Echini

@misc{agassiz1872revision,
    author = "Agassiz, Alexander",
    title = "Revision of the Echini / by Alexander Agassiz",
    year = "1872",
    url = "https://doi.org/10.5962/bhl.title.40080",
    doi = "10.5962/bhl.title.40080",
    openalex = "W2479287064"
}

@article{crossref1873revision,
    title = "Révision des Echini Catalogue illustré du Musée de zoologie comparée du Harvard College. No. Vii. Révision des Echini. Alexander Agassiz",
    year = "1873",
    journal = "The American Naturalist",
    url = "https://doi.org/10.1086/271121",
    doi = "10.1086/271121",
    number = "4",
    openalex = "W4236833109",
    pages = "224-226",
    volume = "7"
}

@article{crossref1874revision,
    title = "Révision des Echini. Alexander Agassiz",
    year = "1874",
    journal = "The American Naturalist",
    url = "https://doi.org/10.1086/271299",
    doi = "10.1086/271299",
    number = "4",
    openalex = "W4236861180",
    pages = "215-215",
    volume = "8"
}

Cet ouvrage peu prétentieux est l'œuvre scientifique la plus influente du XIXe siècle. La première publication de Darwin sur sa théorie de l'évolution était destinée aux non-spécialistes et a suscité un intérêt général et immédiat. Darwin était un scientifique éminent ; ses découvertes ont été prises au sérieux et les preuves qu'il a présentées ont généré des discussions scientifiques, philosophiques et religieuses. En deux décennies, il y a eu un accord scientifique général selon lequel l'évolution, avec un motif de descendance commune en branches, s'était produite, mais les scientifiques ont été lents à accorder à la sélection naturelle l'importance que Darwin jugeait appropriée. Avec le développement de la synthèse évolutionniste moderne dans les années 1930 et 1940, le concept de Darwin d'adaptation évolutive par sélection naturelle est devenu central pour la théorie évolutionniste moderne, et il est maintenant devenu le concept unificateur des sciences de la vie.

@article{doi101093nqs9viii207495b,
    title = "L'Origine des espèces par la sélection naturelle",
    year = "1901",
    journal = "Notes et questions",
    abstract = "Cet ouvrage peu prétentieux est l'œuvre scientifique la plus influente du XIXe siècle. La première publication de Darwin sur sa théorie de l'évolution était destinée aux non-spécialistes et a suscité un intérêt général et immédiat. Darwin était un scientifique éminent ; ses découvertes ont été prises au sérieux et les preuves qu'il a présentées ont généré des discussions scientifiques, philosophiques et religieuses. En deux décennies, il y a eu un accord scientifique général selon lequel l'évolution, avec un motif de descendance commune en branches, s'était produite, mais les scientifiques ont été lents à accorder à la sélection naturelle l'importance que Darwin jugeait appropriée. Avec le développement de la synthèse évolutionniste moderne dans les années 1930 et 1940, le concept de Darwin d'adaptation évolutive par sélection naturelle est devenu central pour la théorie évolutionniste moderne, et il est maintenant devenu le concept unificateur des sciences de la vie.",
    url = "https://doi.org/10.1093/nq/s9-viii.207.495b",
    doi = "10.1093/nq/s9-viii.207.495b",
    openalex = "W4243601689"
}

@book{doi105962bhltitle4630,
    author = "Jackson, Robert T.",
    title = "Phylogénie des Echini, avec une révision des espèces paléozoïques",
    year = "1912",
    journal = "Mémoires lus devant la Boston Society of Natural History",
    url = "https://doi.org/10.5962/bhl.title.4630",
    doi = "10.5962/bhl.title.4630",
    openalex = "W658384462"
}

@misc{jackson1912phylogeny,
    author = "Jackson, Robert Tracy",
    title = "Phylogénie des Echini, avec une révision des espèces Paléozoïques",
    year = "1912",
    url = "https://doi.org/10.5962/bhl.title.28491",
    doi = "10.5962/bhl.title.28491",
    openalex = "W4206354819"
}

@misc{jackson1912phylogeny1,
    author = "Jackson, R. T",
    title = "Phylogénie des échinides, avec une révision des espèces paléozoïques",
    year = "1912",
    howpublished = "Boston Society of Natural History, Memoirs, v. 7, p. 1-491",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Jackson, R. T., 1912, Phylogénie des échinides, avec une révision des espèces paléozoïques: Boston Society of Natural History, Memoirs, v. 7, p. 1-491.}"
}

Les crinoïdes sont des invertébrés marins d'une variété de formes et d'une complexité d'organisation squelettique inégalées. Ils s'étendent du temps ordovicien inférieur à nos jours, mais leur développement en termes de diversité et de nombre s'est culminé durant le Paléozoïque.

@incollection{doi101130spe46p1,
    author = "Moore, Raymond C. et Laudon, L. R.",
    title = "Évolution et classification des crinoïdes paléozoïques",
    year = "1943",
    booktitle = "Geological Society of America Special Papers",
    abstract = "Les crinoïdes sont des invertébrés marins d'une variété de formes et d'une complexité d'organisation squelettique inégalées. Ils s'étendent du temps ordovicien inférieur à nos jours, mais leur développement en termes de diversité et de nombre s'est culminé durant le Paléozoïque.",
    url = "https://doi.org/10.1130/spe46-p1",
    doi = "10.1130/spe46-p1",
    openalex = "W2339692250"
}

@misc{sando1965revision,
    author = "Sando, W.J.",
    title = "Révision de certaines espèces de coraux du Paléozoïque des États-Unis occidentaux",
    year = "1965",
    booktitle = "Paper professionnel",
    url = "https://doi.org/10.3133/pp503e",
    doi = "10.3133/pp503e",
    openalex = "W950288184"
}

@article{doi101007bf01796042,
    author = "Fitch, Walter M. et Farris, James S.",
    title = "Arbres évolutifs avec un minimum de substitutions nucléotidiques à partir de séquences d'acides aminés",
    year = "1974",
    journal = "Journal of Molecular Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf01796042",
    doi = "10.1007/bf01796042",
    openalex = "W2024977466"
}

De nombreuses tendances évolutives sont décrites chez les échinodermes post-paléozoïques et leurs avantages fonctionnels sont discutés. Dans les ambulacres, la plaque composée est apparue pour la première fois au Trias supérieur, devenant plus prononcée au Mésozoïque et atteignant son apogée au Cénozoïque. La composition a permis à l'échinoderme d'avoir plus de podia, a renforcé le test, et a augmenté la taille des tubercules et des épines ambulacrales. Ces épines plus grandes ont fourni une meilleure protection contre les prédateurs et une locomotion plus rapide. Les pétales sont apparus pour la première fois au Jurassique moyen et ont été développés pour une respiration plus efficace. Les premiers pétales déprimés sont apparus au Jurassique supérieur, et au Crétacé supérieur, de nombreux échinodermes avaient des pétales déprimés culminant avec des pétales profonds au Cénozoïque. Ces dépressions canalaient l'eau sur les podia respiratoires, ont augmenté la largeur des ambulacres et de leurs podia, et ont permis à ces podia d'être protégés des prédateurs par l'arcement des épines au-dessus d'eux. Une rainure antérieure est légèrement développée au Jurassique moyen, distincte au Crétacé, et la plus profonde au Cénozoïque. Cette rainure a fourni un passage pour la nourriture et un abri pour les grands podia pennés. Les phylloïdes apparaissent pour la première fois au Jurassique inférieur chez les échinodermes réguliers et irréguliers. Au cours du Mésozoïque, le nombre de pores dans les phylloïdes des échinodermes irréguliers a été réduit, et chez la plupart des espèces, un pore a été éliminé d'une paire de pores. Les phylloïdes ont fourni un grand nombre de podia alimentaires près du péristome. Dans le système apical des échinodermes irréguliers, le periprocte est apparu au Jurassique inférieur. Son mouvement postérieur a servi à séparer les excréments de l'échinoderme de ses zones d'alimentation et de respiration. Le nombre de plaques génitales a été réduit à une seule plaque chez les cassiduloïdes au Crétacé supérieur, mais cette réduction s'est produite plus tard chez les holastoïdes et les spatangoïdes ; de nombreuses espèces vivant aujourd'hui ont plus d'une plaque génitale. Les échinodermes du Trias et du Jurassique inférieur étaient petits ; mais au cours de la seconde partie du Jurassique, des espèces plus grandes apparaissent, en particulier parmi les irréguliers et les échinothurioides. Tous les échinodermes du Trias sauf un étaient circulaires en contour marginal, mais au cours du Jurassique, le test de nombreux irréguliers est devenu allongé, permettant à l'échinoderme de développer un mouvement unidirectionnel. L'aplatissement du test a permis à l'échinoderme de couvrir son test plus facilement, rendant l'animal moins visible, moins affecté par le mouvement des vagues, et plaçant plus des podia de collecte de nourriture en contact avec le fond marin. La lanterne du Trias avait des dents rainurées et un foramen peu profond, mais au Jurassique inférieur, certaines lanternes avaient un foramen magnum plus profond. Au Jurassique moyen, des dents carénées sont présentes, et au Crétacé supérieur, certaines lanternes ont des épiphyses soudées. Ces changements ont permis à la lanterne d'être plus mobile et ont renforcé les dents et les épiphyses. Les supports de lanterne chez tous les échinodermes du Trias sont des prolongements de plaques interambulacrales, mais au Jurassique inférieur, de nombreuses espèces ont des supports ambulacraux. Au Jurassique moyen, ces supports sont joints ensemble chez certaines espèces pour former un arc. Ces changements ont également augmenté la mobilité et la puissance de mouvement de la lanterne. Les échancrures branchiales sont apparues pour la première fois au Jurassique inférieur (Hettangien) et étaient bien développées au Toarcien. Les tubercules et leurs épines étaient grands au Trias et ont progressivement diminué de taille chez certaines espèces au cours du Mésozoïque. Cette réduction a permis à ces échinodermes avec des épines plus petites de couvrir leurs tests avec du sédiment. Le taux d'introduction de nouvelles plaques était faible au Trias, augmentant au Jurassique. Cette augmentation était principalement dans les ambulacres et servait à augmenter le nombre de podia. Parmi les holastoïdes-spatangoïdes, certaines plaques interambulacrales ventrales ont augmenté en taille par rapport aux plaques adjacentes au cours du Mésozoïque et du Cénozoïque, formant le labre et le plastron. Ces changements ont permis le développement du test en forme de « cœur » et un déplacement antérieur du péristome. La diversité des échinodermes a augmenté depuis le Trias avec le développement de différents types d'échinodermes capables d'habiter de nombreux habitats variés. Tous les échinodermes du Trias vivaient au-dessus du substrat, mais au Jurassique, les échinodermes irréguliers ont commencé à creuser dans le sédiment. Ils ont augmenté en nombre d'espèces au cours du Mésozoïque et sont maintenant plus nombreux en espèces que les échinodermes réguliers. La différence entre les espèces du Jurassique et du Trias n'est pas aussi abrupte qu'on le pensait auparavant, et tous les échinodermes du Jurassique sont considérés comme ayant eu un ancêtre cidéroïde.

@article{doi101017s0022336000061321,
    author = "Kier, Porter M.",
    title = "Tendances évolutives et leur signification fonctionnelle chez les échinides post-paléozoïques",
    year = "1974",
    journal = "Journal of Paleontology",
    abstract = "De nombreuses tendances évolutives sont décrites chez les échinides post-paléozoïques et leurs avantages fonctionnels sont discutés. Dans les ambulacres, la plaque composée est apparue pour la première fois au Trias supérieur, devenant plus prononcée durant le Mésozoïque, et atteignant son apogée au Cénozoïque. La composition a permis à l'échinide d'avoir plus de podia, a renforcé le test, et a augmenté la taille des tubercules et des épines ambulacrales. Ces épines plus grandes ont fourni une meilleure protection contre les prédateurs et une locomotion plus rapide. Les pétales sont apparus pour la première fois au Jurassique moyen et ont été développés pour une respiration plus efficace. Les premiers pétales déprimés sont apparus au Jurassique supérieur, et au Crétacé supérieur de nombreux échinides avaient des pétales déprimés culminant dans des pétales profonds au Cénozoïque. Ces dépressions canalisent l'eau sur les podia respiratoires, augmentent la largeur des ambulacres et de leurs podia, et permettent à ces podia d'être protégés des prédateurs par l'arcement des épines au-dessus d'eux. Une rainure antérieure est légèrement développée au Jurassique moyen, distincte au Crétacé, et la plus profonde au Cénozoïque. Cette rainure a fourni un passage pour la nourriture et un abri pour les grands podia penniculés. Les phylloïdes apparaissent pour la première fois au Jurassique inférieur chez les échinides réguliers et irréguliers. Durant le Mésozoïque, le nombre de pores dans les phylloïdes des échinides irréguliers a été réduit, et chez la plupart des espèces un pore a été éliminé d'une paire de pores. Les phylloïdes ont fourni un grand nombre de podia alimentaires près du péristome. Dans le système apical des échinides irréguliers, le periprocte s'est développé au Jurassique inférieur. Son mouvement postérieur a servi à séparer les excréments de l'échinide de ses zones d'alimentation et de respiration. Le nombre de plaques génitales a été réduit à une seule plaque chez les cassiduloïdes au Crétacé supérieur, mais cette réduction s'est produite plus tard chez les holastoïdes et les spatangoïdes ; de nombreuses espèces vivant aujourd'hui ont plus d'une plaque génitale. Les échinides du Trias et du Jurassique inférieur étaient petits ; mais durant la seconde partie du Jurassique, des espèces plus grandes apparaissent, particulièrement parmi les irréguliers et les échinothurioides. Tous les échinides du Trias sauf un étaient circulaires en contour marginal, mais durant le Jurassique le test chez de nombreux irréguliers est devenu allongé permettant à l'échinide de développer un mouvement unidirectionnel. L'aplatissement du test a permis à l'échinide de couvrir son test plus facilement, rendant l'animal moins visible, moins affecté par le mouvement des vagues, et plaçant plus des podia de collecte de nourriture en contact avec le fond marin. La lanterne du Trias avait des dents rainurées et un foramen peu profond, mais au Jurassique inférieur certaines lanternes avaient un foramen magnum plus profond. Au Jurassique moyen des dents carénées sont présentes, et au Crétacé supérieur certaines lanternes ont des épiphyses fusionnées. Ces changements ont permis à la lanterne d'être plus mobile et ont renforcé les dents et les épiphyses. Les supports de la lanterne chez tous les échinides du Trias sont des prolongements des plaques interambulacrales, mais au Jurassique inférieur de nombreuses espèces ont des supports ambulacraux. Au Jurassique moyen ces supports sont réunis chez certaines espèces pour former un arc. Ces changements ont également augmenté la mobilité et la puissance de mouvement de la lanterne. Les encoches branchiales sont apparues pour la première fois au Jurassique inférieur (Hettangien) et étaient bien développées au Toarcien. Les tubercules et leurs épines étaient grands au Trias et ont progressivement diminué de taille chez certaines espèces durant le Mésozoïque. Cette réduction a permis à ces échinides avec des épines plus petites de couvrir leurs tests avec du sédiment. Le taux d'introduction de nouvelles plaques était faible au Trias, augmentant durant le Jurassique. Cette augmentation était principalement dans les ambulacres et a servi à augmenter le nombre de podia. Parmi les holastoïdes-spatangoïdes certaines plaques interambulacrales ventrales ont augmenté en taille par rapport aux plaques adjacentes durant le Mésozoïque et le Cénozoïque formant le labre et le plastron. Ces changements ont permis le développement du test en forme de « cœur », et un déplacement antérieur du péristome. La diversité des échinides a augmenté depuis le Trias avec le développement de différents types d'échinides capables d'habiter de nombreux habitats variés. Tous les échinides du Trias vivaient sur le substrat, mais au Jurassique les échinides irréguliers ont commencé à creuser dans le sédiment. Ils ont augmenté en nombre d'espèces durant le Mésozoïque et sont maintenant plus nombreux en espèces que les échinides réguliers. La différence entre les espèces jurassiques et triasiques n'est pas aussi abrupte qu'on le pensait autrefois, et tous les échinides jurassiques sont considérés comme ayant eu un ancêtre cidéroïde.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0022336000061321",
    doi = "10.1017/s0022336000061321",
    openalex = "W2947356994",
    references = "doi101017s0025315400017574, doi101098rstb19590007, doi101126science17740541065, doi105962bhltitle11376, doi105962bhltitle30642, doi105962bhltitle4630, doi105962bhltitle54256, openalexw137635259, openalexw1522518756, openalexw2603113571"
}

(Téléchargé par Plazi depuis la Biodiversity Heritage Library) Aucun résumé fourni.

@article{doi105281zenodo16046014,
    author = "Smith, Andrew B.",
    title = "Implications of lantern morphology for the phylogeny of post-Palaeozoic echinoids",
    year = "1981",
    journal = "Biodiversity Heritage Library (Smithsonian Institution)",
    abstract = "(Uploaded by Plazi from the Biodiversity Heritage Library) No abstract provided.",
    url = "https://doi.org/10.5281/zenodo.16046014",
    doi = "10.5281/zenodo.16046014",
    openalex = "W2951959006"
}

Résumé 1. Les échinodermes vivants se caractérisent par un vaste système aquatique développé à partir du hydrocoel gauche larvaire, un endosquelette complexe et multi‐plaqué avec une structure de stéréom, et la pentamérie. Les preuves fossiles montrent que le stéréom a évolué avant la pentamérie, mais les deux ont été acquis durant le Cambrien inférieur. 2. L'analyse cladistique des genres du Cambrien inférieur révèle très peu de caractères communs entre les carpoides et les vrais échinodermes, et que la séparation entre eux fut la première dichotomie évolutive fondamentale au sein des Dexiothetica. 3. Les hélicoplacoides sont des échinodermes du groupe tige avec une plaque spiralée et trois ambulacres disposés radialement autour d'une bouche latérale. Ce sont les échinodermes les plus primitifs et les premiers à montrer une disposition radiale des systèmes aquatique et ambulacral. Contrairement aux échinodermes ultérieurs, leur squelette ne montre aucune différenciation dorsale/ventrale (aborale/orale). Ils étaient probablement des filtreurs sessiles. 4. Le Camptostroma est l'échinoderme pentaradié le plus primitif connu et, à notre avis, peut-être un ancêtre commun de tous les groupes vivants. Il avait une surface dorsale (aborale) conique courte avec une plaque imbriquée, un mur latéral ridé et une surface ventrale (orale) légèrement voûtée avec cinq ambulacres courbés dans une disposition 2‐1‐2 héritée du motif triradié des hélicoplacoides. Les zones interambulacrales portaient des epispires et l'interambulacre CD contenait l'anus, l'hydropore et/ou le gonopore. Toutes les parties de la thèque avaient des plaques en au moins deux couches. 5. Tous les autres échinodermes appartiennent à l'un des deux sous‐phylums monophylétiques, les Pelmatozoa et les Eleutherozoa. 6. Le Stromatocystites est l'éléuthérozoaire le plus ancien connu et diffère du Camptostroma en ayant un test avec une seule couche de plaques et en ayant perdu l'allongement dorsal. Chez le Stromatocystites, la surface dorsale est plate et la plaque est tesselée. Le Stromatocystites était un filtreur sessile de bas niveau. 7. Les lépidocystoides sont les pelmatozoaires les plus anciens connus. Ils diffèrent du Camptostroma en ayant un pédoncule dorsal attaché qui a conservé la plaque imbriquée primitive, et en développant des structures érectiles de nourrissage le long des ambulacres. Chez le Kinzercystis, les ambulacres sont confinés à la surface de la thèque et des brachioles érectiles, bisériales, apparaissent alternativement de chaque côté. Le Lepidocystis a une disposition similaire sauf que la partie distale de chaque ambulacre s'étend au-delà du bord de la thèque comme un bras libre. 8. Les pelmatozoaires se sont différenciés plus ou moins immédiatement en crinoïdes, avec des bras libres multiples composés de plaques unisériales, et en cystoides sensu lato, qui ont conservé les brachioles. Le Gogia (Cambrien inférieur à moyen) est le cystoïde le plus primitif connu et diffère du Kinzercystis principalement en ayant toute la plaque tesselée, tandis que l'Echmatocrinus (Cambrien moyen) est le crinoïde le plus primitif connu et diffère du Lepidocystis en n'ayant pas de brachioles et en ayant plus de cinq bras libres avec des plaques unisériales. 9. La différenciation des groupes pelmatozoaires après le Cambrien inférieur a procédé rapidement, exploitant le mode de vie primitif de filtreur. La diversité morphologique maximale a été atteinte à l'Ordovicien, mais par la suite les crinoïdes ont progressivement déplacé les groupes cystoides et ont atteint leur diversité maximale durant le Carbonifère. Les éléuthérozoaires ont été plus lents à se diversifier, mais dès l'Arenig, les premiers « étoiles de mer » (en réalité, membres avancés du groupe tige des éléuthérozoaires) avaient inversé leur orientation de vie et avaient commencé à exploiter un mode de vie de filtreur de dépôt. Ceux-ci ont à leur tour conduit aux ophiuroides, aux échinoides et aux holothuroides. 10. L'ambulacre échinodermien de base était déjà présent chez les hélicoplacoides. Il avait des plaques de sol alternées bisériales et des feuilles de plaques de couverture complexes de chaque côté. Le vaisseau aquatique radial se trouvait dans le sol de l'ambulacre, à l'extérieur de la cavité corporelle, et donnait naissance ventralement à de courtes branches latérales (ancêtres des pieds ambulacraux) qui étaient utilisées pour ouvrir les feuilles de plaques de couverture, et dorsalement était connecté à des sacs de compensation internes qui agissaient comme réservoirs de fluide (et étaient préadaptés pour un rôle dans les échanges gazeux). La plaque sur les feuilles de plaques de couverture était organisée et reflétait les positions des branches latérales issues du vaisseau aquatique radial. Chez le Camptostroma, les feuilles de plaques de couverture avaient des rangées de plaques de couverture alignées bisérialement associées aux branches latérales. 11. Les brachioles sont apparues par extension des branches latérales du vaisseau aquatique radial et des plaques de couverture alignées en série associées trouvées chez le Camptostroma. Elles portent une seule série alternée de plaques de couverture. Chez le Lepidocystis, les ambulacres s'étendaient au-delà du bord de la surface orale comme de vrais bras. Les plaques brachiales des bras sont des homologues des plaques de sol ambulacrales primaires, et les bras portent plusieurs séries de plaques de couverture. La plaque ambulacrale unisériale est une condition dérivée et a évolué indépendamment chez les crinoïdes, les paracrinoïdes et les édiroasteroïdes isorophides. Les pinnules chez les crinoïdes sont apparues indépendamment chez les inadunates et les camerates par une ramification de plus en plus inégale des bras. Ainsi toutes les parties du système subvecteur chez les crinoïdes sont homologues intérieurement, tandis que chez les cystoides, les brachioles et les bras (ou ambulacres) ne sont pas des structures homologues. 12. La position de l'hydropore est le meilleur point de référence pour orienter les échinodermes. Le système de Carpenter d'identifier les ambulacres par des lettres, disposés dans le sens des aiguilles d'une montre en vue orale avec l'ambulacre A opposé à l'hydropore, est cohérent dans toutes les classes d'échinodermes. Chez tous les échinodermes pentaradiés du Cambrien inférieur, l'anus, le gonopore et l'hydropore se trouvent dans l'interambulacre CD et cela est accepté comme l'arrangement primitif. Chez les hélicoplacoides, nous suggérons prudemment que l'ambulacre A spiralait vers le bas depuis la bouche tandis que les deux ambulacres qui spiralait vers le haut représentent les ambulacres B + C et D + E combinés. 13. Le groupe tige pelmatozoaire est issu d'un pédoncule multi‐plaqué, via un groupe tige méric à une vraie colonne avec des colonnaux holomériques (pièce unique). Cela s'est produit indépendamment chez les crinoïdes et les cystoides. 14. Notre analyse de la phylogénie des échinodermes nous amène à recommander les modifications suivantes pour la classification de niveau supérieur des échinodermes : Le phylum Echinodermata ne comprend que les groupes présentant une symétrie radiale superposée à une asymétrie larvaire fondamentale. Il possède un groupe souches contenant les helicoplacoides triradiés et un groupe couronne auquel appartiennent tous les autres échinodermes (pentaradiés). Le groupe couronne comprend deux sous-empires monophylétiques, les Pelmatozoa et les Eleutherozoa, et les Pelmatozoa contiennent deux superclasses, les Crinoidea qui sont encore existantes et les Cystoidea, qui sont éteintes.

@article{doi101111j1469185x1984tb00411x,
    author = "Paul, C. R. C. and Smith, A. B.",
    title = "THE EARLY RADIATION AND PHYLOGENY OF ECHINODERMS",
    year = "1984",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society",
    abstract = "Summary 1. Living echinoderms are characterized by an extensive water vascular system developed from the larval left hydrocoel, a complex, multi‐plated endoskeleton with stereom structure, and pentamery. Fossil evidence shows that stereom evolved before pentamery, but both were acquired during the Lower Cambrian. 2. Cladistic analysis of Lower Cambrian genera reveals very few characters in common between carpoids and true echinoderms, and that the split between them was the first fundamental evolutionary dichotomy within the Dexiothetica. 3. Helicoplacoids are stem group echinoderms with spiral plating and three ambulacra arranged radially around a lateral mouth. They are the most primitive echinoderms and the first to show a radial arrangement of the water vascular and ambulacral systems. Unlike later echinoderms, their skeleton shows no dorsal/ventral (aboral/oral) differentiation. They were probably sedentary suspension feeders. 4. Camptostroma is the most primitive known pentaradiate echinoderm and, in our view, possibly a common ancestor of all living groups. It had a short conical dorsal (aboral) surface with imbricate plating, a ridged lateral wall and a slightly domed ventral (oral) surface with five curved ambulacra in a 2‐1‐2 arrangement inherited from the triradiate pattern of the helicoplacoids. Interambulacral areas bore epispires and the CD interambulacrum contained the anus, hydropore and/or gonopore. All parts of the theca had plates in at least two layers. 5. All other echinoderms belong to one of two monophyletic subphyla, the Pelmatozoa and the Eleutherozoa. 6. Stromatocystites is the earliest known eleutherozoan and differs from Camptostroma in having a test with only one layer of plates and having lost the dorsal elongation. In Stromatocystites the dorsal surface is flat and the plating tesselate. Stromatocystites was an unattached, low‐level suspension feeder. 7. The lepidocystoids are the earliest known pelmatozoans. They differ from Camptostroma in having an attached dorsal stalk which retained the primitive imbricate plating, and by developing erect feeding structures along the ambulacra. In Kinzercystis, the ambulacra are confined to the thecal surface and erect, biserial brachioles arise alternately on either side. Lepidocystis has a similar arrangement except that, the distal part of each ambulacrum extends beyond the edge of the theca as a free arm. 8. Pelmatozoans diverged more or less immediately into crinoids, with multiple free arms composed of uniserial plates, and cystoids sensu lato, which retained brachioles. Gogia (Lower to Middle Cambrian) is the most primitive known cystoid and differs from Kinzercystis principally in having all plating tesselate, while Echmatocrinus (Middle Cambrian) is the most primitive known crinoid and differs from Lepidocystis in lacking brachioles and in having more than five free arms with uniserial plates. 9. Post Lower Cambrian differentiation of pelmatozoan groups proceeded rapidly, exploiting the primitive suspension‐feeding mode of life. Maximum morphological diversity was reached in the Ordovician, but thereafter crinoids progressively displaced cystoid groups and reached their peak diversity during the Carboniferous. The eleutherozoans were slower to diversify, but by the Arenig the earliest ‘sea‐stars’ (in reality, advanced members of the eleutherozoan stem group) had reversed their living orientation and had begun to exploit a deposit‐feeding mode of life. These in turn led to the ophiuroids, echinoids and holothuroids. 10. The basic echinoderm ambulacrum was already present in the helicoplacoids. It had biserial, alternate flooring plates and complexly plated sheets of cover plates on either side. The radial water vessel lay in the floor of the ambulacrum, external to the body cavity, and gave rise ventrally to short, lateral branches (fore‐runners of tube feet) that were used to open the cover plate sheets, and dorsally was connected to internal compensation sacs which acted as fluid reservoirs (and were preadapted for a role in gaseous exchange). Plating on the cover plate sheets was organized and reflected the positions of the lateral branches from the radial water vessel. In Camptostroma, the cover plate sheets had biserially aligned rows of cover plates associated with the lateral branches. 11. Brachioles arose by extension of the lateral branches of the radial water vessel and associated serially aligned cover plates found in Camptostroma. They bear a single alternate series of cover plates. In Lepidocystis the ambulacra extended beyond the edge of the oral surface as true arms. Brachial plates of arms are homologues of primary ambulacral flooring plates, and arms bear multiple series of cover plates. Uniserial ambulacral plating is a derived condition and evolved independently in crinoids, paracrinoids and isorophid edrioasteroids. Pinnules in crinoids arose independently in inadunates and camerates by a progressively more unequal branching of the arms. Thus all parts of the subvective system in crinoids are internally homologous, whereas in cystoids, brachioles and arms (or ambulacra) are not homologous structures. 12. The position of the hydropore is the best reference point in orientating echinoderms. Carpenter's system of identifying ambulacra by letters, arranged clock‐wise in oral view with the A ambulacrum opposite the hydropore, is consistent in all echinoderm classes. In all Lower Cambrian pentaradiate echinoderms the anus, gonopore and hydropore lie in the CD interambulacrum and this is accepted as the primitive arrangement. In helicoplacoids we tentatively suggest that the A ambulacrum spiralled down from the mouth while the two ambulacra that spiralled up represent the B + C and D + E ambulacra combined. 13. The pelmatozoan stem arose from a polyplated stalk, via a meric stem to a true column with holomeric (single piece) columnals. This happened independently in the crinoids and the cystoids. 14. Our analysis of echinoderm phylogeny leads us to recommend the following changes to the higher level classification of echinoderms: The phylum Echinodermata includes only those groups with radial symmetry superimposed upon a fundamental larval asymmetry. It has a stem group that contains the triradiate helicoplacoids and a crown group to which all other (pentaradiate) echinoderms belong. The crown group contains two monophyletic subphyla, the Pelmatozoa and the Eleutherozoa, and the Pelmatozoa contains two superclasses, the Crinoidea which are extant and the Cystoidea, which are extinct.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1469-185x.1984.tb00411.x",
    doi = "10.1111/j.1469-185x.1984.tb00411.x",
    openalex = "W2111237039",
    references = "doi101007bf03160383, doi101007bf03190413, doi1010160012825280900641, doi101098rstb19630010, doi101111j1469185x1979tb00845x, doi101126science1403568820, doi101146annurevea03050175000455, doi103133ofr81743, doi105281zenodo16118842, doi105962bhltitle66379, openalexw3034464084, openalexw3157064287"
}

Les études comparatives de la relation entre deux phénotypes, ou entre un phénotype et un environnement, sont souvent menées par des méthodes statistiques invalides. La plupart des méthodes de régression, de corrélation et de tableaux de contingence, y compris les méthodes non paramétriques, supposent que les points sont tirés indépendamment d'une distribution commune. Lorsque les espèces sont prises dans une phylogénie ramifiée, elles sont manifestement non indépendantes. L'utilisation d'une méthode statistique qui suppose l'indépendance entraînera une surestimation de la signification dans les tests d'hypothèses. Certains exemples illustratifs de ces phénomènes ont été donnés, et les limites des propositions précédentes visant à corriger la non-indépendance ont été discutées. Une méthode de correction de la phylogénie a été proposée. Elle nécessite que nous connaissions à la fois la topologie de l'arbre et les longueurs des branches, et que nous soyons disposés à laisser les caractères être modélisés par un mouvement brownien sur une échelle linéaire. Étant données ces conditions, la phylogénie spécifie un ensemble de contrastes entre espèces, des contrastes qui sont statistiquement indépendants et peuvent être utilisés dans des études de régression ou de corrélation. Les considérables obstacles à l'utilisation pratique de cette technique ont été discutés.

