Génétique écologique

@misc{connell1970readings1,
    author = "Connell, J. H. et Mertz, D. B. et Murdoch, W. W",
    title = "Readings in Ecology and Ecological Genetics",
    year = "1970",
    howpublished = "New York, Harper and Row, 397 p",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Connell, J. H., Mertz, D. B., et Murdoch, W. W., 1970, Readings in Ecology and Ecological Genetics: New York, Harper and Row, 397 p.}"
}

Les deux articles présentés ici ont été préparés à la demande du Comité Spécial du Programme Biologique International, dans le cadre d'un vaste programme sur l'écologie et le contrôle naturel des acariens (Tetranychidae) à l'échelle mondiale. La partie I est une revue de la littérature pertinente et une discussion de la biologie et de l'écologie de divers ennemis des acariens, leur potentiel en tant qu'agents de contrôle biologique, et les effets des pesticides sur leurs populations. La partie II examine la littérature concernant l'abondance des acariens tetranychidés, et les preuves soutenant diverses hypothèses concernant leurs populations. Elle évalue l'action de divers prédateurs et discute des moyens possibles de mettre en œuvre le contrôle biologique. Un troisième article de cette série (Partie III), par les mêmes auteurs, examinera la littérature et discutera du problème des acariens du point de vue de leur biologie, écologie, statut de ravageur, et de leur relation avec les plantes hôtes. Cet article devrait être publié prochainement.

@article{doi103733hilgv40n11p331,
    author = "McMurtry, J. A. et Huffaker, C. B. et van de Vrie, M.",
    title = "Écologie des acariens tetranychidés et de leurs ennemis naturels : Une revue : I. Ennemis tetranychidés : Leurs caractères biologiques et l'impact des pratiques de pulvérisation",
    year = "1970",
    journal = "Hilgardia",
    abstract = "Les deux articles présentés ici ont été préparés à la demande du Comité Spécial du Programme Biologique International, dans le cadre d'un vaste programme sur l'écologie et le contrôle naturel des acariens (Tetranychidae) à l'échelle mondiale. La partie I est une revue de la littérature pertinente et une discussion de la biologie et de l'écologie de divers ennemis des acariens, leur potentiel en tant qu'agents de contrôle biologique, et les effets des pesticides sur leurs populations. La partie II examine la littérature concernant l'abondance des acariens tetranychidés, et les preuves soutenant diverses hypothèses concernant leurs populations. Elle évalue l'action de divers prédateurs et discute des moyens possibles de mettre en œuvre le contrôle biologique. Un troisième article de cette série (Partie III), par les mêmes auteurs, examinera la littérature et discutera du problème des acariens du point de vue de leur biologie, écologie, statut de ravageur, et de leur relation avec les plantes hôtes. Cet article devrait être publié prochainement.",
    url = "https://doi.org/10.3733/hilg.v40n11p331",
    doi = "10.3733/hilg.v40n11p331",
    openalex = "W2324497467"
}

Les deux articles présentés ici ont été préparés à la demande du Comité Spécial du Programme Biologique International, dans le cadre d'un vaste programme sur l'écologie et le contrôle naturel des acariens (Tetranychidae) à l'échelle mondiale. La partie I est une revue de la littérature pertinente et une discussion de la biologie et de l'écologie des divers ennemis des acariens, leur potentiel en tant qu'agents de contrôle biologique, et les effets des pesticides sur leurs populations. La partie II examine la littérature concernant l'abondance des tetranychidés et les preuves soutenant diverses hypothèses concernant leurs populations. Elle évalue l'action de divers prédateurs et discute des moyens possibles de mettre en œuvre le contrôle biologique. Un troisième article de cette série (Partie III), par les mêmes auteurs, examinera la littérature et discutera du problème des acariens du point de vue de leur biologie, écologie, statut de ravageur et de leur relation avec les plantes hôtes. Cet article devrait être publié prochainement.

@article{doi103733hilgv40n11p391,
    author = "Huffaker, C. B. et van de Vrie, M. et McMurtry, J. A.",
    title = "Écologie des acariens tetranychidés et de leurs ennemis naturels : Une revue : II. Populations de tetranychidés et leur contrôle possible par les prédateurs : Une évaluation",
    year = "1970",
    journal = "Hilgardia",
    abstract = "Les deux articles présentés ici ont été préparés à la demande du Comité Spécial du Programme Biologique International, dans le cadre d'un vaste programme sur l'écologie et le contrôle naturel des acariens (Tetranychidae) à l'échelle mondiale. La partie I est une revue de la littérature pertinente et une discussion de la biologie et de l'écologie des divers ennemis des acariens, leur potentiel en tant qu'agents de contrôle biologique, et les effets des pesticides sur leurs populations. La partie II examine la littérature concernant l'abondance des tetranychidés et les preuves soutenant diverses hypothèses concernant leurs populations. Elle évalue l'action de divers prédateurs et discute des moyens possibles de mettre en œuvre le contrôle biologique. Un troisième article de cette série (Partie III), par les mêmes auteurs, examinera la littérature et discutera du problème des acariens du point de vue de leur biologie, écologie, statut de ravageur et de leur relation avec les plantes hôtes. Cet article devrait être publié prochainement.",
    url = "https://doi.org/10.3733/hilg.v40n11p391",
    doi = "10.3733/hilg.v40n11p391",
    openalex = "W2073176131"
}

Une introduction à la théorie de la génétique des populations, Une introduction à la théorie de la génétique des populations, مرکز فناوری اطلاعات و اطلاع رسانی کشاورزی

@book{openalexw2062594085,
    author = "Crow, James F. et Kimura, Makoto",
    title = "Une introduction à la théorie de la génétique des populations",
    year = "1970",
    abstract = "Une introduction à la théorie de la génétique des populations, Une introduction à la théorie de la génétique des populations, مرکز فناوری اطلاعات و اطلاع رسانی کشاورزی",
    openalex = "W2062594085"
}

@book{openalexw580562315,
    author = "Connell, Joseph H. et Mertz, David B. et Murdoch, William W.",
    title = "Readings in Ecology and Ecological Genetics",
    year = "1970",
    journal = "Medical Entomology and Zoology",
    url = "https://openalex.org/W580562315",
    openalex = "W580562315"
}

@article{gilbert1971readings,
    author = "Gilbert, Edward E.",
    title = "Readings in Ecology and Ecological Genetics. Joseph H. Connell, David B. Mertz, William W. Murdoch",
    year = "1971",
    journal = "The Quarterly Review of Biology",
    url = "https://doi.org/10.1086/406801",
    doi = "10.1086/406801",
    number = "1",
    openalex = "W2513664272",
    pages = "92-93",
    volume = "46"
}

De nombreux insectes et autres arthropodes colonisent et se reproduisent dans des environnements perturbés et artificiels. Cela est particulièrement apparent dans les zones de Juban. La mesure dans laquelle ces organismes exploitent les environnements urbains n'a été pleinement appréciée que récemment. Notre ignorance dans ce domaine peut être attribuée, en grande partie, au manque général d'études écologiques pertinentes. Le but de cette revue est d'évaluer et de synthétiser les informations importantes pour comprendre les bases écologiques de la reproduction et de la survie des insectes (et, dans une moindre mesure, d'autres arthropodes) dans les environnements urbains. Plus spécifiquement, nous mettons l'accent sur la nécessité d'évaluer deux composantes majeures de l'environnement des insectes : les ressources nécessaires à la survie et l'influence omniprésente de l'homme. Les études de cas sur les populations, les communautés et l'évolution sont analysées dans ce cadre conceptuel. Les études comparatives dans plus d'un habitat sont données une attention particulière. Enfin, des suggestions pour des études futures sur les questions fondamentales et appliquées en entomologie urbaine sont offertes. Les informations sur les insectes dans les environnements urbains sont dispersées dans la littérature agricole et biologique. Ce n'est pas surprenant, car la plupart des informations ont été recueillies par des spécialistes dans une grande variété de domaines. Des exemples de ces domaines et des études représentatives incluent : les sciences écologiques et environnementales (56, 64, 81, 92, 117, 118, 137, 138, 159, 165, 166), la génétique des populations et la biologie évolutive (14, 17, 18, 36, 38-41, 75, 99, 151), l'identification et le contrôle général des ravageurs (43, 72, 150), le contrôle biologique et intégré (91, 107, 108, 121, 122), l'entomologie forestière (25, 50, 51, 71, 91, 103, 130), la phytopathologie (53, 143), l'entomologie médicale (61, 85, 99, 124, 149, 157), l'entomologie des produits stockés (10, 19, 49, 70, 88, 102, 168, 174), et la toxicologie des insecticides (16).

@article{doi101146annureven23010178002055,
    author = "Frankie, Gordon W. and Ehler, L. E.",
    title = "Ecology of Insects in Urban Environments",
    year = "1978",
    journal = "Annual Review of Entomology",
    abstract = "De nombreux insectes et autres arthropodes colonisent et se reproduisent dans des environnements perturbés et artificiels. Cela est particulièrement apparent dans les zones de Juban. La mesure dans laquelle ces organismes exploitent les environnements urbains n'a été pleinement appréciée que récemment. Notre ignorance dans ce domaine peut être attribuée, en grande partie, au manque général d'études écologiques pertinentes. Le but de cette revue est d'évaluer et de synthétiser les informations importantes pour comprendre les bases écologiques de la reproduction et de la survie des insectes (et, dans une moindre mesure, d'autres arthropodes) dans les environnements urbains. Plus spécifiquement, nous mettons l'accent sur la nécessité d'évaluer deux composantes majeures de l'environnement des insectes : les ressources nécessaires à la survie et l'influence omniprésente de l'homme. Les études de cas sur les populations, les communautés et l'évolution sont analysées dans ce cadre conceptuel. Les études comparatives dans plus d'un habitat sont données une attention particulière. Enfin, des suggestions pour des études futures sur les questions fondamentales et appliquées en entomologie urbaine sont offertes. Les informations sur les insectes dans les environnements urbains sont dispersées dans la littérature agricole et biologique. Ce n'est pas surprenant, car la plupart des informations ont été recueillies par des spécialistes dans une grande variété de domaines. Des exemples de ces domaines et des études représentatives incluent : les sciences écologiques et environnementales (56, 64, 81, 92, 117, 118, 137, 138, 159, 165, 166), la génétique des populations et la biologie évolutive (14, 17, 18, 36, 38-41, 75, 99, 151), l'identification et le contrôle général des ravageurs (43, 72, 150), le contrôle biologique et intégré (91, 107, 108, 121, 122), l'entomologie forestière (25, 50, 51, 71, 91, 103, 130), la phytopathologie (53, 143), l'entomologie médicale (61, 85, 99, 124, 149, 157), l'entomologie des produits stockés (10, 19, 49, 70, 88, 102, 168, 174), et la toxicologie des insecticides (16).",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.en.23.010178.002055",
    doi = "10.1146/annurev.en.23.010178.002055",
    openalex = "W2140087242",
    references = "doi101111j155856461972tb00186x"
}

Méthodes écologiques : avec référence particulière à l'étude des populations d'insectes, Méthodes écologiques : avec référence particulière à l'étude des populations d'insectes, مرکز فناوری اطلاعات و اطلاع رسانی کشاورزی

@article{doi1023071936977,
    author = "Smith, Paul E. et Southwood, T. R. E.",
    title = "Méthodes écologiques avec référence particulière à l'étude des populations d'insectes",
    year = "1979",
    journal = "Ecology",
    abstract = "Méthodes écologiques : avec référence particulière à l'étude des populations d'insectes, Méthodes écologiques : avec référence particulière à l'étude des populations d'insectes, مرکز فناوری اطلاعات و اطلاع رسانی کشاورزی",
    url = "https://doi.org/10.2307/1936977",
    doi = "10.2307/1936977",
    openalex = "W2111703506"
}

Partie 1 Constitution génétique d'une population : équilibre de Hardy-Weinberg. Partie 2 Modifications de la fréquence des gènes : migration mutation. Partie 3 Petites populations - modifications de la fréquence des gènes dans des conditions simplifiées. Partie 4 Petites populations - conditions moins simplifiées. Partie 5 Petites populations - populations consanguines et consanguinité étroite. Partie 6 Variation continue. Partie 7 Valeurs et moyennes. Partie 8 Variance. Partie 9 Ressemblance entre apparentés. Partie 10 Héritabilité. Partie 11 Sélection - la réponse et sa prédiction. Partie 12 Sélection - les résultats des expériences. Partie 13 Sélection - informations provenant des apparentés. Partie 14 Consanguinité et croisement - modifications de la valeur moyenne. Partie 15 Consanguinité et croisement - modifications de la variance. Partie 16 Consanguinité et croisement - applications. Partie 17 Échelle. Partie 18 Caractères seuil. Partie 19 Caractères corrélés. Partie 20 Caractères métriques sous sélection naturelle.

@article{doi1023072529912,
    author = "Edwards, A. W. F. et Falconer, D. S.",
    title = "Introduction à la génétique quantitative.",
    year = "1982",
    journal = "Biometrics",
    abstract = "Partie 1 Constitution génétique d'une population : équilibre de Hardy-Weinberg. Partie 2 Modifications de la fréquence des gènes : migration mutation. Partie 3 Petites populations - modifications de la fréquence des gènes dans des conditions simplifiées. Partie 4 Petites populations - conditions moins simplifiées. Partie 5 Petites populations - populations consanguines et consanguinité étroite. Partie 6 Variation continue. Partie 7 Valeurs et moyennes. Partie 8 Variance. Partie 9 Ressemblance entre apparentés. Partie 10 Héritabilité. Partie 11 Sélection - la réponse et sa prédiction. Partie 12 Sélection - les résultats des expériences. Partie 13 Sélection - informations provenant des apparentés. Partie 14 Consanguinité et croisement - modifications de la valeur moyenne. Partie 15 Consanguinité et croisement - modifications de la variance. Partie 16 Consanguinité et croisement - applications. Partie 17 Échelle. Partie 18 Caractères seuil. Partie 19 Caractères corrélés. Partie 20 Caractères métriques sous sélection naturelle.",
    url = "https://doi.org/10.2307/2529912",
    doi = "10.2307/2529912",
    openalex = "W2141088880"
}

L. Margolis, G. W. Esch, J. C. Holmes, A. M. Kuris, G. A. Schad, The Use of Ecological Terms in Parasitology (Rapport d'un comité ad hoc de la Société américaine de parasitologie), The Journal of Parasitology, Vol. 68, No. 1 (févr., 1982), pp. 131-133

@article{doi1023073281335,
    author = "Margolis, Leo et Esch, G. W. et Holmes, John C. et Kuris, Armand M. et Schad, G. A.",
    title = "The Use of Ecological Terms in Parasitology (Rapport d'un comité ad hoc de la Société américaine de parasitologie)",
    year = "1982",
    journal = "Journal of Parasitology",
    abstract = "L. Margolis, G. W. Esch, J. C. Holmes, A. M. Kuris, G. A. Schad, The Use of Ecological Terms in Parasitology (Rapport d'un comité ad hoc de la Société américaine de parasitologie), The Journal of Parasitology, Vol. 68, No. 1 (févr., 1982), pp. 131-133",
    url = "https://doi.org/10.2307/3281335",
    doi = "10.2307/3281335",
    openalex = "W2059029412"
}

La quatrième édition de Génétique des populations est l'introduction la plus récente, complète et accessible au domaine pour les étudiants de niveau universitaire avancé et les étudiants de master, ainsi que pour les chercheurs en génétique, évolution, conservation et domaines connexes. Au cours des dernières années, l'intérêt pour l'application des principes de la génétique des populations à de nouvelles données moléculaires a considérablement augmenté, et la nouvelle édition du Dr. Hedrick illustre son engagement à suivre le rythme de ce domaine d'étude dynamique. Réorganisée pour permettre aux étudiants de se concentrer plus nettement sur les éléments clés, la quatrième édition intègre la couverture des questions théoriques avec une présentation claire de la génétique des populations expérimentale et des données empiriques. En tirant des exemples à la fois d'études récentes et classiques, et en utilisant une variété d'organismes pour illustrer les vastes développements de la génétique des populations, ce texte fournit aux étudiants et aux chercheurs la ressource la plus complète dans le domaine.

@book{openalexw1495050269,
    author = "Hedrick, Philip W.",
    title = "Génétique des populations",
    year = "1983",
    abstract = "La quatrième édition de Génétique des populations est l'introduction la plus récente, complète et accessible au domaine pour les étudiants de niveau universitaire avancé et les étudiants de master, ainsi que pour les chercheurs en génétique, évolution, conservation et domaines connexes. Au cours des dernières années, l'intérêt pour l'application des principes de la génétique des populations à de nouvelles données moléculaires a considérablement augmenté, et la nouvelle édition du Dr. Hedrick illustre son engagement à suivre le rythme de ce domaine d'étude dynamique. Réorganisée pour permettre aux étudiants de se concentrer plus nettement sur les éléments clés, la quatrième édition intègre la couverture des questions théoriques avec une présentation claire de la génétique des populations expérimentale et des données empiriques. En tirant des exemples à la fois d'études récentes et classiques, et en utilisant une variété d'organismes pour illustrer les vastes développements de la génétique des populations, ce texte fournit aux étudiants et aux chercheurs la ressource la plus complète dans le domaine.",
    openalex = "W1495050269"
}

De nombreuses analyses empiriques des tactiques de l'histoire de vie reposent sur l'hypothèse que la variation démographique devrait être la plus grande parmi les populations ou les espèces vivant dans des environnements différents. Cependant, au sein d'une seule population de l'ascidie coloniale sessile Botryllus schlosseri, il existe deux morphs discrets de l'histoire de vie. Les colonies semelpares se caractérisent par a) la mort immédiatement après la production d'une seule portée, b) un âge précoce à la première reproduction, c) une croissance rapide jusqu'à la première reproduction, et d) un effort reproducteur élevé. En revanche, les colonies itératives a) produisent au moins trois portées avant de mourir, b) retardent la reproduction sexuelle jusqu'à ce qu'elles soient presque deux fois plus âgées que les colonies semelpares, c) croissent à environ la moitié du rythme des colonies semelpares, et d) investissent environ 75 % de moins dans l'effort reproducteur que les colonies semelpares. Les colonies semelpares dominent numériquement la population jusqu'à la mi-été ; plus tard dans l'été, les colonies itératives sont les plus nombreuses. Des expériences de jardins communs sur le terrain et en laboratoire, ainsi que des études d'élevage, indiquent que les différences démographiques entre les morphs sont déterminées génétiquement. Par conséquent, le changement saisonnier de la dominance des colonies semelpares à celle des colonies itératives peut être une réponse évoluée à un environnement changeant saisonnièrement. Sur des bases théoriques, la variation temporelle de la sélection est considérée comme jouant un rôle relativement peu important dans le maintien du polymorphisme génétique ; néanmoins, le polymorphisme de l'histoire de vie récurrent saisonnièrement montré dans cette étude indique que la variation temporelle de la sélection peut conduire au maintien du polymorphisme génétique pour des traits affectant fortement la fitness.

