Tecnologia CRISPR

@article{zetsche2015cpf1,
    author = "Zetsche, Bernd and Gootenberg, Jonathan S. and Abudayyeh, Omar O. and Slaymaker, Ian M. and Makarova, Kira S. and Essletzbichler, Patrick and Volz, Sara E. and Joung, J. Keith and van der Oost, John and Regev, Aviv and Koonin, Eugene V. and Zhang, Feng",
    title = "{Cpf

@article{wang2014genetic,
    author = "Wang, Tim and Wei, Jenny J. and Sabatini, David M. and Lander, Eric S.",
    title = "Genetic screens in human cells using the {CRISPR}-{Cas9} system",
    year = "2014",
    journal = "Science",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1246981",
    doi = "10.1126/science.1246981",
    number = "6166",
    pages = "80--84",
    volume = "343",
    x-summary = "Foundational CRISPR-Cas9 screening platform paper in human cells."
}

@article{shalem2014genome,
    author = "Shalem, Ophir and Sanjana, Neville E. and Hartenian, Ella and Shi, Xi and Scott, David A. and Mikkelson, Tarjei and Heckl, Dirk and Ebert, Benjamin L. and Root, David E. and Doench, John G. and Zhang, Feng",
    title = "Genome-scale {CRISPR}-{Cas9} knockout screening in human cells",
    year = "2014",
    journal = "Science",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1247005",
    doi = "10.1126/science.1247005",
    number = "6166",
    pages = "84--87",
    volume = "343",
    x-summary = "Foundational genome-scale CRISPR knockout screening study."
}

@article{doudna2014new,
    author = "Doudna, Jennifer A. and Charpentier, Emmanuelle",
    title = "The new frontier of genome engineering with {CRISPR}-{Cas9}",
    year = "2014",
    journal = "Science",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1258096",
    doi = "10.1126/science.1258096",
    number = "6213",
    pages = "1258096",
    volume = "346",
    x-summary = "Review of CRISPR-Cas9 genome engineering by key developers of the technology."
}

@article{doi101038nature13166,
    author = "Zhou, Yuexin and Zhu, Shiyou and Cai, Changzu and Yuan, Pengfei and Li, Chunmei and Huang, Yanyi and Wei, Wensheng",
    title = "High-throughput screening of a CRISPR/Cas9 library for functional genomics in human cells",
    year = "2014",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature13166",
    doi = "10.1038/nature13166",
    note = "discovered\_from = {doi101186s1305901405508}",
    number = "7501",
    pages = "487-491",
    volume = "509"
}

@article{doi101016jcell201405010,
    author = "Hsu, Patrick D. and Lander, Eric S. and Zhang, Feng",
    title = "Development and Applications of CRISPR-Cas9 for Genome Engineering",
    year = "2014",
    journal = "Cell",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.cell.2014.05.010",
    doi = "10.1016/j.cell.2014.05.010",
    note = "discovered\_from = {doi101038s4157601901587}",
    number = "6",
    pages = "1262-1278",
    volume = "157"
}

@article{mali2013rna,
    author = "Mali, Prashant and Yang, Luhan and Esvelt, Kevin M. and Aach, John and Guell, Marc and DiCarlo, James E. and Norville, Julie E. and Church, George M.",
    title = "{RNA}-guided human genome engineering via {Cas9}",
    year = "2013",
    journal = "Science",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1232033",
    doi = "10.1126/science.1232033",
    number = "6121",
    pages = "823--826",
    volume = "339",
    x-summary = "Early demonstration of RNA-guided Cas9 engineering in human cells."
}