@article{doi101086284325,
    author = "Felsenstein, Joseph",
    title = "Phylogenies and the Comparative Method",
    year = "1985",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "Comparative studies of the relationship between two phenotypes, or between a phenotype and an environment, are frequently carried out by invalid statistical methods. Most regression, correlation, and contingency table methods, including nonparametric methods, assume that the points are drawn independently from a common distribution. When species are taken from a branching phylogeny, they are manifestly nonindependent. Use of a statistical method that assumes independence will cause overstatement of the significance in hypothesis tests. Some illustrative examples of these phenomena have been given, and limitations of previous proposals of ways to correct for the nonindependence have been discussed. A method of correcting for the phylogeny has been proposed. It requires that we know both the tree topology and the branch lengths, and that we be willing to allow the characters to be modeled by Brownian motion on a linear scale. Given these conditions, the phylogeny specifies a set of contrasts among species, contrasts that are statistically independent and can be used in regression or correlation studies. The considerable barriers to making practical use of this technique have been discussed.",
    url = "https://doi.org/10.1086/284325",
    doi = "10.1086/284325",
    openalex = "W2013410948",
    references = "doi101007bf01734359, doi101038290699a0, doi101038293057a0, doi101093sysbio274401, doi101111j155856461981tb04991x, doi101126science1864167892, doi101126science6407108, doi101146annureves14110183001525, openalexw191281502, openalexw3045142570"
}

Une classification et une phylogénie révisées au niveau familial et supérieur sont présentées pour les étoiles de mer post-paléozoïques. La monophylie du groupe est établie par un ensemble de caractères pris dans la colonne ambulacrale qui, jusqu'à présent, n'a été reconnu que dans un seul genre paléozoïque. Comparé aux études antérieures, le choix des caractères ici accordait une importance relativement plus grande à la morphologie et à l'arrangement des ossicules et des systèmes ossiculaires. Les implications fonctionnelles de nombreuses caractéristiques sont examinées. Trente-quatre familles, dont trois éteintes, sont reconnues et un certain nombre de concepts familiaux plus anciens sont supprimés ; la famille éteinte Trichasteropsidae est proposée. Des superfamilles sont reconnues pour les Valvatida. Huit ordres, dont le nouveau, éteint Trichasteropsida, et trois superordres sont reconnus. Aucune étoile de mer vivante n'est primitive au sens d'être proche des étoiles de mer ancestrales et d'autres groupes d'échinodermes ; les Paxillosida, qui ont souvent été considérés comme primitifs, sont ici considérés comme spécialisés.

@article{doi10108000222938700771141,
    author = "Blake, Daniel B.",
    title = "A classification and phylogeny of post-Palaeozoic sea stars (Asteroidea: Echinodermata)",
    year = "1987",
    journal = "Journal of Natural History",
    abstract = "Une classification et une phylogénie révisées au niveau familial et supérieur sont présentées pour les étoiles de mer post-paléozoïques. La monophylie du groupe est établie par un ensemble de caractères pris dans la colonne ambulacrale qui, jusqu'à présent, n'a été reconnu que dans un seul genre paléozoïque. Comparé aux études antérieures, le choix des caractères ici accordait une importance relativement plus grande à la morphologie et à l'arrangement des ossicules et des systèmes ossiculaires. Les implications fonctionnelles de nombreuses caractéristiques sont examinées. Trente-quatre familles, dont trois éteintes, sont reconnues et un certain nombre de concepts familiaux plus anciens sont supprimés ; la famille éteinte Trichasteropsidae est proposée. Des superfamilles sont reconnues pour les Valvatida. Huit ordres, dont le nouveau, éteint Trichasteropsida, et trois superordres sont reconnus. Aucune étoile de mer vivante n'est primitive au sens d'être proche des étoiles de mer ancestrales et d'autres groupes d'échinodermes ; les Paxillosida, qui ont souvent été considérés comme primitifs, sont ici considérés comme spécialisés.",
    url = "https://doi.org/10.1080/00222938700771141",
    doi = "10.1080/00222938700771141",
    openalex = "W2038881251",
    references = "doi1010160031018268900989, doi103998mpub9690664"
}

Résumé - Plusieurs cladistes éminents ont remis en question l'importance des fossiles dans l'inférence phylogénétique, et il devient de plus en plus populaire de simplement intégrer les formes éteintes, si elles sont prises en compte du tout, dans un cladogramme de taxons récents. L'étude de la phylogénie des amniotes menée par Gardiner (1982) et Løvtrup (1985) illustre ce traitement différentiel, et nous avons focalisé notre attention sur ce groupe d'organismes pour tester la proposition que les fossiles ne peuvent pas renverser une théorie des relations basée uniquement sur la biote récente. Notre analyse de parcimonie de la phylogénie des amniotes, évitant scrupuleusement les connaissances spéciales apportées par les fossiles, a conduit à la classification suivante qui s'ajuste le mieux, laquelle est similaire à l'hypothèse nouvelle publiée par Gardiner : (lépidosauriens (tortues (mammifères (oiseaux, crocodiles)))). Cependant, l'ajout de fossiles a abouti à un cladogramme le plus parcimonieux des taxons actuels nettement différent : (mammifères (tortues (lépidosauriens (oiseaux, crocodiles)))). Cette classification ressemble à l'hypothèse traditionnelle, et elle offre un meilleur ajustement au registre stratigraphique. Pour isoler les taxons éteints responsables de cette dernière classification, les données ont été successivement partitionnées avec chaque analyse phylogénétique, et nous avons conclu que : (1) les fossiles du groupe interne, et non du groupe externe, étaient importants ; (2) les fossiles synapsides, et non reptiliens, étaient déterminants ; (3) certains fossiles synapsides, ni les plus anciens ni les plus récents, étaient responsables. La nature critique des fossiles synapsides semblait résider dans la combinaison particulière de caractères primitifs et dérivés qu'ils présentaient. Classer ces fossiles, avec les mammifères, comme groupe frère de la lignée constituée par les oiseaux et les crocodiles a conduit à un ajustement relativement médiocre aux données ; un impliquant une augmentation de 2 à 4 fois des révolutions évolutives ! Ainsi, l'importance des fossiles critiques, collectivement ou individuellement, semble résider dans leur relative primitivité, et l'explication la plus simple pour leur nature plus conservatrice est qu'ils ont eu moins de temps pour évoluer. Bien que les fossiles puissent être importants dans l'inférence phylogénétique seulement sous certaines conditions, il n'y a aucune raison convaincante de préjuger de leur contribution. Nous exhortons les systématiciens à évaluer équitablement toutes les preuves disponibles.

@article{doi101111j109600311988tb00514x,
    author = "Gauthier, Jacques and Kluge, Arnold G. and Rowe, Timothy",
    title = "AMNIOTE PHYLOGENY AND THE IMPORTANCE OF FOSSILS",
    year = "1988",
    journal = "Cladistics",
    abstract = "Résumé - Plusieurs cladistes éminents ont remis en question l'importance des fossiles dans l'inférence phylogénétique, et il devient de plus en plus populaire de simplement intégrer les formes éteintes, si elles sont prises en compte du tout, dans un cladogramme de taxons récents. L'étude de la phylogénie des amniotes menée par Gardiner (1982) et Løvtrup (1985) illustre ce traitement différentiel, et nous avons focalisé notre attention sur ce groupe d'organismes pour tester la proposition que les fossiles ne peuvent pas renverser une théorie des relations basée uniquement sur la biote récente. Notre analyse de parcimonie de la phylogénie des amniotes, évitant scrupuleusement les connaissances spéciales apportées par les fossiles, a conduit à la classification suivante qui s'ajuste le mieux, laquelle est similaire à l'hypothèse nouvelle publiée par Gardiner : (lépidosauriens (tortues (mammifères (oiseaux, crocodiles)))). Cependant, l'ajout de fossiles a abouti à un cladogramme le plus parcimonieux des taxons actuels nettement différent : (mammifères (tortues (lépidosauriens (oiseaux, crocodiles)))). Cette classification ressemble à l'hypothèse traditionnelle, et elle offre un meilleur ajustement au registre stratigraphique. Pour isoler les taxons éteints responsables de cette dernière classification, les données ont été successivement partitionnées avec chaque analyse phylogénétique, et nous avons conclu que : (1) les fossiles du groupe interne, et non du groupe externe, étaient importants ; (2) les fossiles synapsides, et non reptiliens, étaient déterminants ; (3) certains fossiles synapsides, ni les plus anciens ni les plus récents, étaient responsables. La nature critique des fossiles synapsides semblait résider dans la combinaison particulière de caractères primitifs et dérivés qu'ils présentaient. Classer ces fossiles, avec les mammifères, comme groupe frère de la lignée constituée par les oiseaux et les crocodiles a conduit à un ajustement relativement médiocre aux données ; un impliquant une augmentation de 2 à 4 fois des révolutions évolutives ! Ainsi, l'importance des fossiles critiques, collectivement ou individuellement, semble résider dans leur relative primitivité, et l'explication la plus simple pour leur nature plus conservatrice est qu'ils ont eu moins de temps pour évoluer. Bien que les fossiles puissent être importants dans l'inférence phylogénétique seulement sous certaines conditions, il n'y a aucune raison convaincante de préjuger de leur contribution. Nous exhortons les systématiciens à évaluer équitablement toutes les preuves disponibles.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-0031.1988.tb00514.x",
    doi = "10.1111/j.1096-0031.1988.tb00514.x",
    openalex = "W1978557909",
    references = "crossref1943the, currie1985cranial, doi101001jama194302840160064031, doi1010079781468488517, doi101007978146848851721, doi101016002555648290027x, doi1010160169534789901626, doi101016b9781483198279500198, doi101016b9781483231426500124, doi101017cbo9780511693281002, doi101038142004a0, doi10108002724634198810011708, doi101086628623, doi101093sysbio1811, doi101093sysbio33183, doi1010970000505319311100000026, doi101098rstb19830079, doi101111j109636421977tb01031x, doi101111j109636421985tb01796x, doi101146annureven10010165000525, doi1023071005355, doi1023071220820, doi1023071292217, doi1023071441916, doi1023072412407, doi1023072412685, doi1023072413134, doi1023072413259, doi1023072413454, doi1023072485224, doi105281zenodo16171435, doi10560219780801847806, doi105962bhltitle6408, doi105962bhltitle82144, openalexw1534787790, openalexw1534857865, openalexw2954279587, openalexw2983381470, openalexw3146596760, openalexw3184837389, openalexw575222456, roaf1943the"
}

Partie 1 Caractéristiques du phylum : comment caractériser les échinodermes - certaines implications de la relation de groupe sœur entre les échinodermes et les chordés, le sens de l'asymétrie développementale pour l'évolution des échinodermes - une nouvelle interprétation. Partie 2 Relations de classe : analyse moléculaire de relations phylogénétiques lointaines chez les échinodermes, biochimie du collagène et la phylogénie des larves d'échinodermes, phylogénie et la loi de von Baer, la relation phylogénétique des holothuries - une analyse cladistique des classes d'échinodermes actuelles, preuves fossiles pour la relation des classes d'échinodermes actuelles et leurs temps de divergence. Partie 3 Molécules et relations : évolution de l'ADN et systématique des échinodermes, hybridation ADN-ADN, le registre fossile, reconstruction phylogénétique et l'évolution des échinoides clypeastéroïdes, implications phylogénétiques de la réorganisation génomique et de l'évolution des séquences dans l'ADN mitochondrial des échinodermes, ce que la biologie moléculaire nous apprend sur le programme génomique du développement. Partie 4 Ontogenèse et phylogénie : hétérochronie et l'évolution des échinoides, rôles de l'allométrie et de l'écologie dans l'évolution des échinoides, une approche biomécanique de l'ontogenèse et de la phylogénie des échinoides, embryologie expérimentale comme outil pour étudier l'évolution des histoires de vie des échinodermes. Partie 5 Fossiles et évolution : la phylogénie des cystoïdes, la paléoécologie évolutive des Blaistoidea, l'évolution précoce des Crinoidea, ontogenèse et phylogénie des crinoïdes disparidés, l'évolution des structures d'alimentation chez les crinoïdes paléozoïques, la phylogénie des crinoïdes post-paléozoïques. Partie 6 Biologie évolutive : l'ultrastructure des cellules épidermiques du pied ambulacraire et leurs sécrétions - leur relation à l'hypothèse duo-glandulaire et la phylogénie des classes d'échinodermes, les axes cristallographiques des plaques génitales des échinoides reflètent la forme larvaire - certaines implications phylogénétiques, les tissus collagènes mutables et leur signification pour la paléontologie et la phylogénie des échinodermes, origines de la faune hoastéroïde des eaux profondes, stratégies d'alimentation et respiratoires chez les Stylophora.

@book{openalexw635257420,
    author = "Paul, C. R. C. et Smith, Andrew B.",
    title = "Phylogénie des échinodermes et biologie évolutive",
    year = "1988",
    abstract = "Partie 1 Caractéristiques du phylum : comment caractériser les échinodermes - certaines implications de la relation de groupe sœur entre les échinodermes et les chordés, le sens de l'asymétrie développementale pour l'évolution des échinodermes - une nouvelle interprétation. Partie 2 Relations de classe : analyse moléculaire de relations phylogénétiques lointaines chez les échinodermes, biochimie du collagène et la phylogénie des larves d'échinodermes, phylogénie et la loi de von Baer, la relation phylogénétique des holothuries - une analyse cladistique des classes d'échinodermes actuelles, preuves fossiles pour la relation des classes d'échinodermes actuelles et leurs temps de divergence. Partie 3 Molécules et relations : évolution de l'ADN et systématique des échinodermes, hybridation ADN-ADN, le registre fossile, reconstruction phylogénétique et l'évolution des échinoides clypeastéroïdes, implications phylogénétiques de la réorganisation génomique et de l'évolution des séquences dans l'ADN mitochondrial des échinodermes, ce que la biologie moléculaire nous apprend sur le programme génomique du développement. Partie 4 Ontogenèse et phylogénie : hétérochronie et l'évolution des échinoides, rôles de l'allométrie et de l'écologie dans l'évolution des échinoides, une approche biomécanique de l'ontogenèse et de la phylogénie des échinoides, embryologie expérimentale comme outil pour étudier l'évolution des histoires de vie des échinodermes. Partie 5 Fossiles et évolution : la phylogénie des cystoïdes, la paléoécologie évolutive des Blaistoidea, l'évolution précoce des Crinoidea, ontogenèse et phylogénie des crinoïdes disparidés, l'évolution des structures d'alimentation chez les crinoïdes paléozoïques, la phylogénie des crinoïdes post-paléozoïques. Partie 6 Biologie évolutive : l'ultrastructure des cellules épidermiques du pied ambulacraire et leurs sécrétions - leur relation à l'hypothèse duo-glandulaire et la phylogénie des classes d'échinodermes, les axes cristallographiques des plaques génitales des échinoides reflètent la forme larvaire - certaines implications phylogénétiques, les tissus collagènes mutables et leur signification pour la paléontologie et la phylogénie des échinodermes, origines de la faune hoastéroïde des eaux profondes, stratégies d'alimentation et respiratoires chez les Stylophora.",
    openalex = "W635257420"
}

Les Platycrinites et Eucladocrinus tardifs Osagean à Meramecian de l'Illinois, de l'Iowa et du Missouri sont redécrits et redéfinis à partir de l'étude du matériel type. Trois des espèces les plus anciennes ont été incorrectement synonymisées avec P. sarae, et cette correction conduit à un réalignement de la systématique des espèces au sein du Platycrinites. En conséquence, six espèces de Platycrinites et une espèce d'Eucladocrinus sont considérées comme valides dans le calcaire de Keokuk jusqu'au calcaire de St. Louis de la zone stratotype. Les espèces valides incluent Platycrinites saffordi (Hall), P. sarae (Hall), P. georgii (Hall), P. pumilus (Hall), P. brevinodus (Hall), P. niotensis (Meek et Worthen), et Eucladocrinus millebrachiatus Wahsmuth et Springer. Les changements nomenclatoraux incluent les suivants : 1) P. sarae est redécrit et tous les synonymes juniors sont supprimés ; 2) P. georgii est un synonyme senior valide de P. bonoensis (White), P. aeternalis (Miller), P. boonvillensis (Miller), et P. cauducus ; 3) P. pentagonus (Miller) est un synonyme junior de P. niotensis ; 4) P. pumilus est un synonyme senior valide de P. prattenanus (Meek et Worthen), et P. monroensis (Worthen) ; 5) P. bloomfieldensis (Miller) est désigné comme un nomen dubium ; et 6) Eucladocrinus millebrachiatus immaturus est un synonyme junior de E. millebrachiatus. L'évolution de nouvelles espèces dans le Platycrinites s'est faite par une combinaison de cladogenèse et peut-être d'anagenèse. Platycrinites sarae a évolué à partir de P. saffordi, peut-être par anagenèse, P. pumilus a évolué à partir de P. niotensis par cladogenèse, et P. hemisphaericus a évolué par cladogenèse à partir de P. brevinodus, bien que P. hemisphaericus ne se produise pas dans la zone géographique de cette étude.

@article{doi101017s0022336000018977,
    author = "Ausich, William I. et Kammer, Thomas",
    title = "Systématique et phylogénie des crinoïdes du Platyocrinites et Eucladocrinus du Mississippien de la région stratotype tardive Osagean et Meramecian",
    year = "1990",
    journal = "Journal of Paleontology",
    abstract = "Les Platycrinites et Eucladocrinus tardifs Osagean à Meramecian de l'Illinois, de l'Iowa et du Missouri sont redécrits et redéfinis à partir de l'étude du matériel type. Trois des espèces les plus anciennes ont été incorrectement synonymisées avec P. sarae, et cette correction conduit à un réalignement de la systématique des espèces au sein du Platycrinites. En conséquence, six espèces de Platycrinites et une espèce d'Eucladocrinus sont considérées comme valides dans le calcaire de Keokuk jusqu'au calcaire de St. Louis de la zone stratotype. Les espèces valides incluent Platycrinites saffordi (Hall), P. sarae (Hall), P. georgii (Hall), P. pumilus (Hall), P. brevinodus (Hall), P. niotensis (Meek et Worthen), et Eucladocrinus millebrachiatus Wahsmuth et Springer. Les changements nomenclatoraux incluent les suivants : 1) P. sarae est redécrit et tous les synonymes juniors sont supprimés ; 2) P. georgii est un synonyme senior valide de P. bonoensis (White), P. aeternalis (Miller), P. boonvillensis (Miller), et P. cauducus ; 3) P. pentagonus (Miller) est un synonyme junior de P. niotensis ; 4) P. pumilus est un synonyme senior valide de P. prattenanus (Meek et Worthen), et P. monroensis (Worthen) ; 5) P. bloomfieldensis (Miller) est désigné comme un nomen dubium ; et 6) Eucladocrinus millebrachiatus immaturus est un synonyme junior de E. millebrachiatus. L'évolution de nouvelles espèces dans le Platycrinites s'est faite par une combinaison de cladogenèse et peut-être d'anagenèse. Platycrinites sarae a évolué à partir de P. saffordi, peut-être par anagenèse, P. pumilus a évolué à partir de P. niotensis par cladogenèse, et P. hemisphaericus a évolué par cladogenèse à partir de P. brevinodus, bien que P. hemisphaericus ne se produise pas dans la zone géographique de cette étude.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0022336000018977",
    doi = "10.1017/s0022336000018977",
    openalex = "W2383024533",
    references = "doi101130spe46p1"
}

Article de journal Phylogénie comme principe central en taxonomie : Définitions phylogénétiques des noms de taxons Accès Kevin de Queiroz, Kevin de Queiroz Département de l'herpétologie, Académie des sciences de CalifornieGolden Gate Park, San Francisco, Californie 94118 Rechercher d'autres travaux de cet auteur sur : Oxford Academic PubMed Google Scholar Jacques Gauthier Jacques Gauthier Département de l'herpétologie, Académie des sciences de CalifornieGolden Gate Park, San Francisco, Californie 94118 Rechercher d'autres travaux de cet auteur sur : Oxford Academic PubMed Google Scholar Systematic Biology, Volume 39, Issue 4, Décembre 1990, Pages 307–322, https://doi.org/10.2307/2992353 Publié : 01 Décembre 1990 Historique de l'article Reçu : 13 Février 1990 Accepté : 25 Juin 1990 Publié : 01 Décembre 1990

@article{doi1023072992353,
    author = "de Queiroz, Kevin et Gauthier, Jacques",
    title = "Phylogénie comme principe central en taxonomie : Définitions phylogénétiques des noms de taxons",
    year = "1990",
    journal = "Systematic Zoology",
    abstract = "Article de journal Phylogénie comme principe central en taxonomie : Définitions phylogénétiques des noms de taxons Accès Kevin de Queiroz, Kevin de Queiroz Département de l'herpétologie, Académie des sciences de CalifornieGolden Gate Park, San Francisco, Californie 94118 Rechercher d'autres travaux de cet auteur sur : Oxford Academic PubMed Google Scholar Jacques Gauthier Jacques Gauthier Département de l'herpétologie, Académie des sciences de CalifornieGolden Gate Park, San Francisco, Californie 94118 Rechercher d'autres travaux de cet auteur sur : Oxford Academic PubMed Google Scholar Systematic Biology, Volume 39, Issue 4, Décembre 1990, Pages 307–322, https://doi.org/10.2307/2992353 Publié : 01 Décembre 1990 Historique de l'article Reçu : 13 Février 1990 Accepté : 25 Juin 1990 Publié : 01 Décembre 1990",
    url = "https://doi.org/10.2307/2992353",
    doi = "10.2307/2992353",
    openalex = "W2004477458",
    references = "doi10108002724634198810011708, doi101086288811, doi1023071793007, doi1023072412685, doi1023072412744, doi1023072806339, doi1023072992272, doi1023073243026, doi105281zenodo16171435, openalexw2065464699, openalexw78510971"
}

Plusieurs métriques, y compris la différence moyenne entre les espèces, l'étendue de l'espace morphologique occupé et le nombre de combinaisons d'états de caractères, sont utilisées pour étudier la diversification morphologique des crinoïdes paléozoïques. Malgré plusieurs phases de diversification taxonomique, le niveau maximal de disparité atteint au cours de l'Ordovicien est resté essentiellement inégalé. Bien que de nouvelles régions de l'espace morphologique aient été occupées après le Dévonien, elles n'étaient pas aussi étendues que celles qui avaient été évacuées avant le Carbonifère. Cette discordance entre un changement morphologique total étendu et un changement net limité renforce davantage les arguments antérieurs concernant l'importance des contraintes morphologiques dans l'évolution des crinoïdes. Les changements majeurs dans l'occupation de l'espace morphologique correspondent à des changements de diversité taxonomique au sein de certains taxons supérieurs. La mesure dans laquelle les cladidés avancés (Poteriocrinina) semblent s'étendre dans un nouvel espace morphologique est exagérée par le grand nombre d'espèces très similaires au sein de ce groupe. Si l'on échantillonne moins d'espèces, en ne considérant que les formes qui diffèrent les unes des autres d'au moins une quantité prescrite, les poteriocrines semblent être moins extrêmes morphologiquement. En revanche, d'autres groupes qui semblent occuper des régions uniques dans l'espace morphologique continuent de le faire, même si l'on en échantillonne moins. Les grands clades de crinoïdes — Camerata et Cladida+Flexibilia — ne présentent pas le même modèle évolutif que les Crinoidea, mais montrent plutôt une diversification morphologique plus graduelle. Cette observation fournit un soutien supplémentaire à l'existence de différences qualitatives entre les taxons de rangs différents.

@article{doi101017s0094837300013300,
    author = "Foote, Mike",
    title = "Diversification morphologique des crinoïdes paléozoïques",
    year = "1995",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Plusieurs métriques, y compris la différence moyenne entre les espèces, l'étendue de l'espace morphologique occupé et le nombre de combinaisons d'états de caractères, sont utilisées pour étudier la diversification morphologique des crinoïdes paléozoïques. Malgré plusieurs phases de diversification taxonomique, le niveau maximal de disparité atteint au cours de l'Ordovicien est resté essentiellement inégalé. Bien que de nouvelles régions de l'espace morphologique aient été occupées après le Dévonien, elles n'étaient pas aussi étendues que celles qui avaient été évacuées avant le Carbonifère. Cette discordance entre un changement morphologique total étendu et un changement net limité renforce davantage les arguments antérieurs concernant l'importance des contraintes morphologiques dans l'évolution des crinoïdes. Les changements majeurs dans l'occupation de l'espace morphologique correspondent à des changements de diversité taxonomique au sein de certains taxons supérieurs. La mesure dans laquelle les cladidés avancés (Poteriocrinina) semblent s'étendre dans un nouvel espace morphologique est exagérée par le grand nombre d'espèces très similaires au sein de ce groupe. Si l'on échantillonne moins d'espèces, en ne considérant que les formes qui diffèrent les unes des autres d'au moins une quantité prescrite, les poteriocrines semblent être moins extrêmes morphologiquement. En revanche, d'autres groupes qui semblent occuper des régions uniques dans l'espace morphologique continuent de le faire, même si l'on en échantillonne moins. Les grands clades de crinoïdes — Camerata et Cladida+Flexibilia — ne présentent pas le même modèle évolutif que les Crinoidea, mais montrent plutôt une diversification morphologique plus graduelle. Cette observation fournit un soutien supplémentaire à l'existence de différences qualitatives entre les taxons de rangs différents.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0094837300013300",
    doi = "10.1017/s0094837300013300",
    openalex = "W1934468248",
    references = "doi101130spe46p1"
}

Les relations phylogénétiques des taxons supérieurs des échinoides ont été étudiées à l'aide d'une base de données morphologique de 163 caractères et de séquences moléculaires provenant des gènes d'ARN ribosomique (ARNr) des sous-unités grande et petite (LSU et SSU). Le gène complet d'ARNr SSU a été séquencé pour 21 taxons, avec des représentants de neuf des 14 ordres actuels d'Echinoidea. Des séquences partielles LSU, représentant les premiers 400 paires de bases (p.b.) à partir de l'extrémité 5', ont également été séquencées pour trois taxons afin de compléter une base de données existante de dix taxons. Les deux séquences moléculaires ont fourni un total de 371 sites variables, dont 143 étaient informatifs phylogénétiquement (par rapport à 145 sites informatifs phylogénétiquement issus des données morphologiques). Les données morphologiques, LSU et SSU ont été analysées séparément et ensemble. Les données morphologiques et les séquences SSU génèrent des topologies qui ne sont pas en conflit significatif (selon le test de Templeton), mais le signal fort associant les arbaciidés aux clypeasteroïdes dans l'arbre dérivé de LSU marque les données de séquence LSU comme anormales pour ce taxon. Une approche de « preuve totale » a abouti à un arbre très similaire en topologie à celui dérivé des données morphologiques. Ancré sur le groupe tige échinoidé Archaeocidaris, notre arbre de preuve totale suggère les relations des taxons supérieurs comme suit : Cidaroida (Phormosomatidae (Echinothuriidae (Diadematidae ((Spatangoida (Clypeasteroida, Cassiduloida)) ((Calycina, Arbacioida) (Stomopneustidae (Glyphocidaridae (Temnopleuridae (Echinometridae (Echinidae, Stronglyocentridae)))))))))). Les analyses phylogénétiques exécutées avec et sans les taxons fossiles clés ont produit des topologies légèrement différentes. Il est important d'inclure des taxons fossiles dans une analyse phylogénétique lorsque les branches du groupe tige sont longues ou lorsque le groupe couronne est hautement dérivé.

