin que l'« adaptation ».

@article{doi101046j14209101200200472x,
    author = "Blomberg, Simon P. and Garland, Theodore",
    title = "Tempo and mode in evolution: phylogenetic inertia, adaptation and comparative methods",
    year = "2002",
    journal = "Journal of Evolutionary Biology",
    abstract = "Résumé Avant la Synthèse évolutionniste, l'« inertie phylogénétique » était associée aux théories de l'orthogenèse, qui affirmaient que les organismes possédaient un principe perfecteur endogène. Le concept dans la littérature moderne remonte à Simpson (1944), qui a utilisé l'« inertie évolutive » comme description du motif dans le registre fossile. Wilson (1975) a utilisé l'« inertie phylogénétique » pour décrire des propriétés au niveau des populations ou des organismes qui peuvent affecter le cours de l'évolution en réponse à la sélection. De nombreux auteurs actuels considèrent désormais l'inertie phylogénétique comme une hypothèse alternative à l'adaptation par sélection naturelle lorsqu'ils tentent d'expliquer la variation interspécifique, la covariation ou l'absence de celle-ci dans les traits phénotypiques. Certaines méthodes comparatives phylogénétiques ont été présentées comme permettant la quantification et le test de l'inertie phylogénétique. Bien que certaines méthodes existantes permettent des tests valides pour déterminer si les espèces apparentées ont tendance à se ressembler, ce que nous nommons le « signal phylogénétique », il s'agit simplement de reconnaissance de motifs et n'implique aucun processus sous-jacent. De plus, les ensembles de données comparatives ne contiennent généralement pas d'informations permettant des inférences rigoureuses concernant les processus causaux sous-jacents à de tels motifs. Le concept d'inertie phylogénétique doit être défini et étudié avec autant de soin que l'« adaptation ».",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1420-9101.2002.00472.x",
    doi = "10.1046/j.1420-9101.2002.00472.x",
    openalex = "W2152910720",
    references = "doi101086303327, doi101086physzool67430163866, doi101093aesa383396, doi101111j001438202001tb00731x, doi107312simp92414"
}

La question est souvent soulevée de savoir s'il est statistiquement nécessaire de contrôler les associations phylogénétiques dans les études comparatives. Pour investiguer cette question, nous explorons l'utilisation d'une mesure de corrélation phylogénétique, lambda, introduite par Pagel (1999), qui varie normalement entre 0 (indépendance phylogénétique) et 1 (les traits des espèces covarient en proportion directe de leur histoire évolutive partagée). Les simulations montrent que lambda est un index statistiquement puissant pour mesurer si les données présentent une dépendance phylogénétique ou non et si elle a des taux faibles d'erreur de type I. De plus, lambda est robuste aux informations phylogénétiques incomplètes, ce qui démontre que même des informations partielles sur la phylogénie amélioreront la précision des analyses phylogénétiques. Pour évaluer si les traits montrent généralement des associations phylogénétiques, nous présentons une revue quantitative de 26 ensembles de données comparatives phylogénétiques publiés. Les ensembles de données incluent 103 traits et ont été choisis dans la littérature écologique dans laquelle le débat sur la nécessité de la correction phylogénétique a été le plus aigu. Quatre-vingt-huit pour cent des ensembles de données contenaient au moins un caractère qui affichait une dépendance phylogénétique significative, et 60 % des caractères dans l'ensemble (pools à travers les études) ont montré des preuves significatives d'association phylogénétique. Dans 16 % des tests, la corrélation phylogénétique ne pouvait être ni soutenue ni rejetée. Cependant, la plupart de ces résultats équivoques ont été trouvés dans de petites phylogénies et reflètent probablement un manque de puissance. Nous suggérons que le paramètre lambda soit estimé de manière routinière lors de l'analyse de données comparatives, car il peut également être utilisé simultanément pour ajuster la correction phylogénétique d'une manière qui est optimale pour l'ensemble de données, et nous présentons un exemple de la manière dont cela peut être fait.

@article{doi101086343873,
    author = "Freckleton, Robert P. and Harvey, Paul and Pagel, Mark",
    title = "Phylogenetic Analysis and Comparative Data: A Test and Review of Evidence",
    year = "2002",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "La question est souvent soulevée de savoir s'il est statistiquement nécessaire de contrôler les associations phylogénétiques dans les études comparatives. Pour investiguer cette question, nous explorons l'utilisation d'une mesure de corrélation phylogénétique, lambda, introduite par Pagel (1999), qui varie normalement entre 0 (indépendance phylogénétique) et 1 (les traits des espèces covarient en proportion directe de leur histoire évolutive partagée). Les simulations montrent que lambda est un index statistiquement puissant pour mesurer si les données présentent une dépendance phylogénétique ou non et si elle a des taux faibles d'erreur de type I. De plus, lambda est robuste aux informations phylogénétiques incomplètes, ce qui démontre que même des informations partielles sur la phylogénie amélioreront la précision des analyses phylogénétiques. Pour évaluer si les traits montrent généralement des associations phylogénétiques, nous présentons une revue quantitative de 26 ensembles de données comparatives phylogénétiques publiés. Les ensembles de données incluent 103 traits et ont été choisis dans la littérature écologique dans laquelle le débat sur la nécessité de la correction phylogénétique a été le plus aigu. Quatre-vingt-huit pour cent des ensembles de données contenaient au moins un caractère qui affichait une dépendance phylogénétique significative, et 60\% des caractères dans l'ensemble (pools à travers les études) ont montré des preuves significatives d'association phylogénétique. Dans 16\% des tests, la corrélation phylogénétique ne pouvait être ni soutenue ni rejetée. Cependant, la plupart de ces résultats équivoques ont été trouvés dans de petites phylogénies et reflètent probablement un manque de puissance. Nous suggérons que le paramètre lambda soit estimé de manière routinière lors de l'analyse de données comparatives, car il peut également être utilisé simultanément pour ajuster la correction phylogénétique d'une manière qui est optimale pour l'ensemble de données, et nous présentons un exemple de la manière dont cela peut être fait.",
    url = "https://doi.org/10.1086/343873",
    doi = "10.1086/343873",
    openalex = "W2180478016",
    references = "doi10103844766, doi101086284325, doi101086286013, doi101093oso97801985052350010001, doi101098rstb19890106, doi101111j001438202000tb00026x, doi101111j146364091997tb00423x, doi101111j155856461997tb01457x, doi1023071523704, doi1023072005713, doi105860choice295104, openalexw2506868775"
}

Les radiations d'espèces offrent des aperçus uniques sur les processus évolutifs sous-jacents à la diversification des espèces et aux modèles de biodiversité. Pour comparer la diversification des plantes sur une période de temps similaire à celle des radiations récentes de poissons cichlidés, qui sont un ordre de grandeur plus rapides que les radiations documentées d'oiseaux, d'arthropodes et de plantes, nous nous concentrons sur la flore d'altitude des Andes, qui est la plus riche en espèces de toutes les montagnes tropicales. En raison du soulèvement récent des Andes septentrionales, les environnements de haute altitude où se trouve une grande partie de cette riche flore endémique n'ont été disponibles pour la colonisation qu'à partir du Pliocène tardif ou du Pléistocène, il y a 2 à 4 millions d'années (Myr). En utilisant des données de séquences d'ADN, nous identifions un groupe monophylétique au sein du genre Lupinus représentant 81 espèces endémiques des Andes. L'âge de ce clade est estimé à 1,18-1,76 Myr, ce qui implique un taux de diversification de 2,49 à 3,72 espèces par Myr. Cela dépasse les estimations précédentes pour les plantes, fournissant l'exemple le plus spectaculaire de diversification explosive d'espèces végétales documenté à ce jour. De plus, cela suggère que les taux élevés de diversification des cichlidés ne sont pas uniques. L'absence d'innovations clés associées au clade andin de Lupinus suggère que la diversification a été entraînée par les opportunités écologiques offertes par l'émergence d'habitats ressemblant à des îles après le soulèvement des Andes. Les données d'autres genres indiquent que les lupins font partie d'un ensemble de radiations végétales andines également rapides, à l'échelle continentale et stimulées de manière insulaire, suggérant que la flore d'altitude andine fournit un système qui rivalise avec d'autres groupes, y compris les cichlidés, pour comprendre la diversification rapide des espèces.

@article{doi101073pnas0601928103,
    author = "Hughes, Colin E. and Eastwood, Ruth J.",
    title = "Radiation insulaire à l'échelle continentale : Taux exceptionnels de diversification des plantes après le soulèvement des Andes",
    year = "2006",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Les radiations d'espèces offrent des aperçus uniques sur les processus évolutifs sous-jacents à la diversification des espèces et aux modèles de biodiversité. Pour comparer la diversification des plantes sur une période de temps similaire à celle des radiations récentes de poissons cichlidés, qui sont un ordre de grandeur plus rapides que les radiations documentées d'oiseaux, d'arthropodes et de plantes, nous nous concentrons sur la flore d'altitude des Andes, qui est la plus riche en espèces de toutes les montagnes tropicales. En raison du soulèvement récent des Andes septentrionales, les environnements de haute altitude où se trouve une grande partie de cette riche flore endémique n'ont été disponibles pour la colonisation qu'à partir du Pliocène tardif ou du Pléistocène, il y a 2 à 4 millions d'années (Myr). En utilisant des données de séquences d'ADN, nous identifions un groupe monophylétique au sein du genre Lupinus représentant 81 espèces endémiques des Andes. L'âge de ce clade est estimé à 1,18-1,76 Myr, ce qui implique un taux de diversification de 2,49 à 3,72 espèces par Myr. Cela dépasse les estimations précédentes pour les plantes, fournissant l'exemple le plus spectaculaire de diversification explosive d'espèces végétales documenté à ce jour. De plus, cela suggère que les taux élevés de diversification des cichlidés ne sont pas uniques. L'absence d'innovations clés associées au clade andin de Lupinus suggère que la diversification a été entraînée par les opportunités écologiques offertes par l'émergence d'habitats ressemblant à des îles après le soulèvement des Andes. Les données d'autres genres indiquent que les lupins font partie d'un ensemble de radiations végétales andines également rapides, à l'échelle continentale et stimulées de manière insulaire, suggérant que la flore d'altitude andine fournit un système qui rivalise avec d'autres groupes, y compris les cichlidés, pour comprendre la diversification rapide des espèces.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0601928103",
    doi = "10.1073/pnas.0601928103",
    openalex = "W2045366837",
    references = "doi101038nrg1316, doi101073pnas0506330102, doi101073pnas89178322, doi1011300016760620001121091uhotca23co2, doi1023072419593"
}

Les preuves provenant à la fois des phylogénies moléculaires et du registre fossile suggèrent que les taux de diversification des espèces diminuent souvent au cours du temps pendant les radiations évolutives. Une explication proposée pour ce motif est l'opportunité écologique, selon laquelle une abondance initiale de ressources et l'absence de compétiteurs potentiels facilitent une diversification rapide. Ce modèle prédit des déclins dépendants de la densité des taux de diversification, mais n'a pas été formellement testé dans aucune radiation au niveau des espèces. Ici, nous développons un nouveau cadre conceptuel qui distingue la dépendance de la densité des processus alternatifs qui produisent également une diversification en déclin temporel, et nous démontrons cette approche en utilisant une nouvelle phylogénie des parulines Dendroica d'Amérique du Nord. Nous montrons que l'accumulation explosive de lignées au début de l'histoire de cette radiation aviaire est le mieux expliquée par un processus de diversification dépendant de la densité. Nos résultats suggèrent que le tempo de la diversification des parulines était médiatisé par des interactions écologiques entre les espèces et que la diversification des lignées et écologique dans ce groupe sont couplées, comme prédit sous le modèle d'opportunité écologique.

@article{doi101098rspb20080630,
    author = "Rabosky, Daniel L. and Lovette, Irby J.",
    title = "Density-dependent diversification in North American wood warblers",
    year = "2008",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Evidence from both molecular phylogenies and the fossil record suggests that rates of species diversification often decline through time during evolutionary radiations. One proposed explanation for this pattern is ecological opportunity, whereby an initial abundance of resources and lack of potential competitors facilitate rapid diversification. This model predicts density-dependent declines in diversification rates, but has not been formally tested in any species-level radiation. Here we develop a new conceptual framework that distinguishes density dependence from alternative processes that also produce temporally declining diversification, and we demonstrate this approach using a new phylogeny of North American Dendroica wood warblers. We show that explosive lineage accumulation early in the history of this avian radiation is best explained by a density-dependent diversification process. Our results suggest that the tempo of wood warbler diversification was mediated by ecological interactions among species and that lineage and ecological diversification in this group are coupled, as predicted under the ecological opportunity model.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2008.0630",
    doi = "10.1098/rspb.2008.0630",
    openalex = "W1999179318",
    references = "doi101017cbo9780511623387, doi101093bioinformaticsbtm538, doi101093oso97801985052350010001, doi101111j155856461987tb02459x, doi101186147121487214, doi101371journalpbio0040088, doi1023071931600, doi1023072405671, doi1023073071998, doi105860choice332720, doi107312simp93764"
}

George Gaylord Simpson a célèbrement postulé que beaucoup de la diversité de la vie est originaire de radiations adaptatives - des divergences plus ou moins simultanées de nombreuses lignées à partir d'un type ancestral adaptatif unique. Cependant, l'identification des radiations adaptatives s'est avérée difficile en raison d'un manque de jeux de données comparatifs à grande échelle. Ici, nous utilisons des données comparatives phylogénétiques sur la taille et la forme du corps dans une diversité de clades animaux pour tester un modèle clé de radiation adaptative, dans lequel une évolution morphologique initialement rapide est suivie d'une stase relative. Nous avons comparé l'ajustement de ce modèle à la fois aux modèles de pic de sélection unique et de marche aléatoire. Nous avons trouvé peu de soutien pour le modèle de coup de fouet précoce de la radiation adaptative, tandis que les deux autres modèles, en particulier celui des pics de sélection, étaient couramment soutenus. De plus, nous avons trouvé que le taux net d'évolution morphologique variait inversement avec l'âge du clade. Les clades les plus jeunes semblent évoluer le plus rapidement car le changement à long terme n'atteint généralement pas la quantité de divergence prédite à partir des taux mesurés sur de courtes échelles de temps. Dans toute notre analyse, le motif dominant était celui de contraintes façonnant l'évolution continuellement au fil du temps plutôt qu'une évolution rapide suivie d'une stase. Nous suggérons que le modèle classique de radiation adaptative, où l'évolution morphologique est initialement rapide et ralentit au fil du temps, peut être rare dans les données comparatives.

