Écologie

@misc{elton1927animal29,
    author = "Elton, C. S",
    title = "Écologie animale",
    year = "1927",
    howpublished = "Londres, Sidgwick and Jackson, 209 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Elton, C. S., 1927, Écologie animale: Londres, Sidgwick and Jackson, 209 p.}"
}

@techreport{cowles1936a25,
    author = "Cowles, R. P. et Brambel, C. E",
    title = "Une étude des conditions environnementales dans un étang de tourbière avec une référence particulière à la distribution verticale diurne de Gonyostomum semen",
    year = "1936",
    howpublished = "Biological Bulletin, Marine Biological Laboratory, Woods Hole, Mass., v. 71, p. 286-298",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Cowles, R. P., et Brambel, C. E., 1936, Une étude des conditions environnementales dans un étang de tourbière avec une référence particulière à la distribution verticale diurne de Gonyostomum semen: Biological Bulletin, Marine Biological Laboratory, Woods Hole, Mass., v. 71, p. 286-298.}"
}

@article{birch1948the6,
    author = "Birch, L. C",
    title = "The intrinsic rate of natural increase of an insect population",
    year = "1948",
    journal = "Journal of Animal Ecology, v. 16, p. 15-26",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Birch, L. C., 1948, The intrinsic rate of natural increase of an insect population: Journal of Animal Ecology, v. 16, p. 15-26.}"
}

@misc{dammerman1948the27,
    author = "Dammerman, K. W",
    title = "The fauna of Krakatau",
    year = "1948",
    howpublished = "1883-1933: Verhandel. Kon-Inkl. Ned. Akad. Wetenschap. Afdel. Natuurk., v. 44, p. 1-594",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Dammerman, K. W., 1948, The fauna of Krakatau: 1883-1933: Verhandel. Kon-Inkl. Ned. Akad. Wetenschap. Afdel. Natuurk., v. 44, p. 1-594.}"
}

@misc{allee1949principles1,
    author = "Allee, W. C. et Emerson, A. E. et Park, O. et Park, T. et Schmidt, K. P",
    title = "Principles of Animal Ecology",
    year = "1949",
    howpublished = "Philadelphia, Saunders, 837 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Allee, W. C., Emerson, A. E., Park, O., Park, T., et Schmidt, K. P., 1949, Principles of Animal Ecology: Philadelphia, Saunders, 837 p.}"
}

@misc{clements1949dynamics17,
    author = "Clements, F. E",
    title = "Dynamics of Vegetation",
    year = "1949",
    howpublished = "New York, Hafner, 296 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Clements, F. E., 1949, Dynamics of Vegetation: New York, Hafner, 296 p.}"
}

@book{clarke1954elements16,
    author = "Clarke, G",
    title = "Elements of Ecology",
    year = "1954",
    publisher = "New York, Wiley, 560 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Clarke, G., 1954, Elements of Ecology: New York, Wiley, 560 p.}"
}

@misc{elton1958the30,
    author = "Elton, C. S",
    title = "L'écologie des invasions par les animaux et les plantes",
    year = "1958",
    howpublished = "Londres, Angleterre, Methuen, 181 p",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Elton, C. S., 1958, L'écologie des invasions par les animaux et les plantes: Londres, Angleterre, Methuen, 181 p.}"
}

@misc{ladd1959ecology33,
    author = "Ladd, H. S",
    title = "Écologie, paléontologie et stratigraphie",
    year = "1959",
    howpublished = "Science, v. 129, p. 69-78",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Ladd, H. S., 1959, Écologie, paléontologie et stratigraphie: Science, v. 129, p. 69-78.}"
}

@misc{bartlett1960stochastic4,
    author = "Bartlett, M. S",
    title = "Modèles stochastiques de populations en écologie et en épidémiologie",
    year = "1960",
    howpublished = "Londres, Methuen, 90 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Bartlett, M. S., 1960, Modèles stochastiques de populations en écologie et en épidémiologie: Londres, Methuen, 90 p.}"
}

@misc{carson1962silent11,
    author = "Carson, R",
    title = "Silent Spring",
    year = "1962",
    howpublished = "Boston, Houghton-Mifflin",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Carson, R., 1962, Silent Spring: Boston, Houghton-Mifflin.}"
}

@book{doi104159harvard9780674865327,
    author = "Mayr, Ernst",
    title = "Animal Species and Evolution",
    year = "1963",
    booktitle = "Harvard University Press eBooks",
    url = "https://doi.org/10.4159/harvard.9780674865327",
    doi = "10.4159/harvard.9780674865327",
    openalex = "W2007993714"
}

@misc{caughley1966mortality14,
    author = "Caughley, G",
    title = "Patterns de mortalité chez les mammifères",
    year = "1966",
    howpublished = "Ecology, v. 47, p. 906-918",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Caughley, G., 1966, Patterns de mortalité chez les mammifères: Ecology, v. 47, p. 906-918.}"
}

@misc{cody1966a18,
    author = "Cody, M. L",
    title = "A general theory of clutch size",
    year = "1966",
    howpublished = "Evolution, v. 20, p. 174- 184",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Cody, M. L., 1966, A general theory of clutch size: Evolution, v. 20, p. 174- 184.}"
}

La radiation adaptative a été définie comme la divergence évolutive des membres d'une lignée phylétique vers des niches ou zones adaptatives différentes (Mayr, 1963:633). Bien qu'il soit coutumier de considérer la radiation adaptative uniquement en termes d'espèces ou de races, un corpus croissant d'indicateurs suggère qu'un certain degré de radiation se produit également au sein des populations, alors que les individus viennent occuper différentes sous-niches ou sous-zones adaptatives, subdivisant et, peut-être, élargissant la niche ou la zone totale utilisée par la population. Probablement, toutes les espèces présentent un certain degré de variation écologique, soit polymorphe, soit continue. Mais ce phénomène n'est étudié que dans quelques groupes d'organismes, notamment chez Drosophila, où le polymorphisme chromosomique a été interprété comme un moyen d'adaptation des populations à des environnements hétérogènes (Dobzhansky, * 1961, 1963, 1965). Les bases théoriques pour la recherche sur la variation écologique dans les populations animales ont été fournies par Ludwig (1950), Levene (1953)) da Cunha et Dobzhansky (1954), Dempster (1955), Li (1955), Carson (1959) et Levins (1962, 1963). Chez les oiseaux, comme chez les autres vertébrés, les sexes diffèrent généralement de taille, voire aussi dans les proportions des parties du corps, y compris celles utilisées pour se nourrir (Amadon, 1959) ; et, surtout là où le degré de dimorphisme sexuel, qui est une forme de polymorphisme (Ford, 1961: 12), est marqué, il semble probable que la divergence morphologique ait une signification écologique dans l'adaptation des sexes à différentes sous-niches. Cependant, il n'y a qu'une référence occasionnelle dans la littérature au dimorphisme sexuel en relation avec l'utilisation de la niche (par exemple, Pitelka, 1950 ; Rand, 19.52), et, en général, l'ensemble du problème de la variation écologique dans les populations a été négligé par les écologistes des vertébrés. Le but principal de ce rapport est de présenter des preuves d'une fonction adaptative du dimorphisme sexuel en taille chez les pics en reliant les degrés de dimorphisme morphologique et de divergence sexuelle dans le comportement de recherche de nourriture chez deux espèces de melanerpines, le pic hispaniolique fortement dimorphe (Centurus striatus) d'Haïti et de la République dominicaine et le pic à front doré modérément dimorphe (Ce&zmus awifrons) d'Amérique du Nord et centrale continentale. En outre, l'article examine d'autres preuves que le dimorphisme sexuel chez les oiseaux est lié à une utilisation différentielle de la niche. Enfin, certains aspects évolutifs du dimorphisme sexuel et de la variation écologique sont examinés.

@article{doi1023071365712,
    author = "Selander, Robert K.",
    title = "Dimorphisme sexuel et utilisation différentielle de la niche chez les oiseaux",
    year = "1966",
    journal = "Ornithological Applications",
    abstract = "La radiation adaptative a été définie comme la divergence évolutive des membres d'une lignée phylétique vers des niches ou zones adaptatives différentes (Mayr, 1963:633). Bien qu'il soit coutumier de considérer la radiation adaptative uniquement en termes d'espèces ou de races, un corpus croissant d'indicateurs suggère qu'un certain degré de radiation se produit également au sein des populations, alors que les individus viennent occuper différentes sous-niches ou sous-zones adaptatives, subdivisant et, peut-être, élargissant la niche ou la zone totale utilisée par la population. Probablement, toutes les espèces présentent un certain degré de variation écologique, soit polymorphe, soit continue. Mais ce phénomène n'est étudié que dans quelques groupes d'organismes, notamment chez Drosophila, où le polymorphisme chromosomique a été interprété comme un moyen d'adaptation des populations à des environnements hétérogènes (Dobzhansky, * 1961, 1963, 1965). Les bases théoriques pour la recherche sur la variation écologique dans les populations animales ont été fournies par Ludwig (1950), Levene (1953)) da Cunha et Dobzhansky (1954), Dempster (1955), Li (1955), Carson (1959) et Levins (1962, 1963). Chez les oiseaux, comme chez les autres vertébrés, les sexes diffèrent généralement de taille, voire aussi dans les proportions des parties du corps, y compris celles utilisées pour se nourrir (Amadon, 1959) ; et, surtout là où le degré de dimorphisme sexuel, qui est une forme de polymorphisme (Ford, 1961: 12), est marqué, il semble probable que la divergence morphologique ait une signification écologique dans l'adaptation des sexes à différentes sous-niches. Cependant, il n'y a qu'une référence occasionnelle dans la littérature au dimorphisme sexuel en relation avec l'utilisation de la niche (par exemple, Pitelka, 1950 ; Rand, 19.52), et, en général, l'ensemble du problème de la variation écologique dans les populations a été négligé par les écologistes des vertébrés. Le but principal de ce rapport est de présenter des preuves d'une fonction adaptative du dimorphisme sexuel en taille chez les pics en reliant les degrés de dimorphisme morphologique et de divergence sexuelle dans le comportement de recherche de nourriture chez deux espèces de melanerpines, le pic hispaniolique fortement dimorphe (Centurus striatus) d'Haïti et de la République dominicaine et le pic à front doré modérément dimorphe (Ce\&zmus awifrons) d'Amérique du Nord et centrale continentale. En outre, l'article examine d'autres preuves que le dimorphisme sexuel chez les oiseaux est lié à une utilisation différentielle de la niche. Enfin, certains aspects évolutifs du dimorphisme sexuel et de la variation écologique sont examinés.",
    url = "https://doi.org/10.2307/1365712",
    doi = "10.2307/1365712",
    openalex = "W2084499670",
    references = "crowell1961the, crowell1962reduced, doi101086281792, doi101111j155856461963tb03295x, doi101111j155856461963tb03296x, doi101537ase188722495, doi1023071931600, doi1023071931976, doi1023071932042, doi1023072407089, doi1023072407090, doi104159harvard9780674865327, doi105962bhltitle110063, doi105962bhltitle27468, doi107312rens91062, openalexw1595343243, openalexw1973833797, openalexw2128666103"
}

@misc{clark1967the15,
    author = "Clark, L. R. et Geier, P. W. et Hughes, R. D. et Morris, R. F",
    title = "The Ecology of Insect Populations in Theory and Practice",
    year = "1967",
    howpublished = "London, Methuen, 232 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Clark, L. R., Geier, P. W., Hughes, R. D., et Morris, R. F., 1967, The Ecology of Insect Populations in Theory and Practice: London, Methuen, 232 p.}"
}

Dans les trois conférences qui donnent leur titre à cette collection délicate d'essais, l'auteur de Enchanted Voyage et Itinerate Ivory Tower tourne son attention vers l'influence de l'environnement sur le cours de l'évolution. La première conférence examine la nature de la biosphère terrestre, tant en tant que phénomène unique sur terre qu'en tant qu'un des espaces possibles d'une classe sur d'autres corps ; la deuxième examine la nature de la niche écologique ; et la troisième discute certaines des interactions environnementales possibles d'une seule espèce, l'accent étant mis sur la nature extrêmement recondite des forces sélectives qui agissent sur l'homme, comme sur d'autres animaux. Un autre des morceaux traite du problème de la relation de la beauté naturelle aux œuvres d'art, particulièrement dans le contexte des similitudes et des différences apparentes lorsque les musées d'histoire naturelle et les galeries d'art sont comparés. Le dernier essai, Cream in the Gooseberry Fool, est un compte rendu du rôle d'un ecclésiastique anglais de campagne et du pie européen le plus dans l'une des découvertes génétiques les plus significatives précoces.

@article{doi1023072401429,
    author = "Nelson, Jason et Hutchinson, Gillian",
    title = "The Ecological Theater and the Evolutionary Play.",
    year = "1967",
    journal = "Journal of Applied Ecology",
    abstract = "Dans les trois conférences qui donnent leur titre à cette collection délicate d'essais, l'auteur de Enchanted Voyage et Itinerate Ivory Tower tourne son attention vers l'influence de l'environnement sur le cours de l'évolution. La première conférence examine la nature de la biosphère terrestre, tant en tant que phénomène unique sur terre qu'en tant qu'un des espaces possibles d'une classe sur d'autres corps ; la deuxième examine la nature de la niche écologique ; et la troisième discute certaines des interactions environnementales possibles d'une seule espèce, l'accent étant mis sur la nature extrêmement recondite des forces sélectives qui agissent sur l'homme, comme sur d'autres animaux. Un autre des morceaux traite du problème de la relation de la beauté naturelle aux œuvres d'art, particulièrement dans le contexte des similitudes et des différences apparentes lorsque les musées d'histoire naturelle et les galeries d'art sont comparés. Le dernier essai, Cream in the Gooseberry Fool, est un compte rendu du rôle d'un ecclésiastique anglais de campagne et du pie européen le plus dans l'une des découvertes génétiques les plus significatives précoces.",
    url = "https://doi.org/10.2307/2401429",
    doi = "10.2307/2401429",
    openalex = "W2330647082"
}

@book{black1968soilplant7,
    author = "Black, C. A",
    title = "Soil-Plant Relationships [2nd ed.]",
    year = "1968",
    publisher = "New York, Wiley, 792 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Black, C. A., 1968, Soil-Plant Relationships [2nd ed.]: New York, Wiley, 792 p.}"
}

@misc{cody1968on19,
    author = "Cody, M. L",
    title = "On the méthodes de division des ressources dans les communautés d'oiseaux de prairie",
    year = "1968",
    howpublished = "American Naturalist, v. 102, p. 107-147",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Cody, M. L., 1968, On the méthodes de division des ressources dans les communautés d'oiseaux de prairie: American Naturalist, v. 102, p. 107-147.}"
}

@misc{brown1970seeds8,
    author = "Brown, J. L",
    title = "Seeds of change. La révolution verte et le développement dans les années 1970",
    year = "1970",
    howpublished = "New York, Praeger",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Brown, J. L., 1970, Seeds of change. La révolution verte et le développement dans les années 1970: New York, Praeger.}"
}

@misc{cody1970chilean20,
    author = "Cody, M. L",
    title = "Répartition des oiseaux chiliens",
    year = "1970",
    howpublished = "Ecology, v. 51, p. 455-463",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Cody, M. L., 1970, Répartition des oiseaux chiliens: Ecology, v. 51, p. 455-463.}"
}

@misc{dale1970systems26,
    author = "Dale, M. B",
    title = "Analyse des systèmes et écologie",
    year = "1970",
    howpublished = "Ecology, v. 51, p. 2-16",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Dale, M. B., 1970, Analyse des systèmes et écologie: Ecology, v. 51, p. 2-16.}"
}

@misc{bakker1971ecology3,
    author = "Bakker, R. T",
    title = "Écologie des brontosaures",
    year = "1971",
    howpublished = "Nature, v. 229, p. 172-174",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Bakker, R. T., 1971, Écologie des brontosaures: Nature, v. 229, p. 172-174.}"
}

@misc{cailliet1971everymans9,
    author = "Cailliet, G. et Setzer, P. et Love, M",
    title = "Everyman's Guide to Ecological Living",
    year = "1971",
    howpublished = "New York, 119 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Cailliet, G., Setzer, P., et Love, M., 1971, Everyman's Guide to Ecological Living: New York, 119 p.}"
}

@misc{colwell1971on24,
    author = "Colwell, R. K. et Futuyma, D. J",
    title = "On the measurement of niche breadth and overlap",
    year = "1971",
    howpublished = "Ecology, v. 52, p. 567-576",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Colwell, R. K., et Futuyma, D. J., 1971, On the measurement of niche breadth and overlap: Ecology, v. 52, p. 567-576.}"
}

Les modèles de distribution des espèces (MDE) sont des outils numériques qui combinent des observations de l'occurrence ou de l'abondance des espèces avec des estimations environnementales. Ils sont utilisés pour acquérir des connaissances écologiques et évolutives et pour prédire les distributions à travers les paysages,...Lire la suite

@article{doi101146annureves02110171002341,
    author = "Janzen, Daniel H.",
    title = "Seed Predation by Animals",
    year = "1971",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "Species distribution models (SDMs) are numerical tools that combine observations of species occurrence or abundance with environmental estimates. They are used to gain ecological and evolutionary insights and to predict distributions across landscapes,...Read More",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.es.02.110171.002341",
    doi = "10.1146/annurev.es.02.110171.002341",
    openalex = "W2029894290",
    references = "doi101086282455, doi101111j155856461969tb03489x"
}

Des estimations GoOD fiables de la densité de population absolue, distinctes des indices d'abondance relative, ont été pratiquement indisponibles pour les oiseaux terrestres non grégaires, sauf pendant la saison de reproduction lorsque les mâles chanteurs, représentant des couples accouplés, se restreignent à des territoires plus ou moins fixes où eux ou leurs nids peuvent être comptés. L'absence de méthodes de recensement efficaces et raisonnablement précises applicables à toute saison a sérieusement entravé les progrès des études quantitatives sur l'écologie des populations aviaires. Cet article, après avoir examiné les potentialités et les limites des méthodes actuellement disponibles, décrit une nouvelle méthode qui est : 1) applicable à toutes les saisons, 2) plus efficace en termes de superficie couverte par unité d'effort que les méthodes de comptage par nid ou par territoire, et 3) comparable en précision. La méthode utilise le motif de distribution latérale de tous les points de détection pour chaque espèce afin de dériver des coefficients de détection avec lesquels les comptages de sentiers peuvent être convertis directement en valeurs de densité en unités d'oiseaux par 100 acres. La méthode a été développée sur une période de 3 ans pendant que l'auteur recueillait des données sur la distribution écologique des oiseaux dans les prairies de mesquite du Texas méridional, les forêts de pins en Floride et aux Bahamas, et les bois mixtes au Wisconsin et au Michigan.