@article{doi101098rstb19950023,
    author = "Littlewood, D. Timothy J. et Smith, Andrew",
    title = "Une phylogénie combinée morphologique et moléculaire pour les oursins de mer (Echinoidea : Echinodermata)",
    year = "1995",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Les relations phylogénétiques des taxons supérieurs des échinoides ont été étudiées à l'aide d'une base de données morphologique de 163 caractères et de séquences moléculaires provenant des gènes d'ARN ribosomique (ARNr) des sous-unités grande et petite (LSU et SSU). Le gène complet d'ARNr SSU a été séquencé pour 21 taxons, avec des représentants de neuf des 14 ordres actuels d'Echinoidea. Des séquences partielles LSU, représentant les premiers 400 paires de bases (p.b.) à partir de l'extrémité 5', ont également été séquencées pour trois taxons afin de compléter une base de données existante de dix taxons. Les deux séquences moléculaires ont fourni un total de 371 sites variables, dont 143 étaient informatifs phylogénétiquement (par rapport à 145 sites informatifs phylogénétiquement issus des données morphologiques). Les données morphologiques, LSU et SSU ont été analysées séparément et ensemble. Les données morphologiques et les séquences SSU génèrent des topologies qui ne sont pas en conflit significatif (selon le test de Templeton), mais le signal fort associant les arbaciidés aux clypeasteroïdes dans l'arbre dérivé de LSU marque les données de séquence LSU comme anormales pour ce taxon. Une approche de « preuve totale » a abouti à un arbre très similaire en topologie à celui dérivé des données morphologiques. Ancré sur le groupe tige échinoidé Archaeocidaris, notre arbre de preuve totale suggère les relations des taxons supérieurs comme suit : Cidaroida (Phormosomatidae (Echinothuriidae (Diadematidae ((Spatangoida (Clypeasteroida, Cassiduloida)) ((Calycina, Arbacioida) (Stomopneustidae (Glyphocidaridae (Temnopleuridae (Echinometridae (Echinidae, Stronglyocentridae)))))))))). Les analyses phylogénétiques exécutées avec et sans les taxons fossiles clés ont produit des topologies légèrement différentes. Il est important d'inclure des taxons fossiles dans une analyse phylogénétique lorsque les branches du groupe tige sont longues ou lorsque le groupe couronne est hautement dérivé.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.1995.0023",
    doi = "10.1098/rstb.1995.0023",
    openalex = "W2037668986",
    references = "doi105281zenodo16046014"
}

Cet article présente une estimation de la phylogénie de toutes les 203 espèces de primates. L'arbre composite est obtenu en appliquant un algorithme de parcimonie à plus d'une centaine d'estimations précédentes et est bien résolu, contenant 160 nœuds. Les âges de plus de la moitié des clades de l'arbre ont été estimés à partir d'informations dans la littérature. Le bootstrapping a été utilisé pour indiquer le degré de certitude associé à chaque clade. L'arbre sera un cadre utile pour les biologistes comparatifs et montre quelles zones de la phylogénie des primates sont encore seulement sommairement connues.

@article{doi101098rstb19950078,
    author = "Purvis, Andy",
    title = "A composite estimate of primate phylogeny",
    year = "1995",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "This paper presents an estimate of the phylogeny of all 203 species of primate. The composite tree is derived by applying a parsimony algorithm to over a hundred previous estimates, and is well resolved, containing 160 nodes. The ages of over half the clades in the tree have been estimated from information in the literature. Bootstrapping has been used to indicate the degree of certainty associated with each clade. The tree will be a useful framework for comparative biologists and shows which areas of primate phylogeny are still only sketchily known.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.1995.0078",
    doi = "10.1098/rstb.1995.0078",
    openalex = "W2081030047",
    references = "doi101016002555648290027x, openalexw638862129"
}

SEAVIEW et PHYLO_WIN sont deux outils graphiques pour ordinateurs X Windows-Unix dédiés à l'alignement de séquences et à la phylogénie moléculaire. SEAVIEW est un éditeur d'alignement de séquences permettant un alignement manuel ou automatique via une interface avec le programme CLUSTALW. L'alignement de grandes séquences avec des différences d'étendue importantes est facilité par une routine basée sur des diagrammes de points. Le programme PHYLO_WIN permet la construction d'arbres phylogénétiques selon les méthodes les plus courantes (regroupement des voisins avec de nombreuses estimations de distances, parcimonie maximale, vraisemblance maximale), et une analyse de bootstrap avec l'une d'elles. Les arbres reconstruits peuvent être dessinés, modifiés, imprimés, stockés et évalués selon de nombreux critères. Les groupes taxonomiques d'espèces et les ensembles de régions conservées peuvent être définis par la souris et stockés dans des fichiers de séquences, évitant ainsi plusieurs fichiers de données. Les deux outils sont entièrement pilotés par la souris. L'aide en ligne les rend faciles à utiliser. Ils sont disponibles gratuitement par ftp anonyme à biom3.univ-lyon1.fr/pub/ mol_phylogeny ou http:@acnuc.univ-lyon1.fr/, ou par e-mail à galtier@biomserv.univ-lyon1.fr.

@article{doi101093bioinformatics126543,
    author = "Galtier, Nicolas et Gouy, Manolo et Gautier, Christian",
    title = "SEAVIEW et PHYLO\_WIN : deux outils graphiques pour l'alignement de séquences et la phylogénie moléculaire",
    year = "1996",
    journal = "Applications informatiques dans les biosciences",
    abstract = "SEAVIEW et PHYLO\_WIN sont deux outils graphiques pour ordinateurs X Windows-Unix dédiés à l'alignement de séquences et à la phylogénie moléculaire. SEAVIEW est un éditeur d'alignement de séquences permettant un alignement manuel ou automatique via une interface avec le programme CLUSTALW. L'alignement de grandes séquences avec des différences d'étendue importantes est facilité par une routine basée sur des diagrammes de points. Le programme PHYLO\_WIN permet la construction d'arbres phylogénétiques selon les méthodes les plus courantes (regroupement des voisins avec de nombreuses estimations de distances, parcimonie maximale, vraisemblance maximale), et une analyse de bootstrap avec l'une d'elles. Les arbres reconstruits peuvent être dessinés, modifiés, imprimés, stockés et évalués selon de nombreux critères. Les groupes taxonomiques d'espèces et les ensembles de régions conservées peuvent être définis par la souris et stockés dans des fichiers de séquences, évitant ainsi plusieurs fichiers de données. Les deux outils sont entièrement pilotés par la souris. L'aide en ligne les rend faciles à utiliser. Ils sont disponibles gratuitement par ftp anonyme à biom3.univ-lyon1.fr/pub/ mol\_phylogeny ou http:@acnuc.univ-lyon1.fr/, ou par e-mail à galtier@biomserv.univ-lyon1.fr.",
    url = "https://doi.org/10.1093/bioinformatics/12.6.543",
    doi = "10.1093/bioinformatics/12.6.543",
    openalex = "W2149160071",
    references = "doi101007978140206754912413, doi101007bf02407308, doi101093oxfordjournalsmolbeva040343"
}

@article{doi101007bf00987959,
    author = "Oxelman, Bengt et Lidén, Magnus et Berglund, Daniel",
    title = "Phylogénie de l'intron chloroplastps16 du tribu Sileneae (Caryophyllaceae)",
    year = "1997",
    journal = "Plant Systematics and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf00987959",
    doi = "10.1007/bf00987959",
    openalex = "W30417703",
    references = "doi101111j109600311989tb00573x, openalexw638862129"
}

Une approche par étapes est employée pour déterminer la phylogénie de la radiation initiale des crinoïdes durant les séries de l'Arenig et du Llanvirn de l'Ordovicien. L'analyse des caractères basée sur la parcimonie est d'abord réalisée sur les crinoïdes de l'Arenig, puis sur les crinoïdes de l'Arenig et du Llanvirn combinés. La topologie issue des arbres bien résolus de cette radiation précoce de crinoïdes indique que les Crinoidea devraient être subdivisés en six sous-classes. Une nouvelle sous-classe et un nouvel ordre, Aethocrinea et Aethocrinida, respectivement, sont proposés pour les crinoïdes possédant quatre cercles de plaques dans la coupe aborale : linteaux, infrabasaux, basaux et radiaux. Cette construction de la coupe aborale est la mieux illustrée par Aethocrinus, l'un des crinoïdes les plus anciens connus (?Tremadoc-Arenig). Cependant, cette construction de coupe aborale primitive est également présente chez deux crinoïdes du Llanvirn, Perittocrinus et Tetracionocrinus. L'Aethocrinea était une petite radiation à courte durée de vie de crinoïdes avec ce design, différente de celle des autres crinoïdes. Deux familles de l'Aethocrinida sont les Aethocrinidae, qui inclut Aethocrinus, et les Perittocrinidae, qui inclut Perittocrinus et Tetracionocrinus. En plus de l'Aethocrinea, les sous-classes de crinoïdes suivantes sont reconnues sur la base des analyses de caractères de ces premiers crinoïdes : Cladida, Camerata, Disparida, Flexibilia et Articulata.

@article{doi101017s0022336000024276,
    author = "Ausich, William I.",
    title = "Early phylogeny and subclass division of the Crinoidea (Phylum Echinodermata)",
    year = "1998",
    journal = "Journal of Paleontology",
    abstract = "A stepwise approach is employed to determine the phylogeny of the initial crinoid radiation during the Arenig and Llanvirn series of the Ordovician. Parsimony-based character analysis is completed first on Arenig crinoids and then for Arenig and Llanvirn crinoids combined. The topology from well-resolved trees of this early crinoid radiation indicates that the Crinoidea should be subdivided into six subclasses. A new subclass and new order, Aethocrinea and Aethocrinida, respectively, are proposed for crinoids with four circlets of plates in the aboral cup: lintels, infrabasals, basals, and radials. This aboral cup construction is best displayed by Aethocrinus, one of the oldest known crinoids (?Tremadoc-Arenig). However, this primitive aboral cup construction is also present in two Llanvirn crinoids, Perittocrinus and Tetracionocrinus. The Aethocrinea was a small, short-lived radiation of crinoids with this design that was different from those of other crinoids. Two families in the Aethocrinida are the Aethocrinidae, which includes Aethocrinus, and the Perittocrinidae, which includes Perittocrinus and Tetracionocrinus. In addition to the Aethocrinea, the following crinoid subclasses are recognized based on character analyses of these earliest crinoids: Cladida, Camerata, Disparida, Flexibilia, and Articulata.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0022336000024276",
    doi = "10.1017/s0022336000024276",
    openalex = "W2367231388",
    references = "doi101130spe46p1"
}

@article{doi101023a1001761008817,
    author = "Kurtzman, Cletus P. et Robnett, Christie J.",
    title = "Identification et phylogénie des levures ascomycètes à partir de l'analyse de séquences partielles d'ADN ribosomal nucléaire de grande sous-unité (26S)",
    year = "1998",
    journal = "Antonie van Leeuwenhoek",
    url = "https://doi.org/10.1023/a:1001761008817",
    doi = "10.1023/a:1001761008817",
    openalex = "W1868830645",
    references = "doi101007978140206754912413, doi101093sysbio422182, doi1023072992540"
}

▪ Résumé La radiation primaire des biotes terrestres du Siluro-Devonien est l'équivalent terrestre de l'« explosion » cambrienne des faunes marines, beaucoup débattue. Les deux montrent les marques des radiations de nouveautés (la diversité phénotypique augmente beaucoup plus rapidement que la diversité spécifique sur un paysage écologiquement insaturé et donc à faible concurrence), et les deux se sont terminées par la formation de cadres évolutifs et écologiques analogues à ceux des écosystèmes modernes. Les améliorations profondes de la compréhension de l'évolution précoce des plantes terrestres reflètent des libérations récentes de plusieurs contraintes de recherche : les techniques cladistiques plus les données de séquences d'ADN de parents existants ont provoqué des réinterprétations révolutionnaires de la phylogénie des plantes terrestres, et donc de la systématique et des modèles d'acquisition des états de caractères. Les techniques expérimentales biomécaniques et physiologiques développées pour les plantes existantes ont été extrapolées aux espèces fossiles, avec des interprétations à la fois aidées et compliquées par la connaissance récente que les positions des masses terrestres globales, les courants, les climats et les compositions atmosphériques ont été profondément variables (et donc non uniformitaristes) au cours du Phanérozoïque. Combiner les données phylogénétiques et paléoécologiques offre des aperçus potentiels sur l'identité et la fonction des innovations clés, bien que les preuves actuelles suggèrent l'importance d'accumuler au sein des lignées une masse critique de caractères phénotypiques. Les défis pour les progrès futurs incluent le manque de données de séquence et la rareté des caractères phénotypiques parmi les clades de plantes terrestres précoces, et un registre fossile encore insuffisant pour dater avec précision certains événements évolutifs et écologiques cruciaux.

@article{doi101146annurevecolsys291263,
    author = "Bateman, Richard M. et Crane, Peter R. et DiMichele, William A. et Kenrick, Paul et Rowe, Nick et Speck, Thomas et Stein, William E.",
    title = "ÉVOLUTION PRÉCOCE DES PLANTES TERRESTRES : Phylogénie, Physiologie et Écologie de la Radiation Terrestre Primaire",
    year = "1998",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "▪ Résumé La radiation primaire des biotes terrestres du Siluro-Devonien est l'équivalent terrestre de l'« explosion » cambrienne des faunes marines, beaucoup débattue. Les deux montrent les marques des radiations de nouveautés (la diversité phénotypique augmente beaucoup plus rapidement que la diversité spécifique sur un paysage écologiquement insaturé et donc à faible concurrence), et les deux se sont terminées par la formation de cadres évolutifs et écologiques analogues à ceux des écosystèmes modernes. Les améliorations profondes de la compréhension de l'évolution précoce des plantes terrestres reflètent des libérations récentes de plusieurs contraintes de recherche : les techniques cladistiques plus les données de séquences d'ADN de parents existants ont provoqué des réinterprétations révolutionnaires de la phylogénie des plantes terrestres, et donc de la systématique et des modèles d'acquisition des états de caractères. Les techniques expérimentales biomécaniques et physiologiques développées pour les plantes existantes ont été extrapolées aux espèces fossiles, avec des interprétations à la fois aidées et compliquées par la connaissance récente que les positions des masses terrestres globales, les courants, les climats et les compositions atmosphériques ont été profondément variables (et donc non uniformitaristes) au cours du Phanérozoïque. Combiner les données phylogénétiques et paléoécologiques offre des aperçus potentiels sur l'identité et la fonction des innovations clés, bien que les preuves actuelles suggèrent l'importance d'accumuler au sein des lignées une masse critique de caractères phénotypiques. Les défis pour les progrès futurs incluent le manque de données de séquence et la rareté des caractères phénotypiques parmi les clades de plantes terrestres précoces, et un registre fossile encore insuffisant pour dater avec précision certains événements évolutifs et écologiques cruciaux.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.29.1.263",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.29.1.263",
    openalex = "W2167760809",
    references = "doi101017s0031819100009189, doi101017s009483730001280x, doi1023073515409"
}

Résumé Le motif des longévités différentielles des espèces parmi cinq clades de crinoïdes osageans–merameciens est analysé pour son importance évolutive. Les différences de longévité moyenne des espèces entre les clades peuvent avoir résulté d'un tri des espèces basé sur l'eurytopie (largeur de niche). Afin de tester la relation entre la longévité et l'eurytopie, il a d'abord été nécessaire de reconnaître objectivement les généralistes (eurytopes) par rapport aux spécialistes (stenotopes). Trois approches différentes ont été utilisées : (1) l'« Indice d'eurytopie » (EI), qui est une mesure du nombre moyen de faciès par espèce ; (2) l'analyse de la morphologie fonctionnelle des crinoïdes ; et (3) l'utilisation d'une analyse discriminante canonique pour analyser les distributions des espèces entre les faciès afin de séparer les généralistes des spécialistes. La longévité moyenne des espèces pour chaque clade a été évaluée par quatre approches différentes : (1) la raréfaction a été utilisée pour contrôler les différences de taille d'échantillon, y compris la richesse spécifique et le nombre d'occurrences, entre les clades ; (2) le contrôle potentiel des faciès sur la longévité des espèces a été évalué par un bootstrap qui compare les données observées à un modèle nul où la longévité des espèces est limitée uniquement par les occurrences réelles des faciès connus de chaque espèce au fil du temps ; (3) l'uniformité de la richesse spécifique des clades au fil du temps a été évaluée par l'« Indice d'uniformité pour la richesse spécifique » basé sur l'écart-type de la richesse spécifique des clades à travers les intervalles de temps ; et (4) les troncations potentielles de la gamme des espèces ont été évaluées par une analyse des lacunes biostratigraphiques basée sur la distribution binomiale. L'ordre général d'augmentation de la longévité et de l'eurytopie est (du moins au plus) : flexibles, cladids avancés, camerates, disparids et cladids primitifs. En général, les crinoïdes pinnulés (cladids avancés et camerates) étaient des spécialistes avec une longévité moyenne des espèces plus faible, et les crinoïdes non pinnulés (disparids et cladids primitifs) étaient des généralistes avec une longévité moyenne des espèces plus élevée. Les crinoïdes pinnulés étaient spécialisés pour se nourrir dans des courants à haute énergie et, par conséquent, étaient limités dans leur distribution de faciès et présument plus sujets à l'extinction. Les crinoïdes non pinnulés pouvaient se nourrir à la fois dans des courants à basse et haute énergie et, par conséquent, étaient moins limités dans leur distribution de faciès et présument moins sujets à l'extinction. Les flexibles étaient l'exception en ce qu'ils étaient non pinnulés mais avaient la plus faible longévité moyenne des espèces, apparemment parce qu'ils étaient spécialisés pour des environnements clastiques de plus grande profondeur. En moyenne, les clades généralistes ont des longévités moyennes des espèces qui sont, au minimum, jusqu'à 45 % (≈1,0 ± 0,7 m.y.) plus longues que les clades spécialistes. Cependant, une plus grande longévité moyenne des espèces n'a pas nécessairement conféré d'avantages à long terme à un clade. Les cladids avancés spécialistes sont devenus le clade de crinoïdes dominant du Paléozoïque tardif et ont donné naissance aux crinoïdes articulés du post-Paléozoïque. Cela peut avoir résulté d'un turnover d'espèces plus rapide des stenotopes créant des nouveautés évolutives adaptatives pour leur clade. Alternativement, cela pourrait simplement être le résultat de processus stochastiques. La subdivision plus fine de l'espace de niche par les spécialistes a conduit les chercheurs précédents à prédire que les clades spécialistes devraient avoir une richesse spécifique plus élevée que les clades généralistes. La présente étude soutient cette prédiction.

@article{doi1016660094837319980240155esodsl23co2,
    author = "Kammer, Thomas and Baumiller, Tomasz K. et Ausich, William I.",
    title = "Importance évolutive de la longévité différentielle des espèces dans les clades de crinoïdes Osagean–Meramecian (Mississippien)",
    year = "1998",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Résumé Le motif de la longévité différentielle des espèces parmi cinq clades de crinoïdes Osagean–Meramecian est analysé pour son importance évolutive. Les différences de longévité moyenne des espèces entre les clades peuvent résulter d'un tri des espèces basé sur l'eurytopie (largeur de la niche). Afin de tester la relation entre la longévité et l'eurytopie, il a d'abord fallu reconnaître objectivement les généralistes (eurytopes) par rapport aux spécialistes (stenotopes). Trois approches différentes ont été utilisées : (1) l'« Indice d'eurytopie » (IE), qui est une mesure du nombre moyen de faciès par espèce ; (2) l'analyse de la morphologie fonctionnelle des crinoïdes ; et (3) l'utilisation d'une analyse discriminante canonique pour analyser les distributions des espèces entre les faciès afin de séparer les généralistes des spécialistes. La longévité moyenne des espèces pour chaque clade a été évaluée par quatre approches différentes : (1) la raréfaction a été utilisée pour contrôler les différences de taille d'échantillon, y compris la richesse spécifique et le nombre d'occurrences, entre les clades ; (2) le contrôle potentiel des faciès de la longévité des espèces a été évalué par un bootstrap qui compare les données observées à un modèle nul où la longévité des espèces est limitée uniquement par les occurrences réelles de chaque espèce connue dans les faciès au fil du temps ; (3) l'uniformité de la richesse spécifique des clades au fil du temps a été évaluée par l'« Indice d'uniformité pour la richesse spécifique » basé sur l'écart-type de la richesse spécifique des clades à travers les intervalles de temps ; et (4) les troncations potentielles de la gamme des espèces ont été évaluées par une analyse de lacune biostratigraphique basée sur la distribution binomiale. L'ordre général d'augmentation de la longévité et de l'eurytopie est (du moins au plus) : flexibles, cladids avancés, camerates, disparids et cladids primitifs. En général, les crinoïdes pinnulés (cladids avancés et camerates) étaient des spécialistes avec une longévité moyenne des espèces plus faible, et les crinoïdes non pinnulés (disparids et cladids primitifs) étaient des généralistes avec une longévité moyenne des espèces plus élevée. Les crinoïdes pinnulés étaient spécialisés pour se nourrir dans des courants à haute énergie et, par conséquent, étaient limités dans leur distribution de faciès et probablement plus sujets à l'extinction. Les crinoïdes non pinnulés pouvaient se nourrir à la fois dans des courants à basse et haute énergie et, par conséquent, étaient moins limités dans leur distribution de faciès et probablement moins sujets à l'extinction. Les flexibles étaient l'exception en ce qu'ils étaient non pinnulés mais avaient la plus faible longévité moyenne des espèces, apparemment parce qu'ils étaient spécialisés pour des environnements clastiques en eau profonde. En moyenne, les clades généralistes ont des longévités moyennes des espèces qui sont, au minimum, jusqu'à 45\% (≈1,0 ± 0,7 m.y.) plus longues que les clades spécialistes. Cependant, une plus grande longévité moyenne des espèces n'a pas nécessairement conféré d'avantages à long terme à un clade. Les cladids avancés spécialistes sont devenus le clade de crinoïdes dominant du Paléozoïque tardif et ont donné naissance aux crinoïdes articulés du post-Paléozoïque. Cela peut résulter d'un turnover d'espèces plus rapide des stenotopes créant des nouveautés évolutives adaptatives pour leur clade. Alternativement, cela pourrait simplement être le résultat de processus stochastiques. La subdivision plus fine de l'espace de niche par les spécialistes a conduit les chercheurs précédents à prédire que les clades spécialistes devraient avoir une richesse spécifique plus élevée que les clades généralistes. La présente étude soutient cette prédiction.",
    url = "https://doi.org/10.1666/0094-8373(1998)024[0155:esodsl]2.3.co;2",
    doi = "10.1666/0094-8373(1998)024[0155:esodsl]2.3.co;2",
    openalex = "W2167883380",
    references = "doi101130spe46p1"
}

Les radiations paléozoïques et post-paléozoïques des crinoïdes offrent une opportunité d'explorer des explications génomiques et écologiques pour les modèles de diversification morphologique. L'analyse de données à caractères discrets couvrant les principales caractéristiques du squelette des crinoïdes montre que les augmentations de la disparité morphologique à la fois paléozoïques et post-paléozoïques ont été abruptes ; cela est cohérent avec une exploitation rapide d'opportunités écologiques ouvertes dans les deux cas. Pour le post-paléozoïque, ce résultat est sensible à certains aspects de l'analyse des données et de l'échantillonnage, de sorte qu'il ne peut être considéré comme incontestable. La décélération de la diversification morphologique au sein de chaque radiation est cohérente avec une baisse observée des taux d'origine taxonomique ainsi qu'avec l'atteinte de limites fonctionnelles ou structurelles. Malgré ces similitudes entre les deux radiations, les crinoïdes paléozoïques ont exploité une gamme plus large de conceptions morphologiques que leurs successeurs post-paléozoïques. Les crinoïdes post-paléozoïques ont exploité une large gamme de stratégies écologiques malgré le fait qu'ils soient stéréotypés sous de nombreux aspects de la forme. Cette différence entre les radiations est cohérente avec une augmentation de la rigidité des systèmes génétiques et développementaux. La gamme des conceptions post-paléozoïques n'est pas en essence un sous-ensemble du spectre paléozoïque. Les deux radiations ont donné lieu à des distributions morphologiques qui sont largement non chevauchantes, reflétant peut-être une gamme différente de stratégies écologiques.

@article{doi101017s0094837300020236,
    author = "Foote, Mike",
    title = "Diversité morphologique dans la radiation évolutive des crinoïdes paléozoïques et post-paléozoïques",
    year = "1999",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Les radiations paléozoïques et post-paléozoïques des crinoïdes offrent une opportunité d'explorer des explications génomiques et écologiques pour les modèles de diversification morphologique. L'analyse de données à caractères discrets couvrant les principales caractéristiques du squelette des crinoïdes montre que les augmentations de la disparité morphologique à la fois paléozoïques et post-paléozoïques ont été abruptes ; cela est cohérent avec une exploitation rapide d'opportunités écologiques ouvertes dans les deux cas. Pour le post-paléozoïque, ce résultat est sensible à certains aspects de l'analyse des données et de l'échantillonnage, de sorte qu'il ne peut être considéré comme incontestable. La décélération de la diversification morphologique au sein de chaque radiation est cohérente avec une baisse observée des taux d'origine taxonomique ainsi qu'avec l'atteinte de limites fonctionnelles ou structurelles. Malgré ces similitudes entre les deux radiations, les crinoïdes paléozoïques ont exploité une gamme plus large de conceptions morphologiques que leurs successeurs post-paléozoïques. Les crinoïdes post-paléozoïques ont exploité une large gamme de stratégies écologiques malgré le fait qu'ils soient stéréotypés sous de nombreux aspects de la forme. Cette différence entre les radiations est cohérente avec une augmentation de la rigidité des systèmes génétiques et développementaux. La gamme des conceptions post-paléozoïques n'est pas en essence un sous-ensemble du spectre paléozoïque. Les deux radiations ont donné lieu à des distributions morphologiques qui sont largement non chevauchantes, reflétant peut-être une gamme différente de stratégies écologiques.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0094837300020236",
    doi = "10.1017/s0094837300020236",
    openalex = "W4249583477",
    references = "doi101111j150239311977tb00628x"
}

Une phylogénie décrit le schéma hiérarchique de descendance d'un certain groupe d'espèces à partir d'un ancêtre commun. Si des informations sont disponibles sur les états des caractères des espèces contemporaines, la possibilité est soulevée d'utiliser ces informations en combinaison avec la phylogénie pour reconstruire les événements historiques de l'évolution. Ces reconstructions peuvent être utilisées pour obtenir une image du monde tel que les espèces ont évolué le long de ce qui deviendrait les branches de la phylogénie. Cela, à son tour, fournit un moyen de tester des hypothèses sur l'évolution et l'adaptation. Les méthodes basées sur le principe de parcimonie reconstruisent les états ancestraux des caractères pour minimiser le nombre de changements historiques de caractères nécessaires pour produire la diversité observée parmi les espèces contemporaines (voir Maddison et al., 1984, pour un exposé général). Une alternative aux approches de parcimonie fait usage du principe de vraisemblance maximale. Les solutions de vraisemblance maximale rendent les données observées les plus probables étant donné un modèle du processus sous investigation (voir Edwards, 1972). Dans un contexte phylogénétique, cela signifie reconstruire les états ancestraux des caractères pour rendre les états des caractères observés parmi les espèces contemporaines les plus probables, étant donné un modèle statistique de la manière dont l'évolution se déroule. Les solutions de vraisemblance maximale peuvent ou non être la solution la plus parcimonieuse. Je me limite ici à utiliser des modèles de vraisemblance maximale pour inférer les états ancestraux des caractères binaires discrets, c'est-à-dire pour des caractères qui ne peuvent adopter que deux états, bien que la généralisation à plus de deux états ne nécessite aucun nouveau concept. Mon approche pour reconstruire les états ancestraux fait usage d'un modèle de Markov de l'évolution des caractères binaires sur les phylogénies (Pagel, 1994). Sanderson (1993) décrit un modèle connexe pour investiguer les taux de gains et de pertes de caractères pour lesquels les états ancestraux sont supposés être connus. Schluter (1995), Yang et al. (1995), et Koshi et Goldstein (1996) dérivent des méthodes qui sont similaires aux procédures que je vais décrire ici. Cependant, Yang et al. (1995) et Koshi et Goldstein (1996) utilisent ce que j'appellerai des méthodes « globales » pour estimer les caractères ancestraux ; j'argumente en faveur d'une approche « locale » sur le fondement que la méthode globale ne produit pas une estimation de vraisemblance maximale de l'hypothèse d'intérêt. Schluter (1995) a rapporté des estimateurs globaux et locaux dans son investigation des ribonucléases des artiodactyles, et Schluter et al. (1997) ont rapporté des estimateurs globaux. Dans plusieurs articles récents, Schluter (1995 ; Schluter et al., 1997) a appelé l'attention sur l'utilité de reconstruire les états ancestraux des caractères pour tester des idées sur l'adaptation et l'évolution, et une grande partie de ce que je dis ici doit son inspiration à ces investigations. Mooers et Schluter (1999) fournissent maintenant des exemples importants supplémentaires de la manière dont les méthodes de vraisemblance maximale peuvent retourner à la fois plus d'informations sur les états ancestraux des caractères que les approches de parcimonie, ainsi que des informations qui sont en contradiction avec les reconstructions de parcimonie. J'intends cet article pour agir comme un manuel introductif pour ceux qui sont intéressés à utiliser des méthodes de vraisemblance maximale mais qui peuvent ne pas être familiers avec les mathématiques de l'approche. En conséquence, je commence par le cas le plus simple d'estimation de l'état ancestral de deux espèces.

