Diversité

@misc{hanson1961animal2,
    author = "Hanson, E. D",
    title = "Animal Diversity",
    year = "1961",
    howpublished = "Englewood Cliffs, New Jersey, Prentice- Hall, 116 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Hanson, E. D., 1961, Animal Diversity: Englewood Cliffs, New Jersey, Prentice- Hall, 116 p.}"
}

@techreport{brown1964the1,
    author = "Brown, J. L",
    title = "L'évolution de la diversité dans les systèmes territoriaux aviaires",
    year = "1964",
    howpublished = "Wilson Bulletin, v. 76, p. 160-169",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Brown, J. L., 1964, L'évolution de la diversité dans les systèmes territoriaux aviaires: Wilson Bulletin, v. 76, p. 160-169.}"
}

@inproceedings{whittaker1969evolution6,
    author = "Whittaker, R. H",
    title = "Évolution de la diversité dans les communautés végétales",
    year = "1969",
    booktitle = "Brookhaven Symposium on Biology, v. 22, p. 178-196",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Whittaker, R. H., 1969, Évolution de la diversité dans les communautés végétales: Brookhaven Symposium on Biology, v. 22, p. 178-196.}"
}

Résumé Étant donné un gradient de ressources (par exemple, l'intensité lumineuse, la taille des proies) dans une communauté, les espèces évoluent pour utiliser différentes parties de ce gradient ; la compétition entre elles est ainsi réduite. Les relations entre les espèces dans la communauté peuvent être conçues en termes d'un système de coordonnées multidimensionnel, dont les axes sont les différents gradients de ressources (et d'autres aspects des relations entre les espèces à l'espace, au temps et les unes aux autres dans la communauté). Ce système de coordonnées définit un hyperspace, et l'étendue de l'espace qu'une espèce donnée occupe est son hypervolume de niche, en tant que caractérisation abstraite de sa position intra‐communautaire, ou de sa niche. Les espèces évoluent vers une différence de niche, et par conséquent vers une différence de localisation de leurs hypervolumes dans l'hyperspace de la niche. Au fil du temps évolutif, des espèces supplémentaires peuvent s'adapter à la communauté dans des hypervolumes de niche différents de ceux des autres espèces, et l'hyperspace de la niche peut devenir de plus en plus complexe. Sa complexité est liée à la richesse de la communauté en espèces, sa diversité alpha. Les espèces diffèrent dans les proportions de l'hyperspace de la niche qu'elles sont capables d'occuper et dans la part des ressources de la communauté qu'elles utilisent. La part de ressources utilisée est exprimée dans les productivités des espèces, et lorsque les espèces sont classées par productivité relative (ou une autre mesure) de la plus à la moins importante, des courbes de valeur-importance ou de dominance-diversité sont formées. Trois types de courbes peuvent représenter les manières dont les ressources sont divisées entre les espèces : (a) pré-emption de la niche avec une forte dominance, exprimée dans une série géométrique, (b) frontières aléatoires entre les niches, exprimées dans la distribution de MacArthur, et (c) détermination de l'importance relative par de nombreux facteurs, de sorte que les espèces forment une distribution de fréquence sur une base logarithmique de valeurs d'importance, une distribution log-normale. Les formes des courbes de valeur-importance ne permettent pas une inférence forte sur la division des ressources, mais sont intéressantes pour leur expression des relations entre les espèces et leur apport à la mesure de la diversité.

@article{doi1023071218190,
    author = "Whittaker, R. H.",
    title = "ÉVOLUTION ET MESURE DE LA DIVERSITÉ DES ESPÈCES",
    year = "1972",
    journal = "Taxon",
    abstract = "Résumé Étant donné un gradient de ressources (par exemple, l'intensité lumineuse, la taille des proies) dans une communauté, les espèces évoluent pour utiliser différentes parties de ce gradient ; la compétition entre elles est ainsi réduite. Les relations entre les espèces dans la communauté peuvent être conçues en termes d'un système de coordonnées multidimensionnel, dont les axes sont les différents gradients de ressources (et d'autres aspects des relations entre les espèces à l'espace, au temps et les unes aux autres dans la communauté). Ce système de coordonnées définit un hyperspace, et l'étendue de l'espace qu'une espèce donnée occupe est son hypervolume de niche, en tant que caractérisation abstraite de sa position intra‐communautaire, ou de sa niche. Les espèces évoluent vers une différence de niche, et par conséquent vers une différence de localisation de leurs hypervolumes dans l'hyperspace de la niche. Au fil du temps évolutif, des espèces supplémentaires peuvent s'adapter à la communauté dans des hypervolumes de niche différents de ceux des autres espèces, et l'hyperspace de la niche peut devenir de plus en plus complexe. Sa complexité est liée à la richesse de la communauté en espèces, sa diversité alpha. Les espèces diffèrent dans les proportions de l'hyperspace de la niche qu'elles sont capables d'occuper et dans la part des ressources de la communauté qu'elles utilisent. La part de ressources utilisée est exprimée dans les productivités des espèces, et lorsque les espèces sont classées par productivité relative (ou une autre mesure) de la plus à la moins importante, des courbes de valeur-importance ou de dominance-diversité sont formées. Trois types de courbes peuvent représenter les manières dont les ressources sont divisées entre les espèces : (a) pré-emption de la niche avec une forte dominance, exprimée dans une série géométrique, (b) frontières aléatoires entre les niches, exprimées dans la distribution de MacArthur, et (c) détermination de l'importance relative par de nombreux facteurs, de sorte que les espèces forment une distribution de fréquence sur une base logarithmique de valeurs d'importance, une distribution log-normale. Les formes des courbes de valeur-importance ne permettent pas une inférence forte sur la division des ressources, mais sont intéressantes pour leur expression des relations entre les espèces et leur apport à la mesure de la diversité.",
    url = "https://doi.org/10.2307/1218190",
    doi = "10.2307/1218190",
    openalex = "W2006690660",
    references = "doi1010160022519366900130, doi101038163688a0, doi101086282070, doi101086282106, doi101086282171, doi101086282286, doi101086282398, doi101086282400, doi101086282505, doi101086282687, doi101086282738, doi101111j1469185x1965tb00815x, doi101111j155856461960tb03057x, doi101111j155856461963tb03295x, doi101111j155856461964tb01674x, doi101111j155856461970tb01782x, doi101126science14235991575, doi101126science1473655250, doi101126science1643877262, doi1015159780691209418, doi1015159781400881376, doi1023071931976, doi1023071932254, doi1023071942268, doi1023071943577, doi1023072406825, doi1023072628, doi1023072989767, doi102307jctvx5wbbh, doi105962bhltitle4489, openalexw2418669733"
}

@article{raup1973stochastic4,
    author = "Raup, D. M. et Gould, S. J. et Schopf, T. J. M. et Simberloff, D. S",
    title = "Modèles stochastiques de la phylogénie et de l'évolution de la diversité",
    year = "1973",
    journal = "Journal of Geology, v. 81, no. 5, p. 525-542",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Raup, D. M., Gould, S. J., Schopf, T. J. M., et Simberloff, D. S., 1973, Modèles stochastiques de la phylogénie et de l'évolution de la diversité : Journal of Geology, v. 81, no. 5, p. 525-542.}"
}

@misc{sepkoski1981phanerozoic5,
    author = "Sepkoski, J. J. et Bambach, R. K. et Raup, D. M. et Valentine, J. W",
    title = "Diversité marine du Phanérozoïque et le registre fossile",
    year = "1981",
    howpublished = "Nature, v. 293, p. 435",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Sepkoski, J. J., Bambach, R. K., Raup, D. M., et Valentine, J. W., 1981, Diversité marine du Phanérozoïque et le registre fossile : Nature, v. 293, p. 435.}"
}

@book{mayr1982the3,
    author = "Mayr, E",
    title = "The Growth of Biological Thought; Diversité, Évolution, et Héritage",
    year = "1982",
    publisher = "Cambridge, Mass., Belknap Press of Harvard University Press, 974 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Mayr, E., 1982, The Growth of Biological Thought; Diversité, Évolution, et Héritage: Cambridge, Mass., Belknap Press of Harvard University Press, 974 p.}"
}

