Ouvrages anciens

@book{paley1802natural53,
    author = "Paley, W",
    title = "Natural Theology",
    year = "1802",
    publisher = "or Evidences of the Existence and Attributes of the Deity, Collected from the Appearances of Nature: Houston, Texas, St. Thomas Press; Reprint, 1972",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Paley, W., 1802, Natural Theology: or Evidences of the Existence and Attributes of the Deity, Collected from the Appearances of Nature: Houston, Texas, St. Thomas Press; Reprint, 1972.}"
}

@misc{laplace1812introduction32,
    author = "Laplace, P. S. et de, Marquis",
    title = "Introduction à la théorie analytique des probabilités",
    year = "1812",
    howpublished = "Paris, vi p.; Traduction anglaise, 1896",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Laplace, P. S., Marquis de., 1812, Introduction à la théorie analytique des probabilités: Paris, vi p.; Traduction anglaise, 1896.}"
}

@misc{parkinson1822outlines54,
    author = "Parkinson, J",
    title = "Outlines of Oryctology",
    year = "1822",
    howpublished = "An Introduction to the Study of Fossil Organic Remains: London",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Parkinson, J., 1822, Outlines of Oryctology: An Introduction to the Study of Fossil Organic Remains: London.}"
}

@article{buckland1824notice4,
    author = "Buckland, W",
    title = "Notice sur le Megalosaurus ou grand lépidosaure fossile de Stonesfield",
    year = "1824",
    journal = "Transactions of the Geological Society of London, v. 2, no. 1, p. 390-396",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Buckland, W., 1824, Notice sur le Megalosaurus ou grand lépidosaure fossile de Stonesfield : Transactions of the Geological Society of London, v. 2, no. 1, p. 390-396.}"
}

@inproceedings{sedgwick1831proceedings61,
    author = "Sedgwick, A",
    title = "Proceedings of the Geological Society of London",
    year = "1831",
    booktitle = "London, Geological Society of London",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Sedgwick, A., 1831, Proceedings of the Geological Society of London: London, Geological Society of London.}"
}

@misc{meyer1832palaeologica42,
    author = "Meyer, H. von",
    title = "Palaeologica zur Geschichte der Erde et de ses créatures",
    year = "1832",
    howpublished = "Frankfurt am Main",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Meyer, H. von, 1832, Palaeologica zur Geschichte der Erde et de ses créatures: Frankfurt am Main.}"
}

@misc{eudesdeslongchamps1838mmoire15,
    author = "Eudes-Deslongchamps, J. A",
    title = "Mémoire sur le Poikilopleuron bucklandi, grand saurien fossile, intermédiaire entre les crocodiles et les lézards",
    year = "1838",
    howpublished = "Mémoires de Société Linnéenne de Normandie, v. 6, p. 37-146",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Eudes-Deslongchamps, J. A., 1838, Mémoire sur le Poikilopleuron bucklandi, grand saurien fossile, intermédiaire entre les crocodiles et les lézards: Mémoires de Société Linnéenne de Normandie, v. 6, p. 37-146.}"
}

@article{owen1841description48,
    author = "Owen, R",
    title = "Description of the Lepidosiren annectens",
    year = "1841",
    journal = "Transactions of the Linnean Society of London, v. 18, p. 327-361",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Owen, R., 1841, Description of the Lepidosiren annectens: Transactions of the Linnean Society of London, v. 18, p. 327-361.}"
}

@misc{owen1841report49,
    author = "Owen, R",
    title = "Rapport sur les reptiles fossiles britanniques",
    year = "1841",
    howpublished = "Rapport de la onzième réunion de l'Association britannique pour l'avancement des sciences. 66-204",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Owen, R., 1841, Rapport sur les reptiles fossiles britanniques. Rapport de la onzième réunion de l'Association britannique pour l'avancement des sciences. 66-204.}"
}

@misc{murchison1854siluria46,
    author = "Murchison, R. I",
    title = "Siluria",
    year = "1854",
    howpublished = "The History of the Oldest Known Rocks Containing Organic Remains: London, John Murray",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Murchison, R. I., 1854, Siluria: The History of the Oldest Known Rocks Containing Organic Remains: London, John Murray.}"
}

@misc{owen1855monograph50,
    author = "Owen, R",
    title = "Monograph of the fossil Reptilia of the Wealden Formations II, Dinosauria",
    year = "1855",
    howpublished = "Palaeontogr. Soc., p. 1-54",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Owen, R., 1855, Monograph of the fossil Reptilia of the Wealden Formations II, Dinosauria: Palaeontogr. Soc., p. 1-54.}"
}

@misc{miller1857the44,
    author = "Miller, H",
    title = "THe Testimony of the Rocks; or, Geology in its Bearings on the Two Theologies, Natural and Revealed. [With memorials of the death and character of the author]",
    year = "1857",
    howpublished = "Boston; New York, Gould and Lincoln; Sheldon, Blakeman \& Co., 502 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Miller, H., 1857, THe Testimony of the Rocks; or, Geology in its Bearings on the Two Theologies, Natural and Revealed. [With memorials of the death and character of the author]: Boston; New York, Gould and Lincoln; Sheldon, Blakeman \& Co., 502 p.}"
}

@misc{meyer1861archeopteryx43,
    author = "Meyer, H. von",
    title = "Archeopteryx lithographica (Vogel-Feder) und Pterodactylus von Solnhofen",
    year = "1861",
    howpublished = "Neues Jb. Miner. Geol. Palaeont., p. 678-679",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Meyer, H. von, 1861, Archeopteryx lithographica (Vogel-Feder) und Pterodactylus von Solnhofen: Neues Jb. Miner. Geol. Palaeont., p. 678-679.}"
}

@article{owen1864on51,
    author = "Owen, R",
    title = "On the Archeopteryx of von Meyer, with a description of the fossil remains of a long-tailed species, from the lithographic stone of Solnhofen",
    year = "1864",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society, London B, v. 153, p. 33- 47",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Owen, R., 1864, On the Archeopteryx of von Meyer, with a description of the fossil remains of a long-tailed species, from the lithographic stone of Solnhofen: Philosophical Transactions of the Royal Society, London B, v. 153, p. 33- 47.}"
}

@inproceedings{cope1866remarks6,
    author = "Cope, E. D",
    title = "Remarks on dinosaur remains from New Jersey",
    year = "1866",
    booktitle = "Academy of Natural Science, Philadelphia, Proceedings, p. 275-279",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Cope, E. D., 1866, Remarks on dinosaur remains from New Jersey: Academy of Natural Science, Philadelphia, Proceedings, p. 275-279.}"
}

@misc{fox1866another17,
    author = "Fox, W",
    title = "Un nouveau reptile du Wealden",
    year = "1866",
    howpublished = "Geological Magazine, v. 3, p. 383",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Fox, W., 1866, Un nouveau reptile du Wealden: Geological Magazine, v. 3, p. 383.}"
}

@misc{haeckel1866generelle23,
    author = "Haeckel, E",
    title = "Generelle Morphologie der Organismen",
    year = "1866",
    howpublished = "Berlin, Georg Reimer; 2 volumes",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Haeckel, E., 1866, Generelle Morphologie der Organismen: Berlin, Georg Reimer; 2 volumes.}"
}

@misc{hilgard1869187025,
    author = "Hilgard, E. W",
    title = "-1870, Rapport sur l'âge géologique du delta du fleuve Mississippi",
    year = "1869",
    howpublished = "Rapport des ingénieurs de l'armée américaine ; 1869-1870",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Hilgard, E. W., 1869-1870, Rapport sur l'âge géologique du delta du fleuve Mississippi : Rapport des ingénieurs de l'armée américaine ; 1869-1870.}"
}

@misc{humphreys1869187028,
    author = "Humphreys, A. A",
    title = "-1870, United States Engineers Report, 1869-1870",
    year = "1869",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Humphreys, A. A., 1869-1870, United States Engineers Report, 1869-1870.}"
}

@article{cope1870synopsis7,
    author = "Cope, E. D",
    title = "Synopsis of the extinct Batrachia, Reptilia, and Aves of North America",
    year = "1870",
    journal = "American Philosophical Society Transactions, n.s., v. 14, p. 1- 252",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Cope, E. D., 1870, Synopsis of the extinct Batrachia, Reptilia, and Aves of North America: American Philosophical Society Transactions, n.s., v. 14, p. 1- 252.}"
}

@misc{humphreys1876report29,
    author = "Humphreys, A. A. et Abbott, H. L",
    title = "Rapport sur la physique et l'hydraulique du fleuve Mississippi",
    year = "1876",
    howpublished = "United States Army Corps of Engineers, Professional Paper, v. 13, p. 92-95",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Humphreys, A. A., et Abbott, H. L., 1876, Rapport sur la physique et l'hydraulique du fleuve Mississippi : United States Army Corps of Engineers, Professional Paper, v. 13, p. 92-95.}"
}

@misc{owen1876monograph52,
    author = "Owen, R",
    title = "Monograph of the fossil Reptilia of the Wealden Formations VII, Crocodilia et Dinosauria?",
    year = "1876",
    howpublished = "Palaeontogr. Soc., p. 2-7",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Owen, R., 1876, Monograph of the fossil Reptilia of the Wealden Formations VII, Crocodilia et Dinosauria?: Palaeontogr. Soc., p. 2-7.}"
}

@article{marsh1877notice36,
    author = "Marsh, O. C",
    title = "Notice of new dinosaurian reptiles",
    year = "1877",
    journal = "American Journal of Science, v. 14, p. 514-516",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Marsh, O. C., 1877, Notice of new dinosaurian reptiles: American Journal of Science, v. 14, p. 514-516.}"
}

@misc{balfour1878a1,
    author = "Balfour, F. M",
    title = "A Monograph on the Development of Elasmobranch Fishes",
    year = "1878",
    howpublished = "London, Macmillan",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Balfour, F. M., 1878, A Monograph on the Development of Elasmobranch Fishes: London, Macmillan.}"
}

@misc{cope1878a8,
    author = "Cope, E. D",
    title = "A new opisthocoelous dinosaur",
    year = "1878",
    howpublished = "American Naturalist, v. XII, p. 406",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Cope, E. D., 1878, A new opisthocoelous dinosaur: American Naturalist, v. XII, p. 406.}"
}

@misc{holmes1878188326,
    author = "Holmes, W. H",
    title = "(1883), Report on the Geology of the Yellowstone National Park",
    year = "1878",
    howpublished = "Washington, D.C., United States Geological and Geographical Survey of the Territories, 57 p.; Annual Report 12, Part 2",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Holmes, W. H., 1878 (1883), Report on the Geology of the Yellowstone National Park: Washington, D.C., United States Geological and Geographical Survey of the Territories, 57 p.; Annual Report 12, Part 2.}"
}

@article{marsh1878notice37,
    author = "Marsh, O. C",
    title = "Notice of new dinosaurian reptiles",
    year = "1878",
    journal = "American Journal of Science, v. 15, p. 241-244",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Marsh, O. C., 1878, Notice of new dinosaurian reptiles: American Journal of Science, v. 15, p. 241-244.}"
}

@article{marsh1879notice38,
    author = "Marsh, O. C",
    title = "Notice of new Jurassic reptiles",
    year = "1879",
    journal = "American Journal of Science, v. 21, p. 501-505",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Marsh, O. C., 1879, Notice of new Jurassic reptiles: American Journal of Science, v. 21, p. 501-505.}"
}

@misc{marsh1880odontornithes39,
    author = "Marsh, O. C",
    title = "Odontornithes",
    year = "1880",
    howpublished = "A monograph on the extinct toothed birds of North America. Professional Paper, Engineering Department, United States Army, pp. 1-201",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Marsh, O. C., 1880, Odontornithes: A monograph on the extinct toothed birds of North America. Professional Paper, Engineering Department, United States Army, pp. 1-201.}"
}

@article{marsh1884principal40,
    author = "Marsh, O. C",
    title = "Principaux caractères des dinosaures jurassiques d'Amérique, 8",
    year = "1884",
    journal = "L'ordre des Theropoda : American Journal of Science, v. 27, p. 329-340",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Marsh, O. C., 1884, Principaux caractères des dinosaures jurassiques d'Amérique, 8 : L'ordre des Theropoda : American Journal of Science, v. 27, p. 329-340.}"
}

@inproceedings{cope1887a9,
    author = "Cope, E. D",
    title = "A contribution to the history of the vertebrata of the Trias of North America",
    year = "1887",
    booktitle = "Proceedings of the American Philosophical Society, v. XXIV, p. 209-228",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Cope, E. D., 1887, A contribution to the history of the vertebrata of the Trias of North America: Proceedings of the American Philosophical Society, v. XXIV, p. 209-228.}"
}

@article{seeley1887on63,
    author = "Seeley, H. G",
    title = "On Aristosuchus pusillus (Owen), being further notes on the fossils described by Sir R. Owen as Poikilopleuron pusilius Owen",
    year = "1887",
    journal = "Geological Society of London Quarterly Journal, v. 43, p. 221-228",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Seeley, H. G., 1887, On Aristosuchus pusillus (Owen), being further notes on the fossils described by Sir R. Owen as Poikilopleuron pusilius Owen: Geological Society of London Quarterly Journal, v. 43, p. 221-228.}"
}

@misc{gilbert1890lake20,
    author = "Gilbert, G. K",
    title = "Lake Bonneville, 1 of United States Geological Survey, Monographs",
    year = "1890",
    howpublished = "Washington, D.C., Government Printing Office, 438 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Gilbert, G. K., 1890, Lake Bonneville, 1 of United States Geological Survey, Monographs: Washington, D.C., Government Printing Office, 438 p.}"
}

@article{marsh1890description41,
    author = "Marsh, O. C",
    title = "Description of new dinosaurian reptiles",
    year = "1890",
    journal = "American Journal of Science, v. 39, p. 81-86",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Marsh, O. C., 1890, Description of new dinosaurian reptiles: American Journal of Science, v. 39, p. 81-86.}"
}

@misc{garstang1894preliminary18,
    author = "Garstang, W",
    title = "Note préliminaire sur une nouvelle théorie de la phylogénie des Chordata",
    year = "1894",
    howpublished = "Zoologischer Anzeiger, v. 17, p. 122-125",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Garstang, W., 1894, Note préliminaire sur une nouvelle théorie de la phylogénie des Chordata: Zoologischer Anzeiger, v. 17, p. 122-125.}"
}

@misc{dean1895fishes13,
    author = "Dean, B",
    title = "Fishes, Living and Fossil",
    year = "1895",
    howpublished = "an Outline of Their Forms and Possible Relationships: New York, Macmillan",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Dean, B., 1895, Fishes, Living and Fossil: an Outline of Their Forms and Possible Relationships: New York, Macmillan.}"
}

@misc{huxley1896science31,
    author = "Huxley, T. H",
    title = "Science et éducation",
    year = "1896",
    howpublished = "New York, Appleton \& Co",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Huxley, T. H., 1896, Science et éducation: New York, Appleton \& Co.}"
}

@misc{sedgwick1898190962,
    author = "Sedgwick, A",
    title = "-1909, A Student's Text-Book of Zoology",
    year = "1898",
    howpublished = "London, Sonnenschein; 3 Volumes",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Sedgwick, A., 1898-1909, A Student's Text-Book of Zoology: London, Sonnenschein; 3 Volumes.}"
}

@misc{davis1899the10,
    author = "Davis, W. M",
    title = "The Geographical Cycle, in Davis, W. M., ed., Geographical Essays",
    year = "1899",
    howpublished = "Boston, Ginn and Co., p. 249-278; 777 pp",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Davis, W. M., 1899, The Geographical Cycle, in Davis, W. M., ed., Geographical Essays: Boston, Ginn and Co., p. 249-278; 777 pp.}"
}

@misc{vonzittel1901history67,
    author = "Von Zittel, K",
    title = "History of Geology and Paleontology",
    year = "1901",
    howpublished = "London, Walter Scott",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Von Zittel, K., 1901, History of Geology and Paleontology: London, Walter Scott.}"
}

@inproceedings{woodward1901on71,
    author = "Woodward, A. S",
    title = "On some extinct reptiles from Patagonia, of the genera Miolania, Dinilysia and Genyodectes",
    year = "1901",
    booktitle = "Proceedings of the Zoological Society of London, v. 1, p. 169-184",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Woodward, A. S., 1901, On some extinct reptiles from Patagonia, of the genera Miolania, Dinilysia and Genyodectes: Proceedings of the Zoological Society of London, v. 1, p. 169-184.}"
}

@misc{davis1902river11,
    author = "Davis, W. M",
    title = "Terrasses fluviales dans le New England, dans Davis, W. M., éd., Essays géographiques",
    year = "1902",
    howpublished = "Boston, Ginn and Co., p. 514-586",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Davis, W. M., 1902, Terrasses fluviales dans le New England, dans Davis, W. M., éd., Essays géographiques: Boston, Ginn and Co., p. 514-586.}"
}

@misc{chamberlin1904the5,
    author = "Chamberlin, T. C",
    title = "Les méthodes des sciences de la Terre",
    year = "1904",
    howpublished = "Popular Science Monthly, v. 66, p. 66-75",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Chamberlin, T. C., 1904, Les méthodes des sciences de la Terre: Popular Science Monthly, v. 66, p. 66-75.}"
}

@misc{gaskell1908the19,
    author = "Gaskell, W. H",
    title = "The Origin of Vertebrates",
    year = "1908",
    howpublished = "London, Longman",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Gaskell, W. H., 1908, The Origin of Vertebrates: London, Longman.}"
}

@article{lull1908the33,
    author = "Lull, R. S",
    title = "L'évolution de l'éléphant",
    year = "1908",
    journal = "American Journal of Science, v. 25, p. 169-212 ; Série 4",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Lull, R. S., 1908, L'évolution de l'éléphant : American Journal of Science, v. 25, p. 169-212 ; Série 4.}"
}

@misc{davis1909geographical12,
    author = "Davis, W. M",
    title = "Geographical Essays",
    year = "1909",
    howpublished = "Boston, Ginn and Co., 777 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Davis, W. M., 1909, Geographical Essays: Boston, Ginn and Co., 777 p.}"
}

@misc{goodrich1909vertebrata21,
    author = "Goodrich, E. S",
    title = "Vertebrata Craniata (Premier fascicule",
    year = "1909",
    howpublished = "Cyclostomes and Fishes), IX of A Treatise on Zoology: London, Black",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Goodrich, E. S., 1909, Vertebrata Craniata (Premier fascicule: Cyclostomes and Fishes), IX of A Treatise on Zoology: London, Black.}"
}

@article{woodward1910on72,
    author = "Woodward, A. S",
    title = "On a skull of Megalosaurus from the Great Oolite of Minchinhampton (Gloucestershire)",
    year = "1910",
    journal = "Quarterly Journal of the Geological Society, London, v. 66, p. 111-115",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Woodward, A. S., 1910, On a skull of Megalosaurus from the Great Oolite of Minchinhampton (Gloucestershire): Quarterly Journal of the Geological Society, London, v. 66, p. 111-115.}"
}

@misc{patten1912the55,
    author = "Patten, W",
    title = "L'Évolution des Vertébrés et leurs Parents",
    year = "1912",
    howpublished = "Londres, Churchill",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Patten, W., 1912, L'Évolution des Vertébrés et leurs Parents: Londres, Churchill.}"
}

@misc{wegener1912die68,
    author = "Wegener, A",
    title = "Die enstehung der Kontinente",
    year = "1912",
    howpublished = "Geologische Rundschau, v. 3, p. 276-292",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Wegener, A., 1912, Die enstehung der Kontinente: Geologische Rundschau, v. 3, p. 276-292.}"
}

@misc{price1924the58,
    author = "Price, G. McC",
    title = "The Phantom of Organic Evolution",
    year = "1924",
    howpublished = "New York, Fleming H. Revell Co",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Price, G. McC., 1924, The Phantom of Organic Evolution: New York, Fleming H. Revell Co.}"
}

@misc{brewster1927creation2,
    author = "Brewster, E. T",
    title = "Creation; A History of Non-Evolutionary Theories",
    year = "1927",
    howpublished = "Indianapolis, Bobbs-Merrill, 295 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Brewster, E. T., 1927, Creation; A History of Non-Evolutionary Theories: Indianapolis, Bobbs-Merrill, 295 p.}"
}

@misc{shipley1927the64,
    author = "Shipley, M",
    title = "The War on Modern Science",
    year = "1927",
    howpublished = "A Short History of Fundamentalist Attacks on Evolution and Modernism: New York",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Shipley, M., 1927, The War on Modern Science: A Short History of Fundamentalist Attacks on Evolution and Modernism: New York.}"
}

@misc{fenneman1931physiography16,
    author = "Fenneman, N. M",
    title = "Physiography of the Western United States",
    year = "1931",
    howpublished = "New York, McGraw-Hill Book Co., 534 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Fenneman, N. M., 1931, Physiography of the Western United States: New York, McGraw-Hill Book Co., 534 p.}"
}

@misc{morgan1932the45,
    author = "Morgan, T. H",
    title = "Les Fondements scientifiques de l'évolution",
    year = "1932",
    howpublished = "New York, W.W. Norton",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Morgan, T. H., 1932, Les Fondements scientifiques de l'évolution: New York, W.W. Norton.}"
}

@misc{price1935the59,
    author = "Price, G. McC",
    title = "The Modern Flood Theory of Geology",
    year = "1935",
    howpublished = "New York, Fleming H. Revell Co",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Price, G. McC., 1935, The Modern Flood Theory of Geology: New York, Fleming H. Revell Co.}"
}

@article{price1941genesis60,
    author = "Price, G. McC",
    title = "Genesis Vindicated",
    year = "1941",
    journal = "Takoma Park, Md. et Washington, D.C., Review and Herald Publishing Association",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Price, G. McC., 1941, Genesis Vindicated: Takoma Park, Md. et Washington, D.C., Review and Herald Publishing Association.}"
}

@book{simpson1944tempo65,
    author = "Simpson, G. G",
    title = "Tempo et mode dans l'évolution [1re éd.]",
    year = "1944",
    publisher = "New York, Columbia University Press, 237 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Simpson, G. G., 1944, Tempo et mode dans l'évolution [1re éd.] : New York, Columbia University Press, 237 p.}"
}

@misc{dobzhansky1947evolutionary14,
    author = "Dobzhansky, T. et Spassky, B",
    title = "Changements évolutifs dans des cultures de laboratoire de D. pseudoobscura",
    year = "1947",
    howpublished = "Evolution, v. 1, p. 191-216",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Dobzhansky, T., et Spassky, B., 1947, Changements évolutifs dans des cultures de laboratoire de D. pseudoobscura: Evolution, v. 1, p. 191-216.}"
}

@article{marsh1947evolution35,
    author = "Marsh, F. L",
    title = "Évolution, Création et Science",
    year = "1947",
    journal = "Washington, D.C., Review and Herald Publishing Association",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Marsh, F. L., 1947, Évolution, Création et Science: Washington, D.C., Review and Herald Publishing Association.}"
}

@book{simpson1949the66,
    author = "Simpson, G. G",
    title = "The Meaning of Evolution",
    year = "1949",
    publisher = "New Haven, Connecticut, Yale University Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Simpson, G. G., 1949, The Meaning of Evolution : New Haven, Connecticut, Yale University Press.}"
}

@misc{andswinton1954fossil,
    author = "Swinton, W. E.",
    title = "Amphibiens et reptiles fossiles /",
    year = "1954",
    url = "https://doi.org/10.5962/bhl.title.119547",
    doi = "10.5962/bhl.title.119547",
    openalex = "W1505393622"
}

@book{newton1960the47,
    author = "Newton, I. et Motte-Cajori, 1687/",
    title = "Les Principes mathématiques de la philosophie naturelle",
    year = "1960",
    publisher = "Berkeley, University of California Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Newton, I., et Motte-Cajori, 1687/1960, Les Principes mathématiques de la philosophie naturelle : Berkeley, University of California Press.}"
}

@misc{hooke1961by27,
    author = "Hooke, R. et 1665, Micrographia : Londres et Martyn et Reprinted, Allestry ;",
    title = "par Dover Books, New York",
    year = "1961",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Hooke, R., 1665, Micrographia : Londres, Martyn \& Allestry ; Reprinted, 1961, par Dover Books, New York.}"
}

@misc{andswinton1962fossil,
    author = "Swinton, W. E.",
    title = "Amphibiens et reptiles fossiles /",
    year = "1962",
    url = "https://doi.org/10.5962/bhl.title.122264",
    doi = "10.5962/bhl.title.122264",
    openalex = "W4300671255"
}

@misc{wegener1966the69,
    author = "Wegener, A",
    title = "L'Origine des continents et des océans [Traduit de la 4e édition révisée en allemand (1929) par J",
    year = "1966",
    howpublished = "Biram, avec une introduction de B.C. King]. Londres. Methuen",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Wegener, A., 1966, L'Origine des continents et des océans [Traduit de la 4e édition révisée en allemand (1929) par J. Biram, avec une introduction de B.C. King]. Londres. Methuen.}"
}

RÉSUMÉ Les registres fossiles des quatre ordres de reptiles vivants peuvent être retracés jusqu'au Trias. L'ascendance plus ancienne des tortues n'a pas été établie. Les squamates et les rhyncho‐céphaliens ont évolué à partir des éosuchiens du Permien supérieur ; les crocodiles à partir des thécodontes. L'ascendance des éosuchiens et des thécodontes se trouve dans le stock central des reptiles du Permien‐Carbonifère, les captorhinomorphes. Les premiers captorhino‐morphes, du Pennsylvanien inférieur, sont déjà des reptiles pleinement développés. Les limnoscélidés et les solénodonsauridés sont des formes plus primitives, conservant des caractéristiques typiques des amphibiens anthracosauriens. Ni les reptiles ni aucune ancêtre appropriée ne sont connus avant le Pennsylvanien inférieur. En raison de l'absence de tout ancêtre véritable, la nature de la transition amphibien‐reptile doit être étudiée sur la base des amphibiens contemporains des premiers reptiles. Les seymouriomorphes du Permien ont longtemps été acceptés comme des reliques du groupe qui a donné naissance aux reptiles, bien que Seymouria lui-même soit spécialisé dans de nombreuses caractéristiques de son anatomie. Le genre Gephyrostegus du Pennsylvanien moyen semble ressembler beaucoup plus étroitement à l'anatomie attendue chez les ancêtres des reptiles. Ce genre constitue la base pour l'examen des changements anatomiques, physiologiques et comportementaux qui ont abouti à l'origine des reptiles. L'étude des premiers reptiles connus et de leurs plus proches parents parmi les amphibiens contemporains indique que l'adaptation initiale menant à l'émergence de la classe a consisté en l'adoption d'un mode de vie terrestre, accompagnée d'une petite taille corporelle. La petite taille corporelle des ancêtres immédiats des reptiles aurait permis à ces derniers de produire des œufs suffisamment petits pour se développer dans des endroits humides sur terre sans être initialement soutenus et protégés par des membranes extraembryonnaires. L'augmentation rapide de la taille corporelle dans toutes les lignées de reptiles du Pennsylvanien indique le développement préalable d'un œuf amniotique. Fondamental pour l'émergence des reptiles fut la modification du mécanisme de la mâchoire du système cinétique inertiel des amphibiens à un système statique de pression. Ce dernier a probablement été développé afin que les reptiles en développement puissent utiliser des proies terrestres plus actives. Ce changement dans le mécanisme de la mâchoire se reflète dans la réorganisation du palais qui sert de base morphologique pour définir l'établissement du statut reptilien. À environ le même stade que le changement de structure palatine, le motif vertébral reptilien définitif a été développé. La fermeture apparente de la notch otique et la réorientation probable de l'stapes dans la transition amphibien‐reptile résultent probablement de la diminution de la taille relative du crâne et ne semblent pas être liées à tout changement de capacité auditive. Le tympan a probablement maintenu la même relation relative avec le squamosal et le supratemporal tout au long de cette transition. Sur la base du présent registre fossile, tous les reptiles paléozoïques suffisamment connus semblent avoir eu une ascendance commune parmi les prédécesseurs des géphro‐stégidés connus. La famille Diadectidae est le seul groupe important dont les relations spécifiques ne peuvent être établies. Sur la base de cette étude, les changements taxonomiques suivants sont suggérés : la famille Limnoscelidae ne devrait pas être incluse parmi les captorhinomorphes. Le concept seymouria‐morph devrait être restreint aux formes ayant les spécialisations de Seymouria, les discosauriscidés et les kotlassidés. Les géphrostégidés devraient être spécifiquement exclus des Seymouriamorpha et devraient être inclus dans un taxon séparé parmi les anthra‐cosaurs de rang égal aux embolomères et aux seymouriomorphes.