@article{doi101080106351599260184,
    author = "Pagel, Mark",
    title = "L'approche de vraisemblance maximale pour reconstruire les états ancestraux de caractères discrets sur des phylogénies",
    year = "1999",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Une phylogénie décrit le motif hiérarchique de descendance d'un certain groupe d'espèces à partir d'un ancêtre commun. Si des informations sont disponibles sur les états des caractères des espèces contemporaines, la possibilité est soulevée d'utiliser ces informations en combinaison avec la phylogénie pour reconstruire les événements historiques de l'évolution. Ces reconstructions peuvent être utilisées pour obtenir une image du monde tel que les espèces ont évolué le long de ce qui deviendrait les branches de la phylogénie. Cela, à son tour, fournit un moyen de tester des hypothèses sur l'évolution et l'adaptation. Les méthodes basées sur le principe de parcimonie reconstruisent les états ancestraux des caractères pour minimiser le nombre de changements historiques de caractères nécessaires pour produire la diversité observée parmi les espèces contemporaines (voir Maddison et al., 1984, pour un exposé général). Une alternative aux approches de parcimonie fait usage du principe de vraisemblance maximale. Les solutions de vraisemblance maximale rendent les données observées les plus probables étant donné un modèle du processus sous investigation (voir Edwards, 1972). Dans un contexte phylogénétique, cela signifie reconstruire les états ancestraux des caractères pour rendre les états des caractères observés parmi les espèces contemporaines les plus probables, étant donné un modèle statistique de la manière dont l'évolution se déroule. Les solutions de vraisemblance maximale peuvent ou non être la solution la plus parcimonieuse. Je me restreins ici à utiliser des modèles de vraisemblance maximale pour inférer les états ancestraux des caractères discrets binaires, c'est-à-dire pour des caractères qui ne peuvent adopter que deux états, bien que la généralisation à plus de deux états ne nécessite aucun nouveau concept. Mon approche pour reconstruire les états ancestraux fait usage d'un modèle de Markov de l'évolution des caractères binaires sur des phylogénies (Pagel, 1994). Sanderson (1993) décrit un modèle connexe pour investiguer les taux d'acquisition et de perte de caractères pour lesquels les états ancestraux sont supposés être connus. Schluter (1995), Yang et al. (1995), et Koshi et Goldstein (1996) dérivent des méthodes qui sont similaires aux procédures que je vais décrire ici. Cependant, Yang et al. (1995) et Koshi et Goldstein (1996) utilisent ce que j'appellerai des méthodes « globales » pour estimer les caractères ancestraux ; j'argumente en faveur d'une approche « locale » sur le fondement que la méthode globale ne produit pas une estimation de vraisemblance maximale de l'hypothèse d'intérêt. Schluter (1995) a rapporté des estimateurs globaux et locaux dans son investigation des ribonucléases des artiodactyles, et Schluter et al. (1997) ont rapporté des estimateurs globaux. Dans plusieurs articles récents, Schluter (1995 ; Schluter et al., 1997) a appelé l'attention sur l'utilité de reconstruire les états ancestraux des caractères pour tester des idées sur l'adaptation et l'évolution, et une grande partie de ce que je dis ici doit son inspiration à ces investigations. Mooers et Schluter (1999) fournissent maintenant d'importants exemples supplémentaires de la manière dont les méthodes de vraisemblance maximale peuvent retourner à la fois plus d'informations sur les états ancestraux des caractères que les approches de parcimonie, ainsi que des informations qui sont en contradiction avec les reconstructions de parcimonie. J'intends cet article pour agir comme un manuel introductif pour ceux qui sont intéressés à utiliser des méthodes de vraisemblance maximale mais qui peuvent ne pas être familiers avec les mathématiques de l'approche. Par conséquent, je commence par le cas le plus simple d'estimation de l'état ancestral de deux espèces.",
    url = "https://doi.org/10.1080/106351599260184",
    doi = "10.1080/106351599260184",
    openalex = "W2114075279",
    references = "doi101093sysbio33183, doi101111j146364091997tb00423x, doi1023072413134"
}

Les radiations paléozoïques et post-paléozoïques des crinoïdes offrent une opportunité d'explorer les explications génomiques et écologiques des modèles de diversification morphologique. L'analyse des données de caractères discrets couvrant les principales caractéristiques du squelette des crinoïdes montre que les augmentations de la disparité morphologique à la fois paléozoïques et post-paléozoïques ont été brusques ; cela est cohérent avec une exploitation rapide d'opportunités écologiques ouvertes dans les deux cas. Pour le post-paléozoïque, ce résultat est sensible à certains aspects de l'analyse des données et de l'échantillonnage, de sorte qu'il ne peut être considéré comme incontestable. La décélération de la diversification morphologique au sein de chaque radiation est cohérente avec une baisse observée des taux d'origine taxonomique ainsi qu'avec l'atteinte de limites fonctionnelles ou structurelles. Malgré ces similitudes entre les deux radiations, les crinoïdes paléozoïques ont exploité une gamme plus large de conceptions morphologiques que leurs successeurs post-paléozoïques. Les crinoïdes post-paléozoïques ont exploité une large gamme de stratégies écologiques malgré le fait qu'ils soient stéréotypés sous de nombreux aspects de la forme. Cette différence entre les radiations est cohérente avec une augmentation de la rigidité des systèmes génétiques et développementaux. La gamme des conceptions post-paléozoïques n'est en essence pas un sous-ensemble du spectre paléozoïque. Les deux radiations ont donné lieu à des distributions morphologiques qui sont largement non chevauchantes, reflétant peut-être une gamme différente de stratégies écologiques.

@article{doi101666009483731999251mditer20co2,
    author = "Foote, Mike",
    title = "Diversité morphologique dans la radiation évolutive des crinoïdes paléozoïques et post-paléozoïques",
    year = "1999",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Les radiations paléozoïques et post-paléozoïques des crinoïdes offrent une opportunité d'explorer les explications génomiques et écologiques des modèles de diversification morphologique. L'analyse des données de caractères discrets couvrant les principales caractéristiques du squelette des crinoïdes montre que les augmentations de la disparité morphologique à la fois paléozoïques et post-paléozoïques ont été brusques ; cela est cohérent avec une exploitation rapide d'opportunités écologiques ouvertes dans les deux cas. Pour le post-paléozoïque, ce résultat est sensible à certains aspects de l'analyse des données et de l'échantillonnage, de sorte qu'il ne peut être considéré comme incontestable. La décélération de la diversification morphologique au sein de chaque radiation est cohérente avec une baisse observée des taux d'origine taxonomique ainsi qu'avec l'atteinte de limites fonctionnelles ou structurelles. Malgré ces similitudes entre les deux radiations, les crinoïdes paléozoïques ont exploité une gamme plus large de conceptions morphologiques que leurs successeurs post-paléozoïques. Les crinoïdes post-paléozoïques ont exploité une large gamme de stratégies écologiques malgré le fait qu'ils soient stéréotypés sous de nombreux aspects de la forme. Cette différence entre les radiations est cohérente avec une augmentation de la rigidité des systèmes génétiques et développementaux. La gamme des conceptions post-paléozoïques n'est en essence pas un sous-ensemble du spectre paléozoïque. Les deux radiations ont donné lieu à des distributions morphologiques qui sont largement non chevauchantes, reflétant peut-être une gamme différente de stratégies écologiques.",
    url = "https://doi.org/10.1666/0094-8373(1999)25[1:mditer]2.0.co;2",
    doi = "10.1666/0094-8373(1999)25[1:mditer]2.0.co;2",
    openalex = "W2177267176",
    references = "doi101007bf03190413, doi101017s0094837300003778, doi101017s0094837300012306, doi101017s009483730001263x, doi101038361219a0, doi101093biomet5334325, doi101126science2064415217, doi101126science21545391501, doi10113719781611970319, doi101146annurevecolsys281129, doi105962bhltitle66379"
}

Les biologistes évolutionnistes ont adopté des modèles de vraisemblance simples pour estimer les états ancestraux et évaluer l'indépendance des caractères sur des phylogénies spécifiées ; cependant, pour estimer des phylogénies en utilisant des données morphologiques discrètes, la parcimonie maximale reste la seule option. Cet article explore la possibilité d'utiliser des modèles de Markov standards et bien comportés pour estimer des phylogénies morphologiques (y compris les longueurs de branches) selon le critère de vraisemblance. Une modification importante des modèles de Markov standards consiste à rendre la vraisemblance conditionnelle au fait que les caractères soient variables, car les caractères constants sont absents des ensembles de données morphologiques. Sans cette modification, les longueurs de branches sont souvent surestimées, entraînant des biais potentiellement graves dans le choix de la topologie de l'arbre. Plusieurs nouvelles voies de recherche sont ouvertes par une approche explicitement basée sur les modèles pour l'analyse phylogénétique des données morphologiques discrètes, y compris les analyses de vraisemblance combinées (morphologie + données de séquence), les tests du rapport de vraisemblance et les analyses bayésiennes.

@article{doi101080106351501753462876,
    author = "Lewis, Paul O.",
    title = "A Likelihood Approach to Estimating Phylogeny from Discrete Morphological Character Data",
    year = "2001",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Les biologistes évolutionnistes ont adopté des modèles de vraisemblance simples pour estimer les états ancestraux et évaluer l'indépendance des caractères sur des phylogénies spécifiées ; cependant, pour estimer des phylogénies en utilisant des données morphologiques discrètes, la parcimonie maximale reste la seule option. Cet article explore la possibilité d'utiliser des modèles de Markov standards et bien comportés pour estimer des phylogénies morphologiques (y compris les longueurs de branches) selon le critère de vraisemblance. Une modification importante des modèles de Markov standards consiste à rendre la vraisemblance conditionnelle au fait que les caractères soient variables, car les caractères constants sont absents des ensembles de données morphologiques. Sans cette modification, les longueurs de branches sont souvent surestimées, entraînant des biais potentiellement graves dans le choix de la topologie de l'arbre. Plusieurs nouvelles voies de recherche sont ouvertes par une approche explicitement basée sur les modèles pour l'analyse phylogénétique des données morphologiques discrètes, y compris les analyses de vraisemblance combinées (morphologie + données de séquence), les tests du rapport de vraisemblance et les analyses bayésiennes.",
    url = "https://doi.org/10.1080/106351501753462876",
    doi = "10.1080/106351501753462876",
    openalex = "W2122082385",
    references = "doi101007bf00160154, doi101007bf01734359, doi101007bf02101694, doi101007bf02338839, doi101016b9781483232119500097, doi101093oxfordjournalsmolbeva025811, doi101093oxfordjournalsmolbeva026160, doi101098rspb19940006, doi1012019781003456285, openalexw2994240441"
}

MacClade est un programme informatique, accompagné d'un manuel, qui fournit la théorie et les outils pour l'analyse graphique et interactive des données moléculaires et morphologiques, de la phylogénie et de l'évolution des caractères. Les systématiciens et autres biologistes évolutionnistes peuvent utiliser ses outils flexibles pour analyser la phylogénie et l'évolution des caractères, mais sa facilité d'utilisation permet aux étudiants débutants de maîtriser les principes phylogénétiques dans un environnement interactif.

@article{doi105860choice392183,
    title = "MacClade 4.0 : analyse de la phylogénie et de l'évolution des caractères",
    year = "2001",
    journal = "Choice Reviews Online",
    abstract = "MacClade est un programme informatique, accompagné d'un manuel, qui fournit la théorie et les outils pour l'analyse graphique et interactive des données moléculaires et morphologiques, de la phylogénie et de l'évolution des caractères. Les systématiciens et autres biologistes évolutionnistes peuvent utiliser ses outils flexibles pour analyser la phylogénie et l'évolution des caractères, mais sa facilité d'utilisation permet aux étudiants débutants de maîtriser les principes phylogénétiques dans un environnement interactif.",
    url = "https://doi.org/10.5860/choice.39-2183",
    doi = "10.5860/choice.39-2183",
    openalex = "W1522592213"
}

▪ Résumé Alors que de meilleures hypothèses phylogénétiques deviennent disponibles pour de nombreux groupes d'organismes, les études en écologie des communautés peuvent être éclairées par la connaissance des relations évolutives entre les espèces coexistantes. Nous notons trois approches principales pour intégrer les informations phylogénétiques dans les études de l'organisation des communautés : 1. examiner la structure phylogénétique des assemblages de communautés, 2. explorer les bases phylogénétiques de la structure des niches des communautés, et 3. ajouter un contexte de communauté aux études de l'évolution des traits et de la biogéographie. Nous reconnaissons un motif commun de conservatisme phylogénétique dans les caractères écologiques et soulignons les défis liés à l'utilisation de phylogénies de lignées partielles. Nous passons également en revue les approches phylogénétiques concernant trois propriétés émergentes des communautés : la diversité spécifique, les distributions d'abondance relative et les tailles des aires de répartition. Les avancées méthodologiques dans la construction de suprapylogénies, la reconstruction de caractères, les modèles nuls pour l'assemblage des communautés et l'évolution des caractères, ainsi que les métriques de la structure phylogénétique des communautés, sous-tendent les progrès récents dans ces domaines. Nous soulignons le potentiel pour les écologistes des communautés de bénéficier des connaissances phylogénétiques et suggérons plusieurs voies pour la recherche future.

@article{doi101146annurevecolsys33010802150448,
    author = "Webb, Campbell O. and Ackerly, David D. and McPeek, Mark A. and Donoghue, Michael J.",
    title = "Phylogénies et écologie des communautés",
    year = "2002",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "▪ Résumé Alors que de meilleures hypothèses phylogénétiques deviennent disponibles pour de nombreux groupes d'organismes, les études en écologie des communautés peuvent être éclairées par la connaissance des relations évolutives entre les espèces coexistantes. Nous notons trois approches principales pour intégrer les informations phylogénétiques dans les études de l'organisation des communautés : 1. examiner la structure phylogénétique des assemblages de communautés, 2. explorer les bases phylogénétiques de la structure des niches des communautés, et 3. ajouter un contexte de communauté aux études de l'évolution des traits et de la biogéographie. Nous reconnaissons un motif commun de conservatisme phylogénétique dans les caractères écologiques et soulignons les défis liés à l'utilisation de phylogénies de lignées partielles. Nous passons également en revue les approches phylogénétiques concernant trois propriétés émergentes des communautés : la diversité spécifique, les distributions d'abondance relative et les tailles des aires de répartition. Les avancées méthodologiques dans la construction de suprapylogénies, la reconstruction de caractères, les modèles nuls pour l'assemblage des communautés et l'évolution des caractères, ainsi que les métriques de la structure phylogénétique des communautés, sous-tendent les progrès récents dans ces domaines. Nous soulignons le potentiel pour les écologistes des communautés de bénéficier des connaissances phylogénétiques et suggérons plusieurs voies pour la recherche future.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.33.010802.150448",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.33.010802.150448",
    openalex = "W2109628725",
    references = "doi10100797814615696881, doi101007978303487527124, doi101007bf02806171, doi101016s0169534701021619, doi101038363342a0, doi10108010292389509380518, doi101086282106, doi101086282505, doi101086284325, doi101086285258, doi101086285357, doi101086627905, doi101093oso97801985052350010001, doi101093oso97801985464120010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva003974, doi101093oxfordjournalsmolbeva025892, doi101098rstb19950125, doi101111j001438202001tb00826x, doi101111j109583122001tb01368x, doi101126science20343871299, doi101126science2354785167, doi101126science2785338692, doi101126science27953592115, doi101126science28554311265, doi101146annurevecolsys311343, doi1015159781400881376, doi1023071446122, doi1023071939377, doi1023072412182, doi1023072413039, doi1023072485224, doi1023073071998, doi1023073544421, doi1023075503, doi102307jctv1nzfgj7, doi105860choice295104, doi105860choice375647, doi105860choice392183, openalexw2273605253, openalexw3035987306"
}

L'homologie est à la base des études comparatives en biologie à tous les niveaux, des gènes aux phénotypes. L'homologie est une similitude due à la descendance et à l'ascendance communes ; l'homoplasie est une similitude acquise par évolution indépendante. Cependant, étant donné qu'il n'existe qu'un seul arbre de la vie, tous les organismes, et donc toutes les caractéristiques des organismes, partagent un certain degré de relation et de similitude les uns avec les autres. Ce partage peut être une similitude, voire une identité de structure et le partage d'un ancêtre commun le plus récent – comme dans l'homologie des bras des humains et des singes –, ou il peut refléter un certain (souvent faible) degré de similitude, tel que celui entre les ailes des insectes et les ailes des oiseaux, groupes dont l'ancêtre commun se trouve profondément dans l'histoire évolutive des Métazoaires. Il peut refléter le partage de voies de développement entières, un partage partiel ou des voies divergentes. Cette revue compare les caractéristiques classées comme homologues aux classes de caractéristiques normalement regroupées comme homoplastiques, ces dernières étant la convergence, le parallélisme, les réversions, les rudiments, les vestiges et les atavismes. D'une part, les mécanismes de développement peuvent être conservés, même lorsqu'une structure complète ne se forme pas (rudiments, vestiges), ou lorsqu'une structure n'apparaît que chez certains individus (atavismes). D'autre part, différents mécanismes de développement peuvent produire des caractéristiques similaires (homologues). L'examen conjoint de la proximité de la relation et du degré de développement partagé révèle un continuum au sein d'une catégorie élargie d'homologie, s'étendant de l'homologie → réversions → rudiments → vestiges → atavismes → parallélisme, avec la convergence comme seule classe d'homoplasie, une idée qui s'avère être surprenamment ancienne. Ce réalignement offre un aperçu d'une manière de relier les approches phylogénétiques et développementales de l'homologie et de l'homoplasie, un pont qui devrait fournir un pilier clé pour la biologie évolutive du développement (evo-devo). Il ne modifiera pas, et ne peut pas, dans un sens pratique, la manière dont les caractéristiques homoplastiques sont identifiées dans les analyses phylogénétiques. Mais considérer les rudiments, les réversions, les vestiges, les atavismes et le parallélisme comme plus proches de l'homologie que de l'homoplasie devrait nous guider vers la recherche des éléments communs sous-jacents à la formation du phénotype (ce que certains ont appelé l'homologie profonde des mécanismes génétiques et/ou cellulaires), plutôt que de discuter des caractéristiques en termes d'évolution partagée ou indépendante.

@article{doi101017s1464793102006097,
    author = "Hall, Brian K.",
    title = "Descent with modification: the unity underlying homology and homoplasy as seen through an analysis of development and evolution",
    year = "2003",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society",
    abstract = "L'homologie est à la base des études comparatives en biologie à tous les niveaux, des gènes aux phénotypes. L'homologie est une similitude due à la descendance et à l'ascendance communes ; l'homoplasie est une similitude acquise par évolution indépendante. Cependant, étant donné qu'il n'existe qu'un seul arbre de la vie, tous les organismes, et donc toutes les caractéristiques des organismes, partagent un certain degré de relation et de similitude les uns avec les autres. Ce partage peut être une similitude, voire une identité de structure et le partage d'un ancêtre commun le plus récent – comme dans l'homologie des bras des humains et des singes –, ou il peut refléter un certain (souvent faible) degré de similitude, tel que celui entre les ailes des insectes et les ailes des oiseaux, groupes dont l'ancêtre commun se trouve profondément dans l'histoire évolutive des Métazoaires. Il peut refléter le partage de voies de développement entières, un partage partiel ou des voies divergentes. Cette revue compare les caractéristiques classées comme homologues aux classes de caractéristiques normalement regroupées comme homoplastiques, ces dernières étant la convergence, le parallélisme, les réversions, les rudiments, les vestiges et les atavismes. D'une part, les mécanismes de développement peuvent être conservés, même lorsqu'une structure complète ne se forme pas (rudiments, vestiges), ou lorsqu'une structure n'apparaît que chez certains individus (atavismes). D'autre part, différents mécanismes de développement peuvent produire des caractéristiques similaires (homologues). L'examen conjoint de la proximité de la relation et du degré de développement partagé révèle un continuum au sein d'une catégorie élargie d'homologie, s'étendant de l'homologie → réversions → rudiments → vestiges → atavismes → parallélisme, avec la convergence comme seule classe d'homoplasie, une idée qui s'avère être surprenamment ancienne. Ce réalignement offre un aperçu d'une manière de relier les approches phylogénétiques et développementales de l'homologie et de l'homoplasie, un pont qui devrait fournir un pilier clé pour la biologie évolutive du développement (evo-devo). Il ne modifiera pas, et ne peut pas, dans un sens pratique, la manière dont les caractéristiques homoplastiques sont identifiées dans les analyses phylogénétiques. Mais considérer les rudiments, les réversions, les vestiges, les atavismes et le parallélisme comme plus proches de l'homologie que de l'homoplasie devrait nous guider vers la recherche des éléments communs sous-jacents à la formation du phénotype (ce que certains ont appelé l'homologie profonde des mécanismes génétiques et/ou cellulaires), plutôt que de discuter des caractéristiques en termes d'évolution partagée ou indépendante.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s1464793102006097",
    doi = "10.1017/s1464793102006097",
    openalex = "W2168524476",
    references = "doi10100797814899175155, doi1010079789401579261, doi1016680003156920000400718bgadbt20co2, doi1023071377078, doi1023072992444, openalexw1511255518, openalexw1593551567, openalexw1600651929, openalexw2163836228, openalexw635257420"
}

Dans cet article, nous explorons le paradoxe selon lequel les données morphologiques sont actuellement utilisées moins que les données de séquences d'ADN, alors que la plupart de ce que nous savons sur l'évolution provient de classifications fondées sur des données morphologiques. La différence cruciale entre les deux sources de données concerne le nombre de caractères potentiellement non ambiguës disponibles, leur facilité et la rapidité de leur découverte, ainsi que leur aptitude à être analysées à l'aide de modèles transformationnels. Nous considérons que l'utilisation accrue des données de séquences d'ADN, par rapport à la morphologie, pour l'évolution est inévitable et bien fondée, mais qu'une question cruciale demeure concernant le rôle de la morphologie dans la reconstruction. Nous présentons l'opinion selon laquelle des études anatomiques rigoureuses et critiques de caractères morphologiques plus rares, dans le contexte de phylogénies moléculaires, constituent une approche plus fructueuse pour intégrer les forces des données morphologiques avec celles des données de séquence. Cette approche est préférable à la compilation de matrices de données plus grandes de caractères morphologiques de plus en plus ambigus et problématiques. Nous soutenons ci-dessous que la principale contrainte de l'inférence phylogénétique basée sur la morphologie concerne le nombre limité de caractères non ambiguës disponibles pour l'analyse dans un cadre transformationnel. Ce problème du nombre limité de caractères non ambiguës est encore aggravé par les obstacles à une évaluation précise de l'homologie et du codage des caractères, qui réduisent davantage le nombre de caractères disponibles pour l'analyse. Nous discutons et contestons l'opinion selon laquelle davantage de données morphologiques devraient être utilisées dans la reconstruction. De plus, nous considérons l'affirmation selon laquelle le plus grand atout des données morphologiques - un échantillonnage accru des taxons - comme erronée. Dans la discussion qui suit, nous utilisons la reconstruction de la phylogénie pour désigner les analyses algorithmiques basées sur l'ordinateur effectuées de manière routinière en systématique aujourd'hui.

@article{doi10108010635150390223613,
    author = "Scotland, Robert W. et Olmstead, Richard G. et Bennett, Jonathan R.",
    title = "Reconstruction de la phylogénie : le rôle de la morphologie",
    year = "2003",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Dans cet article, nous explorons le paradoxe selon lequel les données morphologiques sont actuellement utilisées moins que les données de séquences d'ADN, alors que la plupart de ce que nous savons sur l'évolution provient de classifications fondées sur des données morphologiques. La différence cruciale entre les deux sources de données concerne le nombre de caractères potentiellement non ambiguës disponibles, leur facilité et la rapidité de leur découverte, ainsi que leur aptitude à être analysées à l'aide de modèles transformationnels. Nous considérons que l'utilisation accrue des données de séquences d'ADN, par rapport à la morphologie, pour l'évolution est inévitable et bien fondée, mais qu'une question cruciale demeure concernant le rôle de la morphologie dans la reconstruction. Nous présentons l'opinion selon laquelle des études anatomiques rigoureuses et critiques de caractères morphologiques plus rares, dans le contexte de phylogénies moléculaires, constituent une approche plus fructueuse pour intégrer les forces des données morphologiques avec celles des données de séquence. Cette approche est préférable à la compilation de matrices de données plus grandes de caractères morphologiques de plus en plus ambigus et problématiques. Nous soutenons ci-dessous que la principale contrainte de l'inférence phylogénétique basée sur la morphologie concerne le nombre limité de caractères non ambiguës disponibles pour l'analyse dans un cadre transformationnel. Ce problème du nombre limité de caractères non ambiguës est encore aggravé par les obstacles à une évaluation précise de l'homologie et du codage des caractères, qui réduisent davantage le nombre de caractères disponibles pour l'analyse. Nous discutons et contestons l'opinion selon laquelle davantage de données morphologiques devraient être utilisées dans la reconstruction. De plus, nous considérons l'affirmation selon laquelle le plus grand atout des données morphologiques - un échantillonnage accru des taxons - comme erronée. Dans la discussion qui suit, nous utilisons la reconstruction de la phylogénie pour désigner les analyses algorithmiques basées sur l'ordinateur effectuées de manière routinière en systématique aujourd'hui.",
    url = "https://doi.org/10.1080/10635150390223613",
    doi = "10.1080/10635150390223613",
    openalex = "W2111931534",
    references = "crossref1995systematics, doi101111j109600311991tb00045x, doi101111j109600311995tb00092x, doi1023072992444, doi105860choice323881"
}

Dater avec précision le moment où les premiers animaux symétriques bilatéralement sont apparus est crucial pour notre compréhension de l'évolution précoce des animaux. Les fossiles bilatériens sans équivoque les plus anciens ont environ 555 millions d'années. En revanche, les analyses d'horloges moléculaires calibrées à l'aide du registre fossile des vertébrés estiment que les vertébrés se sont séparés des diptères (Drosophila) il y a environ 900 millions d'années (Ma). Néanmoins, les analyses génomiques comparatives suggèrent qu'une différence de taux significative existe entre les vertébrés et les diptères, car la différence de pourcentage entre les génomes de moustique et de mouche est supérieure à celle entre poisson et souris, même si la divergence des vertébrés est presque le double de celle des diptères. Ici, nous montrons que le taux d'évolution moléculaire des diptères est similaire à celui d'autres taxons invertébrés (échinodermes et mollusques bivalves) mais pas à celui des vertébrés, qui ont considérablement réduit leur taux d'évolution moléculaire par rapport aux invertébrés. En utilisant un ensemble de données consistant en la concaténation de sept séquences d'acides aminés différentes provenant de 23 taxons du groupe (donnant un total de 11 points de calibration invertébrés dispersés dans l'arbre bilatérien et à travers le Phanérozoïque), nous estimons que le dernier ancêtre commun des bilatériens est apparu quelque part entre 573 et 656 Ma, selon la valeur assignée au paramètre d'échelle de l'hétérogénéité du taux de substitution moléculaire. Ces résultats sont en accord avec le registre fossile connu et soutiennent l'idée que l'explosion cambrienne reflète, en partie, la diversification des phylums bilatériens.

@article{doi101073pnas0401670101,
    author = "Peterson, Kevin J. et Lyons, Jessica B. et Nowak, Kristin S. et Takacs, Carter M. et Wargo, Matthew J. et McPeek, Mark A.",
    title = "Estimating metazoan divergence times with a molecular clock",
    year = "2004",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Dater avec précision le moment où les premiers animaux symétriques bilatéralement sont apparus est crucial pour notre compréhension de l'évolution précoce des animaux. Les fossiles bilatériens sans équivoque les plus anciens ont environ 555 millions d'années. En revanche, les analyses d'horloges moléculaires calibrées à l'aide du registre fossile des vertébrés estiment que les vertébrés se sont séparés des diptères (Drosophila) il y a environ 900 millions d'années (Ma). Néanmoins, les analyses génomiques comparatives suggèrent qu'une différence de taux significative existe entre les vertébrés et les diptères, car la différence de pourcentage entre les génomes de moustique et de mouche est supérieure à celle entre poisson et souris, même si la divergence des vertébrés est presque le double de celle des diptères. Ici, nous montrons que le taux d'évolution moléculaire des diptères est similaire à celui d'autres taxons invertébrés (échinodermes et mollusques bivalves) mais pas à celui des vertébrés, qui ont considérablement réduit leur taux d'évolution moléculaire par rapport aux invertébrés. En utilisant un ensemble de données consistant en la concaténation de sept séquences d'acides aminés différentes provenant de 23 taxons du groupe (donnant un total de 11 points de calibration invertébrés dispersés dans l'arbre bilatérien et à travers le Phanérozoïque), nous estimons que le dernier ancêtre commun des bilatériens est apparu quelque part entre 573 et 656 Ma, selon la valeur assignée au paramètre d'échelle de l'hétérogénéité du taux de substitution moléculaire. Ces résultats sont en accord avec le registre fossile connu et soutiennent l'idée que l'explosion cambrienne reflète, en partie, la diversification des phylums bilatériens.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0401670101",
    doi = "10.1073/pnas.0401670101",
    openalex = "W2143124634",
    references = "doi101017s009483730001681x, openalexw635257420"
}

Une analyse phylogénétique de 36 espèces permet de tester la taxonomie et l'histoire des spatangoides du Crétacé inférieur. La plupart des unités taxonomiques, des genres aux sous-ordres, sont cohérentes avec le cadre phylogénétique proposé. Nous conservons Hemiasterina, Micrasterina, Hemiasteridae, Schizasteridae, Hemiaster, Heteraster, Mecaster et Periaster comme groupes monophylétiques originaux. Cependant, tous ces clades se sont originés sans les apomorphies classiques normalement leur étant attribuées. Nous suggérons une révision de leurs diagnoses et des attributions génériques des espèces basales. Certains taxons mal définis, « primitifs » et paraphylétiques sont reconnus : Toxaster, Epiaster, Palhemiaster et Toxasteridae. Même s'ils n'ont pas de sens phylogénétique, ils sont conservés ici, en attendant une révision plus complète.