@article{doi101111j15585646201001025x,
    author = "Harmon, Luke J. et Losos, Jonathan B. et Davies, T. Jonathan et Gillespie, Rosemary G. et Gittleman, John L. et Jennings, W. Bryan et Kozak, Kenneth H. et McPeek, Mark A. et Moreno-Roark, Franck et Near, Thomas J. et Purvis, Andy et Ricklefs, Robert E. et Schluter, Dolph et Schulte, James A. et Seehausen, Ole et Sidlauskas, Brian L. et Torres‐Carvajal, Omar et Weir, Jason T. et Mooers, Arne Ø.",
    title = "LES PREMIERS COUPS DE FOUET DE L'ÉVOLUTION DE LA TAILLE ET DE LA FORME DU CORPS SONT RARES DANS LES DONNÉES COMPARATIVES",
    year = "2010",
    journal = "Evolution",
    abstract = "George Gaylord Simpson a célèbrement postulé que beaucoup de la diversité de la vie est originaire de radiations adaptatives - des divergences plus ou moins simultanées de nombreuses lignées à partir d'un type ancestral adaptatif unique. Cependant, l'identification des radiations adaptatives s'est avérée difficile en raison d'un manque de jeux de données comparatifs à grande échelle. Ici, nous utilisons des données comparatives phylogénétiques sur la taille et la forme du corps dans une diversité de clades animaux pour tester un modèle clé de radiation adaptative, dans lequel une évolution morphologique initialement rapide est suivie d'une stase relative. Nous avons comparé l'ajustement de ce modèle à la fois aux modèles de pic de sélection unique et de marche aléatoire. Nous avons trouvé peu de soutien pour le modèle de coup de fouet précoce de la radiation adaptative, tandis que les deux autres modèles, en particulier celui des pics de sélection, étaient couramment soutenus. De plus, nous avons trouvé que le taux net d'évolution morphologique variait inversement avec l'âge du clade. Les clades les plus jeunes semblent évoluer le plus rapidement car le changement à long terme n'atteint généralement pas la quantité de divergence prédite à partir des taux mesurés sur de courtes échelles de temps. Dans toute notre analyse, le motif dominant était celui de contraintes façonnant l'évolution continuellement au fil du temps plutôt qu'une évolution rapide suivie d'une stase. Nous suggérons que le modèle classique de radiation adaptative, où l'évolution morphologique est initialement rapide et ralentit au fil du temps, peut être rare dans les données comparatives.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.2010.01025.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.2010.01025.x",
    openalex = "W2151541130",
    references = "doi101007978940100585210, doi101017s009483730001280x, doi101023a1013311015886, doi101073pnas89178322, doi101086510633, doi101098rspb19990641, doi101098rspb20080630, doi101126science2224620159, doi1023072419593, doi102307jctvjsf433, doi105860choice455580, openalexw1973833797"
}

Le rythme de la diversification phénotypique lors d'une radiation adaptative devrait diminuer à mesure que l'opportunité écologique diminue. Nous testons cette prédiction en utilisant des analyses comparatives phylogénétiques d'une large gamme de traits morphologiques chez les lézards Anolis des Grandes Antilles. Nous constatons que le taux de diversification le long de deux axes importants de la radiation des Anolis — la taille du corps et les dimensions des membres — a diminué à mesure que l'opportunité a diminué, l'opportunité étant quantifiée soit par le temps écoulé depuis le début de la radiation, soit par la diversité des lignées d'anoles concurrentes supposées être présentes sur une île à différents moments du passé. La plupart des études précédentes sur l'hypothèse de l'opportunité écologique se sont concentrées sur le taux de diversification des espèces ; nos résultats offrent une perspective complémentaire, indiquant que le taux de diversification phénotypique diminue avec une opportunité décroissante dans une radiation adaptative.

@article{doi101111j15585646201001026x,
    author = "Mahler, D. Luke et Revell, Liam J. et Glor, Richard E. et Losos, Jonathan B.",
    title = "OPPORTUNITÉ ÉCOLOGIQUE ET TAUX D'ÉVOLUTION MORPHOLOGIQUE DANS LA DIVERSIFICATION DES ANOLES DES GRANDES ANTILLES",
    year = "2010",
    journal = "Evolution",
    abstract = "Le rythme de la diversification phénotypique lors d'une radiation adaptative devrait diminuer à mesure que l'opportunité écologique diminue. Nous testons cette prédiction en utilisant des analyses comparatives phylogénétiques d'une large gamme de traits morphologiques chez les lézards Anolis des Grandes Antilles. Nous constatons que le taux de diversification le long de deux axes importants de la radiation des Anolis — la taille du corps et les dimensions des membres — a diminué à mesure que l'opportunité a diminué, l'opportunité étant quantifiée soit par le temps écoulé depuis le début de la radiation, soit par la diversité des lignées d'anoles concurrentes supposées être présentes sur une île à différents moments du passé. La plupart des études précédentes sur l'hypothèse de l'opportunité écologique se sont concentrées sur le taux de diversification des espèces ; nos résultats offrent une perspective complémentaire, indiquant que le taux de diversification phénotypique diminue avec une opportunité décroissante dans une radiation adaptative.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.2010.01026.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.2010.01026.x",
    openalex = "W1538212908",
    references = "doi101017cbo9780511608551, doi101017s009483730001280x, doi101038nature07893, doi101086282070, doi101086284325, doi101093biomet762297, doi101093oso97801985052350010001, doi101109tac19741100705, doi101111j14209101201002029x, doi101111j155856461987tb02459x, doi101126science1157966, doi10118614712105788, doi101186147121487214, doi1023073802723, doi105860choice273873, openalexw1558456135"
}

Résumé 1. Ici, je présente un nouveau package multifonctionnel de phylogénétique, phytools, pour l'environnement de calcul statistique R. 2. L'accent du package est mis sur les méthodes de biologie comparative phylogénétique ; cependant, il inclut également des outils pour l'inférence d'arbres, l'entrée/sortie de phylogénie, la visualisation, la manipulation et plusieurs autres tâches. 3. Je décris et tabule les principales méthodes implémentées dans phytools, et en plus, je fournis une démonstration de son utilisation sous la forme de deux exemples illustratifs. 4. Enfin, je conclus en décrivant brièvement un blog actif que j'utilise pour documenter les développements actuels et futurs pour phytools. Je note également d'autres ressources web pour la phylogénétique dans l'environnement de calcul R.

@article{doi101111j2041210x201100169x,
    author = "Revell, Liam J.",
    title = "phytools : un package R pour la biologie comparative phylogénétique (et d'autres choses)",
    year = "2011",
    journal = "Methods in Ecology and Evolution",
    abstract = "Résumé 1. Ici, je présente un nouveau package multifonctionnel de phylogénétique, phytools, pour l'environnement de calcul statistique R. 2. L'accent du package est mis sur les méthodes de biologie comparative phylogénétique ; cependant, il inclut également des outils pour l'inférence d'arbres, l'entrée/sortie de phylogénie, la visualisation, la manipulation et plusieurs autres tâches. 3. Je décris et tabule les principales méthodes implémentées dans phytools, et en plus, je fournis une démonstration de son utilisation sous la forme de deux exemples illustratifs. 4. Enfin, je conclus en décrivant brièvement un blog actif que j'utilise pour documenter les développements actuels et futurs pour phytools. Je note également d'autres ressources web pour la phylogénétique dans l'environnement de calcul R.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.2041-210x.2011.00169.x",
    doi = "10.1111/j.2041-210x.2011.00169.x",
    openalex = "W1605984840",
    references = "doi1010179781316276259010, doi10103844766, doi10108010635150802302427, doi101086284325, doi101086343873, doi101086383584, doi101086660020, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101093bioinformaticsbtq706, doi101093oso97801985464120010001, doi101111j001438202003tb00285x, doi101111j15585646201001026x, doi10118614712105788, doi105860choice295104, openalexw1549853756, openalexw229097380"
}

Les analyses précédentes des relations, des temps de divergence et des modèles de diversification parmi les familles de mammifères actuelles se sont appuyées sur des méthodes de supertree et des horloges moléculaires locales. Nous avons construit une supermatrice moléculaire pour les familles de mammifères et analysé ces données avec des méthodes basées sur la vraisemblance et des horloges moléculaires relâchées. Les analyses phylogénétiques ont abouti à une phylogénie robuste avec une meilleure résolution que les phylogénies issues des méthodes de supertree. Les analyses d'horloges relâchées soutiennent le modèle à long fuseau de la diversification et soulignent l'importance d'inclure plusieurs calibrations fossiles réparties sur l'arbre. Les arbres temporels moléculaires et les analyses de diversification suggèrent des rôles importants pour la révolution terrestre du Crétacé et l'extinction de masse du Crétacé-Paléogène (KPg) dans l'ouverture d'espaces écologiques qui ont favorisé respectivement la diversification interordinaire et intraordinaire. Par contraste, les analyses de diversification ne fournissent aucun soutien à l'hypothèse concernant la montée tardive des mammifères actuels durant la période du Cénozoïque (Éocène).

@article{doi101126science1211028,
    author = "Meredith, Robert W. et Janečka, Jan E. et Gatesy, John et Ryder, Oliver A. et Fisher, Colleen A. et Teeling, Emma C. et Goodbla, Alisha et Eizirik, Eduardo et Simão, Taiz L. L. et Stadler, Tanja et Rabosky, Daniel L. et Honeycutt, Rodney L. et Flynn, John J. et Ingram, Colleen M. et Steiner, Cynthia et Williams, Tiffani L. et Robinson, Terence J. et Burk-Herrick, Angela et Westerman, Michael et Ayoub, Nadia A. et Springer, Mark S. et Murphy, William J.",
    title = "Impacts of the Cretaceous Terrestrial Revolution and KPg Extinction on Mammal Diversification",
    year = "2011",
    journal = "Science",
    abstract = "Les analyses précédentes des relations, des temps de divergence et des modèles de diversification parmi les familles de mammifères actuelles se sont appuyées sur des méthodes de supertree et des horloges moléculaires locales. Nous avons construit une supermatrice moléculaire pour les familles de mammifères et analysé ces données avec des méthodes basées sur la vraisemblance et des horloges moléculaires relâchées. Les analyses phylogénétiques ont abouti à une phylogénie robuste avec une meilleure résolution que les phylogénies issues des méthodes de supertree. Les analyses d'horloges relâchées soutiennent le modèle à long fuseau de la diversification et soulignent l'importance d'inclure plusieurs calibrations fossiles réparties sur l'arbre. Les arbres temporels moléculaires et les analyses de diversification suggèrent des rôles importants pour la révolution terrestre du Crétacé et l'extinction de masse du Crétacé-Paléogène (KPg) dans l'ouverture d'espaces écologiques qui ont favorisé respectivement la diversification interordinaire et intraordinaire. Par contraste, les analyses de diversification ne fournissent aucun soutien à l'hypothèse concernant la montée tardive des mammifères actuels durant la période du Cénozoïque (Éocène).",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1211028",
    doi = "10.1126/science.1211028",
    openalex = "W2140803428",
    references = "doi101016jtree200610002, doi101023a1011317930838, doi101038381226a0, doi101038nature05634, doi101038nature09705, doi101038nature10291, doi101073pnas0334222100, doi101073pnas1016876108, doi101093sysbiosyp031, doi101101gr5918807, doi101126science1067179, doi101353book59141"
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FOND : Le développement de méthodes phylogénétiques qui ne reposent pas sur les fossiles pour l'étude des processus évolutifs au fil du temps a révolutionné le domaine de la biologie évolutive et conduit à une expansion sans précédent de nos connaissances sur l'arbre de la vie. Ces méthodes ont aidé à jeter un nouveau jour sur la macroévolution de nombreux groupes taxonomiques tels que les placentaires (Mammalia). Cependant, malgré l'augmentation des études traitant des modèles de diversification des organismes, aucune synthèse n'a abordé le cas du clade mammalien le plus diversifié : les Rodentia. RÉSULTATS : Ici, nous présentons une phylogénie par vraisemblance maximale de rongeurs déduite d'une supermatrice moléculaire. Elle repose sur 11 gènes mitochondriaux et nucléaires qui couvrent 1 265 espèces, soit respectivement 56 % et 81 % de la diversité spécifique et générique connue des rongeurs. La topologie déduite a récupéré tous les clades de Rodentia proposés par des travaux moléculaires récents. Une approche de datation par horloge moléculaire à rythme variable a fourni un cadre temporel pour les événements de spéciation. Nous avons constaté que le clade Myomorpha présente un degré de variation plus élevé dans les taux de diversification que Sciuroidea, Caviomorpha, Castorimorpha et Anomaluromorpha. Nous avons identifié un certain nombre de changements dans les taux de diversification au sein des clades majeurs : deux chez Castorimorpha, trois chez Ctenohystrica, 6 au sein du clade apparenté aux écureuils et 24 au sein du clade Myomorpha. La majorité de ces changements s'est produite au sein des radiations familiales de rongeurs les plus récentes : les clades Cricetidae et Muridae. En utilisant les déséquilibres topologiques et la chronologie, nous discutons du rôle potentiel de différents facteurs de diversification qui auraient façonné la radiation des rongeurs. CONCLUSIONS : Le présent aperçu du modèle de diversification des rongeurs peut être utilisé pour de futures méta-analyses comparatives. Les lignées muroides présentent un degré de variation plus élevé dans leurs taux de diversification que tout autre groupe de rongeurs. Différentes signatures topologiques suggèrent des processus de diversification distincts parmi les lignées de rongeurs. En particulier, Muroidea et Sciuroidea présentent une distribution généralisée et ont subi une radiation évolutive et adaptative sur la plupart des continents. Nos résultats montrent que les rongeurs ont connu des changements réguliers dans le taux de diversification tout au long du Tertiaire, mais à des périodes différentes pour chaque clade. Une comparaison entre le registre fossile des rongeurs et nos résultats suggère que l'extinction a conduit à la perte du signal de diversification pour la plupart des nœuds du Paléogène.