@article{doi101111j155856461988tb02510x,
    author = "Grosberg, Richard K.",
    title = "VARIATION DES TACTIQUES DE L'HISTOIRE DE VIE DANS UNE POPULATION D'ASCIDIE COLONIALE BOTRYLLUS SCHLOSSERI. I. LE CONTRÔLE GÉNÉTIQUE ET ENVIRONNEMENTAL DE LA VARIATION SAISONNIÈRE",
    year = "1988",
    journal = "Évolution",
    abstract = "De nombreuses analyses empiriques des tactiques de l'histoire de vie reposent sur l'hypothèse que la variation démographique devrait être la plus grande parmi les populations ou les espèces vivant dans des environnements différents. Cependant, au sein d'une seule population de l'ascidie coloniale sessile Botryllus schlosseri, il existe deux morphs discrets de l'histoire de vie. Les colonies semelpares se caractérisent par a) la mort immédiatement après la production d'une seule portée, b) un âge précoce à la première reproduction, c) une croissance rapide jusqu'à la première reproduction, et d) un effort reproducteur élevé. En revanche, les colonies itératives a) produisent au moins trois portées avant de mourir, b) retardent la reproduction sexuelle jusqu'à ce qu'elles soient presque deux fois plus âgées que les colonies semelpares, c) croissent à environ la moitié du rythme des colonies semelpares, et d) investissent environ 75 % de moins dans l'effort reproducteur que les colonies semelpares. Les colonies semelpares dominent numériquement la population jusqu'à la mi-été ; plus tard dans l'été, les colonies itératives sont les plus nombreuses. Des expériences de jardins communs sur le terrain et en laboratoire, ainsi que des études d'élevage, indiquent que les différences démographiques entre les morphs sont déterminées génétiquement. Par conséquent, le changement saisonnier de la dominance des colonies semelpares à celle des colonies itératives peut être une réponse évoluée à un environnement changeant saisonnièrement. Sur des bases théoriques, la variation temporelle de la sélection est considérée comme jouant un rôle relativement peu important dans le maintien du polymorphisme génétique ; néanmoins, le polymorphisme de l'histoire de vie récurrent saisonnièrement montré dans cette étude indique que la variation temporelle de la sélection peut conduire au maintien du polymorphisme génétique pour des traits affectant fortement la fitness.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1988.tb02510.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1988.tb02510.x",
    openalex = "W2312721243",
    references = "doi10103711774000, doi101086409052, doi101146annureves08110177001045, doi1023071419292, doi1023071605, doi1023071936778, doi1023072402622, doi1023072529912, openalexw1495050269, openalexw2077454220, openalexw580562315"
}

Il existe désormais une bonne compréhension théorique de l'évolution de l'histoire de vie, et des modèles d'optimalité explicites détaillés ont été construits. Ceux-ci présentent un défi pour les travaux empiriques examinant certaines des hypothèses, telles que l'ampleur et les mécanismes des coûts de la croissance et de la reproduction. De plus, il existe un besoin évident de tests comparatifs des modèles. Ces tests, correctement appliqués, peuvent être particulièrement informatifs car ils peuvent traiter plusieurs variables indépendantes, y compris des variables écologiques, et révéler des tendances générales dans un contexte de contraintes sur les optima et le taux d'approche évolutive de ceux-ci. Les histoires de vie sont les probabilités de survie et les taux de reproduction à chaque âge de la durée de vie. La reproduction est coûteuse, de sorte que la fertilité à tous les âges ne peut pas simultanément être maximisée par la sélection naturelle. L'allocation de l'effort reproducteur a évolué en réponse à l'impact démographique des différents environnements, mais est contrainte par la variance génétique et l'histoire évolutive.

@article{doi101126science24148721449,
    author = "Partridge, Linda et Harvey, Paul",
    title = "The Ecological Context of Life History Evolution",
    year = "1988",
    journal = "Science",
    abstract = "Il existe désormais une bonne compréhension théorique de l'évolution de l'histoire de vie, et des modèles d'optimalité explicites détaillés ont été construits. Ceux-ci présentent un défi pour les travaux empiriques examinant certaines des hypothèses, telles que l'ampleur et les mécanismes des coûts de la croissance et de la reproduction. De plus, il existe un besoin évident de tests comparatifs des modèles. Ces tests, correctement appliqués, peuvent être particulièrement informatifs car ils peuvent traiter plusieurs variables indépendantes, y compris des variables écologiques, et révéler des tendances générales dans un contexte de contraintes sur les optima et le taux d'approche évolutive de ceux-ci. Les histoires de vie sont les probabilités de survie et les taux de reproduction à chaque âge de la durée de vie. La reproduction est coûteuse, de sorte que la fertilité à tous les âges ne peut pas simultanément être maximisée par la sélection naturelle. L'allocation de l'effort reproducteur a évolué en réponse à l'impact démographique des différents environnements, mais est contrainte par la variance génétique et l'histoire évolutive.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.241.4872.1449",
    doi = "10.1126/science.241.4872.1449",
    openalex = "W1974377563",
    references = "doi101007bf00378945, doi1010160040580974900537, doi101146annureves15110184002235"
}

Une nouvelle méthode est décrite pour estimer la parenté génétique à partir de marqueurs génétiques tels que les polymorphismes de protéines. Elle est basée sur le coefficient de parenté de Grafen (1985) et est le plus facilement interprétée en termes d'identité par descendance plutôt que comme une régression génétique. Elle présente plusieurs avantages par rapport aux méthodes actuellement utilisées : elle élimine un biais à la baisse pour les petites tailles d'échantillons ; elle améliore l'estimation de la parenté pour des sous-ensembles d'échantillons de population ; et elle permet d'estimer la parenté pour un seul groupe ou pour une seule paire d'individus. Les estimations individuelles de parenté ont tendance à être très variables, mais, dans l'ensemble, elles peuvent toujours être très utiles comme données pour des tests non paramétriques. De tels tests permettent de tester les différences de parenté entre deux échantillons ou de corriger les valeurs individuelles de parenté avec une autre variable.

@article{doi101111j155856461989tb04226x,
    author = "Queller, David C. and Goodnight, Keith F.",
    title = "ESTIMATING RELATEDNESS USING GENETIC MARKERS",
    year = "1989",
    journal = "Evolution",
    abstract = "A new method is described for estimating genetic relatedness from genetic markers such as protein polymorphisms. It is based on Grafen's (1985) relatedness coefficient and is most easily interpreted in terms of identity by descent rather than as a genetic regression. It has several advantages over methods currently in use: it eliminates a downward bias for small sample sizes; it improves estimation of relatedness for subsets of population samples; and it allows estimation of relatedness for a single group or for a single pair of individuals. Individual estimates of relatedness tend to be highly variable but, in aggregate, can still be very useful as data for nonparametric tests. Such tests allow testing for differences in relatedness between two samples or for correlating individual relatedness values with another variable.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1989.tb04226.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1989.tb04226.x",
    openalex = "W1973214225",
    references = "doi1010160022519364900396, doi101073pnas721143"
}

@article{doi101007bf00328407,
    author = "Rice, Kevin J. et Mack, Richard N.",
    title = "Génétique écologique de Bromus tectorum",
    year = "1991",
    journal = "Oecologia",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf00328407",
    doi = "10.1007/bf00328407",
    openalex = "W2086094837"
}

Partie 1 Sélection naturelle et histoires de vie : modèles évolutifs en écologie comportementale évolution des histoires de vie écologie comportementale humaine. Partie 2 Exploitation des ressources : prise de décision compétition pour les ressources interactions entre prédateurs et proies. Partie 3 Sélection sexuelle et stratégies reproductives : sélection sexuelle investissement parental systèmes d'accouplement. Partie 4 Coopération et conflit : élevage coopératif chez les oiseaux et les mammifères conflit et coopération chez les insectes communication.

@article{doi1023075530,
    author = "Adams, Jonathan et Krebs, J. R. et Davies, N. B.",
    title = "Écologie comportementale : une approche évolutionniste",
    year = "1992",
    journal = "Journal of Animal Ecology",
    abstract = "Partie 1 Sélection naturelle et histoires de vie : modèles évolutifs en écologie comportementale évolution des histoires de vie écologie comportementale humaine. Partie 2 Exploitation des ressources : prise de décision compétition pour les ressources interactions entre prédateurs et proies. Partie 3 Sélection sexuelle et stratégies reproductives : sélection sexuelle investissement parental systèmes d'accouplement. Partie 4 Coopération et conflit : élevage coopératif chez les oiseaux et les mammifères conflit et coopération chez les insectes communication.",
    url = "https://doi.org/10.2307/5530",
    doi = "10.2307/5530",
    openalex = "W2136284908"
}

Pour parvenir à une théorie évolutive cohérente, il est nécessaire de prendre en compte les effets de l'environnement sur le processus de développement. La plasticité phénotypique est le changement du phénotype exprimé d'un génotype en fonction de l'environnement. Diverses mesures de la plasticité existent, dont beaucoup peuvent être unifiées dans le cadre d'une fonction polynomiale. Cette fonction est la norme de réaction. Pour le cas particulier d'une norme de réaction linéaire, la variation génétique peut être partitionnée en parties indépendantes et dépendantes de l'environnement. À partir de cette partition, deux mesures d'héritabilité sont dérivées qui peuvent être utilisées alternativement pour comparer des populations ou faire des prédictions sur la réponse à la sélection naturelle. Génétiquement, la plasticité est probablement due à la fois à des différences dans l'expression allélique entre environnements et à des changements dans les interactions entre loci ; la plasticité n'est pas une fonction de l'hétérozygotie. La plasticité répond à la fois à la sélection artificielle et à la sélection naturelle. L'évolution de la plasticité est modélisée de trois façons : les modèles d'optimalité, les modèles génétiques quantitatifs et les modèles gamétiques. Tous les modèles font des prédictions similaires sur les conditions qui favoriseront la plasticité. Des développements supplémentaires sont nécessaires pour l'extension des modèles génétiques quantitatifs et des modèles de populations structurées ; des données sont également nécessaires sur les véritables formes des normes de réaction et de la variation génétique et de la covariation pour les paramètres de normes de réaction non linéaires et les environnements multiples.

@article{doi101146annureves24110193000343,
    author = "Scheiner, Samuel M.",
    title = "Génétique et évolution de la plasticité phénotypique",
    year = "1993",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "Pour parvenir à une théorie évolutive cohérente, il est nécessaire de prendre en compte les effets de l'environnement sur le processus de développement. La plasticité phénotypique est le changement du phénotype exprimé d'un génotype en fonction de l'environnement. Diverses mesures de la plasticité existent, dont beaucoup peuvent être unifiées dans le cadre d'une fonction polynomiale. Cette fonction est la norme de réaction. Pour le cas particulier d'une norme de réaction linéaire, la variation génétique peut être partitionnée en parties indépendantes et dépendantes de l'environnement. À partir de cette partition, deux mesures d'héritabilité sont dérivées qui peuvent être utilisées alternativement pour comparer des populations ou faire des prédictions sur la réponse à la sélection naturelle. Génétiquement, la plasticité est probablement due à la fois à des différences dans l'expression allélique entre environnements et à des changements dans les interactions entre loci ; la plasticité n'est pas une fonction de l'hétérozygotie. La plasticité répond à la fois à la sélection artificielle et à la sélection naturelle. L'évolution de la plasticité est modélisée de trois façons : les modèles d'optimalité, les modèles génétiques quantitatifs et les modèles gamétiques. Tous les modèles font des prédictions similaires sur les conditions qui favoriseront la plasticité. Des développements supplémentaires sont nécessaires pour l'extension des modèles génétiques quantitatifs et des modèles de populations structurées ; des données sont également nécessaires sur les véritables formes des normes de réaction et de la variation génétique et de la covariation pour les paramètres de normes de réaction non linéaires et les environnements multiples.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.es.24.110193.000343",
    doi = "10.1146/annurev.es.24.110193.000343",
    openalex = "W2134835006",
    references = "doi101111j155856461977tb00991x, doi101111j155856461983tb00236x, doi101111j155856461985tb00391x, doi1023072389364, doi1023075403"
}

Article de journal GENEPOP (Version 1.2) : Logiciel de génétique des populations pour des tests exacts et l'écumenisme Accéder M. Raymond, M. Raymond Institut des Sciences de l'Évolution, URA CNRS 327, Laboratoire de Génétique et Environnement, Université de Montpellier II (CC 065)Place E. Bataillon, 34095 Montpellier cedex 05, France Rechercher d'autres travaux de cet auteur sur : Oxford Academic PubMed Google Scholar F. Rousset F. Rousset Institut des Sciences de l'Évolution, URA CNRS 327, Laboratoire de Génétique et Environnement, Université de Montpellier II (CC 065)Place E. Bataillon, 34095 Montpellier cedex 05, France Rechercher d'autres travaux de cet auteur sur : Oxford Academic PubMed Google Scholar Journal of Heredity, Volume 86, Issue 3, May 1995, Pages 248–249, https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.jhered.a111573 Publié : 01 mai 1995 Historique de l'article Reçu : 28 mars 1994 Accepté : 04 octobre 1994 Publié : 01 mai 1995

@article{doi101093oxfordjournalsjhereda111573,
    author = "Raymond, Michel et Rousset, François",
    title = "GENEPOP (Version 1.2) : Logiciel de génétique des populations pour des tests exacts et l'écumenisme",
    year = "1995",
    journal = "Journal of Heredity",
    abstract = "Article de journal GENEPOP (Version 1.2) : Logiciel de génétique des populations pour des tests exacts et l'écumenisme Accéder M. Raymond, M. Raymond Institut des Sciences de l'Évolution, URA CNRS 327, Laboratoire de Génétique et Environnement, Université de Montpellier II (CC 065)Place E. Bataillon, 34095 Montpellier cedex 05, France Rechercher d'autres travaux de cet auteur sur : Oxford Academic PubMed Google Scholar F. Rousset F. Rousset Institut des Sciences de l'Évolution, URA CNRS 327, Laboratoire de Génétique et Environnement, Université de Montpellier II (CC 065)Place E. Bataillon, 34095 Montpellier cedex 05, France Rechercher d'autres travaux de cet auteur sur : Oxford Academic PubMed Google Scholar Journal of Heredity, Volume 86, Issue 3, May 1995, Pages 248–249, https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.jhered.a111573 Publié : 01 mai 1995 Historique de l'article Reçu : 28 mars 1994 Accepté : 04 octobre 1994 Publié : 01 mai 1995",
    url = "https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.jhered.a111573",
    doi = "10.1093/oxfordjournals.jhered.a111573",
    openalex = "W2253414912"
}

Résumé Les poissons téléostéens (osseux) représentent le groupe taxonomique le plus abondant de vertébrés. On les trouve dans tous les types d'environnements aquatiques imaginables et ils sont extrêmement diversifiés sur le plan comportemental. Leur succès évolutif en tant que groupe taxonomique est en partie dû à leur remarquable plasticité comportementale. En conséquence, ils constituent également des organismes extrêmement utiles pour tester les modèles mécanistiques et fonctionnels du comportement. De considérables progrès ont été réalisés au cours de la dernière décennie pour comprendre comment le comportement, l'écologie et la génétique interagissent pour déterminer la survie individuelle et le succès reproducteur chez les poissons, et ainsi l'évolution de leur comportement. Behavioural Ecology of Teleost Fishes examine les dernières avancées dans les adaptations comportementales pour la survie et la reproduction chez les poissons, et propose de nouvelles directions et approches pour la recherche future. Le livre se concentre sur les stratégies et tactiques comportementales de sélection d'habitat et d'utilisation de l'espace, de recherche de nourriture, d'évitement et d'évasion des prédateurs, et de reproduction. Il examine également comment le comportement des individus affecte les processus écologiques aux niveaux de population et de communauté. Le texte bénéficiera à tous ceux qui ont un intérêt général pour l'écologie comportementale, et sera un texte obligatoire pour les étudiants, les enseignants et les chercheurs intéressés par le comportement et l'écologie des poissons. Il sera également une source de référence précieuse pour les biologistes, les aquaculteurs et les conservateurs.

@book{doi101093oso97801985478460010001,
    author = "Godin, Jean‐Guy J.",
    title = "Behavioural Ecology of Teleost Fishes",
    year = "1997",
    abstract = "Résumé Les poissons téléostéens (osseux) représentent le groupe taxonomique le plus abondant de vertébrés. On les trouve dans tous les types d'environnements aquatiques imaginables et ils sont extrêmement diversifiés sur le plan comportemental. Leur succès évolutif en tant que groupe taxonomique est en partie dû à leur remarquable plasticité comportementale. En conséquence, ils constituent également des organismes extrêmement utiles pour tester les modèles mécanistiques et fonctionnels du comportement. De considérables progrès ont été réalisés au cours de la dernière décennie pour comprendre comment le comportement, l'écologie et la génétique interagissent pour déterminer la survie individuelle et le succès reproducteur chez les poissons, et ainsi l'évolution de leur comportement. Behavioural Ecology of Teleost Fishes examine les dernières avancées dans les adaptations comportementales pour la survie et la reproduction chez les poissons, et propose de nouvelles directions et approches pour la recherche future. Le livre se concentre sur les stratégies et tactiques comportementales de sélection d'habitat et d'utilisation de l'espace, de recherche de nourriture, d'évitement et d'évasion des prédateurs, et de reproduction. Il examine également comment le comportement des individus affecte les processus écologiques aux niveaux de population et de communauté. Le texte bénéficiera à tous ceux qui ont un intérêt général pour l'écologie comportementale, et sera un texte obligatoire pour les étudiants, les enseignants et les chercheurs intéressés par le comportement et l'écologie des poissons. Il sera également une source de référence précieuse pour les biologistes, les aquaculteurs et les conservateurs.",
    url = "https://doi.org/10.1093/oso/9780198547846.001.0001",
    doi = "10.1093/oso/9780198547846.001.0001",
    openalex = "W1925505063"
}

Aphis gossypii Glover est un ravageur destructeur de plus de deux douzaines de cultures dans le monde entier. Les dommages causés à quelques-unes de ces cultures sont dus à l'alimentation directe, mais pour la plupart de ces cultures, son impact passe par son rôle de vecteur de virus. Comme prévu, cela a conduit à de nombreux articles traitant des méthodes de contrôle de cet insecte. La puceron a la capacité de devenir résistant à de nombreux pesticides et il y a une préoccupation croissante concernant les impacts environnementaux de l'utilisation de pesticides. En conséquence, la manipulation de l'agroécosystème jouera un rôle de plus en plus important dans la gestion de cet insecte. La plupart des aspects de la biologie de cette puceron sont couverts dans cette revue. Le thème récurrent tourne autour de l'importance des influences de la plante hôte sur la biologie de la puceron. En plus d'examiner la littérature sur la biologie de la puceron, une grande section est consacrée à ce qui influence la mortalité de la puceron, et aux virus portés par la puceron transmis par cette puceron. Cette revue couvre la littérature de 1912 à 1995, mais les articles sur la gestion de la puceron (par exemple, l'efficacité des pesticides, la date de plantation) ont été omis sauf lorsqu'ils traitent de la biologie ou de l'écologie de la puceron. La recherche sur la biologie de cette puceron a été fortement orientée vers plusieurs catégories disparates. Premièrement, la recherche s'est concentrée sur l'influence de la plante hôte et de la température sur le taux de reproduction de cette puceron. Deuxièmement, la recherche s'est concentrée sur la cause de la production d'alates telle que le stress nutritionnel, d'autres facteurs nutritionnels, l'encombrement et la température. Troisièmement, la recherche s'est concentrée sur les pathogènes portés par les virus transmis par cette puceron. Trois cas spécifiques sont mis en évidence : la tristeza du citrus, le virus de la mosaïque du concombre et les potyvirus. Enfin, la recherche s'est concentrée sur le rôle de ce qui se nourrit de cette puceron. En raison de la complexité de la recherche possible dans ce domaine, très peu de recherches ont exploré l'effet de ces organismes bénéfiques sur les traits de l'histoire de vie de cette puceron.