1 Introduction : Comment écrire l'histoire de la biologie Subjectivité et biais Pourquoi étudier l'histoire de la biologie ? 2 La place de la biologie dans les sciences et sa structure conceptuelle La nature de la science Méthode en science La position de la biologie au sein des sciences Comment et pourquoi la biologie est-elle différente ? Caractéristiques spéciales des organismes vivants Réduction et biologie Émergence La structure conceptuelle de la biologie Une nouvelle philosophie de la biologie 3 Le milieu intellectuel changeant de la biologie Antiquité Le monde chrétien La Renaissance La découverte de la diversité La biologie dans les Lumières L'émergence de la science du XVIIe au XIXe siècle Développements divisants au XIXe siècle La biologie au XXe siècle Périodes majeures de l'histoire de la biologie Biologie et philosophie La biologie aujourd'hui PARTIE I DIVERSITÉ DE LA VIE 4 Macrotaxonomie, la science de la classification Aristote La classification des plantes par les anciens et les herboristes Classification descendante par division logique Zoologistes prélinnéens Carl Linnaeus Buffon Un nouveau départ dans la classification animale Caractères taxonomiques Classification ascendante par regroupement empirique Période de transition (1758-1859) Classifications hiérarchiques 5 Regroupement selon la descendance commune Le déclin de la recherche macrotaxonomique Phénétique numérique Cladistique Méthodologie traditionnelle ou évolutionniste Nouveaux caractères taxonomiques Facilitation de la récupération d'informations L'étude de la diversité 6 Microtaxonomie, la science des espèces Anciens concepts d'espèce Concept essentialiste de l'espèce Concept nominaliste de l'espèce Concept d'espèce de Darwin L'émergence du concept biologique d'espèce Application du concept biologique d'espèce aux taxons d'espèces multidimensionnels L'importance des espèces en biologie PARTIE II ÉVOLUTION 7 Origines sans évolution L'avènement de l'évolutionnisme Les Lumières françaises 8 Évolution avant Darwin Lamarck Cuvier Angleterre Lyell et l'uniformitarisme Allemagne 9 Charles Darwin Darwin et l'évolution Alfred Russel Wallace La publication de L'Origine 10 Les preuves de Darwin pour l'évolution et la descendance commune Descendance commune et le système naturel Descendance commune et distribution géographique Morphologie comme preuve de l'évolution et de la descendance commune Embryologie comme preuve de l'évolution et de la descendance commune 11 La causalité de l'évolution : sélection naturelle Les composants majeurs de la théorie de la sélection naturelle L'origine du concept de sélection naturelle L'impact de la révolution darwinienne La résistance à la sélection naturelle Théories évolutionnistes alternatives 12 Diversité et synthèse de la pensée évolutionniste La division croissante parmi les évolutionnistes Progrès en génétique évolutionniste Progrès en systématique évolutionniste La synthèse évolutionniste 13 Développements post-synthèse Biologie moléculaire Sélection naturelle Questions non résolues en sélection naturelle Modes de spéciation Macroévolution L'évolution de l'homme L'évolution dans la pensée moderne PARTIE III VARIATION ET SON HÉRÉDITÉ 14 Théories anciennes et expériences de croisement Théories de l'hérédité chez les anciens Précurseurs de Mendel 15 Cellules germinales, véhicules de l'hérédité Théorie cellulaire de Schwann et Schleiden Le sens du sexe et de la fécondation Chromosomes et leur rôle 16 La nature de l'hérédité Darwin et la variation August Weismann Hugo de Vries Gregor Mendel 17 L'essor de la génétique mendélienne Les redécouvreurs de Mendel La période classique de la génétique mendélienne L'origine de la nouvelle variation (mutation) L'émergence de la génétique moderne La théorie des chromosomes de Sutton et Bouverie Détermination du sexe Morgan et la salle des mouches Méiose Morgan et la théorie des chromosomes 18 Théories du gène Théories concurrentes de l'hérédité L'explication mendélienne de la variation continue 19 La base chimique de l'hérédité La découverte de la double hélice La génétique dans la pensée moderne 20 Épilogue : Vers une science de la science Scientifiques et milieu scientifique La maturation des théories et concepts Obstacles à la maturation des théories et concepts Les sciences et le milieu extérieur Progrès en science Notes Références Glossaire Index

@book{openalexw1550375751,
    author = "Mayr, Ernst",
    title = "The Growth of Biological Thought: Diversity, Evolution, and Inheritance",
    year = "1982",
    abstract = "1 Introduction : Comment écrire l'histoire de la biologie Subjectivité et biais Pourquoi étudier l'histoire de la biologie ? 2 La place de la biologie dans les sciences et sa structure conceptuelle La nature de la science Méthode en science La position de la biologie au sein des sciences Comment et pourquoi la biologie est-elle différente ? Caractéristiques spéciales des organismes vivants Réduction et biologie Émergence La structure conceptuelle de la biologie Une nouvelle philosophie de la biologie 3 Le milieu intellectuel changeant de la biologie Antiquité Le monde chrétien La Renaissance La découverte de la diversité La biologie dans les Lumières L'émergence de la science du XVIIe au XIXe siècle Développements divisants au XIXe siècle La biologie au XXe siècle Périodes majeures de l'histoire de la biologie Biologie et philosophie La biologie aujourd'hui PARTIE I DIVERSITÉ DE LA VIE 4 Macrotaxonomie, la science de la classification Aristote La classification des plantes par les anciens et les herboristes Classification descendante par division logique Prélinnéens zoologistes Carl Linnaeus Buffon Un nouveau départ dans la classification animale Caractères taxonomiques Classification ascendante par regroupement empirique Période de transition (1758-1859) Classifications hiérarchiques 5 Regroupement selon la descendance commune Le déclin de la recherche macrotaxonomique Phénétique numérique Cladistique La méthodologie traditionnelle ou évolutive Nouveaux caractères taxonomiques Facilitation de la récupération d'informations L'étude de la diversité 6 Microtaxonomie, la science des espèces Anciens concepts d'espèce Le concept essentialiste d'espèce Le concept nominaliste d'espèce Le concept d'espèce de Darwin L'émergence du concept biologique d'espèce Application du concept biologique d'espèce aux taxons d'espèces multidimensionnels L'importance des espèces en biologie PARTIE II ÉVOLUTION 7 Origines sans évolution L'avènement de l'évolutionnisme Les Lumières françaises 8 Évolution avant Darwin Lamarck Cuvier Angleterre Lyell et l'uniformitarisme Allemagne 9 Charles Darwin Darwin et l'évolution Alfred Russel Wallace La publication de L'Origine 10 Les preuves de Darwin pour l'évolution et la descendance commune Descendance commune et le système naturel Descendance commune et répartition géographique Morphologie comme preuve de l'évolution et de la descendance commune Embryologie comme preuve de l'évolution et de la descendance commune 11 La causalité de l'évolution : sélection naturelle Les composants majeurs de la théorie de la sélection naturelle L'origine du concept de sélection naturelle L'impact de la révolution darwinienne La résistance à la sélection naturelle Théories évolutives alternatives 12 Diversité et synthèse de la pensée évolutionniste La division croissante parmi les évolutionnistes Progrès en génétique évolutive Progrès en systématique évolutive La synthèse évolutive 13 Développements post-synthèse Biologie moléculaire Sélection naturelle Questions non résolues en sélection naturelle Modes de spéciation Macroévolution L'évolution de l'homme L'évolution dans la pensée moderne PARTIE III VARIATION ET SON HÉRÉDITÉ 14 Théories anciennes et expériences de croisement Théories de l'hérédité chez les anciens Précurseurs de Mendel 15 Cellules germinales, véhicules de l'hérédité La théorie cellulaire de Schwann-Schleiden Le sens du sexe et de la fécondation Chromosomes et leur rôle 16 La nature de l'hérédité Darwin et la variation August Weismann Hugo de Vries Gregor Mendel 17 L'essor de la génétique mendélienne Les redécouvreurs de Mendel La période classique de la génétique mendélienne L'origine de la nouvelle variation (mutation) L'émergence de la génétique moderne La théorie des chromosomes de Sutton-Boveri Détermination du sexe Morgan et la salle des mouches Méiose Morgan et la théorie des chromosomes 18 Théories du gène Théories concurrentes de l'hérédité L'explication mendélienne de la variation continue 19 La base chimique de l'hérédité La découverte de la double hélice La génétique dans la pensée moderne 20 Épilogue : Vers une science de la science Scientifiques et milieu scientifique La maturation des théories et concepts Obstacles à la maturation des théories et concepts Les sciences et le milieu extérieur Progrès en science Notes Références Glossaire Index",
    url = "https://openalex.org/W1550375751",
    openalex = "W1550375751"
}

@article{doi101093auk1002507,
    author = "Farner, Donald S.",
    title = "The growth of biological thought. Diversity, évolution, et héritage",
    year = "1983",
    journal = "The Auk",
    url = "https://doi.org/10.1093/auk/100.2.507",
    doi = "10.1093/auk/100.2.507",
    openalex = "W2978851794"
}

Préface 1. Le chemin à suivre 2. Les motifs dans l'espace 3. Les motifs temporels 4. Les motifs sans dimension 5. Spéciation 6. Extinction 7. Évolution de la relation entre la diversité des habitats et la diversité des espèces 8. Courbes espèce-surface dans le temps écologique 9. Courbes espèce-surface dans le temps évolutif 10. Motifs paléobiologiques 11. Autres motifs aux racines dynamiques 12. Flux d'énergie et diversité 13. Un casse-tête dynamique hiérarchique Références Index.

@article{doi105860choice332720,
    author = "Rosenzweig, Michael L.",
    title = "Diversité des espèces dans l'espace et dans le temps",
    year = "1996",
    journal = "Choice Reviews Online",
    abstract = "Préface 1. Le chemin à suivre 2. Les motifs dans l'espace 3. Les motifs temporels 4. Les motifs sans dimension 5. Spéciation 6. Extinction 7. Évolution de la relation entre la diversité des habitats et la diversité des espèces 8. Courbes espèce-surface dans le temps écologique 9. Courbes espèce-surface dans le temps évolutif 10. Motifs paléobiologiques 11. Autres motifs aux racines dynamiques 12. Flux d'énergie et diversité 13. Un casse-tête dynamique hiérarchique Références Index.",
    url = "https://doi.org/10.5860/choice.33-2720",
    doi = "10.5860/choice.33-2720",
    openalex = "W2018204894"
}

Pendant plus de trois décennies, des études moléculaires et phylogénétiques ont permis aux chercheurs d'établir une carte de plus en plus robuste de la diversification évolutive, montrant que la principale diversité de la vie est microbienne, répartie entre trois groupes principaux de parenté ou domaines : les Archaea, les Bacteria et les Eucarya. Les propriétés générales des représentants des trois domaines indiquent que la vie la plus ancienne était basée sur la nutrition inorganique et que la photosynthèse et l'utilisation de composés organiques pour le métabolisme du carbone et de l'énergie sont apparues relativement plus tard. L'application des méthodes moléculaires et phylogénétiques pour étudier les écosystèmes microbiens naturels sans l'exigence traditionnelle de culture a conduit à la découverte de nombreuses lignées évolutives inattendues ; les membres de certaines de ces lignées sont seulement distamment apparentés aux organismes connus, mais sont suffisamment abondants pour avoir un impact sur la chimie de la biosphère.