@article{doi101186147121481288,
    author = "Fabre, Pierre‐Henri and Hautier, Lionel and Dimitrov, Dimitar and Douzery, Emmanuel",
    title = "A glimpse on the pattern of rodent diversification: a phylogenetic approach",
    year = "2012",
    journal = "BMC Evolutionary Biology",
    abstract = "FOND : Le développement de méthodes phylogénétiques qui ne reposent pas sur les fossiles pour l'étude des processus évolutifs au fil du temps a révolutionné le domaine de la biologie évolutive et conduit à une expansion sans précédent de nos connaissances sur l'arbre de la vie. Ces méthodes ont aidé à jeter un nouveau jour sur la macroévolution de nombreux groupes taxonomiques tels que les placentaires (Mammalia). Cependant, malgré l'augmentation des études traitant des modèles de diversification des organismes, aucune synthèse n'a abordé le cas du clade mammalien le plus diversifié : les Rodentia. RÉSULTATS : Ici, nous présentons une phylogénie par vraisemblance maximale de rongeurs déduite d'une supermatrice moléculaire. Elle repose sur 11 gènes mitochondriaux et nucléaires qui couvrent 1 265 espèces, soit respectivement 56\% et 81\% de la diversité spécifique et générique connue des rongeurs. La topologie déduite a récupéré tous les clades de Rodentia proposés par des travaux moléculaires récents. Une approche de datation par horloge moléculaire à rythme variable a fourni un cadre temporel pour les événements de spéciation. Nous avons constaté que le clade Myomorpha présente un degré de variation plus élevé dans les taux de diversification que Sciuroidea, Caviomorpha, Castorimorpha et Anomaluromorpha. Nous avons identifié un certain nombre de changements dans les taux de diversification au sein des clades majeurs : deux chez Castorimorpha, trois chez Ctenohystrica, 6 au sein du clade apparenté aux écureuils et 24 au sein du clade Myomorpha. La majorité de ces changements s'est produite au sein des radiations familiales de rongeurs les plus récentes : les clades Cricetidae et Muridae. En utilisant les déséquilibres topologiques et la chronologie, nous discutons du rôle potentiel de différents facteurs de diversification qui auraient façonné la radiation des rongeurs. CONCLUSIONS : Le présent aperçu du modèle de diversification des rongeurs peut être utilisé pour de futures méta-analyses comparatives. Les lignées muroides présentent un degré de variation plus élevé dans leurs taux de diversification que tout autre groupe de rongeurs. Différentes signatures topologiques suggèrent des processus de diversification distincts parmi les lignées de rongeurs. En particulier, Muroidea et Sciuroidea présentent une distribution généralisée et ont subi une radiation évolutive et adaptative sur la plupart des continents. Nos résultats montrent que les rongeurs ont connu des changements réguliers dans le taux de diversification tout au long du Tertiaire, mais à des périodes différentes pour chaque clade. Une comparaison entre le registre fossile des rongeurs et nos résultats suggère que l'extinction a conduit à la perte du signal de diversification pour la plupart des nœuds du Paléogène.",
    url = "https://doi.org/10.1186/1471-2148-12-88",
    doi = "10.1186/1471-2148-12-88",
    openalex = "W2044886350",
    references = "doi101007bf01734359, doi101016jympev200910033, doi101016s0022283605803602, doi101093bioinformatics149817, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093nargkh340, doi101093oxfordjournalsmolbeva026334, doi101093oxfordjournalsmolbeva040023, doi101111j155856461985tb00420x, doi101126science1156963, doi101186147121487214, doi1023072408678"
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Pourquoi certains clades sont plus riches en espèces que d'autres est une question centrale en macroévolution. La plupart des hypothèses expliquant les clades exceptionnellement diversifiés impliquent l'émergence d'une opportunité écologique causée par une transition biogéographique majeure ou l'évolution d'une innovation clé. La radiation des rongeurs muroids est un modèle idéal pour tester les théories des taux de diversification en relation avec la biogéographie et l'opportunité écologique, car le groupe est exceptionnellement riche en espèces (composant près d'un tiers de toutes les espèces de mammifères), il est écologiquement diversifié et il a colonisé tous les grands continents sauf la Nouvelle-Zélande et l'Antarctique, fournissant ainsi plusieurs radiations réplicatives. Nous présentons une extension du modèle conventionnel d'opportunité écologique pour inclure un effet d'incumbence géographique, développons la plus grande phylogénie de muroids à ce jour et utilisons cette phylogénie pour tester le nouveau modèle. La phylogénie de près de 300 espèces basée sur quatre gènes nucléaires est résolue de manière robuste dans son ensemble. Conformément au registre fossile, nous avons identifié l'Eurasie comme l'origine la plus probable du groupe et reconstruites de cinq à sept colonisations de l'Afrique, cinq de l'Amérique du Nord, quatre de l'Asie du Sud-Est, deux de l'Amérique du Sud, deux de Sahul, une de Madagascar et de huit à dix recolonisations de l'Eurasie. Nous avons tenu compte de l'échantillonnage incomplet des taxons en utilisant plusieurs méthodes statistiques et avons identifié trois régions corroborées de l'arbre avec des changements significatifs dans les taux de diversification. Dans plusieurs cas, des taux plus élevés étaient associés à la première colonisation d'une zone continentale, mais la plupart des colonisations n'ont pas été suivies de sursauts de spéciation. Nous avons trouvé des preuves fortes d'une diversification cohérente avec le modèle d'opportunité écologique (sursaut initial suivi d'un ralentissement dépendant de la densité) dans la première colonisation de l'Amérique du Sud et un soutien partiel à ce modèle dans la première colonisation de Sahul. Les colonisateurs primaires semblent inhiber la diversité ultime des colonisateurs secondaires, un motif d'incumbence qui est cohérent avec l'opportunité écologique, mais ils n'ont pas inhibé les taux initiaux de diversification des colonisateurs secondaires. Ces résultats indiquent que l'opportunité écologique peut être un processus général mais faible chez les muroids et qui nécessite des circonstances spécifiques pour conduire à une radiation adaptative. La superficie terrestre totale, la durée entre les colonisations et le rang des colonisations n'ont pas influencé les taux de diversification des colonisateurs primaires. Les modèles actuellement utilisés pour tester l'opportunité écologique font un mauvais travail pour expliquer la diversité des muroids. En outre, les différentes métriques de changement de taux ont identifié des clades différents, suggérant que la prudence doit être utilisée lorsqu'une seule est appliquée, et nous discutons des méthodes les plus appropriées pour répondre à différentes questions de diversification.

@article{doi101093sysbiosyt050,
    author = "Schenk, John J. and Rowe, Kevin C. and Steppan, Scott J.",
    title = "Opportunité écologique et incumbence dans la diversification des colonisations continentales répétées par les rongeurs muroids",
    year = "2013",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Pourquoi certains clades sont plus riches en espèces que d'autres est une question centrale en macroévolution. La plupart des hypothèses expliquant les clades exceptionnellement diversifiés impliquent l'émergence d'une opportunité écologique causée par une transition biogéographique majeure ou l'évolution d'une innovation clé. La radiation des rongeurs muroids est un modèle idéal pour tester les théories des taux de diversification en relation avec la biogéographie et l'opportunité écologique, car le groupe est exceptionnellement riche en espèces (composant près d'un tiers de toutes les espèces de mammifères), il est écologiquement diversifié, et il a colonisé tous les grands continents sauf la Nouvelle-Zélande et l'Antarctique, fournissant ainsi plusieurs radiations réplicatives. Nous présentons une extension du modèle conventionnel d'opportunité écologique pour inclure un effet d'incumbence géographique, développons la plus grande phylogénie muroïde à ce jour, et utilisons cette phylogénie pour tester le nouveau modèle. La phylogénie de près de 300 espèces basée sur quatre gènes nucléaires est résolue de manière robuste dans son ensemble. Conformément au registre fossile, nous avons identifié l'Eurasie comme l'origine la plus probable du groupe et reconstruit cinq à sept colonisations de l'Afrique, cinq de l'Amérique du Nord, quatre de l'Asie du Sud-Est, deux de l'Amérique du Sud, deux de Sahul, une de Madagascar, et huit à dix recolonisations de l'Eurasie. Nous avons tenu compte de l'échantillonnage incomplet des taxons en utilisant plusieurs méthodes statistiques et avons identifié trois régions corroborées de l'arbre avec des changements significatifs dans les taux de diversification. Dans plusieurs cas, des taux plus élevés étaient associés à la première colonisation d'une zone continentale, mais la plupart des colonisations n'ont pas été suivies de sursauts de spéciation. Nous avons trouvé des preuves fortes d'une diversification cohérente avec le modèle d'opportunité écologique (sursaut initial suivi de ralentissement dépendant de la densité) dans la première colonisation de l'Amérique du Sud et un soutien partiel à ce modèle dans la première colonisation de Sahul. Les colonisateurs primaires semblent inhiber la diversité ultime des colonisateurs secondaires, un motif d'incumbence qui est cohérent avec l'opportunité écologique, mais ils n'ont pas inhibé les taux initiaux de diversification des colonisateurs secondaires. Ces résultats indiquent que l'opportunité écologique peut être un processus général mais faible chez les muroids et qui nécessite des circonstances spécifiques pour conduire à une radiation adaptative. La superficie terrestre totale, la durée entre les colonisations, et le rang des colonisations n'ont pas influencé les taux de diversification des colonisateurs primaires. Les modèles actuellement utilisés pour tester l'opportunité écologique font un mauvais travail pour expliquer la diversité muroïde. En outre, les différentes métriques de changement de taux ont identifié des clades différents, suggérant que la prudence doit être utilisée lorsqu'une seule est appliquée, et nous discutons des méthodes les plus appropriées pour aborder différentes questions de diversification.",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/syt050",
    doi = "10.1093/sysbio/syt050",
    openalex = "W2101475581",
    references = "doi101007bf01734359, doi10108001621459199510476572, doi101093bioinformatics149817, doi101093bioinformatics178754, doi101093bioinformaticsbtg180, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101109gce20105676129, doi101109tac19741100705, doi101111j155856461947tb01340x, doi101186147121481288, doi101186147121487214"
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Reconstituer l'origine et l'évolution des plantes terrestres et de leurs algues apparentées est un problème fondamental en phylogénétique végétale, et est essentiel pour comprendre comment des adaptations critiques sont apparues, notamment l'embryon, le tissu vasculaire, les graines et les fleurs. Malgré les progrès de la systématique moléculaire, certaines hypothèses de relations demeurent faiblement résolues. Inférer des phylogénies profondes avec des épisodes de diversification rapide peut être problématique ; cependant, les données à l'échelle du génome devraient augmenter considérablement le nombre de caractères informatifs pour les analyses. Les reconstructions phylogénomiques récentes centrées sur les divergences majeures des plantes ont abouti à des résultats prometteurs mais incohérents. Une limitation est l'échantillonnage taxonomique clairsemé, vraisemblablement résultant de la difficulté et du coût de la génération des données. Pour remédier à cette limitation, des données de transcriptome pour 92 taxons de streptophytes ont été générées et analysées conjointement avec 11 séquences de génomes végétaux publiés. Les reconstructions phylogénétiques ont été menées en utilisant jusqu'à 852 gènes nucléaires et 1 701 170 sites alignés. Soixante-neuf analyses ont été effectuées pour tester la robustesse des inférences phylogénétiques aux permutations de la matrice de données ou aux méthodes phylogénétiques, y compris les approches de supermatrice, suparbre et basées sur la coalescence, les méthodes de vraisemblance maximale et bayésiennes, les analyses partitionnées et non partitionnées, et les alignements d'acides aminés versus ADN. Parmi d'autres résultats, nous trouvons un soutien robuste pour une relation de groupe frère entre les plantes terrestres et un groupe d'algues vertes streptophytes, les Zygnematophyceae. Un soutien fort et robuste pour un clade comprenant les hépatiques et les mousses est incompatible avec une vision largement acceptée de l'évolution précoce des plantes terrestres, et suggère que les hypothèses phylogénétiques utilisées pour comprendre l'évolution des traits fondamentaux des plantes devraient être réévaluées.

@article{doi101073pnas1323926111,
    author = "Wickett, Norman J. et Mirarab, Siavash et Nguyen, Nam et Warnow, Tandy et Carpenter, Eric et Matasci, Naim et Ayyampalayam, Saravanaraj et Barker, Michael S. et Burleigh, J. Gordon et Gitzendanner, Matthew A. et Ruhfel, Brad R. et Wafula, Eric et Der, Joshua P. et Graham, Sean W. et Mathews, Sarah et Melkonian, Michael et Soltis, Pamela S. et Soltis, Pamela S. et Miles, Nicholas W. et Rothfels, Carl J. et Pokorny, Lisa et Shaw, A. Jonathan et DeGironimo, Lisa et Stevenson, Dennis et Surek, Barbara et Villarreal, Juan Carlos et Roure, Béatrice et Philippe, Hervé et dePamphilis, Claude W. et Chen, Tao et Deyholos, Michael K. et Baucom, Regina S. et Kutchan, Toni M. et Augustin, Megan M. et Wang, Jun et Zhang, Yong et Tian, Zhijian et Yan, Zhixiang et Wu, Xiaolei et Sun, Xiao et Wong, Gane Ka‐Shu et Leebens-Mack, James",
    title = "Analyse phylotranscriptomique de l'origine et de la diversification précoce des plantes terrestres",
    year = "2014",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Reconstituer l'origine et l'évolution des plantes terrestres et de leurs algues apparentées est un problème fondamental en phylogénétique végétale, et est essentiel pour comprendre comment des adaptations critiques sont apparues, notamment l'embryon, le tissu vasculaire, les graines et les fleurs. Malgré les progrès de la systématique moléculaire, certaines hypothèses de relations demeurent faiblement résolues. Inférer des phylogénies profondes avec des épisodes de diversification rapide peut être problématique ; cependant, les données à l'échelle du génome devraient augmenter considérablement le nombre de caractères informatifs pour les analyses. Les reconstructions phylogénomiques récentes centrées sur les divergences majeures des plantes ont abouti à des résultats prometteurs mais incohérents. Une limitation est l'échantillonnage taxonomique clairsemé, vraisemblablement résultant de la difficulté et du coût de la génération des données. Pour remédier à cette limitation, des données de transcriptome pour 92 taxons de streptophytes ont été générées et analysées conjointement avec 11 séquences de génomes végétaux publiés. Les reconstructions phylogénétiques ont été menées en utilisant jusqu'à 852 gènes nucléaires et 1 701 170 sites alignés. Soixante-neuf analyses ont été effectuées pour tester la robustesse des inférences phylogénétiques aux permutations de la matrice de données ou aux méthodes phylogénétiques, y compris les approches de supermatrice, suparbre et basées sur la coalescence, les méthodes de vraisemblance maximale et bayésiennes, les analyses partitionnées et non partitionnées, et les alignements d'acides aminés versus ADN. Parmi d'autres résultats, nous trouvons un soutien robuste pour une relation de groupe frère entre les plantes terrestres et un groupe d'algues vertes streptophytes, les Zygnematophyceae. Un soutien fort et robuste pour un clade comprenant les hépatiques et les mousses est incompatible avec une vision largement acceptée de l'évolution précoce des plantes terrestres, et suggère que les hypothèses phylogénétiques utilisées pour comprendre l'évolution des traits fondamentaux des plantes devraient être réévaluées.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1323926111",
    doi = "10.1073/pnas.1323926111",
    openalex = "W2013277649",
    references = "doi101016jtree200901009, doi101016s0022283605803602, doi10103837918, doi101046j109583392003t01100158x, doi101093bioinformatics83275, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093sysbio463523, doi101093sysbiosyt022, doi101111boj12385, doi101111j10958339200900996x, doi101111j10960031200800217x, doi1011861471214811104, doi101371journalpcbi1002195, doi1023072346830, openalexw3148514506"
}

Estimer les taux de spéciation et d'extinction, et comprendre comment et pourquoi ils varient au cours du temps évolutif, de l'espace géographique et des groupes d'espèces, est une clé pour comprendre comment les processus écologiques et évolutifs génèrent la diversité biologique. De telles inférences bénéficieront de plus en plus des approches phylogénétiques compte tenu des taux toujours accélérés de séquençage génétique. Au cours des dernières années, les modèles conçus pour comprendre la diversification à partir de données phylogénétiques ont considérablement progressé. Ici, je passe en revue ces approches et ce qu'elles ont révélé sur la diversification dans le monde naturel. Je me concentre sur les distinctions clés entre les différents modèles, et je clarifie les conclusions qui peuvent être tirées de chaque modèle. J'identifie des domaines prometteurs pour la recherche future. Un défi majeur à venir est de développer des modèles qui prennent plus explicitement en compte l'écologie, en particulier l'interaction des espèces les unes avec les autres et avec leur environnement. Cela non seulement améliorera notre compréhension de la diversification ; il présentera également une nouvelle perspective sur l'utilisation des phylogénies en écologie communautaire, la science des réseaux d'interaction et la biologie de la conservation, et pourrait déplacer l'actuel focus en écologie sur les théories de la biodiversité à l'équilibre vers des théories hors équilibre reconnaissant le rôle crucial de l'histoire.