@article{doi101111j1469185x1969tb01218x,
    author = "Carroll, Robert L.",
    title = "PROBLEMS OF THE ORIGIN OF REPTILES",
    year = "1969",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society",
    abstract = "RÉSUMÉ Les registres fossiles des quatre ordres de reptiles vivants peuvent être retracés jusqu'au Trias. L'ascendance plus ancienne des tortues n'a pas encore été établie. Les squamates et les rhyncho‐céphaliens se sont évolus à partir des éosuchiens du Permien supérieur ; les crocodiles à partir des thécodontes. L'ascendance des éosuchiens et des thécodontes se trouve dans le stock central des reptiles du Permien‐Carbonifère, les captorhinomorphes. Les premiers captorhino‐morphes, du Pennsylvanien inférieur, sont déjà des reptiles entièrement développés. Les limnosélidés et les solénodonsauridés sont des formes plus primitives, conservant des caractéristiques typiques des amphibiens anthracosauriens. Ni les reptiles ni aucun ancêtre approprié ne sont connus avant le Pennsylvanien inférieur. En raison de l'absence de tout ancêtre véritable, la nature de la transition amphibien‐reptile doit être étudiée sur la base des amphibiens contemporains des premiers reptiles. Les seymouriomorphes du Permien ont longtemps été acceptés comme des reliques du groupe qui a donné naissance aux reptiles, bien que Seymouria lui-même soit spécialisé dans de nombreuses caractéristiques de son anatomie. Le genre Gephyrostegus du Pennsylvanien moyen semble ressembler beaucoup plus étroitement à l'anatomie attendue chez les ancêtres des reptiles. Ce genre constitue la base pour l'examen des changements anatomiques, physiologiques et comportementaux qui ont abouti à l'origine des reptiles. L'étude des premiers reptiles connus et de leurs plus proches parents parmi les amphibiens contemporains indique que l'adaptation initiale menant à l'émergence de la classe a consisté en l'adoption d'un mode de vie terrestre, accompagnée d'une petite taille corporelle. La petite taille corporelle des ancêtres immédiats des reptiles aurait permis à ces derniers de produire des œufs suffisamment petits pour se développer dans des endroits humides sur terre sans être initialement soutenus et protégés par des membranes extraembryonnaires. L'augmentation rapide de la taille corporelle dans tous les lignages de reptiles du Pennsylvanien indique le développement préalable d'un œuf amniotique. Fondamental pour l'émergence des reptiles fut la modification du mécanisme de la mâchoire du système cinétique inertiel des amphibiens à un système statique de pression. Ce dernier a probablement été développé afin que les reptiles en développement puissent utiliser des proies terrestres plus actives. Ce changement dans le mécanisme de la mâchoire se reflète dans la réorganisation du palais qui sert de base morphologique pour définir l'établissement du statut reptilien. À environ le même stade que le changement de structure palatine, le motif vertébral reptilien définitif a été développé. La fermeture apparente de la notch otique et la réorientation probable de l'stapes dans la transition amphibien‐reptile résultent probablement de la diminution de la taille relative du crâne et ne semblent pas être liées à tout changement de capacité auditive. Le tympan a probablement maintenu la même relation relative avec le squamosal et le supratemporal tout au long de cette transition. Sur la base du présent registre fossile, tous les reptiles paléozoïques adéquatement connus semblent avoir eu une ascendance commune parmi les prédécesseurs des géphro‐stégides connus. La famille Diadectidae est le seul groupe important dont les relations spécifiques ne peuvent pas être établies. Sur la base de cette étude, les changements taxonomiques suivants sont suggérés : la famille Limnoscelidae ne devrait pas être incluse parmi les captorhinomorphes. Le concept seymouriomorphe devrait être restreint aux formes ayant les spécialisations de Seymouria, les discosauriscidés et les kotlassidés. Les géphrostégides devraient être spécifiquement exclus des Seymouriamorpha et devraient être inclus dans un taxon séparé parmi les anthra‐cosaurs de rang égal aux embolomères et aux seymouriomorphes.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1469-185x.1969.tb01218.x",
    doi = "10.1111/j.1469-185x.1969.tb01218.x",
    openalex = "W2027446743"
}

@article{halstead1970scrotum24,
    author = "Halstead, L. B",
    title = "Scrotum humanum Brooks 1763--le premier dinosaure nommé",
    year = "1970",
    journal = "Journal of Insignificant Research, v. 5, p. 14-15",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Halstead, L. B., 1970, Scrotum humanum Brooks 1763--le premier dinosaure nommé : Journal of Insignificant Research, v. 5, p. 14-15.}"
}

@book{mackay1970extraordinary34,
    author = "Mackay, C",
    title = "Extraordinary Popular Delusions and the Madness of Crowds",
    year = "1970",
    publisher = "New York, Farrar, Straus \& Giroux ; Noonday Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Mackay, C., 1970, Extraordinary Popular Delusions and the Madness of Crowds : New York, Farrar, Straus \& Giroux ; Noonday Press.}"
}

@article{gerstner1972the,
    author = "Gerstner, Patsy A.",
    title = "The Early Study of Fossil Reptiles in America",
    year = "1972",
    journal = "Journal of Geological Education",
    url = "https://doi.org/10.5408/0022-1368-20.2.86",
    doi = "10.5408/0022-1368-20.2.86",
    number = "2",
    openalex = "W2515651346",
    pages = "86-87",
    volume = "20"
}

Un grand ichthyosaure, précédemment inconnu, est signalé dans l'argile de Kimmeridge (Jurassique supérieur) de Stowbridge, Norfolk, Angleterre. Les seuls genres valides décrits du Jurassique supérieur et moyen sont considérés comme étant Ophthalmosaurus Seeley et Nannopterygius von Huene, et comme l'exemplaire de Stowbridge est distinct de ceux-ci, un nouveau genre et une nouvelle espèce, Grendelius mordax gen. et sp. nov., sont érigés. En utilisant des analyses en grappes et des analyses de coordonnées principales, G. mordax a été trouvé avoir les affinités phénétiques les plus proches avec Platypterygius americanus (Nace) du Crétacé nord-américain, et avec un ichthyosaure non décrit du Trias moyen de Suisse, et les affinités phénétiques les moins proches avec Ophthalmosaurus discus (Marsh). L'analyse phénétique a également révélé que la division des Ichthyosauria en latipinnés et longipinnés est discutable. Stenopterygius quadriscissus (Quenstedt), longtemps considéré comme un longipinné, est ici montré avoir une affinité phénétique plus proche avec les ichthyosaures latipinnés. L'affinité phénétique étroite entre les crânes de P. americanus et l'ichthyosaure suisse non décrit est incompatible avec les vues actuellement admises sur l'évolution crânienne chez les ichthyosaures, et pointe vers les lacunes du suivi des tendances évolutives dans des séquences temporelles de fossiles.

@article{doi101139e76070,
    author = "McGowan, Cheri L.",
    title = "The description and phenetic relationships of a new Ichthyosaur genus from the Upper Jurassic of England",
    year = "1976",
    journal = "Canadian Journal of Earth Sciences",
    abstract = "A large and previously unknown ichthyosaur is reported from the Kimmeridge Clay (Upper Jurassic) of Stowbridge, Norfolk, England. The only valid genera described from the Upper and Middle Jurassic are considered to be Ophthalmosaurus Seeley and Nannopterygius von Huene, and since the Stowbridge specimen is distinct from these, a new genus and species, Grendelius mordax gen. et sp. nov., are erected. Using cluster and principal coordinates analyses, G. mordax was found to have closest phenetic affinities with Platypterygius americanus (Nace) of the North American Cretaceous, and with an undescribed ichthyosaur from the Middle Triassic of Switzerland, and least phenetic affinity with Ophthalmosaurus discus (Marsh).The phenetic analysis also revealed that the division of the Ichthyosauria into latipinnates and longipinnates is questionable. Stenopterygius quadriscissus (Quenstedt), long considered a longipinnate, is herein shown to have closer phenetic affinity with latipinnate ichthyosaurs. The close phenetic affinity between the skulls of P. americanus and the undescribed Swiss ichthyosaur is inconsistent with currently held views of cranial evolution in ichthyosaurs, and points to the shortcomings of tracing evolutionary trends in temporal sequences of fossils.",
    url = "https://doi.org/10.1139/e76-070",
    doi = "10.1139/e76-070",
    openalex = "W2170747693"
}

@misc{picodellamirandola197712856,
    author = "Pico della Mirandola, G. et 1463-1494, Heptaplus; ou Discours sur les sept jours de la Création : New York, Philosophical Library",
    title = "128 p. ; Traduit avec une introduction et un glossaire par J.B",
    year = "1977",
    howpublished = "McGaw",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Pico della Mirandola, G., 1463-1494, Heptaplus; ou, Discours sur les sept jours de la Création : New York, Philosophical Library, 1977, 128 p. ; Traduit avec une introduction et un glossaire par J.B. McGaw.}"
}

@article{cox1979fossil,
    author = "Cox, Barry",
    title = "Fossiles pseudo-reptiles",
    year = "1979",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/278124a0",
    doi = "10.1038/278124a0",
    number = "5700",
    openalex = "W2066744456",
    pages = "124-125",
    volume = "278"
}

Des données sur le nombre de familles marines au sein de 91 classes métazoaires connues du registre fossile du Phanérozoïque sont analysées. La distribution des 2800 familles fossiles parmi les classes est très inégale, la plupart appartenant à une petite minorité de classes. De même, la distribution stratigraphique des classes est très inégale, la plupart apparaissant pour la première fois au début du Paléozoïque et de nombreuses classes plus petites s'éteignant avant la fin de cette ère. Cependant, malgré cette inégalité, une analyse factorielle en mode Q indique que la structure de ces données est plutôt simple. Seuls trois facteurs sont nécessaires pour expliquer plus de 90 % des données. Ces facteurs sont interprétés comme reflétant les trois grandes « faunes évolutives » du registre fossile marin du Phanérozoïque : une faune cambrienne dominée par les trilobites, une faune paléozoïque tardive dominée par les brachiopodes, et une faune mésozoïque-cénozoïque, ou « moderne », dominée par les mollusques. Les facteurs mineurs concernent le turnover taxonomique lent au sein des faunes majeures au fil du temps et les aspects uniques de certains taxons et périodes. Chaque l'une des trois faunes majeures semble avoir sa propre diversité caractéristique, de sorte que son expansion ou sa contraction apparaît comme étant intimement associée à une phase particulière de l'histoire de la diversité marine totale. La faune cambrienne s'étend rapidement pendant les radiations cambriennes précoces et maintient sa domination pendant l'équilibre « moyen à tardif » cambrien. La faune paléozoïque monte alors à la domination pendant les radiations ordoviciennes, qui augmentent considérablement la diversité ; cette nouvelle faune maintient ensuite sa domination tout au long de la longue période d'équilibre apparent qui dure jusqu'à la fin de l'ère Paléozoïque. La faune moderne, dont l'importance augmente lentement pendant l'ère Paléozoïque, monte rapidement à la domination avec les extinctions permien tardives et maintient ce statut pendant la hausse générale de la diversité jusqu'au maximum apparent du Néogène. L'augmentation de la diversité associée à l'expansion de chaque nouvelle faune semble coïncider avec une diminution approximativement exponentielle de la faune précédemment dominante, suggérant un déplacement possible de chaque faune évolutive par son successeur.

@article{doi101017s0094837300003778,
    author = "Sepkoski, J. John",
    title = "Une description par analyse factorielle du registre fossile marin du Phanérozoïque",
    year = "1981",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Des données sur le nombre de familles marines au sein de 91 classes métazoaires connues du registre fossile du Phanérozoïque sont analysées. La distribution des 2800 familles fossiles parmi les classes est très inégale, la plupart appartenant à une petite minorité de classes. De même, la distribution stratigraphique des classes est très inégale, la plupart apparaissant pour la première fois au début du Paléozoïque et de nombreuses classes plus petites s'éteignant avant la fin de cette ère. Cependant, malgré cette inégalité, une analyse factorielle en mode Q indique que la structure de ces données est plutôt simple. Seuls trois facteurs sont nécessaires pour expliquer plus de 90\% des données. Ces facteurs sont interprétés comme reflétant les trois grandes « faunes évolutives » du registre fossile marin du Phanérozoïque : une faune cambrienne dominée par les trilobites, une faune paléozoïque tardive dominée par les brachiopodes, et une faune mésozoïque-cénozoïque, ou « moderne », dominée par les mollusques. Les facteurs mineurs concernent le turnover taxonomique lent au sein des faunes majeures au fil du temps et les aspects uniques de certains taxons et périodes. Chaque l'une des trois faunes majeures semble avoir sa propre diversité caractéristique, de sorte que son expansion ou sa contraction apparaît comme étant intimement associée à une phase particulière de l'histoire de la diversité marine totale. La faune cambrienne s'étend rapidement pendant les radiations cambriennes précoces et maintient sa domination pendant l'équilibre « moyen à tardif » cambrien. La faune paléozoïque monte alors à la domination pendant les radiations ordoviciennes, qui augmentent considérablement la diversité ; cette nouvelle faune maintient ensuite sa domination tout au long de la longue période d'équilibre apparent qui dure jusqu'à la fin de l'ère Paléozoïque. La faune moderne, dont l'importance augmente lentement pendant l'ère Paléozoïque, monte rapidement à la domination avec les extinctions permien tardives et maintient ce statut pendant la hausse générale de la diversité jusqu'au maximum apparent du Néogène. L'augmentation de la diversité associée à l'expansion de chaque nouvelle faune semble coïncider avec une diminution approximativement exponentielle de la faune précédemment dominante, suggérant un déplacement possible de chaque faune évolutive par son successeur.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0094837300003778",
    doi = "10.1017/s0094837300003778",
    openalex = "W2505144080",
    references = "doi10100797814613088367, doi1010160012825272900724, doi101017s0094837300004917, doi101017s009483730000508x, doi101017s0094837300005236, doi101017s0094837300005352, doi101017s0094837300005649, doi101017s0094837300005972, doi101017s0094837300012549, doi101126science17740541065, doi101126science2064415217, doi101130spe89p63, doi1023071483846, doi1023071796560, doi1023072405671, doi1023072412725, doi1023072412728, doi1023072806339, doi107312simp93764, openalexw1504049102, openalexw645218623"
}

@article{carroll1982early,
    author = "Carroll, R L",
    title = "Évolution précoce des reptiles",
    year = "1982",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.es.13.110182.000511",
    doi = "10.1146/annurev.es.13.110182.000511",
    number = "1",
    openalex = "W2161983230",
    pages = "87-109",
    volume = "13",
    references = "doi101007978146848851721, doi101093sysbio242233, doi101111j146979981972tb01731x, doi101130spe28p1, doi1023071935678, doi1023072412685, doi1023072806339, doi105962bhltitle8440, doi107312crac92306005, openalexw2912468146"
}

@misc{grosseteste1982untitled22,
    author = "Grosseteste, R. et 1175?-1253, Hexaemeron et in Dales, R. C. et Gieben, S. et éd., Auctores Britannici Medii Aevi : Londres et [, Oxford University Press",
    title = "], pour l'Académie britannique, v",
    year = "1982",
    howpublished = "6 ; 371 pp. [Texte en latin]",
    note = "talkorigins_source = {true} ; raw_reference = {Grosseteste, R., 1175?-1253, Hexaemeron, in Dales, R. C., et Gieben, S., éd., Auctores Britannici Medii Aevi : Londres, Oxford University Press [1982], pour l'Académie britannique, v. 6 ; 371 pp. [Texte en latin].}"
}

Les reptiles présentant deux ouvertures temporales dans le crâne sont généralement divisés en deux groupes : les Lepidosauria (lézards, serpents, Sphenodon, « eosuchiens ») et les Archosauria (crocodiles, thécodontiens, dinosaures, ptérosaures). Les récentes suggestions selon lesquelles ces deux groupes ne seraient pas des groupes sœurs se sont révélées non prouvées, alors qu'il existe de fortes preuves qu'ils forment un groupe monophylétique, les Diapsida, sur la base de plusieurs synapomorphies chez les formes vivantes et fossiles. Une analyse cladistique des caractères crâniens et squelettiques de tous les reptiles diapsides permotriasiques décrits suggère certaines réorganisations significatives par rapport aux vues couramment admises. Le genre Petrolacosaurus est le groupe sœur de tous les diapsides ultérieurs, qui se répartissent en deux grands groupes : les Archosauromorpha (Pterosauria, Rhynchosauria, Prolacertiformes, Archosauria) et les Lepidosauromorpha (Younginiformes, Sphenodontia, Squamata). Les ptérosaures ne sont pas des archosaures, mais ils constituent le groupe sœur de tous les autres archosauroformes. Il n'existe pas de lien étroit entre les rhynchosaures et les sphenodontidés, ni entre Prolacerta ou Tanystropheus et les lézards. Les termes « Eosuchia », « Rhynchocephalia » et « Protorosauria » sont devenus trop larges dans leur application et ne sont plus utilisés. Une classification cladistique des Diapsida est proposée, ainsi qu'un arbre phylogénétique utilisant des données cladistiques et stratigraphiques.

@article{doi101111j109636421985tb01796x,
    author = "Benton, Michael J.",
    title = "Classification et phylogénie des diapsid reptiles",
    year = "1985",
    journal = "Zoological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "Les reptiles avec deux ouvertures temporales dans le crâne sont généralement divisés en deux groupes–les Lepidosauria (lézards, serpents, Sphenodon, « eosuchiens ») et les Archosauria (crocodiles, thécodontiens, dinosaures, ptérosaures). Les récentes suggestions selon lesquelles ces deux ne sont pas des groupes sœurs sont montrées comme non prouvées, alors qu'il existe de fortes preuves qu'ils forment un groupe monophylétique, les Diapsida, sur la base de plusieurs synapomorphies de formes vivantes et fossiles. Une analyse cladistique des caractères crâniens et squelettiques de tous les reptiles diapsides permotriasiques décrits suggère certaines réorganisations significatives aux vues couramment tenues. Le genre Petrolacosaurus est le groupe sœur de tous les diapsides ultérieurs qui tombent dans deux grands groupes–les Archosauromorpha (Pterosauria, Rhynchosauria, Prolacertiformes, Archosauria) et les Lepidosauromorpha (Younginiformes, Sphenodontia, Squamata). Les ptérosaures ne sont pas des archosaures, mais ils sont le groupe sœur de tous les autres archosauroformes. Il n'y a pas de relation étroite entre les rhynchosaures et les sphenodontidés, ni entre Prolacerta ou Tanystropheus et les lézards. Les termes « Eosuchia », « Rhynchocephalia » et « Protorosauria » sont devenus trop larges dans l'application et ils ne sont pas utilisés. Une classification cladistique des Diapsida est donnée, ainsi qu'un arbre phylogénétique qui utilise des données cladistiques et stratigraphiques.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-3642.1985.tb01796.x",
    doi = "10.1111/j.1096-3642.1985.tb01796.x",
    openalex = "W2098234288",
    references = "benton1983dinosaur, bonde1974interrelationships, carroll1982early, doi1010160016703783901205, doi1010160031018282900347, doi101038142004a0, doi101098rstb19570003, doi101098rstb19610007, doi101098rstb19650003, doi101098rstb19740001, doi101098rstb19830079, doi101111j146979981913tb06148x, doi101111j146979981972tb01731x, doi101146annureven10010165000525, doi1023071292217, doi1023071375442, doi1023071441916, doi1023071443592, doi1023072412482, doi1023072806339, doi105962bhltitle7369, doi105962bhltitle82144, doi105962bhltitle8440, openalexw1564473436, openalexw2912468146, openalexw3140893762"
}

Résumé - Plusieurs cladistes éminents ont remis en question l'importance des fossiles dans l'inférence phylogénétique, et il devient de plus en plus populaire de simplement intégrer les formes éteintes, si elles sont prises en compte du tout, dans un cladogramme de taxons récents. L'étude de la phylogénie des amniotes menée par Gardiner (1982) et Løvtrup (1985) illustre ce traitement différentiel, et nous avons concentré notre attention sur ce groupe d'organismes pour tester la proposition que les fossiles ne peuvent pas renverser une théorie des relations basée uniquement sur la biote récente. Notre analyse de parcimonie de la phylogénie des amniotes, en évitant scrupuleusement les connaissances spéciales apportées par les fossiles, a conduit à la classification suivante qui s'ajuste le mieux, laquelle est similaire à l'hypothèse nouvelle publiée par Gardiner : (lépidosauriens (tortues (mammifères (oiseaux, crocodiles)))). Cependant, l'ajout de fossiles a conduit à un cladogramme le plus parcimonieux des taxons actuels nettement différent : (mammifères (tortues (lépidosauriens (oiseaux, crocodiles)))). Cette classification est similaire à l'hypothèse traditionnelle, et elle offre un meilleur ajustement au registre stratigraphique. Pour isoler les taxons éteints responsables de cette dernière classification, les données ont été successivement partitionnées avec chaque analyse phylogénétique, et nous avons conclu que : (1) les fossiles du groupe interne, et non du groupe externe, étaient importants ; (2) les fossiles synapsides, et non reptiliens, étaient déterminants ; (3) certains fossiles synapsides, et non les plus anciens ou les plus récents, étaient responsables. La nature critique des fossiles synapsides semblait résider dans la combinaison particulière de caractères primitifs et dérivés qu'ils présentaient. Classer ces fossiles, ainsi que les mammifères, comme groupe frère de la lignée constituée d'oiseaux et de crocodiles a conduit à un ajustement relativement médiocre aux données ; un impliquant une augmentation de 2 à 4 fois des révolutions évolutives ! Ainsi, l'importance des fossiles critiques, collectivement ou individuellement, semble résider dans leur relative primitivité, et l'explication la plus simple pour leur nature plus conservatrice est qu'ils ont eu moins de temps pour évoluer. Bien que les fossiles puissent être importants dans l'inférence phylogénétique seulement sous certaines conditions, il n'y a aucune raison convaincante de préjuger de leur contribution. Nous exhortons les systématiciens à évaluer équitablement toutes les preuves disponibles.