@article{doi1023074083883,
    author = "Emlen, John T.",
    title = "Population Densities of Birds Derived from Transect Counts",
    year = "1971",
    journal = "The Auk",
    abstract = "GoOD estimates of absolute population density as distinct from indices of relative abundance have been virtually unavailable for nonflocking land birds except in the breeding season when singing males, representing mated pairs, restrict themselves to more or less fixed territories where they or their nests can be counted. The lack of efficient and reasonably accurate census methods applicable at any season has seriously hampered the progress of quantitative studies of avian population ecology. This paper, after reviewing the potentialities and limitations of currently available methods, describes a new method that is, 1) applicable at all seasons, 2) more efficient in terms of area covered per unit of effort than the nest or territory count methods, and 3) comparable in accuracy. The method uses the lateral distribution pattern of all detection points for each species to derive coefficients of detectability with which trail counts may be converted directly to density values in units of birds per 100 acres. The method was developed over a period of 3 years while the author was gathering data on the ecological distribution of birds in mesquite grasslands in southern Texas, pine forests in Florida and the Bahamas, and mixed woodlands in Wisconsin and Michigan.",
    url = "https://doi.org/10.2307/4083883",
    doi = "10.2307/4083883",
    openalex = "W2326423025"
}

@inproceedings{tappen1971microplankton38,
    author = "Tappen, H",
    title = "Microplankton, succession écologique et évolution",
    year = "1971",
    booktitle = "Convention paléontologique d'Amérique du Nord, Actes, p. 1058-1103 ; Partie H",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Tappen, H., 1971, Microplankton, succession écologique et évolution : Convention paléontologique d'Amérique du Nord, Actes, p. 1058-1103 ; Partie H.}"
}

@misc{campbell1972society10,
    author = "Campbell, R. R. et Wade, J. L",
    title = "Society and Environment",
    year = "1972",
    howpublished = "The Coming Collision: Boston, Allyn and Bacon, 375 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Campbell, R. R., et Wade, J. L., 1972, Society and Environment: The Coming Collision: Boston, Allyn and Bacon, 375 p.}"
}

@book{caswell1972an12,
    author = "Caswell, H. et Koenig, H. E. et Resh, J. A. et Ross, Q. E",
    title = "An Introduction to Systems Science for Ecologists, in Patten, B., ed., Systems Analysis and Simulation in Ecology",
    year = "1972",
    publisher = "New York, Academic Press, v. 2, p. 4-78; 592 pp",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Caswell, H., Koenig, H. E., Resh, J. A., et Ross, Q. E., 1972, An Introduction to Systems Science for Ecologists, in Patten, B., ed., Systems Analysis and Simulation in Ecology: New York, Academic Press, v. 2, p. 4-78; 592 pp.}"
}

@phdthesis{caswell1973photosynthetic13,
    author = "Caswell, H. et Reed, F. et Stephenson, S. N. et Werner, P. A",
    title = "Voies photosynthétiques et herbivorie sélective",
    year = "1973",
    publisher = "une hypothèse : American Naturalist, v. 107, p. 465-480",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Caswell, H., Reed, F., Stephenson, S. N., et Werner, P. A., 1973, Voies photosynthétiques et herbivorie sélective : une hypothèse : American Naturalist, v. 107, p. 465-480.}"
}

@book{cody1973competition21,
    author = "Cody, M. L",
    title = "Competition and Community Structure",
    year = "1973",
    publisher = "Princeton, New Jersey, Princeton University Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Cody, M. L., 1973, Competition and Community Structure: Princeton, New Jersey, Princeton University Press.}"
}

@book{colinvaux1973introduction22,
    author = "Colinvaux, P. A",
    title = "Introduction à l'écologie",
    year = "1973",
    publisher = "New York, Wiley, 621 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Colinvaux, P. A., 1973, Introduction to Ecology: New York, Wiley, 621 p.}"
}

@misc{collier1973dynamic23,
    author = "Collier, B. et Cox, G. W. et Johnson, A. W. et Miller, P. C",
    title = "Dynamic Ecology",
    year = "1973",
    howpublished = "Englewood Cliffs, New Jersey, Prentice-Hall, 563 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Collier, B., Cox, G. W., Johnson, A. W., et Miller, P. C., 1973, Dynamic Ecology: Englewood Cliffs, New Jersey, Prentice-Hall, 563 p.}"
}

Les concepts par lesquels MacArthur et Wilson ont transformé la science de l'écologie au cours de la dernière décennie, ainsi que les résultats d'études écologiques telles que la mienne sur les communautés d'oiseaux de Nouvelle-Guinée, ont des implications pour les politiques de conservation. Par exemple, la forêt tropicale primaire, l'habitat le plus riche en espèces et le plus écologiquement complexe de la planète, a servi pendant des millions d'années de source évolutive ultime des groupes dominants de plantes et d'animaux du monde. Aujourd'hui, dans les tropiques, les forêts tropicales sont détruites à un rythme tel que peu en restera dans quelques décennies. Lorsque les forêts tropicales seront réduites à des parcelles isolées séparées par des terres ouvertes, la répartition des espèces obligatoirement forestières ressemblera à celle des oiseaux sur les îles ponts terrestres de Nouvelle-Guinée après la coupure des ponts terrestres. Plus la parcelle est petite, plus les espèces forestières auront tendance à disparaître rapidement et à être remplacées par les espèces de régénération secondaire répandues qui ont le moins besoin de protection (13). Ce processus sinistre est illustré par l'île de Barro Colorado, une ancienne colline du Panama qui est devenue une île lorsque la construction du canal de Panama a inondé les vallées environnantes pour créer le lac Gatun. Au cours des 60 années suivantes, plusieurs espèces d'oiseaux forestiers ont déjà disparu de Barro Colorado et n'ont pas pu recoloniser à travers le court défilé d'eau séparant la forêt de la rive voisine du lac Gatun. Les conséquences de la relation espèce-surface (Fig. 1) doivent être prises en considération lors de la planification des parcs de forêt tropicale (13). Dans une zone géographique relativement homogène en ce qui concerne la faune, un grand parc serait préférable à une superficie équivalente sous la forme de plusieurs parcs plus petits. Des bandes non forestières continues traversant le parc (par exemple, de larges emprises autoroutières) transformeraient une « île » de forêt tropicale en deux îles de moitié plus petites et devraient être évitées. Si d'autres considérations exigent qu'une zone soit divisée en plusieurs petits parcs, les relier par des corridors forestiers pourrait significativement améliorer leur fonction de conservation à un coût supplémentaire minime en terres retirées du développement. Les études écologiques modernes peuvent également être pertinentes pour la compréhension des populations humaines. Par exemple, au cours d'une longue période d'évolution humaine, il semble qu'il y ait eu non pas une mais deux lignées de hominidés coexistantes en Afrique, la lignée Australopithecus robustus-A. boisei (« Zinjanthropus »), qui est devenue éteinte, et la lignée Australopithecus africanus-A. habilis, qui a conduit à Homo sapiens (27). La nécessité de maintenir des différences de niche entre ces lignées a dû fournir l'une des pressions sélectives les plus importantes sur les ancêtres de l'homme moderne à la fin du Pliocène et au début du Pléistocène. Ainsi, toute tentative de comprendre l'évolution humaine doit affronter le problème de savoir quels étaient ces mécanismes de ségrégation écologique. Dans quelle mesure les espèces contemporaines des deux lignées étaient-elles séparées par l'habitat, par l'alimentation, par la différence de taille, ou par la technique de recherche de nourriture, et leurs distributions spatiales locales étaient-elles largement superposées ou bien affinées par des interactions comportementales, comme c'est le cas pour les mésanges Crateroscelis de la Fig. 6 ? Pour prendre un autre exemple, il existe des parallèles frappants entre les distributions actuelles des populations humaines et des populations d'oiseaux sur les îles du détroit de Vitiaz et Dampier entre la Nouvelle-Guinée et la Nouvelle-Bretagne. Certaines de ces îles ont été stérilisées par des explosions volcaniques cataclysmiques au cours des derniers siècles. Les oiseaux qui ont recolonisé ces îles ont été caractérisés comme des spécialistes des zones côtières et des petites îles à haut potentiel reproductif, à hauts pouvoirs de dispersion et à faible capacité compétitive, contrairement aux oiseaux géographiquement plus proches, compétitivement supérieurs, à dispersion lente et à reproduction de la Nouvelle-Guinée continentale (10, 11, 13). Il reste à voir si les populations des îles de Vitiaz-Dampier, les Polynésiens, et d'autres populations humaines qui colonisent des habitats insulaires ou instables ont également des écologies de population distinctives.

@article{doi101126science1794075759,
    author = "Diamond, Jared M.",
    title = "Écologie distributionnelle des oiseaux de Nouvelle-Guinée",
    year = "1973",
    journal = "Science",
    abstract = {Les concepts par lesquels MacArthur et Wilson ont transformé la science de l'écologie au cours de la dernière décennie, ainsi que les résultats d'études écologiques telles que la mienne sur les communautés d'oiseaux de Nouvelle-Guinée, ont des implications pour les politiques de conservation. Par exemple, la forêt tropicale primaire, l'habitat le plus riche en espèces et le plus écologiquement complexe de la planète, a servi pendant des millions d'années de source évolutive ultime des groupes végétaux et animaux dominants du monde. Aujourd'hui, dans les tropiques, les forêts tropicales sont détruites à un rythme tel que peu en subsistera dans quelques décennies. Lorsque les forêts tropicales seront réduites à des parcelles isolées séparées par des terres ouvertes, la distribution des espèces obligatoirement forestières ressemblera à celle des oiseaux sur les îles ponts terrestres de Nouvelle-Guinée après la rupture des ponts terrestres. Plus la parcelle est petite, plus les espèces forestières auront tendance à disparaître rapidement et à être remplacées par les espèces secondaires généralisées qui ont le moins besoin de protection (13). Ce processus sinistre est illustré par l'île de Barro Colorado, une ancienne colline du Panama qui est devenue une île lorsque la construction du canal de Panama a inondé les vallées environnantes pour créer le lac Gatun. Au cours des 60 années suivantes, plusieurs espèces d'oiseaux forestiers ont déjà disparu de Barro Colorado et n'ont pas pu recoloniser à travers le court défilé d'eau séparant la forêt de la rive voisine du lac Gatun. Les conséquences de la relation espèce-surface (Fig. 1) doivent être prises en compte lors de la planification des parcs de forêt tropicale (13). Dans une zone géographique relativement homogène en ce qui concerne la faune, un grand parc serait préférable à une superficie équivalente sous la forme de plusieurs parcs plus petits. Des bandes non forestières continues traversant le parc (par exemple, de larges emprises routières) transformeraient une « île » de forêt tropicale en deux îles de moitié de taille et devraient être évitées. Si d'autres considérations exigent qu'une zone soit divisée en plusieurs petits parcs, les relier par des corridors forestiers pourrait significativement améliorer leur fonction de conservation à un coût supplémentaire minime en terres retirées du développement. Les études écologiques modernes peuvent également être pertinentes pour la compréhension des populations humaines. Par exemple, au cours d'une longue période d'évolution humaine, il semble qu'il y ait eu non pas une mais deux lignées de hominidés coexistantes en Afrique, la lignée Australopithecus robustus-A. boisei (« Zinjanthropus »), qui est devenue éteinte, et la lignée Australopithecus africanus-A. habilis, qui a mené à Homo sapiens (27). La nécessité de maintenir des différences de niche entre ces lignées a dû fournir l'une des pressions sélectives les plus importantes sur les ancêtres de l'homme moderne à la fin du Pliocène et au début du Pléistocène. Ainsi, toute tentative de comprendre l'évolution humaine doit affronter le problème de savoir quels étaient ces mécanismes de ségrégation écologique. Dans quelle mesure les espèces contemporaines des deux lignées étaient-elles séparées par l'habitat, par l'alimentation, par la différence de taille ou par la technique de recherche de nourriture, et leurs distributions spatiales locales étaient-elles largement superposées ou bien affinées par des interactions comportementales, comme dans le cas des warblers Crateroscelis de la Fig. 6 ? Pour prendre un autre exemple, il existe des parallèles frappants entre les distributions actuelles des populations humaines et des populations d'oiseaux sur les îles des détroits de Vitiaz et Dampier entre la Nouvelle-Guinée et la Nouvelle-Bretagne. Certaines de ces îles ont été stérilisées par des explosions volcaniques cataclysmiques au cours des derniers siècles. Les oiseaux qui ont recolonisé ces îles ont été caractérisés comme des spécialistes des zones côtières et des petites îles à haut potentiel reproductif, à haut pouvoir de dispersion et à faible capacité compétitive, contrairement aux oiseaux géographiquement plus proches, compétitivement supérieurs, à dispersion lente et à reproduction de la Nouvelle-Guinée continentale (10, 11, 13). Il reste à voir si les populations des îles de Vitiaz-Dampier, les Polynésiens et d'autres populations humaines qui colonisent des habitats insulaires ou instables ont également des écologies de population distinctives.},
    url = "https://doi.org/10.1126/science.179.4075.759",
    doi = "10.1126/science.179.4075.759",
    openalex = "W2082049451",
    references = "doi101073pnas5161207, doi101073pnas6951109, doi101086282454, doi101086282738, doi101111j1469185x1965tb00815x, doi101111j155856461963tb03295x, doi101722611310, doi1023071931976, doi1023071934090, doi1023072407089, doi104159harvard9780674865327"
}

@inproceedings{stanley1973an37,
    author = "Stanley, S. M",
    title = "Une théorie écologique pour l'origine soudaine de la vie multicellulaire au Précambrien tardif",
    year = "1973",
    booktitle = "Proceedings of the National Academy of Sciences, v. 70, p. 1486-1489",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Stanley, S. M., 1973, An ecological theory for the sudden origin of multicellular life in the Late Precambrian: Proceedings of the National Academy of Sciences, v. 70, p. 1486-1489.}"
}

@misc{ellenberger1974le28,
    author = "Ellenberger, P",
    title = "Le Stormberg superior-I le biome de la zone B/1",
    year = "1974",
    howpublished = "Palaeovert., Mem. extraord. Montpellier, v. 5, p. 1-141",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Ellenberger, P., 1974, Le Stormberg superior-I le biome de la zone B/1: Palaeovert., Mem. extraord. Montpellier, v. 5, p. 1-141.}"
}

@article{berry1975ecological5,
    author = "Berry, R. J. et Jakobson, M. E",
    title = "Génétique écologique d'une population insulaire de la souris domestique (Mus musculus)",
    year = "1975",
    journal = "Journal of Zoology, v. 175, p. 532-540",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Berry, R. J., et Jakobson, M. E., 1975, Génétique écologique d'une population insulaire de la souris domestique (Mus musculus) : Journal of Zoology, v. 175, p. 532-540.}"
}

@article{doi101038260204c0,
    author = "Cody, Martin L. et Diamond, Jared M.",
    title = "Ecology and Evolution of Communities",
    year = "1976",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/260204c0",
    doi = "10.1038/260204c0",
    openalex = "W2321937847"
}

@misc{peters1976tautology36,
    author = "Peters, R. H",
    title = "Tautologie dans l'évolution et l'écologie",
    year = "1976",
    howpublished = "American Naturalist, v. 110, p. 1-12",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Peters, R. H., 1976, Tautologie dans l'évolution et l'écologie: American Naturalist, v. 110, p. 1-12.}"
}

Il est suggéré que l'évolution chez les plantes peut être associée à l'émergence de trois stratégies primaires, chacune pouvant être identifiée en se référant à un certain nombre de caractéristiques, y compris les caractéristiques morphologiques, l'allocation des ressources, la phénologie et la réponse au stress. La stratégie compétitive prévaut dans la végétation productive et relativement peu perturbée, la stratégie tolérante au stress est associée à des conditions continuellement non productives, et la stratégie rudérale est caractéristique des habitats fortement perturbés mais potentiellement productifs. Un modèle triangulaire basé sur les trois stratégies peut être concilié avec la théorie de la sélection r- et K-, offre une perspective sur les processus de succession et de dominance de la végétation, et semble être susceptible d'être étendu aux champignons et aux animaux.

@article{doi101086283244,
    author = "Grime, J. P.",
    title = "Evidence for the Existence of Three Primary Strategies in Plants and Its Relevance to Ecological and Evolutionary Theory",
    year = "1977",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "Il est suggéré que l'évolution chez les plantes peut être associée à l'émergence de trois stratégies primaires, chacune pouvant être identifiée en se référant à un certain nombre de caractéristiques, y compris les caractéristiques morphologiques, l'allocation des ressources, la phénologie et la réponse au stress. La stratégie compétitive prévaut dans la végétation productive et relativement peu perturbée, la stratégie tolérante au stress est associée à des conditions continuellement non productives, et la stratégie rudérale est caractéristique des habitats fortement perturbés mais potentiellement productifs. Un modèle triangulaire basé sur les trois stratégies peut être concilié avec la théorie de la sélection r- et K-, offre une perspective sur les processus de succession et de dominance de la végétation, et semble être susceptible d'être étendu aux champignons et aux animaux.",
    url = "https://doi.org/10.1086/283244",
    doi = "10.1086/283244",
    openalex = "W2055424972",
    references = "doi101038242344a0, doi101038250026a0, doi101086282454, doi101086282455, doi1015159781400881376, doi102307213332, doi1023072258728, doi10230725528056, doi1023073241344, doi105962bhltitle59991"
}

@book{houstan1979the31,
    author = "Houstan, D. C",
    title = "Les adaptations des charognards, dans Sinclair, A. R. E., et Norton-Griffiths, M., éd., Serengeti",
    year = "1979",
    publisher = "Dynamique d'un écosystème : Chicago, University of Chicago Press, p. 263-286",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Houstan, D. C., 1979, Les adaptations des charognards, dans Sinclair, A. R. E., et Norton-Griffiths, M., éd., Serengeti : Dynamique d'un écosystème : Chicago, University of Chicago Press, p. 263-286.}"
}

@techreport{morman1979distribution35,
    author = "Morman, R. H",
    title = "Distribution and ecology of lampreys in the lower peninsula of Michigan, 1957-1975",
    year = "1979",
    howpublished = "Great Lakes Fishery Commission, Technical Report No. 33, 59 pp",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Morman, R. H., 1979, Distribution and ecology of lampreys in the lower peninsula of Michigan, 1957-1975. Great Lakes Fishery Commission, Technical Report No. 33, 59 pp.}"
}

@book{auffenburg1981the2,
    author = "Auffenburg, W",
    title = "The Behavorial Ecology of the Komodo Monitor",
    year = "1981",
    publisher = "Gainesville, Florida, University of Florida Presses",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Auffenburg, W., 1981, The Behavorial Ecology of the Komodo Monitor: Gainesville, Florida, University of Florida Presses.}"
}

Les modèles de distribution des espèces (MDE) sont des outils numériques qui combinent des observations sur la présence ou l'abondance des espèces avec des estimations environnementales. Ils sont utilisés pour acquérir des connaissances écologiques et évolutives et pour prédire les distributions à travers les paysages,...Lire la suite

@article{doi101146annureves13110182000245,
    author = "Greenwood, P. J. et Harvey, Paul",
    title = "La dispersion natale et reproductrice des oiseaux",
    year = "1982",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "Les modèles de distribution des espèces (MDE) sont des outils numériques qui combinent des observations sur la présence ou l'abondance des espèces avec des estimations environnementales. Ils sont utilisés pour acquérir des connaissances écologiques et évolutives et pour prédire les distributions à travers les paysages,...Lire la suite",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.es.13.110182.000245",
    doi = "10.1146/annurev.es.13.110182.000245",
    openalex = "W2116166795",
    references = "doi1010160040580978900394, doi1023072828, openalexw2014317435"
}

Il semble exister une relation générale entre l'abondance et la distribution qui comporte deux parties. Premièrement, au sein d'une espèce, la densité de population tend à être la plus élevée au centre de l'aire de répartition et à diminuer progressivement vers les limites. Ce motif s'observe sur une gamme d'échelles spatiales, allant des gradients environnementaux abrupts au sein de régions locales à l'ensemble de l'aire géographique. Les exceptions incluent : (1) des changements brusques d'abondance qui correspondent généralement à des changements nets et discontinus dans une seule variable environnementale ; et (2) des motifs multimodaux d'abondance causés par la hétérogénéité environnementale. La deuxième relation générale est que, parmi des espèces étroitement apparentées et écologiquement similaires, la distribution spatiale est positivement corrélée à l'abondance moyenne. Encore une fois, ce motif s'observe sur une variété d'échelles spatiales, des régions locales à l'ensemble des aires géographiques. Ces motifs empiriques ont déjà été rapportés dans la littérature, mais leur généralité est démontrée par l'analyse de données supplémentaires pour divers types d'organismes. Une théorie générale unique explique ces observations et découle logiquement de trois hypothèses. Premièrement, l'abondance et la distribution de chaque espèce sont limitées par la combinaison de variables environnementales physiques et biotiques qui déterminent la niche multidimensionnelle. Deuxièmement, la variation spatiale de ces variables environnementales est partiellement stochastique mais autocorrélée, de sorte que les sites proches ont tendance à présenter des conditions environnementales plus similaires que les sites plus éloignés. Troisièmement, des espèces étroitement apparentées et écologiquement similaires ne diffèrent que par un très petit nombre de dimensions de niche. Un modèle plus formel peut être développé qui prédit que, sous ces hypothèses, la distribution de la densité de population dans l'espace devrait approximer une distribution de densité de probabilité normale. La plupart des exceptions à ce motif prédit peuvent être expliquées comme des cas où les hypothèses du modèle sont clairement violées. Cet article représente un exemple d'approche statistique qui devrait être utile pour étudier des systèmes écologiques complexes composés de nombreux éléments, tels que des espèces de nombreux individus ou des communautés de nombreuses espèces. Les relations générales entre l'abondance et la distribution développées ici devraient à terme contribuer à notre compréhension de la biogéographie, de la génétique des populations et de l'évolution des espèces, ainsi que des attributs écologiques des populations et des communautés.