@article{doi101111ele12251,
    author = "Morlon, Hélène",
    title = "Phylogenetic approaches for studying diversification",
    year = "2014",
    journal = "Ecology Letters",
    abstract = "Estimating rates of speciation and extinction, and understanding how and why they vary over evolutionary time, geographical space and species groups, is a key to understanding how ecological and evolutionary processes generate biological diversity. Such inferences will increasingly benefit from phylogenetic approaches given the ever-accelerating rates of genetic sequencing. In the last few years, models designed to understand diversification from phylogenetic data have advanced significantly. Here, I review these approaches and what they have revealed about diversification in the natural world. I focus on key distinctions between different models, and I clarify the conclusions that can be drawn from each model. I identify promising areas for future research. A major challenge ahead is to develop models that more explicitly take into account ecology, in particular the interaction of species with each other and with their environment. This will not only improve our understanding of diversification; it will also present a new perspective to the use of phylogenies in community ecology, the science of interaction networks and conservation biology, and might shift the current focus in ecology on equilibrium biodiversity theories to non-equilibrium theories recognising the crucial role of history.",
    url = "https://doi.org/10.1111/ele.12251",
    doi = "10.1111/ele.12251",
    openalex = "W2098713714",
    references = "doi101086660020, doi101371journalpbio1001775"
}

Les données génomiques permettent de résoudre rapidement l'arbre des espèces vivantes calibré dans le temps, l'horloge de la vie, qui fournira un cadre pour la recherche dans divers domaines scientifiques. Des analyses antérieures d'horloges taxonomiquement restreintes ont révélé un ralentissement du taux de diversification chez de nombreux groupes d'organismes, souvent attribué aux interactions écologiques entre les espèces. Ici, nous avons synthétisé une horloge mondiale de la vie à partir de 2 274 études représentant 50 632 espèces et examiné le motif et le taux de diversification ainsi que le moment de la spéciation. Nous avons constaté que la diversité des espèces s'est globalement et dans de nombreux groupes plus petits principalement accrue, et que le taux de diversification chez les eucaryotes a été globalement constant. Nous avons également identifié et évité les biais potentiels qui auraient pu influencer les analyses antérieures de la diversification, notamment les faibles niveaux d'échantillonnage des taxons, la petite taille des clades et l'inclusion des branches de tige dans les analyses de clades. Nous avons trouvé une cohérence dans le temps jusqu'à la spéciation entre les plantes et les animaux, ∼2 My, mesurée par les intervalles des temps des espèces couronnes et de tige. Ensemble, ce changement d'horloge à différents niveaux suggère que la spéciation et la diversification sont des processus dominés par des événements aléatoires et que le changement adaptatif est largement un processus séparé.

@article{doi101093molbevmsv037,
    author = "Hedges, S. Blair et Marin, Julie et Suleski, Michael et Paymer, Madeline et Kumar, Sudhir",
    title = "Tree of Life Reveals Clock-Like Speciation and Diversification",
    year = "2015",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "Les données génomiques permettent de résoudre rapidement l'arbre des espèces vivantes calibré dans le temps, l'horloge de la vie, qui fournira un cadre pour la recherche dans divers domaines scientifiques. Des analyses antérieures d'horloges taxonomiquement restreintes ont révélé un ralentissement du taux de diversification chez de nombreux groupes d'organismes, souvent attribué aux interactions écologiques entre les espèces. Ici, nous avons synthétisé une horloge mondiale de la vie à partir de 2 274 études représentant 50 632 espèces et examiné le motif et le taux de diversification ainsi que le moment de la spéciation. Nous avons constaté que la diversité des espèces s'est globalement et dans de nombreux groupes plus petits principalement accrue, et que le taux de diversification chez les eucaryotes a été globalement constant. Nous avons également identifié et évité les biais potentiels qui auraient pu influencer les analyses antérieures de la diversification, notamment les faibles niveaux d'échantillonnage des taxons, la petite taille des clades et l'inclusion des branches de tige dans les analyses de clades. Nous avons trouvé une cohérence dans le temps jusqu'à la spéciation entre les plantes et les animaux, ∼2 My, mesurée par les intervalles des temps des espèces couronnes et de tige. Ensemble, ce changement d'horloge à différents niveaux suggère que la spéciation et la diversification sont des processus dominés par des événements aléatoires et que le changement adaptatif est largement un processus séparé.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msv037",
    doi = "10.1093/molbev/msv037",
    openalex = "W2117260150",
    references = "doi101007s116920129171x, doi101016b9781483227344500176, doi101017s0094837300008186, doi101038217624a0, doi101038nature05634, doi101038nature11631, doi101073pnas1213199109, doi101093oso97801951358480010001, doi101093oso97801995350330010001, doi101111j1365294x201105239x, doi101126science1194442, doi101126science1211028, doi101126science2785338692, doi101130001676061952631117haaoet20co2, doi101146annurevecolsys110512135800, doi101159000452856, doi101371journalpone0089543"
}

Les relations phylogénétiques au sein des Rosaceae ont longtemps posé problème en raison d'une hybridation fréquente, d'une apomixie et d'une radiation rapide supposée, et leur diversification historique n'a pas été clarifiée. Avec 87 genres représentant toutes les sous-familles et tribus des Rosaceae et six des huit autres familles des Rosales (groupes externes), nous avons analysé 130 plastomes nouvellement séquencés ainsi que 12 provenant de GenBank dans une tentative de reconstruction des relations profondes et de révélation de la diversification temporelle de cette famille. Nos résultats soulignent l'importance d'améliorer l'alignement des séquences et l'utilisation de modèles de substitution appropriés en phylogénomique plastidiale. Trois sous-familles et 16 tribus (telles que précédemment délimitées) sont fortement soutenues comme monophylétiques, et leurs relations sont entièrement résolues et fortement soutenues à la plupart des nœuds. Les Rosaceae sont estimées avoir originaire au Crétacé supérieur avec des preuves d'événements de diversification rapide lors de plusieurs périodes géologiques. Les lignées majeures se sont diversifiées rapidement dans des habitats chauds et humides au Crétacé supérieur, et la diversification rapide des genres à partir de l'Oligocène précoce s'est produite dans des environnements plus froids et plus secs. La phylogénomique plastidiale offre de nouvelles et importantes perspectives sur les relations phylogénétiques profondes et l'histoire de la diversification des Rosaceae. Le squelette phylogénétique robuste et les estimations de temps que nous fournissons établissent un cadre pour les études comparatives futures sur l'évolution rosacée.

@article{doi101111nph14461,
    author = "Zhang, Shudong et Jin, Jian‐Jun et Chen, Siyun et Chase, Mark W. et Soltis, Pamela S. et Li, Hongtao et Yang, Jun‐Bo et D, Li et Yi, Ting‐Shuang",
    title = "Diversification of Rosaceae since the Late Cretaceous based on plastid phylogenomics",
    year = "2017",
    journal = "New Phytologist",
    abstract = "Les relations phylogénétiques au sein des Rosaceae ont longtemps posé problème en raison d'une hybridation fréquente, d'une apomixie et d'une radiation rapide supposée, et leur diversification historique n'a pas été clarifiée. Avec 87 genres représentant toutes les sous-familles et tribus des Rosaceae et six des huit autres familles des Rosales (groupes externes), nous avons analysé 130 plastomes nouvellement séquencés ainsi que 12 provenant de GenBank dans une tentative de reconstruction des relations profondes et de révélation de la diversification temporelle de cette famille. Nos résultats soulignent l'importance d'améliorer l'alignement des séquences et l'utilisation de modèles de substitution appropriés en phylogénomique plastidiale. Trois sous-familles et 16 tribus (telles que précédemment délimitées) sont fortement soutenues comme monophylétiques, et leurs relations sont entièrement résolues et fortement soutenues à la plupart des nœuds. Les Rosaceae sont estimées avoir originaire au Crétacé supérieur avec des preuves d'événements de diversification rapide lors de plusieurs périodes géologiques. Les lignées majeures se sont diversifiées rapidement dans des habitats chauds et humides au Crétacé supérieur, et la diversification rapide des genres à partir de l'Oligocène précoce s'est produite dans des environnements plus froids et plus secs. La phylogénomique plastidiale offre de nouvelles et importantes perspectives sur les relations phylogénétiques profondes et l'histoire de la diversification des Rosaceae. Le squelette phylogénétique robuste et les estimations de temps que nous fournissons établissent un cadre pour les études comparatives futures sur l'évolution rosacée.",
    url = "https://doi.org/10.1111/nph.14461",
    doi = "10.1111/nph.14461",
    openalex = "W2586653158",
    references = "doi10108010635150490522304, doi10108010635150701472164, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093bioinformaticsbts199, doi101093nargki198, doi101093oxfordjournalsmolbeva026334, doi101111boj12385, doi101126science1059412, doi101371journalpcbi1003537"
}

Nous avons combiné de nouvelles données de séquence pour plus de 300 espèces de rongeurs muroids avec nos séquences précédemment publiées pour jusqu'à cinq gènes nucléaires et un gène mitochondrial afin de générer l'hypothèse la plus largement et densément échantillonnée des relations évolutives au sein des Muroidea. Une procédure de dépistage exhaustif des séquences disponibles publiquement a été mise en œuvre pour éviter la propagation d'erreurs taxonomiques courantes dans les études de supermatrice. L'ensemble de données combiné de séquences soigneusement dépistées, dérivé de toutes les séquences disponibles sur GenBank avec nos nouvelles données, a abouti à une phylogénie par vraisemblance maximale robuste pour 900 des environ 1 620 muroids. Plusieurs régions qui étaient résolues de manière ambiguë dans des études précédentes sont maintenant résolues de manière plus décisive, et nous avons estimé un chronogramme en utilisant 28 calibrations fossiles pour les estimations d'âge et topologiques les plus intégrées à ce jour. Les résultats ont été utilisés pour mettre à jour la classification des muroids et souligner les questions nécessitant des données supplémentaires. Nous avons également comparé les résultats des études de supermatrice multigénique comme celle-ci avec les supertrees principaux publiés et conclu que ces derniers sont peu fiables pour toute étude comparative chez les muroids. De plus, nous avons exploré les modèles de diversification comme explication de pourquoi les rongeurs muroids représentent l'un des groupes de mammifères les plus riches en espèces, en détectant des preuves de taux de diversification nette croissants au fil du temps à travers l'arbre des muroids. Nous suggérons que l'observation de taux croissants peut être due à une combinaison d'augmentations parallèles du taux au sein des clades et de taux d'extinction moyens élevés. Cinq changements de taux de diversification accrus ont été inférés, suggérant que plusieurs, mais peut-être pas indépendants, événements ont conduit à la remarquable diversité spécifique dans la superfamille. Nos résultats fournissent un cadre phylogénétique pour les études comparatives qui n'est pas fortement dépendant du signal d'un seul gène.

@article{doi101371journalpone0183070,
    author = "Steppan, Scott J. et Schenk, John J.",
    title = "Phylogénie des rongeurs muroids : un arbre de 900 espèces révèle des taux de diversification croissants",
    year = "2017",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "Nous avons combiné de nouvelles données de séquence pour plus de 300 espèces de rongeurs muroids avec nos séquences précédemment publiées pour jusqu'à cinq gènes nucléaires et un gène mitochondrial afin de générer l'hypothèse la plus largement et densément échantillonnée des relations évolutives au sein des Muroidea. Une procédure de dépistage exhaustif des séquences disponibles publiquement a été mise en œuvre pour éviter la propagation d'erreurs taxonomiques courantes dans les études de supermatrice. L'ensemble de données combiné de séquences soigneusement dépistées, dérivé de toutes les séquences disponibles sur GenBank avec nos nouvelles données, a abouti à une phylogénie par vraisemblance maximale robuste pour 900 des environ 1 620 muroids. Plusieurs régions qui étaient résolues de manière ambiguë dans des études précédentes sont maintenant résolues de manière plus décisive, et nous avons estimé un chronogramme en utilisant 28 calibrations fossiles pour les estimations d'âge et topologiques les plus intégrées à ce jour. Les résultats ont été utilisés pour mettre à jour la classification des muroids et souligner les questions nécessitant des données supplémentaires. Nous avons également comparé les résultats des études de supermatrice multigénique comme celle-ci avec les supertrees principaux publiés et conclu que ces derniers sont peu fiables pour toute étude comparative chez les muroids. De plus, nous avons exploré les modèles de diversification comme explication de pourquoi les rongeurs muroids représentent l'un des groupes de mammifères les plus riches en espèces, en détectant des preuves de taux de diversification nette croissants au fil du temps à travers l'arbre des muroids. Nous suggérons que l'observation de taux croissants peut être due à une combinaison d'augmentations parallèles du taux au sein des clades et de taux d'extinction moyens élevés. Cinq changements de taux de diversification accrus ont été inférés, suggérant que plusieurs, mais peut-être pas indépendants, événements ont conduit à la remarquable diversité spécifique dans la superfamille. Nos résultats fournissent un cadre phylogénétique pour les études comparatives qui n'est pas fortement dépendant du signal d'un seul gène.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0183070",
    doi = "10.1371/journal.pone.0183070",
    openalex = "W2749303980",
    references = "doi101038nature05634, doi101093bioinformatics149817, doi101093bioinformaticsbtg180, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093sysbiosyt050, doi101109gce20105676129, doi101109tac19741100705, doi101111evo12681, doi101111jeb12937, doi101159000452856, doi101186147121481288, doi101186147121487214, doi105860choice441281"
}

Résumé Objectif Déterminer les dynamiques historiques de la colonisation et si le timing relatif de la colonisation prédit le taux de diversification dans les communautés de rongeurs murins riches en espèces d'Indo‐Australie. Localisation Archipel indo‐australien incluant la plate-forme de Sunda de l'Asie continentale, la plate-forme de Sahul de l'Australie continentale, les Philippines et Wallacea d'Indonésie. Taxon Ordre Rodentia, Famille Muridae. Méthodes Nous avons utilisé une phylogénie moléculaire calibrée par des fossiles et un modèle biogéographique bayésien pour inférer la fréquence et la séquence temporelle des transitions biogéographiques entre Sunda, Sahul, les Philippines et Wallacea. Nous avons estimé les taux de diversification pour chaque lignée colonisatrice en utilisant un estimateur de méthode des moments de la diversification nette et des estimations de changements de taux de diversification par modèle de mélange bayésien. Résultats Nous avons identifié 17 transitions biogéographiques, dont neuf provenant de Sunda, sept provenant de Sulawesi et de Wallacea plus large, et une provenant de Sahul. Wallacea a été colonisée huit fois, les Philippines cinq fois, Sunda deux fois et Sahul deux fois. Les taux de diversification nette ont varié de 0,2 à 2,12 espèces/lignée/My avec des taux plus élevés chez les colonisateurs secondaires et ultérieurs que chez les colonisateurs primaires. Les taux les plus élevés ont été observés dans le genre Rattus et leurs plus proches parents, indépendamment de l'histoire de colonisation. Conclusions principales Nos inférences à partir des murins démontrent à nouveau le rôle substantiel des îles comme sources de diversité spécifique chez les vertébrés terrestres de l'IAA, la plupart des événements de spéciation se produisant sur les îles. Sulawesi et Wallacea plus large ont été une source majeure de colonisateurs pour les systèmes insulaires et continentaux. Les traversées de la ligne de Wallace ont été plus fréquentes que les transitions ultérieures à travers la ligne de Lydekker vers l'est. Bien que la spéciation suivant la colonisation d'archipels océaniques et de grandes îles soit cohérente avec la théorie de la radiation adaptative et les idées concernant l'opportunité écologique, nous n'avons pas observé de signal fort d'effets d'incumbence. Au contraire, les colonisateurs ultérieurs des masses terrestres se sont irradiés sans entrave par les radiations précédentes.