@article{doi101111j109600311988tb00514x,
    author = "Gauthier, Jacques and Kluge, Arnold G. and Rowe, Timothy",
    title = "AMNIOTE PHYLOGENY AND THE IMPORTANCE OF FOSSILS",
    year = "1988",
    journal = "Cladistics",
    abstract = "Résumé - Plusieurs cladistes éminents ont remis en question l'importance des fossiles dans l'inférence phylogénétique, et il devient de plus en plus populaire de simplement intégrer les formes éteintes, si elles sont prises en compte du tout, dans un cladogramme de taxons récents. L'étude de la phylogénie des amniotes menée par Gardiner (1982) et Løvtrup (1985) illustre ce traitement différentiel, et nous avons concentré notre attention sur ce groupe d'organismes pour tester la proposition que les fossiles ne peuvent pas renverser une théorie des relations basée uniquement sur la biote récente. Notre analyse de parcimonie de la phylogénie des amniotes, en évitant scrupuleusement les connaissances spéciales apportées par les fossiles, a conduit à la classification suivante qui s'ajuste le mieux, laquelle est similaire à l'hypothèse nouvelle publiée par Gardiner : (lépidosauriens (tortues (mammifères (oiseaux, crocodiles)))). Cependant, l'ajout de fossiles a conduit à un cladogramme le plus parcimonieux des taxons actuels nettement différent : (mammifères (tortues (lépidosauriens (oiseaux, crocodiles)))). Cette classification est similaire à l'hypothèse traditionnelle, et elle offre un meilleur ajustement au registre stratigraphique. Pour isoler les taxons éteints responsables de cette dernière classification, les données ont été successivement partitionnées avec chaque analyse phylogénétique, et nous avons conclu que : (1) les fossiles du groupe interne, et non du groupe externe, étaient importants ; (2) les fossiles synapsides, et non reptiliens, étaient déterminants ; (3) certains fossiles synapsides, et non les plus anciens ou les plus récents, étaient responsables. La nature critique des fossiles synapsides semblait résider dans la combinaison particulière de caractères primitifs et dérivés qu'ils présentaient. Classer ces fossiles, ainsi que les mammifères, comme groupe frère de la lignée constituée d'oiseaux et de crocodiles a conduit à un ajustement relativement médiocre aux données ; un impliquant une augmentation de 2 à 4 fois des révolutions évolutives ! Ainsi, l'importance des fossiles critiques, collectivement ou individuellement, semble résider dans leur relative primitivité, et l'explication la plus simple pour leur nature plus conservatrice est qu'ils ont eu moins de temps pour évoluer. Bien que les fossiles puissent être importants dans l'inférence phylogénétique seulement sous certaines conditions, il n'y a aucune raison convaincante de préjuger de leur contribution. Nous exhortons les systématiciens à évaluer équitablement toutes les preuves disponibles.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-0031.1988.tb00514.x",
    doi = "10.1111/j.1096-0031.1988.tb00514.x",
    openalex = "W1978557909",
    references = "crossref1943the, currie1985cranial, doi101001jama194302840160064031, doi1010079781468488517, doi101007978146848851721, doi101016002555648290027x, doi1010160169534789901626, doi101016b9781483198279500198, doi101016b9781483231426500124, doi101017cbo9780511693281002, doi101038142004a0, doi10108002724634198810011708, doi101086628623, doi101093sysbio1811, doi101093sysbio33183, doi1010970000505319311100000026, doi101098rstb19830079, doi101111j109636421977tb01031x, doi101111j109636421985tb01796x, doi101146annureven10010165000525, doi1023071005355, doi1023071220820, doi1023071292217, doi1023071441916, doi1023072412407, doi1023072412685, doi1023072413134, doi1023072413259, doi1023072413454, doi1023072485224, doi105281zenodo16171435, doi10560219780801847806, doi105962bhltitle6408, doi105962bhltitle82144, openalexw1534787790, openalexw1534857865, openalexw2954279587, openalexw2983381470, openalexw3146596760, openalexw3184837389, openalexw575222456, roaf1943the"
}

Les modèles de distribution des espèces (MDE) sont des outils numériques qui combinent des observations sur la présence ou l'abondance des espèces avec des estimations environnementales. Ils sont utilisés pour acquérir des connaissances écologiques et évolutives et pour prédire les distributions à travers les paysages,...Lire la suite

@article{doi101146annureves20110189002243,
    author = "Donoghue, Michael J. et Doyle, James A. et Gauthier, Jacques et Kluge, Arnold G. et Rowe, Timothy B.",
    title = "The Importance of Fossils in Phylogeny Reconstruction",
    year = "1989",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "Les modèles de distribution des espèces (MDE) sont des outils numériques qui combinent des observations sur la présence ou l'abondance des espèces avec des estimations environnementales. Ils sont utilisés pour acquérir des connaissances écologiques et évolutives et pour prédire les distributions à travers les paysages,...Lire la suite",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.es.20.110189.002243",
    doi = "10.1146/annurev.es.20.110189.002243",
    openalex = "W2154597917",
    references = "doi1010160198025483901334, doi10108002724634198810011708, doi1023072412685, doi1023072413259, openalexw78510971"
}

Article de journal Une réévaluation de la phylogénie des amniotes précoces Accéder MICHEL LAURIN, MICHEL LAURIN 1Département de zoologie, Campus Erindale, Université de Toronto, Mississauga, Ontario, Canada L5L 1C6 Rechercher d'autres travaux de cet auteur sur : Oxford Academic Google Scholar ROBERT R. REISZ ROBERT R. REISZ 1Département de zoologie, Campus Erindale, Université de Toronto, Mississauga, Ontario, Canada L5L 1C6 Rechercher d'autres travaux de cet auteur sur : Oxford Academic Google Scholar Zoological Journal of the Linnean Society, Volume 113, Numéro 2, février 1995, Pages 165–223, https://doi.org/10.1111/j.1096-3642.1995.tb00932.x Publié : 28 juin 2008 Historique de l'article Reçu : 01 février 1994 Accepté : 01 juillet 1994 Publié : 28 juin 2008

@article{doi101111j109636421995tb00932x,
    author = "Laurin, Michel et Reisz, Robert R.",
    title = "Une réévaluation de la phylogénie des amniotes précoces",
    year = "1995",
    journal = "Zoological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "Article de journal Une réévaluation de la phylogénie des amniotes précoces Accéder MICHEL LAURIN, MICHEL LAURIN 1Département de zoologie, Campus Erindale, Université de Toronto, Mississauga, Ontario, Canada L5L 1C6 Rechercher d'autres travaux de cet auteur sur : Oxford Academic Google Scholar ROBERT R. REISZ ROBERT R. REISZ 1Département de zoologie, Campus Erindale, Université de Toronto, Mississauga, Ontario, Canada L5L 1C6 Rechercher d'autres travaux de cet auteur sur : Oxford Academic Google Scholar Zoological Journal of the Linnean Society, Volume 113, Numéro 2, février 1995, Pages 165–223, https://doi.org/10.1111/j.1096-3642.1995.tb00932.x Publié : 28 juin 2008 Historique de l'article Reçu : 01 février 1994 Accepté : 01 juillet 1994 Publié : 28 juin 2008",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-3642.1995.tb00932.x",
    doi = "10.1111/j.1096-3642.1995.tb00932.x",
    openalex = "W2060242315",
    references = "carroll1982early, doi101007978140206754912413, doi101016s0016699588800664, doi10108002724634198810011708, doi101098rstb19570003, doi101111j109636421985tb01796x, doi101111j146979981972tb01731x, doi101111j155856461981tb04969x, doi101130spe28p1, doi1015159783110848281, doi1023071292217, doi1023071375442, doi1023071441916, doi1023073514548, doi105860choice300927, doi105860choice392183, doi105962bhltitle8440, openalexw2261909166, openalexw3112865229, openalexw638862129, openalexw78510971"
}

Résumé Cinq sections superposées provenant des sédiments épais du Néoprotérozoïque au Cambrien précoce de l'ouest de la Mongolie ont été analysées pour obtenir un remarquable registre d'isotopes du carbone, d'isotopes du strontium et de petits fossiles à coquille (SSF). La chémostratigraphie suggère que les calcaires stériles des séquences 3 et 4, situés au-dessus des deux diamictites de Maikhan Uul, sont post-Sturtien mais pré-Varangerien. Les calcaires et dolomites de la séquence 5, avec Boxonia grumulosa, présentent des signatures géochimiques cohérentes avec un âge post-Varangerien (Édiacarien). Une anomalie majeure négative δ 13 C (caractéristique 'W') dans la séquence 6 se situe à courte distance au-dessus d'un assemblage de SSF de la Zone Anabarites trisulcatus avec des éponges hexactinellides, d'un âge édiacarien tardif probable. L'anomalie 'W' fournit un point d'ancrage pour les graphiques de corrélation croisée des isotopes du carbone et des petits fossiles à coquille. Les assemblages de fossiles traces présentant un caractère distinctement cambrien apparaissent pour la première fois dans la séquence 8 (Zone Purella), au niveau de la caractéristique isotopique du carbone 'B', provisoirement corrélée à la partie supérieure du cycle Z en Sibérie. Un paradoxe est trouvé de la séquence 10 à 12 en Mongolie : les SSFs de type Tommotien continuent à apparaître, accompagnés de rapports 87 Sr/ 86 Sr de type Nemakit-Daldynien/Tommotien, mais par des valeurs de δ 13 C de plus en plus lourdes qui ne peuvent être correspondre au Tommotien de l'est de la Sibérie. Le taux régulier de diversification générique en Mongolie contraste également de manière marquée avec l'« explosion de diversité » tomotienne de l'est de la Sibérie, qui se produit juste au-dessus d'une importante surface d'émergence karstique. Une explication est que les séquences 10 à 12 en Mongolie préservent une portion pré-tommotienne du registre fossile qui était manquante ou retirée en Sibérie orientale. Les sections mongoles méritent certainement une place importante dans le traçage du véritable cours et du timing de la « radiation cambrienne ».

@article{doi101017s0016756800007603,
    author = "Brasier, Martin D. et Shields, Graham et Kuleshov, V. N. et Жегалло, Е. А.",
    title = "Calibration intégrée chemo- et biostratigraphique de l'évolution précoce des animaux : Néoprotérozoïque–Cambrien précoce du sud-ouest de la Mongolie",
    year = "1996",
    journal = "Geological Magazine",
    abstract = "Résumé Cinq sections superposées provenant des sédiments épais du Néoprotérozoïque au Cambrien précoce de l'ouest de la Mongolie ont été analysées pour obtenir un remarquable registre d'isotopes du carbone, d'isotopes du strontium et de petits fossiles à coquille (SSF). La chémostratigraphie suggère que les calcaires stériles des séquences 3 et 4, situés au-dessus des deux diamictites de Maikhan Uul, sont post-Sturtien mais pré-Varangerien. Les calcaires et dolomites de la séquence 5, avec Boxonia grumulosa, présentent des signatures géochimiques cohérentes avec un âge post-Varangerien (Édiacarien). Une anomalie majeure négative δ 13 C (caractéristique 'W') dans la séquence 6 se situe à courte distance au-dessus d'un assemblage de SSF de la Zone Anabarites trisulcatus avec des éponges hexactinellides, d'un âge édiacarien tardif probable. L'anomalie 'W' fournit un point d'ancrage pour les graphiques de corrélation croisée des isotopes du carbone et des petits fossiles à coquille. Les assemblages de fossiles traces présentant un caractère distinctement cambrien apparaissent pour la première fois dans la séquence 8 (Zone Purella), au niveau de la caractéristique isotopique du carbone 'B', provisoirement corrélée à la partie supérieure du cycle Z en Sibérie. Un paradoxe est trouvé de la séquence 10 à 12 en Mongolie : les SSFs de type Tommotien continuent à apparaître, accompagnés de rapports 87 Sr/ 86 Sr de type Nemakit-Daldynien/Tommotien, mais par des valeurs de δ 13 C de plus en plus lourdes qui ne peuvent être correspondre au Tommotien de l'est de la Sibérie. Le taux régulier de diversification générique en Mongolie contraste également de manière marquée avec l'« explosion de diversité » tomotienne de l'est de la Sibérie, qui se produit juste au-dessus d'une importante surface d'émergence karstique. Une explication est que les séquences 10 à 12 en Mongolie préservent une portion pré-tommotienne du registre fossile qui était manquante ou retirée en Sibérie orientale. Les sections mongoles méritent certainement une place importante dans le traçage du véritable cours et du timing de la « radiation cambrienne ».",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0016756800007603",
    doi = "10.1017/s0016756800007603",
    openalex = "W2146761970",
    references = "doi1010160012821x77900607, doi1010160016703786903960, doi1010160301926894000708, doi101016s0016003220904155, doi101038269209a0, doi101038321832a0, doi101038364299a0, doi101111j136530911982tb00085x, doi101111j136530911993tb01364x, doi101144gsjgs13360637, doi101306212f7bb72b2411d78648000102c1865d"
}

Résumé Ce livre présente nos connaissances actuelles sur les premiers vertébrés, qui étaient principalement des poissons, mais incluaient certains vertébrés terrestres, et vivaient il y a environ 470 à 250 millions d'années. Il se concentre sur les questions anatomiques et phylogénétiques, mais inclut des informations sur la découverte et la préparation des fossiles, ainsi que sur l'analyse des caractéristiques à partir desquelles leurs relations peuvent être reconstituées. Il aborde de manière critique à la fois les problèmes anciens et nouveaux dans l'évolution de certaines structures anatomiques et traite brièvement du mode de vie des animaux, de leur extinction et de leur distribution passée. De plus, l'auteur donne un aperçu de l'histoire du domaine de la paléontologie des vertébrés et de l'émergence de la cladistique, une révolution méthodologique majeure en biologie comparative. Le livre est le premier dans son domaine à utiliser une approche cladistique. Pour chaque groupe majeur de vertébrés, le lecteur trouvera un diagramme des relations, ou cladogramme, avec une sélection de caractères à chaque nœud, et une classification phylogénétique succincte. Le livre est illustré de nombreuses figures linéaires, aboutissant à une série de reconstructions des premiers vertébrés et de leur environnement, qui pourrait avoir un attrait plus populaire.

@book{doi101093oso97801985404720010001,
    author = "Janvier, Philippe",
    title = "Early Vertebrates",
    year = "1996",
    abstract = "Résumé Ce livre présente nos connaissances actuelles sur les premiers vertébrés, qui étaient principalement des poissons, mais incluaient certains vertébrés terrestres, et vivaient il y a environ 470 à 250 millions d'années. Il se concentre sur les questions anatomiques et phylogénétiques, mais inclut des informations sur la découverte et la préparation des fossiles, ainsi que sur l'analyse des caractéristiques à partir desquelles leurs relations peuvent être reconstituées. Il aborde de manière critique à la fois les problèmes anciens et nouveaux dans l'évolution de certaines structures anatomiques et traite brièvement du mode de vie des animaux, de leur extinction et de leur distribution passée. De plus, l'auteur donne un aperçu de l'histoire du domaine de la paléontologie des vertébrés et de l'émergence de la cladistique, une révolution méthodologique majeure en biologie comparative. Le livre est le premier dans son domaine à utiliser une approche cladistique. Pour chaque groupe majeur de vertébrés, le lecteur trouvera un diagramme des relations, ou cladogramme, avec une sélection de caractères à chaque nœud, et une classification phylogénétique succincte. Le livre est illustré de nombreuses figures linéaires, aboutissant à une série de reconstructions des premiers vertébrés et de leur environnement, qui pourrait avoir un attrait plus populaire.",
    url = "https://doi.org/10.1093/oso/9780198540472.001.0001",
    doi = "10.1093/oso/9780198540472.001.0001",
    openalex = "W4388321741"
}

RÉSUMÉ L'apomorphie la plus fréquemment citée des Archosauriformes est une ouverture dans le museau connue sous le nom de cavité antorbitale. Malgré l'ubiquité et la prééminence de la cavité antorbitale, sa fonction et son importance dans l'évolution crâniofaciale ont été problématiques. Découvrir la signification de la cavité antorbitale est un processus en deux étapes : d'abord, établir la fonction de la cavité osseuse (c'est-à-dire ses relations avec les tissus mous), et ensuite, déterminer le rôle biologique de la structure enfermée. La première étape est la plus fondamentale, et est donc examinée en détail. Trois hypothèses concernant la fonction de la cavité antorbitale ont été avancées, suggérant qu'elle abritait (1) une glande, (2) un muscle, ou (3) une fosse aérienne paranasale. Ainsi, la résolution est correctement perçue comme un « problème de tissus mous », et est abordée dans le contexte de l'approche de la boîte phylogénétique des espèces actuelles (EPB) pour reconstruire les caractéristiques non conservées des organismes fossiles. Les relations anatomiques des tissus mous de la cavité antorbitale (ou de toute structure osseuse) sont importantes car (1) les tissus mous ont généralement une primauté morphogénétique sur les tissus osseux et (2) les inférences concernant les tissus mous constituent la base d'une suite en cascade d'inférences paléobiologiques. L'approche EPB utilise les associations causales partagées entre les tissus mous et leurs corrélats ostéologiques (c'est-à-dire les signatures imprimées aux os par les tissus mous) qui sont observées chez les groupes externes actuels du taxon fossile d'intérêt pour inférer les attributs anatomiques des tissus mous du fossile ; sur la base de l'évaluation au nœud du groupe externe, une hiérarchie caractérisant la force de l'inférence peut être construite. Cette approche générale est appliquée au problème de la fonction de la cavité antorbitale, en examinant tour à tour chaque candidat de tissu mou hypothétique—glande, muscle et sac aérien—(1) en établissant les corrélats ostéologiques de chaque système de tissu mou dans l'EPB de tout archosaure fossile (c'est-à-dire les oiseaux et les crocodiliens actuels), (2) en formulant une hypothèse d'homologie basée sur les similitudes dans ces associations causales entre les oiseaux et les crocodiliens, (3) en testant cette hypothèse en enquêtant sur les archosaures fossiles pour les corrélats ostéologiques spécifiés, et (4) en acceptant ou en rejetant l'hypothèse en fonction de sa congruence phylogénétique. En utilisant cette approche, les archosaures fossiles peuvent être reconstruits de manière fiable avec une Glandula nasalis, un M. pterygoideus, pars dorsalis, et un Sinus antorbitalis qui sont homologues à ceux des archosaures actuels ; cependant, les corrélats ostéologiques de seulement la fosse aérienne paranasale antorbitale impliquent les plusieurs structures associées à la cavité antorbitale. Des preuves supplémentaires de la nature pneumatique de la cavité antorbitale proviennent de la présence de nombreuses cavités accessoires (en particulier chez les dinosaures théropodes) entourant la cavité antorbitale principale. Pour aborder l'origine de la cavité antorbitale, l'approche EPB a été appliquée aux archosauriformes basaux ; les données ne sont pas aussi robustes, mais suggèrent néanmoins que la cavité est apparue comme un abri pour une fosse aérienne paranasale. La deuxième étape dans la découverte de la signification évolutive de la cavité antorbitale est d'évaluer la fonction du sac aérien paranasal enfermé. En fait, la fonction de toute pneumatique est investiguée ici. Plutôt que le volume d'air enfermé (c'est-à-dire l'espace vide) étant fonctionnellement important, de meilleures explications résultent en se concentrant sur le diverticule épithélial pneumatique lui-même. Il est proposé ici que la fonction du sac aérien épithélial soit simplement de pneumatiser l'os d'une manière opportuniste dans les contraintes d'un régime de charge biomécanique particulier. Les tendances de l'évolution faciale dans trois clades d'archosaures (crocodiliens, dinosaures ornithopodes et dinosaures théropodes) ont été examinées à la lumière de cette nouvelle perspective. Les crocodiliens et les ornithopodes montrent tous deux des tendances vers la réduction et l'enclosure de la cavité antorbitale (mais pour des raisons différentes), tandis que les théropodes montrent une tendance vers une expansion relativement peu contrainte. Ces résultats sont cohérents avec la vision des sacs aériens comme des machines pneumatiques opportunistes, avec la réduction de poids et l'optimalité de conception comme effets secondaires.

@article{doi10108002724634199710011027,
    author = "Witmer, Lawrence M.",
    title = "The Evolution of the Antorbital Cavity of Archosaurs: A Study in Soft-Tissue Reconstruction in the Fossil Record with an Analysis of the Function of Pneumaticity",
    year = "1997",
    journal = "Journal of Vertebrate Paleontology",
    abstract = "ABSTRACT The most commonly cited apomorphy of Archosauriformes is an opening in the snout known as the antorbital cavity. Despite the ubiquity and prominence of the antorbital cavity, its function and importance in craniofacial evolution have been problematic. Discovering the significance of the antorbital cavity is a two step process: first, establishing the function of the bony cavity (that is, its soft-tissue relations), and second, determining the biological role of the enclosed structure. The first step is the most fundamental, and hence is examined at length. Three hypotheses for the function of the antorbital cavity have been advanced, suggesting that it housed (1) a gland, (2) a muscle, or (3) a paranasal air sinus. Thus, resolution is correctly viewed as a “soft-tissue problem,” and is addressed within the context of the extant phylogenetic bracket (EPB) approach for reconstructing the unpreserved features of fossil organisms. The soft-anatomical relations of the antorbital cavity (or any bony structure) are important because (1) soft tissues generally have morphogenetic primacy over bony tissues and (2) inferences about soft tissues are the foundation for a cascading suite of paleobiological inferences. The EPB approach uses the shared causal associations between soft tissues and their osteological correlates (i.e., the signatures imparted to the bones by the soft tissues) that are observed in the extant outgroups of the fossil taxon of interest to infer the soft-anatomical attributes of the fossil; based on the assessment at the outgroup node, a hierarchy characterizing the strength of the inference can be constructed. This general approach is applied to the problem of the function of the antorbital cavity, taking each hypothesized soft-tissue candidate—gland, muscle, and air sac—in turn, (1) establishing the osteological correlates of each soft-tissue system in the EPB of any fossil archosaur (i.e., extant birds and crocodilians), (2) formulating a hypothesis of homology based on similarities in these causal associations between birds and crocodilians, (3) testing this hypothesis by surveying fossil archosaurs for the specified osteological correlates, and (4) accepting or rejecting the hypothesis based on its phylogenetic congruence. Using this approach, fossil archosaurs can be reliably reconstructed with a Glandula nasalis, M. pterygoideus, pars dorsalis, and Sinus antorbitalis that are homologous with those of extant archosaurs; however, the osteological correlates of only the antorbital paranasal air sinus involve the several structures associated with the antorbital cavity. Additional evidence for the pneumatic nature of the antorbital cavity comes from the presence of numerous accessory cavities (especially in theropod dinosaurs) surrounding the main antorbital cavity. To address the origin of the antorbital cavity, the EPB approach was applied to basal archosauriforms; the data are not as robust, but nevertheless suggest that the cavity appeared as a housing for a paranasal air sinus. The second step in discovering the evolutionary significance of the antorbital cavity is to assess the function of the enclosed paranasal air sac. In fact, the function of all pneumaticity is investigated here. Rather than the enclosed volume of air (i.e., the empty space) being functionally important, better explanations result by focusing on the pneumatic epithelial diverticulum itself. It is proposed here that the function of the epithelial air sac is simply to pneumatize bone in an opportunistic manner within the constraints of a particular biomechanical loading regime. Trends in facial evolution in three clades of archosaurs (crocodylomorphs, ornithopod dinosaurs, and theropod dinosaurs) were examined in light of this new perspective. Crocodylomorphs and ornithopods both show trends for reduction and enclosure of the antorbital cavity (but for different reasons), whereas theropods show a trend for relatively poorly constrained expansion. These findings are consistent with the view of air sacs as opportunistic pneumatizing machines, with weight reduction and design optimality as secondary effects.",
    url = "https://doi.org/10.1080/02724634.1997.10011027",
    doi = "10.1080/02724634.1997.10011027",
    openalex = "W1973023986",
    references = "coria1995a, crossref1976allosaurus, currie1985cranial, doi10100797836426953391, doi1010160021929082902469, doi101016b9781483231426500124, doi101017s0022336000026706, doi101017s0022336000059126, doi101017s0094837300004310, doi101017s247526300000091x, doi101038019118a0, doi101038063003a0, doi101038114085a0, doi10108002724634199110011386, doi10108002724634199110011426, doi10108002724634199210011473, doi10108002724634199310011511, doi10108002724634199410011538, doi10108002724634199510011250, doi101098rstb19610007, doi101098rstb19650003, doi101098rstb19850092, doi101098rstb19910056, doi101098rstb19920117, doi101098rstb19950125, doi101111j109600311991tb00045x, doi101111j109636421978tb01049x, doi101111j146363951921tb00489x, doi101111j1469185x1990tb01427x, doi101111j146979981913tb06148x, doi101111j155856461965tb01720x, doi101111j174966321940tb57047x, doi101111j216409471940tb00068x, doi101126science11282807, doi101126science2665183267, doi101126science2725264986, doi101139e93179, doi10125900071285586941029, doi1015468p4gnhz, doi1015468yhxmzl, doi1023072406439, doi1023072413454, doi1023072421859, doi1023072992444, doi10230730135049, doi1023073514548, doi105281zenodo16171435, doi105281zenodo16673433, doi105479si03629236110i, doi105860choice326223, doi105962bhlpart22965, doi105962bhltitle54054, doi105962p226819, madsen1976a, openalexw1489366593, openalexw1534857865, openalexw193970361, openalexw2603028126, openalexw2788234611, openalexw3140893762, openalexw3184837389, openalexw607142922, openalexw616953834, rowe1989a, sues1978a, walker1964triassic"
}

La réétude du reptile diapside unique Mesosuchus browni Watson, provenant de la zone d'assemblage Cynognathus (Trias inférieur tardif à Trias moyen précoce) de la formation de Burgersdorp (sous-groupe Tarkastad ; groupe Beaufort) d'Afrique du Sud, confirme qu'il s'agit du membre le plus plesiomorphe connu des Rhynchosauria. Une nouvelle analyse phylogénétique des taxons basaux des Archosauromorpha indique que les Choristodera se situent en dehors des Sauria, que les Prolacertiformes constituent un taxon paraphylétique avec Prolacerta partageant un ancêtre commun plus récent avec les Archosauriformes qu'avec tout autre clade, que Megalancosaurus et Drepanosaurus sont des taxons sœurs dans le clade Drepanosauridae au sein des Archosauromorpha, et constituent le groupe sœur du clade Tanystropheidae composé de Tanystropheus, Macrocnemus et Langobardisaurus. La combinaison des relations phylogénétiques des archosauroformes basaux et de leurs gammes stratigraphiques connues révèle des lacunes significatives dans les registres fossiles des diapsides du Permien supérieur et du Trias. L'extension des gammes temporelles de plusieurs lignées de diapsides vers le Permien supérieur suggère que plus de groupes de reptiles terrestres ont survécu à l'extinction de masse du Permien supérieur qu'on ne le pensait auparavant.