@article{doi101126science2765313734,
    author = "Pace, Norman R.",
    title = "Une vue moléculaire de la diversité microbienne et de la biosphère",
    year = "1997",
    journal = "Science",
    abstract = "Pendant plus de trois décennies, des études moléculaires et phylogénétiques ont permis aux chercheurs d'établir une carte de plus en plus robuste de la diversification évolutive, montrant que la principale diversité de la vie est microbienne, répartie entre trois groupes principaux de parenté ou domaines : les Archaea, les Bacteria et les Eucarya. Les propriétés générales des représentants des trois domaines indiquent que la vie la plus ancienne était basée sur la nutrition inorganique et que la photosynthèse et l'utilisation de composés organiques pour le métabolisme du carbone et de l'énergie sont apparues relativement plus tard. L'application des méthodes moléculaires et phylogénétiques pour étudier les écosystèmes microbiens naturels sans l'exigence traditionnelle de culture a conduit à la découverte de nombreuses lignées évolutives inattendues ; les membres de certaines de ces lignées sont seulement distamment apparentés aux organismes connus, mais sont suffisamment abondants pour avoir un impact sur la chimie de la biosphère.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.276.5313.734",
    doi = "10.1126/science.276.5313.734",
    openalex = "W2068687524",
    references = "doi101073pnas74115088, doi101073pnas87124576, doi101073pnas89125685, doi101126science202030, doi101128mr5122212711987"
}

L'évolution des microbes marins sur des milliards d'années prédit que la composition des communautés microbiennes devrait être bien plus grande que les estimations publiées de quelques milliers d'espèces distinctes de microbes par litre d'eau de mer. En adoptant une stratégie de séquençage de tags massivement parallèle, nous montrons que les communautés bactériennes des masses d'eau profondes de l'Atlantique Nord et des sources hydrothermales à écoulement diffus sont d'un à deux ordres de grandeur plus complexes que ce qui avait été rapporté pour tout environnement microbien. Un nombre relativement faible de populations différentes domine tous les échantillons, mais des milliers de populations à faible abondance représentent la majeure partie de la diversité phylogénétique observée. Cette « biosphère rare » est très ancienne et pourrait représenter une source presque inépuisable d'innovation génomique. Les membres de la biosphère rare sont hautement divergents les uns des autres et, à différentes époques de l'histoire de la Terre, ont pu avoir un impact profond sur la formation des processus planétaires.

@article{doi101073pnas0605127103,
    author = "Sogin, Mitchell L. et Morrison, Hilary G. et Huber, Julie A. et Welch, David B. Mark et Huse, Susan M. et Neal, Phillip R. et Arrieta, Jesús M. et Herndl, Gerhard J.",
    title = "Diversité microbienne dans les profondeurs océaniques et la sous-étudiée « biosphère rare »",
    year = "2006",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = {L'évolution des microbes marins sur des milliards d'années prédit que la composition des communautés microbiennes devrait être bien plus grande que les estimations publiées de quelques milliers d'espèces distinctes de microbes par litre d'eau de mer. En adoptant une stratégie de séquençage de tags massivement parallèle, nous montrons que les communautés bactériennes des masses d'eau profondes de l'Atlantique Nord et des sources hydrothermales à écoulement diffus sont d'un à deux ordres de grandeur plus complexes que ce qui avait été rapporté pour tout environnement microbien. Un nombre relativement faible de populations différentes domine tous les échantillons, mais des milliers de populations à faible abondance représentent la majeure partie de la diversité phylogénétique observée. Cette « biosphère rare » est très ancienne et pourrait représenter une source presque inépuisable d'innovation génomique. Les membres de la biosphère rare sont hautement divergents les uns des autres et, à différentes époques de l'histoire de la Terre, ont pu avoir un impact profond sur la formation des processus planétaires.},
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0605127103",
    doi = "10.1073/pnas.0605127103",
    openalex = "W2087671769",
    references = "doi101016s0168952500020242, doi101038nature03959, doi101073pnas89125685, doi101093nar25173389, doi101093nargkh073, doi101093nargkh293, doi101093nargkm864, doi101098rspb20022218, doi101128aem7112822882352005, doi101186147121055113, doi104319lo19802550943"
}

Un gradient de biodiversité selon la latitude existe depuis avant l'ère des dinosaures, mais la manière et les raisons de l'apparition de ce gradient restent non résolues. Ici, nous examinons deux hypothèses majeures pour l'origine du gradient de diversité latitudinale. L'hypothèse du temps et de la surface soutient que les climats tropicaux sont plus anciens et historiquement plus vastes, permettant plus d'opportunités de diversification. Cette hypothèse est soutenue par des observations selon lesquelles les taxons tempérés sont souvent plus jeunes que, et inclus dans, les taxons tropicaux, et que la diversité est positivement corrélée à l'âge et à la surface des régions géographiques. L'hypothèse du taux de diversification soutient que les régions tropicales se diversifient plus rapidement en raison de taux de spéciation plus élevés (causés par des opportunités accrues pour l'évolution de l'isolement reproductif, ou une évolution moléculaire plus rapide, ou l'importance accrue des interactions biotiques), ou en raison de taux d'extinction plus faibles. Il existe des preuves phylogénétiques de taux de diversification plus élevés chez les clades tropicaux, et les données paléontologiques démontrent des taux d'apparition plus élevés pour les taxons tropicaux, mais des preuves mitigées concernant les différences latitudinales dans les taux d'extinction. Les études sur la variation latitudinale de la spéciation incipiente suggent également une spéciation plus rapide dans les tropiques. Distinguer les rôles de l'histoire, de la spéciation et de l'extinction dans l'origine du gradient latitudinal représente un défi majeur pour la recherche future.

@article{doi101111j14610248200701020x,
    author = "Mittelbach, Gary G. et Schemske, Douglas W. et Cornell, Howard V. et Allen, Andrew P. et Brown, J. Mark et Bush, Mark B. et Harrison, Susan et Hurlbert, Allen H. et Knowlton­, Nancy­ et Lessios, H. A. et McCain, Christy M. et McCune, Amy R. et McDade, Lucinda A. et McPeek, Mark A. et Near, Thomas J. et Price, Trevor D. et Ricklefs, Robert E. et Roy, Kaustuv et Sax, Dov F. et Schluter, Dolph et Sobel, James M. et Turelli, Michael",
    title = "Évolution et gradient de diversité latitudinale : spéciation, extinction et biogéographie",
    year = "2007",
    journal = "Ecology Letters",
    abstract = "Un gradient de biodiversité selon la latitude existe depuis avant l'ère des dinosaures, mais la manière et les raisons de l'apparition de ce gradient restent non résolues. Ici, nous examinons deux hypothèses majeures pour l'origine du gradient de diversité latitudinale. L'hypothèse du temps et de la surface soutient que les climats tropicaux sont plus anciens et historiquement plus vastes, permettant plus d'opportunités de diversification. Cette hypothèse est soutenue par des observations selon lesquelles les taxons tempérés sont souvent plus jeunes que, et inclus dans, les taxons tropicaux, et que la diversité est positivement corrélée à l'âge et à la surface des régions géographiques. L'hypothèse du taux de diversification soutient que les régions tropicales se diversifient plus rapidement en raison de taux de spéciation plus élevés (causés par des opportunités accrues pour l'évolution de l'isolement reproductif, ou une évolution moléculaire plus rapide, ou l'importance accrue des interactions biotiques), ou en raison de taux d'extinction plus faibles. Il existe des preuves phylogénétiques de taux de diversification plus élevés chez les clades tropicaux, et les données paléontologiques démontrent des taux d'apparition plus élevés pour les taxons tropicaux, mais des preuves mitigées concernant les différences latitudinales dans les taux d'extinction. Les études sur la variation latitudinale de la spéciation incipiente suggent également une spéciation plus rapide dans les tropiques. Distinguer les rôles de l'histoire, de la spéciation et de l'extinction dans l'origine du gradient latitudinal représente un défi majeur pour la recherche future.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1461-0248.2007.01020.x",
    doi = "10.1111/j.1461-0248.2007.01020.x",
    openalex = "W2142834673",
    references = "doi101038217624a0, doi101086381004, doi101093aibsbulletin2214b, doi101093oso97801985052350010001, doi101098rstb20031393, doi101111j001438202006tb01143x, doi101111j155856461960tb03057x, doi101111j20060906759004272x, doi101126science1059412, doi101126science1130880, doi101126science2354785167, doi101146annurevecolsys34012103144032, doi101722611310, doi1023071435536, doi1023072485224, doi105860choice332720, doi105860choice435875, doi105962bhltitle46292, doi105962bhltitle59991, openalexw1840956397, openalexw2145250129, openalexw2989964553"
}