@article{doi101111j00310239200400364x,
    author = "Villier, Loïc et Néraudeau, Didier et Clavel, Bernard et Neumann, Christian et David, Bruno",
    title = "Phylogénie des spatangoides du Crétacé inférieur (Echinodermata: Echinoidea) et implications taxonomiques",
    year = "2004",
    journal = "Palaeontology",
    abstract = "Une analyse phylogénétique de 36 espèces permet de tester la taxonomie et l'histoire des spatangoides du Crétacé inférieur. La plupart des unités taxonomiques, des genres aux sous-ordres, sont cohérentes avec le cadre phylogénétique proposé. Nous conservons Hemiasterina, Micrasterina, Hemiasteridae, Schizasteridae, Hemiaster, Heteraster, Mecaster et Periaster comme groupes monophylétiques originaux. Cependant, tous ces clades se sont originés sans les apomorphies classiques normalement leur étant attribuées. Nous suggérons une révision de leurs diagnoses et des attributions génériques des espèces basales. Certains taxons mal définis, « primitifs » et paraphylétiques sont reconnus : Toxaster, Epiaster, Palhemiaster et Toxasteridae. Même s'ils n'ont pas de sens phylogénétique, ils sont conservés ici, en attendant une révision plus complète.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.0031-0239.2004.00364.x",
    doi = "10.1111/j.0031-0239.2004.00364.x",
    openalex = "W2170259396",
    references = "doi101007978140206754912413, doi101016002555648290027x, doi101017s0022336000061321, doi101093oso97801985771880010001, doi1012019781003077831, doi10120197810030789205, doi1016660094837320000260056cefisg20co2, doi1023071483846, doi105281zenodo16046014, openalexw635257420"
}

Les relations phylogénétiques entre les animaux deutérostomes ont fait l'objet de débats depuis de nombreuses années, et une diversité d'hypothèses a été proposée sur la base de données morphologiques et moléculaires. Ici, nous avons assemblé des séquences de 217 protéines codées par l'ADN nucléaire pour répondre à des questions spécifiques concernant leurs relations et leurs temps d'origine. Nous avons retrouvé un soutien significatif pour les urochordés en tant que plus proches parents des vertébrés avec une analyse de 59 protéines (17 400 acides aminés) et suggérons que la position basale des urochordés trouvée dans les études moléculaires précédentes pourrait être le résultat de biais d'attraction de branches longues. Nos résultats soutiennent également Ambulacraria, l'appariement des hémichordés avec les échinodermes (neuf protéines ; 2 382 acides aminés), et Cyclostomata, l'appariement des lampreies avec les myxines (25 protéines ; 6 895 acides aminés). De plus, 325 protéines partagées (102 110 acides aminés) ont été obtenues à partir des génomes complets de six vertébrés et d'un urochordé pour l'analyse phylogénétique et l'estimation du temps de divergence. Une échelle de temps évolutive a été estimée en utilisant une méthode d'horloge moléculaire locale (bayésienne). Nous avons trouvé que la plupart des lignées majeures de deutérostomes sont apparues avant l'Explosion cambrienne des fossiles (environ 520 MYA) et que plusieurs lignées étaient apparues avant les périodes de glaciation globale du Précambrien.

@article{doi101093molbevmsi225,
    author = "Blair, Jaime E. et Hedges, S. Blair",
    title = "Phylogénie moléculaire et temps de divergence des animaux deutérostomes",
    year = "2005",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "Les relations phylogénétiques entre les animaux deutérostomes ont fait l'objet de débats depuis de nombreuses années, et une diversité d'hypothèses a été proposée sur la base de données morphologiques et moléculaires. Ici, nous avons assemblé des séquences de 217 protéines codées par l'ADN nucléaire pour répondre à des questions spécifiques concernant leurs relations et leurs temps d'origine. Nous avons retrouvé un soutien significatif pour les urochordés en tant que plus proches parents des vertébrés avec une analyse de 59 protéines (17 400 acides aminés) et suggérons que la position basale des urochordés trouvée dans les études moléculaires précédentes pourrait être le résultat de biais d'attraction de branches longues. Nos résultats soutiennent également Ambulacraria, l'appariement des hémichordés avec les échinodermes (neuf protéines ; 2 382 acides aminés), et Cyclostomata, l'appariement des lampreies avec les myxines (25 protéines ; 6 895 acides aminés). De plus, 325 protéines partagées (102 110 acides aminés) ont été obtenues à partir des génomes complets de six vertébrés et d'un urochordé pour l'analyse phylogénétique et l'estimation du temps de divergence. Une échelle de temps évolutive a été estimée en utilisant une méthode d'horloge moléculaire locale (bayésienne). Nous avons trouvé que la plupart des lignées majeures de deutérostomes sont apparues avant l'Explosion cambrienne des fossiles (environ 520 MYA) et que plusieurs lignées étaient apparues avant les périodes de glaciation globale du Précambrien.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msi225",
    doi = "10.1093/molbev/msi225",
    openalex = "W1975553093",
    references = "doi101007bf02101113, doi101017s0006323199005472, doi10103835057062, doi10103846965, doi101038nature01262, doi101038nature01851, doi101073pnas9794469, doi101086425183, doi101093bib52150, doi101093nar25173389, doi101093nar25244876, doi101093oxfordjournalsmolbeva004134, doi101093oxfordjournalsmolbeva025664, doi101093oxfordjournalsmolbeva025897, doi101093oxfordjournalsmolbeva026201, doi101111j109600311998tb00338x, doi101126science1058040, doi101126science28153811342, doi101126science28754612185, doi101130g205191, doi1023072413259, nieuwenhuys1998the, openalexw635257420"
}

@article{doi101038nature05110,
    author = "James, Timothy Y. et Kauff, Frank et Schoch, Conrad L. et Matheny, P. Brandon et Hofstetter, Valérie et Cox, Cymon J. et Celio, Gail J. et Gueidan, Cécile et Fraker, Emily et Miądlikowska, Jolanta et Lumbsch, H. Thorsten et Rauhut, Alexandra et Reeb, Valérie et Arnold, A. Elizabeth et Wynns, Anja Amtoft et Stajich, Jason et Hosaka, Kentaro et Sung, Gi‐Ho et Johnson, Desiree et O’Rourke, Ben et Crockett, Michael et Binder, Manfred et Curtis, Judd M. et Slot, Jason C. et Wang, Zheng et Wilson, Andrew W. et Schüßler, Arthur et Longcore, Joyce E. et O’Donnell, Kerry et Mozley-Standridge, Sharon E. et Porter, David et Letcher, Peter M. et Powell, Martha J. et Taylor, John W. et White, Merlin M. et Griffith, Gareth et Davies, D. R. et Humber, Richard A. et Morton, Joseph B. et Sugiyama, Junta et Rossman, Amy Y. et Rogers, Jack D. et Pfister, D.H. et Hewitt, David et Hansen, Karen et Hambleton, Sarah et Shoemaker, R. A. et Kohlmeyer, Jan et Volkmann‐Kohlmeyer, Brigitte et Spotts, Robert A. et Serdani, Maryna et Crous, P.W. et Hughes, Karen W. et Matsuura, Kenji et Langer, Ewald et Langer, Gitta Jutta et Untereiner, Wendy A. et Lücking, Robert et Büdel, Burkhard et Geiser, David M. et Aptroot, André et Diederich, Paul et Schmitt, Imke et Schultz, Matthias et Yahr, Rebecca et Hibbett, David S. et Lutzoni, François et McLaughlin, David J. et Spatafora, Joseph W. et Vilgalys, Rytas",
    title = "Reconstituer l'évolution précoce des champignons à l'aide d'une phylogénie à six gènes",
    year = "2006",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature05110",
    doi = "10.1038/nature05110",
    openalex = "W2054908644",
    references = "doi10108010635150290069913, doi101093bioinformatics183502, openalexw2611511275"
}

Le catalogage du très grand nombre d'espèces d'insectes non décrites pourrait être grandement accéléré par des approches automatisées basées sur l'ADN, mais les procédures pour la découverte d'espèces à grande échelle à partir de données de séquences font actuellement défaut. Ici, nous utilisons la variation de l'ADN mitochondrial pour délimiter les espèces dans une radiation de coléoptères mal connue du genre Rivacindela de l'Australie aride. Parmi 468 individus échantillonnés sur 65 sites et de multiples types morphologiquement distinguables, la variation de séquence dans trois gènes d'ADN mitochondrial (sous-unité 1 de l'oxydase cytochrome, cytochrome b, ARN ribosomal 16S) était fortement partitionnée entre 46 ou 47 espèces putatives identifiées avec des méthodes quantitatives de reconnaissance des espèces basées sur des caractères uniques fixes (« diagnostiques »). Les frontières entre les groupes étaient également reconnaissables grâce à une augmentation frappante du taux de ramification dans des arbres calibrés contraints par l'horloge. Des modèles de croissance stochastique des lignées (modèles de Yule) ont été combinés à la théorie de la coalescence pour développer une nouvelle méthode de vraisemblance qui détermine le point de transition des processus évolutifs au niveau des espèces (spéciation et extinction) vers le niveau des populations (coalescence). L'ajustement de l'emplacement des bascules de la spéciation aux nœuds de coalescence sur l'arbre ultramétrique de Rivacindela a produit une transition du taux de ramification survenue à 0,43 Ma, conduisant à une estimation de 48 espèces putatives (intervalle de confiance pour le seuil allant de 47 à 51 clusters dans 2 unités de logL). Les entités délimitées de cette manière ont exhibé des propriétés biologiques des espèces traditionnellement définies, montrant une cohérence des aires géographiques, une large congruence avec les espèces reconnues morphologiquement, et des niveaux de divergence de séquence typiques pour des espèces d'insectes étroitement apparentées. La découverte de groupements évolutifs discontinus qui sont facilement apparents dans les motifs de variation de séquence permet une délimitation des espèces largement automatisée à partir de sondages d'ADN de communautés locales comme un échafaudage pour la taxonomie dans ce groupe d'insectes mal connu.

@article{doi10108010635150600852011,
    author = "Pons, Joan et Barraclough, Timothy G. et Gómez‐Zurita, Jesús et Cardoso, Anabela et Duran, Daniel P. et Hazell, Steaphan P. et Kamoun, Sophien et Sumlin, W D et Vogler, Alfried P.",
    title = "Delimitation des espèces basée sur les séquences pour la taxonomie de l'ADN des insectes non décrits",
    year = "2006",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = {Le catalogage du très grand nombre d'espèces d'insectes non décrites pourrait être grandement accéléré par des approches automatisées basées sur l'ADN, mais les procédures pour la découverte d'espèces à grande échelle à partir de données de séquences font actuellement défaut. Ici, nous utilisons la variation de l'ADN mitochondrial pour délimiter les espèces dans une radiation de coléoptères mal connue du genre Rivacindela de l'Australie aride. Parmi 468 individus échantillonnés sur 65 sites et de multiples types morphologiquement distinguables, la variation de séquence dans trois gènes d'ADN mitochondrial (sous-unité 1 de l'oxydase cytochrome, cytochrome b, ARN ribosomal 16S) était fortement partitionnée entre 46 ou 47 espèces putatives identifiées avec des méthodes quantitatives de reconnaissance des espèces basées sur des caractères uniques fixes (« diagnostiques »). Les frontières entre les groupes étaient également reconnaissables grâce à une augmentation frappante du taux de ramification dans des arbres calibrés contraints par l'horloge. Des modèles de croissance stochastique des lignées (modèles de Yule) ont été combinés à la théorie de la coalescence pour développer une nouvelle méthode de vraisemblance qui détermine le point de transition des processus évolutifs au niveau des espèces (spéciation et extinction) vers le niveau des populations (coalescence). L'ajustement de l'emplacement des bascules de la spéciation aux nœuds de coalescence sur l'arbre ultramétrique de Rivacindela a produit une transition du taux de ramification survenue à 0,43 Ma, conduisant à une estimation de 48 espèces putatives (intervalle de confiance pour le seuil allant de 47 à 51 clusters dans 2 unités de logL). Les entités délimitées de cette manière ont exhibé des propriétés biologiques des espèces traditionnellement définies, montrant une cohérence des aires géographiques, une large congruence avec les espèces reconnues morphologiquement, et des niveaux de divergence de séquence typiques pour des espèces d'insectes étroitement apparentées. La découverte de groupements évolutifs discontinus qui sont facilement apparents dans les motifs de variation de séquence permet une délimitation des espèces largement automatisée à partir de sondages d'ADN de communautés locales comme un échafaudage pour la taxonomie dans ce groupe d'insectes mal connu.},
    url = "https://doi.org/10.1080/10635150600852011",
    doi = "10.1080/10635150600852011",
    openalex = "W2102883209",
    references = "doi101007978140206754912413, doi10100797814615678136, doi101016s0169534701021619, doi101046j1365294x200001020x, doi101073pnas0406166101, doi101073pnas89178322, doi101073pnas91146491, doi101080106351502753475880, doi101093genetics1322619, doi101093oxfordjournalsmolbeva003974, doi101098rspb20022218, doi101111j109600311999tb00277x, doi101146annurevecolsys34011802132421, doi101146annureven10010165000525, doi101371journalpbio0020312, doi101371journalpbio0030422, doi1023072413039"
}

L'analyse de parcimonie (cladistique) a longtemps été l'une des méthodes les plus utilisées pour l'inférence phylogénétique dans les domaines de la systématique et de la biologie évolutive. De plus, elle possède des attributs mathématiques qui la rendent adaptée à l'utilisation avec des ensembles de données complexes à l'échelle du génome. Dans ce livre, des spécialistes examinent les aspects philosophiques, statistiques, méthodologiques et mathématiques de l'analyse de parcimonie, et démontrent le potentiel que cette puissante méthode de synthèse hiérarchique des données a pour la recherche en génomique structurale et fonctionnelle.

@book{doi101093acprofoso97801992973060010001,
    author = "Albert, Victor A.",
    title = "Parsimonie, phylogénie et génomique",
    year = "2006",
    booktitle = "Oxford University Press eBooks",
    abstract = "L'analyse de parcimonie (cladistique) a longtemps été l'une des méthodes les plus utilisées pour l'inférence phylogénétique dans les domaines de la systématique et de la biologie évolutive. De plus, elle possède des attributs mathématiques qui la rendent adaptée à l'utilisation avec des ensembles de données complexes à l'échelle du génome. Dans ce livre, des spécialistes examinent les aspects philosophiques, statistiques, méthodologiques et mathématiques de l'analyse de parcimonie, et démontrent le potentiel que cette puissante méthode de synthèse hiérarchique des données a pour la recherche en génomique structurale et fonctionnelle.",
    url = "https://doi.org/10.1093/acprof:oso/9780199297306.001.0001",
    doi = "10.1093/acprof:oso/9780199297306.001.0001",
    openalex = "W1527858535",
    references = "doi101016002555648290027x, doi101111j109600311995tb00092x, doi1023071220820, doi1023072412452, doi1023072992272"
}

La cartographie stochastique des caractères, telle qu'elle est mise en œuvre dans le logiciel SIMMAP, permet aux utilisateurs d'aborder des questions nécessitant la cartographie de caractères sur des phylogénies en utilisant une approche probabiliste qui ne repose pas sur le principe de parcimonie. Les analyses peuvent être effectuées en utilisant une approche entièrement bayésienne qui ne dépend pas de la prise en compte d'une seule topologie, d'un ensemble de paramètres de modèle de substitution, ou de la reconstruction des états ancestraux. L'incertitude concernant ces quantités est prise en compte en utilisant des échantillons MCMC tirés de leurs distributions a posteriori respectives.

@article{doi10118614712105788,
    author = "Bollback, Jonathan P.",
    title = "SIMMAP : cartographie stochastique des caractères discrets sur des phylogénies",
    year = "2006",
    journal = "BMC Bioinformatics",
    abstract = "La cartographie stochastique des caractères, telle qu'elle est mise en œuvre dans le logiciel SIMMAP, permet aux utilisateurs d'aborder des questions nécessitant la cartographie de caractères sur des phylogénies en utilisant une approche probabiliste qui ne repose pas sur le principe de parcimonie. Les analyses peuvent être effectuées en utilisant une approche entièrement bayésienne qui ne dépend pas de la prise en compte d'une seule topologie, d'un ensemble de paramètres de modèle de substitution, ou de la reconstruction des états ancestraux. L'incertitude concernant ces quantités est prise en compte en utilisant des échantillons MCMC tirés de leurs distributions a posteriori respectives.",
    url = "https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-88",
    doi = "10.1186/1471-2105-7-88",
    openalex = "W2118207809",
    references = "doi101007bf01734359, doi101016b9781483232119500097, doi10103844766, doi101080106351501753462876, doi101086284325, doi101093bioinformatics178754, doi101093oso97801985464120010001, doi105860choice295104, doi105860choice392183, openalexw2611511275, openalexw638862129"
}

Ces dernières années, la systématique aviaire a été caractérisée par une diminution de la dépendance à la cladistique morphologique des taxons modernes, une recherche paléornithologique intensive stimulée par de nouvelles découvertes et une inondation d'analyses basées sur des séquences d'ADN. Malheureusement, contrairement aux aperçus significatifs concernant les origines basales, l'image globale de la phylogénie des néornithes reste largement non résolue. Les études morphologiques ont mis l'accent sur des caractères utiles dans des contextes paléontologiques. Les études moléculaires, après le désenchantement avec le travail pionnier mais non cladistique de Sibley et Ahlquist, se sont nettement différenciées les unes des autres et des travaux morphologiques tant sur le plan des méthodes que des résultats. Par conséquent, au tournant du millénaire, les points d'accord robustes entre les écoles concernant la phylogénie d'ordre supérieur des néornithes se sont limités aux deux groupes basaux et à plusieurs groupes primaires de niveau intermédiaire. Cet article décrit une analyse phylogénétique (cladistique) de 150 taxons de Neornithes, incluant des exemplaires de toutes les familles non passériformes, et des représentants sous-ordinaux des Passeriformes. Trente-cinq taxons de groupe externe englobant les Crocodylia, principalement les Dinosaures theropodes, et des oiseaux mésozoïques sélectionnés ont été utilisés pour ancrer les arbres. Sur la base de l'étude des spécimens et de la littérature, 2954 caractères morphologiques ont été définis ; ces caractères ont été décrits dans un travail complémentaire, dont environ un tiers étaient multistats (c'est-à-dire comprenaient au moins trois états), et les états au sein de plus de la moitié de ces caractères multistats ont été ordonnés pour l'analyse. Des recherches heuristiques complètes utilisant 10 000 réplications d'ajout aléatoire ont récupéré un ensemble de solutions total de 97 arbres les plus parcimonieux bien résolus (MPT). L'ensemble des MPT a été confirmé par une recherche heuristique élargie basée sur 10 000 réplications d'ajout aléatoire et une exploration complète augmentée par un ratchet pour déterminer les optima globaux. Un arbre de consensus strict des MPT ne comprenait que six trichotomies, c'est-à-dire des nœuds différant topologiquement parmi les MPT. Les pourcentages de bootstrap (basés sur 10 000 réplications) et les indices de support minimisés par ratchet (Bremer) indiquaient que la plupart des nœuds étaient robustes. Plusieurs néornithes fossiles (par exemple, Dinornithiformes, Aepyornithiformes) ont été placés a posteriori dans le groupe interne soit par des recherches heuristiques non contraintes basées sur la matrice complète augmentée par ces taxons séparément, soit en utilisant des contraintes de squelette. L'analyse a confirmé la topologie parmi les Theropoda du groupe externe et a atteint une résolution robuste à pratiquement tous les niveaux des Neornithes. Les résultats incluent la monophylie des oiseaux paléognathes, composant les taxons sœurs Tinamiformes et ratites respectivement, et les Anseriformes et Galliformes comme groupes sœurs monophylétiques, formant ensemble le groupe sœur des autres Neornithes exclus des Paléognathes (Neoaves). Les inférences notables incluent : (i) le groupe sœur des Neoaves restants comprend une diversité d'oiseaux marins et pélicanidés ; (ii) les Podicipedidae sont le groupe sœur des Gaviidae, et non étroitement liés aux Phoenicopteridae, comme récemment suggéré ; (iii) les Pelecaniformes traditionnels, incluant le balaeniceps (Balaeniceps rex) comme taxon sœur des autres membres, sont monophylétiques ; (iv) les Ciconiiformes traditionnels sont monophylétiques ; (v) les Strigiformes et Falconiformes sont des groupes sœurs ; (vi) les Cathartidae sont le groupe sœur des Falconiformes restants ; (vii) les Ralliformes (Rallidae et Heliornithidae) sont le groupe sœur des Charadriiformes monophylétiques, avec les Gruiformes et Turniciformes (Turnicidae et Mesitornithidae) traditionnellement composés paraphylétiques séquentiellement à l'ensemble du clade susmentionné ; (viii) Opisthocomus hoazin est le taxon sœur des Cuculiformes (incluant les Musophagidae) ; (ix) les Caprimulgiformes traditionnels sont monophylétiques et le groupe sœur des Apodiformes ; (x) les Trogoniformes sont le groupe sœur des Coliiformes ; (xi) les Coraciiformes, Piciformes et Passeriformes sont mutuellement monophylétiques et étroitement liés ; et (xii) les Galbulae sont conservés au sein des Piciformes. Les parties non résolues des Neornithes (nœuds ayant plus d'une solution la plus parcimonieuse) comprenaient trois parties de l'arbre : (a) plusieurs nœuds interfamiliaux au sein des Charadriiformes ; (b) une trichotomie comprenant les (i) Psittaciformes, (ii) Columbiformes et (iii) Trogonomorphae (Trogoniformes, Coliiformes) + Passerimorphae (Coraciiformes, Piciformes, Passeriformes) ; et (c) une trichotomie comprenant les Coraciiformes, Piciformes et Passeriformes. Les polytomies restantes étaient parmi les groupes externes, bien que plusieurs des nœuds d'ordre supérieur n'étaient soutenus que marginalement ; cependant, la majorité des nœuds étaient résolus et ont atteint ou surpassé les normes conventionnelles de support. Les comparaisons quantitatives avec des hypothèses alternatives, l'examen de caractères hautement soutenus et diagnostiques pour les taxons supérieurs, les correspondances avec des études antérieures, la complémentarité et les différences philosophiques avec la phylogénétique paléontologique, les promesses et défis de la paléogéographie et de la calibration des taux d'évolution des oiseaux, ainsi que les classes de preuves prometteuses et les futures directions d'étude sont examinés. L'homologie, appliquée aux exemples aviaires d'homologues apparents, est considérée en termes de théorie récente, et une classification annotée révisée des taxons d'ordre supérieur des Neornithes et d'autres Theropoda étroitement liés est proposée. (c) 2007 The Linnean Society of London, Zoological Journal of the Linnean Society, 2007, 149, 1-95.

@article{doi101111j10963642200600293x,
    author = "Livezey, Bradley C. and Zusi, Richard L.",
    title = "Higher-order phylogeny of modern birds (Theropoda, Aves: Neornithes) based on comparative anatomy. II. Analysis and discussion",
    year = "2007",
    journal = "Zoological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "In recent years, avian systematics has been characterized by a diminished reliance on morphological cladistics of modern taxa, intensive palaeornithogical research stimulated by new discoveries and an inundation by analyses based on DNA sequences. Unfortunately, in contrast to significant insights into basal origins, the broad picture of neornithine phylogeny remains largely unresolved. Morphological studies have emphasized characters of use in palaeontological contexts. Molecular studies, following disillusionment with the pioneering, but non-cladistic, work of Sibley and Ahlquist, have differed markedly from each other and from morphological works in both methods and findings. Consequently, at the turn of the millennium, points of robust agreement among schools concerning higher-order neornithine phylogeny have been limited to the two basalmost and several mid-level, primary groups. This paper describes a phylogenetic (cladistic) analysis of 150 taxa of Neornithes, including exemplars from all non-passeriform families, and subordinal representatives of Passeriformes. Thirty-five outgroup taxa encompassing Crocodylia, predominately theropod Dinosauria, and selected Mesozoic birds were used to root the trees. Based on study of specimens and the literature, 2954 morphological characters were defined; these characters have been described in a companion work, approximately one-third of which were multistate (i.e. comprised at least three states), and states within more than one-half of these multistate characters were ordered for analysis. Complete heuristic searches using 10 000 random-addition replicates recovered a total solution set of 97 well-resolved, most-parsimonious trees (MPTs). The set of MPTs was confirmed by an expanded heuristic search based on 10 000 random-addition replicates and a full ratchet-augmented exploration to ascertain global optima. A strict consensus tree of MPTs included only six trichotomies, i.e. nodes differing topologically among MPTs. Bootstrapping (based on 10 000 replicates) percentages and ratchet-minimized support (Bremer) indices indicated most nodes to be robust. Several fossil Neornithes (e.g. Dinornithiformes, Aepyornithiformes) were placed within the ingroup a posteriori either through unconstrained, heursitic searches based on the complete matrix augmented by these taxa separately or using backbone-constraints. Analysis confirmed the topology among outgroup Theropoda and achieved robust resolution at virtually all levels of the Neornithes. Findings included monophyly of the palaeognathous birds, comprising the sister taxa Tinamiformes and ratites, respectively, and the Anseriformes and Galliformes as monophyletic sister-groups, together forming the sister-group to other Neornithes exclusive of the Palaeognathae (Neoaves). Noteworthy inferences include: (i) the sister-group to remaining Neoaves comprises a diversity of marine and wading birds; (ii) Podicipedidae are the sister-group of Gaviidae, and not closely related to the Phoenicopteridae, as recently suggested; (iii) the traditional Pelecaniformes, including the shoebill (Balaeniceps rex) as sister-taxon to other members, are monophyletic; (iv) traditional Ciconiiformes are monophyletic; (v) Strigiformes and Falconiformes are sister-groups; (vi) Cathartidae is the sister-group of the remaining Falconiformes; (vii) Ralliformes (Rallidae and Heliornithidae) are the sister-group to the monophyletic Charadriiformes, with the traditionally composed Gruiformes and Turniciformes (Turnicidae and Mesitornithidae) sequentially paraphyletic to the entire foregoing clade; (viii) Opisthocomus hoazin is the sister-taxon to the Cuculiformes (including the Musophagidae); (ix) traditional Caprimulgiformes are monophyletic and the sister-group of the Apodiformes; (x) Trogoniformes are the sister-group of Coliiformes; (xi) Coraciiformes, Piciformes and Passeriformes are mutually monophyletic and closely related; and (xii) the Galbulae are retained within the Piciformes. Unresolved portions of the Neornithes (nodes having more than one most-parsimonious solution) comprised three parts of the tree: (a) several interfamilial nodes within the Charadriiformes; (b) a trichotomy comprising the (i) Psittaciformes, (ii) Columbiformes and (iii) Trogonomorphae (Trogoniformes, Coliiformes) + Passerimorphae (Coraciiformes, Piciformes, Passeriformes); and (c) a trichotomy comprising the Coraciiformes, Piciformes and Passeriformes. The remaining polytomies were among outgroups, although several of the highest-order nodes were only marginally supported; however, the majority of nodes were resolved and met or surpassed conventional standards of support. Quantitative comparisons with alternative hypotheses, examination of highly supportive and diagnostic characters for higher taxa, correspondences with prior studies, complementarity and philosophical differences with palaeontological phylogenetics, promises and challenges of palaeogeography and calibration of evolutionary rates of birds, and classes of promising evidence and future directions of study are reviewed. Homology, as applied to avian examples of apparent homologues, is considered in terms of recent theory, and a revised annotated classification of higher-order taxa of Neornithes and other closely related Theropoda is proposed. (c) 2007 The Linnean Society of London, Zoological Journal of the Linnean Society, 2007, 149, 1-95.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-3642.2006.00293.x",
    doi = "10.1111/j.1096-3642.2006.00293.x",
    openalex = "W2153165351",
    references = "crossref1995systematics, doi101002jmor10382, doi101002jmor10406, doi101002jmor1052090107, doi101007bf02101113, doi101016b978012249408650011x, doi101017s0006323197005100, doi101017s1464793102006103, doi101017s1464793105006779, doi101038nature03150, doi101073pnas0507106102, doi10108002724634199410011524, doi10108010635150500234583, doi10108010635150590950326, doi101093oso97801951223430010001, doi101093oso97801985052350010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva026092, doi101093sysbio33183, doi101093sysbio422182, doi101098rspb20001368, doi101111j109600311989tb00573x, doi101111j109600311993tb00217x, doi101111j109600312003tb00387x, doi101111j109636422001tb01313x, doi101111j109636422001tb01314x, doi101111j1469185x1997tb00024x, doi101111j146979981991tb04794x, doi101111j155856461959tb03005x, doi101111j155856461985tb00420x, doi101126science2665186779, doi1012060003008220023870001tmappo20co2, doi1012060003009020042860001mptaso20co2, doi1016660094837320050310192meam20co2, doi1023072408678, doi1023072413134, doi1023072992540, doi10230740168337, doi102992014590582006371pon20co2, doi105860choice323881, doi105860choice343307, doi105860choice392183, doi105860choice405235, doi105962bhltitle106607, gregor1988the, openalexw2506868775, openalexw3217097258"
}

Les échinodermes ont longtemps été caractérisés par la présence d'ambulacres qui présentent une symétrie pentaradiaire et définissent cinq axes corporels primaires. En réalité, une symétrie ambulacraire véritablement pentaradiaire est une condition dérivée uniquement une fois dans l'histoire évolutive des échinodermes et est restreinte aux éluthérozoaires, le clade qui contient la plupart des espèces d'échinodermes vivantes. En revanche, les échinodermes précoces présentent un arrangement bilatéralement symétrique 2-1-2, avec trois ambulacres rayonnant depuis la bouche. La ramification des deux ambulacres latéraux durant l'ontogenèse produit les cinq rayons adultes. Durant l'Explosion cambrienne et la Radiation ordovicienne, environ 30 clades d'échinodermes se sont développés, dont beaucoup possèdent des systèmes ambulacraux aberrants avec un à quatre rayons. Malheureusement, aucun modèle sous-jacent n'a émergé pour expliquer les homologies ambulacraires entre des formes disparates. Ici, nous montrons que la plupart des échinodermes paléozoïques sont caractérisés par des ambulacres identifiables de manière unique qui se développent en trois stades postlarvaires distincts. Presque toutes les morphologies « aberrantes » d'échinodermes peuvent être expliquées par le modèle de réduction ambulacraire paedomorphique (PAR) par la perte de certaines combinaisons de ces stades de croissance durant l'ontogenèse. Des schémas superficiellement similaires de réduction ambulacraire chez des clades éloignés ont résulté de la perte parallèle d'ambulacres homologies durant l'ontogenèse. La symétrie pseudo-pentafold observée chez les Blastoidea et la symétrie véritablement pentafold observée chez les Eleutherozoa résultent, respectivement, d'une grande réduction et d'une perte totale de la symétrie 2–1–2 au début de l'ontogenèse. Ces variations ambulacraires suggèrent que les contraintes développementales et écologiques affectent l'évolution de nouveaux plans corporels d'échinodermes.