@article{hwang2013efficient,
    author = "Hwang, Woong Y. and Fu, Yanfang and Reyon, Deepak and Maeder, Morgan L. and Tsai, Shengdar Q. and Sander, Jeffry D. and Peterson, Randall T. and Yeh, Joung K. and Joung, J. Keith",
    title = "Efficient genome editing in zebrafish using a {CRISPR}-{Cas} system",
    year = "2013",
    journal = "Nature Biotechnology",
    url = "https://doi.org/10.1038/nbt.2501",
    doi = "10.1038/nbt.2501",
    number = "3",
    pages = "227--229",
    volume = "31",
    x-summary = "Early demonstration of CRISPR-Cas genome editing in a vertebrate model organism."
}

Taking CRISPR technology further CRISPR techniques are allowing the development of technologies for nucleic acid detection (see the Perspective by Chertow). Taking advantages of the distinctive enzymatic properties of CRISPR enzymes, Gootenberg et al. developed an improved nucleic acid detection technology for multiplexed quantitative and highly sensitive detection, combined with lateral flow for visual readout. Myhrvold et al. added a sample preparation protocol to create a field-deployable viral diagnostic platform for rapid detection of specific strains of pathogens in clinical samples. Cas12a (also known as Cpf1), a type V CRISPR protein, cleaves double-stranded DNA and has been adapted for genome editing. Chen et al. discovered that Cas12a also processes single-stranded DNA threading activity. A technology platform based on this activity detected human papillomavirus in patient samples with high sensitivity. Science, this issue p. 439, p. 444, p. 436; see also p. 381

@article{doi101126scienceaas8836,
    author = "Myhrvold, Cameron and Freije, Catherine A. and Gootenberg, Jonathan S. and Abudayyeh, Omar O. and Metsky

@article{doi101038s4155101803187,
    author = "Zhu, Haibao and Zhang, Linlin and Tong, Sheng and Lee, Ciaran M. and Deshmukh, Harshavardhan and Bao, Gang",
    title = "Spatial control of in vivo CRISPR–Cas9 genome editing via nanomagnets",
    year = "2018",
    journal = "Nature Biomedical Engineering",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41551-018-0318-7",
    doi = "10.1038/s41551-018-0318-7",
    note = "discovered\_from = {doi101038s4157801901486}",
    number = "2",
    pages = "126-136",
    volume = "3"
}

@article{doi101038s4155101701786,
    author = "Listgarten, Jennifer and Weinstein, Michael and Kleinstiver, Benjamin P. and Sousa, Alexander A. and Joung, J. Keith and Crawford, Jake and Gao, Kevin and Hoang, Luong and Elibol, Melih and Doench, John G. and Fusi, Nicolo",
    title = "Prediction of off-target activities for the end-to-end design of CRISPR guide RNAs",
    year = "2018",
    journal = "Nature Biomedical Engineering",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41551-017-0178-6",
    doi = "10.1038/s41551-017-0178-6",
    note = "discovered\_from = {doi101038s4159101803007}",
    number = "1",
    pages = "38-47",
    volume = "2"
}

@article{doi101038nbt4061,
    author = "Kim, Hui Kwon and Min, Seonwoo and Song, Myungjae and Jung, Soobin and Choi, Jae Woo and Kim, Younggwang and Lee, Sangeun and Yoon, Sungroh and Kim, Hyongbum (Henry)",
    title = "Deep learning improves prediction of CRISPR–Cpf1 guide RNA activity",
    year = "2018",
    journal = "Nature Biotechnology",
    url = "https://doi.org/10.1038/nbt.4061",
    doi = "10.1038/nbt.4061",
    note = "discovered\_from = {doi101038s4159101803007}",
    number = "3",
    pages = "239-241",
    volume = "36"
}