L'évaluation de la diversité et de la distribution microbiennes est une préoccupation majeure en microbiologie environnementale. Il existe deux approches générales pour mesurer la diversité des communautés : des mesures quantitatives, qui utilisent l'abondance de chaque taxon, et des mesures qualitatives, qui n'utilisent que la présence/absence des données. Les mesures quantitatives sont idéalement adaptées à la révélation des différences de communauté dues aux changements dans l'abondance relative des taxons (par exemple, lorsqu'un ensemble particulier de taxons prospère parce qu'une source de nutriments limitante devient abondante). Les mesures qualitatives sont les plus informatives lorsque les communautés diffèrent principalement par ce qui peut y vivre (par exemple, à des températures élevées), en partie parce que les informations d'abondance peuvent obscurcir des motifs de variation significatifs concernant la présence de taxons. Nous illustrons ces principes en utilisant deux enquêtes basées sur l'ARNr 16S de populations microbiennes et deux mesures phylogénétiques de la diversité bêta des communautés : UniFrac non pondéré, une mesure qualitative, et UniFrac pondéré, une nouvelle mesure quantitative, que nous avons ajoutée au site Web UniFrac (http://bmf.colorado.edu/unifrac). Ces études ont examiné les influences relatives de la chimie minérale, de la température et de la géographie sur la composition des communautés microbiennes dans les sources thermales acides du parc national de Yellowstone, ainsi que les influences de l'obésité et de la parenté sur la composition des communautés microbiennes dans l'intestin de la souris. Nous montrons que l'application de mesures qualitatives et quantitatives au même ensemble de données peut conduire à des conclusions radicalement différentes sur les principaux facteurs qui structurent la diversité microbienne et peut fournir des aperçus sur la nature des différences de communauté. Nous démontrons également que les mesures UniFrac pondérées et non pondérées sont robustes aux méthodes utilisées pour construire la phylogénie sous-jacente.

@article{doi101128aem0199606,
    author = "Lozupone, Catherine et Hamady, Micah et Kelley, Scott T. et Knight, Rob",
    title = "Mesures quantitatives et qualitatives de la diversité β conduisent à des insights différents sur les facteurs qui structurent les communautés microbiennes",
    year = "2007",
    journal = "Applied and Environmental Microbiology",
    abstract = "L'évaluation de la diversité et de la distribution microbiennes est une préoccupation majeure en microbiologie environnementale. Il existe deux approches générales pour mesurer la diversité des communautés : des mesures quantitatives, qui utilisent l'abondance de chaque taxon, et des mesures qualitatives, qui n'utilisent que la présence/absence des données. Les mesures quantitatives sont idéalement adaptées à la révélation des différences de communauté dues aux changements dans l'abondance relative des taxons (par exemple, lorsqu'un ensemble particulier de taxons prospère parce qu'une source de nutriments limitante devient abondante). Les mesures qualitatives sont les plus informatives lorsque les communautés diffèrent principalement par ce qui peut y vivre (par exemple, à des températures élevées), en partie parce que les informations d'abondance peuvent obscurcir des motifs de variation significatifs concernant la présence de taxons. Nous illustrons ces principes en utilisant deux enquêtes basées sur l'ARNr 16S de populations microbiennes et deux mesures phylogénétiques de la diversité bêta des communautés : UniFrac non pondéré, une mesure qualitative, et UniFrac pondéré, une nouvelle mesure quantitative, que nous avons ajoutée au site Web UniFrac (http://bmf.colorado.edu/unifrac). Ces études ont examiné les influences relatives de la chimie minérale, de la température et de la géographie sur la composition des communautés microbiennes dans les sources thermales acides du parc national de Yellowstone, ainsi que les influences de l'obésité et de la parenté sur la composition des communautés microbiennes dans l'intestin de la souris. Nous montrons que l'application de mesures qualitatives et quantitatives au même ensemble de données peut conduire à des conclusions radicalement différentes sur les principaux facteurs qui structurent la diversité microbienne et peut fournir des aperçus sur la nature des différences de communauté. Nous démontrons également que les mesures UniFrac pondérées et non pondérées sont robustes aux méthodes utilisées pour construire la phylogénie sous-jacente.",
    url = "https://doi.org/10.1128/aem.01996-06",
    doi = "10.1128/aem.01996-06",
    openalex = "W2145664556",
    references = "doi101038260204c0, doi101086321317, doi101093bioinformaticsbtg180, doi101146annurevecolsys33010802150448, doi1023071218190, doi105860choice421547, openalexw2032279931"
}

Malgré une diversité métabolique limitée, les archées méthanogènes ou méthanogènes possèdent une grande diversité phylogénétique et écologique. Seuls trois types de voies méthanogènes sont connus : la réduction du CO(2), la réduction du groupe méthyle et la réaction acétoclastique. Les méthanogènes cultivés sont regroupés en cinq ordres en fonction de leur phylogénie et de leurs propriétés phénotypiques. De plus, des méthanogènes non cultivés qui pourraient représenter de nouveaux ordres sont présents dans de nombreux environnements. L'écologie des méthanogènes met en évidence leurs interactions complexes avec d'autres anaérobies et les facteurs physiques et chimiques contrôlant leur fonction.

@article{doi101196annals1419019,
    author = "Liu, Yuchen et Whitman, William B.",
    title = "Diversité métabolique, phylogénétique et écologique des archées méthanogènes",
    year = "2008",
    journal = "Annals of the New York Academy of Sciences",
    abstract = "Malgré une diversité métabolique limitée, les archées méthanogènes ou méthanogènes possèdent une grande diversité phylogénétique et écologique. Seuls trois types de voies méthanogènes sont connus : la réduction du CO(2), la réduction du groupe méthyle et la réaction acétoclastique. Les méthanogènes cultivés sont regroupés en cinq ordres en fonction de leur phylogénie et de leurs propriétés phénotypiques. De plus, des méthanogènes non cultivés qui pourraient représenter de nouveaux ordres sont présents dans de nombreux environnements. L'écologie des méthanogènes met en évidence leurs interactions complexes avec d'autres anaérobies et les facteurs physiques et chimiques contrôlant leur fonction.",
    url = "https://doi.org/10.1196/annals.1419.019",
    doi = "10.1196/annals.1419.019",
    openalex = "W2014254156",
    references = "doi101016s0009254199000923, doi1073260003481911154487"
}

L'importance relative des processus écologiques locaux et historiques à grande échelle dans la création de différences de richesse spécifique à travers le globe reste vivement débattue. Pour mieux comprendre ces questions, nous avons étudié l'assemblage de la diversité végétale du Cerrado en Amérique du Sud, la savane tropicale la plus riche en espèces au monde. Les phylogénies calibrées dans le temps suggèrent que les lignées du Cerrado ont commencé à se diversifier il y a moins de 10 Mya, la plupart des lignées se diversifiant il y a 4 Mya ou moins, coïncidant avec l'ascension au rang de dominance des graminées C4 inflammables et l'expansion du biome de la savane dans le monde. Ces phylogénies végétales montrent que les lignées du Cerrado sont fortement associées à des adaptations au feu et ont des groupes sœurs dans des forêts humides voisines largement exemptes de feu, des forêts saisonnièrement sèches, des prairies subtropicales ou des végétations de zones humides. Ces résultats impliquent que le Cerrado s'est formé in situ via des changements adaptatifs récents et fréquents pour résister au feu, plutôt que par la dispersion de lignées déjà adaptées au feu. La localisation du Cerrado entourée d'une diversité de biomes riches en espèces, et la barrière adaptative apparemment modeste posée par le feu, ont probablement contribué à sa richesse spécifique frappante. Ces résultats s'ajoutent aux preuves croissantes que les origines et l'assemblage historique de biomes riches en espèces ont été idiosyncrasiques, entraînés en grande partie par des caractéristiques uniques de la géohistoire à l'échelle régionale et continentale, et que différents processus historiques peuvent conduire à des niveaux similaires de richesse spécifique moderne.