@article{doi101086284267,
    author = "Brown, James H.",
    title = "On the Relationship between Abundance and Distribution of Species",
    year = "1984",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "Il semble exister une relation générale entre l'abondance et la distribution qui comporte deux parties. Premièrement, au sein d'une espèce, la densité de population tend à être la plus élevée au centre de l'aire de répartition et à diminuer progressivement vers les limites. Ce motif s'observe sur une gamme d'échelles spatiales, allant des gradients environnementaux abrupts au sein de régions locales à l'ensemble de l'aire géographique. Les exceptions incluent : (1) des changements brusques d'abondance qui correspondent généralement à des changements nets et discontinus dans une seule variable environnementale ; et (2) des motifs multimodaux d'abondance causés par la hétérogénéité environnementale. La deuxième relation générale est que, parmi des espèces étroitement apparentées et écologiquement similaires, la distribution spatiale est positivement corrélée à l'abondance moyenne. Encore une fois, ce motif s'observe sur une variété d'échelles spatiales, des régions locales à l'ensemble des aires géographiques. Ces motifs empiriques ont déjà été rapportés dans la littérature, mais leur généralité est démontrée par l'analyse de données supplémentaires pour divers types d'organismes. Une théorie générale unique explique ces observations et découle logiquement de trois hypothèses. Premièrement, l'abondance et la distribution de chaque espèce sont limitées par la combinaison de variables environnementales physiques et biotiques qui déterminent la niche multidimensionnelle. Deuxièmement, la variation spatiale de ces variables environnementales est partiellement stochastique mais autocorrélée, de sorte que les sites proches ont tendance à présenter des conditions environnementales plus similaires que les sites plus éloignés. Troisièmement, des espèces étroitement apparentées et écologiquement similaires ne diffèrent que par un très petit nombre de dimensions de niche. Un modèle plus formel peut être développé qui prédit que, sous ces hypothèses, la distribution de la densité de population dans l'espace devrait approximer une distribution de densité de probabilité normale. La plupart des exceptions à ce motif prédit peuvent être expliquées comme des cas où les hypothèses du modèle sont clairement violées. Cet article représente un exemple d'approche statistique qui devrait être utile pour étudier des systèmes écologiques complexes composés de nombreux éléments, tels que des espèces de nombreux individus ou des communautés de nombreuses espèces. Les relations générales entre l'abondance et la distribution développées ici devraient à terme contribuer à notre compréhension de la biogéographie, de la génétique des populations et de l'évolution des espèces, ainsi que des attributs écologiques des populations et des communautés.",
    url = "https://doi.org/10.1086/284267",
    doi = "10.1086/284267",
    openalex = "W2031647551",
    references = "doi101111j1469185x1983tb00380x, doi101126science22246281123, doi1023071943577, doi1023072259626, doi1023073544021, doi1023073669094, doi104159harvard9780674865327, jablonski1983larval, openalexw1500291103, openalexw1532540194, openalexw3035987306"
}

@techreport{jablonski1986larval32,
    author = "Jablonski, D",
    title = "Écologie larvaire et macroévolution chez les invertébrés marins",
    year = "1986",
    howpublished = "Bulletin of Marine Science, v. 39, p. 565-587",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Jablonski, D., 1986, Écologie larvaire et macroévolution chez les invertébrés marins: Bulletin of Marine Science, v. 39, p. 565-587.}"
}

@misc{leather1986the34,
    author = "Leather, D",
    title = "The tale of the Tasaday",
    year = "1986",
    howpublished = "The Geographical Magazine, v. 58, no. 10, p. 490-491",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Leather, D., 1986, The tale of the Tasaday: The Geographical Magazine, v. 58, no. 10, p. 490-491.}"
}

Les modèles de distribution des espèces (MDE) sont des outils numériques qui combinent des observations sur l'occurrence ou l'abondance des espèces avec des estimations environnementales. Ils sont utilisés pour acquérir des connaissances écologiques et évolutives et pour prédire les distributions à travers les paysages,...Lire la suite

@article{doi101146annureves18110187002421,
    author = "Avise, John C. et Arnold, Jonathan et Ball, Robert et Bermingham, Eldredge et Lamb, Trip et Neigel, Joseph E. et Reeb, Carol A. et Saunders, Nancy C.",
    title = "PHYLOGÉOGRAPHIE INTRASPÉCIFIQUE : Le pont de l'ADN mitochondrial entre la génétique des populations et la systématique",
    year = "1987",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "Les modèles de distribution des espèces (MDE) sont des outils numériques qui combinent des observations sur l'occurrence ou l'abondance des espèces avec des estimations environnementales. Ils sont utilisés pour acquérir des connaissances écologiques et évolutives et pour prédire les distributions à travers les paysages,...Lire la suite",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.es.18.110187.002421",
    doi = "10.1146/annurev.es.18.110187.002421",
    openalex = "W2150477652",
    references = "doi10100703064746897, doi101007bf01734101, doi101038095550b0, doi101038325031a0, doi101073pnas7641967, doi101093aibsbulletin2214b, doi101093genetics1052437, doi101098rspb19790086, doi101111j155856461975tb00851x, doi101111j155856461983tb05533x, doi1023072407692, doi104159harvard9780674865327, doi107312nei92038, openalexw1495050269, openalexw2062594085, openalexw3135630760"
}

Les modèles de distribution des espèces (MDE) sont des outils numériques qui combinent des observations de l'occurrence ou de l'abondance des espèces avec des estimations environnementales. Ils sont utilisés pour acquérir des connaissances écologiques et évolutives et pour prédire les distributions à travers les paysages,...Lire la suite

@article{doi101146annureves20110189001131,
    author = "Turner, Monica G.",
    title = "Landscape Ecology: The Effect of Pattern on Process",
    year = "1989",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "Species distribution models (SDMs) are numerical tools that combine observations of species occurrence or abundance with environmental estimates. They are used to gain ecological and evolutionary insights and to predict distributions across landscapes,...Read More",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.es.20.110189.001131",
    doi = "10.1146/annurev.es.20.110189.001131",
    openalex = "W2063548203",
    references = "doi1010079781461262329, doi101007bf02860857, doi10106312995555, doi10108010106048609354060, doi101119113295, doi1015159781400881376, doi102136sssaj198703615995005100050015x, doi1023071943577, doi1023072256497, doi1023072403105, doi1023072420377, doi105962bhltitle56234, openalexw1989371375"
}

Les parasitoïdes et les prédateurs des herbivores ont évolué et fonctionnent dans un contexte multitrophique. Par conséquent, leur physiologie et leur comportement sont influencés par des éléments provenant d'autres niveaux trophiques, tels que leur proie herbivore (deuxième niveau trophique) et sa nourriture végétale (premier niveau trophique) (126). Les ennemis naturels fondent leurs décisions de recherche de nourriture sur des informations provenant de ces différents niveaux trophiques, et les informations chimiques jouent un rôle important. Cette revue se limite à l'écologie des informations chimiques des premier et deuxième niveaux trophiques. L'importance des soi-disant infochimiques, une sous-catégorie des semiochimiques, dans la recherche de nourriture par les parasitoïdes et les prédateurs a été bien documentée (par exemple, revues dans 31, 78, 111, 183, 185), et nous ne voulons pas répéter les détails. Mais en raison d'un manque d'hypothèses testables, toutes ces recherches sont menées plutôt au hasard : le puzzle total de l'utilisation des infochimiques n'a pas été résolu pour aucune espèce d'ennemi naturel. Ici, nous abordons l'utilisation des infochimiques par les ennemis naturels d'un point de vue évolutif et écologique. Notre concept de base est que les informations provenant du premier et du deuxième niveau trophique diffèrent en termes de disponibilité et de fiabilité, une différence qui façonne la manière dont les infochimiques sont utilisés par une espèce. Nous générons des hypothèses sur (a)

@article{doi101146annureven37010192001041,
    author = "Vet, L.E.M. et Dicke, Marcel",
    title = "Écologie de l'utilisation des infochimiques par les ennemis naturels dans un contexte tritrophique",
    year = "1992",
    journal = "Annual Review of Entomology",
    abstract = "Les parasitoïdes et les prédateurs des herbivores ont évolué et fonctionnent dans un contexte multitrophique. Par conséquent, leur physiologie et leur comportement sont influencés par des éléments provenant d'autres niveaux trophiques, tels que leur proie herbivore (deuxième niveau trophique) et sa nourriture végétale (premier niveau trophique) (126). Les ennemis naturels fondent leurs décisions de recherche de nourriture sur des informations provenant de ces différents niveaux trophiques, et les informations chimiques jouent un rôle important. Cette revue se limite à l'écologie des informations chimiques des premier et deuxième niveaux trophiques. L'importance des soi-disant infochimiques, une sous-catégorie des semiochimiques, dans la recherche de nourriture par les parasitoïdes et les prédateurs a été bien documentée (par exemple, revues dans 31, 78, 111, 183, 185), et nous ne voulons pas répéter les détails. Mais en raison d'un manque d'hypothèses testables, toutes ces recherches sont menées plutôt au hasard : le puzzle total de l'utilisation des infochimiques n'a pas été résolu pour aucune espèce d'ennemi naturel. Ici, nous abordons l'utilisation des infochimiques par les ennemis naturels d'un point de vue évolutif et écologique. Notre concept de base est que les informations provenant du premier et du deuxième niveau trophique diffèrent en termes de disponibilité et de fiabilité, une différence qui façonne la manière dont les infochimiques sont utilisés par une espèce. Nous générons des hypothèses sur (a)",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.en.37.010192.001041",
    doi = "10.1146/annurev.en.37.010192.001041",
    openalex = "W2163028358",
    references = "doi101086282454, doi101126science185414527, doi101126science2114485887"
}

Il est soutenu que le problème du motif et de l'échelle est le problème central en écologie, unifiant la biologie des populations et la science des écosystèmes, et mariant l'écologie fondamentale et appliquée. Les défis appliqués, tels que la prédiction des causes et conséquences écologiques du changement climatique mondial, nécessitent l'interface de phénomènes qui se produisent à des échelles très différentes d'espace, de temps et d'organisation écologique. De plus, il n'existe pas d'échelle naturelle unique à laquelle les phénomènes écologiques devraient être étudiés ; les systèmes montrent généralement une variabilité caractéristique sur une gamme d'échelles spatiales, temporelles et organisationnelles. L'observateur impose un biais perceptuel, un filtre à travers lequel le système est vu. Cela a une signification évolutive fondamentale, puisque chaque organisme est un « observateur » de l'environnement, et les adaptations de l'histoire de vie telles que la dispersion et la dormance modifient les échelles perceptuelles de l'espèce et la variabilité observée. Cela a également une signification fondamentale pour notre propre étude des systèmes écologiques, puisque les motifs qui sont uniques à toute gamme d'échelles auront des causes et des conséquences biologiques uniques. La clé de la prédiction et de la compréhension réside dans l'élucidation des mécanismes sous-jacents aux motifs observés. Typiquement, ces mécanismes opèrent à des échelles différentes de celles à partir desquelles les motifs sont observés ; dans certains cas, les motifs doivent être compris comme émergeant des comportements collectifs de grands ensembles d'unités à plus petite échelle. Dans d'autres cas, le motif est imposé par des contraintes à plus grande échelle. L'examen de tels phénomènes nécessite l'étude de la manière dont le motif et la variabilité changent avec l'échelle de description, et le développement de lois pour la simplification, l'agrégation et l'échelle. Des exemples sont donnés à partir des littératures marines et terrestres.

@article{doi1023071941447,
    author = "Levin, Simon A.",
    title = "Le problème du motif et de l'échelle en écologie : Le discours de l'attribution Robert H. MacArthur",
    year = "1992",
    journal = "Écologie",
    abstract = {Il est soutenu que le problème du motif et de l'échelle est le problème central en écologie, unifiant la biologie des populations et la science des écosystèmes, et mariant l'écologie fondamentale et appliquée. Les défis appliqués, tels que la prédiction des causes et conséquences écologiques du changement climatique mondial, nécessitent l'interface de phénomènes qui se produisent à des échelles très différentes d'espace, de temps et d'organisation écologique. De plus, il n'existe pas d'échelle naturelle unique à laquelle les phénomènes écologiques devraient être étudiés ; les systèmes montrent généralement une variabilité caractéristique sur une gamme d'échelles spatiales, temporelles et organisationnelles. L'observateur impose un biais perceptuel, un filtre à travers lequel le système est vu. Cela a une signification évolutive fondamentale, puisque chaque organisme est un « observateur » de l'environnement, et les adaptations de l'histoire de vie telles que la dispersion et la dormance modifient les échelles perceptuelles de l'espèce et la variabilité observée. Cela a également une signification fondamentale pour notre propre étude des systèmes écologiques, puisque les motifs qui sont uniques à toute gamme d'échelles auront des causes et des conséquences biologiques uniques. La clé de la prédiction et de la compréhension réside dans l'élucidation des mécanismes sous-jacents aux motifs observés. Typiquement, ces mécanismes opèrent à des échelles différentes de celles à partir desquelles les motifs sont observés ; dans certains cas, les motifs doivent être compris comme émergeant des comportements collectifs de grands ensembles d'unités à plus petite échelle. Dans d'autres cas, le motif est imposé par des contraintes à plus grande échelle. L'examen de tels phénomènes nécessite l'étude de la manière dont le motif et la variabilité changent avec l'échelle de description, et le développement de lois pour la simplification, l'agrégation et l'échelle. Des exemples sont donnés à partir des littératures marines et terrestres.},
    url = "https://doi.org/10.2307/1941447",
    doi = "10.2307/1941447",
    openalex = "W2322480672",
    references = "doi101007bfb0091924, doi101086282400, doi101098rstb19520012, doi101111j146918091937tb02153x, doi101111j155856461964tb01674x, doi1015159781400881376, doi1023071941447, doi1023072529912, doi105860choice295104, doi107551mitpress30140010001, openalexw1558456135, openalexw1576847343"
}

@article{doi101007bf02338839,
    author = "Rannala, Bruce et Yang, Ziheng",
    title = "Distribution de probabilité des arbres d'évolution moléculaire : Une nouvelle méthode d'inférence phylogénétique",
    year = "1996",
    journal = "Journal of Molecular Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf02338839",
    doi = "10.1007/bf02338839",
    openalex = "W2150783480",
    references = "doi101093oxfordjournalsmolbeva040259, doi101093sysbio422182, doi1023072992540"
}

@article{doi101016s0169534702025806,
    author = "Schlaepfer, Martin A. et Runge, Michael C. et Sherman, Paul W.",
    title = "Pièges écologiques et évolutifs",
    year = "2002",
    journal = "Trends in Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0169-5347(02)02580-6",
    doi = "10.1016/s0169-5347(02)02580-6",
    openalex = "W1973455972",
    references = "doi1023073808148, doi1023075530"
}

▪ Résumé À mesure que de meilleures hypothèses phylogénétiques deviennent disponibles pour de nombreux groupes d'organismes, les études en écologie des communautés peuvent être éclairées par la connaissance des relations évolutives entre les espèces coexistantes. Nous notons trois approches principales pour intégrer les informations phylogénétiques dans les études de l'organisation des communautés : 1. examiner la structure phylogénétique des assemblages de communautés, 2. explorer les bases phylogénétiques de la structure des niches des communautés, et 3. ajouter un contexte de communauté aux études de l'évolution des traits et de la biogéographie. Nous reconnaissons un motif commun de conservatisme phylogénétique dans les caractères écologiques et mettons en évidence les défis liés à l'utilisation de phylogénies de lignées partielles. Nous passons également en revue les approches phylogénétiques concernant trois propriétés émergentes des communautés : la diversité spécifique, les distributions d'abondance relative et les tailles des aires de répartition. Les progrès méthodologiques dans la construction de supraphylogénies, la reconstruction de caractères, les modèles nuls pour l'assemblage des communautés et l'évolution des caractères, ainsi que les métriques de la structure phylogénétique des communautés, sous-tendent les récents progrès dans ces domaines. Nous soulignons le potentiel pour les écologistes des communautés de bénéficier des connaissances phylogénétiques et suggérons plusieurs voies pour la recherche future.