@article{doi101666060531,
    author = "Sumrall, Colin D. and Wray, Gregory A.",
    title = "Ontogeny in the fossil record: diversification of body plans and the evolution of “aberrant” symmetry in Paleozoic echinoderms",
    year = "2007",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Echinoderms have long been characterized by the presence of ambulacra that exhibit pentaradiate symmetry and define five primary body axes. In reality, truly pentaradial ambulacral symmetry is a condition derived only once in the evolutionary history of echinoderms and is restricted to eleutherozoans, the clade that contains most living echinoderm species. In contrast, early echinoderms have a bilaterally symmetrical 2-1-2 arrangement, with three ambulacra radiating from the mouth. Branching of the two side ambulacra during ontogeny produces the five adult rays. During the Cambrian Explosion and Ordovician Radiation, some 30 clades of echinoderms evolved, many of which have aberrant ambulacral systems with one to four rays. Unfortunately, no underlying model has emerged that explains ambulacral homologies among disparate forms. Here we show that most Paleozoic echinoderms are characterized by uniquely identifiable ambulacra that develop in three distinct postlarval stages. Nearly all “aberrant” echinoderm morphologies can be explained by the paedomorphic ambulacra reduction (PAR) model through the loss of some combination of these growth stages during ontogeny. Superficially similar patterns of ambulacral reduction in distantly related clades have resulted from the parallel loss of homologous ambulacra during ontogeny. Pseudo-fivefold symmetry seen in Blastoidea and the true fivefold symmetry seen in Eleutherozoa result from great reduction and total loss, respectively, of the 2–1–2 symmetry early in ontogeny. These ambulacral variations suggest that both developmental and ecological constraints affect the evolution of novel echinoderm body plans.",
    url = "https://doi.org/10.1666/06053.1",
    doi = "10.1666/06053.1",
    openalex = "W2020391426"
}

FOND : La radiation adaptative, l'évolution de la diversité écologique et phénotypique à partir d'un ancêtre commun, est un concept central en biologie évolutive et caractérise les histoires évolutives de nombreux groupes d'organismes. Un tel groupe est la famille des Mustelidae, la famille la plus riche en espèces au sein de l'ordre des Carnivora, englobant 59 espèces classées en 22 genres. Les mustélidés actuels présentent une diversité écomorphologique étendue, avec différents lignages ayant évolué vers une gamme de zones adaptatives, des blaireaux fouisseurs aux loutres semi-aquatiques. Les mustélidés sont également largement répartis, avec plusieurs genres présents sur différents continents. Comme pour d'autres groupes ayant subi une radiation adaptative, la résolution de l'histoire phylogénétique des mustélidés présente un certain nombre de défis car la convergence écomorphologique peut potentiellement brouiller les inférences phylogénétiques basées sur la morphologie, et parce que les radiations adaptatives incluent souvent une ou plusieurs périodes de cladogenèse rapide qui nécessitent une grande quantité de données pour être résolues. RÉSULTATS : Nous avons construit une phylogénie presque complète au niveau générique des Mustelidae à l'aide d'une matrice de données composée de 22 segments de gènes (environ 12 000 paires de bases) analysés avec les méthodes de parcimonie maximale, de vraisemblance maximale et d'inférence bayésienne. Nous montrons que les mustélidés sont de manière cohérente résolus avec un soutien nodal élevé en quatre grands clades et trois lignages monotypiques. En utilisant des techniques de datation bayésienne, nous fournissons des preuves que les mustélidés ont connu deux vagues de diversification qui coïncident avec des changements paléo-environnementaux et biotiques majeurs survenus durant le Néogène et correspondent à des vagues similaires de cladogenèse chez d'autres groupes de vertébrés. Les analyses biogéographiques indiquent que la plupart de la diversité actuelle des mustélidés est originaire d'Eurasie et que les mustélidés ont colonisé l'Afrique, l'Amérique du Nord et l'Amérique du Sud à plusieurs reprises. CONCLUSION : Combinées aux informations du registre fossile, nos analyses phylogénétiques et de datation suggèrent que la diversification des mustélidés a pu être stimulée par une combinaison d'événements de turnover faunique et de diversification à des niveaux trophiques inférieurs, causées ultimement par des changements environnementaux pilotés par le climat. Nos analyses biogéographiques montrent l'Eurasie comme le centre d'origine de la diversité des mustélidés et que les mustélidés d'Afrique, d'Amérique du Nord et d'Amérique du Sud ont été assemblés au fil du temps principalement via la dispersion, ce qui a des implications importantes pour comprendre l'écologie des communautés de mustélidés.

@article{doi10118617417007610,
    author = "Koepfli, Klaus‐Peter and Deere, Kerry A and Slater, Graham J. and Begg, Colleen and Begg, Keith S. and Grassman, Lon I. and Lucherini, Mauro and Veron, Géraldine and Wayne, Robert K.",
    title = "Multigene phylogeny of the Mustelidae: Resolving relationships, tempo and biogeographic history of a mammalian adaptive radiation",
    year = "2008",
    journal = "BMC Biology",
    abstract = "FOND : La radiation adaptative, l'évolution de la diversité écologique et phénotypique à partir d'un ancêtre commun, est un concept central en biologie évolutive et caractérise les histoires évolutives de nombreux groupes d'organismes. Un tel groupe est la famille des Mustelidae, la famille la plus riche en espèces au sein de l'ordre des Carnivora, englobant 59 espèces classées en 22 genres. Les mustélidés actuels présentent une diversité écomorphologique étendue, avec différents lignages ayant évolué vers une gamme de zones adaptatives, des blaireaux fouisseurs aux loutres semi-aquatiques. Les mustélidés sont également largement répartis, avec plusieurs genres présents sur différents continents. Comme pour d'autres groupes ayant subi une radiation adaptative, la résolution de l'histoire phylogénétique des mustélidés présente un certain nombre de défis car la convergence écomorphologique peut potentiellement brouiller les inférences phylogénétiques basées sur la morphologie, et parce que les radiations adaptatives incluent souvent une ou plusieurs périodes de cladogenèse rapide qui nécessitent une grande quantité de données pour être résolues. RÉSULTATS : Nous avons construit une phylogénie presque complète au niveau générique des Mustelidae à l'aide d'une matrice de données composée de 22 segments de gènes (environ 12 000 paires de bases) analysés avec les méthodes de parcimonie maximale, de vraisemblance maximale et d'inférence bayésienne. Nous montrons que les mustélidés sont de manière cohérente résolus avec un soutien nodal élevé en quatre grands clades et trois lignages monotypiques. En utilisant des techniques de datation bayésienne, nous fournissons des preuves que les mustélidés ont connu deux vagues de diversification qui coïncident avec des changements paléo-environnementaux et biotiques majeurs survenus durant le Néogène et correspondent à des vagues similaires de cladogenèse chez d'autres groupes de vertébrés. Les analyses biogéographiques indiquent que la plupart de la diversité actuelle des mustélidés est originaire d'Eurasie et que les mustélidés ont colonisé l'Afrique, l'Amérique du Nord et l'Amérique du Sud à plusieurs reprises. CONCLUSION : Combinées aux informations du registre fossile, nos analyses phylogénétiques et de datation suggèrent que la diversification des mustélidés a pu être stimulée par une combinaison d'événements de turnover faunique et de diversification à des niveaux trophiques inférieurs, causées ultimement par des changements environnementaux pilotés par le climat. Nos analyses biogéographiques montrent l'Eurasie comme le centre d'origine de la diversité des mustélidés et que les mustélidés d'Afrique, d'Amérique du Nord et d'Amérique du Sud ont été assemblés au fil du temps principalement via la dispersion, ce qui a des implications importantes pour comprendre l'écologie des communautés de mustélidés.",
    url = "https://doi.org/10.1186/1741-7007-6-10",
    doi = "10.1186/1741-7007-6-10",
    openalex = "W1969810115",
    references = "doi101093oso97801985771880010001, doi101126science1122277"
}

@article{doi101016jtree201005002,
    author = "Quental, Tiago B. et Marshall, Charles R.",
    title = "Dynamiques de la diversité : les phylogénies moléculaires ont besoin du registre fossile",
    year = "2010",
    journal = "Trends in Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.tree.2010.05.002",
    doi = "10.1016/j.tree.2010.05.002",
    openalex = "W2157452947",
    references = "doi101017s0094837300016134, doi101073pnas111144698, doi101111j14754983200600612x"
}

Il a été soutenu que l'augmentation de la prédation au cours du temps géologique devrait entraîner une augmentation des adaptations défensives chez les taxons proies. Des observations récentes in situ et en laboratoire indiquent que les oursins cidaroides se nourrissent de crinoïdes pédonculés vivants, laissant des marques de morsure distinctes sur leurs éléments squelettiques. Des marques de morsure similaires sur des crinoïdes fossiles de Pologne suggèrent fortement que ces animaux ont été soumis à la prédation par les échinodermes depuis le Trias. Après leur quasi-extinction lors de l'extinction du Permien supérieur, les crinoïdes ont connu une importante radiation évolutive au Trias moyen-supérieur qui a produit des nouveautés morphologiques et comportementales distinctes, en particulier des taxons mobiles qui contrastaient fortement avec les faunes de crinoïdes paléozoïques principalement sessiles. Nous suggérons que l'apparition et le succès évolutif ultérieur des crinoïdes mobiles étaient liés à la prédation benthique par les échinodermes post-paléozoïques avec leur appareil alimentaire plus puissant et plus actif, et que, dans le cas des crinoïdes, la révolution marine du Mésozoïque pilotée par la prédation a commencé plus tôt que chez d'autres groupes, peut-être peu après l'extinction du Permien supérieur.

@article{doi101073pnas0914199107,
    author = "Baumiller, Tomasz K. et Salamon, Mariusz A. et Gorzelak, Przemysław et Mooi, Rich et Messing, Charles G. et Gahn, Forest J.",
    title = "Post-Paleozoic crinoid radiation in response to benthic predation preceded the Mesozoic marine revolution",
    year = "2010",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Il a été soutenu que l'augmentation de la prédation au cours du temps géologique devrait entraîner une augmentation des adaptations défensives chez les taxons proies. Des observations récentes in situ et en laboratoire indiquent que les oursins cidaroides se nourrissent de crinoïdes pédonculés vivants, laissant des marques de morsure distinctes sur leurs éléments squelettiques. Des marques de morsure similaires sur des crinoïdes fossiles de Pologne suggèrent fortement que ces animaux ont été soumis à la prédation par les échinodermes depuis le Trias. Après leur quasi-extinction lors de l'extinction du Permien supérieur, les crinoïdes ont connu une importante radiation évolutive au Trias moyen-supérieur qui a produit des nouveautés morphologiques et comportementales distinctes, en particulier des taxons mobiles qui contrastaient fortement avec les faunes de crinoïdes paléozoïques principalement sessiles. Nous suggérons que l'apparition et le succès évolutif ultérieur des crinoïdes mobiles étaient liés à la prédation benthique par les échinodermes post-paléozoïques avec leur appareil alimentaire plus puissant et plus actif, et que, dans le cas des crinoïdes, la révolution marine du Mésozoïque pilotée par la prédation a commencé plus tôt que chez d'autres groupes, peut-être peu après l'extinction du Permien supérieur.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0914199107",
    doi = "10.1073/pnas.0914199107",
    openalex = "W2064012062",
    references = "doi101017s0022336000061321, doi105281zenodo16046014, kier1974evolutionary"
}

Les relations des échinides post-paléozoïques au niveau familial sont établies par une analyse phylogénétique de 169 taxons et 306 caractères squelettiques (excluant les pédicellaires). Les analyses phylogénétiques précédentes des échinoids ont soit examiné des sous-groupes spécifiques en détail, soit considéré un nombre relativement restreint de taxons sélectionnés à travers la classe, avec un échantillonnage dispersé susceptible d'affecter négativement la fiabilité des résultats. Nos nouvelles analyses représentent un compromis entre englober la diversité de forme qui existe, tout en maintenant le nombre de taxons à un niveau qui ne rend pas l'analyse rigoureuse impossible à mener dans les délais. Dans la construction de la matrice de données taxon-caractère, nous avons rencontré une absence surprenante de données primaires sur le motif de plastron, la lanterne et la structure de la ceinture pour de nombreux taxons supposés « bien connus ». Une hypothèse phylogénétique bien résolue a été obtenue et est utilisée comme base pour une classification formelle. Les caractères ont généralement un indice de rétention élevé (>0,7) mais un indice de cohérence faible (<0,25), suggérant que, bien que les caractères soient largement conservés après leur première apparition, la plupart subissent également occasionnellement des réversions ou des convergences. Bien que certaines parties des arbres résultants ne soient soutenues que faiblement (par exemple, le groupe sœur précis des Irregularia), d'autres parties sont résolues sans ambiguïté. Non sans surprise, les nœuds profonds ne sont souvent pas soutenus par des apomorphies uniques et les taxons supérieurs acquièrent leur ensemble caractéristique de traits au fil du temps. Les diagnostics basés sur les taxons du groupe couronne échouent donc souvent à englober adéquatement les membres du groupe tige fossiles. L'établissement des relations des taxons à la racine de grands groupes est entravé par une résolution limitée des caractères. L'influence des taxons fossiles sur la topologie a été explorée en comparant les topologies d'arbres obtenues avec et sans leur inclusion. Nous montrons que la suppression des fossiles des groupes tige ne fait aucune différence lorsque leur groupe couronne est morphologiquement conservateur, mais a une influence majeure lorsque les groupes sœurs actuels sont séparés par de grands écarts morphologiques. La complétude du registre des échinoides et sa correspondance avec le registre stratigraphique des premières occurrences sont testées à l'aide de diverses métriques et se révèlent hautement congruentes, les échinoides irréguliers montrant une congruence plus élevée que les échinoides réguliers.

@article{doi10108014772011003603556,
    author = "Kroh, Andreas and Smith, Andrew B.",
    title = "The phylogeny and classification of post-Palaeozoic echinoids",
    year = "2010",
    journal = "Journal of Systematic Palaeontology",
    abstract = {Les relations des échinoides post-paléozoïques au niveau familial sont établies par une analyse phylogénétique de 169 taxons et 306 caractères squelettiques (excluant les pédicellaires). Les analyses phylogénétiques précédentes des échinoids ont soit examiné des sous-groupes spécifiques en détail, soit considéré un nombre relativement restreint de taxons sélectionnés à travers la classe, avec un échantillonnage dispersé susceptible d'affecter négativement la fiabilité des résultats. Nos nouvelles analyses représentent un compromis entre englober la diversité de forme qui existe, tout en maintenant le nombre de taxons à un niveau qui ne rend pas l'analyse rigoureuse impossible à mener dans les délais. Dans la construction de la matrice de données taxon-caractère, nous avons rencontré une absence surprenante de données primaires sur le motif de plastron, la lanterne et la structure de la ceinture pour de nombreux taxons supposés « bien connus ». Une hypothèse phylogénétique bien résolue a été obtenue et est utilisée comme base pour une classification formelle. Les caractères ont généralement un indice de rétention élevé (>0,7) mais un indice de cohérence faible (<0,25), suggérant que, bien que les caractères soient largement conservés après leur première apparition, la plupart subissent également occasionnellement des réversions ou des convergences. Bien que certaines parties des arbres résultants ne soient soutenues que faiblement (par exemple, le groupe sœur précis des Irregularia), d'autres parties sont résolues sans ambiguïté. Non sans surprise, les nœuds profonds ne sont souvent pas soutenus par des apomorphies uniques et les taxons supérieurs acquièrent leur ensemble caractéristique de traits au fil du temps. Les diagnostics basés sur les taxons du groupe couronne échouent donc souvent à englober adéquatement les membres du groupe tige fossiles. L'établissement des relations des taxons à la racine de grands groupes est entravé par une résolution limitée des caractères. L'influence des taxons fossiles sur la topologie a été explorée en comparant les topologies d'arbres obtenues avec et sans leur inclusion. Nous montrons que la suppression des fossiles des groupes tige ne fait aucune différence lorsque leur groupe couronne est morphologiquement conservateur, mais a une influence majeure lorsque les groupes sœurs actuels sont séparés par de grands écarts morphologiques. La complétude du registre des échinoides et sa correspondance avec le registre stratigraphique des premières occurrences sont testées à l'aide de diverses métriques et se révèlent hautement congruentes, les échinoides irréguliers montrant une congruence plus élevée que les échinoides réguliers.},
    url = "https://doi.org/10.1080/14772011003603556",
    doi = "10.1080/14772011003603556",
    openalex = "W2072979411",
    references = "doi1010160031018268900989, doi101017s0022336000061321, doi101017s0094837300005248, doi101038019118a0, doi101038114085a0, doi10108010635150290102339, doi101093nqs5vi146318i, doi101111j00310239200400364x, doi101111j109600311999tb00277x, doi101111j10960031200800209x, doi101111j14636409200500201x, doi101111j146979981833tb06418x, doi101126science972526482b, doi103133pp321, doi105281zenodo16046014, doi105962bhltitle126954, doi105962bhltitle156765, doi105962bhltitle542, kier1974evolutionary, openalexw2894525608, openalexw635257420"
}

@article{doi101016jympev201209018,
    author = "Rouse, Greg W. et Jermiin, Lars S. et Wilson, Nerida G. et Eeckhaut, Igor et Lanterbecq, Déborah et Oji, Tatsuo et Young, Craig M. et Browning, Teena L. et Cisternas, Paula et Helgen, Lauren E. et Stuckey, Michelle et Messing, Charles G.",
    title = "Fixed, free, and fixed: The fickle phylogeny of extant Crinoidea (Echinodermata) and their Permian–Triassic origin",
    year = "2012",
    journal = "Molecular Phylogenetics and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ympev.2012.09.018",
    doi = "10.1016/j.ympev.2012.09.018",
    openalex = "W2116958898",
    references = "doi10101600310182689009898, doi101111j1469185x1984tb00411x"
}

Les phylogénies sont généralement datées en calibrant les nœuds internes contre le registre fossile. Cela repose sur des méthodes indirectes qui, dans le pire des cas, déforment les informations fossiles. Ici, nous contrastons cette datation par nœuds avec une approche qui inclut les fossiles ainsi que les taxons existants dans une analyse bayésienne par preuves totales. En tant que cas d'étude, nous nous concentrons sur la radiation précoce des Hyménoptères, principalement documentée par des fossiles d'empreinte mal conservés qui sont difficiles à placer phylogénétiquement. Plus précisément, nous comparons la datation par nœuds utilisant neuf points de calibration dérivés du registre fossile avec la datation par preuves totales basée sur 343 caractères morphologiques notés pour 45 fossiles (4--20 complets) et 68 taxons existants. Dans les deux cas, nous utilisons des données moléculaires provenant de sept marqueurs (∼5 kb) pour les taxons existants. Parce qu'il est difficile de modéliser la spéciation, l'extinction, l'échantillonnage et la conservation fossile de manière réaliste, nous développons un a priori uniforme simple pour les arbres d'horloges avec fossiles, et nous utilisons des modèles d'horloges relâchées pour accommoder la variation de taux à travers l'arbre. Malgré l'incertitude considérable dans la placement de la plupart des fossiles, nous trouvons qu'ils contribuent significativement à l'estimation des temps de divergence dans l'analyse par preuves totales. En particulier, les distributions a posteriori sur les temps de divergence sont moins sensibles aux hypothèses a priori et ont tendance à être plus précises que dans la datation par nœuds. L'analyse par preuves totales montre également que quatre des sept points de calibration des Hyménoptères utilisés dans la datation par nœuds sont susceptibles d'être basés sur des hypothèses erronées ou douteuses concernant le placement fossile. En ce qui concerne la radiation précoce des Hyménoptères, nos résultats suggèrent que le groupe couronne remonte au Carbonifère, ∼309 Ma (intervalle 95 % : 291--347 Ma), et s'est diversifié en lignées existantes majeures beaucoup plus tôt que précédemment pensé, bien avant le Trias. [Inférence bayésienne ; datation fossile ; évolution morphologique ; horloge relâchée ; phylogénétique statistique.].

@article{doi101093sysbiosys058,
    author = "Ronquist, Fredrik et Klopfstein, Seraina et Vilhelmsen, Lars et Schulmeister, Susanne et Murray, Debra L. et Rasnitsyn, Alexandr P.",
    title = "Une approche par preuves totales pour la datation avec des fossiles, appliquée à la radiation précoce des Hyménoptères",
    year = "2012",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Les phylogénies sont généralement datées en calibrant les nœuds internes contre le registre fossile. Cela repose sur des méthodes indirectes qui, dans le pire des cas, déforment les informations fossiles. Ici, nous contrastons cette datation par nœuds avec une approche qui inclut les fossiles ainsi que les taxons existants dans une analyse bayésienne par preuves totales. En tant que cas d'étude, nous nous concentrons sur la radiation précoce des Hyménoptères, principalement documentée par des fossiles d'empreinte mal conservés qui sont difficiles à placer phylogénétiquement. Plus précisément, nous comparons la datation par nœuds utilisant neuf points de calibration dérivés du registre fossile avec la datation par preuves totales basée sur 343 caractères morphologiques notés pour 45 fossiles (4--20 complets) et 68 taxons existants. Dans les deux cas, nous utilisons des données moléculaires provenant de sept marqueurs (∼5 kb) pour les taxons existants. Parce qu'il est difficile de modéliser la spéciation, l'extinction, l'échantillonnage et la conservation fossile de manière réaliste, nous développons un a priori uniforme simple pour les arbres d'horloges avec fossiles, et nous utilisons des modèles d'horloges relâchées pour accommoder la variation de taux à travers l'arbre. Malgré l'incertitude considérable dans la placement de la plupart des fossiles, nous trouvons qu'ils contribuent significativement à l'estimation des temps de divergence dans l'analyse par preuves totales. En particulier, les distributions a posteriori sur les temps de divergence sont moins sensibles aux hypothèses a priori et ont tendance à être plus précises que dans la datation par nœuds. L'analyse par preuves totales montre également que quatre des sept points de calibration des Hyménoptères utilisés dans la datation par nœuds sont susceptibles d'être basés sur des hypothèses erronées ou douteuses concernant le placement fossile. En ce qui concerne la radiation précoce des Hyménoptères, nos résultats suggèrent que le groupe couronne remonte au Carbonifère, ∼309 Ma (intervalle 95\% : 291--347 Ma), et s'est diversifié en lignées existantes majeures beaucoup plus tôt que précédemment pensé, bien avant le Trias. [Inférence bayésienne ; datation fossile ; évolution morphologique ; horloge relâchée ; phylogénétique statistique.].",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/sys058",
    doi = "10.1093/sysbio/sys058",
    openalex = "W2159597448",
    references = "doi101016jympev201104003, doi10108010635150290102456, doi101093molbevmsm193, doi101093sysbiosyq085, doi101093sysbiosyr047, doi101093sysbiosyr107, openalexw1900040508, openalexw2733548038"
}

@incollection{doi101016b9780123964915000010,
    author = "Smith, Andrew B. et Kroh, Andreas",
    title = "Phylogénie des oursins",
    year = "2013",
    booktitle = "Développements en aquaculture et en sciences de la pêche",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-0-12-396491-5.00001-0",
    doi = "10.1016/b978-0-12-396491-5.00001-0",
    openalex = "W28941992",
    references = "doi101111j00310239200400364x"
}

Une mesure clé de l'impact global de l'humanité est la mesure dans laquelle elle a augmenté les taux d'extinction des espèces. Des énoncés familiers affirment que ces taux sont de 100 à 1000 fois les niveaux d'extinction préhumains ou de fond. L'estimation des taux récents est simple, mais l'établissement d'un taux de fond pour comparaison ne l'est pas. Les chercheurs précédents ont choisi un repère approximatif de 1 extinction par million d'espèces par an (E/MSY). Nous avons exploré des lignes d'évidence disparates qui suggèrent une estimation nettement plus faible. Les données fossiles fournissent des estimations directes des taux d'extinction, mais elles sont temporellement grossières, limitées principalement aux taxons marins à coquille dure, et impliquent généralement des genres plutôt que des espèces. Sur la base de ces données, la perte de fond typique est de 0,01 genre par million de genres par an. Les phylogénies moléculaires sont disponibles pour plus de taxons et d'écosystèmes, mais il est débattu si elles peuvent être utilisées pour estimer séparément les taux de spéciation et d'extinction. Nous avons sélectionné des données pour répondre aux préoccupations connues et les avons utilisées pour déterminer les estimations médianes d'extinction à partir de distributions statistiques de valeurs probables pour les plantes et animaux terrestres. Nous avons ensuite créé des simulations pour explorer les effets de la violation des hypothèses du modèle. Enfin, nous avons compilé des estimations de la diversification - la différence entre les taux de spéciation et d'extinction pour différents taxons. Les estimations médianes des taux d'extinction variaient de 0,023 à 0,135 E/MSY. Les résultats des simulations suggéraient que la sur- et la sous-estimation de l'extinction à partir de phylogénies individuelles s'annulaient partiellement lorsqu'elles étaient analysées en grands ensembles de phylogénies. Il n'y avait aucune preuve de récentes et généralisées baisses globales de la diversité préhumaines. Cela implique que les taux moyens d'extinction sont inférieurs aux taux moyens de diversification. Les taux médians de diversification étaient de 0,05 à 0,2 nouvelles espèces par million d'espèces par an. Sur la base de ces résultats, nous avons conclu que les taux typiques d'extinction de fond peuvent être plus proches de 0,1 E/MSY. Ainsi, les taux d'extinction actuels sont 1 000 fois supérieurs aux taux naturels d'extinction de fond et les taux futurs sont susceptibles d'être 10 000 fois supérieurs.