@article{doi101073pnas0903410106,
    author = "Simon, Marcelo Fragomeni et Grether, Rosaura et de Queiroz, Luciano Paganucci et Skema, Cynthia et Pennington, R. Toby et Hughes, Colin E.",
    title = "Recent assembly of the Cerrado, a neotropical plant diversity hotspot, by in situ evolution of adaptations to fire",
    year = "2009",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "L'importance relative des processus écologiques locaux et historiques à grande échelle dans la création de différences de richesse spécifique à travers le globe reste vivement débattue. Pour mieux comprendre ces questions, nous avons étudié l'assemblage de la diversité végétale du Cerrado en Amérique du Sud, la savane tropicale la plus riche en espèces au monde. Les phylogénies calibrées dans le temps suggèrent que les lignées du Cerrado ont commencé à se diversifier il y a moins de 10 Mya, la plupart des lignées se diversifiant il y a 4 Mya ou moins, coïncidant avec l'ascension au rang de dominance des graminées C4 inflammables et l'expansion du biome de la savane dans le monde. Ces phylogénies végétales montrent que les lignées du Cerrado sont fortement associées à des adaptations au feu et ont des groupes sœurs dans des forêts humides voisines largement exemptes de feu, des forêts saisonnièrement sèches, des prairies subtropicales ou des végétations de zones humides. Ces résultats impliquent que le Cerrado s'est formé in situ via des changements adaptatifs récents et fréquents pour résister au feu, plutôt que par la dispersion de lignées déjà adaptées au feu. La localisation du Cerrado entourée d'une diversité de biomes riches en espèces, et la barrière adaptative apparemment modeste posée par le feu, ont probablement contribué à sa richesse spécifique frappante. Ces résultats s'ajoutent aux preuves croissantes que les origines et l'assemblage historique de biomes riches en espèces ont été idiosyncrasiques, entraînés en grande partie par des caractéristiques uniques de la géohistoire à l'échelle régionale et continentale, et que différents processus historiques peuvent conduire à des niveaux similaires de richesse spécifique moderne.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0903410106",
    doi = "10.1073/pnas.0903410106",
    openalex = "W2151396518",
    references = "doi101073pnas0608361104, doi101146annurevecolsys110308120327, openalexw2611511275"
}

Cette revue suggère que l'écologie et la distribution mondiale en mosaïque des forêts tropicales saisonnièrement sèches (SDTF) ont structuré de manière distinctive l'histoire évolutive et la biogéographie des groupes de plantes ligneuses qui y sont confinés. Les SDTF comptent peu d'espèces de plantes ligneuses répandues, ce qui entraîne une forte β-diversité entre les différentes zones forestières. Ces zones distinctes contiennent des clades monophylétiques géologiquement anciens d'espèces végétales endémiques qui présentent souvent une variation génétique intraspécifique structurée géographiquement. Ces modèles de diversité, d'endémisme et de phylogénie indiquent un système de SDTF stable et limité par la dispersion. Les espèces de SDTF ont tendance à appartenir à des clades plus vastes confinés à cette végétation, illustrant le conservatisme de la niche phylogénétique, et nous soutenons que cela constitue une preuve que la SDTF est une métacommunauté (biome) pour les clades de plantes ligneuses. Le fait que les modèles phylogénétiques, génétiques des populations, biogéographiques et écologiques communautaires diffèrent chez les plantes ligneuses des forêts tropicales humides et des savanes suggère une hypothèse selon laquelle les contextes écologiques larges influencent fortement la diversification des plantes dans les tropiques.

@article{doi101146annurevecolsys110308120327,
    author = "Pennington, R. Toby et Lavin, Matt et de Oliveira‐Filho, Ary Teixeira",
    title = "Diversité, évolution et écologie des plantes ligneuses dans les tropiques : Perspectives issues des forêts tropicales saisonnièrement sèches",
    year = "2009",
    journal = "Annual Review of Ecology Evolution and Systematics",
    abstract = "Cette revue suggère que l'écologie et la distribution mondiale en mosaïque des forêts tropicales saisonnièrement sèches (SDTF) ont structuré de manière distinctive l'histoire évolutive et la biogéographie des groupes de plantes ligneuses qui y sont confinés. Les SDTF comptent peu d'espèces de plantes ligneuses répandues, ce qui entraîne une forte β-diversité entre les différentes zones forestières. Ces zones distinctes contiennent des clades monophylétiques géologiquement anciens d'espèces végétales endémiques qui présentent souvent une variation génétique intraspécifique structurée géographiquement. Ces modèles de diversité, d'endémisme et de phylogénie indiquent un système de SDTF stable et limité par la dispersion. Les espèces de SDTF ont tendance à appartenir à des clades plus vastes confinés à cette végétation, illustrant le conservatisme de la niche phylogénétique, et nous soutenons que cela constitue une preuve que la SDTF est une métacommunauté (biome) pour les clades de plantes ligneuses. Le fait que les modèles phylogénétiques, génétiques des populations, biogéographiques et écologiques communautaires diffèrent chez les plantes ligneuses des forêts tropicales humides et des savanes suggère une hypothèse selon laquelle les contextes écologiques larges influencent fortement la diversification des plantes dans les tropiques.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.110308.120327",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.110308.120327",
    openalex = "W2108333212",
    references = "doi101007978146121694015, doi101093oso97801985464120010001, doi101146annurevecolsys33010802150448, doi101146annurevecolsys37091305110035, doi1016410006356820010510933teotwa20co2, doi1018637jssv022i07, doi1018900012965820020831771tuntob20co2, doi1023073071998, doi1023073802723, doi1023073803199, doi105860choice295104"
}

Les gènes des complexes toxine-antitoxine (TA) sont répandus dans les génomes des procaryotes, et les espèces possèdent fréquemment des dizaines de loci TA plasmidiques et chromosomiques. Les complexes sont classés en trois types selon l'organisation génétique et le mode d'action. Les toxines sont universellement des protéines dirigées contre des cibles intracellulaires spécifiques, tandis que les antitoxines sont soit des protéines soit de petits ARN qui neutralisent la toxine ou inhibent sa synthèse. Au sein des trois types de complexes, il y a eu un brassage évolutif étendu des gènes de toxine et d'antitoxine conduisant à une diversité considérable des combinaisons TA. Les cibles intracellulaires des toxines protéiques sont également variées. De nombreuses toxines, dont beaucoup sont des endoribonucléases spécifiques de séquence, réduisent les niveaux de synthèse des protéines en réponse à une gamme de stimuli de stress et nutritionnels. Des ressources clés sont conservées en conséquence, assurant la survie des cellules individuelles et donc de la population bactérienne. Les effets des toxines sont généralement transitoires et réversibles, permettant un ensemble de réponses dynamiques et réglables qui reflètent les conditions environnementales. De plus, en abritant plusieurs toxines qui interviennent dans la synthèse des protéines en réponse à différents signaux physiologiques, les bactéries peuvent potentiellement détecter une variété de perturbations métaboliques qui sont canalisées à travers différents complexes TA. D'autres toxines interfèrent avec l'action des topoisomérases, l'assemblage de la paroi cellulaire ou les structures du cytosquelette. Les TA jouent également des rôles importants dans la persistance bactérienne, la formation de biofilm et la tolérance aux multiples médicaments, et ont un potentiel considérable à la fois comme nouveaux composants de la boîte à outils génétique et comme cibles pour de nouveaux médicaments antibactériens.

@article{doi103109104092382011600437,
    author = "Hayes, Finbarr et Melderen, Laurence Van",
    title = "Toxines-antitoxines : diversité, évolution et fonction",
    year = "2011",
    journal = "Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology",
    abstract = "Les gènes des complexes toxine-antitoxine (TA) sont répandus dans les génomes des procaryotes, et les espèces possèdent fréquemment des dizaines de loci TA plasmidiques et chromosomiques. Les complexes sont classés en trois types selon l'organisation génétique et le mode d'action. Les toxines sont universellement des protéines dirigées contre des cibles intracellulaires spécifiques, tandis que les antitoxines sont soit des protéines soit de petits ARN qui neutralisent la toxine ou inhibent sa synthèse. Au sein des trois types de complexes, il y a eu un brassage évolutif étendu des gènes de toxine et d'antitoxine conduisant à une diversité considérable des combinaisons TA. Les cibles intracellulaires des toxines protéiques sont également variées. De nombreuses toxines, dont beaucoup sont des endoribonucléases spécifiques de séquence, réduisent les niveaux de synthèse des protéines en réponse à une gamme de stimuli de stress et nutritionnels. Des ressources clés sont conservées en conséquence, assurant la survie des cellules individuelles et donc de la population bactérienne. Les effets des toxines sont généralement transitoires et réversibles, permettant un ensemble de réponses dynamiques et réglables qui reflètent les conditions environnementales. De plus, en abritant plusieurs toxines qui interviennent dans la synthèse des protéines en réponse à différents signaux physiologiques, les bactéries peuvent potentiellement détecter une variété de perturbations métaboliques qui sont canalisées à travers différents complexes TA. D'autres toxines interfèrent avec l'action des topoisomérases, l'assemblage de la paroi cellulaire ou les structures du cytosquelette. Les TA jouent également des rôles importants dans la persistance bactérienne, la formation de biofilm et la tolérance aux multiples médicaments, et ont un potentiel considérable à la fois comme nouveaux composants de la boîte à outils génétique et comme cibles pour de nouveaux médicaments antibactériens.",
    url = "https://doi.org/10.3109/10409238.2011.600437",
    doi = "10.3109/10409238.2011.600437",
    openalex = "W2163406805",
    references = "doi101038nrmicro1147, doi101073pnas252529799, doi101073pnas83103116, doi101073pnas93126059, doi101093nargki201, doi101128jb15527687751983, doi101128jb18624817281802004, doi101128mmbr0002110, doi101146annurevmicro112408134306, doi101371journalpbio1000317"
}

Les systèmes de sécrétion de protéines sont des nanomachines moléculaires utilisées par les bactéries à Gram négatif pour prospérer dans leur environnement. Ils sont utilisés pour libérer des enzymes qui hydrolysent des sources de carbone complexes en composés utilisables, ou pour libérer des protéines qui captent des ions essentiels tels que le fer. Ils sont également utilisés pour coloniser et survivre au sein d'hôtes eucaryotes, causant des infections aiguës ou chroniques, subvertissant la réponse de la cellule hôte et échappant au système immunitaire. Dans cet article, le pathogène humain opportuniste Pseudomonas aeruginosa est utilisé comme modèle pour examiner la diversité des systèmes de sécrétion que les bactéries ont évolué pour atteindre ces objectifs. Cette diversité peut résulter d'une transformation progressive des complexes de l'enveloppe cellulaire qui n'étaient initialement pas dédiés à la sécrétion. Les similitudes frappantes entre les systèmes de sécrétion et les pili de type IV, les flagelles, la queue des bactériophages ou les pompes d'efflux sont une belle illustration de cette évolution. Des différences sont également nécessaires car diverses configurations de sécrétion appellent à la diversité. Par exemple, certaines protéines sont libérées dans le milieu extracellulaire tandis que d'autres sont directement injectées dans le cytosol des cellules eucaryotes. Certaines protéines sont repliées avant d'être libérées et transitent dans le périplasme. D'autres protéines traversent l'enveloppe cellulaire entière d'un coup dans un état déplié. Cependant, le système de sécrétion nécessite des éléments ou caractéristiques de base conservés. Par exemple, il y a besoin d'une source d'énergie ou d'un canal de membrane externe. La structure de cette revue est donc assez inhabituelle. Au lieu de lister les types de sécrétion les uns après les autres, elle présente un mélange de concepts indiquant que les types de sécrétion sont en constante évolution et utilisent des principes de base. En d'autres termes, l'émergence de nouveaux systèmes de sécrétion pourrait être prédite de la manière dont Mendeleïev avait anticipé les caractéristiques d'éléments encore inconnus.