@article{openalexw1513341262,
    author = "Ebert, Timothy A. et Cartwright, B.",
    title = "Biologie et écologie de Aphis gossypii glover (Homoptera: Aphididae)",
    year = "1997",
    journal = "Southwestern Entomologist",
    abstract = "Aphis gossypii Glover est un ravageur destructeur de plus de deux douzaines de cultures dans le monde entier. Les dommages causés à quelques-unes de ces cultures sont dus à l'alimentation directe, mais pour la plupart de ces cultures, son impact passe par son rôle de vecteur de virus. Comme prévu, cela a conduit à de nombreux articles traitant des méthodes de contrôle de cet insecte. La puceron a la capacité de devenir résistant à de nombreux pesticides et il y a une préoccupation croissante concernant les impacts environnementaux de l'utilisation de pesticides. En conséquence, la manipulation de l'agroécosystème jouera un rôle de plus en plus important dans la gestion de cet insecte. La plupart des aspects de la biologie de cette puceron sont couverts dans cette revue. Le thème récurrent tourne autour de l'importance des influences de la plante hôte sur la biologie de la puceron. En plus d'examiner la littérature sur la biologie de la puceron, une grande section est consacrée à ce qui influence la mortalité de la puceron, et aux virus portés par la puceron transmis par cette puceron. Cette revue couvre la littérature de 1912 à 1995, mais les articles sur la gestion de la puceron (par exemple, l'efficacité des pesticides, la date de plantation) ont été omis sauf lorsqu'ils traitent de la biologie ou de l'écologie de la puceron. La recherche sur la biologie de cette puceron a été fortement orientée vers plusieurs catégories disparates. Premièrement, la recherche s'est concentrée sur l'influence de la plante hôte et de la température sur le taux de reproduction de cette puceron. Deuxièmement, la recherche s'est concentrée sur la cause de la production d'alates telle que le stress nutritionnel, d'autres facteurs nutritionnels, l'encombrement et la température. Troisièmement, la recherche s'est concentrée sur les pathogènes portés par les virus transmis par cette puceron. Trois cas spécifiques sont mis en évidence : la tristeza du citrus, le virus de la mosaïque du concombre et les potyvirus. Enfin, la recherche s'est concentrée sur le rôle de ce qui se nourrit de cette puceron. En raison de la complexité de la recherche possible dans ce domaine, très peu de recherches ont exploré l'effet de ces organismes bénéfiques sur les traits de l'histoire de vie de cette puceron.",
    openalex = "W1513341262",
    references = "doi101111j157074581994tb01769x"
}

L'identification individuelle par échantillonnage non invasif revêt une importance capitale en génétique de la conservation et en écologie comportementale. Cette approche permet d'étudier génétiquement des animaux sauvages sans avoir besoin de les capturer, voire de les observer. Le matériel utilisé comme source d'ADN est généralement des fèces, des poils tombés ou des plumes tombées. Il a récemment été démontré que ce matériel peut entraîner des erreurs de génotypage, principalement dues à la perte allélique. Outre ces erreurs techniques, il existe des problèmes liés à l'estimation précise de la probabilité d'identité (PI, ou la probabilité que deux individus aient des génotypes identiques) en raison de la présence de parents proches dans les populations naturelles. Par conséquent, avant d'entreprendre une étude étendue impliquant un échantillonnage non invasif, nous recommandons vivement de mener une étude pilote pour évaluer à la fois les difficultés techniques et la PI pour les marqueurs génétiques à utiliser. Cette étude pilote pourrait être réalisée en trois étapes : (i) estimation de la PI à l'aide de données génétiques préliminaires ; (ii) simulations tenant compte de la PI et choisissant le taux d'erreur technique suffisamment bas pour évaluer la question scientifique ; (iii) expériences de réaction en chaîne par polymérase (PCR) pour vérifier s'il est techniquement possible d'atteindre ce taux d'erreur.

@article{doi101111j109583121999tb01157x,
    author = "Taberlet, Pierre and Luikart, Gordon",
    title = "Non-invasive genetic sampling and individual identification",
    year = "1999",
    journal = "Biological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "Individual identification via non-invasive sampling is of prime importance in conservation genetics and in behavioural ecology. This approach allows for genetics studies of wild animals without having to catch them, or even to observe them. The material used as a source of DNA is usually faeces, shed hairs, or shed feathers. It has been recendy shown that this material may lead to genotyping errors, mainly due to allelic dropout. In addition to these technical errors, there are problems with accurately estimating the probability of identity (PI, or the probability of two individuals having identical genotypes) because of the presence of close relatives in natural populations. As a consequence, before initiating an extensive study involving non-invasive sampling, we strongly suggest conducting a pilot study to assess both the technical difficulties and the PI for the genetic markers to be used. This pilot study could be carried out in three steps: (i) estimation of the PI using preliminary genetic data; (ii) simulations taking into account the PI and choosing the technical error rate mat is sufficiently low for assessing the scientific question; (iii) polymerase chain reaction (PCR) experiments to check if it is technically possible to achieve this error rate.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1095-8312.1999.tb01157.x",
    doi = "10.1111/j.1095-8312.1999.tb01157.x",
    openalex = "W2010722055"
}

@article{allen2002ecology,
    author = "Allen, Phil S. et Meyer, Susan E.",
    title = "Écologie et génétique écologique de la dormance des graines dans le brome velu",
    year = "2002",
    journal = "Weed Science",
    url = "https://doi.org/10.1614/0043-1745(2002)050[0241:eaegos]2.0.co;2",
    doi = "10.1614/0043-1745(2002)050[0241:eaegos]2.0.co;2",
    number = "2",
    openalex = "W2172657677",
    pages = "241-247",
    volume = "50",
    references = "doi10100797813490462709, doi101007bf00328407, doi101016000632079290659b, doi1010160304374681900275, doi101016s0065266008600486, doi10108007060660109506904, doi101093jxb376729, doi101104pp942840, doi101146annureves23110192000431, doi1016140043174520020500248aohttq20co2"
}

1. L'écologie du paysage traite de l'influence des motifs spatiaux sur les processus écologiques. Elle examine les conséquences écologiques de l'emplacement des éléments dans l'espace, de leur position relative par rapport à d'autres éléments, et de la manière dont ces relations et leurs conséquences dépendent des caractéristiques du mosaïque paysagère environnante à plusieurs échelles de temps et d'espace. Traditionnellement, les écologues du paysage se sont concentrés sur les écosystèmes terrestres, et les rivières et les ruisseaux ont été considérés soit comme des éléments des mosaïques paysagères, soit comme des unités liées au paysage terrestre par des flux à travers les frontières ou les écotones. Moins souvent, l'hétérogénéité qui existe au sein d'une rivière ou d'un ruisseau a été considérée comme un « paysage fluvial » à part entière. 2. L'écologie du paysage peut être unifiée autour de six thèmes centraux : (1) les parcelles diffèrent par leur qualité, (2) les limites des parcelles affectent les flux, (3) le contexte des parcelles compte, (4) la connectivité est cruciale, (5) les organismes sont importants, et (6) l'importance de l'échelle. Bien que les systèmes fluviaux diffèrent des systèmes terrestres en raison de la forte force physique de l'hydrologie et de la connectivité inhérente fournie par l'écoulement de l'eau, tous ces thèmes s'appliquent également aux écosystèmes aquatiques et terrestres, ainsi qu'aux liens entre les deux. 3. L'écologie du paysage offre donc des perspectives importantes pour l'étude des écosystèmes fluviaux, mais ces systèmes peuvent également offrir d'excellentes opportunités pour développer et tester la théorie de l'écologie du paysage. Les principes et les approches de l'écologie du paysage devraient être étendus pour inclure les systèmes d'eau douce ; il est temps de retirer le « terre » de l'écologie du paysage.

@article{doi101046j13652427200200887x,
    author = "Wiens, John A.",
    title = "Riverine landscapes: taking landscape ecology into the water",
    year = "2002",
    journal = "Freshwater Biology",
    abstract = "1. L'écologie du paysage traite de l'influence des motifs spatiaux sur les processus écologiques. Elle examine les conséquences écologiques de l'emplacement des éléments dans l'espace, de leur position relative par rapport à d'autres éléments, et de la manière dont ces relations et leurs conséquences dépendent des caractéristiques du mosaïque paysagère environnante à plusieurs échelles de temps et d'espace. Traditionnellement, les écologues du paysage se sont concentrés sur les écosystèmes terrestres, et les rivières et les ruisseaux ont été considérés soit comme des éléments des mosaïques paysagères, soit comme des unités liées au paysage terrestre par des flux à travers les frontières ou les écotones. Moins souvent, l'hétérogénéité qui existe au sein d'une rivière ou d'un ruisseau a été considérée comme un « paysage fluvial » à part entière. 2. L'écologie du paysage peut être unifiée autour de six thèmes centraux : (1) les parcelles diffèrent par leur qualité, (2) les limites des parcelles affectent les flux, (3) le contexte des parcelles compte, (4) la connectivité est cruciale, (5) les organismes sont importants, et (6) l'importance de l'échelle. Bien que les systèmes fluviaux diffèrent des systèmes terrestres en raison de la forte force physique de l'hydrologie et de la connectivité inhérente fournie par l'écoulement de l'eau, tous ces thèmes s'appliquent également aux écosystèmes aquatiques et terrestres, ainsi qu'aux liens entre les deux. 3. L'écologie du paysage offre donc des perspectives importantes pour l'étude des écosystèmes fluviaux, mais ces systèmes peuvent également offrir d'excellentes opportunités pour développer et tester la théorie de l'écologie du paysage. Les principes et les approches de l'écologie du paysage devraient être étendus pour inclure les systèmes d'eau douce ; il est temps de retirer le « terre » de l'écologie du paysage.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1365-2427.2002.00887.x",
    doi = "10.1046/j.1365-2427.2002.00887.x",
    openalex = "W2159194951"
}

Le résumé de spag e d i version 1.0 est un logiciel principalement conçu pour caractériser la structure génétique spatiale d'individus ou de populations cartographiés à l'aide de données de génotype de marqueurs codominants. Il calcule diverses statistiques décrivant la parenté génétique ou la différenciation entre individus ou populations par des comparaisons par paires et teste leur signification par des rééchantillonnages numériques appropriés. spag e d i est utile pour : (i) détecter l'isolement par la distance au sein ou entre populations et estimer les paramètres de dispersion des gènes ; (ii) évaluer la parenté génétique entre individus et sa variance réelle, un paramètre d'intérêt pour les inférences basées sur des marqueurs de l'hérédité quantitative ; (iii) évaluer la différenciation génétique entre populations, y compris le cas des haploïdes ou des autopolyploïdes.

@article{doi101046j14718286200200305x,
    author = "Hardy, Olivier J. and Vekemans, Xavier",
    title = "spag e d i : un programme informatique polyvalent pour analyser la structure génétique spatiale au niveau individuel ou de population",
    year = "2002",
    journal = "Molecular Ecology Notes",
    abstract = "Le résumé de spag e d i version 1.0 est un logiciel principalement conçu pour caractériser la structure génétique spatiale d'individus ou de populations cartographiés à l'aide de données de génotype de marqueurs codominants. Il calcule diverses statistiques décrivant la parenté génétique ou la différenciation entre individus ou populations par des comparaisons par paires et teste leur signification par des rééchantillonnages numériques appropriés. spag e d i est utile pour : (i) détecter l'isolement par la distance au sein ou entre populations et estimer les paramètres de dispersion des gènes ; (ii) évaluer la parenté génétique entre individus et sa variance réelle, un paramètre d'intérêt pour les inférences basées sur des marqueurs de l'hérédité quantitative ; (iii) évaluer la différenciation génétique entre populations, y compris le cas des haploïdes ou des autopolyploïdes.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1471-8286.2002.00305.x",
    doi = "10.1046/j.1471-8286.2002.00305.x",
    openalex = "W2107356656",
    references = "doi101093genetics1391457, doi101093genetics893583, doi101093oxfordjournalsjhereda111573"
}

Nous avons étudié la structure des populations humaines en utilisant des génotypes à 377 locus microsatellites autosomiques chez 1056 individus provenant de 52 populations. Les différences intra-populationnelles entre individus expliquent 93 à 95 % de la variation génétique ; les différences entre les grands groupes ne constituent que 3 à 5 %. Néanmoins, sans utiliser d'informations a priori sur les origines des individus, nous avons identifié six principaux clusters génétiques, cinq desquels correspondent à des régions géographiques majeures, et des sous-clusters qui correspondent souvent à des populations individuelles. L'accord général entre les populations génétiques et prédéfinies suggère que l'ascendance auto-déclarée peut faciliter l'évaluation des risques épidémiologiques, mais ne supprime pas le besoin d'utiliser des informations génétiques dans les études d'association génétique.

@article{doi101126science1078311,
    author = "Rosenberg, Noah A. et Pritchard, Jonathan K. et Weber, James L. et Cann, Howard M. et Kídd, Kenneth K. et Zhivotovsky, Lev A. et Feldman, Marcus W.",
    title = "Structure génétique des populations humaines",
    year = "2002",
    journal = "Science",
    abstract = "Nous avons étudié la structure des populations humaines en utilisant des génotypes à 377 locus microsatellites autosomiques chez 1056 individus provenant de 52 populations. Les différences intra-populationnelles entre individus expliquent 93 à 95 % de la variation génétique ; les différences entre les grands groupes ne constituent que 3 à 5 %. Néanmoins, sans utiliser d'informations a priori sur les origines des individus, nous avons identifié six principaux clusters génétiques, cinq desquels correspondent à des régions géographiques majeures, et des sous-clusters qui correspondent souvent à des populations individuelles. L'accord général entre les populations génétiques et prédéfinies suggère que l'ascendance auto-déclarée peut faciliter l'évaluation des risques épidémiologiques, mais ne supprime pas le besoin d'utiliser des informations génétiques dans les études d'association génétique.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1078311",
    doi = "10.1126/science.1078311",
    openalex = "W2141042406",
    references = "doi101006tpbi20011543, doi101038368455a0, doi101038ng761, doi101073pnas9494516, doi101086302825, doi101086339929, doi101093genetics1552945, doi101093genetics1592699, doi101126science2965566261b, doi101186gb200237comment2007"
}

Les méthodes d'affectation génétique utilisent les vraisemblances de génotype pour tirer des inférences sur l'endroit où les individus sont ou ne sont pas nés, permettant potentiellement des estimations directes et en temps réel de la dispersion. Nous avons utilisé des ensembles de données simulés pour tester la puissance et la précision des méthodes de rééchantillonnage Monte Carlo dans la génération de seuils statistiques pour identifier les immigrants F0 dans des populations avec un flux génique continu, et ainsi pour fournir des estimations directes et en temps réel des taux de migration. L'identification de valeurs critiques précises nécessitait que les méthodes de rééchantillonnage préservent l'équilibre de liaison découlant des générations récentes d'immigrants et reflètent la variance d'échantillonnage présente dans l'ensemble de données analysé. Une méthode de rééchantillonnage Monte Carlo novatrice tenant compte de ces aspects a été proposée et son efficacité a été évaluée. La puissance et l'erreur étaient relativement insensibles à la fréquence supposée pour les allèles manquants. La puissance pour identifier les immigrants F0 a été améliorée en utilisant une grande taille d'échantillon (jusqu'à environ 50 individus) et en échantillonnant toutes les populations d'origine des migrants. Une combinaison de tracés de vraisemblances de génotype et de calcul des rapports de vraisemblance de génotype moyens (DLR) semblait être un moyen efficace de prédire si des immigrants F0 pouvaient être identifiés pour une paire particulière de populations en utilisant un ensemble donné de marqueurs.

@article{doi101046j1365294x200402008x,
    author = "Paetkau, David et Slade, Robert et Burden, Michael et Estoup, Arnaud",
    title = "Méthodes d'affectation génétique pour l'estimation directe et en temps réel du taux de migration : une exploration basée sur des simulations de la précision et de la puissance",
    year = "2003",
    journal = "Molecular Ecology",
    abstract = "Les méthodes d'affectation génétique utilisent les vraisemblances de génotype pour tirer des inférences sur l'endroit où les individus sont ou ne sont pas nés, permettant potentiellement des estimations directes et en temps réel de la dispersion. Nous avons utilisé des ensembles de données simulés pour tester la puissance et la précision des méthodes de rééchantillonnage Monte Carlo dans la génération de seuils statistiques pour identifier les immigrants F0 dans des populations avec un flux génique continu, et ainsi pour fournir des estimations directes et en temps réel des taux de migration. L'identification de valeurs critiques précises nécessitait que les méthodes de rééchantillonnage préservent l'équilibre de liaison découlant des générations récentes d'immigrants et reflètent la variance d'échantillonnage présente dans l'ensemble de données analysé. Une méthode de rééchantillonnage Monte Carlo novatrice tenant compte de ces aspects a été proposée et son efficacité a été évaluée. La puissance et l'erreur étaient relativement insensibles à la fréquence supposée pour les allèles manquants. La puissance pour identifier les immigrants F0 a été améliorée en utilisant une grande taille d'échantillon (jusqu'à environ 50 individus) et en échantillonnant toutes les populations d'origine des migrants. Une combinaison de tracés de vraisemblances de génotype et de calcul des rapports de vraisemblance de génotype moyens (DLR) semblait être un moyen efficace de prédire si des immigrants F0 pouvaient être identifiés pour une paire particulière de populations en utilisant un ensemble donné de marqueurs.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1365-294x.2004.02008.x",
    doi = "10.1046/j.1365-294x.2004.02008.x",
    openalex = "W2152021152",
    references = "doi101017s0016672300012994, doi101073pnas94179197, doi10108001621459198310477973, doi101086282771, doi101093genetics1552945, doi101093genetics16297, doi101093genetics16331177, doi101093genetics762379, doi101111j1365294x1995tb00227x, doi101111j1365294x200402396x, doi101111j155856461984tb05657x, doi101111j251761611995tb02031x"
}

Nous présentons des preuves que la variation génétique héréditable au sein des espèces individuelles, en particulier les espèces dominantes et clés, a des conséquences au niveau de la communauté et de l'écosystème. Ces conséquences représentent des phénotypes étendus, c'est-à-dire les effets des gènes à des niveaux supérieurs à la population. En utilisant divers exemples allant des microbes aux vertébrés, nous démontrons que le phénotype étendu peut être retracé depuis les individus possédant le trait, jusqu'à la communauté, et jusqu'aux processus écosystémiques tels que la décomposition de la litière de feuilles et la minéralisation de l'azote. Dans notre développement d'une perspective de génétique des communautés, nous nous concentrons sur la variation génétique intraspécifique car les phénotypes étendus de ces gènes peuvent être transmis d'une génération à la suivante, ce qui fournit un mécanisme pour l'hérédité. En soutien à cette vue, des expériences en jardin commun utilisant des croisements synthétiques d'un arbre dominant montrent que leur descendance tend à soutenir des communautés d'arthropodes qui ressemblent à celles de leurs parents. Nous argumentons également que les interactions combinées des phénotypes étendus contribuent à la variance entre communautés des traits des individus au sein des communautés. Les facteurs génétiques sous-jacents à cette variance entre communautés dans l'expression des traits, en particulier ceux impliquant des interactions génétiques entre espèces, constituent l'hérédité communautaire. Ces résultats ont des implications diverses. (1) Ils fournissent un cadre génétique pour comprendre la structure des communautés et les processus écosystémiques. Les effets des phénotypes étendus à ces niveaux supérieurs n'ont pas besoin d'être diffus ; ils peuvent être directs ou agir en un nombre relativement faible d'étapes, ce qui améliore notre capacité à détecter et prédire leurs effets. (2) D'un point de vue de la conservation, nous introduisons le concept de population d'interaction viable minimale (MVIP), qui représente la taille d'une population nécessaire pour maintenir la diversité génétique aux niveaux requis par d'autres espèces interagissant dans la communauté. (3) Les interactions génotype × environnement dans les espèces dominantes et clés peuvent faire basculer les phénotypes étendus pour avoir des conséquences inattendues aux niveaux de la communauté et de l'écosystème, une question qui est particulièrement importante dans la mesure où elle se rapporte au changement global. (4) Documenter l'hérédité communautaire justifie une perspective de génétique des communautés et constitue une première étape essentielle pour démontrer l'évolution des communautés. (5) La génétique des communautés nécessite et promeut une approche intégrée, des gènes aux écosystèmes, qui est nécessaire pour l'alliance de l'écologie et de la génétique. Peu d'études s'étendent des gènes aux écosystèmes, mais une telle intégration est probablement essentielle pour comprendre le monde naturel. Éditeur correspondant : A. A. Agrawal