@article{doi101111jbi13720,
    author = "Rowe, Kevin C. et Achmadi, Anang S. et Fabre, Pierre‐Henri et Schenk, John J. et Steppan, Scott J. et Esselstyn, Jacob A.",
    title = "Îles océaniques de Wallacea comme source de dispersion et de diversification des rongeurs murins",
    year = "2019",
    journal = "Journal of Biogeography",
    abstract = "Résumé Objectif Déterminer les dynamiques historiques de la colonisation et si le timing relatif de la colonisation prédit le taux de diversification dans les communautés de rongeurs murins riches en espèces d'Indo‐Australie. Localisation Archipel indo‐australien incluant la plate-forme de Sunda de l'Asie continentale, la plate-forme de Sahul de l'Australie continentale, les Philippines et Wallacea d'Indonésie. Taxon Ordre Rodentia, Famille Muridae. Méthodes Nous avons utilisé une phylogénie moléculaire calibrée par des fossiles et un modèle biogéographique bayésien pour inférer la fréquence et la séquence temporelle des transitions biogéographiques entre Sunda, Sahul, les Philippines et Wallacea. Nous avons estimé les taux de diversification pour chaque lignée colonisatrice en utilisant un estimateur de méthode des moments de la diversification nette et des estimations de changements de taux de diversification par modèle de mélange bayésien. Résultats Nous avons identifié 17 transitions biogéographiques, dont neuf provenant de Sunda, sept provenant de Sulawesi et de Wallacea plus large, et une provenant de Sahul. Wallacea a été colonisée huit fois, les Philippines cinq fois, Sunda deux fois et Sahul deux fois. Les taux de diversification nette ont varié de 0,2 à 2,12 espèces/lignée/My avec des taux plus élevés chez les colonisateurs secondaires et ultérieurs que chez les colonisateurs primaires. Les taux les plus élevés ont été observés dans le genre Rattus et leurs plus proches parents, indépendamment de l'histoire de colonisation. Conclusions principales Nos inférences à partir des murins démontrent à nouveau le rôle substantiel des îles comme sources de diversité spécifique chez les vertébrés terrestres de l'IAA, la plupart des événements de spéciation se produisant sur les îles. Sulawesi et Wallacea plus large ont été une source majeure de colonisateurs pour les systèmes insulaires et continentaux. Les traversées de la ligne de Wallace ont été plus fréquentes que les transitions ultérieures à travers la ligne de Lydekker vers l'est. Bien que la spéciation suivant la colonisation d'archipels océaniques et de grandes îles soit cohérente avec la théorie de la radiation adaptative et les idées concernant l'opportunité écologique, nous n'avons pas observé de signal fort d'effets d'incumbence. Au contraire, les colonisateurs ultérieurs des masses terrestres se sont irradiés sans entrave par les radiations précédentes.",
    url = "https://doi.org/10.1111/jbi.13720",
    doi = "10.1111/jbi.13720",
    openalex = "W2978697075",
    references = "doi101086665996, doi101371journalpone0183070"
}

Nous avons séquencé le génome de l'amande Prunus dulcis cv. Texas, hautement hétérozygote, en combinant le séquençage à lecture courte et à lecture longue. Nous avons obtenu un assemblage de génome totalisant 227,6 Mb sur la taille estimée du génome de l'amande de 238 Mb, dont 91 % est ancré sur huit pseudomolécules correspondant à son complément chromosomique haploïde, et annoté 27 969 gènes codant pour des protéines et 6747 transcrits non codants. Par comparaison phylogénomique avec les génomes de 16 autres espèces proches et éloignées, nous avons estimé que l'amande et la pêche (Prunus persica) se sont séparées il y a environ 5,88 millions d'années. Ces deux génomes sont hautement synténiques et présentent un haut degré de conservation de la séquence (20 substitutions nucléotidiques par kb). Cependant, ils présentent également un grand nombre de variants de présence/absence, dont beaucoup sont attribuables au mouvement des éléments transposables (ET). Les éléments transposables ont généré un nombre important de variants de présence/absence entre l'amande et la pêche, et nous montrons que l'histoire récente du mouvement des ET semble nettement différente entre les deux. Les éléments transposables pourraient également être à l'origine de différences phénotypiques importantes entre les deux espèces, et en particulier pour le phénotype à noyau doux, un caractère agronomique et de domestication clé pour l'amande. Ici, nous montrons que chez les cultivars d'amande douce, des insertions d'ET fortement méthylées entourent un gène impliqué dans la biosynthèse de l'amygdaline, dont l'expression réduite a été corrélée au phénotype d'amande douce. Dans l'ensemble, nos résultats suggèrent un rôle clé des ET dans l'histoire récente et la diversification de l'amande et de sa proche parente, la pêche.

@article{doi101111tpj14538,
    author = "Alioto, Tyler et Alexiou, Konstantinos G. et Bardil, Amélie et Barteri, Fabio et Castanera, Raúl et Cruz, Fernando et Dhingra, Amit et Duval, Henri et i Martí, Á. Fernández et Frías, Leonor et Galán, Beatriz et Garcı́a, José L. et Howad, Werner et Gómez‐Garrido, Jèssica et Gut, Marta et Julca, Irene et Morata, Jordi et Puigdomènech, Pere et Ribeca, Paolo et Cabetas, María José Rubio et Vlasova, Anna et Wirthensohn, M. et García-Más, Jordi et Gabaldón, Toni et Casacuberta, Josep et Arús, Pere",
    title = "Les transposons ont joué un rôle majeur dans la diversification entre les génomes de l'amande et de la pêche, deux espèces étroitement apparentées : résultats de la séquence du génome de l'amande",
    year = "2019",
    journal = "The Plant Journal",
    abstract = "Nous avons séquencé le génome de l'amande Prunus dulcis cv. Texas, hautement hétérozygote, en combinant le séquençage à lecture courte et à lecture longue. Nous avons obtenu un assemblage de génome totalisant 227,6 Mb sur la taille estimée du génome de l'amande de 238 Mb, dont 91 % est ancré sur huit pseudomolécules correspondant à son complément chromosomique haploïde, et annoté 27 969 gènes codant pour des protéines et 6747 transcrits non codants. Par comparaison phylogénomique avec les génomes de 16 autres espèces proches et éloignées, nous avons estimé que l'amande et la pêche (Prunus persica) se sont séparées il y a environ 5,88 millions d'années. Ces deux génomes sont hautement synténiques et présentent un haut degré de conservation de la séquence (20 substitutions nucléotidiques par kb). Cependant, ils présentent également un grand nombre de variants de présence/absence, dont beaucoup sont attribuables au mouvement des éléments transposables (ET). Les éléments transposables ont généré un nombre important de variants de présence/absence entre l'amande et la pêche, et nous montrons que l'histoire récente du mouvement des ET semble nettement différente entre les deux. Les éléments transposables pourraient également être à l'origine de différences phénotypiques importantes entre les deux espèces, et en particulier pour le phénotype à noyau doux, un caractère agronomique et de domestication clé pour l'amande. Ici, nous montrons que chez les cultivars d'amande douce, des insertions d'ET fortement méthylées entourent un gène impliqué dans la biosynthèse de l'amygdaline, dont l'expression réduite a été corrélée au phénotype d'amande douce. Dans l'ensemble, nos résultats suggèrent un rôle clé des ET dans l'histoire récente et la diversification de l'amande et de sa proche parente, la pêche.",
    url = "https://doi.org/10.1111/tpj.14538",
    doi = "10.1111/tpj.14538",
    openalex = "W2974873635",
    references = "doi101016s0022283605803602, doi101038nbt3122, doi10108010635150390235520, doi101093bioinformaticsbtp324, doi101093bioinformaticsbtq033, doi101093bioinformaticsbts635, doi101093bioinformaticsbtu170, doi101093bioinformaticsbtv351, doi101093nargkh340, doi101093sysbiosyq010, doi101111nph14461"
}

Résumé Les aliments consommés par les animaux reflètent leurs adaptations et leurs rôles écologiques, ce qui rend le régime alimentaire un trait important pour la recherche écologique, évolutive et paléobiologique. Les rongeurs sont l'ordre de mammifères le plus riche en espèces et sont également écologiquement diversifiés, consommant une large gamme d'aliments. Pour relier la forme à la fonction et pour étudier la diversification dans le contexte du régime alimentaire et de l'alimentation, les chercheurs devraient suivre des schémas de classification qui capturent la composition du régime alimentaire. Nous avons évalué les ensembles de données existants sur les régimes alimentaires des mammifères ainsi que les schémas de classification précédents développés pour les rongeurs. Pour proposer un schéma catégoriel approprié, nous avons défini des divisions au sein des rongeurs herbivores et carnivores, visant à capturer les différences intrinsèques dans la composition du régime alimentaire en termes d'accessibilité, de teneur en nutriments et de digestibilité de divers aliments. Notre proposition comprend huit catégories (Carnivore, Folivore, Frugivore, Granivore, Omnivore, Herbivore Spécialisé, Inconnu et Vermivore) dans lesquelles les espèces peuvent être classées avec des informations provenant des comptes d'espèces et des guides de terrain. Pour éviter toute ambiguïté, nous fournissons des exemples et des critères détaillés pour chaque catégorie de régime alimentaire. Pour une recherche comparative biologiquement viable, nous demandons aux chercheurs d'utiliser nos catégories de régime alimentaire pour les espèces de rongeurs. Les catégories peuvent également être appliquées à d'autres niveaux taxonomiques ou à différentes populations, sexes ou stades ontogénétiques. Nous appelons à une étude plus approfondie de l'histoire naturelle des petits mammifères et à l'intégration des données primaires dans des bases de données ouvertes.

@article{doi101111mam12214,
    author = "Arregoitia, Luis D. Verde et D'Elía, Guillermo",
    title = "Classification des régimes alimentaires des rongeurs pour la recherche comparative",
    year = "2020",
    journal = "Mammal Review",
    abstract = "Résumé Les aliments consommés par les animaux reflètent leurs adaptations et leurs rôles écologiques, ce qui rend le régime alimentaire un trait important pour la recherche écologique, évolutive et paléobiologique. Les rongeurs sont l'ordre de mammifères le plus riche en espèces et sont également écologiquement diversifiés, consommant une large gamme d'aliments. Pour relier la forme à la fonction et pour étudier la diversification dans le contexte du régime alimentaire et de l'alimentation, les chercheurs devraient suivre des schémas de classification qui capturent la composition du régime alimentaire. Nous avons évalué les ensembles de données existants sur les régimes alimentaires des mammifères ainsi que les schémas de classification précédents développés pour les rongeurs. Pour proposer un schéma catégoriel approprié, nous avons défini des divisions au sein des rongeurs herbivores et carnivores, visant à capturer les différences intrinsèques dans la composition du régime alimentaire en termes d'accessibilité, de teneur en nutriments et de digestibilité de divers aliments. Notre proposition comprend huit catégories (Carnivore, Folivore, Frugivore, Granivore, Omnivore, Herbivore Spécialisé, Inconnu et Vermivore) dans lesquelles les espèces peuvent être classées avec des informations provenant des comptes d'espèces et des guides de terrain. Pour éviter toute ambiguïté, nous fournissons des exemples et des critères détaillés pour chaque catégorie de régime alimentaire. Pour une recherche comparative biologiquement viable, nous demandons aux chercheurs d'utiliser nos catégories de régime alimentaire pour les espèces de rongeurs. Les catégories peuvent également être appliquées à d'autres niveaux taxonomiques ou à différentes populations, sexes ou stades ontogénétiques. Nous appelons à une étude plus approfondie de l'histoire naturelle des petits mammifères et à l'intégration des données primaires dans des bases de données ouvertes.",
    url = "https://doi.org/10.1111/mam.12214",
    doi = "10.1111/mam.12214",
    openalex = "W3080274445",
    references = "doi101016jtree201905008, doi101093jmammalgyy179, doi101111jeb12937"
}

CONTEXTE : Les informations sur le génome des chloroplastes (cp) faciliteraient le développement et l'utilisation des ressources de Taxodium. Cependant, les caractéristiques du génome cp de Taxodium étaient mal comprises. RÉSULTATS : Nous avons déterminé les séquences complètes des génomes cp de T. distichum, T. mucronatum et T. ascendens. Les génomes cp ont une longueur comprise entre 131 947 pb et 132 613 pb, codent pour 120 gènes avec le même ordre et ne possèdent pas de régions d'inversion typiques (IR). Le plus grand IR petit, un IR contenant trnQ de 282 pb, a participé à la formation d'isomères. L'analyse comparative des 3 génomes cp a montré que 91,57 % des indels ont entraîné une variation périodique des motifs de répétition en tandem (TR) et que 72,46 % des polymorphismes de nucléotides simples (SNP) situés à proximité des TR suggèrent une relation entre les TR et la dynamique mutationnelle. Onze régions hypervariables ont été identifiées comme des candidats pour le développement de codes-barres ADN. L'ORF cp hypothétique 1 (Ycf1) est le seul gène présentant un indel dans la séquence d'ADN codante, et cet indel est composé d'un long TR. Lorsqu'il est étendu aux cupressophytes, les gènes ycf1 ont subi une insertion universelle de TR accompagnée d'une expansion extrême de la longueur. Parallèlement, ycf1 se trouve également aux points de réarrangement des génomes cp des cupressophytes. Toutes ces caractéristiques mettent en évidence le rôle important des répétitions dans l'évolution des génomes cp. CONCLUSIONS : Cette étude apporte de nouvelles preuves du rôle des répétitions dans le mécanisme dynamique de la mutation et du réarrangement du génome cp. De plus, les informations sur les TR et les régions hypervariables fourniront des ressources moléculaires fiables pour les recherches futures axées sur l'identification des taxons infragénériques, la résolution phylogénétique, la structure des populations et la biodiversité du genre Taxodium et des Cupressophytes.