@article{gootenberg2017nucleic,
    author = "Gootenberg, Jonathan S. and Abudayyeh, Omar O. and Lee, Jeong Wook and Essletzbichler, Patrick and Dy, Amy J. and Joung, Julia and Verdine, Vanessa and Donghia, Nina and Daringer, Nichole M. and Freije, Catherine A. and Myhrvold, Cameron and Bhattacharyya, Rumi P. and Livny, Jonathan and Regev, Aviv and Koonin, Eugene V. and Hung, Deborah T. and Sabeti, Pardis C. and Collins, James J. and Zhang, Feng",
    title = "Nucleic acid detection with {CRISPR}-{Cas13a}/{C2c2}",
    year = "2017",
    journal = "Science",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.aam9321",
    doi = "10.1126/science.aam9321",
    number = "6336",
    pages = "438--442",
    volume = "356",
    x-summary = "Introduces SHERLOCK-style CRISPR-Cas13 nucleic acid detection."
}

@article{gaudelli2017programmable,
    author = "Gaudelli, Nicole M. and Komor, Alexis C. and Rees, Holly A. and Packer, Michael S. and Badran, Ahmed H. and Bryson, David I. and Liu, David R.",
    title = "Programmable base editing of {A}•{T} to {G}•{C} in genomic {DNA} without {DNA} cleavage",
    year = "2017",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature24644",
    doi = "10.1038/nature24644",
    number = "7681",
    pages = "464--471",
    volume = "551",
    x-summary = "Introduces adenine base editing."
}

@article{doi101038nature24049,
    author = "Abudayyeh, Omar O. and Gootenberg, Jonathan S. and Essletzbichler, Patrick and Han, Shuo and Joung, Julia and Belanto, Joseph J. and Verdine, Vanessa and Cox, David B. T. and Kellner, Max J. and Regev, Aviv and Lander, Eric S. and Voytas, Daniel F. and Ting, Alice Y. and Zhang, Feng",
    title = "RNA targeting with CRISPR–Cas13",
    year = "2017",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature24049",
    doi = "10.1038/nature24049",
    note = "discovered\_from = {doi101038s4157601901587}",
    number = "7675",
    pages = "280-284",
    volume = "550"
}

@article{doi101038s4159101803386,
    author = "Santiago-Fernández, Olaya and Osorio, Fernando G. and Quesada, Víctor and Rodríguez, Francisco and Basso, Sammy and Maeso, Daniel and Rolas, Loïc and Barkaway, Anna and Nourshargh, Sussan and Folgueras, Alicia R. and Freije, José M. P. and López-Otín, Carlos",
    title = "Development of a CRISPR/Cas9-based therapy for Hutchinson–Gilford progeria syndrome",
    year = "2019",
    journal = "Nature Medicine",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41591-018-0338-6",
    doi = "10.1038/s41591-018-0338-6",
    note = "discovered\_from = {doi101016jcell202211001}",
    number = "3",
    pages = "423-426",
    volume = "25"
}

@article{anzalone2019search,
    author = "Anzalone, Andrew V. and Randolph, Peyton B. and Davis, Jessie R. and Sousa, Alexander A. and Koblan, Luke W. and Levy, Jonathan M. and Chen, Peter J. and Wilson, Christopher and Newby, Gregory A. and Raguram, Aditya and Liu, David R.",
    title = "Search-and-replace genome editing without double-strand breaks or donor {DNA}",
    year = "2019",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41586-019-1711-4",
    doi = "10.1038/s41586-019-1711-4",
    number = "7785",
    pages = "149--157",
    volume = "576",
    x-summary = "Introduz a edição prime."
}

@article{knott2018crispr,
    author = "Knott, Gavin J. and Doudna, Jennifer A.",
    title = "{CRISPR}-{Cas} guides the future of genetic engineering",
    year = "2018",
    journal = "Science",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.aat5011",
    doi = "10.1126/science.aat5011",
    number = "6405",
    pages = "866--869",
    volume = "361",
    x-summary = "Revisão acessível da tecnologia CRISPR-Cas e suas aplicações."
}

@article{gootenberg2018multiplexed,
    author = "Gootenberg, Jonathan S. and Abudayyeh, Omar O. and Kellner, Max J. and Joung, Julia and Collins, James J. and Zhang, Feng",
    title = "Multiplexed and portable nucleic acid detection platform with {Cas13}, {Cas12a}, and {Csm6}",
    year = "2018",
    journal = "Science",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.aaq0179",
    doi = "10.1126/science.aaq0179",
    number = "6387",
    pages = "439--444",
    volume = "360",
    x-summary = "Estende diagnósticos CRISPR para detecção multiplexada e portátil."
}