@article{doi1018900012965820030840559caegac20co2,
    author = "Whitham, Thomas G. et al.",
    title = "GÉNÉTIQUE COMMUNAUTAIRE ET ÉCOSYSTÉMIQUE : UNE CONSÉQUENCE DU PHÉNOTYPE ÉTENDU",
    year = "2003",
    journal = "Ecology",
    abstract = "Nous présentons des preuves que la variation génétique héréditable au sein des espèces individuelles, en particulier les espèces dominantes et clés, a des conséquences communautaires et écosystémiques. Ces conséquences représentent des phénotypes étendus, c'est-à-dire les effets des gènes à des niveaux supérieurs à la population. En utilisant divers exemples allant des microbes aux vertébrés, nous démontrons que le phénotype étendu peut être retracé depuis les individus possédant le trait, jusqu'à la communauté, et aux processus écosystémiques tels que la décomposition du litière et la minéralisation de l'azote. Dans notre développement d'une perspective de génétique communautaire, nous nous concentrons sur la variation génétique intraspécifique car les phénotypes étendus de ces gènes peuvent être transmis d'une génération à la suivante, ce qui fournit un mécanisme pour l'hérédité. En soutien à cette vision, des expériences de jardins communs utilisant des croisements synthétiques d'un arbre dominant montrent que leurs descendants ont tendance à soutenir des communautés d'arthropodes qui ressemblent à celles de leurs parents. Nous argumentons également que les interactions combinées des phénotypes étendus contribuent à la variance entre communautés dans les traits des individus au sein des communautés. Les facteurs génétiques sous-jacents à cette variance entre communautés dans l'expression des traits, en particulier ceux impliquant des interactions génétiques entre espèces, constituent l'hérédité communautaire. Ces résultats ont des implications diverses. (1) Ils fournissent un cadre génétique pour comprendre la structure communautaire et les processus écosystémiques. Les effets des phénotypes étendus à ces niveaux supérieurs n'ont pas besoin d'être diffus ; ils peuvent être directs ou agir en un nombre relativement faible d'étapes, ce qui améliore notre capacité à détecter et prédire leurs effets. (2) D'un point de vue de conservation, nous introduisons le concept de population interagissante viable minimale (PVIM), qui représente la taille d'une population nécessaire pour maintenir la diversité génétique aux niveaux requis par d'autres espèces interagissant dans la communauté. (3) Les interactions génotype × environnement dans les espèces dominantes et clés peuvent faire basculer les phénotypes étendus pour avoir des conséquences inattendues aux niveaux communautaire et écosystémique, une question qui est particulièrement importante dans la mesure où elle se rapporte au changement global. (4) Documenter l'hérédité communautaire justifie une perspective de génétique communautaire et constitue une première étape essentielle pour démontrer l'évolution communautaire. (5) La génétique communautaire nécessite et promeut une approche intégrative, des gènes aux écosystèmes, qui est nécessaire pour l'alliance de l'écologie et de la génétique. Peu d'études s'étendent des gènes aux écosystèmes, mais une telle intégration est probablement essentielle pour comprendre le monde naturel. Éditeur correspondant : A. A. Agrawal",
    url = "https://doi.org/10.1890/0012-9658(2003)084[0559:caegac]2.0.co;2",
    doi = "10.1890/0012-9658(2003)084[0559:caegac]2.0.co;2",
    openalex = "W2108013961",
    references = "doi101016s0169534701022832, doi101046j14390388200200356x, doi101086410450, doi101111j155856461977tb00991x, doi101111j155856461983tb00236x, doi1015159780691185507, doi1023072408842, doi1023072529912, doi1023072531471, doi107208chicago97802264249720010001, doi107208chicago97802267976700010001, goodnight1992contextual, openalexw2798374369"
}

Avec ses fondements théoriques fermement établis dans la génétique évolutive moléculaire et la génétique des populations, l'analyse comparative des séquences d'ADN et de protéines joue un rôle central dans la reconstruction des histoires évolutives des espèces et des familles de gènes multiples, l'estimation des taux d'évolution moléculaire et l'inférence de la nature et de l'ampleur des forces sélectives façonnant l'évolution des gènes et des génomes. La portée de ces investigations s'est considérablement élargie grâce au développement de techniques de séquençage à haut débit et de nouvelles méthodes statistiques et informatiques. Ces méthodes nécessitent des programmes informatiques faciles à utiliser. Un tel effort a consisté à produire le logiciel Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA), dont l'objectif est de faciliter l'exploration et l'analyse de la variation des séquences d'ADN et de protéines sous un angle évolutif. Actuellement dans sa troisième version majeure, MEGA3 contient des fonctionnalités pour l'alignement automatique et manuel des séquences, l'exploration de bases de données via le web, l'inférence des arbres phylogénétiques, l'estimation des distances évolutives et le test d'hypothèses évolutives. Cet article fournit un aperçu des méthodes statistiques, des outils informatiques et des modules d'exploration visuelle pour l'entrée de données et les résultats obtenables dans MEGA.

@article{doi101093bib52150,
    author = "Kumar, Sudhir",
    title = "MEGA3: Integrated software for Molecular Evolutionary Genetics Analysis and sequence alignment",
    year = "2004",
    journal = "Briefings in Bioinformatics",
    abstract = "With its theoretical basis firmly established in molecular evolutionary and population genetics, the comparative DNA and protein sequence analysis plays a central role in reconstructing the evolutionary histories of species and multigene families, estimating rates of molecular evolution, and inferring the nature and extent of selective forces shaping the evolution of genes and genomes. The scope of these investigations has now expanded greatly owing to the development of high-throughput sequencing techniques and novel statistical and computational methods. These methods require easy-to-use computer programs. One such effort has been to produce Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software, with its focus on facilitating the exploration and analysis of the DNA and protein sequence variation from an evolutionary perspective. Currently in its third major release, MEGA3 contains facilities for automatic and manual sequence alignment, web-based mining of databases, inference of the phylogenetic trees, estimation of evolutionary distances and testing evolutionary hypotheses. This paper provides an overview of the statistical methods, computational tools, and visual exploration modules for data input and the results obtainable in MEGA.",
    url = "https://doi.org/10.1093/bib/5.2.150",
    doi = "10.1093/bib/5.2.150",
    openalex = "W2146396346",
    references = "doi101007bf01731581, doi101007bf02407308, doi101016b9781483232119500097, doi101093bioinformatics17121244, doi101093genetics1233585, doi101093nar22224673, doi101093nar25173389, doi101093oso97801951358480010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva040023, doi101093oxfordjournalsmolbeva040259, doi101093oxfordjournalsmolbeva040343, doi101093oxfordjournalsmolbeva040410, doi101093oxfordjournalsmolbeva040454, doi101093oxfordjournalsmolbeva040771, doi101111j155856461985tb00420x, doi1023072408678, doi1023072412074, doi105860choice392183, openalexw2032279931, openalexw3217097258"
}

Résumé Les humains individuels et les membres de diverses autres espèces présentent des différences constantes en termes d'agressivité, de timidité, de sociabilité et d'activité. De telles différences intraspécifiques de comportement ont été largement considérées comme une variation non adaptative entourant (éventuellement) un comportement moyen adaptatif de la population. Néanmoins, conformément aux appels récents à appliquer le raisonnement darwinien à des échelles de variation biologique toujours plus fines, nous esquissons les fondements d'une théorie adaptative des différences individuelles constantes de comportement. Notre thèse repose sur l'idée que ces «différences de personnalité» peuvent être sélectionnées si les gains de fitness dépendent à la fois des fréquences à lesquelles les stratégies concurrentes sont jouées et de l'historique comportemental d'un individu. À cette fin, nous passons en revue les modèles existants qui illustrent cela et proposons une approche théorique des jeux pour analyser les différences de personnalité qui est à la fois dynamique et dépendante de l'état. Notre motivation est de fournir des aperçus sur l'évolution et le maintien d'un trait animal apparemment commun : la personnalité, qui a des implications écologiques et évolutives à portée de conséquence.

@article{doi101111j14610248200400618x,
    author = "Dall, Sasha R. X. et Houston, Alasdair I. et McNamara, John M.",
    title = "The behavioural ecology of personality: consistent individual differences from an adaptive perspective",
    year = "2004",
    journal = "Ecology Letters",
    abstract = "Résumé Les humains individuels et les membres de diverses autres espèces présentent des différences constantes en termes d'agressivité, de timidité, de sociabilité et d'activité. De telles différences intraspécifiques de comportement ont été largement considérées comme une variation non adaptative entourant (éventuellement) un comportement moyen adaptatif de la population. Néanmoins, conformément aux appels récents à appliquer le raisonnement darwinien à des échelles de variation biologique toujours plus fines, nous esquissons les fondements d'une théorie adaptative des différences individuelles constantes de comportement. Notre thèse repose sur l'idée que ces «différences de personnalité» peuvent être sélectionnées si les gains de fitness dépendent à la fois des fréquences à lesquelles les stratégies concurrentes sont jouées et de l'historique comportemental d'un individu. À cette fin, nous passons en revue les modèles existants qui illustrent cela et proposons une approche théorique des jeux pour analyser les différences de personnalité qui est à la fois dynamique et dépendante de l'état. Notre motivation est de fournir des aperçus sur l'évolution et le maintien d'un trait animal apparemment commun : la personnalité, qui a des implications écologiques et évolutives à portée de conséquence.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1461-0248.2004.00618.x",
    doi = "10.1111/j.1461-0248.2004.00618.x",
    openalex = "W1980446206",
    references = "doi101023a1012294324713, openalexw1973833797"
}

Le résumé : genalex est un package convivial et multiplateforme qui s'exécute dans Microsoft Excel, permettant des analyses de génétique des populations sur des données codominantes, haploïdes et binaires. Les analyses basées sur la fréquence allélique incluent l'hétérozygotie, les statistiques F, la distance génétique de Nei, l'attribution de population, les probabilités d'identité et la parenté par paires. Les calculs basés sur la distance incluent amova, l'analyse des coordonnées principales (ACP), les tests de Mantel, l'autocorrélation spatiale multivariée et 2D, et twogener. Plus de 20 graphiques différents résumant les données et facilitant l'exploration. Les données de séquence et de génotype peuvent être importées à partir de séquenceurs automatisés et exportées vers d'autres logiciels. Initialement conçu comme outil d'enseignement, genalex 6 offre désormais des fonctionnalités pour les chercheurs également. La documentation et le programme sont disponibles à http://www.anu.edu.au/BoZo/GenAlEx/

@article{doi101111j14718286200501155x,
    author = "Peakall, Rod et Smouse, Peter E.",
    title = "genalex 6 : analyse génétique dans Excel. Logiciel de génétique des populations pour l'enseignement et la recherche",
    year = "2005",
    journal = "Molecular Ecology Notes",
    abstract = "Le résumé : genalex est un package convivial et multiplateforme qui s'exécute dans Microsoft Excel, permettant des analyses de génétique des populations sur des données codominantes, haploïdes et binaires. Les analyses basées sur la fréquence allélique incluent l'hétérozygotie, les statistiques F, la distance génétique de Nei, l'attribution de population, les probabilités d'identité et la parenté par paires. Les calculs basés sur la distance incluent amova, l'analyse des coordonnées principales (ACP), les tests de Mantel, l'autocorrélation spatiale multivariée et 2D, et twogener. Plus de 20 graphiques différents résumant les données et facilitant l'exploration. Les données de séquence et de génotype peuvent être importées à partir de séquenceurs automatisés et exportées vers d'autres logiciels. Initialement conçu comme outil d'enseignement, genalex 6 offre désormais des fonctionnalités pour les chercheurs également. La documentation et le programme sont disponibles à http://www.anu.edu.au/BoZo/GenAlEx/",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1471-8286.2005.01155.x",
    doi = "10.1111/j.1471-8286.2005.01155.x",
    openalex = "W2004444667",
    references = "doi101017s0016672300033620, doi101046j1365294x200301702x, doi101046j1365294x200402008x, doi101093genetics1312479, doi101093genetics15241753, doi101111j109583121999tb01157x, doi101111j1365294x1995tb00227x, doi101111j155856461989tb04226x, doi1023071942552, doi1023072413122"
}

Arlequin ver 3.0 est un logiciel intégrant plusieurs méthodes de base et avancées pour l'analyse des données de génétique des populations, comme le calcul des indices de diversité génétique standard, l'estimation des fréquences alléliques et haplotypiques, les tests de déviation par rapport à l'équilibre de liaison, la déviation par rapport à la neutralité sélective et à l'équilibre démographique, l'estimation des paramètres des expansions passées des populations, et des analyses approfondies de la subdivision des populations dans le cadre de l'AMOVA. Arlequin 3 introduit une interface graphique entièrement nouvelle écrite en C++, une analyse sémantique plus robuste des fichiers d'entrée, et deux nouvelles méthodes : une estimation bayésienne de la phase gamétique à partir de génotypes multi-locus, et une estimation des paramètres d'une expansion spatiale instantanée à partir du polymorphisme des séquences d'ADN. Arlequin peut gérer plusieurs types de données comme les séquences d'ADN, les données de microsatellites, ou les génotypes multi-locus standard. Une version Windows du logiciel est librement disponible sur http://cmpg.unibe.ch/software/arlequin3.

@article{doi101177117693430500100003,
    author = "Excoffier, Laurent et Laval, Guillaume et Schneider, Stefan",
    title = "Arlequin (version 3.0) : Un logiciel intégré pour l'analyse des données de génétique des populations",
    year = "2005",
    journal = "Evolutionary Bioinformatics",
    abstract = "Arlequin ver 3.0 est un logiciel intégrant plusieurs méthodes de base et avancées pour l'analyse des données de génétique des populations, comme le calcul des indices de diversité génétique standard, l'estimation des fréquences alléliques et haplotypiques, les tests de déviation par rapport à l'équilibre de liaison, la déviation par rapport à la neutralité sélective et à l'équilibre démographique, l'estimation des paramètres des expansions passées des populations, et des analyses approfondies de la subdivision des populations dans le cadre de l'AMOVA. Arlequin 3 introduit une interface graphique entièrement nouvelle écrite en C++, une analyse sémantique plus robuste des fichiers d'entrée, et deux nouvelles méthodes : une estimation bayésienne de la phase gamétique à partir de génotypes multi-locus, et une estimation des paramètres d'une expansion spatiale instantanée à partir du polymorphisme des séquences d'ADN. Arlequin peut gérer plusieurs types de données comme les séquences d'ADN, les données de microsatellites, ou les génotypes multi-locus standard. Une version Windows du logiciel est librement disponible sur http://cmpg.unibe.ch/software/arlequin3.",
    url = "https://doi.org/10.1177/117693430500100003",
    doi = "10.1177/117693430500100003",
    openalex = "W4239149238",
    references = "doi101093bioinformaticsbtg359, doi101093genetics1053767, doi101093genetics1233585, doi101093genetics1312479, doi101093genetics1391457, doi101093genetics1472915, doi101093oxfordjournalsjhereda111573"
}

Les interactions entre individus sont universelles, tant chez les animaux que chez les plantes, et affectent considérablement l'évolution des populations naturelles et les réponses à la sélection artificielle en agriculture. Bien que la génétique quantitative ait été appliquée avec succès à de nombreux traits, elle ne fournit pas de théorie générale tenant compte des interactions entre individus et de la sélection agissant à plusieurs niveaux. Par conséquent, la théorie génétique quantitative actuelle échoue à expliquer pourquoi certains traits ne répondent pas à la sélection entre individus, mais répondent grandement à la sélection entre groupes. Comprendre les impacts complets des interactions héréditaires sur les résultats de la sélection nécessite un cadre génétique quantitative incluant tous les niveaux de sélection et de parenté. Ici, nous présentons un tel cadre et fournissons des expressions pour la réponse à la sélection. Les résultats montrent que les interactions entre individus peuvent créer une variation hérédiable substantielle, qui reste cachée aux analyses classiques. La sélection agissant sur des niveaux d'organisation supérieurs capture cette variation cachée et produit donc toujours une réponse positive, tandis que la sélection individuelle peut produire une réponse dans le sens opposé. Notre travail fournit des prédictions testables de la réponse à la sélection multilevel et se réduit à la théorie classique en l'absence d'interaction. La méthodologie statistique fournie ailleurs permet l'application empirique de notre travail aux populations naturelles et domestiques.

@article{doi101534genetics106062711,
    author = "Bijma, Piter and Muir, William M. and van Arendonk, J.A.M.",
    title = "Multilevel Selection 1: Quantitative Genetics of Inheritance and Response to Selection",
    year = "2006",
    journal = "Genetics",
    abstract = "Interaction among individuals is universal, both in animals and in plants, and substantially affects evolution of natural populations and responses to artificial selection in agriculture. Although quantitative genetics has successfully been applied to many traits, it does not provide a general theory accounting for interaction among individuals and selection acting on multiple levels. Consequently, current quantitative genetic theory fails to explain why some traits do not respond to selection among individuals, but respond greatly to selection among groups. Understanding the full impacts of heritable interactions on the outcomes of selection requires a quantitative genetic framework including all levels of selection and relatedness. Here we present such a framework and provide expressions for the response to selection. Results show that interaction among individuals may create substantial heritable variation, which is hidden to classical analyses. Selection acting on higher levels of organization captures this hidden variation and therefore always yields positive response, whereas individual selection may yield response in the opposite direction. Our work provides testable predictions of response to multilevel selection and reduces to classical theory in the absence of interaction. Statistical methodology provided elsewhere enables empirical application of our work to both natural and domestic populations.",
    url = "https://doi.org/10.1534/genetics.106.062711",
    doi = "10.1534/genetics.106.062711",
    openalex = "W2132362070",
    references = "cooper2004group, doi1010160022519364900384, doi101016s0065345408603526, doi101038238413a0, doi10103835012234, doi101046j14390388200200356x, doi101111j146918091949tb02451x, doi101111j155856461965tb01731x, doi101111j155856461977tb00991x, doi101111j155856461983tb00236x, doi1023072408842, doi1023072529912, doi105962bhltitle27468, goodnight1992contextual"
}

Le tempérament décrit l'idée que les différences comportementales individuelles sont répétables dans le temps et dans différentes situations. Ce phénomène courant englobe de nombreux traits, tels que l'agressivité, l'évitement du nouveau, la volonté de prendre des risques, l'exploration et la sociabilité. L'étude du tempérament est centrale en psychologie animale, en génétique comportementale, en pharmacologie et en élevage animal, mais relativement peu d'études ont examiné l'écologie et l'évolution des traits de tempérament. Cette situation est surprenante, étant donné que le tempérament est susceptible d'exercer une influence importante sur de nombreux aspects de l'écologie et de l'évolution animales, et que la variation individuelle du tempérament semble être omniprésente parmi les espèces animales. Les explications possibles à ce négligence du tempérament incluent une pertinence perçue insuffisante, une compréhension insuffisante du lien entre les traits de tempérament et la fitness, et un manque de cohérence dans la terminologie avec des traits similaires souvent donnés des noms différents, ou des traits différents donnés le même nom. Nous proposons que le tempérament peut et doit être étudié dans un cadre d'écologie évolutive et fournissons une terminologie qui pourrait être utilisée comme outil de travail pour les études écologiques du tempérament. Notre terminologie comprend cinq catégories majeures de traits de tempérament : timidité-hardiesse, exploration-évitement, activité, sociabilité et agressivité. Cette terminologie ne fait pas d'inférences concernant les dispositions sous-jacentes ou les processus psychologiques, qui ont pu restreindre les écologistes et les biologistes évolutionnistes à travailler sur ces traits. Nous présentons des revues de littérature étendues qui démontrent que les traits de tempérament sont héréditaires, et liés à la fitness et à plusieurs autres traits d'importance pour l'écologie et l'évolution. De plus, nous décrivons des méthodes de mesure écologiquement pertinentes et pointons vers plusieurs sujets écologiques et évolutifs qui bénéficieraient de la prise en compte du tempérament, tels que la plasticité phénotypique, la biologie de la conservation, l'échantillonnage des populations, et la biologie des invasions.