@article{doi101111cobi12380,
    author = "de Vos, Jurriaan M. et Joppa, Lucas et Gittleman, John L. et Stephens, Patrick R. et Pimm, Stuart L.",
    title = "Estimating the normal background rate of species extinction",
    year = "2014",
    journal = "Conservation Biology",
    abstract = "Une mesure clé de l'impact global de l'humanité est la mesure dans laquelle elle a augmenté les taux d'extinction des espèces. Des énoncés familiers affirment que ces taux sont de 100 à 1000 fois les niveaux d'extinction préhumains ou de fond. L'estimation des taux récents est simple, mais l'établissement d'un taux de fond pour comparaison ne l'est pas. Les chercheurs précédents ont choisi un repère approximatif de 1 extinction par million d'espèces par an (E/MSY). Nous avons exploré des lignes d'évidence disparates qui suggèrent une estimation nettement plus faible. Les données fossiles fournissent des estimations directes des taux d'extinction, mais elles sont temporellement grossières, limitées principalement aux taxons marins à coquille dure, et impliquent généralement des genres plutôt que des espèces. Sur la base de ces données, la perte de fond typique est de 0,01 genre par million de genres par an. Les phylogénies moléculaires sont disponibles pour plus de taxons et d'écosystèmes, mais il est débattu si elles peuvent être utilisées pour estimer séparément les taux de spéciation et d'extinction. Nous avons sélectionné des données pour répondre aux préoccupations connues et les avons utilisées pour déterminer les estimations médianes d'extinction à partir de distributions statistiques de valeurs probables pour les plantes et animaux terrestres. Nous avons ensuite créé des simulations pour explorer les effets de la violation des hypothèses du modèle. Enfin, nous avons compilé des estimations de la diversification - la différence entre les taux de spéciation et d'extinction pour différents taxons. Les estimations médianes des taux d'extinction variaient de 0,023 à 0,135 E/MSY. Les résultats des simulations suggéraient que la sur- et la sous-estimation de l'extinction à partir de phylogénies individuelles s'annulaient partiellement lorsqu'elles étaient analysées en grands ensembles de phylogénies. Il n'y avait aucune preuve de récentes et généralisées baisses globales de la diversité préhumaines. Cela implique que les taux moyens d'extinction sont inférieurs aux taux moyens de diversification. Les taux médians de diversification étaient de 0,05 à 0,2 nouvelles espèces par million d'espèces par an. Sur la base de ces résultats, nous avons conclu que les taux typiques d'extinction de fond peuvent être plus proches de 0,1 E/MSY. Ainsi, les taux d'extinction actuels sont 1 000 fois supérieurs aux taux naturels d'extinction de fond et les taux futurs sont susceptibles d'être 10 000 fois supérieurs.",
    url = "https://doi.org/10.1111/cobi.12380",
    doi = "10.1111/cobi.12380",
    openalex = "W2114051274",
    references = "doi101017s0094837300016134, doi101038ncomms2958, doi101098rspb20080630, doi101146annurevecolsys37091305110035, doi1016660094837320050310006poaeit20co2, doi10560219780801882210"
}

Résumé strap (S tratigraphic T ree A nalysis for P alaeontology) est un nouveau package pour le langage de programmation statistique R librement disponible, conçu pour effectuer trois tâches principales : (1) dater les phylogénies de taxons fossiles ; (2) représenter ces arbres datés face à la stratigraphie ; et (3) évaluer la congruence entre les phylogénies et la stratigraphie. Le datage est effectué avec la fonction DatePhylo, avec trois approches proposées. La représentation d'arbres face à un choix de cinq échelles de temps géologiques différentes est possible grâce à la fonction geoscalePhylo. Enfin, la fonction StratPhyloCongruence calcule des mesures de congruence stratigraphique pour une ou plusieurs phylogénies d'entrée, sans limite de taxon. Les trois principales mesures de congruence sont proposées : l'Index de Consistance Stratigraphique (SCI), la Mesure Stratigraphique de Manhattan (MSM *) et le ratio d'excès de lacunes (GER ; incluant GER t et GER *), ainsi que la mesure de pseudocongruence, l'Index de Complétude Relative (RCI). Chaque mesure est accompagnée d'un test de significativité qui fonctionne en comparant les arbres d'entrée contre un nombre défini par l'utilisateur de topologies générées aléatoirement avec le même ensemble de taxons et les mêmes gammes d'âge. Des options supplémentaires pour générer ces topologies aléatoires permettent à l'utilisateur de fixer le groupe externe ou de conserver la forme de l'arbre d'entrée pour des comparaisons plus équitables. Un tutoriel qui suppose aucune connaissance préalable de R présente les trois fonctions en utilisant deux ensembles de données d'exemple différents.

@article{doi101111pala12142,
    author = "Bell, Mark A. and Lloyd, Graeme T.",
    title = "strap: an R package for plotting phylogenies against stratigraphy and assessing their stratigraphic congruence",
    year = "2014",
    journal = "Palaeontology",
    abstract = "Résumé strap (S tratigraphic T ree A nalysis for P alaeontology) est un nouveau package pour le langage de programmation statistique R librement disponible, conçu pour effectuer trois tâches principales : (1) dater les phylogénies de taxons fossiles ; (2) représenter ces arbres datés face à la stratigraphie ; et (3) évaluer la congruence entre les phylogénies et la stratigraphie. Le datage est effectué avec la fonction DatePhylo, avec trois approches proposées. La représentation d'arbres face à un choix de cinq échelles de temps géologiques différentes est possible grâce à la fonction geoscalePhylo. Enfin, la fonction StratPhyloCongruence calcule des mesures de congruence stratigraphique pour une ou plusieurs phylogénies d'entrée, sans limite de taxon. Les trois principales mesures de congruence sont proposées : l'Index de Consistance Stratigraphique (SCI), la Mesure Stratigraphique de Manhattan (MSM *) et le ratio d'excès de lacunes (GER ; incluant GER t et GER *), ainsi que la mesure de pseudocongruence, l'Index de Complétude Relative (RCI). Chaque mesure est accompagnée d'un test de significativité qui fonctionne en comparant les arbres d'entrée contre un nombre défini par l'utilisateur de topologies générées aléatoirement avec le même ensemble de taxons et les mêmes gammes d'âge. Des options supplémentaires pour générer ces topologies aléatoires permettent à l'utilisateur de fixer le groupe externe ou de conserver la forme de l'arbre d'entrée pour des comparaisons plus équitables. Un tutoriel qui suppose aucune connaissance préalable de R présente les trois fonctions en utilisant deux ensembles de données d'exemple différents.",
    url = "https://doi.org/10.1111/pala.12142",
    doi = "10.1111/pala.12142",
    openalex = "W2058630418",
    references = "crossref1995systematics, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101093sysbio1811, doi101093sysbiosys058, doi101098rspb20080715, doi101111j10960031200800217x, doi101111j2041210x201200223x, doi101126science1161833, doi101126science1252243, doi1018814epiiugs2013v36i3002, doi1023072412407, doi1023072412810, doi105860choice323881, openalexw2611511275, openalexw2989049194, openalexw592572837"
}

La manière dont la diversité écologique et morphologique s'accumule au cours du temps géologique a fait l'objet de nombreux débats parmi les paléobiologistes. Les preuves tirées du registre fossile suggèrent que de nombreux clades atteignent une diversité maximale tôt dans leur histoire évolutive, suivie d'un ralentissement des taux d'évolution lorsque l'espace écologique se remplit ou en raison de contraintes internes. Ici, nous appliquons des méthodes récemment développées pour estimer les taux d'évolution morphologique durant l'histoire post-paléozoïque d'un grand clade d'invertébrés, les Echinoidea. Contrairement aux attentes, les taux d'évolution ont été les plus faibles lors de la phase initiale de diversification suivant l'extinction de masse permotriasique et ont augmenté avec le temps. De plus, bien que plusieurs sous-clades montrent des taux initiaux élevés et des diminutions nettes des taux d'évolution, cohérents avec des « rafales précoces » de diversification morphologique, à des niveaux taxonomiques plus inclusifs, ces rafales apparaissent comme des pics épisodiques. Les taux de pointe coïncidaient avec des changements majeurs dans la morphologie écologique, principalement associés à des innovations dans les stratégies d'alimentation. Malgré un nombre similaire d'espèces dans les océans d'aujourd'hui, les échinodermes réguliers ont accumulé beaucoup moins de diversité morphologique que les échinodermes irréguliers en raison de taux intrinsèques plus faibles d'évolution morphologique et d'une moindre innovation morphologique, cette dernière indicative d'une évolution contrainte ou bornée. Ces résultats indiquent que les taux d'évolution sont extrêmement hétérogènes au cours du temps et que leur interprétation dépend de l'échelle temporelle et taxonomique de l'analyse.

@article{doi101073pnas1418153112,
    author = "Hopkins, Melanie J. and Smith, Andrew B.",
    title = "Dynamic evolutionary change in post-Paleozoic echinoids and the importance of scale when interpreting changes in rates of evolution",
    year = "2015",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = {How ecological and morphological diversity accrues over geological time has been much debated by paleobiologists. Evidence from the fossil record suggests that many clades reach maximal diversity early in their evolutionary history, followed by a decline in evolutionary rates as ecological space fills or due to internal constraints. Here, we apply recently developed methods for estimating rates of morphological evolution during the post-Paleozoic history of a major invertebrate clade, the Echinoidea. Contrary to expectation, rates of evolution were lowest during the initial phase of diversification following the Permo-Triassic mass extinction and increased over time. Furthermore, although several subclades show high initial rates and net decreases in rates of evolution, consistent with "early bursts" of morphological diversification, at more inclusive taxonomic levels, these bursts appear as episodic peaks. Peak rates coincided with major shifts in ecological morphology, primarily associated with innovations in feeding strategies. Despite having similar numbers of species in today's oceans, regular echinoids have accrued far less morphological diversity than irregular echinoids due to lower intrinsic rates of morphological evolution and less morphological innovation, the latter indicative of constrained or bounded evolution. These results indicate that rates of evolution are extremely heterogenous through time and their interpretation depends on the temporal and taxonomic scale of analysis.},
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1418153112",
    doi = "10.1073/pnas.1418153112",
    openalex = "W2068132819",
    references = "doi10108014772011003603556, doi1016660094837320000260056cefisg20co2"
}

Résumé Les relations phylogénétiques entre les premiers crinoïdes sont évaluées en maximisant les caractères parcimonieux-informatifs qui sont non ordonnés et non pondérés. Principalement les taxons T remadociens– D arriwiliens (E arly– M iddle O rdovicien) sont analysés. Les métriques de congruence stratigraphique soutiennent l'hypothèse phylogénétique la meilleure dérivée en utilisant les méthodes de parcimonie. Cette étude confirme les lignées traditionnellement reconnues des crinoïdes paléozoïques et fournit de nouvelles informations sur l'ordre de ramification des lignées en évolution. Les Camerates sont des crinoïdes basaux avec des groupes progressivement plus distaux (d'un point de vue O rdovicien) étant des protocrinoides, des cladides (paraphylétiques), des hybocrinides et des disparides. Les P rotocrinoida devraient être maintenus, mais les A ethocrinida devraient être placés au sein des C ladida. Les résultats de cette étude identifient la structure phylogénétique parmi les principales lignées de crinoïdes précoces et délimitent les positions relatives des taxons supérieurs de crinoïdes le long d'un arbre. Chaque taxon supérieur valide discuté ici nécessite un traitement complet pour délimiter les relations phylogénétiques au sein de la lignée.

@article{doi101111pala12204,
    author = "Ausich, William I. et Kammer, Thomas et Rhenberg, Elizabeth C. et Wright, David F.",
    title = "Early phylogeny of crinoids within the pelmatozoan clade",
    year = "2015",
    journal = "Palaeontology",
    abstract = "Résumé Les relations phylogénétiques entre les premiers crinoïdes sont évaluées en maximisant les caractères parcimonieux-informatifs qui sont non ordonnés et non pondérés. Principalement les taxons T remadociens– D arriwiliens (E arly– M iddle O rdovicien) sont analysés. Les métriques de congruence stratigraphique soutiennent l'hypothèse phylogénétique la meilleure dérivée en utilisant les méthodes de parcimonie. Cette étude confirme les lignées traditionnellement reconnues des crinoïdes paléozoïques et fournit de nouvelles informations sur l'ordre de ramification des lignées en évolution. Les Camerates sont des crinoïdes basaux avec des groupes progressivement plus distaux (d'un point de vue O rdovicien) étant des protocrinoides, des cladides (paraphylétiques), des hybocrinides et des disparides. Les P rotocrinoida devraient être maintenus, mais les A ethocrinida devraient être placés au sein des C ladida. Les résultats de cette étude identifient la structure phylogénétique parmi les principales lignées de crinoïdes précoces et délimitent les positions relatives des taxons supérieurs de crinoïdes le long d'un arbre. Chaque taxon supérieur valide discuté ici nécessite un traitement complet pour délimiter les relations phylogénétiques au sein de la lignée.",
    url = "https://doi.org/10.1111/pala.12204",
    doi = "10.1111/pala.12204",
    openalex = "W1934510031"
}

Résumé Les xiphosures constituent un groupe archaïque d'arthropodes chélicérés aquatiques, généralement connus sous le nom impropre courant de « crabes à pinces ». Connus depuis les environnements marins dès le début de l'Ordovicien, les crabes à pinces sont généralement considérés comme des « fossiles vivants » – descendants d'une lignée bradytélique présentant peu de variation morphologique ou écologique tout au long du temps géologique. Cependant, les xiphosures sont connues depuis les sédiments d'eau douce du Paléozoïque et du Mésozoïque ; de plus, l'affirmation selon laquelle les xiphosures présentent peu de variation morphologique n'a jamais été testée empiriquement. Les tentatives de tester cette hypothèse sont entravées par l'absence d'un cadre phylogénétique moderne permettant d'explorer différents scénarios évolutifs. Ici, je présente une analyse phylogénétique des Xiphosurida et explore les modèles d'occupation de l'espace morphologique et environnemental du groupe tout au long du Phanérozoïque. Il est démontré que les xiphosures ont envahi indépendamment les environnements non marins au moins cinq fois au cours de leur histoire évolutive, deux fois entraînant la radiation de grands clades – les bellinurines et les austrolimulides – qui ont occupé de nouvelles régions de l'espace morphologique. Ces clades présentent un pattern écologique convergent de différenciation, de spéciation et d'extinction subséquente. Les crabes à pinces présentent une histoire évolutive plus dynamique et complexe que ce qui était supposé précédemment, les espèces actuelles ne représentant qu'une fraction de la diversité écologique et morphologique passée du groupe.

@article{doi101111pala12220,
    author = "Lamsdell, James C.",
    title = "Horseshoe crab phylogeny and independent colonizations of fresh water: ecological invasion as a driver for morphological innovation",
    year = "2015",
    journal = "Palaeontology",
    abstract = "Résumé Les xiphosures constituent un groupe archaïque d'arthropodes chélicérés aquatiques, généralement connus sous le nom impropre courant de « crabes à pinces ». Connus depuis les environnements marins dès le début de l'Ordovicien, les crabes à pinces sont généralement considérés comme des « fossiles vivants » – descendants d'une lignée bradytélique présentant peu de variation morphologique ou écologique tout au long du temps géologique. Cependant, les xiphosures sont connues depuis les sédiments d'eau douce du Paléozoïque et du Mésozoïque ; de plus, l'affirmation selon laquelle les xiphosures présentent peu de variation morphologique n'a jamais été testée empiriquement. Les tentatives de tester cette hypothèse sont entravées par l'absence d'un cadre phylogénétique moderne permettant d'explorer différents scénarios évolutifs. Ici, je présente une analyse phylogénétique des Xiphosurida et explore les modèles d'occupation de l'espace morphologique et environnemental du groupe tout au long du Phanérozoïque. Il est démontré que les xiphosures ont envahi indépendamment les environnements non marins au moins cinq fois au cours de leur histoire évolutive, deux fois entraînant la radiation de grands clades – les bellinurines et les austrolimulides – qui ont occupé de nouvelles régions de l'espace morphologique. Ces clades présentent un pattern écologique convergent de différenciation, de spéciation et d'extinction subséquente. Les crabes à pinces présentent une histoire évolutive plus dynamique et complexe que ce qui était supposé précédemment, les espèces actuelles ne représentant qu'une fraction de la diversité écologique et morphologique passée du groupe.",
    url = "https://doi.org/10.1111/pala.12220",
    doi = "10.1111/pala.12220",
    openalex = "W2173155428",
    references = "doi101111j14754983201101103x, doi101111pala12142"
}

Malgré leurs adaptations profondes au milieu aquatique et leur succès apparent tout au long du Trias et du Jurassique, les ichthyosaures ont disparu environ 30 millions d'années avant l'extinction de masse du Crétacé supérieur. Les hypothèses actuelles concernant cette disparition précoce impliquent des événements biotiques relativement mineurs, mais sont en contradiction avec la compréhension récente du registre fossile des ichthyosaures. Ici, nous montrons que les ichthyosaures ont maintenu une richesse et une disparité élevées mais décroissantes tout au long du Crétacé inférieur. Les derniers ichthyosaures se caractérisent par des taux de spéciation et d'évolution phénotypique réduits et leurs taux d'extinction élevés sont corrélés à une volatilité environnementale accrue. De plus, nous constatons que les ichthyosaures ont souffert d'une extinction profonde au début du Cenomanien qui a réduit leur diversité écologique, contribuant probablement à leur extinction finale à la fin du Cenomanien. Nos résultats soutiennent un corpus croissant de preuves révélant que le changement environnemental global a entraîné un événement majeur de turnover temporellement échelonné qui a profondément réorganisé les écosystèmes marins durant le Cenomanien.

@article{doi101038ncomms10825,
    author = "Fischer, Valentin et Bardet, Nathalie et Benson, Roger et Arkhangelsky, M. S. et Friedman, Matt",
    title = "Extinction of fish-shaped marine reptiles associated with reduced evolutionary rates and global environmental volatility",
    year = "2016",
    journal = "Nature Communications",
    abstract = "Malgré leurs adaptations profondes au milieu aquatique et leur succès apparent tout au long du Trias et du Jurassique, les ichthyosaures ont disparu environ 30 millions d'années avant l'extinction de masse du Crétacé supérieur. Les hypothèses actuelles concernant cette disparition précoce impliquent des événements biotiques relativement mineurs, mais sont en contradiction avec la compréhension récente du registre fossile des ichthyosaures. Ici, nous montrons que les ichthyosaures ont maintenu une richesse et une disparité élevées mais décroissantes tout au long du Crétacé inférieur. Les derniers ichthyosaures se caractérisent par des taux de spéciation et d'évolution phénotypique réduits et leurs taux d'extinction élevés sont corrélés à une volatilité environnementale accrue. De plus, nous constatons que les ichthyosaures ont souffert d'une extinction profonde au début du Cenomanien qui a réduit leur diversité écologique, contribuant probablement à leur extinction finale à la fin du Cenomanien. Nos résultats soutiennent un corpus croissant de preuves révélant que le changement environnemental global a entraîné un événement majeur de turnover temporellement échelonné qui a profondément réorganisé les écosystèmes marins durant le Cenomanien.",
    url = "https://doi.org/10.1038/ncomms10825",
    doi = "10.1038/ncomms10825",
    openalex = "W2295669701",
    references = "doi101016jcub201410064, doi101016jgloplacha201312007, doi101017cbo9780511802461005, doi101017s0016756812000994, doi1010292001pa000623, doi10108002724634199910011160, doi101080027246342011595464, doi101093bioinformaticsbtg180, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101098rspb20091845, doi101111brv12038, doi101111brv12203, doi101111j2041210x201200223x, doi101111pala12142, doi101126scienceaaa3716, doi101371journalpone0029234, doi101371journalpone0031838, doi101371journalpone0103152, doi1023071268794, doi1023073802723, druckenmiller2010a, openalexw2896296657"
}

La systématique des ophiuroïdes est actuellement dans un état de bouleversement, avec des estimations moléculaires récentes qui entrent fondamentalement en conflit avec les classifications traditionnelles basées sur la morphologie. Ici, nous tentons un remaniement longtemps attendu d'une estimation de phylogénie morphologique des Ophiuroidea en tenant compte des dernières avancées sur les caractéristiques microstructurales du squelette des bras. Notre estimation finale est basée sur un total de 45 taxons du groupe, incluant 41 espèces récentes couvrant l'ensemble de la diversité des taxons supérieurs d'ophiuroïdes existants et 4 espèces fossiles connues grâce à un matériel exceptionnellement bien conservé, ainsi que l'Aganaster gregarius du Carbonifère inférieur en tant que groupe externe. Un total de 130 caractères ont été notés directement sur des spécimens. L'arbre résultant de l'analyse par inférence bayésienne de la matrice de données complète est raisonnablement bien résolu et bien soutenu, et réfute toutes les classifications précédentes, la plupart des familles traditionnelles étant discréditées comme étant poly- ou paraphylétiques. En revanche, notre arbre concorde remarquablement bien avec l'estimation moléculaire la plus récente, ouvrant ainsi la voie vers une nouvelle classification intégrée des Ophiuroidea. Parmi les caractères qui ont été qualitatifs trouvés pour correspondre le mieux à notre topologie d'arbre, nous avons sélectionné une liste de synapomorphies potentielles pour les futures définitions formelles de clades. De plus, une analyse avec 13 des taxons du groupe réduite aux caractères des plaques latérales des bras a produit un arbre essentiellement similaire à celui de l'ensemble de données complet. Cela suggère que les plaques latérales des bras dissociées peuvent être analysées en combinaison avec des taxons entièrement connus et déverrouillent ainsi efficacement l'ensemble étendu des plaques latérales des bras fossiles pour les estimations phylogénétiques. Enfin, l'âge et la position au sein de notre arbre impliquent que le groupe couronne des ophiuroïdes avait commencé à se diversifier dès le Trias inférieur.

@article{doi101371journalpone0156140,
    author = "Thuy, Ben et Stöhr, Sabine",
    title = "Une nouvelle phylogénie morphologique des Ophiuroidea (Echinodermata) qui concorde avec les preuves moléculaires et rend les microfossiles accessibles pour la cladistique",
    year = "2016",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "La systématique des ophiuroïdes est actuellement dans un état de bouleversement, avec des estimations moléculaires récentes qui entrent fondamentalement en conflit avec les classifications traditionnelles basées sur la morphologie. Ici, nous tentons un remaniement longtemps attendu d'une estimation de phylogénie morphologique des Ophiuroidea en tenant compte des dernières avancées sur les caractéristiques microstructurales du squelette des bras. Notre estimation finale est basée sur un total de 45 taxons du groupe, incluant 41 espèces récentes couvrant l'ensemble de la diversité des taxons supérieurs d'ophiuroïdes existants et 4 espèces fossiles connues grâce à un matériel exceptionnellement bien conservé, ainsi que l'Aganaster gregarius du Carbonifère inférieur en tant que groupe externe. Un total de 130 caractères ont été notés directement sur des spécimens. L'arbre résultant de l'analyse par inférence bayésienne de la matrice de données complète est raisonnablement bien résolu et bien soutenu, et réfute toutes les classifications précédentes, la plupart des familles traditionnelles étant discréditées comme étant poly- ou paraphylétiques. En revanche, notre arbre concorde remarquablement bien avec l'estimation moléculaire la plus récente, ouvrant ainsi la voie vers une nouvelle classification intégrée des Ophiuroidea. Parmi les caractères qui ont été qualitatifs trouvés pour correspondre le mieux à notre topologie d'arbre, nous avons sélectionné une liste de synapomorphies potentielles pour les futures définitions formelles de clades. De plus, une analyse avec 13 des taxons du groupe réduite aux caractères des plaques latérales des bras a produit un arbre essentiellement similaire à celui de l'ensemble de données complet. Cela suggère que les plaques latérales des bras dissociées peuvent être analysées en combinaison avec des taxons entièrement connus et déverrouillent ainsi efficacement l'ensemble étendu des plaques latérales des bras fossiles pour les estimations phylogénétiques. Enfin, l'âge et la position au sein de notre arbre impliquent que le groupe couronne des ophiuroïdes avait commencé à se diversifier dès le Trias inférieur.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0156140",
    doi = "10.1371/journal.pone.0156140",
    openalex = "W2408106615",
    references = "doi10108014772011003603556"
}

@article{doi101016jympev201702014,
    author = "Miller, Allison K. et Kerr, Alexander M. et Paulay, Gustav et Reich, Mike et Wilson, Nerida G. et Carvajal, Jose I. et Rouse, Greg W.",
    title = "Phylogénie moléculaire des Holothuroidea (Echinodermata) actuels",
    year = "2017",
    journal = "Molecular Phylogenetics and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ympev.2017.02.014",
    doi = "10.1016/j.ympev.2017.02.014",
    openalex = "W2593325434",
    references = "doi101111j1469185x1984tb00411x"
}

Résumé La sous-classe Camerata (Crinoidea, Echinodermata) est un groupe majeur de crinoïdes paléozoïques qui représente une divergence précoce dans l'histoire évolutive et la diversification morphologique de la classe Crinoidea, bien que les relations phylogénétiques entre les premiers camerates restent non résolues. Cette étude a mené une série d'analyses phylogénétiques quantitatives utilisant des méthodes de parcimonie pour inférer les relations de tous les genres camerates ordoviciens bien conservés (52 taxons), établir la séquence de ramification des premiers camerates et tester la monophylie des taxons supérieurs traditionnellement reconnus, y compris les ordres Monobathrida et Diplobathrida. La première analyse phylogénétique a identifié un groupe externe approprié pour ancrer l'arbre camerate ordovicien et a évalué les affinités de la famille dicyclique atypique Reteocrinidae. La deuxième analyse a inféré la phylogénie de tous les genres camerates ordoviciens bien conservés. Les phylogénies infirment : (1) les genres tremadociens Cnemecrinus et Eknomocrinus sont sœurs des Camerata ; (2) tels qu'ils sont définis historiquement, les ordres Monobathrida et Diplobathrida ne représentent pas des groupes monophylétiques ; (3) avec une révision minimale, Monobathrida et Diplobathrida peuvent être redéfinis pour représenter des clades monophylétiques ; (4) la famille Reteocrinidae est plus étroitement liée aux camerates qu'aux autres groupes de crinoïdes actuellement reconnus au niveau de sous-classe ; et (5) plusieurs genres de la sous-classe Camerata représentent des taxons tiges qui ne peuvent être classés ni comme de vrais monobathridés ni comme de vrais diplobathridés. Le clade contenant Monobathrida et Diplobathrida, tel qu'il est reconnu ici, est nommé Eucamerata pour distinguer ses taxons constitutifs des taxons positionnés plus basalement, nommés eucamerates tiges. Les résultats de cette étude fournissent un cadre phylogénétique pour réviser la classification camerate, élucider les modèles d'évolution morphologique et informer le choix des groupes externes pour les futures analyses phylogénétiques des camerates post-ordoviciens.

@article{doi101017jpa2016137,
    author = "Cole, Selina R.",
    title = "Phylogénie et évolution morphologique des Ordoviciens Camerata (Classe Crinoidea, Phylum Echinodermata)",
    year = "2017",
    journal = "Journal of Paleontology",
    abstract = "Résumé La sous-classe Camerata (Crinoidea, Echinodermata) est un groupe majeur de crinoïdes paléozoïques qui représente une divergence précoce dans l'histoire évolutive et la diversification morphologique de la classe Crinoidea, bien que les relations phylogénétiques entre les premiers camerates restent non résolues. Cette étude a mené une série d'analyses phylogénétiques quantitatives utilisant des méthodes de parcimonie pour inférer les relations de tous les genres camerates ordoviciens bien conservés (52 taxons), établir la séquence de ramification des premiers camerates et tester la monophylie des taxons supérieurs traditionnellement reconnus, y compris les ordres Monobathrida et Diplobathrida. La première analyse phylogénétique a identifié un groupe externe approprié pour ancrer l'arbre camerate ordovicien et a évalué les affinités de la famille dicyclique atypique Reteocrinidae. La deuxième analyse a inféré la phylogénie de tous les genres camerates ordoviciens bien conservés. Les phylogénies infirment : (1) les genres tremadociens Cnemecrinus et Eknomocrinus sont sœurs des Camerata ; (2) tels qu'ils sont définis historiquement, les ordres Monobathrida et Diplobathrida ne représentent pas des groupes monophylétiques ; (3) avec une révision minimale, Monobathrida et Diplobathrida peuvent être redéfinis pour représenter des clades monophylétiques ; (4) la famille Reteocrinidae est plus étroitement liée aux camerates qu'aux autres groupes de crinoïdes actuellement reconnus au niveau de sous-classe ; et (5) plusieurs genres de la sous-classe Camerata représentent des taxons tiges qui ne peuvent être classés ni comme de vrais monobathridés ni comme de vrais diplobathridés. Le clade contenant Monobathrida et Diplobathrida, tel qu'il est reconnu ici, est nommé Eucamerata pour distinguer ses taxons constitutifs des taxons positionnés plus basalement, nommés eucamerates tiges. Les résultats de cette étude fournissent un cadre phylogénétique pour réviser la classification camerate, élucider les modèles d'évolution morphologique et informer le choix des groupes externes pour les futures analyses phylogénétiques des camerates post-ordoviciens.",
    url = "https://doi.org/10.1017/jpa.2016.137",
    doi = "10.1017/jpa.2016.137",
    openalex = "W2586606587",
    references = "doi1010029781444313918, doi1010160031018268900989, doi101017jpa2016142, doi101017jpa201720, doi101017s009483730001280x, doi101017s0094837300016134, doi101111j109600311989tb00573x, doi101111pala12142, doi101130spe46p1, doi101666009483731999251mditer20co2, doi105860choice323881, openalexw2611511275"
}

La connaissance des relations phylogénétiques entre les espèces est fondamentale pour comprendre les motifs de base de l'évolution et sous-tend presque tous les programmes de recherche en biologie et en paléontologie. Cependant, la plupart des méthodes d'inférence phylogénétique couramment utilisées par les paléontologues ne prennent pas en compte les particularités des données fossiles et ne tirent donc pas pleinement parti des informations fournies par le registre fossile. L'avènement des approches bayésiennes de « tip-dating » pour l'estimation de la phylogénie est particulièrement prometteur pour les paléosystématiciens, car les données comparatives datées peuvent être combinées avec des modèles probabilistes adaptés à l'étude des taxons fossiles. Dans un cadre bayésien, le processus de naissance–mort fossilisé (FBD) récemment développé fournit un modèle de prior d'arbre plus réaliste pour les données paléontologiques qui prend en compte les dynamiques macroévolutives, la préservation et l'échantillonnage lors de l'inférence d'arbres phylogénétiques contenant des fossiles. De plus, le prior d'arbre FBD permet la possibilité d'échantillonner des morphotaxons ancestraux. Bien que les paléontologues adoptent de plus en plus les méthodes phylogénétiques probabilistes, ces développements récents n'ont pas encore été appliqués au registre fossile des invertébrés de l'ère profonde. Ici, j'examine les relations phylogénétiques entre les crinoïdes ordoviciens et dévoniens en utilisant une approche de tip-dating bayésienne. Les résultats soutiennent plusieurs clades reconnus dans des analyses précédentes n'échantillonnant que des taxons ordoviciens, mais révèlent également des cas où les affinités phylogénétiques sont plus complexes et où des révisions étendues sont nécessaires, en particulier parmi les Cladida. Le nom Porocrinoidea est proposé pour un clade bien soutenu de cladids « cyathocrines » ordoviciens et hybocrinids. L'Eucladida est proposé comme nom de clade pour le groupe sœur des Flexibilia, ici composé de cladids considérés de diverses manières par d'autres auteurs comme « cyathocrines », « dendrocrines » et/ou « poteriocrines ».