O sistema de repetições palindrômicas curtas espaçadas regularmente em clusters (CRISPR)/genes associados ao CRISPR (Cas) tem sido rapidamente aproveitado para realizar diversas tarefas de engenharia genômica. Recentemente, demonstrou-se que uma nova proteína efetora do CRISPR direcionada ao RNA, chamada Cas13, liga-se e cliva RNA em vez de substratos de DNA, de forma análoga ao sistema de interferência de RNA eucariótico. Os efetores Cas13a–Cas13d conhecidos são capazes de clivar eficientemente RNAs de fita simples complementares ao alvo, o que representa uma alternativa potencialmente mais segura à desoxirribonuclease Cas9, pois induz fenótipos de perda de função sem perda genômica do gene alvo. Além disso, através da melhoria nas funcionalidades dos efetores Cas13, foi desenvolvido um sistema chamado REPAIR para editar transcritos completos contendo mutações patogênicas, proporcionando assim uma oportunidade promissora para edição de bases precisa. Além disso, a engenharia avançada deste efetor do CRISPR também permite a detecção de ácidos nucleicos, possibilitando a identificação de mutações no DNA tumoral livre de células através de uma plataforma denominada Specific High Sensitivity Enzymatic Reporter Unlocking. Todas essas propriedades nos dão uma visão do potencial do kit de ferramentas CRISPR para engenharia precisa de transcriptoma, possivelmente levando a uma expansão das tecnologias CRISPR para terapias e diagnósticos de câncer. Aqui, examinamos aspectos anteriormente não abordados da abordagem baseada em CRISPR direcionada ao RNA como uma estratégia viável para interrogar globalmente a função gênica no câncer de forma programável. Cancer Res; 78(15); 4107–13. ©2018 AACR.

@article{doi10115800085472can180785,
    author = "Granados-Riveron, Javier T. and Aquino-Jarquin, Guillermo",
    title = "CRISPR–Cas13 Precision Transcriptome Engineering in Cancer",
    year = "2018",
    journal = "Cancer Research",
    abstract = "O sistema de repetições palindrômicas curtas espaçadas regularmente em clusters (CRISPR)/genes associados ao CRISPR (Cas) tem sido rapidamente aproveitado para realizar diversas tarefas de engenharia genômica. Recentemente, demonstrou-se que uma nova proteína efetora do CRISPR direcionada ao RNA, chamada Cas13, liga-se e cliva RNA em vez de substratos de DNA, de forma análoga ao sistema de interferência de RNA eucariótico. Os efetores Cas13a–Cas13d conhecidos são capazes de clivar eficientemente RNAs de fita simples complementares ao alvo, o que representa uma alternativa potencialmente mais segura à desoxirribonuclease Cas9, pois induz fenótipos de perda de função sem perda genômica do gene alvo. Além disso, através da melhoria nas funcionalidades dos efetores Cas13, foi desenvolvido um sistema chamado REPAIR para editar transcritos completos contendo mutações patogênicas, proporcionando assim uma oportunidade promissora para edição de bases precisa. Além disso, a engenharia avançada deste efetor do CRISPR também permite a detecção de ácidos nucleicos, possibilitando a identificação de mutações no DNA tumoral livre de células através de uma plataforma denominada Specific High Sensitivity Enzymatic Reporter Unlocking. Todas essas propriedades nos dão uma visão do potencial do kit de ferramentas CRISPR para engenharia precisa de transcriptoma, possivelmente levando a uma expansão das tecnologias CRISPR para terapias e diagnósticos de câncer. Aqui, examinamos aspectos anteriormente não abordados da abordagem baseada em CRISPR direcionada ao RNA como uma estratégia viável para interrogar globalmente a função gênica no câncer de forma programável. Cancer Res; 78(15); 4107–13. ©2018 AACR.",
    url = "https://doi.org/10.1158/0008-5472.can-18-0785",
    doi = "10.1158/0008-5472.can-18-0785",
    note = "discovered\_from = {doi101038s4157601901587}",
    number = "15",
    pages = "4107-4113",
    volume = "78"
}