@article{doi101111j1469185x200700010x,
    author = "Réale, D. et Reader, S. et Sol, D. et McDougall, P. T. et Dingemanse, N.",
    title = "Intégrer le tempérament animal dans l'écologie et l'évolution",
    year = "2007",
    journal = "Biological Reviews",
    abstract = "Le tempérament décrit l'idée que les différences comportementales individuelles sont répétables dans le temps et dans différentes situations. Ce phénomène courant englobe de nombreux traits, tels que l'agressivité, l'évitement du nouveau, la volonté de prendre des risques, l'exploration et la sociabilité. L'étude du tempérament est centrale en psychologie animale, en génétique comportementale, en pharmacologie et en élevage animal, mais relativement peu d'études ont examiné l'écologie et l'évolution des traits de tempérament. Cette situation est surprenante, étant donné que le tempérament est susceptible d'exercer une influence importante sur de nombreux aspects de l'écologie et de l'évolution animales, et que la variation individuelle du tempérament semble être omniprésente parmi les espèces animales. Les explications possibles à ce négligence du tempérament incluent une pertinence perçue insuffisante, une compréhension insuffisante du lien entre les traits de tempérament et la fitness, et un manque de cohérence dans la terminologie avec des traits similaires souvent donnés des noms différents, ou des traits différents donnés le même nom. Nous proposons que le tempérament peut et doit être étudié dans un cadre d'écologie évolutive et fournissons une terminologie qui pourrait être utilisée comme outil de travail pour les études écologiques du tempérament. Notre terminologie comprend cinq catégories majeures de traits de tempérament : timidité-hardiesse, exploration-évitement, activité, sociabilité et agressivité. Cette terminologie ne fait pas d'inférences concernant les dispositions sous-jacentes ou les processus psychologiques, qui ont pu restreindre les écologistes et les biologistes évolutionnistes à travailler sur ces traits. Nous présentons des revues de littérature étendues qui démontrent que les traits de tempérament sont héréditaires, et liés à la fitness et à plusieurs autres traits d'importance pour l'écologie et l'évolution. De plus, nous décrivons des méthodes de mesure écologiquement pertinentes et pointons vers plusieurs sujets écologiques et évolutifs qui bénéficieraient de la prise en compte du tempérament, tels que la plasticité phénotypique, la biologie de la conservation, l'échantillonnage des populations, et la biologie des invasions.",
    url = "https://dspace.library.uu.nl/bitstream/handle/1874/25732/reader\_07\_integratinganimaltemperament.pdf?sequence=1\&isAllowed=y",
    doi = "10.1111/j.1469-185X.2007.00010.x",
    is_oa = "true",
    number = "2",
    pages = "291-318",
    semanticscholar_citation_count = "3268",
    semanticscholar_id = "6c8a3a23a9dda76402597d002ba0ca649befabe0",
    volume = "82"
}

Arlequin ver 3.0 est un logiciel intégrant plusieurs méthodes de base et avancées pour l'analyse des données de génétique des populations, comme le calcul des indices de diversité génétique standard, l'estimation des fréquences alléliques et haplotypiques, les tests de déviation par rapport à l'équilibre de liaison, la déviation par rapport à la neutralité sélective et à l'équilibre démographique, l'estimation des paramètres à partir d'expansions de population passées, et des analyses approfondies de la subdivision de population dans le cadre du modèle AMOVA. Arlequin 3 introduit une interface graphique entièrement nouvelle écrite en C++, une analyse sémantique plus robuste des fichiers d'entrée, et deux nouvelles méthodes : une estimation bayésienne de la phase gamétique à partir de génotypes multi-locus, et une estimation des paramètres d'une expansion spatiale instantanée à partir du polymorphisme des séquences d'ADN. Arlequin peut traiter plusieurs types de données comme les séquences d'ADN, les données de microsatellites, ou les génotypes multi-locus standard. Une version Windows du logiciel est librement disponible sur http://cmpg.unibe.ch/software/arlequin3.

@article{openalexw2119799171,
    author = "Excoffier, Laurent et Laval, Guillaume et Schneider, Stefan",
    title = "Arlequin (version 3.0) : un logiciel intégré pour l'analyse des données de génétique des populations.",
    year = "2007",
    journal = "PubMed",
    abstract = "Arlequin ver 3.0 est un logiciel intégrant plusieurs méthodes de base et avancées pour l'analyse des données de génétique des populations, comme le calcul des indices de diversité génétique standard, l'estimation des fréquences alléliques et haplotypiques, les tests de déviation par rapport à l'équilibre de liaison, la déviation par rapport à la neutralité sélective et à l'équilibre démographique, l'estimation des paramètres à partir d'expansions de population passées, et des analyses approfondies de la subdivision de population dans le cadre du modèle AMOVA. Arlequin 3 introduit une interface graphique entièrement nouvelle écrite en C++, une analyse sémantique plus robuste des fichiers d'entrée, et deux nouvelles méthodes : une estimation bayésienne de la phase gamétique à partir de génotypes multi-locus, et une estimation des paramètres d'une expansion spatiale instantanée à partir du polymorphisme des séquences d'ADN. Arlequin peut traiter plusieurs types de données comme les séquences d'ADN, les données de microsatellites, ou les génotypes multi-locus standard. Une version Windows du logiciel est librement disponible sur http://cmpg.unibe.ch/software/arlequin3.",
    openalex = "W2119799171",
    references = "doi101093bioinformaticsbtg359, doi101093genetics1053767, doi101093genetics1233585, doi101093genetics1312479, doi101093genetics1391457, doi101093genetics1472915, doi101093oxfordjournalsjhereda111573, doi101093oxfordjournalsjhereda111627, doi101093oxfordjournalsmolbeva040727, doi101111j155856461995tb04456x, doi1023072409372, doi1023072532296"
}

Cette introduction au numéro thématique sur les approches évolutionnistes et écologiques pour l'étude de la personnalité offre un aperçu des progrès conceptuels, théoriques et méthodologiques dans la recherche sur les personnalités animales au cours de la dernière décennie, et situe les contributions à ce volume dans leur contexte. Le numéro a trois objectifs principaux. Premièrement, nous avons cherché à rassembler des théoriciens pour contribuer au développement de modèles offrant des explications adaptatives pour la personnalité animale qui pourraient guider les empiristes, et stimuler l'échange d'idées entre les deux groupes de chercheurs. Deuxièmement, nous avons cherché à stimuler la fécondation croisée entre différents domaines scientifiques qui étudient la personnalité, à savoir l'écologie comportementale, la psychologie, la génomique, la génétique quantitative, la neuroendocrinologie et la biologie du développement. Troisièmement, nous avons cherché à favoriser l'application d'un cadre évolutionniste à l'étude de la personnalité.

@article{doi101098rstb20100222,
    author = "Réale, Denis et Dingemanse, Niels J. et Kazem, Anahita J.N. et Wright, Jonathan",
    title = "Approches évolutionnistes et écologiques pour l'étude de la personnalité",
    year = "2010",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Cette introduction au numéro thématique sur les approches évolutionnistes et écologiques pour l'étude de la personnalité offre un aperçu des progrès conceptuels, théoriques et méthodologiques dans la recherche sur les personnalités animales au cours de la dernière décennie, et situe les contributions à ce volume dans leur contexte. Le numéro a trois objectifs principaux. Premièrement, nous avons cherché à rassembler des théoriciens pour contribuer au développement de modèles offrant des explications adaptatives pour la personnalité animale qui pourraient guider les empiristes, et stimuler l'échange d'idées entre les deux groupes de chercheurs. Deuxièmement, nous avons cherché à stimuler la fécondation croisée entre différents domaines scientifiques qui étudient la personnalité, à savoir l'écologie comportementale, la psychologie, la génomique, la génétique quantitative, la neuroendocrinologie et la biologie du développement. Troisièmement, nous avons cherché à favoriser l'application d'un cadre évolutionniste à l'étude de la personnalité.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.2010.0222",
    doi = "10.1098/rstb.2010.0222",
    openalex = "W2170542651",
    references = "doi101073pnas931910262"
}

L'analyse comparative des données de séquences moléculaires est essentielle pour reconstituer les histoires évolutives des espèces et déduire la nature et l'ampleur des forces sélectives façonnant l'évolution des gènes et des espèces. Ici, nous annonçons la sortie de Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 5 (MEGA5), qui est un logiciel convivial pour exploiter des bases de données en ligne, construire des alignements de séquences et des arbres phylogénétiques, et utiliser des méthodes de bioinformatique évolutive en biologie fondamentale, en biomedecine et en évolution. La nouvelle addition dans MEGA5 est une collection d'analyses de vraisemblance maximale (ML) pour déduire des arbres évolutifs, sélectionner les modèles de substitution les mieux adaptés (nucléotides ou acides aminés), déduire les états et séquences ancestrales (ainsi que les probabilités), et estimer les taux évolutifs site par site. Dans les analyses de simulation informatique, les algorithmes d'inférence d'arbres ML dans MEGA5 se sont comparés favorablement à d'autres logiciels en termes d'efficacité computationnelle et de l'exactitude des estimations des arbres phylogénétiques, des paramètres de substitution et de la variation de taux entre sites. L'interface utilisateur MEGA a maintenant été améliorée pour être pilotée par l'activité afin de faciliter son utilisation par les débutants et les scientifiques expérimentés. Cette version de MEGA est destinée à la plateforme Windows, et elle a été configurée pour une utilisation efficace sur les postes de travail Mac OS X et Linux. Elle est disponible gratuitement à partir de http://www.megasoftware.net.

@article{doi101093molbevmsr121,
    author = "Tamura, Koichiro et Peterson, Daniel G. et Peterson, Nora et Stecher, Glen et Nei, M et Kumar, Sudhir",
    title = "MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony Methods",
    year = "2011",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "L'analyse comparative des données de séquences moléculaires est essentielle pour reconstituer les histoires évolutives des espèces et déduire la nature et l'ampleur des forces sélectives façonnant l'évolution des gènes et des espèces. Ici, nous annonçons la sortie de Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 5 (MEGA5), qui est un logiciel convivial pour exploiter des bases de données en ligne, construire des alignements de séquences et des arbres phylogénétiques, et utiliser des méthodes de bioinformatique évolutive en biologie fondamentale, en biomedecine et en évolution. La nouvelle addition dans MEGA5 est une collection d'analyses de vraisemblance maximale (ML) pour déduire des arbres évolutifs, sélectionner les modèles de substitution les mieux adaptés (nucléotides ou acides aminés), déduire les états et séquences ancestrales (ainsi que les probabilités), et estimer les taux évolutifs site par site. Dans les analyses de simulation informatique, les algorithmes d'inférence d'arbres ML dans MEGA5 se sont comparés favorablement à d'autres logiciels en termes d'efficacité computationnelle et de l'exactitude des estimations des arbres phylogénétiques, des paramètres de substitution et de la variation de taux entre sites. L'interface utilisateur MEGA a maintenant été améliorée pour être pilotée par l'activité afin de faciliter son utilisation par les débutants et les scientifiques expérimentés. Cette version de MEGA est destinée à la plateforme Windows, et elle a été configurée pour une utilisation efficace sur les postes de travail Mac OS X et Linux. Elle est disponible gratuitement à partir de http://www.megasoftware.net.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msr121",
    doi = "10.1093/molbev/msr121",
    openalex = "W2132632499",
    references = "doi101007bf01734359, doi101007bf02101694, doi10108010635150390235520, doi10108010635150490522304, doi101093bioinformatics149817, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093biomet762297, doi101093oso97801951358480010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva040023, doi101093oxfordjournalsmolbeva040454, doi101093sysbiosyq010, doi101111j155856461985tb00420x, doi101186147121055113, openalexw3217097258"
}

Cette revue examine la contribution de la recherche sur les poissons au domaine en pleine expansion des syndromes comportementaux. Les connaissances actuelles sur les syndromes comportementaux chez les poissons sont examinées au regard de cinq axes principaux de la personnalité animale : (1) timidité-hardiesse, (2) exploration-évitement, (3) activité, (4) agressivité et (5) sociabilité. Comparé à d'autres taxons, la recherche sur les poissons a joué un rôle prépondérant dans la description de l'axe de personnalité timidité-hardiesse et a apporté des contributions innovantes à l'étude de la dimension de la sociabilité en intégrant la théorie des réseaux sociaux. Les poissons sont pratiquement le seul grand taxon dans lequel les corrélations comportementales ont été comparées entre populations. Cette recherche a guidé le domaine dans l'examen de la manière dont la variation du régime de sélection peut façonner la personnalité. La recherche récente sur les poissons a également fait des progrès importants dans la compréhension des bases génétiques et neuroendocriniennes des syndromes comportementaux en utilisant des approches impliquant la sélection artificielle, la cartographie génétique, les gènes candidats et la génomique fonctionnelle. Ce travail a illustré une variation individuelle cohérente dans des voies neuroendocriniennes et d'expression génique hautement complexes. En revanche, relativement peu de travaux sur les poissons ont examiné la stabilité ontogénétique des syndromes comportementaux ou leurs conséquences sur la fitness. Enfin, l'adoption d'un cadre de syndromes comportementaux dans les questions de gestion des pêches, y compris la propagation artificielle, la restauration des habitats et les espèces invasives, pourrait promouvoir le succès de la restauration. Peu d'études ont cependant examiné la pertinence écologique des syndromes comportementaux dans le milieu naturel. La connaissance de la manière dont les syndromes comportementaux se manifestent dans la nature sera cruciale pour intégrer un tel cadre dans les pratiques de gestion.

@article{doi101111j10958649201002874x,
    author = "Conrad, J. Louise et Weinersmith, Kelly L. et Brodin, Tomas et Saltz, Julia B. et Sih, Andrew",
    title = "Syndromes comportementaux chez les poissons : une revue avec des implications pour l'écologie et la gestion des pêches",
    year = "2011",
    journal = "Journal of Fish Biology",
    abstract = "Cette revue examine la contribution de la recherche sur les poissons au domaine en pleine expansion des syndromes comportementaux. Les connaissances actuelles sur les syndromes comportementaux chez les poissons sont examinées au regard de cinq axes principaux de la personnalité animale : (1) timidité-hardiesse, (2) exploration-évitement, (3) activité, (4) agressivité et (5) sociabilité. Comparé à d'autres taxons, la recherche sur les poissons a joué un rôle prépondérant dans la description de l'axe de personnalité timidité-hardiesse et a apporté des contributions innovantes à l'étude de la dimension de la sociabilité en intégrant la théorie des réseaux sociaux. Les poissons sont pratiquement le seul grand taxon dans lequel les corrélations comportementales ont été comparées entre populations. Cette recherche a guidé le domaine dans l'examen de la manière dont la variation du régime de sélection peut façonner la personnalité. La recherche récente sur les poissons a également fait des progrès importants dans la compréhension des bases génétiques et neuroendocriniennes des syndromes comportementaux en utilisant des approches impliquant la sélection artificielle, la cartographie génétique, les gènes candidats et la génomique fonctionnelle. Ce travail a illustré une variation individuelle cohérente dans des voies neuroendocriniennes et d'expression génique hautement complexes. En revanche, relativement peu de travaux sur les poissons ont examiné la stabilité ontogénétique des syndromes comportementaux ou leurs conséquences sur la fitness. Enfin, l'adoption d'un cadre de syndromes comportementaux dans les questions de gestion des pêches, y compris la propagation artificielle, la restauration des habitats et les espèces invasives, pourrait promouvoir le succès de la restauration. Peu d'études ont cependant examiné la pertinence écologique des syndromes comportementaux dans le milieu naturel. La connaissance de la manière dont les syndromes comportementaux se manifestent dans la nature sera cruciale pour intégrer un tel cadre dans les pratiques de gestion.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1095-8649.2010.02874.x",
    doi = "10.1111/j.1095-8649.2010.02874.x",
    openalex = "W2144863680",
    references = "doi101016jtree200806001, doi101093behecoarp018"
}

Les récentes améliorations de la vitesse, du coût et de la précision du séquençage de nouvelle génération révolutionnent la découverte des polymorphismes de nucléotides simples (SNPs). Les SNPs sont de plus en plus utilisés comme complément à l'outillage de l'écologie moléculaire chez les organismes non modèles, mais leur utilisation efficace reste difficile. Ici, nous discutons des problèmes courants lors de l'emploi de marqueurs SNP, y compris le grand nombre de marqueurs généralement utilisés, les effets du biais d'ascertainment et l'inclusion de locus non neutres dans un panneau de marqueurs. Nous fournissons une critique des considérations spécifiquement associées à l'application et à l'analyse génétique des populations de SNPs chez les taxons non modèles, en nous concentrant spécifiquement sur certaines des méthodes les plus couramment appliquées.