@article{doi101017jpa2016141,
    author = "Wright, David F.",
    title = "Bayesian estimation of fossil phylogenies and the evolution of early to middle Paleozoic crinoids (Echinodermata)",
    year = "2017",
    journal = "Journal of Paleontology",
    abstract = "La connaissance des relations phylogénétiques entre les espèces est fondamentale pour comprendre les motifs de base de l'évolution et sous-tend presque tous les programmes de recherche en biologie et en paléontologie. Cependant, la plupart des méthodes d'inférence phylogénétique couramment utilisées par les paléontologues ne prennent pas en compte les particularités des données fossiles et ne tirent donc pas pleinement parti des informations fournies par le registre fossile. L'avènement des approches bayésiennes de « tip-dating » pour l'estimation de la phylogénie est particulièrement prometteur pour les paléosystématiciens, car les données comparatives datées peuvent être combinées avec des modèles probabilistes adaptés à l'étude des taxons fossiles. Dans un cadre bayésien, le processus de naissance–mort fossilisé (FBD) récemment développé fournit un modèle de prior d'arbre plus réaliste pour les données paléontologiques qui prend en compte les dynamiques macroévolutives, la préservation et l'échantillonnage lors de l'inférence d'arbres phylogénétiques contenant des fossiles. De plus, le prior d'arbre FBD permet la possibilité d'échantillonner des morphotaxons ancestraux. Bien que les paléontologues adoptent de plus en plus les méthodes phylogénétiques probabilistes, ces développements récents n'ont pas encore été appliqués au registre fossile des invertébrés de l'ère profonde. Ici, j'examine les relations phylogénétiques entre les crinoïdes ordoviciens et dévoniens en utilisant une approche de tip-dating bayésienne. Les résultats soutiennent plusieurs clades reconnus dans des analyses précédentes n'échantillonnant que des taxons ordoviciens, mais révèlent également des cas où les affinités phylogénétiques sont plus complexes et où des révisions étendues sont nécessaires, en particulier parmi les Cladida. Le nom Porocrinoidea est proposé pour un clade bien soutenu de cladids « cyathocrines » ordoviciens et hybocrinids. L'Eucladida est proposé comme nom de clade pour le groupe sœur des Flexibilia, ici composé de cladids considérés de diverses manières par d'autres auteurs comme « cyathocrines », « dendrocrines » et/ou « poteriocrines ».",
    url = "https://doi.org/10.1017/jpa.2016.141",
    doi = "10.1017/jpa.2016.141",
    openalex = "W2586407476",
    references = "doi10100703064746897, doi1010160016003258906884, doi1010160025556481900432, doi1010160031018268900989, doi101017jpa2016137, doi101017jpa2016142, doi101017jpa201720, doi10108001621459199510476572, doi101080106351501753462876, doi101086284325, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101111pala12142, doi101130spe46p1, doi101186147121487214, doi101214ss1177011136, doi101306st6398c26, openalexw3135630760"
}

Résumé Les transitions évolutives vers des habitats marins se sont produites fréquemment chez les reptiles du Mésozoïque. Un seul tel clade survit jusqu'à nos jours : les tortues marines (Chelonioidea). D'autres tortues marines sont apparues durant le Mésozoïque, mais les affinités incertaines de fossiles clés ont obscurci le nombre de transitions vers la vie marine et le timing de l'origine de l'adaptation marine chez les chéloniens. Les études phylogénétiques soutiennent soit un groupe total de chéloniens hautement inclusif incluant des clades marins fossiles du Jurassique et du Crétacé (par exemple, protostégides, thalassochélydiens, sandownides) soit un groupe total de chéloniens moins inclusif excluant ces clades. Dans ce paradigme, ces clades appartiennent en dehors des Cryptodira et représentent au moins une transition évolutive supplémentaire vers la vie marine chez les tortues. Nous présentons une nouvelle hypothèse phylogénétique informée par des données de tomographie assistée par ordinateur à haute résolution de taxons vivants et fossiles. Outre un Chelonioidea bien soutenu, qui inclut les protostégides, nous avons récupéré un clade de tortues du groupe tige, Angolachelonia, précédemment inconnu, qui inclut les thalassochélydiens du Jurassique supérieur et les sandownides du Crétacé–Paléogène. En tenant compte de l'Odontochelys du Trias, nos résultats indiquent trois transitions évolutives indépendantes vers la vie marine chez les tortues non-pleurodires (plus deux-trois supplémentaires chez les pleurodires). Parmi toutes les origines indépendantes des habitudes marines, une écologie pélagique n'a évolué qu'une seule fois, chez les chéloniens. Tous les groupes de tortues qui ont indépendamment envahi les habitats marins au Jurassique–Crétacé (chéloniens, angolacheloniens, pleurodires bothremydidés) ont survécu à l'événement d'extinction de masse du Crétacé–Paléogène. Cela met en évidence une survie étendue des tortues marines par rapport à d'autres reptiles marins. De plus, des clades profondément imbriqués tels que les chéloniens sont trouvés dès le milieu du Crétacé inférieur, suggérant une diversification rapide des tortues du groupe couronne durant le Crétacé inférieur.

@article{doi101111pala12384,
    author = "Evers, Serjoscha et Benson, Roger",
    title = "Une nouvelle hypothèse phylogénétique des tortues avec des implications pour le timing et le nombre de transitions évolutives vers des modes de vie marins dans le groupe",
    year = "2018",
    journal = "Palaeontology",
    abstract = "Résumé Les transitions évolutives vers des habitats marins se sont produites fréquemment chez les reptiles du Mésozoïque. Un seul tel clade survit jusqu'à nos jours : les tortues marines (Chelonioidea). D'autres tortues marines sont apparues durant le Mésozoïque, mais les affinités incertaines de fossiles clés ont obscurci le nombre de transitions vers la vie marine et le timing de l'origine de l'adaptation marine chez les chéloniens. Les études phylogénétiques soutiennent soit un groupe total de chéloniens hautement inclusif incluant des clades marins fossiles du Jurassique et du Crétacé (par exemple, protostégides, thalassochélydiens, sandownides) soit un groupe total de chéloniens moins inclusif excluant ces clades. Dans ce paradigme, ces clades appartiennent en dehors des Cryptodira et représentent au moins une transition évolutive supplémentaire vers la vie marine chez les tortues. Nous présentons une nouvelle hypothèse phylogénétique informée par des données de tomographie assistée par ordinateur à haute résolution de taxons vivants et fossiles. Outre un Chelonioidea bien soutenu, qui inclut les protostégides, nous avons récupéré un clade de tortues du groupe tige, Angolachelonia, précédemment inconnu, qui inclut les thalassochélydiens du Jurassique supérieur et les sandownides du Crétacé–Paléogène. En tenant compte de l'Odontochelys du Trias, nos résultats indiquent trois transitions évolutives indépendantes vers la vie marine chez les tortues non-pleurodires (plus deux-trois supplémentaires chez les pleurodires). Parmi toutes les origines indépendantes des habitudes marines, une écologie pélagique n'a évolué qu'une seule fois, chez les chéloniens. Tous les groupes de tortues qui ont indépendamment envahi les habitats marins au Jurassique–Crétacé (chéloniens, angolacheloniens, pleurodires bothremydidés) ont survécu à l'événement d'extinction de masse du Crétacé–Paléogène. Cela met en évidence une survie étendue des tortues marines par rapport à d'autres reptiles marins. De plus, des clades profondément imbriqués tels que les chéloniens sont trouvés dès le milieu du Crétacé inférieur, suggérant une diversification rapide des tortues du groupe couronne durant le Crétacé inférieur.",
    url = "https://doi.org/10.1111/pala.12384",
    doi = "10.1111/pala.12384",
    openalex = "W2883587102",
    references = "doi101007s1205200901192, doi101016jympev201705008, doi10103827421, doi101086425183, doi101098rsbl20080022, doi101111brv12038, doi101111pala12142, doi10166612149, doi1033740140580105"
}

Résumé L'ordre Diplobathrida est un clade majeur de crinoïdes camérés s'étendant de l'Ordovicien au Mississippien, bien que les relations phylogénétiques n'aient été inférées que pour les taxons ordoviciens. Cela a entravé les efforts visant à construire un arbre de la vie complet pour les crinoïdes et à élaborer un schéma de classification qui reflète adéquatement l'histoire évolutive des diplobathrides. Ici, j'applique les approches de parcimonie maximale et de phylogénie bayésienne au registre fossile des diplobathrides pour inférer le plus grand arbre de crinoïdes fossiles à ce jour, avec plus de 100 genres inclus. Les arbres récupérés fournissent un cadre pour évaluer la classification actuelle des diplobathrides. Notamment, les divisions de sous-ordre précédentes ne sont pas soutenues, et les divisions de superfamille nécessiteront des modifications importantes. Bien que de nombreuses révisions soient nécessaires pour les familles, la plupart peuvent être conservées par réaffectation des genres. En outre, les arbres récupérés ont été utilisés pour produire des estimations de la diversité des lignées de diplobathrides basées sur la phylogénie. En tenant compte des lignées fantômes, les estimations de richesse basées sur la phylogénie offrent une meilleure compréhension des dynamiques de diversification et d'extinction que les approches traditionnelles basées sur la taxinomie seules et fournissent un résumé détaillé de l'histoire évolutive d'environ 150 millions d'années de Diplobathrida. Cette étude constitue une étape majeure vers la production d'une phylogénie des Crinoidea et la documentation des dynamiques de diversité des crinoïdes. En outre, elle servira de cadre pour les investigations ultérieures basées sur la phylogénie de questions macroévolutives.

@article{doi101111pala12401,
    author = "Cole, Selina R.",
    title = "Phylogénie et histoire évolutive des crinoïdes diplobathrides (Echinodermata)",
    year = "2018",
    journal = "Palaeontology",
    abstract = "Résumé L'ordre Diplobathrida est un clade majeur de crinoïdes camérés s'étendant de l'Ordovicien au Mississippien, bien que les relations phylogénétiques n'aient été inférées que pour les taxons ordoviciens. Cela a entravé les efforts visant à construire un arbre de la vie complet pour les crinoïdes et à élaborer un schéma de classification qui reflète adéquatement l'histoire évolutive des diplobathrides. Ici, j'applique les approches de parcimonie maximale et de phylogénie bayésienne au registre fossile des diplobathrides pour inférer le plus grand arbre de crinoïdes fossiles à ce jour, avec plus de 100 genres inclus. Les arbres récupérés fournissent un cadre pour évaluer la classification actuelle des diplobathrides. Notamment, les divisions de sous-ordre précédentes ne sont pas soutenues, et les divisions de superfamille nécessiteront des modifications importantes. Bien que de nombreuses révisions soient nécessaires pour les familles, la plupart peuvent être conservées par réaffectation des genres. En outre, les arbres récupérés ont été utilisés pour produire des estimations de la diversité des lignées de diplobathrides basées sur la phylogénie. En tenant compte des lignées fantômes, les estimations de richesse basées sur la phylogénie offrent une meilleure compréhension des dynamiques de diversification et d'extinction que les approches traditionnelles basées sur la taxinomie seules et fournissent un résumé détaillé de l'histoire évolutive d'environ \textasciitilde 150 millions d'années de Diplobathrida. Cette étude constitue une étape majeure vers la production d'une phylogénie des Crinoidea et la documentation des dynamiques de diversité des crinoïdes. En outre, elle servira de cadre pour les investigations ultérieures basées sur la phylogénie de questions macroévolutives.",
    url = "https://doi.org/10.1111/pala.12401",
    doi = "10.1111/pala.12401",
    openalex = "W2897788581",
    references = "doi101017jpa2016137, doi101017jpa2016142, doi101017jpa2017151, doi101017jpa201720, doi101017s0094837300003778, doi101093acprofosobl97801995871000010001, doi101093sysbiosys029, doi101111j2041210x201200223x, doi101126science1160006, doi101126science21545391501, doi101146annurevearth33092203122654, doi1012019781003077831, doi107312webb12678, openalexw2611511275"
}

Les échelles de temps sont d'une importance fondamentale pour la biologie évolutive car elles facilitent les tests d'hypothèses sur les processus évolutifs historiques. Grâce à l'intégration de données sur les occurrences fossiles, le processus de naissance-mort fossilisé (FBD) offre un cadre pour estimer les temps de divergence en utilisant plus de données paléontologiques que ne le permettaient les approches traditionnelles de calibration des nœuds. L'inclusion de plus de données peut affiner les estimations des échelles de temps évolutives, mais pour de nombreux groupes taxonomiques, il est computationnellement impossible d'inclure toutes les données d'occurrences fossiles disponibles. Ici, nous utilisons à la fois des données empiriques et un cadre de simulation pour identifier des approches d'échantillonnage subséquent des données d'occurrences fossiles qui aboutissent aux estimations les plus précises des temps de divergence. Pour y parvenir, nous évaluons les performances du modèle FBD-Skyline lors de la mise en œuvre de plusieurs approches d'intégration de données d'occurrences fossiles subséquentes. Nos résultats démontrent qu'il est nécessaire de prendre en compte toutes les données d'occurrences fossiles disponibles pour obtenir les estimations les plus précises de l'âge des clades. Nous montrons que cela peut être réalisé si une approche empirique de Bayes, tenant compte de l'échantillonnage fossile au fil du temps, est appliquée au processus FBD. Un échantillonnage aléatoire des données d'occurrences peut conduire à des estimations de l'âge des clades incompatibles avec les preuves fossiles si aucun contrôle sur les affinités des occurrences fossiles n'est imposé. Nos résultats remettent en question la précision des études antérieures sur les temps de divergence intégrant le processus FBD qui n'ont utilisé qu'un sous-échantillon de toutes les données d'occurrences fossiles disponibles.

@article{doi101093sysbiosyz037,
    author = "O’Reilly, Joseph et Donoghue, Philip C. J.",
    title = "L'effet de l'échantillonnage fossile sur l'estimation des temps de divergence avec le processus de naissance–mort fossilisé",
    year = "2019",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Les échelles de temps sont d'une importance fondamentale pour la biologie évolutive car elles facilitent les tests d'hypothèses sur les processus évolutifs historiques. Grâce à l'intégration de données sur les occurrences fossiles, le processus de naissance-mort fossilisé (FBD) offre un cadre pour estimer les temps de divergence en utilisant plus de données paléontologiques que ne le permettaient les approches traditionnelles de calibration des nœuds. L'inclusion de plus de données peut affiner les estimations des échelles de temps évolutives, mais pour de nombreux groupes taxonomiques, il est computationnellement impossible d'inclure toutes les données d'occurrences fossiles disponibles. Ici, nous utilisons à la fois des données empiriques et un cadre de simulation pour identifier des approches d'échantillonnage subséquent des données d'occurrences fossiles qui aboutissent aux estimations les plus précises des temps de divergence. Pour y parvenir, nous évaluons les performances du modèle FBD-Skyline lors de la mise en œuvre de plusieurs approches d'intégration de données d'occurrences fossiles subséquentes. Nos résultats démontrent qu'il est nécessaire de prendre en compte toutes les données d'occurrences fossiles disponibles pour obtenir les estimations les plus précises de l'âge des clades. Nous montrons que cela peut être réalisé si une approche empirique de Bayes, tenant compte de l'échantillonnage fossile au fil du temps, est appliquée au processus FBD. Un échantillonnage aléatoire des données d'occurrences peut conduire à des estimations de l'âge des clades incompatibles avec les preuves fossiles si aucun contrôle sur les affinités des occurrences fossiles n'est imposé. Nos résultats remettent en question la précision des études antérieures sur les temps de divergence intégrant le processus FBD qui n'ont utilisé qu'un sous-échantillon de toutes les données d'occurrences fossiles disponibles.",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/syz037",
    doi = "10.1093/sysbio/syz037",
    openalex = "W2946805451",
    references = "doi101017jpa2016141"
}

Membres de l'ordre des échinodermes Spatangoida, un clade d'invertébrés marins très diversifié et abondant, étaient des habitants importants du Western Interior Seaway (WIS) du Crétacé, un passage épicontinental qui a divisé l'Amérique du Nord en deux durant une période de conditions de serre chaude entre environ 100 et 65 millions d'années. Une analyse phylogénétique des spatangoides a été réalisée à l'aide d'une matrice de caractères de 32 caractères provenant de 21 espèces. Les espèces présentes dans le WIS ont été examinées de manière exhaustive, et des espèces d'autres régions, telles que l'Amérique du Sud, l'Europe et l'Afrique du Nord, ont également été intégrées à l'analyse. Les modèles phylogénétiques obtenus sont largement congruents avec les classifications existantes au niveau familial ; cependant, les espèces au sein de plusieurs genres, en particulier Hemiaster et Heteraster, doivent être réaffectées afin que la classification reflète mieux la phylogénie. Les genres Washitaster et Heteraster sont étroitement liés, tout comme Mecaster, Palhemiaster et Proraster ; Pliotoxaster, Macraster et Hemiaster ; ainsi que Micraster et Diplodetus. Les modèles biogéographiques ont également été examinés à l'aide de la phylogénie, et plusieurs épisodes de vicariance et d'expansion de la gamme ont été identifiés. Ceux-ci étaient peut-être liés à certains des divers épisodes majeurs de montée et de chute du niveau de la mer durant le Crétacé. En particulier, les régressions du Valangien au milieu de l'Aptien auraient pu causer une vicariance au sein de Heteraster et Washitaster, tandis que d'autres vicariances précoces des spatangoides pourraient être liées aux régressions durant le tardif Aptien au début du Cenomanien. De plus, la vicariance causée par les régressions durant le milieu du Cenomanien au Maastrichtien aurait pu conduire à la diversification au sein de Micraster et Diplodetus. Enfin, les transgressions durant le tardif Aptien au début du Cenomanien semblent avoir stimulé des expansions de gamme importantes chez Mecaster et Hemiaster.

@article{doi101017jpa2020102,
    author = "Byrum, Steven et Lieberman, Bruce S.",
    title = "Phylogénie et biogéographie de certains échinodermes spatangoides du Crétacé, avec une attention particulière sur les taxons provenant du Western Interior Seaway",
    year = "2020",
    journal = "Journal of Paleontology",
    abstract = "Membres de l'ordre des échinodermes Spatangoida, un clade d'invertébrés marins très diversifié et abondant, étaient des habitants importants du Western Interior Seaway (WIS) du Crétacé, un passage épicontinental qui a divisé l'Amérique du Nord en deux durant une période de conditions de serre chaude entre environ 100 et 65 millions d'années. Une analyse phylogénétique des spatangoides a été réalisée à l'aide d'une matrice de caractères de 32 caractères provenant de 21 espèces. Les espèces présentes dans le WIS ont été examinées de manière exhaustive, et des espèces d'autres régions, telles que l'Amérique du Sud, l'Europe et l'Afrique du Nord, ont également été intégrées à l'analyse. Les modèles phylogénétiques obtenus sont largement congruents avec les classifications existantes au niveau familial ; cependant, les espèces au sein de plusieurs genres, en particulier Hemiaster et Heteraster, doivent être réaffectées afin que la classification reflète mieux la phylogénie. Les genres Washitaster et Heteraster sont étroitement liés, tout comme Mecaster, Palhemiaster et Proraster ; Pliotoxaster, Macraster et Hemiaster ; ainsi que Micraster et Diplodetus. Les modèles biogéographiques ont également été examinés à l'aide de la phylogénie, et plusieurs épisodes de vicariance et d'expansion de la gamme ont été identifiés. Ceux-ci étaient peut-être liés à certains des divers épisodes majeurs de montée et de chute du niveau de la mer durant le Crétacé. En particulier, les régressions du Valangien au milieu de l'Aptien auraient pu causer une vicariance au sein de Heteraster et Washitaster, tandis que d'autres vicariances précoces des spatangoides pourraient être liées aux régressions durant le tardif Aptien au début du Cenomanien. De plus, la vicariance causée par les régressions durant le milieu du Cenomanien au Maastrichtien aurait pu conduire à la diversification au sein de Micraster et Diplodetus. Enfin, les transgressions durant le tardif Aptien au début du Cenomanien semblent avoir stimulé des expansions de gamme importantes chez Mecaster et Hemiaster.",
    url = "https://doi.org/10.1017/jpa.2020.102",
    doi = "10.1017/jpa.2020.102",
    openalex = "W3112581246",
    references = "arachchige2019taxonomy, doi101016002555648290027x, doi101016jgloplacha201312007, doi101017jpa201879, doi10108014772011003603556, doi101111j109600311994tb00179x, doi101144gslsp19880370119, doi101306m56578, doi1023073515270, doi105962bhltitle40014, openalexw3217097258, openalexw592572837"
}

Les données phylogénomiques et paléontologiques constituent des ressources complémentaires pour élucider les relations phylogénétiques et les temps de divergence des lignées, mais peu d'études ont tenté de les intégrer pleinement. Plusieurs propriétés uniques des échinodermes (oursins) les rendent particulièrement utiles pour ces approches de synthèse, notamment un registre fossile remarquable qui peut être intégré dans des hypothèses phylogénétiques explicites. Nous réexaminons la phylogénie du groupe couronne Echinoidea en utilisant une approche de datation par preuves totales qui combine le plus grand ensemble de données phylogénomiques pour le clade, une matrice morphologique à grande échelle avec un échantillonnage fossile dense, et un nouveau compendium de contraintes d'âge des extrémités et des nœuds. À cette fin, nous développons une méthode nouvelle pour l'échantillonnage partiel des ensembles de données phylogénomiques qui sélectionne les loci avec un signal phylogénétique élevé, de faibles biais systématiques et un comportement horloger amélioré. Nos résultats démontrent que la combinaison de différentes sources de données augmente l'exactitude topologique et aide à résoudre les conflits entre les données moléculaires et morphologiques. Notamment, nous présentons une nouvelle hypothèse sur l'origine des dollars de sable, et restructurons les relations entre les échinodermes de tige et de groupe couronne d'une manière qui implique une longue période d'histoire évolutive non découverte du groupe couronne au Paléozoïque tardif. Nos efforts aident à combler le fossé entre la phylogénomique et la paléontologie phylogénétique, fournissant un exemple modèle des avantages de la combinaison des deux. [Echinoidea ; fossiles ; paléontologie ; phylogénomique ; calibration temporelle ; preuves totales.].

@article{doi101093sysbiosyaa069,
    author = "Koch, Nicolás Mongiardino et Thompson, Jeffrey R.",
    title = "Une phylogénie datée par preuves totales des Echinoidea combinant des données phylogénomiques et paléontologiques",
    year = "2020",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Les données phylogénomiques et paléontologiques constituent des ressources complémentaires pour élucider les relations phylogénétiques et les temps de divergence des lignées, mais peu d'études ont tenté de les intégrer pleinement. Plusieurs propriétés uniques des échinodermes (oursins) les rendent particulièrement utiles pour ces approches de synthèse, notamment un registre fossile remarquable qui peut être intégré dans des hypothèses phylogénétiques explicites. Nous réexaminons la phylogénie du groupe couronne Echinoidea en utilisant une approche de datation par preuves totales qui combine le plus grand ensemble de données phylogénomiques pour le clade, une matrice morphologique à grande échelle avec un échantillonnage fossile dense, et un nouveau compendium de contraintes d'âge des extrémités et des nœuds. À cette fin, nous développons une méthode nouvelle pour l'échantillonnage partiel des ensembles de données phylogénomiques qui sélectionne les loci avec un signal phylogénétique élevé, de faibles biais systématiques et un comportement horloger amélioré. Nos résultats démontrent que la combinaison de différentes sources de données augmente l'exactitude topologique et aide à résoudre les conflits entre les données moléculaires et morphologiques. Notamment, nous présentons une nouvelle hypothèse sur l'origine des dollars de sable, et restructurons les relations entre les échinodermes de tige et de groupe couronne d'une manière qui implique une longue période d'histoire évolutive non découverte du groupe couronne au Paléozoïque tardif. Nos efforts aident à combler le fossé entre la phylogénomique et la paléontologie phylogénétique, fournissant un exemple modèle des avantages de la combinaison des deux. [Echinoidea ; fossiles ; paléontologie ; phylogénomique ; calibration temporelle ; preuves totales.].",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/syaa069",
    doi = "10.1093/sysbio/syaa069",
    openalex = "W3083369987",
    references = "doi101017s0022336000061321, doi10108014772011003603556, doi101093sysbiosyw107, doi105281zenodo16046014, kier1974evolutionary"
}

Résumé Les arthropodes bivalves cambriens constituent un groupe polyphylétique d'arthropodes portant un carapace qui inclut des euarthropodes stém, des mandibulés stém et des crustacés. Ici, nous décrivons Pakucaris apatis gen. et sp. nov., un nouvel arthropode bivalvé mandibulé stém du Cambrien moyen (étage Wuliuan) du Burgess Shale (Marble Canyon, parc national du Kootenay, Colombie-Britannique, Canada). Deux morphotypes de ce petit arthropode (11,6–26,6 mm de long) sont reconnus, qui diffèrent principalement par leur taille et leur nombre de segments, reflétant peut-être un dimorphisme sexuel ou des stades anamorphiques différents. Le carapace présente une crête dorsale s'étendant antérieurement en un petit rostre recourbé et deux processus antéro-latéraux. Environ 20 % des segments corporels et des pattes les plus postérieurs sont recouverts par un grand bouclier portant des épines. La tête porte une paire d'yeux, une paire possible de projections appendiculaires non segmentées et deux paires d'appendices segmentés. Le thorax est multiségmenté, homonume, avec des segments faiblement sclérifiés portant des pattes biramées, composées d'un endopode sténopode avec environ 20 podomères et d'un exopode en forme de pagaie. Pakucaris est interprété comme un filtreur suspension néktobenthique. L'analyse phylogénétique bayésienne implique une position au sein des Hymenocarina en tant que mandibulés stém. Le bouclier postérieur est considéré comme un pygidium, et représente un cas d'évolution convergente morphofonctionnelle entre mandibulés, artiopodes et mollisoniides. De plus, Pakucaris s'ajoute à un nombre croissant d'arthropodes portant un pygidium, suggérant potentiellement un motif de développement commun au cours de l'évolution précoce des arthropodes. Cette étude n'augmente pas seulement notre compréhension de l'évolution précoce des mandibulés, mais illustre également un cas unique de convergence évolutive précoce durant l'Explosion cambrienne.

@article{doi101002spp21366,
    author = "Izquierdo‐López, Alejandro et Caron, Jean‐Bernard",
    title = "Un arthropode mandibulé du Burgess Shale avec un pygidium : un cas d'évolution convergente",
    year = "2021",
    journal = "Papers in Palaeontology",
    abstract = "Résumé Les arthropodes bivalves cambriens constituent un groupe polyphylétique d'arthropodes portant un carapace qui inclut des euarthropodes stém, des mandibulés stém et des crustacés. Ici, nous décrivons Pakucaris apatis gen. et sp. nov., un nouvel arthropode bivalvé mandibulé stém du Cambrien moyen (étage Wuliuan) du Burgess Shale (Marble Canyon, parc national du Kootenay, Colombie-Britannique, Canada). Deux morphotypes de ce petit arthropode (11,6–26,6 mm de long) sont reconnus, qui diffèrent principalement par leur taille et leur nombre de segments, reflétant peut-être un dimorphisme sexuel ou des stades anamorphiques différents. Le carapace présente une crête dorsale s'étendant antérieurement en un petit rostre recourbé et deux processus antéro-latéraux. Environ 20 % des segments corporels et des pattes les plus postérieurs sont recouverts par un grand bouclier portant des épines. La tête porte une paire d'yeux, une paire possible de projections appendiculaires non segmentées et deux paires d'appendices segmentés. Le thorax est multiségmenté, homonume, avec des segments faiblement sclérifiés portant des pattes biramées, composées d'un endopode sténopode avec environ 20 podomères et d'un exopode en forme de pagaie. Pakucaris est interprété comme un filtreur suspension néktobenthique. L'analyse phylogénétique bayésienne implique une position au sein des Hymenocarina en tant que mandibulés stém. Le bouclier postérieur est considéré comme un pygidium, et représente un cas d'évolution convergente morphofonctionnelle entre mandibulés, artiopodes et mollisoniides. De plus, Pakucaris s'ajoute à un nombre croissant d'arthropodes portant un pygidium, suggérant potentiellement un motif de développement commun au cours de l'évolution précoce des arthropodes. Cette étude n'augmente pas seulement notre compréhension de l'évolution précoce des mandibulés, mais illustre également un cas unique de convergence évolutive précoce durant l'Explosion cambrienne.",
    url = "https://doi.org/10.1002/spp2.1366",
    doi = "10.1002/spp2.1366",
    openalex = "W3171801394",
    references = "doi101016jcub202002054, doi101098rsos191350"
}