@article{doi101186s1286402065321,
    author = "Duan, Hao et Guo, Jinbo et Xuan, Lei et Wang, Ziyang et Li, Mingzhi et Yin, Yunlong et Yang, Ying",
    title = "Génomique comparative des chloroplastes du genre Taxodium",
    year = "2020",
    journal = "BMC Genomics",
    abstract = "CONTEXTE : Les informations sur le génome des chloroplastes (cp) faciliteraient le développement et l'utilisation des ressources de Taxodium. Cependant, les caractéristiques du génome cp de Taxodium étaient mal comprises. RÉSULTATS : Nous avons déterminé les séquences complètes des génomes cp de T. distichum, T. mucronatum et T. ascendens. Les génomes cp ont une longueur comprise entre 131 947 pb et 132 613 pb, codent pour 120 gènes avec le même ordre et ne possèdent pas de régions d'inversion typiques (IR). Le plus grand IR petit, un IR contenant trnQ de 282 pb, a participé à la formation d'isomères. L'analyse comparative des 3 génomes cp a montré que 91,57 % des indels ont entraîné une variation périodique des motifs de répétition en tandem (TR) et que 72,46 % des polymorphismes de nucléotides simples (SNP) situés à proximité des TR suggèrent une relation entre les TR et la dynamique mutationnelle. Onze régions hypervariables ont été identifiées comme des candidats pour le développement de codes-barres ADN. L'ORF cp hypothétique 1 (Ycf1) est le seul gène présentant un indel dans la séquence d'ADN codante, et cet indel est composé d'un long TR. Lorsqu'il est étendu aux cupressophytes, les gènes ycf1 ont subi une insertion universelle de TR accompagnée d'une expansion extrême de la longueur. Parallèlement, ycf1 se trouve également aux points de réarrangement des génomes cp des cupressophytes. Toutes ces caractéristiques mettent en évidence le rôle important des répétitions dans l'évolution des génomes cp. CONCLUSIONS : Cette étude apporte de nouvelles preuves du rôle des répétitions dans le mécanisme dynamique de la mutation et du réarrangement du génome cp. De plus, les informations sur les TR et les régions hypervariables fourniront des ressources moléculaires fiables pour les recherches futures axées sur l'identification des taxons infragénériques, la résolution phylogénétique, la structure des populations et la biodiversité du genre Taxodium et des Cupressophytes.",
    url = "https://doi.org/10.1186/s12864-020-6532-1",
    doi = "10.1186/s12864-020-6532-1",
    openalex = "W3013176840",
    references = "doi101038s4143801901711"
}

Parmi les arbres fruitiers cultivés, l'abricot (Prunus armeniaca) constitue un excellent modèle pour étudier les processus de divergence et d'adaptation. Ici, nous obtenons près de 600 génomes d'abricots Armeniaca et quatre assemblages de haute qualité ancrés sur des cartes génétiques. Les abricots chinois et européens forment deux pools génétiques différenciés avec une haute diversité génétique, résultant d'événements de domestication indépendants à partir de populations sauvages distinctes d'Asie centrale, et avec un flux génique ultérieur. Une proportion relativement faible du génome est affectée par la sélection. Différentes régions génomiques montrent des traces de sélection chez les abricots cultivés européens et chinois, malgré des traits phénotypiques convergents, avec des fonctions prédites dans les deux groupes impliquées dans le cycle de vie pérenne, la qualité du fruit et la résistance aux maladies. Les traces de sélection semblent plus abondantes chez les abricots européens, avec un point chaud sur le chromosome 4, tandis que l'admixture est plus répandue chez les abricots cultivés chinois. Notre étude fournit des indices sur la biologie des traits sélectionnés et des cibles pour la recherche et l'élevage des arbres fruitiers.

@article{doi101038s41467021242836,
    author = "Groppi, Alexis et Liu, Shuo et Cornille, Amandine et Decroocq, Stéphane et Bui, Quynh Trang et Tricon, David et Cruaud, Corinne et Arribat, Sandrine et Belser, Caroline et Marande, William et Salse, Jérôme et Huneau, Cécile et Rodde, Nathalie et Rhalloussi, Wassim et Cauet, Stéphane et Istace, Benjamin et Denis, Erwan et Carrère, Sébastien et Audergon, Jean-Marc et Roch, Guillaume et Lambert, Patrick et Zhebentyayeva, Tetyana et Liu, Weisheng et Bouchez, Olivier et Lopez‐Roques, Céline et Serre, Rémy-Félix et Debuchy, Robert et Tran, Joseph et Wincker, Patrick et Chen, Xilong et Pétriacq, Pierre et Barré, Aurélien et Nikolski, Macha et Aury, Jean‐Marc et Abbott, Albert G. et Giraud, Tatiana et Decroocq, Véronique",
    title = "Génétique des populations des abricots révèle l'histoire de la domestication et les événements adaptatifs",
    year = "2021",
    journal = "Nature Communications",
    abstract = "Parmi les arbres fruitiers cultivés, l'abricot (Prunus armeniaca) constitue un excellent modèle pour étudier les processus de divergence et d'adaptation. Ici, nous obtenons près de 600 génomes d'abricots Armeniaca et quatre assemblages de haute qualité ancrés sur des cartes génétiques. Les abricots chinois et européens forment deux pools génétiques différenciés avec une haute diversité génétique, résultant d'événements de domestication indépendants à partir de populations sauvages distinctes d'Asie centrale, et avec un flux génique ultérieur. Une proportion relativement faible du génome est affectée par la sélection. Différentes régions génomiques montrent des traces de sélection chez les abricots cultivés européens et chinois, malgré des traits phénotypiques convergents, avec des fonctions prédites dans les deux groupes impliquées dans le cycle de vie pérenne, la qualité du fruit et la résistance aux maladies. Les traces de sélection semblent plus abondantes chez les abricots européens, avec un point chaud sur le chromosome 4, tandis que l'admixture est plus répandue chez les abricots cultivés chinois. Notre étude fournit des indices sur la biologie des traits sélectionnés et des cibles pour la recherche et l'élevage des arbres fruitiers.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41467-021-24283-6",
    doi = "10.1038/s41467-021-24283-6",
    openalex = "W3176721616",
    references = "doi101111tpj14538"
}

Résumé Les espèces de Rheum ont une haute valeur médicinale, avec le centre de diversité sur la Plateau Qinghai–Tibet (QTP) et les régions adjacentes. Cependant, les relations phylogénétiques de Rheum restent floues en raison des marqueurs fragmentaires fournissant des loci informatifs insuffisants. Ici, nous avons séquencé et annoté les plastomes de neuf espèces de Rheum, et comparé la structure du génome entre les neuf nouvelles espèces ainsi que trois espèces publiées. Les analyses comparatives ont révélé que les plastomes de Rheum partagent une structure relativement conservée. Cinq régions hautement divergentes (accD, ccsA, matK, ndhF, et ndhH) peuvent être utilisées comme des marqueurs moléculaires précieux pour une délimitation d'espèces ultérieure et des études de génétique des populations. Vingt-deux collections représentant 17 espèces ont été utilisées pour l'analyse phylogénétique, ce qui a généré un arbre phylogénétique robuste et révélé deux grands clades au sein de Rheum. Les résultats phylogénétiques ont montré que les structures de serre et les coussins de Rheum sont le résultat d'une évolution parallèle lors de l'adaptation à des environnements similaires. Une topologie d'arbre inconsistante entre les méthodes concaténées et coalescentes a été détectée, impliquant que le tri de lignée incomplet et l'hybridation peuvent s'être produits dans l'histoire évolutive de Rheum. L'estimation du temps de divergence basée sur deux calibrations fossiles et trois calibrations secondaires a révélé une origine du Miocène au milieu de l'Oligocène pour Rheum. Notre étude fournit des ressources génomiques précieuses pour le genre Rheum d'importance médicinale, tout en offrant des aperçus utiles sur sa systématique et son évolution.

@article{doi101111jse12814,
    author = "Zhang, Huajie et Zhang, Xu et Landis, Jacob B. et Sun, Yanxia et Sun, Jiao et Kuang, Tianhui et Li, Lijuan et Tiamiyu, Bashir B. et Deng, Tao et Sun, Hang et Wang, Hengchang",
    title = "Phylogénomique et analyses comparatives de Rheum (Polygonaceae, Polygonoideae)",
    year = "2021",
    journal = "Journal of Systematics and Evolution",
    abstract = "Résumé Les espèces de Rheum ont une haute valeur médicinale, avec le centre de diversité sur la Plateau Qinghai–Tibet (QTP) et les régions adjacentes. Cependant, les relations phylogénétiques de Rheum restent floues en raison des marqueurs fragmentaires fournissant des loci informatifs insuffisants. Ici, nous avons séquencé et annoté les plastomes de neuf espèces de Rheum, et comparé la structure du génome entre les neuf nouvelles espèces ainsi que trois espèces publiées. Les analyses comparatives ont révélé que les plastomes de Rheum partagent une structure relativement conservée. Cinq régions hautement divergentes (accD, ccsA, matK, ndhF, et ndhH) peuvent être utilisées comme des marqueurs moléculaires précieux pour une délimitation d'espèces ultérieure et des études de génétique des populations. Vingt-deux collections représentant 17 espèces ont été utilisées pour l'analyse phylogénétique, ce qui a généré un arbre phylogénétique robuste et révélé deux grands clades au sein de Rheum. Les résultats phylogénétiques ont montré que les structures de serre et les coussins de Rheum sont le résultat d'une évolution parallèle lors de l'adaptation à des environnements similaires. Une topologie d'arbre inconsistante entre les méthodes concaténées et coalescentes a été détectée, impliquant que le tri de lignée incomplet et l'hybridation peuvent s'être produits dans l'histoire évolutive de Rheum. L'estimation du temps de divergence basée sur deux calibrations fossiles et trois calibrations secondaires a révélé une origine du Miocène au milieu de l'Oligocène pour Rheum. Notre étude fournit des ressources génomiques précieuses pour le genre Rheum d'importance médicinale, tout en offrant des aperçus utiles sur sa systématique et son évolution.",
    url = "https://doi.org/10.1111/jse.12814",
    doi = "10.1111/jse.12814",
    openalex = "W3211885230",
    references = "doi101016jympev201812023"
}

Les preuves phylogénomiques issues d'un nombre croissant d'études ont démontré que différents ensembles de données et approches analytiques reconstruisent souvent des relations fortement soutenues mais contradictoires. Dans cette étude, 785 gènes nucléaires à copie unique et 75 plastomes complets ont été utilisés pour inférer les relations phylogénétiques et estimer la biogéographie historique du genre de pommier Malus sensu lato, une lignée économiquement importante distribuée de manière disjuncte dans l'hémisphère nord et impliquée dans des événements d'hybridation et d'allopolyploïdie connus et soupçonnés. La phylogénie nucléaire a récupéré la monophylie de Malus s.l. (incluant Docynia) ; cependant, le genre a été soutenu comme étant biphylétique dans la phylogénie plastidique. Un événement ancien de capture de chloroplaste au Crétacé supérieur en Amérique du nord-ouest explique le mieux la discordance cytonucléaire. Notre analyse de conflit a démontré que l'ILS, l'hybridation et l'allopolyploïdie pouvaient expliquer la discordance généralisée des arbres génétiques nucléaires. Un événement d'hybridation profond (Malus doumeri) et un événement récent (Malus coronaria) ont été détectés dans Malus s.l. De plus, notre analyse biogéographique historique intégrant des données vivantes et fossiles a soutenu une origine généralisée en Asie de l'Est et en Amérique du nord-ouest de Malus s.l. au Crétacé supérieur, suivie de plusieurs événements d'extinction et de dispersion dans l'hémisphère nord. Nous proposons également un flux de travail général pour évaluer la discordance phylogénomique et l'analyse biogéographique en utilisant des ensembles de données de génomique par épluchage profond.