@article{doi101146annurevecolsys33010802150448,
    author = "Webb, Campbell O. and Ackerly, David D. and McPeek, Mark A. and Donoghue, Michael J.",
    title = "Phylogénies et écologie des communautés",
    year = "2002",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "▪ Résumé À mesure que de meilleures hypothèses phylogénétiques deviennent disponibles pour de nombreux groupes d'organismes, les études en écologie des communautés peuvent être éclairées par la connaissance des relations évolutives entre les espèces coexistantes. Nous notons trois approches principales pour intégrer les informations phylogénétiques dans les études de l'organisation des communautés : 1. examiner la structure phylogénétique des assemblages de communautés, 2. explorer les bases phylogénétiques de la structure des niches des communautés, et 3. ajouter un contexte de communauté aux études de l'évolution des traits et de la biogéographie. Nous reconnaissons un motif commun de conservatisme phylogénétique dans les caractères écologiques et mettons en évidence les défis liés à l'utilisation de phylogénies de lignées partielles. Nous passons également en revue les approches phylogénétiques concernant trois propriétés émergentes des communautés : la diversité spécifique, les distributions d'abondance relative et les tailles des aires de répartition. Les progrès méthodologiques dans la construction de supraphylogénies, la reconstruction de caractères, les modèles nuls pour l'assemblage des communautés et l'évolution des caractères, ainsi que les métriques de la structure phylogénétique des communautés, sous-tendent les récents progrès dans ces domaines. Nous soulignons le potentiel pour les écologistes des communautés de bénéficier des connaissances phylogénétiques et suggérons plusieurs voies pour la recherche future.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.33.010802.150448",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.33.010802.150448",
    openalex = "W2109628725",
    references = "doi10100797814615696881, doi101007978303487527124, doi101007bf02806171, doi101016s0169534701021619, doi101038363342a0, doi10108010292389509380518, doi101086282106, doi101086282505, doi101086284325, doi101086285258, doi101086285357, doi101086627905, doi101093oso97801985052350010001, doi101093oso97801985464120010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva003974, doi101093oxfordjournalsmolbeva025892, doi101098rstb19950125, doi101111j001438202001tb00826x, doi101111j109583122001tb01368x, doi101126science20343871299, doi101126science2354785167, doi101126science2785338692, doi101126science27953592115, doi101126science28554311265, doi101146annurevecolsys311343, doi1015159781400881376, doi1023071446122, doi1023071939377, doi1023072412182, doi1023072413039, doi1023072485224, doi1023073071998, doi1023073544421, doi1023075503, doi102307jctv1nzfgj7, doi105860choice295104, doi105860choice375647, doi105860choice392183, openalexw2273605253, openalexw3035987306"
}

La connaissance des causes écologiques et évolutives de la dispersion peut être cruciale pour comprendre le comportement des populations structurées spatialement et prédire la manière dont les espèces réagissent aux changements environnementaux. Malgré l'accent mis par de nombreuses recherches théoriques, des hypothèses simplistes concernant le processus de dispersion sont toujours faites. La dispersion est généralement considérée comme un processus non conditionnel, bien que dans de nombreux cas, les gains de fitness de la dispersion dépendent de facteurs environnementaux et de l'état individuel. Les stratégies de dispersion dépendantes des conditions seront souvent supérieures aux stratégies fixes non conditionnelles. De plus, la dispersion est souvent réduite à un seul paramètre, malgré le fait qu'elle soit un processus composé de trois étapes interdépendantes : l'émigration, le mouvement inter-patch et l'immigration, chacune pouvant présenter des dépendances aux conditions différentes. Des études empiriques ont examiné les corrélats de ces étapes, en particulier l'émigration, fournissant des preuves de la prévalence des stratégies de dispersion conditionnelles. L'utilisation mal définie du terme 'dispersion', pour le mouvement à travers de nombreuses échelles spatiales différentes, entrave davantage la formulation de conclusions générales et la relation entre les corrélats de mouvement et les conséquences au niveau de la population. Les difficultés logistiques empêchent une étude détaillée de la dispersion pour de nombreuses espèces, cependant l'incorporation d'hypothèses de dispersion irréalistes dans les modèles de population spatiaux peut produire des prédictions inexactes et coûteuses. De nouvelles études sont nécessaires pour explorer l'importance d'incorporer des stratégies de dispersion spécifiques dépendantes des conditions pour les prédictions évolutives et dynamiques de population.

@article{doi101017s1464793104006645,
    author = "Bowler, Diana E. et Benton, Tim G.",
    title = "Causes and consequences of animal dispersal strategies: relating individual behaviour to spatial dynamics",
    year = "2005",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society",
    abstract = "La connaissance des causes écologiques et évolutives de la dispersion peut être cruciale pour comprendre le comportement des populations structurées spatialement et prédire la manière dont les espèces réagissent aux changements environnementaux. Malgré l'accent mis par de nombreuses recherches théoriques, des hypothèses simplistes concernant le processus de dispersion sont toujours faites. La dispersion est généralement considérée comme un processus non conditionnel, bien que dans de nombreux cas, les gains de fitness de la dispersion dépendent de facteurs environnementaux et de l'état individuel. Les stratégies de dispersion dépendantes des conditions seront souvent supérieures aux stratégies fixes non conditionnelles. De plus, la dispersion est souvent réduite à un seul paramètre, malgré le fait qu'elle soit un processus composé de trois étapes interdépendantes : l'émigration, le mouvement inter-patch et l'immigration, chacune pouvant présenter des dépendances aux conditions différentes. Des études empiriques ont examiné les corrélats de ces étapes, en particulier l'émigration, fournissant des preuves de la prévalence des stratégies de dispersion conditionnelles. L'utilisation mal définie du terme 'dispersion', pour le mouvement à travers de nombreuses échelles spatiales différentes, entrave davantage la formulation de conclusions générales et la relation entre les corrélats de mouvement et les conséquences au niveau de la population. Les difficultés logistiques empêchent une étude détaillée de la dispersion pour de nombreuses espèces, cependant l'incorporation d'hypothèses de dispersion irréalistes dans les modèles de population spatiaux peut produire des prédictions inexactes et coûteuses. De nouvelles études sont nécessaires pour explorer l'importance d'incorporer des stratégies de dispersion spécifiques dépendantes des conditions pour les prédictions évolutives et dynamiques de population.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s1464793104006645",
    doi = "10.1017/s1464793104006645",
    openalex = "W2125207868",
    references = "doi1010160169534796100288, doi101093oso97801985406630010001, doi1018900012965820020831131scmise20co2, doi1023071935620, doi1023072389612"
}

La prédiction des distributions des espèces est centrale pour diverses applications en écologie, évolution et science de la conservation. L'accès électronique aux vastes ensembles d'enregistrements d'occurrence dans les musées et les herbiers augmente, mais il existe peu de directives efficaces sur la meilleure façon d'utiliser ces informations dans le contexte de nombreuses approches de modélisation des distributions. Pour répondre à ce besoin, nous avons comparé 16 méthodes de modélisation sur 226 espèces de 6 régions du monde, créant ainsi l'ensemble le plus complet de comparaisons de modèles à ce jour. Nous avons utilisé des données de présence uniquement pour ajuster les modèles, et des données de présence-absence indépendantes pour évaluer les prédictions. Outre les méthodes de modélisation bien établies telles que les modèles additifs généralisés et GARP et BIOCLIM, nous avons exploré des méthodes qui ont soit été développées récemment, soit rarement appliquées à la modélisation des distributions des espèces. Cela inclut les méthodes d'apprentissage automatique et les modèles communautaires, qui possèdent tous deux des caractéristiques qui peuvent les rendre particulièrement adaptés aux informations bruyantes ou peu denses, comme c'est typique des données d'occurrence des espèces. Les données de présence uniquement ont été efficaces pour modéliser les distributions des espèces pour de nombreuses espèces et régions. Les méthodes novatrices ont systématiquement surpassé les méthodes plus établies. Les résultats de notre analyse sont prometteurs pour l'utilisation des données provenant des musées et des herbiers, surtout à mesure que les méthodes adaptées au bruit inhérent à ces données s'améliorent.

@article{doi101111j20060906759004596x,
    author = "Elith, Jane et Graham, Catherine H. et Anderson, Robert P. et Dudı́k, Miroslav et Ferrier, Simon et Guisan, Antoine et Hijmans, Robert J. et Huettmann, Falk et Leathwick, John R. et Lehmann, Anthony et Li, Jin et Lohmann, Lúcia G. et Loiselle, Bette A. et Manion, Glenn et Moritz, Craig et Nakamura, Miguel et Nakazawa, Yoshinori et Overton, Jacob McC. et Peterson, A. Townsend et Phillips, Steven J. et Richardson, Karen et Scachetti‐Pereira, Ricardo et Schapire, Robert E. et Soberón, Jorge et Williams, Stephen E. et Wisz, Mary S. et Zimmermann, Niklaus E.",
    title = "Novel methods improve prediction of species’ distributions from occurrence data",
    year = "2006",
    journal = "Ecography",
    abstract = "La prédiction des distributions des espèces est centrale pour diverses applications en écologie, évolution et science de la conservation. L'accès électronique aux vastes ensembles d'enregistrements d'occurrence dans les musées et les herbiers augmente, mais il existe peu de directives efficaces sur la meilleure façon d'utiliser ces informations dans le contexte de nombreuses approches de modélisation des distributions. Pour répondre à ce besoin, nous avons comparé 16 méthodes de modélisation sur 226 espèces de 6 régions du monde, créant ainsi l'ensemble le plus complet de comparaisons de modèles à ce jour. Nous avons utilisé des données de présence uniquement pour ajuster les modèles, et des données de présence-absence indépendantes pour évaluer les prédictions. Outre les méthodes de modélisation bien établies telles que les modèles additifs généralisés et GARP et BIOCLIM, nous avons exploré des méthodes qui ont soit été développées récemment, soit rarement appliquées à la modélisation des distributions des espèces. Cela inclut les méthodes d'apprentissage automatique et les modèles communautaires, qui possèdent tous deux des caractéristiques qui peuvent les rendre particulièrement adaptés aux informations bruyantes ou peu denses, comme c'est typique des données d'occurrence des espèces. Les données de présence uniquement ont été efficaces pour modéliser les distributions des espèces pour de nombreuses espèces et régions. Les méthodes novatrices ont systématiquement surpassé les méthodes plus établies. Les résultats de notre analyse sont prometteurs pour l'utilisation des données provenant des musées et des herbiers, surtout à mesure que les méthodes adaptées au bruit inhérent à ces données s'améliorent.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.2006.0906-7590.04596.x",
    doi = "10.1111/j.2006.0906-7590.04596.x",
    openalex = "W2112315008",
    references = "doi101002joc1276, doi101016s0006320700000744, doi101038nature02121, doi101111j001438202004tb00461x, doi101111j09067590200503957x, doi101111j20060906759004272x, doi101148radiology14317063747, doi1023072669574, doi1023073802723, doi1023073803117, doi1023073808148, doi105860choice332720, openalexw2032279931"
}

L'augmentation de la disponibilité des données phylogénétiques, de la puissance de calcul et des outils d'informatique a facilité une expansion rapide des études appliquant les données et méthodes phylogénétiques à l'écologie communautaire. Plusieurs domaines clés sont examinés où les informations phylogénétiques aident à résoudre des controverses de longue date en écologie communautaire, remettent en question des hypothèses antérieures et ouvrent de nouveaux domaines d'investigation. En particulier, les études en écologie communautaire phylogénétique ont aidé à révéler la multitude de processus pilotant l'assemblage des communautés et ont démontré l'importance de l'évolution dans le processus d'assemblage. Les approches phylogénétiques ont également accru la compréhension des conséquences des interactions communautaires pour la spéciation, l'adaptation et l'extinction. Enfin, la structure et la composition des communautés phylogénétiques offrent des perspectives prometteuses pour prédire les processus écosystémiques et les impacts du changement global. Des défis majeurs subsistent pour faire progresser ces domaines. En particulier, déterminer dans quelle mesure les traits écologiquement pertinents sont conservés ou convergents sur le plan phylogénétique, et sur quelle échelle temporelle, est crucial pour comprendre les causes de la structure phylogénétique des communautés et de ses conséquences évolutives et écosystémiques. Exploiter les informations phylogénétiques pour comprendre et prévoir les changements de diversité et de dynamique des communautés est une étape cruciale pour gérer et restaurer la biote de la Terre à une époque de changement global rapide.

@article{doi101111j14610248200901314x,
    author = "Cavender‐Bares, Jeannine et Kozak, Kenneth H. et Fine, Paul V. A. et Kembel, Steven W.",
    title = "The merging of community ecology and phylogenetic biology",
    year = "2009",
    journal = "Ecology Letters",
    abstract = "L'augmentation de la disponibilité des données phylogénétiques, de la puissance de calcul et des outils d'informatique a facilité une expansion rapide des études appliquant les données et méthodes phylogénétiques à l'écologie communautaire. Plusieurs domaines clés sont examinés où les informations phylogénétiques aident à résoudre des controverses de longue date en écologie communautaire, remettent en question des hypothèses antérieures et ouvrent de nouveaux domaines d'investigation. En particulier, les études en écologie communautaire phylogénétique ont aidé à révéler la multitude de processus pilotant l'assemblage des communautés et ont démontré l'importance de l'évolution dans le processus d'assemblage. Les approches phylogénétiques ont également accru la compréhension des conséquences des interactions communautaires pour la spéciation, l'adaptation et l'extinction. Enfin, la structure et la composition des communautés phylogénétiques offrent des perspectives prometteuses pour prédire les processus écosystémiques et les impacts du changement global. Des défis majeurs subsistent pour faire progresser ces domaines. En particulier, déterminer dans quelle mesure les traits écologiquement pertinents sont conservés ou convergents sur le plan phylogénétique, et sur quelle échelle temporelle, est crucial pour comprendre les causes de la structure phylogénétique des communautés et de ses conséquences évolutives et écosystémiques. Exploiter les informations phylogénétiques pour comprendre et prévoir les changements de diversité et de dynamique des communautés est une étape cruciale pour gérer et restaurer la biote de la Terre à une époque de changement global rapide.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1461-0248.2009.01314.x",
    doi = "10.1111/j.1461-0248.2009.01314.x",
    openalex = "W2102384105",
    references = "doi1010160006320792912013, doi101016jppees200710001, doi101016jtree200409011, doi101038nature02403, doi10108010635150802302427, doi101086282505, doi101086282687, doi101093aibsbulletin2214b, doi101098rspb20080630, doi101111j14610248200701020x, doi101111j155856461964tb01674x, doi101111j15585646200800317x, doi101126science2304728895, doi101126science2354785167, doi101126science27953592115, doi101146annurevecolsys311343, doi101146annurevecolsys33010802150448, doi1015159781400881376, doi101722611310, doi1023071435536, doi1023071446122, doi1023072259756, doi1023073071998, doi1023073544421, doi1023074549, doi105860choice432194, doi105962bhltitle56234, doi107208chicago97802261186970010001, openalexw2273605253"
}

RÉSUMÉ Objectif Les gradients d'altitude répartis à travers le globe constituent un système de test puissant pour comprendre la biodiversité. Ici, j'utilise un ensemble complet de gradients d'altitude d'oiseaux pour tester les principaux moteurs de la diversité, y compris l'échantillonnage, la superficie, l'effet de domaine intermédiaire, la température, la température et la disponibilité en eau, ainsi que les hypothèses de l'histoire évolutive. Localisation Soixante-dix-huit gradients d'altitude de la diversité des oiseaux provenant de montagnes des deux hémisphères, s'étendant de 24,5° S à 48,2° N, incluant des gradients de divers climats, régions biogéographiques et types d'habitats. Méthodes Les données sur la diversité des oiseaux en fonction de l'altitude ont été prises dans la littérature. Sur les 150 ensembles de données trouvés ou compilés, seuls ceux présentant un effort d'échantillonnage élevé et non biaisé ont été utilisés dans les analyses. Les ensembles de données ont échantillonné tous les oiseaux, tous les oiseaux nicheurs ou tous les oiseaux forestiers ; quelques études ont détaillé les variations saisonnières et altitudinales. Dix-huit prédictions de la théorie de la diversité ont été testées, y compris trois ensembles d'interactions. Résultats Les oiseaux présentent quatre modèles de diversité distincts à fréquence presque égale sur les montagnes : diversité décroissante, plateaux de basse altitude, plateaux de basse altitude avec des pics intermédiaires, et pics unimodaux d'altitude intermédiaire. La diversité des oiseaux en fonction de l'altitude soutient fortement le climat actuel comme le principal moteur de la diversité, en particulier les tendances combinées de température et de disponibilité en eau. La diversité des oiseaux sur les montagnes humides est soit décroissante, soit montre un plateau de basse altitude en diversité, tandis que sur les montagnes sèches, elle est unimodale ou un large plateau de basse altitude, généralement avec un maximum d'altitude intermédiaire. Les prédictions de l'échantillonnage, de la superficie et de l'effet de domaine intermédiaire n'ont pas été constamment soutenues à l'échelle mondiale. La seule hypothèse évolutive avec un soutien préliminaire était le conservatisme de la niche. Conclusions principales Les variables d'eau et de température sont toutes deux nécessaires pour prédire de manière exhaustive les modèles de diversité des oiseaux en fonction de l'altitude. Ce résultat est cohérent pour les oiseaux nicheurs et forestiers, pour les deux hémisphères, et pour les gradients montagnards locaux ou régionaux. Plus d'analyses sont nécessaires pour déterminer si le mécanisme sous-jacent à ces relations est écologique, basé sur des limitations physiologiques directes ou des limitations indirectes des ressources alimentaires, ou historique, basé sur la conservation phylogénétique de la niche ou d'autres tendances évolutives liées au climat. Les effets de la superficie des espèces et du domaine intermédiaire ne sont pas soutenus comme moteurs principaux de la diversité des oiseaux en fonction de l'altitude.

@article{doi101111j14668238200800443x,
    author = "McCain, Christy M.",
    title = "Global analysis of bird elevational diversity",
    year = "2009",
    journal = "Global Ecology and Biogeography",
    abstract = "RÉSUMÉ Objectif Les gradients d'altitude répartis à travers le globe constituent un système de test puissant pour comprendre la biodiversité. Ici, j'utilise un ensemble complet de gradients d'altitude d'oiseaux pour tester les principaux moteurs de la diversité, y compris l'échantillonnage, la superficie, l'effet de domaine intermédiaire, la température, la température et la disponibilité en eau, ainsi que les hypothèses de l'histoire évolutive. Localisation Soixante-dix-huit gradients d'altitude de la diversité des oiseaux provenant de montagnes des deux hémisphères, s'étendant de 24,5° S à 48,2° N, incluant des gradients de divers climats, régions biogéographiques et types d'habitats. Méthodes Les données sur la diversité des oiseaux en fonction de l'altitude ont été prises dans la littérature. Sur les 150 ensembles de données trouvés ou compilés, seuls ceux présentant un effort d'échantillonnage élevé et non biaisé ont été utilisés dans les analyses. Les ensembles de données ont échantillonné tous les oiseaux, tous les oiseaux nicheurs ou tous les oiseaux forestiers ; quelques études ont détaillé les variations saisonnières et altitudinales. Dix-huit prédictions de la théorie de la diversité ont été testées, y compris trois ensembles d'interactions. Résultats Les oiseaux présentent quatre modèles de diversité distincts à fréquence presque égale sur les montagnes : diversité décroissante, plateaux de basse altitude, plateaux de basse altitude avec des pics intermédiaires, et pics unimodaux d'altitude intermédiaire. La diversité des oiseaux en fonction de l'altitude soutient fortement le climat actuel comme le principal moteur de la diversité, en particulier les tendances combinées de température et de disponibilité en eau. La diversité des oiseaux sur les montagnes humides est soit décroissante, soit montre un plateau de basse altitude en diversité, tandis que sur les montagnes sèches, elle est unimodale ou un large plateau de basse altitude, généralement avec un maximum d'altitude intermédiaire. Les prédictions de l'échantillonnage, de la superficie et de l'effet de domaine intermédiaire n'ont pas été constamment soutenues à l'échelle mondiale. La seule hypothèse évolutive avec un soutien préliminaire était le conservatisme de la niche. Conclusions principales Les variables d'eau et de température sont toutes deux nécessaires pour prédire de manière exhaustive les modèles de diversité des oiseaux en fonction de l'altitude. Ce résultat est cohérent pour les oiseaux nicheurs et forestiers, pour les deux hémisphères, et pour les gradients montagnards locaux ou régionaux. Plus d'analyses sont nécessaires pour déterminer si le mécanisme sous-jacent à ces relations est écologique, basé sur des limitations physiologiques directes ou des limitations indirectes des ressources alimentaires, ou historique, basé sur la conservation phylogénétique de la niche ou d'autres tendances évolutives liées au climat. Les effets de la superficie des espèces et du domaine intermédiaire ne sont pas soutenus comme moteurs principaux de la diversité des oiseaux en fonction de l'altitude.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1466-8238.2008.00443.x",
    doi = "10.1111/j.1466-8238.2008.00443.x",
    openalex = "W2138665541",
    references = "doi101046j1466822x200100229x"
}

L'opportunité écologique—par l'entrée dans un nouvel environnement, l'origine d'une innovation clé ou l'extinction d'antagonistes—est largement considérée comme reliant la dynamique des populations écologiques à la diversification évolutive. Les processus au niveau des populations découlant de l'opportunité écologique sont bien documentés sous le concept de libération écologique. Cependant, il existe peu de consensus sur la manière dont ces processus favorisent la diversification phénotypique, la spéciation rapide et la radiation adaptative. Nous proposons que l'opportunité écologique puisse favoriser la radiation adaptative en générant des changements spécifiques aux régimes de sélection agissant sur les populations naturelles, à la fois en relâchant la sélection stabilisatrice effective et en créant des conditions qui génèrent finalement une sélection divergente. Nous évaluons les preuves théoriques et empiriques de ces effets de l'opportunité écologique et examinons les approches phylogénétiques émergentes qui tentent de détecter la signature de l'opportunité écologique à travers le temps géologique. Enfin, nous évaluons les preuves des effets évolutifs de l'opportunité écologique dans la diversification des lézards Anolis des Caraïbes. Certains des processus qui pourraient relier l'opportunité écologique à la radiation adaptative sont bien documentés, mais d'autres restent non étayés. Nous suggérons que plus d'études sont nécessaires pour caractériser la forme de sélection naturelle agissant sur les populations naturelles et pour mieux décrire la relation entre l'opportunité écologique et les taux de spéciation.