@article{doi103389fmicb201100155,
    author = "Filloux, Alain",
    title = "Protein Secretion Systems in Pseudomonas aeruginosa: An Essay on Diversity, Evolution, and Function",
    year = "2011",
    journal = "Frontiers in Microbiology",
    abstract = "Les systèmes de sécrétion de protéines sont des nanomachines moléculaires utilisées par les bactéries à Gram négatif pour prospérer dans leur environnement. Ils sont utilisés pour libérer des enzymes qui hydrolysent des sources de carbone complexes en composés utilisables, ou pour libérer des protéines qui captent des ions essentiels tels que le fer. Ils sont également utilisés pour coloniser et survivre au sein d'hôtes eucaryotes, causant des infections aiguës ou chroniques, subvertissant la réponse de la cellule hôte et échappant au système immunitaire. Dans cet article, le pathogène humain opportuniste Pseudomonas aeruginosa est utilisé comme modèle pour examiner la diversité des systèmes de sécrétion que les bactéries ont évolué pour atteindre ces objectifs. Cette diversité peut résulter d'une transformation progressive des complexes de l'enveloppe cellulaire qui n'étaient initialement pas dédiés à la sécrétion. Les similitudes frappantes entre les systèmes de sécrétion et les pili de type IV, les flagelles, la queue des bactériophages ou les pompes d'efflux sont une belle illustration de cette évolution. Des différences sont également nécessaires car diverses configurations de sécrétion appellent à la diversité. Par exemple, certaines protéines sont libérées dans le milieu extracellulaire tandis que d'autres sont directement injectées dans le cytosol des cellules eucaryotes. Certaines protéines sont repliées avant d'être libérées et transitent dans le périplasme. D'autres protéines traversent l'enveloppe cellulaire entière d'un coup dans un état déplié. Cependant, le système de sécrétion nécessite des éléments ou caractéristiques de base conservés. Par exemple, il y a besoin d'une source d'énergie ou d'un canal de membrane externe. La structure de cette revue est donc assez inhabituelle. Au lieu de lister les types de sécrétion les uns après les autres, elle présente un mélange de concepts indiquant que les types de sécrétion sont en constante évolution et utilisent des principes de base. En d'autres termes, l'émergence de nouveaux systèmes de sécrétion pourrait être prédite de la manière dont Mendeleïev avait anticipé les caractéristiques d'éléments encore inconnus.",
    url = "https://doi.org/10.3389/fmicb.2011.00155",
    doi = "10.3389/fmicb.2011.00155",
    openalex = "W2166412853",
    references = "doi1010160022283685900464, doi10103835016007, doi10103835023079, doi101038358727a0, doi101038nprot20092, doi101038nrmicro1526, doi101073pnas0510322103, doi101126science1128393, doi101146annurevmicro56012302160938, doi101146annurevmicro58030603123811"
}

Nous présentons ici une analyse comparative du génome de dix souches au sein du groupe Pseudomonas fluorescens, incluant sept nouvelles séquences génomiques. Ces souches présentent un spectre divers de traits impliqués dans le contrôle biologique et d'autres interactions multitrophiques avec les plantes, les microbes et les insectes. L'analyse de séquence multilocus a classé les souches en trois sous-clades, ce qui a été renforcé par des niveaux élevés de synténie, la taille des génomes de noyau et la parenté des gènes orthologues entre les souches au sein d'un sous-clade. L'hétérogénéité du groupe P. fluorescens se reflète dans la grande taille de son pan-génome, qui représente environ 54 % du pan-génome du genre dans son ensemble, et un génome de noyau ne représentant que 45-52 % du génome de toute souche individuelle. Nous avons découvert des gènes pour des traits qui n'étaient pas connus précédemment chez les souches, notamment des gènes pour la biosynthèse des sidérophores achromobactine et pseudomonine et de l'antibiotique 2-hexyl-5-propyl-alkylresorcinol ; de nouveaux bactériocines ; des systèmes de sécrétion de type II, III et VI ; et des toxines d'insectes. Certains groupes de gènes, tels que ceux pour deux systèmes de sécrétion de type III, sont présents uniquement dans des sous-clades spécifiques, suggérant une héritage vertical. Presque tous les gènes associés aux interactions multitrophiques se situent dans des régions génomiques présentes uniquement dans un sous-ensemble des souches ou uniques à une souche spécifique. Pour explorer l'origine évolutive de ces gènes, nous avons cartographié leur distribution par rapport aux emplacements des éléments génétiques mobiles et des éléments palindromiques extrageniques répétés (REP) dans chaque génome. Les éléments génétiques mobiles et de nombreux gènes spécifiques aux souches se situent dans des régions dépourvues d'éléments REP (c'est-à-dire des déserts REP) et des régions affichant une composition tri-nucléotidique atypique, indiquant peut-être une acquisition relativement récente de ces loci. Collectivement, les résultats de cette étude soulignent l'énorme hétérogénéité du groupe P. fluorescens et l'importance du génome variable pour adapter les souches individuelles à leurs modes de vie spécifiques et à leur répertoire fonctionnel.

@article{doi101371journalpgen1002784,
    author = "Loper, Joyce E. and Hassan, Karl A. and Mavrodi, Dmitri V. and Davis, Edward W. and Lim, Chee Kent and Shaffer, Brenda T. and Elbourne, Liam D. H. and Stockwell, Virginia O. and Hartney, Sierra L. and Breakwell, Katy and Henkels, Marcella D. and Tetu, Sasha G. and Rangel, Lorena I. and Kidarsa, Teresa A. and Wilson, N. L. and van de Mortel, Judith E. and Song, Chunxu and Blumhagen, Rachel Z. and Radune, Diana and Hostetler, Jessica B. and Brinkac, Lauren and Durkin, A. Scott and Kluepfel, Daniel A. and Wechter, W. Patrick and Anderson, Anne J. and Kim, Young Cheol and Pierson, Leland S. and Pierson, Elizabeth A. and Lindow, Steven E. and Kobayashi, Donald Y. and Raaijmakers, Jos M. and Weller, David M. and Thomashow, Linda S. and Allen, Andrew E. and Paulsen, Ian T.",
    title = "Comparative Genomics of Plant-Associated Pseudomonas spp.: Insights into Diversity and Inheritance of Traits Involved in Multitrophic Interactions",
    year = "2012",
    journal = "PLoS Genetics",
    abstract = "Nous présentons ici une analyse comparative du génome de dix souches au sein du groupe Pseudomonas fluorescens, incluant sept nouvelles séquences génomiques. Ces souches présentent un spectre divers de traits impliqués dans le contrôle biologique et d'autres interactions multitrophiques avec les plantes, les microbes et les insectes. L'analyse de séquence multilocus a classé les souches en trois sous-clades, ce qui a été renforcé par des niveaux élevés de synténie, la taille des génomes de noyau et la parenté des gènes orthologues entre les souches au sein d'un sous-clade. L'hétérogénéité du groupe P. fluorescens se reflète dans la grande taille de son pan-génome, qui représente environ 54 % du pan-génome du genre dans son ensemble, et un génome de noyau ne représentant que 45-52 % du génome de toute souche individuelle. Nous avons découvert des gènes pour des traits qui n'étaient pas connus précédemment chez les souches, notamment des gènes pour la biosynthèse des sidérophores achromobactine et pseudomonine et de l'antibiotique 2-hexyl-5-propyl-alkylresorcinol ; de nouveaux bactériocines ; des systèmes de sécrétion de type II, III et VI ; et des toxines d'insectes. Certains groupes de gènes, tels que ceux pour deux systèmes de sécrétion de type III, sont présents uniquement dans des sous-clades spécifiques, suggérant une héritage vertical. Presque tous les gènes associés aux interactions multitrophiques se situent dans des régions génomiques présentes uniquement dans un sous-ensemble des souches ou uniques à une souche spécifique. Pour explorer l'origine évolutive de ces gènes, nous avons cartographié leur distribution par rapport aux emplacements des éléments génétiques mobiles et des éléments palindromiques extrageniques répétés (REP) dans chaque génome. Les éléments génétiques mobiles et de nombreux gènes spécifiques aux souches se situent dans des régions dépourvues d'éléments REP (c'est-à-dire des déserts REP) et des régions affichant une composition tri-nucléotidique atypique, indiquant peut-être une acquisition relativement récente de ces loci. Collectivement, les résultats de cette étude soulignent l'énorme hétérogénéité du groupe P. fluorescens et l'importance du génome variable pour adapter les souches individuelles à leurs modes de vie spécifiques et à leur répertoire fonctionnel.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1002784",
    doi = "10.1371/journal.pgen.1002784",
    openalex = "W2055455922",
    references = "doi103389fmicb201100155"
}