@article{doi101111jipb13246,
    author = "Liu, Binbin et Ren, Chen et Kwak, Myounghai et Hodel, Richard G.J. et Xu, Chao et He, Jian et Zhou, Wenbin et Huang, Chien‐Hsun et Mā, Hong et Qian, Guan‐Ze et De‐Yuan, Hong et Wen, Jun",
    title = "Analyses de conflits phylogénomiques dans le genre de pommier Malus s.l. révèlent une hybridation généralisée et une allopolyploïdie conduisant à la diversification, avec des aperçus sur l'histoire biogéographique complexe dans l'hémisphère nord",
    year = "2022",
    journal = "Journal of Integrative Plant Biology",
    abstract = "Les preuves phylogénomiques issues d'un nombre croissant d'études ont démontré que différents ensembles de données et approches analytiques reconstruisent souvent des relations fortement soutenues mais contradictoires. Dans cette étude, 785 gènes nucléaires à copie unique et 75 plastomes complets ont été utilisés pour inférer les relations phylogénétiques et estimer la biogéographie historique du genre de pommier Malus sensu lato, une lignée économiquement importante distribuée de manière disjuncte dans l'hémisphère nord et impliquée dans des événements d'hybridation et d'allopolyploïdie connus et soupçonnés. La phylogénie nucléaire a récupéré la monophylie de Malus s.l. (incluant Docynia) ; cependant, le genre a été soutenu comme étant biphylétique dans la phylogénie plastidique. Un événement ancien de capture de chloroplaste au Crétacé supérieur en Amérique du nord-ouest explique le mieux la discordance cytonucléaire. Notre analyse de conflit a démontré que l'ILS, l'hybridation et l'allopolyploïdie pouvaient expliquer la discordance généralisée des arbres génétiques nucléaires. Un événement d'hybridation profond (Malus doumeri) et un événement récent (Malus coronaria) ont été détectés dans Malus s.l. De plus, notre analyse biogéographique historique intégrant des données vivantes et fossiles a soutenu une origine généralisée en Asie de l'Est et en Amérique du nord-ouest de Malus s.l. au Crétacé supérieur, suivie de plusieurs événements d'extinction et de dispersion dans l'hémisphère nord. Nous proposons également un flux de travail général pour évaluer la discordance phylogénomique et l'analyse biogéographique en utilisant des ensembles de données de génomique par épluchage profond.",
    url = "https://doi.org/10.1111/jipb.13246",
    doi = "10.1111/jipb.13246",
    openalex = "W4221042877",
    references = "doi101016jympev2020106784, doi10103835075035, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093bioinformaticsbtp348, doi101093bioinformaticsbtu033, doi101093molbevmsaa015, doi101093molbevmsw260, doi101093sysbiosyy032, doi101111nph14461, doi101126science1059412, doi101126science23547931156, doi101371journalpbio0040088"
}

CONTEXTE : Le genre Peucedanum est le membre de base de la famille des Apiacées, avec de nombreuses plantes d'importance économique et médicale. Bien que les études précédentes sur Peucedanum nous aient fourni une bonne base de recherche, les relations phylogénétiques restent encore floues et de nombreux problèmes taxonomiques subsistent dans Peucedanum, et un cadre phylogénétique robuste de ce genre n'a toujours pas été obtenu, ce qui entrave gravement l'amélioration et la révision du système taxonomique pour ce genre. Les génomes plastidiques possédant des caractères plus variables ont un potentiel pour reconstruire une phylogénie robuste chez les plantes. RÉSULTATS : Dans l'étude actuelle, nous avons séquencé et assemblé pour la première fois sept génomes plastidiques de Peucedanum. Avec cinq génomes plastidiques de Peucedanum publiés précédemment, nous avons effectué des analyses comparatives complètes pour ce genre. Douze plastomes de Peucedanum étaient similaires en termes de structure du génome, de biais de codon, de sites d'édition de l'ARN et de SSR, mais variaient en termes de taille du génome, de contenu génique et d'arrangement, et de bordure de SC/IR. Quinze régions de points chauds de mutation ont été identifiées parmi les génomes plastidiques qui peuvent servir de codes-barres ADN candidats pour l'identification des espèces dans Peucedanum. Nos analyses phylogénétiques basées sur les génomes plastidiques ont généré une phylogénie avec des supports et des résolutions élevés pour Peucedanum qui soutenaient robustement la non-monophylie du genre Peucedanum. CONCLUSION : Les génomes plastidiques de Peucedanum ont montré à la fois conservation et diversité. Les données de génome plastidique étaient efficaces et puissantes pour améliorer les supports et les résolutions de la phylogénie pour le complexe genre Peucedanum. En résumé, notre étude offre de nouveaux aperçus sur l'évolution du génome plastidique, la taxonomie et la phylogénie pour les espèces de Peucedanum.

@article{doi101186s1287002203488x,
    author = "Liu, Chang‐Kun et Lei, Jia-Qing et Jiang, Qiu‐Ping et Zhou, Song‐Dong et He, Xing‐Jin",
    title = "Les génomes plastidiques complets de sept plantes du genre Peucedanum : analyses comparatives et phylogénétiques pour le genre Peucedanum",
    year = "2022",
    journal = "BMC Plant Biology",
    abstract = "CONTEXTE : Le genre Peucedanum est le membre de base de la famille des Apiacées, avec de nombreuses plantes d'importance économique et médicale. Bien que les études précédentes sur Peucedanum nous aient fourni une bonne base de recherche, les relations phylogénétiques restent encore floues et de nombreux problèmes taxonomiques subsistent dans Peucedanum, et un cadre phylogénétique robuste de ce genre n'a toujours pas été obtenu, ce qui entrave gravement l'amélioration et la révision du système taxonomique pour ce genre. Les génomes plastidiques possédant des caractères plus variables ont un potentiel pour reconstruire une phylogénie robuste chez les plantes. RÉSULTATS : Dans l'étude actuelle, nous avons séquencé et assemblé pour la première fois sept génomes plastidiques de Peucedanum. Avec cinq génomes plastidiques de Peucedanum publiés précédemment, nous avons effectué des analyses comparatives complètes pour ce genre. Douze plastomes de Peucedanum étaient similaires en termes de structure du génome, de biais de codon, de sites d'édition de l'ARN et de SSR, mais variaient en termes de taille du génome, de contenu génique et d'arrangement, et de bordure de SC/IR. Quinze régions de points chauds de mutation ont été identifiées parmi les génomes plastidiques qui peuvent servir de codes-barres ADN candidats pour l'identification des espèces dans Peucedanum. Nos analyses phylogénétiques basées sur les génomes plastidiques ont généré une phylogénie avec des supports et des résolutions élevés pour Peucedanum qui soutenaient robustement la non-monophylie du genre Peucedanum. CONCLUSION : Les génomes plastidiques de Peucedanum ont montré à la fois conservation et diversité. Les données de génome plastidique étaient efficaces et puissantes pour améliorer les supports et les résolutions de la phylogénie pour le complexe genre Peucedanum. En résumé, notre étude offre de nouveaux aperçus sur l'évolution du génome plastidique, la taxonomie et la phylogénie pour les espèces de Peucedanum.",
    url = "https://doi.org/10.1186/s12870-022-03488-x",
    doi = "10.1186/s12870-022-03488-x",
    openalex = "W4220865946",
    references = "doi101016jympev2021107183"
}

, y compris l'optimum climatique du Miocène moyen (MMCO), le refroidissement global du Miocène supérieur, ainsi que la succession de soulèvement de la plate-forme Qinghai-Tibet (QTP) et le renforcement du climat monsoonique en Asie de l'Est durant le Miocène supérieur et le Pliocène. Cette étude de cas suggère que les événements géologiques et climatiques uniques du Néogène en Asie de l'Est, en particulier le soulèvement de la QTP et l'amélioration du climat monsoonique, ont pu jouer un rôle essentiel dans la formation de la distribution inégale de la diversité végétale dans l'hémisphère Nord.

@article{doi101016jpld202307009,
    author = "Zhou, Nian et Miao, Ke et Liu, Chang‐Kun et Jia, Lin‐Bo et Hu, Jinjin et Huang, Yong‐Jiang et Ji, Yunheng",
    title = "Biogéographie historique et diversification évolutive de Lilium (Liliaceae) : nouvelles perspectives issues de la phylogénomique du plastome",
    year = "2023",
    journal = "Plant Diversity",
    abstract = ", y compris l'optimum climatique du Miocène moyen (MMCO), le refroidissement global du Miocène supérieur, ainsi que la succession de soulèvement de la plate-forme Qinghai-Tibet (QTP) et le renforcement du climat monsoonique en Asie de l'Est durant le Miocène supérieur et le Pliocène. Cette étude de cas suggère que les événements géologiques et climatiques uniques du Néogène en Asie de l'Est, en particulier le soulèvement de la QTP et l'amélioration du climat monsoonique, ont pu jouer un rôle essentiel dans la formation de la distribution inégale de la diversité végétale dans l'hémisphère Nord.",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.pld.2023.07.009",
    doi = "10.1016/j.pld.2023.07.009",
    openalex = "W4385545178",
    references = "doi101016jympev2021107183, doi101126sciadvabg0625"
}

Maleae est l'une des tribus les plus répandues des Rosaceae et comprend plusieurs cultures fruitières importantes et des plantes ornementales. Nous avons utilisé des gènes nucléaires provenant de 62 transcriptomes/genomes, dont 26 transcriptomes nouvellement générés, pour reconstruire une phylogénie bien étayée et étudier l'évolution de la morphologie du fruit et de la feuille et l'effet possible de la duplication du génome entier (WGD). Notre phylogénie a récupéré 11 clades bien étayés et a soutenu la monophylie de la plupart des genres (à l'exception de Malus, Sorbus et Pourthiaea) avec au moins deux espèces échantillonnées. Une WGD a été localisée au dernier ancêtre commun (MRCA) de Maleae et datée d'environ 54 millions d'années (Ma) près de l'Optimum climatique de l'Éocène inférieur, soutenant l'idée que Gillenieae (x = 9) est une lignée parentale de Maleae (x = 17) et incluant des gènes régulateurs dupliqués liés à l'origine du fruit charnu péricarpe. Les paralogues dérivés de la duplication du génome entier qui sont conservés dans des lignées spécifiques mais perdus dans d'autres sont prédits pour fonctionner dans le développement, le métabolisme et d'autres processus. Une augmentation de la diversification et des innovations de la morphologie du fruit et de la feuille s'est produite au MRCA de la sous-tribu Malinae, coïncidant avec la transition Éocène-Oligocène (c. 34 Ma), suivant un délai depuis le moment de l'événement WGD. Nos résultats fournissent de nouvelles perspectives sur la phylogénie de Maleae, sa diversification rapide et son évolution morphologique et moléculaire.

@article{doi101111nph19175,
    author = "Zhang, Lin et Morales‐Briones, Diego F. et Li, Yujie et Zhang, Guojin et Zhang, Taikui et Huang, Chien‐Hsun et Guo, Peng et Zhang, Kaiming et Wang, Yihan et Wang, Hongwei et Shang, Fude et Mā, Hong",
    title = "Phylogenomics insights into gene evolution, rapid species diversification, and morphological innovation of the apple tribe (Maleae, Rosaceae)",
    year = "2023",
    journal = "New Phytologist",
    abstract = "Maleae est l'une des tribus les plus répandues des Rosaceae et comprend plusieurs cultures fruitières importantes et des plantes ornementales. Nous avons utilisé des gènes nucléaires provenant de 62 transcriptomes/genomes, dont 26 transcriptomes nouvellement générés, pour reconstruire une phylogénie bien étayée et étudier l'évolution de la morphologie du fruit et de la feuille et l'effet possible de la duplication du génome entier (WGD). Notre phylogénie a récupéré 11 clades bien étayés et a soutenu la monophylie de la plupart des genres (à l'exception de Malus, Sorbus et Pourthiaea) avec au moins deux espèces échantillonnées. Une WGD a été localisée au dernier ancêtre commun (MRCA) de Maleae et datée d'environ 54 millions d'années (Ma) près de l'Optimum climatique de l'Éocène inférieur, soutenant l'idée que Gillenieae (x = 9) est une lignée parentale de Maleae (x = 17) et incluant des gènes régulateurs dupliqués liés à l'origine du fruit charnu péricarpe. Les paralogues dérivés de la duplication du génome entier qui sont conservés dans des lignées spécifiques mais perdus dans d'autres sont prédits pour fonctionner dans le développement, le métabolisme et d'autres processus. Une augmentation de la diversification et des innovations de la morphologie du fruit et de la feuille s'est produite au MRCA de la sous-tribu Malinae, coïncidant avec la transition Éocène-Oligocène (c. 34 Ma), suivant un délai depuis le moment de l'événement WGD. Nos résultats fournissent de nouvelles perspectives sur la phylogénie de Maleae, sa diversification rapide et son évolution morphologique et moléculaire.",
    url = "https://doi.org/10.1111/nph.19175",
    doi = "10.1111/nph.19175",
    openalex = "W4385564326",
    references = "doi101111jipb13246"
}

CONTEXTE : Le genre Ferula comprend 180 à 185 espèces et est l'un des plus grands genres de la famille des Apiacées, de nombreuses espèces de Ferula possédant une valeur médicale importante. Les études précédentes ont fourni plus d'informations sur Ferula, mais ses relations infragénériques restent encore confuses. De plus, sa base génétique de son évolution adaptative reste mal comprise. Les génomes plastidiaux avec plus de sites variables ont le potentiel de reconstruire une phylogénie robuste chez les plantes et d'étudier l'évolution adaptative des plantes. Bien que des génomes chloroplastiques aient été rapportés au sein du genre Ferula, peu d'études ont été menées en utilisant des génomes chloroplastiques, en particulier pour les espèces endémiques en Chine. RÉSULTATS : Des analyses comparatives complètes de 22 plastomes nouvellement séquencés et assemblés ont indiqué que ces plastomes avaient une structure génomique hautement conservée, un nombre de gènes, une utilisation des codons et un type et une distribution de répétitions, mais variaient en taille des plastomes, en teneur en GC et aux limites SC/IR. Treize régions de points chauds de mutation ont été détectées et elles pourraient servir de candidats prometteurs pour les codes-barres ADN pour l'identification des espèces dans Ferula et les genres apparentés. Les analyses phylogénomiques avec des supports et des résolutions élevés ont montré que Talassia transiliensis et Soranthus meyeri étaient inclus dans le genre Ferula, et donc elles devraient être transférées dans le genre Ferula. Nos phylogénies ont également indiqué la monophylie des sous-genres Sinoferula et des sous-genres Narthex dans le genre Ferula. Douze gènes avec des probabilités postérieures significatives pour les sites de codons ont été identifiés dans l'analyse de sélection positive, et leur fonction peut être liée au photosystème II, à la sous-unité ATP et à la NADH déshydrogénase. La plupart d'entre eux pourraient jouer un rôle important pour aider les espèces de Ferula à s'adapter aux habitats à hautes températures, à une lumière intense et à la sécheresse. CONCLUSION : Les données du plastome sont puissantes et efficaces pour améliorer le support et la résolution de la phylogénie complexe de Ferula. Douze gènes avec des probabilités postérieures significatives pour les sites de codons ont été utiles pour que Ferula s'adapte à l'environnement hostile. Dans l'ensemble, notre étude fournit un nouveau point de vue pour comprendre la phylogénie et l'évolution de Ferula.