@article{doi101098rstb19980225,
    author = "Dilkes, David W.",
    title = "The early Triassic rhynchosaur Mesosuchus browni and the interrelationships of basal archosauromorph reptiles",
    year = "1998",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Restudy of the unique diapsid reptile Mesosuchus browni Watson, from the Cynognathus Assemblage Zone (late Early Triassic to early Middle Triassic) of the Burgersdorp Formation (Tarkastad Subgroup; Beaufort Group) of South Africa, confirms that it is the most plesiomorphic known member of the Rhynchosauria. A new phylogenetic analysis of basal taxa of Archosauromorpha indicates that Choristodera falls outside of the Sauria, Prolacertiformes is a paraphyletic taxon with Prolacerta sharing a more recent common ancestor with Archosauriformes than with any other clade, Megalancosaurus and Drepanosaurus are sister taxa in the clade Drepanosauridae within Archosauromorpha, and are the sister group to the clade Tanystropheidae composed of Tanystropheus, Macrocnemus, and Langobardisaurus. Combination of the phylogenetic relationships of basal archosauromorphs and their known stratigraphic ranges reveals significant gaps in the fossil records of Late Permian and Triassic diapsids. Extensions of the temporal ranges of several lineages of diapsids into the Late Permian suggests that more groups of terrestrial reptiles survived the end-Permian mass extinction than thought previously.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.1998.0225",
    doi = "10.1098/rstb.1998.0225",
    openalex = "W2133909495",
    references = "doi101098rstb19570003, doi101098rstb19740001, doi101098rstb19830079, doi101111j146979981913tb06148x, doi105962bhltitle8440, openalexw2261909166, openalexw2390705542, openalexw3208547338"
}

Les affinités de trois groupes problématiques de reptiles allongés et fouisseurs (amphisbènes, dibamides et serpents) sont réévaluées grâce à une analyse phylogénétique de tous les grands groupes de squamates, y compris les taxons fossiles importants Sineoamphisbaena, mosasauroides et Pachyrhachis ; 230 caractères ostéologiques informatifs phylogénétiquement ont été évalués chez 22 taxons. Les serpents (y compris Pachyrhachis) sont des anguimorphes, étant apparentés d'abord aux grands mosasauroides marins, et ensuite aux lézards varanidés (varans). Les scincidés et cordylidés ne sont pas apparentés aux lacertiformes comme on le pensait précédemment, mais aux anguimorphes. Les amphisbènes et dibamides sont étroitement apparentés, et Sineoamphisbaena est le groupe frère de ce clade. Le clade amphisbène-dibamide-Sineoamphisbaena est, à son tour, apparenté aux gekkotans et aux xantusiidés. Lorsque les taxons fossiles sont ignorés, les serpents, les amphisbènes et les dibamides forment un clade apparemment bien corroboré niché au sein des anguimorphes. Cependant, presque tous les caractères soutenant cette disposition sont corrélés au creusement tête la première (miniaturisation, consolidation crânienne, allongement du corps, réduction des membres) et co-occurrent invariablement chez d'autres tétrapodes ayant des habitudes similaires. Ces caractères sont potentiellement très trompeurs en raison de leur nombre considérable et parce qu'ils représentent largement des réductions ou des pertes. Il faut une pondération très drastique de ces caractères liés pour modifier la topologie de l'arbre : si les fossiles sont exclus de l'analyse, un clade (probablement erroné) composé de taxons allongés et fouisseurs résulte presque toujours. Ces résultats soulignent l'importance d'inclure tous les taxons pertinents dans les analyses phylogénétiques. L'inférence de la phylogénie des squamates dépend de manière critique de l'inclusion de certains taxons (fossiles) possédant des combinaisons d'états de caractères qui démontrent l'évolution convergente de l'écotype allongé et fouisseur chez les amphisbènes et dibamides, et chez les serpents. Dans l'analyse de tous les taxons, la position des serpents au sein des anguimorphes est plus fortement corroborée que l'association des amphisbènes et dibamides avec les gekkotans. Lorsque les taxons fossiles critiques sont supprimés, les serpents « attirent » le clade amphisbène-dibamide sur la base d'un ensemble de caractères corrélés. Bien que les serpents restent ancrés dans les anguimorphes, le clade amphisbène-dibamide s'éloigne des gekkotans pour les rejoindre. Quelle que soit la position variable des trois taxons allongés et fouisseurs, les relations intermédiaires entre les squamates restants munis de membres (« lézards ») sont constantes ; ainsi, les affinités hétérodoxes des scincidés, cordylidés et xantusiidés identifiées dans cette analyse semblent robustes. Enfin, la position de Pachyrhachis en tant que serpent basal plutôt qu'en tant que serpent dérivé (comme récemment suggéré) est soutenue à la fois sur des bases phylogénétiques et évolutives.

@article{doi101111j109583121998tb01148x,
    author = "Lee, Michael S. Y.",
    title = "Évolution convergente et corrélation des caractères chez les reptiles fouisseurs : vers une résolution des relations entre les squamates",
    year = "1998",
    journal = "Biological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "Les affinités de trois groupes problématiques de reptiles allongés et fouisseurs (amphisbènes, dibamides et serpents) sont réévaluées grâce à une analyse phylogénétique de tous les groupes majeurs de squamates, y compris les taxons fossiles importants Sineoamphisbaena, mosasauroides et Pachyrhachis ; 230 caractères ostéologiques informatifs phylogénétiquement ont été évalués chez 22 taxons. Les serpents (y compris Pachyrhachis) sont des anguimorphes, étant d'abord apparentés aux grands mosasauroides marins, et ensuite aux lézards varanidés. Les scincidés et cordylidés ne sont pas apparentés aux lacertiformes comme on le pensait précédemment, mais aux anguimorphes. Les amphisbènes et dibamides sont étroitement apparentés, et Sineoamphisbaena est le groupe sœur de ce clade. Le clade amphisbène-dibamide-Sineoamphisbaena, à son tour, est apparenté aux gekkotans et xantusiidés. Lorsque les taxons fossiles sont ignorés, les serpents, amphisbènes et dibamides forment un clade apparemment bien corroboré niché au sein des anguimorphes. Cependant, presque tous les caractères soutenant cette disposition sont corrélés au fouillage tête la première (miniaturisation, consolidation crânienne, allongement du corps, réduction des membres) et co-occur invariablement chez d'autres tétrapodes ayant des habitudes similaires. Ces caractères sont potentiellement très trompeurs en raison de leur nombre considérable et parce qu'ils représentent principalement des réductions ou des pertes. Il faut une pondération très drastique de ces caractères liés pour modifier la topologie de l'arbre : si les fossiles sont exclus de l'analyse, un clade (probablement erroné) composé de taxons allongés et fouisseurs résulte presque toujours. Ces résultats soulignent l'importance d'inclure tous les taxons pertinents dans les analyses phylogénétiques. L'inférence de la phylogénie des squamates dépend de manière critique de l'inclusion de certains taxons (fossiles) avec des combinaisons d'états de caractères qui démontrent l'évolution convergente de l'écotype allongé et fouisseur chez les amphisbènes et dibamides, et chez les serpents. Dans l'analyse de tous les taxons, la position des serpents au sein des anguimorphes est plus fortement corroborée que l'association des amphisbènes et dibamides avec les gekkotans. Lorsque les taxons fossiles critiques sont supprimés, les serpents « attirent » le clade amphisbène-dibamide sur la base d'un ensemble de caractères corrélés. Bien que les serpents restent ancrés dans les anguimorphes, le clade amphisbène-dibamide s'éloigne des gekkotans pour les rejoindre. Quelle que soit la position variable des trois taxons allongés fouisseurs, les relations intermédiaires entre les squamates restants munis de membres (« lézards ») sont constantes ; ainsi, les affinités hétérodoxes des scincidés, cordylidés et xantusiidés identifiées dans cette analyse semblent robustes. Enfin, la position de Pachyrhachis en tant que serpent basal plutôt qu'en tant que serpent dérivé (comme récemment suggéré) est soutenue à la fois sur des bases phylogénétiques et évolutives.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1095-8312.1998.tb01148.x",
    doi = "10.1111/j.1095-8312.1998.tb01148.x",
    openalex = "W2158224559",
    references = "doi101098rstb19920117, doi101111j109636421978tb00376x, doi101111j109636421985tb01796x, doi101111j109636421995tb00932x, doi105281zenodo16435343, doi105860choice325663, openalexw2912468146"
}

La phylogénie classique des reptiles vivants associe les crocodiliens aux oiseaux, les tuataras aux squamates, et place les tortues à la base de l'arbre. De nouvelles preuves issues de deux gènes nucléaires, ainsi que des analyses de l'ADN mitochondrial et de 22 gènes nucléaires supplémentaires, associent les crocodiliens aux tortues et placent les squamates à la base de l'arbre. Les preuves morphologiques et paléontologiques en faveur de cette phylogénie moléculaire sont incertaines. Les estimations temporelles moléculaires soutiennent une origine triasique pour les principaux groupes de reptiles vivants.

@article{doi101126science2835404998,
    author = "Hedges, S. Blair et Poling, Laura L.",
    title = "Une phylogénie moléculaire des reptiles",
    year = "1999",
    journal = "Science",
    abstract = "La phylogénie classique des reptiles vivants associe les crocodiliens aux oiseaux, les tuataras aux squamates, et place les tortues à la base de l'arbre. De nouvelles preuves issues de deux gènes nucléaires, ainsi que des analyses de l'ADN mitochondrial et de 22 gènes nucléaires supplémentaires, associent les crocodiliens aux tortues et placent les squamates à la base de l'arbre. Les preuves morphologiques et paléontologiques en faveur de cette phylogénie moléculaire sont incertaines. Les estimations temporelles moléculaires soutiennent une origine triasique pour les principaux groupes de reptiles vivants.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.283.5404.998",
    doi = "10.1126/science.283.5404.998",
    openalex = "W2125036863",
    references = "doi101111j109636421995tb00932x"
}

@article{doi101016s0012825202001046,
    author = "Stanley, George D.",
    title = "L'évolution des coraux modernes et leur histoire ancienne",
    year = "2003",
    journal = "Earth-Science Reviews",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0012-8252(02)00104-6",
    doi = "10.1016/s0012-8252(02)00104-6",
    openalex = "W2106579816",
    references = "crossref1995systematics, doi10100797814615121963, doi101007s003380050222, doi1010160169534794901635, doi101017s0094837300005352, doi101038305019a0, doi101038367231a0, doi101093icb391160, doi101126science27252651155, doi101126science2765310235, doi101126science2845411118, doi1023071483846, doi105860choice323881, doi105860choice332723, openalexw607087370"
}

@article{doi101007s1033600400509,
    author = "Mayr, Gérald",
    title = "Un squelette partiel d'un nouveau canard plongeur fossile (Aves, Gaviiformes) du début de l'Oligocène d'Allemagne avec contenu gastrique préservé",
    year = "2004",
    journal = "Journal für Ornithologie",
    url = "https://doi.org/10.1007/s10336-004-0050-9",
    doi = "10.1007/s10336-004-0050-9",
    openalex = "W2154550441"
}

▪ Résumé Deux conséquences de l'ectothermie terrestre (besoins énergétiques faibles et contrôle comportemental des températures corporelles) ont eu des conséquences majeures sur l'évolution des traits de l'histoire de vie des reptiles. Par exemple, les femelles reproductrices peuvent manipuler les températures d'incubation et ainsi les traits phénotypiques de leur progéniture en conservant les œufs en développement dans l'utérus. Cette capacité a conduit à de multiples transitions évolutives de l'oviparité à la viviparité chez les populations de reptiles des climats froids. L'hétérogénéité spatiale et temporelle des températures effectives dans les habitats terrestres a également favorisé un choix minutieux du site de nidification et une adaptation des normes de réaction embryonnaires aux régimes thermiques pendant l'incubation (par exemple, via la détermination du sexe dépendante de la température). De nombreuses caractéristiques de l'histoire de vie par lesquelles les reptiles diffèrent des vertébrés endothermes — telles que la petite taille de leur progéniture, la grande taille des portées et la reproduction peu fréquente — sont des conséquences directes de l'ectothermie, reflétant la liberté des contraintes de conservation de la chaleur sur la taille du corps et le stockage d'énergie. L'ectothermie confère une flexibilité immense, permettant un ajustement dynamique des traits de l'histoire de vie aux circonstances locales. Cette flexibilité a généré une variation spatiale et temporelle massive des traits de l'histoire de vie via la plasticité phénotypique ainsi que l'adaptation. La diversité des histoires de vie chez les reptiles peut être mieux interprétée dans un cadre conceptuel qui considère les reptiles comme des systèmes à faible énergie et à température variable.

@article{doi101146annurevecolsys36102003152631,
    author = "Shine, Richard",
    title = "Life-History Evolution in Reptiles",
    year = "2005",
    journal = "Annual Review of Ecology Evolution and Systematics",
    abstract = "▪ Résumé Deux conséquences de l'ectothermie terrestre (besoins énergétiques faibles et contrôle comportemental des températures corporelles) ont eu des conséquences majeures sur l'évolution des traits de l'histoire de vie des reptiles. Par exemple, les femelles reproductrices peuvent manipuler les températures d'incubation et ainsi les traits phénotypiques de leur progéniture en conservant les œufs en développement dans l'utérus. Cette capacité a conduit à de multiples transitions évolutives de l'oviparité à la viviparité chez les populations de reptiles des climats froids. L'hétérogénéité spatiale et temporelle des températures effectives dans les habitats terrestres a également favorisé un choix minutieux du site de nidification et une adaptation des normes de réaction embryonnaires aux régimes thermiques pendant l'incubation (par exemple, via la détermination du sexe dépendante de la température). De nombreuses caractéristiques de l'histoire de vie par lesquelles les reptiles diffèrent des vertébrés endothermes — telles que la petite taille de leur progéniture, la grande taille des portées et la reproduction peu fréquente — sont des conséquences directes de l'ectothermie, reflétant la liberté des contraintes de conservation de la chaleur sur la taille du corps et le stockage d'énergie. L'ectothermie confère une flexibilité immense, permettant un ajustement dynamique des traits de l'histoire de vie aux circonstances locales. Cette flexibilité a généré une variation spatiale et temporelle massive des traits de l'histoire de vie via la plasticité phénotypique ainsi que l'adaptation. La diversité des histoires de vie chez les reptiles peut être mieux interprétée dans un cadre conceptuel qui considère les reptiles comme des systèmes à faible énergie et à température variable.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.36.102003.152631",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.36.102003.152631",
    openalex = "W2136938707",
    references = "doi101007bf00344996, doi101007bf00346972, doi101086283547, doi101086285141, doi101086409470, doi101086410622, doi101098rspb19970181, doi1023071445695, doi1023073545800, doi10560219780801847806, openalexw1488067709, openalexw1525648878"
}

@article{doi1021131081135,
    author = "Rubidge, Bruce S.",
    title = "27e conférence commémorative Du Toit : Réunir les continents perdus - Reptiles fossiles de l'ancienne Karoo et leur soif de voyage",
    year = "2005",
    journal = "South African Journal of Geology",
    url = "https://doi.org/10.2113/108.1.135",
    doi = "10.2113/108.1.135",
    openalex = "W2413592034",
    references = "doi101016s0031018298001175, doi101086283249, doi101111j109636421981tb01127x, doi101111j146979981913tb06148x, doi101130spe28p1, lucas2001theropod, openalexw205674743, openalexw65326690"
}

Une phylogénie moléculaire récente de l'ordre des mammifères Carnivora a impliqué une grande taille corporelle comme condition ancestrale pour la sous-clade des caniformes Arctoidea, en utilisant la distribution des tailles corporelles moyennes des espèces parmi les taxons vivants. Les approches telles que celles-ci, basées uniquement sur les « taxons actuels », négligent les observations d'états de caractère pour les membres fossiles des clades vivants et ignorent complètement les données provenant des lignées éteintes. Pour reconstruire plus rigoureusement les tailles corporelles des formes ancestrales au sein des Caniformia, des données de taille corporelle et de première apparition ont été collectées pour 149 taxons actuels et 367 taxons éteints. Les tailles corporelles ont été reconstruites pour quatre nœuds ancestraux en utilisant la parcimonie du changement quadratique pondéré sur des données de masse corporelle transformées logarithmiquement. Les reconstructions basées uniquement sur les taxons actuels favorisaient de grandes tailles corporelles (de l'ordre de 10 à 50 kg) pour les derniers ancêtres communs à la fois des Caniformia et des Arctoidea. En revanche, les reconstructions incorporant des données fossiles soutiennent de petites tailles corporelles (< 5 kg) pour les ancêtres de ces clades. Lorsque les informations temporelles associées aux données fossiles ont été écartées, les reconstructions de taille corporelle sont devenues ambiguës, démontrant que l'incorporation à la fois des observations d'états de caractère et des informations temporelles provenant de taxons fossiles soutient sans ambiguïté une petite taille corporelle ancestrale, invalidant ainsi les hypothèses dérivées uniquement des taxons actuels. Les reconstructions de taille corporelle pour les Caniformia, les Arctoidea et les Musteloidea n'étaient pas sensibles aux erreurs potentielles introduites par l'incertitude concernant la position des lignées éteintes par rapport à la topologie moléculaire, ni aux données de taille corporelle manquantes pour les membres éteints d'un clade majeur entier (les Pinnipedia aquatiques). L'incorporation des observations d'états de caractère et des informations temporelles provenant du registre fossile dans les tests d'hypothèses a un impact significatif sur la capacité à reconstruire les caractères ancestraux et contraint la gamme des hypothèses potentielles d'évolution des caractères. Les données fossiles fournissent ici les preuves pour documenter de manière fiable les tendances à la fois d'augmentation et de diminution de la taille corporelle chez plusieurs clades de caniformes. Plus généralement, l'inclusion de fossiles dans de telles analyses incorpore des preuves de tendances directionnelles, produisant ainsi des reconstructions d'états de caractère ancestraux plus fiables.

@article{doi10108010635150500541698,
    author = "Finarelli, John A. and Flynn, John J.",
    title = "Ancestral State Reconstruction of Body Size in the Caniformia (Carnivora, Mammalia): The Effects of Incorporating Data from the Fossil Record",
    year = "2006",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = {Une phylogénie moléculaire récente de l'ordre des mammifères Carnivora a impliqué une grande taille corporelle comme condition ancestrale pour la sous-clade des caniformes Arctoidea, en utilisant la distribution des tailles corporelles moyennes des espèces parmi les taxons vivants. Les approches telles que celles-ci, basées uniquement sur les « taxons actuels », négligent les observations d'états de caractère pour les membres fossiles des clades vivants et ignorent complètement les données provenant des lignées éteintes. Pour reconstruire plus rigoureusement les tailles corporelles des formes ancestrales au sein des Caniformia, des données de taille corporelle et de première apparition ont été collectées pour 149 taxons actuels et 367 taxons éteints. Les tailles corporelles ont été reconstruites pour quatre nœuds ancestraux en utilisant la parcimonie du changement quadratique pondéré sur des données de masse corporelle transformées logarithmiquement. Les reconstructions basées uniquement sur les taxons actuels favorisaient de grandes tailles corporelles (de l'ordre de 10 à 50 kg) pour les derniers ancêtres communs à la fois des Caniformia et des Arctoidea. En revanche, les reconstructions incorporant des données fossiles soutiennent de petites tailles corporelles (< 5 kg) pour les ancêtres de ces clades. Lorsque les informations temporelles associées aux données fossiles ont été écartées, les reconstructions de taille corporelle sont devenues ambiguës, démontrant que l'incorporation à la fois des observations d'états de caractère et des informations temporelles provenant de taxons fossiles soutient sans ambiguïté une petite taille corporelle ancestrale, invalidant ainsi les hypothèses dérivées uniquement des taxons actuels. Les reconstructions de taille corporelle pour les Caniformia, les Arctoidea et les Musteloidea n'étaient pas sensibles aux erreurs potentielles introduites par l'incertitude concernant la position des lignées éteintes par rapport à la topologie moléculaire, ni aux données de taille corporelle manquantes pour les membres éteints d'un clade majeur entier (les Pinnipedia aquatiques). L'incorporation des observations d'états de caractère et des informations temporelles provenant du registre fossile dans les tests d'hypothèses a un impact significatif sur la capacité à reconstruire les caractères ancestraux et contraint la gamme des hypothèses potentielles d'évolution des caractères. Les données fossiles fournissent ici les preuves pour documenter de manière fiable les tendances à la fois d'augmentation et de diminution de la taille corporelle chez plusieurs clades de caniformes. Plus généralement, l'inclusion de fossiles dans de telles analyses incorpore des preuves de tendances directionnelles, produisant ainsi des reconstructions d'états de caractère ancestraux plus fiables.},
    url = "https://doi.org/10.1080/10635150500541698",
    doi = "10.1080/10635150500541698",
    openalex = "W2104579758",
    references = "doi10108010635150490445706"
}

Pour la première fois, les relations phylogénétiques des premiers eureptiles, composés de captorhinidés, de diapsides et de protorothyridés, sont étudiées dans un contexte phylogénétique moderne en utilisant à la fois les approches de parcimonie et bayésiennes. Quarante-neuf caractères informatifs pour la parcimonie et 25 taxons ont été inclus dans les analyses. L'analyse bayésienne a été exécutée avec et sans un paramètre de forme gamma permettant des taux variables entre les caractères. De plus, nous avons exécuté deux autres analyses bayésiennes qui comprenaient 42 autapomorphies et donc des caractères non informatifs pour la parcimonie afin de tester l'effet des longueurs de branches variables. Les différentes analyses ont largement convergé vers la même topologie, suggérant que le « protorothyridé » Coelostegus est le taxon frère de tous les autres eureptiles et que les « protorothyridés » restants sont paraphylétiques. De plus, il existe une relation étroite entre les diapsides et Anthracodromeus, Cephalerpeton et Protorothyris, un regroupement de Thuringothyris avec les captorhinidés, et une position variable des « protorothyridés » Brouffia, Hylonomus et Paleothyris. Le manque de résolution dans certaines parties de l'arbre pourrait être dû à des « polytomies dures » et à de courts temps de divergence entre les taxons respectifs. La topologie de l'arbre est cohérente avec l'hypothèse selon laquelle les fenestrations temporales des reptiles diapsides semblent être la conséquence d'un squelette plus léger, indiquant un changement écologique significatif dans les premières étapes de l'évolution des diapsides. L'analyse bayésienne est une approche supplémentaire très utile dans les études de taxons fossiles dans lesquelles un soutien statistique plus traditionnel comme le bootstrap est souvent faible. Cependant, l'utilisation exclusive du modèle Mk semble appropriée uniquement si les caractères autapomorphiques sont inclus, tandis que le modèle Mk+gamma a bien fonctionné avec ou sans autapomorphies.

@article{doi10108010635150600755396,
    author = "Müller, Johannes et Reisz, Robert R.",
    title = "La phylogénie des premiers Eureptiles : Comparaison des approches de parcimonie et bayésiennes dans l'investigation d'un clade fossile basal",
    year = "2006",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = {Pour la première fois, les relations phylogénétiques des premiers eureptiles, composés de captorhinidés, de diapsides et de protorothyridés, sont étudiées dans un contexte phylogénétique moderne en utilisant à la fois les approches de parcimonie et bayésiennes. Quarante-neuf caractères informatifs pour la parcimonie et 25 taxons ont été inclus dans les analyses. L'analyse bayésienne a été exécutée avec et sans un paramètre de forme gamma permettant des taux variables entre les caractères. De plus, nous avons exécuté deux autres analyses bayésiennes qui comprenaient 42 autapomorphies et donc des caractères non informatifs pour la parcimonie afin de tester l'effet des longueurs de branches variables. Les différentes analyses ont largement convergé vers la même topologie, suggérant que le « protorothyridé » Coelostegus est le taxon frère de tous les autres eureptiles et que les « protorothyridés » restants sont paraphylétiques. De plus, il existe une relation étroite entre les diapsides et Anthracodromeus, Cephalerpeton et Protorothyris, un regroupement de Thuringothyris avec les captorhinidés, et une position variable des « protorothyridés » Brouffia, Hylonomus et Paleothyris. Le manque de résolution dans certaines parties de l'arbre pourrait être dû à des « polytomies dures » et à de courts temps de divergence entre les taxons respectifs. La topologie de l'arbre est cohérente avec l'hypothèse selon laquelle les fenestrations temporales des reptiles diapsides semblent être la conséquence d'un squelette plus léger, indiquant un changement écologique significatif dans les premières étapes de l'évolution des diapsides. L'analyse bayésienne est une approche supplémentaire très utile dans les études de taxons fossiles dans lesquelles un soutien statistique plus traditionnel comme le bootstrap est souvent faible. Cependant, l'utilisation exclusive du modèle Mk semble appropriée uniquement si les caractères autapomorphiques sont inclus, tandis que le modèle Mk+gamma a bien fonctionné avec ou sans autapomorphies.},
    url = "https://doi.org/10.1080/10635150600755396",
    doi = "10.1080/10635150600755396",
    openalex = "W1980715304",
    references = "carroll1982early, doi101016b9781483232102500066, doi101016b9781483232119500097, doi10108001621459199510476572, doi101080106351501753462876, doi10108010635150490264699, doi101093bioinformatics178754, doi101093molbevmsg028, doi101093oxfordjournalsmolbeva025811, doi101111j146979981972tb01731x, doi1023073514548, openalexw1484431148"
}

Les baleines à fanons actuelles (Cetacea, Mysticeti) sont toutes de grands mammifères marins filtreurs qui ne possèdent pas de dents à l'âge adulte, mais plutôt des fanons, et se nourrissent de petits animaux marins en vrac. L'évolution précoce de ces mammifères exceptionnels et de leur méthode de nutrition unique est restée jusqu'à présent énigmatique. Ici, je signale une nouvelle mysticète à dents du Oligocène supérieur d'Australie qui est plus archaïque que toute autre décrite précédemment. Contrairement à toutes les autres mysticètes, ce nouveau cétacé était petit, avait d'énormes yeux et manquait d'adaptations dérivées pour la nutrition en vrac. Plusieurs caractéristiques morphologiques suggèrent que cette mysticète était un prédateur macrophage, étant convergente avec certains reptiles marins du Mésozoïque et la loutre de mer actuelle (Hydrurga leptonyx). Elle réfute ainsi les notions selon lesquelles toutes les mysticètes primitives étaient des filtreurs, et que les origines et la radiation initiale des mysticètes étaient liées à l'évolution de la nutrition par filtration. Les mysticètes ont manifestement radié vers une variété de formes disparates et d'écologies de nutrition avant l'évolution des fanons ou de la nutrition par filtration. Le contexte phylogénétique du nouveau cétacé indique que les mysticètes primitives étaient des prédateurs macrophages qui n'utilisaient pas la nutrition par filtration ou l'écholocation, et que l'évolution des caractères associés à la nutrition en vrac a été progressive.