@article{doi101111j17550998201002943x,
    author = "Helyar, Sarah et Hemmer‐Hansen, Jakob et Bekkevold, Dorte et Taylor, MI et Ogden, Rob et Limborg, Morten T. et Cariani, Alessia et Maes, Gregory E. et Diopere, Eveline et Carvalho, G. R. et Nielsen, Einar Eg",
    title = "Application of SNPs pour la génétique des populations d'organismes non modèles : nouvelles opportunités et défis",
    year = "2011",
    journal = "Molecular Ecology Resources",
    abstract = "Les récentes améliorations de la vitesse, du coût et de la précision du séquençage de nouvelle génération révolutionnent la découverte des polymorphismes de nucléotides simples (SNPs). Les SNPs sont de plus en plus utilisés comme complément à l'outillage de l'écologie moléculaire chez les organismes non modèles, mais leur utilisation efficace reste difficile. Ici, nous discutons des problèmes courants lors de l'emploi de marqueurs SNP, y compris le grand nombre de marqueurs généralement utilisés, les effets du biais d'ascertainment et l'inclusion de locus non neutres dans un panneau de marqueurs. Nous fournissons une critique des considérations spécifiquement associées à l'application et à l'analyse génétique des populations de SNPs chez les taxons non modèles, en nous concentrant spécifiquement sur certaines des méthodes les plus couramment appliquées.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2010.02943.x",
    doi = "10.1111/j.1755-0998.2010.02943.x",
    openalex = "W2155309921",
    references = "doi101093jheredesh074, doi101111j14718286200701931x"
}

CONTEXTE ET OBJECTIFS : La dormance des graines varie au sein des espèces en réponse au climat, à la fois à long terme (par l'intermédiaire d'écotypes ou de clives) et à court terme (par l'influence de l'environnement de maturation des graines). Distinguer ces deux processus est crucial pour comprendre l'adaptation des plantes aux changements environnementaux. Dans cette étude, les motifs locaux de dormance des graines ont été investigués chez une espèce endémique à aire restreinte, Centaurium somedanum, afin de déterminer l'influence de l'environnement de maturation des graines, de la composition génétique des populations et du climat. MÉTHODES : Des expériences de germination en laboratoire ont été réalisées pour mesurer la dormance chez (1) des graines collectées auprès de différentes populations sauvages le long d'un gradient altitudinal local et (2) des graines d'une génération ultérieure produites dans un jardin commun. La composition génétique des populations originales a été caractérisée à l'aide de la PCR par répétition de séquence simple intersimple (ISSR) et de l'analyse des coordonnées principales (PCoA), et sa corrélation avec les motifs de dormance des deux générations a été analysée. L'effet du climat local sur la dormance a également été modélisé. RÉSULTATS CLÉS : Une clive de dormance altitudinale a été observée chez les populations sauvages, laquelle a été maintenue par les plantes cultivées dans le jardin commun. Cependant, les graines provenant du jardin commun ont mieux répondu à la stratification, et leur sortie de dormance a été plus intense. Les motifs de variation de la dormance ont été corrélés à la composition génétique, tandis que les températures plus basses et les précipitations estivales aux sites des populations ont prédit une dormance plus élevée chez les graines des deux générations. CONCLUSIONS : La clive de dormance chez C. somedanum est liée à un gradient climatique local et correspond également à une différenciation génétique entre les populations. Cette clive est également affectée par les conditions météorologiques pendant la maturation des graines, lesquelles influencent la réceptivité aux facteurs de rupture de dormance. Ces résultats montrent que la dormance est influencée par les variations climatiques à la fois à long et à court terme. De tels processus à une échelle spatiale aussi réduite mettent en évidence le potentiel des plantes à s'adapter aux changements environnementaux rapides.

@article{doi101093aobmct154,
    author = "Fernández‐Pascual, Eduardo et Jiménez‐Alfaro, Borja et Caujapé‐Castells, Juli et Jaén‐Molina, Ruth et Díaz, Tomás E.",
    title = "Une clive de dormance locale est liée à l'environnement de maturation des graines, à la composition génétique des populations et au climat",
    year = "2013",
    journal = "Annals of Botany",
    abstract = "CONTEXTE ET OBJECTIFS : La dormance des graines varie au sein des espèces en réponse au climat, à la fois à long terme (par l'intermédiaire d'écotypes ou de clives) et à court terme (par l'influence de l'environnement de maturation des graines). Distinguer ces deux processus est crucial pour comprendre l'adaptation des plantes aux changements environnementaux. Dans cette étude, les motifs locaux de dormance des graines ont été investigués chez une espèce endémique à aire restreinte, Centaurium somedanum, afin de déterminer l'influence de l'environnement de maturation des graines, de la composition génétique des populations et du climat. MÉTHODES : Des expériences de germination en laboratoire ont été réalisées pour mesurer la dormance chez (1) des graines collectées auprès de différentes populations sauvages le long d'un gradient altitudinal local et (2) des graines d'une génération ultérieure produites dans un jardin commun. La composition génétique des populations originales a été caractérisée à l'aide de la PCR par répétition de séquence simple intersimple (ISSR) et de l'analyse des coordonnées principales (PCoA), et sa corrélation avec les motifs de dormance des deux générations a été analysée. L'effet du climat local sur la dormance a également été modélisé. RÉSULTATS CLÉS : Une clive de dormance altitudinale a été observée chez les populations sauvages, laquelle a été maintenue par les plantes cultivées dans le jardin commun. Cependant, les graines provenant du jardin commun ont mieux répondu à la stratification, et leur sortie de dormance a été plus intense. Les motifs de variation de la dormance ont été corrélés à la composition génétique, tandis que les températures plus basses et les précipitations estivales aux sites des populations ont prédit une dormance plus élevée chez les graines des deux générations. CONCLUSIONS : La clive de dormance chez C. somedanum est liée à un gradient climatique local et correspond également à une différenciation génétique entre les populations. Cette clive est également affectée par les conditions météorologiques pendant la maturation des graines, lesquelles influencent la réceptivité aux facteurs de rupture de dormance. Ces résultats montrent que la dormance est influencée par les variations climatiques à la fois à long et à court terme. De tels processus à une échelle spatiale aussi réduite mettent en évidence le potentiel des plantes à s'adapter aux changements environnementaux rapides.",
    url = "https://doi.org/10.1093/aob/mct154",
    doi = "10.1093/aob/mct154",
    openalex = "W2171829639",
    references = "allen2002ecology"
}

Le logiciel Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) a mûri pour contenir une vaste collection de méthodes et d'outils d'évolution moléculaire computationnelle. Ici, nous décrivons de nouvelles ajouts qui font de MEGA un outil plus complet pour construire des arbres chronologiques d'espèces, de pathogènes et de familles de gènes en utilisant des méthodes rapides d'horloge relâchée. Les méthodes pour estimer les temps de divergence et les intervalles de confiance sont implémentées pour utiliser des densités de probabilité pour les contraintes de calibration pour la datation des nœuds et les dates d'échantillonnage de séquence pour les analyses de datation des extrémités. Elles sont soutenues par de nouvelles options pour étiqueter les séquences avec des informations d'échantillonnage spatio-temporel, un éditeur interactif de calibration des nœuds élargi et un explorateur d'arbres étendu pour afficher les arbres chronologiques. Ajouté également est une méthode bayésienne pour estimer les probabilités évolutives neutres des allèles dans une espèce en utilisant des alignements de séquences multi-espèces et une méthode d'apprentissage automatique pour tester l'autocorrélation des taux évolutifs dans les phylogénies. Les exigences de mémoire informatique pour l'analyse du maximum de vraisemblance sont réduites considérablement grâce à la réécriture de code, et l'interface graphique a été rendue plus réactive et interactive pour les très grands ensembles de données. Ces améliorations amélioreront l'expérience utilisateur, la qualité des résultats et le rythme de la découverte biologique. Les versions compilées nativement de l'interface graphique et de la ligne de commande de MEGA11 sont disponibles pour Microsoft Windows, Linux et macOS depuis www.megasoftware.net.

@article{doi101093molbevmst197,
    author = "Tamura, Koichiro et Stecher, Glen et Peterson, Daniel S. et Filipski, Alan et Kumar, Sudhir",
    title = "MEGA6 : Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0",
    year = "2013",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "Le logiciel Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) a mûri pour contenir une vaste collection de méthodes et d'outils d'évolution moléculaire computationnelle. Ici, nous décrivons de nouvelles ajouts qui font de MEGA un outil plus complet pour construire des arbres chronologiques d'espèces, de pathogènes et de familles de gènes en utilisant des méthodes rapides d'horloge relâchée. Les méthodes pour estimer les temps de divergence et les intervalles de confiance sont implémentées pour utiliser des densités de probabilité pour les contraintes de calibration pour la datation des nœuds et les dates d'échantillonnage de séquence pour les analyses de datation des extrémités. Elles sont soutenues par de nouvelles options pour étiqueter les séquences avec des informations d'échantillonnage spatio-temporel, un éditeur interactif de calibration des nœuds élargi et un explorateur d'arbres étendu pour afficher les arbres chronologiques. Ajouté également est une méthode bayésienne pour estimer les probabilités évolutives neutres des allèles dans une espèce en utilisant des alignements de séquences multi-espèces et une méthode d'apprentissage automatique pour tester l'autocorrélation des taux évolutifs dans les phylogénies. Les exigences de mémoire informatique pour l'analyse du maximum de vraisemblance sont réduites considérablement grâce à la réécriture de code, et l'interface graphique a été rendue plus réactive et interactive pour les très grands ensembles de données. Ces améliorations amélioreront l'expérience utilisateur, la qualité des résultats et le rythme de la découverte biologique. Les versions compilées nativement de l'interface graphique et de la ligne de commande de MEGA11 sont disponibles pour Microsoft Windows, Linux et macOS depuis www.megasoftware.net.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/mst197",
    doi = "10.1093/molbev/mst197",
    openalex = "W2152207030",
    references = "doi101038scientificamerican117998, doi101073pnas1213199109, doi101093bib52150, doi101093bioinformatics102189, doi101093bioinformatics17121244, doi101093bioinformaticsbts507, doi101093molbevmsr121, doi101093oso97801951358480010001, doi101126science1211028, openalexw3217097258"
}

Résumé Objectif En utilisant des marqueurs génétiques à haute résolution sur des échantillons recueillis sur l'ensemble de leur vaste aire de répartition, nous avons cherché à délimiter la diversité spécifique des coraux de construction de récif Pocillopora. Ils sont courants, écologiquement importants et largement répandus dans tout l'Indo‐Pacifique, mais leur plasticité phénotypique en réponse aux conditions environnementales et leurs structures microsquelettiques presque dépourvues de caractéristiques brouillent les attributions taxonomiques et limitent la compréhension de leur écologie et de leur évolution. Localisation Indo‐Pacifique, mer Rouge, golfe Arabique/Persique. Méthodes L'analyse de séquences de loci ribosomiques nucléaires (espaceur transcrit interne 2, ITS 2) et mitochondriaux (cadre de lecture ouvert) a été combinée avec des données de génétique des populations (sept loci microsatellites) pour des échantillons de Pocillopora collectés dans tout l'Indo‐Pacifique, la mer Rouge et le golfe Arabique, afin d'évaluer la divergence évolutive, l'isolement reproductif, la fréquence d'hybridation et les distributions géographiques du genre. Résultats Entre cinq et huit lignées génétiquement distinctes comparables à des espèces ont été identifiées avec une hybridation minimale ou nulle entre elles. La morphologie des colonies était généralement incongruente avec la génétique sur l'ensemble de la gamme d'échantillonnage, et le nombre total d'espèces semble cohérent avec des estimations plus basses issues d'hypothèses concurrentes basées sur la morphologie (environ sept ou huit taxons). Les lignées génétiques les plus courantes étaient largement distribuées et présentaient une forte dispersion et un flux génétique, des facteurs qui ont probablement minimisé la spéciation allopatrique. De manière unique parmi les genres scléractiniens, ce genre contient un groupe monophylétique de diffuseurs d'œufs qui a évolué récemment à partir d'un ancêtre gardien. Conclusions principales La délimitation de la diversité spécifique guidée par la génétique fait progresser fondamentalement notre compréhension des distributions géographiques, de l'écologie et de l'évolution de Pocillopora. Étant donné que les caractéristiques diagnostiques traditionnelles de la morphologie des colonies et des branches se révèlent d'utilité limitée, l'identification des espèces de Pocillopora pour les travaux écologiques et expérimentatifs futurs devrait reposer sur des caractères génétiques qui amélioreront la recherche et aideront aux stratégies de conservation pour ces coraux de construction de récif et d'autres, y compris la détection de populations endémiques réelles et erronées.

@article{doi101111jbi12110,
    author = "Pinzón, Jorge H. and Sampayo, Eugenia M. and Cox, Evelyn F. and Chauka, Leonard J. and Chen, Chaolun Allen and Voolstra, Christian R. and LaJeunesse, Todd C.",
    title = "Blind to morphology: genetics identifies several widespread ecologically common species and few endemics among Indo‐Pacific cauliflower corals (Pocillopora, Scleractinia)",
    year = "2013",
    journal = "Journal of Biogeography",
    abstract = "Résumé Objectif En utilisant des marqueurs génétiques à haute résolution sur des échantillons recueillis sur l'ensemble de leur vaste aire de répartition, nous avons cherché à délimiter la diversité spécifique des coraux de construction de récif Pocillopora. Ils sont courants, écologiquement importants et largement répandus dans tout l'Indo‐Pacifique, mais leur plasticité phénotypique en réponse aux conditions environnementales et leurs structures microsquelettiques presque dépourvues de caractéristiques brouillent les attributions taxonomiques et limitent la compréhension de leur écologie et de leur évolution. Localisation Indo‐Pacifique, mer Rouge, golfe Arabique/Persique. Méthodes L'analyse de séquences de loci ribosomiques nucléaires (espaceur transcrit interne 2, ITS 2) et mitochondriaux (cadre de lecture ouvert) a été combinée avec des données de génétique des populations (sept loci microsatellites) pour des échantillons de Pocillopora collectés dans tout l'Indo‐Pacifique, la mer Rouge et le golfe Arabique, afin d'évaluer la divergence évolutive, l'isolement reproductif, la fréquence d'hybridation et les distributions géographiques du genre. Résultats Entre cinq et huit lignées génétiquement distinctes comparables à des espèces ont été identifiées avec une hybridation minimale ou nulle entre elles. La morphologie des colonies était généralement incongruente avec la génétique sur l'ensemble de la gamme d'échantillonnage, et le nombre total d'espèces semble cohérent avec des estimations plus basses issues d'hypothèses concurrentes basées sur la morphologie (environ sept ou huit taxons). Les lignées génétiques les plus courantes étaient largement distribuées et présentaient une forte dispersion et un flux génétique, des facteurs qui ont probablement minimisé la spéciation allopatrique. De manière unique parmi les genres scléractiniens, ce genre contient un groupe monophylétique de diffuseurs d'œufs qui a évolué récemment à partir d'un ancêtre gardien. Conclusions principales La délimitation de la diversité spécifique guidée par la génétique fait progresser fondamentalement notre compréhension des distributions géographiques, de l'écologie et de l'évolution de Pocillopora. Étant donné que les caractéristiques diagnostiques traditionnelles de la morphologie des colonies et des branches se révèlent d'utilité limitée, l'identification des espèces de Pocillopora pour les travaux écologiques et expérimentatifs futurs devrait reposer sur des caractères génétiques qui amélioreront la recherche et aideront aux stratégies de conservation pour ces coraux de construction de récif et d'autres, y compris la détection de populations endémiques réelles et erronées.",
    url = "https://doi.org/10.1111/jbi.12110",
    doi = "10.1111/jbi.12110",
    openalex = "W2149681625",
    references = "doi101093bioinformatics178754, doi101093bioinformaticsbtm233, doi101093genetics1552945, doi101093genetics16441567, doi101093nar22224673, doi101093oxfordjournalsjhereda111573, doi101111j1365294x200502553x, doi101111j14718286200501155x, doi101111j14718286200701931x, openalexw3217097258"
}

@incollection{falk2013population,
    author = "Falk, Donald A. et Richards, Christopher M. et Montalvo, Arlee M. et Knapp, Eric E.",
    title = "Génétique des populations et écologique dans l'écologie de la restauration",
    year = "2013",
    booktitle = "Fondements de l'écologie de la restauration",
    url = "https://doi.org/10.2307/jj.41003482.7",
    doi = "10.2307/jj.41003482.7",
    openalex = "W7151974137",
    pages = "14-41"
}

Les études moléculaires ont été essentielles pour affiner les limites des espèces dans le genre de corail Pocillopora et révéler la diversité d'espèces cachée au sein de l'espèce mondiale étroitement étudiée Pocillopora damicornis. Ici, nous révisons formellement le statut taxonomique des espèces étroitement apparentées et au sein du complexe d'espèces P. damicornis, en tenant compte à la fois des preuves génétiques et de nouvelles données sur la morphométrie, y compris la structure fine des corallites et du coenosteum. Nous avons constaté que les phylogénies moléculaires mitochondriales sont congruentes avec les groupes basés sur la morphologie grossière, reflétant ainsi une différenciation au niveau des espèces. Cependant, des niveaux élevés de plasticité morphologique grossière et de caractéristiques morphologiques partagées masquent une séparation claire pour certains groupes. La variation morphologique à fine échelle, en particulier la forme et le type de columelle, a été utile pour différencier les clades et fournit une excellente signature des relations évolutives entre lignées génétiques. Comme l'hybridation introgressive et le tri de lignée incomplet compliquent la délimitation des espèces au sein du genre sur la base d'un seul concept d'espèce, le Concept Unifié d'Espèce peut représenter une approche appropriée pour réviser la taxonomie de Pocillopora. Huit espèces sont décrites ici (P. damicornis, P. acuta, P. aliciae, P. verrucosa, P. meandrina, P. eydouxi, P. cf. brevicornis), y compris un nouveau taxon – Pocillopora bairdi sp. nov. (Schmidt-Roach, cette étude). Les synonymes de citation et les matériaux types sont présentés. © 2014 The Linnean Society of London

@article{doi101111zoj12092,
    author = "Schmidt‐Roach, Sebastian et Miller, Karen J. et Lundgren, Petra et Andreakis, Nikos",
    title = "With eyes wide open: une révision des espèces au sein et étroitement apparentées au complexe d'espèces Pocillopora damicornis (Scleractinia; Pocilloporidae) utilisant la morphologie et la génétique",
    year = "2014",
    journal = "Zoological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "Les études moléculaires ont été essentielles pour affiner les limites des espèces dans le genre de corail Pocillopora et révéler la diversité d'espèces cachée au sein de l'espèce mondiale étroitement étudiée Pocillopora damicornis. Ici, nous révisons formellement le statut taxonomique des espèces étroitement apparentées et au sein du complexe d'espèces P. damicornis, en tenant compte à la fois des preuves génétiques et de nouvelles données sur la morphométrie, y compris la structure fine des corallites et du coenosteum. Nous avons constaté que les phylogénies moléculaires mitochondriales sont congruentes avec les groupes basés sur la morphologie grossière, reflétant ainsi une différenciation au niveau des espèces. Cependant, des niveaux élevés de plasticité morphologique grossière et de caractéristiques morphologiques partagées masquent une séparation claire pour certains groupes. La variation morphologique à fine échelle, en particulier la forme et le type de columelle, a été utile pour différencier les clades et fournit une excellente signature des relations évolutives entre lignées génétiques. Comme l'hybridation introgressive et le tri de lignée incomplet compliquent la délimitation des espèces au sein du genre sur la base d'un seul concept d'espèce, le Concept Unifié d'Espèce peut représenter une approche appropriée pour réviser la taxonomie de Pocillopora. Huit espèces sont décrites ici (P. damicornis, P. acuta, P. aliciae, P. verrucosa, P. meandrina, P. eydouxi, P. cf. brevicornis), y compris un nouveau taxon – Pocillopora bairdi sp. nov. (Schmidt-Roach, cette étude). Les synonymes de citation et les matériaux types sont présentés. © 2014 The Linnean Society of London",
    url = "https://doi.org/10.1111/zoj.12092",
    doi = "10.1111/zoj.12092",
    openalex = "W2171806591",
    references = "doi101016jtree200401003, doi101017cbo9781139567411, doi10108010635150701701083, doi101093bioinformaticsbtn129, doi101093molbevmsm092, doi101093oxfordjournalsmolbeva026036, doi101093oxfordjournalsmolbeva040454, doi101111j155856461985tb00420x, doi101111jbi12110, doi1023072408678, doi105860choice332723"
}

Les données génétiques modernes combinées à des méthodes statistiques appropriées ont le potentiel de contribuer de manière substantielle à notre compréhension de l'histoire humaine. Nous avons développé une approche qui exploite la structure génomique des populations admixtées pour dater et caractériser les événements de mélange historiques à des échelles fines. Nous avons utilisé cette méthode pour produire un atlas de l'histoire mondiale de l'admixture humaine, construit en utilisant uniquement des données génétiques et englobant plus de 100 événements survenus au cours des 4000 dernières années. Nous avons identifié des événements dont les dates et les participants suggèrent qu'ils décrivent les impacts génétiques de l'empire mongol, du commerce des esclaves arabes, de l'expansion bantoue, des migrations du premier millénaire de notre ère en Europe de l'Est et du colonialisme européen, ainsi que des événements non enregistrés, révélant l'admixture comme une force presque universelle façonnant les populations humaines.