@article{doi101111j14209101201002029x,
    author = "Yoder, Jeremy B. et Clancey, Erin et Roches, Simone Des et Eastman, Jonathan M. et Gentry, Lydia R. et Godsoe, William et Hagey, Travis J. et Jochimsen, Denim M. et Oswald, Benjamin P. et Robertson, Jeanne M. et Sarver, Brice A. J. et Schenk, John J. et Spear, Stephen F. et Harmon, Luke J.",
    title = "Opportunité écologique et l'origine des radiations adaptatives",
    year = "2010",
    journal = "Journal of Evolutionary Biology",
    abstract = "L'opportunité écologique—par l'entrée dans un nouvel environnement, l'origine d'une innovation clé ou l'extinction d'antagonistes—est largement considérée comme reliant la dynamique des populations écologiques à la diversification évolutive. Les processus au niveau des populations découlant de l'opportunité écologique sont bien documentés sous le concept de libération écologique. Cependant, il existe peu de consensus sur la manière dont ces processus favorisent la diversification phénotypique, la spéciation rapide et la radiation adaptative. Nous proposons que l'opportunité écologique puisse favoriser la radiation adaptative en générant des changements spécifiques aux régimes de sélection agissant sur les populations naturelles, à la fois en relâchant la sélection stabilisatrice effective et en créant des conditions qui génèrent finalement une sélection divergente. Nous évaluons les preuves théoriques et empiriques de ces effets de l'opportunité écologique et examinons les approches phylogénétiques émergentes qui tentent de détecter la signature de l'opportunité écologique à travers le temps géologique. Enfin, nous évaluons les preuves des effets évolutifs de l'opportunité écologique dans la diversification des lézards Anolis des Caraïbes. Certains des processus qui pourraient relier l'opportunité écologique à la radiation adaptative sont bien documentés, mais d'autres restent non étayés. Nous suggérons que plus d'études sont nécessaires pour caractériser la forme de sélection naturelle agissant sur les populations naturelles et pour mieux décrire la relation entre l'opportunité écologique et les taux de spéciation.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1420-9101.2010.02029.x",
    doi = "10.1111/j.1420-9101.2010.02029.x",
    openalex = "W1566874056",
    references = "crowell1962reduced, doi101007978940100585210, doi101016jtree200810011, doi101016s0169534702024990, doi101017s0094837300003778, doi101038303614a0, doi101086284196, doi101086285404, doi101086510633, doi101093molbevmsi103, doi101093oso97801985052350010001, doi101098rspb20080630, doi101111j001438202003tb00285x, doi101111j001438202004tb00462x, doi101111j109583121996tb01434x, doi101111j155856461964tb01674x, doi101111j155856461982tb05068x, doi101111j155856461983tb00236x, doi101126science1157966, doi101186147121487214, doi101722611310, doi1023071438156, doi1023071932042, doi1023071934090, doi1023073071998, doi1043249780203509104"
}

Les phylogénies de référence sont cruciales pour fournir un cadre taxonomique pour l'interprétation des enquêtes sur les gènes marqueurs et les métagénomiques, qui continuent de révéler de nouvelles espèces à un rythme remarquable. Greengenes est une base de données dédiée de gènes 16S rRNA complets qui fournit aux utilisateurs une taxonomie curée basée sur l'inférence de nouveaux arbres. Nous avons développé une approche 'taxonomie vers arbre' pour transférer les noms de groupes d'une taxonomie existante vers une topologie d'arbre, et l'avons utilisée pour appliquer les taxonomies Greengenes, National Center for Biotechnology Information (NCBI) et cyanoDB (Cyanobactéries uniquement) à un arbre de novo comprenant 408 315 séquences. Nous avons également intégré des informations de rang explicites fournies par la taxonomie NCBI pour les noms de groupes (en préfixant les désignations de rang) pour une meilleure orientation des utilisateurs et une cohérence de classification. La taxonomie fusionnée résultante a amélioré la classification de 75 % des séquences d'un ou plusieurs rangs par rapport à la taxonomie NCBI originale, avec les améliorations les plus prononcées observées dans les séquences environnementales sous-classifiées. Nous avons également évalué les phylums candidats (divisions) actuellement définis par le NCBI et présentons des recommandations pour la consolidation de 34 groupes nommés de manière redondante. Tous les résultats intermédiaires du pipeline, qui inclut l'inférence d'arbres, le jackknifing et le transfert d'une taxonomie donneuse vers un arbre receveur (tax2tree), sont disponibles pour téléchargement. La taxonomie Greengenes améliorée devrait fournir une infrastructure importante pour une large gamme de projets de méga-séquençage étudiant les écosystèmes à des échelles allant de nos propres corps (Human Microbiome Project) à toute la planète (Earth Microbiome Project). La mise en œuvre du logiciel peut être obtenue à partir de http://sourceforge.net/projects/tax2tree/.

@article{doi101038ismej2011139,
    author = "McDonald, Daniel et Price, Morgan N. et Goodrich, Julia K. et Nawrocki, Eric P. et DeSantis, Todd Z. et Probst, Alexander J. et Andersen, Gary L. et Knight, Rob et Hugenholtz, Philip",
    title = "Une taxonomie Greengenes améliorée avec des rangs explicites pour les analyses écologiques et évolutives des bactéries et des archées",
    year = "2011",
    journal = "The ISME Journal",
    abstract = "Les phylogénies de référence sont cruciales pour fournir un cadre taxonomique pour l'interprétation des enquêtes sur les gènes marqueurs et les métagénomiques, qui continuent de révéler de nouvelles espèces à un rythme remarquable. Greengenes est une base de données dédiée de gènes 16S rRNA complets qui fournit aux utilisateurs une taxonomie curée basée sur l'inférence de nouveaux arbres. Nous avons développé une approche 'taxonomie vers arbre' pour transférer les noms de groupes d'une taxonomie existante vers une topologie d'arbre, et l'avons utilisée pour appliquer les taxonomies Greengenes, National Center for Biotechnology Information (NCBI) et cyanoDB (Cyanobactéries uniquement) à un arbre de novo comprenant 408 315 séquences. Nous avons également intégré des informations de rang explicites fournies par la taxonomie NCBI pour les noms de groupes (en préfixant les désignations de rang) pour une meilleure orientation des utilisateurs et une cohérence de classification. La taxonomie fusionnée résultante a amélioré la classification de 75 % des séquences d'un ou plusieurs rangs par rapport à la taxonomie NCBI originale, avec les améliorations les plus prononcées observées dans les séquences environnementales sous-classifiées. Nous avons également évalué les phylums candidats (divisions) actuellement définis par le NCBI et présentons des recommandations pour la consolidation de 34 groupes nommés de manière redondante. Tous les résultats intermédiaires du pipeline, qui inclut l'inférence d'arbres, le jackknifing et le transfert d'une taxonomie donneuse vers un arbre receveur (tax2tree), sont disponibles pour téléchargement. La taxonomie Greengenes améliorée devrait fournir une infrastructure importante pour une large gamme de projets de méga-séquençage étudiant les écosystèmes à des échelles allant de nos propres corps (Human Microbiome Project) à toute la planète (Earth Microbiome Project). La mise en œuvre du logiciel peut être obtenue à partir de http://sourceforge.net/projects/tax2tree/.",
    url = "https://doi.org/10.1038/ismej.2011.139",
    doi = "10.1038/ismej.2011.139",
    openalex = "W2154026962",
    references = "doi101371journalpone0009490, doi1073260003481911154487, doi1073260003481911253913"
}

RÉSUMÉ Objectif Les préoccupations quant à l'influence du changement global sur les distributions des espèces, combinées à une accentuation croissante de la compréhension des dynamiques de niche dans des contextes évolutifs et communautaires, soulignent le besoin croissant de méthodes robustes pour quantifier les différences de niche entre ou au sein des taxons. Nous proposons un cadre statistique pour décrire et comparer les niches environnementales à partir de données d'occurrence et spatiales sur l'environnement. Localisation Europe, Amérique du Nord et Amérique du Sud. Méthodes Le cadre applique des lisseurs à noyau aux densités d'occurrence des espèces dans un espace environnemental en grille pour calculer des métriques de chevauchement de niche et tester des hypothèses concernant le conservatisme de niche. Nous utilisons ce cadre et des espèces simulées avec des distributions et des quantités de chevauchement de niche prédéfinies pour évaluer plusieurs techniques d'ordination et de modélisation de la distribution des espèces pour quantifier le chevauchement de niche. Nous illustrons l'approche avec des données sur deux espèces envahissantes bien étudiées. Résultats Nous montrons que le chevauchement de niche peut être détecté avec précision avec le cadre lorsque les variables qui conduisent les distributions sont connues. La méthode est robuste aux biais connus et précédemment non documentés liés à la dépendance des occurrences d'espèces sur la fréquence des conditions environnementales qui se produisent à travers l'espace géographique. L'utilisation d'un lisseur à noyau rend le processus de passage de l'espace géographique à l'espace environnemental multivarié indépendant à la fois de l'effort d'échantillonnage et du choix arbitraire de la résolution dans l'espace environnemental. Cependant, l'utilisation de techniques d'ordination et de modèles de distribution d'espèces pour sélectionner, combiner et pondérer les variables sur lesquelles le chevauchement de niche est calculé fournit des résultats contrastés. Conclusions principales Le cadre répond au besoin croissant de méthodes robustes pour quantifier les différences de niche. Il est approprié pour étudier les différences de niche entre espèces, sous‐espèces ou lignées intra‐spécifiques qui diffèrent dans leurs distributions géographiques. Alternativement, il peut être utilisé pour mesurer le degré auquel la niche environnementale d'une espèce ou d'une lignée intra‐spécifique a changé au fil du temps.

@article{doi101111j14668238201100698x,
    author = "Broennimann, Olivier et Fitzpatrick, Matthew C. et Pearman, Peter B. et Petitpierre, Blaise et Pellissier, Loïc et Yoccoz, Nigel G. et Thuiller, Wilfried et Fortin, Marie‐Josée et Randin, Christophe F. et Zimmermann, Niklaus E. et Graham, Catherine H. et Guisan, Antoine",
    title = "Mesurer le chevauchement des niches écologiques à partir de données d'occurrence et spatiales sur l'environnement",
    year = "2011",
    journal = "Global Ecology and Biogeography",
    abstract = "RÉSUMÉ Objectif Les préoccupations quant à l'influence du changement global sur les distributions des espèces, combinées à une accentuation croissante de la compréhension des dynamiques de niche dans des contextes évolutifs et communautaires, soulignent le besoin croissant de méthodes robustes pour quantifier les différences de niche entre ou au sein des taxons. Nous proposons un cadre statistique pour décrire et comparer les niches environnementales à partir de données d'occurrence et spatiales sur l'environnement. Localisation Europe, Amérique du Nord et Amérique du Sud. Méthodes Le cadre applique des lisseurs à noyau aux densités d'occurrence des espèces dans un espace environnemental en grille pour calculer des métriques de chevauchement de niche et tester des hypothèses concernant le conservatisme de niche. Nous utilisons ce cadre et des espèces simulées avec des distributions et des quantités de chevauchement de niche prédéfinies pour évaluer plusieurs techniques d'ordination et de modélisation de la distribution des espèces pour quantifier le chevauchement de niche. Nous illustrons l'approche avec des données sur deux espèces envahissantes bien étudiées. Résultats Nous montrons que le chevauchement de niche peut être détecté avec précision avec le cadre lorsque les variables qui conduisent les distributions sont connues. La méthode est robuste aux biais connus et précédemment non documentés liés à la dépendance des occurrences d'espèces sur la fréquence des conditions environnementales qui se produisent à travers l'espace géographique. L'utilisation d'un lisseur à noyau rend le processus de passage de l'espace géographique à l'espace environnemental multivarié indépendant à la fois de l'effort d'échantillonnage et du choix arbitraire de la résolution dans l'espace environnemental. Cependant, l'utilisation de techniques d'ordination et de modèles de distribution d'espèces pour sélectionner, combiner et pondérer les variables sur lesquelles le chevauchement de niche est calculé fournit des résultats contrastés. Conclusions principales Le cadre répond au besoin croissant de méthodes robustes pour quantifier les différences de niche. Il est approprié pour étudier les différences de niche entre espèces, sous‐espèces ou lignées intra‐spécifiques qui diffèrent dans leurs distributions géographiques. Alternativement, il peut être utilisé pour mesurer le degré auquel la niche environnementale d'une espèce ou d'une lignée intra‐spécifique a changé au fil du temps.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1466-8238.2011.00698.x",
    doi = "10.1111/j.1466-8238.2011.00698.x",
    openalex = "W2095766166",
    references = "doi101073pnas6951109, doi101093oso97801985264070010001, doi103354cr021001, openalexw3149745985"
}