@article{doi101098rspb20063664,
    author = "Fitzgerald, Erich M. G.",
    title = "A bizarre new toothed mysticete (Cetacea) from Australia and the early evolution of baleen whales",
    year = "2006",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Extant baleen whales (Cetacea, Mysticeti) are all large filter-feeding marine mammals that lack teeth as adults, instead possessing baleen, and feed on small marine animals in bulk. The early evolution of these superlative mammals, and their unique feeding method, has hitherto remained enigmatic. Here, I report a new toothed mysticete from the Late Oligocene of Australia that is more archaic than any previously described. Unlike all other mysticetes, this new whale was small, had enormous eyes and lacked derived adaptations for bulk filter-feeding. Several morphological features suggest that this mysticete was a macrophagous predator, being convergent on some Mesozoic marine reptiles and the extant leopard seal (Hydrurga leptonyx). It thus refutes the notions that all stem mysticetes were filter-feeders, and that the origins and initial radiation of mysticetes was linked to the evolution of filter-feeding. Mysticetes evidently radiated into a variety of disparate forms and feeding ecologies before the evolution of baleen or filter-feeding. The phylogenetic context of the new whale indicates that basal mysticetes were macrophagous predators that did not employ filter-feeding or echolocation, and that the evolution of characters associated with bulk filter-feeding was gradual.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2006.3664",
    doi = "10.1098/rspb.2006.3664",
    openalex = "W2046109738",
    references = "doi10108002724634198710011647"
}

@article{doi101016jpalaeo200611037,
    author = "Orchard, Michael J.",
    title = "Conodont diversity and evolution through the latest Permian and Early Triassic upheavals",
    year = "2007",
    journal = "Palaeogeography Palaeoclimatology Palaeoecology",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.palaeo.2006.11.037",
    doi = "10.1016/j.palaeo.2006.11.037",
    openalex = "W2038292898"
}

Une revue de la littérature paléontologique montre que les dates d'apparition précoces des Lissamphibia récemment déduites des données moléculaires ne favorisent pas une origine des amphibiens actuels à partir des temnospondyles, contrairement aux affirmations récentes. Un supertree est assemblé à l'aide de nouveaux modules Mesquite qui permettent d'intégrer les taxons éteints dans une phylogénie calibrée dans le temps avec une échelle de temps géologique définie par l'utilisateur. Le supertree intègre 223 espèces éteintes de lissamphibiens et présente un ajustement stratigraphique hautement significatif. Certaines divergences peuvent même être datées avec une précision suffisante pour servir de points de calibration dans les analyses de dates de divergence moléculaire. Quatorze combinaisons de paramètres de longueur minimale de branche et 10 résolutions aléatoires pour chaque polytomie donnent des temps d'origine minimaux beaucoup plus récents pour les taxons de lissamphibiens que les études récentes basées sur une analyse phylogénétique de séquences moléculaires. Les tentatives de réplication des estimations récentes de dates moléculaires montrent que ces estimations dépendent fortement du choix des points de calibration, de la méthode de datation et du modèle d'évolution choisi ; par exemple, l'estimation de la date d'origine des Lissamphibia peut se situer entre 351 et 266 Mya. Cet intervalle de valeurs est généralement compatible avec notre supertree calibré dans le temps et indique qu'il n'y a pas de fossé infranchissable entre les dates obtenues à l'aide du registre fossile et celles obtenues à l'aide de preuves moléculaires, contrairement aux suggestions antérieures.

@article{doi10108010635150701397635,
    author = "Marjanović, David et Laurin, Michel",
    title = "Fossiles, Molécules, Temps de Divergence et l'Origine des Lissamphibiens",
    year = "2007",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Une revue de la littérature paléontologique montre que les dates d'apparition précoces des Lissamphibia récemment déduites des données moléculaires ne favorisent pas une origine des amphibiens actuels à partir des temnospondyles, contrairement aux affirmations récentes. Un supertree est assemblé à l'aide de nouveaux modules Mesquite qui permettent d'intégrer les taxons éteints dans une phylogénie calibrée dans le temps avec une échelle de temps géologique définie par l'utilisateur. Le supertree intègre 223 espèces éteintes de lissamphibiens et présente un ajustement stratigraphique hautement significatif. Certaines divergences peuvent même être datées avec une précision suffisante pour servir de points de calibration dans les analyses de dates de divergence moléculaire. Quatorze combinaisons de paramètres de longueur minimale de branche et 10 résolutions aléatoires pour chaque polytomie donnent des temps d'origine minimaux beaucoup plus récents pour les taxons de lissamphibiens que les études récentes basées sur une analyse phylogénétique de séquences moléculaires. Les tentatives de réplication des estimations récentes de dates moléculaires montrent que ces estimations dépendent fortement du choix des points de calibration, de la méthode de datation et du modèle d'évolution choisi ; par exemple, l'estimation de la date d'origine des Lissamphibia peut se situer entre 351 et 266 Mya. Cet intervalle de valeurs est généralement compatible avec notre supertree calibré dans le temps et indique qu'il n'y a pas de fossé infranchissable entre les dates obtenues à l'aide du registre fossile et celles obtenues à l'aide de preuves moléculaires, contrairement aux suggestions antérieures.",
    url = "https://doi.org/10.1080/10635150701397635",
    doi = "10.1080/10635150701397635",
    openalex = "W2105571914",
    references = "doi101017cbo9780511536045, doi10108010635150490445706, doi10108010635150490522304, doi101093bioinformatics149817, doi101093bioinformatics192301, doi101093oxfordjournalsmolbeva003974, doi1012060003009020062970001tatol20co2, doi1016660022336020030770822mbatho20co2, doi105860choice392183, openalexw2611511275, openalexw3217097258, openalexw638862129"
}

L'inférence des préférences alimentaires chez les vertébrés terrestres fossiles (tétrapodes) a été principalement déduite de la morphologie crâniodentaire, et moins de spécimens fossiles conservant des preuves concluantes de régime alimentaire sous la forme de contenus buccaux et/ou intestinaux. Récemment, le rôle pivot de l'insectivorie dans l'évolution des tétrapodes a été souligné par l'identification d'insectivores putatifs comme les plus proches parents des herbivores amniotes les plus anciens connus. Nous fournissons les premières preuves convaincantes d'insectivorie chez les premiers tétrapodes sur la base de deux spécimens fossiles de 280 millions d'années (Paléozoïque tardif) d'une nouvelle espèce de parareptile acleistorhinid avec un cuticule d'arthropode préservé sur leurs palais dentés. Leur morphologie dentaire, consistant en une dentition marginale homodonte avec des bords tranchants et des extrémités légèrement recourbées, est cohérente avec un régime insectivore. L'association intime du cuticule d'arthropode avec la région buccale de deux petits reptiles, provenant d'une riche localité fossile qui n'a autrement pas produit de restes d'invertébrés, soutient fortement l'inférence d'insectivorie chez les reptiles. Ces fossiles apportent un soutien supplémentaire à l'hypothèse selon laquelle les origines et les premiers stades de l'évolution des vertébrés supérieurs sont associés à de petits insectivores terrestres relativement petits.

@article{doi101098rsbl20090326,
    author = "Modesto, Sean P. et Scott, Diane et Reisz, Robert R.",
    title = "Des restes d'arthropodes dans les cavités buccales de reptiles fossiles soutiennent l'inférence d'un insectivorie précoce",
    year = "2009",
    journal = "Biology Letters",
    abstract = "L'inférence des préférences alimentaires chez les vertébrés terrestres fossiles (tétrapodes) a été principalement déduite de la morphologie crâniodentaire, et moins de spécimens fossiles conservant des preuves concluantes de régime alimentaire sous la forme de contenus buccaux et/ou intestinaux. Récemment, le rôle pivot de l'insectivorie dans l'évolution des tétrapodes a été souligné par l'identification d'insectivores putatifs comme les plus proches parents des herbivores amniotes les plus anciens connus. Nous fournissons les premières preuves convaincantes d'insectivorie chez les premiers tétrapodes sur la base de deux spécimens fossiles de 280 millions d'années (Paléozoïque tardif) d'une nouvelle espèce de parareptile acleistorhinid avec un cuticule d'arthropode préservé sur leurs palais dentés. Leur morphologie dentaire, consistant en une dentition marginale homodonte avec des bords tranchants et des extrémités légèrement recourbées, est cohérente avec un régime insectivore. L'association intime du cuticule d'arthropode avec la région buccale de deux petits reptiles, provenant d'une riche localité fossile qui n'a autrement pas produit de restes d'invertébrés, soutient fortement l'inférence d'insectivorie chez les reptiles. Ces fossiles apportent un soutien supplémentaire à l'hypothèse selon laquelle les origines et les premiers stades de l'évolution des vertébrés supérieurs sont associés à de petits insectivores terrestres relativement petits.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rsbl.2009.0326",
    doi = "10.1098/rsbl.2009.0326",
    openalex = "W2114667518"
}

Les plus anciens enregistrements sans équivoque de Dinosauria ont été découverts dans des roches du Trias supérieur (environ 230 Ma) accumulées sur des bassins de rift extensionnels dans le sud-ouest de Pangea. Les mieux connus de ces derniers sont Herrerasaurus ischigualastensis, Pisanosaurus mertii, Eoraptor lunensis et Panphagia protos de la Formation d'Ischigualasto, en Argentine, et Staurikosaurus pricei et Saturnalia tupiniquim de la Formation de Santa Maria, au Brésil. Aucun fossile corporel de dinosaure non controversé n'est connu des strates plus anciennes, mais l'origine du lignage au Trias moyen peut être déduite à la fois du registre des traces de pas et de sa relation de groupe sœur avec les dinosauremorfes basaux du Ladinien. Ceux-ci incluent le Marasuchus lilloensis typique, des formes plus basales telles que Lagerpeton et Dromomeron, ainsi que les silesauridés : un groupe possiblement monophylétique composé de formes du Trias moyen-supérieur qui pourraient représenter des taxons sœurs immédiats des dinosaures. La première définition phylogénétique correspondant à la compréhension actuelle de Dinosauria comme un taxon basé sur un nœud composé exclusivement de Saurischia et Ornithischia mutuellement exclusifs a été donnée comme « tous les descendants du dernier ancêtre commun des oiseaux et du Tricératops ». Les analyses cladistiques récentes des dinosaures précoces s'accordent à dire que Pisanosaurus mertii est un ornithischien basal ; que Herrerasaurus ischigualastensis et Staurikosaurus pricei appartiennent à une Herrerasauridae monophylétique ; que les herréassauridés, Eoraptor lunensis et Guaibasaurus candelariensis sont des saurischiens ; que les Saurischia comprennent deux groupes principaux, les Sauropodomorpha et les Theropoda ; et que Saturnalia tupiniquim est un membre basal de la lignée sauropodomorphe. Au contraire, plusieurs aspects de la phylogénie des dinosaures basaux restent controversés, notamment la position des herréassauridés, de E. lunensis et de G. candelariensis en tant que theropodes basaux ou saurischiens basaux, ainsi que l'affinité et/ou la validité de taxons plus fragmentaires tels qu'Agnosphitys cromhallensis, Alwalkeria maleriensis, Chindesaurus bryansmalli, Saltopus elginensis et Spondylosoma absconditum. L'identification des apomorphies des dinosaures est compromise par l'incomplétude des restes squelettiques attribués à la plupart des dinosauremorfes basaux, dont les crânes et les membres antérieurs sont particulièrement mal connus. Néanmoins, Dinosauria peut être diagnostiqué par une série de traits dérivés, dont la plupart sont liés à l'anatomie de la ceinture pelvienne et des membres. Certains de ces traits sont liés à l'acquisition d'une marche bipède entièrement dressée, qui a traditionnellement été suggérée comme représentant une adaptation clé qui a permis, voire favorisé, la radiation des dinosaures au Trias supérieur. Pourtant, contrairement aux modèles classiques de « compétition », les dinosaures n'ont pas progressivement remplacé d'autres tétrapodes terrestres au cours du Trias supérieur. En fait, la radiation du groupe comprend au moins trois moments marquants, séparés par des événements d'extinction controversés (Carnien-Norien, Trias-Jurassique). Ceux-ci sont principalement caractérisés par une diversification précoce au Carnien, une augmentation de la diversité et (surtout) de l'abondance au Norien, et l'occupation de nouvelles niches dès le Jurassique inférieur. Les dinosaures sont apparus à partir d'ancêtres entièrement bipèdes, dont le régime alimentaire pouvait être carnivore ou omnivore. Alors que les dinosaures les plus anciens étaient géographiquement restreints au sud de Pangea, incluant des ornithischiens rares et des membres basaux plus abondants de la lignée saurischiene, le groupe a atteint une distribution presque mondiale à la fin du Trias, en particulier avec la radiation de groupes saurischiens tels que les « prosauropodes » et les coélyphoïdes.

@article{doi101111j1469185x200900094x,
    author = "Langer, Max C. and Ezcurra, Martín D. and Bittencourt, Jonathas S. and Novas, Fernando E.",
    title = "L'origine et l'évolution précoce des dinosaures",
    year = "2009",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society",
    abstract = {Les enregistrements les plus anciens et sans équivoque de Dinosauria ont été découverts dans des roches du Trias supérieur (environ 230 Ma) accumulées sur des bassins de rift extensionnels dans le sud-ouest de Pangea. Les mieux connus de ces derniers sont Herrerasaurus ischigualastensis, Pisanosaurus mertii, Eoraptor lunensis et Panphagia protos de la Formation d'Ischigualasto, en Argentine, et Staurikosaurus pricei et Saturnalia tupiniquim de la Formation de Santa Maria, au Brésil. Aucun fossile corporel de dinosaure non controversé n'est connu des strates plus anciennes, mais l'origine du lignage au Trias moyen peut être déduite à la fois du registre des traces de pas et de sa relation de groupe sœur avec les dinosauremorfes basaux du Ladinien. Ceux-ci incluent le Marasuchus lilloensis typique, des formes plus basales telles que Lagerpeton et Dromomeron, ainsi que les silesauridés : un groupe possiblement monophylétique composé de formes du Trias moyen-supérieur qui pourraient représenter des taxons sœurs immédiats des dinosaures. La première définition phylogénétique correspondant à la compréhension actuelle de Dinosauria comme un taxon basé sur un nœud composé exclusivement de Saurischia et Ornithischia mutuellement exclusifs a été donnée comme « tous les descendants du dernier ancêtre commun des oiseaux et du Tricératops ». Les analyses cladistiques récentes des dinosaures précoces s'accordent pour dire que Pisanosaurus mertii est un ornithischien basal ; que Herrerasaurus ischigualastensis et Staurikosaurus pricei appartiennent à une Herrerasauridae monophylétique ; que les herrerasauridés, Eoraptor lunensis et Guaibasaurus candelariensis sont des saurischiens ; que les Saurischia comprennent deux groupes principaux, les Sauropodomorpha et les Theropoda ; et que Saturnalia tupiniquim est un membre basal du lignage sauropodomorphe. Au contraire, plusieurs aspects de la phylogénie des dinosaures basaux restent controversés, notamment la position des herrerasauridés, E. lunensis et G. candelariensis en tant que theropodes basaux ou saurischiens basaux, et l'affinité et/ou la validité de taxons plus fragmentaires tels qu'Agnosphitys cromhallensis, Alwalkeria maleriensis, Chindesaurus bryansmalli, Saltopus elginensis et Spondylosoma absconditum. L'identification des apomorphies des dinosaures est compromise par l'incomplétude des restes squelettiques attribués à la plupart des dinosauremorfes basaux, dont les crânes et les membres antérieurs sont particulièrement mal connus. Néanmoins, Dinosauria peuvent être diagnostiqués par une série de traits dérivés, dont la plupart sont liés à l'anatomie du bassin et des membres. Certains de ces traits sont liés à l'acquisition d'une marche bipède entièrement érigée, ce qui a traditionnellement été suggéré comme représentant une adaptation clé qui a permis, voire favorisé, la radiation des dinosaures au Trias supérieur. Pourtant, contrairement aux modèles classiques « compétitifs », les dinosaures n'ont pas progressivement remplacé d'autres tétrapodes terrestres au cours du Trias supérieur. En fait, la radiation du groupe comprend au moins trois moments marquants, séparés par des événements d'extinction controversés (Carnien-Norien, Trias-Jurassique). Ceux-ci sont principalement caractérisés par une diversification précoce au Carnien, une augmentation de la diversité et (surtout) de l'abondance au Norien, et l'occupation de nouvelles niches à partir du Jurassique inférieur. Les dinosaures sont apparus à partir d'ancêtres entièrement bipèdes, dont le régime alimentaire pouvait être carnivore ou omnivore. Alors que les dinosaures les plus anciens étaient géographiquement restreints au sud de Pangea, incluant des ornithischiens rares et des membres basaux plus abondants du lignage saurischien, le groupe a atteint une distribution presque mondiale à la fin du Trias, en particulier avec la radiation de groupes saurischiens tels que les « prosauropodes » et les coélyphoïdes.},
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1469-185x.2009.00094.x",
    doi = "10.1111/j.1469-185x.2009.00094.x",
    openalex = "W2121596487",
    references = "chatterjee2013a, crossref1998encyclopedia, currie2009stratigraphy, doi1010160031018281900924, doi1010160031018295000178, doi101016c20090644421, doi101016jjsames200504002, doi101016jpalaeo200606041, doi101016s0012825203000825, doi101016s0016699580800386, doi101016s0016699583800205, doi101016s0031018298001175, doi101017cbo9780511628948, doi101017s0094837300010575, doi101017s1477201906001970, doi101017s1477201907002040, doi101017s1477201907002246, doi101017s1477201907002271, doi101017s247526300000091x, doi10103820167, doi10106313060577, doi101073pnas0606028103, doi10108002724634199410011538, doi10108002724634199510011271, doi10108002724634199810011115, doi10108002724634199910011124, doi101098rspb20042692, doi101098rspb20080715, doi101098rspl18870117, doi101098rstb19990489, doi101111j109636421985tb01796x, doi101111j10963642200400130x, doi101126science1143325, doi101126science21545391501, doi101126science2645160828, doi101126science2845414616, doi101126science3616622, doi101127njgpa210199841, doi101144gsjgs14720321, doi1012060003009020073021taoeoa20co2, doi101525california97805202420980010001, doi1015468gbdyof, doi1016710272463420020220510toomka20co2, doi1016710272463420072773tclagn20co2, doi101671a1097, doi1023071292217, doi1023071441916, doi1023073889325, doi102475ajss319111253, doi102475ajss32313381, doi104202app20080415, doi10432497802030907329, doi105281zenodo16120887, doi105281zenodo16171435, doi105281zenodo16246150, doi105860choice325663, doi105860choice393984, doi105860choice465038, doi107146moggeosciv32i140904, doi10718895fylantbak30809522, openalexw114509570, openalexw1496509561, openalexw1535663436, openalexw205674743, openalexw2242116350, openalexw2788234611, openalexw2991310333, openalexw3208547338, openalexw3215057009, padian1989presence, rowe1989a, walker1964triassic"
}

@article{weaver2009fossil,
    author = "Weaver, Janelle",
    title = "Preuves fossiles du dernier repas des premiers reptiles",
    year = "2009",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/news.2009.1160",
    doi = "10.1038/news.2009.1160",
    openalex = "W2087346167",
    references = "doi101007bf02985876, doi101007s1033600400509, doi101038nature03102, doi101098rsbl20050374, doi101098rsbl20090326, doi101139e01050"
}

Le développement de régions distinctes dans la colonne vertébrale des amniotes résulte de la formation des somites et de l'expression des gènes Hox, la morphologie adulte affichant une variation remarquable entre lignées. La régionalisation mammalienne est réputée très conservatrice, voire contrainte, mais aucune étude n'a investigué la variation du nombre de vertèbres à travers l'ensemble des Amniota, ce qui affaiblit les tentatives de compréhension des facteurs phylogénétiques, écologiques et développementaux affectant la variation de la colonne vertébrale. Ici, nous montrons que les lignées mammaliennes (synapsides) et reptiliennes présentent dès leurs histoires évolutives des divergences claires en matière de plasticité développementale axiale, tant en termes de régionalisation que de changement méristique, les synapsides basaux partageant la configuration axiale conservée des mammifères couronnés, et les reptiles basaux démontrant la plasticité des taxons existants. Nous avons mené une enquête exhaustive sur les nombres de vertèbres présacrées chez 436 taxons amniotes récents et éteints. Les nombres de vertèbres ont été cartographiés sur une phylogénie amniotique généralisée ainsi que sur des arbres individuels du groupe, et les états ancestraux ont été reconstruits en utilisant la parcimonie du changement carré. Nous avons également calculé la relation entre les nombres présacrés et cervicaux pour inférer l'influence relative des effets homéotiques et des changements méristiques, et n'avons trouvé aucune corrélation entre la somitogenèse et la régionalisation médiée par Hox. Bien que la conservation des nombres présacrés caractérise les lignées synapsidiennes précoces, dans certains cas, les reptiles et les synapsides exhibent les mêmes innovations développementales en réponse à des pressions sélectives similaires. Inversement, les augmentations de masse corporelle ne sont pas couplées à des changements méristiques ou homéotiques, mais se produisent principalement en concert avec la croissance somatique postembryonnaire. Notre étude met en évidence l'importance des fossiles dans les investigations à grande échelle des processus évolutifs développementaux.

@article{doi101073pnas0912622107,
    author = "Müller, Johannes et Scheyer, Torsten M. et Head, Jason J. et Barrett, Paul M. et Werneburg, Ingmar et Ericson, Per G. P. et Pol, Diego et Sánchez‐Villagra, Marcelo R.",
    title = "Effets homéotiques, somitogenèse et évolution du nombre de vertèbres chez les amniotes récents et fossiles",
    year = "2010",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Le développement de régions distinctes dans la colonne vertébrale des amniotes résulte de la formation des somites et de l'expression des gènes Hox, la morphologie adulte affichant une variation remarquable entre lignées. La régionalisation mammalienne est réputée très conservatrice, voire contrainte, mais aucune étude n'a investigué la variation du nombre de vertèbres à travers l'ensemble des Amniota, ce qui affaiblit les tentatives de compréhension des facteurs phylogénétiques, écologiques et développementaux affectant la variation de la colonne vertébrale. Ici, nous montrons que les lignées mammaliennes (synapsides) et reptiliennes présentent dès leurs histoires évolutives des divergences claires en matière de plasticité développementale axiale, tant en termes de régionalisation que de changement méristique, les synapsides basaux partageant la configuration axiale conservée des mammifères couronnés, et les reptiles basaux démontrant la plasticité des taxons existants. Nous avons mené une enquête exhaustive sur les nombres de vertèbres présacrées chez 436 taxons amniotes récents et éteints. Les nombres de vertèbres ont été cartographiés sur une phylogénie amniotique généralisée ainsi que sur des arbres individuels du groupe, et les états ancestraux ont été reconstruits en utilisant la parcimonie du changement carré. Nous avons également calculé la relation entre les nombres présacrés et cervicaux pour inférer l'influence relative des effets homéotiques et des changements méristiques, et n'avons trouvé aucune corrélation entre la somitogenèse et la régionalisation médiée par Hox. Bien que la conservation des nombres présacrés caractérise les lignées synapsidiennes précoces, dans certains cas, les reptiles et les synapsides exhibent les mêmes innovations développementales en réponse à des pressions sélectives similaires. Inversement, les augmentations de masse corporelle ne sont pas couplées à des changements méristiques ou homéotiques, mais se produisent principalement en concert avec la croissance somatique postembryonnaire. Notre étude met en évidence l'importance des fossiles dans les investigations à grande échelle des processus évolutifs développementaux.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0912622107",
    doi = "10.1073/pnas.0912622107",
    openalex = "W2163250180",
    references = "doi101073pnas0606028103, doi10108010635150600755396, doi105860choice451445"
}

Si des données moléculaires étaient disponibles pour les taxons éteints, les questions concernant les origines de nombreux groupes pourraient être résolues rapidement. Ce n'étant pas le cas, diverses stratégies ont été proposées pour combiner les ensembles de données paléontologiques et néontologiques. L'utilisation de dates fossiles comme calibrations d'âge des nœuds pour l'estimation des temps de divergence à partir de phylogénies moléculaires est courante. De plus, des simulations suggèrent que l'ajout de données morphologiques provenant de taxons éteints pourrait améliorer l'estimation phylogénétique lorsqu'elle est combinée avec des données moléculaires pour les espèces actuelles, et certaines études ont fusionné des données morphologiques et moléculaires pour estimer des phylogénies combinées contenant à la fois des taxons éteints et actuels. Cependant, peu, voire aucune, étude n'a tenté d'estimer les temps de divergence en utilisant des phylogénies contenant à la fois des taxons fossiles et vivants échantillonnés pour des données moléculaires et morphologiques. Ici, j'infère à la fois la phylogénie et le temps d'origine des Lissamphibia et de nombreux tétrapodes basaux en utilisant des méthodes bayésiennes basées sur un ensemble de données contenant des données morphologiques pour les taxons éteints, des données moléculaires pour les taxons actuels, et des données moléculaires et morphologiques pour un sous-ensemble de taxons actuels. Les résultats suggèrent que les Lissamphibia sont monophylétiques, inclus dans les Lepospondyli, et sont apparus au plus tard au Carbonifère supérieur. Cette recherche illustre les pièges potentiels de l'utilisation de fossiles comme contraintes d'âge a posteriori sur les nœuds internes et met en évidence l'importance d'une analyse phylogénétique explicite des taxons éteints. Ces résultats suggèrent que l'application de fossiles comme minima ou maxima sur les phylogénies moléculaires devrait être complétée ou remplacée par des analyses combinées d'épreuves whenever possible.