Métodos moleculares estão evoluindo rapidamente para permitir diagnósticos de ácidos nucleicos fora de um ambiente de laboratório. Tais técnicas estão principalmente utilizando amplificação isotérmica, como Amplificação por Polimerase Recombinase (RPA) e Amplificação Isotérmica Mediada por Loop (LAMP), mas ainda não foram totalmente exploradas para monitoramento utilizando DNA ambiental (eDNA). Apresentamos anteriormente uma abordagem RPA‐CRISPR‐Cas para detecção de salmão-atlântico na Irlanda e no Canadá e, neste manuscrito, apresentamos uma aplicação adicional desta técnica para monitoramento de truta-marim e char-do-ártico na Bacia de Burrishoole, Condado de Mayo, Irlanda. Ao desenvolver esses ensaios, oferecemos uma abordagem alternativa aos ensaios baseados em PCR anteriormente publicados e evoluímos uma abordagem simplificada para monitoramento de espécies únicas utilizando RPA‐CRISPR‐Cas, reduzindo o tempo de aquisição de fluorescência de 2 h para 30 min. Isto demonstra a aplicabilidade de usar ensaios RPA‐CRISPR‐Cas para detecção baseada em eDNA além do salmão-atlântico, com o benefício adicional de um tempo de ensaio mais rápido sem comprometer a sensibilidade de detecção.

@article{doi101002edn3384,
    author = "Williams, Molly Ann and de Eyto, Elvira and Caestecker, Silke and Regan, Fiona and Parle‐McDermott, Anne",
    title = "Development and field validation of RPA‐CRISPR‐Cas environmental DNA assays for the detection of brown trout (Salmo trutta) and Arctic char (Salvelinus alpinus)",
    year = "2023",
    journal = "Environmental DNA",
    abstract = "Molecular methods are rapidly evolving to enable nucleic acid diagnostics outside a laboratory setting. Such techniques are primarily utilizing isothermal amplification such as Recombinase Polymerase Amplification (RPA) and Loop‐Mediated Isothermal Amplification (LAMP) but are yet to be fully explored for monitoring using environmental DNA (eDNA). We previously presented an RPA‐CRISPR‐Cas approach for detection of Atlantic salmon in Ireland and Canada and in this manuscript we present a further application of this technique for monitoring of brown trout and Arctic char in the Burrishoole Catchment, Co. Mayo, Ireland. In developing these assays, we offer an alternative approach to the PCR‐based assays previously published and have evolved a streamlined approach to single‐species monitoring using RPA‐CRISPR‐Cas, reducing the fluorescence acquisition time from 2 h to 30 min. This demonstrates the applicability of using RPA‐CRISPR‐Cas assays for eDNA‐based detection beyond Atlantic salmon with the added benefit of a faster assay time without compromising detection sensitivity.",
    url = "https://doi.org/10.1002/edn3.384",
    doi = "10.1002/edn3.384",
    note = "discovered\_from = {doi101002ece373386}",
    number = "2",
    pages = "240-250",
    volume = "5"
}

A inativação do gene de acetiltransferase de histona KAT7 prolonga a sobrevivência em camundongos naturalmente envelhecidos e em camundongos progeroides que envelhecem prematuramente.