De nombreuses méthodes ont été développées pour inférer des taux différentiels de diversification des espèces au fil du temps et entre les clades en utilisant des arbres phylogénétiques calibrés dans le temps. Cependant, nous manquons d'un cadre général capable de délimiter et de quantifier des mélanges hétérogènes de processus dynamiques au sein d'une seule phylogénie. J'ai développé une méthode capable d'identifier un nombre arbitraire de processus de diversification variables dans le temps sur les phylogénies sans spécifier à l'avance leurs emplacements. La méthode utilise une chaîne de Markov Monte Carlo à sauts réversibles pour passer entre des sous-espaces de modèle qui varient en nombre de régimes de diversification distincts. Le modèle suppose que les changements de régimes évolutifs se produisent sur les branches des arbres phylogénétiques selon un processus de Poisson composé et prend explicitement en compte la variation des taux dans le temps et entre les lignées. En utilisant des ensembles de données simulés, je démontre que la méthode peut être utilisée pour quantifier des mélanges complexes de processus de diversification dépendants du temps, dépendants de la diversité et à taux constant. J'ai comparé les performances de la méthode au modèle MEDUSA de variation des taux entre lignées. À titre d'exemple empirique, j'ai analysé l'histoire de la spéciation et de l'extinction pendant la radiation des cétacés modernes. La méthode décrite ici facilitera grandement l'exploration des dynamiques macroévolutives à travers de grands arbres phylogénétiques, qui ont peut-être été façonnés par des mélanges hétérogènes de processus évolutifs distincts.

@article{doi101371journalpone0089543,
    author = "Rabosky, Daniel L.",
    title = "Détection automatique des innovations clés, des changements de taux et de la dépendance à la diversité sur les arbres phylogénétiques",
    year = "2014",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "De nombreuses méthodes ont été développées pour inférer des taux différentiels de diversification des espèces au fil du temps et entre les clades en utilisant des arbres phylogénétiques calibrés dans le temps. Cependant, nous manquons d'un cadre général capable de délimiter et de quantifier des mélanges hétérogènes de processus dynamiques au sein d'une seule phylogénie. J'ai développé une méthode capable d'identifier un nombre arbitraire de processus de diversification variables dans le temps sur les phylogénies sans spécifier à l'avance leurs emplacements. La méthode utilise une chaîne de Markov Monte Carlo à sauts réversibles pour passer entre des sous-espaces de modèle qui varient en nombre de régimes de diversification distincts. Le modèle suppose que les changements de régimes évolutifs se produisent sur les branches des arbres phylogénétiques selon un processus de Poisson composé et prend explicitement en compte la variation des taux dans le temps et entre les lignées. En utilisant des ensembles de données simulés, je démontre que la méthode peut être utilisée pour quantifier des mélanges complexes de processus de diversification dépendants du temps, dépendants de la diversité et à taux constant. J'ai comparé les performances de la méthode au modèle MEDUSA de variation des taux entre lignées. À titre d'exemple empirique, j'ai analysé l'histoire de la spéciation et de l'extinction pendant la radiation des cétacés modernes. La méthode décrite ici facilitera grandement l'exploration des dynamiques macroévolutives à travers de grands arbres phylogénétiques, qui ont peut-être été façonnés par des mélanges hétérogènes de processus évolutifs distincts.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0089543",
    doi = "10.1371/journal.pone.0089543",
    openalex = "W2042449834",
    references = "doi10100797814612066756, doi101017s0094837300005972, doi101038nature05634, doi101038nature11631, doi10106311699114, doi101093bioinformaticsbtm538, doi101093biomet57197, doi101093biomet824711, doi101111j14610248200701020x, doi101126science2354785167, doi101186147121481393"
}

Les peptides antimicrobiens (PAM) sont de courtes protéines possédant une activité antimicrobienne. Une grande partie des PAM connus proviennent des insectes, et le nombre et la diversité de ces molécules chez différentes espèces varient considérablement. Les PAM des insectes représentent une source potentielle d'antibiotiques alternatifs pour répondre à la limitation des antibiotiques actuels, causée par l'émergence et la propagation de pathogènes multirésistants. Pour obtenir plus d'informations sur les PAM, nous avons étudié la diversité et l'évolution des PAM des insectes en cartographiant leur distribution phylogénétique, ce qui nous a permis de prédire les origines évolutives de familles de PAM sélectionnées et d'identifier des familles conservées évolutivement et spécifiques aux taxons. De plus, nous mettons en avant l'utilisation du nématode Caenorhabditis elegans comme modèle d'animal entier dans des méthodes de criblage à haut débit pour identifier des PAM efficaces contre des pathogènes humains, notamment Acinetobacter baumanii et Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline. Nous discutons également des applications médicales potentielles des PAM, y compris leur utilisation comme alternatives aux antibiotiques conventionnels dans des thérapies ectopiques, leur utilisation combinée avec des antibiotiques pour restaurer la sensibilité des pathogènes multirésistants, et leur utilisation comme modèles pour la conception rationnelle de médicaments peptidomimétiques qui surmontent les inconvénients des peptides thérapeutiques. L'article fait partie du numéro thématique « Écologie évolutive des peptides antimicrobiens des arthropodes ».

@article{doi101098rstb20150290,
    author = "Mylonakis, Eleftherios et Podsiadłowski, Lars et Muhammed, Maged et Vilcinskas, Andreas",
    title = "Diversité, évolution et applications médicales des peptides antimicrobiens des insectes",
    year = "2016",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Les peptides antimicrobiens (PAM) sont de courtes protéines possédant une activité antimicrobienne. Une grande partie des PAM connus proviennent des insectes, et le nombre et la diversité de ces molécules chez différentes espèces varient considérablement. Les PAM des insectes représentent une source potentielle d'antibiotiques alternatifs pour répondre à la limitation des antibiotiques actuels, causée par l'émergence et la propagation de pathogènes multirésistants. Pour obtenir plus d'informations sur les PAM, nous avons étudié la diversité et l'évolution des PAM des insectes en cartographiant leur distribution phylogénétique, ce qui nous a permis de prédire les origines évolutives de familles de PAM sélectionnées et d'identifier des familles conservées évolutivement et spécifiques aux taxons. De plus, nous mettons en avant l'utilisation du nématode Caenorhabditis elegans comme modèle d'animal entier dans des méthodes de criblage à haut débit pour identifier des PAM efficaces contre des pathogènes humains, notamment Acinetobacter baumanii et Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline. Nous discutons également des applications médicales potentielles des PAM, y compris leur utilisation comme alternatives aux antibiotiques conventionnels dans des thérapies ectopiques, leur utilisation combinée avec des antibiotiques pour restaurer la sensibilité des pathogènes multirésistants, et leur utilisation comme modèles pour la conception rationnelle de médicaments peptidomimétiques qui surmontent les inconvénients des peptides thérapeutiques. L'article fait partie du numéro thématique « Écologie évolutive des peptides antimicrobiens des arthropodes ».",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.2015.0290",
    doi = "10.1098/rstb.2015.0290",
    openalex = "W2346044263",
    references = "doi101016jdrudis200910009, doi101016s1473309913703189, doi101038292246a0, doi101038nbt1267, doi101038nrmicro1098, doi101086533452, doi101086651263, doi101111j0105289620040124x, doi101126science1257570, doi101371journalpcbi1002195"
}

Les chloroplastes jouent un rôle crucial dans le maintien de la vie sur terre. La disponibilité de plus de 800 génomes chloroplastiques séquencés provenant d'une variété de plantes terrestres a amélioré notre compréhension de la biologie chloroplastique, du transfert génique intracellulaire, de la conservation, de la diversité et des bases génétiques par lesquelles les transgènes chloroplastiques peuvent être conçus pour améliorer les traits agronomiques des plantes ou pour produire des produits agricoles ou biomédicaux à haute valeur. Dans cette revue, nous discutons de l'impact des séquences de génomes chloroplastiques sur la compréhension des origines des espèces cultivées économiquement importantes et des changements survenus pendant la domestication. Nous discutons également des applications biotechnologiques potentielles des génomes chloroplastiques.