@article{doi101093sysbiosyr047,
    author = "Pyron, R. Alexander",
    title = "Divergence Time Estimation Using Fossils as Terminal Taxa and the Origins of Lissamphibia",
    year = "2011",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Were molecular data available for extinct taxa, questions regarding the origins of many groups could be settled in short order. As this is not the case, various strategies have been proposed to combine paleontological and neontological data sets. The use of fossil dates as node age calibrations for divergence time estimation from molecular phylogenies is commonplace. In addition, simulations suggest that the addition of morphological data from extinct taxa may improve phylogenetic estimation when combined with molecular data for extant species, and some studies have merged morphological and molecular data to estimate combined evidence phylogenies containing both extinct and extant taxa. However, few, if any, studies have attempted to estimate divergence times using phylogenies containing both fossil and living taxa sampled for both molecular and morphological data. Here, I infer both the phylogeny and the time of origin for Lissamphibia and a number of stem tetrapods using Bayesian methods based on a data set containing morphological data for extinct taxa, molecular data for extant taxa, and molecular and morphological data for a subset of extant taxa. The results suggest that Lissamphibia is monophyletic, nested within Lepospondyli, and originated in the late Carboniferous at the earliest. This research illustrates potential pitfalls for the use of fossils as post hoc age constraints on internal nodes and highlights the importance of explicit phylogenetic analysis of extinct taxa. These results suggest that the application of fossils as minima or maxima on molecular phylogenies should be supplemented or supplanted by combined evidence analyses whenever possible.",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/syr047",
    doi = "10.1093/sysbio/syr047",
    openalex = "W2167709329",
    references = "doi101017s1477201906002008, doi10103831927, doi101038nature06865, doi101080106351501753462876, doi10108010635150490445706, doi10108010635150701397635, doi10108010635150802022231, doi101093bioinformaticsbtg180, doi101093nargkh340, doi101093oso97801995350330010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva003974, doi101093oxfordjournalsmolbeva026092, doi101186147121487214, doi1012019780429258411, doi101371journalpbio0040088, doi105860choice293880, openalexw2989049194"
}

Notre capacité à corrélérer l'évolution biologique avec le changement climatique, l'évolution géologique et d'autres modèles historiques est essentielle pour comprendre les processus qui façonnent la biodiversité. Combiner des données du registre fossile avec la phylogénétique moléculaire représente une approche synthétique passionnante pour relever ce défi. La première analyse de datation de la divergence moléculaire (Zuckerkandl et Pauling 1962) était basée sur une mesure des différences d'acides aminés dans la molécule d'hémoglobine, avec des taux de remplacement établis (calibrés) à l'aide d'estimations d'âge paléontologiques provenant de manuels (par exemple, Dodson 1960). Depuis cette époque, la quantité de données de séquences moléculaires a considérablement augmenté, offrant de nouvelles opportunités d'appliquer les approches de divergence moléculaire aux problèmes fondamentaux de la biologie évolutive.

@article{doi101093sysbiosyr107,
    author = "Parham, James F. et Donoghue, Philip C. J. et Bell, Christopher J. et Calway, Tyler et Head, Jason J. et Holroyd, Patricia A. et Inoue, Jun et Irmis, Randall B. et Joyce, Walter G. et Ksepka, Daniel T. et Patané, José Salvatore Leister et Smith, Nathan D. et Tarver, James E. et van Tuinen, Marcel et Yang, Ziheng et Angielczyk, Kenneth D. et Greenwood, Jenny M. et Hipsley, Christy A. et Jacobs, Louis L. et Makovicky, Peter J. et Müller, Johannes et Smith, Krister T. et Theodor, Jessica M. et Warnock, Rachel C. M. et Benton, Michael J.",
    title = "Best Practices for Justifying Fossil Calibrations",
    year = "2011",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Notre capacité à corrélérer l'évolution biologique avec le changement climatique, l'évolution géologique et d'autres modèles historiques est essentielle pour comprendre les processus qui façonnent la biodiversité. Combiner des données du registre fossile avec la phylogénétique moléculaire représente une approche synthétique passionnante pour relever ce défi. La première analyse de datation de la divergence moléculaire (Zuckerkandl et Pauling 1962) était basée sur une mesure des différences d'acides aminés dans la molécule d'hémoglobine, avec des taux de remplacement établis (calibrés) à l'aide d'estimations d'âge paléontologiques provenant de manuels (par exemple, Dodson 1960). Depuis cette époque, la quantité de données de séquences moléculaires a considérablement augmenté, offrant de nouvelles opportunités d'appliquer les approches de divergence moléculaire aux problèmes fondamentaux de la biologie évolutive.",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/syr107",
    doi = "10.1093/sysbio/syr107",
    openalex = "W2113525598",
    references = "doi101016jepsl200909013, doi101016jgca201006017, doi101016jtig200403007, doi101017cbo9780511536045, doi101038nature08745, doi101093molbevmsj024, doi101093molbevmsl150, doi101093oxfordjournalsmolbeva025892, doi101093sysbio3817, doi101111j00310239200300301x, doi101111j14698137201103794x, doi101126science1101012, doi101126science13334591105, doi1012060003009020073021taoeoa20co2, doi101371journalpbio0040088, doi101371journalpone0009329, doi1023072992432, doi104095215638, openalexw1535663436, openalexw2989049194, openalexw592572837"
}

Les archosaures possèdent un registre de 250 millions d'années qui a débuté peu après l'événement d'extinction Permien-Triasique et qui se poursuit aujourd'hui par deux clades existants, les crocodiliens et les oiseaux. Les deux lignées existantes illustrent deux extrêmes de plans corporels au sein d'une histoire évolutive diverse et complexe, mais peu est connu sur l'ancêtre commun de ces lignées. Le regain d'intérêt pour les archosaures précoces a conduit à une quasi-doubling des taxons connus au cours des 20 dernières années. Cette étude présente une analyse phylogénétique approfondie de 80 taxons au niveau spécifique, allant du Permien supérieur à la partie initiale du Jurassique, en utilisant un jeu de données de 412 caractères. Chaque taxon terminal est explicitement décrit et tous les spécimens utilisés dans l'analyse sont clairement indiqués. De plus, chaque caractère est discuté en détail et presque tous les états de caractère sont illustrés soit par un dessin, soit mis en évidence sur une photographie de spécimen. Une combinaison de caractères novateurs et d'un échantillonnage de caractères complet a permis de combler les analyses précédemment publiées qui se concentraient sur des sous-clades archosauriformes particuliers. Un arbre de consensus bien résolu et robustement soutenu (MPTs = 360) a révélé un Archosauria monophylétique composé de deux branches majeures, les lignées crocodiliennes et aviaires. La monophylie de clades tels que les Ornithosuchidae, les Phytosauria, les Aetosauria, les Crocodylomorpha et les Dinosauria est soutenue par cette analyse. Cependant, les phytosaures sont récupérés pour la première fois comme le taxon frère le plus proche de l'Archosauria, plutôt que comme des archosaures de la lignée crocodilienne basaux. Parmi les taxons classiquement appelés « rauisuchiens », un clade poposauroïde monophylétique a été trouvé comme taxon frère d'un groupe de « rauisuchiens » paraphylétiques et de crocodylomorphes monophylétiques. Par conséquent, les crocodylomorphes sont bien inclus dans un clade de « rauisuchiens » et ne sont pas plus étroitement apparentés aux aetosauriens qu'à des taxons tels que Postosuchus. Les crocodylomorphes basaux tels que Hesperosuchus et des formes similaires (« Sphenosuchia ») ont été trouvés comme un grade paraphylétique menant au clade Crocodyliformes. Parmi les archosaures de la lignée aviaire, les Dinosauria sont bien soutenus. Un clade monophylétique contenant Silesaurus et des formes similaires est bien soutenu comme taxon frère des Dinosauria. Les ptérosaures sont robustement soutenus à la base de la lignée aviaire. Une phylogénie calibrée dans le temps des Archosauriformes indique que l'origine et la diversification initiale de l'Archosauria se sont produites au Trias inférieur suivant l'extinction Permien-Triasique. De plus, tous les clades archosauriens basaux majeurs sauf les Crocodylomorpha ont été établis à la fin de l'Anisien. L'évolution des archosaures précoces est caractérisée par des taux élevés d'homoplasie, de longues lignées fantômes et des taux élevés d'évolution des caractères. Le taux d'évolution des caractères parmi les archosaures au Trias inférieur est inégalé par rapport aux taux archosauriens pour le reste du Trias. Ces données impliquent que beaucoup de l'histoire précoce de l'Archosauria n'a pas été récupérée à partir du registre fossile. Non seulement les archosaures étaient diversifiés au Trias moyen, mais ils avaient presque une distribution biogéographique cosmopolite à la fin de l'Anisien.

@article{doi1012063521,
    author = "Nesbitt, Sterling J.",
    title = "L'évolution précoce des archosaures : relations et l'origine des grands clades",
    year = "2011",
    journal = "Bulletin of the American Museum of Natural History",
    abstract = {Les archosaures ont un registre de 250 millions d'années qui a commencé peu après l'événement d'extinction Permien-Trias et qui est continué aujourd'hui par deux clades existants, les crocodiliens et les oiseaux. Les deux lignées existantes illustrent deux extrêmes de plans corporels au sein d'une histoire évolutive diverse et complexe, mais peu est connu sur l'ancêtre commun de ces lignées. Le regain d'intérêt pour les archosaures précoces a conduit à une quasi-doubling des taxons connus au cours des 20 dernières années. Cette étude présente une analyse phylogénétique approfondie de 80 taxons au niveau des espèces, allant du Permien supérieur à la partie initiale du Jurassique, en utilisant un jeu de données de 412 caractères. Chaque taxon terminal est explicitement décrit et tous les spécimens utilisés dans l'analyse sont clairement indiqués. De plus, chaque caractère est discuté en détail et presque tous les états de caractères sont illustrés soit dans un dessin, soit mis en évidence sur une photographie de spécimen. Une combinaison de caractères novateurs et d'un échantillonnage de caractères exhaustif a permis de combler les analyses précédemment publiées qui se concentraient sur des sous-clades archosauriformes particuliers. Un arbre de consensus bien résolu et robustement soutenu (MPTs = 360) a trouvé un Archosauria monophylétique composé de deux branches majeures, les lignées crocodiliennes et aviaires. La monophylie de clades tels que Ornithosuchidae, Phytosauria, Aetosauria, Crocodylomorpha, et Dinosauria est soutenue dans cette analyse. Cependant, les phytosaures sont récupérés comme le taxon frère le plus proche de l'Archosauria, plutôt que des archosaures de la lignée crocodilienne basaux, pour la première fois. Parmi les taxons classiquement appelés "rauisuchiens", un clade poposauroïde monophylétique a été trouvé comme taxon frère d'un groupe de "rauisuchiens" paraphylétiques et de crocodylomorphes monophylétiques. Ainsi, les crocodylomorphes sont bien inclus dans un clade de "rauisuchiens", et ne sont pas plus étroitement liés aux aetosauriens qu'à des taxons tels que Postosuchus. Les crocodylomorphes basaux tels que Hesperosuchus et des formes similaires ("Sphenosuchia") ont été trouvés comme un grade paraphylétique menant au clade Crocodyliformes. Parmi les archosaures de la lignée aviaire, Dinosauria est bien soutenu. Un clade monophylétique contenant Silesaurus et des formes similaires est bien soutenu comme taxon frère de Dinosauria. Les ptérosaures sont robustement soutenus à la base de la lignée aviaire. Une phylogénie calibrée dans le temps des Archosauriformes indique que l'origine et la diversification initiale de l'Archosauria ont eu lieu au Trias inférieur suivant l'extinction Permien-Trias. De plus, tous les grands clades archosauriens basaux sauf Crocodylomorpha ont été établis à la fin de l'Anisien. L'évolution archosaurienne précoce est caractérisée par des taux élevés d'homoplasie, de longues lignées fantômes, et des taux élevés d'évolution des caractères. Le taux d'évolution des caractères parmi les archosaures au Trias inférieur est inégalé par rapport aux taux archosauriens pour le reste du Trias. Ces données impliquent que beaucoup de l'histoire précoce de l'Archosauria n'a pas été récupérée à partir du registre fossile. Non seulement les archosaures étaient diversifiés au Trias moyen, mais ils avaient presque une distribution biogéographique cosmopolite à la fin de l'Anisien.},
    url = "https://doi.org/10.1206/352.1",
    doi = "10.1206/352.1",
    openalex = "W2009094188",
    references = "benton1983dinosaur, boulenger1904vion, doi101002jmor10018, doi101007bf02101113, doi101007bf02986571, doi1010160034666791900282, doi101016jcretres200405002, doi101016jgeobios200304008, doi101016jjsames200504002, doi101016s001669959880123x, doi101016s0031018298001175, doi101017s0006323197005100, doi101017s0016756807003925, doi101017s0022336000026706, doi101017s1477201906001970, doi101017s1477201907002040, doi101017s1477201907002271, doi101038114085a0, doi101038248168a0, doi10108002724634199110011386, doi10108002724634199110011426, doi10108002724634199210011473, doi10108002724634199310011511, doi10108002724634199410011523, doi10108002724634199410011524, doi10108002724634199410011538, doi10108002724634199610011283, doi10108002724634199910011124, doi10108002724634199910011178, doi10108002724634199910011201, doi10108002724634200310010947, doi10108008912960600719988, doi101093oxfordjournalsafrafa100309, doi101098rspb20043047, doi101098rspb20071370, doi101098rspl18870117, doi101098rstb19610007, doi101098rstb19650003, doi101098rstb19830079, doi101098rstb19850092, doi101098rstb19990489, doi101111j00310239200300301x, doi101111j109600311988tb00514x, doi101111j10960031200800217x, doi101111j109636421985tb01796x, doi101111j109636422001tb01313x, doi101111j109636422001tb01314x, doi101111j10963642200700325x, doi101126science10246376, doi101126science1101012, doi101126science1143325, doi101126science1144066, doi101126science1161833, doi101126science1874180947, doi101126science2562999, doi101126science2665183267, doi101126science2725264986, doi101126science28454232137, doi101127njgpa210199841, doi101144gslsp20032170111, doi101146annurevearth251435, doi1012060003009020042860001mptaso20co2, doi1012060003009020073021taoeoa20co2, doi101371journalpone0002995, doi1016710272463420020220510toomka20co2, doi1016710272463420020220593cvancf20co2, doi10167102724634200727350asoitp20co2, doi1016710390290218, doi101671a1097, doi102475ajss319111253, doi102475ajss321125417, doi105962bhlpart22965, doi107146moggeosciv32i140904, galton1977onstaurikosaums, nesbitt2009a, openalexw1574544995, openalexw2183707334, openalexw2310875238, openalexw2894525608, openalexw834136096, padian1990the, riggs2003isotopic, rowe1989a, sereno1997the, smith1990osteology, walker1964triassic, welles1954new"
}

Nous avons assemblé un jeu de données de 192 espèces soigneusement sélectionnées — 51 éteintes et 141 actuelles — et 976 apomorphies réparties parmi 610 caractères phénotypiques pour étudier la phylogénie des Squamata (« lézards », incluant les serpents et les amphisbèniens). Ces données nous ont permis d'inférer un arbre très similaire à ceux dérivés des analyses morphologiques précédentes, mais avec un meilleur soutien pour certains clades clés. Il existe également plusieurs éléments nouveaux, certains desquels posent des départs frappants par rapport aux idées traditionnelles sur l'évolution des lézards (par exemple, que les mosasaures et les polyglyphanodontiens sont sur le stem scléroglossan, plutôt que des parties de la couronne, et apparentés respectivement aux varanoides et aux teiidiens). Les lézards fouisseurs à corps long et membres réduits, « ressemblant à des serpents » — notamment les dibamidiens, les amphisbèniens et les serpents — ont été et continuent d'être la principale source de conflit de caractères en phylogénétique morphologique des squamates. Les lézards carnivores (en particulier les serpents, les mosasaures et les varanoides) se sont révélés une deuxième place très proche. Les données génétiques, supposément moins chargées par le potentiel de convergence adaptative lié à la fouille, étaient attendues pour résoudre ces conflits. Bien que les phylogénies génétiques récentes semblent le faire, elles diffèrent également radicalement de toute phylogénie basée sur le phénotype, en particulier pour les divergences de couronne squamate les plus anciennes qui se sont produites durant la seconde moitié du Mésozoïque. Notre étude s'est appuyée sur des spécimens traditionnellement préparés ainsi que sur des scans à tomographie assistée par ordinateur haute résolution qui ont offert un accès sans précédent à l'anatomie crânienne des Squamata. Cela, ainsi que l'inclusion de fossiles stem, a fourni un échantillon sans précédent du phénotype nous permettant d'explorer plus pleinement les incongruences extrêmes entre les topologies moléculaires et morphologiques pour l'arbre de vie des squamates. Malgré cette base de données nouvelle et étendue, nous n'avons pas pu trouver de soutien morphologique pour la réorganisation majeure des divergences profondes dans les Squamata proposée par les études moléculaires récentes. Au contraire, nos données soutiennent fortement la même topologie fondamentale suggérée par la plupart des études morphologiques précédentes — une séparation basale Iguania-Scléroglossa, une relation de groupe sœur entre Gekkota et Autarchoglossa, et la divergence entre Anguimorpha et Scincomorpha — et documentent le degré extrême de homoplasie morphologique requis par ces topologies moléculaires.

@article{doi1033740140530101,
    author = "Gauthier, Jacques A. et Kearney, Maureen et Maisano, Jessica A. et Rieppel, Olivier et Behlke, Adam D.",
    title = "Assembling the Squamate Tree of Life : Perspectives from the Phenotype and the Fossil Record",
    year = "2012",
    journal = "Bulletin of the Peabody Museum of Natural History",
    abstract = "Nous avons assemblé un jeu de données de 192 espèces soigneusement sélectionnées — 51 éteintes et 141 actuelles — et 976 apomorphies réparties parmi 610 caractères phénotypiques pour étudier la phylogénie des Squamata (« lézards », incluant les serpents et les amphisbèniens). Ces données nous ont permis d'inférer un arbre très similaire à ceux dérivés des analyses morphologiques précédentes, mais avec un meilleur soutien pour certains clades clés. Il existe également plusieurs éléments nouveaux, certains desquels posent des départs frappants par rapport aux idées traditionnelles sur l'évolution des lézards (par exemple, que les mosasaures et les polyglyphanodontiens sont sur le stem scléroglossan, plutôt que des parties de la couronne, et apparentés respectivement aux varanoides et aux teiidiens). Les lézards fouisseurs à corps long et membres réduits, « ressemblant à des serpents » — notamment les dibamidiens, les amphisbèniens et les serpents — ont été et continuent d'être la principale source de conflit de caractères en phylogénétique morphologique des squamates. Les lézards carnivores (en particulier les serpents, les mosasaures et les varanoides) se sont révélés une deuxième place très proche. Les données génétiques, supposément moins chargées par le potentiel de convergence adaptative lié à la fouille, étaient attendues pour résoudre ces conflits. Bien que les phylogénies génétiques récentes semblent le faire, elles diffèrent également radicalement de toute phylogénie basée sur le phénotype, en particulier pour les divergences de couronne squamate les plus anciennes qui se sont produites durant la seconde moitié du Mésozoïque. Notre étude s'est appuyée sur des spécimens traditionnellement préparés ainsi que sur des scans à tomographie assistée par ordinateur haute résolution qui ont offert un accès sans précédent à l'anatomie crânienne des Squamata. Cela, ainsi que l'inclusion de fossiles stem, a fourni un échantillon sans précédent du phénotype nous permettant d'explorer plus pleinement les incongruences extrêmes entre les topologies moléculaires et morphologiques pour l'arbre de vie des squamates. Malgré cette base de données nouvelle et étendue, nous n'avons pas pu trouver de soutien morphologique pour la réorganisation majeure des divergences profondes dans les Squamata proposée par les études moléculaires récentes. Au contraire, nos données soutiennent fortement la même topologie fondamentale suggérée par la plupart des études morphologiques précédentes — une séparation basale Iguania-Scléroglossa, une relation de groupe sœur entre Gekkota et Autarchoglossa, et la divergence entre Anguimorpha et Scincomorpha — et documentent le degré extrême de homoplasie morphologique requis par ces topologies moléculaires.",
    url = "https://doi.org/10.3374/014.053.0101",
    doi = "10.3374/014.053.0101",
    openalex = "W2126709923",
    references = "doi101093nqs5vi146318i, doi101111j109636421978tb00376x, doi101126science2562999, doi105281zenodo16435343, openalexw78510971"
}

Les poissons cichlidés constituent un système modèle clé dans l'étude de la radiation adaptative, de la spéciation et de la biologie évolutive du développement. Plus de 1600 espèces de cichlidés habitent des environnements d'eau douce et marginaux marins à travers plusieurs masses continentales du sud. Ce motif de répartition, combiné aux parallèles entre la phylogénie des cichlidés et les séquences de rupture continentale du Mésozoïque, a conduit à l'hypothèse largement acceptée selon laquelle les cichlidés sont un groupe ancien dont les principaux motifs biogéographiques sont issus de la vicariance gondwanienne. Bien que la divergence des cichlidés vivants au Crétacé inférieur (ca 135 Ma) exigée par le modèle de vicariance représente désormais une calibration clé pour les horloges moléculaires des téléostéens, cette séparation supposée précède de près de 90 Myr les plus anciens fossiles de cichlidés. Ici, nous fournissons des estimations paléontologiques indépendantes et à horloge moléculaire relâchée pour le temps d'origine des cichlidés qui rejettent collectivement l'antiquité du groupe requise par le scénario de vicariance gondwanienne. La répartition des horizons fossiles de cichlidés, l'âge des lignages outgroup cohérents stratigraphiquement par rapport aux cichlidés et l'analyse à horloge relâchée d'un jeu de données de séquences d'ADN composé de 10 gènes nucléaires fournissent tous des estimations superposées pour l'origine des cichlidés couronnés centrées sur le Paléocène (ca 65-57 Ma), post-dant substantiellement la fragmentation tectonique de la Gondwana. Nos résultats fournissent une échelle de temps macroévolutif révisée pour les cichlidés, impliquent un rôle de la dispersion dans la génération de la répartition géographique observée de ce clade modèle important et s'ajoutent à un débat croissant qui remet en question la dominance du paradigme de la vicariance en biogéographie historique.

@article{doi101098rspb20131733,
    author = "Friedman, Matt et Keck, Benjamin P. et Dornburg, Alex et Eytan, Ron I. et Martin, Christopher H. et Hulsey, C. Darrin et Wainwright, Peter C. et Near, Thomas J.",
    title = "Preuves moléculaires et fossiles placent l'origine des poissons cichlidés bien après la rupture de la Gondwana",
    year = "2013",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Les poissons cichlidés constituent un système modèle clé dans l'étude de la radiation adaptative, de la spéciation et de la biologie évolutive du développement. Plus de 1600 espèces de cichlidés habitent des environnements d'eau douce et marginaux marins à travers plusieurs masses continentales du sud. Ce motif de répartition, combiné aux parallèles entre la phylogénie des cichlidés et les séquences de rupture continentale du Mésozoïque, a conduit à l'hypothèse largement acceptée selon laquelle les cichlidés sont un groupe ancien dont les principaux motifs biogéographiques sont issus de la vicariance gondwanienne. Bien que la divergence des cichlidés vivants au Crétacé inférieur (ca 135 Ma) exigée par le modèle de vicariance représente désormais une calibration clé pour les horloges moléculaires des téléostéens, cette séparation supposée précède de près de 90 Myr les plus anciens fossiles de cichlidés. Ici, nous fournissons des estimations paléontologiques indépendantes et à horloge moléculaire relâchée pour le temps d'origine des cichlidés qui rejettent collectivement l'antiquité du groupe requise par le scénario de vicariance gondwanienne. La répartition des horizons fossiles de cichlidés, l'âge des lignages outgroup cohérents stratigraphiquement par rapport aux cichlidés et l'analyse à horloge relâchée d'un jeu de données de séquences d'ADN composé de 10 gènes nucléaires fournissent tous des estimations superposées pour l'origine des cichlidés couronnés centrées sur le Paléocène (ca 65-57 Ma), post-dant substantiellement la fragmentation tectonique de la Gondwana. Nos résultats fournissent une échelle de temps macroévolutif révisée pour les cichlidés, impliquent un rôle de la dispersion dans la génération de la répartition géographique observée de ce clade modèle important et s'ajoutent à un débat croissant qui remet en question la dominance du paradigme de la vicariance en biogéographie historique.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2013.1733",
    doi = "10.1098/rspb.2013.1733",
    openalex = "W2012815525",
    references = "doi101007978146848851721"
}

PRÉMISSE DE L'ÉTUDE : Les plantes terrestres jouent un rôle essentiel dans l'évolution de la vie terrestre. Le moment de leur origine et de leur diversification est fondamental pour comprendre l'évolution de la vie sur terre. Nous avons étudié le timing et le taux d'évolution moléculaire des plantes terrestres, en évaluant les effets de différents types de données moléculaires, y compris les informations temporelles provenant de fossiles, et en utilisant différentes méthodes d'horloges moléculaires. • MÉTHODES : Les âges et les taux absolus ont été estimés indépendamment à partir de deux ensembles de données différents par substitution : un ensemble de données de 4 gènes hautement conservés et matK, un gène à évolution rapide. L'épine dorsale des plantes vasculaires et les nœuds de couronne de tous les lignages majeurs ont été calibrés avec des âges dérivés de fossiles. Les dates et les taux absolus ont été estimés en incluant ou en excluant les calibrations et en utilisant deux horloges à temps libre qui diffèrent dans leur mise en œuvre de l'autocorrélation temporelle. • RÉSULTATS CLÉS : Les plantes terrestres se sont séparées de l'algue streptophyte il y a 912 (870-962) millions d'années (Ma) mais se sont diversifiées en lignages vivants il y a 475 (471-480) Ma. Les âges estimés pour tous les lignages majeurs de plantes terrestres concordent avec leur registre fossile, sauf pour les angiospermes. Différents gènes ont estimé des âges très similaires et des taux absolus corrélés à travers l'arbre. L'exclusion des calibrations a entraîné les plus grandes différences d'âge. Différentes horloges à temps libre ont fourni des âges similaires, mais des taux absolus différents et non corrélés. • CONCLUSIONS : Des accélérations ou des décélérations du taux de génome entier pourraient sous-tendre les âges similaires et les taux absolus corrélés estimés avec différents gènes. Nous suggérons que les changements prononcés du taux de substitution autour du nœud de couronne des angiospermes pourraient représenter un défi pour les horloges à temps libre afin de les modéliser adéquatement.