Le Journal of Applied Ecology encourage les contributions susceptibles d'influencer la gestion environnementale, la politique ou les deux, avec des preuves basées sur la science la plus robuste possible. La gestion des ressources naturelles est souvent controversée, et toute faiblesse perçue dans la science sous-jacente est facilement exploitée par des groupes d'intérêt pour saper l'effort global (voir, par exemple, les expériences du Groupe d'experts intergouvernemental sur l'évolution du climat, Ravindranath 2010). Ainsi, la robustesse de la science conçue pour étayer la gestion et la politique est particulièrement importante. Malheureusement, des résultats robustes et non ambigus sont difficiles à obtenir en écologie. En particulier, les voies causales en écologie sont rarement linéaires, mais font partie d'un « vaste réseau de causes et d'effets » dont nous pouvons généralement étudier seulement une petite partie (Peters 1991 ; p. 134). Les échelles spatiales et temporelles significatives pour les processus écologiques défient souvent les expériences, les manipulations contrôlées et la réplication adéquate ; la plupart de la science écologique moderne repose sur des données observationnelles et la corrélation est beaucoup plus facile à démontrer que la causalité (cf. Sugihara et al. 2012). L'expérimentation formelle est clairement impossible dans le contexte de nombreuses des questions les plus pressantes de pertinence sociétale, telles que celles concernant les impacts du changement climatique, l'intensification agricole à grande échelle et la perte d'habitat. Les cadres conceptuels qui informent notre compréhension de ces processus reposent souvent sur des entités qui peuvent être difficiles à mesurer directement, et, par conséquent, les écologues dépendent souvent de proxys ou de substituts pour ces entités. Dans la gestion des ressources naturelles, par exemple, les proxys courants incluent des mesures supposées capturer le statut de conservation des espèces, ainsi que des mesures supposées fournir des informations sur la distribution, la structure, le fonctionnement et la prestation de services des écosystèmes (Mace et al. 2008 ; Ayanu et al. 2012 ; Pettorelli et al. 2014). Plusieurs études ont déjà souligné les problèmes et les pièges liés à l'utilisation de proxys en écologie et en évolution (voir, par exemple, Nieberding & Olivieri 2007 ; Sekar 2012 ; Best & Stachowicz 2013), mais moins d'attention a été accordée aux impacts des proxys sur la robustesse des recommandations de gestion à différentes échelles (mais voir Eigenbrod et al. 2010). C'est malgré le fait que les proxys constituent une partie vitale de l'outillage d'un écologue appliqué et sont fréquemment utilisés pour relier la science à la gestion et à la politique (Turnhout, Hisschemöller & Eijsackers 2007). Ici, nous discutons du rôle des proxys en écologie appliquée et en gestion en examinant trois exemples récents de problèmes problématiques : les proxys pour l'abondance des populations animales ; les proxys pour la qualité de l'habitat ; et les proxys pour les fonctions écosystémiques et la prestation de services écosystémiques. Bien que cette liste soit loin d'être exhaustive, ce sont des problèmes que nous rencontrons fréquemment en tant qu'éditeurs de journal. Ils offrent un point de départ utile pour discuter des directions possibles pour améliorer notre utilisation de proxys dans la gestion des ressources naturelles. La taille de la population est une exigence clé pour soutenir la prise de décision locale dans la gestion basée sur les espèces et est également utilisée pour informer plusieurs politiques et réglementations nationales et internationales. Par exemple, la taille de la population et le taux auquel elle change sont fondamentaux pour les décisions d'inscription et de radiation des espèces dans le cadre de la Loi sur les espèces en péril (U.S. Senate Committee on Environment & Public Works 1973) et pour la Liste rouge de l'UICN (Mace et al. 2008) ; ces décisions ont des implications en cascade pour le commerce international des organismes (CITES 1973). L'utilisation d'indices comme proxys pour l'abondance des populations est peut-être l'un des domaines de controverse les plus largement reconnus en écologie appliquée. Sur de vastes zones géographiques, les abondances relatives de nombreuses populations de faune d'importance culturelle ou économique sont évaluées à l'aide d'enquêtes qui produisent des indices, plutôt que des estimations, de l'abondance (Schwarz & Seber 1999). Ceux-ci incluent, par exemple, les comptages de traces utilisés pour surveiller l'abondance de nombreuses espèces de mammifères, les taux de piégeage photographique utilisés pour indexer l'abondance d'espèces discrètes ou à faible densité, les pièges à fosse pour évaluer les populations d'invertébrés, et la chasse aux prises utilisée comme indice de l'abondance de nombreuses espèces de gibier et de mammifères. Ces méthodes de proxys ont toutes fait l'objet de préoccupations considérables (McDonald & Harris 1999 ; Jennelle, Runge & MacKenzie 2002 ; Pollock et al. 2002 ; Webbon, Baker & Harris 2004 ; Keane, Jones & Milner-Gulland 2011 ; Saska et al. 2013). La critique centrale porte sur l'hypothèse généralement non vérifiée que la relation entre l'indice et l'abondance réelle est directe et constante (Pollock et al. 2002). Un problème de base sous-tendant cette critique est que toutes ces méthodes dépendent des rencontres (entre observateurs, caméras, pièges ou chasseurs et traces, animaux ou gibier), lesquelles, à leur tour, dépendent des niveaux d'activité des individus des populations cibles, de la détectabilité de leurs signes et de l'ampleur des efforts déployés pour les localiser. Ces facteurs ne sont pas censés être statiques ni dans l'espace ni dans le temps (Pollock et al. 2002) et pourraient être affectés par des changements comportementaux le long des gradients écologiques d'intérêt pour la gestion (tels que l'intensification agricole). Malgré ces critiques, les indices d'abondance restent largement utilisés pour une combinaison de raisons. Premièrement, la collecte d'indices tend à être une approche à moindre coût par rapport à la détermination d'estimations absolues de l'abondance (Jones 2011). Deuxièmement, comme l'a observé Caughley (1977), « les estimations absolues de la densité [sont souvent] des luxes inutiles », et des pratiques de gestion telles que la récolte par seuil ou les études de l'utilisation relative de l'habitat ne reposent pas sur des estimations de l'abondance absolue. Troisièmement, dans certaines situations, les preuves suggèrent que les indices peuvent fournir un proxy raisonnable pour l'abondance. Un exemple appliqué récent concerne un problème critique dans la gestion de la faune australienne. Plus précisément, la mesure dans laquelle les comptages de traces reflètent l'abondance réelle est une préoccupation majeure concernant les études des impacts écologiques du dingue Canis lupus dingo (Hayward & Marlow 2014). Dans la défensces études, Nimmo et al. (2015) citent des travaux montrant que les comptages de traces étaient linéairement liés aux abondances réelles de divers carnivores dans un certain nombre d'études spécifiques. De plus, ils soulignent que, pour les espèces évasives, les indices basés sur des signes de terrain abondants pourraient être associés à une incertitude plus faible que les estimations de population basées sur des observations directes sporadiques mais peu fréquentes (Nimmo et al. 2015). En résumé, les proxies pour l'abondance de la population sont largement utilisés et souvent critiqués. Ils pourraient être adéquats dans certaines situations, mais cela dépendra généralement de la question de gestion spécifique abordée. Plus souvent, les indices d'abondance sont vulnérables aux critiques et nécessiteront une calibration minutieuse. L'identification de sites potentiels adaptés aux translocations d'espèces, ou de sites où nous devrions prioriser les efforts de restauration, sont des activités de gestion importantes à l'échelle mondiale. La surveillance des habitats est également fortement encouragée par les conventions internationales : la Convention sur la conservation des espèces migratrices (CMS), par exemple, stipule explicitement que « les parties qui sont des États de répartition d'une espèce migratrice s'efforceront de conserver et, dans la mesure du possible et approprié, de restaurer les habitats de cette espèce qui sont importants pour retirer l'espèce du danger d'extinction » (www.cms.int). L'habitat est généralement défini comme les ressources et les conditions présentes dans une zone qui produisent l'occupation – y compris la survie et la reproduction – par un organisme donné (Morrison, Marcot & Mannan 1992). L'étendue spatiale et la résolution à laquelle l'habitat est défini tendent à être une fonction de plusieurs variables, telles que le nombre d'individus considérés, la taille corporelle de l'espèce considérée, et la résolution spatiale à laquelle les modèles de sélection d'habitat sont explorés (elle-même façonnée par la disponibilité des données environnementales et de présence des espèces ; Pettorelli 2013a,b). Dans ce contexte, la qualité de l'habitat est parfois perçue comme une fonction de la fitness ou de la croissance démographique par individu (Van Horne 1983 ; Johnson 2007), où celles-ci sont censées être plus élevées dans les habitats de haute qualité. Le problème avec cette définition de la qualité de l'habitat est que la mesure des contributions par individu à la croissance démographique dans un habitat donné nécessite une surveillance intensive, généralement sur une longue période. En conséquence, les tentatives de capturer les variations de la croissance démographique par individu utilisent souvent des informations moins coûteuses et moins chronophages à obtenir, telles que l'abondance, la survie, l'état corporel ou les niveaux de corticostérone de l'espèce cible (voir, par exemple, Van Horne 1983 ; Marra & Holberton 1998 ; Johnson 2007). Il a également été supposé que l'adéquation de l'habitat, généralement déterminée à partir de données de présence ou d'absence/absence en utilisant des modèles de distribution d'espèces (MDE), fournira une indication utile de la qualité de l'habitat (voir, par exemple, Larson et al. 2004 ; Martin et al. 2012). En travaillant avec le grand rat kangourou Dipodomys ingens, Bean et al. (2014) ont comparé ces différents proxies pour la qualité de l'habitat, en utilisant des MDE générés à différentes échelles. Ils ont trouvé que l'adéquation de l'habitat issue des MDE était corrélée à l'abondance (surtout lorsque les MDE étaient paramétrés à une échelle fine) mais pas à la survie ou à l'état corporel. La théorie de l'histoire de vie est rassurante à cet égard, fournissant de bonnes raisons pour lesquelles ni la survie (Pilastro, Tavecchia & Marin 2003) ni l'état corporel (Houston & McNamara 1993) n'ont besoin d'être fortement liés à la qualité de l'habitat. Plus inquiétant, cependant, est que l'écologie fournit également des raisons de remettre en question la relation entre l'abondance de la population et la qualité de l'habitat, en particulier lorsque les processus comportementaux despotes peuvent entraîner l'exclusion de grands nombres d'individus des habitats de haute qualité (et vers des habitats marginaux) (Van Horne 1983). Ces considérations mettent en question un certain nombre de proxies largement utilisés pour la qualité de l'habitat. La qualité de l'habitat est indéniablement liée à la disponibilité des ressources, mais aussi aux niveaux de prédation. L'un ou l'autre de ces facteurs qui prédomine dans la détermination de la qualité de l'habitat pour une population donnée est souvent décrit en utilisant la terminologie du contrôle « bottom-up » vs. « top-down » (par exemple, Hunter & Price 1992). La proportion de mortalité attribuable à la prédation est parfois utilisée comme proxy pour l'étendue du contrôle top-down (Sinclair, Mduma & Brashares 2003 ; Hopcraft, Olff & Sinclair 2010). Paradoxalement, cependant, la modélisation comportementale de l'alimentation sensible au risque montre qu'une augmentation de la prédation peut résulter d'une baisse de la disponibilité alimentaire (McNamara & Houston 1987). Ces résultats semblent être confirmés par des systèmes empiriques (Sinclair & Arcese 1995), sapant l'utilisation du taux de prédation comme indice de contrôle top-down et soulignant la difficulté de distinguer ces processus. Dans l'ensemble, les considérations théoriques suggèrent que les proxies pour la qualité de l'habitat et les processus qui la déterminent seront souvent défectueux. Comme pour les proxies d'abondance, cependant, les proxies pour la qualité de l'habitat pourraient être appropriés pour aborder des questions de gestion à certaines échelles spatiales. Le défi reste à identifier les situations dans lesquelles les proxies sont utiles et à déterminer des approches alternatives là où ils ne peuvent pas être utilisés. Avec un agenda politique de plus en plus axé sur la fourniture de services écosystémiques (Perrings et al. 2010), comprendre l'écologie du fonctionnement des écosystèmes et ses implications pour la prestation de services écosystémiques n'a jamais été aussi important. Il peut être extrêmement difficile de mesurer directement la fonction ou le service écosystémique, et des proxies spatiaux, tels que la biomasse aérienne à petite échelle chez les plantes, sont souvent employés (par exemple, Tilman et al. 2001). Peut-être moins largement apprécié, cependant, est le fait que certaines fonctions écosystémiques facilement mesurables sont parfois utilisées comme proxies pour des fonctions et services écosystémiques plus difficiles à mesurer. Par exemple, la plupart des expériences biodiversité-fonctionnement écosystémique mesurent la productivité et supposent que ce paramètre corrèle avec un ensemble plus large de fonctions et services écosystémiques. Pourtant, des travaux récents ont montré que l'écosyLa productivité des tiges peut être très divergente par rapport à des fonctions et services tels que la consommation de méthane, le contrôle des ravageurs et la pollinisation (Werling et al. 2014). Une vaste gamme d'approches pour mesurer les fonctions écosystémiques et/ou les services écosystémiques est actuellement disponible pour les écologistes et les gestionnaires. Les tentatives à grande échelle d'évaluer la productivité écosystémique pourraient reposer sur des indicateurs tels que des variables climatiques et structurelles qui corréleront avec la productivité (Ruiz-Benito et al. 2014), ou des indices de végétation dérivés d'informations de télédétection (Pettorelli 2013b). Identifier quelles approches méthodologiques et indicateurs sont susceptibles de soutenir une prise de décision robuste dans un contexte donné constitue un défi particulier. La Directive-cadre sur l'eau de l'Union européenne (DCE), par exemple, utilise un score de statut écologique pour les habitats aquatiques pour représenter la quantité de services écosystémiques fournis. Une évaluation récente de l'utilisation du statut écologique par la DCE a montré que le statut corrèle avec certains services écosystémiques et la diversité taxonomique (Tolonen et al. 2014), suggérant que cet indicateur est utile pour évaluer rapidement la prestation globale de services (bien qu'une prudence soit requise lorsqu'on considère un ou quelques services). Par contraste, des analyses récentes ont montré que le type de couverture terrestre (par exemple, Ayanu et al. 2012) est un mauvais indicateur de service écosystémique, avec un potentiel à induire en erreur les stratégies de gestion (Eigenbrod et al. 2010). Les indicateurs basés sur les espèces pour évaluer la fonction écosystémique et la prestation de services ont également fait l'objet de discussions approfondies. Deux décennies de recherche ont été consacrées à tester les hypothèses selon lesquelles une plus grande diversité d'espèces conduit à une plus grande fonction écosystémique et prestation de services, dans le but d'établir la richesse spécifique comme indicateur de ces attributs écosystémiques (Balvanera et al. 2006; Cardinale et al. 2006). Les résultats à ce jour semblent cependant indiquer que la diversité fonctionnelle (Petchey & Gaston 2006; Mouchet et al. 2010; Cadotte, Carscadden & Mirotchnick 2011), plutôt que la richesse spécifique elle-même, affecte directement la fonction écosystémique et la prestation de services écosystémiques (Tilman et al. 2001; Cadotte, Carscadden & Mirotchnick 2011; Woodcock et al. 2014). La perte d'espèces peut être fonctionnellement aléatoire, avec pour résultat que certains scénarios d'extinction peuvent avoir des effets minimaux sur la diversité fonctionnelle (Sasaki et al. 2014), rendant la perte d'espèces un indicateur peu fiable de la perte de fonction écosystémique. Intéressamment, la diversité fonctionnelle et la diversité phylogénétique ont toutes deux été montrées comme expliquant la variation de la fonction écosystémique (Flynn et al. 2011; Cadotte 2013). Cependant, il existe des cas où la diversité phylogénétique et fonctionnelle ne sont pas fortement corrélées et montrent en réalité des réponses différentes aux perturbations ou à la gestion (Cadotte, Albert & Walker 2013; Bässler et al. 2014). Il est clair que plus de travail est nécessaire pour comprendre dans quelle mesure ces facettes de la diversité correspondent aux différences écologiques importantes qui influencent les fonctions écosystémiques susceptibles d'attirer des interventions de gestion. Dans l'ensemble, la validité des différents indicateurs pour la fonction écosystémique et la prestation de services a fait l'objet de nombreuses recherches, mais peu d'indicateurs ont été montrés comme fonctionnant bien dans une large gamme de scénarios. Les indicateurs doivent être utilisés avec prudence dans les situations où ils ont été montrés comme fonctionnels, ou soumis à une validation supplémentaire au-delà de ces circonstances. Les exemples ci-dessus mettent en évidence les défis de tirer des inférences de gestion robustes de la science écologique, offrant des aperçus sur l'utilisation appropriée des indicateurs et des façons de progresser. Ici, nous suggérons trois considérations essentielles lors de l'utilisation et/ou du développement d'indicateurs. Comme pour tant d'autres aspects de l'écologie, la pertinence des indicateurs dépend souvent de l'échelle d'enquête. Comme illustré par Bean et al. (2014), la résolution spatiale et l'étendue spatiale sont des entités corrélées dans la plupart des évaluations de la qualité des habitats. Sans surprise, les évaluations axées sur de plus petites zones ou utilisant des données environnementales collectées à une résolution spatiale plus élevée sont capables de détecter une plus grande variabilité dans la qualité apparente que les études à plus grande échelle et plus grossières. L'étendue et la résolution sont donc des paramètres importants qui façonnent directement l'utilité des évaluations de la qualité des habitats : les modèles à grande échelle sont plus susceptibles d'être adéquats pour identifier les zones protégées potentielles, tandis que des modèles à plus fine échelle seront nécessaires pour informer les stratégies de gestion locales telles que la restauration des habitats. L'échelle spatiale est également susceptible d'être fondamentale pour les débats sur l'utilité de la disponibilité des proies comme indicateur de la qualité des habitats pour les prédateurs. Les travaux récents sur les effets sublétaux de la prédation et le « paysage de la peur » montrent que les proies seront souvent les plus abondantes dans les zones où elles sont relativement inaccessibles aux prédateurs, et donc que la corrélation entre l'abondance des proies et la disponibilité des proies peut être faible (Laundré 2010). Cela suggère qu'à une fine échelle, la disponibilité des proies pourrait être un mauvais indicateur de la qualité des habitats – mais, à l'échelle du paysage, les prédateurs préféreront encore les zones avec une abondance de proies. Ainsi, l'échelle spatiale à laquelle une question est posée a une forte incidence sur la pertinence d'un indicateur donné. L'échelle temporelle pourrait également façonner la pertinence d'un indicateur. En raison de la variation d'activité d'une année sur l'autre, les indicateurs de densité de population basés sur les taux d'observation ou l'abondance des traces pourraient être de mauvais indicateurs des changements interannuels de la taille de la population. Cependant, sauf si l'activité ou la détectabilité montrent des tendances déterministes à long terme, ces indices seront utiles pour identifier l'existence de tendances dans l'abondance sur des périodes de temps plus longues. Même sur de courtes périodes, les indices peuvent être utiles, tant que la variation de la détectabilité et de l'activité est indépendante de l'abondance et d'une magnitude substantiellement inférieure à la variation de la taille de la population que les chercheurs souhaitent ou ne souhaitent pas que ce soit l'objet de travail à ces indicateurs. études et entre la résolution spatiale et temporelle Alors que l'utilisation récente de modèles d'occupation et de détectabilité encourage temporal ceci peut à une compréhension importante spatiale des espèces qui, dans de nombreux cas, peut être plus importante d'un point de vue conservation et al. 2014). dans un proxy donné est directement lié à la quantité de preuves ses Proxies à être à local donc est souvent une exigence de divers proxies pour l'abondance des populations a été le centre d'attention de Comme Nimmo et al. (2015) une gamme de preuves à soutenir l'utilisation de l'abondance des traces comme un proxy utile pour l'abondance de à grande cela pas que l'abondance des traces sera un proxy utile dans tous le travail s'est concentré sur les indices d'abondance et pour les facteurs qui déterminent comment la relation entre l'indice et l'abondance dans le temps et Par exemple, et al. données sur de dans le identifier les facteurs que Dans celui-ci ils étaient pour le temps de lorsque l'indice à absolu Saska et al. évalué le de sur l'activité de pour contrôler l'activité lorsque le piégeage à l'abondance relative. pour l'activité ou peut aussi des indices d'abondance à travers les espèces, ces indices sont basés sur les comptes de traces ou les taux de piégeage et al. 2008; et al. sont également disponibles pour de lorsque l'utilisation d'indices de densité de population basés sur l'abondance. Spécifiquement, & approches pour de à la fois observationnelles et à la fois de qui peuvent saper l'utilisation des comptes comme proxies pour l'abondance. évaluant la validité de divers proxies de la qualité de l'habitat sont également (voir, par exemple. Johnson 2007; Pettorelli 2013b). pour les proxies de la qualité de l'habitat dérivés de la modélisation de l'habitat peuvent être trouvés dans le travail qui à la qualité de Cela utilisé par et al. pour évaluer le de que la modélisation de l'habitat peut des zones que ces modèles produisent des proxies utiles pour la qualité de l'habitat qui est à le Un à celui-ci est que la modélisation de l'habitat basée sur ou présence/absence données ne peut entre et habitats. et al. mesures de dans l'habitat de convenance cependant, ces mesures seront souvent des proxies pour Comme proxies pour la fonction écosystémique et la prestation de services ont également été soumis à mais avec plusieurs proxies ont service écosystémique en particulier, une large gamme de processus Ainsi, une validation supplémentaire est susceptible d'être requise pour montrer que les proxies bien à travers L'un des fondamentaux pour les proxies de l'échelle spatiale et temporelle de la plupart des écologiques Cependant, et la recherche peut à et les proxies et pourrait aussi notre sur eux. Le par exemple, est une grande échelle qui sera information sur la distribution avec Le est à sur des décennies à un de sites et a le potentiel de fournir direct du lien entre et écosystème à notre compréhension de celui-ci aussi écologique avec un de sites à travers les sont sur des échelles. Le pour inclura le suivi animal sur une recherche de celui-ci Cela sera surveillance à distance de et de grands nombres d'individus d'espèces beaucoup plus petits que peuvent être à beaucoup cela sera direct de l'utilisation de l'habitat et le de l'habitat à une échelle au-delà actuellement notre compréhension de la validité des proxies pour la qualité de l'habitat. Les écologistes appliqués devraient à le que la gestion des ressources naturelles et la politique environnementale le possible sous-tendant la inférieure de la surveillance travail, les approches robustes à la politique et à la gestion nécessitent souvent la surveillance, à des clés écologiques à une échelle que le besoin de proxies. Comme Martin de la a nous il pour que cela sera à fournir vast à pour sur – mais nous toujours sur le un où nous déjà que ne pas être sur pour la surveillance qui donnent des aperçus dans les processus écologiques clés soutenant sur des aperçus pourraient notre compréhension des systèmes écologiques et, le de et à avec