@article{doi101186s12870022040274,
    author = "Qin, Huan-Huan et Cai, Jing et Liu, Chang‐Kun et Zhou, Ren-Xiu et Price, Megan et Zhou, Song‐Dong et He, Xing‐Jin",
    title = "Le génome plastidial de vingt-deux espèces de Ferula, Talassia et Soranthus : analyse comparative, implications phylogénétiques et évolution adaptative",
    year = "2023",
    journal = "BMC Plant Biology",
    abstract = "CONTEXTE : Le genre Ferula comprend 180 à 185 espèces et est l'un des plus grands genres de la famille des Apiacées, de nombreuses espèces de Ferula possédant une valeur médicale importante. Les études précédentes ont fourni plus d'informations sur Ferula, mais ses relations infragénériques restent encore confuses. De plus, sa base génétique de son évolution adaptative reste mal comprise. Les génomes plastidiaux avec plus de sites variables ont le potentiel de reconstruire une phylogénie robuste chez les plantes et d'étudier l'évolution adaptative des plantes. Bien que des génomes chloroplastiques aient été rapportés au sein du genre Ferula, peu d'études ont été menées en utilisant des génomes chloroplastiques, en particulier pour les espèces endémiques en Chine. RÉSULTATS : Des analyses comparatives complètes de 22 plastomes nouvellement séquencés et assemblés ont indiqué que ces plastomes avaient une structure génomique hautement conservée, un nombre de gènes, une utilisation des codons et un type et une distribution de répétitions, mais variaient en taille des plastomes, en teneur en GC et aux limites SC/IR. Treize régions de points chauds de mutation ont été détectées et elles pourraient servir de candidats prometteurs pour les codes-barres ADN pour l'identification des espèces dans Ferula et les genres apparentés. Les analyses phylogénomiques avec des supports et des résolutions élevés ont montré que Talassia transiliensis et Soranthus meyeri étaient inclus dans le genre Ferula, et donc elles devraient être transférées dans le genre Ferula. Nos phylogénies ont également indiqué la monophylie des sous-genres Sinoferula et des sous-genres Narthex dans le genre Ferula. Douze gènes avec des probabilités postérieures significatives pour les sites de codons ont été identifiés dans l'analyse de sélection positive, et leur fonction peut être liée au photosystème II, à la sous-unité ATP et à la NADH déshydrogénase. La plupart d'entre eux pourraient jouer un rôle important pour aider les espèces de Ferula à s'adapter aux habitats à hautes températures, à une lumière intense et à la sécheresse. CONCLUSION : Les données du plastome sont puissantes et efficaces pour améliorer le support et la résolution de la phylogénie complexe de Ferula. Douze gènes avec des probabilités postérieures significatives pour les sites de codons ont été utiles pour que Ferula s'adapte à l'environnement hostile. Dans l'ensemble, notre étude fournit un nouveau point de vue pour comprendre la phylogénie et l'évolution de Ferula.",
    url = "https://doi.org/10.1186/s12870-022-04027-4",
    doi = "10.1186/s12870-022-04027-4",
    openalex = "W4313559928",
    references = "doi101016jympev2021107183"
}

FOND : Pueraria est une matière première comestible et médicinale, d'une grande valeur pour les industries pharmaceutique et alimentaire. Néanmoins, en raison de la diversité morphologique et d'un histoire de domestication complexe, la classification des plantes Pueraria est ambiguë. Comme les variétés sur le marché sont mélangées, les espèces sont difficiles à distinguer, et leurs caractéristiques morphologiques sont similaires aux propriétés physiques et chimiques. Il est difficile de les identifier précisément par les méthodes d'identification traditionnelles. Les génomes chloroplastiques (cp) sont largement utilisés dans l'identification des espèces et les études phylogénétiques pour atteindre une identification précise des plantes médicinales, et peuvent également fournir plus d'informations de référence pour les études phylogénétiques. Sur la base d'un échantillonnage interspécifique et intraspécifique, les génomes cp de huit espèces ou variétés de plantes Pueraria ont été examinés dans cette étude. RÉSULTATS : L'étude a révélé que la taille du génome cp variait de 151 555 à 153 668 paires de bases (pb), avec une teneur totale en GC allant de 35,4 à 37,0 %. De plus, il a été constaté que le génome cp contenait entre 128 et 135 gènes. L'analyse comparative a indiqué que le plus grand nombre de répétitions de séquences simples (SSR) a été identifié chez P. montana et P. alopecuroides, avec une prépondérance de ces SSR riches en nucléotides Adénine (A) et Thymine (T). La comparaison complète et l'analyse par fenêtre glissante du génome cp ont établi que la région non codante présentait des différences de séquence plus importantes que la région codante, et que la région à copie simple large (LSC) démontrait des niveaux de polymorphisme nucléotidique plus élevés. Quatorze locus hautement variables tels que rpoB, ycf1, rbcL, trnF-GAA-trnL, psbC-psbD et ycf4-cemA ont été détectés comme des marqueurs moléculaires potentiels pour l'identification des espèces Pueraria. De plus, l'arbre phylogénétique a démontré que les autres espèces de Pueraria avaient la relation la plus éloignée avec Haymondia wallichii et Toxicopueraria peduncularis, offrant ainsi de nouvelles perspectives sur la classification des espèces de Pueraria. Les résultats de l'analyse de l'horloge moléculaire indiquent que le temps de divergence de Pueraria peut survenir vers ∼6,46 Ma. Il est spéculé que le climat froid peut être la cause de la diversité des espèces de Pueraria et favoriser la radiation du genre. CONCLUSION : Cette recherche fournit un soutien théorique et sert de point de référence pour l'identification et la classification taxonomique des espèces de Pueraria. Les résultats prouveront bénéfiques pour les futures études sur la préservation des ressources médicinales, les relations phylogénétiques et l'ingénierie génétique des plantes Pueraria.

@article{doi101186s12870024059059,
    author = "Hai, Yonglin and Huang, Xianjun and Sun, Hanzhu and Sun, Jing and Li, Jian and Zhang, Yunta and Qian, Yan and Wu, Jingjing and Yang, Yongcheng and Xia, Conglong",
    title = "Comparative analysis of the complete chloroplast genome of Pueraria provides insights for species identification, phylogenetic relationships, and taxonomy",
    year = "2024",
    journal = "BMC Plant Biology",
    abstract = "FOND : Pueraria est une matière première comestible et médicinale, d'une grande valeur pour les industries pharmaceutique et alimentaire. Néanmoins, en raison de la diversité morphologique et d'un histoire de domestication complexe, la classification des plantes Pueraria est ambiguë. Comme les variétés sur le marché sont mélangées, les espèces sont difficiles à distinguer, et leurs caractéristiques morphologiques sont similaires aux propriétés physiques et chimiques. Il est difficile de les identifier précisément par les méthodes d'identification traditionnelles. Les génomes chloroplastiques (cp) sont largement utilisés dans l'identification des espèces et les études phylogénétiques pour atteindre une identification précise des plantes médicinales, et peuvent également fournir plus d'informations de référence pour les études phylogénétiques. Sur la base d'un échantillonnage interspécifique et intraspécifique, les génomes cp de huit espèces ou variétés de plantes Pueraria ont été examinés dans cette étude. RÉSULTATS : L'étude a révélé que la taille du génome cp variait de 151 555 à 153 668 paires de bases (pb), avec une teneur totale en GC allant de 35,4 à 37,0 %. De plus, il a été constaté que le génome cp contenait entre 128 et 135 gènes. L'analyse comparative a indiqué que le plus grand nombre de répétitions de séquences simples (SSR) a été identifié chez P. montana et P. alopecuroides, avec une prépondérance de ces SSR riches en nucléotides Adénine (A) et Thymine (T). La comparaison complète et l'analyse par fenêtre glissante du génome cp ont établi que la région non codante présentait des différences de séquence plus importantes que la région codante, et que la région à copie simple large (LSC) démontrait des niveaux de polymorphisme nucléotidique plus élevés. Quatorze locus hautement variables tels que rpoB, ycf1, rbcL, trnF-GAA-trnL, psbC-psbD et ycf4-cemA ont été détectés comme des marqueurs moléculaires potentiels pour l'identification des espèces Pueraria. De plus, l'arbre phylogénétique a démontré que les autres espèces de Pueraria avaient la relation la plus éloignée avec Haymondia wallichii et Toxicopueraria peduncularis, offrant ainsi de nouvelles perspectives sur la classification des espèces de Pueraria. Les résultats de l'analyse de l'horloge moléculaire indiquent que le temps de divergence de Pueraria peut survenir vers ∼6,46 Ma. Il est spéculé que le climat froid peut être la cause de la diversité des espèces de Pueraria et favoriser la radiation du genre. CONCLUSION : Cette recherche fournit un soutien théorique et sert de point de référence pour l'identification et la classification taxonomique des espèces de Pueraria. Les résultats prouveront bénéfiques pour les futures études sur la préservation des ressources médicinales, les relations phylogénétiques et l'ingénierie génétique des plantes Pueraria.",
    url = "https://doi.org/10.1186/s12870-024-05905-9",
    doi = "10.1186/s12870-024-05905-9",
    openalex = "W4405597070",
    references = "doi101038s4143801901711"
}

Les méthodes comparatives phylogénétiques constituent l'effort général d'utiliser un arbre phylogénétique estimé (ou un ensemble d'arbres) pour effectuer des inférences secondaires : sur l'évolution des traits, la dynamique de la diversification, la biogéographie, l'écologie des communautés, et une large gamme d'autres phénomènes ou processus. Au cours des dix dernières années environ, le package R phytools s'est développé pour devenir un outil de recherche important pour l'analyse comparative phylogénétique. phytools est une bibliothèque R contributive diversifiée qui compte maintenant des centaines de fonctions différentes couvrant une variété de méthodes et de buts en biologie phylogénétique. Au moment de la rédaction, phytools incluait des fonctionnalités pour l'ajustement de modèles d'évolution des traits, pour la reconstruction des états ancestraux, pour l'étude de la diversification sur les arbres, et pour la visualisation des phylogénies, des données comparatives et des modèles ajustés, ainsi que de nombreuses autres tâches liées à la biologie phylogénétique. Ici, je décris certaines fonctionnalités significatives et les mises à jour récentes de phytools, tout en illustrant plusieurs flux de travail populaires du logiciel informatique phytools.

@article{doi107717peerj16505,
    author = "Revell, Liam J.",
    title = "phytools 2.0 : un écosystème R mis à jour pour les méthodes comparatives phylogénétiques (et d'autres choses)",
    year = "2024",
    journal = "PeerJ",
    abstract = "Les méthodes comparatives phylogénétiques constituent l'effort général d'utiliser un arbre phylogénétique estimé (ou un ensemble d'arbres) pour effectuer des inférences secondaires : sur l'évolution des traits, la dynamique de la diversification, la biogéographie, l'écologie des communautés, et une large gamme d'autres phénomènes ou processus. Au cours des dix dernières années environ, le package R phytools s'est développé pour devenir un outil de recherche important pour l'analyse comparative phylogénétique. phytools est une bibliothèque R contributive diversifiée qui compte maintenant des centaines de fonctions différentes couvrant une variété de méthodes et de buts en biologie phylogénétique. Au moment de la rédaction, phytools incluait des fonctionnalités pour l'ajustement de modèles d'évolution des traits, pour la reconstruction des états ancestraux, pour l'étude de la diversification sur les arbres, et pour la visualisation des phylogénies, des données comparatives et des modèles ajustés, ainsi que de nombreuses autres tâches liées à la biologie phylogénétique. Ici, je décris certaines fonctionnalités significatives et les mises à jour récentes de phytools, tout en illustrant plusieurs flux de travail populaires du logiciel informatique phytools.",
    url = "https://doi.org/10.7717/peerj.16505",
    doi = "10.7717/peerj.16505",
    openalex = "W4390608966",
    references = "doi1010079780387217062, doi1010079781441903181, doi10103844766, doi101038nature10516, doi10108010635150802302427, doi101086284325, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101093bioinformaticsbty633, doi101093oso97801985464120010001, doi101093sysbiosyt034, doi101093sysbiosyw022, doi1011112041210x12420, doi101111j001438202003tb00285x, doi101111j15585646201001026x, doi101111j2041210x201100169x, doi10118614712105788, doi101371journalpone0089543, doi1023073802723"
}

Les interférons (IFN) sont des régulateurs centraux de l'immunité antivirale innée, agissant par l'intermédiaire de voies de signalisation conservées pour induire un répertoire diversifié de gènes stimulés par les interférons (ISG). Les IFN ont été identifiés chez tous les lignages de vertébrés à mâchoires, tandis que les stratégies antivirales connexes chez les invertébrés reposent sur des systèmes différents. Cependant, des voies intégrées antivirales basées sur des facteurs sécrétés analogues aux IFN et utilisant des modules de signalisation homoloques ont été rapportées chez les Arthropodes et les Mollusques. Cette revue examine l'origine évolutive, la régulation et la diversification fonctionnelle des ISG, avec une insistance sur la recherche sur les poissons. Les analyses comparatives chez les vertébrés ont révélé un ensemble de noyau conservé d'ISG hérité du dernier ancêtre commun des poissons et des tétrapodes, ainsi que des expansions spécifiques aux lignées étendues, pilotées par les courses aux armements hôte-pathogène. Chez les poissons téléostéens, les événements de duplication génomique totale ont davantage façonné les répertoires d'ISG par rétention, perte et néo/sous-fonctionnalisation différentielles des paralogues. Au-delà de l'induction classique dépendante des IFN, un sous-ensemble d'ISG peut être activé directement par l'infection virale, reflétant peut-être des vestiges de réponses antivirales cellulaires autonomes primordiales. La redondance fonctionnelle entre les ISG sous-tend la robustesse du système IFN. Enfin, la revue met en évidence comment la reconnaissance du soi versus le non-soi ARN, exemplifiée par les mécanismes de ciblage CpG médiés par ZAP, a façonné à la fois les génomes viraux et l'évolution des séquences d'ISG. Le système IFN en tant que réseau hautement intégré dont l'étude comparative chez les vertébrés offre des aperçus critiques sur la défense antivirale et la co-évolution hôte-virus.

@article{doi101016jbj2026100987,
    author = "Collet, Bertrand and Boudinot, Pierre",
    title = "Evolutionary Conservation, Expansion and Diversification of Interferon stimulated genes (ISG) in Vertebrates: insights from fish.",
    year = "2026",
    journal = "Biomedical journal",
    abstract = "Interferons (IFNs) are central regulators of innate antiviral immunity, acting through conserved signalling pathways to induce a diverse repertoire of interferon-stimulated genes (ISGs). IFNs have been identified across all lineages of jawed vertebrates, while related antiviral strategies in invertebrates rely on different systems. However, antiviral integrated pathways based on secreted factors analogous to IFN, and using homologous signalling modules, have been reported in Arthropods and Molluscs. This review examines the evolutionary origin, regulation, and functional diversification of ISGs, with an emphasis on fish research. Comparative analyses across vertebrates have revealed a conserved core set of ISGs inherited from the last common ancestor of fish and tetrapods, alongside extensive lineage-specific expansions driven by host-pathogen arms races. In teleost fish, whole-genome duplication events have further shaped ISG repertoires through differential paralog retention, loss, and neo/sub-functionalization. Beyond classical IFN-dependent induction, a subset of ISGs can be activated directly by viral infection, perhaps reflecting remnants of primordial cell-autonomous antiviral responses. Functional redundancy among ISGs underpins the robustness of the IFN system. Finally, the review highlights how recognition of self versus non-self RNA-exemplified by CpG-targeting mechanisms mediated by ZAP-has shaped both viral genomes and ISG sequence evolution. The IFN system as a highly integrated network whose comparative study across vertebrates offers critical insights into antiviral defence and host-virus co-evolution.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42055280/",
    doi = "10.1016/j.bj.2026.100987",
    openalex = "W7156106042",
    pmid = "42055280",
    references = "doi1010160022283687906899, doi101016jimmuni201903025, doi101038nature09907, doi101038nature11247, doi101038nature17164, doi101038nature19840, doi101038nri1604, doi101038nri2314, doi101146annurevbiochem671227, doi101146annurevimmunol032713120231"
}