@article{doi103732ajb1200416,
    author = "Magallón, Susana et Hilu, Khidir W. et Quandt, Dietmar",
    title = "Chronologie évolutive des plantes terrestres : les effets des gènes sont secondaires par rapport aux contraintes fossiles dans l'estimation de l'âge et des taux de substitution",
    year = "2013",
    journal = "American Journal of Botany",
    abstract = "PRÉMISSE DE L'ÉTUDE : Les plantes terrestres jouent un rôle essentiel dans l'évolution de la vie terrestre. Le moment de leur origine et de leur diversification est fondamental pour comprendre l'évolution de la vie sur terre. Nous avons étudié le timing et le taux d'évolution moléculaire des plantes terrestres, en évaluant les effets de différents types de données moléculaires, y compris les informations temporelles provenant de fossiles, et en utilisant différentes méthodes d'horloges moléculaires. • MÉTHODES : Les âges et les taux absolus ont été estimés indépendamment à partir de deux ensembles de données différents par substitution : un ensemble de données de 4 gènes hautement conservés et matK, un gène à évolution rapide. L'épine dorsale des plantes vasculaires et les nœuds de couronne de tous les lignages majeurs ont été calibrés avec des âges dérivés de fossiles. Les dates et les taux absolus ont été estimés en incluant ou en excluant les calibrations et en utilisant deux horloges à temps libre qui diffèrent dans leur mise en œuvre de l'autocorrélation temporelle. • RÉSULTATS CLÉS : Les plantes terrestres se sont séparées de l'algue streptophyte il y a 912 (870-962) millions d'années (Ma) mais se sont diversifiées en lignages vivants il y a 475 (471-480) Ma. Les âges estimés pour tous les lignages majeurs de plantes terrestres concordent avec leur registre fossile, sauf pour les angiospermes. Différents gènes ont estimé des âges très similaires et des taux absolus corrélés à travers l'arbre. L'exclusion des calibrations a entraîné les plus grandes différences d'âge. Différentes horloges à temps libre ont fourni des âges similaires, mais des taux absolus différents et non corrélés. • CONCLUSIONS : Des accélérations ou des décélérations du taux de génome entier pourraient sous-tendre les âges similaires et les taux absolus corrélés estimés avec différents gènes. Nous suggérons que les changements prononcés du taux de substitution autour du nœud de couronne des angiospermes pourraient représenter un défi pour les horloges à temps libre afin de les modéliser adéquatement.",
    url = "https://doi.org/10.3732/ajb.1200416",
    doi = "10.3732/ajb.1200416",
    openalex = "W2145697624",
    references = "doi10108000241160410006483, doi101146annurevearth042711105313, openalexw1921158499"
}

L'examen du passé géologique de notre planète nous permet d'étudier les périodes de crises climatiques et biologiques sévères et de récupération, les fluctuations des écosystèmes biotiques et abiotiques, ainsi que les turnovers fauniques et florales au fil du temps. De plus, les dynamiques de récupération des grands prédateurs offrent une clé pour évaluer le schéma et le rythme de la récupération des écosystèmes, car les prédateurs sont interprétés comme réagissant le plus sensiblement aux turbulences environnementales. L'extinction de masse du Permien supérieur fut la crise la plus sévère vécue par la vie sur Terre, et le paradigme commun persiste selon lequel la récupération biotique de l'événement d'extinction fut exceptionnellement lente et se produisit d'une manière en étapes, durant jusqu'à huit à neuf millions d'années bien dans le Trias moyen précoce (Anisien) dans les océans, et même plus longtemps dans le domaine terrestre. Ici, nous recensons la distribution mondiale et les spectres de taille des vertébrés marins prédateurs du Trias précoce et de l'Anisien (poissons, amphibiens et reptiles) pour élucider la hauteur des pyramides trophiques dans le sillage de l'événement du Permien supérieur. Le recensement de la taille corporelle a été effectué en compilant les longueurs standards maximales pour les poissons osseux et certains poissons cartilagineux, et la taille totale (estimations) pour les tétrapodes. La distribution et les spectres de taille de ces derniers sont difficiles à évaluer en raison d'artefacts de conservation et sont donc principalement discutés de manière qualitative. Les données démontrent néanmoins qu'aucune augmentation significative de la taille des prédateurs n'est observable du Trias précoce à l'Anisien, comme on s'y attendrait du modèle de récupération trophique prolongée et en étapes. Les données indiquent également que des écosystèmes marins caractérisés par plusieurs niveaux trophiques existaient dès le début du Trias précoce. Cependant, un changement majeur dans la composition taxonomique des guildes prédatrices s'est produit moins de deux millions d'années après l'événement d'extinction du Permien supérieur, dans lequel une transition des niveaux trophiques supérieurs dominés par les poissons/amphibiens vers ceux dominés par les poissons/reptiles au sein des écosystèmes est devenue apparente.

@article{doi101371journalpone0088987,
    author = "Scheyer, Torsten M. et Romano, Carlo et Jenks, Jim et Bucher, Hugo",
    title = "Early Triassic Marine Biotic Recovery: The Predators' Perspective",
    year = "2014",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "L'examen du passé géologique de notre planète nous permet d'étudier les périodes de crises climatiques et biologiques sévères et de récupération, les fluctuations des écosystèmes biotiques et abiotiques, ainsi que les turnovers fauniques et florales au fil du temps. De plus, les dynamiques de récupération des grands prédateurs offrent une clé pour évaluer le schéma et le rythme de la récupération des écosystèmes, car les prédateurs sont interprétés comme réagissant le plus sensiblement aux turbulences environnementales. L'extinction de masse du Permien supérieur fut la crise la plus sévère vécue par la vie sur Terre, et le paradigme commun persiste selon lequel la récupération biotique de l'événement d'extinction fut exceptionnellement lente et se produisit d'une manière en étapes, durant jusqu'à huit à neuf millions d'années bien dans le Trias moyen précoce (Anisien) dans les océans, et même plus longtemps dans le domaine terrestre. Ici, nous recensons la distribution mondiale et les spectres de taille des vertébrés marins prédateurs du Trias précoce et de l'Anisien (poissons, amphibiens et reptiles) pour élucider la hauteur des pyramides trophiques dans le sillage de l'événement du Permien supérieur. Le recensement de la taille corporelle a été effectué en compilant les longueurs standards maximales pour les poissons osseux et certains poissons cartilagineux, et la taille totale (estimations) pour les tétrapodes. La distribution et les spectres de taille de ces derniers sont difficiles à évaluer en raison d'artefacts de conservation et sont donc principalement discutés de manière qualitative. Les données démontrent néanmoins qu'aucune augmentation significative de la taille des prédateurs n'est observable du Trias précoce à l'Anisien, comme on s'y attendrait du modèle de récupération trophique prolongée et en étapes. Les données indiquent également que des écosystèmes marins caractérisés par plusieurs niveaux trophiques existaient dès le début du Trias précoce. Cependant, un changement majeur dans la composition taxonomique des guildes prédatrices s'est produit moins de deux millions d'années après l'événement d'extinction du Permien supérieur, dans lequel une transition des niveaux trophiques supérieurs dominés par les poissons/amphibiens vers ceux dominés par les poissons/reptiles au sein des écosystèmes est devenue apparente.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0088987",
    doi = "10.1371/journal.pone.0088987",
    openalex = "W1976104635",
    references = "doi101007s0044201018120, doi101016jearscirev201305014, doi101016jtree201303008, doi101038ngeo1475, doi101038nmeth2019, doi10108000241160410006483, doi10108002724634198710011647, doi10108010292389409380462, doi101098rspb20091845, doi101111j14754983201201165x, doi101126science1097023, doi101126science1213454, doi101144sp35813, doi101146annurevearth042711105329, openalexw2183707334, openalexw2898156694"
}

Résumé Les poissons à nageoires rayonnées (Actinopterygii) constituent environ la moitié de toutes les espèces de vertébrés vivantes. Une hypothèse stable des relations entre les lignées modernes majeures s'est imposée au cours de la dernière décennie, soutenue à la fois par l'anatomie et les molécules. La diversité est inégalement répartie dans l'arbre des actinoptérygiens, la plupart des espèces étant concentrées dans quelques clades de téléostéens géologiquement jeunes (c'est-à-dire crétacés). Les groupes non-téléostéens actuels sont présentés comme des « fossiles vivants », mais ce surnom ne doit pas être interprété comme une preuve d'une structure particulièrement primitive : chaque lignée est caractérisée par des spécialisations profondes. L'attribution des fossiles aux couronnes et aux tiges apicales des Cladistia, Chondrostei et Neopterygii ne fait pas de doute, mais les placements des taxons paléozoïques le long des branches plus profondes de la phylogénie des actinoptérygiens sont moins sûrs. Malgré ces limites, certains grands traits de la diversification des actinoptérygiens semblent raisonnablement clairs à partir du registre fossile : faible richesse et faible disparité au Dévonien ; variété morphologique accrue, liée à une augmentation de la dominance taxonomique, au début du Carbonifère ; et gains supplémentaires en dominance taxonomique au Trias inférieur associés à l'apparition la plus ancienne de néoptérygiens couronnés à diversité trophique.

@article{doi101111pala12150,
    author = "Friedman, Matt",
    title = "The early evolution of ray‐finned fishes",
    year = "2015",
    journal = "Palaeontology",
    abstract = "Résumé Les poissons à nageoires rayonnées (Actinopterygii) constituent environ la moitié de toutes les espèces de vertébrés vivantes. Une hypothèse stable des relations entre les lignées modernes majeures s'est imposée au cours de la dernière décennie, soutenue à la fois par l'anatomie et les molécules. La diversité est inégalement répartie dans l'arbre des actinoptérygiens, la plupart des espèces étant concentrées dans quelques clades de téléostéens géologiquement jeunes (c'est-à-dire crétacés). Les groupes non-téléostéens actuels sont présentés comme des « fossiles vivants », mais ce surnom ne doit pas être interprété comme une preuve d'une structure particulièrement primitive : chaque lignée est caractérisée par des spécialisations profondes. L'attribution des fossiles aux couronnes et aux tiges apicales des Cladistia, Chondrostei et Neopterygii ne fait pas de doute, mais les placements des taxons paléozoïques le long des branches plus profondes de la phylogénie des actinoptérygiens sont moins sûrs. Malgré ces limites, certains grands traits de la diversification des actinoptérygiens semblent raisonnablement clairs à partir du registre fossile : faible richesse et faible disparité au Dévonien ; variété morphologique accrue, liée à une augmentation de la dominance taxonomique, au début du Carbonifère ; et gains supplémentaires en dominance taxonomique au Trias inférieur associés à l'apparition la plus ancienne de néoptérygiens couronnés à diversité trophique.",
    url = "https://doi.org/10.1111/pala.12150",
    doi = "10.1111/pala.12150",
    openalex = "W2079287427",
    references = "doi101007978146848851721, doi101016jearscirev201305014, doi101038nature14065, doi101111brv12161, doi105962p313860"
}

Malgré leurs adaptations profondes au milieu aquatique et leur succès apparent tout au long du Trias et du Jurassique, les ichthyosaures sont devenus éteints environ 30 millions d'années avant l'extinction de masse du Crétacé supérieur. Les hypothèses actuelles concernant ce décès précoce impliquent des événements biotiques relativement mineurs, mais sont en contradiction avec la compréhension récente du registre fossile des ichthyosaures. Ici, nous montrons que les ichthyosaures ont maintenu une richesse et une disparité élevées mais décroissantes tout au long du Crétacé inférieur. Les derniers ichthyosaures se caractérisent par des taux de spéciation et d'évolution phénotypique réduits et leurs taux d'extinction élevés sont corrélés à une volatilité environnementale accrue. De plus, nous constatons que les ichthyosaures ont souffert d'une extinction profonde au début du Cenomanien qui a réduit leur diversité écologique, contribuant probablement à leur extinction finale à la fin du Cenomanien. Nos résultats soutiennent un corpus croissant de preuves révélant que le changement environnemental global a entraîné un événement majeur de turnover temporellement échelonné qui a profondément réorganisé les écosystèmes marins pendant le Cenomanien.

@article{doi101038ncomms10825,
    author = "Fischer, Valentin et Bardet, Nathalie et Benson, Roger et Arkhangelsky, M. S. et Friedman, Matt",
    title = "Extinction of fish-shaped marine reptiles associated with reduced evolutionary rates and global environmental volatility",
    year = "2016",
    journal = "Nature Communications",
    abstract = "Malgré leurs adaptations profondes au milieu aquatique et leur succès apparent tout au long du Trias et du Jurassique, les ichthyosaures sont devenus éteints environ 30 millions d'années avant l'extinction de masse du Crétacé supérieur. Les hypothèses actuelles concernant ce décès précoce impliquent des événements biotiques relativement mineurs, mais sont en contradiction avec la compréhension récente du registre fossile des ichthyosaures. Ici, nous montrons que les ichthyosaures ont maintenu une richesse et une disparité élevées mais décroissantes tout au long du Crétacé inférieur. Les derniers ichthyosaures se caractérisent par des taux de spéciation et d'évolution phénotypique réduits et leurs taux d'extinction élevés sont corrélés à une volatilité environnementale accrue. De plus, nous constatons que les ichthyosaures ont souffert d'une extinction profonde au début du Cenomanien qui a réduit leur diversité écologique, contribuant probablement à leur extinction finale à la fin du Cenomanien. Nos résultats soutiennent un corpus croissant de preuves révélant que le changement environnemental global a entraîné un événement majeur de turnover temporellement échelonné qui a profondément réorganisé les écosystèmes marins pendant le Cenomanien.",
    url = "https://doi.org/10.1038/ncomms10825",
    doi = "10.1038/ncomms10825",
    openalex = "W2295669701",
    references = "doi101016jcub201410064, doi101016jgloplacha201312007, doi101017cbo9780511802461005, doi101017s0016756812000994, doi1010292001pa000623, doi10108002724634199910011160, doi101080027246342011595464, doi101093bioinformaticsbtg180, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101098rspb20091845, doi101111brv12038, doi101111brv12203, doi101111j2041210x201200223x, doi101111pala12142, doi101126scienceaaa3716, doi101371journalpone0029234, doi101371journalpone0031838, doi101371journalpone0103152, doi1023071268794, doi1023073802723, druckenmiller2010a, openalexw2896296657"
}

Depuis Darwin, les biologistes ont été frappés par la diversité extraordinaire des poissons téléostéens, particulièrement en contraste avec leurs parents holostéens les plus proches, les « fossiles vivants ». Les moteurs hypothétiques du succès des téléostéens incluent des innovations dans la mécanique de la mâchoire, la biologie de la reproduction et, particulièrement à l'heure actuelle, l'architecture génomique, mais tous les scénarios présupposent une diversification phénotypique accrue chez les téléostéens. Nous testons cette hypothèse clé en quantifiant le taux évolutif et la capacité d'innovation en taille et en forme pour les premiers 160 millions d'années (Permien-Crétacé inférieur) d'évolution chez les poissons néoptérygiens (le clade plus étendu contenant les téléostéens et les holostéens). Nous constatons que les téléostéens précoces ne montrent pas d'évolution phénotypique accrue par rapport aux holostéens. Au contraire, les taux et l'innovation holostéens correspondent souvent ou peuvent même dépasser ceux des téléostéens de groupe tige, de groupe couronne et de groupe total, contredisant la réputation de fossile vivant de leurs représentants actuels. De plus, nous trouvons certaines preuves d'hétérogénéité au sein de la lignée des téléostéens. Bien que les téléostéens de groupe tige excellent à découvrir de nouvelles formes corporelles, les taxons précoces du groupe couronne affichent couramment des taux plus élevés d'évolution de la forme. Cependant, ce dernier reflète des taux faibles d'évolution de la forme chez les téléostéens de groupe tige par rapport à tous les autres taxons néoptérygiens, plutôt qu'une caractéristique exceptionnelle des téléostéens précoces du groupe couronne. Ces résultats complètent ceux qui émergent des études à la fois des téléostéens actuels dans leur ensemble et de leurs sous-lignées, qui échouent généralement à détecter une association entre la duplication du génome et des changements significatifs dans les taux de diversification de la lignée.

@article{doi101073pnas1607237113,
    author = "Clarke, John T. and Lloyd, Graeme T. and Friedman, Matt",
    title = "Little evidence for enhanced phenotypic evolution in early teleosts relative to their living fossil sister group",
    year = "2016",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = {Depuis Darwin, les biologistes ont été frappés par la diversité extraordinaire des poissons téléostéens, particulièrement en contraste avec leurs parents holostéens les plus proches, les « fossiles vivants ». Les moteurs hypothétiques du succès des téléostéens incluent des innovations dans la mécanique de la mâchoire, la biologie de la reproduction et, particulièrement à l'heure actuelle, l'architecture génomique, mais tous les scénarios présupposent une diversification phénotypique accrue chez les téléostéens. Nous testons cette hypothèse clé en quantifiant le taux évolutif et la capacité d'innovation en taille et en forme pour les premiers 160 millions d'années (Permien-Crétacé inférieur) d'évolution chez les poissons néoptérygiens (le clade plus étendu contenant les téléostéens et les holostéens). Nous constatons que les téléostéens précoces ne montrent pas d'évolution phénotypique accrue par rapport aux holostéens. Au contraire, les taux et l'innovation holostéens correspondent souvent ou peuvent même dépasser ceux des téléostéens de groupe tige, de groupe couronne et de groupe total, contredisant la réputation de fossile vivant de leurs représentants actuels. De plus, nous trouvons certaines preuves d'hétérogénéité au sein de la lignée des téléostéens. Bien que les téléostéens de groupe tige excellent à découvrir de nouvelles formes corporelles, les taxons précoces du groupe couronne affichent couramment des taux plus élevés d'évolution de la forme. Cependant, ce dernier reflète des taux faibles d'évolution de la forme chez les téléostéens de groupe tige par rapport à tous les autres taxons néoptérygiens, plutôt qu'une caractéristique exceptionnelle des téléostéens précoces du groupe couronne. Ces résultats complètent ceux qui émergent des études à la fois des téléostéens actuels dans leur ensemble et de leurs sous-lignées, qui échouent généralement à détecter une association entre la duplication du génome et des changements significatifs dans les taux de diversification de la lignée.},
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1607237113",
    doi = "10.1073/pnas.1607237113",
    openalex = "W2526255529",
    references = "doi101111brv12161, doi101111brv12203"
}

@article{doi101016jpalwor201707001,
    author = "Botting, Joseph P. et Muir, Lucy A.",
    title = "Évolution précoce des éponges : une revue et un cadre phylogénétique",
    year = "2017",
    journal = "Palaeoworld",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.palwor.2017.07.001",
    doi = "10.1016/j.palwor.2017.07.001",
    openalex = "W2735775311",
    references = "doi10100797814615074751, doi101016jcub200902052, doi101016jpalaeo200401022, doi101016jpalaeo201202009, doi101017s0022336000017315, doi101021j150516a002, doi101038nature06614, doi101038nature07673, doi101038nature13400, doi101073pnas1111784109, doi101111j14754983200700656x, doi101126sciadv1602159, doi101126science1182369, doi101126science1206375, doi101126science1242592, doi101139e11018, doi101371journalpbio1000602, ma2016early"
}

Les deux assemblages fossiles de vertébrés de la Formation Ntawere du Trias moyen sont connus depuis les années 1960, mais peu de nouveaux travaux ont été réalisés depuis la description de nouveaux taxons dans les années 1960 et 1970. Trois campagnes de terrain récentes ont augmenté la diversité des vertébrés dans l'assemblage supérieur de Ntawere et élargi les connexions biostratigraphiques entre les assemblages inférieur et supérieur de Ntawere et les assemblages dans les bassins fossilifères à travers le sud de Pangea. L'assemblage supérieur de Ntawere contient des requins hybodontoides, des poissons pulmonaires ptychoceratodontidés, des amphibiens stéropondyles de grande et petite taille (Cherninia, « Stanocephalosaurus », Batrachosuchus, un nouveau taxon), des dicynodontes stahleckeriidés (Sangusaurus, Zambiasaurus), des cynodontes traversodontidés et trirachodontidés (Luangwa, une nouvelle espèce, Cricodon), et au moins quatre archosauroformes, dont un pseudosuchien lorican grand, un poposaurore shuvosauridé et des dinosauriformes silesauridés (Lutungutali), tandis que l'assemblage inférieur de Ntawere contient les cynodontes Cynognathus et Diademodon et des espèces du dicynodont Kannemeyeria. Les assemblages inférieur et supérieur de Ntawere ont été corrélés aux sous-zones moyenne et supérieure de la Zone d'assemblage Cynognathus du bassin du Karoo, en Afrique du Sud, dans un réseau de connexions entre les assemblages dans la Tanzanie, l'Argentine, le Brésil, la Namibie, l'Antarctique et l'Inde d'aujourd'hui. Bien que les corrélations de l'assemblage inférieur de Ntawere soient renforcées par la présence de Cynognathus, de nouvelles observations de l'assemblage supérieur de Ntawere, combinées aux travaux de terrain en Tanzanie, Namibie et Brésil, ont déplacé le focus géographique des connexions biostratigraphiques loin du Karoo plus tard dans le Trias. Une date radiométrique récente de l'Argentine en dessous de l'horizon corrélé à la fois au Karoo et à l'assemblage inférieur de Ntawere place ceux-ci, ainsi que tous les assemblages supérieurs, dans l'étage Carnien du Trias supérieur. Citation pour cet article : Peecook, B. R., J. S. Steyer, N. J. Tabor, et R. M. H. Smith. 2018. Updated geology and vertebrate paleontology of the Triassic Ntawere Formation of northeastern Zambia, with special emphasis on the archosauromorphs; pp. 8–38 in C. A. Sidor and S. J. Nesbitt (eds.), Vertebrate and Climatic Evolution in the Triassic Rift Basins of Tanzania and Zambia. Society of Vertebrate Paleontology Memoir 17. Journal of Vertebrate Paleontology 37(6, Supplement).