@article{doi101126scitranslmedabd2655,
    author = "Wang, Wei and Zheng, Yuxuan and Sun, Shuhui and Li, Wei and Song, Moshi and Ji, Qianzhao and Wu, Zeming and Liu, Zunpeng and Fan, Yanling and Liu, Feifei and Li, Jingyi and Esteban, Concepcion Rodriguez and Wang, Si and Zhou, Qi and Belmonte, Juan Carlos Izpisua and Zhang, Weiqi and Qu, Jing and Tang, Fuchou and Liu, Guang-Hui",
    title = "A genome-wide CRISPR-based screen identifies KAT7 as a driver of cellular senescence",
    year = "2021",
    journal = "Science Translational Medicine",
    abstract = "Inactivation of the histone acetyltransferase gene KAT7 prolongs survival in naturally aged mice and progeroid mice that age prematurely.",
    url = "https://doi.org/10.1126/scitranslmed.abd2655",
    doi = "10.1126/scitranslmed.abd2655",
    note = "discovered\_from = {doi101016jcell202211001}",
    number = "575",
    volume = "13"
}

@article{pickar2019crispr,
    author = "Pickar-Oliver, Adrian and Gersbach, Charles A.",
    title = "{CRISPR}-{Cas9} genome editing technology and applications",
    year = "2019",
    journal = "Nature Reviews Molecular Cell Biology",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41580-019-0131-5",
    doi = "10.1038/s41580-019-0131-5",
    number = "8",
    pages = "490--507",
    volume = "20",
    x-summary = "Broad review of CRISPR-Cas9 genome editing technology and applications."
}

Relatamos a primeira aplicação da tecnologia CRISPR‐Cas para detecção de espécies únicas a partir de DNA ambiental (eDNA). Os organismos liberam e excretam DNA para o seu ambiente, como em células da pele e fezes, referidas como DNA ambiental (eDNA). A utilização de eDNA permite monitoramento não invasivo com maior especificidade e sensibilidade. Os métodos atuais empregam principalmente técnicas baseadas em PCR para detectar uma espécie dada a partir de amostras de eDNA, o que representa um desafio logístico para o monitoramento in loco e a potencial adaptação a dispositivos biossensor. Desenvolvemos um método alternativo; acoplamento de amplificação isotérmica a um sistema de detecção CRISPR‐Cas12a. Isto utiliza a atividade de clivagem colateral da Cas12a, uma ribonuclease guiada por um único RNA CRISPR altamente específico. Utilizamos a espécie alvo Salmo salar como teste de conceito da especificidade do ensaio entre espécies estreitamente relacionadas e para mostrar que o ensaio é bem-sucedido a uma única temperatura de 37°C com detecção de sinal a 535 nM. O ensaio específico detecta com sensibilidade attomolar e taxas de detecção rápidas (

@article{doi1011111755099813045,
    author = "Williams, Molly‐Ann and O'Grady, Joyce and Ball, Bernard and Carlsson, Jens and de Eyto, Elvira and McGinnity, Philip and Jennings, Eleanor and Regan, Fiona and Parle‐McDermott, Anne",
    title = "The application of CRISPR‐Cas for single species identification from environmental DNA",
    year = "2019",
    journal = "Molecular Ecology Resources",
    abstract = "We report the first application of CRISPR‐Cas technology to single species detection from environmental DNA (eDNA). Organisms shed and excrete DNA into their environment such as in skin cells and faeces, referred to as environmental DNA (eDNA). Utilising eDNA allows noninvasive monitoring with increased specificity and sensitivity. Current methods primarily employ PCR‐based techniques to detect a given species from eDNA samples, posing a logistical challenge for on‐site monitoring and potential adaptation to biosensor devices. We have developed an alternative method; coupling isothermal amplification to a CRISPR‐Cas12a detection system. This utilises the collateral cleavage activity of Cas12a, a ribonuclease guided by a highly specific single CRISPR RNA. We used the target species Salmo salar as a proof‐of‐concept test of the specificity of the assay among closely related species and to show the assay is successful at a single temperature of 37°C with signal detection at 535 nM. The specific assay, detects at attomolar sensitivity with rapid detection rates (",
    url = "https://doi.org/10.1111/1755-0998.13045",
    doi = "10.1111/1755-0998.13045",
    note = "discovered\_from = {doi101002ece373386}",
    number = "5",
    pages = "1106-1114",
    volume = "19"
}