@article{doi101126science1243518,
    author = "Hellenthal, Garrett et Busby, George et Band, Gavin et Wilson, James F. et Capelli, Cristian et Falush, Daniel et Myers, Simon",
    title = "A Genetic Atlas of Human Admixture History",
    year = "2014",
    journal = "Science",
    abstract = "Les données génétiques modernes combinées à des méthodes statistiques appropriées ont le potentiel de contribuer de manière substantielle à notre compréhension de l'histoire humaine. Nous avons développé une approche qui exploite la structure génomique des populations admixtées pour dater et caractériser les événements de mélange historiques à des échelles fines. Nous avons utilisé cette méthode pour produire un atlas de l'histoire mondiale de l'admixture humaine, construit en utilisant uniquement des données génétiques et englobant plus de 100 événements survenus au cours des 4000 dernières années. Nous avons identifié des événements dont les dates et les participants suggèrent qu'ils décrivent les impacts génétiques de l'empire mongol, du commerce des esclaves arabes, de l'expansion bantoue, des migrations du premier millénaire de notre ère en Europe de l'Est et du colonialisme européen, ainsi que des événements non enregistrés, révélant l'admixture comme une force presque universelle façonnant les populations humaines.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1243518",
    doi = "10.1126/science.1243518",
    openalex = "W1979677919",
    references = "doi101038nature02168, doi101038nature06258, doi101038ng1847, doi101086519795, doi101093genetics1552945, doi101093genetics16441567, doi101109518626, doi101111j14718286200501155x, doi101126science1172257, doi101371journalpgen0020190, doi101371journalpgen1000529, doi101371journalpgen1002453"
}

Les poissons se sont révélés être des organismes modèles pour l'étude des personnalités animales, et une riche littérature documente des différences comportementales interindividuelles constantes chez diverses espèces. Cependant, relativement peu d'études ont examiné les conséquences écologiques de telles différences comportementales interindividuelles constantes chez les poissons ou d'autres organismes, en particulier dans des conditions de terrain. Dans cette revue et perspective, nous discutons des facteurs qui peuvent conduire à la formation et au maintien de types comportementaux dans les populations de poissons. Nous examinons ensuite ce qui est connu sur les effets de la variation de personnalité sur la croissance et la survie individuelles, les comportements de reproduction et le succès reproducteur, l'utilisation de l'habitat, l'alimentation, et les changements de niche ontogénétique, la migration et la dispersion, ainsi que les conséquences potentielles pour les interactions entre espèces et le fonctionnement des écosystèmes. Nous nous concentrons autant que possible sur les études menées dans des conditions naturelles ou semi-naturelles, car de telles études de terrain sont les plus pertinentes pour élucider les conséquences écologiques de la variation comportementale. Enfin, nous discutons de l'importance potentielle des différences individuelles constantes dans les comportements pour la gestion et la conservation des pêcheries, en examinant spécifiquement les conséquences pour la pêche récréative et commerciale, l'élevage en pisciculture, et l'amélioration des stocks.

@article{doi101139cjfas20130558,
    author = "Mittelbach, Gary G. et Ballew, Nick et Kjelvik, Melissa K.",
    title = "Fish behavioral types and their ecological consequences",
    year = "2014",
    journal = "Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences",
    abstract = "Les poissons se sont révélés être des organismes modèles pour l'étude des personnalités animales, et une riche littérature documente des différences comportementales interindividuelles constantes chez diverses espèces. Cependant, relativement peu d'études ont examiné les conséquences écologiques de telles différences comportementales interindividuelles constantes chez les poissons ou d'autres organismes, en particulier dans des conditions de terrain. Dans cette revue et perspective, nous discutons des facteurs qui peuvent conduire à la formation et au maintien de types comportementaux dans les populations de poissons. Nous examinons ensuite ce qui est connu sur les effets de la variation de personnalité sur la croissance et la survie individuelles, les comportements de reproduction et le succès reproducteur, l'utilisation de l'habitat, l'alimentation, et les changements de niche ontogénétique, la migration et la dispersion, ainsi que les conséquences potentielles pour les interactions entre espèces et le fonctionnement des écosystèmes. Nous nous concentrons autant que possible sur les études menées dans des conditions naturelles ou semi-naturelles, car de telles études de terrain sont les plus pertinentes pour élucider les conséquences écologiques de la variation comportementale. Enfin, nous discutons de l'importance potentielle des différences individuelles constantes dans les comportements pour la gestion et la conservation des pêcheries, en examinant spécifiquement les conséquences pour la pêche récréative et commerciale, l'élevage en pisciculture, et l'amélioration des stocks.",
    url = "https://doi.org/10.1139/cjfas-2013-0558",
    doi = "10.1139/cjfas-2013-0558",
    openalex = "W1725059466",
    references = "doi101093behecoarp018"
}

De nombreuses populations de microbes, de champignons ou d'oomycètes violent les hypothèses de l'analyse génétique des populations car ces populations sont clonales, admixtes, partiellement clonales et/ou sexuées. De plus, peu d'outils existent qui soient spécifiquement conçus pour analyser les données provenant de populations clonales, ce qui rend l'analyse difficile et hasardeuse. Nous avons développé le package R poppr offrant des outils uniques pour l'analyse de données provenant de populations admixtes, clonales, mixtes et/ou sexuées. Actuellement, poppr peut être utilisé pour des données génétiques dominantes/codominantes et haploïdes/diploïdes. Les données peuvent être importées depuis plusieurs formats, y compris des fichiers texte formatés GenAlEx, et peuvent être analysées sur une hiérarchie définie par l'utilisateur qui inclut des niveaux illimités de structure de sous-population et de censure des clones. Les nouvelles fonctions incluent le calcul de la distance de Bruvo pour les microsatellites, l'analyse par lots de l'indice d'association avec plusieurs indices de diversité génotypique, et la graphisation incluant des dendrogrammes avec support de bootstrap et des réseaux d'arêtes minimales. Bien que les fonctions pour la diversité génotypique et la censure des clones soient spécifiques aux populations clonales, plusieurs fonctions trouvées dans poppr sont également précieuses pour l'analyse de n'importe quelle population. Un manuel avec documentation et exemples est fourni. Poppr est open source et les versions majeures sont disponibles sur CRAN : http://cran.r-project.org/package=poppr. Plus de documentation de soutien et de tutoriels peuvent être trouvés sous 'ressources' à : http://grunwaldlab.cgrb.oregonstate.edu/.

@article{doi107717peerj281,
    author = "Kamvar, Zhian N. et Tabima, Javier F. et Grünwald, Niklaus J.",
    title = "Poppr : un package R pour l'analyse génétique de populations à reproduction clonale, partiellement clonale et/ou sexuée",
    year = "2014",
    journal = "PeerJ",
    abstract = "De nombreuses populations de microbes, de champignons ou d'oomycètes violent les hypothèses de l'analyse génétique des populations car ces populations sont clonales, admixtes, partiellement clonales et/ou sexuées. De plus, peu d'outils existent qui soient spécifiquement conçus pour analyser les données provenant de populations clonales, ce qui rend l'analyse difficile et hasardeuse. Nous avons développé le package R poppr offrant des outils uniques pour l'analyse de données provenant de populations admixtes, clonales, mixtes et/ou sexuées. Actuellement, poppr peut être utilisé pour des données génétiques dominantes/codominantes et haploïdes/diploïdes. Les données peuvent être importées depuis plusieurs formats, y compris des fichiers texte formatés GenAlEx, et peuvent être analysées sur une hiérarchie définie par l'utilisateur qui inclut des niveaux illimités de structure de sous-population et de censure des clones. Les nouvelles fonctions incluent le calcul de la distance de Bruvo pour les microsatellites, l'analyse par lots de l'indice d'association avec plusieurs indices de diversité génotypique, et la graphisation incluant des dendrogrammes avec support de bootstrap et des réseaux d'arêtes minimales. Bien que les fonctions pour la diversité génotypique et la censure des clones soient spécifiques aux populations clonales, plusieurs fonctions trouvées dans poppr sont également précieuses pour l'analyse de n'importe quelle population. Un manuel avec documentation et exemples est fourni. Poppr est open source et les versions majeures sont disponibles sur CRAN : http://cran.r-project.org/package=poppr. Plus de documentation de soutien et de tutoriels peuvent être trouvés sous 'ressources' à : http://grunwaldlab.cgrb.oregonstate.edu/.",
    url = "https://doi.org/10.7717/peerj.281",
    doi = "10.7717/peerj.281",
    openalex = "W2016603972",
    references = "doi101093bioinformaticsbtq706, doi101093genetics893583, doi101111j14718286200501155x, doi1023071934145"
}

Comprendre les processus qui façonnent les modèles de structure génétique à travers l'espace est un objectif central de la génétique des paysages. Cependant, il reste incertain comment les caractéristiques géographiques et les variables environnementales façonnent les flux géniques, en particulier pour les espèces marines dans de vastes et complexes paysages marins. Ici, nous avons évalué la composition génomique du poisson-clown à deux bandes Amphiprion bicinctus sur toute son aire géographique dans la mer Rouge et le golfe d'Aden, ainsi que son proche parent, Amphiprion omanensis endémique de la côte sud de l'Oman. La mer Rouge et la mer d'Arabie sont des systèmes marins complexes et hétérogènes sur le plan environnemental qui offrent un scénario idéal pour répondre à ces questions. Nos résultats confirment la présence de deux clusters génétiques précédemment rapportés pour A. bicinctus dans la mer Rouge. Les analyses de structure génétique suggèrent une configuration de paysage marin complexe, avec des preuves à la fois d'isolement par la distance (IBD) et d'isolement par l'environnement (IBE). En plus de l'IBD et de l'IBE, la structure génétique entre sites était la mieux expliquée lorsque deux barrières au flux génique étaient également prises en compte. L'une de ces barrières coïncide avec un fort gradient oligotrophe-eutrophe vers 16-20˚N dans la mer Rouge. L'autre correspond à une barrière bathymétrique historique au détroit de Bab el Mandeb. Enfin, ces données soutiennent la présence d'hybrides interspécifiques dans une zone de suture intermédiaire à Socotra et indiquent des modèles complexes d'admixture génomique dans le golfe d'Aden avec des preuves d'introgression entre espèces. Nos résultats soulignent la puissance des approches génomiques récentes pour résoudre des modèles subtils de flux génique dans les paysages marins.

@article{doi101111mec13471,
    author = "Saenz‐Agudelo, Pablo et DiBattista, Joseph D. et Piatek, Marek J. et Gaither, Michelle R. et Harrison, Hugo B. et Nanninga, Gerrit B. et Berumen, Michael L.",
    title = "Génétique des paysages le long de gradients environnementaux dans la péninsule arabique : aperçus issus du séquençage ddRAD des poissons-clowns",
    year = "2015",
    journal = "Molecular Ecology",
    abstract = "Comprendre les processus qui façonnent les modèles de structure génétique à travers l'espace est un objectif central de la génétique des paysages. Cependant, il reste incertain comment les caractéristiques géographiques et les variables environnementales façonnent les flux géniques, en particulier pour les espèces marines dans de vastes et complexes paysages marins. Ici, nous avons évalué la composition génomique du poisson-clown à deux bandes Amphiprion bicinctus sur toute son aire géographique dans la mer Rouge et le golfe d'Aden, ainsi que son proche parent, Amphiprion omanensis endémique de la côte sud de l'Oman. La mer Rouge et la mer d'Arabie sont des systèmes marins complexes et hétérogènes sur le plan environnemental qui offrent un scénario idéal pour répondre à ces questions. Nos résultats confirment la présence de deux clusters génétiques précédemment rapportés pour A. bicinctus dans la mer Rouge. Les analyses de structure génétique suggèrent une configuration de paysage marin complexe, avec des preuves à la fois d'isolement par la distance (IBD) et d'isolement par l'environnement (IBE). En plus de l'IBD et de l'IBE, la structure génétique entre sites était la mieux expliquée lorsque deux barrières au flux génique étaient également prises en compte. L'une de ces barrières coïncide avec un fort gradient oligotrophe-eutrophe vers 16-20˚N dans la mer Rouge. L'autre correspond à une barrière bathymétrique historique au détroit de Bab el Mandeb. Enfin, ces données soutiennent la présence d'hybrides interspécifiques dans une zone de suture intermédiaire à Socotra et indiquent des modèles complexes d'admixture génomique dans le golfe d'Aden avec des preuves d'introgression entre espèces. Nos résultats soulignent la puissance des approches génomiques récentes pour résoudre des modèles subtils de flux génique dans les paysages marins.",
    url = "https://doi.org/10.1111/mec.13471",
    doi = "10.1111/mec.13471",
    openalex = "W2197145080",
    references = "doi101111jbi12649"
}

L'importance de la diversité génétique végétale (DGP) est désormais reconnue comme un domaine spécifique, car l'explosion démographique avec l'urbanisation et la diminution des terres cultivables sont des facteurs critiques contribuant à l'insécurité alimentaire dans le monde en développement. Les scientifiques agricoles ont réalisé que la DGP peut être capturée et stockée sous la forme de ressources génétiques végétales (RGV) telles que les banques de gènes, les bibliothèques d'ADN, etc., dans le biorepositoire qui préserve le matériel génétique pendant une longue période. Cependant, les RGV conservées doivent être utilisées pour l'amélioration des cultures afin de répondre aux futurs défis mondiaux en matière de sécurité alimentaire et nutritionnelle. Cet article examine de manière exhaustive quatre domaines importants : (i) l'importance de la diversité génétique végétale (DGP) et des RGV, en particulier pour les cultures agricoles importantes (principalement les cultures de plein champ) ; (ii) les risques associés au rétrécissement de la base génétique des variétés commerciales actuelles et au changement climatique ; (iii) l'analyse des méthodes analytiques de DGP existantes à l'ère pré-génomique et génomique ; et (iv) les outils modernes disponibles pour l'analyse de la DGP à l'ère post-génomique. Cette discussion profite à la communauté des scientifiques végétaux afin d'utiliser les nouvelles méthodes et technologies pour une évaluation meilleure et plus rapide, pour l'utilisation du germoplasme provenant des banques de gènes dans leurs programmes d'élevage appliqués. Avec l'avènement de nouvelles techniques biotechnologiques, ce processus de manipulation génétique est désormais accéléré et réalisé avec plus de précision (en négligeant les effets environnementaux) et de manière plus rapide que les techniques d'élevage classiques. Il convient également de noter que les banques de gènes examinent plusieurs questions afin d'améliorer les niveaux de distribution du germoplasme et de son utilisation, la duplication de l'identité végétale et l'accès à la base de données, pour les activités de pré-élevage. Puisque la recherche en élevage végétal et le développement de variétés sont des composants intégraux de l'amélioration de la production alimentaire, la disponibilité et l'accès à des sources génétiques diverses garantiront que le réseau mondial de production alimentaire devienne plus durable. Les avantages et les inconvénients des outils statistiques de base et avancés disponibles pour mesurer la diversité génétique sont brièvement discutés et leurs liens sources (principalement) ont été fournis pour un accès facile ; ainsi, cela améliore la compréhension des outils et de leur applicabilité pratique pour les chercheurs.

@article{doi1011552015431487,
    author = "Govindaraj, Mahalingam and Vetriventhan, Mani and Srinivasan, Mahalingam",
    title = "Importance de l'évaluation de la diversité génétique chez les plantes cultivées et ses récentes avancées : Une vue d'ensemble de ses perspectives analytiques",
    year = "2015",
    journal = "Genetics Research International",
    abstract = "L'importance de la diversité génétique végétale (DGP) est désormais reconnue comme un domaine spécifique, car l'explosion démographique avec l'urbanisation et la diminution des terres cultivables sont des facteurs critiques contribuant à l'insécurité alimentaire dans le monde en développement. Les scientifiques agricoles ont réalisé que la DGP peut être capturée et stockée sous la forme de ressources génétiques végétales (RGV) telles que les banques de gènes, les bibliothèques d'ADN, etc., dans le biorepositoire qui préserve le matériel génétique pendant une longue période. Cependant, les RGV conservées doivent être utilisées pour l'amélioration des cultures afin de répondre aux futurs défis mondiaux en matière de sécurité alimentaire et nutritionnelle. Cet article examine de manière exhaustive quatre domaines importants : (i) l'importance de la diversité génétique végétale (DGP) et des RGV, en particulier pour les cultures agricoles importantes (principalement les cultures de plein champ) ; (ii) les risques associés au rétrécissement de la base génétique des variétés commerciales actuelles et au changement climatique ; (iii) l'analyse des méthodes analytiques de DGP existantes à l'ère pré-génomique et génomique ; et (iv) les outils modernes disponibles pour l'analyse de la DGP à l'ère post-génomique. Cette discussion profite à la communauté des scientifiques végétaux afin d'utiliser les nouvelles méthodes et technologies pour une évaluation meilleure et plus rapide, pour l'utilisation du germoplasme provenant des banques de gènes dans leurs programmes d'élevage appliqués. Avec l'avènement de nouvelles techniques biotechnologiques, ce processus de manipulation génétique est désormais accéléré et réalisé avec plus de précision (en négligeant les effets environnementaux) et de manière plus rapide que les techniques d'élevage classiques. Il convient également de noter que les banques de gènes examinent plusieurs questions afin d'améliorer les niveaux de distribution du germoplasme et de son utilisation, la duplication de l'identité végétale et l'accès à la base de données, pour les activités de pré-élevage. Puisque la recherche en élevage végétal et le développement de variétés sont des composants intégraux de l'amélioration de la production alimentaire, la disponibilité et l'accès à des sources génétiques diverses garantiront que le réseau mondial de production alimentaire devienne plus durable. Les avantages et les inconvénients des outils statistiques de base et avancés disponibles pour mesurer la diversité génétique sont brièvement discutés et leurs liens sources (principalement) ont été fournis pour un accès facile ; ainsi, cela améliore la compréhension des outils et de leur applicabilité pratique pour les chercheurs.",
    url = "https://doi.org/10.1155/2015/431487",
    doi = "10.1155/2015/431487",
    openalex = "W1969660305",
    references = "doi101093bioinformaticsbtp187, doi101093bioinformaticsbts460, doi101093oxfordjournalsjhereda109497, doi101111j14718286200501155x, doi101371journalpgen1002453, doi102135cropsci20031235, openalexw2119799171"
}

Les taux de métabolisme aérobie varient considérablement au sein des lignées évolutives, mais peu est connu des facteurs proximaux et ultimes qui génèrent et maintiennent cette variabilité. En utilisant des données pour 131 espèces de poissons téléostéens, nous avons réalisé une analyse comparative phylogénétique à grande échelle de la manière dont la variation interspécifique des taux métaboliques au repos (RMR) et maximaux (MMR) est liée à plusieurs variables écologiques et morphologiques. Les RMR et MMR ajustés pour la masse et la température sont fortement corrélés le long d'un continuum couvrant une plage de 30 à 40 fois. Les modèles de moindres carrés généralisés phylogénétiques suggèrent que les RMR et MMR sont plus élevés chez les espèces pélagiques et que les espèces à des niveaux trophiques plus élevés présentent des MMR accrus. Cette variation est reflétée à divers niveaux d'organisation structurelle : la surface des branchies, la teneur en protéines musculaires et le rapport d'aspect de la nageoire caudale (un proxy pour l'activité) sont positivement liés à la capacité aérobie. La teneur en protéines musculaires et le rapport d'aspect de la nageoire caudale sont également positivement corrélés aux RMR. Les lignées tolérantes à l'hypoxie se situent à l'extrémité inférieure du continuum métabolique. Différents modes de vie écologiques sont associés à des niveaux contrastés de capacité aérobie, reflétant peut-être l'interaction entre la sélection pour une performance locomotrice accrue d'une part et la tolérance à une faible disponibilité des ressources, en particulier l'oxygène, d'autre part. Ces résultats soutiennent le modèle de capacité aérobie de l'évolution de l'endothermie, suggérant que les températures corporelles élevées ont évolué comme des réponses corrélées à la sélection pour des niveaux d'activité élevés.