@article{doi101186s1305901610042,
    author = "Daniell, Henry et Lin, Choun‐Sea et Yu, Ming et Chang, Wan‐Jung",
    title = "Génomes chloroplastiques : diversité, évolution et applications en ingénierie génétique",
    year = "2016",
    journal = "Genome biology",
    abstract = "Les chloroplastes jouent un rôle crucial dans le maintien de la vie sur terre. La disponibilité de plus de 800 génomes chloroplastiques séquencés provenant d'une variété de plantes terrestres a amélioré notre compréhension de la biologie chloroplastique, du transfert génique intracellulaire, de la conservation, de la diversité et des bases génétiques par lesquelles les transgènes chloroplastiques peuvent être conçus pour améliorer les traits agronomiques des plantes ou pour produire des produits agricoles ou biomédicaux à haute valeur. Dans cette revue, nous discutons de l'impact des séquences de génomes chloroplastiques sur la compréhension des origines des espèces cultivées économiquement importantes et des changements survenus pendant la domestication. Nous discutons également des applications biotechnologiques potentielles des génomes chloroplastiques.",
    url = "https://doi.org/10.1186/s13059-016-1004-2",
    doi = "10.1186/s13059-016-1004-2",
    openalex = "W2475158195",
    references = "doi101002j146020751986tb04464x, doi101007bf02464880, doi101038nature06856, doi101038ng740, doi101038nmeth2474, doi101038nrg1271, doi101038nrmicro3050, doi101073pnas0709121104, doi101126science1162986, doi103732ajb921142"
}

Les Archaea occupent une position clé dans l'arbre de la vie et constituent une fraction majeure de la diversité microbienne. Abondants dans les sols, les sédiments océaniques et la colonne d'eau, ils jouent des rôles cruciaux dans les processus médiatisant les flux globaux de carbone et de nutriments. De plus, ils représentent un composant important du microbiome humain, où leur rôle dans la santé et la maladie reste encore mal compris. Le développement de techniques de séquençage indépendantes de la culture a offert un accès sans précédent aux données génomiques d'un grand nombre de lignées archéennes jusque-là inaccessibles. Cela révolutionne notre vision de la diversité et du potentiel métabolique des Archaea dans une grande variété d'environnements, une étape importante vers la compréhension de leur rôle écologique. L'arbre archéen est rapidement rempli de nouvelles branches constituant des phyla, des classes et des ordres, générant de nouveaux défis pour la systématique de haut rang et fournissant des informations clés pour disséquer l'origine de ce domaine, les trajectoires évolutives qui ont façonné sa diversité actuelle et ses relations avec les Bactéries et les Eucaryotes. L'image actuelle est celle d'une énorme diversité des Archaea, que nous commençons seulement à explorer.

@article{doi101038ismej2017122,
    author = "Adam, Panagiotis S. et Borrel, Guillaume et Brochier‐Armanet, Céline et Gribaldo, Simonetta",
    title = "The growing tree of Archaea: new perspectives on their diversity, evolution and ecology",
    year = "2017",
    journal = "The ISME Journal",
    abstract = "Les Archaea occupent une position clé dans l'arbre de la vie et constituent une fraction majeure de la diversité microbienne. Abondants dans les sols, les sédiments océaniques et la colonne d'eau, ils jouent des rôles cruciaux dans les processus médiatisant les flux globaux de carbone et de nutriments. De plus, ils représentent un composant important du microbiome humain, où leur rôle dans la santé et la maladie reste encore mal compris. Le développement de techniques de séquençage indépendantes de la culture a offert un accès sans précédent aux données génomiques d'un grand nombre de lignées archéennes jusque-là inaccessibles. Cela révolutionne notre vision de la diversité et du potentiel métabolique des Archaea dans une grande variété d'environnements, une étape importante vers la compréhension de leur rôle écologique. L'arbre archéen est rapidement rempli de nouvelles branches constituant des phyla, des classes et des ordres, générant de nouveaux défis pour la systématique de haut rang et fournissant des informations clés pour disséquer l'origine de ce domaine, les trajectoires évolutives qui ont façonné sa diversité actuelle et ses relations avec les Bactéries et les Eucaryotes. L'image actuelle est celle d'une énorme diversité des Archaea, que nous commençons seulement à explorer.",
    url = "https://doi.org/10.1038/ismej.2017.122",
    doi = "10.1038/ismej.2017.122",
    openalex = "W2743255823",
    references = "doi101038nature12352, doi101038nature14447, doi101038nature14486, doi101038nature21031, doi101038nmicrobiol201648, doi101038nrmicro1852, doi101038nrmicro1931, doi101038nrmicro3330, doi101073pnas87124576, doi101073pnas89125685"
}

Les récents débats sur le nombre d'espèces végétales dans les vastes forêts pluviales de basse altitude de l'Amazonie ont été fondés en grande partie sur des estimations de modèles, en négligeant les listes de contrôle publiées basées sur des données de voucher vérifiées. Ici, nous compilons des listes de contrôle vérifiées taxonomiquement pour présenter une liste d'espèces de plantes à graines des forêts pluviales de basse altitude de l'Amazonie. Notre liste comprend 14 003 espèces, dont 6 727 sont des arbres. Ces chiffres sont similaires aux estimations dérivées de modèles écologiques non paramétriques, mais ils contrastent fortement avec les prédictions d'une diversité arborée beaucoup plus élevée dérivée de modèles paramétriques. Sur la base de la proportion connue d'espèces arborées dans les communautés de forêts pluviales de basse altitude néotropicales, mesurée dans des recensements de parcelles complets, et sur les estimations globales de la diversité des plantes à graines au Brésil et dans les néotropiques en général, il est plus probable que la diversité arborée en Amazonie soit plus proche des estimations inférieures dérivées de modèles non paramétriques. Beaucoup reste inconnu sur la diversité végétale amazonienne, mais cet ensemble de données vérifié taxonomiquement fournit un point de départ valide pour les études macroécologiques et évolutives visant à comprendre l'origine, l'évolution et l'écologie de la biodiversité exceptionnelle des forêts amazoniennes.

@article{doi101073pnas1706756114,
    author = "Cardoso, Domingos et Särkinen, Tiina et Alexander, Sara N. et Amorim, André M. et Bittrich, Volker et Celis, Marcela et Daly, Douglas C. et Fiaschi, Pedro et Funk, Vicki A. et Giacomin, Leandro Lacerda et Goldenberg, Renato et Heiden, Gustavo et Iganci, João Ricardo Vieira et Kelloff, Carol L. et Knapp, Sandra et de Lima, Haroldo Cavalcante et Machado, Anderson Ferreira Pinto et dos Santos, Rubens Manoel et de Mello‐Silva, Renato et Michelangeli, Fabián A. et Mitchell, John D. et Moonlight, Peter W. et de Moraes, Pedro Luís Rodrigues et Mori, Scott A. et Nunes, Teonildes Sacramento et Pennington, Terry D. et Pirani, José Rubens et Prance, Ghillean Τ. et de Queiroz, Luciano Paganucci et Rapini, Alessandro et Riina, Ricarda et Rincon, Carlos Alberto Vargas et Roque, Nádia et Shimizu, Gustavo Hiroaki et Sobral, Marcos et Stehmann, João Renato et Stevens, W. D. et Taylor, Charlotte M. et Trovó, Marcelo et van den Berg, Cássio et van der Werff, Henk et Viana, Pedro Lage et Zartman, Charles E. et Forzza, Rafaela Campostrini",
    title = "Amazon plant diversity revealed by a taxonomically verified species list",
    year = "2017",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Les récents débats sur le nombre d'espèces végétales dans les vastes forêts pluviales de basse altitude de l'Amazonie ont été fondés en grande partie sur des estimations de modèles, en négligeant les listes de contrôle publiées basées sur des données de voucher vérifiées. Ici, nous compilons des listes de contrôle vérifiées taxonomiquement pour présenter une liste d'espèces de plantes à graines des forêts pluviales de basse altitude de l'Amazonie. Notre liste comprend 14 003 espèces, dont 6 727 sont des arbres. Ces chiffres sont similaires aux estimations dérivées de modèles écologiques non paramétriques, mais ils contrastent fortement avec les prédictions d'une diversité arborée beaucoup plus élevée dérivée de modèles paramétriques. Sur la base de la proportion connue d'espèces arborées dans les communautés de forêts pluviales de basse altitude néotropicales, mesurée dans des recensements de parcelles complets, et sur les estimations globales de la diversité des plantes à graines au Brésil et dans les néotropiques en général, il est plus probable que la diversité arborée en Amazonie soit plus proche des estimations inférieures dérivées de modèles non paramétriques. Beaucoup reste inconnu sur la diversité végétale amazonienne, mais cet ensemble de données vérifié taxonomiquement fournit un point de départ valide pour les études macroécologiques et évolutives visant à comprendre l'origine, l'évolution et l'écologie de la biodiversité exceptionnelle des forêts amazoniennes.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1706756114",
    doi = "10.1073/pnas.1706756114",
    openalex = "W2754397646",
    references = "doi101146annurevecolsys110308120327"
}

@article{doi101038s415640200715z,
    author = "Baker, Brett J. et Anda, Valerie De et Seitz, Kiley W. et Dombrowski, Nina et Santoro, Alyson E. et Lloyd, Karen G.",
    title = "Diversité, écologie et évolution des Archaea",
    year = "2020",
    journal = "Nature Microbiology",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41564-020-0715-z",
    doi = "10.1038/s41564-020-0715-z",
    openalex = "W3022704487",
    references = "doi101038ismej2017122, doi101038nature03911, doi101038nature04983, doi101038nature21031, doi101038nbt4229, doi101038nmeth3103, doi101038s41467018074180, doi101073pnas74115088, doi101073pnas87124576, doi101073pnas89125685, doi101093bioinformaticsbts174, doi101111j13652958201107635x, doi101126science1093857, doi101126science2765313734"
}