@article{doi1011111365266412383,
    author = "Stephens, Philip A. and Pettorelli, Nathalie and Barlow, Jos and Whittingham, Mark J. and Cadotte, Marc W.",
    title = "Management by proxy? The use of indices in applied ecology",
    year = "2014",
    journal = "Journal of Applied Ecology",
    abstract = "Journal of Applied Ecology encourages contributions that can influence environmental management, policy or both, with evidence based on the most robust science possible. Natural resource management is often contentious, and any perceived weaknesses in the underpinning science are easily exploited by interest groups to undermine the wider endeavour (see, e.g. the experiences of the Intergovernmental Panel on Climate Change, Ravindranath 2010). Thus, the robustness of science designed to underpin management and policy is particularly important. Unfortunately, robust and unambiguous results are difficult to obtain in ecology. In particular, causal pathways in ecology are seldom linear, but are part of a ‘vast web of cause and effect’ of which, typically, we can study only a small part (Peters 1991; p. 134). Meaningful spatial and temporal scales for ecological processes often defy experiments, controlled manipulations and adequate replication; most modern ecological science is reliant on observational data and correlation is far easier to demonstrate than causation (cf. Sugihara et al. 2012). Formal experimentation is clearly impossible in the context of many of the most pressing questions of societal relevance, such as those regarding the impacts of climate change, large-scale agricultural intensification and habitat loss. The conceptual frameworks that inform our understanding of these processes often rely on entities that can be hard to measure directly and, thus, ecologists often depend on proxies or surrogates for those entities. In natural resource management, for example, common proxies include measures assumed to capture the conservation status of species, as well as measures assumed to provide information on ecosystems’ distribution, structure, functioning and service delivery (Mace et al. 2008; Ayanu et al. 2012; Pettorelli et al. 2014). Several studies have already pointed out issues and pitfalls related to the use of proxies in ecology and evolution (see, e.g. Nieberding \& Olivieri 2007; Sekar 2012; Best \& Stachowicz 2013) but less consideration has been given to the impacts of proxies on the robustness of management recommendations at a range of scales (but see Eigenbrod et al. 2010). This is despite the fact that proxies are a vital part of an applied ecologist's toolkit and are frequently used to link science with management and policy (Turnhout, Hisschemöller \& Eijsackers 2007). Here, we discuss the role of proxies in applied ecology and management by examining three recent examples of problematic issues: proxies for the abundance of animal populations; proxies for habitat quality; and proxies for ecosystem functions and ecosystem services delivery. While this list is far from exhaustive, these are issues we frequently see as journal editors. They provide a useful starting point to discuss possible directions to improve our use of proxies in natural resource management. Population size is a key requirement for supporting local decision-making in species-based management and is also used to inform several national and international policies and regulations. For example, population size and the rate at which it changes are fundamental to species listing and delisting decisions under the Endangered Species Act (U.S. Senate Committee on Environment \& Public Works 1973) and for the IUCN Red List (Mace et al. 2008); these decisions have knock-on implications for the international trade of organisms (CITES 1973). The use of indices as proxies for population abundance is perhaps one of the most widely recognized areas of contention in applied ecology. Across vast geographic areas, the relative abundances of many wildlife populations of cultural or economic importance are assessed using surveys that yield indices, rather than estimates, of abundance (Schwarz \& Seber 1999). These include, for example, track counts used to monitor the abundance of many mammal species, camera trapping rates used to index the abundance of elusive or low-density species, pitfall traps to assess invertebrate populations, and hunting offtake used as an index of the abundance of many game birds and mammals. These proxy methods have all been the focus of considerable concern (McDonald \& Harris 1999; Jennelle, Runge \& MacKenzie 2002; Pollock et al. 2002; Webbon, Baker \& Harris 2004; Keane, Jones \& Milner-Gulland 2011; Saska et al. 2013). The central criticism relates to the generally unverified assumption that the relationship between the index and the true abundance is direct and constant (Pollock et al. 2002). One basic issue underpinning this criticism is that all of these methods depend on encounters (between observers, cameras, traps or hunters and tracks, animals or quarry) which, in turn, depend on the levels of activity of individuals of the focal populations, the detectability of their signs and the extent of efforts to locate them. These factors are not expected to be static in either space or time (Pollock et al. 2002) and could be affected by behavioural changes along ecological gradients of management interest (such as agricultural intensification). In spite of these criticisms, indices of abundance remain in widespread use for a combination of reasons. First, collecting indices tends to be a lower-cost approach than determining absolute estimates of abundance (Jones 2011). Second, as Caughley (1977) observed, ‘absolute estimates of density [are often] unnecessary luxuries’, and management practices such as threshold harvesting or studies of relative habitat utilization are not reliant on estimates of absolute abundance. Third, in some situations, evidence suggests that indices can provide a reasonable proxy for abundance. A recent applied example relates to a critical issue in Australian wildlife management. Specifically, the extent to which track counts reflect true abundance is a key concern about studies of the ecological impacts of the dingo Canis lupus dingo (Hayward \& Marlow 2014). In defence of those studies, Nimmo et al. (2015) cite work showing that track counts were linearly related to the true abundances of various carnivores in a number of specific studies. Moreover, they point out that, for elusive species, indices based on abundant field signs might well be associated with lower uncertainty than population estimates based on sporadic but infrequent direct sightings (Nimmo et al. 2015). In summary, proxies for population abundance are widely used and often criticized. They might be adequate in some situations but that will usually depend on the specific management question being addressed. More often, indices of abundance are vulnerable to criticism and will require careful calibration. Identifying potential sites suitable for species translocations, or sites at which we should prioritize restoration efforts, are important management activities world-wide. Habitat monitoring is also strongly encouraged by international conventions: the Convention on the conservation of migratory species (CMS), for example, explicitly states that ‘parties that are range states of a migratory species shall endeavour to conserve and, where feasible and appropriate, restore those habitats of the species which are of importance in removing the species from danger of extinction’ (www.cms.int). Habitat is usually defined as the resources and conditions present in an area that produce occupancy – including survival and reproduction – by a given organism (Morrison, Marcot \& Mannan 1992). The spatial extent and resolution at which habitat is defined tends to be a function of several variables, such as the number of individuals considered, the body size of the species considered, and the spatial resolution at which habitat selection patterns are explored (itself shaped by the availability of environmental and species occurrence data; Pettorelli 2013a,b). Within this context, habitat quality is sometimes perceived as some function of fitness or per-capita population growth (Van Horne 1983; Johnson 2007), where these are expected to be higher in high-quality habitats. The problem with this definition of habitat quality is that measuring per-capita contributions to population growth in a given habitat requires intensive monitoring, usually over a long period. As a result, attempts to capture variation in per-capita population growth often use information that is less costly and time consuming to obtain, such as abundance, survival, body condition or corticosterone levels of the focal species (see, e.g. Van Horne 1983; Marra \& Holberton 1998; Johnson 2007). It has also been assumed that habitat suitability, usually determined from occurrence or presence/absence data using species distribution models (SDMs), will provide a useful indication of habitat quality (see, e.g. Larson et al. 2004; Martin et al. 2012). Working with the giant kangaroo rat Dipodomys ingens, Bean et al. (2014) compared these different proxies for habitat quality, using SDMs generated at a range of scales. They found that habitat suitability from SDMs correlated with abundance (especially when SDMs were parameterized at a fine scale) but not with survival or body condition. Life-history theory is reassuring in this regard, providing good reasons why neither survival (Pilastro, Tavecchia \& Marin 2003) nor body condition (Houston \& McNamara 1993) need be strongly related to habitat quality. More troubling, however, is that ecology also provides reasons to question the relationship between population abundance and habitat quality, especially where despotic behavioural processes can result in large numbers of individuals being excluded from high-quality (and into marginal) habitats (Van Horne 1983). These considerations call into question a number of widely used proxies for habitat quality. Habitat quality is unquestionably related to the availability of resources, but also to levels of predation. Which of these predominates in determining the quality of habitat for a given population is often described using the terminology of ‘bottom-up’ vs. ‘top-down’ control (e.g. Hunter \& Price 1992). The proportion of mortality attributable to predation is sometimes used as a proxy for the extent of top-down control (Sinclair, Mduma \& Brashares 2003; Hopcraft, Olff \& Sinclair 2010). Paradoxically, however, behavioural modelling of risk-sensitive foraging shows that an increase in predation may well result from a decline in food availability (McNamara \& Houston 1987). These results appear to be borne out in empirical systems (Sinclair \& Arcese 1995), undermining the use of predation rate as an index of top-down control and emphasizing the difficulty of teasing apart these processes. Overall, theoretical considerations suggest that proxies for habitat quality and the processes that determine it will often be flawed. As with proxies for abundance, however, proxies for habitat quality might be suitable for addressing management questions at some spatial scales. The challenge remains to identify those situations under which proxies are useful and to determine alternative approaches where they cannot be used. With a policy agenda increasingly focused on ecosystem service provision (Perrings et al. 2010), understanding the ecology of ecosystem functioning and its implications for the delivery of ecosystem services has never been more important. It can be extremely difficult to measure ecosystem function or service directly, and spatial proxies, such as small-scale above-ground biomass in plants, are often employed (e.g. Tilman et al. 2001). Perhaps less widely appreciated, however, is the fact that certain easily measured ecosystem functions are sometimes used as proxies for more difficult to measure ecosystem functions and services. For example, most biodiversity–ecosystem function experiments measure productivity and assume that this parameter correlates with a broader suite of ecosystem functions and services. Yet recent work has shown that ecosystem productivity can be quite divergent from functions and services such as methane consumption, pest control and pollination (Werling et al. 2014). A vast array of approaches to measure ecosystem functions and/or ecosystem services is currently available to ecologists and managers. Large-scale attempts to assess ecosystem productivity might rely on proxies such as climatic and structural variables that correlate with productivity (Ruiz-Benito et al. 2014), or vegetation indices derived from remote sensing information (Pettorelli 2013b). Identifying which methodological approaches and proxies are likely to support robust decision-making in a given context is a particular challenge. The European Union's Water Framework Directive (WFD), for example, uses an ecological status score for aquatic habitats to represent the amount of ecosystem service provisioned. One recent assessment of the WFD's use of ecological status found that status correlates with some ecosystem services and taxonomic diversity (Tolonen et al. 2014), suggesting that this proxy is useful for quickly assessing overall service delivery (though caution is required when considering single or few services). By contrast, recent analyses have shown that land cover type (e.g. Ayanu et al. 2012) is a poor proxy for ecosystem service, with potential to mislead management strategies (Eigenbrod et al. 2010). Species-based proxies for assessing ecosystem function and service delivery have also been heavily discussed. Two decades of research have now been devoted to testing the hypotheses that higher species diversity leads to greater ecosystem function and service delivery, with the view to establishing species richness as a proxy for these ecosystem attributes (Balvanera et al. 2006; Cardinale et al. 2006). Results so far, however, seem to indicate that functional diversity (Petchey \& Gaston 2006; Mouchet et al. 2010; Cadotte, Carscadden \& Mirotchnick 2011), rather than species richness itself, directly affects ecosystem function and the delivery of ecosystem services (Tilman et al. 2001; Cadotte, Carscadden \& Mirotchnick 2011; Woodcock et al. 2014). Species loss may be functionally random, with the result that certain extinction scenarios may have minimal effects on functional diversity (Sasaki et al. 2014), rendering species loss an unreliable indicator of ecosystem function loss. Interestingly, both functional and phylogenetic diversity have actually been shown to explain variation in ecosystem function (Flynn et al. 2011; Cadotte 2013). However, there are cases where phylogenetic and functional diversity may not be strongly correlated and actually show different responses to disturbance or management (Cadotte, Albert \& Walker 2013; Bässler et al. 2014). Clearly, more work is required to understand how well these facets of diversity correspond to the important ecological differences that influence the ecosystem functions that may attract management interventions. Overall, the validity of different proxies for ecosystem function and service provision has been the focus of much research but few proxies have been shown to work well across a wide range of scenarios. Proxies should be used cautiously in situations in which they have been shown to work, or subjected to further validation beyond those circumstances. The examples above highlight the challenges of drawing robust management-relevant inferences from ecological science, providing insights into the appropriate use of proxies and ways to move forward. Here, we suggest three essential considerations when using and/or developing proxies. As with so much in ecology, the relevance of proxies often depends on the scale of enquiry. As illustrated by Bean et al. (2014), spatial resolution and spatial extent are correlated entities in most habitat quality assessments. Unsurprisingly, assessments focused on smaller areas or utilizing environmental data collected at greater spatial resolution are capable of detecting greater variability in apparent quality than coarser, large-scale studies. Extent and resolution are, thus, important parameters that directly shape the usefulness of habitat quality assessments: broad-scale models are more likely to be adequate for identifying potential protected areas, whilst finer-scale models will be required to inform local management strategies such as habitat restoration. Spatial scale is also likely to be fundamental to debates about the usefulness of prey availability as an indicator of habitat quality for predators. Recent work on the sublethal effects of predation and the ‘landscape of fear’, shows that prey will often be most abundant in areas in which they are relatively inaccessible to predators and, thus, that the correlation between prey abundance and prey availability may be low (Laundré 2010). This suggests that, at a fine scale, prey availability might be a poor proxy for habitat quality – but, at a landscape scale, predators will still prefer areas with abundant prey. Thus, the spatial scale at which a question is posed has a strong bearing on the relevance of a given proxy. Temporal scale might also shape the relevance of a proxy. Owing to variation in activity among years, proxies for population density based on either sighting rates or spoor abundance might be poor indicators of interannual changes in population size. However, unless activity or detectability show long-term, deterministic trends, such indices will be useful to identify the existence of trends in abundance over longer time frames. Even over short time frames, indices might be useful, as long as the variation in detectability and activity is independent of abundance and of substantially lower magnitude than the variation in population size that researchers wish to or not this is the should be a focus of work at these proxies. studies and which an between spatial and the resolution of temporal While the recent use of occupancy and detectability models encourages temporal this can at a of understanding important spatial of species which, in many may be more important from a conservation et al. 2014). in a given proxy is directly related to the amount of evidence its Proxies to be to local so is often a requirement of various proxies for population abundance has been the focus of As Nimmo et al. (2015) a range of evidence to support the use of track abundance as a useful proxy for abundance of to large this not that track abundance will be a useful proxy in all work has focused on indices of abundance and for factors that determine how the relationship between the index and abundance across time and For example, et al. data on of in the to identify factors that In this they were to for time of when index to absolute Saska et al. assessed the of on the activity of to control for activity when pitfall trapping to relative abundance. for activity or can also of abundance indices across species, those indices are based on track counts or trapping rates et al. 2008; et al. are also available for for of when using indices of population density based on abundance. Specifically, \& approaches for for from both observational and both of which can undermine the use of counts as proxies for abundance. assessing the validity of various proxies of habitat quality are also (see, e.g. Johnson 2007; Pettorelli 2013b). for proxies of habitat quality derived from habitat suitability modelling can be found in work that to the quality of This used by et al. for assessing the of that habitat suitability modelling can areas that these models produce useful proxies for habitat quality that is to the One to this is that habitat suitability modelling based on or presence/absence data cannot between and habitats. et al. measures of into habitat suitability however, those measures will often be proxies for As proxies for ecosystem function and service provision have also been subjected to but with several proxies have ecosystem service in particular, a wide array of processes Thus, further validation is likely to be required to show that proxies well across One of the fundamental for proxies from the spatial and temporal scale of most ecological However, and research can to and proxies and might also our on them. The for example, is a large-scale which will information on distribution with The is to over decades at an of sites and has the potential to provide direct of the link between and ecosystem to our understanding of this also ecological with a of sites across the are on scales. The for will include animal monitoring on a research of the This will remote monitoring of the and of large numbers of individuals of species far smaller than can be at many this will direct of habitat use and the of habitat on a scale beyond currently our understanding of the validity of proxies for habitat quality. Applied ecologists should to the that natural resource management and environmental policy the possible underpinning the lower of monitoring work, robust approaches to policy and management often require monitoring, to key ecological on a scale that the need for proxies. As Martin of the has we it for that will to provide vast to for on – but we still about the one where we already that not be about for monitoring that yield insights into the key ecological processes supporting on insights could our understanding of ecological systems and, the of and to with",
    url = "https://doi.org/10.1111/1365-2664.12383",
    doi = "10.1111/1365-2664.12383",
    openalex = "W2021416891",
    references = "doi101038nature05202, doi101111j13652664201102048x, doi101111j14610248200600924x, doi101111j14610248200600963x, doi101126science1060391, doi101126science1227079, doi1023073808148, doi104324978184977263119, doi105281zenodo18167309, openalexw2014317435"
}

La sélection d'habitat est un comportement animal fondamental qui façonne une large gamme de processus écologiques, y compris le mouvement animal, le transfert de nutriments, la dynamique trophique et la distribution des populations. Bien que la sélection d'habitat ait été un objet d'étude des recherches écologiques depuis des décennies, les avancées technologiques, conceptuelles et méthodologiques au cours des 20 dernières années ont conduit à une augmentation des études traitant de ce processus. Malgré la littérature substantielle axée sur la quantification des modèles de sélection d'habitat des animaux, il existe un manque marqué de directives sur les meilleures pratiques analytiques. Les fondements conceptuels des cadres de modélisation les plus couramment appliqués peuvent être confus, même pour ceux qui sont bien versés dans leur application. De plus, il n'y a pas encore eu de synthèse des avancées réalisées au cours des 20 dernières années. Par conséquent, il y a un besoin à la fois de synthèse de l'état actuel des connaissances sur la sélection d'habitat et de directives pour ceux qui cherchent à étudier ce processus. Ici, nous fournissons un aperçu accessible et une synthèse de la littérature sur les analyses de sélection d'habitat (ASH) menées à l'aide de fonctions de sélection, qui sont de loin le cadre de modélisation le plus appliqué pour comprendre le processus de sélection d'habitat. Cette revue est volontairement non technique et axée sur la compréhension sans une notation mathématique et statistique lourde, ce qui peut confondre de nombreux praticiens. Nous offrons un aperçu et un historique des ASH, décrivant le chemin conceptuel tortueux vers notre compréhension actuelle. À travers cet aperçu, nous visons également à aborder les domaines de plus grande confusion dans la littérature. Nous synthétisons la littérature décrivant les avancées conceptuelles les plus passionnantes dans le domaine de la modélisation de la sélection d'habitat, en discutant des inférences écologiques et évolutives substantielles qui peuvent être faites en utilisant des techniques contemporaines. Nous visons à ce que ce papier apporte de la clarté à ceux qui naviguent dans la littérature complexe sur les ASH tout en servant de référence et de guide de bonnes pratiques pour les praticiens.