@article{doi101086685893,
    author = "Killen, Shaun S. et Glazier, Douglas S. et Rezende, Enrico L. et Clark, Thomas D. et Atkinson, David et Willener, Astrid S. T. et Halsey, Lewis G.",
    title = "Influences écologiques et corrélats morphologiques des taux métaboliques au repos et maximaux chez les espèces de poissons téléostéens",
    year = "2016",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "Les taux de métabolisme aérobie varient considérablement au sein des lignées évolutives, mais peu est connu des facteurs proximaux et ultimes qui génèrent et maintiennent cette variabilité. En utilisant des données pour 131 espèces de poissons téléostéens, nous avons réalisé une analyse comparative phylogénétique à grande échelle de la manière dont la variation interspécifique des taux métaboliques au repos (RMR) et maximaux (MMR) est liée à plusieurs variables écologiques et morphologiques. Les RMR et MMR ajustés pour la masse et la température sont fortement corrélés le long d'un continuum couvrant une plage de 30 à 40 fois. Les modèles de moindres carrés généralisés phylogénétiques suggèrent que les RMR et MMR sont plus élevés chez les espèces pélagiques et que les espèces à des niveaux trophiques plus élevés présentent des MMR accrus. Cette variation est reflétée à divers niveaux d'organisation structurelle : la surface des branchies, la teneur en protéines musculaires et le rapport d'aspect de la nageoire caudale (un proxy pour l'activité) sont positivement liés à la capacité aérobie. La teneur en protéines musculaires et le rapport d'aspect de la nageoire caudale sont également positivement corrélés aux RMR. Les lignées tolérantes à l'hypoxie se situent à l'extrémité inférieure du continuum métabolique. Différents modes de vie écologiques sont associés à des niveaux contrastés de capacité aérobie, reflétant peut-être l'interaction entre la sélection pour une performance locomotrice accrue d'une part et la tolérance à une faible disponibilité des ressources, en particulier l'oxygène, d'autre part. Ces résultats soutiennent le modèle de capacité aérobie de l'évolution de l'endothermie, suggérant que les températures corporelles élevées ont évolué comme des réponses corrélées à la sélection pour des niveaux d'activité élevés.",
    url = "https://doi.org/10.1086/685893",
    doi = "10.1086/685893",
    openalex = "W2290005196",
    references = "doi101098rstb20072099, doi101111j1469185x201000122x"
}

CONTEXTE : Au cours des dernières années, plusieurs types de marqueurs moléculaires et de nouveaux caractères squelettiques à micro-échelle ont montré leur potentiel en tant qu'outils puissants pour les reconstructions phylogénétiques et la taxonomie de haut niveau des coraux scléractiniaires. Néanmoins, la discrimination des taxons étroitement apparentés reste hautement controversée dans la recherche sur les coraux scléractiniaires. Ici, nous avons utilisé des génomes mitochondriaux complets nouvellement séquencés et 30 microsatellites pour définir la divergence génétique entre deux taxons azooxanthellés étroitement apparentés de la famille des Caryophylliidae : le Desmophyllum dianthus solitaire et le Lophelia pertusa colonial. RÉSULTATS : Dans la région contrôle mitochondriale, 99,8 % des nucléotides entre L. pertusa et D. dianthus étaient identiques. La variabilité des génomes mitochondriaux des deux espèces est représentée par seulement 12 substitutions non synonymes sur 19 substitutions nucléotidiques totales. L'analyse des séquences de microsatellites (37 locus) de L. pertusa et D. dianthus a montré que la similitude génétique est d'environ 97 %. Nos résultats ont également indiqué que L. pertusa et D. dianthus présentent une forte plasticité squelettique en ce qui concerne la forme du corallum et une similitude dans l'ontogénie squelettique, ainsi que des caractères micromorphologiques (granulations septales et pariétales) et microstructuraux (disposition des dépôts d'accrétion rapide, dépôts d'épaississement). CONCLUSIONS : Sur le plan moléculaire et morphologique, le Desmophyllum solitaire et le Lophelia dendroïde semblent être significativement plus similaires l'un à l'autre que les autres genres de coraux non ambiguës analysés à ce jour. Cela conduit par conséquent à attribuer les deux taxons au nom générique Desmophyllum (priorité par date de publication). Les résultats de cette étude démontrent que la colonialité peut ne pas être un caractère taxonomique robuste chez les coraux scléractiniaires.

@article{doi101186s1286201606548,
    author = "Addamo, Anna Maria et Vertino, Agostina et Stolarski, Jarosław et García-Jiménez, Ricardo et Taviani, Marco et Machordom, Annie",
    title = "Fusion des genres de scléractiniaires : la similitude génétique écrasante entre le Desmophyllum solitaire et le Lophelia colonial",
    year = "2016",
    journal = "BMC Evolutionary Biology",
    abstract = "CONTEXTE : Au cours des dernières années, plusieurs types de marqueurs moléculaires et de nouveaux caractères squelettiques à micro-échelle ont montré leur potentiel en tant qu'outils puissants pour les reconstructions phylogénétiques et la taxonomie de haut niveau des coraux scléractiniaires. Néanmoins, la discrimination des taxons étroitement apparentés reste hautement controversée dans la recherche sur les coraux scléractiniaires. Ici, nous avons utilisé des génomes mitochondriaux complets nouvellement séquencés et 30 microsatellites pour définir la divergence génétique entre deux taxons azooxanthellés étroitement apparentés de la famille des Caryophylliidae : le Desmophyllum dianthus solitaire et le Lophelia pertusa colonial. RÉSULTATS : Dans la région contrôle mitochondriale, 99,8 % des nucléotides entre L. pertusa et D. dianthus étaient identiques. La variabilité des génomes mitochondriaux des deux espèces est représentée par seulement 12 substitutions non synonymes sur 19 substitutions nucléotidiques totales. L'analyse des séquences de microsatellites (37 locus) de L. pertusa et D. dianthus a montré que la similitude génétique est d'environ 97 %. Nos résultats ont également indiqué que L. pertusa et D. dianthus présentent une forte plasticité squelettique en ce qui concerne la forme du corallum et une similitude dans l'ontogénie squelettique, ainsi que des caractères micromorphologiques (granulations septales et pariétales) et microstructuraux (disposition des dépôts d'accrétion rapide, dépôts d'épaississement). CONCLUSIONS : Sur le plan moléculaire et morphologique, le Desmophyllum solitaire et le Lophelia dendroïde semblent être significativement plus similaires l'un à l'autre que les autres genres de coraux non ambiguës analysés à ce jour. Cela conduit par conséquent à attribuer les deux taxons au nom générique Desmophyllum (priorité par date de publication). Les résultats de cette étude démontrent que la colonialité peut ne pas être un caractère taxonomique robuste chez les coraux scléractiniaires.",
    url = "https://doi.org/10.1186/s12862-016-0654-8",
    doi = "10.1186/s12862-016-0654-8",
    openalex = "W2402769049",
    references = "doi101111zoj12092"
}

) est devenu une industrie complexe et multimilliardaire. La pêche fait l'objet de préoccupations en raison des niveaux élevés de capture et des impacts indirects potentiels de l'élimination des poissons-scorpions sur la structure et le fonctionnement des écosystèmes de forêts de varech. Les poissons-scorpions de Californie sont des hermaphrodites protogynes qui, en tant que prédateurs d'oursins de mer et d'autres invertébrés, constituent des éléments essentiels des écosystèmes de forêts de varech dans le nord-est du Pacifique. La surpêche peut déclencher des cascades trophiques et une dysfonction écologique généralisée lorsque d'autres prédateurs d'oursins sont également perdus du système. Peu de choses sont connues sur l'écologie et l'abondance des poissons-scorpions avant l'exploitation commerciale. L'absence d'une perspective historique crée un vide pour évaluer les mesures de gestion de la pêche et les réserves marines qui cherchent à reconstituer les populations de poissons-scorpions aux conditions de référence historiques. Nous utilisons des données sur l'abondance des populations et la structure de taille provenant du registre zooarchéologique, en concert avec des données isotopiques, pour évaluer la santé et la viabilité à long terme de la pêche aux poissons-scorpions en Californie du Sud. Nos résultats indiquent que l'importance des poissons-scorpions pour l'alimentation des populations autochtones Chumash variait spatialement à travers les îles du Canal, reflétant les modèles biogéographiques modernes. En comparant des échantillons anciens (~10 000 années calibrées avant le présent à 1825 CE) et modernes, nous avons observé une variabilité et des déclins significatifs de l'abondance relative des poissons-scorpions, des réductions dans les distributions de fréquence de taille, et des changements dans la niche alimentaire entre les collections anciennes et modernes. Ces résultats soulignent comment la pêche sélective en taille peut modifier le rôle écologique des prédateurs clés et comment les données zooarchéologiques peuvent informer la gestion de la pêche en établissant des références historiques qui aident à la conservation future.

@article{doi101126sciadv1601759,
    author = "Braje, Todd J. et Rick, Torben C. et Szpak, Paul et Newsome, Seth D. et McCain, Joseph M. et Smith, Emma A. Elliott et Glassow, Michael A. et Hamilton, Scott L.",
    title = "Écologie historique et conservation des grands poissons hermaphrodites dans les écosystèmes de forêts de varech de la côte du Pacifique",
    year = "2017",
    journal = "Science Advances",
    abstract = ") est devenu une industrie complexe et multimilliardaire. La pêche fait l'objet de préoccupations en raison des niveaux élevés de capture et des impacts indirects potentiels de l'élimination des poissons-scorpions sur la structure et le fonctionnement des écosystèmes de forêts de varech. Les poissons-scorpions de Californie sont des hermaphrodites protogynes qui, en tant que prédateurs d'oursins de mer et d'autres invertébrés, constituent des éléments essentiels des écosystèmes de forêts de varech dans le nord-est du Pacifique. La surpêche peut déclencher des cascades trophiques et une dysfonction écologique généralisée lorsque d'autres prédateurs d'oursins sont également perdus du système. Peu de choses sont connues sur l'écologie et l'abondance des poissons-scorpions avant l'exploitation commerciale. L'absence d'une perspective historique crée un vide pour évaluer les mesures de gestion de la pêche et les réserves marines qui cherchent à reconstituer les populations de poissons-scorpions aux conditions de référence historiques. Nous utilisons des données sur l'abondance des populations et la structure de taille provenant du registre zooarchéologique, en concert avec des données isotopiques, pour évaluer la santé et la viabilité à long terme de la pêche aux poissons-scorpions en Californie du Sud. Nos résultats indiquent que l'importance des poissons-scorpions pour l'alimentation des populations autochtones Chumash variait spatialement à travers les îles du Canal, reflétant les modèles biogéographiques modernes. En comparant des échantillons anciens (\textasciitilde 10 000 années calibrées avant le présent à 1825 CE) et modernes, nous avons observé une variabilité et des déclins significatifs de l'abondance relative des poissons-scorpions, des réductions dans les distributions de fréquence de taille, et des changements dans la niche alimentaire entre les collections anciennes et modernes. Ces résultats soulignent comment la pêche sélective en taille peut modifier le rôle écologique des prédateurs clés et comment les données zooarchéologiques peuvent informer la gestion de la pêche en établissant des références historiques qui aident à la conservation future.",
    url = "https://doi.org/10.1126/sciadv.1601759",
    doi = "10.1126/sciadv.1601759",
    openalex = "W2584763220",
    references = "doi101111j14672979201200464x"
}

exposés à des conditions de blanchissement dans une expérience de mésocosme à long terme et inoculés avec un consortium BMC sélectionné ou un placebo en solution saline. Toutes les coraux ont été affectées par le stress thermique, mais le « trouble post-stress thermique » observé a été atténué par les BMC, comme l'indiquent les motifs de dégradation du diméthylsulfoniopropionate, de maintien des lipides et de reprogrammation transcriptionnelle de l'hôte corail de restructuration cellulaire, de réparation, de protection contre le stress et de gènes immunitaires, concomitante d'une augmentation de 40 % du taux de survie et d'une performance photosynthétique stable par les algues endosymbiotiques. Cette étude fournit des aperçus des réponses sous-jacentes à la manipulation probiotique de l'hôte. Nous démontrons que les BMC déclenchent un processus dynamique de restructuration du microbiome qui instigue des altérations génétiques et métaboliques chez l'hôte corail qui finissent par atténuer le blanchissement des coraux et la mortalité.

@article{doi101126sciadvabg3088,
    author = "Santoro, Érika P. et Borges, Ricardo M. et Espinoza, Josh L. et Freire, Marcelo et Messias, Camila S. M. A. et Villela, Helena et de Mattos Pereira, Leandro et Vilela, Caren L. S. et Rosado, João G. et Cardoso, Pedro et Rosado, Phillipe M. et Assis, Juliana M. et Duarte, Gustavo et Perna, Gabriela et Rosado, Alexandre Soares et Macrae, Andrew et Dupont, Christopher L. et Nelson, Karen E. et Sweet, Michael et Voolstra, Christian R. et Peixoto, Raquel S.",
    title = "Manipulation du microbiome des coraux déclenche une restructuration métabolique et génétique pour atténuer le stress thermique et éviter la mortalité",
    year = "2021",
    journal = "Science Advances",
    abstract = {exposés à des conditions de blanchissement dans une expérience de mésocosme à long terme et inoculés avec un consortium BMC sélectionné ou un placebo en solution saline. Toutes les coraux ont été affectées par le stress thermique, mais le « trouble post-stress thermique » observé a été atténué par les BMC, comme l'indiquent les motifs de dégradation du diméthylsulfoniopropionate, de maintien des lipides et de reprogrammation transcriptionnelle de l'hôte corail de restructuration cellulaire, de réparation, de protection contre le stress et de gènes immunitaires, concomitante d'une augmentation de 40\% du taux de survie et d'une performance photosynthétique stable par les algues endosymbiotiques. Cette étude fournit des aperçus des réponses sous-jacentes à la manipulation probiotique de l'hôte. Nous démontrons que les BMC déclenchent un processus dynamique de restructuration du microbiome qui instigue des altérations génétiques et métaboliques chez l'hôte corail qui finissent par atténuer le blanchissement des coraux et la mortalité.},
    url = "https://doi.org/10.1126/sciadv.abg3088",
    doi = "10.1126/sciadv.abg3088",
    openalex = "W3191241810",
    references = "doi101016jzool201802004, doi101038s41467019109695"
}

L'évaluation des risques écologiques (ERE) a été largement utilisée pour évaluer la vulnérabilité des espèces aux impacts de la pêche, puis pour prioriser toute action de gestion supplémentaire visant à réduire ces impacts. Le cadre d'évaluation des risques écologiques pour les effets de la pêche repose sur une hiérarchie d'outils qualitatifs et semi-quantitatifs qui fonctionnent bien dans des situations de données insuffisantes. Cette étude a d'abord utilisé les outils d'échelle d'intensité et de conséquence (SICA) et d'analyses de productivité et de susceptibilité (PSA) pour évaluer les impacts du chalutage de fond industriel des crevettes brunes du sud sur la plate-forme continentale amazonienne au nord du Brésil. Un total de 540 espèces ont été identifiées comme ayant une interaction directe ou indirecte avec les chaluts. Le SICA a identifié que le principal risque était lié aux activités de capture de la pêche, potentiellement impactant la taille de la population des espèces. Sur les 47 espèces évaluées dans le PSA, 12 présentaient une faible vulnérabilité, 23 présentaient une vulnérabilité modérée et 12 présentaient une vulnérabilité élevée aux impacts de la pêche. La gestion future de la pêche devrait se concentrer sur la réduction de la vulnérabilité des espèces en priorisant la collecte de données pour les espèces les plus à risque. De plus, la modification des engins de pêche, telle que l'utilisation de dispositifs d'exclusion des prises accessoires (BRDs), devrait être employée pour diminuer la vulnérabilité des espèces.

@article{doi103389fmars20251490894,
    author = "Peixoto, Ualerson Iran et Hijaz, Miriana et Hobday, Alistair J. et Bentes, Bianca et Passarone, Rafaela et Lucena‐Frédou, Flávia et Isaac, Victoria",
    title = "Évaluation des risques écologiques des ressources marines capturées comme prises accessoires dans la pêche industrielle au crevettes par chalut de fond sur la plate-forme continentale amazonienne",
    year = "2025",
    journal = "Frontiers in Marine Science",
    abstract = "L'évaluation des risques écologiques (ERE) a été largement utilisée pour évaluer la vulnérabilité des espèces aux impacts de la pêche, puis pour prioriser toute action de gestion supplémentaire visant à réduire ces impacts. Le cadre d'évaluation des risques écologiques pour les effets de la pêche repose sur une hiérarchie d'outils qualitatifs et semi-quantitatifs qui fonctionnent bien dans des situations de données insuffisantes. Cette étude a d'abord utilisé les outils d'échelle d'intensité et de conséquence (SICA) et d'analyses de productivité et de susceptibilité (PSA) pour évaluer les impacts du chalutage de fond industriel des crevettes brunes du sud sur la plate-forme continentale amazonienne au nord du Brésil. Un total de 540 espèces ont été identifiées comme ayant une interaction directe ou indirecte avec les chaluts. Le SICA a identifié que le principal risque était lié aux activités de capture de la pêche, potentiellement impactant la taille de la population des espèces. Sur les 47 espèces évaluées dans le PSA, 12 présentaient une faible vulnérabilité, 23 présentaient une vulnérabilité modérée et 12 présentaient une vulnérabilité élevée aux impacts de la pêche. La gestion future de la pêche devrait se concentrer sur la réduction de la vulnérabilité des espèces en priorisant la collecte de données pour les espèces les plus à risque. De plus, la modification des engins de pêche, telle que l'utilisation de dispositifs d'exclusion des prises accessoires (BRDs), devrait être employée pour diminuer la vulnérabilité des espèces.",
    url = "https://doi.org/10.3389/fmars.2025.1490894",
    doi = "10.3389/fmars.2025.1490894",
    openalex = "W4407112428",
    references = "doi101016jtree200409004, doi101038s41586020031739, doi101086401873, doi101126science1059199, doi101126science1098222, doi101126science1255641, doi101126science2795352860, doi101146annurevecolsys33010802150515, doi1023071440619, doi1023071930126, openalexw580562315"
}