A diversidade conhecida dos sistemas CRISPR–Cas continua a expandir-se. Para abranger novas descobertas, aqui apresentamos uma classificação evolutiva atualizada dos sistemas CRISPR–Cas. A classificação atualizada dos sistemas CRISPR–Cas inclui 2 classes, 7 tipos e 46 subtipos, comparada com os 6 tipos e 33 subtipos em nossa pesquisa anterior há 5 anos. Além disso, é apresentada uma classificação da via de sinalização dependente de oligoadenilato cíclico em sistemas do tipo III. Também discutimos funcionalidades alternativas recentemente caracterizadas dos sistemas CRISPR–Cas, notadamente, variantes do tipo IV que clivam o DNA alvo e variantes do tipo V que inibem a replicação do alvo sem clivagem. A análise da abundância de variantes CRISPR–Cas em genomas e metagenomas mostra que os sistemas anteriormente definidos são relativamente comuns, enquanto as variantes mais recentemente caracterizadas são comparativamente raras. Essas variantes de baixa abundância compõem a cauda longa da distribuição CRISPR–Cas em procariotos e seus vírus, e permanecem por serem caracterizadas experimentalmente.

@article{doi101038s41564025021808,
    author = "Makarova, Kira S. and Shmakov, Sergey A. and Wolf, Yuri I. and Mutz, Pascal and Altae-Tran, Han and Beisel, Chase L. and Brouns, Stan J. J. and Charpentier, Emmanuelle and Cheng, David and Doudna, Jennifer and Haft, Daniel H. and Horvath, Philippe and Moineau, Sylvain and Mojica, Francisco J. M. and Pausch, Patrick and Pinilla-Redondo, Rafael and Shah, Shiraz A. and Siksnys, Virginijus and Terns, Michael P. and Tordoff, Jesse and Venclovas, Česlovas and White, Malcolm F. and Yakunin, Alexander F. and Zhang, Feng and Garrett, Roger A. and Backofen, Rolf and van der Oost, John and Barrangou, Rodolphe and Koonin, Eugene V.",
    title = "Uma classificação evolutiva atualizada dos sistemas CRISPR–Cas incluindo variantes raras",
    year = "2025",
    journal = "Nature Microbiology",
    abstract = "A diversidade conhecida dos sistemas CRISPR–Cas continua a expandir-se. Para abranger novas descobertas, aqui apresentamos uma classificação evolutiva atualizada dos sistemas CRISPR–Cas. A classificação atualizada dos sistemas CRISPR–Cas inclui 2 classes, 7 tipos e 46 subtipos, comparada com os 6 tipos e 33 subtipos em nossa pesquisa anterior há 5 anos. Além disso, é apresentada uma classificação da via de sinalização dependente de oligoadenilato cíclico em sistemas do tipo III. Também discutimos funcionalidades alternativas recentemente caracterizadas dos sistemas CRISPR–Cas, notadamente, variantes do tipo IV que clivam o DNA alvo e variantes do tipo V que inibem a replicação do alvo sem clivagem. A análise da abundância de variantes CRISPR–Cas em genomas e metagenomas mostra que os sistemas anteriormente definidos são relativamente comuns, enquanto as variantes mais recentemente caracterizadas são comparativamente raras. Essas variantes de baixa abundância compõem a cauda longa da distribuição CRISPR–Cas em procariotos e seus vírus, e permanecem por serem caracterizadas experimentalmente.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41564-025-02180-8",
    doi = "10.1038/s41564-025-02180-8",
    note = "discovered\_from = {doi101038s41467026710966}",
    number = "12",
    pages = "3346-3361",
    volume = "10"
}