@article{doi101002eap2470,
    author = "Northrup, Joseph M. et Wal, Eric Vander et Bonar, Maegwin et Fieberg, John et Laforge, Michel P. et Leclerc, Martin et Prokopenko, Christina M. et Gerber, Brian D.",
    title = "Progrès conceptuels et méthodologiques dans la modélisation de la sélection d'habitat : directives pour l'écologie et l'évolution",
    year = "2021",
    journal = "Ecological Applications",
    abstract = "La sélection d'habitat est un comportement animal fondamental qui façonne une large gamme de processus écologiques, y compris le mouvement animal, le transfert de nutriments, la dynamique trophique et la distribution des populations. Bien que la sélection d'habitat ait été un objet d'étude des recherches écologiques depuis des décennies, les avancées technologiques, conceptuelles et méthodologiques au cours des 20 dernières années ont conduit à une augmentation des études traitant de ce processus. Malgré la littérature substantielle axée sur la quantification des modèles de sélection d'habitat des animaux, il existe un manque marqué de directives sur les meilleures pratiques analytiques. Les fondements conceptuels des cadres de modélisation les plus couramment appliqués peuvent être confus, même pour ceux qui sont bien versés dans leur application. De plus, il n'y a pas encore eu de synthèse des avancées réalisées au cours des 20 dernières années. Par conséquent, il y a un besoin à la fois de synthèse de l'état actuel des connaissances sur la sélection d'habitat et de directives pour ceux qui cherchent à étudier ce processus. Ici, nous fournissons un aperçu accessible et une synthèse de la littérature sur les analyses de sélection d'habitat (ASH) menées à l'aide de fonctions de sélection, qui sont de loin le cadre de modélisation le plus appliqué pour comprendre le processus de sélection d'habitat. Cette revue est volontairement non technique et axée sur la compréhension sans une notation mathématique et statistique lourde, ce qui peut confondre de nombreux praticiens. Nous offrons un aperçu et un historique des ASH, décrivant le chemin conceptuel tortueux vers notre compréhension actuelle. À travers cet aperçu, nous visons également à aborder les domaines de plus grande confusion dans la littérature. Nous synthétisons la littérature décrivant les avancées conceptuelles les plus passionnantes dans le domaine de la modélisation de la sélection d'habitat, en discutant des inférences écologiques et évolutives substantielles qui peuvent être faites en utilisant des techniques contemporaines. Nous visons à ce que ce papier apporte de la clarté à ceux qui naviguent dans la littérature complexe sur les ASH tout en servant de référence et de guide de bonnes pratiques pour les praticiens.",
    url = "https://doi.org/10.1002/eap.2470",
    doi = "10.1002/eap.2470",
    openalex = "W3207191671",
    references = "doi1011111365265612359, doi10249262020081320"
}

Depuis le début des années 1990, les écologues et les biologistes évolutionnistes ont agrégé des recherches primaires en utilisant des méthodes méta-analytiques pour comprendre les phénomènes écologiques et évolutionnistes. Les méta-analyses peuvent résoudre des disputes de longue date, dissiper des affirmations erronées et générer de nouvelles questions de recherche. Dans leur pire incarnation, cependant, les publications sur les méta-analyses sont des loups en peau de mouton : subjectives avec des conclusions biaisées, dissimulées sous des manteaux d'autorité objective. Les conclusions peuvent être rendues peu fiables par des méthodes statistiques inappropriées, des problèmes avec les méthodes utilisées pour sélectionner la recherche primaire, ou des problèmes au sein de la recherche primaire elle-même. En raison de ces risques, les méta-analyses sont de plus en plus menées dans le cadre de revues systématiques, qui utilisent des méthodes structurées, transparentes et reproductibles pour rassembler et résumer les preuves. Pour que les lecteurs déterminent si les conclusions d'une revue systématique ou d'une méta-analyse doivent être faites confiance - et pour pouvoir s'appuyer sur la revue - les auteurs doivent rapporter ce qu'ils ont fait, pourquoi ils l'ont fait, et ce qu'ils ont trouvé. Un rapport complet, transparent et reproductible est mesuré par la « qualité du rapport ». Pour évaluer les perceptions et les normes de qualité du rapport des revues systématiques et des méta-analyses publiées en écologie et en biologie évolutionniste, nous avons interrogé 208 chercheurs ayant une expérience pertinente (en tant qu'auteurs, relecteurs ou éditeurs), et avons mené des évaluations détaillées de 102 articles de revue systématique et de méta-analyse publiés entre 2010 et 2019. La qualité du rapport était bien en dessous de l'optimum et approximativement normalement distribuée. La qualité du rapport mesurée était inférieure à ce que la communauté percevait, en particulier pour les méthodes de revue systématique requises pour mesurer la fiabilité. La minorité des articles évalués qui référençaient une directive (~16 %) a montré une qualité de rapport substantiellement supérieure à la moyenne, et les chercheurs interrogés ont montré un intérêt pour l'utilisation d'une directive de rapport pour améliorer la qualité du rapport. La directive principale pour améliorer la qualité du rapport des revues systématiques est la déclaration Preferred Reporting Items for Systematic reviews and Meta-Analyses (PRISMA). Ici, nous dévoilons une extension de PRISMA pour servir la communauté des méta-analyses en écologie et en biologie évolutionniste : PRISMA-EcoEvo (version 1.0). PRISMA-EcoEvo est une liste de contrôle de 27 éléments principaux qui, lorsqu'ils sont applicables, doivent être rapportés dans les publications de revue systématique et de méta-analyse résumant la recherche primaire en écologie et en biologie évolutionniste. Dans ce document d'explication et d'élaboration, nous fournissons des conseils aux auteurs, relecteurs et éditeurs, avec des explications pour chaque élément de la liste de contrôle, y compris des exemples supplémentaires tirés d'articles publiés. Les auteurs peuvent consulter cette directive PRISMA-EcoEvo à la fois aux étapes de planification et d'écriture d'une revue systématique et d'une méta-analyse, pour augmenter la qualité du rapport des manuscrits soumis. Les relecteurs et les éditeurs peuvent utiliser la liste de contrôle pour évaluer la qualité du rapport dans les manuscrits qu'ils examinent. Dans l'ensemble, PRISMA-EcoEvo est une ressource pour la communauté de l'écologie et de la biologie évolutionniste pour faciliter des revues systématiques et des méta-analyses rapportées de manière transparente et complète.

@article{doi101111brv12721,
    author = "O’Dea, Rose E. et Lagisz, Malgorzata et Jennions, Michael D. et Koricheva, Julia et Noble, Daniel W. A. et Parker, Timothy et Gurevitch, Jessica et Page, Matthew J. et Stewart, Gavin et Moher, David et Nakagawa, Shinichi",
    title = "Éléments de déclaration recommandés pour les revues systématiques et les méta-analyses en écologie et biologie évolutive : une extension PRISMA",
    year = "2021",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society",
    abstract = "Depuis le début des années 1990, les écologistes et les biologistes évolutionnistes ont agrégé des recherches primaires en utilisant des méthodes méta-analytiques pour comprendre les phénomènes écologiques et évolutifs. Les méta-analyses peuvent résoudre des disputes de longue date, dissiper des affirmations erronées et générer de nouvelles questions de recherche. Dans leur pire incarnation, cependant, les publications sur les méta-analyses sont des loups en peau de mouton : subjectives avec des conclusions biaisées, dissimulées sous des manteaux d'autorité objective. Les conclusions peuvent être rendues peu fiables par des méthodes statistiques inappropriées, des problèmes avec les méthodes utilisées pour sélectionner la recherche primaire, ou des problèmes au sein de la recherche primaire elle-même. En raison de ces risques, les méta-analyses sont de plus en plus menées dans le cadre de revues systématiques, qui utilisent des méthodes structurées, transparentes et reproductibles pour rassembler et résumer les preuves. Pour que les lecteurs puissent déterminer si les conclusions d'une revue systématique ou d'une méta-analyse doivent être faites confiance - et pour pouvoir s'appuyer sur la revue - les auteurs doivent déclarer ce qu'ils ont fait, pourquoi ils l'ont fait, et ce qu'ils ont trouvé. La déclaration complète, transparente et reproductible est mesurée par la 'qualité de déclaration'. Pour évaluer les perceptions et les normes de qualité de déclaration des revues systématiques et des méta-analyses publiées en écologie et biologie évolutive, nous avons sondé 208 chercheurs avec une expérience pertinente (en tant qu'auteurs, relecteurs ou éditeurs), et mené des évaluations détaillées de 102 articles de revue systématique et de méta-analyse publiés entre 2010 et 2019. La qualité de déclaration était bien en dessous de l'optimum et approximativement normalement distribuée. La qualité de déclaration mesurée était inférieure à ce que la communauté percevait, en particulier pour les méthodes de revue systématique requises pour mesurer la fiabilité. La minorité des articles évalués qui référençaient une directive (\textasciitilde 16\%) montraient une qualité de déclaration nettement supérieure à la moyenne, et les chercheurs sondés ont montré un intérêt pour l'utilisation d'une directive de déclaration pour améliorer la qualité de déclaration. La directive principale pour améliorer la qualité de déclaration des revues systématiques est la déclaration des Éléments de déclaration recommandés pour les revues systématiques et les méta-analyses (PRISMA). Ici, nous dévoilons une extension de PRISMA pour servir la communauté des méta-analyses en écologie et biologie évolutive : PRISMA-EcoEvo (version 1.0). PRISMA-EcoEvo est une liste de contrôle de 27 éléments principaux qui, lorsqu'ils sont applicables, doivent être déclarés dans les publications de revue systématique et de méta-analyse résumant la recherche primaire en écologie et biologie évolutive. Dans ce document d'explication et d'élaboration, nous fournissons des conseils pour les auteurs, les relecteurs et les éditeurs, avec des explications pour chaque élément de la liste de contrôle, y compris des exemples supplémentaires tirés d'articles publiés. Les auteurs peuvent consulter cette directive PRISMA-EcoEvo à la fois aux étapes de planification et d'écriture d'une revue systématique et d'une méta-analyse, pour augmenter la qualité de déclaration des manuscrits soumis. Les relecteurs et les éditeurs peuvent utiliser la liste de contrôle pour évaluer la qualité de déclaration dans les manuscrits qu'ils relèvent. Dans l'ensemble, PRISMA-EcoEvo est une ressource pour la communauté en écologie et biologie évolutive pour faciliter des revues systématiques et des méta-analyses déclarées de manière transparente et complète.",
    url = "https://doi.org/10.1111/brv.12721",
    doi = "10.1111/brv.12721",
    openalex = "W3158015415",
    references = "doi101016jbiocon201506006, doi101038s4155901704025"
}

Les traits fonctionnels offrent un cadre quantitatif riche pour élaborer et tester des théories en biologie évolutive, en écologie et en science des écosystèmes. Cependant, le potentiel des traits fonctionnels à impulser des avancées théoriques et à affiner les modèles de changement global ne peut être pleinement réalisé que lorsque les informations au niveau des espèces sont complètes. Ici, nous présentons le jeu de données AVONET contenant des données de traits fonctionnels complets pour tous les oiseaux, incluant six variables écologiques, 11 traits morphologiques continus et des informations sur la taille et l'emplacement de l'aire de répartition. Les mesures morphologiques brutes proviennent de 90 020 individus de 11 009 espèces d'oiseaux actuels échantillonnés dans 181 pays. Ces données sont également résumées sous forme de moyennes d'espèces dans trois formats taxonomiques, permettant leur intégration avec une phylogénie mondiale, des cartes d'aires de répartition géographique, les données de la Liste rouge de l'UICN et la base de données de science citoyenne eBird. Le jeu de données AVONET fournit la représentation la plus détaillée de la variation des traits continus pour toute grande radiation d'organismes, offrant un modèle mondial pour tester des hypothèses et explorer les origines évolutives, la structure et le fonctionnement de la biodiversité.

@article{doi101111ele13898,
    author = "Tobias, Joseph A. et Sheard, Catherine et Pigot, Alex L. et Devenish, Adam J. M. et Yang, Jingyi et Sayol, Ferran et Neate‐Clegg, Montague H. C. et Alioravainen, Nico et Weeks, Thomas et Barber, Robert A. et Walkden, Patrick A. et MacGregor, Hannah E. A. et Jones, Samuel E. I. et Vincent, Claire et Phillips, Anna G. et Marples, Nicola M. et Montaño‐Centellas, Flavia et Leandro‐Silva, Victor et Claramunt, Santiago et Darski, Bianca et Freeman, Benjamin G. et Bregman, Tom P. et Cooney, Christopher R. et Hughes, Emma C. et Capp, Elliot J. R. et Varley, Zoë K. et Friedman, Nicholas R. et Korntheuer, Heiko et Corrales‐Vargas, Andrea et Trisos, Christopher H. et Weeks, Brian C. et Hanz, Dagmar M. et Töpfer, Till et Bravo, Gustavo A. et Remeš, Vladimír et Nowak, Larissa et Carneiro, Lincoln Silva et R., Amilkar J. Moncada et Matysioková, Beata et Baldassarre, Daniel T. et Martínez‐Salinas, Alejandra et Wolfe, Jared D. et Chapman, Philip M. et Daly, Benjamin G. et Sorensen, Marjorie C. et Neu, Alexander et Ford, Michael A. et Mayhew, Rebekah J. et Silveira, Luís Fábio et Kelly, David et Annorbah, Nathaniel N. D. et Pollock, Henry S. et Grabowska-Zhang, Ada et McEntee, Jay P. et Gonzalez, Juan Carlos T. et Meneses, Camila G. et Muñoz, Marcia C. et Powell, Luke L. et Jamie, Gabriel A. et Matthews, Thomas J. et Johnson, Oscar W. et Brito, Guilherme Renzo Rocha et Zyskowski, Kristof et Crates, Ross et Harvey, Michael et Zevallos, Maura Jurado et Hosner, Peter A. et Bradfer‐Lawrence, Tom et Maley, James M. et Stiles, F. Gary et Lima, Hevana S. et Provost, Kaiya L. et Chibesa, Moses et Mashao, Mmatjie et Howard, Jeffrey T. et Mlamba, Edson et Chua, Marcus A.H. et Li, Bicheng et Gómez, María Isabel et García, Natalia C. et Päckert, Martin et Fuchs, Jérôme et Ali, Jarome R. et Derryberry, Elizabeth P. et Carlson, Monica L. et Urriza, Rolly C. et Brzeski, Kristin E. et Prawiradilaga, Dewi M. et Rayner, Matt J. et Miller, Eliot T. et Bowie, Rauri C. K. et Lafontaine, René‐Marie et Scofield, R. Paul et Lou, Yingqiang et Somarathna, Lankani et Lepage, Denis et Illif, Marshall et Neuschulz, Eike Lena et Templin, Mathias et Dehling, D. Matthias",
    title = "AVONET : données morphologiques, écologiques et géographiques pour tous les oiseaux",
    year = "2022",
    journal = "Ecology Letters",
    abstract = "Les traits fonctionnels offrent un cadre quantitatif riche pour élaborer et tester des théories en biologie évolutive, en écologie et en science des écosystèmes. Cependant, le potentiel des traits fonctionnels à impulser des avancées théoriques et à affiner les modèles de changement global ne peut être pleinement réalisé que lorsque les informations au niveau des espèces sont complètes. Ici, nous présentons le jeu de données AVONET contenant des données de traits fonctionnels complets pour tous les oiseaux, incluant six variables écologiques, 11 traits morphologiques continus et des informations sur la taille et l'emplacement de l'aire de répartition. Les mesures morphologiques brutes proviennent de 90 020 individus de 11 009 espèces d'oiseaux actuels échantillonnés dans 181 pays. Ces données sont également résumées sous forme de moyennes d'espèces dans trois formats taxonomiques, permettant leur intégration avec une phylogénie mondiale, des cartes d'aires de répartition géographique, les données de la Liste rouge de l'UICN et la base de données de science citoyenne eBird. Le jeu de données AVONET fournit la représentation la plus détaillée de la variation des traits continus pour toute grande radiation d'organismes, offrant un modèle mondial pour tester des hypothèses et explorer les origines évolutives, la structure et le fonctionnement de la biodiversité.",
    url = "https://doi.org/10.1111/ele.13898",
    doi = "10.1111/ele.13898",
    openalex = "W4213419599",
    references = "doi101038nature11631, doi101038nature21074, doi101038s4155901704025, doi101111j13652664201102048x, doi101111j14610248201001509x, doi1018900814941, openalexw1904943263"
}

Les systèmes à haute altitude abritent des espèces adaptées à des conditions extrêmes, et leur terrain accidenté et leurs microclimats variables façonnent fortement l'évolution et la persistance. Pourtant, peu d'études ont évalué comment la géographie et le climat façonnent conjointement la diversité génétique, l'adaptation locale et la vulnérabilité aux changements environnementaux. Ici, nous examinons ces processus chez la Perdrix tibétaine (Perdix hodgsoniae), un oiseau endémique d'altitude réparti à travers les régions arides de l'ouest et humides du nord-est du paysage sino-himalayen. La topographie complexe de cette région et ses conditions climatiques contrastées offrent un cadre naturel pour examiner la divergence des populations, l'adaptation associée au climat et la résilience future. Nous avons intégré des données de séquençage génomique complet, écologiques, climatiques, de paysage et morphologiques pour examiner les modèles actuels d'adaptation locale et prévoir les risques induits par le climat. Nos résultats montrent que les barrières biogéographiques et les gradients climatiques conduisent tous deux à une divergence rapide des populations chez P. hodgsoniae, reflétée par des traits morphologiques distincts et une structure génétique des populations. Les populations dans les paysages occidentaux secs et fragmentés montrent une adaptation à la température, tandis que celles dans les régions humides du nord-est présentent une adaptation principalement aux précipitations. Ces trajectoires adaptatives contrastées conduisent à des niveaux de vulnérabilité variables, les paysages arides et isolés limitant les flux géniques et la diversité génétique, augmentant ainsi la sensibilité aux changements climatiques futurs. En revanche, les régions humides maintiennent une connectivité plus forte et des tailles effectives de population plus grandes, soutenant une plus grande diversité génétique et facilitant l'adaptation liée aux précipitations. Ensemble, nous démontrons que les paysages montagneux fonctionnent comme une « épée à double tranchant » en générant et limitant simultanément la biodiversité par l'isolement, et en contraignant la persistance au sein de refuges microclimatiques. Cette étude souligne la valeur d'intégrer des données génomiques, écologiques, climatiques et de paysage pour révéler les mécanismes de divergence et éclairer la planification de la conservation face à des changements environnementaux rapides.

@article{doi101111mec70274,
    author = "Wang, Nan et Ghimire, Prashant et Chhetri, Pritam et Dahal, Nishma et Yi, Cheng et Zhang, Tong et Zhuoga, Suonan et Jiangyong, Zhaxi et Lamichhaney, Sangeet",
    title = "Biogéographie et climat conduisent à la divergence des populations et à la vulnérabilité génomique chez un oiseau endémique d'altitude élevée.",
    year = "2026",
    journal = "Molecular ecology",
    abstract = "Les systèmes à haute altitude abritent des espèces adaptées à des conditions extrêmes, et leur terrain accidenté et leurs microclimats variables façonnent fortement l'évolution et la persistance. Pourtant, peu d'études ont évalué comment la géographie et le climat façonnent conjointement la diversité génétique, l'adaptation locale et la vulnérabilité aux changements environnementaux. Ici, nous examinons ces processus chez la Perdrix tibétaine (Perdix hodgsoniae), un oiseau endémique d'altitude réparti à travers les régions arides de l'ouest et humides du nord-est du paysage sino-himalayen. La topographie complexe de cette région et ses conditions climatiques contrastées offrent un cadre naturel pour examiner la divergence des populations, l'adaptation associée au climat et la résilience future. Nous avons intégré des données de séquençage génomique complet, écologiques, climatiques, de paysage et morphologiques pour examiner les modèles actuels d'adaptation locale et prévoir les risques induits par le climat. Nos résultats montrent que les barrières biogéographiques et les gradients climatiques conduisent tous deux à une divergence rapide des populations chez P. hodgsoniae, reflétée par des traits morphologiques distincts et une structure génétique des populations. Les populations dans les paysages occidentaux secs et fragmentés montrent une adaptation à la température, tandis que celles dans les régions humides du nord-est présentent une adaptation principalement aux précipitations. Ces trajectoires adaptatives contrastées conduisent à des niveaux de vulnérabilité variables, les paysages arides et isolés limitant les flux géniques et la diversité génétique, augmentant ainsi la sensibilité aux changements climatiques futurs. En revanche, les régions humides maintiennent une connectivité plus forte et des tailles effectives de population plus grandes, soutenant une plus grande diversité génétique et facilitant l'adaptation liée aux précipitations. Ensemble, nous démontrons que les paysages montagneux fonctionnent comme une « épée à double tranchant » en générant et limitant simultanément la biodiversité par l'isolement, et en contraignant la persistance au sein de refuges microclimatiques. Cette étude souligne la valeur d'intégrer des données génomiques, écologiques, climatiques et de paysage pour révéler les mécanismes de divergence et éclairer la planification de la conservation face à des changements environnementaux rapides.",
    url = "https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC12924089/",
    doi = "10.1111/mec.70274",
    openalex = "W7130831913",
    pmcid = "PMC12924089",
    pmid = "41721581",
    references = "doi1010020471250953bi1110s43, doi101002joc5086, doi101093bioinformaticsbtp324, doi101093bioinformaticsbtr330, doi101093sysbiosyy032, doi101111j13652664200601214x, doi101148radiology14317063747, doi101186147121487214, doi101371journalpone0009490, doi1018637jssv022i04"
}