@article{doi1010800272463420171410484,
    author = "Peecook, Brandon R. and Steyer, Jean‐Sébastien and Tabor, Neil J. and Smith, Roger M. H.",
    title = "Updated geology and vertebrate paleontology of the Triassic Ntawere Formation of northeastern Zambia, with special emphasis on the archosauromorphs",
    year = "2017",
    journal = "Journal of Vertebrate Paleontology",
    abstract = "Les deux assemblages fossiles de vertébrés de la Formation Ntawere du Trias moyen sont connus depuis les années 1960, mais peu de nouveaux travaux ont été réalisés depuis la description de nouveaux taxons dans les années 1960 et 1970. Trois campagnes de terrain récentes ont augmenté la diversité des vertébrés dans l'assemblage supérieur de Ntawere et élargi les connexions biostratigraphiques entre les assemblages inférieur et supérieur de Ntawere et les assemblages dans les bassins fossilifères à travers le sud de Pangea. L'assemblage supérieur de Ntawere contient des requins hybodontoides, des poissons pulmonaires ptychoceratodontidés, des amphibiens stéropondyles de grande et petite taille (Cherninia, « Stanocephalosaurus », Batrachosuchus, un nouveau taxon), des dicynodontes stahleckeriidés (Sangusaurus, Zambiasaurus), des cynodontes traversodontidés et trirachodontidés (Luangwa, une nouvelle espèce, Cricodon), et au moins quatre archosauroformes, dont un pseudosuchien lorican grand, un poposaurore shuvosauridé et des dinosauriformes silesauridés (Lutungutali), tandis que l'assemblage inférieur de Ntawere contient les cynodontes Cynognathus et Diademodon et des espèces du dicynodont Kannemeyeria. Les assemblages inférieur et supérieur de Ntawere ont été corrélés aux sous-zones moyenne et supérieure de la Zone d'assemblage Cynognathus du bassin du Karoo, en Afrique du Sud, dans un réseau de connexions entre les assemblages dans la Tanzanie, l'Argentine, le Brésil, la Namibie, l'Antarctique et l'Inde d'aujourd'hui. Bien que les corrélations de l'assemblage inférieur de Ntawere soient renforcées par la présence de Cynognathus, de nouvelles observations de l'assemblage supérieur de Ntawere, combinées aux travaux de terrain en Tanzanie, Namibie et Brésil, ont déplacé le focus géographique des connexions biostratigraphiques loin du Karoo plus tard dans le Trias. Une date radiométrique récente de l'Argentine en dessous de l'horizon corrélé à la fois au Karoo et à l'assemblage inférieur de Ntawere place ceux-ci, ainsi que tous les assemblages supérieurs, dans l'étage Carnien du Trias supérieur.Citation pour cet article : Peecook, B. R., J. S. Steyer, N. J. Tabor, et R. M. H. Smith. 2018. Updated geology and vertebrate paleontology of the Triassic Ntawere Formation of northeastern Zambia, with special emphasis on the archosauromorphs; pp. 8–38 in C. A. Sidor and S. J. Nesbitt (eds.), Vertebrate and Climatic Evolution in the Triassic Rift Basins of Tanzania and Zambia. Society of Vertebrate Paleontology Memoir 17. Journal of Vertebrate Paleontology 37(6, Supplement).",
    url = "https://doi.org/10.1080/02724634.2017.1410484",
    doi = "10.1080/02724634.2017.1410484",
    openalex = "W2794678684",
    references = "doi101016jpalaeo201001011, doi101017s1755691013000376, doi101038s4155901703055, doi101111brv12161, doi101371journalpone0081917, doi105962p150189"
}

À la suite de l'extinction de masse du Permien supérieur, le Trias inférieur (~251,9 à 247 millions d'années avant notre ère) est décrit comme une période d'instabilité environnementale caractérisée par plusieurs crises biotiques et des écosystèmes marins benthiques fortement appauvris. Nous décrivons un nouvel assemblage fossile - la Biote de Paris - du Spathien le plus ancien (Olenekien moyen, ~250,6 millions d'années avant notre ère) de la région du lac Bear, dans le sud-est de l'Idaho, États-Unis. Cet assemblage hautement diversifié documente un écosystème marin remarquablement complexe incluant au moins sept phylums et 20 ordres distincts de métazoaires, ainsi que des algues. De manière particulièrement inattendue, il combine des taxons du Paléozoïque inférieur et du Mésozoïque moyen précédemment inconnus dans les strates du Trias, parmi lesquels des éponges leptomitides cambro-ordoviciennes primitives (un taxon de Lazare d'une durée de 200 millions d'années) et des céphalopodes coleoides portant un gladius, un groupe mal documenté avant le Jurassique (~50 millions d'années après le Trias inférieur). De plus, les spécimens de crinoïdes et d'ophiuroides présentent des caractères anatomiques dérivés qui étaient censés évoluer beaucoup plus tard. Contrairement aux travaux précédents suggérant une récupération post-crise lente et une faible diversité pour les organismes benthiques du Trias inférieur, la composition inattendue de cet assemblage exceptionnel pointe vers une diversification post-permienne précoce et rapide pour ces clades. Dans l'ensemble, cela illustre un écosystème marin phylogénétiquement diversifié, fonctionnellement complexe et trophiquement multileveli, des producteurs primaires aux prédateurs supérieurs et aux potentielles charognards. Ainsi, la Biote de Paris met en évidence la position évolutive clé des écosystèmes fossiles du Trias inférieur dans la transition du Paléozoïque vers la faune évolutive marine moderne à l'aube de l'ère Mésozoïque.

@article{doi101126sciadv1602159,
    author = "Brayard, Arnaud et Krumenacker, Laurel J. et Botting, Joseph P. et Jenks, James F. et Bylund, Kevin G. et Fara, Emmanuel et Vennin, Emmanuelle et Olivier, Nicolas et Goudemand, Nicolas et Saucède, Thomas et Charbonnier, Sylvain et Romano, Carlo et Doguzhaeva, Larisa A. et Thuy, Ben et Hautmann, Michael et Stephen, Daniel A. et Thomazo, Christophe et Escarguel, Gilles",
    title = "Unexpected Early Triassic marine ecosystem and the rise of the Modern evolutionary fauna",
    year = "2017",
    journal = "Science Advances",
    abstract = "À la suite de l'extinction de masse du Permien supérieur, le Trias inférieur (\textasciitilde 251,9 à 247 millions d'années avant notre ère) est décrit comme une période d'instabilité environnementale caractérisée par plusieurs crises biotiques et des écosystèmes marins benthiques fortement appauvris. Nous décrivons un nouvel assemblage fossile - la Biote de Paris - du Spathien le plus ancien (Olenekien moyen, \textasciitilde 250,6 millions d'années avant notre ère) de la région du lac Bear, dans le sud-est de l'Idaho, États-Unis. Cet assemblage hautement diversifié documente un écosystème marin remarquablement complexe incluant au moins sept phylums et 20 ordres distincts de métazoaires, ainsi que des algues. De manière particulièrement inattendue, il combine des taxons du Paléozoïque inférieur et du Mésozoïque moyen précédemment inconnus dans les strates du Trias, parmi lesquels des éponges leptomitides cambro-ordoviciennes primitives (un taxon de Lazare d'une durée de 200 millions d'années) et des céphalopodes coleoides portant un gladius, un groupe mal documenté avant le Jurassique (\textasciitilde 50 millions d'années après le Trias inférieur). De plus, les spécimens de crinoïdes et d'ophiuroides présentent des caractères anatomiques dérivés qui étaient censés évoluer beaucoup plus tard. Contrairement aux travaux précédents suggérant une récupération post-crise lente et une faible diversité pour les organismes benthiques du Trias inférieur, la composition inattendue de cet assemblage exceptionnel pointe vers une diversification post-permienne précoce et rapide pour ces clades. Dans l'ensemble, cela illustre un écosystème marin phylogénétiquement diversifié, fonctionnellement complexe et trophiquement multileveli, des producteurs primaires aux prédateurs supérieurs et aux potentielles charognards. Ainsi, la Biote de Paris met en évidence la position évolutive clé des écosystèmes fossiles du Trias inférieur dans la transition du Paléozoïque vers la faune évolutive marine moderne à l'aube de l'ère Mésozoïque.",
    url = "https://doi.org/10.1126/sciadv.1602159",
    doi = "10.1126/sciadv.1602159",
    openalex = "W2588343230",
    references = "doi101016003101829400093n, doi101016jepsl200704023, doi101016jpalaeo200611037, doi101017s0094837300003778, doi101038ngeo1667, doi101073pnas1317692111, doi10108011035898709454746, doi101126science1097023, doi101126science1174638, doi101126science1224126, doi101371journalpone0088987, doi101666100891, doi101666101591, doi10182618200374254198901"
}

@article{doi101038s4155901806566,
    author = "Foffa, Davide et Young, Mark T. et Stubbs, Thomas L. et Dexter, Kyle G. et Brusatte, Stephen L.",
    title = "L'écologie et l'évolution à long terme des reptiles marins dans un passage marin jurassique",
    year = "2018",
    journal = "Nature Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41559-018-0656-6",
    doi = "10.1038/s41559-018-0656-6",
    openalex = "W2889190964",
    references = "doi101017pab201615, doi101038ncomms10825, doi101111brv12038, doi101126scienceaaa3716"
}

@article{doi101038s4155901910473,
    author = "Ford, David P. et Benson, Roger",
    title = "La phylogénie des premiers amniotes et les affinités des Parareptilia et des Varanopidae",
    year = "2019",
    journal = "Nature Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41559-019-1047-3",
    doi = "10.1038/s41559-019-1047-3",
    openalex = "W2996431919",
    references = "doi101016jjtbi201009010, doi101038s4155901910473, doi101073pnas1319091111, doi10108001621459199510476572, doi10108010635150600755396, doi101093molbevmsi225, doi101093oxfordjournalsmolbeva040082, doi101093sysbiosyq085, doi101093sysbiosys029, doi101111j109600311988tb00514x, doi101111j10960031200800217x, doi101111j146979981972tb01731x, doi101111j155856461983tb05533x, doi107717peerj1778"
}

sp. nov. avec un crâne de 2 mètres de long provenant de la faune du Fossil Hill du Trias moyen du Nevada, aux États-Unis, soulignant une évolution rapide de la taille malgré l'absence de nombreux producteurs primaires modernes. Étonnamment, la faune du Fossil Hill rivalise avec la composition des faunes de mammifères marins modernes en termes d'étendue de la taille, et les modèles de flux d'énergie suggèrent que les réseaux trophiques marins du Trias moyen étaient capables de soutenir plusieurs ichtyosaures à gros corps à des niveaux trophiques élevés, peu après l'origine des ichtyosaures.

@article{doi101126scienceabf5787,
    author = "Sander, P. Martin et Griebeler, Eva Maria et Klein, Nicole et Vélez‐Juarbe, Jorge et Wintrich, Tanja et Revell, Liam J. et Schmitz, Lars",
    title = "Early giant reveals faster evolution of large body size in ichthyosaurs than in cetaceans",
    year = "2021",
    journal = "Science",
    abstract = "sp. nov. avec un crâne de 2 mètres de long provenant de la faune du Fossil Hill du Trias moyen du Nevada, aux États-Unis, soulignant une évolution rapide de la taille malgré l'absence de nombreux producteurs primaires modernes. Étonnamment, la faune du Fossil Hill rivalise avec la composition des faunes de mammifères marins modernes en termes d'étendue de la taille, et les modèles de flux d'énergie suggèrent que les réseaux trophiques marins du Trias moyen étaient capables de soutenir plusieurs ichtyosaures à gros corps à des niveaux trophiques élevés, peu après l'origine des ichtyosaures.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.abf5787",
    doi = "10.1126/science.abf5787",
    openalex = "W4200461273",
    references = "doi1010801477201920171394922, doi101098rstb20130038, doi101111evo13680, doi101126sciadv1602159, doi101126scienceaaa3716, doi101371journalpone0078573, doi101371journalpone0088987, doi101371journalpone0146092"
}

Les extinctions de masse induites par le changement climatique offrent des opportunités uniques pour explorer les impacts des perturbations environnementales globales sur l'évolution des organismes. Cependant, leur influence sur les écosystèmes terrestres reste mal comprise. Ici, nous proposons un nouvel arbre temporel pour l'évolution précoce des reptiles et de leurs plus proches parents afin de reconstituer la manière dont les crises climatiques du Permien-Trias ont façonné leur trajectoire évolutive à long terme. En combinant les taux d'évolution phénotypique, le mode de sélection, la taille du corps et les données de température globale, nous révélons une association intime entre la dynamique évolutive des reptiles et le changement climatique dans le lointain passé. Nous montrons que l'origine et la radiation phénotypique des reptiles n'ont pas été uniquement pilotées par l'opportunité écologique suivant l'extinction du Permien terminal comme on le pensait précédemment, mais aussi le résultat de multiples réponses adaptatives aux changements climatiques s'étendant sur 57 millions d'années.

@article{doi101126sciadvabq1898,
    author = "Simões, Tiago R. et Kammerer, Christian F. et Caldwell, Michael W. et Pierce, Stephanie E.",
    title = "Successive climate crises in the deep past drove the early evolution and radiation of reptiles",
    year = "2022",
    journal = "Science Advances",
    abstract = "Les extinctions de masse induites par le changement climatique offrent des opportunités uniques pour explorer les impacts des perturbations environnementales globales sur l'évolution des organismes. Cependant, leur influence sur les écosystèmes terrestres reste mal comprise. Ici, nous proposons un nouvel arbre temporel pour l'évolution précoce des reptiles et de leurs plus proches parents afin de reconstituer la manière dont les crises climatiques du Permien-Trias ont façonné leur trajectoire évolutive à long terme. En combinant les taux d'évolution phénotypique, le mode de sélection, la taille du corps et les données de température globale, nous révélons une association intime entre la dynamique évolutive des reptiles et le changement climatique dans le lointain passé. Nous montrons que l'origine et la radiation phénotypique des reptiles n'ont pas été uniquement pilotées par l'opportunité écologique suivant l'extinction du Permien terminal comme on le pensait précédemment, mais aussi le résultat de multiples réponses adaptatives aux changements climatiques s'étendant sur 57 millions d'années.",
    url = "https://doi.org/10.1126/sciadv.abq1898",
    doi = "10.1126/sciadv.abq1898",
    openalex = "W4294250173",
    references = "doi1010179781316711644, doi101038s4155901910473, doi101098rspb20180361, doi101111j146979981972tb01731x"
}

Les assemblages de fossiles finement préservés (lagerstätten) offrent des aperçus cruciaux sur les innovations évolutives dans le temps profond. Nous rapportons un assemblage de fossiles exceptionnellement bien conservé du Trias inférieur, la Guiyang Biota, provenant de la formation de Daye près de Guiyang, en Chine du Sud. La datation à l'uranium-plomb de haute précision montre que l'âge de la Guiyang Biota est de 250,83 +0,07/-0,06 millions d'années. Cela ne représente que 1,08 ± 0,08 millions d'années après l'extinction de masse permien-triasique sévère, et cet assemblage représente donc le plus ancien gisement de fossiles du Mésozoïque connu à ce jour. La Guiyang Biota comprend au moins 12 classes et 19 ordres, y compris une faune de poissons diversifiée et des malacostracés, révélant un écosystème marin trophiquement complexe. Par conséquent, cet assemblage démontre la montée rapide des écosystèmes marins de type moderne après l'extinction de masse permien-triasique.

@article{doi101126scienceadf1622,
    author = "Dai, Xu et Davies, Joshua H.F.L. et Yuan, Zhiwei et Brayard, Arnaud et Ovtcharova, Maria et Xu, Guanghui et Liu, Xiaokang et Smith, Christopher P. A. et Schweitzer, Carrie E. et Li, Mingtao et Perrot, Morgann et Jiang, Shouyi et Miao, Luyi et Cao, Yiran et Yan, Jia et Bai, Ruoyu et Wang, Feng‐Yu et Guo, Wei et Song, Huyue et Song, Huyue et Tian, Li et Corso, Jacopo Dal et Liu, Yuting et Chu, Daoliang et Song, Haijun et Song, Haijun",
    title = "Un gisement de fossiles du Mésozoïque datant de 250,8 millions d'années révèle un écosystème marin de type moderne",
    year = "2023",
    journal = "Science",
    abstract = "Les assemblages de fossiles finement préservés (lagerstätten) offrent des aperçus cruciaux sur les innovations évolutives dans le temps profond. Nous rapportons un assemblage de fossiles exceptionnellement bien conservé du Trias inférieur, la Guiyang Biota, provenant de la formation de Daye près de Guiyang, en Chine du Sud. La datation à l'uranium-plomb de haute précision montre que l'âge de la Guiyang Biota est de 250,83 +0,07/-0,06 millions d'années. Cela ne représente que 1,08 ± 0,08 millions d'années après l'extinction de masse permien-triasique sévère, et cet assemblage représente donc le plus ancien gisement de fossiles du Mésozoïque connu à ce jour. La Guiyang Biota comprend au moins 12 classes et 19 ordres, y compris une faune de poissons diversifiée et des malacostracés, révélant un écosystème marin trophiquement complexe. Par conséquent, cet assemblage démontre la montée rapide des écosystèmes marins de type moderne après l'extinction de masse permien-triasique.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.adf1622",
    doi = "10.1126/science.adf1622",
    openalex = "W4319812171",
    references = "doi101111brv12161, doi101126sciadv1602159, doi101371journalpone0088987, doi103389feart2022899541"
}

La dichotomie au sein des Amniota (mammifères et reptiles) a été reconnue tôt dans l'histoire de la systématique phylogénétique, et avec elle s'est développé une compréhension canonique des relations évolutives des clades à divergence précoce. Ces dernières années, les relations de ces clades ont considérablement changé d'une étude à l'autre, ce qui a des effets profonds sur la manière dont les chercheurs interprètent les modèles évolutifs chez les premiers amniotes. Pour obtenir une compréhension plus complète de l'évolution précoce des amniotes, nous avons compilé l'un des plus grands ensembles de données phylogénétiques à l'échelle des amniotes, incluant 590 caractères entièrement illustrés et 150 taxons représentant tous les principaux clades de mammifères « pélycosaures » à tige, de pan-reptiles et de plusieurs groupes externes. Nous avons analysé cet ensemble de données dans des cadres bayésien et de parcimonie, ce qui a conduit à des topologies différentes, en particulier parmi les mammifères à tige et les Reptilia proches de la couronne et à l'intérieur de la couronne. Pour explorer l'effet de l'échantillonnage sur la topologie de l'arbre, nous avons mené trois séries d'expériences d'exclusion, chacune consistant en dix analyses, chacune avec dix OTU de moins que la précédente, ainsi que 26 analyses d'exclusion supprimant un clade majeur d'amniotes à divergence précoce ou un OTU individuel à la fois. Cette expérience a montré que l'échantillonnage des taxons a un effet majeur sur la topologie de l'arbre des premiers amniotes, et que beaucoup des topologies que nous avons trouvées présentent des similitudes frappantes avec celles rapportées dans des publications récentes. De plus, nous identifions et discutons plusieurs effets uniques que l'exclusion des taxons peut avoir sur les phylogénies. Pour aborder les parties mal résolues (c'est-à-dire les polytomies) et instables de la phylogénie des amniotes, où les branches se déplacent fréquemment ou se désintègrent selon l'échantillonnage et le choix de la technique analytique, nous encourageons des travaux anatomiques plus détaillés sur les premiers amniotes, en particulier les mammifères à tige, et l'expansion des ensembles de données phylogénétiques morphologiques.

@article{doi101093sysbiosyaf087,
    author = "Jenkins, Kelsey M. et Meyer, Dalton L. et Bhullar, Bhart‐Anjan S.",
    title = "Décalages de paradigme phylogénétiques dans l'évolution des premiers amniotes",
    year = "2025",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = {La dichotomie au sein des Amniota (mammifères et reptiles) a été reconnue tôt dans l'histoire de la systématique phylogénétique, et avec elle s'est développé une compréhension canonique des relations évolutives des clades à divergence précoce. Ces dernières années, les relations de ces clades ont considérablement changé d'une étude à l'autre, ce qui a des effets profonds sur la manière dont les chercheurs interprètent les modèles évolutifs chez les premiers amniotes. Pour obtenir une compréhension plus complète de l'évolution précoce des amniotes, nous avons compilé l'un des plus grands ensembles de données phylogénétiques à l'échelle des amniotes, incluant 590 caractères entièrement illustrés et 150 taxons représentant tous les principaux clades de mammifères « pélycosaures » à tige, de pan-reptiles et de plusieurs groupes externes. Nous avons analysé cet ensemble de données dans des cadres bayésien et de parcimonie, ce qui a conduit à des topologies différentes, en particulier parmi les mammifères à tige et les Reptilia proches de la couronne et à l'intérieur de la couronne. Pour explorer l'effet de l'échantillonnage sur la topologie de l'arbre, nous avons mené trois séries d'expériences d'exclusion, chacune consistant en dix analyses, chacune avec dix OTU de moins que la précédente, ainsi que 26 analyses d'exclusion supprimant un clade majeur d'amniotes à divergence précoce ou un OTU individuel à la fois. Cette expérience a montré que l'échantillonnage des taxons a un effet majeur sur la topologie de l'arbre des premiers amniotes, et que beaucoup des topologies que nous avons trouvées présentent des similitudes frappantes avec celles rapportées dans des publications récentes. De plus, nous identifions et discutons plusieurs effets uniques que l'exclusion des taxons peut avoir sur les phylogénies. Pour aborder les parties mal résolues (c'est-à-dire les polytomies) et instables de la phylogénie des amniotes, où les branches se déplacent fréquemment ou se désintègrent selon l'échantillonnage et le choix de la technique analytique, nous encourageons des travaux anatomiques plus détaillés sur les premiers amniotes, en particulier les mammifères à tige, et l'expansion des ensembles de données phylogénétiques morphologiques.},
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/syaf087",
    doi = "10.1093/sysbio/syaf087",
    openalex = "W4417305077",
    references = "doi101098rsos241298, doi101111pala70038"
}

partage avec les néodiapsides qui sont absents à la fois chez les autres 'parareptiles' et chez les groupes de 'eureptiles' à divergence précoce. Les traits partagés entre Milleropsis et les néodiapsides incluent : la présence d'une emargination tympanique sur le quadrat, le quadratojugal et le squamosal, la perte de la contribution de l'épiptérygoïde à l'articulation basocranienne suggérant un palatoquadrate plus cinétique, l'absence d'un sphénoethmoïde et le trajet du nerf abducant à travers le crâne. Nos résultats suggèrent que le neurocrâne des reptiles précoces, une région peu échantillonnée dans les analyses phylogénétiques en raison de l'inaccessibilité visuelle relative et d'une mauvaise préservation, a le potentiel d'éclaircir les relations phylogénétiques des reptiles précoces.

@article{doi101098rsos241298,
    author = "Jenkins, Xavier A. et Benson, Roger et Ford, David P. et Browning, Claire et Fernández, Vincent et Griffiths, Elizabeth et Choiniere, Jonah N. et Peecook, Brandon R.",
    title = "Ostéologie crânienne et neuroanatomie du reptile du Permien supérieur Milleropsis pricei et implications pour l'évolution précoce des reptiles",
    year = "2025",
    journal = "Royal Society Open Science",
    abstract = "partage avec les néodiapsides qui sont absents à la fois chez les autres 'parareptiles' et chez les groupes de 'eureptiles' à divergence précoce. Les traits partagés entre Milleropsis et les néodiapsides incluent : la présence d'une emargination tympanique sur le quadrat, le quadratojugal et le squamosal, la perte de la contribution de l'épiptérygoïde à l'articulation basocranienne suggérant un palatoquadrate plus cinétique, l'absence d'un sphénoethmoïde et le trajet du nerf abducant à travers le crâne. Nos résultats suggèrent que le neurocrâne des reptiles précoces, une région peu échantillonnée dans les analyses phylogénétiques en raison de l'inaccessibilité visuelle relative et d'une mauvaise préservation, a le potentiel d'éclaircir les relations phylogénétiques des reptiles précoces.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rsos.241298",
    doi = "10.1098/rsos.241298",
    openalex = "W4406177532",
    references = "carroll1982early, doi101016jnimb201309030, doi101016s0016699588800664, doi101038142004a0, doi101046j13652818200201010x, doi10108002724634199710011027, doi101111j109636421985tb01796x, doi101111j109636421995tb00932x, doi1033740140530101, doi103724spj1002200808016, doi107717peerj1778"
}

Résumé La réexamen des reptiles ancêtres divergeant précocement peut fournir des données phylogénétiques précieuses et des aperçus sur l'évolution des systèmes sensoriels lors de la terrestrialisation des tétrapodes à la fin du Paléozoïque. Ici, nous appliquons l'imagerie μCT à un spécimen de Protorothyris archeri précédemment non décrit. Nos segmentations ont révélé des détails anatomiques inconnus de cette espèce, notamment des dents dentaires agrandies, des denticules sur le parabasisphénoïde et la morphologie des surfaces internes des éléments dermatocraniens. Nous avons inclus ce spécimen dans une matrice phylogénétique de 177 unités taxonomiques opérationnelles et 628 caractères morphologiques conçus pour examiner les relations des amniotes divergeant précocement, en particulier les reptiles ancêtres. Les analyses bayésiennes et de parcimonie révèlent qu'il existe encore une discordance topologique parmi certains clades (par exemple, les caseasaures, les varanopides), bien que ces analyses confirment que les « protorothyrididés » ne forment pas un clade, conformément à d'autres analyses phylogénétiques récentes. La position de P. archeri en tant que reptile ancêtre divergeant précocement dans nos analyses suggère qu'il peut fournir des aperçus sur l'évolution du système olfactif à mesure que la lignée reptilienne se diversifiait tout au long de la Permienne, basé sur la morphologie des cristae cranii. Cependant, plus de travail anatomique est nécessaire pour déterminer si la profondeur des cristae cranii est indicative de la taille et de la capacité du bulbe olfactif.

@article{doi101111pala70038,
    author = "Jenkins, Kelsey et Behlke, Adam D. B. et Sues, Hans‐Dieter",
    title = "Nouvelles détails anatomiques concernant la structure crânienne du reptile ancêtre de la Permienne précoce Protorothyris archeri révélés par μCT, avec des implications pour l'évolution de l'olfaction chez les reptiles",
    year = "2025",
    journal = "Palaeontology",
    abstract = "Résumé La réexamen des reptiles ancêtres divergeant précocement peut fournir des données phylogénétiques précieuses et des aperçus sur l'évolution des systèmes sensoriels lors de la terrestrialisation des tétrapodes à la fin du Paléozoïque. Ici, nous appliquons l'imagerie μCT à un spécimen de Protorothyris archeri précédemment non décrit. Nos segmentations ont révélé des détails anatomiques inconnus de cette espèce, notamment des dents dentaires agrandies, des denticules sur le parabasisphénoïde et la morphologie des surfaces internes des éléments dermatocraniens. Nous avons inclus ce spécimen dans une matrice phylogénétique de 177 unités taxonomiques opérationnelles et 628 caractères morphologiques conçus pour examiner les relations des amniotes divergeant précocement, en particulier les reptiles ancêtres. Les analyses bayésiennes et de parcimonie révèlent qu'il existe encore une discordance topologique parmi certains clades (par exemple, les caseasaures, les varanopides), bien que ces analyses confirment que les « protorothyrididés » ne forment pas un clade, conformément à d'autres analyses phylogénétiques récentes. La position de P. archeri en tant que reptile ancêtre divergeant précocement dans nos analyses suggère qu'il peut fournir des aperçus sur l'évolution du système olfactif à mesure que la lignée reptilienne se diversifiait tout au long de la Permienne, basé sur la morphologie des cristae cranii. Cependant, plus de travail anatomique est nécessaire pour déterminer si la profondeur des cristae cranii est indicative de la taille et de la capacité du bulbe olfactif.",
    url = "https://doi.org/10.1111/pala.70038",
    doi = "10.1111/pala.70038",
    openalex = "W7116955307",
    references = "doi101016jneuroimage200805004, doi101038s4155901702405, doi10108010635150701477825, doi101093bioinformatics178754, doi101093sysbiosyy032, doi101098rsos241298, doi101111cla12160, doi101111j109600311988tb00514x, doi101111j109636421995tb00932x, doi101126science2835404998, doi101371journalpbio0040088, rowe2023evolution"
}